Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11202444
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 44000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 6 of 64
Found at i:376336 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 376289--376341 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
376279 TGAATCTAAT
* * *
376289 TAATATTTAAATATTAAATTAT
1 TAATATTAAAATATAAAATTAA
376311 TAATATTAAAATA-AAAATTAAA
1 TAATATTAAAATATAAAATT-AA
*
376333 TAATTTTAA
1 TAATATTAA
376342 TTTAATTTAA
Statistics
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22 21 0.81
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Consensus pattern (22 bp):
TAATATTAAAATATAAAATTAA
Found at i:378358 original size:23 final size:19
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378296 TTTTAGTAAC
378306 AAAAATTTAT-TAATTAAA
1 AAAAATTTATATAATTAAA
378324 AAAAATTTATATAATTAAA
1 AAAAATTTATATAATTAAA
378343 CGAATTAAAT
Statistics
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19 8 0.44
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Consensus pattern (19 bp):
AAAAATTTATATAATTAAA
Found at i:378557 original size:16 final size:16
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378526 TATATTATCT
378536 ATATTATAATAAAATA
1 ATATTATAATAAAATA
*
378552 ATATTATAACT-AATTA
1 ATATTATAA-TAAAATA
*
378568 ATATATATATTACAAATA
1 ATAT-TATAATA-AAATA
378586 ATA
1 ATA
378589 ATATCAATAT
Statistics
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17 5 0.17
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Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATAAAATA
Found at i:378592 original size:21 final size:20
Alignment explanation
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378531 TATCTATATT
* *
378541 ATAATAAAATAATATTATAA
1 ATAATAATATAATATTACAA
*
378561 CTAATTAATATATATATTACAA
1 ATAA-TAATATA-ATATTACAA
378583 ATAATAATATCAATATTA
1 ATAATAATAT-AATATTA
378601 GGTATAATTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 5
0.79 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.09
21 18 0.55
22 12 0.36
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Consensus pattern (20 bp):
ATAATAATATAATATTACAA
Found at i:380092 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 379905--380411 Score: 419
Period size: 176 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
379895 TATAAGTGAT
* * ** *
379905 TTAAAAAGA-AAATCT-GCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATT-TCAATAATTATTT
1 TTAAAAA-ATAAATCTAACTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT-TTGTCAATAATTATCT
* * * * **
379967 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATT
64 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTAACATAAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATT
380032 CAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTCAATAACCAAGAAAA
128 CAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTCAATAACCAAGAAAA
* ** * * * *
380086 TTAAAAAATAAATCTAATTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTTTGTGAATGATTATCTAT
1 TTAAAAAATAAATCTAACTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTTTGTCAATAATTATCTAT
* * * * * * **
380151 TTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTAACGTAAAACAATTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGG
66 TTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTAACATAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
380216 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAA---ATTAA-TAAGAGAT
131 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTCAATAACCAAGAAAA
* * * * * *
380263 TTAAAAAATAAAT-TTATTTACTAAATCAGTTCAAA-AGGTTAA-AATTAT-TAGAATAATTATC
1 TTAAAAAATAAATCTAACTTACCAAACCAGTTCAAATA-GTTAAGACTT-TGT-CAATAATTATC
* * * * * * * *
380324 TATTTCATATCATTTTGATCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
63 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTA-ACATAAAACAATTG-TTCTGTTCATACAAGCTTA
* *
380388 TTTAGAATAAATTAAT-CTAATTTA
126 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
380412 TTAACATTGA
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 55, Indels: 21
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.03
176 70 0.27
177 47 0.18
178 4 0.02
180 1 0.00
181 64 0.24
182 68 0.26
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTAAAAAATAAATCTAACTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTTTGTCAATAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTAACATAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTCAATAACCAAGAAAA
Found at i:380942 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 380543--381197 Score: 737
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
380533 TGGTCATTTC
* * * ** * *
380543 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTGGTCATATGACAATTGTTTTTGA-TCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCT-ATTCA
* * * * *
380607 TATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *
380672 TTTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACCAATTTAAATAGTTATAACTATTAG
130 -TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATT-G
* * * * * *
380725 AGTAGTTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCTATTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCAT
* *
380789 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
380853 TTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTAT-TG
** * *
380905 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATAT-TTTCAATTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATGTTTCTATTCA
* * * *
380969 TACTAGCTTATT-TAGAATAAAAT-AAACTAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
65 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
381032 GAATTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA-TTG
* * * * *
381086 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGTTTTTGTTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCAT
* * * *
381151 ATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAA
66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAA
381198 TTATTATCTG
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 71, Indels: 23
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 96 0.25
181 245 0.63
182 50 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTG
Found at i:381560 original size:261 final size:261
Alignment explanation
Indices: 381052--381529 Score: 580
Period size: 261 Copynumber: 1.8 Consensus size: 261
381042 ATAATTTTGT
** *
381052 TTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
1 TTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACT
* *
381117 TTTGTTTTGTCATAAAACTAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * *** * **
381182 CTATTAATATTTCAAATTATTATCTGTAACTGATAATTATTTATAAATAATTAATAATTAATATT
131 CTATTAATATTTAAAATTATTAGATCTAAAAAATAAATATTTATAAATAATTAATAATTAATAAA
* * * *
381247 AATTAAAATAAAATACTATTATTAATATTTATTAGTTATAATTAATAATTTAACGAATAATTCTA
196 AATCAAAATAAAATACTATTATTAATATTTATAAATAATAATTAATAATTTAACGAATAATTCTA
381312 C
261 C
* * * * *
381313 TTACCTAACTAGTTCAAATAATTGTGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGAACT
1 TTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACT
* * * **
381378 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTTGAAATAAATTAATATTGCT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
381443 CTATTAATATTTTAAAAATTAATAATAGATCTAAAAAATAAATCTTTTTAGAT-ATCTATTAATT
131 CTATTAATA-TTT-AAAATT-AT--TAGATCTAAAAAATAAATATTTATAAATAAT-TAATAATT
381507 AATAAAAATCAATAATTAAAATA
190 AATAAAAATCAA-AA-TAAAATA
381530 TTTAAATTAA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 30, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
261 124 0.69
262 3 0.02
263 5 0.03
264 2 0.01
265 2 0.01
266 34 0.19
267 2 0.01
268 7 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (261 bp):
TTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACT
TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAAT
CTATTAATATTTAAAATTATTAGATCTAAAAAATAAATATTTATAAATAATTAATAATTAATAAA
AATCAAAATAAAATACTATTATTAATATTTATAAATAATAATTAATAATTTAACGAATAATTCTA
C
Found at i:381906 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 381675--383934 Score: 1800
Period size: 181 Copynumber: 12.6 Consensus size: 181
381665 AATCTTATAA
* * * *
381675 TTCAAATA-TTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
381739 ATAAAACAATTGTATCGATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
381804 CTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTCACTGAACAAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * *
381856 TTTAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTGA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
381921 TAGAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT--TAAATTAATTAATA
66 TAAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * ** *
381982 TTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT-AATTTGTTTTTTGAACATG
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * * *
382034 TTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTGA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
382099 TAAATCAATTGTTTTTG-TCCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAAT--TAAAATTATTAATA
66 TAAAACAATTG-TTTCGATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * * *
382160 TTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAATATAAATTTGCTTT-TTGAATATG
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACTGAACAAG
* * * * * *
382213 TTCAAATAGATCTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
382278 TGAACCAATTGTTTC--TGTCTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCGAT-TC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * **
382341 TCCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGTAAG
129 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * * * * * * * *
382394 CTCAAATAGTTATAATTGTTTGAATAATTTTTTATTTCTAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
382459 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * *
382524 TGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACGAG
131 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAG
* * * * * *
382575 TTTAAATAGTCATGTCCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * ** *
382640 TAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATTTTGATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTC-GATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
382704 TTTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAACCAA-
130 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAG
* * * * * *
382752 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TATATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
382816 TACAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATGATACTAATTTAATAATATT-
66 TAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
382880 TCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAATATAAATATG-TTAGCCGAACTAG
131 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAG
* *** * * * * * *
382931 TTCAAATAGTTAAGACTATCAAAATAATTATCTATTTAAAATCATTCT-ATCATTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTC
* * * *
382995 ATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
65 ATAAAACAATTGTTTCGA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
383058 TTCAAAAAATT-A-AAGCAAGATATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAT
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * * ** * *
383111 TTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTGTTTAAAATTATTTTGA-CATTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
383174 TACAAA-AGTTGTTTCAATTAATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
66 TA-AAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
383237 T-TCAAAAATTATTAAG-AAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTC-AAAGC-AG
129 TCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAG
* * * * *
383288 TTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *** * * *
383351 ATAAAACAATTATTTTTTTATCATATAAG-TTGATTC-AGATAAAAATAATA-TAAATTTAATAA
65 ATAAAACAATTGTTTCGAT-TCATACAAGCTT-ATTCGAAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * *
383413 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGATC-AG
126 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAG
* * * ** * * * **
383468 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
383533 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAACCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTCACT-T
66 TAAAACAATTGTTTCGA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATAT
* * * * * * *
383596 T-TAAAAGATCAATAAGCAGGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAG
129 TCTAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* **
383650 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTGTGAATTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
383714 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAGTACTACTTTCCTTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCGA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA
* * * *
383778 TT-T-----TGAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTG-ACTTAG
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAG
* * * * * *
383825 TTTAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATTACCTTTTCATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGT
* *
383889 CATAAAACAATTGTTTTTC-A-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
64 CATAAAACAATTG--TTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
383935 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 1685, Mismatches: 314, Indels: 165
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 62 0.04
176 118 0.07
177 125 0.07
178 275 0.16
179 252 0.15
180 307 0.18
181 431 0.26
182 106 0.06
183 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
Found at i:382353 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 381689--383728 Score: 1646
Period size: 538 Copynumber: 3.8 Consensus size: 534
381679 AATATTCATA
* *
381689 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT
* * * *
381754 C-GAT-TCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
65 CTG-TCT-ATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-
* * * * * *
381817 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTCACTGAACAAGTTTAAATAGTGATGACTATTTGAACA
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* *
381882 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAGAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
191 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
381947 GCTTATTTCGAATAAAATAATTA-AATTAATTAATA-TTCCAAAATTTAATAAGTA-AAAATTTA
256 GCTTA-TTCGAATAAAATAATTACAATTAATTAATATTTCC-AAA-TTAATAAGTAGAAAATTTA
* * * * * *
382009 AAAAAT-AATTTGTTTTTTGAAC-ATGTTCAAATAGTTC-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT
318 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACGA-GTTCAAATAG-TCATGACCATTAGAACAATTATCTATTT
* * * ** **
382071 CAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTGATAAATCAATTGTTTTTGTCCATACAAGCTTATTCTGA
381 CAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAAATTATTCAAA
*
382136 ATAAAATAA-TTAAAATTATTAATA-TTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAATA-TAAATT
446 ATAAAATAATTTAAAATTATTAATATTTCCAAAA-TTAATAAG---AAATTTAAAA-ACTAAATC
* * * * * *
382198 TGCTTT-TTGAA-TATGTTCAAATAGATCTG
506 T-ATTTACTAAACCA-ATTCAAATAGATATG
* * *
382227 ACTATTTGAATAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATGAACCAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTT
* *
382291 TCTGTCTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAATAA
64 TCTGTCTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A
* * ** * * * *
382356 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGTAAGCTCAAATAGTTATAATTGTTTGAATAA
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * *
382421 TTTTTTATTTCTAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
192 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * * * *
382486 TTTATTCAAAATAAAATAA-TACTACTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAA
257 CTTATTC-GAATAAAATAATTAC-AATTAATTAATA-TTTCCAAATTAATAAGTAGAAAATTTAA
* *
382550 AAAATAAATCTGTTTATCGAACGAGTTTAAATAGTCATGTCCATTAGAACAATTATCTATTTCAA
319 AAAATAAATCTGTTTATCGAACGAGTTCAAATAGTCATGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
382615 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATA
384 ATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAAATTATTCAAAATA
** * ** *
382680 AAATAATTTTGATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACT
449 AAATAATTTAAAATTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCTATTTACT
*
382745 AAACCAATTCAAATAGTTATG
514 AAACCAATTCAAATAGATATG
* * * * * *
382766 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TATATTTTGTCATACAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTT
* * * * * *
382830 CCTTTC-ATACAAGCTTATTCGAATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
65 -CTGTCTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAG
* * * * ***
382894 TAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTAGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATCAAAATAAT
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * *
382959 TATCTATTTAAAATCATTCT-ATCATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAG
193 TATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * * *
383023 CTTAGTTGGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAACA-TT-CAAA-AAATTAAAGCAAGATATTTT
257 CTTA-TTCGAATAAAATAATTAC-AATTAATTAATATTTCCAAATTAA-T-AAG-TAGAAAATTT
* * ** * * *
383084 AAAAAATAAATATATTTA-CTGAATAATTTCAAATAGAT-ATGACTATTTA-AACAATTATCTGT
317 AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACGAGTTCAAATAG-TCATGACCA-TTAGAACAATTATCTAT
* * * ** **
383146 TTAAAATTA-TTTTGACA-TTT-TTTTGTCATACAAA-AGTTGTTTCAATTAATA-AAAACTTA-
379 TTCAAA-TAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTGTCCATACAAAA-TTAT
* * ** * *
383205 TCTGAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGAAGAGATTTAAAAACT
441 TC-AAAATAAAATAAT-TTAAAATTATTAATATTTCCAAAATTAATAAG-A-A-ATTTAAAAACT
* * * * * *
383269 AAAGCTATTTTC-AAAGCAGTTCTAATAGTTATG
501 AAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGATATG
* * * * *
383302 ACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTT
* * * * **
383365 TTTTTATCATATAAG-TTGATTC-AGATAAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTTTAAAAATTA
64 TCTGTCT-ATATAAGCTT-ATTCGAAAT-AAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTA
* ** * * * *
383427 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGA
125 AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * ** * *
383491 TTAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA
188 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * ** * * * *
383556 CAACCTTATTCGAAAGAAAATAA-TACTAATTTATTCACT-TTTAAAAGATCAATAAGCAGGATA
253 CAAGCTTATTCG-AATAAAATAATTAC-AATTAATT-AATATTTCCAA-ATTAATAAGTAGAAAA
* * * * * * *
383619 TTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
314 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACGAGTTCAAATAGTCATGACCATTAGAACAATTATCTA
* *
383684 -TTCAAAATCGTTGTGA-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
378 TTTC-AAATAGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
383729 TAGTTCACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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543 6 0.00
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Consensus pattern (534 bp):
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TGTCTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGTA
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CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
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ATCTGTTTATCGAACGAGTTCAAATAGTCATGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA
TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
TTAAAATTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAACCAA
TTCAAATAGATATG
Found at i:383755 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 381675--383934 Score: 1623
Period size: 357 Copynumber: 6.3 Consensus size: 354
381665 AATCTTATAA
* * * *
381675 TTCAAATA-TTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTC
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* * * *
381739 ATAAAACAATTGTATC-GATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
381803 TCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTCACTGAACAAGTTTAAATAGTGA
129 T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
381868 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAGAACAATTGT
192 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
381933 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAA-AATAATTAAA-TTAATTAATATTCCAAAATTTAAT
257 TTCTGTTCATAAAAG-TT-TATCCAA-AATAATAA-TAAATTTAA-TAATATTCCAAAAATTAAT
* * *
381996 AAGTAA-AAATTTAAAAAAT-AATTTGTTTTTTGAACATG
317 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTTCGATCA-G
* *
382034 TTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-CATTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATC-TTTTGTTTTGT
* * ** * *
382097 GATAAATCAATTGTTTTTGTCCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAAT--TAAAATTATTAAT
64 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * ** * *
382159 ATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAATATAAATTTGCTTT-TTGAATATGTTCAAATAG
127 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTG-TTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
382222 ATCTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATGAACCAAT
189 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
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254 TGTTTCTGTTC-ATAAAAGTTTATCCAAAAT--AATAATA--AATTTAATAATATTCCAAAAATT
* * *
382351 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGTAAG
314 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTC-GA-TCAG
* * * * * * * *
382394 CTCAAATAGTTATAATTGTTTGAATAATTTTTTATTTCTAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * *
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65 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * * * * *
382522 TTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACGAGTTTAAATAGTCA
128 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
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192 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ***
382652 TTCTGTTCATACAAA-ATTATTCAAAATAA-AATAATTTTGATTTATTAATATTTTTAAAA-T--
257 TTCTGTTCATA-AAAGTTTATCCAAAATAATAATAA-----ATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
* * * ** * *
382712 TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAACCAA
316 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT--TCGATCAG
* * * *
382752 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TATATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
382816 TACAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
382881 CAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAATATAAATATG-TTAGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAA
131 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTA-CCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
*** * * * * * * * *
382944 GACTATCAAAATAATTATCTATTTAAAATCATTCT-ATCATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTAT
193 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ** * * *
383008 TTCAGTTCATACAAGCTTAGTTGGAATAA-AATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT-A-
257 TTCTGTTCATAAAAGTTTA--TCCAA-AATAATAATA--AATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * * *
383070 AAGCAAGATATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAT
317 AAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTTC-G-ATCAG
* * * * * * *
383111 TTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTGTTTAAAATTATTTTGA-CATTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
383174 TACAAA-AGTTGTTTCAATTAATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
66 TA-AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
383237 TTCAAAAATTATTAAG-AAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT-TCAAAGC-AGTTCTAATAGTT
129 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * *
383299 ATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
191 ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * **
383362 ATTTTTTTATCATATAAGTTGATTCAGATAAAAATAATATAAATTTAATAATATTTTAAAAATTA
255 GTTTCTGT-TCATAAAAGTTTATCCA-A-AATAAT-A-ATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
*
383427 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGATCAG
315 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCGATCAG
* * * ** * **
383468 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
383533 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAACCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTCACT-TT
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATT
* * * * *
383597 TAAAAGATCAATAAGCAGGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
130 TAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
383662 TGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
192 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * **
383726 TTT-TAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAA-AAT--A-GTACTACT-TTCCTTAATATTTTGAA
256 TTTCT-GTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAATAATAAATTTAATAATATTCC--AA-AAATT-AA
* ** * *
383785 -AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGACTTAG
316 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTC-GA-TCAG
* * * * * * * *
383825 TTTAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATTACCTTTTCATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-GTTTTGT
* *
383889 CATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
64 CATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
383935 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 1502, Mismatches: 302, Indels: 195
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 7 0.00
355 21 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
GTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAATAATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGATCAG
Found at i:383848 original size:537 final size:527
Alignment explanation
Indices: 381689--383933 Score: 1749
Period size: 537 Copynumber: 4.2 Consensus size: 527
381679 AATATTCATA
* * * * *
381689 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCT-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * * * * *
381754 CGATTCATATAGGCTTATTCGAA-ATAAAATATTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATG
65 TTTTTCATACAAGCTTATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
381817 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTCACTGAACAAGTTTAAATAGTGATGACTATTTGAAC
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGAC-GATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAAT
* * * * * * * *
381881 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAGAACAATTGTTTCTGTTCATACA
191 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
381946 AGCTTATTTCG-AATAAAATAAT--TAAATTAATTAA-TATTCCAAAATTTAATAAGTA-AAAAT
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* *** * * *
382006 TTAAAAAAT-AATTTGTTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATTTATT
316 TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-T
* * * * * ** * *
382070 TC-AAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTGATAAATCAATTGTTTTTGTCCATACAAGCTTATTCT
380 TCAAAATTGTTATGA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC--ACAAAATTATCCA
* ** ** * *
382134 GAATAAAATAAT--TAAAATTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAATA-TAAA
442 AAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTTAAAA---ATTAAG---AGATTTAAAA-ACTAAA
* * * * * * *
382196 TTTGCTTT-TTGAATATGTTCAAATAGATCTG
499 TCT-ATTTACT-AACA-GTTTAAATAGTTATG
* * * * * * * *
382227 ACTATTTGAATAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATGAACCAATTG-T
1 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
382290 TTCTGTCTATATAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAAT
64 TTTTTTC-ATACAAGCTTATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
382354 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAGTAAGCTCAAATAGTTATA-ATTGTTTGA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGAC-GA-TCAGTTCAAATAGTTA-AGATTATTAGA
* * * * * *
382417 ATAATTTTTTATTTCTAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
189 ATAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCA
* * * * * * * * *
382480 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGA
252 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTT-AAAAATAATAAGCAGGATA
* * * * * * * *
382545 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACGAGTTTAAATAGTCATGTCCATTAGAACAATTATCTAT
315 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-
* *
382610 TTC-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAAATTATT
379 TTCAAAATTGTTATGA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTC--ACAAAATTATC
** *
382673 CAAAATAAAATAATTTTGA-TTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATC
440 CAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATA-TTTTAAAA--ATTAAGAGATTTAAAAACTAAATC
* *
382737 TATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATG
501 TATTTACT-AA-CAGTTTAAATAGTTATG
* * * *
382766 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATCTATATTTTGTCATACAACAATTGTTTC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
382831 CTTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T
66 TTTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
382895 AAGAGATTTAAAATATAAATATGTTAGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATCAAAATAATT
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGACGATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATT
* *
382960 ATCTATTTAAAATCATTCT-ATCATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
195 ATCTATTTCAAATCATTCTGATC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * * *
383024 TTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAA-ATTAAAGCAAGATATTTTAAA
259 TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTAAAAATAAT-AAGCAGGATA-TTTAAA
* * * * * * * *
383087 AAATAAATATATTTACTGAATAATTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTGTTTAAAA
321 AAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAA
* * * * * * * **
383152 TTATTTTGACA-TTT-TTTTGTCATACAAA-AGTTGTTTCAATTAATAAAAACTTATCTGAAATA
386 TTGTTATGA-ATTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTAGTTCA-CAAAA-TTATCCAAAATA
* *
383214 AAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT
447 AAATAATACTACTTTATTAATATTT-TAAAA--ATT---AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTT
* *
383279 TCAAAGCAGTTCT-AATAGTTATG
506 ACTAA-CAGTT-TAAATAGTTATG
* * *
383302 ACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCT-ATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
383366 TTTTATCATATAAG-TTGATTC-AGATAAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAA
65 TTTT-TCATACAAGCTT-ATTCGA-ATAAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
* * *
383428 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGATCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGATT
126 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGACGATCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAAT
*
383493 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
191 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
383558 ACCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTCACTTTTAAAAGATCAATAAGCAGGATATTTG
256 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTAAAA-AT-AATAAGCAGGATATTT-
* *
383623 AAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCA
318 AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCA
* *
383688 AAATCGTTGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAA
383 AAATTGTTATGAA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAA--TTATCCAAAA
* * * *
383753 TAAAATAGTACTACTTTCCTTAATATTTTGAAAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAC
445 TAAAATAATACTACTTT-ATTAATATTTTAAAAATTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTAC
* *
383817 TGACTTAGTTTAAATAATTATG
508 TAAC--AGTTTAAATAGTTATG
* * * * * *
383839 -GTCATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGT
1 ACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGT
*** *
383903 TTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
63 TTTTTTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAA
383934 TTGTTAGTAC
Statistics
Matches: 1383, Mismatches: 247, Indels: 153
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
532 1 0.00
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540 33 0.02
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543 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (527 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
TTTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGACGATCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTA
TCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT
ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTAAAAATAATAAGCAGGATATTTAAAAAATA
AATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATTGTT
ATGAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAATTATCCAAAATAAAATAATAC
TACTTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAACAGTTTAAAT
AGTTATG
Found at i:384330 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 384036--384502 Score: 514
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
384026 GAATTAGTAC
* * * * * *
384036 GAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAACAATT
1 GAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATTGAACCAA-TTCAAATAATTAAGACTATTTG-AACAATT
* ** * * **
384100 ATTTATTTCAAATTGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCGTATA-AA-
64 ATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAG--CGTATACAAG
* * * *
384163 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATA-TTCTAGAAATTCATAACTAA
127 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATTCATAACGAA
* * * * *
384218 GAGATTTAAAAAATAAATTTT-TTTGTTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTA
1 GAGATTTAAAAAAT-AATTTTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
384282 TCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAAGAATTATTTCAGCTTATACAAGCTT
65 TATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAGCGTATACAAGCTT
** * * * *
384347 ATTCGTAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGGAA
130 ATTCAAAATAAAATAAAACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTCATAACGAA
*
384399 GAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTA
1 GAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTA
*
384463 TATATTTCAATTTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAA
65 TATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAA
384503 TAATACTAAT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 43, Indels: 15
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.02
180 8 0.03
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183 6 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
GAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTAT
ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAGCGTATACAAGCTTA
TTCAAAATAAAATAAAACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTCATAACGAA
Found at i:384763 original size:324 final size:324
Alignment explanation
Indices: 384173--384812 Score: 783
Period size: 324 Copynumber: 2.0 Consensus size: 324
384163 TTTATTCAAA
* *
384173 ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAGAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAAATAAATAATATTCTAGAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* *** * * * **
384238 TTTTGTTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAC
66 GTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATACTTATGAC
* * *
384303 CTTTTATTTTGTTATAAAAGAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCGTAATAAAATAAAACTA
131 ATTTTATTTTATTATAAAAGAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAAACTA
** * * ** *
384368 ATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATTGAACCAG
196 ACGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTTTAGTTACCGAACCAA
* *
384433 TTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTATAACCTTTTATTTTGTC
261 TTCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTC
*
384497 ATAAAATAATACT-AATCAAATAATATT-TTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAAAT-AAATAATATTCTAGA-AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
384560 TTGTTTGCCAAACCACTTCAAATGGTTAAGGCTGTATAAATAATTATCTATTTCAAATACTTATG
64 TTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATACTTATG
* * * * **
384625 GCATTTTATTTTATTGTAAAGGAATTTTTTTGGCTCT-TACTAA-CTTATTCGGAATAAAAT-AA
129 ACATTTTATTTTATTATAAAAGAATTATTTCAGCT-TATAC-AAGCTTATTCGGAATAAAATAAA
* * *
384687 ATTGAACGTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAATATAATTTT-GTTAGCC
192 ACT-AACGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAA-ATAATTTTAGTTA-CC
* * * *
384750 GAAGCAATTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTT
254 GAACCAATTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTT
384813 GTCATAAAAC
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 41, Indels: 16
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 20 0.07
324 242 0.91
325 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (324 bp):
ATAAAATAATACTAAATAAATAATATTCTAGAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATACTTATGAC
ATTTTATTTTATTATAAAAGAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAAACTA
ACGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTTTAGTTACCGAACCAA
TTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTC
Found at i:385499 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 385268--385500 Score: 319
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
385258 AAAATGAATC
* * **
385268 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGA
1 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGA
*
385333 CCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAACTTATTTCAAATA
66 CCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATA
* * * * *
385388 TATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA
1 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGA
*
385453 CCCTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATA-AAAGCTTATT
66 -CCTTATGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAA-CTTATT
385501 CGGATTAAAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 11, Indels: 6
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
119 3 0.03
120 88 0.89
121 8 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (120 bp):
TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGA
CCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATA
Found at i:385651 original size:301 final size:300
Alignment explanation
Indices: 385104--385657 Score: 682
Period size: 301 Copynumber: 1.8 Consensus size: 300
385094 CTGATTAGTG
* *
385104 CAAATAGTAATGACTGCTTGAACAAATATATATTTCAAATCGATATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAATAGTAATGACTACTTGAACAAATATATATTTCAAATCGATATGACCCTTTGTTTTGTCACA
* ** * * *
385169 AAACAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCTTATTCGAAATAACATGATTCTAATTTATTAATATTCCA
66 AAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
* * * * ** * * **
385234 AAATTTTACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTC
131 AAATTTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAATTCAAATAGTAATAAC
* *
385299 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
196 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTATGCTTCGTCATAAAA-AATTTTTTCT
385364 ATTTATACAAACTTATTTCAAATATATTTATCGAATAAGTT
260 ATTTATACAAACTTATTTCAAATATATTTATCGAATAAGTT
* * * * * *
385405 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATC-ATTATGACCCTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTAATGACTACTTGAACAAATATATATTTCAAATCGA-TATGACCCTTTGTTTTGTCAC
* * * *
385469 AAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAT-TAATTTATTGATATTT
65 AAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATA-TT
* * * * * *
385533 CGATAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTCAAATAAATTCAAATAGTAAT
128 CCAAAATTTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAATTCAAATAGTAAT
* * * * *
385597 AACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGCTTCGTCATAAAAAATT
193 AACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTATGCTTCGTCATAAAAAATT
385658 GTATCAATTT
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 41, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
300 5 0.02
301 197 0.94
302 7 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (300 bp):
CAAATAGTAATGACTACTTGAACAAATATATATTTCAAATCGATATGACCCTTTGTTTTGTCACA
AAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
AAATTTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAATTCAAATAGTAATAAC
TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTATGCTTCGTCATAAAAAATTTTTTCTA
TTTATACAAACTTATTTCAAATATATTTATCGAATAAGTT
Found at i:386104 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 386037--386116 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 6.8 Consensus size: 12
386027 ATTAATAATA
386037 AATTAAATATTT
1 AATTAAATATTT
*
386049 AAATT--TTATTT
1 -AATTAAATATTT
386060 AATTAAAATTATTT
1 AATT-AAA-TATTT
* *
386074 AA-AATAATAATT
1 AATTA-AATATTT
386086 -ATTAAATA-TT
1 AATTAAATATTT
*
386096 AATTTAATATTT
1 AATTAAATATTT
386108 AATTAAATA
1 AATTAAATA
386117 AATATTTGAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 7, Indels: 17
0.68 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
10 6 0.12
11 17 0.33
12 16 0.31
13 6 0.12
14 7 0.13
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (12 bp):
AATTAAATATTT
Found at i:388085 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 387874--388270 Score: 419
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
387864 ATTAAGTTTC
* ** * * *
387874 AAAATATTATTAAATTAGCTTTATTTTATTTTGAATAAA-ATA-GTATAA-ACAGAACCAATTGT
1 AAAATATTAATAAATTAGCTTTATTTTATTTCAAACAAACATATGT-TAATA-A-AAACAATTAT
* * * * * * *
387936 TTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAAATATA
63 TTGATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTCAAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAAAATATA
** * *
388001 TGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACATTT-TAAATCTCTTACTGATTAATTTTT
128 TGAAATGGTTCAGTAAATAGAATTA-ATTTCTAAATCTCTTACTGATAAATTTTT
* * *
388055 TAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAACAAACTTATGTTAATAAAAATAATTATTT
1 AAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAACAAACATATGTTAATAAAAACAATTATTT
* * * * * * *
388119 TATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTG
65 GATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTCAAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAAAATATATG
* * *
388184 AACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT
130 AAATGGTTCAGTAAATAGAATTAATTTCTAAATCTCTTACTGATAAATTTTT
*
388236 AAAATATTAATAAATTA-CTTTCATTCTATTTCAAA
1 AAAATATTAATAAATTAGCTTT-ATTTTATTTCAAA
388271 TGAGCTTGTA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 32, Indels: 14
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 6 0.03
181 162 0.92
182 6 0.03
183 3 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAATATTAATAAATTAGCTTTATTTTATTTCAAACAAACATATGTTAATAAAAACAATTATTTG
ATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTCAAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAAAATATATGA
AATGGTTCAGTAAATAGAATTAATTTCTAAATCTCTTACTGATAAATTTTT
Found at i:388293 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 387968--388344 Score: 445
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
387958 TAACGATTCG
* ** *
387968 AAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAAATATATGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACATTTTA
1 AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAAAATATATGAAATGGTTCAGTAAATAGAATTACATTTTA
* * * *
388033 AATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
66 AATCTCTTACTGATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTCAAACAAACTTA
* *
388098 TGTTAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTA
131 TATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTA
* * * * * * *
388149 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTA-TTTTCT
1 AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAAAATATATGAAATGGTTCAGTAAATAGAATTACATTT-T
* ** *
388213 AAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACT-TTCATTCTATTTCAAATGAGCT
65 AAATCTCTTACTGATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATT-ATTCTATTTCAAACAAACT
* * * * * * *
388277 TGTATGAGCT-AAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTG
129 TATATGA-ATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTA
*
388330 AAATAAATAATTGTT
1 AAATAGATAATTGTT
388345 TATATAGACT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 29, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 5 0.03
181 158 0.96
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAAAATATATGAAATGGTTCAGTAAATAGAATTACATTTTA
AATCTCTTACTGATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTCAAACAAACTTA
TATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTA
Found at i:388864 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 388446--388869 Score: 400
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 182
388436 TAACAATTTG
* * * * *
388446 AAATTTATT-TTTTAAA-T-GT--CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTTTTATTTTA
1 AAATTTATTCTTTTAAATTAGTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
*** * * **** *
388506 TTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
66 TTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
* * * * * ** * *
388571 GAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCTATAATTATTTGAACTGATTGGGTAAAC
131 GAAATAAAAAATTATTCAAATGGCTATAATTATTCAAACTGATTCGATAAAC
* * *
388623 TAATTTATTCTTTTAAATTAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTA
1 AAATTTATTCTTTTAAATTAGTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
* * **
388688 TTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATTATTT
66 TTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
*
388753 TAAATAAACAAATTATTCAAATAGGC-ATAATTATTCAAACTTG-TTCGATAAAC
131 GAAATAAA-AAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTCAAAC-TGATTCGATAAAC
* * * *
388806 AAATTTATTTTTTTAAATCTCA-TGA-TTATTAATTTTTTG-ATTGTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATTTATTCTTTTAAAT-T-AGTGACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATT
388868 TT
63 TT
388870 CTTCCAAATA
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 38, Indels: 16
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 8 0.04
178 7 0.04
179 1 0.01
180 2 0.01
182 92 0.46
183 73 0.37
184 14 0.07
185 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (182 bp):
AAATTTATTCTTTTAAATTAGTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
TTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
GAAATAAAAAATTATTCAAATGGCTATAATTATTCAAACTGATTCGATAAAC
Found at i:388892 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 388446--388902 Score: 448
Period size: 183 Copynumber: 2.5 Consensus size: 182
388436 TAACAATTTG
* * * *
388446 AAATTTATT-TTTTAAA-T-GT--CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTTTTATTTTA
1 AAATTTATTCTTTTAAATTAGTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
**** *
388506 TTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
66 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
* * * * * ** * *
388571 GAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCTATAATTATTTGAACTGATTGGGTAAAC
131 GAAATAAAAAATTATTCAAATGGCTATAATTATTCAAACTGATTCGATAAAC
* * * *
388623 TAATTTATTCTTTTAAATTAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTA
1 AAATTTATTCTTTTAAATTAGTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * * **
388688 TTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATTATTT
66 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
*
388753 TAAATAAACAAATTATTCAAATAGGC-ATAATTATTCAAACTTG-TTCGATAAAC
131 GAAATAAA-AAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTCAAAC-TGATTCGATAAAC
* * *
388806 AAATTTATTTTTTTAAATCTCA-TGA-TTATTAATTTTTTG-ATTGTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATTTATTCTTTTAAAT-T-AGTGACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
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TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
GAAATAAAAAATTATTCAAATGGCTATAATTATTCAAACTGATTCGATAAAC
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389254 AAAATAAATC
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*
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1 T
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Statistics
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TATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTAA
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* *
389280 TCAAATAGTTATTAATATTTA
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1 T
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TCAAATAGTTATAAATAGTTA
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389788 AATATGAATC
* * * * *
389798 TGTTTACTGAACAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTGAAATCACTATAA
1 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATAA
* *
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130 AATT
** * ** *
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1 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCACTATA
* *
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TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATAA
CATTTTGTTTTATCATAAAATAAAATTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACA
ATT
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389930 TTGTTTACTA
** * * *** *
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* * * * * *
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* *
390068 TAATA-TT------TTAACAAGTAAAATATTTAAAAA-ATAA-CTATGTTTACAG
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATA-AATCTAT-TTT-CTG
* * * * * * * * * *
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1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * ** ** *
390178 TTTGTAATAAAAGAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
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130 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATT-TAAAAATA-AATCTATTTTCTG
* * * * * ** ** * *
390297 AATA-AGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAAAGATTATAACCTTATGT
1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* *** * *
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* * * * *
390423 TACTAAAATTCCAAAAATTAATACGTAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTA
127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTTCTG
* * * * * *
390478 AACATA-TTCAAACAGTTGTGACTATTTTAACAATCATCTATTTCTAATCATTATTACCTTTTGT
1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
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* * * * * * * *
390607 AAAATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAACTAAATCTGTTTACCG
131 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATAAATCTATTTTCTG
* * * * * *
390658 -A-ATGAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTG
1 AACAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * **
390721 TTTTGTCATAAAAC-GTATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAA
65 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
390785 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTTAAAA-AAAT-TGTTTAT-TG
129 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T-AAAAATTTAAAAATAAATCTATTT-TCTG
* * * * * * * ** *
390837 AACA-AGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-T
1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * *
390899 TTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTCA-AACAAGCTGATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA-AAATTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
*
390961 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAACTAAATATATTTTCTG
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-TAAATCTATTTTCTG
* * * * *
391015 AACA-CGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTGAACAATTATCTATTTTAAAT-AGCTATGACCCTTT
1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTT-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * * *
391077 GTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTC
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
391142 TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCG
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAA-TTTAAAAATAAATCTATTTTCTG
** * * * * * * * *
391196 -AGTTAGTTTAAATCATCATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG
1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG
* * * *** *
391259 TTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *** *
391324 TAATA-CTCTAACAATTAGTAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
130 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTT-AAAAATAAATCTATTT-TCTG
* * * * * * * * * *
391377 AACA-AGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTAT
1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * * * * * *
391441 TTTGTTATAAAAAAATTGTTAATGTTCATGTAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** *
391505 TAATATTTTAAAAA-T--TAA-T-AAAAGCT--AAAT---T-TGTTTATC-G
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATCTATTT-TCTG
* * * * * ** * *
391545 AACA-A-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATTGTTATGA-CTGTTAT
1 AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** * * *
391607 TTTGTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
391672 AATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT-AAAATAAAT
131 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAAT
391712 GCGTTTACCA
Statistics
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0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
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AACATAGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTTCTG
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389934 TTACTAAACA
* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACAT-TTTGAA-CAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * **
390007 ATCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAA
64 GTTATAAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAA
* * * * * * * * *
390071 TA-TT------TTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACAGGACAAGTTCAAATAG
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAA
* * * * * * * ** *
390129 TGATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTAT-AACATTTTCTTTTGTAATAAAAGA
194 TCATGATCATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATCA-TTTGTTTTGTCCTAAAACA
* * * *
390192 ATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAA
257 ATTATTTCTA-TTCAAACAAGCTGATTTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAA
* * ** * * *
390254 AATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATTTGTTTACCGAATA
319 AATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAACTA-AATCTGTTT-TCGAA-C
* * * *** * * *
390301 AGTTTAAATAGTTATGAC-TATCTGAACAATTATCTATCACAAA-AGATTATAACCTTATGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACAT-TTTGAACAATTATTTATTTTAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
390364 GTCATAAAA-CAATTGGTTT-TGTTCACGTA-AACT-TATTTCGAAAA-AAAATAAT-TTAAATT
64 GTTATAAAACCAATT-GTTTCTATTCA--TACAAATGTA-TTC-AAAATAAAATAATACT-AATA
* * * * * * * * **
390423 TACTAAAATTCCAAAAATTAATACGT-AAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTAAACATA-TT
123 AATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-AGTT
* * * ** * * * * * * *
390486 CAAACAGTTGTGA-CTATTTTAACAATCATCTATTTCTAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTG-CC
187 TAAATAATCATGATC-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCATTTGTTTTGTCC
* * * * * ** * * *
390548 ATAAACCAATTGTTTTTGTGCATAA-AAATTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
250 -TAAAACAATTATTTCTATTCA-AACAAGCTGATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
390611 TTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-GAAACTAAATCTGTTTACCGAATG
312 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAACTAAATCTGTTT-TCGAA-C
** * * * *
390662 AGTTCAAATAAATATAAC-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACAT-TTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * *
390726 TCATAAAACGTA-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAAT
65 TTATAAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAAT
*** * * **
390790 A-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTTAAAA-AAAT-TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAA
130 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAA
* * *
390852 TCATG-TCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TTTTGTCGTAAAACAA
194 TCATGAT-CATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCATTTGTTTTGTCCTAAAACAA
390914 TTATTTCTATTCAAACAAGCTGATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
258 TTATTTCTATTCAAACAAGCTGATTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* *
390978 TAATAAGTAAAAATTTAAAAACTAAATATATTTTCTGAAC
322 TAATAAGTAAAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTTC-GAAC
* * * *
391018 ACGTTCAAATAGTTATGACATTTTGAACAATTATCTATTTTAAATAGCTATGACCCTTTGTTTTG
1 A-GTTCAAATAGTTATGACATTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ***
391083 TTAT-AAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
65 TTATAAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAAT
* *** *
391147 ATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTTAGTTTAAATCAT
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAAT
** *
391212 CATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATT
195 CATGATCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCATTTGTTTTGTCCTAAAACAATT
* * * * * * * *
391277 GTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAATA-CTCTAACAATTA
260 ATTTCTATTCAAACAAGCTGATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * *** *
391341 GTAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
324 ATAAGTA-AAAATTTAAAAACTAAATCTGTTT-TCGAAC
* * * *
391380 AAGTTTAAATAGTCATGTCCA-TTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATG-ACATTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * * **
391444 GTTATAAAA-AAATTGTTAATGTTCATGTA-AAAT-TATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATT
64 GTTATAAAACCAATTGTTTCTATTCA--TACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATT
* ** *
391506 AATATTTTAAAAA-T--TAA-T--AAAA-GCT--AAAT---T-TGTTTATCGAACAA-TTTAAAT
127 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAAT
* * * * * * * *
391557 AGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATATCAAATTGTTATGA-C-TGTTATTTTGTCATAAAA
192 AATCATGATC-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCAT-TTGTTTTGTCCTAAAA
** * * * * *
391619 CAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTC-ATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
255 CAATTATTTCTATTCAAACAAGCTGATTTCGA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
391682 AAATTAGTAAGTAAGAGATTT-AAAA-TAAATGC-GTTTACCAAATC
318 AAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAACTAAAT-CTGTTT-TCGAA-C
391726 AGTTCAAATAGTTA
1 AGTTCAAATAGTTA
391740 GGTTTTATCA
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 234, Indels: 154
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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349 10 0.01
350 1 0.00
353 4 0.00
355 1 0.00
356 19 0.02
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365 13 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACATTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
TATAAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATC
ATGATCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCATTTGTTTTGTCCTAAAACAATTA
TTTCTATTCAAACAAGCTGATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
AAGTAAAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTTCGAAC
Found at i:391127 original size:537 final size:541
Alignment explanation
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389927 AATTTGTTTA
* * ** *
389937 CTAAACA-AGTTCAAATC-GTTATGACTA-TTTAAGCAATTATTTATTTC-AACTTGCTATGACA
1 CTAAACACA-TTCAAA-CAGTTATGACTATTTTAA-CAATCATCTATTTCTAA-TCACTATGACC
* ** ** * * * * * *
389998 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATATTAA
62 CTTTGTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTATGCATAAAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * **
390063 TTTATTAATA-TT------TTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACAGGACAAGT
127 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAATGAGT
* * * * * * * * *
390121 TCAAATAGTGATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTAT-AACATTTTCTTTTGTA
192 TCAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTC
* * * * ** * ** *
390184 ATAAAAGAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
255 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATAC
* * * * * * * * * *
390248 TATGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATTTGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGT
319 TCTAAAAATTAATAAGTAGGAG-ATTTAAAAAATA-AATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAAT
* * * * * ** * * * *
390313 TATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAA-AGATTATAACCTTATGTTTTGTCATAAAACAAT
382 CATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG-TTATGACATT-T-TTTTGTCGTAAAACAAT
* * *** * * *
390377 TGGTTT-TGTTCACGTAAACTTATTTCGAAAAAAAATAATTTAAATTTACTAAAATTCCAAAAAT
444 T-ATTTCTATTCAAACAAGCTGATTTCGAAAAAAAATAATATAAATTTACTAAAATTCCAAAAAT
* *
390441 TAATACGTAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTT
508 TAATAAGTAAAAATTTCAAAAATAAATATATTTT
* * * * *
390475 CTAAACATATTCAAACAGTTGTGACTATTTTAACAATCATCTATTTCTAATCATTATTACCTTTT
1 CTAAACACATTCAAACAGTTATGACTATTTTAACAATCATCTATTTCTAATCACTATGACCCTTT
* * *
390540 GTTTTGCCATAAACCAATTGTTTTTGTGCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
66 GTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTATGCATAAAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
390605 TTAAAATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGA-TTTGAAACTAAATCTGTTTACCGAATGAGTTCAA
