Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33276047
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 139000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 4 of 190
Found at i:281926 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 281839--282005 Score: 85
Period size: 28 Copynumber: 5.7 Consensus size: 28
281829 TATTTAAAGA
* * *
281839 AAATAATAACAAAAATAAAATAGAATAA
1 AAATAAAAATAAAAATAAAATAAAATAA
*
281867 AAATAAAGGAA-AAAAATAAAGAAGCAAAAAATAA
1 AAATAAA--AATAAAAAT--A-AA--ATAAAATAA
281901 AAATAAAAATAAAAATAAAATAAAAT-A
1 AAATAAAAATAAAAATAAAATAAAATAA
* * ** *
281928 AAATAATACTAAACAATTCTAATATAATAA
1 AAATAAAAATAAA-AA-TAAAATAAAATAA
*
281958 ATAATAATAATAAATAA-ATAAAT-AAATAA
1 A-AATAAAAATAAA-AATA-AAATAAAATAA
281987 ACAA-AAAAATAAAAA-AAAA
1 A-AATAAAAATAAAAATAAAA
282006 CCTGGGAACG
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 16, Indels: 28
0.71 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.03
27 15 0.14
28 22 0.20
29 22 0.20
30 9 0.08
31 15 0.14
32 4 0.04
33 6 0.05
34 14 0.13
ACGTcount: A:0.75, C:0.04, G:0.03, T:0.19
Consensus pattern (28 bp):
AAATAAAAATAAAAATAAAATAAAATAA
Found at i:281964 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 281896--281986 Score: 55
Period size: 10 Copynumber: 8.9 Consensus size: 10
281886 AGAAGCAAAA
281896 AATAAA-AAT
1 AATAAATAAT
*
281905 AA-AAATAAA
1 AATAAATAAT
281914 AATAAAATAA-
1 AAT-AAATAAT
281924 AATAAAATAAT
1 AAT-AAATAAT
* *
281935 ACTAAACAAT
1 AATAAATAAT
**
281945 TCTAATATAAT
1 AATAA-ATAAT
281956 AA-ATAATAAT
1 AATA-AATAAT
281966 AATAAATAAAT
1 AATAAAT-AAT
281977 AAATAAATAA
1 -AATAAATAA
281987 ACAAAAAAAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 16
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
8 3 0.05
9 6 0.09
10 31 0.47
11 19 0.29
12 7 0.11
ACGTcount: A:0.71, C:0.03, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (10 bp):
AATAAATAAT
Found at i:281973 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 281948--281999 Score: 56
Period size: 4 Copynumber: 13.5 Consensus size: 4
281938 AAACAATTCT
* *
281948 AATA TAATA AAT- AAT- AAT- AATA AATA AATA AATA AATA AACA AAAA
1 AATA -AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA
281994 AATA AA
1 AATA AA
282000 AAAAAACCTG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 3
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
3 9 0.21
4 30 0.70
5 4 0.09
ACGTcount: A:0.75, C:0.02, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (4 bp):
AATA
Found at i:282833 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 282818--283005 Score: 132
Period size: 17 Copynumber: 10.7 Consensus size: 17
282808 AAATAATTAG
*
282818 ATAAATAAA-AATATTA
1 ATAAATAAATAATAATA
*
282834 ATAGATAAATAATAATA
1 ATAAATAAATAATAATA
*
282851 ATAGATAAATAATAATA
1 ATAAATAAATAATAATA
*
282868 GATAAATAGAT-A-AATA
1 -ATAAATAAATAATAATA
282884 ATAAATACATATATATAATA
1 ATAAATA-A-ATA-ATAATA
*
282904 ATATATAAATAGATAAATA
1 ATAAATAAATA-AT-AATA
* *
282923 ATAAATATAT-ATATTA
1 ATAAATAAATAATAATA
* * *
282939 ACAGATAAATAATAAAA
1 ATAAATAAATAATAATA
* * *
282956 ATAAAAAAAATGAAAAAAA
1 AT-AAATAAAT-AATAATA
*
282975 ATATTAATAAATAGTAATA
1 ATA--AATAAATAATAATA
282994 ATAAATAAATAA
1 ATAAATAAATAA
283006 ATACATAAGG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 24, Indels: 25
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.05
16 22 0.16
17 41 0.30
18 20 0.15
19 29 0.21
20 16 0.12
ACGTcount: A:0.66, C:0.01, G:0.04, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
ATAAATAAATAATAATA
Found at i:282845 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 282808--283013 Score: 76
Period size: 4 Copynumber: 52.5 Consensus size: 4
282798 AATTAAAAGA
* * * *
282808 AAAT AATT AGAT AAAT AAA- AATAT TAAT AGAT AAAT -AAT -AAT -AAT
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AA-AT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT
* * * * *
282853 AGAT AAAT -AAT -AAT AGAT AAAT AGAT AAAT -AAT AAAT ACAT ATAT
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT
* * * * * * *
282898 ATAAT -AAT ATAT AAAT AGAT AAAT -AAT AAAT ATAT ATAT TAAC AGAT
1 A-AAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT
* * *
282945 AAAT AATAA AAAT AAAAA AAAT GAAA- AAA- AATAT TAAT AAAT AGTAAT
1 AAAT AA-AT AAAT -AAAT AAAT -AAAT AAAT AA-AT AAAT AAAT A--AAT
*
282993 -AAT AAAT AAAT AAAT ACAT AA
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AA
283014 GGTACAATAT
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 37, Indels: 32
0.68 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
3 34 0.23
4 99 0.66
5 13 0.09
6 3 0.02
ACGTcount: A:0.66, C:0.01, G:0.04, T:0.29
Consensus pattern (4 bp):
AAAT
Found at i:282861 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 282818--283013 Score: 110
Period size: 8 Copynumber: 27.6 Consensus size: 7
282808 AAATAATTAG
282818 ATAAATA
1 ATAAATA
282825 A-AAAT-
1 ATAAATA
*
282830 ATTAATA
1 ATAAATA
282837 GATAAATA
1 -ATAAATA
282845 ATAATAATA
1 AT-A-AATA
282854 GATAAATA
1 -ATAAATA
282862 AT-AATA
1 ATAAATA
282868 GATAAATA
1 -ATAAATA
282876 GATAAATA
1 -ATAAATA
282884 ATAAATA
1 ATAAATA
282891 CATATATATA
1 -ATA-A-ATA
282901 AT-AATA
1 ATAAATA
282907 TATAAATA
1 -ATAAATA
282915 GATAAATA
1 -ATAAATA
282923 ATAAAT-
1 ATAAATA
*
282929 ATATATA
1 ATAAATA
* *
282936 TTAACA-G
1 ATAA-ATA
282943 ATAAATA
1 ATAAATA
282950 ATAAA-A
1 ATAAATA
282956 ATAAA-A
1 ATAAATA
282962 A-AAATGA
1 ATAAAT-A
*
282969 A-AAAAA
1 ATAAATA
*
282975 AT-ATTA
1 ATAAATA
282981 ATAAATA
1 ATAAATA
*
282988 GT-AATA
1 ATAAATA
282994 ATAAATAA
1 ATAAAT-A
283002 ATAAATA
1 ATAAATA
283009 CATAA
1 -ATAA
283014 GGTACAATAT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 15, Indels: 45
0.72 0.07 0.21
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.03
6 39 0.26
7 46 0.30
8 49 0.32
9 8 0.05
10 5 0.03
ACGTcount: A:0.66, C:0.02, G:0.04, T:0.29
Consensus pattern (7 bp):
ATAAATA
Found at i:282882 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 282809--282926 Score: 154
Period size: 39 Copynumber: 3.1 Consensus size: 39
282799 ATTAAAAGAA
*
282809 AATAATTAGATAAATAA-AA-ATATTAATAGATAAATAAT
1 AATAA-TAGATAAATAATAATATATAAATAGATAAATAAT
*
282847 AATAATAGATAAATAATAATAGATAAATAGATAAATAAT
1 AATAATAGATAAATAATAATATATAAATAGATAAATAAT
*
282886 AAATACAT--ATATATAATAATATATAAATAGATAAATAAT
1 -AATA-ATAGATAAATAATAATATATAAATAGATAAATAAT
282925 AA
1 AA
282927 ATATATATAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 4, Indels: 8
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
37 11 0.15
38 9 0.12
39 46 0.64
40 4 0.06
41 2 0.03
ACGTcount: A:0.64, C:0.01, G:0.05, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
AATAATAGATAAATAATAATATATAAATAGATAAATAAT
Found at i:282927 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 282828--282960 Score: 152
Period size: 39 Copynumber: 3.6 Consensus size: 38
282818 ATAAATAAAA
* *
282828 ATATTAATAGATAAATAAT-AATAATAGATAAATAATAAT
1 ATATAAATAGATAAATAATAAATAAT--ATATATAATAAT
*
282867 AGATAAATAGATAAATAATAAATACATATATATAATAAT
1 ATATAAATAGATAAATAATAAATA-ATATATATAATAAT
*
282906 ATATAAATAGATAAATAATAAAT-ATATATAT--TAAC
1 ATATAAATAGATAAATAATAAATAATATATATAATAAT
*
282941 AGATAAATA-ATAAA-AATAAA
1 ATATAAATAGATAAATAATAAA
282961 AAAAATGAAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 6, Indels: 10
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.07
34 5 0.06
35 11 0.13
37 8 0.09
39 50 0.58
40 4 0.05
41 2 0.02
ACGTcount: A:0.63, C:0.02, G:0.05, T:0.31
Consensus pattern (38 bp):
ATATAAATAGATAAATAATAAATAATATATATAATAAT
Found at i:283463 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 283196--283613 Score: 451
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
283186 ATACTATTAG
* * * * * *
283196 AATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTTAATTCAT
1 AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCAT
* **** * * *
283261 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTGACATTTAAAAAATTAATATGCATGAGAT
66 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * ** *
283326 TTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTTAAATAGTTGTGGCTATTTC
130 TT--AAAAATAAATC-AATTACCGAATC-AGTTCAAATAATCATGGCTATTTA
* * ** * *
283378 AATAATTATCCATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATGGAACAATTATTTTAGTTTAT
1 AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCAT
* * * *
283443 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAAGAGATT
66 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
283508 TAAAAATAAATCAATTACCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCTATTTA
131 TAAAAATAAATCAATTACCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCTATTTA
* * * ** * *
283556 AACAACTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTATTTT
1 AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTT
283614 TCAACATACA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 40, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
178 75 0.38
179 12 0.06
181 20 0.10
182 88 0.45
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCAT
AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
TAAAAATAAATCAATTACCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCTATTTA
Found at i:283640 original size:178 final size:181
Alignment explanation
Indices: 283202--283645 Score: 421
Period size: 178 Copynumber: 2.5 Consensus size: 181
283192 TTAGAATAAT
* * * * * * * * * *
283202 TATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTTA-ATTCATACAAG
1 TATCCATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGCCATAAAACAATTATTTTACA-ACATACAAG
* * * *
283266 CTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTGACATTTAAAAAATTAATATGCATGAGATTTGAA
65 CTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AA
* * * ** * * *
283331 AAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTGTGGCTATTTCAATAAT
129 AAAATAAATCTAATTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGGCTATTTAAACAAC
* ** **** *
283384 TATCCATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATGGAACAATTATTTTAGTTTATAAAAGC
1 TATCCATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGCCATAAAACAATTATTTTACAACATACAAGC
*** * * * *
283449 TTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAA
66 TTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
283512 AATAAATC-AATTACCGAATC-AGTTCAAATAATCATGGCTATTTAAACAAC
131 AATAAATCTAATTACCGAA-CAAGTTCAAATAATCATGGCTATTTAAACAAC
* * ** * * *
283562 TATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGC
1 TATCCATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGCCATAAAACAATTATTTTACAACATACAAGC
*
283627 TTTTTTGAAATAAAATAAT
66 TTATTTGAAATAAAATAAT
283646 GCTAATTTTC
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 50, Indels: 8
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
178 97 0.46
179 12 0.06
181 20 0.10
182 81 0.39
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATCCATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGCCATAAAACAATTATTTTACAACATACAAGC
TTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTAATTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGGCTATTTAAACAAC
Found at i:284134 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 284111--284146 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
284101 AAATATATAG
284111 TTGTTCAAATAATCATAA
1 TTGTTCAAATAATCATAA
*
284129 TTGTTCAAATAGTCATAA
1 TTGTTCAAATAATCATAA
284147 CTATTTGATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
TTGTTCAAATAATCATAA
Found at i:284328 original size:198 final size:199
Alignment explanation
Indices: 283947--284328 Score: 428
Period size: 198 Copynumber: 1.9 Consensus size: 199
283937 ATATATCCTT
* *
283947 ACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAAT
1 ACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAAT
* * *** * * * *
284012 ATTATTACATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAACATAAATAATTGTTTTATGAC
66 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAAAAACAATGGTTTTATGAC
* * * * *
284077 AAAACAAAATGTTATAACGGTTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAATCATAATTGTTCAAATAGT
131 AAAACAAAATGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAATTGTTCAAATAGT
284142 CATA
196 CATA
* * * * *
284146 ACTATTTG-ATTTGTTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGA-AA
1 ACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCATAA
* ** * **
284209 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATGGTTTTATGA
65 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAAAAACAATGGTTTTATGA
* * * * **
284274 TAGAACAAAA-GTTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATT
130 CAAAACAAAATGTT-ATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAATT
284329 ATTTGAACTA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 33, Indels: 5
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
197 3 0.02
198 132 0.89
199 13 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (199 bp):
ACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAAT
ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAAAAACAATGGTTTTATGAC
AAAACAAAATGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAATTGTTCAAATAGT
CATA
Found at i:284649 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 284125--286270 Score: 1378
Period size: 182 Copynumber: 12.0 Consensus size: 178
284115 TCAAATAATC
* *** * *
284125 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATTTGTTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
* * * *
284189 TTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATG-A
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-ACTTGTATGAA
* * * * * *
284253 TGAAAAACAATGGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTCAAATAG
129 TG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * * * ** * *** *
284305 ATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
** * * * * * * *
284370 CAACTTCTCAATTTTGGAAATATTAATGAAGTTA-TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CTTGTATGA
* * *
284434 ACAGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
128 A-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * *
284486 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTTAATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTT
* * ** *
284551 CTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAATATGTATGA
65 CTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACT-TGTATGA
* * * * * * *
284616 ACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTTAAAAAG
128 A-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * ** * * * *
284668 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGTTTTGACAAATATATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTT
* * ** * * * * *
284732 CTTACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTACTCCAAAGAAGCTTGTGTGAA
65 CTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CTTGTATGAA
* * * *
284797 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAC-AATTTAGGATAG
129 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA-AATAG
* * * * * * **
284847 ATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCCAATAAAGAAATCTAGGTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
* * * *
284910 --CCTTTTTAATTTTTGAAGCATTAAT--A--A--ATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-CTTGTATGA
* * * * * * *
284966 ATAAAAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
128 AT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
** * ** * * * * * *
285018 ATAATAATTCAAATAGACATATAACCCTTTGAACTTATTCAGTTAACAGATTAATTTTTT-AA-G
1 ATAATTGTTCAAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATT
* * * * ** * *
285081 TCTACAGCTGATTAATTTTAT-AATAATAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGAA
64 TCT-TA-CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AACTTGTA
* *
285145 TGAATAGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGAGT-ATAAC-AATTTAAACTA-
125 TGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTTAAA-TAG
* * * ** *
285199 AGTACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTACTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTTAATG
1 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-
* * *
285263 TT-TTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTA
63 TTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-CTTGTA
* ** *
285326 TGAACAAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
125 TG-A-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * * * * * * *
285382 ATAATTGTTCAAATAGTTAAAATTATTTGAACATATT-AAGAAAACATATTTATTTTTTAAACTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTT
* *
285446 -TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACGTA-TATTATTTTA--T----T--CTTGCATGA
65 CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAACTTGTATGA
* * * * *
285501 AAGAATCAATTGTTTTATGACATAATAAAAGGTCATAATG-TTTTGAAATAG
128 ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT-AAATAG
* * * * * * * *
285552 ATAGTTCTTTAGATTGTCATAACTATTTAAACTTGATCAATAAACTAATTCT-TTTTTT-AATTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATT-TATTTTTTAAATT-
* * * *
285615 TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAGGCTTATATG
64 TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-ACTTGTATG
* * * * * *
285680 AACTAAAAAAATTATTTTA-GTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
127 AA-TGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * *** *
285733 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCCGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-T
* *** ** * * *
285798 T-TTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATG
64 TCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CTTGTATG
* * * * * * ** *
285862 AATAGAAACAATTGTTTTACGAGAAAACAAAAAGTCATTACAAGTCGAAATAA
127 AAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * ** *** * * *
285915 AAAATTGTTCAAATAGTTATAAAAATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCGT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TT
* *
285980 -TTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCCTGTAT
65 CTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-CTTGTAT
** * * * * * *
286042 GAATAGAAA-AATCATCTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAA
126 GAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
* * * * * * * * *
286095 ATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTTAAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATT
* * * * *
286160 TCTTAATTACTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATG
64 TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CTTGTATG
** * * * *
286225 AACAAAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTT
127 AA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
286271 GATCTAGTTT
Statistics
Matches: 1531, Mismatches: 345, Indels: 177
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 124 0.08
171 71 0.05
172 13 0.01
173 29 0.02
175 15 0.01
176 10 0.01
177 15 0.01
178 7 0.00
179 60 0.04
180 218 0.14
181 422 0.28
182 479 0.31
183 59 0.04
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACTTGTATGAATG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
Found at i:286776 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 286474--287587 Score: 572
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 179
286464 TTTTAAATCT
* * *
286474 CTTATTAATTTTTGTAATATTAATAGGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-GATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAACA
* * *
286539 AAAATATTTGTTTTATGACAAAATAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCATATAAT
64 AAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGACAATTGTTCAAATAAT
* * ** * *
286604 CTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTACTTTTCAATTCTTTTA
129 CATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTTTCAAATCTCTTA
* * * * * * *
286655 TTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGCATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-TATGAACAA
* * * ****
286720 AAATAATTGTTTTATGATAGAACA-AAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAA
65 AAATAATTGTTTTATGACA-AA-ATAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGACAATTGTTCAAATAA
* * *
286784 TCATAACTATTTGAACTAATTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
128 TCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTTTCAAATCTCTTA
* * * * ***
286836 CTTATTAATTTTTAAAAGATTAATA-ACATATTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGAATGTTT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAT--ATGAAC
* * * * * * * * * *
286899 GAAAACAATTGTTATCTGACCAAAAAAAAGGT-ATTAATGATTT-AAAATAGATAATCGTTGACA
63 AAAAATAATTGTTTTATGA-CAAAATAAAGGTCA-TAACGATTTGAAAA-AGACAATTGTTCAAA
*** * * * * * * *
286962 TGGCCATAACTATTTCAATTGATTCAGTAAACAGATTCACATTTT-AAATCACTTA
125 TAATCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTAC-TTTTCAAATCTCTTA
* * * * *** * * * **
287017 CTTATTAGTTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATAATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATAAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAACAA
* * ** * * * * * *
287082 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATAATTTGAAATAGATATTTATTCGCAA-AG
65 AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAA-GGTCATAACGATTTGAAAAAGACAATTGTTC-AAATAA
* * * * * * *
287146 TCTTAACTGTTTGAACTACATT-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
128 TCATAACTATTTGAACTA-ATTCGGTAAACAAATTTACTTTTCAAATCTCTTA
* * * * * * **
287198 GTAATTTATTTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTATATGAAC
1 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGC-TATATGAAC
* * * * * * * *
287262 TAAAACAATTATTTTATAATGAAACA-AAAGGT-AGTAATGATTTGAAATAGATAA---TT---A
63 AAAAATAATTGTTTTATGA-CAAA-ATAAAGGTCA-TAACGATTTGAAAAAGACAATTGTTCAAA
* * * * * * *
287319 T--TC--AA--ATTGGAGCTAGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTGC-TA
125 TAATCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTTTCAAATCT-CTTA
* * *** * * **
287368 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAACAA
* * * * * * **
287433 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAAT-GG
65 AAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGACAATTGTTCAAATAAT
* * * * * *
287496 CTATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTAACTTA-TTTTTAAATCTCTAA
129 C-ATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTTTCAAATCTCTTA
** * * * *
287547 CTTACCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA
287588 AATGGATAAT
Statistics
Matches: 727, Mismatches: 161, Indels: 92
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 11 0.02
169 75 0.10
170 43 0.06
171 3 0.00
172 2 0.00
174 4 0.01
175 2 0.00
178 3 0.00
179 52 0.07
180 85 0.12
181 345 0.47
182 88 0.12
183 12 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATGAACAAA
AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGACAATTGTTCAAATAATCA
TAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTTTCAAATCTCTTA
Found at i:287458 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 287177--287493 Score: 442
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
287167 TAGCAAACAT
* * *
287177 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTTATTTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
287242 TTGAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATGAAACAAAAGGT-AGTAATGATTTG
66 TTGAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTG
287306 AAATAGATAATTATTCAAATTGGAGCTAGTTCAGTAAATAA
130 AAATAG-TAATTATTCAAATTGGAGCTAGTTCAGTAAATAA
*
287347 ATTTATTTTTTAAATCTGC-TACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTAATTAATTTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * *
287410 TTTGAATATGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
65 TTTGAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
*
287475 AAATAGTAATTGTTCAAAT
130 AAATAGTAATTATTCAAAT
287494 GGCTATAATT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 16, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.09
169 86 0.67
170 30 0.23
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TTGAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGTAATTATTCAAATTGGAGCTAGTTCAGTAAATAA
Found at i:288460 original size:307 final size:298
Alignment explanation
Indices: 287895--288473 Score: 684
Period size: 307 Copynumber: 1.9 Consensus size: 298
287885 AAACAATTGT
* * * * * *
287895 TTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTT
1 TTTACGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTT
*
287960 GAACTGATTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTATTAATTATTGAAATATTAATAATTAGTA
66 GAACTGACTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTATTAATTATTGAAATATTAATAATTAGTA
* * * * * *
288025 TTGTTTTATTCTAAATAATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCAT
131 TTATTTTATTCCAAATAACTTTATATGAATAGAAACAAGTGGTTTACGACAAAACAAAATGTCAT
* * ** ** *
288090 AACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAACGGACATGACTATTTAAACTTGTTTGGTGAACAAATT
196 AACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAACAGACATAACTATTTAAAAGTGTAAGGTCAACAAATT
288155 TATCTTTT-GAATAAGTTTGTATGAATAGAATCAATTAC
261 TAT-TTTTAGAATAAGTTTGTATGAATAGAATCAATTAC
288193 TTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATT
1 TTTACGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATT
* * * * * * *
288258 TGAAGTTG-CTCGATAAATAGATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAA
65 TGAA-CTGACTCAATAAATAGATTTAGTTTTTA-A----AT-C-TATTAATTATTGAAATATTAA
*
288322 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAAGTGGTTTATGACAAAA
122 T-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CTTTATATGAATAGAAACAAGTGGTTTACGACAAAA
** * * *
288386 C-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTC
185 CAAAAT-GTCATAACAATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAACAGACATAACTATTTAAAAGTGT-
288449 AAGG-CAACAAATTTATTTTTAGAAT
247 AAGGTCAACAAATTTATTTTTAGAAT
288474 TTTTACTTAT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 33, Indels: 21
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
298 16 0.07
299 67 0.29
300 3 0.01
304 1 0.00
305 1 0.00
306 27 0.12
307 111 0.48
308 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (298 bp):
TTTACGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTT
GAACTGACTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTATTAATTATTGAAATATTAATAATTAGTA
TTATTTTATTCCAAATAACTTTATATGAATAGAAACAAGTGGTTTACGACAAAACAAAATGTCAT
AACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAACAGACATAACTATTTAAAAGTGTAAGGTCAACAAATT
TATTTTTAGAATAAGTTTGTATGAATAGAATCAATTAC
Found at i:288566 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 288164--289535 Score: 915
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 180
288154 TTATCTTTTG
* * * ** * *
288164 AATAAGTTTGTATGAATAGAATCAATTACTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
288229 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTT-GAAGTTGCTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAG-
66 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAG-TGTTCAG-GAAACAAATTTA-TTTTTAGA
*
288291 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA
128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-CA
* * *
288345 AATAAGCTT-TTATGAATAGAAACAAGTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* *
288409 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTG-TCAAGGCAACAAATTTATTTTTAGAA
65 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTTC-AGGAAACAAATTTATTTTTAGAA
*
288473 T-TTTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
129 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
* *** * * * * *
288524 ATATGAGCTTGCCCGAAT-GAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTAAA
1 A-ATAAGCTTGTTTGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * *
288588 ATAGATAATTATTCGGATAGTTATAACTATTTAAACA-TGGTT--GGTAAACAGATTCATTTTTT
64 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-AGT-GTTCAGG-AAACAAATTTA-TTTTT
* * * *
288650 A-ATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAGAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
125 AGAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCA
* * *
288706 AATAAGCTTATTTGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * *
288770 TAATTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTTGTTC-GGTAAACATA-TT-TTTTTAAAA
65 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTTCAGG-AAACAAATTTATTTTTAGAA
** * *** * * **
288832 TCTTCCACTTATTAAGTTTCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG
129 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCA
* * * * * * **
288885 AATAACCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** ** * *
288950 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAAGTTTATTTTTTGAATC
66 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTTCAGGAAACAAATTTATTTTTAGAATC
289015 TTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAA
131 TTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC----A
* * * * * * * * * * *
289069 AATAAGCATGTATGAACA-AAAAAAATATTTTATCATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAAT
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * ** * *
289133 AAATAATTATTCAAATTGTCATAATTATTAATAATTATTTAGACTTGTTCAATAAAAAAATTCAT
66 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT--TAA--A---AG---TGTTCAGGAAACAAATTTA-
* * * *** * ** **
289198 TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTGGTATTATTTTATTTTG
120 TTTTTAGAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCA
* * * * **
289260 AATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * ** *
289324 TAAATAACTATTCAAATAGTCATGACTAATT-GATCTAGTTCAGTAAGTATATTTAGTTTTT-GA
65 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGT-GTTCAGGAAACAAATTTA-TTTTTAGA
* * * *** * * * *
289387 ATTTTTTACATATTAATTGTCAAAATACTAATAAA-TTAGCAGTATTTTAGTTCG
128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCA
* * * * * * *
289441 AATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT-AGCAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* *
289505 TAAATAATT-TGTTAAATAGTTATAACTATTT
65 TAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTT
289536 GAACTGATAT
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 199, Indels: 108
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 7 0.01
179 133 0.14
180 161 0.17
181 388 0.41
182 30 0.03
183 60 0.06
184 15 0.02
185 2 0.00
187 2 0.00
190 1 0.00
191 13 0.01
192 62 0.07
193 17 0.02
194 45 0.05
195 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTTCAGGAAACAAATTTATTTTTAGAATC
TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
Found at i:288749 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 288164--289843 Score: 903
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
288154 TTATCTTTTG
* * * ** *
288164 AATAAGTTTGTATGAATAGAATCAATTACTTTACGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAA
* * * ** * * * *
288228 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAAGTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAGA-
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA-AT
* *
288292 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
129 TC-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * **
288345 AATAAGCTT-TTATGAATAGAAACAAGTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
288409 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-A-GTGTCAAGG-CAACAAATTTATTTTTAG
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATG-GT--TGGTAAACAGATTTATTTTT-T
*
288471 AATT-TTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCA
126 AATTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
* *** * * * *
288524 ATATGAGCTTGCCCGAAT-GAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTAAA
1 A-ATAAGCTTGTTTGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
** * *
288588 ATAGATAATTATTCGGATAGTTATAACTATTTAAACATGGTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAT
64 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAT
* *
288653 TCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTCA
129 TCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *
288706 AATAAGCTTATTTGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
288770 TA-ATTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAAC-TTGTTCGGTAAACATA-TT-TTTTTAAA
65 TAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *** * * *
288831 ATCTTCCACTTATTAAGTTTCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-G
128 TTCTT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCA
* * * * * **
288885 AATAACCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * **
288950 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAAC-TTGTTCAATAAACA-AGTTTATTTTTTGAA
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGTT-GGTAAACAGA-TTTATTTTTT-AA
289013 -TCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAAA
128 TTC-TTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC----A
* * * * * * * * * * * *
289069 AATAAGCATGTATGAACA-AAAAAAATATTTTATCATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAAT
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * ** * * *
289133 AAATAATTATTCAAATTGTCATAATTATTAATAATTATTTAGACTTGTTCAATAAAAAAATTCAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT--T-A--A---ACA-TGGTT-GGTAAACAGATTTAT
* * *** * * **
289198 TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTGGTATTATTTTATTTTG
121 TTTTT-AATTCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * **
289260 AATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * ** * *
289324 TAAATAACTATTCAAATAGTCATGACTAATTGATC-TAGTTCAGTAAGTATATTTAGTTTTTGAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGTT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * * *** * * * * *
289388 TTTTTTACATATTAATTGTCAAAATACTAATAAATTAGCAGTATTTTAGTTCG
128 TTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
289441 AATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT-AGCAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
289505 TAAATAATT-TGTTAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGATATGATAAATAGATTTATTTTTTAA
65 TAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGT-TGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *** * *
289568 ATC--T-CTGATTAGTTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCA
128 TTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * * * **
289618 AACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATAACAGAACAAAAACATTTGTTTTTATAACAA
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-A---G---TCATAATGA
* * * * * * * *
289683 TTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGATAAACAAAATTT-T
58 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGTT-GGTAAAC-AGATTTAT
* * * * * *
289746 TTTCTAAATATC-TTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATATATTCA-TTTTATTTTATTCCA
121 TTT-TTAAT-TCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCA
* * * ***
289807 AATAAGCTAGTATGAATTGAAATTTTTGTTTTATGAC
1 AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
289844 TGGTTTGGTA
Statistics
Matches: 1175, Mismatches: 244, Indels: 152
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 67 0.06
178 9 0.01
179 149 0.13
180 162 0.14
181 388 0.33
182 41 0.03
183 65 0.06
184 16 0.01
185 56 0.05
186 9 0.01
187 3 0.00
188 2 0.00
189 64 0.05
190 2 0.00
191 14 0.01
192 62 0.05
193 28 0.02
194 36 0.03
195 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTC
TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
Found at i:289689 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 289631--289681 Score: 84
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
289621 AAACTTATAT
289631 GAATAAAAACATTTGTTTTATAACA
1 GAATAAAAACATTTGTTTTATAACA
*
289656 GAACAAAAACATTTGTTTTTATAACA
1 GAATAAAAACATTTG-TTTTATAACA
289682 ATTTAAAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.58
26 10 0.42
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
GAATAAAAACATTTGTTTTATAACA
Found at i:290500 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 289850--292957 Score: 1974
Period size: 181 Copynumber: 17.5 Consensus size: 180
289840 TGACTGGTTT
** * * **
289850 GGTAAATAAATTTA-TTTTTAGTTCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGGTTAGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
289914 ATTTTATT-TCGAATAAACTTCTATG-ACTAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTAT
66 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
289977 AACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTT
129 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATT-GTTC
** * *
290030 AATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTC----TTATTAATGTTTT-AAGA-ATTAATAAATTAGTA
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT-TTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTA
* * * * * ** * * * * *
290089 TCATTTT-TTTTTAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAT
64 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *** * *
290153 GACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGAGTATTTGACA-TGATTC
129 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA-ATTG-TTC
* * * * * *
290206 GGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGCATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * *
290267 ATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGGACTAAAATGATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTCACA
66 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *** * *
290331 ACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATGCAATCTTAACTATTTGAATTGCTTT
130 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTG-TTC
* * * * *
290383 GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTATTAAATTAGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
290448 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACTATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAA
66 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
290513 CGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAAT-A-GA-AAC----CG----GTTC
131 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGTTC
* * *
290552 GATAAATATATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
290613 ATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCAT
66 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
290676 AATGATTTAAAATAGATAATTATTAAAATTACCATAATTATTTGAATTAATTT
129 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATT-GTTC
* * * * * *
290729 GGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTAT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
290793 TATTTTATT-TCAAA-AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAGAAGGTCAT
65 TATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
290856 AATGATTTTAAATATATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTAGAATTTGTTC
129 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTC
*** * * *
290909 AAAAAATGAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * *
290972 TATTTTATTTTAGATAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
65 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
291037 ACAATTT----TAAATAA--GTTCAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTC
130 ACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAATCATAACTATTTGA-ATTGTTC
* * * * * *
291084 AGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTCGA
1 GGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
291147 ATTATTTTATTCTGACTAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATAACTAAA-AAAAGGTC
63 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
291210 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT-TTCAACTATTTAAACTAGTTT
127 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT-AACTATTTGAA-TTGTTC
** * * * ** * * *
291265 AATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGCTGGAATATTATTCAATTAGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
291330 ATTTT-TAACAAAATAAGCTTTTATGATCAT-AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
66 ATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
291392 AACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGTTC
129 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTC
** * * *
291445 AATAAACATATTTA-TTTTTAAA--GCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * *
291507 ATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTACTTATATAACAAAACAAAAGGTCA
66 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *** * * ** *
291570 TAACGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTA
128 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTC
* * * *
291624 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
291689 ATTTTATTCCATATAAGCTTATATTAGCTAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAA
66 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ***
291754 CGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAGAGGAATAACTATTTGAACTTGTTC
131 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTC
* * * ** * * *
291805 GATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTGATCAATTAGTA
1 GGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * * * * * *
291869 TTAATTTATTCTGACTAAGTTTATATGAACTTAAGCAGTTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAG
64 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
291934 AATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAA-TCATTTAAACTGATTC
129 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAATCATAACT-ATTTGAATTG-TTC
* * * *
291987 GGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
292048 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-CAAATAAAAAAAATTATTTTAGGACAAAAGCAAAAGGTCAT
66 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT
* ** * * * * *
292112 AATGATTTGAAATTCATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTCGAATTGGTTC
129 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATT-GTTC
* * * * * * * * *
292165 CGCAATTAGATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * * * *
292229 ATTTTATT-TCGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAGAAAAGGTTATA
66 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * *
292293 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTT
130 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG-AATTGTTC
*
292345 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTA
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * *
292408 TTATTTTATT-TCAAACAAATTTATATGAAC-AAAAGCAATTGTTTTTATCACAAAACAAAAAGT
64 TTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
292471 AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAATTGGTTC
126 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAC-TATTTGAATT-GTTC
* * * *
292527 GGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAA-CTTTTACTTA--AAATTTTGAAATATT-A-ACA--A--A-
1 GGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * *
292581 TATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGAGTTGAAATAATTGTCTTATGACAAAAC-AAAGG-CATA
65 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * * * * *
292644 AAGATTTGAAATAGATAAATGTTCATTTAGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTT
130 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTC
* * * * *
292696 GGCAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTAT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
292760 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTA
65 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCA
** * * * * *
292823 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTC
128 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTC
* * * ** *
292877 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC----TTACTAATTCCTGAAATATTAATAAATTAGCATT
1 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
292938 ATTTTATT-TCAAATAAGCTT
66 ATTTTATTCT-AAATAAGCTT
292958 ATAGGTTGAA
Statistics
Matches: 2289, Mismatches: 510, Indels: 261
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 1 0.00
165 102 0.04
166 1 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
169 83 0.04
170 16 0.01
171 13 0.01
172 38 0.02
173 5 0.00
174 8 0.00
175 41 0.02
176 166 0.07
177 377 0.16
178 100 0.04
179 182 0.08
180 370 0.16
181 486 0.21
182 285 0.12
183 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGTTC
Found at i:290668 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 290392--290697 Score: 404
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 166
290382 TGGCAAACAA
* * **
290392 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
290457 TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACTATTATTTTATAACAAAACAAAATGTT-ATAACGATTTGA
63 TAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTAA
*
290521 AATAGGTAATTACTCAAATAGAAACCGGTTCGATAAATAT
127 AATAGATAATTACTCAAATAGAAACCGGTTCGATAAATAT
* *
290561 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * *
290625 ATAAGCATGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAA
66 ATAAGCATGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTAAAA
290688 TAGATAATTA
129 TAGATAATTA
290698 TTAAAATTAC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 14, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.02
164 4 0.03
165 96 0.80
169 18 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (166 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
ATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTAAAATA
GATAATTACTCAAATAGAAACCGGTTCGATAAATAT
Found at i:290720 original size:346 final size:339
Alignment explanation
Indices: 289880--292906 Score: 1199
Period size: 360 Copynumber: 8.5 Consensus size: 339
289870 GTTCTCTTAG
* * ** * * * * *
289880 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAGGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTCTATGACTAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGA-GAAA
* * * * * * *
289945 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTC
64 AATGATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTT-AAATAAATAATT-TTAAAATA-TC
** * * * * * *
290010 ATAACTATTTGAATTGGTTTAATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTCTTA-TTAAT-GTTTTAAG
125 ATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
290073 AA--TTAATAAATTAGTATCATTTT-TTTTTAATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACATT-TGTTAT
189 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACA-ATTAT-TT-T
* * * * * * * **
290133 ATGACCAAACAAAAGGTAATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGAGTATTTG
251 AT-AACAAAAAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG---T-A--ACAT-
* * *
290197 ACA-TGATTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCAC
307 -CAGTG-TTCGATAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTC
* * *
290233 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-GACTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAGA--A
* * * **
290297 AAATGATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATGCA-A
63 AAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTT-AAATAAATAATT-TT-A-AAATA
* *
290361 TCTTAACTATTTGAATTGCTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
123 TCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
* * *
290426 GGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACTATTATTTT
187 AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTT
* * * * * *
290491 ATAACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAATAG-AA-A-CCG-GTTC
251 ATAACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAACATCAGTGTTC
290552 GATAAATATATTTATTTTTTAAATCTC
315 GATAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTC
* *
290579 TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATGAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGA-GAAA
** * ** * *
290644 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAAAATTACC
64 AATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTT-AAATAAATAATT-TTAAAA-TATC
* * * * * * * *
290709 ATAATTATTTGAATTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTAG
125 ATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG
* * *
290774 AATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TCAAA-AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
189 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
290837 TGATAAAATAGAAGGTCATAATGATTTTAAATATATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTAGAA
252 TAACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA---GTAAC-ATCAG--
* * *
290902 TTTGTTCAAAAAATGAATTTATTTTTAAATTTTTTGC
310 --TGTTCGATAAAT-AATTTATTTTTAAA---TCT-C
* *
290939 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTTTGA-ACTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-ATAAGCTTGTATGAGA--A
* * *
291003 AAATGATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTT---TAAATAAGTTCAAAATAGTCA
63 AAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAATAAATAATTTTAAAATA-TCA
* ** *
291065 TAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTT
126 TAACTATTTGA-ATTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTA
* * * * * *
291129 GAATGTTAATATATTCGAATTATTTTATTCTGACTAAGCTTGTATGATATGAAACAAATATTTTA
188 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTATTTTA
* * * * *
291194 TAACTAAAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTCAACTATTTAAAC
252 TAACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG--T-AAC-A--T-CAG
** *
291259 TAGTTTAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
310 T-GTTCGATAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * **** *
291292 TTACTT-ATTAATTGCTGGAATATTATTCAATTAGTATTATTTTTAACAAAATAAGCTTTTATGA
1 TTA-TTAATT--TT--TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * * ** *
291356 TCATAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAA
60 -GAAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTT-AAATAAATAATT-TTAAAA
* *** * *
291420 TAGTCACAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAA--GCTTAGTTATTAATT
121 TA-TCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
* * **
291482 TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATT
184 TTTAG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATT
* * * * * * *
291545 ACTTATATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATT
246 A-TTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG---TAA-C
* * * * *
291610 ATTTTAACTAATT-AAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
305 A---TCAGT-GTTCGA-TAAA-TAATTTA-TTTTTAAA--TC-T-C
* ** * * *
291655 TTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTATATTAGCTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-ATAAGCTTGTATGAG-AAA
** * * * * * * * * * **
291720 AACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAGAGGA
64 AATGATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC-AATTTAAATAAATAATT-TTAAAATA-TC
* * * * * ** *
291785 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTT
125 ATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * * * * *
291850 GAAAGTTGATCAATTAGTATTAATTTATTCTGACTAAGTTTATATGAACTTAAGCAGTTGTTTTA
188 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
291915 TGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAATCATTTAA
252 TAAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAG---TAA-CA--T-C
* * *
291979 ACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTC
308 AGTG-TTCGATAAA-TAATTTATTTTT-AAATCTC
* * ** ** *
292014 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTACAAATAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTA-TGAGAAA
** * * ** ** * * *
292079 AAAAATTATTTTAGGACAAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTCATAATCATTCATATAGT
64 AATGATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA-GTCATAACAATTT-AAATAAATAAT-TTTAAAATA-T
* * ** * ** * * * * *
292144 CTTAACTATTCGAATTGGTTCCGCAATTAGATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-
124 CATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTA
* * * ** * * * *
292207 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTT
188 G-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTT
* * * ** * *
292271 GATGACAAAAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTG
250 TATAACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG---TAAC-A--T-
* * * *
292336 AAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
307 CAGT-GTTCGATAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTC
* * ** *
292372 TTATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATGA
1 ---TT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGA
* * * *
292436 -ACAAAA-GCAATTGTTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
60 GA-AAAATG--ATTG-TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTT-AAATAAATAATT-TTA
* * * * *
292499 AAATAGTTAT-ACTTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAA-CTTTTACTTA-
118 AAATA-TCATAAC-TATTTGAATT-GTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
* * * * * * * *
292560 AAATTTTGA-AATATT-A-ACA--A--A-TATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGAGTTGAAATA
179 TAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACA
* * * * * * * **
292617 ATTGTCTTATGACAAAACAAAGG-CATAAAGATTTGAAATAGATAAATGTTCATTTAGTCTTAAC
243 ATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG---TAAC
* * * * ** *
292681 TGTTTGAACTAGTTTGGCAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTC
305 ---AT-CAGT-GTTCGATAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTC
* ** *
292723 TTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA
1 TTA--T-T-AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATG-
* * * * * * * *
292787 ATAAAAATAATTATTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
59 AGAAAAATGATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTCATAACAATTT-AAATAAATAATT-TTAAA
* * **
292851 ATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
120 ATA-TCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
292907 CTAATTCCTG
Statistics
Matches: 2097, Mismatches: 418, Indels: 320
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
344 1 0.00
345 72 0.03
346 202 0.10
347 3 0.00
348 5 0.00
349 9 0.00
350 77 0.04
351 125 0.06
352 12 0.01
353 187 0.09
354 17 0.01
355 48 0.02
356 132 0.06
357 203 0.10
358 211 0.10
359 210 0.10
360 235 0.11
361 68 0.03
362 128 0.06
363 91 0.04
364 59 0.03
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (339 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAGAAAAA
TGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTAAATAAATAATTTTAAAATATCATAACT
ATTTGAATTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATGTTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTATTTTATAACAAAAA
AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAACATCAGTGTTCGATAAATAATT
TATTTTTAAATCTC
Found at i:291014 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 290548--292945 Score: 1483
Period size: 180 Copynumber: 13.4 Consensus size: 180
290538 ATAGAAACCG
* *
290548 GTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAG
1 GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *** * *
290609 TATTATTTTATT-TTGAATAAGCATGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTT
65 TATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * *
290673 CATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAAAATTA-CCATAATTATTTGAA-TT
129 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT
* *** * * ** **
290724 AATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATT
1 -GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT
* * * * * * * *
290788 ATTATTATTTTATT-TCA-AAAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAGAAG
63 AGTATTATTTTATTCT-AGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * *
290851 GTCATAATGATTTTAAATATATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTAGAATTT
127 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
290905 GTTCAAAAAATGAATTTA-TTTTTAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 GTTCAATAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * ** * * *
290969 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTC
65 TATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
** * * *
291034 ATAACAATTT----TAAATAA--GTTCAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT
130 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
291080 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATT
1 GTTCAATAAA-TAATTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
291144 CGAATTATTTTATTCT-GACTAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATAACT-AAA-AAA
63 AGTATTATTTTATTCTAGA-TAAGCTTTTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAA
* * * * *
291205 AGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT-TTCAACTATTTAAACTA
125 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT
* * * * ** * * *
291261 GTTTAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGCTGGAATATTATTCAATTAG
1 GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
291326 TATTATTTT-TAACAAAATAAGCTTTTATGATC-ATAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGA
65 TATTATTTTAT-TCTAGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG
* * * * *
291388 TCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTT
128 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
291441 GTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAAGC-TTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
291503 TATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTACTTATATAACAAAACAAAAG
65 TATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTTTATGA-ACTAAAACAATTA-TTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
291566 GTCATAACGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTA
127 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
291620 ATT-AAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTA
1 GTTCAA-TAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
291684 GTATTATTTTATTCCATATAAGCTTATATTAGCTAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGT
64 GTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * * * **
291749 TATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAGAGGAATAACTATTTGAACTT
129 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
291801 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTGATCAATT
1 GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
291865 AGTATTAATTTATTCT-GACTAAG-TTTATATGAACTTAAGCAGTTGTTTTATGACT-AAACAAA
63 AGTATTATTTTATTCTAGA-TAAGCTTT-TATGAACTAAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAA
* * * * *
291927 ATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAA-TCATTTAAAC-T
125 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACT-ATTTGAACTT
** * * * *
291982 GATTCGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTT
1 G-TTCAATAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
292043 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-CAAATAAAAAAAATTATTTTAGGACAAAAGCAAAAG
64 GTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAG
** * * * *
292107 GTCATAATGATTTGAAATTCATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTCGAA-TT
127 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*** * * * * *
292160 GGTTCCGCAATTAGATTTATTTTTT--ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATT
1 -GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTT-TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** ** * * * * *
292223 AGTATTATTTTATT-TCGAATAAAATAGTATGAAC-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAAGAAAA
63 AGTATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA
* ** * * * * *
292286 GGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATG
126 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*** * *
292341 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATT
1 GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
292404 AGTATTATTTTATT-TCAAACAA-ATTTATATGAAC-AAAAGCAATTGTTTTTATCACAAAACAA
63 AGTATTATTTTATTCT-AGATAAGCTTT-TATGAACTAAAA-CAATT-ATTTTATGATAAAACAA
* * ** * *
292466 AAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAA-TT
124 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTT
** * * * *
292522 GGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA-CTTTTACTTA--AAATTTTGAAATATT-A-ACA--A
1 -GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * ** * * * * *
292580 --A-TATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGAGTTGAAATAATTGTCTTATGACAAAAC-AAAGG-
64 GTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * ** * * *
292640 CATAAAGATTTGAAATAGATAAATGTTCATTTAGTCTTAACTGTTTGAACTA
129 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
**** * * * *
292692 GTTTGGCAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATT
1 GTTCAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT
* * * * *
292755 AGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGATAGAAA-AAAA
63 AGTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGATA-AAACAAAA
* * * * * *
292818 GGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTA
126 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * **
292873 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTCCTGAAATATTAATAAATTAG
1 GTTCAATAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*
292934 CATTATTTTATT
65 TATTATTTTATT
292946 TCAAATAAGC
Statistics
Matches: 1742, Mismatches: 363, Indels: 232
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 60 0.03
170 12 0.01
171 15 0.01
172 34 0.02
173 7 0.00
174 5 0.00
175 35 0.02
176 43 0.02
177 233 0.13
178 94 0.05
179 181 0.10
180 369 0.21
181 360 0.21
182 284 0.16
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAATAAATAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
Found at i:291825 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 289874--292960 Score: 2062
Period size: 540 Copynumber: 5.8 Consensus size: 535
289864 TTTTTAGTTC
* * ** * *
289874 TCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTCTATG
1 TCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--AATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
289939 ACT-AGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCA
63 A-TAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * ** * * *
290003 AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAATAAATAGATTTATTTGTTAAA--TC-T-CTTATTAA
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * * *
290064 TGTTTTA-AGA-ATTAATAAATTAGTATCATTTTTTTTTAATAAGCTTGAATGATCA-AAAACAT
192 T-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGA-GATAAAACAA
* * * * * * * * * *
290126 TTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCCATG
255 TTATTTTATGA-TAAAAAAAAGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGG-AATA
* * * * * *
290189 AGTATTTG-AC-ATGATTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAA
317 ACTATTTGAACTA-G-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTG-A
* * * * * * *
290248 ATATTAATAAATTTGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGAC-TAAA-ATGATTGTTTGA
379 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGTTTATATGAACATAAACA--ATTGTTTTA
* * * * * * *** * *
290311 TGACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATGCAATCTTAACTATTTGAA
442 TGACAAAACAAAGAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
**** *
290376 -TTGCTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA
507 CTTG-TTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAA
* * *
290406 TCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
1 --TCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-AATAAGCTTGTA
* * * * * * ** **
290471 TGA-ACTGAAACT-ATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTAC
61 TGATA--AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * *
290534 TCAAATAG--A-AAC--------C-GGTTC-GATAAATATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
124 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** *
290582 TTAATTTTT-GAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATGA-AAA
188 TTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGA-GATAAA
* * * *
290645 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAAAATTA-C
251 ACAATTATTTTATGATAAAA-AAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGG
* * * * * * * * * *
290708 CATAATTATTTGAATTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTA
313 AATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCT-
* * * *
290773 GAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTC-AAAAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTT
377 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGTTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTT
* * * * * * *
290836 ATGATAAAATAGAAG-GTCATAATGATTTTAAATATATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTAG
441 ATGACAAAACA-AAGAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
290900 AATTTGTTCAA-AAA-ATGAATTTATTTTTAAA
505 AACTTGTTCAATAAACAT--ATTTATTTTTAAA
* * *
290931 TTTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTT
1 --TCTTG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTA-ATAAGCTTGTA
* * * *
290996 TGA-ACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTT----TAAATAA--GTT
61 TGATA-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * *
291054 CAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTA
125 C-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
291119 TTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTCGAATTATTTTATTCTGACTAAGCTTGTATGATATGAAA
188 TTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAGATAAAA
* * * * * **
291183 CAAATATTTTATAACT-AAAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-GTTT
252 CAATTATTTTATGA-TAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGAAT
* * * * *
291246 CAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGCTGGA
316 -AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCT-GA
* * ** * *
291311 ATATTATTCAATTAGTATTATTTT-TAACAAAATAAGCTTT-TATGATCATAAACAATTATTTTA
379 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAA-AAG-TTTATATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * *
291374 TGACAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAA
442 TGACAAAACAAAGAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
291438 CTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAA
507 CTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAA
*
291467 GCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
1 TCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--AATAAGCTTGTATG
* * * * *
291532 ATAAAAAACAATTACTTATATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAAATAATTGTTCA
63 ATAAAAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * *
291597 AATGGCCATAATTATTTTAACTAATTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
291662 -TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTATATTAGCTAAAACAAT
192 TTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAGATAAAACAAT
* * * * *
291726 TATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAGAGGAATAACT
256 TATTTTATGATAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGAATAACT
* * * * *
291791 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAA-AG
320 ATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTCTGAATA-
* * * * ** * * *
291855 TTGATCAATTAGTATTAATTTA-TTCTGACTAAGTTTATATGAACTTAAGCAGTTGTTTTATGAC
382 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGTTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
291919 TAAACAAA-ATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAA-TCATTTAAAC
446 AAAACAAAGA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACT-ATTTGAAC
** *
291981 -TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTCAAA
508 TTG-TTCAATAAACATATTTATTTTT-AAA
* * * * **
292010 TC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTACAA
1 TCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TAATAAGCTTGTA-TG
* * * ** **
292074 ATAAAAAA-AATTATTTTAGGACAAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTCATAATCATTCA
63 ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * ** * * * **
292138 TATAGTCTTAACTATTCGAATTGGTTCCGCAATTAGATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAA
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * * *
292202 GTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGA-ACAGAACCAA
192 TTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAGATA-AAACAA
* * * ** * *
292265 TTGTTTGATGACAAAAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAA-AA
255 TTATTTTATGATAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-GAATAA
* * * *
292329 CTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAAT
318 CTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA-TTTCTGAAT
292393 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAA-TTTATATGAACA-AAAGCAATTGTTTTTAT
381 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAAGTTTATATGAACATAAA-CAATTG-TTTTAT
* * * * * *
292456 CACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAA
443 GACAAAACAAAGAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAA
** * * *
292520 -TTGGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA
507 CTT-GTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAA
* * * * * *
292550 -CTT-TTACTTAAAATTTTGAAATATTAACAAA-TA-TTTTATTCTA---AATAAACTTGTACGA
1 TCTTGTTA-TT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAATAAGCTTGTATGA
** * * * * *
292608 GT-TGAAATAATTGTCTTATGACAAAAC-AAAGG-CATAAAGATTTGAAATAGATAAATGTTCAT
64 -TAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * ** ** * * *
292670 TTAGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTTGGCAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAAT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
292735 TTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA-ATAAAAATAAT
193 TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAGAT-AAAACAAT
* * * ** *
292798 TATTTTATGATAGAAAAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATT
256 TATTTTATGATA-AAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGAATAACT
* * * *
292863 ATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCCTGAAATAT
320 ATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTG-AATAT
* * *
292923 TAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA
383 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGTTTATA
292961 GGTTGAAAAA
Statistics
Matches: 2040, Mismatches: 386, Indels: 260
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
519 2 0.00
520 6 0.00
521 11 0.01
522 63 0.03
523 99 0.05
524 9 0.00
525 98 0.05
526 78 0.04
527 54 0.03
528 42 0.02
531 72 0.04
532 172 0.08
533 17 0.01
534 192 0.09
535 42 0.02
536 172 0.08
537 99 0.05
538 18 0.01
539 149 0.07
540 336 0.16
541 235 0.12
542 70 0.03
543 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAATAAGCTTGTATGATA
AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAGATAAAACAATTATTT
TATGATAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGAATAACTATTTGA
ACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGTTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA
GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
ATATTTATTTTTAAA
Found at i:293063 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 292939--293065 Score: 191
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
292929 ATTAGCATTA
* **
292939 TTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGTTGAAAAATAATTGTTTTATAACAAAATGAAAGGTAACAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAACAAC
293004 AT
66 AT
* * * *
293006 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTA
293066 GTAATGATTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 7, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 53 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (67 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAACAAC
AT
Found at i:293369 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 293035--293831 Score: 743
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 179
293025 GTATGTTGAA
* *
293035 AAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGT-AGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
293099 CCATAATTATTTGAAC-TATTTGGTAAACTAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
293162 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTG
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTG
* * ** * *
293214 AAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGTTCATAGCGATTT-AAATGGATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
293278 CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAATTCTCTTGCTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* ** * * *
293343 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTCTATAAACT-
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTG
* * * * * **
293394 AAGAGAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTGTAATAG
1 AA-ACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * ** *
293459 TTTTAACCATTTTCA-TTGATTCTG-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTT-ATTC-GATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
293522 TTGAAATATTATTAAATT-TTATTATTTTTATCTAAG-TAAGCTTGTATGATCAG
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTG
* * * * * * *
293575 AAAAAATTTTTTTTATGATAAA-ACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAG
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** ** * * * * *
293639 TTGTAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTATTCCTTAATAATTTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
293704 GAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTG
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTG
* * * * *
293756 AAACAATTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAACGATTTTAAATTAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG
*
293821 TCATAATTATT
64 TCATAACTATT
293832 CAAATCTTTT
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 103, Indels: 47
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 37 0.08
179 47 0.10
180 149 0.30
