Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 44000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 64 of 64
Found at i:11179484 original size:16 final size:17
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Indices: 11179452--11179487 Score: 56
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11179442 AATAAGTTTA
11179452 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTTG
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1 AA
11179488 ATCTCTATTC
Statistics
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AATAATTATACTATTTG
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11179581 GTTTATCGAA
* * * * * * *
11179591 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTATAAAAATTGAATTTGTTTACCAAA
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* * * * * * **
11179656 CAAGTTCAAACAATTATGGCTATCTGAACAATTATGTATTCCAAAAT-ATCATTTCCTTTTGTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTC-AAATCATTATGACC-TTT-TTT
* * *
11179720 TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGAA-AAATTAATTTG-AATAAAATATTA-
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA--AACAAATT-ATTCGAAATAAAATAATAC
* ***
11179773 TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAAC
1 T-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACCAAC
* * * * *
11179837 ATGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATGACCATTTTTTTGT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTTTTGT
* * * *
11179902 CATAAACCAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAA-ATTATTCGAAATAAAATAATAC
* * *
11179953 TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAA-CA
* * * ** * *
11180018 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTGTTTTAAGTTGTTATGATCTTTTTTTGTCG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCA
** * * *
11180083 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCACATTTATTCAAAATAAACTAATAC
130 TAAAACAATTGTTTCTATTCAAACA-AATTATTCGAAATAAAATAATAC
* * ** * *
11180132 TAACTCATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AACA
* * * * * * * *
11180197 AGGTCAACTAGTTCT-ATCCATTTAAACTATTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGATTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTT--TTTG
* * * *
11180261 TCGTAAAACAATTGTTTGTATTCATAAAAAATTATT-TAGAATAAAATAATAC
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-AACAAATTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * * *
11180313 TAATTTATTACTA-TCTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAAT
1 TAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AA-
* * * * ** *
11180373 C-AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTG
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTG
* * * * * * * * *
11180437 TCTTAAAACATTTGCTTCTATTCATACAAGCTTA-TCCAGAGTAAAATATTGC
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAA-ATTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * * *
11180489 TAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAACTAAATGTATTTGCTGAAC
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATATATTTAC-CAAC
* * ** * ** * * *
11180553 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTACAACATTTATGTATTTCAAATTGTTTTAACATTTTGTTTAG
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT-G
*
11180618 TCATAAAATAATTGTTTC
127 TCATAAAACAATTGTTTC
11180636 ATTTCATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAATTATTCGAAATAAAATAATAC
Found at i:11180529 original size:356 final size:354
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Indices: 11179591--11180545 Score: 892
Period size: 360 Copynumber: 2.7 Consensus size: 354
11179581 GTTTATCGAA
* * * * * * *
11179591 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTATAAAAATTGAATTTGTTTACCAAA
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* * * * * * *
11179656 CAAGTTCAAACAATTATGGCTATCTGAACAATTATGTAT-TCCAAAATATCAT-TTCCTTTTGTT
62 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCT-CAAATTGTTATGAT-C-TTT-TT
* * * * *** *
11179719 TTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGA-AAAATTAAT-TTGAATAAAATATTATAAATTTAT
123 TTGTCGTAAAACAATTGCTTCTATTCAT-ACACACTT-ATCCAAAATAAAATATTCTAAA-TTAT
* **** * *
11179782 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAAT
185 TAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGGTCAAAT
* * * * *
11179847 ATTTTTGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATGACCATTTTTTTGTCATAAACCAA
249 AGTTCTGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCACTATGACCATTTTTTTGTCATAAAACAA
* ** * *
11179912 TTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
314 TTGTTTCTATTCAAACAAAATTATTAGAAATAAAATAATAC
*
11179953 TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCA
1 TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAAT-A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAGCA
* * * * *
11180018 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTGTTTTAAGTTGTTATGATCTTTTTTTGTCG
64 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTGTCG
* * * * * * * *
11180083 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCACATTTATTCAAAATAAACTAATACTAACTCATTAATATTC
129 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACACACTTATCCAAAATAAAAT-ATTCTAAATTATTAATATTC
* *
11180148 TAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACAAGGTCAACTAGTTCT-
193 TAAAAATTAATAAG-T-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGGTCAAATAGTTCTG
* * *
11180212 ATCCATTTAAACTATTATATATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGATTTGTCGTAAAACAATTGT
256 A-CCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCACTATGACCATTTT--TTTGTCATAAAACAATTGT
*
11180276 TTGTATTCATAA-AAAATTATTTAG-AATAAAATAATAC
318 TTCTATTCA-AACAAAATTA-TTAGAAATAAAATAATAC
* ** * * * *
11180313 TAATTTATTACTA-TCTTGAAAATT-AT-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAATC-
1 TAATTTATTAATACTC-CAAAAATTAATATAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACC-AAGCA
* *
11180374 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTC
64 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCTCAAATTGTTATGATCTTT-TTTTGTC
* * * * *
11180439 TTAAAACATTTGCTTCTATTCATACA-AGCTTATCCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATAT
128 GTAAAACAATTGCTTCTATTCATACACA-CTTATCCAAAATAAAATATT-CTAAATTATTAATAT
*
11180503 TCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAACTAAATGTATTT
191 TCTAAAAATTAATAAGTAA-GATTTAAAAAA-TAAATCTATTT
11180546 GCTGAACCAG
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 85, Indels: 41
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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360 120 0.24
361 10 0.02
362 33 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATATAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAGCAAG
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTGTCGTA
AAACAATTGCTTCTATTCATACACACTTATCCAAAATAAAATATTCTAAATTATTAATATTCTAA
AAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGGTCAAATAGTTCTGACCAT
TTAAACAATTATATATTTCAAATCACTATGACCATTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
AAACAAAATTATTAGAAATAAAATAATAC
Found at i:11180644 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 11179591--11180644 Score: 891
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11179581 GTTTATCGAA
* * * * * * *
11179591 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTATAAAAATTGAATTTGTTTACCAAA
1 TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAAT-A-TAAAAG-ATT-TAAAAAATAAATATCTTTACCAAG
* * * * * * *
11179656 CAAGTTCAAACAATTATGGCTATCTGAACAATTATGTAT-TCCAAAATATCAT-TTCCTTTTGTT
62 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCT-CAAATTGTTATGAT-C-TTT-TT
* * * * *** *
11179719 TTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGA-AAAATTAAT-TTGAATAAAATATTATAAATTTAT
123 TTGTCGTAAAACAATTGCTTCTATTCAT-ACACACTT-ATCCAAAATAAAATATTCTAAA-TTAT
* **
11179782 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAA-CATGTTCAAA
185 TAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCA-GTTCAAA
* * * * * * * * *
11179846 TATTTTTGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATGACCATTTT-TTTGTCATAAACC
248 TAGTTTAGACTA-TTAAACATTTATATATTTCAAAT-AATTTTAACATTTTGTTTGTCATAAAAC
* ** * *
11179910 AATTGTTTCTGTTCA-AACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
311 AATTGTTTCTATTCATAACAAAATTATTAGAAATAAAATAATAC
*
11179953 TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCA
1 TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAAT-A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAGCA
* * * * *
11180018 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTGTTTTAAGTTGTTATGATCTTTTTTTGTCG
64 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTGTCG
* * * * * * * *
11180083 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCACATTTATTCAAAATAAACTAATACTAACTCATTAATATTC
129 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACACACTTATCCAAAATAAAAT-ATTCTAAATTATTAATATTC
* ** * * *
11180148 TAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACAAGGTCAACTAGTTCTA
193 TAAAAATTAATAAG-T-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTT-TA
* * * * * *
11180213 -TCCATTTAAAC-TATTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGATTTGTCGTAAAACAATTGT
255 GACTA-TTAAACAT-TTATATATTTCAAATAATTTTAACATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGT
*
11180276 TTGTATTCATAA-AAAATTATTTAG-AATAAAATAATAC
317 TTCTATTCATAACAAAATTA-TTAGAAATAAAATAATAC
* ** * * * *
11180313 TAATTTATTACTA-TCTTGAAAATT-AT-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAATC-
1 TAATTTATTAATACTC-CAAAAATTAATATAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACC-AAGCA
* *
11180374 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTC
64 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCTCAAATTGTTATGATCTTT-TTTTGTC
* * * * *
11180439 TTAAAACATTTGCTTCTATTCATACA-AGCTTATCCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATAT
128 GTAAAACAATTGCTTCTATTCATACACA-CTTATCCAAAATAAAATATT-CTAAATTATTAATAT
* * *
11180503 TCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAACTAAATGTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA
191 TCTAAAAATTAATAAGTAA-GATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTT
* ** *
11180568 AGACTATTACAACATTTATGTATTTCAAATTGTTTTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT
254 AGACTATTA-AACATTTATATATTTCAAATAATTTTAACATTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGT
11180633 TTC-ATTTCATAA
317 TTCTA-TTCATAA
11180645 TGCTTATATG
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 109, Indels: 55
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 99 0.18
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358 72 0.13
359 69 0.12
360 122 0.22
361 10 0.02
362 33 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATATAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAGCAAG
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATCTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTGTCGTA
AAACAATTGCTTCTATTCATACACACTTATCCAAAATAAAATATTCTAAATTATTAATATTCTAA
AAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTTAGACTAT
TAAACATTTATATATTTCAAATAATTTTAACATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
TAACAAAATTATTAGAAATAAAATAATAC
Found at i:11181495 original size:24 final size:20