131 TTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAATGAGTTCAA
*
390669 ATAAAT-ATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
196 AT-AATCATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
390733 AC-GTATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAA
260 ACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATACTCTAA
* ** *
390797 AAATTAATAAGTTGGAGATTTTTAAAA-AAAT-TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATCATGTCC
324 AAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATCATGTCC
* *
390860 ATTTGAACTATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATT
389 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATT
* * * *
390925 CAAACAAGCTGATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
454 CAAACAAGCTGATTTCGAAAAAAAATAATATAAATTTACTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
390989 AATTT-AAAAACTAAATATATTTT
519 AATTTCAAAAA-TAAATATATTTT
* * * *
391012 CTGAACACGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTGAACAATTATCTATTT-TAAAT-AGCTATGACCC
1 CTAAACACATTCAAACAGTTATGACTATTTT-AACAATCATCTATTTCT-AATCA-CTATGACCC
** * * *
391074 TTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
63 TTTGTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTATGCATAAAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
391139 TTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTTAGTT
128 TTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAATGAGTT
* * * * * * *
391204 TAAATCATCATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCTA
193 CAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
*** **
391269 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTCTA
258 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATACTCTA
* * * * *
391334 ACAATTAGTAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTC
323 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATCATGTC
* *
391399 CATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTT
388 CATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
391439 ATTTTGTTAT
Statistics
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0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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542 1 0.00
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Consensus pattern (541 bp):
CTAAACACATTCAAACAGTTATGACTATTTTAACAATCATCTATTTCTAATCACTATGACCCTTT
GTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTATGCATAAAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAATGAGTTCAA
ATAATCATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAATACTCTAAAA
ATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATCATGTCCAT
TTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTCA
AACAAGCTGATTTCGAAAAAAAATAATATAAATTTACTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
TTTCAAAAATAAATATATTTT
Found at i:391286 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 389943--391525 Score: 1137
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389933 TTTACTAAAC
* * * * * * *
389943 AAGTTCAAATCGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTGCTATGACATTTTGTTTT
1 AAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
390007 ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
390071 TA-TT------TTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACAGGAC
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * * * *
390117 AAGTTCAAATAGTGATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACATTTTCTTTT
1 AAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** * *
390181 GTAATAAAAGAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * *
390245 TATTAT-GAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATTTGTTTACCGAAT
129 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTTAAAAATA-AATCTGTTTACCGAAT
* * * ** * *
390300 AAGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAA-AGATTATAACCTTATGTTTT
1 AAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG-TTATGACCTTTTGTTTT
* *** * * * *
390364 GTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCACGTAAACTTATTTCGAAAAAAAATAAT-TTAAATTTACT
65 GTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAATTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * * ** *
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127 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * ** * * * * *
390481 ATA-TTCAAACAGTTGTGACTATTTTAACAATCATCTATTTCTAATCA-TTATTACCTTTTGTTT
1 A-AGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
390544 TGCCATAAACCAATTGTTTTTGTGCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
390609 AATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGA-TTTGAAACTAAATCTGTTTACCGAAT
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * *
390661 GAGTTCAAATAAAT-ATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTT
1 AAGTTTAAAT-AGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * **
390725 GTCATAAAAC-GTATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATAAATTAA
65 GTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*** * * ** *
390789 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTTAAAA-AAAT-TGTTTATTGAAC
129 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * *
390840 AAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TTTTG
1 AAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
390903 TCGTAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTGATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
390966 TATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAA-TTTAAAAACTAAATATATTTTCTGAAC
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * *
391018 ACGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTGAACAATTATCTATTTTAAATAGCTATGACCCTTTGTTTT
1 AAGTTTAAATAGTCATGACTA-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
391082 GTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
391147 ATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGT
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * *
391199 TAGTTTAAATCA-TCATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTT
1 AAGTTTAAAT-AGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
391263 GTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **** * * *
391328 A-CTCTAACAATTAGTAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
130 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * *
391380 AAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
1 AAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * ** * * * *
391445 TTATAAAAAAATTGTTAATGTTCATGTAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTGATCTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
391509 ATTTTAAAAATTAATAA
130 ATTTCAAAAATTAATAA
391526 AAGCTAAATT
Statistics
Matches: 1103, Mismatches: 253, Indels: 99
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
Found at i:391309 original size:718 final size:717
Alignment explanation
Indices: 389916--391706 Score: 1538
Period size: 718 Copynumber: 2.5 Consensus size: 717
389906 TTATTTCGAA
* ** ** * * *
389916 TAAAATAATACAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTAT
1 TAAAA-AATA-AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATTTAT
* * * *
389981 TTCAACTTGCTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
64 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
* * ** * *
390046 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTA
128 AAATAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAAAAAGTAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTA
* * *
390111 CAGGACAAGTTCAAATAGTGATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTT
193 CAGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTT
* * * *
390176 CTTTTGTAATAAAAGAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTA
258 CTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCAAACAAGCTGATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
390241 TTAATATTATGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATTTGTTTACCGAATAAGTTT
323 TTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATATATTTACCGAACAAGTTC
*
390306 AAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAAAGATTATAACCTTATGTTTTGTCATAA
388 AAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAAAGACTATAACCTTATGTTTTGTCATAA
* * *
390371 AACAATTGGTTTTGTTCACGTAAACTTATTTCGAAAAAAAATAATTTAAATTTACTAAAATTCCA
453 AACAATTGGTTTTATTCAC-TAAAATTATTTCGAAAAAAAATAATCTAAATTTACTAAAATTCCA
* **
390436 AAAATTAATACGTAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTAAACATATTCAAACAGTTGTGACT
517 AAAATTAATACGTAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTACTAAACATATTCAAACAGTCATGACT
* * * * * *
390501 ATTTTAACAATCATCTATTTCTAATCATTATTACCTTTTGTTTTGCCATAAACCAATTGTTTTTG
582 ATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
390566 TGCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGCAA
647 TGCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAAAACTCTAAAAATTAATAAGCAA
390631 AAGATT
712 AAGATT
* * **
390637 T-GAAACTAAATCTGTTTACCGAATGAGTTCAAATAAAT-ATAACTATTTAAACAATTATTTATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AATCATAACTATTTAAACAATTATTTATT
390700 TCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACGT-A-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
65 TCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA--TAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
* *
390763 AAAATAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTTAAAAA-AA
127 AAAATAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAAAAAGTAA-AA--T----A-TTTAAAAAATAA
** * * * * *
390827 -T-TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACT-ATTATTTATTTCAAATTGTT
184 CTATGTTTACAGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* **
390889 ATGACA-TTT-TTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTA-TTCAAACAAGCTGATTTCGAA-TAAAAT
248 ATAACATTTTCTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-AGTTCAAACAAGCTGATTT-GAAGTAAAAT
* **
390950 AATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAACTA-AATATATT
311 AATACT-AATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATATATT
* * * * *** *
391010 TTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTGAACAATTATCTATTTTAAATAG-CTATGACC
374 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TCTGAACAATTATCTATCACAAA-AGACTAT-AAC
* * *
391073 CTT-TGTTTTGTTATAAACCAATT-GTTTCTATTCA-TACAAATGTA-TTCGAAATAAAATAATA
436 CTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCACTA-AAAT-TATTTCGAAAAAAAATAAT-
* * * * *
391134 CT-AATTT-CTTAATATTTCAAAAATTAATGA-GTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC-C
497 CTAAATTTAC-TAAAATTCCAAAAATTAAT-ACGT-AAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTACTA
* ** * * * * * *
391195 GAGTTAGTTTAAATCA-TCATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
559 AACATA-TTCAAA-CAGTCATGACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * ***
391258 GTTTTGTCC-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTG
621 GTTTTG-CCATAAAACAATTGTTTCTATGCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTG
* * * * * ***
391322 ATTAATACTCTAACAATTAGTAGGTAGGGGATT
685 ATTAAAACTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
* * * ** * *
391355 TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATTTATTT
* * * * ** * ** ** * *
391420 TAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAAAAATTGTTAATGTTCATGTAAAATTATTTAGA
66 CAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAA
* ** * * ** * *
391485 ATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAA-T----TA-ATAAAAGCTAAATTTGTTTATC
130 ATAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAAAAAGTAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTA-C
* * * * * * * * * *
391544 -GAACAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATTGTTATGAC-TGTTA
194 AGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTC
* ** ** * * * *
391606 TTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATACTAATTTA
259 TTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCAAACAAGCTGATTTGA-AGTAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
391670 ATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAA
323 TTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAA
391707 TAAATGCGTT
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 159, Indels: 109
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
705 4 0.00
706 5 0.01
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709 2 0.00
710 6 0.01
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716 3 0.00
717 51 0.06
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726 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (717 bp):
TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACAATTATTTATTT
CAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATAAATTAATATTCTAAAAAGTAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACAG
AACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTCTT
TTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCAAACAAGCTGATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATCACAAAAGACTATAACCTTATGTTTTGTCATAAAAC
AATTGGTTTTATTCACTAAAATTATTTCGAAAAAAAATAATCTAAATTTACTAAAATTCCAAAAA
TTAATACGTAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTACTAAACATATTCAAACAGTCATGACTATTT
GAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATGCA
TAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAAAACTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGA
TT
Found at i:391677 original size:166 final size:168
Alignment explanation
Indices: 391362--391687 Score: 388
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
391352 ATTTAAAAAA
* * * *
391362 TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCG
1 TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATATCAAATCG
* * ** *
391427 TTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAAAAATTGTTAATGTTCATGTAAAATTATTTAGAATAAAAT
66 TTATGACCTGTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTAATGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAT
* * **
391492 AATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGC
131 AATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGC
* * * * *
391530 TAAATTTGTTTATCGAACAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATTG
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* * * ** * *
391594 TTATGA-CTGTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTT-CTTTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAA
66 TTATGACCTGTTATTTTGTCATAAAAAAATTG-TTAATGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAA
*
391657 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
130 TAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTA
391688 GTAAGTAAGA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 26, Indels: 4
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 68 0.52
167 44 0.34
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATATCAAATCG
TTATGACCTGTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTAATGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAT
AATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGC
Found at i:391776 original size:136 final size:137
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Indices: 391606--391860 Score: 345
Period size: 136 Copynumber: 1.9 Consensus size: 137
391596 ATGACTGTTA
* * * * *
391606 TTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAA
1 TTTTATCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TCAA
* *
391671 -TAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT-AAAATAAATGCGTTTACCAAATCAGTTCAAA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATGCGTTTACCAAATCAGTTCAAA
391734 TAGTTAGG
130 TAGTTAGG
* *
391742 TTTTATCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCAA
1 TTTTATCATAAAACAAT-TGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCAA
* ** **
391806 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTACCAAA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATGCGTTTACCAAA
391861 CAAATTTAAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 14, Indels: 5
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
135 5 0.05
136 79 0.77
137 18 0.18
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (137 bp):
TTTTATCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCAAT
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATGCGTTTACCAAATCAGTTCAAAT
AGTTAGG
Found at i:392771 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 391741--395102 Score: 2163
Period size: 539 Copynumber: 6.2 Consensus size: 532
391731 AAATAGTTAG
* * * **
391741 GTTTTATCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCA
1 GTTTTATCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
391805 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTACCAAACAAATTTA
65 ATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTAA
* * * * * ** *
391869 AATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTACTTTGTCCTAAA
130 AATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
391934 ACAATTGTTTCTA-TTCA--AACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT
195 ACAATTGTTTC-AGTTCATCAA-AA-CTTATTCAGAATAAAATAATACT--ATCTATTAATATTT
* * * * * *
391994 TCACAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATG
255 TGA-AAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAATA-GTTCAAATAATTATG
* ** * * *
392059 ACTC-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACAAATTGTT
315 AC-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTT
* * * *
392123 TATGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
378 TTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * * * * *
392188 GTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGCGCTAATTCAAATCGTTATGACTGTTTGAACAA
443 G----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * ** * *
392253 TTTTTTTATTTCAAGTGGTTATGATCTTTT
504 -TTTTCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * *
392283 GTTTTTTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGA
1 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * * * * *
392348 TTAATACTT-TGAAAGGTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTCAA
66 TTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTAA
* * *
392412 AATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAGTTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAA
130 AATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** *
392477 ACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAA-TTATTCAGAATAAAATCATACTGATCTATTAATATTTTGA
195 ACAATTGTTTCAGTTCAT-CAAAACTTATTCAGAATAAAATAATACT-ATCTATTAATATTTTGA
* * * *
392541 AAATTAATAAG-AAATTTAAAAACTAAATTATTTACCGGAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
258 AAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTATTTACC-AAATAGTTCAAATAATTATGACCATTT
* * * **
392605 GAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGATCTTTATTTTGACATAAAAAAATTGTTTTTTTTTCA
322 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGACATAAAAAAATTG-TTTTTGATCA
* * *
392670 TATAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAAT-TTTCCAAAAATTAGTAAGTAAGA
386 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * *
392733 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAAGATAATTATC
445 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGA-ACAATTTTC
* * * * *
392797 TATTTTAGATCATTTTGACATTTT
509 TATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * *
392821 G-TATAGTCACAAAACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTT
1 GTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
392885 ATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCATGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAATAAATT
65 ATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAATT
* * * * *
392949 AAAATAGAT-TTGAT-TATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
128 AAAATAG-TCATG-TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
393012 TAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
191 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATCAAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTA-TCTATTAATATT
* * * * *
393076 TTGAAAATTAATAAGCAAGATTTTTAAAAACTAAAATTGTTTTCCAAATCAGTTCAAATAATTGT
254 TTGAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAAT-AAATTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAATTAT
* * * * * * * * *
393141 GGCCATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTT-ATGATAAAATAATTATT
314 GACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGA-CATAAAAAAATTGTT
* * * *
393205 TCTGATCATACAAGCTTATTT-AGATAAAAATATTACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATA
378 TTTGATCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * ***
393269 AGAGATTCAAAAAATAAATGTGTTTACCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAATGGTTT
442 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTT
* * *
393334 TCAATTCCAAATCATTCTAACCTTTT
507 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* ** ** * * * * * *
393360 -CTTTAGTTGTGTAATAATTGCTTCAATGCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
393424 ATTAACATTCAAAAAATTAATAA-TCATGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTT
65 ATTAACATTCTAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATT
** * * * * * * * *
393488 TGAATAATTATGGCTAATTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
128 AAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
393553 AAACAATTGTTTTAGTTCAT-AAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTA-CTTAGTAATATTTC
193 AAACAATTGTTTCAGTTCATCAAAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTATC-TATTAATATTTT
* * *
393616 AAAAATTAATAAGTAACTAATTTAAAAGAATAAATCAGTTTACCCAATTAGTTCAAATAATTAT-
256 GAAAATTAATAAG-AA--AATTTAAAA-AATAAATTA-TTTA-CCAAATAGTTCAAATAATTATG
* * * * *
393680 AGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
315 A-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTT
* * * * * *
393744 TTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAA
378 TTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * *
393809 TACATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTT
443 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTTT
** *
393874 CTATTTCAAATTGTTACAACCTTTT
508 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * *
393899 GTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * ** * *** *
393964 TCAATATTCTAAAAATGAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTCGTTTGTTAAACCCTTTCAA
66 TTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTAAA
* * * * * * * * * * * *
394029 ACAGTTAAGTCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTATTTTATCATAAAA
131 ATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * * *
394094 TAATTATTTCAGCTCAT-ACAAGCTCATT-TGAAATAGAATGAA-AGTGATTTATTAATATTTTA
196 CAATTGTTTCAGTTCATCA-AAACTTATTCAG-AATAAAAT-AATACT-ATCTATTAATATTTTG
* * * * * ** * *
394156 AAAATTTATAAGTAAGAGATTT-AGAAATAATTCTAATTACTGAACCAGTTTAAATAATTATAAC
257 AAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAAAT-TATTTAC-CAAATAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * * *
394220 TATTTAAAAAATTATCTATATCAAATTGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT
317 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTTT
* * * * * *
394285 -ATTAATATAA-TTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGT
381 GA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-A--A-T
* * ** * * * ** * *
394348 AAGAGATTTAAAAAGTAAATATACTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTTAAAAATT
441 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * *
394413 ATCTATTTCCAATCGTTATAACCTTTC
506 TTCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * * ** *
394440 ATTTTATCATCAAACAATTGGTTGTGTTTATACTATTTTATTCAGAATAAAATAA-ACCTAATTT
1 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-CTAATTT
* * * * ** * * * ** * * * * *
394504 AATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGA-ACATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACTAGTTG
65 ATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTA
* * * * * ** ** *
394568 AAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTCCAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTGTCATA
129 AAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * ** * * * *
394632 AAACAATTGTTT-TGTTTGT-ACAAGCTCATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
193 AAACAATTGTTTCAGTTCATCA-AAACTTATTCAGAATAAAATAATACT-ATCTATTAATATTTT
* * * *** * ** *
394695 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATGGAATCAGTACAAATGGTTAAGA
256 GAAAATTAATAA-GAA-A-ATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * ** *
394760 CTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGATATTT-TATTTGGTTATAAAACAATT-TTT
316 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGT-TTT-GACATAAAAAAATTGTTT
* * * * * *
394823 TTAGTTCATAAAAAGGTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTAGTAACA-TTCAAAAAATTAA
379 TT-GATCAT-ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAA
* * * **
394886 TAAAAATGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTACAAATAGTTATTACTATTTG
440 T---AA-GAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
* * *
394951 AACAATTGTCTATTTTAAATCGA-TACAACCTTTTT
499 AACAATTTTCTATTTCAAATC-ATTATAACC-TTTT
* * * * ** *
394986 GATTTGTTATAAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAAATAGAATAAAATAATGCTAATT
1 GTTTTATCAT-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* ** * *
395050 TATTAAAATTTCCT--AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
64 TATTAACA-TT-CTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
395103 TTTAATCATT
Statistics
Matches: 2223, Mismatches: 492, Indels: 205
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 1 0.00
537 102 0.05
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540 113 0.05
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549 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTAAA
ATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCAGTTCATCAAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTATCTATTAATATTTTGAAAA
TTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTATTTACCAAATAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTTTGATCATACAA
GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCA
TTATAACCTTTT
Found at i:393308 original size:720 final size:715
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Indices: 391742--394071 Score: 1596
Period size: 720 Copynumber: 3.2 Consensus size: 715
391732 AATAGTTAGG
* * * *
391742 TTTTAT-CATAAAAC-ATATGTTTCT-ATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATC
1 TTTTATGCATAAAACAAT-TATTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT-ATACTAATT
* *
391804 AATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTACCAAACAAATTT
63 AA-TAATATTCTAAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
391868 AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTACTTTGTCCTAA
122 AAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGACA-TTTACTTTGACATAA
* * *
391933 AACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAC
186 AAAAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTTCAA
* * * *
391998 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTC
251 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTCCGAAACATGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * * *
392063 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACAAATTGTTTATGT
316 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGACACTTTGTATAGTCAAAAACAAATTATTTATAT
* * *
392128 TCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
381 TCATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAA
* * * * * *
392193 AAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGCGCTAATTCAAATCGTTATGACTGTTTGAACAATTTTT
446 AAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGCGATAATTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTAT
* * * * * * **
392258 TTATTTCAAGTGGTTATGATCTTTTGTTTTTTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
511 CTATTTAAAGTGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTA
* * * * * *
392323 TTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAAAGGTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
576 TTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * *
392388 AAATCTATTTACTGAATAAGTCAAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAGT
641 AAATCTATTTACCAAATAAGTCAAAATAATCATGGCCATTTGAATAAATATCAATCTAAAATAGT
392453 TATAACCTTT
706 TATAACCTTT
* * * * * ** *
392463 TTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATCATACTGATCT
1 TTTTATG-CATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT-ATACTAAT-T
* * * * * * * *
392528 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATTATTTACCGGAA-TAGTTCAAATA
63 AATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATA
* *
392592 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGACATAAAAAAA
127 GTTATGACCATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGA-CATTTACTTTGACATAAAAAAA
* * * * *
392656 TTGTTTTTTTTTCATATAAGCTTATTCAT-ATTAAAATAATACT-AATTTAATAAT-TTTCCAAA
191 TTG-TTTCTATTCAAACAAGCTTATTC-TGAATAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTT-CAAA
* * * *
392718 AATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACT
252 AATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCGAAACATGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * *
392782 ATTA-AGATAATTATCTATTTTAGATCATTTTGACATTTTGTATAGTCACAAAAC-AATTATTTC
315 ATTAGA-ATAATTATCTATTTCAAATAATTATGACACTTTGTATAGTCA-AAAACAAATTATTT-
* *
392845 A-ATTCATACAAACTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAATA
377 ATATTCATACAAACATATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATA
** * * *
392907 AGCATGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTA-T-CGAATAAATTAAAATAGATT-TGATTATTTA
440 AGCAAAAAATTTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGCG-AT-AATTAAAATAG-TTATGACTATTTA
* *
392969 AACAA-TTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTT
501 AACAATTTATCTATTTAAAGTGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * *
393032 ATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAT
565 ATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAAAAGTAATAAGCAAGAG
* * * * * **
393097 TTTTAAAAACTAAAAT-TGTTTTCCAAATCAGTTC-AAATAATTGTGGCCATTTGAATAAATATC
630 ATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAATAAG-TCAAAATAATCATGGCCATTTGAATAAATATC
* * * * *
393160 AATCTCAAATTGTTTTGATCTTT
693 AATCTAAAATAGTTATAACCTTT
* *
393183 GTTTTATG-ATAAAATAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAATATTACTAATT
1 -TTTTATGCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATA-TACTAA-T
* * * *
393246 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGTGTTTACCCAACCAGTTCAAAT
62 TAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* ** * *** * ** * * * * *** **
393311 AGTTAAGAGTATTAGAATGGTT-TTCA-ATTCCAAATCATTCTAACCTTTTCTTTAGTTGTGTAA
126 AGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATA-T-CAAATTGTTATGACATTTACTTT-GACATAAAA
* * * * * * * *
393374 TAATTGCTTCAATGCATACAAGCTTATT-TGGAAGAAAATAATACT-AATTTATTAACA-TTCAA
188 AAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTTC-A
* * * ** * ** * *
393436 AAAATTAATAA-TCATGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTG-AACAAGTTTGAATAATTAT
250 AAAATTAATAAGT-A-AAAATTT-AAAAAATAAATATGTTT-CCGAAACATGTTCAAATAGTTAA
* * * * * *
393499 GGCTAATT-GAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGAC-CATTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT
311 GACT-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAC-TTTGTATAGTCA-AAAACAAATT
* ** *** * * *
393561 GTTT-TAGTTCATA-AAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTAGTAATATTTCAAAAATT
373 ATTTATA-TTCATACAAA-CATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATT
* ** * * * * * * * *
393623 AATAAGTAACTAATTTAAAAGAATAAATCAGTTTAC-CCAATTAGTTCAAATAATTAT-AGCCAT
436 AATAAGCAAAAAATTTTAAA-AATAAATCTGTTTACTGCGA-TAATTAAAATAGTTATGA-CTAT
* * * *
393686 TTAAACAA-CTATCTATTTCAAA-TTGTTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
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* * * * * * *
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* * * * *
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194 ATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAA
* * * *
397364 ATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTA-TGAAC-ACGTTCAAATAGTTATCA-TA
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** * **
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316 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGACC-TTTT
* * * * * *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
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65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAA-CTAGTTC
* * *** * * *
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* * **
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* * ** * *
397722 AAAGTTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTA-CTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTCAT-A
254 AAAATTAATAA---T-AGATTTAAAAAATAAA--TAGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* ** ***
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313 -CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTT
* * ** * * * * * *
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* * * ** * * * ** * * ** * *
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* * * * ** * * *
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128 TAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
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192 CAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAA
* * ** ** *
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* * ** *
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* * * * * *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * *** *
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65 ATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAA-CTAGTTC
* * * * * *
398308 AAATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAA
125 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
398373 AACAATTATTTTT--TGTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTACTAATATTTC
190 AACAATTGTTTTTCAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * *
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253 AAAAATTAATAA-TAG---ATTTAAAAAATAAATA-GTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** *
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313 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTT
* * * * * * * * * * *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * * *
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65 ATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAACTAGTTCA
* * * * * * * *
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191 A
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TGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTA
ATAATAGATTTAAAAAATAAATAGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTT
Found at i:394412 original size:180 final size:178
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** ** *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTAT-TTT-TATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * *
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* * * ** * *
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** * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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1 GTTTTATCATAAAAC-AATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** * *
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126 CAAATAGTTATGACTATTTGAA-A-AATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-TTTT
* * ** * * *
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1 GTTTTA-TCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTATTT-TTATTAATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATT
* ** * * ** * *
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* * * *** * * * ** *
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* ** ** * ** ** ** * *
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1 GTTTTA-TCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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125 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTT
* * * * * *** *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTA-TTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * *
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* * * *
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* * *
393722 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATT
1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTT-ATTA-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * ** **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTA-TTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATT
* ** * * *
394143 TATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAATAAT-TCTAATTACTGAACCAGTTT
64 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAA-AATAAATATTTACTAAACTA-TTT
* * * * **
394207 -AAATAATTATAACTATTTAAAAAATTATCTATATCAAATTGTTATTATTTTTT
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* * * * *
394260 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTAATATAA-TTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
394324 TTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATACTTACCAAACTATTTCAA
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* * * * *
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129 ATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CTTTT
* * ** * * * * ** *
394440 ATTTTATCATCAAACAATTGGTTGTGTTTATACTATTTTA-TTCAGAATAAAATAA-ACCTAATT
1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-CTAATT
* * * * ** * * * ** *
394503 TAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGA-ACATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACTAGTT
64 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA--TATTTACTAAACTATTT
* * * ** * ** *
394567 GAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTT
* * * * * * *
394621 CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TT-GTACAAGCTCATTTGGATTAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTT-TATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
394684 AATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TGGAA-TCAGTA
65 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATTTACT-AAACT-ATTT
* * * * * *
394747 CAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGATA-TTTT
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-A-ACTTTT
* ** * * * * *
394801 ATTTGGTTATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATAAAAAGGTTATTT-AGAATAAATTAATACTAAT
1 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTA-TTAAT-ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * ** * ** *
394864 TTAGTAACATTCAAAAAATTAATAA-AAATGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGA
63 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT--AAAAAATAAA--TATTTACTAAACTA
* * * * * * * * *
394928 GTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGATACAACCTTTTT
123 TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-C-TTTT
* * * * ** *
394986 GATTTGTTATAAAAACAATT-GTTTTAGTTAATACAAGCTTAAAT-AGAATAAAATAATGCTAAT
1 GTTTTATCAT-AAAACAATTATTTTTA-TTAATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* *** * *
395049 TTATTAAAATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
63 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
395096 CTGTTTATTT
Statistics
Matches: 2420, Mismatches: 609, Indels: 291
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 17 0.01
176 218 0.09
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178 17 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTACTAAACTATTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTT
Found at i:394833 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 394796--394835 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
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*
394796 ATTTTATTTGGTTATAAAACA
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394817 ATTTT-TTTAGTTCATAAAA
1 ATTTTATTTAGTT-ATAAAA
394836 AGGTTATTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
20 6 0.35
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ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTATTTAGTTATAAAACA
Found at i:395633 original size:512 final size:516
Alignment explanation
Indices: 394679--395659 Score: 1128
Period size: 512 Copynumber: 1.9 Consensus size: 516
394669 AAATAATACT
* * * * * * **
394679 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATGGAATCA
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* * * * * * **
394744 GTACAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGATATTTTATTTGGTT
66 GTACAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTGGAC
* * * * * ** * *
394809 ATAAAACAATTTTTTTAGTTCATAAAAAGGTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTAGTAACAT
131 AAAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACAT
* *
394874 TCAAAAAATTAATAAAAATGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTACAAATAGT
196 TCAAAAAATTAATAAAAATGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATACAAATAGT
** * *
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*
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*** *
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* *
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*
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* * * * * *
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**
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* * * * * * **
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** *
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* * * *
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*** * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* ** * * * ** *
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** * * * *
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* * * **
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * * *
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* * ** *
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* ** ** *
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* * * * *** *
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* * * ** * * ** * *** *
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * ** **
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA-GAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAG
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* * * * **
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* * * * * *
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1 -AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-C
* * * * *
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* * **
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125 TCATAAAACAATT-TTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * *
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AG---ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * *
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62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
398550 ATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTAGTCGAAATAAAATATTACT
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * ****
398601 -ATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCA
1 AATTTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * * *
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* * * * * * ** **
398730 GTAAAATAAATTTTTGACAATT-A-ATAAG-TGA-AAGGTTTAAAAT--TAAT
127 ATAAAA-CAATTTTT-TCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *** * * *** *
398777 AA-GTA--AATGATTT-TAAAATAAAT-A-TG-TTTATTGAACAAGT-T-CAAATAG-A-CA--T
1 AATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTT
* * * * *
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65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * * * *
398883 AAAAAATTGTATC-AGTTCATGTAGGTTTATTTGAAATAAAATAATATT
130 AAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * **
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1 AATTTATTAATAT-TTC-AAAAATTAATAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAG
* ** * ** * * **
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* ** * * * * * * ** * * *
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* * ** ** * *
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** * * * * ** * * * **
399172 -TTC-GTAT-AAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAAT-A
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** ***** * * * * *
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**
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* * * * ** ** * *
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* * ** * * * * * * ** * *** *
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* * * * * *
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*
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* ** * *** *
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* * * * * * *
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* * * ** * **
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* * **
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * ***
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* *
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* * * * * ** * **
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* * * ** * ***
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATTGAACC
* * * * *
400283 AATGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * **
400348 CACAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATAATTCT
126 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *
400400 AATTTATTAATATTTC-AAAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * * *
400464 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTGCTATAACCTGTTCTTTTGTCGTAA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * *
400529 AACAAATTTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTC-AAATCTATTTATCGAAT
131 AAC-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAAT--AAT
* * ** * ** ** * * *
400578 AAGTTCA--AATAGTTATGACTATTTGAATAA-TTATTTATTTTAAATCATTATGACTTT-TTG-
1 AA-TTTATTAATA-TT-TCAAAAATT-AATAAGAGATTTA--AAAAATAAATCTG--TTTATTGA
**** * * * * * * ** * *
400638 TTTTG-TCATAAGACAAT-TG--TTTTTGCTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAT-AATATTAA
58 ACCAGTTCA-AATA-ATTATGACTATTTG---A-ACAA--TTA-TCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * ** * *** ** * * *
400698 TTTATTAATATTT-TAATAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATA-AATATTTTTACCGAACA
114 CTT-TT-GT-TTTGTCATAA--AACAA-T----TTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGGAATA
** *
400760 AGTTCA-AAT
168 AAATAATAAT
* * * * ** *** * * * ** *
400769 -A-GTAATAACTATTTGAATAATT-AT---CTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTCATCA
1 AATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAA-AAATA-AATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * ** * ** * *
400827 --TAAAACAATTAT-A-TCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACT-AACTTATTA
62 GTTCAAATAATTATGACT-ATTTGA-ACA--ATTA-TCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTT-TTG
* * * ** * * * * *
400886 ATAT-TC--CAAA-AA-TTAAT-GAGT-A-A-GAG---ATT--TAA-AAAATAA-ATT
120 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * ** * * * * ** * * * *
400928 TATTTACTGATCAAGCTCAAATAGTT-ATCA-ATATTTGAGCAAT-TATCT-ATT-TCGAATCA-
1 AATTTATTAAT--ATTTCAAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAG
* * * * * * *** *
400987 TT---ATGACATTTTG--TTTTATCACAAAATAAT-TGTTTC---T-GTTCAT-ACAAGCTTATT
63 TTCAAAT-A-ATTATGACTATT-TGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGAC-CTTTTGTT
* * * ** *
401041 CTG-AATAAAATAATATAAATT-TA--C-TA-AA--AT-TTC---A-AAAAT--TAAT
122 TTGTCATAAAACAAT-T-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *** ** * **
401084 AA---A-TAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-A-A-A---AAATAAATCTGTTTA-TTG--
* * *
401145 CAATTGCCTATTTCAAATCATTATGACT-TTT------TTAT-T-TTGTCATAAAC--TA--A--
57 -AA---CC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCA-AATCGTTATGACC
* * ** ** * * * * * * *
401195 TTGT-TTTTGTTAATAAAAGC--TTAGTTGAAAT-AAACTAATACTAATT--TATTAAAAT-TTC
115 TTTTGTTTTG-TCATAAAA-CAATTTTTTCTATTCATAC-AA-GCTTATTCGGAATAAAATAAT-
*
401253 AAA
175 AAT
* *** *** * * * * *
401256 AATTAATATGTAAATGATTT-AAAAAAT-A-AATCTATTTACTCAGTGAGTTTAAG-TAATTGAA
1 AATT--TAT-T-AAT-ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT--GTTTATTGAA
* * *** *
401317 -TA-TTTAAAT-A--AT-------T-----A-T-T-TATTTCAAATCGTTATGGTATTTTATTTT
59 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * ** *
401362 GTCATAAAATAATTATTTCTCTTCGTACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACT
124 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * **
401416 AA-TTATGT-ATATTAT-AAACATTAATAAGTTTAAGCTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAC
1 AATTTAT-TAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* * * * * * **
401478 AAGTTCAAATACTCATGTCCATTTAAATTATTATCTATTTCAAATTC-TTATGA-CTTTT-TTTT
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** ** *
401540 ATCAT--AACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACT
124 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *
401592 AATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACT-AGACTAGTT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGA-ACCAGTT
* ** * * *
401656 CAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATCTATCTT-AAATCGATAAGA-TTTTTGTTTTGTCAT
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
401719 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC-AAAGAAAAATATTACT
129 AAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATAAT
* * * * * **
401768 AA-CTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATGTGTTTATCGAATT
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * * * *
401831 AGTTCAAATAGTT-TAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAG
61 AGTTCAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * **
401895 TCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATTCTTGTTCAAAATAAAATAATACA-
125 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-AT
* * * * * * *
401948 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTCG-TTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAATCATTT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTT
* * * ** * * * *
402012 TAAATAATTAT-AGCCATTTCAATGATTATGTATTTCAAATCATTATTAACCTTTTGTTTAGTCA
65 CAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
402076 TATAACAAATGTTTTTTTTTATT-ATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-CT
128 TAAAAC-AA---TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *** *
402128 --TTCA--AA-AATT----AA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTACCAAACTAGTT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTT
* * * * ** * * * *
402183 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATCCTTCAAATCGTAAT-AGCCTTTTGTTCTATTAT
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
402247 AAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
129 AAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * ** *
402296 AATCTAATAATATTTCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAG
1 AATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAG
* * * * * *
402361 TTCAAATATTTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTATTTTGTC
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
402425 -TAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCCTATTCAGAATAAAATAA-AGT
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * ***
402474 AAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCCAACC
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * *
402539 AGTTCAAATAATTAT-ACCTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAGTCATTATGACATTTTGTTTTG
61 AGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
402603 TCATTAAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAGTTTCTTCGAAATAAAGTAATACT
125 TCATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* **
402656 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTATCAAACCAGTT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATTGAACCAGTT
* * * * * *
402720 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTTATCATA
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** *
402785 AAACTATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
130 AAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *** * **
402833 ACTTTATTAATATTTCAAAAAATGAGAAGTTAGATATTTAAAAAATAAATCTAAATATCGAATAA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * **
402898 GTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAGA-ATTTAGCTATTT-AAAGTCATTATGAAGTTTTGTTTT
62 GTTCAAATAATTATGACT-ATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
402960 GTCACAAAACAATTGTTTT-TCA-TCACACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATATT
124 GTCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
** * * * *
403014 AAGTTT-TTAATATTTCAAAAA-TAAT-A-AG---TAGGAGAT-TATCTATTTATCGAACCAGTT
1 AA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTT
* * * * *
403071 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC-AA---TTATAATCTTGTGTTTTGTCATA
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
403132 AAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACT
130 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* ** * * * *** *
403180 AATATAACAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCCAATCT
1 AATTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CC
* * * * * * * * * * *
403244 AATTCAAATAGTTAAGGCTCTATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTAT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
403309 CATAAAACAAATGTTTT-TGTTCACATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACT
126 CATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *** **
403361 AATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* ** * * * * * *
403426 AATTGGTTATAAC-AATTGAACAATTATTTATTTCAAAACGTTAAGACCATTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * * **
403490 AATAATTATTTCTATT-GTA-TAGTCTTATTCAAAATAAAGTACTGCT
131 AACAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGGAATAAAATAATAAT
**
403536 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTGGCTTG-A
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TATTGAA
* * * * * * * * *
403598 CTAGTGCAAATAGTTATTACTGTTTGAACAATAATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
59 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * * * * * **
403663 GTCACGAAATAA---TTTCTGTT-GTACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCT
124 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * ** *
403713 AATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAACTACAAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCAAACA
1 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * *
403777 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATTGCTATAACCTTTT-TTTTG
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
403840 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTC--AATTAAAATAATGCA-
125 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAA-TAAAATAAT-AAT
* * * * ** **
403893 AATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGCTTTAAAAAATACATATGTTTACCGAATA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * * * ** *
403957 AATTCAAATAGTTATGACGATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTCATAAAATAATTGTT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--GTT-ATGACCT-TTTGTT
* * * *** * * ** *
404022 TT-T-ATTCATACAAGTGTATTTGGGTT-A-A-AA---TAAT---ATTAATTTATTAAT
122 TTGTCA-TAAAACAA-T-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * ** * * * *
404070 -A-TT-TCAACAATT-AATAAGT-A-AA-AGATTTTTAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * ** * * *
404128 AAATAGTCATAACTATTTGAATTATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** *
404193 AACAATTATATC-AGTTCATATAACCTTATTCAAAATAAAATAATATT
131 AACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * * *
404240 AATTCATTAATATTCCAAAAATTAATGGGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA----TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * *
404305 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGGCATTTTGTTTTATC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** ** *
404370 ATAAAAAAATAATTTCTATTCATAACAA-CTTATTTTGCATAAAATAAT-AT
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *
404420 AAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTGAAAAATAAATATGTTT-TCTAAAC
1 -AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAAC
* * * * * * * *
404484 ACA-CTCAAATAATTATGATTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTAGTTATAACAC-TATGTTT
60 -CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTT
* * * * * *
404547 TGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATT-TGATATAAAATAATACT
123 TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGA-ATAAAATAATAAT
* ** * * * *
404602 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTCACTGAGCAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * *
404667 GTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
62 GTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * *
404731 CATAAAACAA-----T-TGTT-AT--AAGTTTATTTAGAAAAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *
404774 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAACAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGCAA-T
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTG-AACC
* * * * *
404838 AGTTCAAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-----G--CTATTATTTTG
61 AGTTC-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
404896 TCATAAAACAATTGTTTCTTTTTATACAAGCTTATAT-GG-TTAAAATAATATT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * **** *
404948 AATTTAATAATATTCCATAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTCTTTGCCAAACTA
1 AATTTATTAATATTTCA-AAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * **
405013 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTGATATTTTGTTTTAGT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GT
* * * * * * *
405078 CATAAAATAATTATTTCAATTCATATAAACTTATTCAGAA-AAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *
405129 TATATATTAACA-TTCGAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTATAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* * * * *
405193 AAGTTTTAAA-AGATTTTG-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGA-CTTTTTTT
60 CAG-TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * ** *
405254 TTGTCATGAAATAATTGTTT-TAGTTGACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT
122 TTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * *
405310 ACTTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAACAAA-CTACTTT-CTAAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATTGAACC
** * * * * * * *
405372 AACTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATATCAATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTC
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * * * * * *
405435 TCATAAAACAATTGTTTCAAATCAGATAAGCTTATT-TGCATAAAA-AATACT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * **
405486 AATTT-TAAAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACCAGT
1 AATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACCAGT
* * * * * * * * *
405549 TTAAATAGTTATGACTACTAT-AATATTTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTAA
64 TCAAATAATTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
405613 TAGAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACT
128 TAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * ** *
405663 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A---AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* * * * * * * * *
405727 AAATTAAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * **
405792 TTATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA-AAT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * *
405844 AACTTTATTAATATTTTAAAAACTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TAGTTTACT-AG
1 AA-TTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCT-GTTTATTGAA
* * * * * * * * *
405907 CTCAGTTTATATTATTATGGCCATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTT
59 C-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
405972 TATCATAAAATAATTATTTT-TCA-ACATACAAGCTTATTCGAAATAAAA-AATACT
123 TGTCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* ** * *** *
406026 AACTTATTAATATTTCACGATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * ** * * *
406091 AACTAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTATCATAA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
406156 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-AT
131 AACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * ** *
406202 AGATTTAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAGTCCATTTGTTGAAC
1 A-ATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* * * * * * *
406266 CAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTG
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * *
406331 TCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATA-AAGCTTATTCAAAATAGAGTAAAAAT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * **
406383 AATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAA--T-T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * *
406448 GTTTAAAT-A--AT---TA--T-AAC---TA-C---TTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTA
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** ** * * * *
406497 ATAAAATAATCATTTCGGTTTATATAAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACT
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATAAT
* * *** **
406548 AATTTATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAAT---T-TGTTTACCAAATA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * *
406609 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTTTGA-CTTTTCATTTT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTT-GTTTT
* * * * * *
406672 GTCATAAAATAATTGATTT-TGTTCATGCAAGTTTATTTC-AAATAAAATAAT-AT