181 176 0.36
182 80 0.16
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTG
Found at i:294526 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 294096--294564 Score: 525
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
294086 GATCAGAACA
* *
294096 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTTGGTAAATAGATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGATTAGG-AAATAGATTTA-
* * * *
294160 TTTTTAAATCTCT--TCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTATTTTGAATAATT
64 TTTTTAAATCTCTACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTCTGAATAAAT
* * *
294223 TTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAACG
129 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAAAG
* * * * * **
294272 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGAA-TATTTGAATTTGTTTAGTAGGTAGATTTAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAATTGATTAGGAAATAGATTT-A
*
294336 TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
64 TTTTTAAATCT-CTA-CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAATA
* * * *
294401 AATTTGTATGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TATCATAAAT
126 AATTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGT-TCATAAAG
* ** * * * *
294453 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCAGGAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGATTAGGAAATAGATTTATT
* **
294518 TCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA
66 T-TTAAATC-TCTAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA
294565 GAAACAATTA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 37, Indels: 21
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 52 0.21
177 13 0.05
180 39 0.16
181 138 0.57
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGATTAGGAAATAGATTTATT
TTTAAATCTCTACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTCTGAATAAATTT
GTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAAAG
Found at i:294642 original size:211 final size:211
Alignment explanation
Indices: 294372--294755 Score: 585
Period size: 211 Copynumber: 1.8 Consensus size: 211
294362 TCAAAATATT
* * * *
294372 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAAGTAATATTATTTTATTCTGAATAAATTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * *
294437 ACAAAATA-TCATAA-ATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGC
66 ACAAAA-AGTCATAAGA-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAC
*
294500 TCAGGAAACAAATTTATTTCTT-AAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
129 TCAAGAAACAAATTTATTT-TTAAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
294564 AGAAACAATTAATTTTTTG
193 AGAAACAATTAATTTTTTG
* * *
294583 AATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 AATAAAGTAATATTATTTTATTCTGAATAAATTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
*
294648 ACAAAAAGTCATAAGAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
66 ACAAAAAGTCATAAGAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTC
* * *
294713 AATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT
131 AAGAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACATATTAATTTTT
294756 TGAATGTTAA
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 15, Indels: 6
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
210 3 0.02
211 151 0.97
212 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (211 bp):
AATAAAGTAATATTATTTTATTCTGAATAAATTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAAGTCATAAGAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTC
AAGAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAGA
AACAATTAATTTTTTG
Found at i:295476 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 294583--296164 Score: 1137
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 180
294573 TAATTTTTTG
* ** ** * *
294583 AATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AA
* * * **
294648 ACAAAAAGTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
65 ACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * ** *
294712 CAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTTGAATGTT
129 CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * *** * * * * *
294764 AACAAATTTATATTATTTTATTTGAAATGGGCTTCTATGAATAGAATA-AATTGTTCTATAACAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGAC-A
* ** * *
294828 AACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTT
64 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * * *
294893 TAGTGAACAGATTCATTTTTTAAA----TTACTTATTAATTTTCATAATATT
129 CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * *
294941 AATAAATTAGA-ATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTGTAATAA
1 AATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
295005 A-ATGAATGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAAATATTT-ACACTGG
65 ACA--AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGG
** * * * *
295068 TT-AGGCCAATAGATTCT-TTTCTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTATAATATT
127 TTCA-GTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATT
** ** * * *
295122 AATAAATTAGCATTGCTTTA-TTCTGAATAAGAC-TATAGGAACAAAAACAATTGTTTTATGACC
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
295185 AACTAAATA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAG
64 AAC-AAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * * *
295249 TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATT
127 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * *
295303 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
295368 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTTATAATTATTTCAACTGGTTCA
66 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * *
295433 GCAAACAAAATTATTTATTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATT
131 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * *
295483 AATAAATT-TTTTTATTTTA-TTCTGAAT-AAGTTAGTAAGAACTGAAAA-AATTATTTTATGAT
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTA-TATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGA-
* * * * * * * * * *
295544 AAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGG
62 CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * * * * *
295609 TTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTCAGAATATT
127 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* ** * * * *
295663 ATTGCATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-A
* * * * *
295728 ACAAAAGGT--T----ATATGAAATTGA-AA---TACAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTC
65 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
** * * *
295783 -GATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATA
130 AG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* ** * **
295834 AATAAATTAATATTATTTTATTACAAATAGGC-TAGGATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-A
* * * * * * * *
295898 AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATCA-ATAAATGTTTAAATGGTTATAATTATTTTAACTGAT
64 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
* ** * *
295962 T-TGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCT-TTAACTTATCAATTTTTAAAATATT
128 TCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATT
** * *** ** * * ** *
296015 AATAAAGCAATATTGTTTTATTTGGGATAAGTTTTTATGATCTGAAACAATTGTTTTGTGGTA-A
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-G-ACA
* * * * * * * *
296079 AATAAATGGTCATAATGATTTTAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
64 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
**
296144 TGGTAAACAAATTTATTTTTT
129 CAGTAAACAAATTTATTTTTT
296165 TAAAATTAGT
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 238, Indels: 112
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 119 0.11
172 1 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
175 9 0.01
176 7 0.01
177 140 0.13
178 11 0.01
179 29 0.03
180 223 0.20
181 539 0.49
182 21 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
Found at i:296455 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 296429--296464 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
296419 TTTAAGATAA
*
296429 ATAATTATTTAAA-TAGTC
1 ATAACTATTTAAACTAGTC
296447 ATAACTATTTAAACTAGT
1 ATAACTATTTAAACTAGT
296465 TCAGTAAAGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.75
19 4 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
ATAACTATTTAAACTAGTC
Found at i:296702 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 296320--298787 Score: 1776
Period size: 179 Copynumber: 13.8 Consensus size: 178
296310 TTGAATCCTC
* * ** * ** *
296320 ATTAATTTTTAGAATATTATTAACTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
296385 CAAATGTTTTAGGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTT-AAGATAAATAATTATTTAAATAGTCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAA-TATTCAAATAGTCA
* * ** * *
296448 TAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAA-GAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTT
127 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * **
296496 ATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTATGTATAATTTTGTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
296561 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATA-TTCAAATAGTCAT
* * * **
296626 GACTATTTGAACTTTTTTGGTAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTT
128 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* ** * *
296677 ATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAAACTTGTATGAATAGAA
1 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAAT-AAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
296742 ACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCA
* * *
296807 TAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTT
127 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * ** *
296859 ATTAATTTTGGAATATTAATAAATCAGA-ATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
296922 CAATCGGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGATGTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTC
64 CAAT-TGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTC
* ** * * * *
296986 ATAACAATTTGAA--TGTGTT-CAAAAATAGCTTTATTTTCTAAA-ATTTTACTT
126 ATAACTATTTGAACTTGT-TTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
297037 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATACGCTTGCATGAACA-AAA
1 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * * *
297101 CCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTTAAATAGATATTTCTTTAGATAGTCA
64 -CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA-ATATTCAAATAGTCA
* * * * * *
297166 TAACTATTTCAACTTGATCGGT-AAGTAAATTCATTTTTTAATTCTTTTACTCT
127 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-T
* * * *
297219 -TTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTA-AA
1 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * *
297282 ACAATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTC
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTC
* *** ** *
297346 A-AGA-TGTTTGAACTTGTTCAATAAAC-ATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTT
126 ATA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
297398 ATAAATTGTTGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTCGTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
** * * * * * *
297463 TTATTGTTTTATGACCAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCAT
* * *
297528 AACAATTTGAACTTGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
128 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* *
297579 ATTAATTATCTT-AATATTAATAAATT-TTATTA-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAGTAGAA
1 ATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * ** * * *
297641 AAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCA
* * ** * * *
297706 TAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATT
127 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
*** * ** *
297758 ATTAATCTTCAAAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTCATATGAATTGAAA
1 ATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
297823 TAATTCTTTTATGACAAAAGAAATGGTCATGACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
297888 GACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATACTTATTTTTTTTACATTTTTTTACTT
128 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-TAATT-TATTTTTTA-AATCTTTTACTT
*** ** * *
297942 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTTGAATAAGCATGTATGAACAGAAA
1 ATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
298007 CTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAC-AATT-AAATA-AT--TGCTT-AAATAGTC-T
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-ATTCAAATAGTCAT
* * ** *
298065 TA--ATTTGAACTAGTTTGACAAA--AGATTTATTTTTTAAA---TGT-CTT
128 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * * * *
298109 ATTGATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATACGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
298174 TATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCAT
* * * *
298239 AATTATTTGAACTGGTTAGGTAAA-TAGAATTATTTTTTAAATC--TTACTT
128 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* ** * * * * *
298288 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTTGTTTTATTTTATTCTAAATAAGATAGTATGAATTGAAA
1 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
298353 -ATATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
64 CA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCA
* * * * * *
298417 TAACTATTTGAA-TTGGCTTAGTCAAC-AATTTTATTTTTTAAATGTCTTAGTT
127 TAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACTAA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * *
298469 ATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATAAA
1 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* *** ** * * * * * *
298534 TAATTG-TTTATGATGGAACAAAATATTAAAACAATTT-AAAGTATACAATTACTCAAATAGTCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAA-TATTCAAATAGTCA
*
298597 TAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTT
127 TAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * *
298645 ATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCACA
1 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
** * * * * * * *
298708 AACAATTGTCATATGAGC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATGGATAATTATTGAAATGGC
62 AACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGT
*
298772 CATAATTATTTGAACT
125 CATAACTATTTGAACT
298788 GATTGGAAAA
Statistics
Matches: 1827, Mismatches: 366, Indels: 196
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 77 0.04
168 5 0.00
169 5 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
172 11 0.01
173 11 0.01
174 2 0.00
175 21 0.01
176 144 0.08
177 127 0.07
178 47 0.03
179 403 0.22
180 334 0.18
181 389 0.21
182 141 0.08
183 16 0.01
184 83 0.05
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
Found at i:297114 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 296167--298787 Score: 1925
Period size: 359 Copynumber: 7.3 Consensus size: 358
296157 TATTTTTTTA
* ** * * * *
296167 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGT-TGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACA
1 AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
296231 AAAGGTTAAAATGATTAGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGAATCGG
66 AAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-A
* * * * * * * * *
296295 TAAACACATTTA-TTTTTGAATC----CTCATTAATTTTTAGAATATT-ATTAACTTAGCAATAT
129 AAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
** * * * * *
296354 TTTACTCCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAA-TAAAGATCATAAC
192 TTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * *
296417 AATTT-AAGATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAGAGATTTA
256 AATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATAAATTTA
* *
296481 GTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAAT
319 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** ** *
296517 AAATTA-ATATTATTTTATTATGTATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
1 AAATTAGA-ATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
296581 AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTTTTTGG
65 AAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTT-C
* * * * * * *
296646 TAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAA-TTAGCATTA
128 AAAAATAATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTA
* * * *
296710 TTTTATTTCAAATAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
191 TTTTATTTGAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
** * *
296775 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTA
255 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTTA
* *
296840 GTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAAT
319 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * *
296879 AAATCAGAATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATCGGTTTTATGACAAAAC
1 AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC
* * *
296943 AAATA-GTCATAATGATGTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TGTGTTC
65 AAA-AGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC
* * **
297006 AAAAATAGCTTTATTTTCTAAAAT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTA
128 AAAAATA-ATTTATTTT-TTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTA
* * * *
297070 TTTTATTTGAAATACGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATA
191 TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATA
*** * * * * * * * * * *
297133 ATGTTTTTAAATAGATATTTCTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTTGATCGGTAAGTAAATTC
254 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTT
*
297198 ATTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAAT
318 ATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
297239 CAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAA
1 AAATTAGA-ATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * *
297302 -AAAAGGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCA-AGA-TGTTTGAACTTGTT
64 CAAAA-GGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTT
* ** * * * * *
297364 CAATAAACATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATAAATTGTTGAAATATTAATAAATTGATAT
127 CAA-AAATA-ATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATAT
* * * *
297429 TATTTTATTTCAAATAAGCTCGTATGAATAGAAATTATTGTTTTATGACCAAACAAAA-AGTCAT
189 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * *
297493 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGTAAA-AAGAT
253 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATAA-AT
297557 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAAT
316 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAT
** * * * ** *
297600 AAATT-TTATTA-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAAAAATCATTTTATGACAAAGCA
1 AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* ** * * * * *
297663 AAAGGTTATAGTGATTT-AAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAG
66 AAAGGTCATAACGATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-
* * * * *
297727 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATCTTCAAAATATTAATAACTTAATATTA
129 -AAA-ATAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTA
** * * * * * *
297791 TTTTATTTCG-AATAAGCTCATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAAGAAATGGTCATGA
191 TTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * *
297855 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATACTTA
255 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATA-AATT-
* * * * **
297920 TTTTTTTTACATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
317 TATTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
297963 AAATTTGTATTATTTTAATTTGAATAAGCATGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACA
1 AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
298028 AAAAGTCATAAC-AATT----AA-ATAATTGCTT-AAATAGTC-TTA--ATTTGAACTAGTTTGA
66 AAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * *
298083 CAAAA-GATTTATTTTTTAAA--TGT-CTTATTGATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTAT
129 -AAAATAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
* * * * * * *
298143 TTTATTCTGAACA-AA-CTTATACGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA
192 TTTATT-TGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * *
298206 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TT
255 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATA-AATTT
298270 ATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
318 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * ** * * * * *
298309 AAGTTTGTTTTATTTTATTCTAAATAAGATAGTATGAATTGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAAA
1 AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
298373 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGCTTA
65 AAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G--T-
* * * * * * *
298437 GTCAACAAT--TTTATTTTTTAAATGTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAATAT
126 -TCAAAAATAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATAT
* *** * * *
298500 TATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTG-TTTATGATGGAACAAAATATTAA
189 TATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
298563 AACAATTT-AAAGTATACAATTACTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATAGA
253 AACAATTTGAAA-TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTGGTAAATAAA
* *
298626 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAGT
315 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * **
298666 AAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCACAAACAATTGTCATATGAGC-AAA
1 AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAA
* * * * * * * *
298729 CAAAAGGTAATAACAATTT-AAAATGGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACT
64 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
298788 GATTGGAAAA
Statistics
Matches: 1816, Mismatches: 344, Indels: 214
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 86 0.05
347 3 0.00
348 2 0.00
349 8 0.00
350 30 0.02
351 198 0.11
352 32 0.02
353 5 0.00
354 1 0.00
355 23 0.01
356 33 0.02
357 148 0.08
358 63 0.03
359 366 0.20
360 361 0.20
361 253 0.14
362 105 0.06
363 43 0.02
364 8 0.00
365 48 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAA
AATAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT
GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGGTAAATAAATTTATTTTTTA
AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
Found at i:297835 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 296174--298787 Score: 2033
Period size: 360 Copynumber: 7.3 Consensus size: 360
296164 TTAAAATTAG
* * * *
296174 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCATGT-TGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
296237 TAAAATGATTAGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGAATCGGTAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACA
* * * * * * ** * *
296301 CATTTA-TTTTTGAATC-C----TCATTAATTTTTAGAATATTATTAACTTAGCAATATTTTACT
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * *
296360 CCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAATAAAGA-TCATAACAATTT-A
194 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
296423 AGATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTA
259 A-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTA
* *
296488 AATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAA
323 AATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-T
* ** * *
296524 TATTATTTTATTATG-TATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGT
1 TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** *
296588 CATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTTTTTGGTAAACT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * * **
296652 AATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTAT
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * **
296716 TTCAAATAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATT
193 TTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATT
* *
296780 TGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAA-ATTTAGTT
256 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-AAGATTTATTT
** **
296843 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATCAG
319 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAT-TT
* ** * *
296886 AATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATCGGTTTTATGACAAAACAAATA-G
1 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAA-AGG
* * * * * *
296949 TCATAATGATGTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TGTGTTCA-AAAAT
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAAC
** * * ** *
297012 AGCTTTATTTTCTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
128 AAATTTATTTT-TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * ***
297075 TTT-GAAATACGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTT
192 TTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * * * * * * * *
297138 TTTAAATAGATATTTCTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTTGATCGGTAAGTAA-ATTCATTT
255 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-AAAGATTTATTT
* * *
297202 TTTAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAA
319 TTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-T
* * * * *
297246 TATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGG
1 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GG
* * *
297309 TCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCA-AGA-TGTTTGAACTTGTTCAATAAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* ** * * * * * * *
297372 ATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATAAATTGTTGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTAT
128 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * *
297437 TTCAAATAAGCTCGTATGAATAGAAATTATTGTTTTATGACCAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
193 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
* * *
297502 AAATAAATAATTGTTGAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTA
258 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTA
297567 AATCTTTTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTT
323 AATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTT
* * ** * *
297606 TATTA-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
297670 ATAGTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
* * *
297735 TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATCTTCAAAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTC
131 TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
** * * * ** * *
297800 GAATAAGCTCATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAAGAAATGGTCATGACGATTTGAAA
196 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * ** * * *
297865 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATACTTATTTTTTTTAC
261 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGA-TT-TATTTTTTA-
* * **
297930 ATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTT
323 AATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTT
* * * * *
297969 GTATTATTTTAATTTG-AATAAGCATGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG
1 -TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * ** * * *
298033 TCATAA-CAATT-AAATA-AT--TGCTT-AAATAGTC-TTA--ATTTGAACTAGTT-TG-ACAA-
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AAC
* * * * *
298086 AAGATTTATTTTTTAAATGTC----TTATTGATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA
128 AA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * * * *
298147 -TTCTGAACAAACTTATACGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACAATT
192 TTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
* * * * * * *
298211 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTT
256 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTT
*
298276 TAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTT
321 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTT
* * * * *
298315 GTTTTATTTTATTCT-AAATAAGATAGTATGAATTGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG
1 -TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
298378 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGCTT-AGTCA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCAGTAA
* * * * * *
298441 ACAATTTTATTTTTTAAATGTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAATATTATTTT
126 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * *** * *
298506 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTG-TTTATGATGGAACAAAATA-TTAAAACAAT
191 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAAT
* * * * * *
298569 TT-AAAGTATACAATTACTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
255 TTGAAA-TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAAAGATTTATT
* * *
298632 TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAG
318 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-T
* * **
298673 AATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATG-ATCACAAACAATTGTCATATGAGC-AAACAAAAG
1 TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
298735 GTAATAACAATTTAAAATGGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACT
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
298788 GATTGGAAAA
Statistics
Matches: 1814, Mismatches: 353, Indels: 186
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
345 4 0.00
346 82 0.05
347 3 0.00
348 7 0.00
349 10 0.01
350 25 0.01
351 212 0.12
352 17 0.01
353 2 0.00
354 4 0.00
355 28 0.02
356 35 0.02
357 153 0.08
358 54 0.03
359 354 0.20
360 370 0.20
361 243 0.13
362 99 0.05
363 54 0.03
364 8 0.00
365 45 0.02
366 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTT
Found at i:298770 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 298749--298781 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
298739 TAACAATTTA
298749 AAATGG-ATAATTATTG
1 AAATGGCATAATTATTG
298765 AAATGGCCATAATTATT
1 AAATGG-CATAATTATT
298782 TGAACTGATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATGGCATAATTATTG
Found at i:299493 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 298874--299551 Score: 546
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 177
298864 TCTCTTTCAT
* * * * * * * **
298874 ATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTACTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTTTATAAATTGAA
1 ATTAA-TTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAA-CAAA
* * * * * * * * *
298938 ATAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGATCATAACAACTTGAAATATATAATTATTCTAATAATCT
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCT
* * ** *
299003 TAACTATTTGAATTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-
129 TAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * * *
299051 ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATGAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGAACAAAAC
1 ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAC
** * * ** * *
299116 AATTGTTTTATGTTAAAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATCGTTCATAGAGTCTT
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTT
* * *
299180 AACTATTT-AAACTGGTTTGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGG
130 AACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-G
* * * * *
299229 TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTAGTTTATTCTAAATAAA-ATAGTATGAATAG
1 --ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTA-TATGAACA-
* * * * * *
299293 AACCAATTGGTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTGAAATAGT
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
** * *
299358 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACG
127 CTTAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--G
* * * * *
299411 AATTTATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTG-ACAAA
1 -ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATA-TGAAC-AA
** * * *
299475 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTAATAA-TGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAG
63 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAG
*
299538 T-TATAATTATTTGA
126 TCT-TAACTATTTGA
299552 GTAAACAAAA
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 90, Indels: 32
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 92 0.23
177 44 0.11
179 1 0.00
180 51 0.13
181 193 0.49
182 10 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTA
ACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:300010 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 299585--301313 Score: 1327
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
299575 TTTTCAAATC
* * * * * * * *
299585 AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *** * *
299650 CATAAAATAATTGTTTTA--TCTGTACATGCTTATTTGGATTAAAAT-A-A-TAATTTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** *
299710 TTTCAAAAA-T--TAACAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC
130 TTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* ** * * * * * **
299758 AGTTTAAATGGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAAT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * *
299823 TATAAAACAATTG-TTCAGTTCATGTAAGATTATTCAAACTAAATTAATAGTAA-TTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
299886 TTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATATAAATTTGTTTACCAAATA
131 TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACCGAATA
* * ** * * *
299938 AGTTTAAATAGTTATTACTATTTTAGCAATTATCAATTTAAAATCTTTATAACCTTTTGATTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
300003 CATAAAACAATTATTTTAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTACTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * *
300067 TTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATT
130 TTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * * * * *
300119 AGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGAATGATTATCTATTTTAAAT-TGCTATGACCTTTTGTTTT
1 AGTTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTT
** *
300182 GTCATAAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
64 GTCAT-AAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
300246 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTATCAAACT-
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TA
* * * * * *
300301 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-AATCATAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTA-AAATCTTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * * *
300364 TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAAAAACTTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
300428 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTTCCAAATC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* ** ** * * *
300481 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATATATTTCAAATCGTTT-TGACCTTTTGTTTAG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
300545 T-AAAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA-ATCAAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAA
* * * * * * *
300607 CA-TTCAAAAAATTAATAA-ACAAAAGATTTCAAAAATTAAATCTCTTTATCGAACA
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGA-AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * *
300662 AG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
300726 CATAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
300790 TTTCCAAAATTAATAAGCAAA-AG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
130 TTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * * * * **
300842 AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGATCAATTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
*
300907 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * **
300971 TTCTAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATTGAATCA
131 TTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAT-A
* * * * ** * * ** * *
301024 A-TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTCT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * * **
301088 CATAAAATAATTATTTTTGTTCATGCGAA-ATTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACC
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
301152 TTTCTAAAATTAACT-AGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
130 TTTCAAAAATTAA-TAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * * * * * * * * ** *
301205 AATTCAAATAGTTATCATTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTTT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
301270 CCTAAAACAATTGTTTTCCA--ACATACAAGCTTATT--AAATAAAAT
66 CATAAAACAATTG-TTT-CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
301314 CTTTATTACC
Statistics
Matches: 1231, Mismatches: 269, Indels: 105
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 77 0.06
174 3 0.00
175 18 0.01
176 4 0.00
178 6 0.00
179 20 0.02
180 359 0.29
181 465 0.38
182 270 0.22
183 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
Found at i:301357 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 301245--301445 Score: 339
Period size: 65 Copynumber: 3.1 Consensus size: 65
301235 TATCTATTTC
* * * * *
301245 AAATCATTATTACCTTTCATTTTTTCCTAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTAAATA
1 AAATCTTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAATA
301310 AAATCTTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAATA
1 AAATCTTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAATA
301375 AAATCTTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCTTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTA-TT-AAA
301440 TA
64 TA
301442 AAAT
1 AAAT
301446 AATACTAATT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 5, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
65 118 0.91
66 2 0.02
67 9 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (65 bp):
AAATCTTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAATA
Found at i:302869 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 302376--310821 Score: 6066
Period size: 181 Copynumber: 47.2 Consensus size: 181
302366 AAATAACATA
* * * * * * * *
302376 AATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTAAAAGTTTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAATA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * *
302440 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTCT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
302505 CATAAAACAATTATTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * ** * *
302556 AATTTATTAATAATTCAACAATTAGTAAGTAAAATATTTTTTTAAAA-AAA--TATTTACCGAAC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * * ** **
302618 AAGTTCAAATAATCA-AACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTCA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
302682 TCATAAAACAATTGTATCAGTTCATA-TAGCCTTATTGGAAATAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * * *
302735 AATTGAATAATATTCCAACAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTATCGAAAAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * *
302800 GTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTTTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *** *
302865 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTTAAGAAAATAATA-T
131 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
302915 AAATTTAATAATATTTCAAAAAGTAGTAAG-AAAAAATTTAAAAAACAAAAT-TGTTT-TCTAAA
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATC-GAA
* * * * *
302977 CACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTATTT
63 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * ** *
303041 TGACATAAACCAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACT
127 TGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
303096 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCAGTAA-AAATTTTCAAAAATAAATC-ATTTA-CCAAGC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-C
* * * *
303158 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
303223 TGATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAG-TGTATTTGGAAA-AAAAAAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCT-TA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
303276 AGTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAACA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * *
303340 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * ** * *
303405 TAATAAAACAATTCTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATATTACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
303458 GATATAATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAA-AC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-
* * * * * * *
303518 AGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAGCTT-AAATCGTTATAATC-TTTATTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * *
303581 TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGTAATAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
303634 AATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TT-T-G--CTG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-A
* * * * * * * ** *
303694 AG--C-CATACTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTTTGAAATTTTGTTTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
*
303756 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* ** * * *
303808 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAGGAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA
* * * * *
303871 CAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATTTA-TT-AAAGCCATTATGACCTTTTGTT
63 CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * ** * *
303933 TTATCATAAAACAATTCTTTTAGTTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATAAT
126 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
*** ** * * * * *
303989 ACCCTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AG---GAGA-TTAAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * * * *
304049 AGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATAATC-TTTGTTTTC
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
304112 TTATAAAATAGTTGTTTCTGATCATACAAGCTTA-TCTAGATAAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* * * * * *
304165 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * * * * * *
304225 AGTTCACATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC-----TTTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *
304285 CATATGATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
304337 AATTTATTAACA-TTCGACAAATTAATAAGCATGAGATTTGCAAAAAAATAAATGTGTCTATCGA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * ** *
304401 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTT
62 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * *
304466 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** *
304521 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
* * * * * * * * **
304586 A-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATATCTAATTGTTATTACC-TTT-TACTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
304648 CATAAAATAATTGTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTC-AAATCAAATAATCCT
130 CATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
304699 AATTTATTAATATTTCAACAA-T--TAA-TAAGACATTT-AAAAA-AAAT-TATTTA-CTGAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * *
304756 A-TTGCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
65 AGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
304820 TCACAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * ** * *
304873 AATTTAATAA-AATTCTAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAGTCTGTTTGCCAAACC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * * *
304937 AGTTCAAACAGTTAAGATTATTGGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
305002 CATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTCGAAAT---A-GA-A-T
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
305048 AA---ATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * * *
305110 GTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
305175 ATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
131 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** ** ** * * * *
305226 -ATATATTAATATTT-ATAAAATTAATCTGTAAGAGATTTAAAACGTAAATCTCCTCACCAAACC
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * * * * * *
305289 ATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAAGCTTTTATATTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** ** *
305354 CATCAAACAATCGGTTCTA-TTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * ** * * * * ** ** *
305406 AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAACAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * *
305471 GTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
305536 ATAAAACAATTGTTT-TGGTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACT
131 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
305586 AATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATC-
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
* * * * * * ** * * * * * *
305646 TGTTCAAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTATCTACGTCAAACCGTTTTAAGCTTTTCTTTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
305711 TATAAAACAATAGTTTCAGTTCCTACAAGCTTATTCCAAATAAATTAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
305763 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * * *
305827 AGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
305892 CATAAAACAATTATTTTAGTTAATAAAAGCTTAGATAG-AATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
** * * * * *
305944 AATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTG-TTA-CTG-ACT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC-
* * * * * *
306006 TAA-TTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TATT
64 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * **
306068 GTCATAAAACAATTGTTTC--TATCACAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* * * * **
306121 AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-C
* ** * * * * * *
306185 AA-TTCAAATAGTAAAAACTATTAGAATAATTTTTTATTTCTAATC-TCTATGACCTTTTGTTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
306248 GTCATAAAATATTTGTTTCA-TAACTTACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATCCA
128 GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * *
306302 AATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CGGAA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA
* * * * * *
306365 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTAT-TAATTTAAAATCATCATGACTTTTTGTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
306429 TGCCATAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAATATT
127 TGTCAT-AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACT
* * * * * *
306486 AATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * * *
306550 ATTCAAATAGTTACT-ACTATTAGAACAATTGTCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGT
66 GTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
306614 TATAAAAAAATTGTTACAATTCATGCAAGCTTAATCAAAATAAAATAACACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * **
306666 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAACTGAATCTATTTA-CTGAATT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * * * * *
306730 AGTTGAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTCTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
306795 CATATAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * * * * *
306847 AATTTATTAATCTATCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAACAATAAATCCGTTCA-CTGAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * * * * * *
306910 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAA-T-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTAT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * *
306973 CATAAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACT
130 CAT-AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
307026 AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAATAAATTTGTTTGTTGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
* * *
307091 A-TTCAAATAGTTAAGACTA--TGAATGAATTATCTATTTCAAATC-ATATGACCTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
307152 TCATAAAACAAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAA-AAT
129 TCATAAAAC-AA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** *
307206 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
* * * * * * * **
307271 A-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAACTATCTATATCTAATTGTTATTACC-TTT-TACTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
307333 CATAAAATAATTGTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTC-AAATCAAATAATCCT
130 CATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
307384 AATTTATTAATATTTCAACAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAAA-AAAT-TATTTA-CTGAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * *
307442 A-TTGCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
65 AGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
307506 TCACAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * ** * *
307559 AATTTAATAA-AATTCTAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAGTCTGTTTGCCAAACC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * * *
307623 AGTTCAAACAGTTAAGATTATTGGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
307688 CATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTCGAAAT---A-GA-A-T
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
307734 AA---ATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * * *
307796 GTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
307861 ATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
131 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** ** ** * * * *
307912 -ATATATTAATATTT-ATAAAATTAATCTGTAAGAGATTTAAAACGTAAATCTCCTCACCAAACC
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * * * * * *
307975 ATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAAGCTTTTATATTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** ** *
308040 CATCAAACAATCGGTTCTA-TTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * ** * * * * ** ** *
308092 AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAACAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * *
308157 GTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTTTGT
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGT
* * * *
308222 CATAAAACAATTGTTT-TGGTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
308273 AATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATC-
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
* * * * * ** * * * * * *
308333 AGTTCAAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTATCTACGTCAAACCGTTTTAAGCTTTTCTTTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
308398 TATAAAACAATAGTTTCAGTTCCTACAAGCTTATTCCAAATAAATTAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
308450 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * * * *
308514 AGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
308579 CATAAAACAATTATTTTAGTTAATAAAAGCTTAGATAG-AATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
** * * * * *
308631 AATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTG-TTA-CTG-ACT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC-
* * * * * *
308693 TAA-TTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TATT
64 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * **
308755 GTCATAAAACAATTGTTTC--TATCACAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* * * * **
308808 AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-C
* ** * * * * * *
308872 AA-TTCAAATAGTAAAAACTATTAGAATAATTTTTTATTTCTAATC-TCTATGACCTTTTGTTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
308935 GTCATAAAATATTTGTTTCA-TAACTTACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATCCA
128 GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * *
308989 AATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CGGAA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA
* * * * * *
309052 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTAT-TAATTTAAAATCATCATGACTTTTTGTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
309116 TGCCATAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAATATT
127 TGTCAT-AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACT
* * * * * *
309173 AATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * * *
309237 ATTCAAATAGTTACT-ACTATTAGAACAATTGTCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGT
66 GTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
309301 TATAAAAAAATTGTTACAATTCATGCAAGCTTAATCAAAATAAAATAACACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * **
309353 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAACTGAATCTATTTA-CTGAATT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * * * * *
309416 AGTTGAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTCTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
309481 CATATAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * * * * *
309533 AATTTATTAATCTATCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAACAATAAATCCGTTCA-CTGAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * * * * * *
309596 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAA-T-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTAT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
309659 CATAAAAAAAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACT
130 CAT-AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
309712 AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAATAAATTTGTTTGTTGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
* * *
309777 A-TTCAAATAGTTAAGACTA--TGAATGAATTATCTATTTCAAATC-ATATGACCTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
309838 TCATAAAACAAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAA-AAT
129 TCATAAAAC-AA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * *
309892 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
* * * * ** **
309957 A-ATCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCATTACAAAAGTTTTTGTTTT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT--ATGACCTTTTGTTTT
* * ** ** * * * * *
310020 ATCATAAAATAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
310074 AATCTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAAT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-
* * * ** *
310134 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAGCGTTATGATTTTTTGTTATGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
310199 TATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAG-TATATTC-AGATTAAAACAATATT
130 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTCGA-AATAAAATAATACT
* * * ** * * * *
310251 AACTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATGTATGTTCACCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * ** * ** * *
310316 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGAGTTTTTCTTTTGTA
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * **
310381 ATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACT
131 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
310432 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGACTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGTTTACCAAATAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * * *
310496 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCGATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * **
310561 ATAAAACAATTGGTTCTA-TTGATGCATGCTTATTTTG-AATAAAATAATAAA
131 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
310612 AATCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTATCGAAT
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * *
310676 GAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATCGTTATGACAC-TTTGTTTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTT
* * * * * **
310739 -TTAGTAAAATAATTATTTTTA-TTTATACAAAATTATTC-AGAATAAAATAATACT
128 GTCA-TAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
*
310793 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
310822 AGATGTAGAC
Statistics
Matches: 6483, Mismatches: 1478, Indels: 609
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 55 0.01
172 379 0.06
173 84 0.01
174 161 0.02
175 79 0.01
176 383 0.06
177 405 0.06
178 462 0.07
179 407 0.06
180 1542 0.24
181 1737 0.27
182 531 0.08
183 102 0.02
184 147 0.02
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
Found at i:303680 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 302376--310821 Score: 5658
Period size: 358 Copynumber: 23.6 Consensus size: 357
302366 AAATAACATA
* * * *
302376 AATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTAAAAGTTTTAGAAAATAAATCTATTTACC-AAAT
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-
* * * * * * *
302439 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTC
60 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTG
* * * * *
302504 TCATAAAACAATTATTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
124 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** * * * *
302568 ATTCAACAATTAGTAAGTAAAATATTTTTTTAAAA-AAA--TATTTACCGAACAAGTTCAAATAA
189 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * ** **
302630 TCA-AACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTCATCATAAAACAAT
252 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * **
302694 TGTATCAGTTCATA-TAGCCTTATTGGAAATAAAATAATACT
317 TGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
302735 AATTGAATAATATTCCAACAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTATCGAAAAA
1 AATTTATTAATATTTCAA-AA--ATT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACA
* * * *
302800 GTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTTTC
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTGTC
* * ** * *
302865 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTTAAGAAAATAATA-TAAATTTAATAATAT
126 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *
302929 TTCAAAAAGTAGTAAG-AAAAAATTTAAAAAACAAAAT-TGTTT-TCTAAACACA-TTCAAATAG
190 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATC-AAACA-AGTTCAAATAG
* * * * * *
302990 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTCATGACCTTTTATTTTGACATAAACCAA
252 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A
* * *
303054 ATT-TTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACT
315 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
303096 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCAGTAAAAATTTTCAAAAATAAATC-ATTTACC-AAGCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAC-
* * * * *
303159 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
61 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTGTTTTGT
* * * * * *
303224 GATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TGTATTTGGAAA-AAAAAAATACTAGTTTATTAAT
125 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
303287 A-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAACAAGTTCAAATAG
188 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
303351 TCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAA
252 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** *
303416 TTCTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATATTACT
316 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
303458 GATATAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAAACAGTTG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACAGTTC
* * * * *
303523 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAGCTT-AAATCGTTATAATCTTTATTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
303587 AACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGTAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAA
130 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * * *
303652 AAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GC---TGAG--C-CATACTTAAGACT
195 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * * *
303710 ATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTTTGAAATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAG
260 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
*
303775 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
325 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
303808 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAGGAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTG-AA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A--A-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA
* * * * * *
303871 CAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATTTA-TT-AAAGCCATTATGACCTTTTGTT
60 C-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACC-TTTGTT
* * * ** ** * ***
303933 TTATCATAAAACAATTCTTT-TAGTTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATAATACCCTATT
121 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * ** *
303997 AATATTTTGAAAATTAAT-AG---GAGA-TTAAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAA
185 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * * * * * *
304057 TAGTTATAAATATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATAATC-TTTGTTTTCTTATAAAA
249 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
304120 TAGTTGTTTCTGATCATACAAGCTTA-TCTAGATAAAAATAATACT
313 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* * * * * *
304165 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACCAGTT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-CAGTT
* * * * * * * * *
304229 CACATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC----TTTAGTCATAT
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
304290 GATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCGA
130 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * *
304354 CAAATTAATAAGCATGAGATTTGCAAAAAAATAAATGTGTCTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
194 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
304419 GACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
256 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
304484 T-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
321 TCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** ** *
304521 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACA
* * * * * * * * * **
304586 ATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATATCTAATTGTTATTACCTTT-TACTGTCA
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTGTCA
* *** * * *
304650 TAAAATAATTGTTT-TCAACATACAAGCTTATTTCAAATCAAATAATCCTAATTTATTAATATTT
127 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
304714 CAACAA-T--TAA-TAAGACATTT-AAAAA-AAAT-TATTTA-CTGAACCA-TTGCAAATAGTCA
192 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTT-CAAATAGTTA
* ** * * *
304770 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGT
255 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ***
304835 TTCTGTTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
320 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
304873 AATTTAATAA-AATTCTAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAGTCTGTTTGCC-AAAC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-
* * * * * * * *
304936 CAGTTCAAACAGTTAAGATTATTGGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
60 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTG
* * * * * *
305001 TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTCGAAAT---A-GA-A-TAA---ATTAATA
124 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
305057 TTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATT
189 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
305122 ATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
305187 TTTTTGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
319 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* ** ** *
305226 -ATATATTAATATTT-ATAAAATTAATCTGTAAGAGATTTAAAACGTAAATCTCCTCACC-AAAC
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA----TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-
* * * * * * *
305288 CATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAAGCTTT-TATATT
60 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGT-T-TT
* * * * ** ** ** *
305352 GTCATCAAACAATCGGTTCTATTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
123 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * ** ** * *
305417 ATTTCAAAACTTAATAACCAACAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCGAACCAGTTCAAATAGT
188 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
305482 TAAGACTATATGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATT
253 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** *
305547 GTTT-TGGTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACT
318 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
305586 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATCTGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACAGTTC
* * * * * ** * * * *
305651 AAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTATCTACGTCAAACCGTTTTAAGCTTT-TCTTTAGTTATA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGT-TTT-GTCATA
* * * ** * *
305715 AAACAATAGTTTCAGTTCCTACAAGCTTATTCCAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCA
129 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
305779 AAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATTA
194 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
305844 TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTT-
258 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
305908 TAGTTAATAAAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATACT
323 T-GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * ***
305944 AATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTG-TTACTGACTTA
1 AATTTATTAATATTT-C-AAA-AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACA
* * * * * * * *
306008 ATTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT-TATTGTCA
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
306072 TAAAACAATTGTTTCT-ATCACAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-T
127 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * *
306134 TCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTA
191 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTT
** * * * * * * * *
306198 AAAACTATTAGAATAATTTTTTATTTCTAATC-TCTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTT
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** * * * * *
306262 GTTTCAT-AACTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATCCA
318 GTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *
306302 AATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CGGAA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA
* * * * * * *
306365 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTAT-TAATTTAAAATCATCATGACTTTTTGTTT
60 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTT
* * * *** * *
306429 TGCCATAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAATATTAATTTCTT
122 TGTCAT-AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATT
* * * * *
306494 AATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACAAATTCAAAT
185 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
* * * ** * * * *
306558 AGTTACT-ACTATTAGAACAATTGTCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTTATAAAAA
250 AGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * * *
306622 AATTGTTACAATTCATGCAAGCTTAATCAAAATAAAATAACACT
314 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * **
306666 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAACTGAATCTATTTACTGAATTA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACA
* * * * * * * *
306731 GTTGAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTCTAGTC
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGTC
* * * * *
306796 ATATAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCT
126 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * *
306860 ATCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAACAATAAATCCGTTCA-CTGAACCAGTTTAAATAATT
190 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
306923 ATGACTATTTGAACAA-T-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCATAAAAAAAATT
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATT
* * ** *
306986 ATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACT
318 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *** *
307026 AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAATAAATTTGTTTGTTGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACA
* * * * *
307091 ATTCAAATAGTTAAGACTA--TGAATGAATTATCTATTTCAAATC-ATATGACCTTTTGTTTTGT
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGT
* ** * * * *
307153 CATAAAACAAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAA-AATAATTTATTAAT
125 CATAAAAC-AA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * *
307217 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAA-TTCAAATAA
188 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * ** * ** *
307281 TTATGACCATTTGAACAACTATCTATATCTAATTGTTATTACC-TTT-TACTGTCATAAAATAAT
252 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*** * *
307344 TGTTT-TCAACATACAAGCTTATTTC-AAATCAAATAATCCT
317 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
307384 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGACATTTAAAAAA-AAAT-TATTTACTGAACCA-TTG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACAGTT-
* * * * *
307446 CAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCACA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATA
* * * * *
307511 AAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA-AATTCT
129 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * ** * * *
307575 AAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAGTCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGA
193 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** *
307640 TTATTGGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
258 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
307705 AGCTCATACAAGCTTCTTCGAAATAGAATAA-ATT
323 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
307739 AATATT-TTAAAAATTT-----A-TAAGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACCAG
1 AAT-TTATT-AATATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACAG
* * * * * * *
307797 TTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCA
63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** *
307862 TAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATATATTAATATTT
127 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** ** ** * * * * *
307926 -ATAAAATTAATCTGTAAGAGATTTAAAACGTAAATCTCCTCACCAAACCATTTCAAATAGTTTT
192 CA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * * *
307990 AACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAAGCTTTTATATTGTCATCAAACAATCGGT
256 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** **
308055 TCTATTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACT
321 TCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * ** * *
308092 AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAACAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACA
* * * * *
308157 GTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTTTGT
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC--TTTGTTTTGT
* * * * *
308222 CATAAAACAATTGTTT-TGGTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
125 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
308286 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATC-AGTTCAAATGGTT
190 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * ** * * * * * * * * *
308346 AAGACAATTAGAAAAATTATCTACGTCAAACCGTTTTAAGCTTTTCTTTAGTTATAAAACAATAG
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
308411 TTTCAGTTCCTACAAGCTTATTCCAAATAAATTAATACT
319 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
308450 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAAT--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAC
* * * * * *
308513 AAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTG
61 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTG
* * * **
308578 TCATAAAACAATTATTT-TAGTTAATAAAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
124 TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * ** *
308641 TATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTG-TTA-CTGACTTAA-TTAAAAT
187 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC--AAGTTCAAAT
* * ** * *
308703 AATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TATTGTCATAAAACA
250 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ****
308766 ATTGTTTCT-ATCACAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACT
315 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* * * * *
308808 AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCGAACC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAC
* * ** * * * * * * *
308872 AATTCAAATAGTAAAAACTATTAGAATAATTTTTTATTTCTAATC-TCTATGACCTTTTGTTTAG
61 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT-TATAACC-TTTGTTTTG
* * ** * * *
308936 TCATAAAATATTTGTTTCAT-AACTTACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATCCAAATTTATTAA
124 TCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
308999 CATTT-AGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CGGAACAAGTTTAAA
187 TATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAA
* * * * *
309062 TAGTTATGACTATTTGAACAGTTAT-TAATTTAAAATCATCATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAA
249 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * *
309126 ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAATATT
312 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACT
* * **
309173 AATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-AAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAC-A
* * * * * * *
309237 ATTCAAATAGTTACT-ACTATTAGAACAATTGTCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGT
62 GTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGT
* * * ** * * ** *
309301 TATAAAAAAATTGTTACAATTCATGCAAGCTTAATCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
125 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * *
309366 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAACTGAATCTATTTA-CTGAATTAGTTGAAATAATT
190 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * ** * * * *
309429 ATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTCTAGTCATATAACAATTG
254 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
309494 TTTTTGATCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
319 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
309533 AATTTATTAATCTATCAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAACAATAAATCCGTTCACTGAACCAG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACAG
* * * * * * *
309598 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAA-T-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCA
63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT-GTTTTGTCA
* * * * *
309661 TAAAAAAAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATCTAATAATATT
127 T-AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
309726 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAATAAATTTGTTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTA
191 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
309790 AGACTA--TGAATGAATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT
255 TGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-T
* ** * * *
309852 TTTTTCAATTCATACTAGCTTATT-AGGAATAAAATAA-AAT
317 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT
* * * *
309892 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACA
** * * * * ** *
309957 AATCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCATTACAAAAGTTTTTGTTTTA
62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT--ATAA-CCTTTGTTTTG
* ** * * * * * * *
310021 TCATAAAATAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATA
124 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
310086 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-ATAGTTCAAATAGT
189 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA-AGTTCAAATAGT
* * * * ** * * *
310146 TATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAGCGTTATGATTTTTTGTTATGTTATAAAACAATA
253 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
310211 GTTTCTGTTCATACAAG-TATATTCAGATTAAAACAATATT
318 GTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACT
* * ** * *
310251 AACTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATGTATGTTCACC-AAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAC-
* * ** * *** *
310315 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGAGTTTTTCTTTTGT
61 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTGTTTTGT
* * ** * **
310380 AATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
125 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
310445 TCCAAAAATTAATGACTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTA
190 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
310509 TGACTATCTAAATAATTATCGATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGG
255 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *** **
310574 TTCTATTGATGCATGCTTATTTTGAATAAAATAATAAA
320 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
310612 AATCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTATCGAAT
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCGAAA
* * * * * *
310676 GAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATCGTTATGACACTTTGTTTT-
60 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTG
* * * * * * ** *
310739 TTAGTAAAATAATTATTTTTATTTATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
124 TCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
310803 TATTTTAAAAATTAATAAG
187 TATTTCAAAAATTAATAAG
310822 AGATGTAGAC
Statistics
Matches: 6303, Mismatches: 1465, Indels: 636
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
346 14 0.00
347 3 0.00
348 60 0.01
349 10 0.00
350 90 0.01
351 86 0.01
352 556 0.09
353 368 0.06
354 102 0.02
355 235 0.04
356 146 0.02
357 344 0.05
358 1011 0.16
359 584 0.09
360 818 0.13
361 868 0.14
362 467 0.07
363 170 0.03
364 300 0.05
365 65 0.01
366 6 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAACAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
Found at i:303787 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 303533--303869 Score: 448
Period size: 174 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
303523 AAATAGTTAT
* * * *
303533 GACTATTTGAATAATTATTTAGCTTAAATCGTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 GACTATTAGAATAATTATCTAGCTTAAATCGTTATAATCTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTT
** * *
303598 CTTTTCATACAAGCTTATT-TGTAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATT-AGTA
66 CAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAAG-A
* * *
303661 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTGCTGAGCCATACTTAA
129 AGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCCATACTTAA
** * *
303706 GACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTTTGAAAT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
1 GACTATTAGAATAATTATCTAGCTTAAATCGTTAT--AATCTTTATTTAGTCATAAAACAATTAT
* * *
303770 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAGG
64 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAAGA
303835 AGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGA
129 AGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGA
303870 ACAAGTTGAA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 18, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
173 30 0.21
174 84 0.60
175 27 0.19
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
GACTATTAGAATAATTATCTAGCTTAAATCGTTATAATCTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTT
CAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAAGAAG
CAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCCATACTTAA
Found at i:305157 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 305111--305158 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
305101 ATCGAACCAG
305111 TTCAAATAATTATAACTAT
1 TTCAAATAATTAT-ACTAT
305130 TT-AAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAATTATACTAT
*
305146 TTCAAATCATTAT
1 TTCAAATAATTAT
305159 TACTTTTTGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.22
17 9 0.33
18 10 0.37
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATACTAT
Found at i:307843 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 307797--307844 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
307787 ATCGAACCAG
307797 TTCAAATAATTATAACTAT
1 TTCAAATAATTAT-ACTAT
307816 TT-AAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAATTATACTAT
*
307832 TTCAAATCATTAT
1 TTCAAATAATTAT
307845 TACTTTTTGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.22
17 9 0.33
18 10 0.37
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATACTAT
Found at i:310911 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 310902--311004 Score: 79
Period size: 6 Copynumber: 17.0 Consensus size: 6
310892 TTTTTCTTCA
*
310902 TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTA- TTTTATT TTTGTAT TTTACAT TTTTAT
1 TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTA-T TTT-TAT TTT-TAT TTTTAT
* * * * *
310952 TTTT-T TTGTAT TTATTAT TATTA- TTGT-T TTATAT TTTTTT CTTTTAT
1 TTTTAT TTTTAT TT-TTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT -TTTTAT
310999 TTTTAT
1 TTTTAT
311005 CTTAGGTATT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 12, Indels: 16
0.73 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
5 14 0.18
6 40 0.52
7 21 0.27
8 2 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.02, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (6 bp):
TTTTAT
Found at i:310997 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 310891--311026 Score: 129
Period size: 44 Copynumber: 2.9 Consensus size: 46
310881 GTCTATTTTC
*
310891 TTTTTTCTTCATTTTATTTTTATTTTTATTT-TTATTTTATTTTTGTA
1 TTTTTT-TTC-TTTTATTTTTATTTGTATTTATTATTTTATTTTTGTA
***
310938 TTTTACAT-TTTTATTTTT-TTTGTATTTATTATTATTATTGTTT-TA
1 TTTTTTTTCTTTTATTTTTATTTGTATTTATTATT-TTATT-TTTGTA
310983 TATTTTTTTCTTTTATTTTTATCTTAGGTATTTATTA-TTTATTT
1 T-TTTTTTTCTTTTATTTTTAT-TT--GTATTTATTATTTTATTT
311027 ATTTATCATT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 7, Indels: 17
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
43 8 0.11
44 15 0.21
45 8 0.11
46 8 0.11
47 14 0.19
48 2 0.03
49 7 0.10
50 1 0.01
51 10 0.14
ACGTcount: A:0.18, C:0.04, G:0.04, T:0.75
Consensus pattern (46 bp):
TTTTTTTTCTTTTATTTTTATTTGTATTTATTATTTTATTTTTGTA
Found at i:312014 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 311983--312102 Score: 70
Period size: 5 Copynumber: 23.6 Consensus size: 5
311973 TTAGATTAGG
* * * *
311983 TTTAT TTAAT ATTCT TTTAT CTTTAT TTTATT TTTATT TTTGT TTTACT
1 TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT -TTTAT TTTA-T TTTA-T TTTAT TTTA-T
* * *
312032 TTT-C TTTAT TTTAT TTT-C TTTA- TTTAT TTTAT TTATTT TTTCACT
1 TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TT-TAT TTT-A-T
*
312077 TTTAT TTTGT TTTA- -TTAT TTTAT TTT
1 TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTT
312103 CTTTAAATAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 15, Indels: 22
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.03
4 10 0.11
5 48 0.54
6 24 0.27
7 4 0.04
ACGTcount: A:0.17, C:0.06, G:0.02, T:0.76
Consensus pattern (5 bp):
TTTAT
Found at i:312040 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 311998--312071 Score: 82
Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 28
311988 TTAATATTCT
311998 TTTATCTTTATTTTATTTTTATTTT-TGT-
1 TTTAT-TTTA-TTTATTTTTATTTTCTGTA
* *
312026 TTTACTTTTCTTTA-TTTTATTTTCTTTA
1 TTTA-TTTTATTTATTTTTATTTTCTGTA
312054 TTTATTTTATTTATTTTT
1 TTTATTTTATTTATTTTT
312072 TCACTTTTAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 8
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.23
27 14 0.36
28 15 0.38
29 1 0.03
ACGTcount: A:0.15, C:0.05, G:0.01, T:0.78
Consensus pattern (28 bp):
TTTATTTTATTTATTTTTATTTTCTGTA
Found at i:312053 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 311998--312101 Score: 74
Period size: 9 Copynumber: 11.3 Consensus size: 9
311988 TTAATATTCT
311998 TTTATCTTTA
1 TTTAT-TTTA
312008 TTTTATTTTTA
1 -TTTA-TTTTA
*
312019 TTT-TTGT-
1 TTTATTTTA
*
312026 TTTACTTTTC
1 TTTA-TTTTA
312036 TTTATTTTA
1 TTTATTTTA
312045 TTT-TCTTTA
1 TTTAT-TTTA
312054 TTTATTTTA
1 TTTATTTTA
312063 TTTATTTT-
1 TTTATTTTA
*
312071 TTCACTTTTA
1 TTTA-TTTTA
*
312081 TTTTGTTTTA
1 -TTTATTTTA
312091 -TTATTTTA
1 TTTATTTTA
312099 TTT
1 TTT
312102 TCTTTAAATA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 7, Indels: 22
0.72 0.07 0.21
Matches are distributed among these distances:
7 3 0.04
8 14 0.18
9 35 0.46
10 13 0.17
11 10 0.13
12 1 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.02, T:0.77
Consensus pattern (9 bp):
TTTATTTTA
Found at i:312059 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 312004--312106 Score: 90
Period size: 18 Copynumber: 6.0 Consensus size: 17
311994 TTCTTTTATC
312004 TTTATTTTATTTT-TATT
1 TTTATTTTATTTTCT-TT
*
312021 TTTGTTTTACTTTTC---
1 TTTATTTTA-TTTTCTTT
312036 TTTATTTTATTTTCTTT
1 TTTATTTTATTTTCTTT
312053 ATTTATTTTATTTAT-TTT
1 -TTTATTTTATTT-TCTTT
* *
312071 TTCACTTTTATTTTGTTT
1 TTTA-TTTTATTTTCTTT
312089 TATTATTTTATTTTCTTT
1 T-TTATTTTATTTTCTTT
312107 AAATAAAATA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 5, Indels: 19
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.07
15 8 0.11
17 12 0.17
18 43 0.61
19 3 0.04
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.02, T:0.78
Consensus pattern (17 bp):
TTTATTTTATTTTCTTT
Found at i:312296 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 312128--312570 Score: 577
Period size: 58 Copynumber: 7.6 Consensus size: 58
312118 AAATATATAT
*
312128 ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAAAG
1 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAAAG
* *
312186 GTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAAAG
1 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAAAG
* * * ** * *
312244 GTTTTTGAAGG-AAAGTTGAAAGTATTAATTTCCCTCGAAATTAAAGTTTTC-AAAAAAT
1 ATTTTTG-AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAA-TTTTCAAAAAAAG
* * ** * *
312302 ATTTTTGTGGAAAAATTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAAGTTTTC-AAAAAAT
1 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAA-TTTTCAAAAAAAG
* * * *
312361 ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATAATTTTTTTAAAAAAAG
1 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAA-ATTTTCAAAAAAAG
*
312420 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAATAA
1 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAA-AG
* * * *
312479 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAATTAAAGTTTCAAAAGAAT
1 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAAAG
*
312537 ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC
1 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC
312571 CTGCACAAAA
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 34, Indels: 14
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.01
58 180 0.52
59 162 0.47
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (58 bp):
ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAAAG
Found at i:312416 original size:117 final size:115
Alignment explanation
Indices: 312126--312570 Score: 565
Period size: 118 Copynumber: 3.8 Consensus size: 115
312116 AAAAATATAT
* *
312126 ATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAA-TTTTCAAAAAAAGGTTT
1 ATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTTC-AAAAAAGATTT
*
312190 TTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATAAATTTTCAAAAA
65 TTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAA
* * ** * * *
312241 A-AGGTTTTTGAAGG-AAAGTTGAAAGTATTAATTTCCCTCGAAATTAAAGTTTTCAAAAAATAT
1 ATA--TTTTTG-AGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTTCAAAAAAGAT
* * ** *
312304 TTTTGTGGAAAAATTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAAGTTTTCAAAAA
63 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAA-TTTTCAAAAA
* * * *
312359 ATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATAATTTTTTTAAAAAAAGATTT
1 ATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAA-ATTTTTCAAAAAAGATTT
312424 TTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAA
65 TTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAA
* * *
312475 ATAAATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAATTAAA-GTTTCAAAAGAATAT
1 AT--ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTTCAAAA-AAGAT
*
312539 TTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC
63 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC
312571 CTGCACAAAA
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 38, Indels: 22
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
114 1 0.00
115 1 0.00
116 97 0.35
117 81 0.29
118 99 0.35
119 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (115 bp):
ATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTTCAAAAAAGATTTT
TGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAA
Found at i:312417 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 312387--312416 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
312377 TGAAAGTATC
312387 AATTTTTCTTAAAAAT
1 AATTTTTCTTAAAAAT
312403 AATTTTT-TTAAAAA
1 AATTTTTCTTAAAAA
312417 AAGATTTTTG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.50
16 7 0.50
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
AATTTTTCTTAAAAAT
Found at i:312423 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 312387--312425 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
312377 TGAAAGTATC
*
312387 AATTTTTCTTAAAAAT
1 AATTTTTCTTAAAAAA
312403 AATTTTT-TTAAAAAA
1 AATTTTTCTTAAAAAA
312418 AGATTTTT
1 A-ATTTTT
312426 GAGGAAAAGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.38
16 13 0.62
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (16 bp):
AATTTTTCTTAAAAAA
Found at i:319421 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 319408--319453 Score: 83
Period size: 8 Copynumber: 5.8 Consensus size: 8
319398 CTATGCTTGA
319408 AAAAAATG
1 AAAAAATG
319416 AAAAAATG
1 AAAAAATG
319424 AAAAAATG
1 AAAAAATG
*
319432 AAAAAATA
1 AAAAAATG
319440 AAAAAATG
1 AAAAAATG
319448 AAAAAA
1 AAAAAA
319454 AGTGAATGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 36 1.00
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.09, T:0.11
Consensus pattern (8 bp):
AAAAAATG
Found at i:320513 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 320467--320721 Score: 287
Period size: 41 Copynumber: 6.1 Consensus size: 41
320457 ATGATTGTCA
* *
320467 AGGAGCAATTTACTTTTAAAAGTCATGGTGCCTCTGTTTAG
1 AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
* * * *
320508 AGGAGCAATTTACTTTTTTAAAGTCGTTGAGCCTCTGCTTAG
1 AGGAGCAATTTAC-TTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
*
320550 AGGAGCAATTTACCTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
1 AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
320591 AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
1 AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
* * ** * *
320632 AGGAGCAAGTTA-TTTTCCAAAGTCGTTGACCCTCGGATTAG
1 AGGAGCAATTTACTTTT-CAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
* * * * * * *
320673 ATGAGCCATTTATGTTTCTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGCTTAA
1 AGGAGCAATTTA-CTTT-TCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
320716 AGGAGC
1 AGGAGC
320722 TTCGGTCAAA
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 25, Indels: 8
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.02
41 115 0.62
42 36 0.20
43 28 0.15
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (41 bp):
AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
Found at i:320556 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 320467--320721 Score: 318
Period size: 82 Copynumber: 3.1 Consensus size: 83
320457 ATGATTGTCA
* * *
320467 AGGAGCAATTTACTTTTAAAAGTCATGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTTTTAAAGT
1 AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTTTCAAAGT
320532 CGTTGAGCCTCTGCTTAG
66 CGTTGAGCCTCTGCTTAG
*
320550 AGGAGCAATTTACCTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTAC-TTTTCAAAGT
1 AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTTTCAAAGT
* * *
320614 CGTGGTGCCTCTGTTTAG
66 CGTTGAGCCTCTGCTTAG
* * ** * * * *
320632 AGGAGCAAGTTA-TTTTCCAAAGTCGTTGACCCTCGGATTAGATGAGCCATTTA-TGTTTCTCAA
1 AGGAGCAATTTACTTTT-CAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACT-TTT-TCAA
*
320695 AGTCGTTGAGCCTCTGCTTAA
63 AGTCGTTGAGCCTCTGCTTAG
320716 AGGAGC
1 AGGAGC
320722 TTCGGTCAAA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 20, Indels: 7
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
81 3 0.02
82 64 0.43
83 54 0.36
84 27 0.18
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (83 bp):
AGGAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTTTCAAAGT
CGTTGAGCCTCTGCTTAG
Found at i:320930 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 320921--321021 Score: 59
Period size: 6 Copynumber: 16.8 Consensus size: 6
320911 TTCTTTTTTC
* * *
320921 TTTATT TTTATT TTTATT TTT-TT TGTA-T TTTACAT TTT-TT TGTA-T
1 TTTATT TTTATT TTTATT TTTATT TTTATT TTTA-TT TTTATT TTTATT
* * * *
320966 TTTATT TTTATT TATTATT ATTATT ATTGTT TTATATAT ATTT-CT TTTATT
1 TTTATT TTTATT T-TTATT TTTATT TTTATT TT-TAT-T -TTTATT TTTATT
321017 TTTAT
1 TTTAT
321022 CTTAGGTATT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 11, Indels: 20
0.70 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
5 18 0.24
6 41 0.55
7 11 0.15
8 2 0.03
9 2 0.03
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.03, T:0.75
Consensus pattern (6 bp):
TTTATT
Found at i:320949 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 320915--320987 Score: 67
Period size: 16 Copynumber: 4.5 Consensus size: 16
320905 TCTATTTTCT
* *
320915 TTTTTCTTTATTTTTA
1 TTTTTATTTTTTTTTA
320931 TTTTTATTTTTTTTGTA
1 TTTTTATTTTTTTT-TA
* *
320948 TTTTACATTTTTTTGTA
1 TTTT-TATTTTTTTTTA
*
320965 -TTTTATTTTTATTTA
1 TTTTTATTTTTTTTTA
*
320980 TTATTATT
1 TTTTTATT
320988 ATTATTGTTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 6
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.20
16 21 0.46
17 8 0.17
18 8 0.17
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTATTTTTTTTTA
Found at i:321530 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 321485--321540 Score: 58
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
321475 AGGAATCGGG
* * *
321485 AAAATTTTTTTGGAGATTTTTGGC
1 AAAATTTTTTTCGAGAATTTTGGA
* *
321509 AAAATTTTTTTCTAGAAATTTTTGA
1 AAAATTTTTTTCGAG-AATTTTGGA
321534 AAAATTT
1 AAAATTT
321541 CCAAATTCCG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 1
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 13 0.50
25 13 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.12, T:0.50
Consensus pattern (24 bp):
AAAATTTTTTTCGAGAATTTTGGA
Found at i:321536 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 321483--321540 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
321473 TTAGGAATCG
* *
321483 GGAAAATTTTTTTGGAGATTTTT
1 GGAAAATTTTTTTAGAAATTTTT
321506 GGCAAAATTTTTTTCTAGAAATTTTT
1 GG-AAAA-TTTTTT-TAGAAATTTTT
*
321532 GAAAAATTT
1 GGAAAATTT
321541 CCAAATTCCG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 5
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.07
24 7 0.24
25 10 0.34
26 10 0.34
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (23 bp):
GGAAAATTTTTTTAGAAATTTTT
Found at i:322763 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 322732--322765 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
322722 ACAAAATGTT
**
322732 ATAATTATTTGAAATAG
1 ATAATTATTACAAATAG
322749 ATAATTATTACAAATAG
1 ATAATTATTACAAATAG
322766 TCAAAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTACAAATAG
Found at i:322879 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 321811--330547 Score: 2745
Period size: 181 Copynumber: 47.8 Consensus size: 179
321801 GAAAGAAATA
* * * * * * **
321811 TTTTATGACTAAA-AAAAGATCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTA-
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
**** * * *
321874 TTAAACTGGTTCCACAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATATTTGAAATATTA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTA
* * ** * * * * **
321939 TTAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGATCAAAAACAATCA
129 ATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
** * * * *
321991 TTTTAT-A-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA
* * * * * * *
322052 TTTTTAATTGATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTATA-CTTCTTACTTATCAATTTTAGAAATA
65 -TTTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTT-TAAATA
* * * * * *
322115 TTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTACATAAGCTTGTATTAACCA-AAACAATTA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAA-CATAAACAATTG
* * * * * * *
322170 CTTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
322235 TTGAACTTGTTCA-GTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTT
66 TTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATT
* *
322299 AATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTG
128 AATAAATTAGTATT-ATTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * * * * * *
322352 TTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATT-GTCTTAATACTCTTAA-TG
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACT-
** * * *
322415 ATACAAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
64 ATTTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATT
* * * * * * * * *
322480 ATTAAATTTGTTTTATTTTAATTCAAATAAGCTTATACGAGCA-AAAAAATTG
128 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * ** *
322532 TTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * ** ** *
322595 TTAAACTGGGTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTAT
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAA
* * * *
322660 TAAA-TAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * ** *
322710 TTTGATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTACAAATAGTCAAAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTA
* * * *
322775 TTTGAAA-TAGTTAGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCGCTTA-TTGATTAATTTTCTAAATAT
65 TTT-AAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TAAATAT
* * * *
322838 TAATAAATTAGTATTATTTTTTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTG
127 TAATAAATTAGTATTATTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
** * * ** * * * * *
322891 TTTTATGATGAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
322956 TTGAACTGGTTTGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATCAA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAATATTAA
* * * * * * *
323021 CATATTAGTTTTGTTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAGC-TGAAATAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * ** * * *
323072 TTTTATAACAACACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCATATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * *
323137 TTAAACTGGTTCGACAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAATTTTTAAAATATTAT
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * * * * *
323202 TAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATACAAATAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * *
323253 -GTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCA-AACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** ** *
323316 TTAAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATCATTTAAATCTCTTAC----TAATTCTAGAAATAATAA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAA
* ** *** * *
323377 TAAATTA-TCATTATTTTATTTCAAATAAGCAAGTATGGTGAAAAATAATTG
130 TAAATTAGT-ATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
** * * * * * * * * *
323428 TTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATGTTGGAAAACAGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CA----ATTT-GAAATAGATAAT-TATT--CAAATAGT
** ** * * ** * *
323493 TGT-TTTATTACAAAAT-GAAAGGTAATA-ACAATTTCAAATAGATAATCGTTCAAATGGC-CAT
57 CATAACTATT-TAAACTGGTTAGGTAA-ACA-AATTT---AT---T--T--TTTAAAT--CTCTT
* * * * * * * * * * ** *
323554 AATTATTTGAACTATTTT--CTGTAAACTGATTTA-TTTTCCAAATCTCTTACTTATTAA-TT-T
107 ACTTA-TT-AA-T-TTTTAAATATTAA-TAAATTAGTATT----ATTTTTTTCAAATAAACTTGT
* * * *
323614 TTGAAATATTAAAAAAGTAG
163 ATG-AACA-TAAACAA-TTG
* * * **** ** * * * ** * *
323634 TATTAT-TC--TA-TTTTGG--ATAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTATT-TTAT-GACAAAAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATT-TGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * * * * *
323691 AAAAGTTCATAAC-AATT--TTAAATAAA-TAATTGTTCAAATAATCATAAC-TATTTGAGCTTG
63 --TA-TTTA-AACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTC-TTACTTA-TT-A-ATT-
* * * * * * * * * ** * * *
323751 CTCGGTAAATA-GATTTATTTATTA-AATCTTTTGCTTATTAA-TT-TTTGGAATATTAATA-AA
118 -T--TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCAAATAAACTTGTAT-GAACA-TAA-ACAA
323811 TTAG
177 TT-G
** *** *** * *
323815 TATTATTTTATTTCAAAA-AAGCTTGT-ATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAA--A-ACAAA
1 -----TTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAT-AAC---AAT--TTGAAATA-GATAATTATTCAAA
* * * **
323875 AAGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATATTTCACATAGTCATAACTATTTGATCTTGTTTGGTA
53 TAGTCATAACTATTT-AAACT-GGT--TAGGT-A-A-A--C--AA--ATTT-A--TT-TTT--TA
* * * * * *** * *
323939 AA-CATATTCATTTTTTTAAATCTCTT-ATTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATT-
99 AATC-TCTT-A-CTTATT-AAT-TTTTAAAT-ATTAATAAATT-AGTATT-AT---TT--TTTTC
** * ** * *
324001 ATTTTATTTTGAAT-AAGCTTATATAAACTGACACAATTA
151 AAATAAACTTGTATGAA-C----AT--A---A-ACAATTG
* * * * *
324040 TTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACAATTCGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * **
324105 TGGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAA
* * ** * * * * *
324169 GAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAATATTTG
130 TAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* **** * *
324220 TTTTATGATAAAACACAAA-GTCATATGGGTTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * *
324284 TTTGACCTTATTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTGTAAAATATTA
65 TTTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTA
* * * * * * *
324348 ATAAGTTTGTATAATTTTATTTGAAATAGGCAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTTG
129 ATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATA---AA-CTTGTATGAACATAAACAA-TTG
* *** *
324405 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
324470 TTGAACTTGCTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCATAATATT
66 TTAAAC-TGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A-AATATT
* * * * *
324534 AATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
128 AATAAATTAGTATTAT-TTTTTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * * * **
324587 TTTTGTGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * *** * * * *
324652 TTGCACTCGTCAGACCAACAGATTAATTTTTTAAATC-CGTTACGTAATTAATTTTTAGAATATC
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC-TTATTAATTTTTA-AATATT
* * * * * *
324716 AATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TATATGAACATAAACAATTA
128 AATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAA-ACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * * * *
324769 TTTTATGAGAAAACAAATGGTCATAATAAATAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTGA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-A
* * * * *
324834 -TTGAACTGGTTTA-GTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTCTTAATTTTCAAAATAT
65 TTTAAACTGG-TTAGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATAT
* * * * * *
324896 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGAACAGAAACATTTG
127 TAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * *
324950 TTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCGAATAGT-ATTAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTA
* * ** * *
325014 TTTGAATTGGTTCA-AAAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * * * * * * *
325078 AATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAAT-AAGTTACTA-AAAC-TGAAAAAAATTA
128 AATAAA-TTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTT-GTATGAACAT--AAACAATTG
* * * * * * * * * *
325131 TTTTACGAC--AACTAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAAGAACTGTTCATATA-ACTTTAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTA
* * * * *
325193 TTTGAACTGGTTTAGG-AAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATC
65 TTTAAACTGG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATT
* * * * * *
325257 ATTACATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTG
128 AATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * * *
325310 TTTTATGATATAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAG
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * *
325375 TTAAACCAGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAC---TT-A-----AAATATTAGT
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAAT
** * * * * *
325431 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTG
131 AAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * ** ** * * * * * * *
325481 TTATATGACCAAATAAAAGGTGGTAATGATTTAAAATACATAAGTATTGAAATGGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
325546 TTGAAA-TGATTCA-ATTAACAGATTCACTTTTTAAA-ATC--ACTTATTAATTTTTAAAATATT
66 TT-AAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* ** * * **
325606 AATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAAC-TGAAATGATTG
128 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * * ** ** *
325659 TTTTATGACAAGACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATGTAGTTTTAACTGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * *
325724 TTGAACTGCTTCA-ACAAATAGATTTA-TGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATT-
66 TTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * * * *
325786 ATGAAGTTAGCATTATTTAATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAGACAAATA
129 AT-AAATTAGTATTATTT-TTTTCAAATAAACTTGTATGAACATAA-ACAATTG
* * * * * ** * *
325839 TTTTATAATAGAACAAAAGGTAATTATGATTTAAAATAGGTAATTATTC-----G----AA-TA-
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
325893 --AGAACTGGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATT
66 TTA-AACTGG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
** ** ** *
325955 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGA-AAAAAATTTG
128 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAA-TTG
* * ** * * * * * *
326008 TTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAATTAGATAATTAATGAAATGGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
326073 TTGAATTGATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * *
326138 TAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTA
130 TAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * * * * *
326189 TTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** *** * * *
326254 TTAAACTTATTCAAAAAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTGAAATATT
66 TTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * * * *
326319 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAAC-TGAAACAATTA
128 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* *
326372 TTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTCAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCAAAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * ** * *
326435 TTTGAGCTTATTCGGTAAACAGATTTATTGTTTCAAATATCTTGTTTATTAGTTTTTTAAATGTT
65 TTTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTAAATATT
* ** * ** * * *
326500 AATATATTA-TGATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTACG-ATGTGAAAGAAATA
128 AATAAATTAGT-ATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * * * * **
326553 TTTTATGACTAAA-AAAAGATCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTA-
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
**** * * * *
326616 TTAAACTGGTTCCACAAACACATTTATTTTTTTAAATATCGTACTTATTAATATTTCAAATATTA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTA
* * ** * * * * **
326681 TTAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGATCAAAAACAATCA
129 ATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
** * * *
326733 TTTTAT-A-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTCAAAT-GACCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA
* * * * * * *
326793 TTTTTAATTGATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTATA-CTTCTTACTTATCAATTTTAGAAATA
65 -TTTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTT-TAAATA
* * * * * *
326856 TTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTACATAAGCTTGTATTAACCA-AAACAATTA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAA-CATAAACAATTG
* * * * * * * *
326911 CTTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAAATAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
326976 TTGAACTTGTTCA-GTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTT
66 TTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATT
* *
327040 AATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TCAAACAATTG
128 AATAAATTAGTATT-ATTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * * * * *
327093 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATT-GTCTTAATACTCTTAA-TG
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACT-
** * * *
327156 ATACAAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
64 ATTTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATT
* * * * * * * *
327221 ATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATACGAGCA-AAAAAATTG
128 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * ** *
327273 TTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * ** ** *
327336 TTAAACTGGGTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTAT
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAA
* * * *
327401 TAAA-TAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * ** *
327451 TTTGATGACAAAACAAAATGTTACAATTATTTGAAATAGATAATTATTACAAATAGTC-TAAACC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCAT-AACT
* * * * *
327515 ATTTGAAA-TAGTTAGGTAAACAGATTTAGTTTTGAAATCGCTTA-TTGATTAATTTTCTAAATA
64 ATTT-AAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TAAATA
* * * *
327578 TTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTG
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
** * * ** * * * * *
327632 TTTTATGATGAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
327697 TTGAACTGGTTTGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAATATTAA
* * * * * * *
327762 CATATTAGTTTTGTTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAGC-TGAAATAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * ** * * *
327813 TTTTATAACAACACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATACATAATTATTCATATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
327878 TTAAACTAGTTCGATAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAATTTTTAAAATATTAT
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * * * * *
327943 TAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATACAAATAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * *
327994 -GTTATCACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** ** *
328057 TTAAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATCATTTAAATCTCTTAC----TAATTCTAGAAATAATAA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAA
** ** * *** * *
328118 TAAATTA-TCATTATTTTATTTCAAATATGCAAGTACGTTGAAAAATAATTG
130 TAAATTAGT-ATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
** * * * * * * * *
328169 TTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGT-TTGAAAACAG
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CA----ATTT-GAAATAG-AT-AAT-TATT-CAAATAG
** ** * * ** *
328233 TTGT-TTTATTACAAAAT-GAAAGGT-AACAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGC-CA
56 TCATAACTATT-TAAACTGGTTAGGTAAAC-A-AATTT---AT---T--TT-TT-AAAT--CTCT
* * * * * * * * * * ** *
328294 TAATTATTTGAACTATTTT--CTGTAAACTGATTTA-TTTTCCAAATCTCTTACTTATTAA-TT-
106 TACTTA-TT-AA-T-TTTTAAATATTAA-TAAATTAGTATT----ATTTTTTTCAAATAAACTTG
* * * *
328354 TTTGAAATATTAAAAAAGTAG
162 TATG-AACA-TAAACAA-TTG
* * **** * * ** ** * * * * *
328375 TATTAT-TCTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-CTGAAAGA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAG
1 TTTTATGAC-A--AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TA-ATTAT-TC---A-AATAG
* * * ** * **
328437 TTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAAGCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAAT
56 -TCATAAC--TATT---T-AA-ACTGGTT-AGGTAA--ACAA--ATTT-A--TT--T-TTTAAAT
* *
328502 AGAT-TTATTTATTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
102 --CTCTTACTTATT-AA-----T--TT-TT-A-------AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * ** *
328566 TTTCGAAA-AAGCTTTGTATGAACAGAAATGATTA
147 TTTC-AAATAAAC-TTGTATGAACATAAACAATTG
* * * *
328600 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAACGATTTGAAATAGATAA-TATTTCACATAGTCATAACCA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
328664 TTTGATTTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTTGAATAT
65 TTTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA-TTTTTAAATAT
* ** * * * * *
328728 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAAC-TGACACAATTA
127 TAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * * *
328782 TTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACAATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * **
328847 TGGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAA
* * ** * * * *
328911 GAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAATAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* **** * *
328962 TTTTATGATAAAACACAAA-GTCATATGGGTTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * * *
329026 TTTGACCTTATTCA-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTGTAAAATATTA
65 TTTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTA
* * * * ** *
329090 ATAAGTTTGTATAATTTTATTTGAAATAGGCAAGCTTGTATGAGTAGAAA-AATTTTG
129 ATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATA---AA-CTTGTATGAACATAAACAA--TTG
* **** *
329147 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
329212 TTGAATCTTGCTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCATAATAT
66 TT-AAAC-TGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A-AATAT
* * * * *
329276 TAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
127 TAATAAATTAGTATTAT-TTTTTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * * ** *
329330 TTTTGTGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAACAACCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * *** * * *
329395 TTGCACTCGTCAGACCAACAGATTAATTTTTTAAATC-CGTTACGTAATTAATTTTTAGAATATT
66 TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC-TTATTAATTTTTA-AATATT
* * ** * * *
329459 AATAAATTAGCATTACTTTACTCTGAATAAGAC-TATATGAACATAAACAATTA
128 AATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAA-ACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * * *
329512 TTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATAAATAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTGA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-A
* * * * * *
329577 -TTGAACTAGTTTA-GTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTCTTAATTTTCAAAATAT
65 TTTAAACT-GGTTAGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATAT
* * * * *
329639 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
127 TAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * * *
329693 TTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCGAATAAT-ATTAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTA
* * ** * *
329757 TTTGAATTGGTTCA-AAAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * * * * * * *
329821 AATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAAT-AAGTTACTAAGAAC-TGAAAAAAATTA
128 AATAAA-TTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTT-GTATGAACAT--AAACAATTG
* * * * * *
329875 TTTTACGAC--AACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-A-AGATGTGTTCATATA-ACTTTAAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA-AT-TATTCAAATAGTC-ATAAC
* * *
329935 TATTTGAACTGGTTTAGG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATA
63 TATTTAAACTGG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATA
* * * * * * *
329999 TCATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGAATGAACATAAATAATTG
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * * * * * *
330054 TTTTATGATATAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATATTTGTTCAGATAGTCATAACTAG
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
330119 TTAAACCAGTTCA-ATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAC---TT-A-----AAATATTAG
66 TTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAA
** * * * * *
330174 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTG
130 TAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
* * * * ** * * * * * * *
330225 TTATATGACCAAATAAAAGGTGATAATGATTTAAAATACATAAGTATTGAAATGGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
330290 TTGAAA-TGATTCA-ATTAACAGATTCACTTTTTAAA-ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATT
66 TT-AAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* ** * * **
330350 AATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAAC-TGAAATGATTG
128 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTG
* * * * * * ** ** *
330403 TTTTATGACAAGACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCATGTAGTTTTAACTGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * *
330468 TTGAACTGCTTCA-ACAAATAGATTTA-TGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTA
66 TTAAACTGGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* *
330531 TTAAATTAGCATTATTT
129 ATAAATTAGTATTATTT
330548 AATTCCGAAT
Statistics
Matches: 6357, Mismatches: 1673, Indels: 1054
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 23 0.00
169 107 0.02
170 7 0.00
171 233 0.04
172 14 0.00
174 1 0.00
175 91 0.01
176 48 0.01
177 91 0.01
178 590 0.09
179 349 0.05
180 1039 0.16
181 1659 0.26
182 904 0.14
183 270 0.04
184 57 0.01
185 197 0.03
186 71 0.01
187 33 0.01
188 31 0.00
189 9 0.00
190 12 0.00
191 11 0.00
192 10 0.00
193 8 0.00
194 23 0.00
195 21 0.00
196 30 0.00
197 12 0.00
198 14 0.00
199 9 0.00
200 15 0.00
201 6 0.00
202 15 0.00
203 28 0.00
204 12 0.00
205 35 0.01
206 22 0.00
207 8 0.00
208 11 0.00
209 12 0.00
210 12 0.00
211 7 0.00
212 18 0.00
213 13 0.00
214 11 0.00
215 10 0.00
216 12 0.00
217 37 0.01
218 6 0.00
219 1 0.00
220 18 0.00
221 5 0.00
222 4 0.00
223 10 0.00
224 11 0.00
225 14 0.00
226 10 0.00
227 10 0.00
228 10 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTAAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTG
Found at i:323497 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 323389--323520 Score: 185
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
323379 AATTATCATT
* *
323389 ATTTTATTTCAAATAAGCAAGTATGGTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAAAAAGCAAGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
323454 TG
66 TG
* * * * *
323456 ATTTTATTTCAAAAAAGCTTA-TATGTTGGAAAACAGTTGTTTTATTACAAAATGAAAGGTAATA
1 ATTTTATTTCAAAAAAGC-AAGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
323520 A
65 A
323521 CAATTTCAAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
67 56 0.98
68 1 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTCAAAAAAGCAAGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
TG
Found at i:324079 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 323486--330547 Score: 3773
Period size: 181 Copynumber: 38.9 Consensus size: 181
323476 ATATGTTGGA
* * * ** * * * * *
323486 AAACAGTTGTTTTATTACAAAATGAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAATCGTTCAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * **
323551 CATAATTATTTGAACTATTTTCTGTAAACTGATTTATTTTCCAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
66 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
323615 TGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTCTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
130 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
323668 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
323733 CATAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTATTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
** * *
323798 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGAACAG
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
323849 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAT-TTCACATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* ** * *
323913 TCATAACTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTT
* * *
323977 TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACTG
128 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
324031 ACACAATTATTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACAATTCGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * **
324096 TATGACTATTGGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * *
324160 AAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA--G
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * **** * * *
324209 AAAAATATTTGTTTTATGATAAAACACAAA-GTCATATGGGTTTGAAATAAATAATTATTTAAAT
1 AAACA-A-TTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
324273 AGTCATAACTATTTGACCTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAA-TT
63 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * * *
324337 GTAAAATATTAATAAGTTTGTATAATTTTA-TTTGAAATAGGCAAGCTTGTATGAA-TAG
128 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT----AAGCTTGTATGAACT-G
* * * ***
324395 AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
324460 TCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** *
324524 TCAT-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
129 T--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * **
324578 AAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAACAAC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
324643 CATAACTATTTGCACTCG-TCAG-ACCAACAGATTAATTTTTTAAATC-CGTTACGTAATTAATT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA--AACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC-TTATTAATT
* * * * * *
324705 TTTAGAATATCAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TATATGAACAT-
127 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAAC-TG
* * * * * *
324760 AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAATGGTCATAATAAATAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
324825 TATAACTGA-TTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTCTTAATTTTC
66 CATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * ** * * *
324889 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGAACAG
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
324941 AAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCGAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
325006 -ATTAATTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
66 CA-TAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
325068 TTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTACTA-AAACTG
129 TTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACTG
* * * * * * * *
325121 AAAAAAATTATTTTACGAC--AACTAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAAGAACTGTTCATATA-
1 -AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
325183 ACTTTAACTATTTGAACTGGTTTAGGAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
65 TC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
325248 CAT-AATATCATTACATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAT-
129 -TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TG
* * * * * * *
325301 AAATAATTGTTTTATGATATAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
325366 CATAACTAGTTAAACCAGTTC-GATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAC---TTAA-----
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * **
325422 --AATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAA
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * ** ** * * * * * * *
325472 AAACATTTGTTATATGACCAAATAAAAGGTGGTAATGATTTAAAATACATAAGTATTGAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
325537 CATAATTATTTGAA-ATGATTCAATTAACAGATTCACTTTTTAAA-ATC--ACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * *
325598 AAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTG
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
** * * * * * * **
325650 AAATGATTGTTTTATGACAAGACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATGTAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * ** * * *
325715 TTTAACTGTTTGAAC-TGCTTCAACAAATAGATTTA-TGTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * **
325777 TGAAATATT-ATGAAGTTAGCATTATTTAATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-
130 TG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * ** * *
325829 AAGACAAATATTTTATAATAGAACAAAAGGTAATTATGATTTAAAATAGGTAA---TT---AT--
1 AA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
325886 TC-GAA-TA--AGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
325946 TGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A-TG
130 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * ** * ** * *
325997 AAAAAAATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAATTAGATAATTAATGAAATG
1 -AAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
326062 GCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAA-TT
64 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** *
326125 TTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
128 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
326180 AAACAATTATTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * *
326245 CATAACTATTTAAACTTATTCAAAAAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCTACTAATTAA-TTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*
326309 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTG
129 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTG
* *
326363 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTCAAATA-AGTAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
326426 TCAAAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAGATTTATTGTTTCAAATATCTTGTTTATTAGTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * **
326491 TTAAATGTTAATATATTA-TGATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTACGATGTG
129 TTGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * * * *
326544 AAAGAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * * *
326608 TTTAACTA-TTAAACTGGTTCCA-CAAACACATTTATTTTTTTAAATATCGTACTTATTAATATT
66 CATAACTATTTGAACTTGTT-CAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * **
326671 TCAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGATCAA
129 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* ** *
326724 AAACAATCATTTTAT-A-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTCAAAT-GA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * *
326784 CCATAATTATTTTTAA-TTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTATA-CTTCTTACTTATCAA-T
65 TCATAACTA-TTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT
* * * * **
326846 TTTAGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCT-ACATAAGCTTGTATTAACCA
127 TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
326902 AAACAATTACTTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
326967 AATAAATATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** *
327032 TGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTC
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
327084 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTG-TCTTAATAC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAG
* *** * * *
327148 TCTTAA-TGATACAAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*** * * * ** * * * *
327212 AAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATACGAGC-A
129 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * ** *
327264 AAAAAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * ** * * ** * *
327327 TTTAATTATTTAAACTGGGT-AGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * *** ** *
327391 AAAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAT-
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TG
* * * * * * ** *
327442 AACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAATGTTACAATTATTTGAAATAGATAATTATTACAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAG
* * * * * *
327507 TC-TAAACCATTTGAAATAGTT-AGGTAAACAGATTTAGTTTTGAAATCGCTTA-TTGATTAATT
65 TCAT-AACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATT
* * ** * * * **
327569 TTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAACAAACTTATATGAACAA
127 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * ** * * ** * * * *
327623 AAATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAAT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * **
327688 TATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * * *
327752 GAAATATTAACATATTAGTTTTGTTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAGCTG
131 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * ** * * *
327804 AAATAATTGTTTTATAACAACACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATACATAATTATTCATATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
327869 CTTAACTATTTAAACTAGTTC-GATAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * *
327932 TAAAATATTATTAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-T-
129 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
327983 ACA-AATAATTGGTTATCACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTATT--TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * **
328047 GTCA-AACTATTT-AAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATCATTTAAATCTCTTAC----TAA-TT
64 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * **
328105 CTAGAAATAATAATAAATTA-TCATTATTTTATTTCAAATATGCAAGTACGTTGAA---
128 TTTG-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA---TGAACTG
* * ** * * * * * **
328160 AAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CA----ATTT-GAAATAGATAAT-TG-TT
* * ** ** ** ** **
328225 GAAAACAGTTGT-TTTATTACAAAATG-AAAGGTAACAACA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
58 -CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GT-A-AACAGATTT---AT---T--TT-TT-AA
* * * **
328287 ATGGC-CATAATTATTTGAACTATTTTCTGTAAACTGATTTATTTTCCAAATCTCTTACTTA-TT
109 AT--CTCTTACTTA-TT-AA-T-TTTT-TG--AA-T-A-TTA--AT--AAAT-TAGTA-TTATTT
* * ** *
328350 AATTTTTGAA-ATA--TT-AAAAAAGTAG
156 TA-TTTTGAATA-AGCTTGTATGAACT-G
* ** * * * * * * ** * *
328375 TATTATTCTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAA-G-AATTA-TTTTATGACAA-A-ACAAA
1 AAACAAT-TATTTT--ATGA-C----A-AAAC-AAAAGGTCATAACAATT-TGA-AATAGATAAT
* * * ** * ** * * * **
328435 AGTTCATAACAATTTTAAATAAAT-AA-TTGTTCAAATAAGCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGT
54 TGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAA--A-CA-GATTT-A--TT--T-TTT
* * *
328498 AAATAGAT-TTATTTATTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
107 AAAT--CTCTTACTTATT-AA---TTT--TT-TG---------AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
328562 TTTATTTCGAAAAAGCTTTGTATGAACAG
154 TTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACTG
** * * *
328591 AAATGATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAACGATTTGAAATAGATAATAT-TTCACATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* ** ** * *
328655 TCATAACCATTTGATTTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTT
* * *
328719 TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACTG
128 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
328773 ACACAATTATTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACAATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * **
328838 TATGACTATTGGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * * ***
328902 AAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAGAA
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * **** * * *
328953 AAATAATTGTTTTATGATAAAACACAAA-GTCATATGGGTTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
329017 TCATAACTATTTGACCTTATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAA-TTGT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
329081 AAAATATTAATAAGTTTGTATAATTTTA-TTTGAAATAGGCAAGCTTGTATG-AGTAG
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT----AAGCTTGTATGAACT-G
* * ****
329137 AAA-AATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAACAA--TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*
329201 GTCATAACTATTTGAATCTTGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
64 GTCATAACTATTTGAA-CTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** *
329265 TTTCAT-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
127 TTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * **
329321 AAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAACAAC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
329386 CATAATTATTTGCACTCG-TCAG-ACCAACAGATTAATTTTTTAAATC-CGTTACGTAATTAATT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA--AACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC-TTATTAATT
* * * * * *
329448 TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTACTCTGAATAAGAC-TATATGAACAT-
127 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAAC-TG
* * * * *
329503 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATAAATAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
329568 TATAACTGA-TTGAACTAGTTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTCTTAATTTTC
66 CATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * ** * * * **
329632 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAA
130 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * *
329684 AAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCGAATAAT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
329749 -ATTAATTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
66 CA-TAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
329811 TTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTACTAAGAACTG
129 TTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACTG
* * * *
329865 AAAAAAATTATTTTACGAC--AACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-A-AGATGTGTTCATAT
1 -AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA-AT-TGTTCAAAT
* * * * * * *
329926 A-ACTTTAACTATTTGAACTGGTTTAGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
63 AGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
329990 TTCAT-AATATCATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGAATGAACAT-
127 TT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TG
* * * * * * * * *
330045 AAATAATTGTTTTATGATATAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATATTTGTTCAGATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * *
330110 CATAACTAGTTAAACCAGTTCAATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAC---TTAA------
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * **
330166 -AATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAA
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * ** * * * * * * *
330216 AAACATTTGTTATATGACCAAATAAAAGGTGATAATGATTTAAAATACATAAGTATTGAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
330281 CATAATTATTTGAA-ATGATTCAATTAACAGATTCACTTTTTAAA-ATC--ACTTATTAA-TTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
330341 TGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTG
130 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
** * * * * * * **
330394 AAATGATTGTTTTATGACAAGACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCATGTAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * ** * * *
330459 TTTAACTGTTTGAAC-TGCTTCAACAAATAGATTTA-TGTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
330521 TGAAATATTATTAAATTAGCATTATTT
130 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
330548 AATTCCGAAT
Statistics
Matches: 5267, Mismatches: 1272, Indels: 684
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 25 0.00
169 102 0.02
170 9 0.00
171 247 0.05
172 2 0.00
174 5 0.00
175 35 0.01
176 19 0.00
177 61 0.01
178 476 0.09
179 223 0.04
180 851 0.16
181 1407 0.27
182 952 0.18
183 252 0.05
184 52 0.01
185 174 0.03
186 57 0.01
187 33 0.01
188 26 0.00
189 4 0.00
192 1 0.00
193 2 0.00
194 1 0.00
195 5 0.00
196 4 0.00
197 3 0.00
198 6 0.00
199 6 0.00
200 5 0.00
201 1 0.00
202 1 0.00
203 4 0.00
204 1 0.00
205 4 0.00
206 7 0.00
207 8 0.00
208 18 0.00
209 14 0.00
210 6 0.00
211 4 0.00
212 6 0.00
213 30 0.01
214 25 0.00
215 27 0.01
216 17 0.00
217 22 0.00
218 6 0.00
219 4 0.00
220 1 0.00
221 1 0.00
222 2 0.00
223 5 0.00
224 3 0.00
225 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:325613 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 325573--325614 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
325563 ACAGATTCAC
*
325573 TTTTTAAAATCACTTATTAA
1 TTTTTAAAATCACTTATAAA
325593 TTTTTAAAAT-A-TTAATAAA
1 TTTTTAAAATCACTT-ATAAA
325612 TTT
1 TTT
325615 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.10
19 8 0.40
20 10 0.50
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTAAAATCACTTATAAA
Found at i:331059 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 330633--332909 Score: 1660
Period size: 181 Copynumber: 12.7 Consensus size: 181
330623 CAGTAAACAG
*
330633 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
330698 TGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAAAATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
66 CAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
330761 AATTAGATAATTAATGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGTAAAC-A
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTCGATAAACGA
* * * * *
330813 GATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
330878 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATGATTTTA
65 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
330943 AATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAAAAAACGT
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACGA
*
330995 ATTTATTTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
331060 TTAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCCTAAGGATTTTA
65 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
331124 AATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAAC-A
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACGA
* ** * *
331175 GATTTATTTTTTCAAATATCTTGTTTATTAATTTTTTTAAATATTAATATATTA-TGATTATTTT
1 -ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTT
* * * * * * * * * * *
331239 A-TTCTGAATAAACTTGTACGATA-TGAAAGAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAAAATAA
62 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * ** ** * *
331301 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTA-TTAAACTGGTTCCACAAAC-A
125 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACGA
* * * * *
331356 CATTTATTTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATATTTCAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAT
1 -ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** *
331421 TTTGAATAAGC-T-T-T-AAC--AATC-A---TTTTAT-A-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTG
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
331473 AAATAAATAATT-TTCAAAT-GACCATAATTATTTTTAA-TTGATTCAATAAACAA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA-TTTAAACTT-ATTCGATAAACGA
* * * *
331526 ATTTATTTTTTATA-CTTCTTACTTATCAATTTTAGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * ** *
331589 TCTACATAAGCTTGTATTAACCAAAACAATTACTTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACAATTTT
65 TC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * **
331654 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATATCTATTTGAACTTGTT-TAGTAAATAA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGA-TAAACGA
* * * * *
331707 ATTTATTTTTTAAAATTTCCTT-CGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTC
1 ATTTATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
331770 TTTCAAATAAGCTTGTATGGACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ** *
331835 GAAATAGATAATT-GTCTTAATACTCTTAA-TGATACAAAC-TAGTTCGATAAACTA
128 GAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACT-ATTTAAACTTA-TTCGATAAACGA
** * * *
331889 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * **
331954 CAAATAAGCTTATA-CAAGC-AAAA-AATTGTTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAACAATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * ** * *
332014 AATTGATAATCATTCATATAGTTTTAATTATTTAAACTGGGTAGGCAAT-TA-G-
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT---TATTCGATAAACGA
* * ** * ** * *
332066 ATTTATTTTTTAATTATCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTG
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
332130 CAAATAAAATAGTATGAAC-ATAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *
332194 AATAGATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAA--TAGTTAGGTAAAC-A
130 AATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTA-TTCGATAAACGA
* * *
332246 GATTTACTTTTTAAATCGCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * ** * *
332308 TTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTAATAATGATTT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * **
332373 AAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAATTATTTAAAC-TAGTTTGGTAAATAA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGATAAACGA
* * * * *
332427 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAGATTTTTGAAATATTAACATATTAGTTTTGTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
332491 TCGAATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAACACAAAAGGTCATAATGATTTGA
65 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** *
332556 AATACATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACGA
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACGA
* * * * * *
332608 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGCATTACTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * **
332672 CTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTCG--TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT
66 C-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
332734 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAAA-TTAGTTCGGTAAACAA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGATAAACGA
** * *
332787 ATTTATCATTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATAATAATAAATTA-TCATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATT
** **** * ** *
332847 TCAAATAAGCAAGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTT
65 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
332910 TATTTCAAAA
Statistics
Matches: 1648, Mismatches: 358, Indels: 185
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 14 0.01
168 83 0.05
169 19 0.01
170 8 0.00
171 1 0.00
172 3 0.00
173 1 0.00
174 6 0.00
175 49 0.03
176 55 0.03
177 92 0.06
178 24 0.01
179 63 0.04
180 214 0.13
181 644 0.39
182 357 0.22
183 15 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACGA
Found at i:332947 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 332839--332970 Score: 203
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
332829 AATTATCATT
* *
332839 ATTTTATTTCAAATAAGCAAGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAAAAAGCAAGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
332904 TG
66 TG
* * *
332906 ATTTTATTTCAAAAAAGCTTA-TATGTTGGAAAACAATTGTTTTATTACAAAATGAAAGGTAATA
1 ATTTTATTTCAAAAAAGC-AAGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
332970 A
65 A
332971 CAATTTCAAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
67 58 0.98
68 1 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTCAAAAAAGCAAGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
TG
Found at i:334089 original size:151 final size:154
Alignment explanation
Indices: 333795--334090 Score: 343
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
333785 TGTTAATAAC
* * * ** * **
333795 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
1 TTAGTATAATCTTAATCCAAATAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTCCATGACTAAACAAAA
* * * * * **
333860 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTCTAACTTTGTTTGGCAAA
66 AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAACTTGGTTCAGCAAA
333925 ACATATTTATTTTTTATTATTAAT
131 ACATATTTATTTTTTATTATTAAT
*
333949 TTAGTATAATCTTAATCCTAATAAGCTTATATAAA-AAAAACAATTGTTCCATGAC-AAA-ATAA
1 TTAGTATAATCTTAATCCAAATAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTCCATGACTAAACA-AA
* * * *
334011 AA-TCATAATGATTTTAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAG-T
65 AAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCT-AACTTGGTTCAGCA
*
334073 AAACATATTTAGTTTTTA
129 AAACATATTTATTTTTTA
334091 AATCTCTTAT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 21, Indels: 8
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 17 0.14
151 46 0.39
152 10 0.08
153 15 0.13
154 31 0.26
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TTAGTATAATCTTAATCCAAATAAGCTTATATAAACAAAAACAATTGTTCCATGACTAAACAAAA
AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAACTTGGTTCAGCAAA
ACATATTTATTTTTTATTATTAAT
Found at i:334342 original size:181 final size:172
Alignment explanation
Indices: 333999--334366 Score: 468
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
333989 CAATTGTTCC
* * * * *
333999 ATGACAAAATAAAATCATAATGATTTTAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ATGACAAAACAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
*
334064 TGGTTCAGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
66 TGATTCAGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
334129 TTATTTTATTTTAAATAATTCTATATGAATAGAAACAATTATTTT
131 TTATTTTATTCTAAATAAATATATATGAATAG--A-AATTATTTT
* *
334174 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATGAAT-ATGACTATTTG
1 ATGACAAAACAAAA--TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AATCATAACTATTTG
* * * * *
334238 AACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
63 AACTGATTCAGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* *
334303 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATATGTATGAATAGAAATTGTTTT
124 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATATATATGAATAGAAATTATTTT
*
334352 ATGATAAAACAAAAT
1 ATGACAAAACAAAAT
334367 ATCATAACTA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 19, Indels: 13
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 13 0.08
176 1 0.01
177 70 0.42
178 25 0.15
179 1 0.01
181 57 0.34
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
ATGACAAAACAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
TGATTCAGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCTAAATAAATATATATGAATAGAAATTATTTT
Found at i:334443 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 334230--334513 Score: 394
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
334220 AATGAATATG
* *
334230 ACTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAT
1 ACTATTAGAACTTATTTAGTAAACATATATATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAT
*
334295 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAA-TATGTATGAATAG-A-AATTGTTTTATGAT
