Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * * ** * * *
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* * * * *
396465 ATTAATGAG-CAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATTGTTAAGACTA
252 ATTAATAAGTTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA
** * *
396529 TTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACTTTTTGTT
315 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * * *
396570 TAGTCATAAAATAATTTTTAGTTCATATATGCTTATTCAAAATAACATAATACTAATTTATTAAG
1 TTGTCATAAAATAATTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
* * * * *
396635 CATTCAAAAAATTAATAAATAACAAATTTTAAAAAATAACTTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATA
65 TATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
396700 GTCATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTAGAACAAATATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
128 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AAC-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * *
396765 TTGTTTCAATTCATTA-AAGCTTATCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
191 TTGTTTCTGTTCA-TACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * *
396829 TGATAAGTTAAAGATTTAAAAATAAGT-TAGTTTATTGAA-TTGATTCAAATAATTATGGCCATT
254 TAATAAGTTAAAGATTTAAAAATAAATCT-GTTTACTAAACTAG-TTCAAATAGTTAAGACTATT
*
396892 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTTGTT
317 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTTGTT
* ** * * * * *
396932 TTGTTAT-AAATAATGGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAAGAATATTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAATAAT--TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * *
396996 ATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGGCCATTTAAAAAATAAATCTATTTACT--A-AA---C---T
64 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *** * * * * * *
397051 AG-T-T-CCTACTTGAACAATTATTTATTTTCAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATA
127 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT-AAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * *
397113 ATTGTTTCAGTTCATATGAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTC------
190 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
397171 TAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAAAGC-AGTTCAAACAATTAAGACTATA
254 TAATAAGTTAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
** * * * * *
397231 CAAAAAATTATCTATTTACTGAAA-AG-TATGGCCTTTGGTT
317 TGAACAATTATCTATTT-C--AAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * ** * * *
397271 TGGTCATATAACAATTGTTTTTTATCATTCAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAATAATT-TTTAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
397336 ATCTTTCAAAAATTAATACGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAGCTAGTTCAAA
64 AT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAA
* * ** * * * * * * *
397399 TA--TATGACTATGTGAACAATTGTAAACTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTCTATCATAAAAG
126 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-
* * * * * * *
397462 CAATTATATT-TGTTCATATAAACTTATGTCGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAA
188 CAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
397526 AATTAATAA-TTAAGAGAATTAAAAA-AAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCGAAA-ATTTAAGACT
251 AATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTC-AAATAGTTAAGACT
* * *
397588 ATATGAATACTTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
314 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * *
397630 TTGTCATATAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTCG-AATAAAATAA-AATGAATTT
1 TTGTCATAAAATAA---TTTTT-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTT
* * *
397693 ATTAATTATTCAAGAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACTAGT
60 ATTAA-TATTCAA-AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACAAGT
* * * * *
397754 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAC
121 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * **
397819 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAAAATAAAGTAATACTAATCCATTAATATTTC
184 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
397884 AAAAATTAAT-A---AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA-TGAGTTCAAATATTTAA
248 AAAAATTAATAAGTTAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-AAACT-AGTTCAAATAGTTAA
*
397943 GACTATTTGAGA-AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT-TT
310 GACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * * *
397988 CTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTTTTA
1 TTGTCATAAAATAATT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
398053 ATATTTTAAAAATTAAT-ATTAAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTA-TATCAAA
64 ATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGT-TCAAA
* * * * * * * *
398116 TAGTCATGACTATTTGAATAAGTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAA
126 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * *
398181 AATTATTTCAGTTTATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAAAACTAAGTTACTAATATTACAAAAA
189 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
398246 TGAATAA-TCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTTCCAAACAAGTTTAAAT-GATTATGACTA
253 TTAATAAGTTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAG-TTAAGACTA
* * * * *
398309 TTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTT
315 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * *
398350 TTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATT
1 TTGTCATAAAAT-AATTTTT-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
398414 AATATT-AAGACAATTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAATTCA
63 AATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCA
* * ** * * * *
398476 AATA-TTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTATTTTCTTATAA
124 AATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
398540 AATAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAGTTTATTACTATTTCAA
186 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
398605 CAATTAATAAGTGAAA-ATTTTTTTAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCAAGA
250 AAATTAATAAGTTAAAGA---TTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * *
398669 CTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTTTATT
312 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * *
398713 TTTTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAATAATT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * * * ** * *
398778 ATATTACAAAAATTAATGGGCAAGGGAA-TTAAGAAATGAATTTATTTACCAAACATGTTTAAAT
64 ATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
398842 AGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAAACATTATGA-CATTTTATTTTGCCATAAAAC
127 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT--AAACATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
398906 AATTGGTTCTATCCATGCAAGCTTATTTTGAGTAAAATAATA-TAAATTTATTAGTATTTCAAAA
189 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * ** * *
398970 ATTAATAAG-GAAAAATTTTTAAAATAAATATGCTTTTTGTACAC-A-TTCAAATAGTTATGACT
252 ATTAATAAGTTAAAGA-TTTAAAAATAAATCTG--TTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
* ** * *
399032 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT
314 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* ** * *
399074 TTGTTATAAACCAATTAGTTCTA-TTCATAAAAGCTTA-TCGAAATAAAATAATACTAATTCATT
1 TTGTCATAAAATAATT--TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * ****
399137 AAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATATATTTGTTTACTGTGTGAGTTCAAAT
63 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
399202 AGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATA
127 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
399267 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAA
190 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * * * * * * *
399331 TTAATAAGTTGAAGATTTTAAAAATAAATATATTCA-TCGAACAAGTTCAAATGGTCATA-TCCA
253 TTAATAAGTTAAAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTA
* * * *
399394 TTTGAACTATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTATT
315 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * ** * *
399435 TTGTCATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATGCAAAATTTTTC-AAA-ATAA-AATACTAATTTATT
1 TTGTCATAAAATAATT--TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
399496 AATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAAAT
63 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
399557 AGTTATGATTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACA
127 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * *
399621 ATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTCA-AAGTAAAATATTGCTAAATGAATAATA-TTCTAAAA
190 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * * * *
399684 ATTAATAAG-TAAGATATTTAAAAATTAAATATGTTT-GTCGAACCAATTTAAATAGTTAAGACT
252 ATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * ** * * *
399747 CTTAGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTCTGACTTTTT-TT
314 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
** * *
399788 TAT-TCATAAAATAAAATTTTTTAGTTTGTACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTAT
1 T-TGTCATAAAAT--AA-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * *** *
399852 CAACATTTAGAAAATTAATAACCAAAAAATTTAAAAAATAAATCCATTTA-TCGAACAAGTTCCA
62 TAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAA
* * *
399916 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAA-ATAAATATGATCTTTTGTTTTATCAAAAA
125 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAACAT---TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
399980 ACAATTGTTCCAGTTCATA-ACAGCTTATCTAAAATAAAATAATA-TTATCTTATTAATATTT-T
187 ACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCA
** * * * * * * * *
400042 AAAATTGTTAAATTAAAGATTTAAAAAAAAAAGTCAGTTTA-TCGAATTGGTTCAAATAATTATG
249 AAAATTAATAAGTTAAAGATTT-AAAAATAAA-TCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAG
* * * * * **
400106 GCTACTTGAACTATTATCTATTACAAATTGATATGAAC-TTTTCCT
311 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTTGTT
* * * *** * * * *
400151 TTATCATTAAACAATTGTCTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAATAATT-T-TTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** *
400216 ACATTTCAAAAATTAAT---TAGGAGATTT--AAAA-AAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATA
64 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* *
400275 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACA
128 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA-CATTATGATCTTTTGTTTTG-TCATAAAACA
* * * * * * * *
400339 ATTGGTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTCTTAATATTTCCAAAAT
190 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * ** *
400404 CAATAAG--CAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAGAGAAATTCAAATAGTTAAGACTAT
254 TAATAAGTTAAAGA-TTT--AAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* *
400467 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTT
316 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * * * **
400507 CTATCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAATAAT--TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
400572 ATATTTCAAAAATTAAT-A-T--GTAATTTAAAAAGTGACTCTATTTA-TCGAATCAA-TTCAAA
64 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAA
* * * * * *
400631 TAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTT---CA--A--ATCATTT-TTTGGTCATATAACAA
126 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
400688 TT-TTT-TTTTACCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA
191 TTGTTTCTGTT--CATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
400751 TTAATAAG----AGATTTAAAAATAAATTTGTTCACCAAAATAGTTTAAATAGTTATA-ACTATT
253 TTAATAAGTTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATT
* * * * * **
400811 TGAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACCATTTGTT
317 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * * *
400850 CTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CATAATCTAA
1 TTGTCATAAAATAA-T-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-TAATTTAT
* * ** *
400913 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAA
62 TAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAA
* * * ** * *
400977 ATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
125 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * ** * * * **
401042 CAAAAT-TTTCAATTTATACTTGCTTATTCAAAATATAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTGA
188 C-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * *
401105 AAATTAATAAG-TAAGAGATTTGAAAAATAATTTTCTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATA-C
250 AAATTAATAAGTTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGA
** * * *
401168 CTATTTGAATTATTATCTATTTCCAATTGTTATTACTTTTTATT
312 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * * * * * *
401212 TT-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATATATTA
1 TTGTCATAAAATAA-T-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *** * * *
401276 ATATTTAGAAAACTAATCA-TAGGAGATTTAAAAAGTAAATCTAACTAC-CAAGCCATTTCAAAT
64 ATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * ** * * * *
401339 AGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACATTTTATTTTGTCATCAAAT
127 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA-CATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** * * * * * *
401403 AATTGGTTCTGTTCATTCTATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAAATAAATAATATTCCAAAAC
189 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* *** * * * * * * *
401468 CTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-C-GAACCAATTCAAATAATTAAGACTA
253 TTAATAA-GTTAAAGATTTAAAAATAAATCT-GTT-TACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* ** * *
401531 TATCTACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTT
315 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
** * * * * * * * * *
401572 TTGTTGTAAAACAATTTTTTTGGTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTAATTTAATAA
1 TTGTCATAAAATAA-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
401637 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAA-TTCAAAT-
65 TA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATA
* * ** * *
401700 GTTAAGACTATTAGAA-AATT-TACTATTTAAATCATT-T-AAATTTTG-TTAGTTATAAAACAA
128 GTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTAAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * **
401760 TTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTATAATAAATTATTACTAATTCA-TAAT-TATTCAATTGA
191 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAA-AAA
* ** * **
401822 TTAATAAG--AAATTTGATTTAAAAAT-AATATAATT--TAAACAAGTTTCAAATAG-TATTA-T
253 TTAATAAGTTAAA---GATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAG-TTCAAATAGTTAAGACT
* * ** **
401880 -TTTTAATAA-TATCT-TTAT-AAATCATTAT-A--TTTT-AA
314 ATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * ** * * *
401915 TTGTCAAAAATATAATTGATTTCAATAAACATAAGCTTA---G--ATAAATATAATACTGATTTA
1 TTGTCATAAA-ATAATT--TTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA-ATAATACTAATTTA
* ** * * * * * * *
401975 TAAATATTTCTTAAATTAATAATTAAAAAATTTTAAAAATAAA-TTGTTCACTAAATTAA-TTAA
61 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCA
* * * * * *
402038 AATAATTAT--TTATTCG-A-ATTTAAAACTATTT-AA-ATGTATGA-CAATATTGTTTTGTCAT
124 AATAGTTATGACTATTTGAACAATT--ATCTATTTAAACAT-TATGATC--TTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
402096 AAAATAATTGTTT-TGATAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC
184 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
402160 AAAAATTAATAA-ATAACGGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTA-TTTAAATAGTTATA-
248 AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AG
* * * * * * * *
402222 ACTATTTGAGCAATTATCAATCTCCAATTGTTA-AAATCTCTGTT
311 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* * * * * * ** *
402266 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAAT
1 TTGTCATAAAATAATT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATT
*
402330 AATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAA-TTCAAA
63 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAA
* ** * * * * *
402390 TAGTAAAAACTATTAG-ACTAATTATCCATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
126 TAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTT-AAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * **
402454 -TA-TGTTTCAT-ATCCTATAAGCTTATTCATAATAAAATAATCCAAATTTATTACCA-TTCAAA
188 CAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
** * * * *
402515 ATATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTT-GTAGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
251 A-ATTAATAAGTTAAAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTA-AACTAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * *
402579 CTATTTGAGCAACTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTT
312 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
** * *
402623 TTAACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATTA-AAGCTTA-TCGAAAATAAAATAATACTAATTTCT
1 TTGTCATAAAATAA-T-TTTTAGTTCA-TACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** *
402686 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAAATAAAATTGTTTACCAAACAAATTCAA
62 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAA
* * *
402750 ATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAGTCTATTTAAAATCGTTATGA-CTTTTTATTTTGTCATAT
125 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTT-AAA-CATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * * *
402813 AATAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACCAATTTATTAATATTCCAA
186 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
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* ** * *
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* * * ** *
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1 TTGTCATAAAATAATT-TTTAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * ** * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * ** **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * **
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* * ** * ** * * * *
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* **
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* * * *
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* ** ** *
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* * * ** *
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* * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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Consensus pattern (30 bp):
AATTTGTTTGTCAAACCGATTTAAATAGTT
Found at i:405464 original size:178 final size:180
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Indices: 403316--406579 Score: 1149
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403306 CTATATAAAC
* * * * *
403316 AATTATTTATTTCAAATCACTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCA-ATCATAC
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* * ** * * ** * * *
403379 TAGCTTATTTGAAATAAAACAA-ACTAACTTTGTTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
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* * * * * * * **
403442 TTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAAC
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** * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATA
* ** ** * ** * * * *
403559 TAAATTTGTTCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAA--GAG--GT
63 CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAAT
* * * * * *
403619 TTAAAAAATAAATCA--TTTATCTAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAGT
127 TAAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* ** * * *
403672 AATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTCATTA-T-AAAATAATAA-T-TTCTA-TTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTAGTCATAA-AATAATTGTTTTAGTTCATACA
* *** * * * * * * * * *
403731 AGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AACAACTAATAAGTAAAAAATTT
65 AGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTA
* * * * *
403795 TAAAAATAAATATGTTT-CTCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
129 AAAAAATAAATATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * * ** * *
403847 AATTACCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA-AAAAAAAAAG--GT-G-ACAT--A
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
* * * * * * ** *
403905 AGCTTATTCAAAGTAAAACAATACTAAGTTATTAATATTC-TGAAATTAATAACT---AAATGAT
65 AGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAAT--T
** * * * * * **
403966 ATAAAAAATGGATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATA-ATATGACTATTTGAAC
128 A-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * * * * *
404019 AATTAT-TATTTTGAAATTAGTATAAAT-TTT-TTT-GACATAAAATAATT-TTTTTGTTCATAC
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTAT-GATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
* * * * * * *
404079 ATGCTTACTTC-GAATAAAATATTA-TAAATTTATTAACATT-AAGACAATTAATAAGT-AAAAA
64 AAGC-TAATTCAAAATAAAATAATACTAAA-TTACTAACATTCAA-AAAATTAATAAGTGAGAAA
* ** * * **
404140 TTTAAAAAACTAAAGCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAAC
126 -TTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * ** * * * * *
404196 AATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCTTG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA
* ** * * * * * *** * * *
404259 CAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTTAAAAATT
63 CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATT
** * * * * *
404324 TTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
128 AAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * * * * * * * * *
404377 AATTATCTATTGCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAACAAAACAATTGTTTGAGCTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
** ** * * * *
404442 AGCTTCTTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-AGAGTAAGAGAAT
65 AGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACA-TTCAAAAAATTAATA-AGTGAGA-AAT
* * * * * * ** * * * **
404505 TAAAAAAAATGACTTTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAATTACAAGTATCTAAAA
127 T-AAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * *
404560 AATTATCTATTTCATAA-CATTATGATGTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGGTTTTA-TTAAT
1 AATTATCTATTTCA-AATCATTATGAT-CTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCAT
* * *** * * * * *
404622 GCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAGATGTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAA
62 ACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAAT-TACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAA
* * * * * * * **
404685 TTAAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAATTATGACTATTTCAAC
126 TTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * **
404740 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTTGTTTT-GTTCA-AG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTAGTCATAAAATAA-TTGTTTTAGTTCATA-
* ** * * * * * *
404803 CCAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAATAGAT
63 -CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAAT
* * * * * *
404866 TAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACGCA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAT
127 TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * * *
404920 AGTTATTTATTTCAAGTCATTATGGTAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-G-ATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA
* * * * * * * ** * *
404983 CAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGTTGA-AGAT
63 CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAG-TGAGAAAT
** * * * * * * * * *
405047 TTTAAAAATTAATTTATTTATCGAACAAGTTGAAATAGTCA-GGCGTATTTGAACT
127 TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTG-AGT
* * * * *
405102 -ATTATCTATTTTAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTCTA-TTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTAGTCAT-AAAATAATTGTTT-TAGTTCAT
** * * * * * ** *
405164 ACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTC-AAAAATTAAT-A---AGACA
62 ACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAA
* * * * * * * *
405224 TTTAAAAACTAATTCTTTTTACCGAATCAA-TACAAATAGTTATGACTATTTGAGC
126 TTAAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * * *
405279 AATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCTTAAAACT-TTTGTTTCT-GTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTAGTCATAAAA-TAATTGTTT-TAGTTCATAC
* * * * * * * *
405342 AAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-ATG-GATC
64 AAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGA-GAAAT-
* * * ** *
405405 T-AAAAAATAAATGTGTTTGCTAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAGT
127 TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
*
405457 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAGCAT-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-G-ATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
* * *
405521 ATGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTA
64 AAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATT-
405586 AAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-GAT
128 AAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAG-T
* * * * * * *
405639 ATTTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTA-TCACAAAATAATTGTTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TCTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA
* * * * ** * * ** * * *
405703 AAAGCTTA-TCCAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATT
63 CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATT
* ** ** * * * * *
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128 AAAAAAATAAATAT-GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * * * * *** *
405819 AATTATCTATTTCCAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTTTCATCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
*** ** * * * * * * * *
405884 AGCCT-ATTTGGAAT-AAATAATTTTAATTTATTAATATTTAAATAATTAATAAGTAAGAGATTT
65 AG-CTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTA
* * * * * **
405947 AAGAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGTTCAAACATTTATGATTATTTGAAC
129 AAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
** ** * * * * *
405999 AATTATAAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCTTAAAACAATTATTTTTA-TTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTT-TAGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATA
* * * * * * * *
406062 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAT
63 CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAAT-TACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAAT
* * * * * * * * * *
406126 TTAAAAAAT-AATTTTTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTA-AAGTTATATG-GAC
127 TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAG-T
* * * *
406179 AATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCTTA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATA
* *** * * * *
406242 CTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATCAGT-AGGA
63 C-AAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAA-TTACTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTGA-GA
* * * * * * * * *
406303 GATTTAAAAAATAATTCTGTTTGCTAAACTAA-TTCAAATAATTATGACGATTTGAAT
124 AATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * *
406360 AATTATCTACTTT-AAATCATTATGATATTT-TGTTATGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCA-A
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTA-GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA
* * ** *** * * * * ** *
406422 GTAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTACAAATTAATAA--GAG-AAT
63 -CAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAAT
* * * * * * * * *
406484 T-AAAAAGTAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAAT
127 TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
* * * * *
406537 AATTATTTATTTCAAATCGTTGTGACTATTTGTTTTGTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTAGTCATAA
406580 CACAATTATT
Statistics
Matches: 2402, Mismatches: 514, Indels: 339
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 61 0.03
171 6 0.00
172 39 0.02
173 47 0.02
174 54 0.02
175 77 0.03
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184 15 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAA
GCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTAAA
AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGT
Found at i:408080 original size:365 final size:353
Alignment explanation
Indices: 407204--412099 Score: 1230
Period size: 361 Copynumber: 13.5 Consensus size: 353
407194 AAACAAGTTC
* * * ** * ** * *
407204 AAATCATTATGACATTTTGTTTCGTCGTAAAACAGTTGTATCGGCTCATGTAGGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTAGTTCATACAAGCTTATT-GAAA
* * * * * * *
407269 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGACTAATAGACTCAAAAAATAAATCTA
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TA
** * * * * * * * *
407334 TTTACCGTACAAGTTTAAATAGTTATGACTAATTGATCAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC
128 TTTTTCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
* * * * *
407399 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATA
192 -TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATT
** * * * *
407462 AATTTATTAATATTCCAAAAATTACTAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA
255 AATTTATTAATATTAAAAAAATTA-T-AGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAAA-AAA
* *
407527 TTCAAATA-ATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTC
317 TTCAAATAGA-TAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * *
407565 AAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAA
1 AAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA-GTTCATACAAGCTTATT-GAA
*
407629 ATAAAATAA-AGCTAATTTATTAATA-ATCCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
63 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATAT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
407692 CTA-TTTACCAAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATCTCAAATCTTTAT
126 -TATTTTTCGAA-CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
407756 GATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTATTTTAGTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAA
188 GATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTT-GTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* *
407821 TATTAATTTATTAACAGTAAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTCGA
251 TATTAATTTATTAATATTAAAAAAATT-ATA-G-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGA
* *
407886 AAAAACTCAAATAGATATGACCATTTGAACAATTATCTATTTA
312 AAAAATTCAAATAGATAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * ** *
407929 AAATCATTATGACGTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTTAGTTCTTAAAAATTTATATGAC
1 AAATCATTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTAGTTCATACAAGCTTAT-TGAA
* * * *
407994 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATATCAAAAATTATTAA-TCAAGAGATTTAAAAACTAAAAT
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAAT-AAAT
** * * *
408058 TATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTACAATTATTTAAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATG
126 TATTTTTCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATCTCAAATCATTATG
* * *
408122 ATCTTTATTTTGTCATAAAA-AATT-TTTTTTGATCATACGAGCTTA-TTCAGATAAAAGTAATA
189 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAA-TAATA
* * ** * * * **
408184 CTAATTTAATAATATTTTAAGAA-T-TAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATATGTTTGTTGAATTA
253 TTAATTTATTAATATTAAAAAAATTATAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAAAAA
* * * * * *
408247 GTTCAAATGGTTAATACTATTAGAATAATTATAC-ATTTG
316 ATTCAAATAGAT-ATACTATTTGAACAATTAT-CTATTTA
* * * * *
408286 AAATCATTGT-ATCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTA-TTGAA
*
408350 ATAAAATAATACTAATTTATTAACAT-TCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAAT
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATATC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * *
408414 TTTTTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACGATTATCTATTTAAAATCATTATA
126 TATTTT-TCGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
* * * *** ** ** *** *
408479 AACTTTTTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAATTCATAAAAATTTATCAAAAATAAAATAATAC
189 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* ** * * * *
408543 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATATCA-GTTTGCCAAAT
254 TAATTTATTAATATTAAAAAAATT-AT-AG-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTTCGAAA-
* * * ** * *
408607 TAGTTCAAA-AAATTATGGTCGTTTGAACAATTATCTATTTC
314 AAATTCAAATAGA-TATACT-ATTTGAACAATTATCTATTTA
* ** * ** * *
408648 AAGTTGTTAAT-ACCTTTCATTTTATCATAAAACAATTGTTT--TTCA-ACATAAAGGCATATTT
1 AAATCATT-ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCATAC---AA-GCTTA-TT
** * * * * * * ** *
408709 GAAATAAAATTGTTATTACCTTTCATT-TTGTCATTAGACAATTGTTTTTCTACA-TACAAGCTT
60 GAAATAAAA-TAATACTA-ATTT-ATTAATAT-ATCA-A-AA----ATTAATA-AGTAAAAG---
* * * * ** * *
408772 ATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATT--AATATTTTAAGA-A-TTAGTGAGAGATTTAAAAAA
111 ATTT--AA-AAAATAA-ATTA-TTT-TTCGAACAATTCAA-ATAGTTA-TGA-CTATTTGAACAA
* * * * * * * * * ** *
408833 TAAATTTGTTTATTAAACCAATTCA-AATAGTTATGACTATT-T-A-AATAATTATCTATTTTAA
167 T---TATCTATCTCAAATC-ATT-ATGAT-CTT-T-A-TTTTGTCATAA-AACAAT-TGTTTT--
* * ** * * * ****
408894 ATTGTT-ATA-G-CCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATT--TCTATTCATA-CAAGTTTATT-
219 -TTGTTCATACGAGC--TTATT-TGAAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTAAAAAAATTA
* * ** * * * * * * * * * ** **
408952 CAGAATA-ACATAATACTAATTTAATA-ATATTCTGAAAACTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
279 TAGAAGAGATTTAA-A--AAATAAATATGTTTTC-GAAAA--AAT-TCAAATAGATATACTATTT
* * * *
409015 AAATCCAATTACCGAACCAGTTCA
337 GAA--CAATT----ATCTA-TTTA
* * * * * **
409039 ATAA-GACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA
1 A-AATCA-T-TATG-AC-ATTTTGT-TTTG---TCA-TA-AAACAATTG-------------T--
* * * * * * *
409103 TTATTTCAGCTCAAACAAGTTTATTTGGAATAAAA-AA-ACTAATTTGTTAATATTTTAAAATTT
40 TTAGTTCA--T---ACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATT
* * * * * *
409166 TATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTG
99 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATTATTTTTCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * **
409231 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTTAATTCA
162 AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCA
** * * * * *
409295 TATAAGTTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCTGTAAGAGA
226 TACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAAATT-AT-AG-AAGAGA
** ** * * * * * * *
409360 TTT-AAAGGTAAATCCGTTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAGAA-TA-C-AT
288 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAAA-AAATTCAAATAGATAT-ACTATTTGAACAATTATCTAT
409421 TGT-
351 T-TA
* * * * * * * **
409424 ---T-A-TA--ACCTTTTATTTTTTCATCAAACAGTTGTTTTTGTTCATACTATTTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATT-GAAA
* * *
409482 TAAAATAATACTAATTTAATAATAT-TCCAAAACTTAATAA-TCAAGAA-AATTAAAAAATAAAT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATAT-CAAAAATTAATAAGT-AA-AAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * ** * ** * * **
409544 CGAATTGACAAACCAGTTTAAATAGTT-TGGACTAGATGCATGATTATCAATTTCAAATTGTTAT
126 -TATTTTTCGAA-CAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
* * ** * * *
409608 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTTGTTTGTACAAGCTTATTTTAATTAAAATAAT
188 GATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
** * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
409736 CTAGTTCATATGGTTAAAATTATTAGAACAATTATTTGTTTC
314 -AAATTCAAATAGAT-ATACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * *
409778 AAATCATTATAACAATTTGTTTAGTAATAAAACAATTGTTGCAGTTCATACAAGCATATTCAAAA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAA
* * * **
409843 TAAATTAATAATAATTTATTAACAT-TTGAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAAT-
** * * * * * *
409906 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGA
126 TATTTTTCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA
* * * ** * * *** *
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190 TC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* *** * * * * * *
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254 TAATTTATTAATATTAAAAAAATTATAGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAAA-AAA
* ** ** * *
410098 TTAAAATA-ATTATGGTCATTCAAACAATTATTTATTTC
317 TTCAAATAGA-TATACT-ATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * ** *
410136 AAATCATTATGACATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTGATCATATAAATTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATT-GAA
*
410201 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATAT
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T
** * ** * * *
410262 ATTTACCGAACCAGTTTGAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTATGAT
127 ATTTTTCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT
* * * * ** *
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* ** * * **
410388 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACT
254 TAATTTATTAATATTAAAAAAATT--ATAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAAAA
* * * * * *
410453 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTC
315 AATTCAAATAGAT-ATACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * * *
410493 AAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTATCA-TATCATACAAGCTTATTCAGA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTAGT-TCATACAAGCTTATTGA-A
* * * * * * * *
410557 ATAAAATACTCCTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAAATAAA
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT---AAAAAATAAA
** * * * ** * * * *
410622 TCTATTTACCAAATAAGCTCAAATTCTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTATTTAAAATCTTTA
125 T-TATTTTTCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATCTCAAATCATTA
* * * * ** ** **
410686 TGACTTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAAT-TT-ATAAAAAG-TTA--T-CCA-AAAAT
187 TGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTGTTCAT-ACGAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** **
410744 AAGACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAATATGTTTT
249 AATATTAATTTATTAATATTAAAAAAATT-ATA-G-AAGAGATTT-AAAAAAT-AAATATGTTTT
* * * * *
410809 CTGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATT-GCATATATA
309 C-GAAAAAATTCAAATAGATA-TACTATTTGAACAATTATC-TATTTA
* * *
410856 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATCTGAAA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTAT-TGAAA
* * *** *
410921 TAAAATAATAATAATTTTTTAATAGCCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAATGAATCT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-T
* * * * * *
410982 A-TTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
127 ATTTTTC-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG-
* * * ** * * *