124 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *
406725 AAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TATGAATA
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAA-C
* * *
406789 CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTCTTTTG
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
406853 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * ** * * *
406906 AATTTATT--TATTCCAAAACTTAATAGTAAAAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTACT-AAGCGA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CCA
* * *** * * * *
406968 GTTCAAA-AAGTTATGACTGTTAGAATGCTTATTTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTGT
62 GTTCAAATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
407032 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *
407084 AATTTATTAATA-TT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAAGT-TATTTACTAAAC
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATTGAAC
* ** * * * * * *
407145 AAGTTCAAATAGGTATGTCCATTTGAACTATTATCTA-TTCAAATCATTATGACATTATGTTTTG
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* *
407209 TTGCA-AAAA-AATTGTTTT-TATTCATACAAAG-TTATTCAGAATAAAATAATACT
125 -T-CATAAAACAATT-TTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * ** *
407262 AGTTTATTAATATTTCAATAATTAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAGCGAACTAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * *
407327 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATAAGCTATCTAAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * **
407391 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCT
131 AACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
** * * * * **
407438 AAACTAATAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAGAAATAAATGTGTTTACTGAATT
1 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * ** * * *
407502 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTTAGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
407567 CATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCCTATTTGAAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * *
407619 ATTTTATTAACA-TTCATAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAAT
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* * * * * *
407683 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTGTGTTTTA
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * ** * *** ** * * *
407748 T--TAATATATAA-TTGGTCCA-AAATAAAATAATATTACTTTAATAATAT-TTCAAA
125 TCATAA-A-ACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-C-GGAATAAAATAAT-AAT
* * ** ** ***
407801 AATTGAGAAGTTAGAGATTT-AAAAGA-TAA-ATCAG-TTTATCAAGAAATGAAGTAGGTAGACC
1 AATT---TA-TTA-ATATTTCAAAA-ATTAATAAGAGATTTA--AA-AAAT-AA--ATCT-GTTT
* * ** * ** * **
407862 ATT-TAGCATGTGTCATCTCAATGCCTACTGTTATTATTTTCCCACCATCT-TCCTAAATCGAAA
53 ATTGAACCA-GT-TCAAAT-AAT---TA-TG--ACTA-TTT-GAACAAT-TAT-CTATTTC---A
* * *** * ** * ** *
407925 AATCAGTTTTG---TATTGTATTATGTACAATTGGAGAA-TCATTCT-TT-AGA-AAAATCATAT
102 AATC-GTTATGACCTTTTGT-TT-TGT-C-ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT-T
*** ** *
407983 --GAACTATCCTCTTTGCCACT
161 CGGAA-TAAAAT-AAT---AAT
* *** * * ** * ** * * **** ** *
408003 CAGACATTGATTCTTTC-CTATTGTGCTATAG-GCTTTGATGCTTATGTGC-GCTTTAGCACATG
1 AATTTATT-AATATTTCAAAAAT-TAATA-AGAGATTTAAAAAATAAAT-CTG-TTT---A-TTG
** * * * ** * * ** * * * ** *
408065 AAATATTGCCTTC--CTAACTAAG-C-ATACG-A-AGTTCTTGCCCTGTCATATTGTTCGGTCCT
57 AACCA--G--TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-AT-CTATTTCAAATCGTTATGACCT
* ** * * ***** * * ** ** *** *
408124 CCCTTCTCTAACACTGCGCTAATAAAGC-A-CGGGGCTATTAAGATGTAGAATATGTC-CCCTAC
116 ---TT-TGT-----TTTG-TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATA-CAAGCTTAT-TCGGAATAA
* * *
408186 ACT-CT-TT
169 AATAATAAT
* * * ** ** * **** * ** * *** *
408193 CAATCTCTTAAGATTTGGAATCTCAGCCATACTCCCCATCCTCCATTGAATTTGGTCTATCTT-T
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTA---ATA--AGAGAT--T-TA-AAAAATAAATCTGT-TTAT
** * * * ** * * *** *** * * ** *
408257 TGATTCTGGTC-ATTTTTTCT-CCATCATACAAGACCCGT-GCCACTTTCACCTGTAGTTGCA-G
55 TGAACCAGTTCAAATAATTATGAC-T-ATTTGA-ACAATTATCTA-TTTCA--AATCGTT--ATG
* * * * **** ** ** * ** **
408318 CAGCCGTTTTGCTTTATTTTATGAAAGAA-GGAGTGAAAGC-CACTTGACTGGTT-GGAA-AGGA
112 -A-CC-TTTTG-TTT-TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGGAATA--A
***
408379 GCGAA-AAGCT
169 AATAATAA--T
* ** ** ** * * * * ***** *
408389 ACTTT-TTCAA-GCTTCCCATTTGCTGATCAAGTGA-GTGAGGTCGAAA---G---ACTT--CCC
1 AATTTATT-AATATTTCAAAAAT--TAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAACC
* ****** * * * * * ** **
408443 AGGTCGGGGGGTTTATCTGGAC-ATCGTTAAGACTACATAAACGATAATCTATTTC-AAATCGTT
61 AGTTC-AAATAATTA--T-GACTAT--TTGA-AC-A-ATTATCTAT-TTC-AAATCGTTAT-G--
**** * * * * *
408506 ATGACTTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGT-TT-GTACAAGCTTATTC-GAATTCAAAT
112 ACCTTTTGT---TTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAAT
*
408568 AATACT
172 AATAAT
* * * * ** **
408574 AATTTAATAATATTTCAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATCAAATTA
1 AATTTATTAATATTTCAAA-A--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
** * ** * *
408639 GTTCAAATGGTTAAGACTATTACAAAAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTAGT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * *
408703 TATAAAATAATTTTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *** *
408755 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-TAAAA-AAATCTATTTACCAAACA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * * * * *
408817 AATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTAT-AACTTTTGATTTGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
408881 CATAAAATAATTGTTTC-AGTTAATA-AAGTTTAGACGGAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *
408932 AATTTATTAATATTTCCTAAAATATTAA-AA-A-AATTAAAAAATAAATCTATTGATTG-ACTTA
1 AATTTATTAATATTT-C-AAAA-ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-CA
* * ** * * *
408993 GTTAAAATAATT-TGACCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTTAT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGT
* * * * *
409057 CATAAAACAATTGTTTCTGA-TGATAAAAGCTTATTC-GATTAAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATAAT
* ** * * ****
409109 AATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * ** * * ** * *
409174 ATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATT-TCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTAGAC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
409238 ATAAAA-TATTTGTTTC-ATATCTTACATGCTTATTCGAAATAAAATAATCCA-
127 ATAAAACAATTT-TTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-AAT
* * * *
409289 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* * * * * * * *
409353 AAGTTTAAGTAGTTATGACTACTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** *
409418 ACATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGCTTATCCAAAATAAAAATAATATT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTCGGAAT-AAAATAATAAT
* * * *** *
409473 AATTTCTTAATAATTT-GAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAATAATAAATTTGTTTACCAAACA
1 AATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAA-AATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * * * ** * * * *
409537 AATTCAAATAGTTAAGACTATTGGAGCAATTGTCTATTTAAAATTATTATGACATTCTATTTTAT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** *
409602 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * *** *
409654 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAGCAAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * ** *
409719 GTTCAAAATAATTATGGCTATTTCAGGAATTATCTATTTCAAATCGTTAAT-ACCTTTTGTTTGG
62 GTTC-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
409783 TCATATAATAATTGTTTT-TGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
125 TCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *** *
409836 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAACTAAATCTATTTACCAAACCAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAG
** * * * ** *
409901 TTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
63 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
409966 TAAAAAAATTATTTCTATTCACACAAGCTTATTCGAAAAAAAATATTACA-
128 TAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-AT
* * * * ** * *
410016 AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAAGCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * *
410081 GTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
410146 ATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAGTAA-AAT
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * *
410196 GAATGTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAATTCTATTTACCT-AAC
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAAC
* * *
410260 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *** * ** * *
410325 TCATAAAATAAATGTTTT-TGTTCATATACTTTTGTTCAAAATAAAAAAATACT
125 TCATAAAA-CAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * ** *
410378 AATCTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * ** *
410443 TAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTA-CTTTTTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTAAGTTATA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
410507 AAACAATAGTTTT-TGTTCTTGCAAGCCTAATCAGATTAAAATAATATT
130 AAACAAT-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * *
410555 AATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * ** * * *
410620 AGTTCGAATAGTCATGACTTTTTGAGTAATTAT-TATTTCAAATCATTCTGACCTTTTCTTTTGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
410684 -AGTAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATT-TGATGTAAAATAATACT
126 CA-TAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGA-ATAAAATAATAAT
* * *
410736 AATTTATTAATATTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGAATTCAAAAAAGAATCTATTTACCAAATAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAG-ATTTAAAAAATAA---A--T--C---T--
* * ** * * * * * * *
410801 GTTCAAATAGCAAATAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAA
49 GTT--TATTG--AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** ** **
410866 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGGTTCTGCTCATGGAAGCTTATTTTGAATAAAATAA
110 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAA
410930 T-AT
174 TAAT
* * * * ** *
410933 AAATTCATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAGT
1 -AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-C
* * * * * * *
410996 GAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTATTTCGAATCGTTATGACATTTTATTTT
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* ** * ** ** * *
411060 GTCATAAACCAATTGGGTT-TATTTATACAAAATTATTTAGAATAAATTAATACT
124 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * *
411114 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTGTATG-ACCAATT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACCAGTT
* * * * * *
411178 CAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATA
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * **
411242 AAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAATTATTGCT
130 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
** * * * * *** *
411290 AAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATGTGTTTGCAGAATCA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * *
411354 GTTCAAATACTTGA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGT
62 GTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
411418 CATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAACTAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* ** *
411470 -ATTCTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATAAAAAA-AAATCTGTTTATTGAACAA
1 AATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * *
411532 ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATA
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** *
411597 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAACCTT-TTCCAAAATAAAATAATATT
127 ATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-CGGAATAAAATAATAAT
* ** ** ** *
411648 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * *
411713 ATTAAAATAATTATGGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
62 GTTCAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
411777 CATAAAACAATTGTTGTTC-A-TCGTATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATT-TT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * ****
411829 AATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-G-A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * *
411893 ATTCAAATAGTTATGACTATGTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
411958 ATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * **** *
412009 AATATAATAATATTATGAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTA
1 AATTTATTAATATT-TCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * * * *
412074 TTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTGGTTTTGTC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
412139 ATAAACAAAATGTTTTTGT-TT-ATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATT
127 ATAAA-ACAAT-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * ** *
412190 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * *
412254 AACTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGGTTTGTCATAA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * **
412319 AATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCT
131 AACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* ** * ***
412366 AATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAATGAATTTAAAAAATGCATTTGTTGGCCT-AAC
1 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG--A-G-ATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATTGAAC
* * * * * * * * * * * *
412429 TAGTACAAATAGTTATTACTGTTTGAATAATAATCTTTTTCAAATTGATATGACTTTTTGTTTTA
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
412494 TCAAAAAATAATTGTTTGTATT-AGTACAAGCTTATTCAGAATAACATAAT-TT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * *
412546 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAATTGAATCTATTTATCGAACAAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * *
412611 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
412676 AATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC--AATTAAAATAA-AACA
131 AACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAA-TAAAATAATAA-T
* * * **
412723 AATTCATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATA
1 AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * ** **
412787 AGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTACAATTTTTTGTTTTGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
412852 CATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACATGCTTATTTGGATTAAAATAATATT
126 CATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* ** * * * * *** *
412904 AATTTCTTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * **
412969 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCATC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** *
413034 ATAAAGCAATTATATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
127 ATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *
413085 AATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAA-CA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * *
413149 TGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTCT
62 -GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
413214 CATGAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAAT-AT
126 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* *
413265 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCTT-AA-C
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATTGAACC
* * ** *
413328 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAGAGTTATGAACTTTTGTTTTG
61 A-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
413393 TCATAAACCAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACT
125 TCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * ** * *
413446 AGTTTATTAATATTCCAAAAATCAAAAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAGCAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAAT---TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * * * *
413511 ATTTAAATAGTTATGAATGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
413576 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TATGTTCAGAGAT--AGT-AT--T
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGGA-ATAAAATAATAAT
** * * *** *
413623 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGATAGGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-A-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * *
413688 GATT-ATATAATCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGGACCTTTTGTTTTG
62 G-TTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * *
413751 TTATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTC-AAAAAAAATAATACT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * ** * * * *** * *
413803 GATCTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGCGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAAAGCAGTG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAACCAGTT
* * * * * *
413868 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATA
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
413932 AAATAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACT
130 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *
413980 AATTTAATATTATTGCAAAAATGAATAAATAAGATATTTAAAAAAT--A-------A---AACTA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAAT---T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * * *
414033 GTTCAAATAGTT-TAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGGCTTTTTCTTTAGT
62 GTTCAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
414097 CATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * **
414149 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* * * * *
414213 AAATTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTGTTT
60 CAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * ** * *
414276 TGCCATAAAAAAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAACAATACT
123 TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* *
414331 AATTTACTT-ATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAACTAAAGT-TGTTT-TTGAAC
1 AATTTA-TTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATTGAAC
* * * * * * *
414393 TAGTTC-AAT-ATTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-----T-CTTTC
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
414450 TCATAAAACAATTGCTTT-TAATCATACAAGCTTATTTGG-ATAAAAATAATACT
125 TCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATAAT
* * * * * *** **
414503 AATTTAATAATA-TTCTGAAAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAAATGTGTTTGCCGAAATAGT
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATTGAACCAGT
* * *** * * * *
414567 TCAAATAGTTAAGACTATCAAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT
64 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
414632 ATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
129 AAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * **
414681 AGTTTATTAACATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAGA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAAT---TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
** * * * * * * * *
414746 AGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTGTATTTTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
*** * * * * *
414811 CATAAAACTAA---AAGCTTTTC-CA-AAG---A----AAAAAAAATAATACT
126 CATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
** * * * *
414852 CCTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * *
414917 ATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** *
414982 ATAAAACAATTGCTTTTC-A-ACATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
127 ATAAAACAATT--TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *** *
415033 AATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACTAGTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * *
415098 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTAT-ATCATTTTGTTCTATCTTA
66 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
415162 AAATAATTGTTTT-TGTTCATACATGCTTATTTGTAATAAAATAATACT
130 AAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * *
415210 AATTTAGTAATA-TTCTAAAACTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAACT
1 AATTTATTAATATTTC-AAAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * *
415274 AGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAAATT-TTTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTG
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * *
415337 TCAGAAAAC-ATTTATTTCTGCTCATACAAACTTATTTGGAA-AAGAATAA-AAGT
125 TCATAAAACAATTT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAA-AATAATAA-T
** * * * * **
415390 AA-TTATTAATATTTCATAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAATAA
1 AATTTATTAATATTTCA-AA-AAT-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * * * * * * * **
415454 ATTCAAATAAGTATAACTATTTGAAAAATTGTTTGTTCCAAATCTTTATTATTTTTTGTTTTGTC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
415519 ATAAAATAATTGTTTT-TATTAATAAAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACT
127 ATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * ***
415570 AATTTATTAACATTT-AGAAAATTAAT--CA-A--TAAAAGAAGTAAATTTGTTTACCAAACCA-
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAA-AA-TAAATCTGTTTATTGAACCAG
* * * * * * * * * *
415628 TGTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAACTATTTATTTCTAATCATTATAACCTTATATTTTGTC
63 T-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** ** * * * ** * *
415693 ATCGAACAATTGGTTATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACT
127 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * * * ***
415744 AGTTTAATAATAGTCCAAAACTTATTAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCT-AACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATTGAACC
* ** * * * * *
415808 AATTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTACTTTTTCTTTTGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
415872 CATAAGACAATTGTTTT-T-TT-ATTACAAGTTTATTCTGATTAAAATAATACT
126 CATAAAACAATT-TTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * *
415923 AATTTCA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATT
1 AATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTT
* * ** * ** * * * * * * *
415987 TAATTGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACTTTTTGATTAGTCATA
65 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
416052 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACT
130 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * *
416100 AATTTATTAACATTTGAAAAAGTAATAAGAAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAA-GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * * * * *
416165 AATTTAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAATTTGTTATAATCTTTTGATTTG
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
416229 TCATAAAACAATTGTTTCCATTAATACGAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * *
416282 AATTTATTAATATTTCCTAAATTAA-TAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC
1 AATTTATTAATATTT-C-AAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * ** * *
416346 AGTTAAAATAATTA-CAGCCAATTGAATGATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
61 AGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
416410 TCATAAAATAATTATTTT-TGA-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAAATACT
125 TCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAT-AATAAT
* * *** *
416463 AATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
** * * * * *
416528 GTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTT-AAATCGTTAAGATC-ATTGTTTTGT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
416591 CATAAAA-TATTTGTTTC-ATATCTTACAAGTTTATTTGGAATAAAGCAATCCA-
126 CATAAAACAATTT-TTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-AAT
* ** **
416643 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAACAGATTTGAAAAAA-AAATCTAATTACCGAAC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
* ** * * * * * * *
416706 AAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTA
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
416771 ACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCTTGAATAAATTAATACT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GGAATAAAATAATAAT
* * * * *
416824 AATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTAAAAGAAATAAATTTGTTTATTGAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAA-AAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* ** * * *
416889 ATTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
416954 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATACAAGTTTATTC----------AA-AAT
127 ATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * * * * * *
416994 AATTTGTTAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAAATAACTTAAACAGTCAGTCTGTTTATCGAATC
1 AATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG-AGAT---TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * * * * ** * *
417058 AGTTCAAATAATTCTGGCCATTTCAACAATTATCTGTTTTAAATCCCTATTACCTTTTGTTTGGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *** *
417123 CATATAACAATTGTTTT-TAATCATACAAGTTTATAATGAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * ** *
417175 AATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAACT
1 AATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACC
* * * ** * * *
417239 AGTTCAAATAATTACGAATATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
61 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
417304 CATAAAACAA----TTATA-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
** * * * * * **** *
417351 AACCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGGTTGCCAAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * *
417415 GTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AA--G---T--CCTTTTTGTTTTGT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGT
* * * *
417472 CTTAAAACAATTTTTTCAATTCACACTAGCTTAATT-GGAATAAAATAA-AAT
126 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGGAATAAAATAATAAT
* *
417523 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTT-AAC
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAAC
* * *
417587 CAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAAC-A--AT-TATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTG
60 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * *
417648 TTATAAAACAAATATTTT-TGTTCATATTAGTTTGTTCGGAATAAAATAATACT
125 TCATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * * ** * *
417701 AATCTATTAATATATCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTATTTC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * ** *
417766 AAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTTATA
66 AAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
417830 AAACAATAGTTTT-TGTTCATACAAACATATTTAGATTAAAATAATACT
130 AAACAAT-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
** * * * * * *
417878 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * * * *
417943 GATT-AAATAGTCATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTAGTTTTGT
62 G-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** *
418006 CATAGAAA-AATTATTTC-AGTTAAT-CTAAGCTTATTCACAATAAAACAATAAT
126 CATA-AAACAATTTTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* * ** * *** *
418058 AAGTTATTAATATTTCAAAATTTAATAATTAGAAGATTTAAAAAACGAATCTATTTACCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* * *
418123 GTTTAAATAATTATGACTA-TTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGT
62 GTTCAAATAATTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *
418187 CATAAAATTATTTTTT-TATGTTCATATAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATACA-
126 CATAAAACAATTTTTTCTA--TTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATA-AT
* * * * *
418240 AATTTAGTAATA-TT-AAGACAACTAATAAGTAAAATATTTTTAAGAAATAAATCTGTTTACTGA
1 AATTTATTAATATTTCAA-A-AA-T--TAA-TAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGA
* * * ** * * * *
418303 A-TAATACCAAATCTTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTAT
58 ACCAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGT
* ** * *
418366 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATT
121 TTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT
* ** * * * * **
418423 AATTTATTACTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACTGAATAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA
* *
418488 GTTCAAATAGTCATGACTA
62 GTTCAAATAATTATGACTA
418507 GTTTTGTAAT
Statistics
Matches: 17277, Mismatches: 4259, Indels: 3189
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
147 1 0.00
148 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
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** * *
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* * *
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* *
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1 TAG
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* * *
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* *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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193 ATTATTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * *
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* ** *
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* * * **
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* * *** * *
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* *
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ATATTCTGAAAATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
ATTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
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TATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGT
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* *
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* * ** * * * *
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* * * *
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400684 TAAAATAATA
Statistics
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*
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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** * *** *
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* * * * * * *
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* * ** * * **
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* ** * *
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* ** * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * *
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445 T-C-AAATAGTTATCAAAAATTGAATAAATATAA
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TCAAATAGTTATCAATATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCACTATAACATGTTCTTTTATCAC
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TCAAAAATTGAATAAATATAA
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** * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
401812 CAAATGTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTTAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTGAAATT
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* * * * * * * *
401876 GTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATAC-ATTCTTGTTCAAAATAA
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* * *
401939 AATAATA-CAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TCG-TTTAAAAAGTAAATCTATTTA
322 AATAA-AGCAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * *
402001 CTGAATCATTTTAAATAATTATAGCC-ATTTCAAT-GATTATGTATTTCAAATCATTATTAACCT
386 CCCAACCAGTTCAAATAATTATA-CCTATTTCAATAG-TTATCTATTTCAAATCATTA-TAACAT
402064 TTTGTTTAGTCA-TATAACAAATGTTTTTTTTTATTATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATCT
448 TTTGTTTAGTCATTA-AACAAATGTTTTTTTTTATTATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATCT
402128 TTCAAAAATTAATAAG
512 TTCAAAAATTAATAAG
* *
402144 TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAA
1 TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATCAA
* * * * * *
402208 T-TGTATCCTTCAAATCG-TAATAGCCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTCTGTTCATATA
66 TATCTAT-CTT-AAATCGAT-A-AGACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
* * *
402271 AGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TCAAAATTAATAACTAAGAGAATT
127 AACTTATTCA-AAGAAAAATAATACTAA-CTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
* * * *
402334 AAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATA-TTTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTT
190 AAAAAACAAATGTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTT-AGACTATATGAACAATTATCTATTT
* * *
402398 CAAAATATTATGACCTTTTATTTTGTCTAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCCTATTCAGAA
254 CAAAATATTATAACCTTTTATTTAGTCTAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCCTATTCAAAA
* * *
402463 TAAAATAAAGTAAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAATTCTA
319 TAAAATAAAGCAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAG--ATAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * *
402528 TTTACCCAACCAGTTCAAATAATTATACCTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAGTCATTATGACA
382 TTTACCCAACCAGTTCAAATAATTATACCTATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATAACA
*
402593 TTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTTTT
447 TTTTGTTTAGTCATTAAACAAATGTTTTT
402622 GTTCATATAA
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 61, Indels: 33
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
525 4 0.01
526 11 0.03
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TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATCAA
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TATTCAAAGAAAAATAATACTAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA
CAAATGTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATA
TTATAACCTTTTATTTAGTCTAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCCTATTCAAAATAAAATA
AAGCAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCCAA
CCAGTTCAAATAATTATACCTATTTCAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTA
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * ***
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* * * * * * * * *** *
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* * * * *
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66 CATAAAACT-ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAA
* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** *
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* * * *
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** * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * ** * * * *
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254 AAATGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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*** *
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* * * * *
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* * * * *** * *
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** * * *
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* * ** * ** *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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** * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-CTTTTGTTTT
* * * ** *
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* * * * **
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*
404676 GTTAT-ATCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
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* * * *
404738 C-AA----T-T-GT--TATAAGTTTATTTAGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
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* *
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* * * * ** *
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128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATA
* * * * * *
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192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTT-GTCATAAAACA
* * * * * * *
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*
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* * *
405194 AGTTTTAAA-AGATTTTG-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGA-CTTTTTTTT
1 AG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
405255 TGTCATGAAA-TAATTGTTTTAGTTGACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
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* * * * * * **
405319 ATATTTTAGAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAACAAA-CTACTT-TCTAA-ACCAACTCAAA
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* * * * * *
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190 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
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254 AAATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAA
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318 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTAT-CAAACC
* * * * * *
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* * * *
405674 A-TTCAAAAAATTAATAAGCT-AGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAATTAAAAT
129 ATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAAT
* * *
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* * *
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316 AAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTCGTTTATCAAAC-C
* * * * * * ** * *
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1 AGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* **** * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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* **
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* * * * *
406860 CCAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT--TATTCCAAA
252 ACAAATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** * * *
406923 ACTTAATAGTAAAAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTA-CTAAGCG
317 AATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATC-AAACC
* * * *** * * *
406967 AGTTCAAAAAGTTATGACTGTTAGAATGCTTATTTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
407032 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACTATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * *
407096 -TT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAAGT-TATTTA-CTAAACAAGTTCAAATA
130 TTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATA
* * * * * *
407156 GGTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTCAAATCATTATGACATTATGTTTTGTTGCA-AAAA-A
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG-T-CATAAAACA
* * * * *
407219 ATTGTTTTTATTCATACAAAG-TTATTC-AGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAATA
255 AATGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
407282 ATTAGTAAGAGATTTAAAAACTAAA-TCTGTTTAGCGAACT
318 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * * * * * *
407322 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATAAGCTATCTAAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
407386 CATAAAA-TAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAT
66 CATAAAACT-ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
407449 ATTAT-AAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAGAAATAAATGTGTTTA-CTGAATTAGTTCAAATA
129 ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
407512 GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
407577 TTGTTT-TAGTTCATATATGCCTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCATAAAA
256 ATGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA
* * **
407640 TTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATGAA-TCTGTTTA-CTAAATA
319 TTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATTC-GTTTATC-AAACC
* * * ** *
407684 AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTGTG-TTT-T
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
407747 -AT-----TA-------A--T-ATATAA--TTGGTCCAAAATAAAATAATATTACTTTAATAATA
66 CATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
407794 TTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAGATAAATC-AGTTTATC-AAGAA-ATGAAGTAGG
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
* * * * * * **
407856 TA-GACCATTT-AGC-ATGTGTC-ATCTCAATGC-CTACTGTTATTATT-TTCCCACCATCT-TC
194 TATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTAAAT-CATTA-TGACATT-TTGTT-------T-TGTC
* * * * * * * * *
407914 CTAAATCGAAAAATCAGTTTTGTATT-GTATTA--TGTA--C-AATTGGAGAATCATTCT--TTA
247 ATAAA---ACAAAT--G-TTTCTATTCATATAAGCT-TATTCGAAAT--AAAATAATACTAATT-
* ** * * ** * ** ** * * * * ** * **** *
407971 GAAAAATCATATGAACTATCCT-CTTTGCCA-CTCAGACATTGATTCTTTCCTATTGTGCTAT
302 TATTAAT-ATTTCAAAAAT--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTT--TATCAAAC--C
** * ** * * * * * *
408032 AGGCTT-TGAT-GCTTATGTGCGCTTTAGCACATGAAATATTGCCT-TCCTAACTAAGCA-TACG
1 A-G-TTCAAATAG-TTATG-ACTATTT-G-A-A-CAATTA-T--CTAT--T-TCAAATCATTATG
** *** * * * *** * * * * ** *
408093 AAGTTCTTGCCCTGTCAT---ATTGTTCGGTCCTCCCTTCTCTAACACTGCGCTAAT-AAAGCAC
52 ACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACTATT--GT-TTTAGTTC-AT-ACA-AGC-TTATTCAAAATAA
***** * * * **** *** * ** **
408154 GGGGCTATTAAGATGTA-GAATATGTCCCCTACACTCTTTCAATCTCTTA-AGATTTGGAATCTC
109 AATAATACT-A-ATTTATTAATAT-T----T-CAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-
* * * ** * * * * * ** * *
408217 AGCCATACTCCCCATCCTCCATTGAATTTGGTC-TAT-CTTTTGA-T-TCTGGTCATTTTTTCTC
164 A---A-A-T--CTAT--T-TATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCT-
* * *** * * **** ** * ***
408278 CATCATACAA-GACCCGTGCCACTTTCACCTGT-AGTTGCAGCAGCCGTTTTGCT-TT-AT-T--
217 -AT-TTA-AATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCA--TAAAACAAATG-TTT-CTATTCATATAA
* * * * * * ** ** *** **
408336 --TTA-T-GAAAGAAGGAGTGAA-AGCCACTTGACT--GGTTGGAAAGGAGCGAA-AAGCTACTT
274 GCTTATTCGAAATAA--AAT-AATA-CTAATTTATTAATATTTCAAA--AATTAATAAG--A-GA
* *** ** * * * **
408393 TTTCAAGCTTCCCATTTGCTGATCAAGTGAGTG
330 TTTAAAAAAT-AAATTCGTTTATCAA---A-CC
* * * ** * * * * **
408426 AGGTCGAAAGACTTCCCAGGTCGGGGGGTTTATCTGGACATCGTTAAGACTACAT-AAA-CGA-T
1 AGTTC-AAATAGTT---A--T------GACTATTTGAACA--ATT-A-TCTATTTCAAATC-ATT
* *** * ** * * * * * *
408488 A--ATCTATTTCAAATCGT--TATGACT-TTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTTGTAC
49 ATGACCT-TTT-GTTTTGTCATAAAACTATTGT-TTTAGT--TCATACAA--G--CT-TAT-T-C
** * * * * *
408548 AAGCT-TATTCGAATTCAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAATATTAATAAGTAAGAGATT
102 AAAATAAAAT--AATA---------CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * ** *
408612 TAAAAATTAAATTTGTTTATCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTACAAAAATTATCTATTT
156 TAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
408677 CAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAA-TAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-T
221 --AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCG
* * *
408739 AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-TAAAA-AA
283 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
408801 A-TCTATTTACCAAACA
342 ATTC-GTTTATCAAACC
* * * * * ** * *
408817 AATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTAT-AACTTTTGATTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** **
408881 CATAAAA-TAATTGTTTCAGTTAATA-AAGTTTAGACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACT-ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
408944 TTTCCTAAAA-TATTAA--AA-A-AATTAAAAAATAAATCTATTGATTGACTTAGTTAAAATAAT
130 TTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
* ** * * * *
409004 T-TGACCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTTATCATAAAACAAT
194 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAACAAA
* * * * **
409068 TGTTTCTGA-TGATAAAAGCTTATTCG-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAAT
257 TGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* **
409131 TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGT-ATTTGCCAAACC
320 TAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTATCAAACC
* ** * * * * *
409173 AATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATT-TCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTAGA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
409237 CATAAAA-TATTTGTTTCA-TATCTTACATGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAAC
66 CATAAAACTA-TTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
409300 A-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTTAAGT
129 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAAT
* * * * *
409363 AGTTATGACTACTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATA
191 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
409428 ATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGCTTATCCAAAATAAAAATAATATTAATTTCTTAATAATTT-GA
255 AATGTTTCTA-TTCATATAA-GCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAA
* * *
409491 AAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAATAATAAATTTGTTTACCAAACA
316 AAATTAATAAG--AGA-TTTAAAA-AATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * * * * * * *
409537 AATTCAAATAGTTAAGACTATTGGAGCAATTGTCTATTTAAAATTATTATGACATTCTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
409602 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
409667 TTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAGCAAATCAGTTCAAAATAATT
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTC-AAATAGTT
* * ** * * * * * *
409732 ATGGCTATTTCAGGAATTATCTATTTCAAATCGTTAAT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATT
195 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATT-ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
* * *
409796 GTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTA
258 GTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
409860 ATAAGTAAGATATTTAAAACTAAA-TCTATTTACCAAACC
322 ATAAG--AGAT-TTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* ** * * * *
409899 AATTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * * *
409964 CATAAAAAAATTATTTCTA-TTCACACAAGCTTATTCGAAAA-AAAATATTACAAATCTAATAAT
66 CATAAAACTATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
410027 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAA-AGCAGTTCAAATA
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATA--AGTTCAAATA
* * * * * *
410090 GTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * *
410155 TTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTAGGAATAAAGTAA-AATGAATGTATTAATATTTAAAAAA
256 ATGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * *
410218 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACT-AATTCTATTTACCTAACC
319 -T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * ** *
410261 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *** * * * *
410326 CATAAAA-TAAATGTTTTTGTTCATATACTTTTGTTCAAAATAAAAAAATACTAATCTACTAATA
66 CATAAAACT-ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
410390 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCTAATAGTT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTT
* * * ** *
410451 ATGACTATTTGAGCAATTA-CTTTTTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTAAGTTATAAAAC-AAT
195 ATGACTATTTGAACAATTATC-TATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
* * * ** * * * * * *
410514 AGTTTTTGTTCTTGCAAGCCTAATC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAATAATT
258 -GTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
410578 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATAT-ATTTATCGAACA
321 AATAAG----AGATTT-AAAAAATAAAT-TCGTTTATCAAACC
* * * ** * *
410620 AGTTCGAATAGTCATGACTTTTTGAGTAATTAT-TATTTCAAATCATTCTGACCTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** **
410684 -AGTAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CA-TAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
410748 TTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGAATTCAAAAAA-GAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTA-TT------T-A--TC-----G-
* * * * * *
410812 AAATAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTGT
178 -AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGT
** * ** ** * *
410877 TTTGTCATAAAACATTTGGTTCTGCTCATGGAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTCA
241 TTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * ***
410940 TTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAA-TCTATTTACCAAGTG
304 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * * * * *
410997 AGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTATTTCGAATCGTTATGACATTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * *
411061 TCATAAACCAATTGGGTTTA-TTTATACAAAATTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAT
65 TCATAAAACTATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * **
411125 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTGTAT-GACCAA-TTCAAATA
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TATCGAATAAGTTCAAATA
* * * *
411184 GTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG--ATCTTTGTTTTGTCATAAAATA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * ** *
411247 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAATTATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAT
255 AATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-
* * * *
411311 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATGT-GTTT-GCAGAATC
318 -ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTATCA-AACC
* * * * *
411353 AGTTCAAATACTTGA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** *
411417 TCATAAAA-TAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAACTAATACT-ATTCTATTAA
65 TCATAAAACT-ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAA
* ** * * * *
411480 -AATTCAAAAAATTAATAAG-AA-AGAAATAAAAAA-AAATCTGTTTATTGAACAAATTCAAATA
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATA
* ** * * *
411541 GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATAATAAAACAA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
411606 TTGTTTC-AGTTCATAAAACCTT-TTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAA
256 ATGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
** * *
411669 TTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTATCAAATC
319 TT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * * *
411712 AATTAAAATAATTATGGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
411776 TCATAAAACAATTGTTGTTCA--TCGTATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAA
65 TCATAAAACTATTGTT-TT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** * *
411838 TATTTCAAAAATTAATGAGTAGGA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAACCAA-TTCAAAT
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAAT
* * * ** * *
411901 AGTTATGACTATGTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
191 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
411966 ATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAA
255 AATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* ** *
412030 ATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACT
318 AT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * * * *
412073 ATTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTGGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * ** *
412138 CAT-AAACAAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 CATAAAAC-TATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
412202 TTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAACTAGT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
412261 TATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCA-TTTGGTTTGTCATAAAATAAT
194 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * * * * *
412325 TGTTTCTATTGATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTAT-GAAAATT
257 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATT
** * *** * *
412389 AATAAGTAATGAATTTAAAAAATGCATTTGTTGGCCTAACT
321 AATAAG--A-G-ATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * * * * *
412430 AGTACAAATAGTTATTACTGTTTGAATAATAATCTTTTTCAAATTGA-TATGACTTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
412494 TCA-AAAAATAATTGTTTGTA-TT-AGTACAAGCTTATTCAGAATAACATAAT-TTAATCTATTA
65 TCATAAAACT-ATTGTTT-TAGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
412555 ATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAATTGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATA
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATA
* * * * * *
412616 GTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAAT-AGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
412680 ATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAAAACAAATTCATTAATA-TTCAAATA
255 AATGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-A
* * **
412743 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATA
318 ATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * ** **
412787 AGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTACAATTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *** * * *
412852 CATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACATGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTCTTAATA
66 CATAAAACTATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * * * * *
412916 TTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTT
* * * ** * ** * * *
412981 ATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTA
195 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
* * * *
413046 TATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAA
259 TTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A
* * *
413110 TTAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTATTTATCGAA-C
322 --A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * * * *
413148 ATGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTC
1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
413213 TCATGAAACAATTGTTTCT-GTTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
65 TCATAAAACTATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * *
413276 TATTTCAAAAATTAATAAGTAATA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CCTTAACATGTTCAAATA
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATA
* *
413339 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAA-GAGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAACC
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * *
413402 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA
254 AAATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
413467 TCAAAAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAGCA
319 T---TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * * * *
413510 AATTTAAATAGTTATGAATGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
413574 TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAG-TATGTTCAGAGAT--AGT-AT--TAATTTATTA
65 TCATAAAACTATTGTTT-TAGTTCATACAAGCT-TATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * * * *
413632 ATATTTTGAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATT-ATA
127 ATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAG-TTCAAA
* * * * * *
413695 TAATCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA
190 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** ** * * * **
413759 CAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTC-AAAAAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTTAAA
253 CAAATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
413823 ATTAATAAGCGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CAAAAAGC
318 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATC--AAACC
* * * * * * *
413864 AGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * *
413928 CATAAAA-TAATTGTTTCT-TTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATATT
66 CATAAAACT-ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
413991 ATTGCAAAAATGAATAAATAAGATATTTAAAAAAT-AA---A---A-C---T-AGTTCAAATAGT
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
414044 T-TAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGGCTTTTTCTTTAGTCATAAAACAAT
194 TAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * * *
414108 TATTTC-AGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAA
257 TGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * *
414170 TTAATGAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAACA
319 TTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * *
414214 AATTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * * * * *
414277 GCCATAAAAAAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTACTT-A
64 GTCATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAA
* * * * *
414341 TATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAACTAAAGT-TGTTT-TTGAACT-AGTTC-AAT
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAAT
* * * * *
414402 A-TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG--A---T-CTTTCTCATAAAACA
191 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
414460 ATTGCTTT-TAATCATACAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTGAA
255 AATG-TTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* * ** *
414522 AATAAATAAGATATTTAAAAAATAAAATGT-GTTTGCCGAAA-T
317 AATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT-TCGTTTATC-AAACC
* *** * * * * *
414564 AGTTCAAATAGTTAAGACTATCAAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *** * *
414629 CATATAA-TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAACA
66 CATAAAACT-ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * **
414693 TTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAGAAGTTTGAATAGT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** *
414758 TATGACTATTTGAATAGTTGTATTTTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAAA
194 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAA
* * * * **
414823 AG---CTTTTC-CA-AAG---A----AAAAAAAATAATACTCCTTTATTAATATTTCAAAAGTTA
257 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA---A
* *
414876 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTA-CTAAATC
319 TTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATC-AAACC
* * * * * * ** *
414916 AATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
414981 CATAAAACAATTGCTTTTCA--ACATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAAT
66 CATAAAACTATTG-TTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
415044 ATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAG
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAG
** * * * *
415104 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTAT-ATCATTTTGTTCTATCTTAAAATAA
193 TTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
415168 TTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTTGTAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAACT
256 ATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA--
* ** * * *
415232 TAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAACT
318 -ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * *
415274 AGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAAATT-TTTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * *
415337 TCAGAAAAC-ATT-TATTTCTGCTCATACAAACTTATTTGGAAA-AGAATAAAAGTAA-TTATTA
65 TCATAAAACTATTGT-TTT-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
415398 ATATTTCATAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAATAAATTCAAATA
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAAT-
* * * * * * * * ** *
415463 AG-TATAACTATTTGAAAAATTGTTTGTTCCAAATCTTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
191 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * *
415527 ATTGTTTTTATTAATAAAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAA
255 AATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA
* * *
415591 TTAAT--CA-A--TAAAAGAAGTAAATTTGTTTACCAAACC
319 TTAATAAGAGATTTAAAA-AA-TAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * * * *
415627 A-TGTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAACTATTTATTTCTAATCATTATAACCTTATATTTTG
1 AGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * ** *** * *
415691 TCATCGAACAATTG-GTTATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTAATAAT
65 TCATAAAACTATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * * ** * *
415755 AGTCCAAAACTTATTAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACCAA-TTCAAATAG
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
415819 CTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTACTTTTTCTTTTGTCATAAGACAAT
193 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * *
415883 TGTTT-T-TTTATTACAAGTTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAA
257 TGTTTCTATTCA-TATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAA
* * *
415944 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATC
319 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * * ** * ** * * * * *
415983 AATTTAATTGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACTTTTTGATTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
416048 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACAT
66 CATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
416113 TTGAAAAAGTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAATTTAAATAG
131 TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATAG
* * ** * *
416176 TTATTACTATTTAAACAATTATCTATTTAAATTTGTTATAATC-TTTTGATTTGTCATAAAACAA
193 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * ** * *
416240 TTGTTTCCATTAATACGAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAT
256 ATGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAA-
* * *
416304 TAA-TAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATC
317 -AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATC-AAACC
* * * * * ** *
416346 AGTTAAAATAATTA-CAGCCAATTGAATGATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
416410 TCATAAAA-TAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAAATACTAATTTGTTAA
65 TCATAAAACT-ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAA
* * * * * *** *
416473 TATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCCGTTCAAATGG
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAG
* * * * * *
416538 TTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTTAAATCGTTAAGATCA--TTGTTTTGTCATAAAATAT
193 TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * ** * * *
