Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 44000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 7 of 64
Found at i:479674 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 479648--479702 Score: 101
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
479638 GTTTTGATAG
479648 AAGGGATCGATCCCCTGGCCA
1 AAGGGATCGATCCCCTGGCCA
*
479669 AAGGGATCGATCCCTTGGCCA
1 AAGGGATCGATCCCCTGGCCA
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1 AAGGGATCGATCC
479703 ATTTTTCTTC
Statistics
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0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 33 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
AAGGGATCGATCCCCTGGCCA
Found at i:481344 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 480741--482577 Score: 1039
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480731 TCTTTGAGCT
* * * * * * *
480741 AACAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTT-TAACCTTTTAT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCGTTTATGACCTTTT-G
* * * * * ** *
480805 TTTA-TCATCAAACAATTGGTTT-TGCTGATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTT
64 TTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * ** * ** * * *
480867 AATAATATTTTGAAAGTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTA-ATAGTCA-
127 ATTAACA-TTAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAG
* * * * ** * * *
480922 AACAAATTCAAATAGTTAAGACTGTATGAATGATTATTTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTAT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
480986 TTTGTCGTAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAAT
65 TTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
481050 AATAGCTCAAAAATAAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAG
130 AACA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * *
481103 ATC-AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCG-TTCTGACCTTTTG
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTTATGACCTTTTG
* *
481165 TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTAT
64 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
481230 TAACAATTAGAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTACTTATC-G
129 TAAC-ATTAAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * * * *
481284 AACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGTCAATTTAGAAGC-TTTA-AACCTTTTGA
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AATCGTTTATGACCTTTTG-
* * * * *
481347 CTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACAAATTTA
64 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* *
481410 TTAATC-TTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA-TTAACTG
128 TTAA-CATT-AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * * * * * *
481464 AATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTTAGCAATTATTTATTTCAA-CTTGTTATGACTTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGT-TTATGACCTTTTG-
** * * **
481528 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTAT
64 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
481592 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC-G
129 TAACA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * * *
481645 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATC-ATTATGACCTTTTCT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTTATGACCTTTTGT
* * * ** *
481709 TTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATGAGCTTATTTA-AAGTAAAATAATACTAATTTAT
65 TTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * ** *
481773 TAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTAAAAGAGGAATAT-GTTAT--G
129 TAACA-TTAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * *
481824 -ACTA--TCTAAACAATTAT--CTATTT---CAA--AAC-A-TT--AT-G------ACCTTTTGT
1 AACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTTATGACCTTTTG-
* * * * * *
481868 TTTA-TCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTC-GACTAAAATAATA-TAAATCT
64 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * **
481930 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTT
127 ATTAACA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
** * * ** *
481984 AACTTGTTCAAAAATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AATTATGGCCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTTATGACCTTTTGT
* *
482048 TTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTAGTCATAAAAC-AATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
482111 TAAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCG
128 TTAACATT-AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * * * * * * *
482165 AGCGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATC-ATTATAAACTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTTATGACCTTTTGT
* * * * * **
482229 TTTGTCATAAAAC-ATTATTTCTA-TTAATAGAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *** * * * * *
482292 TAATA-TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCA-
129 TAACATTAA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * * * * *
482344 AACAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATC-ATTAAGACATTTTG
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTTATGACCTTTTG
* *** ** *
482407 CTTT-GTCATAAAACAATAGTTTTTTTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
64 -TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
482471 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTGAGCAG
128 TTAACA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
* * * *
482522 -ACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGAC
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTTATGAC
482578 TATTTAAACA
Statistics
Matches: 1312, Mismatches: 257, Indels: 178
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 16 0.01
159 74 0.06
160 6 0.00
161 3 0.00
162 8 0.01
163 2 0.00
164 6 0.00
165 2 0.00
167 3 0.00
168 2 0.00
169 3 0.00
170 2 0.00
171 2 0.00
172 2 0.00
174 2 0.00
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183 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTTATGACCTTTTGTT
TAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ACATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAG
Found at i:481489 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 480747--484185 Score: 1629
Period size: 362 Copynumber: 9.5 Consensus size: 359
480737 AGCTAACAAT
* * * * * * *
480747 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTTTAACCTTTTATTTTATCA
1 TTCAAAT-GTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * ** * * *
480812 TCAAACAATTGGTTT-TGCTGATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
64 TAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
** * ** * * * *
480875 TTTGAAAGTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTA-ATAGTCAAACAAATTCAAATAGT
127 TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * ** * * * * * *
480938 TAAGACTGTATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAATAATT
190 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATT
* * ** *
481003 GTTTT-GTTCATACAAGTTTA-TTC-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGCTCAAAAATA
255 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCTA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
481065 AATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAGATCAG
318 AATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTAACTGA-ATAAG
* *
481108 TTCAAATGGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTG-TTTAGTC
1 TTCAAAT-GTTATGACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TC
* *
481172 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACAAT
63 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
*
481237 T-AGAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTACTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
128 TCA-AAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
481300 TATTACAATTTGAACAATTGTCAATTT-AGAAGCTTTA-AACCTTTTGACTTGTCATAAAACAAT
190 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAT
* * * **
481363 TGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATACAAATTTATTAATCTTAAAAAAATTA
254 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
*
481428 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTAACTGAATAAG
319 ATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTAACTGAATAAG
* * * * *
481470 TTCAAATCGTTATGACTATTTTAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAAT-GTTATGACTA-TTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* ** * * ** *
481535 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTT
64 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* * * *
481600 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
129 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * * *
481665 ACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
194 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * *
481730 CAATTCATATGAGCTTATTT-AAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGA
259 TAGTTCATACAAGCTTATTTCTAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
481794 GT-AAG-----AAAATTAAA-A-G---A--G--GAA-
323 GTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTAACTGAATAAG
* * * *
481815 -T---ATGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCTT
1 TTCAAATGTTATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
** * * * * *
481876 AAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTC-GACTAAAATAATA-TAAATCTATTAATATT
65 AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAAT
* * ** * * *
481939 TCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTTAACTTGTTCAAAAATTTA
128 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTCA
* ** *
482002 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGGCCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTG
192 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAAC-AATTG
* * * *
482066 TTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTATAAAAATTCCAAAAGTTA
256 TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * ***
482129 ATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCGAG
319 ATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTAACTGAATAAG
* * * * * * * *
482171 TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAAT-GTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * **
482236 TAAAAC-ATTATTTCTA-TTAATAGAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-A-
64 TAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
* * *** * * * * *
482297 TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCA
128 TCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCA
* * * *
482362 -CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTA-AGACATTTTG-CTTTGTCATAAAACAAT
192 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTC-TTGTCATAAAACAAT
* ** ** **
482424 AGTTTTTTTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
254 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
482489 ATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTTGAGCAGACT-AG
319 ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-AACTGAATAAG
* *
482527 TTCAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTAAACAATT
1 TTCAAA-TGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTT-----GTT
* ** * * ** **** *
482591 ATCTATC-TCAAATC-ATTATGATCTTTGTTTTGTCATA-AAAC-AATT--GTTTCTGTTTATAC
58 -T-TATCAT-AAAACAATTAT--T-TCAG---T-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* ** * ** * * * * **
482650 -AAGCTTATT-CGAAGT-AAAATATTGTTAAACTAATAATATTATAAAATTAAT-AAGCAATAGA
113 TAA-TTTATTAATAATTCAAAA-ATTAAT-AAGTAA-AAGATT-TAAAA--AATAAATCTATTTA
** * * * * * * *
482711 TTTAAAAAG--CAAAT-GTGATTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGAATATTAGAAAAACTATC
171 TCGAACAAGTTCAAATAGTCA-T---G-ACTA-TTTGAACAATT----AT-CT------------
* * * * * * *
482773 TATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGT-TTAATCATGAAATAATTGTTTTAG-TCAATACATGCTT
213 -ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC-ATACAAGCTT
* * * * * *
482836 A-TTCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTT-AGAAAATAAATAAGTAAGAAATTTAAAA
275 ATTTC-TAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAA
* *
482899 AAATAAATATGTTTA-TCGAATAAA
336 AAATAAATATGTTAACT-GAATAAG
* * * *
482923 TTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAA
1 TTCAAA-TGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * * *
482988 TAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
64 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* * * *** * * ** * * *
483053 TAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATTAGATCAAATAATTAT-
129 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * *
483117 AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTCTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
194 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGT
*** * * ** * *
483181 TTTTCATCATATAAGCCTATTTGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATG
257 TTTAGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
483246 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AG
322 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTAACTGAA-TAAG
* * * *
483285 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AGCTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAAT-GTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATC
* * *
483349 ATAAAACAATTA-TTGATGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAAT-A-A-T-A-TTATGAA-A
63 ATAAAACAATTATTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** * * *
483406 ATT----AA-T-AT--CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTA
126 ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTC
* * * ** * * *
483463 AAGGCTATATATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCA
191 ATGAC--TAT-T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAACA
* * * * * *
483528 AATGTTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAA
252 ATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTC-TAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * ** **
483591 AATTATTAAG---ACATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACCAG
314 AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTAACTGAATAAG
* * * * * * * * *
483634 TTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCATTTGATTTGTCA
1 TTCAAAT-GTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * ** **
483699 TAAAACAATTGTTTCTA-TTGATAC-AGTTTTGTTTGGAATAAAATAATGTTAATTTATTAAT-A
64 TAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
** * * * *** * *
483761 TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTG-ACTAGTGCAAATAGT
127 TTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
483825 TATAACTGTTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATT
190 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATT
* * * ** **
483890 GTTTCTA-TTCGTACAAGC-TAATTCGAAATAGCATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
255 GTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * *
483953 AATAAGTAAGAGATATAAAAACTAAATCTATTTATTGAACAAA
318 AATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTAACTGAATAAG
* * * * * * * * *
483996 TTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTACCCATTTCAAATCGCTATAACATTTTATTTTGTCA
1 TTCAAAT-GTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * *
484061 TAAAACAAAT-TTTCTATTTC-TACAAGCTTATTTTA-ATTAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-
64 TAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * * *
484121 ATTCAGACAATTAATAAATAAAAGATTGAAAAAATAACTGTGTTTATAGAACAAATTCAAATAGT
126 ATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
484186 GTCATAAAAC
Statistics
Matches: 2354, Mismatches: 523, Indels: 402
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
338 8 0.00
339 138 0.06
340 118 0.05
341 8 0.00
344 1 0.00
346 10 0.00
348 43 0.02
349 107 0.05
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351 6 0.00
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** **
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* * * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * ** **
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * * * ** * *
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***
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* * *
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*
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*
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* * *
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* * *
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124 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATT-A--TA--AA-A--TT---AA-TATC
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTAAACAAT
TATATATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTGATGTTCATACAAGC
TTATTCGAAATAAAATAATATTATAAAATTAATATC
Found at i:483907 original size:530 final size:529
Alignment explanation
Indices: 482943--483919 Score: 1175
Period size: 530 Copynumber: 1.8 Consensus size: 529
482933 TATGACTATT
*
482943 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTC
1 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAATGTTTCAATTC
* * *
483008 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAG
66 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT---AAGTTAGAC
* ** * *
483073 ATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATTAGATCAAATAATTATAGCCATTTGAACAATTATCTA
128 ATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACCAGATCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTA
* * *
483138 TTTCAAATCATTATGAACTTCTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTT
193 TTTCAAATCATTATGAACTTCTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAT-ATATAAGCCTATTT
* *
483203 GGAATACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
257 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
483268 TCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT
322 TCTGTTGACCGAACTAGTGCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATATATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
483333 AGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTGATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
387 AGCCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTATTGATATTCATACAAGCTAATTCGAAATAAAATAATA
483398 TTATGAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTA
452 TTATGAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTA
483463 AAGGCTATATATA
517 AAGGCTATATATA
* * ** * * * ***
483476 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAAATGTTTTTTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAATG-TTTCAATT
* * * * *
483541 CATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-TTAAGACA
65 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGTT-AGACA
* * * * * *
483604 TTTAAAATATAAAT-ATATTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTA
129 TTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAACCAGATCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTA
* **
483668 TTTCAAATCGTTAT-AACCATT-TGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AT-TGATACAGTTTT
193 TTTCAAATCATTATGAA-C-TTCTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCATAT-ATA-AG-CCT
* **
483729 GTTTGGAATAAAATAATGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAA
253 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAA
* * * * * *
483792 AATGAATTTGTTGGCCTG-ACTAGTGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAAATATTTATTTCAAA
316 AATAAATCTGTTGACC-GAACTAGTGCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATATATTTCAAA
* ** *
483856 TCGTTAT-GACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTAATTCGAAATA
380 TCGTTATAG-CCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTATTGATATTCATACAAGCTAATTCGAAATA
483920 GCATAATTTT
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 62, Indels: 27
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
527 1 0.00
528 3 0.01
529 13 0.04
530 248 0.67
531 4 0.01
533 48 0.13
534 53 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAATGTTTCAATTC
ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGTTAGACATT
TAAAAAATAAATCAATTTACCAAACCAGATCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGAACTTCTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCATATATAAGCCTATTTGGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTGACCGAACTAGTGCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATATATTTCAAATCGTTATAGCC
TTTTATTTTGTCACAAAACAATTATTGATATTCATACAAGCTAATTCGAAATAAAATAATATTAT
GAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGG
CTATATATA
Found at i:484852 original size:349 final size:340
Alignment explanation
Indices: 484254--485503 Score: 780
Period size: 349 Copynumber: 3.6 Consensus size: 340
484244 ACATTTTGAC
* * *
484254 AATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATATTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATT
* * * *
484319 TAAATAATTATCTATTTCAAAATTATTGATATTTTTTTTGTCATAAAAAATTTATCAGTTCATAT
66 TAAACAATTATCTATTTCAAAATTATTGATATTTGTTTTATCATAAAAAATTTATCAGTTCATAC
* *
484384 AGGCTTATTTAATAAAATAAATTTTATTAATATTCCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
131 AAGCTTATTAAATAAAATAAATTTTATTAATATTCCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
484449 TATTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTCAAATAATTATGACA
196 TATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTCAAATAATTATGACA
484514 TTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAATATTACTAGT
261 TTTT-TTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAATATTACTAGT
484579 TTATTAATATTCCAAA
325 TTATTAATATTCCAAA
* * * * * *
484595 AATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTATTGAGCAAGTTCAAATAATTAT-GCTTG
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAAC-TA
* * *
484659 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTA-TGAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-
64 TTTAAACAATTATCTATTTCAAA-A-TTATTGATATTTGTTTTATCATAAAA-AATT-TATC-AG
* * ** * *
484721 TTCATGCAAGTTTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTTATGTAAGAGAT
124 TTCATACAAGCTTATTAAATAAAATAA-A-T--TTTATTAATATTCCAAAA-ATAAGTAAGAGAT
* * *
484786 TTAAAAAATAAAT-TTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TATG-CT-TTTCGAACAATTATTTTATT
184 TTAAAAAATAAATATTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAACAATTA-TCTA-T
* * ** *
484847 TCAAATAGTTATGATATTTTTTTTATCATAAA--AA-T-AAT-TGTT-AT-CAGGCAAATTATTC
245 TCAAATAATTATGACATTTTTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGC--A-TATTC
* ***
484905 -AAATAAA-ATATACTAATTTTTATTAATATTTTGAA
307 AAAATAAATAT-TACT-A-GTTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * *
484940 AATT-GTAAG---AA-ATTAAAAAAACTAAATCTATTTACTGAAAACAAGTTTAAATAGTTATTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAA--TATTTA-T-TAAACAAGTTCAAATAATCATAA
** * * * *
485000 CTATTTGAATTAATTATCTTATCTC-AAATCGTGATCGATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
61 CTATTT-AAACAATTATC-TATTTCAAAAT--T-ATTGATATTTGTTTTATCATAAAA-AATT-T
** * * * *
485064 -TCTTTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAA-T
119 ATCAGTTCATACAAGCTTATT-A-AATAAAATAA-A-T--TTTATTAATATTCCAAAAA-TAAGT
* * * ** * * *
485127 AAAAGCTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAAAC-AGTTTAAATAGTTAAGACTAT-TATAACAA
177 AAGAGATTTAAAAAATAAA--T-ATT-TACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAACAA
* * * * ** * *
