Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11202444
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 44000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 64
Found at i:235226 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 235183--235250 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 3.6 Consensus size: 19
235173 TAGACAAAAT
*
235183 ATAATAATTATA--TAATA
1 ATAATTATTATATTTAATA
235200 ATTCAATTATTATATTTAATA
1 A-T-AATTATTATATTTAATA
*
235221 ATAATTGTTAATATTTAA-A
1 ATAATTATT-ATATTTAATA
*
235240 ATAATTGTTAT
1 ATAATTATTAT
235251 TAATTTAAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 9
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.02
18 3 0.07
19 25 0.57
20 9 0.20
21 6 0.14
ACGTcount: A:0.47, C:0.01, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATTATATTTAATA
Found at i:235253 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 235206--235303 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 4.6 Consensus size: 23
235196 AATAATTCAA
235206 TTATT-ATATTTAATAAT-AATTG
1 TTATTAATATTTAA-AATCAATTG
235228 ---TTAATATTTAAAAT-AATTG
1 TTATTAATATTTAAAATCAATTG
* *
235247 TTATT-A-ATTTAAAATTCTATTT
1 TTATTAATATTTAAAA-TCAATTG
*
235269 TTATTAA-ATTTAAAATGAATTAG
1 TTATTAATATTTAAAATCAATT-G
235292 --ATTAATATTTAA
1 TTATTAATATTTAA
235304 GGATTAATTG
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 5, Indels: 18
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.16
20 16 0.26
21 7 0.11
22 20 0.32
23 9 0.15
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (23 bp):
TTATTAATATTTAAAATCAATTG
Found at i:235359 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 235326--235390 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 4.7 Consensus size: 13
235316 AAATTTAATC
*
235326 TATTAACAATTATT
1 TATTAATAATTA-T
235340 TATTAATAATTAT
1 TATTAATAATTAT
235353 TAGTTAATAAGTTAT
1 TA-TTAATAA-TTAT
* *
235368 AATAATACTAATTAT
1 --TATTAATAATTAT
235383 TA-TAATAA
1 TATTAATAA
235391 CTAATTGAAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 10
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.12
13 5 0.12
14 18 0.42
15 8 0.19
16 5 0.12
17 2 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (13 bp):
TATTAATAATTAT
Found at i:235382 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 235364--235396 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
235354 AGTTAATAAG
235364 TTATAATAAT-ACTAA
1 TTATAATAATAACTAA
*
235379 TTATTATAATAACTAA
1 TTATAATAATAACTAA
235395 TT
1 TT
235397 GAAATAAATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.56
16 7 0.44
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATAATAACTAA
Found at i:236801 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 236776--236827 Score: 50
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
236766 TAGCAAAAAT
*
236776 TATTTTATAATCATATTATAAG
1 TATTTTAT-AT-AAATTATAAG
*
236798 TATTAGTTATATAAATTATAAT
1 TATT--TTATATAAATTATAAG
236820 TATTTTAT
1 TATTTTAT
236828 TAATTATTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 6
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.15
22 16 0.62
23 2 0.08
24 4 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (20 bp):
TATTTTATATAAATTATAAG
Found at i:236833 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 236815--236846 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12
236805 TATATAAATT
236815 ATAATTATTTTA
1 ATAATTATTTTA
*
236827 TTAATTATTTTA
1 ATAATTATTTTA
236839 ATAATTAT
1 ATAATTAT
236847 AACTTAAATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 18 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (12 bp):
ATAATTATTTTA
Found at i:236978 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 236956--237033 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 4.3 Consensus size: 18
236946 TCAATTGTAT
236956 TTATTAATCATAATTATAA
1 TTATTAAT-ATAATTATAA
* ** *
236975 TTATTAATTTAAAAATTA
1 TTATTAATATAATTATAA
236993 TTAGTTAATATTAATTA-AA
1 TTA-TTAATA-TAATTATAA
237012 TTA-TAATCA-AATTATAA
1 TTATTAAT-ATAATTATAA
237029 -TATTA
1 TTATTA
237034 CGATTATATT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 12
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.15
17 8 0.17
18 10 0.22
19 17 0.37
20 4 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
TTATTAATATAATTATAA
Found at i:237089 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 237043--237163 Score: 85
Period size: 15 Copynumber: 8.1 Consensus size: 15
237033 ACGATTATAT
237043 TATAATTCATT-TTAA
1 TATAATT-ATTATTAA
237058 TA-ATATTATTATT--
1 TATA-ATTATTATTAA
237071 TATAATTATTATTAA
1 TATAATTATTATTAA
* *
237086 TATAAATGTTATTAA
1 TATAATTATTATTAA
*
237101 TATAACTTA-AATTAA
1 TATAA-TTATTATTAA
*
237116 TA-AATTATATAATAA
1 TATAATTAT-TATTAA
237131 TAATAATTA-TATTAA
1 T-ATAATTATTATTAA
* *
237146 AATAATTAATAATTAA
1 TATAATT-ATTATTAA
237162 TA
1 TA
237164 ATTGTATATA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 11, Indels: 23
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
13 14 0.17
14 13 0.16
15 43 0.52
16 8 0.10
17 5 0.06
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (15 bp):
TATAATTATTATTAA
Found at i:237140 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 237113--237176 Score: 64
Period size: 14 Copynumber: 4.1 Consensus size: 16
237103 TAACTTAAAT
237113 TAATAAATTATATAATAA
1 TAAT-AATTATAT-ATAA
237131 TAATAATTATAT-TAA
1 TAATAATTATATATAA
*
237146 -AATAATTA-ATA-AT
1 TAATAATTATATATAA
*
237159 TAATAATTGTATATAA
1 TAATAATTATATATAA
237175 TA
1 TA
237177 TATTAGTAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 10
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.08
14 15 0.38
15 6 0.15
16 3 0.08
17 8 0.21
18 4 0.10
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
TAATAATTATATATAA
Found at i:237192 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 237109--237192 Score: 93
Period size: 39 Copynumber: 2.2 Consensus size: 39
237099 AATATAACTT
237109 AAATTAATAAATTATATAATAATAATAATTATATTAAAA
1 AAATTAATAAATTATATAATAATAATAATTATATTAAAA
* **
237148 TAATTAAT-AATTA-ATAATTGTATATAA-TATATTAGTAAA
1 AAATTAATAAATTATATAATAATA-ATAATTATATTA--AAA
237187 AAATTA
1 AAATTA
237193 TATACTATTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 6
0.79 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
37 14 0.37
38 9 0.24
39 15 0.39
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (39 bp):
AAATTAATAAATTATATAATAATAATAATTATATTAAAA
Found at i:237986 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 237948--238008 Score: 61
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
237938 TATTATTATA
* *
237948 TTATTATAAT-AATATATAATAATCT
1 TTATT-TAATAAATAAACAATAAT-T
*
237973 TTATTTAATAAATAAACAATTATT
1 TTATTTAATAAATAAACAATAATT
237997 TATATTTAATAA
1 T-TATTTAATAA
238009 TAGATATTTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.19
25 25 0.81
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
TTATTTAATAAATAAACAATAATT
Found at i:238107 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 238076--238130 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
238066 TTATTAATAA
* *
238076 TTAATATTAATTGTTAATTTA-AAT
1 TTAA-ATTAATTATTAAGTTATAAT
238100 TTAAATTAATTATTAAGTTATAAT
1 TTAAATTAATTATTAAGTTATAAT
238124 TATAAAT
1 T-TAAAT
238131 AACTTAATAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 14 0.52
24 8 0.30
25 5 0.19
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (24 bp):
TTAAATTAATTATTAAGTTATAAT
Found at i:238346 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 238306--238360 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
238296 TTGATTATAC
238306 TATTAATAATATTTAATTATAAA
1 TATTAATAATATTTAATTATAAA
*
238329 TAATTTATAATA-TT-ATTATAAA
1 T-ATTAATAATATTTAATTATAAA
238351 TATTAATAAT
1 TATTAATAAT
238361 TATAAAATAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.28
22 9 0.31
23 3 0.10
24 9 0.31
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (23 bp):
TATTAATAATATTTAATTATAAA
Found at i:238373 original size:28 final size:26
Alignment explanation
Indices: 238314--238375 Score: 70
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
238304 ACTATTAATA
* *
238314 ATATTTAATTATAAATAATTTATAAT
1 ATATTTAAATATAAATAATTTAAAAT
*
238340 ATTATTATAAATATTAATAATTATAAAAT
1 A-TATT-TAAATATAAATAATT-TAAAAT
238369 ATATTTA
1 ATATTTA
238376 TTTTATTAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 5
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.03
27 6 0.20
28 17 0.57
29 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (26 bp):
ATATTTAAATATAAATAATTTAAAAT
Found at i:239574 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 239540--239586 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
239530 ATATAGTATT
*
239540 ATTATATTATTAT-TTAA
1 ATTATATTATT-TGATAA
239557 ATTATATTATTTGATAA
1 ATTATATTATTTGATAA
*
239574 ATTA-ATTAATTGA
1 ATTATATTATTTGA
239587 GATAAATAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.33
17 18 0.67
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
ATTATATTATTTGATAA
Found at i:239586 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 239554--239586 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
239544 TATTATTATT
*
239554 TAAATTATATTATTTGA
1 TAAATTATATTAATTGA
239571 TAAATTA-ATTAATTGA
1 TAAATTATATTAATTGA
239587 GATAAATAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
TAAATTATATTAATTGA
Found at i:241313 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 241079--241340 Score: 515
Period size: 131 Copynumber: 2.0 Consensus size: 131
241069 GAGAACAAGA
241079 AGTGAGGTATCCTCTTGAGAGCTTTGTAGTGAGATTGGGTAAAATACTATAAAGGGTAGATGTTT
1 AGTGAGGTATCCTCTTGAGAGCTTTGTAGTGAGATTGGGTAAAATACTATAAAGGGTAGATGTTT
*
241144 CTATCTTAAGCCTTAGAAAGAAAAAAATAGGTTGTATTTTCAATTCAAGATTAGTAGATTGAAGC
66 CTATCTTAAGCCTTAGAAAGAAAAAAATAGGTTGTATTTTCAATTCAAGAATAGTAGATTGAAGC
241209 C
131 C
241210 AGTGAGGTATCCTCTTGAGAGCTTTGTAGTGAGATTGGGTAAAATACTATAAAGGGTAGATGTTT
1 AGTGAGGTATCCTCTTGAGAGCTTTGTAGTGAGATTGGGTAAAATACTATAAAGGGTAGATGTTT
241275 CTATCTTAAGCCTTAGAAAGAAAAAAATAGGTTGTATTTTCAATTCAAGAATAGTAGATTGAAGC
66 CTATCTTAAGCCTTAGAAAGAAAAAAATAGGTTGTATTTTCAATTCAAGAATAGTAGATTGAAGC
241340 C
131 C
241341 TTGGTGTGGA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
131 130 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.23, T:0.32
Consensus pattern (131 bp):
AGTGAGGTATCCTCTTGAGAGCTTTGTAGTGAGATTGGGTAAAATACTATAAAGGGTAGATGTTT
CTATCTTAAGCCTTAGAAAGAAAAAAATAGGTTGTATTTTCAATTCAAGAATAGTAGATTGAAGC
C
Found at i:241771 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 241739--241771 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
241729 AACCAGTTCA
241739 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
241757 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
241772 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:242109 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 241655--244752 Score: 985
Period size: 181 Copynumber: 16.8 Consensus size: 181
241645 GCTTTTTTGG
* * * *
241655 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTCAAAAAATAATT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
241719 TTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
65 ATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
241784 ACTTTTTCTTTTGTCATAAAACAA-ATGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTC-A
130 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATA-GTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
** * *
241835 GAATAAAA-AATACTAAACTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAC
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
241895 CTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAA-CTGTTAT
65 ATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTAT
* * *
241959 GACTTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCGA
129 GAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
* * * *
242013 ATTAAAATAATA-TCATTTATTACTATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
242077 TGTTTATCAAACTAGATCAACTAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTTAAATCATTATGA
66 TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * *
242142 CCTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATTA-TTTTAATTCATATAAGCTTATTTGA
131 CTTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAA-TAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
* * * *
242193 AATAAAATAATACTAAGTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT--TAAA-AAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
242254 ATGTTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT
65 ATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
242319 ACTTTTTGTTTTGTCGTAAAGCAATTGTTTTTGTTAATTTAAGTTTGTTTGA
130 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
* * * * * *
242371 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAGAAGATTT-AAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * ** *
242435 TACTTAGCAAACCATTTCAAATACTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
66 TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * * *
242500 GC-TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTTGG
131 -CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATA-TAAGTTTATTCGA
* * * *
242551 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAA-TCAAAAAAATTAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
242615 TTTGA-TTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGA-TCATATCAACGAATAACCAAGAAAATT-AAA
64 TAT-ATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAAC-AATTATC----TATTTCAAA
* * * ** **** ** *** **
242677 -AAATA-AATCTAATTGTTGAACCAGT-TCA-AATAG-TCAAGACCATATCAACGATTATGTATT
122 TCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATAGTTTTTGTTCATAT-AA-G--T-T-TA-T
242737 TC-A
178 TCGA
* * * * * * * * ** ** *
242740 AAT--CATTATGACT-TTTTCTT-TTGTCGTAAAACAATTGTTTTGGTCATACAAGCTTATACGG
1 AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATAT-TTCAAA-AATT-AATAAGT-A-A-AAGATT-TA---
* * * ** * *
242801 ATTAAAAT-AATACTAATTTA--AAA-TATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
55 A--AAAATAAATA-T-ATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTT-AT--G--A-CTATTTGAACAAT-
* * * * * * *** *
242861 AATTTGTTTCCTAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTGTTAGAATAATTTATC-TATTTCACATCG
109 TATCTATTT-C-AAATCA-TT---A----T--GACTTTTTG--T--TTTGTCATAAAACA-ATAG
* * * **
242925 TTCTAACATTTTC-TCT-AGTTATAAAAC-A
157 TT-T---TTGTTCATATAAGTT-T-ATTCGA
**** * * ** * * *
242953 AATGTTTTAGTCAATACAAGCCTATTCAGAATAAATT-AATACTAATTTATTAACATTTGAAAA-
1 AATAAAATAAT-ACTA--A-TTTATT---AAT-ATTTCAA-A--AA-TTAAT-A-A-GT-AAAAG
* * * * *
243016 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATATGTTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTG
50 ATT--T-A-AAA-A-A--T----AAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * * ** *
243081 AACAA-TAGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTTAAGTTAA
103 AACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCA
* * *
243145 TACAAGCTTAGAT-GA
167 TATAAGTTTA-TTCGA
* * ** * * * *
243160 AATAAAATAATAATGATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAACA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * **
243225 TGTTTA-CTGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATG
66 TATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
243289 A-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAA
130 ACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGT-TCATATAAGTTTATTCGA
* * * * *
243342 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAACATATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * ** * **
243407 TGTGTA-CTGAATTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTCAAATTGTTA-
66 TATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * *
243469 AAATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTCG-
129 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
** * * * *
243521 GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTAAATAAGAGATTTAAAAAACAAA
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
** * * ** * * * *
243586 TATATTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT
64 TATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
243651 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTA-TTTTAT-ATCTTACT-AGCTTATTC-A
129 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATAGTTTT-TGTTCATA-TAAGTTTATTCGA
* * ** * *
243703 TCATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTGGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAA
1 -AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAA
* * ** * * *
243767 ATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTTTATTTAAAATCATTA
63 ATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * * * ** * * *
243832 TGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAGTTGTTTTAATTCAT-TACAGCTTATCCAA
128 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATA-AGTTTATTCGA
* * * * * *
243886 AATAAAATAATGCTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAG-TTTAAAAAA-ACAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-AAT
* * * * * * * * *
243949 ATTGTTTA-CTGAACAAATTAAAATAGTTATGATTATTTAAACAA-TAGT-TATTTAAAATCGTT
65 A-TATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATT
* * * ** * * * *
244011 ATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCAGTTCTTACAAGCTTATTTGA
127 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
* * *
244066 AATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
244126 CTGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTAT
65 ATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTAT
* * * * * ** * * * * *
244190 TACCTTGTGTTTGGTCATATAACTTTTGTTTTTGATCACACAAGCTTATTC-A
129 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
* **
244242 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAATAAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * * * * * * * * **
244306 CATACTTA-CTGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTATACTACAAATTGTTA
64 TATATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
244370 TAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTA-TTTCTGTTCGTACAAGTTTATTCAA
128 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
* * * * * * * *
244424 AATAAAATAATATTAATCTAATAAAATTTCAAAAATTAAAAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * * ** *
244489 TGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-CA
66 TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** * *
244553 ATCTTGTGTTTTATCATAAAA-AA-AATTTTCAATTCATACT-AGCTTATTCGG
131 CT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTT-TGTTCATA-TAAGTTTATTCGA
* * * * *
244604 AATAAAATAA-AATGAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAGT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
244668 TTGTTTACCTAACTAGTT-AACATAATTATGATTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 ATATTTATCAAACCAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
244732 GACATTTTAT-TTTTGTTCATA
129 GAC-TTTT-TGTTTTG-TCATA
244753 TAAATTTGTT
Statistics
Matches: 2160, Mismatches: 562, Indels: 389
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
176 106 0.05
177 170 0.08
178 151 0.07
179 20 0.01
180 478 0.22
181 549 0.25
182 372 0.17
183 17 0.01
184 8 0.00
185 10 0.00
186 6 0.00
187 17 0.01
188 8 0.00
189 10 0.00
190 4 0.00
191 5 0.00
192 5 0.00
193 4 0.00
194 4 0.00
195 10 0.00
196 12 0.01
197 10 0.00
198 2 0.00
199 11 0.01
200 11 0.01
201 1 0.00
203 4 0.00
204 2 0.00
206 7 0.00
207 10 0.00
208 3 0.00
209 1 0.00
210 14 0.01
211 5 0.00
212 2 0.00
213 8 0.00
214 11 0.01
215 7 0.00
216 3 0.00
217 1 0.00
219 5 0.00
220 3 0.00
222 4 0.00
223 6 0.00
224 13 0.01
225 7 0.00
226 8 0.00
227 10 0.00
228 1 0.00
229 4 0.00
230 1 0.00
231 7 0.00
232 9 0.00
233 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGA
Found at i:242469 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 241650--242592 Score: 970
Period size: 358 Copynumber: 2.6 Consensus size: 355
241640 TACTAGCTTT
* * *
241650 TTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TATGTAAAAGATTCAAAAAA
1 TTTGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTA-GTAAAAGATT-TAAAAA
* * *
241714 TAATTTTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
63 TAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * *
241779 TTATGACTTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTA-TTCAGAATAAAA
128 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-AAAT-TTTTTATTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAA
* * *
241843 -AATACTAAACTATTAATATTTTAAAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTATCA
190 TAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAAT-AA-CTATTTAGCA
* * * * *
241905 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAACTGTTATGACTTTTTTGT
253 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACTATTATGACTTTTTTGT
* * *
241970 TTTGTTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATAAAAGTTTA
318 TTTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTAATAAAAGTTTA
* * * * * *
242008 TTCGAATTAAAATAATATCATTTATTACTATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
1 TTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTT-AAAAATA
* * * * * * * * * **
242073 AATATGTTTATCAAACTAGATCAACTAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTTAAATCATT
65 AATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *
242138 ATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAAAAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
130 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATT-TTTT-ATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
242203 TACTAAGTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAAT-A-TGTTTAGCAAA
193 TACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AAAGAGA-TTTAAAAAATAACTATTTAGCAAA
* * *
242266 CAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATTAC-TTTTTGTT
255 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGACTTTTTTGTT
* * * ** *
242329 TTGTCGTAAAGCAATTGTTTTTGTTAATTTAAGTTTG
319 TTGTCATAAAACAATAGTTTTTGTTAATAAAAGTTTA
* * * *
242366 TTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAGAAGATTTAAAAGTA
1 TTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAATA
* * * * * *
242431 AATCTACTTAGCAAACCATTTCAAATACTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
65 AATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * *
242496 ATAAGCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTTGGAATAAAATA
130 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATT--TTTTATTCATA-TAAGTTTATTTGAAATAAAATA
* * *
242560 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAA
192 ATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
242593 TCAAAAAAAT
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 93, Indels: 32
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 9 0.02
357 131 0.27
358 228 0.48
359 91 0.19
361 1 0.00
362 6 0.01
363 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAATAA
ATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
TGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTTTTTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC
TAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAACTATTTAGCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACTATTATGACTTTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATAGTTTTTGTTAATAAAAGTTTA
Found at i:242513 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 241606--242590 Score: 888
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 179
241596 CTCAAATCGC
* ** * *
241606 TTTTGTTTTGTCATTAAATAATT-TTTTCAATTCATACT-AGCTTT-TTTGGAATAAAATAA-AA
1 TTTTGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTT-TGTTCATA-TAAG-TTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * *
241667 TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TATGTAAAAGATTCAAAAAATAATTTTATTTACCTAA
62 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTA-GTAAAAGATT-TAAAAATAAATATATTTAGCAAA
*
241731 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT
124 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT
* * * *
241787 TTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTA-TTCAGAATAAAA-AATACTA
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
** * * ** *
241850 AACTATTAATATTTTAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTATCAAACCAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTAGCAAACCAG
** * * *
241911 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAACTGTTATGACTT
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-T
* * * * * * *
241964 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCGAATTAAAATAATA-TCA
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
242028 TTTATTACTATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGA
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTAGCAAACCAGT
* * * * ** *
242093 TCAACTAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTTAAATCATTATGACC
129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT
* * ** *
242144 TTTTGTTTTGTCATTAAAAAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
242209 GTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-TAAA-AAATATGTTTAGCAAACAAGT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAA-AGATTTAAAAATAAATATATTTAGCAAACCAGT
* * * ** *
242271 TCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACT
129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT
* * * *
242322 TTTTGTTTTGTCGTAAAGCAATTGTTTTTGTTAATTTAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
242387 TATATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAGAAGATTTAAAAGTAAATCTACTTAGCAAACCATTT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATATTTAGCAAACCAGTT
* * *
242452 CAAATACTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGC-
130 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CT
* * * * * *
242502 TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* *
242566 ATTTAATAATATTTCAAAACTTAAT
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
242591 AATCAAAAAA
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 132, Indels: 49
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 74 0.11
177 66 0.10
178 147 0.23
179 8 0.01
180 208 0.32
181 141 0.22
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATATTTAGCAAACCAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT
Found at i:242700 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 242588--242727 Score: 210
Period size: 69 Copynumber: 2.0 Consensus size: 70
242578 TTCAAAACTT
* * * * *
242588 AATAATCAAAAAAATTAAAAAAATAAATTTGATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATCATAT
1 AATAACCAAAAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTCAAGACCATAT
242653 CAACG
66 CAACG
* *
242658 AATAACCAAGAAAATT-AAAAAATAAATCTAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTCAAGACCATAT
1 AATAACCAAAAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTCAAGACCATAT
242722 CAACG
66 CAACG
242727 A
1 A
242728 TTATGTATTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
69 49 0.78
70 14 0.22
ACGTcount: A:0.51, C:0.14, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (70 bp):
AATAACCAAAAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTCAAGACCATAT
CAACG
Found at i:243349 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 242727--244744 Score: 1283
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 182
242717 CATATCAACG
* * * * * * **
242727 ATTATGTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTG--TTTTGGTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCATACA
* ** * * * *
242790 AGCTTATACGGATTAAAATAATACTAATTTA-AAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT
** * * * * * * * * *
242854 AAAAATAAATTTGTTTCCTAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTGTTAGAATA
131 AAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
242906 ATTTATCTATTTCACATCGTTCTAACATTTTCTCTAGTTATAAAACAAATG---TTTTAGTCAAT
1 A-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTA-TC-AT
* * * * *
242968 ACAAGCCTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGA
63 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGA
* * * * *
243032 -TTT-AAAA-AAATATGTTTA--GCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACA
127 TTTTAAAAATAAACATGTTTACTG-AATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * **
243085 A-TAGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTTAAGTTA--ATA
1 ATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTTTATCATA
* * * * ** * *
243147 CAAGCTTAGAT-GAAATAAAATAATAATGATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAAT
64 CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * **
243211 TTTAAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATG
128 TTTAAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
243266 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCATACA
* * * * * *
243331 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAACATATTTA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT
* * * *
243396 AAAAATAAATATGTGTACTGAATTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
131 AAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
243448 ATTAT-TAATTTCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTGATCATAG
1 ATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCATAC
*** * * *
243510 AAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTAAATAAGAGAT
65 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAAAGAT
* * * * * * * * ** * *
243574 TTAAAAAACAAATATATTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
128 TTTAAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
243629 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATT-TATTTTATATCTTAC
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTTTTTATCATAC
* ** * ** * *
243692 TAGCTTATTCATCATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTGGAAAAATTAATAAGCAAAATATT
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * ** *
243756 TGAAAAAATAAATATGTTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
129 T-TAAAAATAAACATGTTTACTGAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** * **
243811 ATTCTTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAGTTGTTTTAAT-TCATTAC
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCA-TAC
* * * * * *
243875 -AGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAG--CAAGAGTT
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
243937 TAAAAAAACAAAATTGTTTACTGAA-CAAATTAAAATAGTTATGATTATTTAAACA
130 TAAAAATA-AACA-TGTTTACTGAATC-AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *** *
243992 A-TAGT-TATTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGT-TCTTAC
1 ATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCATAC
** *
244054 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGT----GA-T
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * *
244113 TTAAAAAGTGAATC-TGTTTA-TCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACA
129 TTAAAAA-T-AAACATGTTTACT-GAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
244168 ATTATCTATTTCAAAAT-GTTATTACCTTGTGTTTGGTCATATAACT-TTTG-TTTTTGATCACA
1 ATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTTTTTTTATCATA
* * **
244230 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGA-T
64 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
** * *
244294 TTAAAAATAAAACATACTTACTGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
129 TTAAAAAT-AAACATGTTTACTGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * * *
244349 ATTGTATACTACAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTGT-TCGTACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCATACA
* * * * * * * * *
244413 AGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAAAATTTCAAAAATTAAAAATTAAAAGGTTTA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT
** * ** * * * * *
244478 AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAACA
131 AAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * *** *
244530 ATTATCTATTTCAAATTGTTACAATCTTGTGTTTTATCATAAAAAAAAT-TTTCAAT-TCATACT
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCATACA
** * * * *
244593 AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTT
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* *** * * * * *
244657 AAAAAATAAGTTTGTTTACCT-AA-CTAGTTAACATAATTATGATTATTTGCACA
130 TAAAAATAAACATGTTTA-CTGAATCAATTTAA-ATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
244710 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTT
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
244745 TGTTCATATA
Statistics
Matches: 1430, Mismatches: 340, Indels: 137
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 34 0.02
177 89 0.06
178 98 0.07
179 61 0.04
180 332 0.23
181 450 0.31
182 350 0.24
183 14 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTATCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT
AAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:243725 original size:544 final size:537
Alignment explanation
Indices: 242727--245471 Score: 1761
Period size: 544 Copynumber: 5.1 Consensus size: 537
242717 CATATCAACG
* * * * **
242727 ATTATGTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTTGGTCATACAA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACAA
* ** * * *
242791 GCTTATACGGATTAAAATAATACTAATTTA-AAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
242855 AAAATAAATTTGTTTCCTAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTGTTAGAATAATTTATCTATTTCA
131 AAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCA
* * * * * * * * *
242920 CATCGTTCTAACATTTTCTCTAGTTATAAAACAAATGTTT-T-AGTCAATACAAGCCTATTCAGA
195 AATCG-T-TAAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTGAGTC-ATACAAGCTTATTCGGA
* * *
242983 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTT--AAAAAAATAT
257 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAAAAATAT
* * *
243045 GTTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAA-TAGTCTATTTAAAATTGTTATAA