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Indices: 11181439--11181492 Score: 99
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11181429 AAAAATCCAA
11181439 AAAAGGGATCGATCCCCTAC
1 AAAAGGGATCGATCCCCTAC
11181459 AAAAGGGATCGATCCCCTAC
1 AAAAGGGATCGATCCCCTAC
*
11181479 AAAAAGGATCGATC
1 AAAAGGGATCGATC
11181493 GATTAGGCTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 33 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.26, G:0.20, T:0.15
Consensus pattern (20 bp):
AAAAGGGATCGATCCCCTAC
Found at i:11182504 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 11182415--11182518 Score: 145
Period size: 53 Copynumber: 2.0 Consensus size: 53
11182405 TTATGACTAT
* *
11182415 TTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAGC
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* * ** *
11182468 TTGAACAATTATGTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAA
1 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAA
11182519 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 44 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (53 bp):
TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAAGC
Found at i:11182795 original size:181 final size:180
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Indices: 11182471--11183592 Score: 710
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11182461 TAAAAGCTTG
* * * *
11182471 AACAATTATGTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTTATC
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTTGATC
* * * * *
11182535 ATACCAGCCTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATTACGTAAGA
63 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC-TAAGA
* * * * *
11182599 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGGAGCAATTCAAATAGTTATGACTATTTA
127 GATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * *
11182653 AACAATTATATATTTCAAATTGTGATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGATCAT
* * * * *
11182718 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTAAAAATTAAGAACTAAGAAAT
65 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
* * * * * * *
11182783 TTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * * *
11182834 AACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-ATTAAACAATTTTTTTAGTTCTT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTT-GATCAT
* * *
11182898 ACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAG
65 AC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * * * * *
11182961 ATTTAAAAAATAATTCTATGTGCTGAATCGGTTCAAATAATTATGATTATTTA
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
** * * * *
11183014 AACAATTATCCATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATGTTTTTGTTCAA
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTGATCAT
* * *** * * * *
11183078 ATAAGCTTGTTTTGAATAAAAT-A-A-T-A---AGT-AT-TTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGAA
65 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
* * * * * * * *
11183133 TTAAAAAATAAAT-TCTTTACTAAACTAGTTTAATTAATT-TAACTATTTA
130 TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * * * *
11183182 ATCAATTATTTATTTCAAATTGTCATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTCT-ATTCA
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGA-TCA
* * * * * * *
11183246 TACAATCATATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTAT-GAAAAGTAATAAGC-AATA
64 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-CTAAGA
* * * * * *
11183309 GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTCG-ACCAGTGGCAAATAGTTATGACTGTTTG
127 GATTTAAAAAATAAATCTATTTGC-T-GAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * * * * * *
11183365 AA-TATTATGTACTTCAAAATCATTATAACATTTTGCTTT-TC-CAAAGCAATTGTCTCT-ATTC
1 AACAATTATATATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGA-T-
* * * * * *
11183426 CATACAAGACATATCCGAAAT-AAATAAT-CTAAACTTATTAATATTTC-GAACTTAAATAA--A
62 CATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAACTA
* * ** ** * * * * *
11183486 AGA-TTTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAATAAGTTGAAATAGTAATCATTATTTG
124 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * *
11183542 AACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA-CTTTTGTTTTGTGATAAAA-AATT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
11183593 AATAAGTAGA
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 174, Indels: 81
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 46 0.06
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AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGATCATA
CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
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11182459 CATAAAAGCT
* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
11182716 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTAAAAATTAAGAACTAAGAA
66 ATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * *** * *
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* * * * *
11182832 TGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-ATTAAACAATT-TTTTTAGTT
1 TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-GTT
* * * *
11182895 CTTACTAACTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAG
65 CATAC-AACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
* * * * * ** * * * *
11182959 AGATTTAAAAAATAATTCTATGTGCTGAATCGGTTCAAATAATTATGATTATT
128 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATA
* ** ** * * *
11183012 TAAACAATTATCCATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
* * * *** * * *
11183076 AAATAAGCTTGTTTTGAATAAAAT-A-A-T-A---AGT-AT-TTT-GAAAATTAATAAGTAAGAG
66 ATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * * * * * * *
11183131 AATTAAAAAATAAAT-TCTTTACTA-AACTAGTTTAATTAATTTA-ACTAT-
130 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATA
* * * * * * * *
11183179 TTAATCAATTATTTATTTCAAATTGTCATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTCTATT
1 TGAA-CAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTT
* * * * *
11183244 CATACAATCATATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTAT-GAAAAGTAATAAGC-AA
65 CATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-CTAA
* *
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TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
ATACAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA
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*
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1 AACTAGTTTAATCAATT
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AACTAGTTTAATCAATTT
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11183878 TCATTTCAGT
* * * *
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* ** * * * * *
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66 GATTTAAAAAATAAATCTGTGTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACCATTTCAACAACTATAT
*
11184014 -TTTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAATGTTTTTGA
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* * *
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* * *
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TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTACTAATATTTCAAAAACTATAAGTAAGA
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ATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAATGTTTTTGA
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11183698 TGTCTTAGTG
* * * * * *
11183708 CATACAAGCTTAGTCGAAATTAATTAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGA
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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129 TATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTT
* * * * *
11183889 CATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGTG
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAG
* * ** * * * * * *
11183951 ATTTAAAAAGTAAATCTGTGTATTGAATCATTTCAAATA-TTATGGCCATTTCAACAATTATCT-
66 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
11184014 TTTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAATGTTTTTGAT
131 TTTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTT
* * * *
11184065 CATTCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGA
* * * * * *
11184130 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATAT
65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCT
* * *
11184195 ATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAATAATTATTTATGTT
130 ATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTT
* * * * * *
11184246 CATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGACTACTAATGTAATAATCTTAT-GAAAATTAATAACTAAG
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAA-TAAG
* * * * * * * *
11184310 AGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGGCTATATGAACAATTCTT
64 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
* * * * * **
11184375 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCGGTT
129 TATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTT
* * * * * *
11184427 CTTAGTAA-CTTATTTAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
1 CATA-CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
11184485 TGTTAGATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAG
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TTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTT
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1 GAATAATTATACTATTT
11184539 CAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAATAATTATACTATTT
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11184156 AACCAATTCA
* * * **
11184166 AATAGTTATGACTATTTGAACAACTATATATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAA
1 AATAATTATAACTATTTGAACAACTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAA
* * * *
11184231 ATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGACTACTAATGTAATAATCTTATGAA
66 ACAAATATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATATTATGAA
* * * * * ** *
11184296 AATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGGCTA
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* * * *
11184361 TATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCGGT
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* * **
11184426 TCTTAGTAACTTATTTAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATATGTTA
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11184490 GATATTTATCAGTTCG
324 GATATTTATCAGTTCG
* * * *
11184506 AATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATAACTATTTGAACAACTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAA
* * * * * * * * *
11184571 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAA
66 ACAAATATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATATTATGAA
* ** * *
11184636 AATTAAGAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAGCCAGTTCAACTAATTATA-AC
131 AATTAAGAACTAAGAGATTTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTA-AGAC
*
11184700 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-
194 TATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTC
* * * ** * *
11184764 TGTACATACAGT-CTTATAGGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
258 GGTAC-T-CAGTACTTATAGAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
11184826 AGTAACAAAT