485190 TTATCTATTTCGAGTCATTATGCACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAA
237 TTATCTA-TTCAAATAATTATG-ACATTTT-TTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * * * * * *
485255 GCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAA
299 GCATATTCAAAAT-AAATATTACTAGTTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * *
485298 AATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGAT-TTGAC
1 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-ATAAA-TATTTATTAAACAAGTTCAAATA-ATCATAAC
* *
485362 TATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA-TGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
62 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAA---ATTATTGA--TATTTGTTTTATCATAAAA-AATT-TA
* * * *
485424 TCATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAA
120 TCAGTTCATACAAGCTTATT--AAATAAAATAA-A-T--TTTATTAATA-TTCCAAA---AATAA
*
485489 ATAAGAGATTTAAAA
175 GTAAGAGATTTAAAA
485504 TTAAGTTGTT
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 124, Indels: 137
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.01
341 42 0.06
342 63 0.09
343 30 0.04
344 59 0.08
345 32 0.05
346 11 0.02
347 28 0.04
348 80 0.11
349 89 0.13
350 1 0.00
351 10 0.01
352 22 0.03
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356 2 0.00
357 1 0.00
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362 5 0.01
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (340 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATT
TAAACAATTATCTATTTCAAAATTATTGATATTTGTTTTATCATAAAAAATTTATCAGTTCATAC
AAGCTTATTAAATAAAATAAATTTTATTAATATTCCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTCAAATAATTATGACA
TTTTTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAATATTACTAGTT
TATTAATATTCCAAA
Found at i:485650 original size:538 final size:523
Alignment explanation
Indices: 484202--493038 Score: 2091
Period size: 540 Copynumber: 16.3 Consensus size: 523
484192 AAACAATTTT
* * * * * * *
484202 GTTCATATAAGCTTATTCGAATTAAAAT-ATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * *
484266 ACAGATTTAAAAAATAAATATTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATC
65 AGAGATTTAAAAAATAAATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACAATTATC
* * * * **
484331 TATTTCAAA-ATTATTGATATTTTTTTTGTCATAAAA-AATT-TATCAGTTCATATAGGCTTATT
129 TATTTCAAATATTA-TGACATTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATT
* * * *
484393 -TAATAAAATAA-A-T-TTTATTAATA-TTCCAAA---AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
193 CAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-AAAAATAATT
* * * * * *
484450 ATTTTC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTAT-TCAAATAATTATGAC
257 ATTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-
* * * * * *
484513 ATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATA-TTCAAAATAAATATTACTA
321 TTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAATAATACTA
* * * * *
484577 GTTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTATTG-AGCAA
383 ATTTAATAATATTCCAAAAATT-A-A--TAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAAAC-A
* * * *
484640 GTTCAAATAATTATG-CT-TGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TTTTGTTTTA
443 GTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAT-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTGTTTTA
*
484701 TCATAAAACAATTGTTTCTA
505 TCATAAAATAATTGTTTC-A
* * * * * *
484721 -TTCATGCAAGTTTATTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT--TATGTAA
1 GTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAA
* *
484781 GAGATTTAAAAAATAAAT-TTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTATG-CT-TTTCGAACAATTATT
66 GAGATTTAAAAAATAAATATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTT-AAACAATTA-T
* * *
484842 TTATTTCAAATAGTTATGATATTTTTTTTATCATAAAAATAATTGTTATCAG-GC----AAA-TT
128 CTATTTCAAATA-TTATGACATTTTTTTTATCAT-AAAATAATTGTT-TCAGTTCATAAAAACTT
* * *
484901 ATTCAAATAAAAT-ATACTAATTTTTATTAATATTTTGAAAATTGTAAGAAATTA-A-A---AAA
190 ATTCAAATAAAATAATACT-A--TTTATTAATA-TTTCAAAATT-TAATAAATAAGAGATTTAAA
* * * *
484960 ACTAAATCTATTTACTGAAAACAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATTAATTATCTTATCTC
250 AAT-AAT-TATTTTCTG--AACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTT-AAATAATTATC-TATCTC
* * * * * * * * **
485025 AAATCGTGATCGATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTTTTATACAAGCTTATTCAGATT
309 AAATCATTAT-GATTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAA
* *
485090 AAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGCTTTAAAAAATAAATGTGTTTGT
371 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGT
* * *
485155 TGAAACAGTTTAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCGAGTCATTATGCACCTTTT
436 TGAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-A-CTTTT
*
485220 GTTTTATCATAAAATAATTATTTCA
499 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * *
485245 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCA
1 GTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCA
* *
485310 AGAGATTTAAAAAATATAAATTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGATTTGACTATTTAAACAATT
65 AGAGATTT-AAAAA-ATAAA-TATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAAACAATT
* * *
485375 ATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATAAAAAC
126 ATCTATTTCAAA-T-ATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAAC
485439 TTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAA
188 TTATTC-AAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
485504 TTAAGTTGTTTTCTGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCA
251 ATAA-TTATTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCA
* * * * *
485569 TTATGGTTTTTGTTTTCTCATAAAACAATAATTTCCAATCATACAAGCTTATTTGGACAAAAATA
315 TTATGATTTTTGTTTTATCATAAAACAAT--TTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAAAAAATA
* * * * **
485634 ATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATGTATTTG-ACAAAC
377 ATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAAA-
* * * * * * * *
485698 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAAACGTTCTAACATTTTG-TTTA
441 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTA
* *
485762 GTCCTATAATAATTGTTTCA
505 -TCATAAAATAATTGTTTCA
*
485782 GTTCATAC-AGCTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCA
1 GTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * *
485845 AGAAATTTGAAAATATAAATGTGTTTATCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTAAACAATT
65 AGAGATTT-AAAAAATAAA--TATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAAACAATT
* * * * * * *
485910 ATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAATAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCT
126 ATCTATTTCAAAT-ATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACT
* * **
485975 TATCTAAAAGAAAATCAATCCAGAATAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACG
189 TAT-T-----CAAAT--A---A-AAT--A--ATACT-ATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAA
* * * * * * * * * * *
486040 CAAGTGATTTGAATAGATAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTTATGACTA-TTAGAACAT
237 TAAGAGATTT-AA-AAATAAT-TATTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTA-AATAA
* * * * * * * *
486104 TTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
298 TTATCTATCTCAAATCATTATGA----TTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTCTA-TTCATAC
** * *
486169 AAGCTTATCCAAAAGAAAATCAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGTACTTTATAATTATT
357 AAGCTTAT----TTGAAAA--AA--ATAAT-A-C----------T-A-A-T--TTAATAA-TATT
*** * *** ** * *
486234 TGGAAAGTTAATAATTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCAATTTACTGAATA-AGTTGAAATAATTA
396 CCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAA-ACAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * * * *
486296 TGGCCATT-TGAACAACTATTTATTTTAAATTATTATTACCTTTTG-TCTGTCATAAAAAAATTG
456 AGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTG
486359 TTTTTCA
519 --TTTCA
**** * * ** * * * *
486366 AAAAATA-AA-TTTGTTTACCGAACCAATTCAA-A-T-AGTTA-TGACTATT-TGAACAATTATA
1 GTTCATACAAGCTT-ATTA--GAATAAAAT-AATACTAATTTATTAAC-ATTCT-AAAAATTA-A
** * * * ** * * * * **
486424 TATTTCAA-A-TTGTTATAACAT-CTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGC
59 TA-AGCAAGAGAT-TTAAAAAATAAAT-AT-T-T-ATCAAACAA--G-TTCAAAT-AGTATGA-C
* * ** * * ***** * *
486485 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGGTAATATTTTGAAAAGTAATAACTAAAAGATTTAAAA
113 -TATTT--AA-ACAATTAT-CT-ATTT-CAAATATTATG-ACA-T--T---TTTTTTA-TCATAA
** * ** * * * *
486550 AATAAATCTGTTTGTCGAACTAATTCAAAC--AGTT-AAGATTATATGA-AC-AATTATT--TAT
163 AAT-AAT-TG-TT-TC-AGTTCATAAAAACTTA-TTCAA-ATAAAATAATACTATTTATTAATAT
* * * **** *
486608 TTC-AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATAGAAGCTAA-TT
221 TTCAAAATT-TAATAAATAAGAG-ATT-T-A-AAAATAATTATTT----TC-T-GAA-C-AAGTT
* * * * *** * **
486671 CGAAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TTATAAGAGATT-TAGAAAATAATT
273 -TAAATAG-TTATAACT-ATTTA--AATAATT-ATCTATCTCA-AA-TCATTAT-G---AT--TT
* * * ** * * * ** ** * *
486734 CTATTTACTGAACCAGTTCCAATAATTATAACTATTTGA-ACAATTATCTATTTGAAATCACTAT
324 TTGTTT--T--ATCA--TAAAACAATT-T-TCTA-TTCATACAA-GCT-TATTTGAAAAAAATAA
* * ***** * *
486798 TACTTTTTATTTTGTAACAAAATAATT-TTTTTATTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATA
378 TAC----TA-ATT-T-A-ATAAT-ATTCCAAAAATTAATAAAAG---ATT-----TAAAA-AATA
* * * * * * *
486862 TTAATTTATTAATATTTGTCAAACAAATTCAAATAGTTATA-ACTATT-TGAGCAAATATTTATT
425 --AATGTGTT--T-GTTG--AAAC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAT-AACAATTATCTATT
* ** * * * * * **
486925 TTAAATTGTTATGACTTATTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTTT
480 TCAAATCATTATGACTT-TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * *
486970 GTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAAT-TTCAATTTATTAA-TTTTTCAACAATTAATAAG
1 GTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *
487033 TAAAAAATTTAAAACATAAATATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTCAATAAT
63 CAAGAGATTTAAAAAATAAATAT--TTATCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAAACAAT
* * * * * * *
487098 TATCTA-TGCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCAT-TTTGA-TTCATATAA
125 TATCTATTTCAAAT-ATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATAAT--TGTTTCAGTTCATAAAA
* * * * *
487160 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTCTGAAAA-TTAATAATTAAGAGATTTA
186 ACTTATTC-AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATT-TCAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-
* * * * * * * *
487224 AAAAATGAATCTATTTAAC-GAACATGTTTAAATAATTATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTG
247 AAAAAT-AAT-TATTT-TCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTC
*** * * * * *
487288 AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGA
309 AAATCATTATGA-TTTTTGTTTTATCATAAAA-CA--ATTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGA
* * * * *
487353 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAAGATCTAACAAATAAA
369 AAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA-A-AA-T--TAA-T-AAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * **
487416 TCTATTT-ATCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATT-TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
427 TGTGTTTGTTGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATT
*
487479 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-A
490 ATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * *
487513 TGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATCTCGACAAA-TAATAAG
1 -GTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT-TCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
487576 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
63 CAAGAGATTTAAAAAATAAATA--TTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACAAT
* * * * * * * *
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125 T-ATCTATTTCAAAT-ATTATGA-CATTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAA
* * * * *
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187 CTTA-TTCAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAATAAGAG-ATTTA
* ** * * * * *
487769 AAAATTAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAA
248 AAAA-TAAT-TATTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCAA
* * ** * ** *
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311 ATCATTATGA-TTTTTGTTTTATCATAAAACAATT--TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-A
** * * *
487899 AAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATACGTGAAA-ATTTAAAACATAAATATGTT
372 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATA----AAAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
* * * * **
487963 T-TCT-AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAGAATTATCTATTTGAAAATTGTTATGAC
433 TGT-TGAAACA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGA-
* ** * **
488026 CTTTTGTTTTGTCATAAACCAAATGTTTTT
494 CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * **
488056 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAAT
1 GTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGC
* * ** ** *
488120 AA-ATGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGA-GAGTTTGAATAGTTATGACCT-TTCGAATA
64 AAGA-GATTTAAAAAATAAATA--TTTATCAA-ACAAGTTCAAATAG-TATGA-CTATTTAAACA
* * ** * *
488182 ATTATTTATTTCAAATCATTTTGATTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
123 ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAA
** * * ** *
488246 ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAA-TTAATAAGTTGGATATTT
185 AACTTA-TTCAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAATAAGAGATTT
* * * * * ** * * *
488309 AAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGTTGAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTC
247 -AAAAATAATTAT--TTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTC
* * * ** * * ** *
488374 AAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAATAAATGATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCAGAA
309 AAATCATTATGA-TTTTTGTTTTATC-ATAAAACAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAA
* * * * * * * * *
488439 TAAACTAATACTAATTTATTGATATTGCAAAAATTAATAAGAGATTTAAGAATTAAATTTGTTT-
370 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
* * * * * * *
488503 ATCAAACTAGTTCAAATACTTATGACTATT-TGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATCA-TCT
435 TTGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-T
* * * *
488566 TTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTCTA
497 TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-A
** * * * * * * *
488594 -TTCATACAAATTTATTTGAAGTAAAATATTATTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT----A
1 GTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * ** * * *
488654 AGAGCTTTGAAAAAA-AATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATT
65 AGAGATTT-AAAAAATAA-ATATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTA-AACAATT
* * * * * * * * *
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126 ATCTATTTCAAAT-ATTATGACATTTTTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACT
* * ** * * **
488782 TATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAGCA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAT
189 TATTCA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAATAAGAGATTT--A-
* * * * * * * *
488846 AAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGATT-TGATTATTTGAACATTTATCTAT-TT
248 AAAAT-AAT-TATTT-TCTGAACAAGTTTAAATAG-TTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTC
** * * * * * *
488908 AAAGTTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCATTTCATAAAAACCTATTCGAA
309 AAA-TCATTATGATTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTCT-A-TTCATACAAGCTTATTTGAA
* * ** *
488972 CGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAACAAGAGATTT-AAAACTAAA-GT
370 -AAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT--A-AA-AGATTTAAAAAATAAATG-
** * * *
489035 TGTTT-TCTG-AACTAGTTCAAATAGTTTTGACTAATT-GAACAA--A--TAGTT-AGAATAATT
429 TGTTTGT-TGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTATAACAATTATCTATTTCA-AATCATT
* * *
489092 AAGAC--------TAT--TAGAATAATTATTT-A
490 ATGACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* ** * * * *
489115 -TT--T-CAA----A-T--CAT--TCTAA-CCT--TTTATTAATATT-TAAAAAATTAATCAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGCA
* * ** * * * * *
489163 AGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTA-CTAGTCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATT
65 AGAGATTTAAAAAAT-AAA-TATTTATC-AAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAAACAATT
* * * * * * * *** **
489227 ATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATGCTATT
126 ATCTATTTCAAAT-ATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAAC
* * * * * * ** * *
489291 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAACACTTAAGAACCAAGAAAATTAAAA
188 TTATTCA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAG-AGATTTAAA
* * ** * * * * *
489356 AATAAATCTAATTGCCAAACCA-TTTCAAATAG-TA-AGATTATATAAACAATTATCTATTTCAA
250 AAT-AAT-TATTTTCTGAACAAGTTT-AAATAGTTATA-ACTATTTAAATAATTATCTATCTCAA
* **
489418 ATCGATGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-TATGATCATACAAGCTTATTCAAA
311 ATC-AT-TATGA-TTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTCTAT--TCATACAAGCTTATTTGAA
* * *
489482 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGCTTTAAAAAATAAATCT
370 A-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--AAGA--TTTAAAAAATAAATGT
*** * * * * * * * * *
489547 GTTT-ACAAAACCAATTTAAATAATTATGACTATT-TGAGCAATTATCAATCTCAAATCGTTAAG
430 GTTTGTTGAAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
489610 A-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
493 ACT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-A
* * ** * *
489642 -ATCATA-AAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAA-C
1 GTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGC
* * * * ** *
489703 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAGTAGTTAAAACTA-TTAGAATA
64 -AAGAGATTTAAAAAATAAA--TATTTATC-AAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTA-AACA
* * * ** * * * * * * * * ** * *
489766 GTTATATATTTTAAACCGTTCTAACCTTTTGTCTGTTAGAAAATGTTTGTTTCA-TATCTTACAA
123 ATTATCTATTTCAAA-TATTATGACATTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATAAAA
* * * * ** *
489830 ACTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTG
186 ACTTATTCA-AATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAATAAGAGATTT-
* * * * * * * * * *
489894 AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATAATTTATTT
247 -AAAAAT-AAT-TATTT-TCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCT
* * * **
489958 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-AT-AAACAATTGTT-TCAGTTAATA-AACGCTTATCC
308 CAAATCATTATGA-TTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATT-TTCT-A-TTCATACAA-GCTTATTT
* * ** **
490019 AAAATAAAATAATACTATTTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAA
367 GAAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--AAGA-TTT-AAAAAATAAA
* * * *
490084 T-TAGTTTATTG-AACAAATTCAAATAGTTACA-ACTATT-TGAACAATTATCCATTTAAAATCA
427 TGT-GTTTGTTGAAAC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
490145 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
488 TTATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * * *
490182 ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAATAATTAATAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * ** * * * * * *
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65 AGAGATTTAAAAAATAAA--TATTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTAAACAATTA
* * ** * * * * *
490312 TCTATTTCAAATCGTTATTAC-TTGTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTA-TT-ATACAAG
127 TCTATTTCAAAT-ATTATGACATT-TT-TTTTATCATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATAAAAA
* * * * * * * *
490374 TTTATTCGGAATAAAATAATAGTAAGTTAGTAATCTCTC-AAA---AATTAATAAGAGATTT-AA
187 CTTATTC-AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
490434 AATATATATATGTTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTGTGTA-CTTCA
250 AATA-AT-TAT-TTT-CTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATC-TCA
* * * * *
490498 AAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATAC-TCACAAGCTTATTCGAA
310 AATCA-TTATGA-TTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGAA
* * * *
490561 ATAAAATAACACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
370 A-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGT
** *
490626 GTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACCATTATCTATTTCAAATC---AT-
430 GTTTGTTGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
*
490685 --TTTTGTTTTTTCATAAAA-AATT-TTGTCA
493 ACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTT-TCA
* * * * * * * * * * * *
490713 ATTCAAACTATCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAAATTATTCATATT-AAAAAATTAATATGT
1 GTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGC
* * * * * *
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64 AAGAGATTTAAAAAATAA--ATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * * * ** * **
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127 TCTATTTCAAAT-ATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTT
* * * *
490904 GTTCGAAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AA-AGATTTAAAAGA
190 ATTC-AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAA-A
* * * * * * * *
490965 TAAATCTGTTTATC-AAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTAT-TGTAAA
252 T-AAT-TATTT-TCTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCT-CAAA
** * * * * *
491027 TTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTA
312 TCATTATGA-TTTTTGTTTTATCATAAAACAAT--TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA--A
* * ** * * * * *
491091 AAATAATACAAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTTAAAAATTTTAAAAATAAATATGCT
372 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A---AAAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
*** * * ** *
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433 TGTTGAAAC-AGT-TCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** **
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495 -TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * **
491248 GTTCATATAA-CTTATTTGAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTA
1 GTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * *
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65 AGAGATTTAAAAAAT-AA-ATATTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTAAACAATTA
* ** * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * ** * * * * *
491503 AAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTGA
247 AAAAAT-AAT-TATTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCA
** * * *
491568 AATTC-TTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGCAT
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* * * * * *
491632 TAAAA-AAT--TAATTTATTAATATTTTGACAAATAA-TAAGTAAAAAATTTTAAAAA-AAATAT
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* * * * * * * * *
491692 ATTT-ATCAAACAAGTTCAAATGGTCACA-AGTATT-TGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGT
430 GTTTGTTGAAAC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