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACT-TGTATGAATAGAACAATTGGTTTATGAT
334357 AAAACAAAATATCATA
130 AAAACAAAATATCATA
* ** * * *
334373 ACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAAATATATATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTTGGA
1 ACTATTAGAACTTATTTAGTAAAC--ATATATATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGA
* * * *
334438 ATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAG-AACAATTGGTTTATG
334503 ATAAAACAAAA
128 ATAAAACAAAA
334514 GGGTCAAAAC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 13, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
143 22 0.18
145 76 0.62
146 1 0.01
147 1 0.01
148 22 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (145 bp):
ACTATTAGAACTTATTTAGTAAACATATATATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAACAATTGGTTTATGATA
AAACAAAATATCATA
Found at i:335186 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 334404--336106 Score: 1062
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
334394 AACAAATATA
* * **
334404 TATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * *
334469 GTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGGTCAAAACTATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAACGATTTGAAAT
* ** * * * * * *
334534 AGATAATTATTCATTTAGTCAAAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TATTCGATAAATAGATT
* * * *
334586 TATTTTTTAAAT-TTCTATTTATTAATTTTTGGAACT-TTAATAAATTTA-TATTATTTGATTTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAA-TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC
* ** * ** *
334648 AAATAAGCTGGTATGAATAAAATGAATT-ATTTATGACAAAACAAATGGTTAAAACGATTTGAAA
63 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAA
* * * *
334712 TAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGTTAAACAGATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATT
* * * * ** * *
334765 CATTTTTTAAAATCTCTTAATCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCG
1 TATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * ** * * * * * *
334830 AATAAGCCTATATGAATTGATACAAATGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATTACGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
334895 AGATAATTATTCAAAT-GATTATGACTA-TTAGGACTTATTCGGTAAATATATT
129 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTA-AACTTATTCGATAAATAGATT
* * *** * * * *
334947 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * *
335012 ATAAGCTTGTATAAACAAAAATAATTTTTTTTTGACAAGACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATA
65 ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATA
* * *
335077 AATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTAAATTTATTCGATAAATAGATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATT
* * *
335128 TAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTTGAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTGA
1 T-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * ** *
335193 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTCATCACAAAAC-AAAAGATTATAGTGTTTTGAA
64 AATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TTATAACGATTTGAA
* * * * *
335257 ATAGATAGTTGTTCAAATAGTTATAAGTATTTCAACTTGTTC-AGTAAATAGATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGA-TAAATAGATT
* * ** ** * **
335311 CATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAAGCTTCAGAATATTAATAGGTTAG-ATTATGTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * *
335374 AATAAGCTTGTCTGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTAT----A-TT-AAAG
64 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAA-
* * * * ** ** *** *
335433 TACATAATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGCA-TTGGTCAGGCCAATAAATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTC-GATAAATAGATT
* * * * *
335486 CATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTT-GTTCT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTC-
* * * * * ** * * *
335550 GAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAATT-ATTTATGATAAAACAACTAGTCATAACAATTTAAA
63 AAATAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAA
* * * * *
335613 ATAAATAATTGTTCAAACAGTTA-AACT-TATTGAAC-TAGTT-TAGTAAATA-AGTT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTAAACTTA-TTCGA-TAAATAGA-TT
* * * * * **
335666 TATTGTTTAAGTCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * ** *** * * * *
335730 AACAAACTTATTTGAACGAAAATGTTTG-CTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
335794 GGATAATTGTTCAAATAGT-AAAATTATTTGAAC-TAGTTCGACAAATAGAAT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGATAAATAGATT
* * * ** * * **
335845 TA-TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTGTTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * *
335909 ATAAG-TTATTAAGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
65 ATAAGCTT-GTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
335972 TAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-GTAGTTTGACAAATAAATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGATAAATAGATT
* * * * * * *
336025 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
*
336090 ATAAGCTTATATGAATA
65 ATAAGCTTGTATGAATA
336107 GAAATCTCTT
Statistics
Matches: 1182, Mismatches: 280, Indels: 120
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 10 0.01
175 73 0.06
176 26 0.02
177 28 0.02
178 61 0.05
179 211 0.18
180 136 0.12
181 354 0.30
182 210 0.18
183 73 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATT
Found at i:335186 original size:363 final size:356
Alignment explanation
Indices: 334405--335973 Score: 921
Period size: 363 Copynumber: 4.4 Consensus size: 356
334395 ACAAATATAT
* * *
334405 ATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAG
1 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA
* * * * * * *
334470 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGGTCAAAACTATTTGAAATA
64 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATAACAAAACAAAA--GTC-ATACGATTTGAAATA
** * * * * **
334535 GATAATTATTCATTTAGTCAAAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAA-TT
126 GATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCGACT-TGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTT
* * * ** * * * ** *
334599 TCTATTTATTAATTTTTGGAACTTTAATAAATTTATATTATTTGATTTGAAATAAGCTGGTATGA
190 TTTACTTATTAATTTGTCAAAATTTAATAAATTAATATTATTTGAATCCAAATAAGCTGGTATAA
* ** * * * *
334664 ATAAAATGAATTATTTATGACAAAACAAATGGTTAAAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAAT
255 AAAAAATGAATTATTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * *
334729 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCGTTAAACAGATTC
320 AGACATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTA
* * * ** *
334766 ATTTTTTAAAATCTCTTAATCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGA
1 ATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
* * * *
334831 ATAAGCCTATATGAATTGATACAAATGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATTACGATTTGAAATA
63 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCA-TACGATTTGAAATA
* * * * * *
334896 GATAATTATTCAAAT-GATTATGACTATTAGGACTTATTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATT
126 GATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATT-CGACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATT
* * *
334960 TTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
189 TTTTACTTATTAATTTGTCAAAAT-TTAATAAATTAATATTATTTGAATCCAAATAAGCTGGTAT
* * * *
335024 AAACAAAAAT-AATTTTTTTTTGACAAGACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTC
253 AAA-AAAAATGAA-TTATTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAACAATTTAAAATAAATAATTGTTC
* *
335088 AAATAGACATAACTATTTAAATTTATTCGATAAATAGATTTA
316 AAATAGACATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGA-TTA
* *
335130 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTTGAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTGAAA
1 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AA
* * * * *
335195 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAT-TATTTCATCACAAAACAAAAGATTATAGTGTTTTGAAAT
64 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGT-TTT-ATAACAAAACAAAAG-TCATA-CGATTTGAAAT
* * * * * *
335259 AGATAGTTGTTCAAATAGTTATAAGTATTTCAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATT
125 AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA-TTCGACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATT
* ** * ** * * *** * *
335324 TCTTACTTATTAAGCT-TCAGAATATTAATAGGTT-AGATTATGTT-ATTTTGAATAAGCTTGTC
189 TTTTACTTATTAATTTGTCAAAAT-TTAATAAATTAATATTAT-TTGAATCCAAATAAGCTGGTA
* * * * * * * * *
335386 TGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT---A-TA-TTAAAGTACATAATTGTT
252 T-AAAAAAAATGAATT-ATTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAACAATTTAAAATAAATAATTGTT
* ** * ** ** *** * * *
335445 TAAATAGTTAAAACTATTTGCA-TTGGTCAGGCCAATAAATTC
315 CAAATAGACATAACTATTTAAACTTATTC-GATAAACAGATTA
* * * *
335487 ATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTTGTTCTGA
1 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-TGA
* * * * * *
335552 ATAAGAC-TATATGAATAGAAAC-AAT-TATTTATGATAAAACAACTAGTCATAACAATTTAAAA
63 ATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAAATGT-TTTATAACAAAACAA-AAGTCAT-ACGATTTGAAA
* * * * * * * *
335614 TAAATAATTGTTCAAACAGTTA-AACTTATT-GAACTAGTTTAGTAAATAAGTTTATTGTTTAAG
124 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAAC-TATTCG-ACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *** * * **
335677 TCTCTTACTTATTAATTT-TGAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTAT
187 TTTTTTACTTATTAATTTGTCAAAAT-TTAATAAATTAATATTATTTGAATCCAAATAAGCTGGT
* ** * ** * * * ** * **
335741 TTGAACGAAAATG-TTTGCTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTT
251 AT-AAAAAAAATGAATTATTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAACAATTTAAAATAAATAATTGTT
* * * *
335805 CAAATAGTA-A-AATTATTTGAAC-TAGTTCGACAAATAGAATT-
315 CAAATAG-ACATAACTATTTAAACTTA-TTCGATAAACAG-ATTA
* * * ** * *
335846 A-TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTGTTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAA
* * *
335910 TAAG-TTATTAAGAACTA-AAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
64 TAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAAA-TGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTCAT-ACGATTTGAAA
335972 TA
124 TA
335974 AAGAATTGTT
Statistics
Matches: 948, Mismatches: 206, Indels: 111
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 75 0.08
356 74 0.08
357 83 0.09
358 141 0.15
359 25 0.03
360 29 0.03
361 74 0.08
362 135 0.14
363 194 0.20
364 114 0.12
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATAACAAAACAAAAGTCATACGATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTTATAACTATTCGACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACT
TATTAATTTGTCAAAATTTAATAAATTAATATTATTTGAATCCAAATAAGCTGGTATAAAAAAAA
TGAATTATTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGACAT
AACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTA
Found at i:336139 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 336033--336179 Score: 242
Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 75
336023 TTTATTTTTT
*
336033 AAATCTCTTAGTTCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCT
1 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCT
336097 TATATGAATAG
65 TATATGAATAG
* *
336108 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
1 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
*
336173 GTATGAA
66 ATATGAA
336180 GATAAATAAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 4, Indels: 2
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
75 66 0.99
76 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (75 bp):
AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
ATATGAATAG
Found at i:337366 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 336422--341351 Score: 2281
Period size: 180 Copynumber: 27.2 Consensus size: 180
336412 ATAAATGTTC
* * * * * * *
336422 AAGCTTTTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
336486 TAATTATACAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAA-TT-TTTTTT-AAT-TTC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-
* * *
336547 TTGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
130 TTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * *
336599 AAG-TATGTATGAACTA-AAACAATTTTTTTATGACTAAACTAAATGCT-AGAATGATTTGAAAT
1 AAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
336661 GGATAATTGCTCTAATAGTCTTAACTATGTGAA-TTGATTCGGCAAAC-AATTTATTTTTTAAAT
63 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
336724 C-----CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGAAATATTTTACTCTAAAT
127 CTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * ** *
336774 AAGTTTGTATGGACAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAATAAA-GATCATAACAATTTGAGATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
336838 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAGAGATTTAATTTTTAAATC-TC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * *
336902 T--TTA-TAATTTTTAAA-ATTGTAATAAATTAGCATTCTTTTATTTTAAAT
131 TACTTATTAATTTTGAAATA-T-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
** ** ** * *
336950 AATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGGAATAT
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * * *
337014 ATAATAGCTCAAATGGACATGACTAGTTGAACTTATTTGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
337079 TAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATT-TCAAAT
130 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * * *
337131 AAACTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAAAAAAAT-ATCGTAATGATTTGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * **
337194 AGAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAAACAAATTTATTTTTCGAATCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
337258 TTTACTTATTAATTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
129 TTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * *
337310 AAGCTTGTTTGAATAGAAACAACTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ***
337375 TAATTATTCAAATAGTCATATA-TATTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
337438 TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TAATATTGTATTCGAATT
130 TTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * *
337490 AAGCTTGCATAAATA-AAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGTTTTAAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
337554 ATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAATTCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * *
337619 CTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
129 TTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA----TTAG------TA-TTA--TTTT--A--TTC
337684 TACATATT
176 TA-A-A-T
* * * * *** ** *** * * * *
337692 AA--TTGTCA-AAATATTAATA-AATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGAATAAATAGAA
1 AAGCTTGT-ATGAATA-GAA-ACAATT-GTTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-AATGATTTGAA
** * *** * * * * * *
337753 ATAG-TGGTTTTATGACAAA-ACAAAAAAGTCA-TAGCAA--T-TT--G-AAATAAA-TAATTAT
61 ATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCATAACT-ATTTG-AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT
* * ** * * * **
337808 TCAAATAGTCATAATGAGTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTCTTTAAATGTTTTACTTAT
121 TTAAAT-CTTTTACTTA-TT-AA-TT-TT--G-AAAT--A-TTA----ATAAAT-TAGTA-TTAT
337873 TAATTA-TCTTAACAT
169 T--TTATTC-TAA-AT
* * * * ** * * * **
337888 AATTTGTATTTTTTATTCAAAATA-AAACCA-TGTATGAATAAAATAAATCATTTTATGACAAAA
1 AA---G---CTTGTA-T--GAATAGAAACAATTGT-TTTATGACA-AAA-CA---AATG----GT
* * * * * * * * * *
337951 CAAAAGGTTATATCAATTTCAAATAGATAATCGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTG
47 CATAA--TGATTTGAA-AT-AGATA-AT--T-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * *
338016 GTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TTCTTAATTTTTAATTTTTGGAATATAAATAGCA-TAGTAT
104 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATA-AATTAGTAT
* *
338079 TATTTT-TTTTTAAT
166 TATTTTATTCTAAAT
* * ** * * * *
338093 AGGCTTATATGAACTAG-AATGATTTTTTTATCACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
338157 GATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTCTAAATTT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** *
338222 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAAT
129 TTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAAT
* * *
338275 AAGCTTGTGTGAACA-AAAAATATTGTTTTAT-AGC-AAA-AAA--GTCATAA-GATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGA-CAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATA
** * * * *
338333 -AGTAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
64 GA-TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
** * *
338396 C---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCTGAAC
127 CTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * *
338447 AAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAATTGTTATAATGATTTCAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
** * * * * * * * *
338512 TTGTTATTCAAATAGTCATAATTATTTTAA-TTGGATAGATAAACAAAATTATTTTTTTAAT-TT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
338575 CTTAGTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAAT
130 -TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * * ** *
338628 AAACTAGCATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** *
338693 ATAATTGTTTATATAGTCTTAACCATTTGAAC-TGATTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * * * *
338757 CTTATTTATTAATTTACAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
129 TTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * *
338810 AAACTTGTATGAACA-AATATAATTATTTTATGGC-AAA-AAATGGTTATAATGATTTGAAGTAT
1 AAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * * * * *
338872 ACGATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
338937 TTATTTATTTATTTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAAT
130 TTACTTA-TTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * * * * * **
338989 AAGCTTATATG-ATCAAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** * * * *
339053 ATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGTAC-TGATTCAATAAACAGATTCATTTTTCAAATCA
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** * *
339117 CCTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATT-TCAAAT
129 TTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * *
339169 AAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCAT-ACGATTTTAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * **
339231 ACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATCTAAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTTAAA-C
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATC
* * * * * **
339295 TCTTGCTTATTAATTTTTGAACTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
128 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * *
339349 AAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGTCAAAACAAAAT-GTCATAATGA-TAGTAAAT
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTG-AAAT
* *
339410 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT
63 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT
* * * * * **
339475 CTTTTGCTTATTAATTTTTTCG-AATGTTAACAAATTTGAATTATTTTATTCCGAAT
127 CTTTTACTTATTAA--TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * * * **
339531 AAGCTTATAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGGCTAAACAAAAT-ATTAGAACAATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATA
* * ** * * *
339594 GATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTAAAT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT
* * * * * *
339658 CTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAGT-TGAAT
127 CTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAAT
* * * *
339713 AAGCTTATAT--A-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATTC-TAATGACTT-AAGATT
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATG-GTCATAATGATTTGAA-ATA
* * * * * * *
339772 GATATTTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
339837 ATTACTT-CTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
129 TTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * *
339889 AAGGTTGTATG-ATCAAAAAGAATTATTTTATGATAAAAC-AATAGGTCATAATGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAT-GGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
339952 GATAATCGTTCAAATGGCCGTAATTA-TTGTAAC-TGATTCGATAAACAGATCTATTTTTTAAAT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
340015 -TTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTA--ATTATTTTACTCCAACT
127 CTT-TTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * ** *
340068 AAGCTTGTATTAGCT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAT-GTTATAACAATTTTAAATA
1 AAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
340131 GACAATTGTTCAAATCA-TAATAACTATTTGTACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAAT
64 GATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT
* * * * *
340195 CTCTTT-CTCA-TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATCAATATTAATTTATTCTAAAT
127 CT-TTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * *
340249 AAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAT-GTCAGAACGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
340312 GATAATTATT-TAATAGTCTTAACCATTTTAA-TTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *** * * * *
340375 TCTTAAC-CATTTATTTT----T-TAAATCTCTTATTACT-TTTAATT-TGAAT
128 T-TTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * ** *
340421 AAGCTTGTATGAACA-AAATAATTGATTTACGGCAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAAAAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * ** ** * *
340485 CAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTG-ACTAGTTCGACAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-
* * * *
340548 TTGGC-TATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCCAAT
130 TT-ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
** * * * * * * *
340600 AAAATAGTAT-AAGTAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** ** * *
340664 ATAATTATTCAAAATAGTCAAAACTATTT-AAAATGCTTTAGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATC
65 ATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
340728 TCTTACTGATTAAGTCTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTTCAAAA
128 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * *
340783 AAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAACA-GGTAATAACGATTTGAAAT
1 AAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA-ATGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
340845 AGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAAT
63 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
340909 C---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGAT
127 CTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * *
340960 AAGCTTTTAGGAACTA-AAACAATTGTTTGATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTTAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
341024 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTGTTCGGTGAACAGATTTATTTTTTCAAATCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT
** * * * *
341089 CATGCTTACTAACTTTTCG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
129 TTTACTTATTAA-TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * *
341142 AAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTATATTACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * * *
341206 ATAATTATTCTAATAATCTTAATTATTTGAGCTAGTTTGATAAAC-CATTTATTTTTTAAAAC--
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
341268 -T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTTAATCCAAAT
130 TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAAT
*
341319 AAGCTTGTATG-ATCATAAACAATTGTTTTATGA
1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA
341352 GAATGTTAGC
Statistics
Matches: 3614, Mismatches: 852, Indels: 574
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 8 0.00
171 69 0.02
172 94 0.03
173 22 0.01
174 62 0.02
175 95 0.03
176 198 0.05
177 325 0.09
178 224 0.06
179 437 0.12
180 619 0.17
181 518 0.14
182 478 0.13
183 170 0.05
184 5 0.00
185 8 0.00
186 1 0.00
187 6 0.00
189 4 0.00
192 2 0.00
193 4 0.00
195 4 0.00
196 9 0.00
197 21 0.01
198 12 0.00
199 14 0.00
200 17 0.00
201 7 0.00
202 31 0.01
203 16 0.00
204 18 0.00
205 12 0.00
206 5 0.00
207 12 0.00
208 1 0.00
209 7 0.00
210 3 0.00
211 6 0.00
212 3 0.00
213 3 0.00
214 4 0.00
215 3 0.00
216 2 0.00
217 1 0.00
218 11 0.00
219 7 0.00
220 3 0.00
221 5 0.00
222 4 0.00
223 4 0.00
224 9 0.00
225 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
Found at i:338022 original size:423 final size:420
Alignment explanation
Indices: 337233--338069 Score: 943
Period size: 423 Copynumber: 2.0 Consensus size: 420
337223 AACTCGCTTG
* * ** * *
337233 GTAAACAAATTTATTTTTCGAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTAT
1 GTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACATATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* ** * ** * ** **
337298 TTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAACTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATG
66 TTTAATCCAAATAAACTTGAATAAATAGAAACAACTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
* *
337363 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATATATATTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATT
131 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATATAGTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATT
* * * * * *
337428 TTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATAATATTGTATTCGAATTAAG
196 CTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCTTGAACATTAAT--ATTTAT-ATATTGTATTCAAATAAAC
* * * * **
337493 CTTGCATAAATAAAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGTTTTAAAATAGATAA
258 CATGCATAAATAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAGATAA
* * * * *
337558 TTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTA
323 TCATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATT-TCTTA
* *
337623 CTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGTTTA
387 ATTTTTAATTTTTGGAATATAAATAAATTGTTTA
* *
337657 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACATATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * *
337722 TTTTAATCCAAATAAACTTGAATAAATAGAAA-TAGTGGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATA
65 TTTTAATCCAAATAAACTTGAATAAATAGAAACAACTGG-TTTATAACAAAAC-AAAAAGTCATA
* * *** * *
337786 GCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA-ATGAGTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
128 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATAT-AGTTGAACATGTTCAAAAAACAAATT
*
337850 TATTCTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTT-AACA-TAAT-TTGTAT-T-TTTTATTCAAAA
192 TATTCTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TCTTGAACATTAATATT-TATATATTGTATTC-AAA
* * * * *
337910 TAAAACCATGTATGAATAAAATAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-ATCAATTTCAAA
253 T-AAACCATGCATAAATAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAT-AATTTAAAA
* * * **
337974 TAGATAATCGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
316 TAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
338039 TTCTTAATTTTTAATTTTTGGAATATAAATA
381 TTCTTAATTTTTAATTTTTGGAATATAAATA
338070 GCATAGTATT
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 61, Indels: 22
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
421 7 0.02
422 34 0.10
423 104 0.30
424 42 0.12
425 60 0.18
426 74 0.22
427 18 0.05
428 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (420 bp):
GTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACATATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTAATCCAAATAAACTTGAATAAATAGAAACAACTGGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATATAGTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATT
CTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCTTGAACATTAATATTTATATATTGTATTCAAATAAACCAT
GCATAAATAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAGATAATCA
TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTAATTT
TTAATTTTTGGAATATAAATAAATTGTTTA
Found at i:338260 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 337658--341308 Score: 2265
Period size: 182 Copynumber: 20.4 Consensus size: 181
337648 AATTGTTTAG
* * * * ** *
337658 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * * ** *
337723 TTTAATCCAAATAAACTTGA-AT-AAATAGAAATAGTGGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATA
66 TTTATTTTGAATAAGCTT-ATATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATA
*** * * * *
337786 GCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TGAGTTGAACTTGTTCGG
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TGTTCGA
* * * * *
337840 TAAATAGATTTATTCTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTT--AACA-TAAT---TT-GTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * *
337898 -TTTTATTCAAAATAAAACCATGTATGAA-TAAAATAAATCATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTT
64 ATTTTATTTTGAAT--AAGCTTATATGAACTAAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTC
* * * * * * * *
337960 AT-ATCAATTTCAAATAGATAATCGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGG
126 ATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA
* * * * * * *
338017 TAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTAATTTTTAATTTTTGGAATATAAATAGCA-TAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTA
* * * ** * *
338081 TTTT-TTTTTAATAGGCTTATATGAACTAGAATGATTTTTTTATCACAAAACAAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA
* * * * *
338145 TGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGA
130 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* * * * * **
338198 TAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
338263 TTTAATTTGAATAAGCTTGTGTGAAC-AAAAAATATTGTTTTAT-AGC---A-AAAAA-GTCATA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAA-ATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGGTCATA
* *
338321 A-GATTTGAAATA-AGTAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA
129 ATGATTTGAAATAGA-TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* **
338374 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
338435 TTTATTCTGAACAAACTTATATGAA-TAAAAACATT-TGTTTAATGACAAAAC-AAATTGTTATA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTAT-TTT-ATGACAAAACAAAAAGGTCATA
* ** * * * * * *
338497 ATGATTTCAAATAGATTGTTATTCAAATAGTCATAATTATTTTAATTGGATAGA
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* * * * * * *
338551 TAAACAAAATTATTTTTTTAATTTCTTAGTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * *
338615 TTTTATTTTGAATAAAC-TAGCATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCAT
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAT
** * * * * *
338678 AACAATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGA
128 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA
* * * * *** * *
338733 CAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTACAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
338798 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AAATATAATTATTTTATGGC--AA-AAAATGGTTATAA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA
* * ** * *
338859 TGATTTGAAGTATACGATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGGTTC-A
130 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* * * * *
338911 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTTATTTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
338976 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATC-AAAAACAATTATTATATGACCAAAC-AAAAGGTAATA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATA
** * * * * * *
339039 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGTACTGATTCAA
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA
* * * * *
339093 TAAACAGATTCATTTTTCAAATCACCTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
339157 ATTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCAT-AC
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
339219 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATCTAAATTTGTTCAA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGA
* * * *
339271 TAAACAAATTTATTTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAACTATTAAGAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
339335 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT-GTTTATGTCAAAAC-AAAATGTCATA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATA
* * * *
339398 ATGA-TAGTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
129 ATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA
* * * * * * *
339452 TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTCG-AATGTTAACAAATTTGAAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
339516 TATTTTATTCCGAATAAGCTTATAAGATA-TGAAACAAA-TATTTTATGGCTAAACAAAATA--T
63 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ACT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGGT
* * ** * * ** * * *
339577 TAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGG
125 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* * ** * *
339635 CAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
339700 TTTT-TAGTTGAATAAGCTTATAT-AA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTC-TA
65 TTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATA
* * * * * * *
339759 ATGACTT-AAGATTGATATTTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG
129 ATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* * * *
339813 TAAACAGATTTATTGTTTAAATCTATTACTT-CTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
339877 TTTATTTTGAATAAGGTTGTATGATC-AAAAAGAATTATTTTATGATAAAAC-AATAGGTCATAA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA
* * * * *
339940 TGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCCGTAATTA-TTGTAACTGATTCGA
130 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTG-TTCGA
* * **
339993 TAAACAGATCTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTA--ATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * * * *
340056 TTTA-CTCCAACTAAGCTTGTATTAGCTGAAACAATTGTTTTATGACAAATC-AAAATGTTATAA
66 TTTATTTTGAA-TAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA
** * * * * *
340119 CAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATCA-TAATAACTATTTGTACTTGTTTGA
130 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA
* * * * *
340172 TAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCTCA-TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATCAATATT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
340235 AATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAATGTCAGA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATA
* * * * * * *
340299 ACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTCTTAACCATTTTAATTGATTC-A
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA
* * * * *
340351 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAAC-CATTTATTTTT----TA--AAT--CTCT--TAT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTAT
* * * * * *
340405 TACTTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATAATTGA-TTTACGGCAAAAGAAAAA-GTC
63 TA-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGGTC
* * * * *
340467 ATAATGATTTGAAAAAGACAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTG-ACTAGTTCGA
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* ** * * * * * *
340523 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * ** * * *
340587 TTTTATTTCCAATAA-AATAGTAT-AAGTAGAACCAATTATTTGATGACAAAA-TAAAAGGTTAT
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAT
* * * * *
340649 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGCTT-TA
128 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA
* * * * * * * *
340704 GTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAGTCTTGCAATATTAATAAATTAATATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
340769 TTTTTTTTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AACAGGTAA
65 TTTTATTTT-GAATAAGCTTATATGAACT-AAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCA
* * * * * *
340831 TAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGA
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA
** *
340887 TAAACTA-ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * **
340947 TTTTATTTT-AGATAAGCTTTTAGGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAAC-AAATTGTCATA
65 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATA
* * * * *
341010 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTGTTCGG
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA
* * * * * * *
341064 TGAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTACTAACTTTTCG-AATGTTAATAAATTAATATT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
341128 ATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTATATTACTAAAC-AAAAGGTCAGA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATA
* * * * * * *
341192 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAATTATTTGAGCTAGTTTGA
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA
* * ** * *
341246 TAAAC-CATTTATTTTTTAAA--AC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTGGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
341306 TTT
66 TTT
341309 TAATCCAAAT
Statistics
Matches: 2700, Mismatches: 609, Indels: 326
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 87 0.03
172 104 0.04
173 2 0.00
174 4 0.00
175 14 0.01
176 154 0.06
177 270 0.10
178 200 0.07
179 376 0.14
180 354 0.13
181 450 0.17
182 504 0.19
183 171 0.06
184 8 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGA
Found at i:339418 original size:359 final size:361
Alignment explanation
Indices: 337658--341351 Score: 2445
Period size: 359 Copynumber: 10.3 Consensus size: 361
337648 AATTGTTTAG
* * * * ** *
337658 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
337723 TTTAATCCAAATAAACTTGA-AT-AAATAGAAATAGTGGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATA
66 TTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAAC--AAAAGTCATA
*** * * * * * * *
337786 GCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TGAGTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTTAATTTGTTCAGTAAACAAATT
* * * * * **
337850 TATTCTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTT--AACA-TAAT---TT-GTATT-TTTTATTCA
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
* * * * * ** * * * *
337907 AAATAAAACCATGTATGAA-TAAAATAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATATCAATTTC
254 GAAT--AAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
337971 AAATAGATAATCGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTG-TTTGG
316 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGA
* * * * * * *
338017 TAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTAATTTTTAATTTTTGGAATATAAATAGCA-TAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTA
** * * ** * *
338081 TTTT-TTTTTAATAGGCTTATATGAACTAGAATGATTTTTTTATCACAAAACAAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAA
* * * * * *
338145 TGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTA-TTTGATCTAGTTC-GATAAACATATT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAAT-TTGTTCAG-TAAACAAATT
* * * * ** * *
338208 TATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGA
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
* * *
338273 ATAAGCTTGTGTGAAC-AAAAAATATTGTTTTAT-AGC--AA-AAAA-GTCATAA-GATTTGAAA
256 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* *
338331 TA-AGTAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA
319 TAGA-TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA
* **
338374 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
338435 TTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAA-TAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAATTGTTATA
66 TTTATT-TCAA-ATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATA
* ** * * * *
338497 ATGATTTCAAATAGATTGTTATTCAAATAGTCATAATTATTTTAATTGGAT-AGATAAACAAAAT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTCAG-TAAACAAATT
* * * * * *
338561 TATTTTTTTAATTTCTTAGTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTGA
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
* * * * * * * * *
338626 ATAAACTAGCATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAAT
256 ATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
338691 AGATAATTGTTTATATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGA
320 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA
* * * * *** * *
338733 CAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTACAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * ** *
338798 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AAATATAATTATTTTATGGCAAAA-AATGGTTATAATG
66 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATG
* * ** * * * * * *
338861 ATTTGAAGTATACGATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATT
* * * * * *
338926 TTTTAAATCTCTTATTTATTTATTTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
195 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * * * * *
338991 GCTTATATGATCAAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATA
260 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
339056 ATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGTACTGATTCAA
325 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA
* * * * *
339093 TAAACAGATTCATTTTTCAAATCACCTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
339157 ATTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCAT-ACGA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGA
* * * * * * *
339221 TTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATCTAAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTCAGTAAACAAATTTA--T
* * * * *
339286 TTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAACTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATA
194 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
339350 AGCTTTTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGA-TAGTAAATAAA
259 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGA
* *
339413 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
323 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGA
* * * * * * *
339452 TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTCG-AATGTTAACAAATTTGAAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * *
339516 TATTTTATTCCGAATAAGCTTATAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGGCTAAACAAAATATTAG
63 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT
** * ** * * ** * *
339580 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATT
126 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTCAGTAAACAAATT
** * *
339645 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAGTT
191 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTT
* * * *
339709 GAATAAGCTTATAT-AA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTC-TAATGACTT-AA
254 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
339768 GATTGATATTTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGG
318 -ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA
* * * *
339813 TAAACAGATTTATTGTTTAAATCTATTACTT-CTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * *
339877 TTTATTTTGAATAAGGTTGTATGATCAAAAAGAATTATTTTATGATAAAACAATAGGTCATAATG
66 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATG
** * * * * * * * *
339942 ATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCCGTAATTATTGTAA-CTGATTC-GATAAACAGATCTA
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTG-TTCAG-TAAACAAATTTA
* ** * **
340005 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATT-A-ATTATTTTA-CTCCAAC
193 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA-
* * * * * * *
340067 TAAGCTTGTATTAGCTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAATGTTATAACAATTTTAAATAG
257 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *
340132 ACAATTGTTCAAATCA-TAATAACTATTTGTACTTG-TTTGA
322 ATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGA
* * * * *
340172 TAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCTCA-TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATCAATATT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
340235 AATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGA
64 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
* * * * *
340299 ACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTCTTAACCATTTTAA-TTGATTCAGTAAATAAATT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTG-TTCAGTAAACAAATT
* * * *
340362 TATTTTTTAAATCTCTTAAC-CATTTATTTTT----TA--AAT--CTCT--TATTACTTTTAATT
191 TATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAATATTA-TTTTATTT
* * * * * * * *
340416 TGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATAATTGATTTACGGCAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAA
253 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
340480 AAAGACAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTG-ACT-AGTTCGA
318 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA
* ** * * * * * *
340523 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
340587 TTTTATTTCCAATAA-AATAGTAT-AAGTAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
* ** * *
340650 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATAGTCAAAACTA-TTTAAAATGCTTTAGTAAGCAAAT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTTAATTTG-TTCAGTAAACAAAT
* * * * * *
340714 TTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAGTCTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTTC
190 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT-
* * * * *
340779 AAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAACAGGTAATAACGATTTGA
254 GAATAAGCTTGTATGAACTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
340842 AATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGA
317 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA
** *
340887 TAAACTA-ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
340947 TTTTATTTTAGATAAGCTTTTAGGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAATTGTCATAAT
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAAT
* * * * * * * * *
341012 GATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTGTTCGGTGAACAGATTTAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTCAGTAAACAAATTTAT
* * * * * * *
341077 TTTTTCAAATCTCATGCTTACTAACTTTTCG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAA
194 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * *
341141 TAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTATATTACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAG
257 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
341206 ATAATTATTCTAATAATCTTAATTATTTGAGCT-AGTTTGA
322 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA
* * ** * *
341246 TAAAC-CATTTATTTTTTAAA--AC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTGGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * *
341306 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGATC-ATAAACAATTGTTTTATGA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA
341352 GAATGTTAGC
Statistics
Matches: 2599, Mismatches: 597, Indels: 278
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 18 0.01
351 103 0.04
352 74 0.03
353 221 0.09
354 51 0.02
355 31 0.01
356 8 0.00
357 115 0.04
358 305 0.12
359 567 0.22
360 466 0.18
361 222 0.09
362 142 0.05
363 138 0.05
364 136 0.05
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA
Found at i:341036 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 341015--341054 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
341005 TCATAATGAT
*
341015 TTTAAATAG-ATAATTG
1 TTTAAATAGCATAACTG
341031 TTTAAATAGTCATAACTG
1 TTTAAATAG-CATAACTG
341049 TTTAAA
1 TTTAAA
341055 CTTGTTCGGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.43
18 12 0.57
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATAGCATAACTG
Found at i:343273 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 342940--345417 Score: 1655
Period size: 182 Copynumber: 13.8 Consensus size: 179
342930 TAAAGTATAC
* * * * *
342940 AATTGTTCAAATGGTCATTACTATTT-AAATTGGTTT-GATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTC
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TC
** * * *** *
343003 TTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAACTCGTATAAT
63 -TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT--TAT-AT
* * * * *
343068 -AA--AAAACAGTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGAT
124 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * * *
343121 AATTGTGAAAAT-GACCATAATTATTTGAACTTCTTTGGTAAACAAATTCAATTTTTAAA-TC-A
1 AATTGTTCAAATAG-CCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTA
* *
343183 CTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
65 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA
* * * ** * * *
343248 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTATTATGACAAAAAAAGTAATAACAATTTGAAAT
130 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG------GTCATAACGA-T-TTGA-AA--T-AGAT
* * * * * *
343310 AGATAGTTCTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATC
1 --A-A-TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-
* * * * * * * * *
343375 TCTTACTAATTAACTTTTGAAATAATAAAAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATG
61 TC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG
* * * * *
343440 AACTAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATCGAT
125 AACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *
343496 AATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTGAAAGCTCT
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-TTC-
* ** * * *
343561 TGCTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
63 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * *
343626 TAAAACAATTATTCTAGGACTAAACAAAAGGTCA-AGATGATTTGAAATAGAT
128 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGAT
* ** * * * * * * * *
343678 AATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAATTTG-TTCGACAAATATATTTATTTTTTAAAATTTT
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATTCT
* * *** * *
343742 CAC-TA--ATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGAT
64 -ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAA
* * * * *
343803 C-AGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTCAAATTGAT
127 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
343855 ATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TC-T
* * * * * * * * *
343919 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGTTTTTATAAAAT
64 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
* * * *
343984 GAAACAATTGTTTTATGACACAATAAAAGCTCATAACGACTTT-AAATAGAT
129 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGAT
* * * * *
344035 AATTATTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTATTTAGTAAACAATTTTATTTTTTTAAATCTT
1 AATTGTTCAAATAGCCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAA--TT
* * * * * *
344099 TTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT-GATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
62 CTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
* * * * ** *
344163 ACTAAAATAATTGTTTTATGACAACATAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAAAT
126 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
344217 AATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTT-AAATTGGTTTAGCAAACACATTTATCTTTTAAAATCT-
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTA
* * * * * **
344280 CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTAATTCT-AATAAACTTGTATGAAAA
65 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
* * *
344344 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGAT
129 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * * **
344394 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAAC-TGTTTTGGTCAACATATTTAGCTTTTAAA-TCT-
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTA
* ** * ** *
344456 CTAATTAATTTTTAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGA-ATGAACA
65 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-ATATGAACT
* * *
344520 AAAATAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG--ATA-AT
129 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *** *
344568 AATTTTTCATATA-CTTATGA-TATTT-TTTTTGTATA--AAAC-AA-TTATTTTTTAAATCTCC
1 AATTGTTCAAATAGC-CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-C
** * * * **
344626 TACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGTAAATAAACTTGCATGAA-
63 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
** * *
344690 TAAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGACCATAACTATTTGAAATAAAT
128 TAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * * *
344743 AATTGTTCAAACAGATATAACTATTTGAACTTGCTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTC
* * * * * *
344807 TACTTATTCATTTTCGGAATATTAATGAACTAGTATTA-TTTA-TTTCAAAAACGCTTATATGAA
63 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTATATGAA
* * * *
344870 C-AGAAACAATTAG-TTTATGACAAAA-GAAAGGTTATAACTATTTGAAATAAAT
127 CTA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * *
344922 AATTGTTCAAATAATTC-TAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAAA--T-TTTTTTAATTTTT
1 AATTGTTCAAAT-AGCCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCT
* *
344982 ACTTATTAATTTTTGGCATATCAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAA
64 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAA
* * ** * *
345045 C-ATAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAA
127 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-AT
** * * * * * *
345099 AATAATTCATATA-CTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAAGTTTATTTCTTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGC-CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TC-
* * * *
345163 TACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCCTATCTGAA
63 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTATATGAA
* * * * * * *
345227 CTGATATAATTGTTTTATGACGAAACAAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
127 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * * * * *
345281 AATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTT
1 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTCT
* *** * * * * * * *
345346 ACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAATTTAATATTGTTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACA
64 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
345411 AAAACAA
129 AAAACAA
345418 AAAGTCTTAA
Statistics
Matches: 1806, Mismatches: 378, Indels: 225
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 1 0.00
170 4 0.00
171 4 0.00
172 90 0.05
173 7 0.00
174 53 0.03
175 74 0.04
176 116 0.06
177 248 0.14
178 144 0.08
179 140 0.08
180 107 0.06
181 118 0.07
182 436 0.24
183 95 0.05
184 5 0.00
185 3 0.00
186 4 0.00
187 1 0.00
188 1 0.00
189 5 0.00
190 2 0.00
191 2 0.00
192 6 0.00
193 46 0.03
194 1 0.00
195 2 0.00
197 55 0.03
198 26 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTAC
TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
Found at i:343653 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 343278--352549 Score: 5752
Period size: 181 Copynumber: 51.8 Consensus size: 180
343268 AACAAAAGTA
* ** * * * * *
343278 TTATGACAAA-AAAA-GTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTCTTCAAATGGCCATAATTATTTG
1 TTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
343341 AACTTATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAACTTTTGAAATAATAAAAA
66 AAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
343406 AGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAACAATTGTT
131 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTT
* * * * *
343457 TTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATCGATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * **
343522 GAAATTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTGAAAGCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATATTAAT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* *
343587 AAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * ** *
343639 CTAGGACTAAACAAAAGGTCA-AGATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
343703 TGAATTTG-TTCGACAAATATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTCAC-TA--ATTTTTTGGAATATT
64 TGAAATTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
343762 ATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATC-AGAAACAATTGTT
126 AATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * *
343817 TTATGAGAAA-ACAAAGATCATAATGATTTCAAATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
343881 GAACTAGTTTAGAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTA
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * *
343945 AAGTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGTTTTTATAAAATGAAACAATTGTT
130 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * *
343996 TTATGACACAATAAAAGCTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATTTAT
1 TTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTAT
* * * * *
344059 TTGAACTTATTTAGTAAACAATTTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTT
63 TTGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATT
* *
344123 AATAAATT-GATATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTT
126 AATAAATTAG-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * * *
344178 TTATGACAACATAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTT
1 TTATGACAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
344243 -AAATTGGTTTAGCAAACACATTTATCTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATT
65 GAAATT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * **
344304 AATTTAGTATTATTTTAATTCTAATAAACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * *
344356 TTATGACAAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
1 TTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** * *
344420 -AAACTGTTTTGGTCAACATATTTAGCTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTTTAAAATATTGAT
65 GAAATTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * * *
344480 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGAATGAACAAAAATAACTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * *
344532 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG--ATA-ATAATTTTTCATATACTTATGA-TATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * *
344593 -TTTTTGTATA--AAAC-AA-TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-ATAATATTAAT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * *
344652 AAATTAGTATTATTTTATTGT-AAATAAACTTGCATGAA-TAAGAACAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACTAA-AACAATTGTT
** * *
344704 TTATGACAAAACAAAAGACCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGAT-ATAACTAT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTAT
* * * * * * *
344767 TTGAACTTGCTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTTTCGGAATATTA
63 TTGAAATTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
344831 ATGAACTAGTATTA-TTTATTTC-AAAAACGCTTATATGAAC-AGAAACAATTAG-T
127 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAACTA-AAACAATT-GTT
* * *
344884 TTATGACAAA-AGAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATTC-TAACTAT
1 TTATGACAAACA-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTAT
* * * ** *
344946 TTG-AATGTGTTTAGAAAATAAA--T-TTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGCATATCA
63 TTGAAAT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* *
345005 ATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTATATGAAC-ATAAACAATTATT
127 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* ** ** * ** * *
345059 TTATGACAAAATAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAAATAATTCATATACTCATAACTATT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
345124 T-AAACTTGTTCAGTAAATAAGTTTATTTCTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAA
64 TGAAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * *
345188 TAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCCTATCTGAACTGATATAATTGTT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* ** * * *
345241 TTATGACGAAACAAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATT
1 TTATGAC-AAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ** *
345306 T-AAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAA
64 TGAAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * **
345370 TAATTTAATATTGTTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAAAAGTCT
128 TAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTGT-T
* ** * * * * * * *
345425 TAATGATTTGAA-ATAA----ATAATTA-TTCAAATAATCATAACTAT-TTGAATTTATTCTATA
1 TTATGA--CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-A-GATAA-T-TGTTCAA-ATAGTC-AT-
* * * * * * * *
345483 AACATAGTT---ATT-TTT--TAAATC--TTTTACTTATTAATTGTCTGA-ATATTAA-------
57 AAC-TATTTGAAATTGTTTAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
345532 --TA--AAT--A-T-GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTCTATGAA-TAGAAAAAATTATT
120 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * *
345585 TTATGACAAA-AAAAGGTTACAACGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTCATAAATATTTG
1 TTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
345649 AACTTGTTCAATAAATATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
66 AAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
** ** * * *
345714 ATTAAAATTATGATATTTCGAATAAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTATT
131 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * *
345764 TTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACCATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** ** * * *
345828 G-CATTGGCCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAA
65 GAAATTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
** * * * *
345891 TAAATTAACATTACTTTA-TTCTGAATAAGAC-TATATCAA-TAGAAACAATTTTTT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACAA-TTGTT
* * * * * * *
345945 TTATGACAAA-ATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAAATAGA-TATTCAAATTGTTATATCTAA
1 TTATGACAAACA-AAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * ** *
346008 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTTA---A-TGATTTTCAAAATACTAA
63 TTGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
346069 TTAATTAATATTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAAC-AAAACATTTGCT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
** * * * *
346121 TTACAACAAAACAAAAGATCATAAT-AGTTTGAAATTGATAATTATTCATATAG-CATTAACTAT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTAT
* * * * *
346184 TT-TAATTGGTTTTGCT-AACAAATATATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATAT
63 TTGAAATT-GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * * * * *
346246 TATTAGATTAGTCTTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATGAAC-ATAAATAATTATT
125 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * *
346302 TTATGACAAAACAAAATGTTATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
346367 GAACTAGCTCACTAAACAGATTTTTTTTTTAAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * ***
346432 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * ** * * *
346484 TTATGACAAAACAAAAGTTCACAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAGGGCCACAATTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * **** ** *
346549 G-AATTGATTCGATAATTTGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTT-TTCAATTTTTGACATATTAA
65 GAAATTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAA
** * * * *
346612 TAAAGCAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * * *
346665 TTATTATAAAAAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
1 TTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * * * **
346730 AATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATTTATTTCTTAATAATTTTTTAAA-AGTTACC
66 AAATTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAAT
* * * * * * * * *
346794 AAAATAGTATTATTTTATTTC-AATATGCATGCATGCATTGAAACTATTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * *
346845 TTATGAATAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
1 TTATG-ACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
346910 GAACTAGTTTAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TATTAAAATATTATTA
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** * * *
346974 GTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTT
130 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * ** * *
347025 TTATGTCAAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTT
1 TTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
347090 -AAACTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
65 GAAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * ** * * *
347150 AAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAATTTTATATGAACAAAAACAATTTTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
** ** * * * *
347202 TTACAACATAAC-AAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAATTATTT
1 TTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * ** * *
347266 GAACTTG-TTCGATAAACAGATTAATTTTTTAAGTTTCAAACTCATTAA-TTTT-ATTATATTAA
65 GAAATTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* *
347328 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * *
347381 TTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * *
347446 GAATTTACTCGAG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAATTTTAAT
65 GAAATT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
347510 AAATTAGTATTTTTTTATTACAAATAA-ATATGTATGGAC-AGAAATAATTGAT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * *
347562 TTATGACAAAATAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
347627 G-AATGAGTTAAGAAAACATATTTATTTTTT-AATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
65 GAAAT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* **
347690 AAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACAAATCATT
129 AAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTGTT
* * * *
347742 TTAAGACAAAACAGAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *** * * * **
347806 TGAACTTATTCAGTAAATTGATTCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAA
64 TGAAATTGTTTAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * ** * *
347870 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGTGCTGAAGCAATTGTT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * ** * *
347923 TTATTACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAGTAGTCATCACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * **
347988 -AAACTTGTTTGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
65 GAAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** ** * * * *
348052 ATTTTAAAATTATTTTA-ATCCAATTAAGTTTGCATGAA-TAAAAACAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTT
* ** * * *
348104 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT
* * ** * *
348168 TGGACTTGTTCGGTAATCATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTGTCTT--AATATT
64 TGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATT
* * * * * *
348230 ATTAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATTATCTGAAACAATTGTT
126 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * ** * * *
348285 TTATGACAAATCAAAAGGTTACAACAATTCT-TAATAGACAAGTGTTC--A-A--C-T---TATT
1 TTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
348340 CG-----G--TA--AACA-AATTCAT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTT
64 TGAAATTGTTTAGTAA-ACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATT
* * * * *
348393 AATAAATTATTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATGAACTAAAATAATTGTT
126 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * ** * * * *
348448 TTATGACTAAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATA-ATTAATTATTCTAATAGTCTTAACCATT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
348512 TG-AATTGATTCGATAAATAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAACTATTAT
64 TGAAATTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
348576 TCAATTAGTATTATTTTA-ATCCACATAAGCTTGTA-CAAATAAAACAATTATT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * ** * *
348628 TTACGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCCTTCATATAGTCTTAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * * * ** * * *
348693 GAATTTTTTTAGCAATTAATTTTATTTTTGAATTTTCTTGGTTATTAAATTTTAAAATATTATTA
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * *
348758 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAC-AAAACCAATTATT
130 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTT
* * * ** * * *
348809 TGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
348874 CAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAAT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAAT
* * * * *
348938 AAATTAGTATTATTTCATTTCG-ATCAAACTTTTATTAACAAAAACAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * *
348990 TTATGACAAA-ATTAAAAGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TCAT
1 TTATGACAAACA--AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-AT
* ** * * * *
349053 TTG-AACTGATTCGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACCTA-TAATTTTTTGAAATAG
63 TTGAAATTG-TTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * * *
349115 TAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAAA-AATTATT
125 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTT
* * ** * *
349171 TTATGACAAA-ATCAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCATCTAGTCTTAATTATT
1 TTATGACAAACA--AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
349235 TGAACTAGTTTGGCAAACATATTT-TTTTTTAAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTT-AGAATATT
64 TGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * * * *
349297 ACTATATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCCTGTATGAACAAAAATAATTGCT
126 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * ** *
349352 TTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
1 TTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * *
349417 -AAACTGGTTCGGTAAATAGATTAACTTTTCAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTT-AAATATTAA
65 GAAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAA
349476 TAAATTAGTA-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTAA--AAAACAATTGTT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG--AACTAAAACAATTGTT
* * * ** * * * * * *
349528 TTAAGAC-AACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCTTAATTATTTG
1 TTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** *
349592 AACA--ATTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAAT
66 AA-ATTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * * * * *
349651 AAAGTAATATTATTATTTTTTTGGATAGGCTTATATGAGCTGAAATAATTATT
129 AAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * ** * * * * * * *
349704 TTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAATTGTTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
349769 GAAGTGGTTT-GCCAAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTA
65 GAAATTGTTTAG--TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * *
349832 CTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTCGTATGAA-TAGAAACAATTATT
127 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * **
349886 TTATTATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * * *
349951 TATCTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCATAATATTAAT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * *
350015 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * * *
350067 TTATGA-AAAAATAAATGGTCATAACT-ATTTTAAATAAATAATTTTTCAAACAATCATAATTAT
1 TTATGACAAACA-AAA-GGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * *
350130 TTGAACA-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATCAATTTTTTAAATATTA
63 TTGAA-ATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * **
350194 ATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATATA-CTTATATGAAC-AGAAACAATAGGC
127 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * *
350248 TTATGACAAAACAAGAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCATAACTATT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
350312 TG-AATGTGTTTAGAAAACTTATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTA
64 TGAAAT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTA
*
350374 ATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
127 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* ** * *
350428 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
350493 GAACTTGTTCAGTAAA-TAGTTTCATTTTTTAAAACTCTTA-TTCATTAATCTTTGAAATATTAA
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * *
350556 TAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATAGATTTGTT
128 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * ** *
350609 TTATGATAGAACAAAAGGACATAACGATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTT
1 TTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * * * *
350674 GAACTTATTTGGTAAACATTTTTAATTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAACTATTAAT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAAT
* * * * **
350738 AAATTAATATTATTTTAATTT-GATTAAGATTGTATGGAGAAAAACAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* ** * * * *
350790 TTATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAAATATTT
1 TTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
350855 --AATT-TTTGGTAAACAAAATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTG-AATATTAAT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAAT
* * * * *
350916 AAATTTGTATAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAAAAATTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * **
350968 TTATGACAAAATAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
351033 GAACTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC-C---CTTATTAAATTTTGAAATATTAATA
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
351094 AATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTT
130 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * ** * * * *
351145 TTGTGATAAAACAAAAGGTCGTAACGAGTCAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATATCTAGTT
1 TTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** * * *
351210 G-CATGGGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTTAATC-CGCTACTTATTAATTTTT-AGAATATTA
65 GAAATTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * *
351272 ATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TGTAGGAA-TAGAAACAA-AGCTT
127 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TT
* ** ** * * *
351326 TTATGACAAAAAAAATGACCATCTTGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATT
1 TTATGACAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT
* * * * **
351391 AT-ACTATT-TTT-GTAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATT
64 -TGA-AATTGTTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * ** *
351453 AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACCAAAGTAATTTTT
126 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * ** * *
351508 TTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATGT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * *
351573 -AAACTGGTTCAACAAGCAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT
65 GAAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * **
351637 AAATTTGTTTTATTTTATTT-TAAGTAAG-TTACTACGAATTGAAGGAATTGTT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTT-GTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
351689 TTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTTATATAGCCTTAACTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
351754 GAACTAGTTTGGCAAATAAAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATT
65 GAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * * * * * * *
351818 ACATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * ** * * *
351870 TTATGATATAACAAAAGGTTATAAAAATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTT
1 TTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
351935 G-AATTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTACATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGT
65 GAAATT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** * * * * *
351999 AAATTAGTATTATTTTATAACGGATAGGGTTGTATG-A-TGAAAGACACTTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAA-ACAATTGTT
* * ** * * * *
352051 TTATGACAAAACAAAAGTTCACAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** * *
352116 G-AACTGATTCGATAAGCTGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATCAAATTTTGAAATATT-AT
65 GAAATTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * * *
352178 TAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGCAC-AGAAGCAATTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * ** * *
352230 TTACGATAAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
1 TTATG--ACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
352295 TGAACTTGTTCAGTAAACAGA-TT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAAT
64 TGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
352357 AAATTAGTACTATTTTATTTC-AGATAAGCATGTCTGAACTAAAACAATTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * ** * * ** *
352409 CTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTCATAGGT-TTAACTATT
1 TTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATT
* * * * ** *
352473 TGAACTTGTTTGGCAAACACA-TT-TTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAAT
64 TGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
*
352531 AAATTGGTATTATTTTATT
129 AAATTAGTATTATTTTATT
352550 CTAAATAATT
Statistics
Matches: 7084, Mismatches: 1594, Indels: 835
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.00
157 2 0.00
158 7 0.00
159 7 0.00
160 12 0.00
161 11 0.00
162 40 0.01
163 130 0.02
164 12 0.00
165 1 0.00
166 4 0.00
167 1 0.00
168 16 0.00
169 4 0.00
170 3 0.00
171 3 0.00
172 95 0.01
173 18 0.00
174 182 0.03
175 81 0.01
176 330 0.05
177 448 0.06
178 495 0.07
179 435 0.06
180 1120 0.16
181 2553 0.36
182 890 0.13
183 163 0.02
184 11 0.00
185 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
Found at i:345454 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 345268--345570 Score: 405
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
345258 GGTTATAACA
* * * * *
345268 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTT-TAGCAAACATATTTAT
1 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCTA-CAAACATAGTTAT
* * *
345332 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAAT-AATTTAATATTGTTTTAATTTG-AA
65 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATAT-ATATTATTTTAA-TTGAAA
*
345395 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAAAAAGTCTTAATG
128 TAAGCTTCTATGAACAAAAACAAAAAGTCTTAATG
* * * *
345430 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTATTCTATAAACATAGTTATT
1 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCTACAAACATAGTTATT
* ** *
345495 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATATGTATTATTTTAATTGAAATAA
66 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATATATATTATTTTAATTGAAATAA
345560 GCTTCTATGAA
131 GCTTCTATGAA
345571 TAGAAAAAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 17, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
162 112 0.93
163 6 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (162 bp):
ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCTACAAACATAGTTATT
TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATATATATTATTTTAATTGAAATAA
GCTTCTATGAACAAAAACAAAAAGTCTTAATG
Found at i:347415 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 345411--377932 Score: 6136
Period size: 181 Copynumber: 179.6 Consensus size: 180
345401 TGTATGAACA
* * * *
345411 AAAACAAAAAG-TCTTAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAATCATAACTATTTGAATT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
345474 TATTCTATAAACATAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAA-TA
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTA
* * * *
345538 TGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTCTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAC
128 -GTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
345592 AAAA-AAAGGTT-ACAACGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
345655 TTCAATAAATATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAA
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAG
* ** ** * *
345719 AATTATGATATTTCGAATAAGCTTGTACAAATAGAAACAATTATTTTGTGAC
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
345771 AAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT-TTAACCATTTGCA-TT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** *** * * *
345833 GGCCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
65 GTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTA
** * * * *
345898 ACATTACTTTA-TTCTGAATAAGAC-TATATCAATAGAAACAATTTTTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
345952 AAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAAATAGATA-TTCAAATTGTTATATCTAATTGAACTA
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATA-ATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * *
346016 GTTTGGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTTA---A-TGATTTTCAAAATACTAATTAATTAA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * **
346077 TATTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAACA-AAACATTTGCTTTACAAC
129 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
346128 AAAACAAAAGATCATAAT-AGTTTGAAATTGATAATTA-TTCATATAG-CATTAACTATTTTAA-
1 AAAACAAAAGTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * * * * * *
346189 TTGGTTTTGCT-AACAAATATATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGA
63 TT-G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAA
* * * * * * * *
346253 TTAGTCTTATTTTATTCCAAATAATCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
346309 AAAACAAAATGTT-ATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTA
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
346373 GCTC-ACTAAACAGATTTTTTTTTTAAAATCTCCTACTCATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
* * *
346436 TAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * *
346491 AAAACAAAAGTTCACAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAGGGCCACAATTATTTGAA-TTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
*** ** **
346555 ATTCGATAATTTGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTT-TTCAATTTT-TGACATATTAATAAAGC
66 -TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAT-A-ATATTAATAAATT
* * * * * *
346618 AATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTAT
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
346672 AAAAAAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAGACAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * ** *
346735 GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATTTATTTCTTAATAATTTTTTAAAAGTTACCAAAATA
65 GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATA-TTAATAAATTA
* * * * * * *
346800 GTATTATTTTATTTC-AATATGCATGCATGCATTGAAACTATTATTTTATGA-
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
346851 ATAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
1 A-AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * * ** *
346916 GTTTAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATATTAAAATATTATTAGTTTAGC
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGT
* * * *
346981 AATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGTC
130 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
347032 AAAA-ACAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTG
1 AAAACA-AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
347096 GTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTGA-AATATTAATAAATTAG
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTATAATATTAATAAATTAG
* * ** * * * * **
347157 TATTTTTTTATTTTGAATAATTTTATATGAACAAAAACAATTTTTTTACAAC
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
347209 ATAAC-AAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAATTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * ** * *
347273 TTCGATAAACAGATTAATTTTTTAAGTTTCAAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTA
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTA
* *
347338 TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
131 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
347388 AAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAATTTA
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * ** *
347453 CTCGAGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGT
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
347518 ATTTTTTTATTACAAATAA-ATATGTATGGACAGAAATAATTGATTTATGAC
130 ATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
347569 AAAATAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * * *
347632 AGTTAAGA-AAACATATTTATTTTTT-AATTTTTTATTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT
64 TGTT-CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA-
* * ** *
347694 TTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACAAATCATTTTAAGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGAC
* * * * *
347749 AAAACAGAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * *
347813 ATTC-AGTAAATTGATTCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
65 GTTCGA-TAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATT
* * ** * *
347876 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGTGCT-GAAGCAATTGTTTTATTAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
347930 AAAAGAAAA-TGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-CTCAAGTAGTCATCACTATTTAAACT
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * **
347993 TGTTTGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATATTTTA
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTATAATATTAATAAATTA
** * * * * *
348058 AAATTATTTTA-ATCCAATTAAGTTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * *
348111 AAAACAAAAAG-TCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTGGACT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * * *
348174 TGTTCGGTAATCATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTGTCT-TAATATTATTAAAT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT-T-TATAATATTAATAAAT
* * * *
348237 TTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT-TATCTGAAACAATTGTTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
348292 AAATCAAAAGGTT-ACAACAATTCT-TAATAGACAAGT-GTTC--A-A--C-T---TA-TT---C
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATT-TGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * *** * * *
348341 --GGTAAACAAATTCA--T-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATT
* * * * *
348401 ATTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
348455 TAAAA-AAAAGGTCAAAACAATTTGAAATA-ATTAATTA-TTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-
1 -AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGA-TAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
348516 TTGATTCGATAAATAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAACTATTATTCAA
63 TTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AA-TATTAATAAA
* * ** * *
348580 TTAGTATTATTTTA-ATCCACATAAGCTTGTACAAATA-AAACAATTATTTTACGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
348635 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCCTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * ** * * * ** * *
348699 TTTTAGCAATTA-ATTTTATTTTTGAATTTTCTTGGTTATTAAATTTTAAAATATTATTAAATTA
66 TTCGA-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTATAATATTAATAAATTA
* ** * * * *
348763 GTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATTATTTGATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* ** * * * *
348816 AAAATAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAGTAGATAATTA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTCAAAT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
348879 GGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTA
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTA
* * * * * *
348944 GTATTATTTCATTTCG-ATCAAACTTTTATTAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
348997 AAAATTAAAAG-TAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TCATTTGAAC-
1 AAAA-CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * * * * * *
349059 TGATTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACCTA-TAATTTTTTGAAATAGTAATAAAT
64 TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
* * * * * *
349123 TAGTTTTATTCTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAAAAATTATTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * *
349178 AAAATC-AAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCATCTAGTCTTAATTATTTGAACTA
1 AAAA-CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * *
349242 GTTTGGCAAACATATTT-TTTTTTAAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTAGAATATTACTATATT
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATT
* * * * * * *
349305 AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCCTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATAAT
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * *
349359 AGAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTG
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
349423 GTTCGGTAAATAGATTAACTTTTCAAATCTCTTA-TTAATT--CTTTA-AATATTAATAAATTAG
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTATAATATTAATAAATTAG
*
349484 TA-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTAA-A-AAACAATTGTTTTAAGAC
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG--AATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * * * * *
349535 AACA-AAAAG-TAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCTTAATTATTTGAACAAT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TT
* * * *
349598 -TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ACTTTTGA-AATATTAATAAAGTAA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
349658 TATTATTATTTTTTTGGATAGGCTTATATGAGCT-GAAATAATTATTTTATAAC
129 TATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * * * * * * *
349711 AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAATTGTTTGAAGTGG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
349776 TTTGCCA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTA
66 -TT-CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTA
* * * *
349840 GTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTCGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTAT
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
349893 AGAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTATCTT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
349957 ATTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTA
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTA
* * * *
350021 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** * * * *
350074 AAAATAAATGGTCATAACT-ATTTTAAATAAATAATTTTTCAAACAATCATAATTATTTGAACAT
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
350138 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAACTAG
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAG
* * * **
350203 TATTATTTTATTTCGAATATA-CTTATATGAACAGAAACAATAGGCTTATGAC
129 TATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
350255 AAAACAAGAGGTT-ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCATAACTATTTGAA-T
1 AAAACAA-AAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
350317 GTGTTTAGA-AAACTTATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
64 -TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAA-
* *
350380 TTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
350435 AAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
350500 TTC-AGTAAATAG-TTTCATTTTTTAAAACTCTTA-TTCATTAATCTTTGA-AATATTAATAAAA
66 TTCGA-TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAAT-TTT-ATAATATTAATAAAT
* * * * * *
350561 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATAGATTTGTTTTATGAT
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * *
350616 AGAACAAAAGGACATAACGATTTTAAATAGATAATTA-CTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** * * * *
350680 ATTTGGTAAACATTTTTAATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA-AACTATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTATAA-TATTAATAAATTA
* * * * * * *
350744 ATATTATTTTAATTT-GATTAAGATTGTATGGAGAAAAACAATTGTTTTATGAT
128 GTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * *
350797 AAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAAATATTT-AA-TT-
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * * *
350859 TTTGGTAAACAAAATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTGAATATTAATAAATTTGT
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGT
* * * *
350924 ATAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAC
130 ATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** *
350975 AAAATAAAAGGTT-ATGGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
351039 GTT-TAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCCCTTA-TTA--AATTTTGA-AATATTAATAAATTA
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTA
* * * * * *
351099 GAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAT
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * * * *
351152 AAAACAAAAGGTCGTAACGAGTCAAAATAGATAATTA-TTCAAACAGTCATATCTAGTTGCA-TG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *** * * * * *
351215 GGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTTAATC-CGCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
65 GTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATT
* * * * *
351279 AGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TGTAGGAATAGAAACAA-AGCTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGAC
** ** * * *
351333 AAAA-AAAATGACCATCTTGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTAATT-ATAC
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC
* * * * *
351395 TATTTTTG-TAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAA
63 T-TGTTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAA
* * * * * * ** *
351459 TTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACCA-AAGTAATTTTTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * *
351515 AAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATGTAAACTGG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
351580 TTCAACAAGCAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAAGATTAATAAATTTG
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAG
* * * * * ** *
351644 TTTTATTTTATTT-TAAGTAAG-TTACTACGAATTGAAGGAATTGTTTTATAAC
129 TATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
351696 AAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTTATATAGCCTTAACTATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* ** * * * * * * *
351761 TTTGGCAAATAAAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGT
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * * *
351826 ATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGAT
130 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * *
351877 ATAACAAAAGGTT-ATAAAAATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAA-TT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
351940 GGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTACATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAGTAAAT
65 -GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
** * * * * *
352003 TAGTATTATTTTATAACGGATAGGGTTGTATG-AT-GAAAGACACTTATTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AA-ACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
352058 AAAACAAAAGTTCACAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
352122 ATTCGATAAGCTGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATCAAATTTTGA-AATATT-ATTAAGTA
66 -TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTT-ATAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * * *
352184 ATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGCACAGAAGCAATTATTTTACGATA
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-C
* * ** * * *
352238 AAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
352303 TTC-AGTAAACAGA-TT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAG
66 TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
352364 TACTATTTTATTTC-AGATAAGCATGTCTGAACTA-AAACAATTATTCTATGAC
129 TATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** ** *
352416 TAAACAAAAGGTT-AGAACAATTTGAAATAGATAACTA-TTCTCATAGGT-TTAACTATTTGAAC
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAAC
* ** * * *
352478 TTGTTTGGCAAACACA-TT-TTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATT
* * ** * *
352536 GGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTT
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT----A-GA-----AACAATT-G-----TTT
352600 TATGAC
175 TATGAC
* * * * * * *
352606 AAAATAAAA-TATCATAACGATTTGAAACAGATGATAGTTTAAAT-GGCAATGACTATTTGAACT
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT
* * *
352669 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACATATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTA
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTATAATATTAATAAATTA
* * * * * *
352734 GTATTATTTTATTCCAAAAAAACCTT-TATGAATATAAACAATTGTTTTATCAC
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
352787 AAAACAAAA-TATCATAATGATTTGAAATAAATAAT--TATCGAATAGTCAAAATTATTTGAACT
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
352849 TGCTC--TACAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTTT-TGAAATTTTATTAAAT
64 TGTTCGATA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
* * * * * * * *
352911 TAGTATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGGTTTATAAC
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
352966 AAAACAACTA-CTCATACCGATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCTTAACTATTTGAA-T
1 AAAACAA-AAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
353028 GTGTTCGGA-AAATAAATTTATTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAA
64 -TGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA
* * * * *
353090 TTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGGATGAATAGAACCAATTATTTTTTGAT
125 -TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * **
353146 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAGATAAACATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** * * *
353211 TTTGGTAAACAGATTTATTGTTTTAGTTCTCTTACTCACTAATTTT-TGGAATATCAATAAATTA
66 TTCGATAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * * *
353275 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTCTTATTAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
353328 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATCTTCATGACTATTTAAAATT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
353392 GTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGTTGA-AATGTTAATAAATTA
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTATAATATTAATAAATTA
* *** * * * *
353455 ATATTATTTTAAACCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * *
353508 TAAAGCAAAAG-TCATAACAATTTG---TTGATAA-A--T----T-GTCATAAC-ATTTTGAGCT
1 -AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACT
* * * * * * * *
353560 TGTTTGGTGAACAAATATATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCT-TAATATTAATTAATT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TATAATATTAATAAATT
* * *
353624 TGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGATGA-AATCT-TTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAAT-TGTTTTATGAC
* ** **
353678 AAAACAAAAGGTT-ACAGCGATTCCAAATAGAT--TAG-T---AT--T--TGAAC----TG---T
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT
* * * * * * *
353725 T-TT-GGTATACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA----TTAATTTTCAAAATATTAATAGATCA
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTA
* * ** * * *
353784 GCATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAG-AACAATTGTTTTATGAA
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
353836 AAAACAAAAAG-TCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
353900 ATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAACCTC-CA-TCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTA
* * * * *
353963 GTATTATTTTA-TTCTAGATAAACTTGTATGAATAGATATAATTGTTTTATG-G
128 GTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * *
354015 AAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATATGAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
354079 GCTT-GGTAAACGGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATT
** * * * * * * *
354142 AAAATTTTTTTATTTTGAATATGCTAGTATGAACAGAAACAATTGGTTTAAGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** *
354196 AAAAGAAAAAGGTCAT-ATCTATTTGAAAGAGATAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-T
1 AAAA-CAAAAGTTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
354259 GTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTGTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
64 -TGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAA-
* * * *
354322 TTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAT
125 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
354377 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
354442 TTC-AGTAGACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTG
66 TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * **
354505 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTCTA-GCAACTA-ATGCAATTGTTTTAT---
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *** * * * *
354555 -AAAC--TAGTTTAGTAAATAGATTT---ATTTTTAA-A-TCTC--TTACTTCTTAA--ATTTCA
1 AAAACAAAAGTTCA-T-AAT-GATTTGAAATAGATAATAGT-TCAAATA-GTCATAACTATTTGA
** ** * * * * ** ** * * **
354608 AAATAAT-AATAAATTAATATTTTTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAACAAAGCATTTGTTTT
61 ACTTGTTCGATAAA--CAGATTTATTT-TTT-AAAT-CTCTTACT-T--ATTAA--TTTTATAAT
* * ** * * * ** * ** * *
354671 ATGACAAAACAAAAG-ATAATAATGATTT-GAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAATTATT
116 ATTA-ATAA-ATTAGTATTAT-TTTATTTCG-AAT-AA-GCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTT
354733 TGAACTAGTTTGAC
174 T----TA---TGAC
* * ** * ** * * ** * * * * * *
354747 AAATAAAAATATTTTTTAA--ATCTATTACTTA-TTACTTTTTGAAATATTAATAATTTGTTTTA
1 AAA-ACAAA-AGTTCATAATGAT-T-TGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGA
** * * * * * *** ** **
354809 TTTTATTCTAAGTTACTAAGAATTGAAGAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCGTAATGAT
61 ACTTGTTC---G--A-T-A-AA---CAG-ATTTATTTT-T--TAAATCTCTTACTTATTAAT--T
* *
354873 TTA-AA-A-TAA-AGAATT-GTTCATATAGTGTTAACTATTT-G---AA-CTCGTTTGACA-A-A
109 TTATAATATTAATA-AATTAG-T-AT-TA-T-TT---TATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGA
* *
354926 TA-AATT-TATTT-T-TC
164 AACAATTGT-TTTATGAC
* *** * * * * * **
354940 AAATCTCTTAGTT-ATTAAT--TTTTATAAT-GTTATTACCTT--AGTA-TCAT-TTTATTCTGA
1 AAAAC-AAAAGTTCA-TAATGATTTGA-AATAGATAATA-GTTCAAATAGTCATAACTATT-TG-
** * * ** * * ** *
354997 ATAAACTTGTAAGAGCAAA-A-A-TAATTGTTTT--ATGGCATAC--A-AAAGGTTATAACAATT
60 ---AACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAA-TA-T
** * * * ** *
355054 TGAA-AAA-TA-TAATTATTCAAATAGTC--ATAA-CTAT-T-TGAACTGGTTCAATCAACAGAT
118 T-AATAAATTAGT-ATTATT-TTAT-TTCGAATAAGCT-TGTATGAA-TAG---AAACAATTGTT
**
355111 TTAT-TT
174 TTATGAC
*** *** * * * * * * * * *
355117 TTTACATCTGTTACTTATTAAT-TTTTAAAATTTTAG-TAA-ATTATC-ATTATTTTATATCAAA
1 AAAACAAAAGTT-C--A-TAATGATTTGAAA---TAGATAATAGT-TCAAATA-GTCATAACTAT
* ** * * * *** * * *
355178 TAG-GGTTGTAT-GATGAAAAAAAATTATTTTATGATGAAA-C-AAAAGTTCATAACGATTTGGA
57 TTGAACTTGT-TCGAT-AAACAGATTTATTTT-T--T-AAATCTCTTACTT-ATTA--ATTT--T
* * * * * * *** **
355239 ATAGATAACTATTCAAATGACCATAATTATTTGAACTGATTCG-ATAAGCTGATTTATTTTTTTA
111 ATA-AT-ATTAAT-AAATTA--GT-ATTATTT-TA-T--TTCGAATAAGCT--TGTATGAATAGA
* * *
355303 ATCTCTAACTTATCAATTTCTGA-
164 A--AC-AA-TTGT---TTTATGAC
** * * * ** **
355326 AATATTAATAAG-TAAT-ATTATTTTGAAACA-ATTGTTTTACGATAAAAATAAAAGGTCATAAC
1 AA-AACAA-AAGTTCATAATGA-TTTGAAATAGA---TAATA-G-TTCAAAT---A-GTCATAAC
* * * * * ** * * * *
355388 AATTTTAAATAGATAACTTTTCAAACAG-TCATAACTATTTAAA-CT-TGT--TTGATAAATAGA
54 TATTTGAACTTG-T-TC-GAT-AAACAGAT--TTATTTTTTAAATCTCT-TACTT-ATTAAT---
* ** * * * * *
355448 TTTAT-TTATTTTTTAATT--TCTTGCTTATTAATTTTCTGAAT--G-TT-AATAAATTAG----
108 TTTATAATATTAATAAATTAGTATT-ATT-TT-A-TTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * **
355502 TATTATTTTATTTC
167 AATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
355516 --AA-ATAAG--CATGTATGAATTGAAACA-ATTATTTTATGACTAAACAAA-AGGTCA-AAATG
1 AAAACAAAAGTTCAT-AATGATTTGAAATAGA-TA----AT-AGT--TCAAATA-GTCATAACT-
* * * * ** * * * * * * * * *
355573 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAACTATTTGAA-CTGGTTTGACAAACATATTTAT
55 ATTTGAACTTG-T--TCGAT-AAACA-GATTTATTTTTTAAATCT--CTT-----ACTTATTAAT
* * * * * * * * * * * * **
355637 TTTATAAATCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTA-CTT-TAT---TCTAAACA
108 TTTAT-AAT-ATTAATAA-ATTAGTATTA-T-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-
* *
355697 AAAT-TTGTATG--
167 AATTGTTTTATGAC
* * * ** * * *
355708 AATACTAATTA-TTCTGAATAAATGGTATT-ATTTTACGACAA-A--ACAAA-ATGTCATAACGA
1 AAAAC-AA-AAGTTC---AT-AATGAT-TTGA-AATA-GATAATAGTTCAAATA-GTCATAACTA
* * ** ** *
355767 TTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGGACATGCTATTTGAACTTATTTAGTAAA---CAGATTTAT
56 TTTG--A-A-CT--T-GTTC-GATAAACA-G--ATTT--A-TT-TTT--TAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * **
355829 T--TTTTA-AATCTCTAACATATTA--ATT-TTTAAAATATT--AATAA-ATTAGTATTATTTTA
104 TAATTTTATAATAT-TAATAAATTAGTATTATTT--TAT-TTCGAATAAGCTT-GTATGAATAGA
** **
355885 TTCCAGATAAACTTTTATGA-
164 -AACA-AT--TGTTTTATGAC
* * * *** * * * * * *
355905 ATAAA-AACAA-TTGCTTTATCATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA--AAGAA-T-TA
1 A-AAACAA-AAGTT-CATAATGATTTGA-AATAGATAAT-A-G--TTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *** ** * *
355964 TCAAATAG-TC-ATAACTACTGAACTCGCTTGGTAAA---CATATTTATT--TTTTA-AATATT-
58 TGAACTTGTTCGATAA--ACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTA
* * * * * * * ** *
356020 -TTACTTATTAATT-TTTGGAATTT-TAATAA-ATTAGTATTATTTCATTTTAAA-AA--GCTTG
120 ATAAATTAGT-ATTATTT--TATTTCGAATAAGCTT-GTATGA----A-TAGAAACAATTG-TTT
356078 TATGAAC
175 TATG-AC
** * * * *
356085 AGAAACAATTGGTCATATTGATTTGAAATAGATAACT-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
1 A-AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** ** * * * * * *
356149 CATTAAAAAAACAAATTTATTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTT-TGGAATATTGATAAATT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA-T
* * * * * *
356212 TA-TATTATTTTA-TCCAAAATAAGCTTGGATGAATAGAACCAATTGTTTTCTAAC
126 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
356266 AAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* ** * * * *
356331 TTC-AGTAAACAGATTTATTACTTTAGTTCTTTTACTCACTAATTTT-TGGAATACTAATAAATT
66 TTCGA-TAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* ** * *
356394 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCATATTGACT-GAAACAATTGTTTTATTAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
356448 AAAACAAAAGTTCACAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
356512 GTT-TAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGA-AATATTAATAAGTT
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT-ATAATATTAATAAATT
* * *
356575 AATAATATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
356629 AAAAGAAAAAG-TCATAA-CATTT----T-G-T--T-GTTCAAATAGTCATAACGATTTGAATTT
1 AAAA-CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
356683 GTTTGGTAAACAAATTTCTTTTTTAAATATTTTACTAATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTT
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TATAATATTAATAAA-TT
* * * *
356747 TGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGATGA-AATCT-TTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAAT-TGTTTTATGAC
* * ** * * * *
356801 AAAATAAAAAGGTT-ATAGTGATTCCAAATA-ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACT
1 AAAA-CAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * **
356864 TATTCGGTAAACAG-TTTCATCTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGTAATTTTAATAGCTT
64 TGTTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATT
* * * *
356928 AATAATATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATT-TTTTGATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGAC
* *** * * ** ** * * * *
356982 AAAAAAATTAAAAACAGTTTAAT-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-A-GAT
1 AAAACAA--AAGTTCA---TAATGATTTGAAA--T-AGA-TAATAGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ***** ** * ****
357044 TTGTATTA-TTGTATTC--TAAGCAAACTTATATGAACAAAATCAT-TTGTTTTATGACAAAACA
57 TTG-A--ACTTG--TTCGATAAACAGA-TT-TATTTTTTAAATC-TCTT-ACTTATTA-ATTTTA
* ** * * * * * * ** *
357105 AAAGGTT-ATAATGATTTGAATAGATAATTA-TTCAAAT-AG--T-CAT-AATTA-TTAGAATTG
112 TAATATTAATAA--ATTAGTAT-TAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* *
357162 -GTTAGGTA-
172 TTTTATG-AC
* * * * * * ** * ** * * * * *
357170 AATAGAATTATATTTTA-AATCACTT-ACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTA
1 AAAACAA--A-AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT-AACT-ATTTGA
** * * * ** **** * * **** *
357232 TTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAT-TATT--TTATGACAAAACAAAAGGTAGT
61 ACTT-GTTCG-ATAAAC-AG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTATAA--TA-T
* * * * * * * * ** *
357294 AACAATTTAAAATAGATAATTGTTCTTATAGTCTTAACAA-TTTGAATTGGTTTGACAAACAAAT
118 --TAA--TAAATTAG-T-ATTATT-TTAT-TTC-GAATAAGCTTGTA-T-GAAT-AGAAAC-AAT
*
357358 T-TAATTT-T--T
170 TGT--TTTATGAC
* *** * * * * * * **
357367 AAATCTCTTAGTT-ATTAAT-TTTTGGAATA-TTATTAGATT--AGTA-TTAT-TTTATTTGGAA
1 AAAAC-AAAAGTTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATAG-TTCAAATAGTCATAACTATTT-G--
* * ****** ** *
357425 TAAGCTTGTAT-GAACATAAATA-A-TTATTTTATAACAAAAAAAAGGT-TT-ATTTTGTAA-A-
60 -AA-CTTGT-TCG---ATAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTATAATAT
* * * ** * * * ** *
357483 TAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAATTGGTTCATTAAACAA
118 TAA-TAAATT--AGTAT--TATT-TT-ATTTCG-AATAAGC---TTGTA-TGAAT-A-GAAAC-A
* * * *
357547 ATTTATTTTTTTAG
168 A-TTGTTTTATGAC
*** ** * * * * * * **
357561 ATCTC-TTACTT-ATTAAT-TTTTG-AA-AGATTAATAATT-TAGTA-TTAT-TTTATTTCGAAT
1 AAAACAAAAGTTCA-TAATGATTTGAAATAGA-TAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-G---
** * * * ** ** * ** * * *
357618 AAACTTGTAT-GATAAA-A-A-ACACTTGTTATATGACGAAAC--A-AAAGGTAACAACGATT--
60 -AACTTGT-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTATAA-TATTAA
* ** * ** * * *
357674 TGAAA-TAGATAATTA-TTGAAATGGAAATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTCATTT
121 T-AAATTAG-T-ATTATTTTATTTCG-AATAA--GCTTGTA-TGA-ATAG-AAACA-ATT-GTTT
*
357737 T-TTA-
175 TATGAC
* * ** * * * *
357741 AATCACTTATTAA-TTTTTGGAAT-ATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATTATATG
1 AA-AAC--A-AAAGTTCAT--AATGATT--TGAAA-TAG-A-TA--ATAGTTCAAATAGT-CAT-
* *** * * * * * * *** * *
357803 ACGAAACAAAAGGTAACAATGATTTG--AAATAGA--TAATTATTAAA-ATGGAAATAATT-ATT
51 ----AACTATTTG-AAC-TTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** *
357862 TGAACTAAT-TTAGTAAA-TAG-ATTCATTTT-TTAAATC-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
109 T-TA-TAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT---TCGA---A-TAA-GCTT-G--TATGAA
** * **
357922 TA-AATTAGTATTATTTTATTTC
160 TAGAA--ACAATTGTTTTATGAC
* * *** * * *** *
357944 --AA-ATAAGCTTGATGAACTGA-AACAATTATGTTATGATAGAAGAAA-AGGTTATAA-TGATT
1 AAAACAAAAG-TTCAT-AA-TGATTTGAAATA-G--ATAATAGTTCAAATA-GTCATAACT-ATT
* * * * * * * * * * * * * * ** *
358003 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGATGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTAT--T-
58 TGAACTTG-T--TCGAT-AAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTATAATA
** * * *** * * * * **** *
358065 TTTCTAAACTT-TTGCTTATTAGCTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTCGATA
117 TTAATAAA-TTAGT-ATTATTTTATTTC--GA-A-TAAG--CTT-GTATGA--ATAGAAACAAT-
* *
358129 AGTTTTTATAATC
170 TG-TTTTATGA-C
** * * * * * *
358142 TAAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATGACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 -AAAACAAAAG-----T-TC---A-TAATGAT-TTGA--A--ATAGAT-AAT-A--GTTCAAATA
* ** *
358207 GTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTC
46 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * *
358267 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTG
109 TT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
*
358330 TTTAATGAC
172 TTTTATGAC
* * * * * * * *
358339 AAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATGGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
358403 ATT-TACTAAA-ATATTTTATTTTTTAAACCTTTTATTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAAA
66 -TTCGA-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTT-ATAATATTAAT-AAA
* * * * *
358465 TCA-TATTATTTTATTT-GGATAAGATTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * **
358519 -AAA-AAAATTGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCAT-ACATATTTGAACT
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACT
* * * * * * * *
358581 TGTTAGGTAAATAGATTTATTTTGTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATT
* *
358646 AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTGTT-TGAC
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TTATGAC
* * * * * * ** * *
358700 TAAACAAAAGGTCA-AAGTAACTTAAAATAGTTAATTA-TTTTAATAATCTTAACTATTTGAACT
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** *
358763 AGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTATTAAATTAG
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
358825 TATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTATATG-GTCAAAAATAGTTGTTTTATGAG
129 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * * *
358877 AAAAC-AAAGAACATAATGATTTGAGATTGTTATTTGTTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
358939 TTTGGA-AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAATATTAA-AGAAAT
66 -TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATA-AATT
* * * *
359001 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACT-GAACCAATTGTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *** * * * *
359055 AAAACAAAAGGTCATACCAATGTT-AAATAGATAATTGTTCAAATTA-TGA-AATATATTTCAAC
1 AAAACAAAAGTTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATAGTTCAAA-TAGTCATAA-CTATTTGAAC
* * * *
359117 TTGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTCATTTTTTGAATATTAATAAA
63 TTGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAA
** *
359181 TTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
359237 TAAATAAATGATT-AGAATGATTTGAAATATATAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-T
1 AAAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * ** * *
359299 TGGTTCGGCAAACACATGTATTTTCTAAATCTCTTAC-TA--ATTTTTGGAATACTATTAAATTA
64 T-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTA
* * *
359361 GTATTATTTTA-ATCTAGATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
359414 AAAA-TAAAGATCATAACGATTTTAGATAGATATTTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTAT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T
* * * * * * * *
359478 -TTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTGATAGATCAA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * *
359538 TATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAGCATTTGCTTTATGAT
129 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
359590 AAAACAAAAAG-TCATAACGATTTCAAATGGATAATTGTTTAAATGGACATAACTATTTGAACTT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
359654 ACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTA
* * * * * *
359718 GTATTATTTTATTTTGACTAAACTTGTATGAAGAGAAATAATTGTGTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * *
359771 AAAATGAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATATGAACT
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
** * *
359834 TACTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAA
64 TGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA
* * * * * * *
359896 ATAGTATTATTTTATTTTGAATACA-CTTGTGTCAACATAAACAATTGGTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
359952 AAAACAAATG-TCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TG
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * * *
360014 TGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTAGAATGTTAATAAATT
64 TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TATAATATTAATAAA-T
* * * * * * * *
360077 TA-TATTAGTTTA-TTCAAAATAAGCTTGGATAAACATAAACAAATATTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
360131 AAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTGAACTT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * **
360195 G-TCAAGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTT
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAA-TT
* * * * * *
360259 A-TATTGTTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATGAT
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * ** * ** *
360312 GAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGGAATTA-TTTAAATAGT--T-TGTGATTTGAAAT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * * ** * * * * *** * *
360373 AGAT-AATTATTCAAATAGTTATGACTATTAGAA-CTTGTTTGGTA-AACATATTTAT--T-TTG
64 TGTTCGA-TAAACAGAT--TTAT--TTTTTA-AATC-TCTTACTTATTA-AT-TTTATAATATTA
* ** * * *
360432 A-AAATCTA-T-TTCTTATTAATTGTC-AA-AATATTAATAAATTAATATTATTTAATCTGAATG
120 ATAAAT-TAGTATTATT-TT-ATT-TCGAATAAGCTT-GT--ATGAATA-GA---AA-C--AAT-
* *
360492 AGCTTGTATGAAC
170 TG-TTTTATG-AC
* * * * * **** * * * ** *
360505 AAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAAT
1 -AAAACAA-AAGTTCATAATGATTTGAAATAG--ATAAT-AGTTCAAATAGTC-A----T-AACT
* ** ** * * * *
360569 AGTCAT-AACTAT-TTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGT
55 A-T-TTGAACT-TGTTCGA--TAAACAG--ATT-----TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * *
360632 TGTT-TGAATATTAATAAACTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTACAAGAGTAGAAAAAA
108 T-TTAT-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* *
360694 TTATTTTATGAT
169 TTGTTTTATGAC
** * * * * *
360706 AAAACAAAAGGTT-ATAGCGATTTAAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
360770 GTTCGATAAGCAAATTCAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAG
* * * ** * * *
360835 AATTATGTTATTTGGAATCGGCTTGTATGAATAGAAAGAGTTGTTTGGA-GAC
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-TATGAC
** * * ** * * *
360887 AAAATGAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATTA-CCATAATTATTTGAACTA
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * * *
360951 ATTATATAAACTGATTTATTTTCTATATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAGTATTAAAAAAGTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AA-TATTAATAAATTA
* * * * ** *
361015 GTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTACAAACTA-AAACAATTGTTGTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * * *
361068 AAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTGAAATAATCATAATTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
361133 TTCGTTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAG
* * * * * *
361198 CATTAATTT-TTTCCAACTTAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGAT
129 TATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
361250 TAAACAAAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGAAAATTA-TTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAC-
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
361312 TGATTCGA-CAAGTGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAAA
64 TG-TTCGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAAT
* * *
361376 TATTATT-TTTT-TTATCCAAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAACAATT-TTTACATGAC
126 TAGTATTATTTTATT-T-CGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT-TATGAC
* * * * * * ** *
361431 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTT-AAGCTA
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTT
* * * * *
361494 GTATGGA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCA-TAATTTT-TGAAATATTAATAAAA
65 GT-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
* * * * *
361556 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTCTGATGAATTGAAACAACTGTTTTATGAG
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
361611 AAAACAAAA-TGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTT
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
361675 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TCAAATATTAATAAATT
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* * * *
361739 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** *
361793 TAAACAAAAGGTTGA-AACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTTTTAACTATCTGAAC-
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
361855 TGATTCGGCA-AAACAAATTTATTTTTATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTA
64 TG-TTC-G-ATAAACAGATTTA---TT-TT-TTAAA-T-CTCTTA-CTT-ATT--AAT----TT-
** * * ** *** **
361919 TATGAA-AAGAA-ACAATT-GTTTCTATGATTAAATATTATAAGGAT-T-TGACATAG--ACAAT
110 TAT-AATATTAATA-AATTAGTAT-TAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAAT
** **
361977 TGTTCAAATAGTT
170 TGTT-TTAT-GAC
* * * * * *
361990 ATAAC--TA-TTTA-AACT-AGTTTGGTAAATAGAT-TTAGTTTTAAAT-CTCTTATTAA-T-TT
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGA-TTT-G-AAATAGATAATAG-TTCAAATAGTC--A-TAACTATT
* ** * * * * * * * * *
362046 TTAAAAT-ATCAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAT-TT--TGTATGAACATATATAAT
58 TGAACTTGTTCGATAAA-CAG-ATT-TATT-TTTTAAAT-CTCTTACT-TATTAA-TTTTATAAT
* ** * * * ** *
362107 GATT--TGAAA-TAGGTAATTA-TTCAAATGGACATGACTA-TTTGAACTTGTTTAGTAAATAAA
116 -ATTAAT-AAATTA-GT-ATTATTTTATTTCGA-AT-A--AGCTTGTA--TGAATAG-AAA-CAA
**
362167 TT-TATTT-T-TT
169 TTGT-TTTATGAC
* ** * * * * * * **
362177 AAATC---TCTTACCTATTAATTTCAAAATAG-TCATA----AATTAGT-ATTATTTTATTTTGA
1 AAAACAAAAGTT-CATAATGATTT-GAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCA-TA-ACTA-TTTG-
* * * *** *
362233 ATAAATATGTAT-GTATAGAAACA-ATTGT-TTTATGATAAAAC-AAAAGTTCA-TAACTATTT-
60 --AACT-TGT-TCG-AT--AAACAGATT-TATTT-T-TTAAATCTCTTACTT-ATTAA-T-TTTA
* * * * ** * ** * * * * * * * *
362292 GAA-ATAAAT-AATTATTCA-AACAGTCATAACTATTAGAGCTTAT-TCAGTA-AATATATTTAT
112 TAATATTAATAAATTAGT-ATTA-TTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGT
362352 TTT-T---
173 TTTATGAC
* **** * * * ** *
362356 AAATCTTTTGCTT-ATTAAT-TTTTGAAATA-TTAATA----AATTAGT-ATTATTTTATTTCAA
1 AAAACAAAAG-TTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCA-TA-ACTATTTGAA
* * * *** * ** * ** * * * *
362413 CTAAGCTT-GTATGAACAAAAACAATTGGTTT--ATGAC-AAAATA-AAATGTCAAAACTATT--
62 CT-TG-TTCG-ATAAAC-AGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAA-TATTAA
* * * * * **** *
362471 TGAAA-TA-TA-TA-ATT-GTTCAAAT-AG--T-CA-AAACTA-TTTGAA-TGTGTTCA-GA-
121 T-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT-TTTATGAC
* ** * ** ** * ** * * * * *
362520 AAATATATTTATTTTTTAA--ATTTGTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TTATAAA
1 AAA-ACA-AAAGTTCATAATGATTTG-AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAA
* * ** ** * ** * *
362581 CAATTGTTTATGACAAAACA-A---ATGGTCAAAATGAT-TTAAAATAGATAATTATTCA-AACA
62 C--TTG-TT-CGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTT-ACTTA-TTAATT-TT-ATAATA
* * * * *
362640 GTAATAACTATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCGTATATGAACT-GATACAATTGTTTTAT
117 TTAATAA--A-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
*
362704 AAC
178 GAC
* * * *
362707 AAAACAAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTA-TTCAAAATA-TTATGACTATTTGGAC
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
362769 TTATTTG--GAACACATTTATTTTTAAAATTTGTTACTTATTAATTGTCGA-AATGTTAATAAAT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TATAATATTAATAAAT
* * * *
362831 TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG--T--AT-G-AACAA-------A--A-
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * *
362870 ACAA-AAAAG-TCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
362933 TTCGATAAA-AAAATTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTGTT-TGAATATTAATAAATTTG
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAT-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
362996 TATTATTTTATTT-GAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTATTTCATCAC
129 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * *
363048 AAAACAAAAGGTT-ATAGCGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
363112 GTTC-AGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAGTT
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-ATAATATTAATAAATT
* * * * * *
363175 AGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTAGTGAT
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGAC
** * * * * * * *
363229 AAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAGTACATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCACTG
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *** * * *
363293 GTTAGGCCAACACATTTATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTA
* * * *
363357 GCATTAATTTATTTCAAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
363410 AAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAA-A-ACTAATTA-TTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGA-TAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
363471 AGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATT
64 TGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATT
* * * * * * * * * *
363535 AATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTG-CTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * **
363588 AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATGGATAATTA-TTCAAATAGTCATAGTTATTTGAAC-
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** *
363650 TGATTTGACAAACAAAACTATTTTTTAAATCTCTT-TTTGATTAATATTTGA-AATATTAATAAA
64 TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAAT-TTT-ATAATATTAATAAA
* * * * * *
363713 TTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAA-CGAAAAAAATTGTTTTA-AAC
125 -TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
363768 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CCTCAACTATTTGAAC-T
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT
* * * * * * * * *
363831 GATTTGACAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTA
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTA
* * * * *
363896 GTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGAT
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** ** * *
363949 TGAACAAAAGCTT-ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
1 AAAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
364012 GCTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTAC-TACGTATTAATTTT-TGAAATATTGATAAAT
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
* * * *
364075 TAATATTATTTTA-TTCGAATAGGCTTGTACG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * * ***
364129 AAAAC-AAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGCT-TTTATGAACTGA-AACAA-
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAA-ATAGTCAT-AACT-ATTTGAAC
** ** * ** * * * * *
364190 TTGTTTTATGATAA-A-ATAAATGCTCATAACGAT-T-TTAAATAAATAATTGTT-TAAATAGTC
63 TTGTTCGAT-A-AACAGATTTAT-TTTTTAA--ATCTCTT-ACTTATTAATT-TTAT-AATATTA
* ** * * * ** ***** * *
364250 AT-AACTA-T-TTGAACTT-GTTCG-GTAA-CTAG-ATTTATTTTTTCTAATT-TCTTTTTGATT
120 ATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGT-TTTATGA-C
** * * * * * ** * * *
364307 AATTTTCTAAATGTTAATAA--ATTAG-TAT-TATTTTATTTCAAATAAG-CATGTA-TGAATTG
1 AA--AAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-AGTCAT-AACT-ATTTG
* * * ** * *** * * *
364366 AAACAATTTTTTTTATGACTAAACAAAGGTTTGGACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCTAATAG
60 -AAC-----TTGTT-CGA-TAAAC--AGATTT--A-TTTTTTAAATCTCTTACTT-AT-TAAT-T
** * * * ** * * * *
364430 TCGTAACTATTTGAATTAGTTCAGCAAACACATTTGT-TTTC-TA-AATCCT-TATTAATTTTAG
109 TTATAA-TA-TT-AATAAATT-AG--TA-TTATTT-TATTTCGAATAAGCTTGTATGAA---TAG
*
364491 -AA-TATTGTTAATT-T-AGC
163 AAACAATTGTT--TTATGA-C
** **** ** ** *
364508 AATATTTTACTTTGAATAAGGTTGCATGAACAAAAACAAAT-G-TTTTAGGACAAAACAAAGATC
1 AA-A----AC----AA-AA-GTT-CAT-AATGATTTGAAATAGATAATAGTTC--AA-ATAG-TC
* * * * * * *
364571 ATAAC-ATTTGAGATATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAAT-
49 ATAACTATTT--G--A-ACTTGTTC-GATA--AACAG--ATTT--A-T--TTT-TTAAAT--CTC
** * * * *
364634 TTAGATATTAAATCTCTTAATAATTTTCA-AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
96 TTACTTATT-AAT-T-TT-ATAATATTAATAAA----------TTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** * **
364698 AATTTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAAC
147 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * * *
364732 AAAACAAAA-TGTCATAACAATTTGAAATATATAATAGTTCAAATGGACATGATTAGTTGAACTT
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
364796 GTTTGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTA
* * * * *
364860 GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGAT
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
364913 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTC
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * ** *
364977 GCTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATGTTAATAAATTAG
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAG
* * * *
365041 TATTATTTTA-TTCTGAGTAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAC
129 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
365093 AAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
365158 TTTTGA-AAA-TGAATTTATTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
66 -TTCGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
** * * * * *
365219 TTTAATATTTTA-TTCAAATTAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTATTTTATGAT
127 AGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
365273 AAAACAAAAGGTAATAGT-ATTTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
365336 TGTT-TAGTAAACAGATTCATTTTTTTATATTCTCTTACTCT-TTAATTTT-TGGAATATTAATA
64 TGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTA-AATCTCTTACT-TATTAATTTTAT--AATATTAAT-
** ** * * * ** *
365398 AAATGTTCAGTAAACATATTTATTT-TTA-AATCTT-T-T-ACT--TATTAATTGTCTTAAT-A-
122 AAA--TT-AGT-ATTAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGAC
** * * * * * * *
365454 TTAA-TAAATTTGCATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAACATA-AT-AAATCATTTTATA
1 AAAACAAAAGTT-CA-TA-ATGATTTGAAAT-A----G-AT--A-ATAGTTCAAAT-A-GTCATA
* **** * * * * * * * * * * * **
365516 ACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC
52 AC-TATTTGAA-CTTGT-TCGA--T-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTA-TTAATT
*** * * * * * * ** *
365580 TTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAATT--ATTAATTTTTGAAATATTAATA-AC
109 TTATAATATTAATAAA-TTAGTATT--AT-T-TTATTTCGAATAA-GCTTG---TATGAATAGA-
** * **
365642 ATAGTATTATTTTAT-TT
164 A-ACAATTGTTTTATGAC
** * * ** ** * * * *
365659 TGAA-TAAACTT-AT-ATGAACTGAAATA-ATTTTTA-TGACAAAACAAAAGAGCATAACGATTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATAGT-TC---A-AATAG-TCATAACTATTT
* * * * * * ** ** * * *
365719 GAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATGTTC
59 GAACTTG-T--TCGA-T-AAACAG--AT--TTATTT--TTTAAATCTCT-TACTTATTAAT-TT-
** ** * * * * * **
365783 TA-AAT-TTTTTAAATCTCTTATTA-ATT-TTT-GAA-AA-ATT-AATAAATTAG-TATTATT-T
110 TATAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
*
365838 TATTTTGA-
173 T-TTATGAC
* * * ** * ** * *
365846 ATAAGC-TAA-TATGATAAAAAAATTGTTATATGACCAA-A---CAAA-AGGT-AGTAACGATTT
1 A-AAACAAAAGT-TCAT-AATGATTTGAAATA-GA-TAATAGTTCAAATA-GTCA-TAACTATTT
* * * * * * ** * ** *
365903 GCAA-TAGATGATT-GTTGAAATGGCCGTAATTATTTGTACTGATTCGATAAACAGATTCATTTT
59 G-AACT---TG-TTCGAT-AAA---CAG-ATTTATTT-T-TTAAATCTCT-TACTTATT-A-ATT
* * * * * * * * * ** *
365966 TTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATAATTAAATTAGTATTATATTATTTTGAAT-AAG
109 TT--AT-A-ATA-TTAATAA-ATTAG-TAT-TATTTTATTTCG-A--ATA--AGCTTGTATGAA-
* * *
366030 CTTGTATGGACTGAAATAATCATTTTATGAC
160 -TAG-A--AAC---AAT--T-GTTTTATGAC
* * * * ** * * * *
366061 AAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATCTAAATTTC
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
366125 TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTCCTGCTTATTAATTTTTTGAAATATTAAAAAATTTG
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
366189 TGTTATTTTCTTTTGGATAAGTTTTTATGAATTGGAAC--TTG-TTTATGTC
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
366238 AAAA-AAATG-TCATAACGA-TGGTAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
366299 GTTCGATAAACA-A---ATTCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TCGAATGTTAATAAATT
65 GTTCGATAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* * * *
366359 AGGATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATAT-TTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAC-AAT-TGTTTTATGAC
* * *** ** ** *
366413 TAAACAAAAGGTT-AGAGCAATTTGAAATAGATAATTA-TTCTTATAGTTTTAACTATTTAAACT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * *
366476 GGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCCAGAA-ATTATTAACTTA
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TATAATATTAATAAATTA
* ** * * * * *
366540 GCATTATTTT-TAACTAAATAAGGTTATATG-A-A-AAATAATTATTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
366590 AAAACAAAAATT-TTAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAATTAGTGATAACTATTTGAA-TTA
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * * * *
366653 G-TCTAGTAAGCAGATTTATTGTTTAAATCTATAACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATTAATT
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
** * *
366716 AGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
366770 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAACTA-TTCAAAT-GGCAATAATTATTTTAAC-
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT
* ** * * * * *
366832 TGATTTGGCAAACAGATCTATTTTTTAATTTTTTTACTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAAT
64 TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA--TAATATTAATAAAT
* * * *
366896 TAATATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
366951 AAATCAAAAGGTT-ATAATGATTTTAAATAGACAA-ATGTTCAAATAATAATATCTATTTGAACT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATA-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
367014 TATTCGGTAAACAGATTTGTTTTTTTAAATCTCATT-CTTA-TAATTTT-TCAAATGTTAATAAA
64 TGTTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA
* * * *
367076 TTACTATTAATTTA-TTCTAAATAAGTTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
367132 TAAACAAAATGTT-AGAA-GAATTTGAAATAAATAATTA-TTCTAATAGTCTTAA-TCATTTAAA
1 AAAACAAAA-GTTCATAATG-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
** * * *
367193 CTCATTC-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT-TAATTAATTATTAA
62 CTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAA-T-ATTAATAA
* * * * * * *
367252 ATTAGTATTATTTTAATCCGATTAAGCTTGTACGAACA-AAATAATTGTTTTACGAC
124 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
367308 CAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* ** * * * * ** *
367373 TTCAATAATTAAATTTA-TTTTTAATTTTCTTGGC-TATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAG
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAG
* ** * * * *
367436 TATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGAT
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
367488 AAAATAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATGGATAATTA-TTCAAATAATCAAAACTATTTGAAAT
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * * *
367551 GGTTTGGCAAGCAGATTTAGTTTTTAAATCTCTAACTGATTAATTCTTGA-AATATTAATAAATT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT-ATAATATTAATAAATT
* * * *
367615 AGTATTATTTT-TTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAATAGCATTTGTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-A-CAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
367668 AAAA-AAATCA-ATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGAG-CATAATTATATAAAC
1 AAAACAAA--AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
367730 -TGATT-TAGTAAGCTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
63 TTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAA
* * * * *
367793 GTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAACTA-AAACAATTGTTTGATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
367849 AAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA-ATGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATA-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
367913 GTTTGCTAAACAGATTTATTTTTCCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTA
* * * *
367978 GTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAGAATTATTATATGAC
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
368030 AAATCAAAAGGTT-AGAACGATTTGAAATAGATAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTT-
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAG-TCA-TAACT--ATTTG
* *** * * ** * *
368093 -A-TTTTTC-A-AAACTCTTATTAATTTTTAGAA--TATTA-TTA--AATTAGCATTATTTTAAA
60 AACTTGTTCGATAAACAGAT-TTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATT-TTATAATATT-AA
* * * * ** * * * *
368149 CTAAATAAGCATGTA--TGA-TTAGAAATAA--TTGT-TTTATGAGAAAACAA-AG-ATCATAAC
121 -TAAATTAGTAT-TATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAT-AG-AAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * * * * * * * * *
368206 GATTCGAGA-TTGATATTTA-TTCAAATAATTATAACATTTGAATTAGTTCAAAAAATAGTTT-A
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT-A-GATAATAGTTCAAATAG-TC-ATAACTA-TTTGA
* ** ** ** * * * * * * * * **
368268 GCTT-TTAAAT-CTCTTATTAATTTTTGAAA--TATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT--TAAG
61 ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTATAATATTAATAA-
* ** ** * * ** **
368327 A-TA--ATT-TTTTATGAACTAAAATAATTATTATATG-ACA-AAACAAAAGGTTAGAATGATTT
124 ATTAGTATTATTTTAT---TTCGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTT-TTATGA---
*
368386 G
180 C
* * * ** * ** * * *
368387 AAATAGATAACTA-TTC-TAAT-ATTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAA-ACACATTTATTT
1 AAA-ACA-AA--AGTTCATAATGATT-TGAAATAGAT-AA-TAGTTC-A-AATAGTCA-TAACTA
* * ** **** * * * * *
368448 TTTAAAACTTTTATTAATTTTTAGA-ATA-TTATTAAAT-TATT-GTTATT--TTTATCTAAATA
56 TTT-GAACTTGT-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TAT-AAT-
* * * * * ** **
368507 AGCTT-GTATGATTAGAAATAATTGTT-TTAT-GAGA-AAACAAAGATCAT-AAT-GATTCGAGA
116 A--TTAATA-AATTAG-TATTATT-TTATT-TCGA-ATAAGC-TTG-T-ATGAATAGAAAC-A-A
* *
368566 TTAATATTTAT-TC
169 TT-GT-TTTATGAC
* * * * * * * * *
368579 --AA-ATAA-TT-ATAACT-ATTTGAATTAG-T-TTAG--AAAATAGT-TTTAGT-TTTTAAATC
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * ** * *
368632 TCTTC-CTTATTAG-TTTA--TTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAAT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* ** * *
368692 AGTATTATTTTATTT-AAGATAAATTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAG
127 AGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
368746 AAAACAAAA-TGTCATAACGACTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--TAA--A--T---C-T
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
368800 ATT--ATAAAGAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTA
* * * * * **
368863 GTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGTGTGAACT-GAAATAGTTGTTTTACAAC
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
368916 TAAACAAAAGGTCAAAACGACTTGAAATAGATAATTA-TGCTAATAGTCTTAACGATTGGAA-TT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * * *
368979 GGTTTGGA-AAACACA-TT-TTTTAAAAATCTCTTACATACTAATTTT-TGAAATATTATTAAAT
65 -G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
*
369040 TAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-A-AAA-AATTTGTTTTAT---
126 TAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGAC
* ** * *
369090 AAAA-AAAAG--GATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAC-TG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * **
369150 TTTC-AGTAAACAGATTTCA-TTTTTAAA--TCTT--TTATTAGTTTTCAAAATATTAATTGATT
66 -TTCGA-TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATT
* ** * * *
369209 AGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * * * *
369263 AAAGCAAAAAATCATAACGATATGAAATAGATAGTTGTTAAAATGGACATGACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
369328 TT-TAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
66 TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTAG
* * * *
369392 TA-TATTTT-TATTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGTC
129 TATTATTTTAT-TTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
369444 AAAACAGAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATAATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * * *
369508 GCTT-GGTAAATAAATTTACTTTTAAAATTTTTTACCTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTA
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTATAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
369572 GTACTATTTTATTTGGAATATGTTTGTATGAACAAAAACATTTGGTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
369625 AAAATAAAAGGTCACAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACGT
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
369688 GTTC-ATAAAACATATTTATTTTTT-AATTTTTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTT
65 GTTCGAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAA-TT
* * *
369751 A-TATTATTTTATTT-GAAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
369804 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAA-AGTCATAACTATTTGAAATTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * ** *
369868 TTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAATCTCCTT-CTCATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTA
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * * * * *
369931 GTATAATTTTATTTCGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTTACGAT
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
369984 GAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTA-TTCAAGTAGAT-ATGAGTATTTGAACT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
370047 TATTCGATAAATATG-TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
64 TGTTCGATAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTATAATATTAATAAATT
* * * * *
370111 AATATTATTTTAATCCGACTAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* *
370165 AAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
370228 TATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTATGAATATTAATAAATTT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTA
* * * *
370292 GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATATGAATACAAA-AATATATTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGAC
* * * *
370345 AAAACAAATGGTT-AT-A-GCAGTTTGAAATAGATAATTA-TTAAAAAAAGTCATAACTATTTCA
1 AAAACAAA-AGTTCATAATG-A-TTTGAAATAGATAA-TAGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
370406 ATTTGTTCGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAA
61 ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAA
* * * * * * ***
370471 TTAGAATTATGTTATTCCGAGTCAA-CTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTGCAAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * * *
370527 AATACAAAAGGTCATAACGCTATGGAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGTACTGG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * ** * *
370592 TTAGGCT-AACAAATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTGTGGAATATCATTAAATTA
66 TT-CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT-TATAATATTAATAAATTA
** * *
370655 CCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
370708 AAAACAAATGGTGATAATGATTTGAAATAAATAATTGTCCAAATTGTTATAACCATTTGAA-TTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** * * *
370772 ATTTGGTAATTAGATTTATTTTTT--ATATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA
66 -TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATTAG
* * * * *
370833 TATTATTTTA-TTC-AAAACAGACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTATGAC
129 TATTATTTTATTTCGAATA-AG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
370885 ATAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTA-TTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-T
1 AAAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * *
370947 TAGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATTTTATTAGATT
64 T-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
371012 AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATAAGAATATAAATAATTGTTTCATAAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
371066 AAATCAAAAGGTT-ATAAGGATTTAAAATATATAATTA-TTCAAATAGT-ACTAACTATTTAAAC
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * * * * * *
371128 TGGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTT-TAAAAATTAATAAATT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATT
* * *
371192 AGTATTATTTTATTTTGAAT-AGTCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
371246 AAAACAAAAGTTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGGCCATAATTATTGGAAC-T
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
371309 GATTCGATAAACTGATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTCTTAATTTTGA-AATATTAATAAAGT
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATT
* * * * * *
371372 ATTA-TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAT
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
371425 AAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
371489 GTTCGATAAA-TGAATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAACTTTT-TGAATGTTAATAAA
65 GTTCGATAAACAG-ATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAT-AATATTAAT-AA
* * * * *
371552 ATT-GTATTATTGTATTTTTGAATTAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATT-TTTTATGAT
124 ATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
371608 AAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAAAGATAATTA-TTCTAAA-AGTCTTAACTACTAT-AAC
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTC-AAATAGTCATAACTA-TTTGAAC
* * ** * * * * * * * **
371670 TGGTTTGGCAAACACATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTAGAATTTTATTAGTTT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATT
* ** * * *
371735 AGCAACATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGAC
* * * * * *
371789 AAAACAAAA-ATCATACTGATTTGAGATAGATAATTA-TTAAAATAATCATAACTATTT-AAATT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
371851 GGTTTGGTAAATAG----A--TTTT--A--TC--ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
65 -GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* * ** * * * *
371903 AGTATTATTTTATTTTGACTAATTTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTAATGAT
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
371957 AAAACAAAA-TGTCATAACGA-TT--AATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTG--CTT
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
372016 GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTC-CATCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTA
* * * *
372080 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGTAACAATTATTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
372133 AAAAAAAAAAGAAT-ATAACAATTTAAAATCA-ATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 -AAAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