321 GTTT-GCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAA-TGTTATAA
* * * * * * *
243109 CCTTTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTTAAGT-TAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAA--T
383 CCTTTTG-TTTGTCATAAAATATTTGTTTTA-TATCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATCT
** *
243171 AATGATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAACATGTTTACTGAA
445 AA--ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAACATGTTTACTGAA
* * **
243236 TCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATG
508 TCAATTAAAATAATTATGACTATTTGAACA
* *
243266 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTT-TCATACA
* * * *
243331 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAACATATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
* * ** * * *
243396 AAAAATAAATATGTGTACTGAATTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTC
130 AAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTC
* * * *
243460 AAATTGTTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATTCGG-T
194 AAATCGTTAAAAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTGAGTCATACAAGCTTATTCGGAA
*
243523 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTAAATAAGAGATTTAAAAAACAAATA
258 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAATAAGAGATTTAAAAAA-AAATA
* * * * * * * * *
243588 TATTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGA
320 TGTTTG-CAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAA
* * * *
243653 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTATTTTATATCTTACTAGCTTATTCATCATAAAATAATCTA
383 CCTTTTGTTT-GTCATAAAATATTTGTTTTATATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATCTA
* ** * * * * **
243718 AATTTATTAACATTGGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCAAAT-
446 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAAATAAACATGTTTACTGAATC
* *
243782 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
510 AA-TTAAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * ** * * **
243811 ATTCTTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAGTTGTTTTAATTCATTAC-
1 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCA-TACA
* * * * **
243875 AGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAG-TTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
* * * * * * *
243939 AAAAA-ACAAAATTGTTTACTGAACAAATTAAAATAGTTATGATTATTTAAACAA-TAGT-TATT
130 AAAAATA-AATA-TGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA-TCTATT
* * * * * * *
244001 TAAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTC--AGTTCTTACAAGCTTATTT
192 TCAAATCGTTA--AAATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTGAG-TCATACAAGCTTATTC
* * * **
244064 GAAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAA-T--T-AATAAGTGATTTAAAAAGTGA
254 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA-AAA
* * ** * ** *
244124 ATCTGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAATGTTA
317 ATATGTTT-GCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATGTTA
* * * *
244189 TTACCTTGTGTTTGGTCATATAACT-TTTGTTTT-TGATCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
380 TAACCTTTTGTTT-GTCATA-AAATATTTGTTTTAT-ATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATA
* *** **
244252 ATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGA-TTTAAAAATAAAACATACTTAC
441 AT-CTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT-AAACATGTTTAC
* *
244315 TGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
504 TGAATCAATTAAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * ** * * * * * * *
244349 ATTGTATACTACAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCGTACAA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACAA
* * * * * * *
244414 GTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAAAATTTCAAAAATTAA-AAATTAAAAGGTTTA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-TAAGAGATTTA
* * * * *
244478 AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
244543 AATTGTTACAATCTTGTGTTTTATCATAAAAAAAAT-TTTC-AATTCATACTAGCTTATTCGGAA
195 AATCGTTAAAAT-TT-TGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTGAGTCATACAAGCTTATTCGGAA
* * ** * *
244606 TAAAATAA-AATGAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAGTTT
258 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA-AAATAT
* * * * * * * *
244670 GTTTACCTAACTAGTT-AACATAATTATGATTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
321 GTTT-GCAAACAAGTTCAA-ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAA
* * * * * *
244734 -C----ATTT-T-AT----T-TTTG--TT-CAT-ATA-AA-TTTGTTCAAAATAAAATAATATTA
383 CCTTTTGTTTGTCATAAAATATTTGTTTTATATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATCTAA
* * * * * *
244781 ATCTATTGATATTTC-AAAATTAATAAG----AGATCTAAAAAAT-AA-ATCGTTTA-TCAAATC
447 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAACAT-GTTTACT-GAATC
* * *
244838 AATTTAAATAGTTATGAATATTT-AAGCA
510 AATTAAAATAATTATGACTATTTGAA-CA
* * * ** * * * * * * *
244866 ATTATTTAATTCTAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCAT-CTA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATAC-A
** * * * * * * *
244930 AGCTTATTTGAATTAAAATCATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
* * * *
244995 AAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATT-AAATAG-TAATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
130 AAAAATAAATATGTTTACTAAACCA-ATTCAAATAGTTAA-GACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * *
245058 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC---AAA-AAA--TTT-T-AGTTGATATAAGCTTATTTG
193 CAAATCGTTA--AAATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTGAG-TCATACAAGCTTATTCG
* * * * ** * * *
245115 AAAGAAAATAGTACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTT---TAAAAATA
255 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAAAATA
* * * * * * * *
245177 TGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTGTAA
320 TGTTTGC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAA
* * * *
245242 ACTTTTGTTT-TAATATAAAATAATTTATTTTGA-A-CACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
383 CCTTTTGTTTGT--CATAAAAT-ATTTGTTTT-ATATCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT
* * * * * * *
245304 ATAAATTTACTAATA-TT-AAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACC
443 CTAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA-CATGTTTACT
* ** * *
245366 GAA-CAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTAAACA
505 GAATCAA-TTAAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * **
245399 ATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTGGTACAA
1 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACAA
245464 GCTTATTC
66 GCTTATTC
245472 GAATAATTAA
Statistics
Matches: 1738, Mismatches: 356, Indels: 230
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
507 1 0.00
508 53 0.03
509 5 0.00
511 1 0.00
512 56 0.03
513 9 0.01
514 3 0.00
516 11 0.01
517 193 0.11
518 9 0.01
519 8 0.00
520 1 0.00
522 16 0.01
523 29 0.02
524 5 0.00
525 5 0.00
526 7 0.00
527 28 0.02
528 12 0.01
529 5 0.00
532 15 0.01
533 87 0.05
534 6 0.00
535 1 0.00
537 17 0.01
538 207 0.12
539 238 0.14
540 83 0.05
541 69 0.04
542 138 0.08
543 42 0.02
544 279 0.16
545 96 0.06
546 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAA
AAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTAAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTGAGTCATACAAGCTTATTCGGAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTTTG
CAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATAACCTTTTGT
TTGTCATAAAATATTTGTTTTATATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATCTAAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAACATGTTTACTGAATCAATTAAAATAA
TTATGACTATTTGAACA
Found at i:245143 original size:175 final size:177
Alignment explanation
Indices: 244928--254767 Score: 1390
Period size: 181 Copynumber: 54.9 Consensus size: 177
244918 TCTATTCATC
* * * *
244928 TAAGCTTATTTGAATTAAAATCATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* *
244993 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATTAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
245058 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-ATTTTA-GTTG-ATA
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAACA
* * * * *
245103 TAAGCTTATTTGAAAGAAAATAGTACTAAGTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAATTAAAAGAT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAATA-TACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * *
245167 TT---TAA-AAATATGTTTACTAAA-TAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
245227 TTGAAATCATTGTAAACTTTTGTTTTAAT-ATAAAATAATTTATTTTGAACACA
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTTATGTTG-A-ACA
* *
245280 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATA-TTAAGACAATTAATAAATAAAAGA
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACT-AATTTACTAATATTTAA-ACAATTAATAAATAAAAGA
* * * * * * *
245343 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTAAACAATTATTTAT
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * *
245408 TTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTGGTAC-
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA--AATAATTTATGTT-GAACA
* * * * * *
245462 -AAGCTTATTCG-AAT--AAT-TAATAA-GTA--AAAATTTTAA-AA--AATAAAT--ATG-TTT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAATATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATTT
** * * * * * * *
245513 ATCAAATAAGT-TCAAATAACCATGACTATTTGAATAATTAT--C------------T-T-T-TT
66 AAAAAATAAATAT--ATTTACCA-AACTAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * **
245560 TCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGT-T-TTAGTTCA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTT-GAACA
* * * *
245610 TATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAA-AAGTTAA-AGAGTAAGA
1 TA-A-GCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAA-TTAATA-AATAAAA
* * * ** * * * * * * *
245673 GAATTAAAAAAATGAAT-CATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATC
61 G-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * *
245737 TATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAGCAATTGGTTCTATTG-ACG
124 TATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T--TTATGTTGAACA
* * * *
245793 CAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAGATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAAA-
1 TAAGCTTA-TTTGAAATAAAAT-ATACTA-ATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAAG
* * *
245854 A-TT-AAAAA-AAATATATTTTCTGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTAT-AATAATTAT
62 ATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAA-ACTAGTT-AAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTAT
* * *
245913 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTT-TTTTGTCAT-AAATCAATTTATTATACTCAA-A
123 CTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTA-TGT--TGAACA
* ** * * * *
245970 CAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ACATTGATTTATTAATACTCT-AA-AATTAATAAGTAAAAGA
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAATATAC--TAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGA
* * ** * * * * *
246032 TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAGTAAGTTCAAATTGTTATGACCATTTGAATAATTATTTA
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** * * ** *
246096 TTTCAAGTTGTTATGATCTTTTTTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTTATA
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGT-TGAACA
* * * * * ** *
246150 AAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTTGAAGAC
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * ** *
246214 TTAAAGAATTAATCTATTTACCAAACAAGTTCATATAGTCATG-CTATTTGAATTATTATTTATT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
246278 TTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT-TGCTATTCATACA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATG---TTGA-ACA
* * *
246332 -AA-ATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAA-AATTAATAAGAT-----
1 TAAGCTTATTTGA-AATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAA-ATAAAAG
* * * ** * * *
246388 ATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTGAA-TCAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAACAATTATCT
62 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * ** *
246452 ATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCTTAAAATATTTGTTTCTATTCATA
125 AT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGT-TGAACA
* * ** * * * * *
246506 TAAGCTTCTTTGGAATAAAATATTGTTAAATTAATAATATTCTGAA-AATTAATAAGT-ATAGAT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAATA-TACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * *
246569 TTAAAAAATAAATGTGTTTACCGATCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * **
246634 TCAAATTGTTTTGGCCTTTTCTTTAGTTATAAAATAGTTGT-T-TTAGTTCA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTT-GAACA
** * * * * * **
246684 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-
1 TA-A-GCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAA-AAG
* * * * *
246748 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
62 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
246813 TTTGAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAA-TTGT-TTCAATTTA
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAA--CA
*** * * * * * * *
246865 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAA-AATTGATAAGTTAGAG
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAG
* * * * *
246929 ATTTAAAACAT-AATTTAGTTTATCAAA-TCAGTTTAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTAT
62 ATTTAAAAAATAAATATA-TTTACCAAACT-AG-TTAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTAT
* * * *
246991 CTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTT-TCATAAAATAATTGT-TTTTCATCATA
123 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTTGA--ACA
* * * * * * * * ** *
247047 TAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAATAATTACTAAGTAGGATATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* *** * *
247112 TAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
65 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
247177 CAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTAT-TTCTATTCA
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTT-GA-ACA
* * * * *
247226 TACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAA-AATTAATAACTAAAA
1 T--AAGCTTATTTGA-AATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAA
* * * * * * * * * *
247289 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAATTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTT
61 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** *
247354 AGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTT-T-TTCAATTCTTA
125 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAA--C--A
* * * * * *
247409 CTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAACAAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATCAATAAGAGAT
1 -TAAGCTTATTTGAAATAAAATATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * **** * * * *
247472 TTAAAAAACTAATTCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGTACAATTATCTAT
64 TTAAAAAA-TAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
247537 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGTTTTTGTTCAA-A
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAA--TTTATGTTGAACA
* * * * * * * * * *
247590 TAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTCATTAAGATTTTGAA-AATTAATAAGT--AAGAA
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * * ** * *
247652 TTAAAAAATAAGTTTGTTTACTAAATTTGTTCAATTATTTACAAGTATTTGAACAATTATTTATT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
247717 TTAAATTGCTATGATCATTTGTTTTATCATAAAATAATTT-TTTTTATAC-
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGA-ACA
* * * * * ** *
247766 -AATCTTATTTTG-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAAA-AAGTAATAAGCAATAGA
1 TAAGCTTA-TTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAAGA
** **** * * * * *
247828 TTTAAAAAATAAAATATATTGGCTTGGCCAATGTAAATAGTTATGAC-AGTTCAACAATTATCTG
63 TTTAAAAAAT-AAATATATTTACCAAACTAGT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
247892 TTTTAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAA-TTAT-TT-ATATTCA
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGA-A--CA
* * * * * *
247944 TACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAAAATTCTAAA-ACTTAATAAGA-AATA
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAA-ATAAAA
* * * *** * *
248007 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
61 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
248072 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTGCCATT-CATA
125 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATG---TTGAACA
* * * * * * * **
248127 GAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATTAAAATAATTAATATGTAAAAGATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* * * * *
248192 TAAAAAGTAAATTTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
65 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * **
248256 TTAAATCGTTATGACTTTTTGCTTTGTTGTAAAATAA-TTATTTTTGTTCA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTA-TGTTGAACA
* * * * * * * *
248306 TACAAGCTTATTTGGATTGAAATACTAGTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTAAAA-A
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAATA-TACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGA
* * *** * * * * * * * *
248370 TTTGTAAAAATGAAA-ATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATAAATATTTAAATAATTATCC
63 TTT-AAAAAAT-AAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** ** * * *
248434 ATTTCAAATCTTTATGAATTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCTGTT-CATA
125 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TA--TGTTGAACA
* ** * * * * * * * *
248489 TAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTATTCAGTAAAAAATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* * **** *
248554 TAAAAAATGAATATGTTTATTGTACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * ** *
248619 -AAATTTTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTATGTTTATAC-
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T-AA-AATAATTTATGTTGA-ACA
* * * ** *
248670 -AAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAA-AATTACTATGTAGAA-
1 TAAGCTTATT-TGAAATAAAAT-ATACT-AATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAAG
* *** * * * * * * *
248730 ATTTAAAAAGTAAATATATTTTTTGAGCAC-A-TTCAAATAATTGTAACTATTTAAATAATTATT
62 ATTTAAAAAATAAATATA-TTTACCA-AACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * *
248793 TATTTCAAATAGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAACCAATTGT-T-TTTATTCA
124 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTTGA-ACA
* * * **
248847 TACAAGTTTA-TTCAAA-ATAA-A-A-TAA--TACT-A-ATTT-----ATTAATAAGGAAAAGAT
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAATATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * *
248898 TTAAAAAATAAATCTATTTACC-GAGTAAGCTAAAATAGTTATGACTGTTTAAACAATTATTTAT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
248962 TTCAAATAGTTATGATCTTTT-TTTTGGCCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCCTA
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATT-TATGT-TGAAC-A
* * * * ** ***
249015 CAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATATGTGGGAGA
1 TAAGCTTATTTGA-AATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGA
* * * * * * * * *
249078 TCTAAAAAATAAATCTGTTGACTAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTA
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * **
249142 TTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCTTACA
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A--ATTTATGTT-GAACA
* * * * * *
249198 -AA-ATTA-TTCAGGATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTTAAA-AA-T--T-AATAAGAGA
1 TAAGCTTATTTGA-AATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGA
* * * * * * * * *
249255 TTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTCAATAATTATCTAT
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * ***
249320 CTCAAATTGTTTTTATC-ATTATTTTATCA-AAAACAATTGAT-TTTTTCA
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAACA
* * * * * ****
249368 TAAAAGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAA-TT--TAATA-ATAAA-AATTAA-ATATTTTTG-
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGA
* * ** * * * *
249426 TTGAACTAGTTCAA-ATAGTTA--AGACTA-TTAGAATA---AT---TA--T-C-----TA--T-
63 TTTAA-AAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
249470 TTT-AAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATAC-
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TAT--GTTGA-ACA
* * * * * * * ** *
249524 -AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTTATTTATTAACATTCAAAAAATTGATAAGCAAGAGATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGA-T
* * * * * * * *
249588 TTAAAAAAT---TATGTTTACCGAACAAGCTTAAATAGATATGATTATTTAAATAATTGTCTATT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * **
249650 GAAAATCATTTTGACTATTTTTTTTTTGCCATAAAACAATTGT-T-TTAGTTCA
128 TCAAATCGTTATGAC--CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTT-GAACA
* ** * * * * *
249702 TAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA-AATT-ATTATTCAAGA
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAAT-AAAA
* ** * * *
249765 GATTTAAAAACTAAAGCTA-ATTT-TTAAACTAGTTCAAATAATTACGACTATTTGAACAAATAT
61 GATTTAAAAAATAAA--TATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
249828 CTATCTT-AAATCGTTACGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGT-T-TCT-AATCA
123 CTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGT-TGAA-CA
* * * * * * *
249882 TACAAGCTTA-TTCAGATAAAAATAATACCAATTTAATAAAATTTTGAA-AA-T--T-AATAAGA
1 T--AAGCTTATTTGAAAT-AAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAA
* * * * * * * * *
249941 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATGT
61 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * *
250006 ATTTGAAATAATTGTAACTTTTTATTTAGTCATAAAATAATACTT-TCAGTTCATAC-
125 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT--TTAT--GTTGA-ACA
* * * * *
250062 -AAGCTTATTTAGAAA-AATAA-ATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGAT
1 TAAGCTTATTT-GAAATAA-AATATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* ** * * * * *
250124 TTGAAAACATAAATCCATTTATCGAA-TAGGTTTAAATTGTTACGATTATTTGAACAATTATCTA
64 TT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACTA-G-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
250188 CTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTAT-TTCAATTCA
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAA--CA
* *** * * *
250240 TAAAACTTTATCAAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAGAA-AA-T--T-AATAAGAG
1 T-AAGC-TTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTA-AACAATTAATAAATAAAAG
** * ** * * * *
250300 ATTTTTAAAA-AAATCA-GTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACATTTATCT
62 ATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * ** * * *
250363 ATTTTAATTTGTCATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTCAACACA
125 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTT-GA-ACA
* ** * * * ** * *
250418 CAAGCTTATTCAAAATAAAATTGTTA-TTATTT-TTTGTTTTGTCATTAACTAATTATTTTTTTT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAA-T-ATACTAATTTACTAATATT-T-A--AAC-AATTA------AT
* * * *** * * *** * * *
250481 ACATACAAGCTTATTTGAAATAAA-ATA-ATACTAGTTTATTTTAAGAATTAG-TAAGA-GA-TT
53 AAATAAAAGATT-TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTA-GTT-A-AA-TAGTTATGACTATTT
* * * * * ** * ** * ** *
250541 AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-CAATCAAATAGTTATGAGTATTTGAACA-ATTATCTATT
113 GAACAAT-TATCT-ATT-TCAAATCGTTATGACCT--TT-T--GT-TTTG-TCATAAAAT-AATT
** **
250604 TCAAATTG-TTA
167 T-ATGTTGAACA
* * ** * * *
250615 TAATCTTTTATTCT-ACCATAAAATAATTA-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTCATAACAACATA
1 TAAGC--TTATT-TGA-AATAAAAT-A-TACTAATT-TAC-T--AA---TATTTA-AACAA-TTA
* ** ** * ** * ** *
250678 ATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATA-A-CTAAGAGATCTA-AAAAATAGATTCGTTTG
51 ATA--AA--TAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCA-AACTAGTTAAATAG--T--TATG
* * * *
250740 CAAATCAATTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTA
106 ---A-C---T------ATT---------TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* *
250805 TTTTGTCATAAAACAA-TTAT-TTCAACTCA
149 TTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAA--CA
* * * * * * *
250834 TACAAGCTTA-TTCAGAATAGAATGAAACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTTATAAGTAAGA
1 T--AAGCTTATTTGA-AATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAA
* * * * * * *
250897 GATTTAAAAGATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATTA-TTATAACTATGTGAACAATTATC
61 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
250961 TATTTCTAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TTGTGTTGGTTTATA
124 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTT-G--AACA
* * * * * * **
251017 TAAG-TTTTTTCAAAATAAAATAT--TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTACGAGATT
1 TAAGCTTATTT-GAAATAAAATATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* * * * * *
251079 TAAAAAGTAAATGTATTTACCAAACCATTTCAAATAGCTT-TGGCTATTTGAATAATTATCTATT
65 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *** * *
251143 ACAAATCGTTAT-AACTATTTATTTTCTTTCA-AACAATTGGTTCTGTTCATAC-
128 TCAAATCGTTATGACCT-TTT-GTTT-TGTCATAA-AATAATTTATGTTGA-ACA
** * * * * ** **
251195 T-ATTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAA-AATTAATAACCAAGAA-A
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAA-AAGA
* * * * * * * * * * ** * *
251257 ATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATGGTTAAGACCATATGAATGATTTTCAAT
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
251322 TTCAATTCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAAATTT-TTTTGTAC-
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTATGTTGAACA
* * * ** * * *
251371 -AAGCTTCTTTGGATTAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGAT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * * * ** ** *
251434 TCAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACCAATTCATATGGCTAAAACTATTAAAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * **
251499 TCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT-T-TTAGTTCA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTT-GAACA
** * * * * *
251549 TACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAA-AATTAATAAGA-AAGAG
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAA-ATAAAAG
* ** * * * * *
251612 ATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGCACAAGTCCAAACAGTTATTACTATTTGAACAATTGTC
62 A-TTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * *
251677 TGTTTAAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTT-AATA
124 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TTAT-GTTGAACA
* ** * * * *
251733 CAAGCTTATACGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTTAA-AATTAATAATTAAAAGAT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * **
251797 TTAAAAAATAAATTTGA-TTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCTATTCGAACAACAATCTAT
64 TTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
251861 TTGC-AATCGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAGTAGCTGTT-T-TTGATCACA
127 TT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-AT-TTATGTTGA--ACA
* * ** * * * *
251914 CAAACTTATTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAGATATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAA-TATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* * * * * * *
251979 TAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-TAATC
65 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATT
** * * * * *
252043 TCAAATTATTATGATCTTTAT-TTTTGTCATAAAACAATCTT-TTTTTATCGTA
128 TCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAAT-TTATGTTGAAC--A
* * * ** * * * ** * *
252095 GAAGTTTATTAG-GTTAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* * *** * ** * *
252159 TAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCT-GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATT
65 TAAAAAATAAATATATTT-ACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * *
252223 TTAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATTTGT-TTCATATCA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGA-A-CA
* * * * * * ** *
252273 TACAAGCTTATTTGGAATAAAAAATTCTAATATATTAACATTTGAAA-AATTAATAAGCAAGAGA
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAATATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAAAAGA
* * * * * **
252337 TTTGAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGAACAATTA-CT
63 TTT--AAAAAATAAATATATTTACCAAAC-TAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-
* * *
252401 TATTTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAAATAATGTTGCA-GTTCATA-A
124 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAAT-TT--ATGTTGA-ACA
*** * ** *
252457 -AAGCTTATGCAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAA-AATTAATAAGCAAGAGA
1 TAAGCTTATTTGAAAT-AAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAAAGA
* * *** * * * * *
252520 TTTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTTGAAA-AAATTAAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGTA
63 TTT-AAAAAATAAA--TATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
252584 TATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-
124 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TAT--GTTGA-ACA
* ** * *
252641 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTCCAAA-AATTAATAAGT----GAT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * * * * * * *
252700 TTAAAAAGTGAATCTGTTTGCTAAATTAGTTCAAATAATTGTGGGC-ATTTCAACAATTATATAA
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
252764 TTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAA--TATTTTCATCACA
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGA--ACA
* * * * * **
252815 CAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAA-AATTAATAAGTAGGAGA
1 TAAGCTTATTTGA-AATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAAAAGA
* * * * * * * * *
252878 TTTAAAAACTAACTCTGTTTACCGAAC------CA-A--T-T-CCTATTTGAAGAATTACCTATT
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
252932 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGT-T-TTAGTTCA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATGTT-GAACA
* * * *
252982 TACAAGCTTA-TTAAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAA-AATTAAT-AATAAAG
1 T--AAGCTTATTTGA-AATAAAAT-ATACTAATTTACTAATA-TTTAAACAATTAATAAATAAA-
* * * * ** * * * * **
253044 AGATTTAAAAAATAGATTTGTATATTGAAGC-AGTTCAAATAGTAAAAGATTACATGAACAATTA
60 AGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAACTAGTT-AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
253108 TCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATCGTT-TCAGTTCATAC-
122 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT--TTAT--GTTGA-ACA
* ** * * * *
253166 -AAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC-AAATTATTAATATTTCAAA-AATTAAT-AAT---TGAC
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * ** * * * * * * *
253224 TT----AATAAATTTGTTTACTGAA-TCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAATAATTATCGAT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
253284 TTCAAATCGTTATTACGTTTTG-TTTGATCATATAACAA-ATATTTTTAATCA
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTTATGTTGAA-CA
* * * *
253335 TTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAG
1 -T-AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAAAAG
* * * *
253399 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATAGAACA
62 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-----T
* * * * * *
253464 ATTGTAAAATTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTCTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCGTAC-
121 A-TCT--ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAAT-A--ATTTATGTT-GAACA
** * *
253527 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAA-AATTAATAACTAAGAA-A
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAA-AAGA
* * * * * * * * * *
253589 ATT-AAAATTAAATTTGTTTGCCGAACCAGTTCAAACA-TTAAAGACTATATGAACAATTATCTA
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
253652 TTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-T-TTCAATTCA
126 TTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAA--CA
* * * * * * * * **
253704 TTCTAGATTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGCG
1 -T-AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAAAAG
* * * * * * * * *
253768 ATTTGAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATAACTATCTGAATAATTACCT
62 ATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACTAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
253833 ATTTCAAA---TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTT-CATA
125 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAA--TTTATGTTGAACA
* * * * * * *
253885 TAAGTTTGTTTGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAA-AATTAATAACAT-----A
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAA-ATAAAAGA
* * * * * *
253944 TTTAGAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACAAATTATTTA
63 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTA
* ** * * * * * * * *
254008 TATCAAATTATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TTGT-TTCAATTCATA
126 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAA--C--A
* * * * ** * *
254062 TAAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATT
* ** * * ** ** * *
254127 T--AAAATAAATATGTTTACTGAACTAAATCAAATAACTATGACTATTCAAATAATTATCTATAT
65 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * *