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* * * * *
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1 GTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCA
* * ** * * * * *
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* * * ** * * *** *
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*
491980 TATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATTAA-A-ATTTAAA
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* * * * * * * *
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** ** * * * *
492106 ATTGTTATGAACATTT-TTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATA
311 ATCATTATG-ATTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAAA
* * * * *
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*** * * ** * *
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* *
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** * * *
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1 GTTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGC
** * * ** * * **
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* ***
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*
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* * * * * * *
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248 A-AAAT-AAT-TATTT-TCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTC
** * * * * * * * **
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309 AAATCATTATGATTTTTGTTTTATCATAAAACAATT--TTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAA
* * * * ** *
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371 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA-TAAA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
* * * * * *
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434 GTTGAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTT
* *
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* ** * *
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1 GTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAA-TTAATAAGC
* ** ** * *
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64 AAGAGATTTAAAAAATAAA--TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACAATT
* * * *
492991 ATCTATAT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
126 ATCTATTTCA-AAT-ATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAATAATTGT
493039 CTCATTCTGT
Statistics
Matches: 6322, Mismatches: 1346, Indels: 1284
0.71 0.15 0.14
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Consensus pattern (523 bp):
GTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAA
GAGATTTAAAAAATAAATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTAAACAATTATCTA
TTTCAAATATTATGACATTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAA
ATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAAATAATTATTT
TCTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTT
GTTTTATCATAAAACAATTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAATAATACTAATTTAATA
ATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAAACAGTTCAAATAGTTA
AGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTT
TCA
Found at i:485955 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 484202--486176 Score: 1207
Period size: 178 Copynumber: 11.1 Consensus size: 179
484192 AAACAATTTT
* * * * *** *
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1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAATA-ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * *
484265 AACAGATTTAAAAAATAAA-TATTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTA
64 AAGAAATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
** * *
484329 TCTATTTCAAA--ATTATTGATATTTT-TTTTGTCATAAAA-AATT-TATCA
129 TCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* *
484376 GTTCATATAGGCTTATTT--AAT-AA-AATA--AATTTTATTAATATTCC--AAA--AATAAGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
484431 AGAGATTTAAAAAATAAA-TATTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTAT
65 AGAAATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
* * ** *
484494 CTA-TTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCT
130 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * *
484543 GTTCATACAAGCATATTCAAAATAAATATTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
484608 -AAGATTTAAAAAATAAATATG-TTATTGAGCAAGTTCAAATAATTATG-CTTGTTTGAACAATT
66 GAA-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTAAACAATT
* *
484670 ATTTATTTCAAAT-AGTTATGA--TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-A
* * ** *
484721 -TTCATGCAAGTTTA-TTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT--TATGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* *
484780 AGAGATTTAAAAAATAAA-T-TTTA-CTGAACAAGTTCAAATAG-TATG-CT-TTTCGAACAATT
65 AGAAATTTAAAAAATAAATTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATT
* **
484839 ATTTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTT-TTTTATCATAAAAATAATTGTTATCA
128 A-TCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAATAATTGTT-TCA
* * ***
484893 G-GC--A-AA--TTATTCA-AATAAA-ATATACTAATTTTTATTAATATTTTGAAAA-T--T--G
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATA-ATACTAA--TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * *
484945 TAAGAAATTAAAAAAACTAAATCTATTTA-CTGAAAACAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAA
63 TAAGAAATTTAAAAAA-TAAAT-TGTTTATC-G--AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AA
** * * * * * * *
485009 TTAATTATCTTATCTCAAATCGTGATCGA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTCT
122 ACAATTATC-TATTTCAAATCATTAT-GACCT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * *
485067 TTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAATAA--A
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
485130 AG--CTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAA-ACAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTATAACAAT
65 AGAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAAT
* * *
485191 TATCTATTTCGAGTCATTATGCACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCA
127 TATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * *
485245 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
485310 AGAGATTTAAAAAATATAAATTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTAAACAAT
65 AGAAATTT-AAAAA-ATAAATTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTAAACAAT
*
485374 TATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
127 TATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * * * *
485427 TTTCATAAAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAAT
1 GTTCATACAAGCTTATTTAG-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
485491 AAGAGATTT-AAAATTAAGTTGTTT-TCTGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAAAT
64 AAGAAATTTAAAAAATAAATTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
* * ** * * **
485554 ATCAATCTCAAATCATTATG-GTTTTTGTTTTCTCATAAAACAATAATTTCCA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-CA
* * * * *
485606 -ATCATACAAGCTTATTTGGACAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--T-AGTA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
485666 AAAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGA-CAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAA
65 AGAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTT-ATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAA
* * * * * * * *
485728 TTGTCTATTTCAAAACGTTCTAACATTTTG-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTCA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCA
* *
485782 GTTCATAC-AGCTTATTTAGAATAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAA
1 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* *
485846 GAAATTTGAAAATATAAATGTGTTTATCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTAAACAATTA
66 GAAATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * * *
485911 TCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAATAATTGTTTTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * *
485962 GCTCATAAAAGCTTATCTAAAAGAAAATCAATCCAGAATAAATGATACTAATTTATTAATATTTC
1 GTTCATACAAGCTTA--T---------T---T--AGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * ** * * * *
486027 AAAAATTAATACGCAAGTGATTTGAATAGAT-AATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTTATG
50 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
486091 ACTA-TTAGAACATTTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTTTGTTATAAAACAATT
113 ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC---TTTTGTTTTATCATAAAATAATT
*
486155 GTTTTA
174 GTTTCA
*
486161 GTTCATAAAAGCTTAT
1 GTTCATACAAGCTTAT
486177 CCAAAAGAAA
Statistics
Matches: 1442, Mismatches: 227, Indels: 241
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
164 45 0.03
165 45 0.03
166 5 0.00
167 47 0.03
168 14 0.01
169 40 0.03
170 37 0.03
171 40 0.03
172 32 0.02
173 40 0.03
174 32 0.02
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177 109 0.08
178 179 0.12
179 84 0.06
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192 1 0.00
195 4 0.00
196 63 0.04
197 55 0.04
199 38 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
GAAATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA
Found at i:486691 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 486365--486702 Score: 426
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
486355 ATTGTTTTTC
* * * *
486365 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTC
* * * *
486430 AAATTGTTATAACATCTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
66 AAATTGTTATAACATCTTGTTCTATAATAAAACAATTATTTCTACTCATACAAGCTAATTCGAAA
* *
486495 TAAAATAATACTAATTTGGTAATATTTTGAAAAGTAATAACTAAAAGATTT
131 TAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTTGAAAAGTAATAACTAAAAGATTT
** * * *
486546 AAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACTAATTCAAACAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTC
* * * * * * * *
486611 AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGCTCATAGAAGCTAATTCGAA
66 AAATTGTTATAACATCTTGTTCTATAATAAAACAATTATTTCTA-CTCATACAAGCTAATTCGAA
* * *
486675 ATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTT
130 ATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTT
486703 CAAAAATTTA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 26, Indels: 2
0.82 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.01
181 129 0.99
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTC
AAATTGTTATAACATCTTGTTCTATAATAAAACAATTATTTCTACTCATACAAGCTAATTCGAAA
TAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTTGAAAAGTAATAACTAAAAGATTT
Found at i:487708 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 486883--493038 Score: 4540
Period size: 362 Copynumber: 17.2 Consensus size: 359
486873 ATATTTGTCA
* * ** * * * **
486883 AACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAAATATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTATTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGT
* * * ** * *
486947 TATGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAAT-TTCAATTTA
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACT-AATTTA
* * * * * * * * * * *
487010 TTAATTTTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATGCTTACCGAACTAGATCAA
128 TTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * *
487075 ATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTA-TGCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
192 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * * *
487139 AAATCATTT-TGATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTCTGAA
257 CAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAA
* * * *
487203 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACG
319 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * * * *** *
487244 AACATGTTTAAATAATTATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
487309 TTGTCATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTAT
66 TTGTCATAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
487373 TAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
129 TAATATTCAA-A-AATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* * **
487437 AATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
191 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
487502 ATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATCTCGAC
256 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TC-AA
* *
487566 AAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
318 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * *
487607 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCCTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* *
487671 TTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
487735 TAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACATGTTCAAA
129 TAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * * *
487800 TAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAAC
193 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** **
487865 AATTAG-TTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAAAA
258 AATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAA
* * * *
487929 ATTAATACGTGAA-A-ATTTAAAACATAAATATGTTT-TCTA
320 ATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * * * **
487968 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAGAATTATCTATTTGAAAATTGTTATGACCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * * *
488033 TTTGTCATAAACCAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * **
488098 AAAATTTCAAAAATTAATAAATAA-ATGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGA-GAGTTTGA
130 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA-ACAAGTTCAA
* * * * ** * *
488161 ATAGTTATGACCT-TTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATTTTTTATTTTATCATAAA
192 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * *
488225 ACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
256 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
** * * * *
488290 ATTAATAAGTTGGATATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTA
320 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * * * * *
488330 AACAAGTTGAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * ** * *
488395 TTGTCA-ATAAATGATTGTTTCTA-TTCATATAAAATTATTCAGAATAAACTAATACTAATTTAT
66 TTGTCATA-AAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
488458 TGATATTGCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAA
129 TAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * * * *
488519 TACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATCATC-TTTGTTTTGTTATAAAAC
193 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * * * * * *
488583 AATTGCTTCTATTCATACAAATTTATTTGAAGTAAAATATTATTAAATTAATAATATTCCAAAAA
258 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAA
* * * * *
488648 -T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAA-AAATGTGTTTGTTG
321 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * * * *
488682 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
488747 TAGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * *
488812 GCATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAA
131 ATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAA
* * **
488877 TAGATT-TGATTATTTGAACATTTATCTATTT-AAAGTTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
193 TAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** *
488939 ACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACCTATTCGAACGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
256 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
** *
489003 AAATTAATAAACAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTT-TCTG
318 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATC-G
* * * * * * * *
489044 AACTAGTTCAAATAGTTTTGACTAATTGAACAA--A--TAGTT-AGAATAATTAAGA-C---T-A
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * * ** * *
489099 TTAG-AAT-AATTATTTATTTCAAATCATTCTAA-CCT-TTT---AT----T-A-A-T-ATTTA-
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * *
489148 -AA-A------AATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTA-CTAGTCCATTTCAAA
129 TAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAA
* * * * * *
489204 TAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAC
193 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** * * * * *
489269 AATTGGTTCTATTCATGCTATTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAACAC
258 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* ** * * ** ** *
489334 TTAAGAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCA
321 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * * * * *
489373 AACCATTTCAAATAG-TAAGATTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGATGTATGACCTTTTG
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-AT-TATGACCTTTTG
* * * *
489437 TTTTATCATAAAACAATTGTTT-ATGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* *
489501 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGCTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAAACCAA-TTT
128 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA-CAAGTTC
* * * * * * *
489564 AAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAA
190 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* **** *
489628 AACAATTGTTTCTAATCATA-AAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
255 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * *
489692 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCG
318 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* ** * * * * * * * *
489734 AACCAA-TTCAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATATATTTTAAACCGTTCTAACCTTTTG-
1 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *** * * * * *
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* * * * *
489861 TAACATTCAAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAA
129 TAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * *
489926 ATAGTAATGACTATTTGAACAATAATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG--ATATAA
192 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA
* * * * *
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256 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* *
490052 AAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTATTG
317 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTATCG
* ** * * *
490095 AACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
490160 TTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * **
490225 ATATTCCAATAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTGTTTACCAAATTAGTTCAAATA
131 ATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
490290 ATTGTGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTGTTGTTTGGTCATATAACA
195 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
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259 ATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAA
* * * *
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321 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * * * * * *
490453 AACCAGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTGTGTACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
* * * * *
490517 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TAC-TCACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAACACTAATAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCAT-ACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTT
** * * *
490579 AAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACTAGTTC
127 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * *
490643 AAATAGTTAAGACTATATGAACCATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTTTCATAA
190 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
490701 AA-AATT-TTGTCAATTCAAACTATCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAAATTATTCATATTAA
255 AACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCA
* * * * *
490763 AAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTTACCT
317 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * * *
490806 AACTAGTTCAAATA-AT-TGACTATTTGAA-CATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTC
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * * * *
490868 TTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAAGAATACTAATCTAT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
*
490931 TAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAGATAAATCTGTTTATCAAACCAA-TTCAA
129 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAA
** * ** * * * *
490991 ATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTGT-AAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAA
192 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
491055 ACAATAGTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTAAT
256 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
* * * * *
491120 AATTAATAAGTTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCG
319 AATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * * *
491161 AACTA-TATCAAATAATCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGT
1 AACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** ** * * *
491225 TTTGTCATAAAAAAATCATTTGGGTTCATATAA-CTTATTT-GAAATAAAATAATATTAAGTTAT
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* * * * * * *
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* * ** * *
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193 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * *
491417 TGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TGAAG
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* * *
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* ** * * **
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*
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* * * * * * *
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128 TTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * *
491838 AAATTAATGAGTAAGAGAATTGAAAAATTATTCTATTTATCG
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* * * * * * * *
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1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * **
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* *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ** ** * * * * *
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1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* **
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* ** * **
492367 TAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAAGAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAA
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* * ** * *
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* ** **
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* * *
492560 AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCG
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* * * * ** *
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1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
492661 TTGTAATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATGCAACCTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAATTAAT
66 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
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130 AATATTC-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAA
* * * * * * *