372196 TTGCTT-GTTAAACAGATATA-TTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTT-TAGTATTTTAATAAA
63 TTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATA--ATATTAATAAA
* * * * *
372258 TTAGTATTATTTTATTTCGCATAACCTTTTATGAATAGAAACTATTGGTTTATGAC
125 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
372314 AAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAGTAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAAATGTTTGAACGT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
372377 ATTC-A-AAA-A-A--CA-TTTTT---T-TCTTA-TTAATT--TTTT-GAATATTAATAAATTCA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTATAATATTAATAAATT-A
* * * * *
372427 -AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAGCCAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
372479 AAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTA-TTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
372543 ATTCGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTA
* * * * *
372607 GTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** *
372660 AAAAGAAAAGGTCATAGTAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGGAATCACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
372724 GTTC-AGTAAATATATATATATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
65 GTTCGA-TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTATAATATTAATAAATT
* * * * * *
372788 AATATTATTTTAATAT-GAATAAACATGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATGAT
127 AGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * ** * *
372841 AAAACAAAAAG-TCATAACAATCTGAAATAAATAATTGCACAAATTA-TTATAACAATTTGAACT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
372904 TGTTCGATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCGA-AATATTAATAAATT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TATAATATTAATAAATT
* * * * * *
372968 AGCATTATTTTAATCCGAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAT
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
373022 AGAACAAAAAG-TCAAAATGATTCGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTA
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
373086 GTTTGATAAATAGATTGATTTTTTAAATCTCTTA-TTGA-T-ATTTGA-AATACTAATAGATTAG
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTATAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
373147 TATTACTTTA-TTCTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTATTTTATGAC
129 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
373199 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGATATAGATAATTA-TTAAAATAATCATAATTATTTGAACTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
373263 GTTAGGTAAAAAAAATTATTTTTTGAATCTCATACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT-
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * * * * ** * *
373326 -CATTATTTTATTCCAAAAAAGCTAGTATAAATTCAAATAAACTTATTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAA-TTGTTTTATGAC
* * * * * *
373380 AAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-GATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-TTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * * * *
373443 GTTTGATAAAC--A---A--TTTT--A---GTTA-TTAAT-A-TTTAGAATATTATTAGATTAGT
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
373493 ATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAGGAC
130 ATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * *
373544 AAAATAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
373608 GTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTTCTTATTAATTTT-TGAAAGACTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * * *
373672 GTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-TAATG-TTCA-AATACAATTGTTATATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGAC
* * * ** * * * * * * *
373725 AAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTGACATGGCCATAA-TAATTTGAAGTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT
* * * *
373789 ATTCGATAAACA-ACTTCACTTTTTAAA--TC--AATTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATT
65 GTTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* * *
373848 AGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTTTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * ** *
373902 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAACTAT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T
** * * * * ** * *
373967 -TTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATAAAATTTTGGAATGTTATTAAATTAG
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTATAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
374031 TGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGATTGAAACAATTATTTTATAAC
129 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
374083 AAAACAAAATGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA---A-GA--A-TTG-----
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * **
374135 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * * *
374199 ATATTATTTTATTTCGGATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACACA-TGTTTTATGAA
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA-ATTGTTTTATGAC
* ** * * * *
374252 AAAACAAAAGTTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGCTT-AAATAGCCATAATTATTTGAACTA
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
374316 ATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTCTAACATATCAATTTT-TGAAGTATTAATAAAGTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AA-TATTAATAAATTA
* * * * * *
374380 ATATTATTTTATTTC-AGATAAGC-CGTTATGGACT-GATACAATTATTTTATGAT
128 GTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTG-TAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
374433 AAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
374498 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTGTT-GTTCATTAATTTTCTCAATGTTAATAAATTA
66 TTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTA
* * * * * *
374562 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATAAATTGAAAAAATTATTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
374615 TAAACAAAA-TGTC-TGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAAC-
1 AAAACAAAAGT-TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * *
374676 TGATTTGACGAACACATTTATTTTTTGAATCTCTTA-TTATT--TTTTAGAATATCATTAATTTA
64 TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTA
* * * * * *
374738 GTAATATTTTA-CTCTGGATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTG-TTTATAAC
128 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
374790 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAAAAT-ATAACTATTTAAACTGG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** * * * *
374853 TTTGACATGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTGA-AATACT-ATAAATTAGT
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGT
* ** * *
374913 ATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTT-TCGAC
130 ATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-GAC
* *
374964 AAAACAAAA-TATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAAT-G-GATAGGACTATTT-AAG
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA--ACTATTTGAA-
* * * ** *
375025 CTTGTTCGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
62 CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAAT
* * ** *
375090 TAGTATTATTTTATTACGAATAAACTTGTATGAATAGAAATGATTATTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
375145 AAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTC
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
375209 GCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATTTTAATAAA-TA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * * *
375272 TTTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGAC
128 -GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * **
375326 AAAGCAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATTACTATTTGAAAGT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
375390 GTTTAGA-AAATATATTTA-TTATTAAAT-TTTTATTTATTAATTTT-TGAAATATTAACAAATT
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA-T
* * ** * * *
375451 TA-TATTATTTTA-ATCAAAATAAGCACGCATGAATAG-AACAAAATATTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
375505 AAAACAAGATTTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTGTTTAAACATG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
375570 TTTGGTGAATAGATTTTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTT-TGCAATATTAGTGAATTA
66 TTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTA
* * * *
375634 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTA-GTAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-AC
* * ** * * * * *
375687 AAAACAAAAGCTCATGACAATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTTATGACTAATTGAATTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** *
375751 GTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTGCCAAAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-TTATAATATTAATAAATTA
* * * * *
375815 ATATTATTTTA-ATAGATATAAGCATGTATG-ACAGAAACAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * ** **
375867 TAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAA-AGCTCATAAAGATTTGAACT
1 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
* * *
375930 TGTTCGATAAATAGATATATTTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAAT
64 TGTTCGATAAACAG----A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TATAATATTAAT
* * * * * **
375994 AAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACACAAA-AAATCATTTATGAC
122 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
376052 ATAACAAAAGGTT-ATAGTGATTTCAAATAGATAAT--TATCGAAATATTCAAAATTATTTAAAC
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGT-TC-AAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
376114 TTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCATGATATTAATAACTT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAATAAATT
* * * * *
376179 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAAGTT-TTTTATGGC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGAC
** ** * * * * *
376233 AAAACAAAA-TGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAATCATGACTATTTGATCTA
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * * *
376297 GTTTGGTAAACATATTTACTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAGTAAATTAG
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTATAATATTAATAAATTAG
** * * * *
376362 TATTATTTTA-ACCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATAAT
129 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
376414 AGAACAAAAAG-TCATAACT-ATTTGAAATACATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTCGAACA
1 AAAAC-AAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
376477 TGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTAAAATATTAATAGATT
64 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
376538 AGTATTACTTTATTTTGAATAAACATATATGAACAAAAACATTTGTTTGATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
376592 AAAACAAAACTTCGTAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAA-TTG
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * *
376656 GTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTC
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT-
* * * * * *
376720 A-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCA-AAAAAGATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACA-ATTGTTTTATGAC
* * * * ** * *
376775 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATTTTTAAATATTTGGA-TT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * * * * *
376839 GGTTTAACAAAAAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTT-TGAAATATTATTATATT
65 -GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* * * * *
376903 AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAAGAAAAATAATTGTTTTATGAT
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * ** * * * *
376957 AGAACAAAA-TGTAATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTCGAACTA
1 AAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
377019 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTCGA-AAGATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--ATAATATTAATAAATTA
* * * *
377083 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGAATG-AT-GAAAAAAATTGTTATATGAC
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * * * *
377135 CAAACAAAAGGTCATAATTTTTTATAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAATTATTTAAAC-T
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTT-GAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * * * * * *
377199 GCTTCAACAAATTGGTATATTTTTTAAATCTTTTTA-TTGTCAATTTT-TGAAATATTATTAAAT
65 G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAAT
* * ** * * * * *
377262 TAGTGTTATTTTATTCCGAATAAGCTCATATGAACTA-AAACAAATATTGTATAAT
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * *
377317 AGAACAAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-C--AAC----T--A---
1 AAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*
377369 GTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
65 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATT
* * * *
377431 AGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGTTTCTATG-ATGAGAAACAATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
377485 AAAACAAAAGTTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*
377548 GATTTGATAAACTAG-TTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATT-A----AT-A-A--AAT--A--
65 G-TTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATT
* * * *
377598 A-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
377650 TAAACGAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATT-TGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * *
377714 ATTCTG-TAAACAGATTTATTTTTCTAAAT-TCCTTGTTTATCAATTTTTTGAGTGTTAATAAAT
65 GTTC-GATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCT-CTTACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAAT
* * *
377777 TAGTATTATTTT-TTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGAC
126 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
377831 TAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTC-AATAGTCTTAACTATTT-AAATT
1 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
377893 GGTT-TAGTAGACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT
65 -GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
377933 TTATTATGAA
Statistics
Matches: 23808, Mismatches: 5927, Indels: 5215
0.68 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
157 4 0.00
158 33 0.00
159 46 0.00
160 10 0.00
161 48 0.00
162 74 0.00
163 132 0.01
164 82 0.00
165 195 0.01
166 166 0.01
167 49 0.00
168 252 0.01
169 248 0.01
170 253 0.01
171 191 0.01
172 147 0.01
173 155 0.01
174 348 0.01
175 251 0.01
176 834 0.04
177 1115 0.05
178 819 0.03
179 1896 0.08
180 3810 0.16
181 7072 0.30
182 2187 0.09
183 385 0.02
184 306 0.01
185 238 0.01
186 111 0.00
187 139 0.01
188 117 0.00
189 126 0.01
190 130 0.01
191 121 0.01
192 165 0.01
193 93 0.00
194 135 0.01
195 110 0.00
196 135 0.01
197 150 0.01
198 87 0.00
199 57 0.00
200 69 0.00
201 61 0.00
202 53 0.00
203 33 0.00
204 39 0.00
205 44 0.00
206 22 0.00
207 29 0.00
208 20 0.00
209 36 0.00
210 37 0.00
211 57 0.00
212 30 0.00
213 60 0.00
214 40 0.00
215 51 0.00
216 21 0.00
217 15 0.00
218 11 0.00
219 9 0.00
220 5 0.00
221 3 0.00
222 1 0.00
223 13 0.00
224 7 0.00
225 11 0.00
226 7 0.00
227 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
Found at i:347667 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 347647--347678 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
347637 AGAAAACATA
*
347647 TTTATTTTTTAATTT
1 TTTATTTATTAATTT
347662 TTTATTTATTAATTT
1 TTTATTTATTAATTT
347677 TT
1 TT
347679 GAAATATTAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (15 bp):
TTTATTTATTAATTT
Found at i:348379 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 348171--348476 Score: 377
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
348161 AATGATTTGG
* * * * *
348171 ACTTGTTCGGTAATCATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTATTAA
1 ACTTATTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATT-TCTTGAATATTAATAA
* * * * * *
348235 ATT-TGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTATCTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCA
65 ATTAT-TATTAATTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAA-AA
* *
348298 AAAGGTTACAACAATTCTTAATAGACAAGTGTTCA
128 AAAGGTCAAAACAATTCTTAATAGACAAGTGTTCA
* * *
348333 ACTTATTCGGTAAACAAATTCATTTTTTTAAATC-TCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
1 ACTTATTCGGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTCTTGAATATTAATA
* *
348397 AATTATTATTAATTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAAAAA
64 AATTATTATTAATTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAAAA
348462 AAGGTCAAAACAATT
129 AAGGTCAAAACAATT
348477 TGAAATAATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 18, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 22 0.18
163 95 0.79
164 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (162 bp):
ACTTATTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTCTTGAATATTAATAAA
TTATTATTAATTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAAAAAA
GGTCAAAACAATTCTTAATAGACAAGTGTTCA
Found at i:351402 original size:540 final size:531
Alignment explanation
Indices: 345428--354526 Score: 3954
Period size: 542 Copynumber: 16.9 Consensus size: 531
345418 AAAGTCTTAA
* * * * *
345428 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA-ATTTATTCTATAAACATAGTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATA-TT-TT-TGTAAACAAATTT
* * * * *
345492 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAA-TATGTATTATTTTAATTGAA
62 ATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTGAA
* * * *
345556 ATAAGCTTCTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTACAACGATTTGAAATA
126 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * *
345619 GGTAATTGCTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTAGTTTTTAAATCT
190 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT
* ** ** * * **
345684 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTATGATATTTCGAATAAGCTTGTACAA
255 C---CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
345749 ATAGAAACAATTATTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
317 ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * ** ** * * *
345814 TAGT-TTAACCATTTGCATTGGCCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
382 CAGTCATATCTATTTGCA-TGATC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * ** ***
345878 TTTAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGACTATATCAATAGAAACAATTTT
445 TTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGACTGTAGGAA-AGAAACAATAGC
* ** *
345943 TTTTATGACAAAA-TAAATGGTCATAA
507 TTTTATGACAAAACAAAAT-AACAT-C
* * * * * * * * * *
345969 TGATTTAAAATAAATAGA-TATTCAAATTGTTATATCTAATTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTT
1 TGATTTGAAATAAATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT-TA-TATTTTTGTAAACAAATTT
* ** * *
346033 ATATTTT-AAATCTCTTA---A-TGATTTTCAAAATACTAATTAATTAATATTATTTTATTCT-A
62 AT-TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGA
* * * * * ** ** * * * * *
346092 AACAAACTTATATGAACAAAACATTTGCTTTACAACAAAACAAAAGATCATAATAGTTTGAAATT
125 AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
* * * **
346157 GATAATTATTCATATAG-CATTAACTATTTTAA-TTGGTTTTGCT-AACAAATAT-ATTTTTTAA
190 GATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAAAT-TCATTTTTTAA
* * * * *** * *
346218 ATCT-CTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTCTTATTTTATTCCAAATAATCTTG
251 ATCTCCTTA-TTA--AATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
* * * * * * * * * * *
346282 TATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAAAGATTTGAAATATATAATTGT
312 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTAT
* * * * * ** * * ** *
346347 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGCTCACTAAACAGATTTTTTTTTTAAAATCTCCTACTCA
377 TCAAACAGTCATATCTATTTGCA-T-GATCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTA
* * *
346412 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AGGCTTATATGATGAA-AA
439 TTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGAC-TGTAGGA--AAGAA
* * *
346475 ACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGTTCACAAC
499 ACAATAGCTTTTATGACAAAACAAAA--TAACATC
* * ** * * * * ****
346509 -GATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAGGGCCACAATTATTTGA-ATTGATTCGATAATTTGATTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATATT--TTTG-TAAACAAATTT
* ** **
346572 ATTTTTTAAATCTCAAACTT-TTCAATTTT-TGACATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTG
62 ATTTTTAAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCTGA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTG
* * * * * * * * ** *
346635 -GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTTAAA
124 AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * *
346698 TAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAA
188 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAA
* * * * * ** * * * * **
346763 TTTATTTCTTAATAATTTTTTAAA-AGTTACCAAAATAGTATTATTTTA-TTTCAATATGCATGC
252 --T-CTCCTTATTAAATTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
* * * * * * * *
346826 ATGCATTGAAACTATTATTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGT
313 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTAT
* * * * * * *** * *
346890 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTATTACTTAT
377 TCAAACAGTCATATCTATTTGCA-T-GATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * ** * * *
346955 TAATATTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACA
440 TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGAC-TGTAGGAA-AGAAACA
* * * * *
347019 ATTG-TTTTATGTCAAAAACAAAGATCATAAC
502 ATAGCTTTTATGAC-AAAACAAA-ATAACATC
* * * * * *
347050 -AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTATA-T--TTTTGTAAACAAATTTA
* *
347114 GTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTG-
63 -TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGA
** * * ** * * **
347172 AATAATTTTATATGAACAAAAACAATTTTTTTACAACATAAC-AAA-TTTCATAATGATTTGAAA
125 AATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
347235 TAGATAATAGTTCAAATGGACATAATTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTAATTTTTTAAG
188 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAA
* * * * *
347299 TTTCAAACTCATT-AATTTT-ATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT
252 TCTC---CTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
* * * * * * *
347362 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
313 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATT
* * * * *
347427 CAAATAGTCATAACTAGTTGAATTTACTCGAG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
378 CAAACAGTCATATCTATTTGCA-TGA-TCG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * * * * *
347491 TAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTTTTTTATTACAAATAA-ATATGTATGGACAGAAAT
440 TAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGA-CTGTA-GGAAAGAAAC
* * * *** *
347555 AATTG-ATTTATGACAAAATAAAAGCTCATAA
501 AATAGCTTTTATGACAAAACAAAATAACAT-C
* * * ** * *
347586 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGAGTTAAGAAAACATATTTA
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--AT-ATTTTTGTAAACAAATTTA
* * * * * *
347651 TTTTT-TAATTTTTTATTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAA
63 TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAA
* * * * * * *
347714 TAAGCTTGCATGAACAAAACAAATCATTTTAAGACAAAACAGAAGGTCATAATATTTTGAAATAG
127 TAAGCTTGTATGAACAAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
* * * *** *
347779 ATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATTGATTCTTTTTTTAATTATC
191 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAA--ATC
* * * **
347844 TTACTCATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGT
254 -TCCTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-
** * * * * * * * *
347908 GCT-GAAGCAATTGTTTTATTACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAA
316 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAA
** * * * * * * *
347972 GTAGTCATCA-CTATTTAAACTTGTTTGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
381 ACAGTCAT-ATCTATTT--GCATGATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
** ** ** * * ** * * * *
348036 TTGTCAAAATATTAATATTTTAAAATTATTTTAATCCAATTAAGTTTGCATGAATAAAAACAATT
443 TT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAA-TAAGACTGTAGGAA-AGAAACAATA
*
348101 G-TTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAC
505 GCTTTTATGACAAAACAAAATA-ACAT--C
* * * ** * * *
348129 -AAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTGGACTTGTTCGGTAATCATATTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTATA-TT-TT-TGTAAACAAATTT
* * * * ** **
348192 ATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTGTCTTAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCAAA
62 ATTTTTAAAATC-TCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA
* * * * * * * *
348256 ATAAGCTTGTATTATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTACAACAATTCT-TAAT
126 ATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT-TGAAAT
* *
348320 AGACAAGTGTTC--A-A--C-T---TA-TT---C--G----GTAAACAAATTCATTTTTTTAAAT
189 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAAT
* * * * * *
348366 CTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTATTATTAATTTATTCTAAATAAGC-TAGT
253 CTC---CTTATTAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-T
* * * *
348429 ATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCAAAACAATTTGAAATA-ATTAATT
313 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA-TAATT
* * * * * * * * * *
348491 ATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTCGATAAATAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTT
375 ATTCAAACAGTCATATCTATTTGCA-TGA-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * *
348556 ATTAATTTTTGAACTATTATTCAATTAGTATTATTTTAATCCACATAAG-CTTGTA-CAAATAAA
438 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGAC-TGTAGGAAA-GAA
* *** *
348619 ACAATTA--TTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAA
499 ACAA-TAGCTTTTATGACAAAACAAAATAACAT-C
* * ** * * * * *
348652 TAATTTGAAATAGATAATCCTTCATATAGTCTTAACTATTTGA-ATTTTTTTAGCAATTAATTTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATATTTTTGTA--AA-CAAATTT
* * * ** ** * * *
348716 ATTTTTGAATTTTCTTGGTTATTAAATTTT-AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
62 ATTTTTAAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA
** * * * * *
348780 ATAAAATAGTATGAACAAAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTA
126 ATAAGCTTGTATGAACAAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
* * * * * ** * * * *
348845 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTCAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCT
190 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT
* * * * * *
348910 -CTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCG-ATCAAACTTTTAT
255 CCTTA-T--TAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTATAT
* * * * * * * * * *
348973 TAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATTAAAA-GTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
315 GAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
349037 AAATAGTTATAATC-ATTTGAACTGATTCGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACCTA-
379 AAACAGTCAT-ATCTATTTGCA-TGA-TCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * **
349099 TAATTTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAGCTGAAA
440 TAA-TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGAC-TGTAGGA-AAGAAA
* * *
349163 AAATTA--TTTTATGACAAAATCAAAGGT--CATAA
500 CAA-TAGCTTTTATGACAAAA-CAAA-ATAACAT-C
* ** * * * * * * *
349195 TAATTTGAAATAAATAATTGTTCATCTAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACATATTTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--A-TATTTTTGTAAACAAATTTA
* * *
349260 TTTTTAAAATCTCTTAGC-TATTAATTTT-TAGAATATTACTATATTAGTATTATTTTATTCTG-
63 TTTTTAAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTCT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGA
* ** * * *
349322 AATAAGCCTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
125 AATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * * *
349387 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAGATTAACTTTTCAAATC
189 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC
* * *
349452 T-CTTATT-AATTCTTTAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTT
254 TCCTTATTAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG--
* * * * * * * * *
349514 AA-A-AAACAATTGTTTTA--AGACAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAA
316 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAA
** * * * * **
349575 ATGGCCTTAAT-TATTTGAACAAT-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTA
381 ACAGTCAT-ATCTATTTG--C-ATGATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * ** *
349634 ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTATTTT-TTTGGAT-AGGCTTATATGAGCTGAAAT
442 A-TTTTTAAATATTAATAAA-T--TAGTATTATTTTATTCGAATAAGAC-TGTAGGA-AAGAAAC
* * * * *
349697 AATTA--TTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAAC
501 AA-TAGCTTTTATGACAAAACAAAA--TAACATC
* * * * * * * * * *
349729 -AATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAATTGTTTGA-AGTGGTTTGCCAAAACAGATT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATA-T-TTTTG--TAAACAAATT
* * * * *
349792 TATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTT-TAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
61 TATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TG
* * * * * *
349856 -AATAAGCTCGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
124 AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * *
349920 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTATCTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
188 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT
* * *
349985 CTCCTACCTATT-AATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTA
253 CTCCT---TATTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATA
* * * * * *
350049 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAATGGTCATAACTATTTTAAATAAATAATTTTTC
314 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTC
* * * * *
350114 AAACAATCATAAT-TATTTGAACATGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATC
379 AAACAGTCAT-ATCTATTTG--CATGATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
350178 AATTTTTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAAT-ATACTTATATGAACAGAAACA
441 AA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGAC-TGTAGGAA-AGAAACA
* * * *
350242 ATAGGC--TTATGACAAAACAAGAGGTTATAAC
502 ATA-GCTTTTATGACAAAACAA-A-ATAACATC
* * * * **
350273 T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCATAACTATTTGA-ATGTGTTTAGAAAACTTATTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATAT-T-TTT-GTAAACAAATTT
* * *
350336 ATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAA
62 ATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAA
* * * *
350400 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAG
127 TAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
* * ** *
350465 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGTTTCATTTTTTAAAACT-
191 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC
* * *
350529 CTTATTCATTAATCTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGA
256 CTTATT-A--AAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
350594 ACT-GATAGATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGACATAACGATTTTAAATAGATAATTACTCAA
317 A-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * ** * *
350658 ATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATTTTTAATTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
381 ACAGTCATATCTATTTGCA-TGA-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
350723 TGTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGATTAAGATTGTATGGAGAA-AAACAATT
444 TTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGACTGTA-GGA-AAGAAACAATA
*
350787 G-TTTTATGATAAAACAAAA-AATCATAAC
505 GCTTTTATGACAAAACAAAATAA-CAT--C
* * *
350815 -GATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTA-ATTTTTGGTAAACAAAATTATT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTATATTTTT-GTAAACAAATTTATT
* * ** *
350878 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTGAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAA
65 TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATAA
* * * ****
350943 GCTTGCATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGATA
130 GCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATA
*
351008 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC-CCTT
194 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCTT
* * * *
351072 ATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAATAGAAA
259 ATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * **
351137 CAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCGTAACGAGTCAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAT
324 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAT
* * ** * * ***
351202 ATCTAGTTGCATGGGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTTAATCCGCTACTTATTAATTTTTAGAA
389 ATCTATTTGCAT-GATC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* *
351267 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGACTGTAGGAATAGAAACAA-AGCTTTTATG
451 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGACTGTAGGAA-AGAAACAATAGCTTTTATG
*
351331 ACAAAA-AAAATGACCATC
514 ACAAAACAAAAT-AACATC
* * * *
351349 TTGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTATACTATTTTTGTAAATAGATTT
1 -TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT-TA-TATTTTTGTAAACA-AATT
* * ** **
351414 TATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
61 TATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA
* * ** * * *
351479 ATAAACTTATATGAACCAAAGTAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATA
126 ATAAGCTTGTATGAA-CAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
* * * * ** *
351544 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATGTAAACTGGTTCAACAAGCAAAATT-ATTTTTTAAATC
190 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AAATTCATTTTTTAAATC
* * * *
351608 TCTTGCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTT-AAGTAAG-TTACTA
254 TC---CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTA-TA
* * ** * * * * * * * * *
351671 CGAATTGAAGGAATTGTTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTT
314 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * * * * * *
351736 ATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTA
379 AAACAGTCATATCTATTTGCA-T-GATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * *
351801 ATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAACAAAAATAA
442 ATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGAC-TGTAGGAA-AGAAACAA
* * * * *
351865 TTA--TTTTATGATATAACAAAAGGTTATA-A
503 -TAGCTTTTATGACAAAACAAAA--TAACATC
** * * * * *
351894 AAATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGA-ATTGGTTCAGTAAACATATTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATATT--TT-TGTAAACAAATTT
* * * * **
351958 ATTTTTTACATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATAACG-
62 ATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTGA
* * * ** * * * *
352021 GATAGGGTTGTATGATGAAAGACACTTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCACAACAATTTGGAA
125 AATAAGCTTGTATGAACAAA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAA
* * * * ** *
352085 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTC-GATAAGCTGATTTATTTTTTAA
188 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAA
* * * * * *
352148 ATCTCTACTTATCAAATTTTGAAATATT-ATTAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTA
251 ATCTC--CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATA
* * * * * * * *
352212 TGCACAGAAGCAATTATTTTACGATAAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTT
314 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
352277 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA-TT-TTTTTT-AAT-TTCTTGCTTAT
378 CAAACAGTCATATCTATTTG--CATGATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTAT
* * **
352338 TAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTACTATTTTATTTC-AGATAAG-CATGTCTGAACTA-AA
440 TAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA-ATAAGAC-TGTAGGAA--AGAA
* * * * *
352400 ACAATTA--TTCTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAC
499 ACAA-TAGCTTTTATGACAAAACAAAA--TAACATC
* * * * ** * * *
352434 -AATTTGAAATAGATAACTATTCTCATAGGT-TTAACTATTTGA-ACTTGTTTGGCAAACACATT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTT-ATA-TT-TTT-GTAAACAAATT
** * **
352496 T-TTTTT-AAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCT-A
61 TATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGA
** * **
352553 AATAATTTTGTATGAATACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTATGACAAAATAAAATAT
125 AATAAGCTTGTATG-A-A-C-A--A-----AA-AA-----ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
352618 CATAACGATTTGAAACAGATGATAGTTTAAAT-GGCAATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAAC
173 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC
* * *
352681 AGATTTATTTTTTAAATCTCTAACATATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
236 AAATTCATTTTTTAAATCTC---CTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * * * ** *
352745 TTCCAAAAAAACCTT-TATGAATATAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAATATCATAATGATT
297 TT-TTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * *
352809 TGAAATAAATAATTA-TCGAATAGTCAAAAT-TATTTGAACTTGCTC--TACAATAGATTTATTT
361 TTAAATAGATAATTATTCAAACAGTC-ATATCTATTTG--CATGATCGGTA-AACAAATTTATTT
* * * * *
352870 TTTAAATCTTTTACTTATTCATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTCATTCCAAATAAG
422 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAG
* * * * * * * *
352935 -CTTGAATGAACAAAAACAATTG-GTTTATAACAAAAC-AACTACTCATAC
485 AC-TGTAGGAA-AGAAACAATAGCTTTTATGACAAAACAAAATA-ACAT-C
* * * * * * * *
352983 CGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGA-ATGTGTTCGGAAAATAAATTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATAT-T-TT-TGTAAACAAATTT
* * * * *
353047 ATTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAA
62 ATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA
* * ** * * * **
353110 ATAAGCTTGGATGAATAGAACCAATTATTTTTTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
126 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
* * ** ** * * **
353175 AATAATTGTTCAGATAAACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTTAGTTC
190 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATT-TTTTAAATC
* * * **
353240 T-CTTACTCACTAATTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
254 TCCTTA-T---TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
* * * * * *
353304 TAACT-GAAACAATTGTCTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
315 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTC
* ** * * *
353368 AAATC-TTCATGA-CTATTTAAAATTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
379 AAA-CAGTCAT-ATCTATTT-GCA-TGATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * ** * * *
353431 TAATGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAAACCAAATAAG-CTTATATGAACTA-AAAC
440 TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGAC-TGTAGGAA--AGAAAC
* * *
353494 AATTA--TTTTATAACTAAAGC--AA-AA-GTC
501 AA-TAGCTTTTATGAC-AAAACAAAATAACATC
* * ** * * * *
353521 --A--T--AACAATTTGTTGAT-AAATTGTCATAAC-ATTT-TGAGCTTGTTTGGTGAACAAATA
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAT-A--TT-TTT-GTAAACAAATT
* * * * * * ** **
353577 TATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTTAATATTAATTAATTTGTATTATTTTATTCAAA
61 TATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA
* **
353642 ATAAGCTTGTATGAATAGATGAAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGG-T-T-AC-A---G----
126 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAAT-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
* * * * ** * * *
353695 CG---A-T-TCCAAATAG--ATTAGTATTTGAAC-TGTTTTGGTATACAAATTTACTTTTTAAAT
189 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT
* * * * ** **
353752 CT-CTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAGATCAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGA
253 CTCCTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
353815 ACAG-AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
317 ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * * **
353879 TAGACATGA-CTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-CCTCCA-TCTATTAA
382 CAGTCAT-ATCTATTTGCA-TGA-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAA
* * * * *
353941 TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAGATAA-ACTTGTATGAATAGATATAAT
443 TTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGAC-TGTAGGAA-AGAAACAAT
* *
354005 TG-TTTTATG-GAAAACAAAA-AATCATAAC
504 AGCTTTTATGACAAAACAAAATAA-CAT--C
* * * **
354033 T-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATATGA-ACTTGCTTGGTAAACGGATTT
1 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTATA-TT--TTTGTAAACAAATTT
* * *
354096 ATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAAAATTTTTTTATTTTG
62 A-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTG
* * * ** * * * * *
354159 -AATATGCTAGTATGAACAGAAACAATTGGTTTAAGACAAAAGAAAAAGGTCATATCTATTTGAA
124 AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
354223 AGAGATAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTGTAA
187 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAA
* * * ** *
354287 ATTTTTACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTG
251 A--TCTCCTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
* * * * *
354350 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
312 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * * * * *
354415 TGAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCAGTAGACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAT
377 TCAAACAGTCATATCTATTTG--CATGATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
354480 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAG
440 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAG
354527 CCTCTAGCAA
Statistics
Matches: 6631, Mismatches: 1445, Indels: 962
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
506 5 0.00
507 22 0.00
508 140 0.02
509 38 0.01
510 1 0.00
512 2 0.00
513 15 0.00
514 28 0.00
515 1 0.00
516 6 0.00
517 12 0.00
518 92 0.01
519 22 0.00
520 1 0.00
521 3 0.00
522 4 0.00
523 14 0.00
524 181 0.03
525 181 0.03
526 8 0.00
527 5 0.00
528 1 0.00
529 2 0.00
530 9 0.00
531 33 0.00
532 160 0.02
533 90 0.01
534 192 0.03
535 76 0.01
536 457 0.07
537 326 0.05
538 257 0.04
539 316 0.05
540 631 0.10
541 593 0.09
542 1062 0.16
543 788 0.12
544 387 0.06
545 40 0.01
546 11 0.00
547 12 0.00
548 114 0.02
549 73 0.01
550 149 0.02
551 15 0.00
552 4 0.00
553 1 0.00
554 1 0.00
555 1 0.00
556 49 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTATATTTTTGTAAACAAATTTATTT
TTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATAAG
CTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCTTAT
TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAT
CTATTTGCATGATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGACTGTAGGAAAGAAACAATAGCTTTTATGACAAAAC
AAAATAACATC
Found at i:356495 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 356188--356531 Score: 462
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
356178 TTTTGCTTAT
* * ** *
356188 TAATTTTTGGAATATTGATAAATTTATATTATTTTATCCAAAATAAGCTTGGATGAATAGAACCA
1 TAATTTTTGGAATACTAATAAATTTATATTATTTTATCCAAAATAAGCTCAGATGAATAGAAACA
* * * * *
356253 ATTGTTTTCTAACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
356318 CTATTT-AAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTACTTTAGTTCTTTTACTCAC
131 CTATTTGAAA-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTACTTTAGTTCTTTTACTCAC
* * *
356370 TAATTTTTGGAATACTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTCATATTGACT-GAA
1 TAATTTTTGGAATACTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TCCAAAATAAGCTCAGA-TGAATAGAA
* *
356432 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
356497 TGACTATTTGAAATTGTTTAGTAAACATATTTATT
128 TAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATT
356532 TTTAAAATTT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 18, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 3 0.02
182 128 0.91
183 9 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TAATTTTTGGAATACTAATAAATTTATATTATTTTATCCAAAATAAGCTCAGATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTACTTTAGTTCTTTTACTCAC
Found at i:357712 original size:373 final size:366
Alignment explanation
Indices: 357112--357789 Score: 810
Period size: 373 Copynumber: 1.8 Consensus size: 366
357102 ACAAAAGGTT
* * *
357112 ATAATGATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTAGAATTGGTTAGGTAAATAGAA
1 ATAATGATTTGAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAATTGGTTAGGTAAACAGAA
* * *
357177 TTATATTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTG
66 TTATATTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATATTATTTTATTTCG
* * * **
357242 AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAGTAACAATTTAAAAT
131 AATAAACTAGTATGAATTAAAAAAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTAAAAT
* ** *** * * *
357307 AGATAATTGTTCTTATAGTCTTAACAATTTGAATTGGTTT-GACAAACAAATTTAATTTTTAAAT
196 AGATAATTATTCAAATAGAAATAACAATTTGAACTGATTTAG-CAAACAAATTCAATTTTTAAA-
* * *
357371 CTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTAT
259 -TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTAT
357436 GAACATAAATAATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTTTATTTTGTAA
321 GAACATAAATAATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTTTATTTTGTAA
* * * *
357482 ATAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCA-TTAAACA
1 ATAA-TGATTTGAA-TAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAATTGGTT-AGGTAAACA
* * * *
357546 -AATTTATTTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT-AATTTAGTATTATTTT
63 GAA-TTA-TATTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCA-TATTATTTT
* * * *
357609 ATTTCGAATAAACTTGTATG-A-TAAAAAACACTTGTTATATGACGAAACAAAAGGTAACAACGA
125 ATTTCGAATAAACTAGTATGAATTAAAAAA-A-TTATTATATGACAAAACAAAAGGTAACAACAA
* * * ** * * *
357672 TTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGAAATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTCATTT
188 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGAAATAACAATTTGAACTGATTTAGCAAACAAATTCAATT
357737 TTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
253 TTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
357790 CAAATATTAT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 43, Indels: 19
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
369 42 0.16
370 4 0.02
371 19 0.07
372 50 0.20
373 140 0.55
374 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (366 bp):
ATAATGATTTGAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAATTGGTTAGGTAAACAGAA
TTATATTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATATTATTTTATTTCG
AATAAACTAGTATGAATTAAAAAAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTAAAAT
AGATAATTATTCAAATAGAAATAACAATTTGAACTGATTTAGCAAACAAATTCAATTTTTAAATC
ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACA
TAAATAATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTTTATTTTGTAA
Found at i:357921 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 357643--357948 Score: 576
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
357633 AAAACACTTG
*
357643 TTATATGACGAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGAAATAATTAT
1 TTATATGACGAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGAAATAATTAT
*
357708 TTGAACTGATTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
66 TTGAACTAATTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
357773 TTAGTATTATTTTATTTCAAATA
131 TTAGTATTATTTTATTTCAAATA
*
357796 TTATATGACGAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGAAATAATTAT
1 TTATATGACGAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGAAATAATTAT
*
357861 TTGAACTAATTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
66 TTGAACTAATTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
357926 TTAGTATTATTTTATTTCAAATA
131 TTAGTATTATTTTATTTCAAATA
357949 AGCTTGATGA
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 4, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
153 149 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (153 bp):
TTATATGACGAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGAAATAATTAT
TTGAACTAATTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTTCAAATA
Found at i:358527 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 358488--358527 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
358478 TTTGGATAAG
*
358488 ATTTTATGAACTAAAACAATT
1 ATTTTATGAACTAAAAAAATT
358509 ATTTTATG-AC-AAAAAAATT
1 ATTTTATGAACTAAAAAAATT
358528 GTCATAATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.44
20 2 0.11
21 8 0.44
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTATGAACTAAAAAAATT
Found at i:359206 original size:537 final size:534
Alignment explanation
Indices: 357858--360325 Score: 1940
Period size: 537 Copynumber: 4.6 Consensus size: 534
357848 TGGAAATAAT
* * * * * * * *
357858 TATTTGAACTAATTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGGAATATTA
1 TATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * *
357921 AT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGATGAACTGAAACAATTATGTTATGATAGA
66 ATAAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
357984 AGAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGATGTAA-CTATTTGAATTTGTT
131 ACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT--ATGAAATATATTTGAACTTGTT
* * * * * ** * *
358048 CAGTAAACAAATTTATTTTTCTAAA-CTTTTGCTTATTAGCTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTA
194 CAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
358112 TTATTTTATTTTCG-ATAAGTTTTTAT-AATCTAAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGT
259 TTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGA-CTAAACAAAAGGT
* * * * *
358174 C-ATG-ACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAA
321 CAAAGTA--ATTTAAAAT-ATTAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAA
* * * * * * *
358236 TAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT
382 CACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TC
* * * *
358300 TGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTA-ATAATGATTTGA
446 TGAATAAGCTTGTATGGTAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GAACATAATGATTTGA
* * * * * *
358364 AATGGATAGTTGTTCAAATGGCCATAAT
509 GATAGATATTTGTTCAAATAGTC--AAC
** * * * * * *
358392 TATTTGAACT-GATTTACTAAAATA-TTTTATTTTTTAAACCTTTTATTTATTAAATTTTGAAAT
1 TATTTGAACTAG-TTT-GGAAAACAGATTTAGTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGAAAT
** * *
358455 ATTAATAAAATCA-TATTATTTTATTT-GGATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
62 ATTAATAAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
** * * * * *
358518 CAAAA-AAATTGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATACATATTTGAACTT
127 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA-TGAAATATATTTGAACTT
* * * * * * ** *
358582 GTT-AGGTAAATAGATTTATTTTGTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
191 GTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * *
358646 AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTGTT-TGACTAAACAAAAG
255 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTT-TTATGACTAAACAAAAG
* * * * * *
358710 GTCAAAGTAACTTAAAATAGTTAATTATTTTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAAC
319 GTCAAAGTAATTTAAAATA-TTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAAC
358775 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTG
383 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTG
* * * * * *
358840 AATAAGCTTATATGGTCAAAAATAGTTGTTTTATGAGAAAACAAAGAACATAATGATTTGAGATT
448 AATAAGCTTGTATGGTAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAACATAATGATTTGAGATA
*
358905 GTTATTTGTTCAAATAGTCAAC
513 GATATTTGTTCAAATAGTCAAC
*
358927 TATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATAT
* *
358992 TAA-AGAAAT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAACCAATTGTTTTATGAC
64 TAATA-AAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC
* * *
359055 AAAACAAAAGGTCATACCAATGTT-AAATAGATAATTGTTCAAATTATGAAATATATTTCAACTT
128 AAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTCAAATAGATAATTGTTCAAA-TATGAAATATATTTGAACTT
* * **
359119 GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTCATTTTTTGAATATTAATAAATTA
191 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
359184 GTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAATGAT
256 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT
* * *
359249 TAGAA-TGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACA
321 CA-AAGTAATTTAAAATAT-TAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACA
* * * * *
359313 CATGTATTTTCTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTATTTTAATCT-A
384 CATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGA
* * * * *
359377 GATAAGCTTGTAT-GAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTTAGAT
449 -ATAAGCTTGTATGGTAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAACATAATGATTTGAGAT
* *
359441 AGATATTTGTTCAAATAATTATAAC
512 AGATATTTGTTCAAAT-AGT-CAAC
* * ** *
359466 TATTTGAACTATTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA-TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTG
1 TATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * ** *
359529 AT-AGATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTTGCATGAA-TAGAAGCATTTGCTTTATGAT
66 ATAAAATCAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTT-TATGAACT-GAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
359590 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATGGATAATTGTTTAAAT-GGACATAACTATTTGAACTT
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATATGAAAT-A-TATTTGAACTT
** * * *
359654 ACTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TCTAC-CTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAA
191 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCT-TACTC-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * * **
359716 TAGTATTATTTTATTTTGACTAAACTTGTATGAA-GAGAAATAATTGTGTTATGACAAAATGAAA
254 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
* * * ** * * * * ** * *
359780 GATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATATGAACTT-ACTCTGT
318 GGTCA-AAGTAATTTAAAAT-ATTAATTATTCTAATAGTCTTAACT-ATTTGAA-TTGGTTCGGC
* * * * *
359842 AAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTA-T
379 AAACACATTTATTTTTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
* * *
359906 TTTATTTTGAATACA-CTTG--T-GTCAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATG-TCAT
440 TTTA-TCTGAATA-AGCTTGTATGGT-AA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GAACAT
* *
359966 AACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
499 AA-TGATTTGAGATAGATATTTGTTCAAATAGTC--AAC
* * * * * *
360004 TATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTCT-AGAAT
1 TATTTGAACT-AGTTTGGAAAACAGATTTAGTTTTT-AAACTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * * * ** * *
360066 GTTAATAAATTTA-TATTAGTTTA-TTCAAAATAAGCTTGGATAAACAT-AAACAAATATTTTAT
62 ATTAATAAAATCAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTTTATGAAC-TGAAACAATTATTTTAT
* * * * **
360128 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA-CCATTTGAA
125 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA-TGA-AATATATTTGAA
* * * * **
360192 CTTG-TCAAGTAAATAGATTCA-TATTTTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGGAATATTAATAA
188 CTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ** * * * *
360255 ATTTA-TATTGTTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTGTTTTATGA-TGAAACA
252 A-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACA
360318 AAAGGTCA
315 AAAGGTCA
360326 TAACGATTTG
Statistics
Matches: 1569, Mismatches: 280, Indels: 163
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
533 8 0.01
534 191 0.12
535 197 0.13
536 53 0.03
537 444 0.28
538 398 0.25
539 61 0.04
540 5 0.00
541 199 0.13
542 10 0.01
543 2 0.00
544 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATATGAAATATATTTGAACTTGTTCA
GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAG
TAATTTAAAATATTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTAT
TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCT
TGTATGGTAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAACATAATGATTTGAGATAGATATTTG
TTCAAATAGTCAAC
Found at i:360372 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 360330--360392 Score: 99
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
360320 AGGTCATAAC
* *
360330 GATTTGAAATAGGGAATTATTTAAATAGTTTGT
1 GATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTTTGT
*
360363 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
1 GATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTT
360393 ATGACTATTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 27 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (33 bp):
GATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTTTGT
Found at i:362130 original size:147 final size:149
Alignment explanation
Indices: 361954--362245 Score: 358
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
361944 GATTAAATAT
* * ** * *
361954 TATAAGGATTTGACATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAATAG
1 TATAAGGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAATAA
*
362019 ATTTA-GTTTTAAATCTC-T-TATTAATTTTTAAAATA-TCAATAAATAAGTATTATTTTATTTT
66 ATTTATGTTTTAAATCTCTTCTATTAA-TTTCAAAATAGTC-ATAAATAAGTATTATTTTATTTT
* *
362080 GAATAATTTTGTATGAACATA
129 GAATAAATATGTATGAACATA
* ** * * * *
362101 TATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAA
1 TATAAGGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAATAA
* *
362166 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTCAAAATAGTCATAAATTAGTATTATTTTATTTT
66 ATTTATGTTTTAAATCTCTT--CTATTAATTTCAAAATAGTCATAAATAAGTATTATTTTATTTT
362231 GAATAAATATGTATG
129 GAATAAATATGTATG
362246 TATAGAAACA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
147 57 0.47
148 11 0.09
149 1 0.01
151 44 0.36
152 8 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (149 bp):
TATAAGGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAATAA
ATTTATGTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTCAAAATAGTCATAAATAAGTATTATTTTATTTTGA
ATAAATATGTATGAACATA
Found at i:362934 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 362707--363026 Score: 358
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
362697 GTTTTATAAC
** * * * * * **
362707 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAATATTATGACTATTTGGACTTA
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAAATATCATAACTATTTAAACTTA
* * * * * *
362772 TTTG-GAACACATTTATTTTTAAAATTTGTTACTTATTAATTG-TCGAAATGTTAATAAATTAAT
66 TTCGAGAAAAAAATTATTTTTAAAATTTGTTACTTAATAATTGTTCG-AATATTAATAAATTAAT
*
362835 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA
130 ATTATTTTAATCCAAATAAGCATGTATGAACA
*
362867 AAAACAAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACT
1 AAAAC-AAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAAATA-TCATAACTATTTAAACT
* * * * **
362931 TATTCGATAAAAAAATTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTGTTTGAATATTAATAAATTTG
64 TATTCGAGAAAAAAATTATTTTTAAAATTTGTTACTTAATAATTGTTCGAATATTAATAAATTAA
* **
362996 TATTATTTTATTTGAAATAAGCATGTATGAA
129 TATTATTTTAATCCAAATAAGCATGTATGAA
363027 TAGAAAAAAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 26, Indels: 6
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
160 10 0.08
161 47 0.36
162 71 0.55
163 2 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (161 bp):
AAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAAATATCATAACTATTTAAACTTA
TTCGAGAAAAAAATTATTTTTAAAATTTGTTACTTAATAATTGTTCGAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTAATCCAAATAAGCATGTATGAACA
Found at i:364503 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 364481--364513 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
364471 TAAATCCTTA
364481 TTAATTTTAG-AATATTG
1 TTAA-TTTAGCAATATTG
364498 TTAATTTAGCAATATT
1 TTAATTTAGCAATATT
364514 TTACTTTGAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 10 0.67
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.09, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
TTAATTTAGCAATATTG
Found at i:364871 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 364175--365399 Score: 845
Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 181
364165 TTCAAGCTTT
* * * ** * * *
364175 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAATGCTCATAACGATTTTAAATAAATAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATA
* * * * * **
364238 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AACTAGATTTATTTTTTCTAAT-TTCTTT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC-AGATTAATTTTTT-AAATCTTCTAC
* * * *
364301 TTGATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATG
127 TT-ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
* * * * * * ** *
364357 TATGAATTGAAACAATTTTTTTTATGACTAAAC-AAAGGT-TTGGACGATTTGAAATAGATAATT
1 TATGAATAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AATAATTTGAAATAGATAATA
* * * * * ** *
364420 GTTCTAATAGTCGTAACTATTTGAA-TTAG-TTCAGCAAACACATTTGTTTTCTAAA---TC--C
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGA-TAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCTAC
** * * * ** **
364478 TTATTAA-TTTTAGAATATTGTTAATTTAGCAATATTTTACTT-TGAATAAGGTTG
127 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTG
* * * * * * * *
364532 CATGAACAAAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAA-GATCATAA-CATTTGAGAT--ATAATTA
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * * * * ** *
364592 -TTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTAGATATTAAA---TCT-CTT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCTACTT
* * * * ** *
364652 AATAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATTTTT
129 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
* ** * *
364705 TATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATATATAATAGT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGT
* * * * * * *
364770 TCAAATGGACATGATTAGTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCTACTTAT
*
364835 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
131 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
* * * * *
364886 TATAAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATAG
* * * * *
364950 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTCGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTTTTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCTACTT
* * ** * *
365014 ATTAA-TTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAGTAAGCTTG
129 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
* * ** * *
365066 TTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATAG
* * * * *
365130 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTTGA-AAA-TGAATTTATTTTTT-AATTTTTTACT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAG-ATTAATTTTTTAAATCTTCTACT
** * *
365192 TATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTTTAATATTTTATT-CAAATTAAGCTTG
128 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-TAAACTTG
* * * * * *
365246 TATGAATAGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAGTATTTTGAAATAGATAATTA-
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAG
* *
365310 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTCATTTTTTTATAT-TCTCTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATT-AATTTTTTAAATCT-TC-TA
*
365373 CTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAA
126 CT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
365400 ATGTTCAGTA
Statistics
Matches: 829, Mismatches: 166, Indels: 95
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 41 0.05
172 13 0.02
173 66 0.08
174 29 0.03
175 52 0.06
176 9 0.01
177 47 0.06
178 1 0.00
179 27 0.03
180 250 0.30
181 179 0.22
182 68 0.08
183 45 0.05
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCTACTTAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
Found at i:365560 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 365539--365574 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
365529 TTATAGCAAT
365539 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGCATAATTA
365555 TTCAAATAGTCATAATTA
1 TTCAAATAG-CATAATTA
365573 TT
1 TT
365575 TAAACTTATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGCATAATTA
Found at i:367388 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 367097--367445 Score: 390
Period size: 176 Copynumber: 2.0 Consensus size: 178
367087 TTATTCTAAA
* * * * * *
367097 TAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAAGAATTTGAAATAA
1 TAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTGTTTTACGACCAAACAAAAGGTCAGAAGAATTTGAAATAA
* *
367162 ATAATTATTCTAATAGTCTTAATCATTTAAACTCATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
66 ATAATCATTCTAATAGTCTTAATCATTTAAACTCATTCAATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTC
*
367227 -T-TATTAA-TTTT-TAATTAATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAT
130 TTGTATTAAGTTTTGGAA-T-ATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAT
* * *
367274 TAAGCTTGTACGAAC-AAAATAATTGTTTTACGACCAAAGAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATA
1 TAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTGTTTTACGACCAAACAAAAGGTCAGAA-GAATTTGAAATA
* * * ** * * *
367337 GATAATCGTTC-ATATAGTCTTAA-CTATTTGAACTGGTTCAATAATTAAATTTATTTTTAATTT
65 AATAATCATTCTA-ATAGTCTTAATC-ATTTAAACTCATTCAATAAATAAATTTATTTTTAAATC
367400 TCTTGGCTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
128 TCTT-G-TATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
367446 TTTCAAATAA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 20, Indels: 16
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 12 0.08
176 81 0.57
177 14 0.10
179 29 0.20
180 5 0.03
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTGTTTTACGACCAAACAAAAGGTCAGAAGAATTTGAAATAA
ATAATCATTCTAATAGTCTTAATCATTTAAACTCATTCAATAAATAAATTTATTTTTAAATCTCT
TGTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAT
Found at i:368644 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 368618--368680 Score: 81
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
368608 GAAAATAGTT
368618 TTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTA
1 TTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTA
368641 TTAGTTTATTTTAAATCTCTTCCTTA
1 TTAG--T-TTTTAAATCTCTTCCTTA
*
368667 TTAATTTTTGAAAT
1 TTAGTTTTT-AAAT
368681 ATTAATAAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 7
0.81 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.23
24 5 0.14
25 1 0.03
26 21 0.60
ACGTcount: A:0.25, C:0.13, G:0.05, T:0.57
Consensus pattern (23 bp):
TTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTA
Found at i:369722 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 369702--369733 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
369692 ATAAAACATA
*
369702 TTTATTTTTTAATTT
1 TTTATTTATTAATTT
369717 TTTATTTATTAATTT
1 TTTATTTATTAATTT
369732 TT
1 TT
369734 AGAATATTAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (15 bp):
TTTATTTATTAATTT
Found at i:371020 original size:901 final size:890
Alignment explanation
Indices: 369017--377591 Score: 3162
Period size: 901 Copynumber: 9.6 Consensus size: 890
369007 TCTTACATAC
* * *
369017 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAAAA-A
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTATATGAATAAAAACA
* * * * *
369080 TTTGTTTTAT-AAAA-AAAAGG--ATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAAACT
65 TTTGTTTTATGAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTC-AATAGCT-TAACT
* * * * *
369140 ATTTGAACT-GTTTCAGTAAACAGATTTCA-TTTTTAAA--TCTT-TTATTAGTTTTCAAAATAT
128 ATTTGAATTAG-TTCAATAAATAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAAAAT-T
* * ** *
369200 TAATT-GATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
190 TTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
369264 AAGCAAAAAATCATAACGATATGAAATAGATAGTTGTTAAAATGGACATGACTATTTGAACTTGT
254 AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* *
369329 TTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT-TCAAAATATTAATAAATTAGT
319 TTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTAT--AAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
369393 A-TATTTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAGAAGATC
382 ATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAGATT
* * * * * *
369457 ATAACTA-TTTGAAATAAATAATAATTCAAACAA-TCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAAT
445 AT-AC-AGTTTGAAATAGATAATTATT-AAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAAC
* * * * * * * *
369519 AAATTTACTTTTAAAATTTTTTACCTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAT
506 AGA-TTAATTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTATGTTAT
** ** * * * * *
369584 TTGGAATATGTTTGTATGAACAAAAACATTTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCACAACTATTTG
569 TCCGAATATACTTGTACGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAAGGTCACAACGATATG
* * * *
369649 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAACTATTTGAACGTGTTCATAAAACATATTTATTTTTTAA
634 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAAATTCATTTTTTAA
*** * * * * * *
369714 TTTTTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAACCTTGTA
699 TCCATTACTTATTAATTTGTAGAATATCAATAAATTTACATTACTTTATTTGAAATAAACTTGTA
* * * *
369779 TGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTC
764 TCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTCC
*
369844 AAAAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAATCTCCTTCTCAT
829 AAAAGTCATAACCATTTGAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAATCTCCTTCTCAT
* * * * * * *
369906 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCGAATAAGCCTATATAAACT-GATAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTATATGAA-TAAAAAC
* * * * *
369970 AATTGTTTTACGATGAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATATATAATTATTCAAGTAGATAT
64 ATTTGTTTTATGA--AAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTATTCAA-TAGCT-T
* * * ** * * *
370034 GAGTATTTGAACTTA-TTCGATAAATATGTTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAA
124 AACTATTTGAA-TTAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAA
* * * * * * * *
370098 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGACTAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTTTTATG
187 ATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATG
* *
370163 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
251 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
370228 TATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTATGAATATTAATAAATTT
316 TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT-TATAAATATTAATAAATTA
* * *
370292 GTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATATGAATACAAA-AATATATTTTATGACAAAACAAATGG
380 GTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAT-TATTTTATGACAAAACAAA-GA
*
370356 TTATAGCAGTTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAAGTCATAACTATTTCAATTTG-TTCGATAAA
443 TTATA-CAGTTTGAAATAGATAATTATT-AAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAA
*
370420 CAGATTCAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA
505 CAGATT-AATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTATGTTA
* * * *
370485 TTCCGAGTCA-ACTTGTACGAATAGAAACAATT-ATTT-TG-CAACAATACAAAAGGTCATAACG
568 TTCCGAAT-ATACTTGTACGAACAAAAACAATTGATTTATGACAA-AAT--AAAAGGTCACAACG
* * * * **
370546 CTATGGAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGTAC-TGGTT-AGGCTAACAAATTCA
629 ATATGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTATAACTATTTGAACGT-GTTCA-GAAAACAAATTCA
* *
370609 TTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTGTGGAATATCATTAAA-TTACCATTACTTTATTTCG-A
691 TTTTTT-AATCCATTACTTATTAATTTGTAGAATATCAATAAATTTA-CATTACTTTATTT-GAA
* * * * **
370672 ATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTGATAATGATTTGAAAT
753 ATAA-ACTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * ** * * ** *
370736 AAATAATTGTCCAAATTGTTATAACCATTTG-AATTGATTTGGTAATTAGATTTATTTTTTATAT
817 AAATAATTGTCCAAA-AGTCATAACCATTTGAAATTG-TTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAAT
370800 CT-C-T-T-AT
880 CTCCTTCTCAT
** *
370807 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAAACAGACTTATATGAATAAAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAATA-AG-CTTATATGAATAAAAAC
*
370871 ATTTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTCATATAGCCTTA
64 ATTTGTTTTATGA-A-AACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTCA-ATAG-CTTA
* *
370936 ACTATTTGAATTAGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAAT
125 ACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAAT
* * * * * * *
371001 TTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATAAGAATATAAATAATTGTTTCATAAC
189 TTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
371066 AAATCAAAAGGTTATAAGGATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGT-ACTAACTATTTAAACTG