411046 ATTTTTGTTTTGTCGTAAAACAA-T-TTTTTTCATCACACAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATA
189 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA
* ** * *
411108 CT-ATTTGATTAATATTTTAAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TG-TTT---AC
253 TTAATTT-ATTAATATTAAAAAAATT-ATA-G-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAAA
* * * * * * *
411167 CAA-GC---TAG-T-TTCTATTTGAATAATTACCCATTTC
314 AAATTCAAATAGATATACTATTTGAACAATTATCTATTTA
** * * * * * * * * * ** * *
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1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTG-AAA
* * * * * *
411266 TAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGACATTTAAAAAATAAA-TAT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAT
* * * * ** * * *
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129 -TTTTC-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT
* *** ** * ** *
411394 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
191 C--TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * *** * * * * * * ** *
411458 CATTTTGTTAATATTTTTAAAATTA-ATAAGTGACTTAAAAAGTAAATCTGTTTACTGAATCATT
254 TAATTTATTAATATTAAAAAAATTATAGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAAAAAAT
* * * **
411522 TCAAATA-ATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTCC
318 TCAAATAGA-TAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * *
411559 AAATCATTATTACCTTTT-TTTTGGTCATATGAAAAATATTTTTTA--TCATTCAAGCTTATTTA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTT-GTCATA--AAACA-ATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTGA
* *
411621 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
62 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
411682 CTA-TTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTGAACAATTGTATACTTCAA
126 -TATTTTTC-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-----A-TCTAT-C-TCAA
** * * * * * * * *
411746 ATTGTTATAACTCTTTGTTCTATCATAAATCAATT-ATTTTTGTTCATACCAGCTTATTTGGAAT
180 ATCATTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACGAGCTTATTTGAAAT
* ** * ** * * *
411810 AAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGT
244 AAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAAAATT-AT-A-GAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * ** * * * *
411874 TTGCCAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCCATTTCA
306 TTTCGAAA-AAATTCAAATAGAT-ATACTATTTGAACAATTATCTATTT-A
* * * * * * * *
411925 AAA-CGTTATGACCTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTGAATCCATACTAGCTTATTCTAA
1 AAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATT-GAA
* * * * *
411989 ATAAAATAA-AATGAATTTACTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAT-AATT
63 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * *
412052 -TTGTTTACCTAACTAGA-TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
127 ATT-TTT--CGAAC-A-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
412100 CATTTTAAAT
Statistics
Matches: 3373, Mismatches: 832, Indels: 657
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Matches are distributed among these distances:
344 1 0.00
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ATATACTATTTGAACAATTATCTATTTA
Found at i:408509 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 407201--412193 Score: 1727
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---TTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* * ** * * *
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* * ** * *
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* * * **
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * ** * * *
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1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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*
408347 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAA
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* * * * *
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* * * * * ** ***
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1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
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66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * ** * * * *
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130 -ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* ** * ** * * *
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** * * ** * ** *
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* * ** * * * *
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* * * *
408830 AAATAAATTTGTT
170 CAAT-TATCT-AT
* * * * * ** * * **
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1 T-TCAAATC-ATT-ATGA-ACTTTTG--T-TTTGTCATAA--AACAATTGTTTCA--GTTCATA-
*** * ** * * ** * * *
408904 C-CTTTTGTTCTGTCATAAAATAAT--TATTTCTATTCATA--C-AAGTTTATTCAG-AATAACA
54 CAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGA
* ** * * * * * ** * ** ** *
408962 TAATACTAATTTAATA-ATAT-TCTGAA-AA-CTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAA
116 T-TTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCA-AA-T-AGTTA-TGACTATTTGAA--CAA
* * *
409023 TTACCGAACCAG
173 TT----ATCTAT
** * * * * ** * *
409035 TTCAATAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA--TCATAA
1 TTCAA-ATCA-T-TATGAAC--TTTTGT-TTTG---TCA-TA-AAACAATTGTTTCAGTTCATAC
** * ** * * * ** * * ** * *
409098 AATAATTATTTCAGCTCAAACAAGT--TTATTT-GGAATA--AAAAAACTAATTTGTTAATA-TT
55 AA-GCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGAT
* * * *** * * ** * * *
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117 TTAAAA---AATAAAT-A-TG-TTTATCGAA-CA----A-GT-TC-AAATAGTT---ATGACT--
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163 ----ATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * *
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* ** * **
409309 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCTGTAAGAGATTT-AAAGGTAAAT
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** * * * * * *
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130 ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * ** *
409421 TGT----T-A-TA--ACCTTTTATTTTTTCATCAAACAGTTGTTTTTGTTCATACTATTTTATTC
1 T-TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
409478 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAA-TCAAGAA-AATTAAAAAATA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AA-AAGATTTAAAAAATA
* * * * * ** * ** *
409541 AATCGA-ATTGA-CAAACCAGTTTAAATAGTT-TGGACTAGATGCATGATTATCAAT
127 AAT--ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTAT
** * ** ** *
409595 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTTT
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
409659 AATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * ** * * * *
409724 TTCTTTACCAAACTAGTTCATATGGTTAAAATTATTAGAACAATTATTTGT
130 ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
409775 TTCAAATCATTAT-AACAATTTGTTTAGTAATAAAACAATTGTTGCAGTTCATACAAGCATATTC
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * **
410133 TTCAAATCATTATGACATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTT-TGATCATATAAATTTATT
1 TTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATT
**
410197 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * *
410258 ATATATTTACCGAACCAGTTTGAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCAAT
128 ATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
410311 CTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTTA-TT-GTAGAAGCTTA-T
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* ** * * *
410371 TCAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
64 TGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * ** * *
410436 AATATGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTAT
127 AATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
410490 TTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTATCA-TATCATACAAGCTTA-TT
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTT
* * * * * * * *
410553 CAGAATAAAATACTCCTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT---AAAAAA
* * * * * * ** *
410618 TAAATCTATTTACCAAATAAGCTCAAATTCTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTAT
125 TAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAT
* * * * * * * *
410674 TTAAAATCTTTATG-ACTTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTTATAAAAAG-TTA--
1 TTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGCTTATT
** * * * * *
410735 T-CCA-AAAATAAGACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAAATA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT-
* * *
410798 AAATATGTTT-TCTGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATT-GCATAT
126 AAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAT
* * * * * *
410853 ATAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATCTG
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * ** *
410918 AAATAAAATAATAATAATTTTTTAATAGCCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAATGAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
410979 TCTATTTA-CTAAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTAT
129 TATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
411031 TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTCA--TCACACAAGCCTATTT
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * **
411094 -AGAATAAAATAATACT-ATTTGATTAATATTTTAAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * *
411157 AAT-TGTTTA-C---CAAG--C---TAGTT-T--CTATTTGAATAATTACCCAT
127 AATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * *
411198 TTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTATCTTACAAAATAATTATTTCAATTCATACAA--TT-TTC
1 TTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-
* * * * *
411259 TCGAAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGACATTTAAAAAAT
64 T-G-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** *
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* * * *
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1 TTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * ** * *
411443 AAAATAAAATAATACCATTTTGTTAATATTTTTAAAATTAATAAGT----GACTTAAAAAGTAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
411504 TCTGTTTA-CTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTAT
129 TATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
411556 TCCAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGGTCATATGAAA-AATATTTTTTA--TCATTCAAGCTTA
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT-GTCATA--AAACAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
*
411617 TTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAA
62 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
411677 TAAATCTATTTA-CAAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTGAACAATTGTAT
125 TAAATATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-----A-TCTAT
** * * * * ** *
411739 ACTTCAAATTGTTAT-AACTCTTTGTTCTATCATAAATCAATTATTTTTGTTCATACCAGCTTAT
1 --TTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* ** * * * *
411803 TTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATA
63 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * * *
411867 AATTTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCCAT
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* * * * * * * * *
411921 TTCAAAACGTTATGACCTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTGAATCCATACTAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-
* * * *
411986 T-AAATAAAATAA-AATGAATTTACTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATA
64 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
412049 ATTTTGTTTACCTAACTAGATCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCCAT
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* * * ** * * *
412103 TTTAAAT-AGCTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA-TGTT-TTT-A-TTCATATAAGTTTGTT
1 TTCAAATCA-TTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * *
412163 TGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATT
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
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408641 CTATTTCAAG
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408715 AAA
65 AAA
* * * * * *
408718 TTGTTATTACCTTTCATTTTGTCATTAGACAATTGTTTTTCTACATACAAGCTTATTTGAAATAA
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1 T
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Statistics
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AA
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* * *
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1 ATAAAATAAT
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ATAAAATAATTATTTTAA
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408926 ATTATTTCTA
* * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * * **
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* * * * ** * ** ** *
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326 ATTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTGCAATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATAATAA
* ** * ** * * *
409326 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATCTGTAAGAGATTT-AAAGGTAAATCCGTTTACCAAACTATT
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409390 TCAAATAGTT-TTGACTATTTGAAGAATACATTGTTATAACCTTTTATTTTTTCATCAAACAGTT
455 TCAAATAGTTATT-ACTATTTGAAGAATACATTGTTATAACCTTTTATTTTTTCATCAAACAGTT
409454 GTTTTTG
519 GTTTTTG
* *
409461 TTCATACTATTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-CAAAACTTAATAA-T
1 TTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTCAAAAC-TAATAACT
* * * **
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64 -AAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATT-ACCAAACCAG-TTAAATA----AGACTAGATGAACAA
** * ** * ***
409587 TTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTTGTACAAG
122 TTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCAAACAAG
*
409651 CTTATTT-TAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
187 CTTATTTGGAA-TAAAA-AA-ACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * ** * * *
409715 AAAATAAATTTCTTTACCAAACTAGTTCATATGGTTAAAATTATTAGAACAATTATTTGTTTCAA
249 AAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
* *
409780 ATCATTATAACAATTTGTTTAGTAATAAAACAATTGTTGCAGTTCATACAAGCATATTCAAAATA
314 ATCATTATAACAATTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTGCAATTCATACAAGCATATTCAAAATA
* * *
409845 AATTAATAATAATTTATTAACATTTGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATT
379 AAATAATAATAATTTATTAACATTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCCATT
*
409910 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAA
443 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAA
409945 TAATTGTCTA
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 80, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (525 bp):
TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTCAAAACTAATAACTAA
GAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCAAACCAGTTAAATAAGACTAGATGAACAATTATCAATT
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCAAACAAGCTTATTTGG
AATAAAAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA
TTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACA
ATTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTGCAATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATAATAA
TTTATTAACATTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATTACTATTTGAAGAATACATTGTTATAACCTTTTATTTTTTCATCAAACAGTTGT
TTTTG
Found at i:411632 original size:177 final size:177
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Indices: 409762--411689 Score: 896
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409752 AAATTATTAG
* * * * * * * *
409762 AACAATTATTTGTTTCAAATCATTATAACAATTTGTTTAGTAATAAAACAATTGTTGCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* * * ** * * *
409827 ACAAGCATATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAACA-TTTGAAAATTAATAAGAAAGAGAT
66 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGAC
* * * ** * *
409891 TTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTG
127 TT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * ** * * * * *
409943 AATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTT-TTTTGTCATTAAACAATTGTTTCAGTTAA
1 AACAATTATCTATTCCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
* * * * * *
410007 TACAAGCTTATACCAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGGGATTTA
65 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGACTTA
* * * * * * * *
410072 AAAGATAAATTTGTTTA-TCAAATTAGTTAAAATAATTATGGTCA-TTC
130 AAAAATAAATCTATTTACT-GAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * * * **
410119 AAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTGA-T
1 -AACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATT
** * * * *
410183 CATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATT
63 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGACT
* * * * * * *
410248 TAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTT-GAATAGTTATGGCTATTTG
128 TAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCA-TTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * * **
410298 AATAATTATC-AATCTCAAATCATTAT--GATCTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTTATT
1 AACAATTATCTATTC-CAAATCATTATAACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATT
* * ** * * *
410359 -GTAGAAGCTTATTC-AGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAG
63 CATATAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAAG
* * * * * * *** * **
410422 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAG
123 AGACTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * * * * * * * * *
410477 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTATC-ATATCA
1 AACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCA
* * * * * *
410541 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATACT-CCTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAG
65 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACC-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAG
* ** * ** ** * * *
410605 ATTTCAAAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGCTCAAATTCTTATGACTATTTG
125 ACTT---AAAAAATAAATCTATTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* ** * * * * * * *
410661 AATAATTA-CTTATTTAAAATCTTTATGACTTTTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTTA
1 AACAATTATC-TATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
* * * *
410725 TAAAAAG-TTA-TC--CA-AAAATAAGACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGAG
65 T-ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-AT--AAGAG
* * * * * * * * * *
410785 ATTTAAAAAAATAAAATATGTTTTCTGAA-CAAATTCAAATAGTTACGACTATTTG
125 ACTT-AAAAAAT-AAATCTATTTACTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * * * *
410840 AACAATT-GCATATAT-AAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
1 AACAATTATC-TAT-TCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTC
* * * ** * **** * *
410903 ATACAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATAGCCCAAAAATTAATAAGTGATT
64 ATATAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGACT
* * * *
410967 TAAAAAAATGAATCTATTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTC
128 T-AAAAAATAAATCTATTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * * *
411018 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-TTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTC-A-TC
1 AACAATTATCTATTCCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTC
* * * * * *
411080 ACACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATA-CTATTTGATTAATATTTTAAAAATTAATATGTAGGA
64 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATA---A-GA
* * ** * * *
411144 GATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC-----CA----AGCTAGTT-T--CTATTTG
124 GACTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * * * ** * * * * * * *
411185 AATAATTACCCATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTTACAAAATAATTATTTCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* * * * * * *
411250 ACAA--TTTTCTCGAAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAC
66 ATAAGCTTAT-TC-AAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--GAGAC
* * * * * * * * * * * ** *
411313 ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCAGAAGCAGTTCAAACAGTTAAGACTACATG
127 --TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* *
411366 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* * * * *
411431 ATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCATTTTGTTAATATTTTTAAAATTAATAAGTGACTTAA
66 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGACTTAA
* *
411496 AAAGTAAATCTGTTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
131 AAAATAAATCTATTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
* * **
411543 AACAATTATCTATTCCAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGGTCATATGAAA-AATAT-TTTTTA-
1 AACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTT-GTCATA--AAACAAT-TGTTTCAAT
* * *
411604 TCAT-TCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA
62 TCATAT-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA
*
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AACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGACTTAA
AAAATAAATCTATTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTC
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412185 ATTAATATTA
* * *
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* * * * * *
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* *
412324 ATTTGTTAATATTTTGACAATTAATAAATACA-AAATTTTAAAAA-TAAATATG
126 ATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATA-AGAAA-TTTAAAAACTAAATTTG
* *
412376 TTTATCAAACTAGATCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT
1 TTTATCAAACTA-ATCAAATAG-TATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * *
412441 TTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGCTCATATAAGTTCATTCAAAATAAAATAATGCCAA
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* * * * * * * * * *
412506 ATTATTAATCTTCTGAAAATTGATAATTAATAGATTTAAAAAGTATATTTG
127 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAACTAAATTTG
* * * * ** *
412557 TTTACCAAA-TAAGTTTAAATAATGATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAAC
1 TTTATCAAACTAA--TCAAATAGT-ATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** * **
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62 TTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-A
** ** * * *
412684 ATTTATTAATATTAAGACAATTAATATGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTA
126 ATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAGAA-ATTTAAAAACTAAATTTG
** * *
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1 TTTATCAAACTAATCAAATAGTATGACTATTT-GAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
* * * *
412789 TTGTTTTGTCATTAAATG-ATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAA
65 TTGTTTTGTCA-TAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATA-TAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * *
412852 TTTATTAATA-TTT--CAA-AAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTG
127 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAACTAAATTTG
* * * * * *
412899 TTTATCAAACCAACTCCAATAGTTATGATTATTTG-AACTTATCTATATCAAATCATTATGA-TC
1 TTTATCAAACTAA-TCAAATAG-TATGACTATTTGAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * * * * *
412962 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTTAAACTAAAATATTGCTAA
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* * *** * *
413026 ATTAATAATATTCAAAAAATTAA-AAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAA--TG
127 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAA-TAAGAAATTTAAAAACTAAATTTG
* * * *
413075 ----TCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
1 TTTATCAAACTA-ATCAAATAG-TATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATT
413130 CTGTTCACAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTTGACAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAACTAAATTTG
Found at i:413117 original size:174 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 174 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
412738 TATCCATTAT
* * * *
412748 GACTATTTAG-ACTATTATCTATTTCAAATCCTTATGACATTTTGTTTTGTCATTAAATGATTGT
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* *
412812 TTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
63 TTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATA
* *
412877 AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCAAACCAACTCCAATAGTTAT
128 AGAGATTTAAAAACTAAA-TTG--T-TCAAACCAACTCAAATAGTTAA
* * *
412925 GATTATTTGAAC-TTATCTATATCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 GACTATTAGAACATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT
** * * *
412988 CTATTCATACAAGCTTTTTTA-AACTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCAAAAAATTAAAA
65 CTATTCATACAAAATTATTTAGAA-TAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATT---A
**
413051 AGTAAGAGATTTAAAAACTAAA-TG-TCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
125 A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTGTTCAAACCAACTCAAATAGTTAA
413097 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
1 GACTATTAGAAC-ATTATCTATTTCAAATCATT
413130 CTGTTCACAC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 21, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
GACTATTAGAACATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA
GATTTAAAAACTAAATTGTTCAAACCAACTCAAATAGTTAA
Found at i:413464 original size:180 final size:165
Alignment explanation
Indices: 413242--413737 Score: 424
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 165
413232 ATAGCTTTGA
* * * *
413242 CTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATAAATATGACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTC
* * * *
413307 GGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAATTTGATAAGT
66 -GTTCATATAAGCTTAT-CAAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA--
*
413372 TGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATCAGTTTAAAAAATTAT
127 TGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-C---T--G---AAAAAATTAT
** * * * *
413420 GGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGAT
1 --CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTG--
* * * * * * * *
413485 TTTC-ATCATATAAGCATATTAGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
62 TTTCGTTCATATAAGCTTATCA-AAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
** ** *
413549 A-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAATTCT
126 ATGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAAAAATTAT
* * * * *
413588 -TGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTT-ATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTATT-TTTTCATAAAATAATTGTTT
* *
413651 CAGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
65 C-GTTCATATAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-
*
413716 TAAGAGATTTAAAAATTAAATC
127 T--GAGATTTAAAAAATAAATC
413738 CATTTGCTAA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 49, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (165 bp):
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTC
GTTCATATAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATGAG
ATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAAAAATTAT
Found at i:413692 original size:345 final size:346
Alignment explanation
Indices: 413245--413932 Score: 830
Period size: 346 Copynumber: 2.0 Consensus size: 346
413235 GCTTTGACTA
* * * * *
413245 TTTGAATAATTATTTATTTAAAATAAATATGACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTCGGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTATTTGTTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * * *
413310 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAATTTGATAAGT-TG
66 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
* * * * * * *
413374 AGATTTAAAAAATAAGT-CAGTTT-ATCAAA-TCAGTTTAAAAAATTATGGCTATTTGAATAATT
131 AGATTTAAAAAATAAATCCA-TTTGCT-AAAGT-AGTTCAAAAAATTAAGACTATATGAACAATT
* * * * *
413436 ATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTCA-TCATATAAGC
193 ATCTATTTCAAATCGCTACAAACCTTTATTTTATCATAAAACAATT-ATTTTAATTCATATAAGC
* * * *
413500 ATATTAGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
257 ATATTAGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
413565 AATTTGTTTACTGAACCAATTCTTG
322 AATTTGTTTACTGAACCAATTCTTG
* * * *
413590 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTT-ATAAAATAATTGTTTCAG
1 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTATT-TGTTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * *
413654 TTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
65 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
* * *
413719 GAGATTTAAAAATTAAATCCATTTGCTAAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAT
130 GAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTAAAGTAGTTCAAAAAATTAAGACTATATGAACAATTAT
** * * * * *
413784 CTATTTCAAATCGCTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTT
195 CTATTTCAAATCGCTACAAACCTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTAATTCATATAAGCATA
* ** ** *
413849 TTTGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTATTTAAAATGTGAAT
260 TTAGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
413914 TTGTTTACTGAATCAATTC
325 TTGTTTACTGAACCAATTC
413933 ACATAATTAT
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 51, Indels: 11
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (346 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTATTTGTTCATAAAATAATTGTTTCAGT
TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTAAAGTAGTTCAAAAAATTAAGACTATATGAACAATTATC
TATTTCAAATCGCTACAAACCTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTAATTCATATAAGCATAT
TAGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACTGAACCAATTCTTG
Found at i:414426 original size:358 final size:354
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Period size: 358 Copynumber: 6.6 Consensus size: 354
413318 GCTTATCCAA
* * * * *** *
413328 AATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAATTTGATAAGTTGAGATTTAAAAAATAAGTC-
1 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * ** * **
413392 AGTTTATCAAA-TCAGTTTAAAAAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACA
64 A-TTTGCCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * ** ** * *
413456 AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGA-TTTTCATCATATAAGCATATTAGGAATAAAATAATA
127 ACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-GAAATAAAATAATA
* * ** ** * * *
413520 GTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAAT
190 TTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTGAATTAAAATATAAATTTGTTTACCGAACCAAT
* * *
413585 TC------TT--G---TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATA
255 TCAAATAATTAAGACCATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-A
* * * * *
413639 AAA-TAA-TTGTTTCAGTTCATA-TAAGTTTATTCGA
319 AAACTAAGTTTTTTTAATTCATACT-AGCTTATTCGG
* * * *
413673 AATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATC
1 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
413738 CATTTGCTAAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGA
63 TATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* ** * * *
413803 CCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAAAATACT
128 CCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAG-TTTGTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * * * * *
413868 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTATTTAAAATGTGAATTTGTTTACTGAATCAATTC
192 AATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTGAATTAAAATATAAATTTGTTTACCGAACCAATTC
* * * * * * * *
413933 ACATAATTATGGCCATTGCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCGTAT
257 AAATAATTAAGACCATTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-AAA
* * * * *
413998 AAC-AAGTGTTTTTAA-ACATTCAAGCTTATTCAG
320 AACTAAGTTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTCGG
** * *
414031 AATAAAATAAGTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T-TAACAAGAGATTT-AAAAGTAAATCTA
1 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * *
414093 TTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTGTAAACTTCAAATTGTTCTAACC
65 TTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* ***
414158 CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTGCCAAAATAAAATAATATTAAT
130 CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTGAAATAAAATAATATTAAT
* *
414223 CTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAATTATAAATTTGTTTACCGAACCAGTT
195 CTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT----GAATTAAAATATAAATTTGTTTACCGAACCAATT
* * * *
414288 CAAATATTTAAGACCATATGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAA
256 CAAATAATTAAGACCAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAAA
*
414353 AACTAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGG
320 AACTAAGTTTTTTT-AATTCATACTAGCTTATTCGG
* *
414389 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
414454 TATTTACCTAACCAATTAAAATAATAATGAGTATTTAAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
63 TATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
414519 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTAT-ATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATAT
128 CCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGT-TCATATAAGTTTG-TTGAAATAAAATAATAT
**** * ** * * * * * * *
414583 TAATCTATTAATATTTTGTAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTC-GT
191 TAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTGAATTAAAATATAAATTTGTTTACCGAAC-CAAT
* * * * * * * ** * * *
414647 TCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTCTATTAT
255 TCAAATAATTAAGACCA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-
* * *
414712 AAAA--AA-TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGG
318 AAAACTAAGTT-TTTTTAATTCATACTAGCTTATTCGG
* * * * * ** * *
414746 ATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCGATGATTAATAAGTAA-AAACTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA-CAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * ** * *
414810 ATGTTTACTAAACTGGATCAAATAATCATAATTATTTGATATAATTATCTATTTCGAATCATTAT
62 CTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA-GCAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * ** * *
414875 CACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
126 GACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-GAAATAAAATAATA
* * * * * * * * *
414940 CTAATTTATTGATAATCTAAAAATCAGAAATAA-AGAGATTTCAAAA-ATGAATTTGTTTACTGA
190 TTAATCTATTAATATTCCAAAAAT---TAATAACTGA-A-TT-AAAATATAAATTTGTTTACCGA
* ** * *
415003 A-CAAGTTTAAATAATTATA-ACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTTG
249 ACCAA-TTCAAATAATTA-AGAC-CATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTG
* * * * *
415066 TTTTGTGATAAAA-TAA-ATTTTTT-ATTCATGCAAGCTTATTTC-A
310 TTTTGTCA-AAAACTAAGTTTTTTTAATTCATACTAGCTTA-TTCGG
* * *
415109 AATAAAATAATAAAAATTTATTAA-A-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT-ATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * **** * * * * *
415171 TTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATCATTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTC-AA-C-TTGT
61 TCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * * * *
415233 TACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATA
126 GACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTT-GTTGAAATAAAATAATA
* *** * * * *
415298 TTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAAAGGAGTTAAAA-ATAAATATGTTTACCGAA-
190 TTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT----GAATTAAAATATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * ** * * * *
415361 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATTACTATGACCTTTTCTTTT
251 CAA-TTCAAATAATTAAGACCA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * *
415426 GT-ATAAAAC-AA-TTATTTTAGTTCATA-TAAGCTTA-TCTG
314 GTCA-AAAACTAAGTTTTTTTAATTCATACT-AGCTTATTCGG
** * *
415464 AAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAA
1 AA-TAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-AT-AACAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * * ** * *
415528 TTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGCTATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAAACATTA
61 TCTATTTGCCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** ** *
415592 TGA-CCTTATGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTTTGTTCATGCAAGATTAT-TTCAAATAAAATA
125 TGACCCTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTGAAATAAAATA
* * *
415655 AT-TTAAATTTATAAATATTCCAAAACTTAATAA
187 ATATT-AATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
415688 GTAAAAATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (354 bp):
AATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCC
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTGAAATAAAATAATATTAATC
TATTAATATTCCAAAAATTAATAACTGAATTAAAATATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAAT
AATTAAGACCATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAAAAACTAA
GTTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTCGG
Found at i:414674 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 413590--415713 Score: 1426
Period size: 177 Copynumber: 11.8 Consensus size: 177
413580 CCAATTCTTG
* * * * **
413590 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCAGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * *
413655 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
66 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA--ATTAA-TAAG
* *** * ** * * *
413720 AGATTTAAAAATTAAATCCATTTGCTAAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTA
127 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* ** * * * * **
413771 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * **
413836 TCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAT
66 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGAT
** * * * * * *
413901 TTAAAATGTGAATTTGTTTACTGAA-TCAATTCACATAATTATGGCCA
131 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * *
413948 -TTGCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAGTGTTTTTA
1 TTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
** * * * *
414012 AACAT-TCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAGT-CTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAACAAG
65 TTCATAT-AAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * * *
414074 AGATTT-AAAAGTAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
127 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* * ** * ** * * * * *
414124 TTTGAGCAATTGTAAACTTCAAATTGTTCTAACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* *** * * * *
414189 TCATACAAG-TT-TGCCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
66 TCATATAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAA--ATTAA-TAA
* * ** * * * *
414252 AAGAATTAAATTATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATATTTAAGACCA
126 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* * *
414304 TATGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAACTAAGTT-TTTTT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTTTTT
* * *
414367 GAATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 G--TTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAA--ATTA