254190 CAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAAGAA-TTGT-TTCAATTCATA
129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAA--C--A
* * * * * * *
254241 TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATATTCTGAA-AATTAATAATTAAGAGAT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATT-TAAACAATTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * *
254305 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAACTAATTCTGACTATTTGAACAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * **
254370 TGAAATTGCTATAACCTATTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTGTTCA
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTATGT-TGAACA
* *
254422 TACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAA-AAAGTAAA
1 T--AAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACT-AATTTACTAATATTTAA-ACAATTAATAAA-TAAA
* * * * * *
254484 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACTATTATC
60 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
254549 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACA
124 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA---TTTATGTT-GAACA
* ** * *
254607 -AA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AA-T--T-AATAAGAGAT
1 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTACTAATATTT-AAACAATTAATAAATAAAAGAT
** * * *** * *
254665 TTAAAAGCTAAATTTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT-TG
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-
* * *
254729 CTT-AGATCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATT
127 -TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
254768 GTTTCTATTC
Statistics
Matches: 7147, Mismatches: 1781, Indels: 1476
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
147 5 0.00
148 5 0.00
149 2 0.00
150 13 0.00
151 44 0.01
152 13 0.00
153 27 0.00
154 8 0.00
156 12 0.00
157 6 0.00
158 10 0.00
159 12 0.00
160 6 0.00
161 9 0.00
162 9 0.00
163 6 0.00
164 14 0.00
165 20 0.00
166 93 0.01
167 69 0.01
168 37 0.01
169 78 0.01
170 27 0.00
171 121 0.02
172 87 0.01
173 49 0.01
174 91 0.01
175 192 0.03
176 478 0.07
177 598 0.08
178 213 0.03
179 506 0.07
180 1079 0.15
181 1910 0.27
182 435 0.06
183 352 0.05
184 80 0.01
185 21 0.00
186 16 0.00
187 4 0.00
188 39 0.01
189 84 0.01
190 27 0.00
191 14 0.00
192 15 0.00
193 12 0.00
194 3 0.00
196 1 0.00
197 5 0.00
198 7 0.00
199 18 0.00
200 17 0.00
201 3 0.00
203 16 0.00
204 22 0.00
205 14 0.00
206 3 0.00
207 5 0.00
208 5 0.00
209 4 0.00
210 2 0.00
211 4 0.00
212 3 0.00
214 2 0.00
216 3 0.00
217 4 0.00
218 15 0.00
219 9 0.00
220 6 0.00
221 4 0.00
223 1 0.00
224 2 0.00
225 4 0.00
226 6 0.00
227 4 0.00
228 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAAGCTTATTTGAAATAAAATATACTAATTTACTAATATTTAAACAATTAATAAATAAAAGATTT
AAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATGTTGAACA
Found at i:245249 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 244928--245252 Score: 399
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
244918 TCTATTCATC
** *
244928 TAAGCTTATTTGAATTAAAATCATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATT
1 TAAGCTTATTTGAAAGAAAATCATACTAAGTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATT
* *
244993 TAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATTAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
66 T--AAAATAAATATATTTACCAAACTAGATTAAATAATAATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
245058 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATTTTAGTTGATA
129 CAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCAAAAAATTTTAGTTGATA
* * * *
245103 TAAGCTTATTTGAAAGAAAAT-AGTACTAAGTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAATTAAAAGA
1 TAAGCTTATTTGAAAGAAAATCA-TACTAAGTTACTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAAAAAA
* * * * *
245166 TTT-TAA-AAATATGTTTACTAAA-TAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
64 TTTAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGATTAAATAATAATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *
245228 TGAAATCATTGTAAACTTTTGTTTT
128 TCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT
245253 AATATAAAAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 19, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 68 0.53
172 2 0.02
174 1 0.01
175 51 0.40
176 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
TAAGCTTATTTGAAAGAAAATCATACTAAGTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATT
TAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATTAAATAATAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCAAAAAATTTTAGTTGATA
Found at i:245497 original size:150 final size:151
Alignment explanation
Indices: 245326--245602 Score: 344
Period size: 150 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
245316 ATATTAAGAC
* * **** *
245326 AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTA
1 AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAACCATGACTA
** * * *
245391 TTTAAACAATTAT-TTATTTT-AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT
66 TTTAAACAATTATCTT-TTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCT
245454 GTTGGTACAAGCTTATTCGAAT
130 GTTGGTACAAGCTTATTCGAAT
* * * *
245476 AATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAACCATGACT
1 AATTAATAAATAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAACCATGACT
* * *
245540 ATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
65 ATTTAAACAATTATCTTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
245603 TAGTTCATAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 19, Indels: 5
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.01
150 67 0.64
151 37 0.35
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (151 bp):
AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAACCATGACTA
TTTAAACAATTATCTTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTG
TTGGTACAAGCTTATTCGAAT
Found at i:245630 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 245172--245785 Score: 765
Period size: 332 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
245162 AAGATTTTAA
* ** *
245172 AAATATGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCAT
1 AAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAACCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
245237 TGTAAACTTTTGTTTTAATATAAAATAATTTATTTTGAACACACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
66 TGTAAACTTTTGTTTTAATATAAAACAATTTATTTAGAACACACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
*
245302 ATATAAATTTACTAATA-TTAAGACAA-TTAATA-AATAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTT
131 ATATAAATTTACTAATATTTAA-A-AAGTTAA-AGAATAAAAGAATTAAAAAAATAAATC-ATTT
* * * * * * * * * * *
245363 ACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTT
192 ACCGAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTT
*
245428 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTGGTACAAGCTTATTCGAATAATTAATAAGTAAAAAT
257 TGTTTTGTCATAAACCAATTGGTTCTGTTGGTACAAGCTTATTCGAATAATTAATAAGTAAAAAT
245493 TTTAAAAAAT
322 TTTAAAAAAT
* *
245503 AAATATGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAACCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATC
1 AAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAACCATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATC
* * * ** * * * *
245567 ATTGTGACCTTTTGTTTT-GTAATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAA
64 ATTGTAAACTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATT-TATTTAGAACACACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * * *
245630 AATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAGTTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCATTT
127 AATAATATAAATTTACTAATATTTAAAAAGTTAAAGAATAAAAGAATTAAAAAAATAAATCATTT
*
245695 ACTGAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTT
192 ACCGAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTT
* *
245760 TGTTTTGTCGTAAAGCAATTGGTTCT
257 TGTTTTGTCATAAACCAATTGGTTCT
245786 ATTGACGCAA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 38, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 50 0.21
332 167 0.70
333 19 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (331 bp):
AAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAACCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TGTAAACTTTTGTTTTAATATAAAACAATTTATTTAGAACACACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
ATATAAATTTACTAATATTTAAAAAGTTAAAGAATAAAAGAATTAAAAAAATAAATCATTTACCG
AACAAATTCAAATAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAACCAATTGGTTCTGTTGGTACAAGCTTATTCGAATAATTAATAAGTAAAAATTTTA
AAAAAT
Found at i:245975 original size:509 final size:502
Alignment explanation
Indices: 244974--245980 Score: 1058
Period size: 509 Copynumber: 2.0 Consensus size: 502
244964 ATATTTCAAC
**
244974 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATTAAATAGTAATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATTAAATAACAATGACTA
* *
245039 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATTTTAGTTGATAT
66 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATTTTAGTTCATAT
* * * *
245104 AAGCTTATTTGAAAGAAAATAGTACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTT
131 AAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTA
* * * * * * * * * *
245169 TAAAAATATGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAT
196 AAAAAATATATTTACTAAACAAATTCAAATAATTACGACTATCTAAAAAATTATCTATTTAAAAT
* * * *
245234 CATTGTAAACTTTTGTTTTAATATAAAATAATTTATTTTGAACACACAAGCTTATTTCAAATAAA
261 CATTATAAACTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGATTCTGAACACACAAGCTTATTTCAAATAAA
*
245299 ATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
326 ATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * * ** *
245364 CCGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTT
391 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
* ** ***
245429 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTGGTACAAGCTTATTCGAAT
456 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATACTCAAACAAGCTTATTCGAAT
* * * *
245476 AATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-TA-AGTTCAAATAACCATGAC
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGA-TT-AAATAACAATGAC
* * *
245539 TATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
64 TATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--CAAAA-AA---TTTT
* * * *
245604 AGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAAGTTAA-AGA
122 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAAAAA-TTAATA-A
* * * *
245667 GTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATCTAAAAAA
185 GTAAAAG-ATTAAAAAAAT--AT-ATTTACTAAACAAATTCAAATAATTACGACTATCTAAAAAA
* * * * * * ** *
245732 TTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTT-GTCGTAAAGCAATTGGTTCT-ATTGACGC
246 TTATCTATTT-AAAATCATTATAAACTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGATTCTGA-ACACAC
** * * *
245794 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAGATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-A-
308 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT--AAGACAATTAATAAATAAAAGAT
* * *
245855 TT-AAAAA-AAATATATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTATAATAATTATCTA
371 TTAAAAAATAAATATATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTA
*
245916 TTTCAAATCATTATGACCATTTT-TTTTGTCATAAATCAATT-TATTATACTCAAACAAGCTTAT
434 TTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGT-TTATACTCAAACAAGCTTAT
245979 TC
497 TC
245981 AAAATAAAAT
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 69, Indels: 41
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
500 1 0.00
501 4 0.01
502 66 0.16
503 28 0.07
505 4 0.01
506 2 0.00
508 12 0.03
509 142 0.34
510 20 0.05
511 2 0.00
512 5 0.01
513 119 0.29
514 5 0.01
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (502 bp):
AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATTAAATAACAATGACTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATTTTAGTTCATAT
AAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTA
AAAAAATATATTTACTAAACAAATTCAAATAATTACGACTATCTAAAAAATTATCTATTTAAAAT
CATTATAAACTTTTGTTTTAATATAAAACAATTGATTCTGAACACACAAGCTTATTTCAAATAAA
ATAATATAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATACTCAAACAAGCTTATTCGAAT
Found at i:246121 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 245467--249408 Score: 2681
Period size: 181 Copynumber: 22.0 Consensus size: 179
245457 GGTACAAGCT
* * * *
245467 TATTCGAATAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAATAAGTTCAAAT
1 TATTCTAA-AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT
*** * * ** * * *
245530 AACCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC
63 AGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATC
* * *
245595 AATTGTTT-TAGTTCATATAGGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
127 AATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
245649 TATT-TAAAAAGTTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATC-ATTTACTGAACAAATTCAAA
1 TATTCT-AAAA-TTAATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * * * * * *
245711 TAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAGC
62 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATC
* * ** *
245776 AATTGGTTCTATTGACGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAGATTTATTAA
127 AATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAA
* *
245830 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAA-AATATAT-TTT-CTGAACACA-TTCAAAT
1 TATT-CTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAAT
* **
245889 AGTTATGACTATTAT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTT-TTTTGTCATAAAT
63 AGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAT
* * * * * * * *
245952 CAATTTATTATACTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTGATTTATTAA
126 CAATTT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** *
246007 TACTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGTAAGTTCAAATTGT
1 TATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
246072 TATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTTTTTTATCATAAAGCAATT
66 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATT
* * * *
246137 GTTTCTATTTATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
131 -TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * ** *
246187 TATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGACTTAAAGAATTAATCTATTTACCAAACAAGTTCATATAG
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* ** * * ** * * *
246252 TCATG-CTATTTGAATTATTATTTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAAT
65 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAAT
* ** *
246316 TGTTGCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAC
130 T-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
246367 TATTTCAAAAATTAATAAG----ATATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTGAATC-AGTTCAAATA
1 TA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATA
* * * ** * *
246427 ATTTTGACTATTTAAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCTTAAAAT-
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATC
* * * * * ** * *
246489 ATTTGTTTCTATTCATATAAGCTTCTTTGGAATAAAATATTGTTAAATTAATAA
127 AATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
246543 TATTCTGAAAATTAATAAGT-ATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGATCTAGTTCAAATAG
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
246607 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGGCCTTTTCTTTAGTTATAAAAT-AG
65 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAA
* * * *
246671 TTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAA
129 TT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
246723 CATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATA
1 TATTC-TAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
246787 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAA
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAA
* * * ** * * *
246852 TTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
129 TT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
246904 TATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACAT-AATTTAGTTTA-TCAA-ATCAGTTTAAA
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACA--AGTTCAAA
* * * *
246966 TAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTT-TCATAAAA
62 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * *
247029 T-AATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
125 TCAATT-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * * *
247084 TGTT-TCAATAATTACTAAGTAGGATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATA
1 TATTCT-AA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * *
247148 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCA
* * *
247212 ATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAA
128 ATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
247265 TATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAA-TTTAAATA
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATA
* * * * * * ** **
247329 GTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAAT-A
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCA
* * * *
247393 ATTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAA
128 A-TTTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** *
247445 TATTTCAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAACTAATTCTATTTTTTGAACCAGTTCAAAT
1 TA-TTCTAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
247509 AATTATAACTATTTGTACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACT
63 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATC-
* * * * * * * *
247574 AATGTTTT-TGTTCAAATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTCATTAA
127 AAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *** * *
247627 GATTTTGAAAATTAATAAGT--AAGAATTAAAAAATAAGTTTGTTTACTAAATTTGTTCAATTAT
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
** * * * * * * *
247690 TTACAAGTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGCTATGATCATTTGTTTTATCATAAAAT-AA
65 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAA
* * * *
247754 TTTTT-T-TT-ATACAATCTTATTTTGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA
129 TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * ** **
247802 TATTATAAAAAGTAATAAGCAATAGATTTAAAAAATAAAATATATTGGCTTGGCCAA-TGT-AAA
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTAC-TGAACAAGT-TCAAA
* * * * * * * * * *
247865 TAGTTATGAC-AGTTCAACAATTATCTGTTTTAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAAC
62 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATC
* * *
247929 AATTATTTATATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAACATAATTCTAATTTATTAA
127 AATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
247983 AATTCTAAAACTTAATAAG-AAATAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATA
1 TATTCTAAAA-TTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* *
248047 GTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCA
* * * *
248111 ATTTTTGCCATTCATAGAAGCTTATTTCA-AATAAAGTAATACAAATTTATTAA
128 ATTTTT-CTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * *
248164 TATTAAAATAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTA-TCGAATAAGTTCAAATA
1 TATTCTAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATA
* * * * * **
248228 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGCTTTGTTGTAAAAT-A
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCA
* * * * * * *
248292 ATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATACTAGTAATTTATTAA
128 ATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
248345 TATTTTAATAATTAATAAGTAAAA-ATTTGTAAAAATGAAA-ATGTTTATTGAACAAGTTCAAAT
1 TATTCTAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * ** ** *
248408 AATCATAAATATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCT-TTATGAATTTTTGTTTCATCATAAAAC
63 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATC
* * * * * * *
248472 AATTGTATCTGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAA
127 AATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
248526 TATTCAAAAAATTATTCAGTAAAAAATTTAAAAAATGAATATGTTTATTGTACAAGTTTAAATAG
1 TATTC-TAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* *
248591 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTTTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATTAAA-CAA
65 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAATCAA
* * *
248654 TTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
129 TT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * * ** *
248706 TATTCCAAAAATTACTATGTAGAA-ATTTAAAAAGTAAATATATTTTTTGAGCACA-TTCAAATA
1 TATT-CTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
248769 ATTGTAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAACCAA
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAA
* * * *
248834 TTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC--------T-A
129 TT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * *
248877 -ATT-T---ATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTAAGCTAAAATAGT
1 TATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
248937 TATGACTGTTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT-TTTTGGCCATAAAAT-AA
66 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCAT-AAATCAA
* *
249000 TTGTTTCTATTCCTACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
129 TT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *** * * * *
249052 TATTTTGAAAATTAATATGTGGGAGATCTAAAAAATAAATCTGTTGACTAAATAAGTTCAAATAG
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * ***
249117 TCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AA
65 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAA
* * ** * * *
249181 TTATTTCTGTTCTTACAAAATTATTCAGGATAAAATAATACTTATTTATTAA
129 TT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
249233 TATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATA
1 TATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
249293 GTTATAACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAATTGTTTTTATC-ATTATTTTATCA-AAAACAA
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAA
* * * * *
249356 TTGATTT-T-TTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAATTTAATAA
129 TT--TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
249407 TA
1 TA
249409 AAAATTAAAT
Statistics
Matches: 2961, Mismatches: 655, Indels: 296
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 15 0.01
166 112 0.04
167 3 0.00
170 3 0.00
171 1 0.00
172 1 0.00
174 38 0.01
175 54 0.02
176 138 0.05
177 266 0.09
178 59 0.02
179 217 0.07
180 658 0.22
181 1264 0.43
182 118 0.04
183 13 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATT
TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
Found at i:247570 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 245467--254913 Score: 3585
Period size: 362 Copynumber: 26.3 Consensus size: 360
245457 GGTACAAGCT
* * * * * *
245467 TATTCGAATAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATA
*** * * * * * * *
245531 ACCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA
64 GTTAAGGCTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * *
245596 ATTGTTTT-AGTTCATA-TAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAA
128 ATT-TTTTCAATTCATACTA-ACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
245658 AGTTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATC-ATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTACGAG
191 A-TTAATA-A-TAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
245721 TATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAGCAATTGGTTCT
252 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** *
245786 ATTGACGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAGATTTATTAA
317 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAA
* * *
245830 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAA-AATATAT-TTT-CTGAACACATTCAAATA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATTTGTTTACCGAACA-ATTCAAATA
* * *
245890 GTTATGACTATTAT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTT-TTTTGTCAT-AAAT
64 GTTAAGGCTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * * * *
245952 CAATTTATT-ATACTCAAAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTGATTTATTAATA-CTCTA
127 -AATTTTTTCA-ATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * *
246014 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGTAAGTTCAAATTGTTATGACC
189 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
246079 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTTTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTA
253 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
246144 TTTATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
318 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * * *
246187 TATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGACTTAAAGAATTAATCTATTTACCAAACAAGTTCATATAG
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAG
* * ** * * * * *
246252 -TCATGCTATTTGAATTATTATTTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAAT
65 TTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * * *
246316 TGTTGCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T-
130 TTTTTCAATTCATACTAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * *
246379 -TAATAAGATATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTTTGACTATTTAA
195 ATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * * * *
246442 ACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCTTAAAATATTTGTTTCTATTCAT
259 ACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * ** * *
246505 ATAAGCTTCTTTGGAATAAAATATTGTTAAATTAATAA
323 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
246543 TATTCTGAAAATTAATAAGT-ATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGATCTAGTTCAAATAG
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAG
* * ** * * * * * *
246607 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGGCCTTTTCTTTAGTTATAAAATAGT
65 TTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * *
246672 TGTTTT-AGTTCATAC-ATGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAACA-TTCAAAAAA
130 T-TTTTCAATTCATACTA-ACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * ** *
246734 TTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATT
192 TTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
246799 TAAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTT
256 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* **** * *
246864 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
321 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
246904 TATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACAT-AATTTAGTTTATCAAATCAGTTTAAATA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTTACCGAA-CAATTCAAATA
* * * *
246968 ATTATA-GCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTT-TCATAAAATA
64 GTTA-AGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* ** * *
247031 ATTGTTTTTC-A-TCATA-TAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAT
128 A-T-TTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
247093 AATTACTAAGTAGGATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
190 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
247158 TTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT
254 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * *
247223 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAA
319 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
247265 TATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAATTTAAATAG
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAG
* * * * **
247330 TTAAGGCTATATGAACAATTCTTTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAT
65 TTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* ** *
247395 TTTTTCAATTCTTACTAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
130 TTTTTCAATTCATACTAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
247459 ATCAATAAGAGATTTAAAAAACTAATTCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTG
195 AT-AATAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
247524 TACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCA
258 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCA
* * * * * *
247588 AATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTCATTAA
322 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** *** * *
247627 GATTTTGAAAATTAATAAGT--AAGAATTAAAAAATAAGTTTGTTTACTAAATTTGTTCAATTAT
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAG
* * * *** * * *
247690 TTACAAG-TATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGCTATGATCATTTGTTTTATCATAAAATAA
65 TTA-AGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
** * *
247754 TTTTTT---TT-ATAC-AATCTTATTTTGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTAT-AAAAA
129 TTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA
* * * * ** **
247813 GTAATAAGCAATAGATTTAAAAAATAAAATATATTGGCTTGGCCAA-TGT-AAATAGTTATGAC-
192 TTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATT-TATTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * * *
247875 AGTTCAACAATTATCTGTTTTAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTATA
253 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
247940 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAA
318 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * **
247983 AATTCTAAAACTTAATAAG-AAATAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATA
* * * ** *
248047 GTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
64 GTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * *
248112 TTTTTGCCATTCATA-GAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATA-TTAAAATAA
129 TTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AA
* * * * * *
248175 TTAATATGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
192 TTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * ** * * * *
248240 TGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGCTTTGTTGTAAAATAATTATTTTTGTTC
256 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
248305 ATACAAGCTTATTTGGATTGAAATACTAGTAATTTATTAA
321 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * **
248345 TATTTTAATAATTAATAAGTAAAA-ATTTGTAAAAATGAAA-ATGTTTATTGAACAAGTTCAAAT
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAAT
* * * * * * ** **
248408 AATCATAA--ATATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCTTTATGAATTTTTGTTTCATCATAAAA
63 AGT--TAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * * *
248471 CAATTGTATCTGTTCATA-TAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAA
126 TAATTTTTTCAATTCATACTA-ACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * * * * * *
248534 AAATTATTCAGTAAAAAATTTAAAAAATGAATATGTTTATTGTACAAGTTTAAATAGTTATGACT
189 AAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
248599 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTTTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTATG
253 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* *
248663 TTTATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
318 TTCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * * *** *
248706 TATTCCAAAAATTACTATGTAGAA-ATTTAAAAAGTAAATATATTTTTTGAGCACATTCAAATAA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-ATTCAAAT-A
* * * * * * * **
248770 TTGTAA--CTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAACC
64 GT-TAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * *
248832 AATTGTTTT-TATTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-A---ATT--TA-TT----
127 AATT-TTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
** ** ** * * *
248884 AA-TAAGGA-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTAAGCTAAAATAGTTATGACTGT
190 AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
248946 TTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT-TTTTGGCCATAAAATAATTGTTTCTAT
255 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * *
249010 TCCTACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
319 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *** * * * ** *
249052 TATTTTGAAAATTAATATGTGGGAGATCTAAAAAATAAATCTGTTGACTAAATAAGTTCAAATAG
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAG
* * * * * *
249117 TCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
65 TTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* ** * * * * ** * *
249182 TATTTCTGTTCTTACAAAATTATTCAGGATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTTAAAAA-T-
130 TTTTTCAATTCATACTAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * *
249245 -TAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTCA
195 ATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
249308 ATAATTATCTATCTCAAATTGTTTTTATC-ATTATTTTATCA-AAAACAATTGATTT-T-TTCAT
259 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCAT
* * *
249369 AAAAGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAA--T-TTAA
323 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
249404 TA--ATAAAAATT-A-AA-T-----A--T------T---TTTG-TT---GAACTAGTTCAAATAG
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAG
* * * * * * * *
249444 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
65 TTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * ** * *
249509 TATTTCAGTTTATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTTATTTATTAACA-TTCAAAAAAT
130 TTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * * * ** * *
249572 TGATAAGCAAGAGATTTTAAAAAAT---TATGTTTACCGAACAAGCTT-AAATAGATATGATTAT
193 TAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTAT
* * * ** ** * * * *
249633 TTAAATAATTGTCTATTGAAAATCATTTTGACTATTTTTTTTTTGCCATAAAACAATTGTTT-TA
255 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *** *
249697 GTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
318 -TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
