Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168060.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_31, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 845463
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.18, T:0.31
Warning! 13000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 3
Found at i:487 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 456--511 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
446 TATTTACTTA
*
456 ACTAGTTCAAATAATTATG
1 ACTATTTCAAATAATTATG
475 ACTATTT-AAATAATTAT-
1 ACTATTTCAAATAATTATG
*
492 -CTATTTCAAATCATTATG
1 ACTATTTCAAATAATTATG
510 AC
1 AC
512 CTTTTATTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 6
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
17 9 0.28
18 10 0.31
19 7 0.22
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
ACTATTTCAAATAATTATG
Found at i:1559 original size:365 final size:354
Alignment explanation
Indices: 181--1744 Score: 862
Period size: 359 Copynumber: 4.3 Consensus size: 354
171 ATTACTTTTG
* * * ** * *
181 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAACAATATACCAAAAATTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * *
246 GAGA-ATT-AAAAAT-AATTTGTTT-GTCGAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATT
65 AAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT
* ** * * * * * * * **
307 ATCTATTCCAAATTG-T-TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATGTTTTTTTTAATTCATATT
128 ATCTATTTCAAATTGCTATAAAACC-TTTCTTTTGTAATAAAACA--ATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * ** *
370 AGCTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGTGATT
190 AGCTTA-TT-GAA-AAAA-AATACAAATTTACTAATA-TT-AAGACAATTAATAGGTAAAAGAAT
* * ** * * *
433 TAAAAAATA-ATTTTATTTACTTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATT
249 TAAAAAATAGA-TCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATCATTATGACTATATAAACAATTATCTATT
* * * * * *
497 TCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCCAAATGTTTTTG
313 TCAAA-CATGAAGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAG--AATTG-TTCTA
* * * * * *** * *
544 TTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATAC-AATTCTATTAATATT--TTGAA-TATTAA-TC
1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAATT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
604 AAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTTTGAGCAAT
64 AAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-AAAT
* * * * *** * * * *** *
667 CATTTATTTCAAATTGTTAT-GATTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTTTTTATACAAG
127 TATCTATTTCAAATTGCTATAAAACCTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
* * * * * *
731 CTTCTTCAAATTAAAACAATA-ATAATTTATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTATAAA-ATTT
192 CTTATT-GAA--AAAA-AATACA-AATTTACTAATA-TTAAGACAATTAATAGGTA-AAAGAATT
* * * * * * * * * *
793 TAAAAATAAATATGTTTCCTAAACTAAA--TCAAATAATCATGATTATTTGAAA-AATTATTTAT
250 AAAAAATAGATCTATTTACTAAA--AAAGTTCAAATCATTATGACTATAT-AAACAATTATCTAT
*** *
855 TTCAAATCATTCTGACTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTGTTCCA
312 TTCAAA-CATGAAGACTTTTTTTTTGTCAT-AAAGAATTGTTCTA
* * * *
900 GTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTATTAA-TA
1 -TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
964 AGAGA-TTTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAACATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACATTA
64 AAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTA
* * * * * **
1028 TCTATTTGAAATTGCTATAAAACCTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGCT
129 TCTATTTCAAATTGCTATAAAACCTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
* * *
1093 TATTTAAAAAAAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAG
194 TATTGAAAAAAAATACAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAGGTAAAAGAATTAAAAAATAG
* * * * *** * * *
1158 ATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATCATTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTC-AACTTGTT
259 ATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATCATTATGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAACATG--
1222 AAGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTA
322 AAGACTTTTT-TTTTGTCATAAAG-AATTG-TTCTA
* * * *
1258 TTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
1323 AAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTGCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
65 AAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTA
* **
1388 TCTATTTCAAA-T-C-ATAATGACCTATTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATGTA
129 TCTATTTCAAATTGCTATAA-AACC---TTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
1450 AGTTTGCTTGAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAA-A-AATTAAT-GAGTAAAAGAA
190 AGCTT-ATTGAA--AAAA-AATACAAATTTACTAATATT--AAGACAATTAATAG-GTAAAAGAA
* * *
1512 TTAAAAAA-AGAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAAT-AGTTTTGACTATCTAAATAATTATCTA
248 TTAAAAAATAG-ATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATCA-TTATGACTATATAAACAATTATCTA
* * * *
1575 TTTCAAAACATGATGACTTTTTATTTTATCATAAAAAAATTGGTTCTG
311 TTTC-AAACATGAAGACTTTTT-TTTTGTCAT-AAAGAATT-GTTCTA
* * * *
1623 TTCATGCAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
1688 AA-ATTTT-AAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAA
65 AAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1745 CAATAATTGT
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 196, Indels: 112
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.00
355 8 0.01
356 93 0.10
357 116 0.12
358 39 0.04
359 191 0.20
360 122 0.13
361 100 0.11
362 8 0.01
363 76 0.08
364 15 0.02
365 165 0.17
366 5 0.01
367 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTATC
TATTTCAAATTGCTATAAAACCTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
TTGAAAAAAAATACAAATTTACTAATATTAAGACAATTAATAGGTAAAAGAATTAAAAAATAGAT
CTATTTACTAAAAAAGTTCAAATCATTATGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAACATGAAGA
CTTTTTTTTTGTCATAAAGAATTGTTCTA
Found at i:1669 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 18--1710 Score: 657
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
8 AGCTTATTTG
* * * * *
18 GAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAA
* * ** * * * * ** * ** * * * * *
82 CCTATTTACTGAACTA-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGTACAATTATAAACTTCAGATCCTTA
65 TCTATTTACAGAAAAAGT-GCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATAA
* * * * * **
146 TAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTACTTT-TGTTCATATAAGCTTATTC-
129 TGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATGCAAG-TTATTCT
* ** * * * * *
198 GAAATAAAATAATACTAATCTAACAATATACCAAAAATTAATAACTAAGAGA-ATT-AAAAATAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAA
* * * ** * * * * * * * * *** *
261 TTTGTTTGTC-GAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTA
65 TCTATTT-ACAGAAAAAGTGCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATAA
* * * * * * ***
325 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATGTTTTTTTTAATTCATATTAGCTTATT-T
129 TGACTTTTTATTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCT-GTTCATGCAAG-TTATTCT
* * **
379 GGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGA-TTTAAAAAATA
1 -GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-A
* * ** ** * * * * * *
442 ATTTTATTTACTTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
63 AATCTATTTACAGAAAAAGTGCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATA
* * * * ** *
507 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCCAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT-TGTTT
128 ATGACTTTTTATTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGTTAT-TCT
* *** * *
561 GGAATAAAGTAATAC-AATTCTATTAATATT--TTGAA-TATTAA-TCAAAGA-TTTAAAAAATA
1 -GAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-A
** ** * * * * * * ** * * ***
620 AATCTATTTATCA-AACTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTTTGAGCAATCATTTATTTCAAATTGT
63 AATCTATTTA-CAGAAAAAGTGCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACAT
* * * * * * * * * *
684 TATGATTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTTTTTATACAAGCTTCTTC-
127 AATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAG-TTATTCT
* * * * * *
738 AAATTAAAACAATAATAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTATAAA-ATTTTAAAAATAA
1 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTTAAAAAAAA
* * * * * * * *
802 ATATGTTTCCTA-AACTAAA-T-CAAATAATCATGATTATTTGAAA-AATTATTTATTTCAAATC
64 ATCTATTTAC-AGAA--AAAGTGCAAATAGTCATGACTATCT-AAATAATTATCTATTTCAAAAC
** * * * ** **
863 ATTCTGACTTTTT-TTTTGTCATAAAAGAATTGTTCCAGTTCATATAAGCTTATTGG
125 ATAATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAG-TTATTCT
* * * *
919 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTATTAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATGAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAA
* * ** * * ** * * * * * * *
982 TTTGTTTATTGAACATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-CATTATCTATTTGAAATTGCTAT
65 TCTATTTACAGAAAAAGTGCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAA--AC-AT
* * * * * * * *
1046 AA-AAC-CTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-T
127 AATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAG-TTATTCT
* *
1098 -AA-AAAA-AATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAGGTAAAAGA-TTTAAAAAATA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-A
* * * * * * * * ***** * ****
1157 GATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGT
63 AATCTATTTACAGAAAAAGTGCAAAT-AGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAA-AACA
* * * * *
1221 TAA-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCG
126 TAATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAG-TTATTCT
* * * *
1276 GATTAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAA
* * * * * *
1341 TATGTTTACAGAACAAGTGCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATAAT
65 TCTATTTACAGAAAAAGTGCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATAAT
* * * * *
1406 GACCTATTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATGTAAGTT-TGCTT
130 GA-CT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGTTATTC-T
* * *
1459 GAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGA-ATTAAAAAAAGA
1 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAA-A
* ** *
1523 ATCTATTTACTA-AAAAAGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATG
64 ATCTATTTAC-AGAAAAAGTGCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATA
* * *
1587 ATGACTTTTTATTTTATCATAAAAAAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCT
128 ATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAG-TTATTCT
* * *
1641 GAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAA
1704 TCTATTT
65 TCTATTT
1711 TCTGAACACA
Statistics
Matches: 1182, Mismatches: 263, Indels: 136
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 1 0.00
176 32 0.03
177 128 0.11
178 129 0.11
179 111 0.09
180 140 0.12
181 285 0.24
182 120 0.10
183 156 0.13
184 78 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAAT
CTATTTACAGAAAAAGTGCAAATAGTCATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATAATG
ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGTTATTCT
Found at i:1983 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1959--2009 Score: 93
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
1949 GGGAAAGGAT
*
1959 CGATCCCTTCCATTACCAGAA
1 CGATCCCCTCCATTACCAGAA
1980 CGATCCCCTCCATTACCAGAA
1 CGATCCCCTCCATTACCAGAA
2001 CGATCCCCT
1 CGATCCCCT
2010 AGCAAAAGGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.43, G:0.10, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
CGATCCCCTCCATTACCAGAA
Found at i:10095 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10072--10109 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
10062 AGAAATATTG
*
10072 GTATGAAAATTTGATGAT
1 GTATGAAAATCTGATGAT
10090 GTATGAAAATCTGATGAT
1 GTATGAAAATCTGATGAT
10108 GT
1 GT
10110 TTTGATATTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
GTATGAAAATCTGATGAT
Found at i:10128 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10103--10142 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
10093 TGAAAATCTG
*
10103 ATGATGTTTTGATATTGATA
1 ATGATGCTTTGATATTGATA
10123 ATGATGCTTTGATATTGATA
1 ATGATGCTTTGATATTGATA
10143 GATATATTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.20, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
ATGATGCTTTGATATTGATA
Found at i:12034 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11630--14643 Score: 2190
Period size: 181 Copynumber: 16.6 Consensus size: 180
11620 TCTTTAAGCT
* * * *
11630 AACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTCGTTTTGTCATAAACCTATTGATTT-TGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTC
* * * * * *
11693 ATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAAAAAACTAATTTATTAA-ACTTCCAAAAAATTAATAAGTAAA
64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT--TAAAAATTAATAAGTAAG
* * *** * *
11757 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTA
126 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * *
11812 AACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * **
11877 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTCTTAAAAATTAATAATTTGGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
11942 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAATTTAAACA-TTCATGTCCATTTG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTG
* * * * * *
11993 AACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* ** **
12058 GCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** *
12119 TTAAAAACTAAATTTGTATACAAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * *
12170 AACAGTTATCTATCTCAAATTATTAGGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * ** *
12234 ACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTTCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * *
12298 TTTAAAAAATCAATGTGTTTACTGAACCAA-TTGAAATAATTAAGACTATTAG
129 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** *
12350 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * *
12414 TACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-CTTGTATTAACATTCAAAAAATTAACAAGCAAGA-
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
12477 AGTTTAAAAAAATAAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 A-TTT-AAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
12533 AACAATGATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTT-TA-TCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * ** * * **
12596 A-AAACATTTGTCATTTGTTTTAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATT
66 ACAAGC---T-T-ATTTG----AA---ATAAAA---TA---ATACTAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * * ** **
12660 AATATTTCAAAAACTGAGAAGTTAAAATTTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAAGCAGTTCAAAT
