genome.fa.s229.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168054.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_304, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36764

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1609--1680	18	4.2	16	72	20	58	52	1	0	45	1.09
1609--1651	15	2.8	15	86	10	52	53	0	0	46	1.00
1891--1945	23	2.5	22	83	13	69	49	0	1	49	1.11
1989--2051	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
2026--2060	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
2210--2259	25	1.9	27	92	8	86	48	2	0	50	1.12
2642--2673	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
2725--2780	27	2.0	29	83	13	73	51	1	1	44	1.22
2884--2952	29	2.4	27	83	7	84	40	1	2	55	1.24
4544--4630	35	2.6	35	84	10	103	45	0	2	51	1.13
6033--6086	18	3.1	16	80	20	56	51	0	0	48	1.00
6000--6059	15	3.8	16	77	18	63	48	0	5	46	1.24
6001--6086	14	5.5	15	76	13	59	47	0	3	48	1.18
6058--6101	19	2.4	18	81	7	52	52	2	0	45	1.13
6317--6371	23	2.5	22	83	13	69	49	0	1	49	1.11
6415--6477	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
6452--6486	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
6638--6688	26	1.9	27	88	11	79	49	1	0	49	1.12
6635--6697	26	2.5	24	76	23	67	50	1	0	47	1.10
7076--7107	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
7159--7214	27	2.0	29	83	13	73	51	1	1	44	1.22
7318--7386	29	2.4	27	83	7	84	40	1	2	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8022--8054	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
8980--9066	35	2.6	35	84	10	103	45	0	2	51	1.13
10440--10499	15	3.8	16	77	18	63	48	0	3	48	1.18
10441--10525	14	5.5	15	77	12	66	47	0	2	50	1.14
10753--10807	23	2.5	22	83	13	69	49	0	1	49	1.11
10851--10913	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
10888--10922	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
11071--11121	26	1.9	27	88	11	79	49	1	0	49	1.12
11068--11130	26	2.5	24	76	23	67	50	1	0	47	1.10
11509--11540	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
11592--11647	27	2.0	29	83	13	73	51	1	1	44	1.22
11750--11818	29	2.4	27	83	7	84	40	1	2	55	1.24
13427--13495	35	2.0	34	83	8	86	42	1	4	52	1.30
14896--14949	18	3.1	16	80	20	56	51	0	0	48	1.00
14863--14922	15	3.8	16	77	18	63	48	0	3	48	1.18
14864--14949	14	5.5	15	76	13	59	47	0	2	50	1.14
14921--14964	19	2.4	18	81	7	52	52	2	0	45	1.13
15180--15234	23	2.5	22	83	13	69	49	0	1	49	1.11
15278--15340	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
15315--15349	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
15500--15550	26	1.9	27	88	11	79	49	1	0	49	1.12
15497--15559	26	2.5	24	76	23	67	50	1	0	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15939--15970	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
16022--16077	27	2.0	29	83	13	73	51	1	1	44	1.22
16181--16249	29	2.4	27	83	7	84	40	1	2	55	1.24
16884--16916	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
17276--17367	21	4.3	21	66	17	55	51	1	1	46	1.15
17874--17930	18	3.2	18	76	14	64	45	0	1	52	1.11
17855--17930	35	2.2	35	86	6	102	46	0	2	51	1.15
18709--18792	35	2.5	33	81	11	93	51	2	0	46	1.14
18731--18804	35	2.2	33	80	9	78	52	4	0	43	1.20
19713--19755	16	2.5	17	85	7	52	41	6	2	48	1.43
20730--20765	17	2.1	17	89	0	54	47	0	2	50	1.15
20747--20807	20	3.0	20	77	15	63	49	1	0	49	1.10
20724--20785	31	2.0	29	82	14	72	46	0	1	51	1.10
21058--21124	16	4.3	16	73	19	61	52	2	0	44	1.16
21110--21175	14	4.7	15	73	19	54	50	1	1	46	1.20
21209--21244	18	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
21740--21815	37	2.1	37	83	9	95	53	1	0	44	1.08
21962--21994	14	2.4	14	90	5	50	45	0	0	54	0.99
22172--22196	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
22276--22328	17	3.1	17	76	7	54	43	0	1	54	1.11
22273--22326	22	2.5	22	85	8	67	42	0	1	55	1.10
22315--22347	17	1.9	17	93	0	57	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22320--22417	29	3.3	27	73	25	74	51	0	2	46	1.12
22801--22856	29	2.0	28	83	13	71	50	1	0	48	1.11
22958--23127	92	1.8	92	82	0	214	42	10	12	34	1.76
23292--23587	145	2.0	145	80	5	321	39	9	9	41	1.69
23045--23451	181	2.3	181	80	4	464	43	9	9	38	1.68
24945--25013	36	2.0	34	88	5	102	52	1	5	40	1.34
25460--25522	25	2.5	24	80	14	65	46	1	0	52	1.10
25471--25587	20	6.1	19	66	20	64	48	0	0	49	1.12
25963--26012	17	2.9	17	80	13	57	48	0	2	50	1.12
25967--26019	18	3.0	18	78	8	56	49	0	1	49	1.12
26116--26183	35	1.9	35	82	11	86	48	1	2	47	1.26
26352--26396	22	2.1	22	91	4	74	51	2	4	42	1.34
27278--27325	23	2.1	23	84	7	62	47	4	0	47	1.21
28821--28851	10	3.1	10	90	0	53	58	0	0	41	0.98
28909--28991	44	1.9	43	82	2	103	48	2	3	45	1.33
29354--29383	14	2.1	15	93	6	53	33	6	0	60	1.23
29463--29498	14	2.7	13	87	8	54	55	0	0	44	0.99
29496--29541	23	2.0	22	84	12	58	47	0	4	47	1.21
29829--29884	26	2.1	27	83	9	71	44	1	0	53	1.11
29870--29937	27	2.4	28	73	11	68	36	1	4	57	1.28
29876--29935	26	2.3	26	80	8	77	38	1	5	55	1.32
29890--29931	13	3.2	13	77	16	50	35	0	4	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30584--30616	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
31942--31974	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
32485--32521	19	1.9	19	89	10	58	45	0	0	54	1.00
33993--34590	181	3.3	177	79	7	571	40	9	7	42	1.65
34602--34655	21	2.6	21	78	18	60	55	5	3	35	1.41
34883--34947	25	2.4	28	75	19	75	56	0	1	41	1.08
34924--34958	17	2.1	17	89	10	54	42	2	0	54	1.15
35184--35214	13	2.4	13	100	0	62	51	0	0	48	1.00
35325--35378	25	2.2	24	80	6	65	55	1	1	40	1.21
35949--36029	32	2.5	32	80	9	85	48	0	4	46	1.23
36047--36608	180	3.1	180	78	8	531	43	9	7	39	1.66

Tables:   1

The End!