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ACAAATATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATATTATGAA
AATTAAGAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTA
TATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCGGT
ACTCAGTACTTATAGAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTTAGA
TATTTATCAGTTCG
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11184489 AGATATTTAT
* *
11184499 CAGTTCGAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
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* * ** *
11184564 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTATAGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
11184629 TTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAGC
131 TTCTAAAAATTAAGAAGTAACA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAGC
* *
11184681 CAGTTC-AACTAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTT
1 CAGTTCGAA-TAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTT
* * * * * *
11184745 GTCATAAAATAATTGTTTTTGTACATA-CAGTCTTATAGGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAA
65 GTCATAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGT-TTATAGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
11184809 TATTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAT
129 TATTCTAAAAATTAAGAAGTAACAAATTTAAAAAAT
11184845 GAACCTGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAGTTCGAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTG
TCATAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTATAGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCTAAAAATTAAGAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAGC
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11184941 TTTTTGTTTC
* *
11184951 CAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
1 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCT-TTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
11185016 ACTATTTGAACA-ATTGTT-TATTTCAAACCGTTATGACTTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGT
63 ACTATTTGAA-ATATT-TTCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * *
11185079 TTTTCTTTATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATTT
126 TTTTATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT-ATTTATTAATA-TT
* * * * * * * * * *
11185132 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATGTTTTACCTAGCAAGTTCAAATGGTCATAAC
1 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATGAATCTTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *** * * *
11185197 TATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATTTGTATGACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTGTC
65 TATTTGAAAT-ATTTTCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
11185261 AATTTAGATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATATTATTTATTAATATT
129 TATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTATTTATTAATATT
* *
11185309 CAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATTGAATCTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTA
1 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-TGAATCT-TTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
11185374 TGACAATGTGAAATATTTTCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAACTGT
61 TGACTATTTGAAATATTTTCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * *
11185439 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
126 TTTTATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-TATTTATTAATATT
11185491 CCAAAAATTAATAAGTAA
1 -CAAAAATTAATAAGTAA
11185509 AAATTTTAAA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 67, Indels: 21
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.01
178 32 0.11
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180 11 0.04
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Consensus pattern (176 bp):
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATGAATCTTTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAAATATTTTCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA
TTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTATTTATTAATATT
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11185498 TTAATAAGTA
*
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11185533 AAAATTTAAAAAAAATATGTTTTCT
1 AAAATTTAAAAAAAATATGTTTTCT
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1 AAA
11185561 CACATTCAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
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11185738 AAACGAAATC
* * * * ** * *
11185748 AAATAAAATAATGCTAATGTAATAACATTTTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
11185813 TTGTTT-GCTGAACCAGTTTAAATAGTTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 CTGTTTATCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* *** *
11185877 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTTTCAATTCATATTAGCTTATTCG
129 AACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAAATTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCG
* * * *
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1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
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* * *
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129 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TTTTTGTTCATATAAGCTTATTCG
** ** * *
11186109 AAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTAAAATT--TAAG-AAGAGATTTAAGAAGTAAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
11186171 TATTTGTCAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAGA-GATTATTTATTTCAAATC-TTTTA
66 TGTTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
** * * * * * * * *
11186234 ATTTTTTATTCTATTATAAACAATAA-TTTTTATTCACACAAGCTTATTCT
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AA-AATTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCG
* * * *** * * * * *
11186284 AATTAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTTGACATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
11186349 TGTTTATCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
66 TGTTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
** * *
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* * *
11186464 AAATAAAATAATACT-ATGCTATTAATATT-ACAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
11186527 TCTGTTTA-CTGAACAAGTTTAGATAATTATGACCATTTAAACAATAATTTATTTGAAATCGTTA
64 TCTGTTTATCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * *
11186591 TACCCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTATTCTGTTCACACAAGCTTATT-T
128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTT-TT-TGTTCATATAAGCTTATTCG
* * * *
11186643 AGAATAAAATCATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
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* * *
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128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TTTTTGTTCATAT-AAGCTTATTCG
* * *
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CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCG
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Alignment explanation
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * **
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**
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* * * * * * *
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* * * * * *
11186202 TATTTAAGA-GATTATTTATTTCAAATC-TTTTA-ATTTTTTATTCTATTATAAACAATAATTTT
64 TATTTAA-ACAATTATTTATTTCAAATCGTTATACCTTTTGT-TT-TGTCATAAA-AATAA-TTT
* * **
11186264 TATTCACACAAGCTTATTCTAATTAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTTGACATTAATAAGTA
124 TATTCACACAAGCTTATTCTAAATAAAATA-TACTAATTTATTAATATTAAGACATTAATAAGTA
* * * *
11186329 AAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
188 AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTA
*
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**
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* * *
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1 AAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
* * * * *
11186560 CATTTAAACAATAATTTATTTGAAATCGTTATACCCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTATTCT
64 TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA--A-TAATTTT
* *
11186625 GTTCACACAAGCTTATT-TAGAATAAAATCATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
125 ATTCACACAAGCTTATTCTA-AATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTAAGAC-ATTAATAAGT
* * * * *
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* * * *
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250 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
11186795 CAATTCTTTT
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Consensus pattern (352 bp):
AAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA
TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATAATTTTATTCAC
ACAAGCTTATTCTAAATAAAATATACTAATTTATTAATATTAAGACATTAATAAGTAAAAGATTT
TAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTCAGTTCATATAAGTTTGTTTGAAAT
AAAATAATACTAACCTATTAATATTAC
Found at i:11187202 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 178
11186976 CTATCTAAAC
* * ** * * **
11186986 AATTATCTATTCCAAAATATTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGGT-TCTATTCATGC
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* * * *
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* * * ** * *
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126 TAAAAAATAAATCTG-TTTACCAAGCA-AGTTAAAATAGTTAAGACTATTTGAAT
* *
11187166 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAGTTGTTTTGTCATAAACCATTTGTGTCTATTCAAACA
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** * *
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*
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* * * * * * *
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1 AATTATC-TATTTCAAA-TATTATGACCAGTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGGTGTCTATTCAAA
* * ** * *
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11187461 TGAAGATTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATAATACTCAAAAATTAATAAGTAAATAATTTAAAA
AATAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTAAAATAGTTAAGACTATTTGAAT
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11188111 TCATAAAAGC
* * * * *
11188121 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTGTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAT
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* ** * *
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*
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131 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGTTCAATTAGTTTTAACTAT
*
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* * * *
11188365 -ATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAACAATA-TTCTGAAAATTAAGAAC
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11188428 TAAGAA-ATTTAAAAAATAAAT
126 T-AGAAGATTTAAAAAATAAAT
11188449 TTGTTTGCCA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 16, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
180 3 0.02
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183 4 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAACCTTTGTGTTATCATAAAACAATTATTTCTCAT
CATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAACAATATTTCAAAAATTAAGAACTAGAA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGTTCAATTAGTTTTAACTAT
Found at i:11189612 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11188638--11190535 Score: 1142
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 178
11188628 ATTTCAAATA
* * * * *
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* * * * * ** *
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** * * * * **
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127 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
11188813 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TTATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCG
** * * * * * *
11188877 ATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTTGAAAATTAATAAGT
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** * ** ** * *
11188942 AATGGATTTAAAAAATGAATATG-TTGGTTGACCAGTGT-AAATAGTTATGACT
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* * * * * * * * * * *
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1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-
* * * * * * *
11189058 G-TTCGTACAAGCTTA-TTCGAAATAACATAGTTCAAACTTATTAATATTCCAAAACGTAATAAG
64 GATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C-AGAC-TAATAAG
* * * * *
11189121 TAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACT
125 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
11189175 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTATTGTTTTGTGATAAAACAATTCTTTCTA
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGA
* *
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66 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAC---TAATAAGTAA
* * * *
11189305 AATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATAACT
128 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * * *
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1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCG
* * * *
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** * *
11189484 AGATTTTGAAAATAAATATGTTTACTAGACAAGTCCAAATAGTTATAACT
129 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * ** * * * *
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* * * *
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** * ** * *
11189662 AAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * *
11189715 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTTGACCAATTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCT
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCG
* * * * * * *
11189778 ATTCCTACAAGCTTATTCCGAGTAAAATAATA-TAAATTTTTTAATATTCCAAATATTAATAAGT
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* ** * * *
11189842 -ATA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTTAACACGTTCAAATAGTTTTAA-T
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
11189892 ATTTGAATAATTATCTATTT-AAGATAGTTTTTGACATTTTGGTTTGTCATAAACCAATTGTTTC
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAA-ATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
11189956 TAGTT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATATTATTAATTTGTGAATATTTCACAAATTAATAAG
64 GA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT--CAGACTAATAAG
* * * * * * *
11190020 TAAAGGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGCTC-AATAGTTATGATT
125 TAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * ** ** *
11190074 ATTTGAATAATTATTTATTTTGAATAC-TT-TG-TTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTG-TTCT
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCG
** * * * * * **
11190134 ATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATTGGTA
65 ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC---AGACTAATAAGTA
** * * * ** *
11190199 GGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAACCAAGTTCAAATAGTCATGTCC
127 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * *
11190251 A-TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCG
* * ** *
11190314 -TTCATACAA-ATT-TTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTATATATTTTGA-AAATTAA-TA
65 ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTCAGACTAA-TAAGTA
* * * * * * * *
11190374 AGAGATTTAAAAACTAAATCTATATACTAAACTAGCTCAAATAGTTTATGACT
127 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATAACT
* * * * * * **
11190427 ATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGA
* * * * *
11190491 TTCATATAAGCTTA-TTCGAATTAAGATAATACTAAATTAATAATA
66 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
11190536 AAAAAATGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGA
TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGACTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
Found at i:11189640 original size:359 final size:351
Alignment explanation
Indices: 11188638--11192141 Score: 1411
Period size: 359 Copynumber: 9.8 Consensus size: 351
11188628 ATTTCAAATA
* * * * * * * *
11188638 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAACAAA-TGTTTTTG
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT--TTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAA-AAATTGTTTCTA
* * * * *** *
11188702 TTCAAATAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAGTATT-TGGAACAT-TAATAA
63 TTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCACAAATATGTAA-AA
* * * * ** * *
11188763 GGGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCTA-TTCAACTAGTT-TATTTATTTGAACAATTA
125 --GATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTA
* * * * * * **
11188826 TTTATTTCAAATTGTTATGA-TTATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAATT
186 TCTATTTCAAATTATTATGACCT-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATT-ATACAAGC
* * * ** ***
11188889 TTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAA
248 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAA
* ***** ** *
11188954 AAATGAATATG-TTGGTTGACCAGTGTAAATAGTTATGACT
311 AAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * * * ** * * * * * *
11188994 GTTTAAATAATTATGTACTCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTAGAACA-GAACAATTGTTTCT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT--TTTTGACTTTTTGTTTT-G-TCATAAAAAATTGTTTCT
* * * * * *
11189058 GTTCGTACAAGCTTA-TTCGAAATAACATAGT-TCAAACTTATTAATATTC-CAAAACGTAATAA
62 ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCAC-AAA--T-AT--
* * * * * * * *
11189120 GTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
119 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATAA
** * * * * *
11189185 TTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTATTGTTTTGTGATAAAACAATTCTTTC-TATTCATACAA
183 TTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATT-ATACAA
*
11189249 GCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAATATTTA
246 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAATATTTA
*
11189313 AAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATAACT
309 AAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * *
11189356 ATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAATT-TT-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTA
* * *
11189421 TTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACTAATATGTAAAAG
63 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTC-ACAAATATGTAAAAG
** *
11189486 ATTTTGAAAATAAATATGTTTACTAGACAAGTCCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTATCTA
126 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTA-ACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTATCTA
* * * * * * * *
11189551 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAATAGTTGTATCAGATTATATAAGCTTAATC
190 TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGATTATACAAGCTTATTC
* * * *
11189616 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAACTAATGAGT-AAGTGATTTAAAAAATAA
254 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAT-ATTTAAAAAATAA
* * *
11189680 ATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
317 ATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * * * ** *
11189715 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCTTTTGACCAATTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTCTAT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT-TTTTGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTAT
* * * * * *
11189780 TCCTACAAGCTTATTCCGAGTAAAATAATATAAATTTTTTAATATTC-CAAATAT-TAATAAGTA
64 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCACAAATATGTAA-AAG--
** * * *
11189843 TAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTTAACACGTTCAAATAGTTTTAA-TATTTGAATAATTATC
126 --ATTTAAAAAATAAATATG-TTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTATC
* * *
11189907 TATTT-AAGA-TAGTTTTTGACATTTTGGTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAG-TTATACAAGC
188 TATTTCAA-ATTA--TTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGATTATACAAGC
* * * * * *
11189969 TTATTTGAAATAAAATATTATTAATTTGTGAATATTTCACAAATTAATAAGTAAAGGAT-TTTAA
248 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA--ATATTTAA
* * * * * *
11190033 AAAATAAATCTATTTACTAAATAAG-CTCAATAGTTATGATT
310 AAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * *
11190074 ATTTGAATAATTATTTATTTTGAATACTTTG-TTTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTG-TTCTATT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT-TTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATT
** * * * **
11190137 CATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATTGGTAGGA
65 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-ACAAA-T-A-T-GTAAAA
* * ** *
11190202 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAACCAAGTTCAAATAGTCATGTC-CATTGAATAATTATCT
125 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTATCT
* * * * ** ** *
11190266 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAATTTTTT
189 ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATT-ATACAAGCTTATT
* ** * *
11190330 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTATATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTA
253 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATA
* * * * * *
11190390 AATCTATATACTAAACT-AGCTCAAATAGTTTATGACT
316 AATATGTTTACCAAA-TAAGTTTAAATAG-TTATGACT
* * * * * * * *
11190427 ATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT--TTTTGACTTTTTGTTTTGTCATA-AAAAATTGTTTCTA
* * * * * *
11190491 TTCATATAAGCTTA-TTCGAATTAAGATAATACTAA---ATTAATA---ATAAA-A---AAATG-
63 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCACAAATATGTAAAAGA
* * * * *
11190544 TGT------T---T-TG--T-CGAACCAG-TCAGATAGTTA-AGACT-ATTAGAACAATTATC-A
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* * * * * * * * *
11190592 ATTCAAATAATTTTGAGCTTTTGATTAGTCATATAATAACTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATT
190 TTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATT-ATACAAGCTTATT
* * * * * * * *
11190656 CAAAACTAAAAAAATACTAACTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT
253 CGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAAAT
* * * *
11190721 AAA-ATTGTTTCCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCT
315 AAATA-TGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * * * * *
11190758 ATTTGAACAATTATTTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAA--TTTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTA
* * * * * *
11190822 GTTTATAAAAGCTTA-TACAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAG
63 -TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA--TTCACAAA-T-AT--G
** * * * ** * *
11190885 TAAGTGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTAT-GGTCATTTGAAC
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* * ** * * **
11190947 AACTATCTAGTTCAAATCGTTCTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-A-CGTA
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* * * * * *
11191010 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTACTAATATTTCAAGAATT-A-AA--AAGAGA-T
243 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATATT
* * * *
11191070 TAAAAAATAAATCTATTTACCATACT-AGTTTAAATAATTATGACT
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* ** * * * * * * * *
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1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAATT-T-TTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTA
* * * * * *
11191180 TTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAACTA
63 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCACAAA-T-AT--GTA
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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184 TATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATTATACAAGC
* * * *
11191372 TTATTC-AGAATAAAATAAAACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAA-ATTTAG
248 TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AATATTTAA
* * * * ** * * *
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310 AAAATAAATATGTTTAC-CAAATAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * * *
11191477 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATT-AC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
1 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT--TT-TTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCT
* * * * * * * *
11191540 GTTAATATAAG-TT-TGCTCGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAGAAATTAGTTAGT
62 ATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCACAAA-TA--T-GT
* * * * * * * * *
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121 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-C-TAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATAAT
** * * * * * *
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184 TATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATT-ATACAAG
* * * * * ** ** * ** * *
11191730 TTTATTCGTAATAAAATAATTCAAATGTAAAAATATTTTGAAAATACAATAACCAAGAA-ACTAA
247 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAT-TAATAAGTAA-AATATTTA
* * * * *
11191794 AAAAATAAATCTAATTT-GCAGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACT
309 AAAAATAAATAT-GTTTACCA-AA-TAAGTTTAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * * * *
11191838 ATATGAAATGATTATCTATTTCAAATTTTAATAACCTTTTCTTCTATAATAAACAATTGTTT-TG
1 ATTTG-AATAATTATTTATTTTAAATTTT--TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTA
* * * * * * **
11191902 TTCATATAAGCTTA-TTCTAATTAAAAAAATACTAATTTAATAATATTGCAAAAAT-TAAAAAGA
63 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CACAAATATGTAAA-A
* * * * * *
11191965 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGACATAAGTTCAATTGGTTA-AGACT-ATTAGAACAATTA
125 GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTA-ACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTAATT-GAATAATTA
* * * * * * * *
11192028 TCTATTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTTAG-TTCATACAAGTT
186 TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGATT-ATACAAGCT
* * * * *
11192092 TATT-TAGAATAAATTAGTACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAG
249 TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
11192142 AAAGAGAATT
Statistics
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ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCACAAATATGTAAAAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTATCTATTTCAA
ATTATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATTATACAAGCTTATTCGAAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTA
CCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACT
Found at i:11190977 original size:181 final size:182
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
11191070 TAAAAAATAAATCTATTTA-CCATACTAGTTTAAATAATTAT-GACTCTTTGAGCAATTATCTAT
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* * * * * * * *
11191133 TTTAAATTGTCATAACCTATTGTTTTATCACAAAACAATTGTTCCTA-TTCATAT
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* * *
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1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *** * * *
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* ** * * * * *
11191314 TTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTCAGCTT-ATAT
129 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTAATAT
* * * * ** * *
11191368 AGGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAAATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * **
11191433 AGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAATTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTT
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* * *
11191497 CAAATCGTTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
131 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATAT
* ** * * * * *
11191548 AAGTTTGCTC-GAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAG-AAATTAGTTAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
11191611 TAAAAAGTAAATCTATTTA-CCATAACATTTAAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTAT
65 TAAAAAATAAATCTATTTATTCA-AACAATTCAAATAATTATGGTCTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11191674 TTCAAATGGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGTTCT-GTTCATACT
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** * * * ** * ** * *
11191728 -ATTTTATTC-GTAATAAAATAATTCAAATGTAAAAATATTTTGAAAATACAATAACCAAGAAAC
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT-TAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
11191791 TAAAAAAATAAATCTAATT-TGCAGAACTAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAA-ATGATTAT
64 TTAAAAAATAAATCTATTTATTCA-AAC-AATTCAAATAATTATGGTCTATTTGAACA--ATTAT
* * * * * *
11191853 CTATTTCAAAT-TTTAATAACCTTTTCTTCTATAAT-AAACAATTGTTTT-GTTCATAT
125 CTATTTCAAATCGTT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATAT
* * * ***
11191909 AAGCTTATTCTA-ATTAAAAAAATACTAATTTAATAATATTGCAAAAATT-A-AA--AAGAGATT
1 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * ** * * *
11191969 TAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGACATAAGTTCAATTGGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTA
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* * * * * * * * * *
11192032 TTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTTAGTTCATAC
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* * * * * * *** * *
11192087 AAGTTTATTTAGAATAAATTAGTACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
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66 AAAAAA
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Statistics
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Consensus pattern (182 bp):
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AAAAAATAAATCTATTTATTCAAACAATTCAAATAATTATGGTCTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATAT
Found at i:11192204 original size:149 final size:146
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Indices: 11192032--11192306 Score: 379
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11192022 CAATTATCTA
* * **
11192032 TTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTT
1 TTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGCCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTA-TT
* * * *
11192097 AGAATAAATTAGTACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAAATA
65 A-AAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGA-AATTAAAAAAAATA
11192162 CTTCTATTTGCTGAACAAT
128 CTTCTATTTGCTGAACAAT
* * * * *
11192181 TTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACATGTTTATTA
1 TTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGCCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTA
* * *
11192246 AAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAAAT
66 AAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAAAAT
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AAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAAAATACTT
CTATTTGCTGAACAAT
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* * * * * *
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* * *
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*** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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*** * * * * *** * *
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* * * * * * *
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*** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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66 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAACTATTTGAACAATTATCTA
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* * * * *
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66 CA
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CAGTT
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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** * * * ** * * *
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* * * ** * ** * * * *
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* * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * ** *
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* ** * ** * * * * *
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252 T-ATTTAACTTG-ATTCAACAACAAATATAT-TTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAAAATA
* * ** * * * * *
11194082 TTAATAAATTGATATTATTTTATTTTGAACAAACCTATTTGAACAA
314 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAG
* * ** ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * *** * *
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* * * * *
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*
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**
11194745 TTTAAACTT-ATTCGATA-AACCGATATATGTTTTAAATCT-TTAACTTATCAATTTTTAAAATA
254 TTT-AACTTGATTC-A-ACAACAAATATAT-TTTTAAATCTCTT-ACTTATCAATTTTTAAAATA
* * ** * **
11194807 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATGAATTG
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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190 TTTTATGACAAAACAAAAGTTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAACTA
* * * * * *
11195107 TTTGAACTGGA-TCAGCAAATCAATTAT-TTTTTAAATC-CTTA--T-T-AATATTTAGAATTTT
254 TTT-AACTTGATTCAAC-AA-CAAATATATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAAAATATT
* ** * * * * ** ** *
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* * * * * * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * ** * * * * * *
11195334 AATAGTAATAAACTAACATTTTTTTA-TTCTAAATAAT-TTGTAT-AAATAGAAAAAATTGTTTT