112 AAT---T-AATAA--G-TAAG---AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAAT
* *
12725 AATTATTG-CCATTTG
166 AGTTA-TGACTATTTG
* * * *
12740 AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCA
* * * *
12805 TACAAACCTATTTCG-AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAG
65 TACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
12869 ATTTAAAAAATAAATATGCTCACAGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
12922 AACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * *
12987 ACAAGCTTATTCGGAATACAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
13052 TTAAAAAATAAATTTTTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTCA-GGCTATATG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTG
* * * * * * **
13103 AATAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTGCTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * ** * *
13168 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
13229 TTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATAAC-AGTTTG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG
* * * * * * *
13280 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCGTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTGAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
13345 ACTATCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATCCTAAAAATTAATAAGTAATG-GA
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* * ** ** * * *
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* * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * *
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* * * * * *
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128 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * * *
13706 TCAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAACTAATTAGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
13771 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
13822 AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTATCATAAAACTATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * * *** *
13887 ACAAGCCTATTCGGATTAAACTAATATTAATTTATTAAAATTTTGCCAATTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
13952 TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCTAATAGTTATAACTACTTG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * ** * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * ** * * *
14066 ATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** * *
14131 TTAAAATATGAATCTATTTATTGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * * * * *
14247 ACAAATTTATTTGTAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAGGTAGGAGAC
66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
14312 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTCATG-TTCATTTG
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * ** *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * ** ** * * * *
14428 A-TAGAATTATTCAAAATAAAATAATACCGATTCATTAAGATTTTGAAAATTAATAA--AAG-TA
66 ACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
14489 -TTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGGCTTTTTG
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* * * * * * *
14540 AACAATTATATATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATATAACAATTGTTTCTTTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
14604 ATAAGCCTA-TTCAGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
66 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
14644 AAAAATAAAC
Statistics
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ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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12564 TTTGTTTTATCATAAAACA
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12602 TTTGT
1 TTTGT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTGTTTTATCATAAAACA
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14683 AAACTATTAG
*
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** * *
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*
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATC
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CAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTGATTAAAATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
AAAAAATAAATTGTTCATCAAACAAGCTCAAATAGATATGACCATTTC
Found at i:16245 original size:182 final size:181
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15570 AAACCTGTTC
* * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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* *
15882 TTTAAAAAATAAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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*** * * * *
16063 ATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTAAACTAGTTCAAATAATTA-AACTATATG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
16115 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTTCTTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATTCA
* * * * * *
16180 TATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAGAAAATTAATTAGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
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* * * * * * **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* ** * * * * ** * *
16362 ACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACA-TAATAACCAGGAAA
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* ** * * * * *
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129 ATTTAAAAAATAAAT-TTGTT-TACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
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** * * *
16542 ATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
64 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
16607 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-TCAGTTCAAATGGCTAAGATTATTAG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * *
16725 ACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTCACA-TTCAAAAAATTAATGAGAAATAGA
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * * *
16789 TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCGAATAGTTATTACTATTTG
130 TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * ** *
16842 AACAATTGT-TAATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGATTTCTCATAAAACATTTGTTTCAATTAA
1 AACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* ** * * *
16906 TACAAGCTTAGAT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGA
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* * * ** * * * * * * *
16969 AACTTAAAAAAGAAATCAGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTT
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** * *
17023 AATGATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTTA-TCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTATTCA
* * * *
17087 CACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
17152 TTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
17204 AACAATTAT-TAATCTCAAGTCGTTAAGATC-TATGTTTTATCATAAAACAATT-TTTCTGA-TC
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* * ** * * *
17265 ATAGAAACTTATTTC--GTTAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGA
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* ** * ** * * * ** * *
17328 GATTTGAAAAATAAATGAGTTT-GTCGAGTCAATTCGAATAGTTAAAATTATTAG
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
17382 GATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-T
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCA
* * * * *