* * * * * * *
414430 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAATTAAAATAATAATGAGTA
122 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* *
414487 TTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
1 TTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * *** *
414551 TAT-ATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTTGTAAGTTAATAAGAG
65 T-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAG
* * * * * *
414615 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTCGTTCAAATAGTTATGACTA
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * ** * * * * *
414664 TTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAA-AATTGTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * ** **
414728 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCGATGATTAATAAGTAAA
66 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG---A
* * ** * * * * *
414793 AACTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTGGATCAAATAATCATAATTA
128 GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * **
414844 TTTGATATAATTATCTATTTCGAATCATTATCACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTTAA
1 TTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * **
414909 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATAATCTAAAAATCAGAAATAAA
65 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAA--ATTAAT-AA
* * * * * * *
414974 GAGATTTCAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATAACTG
126 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * *
415026 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTTGTTTTGTGATAAAATAAAT-TTTTTA
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
** * ** *
415090 TTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAA-A-TTAAGACAATTAATAAGTA
65 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAATAAG--
** * *
415153 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATCATTATGACTA
127 --AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * *
415206 TTT-AAGCAATTATTTATTTC-AA-C-TTGTTACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
1 TTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * * ** *
415267 TTCAAACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAA
65 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG---
* * * * *
415332 AGGAGTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
127 A-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
** * * * * *
415383 TTTGAATTATTATCTATTTCAAATTACTATGACCTTTTCTTTTGT-ATAAAACAATTATTTTAGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * *
415447 TCATATAAGCTTATCTGAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATGAGTAA
66 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATT-A--A-TAA
* * **
415511 GAGAATTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGCTATGACTA
126 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA
* ** * * * * *
415563 TCTGAACAATTATCTATCACAAAACATTATGACCTTATGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTTTGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
** * * * * ** *
415628 TCATGCAAGATTATTTCAAATAAAATAAT-TTAAATTTATAAATATTCCAAAACTTAATAAGTAA
66 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG---
*
415692 AAATTTAAAAAATAAA-TTGTTT
127 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
415714 TGTCATTACC
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 360, Indels: 148
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 26 0.02
176 167 0.11
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185 4 0.00
186 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
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TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
Found at i:414833 original size:180 final size:180
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Indices: 413590--415713 Score: 1194
Period size: 181 Copynumber: 11.8 Consensus size: 180
413580 CCAATTCTTG
* * * * * *
413590 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCAGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTTA-T
* * * * * * * * *
413655 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT-AA
64 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAA
* *** * * ** * *
413719 GAGATTTAAAAATTAAATCCATTTGCTAAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* ** * ** * *
413771 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTT-AT
* * * * * *
413836 TCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---
64 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAA
* ** * * * * *
413898 --TATTTAAAATGTGAATTTGTTTACTGAATCAA-TTCACATAATTATGGCCA
129 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * *
413948 -TTGCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAGTGTTTTTA
1 TTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTG-TTTTA
** * * * *
414012 AACATTCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAGT-CTAATTTATTAATCTTTC-A-AA--AATTAA-
63 TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATATCGACAATTAA-TAAG
* * * * * ** *
414070 -CAAGAGATTT-AAAAGTAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
125 TAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * ** * ** * * ** * * * *
414124 TTTGAGCAATTGTAAACTTCAAATTGTTCTAACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTG-TTTATCATAAAACAATT-GTTTTAT
*** * * * * *
414189 TCATACAAG-TT-TGCCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAACTA
64 TCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAT-CGACAATTAATAAGTA
* ** * * * * * *
414251 AA-AGAATTAAATTATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATATTTAAGACCA
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * *
414304 TATGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAACTAAGTTTTTTTG
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTG-TTTATCATAAAAC-AA-TTGTTTT-
* * * * * *
414368 AATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
62 -ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATATCGACAATTAATAAG
* * * * * *
414432 T-AAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAA-TTAAAATAATAATGAGTA
125 TAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * *
414487 TTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAAATGTTTT-
1 TTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATCA-CTTTT-TGTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * * *
414549 TGTATATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTTG-TAAGT--TAA-T
63 T-T-CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGT
* * * ** *
414610 -AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTCGTTCAAATAGTTATGACTA
126 AAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * *
414664 TTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAA-AATTGTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTT-TAT
* * * **
414728 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCGATGATTAATAAGTAAA
64 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAA
* ** * * * *
414793 -A-ACTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTGGATCAAATAATCATAATTA
129 GAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * *
414844 TTTGATATAATTATCTATTTCGAATCATTATCACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTTAA
1 TTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTT-A
* * * * * * * * *
414909 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATA-ATCTAAAAATCAGAAATAA
63 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAA
* * * * * *
414973 AGAGATTTCAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATAACTG
128 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * *
415026 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTTGTTTTGTGATAAAATAAATT-TTTTA
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCA-CTTTTTG-TTTATCATAAAA-CAATTGTTTTA
* * ** *
415090 TTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAA-AT-TAAGACAATTAATAAGTA
63 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAT-CGACAATTAATAAGTA
* * *
415153 AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATCATTATGACTA
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * ** * * *
415206 TTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTA-C-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
1 TTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAT
* * * * * * **
415268 TCAAACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAAA
64 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAA
* * * *
415333 G-GAGTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
** * * * * *
415383 TTTGAATTATTATCTATTTCAAATTACTATGACCTTTTCT-TTTGT-ATAAAACAATTATTTTAG
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCA-CTTTT-TGTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-
* * * * * * *
415446 TTCATATAAGCTTATCTGAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATGAGT-
63 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATC-GACAATTAATAAGTA
* * * * * **
415509 AAGAGAATTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTA
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* ** * * * * * *
415563 TCTGAACAATTATCTATCACAAAACATTATGACCTTATGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTTTGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTG-TTTATCATAAAACAATT-GTTTTAT
* * * * * * *
415628 TCATGCAAGATTATTTCAAATAAAATAAT-TTAAATTTATAAATAT-TCCAAAACTTAATAAGTA
64 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATATCGACAA-TTAATAAGTA
415691 AA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTT
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
415714 TGTCATTACC
Statistics
Matches: 1512, Mismatches: 337, Indels: 190
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 5 0.00
175 35 0.02
176 151 0.10
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTC
ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAAGA
GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
Found at i:414923 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 413147--415618 Score: 1876
Period size: 539 Copynumber: 4.6 Consensus size: 532
413137 CACATGCTTG
*
413147 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAAC-AAGAAA-TT--AAA
1 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AACTAA-AAATTTAAAAA
* * ** * * * *
413207 A-AAA-ATGTTTATCAAACGAGTTCAAATAG-CTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAAT
63 ATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTC-AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *** * ***
413269 AAATATGACCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTGTTTCGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
127 CACTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * * **
413334 ATAATATTACTTTAATAATATT-TCAAAATTTGATAAGT-TGAGATTTAAAAAAT-AAGTCAGTT
192 ATAAAACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTTGTT
* * * ** * *
413396 TA-TCAAATCAGTTTAAAA-AATTATG-GCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAA
255 TACT-GAA-CA-ATTAAAATAATTATGAG-TATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * *
413458 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTCATCATA-TAAGCATATT-AGGAATAAAATAATAG
315 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTTAT-ATATTAAGCTTTTTCA--AATAAAATAATAA
* *
413521 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT-T---ACT-GA
376 TAATTTATTAATA-TTTAGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATCAAACTAGT
* * * * * *
413579 ACCAAT-TCT-TG----TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTAT
439 TCAAATAT-TATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCAT
*
413638 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTA
503 AAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTA
* * * *
413668 TTCGAAATAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATT
1 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAA-AAATTTAAAAAAT
*** * * * * *
413733 AAATCCATTTGCTAAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGC
65 AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAC
* *
413798 TATGACCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAA-A
130 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* **
413862 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT----TATTTAAAATGTGAATTTGTTTAC
195 AA-ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAC
* * * * * *
413922 TGAATCAATTCACATAATTATG-GCCATTGCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
258 TGAA-CAATTAAAATAATTATGAG-TATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * * *
413986 GTTTGGTCGTATAACAAGTGTTTTTAAACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAAGT-CTAATTT
320 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATATATT-AAGCTTTTTCA-AATAAAATAA-TAATAATTT
* * * * **
414050 ATTAATCTTTCAAAAATTAACAAGAGATTT-AAAAGTAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATA
382 ATTAATATTT-AGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAAT-
* ** * * * * *
414114 ATTATGACTATTTGAGCAATTGTAAACTTCAAATTGTTCTAACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAA
445 ATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAA
* * *
414179 TTATTTTTGTTCATACAAGTTT-
510 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
** * * * * * **
414201 GCCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAATTAT
1 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAA-ATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
414266 AAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATATTTAAGACCATATGAACAATTATCTATTTTAAATTAT
65 AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAC
* * *
414331 TATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAACTAAGTTTTTTTGAATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAA
130 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-TAA-TTATTTT-AATTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAA
*
414394 AATAAAA-TGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTA
191 AATAAAACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATT-TG
* *
414456 TTTACCT-AACCAATTAAAATAATAATGAGTATTTAAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
253 TTTA-CTGAA-CAATTAAAATAATTATGAGTATTTAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * *
414520 CTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTATATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATATTA
315 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATATAT-TAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATAATA
* * * *
414585 ATCTATTAATATTTTGTAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTCGTTCA
378 ATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCA
* ** * *
414650 AATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTCTATTATAAA
442 AATA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAA
*
414715 A-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
506 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
* * * * * * ** *
414741 TTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCGATGATTAATAAGTAAAAACTTTAAAAAAT
1 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAA-TTTAAAAAAT
* * * * * * * *
414806 AAATATGTTTACTAAACTGGATCAAATAATCATA-ATTATTTGATATAATTATCTATTTCGAATC
65 AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTCA-AGACTATATGA-ACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
414870 ATTATCACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAA
128 ACTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
414935 TAATACTAATTTATTGATAATCTAAAAATCAGA-AA-TAAAGAGATTTCAAAAATGAATTTGTTT
193 TAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA-ATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTT
* * * * * *
414998 ACTGAACAAGTTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTT
256 ACTGAACAA-TTAAAATAATTATGAGTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TT
* * * *
415063 TTGTTTTGTGATAAAATAAAT-TTTTTAT-TCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAAT
318 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATAT-AT-TAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATAATAAT
* * * ** *
415126 TTATTAA-ATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTT
380 TTATTAATATTTAGA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTT
* * * * *
415190 CAAATCATTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTC-AA-C-TTGTTACCTTTTTTTTTGTCATA
440 CAAAT-ATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATA
* * *
415252 AAACAATTGTTTCTGTTCAAACAAGTTTA
504 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
* * * * ** * * * *
415281 TTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAAAGGAGTT-AAAAAT
1 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAA-AATTTAAAAAAT
* * * * ** *
415345 AAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATTAC
65 AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAC
* * * * * *
415410 TATGACCTTTTCTTTTGT-ATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATCTGAAGTAAAATA
130 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
415474 AAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATTTGTTTACCG
195 AAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTG
* * ** * * ** * * *
415539 AATAAGTTCAAATAGCTATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAAACATTATGACCTTATGTT
260 AACAA-TTAAAATAATTATGAGTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
*
415604 TTATCATAAAA-AAAT
323 TTGTCATAAAACAAAT
415619 TGGTTTTGTT
Statistics
Matches: 1554, Mismatches: 315, Indels: 150
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
520 3 0.00
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524 9 0.01
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530 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAAATA
AATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
AACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGA
ACAATTAAAATAATTATGAGTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAAATGTTTTTATATATTAAGCTTTTTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
TAGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATATTATGACTAT
TTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
CATACAAGTTTA
Found at i:416317 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 416157--416438 Score: 402
Period size: 139 Copynumber: 2.0 Consensus size: 139
416147 AATAGTTATG
* *
416157 ACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCGATTATAGAAAAAATAAACCTTTTGTTTTATCATAA
1 ACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCAATTATAGAAAAAATAAACCTTTTGTTCTATCATAA
* * * ** * * **
416222 AACAATTATTCATGTTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATAGTCTGA
66 AACAATTATTCAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATCTAATAATACTCCAA
416287 AAATTAATA
131 AAATTAATA
** *
416296 ACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCAATTATTTAAAAAATAAGCCTTTTGTTCTATCATAA
1 ACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCAATTATAGAAAAAATAAACCTTTTGTTCTATCATAA
* ** *
416361 AACAGTTATTCAAGTTCATACAAGCTTATTTGACATAAAATAATACCAATCTAATAATACTCCAA
66 AACAATTATTCAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATCTAATAATACTCCAA
416426 AAATTAATA
131 AAATTAATA
416435 ACTA
1 ACTA
416439 AGAGATTTAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
139 125 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (139 bp):
ACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATCAATTATAGAAAAAATAAACCTTTTGTTCTATCATAA
AACAATTATTCAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATCTAATAATACTCCAA
AAATTAATA
Found at i:418448 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 417844--419122 Score: 885
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 179
417834 AAACACATTC
* * ** *
417844 TATTCATGCAAG-TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGTAAATTAATAGG
1 TATTCATACAAGCTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * ** * * * * * * * *
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* ** * * ** *
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129 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* ** * *
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1 -TATTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* * * * * ** * * *
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63 GTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * * *
418149 TTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTT
128 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* ** * * ** * * *
418200 CTTTTTGTACTAGCATATTT-GGATTAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
1 -TATTCATACAAGC-TTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAA
* * * * **
418264 GTAAGAGATTTAAAAAATTAATATGTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAA
63 GTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
418329 TTATCTGA-TTCAAATTGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTT
128 TTATCT-ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* *
418381 TAGTTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAATTTTAATAAG
1 TA-TTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA-ATTAATAAG
* * * * *
418446 TAAAAGATTTAAAAGAA-TAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
64 TAAGAGATTTAAAA-AATTAA-TCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
418510 A-TATCTATGTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
127 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
418562 TTTTCATATAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAATATTAA-TTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-
1 TATTCATACAAGCTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
418621 TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAACTAGTTATAACTATTTGAACAAT
64 TAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
418686 TATTTATTTCAAATCGTTATTACCATATGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
129 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTT
* * * * * *
418738 TGTTCATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAA
1 TATTCATACAAG-CTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAA
* * * * * ** * * * *
418801 GAAACG-GATTTAGAAAATGT-ATTTATTGGCCTGACCAATGCAAATAATTATGACTATTTGAAT
63 GTAA-GAGATTTAAAAAAT-TAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
418864 AATTATCTATTTCCAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT
126 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* ** * *
418918 CTATTCATACAAACTTATTT-GGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
1 -TATTCATACAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
* * * * ** * *
418982 GTAAAAGATTTAAACAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAA
63 GTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * ** *
419047 TTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACT-ATTTTTT
128 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTT
419099 CTATTCATACAAGCTTATTTCAAA
1 -TATTCATACAAGCTT-TTTCAAA
419123 TCTGTTTACT
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 201, Indels: 85
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 37 0.04
175 59 0.07
176 85 0.10
177 91 0.11
178 3 0.00
179 12 0.01
180 122 0.14
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
Found at i:418745 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 417965--419122 Score: 1058
Period size: 356 Copynumber: 3.2 Consensus size: 355
417955 GATGTCCATA
* * * ** *
417965 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTATTTATGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTC
** * * ** *
418030 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAC-ATATTTATTAATATTTTAAA--AATTAGTAGGACA
66 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * *
418092 TTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TTTAAAAAATAATTTTATTTGTCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** *
418157 CTCAAATCATTATGA-TCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTTGTACT-AGCATATTT
194 CTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATA-TAAGCTTATTT
* * * * *
418220 GGATTAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAA
258 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
418285 TATGTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATT
319 TCTGTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATT
** * * * * *
418322 AAAACAATTATCTGA-TTCAAATTGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTT
1 TGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTT
* *
418386 CATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAATTTTAATAAGTAAAA
65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAA--TTAATAAGTAAAA
* *
418451 GATTTAAAAGAATAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TATC
127 GATTTAAAA-AATAATTTTATTTGTCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
418515 TATGTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTTTCATATAAGTTTGT
191 TATCTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTAT
*** * *
418579 TCAAAATAAAATAATATTAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATC
256 TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
418643 TATTTACCAAACCAATTCAACTAGTTATAACTATT
321 TGTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * *
418678 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCATATGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTC
* * * *
418743 ATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG-AAAC
66 ATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-T-AAAATTAATAAGTAAA-
* * * * * * *
418806 GGATTTAGAAAAT-GTATTTATTGGCCTG-ACCAATGCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTA
126 AGATTTAAAAAATAAT-TTTATTTGTC-GAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * *
418869 TCTATTTCCAATTGTTATAAAC-TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACT
189 TCTATCTCAAATCATTAT-AACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCT
* *
418933 TATTTGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAC
253 TATTTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAA
* ** * *
418997 AATGAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
313 AATAAATCTGTTTACAAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * ** *
419040 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACT-ATT-TTTTCTAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTATTTT-TGT
419103 TCATACAAGCTTATTTCAAA
64 TCATACAAGCTTA-TTCAAA
419123 TCTGTTTACT
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 122, Indels: 58
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 45 0.07
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357 122 0.19
358 32 0.05
359 1 0.00
360 16 0.02
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363 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAATTTTATTTGTCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
CAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTTGGA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
ACAAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATT
Found at i:418875 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 418843--418875 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
418833 GACCAATGCA
418843 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
418861 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
418876 CCAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:418884 original size:537 final size:537
Alignment explanation
Indices: 417841--419061 Score: 1313
Period size: 537 Copynumber: 2.3 Consensus size: 537
417831 TCTAAACACA
* *
417841 TTCTATTCATGCAAG-TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGTAAATTAAT
1 TTCTATTCATACAAGCTTT-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAAT
* ** * * * * * * * *
417905 AGGTAGGATATTTAAAAAAATAATTTT-TTTATCGAACTAGTTAAAAGAGTGATGTCCATATGAA
64 AAGTAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
* ** * *
417969 CAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTATTTATGTTCATAC
128 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCATAC
* * *
418034 AAAATTATTCAAAATAAAATAATACATATTTATTAATATTTTAAAAATTAGTAGGACATTTAAAA
193 AAAATTATTCAAAATAAAATAATACATAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGACATTTAAAA
* * * *
418099 ACTAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT
258 AATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT
* * * ** * * *
418164 CATTATGATCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTTGTACTAGCATATTTGGATTAAAA
323 CATTATGACCTATATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACTAGCATATTCGAAATAAAA
* * * *
418229 TAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATGTTTGC
388 TAATAGTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTGGC
* * * * * * *
418294 AAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTGATTCAAATTGTTCTGACCTTTTA
453 AAAACCAATGCAAATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTGATTCAAATTGTTATAAACTTTTA
* *
418359 TTTAGTCATAAAATAATTAT
518 TTTAGTCACAAAACAATTAT
* *
418379 TT-TAGTTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAATTTTAA
1 TTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA--TTAA
* * * *
418442 TAAGTAAAAGATTTAAAAGAATAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
63 TAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
* * * *
418507 ACAA-TATCTATGTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTTTCATA
127 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCATA
* ** * * *
418570 TAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATA-TTAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGATATTTAAA
192 CAAAATTATTCAAAATAAAATAATACATAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGACATTTAAA
* * * *
418634 AAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAACTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
257 AAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
* * * * *
418699 TCGTTATTACCATATGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATA-TAGTCTTATTCGAAAT
322 TCATTATGACC-TATATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACTAG-CATATTCGAAAT
* * ** * *
418762 AAAGTAAT-GCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGAAACG-GATTTAGAAAATGT-ATT
384 AAAATAATAG-TAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGAAA-GAGATTTAAAAAAT-TAATA
*** * ** * *
418824 TATTGGCCTGACCAATGCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCCAATTGTTATA
446 TATTGGCAAAACCAATGCAAATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTGA-TTCAAATTGTTATA
* * *
418888 AACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGT
510 AACTTTTATTTAGTCACAAAACAATTAT
* * * *
418916 TTCTATTCATACAAACTTATTT-GGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
1 TTCTATTCATACAAGCTT-TTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAAT
* * *
418980 AAGTAAAAGATTT-AAACAATGAA-TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
64 AAGTAAAAGATTTAAAAAAAT-AATTTTGTTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
419043 ACAATTATCTATTTCAAAT
127 ACAATTATCTATTTCAAAT
419062 TGCTATAACC
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (537 bp):
TTCTATTCATACAAGCTTTTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAA
GTAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTGTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCATACAAA
ATTATTCAAAATAAAATAATACATAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAAT
AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAT
TATGACCTATATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACTAGCATATTCGAAATAAAATAA
TAGTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTGGCAAA
ACCAATGCAAATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTGATTCAAATTGTTATAAACTTTTATTT
AGTCACAAAACAATTAT
Found at i:419227 original size:120 final size:120
Alignment explanation
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Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
418991 TTAAACAATG
* * * **
419001 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
1 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCACT
** ** * * *
419066 ATAACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACTATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
66 ATAACCTTTTCGCTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACTCATAAAAGCTTATTTCA
* * *
419121 AATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATT
1 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCACT
* * * *
419186 ATGACTTTTTGGCTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGCTCATAAAAGCTTATTT
66 ATAACCTTTTCGCTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTACTCATAAAAGCTTATTT
419239 GAATTAAAAT
Statistics
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120 94 0.96
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AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCACT
ATAACCTTTTCGCTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACTCATAAAAGCTTATTTCA
Found at i:419445 original size:181 final size:180
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419110 AGCTTATTTC
* * * * * * *
419120 AAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * ** * *
419184 TTATGACTTTTTGGCTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCATAAAAGCTTATTTGAATTAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
419249 GATATTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
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1 AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * * * *
419366 TATGCCCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTTTTATAC-ACTTATTTGAAATAAAGT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TATTCATACAACTTATTTGAAATAAAAT
* * * * **
419430 TATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAGC
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* * * *
419482 AAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTATCACTATTTCAATAATTATCTATTT-AGAATCA
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* * * *
419546 TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTG-ATTAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATT-TGAAATAAAA
* * *
419610 TAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAGAATT-ATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAT
128 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
419661 AGATCTATTT-TCTAATCATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATC
1 AAATCTATTTATCGAA-CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
419724 ATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTAATA-AACGCTTATTTGGAATAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA--CTTATTTGAAATAAA
* * * * *
419787 ATAATAATAATTTATAAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAAT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *** * * * * * *
419841 AAATATGTTTAAT-GAGTGAGTTCAAAAAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAGTCA
1 AAATCTATTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** *
419905 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTCATTCAAAATTAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAACTT-ATTTGAAATAAAAT
* ** *
419970 AATACCAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATCTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
420022 AAAT-TGGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCT-ATTATCTACTTCAAATC
1 AAATCT-ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATC
** * * *
420085 ATTATGATATTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTT-AGAATAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AACTTATTTGA-AATAAA
* * *
420149 ATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAG----GGATTTAAAAACT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
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1 AAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TC
* * * ** *
420263 A-TAAGATC-TTTGTTTTATTTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGA-AAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AACTTATTT-GAAATAAA
* * ** * *
420325 ATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTACAAAAT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * * * *
420375 AAATGTGTTTGTCGAACCGGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
1 AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * **
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-ACTTATTTGAAATAAAAT
* * *
420504 AATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG---GA-ATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *** * * *
420552 AAATCTATTTACCGATTGAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-
1 AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * ***
420616 T-TGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-CTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * ***
420679 AATATTACTTTATTAATATTTCCAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * *
420731 AAATCAATTTCTCGAATTAGTTCAAATAGTTATG-GTCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** * ** *
420795 TTATGAAGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCCCA-TTCAGAATAAA
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* * **
420858 ATAATACTAGTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGA--T------T
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * *
420904 --ATCTATTTA-CCAAGCTTGTTCAAATTGTTATAATTACTTGAACAATTATATATTTCAAATCG
1 AAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
420966 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * *
421031 AATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAGAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
421083 AAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * * ** * *
421148 TAT-ACCCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATATTT-TTTTCATATAGGTTTGTTTAAAATAAAAT
66 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-ACTTATTTGAAATAAAAT
* * *
421211 AATATTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
421259 AAATTTATTTACCAAACTAA-TTTAATTGGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCG
1 AAATCTATTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** ** * *
421323 TCATAACCATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAGTTTTATTCAAAATATAGT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-ACTTATTTGAAATAAAAT
* * **
421388 AATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAATGGATTT-AAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *** * * * * * * * *
421439 GAATCTATTGGCCTAACCAGTGCAAATAGTTATTACTGA-TTGCACAATTATTTATTTTAAATCA
1 AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
421503 TTATGACATTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATTTCTATTCGTACAAGCTT-GTTGGAATAATAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
421567 AATTCTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAACT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
421619 GAATCTGTTTATTAAACAATTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTACCAATTTTAAAGTGC
1 AAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-T-C
* * * *
421684 --TAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTCATTTCAATTAAA
64 ATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATTTGAAATAAA
* * * * *
421745 ATAATGCAAATTTATTAATA-TTCAGATAATTAATAAGT-AAAGATTTTAACAAT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
421798 AAATATGTTGACTCG-ATAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATTTATTTC-AATCA
1 AAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * **
421859 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGCTTT-TGTTCATATAA-GAATATTCAGGTTAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAACTTAT-TTGA-AATAAA
* *
421921 ATAATATTAA-TT-TTAATATTTCAACAA-TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
421971 -AA--TATGTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAATAACTATTTGATTAATTATCTATTTC-AATC
1 AAATCTAT-TTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
** * * * **
422032 A-TATGGA-CTTTT-TTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
64 ATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTATTTGAAATAAA
422094 ATAATA
127 ATAATA
422100 TTGAAATAAA
Statistics
Matches: 2197, Mismatches: 479, Indels: 254
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
171 132 0.06
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Consensus pattern (180 bp):
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TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAACTTATTTGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:421434 original size:709 final size:699
Alignment explanation
Indices: 419681--421610 Score: 1671
Period size: 709 Copynumber: 2.7 Consensus size: 699
419671 TCTAATCATA
* * * * * * * *
419681 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCA
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* * * * * *** * * *
419745 TAAACCAATTGTTTCTA-TTAATAAACG-CTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATAAAAAT
66 TAAAACAAATATTTC-AGTTCATACA-GTCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * * *** * * *
419808 TCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAGTGAGTTCAAAAAGTTA
129 TCAAAAAATTAATAAG--GA--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACTGAATTCAAATAGTTA
* * * * *
419873 TAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
190 TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA-ACATCATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGT
* *
419938 TTCTATTCATACAAGTTCATTCAAAAT-TAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
254 TTCTATTCATAC-AGTTTATTCAAAATAT-AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* *** * * *
420002 AAGTTGAAGATCTAAAAAATAAATTGGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGC
317 AAGTTG-AGATTTAAAAAATAAATCAATTT-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGT-CATTTGA-A
* * * *
420067 T-ATTATCTACTTCAAATCATTATGATATTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-T-AT
378 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TTATCAT
** * * *
420129 ACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAGGGATTTAA
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* * * * * *
420194 AAACTAAATCTATTTACCAATCCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAA
501 AGA-T-TATCTATTTACCAAGCCAGTTCAAATAGTTATAACTACTTAAACAATTATATATCTCAA
* ** * * * ** *
420259 ATTGATAAGATCTTTGTTTTATTTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGAAA
564 ATTGATAACATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATCCATACAAACTTATTTCAAAAAA
* * * * *
420324 AATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAAAGATTTACAAAATAAATGTGTTTGTCG
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*
420389 AACCGG
694 AACCAG
* * *
420395 TTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACTTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * *
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66 TAAAACAAATATTTCAGTTCATACAGTCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* * * *
420525 AAAAAATTAATAAGGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATTGAGTTCAAATAGTTATTACTA
131 AAAAAATTAATAAGGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACTGAATTCAAATAGTTATAACTA
* * * *
420590 TTTGAACAATTATCTATTT-AAA-ATCATTGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGG
196 TTTGAACAATTATTTATTTCAAACATCA-TGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-A
* * * * * * * * * *
420652 TTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCCAAAATTGAGAAGTT
259 TTCAT-ACAGTTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTT
* **
420716 GGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTCTCGAATTAGTTCAAATAGTTATGGTCATTTGAATAATTA
322 -GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTC-CAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GTCATTTGAATAATTA
*
420781 TTTATTTCAAATCATTATGA-AGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCC
384 TTTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCT
* * *
420845 CATTCAGAATAAAATAATACTAGTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTATCTAT
448 TATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTATCTAT
** * * * * * *
420910 TTACCAAGCTTGTTCAAATTGTTATAATTACTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCT
512 TTACCAAGCCAGTTCAAATAGTTATAACTACTTAAACAATTATATATCTCAAAT--TGATAACAT
* * *
420975 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTCCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
575 CTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATCCATACAAACTTATTTCAAAA-AAAATAATACTA
* * * *
421038 ATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTA-AGAAATAAATTTGTTTGCCAAACTA
639 AACTAATAATATTATAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTACA-AAATAAATGTGTTTGCCAAACCA
421102 G
699 G
* * * *
421103 TTCAAATAGTTAAGGCTATATA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTAAGACCAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTAGT
** ** * * * * **
421166 TGTAAAACAAATATTT-TTTTCATATAGGT-TTGTTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATG
64 CATAAAACAAATATTTCAGTTCATACA-GTCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
** * * * *
421229 TTTTAAAAATTAATAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACT-AATTTAATTGGTTAT
128 TTCAAAAAATTAATAAGGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACTGAATTCAAATAGTTAT
* * * *
421292 AACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCGTCATAACCATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTT
191 AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CATCATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * *
421357 TCTATTGATACAGTTTTATTCAAAATATAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
255 TCTATTCATACAG-TTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
421422 ATAATG-GATTT-AAAAATGAATCTATTGGCCTAACCAGTGCAAATAGTTAT-T-ACTGATTGCA
319 GT--TGAGATTTAAAAAATAAATCAATT-TCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCA-T--TTGAA
* * * * * * *
421483 CAATTATTTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCACAAAATAATT-ATTTCTATTCGTA
378 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATA
* * * * * * *
421547 CAAGCTTGTTGGAATAATATAATTCTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
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421611 TAAAAACTGA
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TAAAACAAATATTTCAGTTCATACAGTCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
AAAAAATTAATAAGGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACTGAATTCAAATAGTTATAACTA
TTTGAACAATTATTTATTTCAAACATCATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
CATACAGTTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAGA
TTTAAAAAATAAATCAATTTCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCATTTGAATAATTATTTATTT
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TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTATCTATTTACCAAGC
CAGTTCAAATAGTTATAACTACTTAAACAATTATATATCTCAAATTGATAACATCTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTATTTATATCCATACAAACTTATTTCAAAAAAAATAATACTAAACTAATAATAT
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422090 TAAAATAATA
* ** * * * * *
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* * ** *
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* ** * * *
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* * * * * *
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** * *
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65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAA
** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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129 GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
** * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCAGTAAACAAATTTATTT
* * *
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* * * * * *
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130 CTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATT
* * *
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** * * *
422945 GCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAAT
129 GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * *
422998 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTTGAAC-TGCTTCAGTAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTT
* * * * *
423062 TTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * * * * *
423127 CTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATAATAGATCAAAAGGTTATAACGAT
130 CTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * ** *
423179 TTGAAATAGATAATTATT-AAA-A---A-AA--A-TTG-----GTTTAGTAATTAGATTT-TTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
423229 TTAAAATCACCTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAGG
66 TT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * *
423294 CTTGTTTG-ATGACAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAAT
130 CTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ** * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTT
* * * * * * ***
423410 TTTAAATCACTAACATATCATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAAG-ATTATTTTATTTTGGATAA
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* * * ***
423474 GCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACTAAAGGTCATATTTAT
129 GCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * **
423527 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGGTAAACATAA-TTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-AATTTATTT
* * * * *
423591 TTCAAAATTTCTTATTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATA
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* * * ** * *
423655 AGCATGTATGAACT-AAAACAATTGTTTCATGACTAAATGAAAGGTCAGAGC-AT
128 AGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * ** * *
423708 TTGAAATAGTTAATTGTTCTAATAGTCTTTACTCTTAGAACTAGTTGGGCAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
423773 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAATTTAGGAATATTTTACTTT-GAATAA
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAA
* * * * *
423836 GCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-TAAGATCATAACAAT
129 GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * *
423888 TT-AAGATAGATAATTGTTC----A---A-AACTATTTGAA-TTGATT-TGATAAACAGATTTAG
1 TTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAAATTTAT
* * **
423942 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATGAGCATTATTTTATTTTTGAAT
63 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAAT
** * * ** ** * *
424003 AATTTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTACAACAAAACAAAATATTATAATGAT
127 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ** * *
424057 TTCAAATATATAATAGTTCAACTAGACATGGCTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
** * * * *
424121 TTAAATCTCCAACTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAAG
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAG
* *
424186 -TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAGGTCATAACGAT
130 CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* ** * * * *
424237 TTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATCTAAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG----TA-A---A----
* * * * * * *
424302 TTAAATTTATTTTTTATATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTT
54 -CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
424367 A-TTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG-----ACAAAAGGTTATAACGAT
118 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * *
424426 TTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTA-TAAAACATATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGT-AAACAAATTTATT
* * * * * * *
424489 TTTTAAAT-TTTTATTTAATGATTTTTGAAATATTAGTAAATTTGAATT-TTTTGA-TTCAAAAT
64 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC-AAAT
** * * * * * *
424551 AAGCTTCCATAAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TATT
127 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-T
* * * * * *
424606 TTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTTA-TGAACAGATTCATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTCAGTAAACAAATTTATT
* * * **
424669 TTCTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * *
424733 AACTTCTTTGAACT-GAAACAATTATTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATGAT
128 AGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
424787 TTAAAATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTCAATGAACATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTT
* * * * * * *
424851 TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAA
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAA
* * *
424914 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GCCATAACAAT
129 GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGAT
* * ** * *
424967 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
* * * * *
425032 TTAAATCTTTTACATATTAATTATCTT--AATATTACTAAATTTGTATTATTTTA-ATCAAAATA
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA
* * ** * **
425094 AGCTTCTATAAATAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGAT
128 AGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
425148 TTCAAA-AGGATACTTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATTGATTT
1 TTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTT
* * ** * *
425212 TTTAAATCTCTTAATTATTAAGTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * *
425277 CTTG-ATGAACTGAAATA-AGTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
130 CTTGTATGAA-T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-T
* * * *
425329 TTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
425393 TAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGATCT-AAATATG
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAG
* * * *
425457 CTTGTATGAAAAAAAAAAAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
130 CTTGTATG-----AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
425514 TTAAAATAAATAATTGCTCAAGTGGTCATAACTATTTGATCTAGTT-TGATAAACATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTT
* * *
425578 TTTAAATCTCTTA--T-TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATGCTGAACA-A
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAA-ATA
* * * * * * *
425639 A--TTGATATGAA-CAAAATATTTGTTTTATGATAAAA-TAAAGGACATAATGAT
128 AGCTTG-TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * *
425690 TTGAAATAGATAATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAAATTATT
1 TTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATT
* * * * * *
425754 TTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTCA-TTTTAGTTTATTCCAATTA
64 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
425818 AGCTGGTGTGAATTTAAAAA-AACTTGTTTAATGACAAAAC-AAA--T-AT---GAT
128 AGCTTGTATGAA--TAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
425867 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * * *
425932 TTAATTCTCCTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATCATTTTA-TTCTAAATAAG
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG
* * * * * **
425996 CTTGTATGATAAAAAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATTAT
130 CTTGTATG---AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* ** * * * *
426051 TTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTT-AGTAAACATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTT
* * * *
426115 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATATATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * *
426176 CTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACTAAAGGTAATAA
130 CTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
426224 TAATTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
Found at i:423536 original size:348 final size:347
Alignment explanation
Indices: 422879--423541 Score: 819
Period size: 348 Copynumber: 1.9 Consensus size: 347
422869 ACAAATTCAC
* * * * *
422879 TTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATA
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* *
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66 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATACAT
* * * * * * * * * *
423009 AATTGTTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTGCTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTT
131 AATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAACTAATTTTTCAAATCACTA
** * * *
423074 AGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT
196 ACATATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT
* * * *
423139 GAAACAATTATTTTATAATAGATCAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAA
261 AAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAA
423204 ATTGGTTTAGTAATTAGATTTT
326 ATTGGTTTAGTAATTAGATTTT
*
423226 TTTTTAAAATCACCTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAAT
1 TTTTT-AAATCACCTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCAAAT
* * *
423291 AGGCTTGTTTG-A-TGACAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATA
65 AAGCTTGTATGAATTGA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATA
** * ** *
423354 CATAATTGCTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACTGACTAATTTTTTAAATCA
128 CATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAACTAATTTTTCAAATCA
* * **** *
423419 CTAACATATCATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAAG-ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
193 CTAACATATCAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG
* * * *** *
423483 AACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACTAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATT
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* *
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** * * * **
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* *
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126 A---A-AACTATTTGAATCTGTTTAT-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTT-A--ATTT
* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * ** * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * ** * ** *
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* * *
426071 AATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTT
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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311 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCA-TTTTTAAATCT-CTAACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
426424 AGCAAACA-A---A--TTT--A-TT-TCTTTT-AA-CTCT
500 AGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * ** * * *
426452 TACTTGTTAAATTTTGAAATATTGAGAAATTAGAATTAATTTATT-TGGGATAAACTTTTACGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * ** * *
426516 CTAGAATAATTGTTTTATGCCCAAATAAA-ATGTCATAATGATTTTAAACAAATAATTGTTCGAA
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC---
** *
426580 TAATCATAACTATTTGAACTTCT-TTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTA-TTA
126 --A--A-AACTATTTGAA--TCTGTTTATAAACATATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTTA
* * * * * *
426643 ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAA-ATT-TGTAAGATATGAAAC
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* * * * * * * * ** * **
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * ** ** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * ** *
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66 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-
* * * * * * **
427123 GGCCATCATTATTTTAA-CTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA-TTAATTTAG
129 ----A-C--TATTTGAATCT-GTTT-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTAATTTTT
* * * ** *
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* * * * * * *
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* ** * ** * *
427313 TGAATTTGTTTAGTTGACA-ATTTTAGTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTA
312 TGAACTTGTTTAGTAAACAGA-TTCA-TTTTT-AAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTA
** * * * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
* ** ** * * * *
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66 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAAT--A-AATAATT-G--T-
** * ** * * * * *
427660 GTCTCAACTATTTGAA-CT-TGTTACGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGT
124 -TCAAAACTATTTGAATCTGT-TTA--TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT--AT-TTAATT
** * ** ** * * * * *
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182 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTCTATAAATAGAAACAATTA
** * * * * *
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246 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
427851 TTTGAAATGGTTTGGTATACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATT
310 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCA-TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT-TAAAATATT
* * * * * * * ** *
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373 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAGTTGTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGACAAA
* * * * * * ** * *
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437 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTCAG
* *** * * *
428034 -AACTAG-TTTAGTAAATAGAATTTCTTTTCTAAATCTCT
502 TAAATAGATTTA-TTTTTA-AATTTATTTTTTAAATCTTT
* ** * * *
428072 TACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAGC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * *
428137 TGATATAATTATTTTATGACAAAACAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
66 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA-A-A
* * * *
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129 ACTATT---TG---AATCT-GTTT-ATAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TTAATT
* * ** * * * * * * *
428264 TTT-AGAATATCACTAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTG
182 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTATAAATAGAAACAATTA
* * * * * *
428328 TTTTATAATAGAACAAAATGTTATAA-CAATTCAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT
246 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTC-AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * * * * *
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309 ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA-TTCATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * *
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373 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA--A-GT-TGTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGA
* * * * * *
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433 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAC-TCAAATAGTCATAACTA-TTAAACT
*
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** ** * * * * *
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367 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAAG-TTGTATG--AACTGAAACAATT-TT
* ** * ** * ** * *
429049 TTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGATATTGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACTATTG
427 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTA
* * ** * *
429113 AACTGGT---TTAA-A-A---A----TAGCTTTAGTTTTTAAATCTCT
492 AACTTGTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * ** * * ** ** *
429149 TGCTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * * * * *
429214 TGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAA-AGGTAATAACGACTCT-AAATAGATAATTGTTCAAA
66 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * *
429277 TAGTCAAATTAATTCGAATTTGATCAGTAAACATATTTACTTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAA
129 -A--C----T-ATTTGAATCTGTTTA-TAAACATATTTA-TTTTTT-AAATCTCTT-AT--TTAA
* * * *** * * * * *
429342 TTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATTGAAATAA
180 --TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTATAAATAGAAACAA
* ** * * * * * ** * * *
429406 TTGTTTTATGATTACAGAAATGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
243 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * **
429471 TATTTGAACTAG-TTCGATAAATACATTTATTTTTTTAAATCTC-ATGCTTATTAATTTTTGGAA
308 TATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTCA--TTTTTAAATCTCTA-ACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * ** *
429534 TACTAATAAATTAGTATTGTTTTAATCCAAAT-AAGCTTGCATGAAAAGAAACAAATGTTTTATG
369 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGAACTGAAAC-AATTTTTTATG
* * * * * * * * * ** * *
429598 ATAAAA-TAAAGATCTTAACGGTTGGAGATAAATAACTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT
432 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACT
* * * *
429662 GTTTC-G---GTA-A---A----CAAATTTAGTTTTTAAATC---
496 -TGTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTATTTTTTAAATCTTT
** * * * * * ** *
429692 T-CTTATTAA-TTTCCAATATATCAATATATCAGTATTATTTTTTTCTAAATAATTTTGCATGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
429755 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC-AA
* * * * * *
429819 TGAACATGATTATATAAACATGTTTAGTAACCAGATTTATTTTTCAAATCTCCTACCTATTAATT
128 --AAC-T-ATT-T-GAATC-TGTTTA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TTAATT
** * ** * * * * *
429884 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAAA-AGAAATAATTG
182 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTAT-AAATAGAAACAATTA
* ** * * *
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246 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTCAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * **
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309 ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCA--TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * ** *
430076 TAAT-AGTCTAATATTATTTTATTTCAAAT-ATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC
372 TAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGAC
* * * ** * *
430139 AAAACAAAAGGTCATAACT-CTTTTAAATACAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
434 AAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTT
* *
430202 GT---TCAAA-A-A---A----TAGATTTATTTTTTAAAT-TAT
497 GTCAGT-AAATAGATTTATTTTTAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * *
430233 TACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA
* * ** *
430296 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAACATAA-AATTGTTCA
64 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTGTTCA
* * * *
430359 AATAGTCATAACTATCT-AAGCTTGTTCTATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA
127 AA-A--C-T-A-T-T-TGAATC-TGTT-TATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--TTA
* * * * *** * * * *
430423 ATTATTAAAATATTAATAAATTAGGACTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAA
179 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTAT-AAATAGAAACAA
** *** * * * * * *
430487 TTGCTTTATGGTGAAACAACAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATGA
243 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
430551 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
307 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTT-AAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * *
430616 TTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT-AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTTTTTTAAGA
371 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGAACT-GAAACAA-TTTTTTATGA
** ** ** * *
430679 CAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAAC-T
433 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTT
* * * *
430743 -T-ATTCAAT-GA---A----CAAATTTATATTTTAAATCTTT
497 GTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * ** *
430776 TACTTATTAATTGTTTG-AATATTGATAAATTTGTTTTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGA
1 TACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * *
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64 ACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTC-ATAACAATTTGAAATA---AATAATT--
* * * * * * * *
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122 -GT--TCAAAACTATTTGAATCTGTT-TATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TTAA
* * * ** * ** * *
430967 TTTTTGGAATATTAATAAATTAG-AATATGTTATTCCGAATAAGCTTGTACGAACAAAAACAATT
180 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTATAAATAGAAACAATT
* * * * * * * *
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245 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACT
* * *** ** * * * * *
431094 ATTTGTACTAGGCAAGCCAATAAATTCATTTTTTTAAATCTATCACTTATTAATTTTTAGAATAT
309 ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCA--TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * *
431159 TAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAAT-AAGATTGTATCAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC
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* * * * * *
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434 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAA-TAGTCATAACT-ATTAAACTT
* ** *
431285 G---GT--TTAG---TA--AATAGATTTATTTTTTAAATC---
497 GTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * ** * * * * *
431315 T-CTTATTACTCTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
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65 CAAAAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
** * **
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127 -AAA--C-----TATTTGAATCT-GTTT-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TTA
* ** * * * * * * *
431503 A-TTTTCATAATATTGTTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAGTAAG-TGTGC-ATGAACATAAAT
179 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCT-T-CTATAAATAGAAAC
* * * * * * *
431565 AGTTATTTTATAACAATACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA
241 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA
** * * * ** * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * **
431817 GAGC-CGATCCG---ATA-A---A---CT-AATTTATTTTTTAAATCTCC
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* *** * * ** * *
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1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-AA--TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
** * * * * ** * *
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* * * * **
431981 AATAGTCTTGACTATTTGAATTTGTTTAGTGAATAGATTT-TTTTAAAAATTTCTTGCTTA-TTA
126 AA-A------ACTATTTGAATCTGTTTA-TAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTTA
* * * * * * *
432044 ATTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTAATATTTTATTTC-GATTAAGCATGTATAAATTGAAAC
179 A-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTCTATAAATAGAAAC
* * * ** * * *
432106 AATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTAAAAATAGATAATCGTTCTAATAGTCTTA
241 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
432171 ACTATTTGAACTAT-TTTGGCAAACACATTTATTTTTCTAACCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAA
306 ACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAGATTCATTTTT-AAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
432234 TATTAGT---TTAGGAATATTTGACTCCGAAT-AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA-
369 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGAACT-GAAACAATT-TTTTAT
** * * ** *
432293 GAACAAAAC-AAAGACCATAAGGATTTGAGATAGAA-AATTGTTCAAATAATCATAAC---T--A
431 G-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTAAA
* **** *
432351 -TT-T--G-AACT-GATTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---
494 CTTGTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * ** *
432389 T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
** *
432453 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
66 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
432516 TAGTCATAAC
Statistics
Matches: 6718, Mismatches: 1393, Indels: 1256
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
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TGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTCAGTAAATAGATTTATTTTTAA
ATTTATTTTTTAAATCTTT
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423211 TAGTAATTAG
* * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 ATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** *
423648 TCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTGTTTCATGACTAAATGAAAGGTCA-GA-GCATTTG
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* * * * * * * ** * *
423711 AAATAGTTAATTGTTCTAATAGTCTTTACTCTTAGAACTAGTTGGGCAAACATATTTATTTTTTA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *
423776 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAATTTAGGAATATTTTACTTTGAATAAGCTT
194 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTT
* * * * * *
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*
423903 GTTC----A---A-AACTATTTGAAT-TGATTTGATAAACAG
321 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATG-TTTGATAAACAA
* * *
423936 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATGAGCATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* ** * ** ** *
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64 TTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * ** *
424059 CAAATATATAATAGTTCAACTAGACATGGCTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
** * * *
424123 AAATCTCCAACTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTTCGAATAAAG-
193 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAAT-AAGC
* * * *
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256 TTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAAT
** * * ****
424251 TACTCAAATAGTTATAACTATCTAAACTTGCTCAGTAAATAGATTT-ATTTTTTAA
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* * * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
424371 TAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATG-----ACAAAAGGTTATAACGATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *
424430 AATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTA-TAAAACATATTTATTTTTT
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* * * * * * * * **
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193 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCT
** * * * *
424556 TCCATAAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATATTTTAAAATAGATAATT
257 TGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATT
* * * *
424621 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTTTATGAACAG
321 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTTGATAAACAA
* * * *
424662 ATTCATTTTCTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
424727 TGAATAAACTTCTTTGAACTGAAACAATTATTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
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130 AATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *
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* * * * * *
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259 TATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTG
* ** *
424983 TTCAAATGGTCATAAAGATTTGAACT-TGTTT-AGTAAACAT
322 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGA-TAAACAA
* * * * *
425023 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTATCTT--AATATTACTAAATTTGTATTATTTTAA
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** * * * ** * *
425086 TCAAAATAAGCTTCTAT-AAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTT
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* * * * * * * *
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128 GAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTT
* * ** *
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192 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGC
* *
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256 TTGTAT-AAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-A-TTTGAAATAGAT
* * * *
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317 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAT-GTTTGA-TAAACAA
* * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
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* * * * * * * *
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* * *
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188 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TTGAAT
* * * * * * * *
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252 AAGCTTG-TATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAG
* * *
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315 ATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGATAAACAA
* * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
** * * * * * * *
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64 TTTAAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
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127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * * *
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192 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
* * * * * * * ** *
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256 TTG--T-ATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGAT
* * *
426062 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-GCTT-AGTAAACAT
317 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGA-TAAACAA
* * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * * * *
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65 TTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * ** * *
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130 AATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* *** * * * * * ** * **
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193 AAATC-TCTTACTTATTA--ATT-TTTGAAATATT-AATAA-ATTAGTATTATTTTAATTTGAAT
* * * * ** * * * *
426345 -TG-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA--A-ATAGACAATTA-TTCA-AATAGT
252 AAGCTTGTAT-A-AATA-GAAA---CA-ATTG-TTTTATGACA-AAACAA-AAGGTCATAATATT
* ** * * *
426403 TGTAACTATTTAAATTTGTTC----AG-CA-AACAAATTT--ATTTCTTT--T-AAC--
307 TG-AAATAGAT-AA-TTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATATGTTTGATAAACAA
* * * * * *
426449 -TCTTACTTGTTAAA--T-TT--TGA--AATATTGAGAA-ATT-A-GAA-T--TA--A-TTTATT
1 AT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * * * * *
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65 TTAAATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
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129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-
* * * * * ** **
426626 AAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTT-ATTCCAAATAAAT
193 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
* * * * * * * * * *
426689 TTGTA-AGATATGAAACAAATATCTTATGGCTAAACAAAATGTCAAAACGATTGGAAATAGATAA
256 TTGTATAAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAA
* * ** * * *
426753 TTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-CTGCTTT-AGCAAACAT
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATG-TTTGA-TAAACAA
* * * * * *