416601 TTGTTTC-ATATCTTACAAGTTTATTTGGAATAAAGCAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAA
256 ATGTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * *
416664 TTAATAAGCAACAGATTTGAAAAAA-AAA-TC-TAATTACCGAACA
319 TTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATTCGT--TTATCAAACC
* * * * * * **
416707 AGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTAA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * *
416772 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTTGAATAAATTAATACTAATTTCTTAATA
66 CATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
416836 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTAAAAGAAATAAATTTGTTTATTGAACAAATTCAAATAGC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
416900 TATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
194 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
* * * *
416965 GTTTC-AGTTTATACAAGTTTATTC--------A-AA-A-TAATTTGTTAATATTTTC-AAAATT
258 GTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATT
* * * * * * *
417017 AATAAGTAAATAACTTAAACAGT-CAGTCTGTTTATCGAATC
321 AATAAG-AGAT---TTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * * * * * * ** * *
417058 AGTTCAAATAATTCTGGCCATTTCAACAATTATCTGTTTTAAATCCCTATTACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
417123 CATATAACAATTGTTTTTA-ATCATACAAGTTTA-T-AATGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
66 CATAAAACTATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA--AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
417185 TCA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAACT-AGTTCAAAT
128 T-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAAT
* * * * ** * * *
417248 AATTACGAATATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-
191 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ** * *
417312 AA---TTATA-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACCTAATAATATTCCAAAAAT
255 AATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-
* * * ** *
417373 TAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGGTTGCCAAATC
319 T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * * * *
417414 AGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAGTC-------CTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** *
417472 CTTAAAACAATT-TTTTCAATTCACACTAGCTTAATT-GGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
66 CATAAAACTATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * ** *
417534 TATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-CTTAACCAGTTCTAATA
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATA
* * ** * * *
417598 ATTATGACTATTTGAACAATTA--T-TTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * * * * * * *
417660 TATTTTTGTTCATATTAGTTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATATCAAAAATTA
257 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *
417725 ATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCAAACT
322 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * * **
417761 ATTTCAAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
417825 TTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAACATATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
417890 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACT-AGATT-AAATA
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAA-TAAG-TTCAAATA
* * * *
417952 GTCATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTAGTTTTGTCATAGAAA-A
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AAACA
* * * * * * *
418015 ATTATTTC-AGTTAATCTAAGCTTATTC-ACAATAAAACAATAATAAGTTATTAATATTTCAAAA
255 AATGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* ** * * *
418078 TTTAATAATTAGAAGATTTAAAAAACGAA-TCTATTTACCAAACA
318 ATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * ** *
418122 AGTTTAAATAATTATGACTA-TTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
418186 TCATAAAATTATTTTTTTATGTTCATATAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATACAAATTTAGTAA
65 TCATAAAACTATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
418250 TA-TT-AAGACAACTAATAAGTAAAATATTTTTAAGAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAA-TACC
128 TATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGT-TC
** * * ** *
418311 AAATCTTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TATTTATTTTGTCATA
187 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
418375 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATTACTATTTT
250 AAACAAATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
418439 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACTGAATA--
314 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTA-TCAA-ACC
* * * * * * **
418487 AGTTCAAATAGTCATGACTAGTTTTGTAATAAAATAATACTAATTT-ATTATTATCTA-AAAATT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA--TTTG--A-ACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCAT-TATGACCTT
* * ** ** * * * * * ** **
418550 AATGAGTAAGAGAATTAAAA--AATGAATTT-GGTCATAGAA-CATATTC-AAATAGTTATGGCT
57 -TTG-TTTTG-TCA-TAAAACTATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAAT-AAT
*** * *** * * * *
418610 ATCTAAACAATTATATATTTCAAAACATT-ATAACCT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTT
115 A-CTAATTTATTA-ATATTTCAAAA-ATTAATAA-GTAAGAGATTTA--A-AAAATAAAT-CTAT
* * * * * * * * **
418673 TTTTCGTGGAAGCTTATTTCAAACAAAATAATATAAATTTACTAATATTTCAAAAATTA-ATAAA
172 TTATC---GAA--TAAGTT----C-AAATAGT-T--A-TGAC---TATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * *
418737 TAAA-AATTTAAAAAATAAATATG-TTT-TC-TAAACACATTTAAATAGTTAT-GATT-ATTTGA
220 TAAATCA-TTATGACAT---TTTGTTTTGTCATAAA-AC----AAAT-GTT-TCTATTCATAT-A
* ** * ** * * ** ** *
418796 A-CAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAATCAATTGTTTCTATTCA
273 AGC--TTATTCGAAAT-AAA--ATAAT-A-CTAAT-TTAT-TAATATTTCAA------AAATTAA
* * ** * ** *
418859 TAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATT-CCAAA--
323 TAAGAGATT-TAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * ** * * * * * * * **
418891 AATT--AATAAG-TA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGTGAGTTCA-GATATTTAT
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT-C-AAATCA-TT-ATGACCTTT-T
* * * * ** * * * **
418951 GACTATTTG--A-ATAATTATT-TATTCAATT-ATGTAATCTTTGTTTCATAAA-ACAATTGTTT
59 G--T-TTTGTCATAAAACTATTGT-TTTAGTTCATACAAGC-TT-ATTCA-AAATA-AAAT-AAT
* * * * * *
419010 ACT-ATTCATACAAGTTTATTCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTTAAAATAATA
115 ACTAATTTAT-TAA---TATT-T--CA-AAAAT--TAATAA-GTA--AGAGA-TTTAAAA-AATA
* * * * * * * *
419073 AGT-TGGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTATTGAGCAAGTTCAAATGGTCATGTTCCATTTGAGC
165 AATCT---A-TT-------T--A-TCG-AAT-----AAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAAC
* * * * *
419137 TTATTATCTATTCAAATCGTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTT-TCATTTAT
209 -AATTATCTATTTAAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATGTTTCT-ATTCAT
* ** * *
419201 ACCAAAATTATTCCAAA-ATAAATAATACCTAATTTATT-ATATTTGAAAAATTAATAAGAGATT
270 A-TAAGCTTATTCGAAATA-AAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
** * **
419264 TAAAACCTAAATTTGTTTATTGAACC
332 TAAAAAATAAATTCGTTTATCAAACC
* * ** *
419290 AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * * * *
419353 TTATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACATGCATATTTGAAGTAAAATATTCCTAA-TTAATAAC
65 TCATAAAACTATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
419416 A-TTCTAAAACTTAATCAGTAAGAGATTGAAAAAAATAAATGTGCTTGTC-AAGCT-AGTTCAAA
129 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTATCGAA--TAAGTTCAAA
* * * * * ** * * *
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190 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** * * *
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254 AAAT-GTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A
* * ** * * *
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* * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * * * * * *
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130 TTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * * * *
420068 TATAAAA-TAATTGTTTCAGTTTATTTAAGTTTATGCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
66 CATAAAACT-ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * ** *
420132 TTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTGAAAAATAAATATGTTTGCCGAAGCAA-TTCAAA-AGT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGT
* * * * ** * * *
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194 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTAT-GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * * * * *
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257 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA--A
* * * * * *
420324 TAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTA-CTGAATC
319 TTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATC-AAACC
* * * * * ** * * * * * *
420364 AATTTAACTAATTATGGCCCTATCAACAATTATCTATTTC-AATCGTTATTACCTTTTCTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * ** * * * * * *
420428 CATATAACAATTGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTCGGAATACAATGATGCTAATTTGTCAATCT
66 CATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
420493 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATAATAAATCTATTGA-CTGAACT-AGTTTAAATAGT
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGT
* * ** * * * * *
420556 TATGGCTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT
194 TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
* * * * * * * * * * *
420621 ATTTTTGTTGATACAAGATTATTCGAAAAAGAAATAAGACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTA
258 GTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
420686 ATAACTATGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
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* * * *
420726 AGTTCAAATATTTAAGACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *** *
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* * * * **
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* * * ** * * *
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192 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * ** * * *
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256 ATGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
421048 AATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCAATCT
321 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTATCAAACC
* * ** * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG
** * * * ***
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** * * * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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** * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *** * *
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* * * * * * *
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*
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*** **
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** * *
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* *
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* ** * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * *
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* * *
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* * ** * **
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * ** * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * ** *
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*
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* **
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* * * * *
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* * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * *
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* *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
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1 TAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAG-TAAGA-GA-TTTA--AA-AAA
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170 GCTTATTCGAAA
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121 CATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGT-TTCAGTTC-AT-ACA-AGC-TTATTCG
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179 AAA
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1 -TAAAATAATACT-A-ATTTATTAATAT-T--CC-A-A-AAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAA
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56 AATAAATCTG-TTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTA---TTTGA-AC-AATTATCTA
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113 TT-T-CA-AAT-CATTA----TGAC-CTTT----TGT-TTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTCAGT
* *** *
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162 TCAT-ACAAG-CTTATTCGAAA
*** * ** * * * * ** **** ****
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1 TAAAATAAT-ACTAATT-TATTAA-TATTCCAAAA---A-TTAAT-AAG-TAAGAGATTTAAAAA
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112 ATTTCAA--ATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAA--G
* * *
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* * * * * * *
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117 -AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-
408741 AA
180 AA
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
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129 CCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
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* * * * *
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1 T-AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAAT
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
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* * * * * ** *
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* * * **
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAA---A
* * * *
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* * * * * * **
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*
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* * * * *
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* * *** * * * *
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* * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
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* * * ** * * * *
411278 TAAATTATTGCTAAACTAATAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATGTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
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* * * * *
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* * * **
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1 TAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
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* * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* *
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * ** *
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* *
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* * ** * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* ** *
412178 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
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* * * * * *
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129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * *** ** *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * * * * *
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65 GTT-TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * * *
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* * * * * * * *
412535 TAACATAAT-TTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAATTGAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
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66 TTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * *
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129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAA
* * * * *
412711 TAAAATAAAACAAATTCATTAATATT-CAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * **
412775 GTTTA-TCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTACAA
65 GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * *
412839 TTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACATGCTTATTTGGAT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * *** * * * * *
412892 TAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * ** *
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66 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * * *
413022 TTTTGTTTCATCATAAAGCAATTATATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
413073 TAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
413138 TTTA-TCGAACATGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCATTATGAC
66 TTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
413202 ATTTTGTTTTCTCATGAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCCAAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* *
413254 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATA-ATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
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65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * ** * *
413381 ACTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTTGAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
413434 TAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATCAAAAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCCG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * * * *
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* * * *
413563 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAG-TATGTTCAGAGA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCT-TATTC-GAAA
* *** * *
413616 T--AGT-AT--TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
413675 ATTTACCAAACAAGATT-ATATAATCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGG
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413738 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAAATTATTC-AAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
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413791 AAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTTAAAA-T--TAA-TAAGCGATTTAAAAACTAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
413852 TTTAC-AAAAAGCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGA
66 TTTACTAAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** * * *
413916 TC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGAT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
413968 TAAAATAATACTAATTTAATATTATTGCAAAAATGAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAA----
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
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* * * * *
414085 TTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * * * * *
414137 TAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* ** * *
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65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * * * * * * *
414265 ACATTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
414319 TAAAACAATACTAATTTACTT-ATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAACTAAAGT-
1 TAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TC
* * * * * *
414382 TGTTT-TTGAACTAGTTC-AATA-TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
64 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
414444 -----T-CTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTA-ATCATACAAGCTTATTTG-GA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* ** * *
414490 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAA-T-A-AA-TAAGATATTTAAAAAATAAAATG
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATC
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64 TGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
414615 ACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * ** * * *
414669 TAAAATAATACTAGTTTATTAACATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * ** * * * * * * **
414734 GTTTATTGAAGAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTGTATTTTTAAAATTGTTATGAC
65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * *
414799 CTTTTGTTTTGTCATAAAACTAAAAGCTT---TTC-CA-AAG---A----AAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* ** * *
414840 AAAAATAATACTCCTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * ** *
414905 TTTACTAAATCAA-TTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTAC
66 TTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
414969 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCA--ACATATATGCTTATTCAAAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
415021 TAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * **
415082 TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTAT-ATC
66 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * ** * * *
415146 ATTTTGTTCTATCTTAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTTGTAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
415198 TAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAACTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
415263 TTT-GTCGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAAATT-TTTATTTCAAAT-GTTATGA
66 TTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
415325 CCTTTTGCTTTGTCAGAAAACATTTATTTCTGCTCATACAAACTTATTTGGAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAA
* * * * * * * * * *
415379 -AGAATAAAAGTAA-TTATTAATATTTCATAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * *
415442 TTTATCGAATA-AA-TTCAAATAAG-TATAACTATTTGAAAAATTGTTTGTTCCAAATCTTTATT
66 TTTA-CTAA-ACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * * * *
415504 ATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTAATAAAAGTTTGTTTGAAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
415558 TAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATCAA-T---A-A---AAGAAGTAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
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64 TGTTTACTAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * * ** * *
415678 ACCTTATATTTTGTCATCGAACAATTGGTT-ATGTTCATACTATTTTATTTGGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * ** * *
415732 TAAAATAATACTAGTTTAATAATAGTCCAAAACTTATTAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-
* ** * * * * * *
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65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
415860 TTTTTCTTTTGTCATAAGACAATTGTTT--TTTTATTACAAGTTTATTCTG-AT
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTC-GAAA
* *
415911 TAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * ** * ** * *
415971 GTTTATCGAATCAA-TTTAATTGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAA
65 GTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
416035 CTTTTTGATTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AGAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * ** * *
416088 TAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAAGTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * ** *
416152 TGTTTACTGAACAAATTTAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAATTTGTTATA
64 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * * * *
416216 ATCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCCA-TTAATACGAGCTTAGAT-GGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAA
* * * *
416270 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCC-TAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * ** *
416334 GTTTACTAAATC-AGTTAAAATAATTA-CAGCCAATTGAATGATTATCTATTTCGAATCATTATG
65 GTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * *
416397 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
416451 T-AAATAAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * *
416515 GTTTACCAAACCCGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTT-AAATCGTTAAGA
65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
416579 TC-ATTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGTTTATTTGGAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAA
** * * * * * *
416631 TAAAGCAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAACAGATTTGAAAAAA-AAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
** ** * * * *
416695 AATTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGAC
65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * *
416760 TTTTTATTTTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTTG-AA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAA
* * * * * *
416812 TAAATTAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTAAAAGAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCT
* * * * * * * *
416876 GTTTATTGAACAAATTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGAC
65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
416941 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGTTTATTC----
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * * * *
416989 ----A-AA-A-TAATTTGTTAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAA-ATAACTTAAACAGTCAGTC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * ** *
417045 TGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTCTGGCCATTTCAACAATTATCTGTTTTAAATCCCTATT
64 TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
417109 ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTA-ATCATACAAGTTTATAAT-G-AA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTAT--TCGAAA
* *
417163 TAAAATAATACTAATTTATTAATCATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * ** * *
417227 ATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTACGAATATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAAC
65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
417292 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TAT-A--TCATACAAGCTTATTTGGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
** * * * *
417339 TAAAATAATACTAACCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
417403 GTTGCCAAATC-AGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAGTC-------C
66 TTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
417460 TTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTTTTTCAATTCACACTAGCTTAATT-GGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAA
* * * * *
417512 TAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * ** *
417576 GTTTACTTAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAAC-A--AT-TATTTCAAATTGTTATGTC
65 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** ** * * *
417637 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATATTTTTGTTCATATTAGTTTGTTCGGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
*
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
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*** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * * **
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* *
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* * *** * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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**
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * * ** * ***
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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258 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * **
410612 ATCGAACAAGTTCGAATAGTCATGACTTTTTGAGTAATT
321 ACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
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* ** * * *
410713 CTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGAATTCAA
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* * * * * *
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126 AAAATAAATCTGTTTACC------G-----A-A-C---CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
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* ** * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * *
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126 AAAATAAATCTG-TT-TACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
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* * * ** * * * *
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254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
411573 ATTGTTATGACTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAACCTT-TTCCAAAA
191 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATT-CAGAA
* * * * ** **
411636 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAA
254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
411701 TTTATCAAATCAATTAAAATAATTATGGAC-ATTTGAACAATT
318 TTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATT
* * *
411743 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGTTCATCGTATAAGCC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTCATCATACAAGCT
* * *
411808 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAATTTTAAAAA
65 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-TTTAAAAA
* * * * * * *
411872 ATAAATATGTTTGCCCAACCAATTCAAATAGTTATGACTATGTAAACAATTATATATTTCAAATT
129 ATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
411937 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAA
194 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
412002 TAATACTAATATAATAATATTATGAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC
259 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
412067 CAAACTATTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATT
323 CAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * ** * * *
412104 ATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTGGTTTTGTCAT-AAACAAAATGTTTTTGTTTATATAAGT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTTCATCATACAAGC
* * *
412168 TTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG-ATTT-AAAA
64 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAA
* * * * * * *
412229 ATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAACTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
129 ATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
412294 GTTATGACCATTTGGTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTCAAAATAAAG
194 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * ** * **
412359 TAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAATGA-ATTTAAAAAATGCATTTGTTGG
259 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * *
412423 CCTAACTAGTACAAATAGTTATTACTGTTTGAATAATA
322 CCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
412461 ATCTTTTTCAAATTGA-TATG-ACTTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTGT-ATTAGTACAA
1 ATCTATTTCAAA-TCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCA-TACAA
* * * *
412523 GCTTATTC-AGAATAACATAAT-TTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-TATTTAA
62 GCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAA
* * * * * *
412583 AAATTGAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCA
126 AAAATAAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * *
412647 AATAGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AT
190 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAA
* * * * *
412711 TAAAATAAAACAAATTCATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
412775 GTTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
317 GTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
412818 ATTTATTTCAAATCGTTA-CAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACATGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TCATACAAGC
* * * * * ** * * *
412882 TTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAA
64 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTTAAAA
* * * * * *
412947 AATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
128 AATAAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** * * * * * *
413011 TTGTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTATATCA-GTTCATATAGGCTTATTCAAAATA
192 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * *
413075 AAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT
256 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * *
413140 TATCGAACATGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATT
320 TACCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * ** *
413180 TTATATTTCAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTCTCATGAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCATACAAGC
* *
413244 TTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAATTTAAAA
64 TTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAA
* * *
413308 AATAAATCTGTTT-CCTTAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAA
128 AATAAATCTGTTTACC-GAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
413371 AGAGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATT-TGAAAT
191 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT
* * * * * *
413435 AAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATCAAAAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCCGT
255 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
413500 TTACCGAGCAAATTTAAATAGTTATGAATGTTTGAATAATT
319 TTACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
413541 ATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAG
1 ATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAG
* * * ** *
413604 -TATGTTCAGAGAT--AGT-AT--TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGATAGGAGATTT
63 CT-TATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGA-ATTT
* * * * * * * *
413662 AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATT-ATATAATCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATT
124 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * **
413725 TCAAATCATTAGGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCA-
187 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * ** * * *
413789 AAAAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTTAAAAT--TAA-TAAGCGATTTAAAAACTAAATTT
252 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
413851 GTTTACAAAAAGCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
317 GTTTAC-CAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * ** *
413895 ATCCATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAACT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCATACAAGCT
* * * * * * *
413959 TATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATATTATTGCAAAAATGAATAAATAAGATATTTAAAAA
65 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAA
* * *
414024 ATAAAAC----TA--G------TTCAAATAGTT-TAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAAT
129 ATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
414076 CATTTTGGCTTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAA
193 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * * * *
414140 ATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAATCTAT
257 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGT
* *
414204 TTACCGAACAAATTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATT
319 TTACCAAAC-AATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
414245 ATCTATTT-AAAGTCATTATG-ACATTTTGTTTTGCCATAAAAAAATT-ATTTCAATTCATAAAA
1 ATCTATTTCAAA-TCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAA
* * * * *
414307 ACTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTACTT-ATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTA
62 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTA
* ** * * * * *
414371 AAAACTAAAGT-TGTTT-TTGAACTAGTTC-AATA-TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC
125 AAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * *
414432 AAATCATTATGA-----T-CTTTCTCATAAAACAATTGCTTT-TAATCATACAAGCTTATT-TGG
189 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGA
* * *
414489 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTGAAAAT-A-AA-TAAGATATTTAAAAAATAAAAT
253 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * * *** *
414550 GTGTTTGCCGAAATAGTTCAAATAGTTAAGACTATCAAAATAATT
315 CTGTTTACC-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
414595 ATTTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTT-AGTTCATACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAGC
* * * * * * *
414659 TTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAACATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAA
64 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAA
* ** * ** * * * * * *
414724 AAATAAATTTGTTTATTGAA-GAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTGTATTTTTAAA
127 AAATAAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * *
414788 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAAAAG-CT-T-TTC-CA-AAG---A---A-AAA
191 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
** *
414841 AAAATAATACTCCTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
255 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
414906 TTACTAAATCAATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACT
319 TTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
** * * * * *
414947 ATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCAACATATATGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCT
* * * *
415012 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAT
65 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAA
* * * * * *
415074 TAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTG
130 TAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
415139 TTAT-ATCATTTTGTTCTATCTTAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATT-TGTAATAAA
195 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * * * *
415202 ATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAACTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
258 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * *
415266 GTCGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAAATT
321 ACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATT
* * * * * * * *
415306 -TTTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCAGAAAACATTTATTTCTGC-TCATACAAAC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-CATCATACAAGC
* * * * * * * *
415368 TTATTTGGAAA-AGAATAAAAGTAA-TTATTAATATTTCATAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGA
64 TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAA
* * * ** * * * * * *
415431 AAATAATTCTATTTATCGAATAAATTCAAATAAG-TATAACTATTTGAAAAATTGTTTGTTCCAA
127 AAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * ** * * * * * * * *
415495 ATCTTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTAATAAAAGTTTGTT-TGAAAT
191 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT
* * *
415559 AAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAAT--TAA-T--CA-A--TAAAAGAAGTAAATTT
255 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AA-TAAATCT
* * * *
415615 GTTTACCAAACCATGTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAACT
317 GTTTACCAAACAAT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * ** * ** * **
415658 ATTTATTTCTAATCATTAT-AACCTTATATTTTGTCATCGAACAATTGGTTATGTTCATACTATT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCATCATACAAGC
* * * * * * * * ** *
415722 TTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTAATAATAGTCCAAAACTTATTAACAAAGAAAATTAAAA
64 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAA
** * * * * *
415787 AATAAATCTAATTGCCTAACCAATTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
128 AATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
415852 CGTT-TTACTTTTTCTTTTGTCATAAGACAATTGTTT-T-TTTATTACAAGTTTATTCTGATTAA
193 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA-TACAAGCTTATTCAGAATAA
*
415914 AATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
257 AATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * ** *
415975 ATCGAATCAATTTAATTGGTTAAGACTATTAAAATAATT
321 A-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
** * * *
416014 ATCTATTTCAAATTGTTCT-AACTTTTTGATTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAG
* * * *
416077 CTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAAGTAATAAG-AAGGAGATTTA
63 CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GA-ATTT-
* * * * * *
416140 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTTAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATCTATTT-
124 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *** * * * *
416204 AAATTTGTTATAATCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTAATACGAGCTTAGAT-GG
189 AAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAG
* * * * *
416268 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
252 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * **
416333 TGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTA-CAGCCAATTGAATGATT
316 TGTTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* * * * *
416377 ATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCATCATACAAGCT
* * *
416442 TATTTGAAAT-AAATAAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAA
65 TATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAA
* * ** * * *
416506 AATAAATATGTTTACCAAACCCGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTT-AAA
128 AATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA
* * * * * * * * **
416570 TCGTTAAGATC-ATTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGTTTATTTGGAATA
192 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
** * * * * * *
416633 AAGCAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAACAGATTTGAAAAAA-AAATCTA
256 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTG
* * * *
416696 ATTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATT
318 TTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** *
416738 ATTTATTTAAAATCATTATG-ACTTTTTATTTTAACATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAG
* * * *
416801 CTTATCTTG-AATAAATTAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGTTAAA
63 CTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-TTTAA
* ** * * * * *
416864 AGAAATAAATTTGTTTATTGAACAAATTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAA
126 A-AAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
416929 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTTATACAAGTTTATTC----
190 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * * * * * *
416989 ----A-AA-A-TAATTTGTTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAA-ATAACTTAAACAGTCAGTCT
254 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
417046 GTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTCTGGCCATTTCAACAATT
317 GTTTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * * * *
417089 ATCTGTTTTAAATCCCTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAATCATACAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCT
*
417154 TATAAT-G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
65 TAT--TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAA
* * * * * * * * ** *
417216 AAAGTAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTACGAATATTTGAACAATTGTAAACTTCAA
126 AAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * **
417281 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA----TTAT-ATCATACAAGCTTATTTGGAATA
191 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
** * * * * * *
417341 AAATAATACTAACCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGGT
256 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
417405 TGCCAAATCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATT
320 TACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
417445 ATCTATTTCAAGTC---CT----TTTTGTTTTGTCTTAAAACAATT-TTTTCAATTCACACTAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAGC
* * *
417502 TTAATT-GGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAA
64 TT-ATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAA
* * ** * * *
417565 AAAATAATTTTGTTTACTTAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAAC-A--AT-TATTTCAA
126 AAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * ** * * *
417626 ATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATATTTTTGTTCATATTAGTTTGTTCGGAATA
191 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * *
417691 AAATAATACTAATCTATTAATATATCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
256 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * *
417753 ATCAAACTATTTCAAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATT
321 ACCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATT
* ** * * ** * *
417792 ATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAACA
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCT
* * ** * * *
417857 TATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAA
65 TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTTAAAA
* * * *
417921 AATAAATATGTTTACTGAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAA
128 AATAAATCTGTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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** ** * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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313 ATCTGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTA--TTTG--A-ACAATT
* * * * * * ** ** * **
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1 AT-CT-ATTTCA-AATCAT-TATGAACTT-TTG-TTTTG-TCA-TAAAACAATTG-TTTTCATCA
* * ** ** *** *
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** * * * * * * * * *
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115 TAAGAATTTA--A-AAAATAAAT--CTGTTTAC--CGAA-C-CAATT----C-AAATAGT-T--A
* * * * * ** ** ** *
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163 -TGAC---TATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCT---TTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * *
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* * * **** ** * * **** *
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270 TATTAATAT-TTCAAAAAT-AATAAGTAAGAGATT--TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAT
* ** * * *
418885 TCCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
331 T-CAAATAGTT-AT--G---ACTATTTGAACAAT-T
* * * **
418920 ATCTGTTTACTGAGTGAGTTCAGATATTTATG-ACTATTTGAATAATTAT-TTATTCAATTATGT
1 ATCTATTT-C--A---A-ATC----A-TTATGAACT-TTTG--T--TT-TGTCA-T-AA--A-AC
* * * * * * ** * * ** *
418983 AATCTTTGTTTCATAAAACAATTGTTTACTATTC-ATACAAGTTTATTCTGAAATAAAATAATAC
43 AAT-TGT-TTTCATCATACAA--G-CT--TATTCGAAATAAAATAATACT--AATTTATTAATA-
* * * * *** * ** *
419047 TAATTTATTAATATTTTAA-AA-TAATAAGTTGGAATTTAAAAAAATAAATTTG-TTATTG-AGC
98 T--TTCA--AA-A-ATTAATAAGTAAGAA-TT-TAAAAAA------TAAATCTGTTTACCGAACC
* * * * * * *
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149 AA-TTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTT
** *
419172 TTGTCATAAAACAATTTGTTTTCAT-TT-ATACCAAAATTATTCCAAAAT-AAATAATACCTAAT
210 TTGTCATAAAACAA-TTG-TTT-ATGTTCATA-CAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATA-CTAAT
* ** * ** *
419234 TTATT-ATATTTGAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAACCTAAATTTGTTTATTGAACCAATTC
269 TTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAATTC
*
419295 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
333 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
** * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * * * * * * *
419447 AAAATAAATGTGCTTGTC-AAGCTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATCATCTATTTTA
126 AAAATAAATCTGTTTACCGAA-CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * * *
419511 AATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATGAAATAATCGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTAAAAA
190 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * ** * * *
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254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* * ** *
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316 TGTTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAGC
* * * * * *
419747 TTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAA-AGATTTAAA
64 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGA-ATTT-AA
* ** * * * * * * * * * *
419811 AAAATAAGTCAATTTATCGAATCAGTTCCAATAATTATGGCCATTTTAGCAATTATGTATTTCAA
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* * * * * **
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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65 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAA
* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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257 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
420718 ACCGAACCAGTTCAAATATTTAAGACT-TTATGAACAATT
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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*** * * *
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* * * *
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*** * *
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* * * * * * * *
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*** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* *** ** * * * *
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* * * * * * *
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Statistics
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Consensus pattern (358 bp):
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ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
Found at i:414190 original size:169 final size:169
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Indices: 413868--414198 Score: 364
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
413858 AAAAGCAGTG
* * * *
413868 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTATCATAA
1 CAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCCATCTAAAATCATTATGAGCTTTATTTTATCATAA
* * ** * * **
413933 AATAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATATTATTGCAA
66 AACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTGCAA
* *
413998 AAATGAATAAATAAGATATTT-AAAAAATAAAACTAGTT
131 AAATGAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAAAACTAGTT
* * * *
414036 CAAATAGTT-TAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTG-GCTTTTTCTTTAGTCA
1 CAAATAGTTAT-GACTATTAGAACAATTATCCATCTAAAATCATTATGAGCTTTAT-TTTA-TCA
* * * *
414099 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT-
63 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTG
* * * *
414163 CAAAAAATTAATGAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAA
128 C-AAAAATGAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAAA
414199 TCTATTTACC
Statistics
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0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.05
168 44 0.33
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170 10 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCCATCTAAAATCATTATGAGCTTTATTTTATCATAA
AACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTGCAA
AAATGAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAAAACTAGTT
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Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
414660 TATTTGGAAT
* *
414670 AAAATAATACTAGTTTATTAACATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTACTTTATTAACATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * ** * *
414735 TTTATTGAAGAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTGTATTTTTAAAATTGTTATGACC
66 TTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAACTATATATTTAAAATTGTTATGACC
414800 TTTTGTTTTGTCATAAAACTAAAAGCTTTTCCAAAGAAAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACTAAAAGCTTTTCCAAAGAAAAA
* * * * * *
414841 AAAATAATACTCCTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTACTTTATTAACATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTG
* * * *
414905 TTTACTAAATCAA-TTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTAC
66 TTTACTAAA-CAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAACTATATATTTAAAATTGTTATGAC
414969 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
414989 AATTGCTTTT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 23, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 79 0.64
171 45 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
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AAAATAATACTACTTTATTAACATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTG
TTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAACTATATATTTAAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACTAAAAGCTTTTCCAAAGAAAAA
Found at i:417545 original size:173 final size:169
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Indices: 417293--417620 Score: 390
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
417283 CATTATAACC
* *
417293 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATAATAACCTAA
* *
417358 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGGTTGCCAAATCAGTTCAAA
66 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGGTTACCAAACCAGTTCAAA
*
417422 TATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCCT
131 TAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCCT
* * *
417461 TTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTTTTTCAATTCACACTAGCTTAATTGGAATAAAATAA-AATGA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATC-A-T-ACA--AGCTTAATTGGAATAAAATAATAAT-A
** * * ** * * * **
417525 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACCAG
60 ACCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGGTTACCAAACCAG
* * *
417590 TTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
125 TTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTAT
417621 TTCAAATTGT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 25 0.19
169 1 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATAATAACCTAA
TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGGTTACCAAACCAGTTCAAA
TAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCCT
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Period size: 182 Copynumber: 24.1 Consensus size: 180
418877 AAAATAATTC
* *** * *
418887 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGTGAGTTCAGATATTTATG
1 CAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
418952 ACTATTTGAATAATTATTTA-TTC-AA---TTATGTA-ATCTTTG--TT-TCATAAAACAATTGT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * *
419008 TTACTATTCATACAAGTTTATTCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
128 TT-CAATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * *
419063 -TAAAA-TAATAAGT-TGGAATTTAAAAAAATAAAT-T-TGTTATTGAGCAAGTTCAAATGGTCA
1 CAAAAATTAATAAGTAAAG-ATTT-AAAAAATAAATCTAT-TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
419123 TGTTCCATTTGAGCTTATTATCTA-TTCAAATCGTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
63 TG-ACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-
* **
419187 TTGTTTTC-ATTTATACCAAAATTATTCCAAAAT-AAATAATACCTAATTTATT-ATATTT
124 TTG-TTTCAATTCATA-CAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT
* ** * * * *
419245 GAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAACCTAAATTTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATA
1 CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
419306 ACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
** * * ** * * * * *
419369 TCTGTTCATACATGCATATTTGAAGTAAAATATTCCTAA-TTAATAACA-TT
129 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * * *
419419 CTAAAACTTAATCAGTAAGAGATTGAAAAAAATAAATGTGCTT-GTCAAGCTAGTTCAAATAGTT
1 C-AAAAATTAATAAGTAA-AGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * * * *
419483 AAGATTATTAGAATAATCATCTATTTTAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATGAAATAATCG
62 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * * * *
419548 TTTTAGTTCATACATGCTTATTAAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATAT
127 TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * *
419602 -AGAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAATTTTATTGACTGAACAAGTTCATATAGTTA
1 CA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* *** *
419666 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGT
63 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * *
419731 TTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
128 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
419784 TAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTAAAAAAATAAGTCAATTTA-TCGAATC-AGTTCCAATAATT
1 CAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * **
419847 ATGGCCATTTTAGCAATTATGTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTG
62 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* *
419912 CTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
127 --TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
419966 TAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-T---C--GATC---TAG-T-T-
1 CAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * *
420019 CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * ** * * * *
420084 CAGTTTATTTAAGTTTATGCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
130 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
420135 CAAAAATTAATAACTAAAAAATTTGAAAAATAAATATGTTTGCCGAAGCAA-TTCAAA-AGTTAA
1 CAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
420198 GACCATATGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AGCCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* ** *
420262 TTCAATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
128 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * *
420315 TGAAAATT-ATAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAATCAA-TTTAACTAATTA
1 CAAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * * * *
420378 TGGCCCTATCAACAATTATCTATTTC-AATCGTTATTACCTTTTCTTTGGTCATATAACAATTGT
63 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-
* * ** * * * * * *
420442 TTTTGAA--CATTCAAGCTTATTCGGAATACAATGATGCTAATTTGTCAATCTTT
127 -TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
420495 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATAATAAATCTATTGACTGAACTAGTTTAAATAGTTATG
1 CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * * * *
420560 GCTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
*** * * * * * *
420625 TTGTTGATACAAGATTATTCGAAAA-AGAAATAAGACTAATCTAATAATATTC
130 CAATTCATACAAGCTTATTC-AAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * * *
420677 CAAAAATTAATAACTATGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATATTTAAG
1 CAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
420742 ACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTTTT
65 ACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTG
* * ** *** *
420806 TTTGAATTTATACTTGCTTATTTGGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTT
127 TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
420859 CAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATCT-AACCAGTTCAAATAATTAT
1 CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
420923 GATTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAAATGTT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
*** * * * * ** ** * *
420988 TTTGTTCATATATGTTTGTTTGAAATAAGGTAAAACTAATCTATTAATATTT
129 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
421040 CAAACATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAATCTAGTTCAAATAGTTATG
1 CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * ** ** *
421101 ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TTGTTTGTTCTATTTTAAAACGATGGTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
** * ***
421165 TCTGTTTATACAAGCTTATT-TGGATGAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
129 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * * * * * *
421217 TGATAATTAACAAGTATAAAATTTAAAACATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATG
1 CAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *** *
421282 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGTTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
421346 -AAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATTCTAATTTATTAATA-AT
130 CAA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
421396 CTAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTA
1 C-AAAAATTAATAAGT-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
421460 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-T
63 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
*** * *
421524 TTTTGTTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
128 TTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * **
421576 -AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAATAAATTTAAATCCT
1 CAA-A-AATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
421639 TATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTGATGA-CTTTAT-TTTTGACATAAAATAAT
61 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * *
421702 TGTTT-ATGTTCATAC--GGTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTATTATTT
125 TGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * ** * * *
421756 TGACAAGTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
1 CAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
421821 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTCTTGTAATTAGAATAATTGTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTT
* * * * * ** * *
421886 T-TAGTAAAATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
129 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * *
421937 CAAAAAATTAACGAGTAAGAGAATTAAAAAA-ATAATCTATTCACCGAATAAGTTCAAATAGTTA
1 C-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * * * *
422001 TGACTACCTAAATATTTATCTATTTCAAAACTTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGG
63 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
** * * *
422066 TTCTGTTCATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTC
128 TTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * * *
422119 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAACTCTGTTGT-TTGAACACGTTTAAATAGTTATG
1 CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * *
422183 GTTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-ATATCAATTGTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTG-T
* * **
422247 TTCTATTCATAACAA-CTTATTTGAAAA-AAAATAATTGTAATTTATTGAA-A-TT
128 TTCAATTCAT-ACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTT
* * * *
422299 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAATCTATTTATTGAACGAGTTCAGATAGTTAT
1 C-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
422364 AATTATTTGAATAATTTTTTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