17446 TACAAGTTTATTCAAAATAAAAGAAT-CTAAATTTATTAACA-TTCAGAAAATTAAAAAGGAA-A
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
17508 TGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTA
128 -GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *** * *
17564 AACTATTATTTATTTAAAATCATTATGACAAGTTGTTTTGACATAAAACATTTG-TTTTAGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA
* * * * *
17628 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAAGAAAGAG-
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * *
17692 TTT--AAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * **
17742 AACAATTGTCTATTTAAAAT-GATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* *
17806 TACAAGCTTAGTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAGTG
65 TACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
17870 ATTT-AAAAATGAATTTGTTTACCGAATCAAG-TCAAATAATTATGGCCATTTC
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
17922 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAATCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * *
17987 ATATGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTTATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * *
18052 TTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTGGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
131 TT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** * ** * *
18169 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
18234 TTAAAAAAGAAATTTGTTTATTAAACTAGTACAAATAGTTAAGACTATATG
131 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA
* * * * * *
18342 TACTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATATGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
18406 ACTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
18524 ATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T--G-GAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
18585 TTTAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACTAGTTTAAAAAGTTATGACTATTTG
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** * * ** ** * * * * ** **
18636 AGTAATTATTTATTT-AAATTGTTGACAATTTTTTGTTCTATTACAAAACAATAATTTCAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* ** * * ** * *
18700 TAAAAATTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAA-A-A
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* *
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* * * * * * * *
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** * ** * *
18879 TATC-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTCAGAG
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* * * * * * *
18943 ATTTAAAAAAATATATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
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*
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62 TCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT
* * ** *
19121 AAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATCCTTATGACTAATTG
124 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
19180 AACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * *
19245 ACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTATAAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
19310 TTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC-ATGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTG
131 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGT-TATGACTATTTG
* * * * * * *
19361 AATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCAGTTGA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA
* ** * * * * * * *
19425 TATAAGCTTATTTGAAATAAATTAATAGTAATTCATGAATA-TTCTAAAATTAATGAGCAAGAGA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
19489 ATTAAAAAATTAATTTGTTTA-TCGAAC-ATTTCCAAATAGTTATGACTATCTA
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
19541 AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * *
19606 GCAAGCTTATTTCGAAA-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-
66 ACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
19667 ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAAC-ACGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
129 A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
19721 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTATGATAGATCAATTATTTCTATTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * *
19786 A-ACAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTTATTTATTAA-ATTTGCAAAAATTAATAAATAAAAG
66 ACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
19849 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTCCCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
19902 AACAATTATTTATTTCAAAT-GTTATGATCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* ** * * * * **
19966 TATAATTTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTTGGAG
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * * *
20030 ATTTAAAAAATAAATCTATGCAT-C-AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
129 ATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
*** * * ** * * * *
20083 AGTTATTATCAATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTATATTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** * *
20148 ACAAAATTATT-AAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--G--AGAGA
66 ACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
20208 TTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTC
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
20260 AATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
20324 ACAAGCTTATTCGAATTAAAATATTA-TGAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * *
20387 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAAC-AGGTTTAAATAGTTAAGACTATTAG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** * * *
20440 AATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCGTTTACTCTTAAAATAATT-TTTTCAGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA
* ** * * **
20504 TACATGGATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTCTT-ATCA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
20567 AATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
128 GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * * **
20622 AAAAATTATCTATTT-ATAAGAAG-TATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACGATTGCTTCAATTC
1 AACAATTATCTATTTCA-AA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * ** * * * *
20685 ATAAAAGCATACCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAA-AAGTTAA-A
64 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGA
* ** * * * * * *
20748 GATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATTGAA-TCGCTTCAAATAATTATTG-CCATTTA
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAG-TTCAAATAGTTA-TGACTATTTG
** * *
20802 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAACTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCA
* ** * * *
20865 TACAAGCCTATTCGGAATAAAGTAATATTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
20930 TTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAC-----C-AAT--TT-T---TATATG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * *
20970 AACAATTATTTATTTCCAATCATTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATTG-TTTCAGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA
* * *** * * * *
21034 TATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * * ***
21099 TGTAAAAAACAAATCTATTTGCCAAAGC-AGTTCAAACAATTCA-AACTATACA
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTG
* * *** * * * *