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** * * *
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* * * * * *
11195459 GAACTTGCTTGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA
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* * * * *
11195521 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTGAACAG
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * ** ** *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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* ** ** * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * *
11193651 TCATAATTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTT
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* ** * * * * *
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* * * * *
11193833 CATAGCTATTTGCA-TTG-GTCA-AACCAACATATTCA-TTTTT-AATCCATTGT--TTATTAAT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAA-AT-TT-ATTTTTTAAAT-C-TTCTACTTATTAAT
* * * * * *
11193891 TTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATATGAC-TGTAGGAACAA
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* * * * * * **
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* ** ** *
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66 CATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
11194075 CAAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAACAAACCTATTTGAACAA
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* * *
11194128 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * *
11194193 TCATAATTATTTGAA-GTGGTTCAGCAAACAAAACTATTTTTCAAGTC-TCTTACTAATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAA-TT
* * * * * *
11194256 TTGAAATATTAATAGATTTGTTTTATTTTA-TTCGTAAAAAG-TTAGTAAGAACTG
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT-GTATGAACAG
* * ** * * * *
11194310 AAA-AATTGTTCTATGACAAAACAAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAAAGAATTGTTCATATG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
11194374 GCCTTAACTATTTG-AGTTGGTTCA-ACAACAAATTTA-TTTTTAAATC-TCTTAGTTTTTAATT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATT
* * * * *
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* * * * * * ** * *
11194491 AAATAATTATTTTATGAGAGAAC-AAAGGTTACAAAAAATTGAAAT-GTATAATTGTTAAAATAG
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* * * * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * **
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*
11194917 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAAAT-TTCTTACTTATTAAT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAACAAATTTATTTTTT--AAATCTTC-TACTTATTAAT
** * ** * **
11194980 TTTCTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCATGTATGAATTG
126 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * *
11195035 GAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCGA-AATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCTAATAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
11195099 TCTTAAC-ATTTGAAC-TGGATCAGCAAATC-AA-TTATTTTTTAAATCCT-TA-TTAAT-ATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * ** *
11195157 AG-AATTTTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAGGCTTGTACAAACAA
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * *
11195209 AAACAAATGTTTTAGGACAAAA-TAAAGAGT-TTAACT-ATTTGAGATAGATAATTGTTTACACA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
11195271 GTGATAACTATGT-AAC-CGACTCAATAAAGAGATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-TT
* * ** * * * * *
11195330 TTGAAATAGTAATAAACTAACATTTTTTTA-TTCTAAATAA-TTTGTATAAATAG
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAG
* ** * *
11195383 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
11195447 TCATAACTAGTTGAACTTGCTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTG
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTG
*
11195512 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTGAACAG
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * *
11195563 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * **
11195627 CCATATCTATTTAAACGTGTTTCAAAAATAACTTTATTTTCCAAAAT-TT-TACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTTCTACTTATTAA-TTT
* * * *
11195690 TGCAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGCATGAACA-
128 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * *
11195742 AAACCATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTCAAATAGATAATTGTTTAGATAG
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
11195807 TCAGAATTATTT
65 TCATAACTATTT
11195819 TTTAAATCTT
Statistics
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184 1 0.00
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
Found at i:11196558 original size:178 final size:177
Alignment explanation
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11195915 ACAAATGGTC
* * *
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* ** * * *
11195988 TTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCCAAATACTATTATATTAGTATTATATTT-TTT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTT
* * * * *
11196052 CGAATAAGCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT
128 TGAATAAACTTGAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAA-GTT
* * ** * * * *
11196104 ATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAA-AT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTG--TTCAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGCAAACA-
*
11196168 ATATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
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* ** * *
11196232 -TTTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAATAATTGTTATATGACAAAACAAAAGATA
125 TTTTGAATAAACTTGAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG-TT
* * * * * * * *
11196286 ATAACAATTCGACATAGATAATTGTTGACAA-AGCCATAATTA-TTGAACTGATTTGGTAAACAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT--CAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTAGCAAACAA
* * * * *
11196349 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
63 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
11196413 TGAAATAAACTTGCATGAACTAAAACAATTTTTTTTATGACAAATAAAAGTT
128 TG-AATAAACTTGAATGAACAAAAATAA-TTGTTTTATGACAAACAAAAGTT
* * * *
11196465 CAT-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTGACTATTTGAATTGCTTAGCAAATAAA
1 -ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGCAAACAAA
* * * *
11196529 TTTA-TTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTCT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
** **
11196592 GAATAAACTT-ATATGAATTGAAACCAATTAGTTCATTATG--AAACAAAAGGTT
129 GAATAAACTTGA-ATGAA-CAAAAATAATT-GTT--TTATGACAAACAAAA-GTT
* * * *
11196644 ATAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-A-T-AAAACTA---G--TTCG-GTA--AAACAGA
1 AT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGCAAACAAA
* * *
11196698 TTTATTGTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAAATATTAATACATTAGTTTTATTTTATT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** ** ** **
11196762 CCAAATAGGCTT-ATATG-ATGAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTT
127 TTGAATAAACTTGA-ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG-TT
* * * * * * * ** * **
11196814 GTAATGATTTGAAATACATAATTGCTTAAATTGGCCATAATTATTTGAAACCGATT--CAATTAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAA-TAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTAGCAAACAA
* * * * * *
11196877 CTACTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATCAAATTTTGAAAATAGTAATAAATTAGAATTATTTTA
63 --ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * * *
11196941 TTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATTGAAA-CATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTT
125 TTTTGAATAAACTTGAATGAACA--AAAATAATTGTTTTATGA-CAAAC-AAAAGTT
*** * * * * **** * *
11196996 ATATTTATTTTAAATAGATCATTGTT-TATA--CAT-GCTTATTTGAAATAAAATA--ATACTAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAAC-TATTTG-AATTGTTTAGCAAACAAA
* * * * * *** *
11197055 TTTATTTTTGTTCATGCATGTTCTGAAATAAAATGCATAATTTCAAAACATGTAGTAACTAAA-T
64 TTTA-TTTT-TT-A--AAT-CTCT-TAGT--TAT---TAATTTTTGAA-A--TATTAA-TAAATT
* * * * * *
11197119 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAT-ATATGAACTAAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAG
113 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGA-ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-
*
11197183 GCT
175 GTT
* * * * * * * *
11197186 A-AAGCAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCATAAGTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAT
1 ATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGCAAACAA
* ** * * * *
11197250 ATTTATTTTTTAGATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTCTATTT
63 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
11197315 TGGATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGTA-AAACAAAAGGTC
128 TGAATAAACTTGAATGAACAAAAATAATTGTTTTAT-G-ACAAACAAAA-GTT
* * * * * * * * * *
11197367 ATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGTTCAGTAAATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGCAAACAAA
* * * * *
11197432 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATGAATTAGGATTATTTTATTT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * * *
11197496 CGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
128 TGAATAAACTTGAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTT
* * * * * ** * ** * *
11197548 ATAACAATTTCAAATAGATATTTATTTAAATAGTCATAACTATTTGGACGTGTTCATAAAATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAATAGTCATAACTATTT-GAATTGTTTAGCAAACAAA
* * * * *
11197613 TTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-AATTATTTTA-TT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * *
11197674 CGAAATAAACTTGCATGAA-TAGTATCAATTGTTTTATGACAAAACATAAGGTC
128 TG-AATAAACTTGAATGAACAAAAAT-AATTGTTTTATGAC-AAACA-AAAGTT
* * * * * * **
11197727 ATAATGTTTTGAAACAGATAATTATTCAGGT-GCTCATAACTATTTGAATTTATTTAATAAACAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAG-TCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGCAAACAA
* *
11197791 ATCTT-TTTTTTAATTCTCTTA-TTCATTAAATTTT
63 AT-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAATTTTT
11197825 AATTACAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGCAAACAAATT
TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
ATAAACTTGAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTT
Found at i:11197802 original size:360 final size:362
Alignment explanation
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Period size: 360 Copynumber: 2.0 Consensus size: 362
11197112 ACTAAATAGT
* *
11197122 ATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGCTA
1 ATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAAGGCTA
* * ** *
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* * * *
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131 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAATTTAGAATTATTCTATTTCG
* * * *
11197317 GATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
196 AATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAC
* * * * *
11197382 AAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
261 AAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *
11197447 TTTTACTT-ATTAATTTTTAGAATTTTAATGAATTAGG