64 GACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* ** * *
422429 TTCTATTCATACAAATTTATTCAAAATAGAATAATACTAAATTATTAATATTT
128 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * *
422482 TAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
1 CAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** ** * * *
422547 ACTGTTAGAA-AATTTATCTATTTCAAATTGCTT-TGACC-TTTGAAATAAT-AGTTAAGTCA-T
65 ACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTG-TTTTGTCA-TAAAATAATT
** *** * * * *
422607 G--AAAGATT--TATTTGTTTAGTCATGAAATAATATAATACTAATTTATTAACA-TT
126 GTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCA--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * **
422660 CATAAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAAATAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
1 CA-AAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *** ** * * * *
422725 TGACTATTTGAATAGTTATCTATTTAAAATAAATATTTCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
63 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * ** *
422790 TTCAGTTCATAAAAGCTTAGCCAAAATAAAATAAT-CTTAATTTATTACTATTT
128 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTT
* * * * * *
422843 CAAAAATTGATAAGTTACAGATTTTAAAAATAAGTC-AGTTTA-TCAA-AACGATTCAAATAATT
1 CAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACAA-G-TTCAAATAGTT
* * * * * ** * * *
422905 AT-AGCGATTTGAGCAATTATGTATTTAAAATCATTACAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATT
62 ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* *
422969 GCTTTTC-A-TCATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
126 G--TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
423024 CAAAATTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC----CAA-ATC-AATA---CT-
1 CAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *** *
423079 --TATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATAACTTTTTGTTCCATTATAAAATAATTGTTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * * *
423142 CAACTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTC
130 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
423193 CAAAAATTAATAA
1 CAAAAATTAATAA
423206 CTGATATAAC
Statistics
Matches: 3206, Mismatches: 753, Indels: 375
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.00
168 1 0.00
169 221 0.07
170 2 0.00
171 1 0.00
172 5 0.00
173 24 0.01
174 33 0.01
175 44 0.01
176 26 0.01
177 151 0.05
178 87 0.03
179 145 0.05
180 757 0.24
181 665 0.21
182 885 0.28
183 106 0.03
184 45 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* ** *
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* *** * ** * *
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* * * * * *
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1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACTTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTG-T
** * * * * *
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** * * *
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125 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGA
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTT-
** * * *
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* *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
424993 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTGA
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** *
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* * * * *
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66 GTTTATCAAACCAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
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Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTATCAAACCAATTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT
TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAA
Found at i:424816 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 424471--425334 Score: 629
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 176
424461 TTATGACCTT
** * *
424471 AACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTA-TTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
1 AACAATTGTTTCTGTTCAT-CAAGTTTATTTTGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
424535 AAAATTAATGAGCAAGAGAATTAAAAAAGAATCTATTTACCAAATAATTTTAAATAGTTATGACT
64 AAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAAAAATCTATTTACCGAACAA-TTTAAATAGTTATGACT
*
424600 ATTTGAATAATTATCTATTTCGAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
126 ATTTGAAAAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
424651 ATCAATTGGTTCTGTTTATGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCA
1 AACAATTGTTTCTGTTCAT-CAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTCCA
*** *
424715 AAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACATTTAAATAGTTATGATT
64 AAAATTAATAAGTAAAAA-TTAAAAAA-AAATCTATTTACCGAACA-ATTTAAATAGTTATGACT
* * * * *
424780 ATTTGAAAAATAATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTCTTTTATTATAA
126 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** ** * * * **
424831 ACCAATTGTTTTTGTGCATCAAAGCATATTCAGAATAAAATAATTTTAATTTAATAAAATTTAAA
1 AACAATTGTTTCTGTTCATC-AAGTTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAA
*** * * * *
424896 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTTAAAAAATTTATTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGACT
65 AAATTAATAAGTAAAA-A--TTAAAAAAAAATCTATTTACCGAA-CAATTTAAATAGTTATGACT
* * *
424961 ATTT-AAATAATTATTTATTTCAAATCATCATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
126 ATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
425012 AACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
1 AACAATTGTTTCTGTTCAT-CAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
425076 AAAATTAA-AAGTTGGAGAATTAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATATG-
64 AAAATTAATAAG-T-AAAAATTAAAAAAAAATCTATTTACCGAACAA-TTTAAATAGT--TATGA
* ** ** *
425139 C-A-TTCATACTATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTAT-AGTAA
124 CTATTTGA-AAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAA
* * ** ** *** ** *
425191 AACAATTGTTTTTTATTTGTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACGAATTTATTAATATT-TA
1 AACAATTG-TTTCTGTTCAT-CAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * * *
425255 AAAATTAATAAG--AGATTTACAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTGTGATTA
64 AAAATTAATAAGTAAAAATTA-AAAAAAAATCTATTTACCGAA-CAATTTAAATAGTTATGACTA
* *
425318 TTTGAACAAGTATCTAT
127 TTTGAAAAATTATCTAT
425335 CTCTGTTCAT
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 106, Indels: 63
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 6 0.01
177 38 0.07
178 12 0.02
179 98 0.18
180 245 0.45
181 137 0.25
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AACAATTGTTTCTGTTCATCAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAAAATCTATTTACCGAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
AAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
Found at i:425231 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 424559--425266 Score: 821
Period size: 361 Copynumber: 2.0 Consensus size: 360
424549 AGAGAATTAA
* * *
424559 AAAAGAATCTATTTACCAAATAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCGAA
1 AAAAGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCGAA
* * * * *
424624 ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGGTTCTGTTTATGCAAGTTTATTTTGAATAA
66 ACATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAA
* *
424689 AATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTT
131 AATAATCTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
424754 TTGAACACATTTAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATAATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTT
196 CTGAACACATTCAAATAGTCATGATCATTTCAAAAATAATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
* * ***
424819 CTTTTATTATAAACCAATTGTTTTTGTGCATCAAAGCATATTCAGAATAAAATAATTTTAATTTA
261 CTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTGTGCATCAAA-CATATTCAAAATAAAATAATACGAATTTA
424884 ATAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTT
325 ATAAAATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTT
* * * *
424921 AAAA-AATTTATTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTC-AA
1 AAAAGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCGAA
* * *
424984 ATCATCATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA-TTTGAAAT
66 A-CATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGTTTATTTTG-AAT
* * *
425048 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTTGGAGAA-TT-AAAAATAAATCT
129 AAAATAAT-CTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T-AAAAATTTAAAAAATAAATCT
** *
425109 ATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTCAT-ATGCA-TTCATACTATTATCTATTTCAAATCATTAT
191 ATTTACTGAACACA-TTCAAATAGTCATGAT-CATTTCA-AAAATAATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
425171 GATATTTTGTTTTA-TAGTAAAACAATTGTTTTTTATTTGTA-CAAA-ATTATTCAAAATAAAAT
253 GACATTTTCTTTTATTA-TAAAACAATTG--TTTT-TGTGCATCAAACA-TATTCAAAATAAAAT
* *
425233 AATACGAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG
313 AATACGAATTTAATAAAATTTAAAAATTAATAAG
425267 AGATTTACAA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 41, Indels: 28
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
359 8 0.03
360 100 0.34
361 164 0.56
362 16 0.05
363 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AAAAGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCGAA
ACATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAA
AATAATCTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CTGAACACATTCAAATAGTCATGATCATTTCAAAAATAATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
CTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTGTGCATCAAACATATTCAAAATAAAATAATACGAATTTAA
TAAAATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTT
Found at i:425995 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 425696--427246 Score: 948
Period size: 179 Copynumber: 8.7 Consensus size: 177
425686 AAGCTTGTCC
* * * ** *
425696 AAAATAAAATAATATTACTTTCTTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAGTAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
425761 T-TAGTTTA-TAGAACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
62 TCT-GTTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
425824 ATAAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATCATGCAAGCCTATTC
125 ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGCTTATTT
* *
425877 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAACAAATATG
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
425942 CTTACTAAACTAGTTCAAATAGTCATGAC-ATTTTGAACAATTATATCTTTCAAATTGTTATAAC
66 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* * * * **
426006 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTT
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGCTTATTT
** * * * * *
426054 GGAATAAATTAATACTAATCTAATACTATTAT-GAAAATTAATAATTTAGAGATTT-AAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * *
426117 AT-TGTTTGCCGAACTAAG-TAAAATAGTTA-AACTTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
61 ATCTGTTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
426179 TTTGACTTTTTGTTTTGCCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCA-CAT--AAGTTTGTTT
124 TATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTT-TTCATCATACAAGCTTATTT
* * ** *
426233 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * * * *
426298 TTTACCAAGCCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTGAAATCATTATGACC
66 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AAC
* * * * * *
426363 ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTGATAC-AGTCTTATTC
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATACAAG-CTTATTT
* *
426411 GAAATAAAATAATACTAATTGATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAAATA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GATTT-AAAAAATA
* ** * * * * * * *
426475 AATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTCATAATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
60 AATCTGTTTAC-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * **
426539 TATGA-TCTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTAT-ATTTGTACAAGCTTATTT
124 TATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTT
** * * * * * *
426592 GGACTAACATAATTA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTCA
1 AAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT---TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
426656 ATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTA-CGTATTTCAAATTGC
61 ATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGT
* * * *
426718 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTT
124 TATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTT
**** * * * * *
426772 CGGTTAAAATAATTCAAATTTATTAATATTTTAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAGAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAA
* * * *
426837 ATCCGTTTATCGAATA-AA-TTCAAATAG---T-A--A--TG-ACTATT-T-TATTTCAAATTGT
61 ATCTGTTTA-CTAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * **
426889 TATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTCTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
124 TATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGCTTATTT
* * * ** *
426943 GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAA
* * * * * *
427008 ATATGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCAT
61 ATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** * ** * * *
427071 TTTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA--TTGTAACAGTTGATATAGGCTTATTT
124 TATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
427125 AAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAATAATTAATAAGTAAGATTTAAAATATGAATT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATC
* * *
427190 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAT
64 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
427247 TGTTTTTTCT
Statistics
Matches: 1074, Mismatches: 223, Indels: 148
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 24 0.02
171 108 0.10
173 5 0.00
174 5 0.00
175 9 0.01
176 20 0.02
177 194 0.18
178 79 0.07
179 197 0.18
180 114 0.11
181 153 0.14
182 100 0.09
183 56 0.05
184 6 0.01
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGCTTATTT
Found at i:426315 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 425798--430761 Score: 1538
Period size: 356 Copynumber: 13.9 Consensus size: 354
425788 TATGGCCATT
* *
425798 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAATTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTTCAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GATTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTCA-
* ** *
425862 CATGCAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
64 CAT--AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
* * * * * *
425927 TAAAAAACAAATATGCTTACTAAACTAGTTCAAATAGTCATGACATTTTGAACAATTATATCTTT
127 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGACATTTTGAACAATTATATATTT
* * *
425992 CAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGA
191 CAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * *
426057 ATAAATTAATACTAATCT-AATACTATTATGAAAATTAATAATTTA-GAGATTT-AAAAATAAAT
256 ATAAAATAATACTAAT-TGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATAAAT
* * * *
426119 -TGTTTGC-CGAACTAA-GTAAAATAGTTA-AACTTATA
319 CTATTGGCTCG-ACCAATG-AAAATAGTCATAA-TTATA
* * * *
426154 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTTGCCGTAAAACAAATGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTT-TTC
* * **
426219 ACATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
63 ACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * * * * *
426284 AAAAAATAAATCTTTTTACCAAGCCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTG
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACATTTTGAACAATTATATATTTC
** * * * *
426349 AAATCATTATGACCATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATAC-AGTCTTATTCGA
192 AAATTGTTATAACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGA
* *
426413 AATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAAATAAAT
255 AATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTT-AAAAAATAAAT
* * * *
426478 CTATTGGCTTGACCAATGCAAATAGTCATAATTGTT
319 CTATTGGCTCGACCAATGAAAATAGTCATAATTATA
* *
426514 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTATATTTG
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTT-T-TTT-
* * * * *
426579 T-AC--AAGCTTATTTGGACTAACATAAT-TATAATTTATTAATATTCCAAAAATCAATAAGCAA
61 TCACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAAT---TAA-TAA
* * * * *
426640 GAGATTTAAAAACTCAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTGAC-TATTTGAACAATTAC
121 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATGACAT-TTTGAACAATTAT
* * * * * *
426704 GTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTA
185 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
** * * * * * * * **
426769 TTTCG-GTTAAAATAATTCAAATTTATTAATATTTTAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA
250 TTT-GAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATA-AAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAA
* ** **
426833 AGAAATCCGTT-TATCG---AAT--AAAT--TCA-AA-TAGTAA
313 ATAAATCTATTGGCTCGACCAATGAAAATAGTCATAATTA-T-A
* * * * *
426867 TG-ACTATT-T-TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTCTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTT-TTC
* * * ** *
426929 ATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
63 ACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AG
* * * * *
426994 ATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAT-AGC-TATTTGAATAATTAT
124 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGA-CAT-TTTGAACAATTAT
** ** * * * ** * ** * * *
427057 CCATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAAC-AGTTGATATAGGCTT
185 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * ** * *
427121 ATTTAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAATAATTAATAAGTAA--GATTTAAAATA
249 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAA
* * * ** * * ** * * *
427184 TGAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATT
314 TAAATCTATTGGCTCGACCAA-TGAAAATAGTCATAATTATA
* * *
427225 TGAACAATTATCCATTTCAAA----T-TG-----T-TTTT-TC-TAAAATAATTTTTTCTATTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTT-T-TTCA
*** * * * *
427277 TGCAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA-CAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
64 CATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA
* * * * * * * *
427340 TTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTTAAATTATTATGAC-TATTTGAATAATTATCA-
125 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA-TAGTATGACAT-TTTGAACAATTAT-AT
* * * * * * *
427403 ATTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATATAAG-TGTAT
187 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT-TAT
** * * * **
427467 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATA
251 TTGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATA
* ** * * ** * * * * * *
427532 AATCTCTT-TATCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTGTT
316 AATCTATTGGCTCGACCAA-TGAAAATAGTCATAATTATA
* * * * * *
427571 TGAATAATTATTTATTTGAAATGGTTATGATTTTTGGTTTTATCATAAAAC-AATTGATTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTT-GTTTTGTCATAAAACAAATT--TT-TTTT
* * * * * **
427635 CATACAAGTTTATTT-AGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGA
62 CACATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA---AG-
** * * *
427699 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCTTGTCCA-TTTGAACAATTAT
122 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-ATG-ACATTTTGAACAATTAT
* ** * * ** * * * * *
427763 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGAAAAAC-T
185 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT-ACAAGCTT
* * *
427827 ATTT-AGAATAAAATAATACTGATCT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AA---ATTTAAAA
249 ATTTGA-AATAAAATAATACTAAT-TGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAA
** * ** * ** * * * *
427886 AATAAATCTATTTAC-CCAATAGTTTAAATAGTTATGACTATT
312 AATAAATCTATTGGCTCGACCAATGAAAATAGTCATAATTATA
* * * * ** *
427928 TGGAGAAATATCTATCTT-AAATTGTTATGACATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTC
1 TGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTTTTC
* * ** * * * * * *
427992 ATACAAGCTTATGCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATGATTAAGTATGAG
63 ACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAGAG
* * * * * * *
428057 ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGAC-TATTAGAACAATTATCT
124 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTATGACAT-TTTGAACAATTATAT
** * * * * * *
428121 ATTTCAAATCATTCTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATGCAAGCTTAT
187 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* ** *
428185 TT-AGAATAAAATAATACTAACTT-ATTAGCATTCA-AAAAATTAATGAGTAA-GAGATTTTAAA
251 TTGA-AATAAAATAATACTAA-TTGAATAATATT-ATAAAAATTAATAAGTAACG-GA-TTT-AA
* * ** * ** * * * *
428246 AAAATATATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGAT-TTGACTATT
310 AAAATAAATCTATTGGCTCGACCAA-TGAAAATAG-TCATAATTATA
* *
428291 TGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCGTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--TT
* * * * *
428354 TCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
61 TCACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG
* * * * * * * * *
428419 AGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCACTTCCAATAGTTATGA-TTATTTGAACAAATAT
122 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACAT-TTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
428483 CA-ATATCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACTATTGTTTCT-TATCATA-AGAGC
185 -ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACA-AGC
* * *
428544 TTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAG--A--GATTTAA
247 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTGAATAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAACGGATTTAA
* * * * * *** * *
428603 AAAATAAATGTGTTTG-TCAAACCAGTTCGAATA-T-TTAAGGCTAT-
310 AAAATAAATCTATTGGCTC-GACCAATGAAAATAGTCATAA--TTATA
* * * * *
428647 TCGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTT-TTTAGTCA-AATAA-TAATTGTTTCA
1 T-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA--TTTTTGTTTTGTCATAA-AACAAATT-TTT--
* * * * * * * *
428709 ATTCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTTGTTAACA-TTCAAAAAAATTAATAA
59 TTTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAA
* * * *
428773 GCGTGAGATTTGGATGCAAAATAAATCTGTCTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTG
121 ----GAGATTT--A--AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACAT-TTTG
** * * *** * ** ** *
428837 AATGATTATTTATTTAAAAGCATTATGACCACTTCCTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCA
176 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCA
* *** * * * *
428901 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTATA-A
240 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTAT-AAAAATTAATAAGTA-ACG
* ** * * * * * **** *
428964 TATTTAAAAAATAAATC-AGTT-TATCAAATCAA-GTCAAATAATTATGGCCATT
303 GATTTAAAAAATAAATCTA-TTGGCTC-GACCAATG-AAAATAGTCATAATTATA
* * * *
429016 TGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTCAA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTC-A
* *
429080 CATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
64 CAT--AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
* * *** ** * * *
429145 TAAAAAATAAATTTGCTTATTGAACCCGTTTAAATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATT
127 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACAT-TTTGAACAATTATATATT
* * ** * * * * * ** * *
429209 TTAAATTGTTATAACATTTCGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGCTCATACAAGTTTATTAGA
190 TCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * ** * ** *
429274 AACAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTTGAAATTAATAACTAATAGATCTAAAAAATAAATT
255 AATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATAAA-T
* ** * * ** * *
429339 CGT-TT-ACTAAATCAGTTTAAA-CG--ATTAGACTATA
319 C-TATTGGCTCGACCAATGAAAATAGTCA-TA-ATTATA
* * * * * **
429373 TGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTATTTCAACT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--TTT
* * * * * * * *
429437 CATAGAAGCTTATTT-AGAATAGAATAAAACTAATTTATTCATTTTTCAAAAATTTATAAGTAAA
62 CACATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA--T-TAA-TAAG
** * * * * * * * *
429501 AGATTTTGAAAATAATTCTATTTGCCGAACCAGTT--GA-A--AT-A-A--TT--ATAATTATCT
122 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATGACATTTTGAACAATTATAT
** * * * * * * * * * *
429555 ATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTAATATAAGTTTGTT
187 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
429620 TGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATA-TATAGAAAATTAATCAA-TAA-GAGATTTACAAAG
252 TGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATA-AAAATTAAT-AAGTAACG-GATTTAAAAAA
* * ** ** * * *
429682 TAAA-CTACTT-GC-CAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATT
314 TAAATCTA-TTGGCTC-GACCAATGAAAATAGTCATAATTATA
* * * * * * * * * *
429722 TAAATAAATATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-ATTTG------AA-TAGTTTTTACTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTT--T-TT
* ** * * * * *
429779 CATACT-ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAA
62 CACA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAG
* * ** * * * * **
429843 ACAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC-TATATGAATGATTAT
122 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACAT-TTTGAACAATTAT
* ** * * * ** * * * * * *
429907 TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTTGTAGAATAATTGTTT-TGTCCATATAAGCTTA
185 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * ** *
429971 TTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAAT
250 TTTGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAAT
* * * * * * ** * * *
430036 AAATTTGTT--ATCAAATCAGTTCAAATGGTTA-AGACTAT-
315 AAATCTATTGGCTC-GACCAATGAAAATAGTCATA-ATTATA
* * * * * * * **
430074 TAGAATAATTATATATTGCAAATCATTCTGACTTTTGTTTAGTCATAAAA-AAACTATTTCAATT
1 T-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-T-TTT-TTTT
* * * * * *
430138 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAACAAAAAA
62 CACATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT----AATAA
* * * * * *
430201 GAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCTAACACA-TTGAAATAGTTATTA-TTATTTGAACAAT
121 GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAG-TATGACAT-TTTGAACAAT
* * * ** * * *
430264 TGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGA-TTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTAATACAA
182 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAA
*** * * * * ** *
430327 GCTTAGACGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTTAAATTAATAAGTAA-GAAATTTA
245 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTA
*** * * * * * * **** *
430390 AAAAATAAATCTATTTATTGGATCAGTTAAAATAATTATGGCCATT
309 AAAAATAAATCTATTGGCTCGACCAATGAAAATAGTCATAATTATA
* * * ** *
430436 TGAACGATTATCTACTAT-AAATCTTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAAC-AATTGTTTTTTT
1 TGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTTC
* * *
430499 ATTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
63 A-CAT--AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
* *
430564 TAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAGAACCAGTTTAAATAGTTATGAC-TGTTTGAACAATT
122 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAG-TATGACAT-TTTGAACAATT
* * * * * * * * *
430627 ATCA-ATTTCAAGTTATTAAAATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGGTT-ATAGAAG
183 AT-ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAG
* * * ** * *
430689 CTTGTTCG-ATTAAAAGTAATACTAATAT-AATAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-GATATTT
246 CTTATTTGAAATAAAA-TAATACTAAT-TGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACG-GATTT
430751 AAAAAATAAAT
308 AAAAAATAAAT
430762 GTGCTTGCTG
Statistics
Matches: 3564, Mismatches: 748, Indels: 586
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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339 3 0.00
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341 3 0.00
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Consensus pattern (354 bp):
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AAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATGACATTTTGAACAATTATATATTTCAAAT
TGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
ATAATACTAATTGAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATAAATCTATTGG
CTCGACCAATGAAAATAGTCATAATTATA
Found at i:426863 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 425698--431101 Score: 3492
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* * * * * *** *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* *
425879 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAACAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
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66 TGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
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* * * * * * * *
426056 AATAAATTAATACTAATCTAATACTATTAT-GAAAATTAATAATTTAGAGATTT-AAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* **
426234 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
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* * *
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130 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTCG
* **
426412 AAATAAAATAATACTAATTGATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAAATAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAA
* ** ** * * * * * *
426476 ATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTCATAATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
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* * * * ** *
426540 ATGATC-TTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTATATTTGTACAAGCTTATTTGG
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG
* * * * * * * *
426594 ACTAACATAATTA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTCAAT
1 AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* *
426658 CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTA-CGTATTTCAAATTGCTAT
65 CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTAT
* * *
426721 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG
** * * * * * *
426774 GTTAAAATAATTCAAATTTATTAATATTTTAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAGAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
426839 CCGTTTATCGAATAAATTCAAATAG---T-A--A--TG-ACTATT-T-TATTTCAAATTGTTATG
65 CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
426893 ACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-G
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG
* ** *
426944 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * *
427009 TATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTT
64 TCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * ** * * * **
427073 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAAC-AGTTGATATAGGCTTATTTAA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCG
* * * * * *
427127 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAATAATTAATAAGT--AAGATTTAAAATATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
427190 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAA----T-TG-
66 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
427249 -----T-TTTT-TC-TAAAATAATTTTTTCTATTCATGCAAGCTTA-TTCTA
131 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-G
* * * *
427292 AATAAAATAATAC-AAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
427355 TGTTT-TCTAAACACGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATAGTTAT
66 TGTTTATC-AAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
427418 AACTTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATATAAG-TGTA-TTCAA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTC-G
*
427471 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
427535 CTCTTTATCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTGAAATGGTTATG
65 CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * *
427600 A-TTTTTGGTTTTATCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGTTTATTTAG
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* ** * *
427652 AGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
427717 TGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
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* * * * * *
427781 ACTTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATGAAAAAC-TATTTAG
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* * *
427833 AATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
427894 TATTTACCCAA-TAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGGAGAAATATCTATCTT-AAATTGTTATG
66 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATG
* * * *
427957 A-CATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTTTCATACAAGCTTA-TGCGG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-G
* * * * * ** *
428008 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATGATTAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * *
428073 TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
66 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
428138 TCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATGCAAGCTTATTTAG
131 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCG
* ** * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAA
*
428253 ATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCG
63 ATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCG
* * * * *
428315 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCGT-CTCATAAAAACTTATCT-G
125 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTCG
* * * * *
428371 AAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAG
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
428436 CTATTT-TCCAAACCACTTCCAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCGTTAT
65 CTGTTTAT-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
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* *
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1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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130 ACCTTTTGTTTT-GTCATAA-AACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG
* * **** *
428729 AATAAAATAATACTAATTTTGTTAACA-TTCAAAAAAATTAATAAGCGTGAGATTTGGATGCAAA
1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--A--AAAA
* * ** * * *
428793 ATAAATCTGTCTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATTTATTTAAAAGC
59 ATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** ** * * * *
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* * *
428916 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATAATATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
428981 AGTTTATCAAATCAAG-TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATT
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* *
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130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCG
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1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** ** * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
** ** * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * ** * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** ** * * * ** * *
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* * ** * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* **
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*
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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*
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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** * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCT-AAATAAAATAATATT-ATTTATTAATA
** * * * *
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* * * * ** * ** * *
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* * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
426512 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTT-GTCACAAAACAATTATTT-ATA
310 TTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGA-CTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-A
** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *** *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * ** *
426916 ATT-TCTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
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* * * *
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250 ATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTA-AGACT
* ** * * * **
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * ** * ** *
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1 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTA-TCTAAATAAAATAATATTATTTATTAATA
* * * * * *
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* * * * * *
427381 ATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAACCAATTG
126 ATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
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191 TTTCTTA-TCATACAAGCT-TATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * *
427508 AATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATCTCTTTATCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTGTTTG
253 AATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAG
* * * * * *
427573 AATAATTATTTATTTGAAATGGTTATGATTTTTGGTTTTA-TCATAAAACAATTGATTCTATTCA
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* * ***
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* * *
427701 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCTTGTCCATTTGAACAATTATCTA
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* *
427766 TTTCAAA-TCATTATGACTTTTTGCTTTG
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* * * *
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* * * * * *
427858 ATTTTAAAAATTAATAAG--AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCCAATAGTTTAAATAGTTAT
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* * * * * *
427921 GACTATTTGGAGAAATATCTATCTT-AAATTGTTATGAC-ATTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
128 GACTATTTGAACAAATATCAAT-TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
427984 TTTTTTTCATACAAGCTTATGCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATGATTA
192 TTCTTATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAA--ATTA
* * * *
428049 AGTATGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACA
254 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATA
* * * * * * * * *
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318 ATTATTTATTTCAAATCGTTCTGA-CTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
* * *
428179 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAACTTATTAGCATTCAAAAAATTAAT-GAGTAAGAGATTTT
382 GCTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAG-GT--GAGA-TTT
*
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* *
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* *
428333 TCATAAAACAATT-ATTTCGTCTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAAAAACTTATCT-AAATAAAATAATATTA-TTTATTAAT
* * *
428397 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCACTTCCAATAGT
63 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAA-CACTTCAAATAGT
* * * * *
428462 TATGATTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACTATT
125 TATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
428526 GTTTCTTATCATA-AGAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
190 GTTTCTTATCATACA-AGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
428590 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCGAATATTTAAGGCTATTCGAATAA
254 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAA
*
428655 TTATTTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTTTTTAGTCA-AATAATAATTGTTTCAATTCATACAA
319 TTATTTATTTCAAATCGTTCTGA-CTTTTTTTTAGTCATAA-AACAATTGTTTCAATTCATACAA
* *
428719 GCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTTGTTAACATTCAAAAAAATTAATAAGCGTGAGATTT
382 GCTTTTTTAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAACATTC-AAAAAATTAAT-AG-GTGAGATTT
* * ** *
428784 GGATGCAAAATAAATCTGTCTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATTTA
443 --A--AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTA
** *
428849 TTTAAAAG-CATTATGACCACTTCCTTTG
503 TTTAAAAGTCATTATGACCTTTTGCTTTG
* * *
428877 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTAT-CTAAATAAAATAATATTA-TTTATTAATA
** *
428942 TTTCAAAAATTAATAAGTATAATATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAT-CAAATCAAGTCAAATAA
64 TTTCAAAAATTAATAAGTA-AA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-TCCAAA-CACTTCAAATAG
* * * * *
429005 TTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
124 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
429070 TGTTT-TTCAACATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
189 TGTTTCTT-ATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
* * * ** ** * * * *
429134 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATTGAACCCGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATA
253 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATA
* * * * * * * * ****
429199 ATTATCTATTTTAAATTGTTATAACATTTCGTTCTA-TCATAAAATAATTGTTTTTGCTCATACA
318 ATTATTTATTTCAAATCGTTCTGAC-TTT-TTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
* * * * *** ** * *
429263 AG-TTTATTAGAAACAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTTGAAATTAATAACTAATAGATCT
381 AGCTTTTTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGT--GAGATTT
* * * * * *
429327 AAAAAATAAAT-TCGTTTA-CTAA-ATCAGTTTAAA-CGATTAGACTATATGAACAATTATTTAT
443 AAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACA--AGTTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** *
429388 TTTAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTG
504 TTAAAAGTCATTATGACCTTTTGCTTTG
* * * ** * * * * * * * *
429415 TCATAAAATAATTATTTCAACTCATAGAAGCTTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTCATT
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTA-AATAAAATAATA-TTATTTATTAATA
* ** * * * * *
429480 TTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTTGAAAATAATTCTATTTGCCGAACCAGTTGAAATA---
64 TTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCC-AAACACTTCAAATAGTT
* * ** * *
429542 AT---TA--T----AATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
126 ATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * *
429598 TTT-TTATTAATATAAGTTTGTTTGAA-ATAAAATAATAGTAATTTATTAATATAT-AGAAAATT
191 TTTCTTA-TCATACAAGCTTATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAA-T
* * * * * * * **
429660 AATCAATAAGAGATTTACAAAGTAAACTA--CTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTT
252 --T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TT
* * * * * * * **
429723 A-AATAAATATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT-G------AATAGTT-TTTACTGTT
312 AGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGA-CTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-CAATT
* * * * ** * ***
429779 CATACTA--TTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAA
375 CATACAAGCTTTT-TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-A-GGT
* * * ** ** * * * * **
429842 AACAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTAT
436 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTAT
* * *
429907 TTATTTCAAA-TCATTATGATCTTTT-CTTTTG
500 CTATTTAAAAGTCATTATGACCTTTTGC-TTTG
** * * * * * * * * *
429938 TTGTAGAATAATTGTTTT-GTCCATATAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCT-AAATAAAATAATA-TTATTTATTAATA
** * * * * * *
430002 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTAT-CAAATCAGTTCAAATGGTT
64 TTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAA-CACTTCAAATAGTT
* * * * * ** * * * *
430066 AAGACTATTAGAATAATTAT-ATATTGCAAATCATTCTGAC-TTTTGTTTAGTCATAAAAAAACT
126 ATGACTATTTGAACAAATATCA-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
430129 ATTTC-AATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATTAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAAT
190 GTTTCTTA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAAT
* * * ** * * * ** *
430191 TAACAAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCTAACACA-TTGAAATAGTTATTATTAT
252 T----AATAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTGTCAAACA-AGTTCAAATAATTAAGACTAT
* * * * * * * * * * *
430255 TTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAGT
311 TAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGA-CTTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* ***** * * *** *
430319 TAATACAAGCTTAGACGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTTAAATTAATAAGTAAG
374 TCATACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGT--G
* * * * * * * * *
430383 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGGATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTAT
437 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
430447 CTA-CTATAAA-TCTTTATGACTTTTTG-TTTCA
500 CTATTTA-AAAGTCATTATGACCTTTTGCTTT-G
** * * ** * *
430478 TCATAAAACAATTGTTTTTTTATTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAAAAACTTATCT-AAATAAAATAATA-TTATTTATTAAT
* * * *
430543 ATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACAGAACCAGTTTAAATAG
63 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCA-AA-CACTTCAAATAG
* * * * * * * *
430607 TTATGACTGTTTGAACAATTATCAATTTCAAGTTATTA-AAATCTTTGTTTTATCATAAAACAAT
124 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * * * * * * *
430671 TGTTTCTGGTTATAGAAGCTTGTTCGATTAAAAGTAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTA
189 TGTTTCTTATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-
* * * * * ** * * * *
430736 ATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATGTGCTTG-CTGACCCTGTTTAAATAGTTAAAACTACTAG
252 -T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC-AAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAG
* * * * * *
430800 AATAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTCTTTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATGT-
314 AATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGA-CTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-AT-TC
* * * * * * * ***
430864 -TACAAG-TGTATTCAAAATCAAATAATGCAAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAAA
376 ATACAAGCT-TTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-AG-GTGA
* * * * *
430927 GATTTGAAAAAATAAATCTGTCTATCGATCAAG-TCAAAATAGTTATTACTATTTAAATAA-TAT
438 GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC-AAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
430990 TTATTTTAAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTAA
500 CTA-TTTAAAAGTCATTATGACCTTTTGCTTT-G
** *
431023 T-ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAACGCTTATCTAAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCT-AAATAAAATAATATT-ATTTATTAATA
*
431087 TTTCCAAAATTAATA
64 TTTCAAAAATTAATA
431102 TCAAGAGTTA
Statistics
Matches: 3836, Mismatches: 808, Indels: 518
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Matches are distributed among these distances:
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514 5 0.00
515 30 0.01
516 18 0.00
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Consensus pattern (531 bp):
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TCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACACTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
TATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTA
TTTCAAATCGTTCTGACTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTTTTTA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGTGAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAGTCATTATGAC
CTTTTGCTTTG
Found at i:430168 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 429547--431101 Score: 770
Period size: 180 Copynumber: 8.6 Consensus size: 178
429537 AAATAATTAT
* * * * ** * *
429547 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTAATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACA
* * * ** *
429612 AGTTTGTTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATATAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTT
66 AGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTTAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTT
* * * ** * * * ** *
429676 ACAAAGTAAACTACTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTA-AAT
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* * * * * * **
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTT-CAATTCATAC
* ** * ** * *
429784 TATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAAACAATT
65 AAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTT
** * * *
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128 AAAAAATAAAT-TTGTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAAC
* * * * * ** * * ** * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACA
*
429965 AGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
66 AGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * *
430030 AATAATAAATTTGTTATCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAT
129 AAAAATAAATTTGTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * *
430080 AATTATATATTGCAAATCATTCTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAACTATTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACA
* * * * *
430144 AGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAACAA-AAAAGAGATTT
66 AGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT
* * ** * *
430208 AAAAAAATAAATTTATTTACCTAACA-CA-TTGAAATAGTTATTATTATTTGAAC
128 -AAAAAATAAATTT-GTTACC-AA-ATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * *
430261 AATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAC
*** * *
430325 AAGCTTAGACGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT
65 AAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT
**** * * * * * *
430389 AAAAAATAAATCTAT-TTATTGGATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAAC
128 AAAAAATAAAT-T-TGTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * **
430441 GATTATCTACTAT-AAATCTTTATGACTTTTTGTTTCA-TCATAAAACAATTGTTTTTTTATT-A
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-AGTCATAAAAAAATTG--TTTCAATTCA
* * *
430503 TACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGA
62 TACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * *
430568 TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAAC
125 TTTAAAAAATAAATTTG-TTACCA-AATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * ** * * **
430623 AATTATCAATTTCAAGTTATTAAAATC-TTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGGTT-ATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAATTGTTTC-AATTCATA
* * * * * * ** * * *
430685 GAAGCTTGTTCGATTAAAAGTAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGATATT
64 CAAGCTTATTTGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * ** ** * * * * *
430750 TAAAAAATAAATGTGCTTGCTGACCCTGTTTAAATAGTTAAAACTACTAGAAT
127 TAAAAAATAAATTTG-TTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * *
430803 AATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTCTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATGT--T
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCA-AT-TCAT
** * * * * ** * *
430865 ACAAG-TGTATTCAAAATCAAATAATGCAAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGA
63 ACAAGCT-TATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** *
430929 TTTGAAAAAATAAATCTGTCTATC-GATCAAG-TCAAAATAGTTATTACTATTTA-AAT
125 TTT-AAAAAATAAATTTGT-TACCAAATC-AGTTC-AAATAGTTAAGACTA-TTAGAAC
* * * * * * *
430985 AA-TATTTATTTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATA
** * * *
431048 -AACGCTTATCTAAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATA
64 CAA-GCTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATA
431102 TCAAGAGTTA
Statistics
Matches: 1066, Mismatches: 237, Indels: 142
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 12 0.01
173 65 0.06
174 62 0.06
175 1 0.00
178 24 0.02
179 124 0.12
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183 14 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACA
AGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATTTGTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
Found at i:431596 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 431135--431903 Score: 685
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 179
431125 TTCAGGTCAC
** *
431135 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGTA-AT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTATAACTAAG-AGAT
* * * * ** * * **
431196 TTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTCAACGATTATCTAT
65 TTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * **
431260 ATT-AAATCGTTATTATCTTTTCTTTGGTCATATAACAATTATTT-TTTTCAT
129 -TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATTTCTACTCAT
* * * * *
431311 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACTAATTTATTAATCTTTAAAAAATTAATAATTAAAAGAT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT-ATAACTAAGAGAT
* * ** * ** *
431376 TTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGGCCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTGTAAAC
65 TT-AAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * *
431441 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTATGTCATGAAGCAATTATTTCTATTCAT
129 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTCTACTCAT
* * * * *
431493 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTAAAAAAATTAGTAACTAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA-TAACTAAGAGAT
* * * * *
431558 TTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTAT
65 TTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
431622 TTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTGTCATAAAACAATTTTTTCAACTCAT
129 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCTACTCAT
* * * * * * * *
431672 AGAAGCTTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATGTATAAGTAAGAAAT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT-TATAACTAAGAGAT
* * * * * *
431737 TTAGAAAAT-AATGTTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAATAATTATCTAT
65 TTAAAAAATAAAT-TTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * * * * *
431801 TTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGCTAAT
129 TTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCTACTCAT
* * * *
431853 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
431904 TATTAGAAAA
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 104, Indels: 30
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 43 0.09
177 1 0.00
178 3 0.01
179 140 0.30
180 15 0.03
181 207 0.44
182 63 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTATAACTAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCTACTCAT
Found at i:431920 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 431148--431924 Score: 775
Period size: 360 Copynumber: 2.2 Consensus size: 358
431138 AGCTTATTTG
** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * ***
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* * * **
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* * * * * *
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* *** * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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** * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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65 TAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATA
* * * * *
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* *
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* *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * **
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* * *
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Statistics
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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*
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*
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* * * ** * * * *
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1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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192 TGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * *
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256 AAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * *
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* * * * * * * * ** * * *
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1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** * * *
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* * *
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* * * * * * *
434027 TTACCAAAAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
192 TGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
434092 AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTATTT-CTTATA
256 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATT
* *
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320 AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * *
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* *
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* * ** * * * * *
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* * * ** * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * * *
434547 TAAACTTATATGAAAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAG
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
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66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
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130 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
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* * * * *
434799 AATAGTCGTAACTATTTGAATTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATT
257 AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
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* * * *
434904 TAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTTAAGTA
1 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * ** * * * *
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191 ATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * **
435151 CTAATAGTTTTAACTATTTGAACT-AGGTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAT
255 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
435215 TAATTTTCAAAAGATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAA
319 TAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAA
* * * * * ** * * *
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* * *
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435515 ATGGCCATTATTGTTTTAATTGATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATTTATTAA
258 ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA
** *
435579 TTTAGGAAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCG--
322 TTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
435617 TCAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTATTATGACAAATCAAAAGGTTATAA--ATTTTAAATA
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*
435744 CTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTAATGTT-TTCTGAATAAGCTT
128 CT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATT-ATTTTATTC-GAATAAGCTT
** * * * * * * * * * *
435805 GTATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACTAAGCAAACGGTTAGAATGATTTGCAATATATAATT-
189 GTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
435869 TTCTAATAGTCTTAACCATTTGAGCTGATTCGGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
253 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
*
435934 TTAATTTTTAAAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAA
318 TTAATTTTT-AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAA
* * * * ***
435978 TAAGCTTATATGAA-A-AAACAATTGTTCTATGATAAAAGAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAG
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * * * ** *
436041 ATAATCATTCATATAATCTTAACTATTTGAATTGATTCA-ACAATTAGATTTATTTTTT-AATTT
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * ** *
436104 TCTTAGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAA-TTGGTATTATTTCATTTCAAATAAAATAGTAT
130 T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT
* ** *** * * * * *
436168 GAA-TAGTCAA---AACTAT-TC-AAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
193 GAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * * * * *
436227 ATAGTCAAAACTATTTGAAATGTTTTCGCCAGCAAATTTACTTTTTAAGA-CTCTTACTAATTAT
258 ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTA-
* *
436291 TTTTTTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-A
321 ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * * *
436330 TCAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATA
1 T-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
436395 GATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTGGCAAATAGAATTATTTTCTAAATCT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
436460 TTTACTTA-TAAGTTTTTGAAATATTAATAAA-TT-GTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTTTAT
130 TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTAT
*** * * * * * *
436522 GAGTTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCA
193 GA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
436587 TATAGTCTTAATTGTTTGAATTGATTTGGTAAAC-GAATTTACTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTA
257 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * ** * *
436650 ATTTTCAGAATATT-ACAGCTTAATATTATTTTATTTCAAA
321 ATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
*** * * * * ** *
436690 TAAGCTTGTATGGCCAGAAACAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAA
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * *
436755 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAA---T
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