21151 AACAATTATCTGTTTATAAAAAATTATGGCTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-TC
1 AACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTC
* * ** * *
21215 ATTCAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
64 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
21280 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAATTCAAATA--TATAACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * * ** *
21331 AACAATTATAAACTTCAAATCATTA-AAACAATTATTTTGTTCAT---ACAA--G--TTTATTC-
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* * *
21387 -A-AA----A-T-AAAATAATACTAAT-CTAA--TA---ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
65 TACAAGCTTATTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * * * * *
21438 AATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAACATTTAAGACTATATG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
21491 AATAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTCAATT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT--ATT
*** *
21555 CATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
63 CATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
21614 GAGATTT-AAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
126 GAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * *
21669 AATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * *** * * * *
21734 ACAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATAATAATATATTAATA-TTCAAAAA-T--TAA-TAACAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* *
21794 TTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA-TGAGTTCAAATAGTTATGACT-TTATG
131 TT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT-TG
* * * * * * *
21846 ACTATTTGAGTAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTT
1 A--A---CA--A-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * **
21911 CCTGTTCATACAAGCCTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACCAATTAATAA
58 -TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * * *
21976 GTAAAAAAAGTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTG
122 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
22036 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-ATTTCAGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA
* *
22099 TATAAGCTTATTCGAAATAA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAA
22119 TAATTAAGAG
Statistics
Matches: 5016, Mismatches: 1079, Indels: 531
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 55 0.01
160 33 0.01
161 10 0.00
163 13 0.00
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171 2 0.00
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188 2 0.00
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191 10 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:18062 original size:722 final size:714
Alignment explanation
Indices: 14671--29253 Score: 7362
Period size: 722 Copynumber: 20.4 Consensus size: 714
14661 GCCAAACCAA
* ** * * * *
14671 TTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
14736 -ACAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGCACTAAAACAATACTAATTTATTAA-AAT
65 TA-AAAC-ATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
* * * * *
14799 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA-AAA-ATGTTCATCAAACAAGCTCAAATAGA-TAT
127 TC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-ATTAT
* * * * * * * * * *
14861 GGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTAGTCATATAAGAATTTTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
14926 TTTA-TCATACAAGGTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
254 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
14990 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
319 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAA
* * * * * * * *
15055 TTGTATACTTCAAATCAATTATTTAAAAAAATAAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTA
384 TTATCTATTTCAAATC-----GTT------AT-GACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
** * ** * * * * *
15120 TGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAAC
436 TAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
* * * * * * ** *
15184 TAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGTTTATATGAACAAT
500 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAC-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
15249 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGC
564 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * *
15314 TTATT-TAGAATAAAGTAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
629 TTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* * *
15377 AAAATAATTCTATTTACCTAACCAA-
690 AAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAG
* * * * * *
15402 TTCTAATAATTATGACTATTTGAAC-ATTATCAATTTGAAATCTTTATGACCTTTGGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * *** ** *
15466 TAAAACAAATTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATGTTAATATATTAAT-ATTA
65 TAAAAC-ATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-
* * *
15530 GAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAACCTT-TTTATCAAAC-----C---------T
128 CAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT--AAAATAAA-TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* * *
15576 G-----TTCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
15635 T-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAA-AGT--TGTATTAATATTTCAAAAGTTAAT
254 TCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
15695 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTAAA
317 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAA
* * * * * * * * *
15759 CAACTATCTATTTCAAATTGCTGTTATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAAT-AGA
381 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTAATCATA
* ** * *
15823 GAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATT
444 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
15884 TAAAAAATAAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTCTCTATT
509 TAAAAAATAAATTA-GTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * *
15949 TCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTA-TCAT-AAACAATTGTTTTTTGTTTATATAAGCTTATTC
572 TCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
16012 GGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAA
635 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA
** * *
16077 TCCATTTGCTAAACTAG
698 TCTGTTTACTAAACAAG
* * * * *
16094 TTCAAATAATTA-AACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
16158 TAAAACAATTACTTTTTCTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT
65 TAAAAC-ATT--TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
* * * * * * * * * * *
16223 TTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAGTAAATCTGTTTGCTAAGCCATTTCAAATAGTTTT
127 TCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * *
16288 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * * *
16353 CCTATTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACA-TAATA
254 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATA
** * * * ** * * ** * * *
16417 ACCAGGAAAATTAAAAAAATAAATATAATTGTCGAACCAGTTCAAATTGTTAAGACTATATGAA-
318 AGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAAC
* * * * *
16481 AGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTTCTTTTATCGTAAAATAATTG-TTTTATTCATA
382 A-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATA
** * * *
16545 CAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