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192 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * *
492851 TAATTGTTT-TAGCTCATACATTCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
257 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
** * ** * *
492915 ACTTAATAAACAAGAAATAAAAAAAATAAATCTATTTATTG
320 A-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * * * *
492956 AACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATAT-AGAATAAATATGACCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT
*
493020 TTTATCATAAAACAATTGT
65 TTTGTCATAAAACAATTGT
493039 CTCATTCTGT
Statistics
Matches: 4593, Mismatches: 948, Indels: 510
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
326 3 0.00
327 54 0.01
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348 2 0.00
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Consensus pattern (359 bp):
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AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
Found at i:487739 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
487306 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAAT
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* * * * * *
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* * * **
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1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
487489 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAA-AATATTAATT
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*
487551 TATTAATATCTCGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
129 TATTAATAT-TCGACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
487604 TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCCTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* *
487668 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
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* * * * * * *
487733 ATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA
130 ATTAATATTCGACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * *
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1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * **
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* * * *
487914 ATTAATATTCCAAAAATTAATACGTGAA-A-ATTTAAAACATAAATATGTTT-
130 ATTAATATTCGACAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * **
487964 TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAGAATTATCTATTTGAAAATTGTTATGACCTT
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* * ** * **
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* * *
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* * ** * * * **
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* * **
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* ** * *
488274 TTATTAATATTCTA-AAATTAATAAGTTGGATATTTAAAAAATAAATATGCTTA
128 TTATTAATATTCGACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * *
488327 -CTAAACAAGTTGAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTT
1 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * ** * *
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* * * *
488453 TTTATTGATATT-G-CAAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATTTGTTTA
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* * * * * * *
488504 TCAAACTAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATCATC-TTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * * *
488568 GTTTTGTTATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAATTTATTTGAAGTAAAATATTATTAAATT
66 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
488632 AATAATATTC--CAAA--AATTAA-TAAGAGCTTTGAAAAA-AAATGTGTTTG
130 ATTAATATTCGACAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * * * * * *
488679 TTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTCTTACCTTTT
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* * * * *
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66 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
** * * * * * *
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* * * **
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* * * * * **
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** * ** *
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* * * * * * * *
489040 TCTGAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTAATTGAACAA--A--TAGTT-AGAATAATTAAGA-C--
1 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTT
* * * ** * * ** * * * ** *
489097 -T-ATTAG-AAT-AATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTT-TTAT-TAAT-ATTTAA-A-AAA
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* * * * * * * * * * ***
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* ** * * * *** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* * * * * ** *
493516 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCG-CTCAGTAAGTAGATTTAT
127 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTAT
* * *
493580 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAATATTAATAAATTACTATGATTTTATTTCAAATAA
191 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
* **** * * * *
493644 ATTTTTTTTAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATA
256 ACTGACATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAGATA
* * *
493709 GTTGTCCAAATAGTCATAAATATTTGAATGTGTTCAAA
321 ATTATCCAAATAGTCATAAATATTTGAATGCGTTCAAA
* * * * * * * *
493747 AAATTGATTTATTTTTTAAAATTTTACATATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTACATTATTT
1 AAA--CATATATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * ** * * *
493812 TATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAGC-AAAAGGTCATAATG-
64 TATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GA
* * *
493875 TTTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATT
127 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-T
* *
493940 TTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
191 TTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
** * * * *
494004 AAACTGACATAAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAG
254 AAACTGACATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAG
* * * **
494069 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT-CGTTCAGC
318 ATAATTATCCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TGCGTTCAAA
* *
494110 AAACATATATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AAACATATATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-
** * * *
494175 ATTCGAATAAGCTCATATGGACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATT
65 ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATT
* * *
494240 TGAAATAAATAATTATTCAGATAATCATAA-TGATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTT
130 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTT
* * ** *
494304 TTAAATCTTTTACTTCTTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTT
194 TTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
494360 AGAATAAGCT
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AAACATATATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTT
GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTGA
CATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAGATAATTAT
CCAAATAGTCATAAATATTTGAATGCGTTCAAA
Found at i:494640 original size:314 final size:315
Alignment explanation
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Period size: 314 Copynumber: 1.9 Consensus size: 315
494118 ATTTTTTAAA
** * *
494128 TTTTTACTTATTAATTGTTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATAT
1 TTTTTACTTATTAATTGTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTCAATCCGAATAAGCTCATAT
* *
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66 GAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTAAAATAAATAATTATTC
* *
494258 AGATAATCATAATGATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTA
131 AAATAATCATAATGATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTA
*
494323 ATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAAAAAT
196 ATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTCTGAATAGAAAAAAT
* * *
494388 TATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCGATTCTAAATCGATAATTGTTCAAAT
261 TATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTCTAAATCGATAATTGTTCAAAT
* * * **
494443 TTTTTACTTATTATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAATCCTAATAAGCTTGTAT
1 TTTTTACTTATTAATTGTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTCAATCCGAATAAGCTCATAT
* *
494508 GAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAAGTCATAACG-ATTTAAAATAAATAATTGTT
66 GAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTATT
* * *
494571 CAAATTATCATAACT-ATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTT
130 CAAATAATCATAA-TGATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCT
* *
494635 TAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTCTGAATAGGAAAA
194 TAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTCTGAATAGAAAAA
*
494700 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAGC
259 ATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAGC
494731 AATTTGAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTACTTATTAATTGTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTCAATCCGAATAAGCTCATAT
GAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTAAAATAAATAATTATTC
AAATAATCATAATGATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTA
ATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTCTGAATAGAAAAAAT
TATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTCTAAATCGATAATTGTTCAAAT
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*
495055 AACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTACAG
1 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTACAG
* *
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1 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
495149 CATAACTACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTACAG
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Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
495094 AATAGTACAG
* * * * *
495104 AACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGTACT-AG
1 AACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-
* * * * * *
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** * * * *
495231 TATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATTAAAAACAATTG-TTTATTGACAA
127 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAA
* * * *
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1 AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGAT
* * * *
495349 TCAATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAAT
65 TCAATAAA-TAGATTTATGTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* *
495413 ATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAA
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* * * * * * * *
495466 AATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTG-
1 AA-CAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
** * *
495530 TTCGGTAAATAGATTT-T-TTTTATAATTTCTTACTTATTAATTTTCT-GAATGTTAATAAATTA
64 TTCAATAAATAGATTTATGTTTTA-AATCTC-TACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTA
* * * * * **
495592 GTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCATGTATGAGCT-GAAGCAATTATTTTATGACCG
126 GTATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
495647 AACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACTGGTT
1 AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
** * * * * * * * *
495712 CAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAAGTTAGCAA
66 CAATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * *
495776 TATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAA
130 TATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * *
495827 AAC-AAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTA-TTGAACT-AGT
1 AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-T
*** * * *
495889 TTGGTAAAAAGATTTAGGTTTTAAA--TCT-CTTATTAA-TTTTAGAAATAGTAATAAATTAGTA
65 TCAATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA
** *
495950 TTA-TTTATTTT-GAGTAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAA
129 TTATTTTATTTTAGA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
496001 AACAAAA-TATCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG
1 AACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG
* * * *
496064 TTTGAA-AAATAGATTAATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
63 ATTCAATAAATAGATTTATGTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
496121 TTTGAACAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
Found at i:495779 original size:17 final size:18
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1 TTATTAATGTTTAGAATA
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1 TTATTAATGTTTAG-AATA
495778 TT
1 TT
495780 TTACTCCAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTAATGTTTAGAATA
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Period size: 181 Copynumber: 3.3 Consensus size: 178
496125 AACAAACTTG
* * * *
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
* * ** *
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66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAAT--ATTTATTTTTTAAATTTTTTTACTTA
* * *
496260 TTAATTTTTAAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCTAATAATG-TT
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* * * * *
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1 TAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTG
* * * *
496375 TCCAAATACTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAAT-TTTATTTTTTAAA--TTTTTACTTAT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATTTATTTTTTAAATTTTTTTACTTAT
* *
496437 TAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAAAATAAGCTT
130 TAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * **
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1 -TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* ** * * * *
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64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAA-ATATTTA-TTTTTTAAATTTTTTTAC
* *
496616 TTTTTATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
126 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
496669 CATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAA
496722 TAGTCATGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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176 41 0.12
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TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATTTATTTTTTAAATTTTTTTACTTATT
AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
Found at i:496513 original size:177 final size:175
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496125 AACAAACTTG
* * * *
496135 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-----AAAGGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
* * * ** *
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* * *
496260 TTAATTTTTAAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCTAATAATG-TT
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* * * * *
496310 TTTCGAATAGAAACAACTGGTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAACTA
1 TAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTG
* * *
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* *
496440 TTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAAAATAAGCTT
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* * * **
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1 -TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* ** * *
496551 GTTTAGTTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTTTAATTCTGTTAC
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* *
496616 TTTTTATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
123 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
496669 CATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTT---A-A-AT-A--G-
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
* * **** * * *
496725 TC--AT-G--AT---TATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTTTTTTAAAAAT-CTTTTACGTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA--AAA-A-A-TTTTATTTTTTAAATTTTTACTTA
*** * * *
496781 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATTAATTT-GAATAAGCTT
126 TTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * ** * *
496832 GTATGGACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAA
1 -TAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAATGGTCATAATG-ATTTAAAATAGATAA
* * *
496895 TTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTA
62 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A-AAA-A-ATTTTATTTTTTAAAT-TTTTA
* *
496959 CTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTT
122 CTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
497014 GTATGAA
1 -TATGAA
497021 CAAAAAAAAT
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 103, Indels: 94
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Matches are distributed among these distances:
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173 1 0.00
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Consensus pattern (175 bp):
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TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATTTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
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Indices: 497090--497263 Score: 278
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497080 TCAAATGGTC
* *
497090 ATAATTATTTAAATTTGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTAAAATC-ATTTAATAATAAATTTTTA
1 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTAAAATCTA-ATAATAATAAATTTTTA
497154 GAATATTAATAACATAGTATTAT
65 GAATATTAATAACATAGTATTAT
* * * *
497177 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTTAAAATCTAATAATTATTAATTTTTGG
1 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTAAAATCTAATAATAATAAATTTTTAG
497242 AATATTAATAACATAGTATTAT
66 AATATTAATAACATAGTATTAT
497264 TTTATTTCGA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
87 79 0.99
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AATATTAATAACATAGTATTAT
Found at i:497578 original size:448 final size:450
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496720 AATAGTCATG
* * ** *
496730 ATTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTTTTTTAAAAATCTTTTACGTATTAATTGTCAAAAT
1 ATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTATTTTTAAAAATCTAATAAGTATTAATTGTCAAAAT
* * **
496795 ATTAATAAATTAATATTATATTAATTTGAATAAGCTTGTATGGACTGAAACAATTATTTTATGAT
66 ATTAATAAATTAATATTATATTAATTTGAATAACCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATGAT
*
496860 AAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTT
131 AAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTA
** * * ** *
496925 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTG
196 GTTCGATAAATAGATTTATTTTAAAAATCTTTTACATAGTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
496990 TATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATAACAAACCAAAAGGTT
261 TATTATTTAATATAAAACAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATAACAAACAAAAAAGTC
* ** * * * * * *
497055 ATAGCAATTCTAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAATTTGTTTGGTAAATAAA
326 ATAACAATTCTAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGATAAACAAA
497120 TTCATTTTTAAAATCATTTAATAATAAATTTTTAGAATATTAATAACATAGTATTATATA
391 TTCATTTTTAAAATCATTTAATAATAAATTTTTAGAATATTAATAACATAGTATTATATA
* * * * ***
497180 ATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTT-AAAATCTAATAATTATTAATTTTTGGAA
1 ATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATT-ATTTTTAAAAATCTAATAAGTATTAATTGTCAAAA
* * * * *
497244 TATTAATAACA-TAGTATTAT-TTTATTTCGAATAACCTTATATAAATTGAAATAATTTTTTTAT
65 TATTAATAA-ATTAATATTATATTAATTT-GAATAACCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTAT
* ** * * *
497307 GATAAAACAAAATA-TCATAATG-ATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAG-TGTGACTATTTGA
128 GATAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGA
* * *
497369 TCTAGTTC-AGTAAACT-TATTTATTTTAAAAATTTTTTACATAGTAATTGTCAAAATATTAATA
192 ACTAGTTCGA-TAAA-TAGATTTATTTTAAAAATCTTTTACATAGTAATTGTCAAAATATTAATA
* * *** **
497432 AATTAGTATTATATTAATAT-GAACAAGCTTGTATGAATAAAAAGTGTGGTTTTATAACAAA-AA
255 AATTAGTATTAT-TTAATATAAAACAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATAACAAACAA
** * *
497495 AAAAGTCATAATGATT-TGAAATAAATAACTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTG
319 AAAAGTCATAACAATTCT-AAATAAATAACTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTG
* * * * *
497558 ATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAAT
382 ATAAACAAATTCATTTTTAAAATCATTTAATAAT
497592 TCTTGAAATA
Statistics
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Consensus pattern (450 bp):
ATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTATTTTTAAAAATCTAATAAGTATTAATTGTCAAAAT
ATTAATAAATTAATATTATATTAATTTGAATAACCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATGAT
AAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTA
GTTCGATAAATAGATTTATTTTAAAAATCTTTTACATAGTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTAATATAAAACAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATAACAAACAAAAAAGTC
ATAACAATTCTAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGATAAACAAA
TTCATTTTTAAAATCATTTAATAATAAATTTTTAGAATATTAATAACATAGTATTATATA
Found at i:498007 original size:361 final size:359
Alignment explanation
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497189 ACTTGTTTGG
* * * ** * *
497199 TAAATATATTCATTTTTAAAATCTAATAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACA-TAGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* * ** * * * ** *
497263 TTTTATTTCGAATAACCTTATATAAATTGAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAATATCATAAT
65 TTTTATTT-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * **
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** * * * * * ** * * * *
497392 TTTAAAAATTTTTTACATAGTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTAATAT-GAAC
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* * **
497456 AAGCTTGTATGAA-T-AAAAAGTGTGGTTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
258 AAG-TTGTATGAATTGAAAAAAT-T-GTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
497518 AATAACTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGA
320 GATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TCGA
** * *
497559 TAAGCAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
497619 TTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATT-TGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
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129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
497748 TTTTTAAACCTCTTACTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAAT
194 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** *
497813 AAGTTAGTAAGAATTGAAAATTTTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA
258 AAGTT-GTATGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
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322 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCGA
* * *
497916 CAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
497981 TTTATTATGAATAAGTTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGT-TTAAC
66 TTTATT-TGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** *