253 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTT
* ** * * *
371130 GTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTAAAAATTAATAAATTAGT
317 GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTATAAATATTAATAAATTAGT
* *
371195 ATTATTTTATTTTG-AAT-AGTCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT
382 ATTATTTTA-ATTGAAATAAG-CTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGA
* * ** * * * * *
371257 TTATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTGGAACTGATTCGATAAACT
443 TTATACAG-TTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACA
* * * ** *
371322 GATTTATTTTTAAAATTTTTAACTTCTTAATTTTGA-AATATTAATAAAGTATTA-TATTTTATT
507 GATTAATTTTT-AAATTTTT-ACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTATGTTATT
** * * ** ** * * * * * * *
371385 TTGGATA-AGCTTTTTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTT
570 CCGAATATA-CTTGTACGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAAGGTCACAACGATATG
* * ** *
371449 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATGAATTTATTTTTT
634 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAACAAATTCA-TTTTT
* * * * * * **
371513 TAAAATTTC-TTGCTTATTAACTTT-TTGAATGTTAATAAAATTGTATTA-TTGTATTTTTG-AA
696 T--AA-TCCATTACTTATTAA-TTTGTAGAATATCAATAAATTTACATTACTT-TA--TTTGAAA
* * * * * *
371574 TTAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA-A
754 TAAACTTGTATCAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * * * ** **
371636 AGATAATTATTCTAAAAGTCTTAACTACTAT-AACTGGTTTGGCAAACACATTTGTTTTTTAAAT
818 A-ATAATT-GTCCAAAAGTCATAACCA-TTTGAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAAT
* * *
371700 CT-TTTACTTAC
880 CTCCTT-CTCAT
* * ** ** ** * * * *
371711 TAATTTTT-AGAATTTTATTAGTTTAGCAACATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTATATGAATAAAAAC
* * * * * * *
371775 AATTAG-TTTATGACAAAACAAAA-ATCAT-ACTGATTTGAGATAGATAATTATTAAAATAATCA
64 -ATTTGTTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTATT-CAAT-AGCT
* * ** ** * **
371837 TAACTATTTAAATTGGTT---T-GGTAAA--TAGATTTT--ATCAC---TTATTAATTTTTGAAA
123 TAACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAAAA
* * * *** * ** * * *
371891 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAATTTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTAATGA
188 TTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
371956 TAAAACAAAATGTCATAACGA-TT--AATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTG--CT
252 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*
372015 TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCC-ATCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
316 TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CTTATTAATTTATA-AATATTAATAAATT
* * ** *
372079 AGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAGTAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAA
379 AGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC--AAAACAAA
* * * * ** * * *
372143 GAATATAACAATTTAAAATCA-ATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GTTA
441 GATTAT-ACAGTTTGAAAT-AGATAATTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATA
* * * * * * *
372206 AACAGA-TATATTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTAGTATTTTAATAAATTAGTATTATTT
503 AACAGATTA-ATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTATGT
* * * * * * * * * *
372270 TATTTCGCATA-ACCTTTTATGAATAGAAACTATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-A
566 TATTCCGAATATA-CTTGTACGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAAGGTCACAACGA
* * * * * *
372333 TTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATGTTTGAACGTATTC---AAA-AAA--CATTT
630 TATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAAATTCATTT
* * * * ** *
372392 TTT--T-C-TTA-TTAATT--TTT-T-GAATATTAATAAATTCAAATTATTTTATTCAAAATAAG
694 TTTAATCCATTACTT-ATTAATTTGTAGAATATCAATAAATTTACATTACTTTATTTGAAATAAA
* * * * *** * *
372448 CTTGCATGAACA-AAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATA
758 CTTGTATCAACAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATA
* * ** * * * * * * ** *
372512 ACTATTTAGATAGTCATAACTATTT-AAACTTATTCGGTAAACAGATTCTTTTTTTAATTCT-CT
822 ATTGTCCA-AAAGTCATAACCATTTGAAA-TTGTTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAATCTCCT
372575 TACTCAT
885 T-CTCAT
* * *
372582 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACT-AAAA
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTATATGAA-TAAAAA
* * * * * **
372645 CAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCAT-AGTAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGAA
63 CATTTGTTTTA-T-GAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTATTC-AATA-GCT
* * * * * *
372709 TCACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATATATATATATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
123 TAACTATTTGAA-TTAGTTCAATAAATAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCA
* * * * * *** * * *
372773 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACATGTATGAATAGAAACAATT-ATTTA
185 AAATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
372837 TGATAAAACAAAAAGTCATAACAATCTGAAATAAATAATTGCA-CAAATTA-TTATAACAATTTG
249 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT--ATTAAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * **
372900 AACTTGTTCGATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTATCGAAATATTAATA
312 AACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTAT--AAATATTAATA
* * * * * * * *
372964 AATTAGCATTATTTTAATCCG-AATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACA
375 AATTAGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * ** * * * * * * *
373028 AAAAGTCA-AAATGATTCGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTAAACT-AGTTTG
439 AAGA-TTATACA-G-TTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCG
* * * * * * * *
373091 ATAAATAGATTGATTTTTTAAA--TCT-CTTATTGATATTTGA-AATACTAATAGATTAGTATTA
500 ATAAACAGATT-AATTTTTAAATTTTTACTTATTAAT-TTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTA
* * * * * * * * *
373152 CT-TTATTCTGAACAAACTTATATGAATAAAAAC-ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
563 -TGTTATTCCGAATATACTTGTACGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAATAAAAGGTCACA
* * * * * * *
373215 ACGATTTGATATAGATAATTATTAAAATAATCATAATTATTTGAAC-TGGTT-AGGTAAAAAAAA
626 ACGATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACGT-GTTCA-G-AAAACAAA
* * *
373278 TT-ATTTTTTGAATCTCA-TACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAA-TT-CATTATTTTATT
687 TTCATTTTTT-AATC-CATTACTTATTAATTTGTAG-AATATCAATAAATTTACATTACTTTATT
** * * * **
373338 CCAAA-AAAGCTAGTATAAATTCA-AATA-AACTTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGA
749 TGAAATAAA-CTTGTATCAA--CAGAA-ACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * ** *
373400 TTTGAAAT-GATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTG-AATTGGTTTGATAAAC--A---AT-
809 TTTGAAATAAATAATTGTCCA-AAAGTCATAACCATTTGAAATT-GTTTGGTAAACAAATTCATA
*
373457 -TTT--A-----GT-T-AT
872 ATTTAAATCTCCTTCTCAT
* * * * * * * *
373466 TAATATTT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAATAAGCTTATATGAATAAAAAC
* * * * * ** * * *
373530 AATTGTTTTAGGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAT
64 ATTTGTTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTATTC-AATAG-CTT
* * * * * * **
373594 AATTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTGAAA
124 AACTATTTGAATTAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTATTAATTTTCAAAA
*** * * * * ** *
373659 GACTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-TAATGTTCAAATACAATTGTTATATG
188 TTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT-ATGAACAAA-ACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * * * *
373723 ACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTGACATGGCCATAA-TAATTTGAAG
251 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC
* * * * * * * * *
373787 TTATTCGATAAACA-ACTTCACTTTTTAAA--T-C-AATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
315 TTGTTTGGTAAATATA-TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTAT-AAATATTAATAAAT
* ** * *
373847 TAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTCTATGAACT-AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
378 TAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA
* * * * * * * * ** * * **
373911 GGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAACT-ATTTCGGCAA
441 GATTAT-ACAGTTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAA
* * ** * * * * *** *
373975 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATAAAATTTTG-GAATGTTATTAAATTAGTGTTATTT
504 ACAGA-TTAATTTTTAAAT-TTTTACTTAT-TAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTATGT
** * * * *** * * * * * *
374039 TATTTTGAATA-AGCTTATATGGATTGAAACAATT-ATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAATG
566 TATTCCGAATATA-CTTGTACGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAATAAAAGGTCACAACG
* * * * * * *
374102 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA--A-GA--A-TTG---GT-TT-GGTAAATAGATTTATTT
629 ATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAAATTCATTT
* * * * * *
374156 TTTAAATCTCCA--ACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-GA
694 TTT-AA--TCCATTACTTATTAATTTGTAG-AATATCAATAAATTTACATTACTTTATTT-GAAA
** * ** * * * * *
374217 TAGGCTTGTATGATGAAAAACACA-TGTTTTATGAAAAAACAAAAGTTCTTAACAATTTGAAATA
754 TAAACTTGTATCAACAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * ** * ** * * * **
374281 GATAATTG-CTTAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACTGACTT-ATTTTTTAAAT
818 AATAATTGTC-CAAA-AGTCATAACCATTTGAAATTGTTTGGTAAAC-AAATTCATAATTTAAAT
*
374344 CT-CTAACAT-AT
880 CTCCT-TC-TCAT
* * * * * * *
374355 CAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCCGTTAT-GGACT-GATA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-ATAAG-C-TTATATGAATAAAAA
* * ** * * * *
374418 CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
63 CATTTGTTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTC-AATAG-CTT
*** * * * * **
374483 AACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTGTTGTTCATTAATTTTCTC
124 AACTATTTGAA-TTAGTTCAATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATT-ATTAATTTTCAA
* * * * * * * * *
374547 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATAAATTGAAAA-AATTATTTTA
186 AATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA--CAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
374611 TGACTAAACAAAATGTC-TGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCTTAACTATTTGA
249 TGACAAAACAAAAAGTCAT-AACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGA
*** * * * * * *
374674 AC-TGATTTGACGAACACATTTATTTTTTGAATCTCTTA-TTATT--TTT-TAGAATATCATTAA
313 ACTTG-TTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTATA-AATATTAATAA
* * * * * * *
374734 TTTAGTAATATTTTACTCTG-GATAAGCTTATATGAATAAAAACAATT-GTTTATAACAAAACAA
376 ATTAGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
374797 AGATCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAAAA-T-ATAACTATTTAAACTGGTTTGAC
440 AGATTATACA-G-TTTGAAATAGATAATT-ATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGAT
** * * * * * * *
374859 ATGCAAATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATACT-ATAAATTAGTATTATT
502 AAACAGA-TTAATTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTATG
** * * * * * * * * ** * *
374919 TTATTCTAAATA-ATTTTTTATGAATAGAAATAATTG-TTTTTCGACAAAACAAAATATCATAAT
565 TTATTCCGAATATA-CTTGTACGAACAAAAACAATTGATTTAT-GACAAAATAAAAGGTCACAAC
* * * * * * ** *
374982 GATTTGAAATAAATAATAGTTCAAAT-GGATAGGACTATTT-AAGCTTGTTCGGTGAACAAATTT
628 GATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATA--ACTATTTGAA-CGTGTTCAGAAAACAAATTC
* * * * *
375045 ATTTTTTAAATCTCCA--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTAC
690 ATTTTTT-AA--TCCATTACTTATTAATTTGTAGAATATCAATAAATTTA-CATTACTTTATT-T
* * ** * * **
375107 G-AATAAACTTGTATGAATAGAAATGATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAA
750 GAAATAAACTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *** * **
375171 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
815 ATAAATAATTGTCCAAA-AGTCATAACCATTTGAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAA
* *
375236 TCT-TTTACTTAT
879 TCTCCTT-CTCAT
* * * * * *
375248 TAATTTTTGAAATTTTAATAAA-TATTTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATGAATAGAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTATATGAATAAAAAC
* * * *
375312 AATTGGTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
64 ATTTGTTTTATGA-AAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTATTC-AATAG-C-T
* * * * * **
375376 T-ACTATTTGAAAGT-GTTTAGA-AAATATATTTA-TTATTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTG
123 TAACTATTTG-AATTAGTTCA-ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCA
* ** * * * * ** * * * * *
375436 AAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTAATCAAAATAAGCACGCATGAATAGAACAAAATATTTT
185 AAATTTTATTAGA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAC-AATTGTTTT
* ** * * * * * * * * *
375500 ATGACAAAACAAGATTTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTGTTTAA
248 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * * *
375565 ACATGTTTGGTGAATAGATTTTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAGTGA
313 ACTTGTTTGGTAAATATA-TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTAT-AAATATTAATAA
* * * **
375630 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTA-GTACAAAACAA
376 ATTAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATG-ACAAAAC-A
* * * * * * * * *
375694 AAGCTCATGACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTAATTGAATTTG-TTCGAA
439 AAGATTAT-ACAGTTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGAT
* * * * *** * *
375758 AAATATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGCCAAAATATTAATAAATTA-ATATTAT
502 AAACAGA-TTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGA-ACTAT
* * * * * * * * * * *
375822 TTTAAT-AG-ATATAAGCATGTATG-ACAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAA
564 GTTATTCCGAATAT-A-CTTGTACGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAAGGTCACAA
* * * * ** * * *
375884 CAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAA-AGCTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATAT
627 CGATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T-ATAACTATTTGAACGTGTTC-AGAAA-ACA-A-
* ** ** * ** *
375948 ATTTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
686 A-TTCATTTTTT-AATCCATTACTTATTAATTTGT-AGAATATCAATAAATTTACATTACTTTAT
** * * * * * * * *** *
376012 TCAAAATAAGCTTGTATGAACACAAAAAATCA-TTTATGACATAACAAAAGGTTATAGTGATTTC
748 TTGAAATAAACTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * ** * * * **
376076 AAATAGATAATTATCGAAATATTCAAAATTATTT-AAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTT
813 AAATAAATAATTGTCCAAA-AGTCATAACCATTTGAAA-TTGTTTGGTAAACAAATTCATAATTT
* *
376140 AAATCT-CTTATTTAT
876 AAATCTCCTT-CTCAT
* * *
376155 TAATTTTCATG--ATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAA
1 TAATTTT--TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTATATGAA-T-AAA
* * * * * * *
376218 TA-AGTT-TTTTATGGCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAATC
61 AACATTTGTTTTAT-G-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTC-AAT-AGC
* * *** * * * * * * *
376281 ATGACTATTTG-ATCTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTGTCA
122 TTAACTATTTGAAT-TAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCA
* * * * * *
376345 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-ACCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTT
185 AAATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCC-AAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * * * * ** * * *
376409 ATAATAGAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATACATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTCGA
248 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
376474 ACATGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAAATCT-CT-C--ATTAATTTTTAAAATATTAATAG
313 ACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTAT-AAATATTAATAA
* * * * * * * * *
376535 ATTAGTATTACTTTATTTTG-AATAAACATATATGAACAAAAACATTTGTTTGATGACAAAACAA
376 ATTAGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
376599 A-ACTTCGTA-ACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAA-TCATAATTATTTGAATTGGTTAG
440 AGA-TT-ATACA-G-TTTGAAATAGATAATTATT-AAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCG
* * * * ***
376661 GTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCA-TTT
500 ATAAACAG-ATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGAGAATATTAATAAATT-AGAAC
* * * * *
376724 TATTTTATTCCAAATA-AGCTAGTATGAATTCAAAAA-AGATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGG
561 TATGTTATTCCGAATATA-CTTGTACGAA--CAAAAACA-ATTGA-TTTATGACAAAATAAAAGG
* * * * * * * * * *
376786 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATTTTTAAATATTTGGA-TTGGTTTA-ACAA
621 TCACAACGATATGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A-GTATAACTATTTGAACGT-GTTCAGA-AA
* * * * * * * * * *
376849 AAAAATTTATTTTTTAATTCTC-TTAGTTATTAGTTT-TTGAAATATTATTATA-TTAGTATTAT
682 ACAAATTCATTTTTTAA-TC-CATTACTTATTAATTTGTAG-AATATCAATAAATTTA-CATTAC
* * * * * * * * *
376911 TTTATTCTG-AATAAACTTGTATGAAGAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTAATAAC
743 TTTATT-TGAAATAAACTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * * * * * * *
376975 AATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTCGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAT
807 AATTTGAAATAAATAATTGTCCAAA-AGTCATAACCATTTGAAATTGTTTGGTAAACAAATTCAT
** *
377038 TTTTTAAATC-CCTTACTTAT
871 AATTTAAATCTCCTT-CTCAT
* * * *
377058 TAATTTTCGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGA-ATG-ATGAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTT-ATATGAAT-AAAAA
* * * * * * * *
377121 -AATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAATTTTTTATAAATAGATAATTGTTTATATAGTCT
63 CATTTGTTTTATGA--AAACAAAAGGTCATAACTATTT-GAAATACATAATTATTCA-ATAG-CT
* * * * *** * * * * **
377185 TAATTATTTAAACT-GCTTCAACAAATTGGTATATTTTTTAAATCTTTTTATTGTCAATTTTTGA
123 TAACTATTTGAATTAG-TTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTATTATTAATTTTCAA
* * * * * ** * * *
377249 AATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCGAATAAGCTCATATGAACTAAAACAAATATTGTAT
186 AATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * *
377314 AATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-C--AAC----T--A-
250 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * *
377369 --GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
315 TTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTAT-AAATATTAATAAATT
* * * * *
377431 AGTATTATTTTATTCTG-AATAGGTTTCTATG-ATGAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-
379 AGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAG
* * * ** * * *
377493 AGTTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAA
442 A-TT-AT-ACAGTTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAA
* * *
377558 ACTAGTTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAAT
504 AC-AGATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
377592 AAAATAATAT
Statistics
Matches: 5962, Mismatches: 1280, Indels: 885
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
869 5 0.00
870 29 0.00
871 166 0.03
872 124 0.02
873 41 0.01
874 26 0.00
875 9 0.00
876 4 0.00
877 3 0.00
878 5 0.00
879 4 0.00
880 133 0.02
881 104 0.02
882 22 0.00
883 73 0.01
884 323 0.05
885 147 0.02
886 127 0.02
887 132 0.02
888 220 0.04
889 413 0.07
890 220 0.04
891 162 0.03
892 63 0.01
893 421 0.07
894 16 0.00
895 17 0.00
896 49 0.01
897 59 0.01
898 140 0.02
899 110 0.02
900 224 0.04
901 555 0.09
902 350 0.06
903 386 0.06
904 286 0.05
905 251 0.04
906 25 0.00
907 208 0.03
908 157 0.03
909 148 0.02
910 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (890 bp):
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAATAAGCTTATATGAATAAAAACAT
TTGTTTTATGAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTCAATAGCTTAACTATT
TGAATTAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAAAATTTTATTA
GATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
ATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTATAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATTATACAGTTTGA
AATAGATAATTATTAAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTAATTTTTAAA
TTTTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGAACTATGTTATTCCGAATATACTTGTAC
GAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAAGGTCACAACGATATGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACAAATTCATTTTTTAATCCATTACTTATTAATT
TGTAGAATATCAATAAATTTACATTACTTTATTTGAAATAAACTTGTATCAACAGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTCCAAAAGTCATAACCATTT
GAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATAATTTAAATCTCCTTCTCAT
Found at i:374821 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 373462--378946 Score: 1766
Period size: 181 Copynumber: 30.8 Consensus size: 173
373452 ACAATTTTAG
* * * * * *
373462 TTATTAATATTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAGAA-A-TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGA
* * * * * * ** *
373527 AATAATT-GTTTTAGGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT
64 AACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT
* * ** *
373591 CATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTTC
127 CATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--TC
* * ** * *
373643 TTATTAATTTTT-GAAAGACTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTAATG-TTCA
1 TTATTAATTTTTAG-AA-A-TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAT-A
* * * ** * *
373706 -AATACAATT-GTTATATGACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTGACAT
62 GAA-ACAATTAGTT-TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AT
* * * * ** * * * **
373769 GGCCATAA-TAATTTGAAGTTATTCGATAAACAACTTCACTTTTTAAATCAA
124 AGTCATAACT-ATTTGAA-CTGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
373820 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTCTATGAACTA
1 TTATTAATTTTTAGAA-A-TATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TA
** * ** *
373884 -AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCATATAG
62 GAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAG
** * * * *
373948 TTTTAACTGTTTGAACTATTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC
126 TCATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCT-C
* * * * * * * *
373998 TAGTTATAAAATTTTGGAATGTTATTAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGAT
1 ---TTATTAATTTTTAGAA--ATATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAT
* * * *
374063 TGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATG-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-A
61 AGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA
* * * *
374126 -T-A-AGA--A-TTG--GT-TTGGTA--AATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
125 GTCATA-ACTATTTGAACTGTTCG-ACGAACAAATTTATTTTTTAAATCT----C
* * * *
374170 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGGATAGGCTTGTATG-ATG
1 TTATTAATTTTTAGAAATA-T--TAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATGAAT-
* * * * ** *
374232 AAAAACACA-T-GTTTTATGAAAAAACAAAAGTTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGCTTAAA
61 AGAAACA-ATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAA
* * * * ** ** *
374295 TAGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTC
123 TAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * **
374347 TAACATATCAATTTTT-GAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAGATAAGCCGTTATG
1 T----TATTAATTTTTAGAA--A-TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTTTAT-
* * * * * * * *
374410 GACT-GATACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCA
57 GAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-
* *** * *
374474 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTGTTG
121 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGACGAACAAATTTA-TTTTTTAAA--T-CTC
** * * * * *
374532 TTCATTAATTTTCTCA-ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATAAAT
1 TT-ATTAATTTT-T-AGA-AATATTAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATGAAT
* * * *
374595 TGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATG-TC-TGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAT
61 AGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAT
* * * *
374658 AGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGACGAACACATTTATTTTTTGAATCTC
124 AGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
374709 TTATTATTTTTTAGAATATCATTAATTTAGTAATATTTTACTCTGGATAAGCTTATATGAATAAA
1 TTATTAATTTTTAGAA-AT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGA
* * * *
374774 AACAATT-GTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAAAAT-
64 AACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTC
* * * *
374836 ATAACTATTTAAACTGGTTTGAC-ATGCAAATTTAGTTTTTAAATCTC
128 ATAACTATTTGAACT-GTTCGACGA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* **
374883 TTATTAATTTTT-GAAATACTATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTTTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAAATA-T-TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGA
* * * * *
374947 AATAATT-GTTTTTCGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAA-A-TG
64 AACAATTAGTTTAT-GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGT-
* **
375009 GATAGGACTATTT-AAGCTTGTTCGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
127 CATA--ACTATTTGAA-C-TGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCT----C
* * *
375063 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAC-GAATAAACTTGTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTAGAA-A-TATTAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTTTATGAATAG
** * * * *
375127 AAATGATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
63 AAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT
* * **
375192 CATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
127 CATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-C
* * * * *
375244 TTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATATTTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTAGAAATATT-A-AATTA-GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * *
375308 AAACAATTGGTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT
63 AAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT
* * * * * * *
375373 CATTACTATTTGAAAGTGTT-TA-GAAAATATATTTA-TTATTAAATTTTTAT
127 CATAACTATTTG-AACTGTTCGACGAACA-A-ATTTATTTTTTAAA--TCT-C
* ** ****
375423 TTATTAATTTTT-GAAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTAATCAAAATAAGCACGCATGAATA
1 TTATTAATTTTTAGAAATATT---AAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATA
* * * ** *
375486 G-AACAAAATATTTTATGACAAAACAAGATTTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
62 GAAAC-AATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATA
* * * * ** * * *
375550 ATCATAACTGTTTAAACATGTTTGGTGAATAGATTTTATTTTTTAATTCTC
125 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGACGAACA-AATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
375601 TTACTCATTAATTTTT-GCAATATTAGTGAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATG
1 -T--T-ATTAATTTTTAGAAATATTA---AATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATG
* * * * ** * *
375664 AATTGAAACAATTATTTTA-GTACAAAACAAAAGCTCATGACAATTTGAAATAGATAATTATTTA
58 AATAGAAACAATTAGTTTATG-ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTC
* * * * ** * *
375728 AATAGTTATGACTAATTGAATTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTCTAC
121 AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAA---TCT-C
*** * * * * * *
375786 TTATTAATTGCCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-AGATATAAGCATGTATG-ACA
1 TTATTAATTTTTAGAAATA-T--TAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTTTATGAATA
* ** * * *
375848 GAAACAATT-GTTTTATGACTAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAAA
62 GAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA
** ** * *
375911 GCTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATATATTTTATTTTTTCAATCTTTTAC
125 G-TCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA-CGA-ACA-A-A-TTTATTTTTTAAATC---T-C
* * * ** * * *
375971 TTATTAATTGTCTTA-ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAC
1 TTATTAATT-T-TTAGA-AATATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * * * * * *
376035 AAAAAATCA-TTTATGACATAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATT-ATCGAAATAT
63 AAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC--AATAG
* * * ** * *
376098 TCAAAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
126 TCATAACTATTTGAAC-TGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
376147 TTATTTATTAATTTTCATGATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA
1 ----TTATTAATTTTTA-GA-AATATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA
* * * * ** *
376212 TTGAAATAAGTT-TTTTATGGCAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTA
60 TAGAAACAA-TTAGTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-A
* * * * *** * * * *
376275 ATAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTGAATTTTTTAC
122 ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACAAATTTA-TTTTTTAA--ATCT-C
* * ** * * *
376332 TTATTAATTGTCA-AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAACCTGAATAAGCTTGTATGAACAT
1 TTATTAATTTTTAGAAATA-T--TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * *
376396 AAACAATT-GTTTTATAATAGAACAAAA-AGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTGCTCAAAT
63 AAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAT
* * * ** * *
376458 AATCATAACTATTCGAACATGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAAATCTC
124 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGACGAACAAATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * * * * * *
376510 TCATTAATTTTTA-AAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACATATATGAACAA
1 TTATTAATTTTTAGAAATATT-A-A-ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
* ** * * * *
376574 AAAC-ATTTGTTTGATGACAAAACAAAACTTCGTAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAA
63 AAACAATTAGTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAG
* * * *** *
376638 TCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC
126 TCATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACA-AATTTATTTTTTAAA--TC-T-C
* ** **
376691 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATT
1 TTATTAATTTTTAGAAATA-T--TAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-T
* * *
376754 CA-AAAAAGATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
61 -AGAAACA-ATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-A
* ** * * * ** * * *
376818 TAATTTTTAAATATTTGGATTGGTTTAACAAAAAAATTTATTTTTTAATTCTC
123 T-AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* *
376871 TTAGTTATTAGTTTTT-GAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA
1 TTA-TTA--A-TTTTTAGAAATATTA--A-ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGA
* * * * * * ** * ** *
376935 AGAAAAATAATT-GTTTTATGATAGAACAAAATG-TAATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCA
59 ATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-
* * ***
376998 AATAGTCAT-A-TATTCGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAC
121 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAAT--C-T-C
* * * **
377054 TTATTAA-TTTTCGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGAATG-AT-G
1 TTATTAATTTTTAG-AA-A-TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * ** * *
377116 AAAAAAATT-GTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAATTTTTTATAAATAGATAATTGTTTATAT
63 -AAACAATTAGTT-TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCA-AT
* * * * * **** * *
377180 AGTCTTAATTATTTAAACTGCTTCAACAAATTGGTATATTTTTTAAATCTTT
124 AGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATC-TC
* * **
377232 TTATTGTCAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCGAATAAGCTCATATGAA
1 TTA-T-T-AATTTTTAG-AA-A-TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA
* * * * * * ** *
377296 CTA-AAACAAATA-TTGTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
60 -TAGAAACAATTAGTT-TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-A
* * *
377359 ATAG-C--AACTAGTT---CAG-T--A--AACAGATTTATTTTTTAAATCTCC
122 ATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCT-C
*
377401 TACTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGGTTTCTATG-A
1 T--TATTAATTTTTAGAAATA-T--TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-TATGAA
* * * ** *
377463 TGAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
60 T-AGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA
* * * * * ** * *
377528 TGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTAGTTTATTTTTTAAATCT-
123 TAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
377579 TTA--ACTTATT---AATA--AAA-TAATATTATTTTATT-TCAAATAAACTTTTATAAACT-GA
1 TTATTAATTTTTAGAAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATGAA-TAGA
* * * * *
377634 AACAATT-GTTTTATGA-TAAACGAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 AACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTC-AATAG
* * * * * *
377696 TCATGACTATTTAAATTTATTCTGTA--AACAGATTTATTTTTCTAAATTCCTTGT
126 TCATAACTATTTGAA-CTGTTC-G-ACGAACAAATTTATTTTT-TAAA-T-C-T-C
* *** * * * * *
377750 TTATCAATTTTTTGAGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-AAATAAGCATGTATGAACTA-
1 TTATTAA-TTTTT-AGAAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-TAG
* * * * *
377813 AAACAATTATTTTATGACTAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTC
63 AAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTC
* * * * *
377878 TTAACTATTTAAATTGGTT-TA-GTAGACACATTTATTTTTTAAATCTC
128 ATAACTATTTGAACT-GTTCGACG-A-ACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** ** * *
377925 TTATTATTTTATTATG-AATAATT---TT-GTATAAATAGAAAC--AATCA--TTTTACG-ATA-
1 TTATTAATTT-TTA-GAAAT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
* * *** * * *
377979 AAACAA-AATGTCATAATGAGTTAA-AATAG---ATAAT-AATTCAAATAG---A-----C-AT-
63 AAACAATTA-GT--TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA
* *** * * *
378028 G-----ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATATATTTTTTTAAATCTTC
125 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGACGAACAAATTTA-TTTTTTAAATC-TC
* * * * ** * *
378075 AATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTGTTTTATTTTGAATAAAATTGTATGGAT
1 ---TTATTAATTTTTAGAA-A-TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAT
* *
378140 AGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC-ACA
61 AGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA
378203 GCATCATAACTATTTGAACTGGCTT-G--GTAACCAAATTT-TTTTTCTAAATCTTATAC
125 G--TCATAACTATTTGAACT-G-TTCGACG-AA-CAAATTTATTTTT-TAAATC---T-C
* *** * * * *
378259 TTATTAATTTTTGGTTTTAATAAACTATTATTATTTTATTCTTAATAAGCTTTTATGAATAGAAA
1 TTATTAATTTTTAGAAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAA
* * ** *
378324 CAATTAGTTTATGATAAAACAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
66 CAATTAGTTTATGACAAAAC---AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGT
* * * *
378389 CAAAACTATTTGAACGTGTT-TA-GAAAATACATTTATTTTTTAAATTTTTAC
127 CATAACTATTTGAAC-TGTTCGACGAACA-A-ATTTATTTTTTAAA--TCT-C
* ** **
378440 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTAGTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAATA
1 TTATTAATTTTTAGAAATA-T--TAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATA
* * * * * *
378503 GAACCAATT-GTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTATTTAGATA
62 GAAACAATTAGTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATA
* * * * * ** * * *
378567 GTCAGAATTATTTGAATATATTCAATAAACAGATTAATTTTTTAATTCTC
125 GTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
378617 TTACTCATTAATTTTCA-AAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATG
1 -T--T-ATTAATTTTTAGAAAT-AT--TAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATG
* * * * * * * * *
378680 AATTGAAACAATT-GTTTTATTATAAGACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGACAATTATTCA
58 AATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-
* * * ** * *
378744 AATACTCTTAACTATTTGATCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
121 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* **
378798 TTATTTAATATTTGTCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTCGTATG
1 TTA-TTAAT-TTT-T-AGAAATA-T--TAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTTTATG
* ** ** * *
378861 AATAGAAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCA
58 AATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-
* **
378925 AATAGTCGTAAAGATTTGAACT
121 AATAGTCATAACTATTTGAACT
378947 TATTCAGTAA
Statistics
Matches: 4060, Mismatches: 829, Indels: 831
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
148 18 0.00
149 13 0.00
150 2 0.00
151 1 0.00
152 4 0.00
153 13 0.00
154 3 0.00
155 1 0.00
156 2 0.00
157 6 0.00
159 4 0.00
160 1 0.00
161 12 0.00
162 8 0.00
163 16 0.00
164 5 0.00
165 69 0.02
166 66 0.02
167 24 0.01
168 109 0.03
169 127 0.03
170 13 0.00
171 21 0.01
172 12 0.00
173 55 0.01
174 111 0.03
175 67 0.02
176 88 0.02
177 160 0.04
178 206 0.05
179 287 0.07
180 379 0.09
181 1362 0.34
182 419 0.10
183 140 0.03
184 106 0.03
185 111 0.03
186 14 0.00
187 2 0.00
188 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
TTATTAATTTTTAGAAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAA
CAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATA
ACTATTTGAACTGTTCGACGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:378944 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 378276--379039 Score: 812
Period size: 362 Copynumber: 2.1 Consensus size: 362
378266 TTTTTGGTTT
* ** *
378276 TAATAAACTATTATTATTTTATTCTTAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAA
1 TAATAAATTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAA
* * * * *
378341 AACAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACGT
65 AAC-AAAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATACTCAAAACTATTTGAACGT
* * ** *
378406 GTTTAGAAAATACATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAT
129 GTTTAGAAAACACATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAATAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT
* * *
378471 ATTAGTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCA
194 ATTAGTTTATTCAAAATAAGCTCACATGAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGCCA
*** * * * **
378536 TAATGTTTTGAAATAAATAATTATTTAGATAGTCAGAATTATTTGAA-TATATTCAATAAACAGA
259 TAACAATTTGAAATAAATAAATATTCAAATAGTCAGAAAGATTTGAACT-TATTCAATAAACAGA
* * *
378600 TTAATTTTT-TAATTCTCT-TACTCATTAATTTTCAAAATAA
323 TTAATTTTTAAAATT-T-TGTACTCATTAATTGTCAAAACAA
* *
378640 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT-GTTTTATTAT
1 TAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGAT
* * ** ** * *
378703 AAGAC-AAAAGGTT-ACAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATACTCTTAACTATTTGATCT
63 AAAACAAAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATACTCAAAACTATTTGAACG
* * *
378766 TG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAAT-ATTTGTCAAAATATTAATAAAT
128 TGTTTAGA-AAACACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAATAATTT-TCAAAATATTAATAAAT
* ** ** * *
378829 TAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTCGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
190 TAATATTAGTTT-ATTCAAAATAAGCTCACATGAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAA
* *
378893 GGCCATAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTC-GTAAAGATTTGAACTTATTCAGTAA
254 GGCCATAACAATTTGAAATAAATAAATATTCAAATAGTCAG-AAAGATTTGAACTTATTCAATAA
* * * ** *
378957 ATAGATTTATTTTTAAAATTTTGTACTTATTAATTGTCTTAACAT
318 ACAGATTAATTTTTAAAATTTTGTACTCATTAATTGTCAAAACAA
*
379002 TAATAAATTTACATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATA
1 TAATAAA-TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATA
379040 GCGATTTCAA
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 57, Indels: 26
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 4 0.01
361 69 0.21
362 188 0.57
363 12 0.04
364 55 0.17
365 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TAATAAATTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAA
ACAAAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATACTCAAAACTATTTGAACGTGT
TTAGAAAACACATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAATAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAT
TAGTTTATTCAAAATAAGCTCACATGAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGCCATA
ACAATTTGAAATAAATAAATATTCAAATAGTCAGAAAGATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTA
ATTTTTAAAATTTTGTACTCATTAATTGTCAAAACAA
Found at i:379603 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 379140--379747 Score: 564
Period size: 177 Copynumber: 3.4 Consensus size: 179
379130 TTTTTAGAAT
* * **
379140 ATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACCAAAATGATTTTTTTATGACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACATTTTTTTATGACAAAA
* * * *
379205 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTG
65 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * *
379270 GTAATCATATTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATCAATTATTGAAATATTA
130 GTAAACAAAATTATTTTTTAAATATTTTAC-TATCAATTATTGAAATATTA
* * * * * * * * * *
379321 ATAAATTAGTATAATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATAATAGAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAA
* * * * *
379386 TAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
65 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* *
379451 ATAAACAAAATTATTTTTTAAATATTTTA-T-T-AATTTTTGAAATATTA
130 GTAAACAAAATTATTTTTTAAATATTTTACTATCAATTATTGAAATATTA
* *
379498 ATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACTAA-CATATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTATATGAACAAAAACATTT-TTTTATGACAAA
* * * * * ** * * *
379562 ACGAAAGGCCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTTTAATTATTTGAATTGGTTA
64 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT
** * * * * ** *
379627 GGTAAACCGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATT-TTTTAATATGA
129 GGTAAACAAAATTATTTTTTAAATATTTTA-CTATCAATTATTGAAATATTA
* * * * * *
379678 ATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAATATAAATTGAAAAA-ATTGTTTTATGACAA
1 ATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA--CAAAAACATTTTTTTATGACAA
*
379741 AGCAAAA
63 AACAAAA
379748 ATGATTTGAA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 75, Indels: 23
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 134 0.39
178 4 0.01
179 5 0.01
180 56 0.16
181 134 0.39
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACATTTTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
TAAACAAAATTATTTTTTAAATATTTTACTATCAATTATTGAAATATTA
Found at i:380741 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 379859--380995 Score: 818
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 178
379849 ACTTGTTCGA
* * * * **
379859 AATAAACTAATATTAATTTATTAATATTTTAGAAATT-AT---TATGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC
* ** * * * * *
379920 TATTCACAAAATC-AGTTTAAATAGTTAT-AATAATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCA-TTA
65 T-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTA
*** * *
379982 TGACCATT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTTCTATTAATAC-AGTCTTATT-TG
126 TGATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTCAG
* * * ** *
380032 AAAAAAACAGTAATGCTAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAATGGATTTAAAAAATG
1 -AATAAA-A-TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATA
** * * * * * ***
380095 AATCTCTTGGCTTG-ACTAGTAT-AAATAGTTATAACTATTTGTACAAGTATCTATTTCAAGGCG
61 AATCT-TTTAC-CGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG
* * ** * * * * * *
380158 TTATGACCTTTTGTTTCATTACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTAATTCAA
123 CTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
* ** *
380215 AATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATC
* * * *
380280 TGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCA-CTAT-
65 T-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATG
*
380343 ATCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCA-
128 AT--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAG
* * * *
380396 ATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAACTAATAAGTAAATGATTT-AAAA-AAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATC
* * * * *
380457 TGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAACT-GTTATG
65 T-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGCTATG
* *
380521 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAG
128 A-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
* * ** *
380573 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTCTTTTAAAAA-A
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-----TTTAAAAATA
* * * * * *
380637 AATC-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAATTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATAGCTA
61 AATCTTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTA
** * * * ** * * *
380701 TGAATTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCGGTTCATATAGGCTTATTC-G
126 TG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
* * ** * *
380754 AAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGTGTAAGAGATTTAAAATATGAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAAT
* * * * *
380819 CTATTTACCGAACAACTTTAAATA-TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
64 CT-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATG
* **
380883 ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTTG
128 ATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
* * * * * *
380933 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTGATAATTAAAAAATTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT
380996 ATAATTTTTG
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 156, Indels: 93
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 15 0.02
176 12 0.02
177 143 0.19
178 72 0.09
179 88 0.12
180 64 0.08
181 177 0.23
182 170 0.22
183 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT
TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGATT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
Found at i:381566 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 381020--384269 Score: 1018
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 175
381010 TGTTCATGTA
* * ** * **
381020 GTTATTACCATTTGTTTTCCCATAAACCAATTGTTTCTATTTAGT-CAAGCATATTCAAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTA-TACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * * *
381084 ATAATACTAATTTATT-ATA----AAAAATTAACGAGTAA-AAAATTAAAAAAGTAAATATGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTT
* * * * *
381143 ACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATA
124 A-C-AAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
381196 GTTATGATCTTATGTTTTATCATAAAAAAAATT-TTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTGTTTCT-TTTATACAAGTTTATTCAAAATAAA
*
381260 ATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTAATACGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * *
381325 CCGAATAAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCATATC
125 CAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** * ** **
381377 ATTATAACCTTTTGTTTTGTTATACGACTATTGTTTCTGTTTATGTAAAATTATTCAAAATAAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * *
381442 TAATACTAATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTT-AAAAATGAAATCTATTTACAAA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTAC-AA
*
381506 AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC
128 AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* *
381554 GTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTCAAATTAAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * ** * * * * *
381619 TAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATCAGTAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAATGTGTTTGT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAAT---TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-A
** * * * *
381684 TGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-
125 CAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
381734 GTTTTGACCTTTTG-TTTAGTTATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTA-TCTAGAAT-
1 GTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCT--TTTATACAAGTTTATTC-AAAATA
* ** * *
381795 AAATAATA-TAATTTATTAACATT-AAAAAATT-ATAACCAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTT
62 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
381857 ACATATTAACAAGAATTGAAATAGATCT-TAACTATTTG---AATTAT-T-TTTTATAA-C
124 ACA-A--AA-TAG--TTCAAATAG-T-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATC
* * * * * *
381911 ---ATGA-CTTGTGTTTTAACATAAATAC-ATTGTTTATTATTTTTA-AA-ATTA-TCTAAAT-A
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA-ACAATTGTTT-CT-TTTATACAAGTTTATTCAAAATAA
* * * ** * *
381967 AATAATA-TATTATTTTATTAATATTGT-ATGAATTAAACAATTGATTTTAAAAAAAAAAGATAA
63 AATAATACTA--A-TTTATTAATATTCTGA-AAATT-AATAAGAGA-TTT-AAAAAATAA-AT-C
** * * * ** * *
382030 TGATTT-CAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-AA-TAAC-AGCTCAATTT
119 T-ATTTACAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * **** * **
382084 GTTAATGA-----TCTTATCTCAT-AATTTTTTGTTTCTTAT-TACAAGTTTA---ATGATAAAA
1 GTT-ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * * * *
382139 GTAAAAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAAAAGAGATTTAAAAAATAATTGTGTTTGC-TA
65 -TAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAA
382203 A-A--TC----AGTT-T-A--A-TT----AATTATCTATTTCAAATC
129 ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
382234 ATTTTGACC-TTTGGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCT--TTTATACAAGTTTATTCAAAATAA
* * **
382297 AATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATCTATT
* * * * *
382362 TACTAAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAACTATCTATTTAAAATC
123 TAC-AAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** * * * *
382416 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* *
382481 AATACTACTTTATTAATATT-TCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA--T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
** * * * * * * * * *
382544 CTGAATCAGTTTAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATT
125 CAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *** * * **
382596 GTTATTACTCTTTT-TTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TCAACATACAATTTTTTTTGAAATAAA
1 GTTATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * *
382659 ATAATAC-AATTTATTAATA--CTACAAGAATTAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTGC
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-GAA-AATTAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
382721 TGAACAA-A-TTCAAATAG---T---TA--T----AA--ATCTATTTCAAATC
126 --AA-AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * ** * * *
382758 ATTATGACATTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAC
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * *
382823 TAATTCTAATTTATTACTATT-TCACAAATTAATAAAAG-TTTAAGAACTAAATCTCTTTACCGA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTGA-AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAA
** *
382886 GTTAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATT
128 AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * * * * * * * * * *
382933 GTTATGATC-TTTGTTTTCTCCTAAAACAATTATATGTGTTCATATAAGCTTATTCAGAGT-AAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * ** * * ** *
382996 TATTGCCAA---ATTAATA-----AGGATT--TAA-A-A---AATAAAT--ATGT-TTGCCAAAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAA
** * ** * * *
383043 CGGTTCAAATATTTAAAACTAATAGAAAAATTATCTATTTCAAATC
130 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
383089 ATTTTGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCACACATGCTTAATCAAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTC-TTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * ** * *
383153 ATAATGCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
383218 TAGAACA-AGTTTAAATAGTTACGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATC
125 CA-AA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
383270 GTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-TTTTATACAAGTTTATTC-AAAATAAA
* * * * * *
383334 ATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTAAAACATAAATC-AGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT
*** * * * * *
383398 ATTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTAGTTT-AAATC
124 ACAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC
* * ** * * * * ** *
383451 ATTATGAACTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTC-ATCATACAAGCCTATTCGAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT--TGTTTCTTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * *
383515 ATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAACAAATAAATCTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT
* * ** * * *
383579 TTCGAACCAGTAT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATT
123 TACAAAATAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * * * * *
383632 ATTTTAACATTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTGTATTCATACAAGCTTATTTC-GAAGAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAAGTTTA-TTCAAAATAAA
* * * * * * *
383696 ATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAATAGATTTAGACAATAAATTTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * *
383761 TCAAACCAATTCAAATAGTTAAG-CTTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATC
125 -CAAAATAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
383813 ATTATGACCTTTTTGTTTTGTTGA-AAAATAATTTTTTCATTTCT-TACTAA-CTTATTCAGAAT
1 GTTATGACC-TTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTC-TTT-TATAC-AAGTTTATTCAAAAT
* * * * *
383875 AAAATAA-AATAAATTTATTAATATT-TCAAATACTAATCTATAAGAGATTTAAAAAAAAAATTT
61 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTGAAA-A-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * ** *
383938 GTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
120 ATTT-ACAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
383995 GTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATCTTT-TTATTCAAATAAGTTTATTCGAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT-TT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * * **
384059 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGAATAAAAAAAATAAAT-TGATTTA-A
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACA
* * *
384122 TAAACTAGTTC-AAT--TT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT
127 -AAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * ***
384169 GTTATGAGCATTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTTGGAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAAGT-TTATTCAAAATAAA
* * *
384233 GTAATTCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG
384270 TAATGGATTT
Statistics
Matches: 2314, Mismatches: 517, Indels: 488
0.70 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
148 2 0.00
149 6 0.00
150 8 0.00
151 2 0.00
152 1 0.00
153 3 0.00
154 6 0.00
155 14 0.01
156 48 0.02
157 44 0.02
158 10 0.00
159 31 0.01
160 9 0.00
161 20 0.01
162 58 0.03
163 39 0.02
164 43 0.02
165 6 0.00
166 15 0.01
167 6 0.00
168 8 0.00
169 23 0.01
170 17 0.01
171 32 0.01
172 29 0.01
173 51 0.02
174 174 0.08
175 60 0.03
176 110 0.05
177 182 0.08
178 54 0.02
179 52 0.02
180 186 0.08
181 719 0.31
182 215 0.09
183 19 0.01
184 9 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAAT
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:382630 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 382219--382631 Score: 458
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
382209 TTTAATTAAT
* * * * * *
382219 TATCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTGGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAG
1 TATCTATTTAAAATCATTATGACCATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATAAAAG
** * * *
382283 CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAA
64 CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAA
* * * *
382348 AAAATAAATCTATTTACTAAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAAC
129 AAAATAAATCTATTTACTAAAAAAATTCAAATAATCATGACCATTTAAACAAC
*
382401 TATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAGTTCATAAAAGCT
1 TATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCATAAAAGCT
* * * *
382466 TATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
66 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA
* ** * * *
382529 AAATAAA-CTAGTTTACTGAATCAGTTTAAATAATCATGGCCATTTAAACAAC
130 AAATAAATCTA-TTTACTAAAAAAATTCAAATAATCATGACCATTTAAACAAC
* ** * * *
382581 TATCTATTTTAAATTGTTATTACTC-TTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
1 TATCTATTTAAAATCATTATGAC-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
382632 TCAACATACA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 31, Indels: 10
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.02
180 83 0.42
181 64 0.33
182 43 0.22
183 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCATAAAAGCT
TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAA
AATAAATCTATTTACTAAAAAAATTCAAATAATCATGACCATTTAAACAAC
Found at i:384707 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 384307--386997 Score: 1537
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 177
384297 TAACCTTCTA
* * * * * * * * *
384307 TTTTATCACAAATTAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAACATAAT-TCTAACTTA
1 TTTTATCATAAA-CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTA
* * * * * * * *
384371 TTACTATTCCAAAATTAATAAATTAGAGATTT-AAAAATGAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAA
64 TTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAA
* * * ** *
384435 TAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGGTAT-AACTTTTG
128 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTG
* * * * * * * **
384485 TTTTGTCA-AAA-AATAGTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTCCAAACAAAATAACAAAAATTT
1 TTTTATCATAAACAAT--TGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTT
* * *
384548 ATTAATATTCAAACAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCTAAATAAGTTCA
63 ATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * **
384613 AATTGTTATAACTTTTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGATTTTTTG
126 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTG
* * * *
384666 TTTTATCATGAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAGTTTAT
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
** * * *
384731 TAATATTTTGGAAAA-TAAAAAGTAAAAAATTTTAAAAAAT--A-TGTTTAC-AAACAAG-CCTA
65 TAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTC-A
* * * *
384790 AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
126 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTG
* * * *** *
384843 TTTAATTATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
** * * * *
384908 TAATATTCCCAAATGAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAATAAATTATTTTACTGAACAAGTTCAAAT
65 TAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
384971 AGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTA
129 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTG
* * * * *
385021 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCAAATAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTA
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * *
385085 TTAATATCCCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAAACAAATATGTTTTCTAAACATGTTCA
64 TTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCA
* *
385149 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTA
126 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTG
* * * *
385202 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTATCATAAA-CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * **
385267 TAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTCTACTGAGCTTGCTT-AA
65 TAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAG-TTCAA
* * *
385331 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTG
127 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTG
*
385383 TTTTATCATGAAACAA------TTGTT--T-----C-TATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTA
* * * ** ** *
385433 TTAATATTCTAAAATTTAACAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAGTTTGTTTACCGAGCAAGTTCAA
64 TTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATTGTTTACTAAACAAGTTCAA
* *
385498 ATAGTTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTCTTAT-AGCCTTTTG
127 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGA-CCTTTTG
* * * **
385550 TTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTC-AGAATAAAAT-AT-TCTAA-AA
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAT-TAATTT
* * * ** * *
385611 ATTAACGAGT-AAGAGAA-T--TAA--AAAA-A---AAAGAATCTATT-TTT--TGAATAAGTTC
63 ATTAA-TATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTC
* * * * * ** *
385663 AAATAGTTATGATTATCTAAAAAATTATCTGGTTCAAAACATTATGACCTTTTG
125 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATATTATGACCTTTTG
* * * * *
385717 -TTCAT-A-AAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTAT
1 TTTTATCATAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * ** * *
385778 TAATATTC--CAA--AAT---TAAAAG-TTTAAAGAATAAATCTATTTTTTGAACAGGTTCAAAT
65 TAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * *
385835 AGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTG
129 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTG
* * * * * *
385885 TTTTGTCATATACCAATT-TTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGAAATAAACTAATACTAATTTA
1 TTTTATCATA-AACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * * * *
385949 CTAATATTTC-AAAATTAATAAGCAAAAGATGTCAAAAATAATTCTATTTAGTGAACAAGTTCAA
64 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCAA
* * * * *
386013 ATAGTCAT-ATTCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATG-CTATTTTG
127 ATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAC-CTTTTG
* * * ** * *
386065 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTC-AGAATAAACTAATACTAATTTA
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * **
386129 TTACTATTTCACAAATTAATAAG----AG-TTTAAAAACTAAATCTCTTTACTGAACCGGTTCAA
64 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCAA
* * * *
386189 ATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTG
127 ATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * * * * ** * *
386240 TTTTGTTCAAAAACATTTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAA
1 TTTT-ATCATAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
*
386305 TAATATTCTAAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TTCAA
65 TAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAA-CAAGTTCAA
* * * * * *
386364 ATAGTTAAAACTACTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTT-
127 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTG
* * ** * * *
386414 TTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTA-TCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * * *
386479 TCAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACAAAACAAGTTCAA
64 TTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCAA
* * * * * * *
386544 ATAGTTATGATTATTTGAATAACTATCAATTT-AAACTCGTTATGACCTTTTA
127 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-ATTATGACCTTTTG
* * * * *
386596 TTTTATTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTAT
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * *** *
386661 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAA-ATTTAAAACATAAATCAGTTTA-TCAAATTGGTTTA
65 TAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACT-AAACAAGTTCA
* * ** * * * * * *
386724 AATAATTGTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCTTTAAGTA-CATTTG
126 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATG-ACCTTTTG
* * * * *
386777 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCG-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
* ** **
386841 TTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTACCAAATAAATATGTTTAAC-AAACTAA-TTC
64 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTT-ACTAAAC-AAGTTC
* ** * * * * * *
386903 AAATAGTTATGACTATTCAAAAAATTATATATTTCACATTATTTTAACCTTTTA
125 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATATTATGACCTTTTG
* * * ** *
386957 TTCTATCATAAAATAATTATTCCTATTCATACAAGCTTATT
1 TTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
386998 TGGAACAATT
Statistics
Matches: 1978, Mismatches: 399, Indels: 270
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 6 0.00
162 1 0.00
163 34 0.02
164 18 0.01
165 8 0.00
166 11 0.01
167 176 0.09
168 60 0.03
169 6 0.00
170 4 0.00
171 12 0.01
172 41 0.02
173 14 0.01
174 20 0.01
175 205 0.10
176 78 0.04
177 125 0.06
178 169 0.09
179 62 0.03
180 353 0.18
181 523 0.26
182 43 0.02
183 7 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTTATCATAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATT
AATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG
TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTG
Found at i:385429 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 385246--385573 Score: 444
Period size: 167 Copynumber: 2.0 Consensus size: 167
385236 TCTTATTTGA
* *
385246 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * *
385311 TGTCTACTGAGCTTGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTAT-
66 TGTCTACCGAGCAAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATACTTATA
* * *
385374 GATCTTTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCAT
130 G-CCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
385413 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAACAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAGTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* *
385478 TGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTCTTATAG
66 TGTCTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATACTTATAG
385543 CCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCT
131 CCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCT
385574 GTTTATACAA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 20, Indels: 4
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.01
167 136 0.98
168 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TGTCTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATACTTATAG
CCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
Found at i:385663 original size:167 final size:165
Alignment explanation
Indices: 385489--386652 Score: 480
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 165
385479 GTTTACCGAG
* * *
385489 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTCTTAT-AGCCTTTTGTTC
1 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGA-CCTTTTGTT-
* * *
385553 TATCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATATTCTAAA-AATTAAC
64 T-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATAAATAATTAA-
385617 GAGT-AAGAGAATTAAAA-AAA-AA-AGAATCTATTTTTTGAA
126 GAGTCAA-A-AATTAAAATAAAGAATA-AATCTATTTTTTGAA
* * * * ** *
385656 TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAAAAATTATCTGGTTCAAA-ACATTATGACCTTTTG--T
1 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTT
* * * *
385718 TCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATAAA-TAATTAAGA
* *
385783 TTCCAAAATTAAAAGTTTAAAGAATAAATCTATTTTTTGAA
128 GTCAAAAATTAAAA---TAAAGAATAAATCTATTTTTTGAA
* * *
385824 CAGGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTG-TTT
* * * * * * * * * *
385889 GTCATATACCAATTTTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGAAATAAACTAATACTAATTTACTAAT
65 -TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAAATAATTAAG
* * * **
385954 ATTTC-AAAATTAATAAGCAAAAGATGTCAAAAATAATTCTATTTAGTGAA
127 A-GTCAAAAATT-A-AA--ATAA-A-G-----AATAAATCTATTTTTTGAA
* * * *
386004 CAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTAAACTATTATCTATTTCAAA-TCATTATG-CTATTTTGT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGATT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGAC-CTTTTG-
* ** * * *
386066 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAACTAATACTAATTTATT
62 TTT-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA-TAAATAATT
** * * * **
386131 ACTATTTCACAAATTAATAAGAGTTTAAA-AACTAAATCTCTTTACTGAA
124 AAGA-GTCAAAAATT-A-AA-A---TAAAGAA-TAAATCTATTTTTTGAA
** * * * * * *
386180 CCGGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTG
1 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTT-TGTT-
* * * * * * * *
386245 TTCA-AAAACATTTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAA-TAA
64 TTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAAT-ATAAA-TAATTAA
* * * * * ** *
386308 TATTCTAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAA
126 GAGTC-AAAAATT-A-AA--A--TAAAGAATAAATCTATTTTTTGAA
** * * * * * *
386355 CCAA-TTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTACCTATTTCAAA-TCATTTTGACCTTTT-TT
1 -CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
386417 TAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCA
64 T--TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAAATAATTA
* * * ****
386482 ACATTCAGAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACAAAA
125 AGAGTCA-AAAA-T--T------AAAA-T-AAAGAATAAATCTATTTTTTGAA
* * * * *
386535 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAACTATCAATTT-AAACTCGTTATGACCTTTTATTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTT-GTT
* * *
386599 TATTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
64 T-TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATAT
386653 TATTTTATTA
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 143, Indels: 135
0.74 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 54 0.07
164 7 0.01
165 6 0.01
166 1 0.00
167 50 0.06
168 68 0.09
169 1 0.00
171 5 0.01
172 53 0.07
173 11 0.01
174 17 0.02
175 161 0.21
176 72 0.09
177 5 0.01
178 1 0.00
179 13 0.02
180 190 0.24
181 55 0.07
182 6 0.01
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (165 bp):
CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTT
CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATAAATAATTAAGAGTC
AAAAATTAAAATAAAGAATAAATCTATTTTTTGAA
Found at i:386017 original size:180 final size:174
Alignment explanation
Indices: 385632--386999 Score: 914
Period size: 180 Copynumber: 7.7 Consensus size: 174
385622 AGAGAATTAA
* ** * * * * **
385632 AAAAAAAAGAATCTATTTTTTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAAAAATTATCTGGTT
1 AAAAAATA-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
385697 CAAAACATTATGACC-TT-TTGT-TCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-A
65 CAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAA
* *
385758 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAATT-A-AA-AGTTT
129 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATT
* ** *
385801 AAAGAATAAATCTATTTTTTGAACAGGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
385866 AAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATATACCAATTTTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGAAA
66 AAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* *
385931 TAAACTAATACTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAAGCAAAAGATGT
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAG----AGAT-T
* * * * * *
385981 CAAAAATAATTCTATTTAGTGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTAAACTATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATT-ATTTGAACAATTATCTATTT
* * ** *
386045 CAAATCATTATG-CTATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCA
65 CAAATCGTTATGAC--CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * *
386108 GAATAAACTAATACTAATTTATTACTATTTCACAAATTAATAAGAGTTT
128 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGAGATT
* * ** * * *
386157 AAAAACTAAATCTCTTTACTGAACCGGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATCTC
1 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
386222 AAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTTCA-AAAACATTTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAG
66 AAATCGTTATGACCTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
386286 TAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG-GATTT
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGAGA-TT
* * * * ** * * * * *
386332 AAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTACCTATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
386396 CAAATCATTTTGACCTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATTTGA
65 CAAATCGTTATGACCTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * *
386459 AATAAAATAATACTAATTTATCAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAAAAATT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAG----AGATT
** * * *
386511 AAAAAAATAAATCTATTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAACTATCAATTT
1 -AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
386576 -AAACTCGTTATGACCTTTTATTTTATTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTG
65 CAAA-TCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * *
386639 AAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAAATTT
127 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAG--AG--A-TT
* * * * * * *** *
386693 AAAACATAAATC-AGTTTA-TCAA-ATTGGTTTAAATAATTGTGGCCATTTGAATAATTATCTAT
1 AAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** *
386755 TTTAAATCTTTAAGTACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCGTCATACAAGCCTATTTG
63 TTCAAATCGTTATG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
386820 GAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATT
127 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT-A--A-GAGATT
** * * * * ** * *
386873 ACCAAATAAATATGTTTAAC-AAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTCAAAAAATTATATATT
1 AAAAAATAAATCTATTT-ACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * * *
386936 TCACATTATTTTAACCTTT-TATTCTATCATAAAATAATTATTCCTATTCATACAAGCTTATTTG
64 TCAAATCGTTATGACCTTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
387000 GAACAATTGT
Statistics
Matches: 933, Mismatches: 201, Indels: 119
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 61 0.07
169 6 0.01
170 2 0.00
171 4 0.00
172 60 0.06
173 3 0.00
174 12 0.01
175 188 0.20
176 67 0.07
177 5 0.01
178 1 0.00
179 26 0.03
180 271 0.29
181 207 0.22
182 13 0.01
183 5 0.01
184 1 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGAGATT
Found at i:386334 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 386298--386336 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
386288 AAATATTGCT
*
386298 AAATTAATAATATTCTAA
1 AAATTAATAAGATTCTAA
386316 AAATTAATAAGGATT-TAA
1 AAATTAATAA-GATTCTAA
386334 AAA
1 AAA
386337 ATAAATGTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.84
19 3 0.16
ACGTcount: A:0.59, C:0.03, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAATAAGATTCTAA
Found at i:389260 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 388534--393812 Score: 1501
Period size: 361 Copynumber: 14.7 Consensus size: 356
388524 AGAAGTTGGA
* * * * *** * * *
388534 AATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCAAAACAATTCAAATAATTATAGCCATTTCAATAGTTATC
1 AATTTAAAAAATAAATCTA-TTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTATC
** * *
388598 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAGGCCTAT
65 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTGT
*
388663 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACTTTTAAAAAATA
129 TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA--TTT-AAAAATA
* * * * * * *
388728 AATATGCTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TATATTTCAAATCGT
189 AATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCAAATCAT
* * * *
388792 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATAAAAGCCTATTTGAAATAAAATA
253 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATA
* ** *
388857 ATACTAATCTAATAATATTATGAAATTTAATAACTGAGC
318 ATACTAATCTAATAATATTATAAAAGGTAATAACTGAAC
* * * * * * *
388896 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAATTA-AGGTTATATGAATAATTATC
1 AATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATA-ATTATATAAATAATTATC
* * * * ** *
388960 TATTTCAAAT-AGTAAT-AACTTTTTTTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTG
65 TATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTG
* *
389023 TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAACAAATAAAT
128 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA-AAATAAAT
* * ** *
389088 CTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATTAAAATTTGAAAAATTACTTATTTCAAATCATTATA
192 CTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACTTATTTCAAATCATTATA
* * * *** * *
389153 ACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTT-AGAATAAAGTAATG
257 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGA-AATAAAATAATA
* * * * *
389217 CTGATTTATTAATATTGTAAAAGGTAATAAGT-AAC
321 CTAATCTAATAATATTATAAAAGGTAATAACTGAAC
* * * * * *
389252 AGATTTAAAAAATGAATCTATTAGCCAGACCAATGCAGATAGTTATAATTTTGTAAATAATTATC
1 A-ATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTATC
* ** * * *
389317 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAGTTGTTTCTGTTCATACAAGCTGAT
65 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTG-T
* * * * *
389382 TCAAAATAATATAATTTTAATTTTTTAATATTCCAAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTA
129 TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA-TA
* * * * *
389447 AATCTATTTACCCAACAAGTTCAAATAGTTA-CACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAAT-TTC
189 AATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACTTATTTCAAATCAT-
* * * *
389510 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATA
253 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * * *
389575 ATACAAATTTATTAATATTCATACAA-CTATTAAGTAAAA
318 ATACTAATCTAATAATATT-ATAAAAGGTAATAACTGAAC
* * * ** * ** * * * *
389614 AATTTTTAAAAAA-ATATGT-TTA-CCGAATAAATTCAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTAT
1 AA--TTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTAT
* * * * * *
389676 TTATTTCAAATCATTATTAATTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
64 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC-TG
* * *
389741 TTC-AAATTTAAATAATATTAATTTATTAATATTTGACAATTAA-TAAGTAAAAGATTTTAAAAA
128 TTCGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--CAA-AAATTAA-TAAGAGA-TTTAAAAA
* * * * * * * **
389804 TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAGACTTATAACTATTTCAATAATTA-TCTGCTTCAAATC
187 TAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCAAATC
* * * * * * *
389868 -TCATAA-CTATCTGAATAATTT-TCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
251 ATTATAACCT-TTTG--T--TTTGTC-A--T-AAA--ATAATTA---TTT-CTAT-TCATACAA-
** * ** * * *** * * ** * *
389930 AACTGTATT-AGTTCATAT-CGGCTTCATTTGAAATAAAATATTAATGCTCCAAAAATTAATGAG
299 GCCTAT-TTGAAATAAAATAATAC-TAATCT--AAT--AATATT-A---T--AAAAGGTAATAAC
*
389993 T-AAG
352 TGAAC
* * * * ** * * * *
389997 AGATTTAAAATATGAATCTGTTTA-CCAAA-CAAGTCCAAATGGTTATGACTATTTAAACAATTA
1 A-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTAGCCAAACCAA-TGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTA
* * * * *
390060 TCTATTTCAAATCATTCTGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTGTGTTCATACAAGCT
63 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGC-
* * * *
390124 TATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTGAAAATTAAAAA
126 T-GTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--G-AGATT-TAAA
* * * *
390187 AATAAATATGTTT-CCTAAA-CATTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCA
185 AATAAATCTGTTTACC-AAACCA-GTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCA
* * ** * * *
390249 AAT-AGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAA
247 AATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAA
* * * ** * * *
390313 TAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAA
311 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-AAAAGGTAATAACTGAAC
** * * * ** * * * *
390359 AATTTTTAAAATAAAAT-TGTTTA-CC-AAGCAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAAT-A--A
1 AATTTAAAAAAT-AAATCT-ATTAGCCAAACCAA-TGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTA
* * * * * *
390418 T-GA-TT----T-ATT-TCAAC-------TTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTT
63 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CT
* * * *
390468 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAA
127 GTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA---A-GAGATTT-AAAA
* ** * * *
390532 ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAGTAGTCATATC-C-ATTTGAATAATTA-TCTATTTCAA
186 ATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGT--TATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCAA
*** * * * * * * * *** *
390594 ATTGCTATGACTTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTA-TTCAGAAT
248 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGA-AAT
* ** * *
390658 TAAATAATACTAATCTTTTAATATTTTGAAAA-TTAATAA--G-A-
312 AAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-AAAAGGTAATAACTGAAC
* * * * * * * * * * * * *
390699 GATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CTGAAA-TAGTTCAACT-AGT-T-ATTATTTGAAGAATTAT
1 AATTTAAAAAATAAATCT-ATTAGC-CAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTAT
* * * * *
390759 CTATCTCAAATCATTGTGATC-TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTT
64 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGC-T
* * * * * *
390822 ATTCGGATTAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAA
127 GTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAA
* ** * * * **
390887 TAAATGTGTTTGTCGAGCCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAATTA-TCTATTTCAAAT
187 TAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATT-TGAATAATTACT-TATTTCAAAT
* * * * **
390950 --TGT-TGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
250 CAT-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAA
* * * * ** * *
391012 AATAATGCTAATTTTATTAACATTCA-AAAAATTAATGA--GCAAG
314 AATAATACTAA-TCTAATAATATT-ATAAAAGGTAATAACTG-AAC
* * * * * *
391055 AGATTTAAGAAAATAAATCTATTTA-CCAAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAAT
1 A-ATTTAA-AAAATAAATCTA-TTAGCCAAACCAA-TGCAAATA-ATTATAATTATATAAATAAT
* * *** *
391117 TATCT-TTTTAAAGTCATTATG-ACTTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAA
61 TATCTATTTCAAA-TCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* * * * *
391180 ACT-TATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
124 GCTGT-T-CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTA
* * * * * * *
391244 AAACCTAAAGT-TGTTTTCCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATA-TCAATCT
183 AAA-ATAAA-TCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTT
* * * * * * * * * *
391307 CAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAGTTATTTCTAATCATGCAAGCTTA-TTCAG
245 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAA
* * *
391370 ATAAAAATAATACCAATTTAATAATATT-TAAAA---AATTAA-T-AAG
310 AT-AAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAGGTAA-TAACTGAAC
* * ** * * * *
391413 AGATTT-AAAAATAAATATGTTAGCTGAACTATTTCAAATAGTTA-ACATTAT-TAGAATAATTA
1 A-ATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATA-ATTATATA-AATAATTA
* * ** * * * * * *
391475 TCGATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
63 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC-T
* * * * * *
391540 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAACTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAA
127 GTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAA
* * * * * * ** *
391605 -AAATTAATTAATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAGCAATTA-TCTATTTAA
187 TAAA-T--CT-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCA
* * * * * * ***
391668 AATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
247 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCCTATTTGAAA
* * * * * * * * *
391732 TAAAATAATATTACTTTATTAATAATT-CAAATGTTAATAAGT-AAG
311 TAAAATAATACTAATCTAATAAT-ATTATAAAAGGTAATAACTGAAC
* * * * **** * * *
391777 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-CTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAACTA
1 A-ATTTAAAAAATAAATCTA--TTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTA
** * * *
391840 TCTATTTCAAATTGTTAT-TACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTT-TTCATATACAAG
63 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC--ATACAAG
* * * * * * *
391902 CTTGTT--AAA-AAAA-AACACTATTTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGCTTTAAAAAAC
125 C-TGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAT
* * * * *
391963 AAATCTGTTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTA
188 AAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCAAATCA
* * * * * * * ** *
392027 TTATAACCTGTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATACGCAATAAAAT
252 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAAT
* * * ** *
392092 -ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACT-AAG
317 AATACTAATCTAATAATATTATAAAAGGTAATAACTGAAC
* * * * * * * **
392130 ATATTT---AAA-AAA--T-TT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGGATAATTAT
1 A-ATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATA-ATTATATAAATAATTAT
* ** * * * ** * *
392186 TTATTTCAAATTGTTAAGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGGCTCACACAAGCT-
64 CTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTG
** *
392249 TATTTAGAATAAAATAA-ATTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTTATTAGTAAAAGATTTAGAAA
128 T-TCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTA--A-TAAGAGATTTA-AAA
* * ** * * * *
392312 ATAATTCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTTTAACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAAT
186 ATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCAAAT
* * * * * * * * * ** * **
392376 CAGTATTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAACATAAGTTTGTTCAAAATAA
250 CATTATAACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAA
* * ** * * *
392440 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGT-AAGT
314 AATAATACTAATCTAATAATATTATA-AAAGGTAATAACTGAA-C
* * * * * * * * * * *
392483 GATTTAAAAACTAAATCTGCTTA-CCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATC
1 AATTTAAAAAATAAATCT-ATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTATC
** * * * * * *
392547 TATTTCAAATTGTTAT-AAGCTTTTATTTTATTATCAAACAATTGGTTTTGTTCATACTA-CTTT
65 TATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC--T
* * * ** * * * * * *
392610 ATTTGGAATAAAATAATCCTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAA-TAACTAGGAAAAGTAAAAA
127 GTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAA---AATTAA-TAAG-AGATTTAAAA
** * * * * * ** * *
392674 ATAAATCTAATTGCTAAACTAATTCAAATACTTAAGACTATATGAATGATTA-TCTATTTCAAAA
186 ATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTC-AAA
* ** * * * * * * *
392738 T-ATTATGATATTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTA-TTCAGATTA
249 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGA-AATA
* * * * * *
392800 GAATAATACTAATTTAATCATATT-TAGAAA-TTAATAAGT-AAA
313 AAATAATACTAATCTAATAATATTATA-AAAGGTAATAACTGAAC
* * * *** ** * ** ** * *
392842 AGATTTAGAAAATAAATTTGTTTA-TTGAATTAGTTTAAATGGTTA-AGACTAT-TAAAACAATT
1 A-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATA-ATTATAT-AAATAATT
* * * * * * ** *
392904 ATCTATTTCAAATCCTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGTT
62 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-C
* * * * *
392969 TATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAA-AAGGAAAGAAATTTTAA
126 TGTTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G--AG--A-TTT-A
* * ** * * * * * *
393032 AAAATAAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTCAACAATT-GTCTATTTAA
183 AAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCA
* ** * * * * * **
393096 AATCATTATAACCTTTTGATTTACCATAAAACAATTGTTTC-AGTCAATACAAACTTATACGAAA
247 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTC-ATACAAGCCTATTTGAAA
* * * * *
393160 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTTAAA-TTAATAA--G-A-
311 TAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTATAAAAGGTAATAACTGAAC
* * * * * * ** **** * * *
393202 AATTTGAAAAATAAATTTGTTTA-CCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTTAATGATTATC
1 AATTTAAAAAATAAATCT-ATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTATC
* ** * *
393266 TATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT-TATCATTCAAGCT-T
65 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTGT
* * * * *
393328 ATTGAAATAAAATAATGTTGATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAATACATTTAAAAAAT
129 -TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAT
* * * * *
393393 AAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCAATCTCAAATCA
188 AAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACT-TATTTCAAATCA
* * * * * * **
393457 -T-TAACATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAAAAGCTTATTCG-GTTATA
252 TTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAAGCCTATTTGAAATA-A
* * * * *
393518 AATAATACTAATTTAATAATATTTTAGAAA-TTAATAAGT-AAG
314 AATAATACTAATCTAATAATATTATA-AAAGGTAATAACTGAAC
** * * * * *
393560 ATATTTAAAAAATAAATACCCTT-G-CAGAGCTAGTTCAAATAATTAAAACTGT-TA-AAATAAT
1 A-ATTTAAAAAATAAAT-CTATTAGCCA-AACCAATGCAAATAATTATAA-T-TATATAAATAAT
* * * * * * * * * ** *
393621 TATCTATTTTATATCGTTCT-AATATTTTATTTAGTCATAAAA-TATT-TGTTT-CACTTACAAG
61 TATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
* *** *
393682 CTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGC-AAAATTAATAAATGAAAGATTTGA
125 C-TGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAAT-AA-G--AGATTT-A
* * * * * * *
393746 AAAATATATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATCACTATCTGAATAATTATTTATTTAAA
183 AAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACTTATTTCAA
393811 AT
248 AT
393813 AAATATGCTT
Statistics
Matches: 3784, Mismatches: 833, Indels: 604
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
337 9 0.00
338 2 0.00
339 5 0.00
340 23 0.01
341 3 0.00
342 6 0.00
343 67 0.02
344 133 0.04
345 81 0.02
346 8 0.00
347 15 0.00
348 22 0.01
349 5 0.00
350 11 0.00
351 121 0.03
352 100 0.03
353 54 0.01
354 229 0.06
355 94 0.02
356 194 0.05
357 295 0.08
358 240 0.06
359 276 0.07
360 427 0.11
361 461 0.12
362 377 0.10
363 102 0.03
364 23 0.01
365 82 0.02
366 9 0.00
367 6 0.00
368 4 0.00
369 2 0.00
370 1 0.00
371 14 0.00
372 10 0.00
373 10 0.00
374 15 0.00
375 2 0.00
376 2 0.00
377 2 0.00
378 7 0.00
379 3 0.00
380 1 0.00
381 1 0.00
382 18 0.00
383 16 0.00
384 21 0.01
385 162 0.04
386 11 0.00
387 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AATTTAAAAAATAAATCTATTAGCCAAACCAATGCAAATAATTATAATTATATAAATAATTATCT
ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTGTTC
GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTGT
TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTACTTATTTCAAATCATTATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
CTAATAATATTATAAAAGGTAATAACTGAAC
Found at i:389611 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 388236--406979 Score: 6256
Period size: 181 Copynumber: 104.5 Consensus size: 179
388226 TAAACTATTA
* * * * *
388236 ATCTATTTCAAATCATTCT-ACCTTTT-TATTTAGTGATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATG
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG
* * * *
388299 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTCATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTCA
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
*
388363 AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT---T-ATT
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * * * *
388414 A---ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCAAAAGAAAACAATTGTTTTAGTTAATAAAA
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC---ATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAA
* * * * ** *
388476 GCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA-AAAATCAAGAAGTTGGAAATTTA
62 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
** * * * * *
388540 AAAAATAAATCAATTTATCAAAACAATTCAAATAATTAT-AGCCATTTCAATAGTT
126 AAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATT
*
388595 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAGG
1 ATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAG
* * **
388658 CCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGACTTTTAA
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
388722 AAAATAAATATGCTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
388776 ATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATAAAAGCC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
** * * * * *
388841 TATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-ATGAAATTTAATAACTGAGCA-ATTTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAA
* * * * * ** *
388904 AAATAAATTTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAATTAAGGTTATATGAATAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * ** *
388957 ATCTATTTCAAAT-AGTAATAA-CTTTTTTTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGT
1 ATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGC
* ** * * * *
389020 TTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAACA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** *
389081 AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATTAAAATTTGAAAAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * **
389133 A-CTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAATACAATT
1 ATC-TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * * * * *
389197 TTATTTAGAATAAAGTAATGCTGATTTATTAATATT-GTAAAAGGTAATAAGTAACAGATTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
389261 AAATGAATCT-ATTAGCCAGACCAATGCAGATAGTTAT-AAT-TTTGTAAATAATT
128 AAATAAATCTGTTTA-CCA-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG--AATAATT
* * ** * * *
389314 ATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAGTTGTTTCTGTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * ** * *
389379 GATTCAAAATAATATAATTTTAATTTTTTAATATTCCA-AAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
389443 ACTAAATCTATTTACCCAACAAGTTCAAATAGTTA-CACTATTTGAATAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
389494 ACCTATTTCAAAT-TTCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCAT-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * * * * **
389558 TTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATACAACTATTAAGTAAAAAATTTTTA
64 TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
389622 AAA-AAATATGTTTACCGAATA-AATTCAAATTGTTATGACTATTTAAACAATT
128 AAATAAATCTGTTTACC-AA-ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * *
389674 ATTTATTTCAAATCATTATTAA-TTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGC
* * * * * *
389738 TTATTCAAATTTAAATAATATTAATTTATTAATATT--TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
389801 AAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAGACTTATAACTATTTCAATAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * *** * * * * *
389854 ATCTGCTTCAAATC-TCATAA-CTATCTGAATAATTT-TC-TATTTCAAAT-TATTATAACCT-T
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTG--T--TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATAC
** * * * * **** * *
389913 TTG-TTTTGTC---ATAAAATAACTGTATTAGTTCATATCGGCTTCATTTGAAA-TAA-AA-TAT
60 AAGCTTAT-TCAAAATAAAATAA---TACTAATTTAT-TAATATTCA--TAAAATTAATAAGTAA
* ** * ** * * * *
389971 TA-ATGCTCCAAAAATTAA--TGAGTA--AGA-GATTTAAA-A--TATGAATCTGTTT-ACCA-A
118 GAGAT--TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTTATG-A-CTATTTGA--ATA
**
390025 ACA
177 ATT
* * * * ** ** * *
390028 AGTCCAAATGGTT-ATGA-CTATT-TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCATTTGTTT
1 A-T-C-TAT--TTCA-AATC-ATTAT-AAC-CTT-T-TGTTT--TGTCA-T-AAAACAATTGTTT
* ** * ***** * * * * * * *
390090 TA-TCATAAAATAATTTTTTGTGTTCATACAA-GCTTATTTCGAATAAAATAAT-ATAAATTTAT
51 TATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT---AT-TAATATTCATAAA---AT
* * * * * * ** ** * **
390152 TAAT-ATTCAA-AAAATTAATAAGTGAAA-AT-TAAAAAAATAAATATGTTTCCTAAACATTTTT
108 TAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAA-ACA-A---TT-C--AA-ATAGTT
390213 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
162 --AT-G--A---CTATTTGAATAATT
* * *
390239 ATCTATTTCAAAT-AGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * * **
390303 ATATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *
390367 AAATAAAAT-TGTTTACCAAGCAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAATAATG
128 AAAT-AAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * ** * * * * *
390420 ATTTATTTCAACTTGTCATAAAATAATTATTTT-T-ATTCATACAA--G-TTTATT--T-GAA--
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGC
* * * * ** * * * *
390475 --A-T-AAAATAATACTAAT--TTA-TCAAT-ATTCTAAA--AATTAATAGGTAGGAGATTTAAA
64 TTATTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** * * * *
390530 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAGTAGTCAT-ATCCATTTGAATAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATT
*** * * * * * **
390583 ATCTATTTCAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAAT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * *
390648 TATTCAGAATTAAATAATACTAATCTT-TTAATATT-TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
390707 AACTAAATTTGTTTACTGAAATAGTTCAACTAGTTAT---TATTTGAAGAATT
128 AAATAAATCTGTTTAC-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
390757 ATCTATCTCAAATCATTGTGATC-TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
** * * * *
390821 TATTCGGATTAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * *
390885 AATAAATGTGTTTGTCGAGCCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAATT
129 AATAAATCTGTTT-ACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATT
* * * * *
390937 ATCTATTTCAAAT--TGT-TGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCAT-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * *
390999 TTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAG
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-
* *
391064 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
391118 ATCT-TTTTAAAGTCATTATGACTTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAAC
1 ATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * *
391182 TTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATTTTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
** * *
391246 ACCTAAAGT-TGTTTTCCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAAT
128 AAATAAA-TCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
391299 ATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAGTTATTTCTAATCATGCAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * *
391363 TATTC-AGATAAAAATAATACCAATTTAATAATATT--TAAAA--AATTAA-TAAGAGATTT-AA
65 TATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAA
* ** * ** * *
391421 AAATAAATATG-TTAGCTGAACTATTTCAAATAGTTAACATTATTAGAATAATT
128 AAATAAATCTGTTTA-CCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * * * * *
391474 ATCGATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* * *
391539 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT--TGAAAACTTAATAAGCATGAGATTTGAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT---
* * * * * **
391602 AAAAAATTAAT-TAATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAGCAATT
125 AAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
391658 ATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* * * **
391723 TATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAATTCA-AATGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
391787 AATAAATCAGTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAACT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * ** *
391839 ATCTATTTCAAATTGTTATTACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTCATATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTC--ATACAAGC
* * * * *
391903 TTGTT--AAA-AAAA-AACACTATTTTATTAATATT-TTAAGAA-T--TAA-TAAGAGCTTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
391959 AAACAAATCTGTTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
392012 ATCTATTTCAAATTATTATAACCTGTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCT
* ** * *
392077 TATACGCAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
392140 AAT---T-TG--T--CGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGGATAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** ** * * *** *
392184 ATTTATTTCAAATTGTTA-AGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGGCTCACACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * * * * *
392248 TTATTTAGAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATTTTCA-AAAATTTATTAGTAAAAGATTTAGAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * *
392311 AATAATTCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTTTAACTATTTGAACAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
392363 ATCTATTTCAAATCAGTATTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAACATAAGT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGC
* * * * *
392427 TTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGTGATTTAAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
392492 ACTAAATCTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * * * *
392544 ATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTATTTTATTATCAAACAATTGGTTTTGTTCATACTA-CT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGC-
*** * * * * * * **
392608 TTATTTGGAATAAAATAATCCTAATTTAATAATATTC-TGAAACTTAATAACTAGGAAAAGTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
** * * * * * *
392672 AAATAAATCTAATTGCTAAACTAATTCAAATACTTAAGACTATATGAATGATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * *
392725 ATCTATTTCAAAAT-ATTATGATATTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCGTACAAGCT
1 ATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCT
* * * * * * *
392789 TATTCAGATTAGAATAATACTAATTTAATCATATT--TAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** ** * * * * ** *
392852 AATAAATTTGTTTATTGAATTAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAAAACAATT
129 AATAAATCTGTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
392904 ATCTATTTCAAATCCTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
392969 TATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGA-AAAATTAA-AAGGAAAGAAATTTTAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAA-GTAAGAGA-TTTAA
* * * * * * *
393032 AAAATAAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTCAACAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * ** * * *
393086 GTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTACCATAAAACAATTGTTTCAGTCAATACAAACT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTC-ATACAAGCT
* * * *
393151 TATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TTAAATTAATAAG--A-A-ATTTGAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
393211 AATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTTAATGATT
129 AATAAATCTGTTTACC-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * *
393263 ATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTATCATTCAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCT
* ** * * * * *
393327 TATT-GAAATAAAATAATGTTGATTTATTAACATTTCA-AAAATTAATAAGAAATACATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
393390 AATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
129 AATAAATCTGTTTACC-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
393442 ATCAATCTCAAATCA-T-TAACATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAAAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATACAAG
*** * * *
393504 CTTATTC-GGTTATAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTAGAAATTAATAAGTAAGATATTTA
63 CTTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCATA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTA
** * * * * ** * **
393567 AAAAATAAATAC-CCTT-GCAGAGCTAGTTCAAATAATTAAAACTGTTAAAATAATT
126 AAAAATAAAT-CTGTTTACCA-AAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * ** * * * * * *
393622 ATCTATTTTATATCGTTCTAATATTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA--CTTACAAGCTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTT
* * * * *** * *
393685 ATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGCAAAATTAATAAATGAA-AGATTTGAAAA
66 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA
* * * * *
393749 ATATATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATCACTATCTGAATAATT
130 ATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * ** ** * ** * * * * ** *
393800 ATTTATTTAAAAT-A-AATATGCTTACCGAATAAGT--TCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-A
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTT-TTG-TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTA-TT-CATACA
* * * * * * * * * * ***
393860 TTA-TTTATTTAAAAT--CATCATGACT-TTTTGTT--TGTACATAAAA-CAAT-TGTTTCA-AT
61 --AGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGAT
** * **** * * * * *
393916 TCATAAAAGCT-TATCCAAAATA--AAATAATACAAAT--TTCAT-AATATTTCAAAAATT
123 T--TAAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * ** * * *
393971 AATAAGCAAAAGTT-AAA-AATAAATAA--ATTT-ATTTACCAAACAAATTTAATTAGTTACGAC
1 -AT---C--TATTTCAAATCAT-TATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AAA--CAATT-GTT----T
* * * ** ** * * *
394031 TATTTGA-ACAA--TT-GTCTATTTAAAATTGTTA-TAACCTT-TT-GT-TT--TGAAA-TAA-A
51 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATACTAA-TTTATTAATATTCATAAAATTAATA
** * **** * * ** * * * * *
394084 A-TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTTTTTAAGATAA-AAAT-AATACTAATTTATTAATATTC
113 AGTAAGAGATTTAAAAAATA-AA-TCTGTTTACCA-AACAATTCAA-A-T-AGTTATGACTATTT
* *
394146 AAAAAATT
172 GAATAATT
* * * * * * * * * * ***
394154 AATAAGTAAGTGATTTAAA-AATTGA-ATCTATTTATCGAATCTGT--TCAAATAATTATGGCCA
1 -AT--CT-A-T--TTCAAATCATT-ATAAC-CTTT-T-G-TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTA
* * ** * * * ** *
394215 TTTCA-ATAA--TTA-TCTACTTTAAAT--TGCT-ATTTCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTA
53 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT--ATTAATAT--TC--ATAA-AATTA
* * * ** * * *
394273 TTTTTTATCA-TACA-AGCTTATTCAGAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATC-TTTCAAA-AA
110 ------ATAAGTA-AGAG---ATTTA-AA-AAATA-AAT-CT-GTTTACCAAACAATTCAAATAG
** * * **
394333 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAA
160 TT-AT--G---ACTATTTGAATAA-TT
* * * * * ** * * * *
394360 ATTTGCTTACCAAA-CTAGTTCA-AA----TAGTTATGTGCATTTGAGCAATTGTATTCTTCAAA
1 ATCT-ATT-TCAAATC-A-TT-ATAACCTTTTGTTTTGT-CA-TAAAACAATTGTTTTATTCATA
* * *
394419 TCAA--TTATT--TAA-AAAATAA-ACCT--TTTGTT-CTA-TCATAAAA-TAATTATTTATGTT
59 -CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCATAAAATTAA-TA---A-G-T
* * ** * * * * * *
394473 CATACAAGCTTATTCGAAATAAA-AAAAATATTAATCTAATA-ATATTCTAAAAAGTAATAACTA
116 -A-A-GAG---ATT-TAAA-AAATAAATCTGTTTA-CCAA-ACA-ATTC-AAATAGTTATGACT-
*
394536 AGAGATTT-AAAAATT
168 ----ATTTGAATAATT
* * ** **** * * *
394551 AAATTTATTTGCTGAA-CTAGTTCA-AA--TAAT-TAAACT-ATATGAACAATT-ATCTATTTCA
1 --ATCTATTT-C-AAATC-A-TT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTA-TTCA
* **** *** * * * * * *
394609 AACTATTATGACCTT-TT-GTTTTGTCATAA-AC-AATTTTTTCA-ATTC--ACACTCT-CTTA-
57 TAC-A--A-G--CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAAT-TAATAAG
** * ** * * * * *
394665 TTCGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAA-AATT--AATAAG-TA-AAATATTTAA
115 TAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTT--TA--CCAAACAATTCAAAT-AGTTATGACTATTT--
*
394725 AAAATAATT
172 -GAATAATT
* * * ***
394734 ATGTTCACCTAACTAGTTC-AATAATTATAA-CTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATTG--T
1 A---T---CT-A-T--TTCAAATCATTATAACCT-TTTG--T-TTTGTCATAAAAC-AATTGTTT
* * *** * * ** * * *
394794 TATGACCT-TTTG-TTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGTTCGAA-ATATA
51 TAT-TCATACAAGCTTAT-TC--AAAATAAA-----ATAAT-A-CTAA-TTTATT--AATAT-TC
* * * * * *** ** *
394856 ATAATATTAATCTA-TTA-ATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTGTC
101 ATAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA-ATCTG-TTTACCAAA-CAA------T-TC
* * **
394919 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATT
154 AAA-TAGTT---AT-G--A---CTATTTGAATAATT
* * * * *
394955 ATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCATTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * * * * *
395019 TTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTGATAATTACTAAGTAAAAAATTTTTA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAA
* * * * * *
395083 AAAATAAATATATTTACCAAACTAAATCAAATAATTATGACTATATAAATAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * * *
395137 ATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAAGCTATTTTAGTTCATATAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTA-TTCATACAAGC
** * * * * **
395201 TTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAGTATTCCA-AAAATTTACACTTAAGAGATTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * ** * * * **
395265 AAATGAATTTGCTTACTGAACAATTTTAAATAATTATGATTATTTGAATTGTT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * * * *
395318 ATTTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTTTATTTGTTATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
*** * * * * *
395383 TTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
395448 AATAAATATGTATACCGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTA-TT---TAA--
129 AATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * * * *
395494 A-C-A--ACAAATTGTTATGA-TTTATTGCTTTGTTATAAAACAATTGTTCCTATTTATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTATTCATACAAGC
** * * * * * *
395554 TTATT-TGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTGACAATTAATAACTAACAAGA-TT-A
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAA
* * * *
395615 AAAAT-AAT-TGTTTATCAAACAAGTT-AAGTA-TCAT-AATATTTGAATAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
395664 AT-TATTCCAAATACATTGTTGAA-C-TTT-TTTGGT-A-AAACACAATT-TTTTAAATTAATA-
1 ATCTATTTCAAAT-CATT-AT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTT--ATTCATAC
** * * * *
395721 AAGCTTATTTTAAATAATATAAT--TAATTTTATTAAT-TTTA-AAAATTAA-GAGTAAGA-AAT
60 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATT
** * * * *
395780 TAAAAAATTTTATTTG-TT--C-AGCAAGTTCAAA-A-TTAT-AATGATTT---TAAAT
124 TAAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATT
* * * * * *
395829 ATCTATTTCAAAACATTAT-GCCTTTAG-TTTGACAGAAACAGAATTAGTTTGT-TT-ATACAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATT-GTTT-TATTCATACAAG
*** * * *
395890 CTTATTTTGAATAGAATGATA-TAAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA-AAAT-A-A-A-TT-
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
395947 AAAAATAAATTTGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
396002 ATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGGT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * *
396067 TATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
396131 AATAAATCTATTTACCAAACATATTCAAATTGTCATGTCCATTTAAACT-ATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATT
* * * * * * **
396183 ATCTACTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATTATCAAAA-AATTGTTTCTATTTATACAAAA
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* **
396247 TTATTCAAAATAAAACAGCACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * ** * * *
396307 AATTAAATCTGATTATTGAACCAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATT
128 AAATAAATCTGTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * *
396360 ATCTATCTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCT
** * * * * * * * *
396424 TATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATT-TTAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * ** *
396488 AATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATTGTTAAGACTATTAAAACAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * * * *
396540 ATCTATTTCAAATTGTTCTTACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-T-TTTTAGTTCATATATGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
396603 TATTCAAAATAACATAATACTAATTTATTAAGCATTCAAAAAATTAATAAATAACAAATTTTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAA
* * *** * * *
396668 AAATAACTTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAAAAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * *
396721 ATCTATTT-AGAA-CAAATATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AA
1 ATCTATTTCA-AATC-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCA-TACAA
* * * *
396783 GCTTA-TCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA-AAAATTGATAAGTTAA-AGATT
62 GCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAG-TAAGAGATT
* ** *** * * * *
396845 T-AAAAATAAGT-TAGTTTATTGAATTGATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATT
124 TAAAAAATAAATCT-GTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * * *
396901 ATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTTGTTTTGTTAT-AAATAATGGTTTTTCTTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGC
* *** * * *
396965 CTATTTGGAATAAAAGAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAAG-AAG-GCCATTTA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAG--ATTTA
* * * * *
397027 AAAAATAAATCTATTTA-C-TA-AA--C---TAG-T-T-CCTACTTGAACAATT
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * * * ** *
397070 ATTTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATGAGT
1 ATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGC
*
397134 TTATTCAAAATAAAATAATACTAA--T-TTAATA---AT---ATT-CTAA-TAAGAGATTTAAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *** *
397188 AATAAATCAGTTTACTAAAGCAGTTCAAACAATTAAGACTATACAAAAAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * * *
397240 ATCTATTTACTGAAA--AGTATGGCCTTTGGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATCATTCAA
1 ATCTATTT-C--AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAA
* * * *
397303 TCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA-AAAATTAATACGTAAAAGATTTA
62 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
397367 AAAAATAAATTTGTTTACCAAGCTAGTTCAAATA--TATGACTATGTGAACAATT
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * * * * * * *
397420 GTAAACTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTCTATCATAAAAGCAATTATATTTGTTCATATAAAC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGT-TTTATTCATACAAGC
* * * * *
397485 TTATGTC-GAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCA-AAAATTAATAATTAAGAGAATT-A
64 TTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
397547 AAAA-AAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCGAAA-ATTTAAGACTATATGAATACTT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * * *
397600 ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATATAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTT--ATTCATACAAG
* *
397665 CTTATTTC-GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATTATTCA-AGAAA-TAATAAGTAAGAGATT
63 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA-TATTCATA-AAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
397726 T-AAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAGTT
124 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
397782 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCT
* * * **
397847 TGTTTAAAATAAAGTAATACTAATCCATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
397907 AATAAATCTATTTATCAAATGAGTTCAAATATTTAAGACTATTTGAGA-AATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATT
* ** * * * *
397959 ATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * * * * * *
398022 TTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTTTTAATATT-TTAAAAATTAAT-ATTAAAAAAATTTTA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA
* ** * * *
398085 AAAATAAATATGTTTACTGAACTATATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAGT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAAT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
398139 GTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATTATTTCAGTTTATATAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* * * *
398204 TATT-AGAAATAAAATAAAACTAAGTTACTAATATTACA-AAAATGAATAA-TCAAGAGATTTAA
65 TATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA
* * * * *
398266 AAAATGAATCTGTTTTCCAAACAAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTCAACAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATT
* *** ** * *
398320 ATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * * * * *
398385 TATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAA
65 TA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
398449 AATAAATCTATTTATCGAACAAATTCAAATA-TTCATGACTATTTGAATAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATT
* ** * ** * * * *
398501 ATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTATTTTCTTATAAAATAATT-TTTTATGTTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA--TTCATACAAGC
* * * * * * * ** **
398565 TTATTCATATTAAAATAATATTAGTTTATTACTATTTCA-ACAATTAATAAGTGAAAATTTTTTT
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA
* *** * * *
398629 AAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTGTTTGAATAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
398683 ATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTTTATTTTTTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* ** * * * *
398748 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA-AAAATTAATGGGCAAGGGAATTAAGA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
398812 AATGAATTTATTTACCAAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTT
129 AATAAATCTGTTTACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
398864 ATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTATCCATGCAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCT
*** * * * * **
398929 TATTTTGAGTAAAATAATA-TAAATTTATTAGTATTTCA-AAAATTAATAAGGAA-AAATTTTTA
65 TATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ****
398991 AAATAAATATGCTTT-TTGTACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
128 AAATAAATCTG-TTTACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
399044 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAAACCAATTAGTTCTATTCATAAAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCT
* * * * * * *
399109 TA-TCGAAATAAAATAATACTAATTCATTAAAATTTCA-AAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ***** *
399172 AATATATTTGTTTACTGTGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
129 AATAAATCTGTTTAC-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * *
399224 ATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * *
399289 TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTTAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAA
* * * * * * * *
399352 AAATAAATATATTCATCGAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACT-ATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATT
* ** * * * * * **
399405 ATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATGCAAAAT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCT
*
399470 TTTTCAAAAT--AA-AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * *
399527 ACTAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTACTTGAACAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
399579 ATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAACCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * * * * * *
399643 TATTCAAAGTAAAATATTGCTAAATGAATAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
399707 ATTAAATATGTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTCTTAGAGTAATT
129 AATAAATCTGTTT-ACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * ** *
399759 ATCTATTTAAAATCGTTCTGA-CTTTT-TTTTATTCATAAAATAAAATT-TTTTAGTTTGTACAT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT-GTCAT-AAA-ACAATTGTTTTA-TTCATACAA
* * * * * * ** * *
399821 GCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATCAACATTTAGAAAATTAATAACCAAAAAATTTAA
62 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * * *
399886 AAAATAAATCCATTTATCGAACAAGTTCCAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * **
399940 ATCTATTTAAAATAAATATGATCTTTTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTCCAGTTCATA-ACAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACA-AGC
* * ** *
400004 TTA-TCTAAAATAAAATAATA-TTATCTTATTAATATT-TTAAAATTGTTAAATTAA-AGATTTA
64 TTATTC-AAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCATAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTA
* * * **** * * *
400065 AAAAAAAAAGTCAGTTTATCGAATTGGTTCAAATAATTATGGCTACTTGAACT-ATT
126 AAAAATAAA-TCTGTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATT
* * ** * *
400121 ATCTATTACAAATTGA-TATGAA-CTTTTCCTTTATCATTAAACAATTGTCTTTCA-TCATACAA
1 ATCTATTTCAAA-TCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTT-ATTCATACAA
* *** * * *
400183 GCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCA-AAAATTAAT---TAGGAGATTT-
62 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *
400243 -AAAA-AAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
400296 ATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGGTTCAGTTCATAAAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGC
* * * * * *
400360 TTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTCTTAATATTTC-CAAAATCAATAAGCAAGAG-TTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * *
400423 AAAATAAATTTGTTTACCAGAGA-AATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCA-A-ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
*** * * * * *
400477 ATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
** *
400542 TATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATATGT---A-ATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
400602 AGTGACTCTATTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATT
129 AATAAATCTGTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* *
400654 ATCTATTTCAAATCA-T-T----TTTTG----GTCATATAACAATT-TTTTTTTACCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATT--CATACAAGC
** *
400708 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
400767 AAATAAATTTGTTCACCAAA-ATAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
400820 GTATACTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * * * *
400885 TATTCGAAATAAAATAAT-CATAATCTAATAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
400948 AAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * ** * **
401001 ATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAAATT-TTCAATTTATACTTGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTTATTCATACAAGC
* * * *
401065 TTATTCAAAATATAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
401128 AAAATAATTTTCTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTAT-ACCTATTTGAATTATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATT
* ** * * * * * * *
401182 ATCTATTTCCAATTGTTATTACTTTTTATTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCT
* * * * * * *
401246 TGTTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTAGAAAACTAATCA-TAGGAGATTTAAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* *** * * * *
401310 GTAAATCTAACTACCAAGCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATT
130 ATAAATCTGTTTACCAA-ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * * * * * **
401361 ATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTGTTCATTCTATTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCT
* * * * ** ** * * *
401426 TATTTAAAATAAAATAATACTAAATAAATAATATTCCA-AAACCTAATAACCAAAAAAATTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * ** *
401490 AATAAATCTAATTGT-CGAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATCTACAATT
129 AATAAATCT-GTT-TACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * ** * **
401542 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTTGGTCATACAAGCTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTT
*** * * * * *
401607 ATTTGGATTAAACTAATATTAATTTAATAATATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
66 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
401671 ATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAAT-GTTAAGACTATTAGAA-AATT
130 ATAAATCTGTTTAC-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
401720 -TACTATTT-AAATCATT-TAA-ATTTTG-TTAGTTATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCT
1 AT-CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCT
* * * * * ** * **
401780 TATTTATAATAAATTATTACTAATTCA-TAATTATTCA-ATTGATTAATAAGAAATTTGATTT-A
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCATA-AAATTAATAAGTAA-GAGATTTAA
** * *
401842 AAAATAATAT-AATTT---AAACAAGTTTCAAATAG-TATTA-T-TTTTAATAA-T
127 AAAATAA-ATCTGTTTACCAAACAA--TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * *
401890 ATCT-TTAT-AAATCATTAT-A--TTTT-AATTGTCAAAAATATAATTGATTTCAAT-AAACATA
1 ATCTATT-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTG-TTTTATTCATAC--A
* * * * * * *
401948 AGC---TT--AGATAAATATAATACTGATTTATAAATATTTC-TTAAATTAATAATTAAAAAATT
61 AGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
402007 TTAAAAATAAAT-TGTTCACTAAATTAATTAAAATAATTAT--TTATTCGAAT--TT
124 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
402059 AAAACTATTT-AAAT--GTATGACAATATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGA-TAATACAA
1 --ATCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAA
* *
402120 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCA-AAAATTAATAAATAACG-GATTT
62 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT
* * * * **
402183 -AAAAATAAATTTGTTTACCAAACTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATT
125 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * ** * * * * *
402237 ATCAATCTCCAATTGTTAAAATC-TCTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATACAAGC
**** *
402300 TTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
64 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * ** * *
402359 AAAATAAATATGTTTACTGAACTAATTCAAATAGTAAAAACTATTAGACTAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
402413 ATCCATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TA-TGTTTCATATCCTATAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCT
* * * ** * *
402476 TATTCATAATAAAATAATCCAAATTTATTACCATTCA-AAATATTAATAAGCAAAAGATTTGAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* ** ** *
402540 AAATAAATTTGTTT-GTAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAACT
128 AAATAAATCTGTTTACCA-AACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * **
402593 ATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATTA-AAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCA-TACAAGC
* *
402657 TTA-TCGAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAA
64 TTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
*
402719 AAAAATAAAAT-TGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T
126 AAAAAT-AAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
402773 AGTCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATGCAAGC
1 A-TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * *
402838 TTATTCAAAATAAAACAATACCAATTTATTAATATTCCA-AAAATCAAT-A--AATA-ATTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
402898 AAGTGAATTTATTT--------ATT-GAATCAG-T-T--C-A----AATAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
402933 ATCTATTTCAAATCATTATTACATTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTCTCATACAAACT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCT
* *
402998 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA-AAAATTAATAAGT----GA-TT-AAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
403056 AATAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
129 AATAAATCTGTTTAC-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * * * *
403108 GTATGCTTCATATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTAATACAAG-T
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCT
** * * *
403172 CTATTCAAAATAAAATAATACTAATCCAATAAAATTTCA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
65 -TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * ** * * * *
403236 AAAATAAATTTGTTTGTCGAACCGGTTTAAATAGTTAATTTGTTTGTCAAACCGATTTAAATAGT
127 AAAATAAATCTGTTT-ACCAAACAATTCAAATAGTT-A------TG----A-CTATTTGAATAAT
403301 T
179 T
* ** * ***
403302 AAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATCACTATGATCTTTTGTTTTGTCAT--AA-AACAA
1 -A-TCTAT-TTCA-AATCA-TTA--T---A--AC------CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * *
403364 TTTT-TTCAATCATACTAGCTTATTTGAAATAAAACAA-ACTAACTTTGTTAATATTTCA-AAAA
48 TTTTATTC----ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TTCATAAAA
* * * * * *
403426 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACCATT
107 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATT
*
403491 TGAACAATT
171 TGAATAATT
** * * * * **
403500 ATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTATGCTCATATAAAT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGC
* * * *
403564 TTGTTCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCA-AAACTTAATAAG--AG-G-TTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
403624 AAATAAATC-ATTTATCTAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGTAATT
128 AAATAAATCTGTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATT
* * ** * ** *
403676 ATTTATTTCAAATCATTATGA-C--TT-TCAT-T-ATAAAATAATAATTTCTATTCATATAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
*** * * * * * *
403735 TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-ACAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* *
403799 AATAAATATGTTT-CTCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT
129 AATAAATCTGTTTAC-CAAAC-A-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * ** * *
403851 ACCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA-AAAAAAAAAG-GTGA--CAT--AAGCTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTT
* * * * * *
403910 ATTCAAAGTAAAACAATACTAAGTTATTAATATTC-TGAAATTAATAACTAA-ATGATATAAAAA
66 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAA
** * * * * *
403973 ATGGATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATA-ATATGACTATTTGAACAATT
130 ATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
404023 AT-TATTTTGAAATTAGTATAA--ATTT-TTTTGACATAAAATAATTTTTTTGTTCATACATGCT
1 ATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCT
* * * * * * *
404084 TACTTC-GAATAAAATATTA-TAAATTTATTAACATTAAGACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAA
65 TA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
404146 AAACTAAAGCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATT
128 AAA-TAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * * * * * *
404200 ATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCTTGCAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
** * * *** * * *
404265 TATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTTAA-AAATTTTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAA
* * * * *
404329 AATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
404381 ATCTATTGCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAACAAAACAATTGTTTGAGCTCATATAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* ** * *
404446 TCTTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCA-AAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAA
* * * * ** * * * *
404509 AAA-AATGACTTTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAATTACAAGTATCTAAAAAATT
128 AAATAA--A-TCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * *
404564 ATCTATTTCATAA-CATTATGATGTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTTATTAATGCAAGC
1 ATCTATTTCA-AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGC
*** * * *
404628 TTATTTTGAATAAAATAATA-TAGATGTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
404690 AAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
404744 ATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTTGTTTTGTTCA-AGCCAA-
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTATTCATA--CAAG
** * *
404807 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAATAGATTAAAA
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
404871 AAATAAATCTATTTATCAAACGCATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAGTT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * **** * *
404924 ATTTATTTCAAGTCATTATGGTATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * * * * *
404989 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAAGAAGT-TGAAGATTTTAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAA
* * * * * * * *
405052 AAATTAATTTATTTATCGAACAAGTTGAAATAGTCA-GGCGTATTTGAACT-ATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAA-TAATT
* * * * * * **
405105 ATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAAA
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * * *
405170 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * **
405230 AACTAATTCTTTTTACCGAATCAATACAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATT
128 AAATAAATCTGTTTACC-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * ** *
405283 ATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCTTAAAACTTTTGTTTCTGTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * * * * * * *
405347 TATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTACTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTATG-GATCTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
405410 AATAAATGTGTTTGCTAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAGTAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
405461 ATCTATTTCAAATCATTCTAGCATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
405526 AATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTAAAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAA
* * *
405591 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGATATTT
129 AATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
405643 ATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTATCACAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGC
* * * * * *
405708 TTA-TCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATT-TTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
** ** * * * *
405770 GTATAAAT-TAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATT
128 AAATAAATCT-GTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * *
405823 ATCTATTTCCAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTT-TCATCATGCAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAG
* *** ** *
405886 CCTATTTGGAAT-AAATAATTTTAATTTATTAATATTTA-AATAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
405949 GAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAACATTTATGATTATTTGAACAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** ** * * * *
406003 ATAAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCTTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCT
* * * *
406068 TATTCAAAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTC-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
406132 AAT-AATTTTTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTA-AAGTTATATGGACAATT
129 AATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATT
* * * * * *
406183 CTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCTTACTAA-
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-A-TTCATAC-AAG
*** * * *
406246 CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATCAGTAGGAGATTTA
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
406309 AAAAATAATTCTGTTTGCTAAACTAATTCAAATAATTATGACGATTTGAATAATT
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * * *
406364 ATCTACTTT-AAATCATTATGATATTTTGTTATGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCA-AGTAAG
1 ATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATA-CAAG
* * *** * *
406427 TTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTACAAATTAATAAG--AGA-A-TTAA
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
406487 AAAGTAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAATAATT
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
406541 ATTTATTTCAAATCGTTGTGA-CTATTTGTTTTGTCATAACACAATTATTTCTATTCATA-TAGT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG-
*** * * * *
406604 CTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAATAGACTTAA
63 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * *** * * * *
406668 AAAATGAATCTG-TTAGCTTGACCAGCGCAAATAG-AAAGA-T-TTT-AATTAGT
127 AAAATAAATCTGTTTA-C-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
406718 -TGTA--TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATTACAAAACAATTATTTCTATTCGTACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
* * ** * * * * *
406780 TAATT-GAAATAACATAATTTTAATTTATTAAAATT-TTGAAAGTTAATAAGTAATAAATTTAAA
65 T-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *** * * *
406843 AACTGAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAGAATT
128 AAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* ** * * * *
406896 ATTTATTTCAAATCGCTGTAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCT
*
406961 TATTTCAAAAAAACAATAA
65 TA-TTCAAAATAA-AATAA
406980 GCAAAAGATT
Statistics
Matches: 13899, Mismatches: 3391, Indels: 2547
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
157 13 0.00
158 23 0.00
159 101 0.01
160 10 0.00
162 12 0.00
163 80 0.01
164 24 0.00
165 35 0.00
166 112 0.01
167 136 0.01
168 99 0.01
169 135 0.01
170 195 0.01
171 203 0.01
172 213 0.02
173 325 0.02
174 437 0.03
175 637 0.05
176 675 0.05
177 783 0.06
178 508 0.04
179 944 0.07
180 2348 0.17
181 3446 0.25
182 1025 0.07
183 356 0.03
184 183 0.01
185 34 0.00
186 23 0.00
187 26 0.00
188 22 0.00
189 34 0.00
190 24 0.00
191 21 0.00
192 55 0.00
193 42 0.00
194 21 0.00
195 17 0.00
196 25 0.00
197 20 0.00
198 34 0.00
199 56 0.00
200 40 0.00
201 42 0.00
202 23 0.00
203 23 0.00
204 19 0.00
205 26 0.00
206 11 0.00
207 6 0.00
208 7 0.00
209 13 0.00
210 50 0.00
211 69 0.00
212 34 0.00
213 7 0.00
214 2 0.00
215 1 0.00
217 1 0.00
218 1 0.00
221 7 0.00
224 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
Found at i:389898 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 389836--389900 Score: 85
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
389826 TCAAAGACTT
* *
389836 ATAACTATTTCAATAATTATCTGCTTCAAATCTC
1 ATAACTATCTCAATAATTATCTACTTCAAATCTC
* * *
389870 ATAACTATCTGAATAATTTTCTATTTCAAAT
1 ATAACTATCTCAATAATTATCTACTTCAAAT
389901 TATTATAACC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 26 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (34 bp):
ATAACTATCTCAATAATTATCTACTTCAAATCTC
Found at i:390577 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 390269--390593 Score: 370
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
390259 ACCTTTTGTT
* * *
390269 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATCA
** * *
390334 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATAAAATTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATC
66 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAATTATTTACCAAGCAAGTTCAAATA
* * *
390399 GTTATGACTATTTGAATAATGATTTATTTCAAC
131 GTCATGACCATTTGAATAATGATCTATTTCAAC
* * ** * *
390432 TTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCA
1 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATCA
* ** * * *
390497 ATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTGAA-CAAGTTTAA
66 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAAT-TATTTAC-CAAGCAAGTTCAA
* *
390559 GTAGTCAT-ATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAA
128 ATAGTCATGA-CCATTTGAATAATGATCTATTTCAA
390594 ATTGCTATGA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 24, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 8 0.06
163 124 0.93
164 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (163 bp):
TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATCA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAATTATTTACCAAGCAAGTTCAAATA
GTCATGACCATTTGAATAATGATCTATTTCAAC
Found at i:392989 original size:541 final size:531
Alignment explanation
Indices: 391957--393199 Score: 1252
Period size: 541 Copynumber: 2.3 Consensus size: 531
391947 AAGAGCTTTA
* *
391957 AAAAACAAATCTGTTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
1 AAAAACAAATCTGCTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
392022 AATTATTATAACCTGTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATACGCAAT
66 AATTATTATAACCTGTTATTCTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAGCTTATACGCAAT
* * ** *
392087 AAAATATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATTTGTCGAAC
131 AAAATATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAAAGTAAAAAATTTGTCAAAC
* * * * * * *
392152 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGGATAATTATTTATTTCAAATTGTTAAGATATTTTGTTTTG
196 TAATTCAAATACTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAATATTAAGATATTTAGTTTTG
* * *
392217 TCATAAAATAATTATTTCGGCTCACACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAATTAATTTATTAATTT
261 TCATAAAATAATTATTTCGGCTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAACTAATTTAATAATTT
* * * *
392282 TCAAAAATTTATTAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAATTTT
326 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAAGTTA
** * * *
392347 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATTACTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
391 AACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACTTTATGTTTAGTCATAAAAAAATTGTT
** * * *
392412 TTTGTTAACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATC
456 TCAGTTAACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGA-AAAATTAATC
392476 AGTAAGTGATTT
520 AGTAAGTGATTT
* * *
392488 AAAAACTAAATCTGCTTACCAAACCA-TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
1 AAAAAC-AAATCTGCTTACCAAACCAGTTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * ** *
392552 CAAATTGTTATAAGCTTTTATTTTATTATCAAACAATTGGTTTTGTTCATACTA-CTTTATTTGG
64 CAAATTATTATAACCTGTTATTCTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAGC-TTATACGC
* * * *
392616 AATAAAATAATCCTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAACTAGGAAAAGTAAAAAATAAATC
128 AATAAAAT-ATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAAAGTAAAAAAT---T-
* * *
392681 TAATTGCTAAACTAATTCAAATACTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAATATTATGA
188 T--GT-C-AAACTAATTCAAATACTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAATATTAAGA
* * * ** * *
392746 TATTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTCAGATTAGAATAATACT
249 TATTTAGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGGCTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-ACT
* * * * **
392810 AATTTAATCATATTT-AGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATT-TGTTTATTGAATT
313 AATTTAATAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTATTAAACC
* * ** *
392873 AGTTTAAAT-GGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCCTTCTGACCTTT-TGTTTA
376 AGTTCAAATAAGTTAA-ACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGA-CTTTATGTTTA
* * * * *
392936 GTTATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
439 GTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
* * **
393001 ATTTGAAAAATTAA-AAGGAAAGAAATTTT
504 ATTTGAAAAATTAATCA-GTAAGTGA-TTT
* ** * ** * * * * * *
393030 AAAAAATAAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTCAACAATTGTCTATTTA
1 -AAAAACAAATCTGCTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
393095 AAATCATTATAACCTTTTGATT-TACCATAAAACAATT-GTTTCAG-TCAATACAAACTTATACG
65 AAATTATTATAACCTGTT-ATTCTATCATAAAACAATTGGTTT-TGTTC-ATACAAGCTTATACG
* * *
393157 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-TAAATTAATAA
127 CAATAAAAT-ATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA
393200 GAAATTTGAA
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 110, Indels: 43
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
531 10 0.02
532 105 0.18
533 43 0.07
536 1 0.00
537 1 0.00
539 1 0.00
540 29 0.05
541 242 0.42
542 128 0.22
543 15 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
AAAAACAAATCTGCTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATTATTATAACCTGTTATTCTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAGCTTATACGCAAT
AAAATATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAAAGTAAAAAATTTGTCAAAC
TAATTCAAATACTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAATATTAAGATATTTAGTTTTG
TCATAAAATAATTATTTCGGCTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAACTAATTTAATAATTT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAAGTTA
AACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACTTTATGTTTAGTCATAAAAAAATTGTT
TCAGTTAACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATCA
GTAAGTGATTT
Found at i:393843 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 393746--393874 Score: 213
Period size: 62 Copynumber: 2.1 Consensus size: 62
393736 AAAGATTTGA
* *
393746 AAAATATATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATCACTATCTGAATAATTATTTATTT
1 AAAATAAATATGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATCACTATCTGAATAATTATTTATTT
* * *
393808 AAAATAAATATGCTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
1 AAAATAAATATGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATCACTATCTGAATAATTATTTATTT
393870 AAAAT
1 AAAAT
393875 CATCATGACT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 62 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (62 bp):
AAAATAAATATGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATCACTATCTGAATAATTATTTATTT
Found at i:394766 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 394743--394779 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
394733 TATGTTCACC
394743 TAACTAGTTCAATAATTA
1 TAACTAGTTCAATAATTA
* *
394761 TAACTATTTGAATAATTA
1 TAACTAGTTCAATAATTA
394779 T
1 T
394780 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
TAACTAGTTCAATAATTA
Found at i:394785 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 394753--394785 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
394743 TAACTAGTTC
394753 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
394771 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
394786 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:395325 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 395304--395336 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
395294 ATAATTATGA
395304 TTATTTG-AATTGTTAT
1 TTATTTGAAATTGTTAT
395320 TTATTTGAAATTGTTAT
1 TTATTTGAAATTGTTAT
395337 AACCTTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.44
17 9 0.56
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.12, T:0.61
Consensus pattern (17 bp):
TTATTTGAAATTGTTAT
Found at i:395947 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 395931--395957 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 2.5 Consensus size: 11
395921 AATATTTCAA
395931 AAATTAAAAAT
1 AAATTAAAAAT
395942 AAATTAAAAAT
1 AAATTAAAAAT
395953 AAATT
1 AAATT
395958 TGTTTTCTAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 16 1.00
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (11 bp):
AAATTAAAAAT
Done.