444 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
16610 TAAAAAATAAATTTA-TTTACTGAATCAGTTCAAATGGCTAAGATTATTAGAACAATTATCTATT
509 TAAAAAATAAA-TTAGTTTAC-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
16674 TGAAATCGTTCTGATCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
572 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
16739 AATAAATTAATACTAATTTATTCACATTCAAAAAATTAATGAGAAATAGATTTAAAAAAATAAAT
637 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAAT
* **
16804 CTATTTACCGAACAAG
699 CTGTTTACTAAACAAG
* * * * * * *
16820 TTCGAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGT-TAATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGATTTCTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
16884 ATAAAACATTTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATAC
64 ATAAAACATTT-TTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* * * * * ** *** ** *
16948 TTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAAGAAATCAGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATT
126 TT-CAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TT-TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATT
* * ** * * *
17012 AT-AGCCATTTTAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
188 ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
17076 GCTTTTTA-TCACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
251 G-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
17140 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAA
315 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGA
* * * * * * * * *
17205 ACAATTAT-TAATCTCAAGTCGTTAAGATCTATGTTTTATCATAAAACAATT-TTTCTGATCATA
380 ACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATA
* * ** * * *
17268 GAAACTTATTTC--GTTAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGAT
444 CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** * * ** * * * *
17331 TTGAAAAATAAATGAGTTTGTCGAGTCAATTCGAATAGTTAAAATTATTAGGATAATTATCTATT
508 TTAAAAAATAAATTAGTTT-ACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
17396 TTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGTTTATTCA
572 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTCG
* * * *
17460 AAATAAAAGAAT-CTAAATTTATTAACATTCAGAAAATTAAAAAGGAAATGATTTGAAAAAATAA
636 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAA-GATTT-AAAAAATAA
* *
17524 ATTTGTTTACCAAACAAG
697 ATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * * * ** *
17542 TTCAAATAGTGATGACTATTTAAACTATTATTTATTTAAAATCATTATGACAAGTTGTTTTGACA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* * *
17607 TAAAACATTTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATT
65 TAAAACATTT-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* *
17672 CAAAAATTAATAAGAAAGAG-TTTAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGAC
128 CAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * **
17736 TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGA
193 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*
17801 ATTCATACAAGCTTAGTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGT
257 ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
17865 AAGTGATTT-AAAAATGAATTTGTTTACCGAATCAAG-TCAAATAATTATGGCCATTTCAACAAT
321 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAT
* * * * * *
17928 TATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAATCATATATGT
385 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGC
* * *
17993 TTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTTATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
449 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * * * *
18058 AAATAAATCTA-TTTACCG-AACTGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCA
513 AAATAAAT-TAGTTTA-CGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* *
18121 AAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
575 AATCA-TTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
* ** * * *
18184 ATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATTT
638 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT
* *
18249 GTTTATTAAACTAG
701 GTTTACTAAACAAG
* * * *
18263 TACAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA----T-TG-TTTTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
18322 AAAACAATTTTTTCACTTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAACATTT
66 AAAAC-ATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATT
* * * * * *
18386 CAAAAATTAATATGTAAGAGACTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTAT
128 CAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAATA-AATT-TGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * *
18450 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
18515 TTTATTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
254 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * **
18580 -T--G-GATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTTAAA-AAGTTATGACTATTTGAGTA
319 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAA-TTATGACCATTTGAACA
* * ** ** *
18640 ATTATTTATTT-AAATTG-T-TGA-CAATTTTTTGTTCTATTACAAAACAA-TAATTTCAATTCA
383 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTG-TC-A-T--AAAACAATTGTTTTTAA-TCA
* ** * * ** * *
18700 TAAAAATTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAA-A-A
442 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
18763 TTTTAAAAAATAAATT-GTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAGTATTTA
507 -TTTAAAAAATAAATTAGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
18827 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATC-AGCTTAT
570 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTAT
* * ** * *
18890 TTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTCAGAGATTTAAAAAAAT
633 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAAAT
* * *
18955 ATATCTATTTACTGAACAAG
695 AAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * * * *
18975 TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* *
19040 CCAAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-ACAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-
65 --TAAAA-CATTTTTT-TATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
19102 ATT-AAGACAATTAATAGGTAAA-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
125 ATTCAA-A-AATTAATAAG-AAAGAGATTT---AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
** * * * * *
19165 CCTTATGACTAATTGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
184 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
19230 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTATAAATATTTCAACAAC
248 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
19295 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTCT-TAACTATT
313 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAAT-TATGACCATT
* * * * * * *
19359 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCAGTT
377 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-AT
* * ** * * * * * * *
19423 GATATAAGCTTATTTGAAATAAATTAATAGTAATTCATGAATA-TTCTAAAATTAATGAGCAAGA
440 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
19487 GAATTAAAAAATTAATTTGTTTATCG-AACATTTCCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATC
505 GATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CGAAACAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
19551 TATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTTATGCAAGCTTAT
568 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-