426796 ATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATT-ATAAAATTAGAATTATTTT-TA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-
* * * * ** * * *
426859 ATCAAATAAGCTTCTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTG
64 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
426923 AGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTACTTGAACTGGTTTAATAAA-AAATTTATTTTTTA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* *
426987 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTG
194 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTG
* * * * **
427052 TAT-GATCAAAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
259 TATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
427116 TTCAAATGGCCATCATTATTTTAACTA-ATTTGGTAAATAG
322 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGATAAACAA
*
427156 ATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** ** ** * * * *
427215 CCCATCTAAGCTCATATTAACTGAAACAATTATTTTATGA-AAAATCAAATGGTTATAATGATTT
64 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * ** *
427279 TAAATAGACAATTGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATTTGTTTAGTTGACAATTTTAGTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTT
* * * * ** * *
427344 AAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAACTT-ATTCTAAATAAAC
192 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
* * * * ** * * * *
427408 TTGTATGAATTA-AAACAATTATTTTATGTCTAATTAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAA
256 TTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
427472 TTGTCCTAATAATCTTAACCGA-TTGAAT-TGATTTGATATACAA
319 TTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAATATG-TTTGATAAACAA
* * * *
427515 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * ** ** * * * **
427578 AAAATAAGCTTGTA-CAA-AAAAAAAATTGCCTTACAACAAAAGAAAAAGTCAAAACAATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** ** * ** *
427641 ATACATAATCATTCGTATAGTC-TCAACTATTTGAACTTG-TTACGCAATTAGATTTATTTTTTA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * ** * * ** *
427704 ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAAATA
194 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTT
* * * * ** * * * * *
427768 GTATGAACATAACCAATTGTTCGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTA
258 GTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * *
427833 TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGGTTTGGTATACAA
322 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAT-GTTTGATAAACAA
* * *
427873 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTA-AATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ** * * * * *
427937 TCAAAAAAACTTATATTAGCAAAAATAATTGTTTTATGAC--AACAAAAAGTAATAAAGATTTGG
65 TTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
428000 AATAGACAATTTTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGAATTTCTTTTCTA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTA
* * * **
428065 AATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCT-ATTCCAAATAAGCTT
194 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTT
** * * * * *
428129 GTATGAGCT-GATATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
258 GTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATT
* ** * * *
428192 GTTCATATAG-CATTAACTGCTTAAACTA-GTTTGACAAACGA
321 GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-TATGTTTGATAAACAA
* * * *
428233 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTAGAATATCACTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * ** * * * * * * ** **
428298 CT-AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAATAGAACAAAATGTTATAACAATTCAA
65 TTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * * *
428362 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACTAGTTCGGTAAATAAATTTAATTTTCAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
428427 A--TC-T-CTTATTAATTGTTGAAATATTAGTAAATTGGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCATG
195 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTG
** * * * * *
428487 TAT-GTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTC
259 TATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
428551 TTCAAATGGTCATAATTATTT-AA-ACTGATTCAGTAAATAG
322 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA-TGTTTGA-TAAACAA
** ** *
428591 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAGCTTTT-GAAATATTAATAAAGGAGTATTATTTTTT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
428655 TTTGGAA-AAGCTTTTATGAACTAAAAAAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATAATGGTTT
64 TTT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
428719 TAAAAATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTATAGTAAACAAATTT-TTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* *
428783 CAAATCTATTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAA
193 -AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAG
* * * * * * *
428846 CTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGATAA
255 CTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAA
* * * * *
428911 TTATTCTAAT-GAT-ATTAACTATTTGAACT-GGTTTGACAAACAC
319 TTGTTCAAATAG-TCA-TAACTATTTGAA-TATGTTTGATAAACAA
*
428954 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
** *** * * * **
429014 CCATAA-AAGCTTGTATGATAAAAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATT
65 TTA-AATAAGCTTGTATG--AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * ** *
429077 TGATATTGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACTA-TTGAACTGGTTTA-AAAATAGCTTTAGTTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTT
* * ** * * **
429140 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGGATAAATT
192 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCT
* * * * * * * *
429205 TTTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTAATAACGACTCT-AAATAGATAA
257 TGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TA-TTTGAAATAGATAA
* * * * * *
429268 TTGTTCAAATAGTCA-AATTAATTCGAATTTG-ATCAGTAAACAT
319 TTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATATGTTTGA-TAAACAA
* * * * * *
429311 ATTTACTTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTAATTTA
1 ATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * * * * **
429376 TTTTGAATATGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGATTACAGAAATGGTCAGAACAATTT
63 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
429441 CAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAATACATTTATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTA-TTTT
* * * * * ***
429505 TTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTGTTTTAATCCAAATAAGC
191 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGC
* * * * * * ** * * *
429570 TTGCATGAAA-AGAAACAAATGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCTTAACGGTTGGAGATAAATAA
256 TTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAA
* * * *
429633 CTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-CTGTTTCGGTAAACAA
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTT-GATAAACAA
* ** * * *
429676 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTCCA-ATATATCAATATATCAGTATTATTTT-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * *
429735 TCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTG
65 T-TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * * *
429800 AAATAGATAATTATTCAAAT-GAACATGATTATATAAACATGTTTAGTAACCAGATTTATTTTTC
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * ** * *
429864 AAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATCTT-ATTCTGAATAAACT
193 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCT
* * * ** * *
429928 TGTGTGAAA-AGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATTATAACTATTTGAAATAAATAAT
257 TGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAAT
* * * * **
429992 TATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACT-TG-CTCACTAAACTG
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGA-TAAACAA
* * * * *
430034 ATTTATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AGTCTAATATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTAT
* * ** * *
430098 TTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-CTTT
64 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTT
* * * * ** * *
430162 TAAATACAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* *
430226 AAAT-TATTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTCGAATAAGC
193 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGC
* * * * *
430288 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAACATAAAAT
256 TTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAAT
* * *
430353 TGTTCAAATAGTCATAACTATCT-AAGCT-TGTTCT-ATAAATAG
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TATGTT-TGATAAACAA
* * * * * *
430395 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGGACTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *** * *
430460 TGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGCTTTATGGTGAAACAACAGGTCATAACGATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
430525 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * ***
430590 TCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
196 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTA
* * * * ** * * *
430655 TGAATAAAAACAATTTTTTTAAGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTT
261 TAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** *
430720 AAATAGTTATAACTATTTAAACT-TATTCAATGAACAA
325 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGATAAACAA
* * * * * *
430757 ATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTGATAAATTTGTTTTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
430821 TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAATGATTT
65 TTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTT
* ** * * * * * *
430884 GACATAGGCAATTATTCAAATAGTGATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
430949 AAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-AATATGTT-ATTCCGAATAAGCT
193 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCT
** * * * * * * *
431012 TGTACGAACAAAAACAATTATTTTTTGGC-GAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
257 TGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *** ** *
431076 ATTCAAACAATCATAACTATTTGTACTAGGCAAG-CCAATAA
321 GTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATATGTTTGATAAACAA
* * * * *
431117 ATTCATTTTTTTAAATCTATCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * *
431182 TCGAATAAGATTGTATCAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTG
65 TTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
431246 AAATAGACAATTATTCAAATTA-TTATAACTAATT-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTT
* * ** * * * *
431309 TAAA--TC-T-CTTATTACTCTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACT
192 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCT
* * * * *
431370 TATATGAATAAAAAC-ATT-TTTT-TGCTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAA
257 TGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAA
* * * * **
431432 TTATTCATAA-AGCCTTAATTATTTGAAT-TGGTTTGGCAAACAA
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** * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*** * ** *
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* * * *
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* * **
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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170 ACACATTTAT
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438151 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAAT
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* * * *
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127 ATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
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127 ATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * * * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
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129 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACA-CATTTAT
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* * * *
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1 TTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAAT
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127 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAAT
* * * * * * * * *
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65 AAACTTGTATGAATTGAAATA-A-TTATTTTATGATAACA--AAAGGTCAGAACAATTTCAAATA
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126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* *** * * * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
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* * *
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125 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACACATTTAT
* * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAAT
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* * * *** * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
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128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTA-T
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
* * * * * * * *
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66 AACTTGTATGAAT-TGAAATAATTATTTTATGA-T-AACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAGA
*** * * ** * *
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128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * *
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63 ATAAACTTGTATGAATT-GAAATAATTATTTTATGATAACA-AAAGGTCAGAACAATTTCAAATA
* * ** * * *
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* * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAAT
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-GAA
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* * * * * *
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127 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * * * *
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1 TT-TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTA-ATTTATTTCGA
* * * * * * ** *
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126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * *
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* * * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-GAAT
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441610 AAATTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTAAAACAAAACAAAAAGTC-GTAGTGATTTAAAATAG
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* * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
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* * * * *
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128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTCGA--TAAACACATTTAT
* * ** * * * *
442089 TTTTTAAATATATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-GAAT
** * * ** * * * *
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442215 AAATAATTATTCAAATAATTATAACTAATTGAATTGATTTGGTAAATAGATTTAT
125 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * * * * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTT-ATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAA
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64 TAAACTTGTATGAATTGAAATA-A-TTATTTTAT-G-ATAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAAT
* * * * * * * * *
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125 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTAT
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1 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAA-
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* ** * ** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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Statistics
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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** * ** *
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* * * ** ** **
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* ** ** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * * *
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** ** * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * *** ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * ** * *
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* * * **
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** * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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568 TTATTTTTTTCTA-AATAAGCTTGTATG--AACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
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441 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT
*** * ** * * *
429666 CGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTCCAATATATCAATATATCAGTAT
505 CTACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-ATATTAATAAATTAGTAT
** * *
429727 TATTTTTTTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATA
569 TATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
429792 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GAACATGATTATATAAACAT-GTTTAGTAACCAGAT
634 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTAT-TGAAC-TGGTTTAGTAAATAGAT
429855 TTATTTTTCAAATCTCCTACC
696 TTATTTTTCAAATCT-CT--C
* * *
429876 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAAAAGAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAAAA-AA
* * ** * * *
429941 ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
430006 TAACTATTTGAACTTGCTCACTAAACTGATTTATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGG
129 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * *
430071 AATATTAAT-AGTCTAATATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTA
193 AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTA
* *
430135 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTCTTTTAAATACATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
256 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATACATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
430200 ATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TATTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT
320 -TGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T
* * *
430264 TA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
383 TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
430328 GTCATAATGATTTGAAACATAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATCT-AAGCTTGTTCTATAA
448 GTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCTACAA
* * * * * * *
430391 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGGACTATTTT
511 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** *** *
430456 ATTT-TGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGCTTTATGGTGAAACAACAGGTCATAACGAT
575 -TTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
430520 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTT
639 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTT
* *
430585 TAAAATCTTTTAC
703 TCAAATC-TCT-C
* * * ** *
430598 TTATTAATTGTT-GAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAA
1 -TATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGAA-AA
* * ** * * * *
430662 AAACAATTTTTTTAAGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
430727 TATAACTATTTAAACTTATTCAATGAACAAATTTA-TATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
127 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT
* * * * * * *
430791 TGAATATTGATAAATTTGTTTTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTT
191 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTT
* * *
430856 ATGACAAAACAAAAGG-CTATAATGATTTGACATAGGCA-ATTATTCAAATAGTGATAACTATTT
255 ATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAT-ATTTGAAATA--CATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
430919 GAATTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
316 GAA-CTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * *
430984 AATTAG-AATATGTTATTCCGAATAAGCTTGTACGAACAAAAACAATTATTTTTTGGC-GAACAA
380 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
431047 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGTACTAG-GCAAGC
445 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTA-C
* * * * * *
431111 CAATAAATTCATTTTTTTAAATCTATCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTAC
509 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * * *
431176 TTTATTTC-GAATAAGATTGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC
571 TTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
431240 GATTTGAAATAGACAATTATTCAAATTA-TTATAACTAATTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA
636 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACT-ATTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTA
*
431304 TTTTTTAAATCTCT-
699 TTTTTCAAATCTCTC
* * * * * *
431318 TATTACTCTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAA-AAAA
* * * *
431383 AC-ATT-TTTT-TGCTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATAA-AG
64 ACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAG
* * * ** * * ** *
431444 CCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTGAAAATCTCTTAGTTATTAATTT
126 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * *
431507 TCAT-AATATTGTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAGTAAG-TGTGCATGAACATAAATAGTT
190 T--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAACA-AAAAAATT
* * * * *
431569 ATTTTATAACAATACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
250 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATACAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * ** * * *
431634 TTTGAACCGGTTCACTAAACAAATTTGTTTTTAAAATTTCCTACTCATTAGTTTTTTAAATATTA
313 TTTGAA-CTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** * * * *
431699 A-AAATTAATATTATTTTATTATGAATAGGCTTAT-TCG-AT-GAACAAAAATTGTTTTA-GAAC
377 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-GAATAG-A-AACAATTATTTTATG-AC
* * * * * * *
431759 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAGC-CG
438 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * ** *** * *
431823 ATCCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCCCAACTTTTGAAATATTAAT-AATGCA
503 -TTCTACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAAT-TA
* * ** * * * * * * * *
431887 ATGTTATTTTATTT-TGGATAAGCTTATATTAACTGAAATAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGG
565 GTATTATTTT-TTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
431951 TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATTTGTTTAGTGAATA
629 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTAGTAAATA
** *
432016 GATTT-TTTTAAAAATTTCTTGC
693 GATTTATTTTTCAAATCTC-T-C
*** * * * * * *
432038 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TAGTAATATTTTATTTCGATTAAGCATGTAT-AAATT
1 -TATTAATTTTCAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAAA--
* * * * * * * ** * ** *
432101 GAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTAAAAATAGATAATCGTTCTAATAG
61 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* ** * * *
432166 TCTTAACTATTTGAACTAT-TTTGGCAAAC-ACATTTATTTTTCT-AACCTCTTACTTATTAATT
126 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * * * * *
432228 TTAGAATATTAGT---TTAGGAATATTTGACTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT
189 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTT
** * * * * *
432290 TTA-GAACAAAAC-AAAGACCATAAGGATTTGAGATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
253 TTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATA-CATATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
432353 TGAACTGATTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
315 TGAACTG-TTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** ** * *
432414 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
379 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * *
432479 AAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCT-TAG
444 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTA-
* * * *
432543 CAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATT--TA-TA-
508 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * *
432604 TTTTTT-AAAACGTTA-TTATGTTTTGAA-ATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAAC--TA--T-
572 TTTTTTCTAAA--TAAGCT-TG-TATGAACAGAAACAATTATTT-TAT-GACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * ** ** * ** *
432661 TTGAACTTATTTAGTAAACA-ATTCTTTTTTTAATTCTC-TTACTCATT-AA-TTTTTTATATAT
631 AT-AAC-GATTT-G-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTGAACTGGTTTA-GTA-
* * * * *
432722 TAATA-AATTAGTATT--ATTTTGCATC
689 -AATAGATTTATTTTTCAAATCT-C-TC
* * * * ** * * ** * * * * *
432747 AAATAAGCTTACATGA-ACTAAAACAATT-GT-TT-TACTA-TAAAAGAAAATGGCATAATG-AT
1 TATTAA-TTTTCAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTAAATAAACTTG--T-ATGAAA
*** * * * * * * ** * * * * *
432806 TTGA-AATAG-ATAATTACTCAAATAGTCAGGACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACATATTTAT
61 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACA-AAAGG--TA-AT-AAC--GATT-TG-AAATA-AATAAT
* * * * * * * ** * * * * *
432868 TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCAAAATATT-AATAAATTAA--TA-TTATTTCAATC-C
115 TATTCAAATA-GTCA-TAACT-ATT-TGAACTTGTTCAGTAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTC
* ** * * * * *
432928 -GA---A-T-ATGCTTG--TA-TAATAATTTAATATTATTTTA-ATCTGAATATGCTTGTATGAA
176 TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
432983 CAAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTT--AATAAATAATTGCTCAAAT
240 CAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATACAT-ATTGTTCAAAT
** *
433046 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
302 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * * **
433107 CTGAAATATTAGTAGATTACTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGCT
366 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT
* * * * *
433172 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTAATT
431 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
433237 GAA-TTGGT-TAGCTAAACAAAATTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGACATATGAA
496 GAACTAGTTCTA-C-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * * * *
433300 TAGATTCA-TTTTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAATTCA-AAA-AATTGTTTTATGACAA
558 TAAATT-AGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAA--CAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
433362 AACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
620 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTT
* * * * * *
433427 TAGCAAACAAATTT-TTTTT-AATTTCTTTGT
684 TAGTAAATAGATTTATTTTTCAA-ATCTCT-C
** * * * *
433457 TATTAATTTTTGAAATATTGATATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAA-AAAA
* * * * * * * * * *
433522 ATAATTTTTTTATGAGAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
433587 TAACTA-TTCAAATTGGTT-TGATAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
129 TAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
433648 TAAAAAATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGATA-AAAAAGAATTGTT
191 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAA-AATTGTT
* * * * * * * * *
433712 ATATGACCAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCT-AATATAGCCATAATTATT
253 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATACAT-ATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATT
** * * * * *
433776 TGAACTGATTCGCTAAATAAATTCA---CTTCAAT-AACTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAA
315 TGAACTG-TTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTA-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * * *
433837 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAA
378 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * ** * *
433901 CAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCCAATAGTCACAACTATTTGAGTTTGTTCG
442 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCT
** * * * *
433966 GTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATACTAAGAAATTAGTATTA
507 ACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * * * * * *
434031 TTTTATTT-TGGATAAATTTTTAT-AGACTGAAATAACTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATA
571 TTTT-TTTCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
434094 ATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCT-GTTTGGTAAATAGATT
634 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAA-CTGGTTTAGTAAATAGATT
*
434158 TATTTTTTCAAATCTTTTGC
697 TA-TTTTTCAAATC-TCT-C
*** * * ** * * ***
434178 T-TATAATTTTTTTTAATGTTAATAAATTGGT-TTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAGATGTG
1 TAT-TAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGA-AAA
* * * * * * *
434241 AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAA-AATTATTCTAATAA
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAG
* * * * ** *
434305 T-TTCAATTATTTAAACTAGTTTGGCAAAC-ACATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
126 TCAT-AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * * * **
434363 TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCATTTT-TAACCGAATAAGCTTGTATGAATAGGAACGATT
189 TTT--GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATT
* * *** *
434427 GTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCATTCAAA-ATGTCATAATT
250 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATACAT-ATTGTTCAAATA-GTCATAACT
* * * * * * * * **
434491 ATTTTAATTGAGTT-AATAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTAATAATTTAGGAAATAT
312 ATTTGAACT--GTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
434555 TAATAAATGAGTATTATTTTATTTC-ATCTAAACTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGGC
375 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * * *
434618 AAATC-AAAGGTTACAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTG
438 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
** * * * * *
434682 TT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
503 TTCT-ACAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
434746 GTATTAATTTATTCTAAATAAGCCTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGT
565 GTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * ** *
434811 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGCCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAAT-G
630 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTTAGTAAATAG
*
434875 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
694 -ATTTATTTTTCAAATCTC-T-C
* * * * * *
434898 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTATTATTATTTGAATATGAATAAACTTG--TGCAAACA
1 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTAAATAAACTTGTATG-AAA-A
* * * * * * * * ** *
434961 AAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATTATCGTTCATATAGT
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
** * * * * * ** *
435026 TTTAACTATTTGAACTGGTTTA--ACAATTAGATTT-TATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGT
127 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AACTA-ATTTAT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * *
435088 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTGT
189 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGT
* * * * * * * * *
435153 TTAATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAACA-ATTAATTATTCAAATAGTTAGAATTAT
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATACA-T-ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *** * * * * * *
435217 TTGAAATGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTATATCTCTTA-TTCATTAATTTTTTAAATATTA
314 TTGAACT-GTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * * * * *
435281 ATAAATTACTATAATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAC
377 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG----AC
* * *
435346 TTATATTAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAACTTATATTAATAACAATTTGAAATAGATAATT
438 -------AA-AACAA-AA--G------G-T---C----A-TAAT---GATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * ** * * *
435411 ATTCAAATAGTTATAATTATTTAAAATGGTTAGATAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTA--
474 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTACAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** **
435473 TA--AATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTA-A
538 TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGA
* * * * * * * *
435535 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTC
601 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * ** * *
435600 TTAATTGTTTGAATTGGTTGGGCT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
666 ATAACT-ATTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTCAAATCTC-T-C
* * * * *
435651 TGATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTACGAATAAGCTTGTATGAATAA
1 T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA--AATAAACTTGTATGAA-AA
* * * *
435715 AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGCT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * *
435779 TCATAACTATTTGAAATGGTT-ATGGAAA-TAGATTTA-CTTTTTAAA--TCTT--TTAGTAATT
126 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * *
435837 CTTAAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATG-TCGAAAAACAATTG
189 -TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAA-AATTG
* * * * * *
435901 TTTTATTATATAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAAT
251 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATACATA-TTGTTCAAAT
435954 GGCCATAATC
Statistics
Matches: 6858, Mismatches: 1638, Indels: 894
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
700 6 0.00
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ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
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TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAA
GCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
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* * * *
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* * * ** *
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* * * **
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131 TGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTGAAAATCTCTTATTACTCTTCAA
* * * *
431331 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATGAATAAAAAC-ATT-TTTT-
1 AATATTAATAAATTAACATTACTTTATTTCGAACAAGA-TTATATCAATAAAAACAATTATTTTA
* * * *
431392 TGCTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATAAAGCCT-TAATTATTT
65 TG--ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGACAATTATTCA-AAAGACTATAACTAATT
* *
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TGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTGAAAATCTCTTATTACTCTTCAA
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431551 GCATGAACAT
* * * * *
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* * * * * * ** **
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* * *
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* *
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* * * *
431806 CATAATTATTTGAGCCGATCCGA-TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTC-CCAACTTT
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* * * * *
431869 TGAAATATTAATAATGCAATGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTATATTAACTG
129 TGAAATATTAAAAATGCAATATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAAC-G
* * * * * *
431922 AAATAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* *
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432483 GTCATAATGA
*
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* *
432558 TTTAAATT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTTATATTTTTTAAAACGTTATTA
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432622 TGT
129 TGT
* * * * * * * *
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1 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGCAAACATATT-ATTT
* * *
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TTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTTATATTTTTTAAAACGTTATTATG
T
Found at i:432945 original size:38 final size:38
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432893 ATCAAAATAT
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1 TAATAAATTAATATTATTTCAATCCGAATATGCTTGTA
* * *
432941 TAATAATTTAATATTATTTTAATCTGAATATGCTTGTA
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432979 T
1 T
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* * *
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*
432950 AATATTATTTTAATCTGAATATGCTTGTATGAACAA-A
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Statistics
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AATATTATTTTAATCCGAATATGCTTGTATAACAATA
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432985 AAAACTATTA
* * *
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1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
433058 TTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-ATC-TCTTATTAATTTCTGAAATATTAGT
66 TTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAAT
* * * * **
433120 AGATTACTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGCTTTATGA-TAAAAC
131 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACT-AAAC
* * * * * * *
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195 AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTAG
* * ** * * * * *
433248 CTAAACAAAATTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGACATATGAATAGATTCA-TTTT
259 CTAAA-TAAATT-TATTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATT
* *
433312 ATTTTATTCTT-AATAAGC-TAGTATGAATTCAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
321 ATTTTATT-TTGAATAAGCTTA-TATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
433374 TAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAA-
383 TAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAACAAAT
* * *
433438 TT-TTTTTT-AATTTCTTTG-TTATTAATTTTTGAAATATTGATATATTAGTATTATTTTATTTT
446 TTATTTTTTAAAATTC-TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* ** *
433500 GAATAAGCTTGTAT-GAACAAAAATAATTT
510 GAATAAACTTGTATAG-ACTGAAATAATTG
* * * *
433529 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
433593 TTCAAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAAAATTA
66 TTGAAATT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTTAAATATTA
* *** * * * *
433658 ATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGATA-AAAAAGAATTGTTATATGACCAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACTAA
* *
433722 ACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGCTAATATAGCCATAATTATTTGAACTGATT
193 ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTTTCTAA-ATAGCCATAATTATTTGAACTGATT
* * * * * *
433786 CGCTAAATAAATTCA-CTTCAATAACTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
257 AGCTAAATAAATTTATTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
433850 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
322 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
433915 GATTTTAAATAGACAATTGTTCCAATAGTCACAACTATTTGAGTTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
387 GATTTAAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT-AGTAAACAAATTTAT
* * * *
433980 TTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATACTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATA
450 TTTTTAAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
434045 AATTTTTATAGACTGAAATAACTG
515 AACTTGTATAGACTGAAATAATTG
** * *
434069 TTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
434134 TT-AAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTA-TAATTTTTTTTAATGT
66 TTGAAA-TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATATCTT-CTTATTAA-TTTTTTAAATAT
* * * * **** *
434197 TAATAAATTGGT-TTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAGATGTGAAACAAATATTTTATGACTA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTA
* * * *** *
434261 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCT-AATA-ATTTCAATTATTTAAACTAG
192 AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCAT-AATTATTTGAACT-G
* * * * *
434324 TTTGGC-AAACACATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTCAAAATATTATTAAATTA
254 ATTAGCTAAATAAATTTA--TTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTA
* *** * * *
434384 GTATCATTTT-TAACCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGGAACGATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
316 GTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* *** * * * *
434447 GTCATAATGATTTGAAATAGATAACCATTCAAAATGTCATAATTATTTTAATTGAGTTAATAAAC
379 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATA-GTCATAACTATTTGAATT-AGTTAGTAAAC
* * * * ** *
434512 AGATTTA-TTTTTAAAATTTTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATGAGTATTATTTTA
442 AAATTTATTTTTTAAAA-TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
434576 -TTTCATCTAAACTTGTATTA-ACTGAAACAATTG
506 TTTTGA-ATAAACTTGTA-TAGACTGAAATAATTG
* * * * * * *
434609 TTTTATG-GCA-AATC-AAAGGTTACAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACT
1 TTTTATGAG-AGAA-CAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
434671 ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGT
64 ATTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATATC-TTCTTATTAATTTTTTAAATAT
* * * * ** *
434736 TAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCCTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTA
* * ** *
434801 AACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTTTTCT-AATAGCCTTAACCATTTGAACTAA
192 AACAAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAGATAA-TTTTCTAAATAGCCATAATTATTTGAACTGA
* * * ** * *
434864 TTTGGTAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTATT
255 TTAGCTAAATAAATTTA--TTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *** * *
434929 ATTATTTGAATATGAATAAACTTGTGCAAAC-AAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAGGTCA
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * ** * * ** ** *
434993 TAATGATTTGAAGTAGATTATCGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAATTAGAT
383 TAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAACA-AA
** * * * *
435058 TTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC
445 TTTATTTTTTAAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
435123 AAATAAAATAGTAT-GAACAGAAACAATTG
510 GAATAAACTTGTATAG-ACTGAAATAATTG
* * * * * * * * * * * * *
435152 TTTAATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAATTAATTATTCAAATAGTTAGAATTAT
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
435217 TTGAAATGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTATATCTCTTATTCATTAATTTTTTAAATATTAA
66 TTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTT-ATTAATTTTTTAAATATTAA
* * * * * * *
435282 TAAATTACTATAATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAC
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAAAC
* * *** ** * * **
435346 TTATATTAA--TAAAAAC-AATTGTTTTATGATAAACTTAT-ATTA---ATAACAATTTGAA---
195 --A-A--AAGGTAATAACGATTTGAAATA-GATAATTTTCTAAATAGCCATAATTATTTGAACTG
* * * *
435401 A-TAG----AT-AA-TTA-TTCAAAT-AGTTA-TAATT-A--TTTAAAATGGTTAGATAAA-TAG
254 ATTAGCTAAATAAATTTATTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAAT-ATTA-ATAAATTAG
* * * * * *
435452 AATTATTTTCTAAATCTCTT--ATAA-ATT-TTTGAAATACTAATA-AATTAGTTTTAT-TCTAT
317 TATTA-TTT-T--AT-T-TTGAATAAGCTTATATG--A-ACTAAAACAATT-GTTTTATAAC-AA
** * ** * ** * *
435511 TCCGAATAAGCTTGT-ATGAGTTAAAATA-ATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATT
371 AAC-AA-AAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT-T--C--AAT---A-GTCATAACTATT
* *
435574 TGAAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGGTTGGGCTAATAGATTTATTTTT
425 TG-AAT---TAGTTA-GTA-A-A--C---A-------AA-----T----T--T--ATTT---TTT
* * * * ** *
435639 TAAATCTCTTAG-TGATTAATTTTT-AGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTACGAATAAG
455 AAAAT-TCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
* * *
435702 CTTGTAT-GAATAAAAACAATTG
517 CTTGTATAGACT-GAAATAATTG
* * ** * * *
435724 TTTTATGATAGAAC-AAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTC-ATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
435788 TTTGAAATGGTTATG-GAAATAGATTTACTTTTT-AA-ATCTT-TTAGTAATTCTTAAAATGTTA
65 TTTGAAATTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTTAAATATTA
* * * * * * *
435849 ATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATG-TCGAAAAACAATTGTTTTATTA-TAT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACTA-
* * * ** *
435912 AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTC-AAATGGCCATAATCT-CCT--ACTTA
192 AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAAT-TATTTGAACTGA
* *** ** * ** *
435973 TTA-ATTTTTGAAA--TA--TT-AATAAAGTA-GTATT-A-TTTT---AT-TT--TGGATAAGCT
255 TTAGCTAAAT-AAATTTATTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-T
* * ** ** * * * ** * * *** *
436023 -TT-TATGAACTAAAACAATTG-TTTTATG-AC-AAAATAAAAG-GTCATAACAATTTTAAAA-A
318 ATTATTTTATTTTGAATAA--GCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAA-AACAAAAGG
* * * * * *
436081 T-ATAAT--TGTTCAAATAG----TT-AT-AATAAT-TTGAAC---TTG--TTTG---GCAAACA
380 TCATAATGAT-TTAAAATAGATAATTGTTCAATAGTCAT-AACTATTTGAATTAGTTAGTAAACA
* * * *
436128 GATTTATTTTTTCAAATTTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
443 AATTTATTTTTT-AAAATTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
436192 TTTTGAATAAGCTTGTAT-GAACTAAAATGATTA
506 TTTTGAATAAACTTGTATAG-ACTGAAATAATTG
** * * * * * *
436225 TTACATGACTA-AACAAAAGGTCAAAACT-ATTTGAAA-AAGATAATTATTCTAATAGTCATAAC
1 TTTTATGA-GAGAACAAAAAGTCATAA-TGATTTTAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * *
436287 TATTTGAACTAGTTTG-GCAA-ACA--TA---TTT--A-ATC-TCTTATTAATTTTTGAAATATT
63 TATTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTTAAATATT
* * * * * * ** * * * ** **
436341 ACTAAATTAGTGTTTTTTTATT-CGAATAGGCTTGTATGCTCAGAAACAGTTGTTTTACAAGAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAA
* * * * **
436405 AC-AAA-G-ACATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTC-AAATATTCATAATTATTTGAACTTG-
193 ACAAAAGGTA-ATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGA
* ** * ** * * * * *
436465 TTTGGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT
255 TTAGCTAAATAAATTTA--TTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
436530 ATTATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTC
318 ATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * *
436593 GTAACGGCTTT-AAATAGATAAATGTTCAATAGTCA-AATCTATTCAAACTT-GTTCGGTAAATA
382 ATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTAGTT-AGTAAACA
* * ** *
436655 GAA-TTA--TTTTAAAATCTTTTGCTAATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
443 -AATTTATTTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*
436717 -TTCG--T--A--TG-A-A-A-TGAAATAATTG
506 TTTTGAATAAACTTGTATAGACTGAAATAATTG
* * * * ** * * *
436739 TTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACT
1 TTTTATGA-GAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACT
* * * * * * * *
436802 ATTTGAACA--GTTCT-ACAAACACA-TT-TGTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAAA-A
64 ATTTGAA-ATTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTTAAATA
* * * * *
436861 TTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGATACAATTGTTTTATGA
126 -TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAA-AAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
436925 C-AAA-ATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAA-TTGCTTAAATAGTCATAATCATTTGAAC
189 CTAAACA-AAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTTTC-TAAATAGCCATAATTATTTGAAC
* * * * * * * * *
436987 TGTTTTGGC-AAATAGATTTAGCTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATATATC
252 TG-ATTAGCTAAATAAATTTA-TTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * *
437048 AGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTGTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
315 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
** * * * * * * *
437111 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTT-GTTCGACAA
378 GGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTAG-TAA
** * * *
437175 ACGGATTT-TTTTTT-AAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-T
440 ACAAATTTATTTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
437236 TTATTTTCAATAAACTTGGAT-GAATATAAAAAATTG
503 TTATTTTGAATAAACTTGTATAGACT-GAAATAATTG
* * * * * * * *
437272 TTTTATGACAAAAC-GAAAGATCATAACT-ATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTCACAACT
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * **
437335 ATTTGAACTTGCTTGATAAAT-GATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
64 ATTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTTAAATATT
* * * * * ** *
437399 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAA
* * * * * **
437464 ACAAATGGTCATGA-GTATTTGAAATAAATAATTATTC-AAATCA-TCATAGCTATTTGAAC-GC
193 ACAAAAGGTAATAACG-ATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAAT-AGCCATAATTATTTGAACTG-
* * ** * **
437525 ATTCAG-AAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTT
254 ATT-AGCTAAATAAATTTA--TTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TT
* * * * * *** * **
437588 A-TATTATTTTA--TTCAA-AA-C-AAAATG-TC-ATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAA
315 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATA-ACAA---AACAA
* * * * * *
437644 ATA-GTCATAACT-ATTTGAACT---T-ATTCGGT-AACTAGATCGT-A-T-TTTAAATCT-TTT
376 A-AGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATT-GTTCAA-TAG-TCATAACTATTTGAAT-TAGTT
* * * * * ** * * *
437698 ACTCAA-TAGTTT-TTGGAATATTAATCAATTAGT-ATTATT-TTATTTTG-AATAAGCCTATAT
435 AGTAAACAAATTTATT----TTTTAA--AATTCTTGCTTATTAAT-TTTTGAAAT-A--TTA-AT
* ** * ** ** **
437758 GAACTGATACAATT-GTTTATGATGAAATAAA-AGGTCATA-ACAATTTGAAATAGATAA
489 -AAAT--TAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGT-ATAGAC----TGAAATA-ATTG
* * * ** ** * ** * * * * * * * **
437815 TTATT-CGAATAGTTATGACTATTCGCACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTAAAAT-CTTT
1 TT-TTATG-AGAG-AACAAAAAGTCATA-ATGATTT--TAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
437877 TAATTA-TT--AATTG-TTG--AAAT--ATTAATAAATTAAAATTATTTTAACCTAAATAAGCTT
59 TAACTATTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTAT-TTTTTAAA-TATCTT---CTTATTAA--TT
* * * * * * *** *** * ** *
437934 GTATGAACA--AAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAA-AAG-TCATAACAATTTCAAATA-AA
117 TTTTAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA---CAAAAACAA
* * * ** * * * * * * ** *
437993 TAATTGCTCA--AATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATTTGTTAAACATATTTCTTTTTTAAGTC
178 TTATT--TTATGACTAAACAAAAGGTA-AT-AAC-GATTTG--AAATAGA-TAATTTTCTAA---
* ** * * ** *
438055 TTTTA-CTTGTTAATTTTTTGAA-T-ATTA-ATAAATTTATATTATTTT-AATAA-TTCAAATGG
232 --ATAGC--CATAATTATTTGAACTGATTAGCTAAATAAAT-TTATTTTAAATAACTT--ACT--
* * ** * * * **
438114 T-TATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAATATA-TTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
288 TAT-TAA-TTTTTAAAAT-ATT-AATAAAT-TAGTAT-TATTTT--AT-TTTGA---A-TAA-GC
* *
438177 TTGAAATATTAA-TAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAA-AAATATTTG
339 TT---ATATGAACTAAA--A-CA--A--TTGTTTT--ATAA-C----A--A--AACAAA-A---G
* * ** *** * * * *
438240 TTTTATAACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTTAAATGGCTATAATT
379 -GTCATAATGATTTAAAA--TAGAT-A--A-TTG--TTCA-ATAGTCA--T-AA---CTAT--TT
* * * * *
438303 -ATTTTAATTGAATCGGTAAAAAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA
426 GA-ATTAGTT--A---GTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
438366 TTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTCATATAAGCTTGTATTA-ACTAAAACAA-TG
484 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTA-TAGACTGAAATAATTG
* * * * *
438420 TTCTATGACA-AAGC-AAAAGATCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT-ACTAGC
1 TTTTATGAGAGAA-CAAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAAC
* * * * * *
438482 TATTTGAACTTCTTTGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAA-ATC-TCTTATTAATTTTTTGAATGTT
63 TATTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTTAAATATT
* * * * ** * * * *
438545 AATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTGTCTTATGACTTA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAA
* * * * * ** * * *
438610 A-AAAAGGTCAA-AACGATTTCAAATTGATAATTGTTCT-AGTAGTCTTAAGCATATGAATTGGT
193 ACAAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAATTATTTGAACTGAT
* * ** * * * *
438672 TCAG-TAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTA
256 T-AGCTAAATAAA-TTTATTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
** ** * * * **
438736 TTATTTTAACTCAAATAAG-TTAGTATGAAC-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCA
319 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
* * * ** * * * * * * ** *
438799 TAACGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAAT-ATTGACTTTTTGAACT-GATTCAATGATTAG
383 TAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCA-TAACTATTTGAATTAG-TT-AGTAAACAA
* * * *
438862 ATTTA-TTTTTAAAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
444 ATTTATTTTTTAAAA--TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * **
438926 TCTGAATAAAATAGTAT-GAACAT-AACCAATTG
507 TTTGAATAAACTTGTATAG-AC-TGAAATAATTG
* * * * * * * * * * *
438958 TTTGATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAA-AATATAATAGTTCAAATGGACATGACTA
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
439022 TTTGAACTTG-TTCAGT--ATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATT
65 TTTGAAATTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTTAAATATT
* * ** * * *
439084 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTTTGACAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAA
* *
439149 ACAAAAAGTAATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA-CTTATAATTATTTGAACT-AG
193 ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGC-CATAATTATTTGAACTGA-
* ** * * ** * *
439210 TTCAG-TAAATAGAATTTTTTTTAAAATGTCTTCCATA-TAAAATTTGAAATATTAACAAATTAG
255 TT-AGCTAAATA-AATTTATTTT-AAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
439273 TTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTA-CAAGCTAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGT
317 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * * *
439337 CATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TC---AGTCTTAACTGTTTGAGCTAGTTTTGTAAGCAGA
381 CATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTAGTAAACAAA
* *
439398 TTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
445 TTTATTTTTTAAAAT-TCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
439460 TTCGAATAAATTTGTAT-GAATAGAAATAATTA
507 TTTGAATAAACTTGTATAGACT-GAAATAATTG
* * * * ** * * *
439492 TTTTATGACAAAACAGAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
439557 TTG-AACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AA-ATC-TCTT-TCTAATTCTTGAAATATTA
66 TTGAAATTG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTTAT-TAATTTTTTAAATATTA
* * * * *** * * *
439617 ATGAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGTTGAAAAACACTTGTTTTATGACAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAAA
** * * * * *
439682 TGAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATGGCCATAGTTATTTGATCTGATTT
194 CAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTA
* * * * ** * * * *
439746 GATAAACTGATTTCTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATACTAATAAAGTAGTAAT
258 GCTAAA-TAAATT-TATTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
439811 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTCAAACAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAA
321 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
439875 CAATTTTAAATAGATAGTTGTTCAA-AGAATCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAGATT
386 TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATAG--TCATAACTATTTGAA-TTAGTT-AGTAAACAAATT
* * * *
439938 TATTTTTTCAAA-TCTTTGGCTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTC
447 TATTTTTTAAAATTC-TT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * *
440001 TAAATAATTTTGCAT-GAACAGAAACAATTG
509 TGAATAAACTTGTATAG-ACTGAAATAATTG
** * * * * * * *
440031 TTTTACAATAAAAC-AAAAGCTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCCAATGGACATAACT
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAG-TCATAATGATTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * ** ** * **
440094 ATTTG-AACTAATTCAGTAAACAAATGAACCTTTT-AA-ATC-ACTTATTAATTTTTGCAATATT
64 ATTTGAAATTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTTAAATATT
* * * *** * ** *
440155 AACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATGGTTTTATGACAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAA
* * * * * * * *
440220 ACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTC-AAATAGTCGTAACTATTTGAATTTG-T
193 ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAATTATTTGAA-CTGAT
* * * * ** *
440283 TCA-ATAAACAAATTTATTTTTTTAAACT--CTTGCTTATGAA-TTTTGGAATATTAAGAAATTA
256 T-AGCTAAATAAATTTA---TTTTAAA-TAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
** * * ** * ** * ** *
440344 GTATCCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTACAAACAAAAACAATTCATTGATGTCAAAACAAAAGAT
316 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
440409 -ATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAA-ATGTCATAACTGTATGAACTT-GTTCGATAAAGA
381 CATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATA-GTCATAACTATTTGAA-TTAGTTAG-TAAACA
* * * * * * *
440471 GATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTAT
443 AATTTATTTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
440536 ATAGAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAATA
507 TTTGAATAAACTTGTATAGA-CTGAAATAATTG
* * * * * ** *** * * **
440568 TTTT-TGACTA-AACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGGTAACCATTCTACTAGTTTTAACTA
1 TTTTATGA-GAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
440631 TTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTT--A-A-C-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAT
65 TTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAA
* ** * * ** * * ** *
440691 TAAATTAATATTATTTT-TAACAGAATAATCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTACATGACAAAA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAAA
* ** * * * ** * * *
440755 C-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTC-AAATAATCATAACTATTTGATCTTATT-
194 CAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTA
* * * * *
440817 CCATAAACAGACTTATTTCTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
258 GC-TAAATAAATTTA-TT-TTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
440878 TATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATC-AAAA-AATTTGTTTTAT-GCAAAACAAAAGGTCAT
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAA-TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * * *
440940 AACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGGCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAA-T
384 AATGATTTAAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTAGTAAACAAATT
* * ** * ** * * *
441004 TAATTTTTAAAATTTTTTATTTATTACTTTCAGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTG
447 TATTTTTTAAAA-TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
** * *
441069 TCTAAGCTTGTATTA-A-TCGAAACAATTG
511 AATAAACTTGTA-TAGACT-GAAATAATTG
* * * * * * * * * *
441097 TTTAATGACA-AATCAAAAGGTTATAACGATTTTAGATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTA
1 TTTTATGAGAGAA-CAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
441161 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCCT-AATAT
65 TTTGAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTT-TTTAAATATCTT-CTTATTAATTTT-TTAAATAT
*** * * * *
441225 TAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACT
127 TAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACT
* * * * * * * * * * *
441290 AAACAAACGGTTAGAATGATTTCAAACAGATAATTATT-TTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGG
191 AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCATAATTATTTGAACT-G
* * ** * * **
441354 TTTGGC-AAGCACATTTTTTTTAAAT--CTTCTACTTATTAATTTTTGGAATATT-ATGAAATTA
254 ATTAGCTAAATAAATTTATTTTAAATAAC-T-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTA
* * * * * *
441415 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATA-
316 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AG
* * * * * ** *
441478 -TCATAATTATTTGAGATAGATAATTACTT-AGATACTCATAACTATTTGAATCGGTTCAGTGAA
379 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATT-GTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT-AGTAAA
** * * * *
441541 CAAATTTAGATTTT-AAA-TC-T-CATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA
441 CAAATTTATTTTTTAAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
441602 TTCTAAATAAATTTGT-TTGAATAGAAACAATTA
506 TTTTGAATAAACTTGTATAGACT-GAAATAATTG
** * * * * * * * * *
441635 TTTTAAAACAAAACAAAAAGTCGTAGTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTGACTAT
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * *
441700 TTGAACTT-TTACAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTATGTATTAA-TTTTTAGAATATT
66 TTGAAATTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCT-TATTAATTTTTTA-AATATT
* *** *** * * *
441763 AATAAATTAATATTATTTTATTATGAATGAA-CTTATATGAATTGAAACGATTATTTCATAAC-A
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTA
** * * * ** *
441826 GAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTT-TAAATA-ATATTAACTATTTGAACTT
192 -AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGCCA-TAATTATTTGAAC-T
* * * *** *
441889 G-TTTGGTAAATAGATTTACCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCA
253 GATTAGCTAAATAAATTTA--TTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * *** * * * * * *
441953 TTATTGTTTTATTCCAAATCAGCTTTTATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAAG
316 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
* ** * * * * *
442017 TCACAACAATTTAACATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT-ACACTGGTTGAGCT-AA
380 TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGA-ATTAGTT-AG-TAAA
* * * * ** * *
442080 TAGATTCATTTTTT-AAATATATTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTT
441 CAAATTTATTTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
442143 TATTCTAAATAAAAC-TGTAT-GAACAGAAACAATTG
504 TATTTTGAAT-AAACTTGTATAG-ACTGAAATAATTG
* * * * ** * * * * *
442178 TATTATAACAAAACAAATGGTCGTAA-GATTTAAAATAAAATAATTATTCAAATAATTATAACTA
1 TTTTATGAGAGAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
442242 ATTG-AATTGATTTGGTAAATAGATTTATTGTTTAAGTTTCTTATTGATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAAATTG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTCTT-ATTAATTTTTTAAATATT
* * * ** * * * * *
442306 AATAAATTATTATCA-TTTATTCCAAACAAATTTATATGAAGAAAAACATTTGTTTTATGGCAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACTAA
** * * **
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* * * * * ** * * *
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* ** * * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** *
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*
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** * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*** ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** ** * *** * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * **** * * ** *
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*
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** * * *
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* *
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*
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** * * * * * *
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* ** * ** * *
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* ** *
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179 60 0.13
180 19 0.04
181 5 0.01
182 129 0.28
183 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTGTTACATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTAAATTTCTTG
Found at i:436877 original size:345 final size:353
Alignment explanation
Indices: 435969--437504 Score: 972
Period size: 356 Copynumber: 4.3 Consensus size: 353
435959 TAATCTCCTA
* * * * *
435969 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA--TTCGATAA--TTGTA-GAA-TA
* * * * * *
436034 -AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAG
60 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * * * * * * *
436098 TTATAA-TAATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCATGCTTATTAATTT
125 ACATAACT-ATTTAAACTAGTTCGACAAACACATTT-TGTTTT-AAATCTCCTACCTAATAA-TT
* * **
436162 TTTG--AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATGATT
186 TTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATT
* ** * * * * * * * *
436224 ATTACATGACTAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAAAAGATAATTATTCTAATAGTCATAA-CT
249 GTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTT-AAATAGATAAATGTTC-AATAGTCACAATCT
* * * *
436288 ATTTGAACTAGTTTGG-CAA-ACA--TA--TTT--AATC---T
311 ATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTAGTTTTAAAATCTTTT
* * * * * * *
436320 CTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTGTTTTTTTATTCGAATAGGCTTGTATG-CTCAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-ATA--ATTGTA-GAAT-AG
* * ** * * * * * * **
436384 AAACAGTTGTTTTACAAGAAAAC-AAA-GACATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATATT
61 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGA
* * * * * * * * *
436447 CATAATTATTTGAACTTGTTTGGA-AAACAGC-TTTAGTTTTTAAATATCTTGCCTATTAATTTT
126 CATAACTATTTAAACTAG-TTCGACAAACA-CATTTTG-TTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTT
* * *
436510 TG-AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTT
188 TGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTT
* * ** **
436574 TTATGACAAAACAAAGGTCGTAACGGCTTTAAATAGATAAATGTTCAATAGTCA-AATCTATTCA
252 TTATGACAAAACAAAGATCATAAC-AATTTAAATAGATAAATGTTCAATAGTCACAATCTATTTG
*
436638 AACTTG-TTCGGTAAATAGAATTA-TTTTAAAATCTTTT
316 AACTTGCTT-GGTAAATAGATTTAGTTTTAAAATCTTTT
* ** *
436675 GCTAATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-T-A-TG-A-AAT-GAAAT
1 -CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGATAATTGTAGAATAGAAAC
* * * * *
436734 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TC
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACAT-
* * ** *
436798 AACTATTTGAAC-AGTTCTACAAACACA-TTTGTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAAAA
129 AACTATTTAAACTAGTTCGACAAACACATTTTGTTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTTGAAAA
* * * * * *
436861 T-TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGATACAATTGTTTTATGA
194 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
436925 CAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTTAAATAGTCATAATC-ATTTGAAC-T
258 CAAAACAAAGATCATAACAATTT-AAATAGATAAATG-TTCAATAGTCACAATCTATTTGAACTT
* * *
436988 GTTTTGGCAAATAGATTTAGCTTTAAAATC---T
321 G-CTTGGTAAATAGATTTAGTTTTAAAATCTTTT
* * * *
437019 CTTATTAATTTTCAAAATAG-TAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTGTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAAAAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCG-ATAA-T-TGTA-GAATA
* *
437083 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
60 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
437148 ACATGACTATTTAAACTTGTTCGACAAACGGATTTTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-
125 ACATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACACATTTTGTTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTTG
* * * * *
437212 AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTT-TCAATAAACTTGGATGAATATAAAAAATTGTTT
190 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTT
* * * * *
437275 TATGACAAAACGAAAGATCATAACTATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTCACAA-CTATTT
253 TATGACAAAAC-AAAGATCATAACAAT-TTAAATAGATAAATGTTC-AATAGTCACAATCTATTT
* * *
437339 GAACTTGCTTGATAAAT-GATTTATTTTTAAAATTTTTT
315 GAACTTGCTTGGTAAATAGATTTAGTTTTAAAATCTTTT
** * * *
437377 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATA
1 -CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-GATA--ATTGTA-GAATA
** * ** * *
437442 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATG-AGTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
60 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
437505 CATCATAGCT
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 177, Indels: 134
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
343 33 0.04
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349 14 0.01
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359 104 0.11
360 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGATAATTGTAGAATAGAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAA
CTATTTAAACTAGTTCGACAAACACATTTTGTTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTTGAAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAGATCATAACAATTTAAATAGATAAATGTTCAATAGTCACAATCTATTTGAACTTGCTTG
GTAAATAGATTTAGTTTTAAAATCTTTT
Found at i:437281 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 436729--437604 Score: 778
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 181
436719 CGTATGAAAT
* * * * *
436729 GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
436794 TC-TCAACTATTTGAACAG-TTCTACAAACACATTT-GTTTT-AAATCTTTTACTTAATAATTTT
66 TCAT-AACTATTTGAACTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
436855 T-GAAAATTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAA
130 TAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGGATGAATA
* * * *
436907 GATACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTT-AAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* * * * **
436970 GTCATAA-TCATTTGAACTGTTTTGGCAAATAGATTTAGCTTTAAAA---TCT-CTTATTAATTT
65 GTCATAACT-ATTTGAACTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTT
* * * * * **
437030 TCAAAATAGTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAAT-AA-TTGTGTATGAATA
129 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG-G-ATGAATA
* *
437083 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
437148 ACATGACTATTTAAACTTG-TTCGACAAACGGATTT-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAAC-TGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTT
437211 TAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTC-AATAAACTTGGATGAATA
130 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTGGATGAATA
* * * * * * * * *
437262 TAAAAAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGATCATAACTATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
437327 TCACAACTATTTGAACTTGCTT-GATAAA-TGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAAC-TGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTT
* ** *
437390 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATA
130 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGGATGAATA
* * * ** * *
437442 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATGAGTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* * * * *
437507 -TCATAGCTATTTGAAC-GCATTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTGC-TTC-GACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATT
*
437568 TTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAA
128 TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA
437605 ACAAAATGTC
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 100, Indels: 59
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
175 1 0.00
176 69 0.12
177 107 0.19
178 44 0.08
179 152 0.27
180 169 0.30
181 23 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTTT
AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGGATGAATA
Found at i:437570 original size:359 final size:354
Alignment explanation
Indices: 426273--435340 Score: 3411
Period size: 359 Copynumber: 25.2 Consensus size: 354
426263 AAATTACTTA
* * * * * *
426273 CTTATTAATTTTTGAAACATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTGTATAAACT-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAA-TA
* * * * *
426337 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
** * * * * * * * *
426402 TTGTAACTATTTAAATTTGTTCAGCAAACAAATTTATTTCTTTTAA-CTCTTACTTGTTAAATTT
129 TCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *** * * * *
426466 TGAAATATTGAGAAATTAGAATTAATTTATTTGGGATAAACTTTTACGAACTAG-AATAATTGTT
192 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTT
* * * * *
426530 TTATGCCCAAATA-AAATG-TCATAA-TGATTTTAAACAAATAATTGTTCGAATAATCATAACTA
256 TTATG-ACAAA-ACAAA-GATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
426592 TTTGAACTTCTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTT
317 TTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA--TTTTAAAATC---T
* * * * * *** *
426635 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTAAG-AT
1 -CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * * *
426698 ATGAAACAAATATCTTATGGCTAAACAAAATGTCAAAACGATTGGAAATAGATAATTATTCTAAT
64 A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * *
426763 AGTTTTAACTATTTGAAC-TGCTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATT
128 A-TCAT-ACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
*** * * * * *
426827 GTCAAAATATT-ATAAAATTAGAATTATTTT-TAATCAAATAAGCTTCTATGATC-AAAAACAAT
190 -TTTGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAAT
* * * ** *
426889 TGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
252 TGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *** * *
426954 CTTGAACTGGTTTAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTT
317 TTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA--TTTTAAA-ATC-T
* *
426995 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATC
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAT-
* * * ** **
427059 AAAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
** * * ** ** * * *
427124 GCCATCATTATTTTAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTA
128 ATCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * ** ** ** * *
427185 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCCCATCTAAGCTCATATTAACT-GAAACAATTATT
192 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
427249 TTATGA-AAAATCAAATGGTTATAA-TGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAATTATAACTAT
256 TTATGACAAAA-CAAA-GATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *** *
427312 TTGAATTTGTTTAGTTGACA-ATTTTAGTTTTTAAAATCTCTTT
318 TTGAACTTGTTTGGCAAATAGA-TTTA--TTTTAAAA--TC--T
* * ** * **
427355 CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAACTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATATGCTTGTATGAA-T
* * * ** * * * * * *
427419 A-AAACAATTATTTTATGTCTAATTAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTCCTAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
* * * * * *
427483 ATCTTAACCGA-TTGAA-TTGATT-TGATATACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
128 ATCAT-A-CTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
427544 TTTTTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGTA-CAA--AAAAAAAATT
189 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATT
** ** * * * * * ** **
427605 GCCTTACAACAAAAGAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATACATAATCATTCGTATAGTC-TCAACT
253 GTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACT
** * **
427669 ATTTGAACTTGTTACGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTT
316 ATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA--TTTTAA-AATC-T
* * ** * * *** * *
427712 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATA
* * ** * * * ** * *
427777 TAACCAATTGTTCGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * * ** * * * * * *
427842 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTATACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTC
129 TC-ATACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-
* * * * * * * * *
427907 TAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAACTTATATTAGC-AAAAATAATTGTTT
192 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTT
* ** * * * * * * *
427971 TATGACAACAA-AAAG-TAATAAAGATTTGGAATAGACAATTTTTTAAATAGTTATAATTATTTG
257 TATGACAA-AACAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
428034 AACTAGTTTAGTAAATAGAATTTCTTTTCTAAATCT
321 AACTTGTTTGGCAAATAG-ATTTATTTT-AAAATCT
* * * * *
428070 CTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
1 CTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGA
* * * * * *
428135 GCT-GATATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAT
62 -ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * * * *
428198 ATAGCATTAACTGCTTAAACTAGTT-TGACAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
126 ATATCA-T-ACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * *
428261 GTTTTTAGAATATCACTAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAACTTGTATGAAC-AAAAATAA
187 ATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAA
* * * * * ** * *
428325 TTGTTTTATAATAGAACAAA-ATGTTATAACAATTCAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
251 TTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
428389 CTAGTTGAACTAGTTCGGTAAATAAATTTAATTTTCAAATCT
314 CTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTT-ATTTTAAAATCT
* * * * * * *
428431 CTTATTAATTGTTGAAATATTAGTAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATG-TTGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAT-A
* * * * * *
428495 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTCTTCAAATGG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* * * * * **
428560 TCATAATTATTTAAAC-TGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAGCTT
129 TCAT-ACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT
** * ** * *
428624 TTGAAATATTAATAAAGGAGTATTATTTTTTTTTGGAA-AAGCTTTTATGAACTA-AAAAAATTG
191 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTG
* * * *
428687 TTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGGTTTTAAA-AATATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
254 TTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
428750 ATTTGAACTTGTATAGTAAACAAATTTTTTTTTCAAATCTATT
316 ATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGA-TTTATTTTAAAATC---T
**
428793 ACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
1 -CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * *
428857 TGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATG
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
* * *
428922 AT-ATTAACTATTTGAACTGGTT-TGACAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
128 ATCA-T-ACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * ** * *