249741 TATT-TCAAAAATT-ATTATTCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAATT-TTTA---AACTAGTTC
1 TATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAA--T--TTGTTTACCGAAC-AATTC
* * * * * * *
249800 AAATAATTACGACTATTTGAACAAATATCTATCTT-AAATCGTTACGATC-TTTGTTTTGTCATA
59 AAATAGTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
249863 AAAAAATTGTTTCTAA-TCATAC-AAGCTTA-TTCAGATAAAAATAATACCAATTTAATAAAATT
123 AAATAATTTTTTC-AATTCATACTAA-CTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * **** ** * *
249925 TTGAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATTAGTTCAAATGGTTAAG
185 TCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * * * * * **
249987 ACTATTAGAATAATTATGTATTTGAAATAATTGTAACTTTTTATTTAGTCATAAAATAATACTTT
250 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*
250052 C-AGTTCATACAAGCTTATTTAG-A-AAAATAAATACTAATTTATTAA
315 CTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT-AATACTAATTTATTAA
* ** * * *** * * * *
250097 CATT-TAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAACATAAATCCATTTATCGAATAGGTTTAAAT
1 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-ATTCAAAT
* * ** * * * *
250161 TGTTACGATTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
63 AGTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * ** *
250226 ATTATTTCAATTCATA-AAACTTTATCAAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-AGAAA
128 ATTTTTTCAATTCATACTAAC-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAA
** * ** * *
250289 A-T--TAATAAGAGATTTTTAAAA-AAATC-AGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGGCCAT
191 ATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * ** *
250349 TTGAACATTTATCTATTTTAATTTGTCATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-
255 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AT
* * *** ** * * **
250413 ACACACAAGCTTATTCAAAATAAAATTGTTA-TTATTTTTTGT
319 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAA
* ** * * *
250455 TTTGTCATTAACTAATTATTTTTTTTACA-TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTA
1 TAT-TC--TAA--AA--A---TTAATA-AGTAAAAG---ATTT--AA-AAAATAA-ATTTGTTTA
*** * * * ** * ** * * * *
250519 TTTTAAGAATT-AGTAAGAGATTAA---AAAATAAATCTGTTTATCGA-ATCCAATCA-AAT-A-
48 -CCGAACAATTCA--AATAG-TTAAGGCTATTTGAA-C-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ** **
250576 GTTATGAGTATTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TAATCTTTTATTCTACCATAAA
107 CTT-T-TGT-TTTGTCATAAAATAAT-TTTTTC-AATTCATACTAA-C--TTATT-TAAAATAAA
** * ** * * * ** * * *
250637 ATAAT--T-ATTT-TTGTTCA-TAC-AAGTTTATTCATAACA-ACATAATACTAATTTAAT-AAT
163 ATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAA-A--AAATAAATCTAT
** * * * * * * * **
250694 ATT-TTGAA-AA-TTC--ATAACTAAGA-GATCTAAAAAATAGATTCGT-TTGCAAATCAATTCA
224 -TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TA-TC-TATTTCAAAT-TGTT-A
* * ** ** * * * ** ** * **
250752 -AACAATTAAG-ACTAT-AT-AAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
283 TGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGT-TTCT--ATTCATACAAGC--TTA-TTTGGAA
* * * * *
250813 TAAAACAATTATTTCAACTCATACAA
339 TAAAATAA-TA-CT-AATTTAT-TAA
* * * * * * ** ** * *
250839 GCTTATTCAGAATAGAATGAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAG--TA-AG-A-GA
1 ---TATTC-TAA-A-AAT-TAA-TAA-GTA-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA
* * ** * * * * * * *
250899 TTTAAA-AGATAATTCTATTT-ACCGA--A-CCAGTTCAAATTATTAT-AAC-TATG---TG--A
56 TTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *** * * ** ** **
250952 -ACAATTATCTATTTCTAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAA-ACAATTGTGTTGGTTTA
121 TAAAATAAT-TTTTTC-AA-T-TCA-TAC--TAACTTAT-TTA-AAATAAAATAATACTAATTTA
* ** ** ** * * *
251015 TATAAGTTTTTTC-AAAA-TAA-AATATTA-ATTTATTAATATTTAAA-AAATTAATTAGTACGA
177 T-TAA--TATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA--AA-AAATAAATCTATTTATT-GAACAA
* * * * * * *
251075 GATTTAAAAAGTAAATG--TATTT-ACCAA--A-CCATTTCAAATAGCTT-TG-GCTATTTGAAT
235 G-TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGACCT-TTTG--T
* * * *
251132 AATTATCTATTACAAATCGTTATAACTATTTATTTTCT-TTCAAACAATTGGTTCTGTTCATACT
294 -TTTGTC-A-TA-AAA-C------A--A-TT-GTTTCTATTCATACAA--------G--C-T--T
* * * * *
251196 ATTTTG-TTCGAAATAA-AATAATACTAATTTAA
331 ATTTGGAAT-AAAATAATACTAAT--TTA-TTAA
** ** * * * ** * * *
251228 TATTATTCCCAAAATTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCAAACCAGTTCAA
1 ---TATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAA
* * * * ** * * *
251292 ATGGTTAAGACCATATGAATGATTTTCAATTTCAATTCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAA
61 ATAGTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * ** * *
251356 CAAATTTTT---TT-GTAC-AAGCTTCTTTGGATTAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTTAAA
126 TAATTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * ** * * * **
251416 AATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACCAA-TTCATATGGCTAAAACT
190 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
251480 ATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TA
253 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
*** *
251544 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAA
318 -TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
251588 CATTC-AAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGCACAAGTCCAAA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAA
* *** * * * * **
251651 CAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTGTTTAAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGC
62 TAGTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * *** * **
251716 AATTGTTTT-AGTTAATAC-AAGCTTATACGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTTAA
127 AATT-TTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * ** * * *
251779 AATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGA-TTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCT
190 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * ** ** *
251843 ATTCGAACAACAATCTATTTGC-AATCGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAGTAGCTGTTTTT
253 ATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *** *
251907 GA-TCACACAAACTTATTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTAA
317 -ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
251951 TATT-TCAACAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCGAATA
1 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATA
* * * * *
252015 GTTATA-ACTATTTGAATAATTAT-TAATCTCAAATTATTATGATCTTTAT-TTTTGTCATAAAA
64 GTTA-AGGCTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAA
* ** * * * *** * *
252077 CAATCTTTTTTTA-TCGTA-GAAGTT-TATTAGGTTAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TT-AA
126 TAAT-TTTTTCAATTCATACTAACTTAT-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** **
252137 AATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCTGTTCAAATAGTTAAAA
189 AA--ATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
252202 CTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
251 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
252267 -ATATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA-AATTCTAATATATTAA
316 TAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
252311 CATT-TGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAACTCAAA
1 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAA
** * * * * *
252375 TTCTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAA
62 TAGTTAAGGCTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * * ** * *
252438 ATAA-TGTTGCAGTTCATA-AAAGCTTATGCAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA
125 ATAATTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
252501 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTTGAAAAAATTAAAATAGTTATG
188 AAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-ATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *** * *
252566 GCTATTTGAACAATTGTATATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTT
250 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
252631 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAA
315 CTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** * * *
252677 TATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTGCTAAATTAGTTCAAATAA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAG
** * * * * * * *
252738 TTGTGGGC-ATTTCAACAATTATATAATTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAA
65 TT-AAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * *
252802 TATTTTC-A-TCACAC-AAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAAT
129 TTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * ** *
252864 TAATAAGTAGGAGATTTAAAAACTAACTCTGTTTACCGAAC-----C--A-A--T-T-CCTATTT
193 TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
252917 GAAGAATTACCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT-TAGTTC
257 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
** * *
252981 ATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATATTAATTTAATAA
321 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** *
253021 TATTTTGAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTATATTGAAGCAGTTCAAATA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATA
* ** ** * *
253085 GTAAAAGATTACATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACA
64 GT-TAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
** * * * *
253149 ATCGTTTCAGTTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC-AAATTATTAATATTTCAAAAA
128 ATTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
253212 TTAATAAT---TGACTT----AATAAATTTGTTTACTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATT
192 TTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * * * * *
253269 TTAATAATTATCGATTTCAAATCGTTATTACGTTTTG-TTTGATCATATAACAAATATTTTTAAT
256 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATT
* *
253333 CATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
320 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * **
253374 TCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGCTCAAATA
1 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATA
* * * * *
253438 GTT-AGGACTATTTGAACAATAGAACAATTGTAAAATTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTCTGT
64 GTTAAGG-CTATTTGAACAAT-TATCTATT-TCAAA-TC--A---TTATGACCTTTTGTTT-TGT
* * * * * ** *
253501 TATAAAATAATTATTT-ATGTTCGTAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAACTAATAAT
119 CATAAAATAATTTTTTCA-ATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *** * *
253564 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAAATT-AAAATTAAATTTGTTTGCCGAACCAGTTCAAACA-T
182 ATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * *
253627 TAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
246 T-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
253692 TTTTTCAATTCATTCTAGATTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAA
310 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
253743 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTGAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAAT
1 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAAT
* * * * *
253807 AATTATA-ACTATCTGAATAATTACCTATTTC-AA--ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
63 AGTTA-AGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-
* * * * ** * * *
253868 AAATGTTTTT--GTTCATA-TAAGTTTGTTTGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAA
126 TAAT-TTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * *
253930 AAA-T--TAATAACATATTTAGAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTA
189 AAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
253992 TTT-AACAAATTATTTATATCAAATTATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCAA
254 TTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
254056 TTCATATAAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAATTTATTAA
318 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
254099 TATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT--AAAATAAATATGTTTACTGAACTAAATCAAATAA
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAG
* * * ** * * * * * *
254162 CTATGACTATTCAAATAATTATCTATATCAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAAGAAT
65 TTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * *
254227 TGTTTCAATTCATA-TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATA-TTCTGAAAAT
130 TTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * * * * *
254290 TAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAACTAATTCTGACTATTT
193 TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
254355 GAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTATTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTGTT
257 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATT
**
254420 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
320 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * *
254461 TA-T-TAAGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
1 TATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAAT
* * * * *
254524 TGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATA
63 AGTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * *
254589 ATTGTTTCTATTCGTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-
128 ATTTTTTCAATTCATACTAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
** * * * * *
254653 T--TAATAAGAGATTTAAAAGCTAAATTTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTG
193 TAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
254716 AATAATTATCT-TGCTT-AGATCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTC
258 AACAATTATCTAT--TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * * *
254778 ATACAAGCTTATTCAGACTAAAATATTGCTAAATTAATAA
321 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * **
254818 TATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTT-TAAAA-AAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAG
1 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAG
* *
254877 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
65 TTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
254914 TTGTTCATAC
Statistics
Matches: 6852, Mismatches: 1697, Indels: 1082
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
326 4 0.00
327 112 0.02
328 5 0.00
329 48 0.01
330 6 0.00
331 9 0.00
332 21 0.00
333 10 0.00
334 29 0.00
336 1 0.00
337 6 0.00
338 1 0.00
339 8 0.00
340 2 0.00
341 16 0.00
342 2 0.00
343 1 0.00
344 103 0.02
345 67 0.01
346 93 0.01
347 105 0.02
348 57 0.01
349 68 0.01
350 33 0.00
351 61 0.01
352 28 0.00
353 191 0.03
354 26 0.00
355 96 0.01
356 589 0.09
357 553 0.08
358 453 0.07
359 243 0.04
360 663 0.10
361 868 0.13
362 920 0.13
363 275 0.04
364 168 0.02
365 114 0.02
366 41 0.01
367 13 0.00
368 18 0.00
369 174 0.03
370 54 0.01
371 37 0.01
372 32 0.00
373 43 0.01
374 44 0.01
375 43 0.01
376 28 0.00
377 13 0.00
378 6 0.00
379 4 0.00
380 11 0.00
381 9 0.00
382 13 0.00
383 10 0.00
384 12 0.00
385 17 0.00
386 17 0.00
387 23 0.00
388 34 0.00
389 26 0.00
390 13 0.00
391 28 0.00
392 4 0.00
393 14 0.00
394 3 0.00
395 3 0.00
398 1 0.00
399 5 0.00
400 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAATTCAAATAGT
TAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
TTTTCAATTCATACTAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
Found at i:250398 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 249720--250366 Score: 759
Period size: 357 Copynumber: 1.8 Consensus size: 354
249710 TATTCAAAAT
* * * * **
249720 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTATTCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAA
1 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAA
* * *
249785 TTTTTAAACTAGTTCAAATAATTACGACTATTTGAACAAATATCTATCTTAAATCGTTACGATCT
66 TTTTCAAACTAGTTCAAATAATTACGACTATTTGAACAAATATCTATCTTAAATCATTACGAACT
* * * *
249850 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACCAATT
131 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTAATCATACAAACTTATTCAAAAAAAAATAATACCAATT
* ** *
249915 TAATAAAATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATTAGTTCAAAT
196 TAATAAAATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATTAGTTCAAAT
* * * *
249980 GGTTAAGACTATTAGAATAATTATGTATTTGAAATAATTGTAACTTTTTATTTAGTCATAAAATA
261 AGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTGAAAT-ATTGTAACTTTTTATTTAGTCATAAAATA
250045 ATACTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
325 ATACTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* *
250075 AAAATAAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAACATAAATC-
1 AAAAT-AATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAC-TAAAGCT
* * * ** * * *
250139 CATTTATCGAA-TAGGTTTAAATTGTTACGATTATTTGAACAATTATCTA-CTTAAAATCATTAT
64 AATTT-TCAAACTA-GTTCAAATAATTACGACTATTTGAACAAATATCTATCTT-AAATCATTAC
*
250202 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATA-AAACTT-TATCAAAAATAAAATA
126 GAAC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTAA-TCATACAAACTTAT-TCAAAAA-AAAATA
* * * * ** **
250264 ATACTACTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTTTAAAA-AAATCAGTTTACTGAATT
187 ATACCAATTTAATAAAATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATT
* * * *
250328 AGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACATTTATCTATTT
252 AGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTT
250367 TAATTTGTCA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 44, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 5 0.02
356 54 0.23
357 105 0.44
358 75 0.31
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (354 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAA
TTTTCAAACTAGTTCAAATAATTACGACTATTTGAACAAATATCTATCTTAAATCATTACGAACT
TTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTAATCATACAAACTTATTCAAAAAAAAATAATACCAATT
TAATAAAATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATTAGTTCAAAT
AGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTGAAATATTGTAACTTTTTATTTAGTCATAAAATAA
TACTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
Found at i:250837 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 250532--251003 Score: 447
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
250522 TAAGAATTAG
* * * * * * * * * *
250532 TAAGAGAT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCCAA-TCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAA
1 TAAGAGATCTAAAAAATAATTCTATTTA-CCAAACCAATTCAAACAATTATAACTATATAAACAA
* * * ** * ****
250595 TTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTCTACCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAG
65 TTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAG
* * *
250660 TTTATTCATAACA-ACAT-AATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAAC
130 CTTATTCAGAACAGA-ATGAA-ACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTCATAAC
* * *
250712 TAAGAGATCTAAAAAATAGATTC-GTTT-GCAAATCAATTCAAACAATTA-AGACTATATAAACA
1 TAAGAGATCTAAAAAATA-ATTCTATTTACCAAACCAATTCAAACAATTATA-ACTATATAAACA
*
250774 ATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAA
64 ATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAA
* * * *
250839 GCTTATTCAGAATAGAATGAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAG
129 GCTTATTCAGAACAGAATGAAACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTCATAAC
* * * * ** * *
250892 TAAGAGATTTAAAAGATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATTATTATAACTATGTGAACAAT
1 TAAGAGATCTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAACAATTATAACTATATAAACAAT
* * * *
250957 TATCTATTTCT-AATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
66 TATCTATTT-TAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
251004 GTGTTGGTTT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 44, Indels: 19
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 9 0.04
180 140 0.59
181 84 0.35
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAGAGATCTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAACAATTATAACTATATAAACAAT
TATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGC
TTATTCAGAACAGAATGAAACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTCATAAC
Found at i:252254 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 251929--252256 Score: 410
Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
251919 TTATTCAAAA
* * * ** * *
251929 TAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAACAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
* * * * *
251994 TTTATCAAACTAGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTAATCTCAAATTATTATGATC
66 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTAATCTCAAATTATTATAACC
*
252059 TTTATTTTTGTCATAAAACAATCTTTTTTTATCGTAGAAGTTTATTAGGT
131 TTTATTTTAGTCATAAAACAATCTTTTTTTATCGTAGAAGTTTATTAGGT
** *
252109 TAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAATTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 TAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAACAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
* * * * * *
252174 TTTGTTGAACCT-GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCT-ATTTTAAATTATTCTAA
66 TTT-ATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TAATCTCAAATTATTATAA
252237 CCTTT-TGTTTAGTCATAAAA
129 CCTTTAT-TTTAGTCATAAAA
252257 TATTTGTTTC
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 22, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.01
180 116 0.94
181 6 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAAAACTAATTTAATAATATTAAAACAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTAATCTCAAATTATTATAACC
TTTATTTTAGTCATAAAACAATCTTTTTTTATCGTAGAAGTTTATTAGGT
Found at i:252327 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 250530--254913 Score: 2754
Period size: 181 Copynumber: 24.5 Consensus size: 181
250520 TTTAAGAATT
* *
250530 AGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCCA-ATCAAATAGTTATGAGTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * * * * ** * * *
250593 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTCTACCATAAAATAATTATTT-TTGTTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATCATAC
* * * * * ** *
250657 AAGTTTA-TTCATAACAACATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATA
129 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * * *
250710 ACTAAGAGATCTAAAAAATAGAT-TCGTTT-GCAAATCAATTCAAACAATTAAGACTATATAAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
250773 AATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-ACTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATA-TCATAC
* * * *
250837 AAGCTTA-TTCAGAATAGAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATA
129 AAGCTTATTTGA-AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
250890 AGTAAGAGATTTAAAAGATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATTA-TTATAACTATGTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * ** * *
250954 AATTATCTATTTCTAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTGTTGGT-TTATAT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCATATCATAC
* * * *
251018 AAG-TTTTTTCAAAATAAAAT-AT--TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATT
129 AAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
251068 AGTACGAGATTTAAAAAGTAAATGTATTTACCAAACCATTTCAAATAGCTT-TGGCTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
251132 AATTATCTATTACAAATCGTTAT-AACTATTTATTTTCT-TTCAAACAATTGGTTC-TGTTCATA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATCATA
* ** * * * * * *
251194 CTATTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * * ** ** * * * * * **
251248 ACCAAGAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATGGTTAAGACCATATGAATG
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
251313 ATTTTCAATTTCAATTCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAAATT-TTT--T-T-GTACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCATATCATACA
* * * ** * *
251372 AGCTTCTTTGGATTAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATA
130 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * ** ** *
251424 AGTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACCAATTCATATGGCTAAAACTATTAAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
251489 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGT-TCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TATCATACA
** * *
251553 AGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATA
130 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
251604 AGAAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGCACAAGTCCAAACAGTTATTACTATTTGAA
1 AGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * ** * *
251669 CAATTGTCTGTTTAAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAGT-TAATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TATCATA
** * **
251733 CAAGCTTATACGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** * * * *
251787 ATTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCTATTCGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * * ** * *
251852 ACAATCTATTTGC-AATCGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAGTAGCTGTTT-TTGATCACAC
66 ATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATCATAC
* ** * *
251915 AAACTTATTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATA
129 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
251968 AATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** *
252033 ATTAT-TAATCTCAAATTATTATGATCTTTAT-TTTTGTCATAAAACAATCT-TTTTTTATCGTA
66 ATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCATATCATA
* * * ** * *
252095 GAAGTTTATTAG-GTTAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TT-AAAATTATTAATA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAATA
* * * * ** * *
252148 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCTGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
252213 ATTATCTATTTTAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATCATACAA
* * * * *
252278 GCTTATTTGGAATAAAA-AATTCTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATA
131 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** **
252328 AGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
252393 CAATTA-CTTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAAATAA-TGTTGCAGT-TCA
64 CAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTGTTTCA-TATCA
* *** * *
252454 TAAAAGCTTATGCAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATA
126 TACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** * * *
252511 AGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTTGAAAAAATTAAAATAGTTATGGCTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTG-TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
252576 CAATTGTATATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCAGT-TCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TATCATA
* * *
252640 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** * * * *
252694 AGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTT-GCTAAATTAGTTCAAATAATTGTGGGC-ATTTCAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAA
* * * * * * *
252753 CAATTATATAATTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAT-TTTC--ATCACA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCATATCATA
* *
252815 CAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
252869 AGTAGGAGATTTAAAAACTAACTCTGTTTACCGAA-C----C--A-A--T-T-CCTATTTGAAGA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * *
252922 ATTACCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGT-TCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TATCATACA
* * * **
252986 AGCTTA-TTAAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATA
130 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * **
253038 A-TAAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTATATTGAAGCAGTTCAAATAGTAAAAGATTACATGAA
1 AGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAA
* * *
253102 CAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATCGTTTCAGT-TCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TATCATA
* ** *
253165 CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC-AAATTATTAATATTTCAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
253218 A-T---TGACTT----AATAAATTTGTTTA-CTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
253274 AATTATCGATTTCAAATCGTTATTACGTTTTG-TTTGATCATATAACA-AATAT-TTTTA-ATCA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATA-AA-ATAAT-TGTTTCATATCA
* *
253335 TTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
126 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
253391 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
253456 ATAGAACAATTGTAAAATTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTCTGTTATAAAATAATTATTT-AT
66 AT-TATCTATT-TCAAA-TC--A---TTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCAT
* * ** *
253519 GTTCGTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATA
122 -ATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * ** * * *
253580 ACTAAGAAAATT-AAAATTAAATTTGTTTGCCGAACCAGTTCAAACA-TTAAAGACTATATGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAAC
* * *
253643 AATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATT
65 AATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATA-TCATA
* * * * * *
253706 CTAGATTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
253760 AGTAAGCGATTTGAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATAACTATCTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
253825 AATTACCTATTTC-AA--ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTGTTCATAT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATCATAC
* * * * * *
253886 AAGTTTGTTTGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TA
129 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
253936 A-TAACATATTTAGAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-
* * * * * * * * * *
253999 AATTATTTATATCAAATTATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATA-TCATAC
* * * ** *
254063 AAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
129 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** ** ** *
254116 AGTAAAAAATTT--AAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAAATCAAATAACTATGACTATTCAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
254178 AATTATCTATATCAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAAGAATTGTTTCA-ATTCATAT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATA-TCATAC
* * * *
254242 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATA-TTCTGAAAATTAATA
129 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
254295 ATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAACTAATTCTGACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *** * * * *
254360 ATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTATTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTC-TGTTCATA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTGTTTCAT-ATCATA
* *
254424 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATA
* * * * *
254478 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
254543 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TATTCGTACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATA-TCATACA
** **
254607 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TA
130 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * * * * *
254656 A-TAAGAGATTTAAAAGCTAAATTTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
254720 ATTATCT-TGCTT-AGATCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-TATTCATA
66 ATTATCTAT--TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATA-TCATA
* * * * * *
254781 CAAGCTTA-TTCAGACTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TA
128 CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
254832 A-TAAGAGATTT-TAAAA-AAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
254894 ATTATCTATTTCAAATCATT
66 ATTATCTATTTCAAATCATT
254914 TTGTTCATAC
Statistics
Matches: 3276, Mismatches: 760, Indels: 342
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 49 0.01
168 4 0.00
169 75 0.02
170 4 0.00
171 34 0.01
172 59 0.02
173 39 0.01
174 102 0.03
175 72 0.02
176 210 0.06
177 253 0.08
178 134 0.04
179 258 0.08
180 554 0.17
181 620 0.19
182 318 0.10
183 308 0.09
184 37 0.01
186 2 0.00
187 13 0.00
188 49 0.01
189 78 0.02
190 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATCATACAA
GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
Found at i:254095 original size:356 final size:351
Alignment explanation
Indices: 250530--254909 Score: 2009
Period size: 361 Copynumber: 12.2 Consensus size: 351
250520 TTTAAGAATT
* * * * * *
250530 AGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCCA-ATCAAATAGTTATGAGTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAT
* * * * ** * * *
250593 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTCTACCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACA
64 AATTATCTATTTCAAA---TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * * * * *
250658 AGTTTA-TTCATAACAACATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATCT
126 AGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTTCAAAAAT--TAA-TAACATAT-T
* * * * * * * * *
250722 AAAAAATAGAT-TCGTTT-GCAAATCAATTCAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTT
184 TAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * **
250785 TAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAGA
247 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGA
* * *
250850 ATAGAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATA
312 ATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
250890 AGTAAGAGATTTAAAAGATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATTA-TTATAACTATGTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTCAAA-TAGTTATGACTATCTGAAT
* * * * * * *
250954 AATTATCTATTTCTAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTGTT-GGTTTATAT
64 AATTATCTATTTC-AA--ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATAC
* * *