498044 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAATAAATA-A--T-T
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
498105 TTTTTAAATAT-TCTATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAATTATTATTACTTTATTCCAAAT
194 TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** * * **
498169 AGGCTTGCATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGTTAATAATGATTTGAAAT
258 AAG-TTGTATGAATTG-AAAA-AATTGTTTTACAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAAT
* * * *
498231 AGATAATTGTTCAAAT-GGC-TATACTTATTTGAACTGATTTGA
319 AGATAATTGTTCAAATAGTCATA-AC-TATTTGAATTG-GTCGA
** * * * * * *
498273 TAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTT-TCAATTTTTATAATATTAA-AAAGTAATATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * ** * * ** * *
498336 TTTATTTCAAACAATATTTTTATGAATTGAAGCAATTATTTTATGTTAAAATAAAGGGTCATAAC
66 TTTATTT-GAATAA-GCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
498401 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-A---AT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
498462 TTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAAT
194 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** * * * * * *
498526 AAGCATGTATGAGCT-AAAGCAATTATTTTATGAGC-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAT-
258 AAG-TTGTATGAATTGAAA-AAATTGTTTTA-CAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
498588 --T-ATT-TT--AATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTTGG
320 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TCGA
* * * * * * * * *
498623 CAAACATAA-TTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTAAAAATATTATTAATTTAGCAATA
1 TAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * * * * *
498686 TTTTACTTCAAATAAGCTAATATGAACAGAAATAAATGTTTTAGGATAGAA-TAAAGATCATAAT
65 TTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * ** *
498750 AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAATGAGATTTAG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
** * * *
498815 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTCTA-TTCTGAAT
194 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* * * ** * *
498875 AATTTTGTA-GAA-TAAAAACAATTATTTTACGGCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAT
258 AA-GTTGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
498938 ATAATAGTTCAAA-AGGACATGACTGTTTGAACTT--T--A
321 ATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAA-TTGGTCGA
* * * *
498974 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
499038 TTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGATTATAA
65 TTTTATT-TGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA
* * * ***
499102 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAACAGATTTA
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
** * * * **
499167 TTTTCAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAAT
193 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * ** *
499231 AAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGTTTTACAATAAAAGAAATGGTCATAACAATTTTAAATAGA
258 AA-GTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * *
499296 TAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACATGTTCAA
322 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCGA
* ** * * *
499334 AAAATTGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCGAACATTAATAAATTTA-TATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * * *
499397 TTTTATTTGAAATAAGCTCACATGAATAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
65 TTTTATTTG-AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
499462 GTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-
* * * * * *
499527 TTTTTTTAATTCTCTTGCTCT-TCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAA
193 -TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * ** * ** *
499591 ATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAA-GAAAAGCTCATAATGATTTGAAGT
256 ATAAG-TTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAAT
* * * ** *
499655 AGATACTTATTCAAATAGTCAT-GCTATTTGAACTTATTTGA
319 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCGA
* * ** * * *
499696 TAAACATA-TT-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
499758 TTTTAATTTGAATAAGCTCT-TATGGACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAATTAAAAAAGTCAT
65 TTTT-ATTTGAATAAGCT-TATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA--CAAAAGGTCAT
* * * * * * *
499822 AA-GAATTTGAAATAAACAGTTGTTCAAATAGTTATAA-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAATATA
126 AACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGA
* * * *
499885 TTTATTTTTTAAAT-TATTTACTTACTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATGTTA-
189 TTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * *
499946 TGCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTCATGACAAACCAAAAGGT--TAATGCAAT
251 TTC-AAATAAG-TTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAA--CAAT
** * * * * * *
500009 TCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGG
312 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCGA
* * * * * * * *
500058 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAATAATTAACTTTCAAAATATTAATAACA-TATTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* * *
500122 TTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTA-AAATAATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
500185 CAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATTACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTA
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * ** * *
500250 TTTTTTAAAAT-T-TAAAATTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTA-ATCTA
193 TTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
** ** * * * * *
500312 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTATAATAGAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
255 AATAAG-TTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
500377 AAATAATTG-CCTAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGA
319 AGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TCGA
* * * *
500419 TAAATATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
500480 TTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-
66 TTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** *
500544 ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAGTTGGTTTGGTAAACA-A-TTAT
130 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
500607 TTTTTAAATATCTTA-TTGATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTCAAAT
194 TTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** * * ** *
500671 AAGTTAGTAAGAGCTAAAAAAATTGTTTTACAACAAAA-TAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAA
258 AAGTT-GTATGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
500735 ACAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGCTCGA
321 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TCGA
* * * * * ** *
500775 TAAA-AATTTTTTTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTGCATTTGTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** ** * * * * *
500839 TTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAGCATTATTAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAA-A
66 TTTATT-TGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
500903 ATTTGAAATATAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAACAGATTTATT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATT
* * * * *
500967 TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCGAATA
195 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * **
501032 GGCTTTTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATA
259 AG-TTGTATGAATTG-AAAA-AATTGTTTTACAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATA
* * *
501094 GATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAATTGATTCGA
320 GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTG-GTCGA
*** * * * * * * * *
501135 TAAACCGATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAGTTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
*
501200 TTTATTTTGGATAAGCTT
66 TTTA-TTTGAATAAGCTT
501218 TTGTGTTACT
Statistics
Matches: 2862, Mismatches: 640, Indels: 313
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 3 0.00
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354 7 0.00
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365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
TTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCGA
Found at i:500076 original size:542 final size:534
Alignment explanation
Indices: 497481--501213 Score: 1743
Period size: 542 Copynumber: 7.0 Consensus size: 534
497471 AAAAGTGTGG
* * * ** *
497481 TTTTATAACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAACTGCTT-AAATATTCATAACTA
1 TTTTATTACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCAT-ACTA
* * * * * ** *
497544 TTTGAA-TTGGTTTGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTCTTGAAATATT
64 TTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATTT-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
* * * * * * * * *
497604 AATAGATTAGTATTATTTT-ATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAA
127 AATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTT-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAA
* * * * * * * * *
497668 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTT
190 AATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * * * * * *
497732 C-AGCAAACAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTGT
255 CGA-TAAATATATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTACTAA-TTTTT-CAACATTAATAAATTTAT
* * * * * * * ** * ** *
497796 TTTATTTTATTTC-AAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAATTTTGTTTTACAACAAAACAAAAAGT
316 ATTATGTTA-TGCGAAATAAGCTCA-CATGAATAGAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGT
** ** * * * * * * * ** *
497859 CATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAA-ATGGTCGGCAAATAA
379 -ATAATGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAG
* * * * *
497923 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTA
443 ATTAATTTTTTAAATCTCTTA-CT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
** * **
497988 TGAATAAGTTTGTATGAACAGAAATAATT
506 TGAATAAACTTATATGAATTGAAATAATT
* * ** * *
498017 GTTTTA-TATCAAAACAAAAGGT-TTAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 -TTTTATTA-CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACT
* ** * * * * *
498080 ATTTGAA-TTGGTTCAATAAATA-ATTTTTTT--AAATATTCTATTTATTAACTT-TTGAAAAAT
63 ATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATTTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATAT
* * ** * * ** * * * *
498140 TAATAAATTATTATTACTTT-ATTCCAAATAGGCTTGCATGATGAAAAACAATTATTTTATGACA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTT-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATA
* * * ** * * *
498204 AAA-CAAATGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTAT-ACTTATTTGAAC-T
189 AAATAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAACTT
* * * * * * * *
498266 GATTTGATAAAT-TGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTTC-AATTTTTATAATATTAA-AAAGT
252 G-TTCGATAAATAT-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTTTT-CAACATTAATAAATT
* * * * ** *** * ** * * ** * *
498328 AATATTATTTTATTTC-AAACAATATTTTTATGAATTGAAGCAATTATTTTATGTTAAAATAAAG
313 TATATTATGTTA-TGCGAAATAA-GCTCACATGAATAGAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAA
* ** * * * * * *
498392 GGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTGTTTGGT-AA
376 GGT-ATAATGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAA
* * * * *
498456 -ACA--AATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
440 TAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAC-T-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * ** *
498518 TTTCCAATAAGCATGTATGAGCT-AAAGCAATT
503 TTTTGAATAAACTTATATGAATTGAAA-TAATT
* * * ** * *
498550 ATTTTATGAGC-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAT---T-ATT-TT--AATAGTCTTAATT
1 -TTTTATTA-CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACT
* * * * * *
498607 ATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACATAATTATTTTT-TAAATC-CTTACTTATTAA-TGTTAAAAAT
63 ATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAT-ATT-TTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAAT
* * * * * ** * * * **
498668 ATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTAATATGAACAGAAATAAATGTTTTAGGAT
124 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCT-TTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAAT
* * * * * * *
498733 AGAATAAAGA-TCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTAG
188 AAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
498797 TTTGGT-AATGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAA-TTTTCAAAATAGTAATAAA-TTA
253 TTCGATAAAT-ATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTTTTCAACAT--TAATAAATTTA
* ** *** * * * *
498856 GTATTAT-TCTATTCTG-AATAATTTTGTA-GAATA-AAAACAATTATTTTACGGCAAAACAAAA
315 -TATTATGT-TATGC-GAAATAAGCTCACATGAATAGAAAA-AATTGTTTCATGACAAAACAAAA
* ** ** * * * * * *
498917 TGTCATAACAATTTGAAATATATAATAGTTCAAA-AGGACATGACTGTTTGAAC-T-TT--ATAA
376 GGT-ATAATGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAA
* * *
498977 ATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
439 ATAGATTAATTTTTTAAATCTCT-TAC-T-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
499041 TATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATT
501 TATTTTGAATAAACTTATATGAATTGAAATAATT
* * * * *
499075 ATTTTATGACAAAACAAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 -TTTTATTACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTA
* * * * * *
499140 TTTAAACTCACTCGGTAAACAGATTTATTTTCAAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGGAATATTA
64 TTTGAACTTATTCGGTAAACATATTT-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTA
* * * * * *
499204 ATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGTTTTACAATAAAA
128 ATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA-GCTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAA
* ** * * * * *
499269 GAAATGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACATGTTCA
192 TAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *
499333 AAAAAT-TGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCGAACATTAATAAATTTATATTA
257 ATAAATAT-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTTTTC-AACATTAATAAATTTATATTA
* ** ** * * *
499397 TTTTATTTGAAATAAGCTCACATGAATAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
320 TGTTATGCGAAATAAGCTCACATGAATAGAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGT-ATAAT
* ** * * * *
499462 GTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT
384 GATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGA-TTA-
* * * * *
499527 TTTTTTTAATTCTCTTGCTCTTCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA
447 ATTTTTTAAATCTCTTACT-TT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
* * *
499592 TAAGCTTACATGAATTGAAACAATT
510 TAAACTTATATGAATTGAAATAATT
* * * * *
499617 GTTTTATTACAAAAGAAAAGCTCATAATGATTTGAAGTAGATACTTATTCAAATAGTCATGCTAT
1 -TTTTATTACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATACTAT
* *
499682 TTGAACTTATTTGATAAACATA-TTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAT
65 TTGAACTTATTCGGTAAACATATTTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAT
* *
499746 AAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTCTTATGGACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAATT
130 AAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCT-TTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAA-T
* * *
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193 -AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACTTGTTC
* * *
499875 GGTAAATATATTTATTTTTTAAATTATTTACTTACTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTGTAT
256 GATAAATATATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTACTAATT-T-TTCAACATTAATAAATTTATAT
*** *
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318 TATGTTATGCGAAATAAGCTCACATGAATAGAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTATAA
* * * *
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* * * * *
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446 AATTTTTTAAATCTCTTACT--TTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTTTG
* * *
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* ** * *
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1 TTTTATT-ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TACTA
* * ** * **
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* * * * * *
500286 TAATAAATTAGTATTATATTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTATAATAG
126 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTT-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAA
*
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * *
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376 GGT-ATAATGA-TTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGATA
* * * * ** *
500598 AACA-ATT-ATTTTTTAAATATCTTATTGATTAGTTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATT
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* ** * * ** * *
500660 TTGTTTCAAAT-AAGTTAGTAAGAGCTAAAAAAATT
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** * * * * * * * *
500695 GTTTTACAACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCATATAGCCTTAACTA
1 -TTTTATTACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTA
** * * * ** * *
500760 TTTGAA-TTGGCTCGATAAAAATTTTTTTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATT-TTTAGAATATT
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* ** * ** * ** ** * *
500823 ATTGCATTTGTATTATTTT-ATTCCCAATAAGCTTGTATGAGCATTATTAATTGTTTTATGATAG
127 AATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTT-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAA
* * * *
500887 AA-CAAAAGATTATAA-AATTTGAAATATAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGG
190 AATAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-G
* * * ** * * *
500948 TTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAAATATTAATAAA-TTA
253 TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAA-TTTTT-CAACATTAATAAATTTA
* * *** * *
501012 GTATTACT-TTATTCCG-AATAGGCTTTTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
315 -TATTA-TGTTA-TGCGAAATAAGCTCACATGAATAG-AAAA-AATTGTTTCATGACAAAACAAA
* ** ** * * *
501073 AGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAA-TTGATTCGAT
375 AGGT-ATAATGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTG-TTCGAT
** * * * * * * *
501136 AAACCGATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAGTTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATT
437 AAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTT-T-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
*
501201 TTATTTTGGATAA
500 TTATTTTGAATAA
501214 GCTTTTGTGT
Statistics
Matches: 2518, Mismatches: 519, Indels: 313
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521 1 0.00
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AAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
ATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTTTTCAACATTAATAAATTTATATTATGTTAT
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AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAA
ATCTCTTACTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAT
GAATTGAAATAATT
Found at i:500286 original size:180 final size:181
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* ** ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAA-TTTTCA
* * ** * * *
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*** * * * * *
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128 TTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCA
* * * * * * * *
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65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTT
* *
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130 TGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTC
* * *** * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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1 ATA-AC-TATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT
* * * * ** * ** * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * **
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTTTCA
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* *
498555 ATGAGC-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAT---T-ATT-TT--AATAGTC
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * ** * * * **
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66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTTT
* * * * *
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131 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTC
* * * * * * ** **
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * ** * *
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*** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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63 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TATATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
499798 TTATAATAAAATTAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAACAGTTGTTCAAATAGTT
127 TTTTGACAAAA--CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
499855 ATAA-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTT-AAATTATTTACTTACTAATTATC
1 ATAACT-ATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATT-TTTACTTATTAATTTTC
** * * ** * *
499918 TTAATATTAATAAATTTGTATTATGTTA-TGCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTT
64 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
** * ** * *
499982 CATGACAAACCAAAAGGT--TAATGCAATTCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTC
128 TTTGACAAAACAAAAGGTCATAA--CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCA
* * *
500100 AAATATTAATAACA-TATTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTA-AAATAATT-TTT
65 AAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * *
500162 TTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
128 TTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * *
500216 ATTACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTAAAATTATTAATTGTCAA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTCAA
* * * * * * * * *
500281 AATATTAATAAATTAGTATTATATTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTTT
* * * * * * * *
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* * * * * *
500397 ATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATATATTTATTTTTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTCAA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTCAA
* * * * * * *
500458 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTTT
*
500523 GACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
131 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * * *
500574 ATAATTATTTGAGTTGGTTTGGTAAACA-A-TTATTTTTT-AAATATCTTA-TTGATTAGTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTT-ATTAATTTTC
* * * * ** * * *
500635 GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCTA-AAAAAATTGTT
64 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGA-ATAGAAACAATTGTT
*** * * ** * * * *
500698 TTACAACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCATATAGCC
127 TTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
500753 TTAACTATTTGAATTGGCTCGATAAA-A-ATTTTTTTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCA
* * ** * *** * ** ** ** *
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65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTT
* * * * *
500881 TGATAGAACAAAAGATTATAA-AATTTGAAATATAT-ATTGTTCAAATAGTC
130 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * ** *
500931 ATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTC
* ** * * * *
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64 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * *
501059 TATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACC
128 TTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TC
* * * ** * * * * * *
501113 ATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACCGATTTATGTTTT-AAATCTATAACTTATCAGTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTC
* * * *
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64 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
501218 TTGTGTTACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTCAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTTT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:501707 original size:33 final size:33
Alignment explanation
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* *
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* * * *
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* * **
501595 TAGTGGCATTTGTATCAGAGAAACACCACTAATT
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* ** * *
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1 TAGCGGCATTTGTAT-AGAAAAATGCCACTAATT
*
501662 TAACGGCATTTGTATAGAAAAATGCCACTAATT
1 TAGCGGCATTTGTATAGAAAAATGCCACTAATT
**
501695 TAGCGGTGTTTGTATAGAAAAA
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Statistics
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TAGCGGCATTTGTATAGAAAAATGCCACTAATT
Found at i:503245 original size:161 final size:161
Alignment explanation
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503014 CATTTTGGCC
* *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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1 TTTCACACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* *
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* * * *
503315 GAAAAA-TCCTAAACAAAGGTAAACAACAACTT
129 AAAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * *
503347 TTTCATATATATCAA-TAGTGAAAATCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
1 TTTCACACATATCAACTA-TGAAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
* * * * * * * **
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* * ** *
503476 AAATAGTCCTAAATAGATATAAACGATAACTT
130 AAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * *
503508 TTTCACATATATCAACCT-T-AGAAACCAAGTTCAATCATTCGAACAAGTTTAATATCATGTATT
1 TTTCACACATATCAA-CTATGA-AAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATT
* ** * *
503571 GAAGCCATCCAAACTAATAAAATAAAACAATAATA-TCAAATTTGCA-TTTTGCCTTTTAACAGC
64 GAAGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATAGT-AAATTTGTATTTTTGCCTTTTAACAGC
* * * *
503634 ATAAAAAGTCCTAAACAGATGTAAACATTAGCTT
128 AAAAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * * ** *
503668 TTTCTCACATATCAACTATGAAAACCAAGTTTAATTATTCCAACAAGTTTAATATCATGTATTGA
1 TTTCACACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* * * * ** * * * * *
503733 AGCTATGCAAATTGTTAAAATAGAATAATAAAAACAAATTTGCATTTTTGGCTCTTAATAGCACA
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* * **
503798 AAAAGTCTTAAACAGTCGTAAATGATAACTT
131 AAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * * * * * *
503829 TTTCACACATATCAATTGTGGAGACCAGGTTCAATCATTTGGACAAGTTTAATATCATGTATT-A
1 TTTCACACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* * * * * *
503893 GAGCTATCCCAA-TGGTTAAAATAGAATAATAATAGAAAATTTGTATTTTTACCTATTAACGGCA
66 -AGCTATCCAAACT-GTTAAAATAGAACAATAATAGTAAATTTGTATTTTTGCCTTTTAACAGCA
* * *
503957 CAAAAAGTCTTAAATAGACGTAAACAATAACTT
129 AAAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* ** * * * * * *
503990 TTTCATACATATCAACCGTGGAAACTAAGTTCAATAATTTGGATAAGTTTAATATCATGTAATGA
1 TTTCACACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* * *
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66 AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (161 bp):
TTTCACACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATAGTAAATTTGTATTTTTGCCTTTTAACAGCAAA
AAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
Found at i:503827 original size:321 final size:319
Alignment explanation
Indices: 503024--504079 Score: 1133
Period size: 321 Copynumber: 3.3 Consensus size: 319
503014 CATTTTGGCC
* * * *
503024 TTTCACACATATCAA-TCATGGAAACCGAA-TTCAATCATTTGGAAAAGTTTAATATCATGTATT
1 TTTCATACATATCAACT-ATGAAAACC-AAGTTCAATAATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATT
* * * * * * * * *
503087 GAAGCTATCTAAACTGTTAAAACAGAACAATAATAGTAACTTTGTATTTTTTCCTTTTAACGGTA
64 GAAGCTATCAAAACTATTAAAATAGAATAATAAAAATAAATTTGTATTTTTGCCTTTTAACAGT-
* * * * *
503152 AAAAAAGTCCTAAACAGAGGTAAACAACAACTTTTGCACATATATCAAC-TATGAAAACCAACTT
128 AAAAAAGTCCTAAACAG-TGTAAACGATAACTTTTTCACATATATCAACTTA-G-AAACCAAGTT
*
503216 CAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGAAGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAA
190 CAATCATTTGAACAAGTTTAATATCATGTATTGAAGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAA
* * * *
503281 TAGCAAAATTTGTATTTTTTCCTTTTAACAGCACGAAAAA-TCCTAAACAAAGGTAAACAACAAC
255 TAGC-AAATTTGTATTTTTACCTTTTAACAGCAC-AAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAAC
503345 TT
318 TT
* * *
503347 TTTCATATATATCAA-TAGTGAAAATCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
1 TTTCATACATATCAACTA-TGAAAACCAAGTTCAATAATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
* * * * * *
503411 AAGCCATCCAAACTATTAAAATAGAATAATAACAATAATTTTATATTTTTGCCTTTTAACAATAA
65 AAGCTATCAAAACTATTAAAATAGAATAATAAAAATAAATTTGTATTTTTGCCTTTTAACAGTAA
* *
503476 AAATAGTCCTAAATAGATATAAACGATAACTTTTTCACATATATCAACCTTAGAAACCAAGTTCA
130 AAA-AGTCCTAAACAG-TGTAAACGATAACTTTTTCACATATATCAA-CTTAGAAACCAAGTTCA
* * ** *
503541 ATCATTCGAACAAGTTTAATATCATGTATTGAAGCCATCCAAACTAATAAAATAAAACAATAATA
192 ATCATTTGAACAAGTTTAATATCATGTATTGAAGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATA
* * * * * * *
503606 TCAAATTTGCA-TTTTGCCTTTTAACAGCATAAAAAGTCCTAAACAGATGTAAACATTAGCTT
257 GCAAATTTGTATTTTTACCTTTTAACAGCACAAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * ** *
503668 TTTC-TCACATATCAACTATGAAAACCAAGTTTAATTATTCCAACAAGTTTAATATCATGTATTG
1 TTTCAT-ACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATAATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
* * * * * * * *
503732 AAGCTATGC-AAATTGTTAAAATAGAATAATAAAAACAAATTTGCATTTTTGGCTCTTAATAGCA
65 AAGCTAT-CAAAACTATTAAAATAGAATAATAAAAATAAATTTGTATTTTTGCCTTTTAACAGTA
* * * * * * *
503796 CAAAAAGTCTTAAACAGTCGTAAATGATAACTTTTTCACACATATCAATTGTGGAGACCAGGTTC
129 -AAAAAGTCCTAAACAGT-GTAAACGATAACTTTTTCACATATATCAACT-TAGAAACCAAGTTC
* * *
503861 AATCATTTGGACAAGTTTAATATCATGTATT-AGAGCTATCCCAA-TGGTTAAAATAGAATAATA
191 AATCATTTGAACAAGTTTAATATCATGTATTGA-AGCTATCCAAACT-GTTAAAATAGAACAATA
* * * * *
503924 ATAGAAAATTTGTATTTTTACCTATTAACGGCACAAAAAGTCTTAAATAGACGTAAACAATAACT
254 ATAGCAAATTTGTATTTTTACCTTTTAACAGCACAAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACT
503989 T
319 T
** * * * * *
503990 TTTCATACATATCAACCGTGGAAACTAAGTTCAATAATTTGGATAAGTTTAATATCATGTAATGA
1 TTTCATACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATAATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
*
504055 AACTATCAAAACTATTAAAATAGAA
66 AGCTATCAAAACTATTAAAATAGAA
504080 CATTAGCTGT
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 102, Indels: 35
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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324 2 0.00
325 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.10, T:0.32
Consensus pattern (319 bp):
TTTCATACATATCAACTATGAAAACCAAGTTCAATAATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
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AAAGTCCTAAACAGTGTAAACGATAACTTTTTCACATATATCAACTTAGAAACCAAGTTCAATCA
TTTGAACAAGTTTAATATCATGTATTGAAGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATAGCAA
ATTTGTATTTTTACCTTTTAACAGCACAAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
Found at i:504104 original size:161 final size:159
Alignment explanation
Indices: 503024--504209 Score: 1036
Period size: 161 Copynumber: 7.4 Consensus size: 159
503014 CATTTTGGCC
* *
503024 TTTCACACATATCAATCATGGAAACCGAA-TTCAATCATTTGGAAAAGTTTAATATCATGTATTG
1 TTTCACACATATCAACCATGGAAACC-AAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
* * * * * * *
503088 AAGCTATCTAAACTGTTAAAACAGAACAATAATAGTAACTTTGTATTTTTTCCTTTTAACGGTAA
65 AAGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATA-TAAATTT-TATTTTTGCCTTTTAACAGCAC
* *
503153 AAAAAGTCCTAAACAGAGGTAAACAACAACTT
128 AAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * * * *
503185 TTGCACATATATCAACTATGAAAACCAACTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
1 TTTCACACATATCAACCATGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* *
503250 AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATAGCAAAATTTGTATTTTTTCCTTTTAACAGCAC
66 AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATA--TAAATTT-TATTTTTGCCTTTTAACAGCAC
* * *
503315 GAAAAA-TCCTAAACAAAGGTAAACAACAACTT
128 -AAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * * * *
503347 TTTCATATATATCAA-TAGTGAAAATCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
1 TTTCACACATATCAACCA-TGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTG
* * * * * **
503411 AAGCCATCCAAACTATTAAAATAGAATAATAACAATAATTTTATATTTTTGCCTTTTAACAATA-
65 AAGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAA-TATAAATTT-TATTTTTGCCTTTTAACAGCAC
* ** *
503475 AAAATAGTCCTAAATAGATATAAACGATAACTT
128 AAAA-AGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * * * *
503508 TTTCACATATATCAACCTTAGAAACCAAGTTCAATCATTCGAACAAGTTTAATATCATGTATTGA
1 TTTCACACATATCAACCATGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* ** * * *
503573 AGCCATCCAAACTAATAAAATAAAACAATAATATCAAATTTGCA-TTTTGCCTTTTAACAGCATA
66 AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATAT-AAATTT-TATTTTTGCCTTTTAACAGCACA
* * *
503637 AAAAGTCCTAAACAGATGTAAACATTAGCTT
129 AAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * * * * ** *
503668 TTTCTCACATATCAACTATGAAAACCAAGTTTAATTATTCCAACAAGTTTAATATCATGTATTGA
1 TTTCACACATATCAACCATGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* * * * * * * * *
503733 AGCTATGCAAATTGTTAAAATAGAATAATAAAAACAAATTTGCATTTTTGGCTCTTAATAGCACA
66 AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAAT-AATATAAATTT-TATTTTTGCCTTTTAACAGCACA
* * **
503798 AAAAGTCTTAAACAGTCGTAAATGATAACTT
129 AAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
*** * * * *
503829 TTTCACACATATCAATTGTGGAGACCAGGTTCAATCATTTGGACAAGTTTAATATCATGTATT-A
1 TTTCACACATATCAACCATGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* * * * * *
503893 GAGCTATCCCAA-TGGTTAAAATAGAATAATAATAGAAAATTTGTATTTTTACCTATTAACGGCA
66 -AGCTATCCAAACT-GTTAAAATAGAACAATAATA-TAAATTT-TATTTTTGCCTTTTAACAGCA
* *
503957 CAAAAAGTCTTAAATAGACGTAAACAATAACTT
127 CAAAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
* * * * * * *
503990 TTTCATACATATCAACCGTGGAAACTAAGTTCAATAATTTGGATAAGTTTAATATCATGTAATGA
1 TTTCACACATATCAACCATGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
* * * * * * ** ** *
504055 AACTATCAAAACTATTAAAATAGAACATTAGCTGTAAATTTTCATTTTTATCTTTTAATGGCATA
66 AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATA-ATATAAATTTT-ATTTTTGCCTTTTAACAGCACA
** * * **** *
504120 AAAAGTTGTAAATAGACATAAATTGCAAATT
129 AAAAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
*** * * * *
504151 ACGACACATATATCAACAATGGAAACCAAGTTCATTCATTTGAATAAGTTTAATATCAT
1 -TTTCACACATATCAACCATGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCAT
504210 AAACTTACTA
Statistics
Matches: 853, Mismatches: 152, Indels: 39
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.00
160 137 0.16
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162 186 0.22
163 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (159 bp):
TTTCACACATATCAACCATGGAAACCAAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTAATATCATGTATTGA
AGCTATCCAAACTGTTAAAATAGAACAATAATATAAATTTTATTTTTGCCTTTTAACAGCACAAA
AAGTCCTAAACAGACGTAAACAATAACTT
Found at i:509795 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 509773--509805 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
509763 TGGGTTCCAA
509773 ATGGGTATTTG-AGAAAG
1 ATGGGT-TTTGAAGAAAG
509790 ATGGGTTTTGAAGAAA
1 ATGGGTTTTGAAGAAA
509806 AATTTTAAAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.27
17 11 0.73
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.33, T:0.30
Consensus pattern (17 bp):
ATGGGTTTTGAAGAAAG
Found at i:511107 original size:178 final size:179
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Indices: 510723--511119 Score: 400
Period size: 178 Copynumber: 2.2 Consensus size: 179
510713 ATAATTATTT
* *
510723 GAACTGATTTGAT-AAAC-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAA
1 GAACTGATTTG-TCAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTACTAATTTTTGAAACATTAA
* * *
510786 AAAAATAGTTTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTCATGATAAAAC
64 AAAAATAG--TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATAGTTTCATGATAAAAC
* * * * * * *
510851 AAATGTTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
127 AAAAGTTCAAAACAACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACCATTC
* * * *
510904 GAACTCG-TTTG-CTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCGCTTATTAATTTTTTG-AACGTT
1 GAACT-GATTTGTC-AAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTCACTTACTAA-TTTTTGAAACATT
* * * * * *
510966 AATAAATTAG-TA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATAGTTTTATG-TCTAAA
62 AAAAAAATAGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATAGTTTCATGAT-AAAA
* * *
511028 CAAAAAGTT-AAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAAA-AGTCTTAACCATTC
126 C-AAAAGTTCAAAACAACTTGAAATAAATAATTATTC-AAATAATCATAACCATTC
511082 GAACTGATTTGTCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
1 GAACTGATTTGTCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
511120 TATTAATTTT
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 26, Indels: 26
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 16 0.09
178 93 0.52
179 12 0.07
181 18 0.10
182 34 0.19
183 6 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
GAACTGATTTGTCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTACTAATTTTTGAAACATTAAAA
AAATAGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATAGTTTCATGATAAAACAAAA
GTTCAAAACAACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACCATTC
Found at i:511494 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 510713--511614 Score: 674
Period size: 176 Copynumber: 5.1 Consensus size: 175
510703 TCAAACGGCT
* * *
510713 ATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAT-ATATAGTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTTTT
* * * * * * *
510776 GAAATATTAAAAAAATAGTTTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTC
60 GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
510841 ATGATAAAACAAATGTTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATC
124 ATGA-CAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
510894 ATAACTATTTGAACTCGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCGCTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATATA-GTTTTTAAA--TCT--CTTATTAA-TTTTT
** ** *
510959 G-AACGTTAATAAATTAG---TA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATAGTTTT
60 GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT
* * * *
511019 ATGTCTAAACAAAA-AGTTAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAAA-AGTC
124 ATGAC-AAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTC
* * * * *
511072 TTAACCATTCGAAC-TGATTTG-TCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGAT-AAACATATATAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* ** * ** ** *
511135 TATTATTAAATTAGTATTT-TATTTATCCGAATAAGTTTAAATG-ATCAAAAACAATT-TTTTTT
64 TATTAATAAATTAGT-TTTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
511197 GACAAA-ACAAAGATCATAGCAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATGGTT
126 GACAAACA-AAAGATCATAACAATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTC
** * * * *
511247 ATAACTAACTGAACTGGTTTGA-AAA-ATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTAAATAATTTTTGAAA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATA--TATAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
511310 TATTAATAAAGTAGTTTTATTTTAGTTTGGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA
64 TATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * *
511375 CAAATCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTCTTCAAATAGTC
128 CAAA-CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* *
511424 ATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAACATATATA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AAT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATATAGTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAAT
* * * *
511487 TTTAATAAATTAGTATTATTTCATATTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAG
65 ATTAATAAATTAGTTTTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA-
* * * *
511552 TAAACAAAAGATCAGAACAATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAGTC
128 CAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* *
511600 TTAATTATTTGAACT
1 ATAACTATTTGAACT
511615 AGTTCAGCAA
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 111, Indels: 87
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
173 24 0.04
174 14 0.02
175 108 0.19
176 150 0.26
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178 104 0.18
179 8 0.01
181 27 0.05
182 25 0.04
183 6 0.01
184 4 0.01
186 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATATAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAA
ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
Found at i:512119 original size:181 final size:175
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Indices: 511640--512119 Score: 398
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 175
511630 ATTTATTTTT
* * * * *
511640 TATT-ATAAATTACTATTATCTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAA-ATTTTATGAAAA-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
511704 CAAAAC-AAAGAGCATAACGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGTCCTATCTATTTGAGCTA
64 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA
* * * * *
511768 GTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTCAATACTCTTATTAGTTTTCAAAA
129 GTTCGATAAACAAATTTAGTTTTAAATACTCTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * * * **
511815 TCTTAATGAATCAATATTATTTTCTACTAAAT-AATTCTATATGAACAGAAACAATTGTCTTACA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAATT-T-TATGAA-AAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * ** * *
511879 ATAAAACAAAATG-TTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCCTATGGACA-AGACTATTTAAA
63 ACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTAAA
* * *
511942 CTTA-TTTGATAAGCAAATTTATTTTTTAAAT-CTCCTACCTATTAATTTTCAAAA
126 C-TAGTTCGATAAACAAATTTA-GTTTTAAATACT-CT---TATTAATTTTCAAAA
* *
511996 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAATTT-TATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA
*
512061 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
64 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
512120 GAGCTTGTTT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 61, Indels: 26
0.72 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.01
175 5 0.02
176 45 0.20
177 52 0.23
178 12 0.05
180 1 0.00
181 106 0.46
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAATTTTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT
TCGATAAACAAATTTAGTTTTAAATACTCTTATTAATTTTCAAAA
Found at i:512616 original size:182 final size:179
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Indices: 512158--514674 Score: 1568
Period size: 181 Copynumber: 14.0 Consensus size: 179
512148 GATATAACTA
** * * * * ** * * *
512158 TTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTACTCAAGTAGTTATGACAAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTAT
** * * * * * * * **
512223 TAAAACTTGTTTGATAAACATATTTATATTTAAAATATTTTACTTATTAATTCTCAAAATATTAA
65 TTGAACTTGATCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAA
* * *
512288 -AAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
129 TAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * * *
512338 TTTTATGACAAAA-TAAA-GTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGTTCAATTAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * * * *
512401 TTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCTAAATATTA
65 TTGAACTTGA-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * *
512465 ATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTA
128 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTG
* * *
512518 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATGGATAATTATTCAAAGAGTAGTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA-TAACTAT
* * *
512583 TTGAACTTGATCGATAAATAGATTCAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAA
65 TTGAACTTGATCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * ** *
512644 TAAATTAG-ATTTATGTTATTCTG-AGTCAGCTTGTACAAACAAAAACAATTAG
129 TAAATTAGTA-TTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-G
* * * * * *
512696 TTTGTA--ATAAAACAAAAGGTTATAACGCTTTAAAATTGATAATTGTTCAAACAGTTATAATTA
1 TTT-TATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTA
* * * ** *
512759 -TTCATA-TTGGTC-AGTCCAACAGATTCGTTTTTTAAAGTC-ATTACTTATTAA-TTTTAAGGA
64 TTTGA-ACTTGATCGA-T-AAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAA--A
* * * * * * *
512819 TATT-ATCAAATTAGCATTACTTTATTTTG-AATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAACTA
123 TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * * *
512876 TTTTATGATAAAACAAATA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTA
* * * * * * *
512940 -TTGAACTGGTAT-GTTAAATAGTTTTACTTTTT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATT
64 TTTGAACTTG-ATCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATT
* * * * * * *
512999 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * * * * * * *
513052 CTTTACGACAAAATAAAAGGTCT-TACCAATTTGGAATAGATAATTATT-TAATAGCCT-TAATT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TATAACT
* * ** * * * * *
513114 ATTTGAA-TTGGTTTGGCAAAAAAAATTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTATAATA
63 ATTTGAACTT-GATCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATA
* * * * * * *
513178 TTATTAGATTAGTATTATTGTATTCTG-AATAAGCTTATATGAACATAAATAATTG
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * *
513233 TTTTATGACAATACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * * *
513298 TTGAACTAGTTC-AGTAAGCATA-TT-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
65 TTGAACTTGATCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * ** * *
513360 ATAAGTTAGTATTATTTTATTT-AGAACAAGCTACTATG-TTGAAAAACATTTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTG
* * ** *