436817 AT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGT
131 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-
* * * ** *
436880 TGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTCAAAATAGATAATTGGTCAA
194 -AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
436944 AT-GACCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTA-ATTTA---TTTAGATCTTTTACTTATTA
258 ATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
437004 ATTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGCATTATTTTATTTTGGA
321 ATTTTT-AAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
437045 TAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTTAAATA
1 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
437109 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAGACAAATTTATTTTTCCAAATC
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGAAAACAGATTTATTTTT-TAAATC
** * * * * *
437174 TCATGCGTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
129 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT
** * * * * * * * * * *
437238 GAATTGAAGCAATTATTATATGACTAAACAAAATGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT
193 GAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** *
437303 AATAGTCTTAAATGTTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA
257 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* *
437364 TTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAA
322 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * * * *
437404 TAAGCTCT-TATG-ATCACAAACAATTGTTTTATGAGAAAGC-ACAGATCATAATGATTT-AAGA
1 TAAGCT-TGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-A
* * * * * * * * * *
437465 TTA-A-ATTTGTTCAAATTGTCATAATTA-TTGAAATTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAA
63 -TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * * * *
437527 ATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATTAGTGTTATTTAATTTTGGATAAGTTTT
126 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTG
* * *
437591 TTTGAACTGAAACAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATT
190 TATGAAC-AAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * *
437654 GTTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATATATAAATTTTTAAATCTCT
252 GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAGAT-T-T-ATTTTTTAAATCTTT
** * * * ** * *
437717 CGCTCATAAATTTTTTGAATGCTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
312 TACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * * *
437767 TAAACTTATATAAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAAGAA
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
437832 ATAATTGTTCTAATAGTCCTAATTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
437895 --T-CTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAA-TTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG
130 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
437956 AAAAGAAACAATTATTTTATAACAAAATAAATA--TCATAACAATTT-AAGATAGATATTTG-TC
194 AACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTC
* * * *
438017 TAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTT--TGAT
256 -AAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *
438077 TAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAA
319 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * * * *
438120 TAATTTTTTATAAACA-AACACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAATA
1 TAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * ** * * *
438184 GATAACTGTTCAAATGGACATGAGTGTTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTATATCT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * * *
438249 CCTACCTATT-AGTTTTCAGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
130 TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
438312 GAATAAAAACAATCT-TTTTATGACAAAACCAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTC
193 GAA-CAAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
438376 AAATAGTCCTAAGTATTTGAACTTG-TTCT-ATAAATAGACTTATTTTTTAAA-CTTTTTAGTTA
256 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATT-TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTA
438438 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
318 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * * *
438482 TATA-CTTGTATGAATAGAAATGATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACT-ATTT-AACC
1 TA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA-A
* * *
438544 TTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTG-TTTAGAAAACAAATTTATTTTTT-AA
63 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA
* *
438607 T-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAAAAAGCTTG
127 TCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTG
* * * *
438669 TATGAACCAAAACAATTATTTTA-GAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGT
190 TATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
438733 TCAAATAATCATAACTATTTTAACTTG-TTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCA
254 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
438797 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAA
318 TTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *
438841 TAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
438906 ATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCT
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** * *
438970 TTTACTTATTAATTATAAAAATATTAATAAA-TTAATA-TATTTTAACTCGAATAAGCTTGTATG
130 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATG
* ** *
439033 AACAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAACTCATAACGATTTGAAATA-AAAATTTGTTCA
194 AACAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCA
* * ** * * *
439097 AATTGTCATTACTATTTGAA-T-ATATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAGTCTTTTATTTACT
257 AATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
439160 AATTGTCTGAATATCAATAAATTTGAATTATTTT-TATT-GAAA
320 AATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCG-AA
* * * * * *** *
439202 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTAATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAACAG
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * *
439267 GTAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAACAGATTT-TGTTTTTAAAT
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TTAGA-AAACAGATTTAT-TTTTTAAAT
* * * * * *
439329 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTGGTA
128 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTA
* * * * * *
439393 TGAACAGAAACAATTATTTTGTGACAAAAC-AAAGATCGTAACGATTTGAAATAAATAATTATTC
192 TGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * ** ** * * ** ** *
439457 AAACAGTTATAACTATTTGTAC-CAGTTAAGCCAATAGATTCATTTTTTAGGTCCATTATTTATT
256 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
439521 AATTTTTATAATATTAATAAGTTAGCATTACTTTATTTCCAA
320 AATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * ** *
439563 TAAGATTGTATCAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAA
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
439628 ATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATC--
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
** * * * * * *
439690 -T-CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATCA
131 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * *
439751 ACAAAA-ACATT-TTTTTTGCAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
195 ACAAAACA-ATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * ** ** * * *
439814 TATAGGCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
257 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * *
439879 TTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTGTTTT-GTTCTGAA
322 TTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * * * * * * * * * *
439919 TAAGCTTGTATCAACATAAATAATTGATTTATGACAAAGCAAAAGATTATAATTATTTGAAAGAT
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
439984 ATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCT
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * * * *
440048 CCTACTTATTATTTTTTTAAAAATTAATAAA-TTAGTATTATATTTTTTTGAATAGGCTTATATG
130 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTAT-TTTATTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * **
440112 ATGA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTG
194 A--ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * * * *
440176 AATGGCCATAATTATTTAAATTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAA
257 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * *
440241 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATACTATTTTTATTTTGGA
322 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAA
* * * * *
440282 TAAGCTTTTATGATTTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGAGTTT-AAATA
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATA
* * ** * * *
440346 GATAATTATTCAAATATTCATAACTATTCAAACTTATTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTCAAAT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-TAGAAAACAGATTTATTTTTT-AAAT
* * * * * *
440410 -TTCTTACTTATTAATTTTTTAATTGTTGATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT
128 CTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGT
** * * * * * * * * *
440473 ATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAAC-AAATGTTAGAACAATTTGACATAGATAATTATT
191 ATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** * *
440537 CTAATAATCTTAATTATTTGAACT-AGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC--TT--TTAT
255 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * * * *
440597 TAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA-CTCTAAA
319 TAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * * ** * * *
440640 TAAGCTTATATGAACAAAGATAGATAATTGTTCAAATGGTCAAAAC----TGT-TTGAACT-AGT
1 TAAGCTTGTATG-A-ATAGA-A-ACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGGTCAT-AA-TGA-T
* * * * * * * * **
440699 TTGGTAAACA-A-ATTTAGTTTCTAAAT-CTCTTATTAA-TTTTTTAAAT-ATTAATAAATTA-A
57 TT-G-AAATAGATAATT-G-TTC-AAATAGTC--A-TAACTATTTGAACTGATTTAGAAAACAGA
* *
440758 TATTATTTTATTCTGAATAAT-TTTGTATCAATAAAAACAATTAATTTATGATAA-A--ACA-AA
114 T-TTA-TTT-TT-T--A-AATCTTT-TA-C--T------TATTAATTTTTGA-AATATTA-ATAA
* * * * * ** * * ** * * *
440818 ATGTCA-TAATGATTTGAAATAG-ATAATAG-TTCAAATGGATATGACTATTTGAACTTGT-TCA
160 AT-TTAGT-ATTATTT-TATTCGAAT-A-AGCTT-GTATGAACAAAAC-AATTG---TTTTATGA
** ** ** * * * **
440879 GTAAACAAAATTTTTTTGAAATCTCCAACTTTTAATTTTTAGA-ATATTAAT-AAATTAGT-ATT
215 CAAAACAAAA-GGTCAT--AA----CGA-TTTGAA---ATAGATA-ATTGTTCAAA-TAGTCA-T
** * * * * * * *** * *
440941 ATTTATTTAAAATAAACTT-GTATGAATAGAAAATTT-TGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCAT
266 AACTATTTGAACT-GATTTGGTA--AACAG---ATTTAT-TTTT-T---AAATCTTTTA-CTTAT
* * * * * * **
441003 GACAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTT-GAA
319 TA-ATTTTTAAAT-ATTAATAAATT-AGTATT-AT-TTTATTTCGAA
* * * * * *** * * *
441049 CTCA-CTTCG--T-AA-A-CAA-ATTTATTTT-T---AAATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTTGAA
1 -TAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATGATTTGAA
** ** * *
441101 AT---T--TTAAT-AAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATATGCTTTTATGCATAGATACA-ATT
62 ATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTA-TTTGAA-CTG-ATTTA-G-A-A-A-ACAGATT
** ** * *** * * * * * * **
441158 GGTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATA--GATAATTGTTCAAATAGACATA
116 TATTT-T-TTAAATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAAT-TT--AGTA-TTAT-
** * * * * ***** ** **
441219 ACTACTT--AA-ATG--TGT-TCAA-AAAATAGATTCATTTT-T-A-AAATTTTTACTTTTTAA-
172 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
** * * * * * ** * *
441273 TTTTTGGAATATTA-ATAAAT-TT-AAATTATTTAT-TCGAAATAAACTTGCA--TGG-AATCA-
234 GATTT-GAA-A-TAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC-TG-ATTTGGTAAACAG
** * *** * * * * ** *
441330 ATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATGTTTTGAAATA--GAT-AATTATTAAAATAG
293 ATT-TATTT-T-TTAAATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT-T
* ** * *
441389 TCATAACCATT
351 TTATTTCGA-A
* * * ** * ** * ** * * **
441400 TAAACTTAT-TCG-GTA-AATGAATTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTTGAAAT-ATT
1 TAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAA-TTGTTTT-A-TGAC-AAAACA-AAAGGTCAT--AATGATT
* * * * * ** *
441460 AAT-AAATTA-ATATTATTTTACTTCAAATAAG-CTTATA-TGAATTGAAATAATTGTTTTAATT
58 --TGAAA-TAGATA--A--TT-GTTCAAAT-AGTCATA-ACT-ATTTGAACTGA-T-TTAGAA-A
* * * **** * * * ** * * * * * * *
441521 ACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT-GAAC
109 ACAGATTTATTTTTTA-AAT-CTTTTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAAT-A-AATTTAGTA-
* ** * * * * *** * * * **
441585 TT-GTTTGGT-GAACATATG-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TGA-AATATTAATA
168 TTATTTTATTCG-A-ATAAGCT-TGTATGAA-C-AAAAC-AATT-GTTTTATGACAA-AACAA-A
** * ** * * * * * ** * *
441645 AATTTAT-ATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTAT-GAATAG--A-AA-TAATTG-TTTTATGT-
224 AGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAA--TTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTG
** * * * * * * *
441702 CAAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTA
285 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
441767 CTTTATTTTGAA
349 TTTTATTTCGAA
* * * * * * * **
441779 TAAGCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTT
1 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * *
441844 ACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
441908 CTTACTTATTAATTTTTGAAAGA-TAATAAA-TTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG
130 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATG
** ** * * * * * * *
441971 TTCAAAAGCAATTGTTACATAACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATTGATAATTGCTGAC
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* * * * * * * * ** *
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* * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * ** * * *
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* * ** * *
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*
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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** * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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357 15 0.03
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359 59 0.11
360 26 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (354 bp):
GTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTATTTT
TAAATCTTTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTATTCAAAATAAACTT
GCATGAATAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATGACAATTTTAAATAAATAATTATTA
AAATAGTCATAACCATTTAAACTCACTTC
Found at i:441728 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 441605--441821 Score: 292
Period size: 111 Copynumber: 2.0 Consensus size: 111
441595 AACATATGTA
* *
441605 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTTGAAT
1 TTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTACTTTAATTTGAAT
* * * *
441669 AACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAATTTAT
65 AACCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATTTAT
* * * * * * *
441716 TTTTTAATTCTTTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATTTGAATA
*
441781 AGCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
66 ACCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
441822 AAGTTATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
110 3 0.03
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Consensus pattern (111 bp):
TTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATTTGAATA
ACCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATTTAT
Found at i:443037 original size:714 final size:711
Alignment explanation
Indices: 441711--443989 Score: 1629
Period size: 711 Copynumber: 3.2 Consensus size: 711
441701 TCAAAACAAA
* * * * *
441711 TTTATTTTTTAATTCTTTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTT
* * *
441776 GAATAAGCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAG
66 GAATAAGCTTGTATCAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAA
** * * * * *
441841 TTTACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
131 TACACAATTACTCAAATACTCATAACTATTTGAACGAGTTCAATAAACAGACTTATTTTTTAAAT
* * *
441906 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG
196 CTCTAACTTATCAATTTTTGAAAGATAATAAATAAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG
* * * *
441971 TTCAAAAGCAATTGTTACATAACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATTGATAATTGCTGAC
261 TTCAAAAGCAATTGTTACATAACAAAAAAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCTCAC
* *
442036 AAGGTCATAATTATTTGAATTGATTCGGTAAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAAT
326 AAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAAT
* * * * *
442101 TTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACATTTG
391 TTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATGTATGAACTAAAACAATTA
* * * *
442166 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAATTAT
456 TTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAACTAA
* * ** * * ** *
442231 TTGAACTGCTTCGGCAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT
521 TTGAACTGCTTCGACAAATAGATTGATTTTTCAAATCTCCAACTTATAAATTTTTAAAATATTAA
* * * *
442296 TAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAGAAC
586 TAAATTAGTATTATTATATTATGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAC
* * * * *
442361 AAAAGGTTATAATAATTTGACACAAATAATTGTTTAAATAAGAACTGGTTCAGTAAATAAT
651 AAAAGGTCATAAGAATTTGAAACAAAAAATTGTTCAAATAAGAACTGGTTCAGTAAATAAT
*
442422 TTTATTTTTTAAATC-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
* * ** *
442486 TGAATAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAAAGTTCATAACGATTTG
65 TGAATAAGCTTGTATCAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAAGTT-ATAACGATTTG
* * *
442549 AAATACATAATTACTCAAATCACT-ATAATTATTTGAATCGA-TTCAATAAACTGACTTATTTTT
128 AAATACACAATTACTCAAAT-ACTCATAACTATTTGAA-CGAGTTCAATAAACAGACTTATTTTT
* * **** *
442612 TAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATGAAG-ATTATTTTATTTTGGATAAGT
191 TAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAAGA-TAATAAAT-AAGTACTATTTTATTCCAAATAAGC
** * ** * * * * *** *
442676 TTTTATGAATT-GAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTCATATTTATTTTAAATAGAT
254 TTGAATG--TTCAAAAGCAATTGTTACATAACAAAA-AAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGAT
* * * *
442739 AATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATAATT-ATTTTTTAAAATT
316 AATTGCTCACAA-AGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAA-AAAATTCACTTTTT-AAATC
* ** *
442801 TCTTA-TTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTA
377 ACTTACTTT-TTAATTTT-TGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATGTA
* *
442864 TGAACTAAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGTCA-AA-GCAATTTGAAATAGATAATTTT
440 TGAACTAAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAGATAATTGT
* *
442927 TC-TAATAGTCTTAACTAATTGAACTGGTTCGACAAATAGATTGATTTTAT-AAATCTCCAACTT
503 TCAT-ATACTCTTAACTAATTGAACTGCTTCGACAAATAGATTGATTTT-TCAAATCTCCAACTT
* * *
442990 ATAAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTATATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
566 ATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTATGAATAAACTTATATGAATAGAAA
* * * *
443055 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAA
631 CAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAACAAAAAATTGTTCAAATA---AG
*
443120 AACT-ATT---TAAACTAA-
693 AACTGGTTCAGTAAA-TAAT
* *** * * * * *
443135 TTGA-TAAATAGA--TTT-ATTTTTTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGAATTA-TTTGATT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTT-ATT
** * * * * * * ** *
443194 CCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGA
64 TTGAATAAGCTTGTATCAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGA
* * ** * * * * * * *
443259 AATAGATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTT
129 AATACACAATTACTCAAATACTCATAACTATTTGAACGAGTTCA-ATAAACAGACTTA-TTTTTT
* * * * * * * *
443323 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAA--ATTATTTTATTCAAAATAAAC
192 AAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAAGA-TAATAAA--TAAGTACTATTTTATTCCAAATAAGC
* ** * ** * ** * * *
443385 TTGCATCAAT-AAAACCAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAA
254 TTGAAT-GTTCAAAAGCAATTGTTACATAACAAAAAAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
** *** *** * * * * * *
443449 TTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTAATGAATAGATTC-TTTTTTTAATTATCTT
318 TTGCTCACAAAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAAAAAATTCACTTTTTAAATCA-CTT
** * * ** * * * ** *
443512 ACTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTACTTTTTAATTATCAAAATATTA
381 ACTTTTTAATTTTTGA-AACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAAC-ATGTATGA
* * * * *
443576 A-TAAATTA-ATATTGCTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
443 ACTAAA--ACA-ATT-ATTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * * * *** *
443639 CAAATAGTCATGACTATTTGAAATTG-TTCGATAAACATA-TGCATTTTTTAAATATTTTACTTT
504 CATATACTCTTAACTAATTG-AACTGCTTCGACAAATAGATTG-ATTTTTCAAATCTCCAACTTA
* * * * * * * * * *
443702 TTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAGGAATAACCTTGTATGAACAGAAAC
567 TAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTATGAATAAACTTATATGAATAGAAAC
* ** * * * * * * * *
443767 AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
632 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAACAAAAAATTGTTCAAATA---AGA
* *
443832 ACAATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAA
694 AC----TG-----GTTCAGTAAATAAT
* * * *
443859 TTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT
*** * * * * * * *
443922 CAAAATAAGCTTTTATGAACAGAAAA-TATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTC
64 TTGAATAAGCTTGTATCAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTG
443986 AAAT
128 AAAT
443990 GGATAATTGT
Statistics
Matches: 1246, Mismatches: 244, Indels: 139
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (711 bp):
TTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTT
GAATAAGCTTGTATCAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAA
TACACAATTACTCAAATACTCATAACTATTTGAACGAGTTCAATAAACAGACTTATTTTTTAAAT
CTCTAACTTATCAATTTTTGAAAGATAATAAATAAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG
TTCAAAAGCAATTGTTACATAACAAAAAAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCTCAC
AAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAAT
TTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATGTATGAACTAAAACAATTA
TTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAACTAA
TTGAACTGCTTCGACAAATAGATTGATTTTTCAAATCTCCAACTTATAAATTTTTAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTATATTATGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAC
AAAAGGTCATAAGAATTTGAAACAAAAAATTGTTCAAATAAGAACTGGTTCAGTAAATAAT
Found at i:443213 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 442993--443291 Score: 422
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442983 CCAACTTATA
* * **
442993 AATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTATATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTATATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
* * **
443058 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAA-AA
66 TTAGTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGT-AATAA
443122 CTATTTAAACTAATTGATAAATAGATTTATTTTTT
130 CTATTTAAACTAATTGATAAATAGATTTATTTTTT
* * * *
443157 AATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGAATTATT-TGATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTAT-ATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
443221 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTAATAA
65 ATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTAATAA
443286 CTATTT
130 CTATTT
443292 GAACGTGTTC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 16, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.03
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ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (164 bp):
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTATATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
TTAGTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTAATAAC
TATTTAAACTAATTGATAAATAGATTTATTTTTT
Found at i:443549 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 443504--443584 Score: 117
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
443494 TCTTTTTTTA
* *
443504 ATTATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAAC
1 ATTATCTTACTCATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAAC
* **
443545 ATTATTTTACTTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTAA
1 ATTATCTTACTCATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAA
443585 TATTGCTTTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (41 bp):
ATTATCTTACTCATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAAC
Found at i:444911 original size:715 final size:713
Alignment explanation
Indices: 443802--445431 Score: 1559
Period size: 715 Copynumber: 2.3 Consensus size: 713
443792 TCATCACAAG
* * * *
443802 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTAGTTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACAATTTAAATTGGTTCAGTAAACAAAATTAGTTT
* * *
443867 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGC
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAAGAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGC
** * * * * *
443932 TTTTATGAACAGAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATGGATAAT
131 TAGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAGATAAT
* * *
443997 TGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGAATCATTTAAATCTCTTTATTAT
196 TGATCAAACAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGAATCATTTAAA-CTCTTTATTAT
* * ***
444062 TAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTTATATGAATTGAAACA
260 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTTATATCAACAAAAACA
* * ** *
444127 ATTCTTTTATGATAAAAAAAAGATCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAATTATGAT
325 ATTATTTTATGATAAAAAAAAGATCATAATAATTTGAAAAAGACAATTATTCAAATAACCATAAT
* * * * *
444192 TATTTGATCTAGTTCACTAAACATATTTATGTTTTAAAT-TTTCTACTTATTAATTGTTGAAATA
390 TATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTGTTGAAAGA
* * *
444256 TTAATAAATTAGTATTATTTTCATCT-GAATAAGCTTGTATAAAT-AAAAATAATTGTTTTAAAA
454 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTCGAATAAGCTTGAAT-AATCAAAAACAATTGTTATAAAA
* * *
444319 TAGAACAAAAAG-TCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGCTCA-AATAGTCATAATTATTTGAAC
517 CAGAAC-AAAAGCTAATAAAGATTTGAAATAAATAATTACTCACAA-AGT-ATAATTATTTGAAC
* **
444382 TAGA-TTGGTAAATAGATT-TTTTTTTAAATCACTTATTAACTTTCAAAATATTAATGATTAGTT
579 TA-ATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAACTTTCAAAATATTAATGATTAGTT
444445 TTACTTTATTCCAAACTAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGT
643 TTACTTTATTCCAAACTAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGT
444510 AATGAT
708 AATGAT
* * ** *
444516 TTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTT-A-TATAAGCAAAATTATT
1 TTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACAATTTAAATTGGTTCAGTA-AA-CAAAATTAGT
* *
444579 TTTTCAATCTCTTACTTATTAAGTT-T-TGAAATATTAAGAAATTTGT-TTATTTTATTCCAAAT
64 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTGTCT-AAATATTAAGAAATTTGTATTATTTTATTCAAAAT
* *
444641 AATCTAGTATGAATTCA-AAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
127 AAGCTAGTATGAA--CAGAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAAT
* * * * ** * *
444705 AGATAATTGATCATATAGTCTTCAA-TATTTGAACTAGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAA-
189 AGATAATTGATCAAACAGTCAT-AATTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGAA-TCA--TTTAAAC
* * * *
444767 T-TTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAGATTAGTATT-TTTTTTCTTGAATAAGC-TTGT
250 TCTTTA-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTTAT
* * * *** *
444828 ATCAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTG-CAATTGT
312 ATCAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAA-AAAAGATCATAATAATTTGAA-AAAGACAATTAT
* * *
444892 TCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTAT
375 TCAAATAACCATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * **
444957 TAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACA
440 TAATTGTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCGAATAAGCTTGAATAATCAAAAACA
** * * * * * *
445022 ATTGTTATATGACCGAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGACAAGGTATAAT
505 ATTGTTATAAAACAGAACAAAAGCTAATAAAGATTTGAAATAAATAATTACTCACAAAGTATAAT
* **
445087 TATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTTTTAATTTTTGAAATAT
570 TATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTA----TTAACTTTCAAAATAT
* * * * * * *
445152 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAATA-A-TTATTTTATGA
631 TAAT-GATTAGTTTTACTTTATTCCAAACTAA-CTTATATGAA-T-AAAAACATTTGTTTTATGA
* ** **
445214 TAAAACAAAAGGTCATAACAAT
692 CAAAACAAAAGGTTGTAATGAT
** * * * ** * * * ** * * * *
445236 TTGAAATAAATAATTATTCATATGGTTTTAACTATTTGAACTATTTCGGCAAACAGATTTA-TTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACAATTTAAATTGGTTCAGTAAACAAAATTAGTTT
* * * ** * ***
445300 TTCAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TT-AAATCTCTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAAGAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAA
* * * * * * * * *
445364 GCTTA-TTTGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT
129 GC-TAGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAGAT
445428 AATT
193 AATT
445432 TTTCAAATAG
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 133, Indels: 71
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
712 2 0.00
713 30 0.04
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716 7 0.01
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719 72 0.10
720 132 0.18
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722 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (713 bp):
TTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACAATTTAAATTGGTTCAGTAAACAAAATTAGTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAAGAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGC
TAGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAGATAAT
TGATCAAACAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGAATCATTTAAACTCTTTATTATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTTATATCAACAAAAACAA
TTATTTTATGATAAAAAAAAGATCATAATAATTTGAAAAAGACAATTATTCAAATAACCATAATT
ATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTGAAAGATT
AATAAATTAGTATTATTTTATCTCGAATAAGCTTGAATAATCAAAAACAATTGTTATAAAACAGA
ACAAAAGCTAATAAAGATTTGAAATAAATAATTACTCACAAAGTATAATTATTTGAACTAATTTG
GTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAACTTTCAAAATATTAATGATTAGTTTTACTTTA
TTCCAAACTAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAATGAT
Found at i:445091 original size:895 final size:899
Alignment explanation
Indices: 441796--445277 Score: 2318
Period size: 895 Copynumber: 3.9 Consensus size: 899
441786 GTATCAACAA
* * * * ** * *
441796 AAATAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATAG
1 AAAT-ATTGCTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAG
* * * ** * *
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65 TCATAACTATTTGAAATTGTT-AGATAAACAAATGCATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTAT
* * * * * * * * * ** * *
441924 TGAAAGA-TAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGTTCA-AAAGCAATTGTT
129 TGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATACAAATAACCTAGTATGAACAGAAA-AAATTATT
** * * * * * * * ** * * * **
441987 ACATAACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATTGATAATTGCTGACAA-GGTCATAATTATT
193 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGATCA-AATAGTCATAACAATT
* * * * * ** * *
442051 TGAA-TTGATTCGGTAAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATT-T-TTGAAACATT
257 TGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATT
* *** * * * * * *
442113 AATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACATTTGTTTTATGACAAA
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATCAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * *
442178 ACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA-CTCTTAATTATTTGAACT-GC
383 ACAAAAGGTT-ATAACGATTTCAAATGGACAATTGTTCAAACAGC-CATAATTATTTAAACTAG-
*** * * * * * *
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445 TTCAATAAACAGAATCA--TTT-AAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * *
442305 ATTATTTTATTAT-GAATAAGC-TTATATGAATT-GAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGG
507 ATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTTA-ATG-ATTAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGC
* * * * * * * * *
442367 TTATAATAATTTGACACAAATAATTGTT------TA-AA-TA--AGAACTGGTTCAGTAAATA-A
568 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAGTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATA
* * *
442421 TTTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
633 -TTTACTTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TC
* * * ** * * * *
442486 TGAATAGGCTTGTAT-GATGAAAAGCAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGA
696 TAAATAAGCTTGTATAAAT-AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGA
* * * ** *
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760 AATAAATAATTACTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTAATT-AATAAA-TAGA-TTCTTTTT
* * * * * ** * * * **** *
442612 TAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATGAAGATTATTTTA-TTTTGGA-TAAG
821 TTAATATCT-ACTCATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTACTTCCAAACTAAC
**** *
442675 TTTTTATGAATTGAA-
885 AAAATATGAA-TAAAT
* * * * * * * * *
442690 ACA-ATTG-TTTTATGATAAAACAAAAAGTTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAATATTGCTTTAATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAG
* * * * * * *
442753 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAAT-TATTTTTTAAAATTTCTTATTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAAATTGTTAGATAAACA-AATGCATTTTTT-AAATATCTTACTTATTAATTA
* * * * *** * *
442817 TATG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-ATGTATGAACTA-AAACAATT
128 T-TGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATACAAATAACCTA-GTATGAAC-AGAAAAAATT
* * * * * ** * *
442879 ATTTCATGACTAAACAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACT
190 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAAGTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAAC-
* * * * * *** *
442943 AA-TTGAACTGGTTC-GACAAATAGATTGA-TTTTATAAATCTCCAACTTATAAATT-T-TTAAA
253 AATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTAGTTTT-TAAA-CTTTTACTTATTAATTGTCTT--A
* * *** * * * *
443003 ATATTAATAATTTAGTATTATTATATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
313 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATCAACAGAAAAAATTATTTTATG
* * * ** * * * * *
443068 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACT
378 ACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAATGGACAATTGTTCAAACAGCCATAATTATTTAAACT
* * * * *
443133 AATT-GATAAATAG----ATTT--A-----T-TTT-TTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGAA
443 AGTTCAATAAACAGAATCATTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
443184 TTATTTGATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGC-CA
508 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTTAATGATTAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAA-GCTCA
* * * * *
443248 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAATATA
571 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGT-ATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACATA
* * *
443312 TTTATTTTTTTAAATTTT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT
633 TTTA-CTTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-T
* * * * ** * * *
443375 CAAAATAAACTTGCATCAATAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGA
695 CTAAATAAGCTTGTATAAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGA
* * ** * *
443440 AATATATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAATGAATAGATTCTTTTTTTAA
760 AATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAATTAATAAATAGATTCTTTTTTTAA
* * * *** * *
443505 TTATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTACTTTTTAATTATCAAA
825 -TATC-TACTCATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTACTTCCAAACTAACAAA
*
443570 ATATTAATAAAT
888 ATATGAATAAAT
* * * *
443582 TAATATTGCTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAATATTGCTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGT
* * * * *
443647 CATGACTATTTGAAATTGTTCGATAAACATATGCATTTTTTAAATATTTTACTTTTTAATTATTG
66 CATAACTATTTGAAATTGTTAGATAAACAAATGCATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTATTG
* ** * * *
443712 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAGGAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
131 AAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATACAAATAACCTAGTATGAACAGAAAAAATTATTTTA
* * *
443777 TGTCAAAACAAAAAGTCATCACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGAA
196 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACAATTTGAA
* *
443842 TTTGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAT
261 CTAGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAT
* * * *
443907 TTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAACAGAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAG
325 TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATCAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
443972 GTTATAGCGATTTCAAATGGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAAT
390 GTTATAACGATTTCAAATGGACAATTGTTCAAACAGCCATAATTATTTAAACTAGTTCAATAAAC
*
444037 AGAATCATTTAAATCTCTT-TATTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
455 AGAATCATTTAAATCTCTTAT-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
444101 -GAATAAGCTTTATATGAATT-GAAACAATTCTTTTATGATAAAA-AAAAGATCATAATAATTTG
519 CGAATAAGCTTTA-ATG-ATTAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTG
* * * * *
444163 AAAAAGATAATTATTCAAATAATTATGATTATTTGATCTAGTTCACTAAACATATTTA-TGTTTT
581 AAATAGATAATTATTC-AA-AAGTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTACT-TTTT
* *
444227 AAATTTTCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATCTGAATAAGCTT
643 AAATTTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTAAATAAGCTT
** * * *
444292 GTATAAATAAAAATAATTGTTTTAAAATAGAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTG
707 GTATAAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTA
* ** *
444357 CTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGATTGGTAAATAGATT-TTTTTTTAA-ATC-ACTTAT
772 CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-ATTAATAAATAGATTCTTTTTTTAATATCTACTCAT
* *** **
444418 TAACTTTCAAAATATTAAT-GATTAGTTTTACTTTA-TTCCAAACTAAC-TTATATGAATAAA-
836 TAACTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTACTTCCAAACTAACAAAATATGAATAAAT
* ** *
444478 AACAT-TTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAG
1 AA-ATATTGCTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAG
* * * * * *
444541 TCATAATTATTT-AAATTGGTTATATAAGCAAAAT-TATTTTTTCAATCTCTTACTTATTAAGTT
65 TCATAACTATTTGAAATT-GTTAGATAAAC-AAATGCATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TT
** * * *
444604 -TTGAAATATTAAGAAATTTGT-TTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTCA-AAAAAACT
127 ATTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATACAAATAACCTAGTATGAA--CAGAAAAAA-T
* * * * *
444666 TATTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCATATAGTCTTCAA
189 TATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCAT-AA
* * * *
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* * **
444789 TATTATTAGATTAGTATT-TTTT-TTCTTGAATAAGCTTGTATCAACA-AAAACAATTATTTTAT
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* * * * * * *
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** *
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* * **
444979 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-TTCAAAAACAATTGTTATATGACCGAACAAA
502 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTAATGATT-AGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAA
* * * * * **
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565 AGCTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AAAGTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAA
* * ** * *
445108 CAGATTCACTTTTTAAA-TCACTTATTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
629 CATATTTACTTTTTAAATTTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
445172 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA-A
693 ATCT-AAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGA
* * * **
445235 TTTGAAATAAATAATTATTCATATGGTTTTAACTATTTGAACT
755 TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
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Statistics
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Consensus pattern (899 bp):
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CATAACTATTTGAAATTGTTAGATAAACAAATGCATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTATTG
AAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATACAAATAACCTAGTATGAACAGAAAAAATTATTTTA
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TTATAACGATTTCAAATGGACAATTGTTCAAACAGCCATAATTATTTAAACTAGTTCAATAAACA
GAATCATTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTTAATGATTAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTATTCAAAAGTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAATTTTC
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTAAATAAGCTTGTATAAATA
AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTAATTAATAAATAGATTCTTTTTTTAATATCTACTCATTAACTTTCAA
AATATTAATAAATTAACATTACTTTACTTCCAAACTAACAAAATATGAATAAAT
Found at i:445580 original size:165 final size:166
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Indices: 445290--445596 Score: 408
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*
445290 AGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
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* * * * *
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*
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128 AAATACATAATTTTTCAAATAGGAACTGGATTAGTAAAT
* *
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1 AGATTTATTTTTCAAATCTCTTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
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127 GAAATACATAATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGATTTATTTTTCAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
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Found at i:446265 original size:180 final size:180
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445979 AAAAAATTAA
* * * ** * *
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* * *
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* *
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* * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
446235 ATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTCTTAATACAATC
66 ATCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGC
* * *
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* * * * * * * *
446350 TAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTAACTT-GACCGGTGTAAAATAGTTATGATTGTTTGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TTTAAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* **
446414 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTGTACAA
63 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAA
* * * * * * **
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128 GCTTATTTAGAACAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAGAAG
* *** * *
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1 TAAGAGATTT-AAAAAA-TAA-ATCTATTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
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63 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTAATACA
446655 AGCTTATTT
127 AGCTTATTT
446664 CAAGTAAAAT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 78, Indels: 32
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
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ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGCT
TATTTAGAACAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAGAAG
Found at i:446941 original size:17 final size:17
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Indices: 446894--446941 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
446884 ATTGAACAAG
*
446894 TTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTCAAATAGT--TATCTAT
*
446913 TT-AAATAATTATCTAT
1 TTCAAATAGTTATCTAT
446929 TTCAAATAGTTAT
1 TTCAAATAGTTAT
446942 GACATTTTCT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 9 0.36
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19 2 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGTTATCTAT
Found at i:447156 original size:509 final size:509
Alignment explanation
Indices: 446212--447689 Score: 1209
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446202 CCAATTCAAT
** * * *
446212 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAAT
1 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-ATTTATTTTATCATAAAAC
* *
446277 AATTATTTCTCTTAATACAATCTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAG
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* * * ** * * * *
446342 TTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTAACTTGACCGGTGTAAAATAGTTATGATTGT
129 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTAACTTGACAAGTGTAAAATAGTCATAACTAT
* * * * **
446407 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTT
194 TTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTATCAGTT
** * * *
446472 TGTACAAGCATATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGATTTA
259 CATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAGAGATTTA
* * *
446537 AAAAAAGTAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
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* *
446602 AAATCGGTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
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*
446667 GTAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTGACCTAATAAGTTAAA
454 ATAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTGACCTAATAAGTTAAA
* *
446723 TAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-TTTATTTTATCATAAAACA
1 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTATTTTATCATAAAACA
* * * * * *
446787 ACTGTTTTTCTTTATATAAGCTTATTTGGATTAAGTAAT-ATG-AATTTATTAATATT-TAGCAA
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* * * *
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* * *
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191 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTATCA
* * * ** *
446975 GTTCATATAGGCTTATTCTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGAG
256 GTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A-AAGAG
* * * *
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319 ATTTAAAAAAAAT-AATATGTTAACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
447105 TATTTCAAATCGCTATGACCTTTT-TGGTTTTTCATAAAGCAA-TTCTTTCTATTCATTCAAGCT
383 TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTAT--TTTGTCATAAAACAATTTCTTTCTATTCATACAAGCT
*
447168 TATTTCAAATAAAATAATTAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAAT
446 TATTTCAAAT--AA-AATT-AA-----T-A-A-GT----AA--AAT-A-T-----TT-AAAAAAT
* *
447233 AAATCTATT-TCCTGAACTCA-TTCAAA
485 AAATCTATTGACCT-AA-TAAGTT-AAA
* * * * * * * *
447259 CAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAC
1 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGA-CATTTATTTTATCATAAAA
* * * ** * * **
447323 CAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
64 CAACTATTTCTCTTAATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATGC-AATTTATTAATATTCTGAA
* * * * * * *
447387 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTCAC-TGAGCAGGT-TAAACTAG-CTATCA
127 AGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTAACTTGA-CAAGTGTAAAATAGTC-ATAA
* * * * * * *
447449 CTGTTTAAACAATTATGTTTTTCAAATAGTTATG-C-TCTTTAATTTTGTCATAAAACAATTATT
190 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAT-TTT-CTTTTATCATAAAACAATTGTA
* ** * ** * *
447512 TCTA-TTCAAACAAGTTTATTCTAAATAAAATCTTACTAATTTATTAATATTTTGCAATTTAA-T
253 TC-AGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCCAA--AAATT
* ** * * * * * * *
447575 AGGTAGGAGATTTAAAAACTA-AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACGTCCACTTGAA
313 A---AAGAGATTTAAAAAAAATAATATGTTAACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
447639 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
375 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
447690 GTTTCTGTCC
Statistics
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TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTATTTTATCATAAAACA
ACTATTTCTCTTAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCAATTTATTAATATTCTGAAAGTT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTAACTTGACAAGTGTAAAATAGTCATAACTATTT
AAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTATCAGTTCA
TACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAGAGATTTAAA
AAAAATAATATGTTAACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTGACCTAATAAGTTAAA
Found at i:447345 original size:688 final size:689
Alignment explanation
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446014 TTGCCAAATC
* *
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1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTAT
* * *
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* * * *
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* * * * * *
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196 AACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTATTTCTTTTGTCATAAAACAATTATA
* * * * * * *
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* ** * *
446349 GTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTAACTTGACCGGTGTAAAATAGTTATGATTGTTTGAACA
326 G--A-AGATTTAAAAAATGAATCTATTAACTCGACAAGTGTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * **
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* * * *
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453 GCATATTCAAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAAAATTAAAAAAAG
* * *
446544 TAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGG
518 TAATATCTTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGG
*
446609 TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAGTAAAAT
583 TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAGTAAAAT
446674 TAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTGACCTAATA
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* * *
446716 AGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTAT
* * * ** * *
446778 CATAAAACAACTGTTTTTCTTTATATAAGCTTATTTG-GATTAAGTAATATGAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAAATGTTTTTCTTCATATAAGCTTATTTGAAACAAAATAAGATGAATTTATTAATAT
* * * * *
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131 CTT-GAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-TTAAACCAA-TTCAAATAGT
* *
446904 CATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTCTTTTGTTATAAAACAAT
193 CATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTA-TTTCTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
446968 TGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCT-CAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
257 TATATCACTTAATACAAGCTTATT-TACAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * *
447032 AACAAG-AGATTTAAAAAAAATGAATTTGTTAA-TCGAACAAGT-TCAATTAGTTATGACTATTT
321 AACAAGAAGATTT--AAAAAATGAATCTATTAACTCG-ACAAGTGTAAAATAGTTATGACTATTT
* *
447094 GAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTTGGTTTT-TCATAAAGCAATTCTTTCTATT
383 GAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGACC-TTTT-GTTTTATCATAAAACAATTCTTTCTATT
* * * *
447158 CATTCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATT-AAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
446 CATACAAGCATA-TTCAAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--G--AA
* * *
447221 AATTAAAAAAA-TAA-ATCTATTTCCTGAACTCA-TTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTA
506 AATTAAAAAAAGTAATATCT-TTACC-AAAC-AAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * *
447283 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA-TTGTTTCTATTCGTACAAGCT
568 TCTATTTCAAATAGGTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCT
447347 TATT
633 TATT
447351 CGAAATAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (689 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTAT
CATAAAACAAATGTTTTTCTTCATATAAGCTTATTTGAAACAAAATAAGATGAATTTATTAATAT
CTTGAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTAAACCAATTCAAATAGTCAT
AACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTATTTCTTTTGTCATAAAACAATTATA
TCACTTAATACAAGCTTATTTACAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAA
GAAGATTTAAAAAATGAATCTATTAACTCGACAAGTGTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCA
TATTCAAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAAAATTAAAAAAAGTAA
TATCTTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGGTAT
AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAGTAAAATTAA
TAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTGACCTAATA
Found at i:447497 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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446659 TATTTCAAGT
* *
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1 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
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65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
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129 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTA
* * * * * * * *
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1 -AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
446909 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAT-TTTCTTTTGTTATAAAACAATTGTAT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** *
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129 CTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * *
447026 AAAATTAACAAG--AGAT-TTAAAAAAAATGAAT-T-TGTTAATCGAACAAGTTCAATTAGTTAT
1 AAAATTAATAAGTAAAATATT-TAAAAAATAAATCTAT-TTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
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63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTCTTTAT--TTTGTCATAAAACAATTG
* * *
447150 TTTCTATTCATTCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT--TAAATTTGTTAATATTTCA
126 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTA
* * * *
447205 AAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTCCTGAACTCA-TTCAAACAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
447268 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* **
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* * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGA
* * * * *
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65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** *
447513 CTATTCAAACAAGTTTATTCTAAATAAAATCTTACTAATTTATTAATATTTTG
129 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * ** * * * ** * * *
447566 CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACGTC
1 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
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66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * * *
447696 GTCCATACAAAATTATT-GAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTG
131 ATTCATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * *
447747 AAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAATTAAATCTATTTATCT-AACTAGTTCAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** *
447807 CTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTATTTTGTCATGGAACAATTGCTTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * **
447871 TTTTCATACAAGCATATTGGGATTAAAAGAATACTAATTTAATAATATTACA
130 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * *
447923 AAAATTAATAAG----AGATTAAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAGGA
1 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
447983 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGAC-CTTT-TGTTTAGTCATAAAAAAATTAT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGT
* *
448045 TT-TAGTTCAT-CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGA
127 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTA
* * * * * *
448099 AAAGTTAGTAAG--AAAT-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATAGATATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
448161 TGTTTGAATAATTATCTATTT
66 TATTTGAACAATTATCTATTT
448182 AAAGAGTAGT
Statistics
Matches: 1064, Mismatches: 220, Indels: 104
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
Found at i:448258 original size:35 final size:36
Alignment explanation
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448199 TTTAACTGAT
*
448209 TAATTATTCAAAATA-TTATAA-TGATTTGAAATAGA
1 TAATTATTCAAAATAGTCATAACT-ATTTGAAATAGA
448244 TAATTATT-ATAAATAGTCATAACTATTTGAAAT
1 TAATTATTCA-AAATAGTCATAACTATTTGAAAT
448277 GGTTTGCTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 5
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
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TAATTATTCAAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGA
Found at i:448439 original size:16 final size:17
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
448408 TAATGATTTG
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1 AAATAG-TATAATTATT
448451 TGAACTGATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:449919 original size:180 final size:179
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Indices: 448224--451609 Score: 2228
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 179
448214 ATTCAAAATA
* * * * * * *
448224 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTATAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGCTAAGC
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* *
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** * * * * * *
448353 TTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAAAG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
448405 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-GATTCAGTAAAT
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC
* * * *
448469 ATAATTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-
65 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * *
448529 TTCTGAATAAGCTTCTATGAGTTGAAAA-AATTGTTTTATGCCAAAATAAAAGG
129 TTC-AAATAAGCTTGTATGA--AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * ** * *
448582 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTC--GTAATCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAATA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * *** * * * *
448645 AATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTTTTATTTTATTATATTAGTACTATTTTA
66 GATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * *
448710 TTTCAAATAAACTTGTATGGATAGAAATAATTGCTTCATAACATAAGAAAAAG
128 TTTCAAATAAGCTTGTAT-GAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * ** * *
448763 TTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACCGGTTTGGTAAATA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * *
448828 GATTTTTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATT
66 GA-TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
448889 TCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTATTATATGATC-AAACAAAAGG
130 TCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG
** * * * * * ** * * *
448939 AAATAACAATTTAAAATAGATAATT-TTGATATGGAAATAATTATTTAAACT-GATTCGATAAAC
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC
* * * *
449002 AAATTCATTTTGTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATCATTTTAT
65 AGATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
449062 TTCAAATAAGTTTGTATGAACTAAAACCATTATTTTAT-AGTAGAACAAAAGA
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
449114 TCATAACGATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * *
449179 AATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTGAA-AAATTAGTATTATTTTA
66 GATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTA
*** * ** * * *
449242 TTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAAGG
128 TTTCAAATAAGC-TTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGG
* * * * * * * * * * *
449297 TCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTTGATAGACA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * * * * * * *
449362 AATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTCATTAAATTTGGATTATTTT
66 GATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTT
* ** ** * ** * * ** *
449426 GTTTTGAATAAAATTGTAAGATACGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAGG
127 ATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ** * * *
449480 TCTAGAACGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGGTCGATAAAC
1 T-TATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
* * * *
449545 ACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTAT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-
65 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
449608 TAATCAATTAAGCTTCTATGATAAAAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAATA--
128 T-TTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGG
* * * * * * * * *
449661 TTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTAAACT-GATTTGGTAAAC
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC
* * * *
449725 ATATTTATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTCA
65 AGATTTA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
449789 TTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAATG
128 TTTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * * ** *
449842 TCATAACAATTTGTAGTAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAATAAATA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * ** *