251018 AAGTTT-TTTCAAAATAAAAT-AT--TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTACGAGATT
125 AAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAA-TA--AC-ATATT
* * * * * * * *
251079 TAAAAAGTAAATGTATTTACCAAACCATTTCAAATAGCTT-TGGCTATTTGAATAATTATCTATT
184 TAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATA-ATTATGACTATTT-AACAATTATCTATT
* * * * * * ** ** *
251143 ACAAATCGTTATAA-CTATTTATT-T-TCTTTCAAACAATTGGTTCTGTTCATACT-ATTTTGTT
246 TCAAATTGTTATAACCT-TTTGTTCTATC-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-TAAGCTTATT
* * * * * *
251204 CGAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAAAATTAATA
308 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * * * ** * * * * * * *
251248 ACCAAGAAAATTAAAAAATAAGTCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATGGTTAAGACCATATGAATG
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATA
* * * *
251313 ATTTTCAATTTCAATTCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAAAT-TTT-T-TT-GTACAA
65 ATTATCTATTTCAA---ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * * ** * * * * *
251373 GCTTCTTTGGATTAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAA
127 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAACATATT-TA
* * * * * *** ** * *
251438 AAAATAAATTTCTTTATCAAACCAATTCATATGGCTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAA
186 AAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATT-TAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * ***
251503 ATCGTTCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
250 ATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAAT
* *
251567 AAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATA
314 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * * * *
251604 AGAAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGCACAAGTCCAAACAGTTATTACTATTTGAA
1 AGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA
* * * * * * *
251669 CAATTGTCTGTTTAAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTAATA
63 TAATTATCTATTT-CAA--ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA
* ** * * * * *
251733 CAAGCTTATACGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAATTAAAAGATT
124 CAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAACATATT
* * ** * * * **
251798 TAAAAAATAAATTTGATTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCTATTCGAACAACAATCTATTT
184 T-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATT-TAACAATTATCTATTT
* * * * * * ** ** ** * * * **
251863 GC-AATCGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAGTAGCTGTTTTTGA-TCACACAAACTTATTCA
247 -CAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATATAAGCTTATTTG
* * *
251926 AAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATA
310 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
251968 AATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATA
* * * *
252033 ATTAT-TAATCTCAAATTATTATGATCTTTAT-TTTTGTCATAAAACAATCT-TTT-TTTATCGT
65 ATTATCT-ATTTC-AA--ATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGT-TCAT
* * ** * * * *
252094 AGAAGTTTATTAG-GTTAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TT-AAAATTATTAATAAGTAAGAG
123 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAA--A-T--TAA-TAACAT
* * * * * ** * *
252156 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCTGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA
181 ATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATT-TAACAATTATCTA
* * * * * *
252221 TTTTAAATTATTCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTAT
244 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATATAAGCTTAT
* * * *
252284 TTGGAATAAAA-AATTCTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATA
307 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** ** *
252328 AGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA
* * * * * *
252393 CAATTA-CTTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAA-ATAATGTTGCAGTTCAT
63 TAATTATC-TATTTCAAA---TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCAT
* * *** * * *
252455 AAAAGCTTATGCAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGA
123 ACAAGTTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-C---ATA
* * ** * * * * * *
252520 TTTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTTGAAAAAATTAAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGTAT
182 TTT--AAAAATAAATCTG-TTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACAATTATCT
* *** * * * * * * *
252585 ATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
243 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT
* * * *
252650 TGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATA
308 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
252694 AGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTGCTAAATTAGTTCAAATAATTGTGGGC-ATTTCAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTAT-GACTATCTGAAT
* * * * * *
252754 AATTATATAATTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAT-TTTC--ATCACAC
64 AATTATCTATTTCAAA---TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATAC
** * * *
252816 AAGCCTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATT
125 AAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-CATATT
* * * * * *
252880 TAAAAACTAACTCTGTTTACCGAACCAATTC--CT-ATT-TG-------AAGAATTACCTATTTC
184 TAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAACAATTATCTATTTC
* * * * * **
252934 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAAGAA
248 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAA
* * **
252999 TAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATA
313 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
253038 A-TAAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTATATTGAAGC-AGTTCAAATAGTAAAAGATTA-CATG
1 AGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AA-CTAGTTCAAATAGT-TATGACTATC-TG
* * * *
253100 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATCGTTTCAGTTCAT
61 AATAATTATCTA-TTTCAA--ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
** * * *
253164 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TTGACTT--
123 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAT-ATTTAA
* * * * * * *
253226 -AATAAATTTGTTTA-CTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAATAATTATCGATTTCAA
187 AAATAAATCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTA-TTTAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
253289 ATCGTTATTACGTTTTGTT-TGATCATATAACAAATAT-TTTTAA-TCAT-TCAAGCTTATTTGA
250 ATTGTTATAACCTTTTGTTCT-ATCATAAAAC-AAT-TGTTTCAATTCATAT-AAGCTTATTTGG
*
253350 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
311 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
253391 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA--T---C-
* * ** * * * * * *
253456 ATAGAACAATTGTAAAATTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTCTGTTATAAAATAATTATTTATG
59 -T-GAATAATTATCTATTTCAAA---TTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * *
253520 TTCGTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
118 TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC---
* * * * ** * * *
253585 GAAAATTAAAATTAAATTTGTTTGCCGAACCAGTTCAAA-CATTAAAGACTATATGAACAATTAT
179 -ATATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTAT-TTAACAATTAT
* * * * * * * *
253649 CTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCAT-TCTAGATT
241 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAT-AAGCTT
* * *
253713 ATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
305 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
253760 AGTAAGCGATTTGAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATAACTATCTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAT
* * * *
253825 AATTACCTATTTCAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT
64 AATTATCTATTTCAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGT
* * * *
253890 TTGTTTGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACATATTTAGAAAATA
129 TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAACATATTTA-AAAATA
* * * * *
253955 AATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAACAAATTATTTATATCAAATTATT
192 AATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * *
254020 ATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGATTCAAATAA
256 ATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
** *
254085 TACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
321 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** ** *
254116 AGTAAAAAATTT--AAAATAAATATGTTTACTGAACTAAATCAAATAACTATGACTAT-TCAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAAT
* * * * ** *
254178 AATTATCTATATCAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAAGAATTGTTTCAATTCATATA
64 AATTATCTATTTCAAAT---TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * *
254243 AGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAAATTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
126 AGTTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAACATATTT-
* * * * *
254308 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAACTAATTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTGA
185 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCA
* * * * * * ** * **
254373 AATTGCTATAACCTATTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAA
249 AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAA--TTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGA
*
254438 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAA
312 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATA
* * * * *
254478 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-T
* * * *
254543 -ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACA
64 AATTATCTATTTC-AA--ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
** ** * *
254607 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAG
126 AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAACATATTTAAAA-
* * * * * * * * *
254672 CTAAATTTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT-TGCTT-AGA
189 ATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACAATTATCTAT--TTCAAA
* * * * * * * ** *
254735 TCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGACTAA
251 TTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAA
* * * *
254799 AATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TA
316 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * * *
254832 A-TAAGAGATTT-TAAAA-AAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAAT
254893 AATTATCTATTTCAAAT
64 AATTATCTATTTCAAAT
254910 CATTTTGTTC
Statistics
Matches: 3101, Mismatches: 709, Indels: 432
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 18 0.01
342 2 0.00
343 2 0.00
344 99 0.03
345 5 0.00
346 1 0.00
348 50 0.02
349 51 0.02
350 34 0.01
351 47 0.02
352 17 0.01
353 201 0.06
354 19 0.01
355 18 0.01
356 323 0.10
357 161 0.05
358 266 0.09
359 208 0.07
360 297 0.10
361 334 0.11
362 269 0.09
363 197 0.06
364 163 0.05
365 101 0.03
366 34 0.01
367 3 0.00
368 13 0.00
369 129 0.04
370 38 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAA
TTATCTATTTCAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTT
ATTTGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAACATATTTAAAAATAAATC
TGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
Found at i:255774 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 255407--255863 Score: 443
Period size: 176 Copynumber: 2.6 Consensus size: 175
255397 TTGTTCTATT
* * * *
255407 ATAAAACAATTGCTTCAGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATT
1 ATAAAACAATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATT
* * *
255472 TCAAAACTTACTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAAACAGTTCAAATAGTTAA
64 TCAAAAATTA-T---TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAAACAGTTCAAACAATTAA
* * *
255537 GATTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGACCTTTTGTTTTGTC
125 GATCATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGACCCTTTGTTTGGTC
* *
255588 GTAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTATTAATATTT
1 ATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTT
* * * * * * * * *
255653 CAAAAATTATTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAATTTGTTTG-CTAAATGAGTTTAGACAATTATGGT
65 CAAAAATTATTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAAA-CAGTTCAAACAATTAAGAT
* * * * * **
255716 CATTTTAATAATTATCTATTTTATATCGTTATTACCCTTTGTTTGGTC
128 CATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGACCCTTTGTTTGGTC
* * ** * * *
255764 ATATAACAATTGCTTTTGAACATTCAAGCTTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTTTTAATCT
1 ATAAAACAATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA-TTATTAATAT
* *
255828 CTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTT
63 TTCAAAAATTATTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
255864 GTTTACCAAA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 41, Indels: 19
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.02
176 114 0.50
177 30 0.13
178 11 0.05
179 1 0.00
180 20 0.09
181 46 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
ATAAAACAATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTC
AAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAAACAGTTCAAACAATTAAGATCAT
ATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGACCCTTTGTTTGGTC
Found at i:256212 original size:184 final size:177
Alignment explanation
Indices: 255878--256395 Score: 481
Period size: 184 Copynumber: 2.9 Consensus size: 177
255868 ACCAAACTAC
* * * * **
255878 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAA-TTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTCAG
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACTAGCTTATTTGG
* * * * * *
255942 AATGAAATAATATTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATT
66 AATAAAATAATA-CAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATT
* * * *
256007 -TGTTTACTAAACCAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAATAATTATCTAT
127 CTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAA-ACTATATGAACAATTATCTAT
*
256058 TTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TTTTTTTG--TTCATACTAGCTTATT
* *
256123 TGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAAAATTTCAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
63 TGGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTTCAAAAAT-AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
256188 TTCTCTTTACCT-AACCAATTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTAT
125 TTCTATTTA-CTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
*** * * * * * * *
256241 TTCAAATAAATATGACCCTTTGTCTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTTATA-TAAGTTTATTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-TAATTTTTTTGTTCATACT-AGCTTATT-
** * *
256305 TGGAATAAAGCAATACTATTCTATTAATATTTCAAAAAT--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
63 TGGAATAAAATAATACAATT-TATTAATATTTCAAAAATAATAATAAGAGATTTAAAAAATAATT
* ** *
256368 CTATTTATTAAATTAGTTCAAATAGTTA
127 CTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTA
256396 TTAATCCTTA
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 45, Indels: 28
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 41 0.15
179 3 0.01
180 36 0.13
181 15 0.05
182 37 0.13
183 58 0.21
184 87 0.31
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACTAGCTTATTTGG
AATAAAATAATACAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTAT
TTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
Found at i:256885 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 256668--258113 Score: 1036
Period size: 180 Copynumber: 8.1 Consensus size: 181
256658 AATTAAAACG
* * * * *
256668 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAA-ATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * ** *
256732 TCAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGA
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGA
* * * *
256797 AATAAATTAATATTAATTTACTAATAATCTATAAATTAATGA-TAAAAAATT
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATGAGTAAAAAATT
* * * * *
256848 TAAAAAATGAATCTGTTTACTAAATAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * *
256913 GAAATCACCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAAT-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCG
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCG
* * * *
256977 -AATCAAATAATACAAATTTATTAAT-AT-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAA-A-AATTAATGAGTAAAAAATT
* * * ** *
257029 TAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATTTTTATGA-TATTT-AAGCAATTATTTATT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATT
* * * * * *
257092 TCAACTTC-CTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTG
65 TCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCG
* * * * * *
257156 GATTAAAATCATATTAATTTATTAAT-AT-T-----TTAATAAGTAAAAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATGAGTAAAAAATT
* * ** * * * * * *
257202 TAAAAAATAAATATATTTACGGAACAAGTTCAAATAGTGATGACCATTTAAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** * *
257267 CAAATTATTATGA-CATTTGCTTTTGTAATAAAAGAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA
66 CAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGA
* * *
257331 AGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATGAGTAA-AAAATT
* * * ** * * *
257384 AAAAAAAAAGAATTTGCTTACCCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATC
1 TAAAAAATA-AATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** *
257449 ACAAAACATTATGA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGTAAGCTTATTT
65 TCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAAAAATT-GTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TT
* * *
257512 CGAAA-AAAAGTAAT-TTAAATTTACTAA-AATTCCAAAAATTAAT-ACGT-AAAAATT
127 CGAAATAAAA-TAATACT-AATTTATTAATAA-TCTAAAAATTAATGA-GTAAAAAATT
* * * * * * ** * *
257566 TCAAAAATAAATCTATTTTCGAAACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * ** * * * *
257631 CTAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTGCATAAAAATTTATTCAAA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAA
* * * * *
257696 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
131 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATGAGTAAAAAATT
* * * * * * *
257746 TAAAAACTAAATTTGTTTACCAAATGAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
257811 CAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCCT-AAAACATATGTTTCTATTCATAGAAGTTTATTCAA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGA
** * * *** *
257875 AATAAAATAATACTAATGAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-T
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATGAGTAAAAAATT
** ** * * * * * * * *
257926 TAAAAAA-AAA-CCGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATCATGTCCATTAGAACTATTAT-TTTTT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * * *
257988 CAAATCGTTATGATATTTT-TTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTGATTTC-A
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCGA
* * * *
258051 TATAAAATAATA-TAAAATTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATT
130 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATCT-AAAAATTAATGAGTAAAAAATT
*
258102 TAAAAAGTAAAT
1 TAAAAAATAAAT
258114 ATATTTTCTG
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 217, Indels: 92
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 58 0.06
174 81 0.08
175 8 0.01
176 68 0.07
177 32 0.03
178 35 0.03
179 35 0.03
180 362 0.36
181 169 0.17
182 26 0.03
183 93 0.09
184 37 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATGAGTAAAAAATT
Found at i:258436 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 258130--258813 Score: 574
Period size: 180 Copynumber: 3.9 Consensus size: 179
258120 TCTGAACACA
* * * * *
258130 TTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATACAAATGTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA
* * * * * *
258195 AAATAAAATAAAACTAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTG-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *** *
258260 CTGTTTACCGAGTTAGTTAAATCA-TCATGATTGTTTGAACAATTATTTAT
130 TTGTTTACCGAAAAAGTTAAAT-AGTCATGATTATTTGAACAATTATTTAT
* * * **
258310 TTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA
* * * * *
258375 GAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTCTAAAAATTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGT-GGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** *
258440 TTATTTGTC-AAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACAATTATTTAT
130 TTGTTTACCGAAA-AAGTT-AAATAGTCATGAT-TATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * * * *
258491 TTTAATTCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATATAAAATTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA
* * * ** *
258556 AAATAAAATAATATTGATCTATTAATATT-TTAAAA--A-T--T---A-A--TAAAAACTAAATT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
258609 TGTTTACTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
131 TGTTTACCGAAAAAG-TTAAATAGTCATGATTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * **
258659 ATCAAATTGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA
*** * * * *
258723 TTTTAAAATAATACTAATTTAATGATGTTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGT-GGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
258788 TTGTTTACC-AAACCAGTTCAAATAGT
130 TTGTTTACCGAAA-AAGTT-AAATAGT
258814 TAGGTTTTGT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 87, Indels: 46
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 61 0.15
168 59 0.15
169 5 0.01
170 2 0.01
171 2 0.01
174 2 0.01
177 2 0.01
178 2 0.01
179 6 0.02
180 152 0.39
181 101 0.26
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACCGAAAAAGTTAAATAGTCATGATTATTTGAACAATTATTTAT
Found at i:258760 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 258449--258761 Score: 355
Period size: 167 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
258439 TTTATTTGTC
* * **
258449 AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTTAATTCGTTATGACCTTTTAT
1 AAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATTCAAATTCGTTATGACCTTTTAT
* * * *
258514 TTTATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTATT
66 TTTATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAAT
**
258579 AATATTTTAAAAATTAATAAAAACTAAATTTGTTTACTG
131 AATATTCCAAAAATTAATAAAAACTAAATTTGTTTACTG
* * * * *
258618 AAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATT-GTTATGA-TTTTTA
1 AAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTAT-TCAAATTCGTTATGACCTTTTA
* * ** *** *
258680 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCATTTTAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTATCATAAAAAAATTGTTT-TTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
* *
258744 ATGATGTTCCAAAAATTA
129 ATAATATTCCAAAAATTA
258762 GTAAGTAAGA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 25, Indels: 6
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 68 0.58
168 40 0.34
169 9 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (169 bp):
AAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATTCAAATTCGTTATGACCTTTTAT
TTTATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAAT
AATATTCCAAAAATTAATAAAAACTAAATTTGTTTACTG
Found at i:258839 original size:138 final size:136
Alignment explanation
Indices: 258680--258936 Score: 349
Period size: 138 Copynumber: 1.9 Consensus size: 136
258670 ATGATTTTTA
* ** *
258680 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-ATTTTAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA-TCA
* * *
258744 A-TGATGTTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCA
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-TTGTTTACCAAACCAGTTCA
258808 AATAGTTAGG
127 AATAGTTAGG
*
258818 TTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAA
1 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAA
* **
258882 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAAC
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAAC
258937 AACTTTAAAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 11, Indels: 8
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
136 13 0.12
137 8 0.08
138 83 0.79
139 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (136 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAAT
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
GTTAGG
Found at i:259268 original size:499 final size:486
Alignment explanation
Indices: 258332--259294 Score: 1211
Period size: 484 Copynumber: 2.0 Consensus size: 486
258322 TGATCTTTTA
* * * **
258332 TTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAAT
* * ** *
258397 TAATACTCTAAAAATTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACAAGTTCAAA
66 TAATACTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAACTTCAAA
* * * *
258462 TAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTTAATTCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAA
131 TAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAATTCGTTATGACATTTTATTTTACCATAAAAA
* * * * **
258527 AATTGTTTTTGTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTAAAAA
196 AATTGTTTCTATTCAAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTTTAAAAA
*
258592 TTAATAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
261 TTAATAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * *
258657 ATATCAAATTGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC
326 ATATCAAATAGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTC
** * * * * *
258722 ATTTTAAAATAATACTAATTTAATGATGTTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
391 ATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
*
258787 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAGG
456 TATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAGG
258818 TTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAA
1 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAA
* * * *
258882 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAA-TTGTTTACCAAACAACTTTAA
65 TTAATACTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAACTTCAA
* * *
258945 ATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACATTTTGTTTTACCCTAAA
130 ATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTCGTTATGACATTTTATTTTACCATAAA
* ** **
259009 ACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAAAT-TATTAATATTTTAA
194 AAAATTGTTTCTATTCAAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAT-AAATCTATTAATATTTTAA
* *
259073 AAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCT-AAACATGTTCAAATAGTTATGACT
258 AAATTAAT-A--AAAA--CT---AAAT---T-TGTTTACTGAAACA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * *
259137 TTTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTC
310 ATTTGAATAATTATCTATATCAAATAGTTATGA---TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
259202 TATTCATACAAGCATACTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
372 TATTCATACAAGCATA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
*
259266 TAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
436 TAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
259295 TGAGCTAATT
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 54, Indels: 27
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
484 126 0.31
485 12 0.03
486 91 0.23
487 4 0.01
489 1 0.00
492 4 0.01
495 6 0.01
496 54 0.13
499 102 0.25
500 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (486 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAAT
TAATACTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAACTTCAAA
TAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAATTCGTTATGACATTTTATTTTACCATAAAAA
AATTGTTTCTATTCAAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTTTAAAAA
TTAATAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
ATATCAAATAGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTC
ATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
TATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAGG
Found at i:259413 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 258817--262173 Score: 2533
Period size: 182 Copynumber: 18.6 Consensus size: 181
258807 AAATAGTTAG
* * **
258817 GTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCA
1 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
**
258881 ATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTACCAAAC-AACTT
65 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-TT
* * * * * * *
258942 TAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
** * * *
258996 GTTTTACCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATA-TAAAAT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * *
259059 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ATGT
64 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA-AT
* *
259121 TCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTT
127 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CC-TTTT
* * * * *
259178 ATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATACTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
259243 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAGCTAATTCAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAA
* * * * * * * *
259308 ATCGTCATAACTGTTTGAACAATTTTGTATTTCAAATAGATATGATCTTTT
131 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * *
259359 GTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * ** *
259424 TTAATACTTT-GAAAGTTAGTAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTCC
66 TTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-TTC
* * * *
259487 AAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * ** * *
259540 -TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTGATCT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * *** *
259603 ATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTATTGGAAC-AGTTC
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAACTAATTC
* * * *
259663 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGATC-TTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * *
259715 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATATAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
259779 AATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCA
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCA
* * * * * * *
259844 AATAGTTAAGACTACTAGGATAATTATCTATTTCAGATCA-TTTTGACCTTTT
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * * *
259896 GTTTAGTCACAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * *
259960 ATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-TAAAT
65 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AAT
** * * *
260023 AAAAATAGATT-TGATTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTT
127 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTT
* * * * *
260078 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** ** ** * * * *
260142 ATTATTATTTTGAAAATTAATAAGCCAGATTTTTAAAAATTAAA-ATTGTTTTCCAAA-TCAGTC
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAACTAATTC
* * * * * * * *
260205 AAATAATTATGGCTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGA--TATTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTT
* * * * * * *
260257 GTTTTCTTATAAAATAATTATTTCTAATCA-ACAAGCTTATTT-AGATAAAAATATTACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * *
260320 AATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAACAATAAATGTGTTTACCAAACTAGTTC
65 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTC
* * * * *
260380 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * ** * * * * *
260433 CTTTAGTCGTGTAATAATTGCTT-TAGTTCATACAAGTTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
260497 ATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA-TCATGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAG
65 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-
* * * * * * * *
260559 TTCAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATTTTTTTAAAATAATTATGACCATTT
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * *** *
260615 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
260679 AGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATTA-ATTTAAAAGAATAAATCA-GTTTACCCAA-TCAA
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAA-AATAAAT-ATGTTTACCAAACT-AA
* * * * * *
260741 TTCAAATAATTAT-AGCCATTTTAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT
126 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * *
260797 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *** *
260861 ATTAATATTTTAAGAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATTGAACTAGTTC
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACTAATTC
* * * **
260921 AAATAGTAATGACTATTTGAACAA-TATTTTATTTCAAATTGTTACAACCTTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * *
260974 G-TCTATCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * ** **
261038 GCAATA-TTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTGTCAAACTCTTTC
66 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACTAATTC
* * * * * *
261101 AAACAGTTAAGTCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACC-TTTT
* * * * * * * *
261155 ATTTTATCATAAAATAATTATTT-TAGCTCATACAAGCTCATTTGAAATAGAATGAA-AGTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATT
* * * * * ** *
261218 TATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTATATTTACTGAACCAATTC
64 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTC
* * * * *
261283 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
261336 GTTTTATCATAAAATAATTATTTTTATTAATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
261401 TTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTACCAAACCATTTCA
66 TTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCA
* * * * * *
261465 AATAGTTTTGACTATTTTAAAAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTT
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * ** * *
261517 ATTTTATCGTTAAACAATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * ** * * * ** * * * *
261582 ATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTGAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAA
* * *** *
261647 ATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
131 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * ** * *
261698 CTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
261761 ATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGCTTACCAAATTAGTTCAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAA
* * * * * * **
261825 ATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTCTAATATTTT
131 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
261876 ATTTGGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * *
261939 TAGTAACA-TTCAAAAAATTAATAA-AAATGAGATTTAAAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-A
64 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA
* * * * * * *
262001 AGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATAAACTTTT
125 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * ** *
262059 GATTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAAAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
** * *
262123 ATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-ATGTTTA
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
262174 TTTAATCGTT
Statistics
Matches: 2526, Mismatches: 542, Indels: 219
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 23 0.01
175 55 0.02
176 213 0.08
177 117 0.05
178 142 0.06
179 180 0.07
180 363 0.14
181 593 0.23
182 615 0.24
183 217 0.09
184 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
Found at i:259846 original size:537 final size:536
Alignment explanation
Indices: 258817--262166 Score: 2578
Period size: 537 Copynumber: 6.2 Consensus size: 536
258807 AAATAGTTAG
* **
258817 GTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCA
1 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
** * * *
258881 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTACCAAACAACTTTA
65 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* * * * ** *
258944 AATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTACCCTAAA
130 AATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
259009 ACAATTGTTTCTA-TTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAAAATTATTAATATTTTA
195 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAAATTATT-TGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTA
* * * * *
259072 AAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAA-CATGTTCAAATAGTTATGA
257 AAAATTAATAAG-AAGA-TTT-AAAAATAAATTTATTTATCCAAATCA-GTTCAAATAATTATGA
* * * *
259135 CTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTT
318 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA---TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
259200 TCTATTCATACAAGCATACTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
380 TTTATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATA
* * ** * * * * *
259264 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAGCTAATTCAAATCGTCATAACTGTTTGAACA
443 A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * * * *
259329 ATTTTGTATTTCAAATAGATATGATCTTTT
507 ATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTT
* *
259359 GTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * ** * *
259424 TTAATACTT-TGAAAGTTAGTAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTCCA
66 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* * *
259488 AATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTT-TTTTGTTATAAA
130 AATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
259552 ACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAA
195 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAAATTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
*** *
259616 AAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATTTATTTATTGGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTAT
258 AAATTAATAAGAAGATTTAAAAA-TAAATTTATTTATCCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * *
259679 TTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTC
322 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * * * * *
259744 ATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAG
387 ATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-TAAAAG
* * * * * * * *
259809 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTACTAGGATAATTATCT
450 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCT
* * *
259873 ATTTCAGATCA-TTTTGACCTTTT
514 ATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTT
* * * * * *
259896 GTTTAGTCACAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * **
259960 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATAA
65 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * *
260025 AAATAGATT-TGAT-TATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
129 AAATAG-TTATG-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * * *
260087 TAAAACAATTGTTTCAGTTTATA-AAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTATTATT
191 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAAA-TTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
260151 TTGAAAATTAATAAGCCAGATTTTTAAAAATTAAAATTGTTT-TCCAAATCAG-TCAAATAATTA
254 TTAAAAATTAATAAG-AAGA--TTTAAAAA-TAAATTTATTTATCCAAATCAGTTCAAATAATTA
* * * * * * * * * * * *
260214 TGGCTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGATATTTGTTTTCTTATAAAATAATTATT
315 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
260279 TCTAATCA-ACAAGCTTATTTAGATAAAAATATTACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA
380 TTTATTCATACAAGCTTATTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
* * * * * *
260340 TAAGAGATTCAAACAATAAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAA
444 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAA
* * *
260404 TTATCAATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTT
508 TTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTT
* * * ** * * * *
260433 CTTTAGTCGTGTAATAATTGCTT-TAGTTCATACAAGTTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
260497 ATTAACATTCAAAAAATTAATAA-TCATGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
65 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * * *
260561 CAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATTTTTTTAAAATAATTATGACCA-TTTGTTTTGTCAT
128 CAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
* *** * *
260625 AAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATATTT
192 AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAA-ATTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
260689 CAAAAATTAATAAGTAATTAATTTAAAAGAATAAA-TCAGTTTA-CCCAATCAATTCAAATAATT
255 TAAAAATTAATAAG-AA--GATTT-AAA-AATAAATTTA-TTTATCCAAATCAGTTCAAATAATT
* * * * * *
260752 AT-AGCCATTTTAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
314 ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * ** *
260816 GTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAGAA-T-
377 GTTTTT-ATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
* * *** * *
260878 -TAATAAGACATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGA
440 ATAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * *
260941 ACAA-TATTTTATTTCAAATTGTTACAACCTTTT
504 ACAATTA-TCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTT
* * * * * * *
260974 G-TCTATCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * ** ***
261038 GCAATATTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTGTCAAACTCTTTCAA
66 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
261103 ACAGTTAAGTCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTTATTTTATCATAA
131 ATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * *
261167 AATAATTATTTTAGCTCATACAAGCTCATTTGAAATAGAATGAA-AGTAATTTATTAATATTTTA
194 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAAATTATTTG-AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTTA
* ** * * *
261231 AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTATATTTA-CTGAACCAATTCAAATAATTATA
257 AAAATTAATAAG--A-AGATTTA-AAAATAAATT-TATTTATCCAAATCAGTTCAAATAATTATG
* * * * *
261294 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT
317 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
261359 TTATTAATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA
381 TTATTCATACAAG-CTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-AA
* * * * * * * * * *
261424 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTTAAAAAT
444 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* *
261489 TATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTT
509 TATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTT
* * * * * * * * * * *
261517 ATTTTATCGTTAAACAATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** * * * * * *
261582 ATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTGAA
66 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * *** * * *
261647 ATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAA
131 ATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
** ** * * *
261712 CAATTGTTTT-GTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TAATTTAATAATATTTCAAAA
196 CAATTGTTTTAGTTCATACAAAATTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* ** * ** *
261775 ATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGCTTA-CCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTAT
260 ATTAATAA--GA-AGATTTAAAAATAAATTTATTTATCCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * * * *
261839 TAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAATATTTTATTTGGTTATAAAATAATTG-TTTTAGT
322 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * * *
261903 TCATAAAAGGTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAA-AAAT
385 TCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAATAAA-
* * * *
261967 GAGATTTAAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
448 -AGATTT--AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * *
262032 GTCTATTTTAAATCGTTATAAACTTTT
510 ATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTT
* * * * * ** *
262059 GATTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAAAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* *
262123 ATTAATATTTCCT--AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
65 ATTAATA-TT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
262167 ATGTTTATTT
Statistics
Matches: 2267, Mismatches: 450, Indels: 182
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
536 14 0.01
537 525 0.23
538 99 0.04
539 318 0.14
540 363 0.16
541 211 0.09
542 334 0.15
543 203 0.09
544 200 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
ATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTTAGTTCATACAAAATTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
TTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATTTATTTATCCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
AAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAATAAAAGATTTAA
AAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATAGTTATAACCTTTT
Found at i:262463 original size:156 final size:158
Alignment explanation
Indices: 262303--262600 Score: 474
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
262293 ACCGATCAAG
* * * *
262303 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTAATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAATT
*
262368 A-AAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
262431 TCAAAAATTAATTTGTTTATTGAACAAA
131 CCAAAAATTAATTTGTTTATTGAACAAA
**
262459 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAATT
* * * *
262524 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
262589 CCAAAAATTAAT
131 CCAAAAATTAAT
262601 AAGTAATTTA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 12, Indels: 2
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
156 60 0.47
157 22 0.17
158 46 0.36
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (158 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAATT
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CCAAAAATTAATTTGTTTATTGAACAAA
Found at i:262777 original size:173 final size:175
Alignment explanation
Indices: 262459--264731 Score: 449
Period size: 181 Copynumber: 12.8 Consensus size: 175
262449 ATTGAACAAA
* * * * ** *
262459 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTTT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGTC
*
262524 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
262589 CCAAAAATTAATAAGTAATTTAAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
129 CCAAAAATTAATAAGTAATTTAAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
* ** *
262636 TTCAAATAATTAAGGCTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTG-TTTGGTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGTC
* *** *
262700 ATATAACAATT-TTTTTTTATCATACAAGCTTCA-G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
66 ATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTT-ATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
262762 TCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATT-TATTTATCGAATCCA-
129 CCAAAAATTAATAAGT----AA-TTTAAAAAT-GATTCTGTTTACCGAAT-TAG
* * * * * * * * *
262814 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATAGT-TTAAATCTATTATTTAAAAAATAAACCT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAAC-AAT-TAT-CTATTCAA---A--A--T-CAATAT-GACCT
* * *
262878 TTGTAGTTCT-GACATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
54 TT-T-GTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTA-T-GAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
262941 TAATCTAATAATACTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAATT-TATTTACTGAACT
114 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---A-ATTT-AAAAATGATTCTGTTTACCGAATT
263005 AG
174 AG
* * * * * ** ** *
263007 TTTAAATAGTTTAAGACTATATAAACACTTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT-GT
1 TTCAAATA-ATTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGT
* * * * * *
263071 CATAAAATAATTTTTTCCA-TTCATACTAGTTTATTTATAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT
65 CATAAAACAATTGTTT-CAGTTCATACAAGCTTA-TGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * **
263134 ATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAACAAATAATTTTGCTTACCTAAACA-
126 ATTCCAAAAATTAATAAGTA-ATTTAA-AAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
* * * * * *
263184 TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAAT-AATTATGACCTTTTGTTTT-G
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTA-TTCAAAATCAA-TATGACCTTTTGTTTTGG
* * * ** * * * * * *
263246 TCTTAAAACAAATT-TTT-TGTCCATTTAAGTTTGATCGGAATATATTAATACTACTCTATTAAT
64 TCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-AT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * ** *
263309 ATTTTAAAAATTAATAA-TAGATCTAAAAAATAAATCTTTTTATC-AGACCAA
126 ATTCCAAAAATTAATAAGTA-AT-TTAAAAATGATTCTGTTTACCGA-ATTAG
* ** * * * * ** * *** * * *
263360 TTTAAATTGTTATGATTATCTGAGTAATTATTTATTTC-AAATTGTTAAGACTTTTTGTTCT-GT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTA-TTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGT
* * * * * *
263423 TATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA--TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * * * * ** *
263487 TTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAG
127 TTCCAAAAATTAATAAGT----AA-TTTAAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
* * * ** * * * *** * *
263541 ATCAAA-AAGTCATGGTTATTTGAATAATTATCCATTTC-AAATTGTTAT-AACTTTTCTTTT-G
1 TTCAAATAA-TTAAGACTATTTCAACAATTATCTA-TTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGG
* * * * *
263602 TCATAAAAAAATTATTTCAGTTTATAAAAGC---TGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT
64 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * ** ** *
263664 CCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAAACTATTTATTGAACCAT
129 CCAAAAATTAATAAGT---A-ATTTAAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
* * * * * ** ** * *
263715 TTTAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTT-ATC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGTC
* *** *
263779 ATAAGATGGTT-TCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
66 ATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTA--T-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * ** *
263841 ATT-AAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAA
126 ATTCCA-AAAATTAATAAGT---A-ATTT-AAAAAT-GATTCTGTTTACCGAATTAG
* ** * ** * *** *
263896 TTTAAATTGTTATA-ACTAATAGAACTATTATCTACTTTC-AAATTTTTATGACTTTTTGTTTT-
1 TTCAAATAATTA-AGACTATTTCAACAATTATCTA--TTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * * * *
263958 GTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTATTTTATTAAT
63 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** ** *
264023 ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAA
126 ATTCCAAAAATTAATAAGT---A-ATTT-AAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
** * * * * * *
264078 TTCAAATAGGTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTC-AAATC-ATCGTGACCTTTTGTTTT-G
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTA-TTCAAAATCAAT-ATGACCTTTTGTTTTGG
* * * * * * * * *
264140 TAATAAAATAATTGATTCAGTTAATATAAACTTAT---TTGAAATAA-AATAA--TATTAAT-TT
64 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * **
264198 --AATGAGTAA-GAG-AATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAG
129 CCAAAAATTAATAAGTAATTT-AAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
* * * * * * **
264242 TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAAAT-ATTATGATATTTTGTTTT-GT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTA-TTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGT
* * **
264305 CAT--AA-AA-------A---CATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * * *
264357 TTTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TGAA-CACA
128 TCCAAAAATTAATAAG---TAA-TTTAAAAATGATTCTGTTTACCGAATTA-G
* * * * * *** ** * *
264408 TTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAATAAGTATCTATTTTCAATCGTTATGACCATTTGTTTT-GTA
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGTC
* *
264471 ATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTGAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
66 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
264535 TCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAAATAATT-TATTTACC-AAGCAAG
128 TCCAAAAATTAATAAGT--AA--TTT-AAAAATGATTCTGTTTACCGAA-TTAG
* * * * * * * *
264587 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGATCTTTTATTTT-GC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTA-TTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGT
* * * * *
264650 CATAAAACAATTTTTTTTA-TTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
264714 TTCTAAAAGTTAATAAGT
127 TTCCAAAAATTAATAAGT
264732 TTGAGATTTA
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 351, Indels: 273
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
151 8 0.00
153 1 0.00
154 1 0.00
156 7 0.00
157 3 0.00
159 7 0.00
160 2 0.00
161 2 0.00
162 8 0.00
163 2 0.00
164 80 0.05
165 38 0.02
166 20 0.01
167 19 0.01
168 5 0.00
169 2 0.00
170 6 0.00
172 2 0.00
173 49 0.03
174 61 0.04
175 146 0.09
176 154 0.10
177 131 0.08
178 111 0.07
179 36 0.02
180 186 0.12
181 223 0.14
182 139 0.09
183 14 0.01
184 2 0.00
185 2 0.00
187 2 0.00
188 4 0.00
189 7 0.00
190 2 0.00
191 26 0.02
192 13 0.01
193 30 0.02
194 56 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTCAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGTC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
AAAAATTAATAAGTAATTTAAAAATGATTCTGTTTACCGAATTAG
Found at i:264707 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 264329--265025 Score: 628
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 178
264319 AGCTTATTTC
* *
264329 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTT-AAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAATTTTAAAAAATAAA
** * * *
264392 TCTATTTA-TGAACACATTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAATAAGTATCTATTTTC-AATCGTTA
64 TCTATTTACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTA
* * * * *
264454 TGACCATTTGTTTTGTAATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTGA
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAG-TTATTCA
* *
264507 AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAAAT-AAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAAT
* * *
264571 TTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
65 CTATTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
264636 ATCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTTTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCA
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAG-TTATTCA
* * *
264687 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTTGAGA-TTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--TAAAATTTTAAAAAATAAA
* * * * ** **
264751 TCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATTGTTA
64 TCTATTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * * *
264815 TGATAATTTGTTTTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATGCAAAA-TTATTTA
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT--AAAAGTTATTCA
* * * * * * * * * ** **
264868 GAGTAAACTAATACCAATCTATCACTATTTTGAAAATTAA-AA--AGGA-TTTAAAAAATAAAGG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATC
* * * *
264929 TATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
66 TATTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
264994 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTA
130 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
265026 ATTATTTAAT
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 82, Indels: 32
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 86 0.20
177 8 0.02
178 53 0.13
179 30 0.07
180 117 0.28
181 121 0.29
182 3 0.01
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTTATTCA
Found at i:264854 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 264318--265025 Score: 638
Period size: 180 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
264308 AAAAACATGC
*
264318 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAAAAT
1 AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* * *
264380 TTTAAAAATAAATCTATTTA-TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACATTTGAATAAGTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACATTTGAATAATTATCTA-T
* * * * *
264443 TTC-AATCGTTATGACCATTTGTTTTGTAATAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
127 TTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* * * **
264496 AAGCTTATTGAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * *
264561 AAAAAAT-AATTTATTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
66 AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
264624 CAAATCATTATGATCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTTTTTTTATTCATAA
129 CAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* * *** *
264676 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTTGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * * *
264741 AAAAAATAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTCATTTGAATTATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * *
264806 AAATTGTTATGATAATTTGTTTTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATGCAA
130 AAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT--AA
* * * * * * * * * * **
264859 AA--TTATTTAGAGTAAACTAATACCAATCTATCACTATTTTGAAAA-T--TAA--AAAGGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
** * * * * *
264917 AAAAAATAAAGGTATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
66 AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
264981 CAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTA
129 CAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
265026 ATTATTTAAT
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 86, Indels: 32
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 86 0.20
177 5 0.01
178 61 0.14
179 36 0.08
180 117 0.27
181 116 0.27
182 3 0.01
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACATTTGAATAATTATCTATTTCA
AATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
Found at i:265325 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 265289--265365 Score: 79
Period size: 25 Copynumber: 3.0 Consensus size: 26
265279 AAAAATTGGG
265289 CATA-AATAAATA-TATATTATATAT
1 CATATAATAAATATTATATTATATAT
*
265313 ACATATAATTAAAATATTATATAATA-AT
1 -CATATAA-T-AAATATTATATTATATAT
* *
265341 TATATAATATATATTATATTATATA
1 CATATAATAAATATTATATTATATA
265366 ATAATTTATA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 9
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.40
26 4 0.09
27 7 0.16
28 7 0.16
29 8 0.19
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (26 bp):
CATATAATAAATATTATATTATATAT
Found at i:265694 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 265650--265694 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
265640 AATTATAAAT
*
265650 TATTAGATTAATTAATTTTAAC
1 TATTAGATTAATTAATGTTAAC
265672 TATTATGATTAATTTAATGTTAA
1 TATTA-GATTAA-TTAATGTTAA
265695 AATAGATATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.25
23 6 0.30
24 9 0.45
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (22 bp):
TATTAGATTAATTAATGTTAAC
Found at i:265908 original size:19 final size:16
Alignment explanation
Indices: 265869--265899 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
265859 ATTAAAAGAT
265869 TTAATCTATTTGATTA
1 TTAATCTATTTGATTA
265885 TTAATCTATTTGATT
1 TTAATCTATTTGATT
265900 TTTATTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.06, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
TTAATCTATTTGATTA
Found at i:267410 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 267197--267432 Score: 330
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
267187 TTTTAATCCG
* ** *
267197 ATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTTATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACAATTTAAAATA
* *
267262 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTGAA
66 AATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTGAA
* * * * * *
267317 ATAAG-TTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACATAAGGTCATAGCAATTTAAAAT
1 ATAAGCTTT-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACAATTTAAAAT
* *
267381 AGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATT
65 AAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATT
267433 CATTTTTTAA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 14, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 3 0.03
120 98 0.97
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (120 bp):
ATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACAATTTAAAATA
AATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTGAA
Found at i:268188 original size:176 final size:172
Alignment explanation
Indices: 267730--270306 Score: 625
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 172
267720 AATCTCTTAA
* * *
267730 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATATCA-TGGTATTATTTTATTTCC-AATAACCTTATATGAAC
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-GATTAGTATT-TTTTA-TTCCTAATAAACTTATATGAAC
* * * * *
267792 TGAAATAAGTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT
62 --AAA-AA-TTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
* * * ** *
267856 AGTCATGACTA--T---CTAG----GTAAACATATTTATTTCTAAAAATTTTAAC
122 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTCATAAACAGATTTATTT-TTTAAA---TCAC
**** * * * * * * *
267902 TTATTAATTGACAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTATATG-A-ACA
* * * * * *
267967 AACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
63 AA-AATTATTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
*
268032 ATAACTATTTGAA-TAAGTTTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCAC
126 ATAACTATTTGAACT-AGTTTCATAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
* *
268079 TTTTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTCTTTATTCCTAATAAATTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTT-TTTATTCCTAATAAACTTATATGAACAAA
* * *
268144 ACCATTTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATGTAATTGTTCAAATAGTCA
65 A--A-TTATTTTATGACAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
268209 TAATTATTTAAACT-GATT-AGGTAAATAGAATAATTTTTTAAATCTC
127 TAACTATTTGAACTAGTTTCA--TAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
* * * * *
268255 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT-AGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTA-TATGAA--
** * * * * * * * *
268318 GGGAAAATTCTTTTATGACAAGATAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATGATTGTTCATATAG
61 -CAAAAATTATTTTATGACAA-ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
* *** *
268383 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCAC
124 TCATAACTATTTGAACTAGTTTCATAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
* * * * *
268432 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGA
1 ----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCT-AATAAACTTATATGA
* * * * *
268496 ACAGAAATAACTATTTTATGGCATAAC-AAAAGTTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAA
60 AC--AAA-AATTATTTTATGACA-AACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAA
* * * * *
268560 ATATTCATAGCTATTTGAACT-GGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
120 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTC-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
* * * * * * * *
268613 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGTTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATC
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA---TTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTATATGAAC
* * * * * * *
268678 AAATACTTATTATT-TGA-AATAGATAATTATTC-TAAT-AGTCTT-AACTATTTGAACTGGTTC
62 AAA-AATTATT-TTATGACAA-ACA-AA-AAGTCATAATGA-T-TTGAAATATAT-AA-TTGTTC
* * * ** *
268738 -----GGCA-AACACATTT--A-T--TTT-TTAAA-ATCTCTTACTAATTTTTGGAAT-A-
118 AAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTTCATAAACAGAT-TTA-T--TTTTT-AAATCAC
* * *** ** * * *
268784 TTATTGAA---TT--AGTATT-AT---TT-GAATTGAATAAGCC-AGT--A-TGA-A--AAGAAA
1 TTATT-AATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTATTCCTAATAAACTTATATGAACAAA
* * * * * * * * *
268832 CACTTGTTTTTTAGACAAA-ATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAATTTTTCAAATATTCA
65 -AATTATTTTAT-GACAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
268896 TAAATATTTGAACTA-TTTCGATAAATAGATGTT-GTTTTTAAATCTC
127 TAACTATTTGAACTAGTTTC-ATAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCAC
* ** * * * *
268942 TTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTATATT-CTGAAT-AATTGTACATGAACA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCT-AATAAACT-TATATGAAC-
* ** * * * * *
269005 GAAATAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAA
62 -AAA-AATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
* * * *
269070 ACATGACTATTTGAACT--TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAAC
124 TCATAACTATTTGAACTAGT-TTC-ATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--AC
* * * * * * *
269123 TTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTATATG-A-AC
* *
269187 AAATAATTATTTTATGACAAA-ACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTTC-AAT
62 AAA-AATTATTTTATGACAAACA-AAAAG-TCAT-AATGATTTGAAATATATAATT-GTTCAAAT
* * ** *
269249 AGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAATCTTCTAC
122 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTCATAAACAGATTTATTTTTTAAA---TC-AC
* * * * * *
269304 TTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGCTTTTATGAATA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAA-CTTATATGAACA
* * * * *
269367 GAAACAGTTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
63 -AAA-A-TTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
269432 TCATAACCATTTGAAATTG-TTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAGTTTTAC
124 TCATAACTATTTGAACTAGTTTCA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCAC
* * * * * *** * *** *
269484 TTATTAATATTTGGAATATTAATAAAGTTA-AATTGCTTTATTTGAAATAAGCTTGCGTGAATAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTATATGAACA-
* * * *
269548 AACTAATTGTTTAATGACAAA-ACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
63 AA--AATTATTTTATGACAAACA-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
* * *
269612 TCATAACTATTTGAACT--TATTCGGTAAACATATTCT-TTTTTTAATTCTCTTAC
124 TCATAACTATTTGAACTAGT-TTC-ATAAACAGATT-TATTTTTTAA--ATC--AC
* * * * * * *
269665 TCATTAA-TTTTCAGAATATTAAT-GAATTAGTATTGTCTTATTTCAAATTAGCTTATATGAATT
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAG-ATTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTATATGAA--
* * * * * * *
269728 GAAACTAGTGTTTTATTACAAA-AGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
61 CAAA-AATTATTTTATGACAAACA-AAAA-GTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
* * * * *
269792 TTCATGACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
123 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTCA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC----AC
* ** * * * * * * *
269846 TTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTATATG-A-ACA
* * ** * * * * *
269911 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCTTAACAAGTTGAAACAAATAATTGCTCAAATAGCC
63 AA-AATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * *
269976 ATAA-TGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTACATCTTTTAC
126 ATAACT-ATTTGAACTAGTTTCATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC----AC
* ** * *
270028 TTATTAATTGCTTT--AATATTAATA-AATATGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTAGACGAAT
1 TTATTAATT--TTTGAAATATTAATAGATTA-GTATT-TTTTATTCCTAATAAACTT--A--TAT