326 TCTTA-TTCATTAAATTTTAGAATTTTAATGAATTAGG
* * *
11197484 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTT-ATGACAAAACAAAAGG-
1 ATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACTA-AAACAATT-ATTTCATGACAAAACAAAAGGC
*
11197546 TCATAA-CAATTTCAAATAGAT-ATTTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGGAC--GTGTTCATA
64 T-A-AAGCAATTTCAAATAGATAATTT-TTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TTCAT-
*** **
11197606 AAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-AATTAT
123 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-AAATTTAGAATTAT
* * * *
11197668 TTTA-TTCGAAATAAACTTGCATGAATAGTATCAATTGTTTTAT-GACAAAACATAAGGTCATAA
187 TCTATTTCG-AATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAG-CAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** * * * * *
11197731 TGTTTTGAAACAGATAATTATTCAGGT-GCTCATAACTATTTGAATTTATTTAATAAACAAATCT
250 TGATTTGAAACAAAAAATTATTCAAATAG-TCATAACTATCTAAACTCATTCAATAAACAAAT-T
*
11197795 T-TTTTTTAATTCTCTTATTCATTAAATTTTA
313 TATTTTTTAAATCTCTTATTCATTAAATTTTA
11197826 ATTACAAAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
ATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAAGGCTA
AAGCAATTTCAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTCATAAATAGAT
TTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAATTTAGAATTATTCTATTTCG
AATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAC
AAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTATTCATTAAATTTTAGAATTTTAATGAATTAGG
Found at i:11199338 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11199048--11199375 Score: 419
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
11199038 TTGAATTACT
* * * *
11199048 TCGACAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
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** * *
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* *
11199177 TAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAACAATTGGA
129 TAATGATTTGAAATACATAACTGCTCAAATAACAATTGGA
* *
11199217 TCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 TCGACAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCATACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** ** * *
11199282 TTATTTTATTTTGAATAGGCTTGCATGATGAA-AAG-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
66 TTATTTTATTACGAATAACCTT--AT-ATGAACAAGACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTC
*
11199345 ATAATGATTTGAAATACATAATTGCTCAAAT
128 ATAATGATTTGAAATACATAACTGCTCAAAT
11199376 GGCTATAATT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 124 0.91
170 2 0.01
171 2 0.01
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
TCGACAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCATACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTACGAATAACCTTATATGAACAAGACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATA
ATGATTTGAAATACATAACTGCTCAAATAACAATTGGA
Found at i:11200191 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11199588--11202437 Score: 1866
Period size: 181 Copynumber: 16.0 Consensus size: 181
11199578 AATTTTTTGT
** * * ** **
11199588 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAAGTACAAACT-A
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* * * * * * * ** * * *
11199652 AAATAATTATTTCATGAC----CAAAAAGTCAAAACAAGTCAAAATAAATAAGTATTCAAATAGT
65 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * *
11199713 CTTAACTATTCCAACTAGCTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
130 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
11199765 TTTTTAATTTTTAAAATATTATTTATTTAGGAATATTTTACTTT-GAATAAGCCTGTATGAATAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAA
* * * * *
11199829 AAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTT-AAGATAGATAGTTGTTCAAATAG
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** * * * *
11199892 AAATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAACA-AGTTTAGTTTTAAAAT-T-TT--
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * ** * *
11199941 TTATTGATTTTTAAAAAATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAGTCAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAA
* * * * *
11200006 AACAATTTTTTTATGACAGAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGC
66 AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * **
11200071 ATGACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCCAAC
131 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
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* * * * * *
11200187 AACAATTTTTTT-TGACAAAACAAAAGATCA-ATCAATTTGAAATAAATATTTGTGCAAATAGTC
66 AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * *
11200250 ATAACTATTTGAACTCACTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
131 ATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
11200301 TTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTGTTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
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** * **
11200365 AAACAATTGGTTTATGATAAAAGGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
11200430 GATAATTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAT
130 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** *
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* * * * * *
11200544 AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TATTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG
65 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
11200608 TTATAA-TGTTTGAA-TGTTTTCTA-TGAACAGATTCA-TTTTTAATTCTCTTAC
129 TCATAACTATTTGAACT-TGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
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1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAA
* * * * *
11200723 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTAG-TCAAATAG
65 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG
* * ** * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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** * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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62 TA-AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** * * * *
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125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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65 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
11201512 CAGAACTATTTGAACAAGTT-TGATAAATAGATTTGTTTTTTAAA--TC-T-C
130 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** *
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* *
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* * * * *
11201687 TTATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTAC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
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* * * **
11201801 GAAAA-AA-TGTTTTATGACAAAACAAAA----ACAAC---TTGAAATAGATAATTGTTCTTATA
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* * * ** * * * * * * *
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128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * *
11201910 TTATTAA-TTTTGGAATATTATTAGAATTACTGTTATTTTATTTCGATTAAGCTTGTATG-ATCA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * *
11201973 AAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTTTG-TAATTGTTCAAATA
64 AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
11202037 GTGATAACTATTTGAAACTAG-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-C
128 GTCATAACTATTTG-AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
11202087 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA-TATTTT-GTTC-ATTATAAACTTTGTATG-AT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA--ATAAGC-TTGTATGAAT
* * * ** *
11202148 AAAAA-AATTTGTTATATAACCAAACAAAAGGT-AGTAGTGATTT-AAATAGATAATTGTTGAAA
63 AAAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
11202210 TTG-CTATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTCAAT-TATTTAC
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*
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* * * * * *
11202329 -GAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CATAAC-ATTTTTAAATAGACAATTATTCAAAT
63 AAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * *
11202391 AGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAAT-AACAAAATTTATTTCTTTAA
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Statistics
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Found at i:11200785 original size:358 final size:359
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * * ** * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * *** * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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316 AGAAACAATTAGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCACAACGA-TTTG
* * * * * * * ** ** * *
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* * * * ** * **
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** * * * * *
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128 TCCATGAA-TAGAAA-CAATTTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCAATCAATTTGAAATA-AATAA
* * * * * * * * * * * *
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189 TTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACT-TAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * * * * * *
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* * * *
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* ** * * ** * * * *
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1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTA
* * * *
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*** * * * * * *
11201613 AATATGAACA-AAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGAT-ATAACGATTTGAAATAGATAAT
128 TCCATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GATCA-ATCAATTTGAAATAAATAAT
* ** * * ** *
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190 TATGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTA-GTAAAC-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
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* *
11201799 TTGAAA-AAAT-GTTTTATGACAAAACAAAA----ACAAC---TTG
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* ** * * * * * * *
11201836 AAATAGATAATTGTTCTTATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATTTTT--
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTAA
* * * * * * *
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** * * * * * ***
11201961 CTTGTATG-ATCAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAGTTTGT
126 CTTCCATGAAT-AGAAACAA-TTTTTTATGACAAAACAAAAGATC--AATCAATTTGAAATAAAT
* * * * * * *
11202024 AATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAAACT-AGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-
187 AATTATGCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTCACTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
11202087 T--T-ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA-TATTTTGTTC-ATTATAAACTTTGTATG-
251 TACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTA-AATAAGC-TTATATGA
* * * * * **
11202146 ATA-AAAAAATTTGTTATATAACCAAACAAAAGGT-AGTAGTGATTT-
314 ATAGAAACAATTAGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCA-CAACGATTTG
* * * * * * * * *