449907 GATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-T
66 GATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * ** * *
449971 TCTGTCTAAG-TTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGG
130 TC-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
450022 TTATAGC-ATTTCAAATAGACAA-TAGTTCAAATAATAATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAAT
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
** * * *
450085 AGATTTATTTTTCTAAATCTCTTTTTTATTAATCTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTAATTT
65 AGATTTA-TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** ** * ** *
450149 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAGTTGTTTTATGACTGAGCAAAAGG
127 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
450203 TTAAAACGATTTGCAATATATAATTATTCTAATTGTCTTAACCATTTGAATTATTTCGGTAAACA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * ** * * *
450268 AAGTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCCAAATGTTATTAAATTAATATTATTTTATTT
66 GATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * ** *** *
450333 -AGAATAAAATCGTATG-AACAGTCAA---AACTAT-TC---A-AAAAGG
131 CA-AATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
450373 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * *
450438 GATTTACCTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-CAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
66 GATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
450502 TTCGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * * *
450554 TGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATAGTTATTTGAACTAGTTTGGCAAATA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * * * *
450619 GAATTATTTTCTAAATCTCTTAATTA-TAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTTTTATTCTAT
66 GATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *** * *
450683 TCCAAATAAGCTTTTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
450735 TCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTCATTGTTTGAACT-GATTCGGTAAAC
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC
* * * * *
450799 AAATTTATTTTTTAATCTCTAAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
450863 TTCGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAACTGTTTTATGATAGAACAAAAGG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
450915 TTATAACAATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACA
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * * * * *
450980 TATTTATTTTT-TATGTCTT--TTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTT
66 GATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** *
451042 CAAACAAGCTTTTATGTTGAAAAACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
131 CAAATAAGCTTGTATG-AAAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * *
451093 TAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAGC
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC
* * *
451157 TGATTTATTATTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGCATTATTTTAT
65 AGATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * *
451221 TTTGGATAAGC-T-TATGAACTAAATCAATTGTTTTATGACAAAA-AACAATGG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AA-GG
* * * * *
451272 TCATAATG-TCTTTAAATAGATAATTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGAC
1 TTATAACGAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
* * * * *
451335 AGATTTATTTTTCCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTTTA
65 AGATTTATTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * *
451400 -TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACAAAACAAAATG
128 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
451453 TTAGAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCTGCT-AAC
1 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GGTAAAC
* * * *
451517 ACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-T
65 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
451577 ATCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAATAATTG
129 -TTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTG
451610 AATAATTATC
Statistics
Matches: 2504, Mismatches: 585, Indels: 236
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 60 0.02
171 60 0.02
172 1 0.00
173 5 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
GATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
Found at i:449964 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 449519--449964 Score: 454
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
449509 CTAATAGTTT
** * * * **
449519 TAACTATTTAAACTAGGTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTATAG-
1 TAACTATTTAAACTAATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTA-AGA
* * * *
449583 AATATTATTAAATTAGTATT-ATTTTTAATCAATTAAGCTTCTATGATAAAAAACAACTGTTTTA
65 AATATTAATAAAATAGTATTAATTATT-ATCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAACTGTTTTA
* ** * ** * *
449647 TGACAAAACAAATATTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCC
129 TGACAAAACAAATATTATAACAATTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGGCC
* *** * * **
449699 TAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTCATTACTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTAAACTAATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTAAGAA
* * * *
449764 ATATTAATAAACTAGTATTAATTCATT-TCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTTTTTTAT
66 ATATTAATAAAATAGTATTAATT-ATTATCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAACTGTTTTAT
*
449828 GATAAAACAAA-ATGTCATAACAATTTGTAG-TAGATAATCATTCAAAT-GGCC
130 GACAAAACAAATAT-T-ATAACAATTTG-AGATAGATAATCATTCAAATAGGCC
* * * * *
449879 ATAATTATTTTAACTAATTCAATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAAGA
1 -TAACTATTTAAACTAATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTAAGA
449944 AATATTAATAAAATAGTATTA
65 AATATTAATAAAATAGTATTA
449965 TTTTATTCTG
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 42, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAACTATTTAAACTAATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTAAGAA
ATATTAATAAAATAGTATTAATTATTATCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAACTGTTTTATG
ACAAAACAAATATTATAACAATTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGGCC
Found at i:450540 original size:712 final size:712
Alignment explanation
Indices: 448224--450964 Score: 1582
Period size: 712 Copynumber: 3.8 Consensus size: 712
448214 ATTCAAAATA
* * * *
448224 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTATAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTT-GCTAA
1 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-CAAATAGTCAAAACTATTT-AAACTGATTTGGC-AA
* * * * *
448287 GC-GATTTACTTTTTAAATCTC-TTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
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* ** * * * **
448350 TATTTTGAACAAACTTATATTA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAAAGTAATAATGA
127 CATTTCAAACAAACTTATATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * ** * ** *
448414 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAATATAATTATTT
191 TTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGAATTATTT
* ** * * **
448479 TTTAAATCTCTT-A-TA-AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAG
256 TCTAAATCTCTTAATTATAAGTTTAAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTCTATTCCAAATAAG
* * * * * * * * * *
448540 CTTCTATGAGTTGAAAAAATTGTTTTATGCCAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAA
321 CTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAACAA
* * ** * ** * * *
448605 TTGTTC--GTAATCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTA
386 TTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AATCTCTAA
* *** * * * * * * * *
448668 GTTATTAATTTTTTTTTATTTTATTATATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGGATA
449 GTTATTAA-TTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * * * * * * * *
448733 GAAATAATTGCTTCATAACATAAGAAAAAGTTATAACGATTTG-AAGTATACAATTGTTCAAATA
513 GAAACAACTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAAG-AGATAATTATTCAAATA
* * *** * ** *
448797 GTCAAAACTATTTGAACCGGTTT-GGTAAATAGATTTTTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
577 GTCATAACCATTTGAA-TTATTTCGGTAAACA-AAGTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * ** * * **
448857 TTGAAA-GATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTAT
640 TCCAAATG-TTATTAAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAAATCGTATG-AACAGTCAA--A-
448920 TA-TATGATCAAACAAAAGG
699 -ACTAT--TC--A-AAAAGG
** ** * * * * ** * * **
448939 AAATAACAATTTAAAATAGATAATT-TTGATAT-GGAAATAATTATTTAAACTGATTCGATAAAC
1 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAA-AACTATTTAAACTGATTTGGCAAAC
* * * * * * * * *
449002 AAATTCA-TTTTGTAAA-TC---ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATCATTTTA
65 AGATTTACCTTT-TAAATTCATTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTCA
* ** * * * * * * *
449061 TTTCAAATAAGTTTGTATGA-ACTAAAACCATTATTTTAT-AGTAGAAC-AAAAGATCATAACGA
129 TTTCAAACAAACTTATATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAG-TCATAACAA
* * ** * ** * * ** **** *
449123 TTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACA-AATTTATT
191 TTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGAA-TTA-T
* ** ** * * ****
449187 TTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA-TTTTGGAAATATTGAA-AAATTAGTATTATTTTATTTTGGA
254 TTTCTAAATCTCTTAATTA-TAAGTTTAAGAAATATT-AATAAAATAGTATTATTCTATTCCAAA
* * * * * * ** *
449249 TAAGCTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
317 TAAGC-TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTAAAAT
* * * * * * *
449314 AAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTG-TTTGATAGACAAATTTATTTTTTCAAA
380 AAACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT--AA
* ** * * * * * * * * * **
449378 TAT-TTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTCATTAAATTTGGATTATTTTGTTTTGAATAAAATTG
442 TCTCTAAG-TTATTAATTTCTAGAATATT-AATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
449442 TAAG-ATACGAAACAAATATTTTATGATTA-AACAAGAGGTCTAGAACGATTTGAAATATATAAT
505 TATGAATA-GAAACAACTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGT-TAAAACAATTTGAAAGAGATAAT
* ** * * * ** * * * *
449505 TATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGGTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
567 TATTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTATTTCGGTAAACAAAGTTA-TTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * **
449570 TATTAATTTAT--AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCA-ATTAAGCTTC-TATGATA
631 TATTAATTT-TCCA-AATGTTATTAAATTAATATTA-TTTTATTTAGAATAA-AATCGTATGA-A
** * **
449631 -A-AAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAATA
691 CAGTCAA-AAC-----TAT-TC--AA-AAAGG
* * ** * * ** *
449661 TTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACA
1 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGATTTGGCAAACA
* ** *
449726 TATTTATTTTTTAAATTCATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTCATT
66 GATTTACCTTTTAAATTCATTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTCATT
* * * * * * *
449791 TCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGT
131 TCAAACAAACTTATATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * *
449856 AGTAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAATAAATAGATTTATTTT-TAA
196 AATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGAATTATTTTCT-A
* * * * ****
449920 AATTTTTTACTTATTAA-TTTAAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGTCTAAG-TT
260 AATCTCTTAATTA-TAAGTTTAAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTCTATTCCAAATAAGCTT
* * * * * *
449983 GTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGC-ATTTCAAATAGACAA-TA
324 GTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAACAATTA
* * * * ***
450046 GTTCAAATAATAATAACTATTTGAGCTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTCTAAATCTCTTTT
389 -TTCAAATAATAATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTT-T-AATCTCTAAG
* * *
450110 TTATTAATCTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG
450 TTATTAAT-TTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * * * * *
450174 AAACAGTTGTTTTATGACT-GAGCAAAAGGTTAAAACGATTTGCAATATATAATTATTCTAATTG
514 AAACAACTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAG
*
450238 TCTTAACCATTTGAATTATTTCGGTAAACAAAGTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCC
578 TCATAACCATTTGAATTATTTCGGTAAACAAAGTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCC
450303 AAATGTTATTAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAAATCGTATGAACAGTCAAAACTATTCAA
643 AAATGTTATTAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAAATCGTATGAACAGTCAAAACTATTCAA
450368 AAAGG
708 AAAGG
* *
450373 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGCAAGC
1 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AAACTGATTTGGCAAAC
* * * *
450437 AGATTTACCTTTTAAATCTC-TTACTGATTAATTTTCT-CAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
65 AGATTTACCTTTTAAAT-TCATTACTGATTAATTTT-TGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTC
* * * **
450500 ATTTCGAACAAACTTATATTA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTGATAATGAT
128 ATTTCAAACAAACTTATATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* ** * * ***
450564 TTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATAGTTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTATTTT
192 TTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGAATTATTTT
** * * *
450629 CTAAATCTCTTAATTATAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTTTTATTCTATTCCAAATAAGC
257 CTAAATCTCTTAATTATAAGTTTAAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTCTATTCCAAATAAGC
* * * *
450694 TTTTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAAT
322 TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAACAAT
* * ** * * *
450759 TATTCATATAGTCTTCATTGTTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTAAGTT
387 TATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTAAGTT
* * * *
450824 ATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAATAGAAA
452 ATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
*
450889 CAACTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCAT
517 CAACTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCAT
*
450954 AACTATTTGAA
582 AACCATTTGAA
450965 CTAGTTCAGA
Statistics
Matches: 1589, Mismatches: 353, Indels: 171
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
708 8 0.01
709 108 0.07
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (712 bp):
TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGATTTGGCAAACA
GATTTACCTTTTAAATTCATTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTCATT
TCAAACAAACTTATATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
AATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGAATTATTTTCTAA
ATCTCTTAATTATAAGTTTAAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTCTATTCCAAATAAGCTTGT
ATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAACAATTATT
CAAATAATAATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTAAGTTATTA
ATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAC
TGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAACC
ATTTGAATTATTTCGGTAAACAAAGTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCCAAATGTTA
TTAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAAATCGTATGAACAGTCAAAACTATTCAAAAAGG
Found at i:450912 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 450365--451575 Score: 1088
Period size: 361 Copynumber: 3.4 Consensus size: 354
450355 CAAAACTATT
* * * ** * * * *
450365 CAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTT
1 CAAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTC
** * * * * *
450430 GGCAAGCAGATTTACCTTTTAAATCTCT-TACTGATTAATTTTCT-CAATATTAATAAATTAGTA
65 GATAAACAAATTTA-TTTTTTAATCTCTGT--T-ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
450493 TTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTGAT
125 TTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TATTAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCAT
* * ** * * * *
450558 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATAGTTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAAT
187 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGAAAACAGATT
* *
450623 TATTTTCTAAATCTCTTAATTA-TAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTTTTATTCTATTCCA
252 TATTTTCTAAATCTCTT--TTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCA
*
450687 AATAAGCTTTTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAA
314 AATAAGCTTTTATGAGTTGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * * * *
450728 CAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTCATTGTTTGAACTGATTCG
1 CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTCG
* *
450793 GTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTAAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTAT
66 ATAAACAAATTTATTTTTTAATCTCT--GTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * **
450858 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAACTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
129 TTTATTTCGAATAAGCTT-TATTAATA-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAATG
* * *
450923 ATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTATT
191 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGAAAACAGATTTATT
* * * * *
450988 TT-T-TATGTCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTCAAACAAGC
256 TTCTAAATCTCTTTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAGC
*
451051 TTTTAT--GTTGAAAAACAAATTGTTTTATGACAAAA
321 TTTTATGAGTTG--AAA-AAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * *
451086 CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCG
1 CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTCG
* ** * *
451151 ATAAGCTGATTTATTATTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-TAGCATT
66 ATAAACAAATTTATT-TTTTAATCTC-TG-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
451214 ATTTTATTTTGGATAAGC-TTATGAACTAAATCAATTGTTTTATGACAAA-AAACAATGGTCATA
127 ATTTTATTTCGAATAAGCTTTATTAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAA-AA--GTCATA
* * * *
451277 ATG-TCTTTAAATAGATAATTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGACAGATT
188 ATGAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGAAAACAGATT
* * * * * * * *
451340 TATTTTTCCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTA
252 TA-TTTTCTAAATCTC-T-TTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCA
* ** * *
451405 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACAAAA
314 AATAAGCTTTTATGAGTTGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * *
451446 CAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATATTTATTC-TAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTC
1 CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTC
* * * * *
451510 TGCT-AACACATTTATTTTTTAAATCTC--TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTA
65 -GATAAACAAATTTATTTTTT-AATCTCTGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
451572 TTTT
128 TTTT
451576 TATCCAAATA
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 130, Indels: 68
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Matches are distributed among these distances:
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355 7 0.01
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Consensus pattern (354 bp):
CAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTCG
ATAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCGAATAAGCTTTATTAATAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGAAAACAGATTTATTTTCTA
AATCTCTTTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAGCTTTTA
TGAGTTGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
Found at i:451414 original size:538 final size:537
Alignment explanation
Indices: 448232--451603 Score: 1615
Period size: 532 Copynumber: 6.3 Consensus size: 537
448222 TATTATAATG
* * * * * * * * *
448232 ATTTGAAATAGATAATTATTATAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTT-TGCTAAGC-GATTTA
1 ATTTGAAAGAGATAATTATT-CAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAG-AAAACACATTTA
* * * **
448295 CTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
64 TTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAAC
* * *
448360 AAACTTATAT-TAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAG
124 AAGCTTTTATGTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAG
* ** * * *
448424 ATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-GATTCAGTAAATATAATTATTTTTTAAATCT
189 ATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGATTC-GCAAATAGAATTATTTTCTAAATCT
** **
448488 CTT-A-TA-AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCTTCTATGA
253 CTTAATTATAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGCTT-TATGA
** * * * * * * * * *
448549 GTTGAAAAAATTGTTTTATGCCAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCGT-
317 ACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATA
* * ** * * *
448613 AA-TCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
382 AAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTCTAAGTTATTAA-
*** * * * * * * * * *
448677 TTTTTTTTATTTTATTATATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGGA-TAGAAATAAT
444 TTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAAC
* * * * * *
448741 TGCTTCATA--ACATAAGAAAAAGTTATAACG
508 T-ATT-ATATGACAAAACAAAAGGTTAGAACA
* * * ** ** * * * *
448771 ATTTG-AAGTATACAATTGTTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAACCGGTTTGGTAAATAGATTTT
1 ATTTGAAAG-AGATAATTATTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAACTAGTTCAGAAAACACATTTA
* * * * * *
448834 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGC
64 TTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAACAAGC
* * * * * ** *
448899 TTGTATG-AA-AAAAACAATTATTATATGATC-AAACAAAAGGAAATAACAATTTAAAATAGATA
128 TTTTATGTAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** * * * * *
448961 ATT-TTGATATGGAAATAATTATTTAAACT-GATTCGATAAACA-AATTCATTTTGTAAATCACT
192 ATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGATTCG-CAAATAGAATT-ATTTTCTAAATCTCT
* * * * * *
449023 T-A-T-TAA-TTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAAC
255 TAATTATAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGCTT-TATGAAC
* ** * * * * * * *
449083 TAAAACCATTATTTTAT-AGTAGAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATATATAATTGTTCA-AA
319 TGAAATAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATAA
* * * *
449146 TAGTTATAACTATTTGAATTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCT-TGCTTATTA
383 -AGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTCTAAG-TTATTA
* * *** * *
449208 A-TTTTGGAAATATTGAA-AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTGAAAT
443 ATTTTTAG-AATATT-AATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACTGAAAC
* * * * * * * **
449271 AATTGTTTTATGTCAAAATAAAAAGGTCATAATG
505 AACTATTATATGACAAAA-CAAAAGGTTAGAACA
* * * * * * * * * * *
449305 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTT-TGATAGACAAATTTAT
1 ATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGA-AAACACATTTAT
* * * ** * * * * * **
449369 TTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTCATTAAATTTGGATTATTTTGTTTTGAA
65 TTTTT--AA-A-TCT-CTTACTAATTCTTAAAATATT-AATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAA
* ** * * * * * ** * * * * *
449434 TAAAATTGTAAG-ATAC-GAAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAGGTCTAGAACGATTTGAAA
123 CAAGCTTTTATGTA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAATGATTTGAAA
* * * *** * * * * * * * *
449497 TATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAG-GTCGATAAACACATTTATTTTTTAAA
186 TAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGATTCG-CAAATAGAATTATTTTCTAAA
* * * * * * * *
449561 TCTCCTACTTATTAA-TTTAT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-CAATTAAGCTT
250 TCTCTTAATTA-TAAGTTTTTGA-AATATTAATAAATTAGCATTA-TTCTATTCCAAATAAGCTT
** * * * ** ** * * **
449623 CTATGATA-AAAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAATA--TTTTAATGATTTGAGATTGATAAT
312 -TATGA-ACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTAAAATAAATAAT
* * * * * * *
449685 TGTTTA-AATAGTCCTAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCATTA
374 TATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTC-TAA
* * * * *
449748 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAACTAGTATTAATTCATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-
436 GTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AC
** * * * * * * *
449811 AAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACA
499 TGAAACAACTATTATATGACAAAACAAAAGGTTAGAACA
* * * * * * * * *
449850 ATTTG-TAGTAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCA-ATAAATAGATTTA
1 ATTTGAAAG-AGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGA-AAACACATTTA
* * * * * * ***
449913 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTT-TATTCTGTC
64 TTTTTTAAATCTCTTACTAATT--CTT-A-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTCAAAC
* *** * * * * *
449977 TAAG-TTGTAT-TAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTAT-A-GCATTTCAAAT
124 -AAGCTTTTATGTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATG-ATTTGAAAT
* **** * * * * * * *
450038 AGACAA-TAGTTCAAATAATAATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCTAAA
187 AGATAATTA-TTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGATTCGCAAATAGAATTA-TTTTCTAAA
** * * * ***
450102 TCTCTTTTTTATTAA-TCTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTAATT-TATTTTGAATAAGCTT
250 TCTCTTAATTA-TAAGT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGCATT-ATTCTATTCCAAATAAGCTT
* * * * ** * * * * ** *
450164 GTATGAATTGAAACAGTTGTTTTATGACTGAGCAAAAGGTTAAAACGATTTGCAATATATAATTA
312 -TATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTA
* * * * * * *
450229 TTC-TAATTGTCTTAACCATTTGAA-TTATTTCGGTAAACAAAGTTATTTTTAAATCTCTTACTT
376 TTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTAAGTT
* * * * ** * *
450292 ATTAATTTTCCA-AATGTTATTAAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAAATCGTATGAACAGT
439 ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACTG-
* * **
450355 CAA-AAC---TAT-T--C---A-AAAAGGTTATAATG
501 AAACAACTATTATATGACAAAACAAAAGGTTAGAACA
* * * * ** * * * *
450381 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCAGATTTAC
1 ATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAACTAGTTCAGAAAACACATTTAT
* ** *
450445 CTTTTAAATCTCTTACTGATTAATT-TTCTCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAC
65 TTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAAC
* * *
450509 AAACTTATAT-TAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTGATAATGATTTGAAATAG
124 AAGCTTTTATGTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAG
** * * *
450573 ATAATTATTCAAATGGTTATAGTTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTATTTTCTAAATCTC
189 ATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGATTCGCAAATAGAATTATTTTCTAAATCTC
* ** *
450638 TTAATTATAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTTTATGAG
254 TTAATTATAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGC-TTTATGAA
* *
450703 TTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATAT
318 CTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATAA
* * * * *
450768 AGTCTTCATTGTTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTAAGTTATTAATTTT
383 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTT
* * * * *
450833 TAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAA-TAGAAACAACTGTT
448 TAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAACTATT
* * * *
450897 TTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
512 ATATGACAAAACAAAAGGTTAGAACA
* *
450923 ATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGAAAACACATTTATT
** * *
450988 TTTTATGTCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTCAAACAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TATTTCAAACAAGCTT
** *
451053 TTATGT-TGAAAAACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAGT
130 TTATGTAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * *
451117 TGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCG-ATAAGCT-GATTTATTATT-TAAATCTCT
194 TATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGATTCGCA-AA--TAGAATTATT-TTCTAAATCTCT
** * ****
451178 TGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TAGCATTATTTTATTTTGGATAAGC-TTATGAAC
255 TAATTA-TAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGCTTTATGAAC
* ** * *
451240 T-AAATCAATTGTTTTATGACAAAA-AACAATGGTCATAA-TGTCTTTAAATAGATAATTATTCA
319 TGAAAT-AATTATTTTATGACAAAACAA-AA-GGTCATAACAAT-TTAAAATAAATAATTATTCA
* * *
451302 -AAAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAGACAGATTTATTTTTCCAAATCTC-ATGCTTAT
380 TAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTT--AAATCTCTAAG-TTAT
*
451364 TAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
441 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * **
451427 CAATTATTATATGACAAAACAAAATGTTAGAATG
504 CAACTATTATATGACAAAACAAAAGGTTAGAACA
* * * * * * **
451461 ATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCTGCTAACACATTTATT
1 ATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGAAAACACATTTATT
* * * * *
451526 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTT-TTATCCAAATAAGCT
66 TTTTAAATCTCTTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATT-T-CAAACAAGCT
451590 TTTATGATAA-AAAA
129 TTTATG-TAACAAAA
451604 TAATTGAATA
Statistics
Matches: 2201, Mismatches: 491, Indels: 282
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 2 0.00
531 103 0.05
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534 144 0.07
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549 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
ATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGAAAACACATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAACAAGCTTT
TATGTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGATTCGCAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAATTA
TAAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGCTTTATGAACTGAAATA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATAAAGTCATAA
CTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAACTATTATATGACAA
AACAAAAGGTTAGAACA
Found at i:452001 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 451607--454396 Score: 1841
Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 181
451597 TAAAAAATAA
* * * * * *
451607 TTGAATAATTATCTA-TTCGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAGAATTTTTTTCT
1 TTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCT
* * * ** *
451670 GTTCGT-CTAAACTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAA
63 ATTCATAC-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAA
** * * *
451732 GTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAGTTCAAATCA-TTATGGCTAT
125 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTCATGACTAT
* * * ** * *
451789 TTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCTATT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * * *** *
451854 CATACAAGTTTATTTTGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
66 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * *
451919 TATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTCATAACTAT
131 GATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * * *
451970 TTGAATAATTACCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATAATAAAACACTTGTTTC-AGT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* * * *
452034 TCATATAGGCTTA-TTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA
65 TCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * *
452098 AAGA-ATTAAAAA-AGAATATGCTTACCAAATAAGTTCAAATAG-CTATCACTAT
129 AAGATTTTAAAAATA-AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC-ATGACTAT
* * * * **
452150 CTT-AACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCGTAAAACAATTCGTTCTAT
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
*
452214 TCATACAAGCTTAATTTCGAATAAAAT-A-ACTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
65 TCATACAAGCTT-ATTTTGAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * *
452277 AAAAG--TTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACTA-TTCAAATAGTTAGGACTAT
127 AAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * ** * * * *
452329 TTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTTTCATAAACCAATTGTTTCTATT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *
452394 CATAAAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
66 CATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * **** * *
452458 AGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACTGTGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAG
130 AGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * ** * * * * *
452510 TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCCATT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
** ** * * ***
452575 TGTACAATTTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTG
66 CATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
452639 ACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCAT
130 AGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACT-AT
** * * ** * * *
452691 TTGAATTATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTTGTTAAACGATTATTTCTGTT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
** ** *** * * * * *** *
452756 CATGTAAAATTATTCAAAATTAAATAATAATCATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG----A
66 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* *
452817 GATTTT-AAAA-AAATCTATTTACCAAA-ATAGTTTAAATATTCATGACTAT
131 GATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * *
452866 TTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTTAT-TTTTTTCATACAACAAGTT-TTTCTT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTA
* * * *
452929 TTCATACAAGCTTA-TTCGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAA
64 TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
452993 CAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTAT
129 AAGATTTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * *
453047 TAGACCAATTATCTATTTCAAA-CTATTTTAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTC-AG
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-
* * * ** *
453110 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAACATT-CAAAAAGTTAATGGGCA
64 TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTAATAAGTA
* * * * *
453174 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTGAAATAGAT-TTGACTAT
128 AAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TCATGACTAT
* ** *
453228 TTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* * * ** * * * * *
453292 TCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGGAAG
65 TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * ** * * * *
453357 AGA-TTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTGAAC-CGCTTTAAATAGTTACGACTAT
130 AGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * * * *
453409 TTGAGCAAATATCAATCTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGCA
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT--A
* * * * * *
453473 -TCATACAAGCTTA-TTTGGATAAAGATAATACTTATTTAATAATATACTAATAATTAATAAG--
64 TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* *** * * * * * * *
453534 --AGATTTAAAAAATAAATAGGTTTGTCGAATC-AGTTCCAACA-TTAAGACTAT
128 AAAGATTTTAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * *
453585 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTGTTTAGTCATATAATAATTATTT-AAGT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* * * * * **
453648 TCATACAAGCTTATTTGGAAT---A-AA-A-TAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATG
65 TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
453707 AGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
130 AGATTT-TAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * *
453760 TTCAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* **** * * * *
453824 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAATAAG
65 TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
453888 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAACGAATCAA-TTCAAATAATCATGGCAAT
130 AGATTTTAAAAATAAATCTA-TTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * *
453940 TTAAATAACTT-TCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
1 TTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-A
* * * ** *
454004 -ACATACAATCTT-TTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAG---
64 TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* **** * * *
454064 -AGA-TTTAAAAAGGAAATCTATTTGTTGATCTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
129 AAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* ** * * * * *
454116 TTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *** * * *** * **
454180 CATTCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATGA
66 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * *
454245 GATTTAAAAAATAAAT-TCATTTACCGATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTAT
131 GATTTTAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * ** * *
454296 ATGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGC
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* * * * *
454360 TCATAGAAGCTTATTTGGAATAGAATAAAATTAATTT
65 TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTT
454397 TTCTTTTGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
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CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
GATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
Found at i:453085 original size:537 final size:533
Alignment explanation
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451775 ATCATTATGG
* * * * **
451785 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACT-TGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCT-TTATGATCTTTTT-TTTT-TCAT-AAACAATTGTT
* * * * *** *
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* * * * * * * *
451912 AGTAAAATATTTTAAAAATAAATATATTT-ACCAAACAAGTTCAAGTAGTCATA-ACTATTTGAA
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* * * * * * * *
451975 TAATTACCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTT-ATAATAAAACACTTGTTTCAGTTCATA
185 TAATTATCTATTTCAAAT-ATTTTGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAATAATTATTTCAGTTCATA
* * * * ** * * ** *
452039 TAGGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGAAT
248 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATT-CAAAAATTAATAAGCATGAGATT
* * * * ** * *
452104 TAAAAAA-GAATATGCTTACCAAATAAGTTCAAATAGCTAT-CACTATCTT-AACAATTATATAT
312 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGTTCTAT-TTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * * *
452166 TTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCGTAAAACAATTCGTTCTA-TTCATACAAGCTTAATT
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** * * * * *
452230 TCGAATAAAATAACTTAA-A-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAATA
438 TAAAATAAAATAA--TAATACTCTATTAATATTTCAAAAATTAATATG-AAGAGATTTAAAAACA
** * * ** * *
452292 AATATGTTTTCTGAACTA--TTCAAATAGTTAGGA
500 AAGCTATTTCCAAAAC-AGCTTTAAATAGTTACGA
* * * *
452325 CTATTTGAATATTTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTATTTTTTCATAAACCAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCT-TTATGATCTTTT-TTTTTTCATAAA-CAATTGTTT
* * * * * * *
452389 CTATTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG
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* * ** *
452454 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTTACTGTGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAGTT-GAATA
125 TAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGACAAT-C-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATA
* * * * **
452517 ATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCCA-TTTGTAC
187 ATTATCTATTTCAAATAT-TT-TGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTATTT-CAGTTCATAC
** * ** *
452580 AATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGACATTT
249 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTC-AAAAATTAATAAGCATGAGATTT
* *
452645 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTTC-ATTTGAATTATTATCTATTT
313 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGTTCTATTTGAATAATTATCTATTT
* ** * * * *
452709 CAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTTGTTAAACGATTATTTCTGTTCATGTAAAA-TTAT-TCA
377 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAT-AAAAACTTATCT-A
* ** * * *
452772 AAATTAAATAATAAT-CATCTATTAATATTTTGATAATT-A-AT-AAGAGATTTTAAAA-AAATC
440 AAATAAAATAATAATAC-TCTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAGAGATTTAAAAACAAAGC
* *
452832 TATTTACCAAAATAG-TTTAAATA-TTCATGA
504 TATTT-CCAAAACAGCTTTAAATAGTT-ACGA
452862 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTTATTTTTTTCATACAACAAGTT-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTT-TTTTTTTCATA-AACAA-TTGTTT
452926 CTTTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGT
63 CTTTTCATACAAGCTTATTCGA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA-TAAGT
* * **
452991 AACAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGACCAAT
126 AAAAGA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTGAC-AATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
* *
453056 TATCTATTTCAAACTATTTTAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGC
189 TATCTATTTCAAA-TATTTTGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* * ** *
453121 TTATTT-AGAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAGTTAATGGGCAAGAGATTTAAA
253 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAA-TTAATAAGCATGAGATTTAAA
* * * * *
453185 AAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTGAAATAG-AT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
316 AAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATGTT--CTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* ** * *
453248 AGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAAT
379 AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAAT
* *
453313 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGGAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT
444 AAAATAATAATACTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAT-GAAGAGATTTAAAAAC-AAAGCTAT
* ** *
453378 TTTCTGAACCGCTTTAAATAGTTACGA
507 TTCCAAAACAGCTTTAAATAGTTACGA
* * * * * * *
453405 CTATTTGAGCAAATATCAATCTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-T
1 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTTTTTTTTTCAT-AAACAATTGTTTCT
* * * * * *
453469 TGCATCATACAAGCTTATTTGGATAAAGATAATACTTATTTAATAATATACTAATAA-T-TAA-T
65 T--TTCATACAAGCTTA-TTCGATAAA-ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGT
* * * *
453531 AAGAGATTTAAAAAATAAATAG-GTTTGTCGAATCAGTTCCAACA-TTAAGACTATTAGAATAAT
126 AAAAGATTTAAAAAATAAAT-GTGTTTGAC-AATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
* * * *
453594 TATCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTAAGTTCATACAAGC
189 TATCTATTTCAAAT-ATTTTGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
*
453658 TTATTTGGAAT---A-AA-A-TAATTTATT-GACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAA
253 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAG-CATTC-AAAAATTAATAAGCATGAGATTT-AA
* * *
453716 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTCAATAATTATCTATTTAA
315 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGTTCTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *
453780 AATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
379 AATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAA
* * * * *
453844 TAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATC-
443 TAAAATAATAATACTCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--ATGAAGAGATTT-AAAAACAAAGCT
* * * * * * * * *
453906 AGTTTAACGAATCA-ATTCAAATAATCATGG
505 A-TTT-CCAAAACAGCTTTAAATAGTTACGA
* * * * * * * * *
453936 CAATTTAAATAACTT-TCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAA-TTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTTT-TTTTTTCAT-AAACAATTGTTT
** * * ** * ** *
454000 -TTCAACATACAATCTTTTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAA-T-TAA-T
63 CTT-TTCATACAAGC-TTATTCGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGT
* ** * * *** * * **
454061 AAGAGATTTAAAAAGGAAATCTATTTGTTGATCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATT
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGACAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
* * * * * *
454126 ATCTATTTCAAAT-TGTTATAACC-TTTGTTCT-ATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAAG
190 ATCTATTTCAAATAT-TT-TGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAG
* ** * * ** **
454188 TTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAA-CTATGAGATTTAA
252 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA-TTCAAAAATTAATAAGC-ATGAGATTTAA
** * * * * * * * * *
454252 AAAATAAATTCATTTACCGATCCAGTTCAAACAGTTAAG-ACTATATGAAAAATTATTTATTTCA
315 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGTTCTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * *
454316 AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAGAAGCTTAT
379 AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTAT
454374 TTGGAATAGA
Statistics
Matches: 1652, Mismatches: 299, Indels: 200
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
529 4 0.00
530 63 0.04
531 173 0.10
532 179 0.11
533 5 0.00
534 6 0.00
535 7 0.00
536 176 0.11
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538 62 0.04
539 51 0.03
540 268 0.16
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543 74 0.04
544 31 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTTTTTTTTTCATAAACAATTGTTTCTT
TTCATACAAGCTTATTCGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGACAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
TTCAAATATTTTGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATGTTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATAATA
CTCTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAGAGATTTAAAAACAAAGCTATTTCCAAAACAGCTT
TAAATAGTTACGA
Found at i:453528 original size:718 final size:711
Alignment explanation
Indices: 451607--457549 Score: 2210
Period size: 718 Copynumber: 8.2 Consensus size: 711
451597 TAAAAAATAA
* * * * * * *
451607 TTGAATAATTATCTA-TTCGAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAGAATTTTTTTCTG
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAG
* * * *
451671 TTCGTCTAAA-CTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAA
64 TTCAT-AAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAA-A-AATTAATAA
* * * * * * **
451732 GTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAGTTCAAAT-CATTATGGCTATTTGAGCA
125 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATA
* * * **
451796 ATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCTATTCATACAA
189 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAA
** * * * ** * * * * *
451861 GT-TTATTTTGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTT
253 -TCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATG-AAGAGATTTA
* * ** * * * ** * *
451925 AAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATAATTACCTATTTTA
316 AAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCA
* * * * * * *** ** *
451990 AATCATTATGACCTTTTCTTTTATAATAAAACACTTGTTTCAGTTCATATAGGCTTATTTGAAGT
381 AATCATTATGA-C-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAAATTATTCAAAAT
* * * * * * * * * * * *
452055 AAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAA-GAATATGC
444 AAAATAATAATCATCTAATAATATACTAATAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATA-GT
* * * ** * * * * *
452119 TTACCAAATAAGTTCAAATAGCTATCACTATCT-TAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACC
504 TTACCAAATCAGTTCAAACA-TTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGACC
* * * * ** *
452183 TTTTGTTTTGCCGTAAAACAATTCGTTCTATTCATACAAGCTTAATTTCGAATAAAAT-AACTTA
567 -TTTGTTTAGTCATACAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-A-TTCGATTAAAATAAAC-T-
* * ** *
452247 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGTTT-AAAAATAAATATGTTTTCTGAACTA
627 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
*
452310 -TTCAAATAGTTAGGACTAT
692 GTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * * *
452329 TTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTTTCATAAACCAATTGTTTCTA-T
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
*
452393 TCATAAAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
65 TCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *** *
452457 AAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACTGTGCAAGTTCAAATAG-TTATGACTAGTTGAATAATTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTA
* * * * ** *
452521 TTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCCATTTGTACAATTTT
193 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CATTCATACAATCTT
* * * ** *
452586 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTTGACATTTAAAAA
257 ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATATG-AAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * ***
452650 ATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATTATTATCTATTTCAAAT
320 ATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * * ** *
452714 CATAATGACATTTTGTTTTGTTGTTAAACGATTATTTCTGTTCATGTAAAATTATTCAAAATTAA
384 CATTATGAC--TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAAATTATTCAAAATAAA
* ** * **
452779 ATAATAATCATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTTTAAAAAA-ATCTA-TTTACCAA
447 ATAATAATCATCTAATAATATACTAATAATTAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATAGTTTACC-A
* * * * * *
452842 AAT-AGTTTAAATATTCATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC-TTTATGATCTTTATT
510 AATCAGTTCAAACATT-AAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTT-TGACCTTT-GT
** * *
452905 TTTTTCATACAACAAGTT-TTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAATACTAATTTAAT
572 TTAGTCATACAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAA-ACTAATTTATT
* * *
452969 AATATTCCAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATC-AGTTCAA
635 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAA
453033 ATAGTTAAGACTAT
698 ATAGTTAAGACTAT
* ** * * * * *
453047 TAGACCAATTATCTATTTCAAACTATTTTAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGTT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * * ** *
453112 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAACA-TTCAAAAAGTTAATGGGCAAG
66 CATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAG
* * *
453176 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTGAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATC
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAATAATTATC
* * *
453241 TATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTAT
195 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAATCTTAT
* * *
453306 CTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGGAAGAGATTTAAAAACTA
259 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT-GAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
453371 AAGCTATTTTCTGAAC-CGCTTTAAATAGTTACGACTATTTGAGCAAATATCAATCTAAAATCAT
323 AATCTATTTTCTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** ***
453435 TATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGCATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAGAT
387 TATGA-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTG-ATCATACAAAATTATTCAAAATAAA-AT
* * * ** *
453499 AATACTTATTTAATAATATACTAATAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAGGTTTGTCGAAT
449 AATAATCATCTAATAATATACTAATAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATA-GTTTACCAAAT
* * *
453564 CAGTTCCAACATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGTTTAGTC
513 CAGTTCAAACATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGACCTTTGTTTAGTC
* * * ** * * *
453629 ATATAATAATTATTT-AAGTTCATACAAGCTTA-T---TTGGAATAAAATAATTTATTGACATTC
578 ATACAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAAACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
453689 AAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
642 CAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAA
453754 GACTAT
706 GACTAT
* * * *
453760 TTCAATAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
** * * * *
453824 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAATAAG
65 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
453888 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAACGAATCAA-TTCAAATA-ATCATGGCAATTTAAATAACT
130 AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGAT-TTGACTATTTGAATAA-T
* ** * *
453950 T-TCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAT
191 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCATTCATACAAT
* * *
454013 CTT-TTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATT-A-AT-AAGAGATTTAAAA
254 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAGAGATTTAAAA
** * *
454074 AGGAAATCTATTTGT-TGATCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAA
319 AATAAATCTATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAA
** * * * * **
454138 TTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAAGTTTATTCAAAATAAA
383 TCATTATGA-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAAATTATTCAAAATAAA
* * * **
454203 ATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAA-AATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTCA-TT
447 ATAATAATCATCTAATAATATACT-AATAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAA-T-AGTT
* * * * ** * *
454266 TACC-GATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTA-TATGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACC
505 TACCAAAT-CAGTTCAAACA-TTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGACC
* * * * * * * *
454329 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATAGAAGCTTATTTGGAATAGAATAAAATTA
567 -TTTGTTTAGTCATACAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGATTAAAAT-AAACTA
** * * ** * *
454393 ATTT-TTCTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTGTTTA-TACAAGCTTATTCATATTAAAATAATAC
628 ATTTATTAATAT-TC--CAAA-AA-----TTAATAAGTA-AAGATT-TT-A-A--AAAATAA-A-
* ** * * * * * *
454456 TAATTTCATAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
676 T-ATGT--T--TA-CCAAACAAGT--TCA--AATAG--TT-AAGACT--AT
** * * * * * * *
454507 TTGTTTACCA-AATC-ATTTC-AAATGGTTAAGA-CTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCAT
1 TTGAATA--ATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCT-TTTG--T--TT-TGT-CAT-AAAACA-
* * * * ** * * * *
454568 TTTGACCATTTTTTAG-TGATAAAA-C--AATT-GTTTCAATTCATAC-AAGTTTTATTAACA-T
54 ATTG------TTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA--TTTATTAAAATT
* * *** ***
454626 TCAAAATAAATTCATACTAATTTATTA-ACATTTAAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAAT
111 TC--AA-AAATT-A-A-TAA-GTA--AGAGATTT--AAAA--AAT---AAATCTATTTACCGAAT
* * * * * * * * * *
454690 AAATCTATTTATCGAATAAATTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGT
160 --A---A-GT-TCAAATAGATTTGACTA-TTT---------GAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* ** * * ** **
454755 TATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATA
208 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAATCTTATTTAAAATAAAATA
** * * * * * **
454820 ATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
272 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTG
** * * * * ** * * * *
454885 AATTAGTTAAAATAGTTATGGCCATTTCAAAAATTATATATTTCAAATCCTTATAACCTTTTATT
336 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTGTT
* * * * * ** * * *
454950 TTGTCATAAAACAATTATTGTTTTATCGTACAAGCTTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TG
399 TTATCATAAAACAATTGTT-TCTGATCATACAA--AATTATTCAAAATAAAATAATAATCATCT-
* * * * * * * *
455014 ATTAATAT-TTCAAAAATTAATAGTTAACAGATTTACATAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTC
460 AATAATATACT-AATAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTACCAAATCAGTTC
* * * * * ** * * *
455078 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTTAAATCTTTGTTTTGTCATAAA
519 AAA-CATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGACCTTTGTTTAGTCATACA
* * * * * * *
455143 ACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCCTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
583 ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGATT-AAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCCAAA
*** * * *
455208 AATTAATAAG---AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTGGTAAATC-AGTACAAATAGTTAAAACA
646 AATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACT
455268 AT
710 AT
* * * ** * *
455270 TGGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTCA-AACCTTTTGTTCAGTCATAAAATATTTGTTTCA-
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * * * * ** ** *
455332 TGTCTTACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTGTGAACCTTTGGAAAATTAATAAGC
64 T-TCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
455396 AAAAG-TTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAG-TTATGGCTATTTGAACAA
127 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAA
* * * *
455459 TTATTTATATAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AA-T-TTT--TT--T-CAAT-
190 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAATC
* * * * *
455515 TCA--TAAAAGT----TTAT-CCAA---A-TAA-A----AAAAATTAATAAGCAG-GAGTTTAAA
255 TTATTTAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAGAGA-TTTAAA
* * * * * * * * * * * * *
455563 AACATAAATTTGTTTACTGAACAAATTTAGATATTTACGCCTATTTGAACAATTGTCTATCTAAA
318 AA-ATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAA
* * * * **
455628 ATCTTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
382 ATCATTATGAC--TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GATCATACAAAATTATTCAAAAT
** * * * * * * ** * *
455692 AAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTATTTAAAAAATGAATCTA-TTTG
444 AAAATAATAATCATCTAATAATATACTAATAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATAGTTTA
**** * * * * * * * * * *
455756 TTGGATTAATTCAAATAATTATGGTCGT-TT-CAACAATTATCTATTTTAAATCATTATCACCTT
507 CCAAATCAGTTCAAA-CATTA-AGAC-TATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGACC-T
* * * * * * * *
455819 TTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TTTATCATATAAGCTTACTCGAAATAAAATAATAATAAT
568 TTGTTTAGTCATACAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCG-ATTAAAATAA-ACTAAT
* * * * *
455883 TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACTAGT
630 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT
*
455947 TCAAATAGTTATGACTAT
694 TCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * * * * * * * * **
455965 TTAAACAATTCTATACTTC-AAATCATTAT-ATCCCTTTGTTATGTTATAAAAGAACTATTTTTG
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * * * ** * ** * *
456028 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACATTACTAATCCAATACTATTCCAAAAATTAATAACTAA
64 TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** ** * * *
456093 GGGATTTAAAAAATAAATTTATTTTTCGAACCAGTTCAAATAG-TTAAGACTATATGAACAATTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTA
* ** * * *
456157 TCTAATTCAAATCATTATGACCTTTT-TTCTTGTCATAAAAGAATT-TTCTCAATTCATACTAGC
193 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTT-TC-ATTCATACAATC
* * * *
456220 TTATTCAGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-AT-AAGAAATTTAAA
255 TTATTTAAAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
456280 AAATAATTTTTATTTACCT-AACCAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
318 AAATAA-ATCTATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCA
* * * * * * * ** ***
456344 AATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAGAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAAT
381 AATCATTATGAC--TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAAATTATTCAAAAT
* * * * * * * *
456409 AAAGTAATACTAATCTATTACTAT-TTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT
444 AAAATAATAATCATCTAATAATATACT-AATAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA--TAGTTT
* * * * * * * * ** * *
456472 ATCAAA-CTAGTTCAAATAATTATGAGTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTT
506 ACCAAATC-AGTTCAAA-CATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGAC-CT
* * * * * *
456536 TTGTTTTGTTATAAAACAATTCTTTCTATTCATA-AAACTTATTTGGATTAAAATAATACTAATT
568 TTGTTTAGTCATACAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGATTAAAATAA-ACTAATT
*** * * * * *
456600 TATTAATATTTTGATAATTAATAAGTTAAAAATTTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGAT
631 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG-T
456664 T-AAATAG-TAATGACTAT
694 TCAAATAGTTAA-GACTAT
* * * * *
456681 TTGAATAATTATCCATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAAT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
* * * * * * *
456745 TCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTA
65 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * ** * ** *
456808 AGAG------AAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTTGAATA-ATTATGACCATTTGAGCAATA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATT
*** * * * * ** * ** *
456866 AT-TGATTTGGCATCGTTATAACCTTTTGGTTTGTCATATAATGATTTTATTTGTTCATA-TATG
192 ATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCATTCATACAAT-
* ** *
456929 CATATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAAT-AAAAGATT
254 CTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT--ATGAAGAGATT
* * * * * ** *
456990 TAAAAAATGAATCTGTTTAT-TGAACAAATTCAAATCGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATT
314 TAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATT
* * **
457054 TCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCCATACAATCTTATT
378 TCAAA-TCATTATGAC---TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGAT-CATACAAAATTATT
* * * * * * * ** * *
457117 TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AA
438 CAAAATAAAATAATAATCATCTAATAATATACTAATAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
457180 ATATGTTTACCGAA-CAAGCTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA-CTTCAAATCAT
499 ATA-GTTTACCAAATC-AGTTCAAA-CATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATC-TCAAATCAT
* * * * * * * ** * *