* * * * * * * *
270090 AGAA-AAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTTAA
58 -GAACAAAAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATA-ATGATTTGAAATATATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * *
270153 ACAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTT-AGAAAACAGAGTCATTTTTTAAATCTC
120 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTCA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
* * * * **
270206 TATATAATAAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGTTTATATGA
1 T-TAT--T-AATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCT-AATAAACTTATATGA
* *
270270 ATTGAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCAT
60 A--CAAA-AATTATTTTATGACAAA-CAAAAAGTCAT
270307 TGAAATAGAT
Statistics
Matches: 1806, Mismatches: 401, Indels: 387
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
149 5 0.00
150 9 0.00
151 20 0.01
152 4 0.00
153 3 0.00
154 7 0.00
155 2 0.00
156 4 0.00
157 10 0.01
158 11 0.01
159 3 0.00
160 7 0.00
161 4 0.00
162 5 0.00
163 2 0.00
166 3 0.00
167 9 0.00
168 5 0.00
169 10 0.01
170 2 0.00
171 15 0.01
172 109 0.06
173 7 0.00
174 6 0.00
175 17 0.01
176 143 0.08
177 235 0.13
178 33 0.02
179 31 0.02
180 213 0.12
181 646 0.36
182 138 0.08
183 78 0.04
184 5 0.00
185 1 0.00
186 3 0.00
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTATTCCTAATAAACTTATATGAACAAAA
ATTATTTTATGACAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTTCATAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
Found at i:268515 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 267730--268675 Score: 695
Period size: 177 Copynumber: 5.3 Consensus size: 178
267720 AATCTCTTAA
* * * *
267730 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATATCA-TGGTATTATTTTATTTCC-AATAACCTTATATGAAC
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
267792 TGAAATAAGTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT
63 AGAAACAA-TTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** *
267856 AGTCATGACTA--T---CTAG---G-TAAACATATTTATTTCTAAAAATTTTAAC-
127 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTT-TTTAAA---TCACT
**** * * * *
267902 TTATTAATTGACAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * *
267967 AACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
268032 ATAACTATTTGAA-TAAGTTTCATAAATAGATTTATTTTTTAAATCACT
131 ATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCACT
* * ** *
268080 TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TCTTTATTCCTAATAAATTTATATGAACA-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
268142 AAACCATTTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATG-TAATTGTTCAAATA
65 AAA-CAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
268205 GTCATAATTATTTAAACT-GATTAGGTAAATAGAA-TAATTTTTTAAATCTC-
128 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCACT
* * * **
268255 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * * * * *
268319 GGAA-AATTCTTTTATGACA-AGATAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATGATTGTTCATATA
64 GAAACAATTATTTTATGACATA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* **
268382 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCAC-T
* * * * **
268434 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
1 --TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * *
268499 GAAATAACTATTTTATGGCATAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAT
64 GAAACAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
268564 TCATAGCTATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC-
129 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCACT
* * *
268613 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGTTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA---TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA
268676 TCAAATACTT
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 127, Indels: 72
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.01
172 104 0.17
173 1 0.00
174 1 0.00
175 3 0.00
176 141 0.23
177 159 0.26
178 5 0.01
180 39 0.06
181 147 0.24
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGA
AACAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCACT
Found at i:268638 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 267933--268675 Score: 837
Period size: 353 Copynumber: 2.1 Consensus size: 356
267923 ATAAATTAGC
* * * * * * * *
267933 ATTATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT-A-ATAGAACAAAATG
1 ATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGGGAA-AATTCTTTTATGACA-AG-ATAAAAGG
* *
267995 TCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAGTTTCATAAATA
63 TCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAGTTTCACAAACA
*
268060 GATTTATTTTTTAAATCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTCTTTATTCCTA
128 AATTTATTTTTTAAATCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTCTTTATTCCTA
* ** *
268125 ATAAATTTATATGAACAAAACCATTTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAT
193 ATAAACTTATATGAACAAAACCAACTATTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAT
* * *
268190 GTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTAGGTAAATAGAATAATTTTTTAAATCTC
258 GTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAACAGAATAATTTTTTAAATCTC
*
268255 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA-T-TCATT
323 TTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTGTCATT
268287 -TTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGGGAAAATTCTTTTATGACAAGATAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGGGAAAATTCTTTTATGACAAGATAAAAGGTCA
* * * * * * * **
268351 TAACGATTTGAATTAGATGATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGCAAACAAA
66 TAAAGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TAAGTTTCACAAACAAA
* *
268415 TTTATTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGT-TTTATT-
130 TTTATTTTTTAAATCAC-T--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TCTTTATTC
* * * * * *
268478 TTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAACTATTTTATGGCATAAC-AAAAGTTTATAATGATTT
190 CT-AATAAACTTATATGAACA-AAACCAACTATTTTATGACA-AACAAAAAG-TAATAATGATTT
* * * * * * *
268541 GAAGTATAG-AATTGTTCAAATATTCATAGCTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACAGATTCATTTT
251 GAAATAT-GTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATT-AGATAAACAGAATAATTTT
* *
268604 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGTTATT
314 TTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTGTCATT
* *
268647 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
1 ATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGA
268676 TCAAATACTT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 47, Indels: 29
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 112 0.35
354 9 0.03
355 1 0.00
356 3 0.01
357 66 0.20
358 100 0.31
359 3 0.01
360 4 0.01
361 26 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGGGAAAATTCTTTTATGACAAGATAAAAGGTCA
TAAAGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAAGTTTCACAAACAAAT
TTATTTTTTAAATCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTCTTTATTCCTAATA
AACTTATATGAACAAAACCAACTATTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATGTA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAACAGAATAATTTTTTAAATCTCTTA
TTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTGTCATT
Found at i:268965 original size:329 final size:331
Alignment explanation
Indices: 268356--268965 Score: 740
Period size: 329 Copynumber: 1.8 Consensus size: 331
268346 GGTCATAACG
* * * *
268356 ATTTGAATTAGATGATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATT
* * * * *
268421 TTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAAT-ACTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTGATATTGAATAA
** * * * * *
268486 GCTTGTATGAACAGAAATAACTATTTTATGGCATAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAGTATAGA
130 GCCAGTATGAAAAGAAATAACTATTTTATGACATAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAGTATAGA
** *
268551 ATTGTTCAAATATTCATAGCTATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
195 ATTGTTCAAATATTCATAAATATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTA
* **
268616 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGTTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAA
259 TTAATTATCAAAAGATTAATAAATTGTTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAA
268681 TACTTATT
324 TACTTATT
* *
268689 ATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTAT
268753 TTTTTAAA-A-TCT-CTTACTAATTTTTGGAATATTATT-GAATTAGTATTATTTGA-ATTGAAT
65 TTTTTAAATACT-TACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAG-ATTAGTATTATTTGATATTGAAT
* * *
268813 AAGCCAGTATGAAAAGAAA-CACTTGTTTTTTAGACA-AA-ATAAAGATCATAAAGATTTG-AG-
128 AAGCCAGTATGAAAAGAAATAAC-TATTTTAT-GACATAACA-AAAGATCATAAAGATTTGAAGT
* * * *
268873 ATAGATAATTTTTCAAATATTCATAAATATTTGAACTATTTCGATAAATAGATGT-TGTTTTTAA
190 ATAG--AATTGTTCAAATATTCATAAATATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT-TAT-TTTTTAA
*
268937 ATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATA
251 ATCTCTTATTAATTATCAAAAGATTAATA
268966 GATCAGTATT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 32, Indels: 24
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
327 4 0.02
328 6 0.03
329 118 0.50
330 40 0.17
331 2 0.01
332 1 0.00
333 64 0.27
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (331 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATT
TTTTAAATACTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTGATATTGAATAAG
CCAGTATGAAAAGAAATAACTATTTTATGACATAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAGTATAGAA
TTGTTCAAATATTCATAAATATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTATT
AATTATCAAAAGATTAATAAATTGTTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAATA
CTTATT
Found at i:269212 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 268689--270416 Score: 1352
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
268679 AATACTTATT
* * * * *
268689 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT
* * * * * *
268753 TTTTTAAAATCTCTTAC----TAATTTTTGGAATATTATTGAATTAGTATTATTTGAATT-GAAT
65 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * * * * *
268813 AAGCCAGTATGAAAAGAAACACTTGTTTTTTAGACAAAA-TAAAGATCATAAAG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * *
268866 ATTTGAGATAGATAATTTTTCAAATATTCATAAATATTTGAACTAT-TTCGATAAATAGATGTT-
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACATAT-TTA
* * * * * * * *
268929 GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTATA-TTCTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* ** * *
268989 TAA--TTGTACATGAACAGAAATAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCATTATG
128 TAAGCTTGT--ATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * *
269043 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAAACATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATT
** *
269108 TTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
** * *
269173 AATTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-
131 GCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATG
* * **
269224 ATTTGAAATAAATAATTATTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAGGTTTA
1 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTA
*
269287 TTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
64 TTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
269351 AAAGCTTTTATGAATAGAAACAGTTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * * *
269405 ATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAATTGTTCAGAAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATT
* * * ** *
269470 TTTTAAAGT-T-TTACTTATTAATATTTGGAATATTAATAAAGTTA-AATTGCTTTATTTGAAAT
66 TTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * *
269532 AAGCTTGCGTGAATAGAACTAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAATG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
269585 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTCT-T
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATT-TAT
* * * * * * *
269649 TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATGAATTAGTATTGTCTTATTTCAAATT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
269714 AGCTTATATGAATTGAAACT-AGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATG
130 AGCTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** *
269766 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT
* * * * * * * * *
269830 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * **
269895 AACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCTTAACA
130 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
269947 AGTTGAAACAAATAATTGCTCAAATAGCCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-
* *
270011 TTTTTTACATCTTTTACTTATTAATTGCTTT--AATATTAATAAA-TATGTATTATTTTA-TTCG
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT--TTTAGAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTC-
* * * * *
270072 AAATAAGCTTAG-ACGAATAGAAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-
125 AAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATG
* * * * * * * ** * * * *
270130 ATTTCAAATAGATAATTA-TTTAAACAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGAAAACAGAGTCAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT
* * * * **
270194 TTTTTAAATCTCTATA-TAATAAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
270258 AAGTTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTC------
129 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
270305 A-TTGAAATAGATAATTA-TTGAAATTGTCATGATTATTTGATCTAGTGT-GGTAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAACATATTTA
* * * * * *
270367 -TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAACAAATTAGTATT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
270417 TTGACATAAT
Statistics
Matches: 1236, Mismatches: 255, Indels: 124
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 38 0.03
174 46 0.04
175 6 0.00
176 39 0.03
177 140 0.11
178 2 0.00
179 4 0.00
180 161 0.13
181 581 0.47
182 131 0.11
183 82 0.07
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:269618 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 268689--270416 Score: 1267
Period size: 361 Copynumber: 4.8 Consensus size: 356
268679 AATACTTATT
* * * * * * * * *
268689 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATT
* * * * * * * * * *
268754 TTTTAAAATCT-CTTACTAATTTTTGGAATATTATTGAATTAGTATTATTTGAATTG-AATAAGC
66 TTTTAAATTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTGAAATAAAC
** * * * * * * * *
268817 CAGTATGAAAAGAAACACTTGTTTTTTAGACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAA
129 TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGATCAT-AATATTTGAAATAAATAA
* * * * * * *
268881 TTTTTCAAATATTCATAAATATTTGAAC-T-ATTTCGATAAATAGATGTT-GTTTTTAAA---TC
192 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA-TT-GGTAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTTC
* * * * * * * * *
268940 T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTATA-TTCTGAATAA-TTGTACATGA
254 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TATATGA
* * * ** * * *
269002 ACAGAAATAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCATTATG
317 ATAGAAACAGTTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
269043 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAAACATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTAT
** * * *
269107 TTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTGAAATA
* *
269172 AAATTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAAAT
126 AACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATATTTGAAATAAAT
* * **
269237 AATTATTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAATCTTC
190 AATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC
* * *
269301 TACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAAT
254 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT
269366 AGAAACAGTTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
319 AGAAACAGTT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
269405 ATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAATTGTTCAGAAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATT
* ** *
269470 TTTTAAAGTTTTACTTATTAATATTTGGAATATTAATAAAGTTAAATTGCTTTATTTGAAATAAG
66 TTTTAAA-TTTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTTGAAATAAA
** * * * *
269535 CTTGCGTGAATAGAACTAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAA
128 CTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAAATAA
* *
269600 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATTCT-TTTTTTAATTC-TCT
192 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-GGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTTC-
* * * * * *
269662 TACTCATTAATTTTCAGAATATTAATGAATTAGTATTGTCTTATTTCAAATTAGCTTATATGAAT
254 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT
* * * *
269727 TGAAACTAG-TGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATG
319 AGAAAC-AGTTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* *
269766 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATT
* * * **
269831 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCG-AATA
66 TTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAA-ATTATTTT-ATTTGAAATA
* * * *
269895 AACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCTTAACAAGTTGAAACAAA
126 AACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-TATTTGAAATAAA
* * * *
269959 TAATTGCTCAAATAGCCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTACATCT
189 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* *
270023 TTTACTTATTAATTGCTTT--AATATTAATAAA-TATGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTAG
252 TCTACTTATTAATT--TTTAGAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTAT
* * * * * * *
270084 ACGAATAGAAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCT
313 ATGAATAG-AAACAGTT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * * * * * * * *
270130 ATTTCAAATAGATAATTATTTAAACAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGAAAACAGAGTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATT
* * * * *
270195 TTTTAAATCTCTATA-TAATAAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
66 TTTTAAAT-T-T-TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTA-TTTGAAAT
** * * * * * * *
270258 AAGTTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTC-----A-TTGAAATAGAT
125 AAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATATTTGAAATAAAT
* * * * * * * * * *
270317 AATTATTGAAATTGTCATGATTATTTGATCTAG-TGTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTT
190 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGAT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC
* * * *
270380 TACTTATTAATTGTCAAAATATTAACAAATTAGTATT
254 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
270417 TTGACATAAT
Statistics
Matches: 1110, Mismatches: 206, Indels: 115
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.00
354 60 0.05
355 40 0.04
356 3 0.00
357 92 0.08
358 89 0.08
359 7 0.01
360 12 0.01
361 300 0.27
362 272 0.25
363 71 0.06
364 155 0.14
365 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATT
TTTTAAATTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTTGAAATAAACTT
GTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATATTTGAAATAAATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
GTTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:269708 original size:542 final size:542
Alignment explanation
Indices: 268999--270416 Score: 1430
Period size: 542 Copynumber: 2.6 Consensus size: 542
268989 TAATTGTACA
* ** * *
268999 TGAACAGAAATAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAATAGTTC
1 TGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA-TATGTTTTGAAATAGATAATTGTTC
** * ** *
269064 AAATAAACATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCAAACTTATT
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTCT-TTTTTTAAATCTCTTACTAATT
* * * *
269128 AATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAATAA
128 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAATTGAAATAA
*
269193 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTTC-AATAGTCATA
193 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATA
* * * * *
269256 ACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAAT
256 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAAT
* * * * *
269321 -TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGCTTTTATGAATAGAAACAGTTAG-TTTAT
321 ATTT-ATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAAAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTAT
* * * * * *
269383 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-CTTCAAATAGTCATAACCATTTGAA
383 GACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAACAAATAATTGC-TCAAATAGCCATAACCATTTGAA
* * *
269447 ATTGTTCAGAAAATATATTTA-TTTTTTA-AAGTTTTACTTATTAATAT-TTGGAATATTAATAA
447 ATTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTTACAACTTTTACTTATTAAT-TCTT-GAATATTAATAA
* *
269509 AGT-TAAATTGCTTTATTTGAAATAAGCTT-G-C
510 A-TATAAATTACTTTATTCGAAATAAGCTTAGAC
* *
269540 GTGAATAGAACTAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
1 -TGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCAT-ATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
269605 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATT
63 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTCTTTTTTTAAATCTCTTACTAATT
* * * * * *
269670 AATTTTCAGAATATTAATGAATTAGTATTGTCTTATTTCAAATTAGCTTATATGAATTGAAACT-
128 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAATTGAAA-TA
* * * * * * *
269734 AGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGA
192 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * *
269799 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
257 CTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATA
* *
269864 TTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
322 TTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** *
269929 AAACAAAAAGTCTTAACAAGTTGAAACAAATAATTGCTCAAATAGCCATAATGATTTGAACTTGT
387 AAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAACAAATAATTGCTCAAATAGCCATAACCATTTGAAATTGT
** * * * **
269994 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTTACATCTTTTACTTATTAATTGCTTTAATATTAATAAATATGT
452 TCAGAAAACAAATTTATTTTTTTACAACTTTTACTTATTAATT-CTTGAATATTAATAAATATAA
*
270059 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTAGAC
516 ATTACTTTATTCGAAATAAGCTTAGAC
* * * * *
270086 -GAATAGAAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA-GCTATTTCAAATAGATAATTAT
1 TGAATAG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATATG-T-TTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * ** * * * *
270149 TTAAACAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGAAAACAGAGTCATTTTTTAAATCTCTATA-TAA
62 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTCTTTTTTTAAATCTCT-TACTAA
* * * ** * *
270213 TAAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGAAAC
126 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAATTGAAAT
* * * * *
270278 AATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTC------A-TTGAAATAGATAATTATTGAAATTGTCATG
191 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
270336 ATTATTTGATCTAG-TGTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
256 ACTATTTGAACTTGCT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAA
* * *
270399 TATTAACAAATTAGTATT
320 TATTTATAAATTAATATT
270417 TTGACATAAT
Statistics
Matches: 729, Mismatches: 123, Indels: 53
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
537 47 0.06
538 51 0.07
539 1 0.00
541 9 0.01
542 375 0.51
543 21 0.03
544 56 0.08
545 165 0.23
546 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (542 bp):
TGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTCTTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAT
TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAATTGAAATAATTA
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTTA
TAAATTAATATTATTTTAATCCGAAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAAGTCATAACAAGTTGAAACAAATAATTGCTCAAATAGCCATAACCATTTGAAATTGTTCAG
AAAACAAATTTATTTTTTTACAACTTTTACTTATTAATTCTTGAATATTAATAAATATAAATTAC
TTTATTCGAAATAAGCTTAGAC
Found at i:270585 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 270560--270647 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 4.2 Consensus size: 20
270550 ATTAAATTAA
270560 AATATTAATTAATAATTTATT
1 AATATTAA-TAATAATTTATT
*
270581 AATATTAATAACT-ATATTATC
1 AATATTAATAA-TAAT-TTATT
* *
270602 AATTTTAAT-ATTATTGATATT
1 AATATTAATAATAATT--TATT
270623 AATTATTAAATAATAA-TTATT
1 AA-TATT-AATAATAATTTATT
270644 AATA
1 AATA
270648 AGTTTAATAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 5, Indels: 17
0.71 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.04
20 10 0.19
21 32 0.59
22 3 0.06
23 4 0.07
24 3 0.06
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
AATATTAATAATAATTTATT
Found at i:270646 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 270559--270676 Score: 102
Period size: 36 Copynumber: 3.3 Consensus size: 36
270549 AATTAAATTA
* * * *
270559 AAATATTAATTAATAAT-TTATTAATATTAATAACT
1 AAATAATAATTATTAATATTATTAATATTAATTATT
* * *
270594 ATATTATCAATT-TTAATATTATTGATATTAATTATT
1 AAATAAT-AATTATTAATATTATTAATATTAATTATT
*
270630 AAATAATAATTATTAATAAGT-TTAATAATTAATTATT
1 AAATAATAATTATTAAT-ATTATTAAT-ATTAATTATT
270667 AAA-AA-AATTA
1 AAATAATAATTA
270677 ATATCTAAAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 11, Indels: 10
0.76 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
35 17 0.25
36 35 0.52
37 15 0.22
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (36 bp):
AAATAATAATTATTAATATTATTAATATTAATTATT
Found at i:270677 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 270631--270679 Score: 62
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
270621 TTAATTATTA
* **
270631 AATAATAATTATTAATAAGTTT
1 AATAATAATTATTAAAAAAATT
270653 AATAATTAATTATTAAAAAAATT
1 AATAA-TAATTATTAAAAAAATT
270676 AATA
1 AATA
270680 TCTAAATTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.22
23 18 0.78
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
AATAATAATTATTAAAAAAATT
Found at i:270697 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 270620--270707 Score: 112
Period size: 36 Copynumber: 2.5 Consensus size: 37
270610 TATTATTGAT
* *
270620 ATTAATTATTAAATAATAATTATTAATAAGTTTAATA
1 ATTAATTATTAAATAATAATTAATAATAAATTTAATA
*
270657 ATTAATTATTAAA-AA-AATTAATATCTAAATTTAATA
1 ATTAATTATTAAATAATAATTAATA-ATAAATTTAATA
270693 ATTAATTA--AAATAAT
1 ATTAATTATTAAATAAT
270708 TAACTTATGT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 7
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.07
35 9 0.20
36 20 0.44
37 13 0.29
ACGTcount: A:0.55, C:0.01, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (37 bp):
ATTAATTATTAAATAATAATTAATAATAAATTTAATA
Found at i:271782 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 271451--272113 Score: 640
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
271441 ATTATAATTT
* * * * *
271451 TTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAATATTA
1 TTTGAACT-GTTCGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** **
271516 ATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTGAGAA-AATTATTTTATGACAT
64 ATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTATTTTATGACAT
* * * * *
271579 GACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATATATAATTGTTCATATAGTCTTAACAA
127 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTA
* * * * *
271632 TTTGAATTGGTTCGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
1 TTTGAACT-GTTCGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * *
271697 TTAGATTAGTATTGTTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAA
64 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACATAA
* * * * *
271762 CAAAAGATTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATTGTCATAACTA
129 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA-TGTCATAACTA
* * *
271813 TTTGAACTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT
1 TTTGAACTGTTCGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
271875 AAATTATTATTATTTTATTTCGAATAATCATGTATGATA-AAAAACAACTGTTATATGACCA-AA
66 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGA-CATAA
* * * * *
271938 CAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGACCATAATTA
129 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATG-TCATAACTA
* * * * * *
271989 TTTGAACTAATTTGGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
1 TTTGAACT-GTTCGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
272054 ATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGGACTA-AAACAATTATTTTATGA
64 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGA
272114 AAAAACATCA
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 78, Indels: 28
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 114 0.29
177 26 0.07
178 1 0.00
179 1 0.00
180 29 0.07
181 214 0.55
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTGAACTGTTCGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACATAACA
AAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGTCATAACTA
Found at i:273873 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 273823--273873 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
273813 TACCAAACCA
273823 ATTTAAATAATTATGACC
1 ATTTAAATAATTATGACC
* * *
273841 AGTTTAAATAGTTATTACT
1 A-TTTAAATAATTATGACC
*
273860 ATTTGAATAATTAT
1 ATTTAAATAATTAT
273874 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 2
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.44
19 15 0.56
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAATTATGACC
Found at i:275105 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 275083--275170 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 4.2 Consensus size: 20
275073 TAATTATATG
275083 ATTAA-ATAATTTATATTAT
1 ATTAATATAATTTATATTAT
275102 ATTAATATAATATTAT-TATATT
1 ATTAATATAAT-TTATAT-TA-T
* *
275124 ATTATATATAA-TTAAATTAA
1 ATTA-ATATAATTTATATTAT
*
275144 ATTAATATAATTAAATATTATT
1 ATTAATATAATT-TATATTA-T
275166 ATTAA
1 ATTAA
275171 ATATTATTAT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 15
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.20
20 11 0.20
21 16 0.29
22 11 0.20
23 6 0.11
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATATAATTTATATTAT
Found at i:275113 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 275087--275187 Score: 72
Period size: 23 Copynumber: 4.7 Consensus size: 22
275077 TATATGATTA
275087 AATAATTTATATTATATTAATAT
1 AATAA-TTATATTATATTAATAT
*
275110 AAT-A-T-TATTATATTATTAT
1 AATAATTATATTATATTAATAT
* *
275129 ATATAATTAAATTAAATTAATAT
1 A-ATAATTATATTATATTAATAT
275152 AATTAA--ATATTATTATTAA-AT
1 AA-TAATTATATTA-TATTAATAT
*
275173 -ATTATTATAATTATA
1 AATAATTAT-ATTATA
275188 AAATTATTAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 20
0.70 0.08 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.26
20 4 0.06
21 12 0.19
22 12 0.19
23 18 0.29
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (22 bp):
AATAATTATATTATATTAATAT
Found at i:275125 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 275088--275187 Score: 84
Period size: 29 Copynumber: 3.3 Consensus size: 30
275078 ATATGATTAA
275088 ATAATTTATATTATATTAATATAATATTATT
1 ATAA-TTATATTATATTAATATAATATTATT
*
275119 AT-ATTATTATATATAATTAA-ATTAA-ATTAAT
1 ATAATTA-TAT-TAT-ATTAATA-TAATATTATT
* *
275150 ATAATTA-AATATTATTATTA-AATATTATT
1 ATAATTATATTA-TATTAATATAATATTATT
275179 ATAATTATA
1 ATAATTATA
275188 AAATTATTAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 19
0.71 0.05 0.24
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.04
29 21 0.38
30 8 0.14
31 13 0.23
32 12 0.21
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (30 bp):
ATAATTATATTATATTAATATAATATTATT
Found at i:275185 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 275096--275196 Score: 71
Period size: 19 Copynumber: 5.3 Consensus size: 18
275086 AAATAATTTA
*
275096 TATTATATTAATATAATAT
1 TATTATATTATTA-AATAT
*
275115 TATTATATTATTATATAT
1 TATTATATTATTAAATAT
* *
275133 AATTAAATTAAATTAATATAAT
1 TATTATATT--ATTAA-AT-AT
*
275155 TAAATATTATTATTAAATAT
1 T-ATTA-TATTATTAAATAT
275175 TATTATAATTA-TAAA-AT
1 TATTAT-ATTATTAAATAT
275192 TATTA
1 TATTA
275197 ACTGGATTTA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 9, Indels: 16
0.73 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.11
18 16 0.24
19 19 0.29
20 7 0.11
21 4 0.06
22 7 0.11
23 3 0.05
24 3 0.05
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TATTATATTATTAAATAT
Found at i:275285 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 275245--275318 Score: 87
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 30
275235 ATATTTAAAA
* *
275245 ATTTATTAATTA-ATGATTATAATCTATTAAT
1 ATTTA-TAATTATATGAATATAA-ATATTAAT
*
275276 ATTTATAATTATATGAATATAAATATTATT
1 ATTTATAATTATATGAATATAAATATTAAT
*
275306 ATTTACAATTATA
1 ATTTATAATTATA
275319 GTCTAATAAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 3
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 24 0.63
31 14 0.37
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (30 bp):
ATTTATAATTATATGAATATAAATATTAAT
Found at i:275446 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 275400--275446 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
275390 ATTAATTGTT
* *
275400 ATAATTAGATATTATTAATTAATTA
1 ATAATTAGATATTATAAAATAATTA
275425 ATAATTA-ATATTATAAAATAAT
1 ATAATTAGATATTATAAAATAAT
275447 ATTTATATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 13 0.65
25 7 0.35
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (25 bp):
ATAATTAGATATTATAAAATAATTA
Found at i:275535 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 275478--275544 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 6.8 Consensus size: 10
275468 CAATATTTAT
*
275478 ATTATTATTA
1 ATTATAATTA