11202191 AAATAGATAATTGTTGAAATTG-CTATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTCAGTTTT
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTTG-TTTAGAAAACAAATTTA-TTTT
* * *
11202254 T-CAA-TTATTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTTGAATA
63 TAAAAGTT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA--TTCGAATA
** * * *
11202315 AGCTTGTAT-AAGCT-GAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCAT-AA-CATTTTTAAATA
124 AGCTTCCATGAA--TAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-G-ATCAATCAATTTGAAATA
* * * **
11202376 GACAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAA
184 AATAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAA
11202408 TTTGTTCAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
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AAGTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAATAAGCTTCC
ATGAATAGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGATCAATCAATTTGAAATAAATAATTATGCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
AGTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTG
Found at i:11201871 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 11201561--11202000 Score: 423
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 173
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* * ** * * *
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* *
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* * * * *
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123 ATAAATATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTAAATCCCTAACA
* * *
11201740 TATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATT-CATTTTA-TTTATTAT-GATTAAGCTAGTGTGAATT
1 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAGAATTAC-TGTTATTTTATT-TCGATTAAGCTAGTATG-ATC
* *
11201801 GAAAA-AA-TGTTTTATGACAAAACAAAAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCT-TATAGTCT-T
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* * * * **
11201862 AAATATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTAATTCCCTAAGT
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* * *
11201911 TATTAATTTTGGAATATTATTAGAATTACTGTTATTTTATTTCGATTAAGCTTGTATGATCAAAA
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*
11201976 ATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
66 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
11202001 GGTCATAATG
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 31, Indels: 32
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Matches are distributed among these distances:
170 14 0.06
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Consensus pattern (173 bp):
TATTAATTTTGAAATATTAATAGAATTACTGTTATTTTATTTCGATTAAGCTAGTATGATCAAAA
ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAACAACTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAAATAT
TTGAACTAGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTAAATCCCTAACA
Found at i:11202239 original size:175 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11201962--11202303 Score: 400
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
11201952 TCGATTAAGC
* * * *
11201962 TTGTATGATCAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTTTGTAAT
1 TTGTATGATCAAAAATAATTTTTATATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGATAGTAAT
* *
11202027 TGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAAACTAGTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAA-ATCT-CTT
66 TGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAAACTAGTCAGTAAACAAATTCAGTTTTTCAATATCTACTT
*
11202089 ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA-TATTTTGTTCATTATAAACT
131 ATT-ATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCATTATAAACT
* *
11202139 TTGTATGAT-AAAAA-AATTTGTTATATAACCAAACAAAAGGT-AGTAGTGATTT-AA-ATAGAT
1 TTGTATGATCAAAAATAATTT-TTATATAACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAGATAG-T
* * * * *
11202199 AATTGTTGAAATTGCT-ATAATTATTTG-AACTGATTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTCAATTAT
63 AATTGTTCAAATAG-TGATAACTATTTGAAACT-AGTCAGTAAACAAATTCAGTTTTTCAA-TAT
* *
11202262 TTACTTATTATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
125 CTACTTATTATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
11202304 ATTTTTGAAT
Statistics
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TGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAAACTAGTCAGTAAACAAATTCAGTTTTTCAATATCTACTT
ATTATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCATTATAAACT
Found at i:11202406 original size:180 final size:176
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11199578 AATTTTTTGT
** * ** **
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* * * * * * * ** * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
11199830 AGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTT-AAGATAGATAGTTGTTCAAATAGA
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * **
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65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * ***
11200071 ATGACTATTTAAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCCAAC
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-A
* * ** *
11200366 AACAATTGGTTTATGATAAAAGGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTG
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * *
11200431 ATAATTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTAT
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* * * **
11200481 TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTCCATGAATAG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * * * *
11200544 AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CATAACA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
11200609 TATAA-TGTTTGAA-TGTTTTCTA-TGAACAGATTCATTTTT-AATTCTCTTAC
127 TATAACTATTTGAACTG-ATTC-AGTAAACAGATTTATTTTTAAATT-T-TTAC
* * * * ** * * *
11200659 TCATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATGAGCTTATATGAAGTGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAA
* * * * *
11200724 AACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTAG-TCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CATAA-CATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGT
* * * ** *
11200788 CATGACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAGTTTTTAC
127 TATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAA-TTTTTAC
* ** * * * * * *
11200840 TTATTAATTGTCGAGATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATCTAAATAAGCTTCTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-A
* * * * *
11200904 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAATAGTCATAACCATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* ** * * *
11200969 AAAAAGATTTGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTAC
128 ATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTA--TTTTTAAAT-TTTTAC
** * * * *** *
11201021 TTATTAATTGTCTT--AATATTGCTAAATTTTGTACTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAAC
1 TTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * ** * * * * *
11201084 AGAAAAAATCATTTCATAACAAAACAAAATGTTATAATGATTTTG-AATAGACAGTTATTTAAAT
63 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGCATAA-CA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * *
11201148 AGTCATAATTATTTAAACTTG-TTTGGTGAACTGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
124 AGTTATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTAC
* * * * * *
11201203 TTATTAAATATCAAAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTAG-ATGAACTA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAA-TA
* * ** * *
11201267 AAATAAATT-TTTTATGACAAAACTAAATGTTAAAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAG
64 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
11201331 TCATGACTATTTTATCT-AGTGT-AGTAAACATATTTAATTTTAAAATTTTTTAC
126 TTATAACTATTTGAACTGA-T-TCAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAA-TTTTTAC
* * * * * * *
11201384 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATATGCTTGTATGAACAAA
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* * * * * ** *
11201449 AACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-CTCAGGTAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
11201513 AGAACTATTTGAACAAGTTTGA-TAAATAGATTTGTTTTTTAAA--TCT-C
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* * * * * ** *
11201560 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTAATATGAACAAA
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* * * *
11201625 ATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGATATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * *
11201690 TAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTAAATCTCTTAC
129 TAACTATTTGAACTGATTCA-GTAAACAGATTTATTTTTAAAT-TTTTAC
* * * * * * *
11201739 ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTATTATGATTAAGCTAGTGTGAATTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T-
* **
11201802 AAAA-AA-TGTTTTATGACAAAACAAAA---ACAAC--TTGAAATAGATAATTGTTCTTATAGTC
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
* ** * * * * * *
11201860 T-TAAATATTTGAACT-AGTTTGGCAAATAAATTTATTTTT-AATTCCCTAAG
127 TATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATT--TTTAC
** * * * * *
11201910 TTATTAA-TTTTGGAATATTATTAGAATTACTGTTATTTTATTTCGATTAAGCTTGTATG-ATCA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT--
* * * * *
11201973 AAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTTTG-TAATTGTTCAAATA
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CATAA-CATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
11202037 GTGATAACTATTTGAAACT-AGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-C
125 GTTATAACTATTTG-AACTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTTTAC
* * * *
11202087 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA-TATTTTGTTCATT--ATAAACTTTGTATG-AT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGAATAAGC-TTGTATGAAT
* * * * * ** * *
11202148 AAAAAAATTTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAGTAGTGATTT-AAATAGATAATTGTTGAAATT
63 AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCA-TA-ACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
11202212 GCTATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTCAATTATTTAC
125 GTTATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATT-TTTAC
11202266 TTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTGAATAAGCTTGTAT-AAGCT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATGAA--T
* * * * *
11202329 GAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCATAACATTTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGT
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCATAACA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
11202394 TGTAACTATTTGAA
127 TATAACTATTTGAA
11202408 TTTGTTCAAT
Statistics
Matches: 2048, Mismatches: 456, Indels: 275
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 19 0.01
171 75 0.04
172 22 0.01
173 19 0.01
174 16 0.01
175 107 0.05
176 187 0.09
177 154 0.08
178 157 0.08
179 342 0.17
180 395 0.19
181 390 0.19
182 65 0.03
183 95 0.05
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
ACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATTTTTAC
Done.