428981 TTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCATAA-AAGCTTGTATGATAAAAAAAATAA
190 TTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCA-AATAAGCTTGTATGA-ACTAGAAACAA
* * * ** * *
429044 TTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGATATTGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACT
251 TTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * *
429109 A-TTGAACTGGTTT-AAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTT
316 ATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA--TTTTAAA-ATC-T
* ** * * *** *
429150 GCTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACT
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAA-T
* * * * * *
429215 -GAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTAATAACGACTCT-AAATAGATAATTGTTCAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
429278 AGTCAAATTAATTCGAATTTGATCAGTAAACATATTTACTTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAAT
128 A-TCATACT-ATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-
* * * ** * * *
429343 TTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAATATGCTTGTATGAA-TTGAAATAAT
188 -TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAAT
** * * * * * * * * *
429407 TGTTTTATGATTACAGAAATGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT
252 TGTTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * *
429472 ATTTGAACTAGTTCGATAAATACATTTATTTTTTTAAATCTCAT
316 ATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA---TTTTAAA-ATC-T
* * * * * * * * *
429516 GCTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTGTTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAAAA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATA
* * * * * ** * * * *
429581 GAAACAAATGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCTTAACGGTTGGAGATAAATAACTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * * * *
429645 TCAAAACTATTTGAAC-TGTTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTT
129 TC-ATACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * * ** * *
429704 CCAATATATCAATATATCAGTATTATTTT-TTTCTAAATAATTTTGCATGAAC-AGAAACAATTA
192 TGAATAT-T-AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTG
* * * * * * *
429767 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GAACATGATT
254 TTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT
* * * * * ** *
429830 ATATAAACATGTTTAGTAACCAGATTTATTTTTCAAATCT
316 ATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATCT
** * ** *
429870 CCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTA-TTCTGAATAAACTTGTGTG
1 -CT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATATGCTTGTATG
* * * ** * * * *
429934 AAAAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAA
61 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** * *
429999 ACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCACTAAACTGATTTATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAA
126 ATA-TCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * *
430064 TTTTTGGAATATTAAT-AGTCTAATATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAAC-AAAAACAA
188 TTTTT-GAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAA
* * * * *
430127 TTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTCTTTTAAATACAT-ATTGTTCAAATAGTCATAAC
251 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ****
430191 TATTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTAT-T
315 TATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA--TTTTAAA--ATCT
* *
430234 ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAT
* ** * * *
430298 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAACATAAAATTGTTCAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
430363 GTCATAACTATCT-AAGCTTGTTCTA-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
129 -TCAT-ACTATTTGAA-CTTGTTC-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * ** * * *
430426 ATTAAAATATTAATAAATTAGGACTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTG
190 -TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTG
* *** * * * * * *
430490 CTTTATGGTGAAACAACAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
254 TTTTATGACAAAACAA-AGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
430555 TTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTT
318 TTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATC---T
* * * * * * *
430596 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATA
* * * ** * *
430661 AAAACAATTTTTTTAAGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * * * * *
430726 TTATAACTATTTAAACTTATTCA-ATGAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
129 TCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * * * * * *
430790 TTGAATATTGATAAATTTGTTTTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATT
191 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTT
* * *** * *
430854 TTATGACAAAACAAA-AGGCTATAA-TGATTTGACATAGGCAATTATTCAAATAGTGATAACTAT
256 TTATGACAAAACAAAGA-TC-ATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* **** * * *
430917 TTGAATTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATATCTT
318 TTGAACTTGTTTGGCAAATAGATT--TATTTTAAA-ATC-T
* * * * * * *
430958 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-AATATGTTATTCCGAATAAGCTTGTACGAACA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATA
* * * * * ** * * *
431022 AAAACAATTATTTTTTGGC-GAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TA
* * * ** * * * * *
431086 TCATAACTATTTGTACTAG-GCAAGCCAATAAATTCATTTTTTTAAATCTATCACTTATTAATTT
129 TCAT-ACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
431150 TTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGATTGTATCAA-TAGAAACAATTAT
191 TT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGT
* * * * * * *
431214 TTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATTA-TTATAACTAA
255 TTTATGACAAAACAAA-GATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTAT
* * * *
431278 TT-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
318 TTGAACTT-GTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATCT
* * ** * * * ** * *
431316 CTTATTACTCTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATAG
* *
431381 AAAC-ATT-TTTT-TGCTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATAA-
66 AAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAT
* * * ** * * ** * *
431442 AGCCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTGAAAATCTCTTAGTTATTAATT
128 A-TCAT-ACTATTTGAACTT-GTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * * * * *
431506 TTCAT-AATATTGTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAGTAAG-TGTGCATGAAC-ATAAATAG
190 TT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAACTAGAAACAA
* * * * * *
431567 TTATTTTATAACAATACAAAAGGTTATAA-TAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
251 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
431631 CTATTTGAAC-CGGTTCACTAAACAAATTTGTTTTTAAAATTTCCT
314 CTATTTGAACTTGTTTGGC-AAATAGATTT-ATTTTAAAA--T-CT
* * * * * *
431676 ACTCATTAGTTTTTTAAATATTAA-AAATTAATATTATTTTATTAT-GAATAGGCTTAT-TCG-A
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATATGCTTGTAT-GAA
* * **
431737 T-GAACAAAAATTGTTTTA-GAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
63 TAG-A-AACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * *** ***
431800 AATGGCCATAATTATTTGAGC-CGATCCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCCC
125 AAT-ATCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *** * * *
431863 AACTTTTGAAATATTAAT-AATGCAATGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTATATTAACT-GAAAT
186 AATTTTTG-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * * * * *
431926 AATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
249 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * **
431990 GACTATTTGAATTTGTTTAGTGAATAGATTT-TTTTAAAAATTTCTT
312 AACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATTTT-AAAA--TC-T
* * * * * *
432036 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTAATATTTTATTTCGATTAAGCATGTATAAA
1 -CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAA
* * * * * * ** ** * *
432099 TTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTAAAAATAGATAATCGTTCTAAT
63 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * *
432164 AGTCTTAACTATTTGAACTAT-TTTGGCAAACACATTTATTTTTCT-AACCTCTTACTTATTAAT
128 A-TCAT-ACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
432227 TTTAGAATATTAGT---TTAGGAATATTTGACTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA
189 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTG
* ** * *
432288 TTTTA-GAACAAAACAAAGACCATAAGGATTTGAGATAGAA-AATTGTTCAAATAATCATAACTA
254 TTTTATG-ACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
432351 TTTGAAC-TGATTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT
317 TTTGAACTTG-TTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATCT
* * *
432390 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT-TTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-ATGCTTGTATGAATA
* * ** * *
432454 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * * *
432519 TCATAACTATTTGAACTCGCTT-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTT
129 TCAT-ACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
432583 TAAAAAATTAATAAATT--TA-TA-TTT-TTTAAAACGTTA-TTATGTTTTGAAATAG--ATAAT
192 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA--TAAGCT-TG-TATGAACTAGAAACAAT
* ** * * * ** * ** **
432640 TG-TTTA-GA-TAGTCATAACTAT-TTGAACTTATTTAGTAAA-CAATTCTTTTTTTAATTCTC-
252 TGTTTTATGACAAAACA-AA-GATCAT-AAC-TATTT-G-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *** * * ***
432699 TTACTCA-TT-AA-TTTTTTATATATTAATA-AATTAGTATTATTTTGCAT
311 TAACT-ATTTGAACTTGTTT-GGCA--AATAGATTTA-TTTTAAAAT-C-T
* * ** * * * * *** * * *
432746 C-AAATAAGCTTACATGAACTA--AA-ACAATT-GTTTTACTATA-AAAGAAAATGGCAT-AATG
1 CTTATTAA--TT-TTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAT-GCTTGTATG
* * * ** *** * * * *
432804 ATTTGAAATAGA-T-AATTACT--CAAATA-GTCAGGACTATTTAA-ACTTGTTCGGTAAACATA
61 AATAGAAACA-ATTGTTTTA-TGACAAA-ACAAAAGGTC-A--TAACA-AT-TT--G-AAATAGA
* * * ** * * * ***
432863 TTTATTTTTTAAATATTTTACT-TATT-AA-TT-ATC---AAA-ATATTAATAAATTAATAT-TA
115 -TAATTGTTCAAATATCATACTAT-TTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCT-
* * * * * * * *
432919 TTT-C-AATCCGAATATGCTTG--TA-TAATAATTTAATATTATTTTA-ATCTGAATATGCTTGT
176 TTTACTTAT--TAAT-T-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT
* * * * * * *
432978 ATGAAC-AAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAA-TGATTT--AATAAATAATTG
236 ATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTG
* ** *
433039 CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
299 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATCT
* * * * * * ** * * *
433096 CTTATTAATTTCTGAAATATTAGTAGATTACTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATAG
* * * ** * *
433161 AAACATTTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-T
* * * * * **
433226 CATAATTAATTGAA-TTGGTT-AGCTAAACAAAATTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTT
130 CAT-ACTATTTGAACTT-GTTCAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
433289 TGACATATGAATAGATTCA-TTTTATTTTA-TTCTTAATAAGCTAGTATGAATTCA-AAA-AATT
192 TGA-ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-AGAAACAATT
* * * * * *
433350 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
253 GTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * **
433415 TTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTTTTTTAATTTCTTT
317 TTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATTTTAAAATC--T
* * * * * * *
433455 GTTATTAATTTTTGAAATATTGATATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATAG
* * * * * * ** * *
433520 AAATAATTTTTTTATGAGAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-T
* * * * * *
433585 CATAACTA-TTCAAATTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
130 CAT-ACTATTTGAACTT-GTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * *
433648 TAAAAAATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-A-TAAAAAAGAATTGT
192 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AGAAACAATTGT
* * * * * * * *
433711 TATATGACCAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCT-AATATAGCCATAATTAT
255 TTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTAT
* * * * * *
433775 TTGAAC-TGATTCGCTAAATAAATTCACTTCAATAA-CTT
318 TTGAACTTGTTTGGC-AAATAGATTTATTTTAA-AATC-T
* * * *
433813 ACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAA-T
* ** * * *
433878 A-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCCAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * * *
433942 GTCACAACTATTTGAGTTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTT
129 -TCA-TACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * *** ** * * *
434007 TGAAATACTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTAT-AGACT-GAAATAACTGT
192 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTAGAAACAATTGT
* * *
434070 TTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
255 TTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
434134 TTAAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTT
318 TTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA--TTTTAAAATC---T
** * * * * *
434176 GCTTA-TAATTTTTTTTAATGTTAATAAATTGGT-TTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAG-AT
1 -CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAT
* * * * ** * *
434238 GTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAAT
64 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC--A-
* * * * ** * *
434303 AATTTCA-ATTATTTAAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
125 AATATCATACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * ** * * *
434363 TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCATTTT-TAACCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGGAACGAT
190 TTT--GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAAT
* * * ***
434426 TGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAACCATTCAAA-ATGTCATAA
252 TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-GTCATAA
* * * *** * *
434489 TTATTTTAA-TTGAGTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAATTT
314 CTATTTGAACTTG-TTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATCT
* * * * ** *
434531 TTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTC-ATCTAAACTTGTATT
1 CTTA-TTAAT--TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATATGCTTGTATG
* * * * ** * *
434595 AACT-GAAACAATTGTTTTATGGCAAATC-AAAGGTTACAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCA
61 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * *
434658 AATAATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATT
125 AAT-ATCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATT
* * *
434722 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCCTGTATGAACT-GAAAC
186 AA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * * * * * * * * *
434785 AATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGCCTTA
249 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * *
434850 ACCATTTGAACTAATTTGGTAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCTT
313 ACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAG-ATTTA--TTTTAAA-ATC-T
* * * * * ** *** *
434896 ACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTATTATTATTTGAATAT-GAATAAACTTGTGCAAAC
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCGAATATGCTTGTATGAAT
* * * ** * * * *
434960 A-AAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATTATCGTTCATATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * ** * ** *
435024 GTTTTAACTATTTGAACTGGTTTA-ACAATTAGATTTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAG
129 -TCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAT
* ** *
435087 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAC-AGAAACAATT
189 TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATT
* * * * * * * * * * *
435151 GTTTAATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAATTAATTATTCAAATAGTTAGAATTA
253 GTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
435216 TTTGAAATGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTATATCT
317 TTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATCT
* * * * * ** * *
435255 CTTATTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTACTATAATTTTATTTCAAACAAACTTATATTA
1 C---TT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGA
* *
435320 ACAAAAACAATTGTTTTATGA
62 ATAGAAACAATTGTTTTATGA
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Statistics
Matches: 6588, Mismatches: 1647, Indels: 940
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
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347 8 0.00
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364 91 0.01
365 82 0.01
366 88 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATC
ATACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTGGCAAATAGATTTATTTTAAAATCT
Found at i:437578 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 435969--437604 Score: 1333
Period size: 359 Copynumber: 4.6 Consensus size: 355
435959 TAATCTCCTA
* * * * *
435969 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAA-TA
* * * *
436034 -AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * ** * * *
436098 TTATAATAATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTCAAAT-TTCATGCTTATTAATTT
129 TCATACT-ATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTT
* * ** ** *
436162 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATGATTAT
191 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGT
** * * * * *
436226 TACATGACTAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAA-AAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT
256 TTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
436290 TTGAACTAGTTTGGC-AA-ACA--TA-TTT--AATCT
319 TTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATTTTAAAATCT
* * * * *
436320 CTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTGTTTTTTTA-TTCGAATAGGCTTGTATG-CTCA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAT-A
* ** * * * * *
436383 GAAACAGTTGTTTTACAAGAAAAC-AAA-GACATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAT
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* ** * * * * * *
436446 TCATAATTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCCTATTAATTTTT
129 TCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
436511 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTT
193 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTT
* * ** * * *
436575 TATGACAAAACAAAGGTCGTAACGGCTTT-AAATAGATAAATGTTC-AATAGTCA-AATCTATTC
258 TATGACAAAACAAAGATCATAAC-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTT
* * * *
436637 AAACTTGTTCGGTAAATAGAATTATTTTAAAATCTTTT
321 GAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATTTTAAAATC---T
* ** *
436675 GCTAATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCG--TA----TG-A--AAT-
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATA
* * * * *
436729 GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * * * *
436794 TC-TCAACTATTTGAAC-AGTTCTA-CAAACACA-TT-TGTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTT
129 TCAT--ACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
436854 TT-GAAAATTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGATACAATTG
191 TTGGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTG
* * * *
436917 TTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTT-AAATAGTCATAA-TCA
255 TTTTATGACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACT-A
*
436980 TTTGAAC-TGTTTTGGCAAATAGATTTAGCTTTAAAATCT
318 TTTGAACTTG-TTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAATCT
** * * * *
437019 CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAT--TGTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-ATGCT-TGTATGAAT
*
437082 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
* * ** *
437147 GA-CATGACTATTTAAACTTGTTC-GACAAACGGATTT-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
128 -ATCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * *
437209 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTC-AATAAACTTGGATGAA-TATAAAAAATT
190 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATT
* * * *
437271 GTTTTATGACAAAACGAAAGATCATAACTATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTCACAACTA
254 GTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** *
437336 TTTGAACTTGCTTGATAAAT-GATTTATTTTTAAAATTTTTT
318 TTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTAAAA---TCT
* *
437377 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATA
* * * ** * *
437442 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATGAGTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
*** * *
437507 TCATAGCTATTTGAACGCATTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTT
129 TCATA-CTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
437571 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAA
193 GGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA
437605 ACAAAATGTC
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 195, Indels: 132
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 33 0.03
344 12 0.01
345 126 0.12
346 74 0.07
347 108 0.11
348 106 0.10
349 9 0.01
350 39 0.04
351 38 0.04
352 4 0.00
353 3 0.00
354 70 0.07
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357 7 0.01
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359 163 0.16
360 20 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATC
ATACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTTGGCAAATAGATTTATTTTAAAATCT
Found at i:437886 original size:321 final size:321
Alignment explanation
Indices: 437265--437919 Score: 725
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 321
437255 ATGAATATAA
* * * *
437265 AAAATTGTTTTATGACAAAACGAAA-GATCATAACTATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTC
1 AAAATTATTTTAT-TCAAAACAAAATG-TCATAACAATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTC
* * * * *
437329 ACAACTATTTGAACTTGCTTGATAAATGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGA
64 ACAACTATTTGAACTTGATTGATAAATGATGTATTTTTAAAATCTTTTACTCAATAATTTTTGGA
* * *
437394 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
* * ** *
437459 ACAAAACAAATGGTCATGAGTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCATCATAGCTATTTGAACG
194 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCATCATAGCTATTCGAACG
* ** * *
437524 CATTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
259 CATTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
437587 TATATTATTTTATTCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AAAATTATTTTATTCAAAACAAAATGTCATAACAATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTCAC
* * *
437652 AACTATTTGAACTT-ATTCGGTAACTAGATCGTA-TTTT-AAATCTTTTACTCAATAGTTTTTGG
66 AACTATTTGAACTTGATT-GATAAAT-GAT-GTATTTTTAAAATCTTTTACTCAATAATTTTTGG
* ** *
437714 AATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATT-GTTTA
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTTA
** * * * *
437777 TGATGAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAAT-AGTTAT-GACTATTCG
192 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCA-TCATAG-CTATTCG
* *** * *
437840 CACTTGTT-TGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATA
255 AACGCATTCAGA-AAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATA
437904 AATT
318 AATT
437908 AAAATTATTTTA
1 AAAATTATTTTA
437920 ACCTAAATAA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 50, Indels: 19
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
319 4 0.01
320 78 0.28
321 171 0.62
322 19 0.07
323 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (321 bp):
AAAATTATTTTATTCAAAACAAAATGTCATAACAATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTCAC
AACTATTTGAACTTGATTGATAAATGATGTATTTTTAAAATCTTTTACTCAATAATTTTTGGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCATCATAGCTATTCGAACGCA
TTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT
Found at i:437967 original size:501 final size:501
Alignment explanation
Indices: 437089--438100 Score: 1180
Period size: 501 Copynumber: 2.0 Consensus size: 501
437079 AATAGAAACA
* *
437089 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGA
1 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAA
* * ** * *
437154 CTATTTAAACTTGTTCGACAAACGGATTTTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATAT
66 CTATTTAAACTTATTCGACAAACAGATCGTATTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTTAGAATAT
* *
437219 TAATAAATTAGTATTATTTATTTTCAATAAACTTGGATGAATATAAAAAATTGTTTTATGACAAA
131 TAATAAATTAGTATTATTTATTTTCAATAAACCTAGATGAATAT-AAAAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
437284 ACGAAAGATCATAACTATGTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTCACAACTATTTGAACTTGCTT
195 ACAAAAGATCATAACAATGTGAAATAAATAACTATTCAAACAGTCACAACTATTCGAACTTGCTT
* * * * **
437349 GATAAATGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
260 GATAAATGATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAAATTA
** * * * * ** * *
437414 TTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATGAG
325 TTTTACCTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * *
437479 TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATCA-TCATAGCTATTTGAACGCATTCAG-AAAACAAATTT
390 AATTTCAAATAAATAATTACTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACGCATT-AGTAAAACAAATTT
*
437542 ATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAT
453 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAT
* * *
437590 ATTATTTTAT-TCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAA
* ** ** * *
437654 CTATTTGAACTTATTCG-GTAACTAGATCGTATTTTAAATCTTTTA-CTCAATAGTTTTTGGAAT
66 CTATTTAAACTTATTCGACAAAC-AGATCGTATTTTAAATCTCCTACCT-AATAATTTTTAGAAT
* * * * *
437717 ATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGAT-ACAATTG-TTTATGA
129 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTCAATAAACCTAGATGAA-T-ATAAAAATTGTTTTATGA
** * * * * * * * * ** *
437780 TGAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTTATGACTATTCGCACTT
191 CAAAACAAAAGATCATAACAATGTGAAATAAATAACTATTCAAACAGTCACAACTATTCGAACTT
*
437845 GTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
256 GCTTGAT-AA-ATGATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
*
437909 AAATTATTTTAACCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
319 AAATTATTTT-ACCTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAG
* ** * *
437973 TCATAACAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGTTAAACA
383 TCATAACAATTTCAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCATTAGTAAAACA
* * * * *
438038 TATTTCTTTTTTAAGTCTTTTACTTGTTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAT
448 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAT
438092 ATTATTTTA
1 ATTATTTTA
438101 ATAATTCAAA
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 75, Indels: 21
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
499 5 0.01
500 172 0.40
501 198 0.47
502 48 0.11
503 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (501 bp):
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAA
CTATTTAAACTTATTCGACAAACAGATCGTATTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTATTTTCAATAAACCTAGATGAATATAAAAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGATCATAACAATGTGAAATAAATAACTATTCAAACAGTCACAACTATTCGAACTTGCTTG
ATAAATGATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAT
TTTACCTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
ATTTCAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCATTAGTAAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAT
Found at i:438178 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 438000--438194 Score: 293
Period size: 106 Copynumber: 1.8 Consensus size: 106
437990 AAATAATTGC
* * * * * *
438000 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGTTAAACATATTTCTTTTTTAAGTCTTTTACTTGT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACATATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
438065 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTAATAAT
66 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATAAT
* * *
438106 TCAAATGGTTATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAATATATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACATATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
438171 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT
66 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT
438195 AGCATTATTT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 9, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
105 6 0.08
106 73 0.92
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.06, T:0.51
Consensus pattern (106 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACATATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATAAT
Found at i:438385 original size:287 final size:287
Alignment explanation
Indices: 437851--438387 Score: 684
Period size: 287 Copynumber: 1.9 Consensus size: 287
437841 ACTTGTTTGA
437851 TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAT
*
437916 TTTAACCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
66 TTTAACCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * * *
437981 ATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGTTAAACATATTTCTT
131 ATTTCAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAATCGGTAAAAAAATTTATT
* * * *
438046 TTTTAAGTCTTTTACTTGTTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATAATTCAAA
196 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATAATTCAAA
438111 TGGTTATAACTATTTAAACTGATTCGG
261 TGGTTATAACTATTTAAACTGATTCGG
* * * * * **
438138 TAAATATATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAT
*** * ** * * * * *
438203 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAAAAATATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACG
66 TTTAACCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * * *
438268 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAAT-GGCTATAATTATTTTAA-TTGAATCGGTAAAAAAATTTA
131 ATTTCAAATAAATAATTACTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-AATCGGTAAAAAAATTTA
*
438331 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
194 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTA
438388 TTTCATATAA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 38, Indels: 6
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
286 9 0.04
287 200 0.96
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (287 bp):
TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAT
TTTAACCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
ATTTCAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAATCGGTAAAAAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATAATTCAAA
TGGTTATAACTATTTAAACTGATTCGG
Found at i:438524 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 438099--443052 Score: 3306
Period size: 181 Copynumber: 27.7 Consensus size: 181
438089 TATATTATTT
* * * * * * * *
438099 TAATAATTCAAATGGTTATAACTATTTAAAC-TGATTCGGTAAATATATTTCTTTTTTAAATCTT
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* **
438163 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-A
65 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * *
438227 TTAAAA-ATATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
130 CTAAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
438280 TAATTATTTAAAT-GGCTATAATTATTTTAA-TTGAATCGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCT
1 TAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
438343 CTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCATATAAGCTTGTATTA
64 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
438408 ACTAAAACAA-TGTTCTATGACAAAGCAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGA
129 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * **
438460 CAATTGTTCAAATAGT-ACTAGCTATTTGAACTTCTTTGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAAATCT
1 TAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * *
438524 CTTA-TTA--ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTTTATGA
64 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * * * *
438585 ACTGAAATAATTGTCTTATGACTTAA-AAAAGGTCAAAACGATTTCAAATTGA
129 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
438637 TAATTGTTCTAGTAGTCTTAAGC-ATATGAA-TTGGTTCAGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCT
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* * * **
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* * * *
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* * * * * ** * ** * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TC
** * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * * * *
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* * *
439303 GCTAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAAA
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* * * * * ** *
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* * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * * * **
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** * ** * * *
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* * * ** * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
** * * * *** *
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* * * * * *
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130 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * **
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * ** *
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** * *
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127 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGA
* * * * ** * * ** **
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
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66 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
440197 TGAAATAATGGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTTAAATAAA
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* * ** *
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* * * * ** *** * **
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* ** * * ** * *
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130 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
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129 -ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
** * * ** * * ** *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * ** * *
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* ** * * * *
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130 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
440781 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGATCTTATTCCATAAACAGACTTATTTCTTAAA--TC-
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * *
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66 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* *
440907 -AAAA-AATTTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
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* * * * * * *
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*** **
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128 AACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGA
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
442282 TTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATCA-TTTATTCCAAACAAATTTATATGA
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** * * * *
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129 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * **
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* * * * * * **
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* * * * * ** *
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130 CT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * ** *
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* * ** * * * * * *
442706 -GAGAAATAATTGCATTATGATAGAAGAAAAGATTATAATGATTTG-AATATA
130 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
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* * * *
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130 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
** * *
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443053 TTATTTATTT
Statistics
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173 3 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
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TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
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Found at i:439233 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 438105--444786 Score: 3834
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438095 ATTTTAATAA
* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * **
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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127 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAT
* * * ** * * ** *
438834 TGACTTTTTGAACTGATTCAATGATTAGATTTATTTTTAAAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTAG
192 TAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
438898 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTGA
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* * * * *
438963 TGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAAAATATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
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* * *
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383 CTTGTTCGGTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTTT-TAAATATTAATAAATT
* * *
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*
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* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGAATTTTTTTT-AAATCTCTTACTTA
** * * * *
439247 -TAAAATTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTA-CAAGCTAAAA
65 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-C-AAAA
* ** * * * * *
439310 TAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-GTC----AGTCT
128 AAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAT
* * *** * * *
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192 TAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
439433 -AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAATTTGTATGAATAGAAATAATTATTTT
256 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTT
* * * **
439496 ATGACAAAACAGAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
319 ATGACAAAACA-AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGACATAACTATTTGA
* * * * *
439561 AC-TGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT-T--CTAATTCTTGAAATATTAATGAA
382 ACTTG-TTCGGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATT-TTTAAATATTAATAAA
* * * *** * **
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509 AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** ** * * * * *
439715 TTCAAATGGCCATAGTTATTTGATCTGATTTGA-TAAACTGATTTCTTTTTTAAATCTCTTACTT
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** * * * * * *
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64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAA
* * * * * *
439843 ACAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGT-TCATAACAATTTTAAATAGATAGTTGTTCAAAGAATC
127 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-
*