19616 TTCGAAA-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAAAAAA
632 TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAA
* * * *
19678 TAAATATGTTTTCTTAACACG
694 TAAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * *
19699 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
19764 TAGATCAATTATTTCTATTTATA-ACAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTTATTTATTAA-ATT
65 TAAAAC-ATT-TTTTTATTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
* * * * *
19827 TGCAAAAATTAATAA-ATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTCCCAAGCAAGTTCAAATAGTT
127 T-CAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATT
* * * *
19891 ATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATGTTATGATCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * *
19956 TTTCTATTCATATAATTTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAA
252 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* ** * * ** * * * * *
20020 TGAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATGCATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAG
316 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAA
** * * ** * * * * *
20085 TTATTATCAATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTATATTTATAC
381 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATAC
** * *
20150 AAAATTATT-AAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--G--AGAGATT
445 AAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
20210 TAAAAACTAAATCTA-TTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTAT
509 TAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
20273 CTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
571 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * *
20337 AATTAAAATATTA-TGAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
636 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA
* ** * *
20401 TGTGTTTGTTGAACAGG
698 TCTGTTTACTAAACAAG
* * * * * * * ** *
20418 TTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCGTTTACTCT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * *
20483 TAAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGGATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTCTT-ATCATT
65 TAAAA-CATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* * * *
20547 CAAAAAATTAATAA-ACAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTT
128 C-AAAAATTAATAAGA-AAGAGA-TTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATT
* * * * * *
20611 ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTATAAGAAG-TATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACGATT
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AA-ATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** * * * *
20675 GCTTCAATTCATAAAAGCATACCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAA
251 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
20740 -AAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAGTCA-GTTTATTGAATC--GCTTCAAATAATTATTG-CCAT
316 TAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-CAAG-TTCAAATAATTA-TGACCAT
* ** * * *
20799 TTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAACTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATC
376 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATC
* ** * * *
20864 ATACAAGCCTATTCGGAATAAAGTAATATTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
441 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
20929 ATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATTG-AAC----C-AAT--TT-T---TATATGAACAATTATTT
506 ATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
20981 ATTTCCAATCATTATAACCTTTTATTCTA-TTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTT
569 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
21044 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAGATGTAAAAAAC
632 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT
* * *
21109 AAATCTATTTGCCAAAGC-AG
695 AAATCTGTTTACTAAA-CAAG
* * * *** * * *** * *
21129 TTCAAACAATTCA-AACTATACAAACAATTATCTGTTTATAAAAAATTATGGCTTTTTGTTTGGT
1 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGT
* * * ** * *
21193 CATATAACAATTGTTTTTGA-TCATTCAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATT
63 CATAAAAC-ATT-TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
21257 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAA-TTCAAAT-A-
125 ATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAAT
* * * *
21319 TATAACTATTTGAAC-A--AT-TA--TAAACT-TCA--A-----------ATCATTAAAACAATT
187 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATT
* * * * * *
21364 ATTT-TGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAA
251 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * ** * * * * *
21428 TAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAA-TTCAAACATTTAAGACTATATGA
316 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGA
* * * *
21492 ATAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTCAATTC
380 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT-AA-TC
*** *
21556 ATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG
441 ATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * **
21615 AGATTT-AAAAATAATTCTA-TTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATGATTAT
504 AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
21678 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTT-GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTT
567 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
21742 GTTTGGAATAAAGTAATAATAATATATTAATATTCAAAAATTAAT-A--ACAGATTTAAAAAAAT
631 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAAAT
* **
21804 AAATCTATTTA-TCAAATGAG
695 AAATCTGTTTACT-AAACAAG
* * *
21824 TTCAAATAGTTATGACT-TTATGACTATTTGAGTAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATT-TGA--A---CA--A-TTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTT
* * * * * *
21888 GTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTCCTGTTCATACAAGCCTATTCAAATTAAAATAATACTAATTT
56 GTTTTGTCATAAAACA-TT-TTT-TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * ** * * * *
21953 ATTAATATTTCACCAATTAATAAGTAAAAAAAGTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCA
118 ATTAATAATTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGA-TTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCA
* * * * * *
22018 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
181 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * **
22083 A-AATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT--AATAAT--TAA--GA--GAT-TTAAAA
245 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** ** * ** * * * * *
22137 AAATGAATCTGT--TTG-TTGAACAAGTTTGAATA--ATTAT-G-ACTATTTC-AACAATTAT--
309 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AA-AATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGA
** * * * **** * * *
22192 CTTTTTGAAATTGCTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA--TTTTTTCTAT-TCATACAAGC
372 CCATTTG-AA---CAATTATCTATT-TCAAATCGT--TATGACCTTTTTT-T-TGTCATA-AAAC
* * ** * *
22254 --TTATTTTGAATAAATAATACAAATTTATT-AATATAAAGA-AA-A-TGAA-TTAGTAA-A---
427 AATTGTTTT---T-AATCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACT-AATTTATTAATATTT
*
22308 C----ATT--T-A--AA-A-A--T---AAAT---TT-GTTTACCG-AACAAGTTCAAAT-TTTAT
486 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CGAAAC-AGTTCAAATAGTTAT
* * * *
22351 GACTATTTGAACAATTATTTACTTT-AAATTC-TTATGA-CTTCTTGTTTTGTCATAGAACAATT