513412 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GATGATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T-ATAACTA
* ** ** * *
513476 TTTGAA-TTGATTCAATAAACTTATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATT
64 TTTGAACTTGA-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * * * *
513540 AATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATAAACT-AAAACAATTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTG
* * * * *
513593 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * * * *
513658 TTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTAGTTTTTTAAA-CTTCTTGCTTACTAATTTTTTGAATGT
65 TTGAACTTGATCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTAAATAT
** * * * *
513721 TAATAAAAGAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGAATGAACT-GAAACAATTA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCT-TGTATGAA-TAAAAACAATTG
* * * * * *
513775 TTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTAT
** * * * * *
513840 TTGAACCGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAT
65 TTGAACTTGATCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
** * * * **
513905 TAGTTTAGGAAATATTTTACTCCAAAT-AGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
129 TAAATTA-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * * * *
513956 TTTTATAACAAAAC-AAAGATAATAGCGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * **
514020 TTGAA-ATGATTTTG-TAAACAAATTTAGGTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTGAACTTGA--TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* ** *
514079 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAATTTTGCATGAATAAAAACAATTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
** * * *
514132 TTTTA-GA-AAAA-AAATA--TTATAATAATTTGAAATAGATAATAGCTT-AAATGGATATGACT
1 TTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG-TATAACT
* * * * * * ** *
514191 ATTT-AAATTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTCTCCAAATTATTAATTTTTAGAATAT
63 ATTTGAACTTGA-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATAT
* * * * * *
514255 TAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAACAAACTTATAAGAACT-AAAACAATTG
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTG
* * * *** * * *
514309 TTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATTGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * ** * * **
514374 TTGAACTTGTTTGGTAAACATTTTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTA
65 TTGAACTTGATCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * * * *
514439 ATAAATTAATATTATTTTATTCCG-AATAAACATGTATGAATAGAAACAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
** * * * ** * **
514491 TTTTATGACAAAACAAAAGGACATAGCAAGTTGAAATA-AGTAATTGCACAAATAATCATAAAGA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGT-ATAACTA
* * * *
514555 TTTGAACTT-ATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTTTAATATT
64 TTTGAACTTGA-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATT
* * * *
514619 AATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAA-AATTA
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
514671 TTTT
1 TTTT
514675 TTAAAAATTT
Statistics
Matches: 1828, Mismatches: 390, Indels: 238
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.00
173 51 0.03
174 9 0.00
175 35 0.02
176 154 0.08
177 157 0.09
178 148 0.08
179 188 0.10
180 152 0.08
181 524 0.29
182 393 0.21
183 11 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATT
TGAACTTGATCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
Found at i:514377 original size:716 final size:721
Alignment explanation
Indices: 512978--514510 Score: 1624
Period size: 716 Copynumber: 2.1 Consensus size: 721
512968 TTTTAAGTCT
* * ** * * * *
512978 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAAC-TTATATGAACA
1 CTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAAAGAATATTATTTTATTCCAAATAAACATGA-ATGAATA
* * ** * * *** *** * *
513042 AAAACATTTGCTTTACGACAAAATAAAAGGTCTTACCAATTTGGAATAGATAATTATT-TAATAG
65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
* * ** * * *
513106 CCTTAATTATTTGAATTGGTTTGGCAA-AAA-AAATT-ATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGT
130 TCTTAACTATTTGAACCGG-TT--CAATAAACACATTGA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * *
513168 TTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTATATGAACATAAATAATTG
191 TTTTAAAATATTATTAGATTAGAAATATTGTACTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTG
* * * * * *
513233 TTTTATGACAATACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
256 TTTTATAACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
513298 TTGAACTAGTTCAGTAAGCATATTTTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
321 TTGAAATAGTTCAGTAAACAAATTTGTTTTAAA-CTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
513363 AGTTAGTATTATTTTATTTAGAACAAGCTACTATGTTGAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
385 AATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAGCTACTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAA
* * *
513428 AAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGATGATAATTATTTGAATTGATTCAATA
449 AAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGATGATAACTATTTAAATTGATTCAATA
* * *
513493 AACTTATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTT
514 AACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTT
* *** * * * *
513558 TATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAGGAT
579 TAGTTCAAACAAACTTATATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGAT
* * * *
513623 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTAGTTT
644 TTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTT
513688 TTT-AAA-CTTCTTG
708 TTTAAAATCTT-TTG
* *** * * * **
513701 CTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAAAGAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTATGAATGAACT-
1 CTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAAAGAATATTATTTTATTCCAAATAAACATGAATGAA-TA
*
513765 GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
513830 TCTTAACTATTTGAACCGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
130 TCTTAACTATTTGAACCGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
513895 AAAATATTATTAGTTTAGGAAATATTTTACTCCAAAT-AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
195 AAAATATTATTAGATTA-GAAATATTGTACTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * *
513959 TATAACAAAAC-AAAGATAATAGCGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
259 TATAACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
**
514023 AAAT-GATTTTGTAAACAAATTTAGGTTTTAAA-T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
324 AAATAG-TTCAGTAAACAAATTT--GTTTTAAACTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * ** *
514084 ATTAGTATTATTTTATTTGGAATAATTTTGC-ATGAAT-AAAAACAATTGTTTTA-G-AAAA-AA
386 ATTAGTATTATTTTATTTAGAACAA-GCTACTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAACAA
* * * * **
514144 AATATTAT-AATAATTTGAAATAGATAATAGCTT-AAATGGAT-ATGACTATTTAAATTTATTTG
449 AAGATCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATAG-TTCAAAT-GATGATAACTATTTAAATTGATTCA
* * * * *
514206 GTAAA-TAGATTTATTTTTTAACTCTCCAAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAT
511 ATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAATAT
* *
514269 TATTTTAGTTCAAACAAACTTATA-AGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCAT
574 TATTTTAGTTCAAACAAACTTATATA-AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** **
514333 -TGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATTT
638 AAG-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAT
514397 TTATTTTTTAAAATCTTTTG
702 TTATTTTTTAAAATCTTTTG
* ** * *
514417 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACATGTATGAATAG
1 CTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAAAGAATATTATTTTATTCCAAATAAACATGAATGAATAG
*
514482 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
514511 ACATAGCAAG
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 123, Indels: 51
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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719 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (721 bp):
CTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAAAGAATATTATTTTATTCCAAATAAACATGAATGAATAG
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
CTTAACTATTTGAACCGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
AAATATTATTAGATTAGAAATATTGTACTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
TAACAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
ATAGTTCAGTAAACAAATTTGTTTTAAACTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTAGAACAAGCTACTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGATCA
TAAATATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGATGATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACTGAT
TTATTTTTTAAATCTCCAAATTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAGTTCA
AACAAACTTATATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT
CTTTTG
Found at i:515464 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 514999--517262 Score: 542
Period size: 180 Copynumber: 12.4 Consensus size: 179
514989 TTGGTTTGGC
* *
514999 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAAC-AATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * *
515064 TTATTTCGAATAGACTTCTATG-ATGAAAAACAATT-GTTTAT-AACAAAACAAATGTCAATAAT
64 TTATTTCGAATAAACTTCTATGAAT-AAAAA-AATTATTTTATGAAAAAAACAAATGTCAATAAT
* * * * *
515126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTAAACCAATTCGAT
127 GATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAATTCAAT
* * * *
515179 AAACTAAATTATTTTTTAAATCTTTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATT
1 AAAC-AATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * *
515244 TTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAAACAAAATGTC-ATAT
64 TTATTTCGA-ATAAACTTCTATGAA-TAAAAAAATTATTTTATGAAAAAAAC-AAATGTCAATAA
* * * * ***
515307 TTATTTTAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAAT
126 TGATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAATTCAAT
** * *
515361 AAACAGATTTATATTTTTAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACA-ATTTAT-TTTTTAAATTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * ** * *
515425 TTTTATTACGAATAAACATGTGTGAACTAAAAAAATTATTTTATG-ACTAAACAAAAGATC-AGA
62 TTTTATTTCGAATAAACTTCTATGAA-TAAAAAAATTATTTTATGAAAAAAACAAATG-TCAATA
** * * ** ** * * * ***
515488 ACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAATCTTAATTATTTAAACTAGTTCGGC
125 ATGATTTGAAACAGATAA-TAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAATTCAAT
** * * * * * ** *
515543 AAACACATGCATTTTTTAAA---TCACTTATTAACTTTT-AGAATACTATTAATTTAGCAATATT
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * *
515604 TTACTCCGAATAAGCTTGC-ATGAATATAAATAATTATTTTATG-ATAAAACAAATATC-ATAAT
64 TTATTTCGAATAAACTT-CTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGAAAAAAACAAATGTCAATAAT
* * * *** * ** **
515666 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTAATGATTTGAGATAGATAATT-GTT
127 GATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCA-AA--ACT-ATTT-A-A-A-CCAATTCAAT
* * ** * ** * *
515726 CAAATAATCATAACTATTAGAACTGATTTGATAAACAGATT-TTGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
1 -AAACAAT-TTATTTTTTA-AA-T--TTT--T--ACTTATTAAT-TTTTGAAA-----TATTAA-
* * ** * *
515790 TTGTTGAAATATTAATAAATTGGAATTATTTTATTTTGAATTATTTTGTATGAATAGAAACAATT
49 ----T--AA-ATTAAT--ATT---AT---TTTATTTCGAATAAACTTCTATGAATA-AAAAAATT
* * * * * * * * ** **
515855 GTTTTA-CAATAAAATATAATGT-TATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGATATGAC
98 ATTTTATGAAAAAAACA-AATGTCAATAATGATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAAC
* *** * *
515918 TATTTGAACTTGTTTAGT
162 TATTTAAACCAATTCAAT
* * **** * * *
515936 GAACAAATTTATTTTTCAAATCCCAATTTATAAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAAC-AATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * * **
516000 TTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATG-ATAAAACAAAATATC-ATAGC
64 TTATTTCGAATAAACTTCTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGAAAAAAAC-AAATGTCAATAAT
* * * * * * ** *
516063 GATTTGGAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-AGT
127 GATTTGAAACAGATAA-TAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAAC-CAATTCAAT
* * * * *
516116 AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-CTTTGGAATTTTAATAAATTAGTACTATTT
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * ** * * *
516180 TATTCCCAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATG-ACAAAACAAAATATC-ATAACG
65 TATTTCGAATAAACTTCTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGAAAAAAAC-AAATGTCAATAATG
* * ** * *
516243 ATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAATCATAATTATTTAAA-C-ATGTACAGA-
128 ATTTGAAACAGATAA-TAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAAT-T-CA-AT
* * * * *
516295 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTAATTAATTTTTCAAATATAAATAAATTTATATTATTT
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * ** *
516360 TA-TTCAAAATAAGCTTGC-ATGAACAGAACTAATTATTTTATG-ACAAAACAAAATGTC-ATAA
65 TATTTC-GAATAAACTT-CTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGAAAAAAAC-AAATGTCAATAA
* * * * * * * * *
516421 TGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAA-CATGTTCAGT
126 TGATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCA-ATTCAAT
* * * * *
516475 AAACAGATTCATTTTTTAATTCTTTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* ** * * * * * * * * *
516539 TTATTTCAAATAAGTTTATATAAACTGAAACAATTTTTTTTAT-TATAAAACAAAAGGTC-ACAA
64 TTATTTCGAATAAACTTCTATGAA-T-AAAAAAATTATTTTATGAAAAAAAC-AAATGTCAATAA
* * ** ** * ***
516602 TGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACTTGTTCAA-
126 TGATTTGAAACAGATAA-TAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAATTCAAT
* * **
516655 AAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * *
516720 GTAATTT-GAATAAACTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAACAA-AAA-GTC-ATAA
64 -TTATTTCGAATAAACTTCTATGAATAAAAA-AATTATTTTATGA-AAAAAACAAATGTCAATAA
* * * * * * * * *** ***
516781 -GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-GATTTGAGCTTGTTTTGT
126 TG-ATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAATTCAAT
* * * **
516834 AAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTGTCTT--TATATTAATAAATTTGTATTA
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * * *
516897 TTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTACG-ACAAAACAAAAGGT-TAT
62 TTTTATTTC-GAATAAACTTCTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGAAAAAAAC-AAATGTCAAT
*** * * * * * * * *** * *
516959 AGCAATTTCAAAAAGATAATTGTTGAAATAG-TATAATTATTTAAACTTGTTCGAC
124 AATGATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAATTCAAT
* * * * *
517014 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTAT
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * * * *
517078 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTTATG-ACAACACAAAAGGTC-ATA
63 TTTATTTCGAATAAACTTCTATGAA-T-AAAAAAATTATTTTATGAAAAAAAC-AAATGTCAATA
* * * * * ** * *
517141 ACGATTTGAAATAGATAATAATTTAAATAGTC-TGACTATTT-GACCTAGTTCAAT
125 ATGATTTGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACC-AATTCAAT
* * * * *
517195 AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTCATTAATTGTTGAAATGTTAATTAATTAGTATTATT
1 AAACA-ATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
517260 TTA
64 TTA
517263 ATCCAAATAT
Statistics
Matches: 1582, Mismatches: 376, Indels: 251
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
ATTTCGAATAAACTTCTATGAATAAAAAAATTATTTTATGAAAAAAACAAATGTCAATAATGATT
TGAAACAGATAATAGTTCAAATAGCCAAAACTATTTAAACCAATTCAAT
Found at i:515756 original size:45 final size:39
Alignment explanation
Indices: 515662--515741 Score: 151
Period size: 39 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
515652 ACAAATATCA
*
515662 TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAAC
1 TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAC
515701 TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAC
1 TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAC
515740 TA
1 TA
515742 TTAGAACTGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
39 40 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.12, T:0.38
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TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAC
Found at i:515759 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 515670--515751 Score: 119
Period size: 39 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
515660 CATAATGATT
* **
515670 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTAATGATT
1 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATGAAC
*
515709 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAAC
1 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAAT-GAAC
515749 TGA
1 TGA
515752 TTTGATAAAC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 33 0.87
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ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (39 bp):
TGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATGAAC
Found at i:516102 original size:180 final size:179
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Indices: 515705--517271 Score: 1313
Period size: 180 Copynumber: 8.7 Consensus size: 179
515695 TATAACTAAT
* * * * * *
515705 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAAC-TGATT-TGATAAACAGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACATATTT
* * **
515768 -TGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTGGAATTATTTTATTTTGA
64 AT-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTT-TT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * * ** * * * * *
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126 ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * * * *
515883 GATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTTAGTGAACAAATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT
* *** * * **
515946 ATTTTTCAAATCCCAATTTATAAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
64 ATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
516011 AAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAGC
128 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * *
516063 GATTTGGAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-AGTAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTA
* * ** * * * *
516127 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAACTTTGGAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCCAATAA
65 TTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
516192 GCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATATCATAAC
130 GCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * * * * *
516242 GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACATGTACAGAAAACATATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * * *
516307 TTTTAAAATTTTTACTAATTAATTTTTCAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAAT
66 TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* * * *
516370 AAGCTTGCATGAACAGAACTAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
128 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * * * *
516422 GTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTCAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * *
516487 TTTTTAATTCTTTTACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * * * *
516552 GTTTATATAAACTGAAACAATTTTTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAAT
130 GCTTGTATGAACAGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * ** *
516603 GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACTTGTTCA-AAAACATATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* ** * * *
516667 TTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAAT
66 TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAAT
* * * * *
516731 AAACTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAAGTCATAA-
128 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * * ** * *
516781 GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-GATTTGAGCTTGTTTTGTAAAAAGATTTA
1 G-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA
* * * *
516845 TTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTGTCTT-TATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAA
65 TTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* ** * * * *
516908 ATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAGC
126 ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * * * * * * *
516962 AATTTCAAAAAGATAATTGTTGAAATAGT-ATAATTATTTAAACTTGTTC-GACAAACAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTA
* * *
517025 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** * * *
517090 AAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTTATGACAACACAAAAGGTCATAAC
128 AAGCTTGTATGAACAGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * * * *
517143 GATTTGAAATAGATAATAATTTAAATAGTC-TGACTATTTGACCTAGTTCAATAAACATATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * * * * * *
517207 TTTTTAAATTTTTTACTCATTAATTGTTGAAATGTTAATTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
66 TTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
517272 TTATTATTTA
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 232, Indels: 79
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.00
178 70 0.06
179 292 0.26
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* *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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*
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1 AA
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*
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*
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*
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*
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*
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1 AAAAA
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**
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*
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*
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*
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1 AAAAAATGAA
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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590387 GCCTCTGTTTAGAGGAGCA
61 GCCTCTGTTTAGAGGAGCA
* *
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1 ATTTA-CTTTTCAAAGTTCGTTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTTCAAAG-TCGTTGCC
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* *
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*
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1 ATTTACTTTTCAAAGTT-CGTTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTT-CAAAGTC--GTTG
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62 CCTCTGTTTAGAGGAGCA
* * * *
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1 ATTTACTTTTCAAAGTTCGTTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTTC-AAAGTCGTT--GC
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63 CTCTGTTTAGAGGAGC
590733 TTCGGCCAAA
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*
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* *
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*
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*
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* *