439906 A-TAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT-TTGGCTTATTAATTT
190 ATTAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTT
* * ** *
439968 TTAG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGT
252 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTG-
** * * * *
440032 TTTACAATAAAACAAAAGCTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCCAATGGACATAACTAT
316 TTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGACATAACTAT
** * * ** ** * * *
440096 TTGAACTAATTCAGTAAACAAATGAACCTTTTAAATCAC-T-T-ATTAATTTTTGCAATATTAAC
378 TTGAACTTGTTCGGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTTTT-AAATATTAAT
* * *** * *
440158 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATGGTTTTATGACAAAACA
441 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
440223 AAATGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTA
506 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * *
440254 TTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACA-AATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGAA--T-TTTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * * * **
440317 TATGAA-TTTTGGAATATTAAGAAATTAGTATCCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTACAAACAAAA
63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * * *
440381 ACAATTCA-TTGATGTCAAAACAAAAGAT-ATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT-GTC
128 A-AATT-ATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-
* * * * * *
440443 A-TAACTGTATGAACTTG-TTCGATAAAGAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
190 ATTAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * *
440506 T-CAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TATAGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATA
253 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAACTTGTATGA-ACAGAAACAATTG
* * * * * * * ***
440568 TTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGGTAACCATTCTACTAGTTTTAACTATT
316 TTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGACATAACTATT
* * ** * *
440633 TGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTT-AA-CTC-T-T-ATTAATTTTTGAAATATTATTA
379 TGAACTTGTTCG-GTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTTTT-AAATATTAATA
* ** * * ** * **
440693 AATTAATATTATTTT-TAACAGAATAATCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTACATGACAAAACA
442 AATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
440757 AAGA-TCTTAACAATTTGAGATTGATAATTG
506 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
440787 TTCAAATAATCATAACTATTTGATCTTA-TTCCA-TAAACAGACTTATTTCTTAAA--TC-T-CT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTT-CAGTAAACAGAATT-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
440846 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATCAAAA
63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * ** ** ***
440911 AATTTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGGCA-
128 AAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AATAT
* * *** * * * * * * * *
440974 TAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTAAAATTTTTTATTTATT-ACTTTCAGA
192 TAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *** * *
441038 AATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTATTAATC-GAAACAATTGTTTAA
257 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTT-A
* * * * *
441102 TGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAGATAGACAATTATTCAAATAGTA-ATAACTATTTGA
320 TGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAG-ACATAACTATTTGA
* * *
441166 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCCT-AATATTAATA
382 ACTTGTTCGGT-AACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTA-TAATTAATTTT--TAAATATTAATA
** * * * * *
441230 AATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
442 AATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * * * *
441295 AACGGTTAGAATGATTTCAAACAGATAATTA
506 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
** * * ** * * *
441326 TTTTAATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAGCA-CATTTTTTTTAAATCT-TCTACTT
1 TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGAATTTTTTTTAAATCTCT-TACTT
*
441388 ATTAATTTTTGGAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGA
64 ATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA-A
** * * *
441451 AATAATTATTTTATGACAAAAC-AAATATCATAATTATTTGAGATAGATAATTACTT-AGATACT
127 AA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAAT
* * * * **
441514 CA-TAACTATTTGAA-TCGGTTCAGTGAACAAATTTAGATTTTAAATCTC--A--TATTAATTTT
190 -ATTAACTATTTGAACT-GATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
441573 TA-AAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTTTGAATAGAAACAATTATT
253 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT-GT
** * ** * * * *
441637 TTAAAACAAAACAAAAAGTCGTAGTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTT
317 TTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGACATAACTATTT
* * * *
441702 GAACTT-TTACAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTATGTATTAATTTTTAGAATATTAAT
380 GAACTTGTT-CGGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-AATTAATTTTTA-AATATTAAT
* * * *** * * * * *
441766 AAATTAATATTATTTTATTAT-GAATGAACTTATATGAATTGAAACGATTATTTCATAACAGAAC
441 AAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
441830 AAAATA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
505 AAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * *
441862 TTTAAATA-ATATTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-ATTTACCTTTTAAATCTTTTACT
1 TTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGAATTT--TTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * * *
441925 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCATTATTGTTTTATTCCAAATCAGCTTTTATGAACAGAA
63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AA
* ** * * *
441990 ACAATTGGTTTATGACAAAATAAAA-AGTCACAACAATTT-AACATAGATAATTATTCAAATAGT
127 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * * * * *
442053 -TATAACTATTT-ACACTGGTTGAGCT-AATAGATTCATTTTTTAAATATATTATTTATTAATTT
190 AT-TAACTATTTGA-ACTGATTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
442115 TTAG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAAAC-TGTATGAACAGAAACAATTG
252 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAACTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * * * *
442178 TATTATAACAAAACAAATGGTCGTAA-GATTTAAAATAAAATAATTATTCAAATA-ATTATAACT
316 T-TTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAA-TATTCAAATAGA-CATAACT
* * * * * * *
442241 AATTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTATTGTTTAAGTTTCTTATTGATTAATTTTTGAAATAT
376 ATTTGAACTTG-TTCGGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTTTT-AAATAT
* * * * * * * *
442305 TAATAAATTATTATCA-TTTATTCCAAACAAATTTATATGAAGAAAAACATTTGTTTTATGGCAA
437 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
** * *
442369 AACAAATTGTC--AACGATTTGAAATTGATAATTA
502 AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * **
442402 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAACAAAATTATTTTTCGAATCTCTTACTT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGAATT-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * **
442466 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTAGTTTA-TTCCAACTAAACTACTATGAACTGAA
64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAAC--AA
* * ** * * *
442530 AAAAA-TATTTTATGACAAAATAAAATATTATAATTATTTGAATTAGATAATTATTCATATAATC
126 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATA
* ** * * *
442594 TTAACTATTTAAACT-AGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
191 TTAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * *
442658 -AAATATTATTGGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAAGAGAAATAATTGCATT
255 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTT
* * * * * * * * * * *
442722 ATGATAGAAGAAAAGATTATAATGATTTG-AATATATAATTTTTGAATTAGCCATATCTATTTGA
319 ATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGACATAACTATTTGA
* * *
442786 ACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTC-T-T-ATTAATTTTTGAAAATATTAATAAA
382 ACTTGTTCGGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTTTT--AAATATTAATAAA
* * * *
442848 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
444 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
442913 AGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
509 AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * * * *
442941 TTCAAATGGCCATAATTCTTTTAACT-GATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGAATT-TTTTTTAAATCTCTTACTT
** *
443001 ATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCGAATAAGCTT-T-T---------
64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * ** * * * * **
443055 ATTTATTTT-TGGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAACTAGATAATT-GTCTAACTGGTCA
129 AATTATTTTAT-GACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAAT-A
*** * *
443118 -TAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCT-TTGATTTT
191 TTAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT
* * * * * ** ** *
443180 T-G-AGTGTTAATAAACTAGTATTATTTGATTCCAAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATT
253 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT-GT
* * * * * * *
443243 TTATGACGATACAAAATGTCATAACGTTTTAAAATAGATAATTATTCTAATA-ATCGTAACCATT
317 TTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGA-CATAACTATT
* * * * * *
443307 TGAACTAGTTCAGTGAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTTATTTTTGAAATATTATT
379 TGAACTTGTTCGGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTTTT-AAATATTAAT
* * * ** * * **
443372 AAATTAGAATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTACGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAATTA
441 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
443436 AAAGGTCATAACGATTAGAATTAGATAATCG
506 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * * * * * * *
443467 TTCATGTAGTCT-TAACTATTTCAACTAATTCAATAATCAGATTTATTTTTTAATTTTTTTAAGT
1 TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGAATT-TTTTTTAAATCTCTT-ACT
* * * * ** ** *
443531 TATTAAGTTTTGAAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAATAGAA
63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AA
*** * * * ** * ** * * *
443596 GTGATTATTTAATTACAAAACCAAAGGTTATAATGATTCGAAATAGATAACTATAT-AAATAGT-
127 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAATA
* * * * * *
443659 TAAAACTATTTGAAATGGTT-AGGTAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
191 T-TAACTATTTGAACTGATTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
443723 -TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATGAACTTGTATGAACAAAAACAATTATT
254 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT-GT
** * ** *
443786 TTATGACAAAACAAAAAG-CAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATT
317 TTATGACAAAAC-AAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGACATAACTATT
* * * * * *
443850 TGAA-TTGGTTCGGTAAATAGAATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATAAACTTTTGAAATATTAA
379 TGAACTT-GTTCGGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAA-TTTTTAAATATTAA
* * * ** * * *** * * *
443914 TAAACTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATAAATTGAAATAATTGCTTTAGGACAAAA
440 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
443978 CAAAATGTCATAATGATTAGAAATAGATAATTA
504 CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
444011 TTCATATA-TTCTTAATTGTTTGAACT-GATTC-GACAAAC-GAATTTATTTTTTAAATATCTTA
1 TTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTAG-TTCAG-TAAACAGAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
444072 ATTATTAA-TTTTCATAATATTACTAAATTCA-TATTATTTTATTAT-GTATAAACTTGTTTGAT
61 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGA-
* * * * * *
444134 AGAAAACAATTATTTTATGA-AAAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATAATTATTCAAA
122 ACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACA-AAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * *
444197 TAGTCA--AACTATTT-AAGCT-AGTTCTGTAAACAAAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
186 TAAT-ATTAACTATTTGAA-CTGA-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
444254 ATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGATA-AAAAAT
248 ATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGA-ACAGAAAC
* * * * ** * * * *
444316 AAGTGTGTTATAATAAAACAAAAGGTAATAATTATTTAAAATAGATAATGATTTAAATTGCCATA
311 AATTGT-TTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-ATTCAAATAGACATA
* * * **
444381 ATTATTTGAAC-TGATTCGGTAA-ATTGCTTTATTTTTTTAAATATCTTACTTTTTAATTTTTGA
373 ACTATTTGAACTTG-TTCGGTAACA--GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTTTT-A
* * *** ** * ** *
444444 AATATTAATAAAATAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
432 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
444509 GACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTTAAATAGATAATTA
497 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** *
444549 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * *
444613 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATTAATTTTGTATGGACTGA
64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA-TAAGCTTGTATGAAC-AA
* * * * * ** * * *
444676 AACAATTATTTTATAACCAAACAAAATGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
126 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-
* * ** * * *
444741 A-TAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCT
190 ATTAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
444787 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 4782, Mismatches: 1066, Indels: 588
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 4 0.00
523 132 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGAATTTTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAA
TTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATATTAAC
TATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTATGACAA
AACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCG
GTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTG
Found at i:441439 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 438099--444786 Score: 4331
Period size: 362 Copynumber: 18.7 Consensus size: 360
438089 TATATTATTT
* * * * * * * *
438099 TAATAATTCAAATGGT-TATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAATATATTTCTTTTTTAAATCTT
1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATC-T
* * * *
438163 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT
63 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * *
438228 TAAAAATATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAAT
128 TCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
438293 -GGCTATAATTATTTTAA-TTGAATCGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-
193 AGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
438355 TTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCATATAAGCTTGTATTAACTAAAACAA-T
256 TTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * *
438419 GTTCTATGACAAAGCAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGA
320 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * ** ** * *
438460 CAATTGTTCAAATAGTAC-TAGCTATTTGAACTTCTTTGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAA-ATC
1 TAATTATTCAAATAGT-CTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTC
* * *
438523 T-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA
64 TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * * * * *
438586 -CTGAAATAATTGTCTTATGACTTAA-AAAAGGTCAAAACGATTTCAAATTGATAATTGTTCTAG
128 TC-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *
438649 TAGTCTTAAGC-ATATGAA-TTGGTTCAGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAA
192 TAGTCATAA-CTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * *
438711 TTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAACTCAAATAAG-TTAGTATGAAC-AAAAAAAT
255 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-GTATGAACTAAAACAAT
* ** *
438774 TATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATTGA
319 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *** * ** * * *
438816 TAATCATTCATATAATATTGACTTTTTGAACTGATTCAATGATTAGATTTATTTTTAAAATTTTC
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAA-TCTC
** * * * ** *
438881 TTGGTTATTAAGTTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATGA
64 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
438945 A-C-ATAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAAAATATAA-TAGTTC
127 ATCGA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTC
* * * * * * *
439007 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGT--ATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTA
189 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * *
439070 ATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACAAAAACAA
254 ATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * *
439134 TTGTTTTTTGACAAAACAAAAAGTAATAAC-ATTTGAAATAGA
318 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
439176 TAATTGTTCAAATACT-TATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATT-TTTTTTAAAATGT
1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTT-AAATCT
* * ** * * * *
439239 CTTC-CATATAAAATTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTA-CA
63 CTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
439302 AGCTAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-GTC--
127 ATC-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * ** * * *
439364 --AGTCTTAACTGTTTGAGCTAGTTTTGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAAT
191 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** ** *
439427 TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGAA-TAGAAATAATT
256 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* * *
439491 ATTTTATGACAAAACAGAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGA
320 GTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * *
439532 TAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
439596 T--TT-CTAATTCTTGAAATATTAATGAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATG--T
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * ** * * *
439656 TGAAAAACACTTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
129 CG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * ** * * * * *
439721 TGGCCATAGTTATTTGATC-TGATTTGATAAACTGATTTCTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
192 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * * *
439785 TTTAAAAATACTAATAAAGTAGTAATATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTCAAACAATT-
256 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * *
439849 TTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGA
321 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * *** * *
439889 TAGTTGTTCAAAGAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTT-AAATCTC
* * * * ** *
439954 TGGCTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-CTTCTAAATAATTTTGCATG
64 T-ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
** * * *
440017 AA-CAGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGCTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTC
126 AATC-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTC
* * * ** * * ** **
440080 CAATGGACATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATGAACCTTTTAAA--TC--ACTTATTA
189 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * * * * *
440141 ATTTTTGCAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
254 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * *
440206 GGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAAA
319 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * ***
440248 TAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTC
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA-TTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * ** * * * *
440312 TTGCTTATGAA-TTTTGGAATATTAAGAAATTAGTATCCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTA-CAA
64 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * * ** * * *
440375 ACAAAAACAATTCATTGATGTCAAAACAAAAGAT-ATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAA
128 TC-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
440439 T-GTCATAACTGTATGAACTTGTTCGATAAAGAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAAT
192 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
440503 TTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TATAGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAA
256 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-AATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAAT
* * * *
440566 TATTTT-TGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGG
319 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * ** *
440607 TAACCATTCTACTAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTT-AA---CT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCT
* * ** * * *
440668 -CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACAGAATAATCTTCTATGATT
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * * * * *
440731 AGAAACAATTGTTACATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATA
129 CGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * *
440795 ATCATAACTATTTGATCTTATTCCATAAACAGACTTATTTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
194 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
440856 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATC-AAAA-AATTTGTT
259 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA-TTGTT
*
440919 TTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
323 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * * * * * * *
440956 TAATCGTTCAAATGGGCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTAAAATTTTT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATT-ATTTTTTAAA-TCTC
* * ** * * ** *
441021 TATTTATTACTTTCAGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTGTCTAAGCTTGTATTAA
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
441085 TCGAAACAATTGTTTAATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAGATAGACAATTATTCAAAT
128 TCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
441150 AGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
193 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATT
*** * *
441215 TTCCTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTG
257 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * * * * *
441280 TTTTATGACTAAACAAACGGTTAGAATGATTTCAAACAGA
321 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * *
441320 TAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAGCACATT-TTTTTTAAATCTTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTATTTTTTAAATC-TCT
* *
441384 ACTTATTAATTTTTGGAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAA
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * ** * *
441448 AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATTATTTGAGATAGATAATTACTT-AGA
129 CGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA
* * * * * **
441510 TACTCATAACTATTTGAA-TCGGTTCAGTGAACAAATTTAGATTTTAAATCTC--A--TATTAAT
192 TAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * ** *
441570 TTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTTTGAA-TAGAAACAATT
256 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* ** * * ** *
441634 ATTTTAAAACAAAACAAAAAGTCGTAGTGATTTAAAATAGA
320 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
441675 TAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGAACT--TTTACAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT--GGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCT
* *
441738 CTTA-TGTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-GAATGAA-CTTAT
63 C-TACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAAT-AAGCTTGT
* * * * * * ** * * *
441799 ATGAATTGAAACGATTATTTCATAACAGAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTT
123 ATGAATCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * ** *
441864 TAAATAAT-ATTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTACCTTTTAAATCTTTTACTTAT
188 CAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * ** * *
441928 TAATTTTTAAAATATTAATAAATCATTATTGTTTTATTCCAAATCAGCTTTTATGAAC-AGAAAC
252 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC
* * * * *
441992 AATTGGTTTATGACAAAATAAAAAGTCACAACAATTT-AACATAGA
316 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGA
* *
442037 TAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTT-ACACTGG-TTGAGCT-AATAGATTCATTTTTTAAAT
1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGA-ACTGGTTTG-G-TAAACAAATT-ATTTTTTAAAT
* * * * * * *
442098 ATATTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTAAATAAAAC-TG
61 CT-CTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT-AAGCTTG
* * * * * *
442160 TATGAA-CAGAAACAATTGTATTATAACAAAACAAATGGTCGTAA-GATTTAAAATAAAATAATT
122 TATGAATC-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATT
* * * * * * * *
442223 ATTCAAATAATTATAACTAATTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTATTGTTTAAGTTTCTTA-T
185 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * ** * **
442286 TGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATCA-TTTATTCCAAACAAATTTATATGAAGAAA
249 T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * ** *
442350 AACATTTGTTTTATGGCAAAACAAATTGTC--AACGATTTGAAATTGA
313 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * **
442396 TAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAAATTATTTTTCGAATCTC
1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCTC
* * * * * **
442460 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTAGTTTA-TTCCAACTAAACTACTATGA
64 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGA
* * * * ** * ** * *
442524 A-CTGAAAAAAATATTTTATGACAAAATAAAATATTATAATTATTTGAATTAGATAATTATTCAT
127 ATC-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * ** * *
442588 ATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
191 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * * *
442653 TTTTAAAATATTATTGGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-GAGAAATAATT
256 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
** * * * * * * *
442717 GCATTATGATAGAAGAAAAGATTATAATGATTTG-AATATA
320 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
442757 TAATTTTTGAATTAGCCATATCTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TGT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCT
*
442820 -CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-AT
65 ACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
442883 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
129 C-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * ** *
442948 GGCCATAATTCTTTTAAC-TGATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
193 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** *
443008 TTAAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCGAATAAGCTT-T-T--A-T-------TTAT
257 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * * *
443061 TTT-TGGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAACTAGA
322 TTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
443100 TAATT-GTCTAACTGGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCT
1 TAATTATTC-AAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA-TTA-TTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
443164 CTTACTCT-TTGATTTTTG-AGTGTTAATAAACTAGTATTATTTGATTCCAAATAAGTTTGTATG
63 C-TACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
443227 AATTGAAACAATTATTTTATGACGATACAAAATGTCATAACGTTTTAAAATAGATAATTATTCTA
126 AATCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * *
443292 ATAATCGTAACCATTTGAACTAGTTCAGTGAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTTAT
191 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * *
443357 TTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTACGAAC-AAAACAATTG
256 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
** * *
443421 TTTTATGACAAATTAAAAGGTCATAACGATTAGAATTAGA
321 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** ** * ** *** * * * * *
443461 TAATCGTTCATGTAGTCTTAACTATTTCAACTAATTCAATAATCAGATTTATTTTTTAATTTTTT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAA-ATCTC
* * * * * ** **
443526 TAAGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAA
64 T-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* *** * * * * * * * *
443591 TAGAAGTGATTATTTAATTACAAAACCAAAGGTTATAATGATTCGAAATAGATAACTATAT-AAA
128 TCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAA
* * * * * * *
443655 TAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
192 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* *
443720 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATGAA-CTTGTATGAACAAAAACAATT
257 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAAAT-AAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * **
443783 ATTTTATGACAAAACAAAAAG-CAATAATAATTTGAAATAGA
320 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
443824 TAATTATTTAAATAGT-TATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGAATTAATTTTTAAATCTC
1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
443888 TTACTTATAAACTTTTGAAATATTAATAAACTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATAA
64 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
443952 ATTGAAATAATTGCTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAATGATTAGAAATAGATAATTATTCATA
127 ATCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * ** * *
444017 TATTCTTAATTGTTTGAAC-TGATTCGACAAAC-GAATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAA
192 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * ** * * *
444080 TTTTCATAATATTACTAAATTCA-TATTATTTTATTATGTATAAACTTGTTTGATA-GAAAACAA
255 TTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAA
* * * *
444143 TTATTTTATGA-AAAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATTGA
318 TTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* *
444185 TAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTT-AAGCTAGTTCT-GTAAACAAAATTATTTTTTAAA--T
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTT-TGGTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCT
* * *
444245 CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-A
63 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * * ** * * *
444308 TAAAAAATAAGTGTGTTATAATAAAACAAAAGGTAATAATTATTTAAAATAGATAATGATTTAAA
128 T-CGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * * *
444373 TTGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATTGCTTTATTTTTTTAAATATCTTACTTTTTAA
192 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * * *
444437 TTTTTGAAATATTAATAAAATAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATT
255 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * *
444502 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTTAAATAGA
320 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * *
444543 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTC-
* * ** *
444608 TGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATTAATTTTGTATGG
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA-TAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
444671 A-CTGAAACAATTATTTTATAACCAAACAAAATGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTA
127 ATC-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** * *
444735 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCT
191 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
444787 TGTTAGCTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATCG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
Found at i:443832 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 443806--443853 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
443796 ACAAAAAGCA
*
443806 ATAATAATTTGAAATAG-
1 ATAATTATTTGAAATAGT
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1 ATAATTATTTGAA
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Statistics
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* ** * *
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1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACT
* * * *
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CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTT
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* * *
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Statistics
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TATTTTATATTTTTATTTTACTTTTG
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* *
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* *
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TTTTCTTTTATTTTATTACTTTTGTATTTTATAT
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TAATTTATCTGT
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*
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ATTTATTTG
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* *
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*
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*
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TTTTTATTTATTTTCATTTTATTTA
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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**
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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Statistics
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Statistics
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*
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1 AAATAATTAT
* *
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1 AAATAATTAT
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1 AAATA
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* ** * * * * *
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* * * ** *
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** *
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* * * *
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* *
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* * * *
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Statistics
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TTAAAAAATTAATAAAGAAATATTATTTTATTCTCAATAAGATTGTATGGAA
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* *
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1 AAATA
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1 ATAATGAAACAAAATGTC
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1 ATAATGA
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* * * * * * * * * *
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* * *
457785 ATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATATATCTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
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* *
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* * *
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1 AATAGAAATAATTATTTTATGACTAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AAATTATTGTT-TA
* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * ** *
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*
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* * * * * *
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* * * * **
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AACTTGGTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATATCTTATCAATTTTTGGAACAATAAACTAGAT
T
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*
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* *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* *** **
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* * * *
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* *
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* * * **
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* **
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* *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * * *
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** ** *
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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**
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* * *
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* **
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* * * * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* *
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* ** *
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* **
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* * **
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* * ** *
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AAAAAAAAGAAT
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495871 CATCATATAG
495881 TTTT-TTAAAAGATTAAGATAATTT
1 TTTTATTAAAA-ATT-AGATAATTT
*
495905 TTTTAATTACAAATTAGATAATTT
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TTTTATTAAAAATTAGATAATTT
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497244 TTTAAAATTA
* *
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1 ATCAAATAAATAAAAATATTTAAAAATCATTAGTCATCAAAAATTAATTTTCTAATAATTTACAT
*
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130 T
* * * * * *
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1 ATCAAATAAATAAAAATATTTAAAAATCATTAGTCATCAAAAATTAATTTTCTAATAATTTACAT
* * **
497450 ATATATAATTTAAATATATATCTTTCATCTTTTAAAATTAATTTTTTAATAATTT
66 AAATATAATTTAAATATATATCTTTCATCTTCTAAAATTAATTTTCCAATAATTT
497505 ACATATATCT
Statistics
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ATCAAATAAATAAAAATATTTAAAAATCATTAGTCATCAAAAATTAATTTTCTAATAATTTACAT
AAATATAATTTAAATATATATCTTTCATCTTCTAAAATTAATTTTCCAATAATTTTAGGGTATTT
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497429 TAATTTTCTA
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*
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497469 AT
1 AT
497471 CTTTCATCTT
Statistics
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ATAATTTAGATATAT
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498120 AAGTAATTTC
* * * * *
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498259 A
126 A
* *
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1 TAATTTTATGGTATTTATCAAATAAATAAAAAGATTTAAAAATTACTAGTTATCCAAAACTAATT
* * * *
498323 -TTCTAATCATTTATATATAAATTTAAATATATATTTTTATCTTTTAAAATTA
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498375 ATCCAATAAA
Statistics
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498270 TTATTTATCA
*
498280 AATAAATAAAAGATTTAAAATTACT-AGTTATCCAAAATTAATTTTCTAATCATTTATATATAAA
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*
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* *
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64 TTTAAATATATA--TTTTTTATCTTCTAAAATTAAT
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498369 AAATTAATCC
498379 AATAAATAAAAATATTTAAAAATTATAAGTTATCCAAAATTAATTTTCTAATAATTT-G-TATA-
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* *
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498505 CA
129 CA
* * *
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* * **
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Statistics
Matches: 101, Mismatches: 9, Indels: 8
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AATAAATAAAAATATTTAAAAATTATAAGTTATCCAAAATTAATTTTCTAATAATTTAGATATAT
ATAATTTAAATATATACCTTTTACCTTCTAAAATTAATTTACTAATAATTATGTGGTATTTATCA
Done.