457243 TGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATA
560 TTTGACC-TTTGTTTAGTCATACAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-ATTAAAATA
* * * * *
457308 ATATTAATTTATTAACATTCCAAAAAATTAAAAAGTAAGAGA-ATTAAAAAATTAAATTTGTTTA
623 A-ACTAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAAA-TAAATATGTTTA
* * * * *
457372 TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACCAT
684 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * *
457400 CTT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTA-GACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGGTTCTA-
1 -TTGAATAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AG
** * * ** *
457462 TTCATTCAAGCTTACCTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGT
64 TTCATAAAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT
* *
457525 AA-AAATTT-AAAAATAAATTTATTTA
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
457550 AAAATTAATG
Statistics
Matches: 3982, Mismatches: 915, Indels: 648
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAATC
ATCTAATAATATACTAATAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAGTTTACCAAATCAGTTCAA
ACATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGACCTTTGTTTAGTCATACAACA
ATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** *
451795 AATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCT-ATTCATAC
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* * * * *** * *
451859 AAGTTTATTTTGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTT
250 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** * *
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* * * ** * * * * *
452100 GAATTAAAAAA-GAATATGCTTACCAAATAAGTTCAAATAGCTATCACTATCTTAACAATTATAT
131 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-GATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCT
*** * * *
452164 ATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCGTAAAACAATTCG-TTCT-ATTCATACAAGCTTA
194 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTCA-TCATACAAGCTT-
* *
452227 ATTTCGAATAAAAT-A-ACTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTT-AAAA
256 ATTTTGAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAA
* ** * *
452289 ATAAATATGTTTTCTGAACTA-TTCAAATAGTTAGGACTAT
316 ATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * * *
452329 TTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTTTCATAAACCAATTGTTTCTATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * ** * * *
452394 CATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
66 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
452459 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTACTG-TGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAATAATTATT
131 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAT--AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATC
* * * * ** **
452523 TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTG-TTTCCATTTGTACAATTTTA
193 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTA
* * *
452587 -TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGACATTTAAAAAA
257 TTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAA
* * *
452651 TAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCAT
317 TAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-AT
* * * * ** * * *
452691 TTGAATTATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTTGTTAAACGATTATTTCTGTT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
** ** * * * * * *
452756 CATGTAAAATTATTCAAAATTAAATAATAATCATCTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAAGA
66 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
452817 GATTT-TAAAA-AAATCTATTTACCAAAATAGTTTAAATA-TTCATGACTATTTGAACAATTATC
131 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATA-AGTTCAAATAGTT-ATGACTA-TTGAACAATTATC
* * * * *
452879 TATCTCAAATCT-TTATGATCTTTAT-TTTTTTCATACAACAA--GTTTTTCTTTTCATACAAGC
193 TATTTCAAAT-TGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC--ATCATACAAGC
* * * *
452940 TTA-TTCGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTTAAA
254 TTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAA
* *
453004 AAATAAATGTGTTTGCCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTAT
314 AAATAAATATGTTTGCCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * * *
453047 TAGACCAATTATCTATTTCAAA-CTATTTTAACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTATTTCAG
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * ** *
453110 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAACA-TTCAAAAAGTTAATGGGCA
64 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAATAAGTA
* *
453174 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-GATAAGTTCAAATAG-TTATGACTA-TTGAACAATT
* * *
453238 ATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATAAAAA
190 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAG
* ** * *
453301 CTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGGAAGAGATTTAAA
253 CTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A-AT--AAGAGATTTAAA
* ** * * *
453366 AACTAAAGCTAT-TTT-CTGAAC-CGCTTTAAATAGTTACGACTAT
314 AAATAAA--TATGTTTGCCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTAT
** * * * * * * * *
453409 TTGAGCAAATATCAATCTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGCA
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTG-T
*** * * ** *
453473 TCATACAAGCTTATT-TGGATAAAGATAATACTTATTTAATAATATACTAATAA-T--TAA-TAA
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
*** ** * * * * *
453533 GAGATTTAAAAAATAAATAGGTTTGTCGAATCAGTTCCAACA-TTAAGACTATTAGAATAATTAT
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTAT
** * * * * * ****
453597 CTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTA
192 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTA
* * * *
453661 TTTGGAAT---A-AA-A-TAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAA
257 TTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAA
* *
453720 TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
317 TAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
453760 TTCAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GT
* * * * *
453824 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAATAAG
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
453888 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAACGAATCAA-TTCAAATAATCATGGCAATTTAAATAACTT
130 AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCG-AT-AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAA-TT
* ** * * *
453951 -TCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAATCT
190 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* ** * **
454015 T-TTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGGAA
255 TATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *** * *
454079 ATCTATTTGTTGATCTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
320 ATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** ** * *
454116 TTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * * * * *
454180 CATTCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATGA
66 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
454245 GATTTAAAAAATAAAT-TCATTTACCGATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAAAAATTATT
131 GATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATC
* * * *
454309 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGC-TCATAGAAGCTTA
193 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCTTA
* * * * ** * * *
454373 TTTGGAATAGAATAAAATTAATTT-TTCTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTGTTTATACA-AGCT
257 TTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TC--CAAA-AA--------TTAATA-AGAG--
* * * * * * * *
454436 TATTCATATTAAAAT-AATACTAATTT--CATAA-TATTTAAAAAACTAATAAGTAAGA-GAT
307 -ATT--TA-AAAAATAAATA-T-GTTTGCCA-AACAAGTT--CAAA-TAGT---TATGACTAT
* * * * * * * *
454494 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACT
1 TTGAATAAT-TATCTATTT--CAAATCA-TT---AT-G---A-CCT-TTTG--T--TT-TAT-CA
* * * * * * *** * * *
454559 TCAAATCATTTTGACCATTT-TTTAGTGATA-AAAC-AATT--GTTTCAATTCATAC-AAGTTTT
47 T-AAAACA-ATTG----TTTCTGT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA--TTT
* ** * * * * *** **
454618 ATTAACATTCAAAATAAATTCATACTAATTTATTA-ACATTTAAAAAATTAAT-GAGAAAGAGAT
102 ATTAATATT-TTAA-AAATT-A-A-TAA-GTA--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA-
** * * * *
454681 TTAAAAAAT-AAATCTATTTATCGAATAAATTTAA-ATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTA
158 -T--AAGTTCAAA--TAGTTAT-GACT--ATTGAACA-A-TTA-T-CTATTT---CAA------A
* ** * *
454744 TTTAAAATCGTTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTAATACAAGCTTAG
202 --T----T-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTAT
* * *
454807 ATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAA-TAAGTAAGAAATTTAAAAAAT
258 TTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCC-AAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * *
454871 AAATTTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGGCCAT
318 AAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * *
454910 TTCAAAAATTATATATTTCAAATCCTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTGT-TTT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-TCTGT
* * * *
454974 ATCGTACAAGCTTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGT
65 -TCATACAAGC--TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-
* * * * * * *
455038 TAACAGATTTACATAATAAATCTGTTTACC-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATA--AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAA
* * * * * * *
455102 TTATCAATCTCAAATCAT-TTA-AATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGA
188 TTATCTATTTCAAAT--TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA
* * ** * *
455164 AGCCTA-TTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
251 AGCTTATTTTGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
** * ** *
455228 AATAAATATGTTTGGTAAATC-AGTACAAATAGTTAAAACAAT
315 AATAAATATGTTTGCCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
455270 TGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCA-AACCTTTTG-TTCAGTCATAAAATATTTGTTTCAT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTC-T
* * * * * ** ** *
455333 G-TCTTACAAACTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTGTGAACCTTTGGAAAATTAATAAGCA
63 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
455397 AAAG-TTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATT
128 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACC-GATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATT
* * * *
455461 ATTTATATAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AATT-TTTTTCA--AT------T
190 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* ** * *
455516 CA---T-AA-AAGTTTAT-CCAA---A-TAA-A----AAAAATTAATAAGCAGGAGTTTAAAAAC
255 TATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAA-
* * ** * * * * * *
455566 ATAAATTTGTTTACTGAACAAATTTAGATATTTACGCCTAT
316 ATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
455607 TTGAACAATTGTCTATCTAAAATCTTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GT
* **
455671 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * *** * * *
455733 -TATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGGATTAA-TTCAAATAATTATGGTCGT-TTCAACAATTA
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCGA-TAAGTTCAAATAGTTAT-GAC-TATTGAACAATTA
* ** * * * * *
455795 TCTATTTTAAATCATTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATCATATAAGCTT
191 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTT
* * * * *
455860 A-CTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
256 ATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * *
455924 ATGAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
316 ATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * * * * * *
455965 TTAAACAATTCTATACTTCAAATCATTAT-ATCCCTTTGTTATGTTATAAAAGAACTATTTTTGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * ** * * ** *
456029 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACATTACTAATCCAATACTATTCCAAAAATTAATAACTAAG
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** *
456094 GGATTTAAAAAATAAATTTATTTTTCGA-ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAT
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATA--AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTAT
* ** * * *
456158 CTAATTCAAATCATTATGACCTTTT-TTCTTGTCATAAAAGAA-T-TTTCTCAATTCATACTAGC
192 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGC
** ** *
456220 TTATTCAGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAA
254 TTATTTTGAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
456283 TAATTTTTATTTACCTAACCAGTTCAAATTGTTATGACTAT
317 TAA-ATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
456324 TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAGAACAAATGTTTTTGTT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * *** * * * *
456389 CATATAAGTTTATTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGT----
66 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
456450 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTATGAGTATTTGAGCAATTATT
131 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATA--AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATC
* * * * *
456514 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTCTTTCT-ATTCATA-AAACTTA
193 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTA
* * *** * * *
456577 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTTAAAAATTTTAAAAAT
257 TTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
** * * *
456642 AAATATGTTTATCGAACTAGATT-AAATAGTAATGACTAT
318 AAATATGTTTGCCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * **
456681 TTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * * *
456746 CATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAG
66 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * * *
456810 AG------AAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTTGAATAATTATGACCATTTGAGCAATAAT-
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATC
*** * * * * ** ** * * *
456868 TGATTTGGCATCGTTATAACCTTTTGGTTTGTCATATAATGATT-TTATTTGTTCATATATGCAT
193 T-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTCATCATACAAGCTT
** * *
456932 ATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
256 ATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CCA-AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * **** * * *
456996 ATGAATCTGTTTATTGAACAAATTCAAATCGTTATGATTAT
316 ATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
457037 TTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TC
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-
* * * * * * * *
457100 ATCCATACAATCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTA
63 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
457165 AAAGATTT-TAAAA-AAATATGTTTACCGAACAAGCTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTA
* ** * * * **
457228 TCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG--TTTCAATTCATGTAAGC
191 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGC
* * *
457291 TTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAA
254 TTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAAATT---AA-TAAGAGATTTAA
* ** * * *
457355 AAAATTAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACCAT
313 AAAA-TAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
457400 CTT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTA-GACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGGTTCTAT
1 -TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * * **
457463 TCATTCAAGCTTACCTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTA
65 TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* *
457526 A-AAATTT-AAAAATAAATTTATTTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
457550 AAAATTAATG
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTAT
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTT
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
Found at i:454653 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 454602--454662 Score: 88
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
454592 CAATTGTTTC
454602 AATTCATACAAGTTTTATTAACATTCAAAATA
1 AATTCATACAAG-TTTATTAACATTCAAAATA
*
454634 AATTCATACTAA-TTTATTAACATTTAAAA
1 AATTCATAC-AAGTTTATTAACATTCAAAA
454663 AATTAATGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (31 bp):
AATTCATACAAGTTTATTAACATTCAAAATA
Found at i:454866 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 454401--455462 Score: 759
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 179
454391 TAATTTTTCT
* *** * * ** *
454401 TTTGTCATAAAACAACTGTTTTGTTTATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-T
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTAATCGGAATAAAATAATACTAATTT-ATT
* * * * * *
454465 AATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCATTTCAAAT
65 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTAAAAT
* * * * * * * *
454530 GGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTTTGACCATTTT-
130 AGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTA
* * * ** * *
454580 TTAGTGATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTTATTAACATTCAAAATAAATTCATACTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TCATACAAG----CTT-A-A-TCGGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
454645 ATTTATTAACATTTAAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAA
58 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAG
* * * * * * *
454710 TTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTAA
123 TTAAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-A
*
454768 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TCATACAAGCTTA-ATCGGAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * *
454832 TAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTAAAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTAAAA
* * * * *
454897 TAGTTATGGCCATTTCAAAAATTATATATTTCAAATCCTTATAACCTTTTA
129 TAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* * * *
454948 TTTTGTCATAAAACAATTATTGTTT-TATCGTACAAGCTTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
1 -TTTGTCATAAAAC-A--ATTGTTTCAATCATACAAGC--TTAATCGGAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
455012 TGATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTTAACAGATTTACATAATAAATCTGTTTACCAAACCAGT
60 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGT
* * * * * *
455076 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATT-TAAATCTTTGT-
124 TAAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTT-TA
* * * * *
455132 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCCTATTCGG-TTAAAAATAATACTAATTTAA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATCATACAAGCTTAATCGGAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* *** *
455196 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGGTAAATCAG-TACAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTA-AA
** * * * * *
455256 ATAGTTAAAACAATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCA-AACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTA
* * * * * * * ** * *
455308 TTCAGTCATAAAATATTTGTTTCATGTCTTACAAACTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTGT
1 TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATCATACAAGCTTAATCGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** ** * * * *
455373 GAACCTTTGGAAAATTAATAAGCAAAAG-TTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTAAA
* *
455437 ATAGTTATGGCTATTTGAACAATTAT
128 ATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT
455463 TTATATAAAA
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 155, Indels: 74
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
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179 20 0.03
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188 31 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTAATCGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTAAAATA
GTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
Found at i:454866 original size:614 final size:601
Alignment explanation
Indices: 453798--454968 Score: 1331
Period size: 614 Copynumber: 1.9 Consensus size: 601
453788 TGACCATTTG
* * *
453798 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAACTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTCAT
* *
453863 TAATATTTCAAAAATAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAACGAATCAATTCAAAT
66 TAATATTTAAAAAATAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAACAAATCAATTCAAAT
* * * * * * *
453928 AATCATGGCAATTTAAATAACTTTCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
131 AATCAAGACAATTTAAATAACTTTATACTTCAAATCATTATTACCATTTGTTTAGTCATAAAACA
* * * *
453993 ATTGTTTTTCAACATACAATCTTTTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATT
196 ATTG-TTTTCAACATACAATCTTTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATT
* * * * * *
454058 AATAAGAGATTTAAAAAGGAAATCTATTTGTTGATCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCA
260 AATAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTATCGATCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * *
454123 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAAG
325 ATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAG
* * ** * *
454188 TTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATGAGATTTAAA
390 CTTAATCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTCCAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAA
* * * * *
454253 AAATAAATTCATTTACC-GATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAAAAATTATTTATTTCAA
455 AAATAAATTCATTTACCAAAT-CAGTTAAAACAGTTAAGACCATATCAAAAATTATATATTTCAA
** *
454317 ATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAGAAGCTTATTTGGAATA
519 ATCCTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAGAAGCTTATTTGGAATA
454382 GAATAAAATTAATTTTTC
584 GAATAAAATTAATTTTTC
* * * * *
454400 TTTTGTCATAAAACAACTGTTTT-GTTTATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA
1 TTTTGTCATAAAACAACTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTTCA
* ** * *
454464 -TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCATTTCAA
65 TTAATATTTAAAAAA-TAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAACAAATCAATTCAA
** * * *
454528 ATGGTTAAGACTA-TTAGAATAA-TTATATACTTCAAATCATT-TTGACCATTT-TTTAGTGATA
129 ATAATCAAGACAATTTA-AATAACTT-TATACTTCAAATCATTATT-ACCATTTGTTTAGTCATA
454589 AAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGT-TTTATTAACATTCAAAATAAATTCATACTAATTTATT
191 AAACAATTGTTTTCAA--CATACAA-TCTTTATTAA-A-T-AAAAT--A---ATACTAATTTATT
* *
454652 AACATTTAAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AAATTTAAA
245 AACATTTAAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTATCG-ATCAAATTCAAA
* * * * *
454716 TAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTT-TAATTTGTCATAAAA
305 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTGT--TCTATCATAAAA
** * * *
454780 CAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTA
368 CAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTA-ATCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTCCAA
* ** * * * *
454844 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGGCCA
432 AATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCATTTACCAAATCAGTTAAAACAGTTAAGACCA
*
454909 TTTCAAAAATTATATATTTCAAATCCTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
497 TATCAAAAATTATATATTTCAAATCCTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
454969 GTTTTATCGT
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 77, Indels: 38
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
599 6 0.01
601 80 0.17
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603 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (601 bp):
TTTTGTCATAAAACAACTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTCAT
TAATATTTAAAAAATAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAACAAATCAATTCAAAT
AATCAAGACAATTTAAATAACTTTATACTTCAAATCATTATTACCATTTGTTTAGTCATAAAACA
ATTGTTTTCAACATACAATCTTTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTA
ATAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTATCGATCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGC
TTAATCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTCCAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAA
AATAAATTCATTTACCAAATCAGTTAAAACAGTTAAGACCATATCAAAAATTATATATTTCAAAT
CCTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAGAAGCTTATTTGGAATAGA
ATAAAATTAATTTTTC
Found at i:455674 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 455383--455695 Score: 391
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
455373 GAACCTTTGG
* * * *
455383 AAAATTAATAAGCAAAAGTTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGGC
1 AAAATTAATAAGCAAAAGTTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACGCC
* *
455448 TATTTGAACAATTATTTATATAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAATTTTTTTCA
66 TATTTGAACAATTATCTATATAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAATTGTTTTCA
* *
455513 ATTCATAAAAGTTTA-TCCAAATAAAA
131 ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
** ** * *
455539 AAAATTAATAAGCAGGAGTTT-AAAAACATAAATTTGTTTACTGAACAAATTTAGATATTTACGC
1 AAAATTAATAAGCAAAAGTTTGAAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACGC
* * * *
455603 CTATTTGAACAATTGTCTATCTAAAATCT-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATATAAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AATTGTTT
* *
455667 T-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
128 TCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
455696 TAATTCTAAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 7
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 5 0.04
156 109 0.82
157 19 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
AAAATTAATAAGCAAAAGTTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACGCC
TATTTGAACAATTATCTATATAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAATTGTTTTCA
ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
Found at i:456041 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 455538--457549 Score: 1441
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 179
455528 TCCAAATAAA
* * * * * * * *
455538 AAAAATTAATAAG-CAGGAGTTTAAAAACATAAATTTGTTTA-CTGAACAAATTTAGATATTTAC
1 AAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAA-ATAAATTTGTTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
455601 GCCTATTTGAACAATTGTCTATCTAAAATCTTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-T
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** *
455665 TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC
127 TTTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * * *
455719 AAAAATTAATAAGT---TATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGGATTAATTCAAATAATTATG-G
1 AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
455780 TCGTTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTT
66 T-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* *
455845 T-TATCATATAAGCTTACTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTC
129 TAT-TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * *
455896 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
455961 CTATTTAAACAATTCTATACTTCAAATCATTATATCCCTTTGTTATGTTATAAAAGAACTATTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * ** * * *
456026 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACATTACTAATCCAATACTATTCC
129 TATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
456077 AAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTATTTTTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
456142 CTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTT-TTCTTGTCATAAAAGAATT-TTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTT-
** * *
456205 TCAATTCATACT-AGCTTATTC-AGAATAAAATGA-AATGAATTTATTAATATTTT
127 TTTATTCATA-TAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTC
* * * * * *
456258 AAAAATTAATAAG--AA-ATTTAAAAAATAATTTTTATTTACCTAACCAGTTCAAATTGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA-ATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
456320 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAGAACAAATGTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
456385 TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTACTATTTC
129 TATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * * * *
456436 AAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGAG
1 AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * *
456498 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTCTTTCT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * *
456563 ATTCATA-AAACTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
130 ATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
456612 GATAATTAATAAGTTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATT-AAATAGTAATG
1 AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAG-TTCAAATAGTTATG
* * * * *
456676 ACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
456741 CAATTCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAAT-ATTATGTTATTAATA-TTC
128 TTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAAT-TTATTAATATTTC
* * * * * * ** *
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1 -AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATG
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** ** * * * * * *
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** **** * * * * *
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** * * * * * *
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** * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* ** *
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* * * * *
457658 ATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCTAATTGTTA
65 ATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* * ** * * * *
457723 TGATCTTTGTTT-T-GTCCTAAAATATTTATTTTTGTTCA-ACAAGCTTATTCGAAGCAAAATAT
130 TGATCTTT-TTTCTAAT-ATAAAA-AAATATTTATGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAA
* * *
457785 TACTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAGGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGA
191 TACT-AATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGA
* * * *
457849 ACTAGTTCAAATAGTTAAGAG-TATTAGAATAATAATATATTTCAAATCATTTTGACCATTTATT
255 ACTAATTCAAATAGTTAAG-GCTATT-GAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCATTTGTT
* ** * * * *
457913 TAGTCATAAAATAATTGCTTCAACTCATAC-ATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATT
318 TTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACTA-ACTTATTTGAAATAAAA-AAAATAAATTTATT
* * * ** * * * *
457977 AACA-TTAAAAAATT--TATTAAGA-AATTAGAAAAAAAAATCTGTTTACCGAACAAGTTGAAAT
380 AATATTTCAAAAATTAATATTAAGAGATTTA-AAAAATGATTATG-TTACCAAACAAGTTTAAAT
* * * * * * * * *
458038 ATTTTTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTTTCTTAAAATA
443 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATGAACTTTTGCTGTGTCGTAAAACA
*
458103 ATTGTTTTTCATCATACAAGC
508 AATGTTTTTCATCATACAAGC
* *
458124 TATTTGAAGTAAAATAAGT-TTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAA
1 TATTTGAA-TAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAA
* * *
458188 AATAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
60 AATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * * *
458253 TGTTAT-ATCCTTTTTTTTAATCATAAAACAATTCATTCTA--TTCATGCTAGCTTATTAGGAAT
125 TGTTATGAT-CTTTTTTCTAAT-ATAAAA-AAAT-ATT-TATGTTCATACAAGCTTATTA-GAAT
* * * *
458315 AAAATAATACTAATGCAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
184 AAAATAATACTAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
458380 TTGCTGAGCCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCG
248 TTGCTGAACTAATTCAAATAGTTAAGGCTAT-TGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCA
* * *
458445 TTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCAATTCTTACTAACTTATTTGAAATAAAACAAAATAAAT
312 TTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACTAACTTATTTGAAATAAAA-AAAATAAAT
* **
458510 TTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTATGATTGTCAAACCAA-T
375 TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATTAAGAGATTTAAAAAATGATTATG-TTACCAAA-CAAGT
*
458574 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATTGTTATG-ACGTTTTGCTGTGTCG
437 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGCTGTGTCG
** * *
458638 TAAAACAAAT-TTTTTGTTTATATAAG-
501 TAAAACAAATGTTTTTCATCATACAAGC
* *
458664 TTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
1 TAT-TT--GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
458729 AAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGAATATTT-AGGCAATTATTTATTTAAAATTG
63 AAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATTTATTTCAAATTG
* * *
458793 TTATGA-CTTTTTGATCTAATATAAAAAAAAAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAATA
127 TTATGATCTTTTT--TCTAATATAAAAAAATA-TTTATGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAA
* * * * * * * * * *
458857 TAATACTAATTTATTAATATTTTGACAACTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATTAAATATGTTTA
188 TAATACTAA-TTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTG
** * * * * * **
458922 CCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTT
251 CTGAACTA-ATTCAAATAGTTAAGGCTA-TTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCATT
* * * ** * *
458986 TGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCAGTTCATA-TAAAGTTGTTCAAAAT-AAAATAATACTATGT
314 TGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCAATTCATACT-AACTTATTTGAAATAAAAAAAATA-AAT-T
* * *
459049 TATTAGTATTCCAAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATGAATCTAT-TTACCAAACAAGTT
376 TATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATTAAGAGATTTAAAAAATG-AT-TATGTTACCAAACAAGTT
* * * ** * * * * * *
459113 TAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCGATTTGGAATCATTA-CAACCTTTTGGTTTATCAT
438 TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGCTGTGTCGT
**
459177 AAAATGAAT-TTTTAT-ATTCATACAAGC
502 AAAACAAATGTTTT-TCA-TCATACAAGC
* * *
459204 TTATTTCGAATAACATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAA
1 -TATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAA
* * * * *
459267 AAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTTAATAATTATTTATTTCA
58 AAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * ** * * * * *
459331 AATTCTTATGA-CTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAA
122 AATTGTTATGATC-TTTTT-TCTAAT-ATAAAA-AAATATTTATGTTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * * * * * **
459395 TTAAAATAGTATTAATATATTAATATT-TCAACATTTAATAAGCCAA-CGATTTTTAAAA-AAA-
183 -TAAAATAATACTAAT-TAATAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * ** * * * * *
459456 ATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTACTTCAACTCATTGT
244 ATGTTTGCTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGGCT-ATTGAATAATTATATATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
459520 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTGAT-GTAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAA
307 GACCATTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACTAA-CTTATTTGAAATAAAAAAAA
* * * **
459583 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAATGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTAT-TTATT
370 TA--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT-TAAGAG-ATTTAAAAAAT-GAT-TATGTTACC
* * * * * * * * * *
459647 GAATAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAGCATTATGACCTTTTG
429 AAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATGAACTTTTG
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TCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
GATCTTTTTTCTAATATAAAAAAATATTTATGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTA
ATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAAT
TCAAATAGTTAAGGCTATTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
AAAAATTATTTCAATTCATACTAACTTATTTGAAATAAAAAAAATAAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATATTAAGAGATTTAAAAAATGATTATGTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATT
TGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATGAACTTTTGCTGTGTCGTAAAACAAATGTTTTTCATC
ATACAAGC
Found at i:459581 original size:179 final size:180
Alignment explanation
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458905 AAAATTAAAT
* * * *
458915 ATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAA-TCATTAT
1 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACTC-TTAT
* * * * * * *
458979 GACT-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATAAAG-TTGTTCAAAATAAAATAA
65 GACTCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATCCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * ** *
459041 TACT-ATGTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGGGA--TTTAAAAAATGA
129 TACTAAT-ATATTAATATTTCAACATTTAATAAGCCAA-CGATTTTTAAAAAA--A
* * * * ** * * **
459093 ATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCGATTTGGAA-TCATT
1 A--TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACTC-TT
** ** * * * * *
459157 ACAAC-CTTTTGGTTTATCATAAAATGAATT-TTT-ATATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAC
63 ATGACTCTTTTATTTTGTAATAAAA-CAATTATTTCA-ATCCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * * * * *
459218 ATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAG-TAA-AATATTTAAAAAATAA
125 ATAATACTAATATATTAATATTTCA-ACATTTAATAAGCCAACGAT-TTTTAAAAA-AA
* * * * * * * *
459274 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATTCTTA
1 A--TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACTCTTA
* * * * *
459339 TGACTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAG
64 TGACTCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
*
459404 TATTAATATATTAATATTTCAACATTTAATAAGCCAACGATTTTTAAAAAAA
129 TACTAATATATTAATATTTCAACATTTAATAAGCCAACGATTTTTAAAAAAA
* * *
459456 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTACTTC-AACTCATTGT
1 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACTC-TTAT
* * ** ** *
459520 GAC-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTGATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
65 GACTCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
*
459584 ACTAATTTATTAATATTTCAA
130 ACTAATATATTAATATTTCAA
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Consensus pattern (180 bp):
ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACTCTTATG
ACTCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
CTAATATATTAATATTTCAACATTTAATAAGCCAACGATTTTTAAAAAAA
Found at i:459748 original size:28 final size:23
Alignment explanation
Indices: 459688--459736 Score: 89
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
459678 CAATTATCCA
*
459688 TTTCAAAGCATTATGACCTTTTG
1 TTTCAAAACATTATGACCTTTTG
459711 TTTCAAAACATTATGACCTTTTG
1 TTTCAAAACATTATGACCTTTTG
459734 TTT
1 TTT
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TTTCAAAACATTATGACCTTTTG
Found at i:460416 original size:31 final size:31
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460371 CTCATTACCG
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1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
460443 AA
1 AA
460445 TAATCTATCT
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Matches are distributed among these distances:
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AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:461042 original size:178 final size:181
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Indices: 460596--462024 Score: 693
Period size: 180 Copynumber: 8.0 Consensus size: 181
460586 TACCAAACTA
* * ** * *
460596 GAACAATTACCTATTTCAAAT-GTT-TCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTA--CTTCAG
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* ** * ** * * *
460657 CTCATAAATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGTA-
64 TTCATAAAACCTCATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAATAG
** * * *
460721 -AGA---AATAAAATAAATTTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTT
127 GAGATTTAA-AAAATAAA-TCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * *
460774 GAACGATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTTATTTTATCATAAAATAA-T-TGTTTCAAT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAAT
* * * * *
460837 TCATAAAACCTCATTTGAAATAAATAATATTACTTTATT-ATCA-T-ACAAATTGATAAGTTA-G
65 TCATAAAACCTCATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAA-ATAGG
* * * * *
460898 AGATTTAAAACATAAAT-AAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTT
128 AGATTTAAAAAATAAATCAA-TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
*
460952 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC-A-T
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAATT
* *
461015 CATACAAGCCT-ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGG
66 CATA-AAACCTCATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAATAGG
* * *
461079 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTGTGACTATTT
128 AGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
461133 GAATAATTATATATTTCAAATTATTA-TAACCTTTTGTTCTGACATAAAATAATTA--TTTCTAT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAAT
* * * * * * * * *
461195 TCACATAAGCTTA-TTGATAATAAAATAATACCAA-TCAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAA
65 TCATAAAACCTCATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAATAG
** * * * *
461258 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT
127 GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * ** * * * ** * * *
461313 GGACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTCATTTTATCATAAAACAA-T-TCTTTCAATT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAATT
* * * * * * * *
461376 CTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTAA
66 CATA-AAACCTCATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAAATTAATAAATAG
* *** * * * *
461440 GATG-TTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTT
127 GA-GATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
** * * * * *
461495 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTT--GTT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAATT
* ** ** *
461558 CATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-A-GA
66 CATAAAACCTCATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAATAGGA
** * ** * * *
461619 GATTTAAAAAATAAATCTGTGTATAAAACTAATTCAAATAGTTATGAATATTT
129 GATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * ** * * * * * * *
461672 -AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTATTCTATTATAAAACAA-TA-GTTTCTAT
1 GAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAAT
**** * * * * ** * *
461734 TCATACGTGCTTA-CTCAGATTAAGATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTTA
65 TCATAAAACCTCATTTGA-AATAA-ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-ATA
* * * * * * * *
461798 --AAATTTTTAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTT
126 GGAGA-TTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
461853 GAATAATTATCAATTTCAAATCATTA-GACCTTTT-TTTTGGTCATAAAAAAATTA--TTTCAGT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTATTTTTCAAT
* ** * * * * *
461914 TCATATAAGGTTATTGGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCCAAAAAATACTAATTAG
65 TCATAAAACCTCATTTGAAAT-AAATAATACTAAT-TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAATAG
* * * * * *
461978 GAGAATTT-AAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTAT
127 GAG-ATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAT
462025 ATAATACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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176 11 0.01
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180 235 0.24
181 217 0.22
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184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAATT
CATAAAACCTCATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAATAGGAGA
TTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:461399 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
461282 GTCAAACCAG
* * * * * **
461292 TTCAAATAGTTAAGACTATATGGACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTCATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
461357 TAAAACAATTCTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTATTTCTATTC-TACTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATT
* * * * * * * *
461421 TCAAAAAATTAATCAGTAAGATG-TTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAACTAG
130 TC-AAAAATTAAT-AATAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA
* * * * *
461474 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
461539 TAAAACAAATATTTTTGTTCATA-TAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAA-TCTATTAATAT
66 TAAAACAATTATTTCTATTC-TACTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTC-ATTAATAT
* * * *
461602 TTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTATAAAACTAA
129 TTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA
* ** * * *
461651 TTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTATTCTATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * *
461715 ATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACGT--GCTTA-CTCAGATTAAGATAATACTAATTTATTAA
65 ATAAAACAATTA-TTTCTATTC-TAC-TAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTCATTAA
** * * * * * *
461776 TATTTTGACAATTAATAAGTTAA-A-ATTTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGA
126 TATTTCAAAAATTAATAA--TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCA-A
* * ** ** *
461833 -TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTA-GACCTTTT-TTTTGGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-ATC
* * * *
461895 ATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATA-TAAGGTTATTGGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAAT
65 ATAAAACAATTATTTCTA-TTC-TACTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TCATTAAT
* * * * *
461957 ATTCCAAAAAATACTAATTAGGAGAATTT-AAAAATGAATCTATTTA
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*
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* * * * *
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* * * *
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1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *** * * * *
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* * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
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** * *** *
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* * ** *
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* * * * ** * **
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** ** * * * * *
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* * * ** * ** * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATA
* * * * * * * ** *
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* **
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* * * * * * * *
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1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** **** * * * *
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** * * * *
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* * * * **
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * * * *
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* *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
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* * ** *
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* * **
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** * * ** * * *
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** *
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* * * * *
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** * * ** * *
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* * * * **
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
468181 AAAAAAATATTTTTTGACAAAACAAAA----ATGAC---TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
468239 CTTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAGTCTTTTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
** * * *
468304 TGAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTAAG-ATATG
129 AAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * * * * *** ** * * *
468355 AAACAAATATTTTATGACTAAACAAACGGTCAGAGTGATCGGAAGTAGATAATTATTCTAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * *** * *
468420 TTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTCA
66 CATAACTATTTAAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * *
468481 TAATATT-ATAAATTTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTTATATGATTAG
130 AAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
468532 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
468558 GATCTTAACG
Statistics
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
Found at i:465738 original size:165 final size:167
Alignment explanation
Indices: 465442--465748 Score: 370
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
465432 TTTGGCAAAT
* *
465442 AGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTCAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTCAAA-CTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAT
*** * * * **
465507 TTTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
64 TCCAAATAAACTTATATGAACGGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
*
465572 AAATAGATAATTTTTCAAATAGGAACTGGATCGATAAAC
129 AAATACATAATTTTTCAAATAGGAACTGGATCGATAAAC
* *
465611 AGATTTATTTTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGATTAGTATTATTTTATT
1 AGATTTATTTTTCAAACTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATCA-ATTAATATTATTTTATT
* * ** * * *
465673 CCAAATAGACTTGTATGATGGGAAGCAAATCTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTG
65 CCAAATAAACTTATATGAACGGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTG
465737 AAATACATAATT
129 AAATACATAATT
465749 GCTCAATTGG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
AGATTTATTTTTCAAACTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTC
CAAATAAACTTATATGAACGGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
ATACATAATTTTTCAAATAGGAACTGGATCGATAAAC
Found at i:466784 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 465825--468561 Score: 2030
Period size: 179 Copynumber: 15.4 Consensus size: 181
465815 ATTTTTAAAA
* * * * *
465825 TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-T
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GAT
* * * * * * **
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65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
* ** *
465954 AATTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAG
130 ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAG
** * * * * * * *
466007 -AGTTATTTTATT-TCCATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTCAAGACTAAACAGAAGG
1 TA-TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* ** * * * ** **
466069 TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-TCTTAACTATTTGAACTCACTT-GACAAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAAC
* * * *
466132 ACT-TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAG
128 A-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * * *
466186 GAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATC
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * * *
466250 ATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTTC--TAAAC
66 ATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGGTAAAC
* * *
466312 AGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
128 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * *
466362 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-C
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GAT
* * * * * *
466426 CAT-ATCAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
65 CATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* *** * *
466490 GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAG
129 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
466543 TATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGAT
1 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * *
466607 CATAACGATTTGAAATAAATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTGGGTAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * *
466670 GATTTATTTTCTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAA
129 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * **
466722 AATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGATC
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * * **
466787 ATAATGATCTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAG-AAACTAT
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AT
* * * *
466851 ATTTATTTTTTGAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAGTATTAGTAAATTTA-
130 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
** * * *
466902 TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTCCATGAACA-AAACTAATT-ATTTACGACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * * ** *
466964 TTATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCTATTAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAAC
* * * * ***
467028 ATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAG
128 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
467082 TATCATTTTTTTC-AAATAAACTTATATGACCTA-AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * *
467145 CTTAATGATTTGAAATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* ** *
467209 TATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAA
129 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *
467261 TATTATTTTA-ACTTGAATAAGCTTG--T-AACAGAAAGAATTGTTTT-TGACAAAACAAATAG-
1 TATTATTTTATTC-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGA
** * * * * ** *
467320 TCATAACAATTTGTAATAAATAATTTTTCAAATAATCATAAAGATTTGAACTTGGTCGGTAAACA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * *
467385 AATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTGTATT--AATATTACTAAATTTG
129 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * *
467438 TATTATTTTAATC-AAACTAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTTATGATAAAA-AAATG-T
1 TATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * * * * * * *
467500 TATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
* * * *
467565 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTGAAATATTAATAACTTAG
130 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * **
467617 TATTATTTTATT-TCGAATAGGCTTAG-ATGAACCGAAATAACAT-TTTTATGACAAAATTAAAG
1 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * ** *
467679 GT--TAACAATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAATTCGAT-AA-
63 ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * **
467740 ATA--TATATTTTAATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG
128 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
467792 TATTATTTTAATCTAAATATGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAA-ATT
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-T
* * * * * * *
467856 CATAATGATTTGAAATAAATAAGTGCTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAC-T
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
* *
467920 GATTTATTTTTTAAATC---T-CATATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAG
130 -ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
467969 TATTATTTTATTCTAAACAA-ATTAATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAGGGA
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGA
* ** * * * * * * *
468033 -CGTAACAATCTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAACTGGCTAGGTAAACA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * ** * *
468097 CAATTACTTTTTAAATCCCTTACATATT-A--TTTGAAATATTAACAAATTCA-
129 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG
* * * * ** * * * *
468147 TTTTATTTTATTCTGATTAAGCTAGTGTGAATTGAAAAAAATATTTTTTGACAAAAC---A-A--
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * * * *
468206 A-AATGACTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA
* *
468270 TTTATTTTTTCAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG
131 TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
* * * * * * * *
468323 -ATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAACGGT
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * ** * * * * ** *
468385 CAGAGTGATCGGAAGTAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACA
* *
468449 CATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA-TTTTCATAATATT-ATAAATTTAG
129 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAG
* * * **
468498 TATTATTTT-TAACTAAATAAGCTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAT
1 TATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
468561 C
65 C
468562 TTAACGATAT
Statistics
Matches: 2027, Mismatches: 417, Indels: 228
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 57 0.03
172 12 0.01
173 2 0.00
174 40 0.02
175 121 0.06
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182 14 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
Found at i:469245 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 468807--469654 Score: 462
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
468797 TGATTATTTG
* * * * * * * * * *
468807 AACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
1 AACAATTATCCATTTGAAATCATTATAACCATTTGTTCTATCATAAAATAATCGTTTCAGTTCAT
* * * * * * *
468872 AAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTGATACTTCAAAAATTGATATA-TTAGAGA
66 AAAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGA
* * ** * ** * * * *
468936 TTTAAAAAATACATCAAATTGGTTCAAATAATTATGACCATTTG
129 TTTAAAAAATAAATC-TATTTATTGAACCAGTTA--ACTATATA
* * ** * * * * * * * *
468980 AACAATTAT-TATTTCAAATTGTTACAAAC-TTTTTTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTCA--TC
1 AACAATTATCCATTTGAAATCATTATAACCATTTGTTCTATCATAAAATAATCG--TTTCAGTTC
* * * *
469041 ATAGAAA-CCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAGA
64 ATA-AAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
469105 GGTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTT-CCTATTTA
127 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTAACTATATA
* * * ** ** * *
469147 AACAATTATCTATTTTAAATTATTATAACTTTTTGTTCTATTGTAAACTAATCGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCCATTTGAAATCATTATAACCATTTGTTCTATCATAAAATAATCGTTTCAGTTCAT
* * * *
469212 ATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
66 AAAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* ** *
469277 TTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAAGCAATTCAAACGATTAAGACTATATG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-C----C--A-G-TT-A-ACTATATA
* * * * *
469328 AACAATTATCCATTTGAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCCATTTGAAATCATTATAACCATTTGTTCTATCATAAAATAATCGTTTCAGTTCAT
*
469393 AAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-ATTA
66 AAAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GA
* * * *
469457 TTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAATCAGTTTAAATAATTTTAGCCATA
129 TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAG-TTAACT-A---T----ATA
* * * ** * * * ** **
469507 TCACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATGTAAT--TC-TATT--GAA
1 --AACAATTATCCATTTGAAATCATTATAACCATTTGTTCTATCATAAAATAATCGT-TTCAGTT
** * * *
469567 CATTCAAGCTTATTTGAAAAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
63 CATAAAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
*
469632 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
469655 CAAACTAGTT
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 107, Indels: 69
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 18 0.03
168 17 0.03
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170 12 0.02
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172 19 0.04
173 17 0.03
174 2 0.00
175 1 0.00
176 67 0.13
177 17 0.03
178 3 0.01
179 5 0.01
180 2 0.00
181 172 0.32
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AACAATTATCCATTTGAAATCATTATAACCATTTGTTCTATCATAAAATAATCGTTTCAGTTCAT
AAAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTAACTATATA
Found at i:469462 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 469147--469874 Score: 636
Period size: 181 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
469137 TTCCTATTTA
* * * * * * ** * *
469147 AACAATTATCTATTTTAAATTATTATAACTTTTTGTTCTATTGTAAACTAATCGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
* * *
469212 ATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGA
* * * * * * *
469276 TTTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAAGCAATTCAAACGATTAAGACTATATG
130 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAACAGTTCAAA-AATTAAGACTATATC
* * * * * *
469328 AACAATTATCCATTTGAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
* * * *
469393 AAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-ATTA
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA-GA
* * * * * *
469457 TTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAATCAGTTTAAATAATTTTAG-CCATATC
130 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAACAGTTCAAA-AA-TTAAGACTATATC
* * * * * * * **
469509 ACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCAT---GTAATTCTATT-GAACAT
1 AACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
* * *
469570 TCAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
* **
469634 TTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGCAATGACTAT-TAC
131 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAAC-AGTTCAAAAATTAA-GACTATAT-C
* * * * * * * *
469685 AATAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
* *
469750 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGC-AATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAG
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAG
* * * * * * * *
469813 AATCAAAAAATAAATTTG-TTAGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTACATA
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** ** *
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* * * ** * *
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Statistics
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173 6 0.00
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAATAAATCTAT
TTGCCGAATCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATT
Done.