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AAAAAAAAACAAAAAAACAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAATC
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* * * * * *
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** ** * * *
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A
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* *
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TTA
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***
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T
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* *
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* *
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* *
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*
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*
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* * * *
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*
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* * * *
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* *
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* *
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* *
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*
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1 TT
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*
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603524 GTAGGGAGGC
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AAAAGAAAAAGAAAA
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*
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*
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1 TTT
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1 TTTTTACTTTCAAGCTCA
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Statistics
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*
609149 TGTTACTTAAG-TTAATTTGATTAGATTACA
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*
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608705 CTTATCTATT
*
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*
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** * * * * *
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*
608910 CTTTTATTATTCTTAAGTTTTTCTTTATTACAATTTAAGTTGTTCAAGTTTATTTTCAGTTCCCA
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* *
608975 AAGCATTTTAAGTTTCAATTTTCAAGTTTTAGTTTTTGCTCTTACTTTTTCAATTCAAATCAATT
260 AAGCATTTTAAGTTTCAATTTTCAAGTTTAAGTTTTTGCTCTTACTTTTTCAATTCAAATAAATT
* * *
609040 TAAGTTTATAATTTATTTACTGTTTCTCTTTAATATGAAGTTTGCATGCTATAATTAATTAATTT
325 TAAGTTTATAATTTACTTACTATTTCTCTTTAATATGAAGTTTGCAGGCTATAATTAATTAATTT
* * *
609105 TAATTTGGTTTACATGTTAATGTTTTGGTTTTGATTTAATTTGTTGTTACTTAAGTTAATTTGAT
390 TAATTTGGTTTACATGTTAATGTTTTGGTTCTGATTTAATTTGCTATTACTTAAGTTAATTTGAT
** *
609170 TAGATTACATGTTATTAAGTTTAATTTAATTTGATTAAAGTTTAAT-TTTTTTAATTTGCATGTT
455 TAGATTACATGTTATTAAGTTTAATTTAATTTGATTAAAGTTTAATCAATTTTAATTTGCATGGT
* *
609234 TTAATGATTAATTAGGTTTAGTTAAGTTAAGATAAGTATAATTTGATAGTATTGCATGATAA
520 TTAAGGATTAATTAGGTTTAATTAAGTTAAGATAAGTATAATTTGATAGTATTGCATGATAA
* * ** *
609296 TAGGGTTTATTGTATTCTTGATCTATAAATAGCTAGCTTAGGCATTAGGAAAAAGCATAGTTGGG
1 TAGGGTTTATTGTATTCTTGATCTACAAATAGCTAACTTAGGCATTAGGAAAAAGCATAACTGAG
* * * *
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* * *
609424 TTAGTTCATGGTTAAGGTGACAGACTAATTTTTAGTTTAATAGC-TCTTCTTCTTTTCTCTTAAG
130 TTAGTTCATGGGTAAGGTGACAAACTAATTTTTAGTTTAATAACTTCTTCTTCTTTTCTCTTAAG
* * * *
609488 TTTTTATTGTTCTTAAGTTTTTCTTTATTGCAATTTAAGTTGTTCAAGTTTATTTTCAATTCTCA
195 CTTTTATTATTCTTAAGTTTTTCTTTATTACAATTTAAGTTGTTCAAGTTTATTTTCAATTCCCA
* * * * *
609553 AATCATTTTAAGTTTTAGTTTTCAAGTTTAAGTTTTTGTTCTTGCTTTTTCAATTCAAATAAATT
260 AAGCATTTTAAGTTTCAATTTTCAAGTTTAAGTTTTTGCTCTTACTTTTTCAATTCAAATAAATT
* * *
609618 TAAGTTTATGCAATTTACTTACTATTTCTCTTTAATTTGAAGTTTGCAGGTTGTAATTAATTAAT
325 TAAGTTTAT--AATTTACTTACTATTTCTCTTTAATATGAAGTTTGCAGGCTATAATTAATTAAT
* *
609683 TTTAATTTGGTTTACATGTTAATGTTTTGGTTCTGATTTAGTTTGCTATTAGTTAAGTTAATTTG
388 TTTAATTTGGTTTACATGTTAATGTTTTGGTTCTGATTTAATTTGCTATTACTTAAGTTAATTTG
* * * * *
609748 ATTAGATTGCATGTTTTTAGGTTTAATTTAATTTGGTTAAGGTTTAATCAATTTTAATTTGCATG
453 ATTAGATTACATGTTATTAAGTTTAATTTAATTTGATTAAAGTTTAATCAATTTTAATTTGCATG
*
609813 GTTTAAGGATTAATTAGGTTTAATTAAGTTAAGATAAGTTTAATTTGATAGTATTGCATGATA
518 GTTTAAGGATTAATTAGGTTTAATTAAGTTAAGATAAGTATAATTTGATAGTATTGCATGATA
609876 TTAAGATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (581 bp):
TAGGGTTTATTGTATTCTTGATCTACAAATAGCTAACTTAGGCATTAGGAAAAAGCATAACTGAG
GTGACAACCAAATATTTAGCTACTTTGCTCTTTTTTACTATTCTTTTACTATTTTAAACTTGTTT
TAGTTCATGGGTAAGGTGACAAACTAATTTTTAGTTTAATAACTTCTTCTTCTTTTCTCTTAAGC
TTTTATTATTCTTAAGTTTTTCTTTATTACAATTTAAGTTGTTCAAGTTTATTTTCAATTCCCAA
AGCATTTTAAGTTTCAATTTTCAAGTTTAAGTTTTTGCTCTTACTTTTTCAATTCAAATAAATTT
AAGTTTATAATTTACTTACTATTTCTCTTTAATATGAAGTTTGCAGGCTATAATTAATTAATTTT
AATTTGGTTTACATGTTAATGTTTTGGTTCTGATTTAATTTGCTATTACTTAAGTTAATTTGATT
AGATTACATGTTATTAAGTTTAATTTAATTTGATTAAAGTTTAATCAATTTTAATTTGCATGGTT
TAAGGATTAATTAGGTTTAATTAAGTTAAGATAAGTATAATTTGATAGTATTGCATGATAA
Found at i:613437 original size:17 final size:16
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613394 TTTGGGGTTA
613404 GATTTTTTTCAAATTT
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*
613420 GATTTTTTTCGAATTT
1 GATTTTTTTCAAATTT
613436 TGGTCTTTAG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.06, G:0.09, T:0.62
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GATTTTTTTCAAATTT
Found at i:621165 original size:45 final size:45
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Indices: 621102--621191 Score: 135
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621092 CCTTTGTCTT
* * *
621102 TCTTAGTCACTTGGATGCATTTGATTCATTTTAATAGCCTCAACG
1 TCTTAGTCACTTGGATGCATGTAATTCATTTTAATAACCTCAACG
* *
621147 TCTTAGTCATTTGGATGCATGTAATTCTTTTTAATAACCTCAACG
1 TCTTAGTCACTTGGATGCATGTAATTCATTTTAATAACCTCAACG
621192 AAATCCACCA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (45 bp):
TCTTAGTCACTTGGATGCATGTAATTCATTTTAATAACCTCAACG
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Indices: 626201--626251 Score: 59
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626191 ATTTTTACTC
626201 TAAAATATAT
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1 TAAAATATAT
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1 TAAAAT-ATAT
*
626231 AAAAATATATTT
1 TAAAATATA--T
626243 TAAAATATA
1 TAAAATATA
626252 GTCGGGCCTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 6
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TAAAATATAT
Found at i:626225 original size:19 final size:19
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Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
626191 ATTTTTACTC
626201 TAAAAT-ATATTAAAAATAT
1 TAAAATGATA-TAAAAATAT
626220 TAAAATGATATAAAAATAT
1 TAAAATGATATAAAAATAT
626239 ATTTTAAAAT
Statistics
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TAAAATGATATAAAAATAT
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632040 AGTTAGAGAG
632050 TTTTCATATGCT
1 TTTTCATATGCT
632062 TTTTCATATGCT
1 TTTTCATATGCT
632074 T
1 T
632075 GGCCAGTATT
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1.00 0.00 0.00
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TTTTCATATGCT
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634002 ATTTGTTTTG
* *
634012 TTTCCATCTTGTAAGAGTTTTGGTAAAATTTGGCAGTCATACAAGACTCTCAATGCATTTCCTTC
1 TTTCCATCCTGTAAGAGTTTTGGTAAAATTTAGCAGTCATACAAGACTCTCAATGCATTTCCTTC
* * * * * * *
634077 AATTTGGCTTGCTTTTTGTGAGTGATATCTTCATCAG-TTTCCCATCTTTTTGGATAATTGACAA
66 AATTTGGATTGCATCTTCTGAGTGACATCTTCATCAGTTTTCCCATCATTTTGAATAATTGACAA
634141 TGTTGGTCTTA
131 TGTTGGTCTTA
* ** *
634152 TTTCCATCCTGTAAGAGTTTTGGTAAAATTTAGCAGTTAT-CTTGTACTCTCAATGTATTTCCTT
1 TTTCCATCCTGTAAGAGTTTTGGTAAAATTTAGCAGTCATACAAG-ACTCTCAATGCATTTCCTT
* * *
634216 CAGTTCT-GATTGGATCTTCTGAGTGACATCTTTATCAGTTTTCCCATCATTTTGAATAATTGA
65 CAATT-TGGATTGCATCTTCTGAGTGACATCTTCATCAGTTTTCCCATCATTTTGAATAATTGA
634279 ACCAAGAGTT
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TTTCCATCCTGTAAGAGTTTTGGTAAAATTTAGCAGTCATACAAGACTCTCAATGCATTTCCTTC
AATTTGGATTGCATCTTCTGAGTGACATCTTCATCAGTTTTCCCATCATTTTGAATAATTGACAA
TGTTGGTCTTA
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638693 TTATCTTTAA
* * * *
638703 AAAAAAATCCTTTTATTGTCAAAATTTAGGAAAAATTAATCTTTCAAAAATTTTCATAATTATTT
1 AAAAAAAT-CTTTTATTGTAAAAATTTAAGAAAAATTAATATTTCAAAAATTTTCA-AATAATTT
* * * **
638768 GAAAAATTCTTTTATTGTAAAAATTTAAGAAACATTAATATTTCAAATTTTTTTC-AATAATTT
1 AAAAAAATCTTTTATTGTAAAAATTTAAGAAAAATTAATATTTCAAA-AATTTTCAAATAATTT
*
638831 AAACAAAATCTTTTTTTGT
1 AAA-AAAATCTTTTATTGT
638850 TGTGAAAATT
Statistics
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AAAAAAATCTTTTATTGTAAAAATTTAAGAAAAATTAATATTTCAAAAATTTTCAAATAATTT
Found at i:639035 original size:13 final size:13
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639008 GCAAAATAAC
639018 AAATAAAAAAATA
1 AAATAAAAAAATA
* *
639031 GAATAAATAAAACA
1 AAATAAA-AAAATA
* *
639045 AAACAAAAAAATT
1 AAATAAAAAAATA
*** *
639058 ATGCATAAAAAT-
1 AAATAAAAAAATA
639070 AAATAAAATAAATCA
1 AAATAAAA-AAAT-A
*
639085 AAATAAATAAATA
1 AAATAAAAAAATA
*
639098 AAACAAAA
1 AAATAAAA
639106 CTAAAATGAA
Statistics
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12 4 0.07
13 30 0.55
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15 7 0.13
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Consensus pattern (13 bp):
AAATAAAAAAATA
Found at i:639077 original size:10 final size:10
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Indices: 639062--639095 Score: 52
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639052 AAAATTATGC
639062 ATAAAAATAA
1 ATAAAAATAA
639072 AT-AAAATAA
1 ATAAAAATAA
*
639081 ATCAAAATAA
1 ATAAAAATAA
639091 ATAAA
1 ATAAA
639096 TAAAACAAAA
Statistics
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0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
9 9 0.41
10 13 0.59
ACGTcount: A:0.76, C:0.03, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (10 bp):
ATAAAAATAA
Found at i:639089 original size:19 final size:18
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Indices: 639065--639110 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
639055 ATTATGCATA
*
639065 AAAATAAATAAAATAAATC
1 AAAATAAAT-AAATAAAAC
639084 AAAATAAATAAATAAAAC
1 AAAATAAATAAATAAAAC
639102 AAAACTAAA
1 AAAA-TAAA
639111 ATGAATTAAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.48
19 13 0.52
ACGTcount: A:0.76, C:0.07, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (18 bp):
AAAATAAATAAATAAAAC
Found at i:641115 original size:3 final size:3
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Indices: 641107--641153 Score: 69
Period size: 3 Copynumber: 15.7 Consensus size: 3
641097 TCATTTTTTC
*
641107 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TCA TTTA TT- TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TTA TTA TTA
641152 TT
1 TT
641154 TTAGGTGGAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 4
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 36 0.90
4 2 0.05
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:643032 original size:26 final size:25
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Indices: 642979--643032 Score: 65
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
642969 AATTTAGAAA
* *
642979 TTGTAAATATTTTTGTACATTATGT
1 TTGTAAATAGTTTTGTAAATTATGT
643004 TTGTATAATAGTTTTGTATAATTAT-T
1 TTGTA-AATAGTTTTGTA-AATTATGT
643030 TTG
1 TTG
643033 GAATTAATTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 5 0.20
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27 5 0.20
ACGTcount: A:0.28, C:0.02, G:0.13, T:0.57
Consensus pattern (25 bp):
TTGTAAATAGTTTTGTAAATTATGT
Found at i:644186 original size:18 final size:19
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Indices: 644146--644201 Score: 78
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
644136 ATGAGACCTA
644146 GTTGGTTTTAGGGTTTAGGG
1 GTTGG-TTTAGGGTTTAGGG
644166 GTTGGTTTAGGGTTT-GGG
1 GTTGGTTTAGGGTTTAGGG
* *
644184 GTTAGTTTAGGGTCTAGG
1 GTTGGTTTAGGGTTTAGG
644202 TTAAGGTTTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.48
19 12 0.36
20 5 0.15
ACGTcount: A:0.11, C:0.02, G:0.45, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
GTTGGTTTAGGGTTTAGGG
Found at i:644279 original size:19 final size:18
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Indices: 644203--644280 Score: 50
Period size: 19 Copynumber: 4.1 Consensus size: 18
644193 GGGTCTAGGT
644203 TAAGGTTTCGGTTTTAGGGTC
1 TAAGGTTT-GG-TTTAGGG-C
* * *
644224 TAA-GTTAGGGTTTTGGGT
1 TAAGGTT-TGGTTTAGGGC
* *
644242 TAGGGTTTAGTTTAGGGGC
1 TAAGGTTTGGTTTA-GGGC
644261 TAAGGTTTGGATTTAGGGC
1 TAAGGTTTGG-TTTAGGGC
644280 T
1 T
644281 TACGATTAGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 10, Indels: 10
0.68 0.16 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.14
19 25 0.58
20 9 0.21
21 3 0.07
ACGTcount: A:0.17, C:0.05, G:0.37, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
TAAGGTTTGGTTTAGGGC
Found at i:646069 original size:144 final size:141
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Indices: 645682--646073 Score: 371
Period size: 144 Copynumber: 2.7 Consensus size: 141
645672 TGATTTTAAA
*
645682 GCACCAAAAATCTTAAAATATTATGAAATCATGATTTGAAAGTTTTTATGAAAAATTGACCTCAA
1 GCACC-AAAATCTTAAAATATTATGAAATTATGATTTGAAAG-TTTTATGAAAAATTGACCT-AA
* * * ** * * *
645747 -AAAGTTCAAATTATAAAAACACCCCTAAAGGATATTTTAGTAATTTTACACCTTTCGAGGTGCG
63 GAAAGATCAAATTACAAAAATACCCCTAAAGGGCATTCTAGTAATTTTACACATTTCAAGGTGCG
645811 ATAAAGGTTTCCAAT
128 ATAAAGGTTTCC-AT
* * * * * * * **
645826 GCACTACAAATCATAAAATAATT-TAAAAATGTGATCTGAAACATTTTATGAAAAATTGACCTTG
1 GCACCA-AAATCTTAAAAT-ATTATGAAATTATGATTTGAAA-GTTTTATGAAAAATTGACCTAA
* * * * *
645890 GGAATATCAAATTACAAAAATACTCGTAAAAGGCATTCTAGTAATTTTACACA-TTCTAAGGTGC
63 GAAAGATCAAATTACAAAAATACCCCTAAAGGGCATTCTAGTAATTTTACACATTTC-AAGGTGC
* *
645954 GATCAAGGTATTTGC-T
127 GATAAAGG--TTTCCAT
* *
645970 GCACCAAAATTCTTGAAATATTATGAAATTATGATTT-AGAAGTTTTCGTGAAAAATTGACCTAA
1 GCACCAAAA-TCTTAAAATATTATGAAATTATGATTTGA-AAGTTTT-ATGAAAAATTGACCTAA
* *
646034 GAAAGGTCAAATTACAAAAATACCCCTTAAGGGCATTCTA
63 GAAAGATCAAATTACAAAAATACCCCTAAAGGGCATTCTA
646074 ATTATTTCAC
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 43, Indels: 22
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
143 15 0.08
144 172 0.89
145 3 0.02
146 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (141 bp):
GCACCAAAATCTTAAAATATTATGAAATTATGATTTGAAAGTTTTATGAAAAATTGACCTAAGAA
AGATCAAATTACAAAAATACCCCTAAAGGGCATTCTAGTAATTTTACACATTTCAAGGTGCGATA
AAGGTTTCCAT
Found at i:646096 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 645896--646209 Score: 319
Period size: 144 Copynumber: 2.2 Consensus size: 144
645886 CTTGGGAATA
* * * * * *
645896 TCAAATTACAAAAATACTCGTAAAAGGCATTCTAGTAATTTTACACATTCTAAGGTGCGATCAAG
1 TCAAATTACAAAAATACCCCTTAAGGGCATTCTAATAATTTCACACATTCTAAGGTGCGATCAAG
* * * * * * **
645961 GTATTTGCTGCACCAAAATTCTTGAAATATTA-TGAAATTATGATTTAGAAGTTTTCGTGAAAAA
66 GTATTTGATGCACCAAAAATCATAAAATAATATTGAAA-TATGATATAGAAGTTTTC-ACAAAAA
* *
646025 TTGACCTAAGA-AAGG
129 TTCAACTAAGAGAAGG
* * * * * * *
646040 TCAAATTACAAAAATACCCCTTAAGGGCATTCTAATTATTTCACATATTTTGAGGTGTGATTATG
1 TCAAATTACAAAAATACCCCTTAAGGGCATTCTAATAATTTCACACATTCTAAGGTGCGATCAAG
* * * *
646105 GTTTTTGATGTATCAAAAATCATAAAATAATATTTAAATATGATATAGAAGTTTTCACAAAAATT
66 GTATTTGATGCACCAAAAATCATAAAATAATATTGAAATATGATATAGAAGTTTTCACAAAAATT
**
646170 CAACTTCGAGAAGG
131 CAACTAAGAGAAGG
*
646184 TCAAATTACAAAAATACCTC-TAAGGG
1 TCAAATTACAAAAATACCCCTTAAGGG
646210 TGTTTCTGTA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 30, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
143 18 0.13
144 116 0.84
145 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (144 bp):
TCAAATTACAAAAATACCCCTTAAGGGCATTCTAATAATTTCACACATTCTAAGGTGCGATCAAG
GTATTTGATGCACCAAAAATCATAAAATAATATTGAAATATGATATAGAAGTTTTCACAAAAATT
CAACTAAGAGAAGG
Found at i:646365 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 646340--646386 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
646330 GTTCTATTCG
*
646340 ATTTGATTAATTTTGACCAT
1 ATTTGATTAAGTTTGACCAT
**
646360 ATTTGATTAAGTTTGACTTT
1 ATTTGATTAAGTTTGACCAT
646380 ATTTGAT
1 ATTTGAT
646387 CAGATTTGAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 24 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.06, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
ATTTGATTAAGTTTGACCAT
Found at i:646375 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 646341--646406 Score: 80
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
646331 TTCTATTCGA
* *
646341 TTTGA-TTAATTTTGACCATATTTGATTAAG
1 TTTGACTTAA-TTTGACCAGATTTGATCAAG
* *
646371 TTTGACTTTATTTGATCAGATTTGATCAAG
1 TTTGACTTAATTTGACCAGATTTGATCAAG
646401 TTTGAC
1 TTTGAC
646407 CTTGGGGCAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
30 28 0.90
31 3 0.10
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.15, T:0.48
Consensus pattern (30 bp):
TTTGACTTAATTTGACCAGATTTGATCAAG
Found at i:646837 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 646734--646840 Score: 119
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42
646724 AAGAGAAATT
* * * *
646734 GATTCATAGTTAGAGGTA-TTTGGATTTACACCGAGAGTAAAT
1 GATTCACAATTAGAGG-ACTTTGGATTTACACCGAAAGTAAAC
* * *
646776 GATTCACAATT-GAAAGACTTTGGATTTACGCCTAAAGTAAAC
1 GATTCACAATTAG-AGGACTTTGGATTTACACCGAAAGTAAAC
646818 GATTCACAATTAGAGGACTTTGG
1 GATTCACAATTAGAGGACTTTGG
646841 GTCCATAATA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 6
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.04
42 51 0.94
43 1 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (42 bp):
GATTCACAATTAGAGGACTTTGGATTTACACCGAAAGTAAAC
Found at i:647058 original size:83 final size:82
Alignment explanation
Indices: 646767--647319 Score: 352
Period size: 83 Copynumber: 6.7 Consensus size: 82
646757 ATTTACACCG
* * * * ** * *
646767 AGAGTAAATGATTCACAATT-GAAAGACTTTGGATTTACGCCTAAAGTAAACGATTCACAATT-A
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAG-AGGACTCTGGATTCACAAC-AGAGTAAATGATTCACAATTGA
* * * *
646830 GAGGACTTTGGGTCCATAAT
64 -AAGACTTTGGATTCACAAT
* * * * * * * *
646850 AGGGTAAACGATTCATAGTTAAAGGACTCTGGATTCACAACAGAGTACATGATTCATAGTT-AGA
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAGAGGACTCTGGATTCACAACAGAGTAAATGATTCACAATTGA-A
** ** *
646914 TTA-TTCTATATTCA-TAT
65 AGACTT-TGGATTCACAAT
* ** * * ** * *
646931 AAAAAAAATGATTCATAGTTAGAAAACTCTGGTTTCACAACAGAGTAAATGATTCACAACTGAAA
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAGAGGACTCTGGATTCACAACAGAGTAAATGATTCACAATTGAAA
*
646996 GACTTTGGATTCATAAT
66 GACTTTGGATTCACAAT
* * * *
647013 AGAGTAAATGATTGACAATTTAGAGGACTCTGAATTCACAACAGAGTAAATGATTCACAGTTGGA
1 AGAGTAAATGATTCAC-ATTTAGAGGACTCTGGATTCACAACAGAGTAAATGATTCACAATTGAA
* ** *
647078 AGACTCTAAATTCACAGT
65 AGACTTTGGATTCACAAT
** * * * * * *
647096 AGAGTAAACAATTCACGGTTTAGAGGACTCTGGGTTCAAAATAGAATAAATGATTCATAATT-AG
1 AGAGTAAATGATTCAC-ATTTAGAGGACTCTGGATTCACAACAGAGTAAATGATTCACAATTGA-
*
647160 AGGACTTTGGATTCACAACT
64 AAGACTTTGGATTCACAA-T
* * *
647180 AGAGTAAATGATTCACATTT-GAAAGACTCTGGATTCACAACTAGAGTAAATGTTTCACAGTTG-
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAG-AGGACTCTGGATTCACAAC-AGAGTAAATGATTCACAATTGA
*
647243 AAGACTTTAGG-TTCACAAC
64 AAGACTTT-GGATTCACAAT
* * * * * **
647262 AGAGTAAATGATTCATAGTTTGGA-GACTTTGGATTCATAATAGAGTAAACAATTCACA
1 AGAGTAAATGATTCACA-TTTAGAGGACTCTGGATTCACAACAGAGTAAATGATTCACA
647320 GTGGAGAACT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 96, Indels: 30
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
81 74 0.21
82 70 0.19
83 182 0.51
84 34 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (82 bp):
AGAGTAAATGATTCACATTTAGAGGACTCTGGATTCACAACAGAGTAAATGATTCACAATTGAAA
GACTTTGGATTCACAAT
Found at i:647062 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 646767--647319 Score: 314
Period size: 41 Copynumber: 13.4 Consensus size: 41
646757 ATTTACACCG
* * * **
646767 AGAGTAAATGATTCACAATT-GAAAGACTTTGGATTTACGCC
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAG-AAGACTCTGGATTCACAAC
* * * * * * * * *
646808 TAAAGTAAACGATTCACAATTAGAGGACTTTGGGTCCATAAT
1 -AGAGTAAATGATTCACATTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
* * * *
646850 AGGGTAAACGATTCATAGTTA-AAGGACTCTGGATTCACAAC
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAGAA-GACTCTGGATTCACAAC
* * * ** * ** *
646891 AGAGTACATGATTCATAGTTAGATTATTCTATATTCATATA-
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAGAAGACTCTGGATTCACA-AC
** * * * *
646932 A-AAAAAATGATTCATAGTTAGAAAACTCTGGTTTCACAAC
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
** * * *
646972 AGAGTAAATGATTCACAACT-GAAAGACTTTGGATTCATAAT
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAG-AAGACTCTGGATTCACAAC
* * *
647013 AGAGTAAATGATTGACAATTTAGAGGACTCTGAATTCACAAC
1 AGAGTAAATGATTCAC-ATTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
* * ** **
647055 AGAGTAAATGATTCACAGTTGGAAGACTCTAAATTCACAGT
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
** * * * * *
647096 AGAGTAAACAATTCACGGTTTAGAGGACTCTGGGTTCAAAAT
1 AGAGTAAATGATTCAC-ATTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
* * * * *
647138 AGAATAAATGATTCATAATTAGAGGACTTTGGATTCACAAC
1 AGAGTAAATGATTCACATTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
647179 TAGAGTAAATGATTCACATTT-GAAAGACTCTGGATTCACAAC
1 -AGAGTAAATGATTCACATTTAG-AAGACTCTGGATTCACAAC
* * *
647221 TAGAGTAAATGTTTCACAGTT-GAAGACTTTAGG-TTCACAAC
1 -AGAGTAAATGATTCACATTTAGAAGACTCT-GGATTCACAAC
* * * * *
647262 AGAGTAAATGATTCATAGTTT-GGAGACTTTGGATTCATAAT
1 AGAGTAAATGATTCACA-TTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
**
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1 AGAGTAAATGATTCACA
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Consensus pattern (41 bp):
AGAGTAAATGATTCACATTTAGAAGACTCTGGATTCACAAC
Found at i:647101 original size:124 final size:123
Alignment explanation
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646926 CATATAAAAA
* * * *** * **
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* * * * *
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* ** * * *
647060 AAATGATTCACAGTTGGAAGACTCTAAATTCACAGTAGAGTAAACAATTCACGGTTTAGAGGACT
1 AAATGATTCACAGTTGGAAGACTCTAAATTCACAATAGAGTAAATGATTCACAGTTGA-AAGACT
* *
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65 -TTGGTTCAAAATAGAGTAAATGATTCATAATTTAGAGGACTTTGGATTCACAAC-AGAGT
* * ** *
647185 AAATGATTCACATTTGAAAGACTCTGGATTCACAACTAGAGTAAATGTTTCACAGTTG-AAGACT
1 AAATGATTCACAGTTGGAAGACTCTAAATTCACAA-TAGAGTAAATGATTCACAGTTGAAAGACT
* * * * * *
647249 TTAGGTTCACAACAGAGTAAATGATTCATAGTTTGGA-GACTTTGGATTCATAATAGAGT
65 TT-GGTTCAAAATAGAGTAAATGATTCATAATTTAGAGGACTTTGGATTCACAACAGAGT
** *
647308 AAACAATTCACAG-TGG-AGAACTCTAAGTTCACA
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Statistics
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AAATGATTCACAGTTGGAAGACTCTAAATTCACAATAGAGTAAATGATTCACAGTTGAAAGACTT
TGGTTCAAAATAGAGTAAATGATTCATAATTTAGAGGACTTTGGATTCACAACAGAGT
Found at i:647593 original size:13 final size:13
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647557 TCAATTATTC
*
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1 ATTTTTTTT
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Statistics
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Consensus pattern (13 bp):
ATTTTTTTTTTCT
Done.