275488 ATTATAA-TA
1 ATTATAATTA
275497 A-T-TAATTA
1 ATTATAATTA
275505 TACTTATAATGT-
1 -A-TTATAAT-TA
275517 ATTATAATTA
1 ATTATAATTA
275527 ATATATAA-TA
1 AT-TATAATTA
275537 ATTATAAT
1 ATTATAAT
275545 ATTAAGCATT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 1, Indels: 18
0.71 0.02 0.27
Matches are distributed among these distances:
7 3 0.06
8 3 0.06
9 10 0.21
10 19 0.40
11 7 0.15
12 4 0.09
13 1 0.02
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (10 bp):
ATTATAATTA
Found at i:275546 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 275484--275540 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 4.3 Consensus size: 14
275474 TTATATTATT
275484 ATTAAT-TATAATA
1 ATTAATATATAATA
* *
275497 ATTAAT-TATACTT
1 ATTAATATATAATA
* *
275510 A-TAATGTATTATA
1 ATTAATATATAATA
275523 ATTAATATATAATA
1 ATTAATATATAATA
275537 ATTA
1 ATTA
275541 TAATATTAAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 7, Indels: 3
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 4 0.11
13 17 0.49
14 14 0.40
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (14 bp):
ATTAATATATAATA
Found at i:275778 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 275741--275779 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
275731 CTATATTATA
275741 ATTATAATATAATAAAT
1 ATTATAATATAATAAAT
* *
275758 ATTATAA-ATATTAATT
1 ATTATAATATAATAAAT
275774 ATTATA
1 ATTATA
275780 TTATTACTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.65
17 7 0.35
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATTATAATATAATAAAT
Found at i:276022 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 276003--276033 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
275993 TTAATTATGT
276003 AATTAT-TAAATTTA
1 AATTATATAAATTTA
276017 AATTATATAAATTTA
1 AATTATATAAATTTA
276032 AA
1 AA
276034 ATAATAATTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.38
15 10 0.62
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
AATTATATAAATTTA
Found at i:276092 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 276014--276098 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 5.7 Consensus size: 14
276004 ATTATTAAAT
276014 TTAAATTATATAA-A
1 TTAAATTA-ATAATA
*
276028 TTTAAAATAATAATTA
1 -TTAAATTAATAA-TA
276044 TTAATATT-ATAATA
1 TTAA-ATTAATAATA
*
276058 ATAAATCTAATTATTATA
1 TTAAAT-TAA-TA--ATA
276076 TTAAATTAATAAT-
1 TTAAATTAATAATA
*
276089 TTAATTTAAT
1 TTAAATTAAT
276099 TTAATTATTA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 18
0.71 0.06 0.22
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.19
14 12 0.21
15 16 0.28
16 7 0.12
17 3 0.05
18 8 0.14
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (14 bp):
TTAAATTAATAATA
Found at i:276133 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 276066--276130 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 3.7 Consensus size: 18
276056 TAATAAATCT
* *
276066 AATTATTATATTAAATT-
1 AATTATTAGATTTAATTA
* *
276083 AATAATTTA-ATTTAATTT
1 AATTA-TTAGATTTAATTA
*
276101 AATTATTAGAATTAATTA
1 AATTATTAGATTTAATTA
276119 AATTATT-GATTT
1 AATTATTAGATTT
276131 TAAATTTATT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 6
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.46
18 21 0.54
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAGATTTAATTA
Found at i:276315 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 276269--276312 Score: 56
Period size: 12 Copynumber: 3.8 Consensus size: 12
276259 TTAATTATGA
276269 AATAATTAA-T-
1 AATAATTAATTC
276279 AATAATTAATATC
1 AATAATTAAT-TC
*
276292 AATTATTAATTC
1 AATAATTAATTC
276304 AATAATTAA
1 AATAATTAA
276313 ATTGTTAATA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.31
12 11 0.38
13 9 0.31
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (12 bp):
AATAATTAATTC
Found at i:276545 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 276513--276546 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
276503 ATTTTATTAA
276513 TTATAAGTAATACTATT
1 TTATAAGTAATACTATT
*
276530 TTATAA-TAATATTATT
1 TTATAAGTAATACTATT
276546 T
1 T
276547 GAATAATATC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.62
17 6 0.38
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTATAAGTAATACTATT
Found at i:276773 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 276742--276799 Score: 75
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
276732 ATATCGATAA
276742 TTAAATA-ATAAAAATTAAATATTTT-AAT
1 TTAAATATATAAAAATTAAA-ATTTTCAAT
* *
276770 TTAAATATTTAAAATTTAAAATTTTCAAT
1 TTAAATATATAAAAATTAAAATTTTCAAT
276799 T
1 T
276800 ATTAACATTC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.46
29 14 0.54
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (29 bp):
TTAAATATATAAAAATTAAAATTTTCAAT
Found at i:276780 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 276756--276799 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
276746 ATAATAAAAA
276756 TTAAATATTTTAAT
1 TTAAATATTTTAAT
*
276770 TTAAATATTTAAAAT
1 TTAAATATTT-TAAT
276785 TTAAA-ATTTTCAAT
1 TTAAATATTTT-AAT
276799 T
1 T
276800 ATTAACATTC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 18 0.69
15 8 0.31
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (14 bp):
TTAAATATTTTAAT
Found at i:277070 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 276798--277425 Score: 644
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
276788 AAATTTTCAA
* * * * * * * *
276798 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATATGAAAAATAAATCTATTTA-CTAATCAAG
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAG
* *
276861 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTAAATATCATTATAACATTTTGTTTTGAC
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAA-ATCATTATAACCTTTTGTTTTGAC
* * * * * *
276925 AAAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAAAACTATT
127 ATAAAACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
276979 TTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTTTA-CTGAACAAAT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGT
* * * *
277043 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-ATCA
64 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGA-CA
* * *
277107 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAAT
128 TAAAACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAAT
* * * **
277160 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGATTTTGTTTATCGAATTAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTT
* * * * * *
277225 CAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTACTTAAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCATA
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATA
* ** *
277290 TAACAATT-ATTTTTTATCATACAAGC-T-TTAGAATAAAAT-ATACTAAT
130 AAACAATTGATTTAGT-TCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
277337 TTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACATGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTT
* *
277402 TAAATAGTTATGACTATTTGAACA
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACA
277426 CATGTATAGT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 61, Indels: 26
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 81 0.22
178 8 0.02
179 2 0.01
180 9 0.02
181 261 0.70
182 14 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTC
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAA
AACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:277606 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 277584--277634 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
277574 TTTTATTAAA
277584 TATAATTAAAAT-ATTA-T
1 TATAATTAAAATAATTACT
*
277601 TATAATATAATTTATAATTACT
1 TATAAT-TAA--AATAATTACT
277623 TATAATTAAAAT
1 TATAATTAAAAT
277635 GTATATACTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 8
0.73 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.22
18 3 0.11
19 2 0.07
20 2 0.07
21 7 0.26
22 7 0.26
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
TATAATTAAAATAATTACT
Found at i:277625 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 277582--277654 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 3.4 Consensus size: 22
277572 ATTTTTATTA
* *
277582 AATATAATTAAAATATTA-TTAT
1 AATATAATTTATA-ATTACTTAT
277604 AATATAATTTATAATTACTTAT
1 AATATAATTTATAATTACTTAT
* *
277626 AATTAAAATGTAT-A-TACTTAT
1 AA-TATAATTTATAATTACTTAT
*
277647 TATATAAT
1 AATATAAT
277655 AATATTAATT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 6
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.12
21 12 0.28
22 18 0.42
23 8 0.19
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
AATATAATTTATAATTACTTAT
Found at i:277947 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 277929--277953 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
277919 TATATTATAA
277929 TAAATATTTAATT
1 TAAATATTTAATT
277942 TAAATATTTAAT
1 TAAATATTTAAT
277954 AAATAATAAT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (13 bp):
TAAATATTTAATT
Found at i:277976 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 277916--277995 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
277906 ATATAATATT
* *
277916 TATTATATTA-TAATAAATATTTAA
1 TATTATATAATTAATAAATA-ATAA
* *
277940 T-TTAAATATTTAATAAATAATAA
1 TATTATATAATTAATAAATAATAA
277963 TATTATATAATTAAATAAATTAA-ATA
1 TATTATATAATT-AATAAA-TAATA-A
277989 TATTATA
1 TATTATA
277996 ATGATAAACA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 8
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.20
24 18 0.40
25 7 0.16
26 11 0.24
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (24 bp):
TATTATATAATTAATAAATAATAA
Found at i:277984 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 277877--277984 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 6.3 Consensus size: 17
277867 ACTATTATTC
* *
277877 AATTGTATAATTAAATT
1 AATTATATAATTAAATA
* * *
277894 AATAATATAATCATATA
1 AATTATATAATTAAATA
277911 ATATT-TATTATATTATAATA
1 A-ATTATA-TA-ATTA-AATA
*
277931 AA-TATTTAATTTAAAT-
1 AATTATATAA-TTAAATA
* *
277947 ATTTA-ATAAAT-AATA
1 AATTATATAATTAAATA
277962 ATATTATATAATTAAATA
1 A-ATTATATAATTAAATA
277980 AATTA
1 AATTA
277985 AATATATTAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 14, Indels: 22
0.65 0.14 0.22
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.05
15 2 0.03
16 7 0.11
17 30 0.45
18 15 0.23
19 5 0.08
20 4 0.06
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
AATTATATAATTAAATA
Found at i:278181 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 278164--278190 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
278154 AAACTATAAT
278164 TAATATTAACAA
1 TAATATTAACAA
278176 TAATATTAACAA
1 TAATATTAACAA
278188 TAA
1 TAA
278191 ATTTATTGAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.07, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (12 bp):
TAATATTAACAA
Found at i:278845 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 278823--278863 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
278813 TTAATTAAAC
*
278823 TAATATTATTTAT-TTAT
1 TAATATTATTAATCTTAT
278840 TAATATTATTAATCCTTAT
1 TAATATTATTAAT-CTTAT
278859 TAATA
1 TAATA
278864 ATGATATTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.57
19 9 0.43
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
TAATATTATTAATCTTAT
Found at i:278910 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 278889--278920 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
278879 TAATCAATTG
278889 TTATATATAT-ACATAA
1 TTATATATATAACATAA
278905 TTATATATATAACATA
1 TTATATATATAACATA
278921 TGCTTCAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.67
17 5 0.33
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTATATATATAACATAA
Found at i:279159 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 279124--279176 Score: 72
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
279114 AACTATTAAT
* *
279124 ATATATTAATATTTTA-TGTTTTATAAA
1 ATATATTAA-ATTATATTGTTATATAAA
279151 ATATATTAAATTATATTGTTATATAA
1 ATATATTAAATTATATTGTTATATAA
279177 TAAACTTATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 5 0.22
27 18 0.78
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (27 bp):
ATATATTAAATTATATTGTTATATAAA
Found at i:279180 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 279151--279196 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
279141 GTTTTATAAA
* *
279151 ATATATTAAA-TTATATTGTT
1 ATATAATAAACTTATATAGTT
279171 ATATAATAAACTTATATAGTT
1 ATATAATAAACTTATATAGTT
279192 A-ATAA
1 ATATAA
279197 ACATTTATTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.57
21 10 0.43
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
ATATAATAAACTTATATAGTT
Found at i:279791 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 279754--279811 Score: 82
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
279744 TTAATATTCT
279754 ATTAAATAAATTATTATAAT-ATAATATA
1 ATTAAATAAATTATT-TAATAATAATATA
* *
279782 ATTAATTAAATTATTTAATAATTATATA
1 ATTAAATAAATTATTTAATAATAATATA
279810 AT
1 AT
279812 ATAACATTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.15
28 23 0.85
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (28 bp):
ATTAAATAAATTATTTAATAATAATATA
Found at i:279926 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 279904--279935 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
279894 TATTTATTTT
279904 AATATTAATAATTAATC
1 AATATTAAT-ATTAATC
279921 AATATTAATATTAAT
1 AATATTAATATTAAT
279936 ATTAAATAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
AATATTAATATTAATC
Found at i:280075 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 280051--280082 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
280041 TTAATAATTC
*
280051 AATATTATTATTAAAA
1 AATAATATTATTAAAA
280067 AATAATATTATTAAAA
1 AATAATATTATTAAAA
280083 TAGTAATTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (16 bp):
AATAATATTATTAAAA
Found at i:280288 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 280251--280323 Score: 92
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
280241 AAGTTTGTTC
**
280251 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAG
1 AAAATAAAATAATAAGAA-TTATTAATATTTAG
* * *
280284 AAAATAAATTCATAAGAATTATTAATATTTAT
1 AAAATAAAATAATAAGAATTATTAATATTTAG
280316 AAAATAAA
1 AAAATAAA
280324 TCCGTAAAAC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 21 0.60
33 14 0.40
ACGTcount: A:0.58, C:0.01, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (32 bp):
AAAATAAAATAATAAGAATTATTAATATTTAG
Found at i:280707 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 280681--280759 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 5.9 Consensus size: 13
280671 TATATTTTTG
*
280681 TATTTTACTAATA
1 TATTTTAATAATA
*
280694 TATTTTAATTATA
1 TATTTTAATAATA
* *
280707 TAATTAAATAATA
1 TATTTTAATAATA
280720 -ATTTATAAATAATA
1 TATTT-T-AATAATA
* *
280734 -ATTTTATTATTA
1 TATTTTAATAATA
280746 GTTATTTTAATAAT
1 --TATTTTAATAAT
280760 GATTAACTTA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 11, Indels: 8
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
12 8 0.16
13 22 0.44
14 11 0.22
15 9 0.18
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.01, T:0.53
Consensus pattern (13 bp):
TATTTTAATAATA
Found at i:280730 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 280711--280737 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
280701 ATTATATAAT
280711 TAAATAATAATTTA
1 TAAATAATAATTTA
280725 TAAATAATAATTT
1 TAAATAATAATTT
280738 TATTATTAGT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (14 bp):
TAAATAATAATTTA
Found at i:281042 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 281012--281067 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
281002 ATTGTAAATA
* *
281012 ATTATTAATAAATATTAATAATTAT
1 ATTATTAAT-AAT-TAAACAATTAT
281037 ATTATT-ATAATTAAACAATTAT
1 ATTATTAATAATTAAACAATTAT
*
281059 ATAATTAAT
1 ATTATTAAT
281068 TAACTTATTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 4
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.52
23 5 0.19
24 2 0.07
25 6 0.22
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (23 bp):
ATTATTAATAATTAAACAATTAT
Found at i:281305 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 281259--281305 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
281249 ATTAGTAATG
*
281259 TATTTAAATA-TTATATT
1 TATTTAAATATTTATAGT
281276 TATTTAATATATTTA-AGT
1 TATTTAA-ATATTTATAGT
281294 TATTTTAAATAT
1 TA-TTTAAATAT
281306 ACAATATATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.27
18 11 0.42
19 8 0.31
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (18 bp):
TATTTAAATATTTATAGT
Found at i:281465 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 281449--281474 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 2.4 Consensus size: 11
281439 ACTATATAGT
281449 TAATTAAAATA
1 TAATTAAAATA
281460 TAATTAAAATA
1 TAATTAAAATA
281471 TAAT
1 TAAT
281475 CAATCTAAGC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 15 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (11 bp):
TAATTAAAATA
Found at i:281967 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 281948--282011 Score: 78
Period size: 16 Copynumber: 4.0 Consensus size: 16
281938 AAATTATTTT
281948 AATATTTAA-AATATTA
1 AATATTTAATAATA-TA
*
281964 AATATGTTATTAATAT-
1 AATAT-TTAATAATATA
281980 AATATTTAATAATATA
1 AATATTTAATAATATA
*
281996 AATAGTTAATAATATA
1 AATATTTAATAATATA
282012 TTAAATTTCA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 6
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.21
16 25 0.60
17 4 0.10
18 4 0.10
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
AATATTTAATAATATA
Found at i:281985 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 281947--282011 Score: 96
Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
281937 AAAATTATTT
*
281947 TAATATTTAA-AATATTAAATATGTTATTAATA
1 TAATATTTAATAATA-TAAATA-GTTAATAATA
281979 TAATATTTAATAATATAAATAGTTAATAATA
1 TAATATTTAATAATATAAATAGTTAATAATA
282010 TA
1 TA
282012 TTAAATTTCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 3
0.89 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 11 0.35
32 16 0.52
33 4 0.13
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (31 bp):
TAATATTTAATAATATAAATAGTTAATAATA
Found at i:282484 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 282409--282499 Score: 107
Period size: 47 Copynumber: 1.9 Consensus size: 46
282399 AATTAGCTAT
282409 TTTATTATATAATTTAATCAATATTATTATT-ATTAGTTATAATAAAA
1 TTTATTATATAATTTAA-CAATATTATTATTAATTA-TTATAATAAAA
282456 TTTATTATATATATTTCAA-AAT-TGTATTATTCAATTATTATAAT
1 TTTATTATATA-ATTT-AACAATAT-TATTATT-AATTATTATAAT
282500 TTAGTTTTAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 9
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.03
47 21 0.54
48 11 0.28
49 6 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (46 bp):
TTTATTATATAATTTAACAATATTATTATTAATTATTATAATAAAA
Found at i:282667 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 282645--282681 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
282635 AATTTAACAC
*
282645 TATTACTTAAATAATATAA
1 TATTAATTAAATAATATAA
*
282664 TATTAATTAATTAATATA
1 TATTAATTAAATAATATA
282682 TTATATATAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
TATTAATTAAATAATATAA
Found at i:283120 original size:19 final size:16
Alignment explanation
Indices: 283097--283142 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
283087 ATTAATTTAT
283097 TATTAATTAGTATAATTA
1 TATTAATTA-TA-AATTA
283115 TAATTAATTATAAA-TA
1 T-ATTAATTATAAATTA
283131 TATTAATTATAA
1 TATTAATTATAA
283143 TATACTTTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.41
16 3 0.11
17 2 0.07
18 3 0.11
19 8 0.30
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (16 bp):
TATTAATTATAAATTA
Found at i:283216 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 283186--283255 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 5.6 Consensus size: 13
283176 TAATCAGTTT
283186 TAAT-TTATTTAA
1 TAATATTATTTAA
283198 TAATATTATTTAA
1 TAATATTATTTAA
* *
283211 -ATTATTAATTAA
1 TAATATTATTTAA
283223 T-ATATTGA-TTAA
1 TAATATT-ATTTAA
* *
283235 TATTATTA-ATAA
1 TAATATTATTTAA
283247 TAAATATTA
1 T-AATATTA
283256 AAATGATTAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 9
0.76 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
12 28 0.60
13 19 0.40
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.01, T:0.51
Consensus pattern (13 bp):
TAATATTATTTAA
Found at i:283239 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 283194--283266 Score: 71
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 24
283184 TTTAATTTAT
283194 TTAATAATATTATTTAAATTATTAA
1 TTAAT-ATATTATTTAAATTATTAA
283219 TTAATATATTGA-TTAATATTATTAA
1 TTAATATATT-ATTTAA-ATTATTAA
* * *
283244 -TAATA-AATATTAAAATGATTAA
1 TTAATATATTATTTAAATTATTAA
283266 T
1 T
283267 ATTAATAACT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 10
0.76 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.20
23 5 0.12
24 14 0.34
25 14 0.34
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
TTAATATATTATTTAAATTATTAA
Found at i:283255 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 283185--283272 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 3.9 Consensus size: 22
283175 TTAATCAGTT
283185 TTAAT-TTATTTAATAAT-ATTA
1 TTAATATTA-TTAATAATAATTA
283206 TTTAA-ATTATTAATTAATATATTGA
1 -TTAATATTATTAA-TAATA-ATT-A
*
283231 TTAATATTATTAATAATAAATA
1 TTAATATTATTAATAATAATTA
* * *
283253 TTAAAATGATTAATATTAAT
1 TTAATATTATTAATAATAAT
283273 AACTATTAGT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 12
0.76 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.07
22 28 0.51
23 2 0.04
24 12 0.22
25 9 0.16
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (22 bp):
TTAATATTATTAATAATAATTA
Found at i:283596 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 283551--283598 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
283541 TTTAATGATA
*
283551 AATATTAAGTTTATTAATTTAATT
1 AATATTAAGTTTATTAATATAATT
283575 AATATTAA--TTATTTAATATAATT
1 AATATTAAGTTTA-TTAATATAATT
283598 A
1 A
283599 CTTAATTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 3 0.14
23 11 0.50
24 8 0.36
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (24 bp):
AATATTAAGTTTATTAATATAATT
Found at i:283598 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 283562--283604 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
283552 ATATTAAGTT
*
283562 TATTAATTTAATTAA
1 TATTAA-TTACTTAA
*
283577 TATTAATTATTTAA
1 TATTAATTACTTAA
283591 TA-TAATTACTTAA
1 TATTAATTACTTAA
283604 T
1 T
283605 TAAATATTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.42
14 9 0.35
15 6 0.23
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
TATTAATTACTTAA
Found at i:286843 original size:63 final size:62
Alignment explanation
Indices: 286716--287149 Score: 341
Period size: 63 Copynumber: 7.0 Consensus size: 62
286706 CAATGGACGA
* *
286716 AATTTGTTATAGAATGGCTAGTGCTGAAAAGCCTATGA---GTGACCAAGTGATAGAAGATAG
1 AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAG-CTATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAAGATAG
** * *
286776 AATTTGTTTTGGAATGGCTAGTGCTGAAAAGTCTATGAATGGTGACTAAGTGATAGAAGATAG
1 AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAG-CTATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAAGATAG
* * * *
286839 AATTTGTTTGAAACT-GCTAATGCT-AAGAAGCCTATGAGTGGTGACCAAATGAT-GAAGGAT-G
1 AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAA-AAG-CTATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAA-GATAG
* * * * * * *
286900 AAATTTGTTCTAGAATGGCTAGTGTTGAGAAGCTTATGAGTGGTGATCAAGTGATAAAAAATAG
1 -AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGC-TATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAAGATAG
* * * * * *
286964 AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAGAAGCTTATGAGTAGCGACCAAGTGATAAAAAATAG
1 AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGC-TATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAAGATAG
* * * * *
287027 AATTTGTTTTGAAATGACTAGTGCT-AAGAAGCCTGTGAGTAGTGACCAAATGATA-AAGGAT-G
1 AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAA-AAG-CTATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAA-GATAG
* * * * * * * *
287089 AAATTTATTCTGAAATGACTAGTGCT-AAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGATGGAAGA
1 -AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAA-AAG-CTATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAAGA
287150 CGAAACTTGT
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 42, Indels: 29
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
60 35 0.11
61 6 0.02
62 49 0.16
63 219 0.69
64 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (62 bp):
AATTTGTTTTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGCTATGAGTGGTGACCAAGTGATAGAAGATAG
Found at i:287048 original size:126 final size:123
Alignment explanation
Indices: 286716--287131 Score: 398
Period size: 126 Copynumber: 3.3 Consensus size: 123
286706 CAATGGACGA
* * *
286716 AATTTGTTATAGAATGGCTAGTGCTGAA-AAGCCTATGAGT-GACCAAGTGATAGAAGATAGAAT
1 AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCT-AAGAAGCCTATGAGTGGACCAAGTGATAAAAGATAGAAT
* * * *
286779 TTGTTTTGGAATGGCTAGTGCTGAAAAG-TCTATGAATGGTGACTAAGTGATAGAAGATAG
65 TTGTTTTGAAATGGCTAGTGCTGAGAAGCT-TATGAGTGGTGAC-AAGTGATAAAAGATAG
* * * * *
286839 AATTTGTT-TGAAACT-GCTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGACCAAATGATGAAGGAT-GA
1 AATTTGTTCT-AAAATGGCTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGT-G-GACCAAGTGATAAAAGATAG-
* * *
286901 AATTTGTTCT-AGAATGGCTAGTGTTGAGAAGCTTATGAGTGGTGATCAAGTGATAAAAAATAG
62 AATTTGTTTTGA-AATGGCTAGTGCTGAGAAGCTTATGAGTGGTGA-CAAGTGATAAAAGATAG
* * *
286964 AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAGAAGCTTATGAGTAGCGACCAAGTGATAAAAAATAGAA
1 AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGT-G-GACCAAGTGATAAAAGATAGAA
* * * * * * *
287029 TTTGTTTTGAAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT-G
64 TTTGTTTTGAAATGGCTAGTGCTGAGAAGCTTATGAGTGGTGA-CAAGTGATAAAAGATAG
* * * *
287089 AAATTTATTCTGAAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTGG
1 -AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGG
287132 TGATCAAATG
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 41, Indels: 27
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
121 2 0.01
122 21 0.09
123 11 0.05
124 2 0.01
125 79 0.33
126 121 0.51
127 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (123 bp):
AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGGACCAAGTGATAAAAGATAGAATT
TGTTTTGAAATGGCTAGTGCTGAGAAGCTTATGAGTGGTGACAAGTGATAAAAGATAG
Found at i:287135 original size:189 final size:188
Alignment explanation
Indices: 286714--287143 Score: 523
Period size: 189 Copynumber: 2.3 Consensus size: 188
286704 GGCAATGGAC
* * * * * *
286714 GAAATTTGTTATAGAATGGCTAGTGCTGAA-AAGCCTATGA---GTGACCAAGTGATAGAAGATA
1 GAAATTTATTCTAGAATGACTAGTGCT-AAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAGTGATAAAAAATA
* ** * * * * *
286775 GAATTTGTTTTGGAATGGCTAGTGCTGAAAAGTCTATGAATGGTGACTAAGTGATAGAAGATAGA
65 GAATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGTCTATGAATAGCGACCAAGTGATAAAAAATAGA
* *
286840 ATTTGTTTGAAACTGCTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGACCAAATGATGAAGGAT
130 ATTTGTTTGAAACTGCTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
* * * * *
286899 GAAATTTGTTCTAGAATGGCTAGTGTTGAGAAGCTTATGAGTGGTGATCAAGTGATAAAAAATAG
1 GAAATTTATTCTAGAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAGTGATAAAAAATAG
* *
286964 AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAGAAG-CTTATGAGTAGCGACCAAGTGATAAAAAATAGA
66 AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGTC-TATGAATAGCGACCAAGTGATAAAAAATAGA
* *
287028 ATTTGTTTTGAAA-TGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
130 ATTTG-TTTGAAACTG-CTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
* *
287088 GAAATTTATTCT-GAAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGAT
1 GAAATTTATTCTAG-AATGACTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAGTGAT
287144 GGAAGACGAA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 28, Indels: 12
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
184 1 0.00
185 34 0.16
187 1 0.00
188 79 0.38
189 94 0.45
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (188 bp):
GAAATTTATTCTAGAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAGTGATAAAAAATAG
AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGTCTATGAATAGCGACCAAGTGATAAAAAATAGAA
TTTGTTTGAAACTGCTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
Found at i:287185 original size:63 final size:64
Alignment explanation
Indices: 287036--287210 Score: 196
Period size: 63 Copynumber: 2.8 Consensus size: 64
287026 GAATTTGTTT
* * * * *
287036 TGAAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTAGTGACCAAATGAT-AAAGGATGAAATTTATTC
1 TGAAATGACTAATGCTAAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGATGAAAGGACGAAACTTATTC
* * *
287099 TGAAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGATGGAA-GACGAAACTTGTTC
1 TGAAATGACTAATGCTAAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGATGAAAGGACGAAACTTATTC
* * * *
287162 TGAACTTG-CTAATGCTCAA-AAGCCTGTGAATGATGATCAAGTGATGAAA
1 TGAA-ATGACTAATGCT-AAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGATGAAA
287211 ATGATAAGGA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 12, Indels: 6
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
63 91 0.94
64 6 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (64 bp):
TGAAATGACTAATGCTAAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGATGAAAGGACGAAACTTATTC
Found at i:287205 original size:189 final size:187
Alignment explanation
Indices: 286714--287211 Score: 472
Period size: 189 Copynumber: 2.7 Consensus size: 187
286704 GGCAATGGAC
* * * * * * * *
286714 GAAATTTGTTATAGAATGGCTAGTGCTGAA-AAGCCTATGA---GTGACCAAGTGATAGAAGATA
1 GAAATTTATTCTAGAATGACTAGTGCT-AAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAATGATAAAAAAGA
* * ** * * * *
286775 GAATTTGTTTTGGAATGGCTAGTGCTGAAAAGTCTATGAATGGTGACTAAGTGATAGAAGATAGA
65 GAACTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGCCTATGAATGATGAC-AAGTGATAAAAAATAGA
* *
286840 ATTTGTTTGAAACTGCTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGACCAAATGATGAAGGAT
129 ATTTGTTTGAAACTGCTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
* * * * * * *
286899 GAAATTTGTTCTAGAATGGCTAGTGTTGAGAAGCTTATGAGTGGTGATCAAGTGATAAAAAATAG
1 GAAATTTATTCTAGAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAATGATAAAAAAGAG
* * * * *
286964 AATTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAGAAGCTTATGAGT-AGCGACCAAGTGATAAAAAATAGA
66 AACTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGCCTATGAATGA-TGA-CAAGTGATAAAAAATAGA
* *
287028 ATTTGTTTTGAAA-TGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
129 ATTTG-TTTGAAACTG-CTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
* * * *
287088 GAAATTTATTCT-GAAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTGTGAGTGGTGATCAAATGATGGAAGACG
1 GAAATTTATTCTAG-AATGACTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAATGAT-AAAAAAG
* * * * * * *
287152 A-AACTTGTTCTGAACTTGCTAATGCTCAAAAGCCTGTGAATGATGATCAAGTGATGAAAA
64 AGAACTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGCCTATGAATGATGA-CAAGTGATAAAAA
287212 TGATAAGGAT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 46, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
184 1 0.00
185 34 0.13
188 77 0.30
189 139 0.54
190 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (187 bp):
GAAATTTATTCTAGAATGACTAGTGCTAAGAAGCCTATGAGTGGTGATCAAATGATAAAAAAGAG
AACTTGTTCTAAAATGGCTAGTGCTGAAAAGCCTATGAATGATGACAAGTGATAAAAAATAGAAT
TTGTTTGAAACTGCTAATGCTAAGAAGCCTATGAGTAGTGACCAAATGATAAAGGAT
Found at i:287664 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 287609--287735 Score: 122
Period size: 25 Copynumber: 5.4 Consensus size: 24
287599 TGTGACCCTC
*
287609 AAATGAGAGTCTTTAAG---TCTT
1 AAATGAGAATCTTTAAGAAATCTT
*
287630 AAATGAGAATCTTTAAGAAATTTT
1 AAATGAGAATCTTTAAGAAATCTT
* *
287654 CAAATGAGAATTTTTTAGAAATCCTT
1 -AAATGAGAATCTTTAAGAAAT-CTT
*
287680 AAATGAGAATCTCTAAG---TCTT
1 AAATGAGAATCTTTAAGAAATCTT
* *
287701 AAATAAGAATCTTTAAAAAATCTT
1 AAATGAGAATCTTTAAGAAATCTT
287725 CAAATGAGAAT
1 -AAATGAGAAT
287736 TTTTGAGATG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 12, Indels: 14
0.77 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 33 0.39
22 1 0.01
24 7 0.08
25 42 0.49
26 2 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
AAATGAGAATCTTTAAGAAATCTT
Found at i:287703 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 287609--287716 Score: 90
Period size: 21 Copynumber: 4.8 Consensus size: 21
287599 TGTGACCCTC
*
287609 AAATGAGAGTCTTTAAGTCTT
1 AAATGAGAATCTTTAAGTCTT
*
287630 AAATGAGAATCTTTAAGAAATTTT
1 AAATGAGAATCTTTAAG---TCTT
* *
287654 CAAATGAGAATTTTTTAGAAATCCTT
1 -AAATGAGAA-TCTTT--AAGT-CTT
*
287680 AAATGAGAATCTCTAAGTCTT
1 AAATGAGAATCTTTAAGTCTT
*
287701 AAATAAGAATCTTTAA
1 AAATGAGAATCTTTAA
287717 AAAATCTTCA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 10, Indels: 16
0.73 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
21 33 0.48
22 3 0.04
24 6 0.09
25 19 0.28
26 6 0.09
28 2 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
AAATGAGAATCTTTAAGTCTT
Found at i:287897 original size:46 final size:44
Alignment explanation
Indices: 287792--287917 Score: 132
Period size: 46 Copynumber: 2.8 Consensus size: 44
287782 CTCAAATAAG
* *
287792 AAGCTTTGAACTTTTGGATGTGAATCTCTAAAATTCGAACGAAA
1 AAGCTTTGAACTTTTGGATGTGAATCCCCAAAATTCGAACGAAA
* * *
287836 AAGC-TTAAACTTTTTGGATGTGAA-CCCCAAATTTACCTTGAATG-AA
1 AAGCTTTGAAC-TTTTGGATGTGAATCCCCAAAATT--C--GAACGAAA
*
287882 AAGCTTTGAACTTTTGGATGTGAATCTCCAAAATTC
1 AAGCTTTGAACTTTTGGATGTGAATCCCCAAAATTC
287918 AAATGCGAAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 13
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
43 12 0.18
44 17 0.25
45 2 0.03
46 19 0.28
47 17 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (44 bp):
AAGCTTTGAACTTTTGGATGTGAATCCCCAAAATTCGAACGAAA
Done.