549 GACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAA-TCATTATAACCTT-TTGTTTAGTCATAAAACAATT
* * * * ** ** *
22413 GTTTTTGTTCATACAAGGTTATTC-AAATTACAATAATGTTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
611 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * ** *
22477 ATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAG
674 ATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * * *
22519 TTCAAATAGCCTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTG-TTTGTA
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * * **
22582 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
64 ATAAAAC-ATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
* * * * * ** * *
22646 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTA
127 T-CAAAAATTAATAAGAAAGAG-ATT-TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
* * ** * *
22711 TGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTG
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTG
* * *** *
22776 GTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAA
252 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
22840 TAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
316 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGA
* * * * *
22903 ACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATA
380 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATA
* * * * * * * * *
22968 AAAACTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATT
444 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
23033 TAACAAAATAAATCT-GTTTACTAAATGAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
509 TAA-AAAATAAAT-TAGTTTACGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
23097 TCCAAATCACTATGATCCTTTAT-TCT-GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATT
571 TTCAAATCATTAT-AACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* ** * *
23160 CCAAAATAAAATGTTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAGTTGAAGATTTAAAAAATA
634 -CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATA
* * *
23225 AATTTGTTCACCAAACAAG
696 AATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * * * * *
23244 TTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTATATTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * ** ** *
23308 GTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCGATTTATTAATATT
64 ATAAAAC-ATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
** * * * * * * *
23373 TTGAAAATTGAT----AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAGCCAGTTCTAATAGTTAT
127 TCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * * *
23434 GATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATC-ATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
23498 TATATTCATGCAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAATTTGA-TAATATTTTAAAAATTAATA
254 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * * * *
23562 AGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATA
318 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACA
* * * * * *
23627 ATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-TATTTTCAATTCATACA
383 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAA-TCATACA
* * * *
23691 TGCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACTACA-A-AT
446 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTA-AGAGA-
* ** * * *
23753 TTTAAAAAATAAATCTA-TTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTCGAACAATTACCTA
507 TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
23817 TTTAAAATAAATATGA-CTTTTCTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-T
570 TTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
23879 CTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAATAGTA
634 C-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATA
** ** * ***
23944 TGTCAATTTA-TCGAATTGG
696 AATCTGTTTACT-AAACAAG
* * * * * * ** *
23963 TTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * *
24028 ATAAAACAATTGTTTTCCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
64 ATAAAAC-ATT-TTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* *
24092 TTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTC--------
126 TTCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATT
* * * * * * *
24148 ----CTATTTGAAAAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTG
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
24209 TTT-TAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
252 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * ** ** * * * ** * *
24272 TAACTAAAAAATTTTAAAAATTAATCTGTTTGCCGAAGTAGTTGAAATAGTTAAGACTGTATGAC
316 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAA
* * *
24337 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA
381 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ATCATA
* * * * * * *
24401 CAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTTATATTCCAAAAAGTAAAAAGTAAGTGATT
444 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *** *
24466 TAAAAAATAAATCT-GTTTACCTAATA-AGTTTAGATAATTATGGCCATGCCAACAATTAACTAT
509 TAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
24529 TTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTAT
571 TTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* * * *
24591 TC-AGAATAAAATAATACTAA-TTAAT-CT-TTCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATA
633 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATA
* ** *
24652 AATCTATTTACCGAACTAG
696 AATCTGTTTACTAAACAAG
* ** * * * *
24671 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
24736 TAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAAT-ATT
65 TAAAA-CATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* * * * * ** * *
24800 CCAATAATTAATAACTAAA-AGAATTAAAAAATAAATTTATCTAATAAACCAGTTCAAATATTTA
128 -CAAAAATTAATAA-GAAAGAG-ATT-TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
** * * * *
24864 AAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTG
* * *** *** * * *
24928 TTTTTGAATTTATTTTAGCTTATTTGGAATAACATAA-AATGAATTTACTAATATTTCAAAAATT
252 TTTCT--ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
24992 AATATGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGTTTACCTAACCA-TTCCAAAATAATTATGACTATT
314 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTT-C-AAATAATTATGACCATT
* * * * **
25055 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTTGTT
377 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAT
* * * * * *
25119 CATATAAGTTTGA-T-AAAA-AAAAGTAACACTAATCTATTAATATTTC--TAA-TACTAA-TAA
440 CATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
25177 CAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATC-AAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAGCAATT
503 GAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTA-CGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
25240 ATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTTATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCT
565 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * *
25304 TATT-TAGACTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAACAAGTAAAAATTTTAAAA
630 TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAA
* * *
25368 AATAAATATGTTTACCAAACTAG
692 AATAAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * * * * *
25391 ATCAAATAATCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * ***
25456 TAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTACAAGCT
65 TAAAA-CATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT---A---
* *
25521 TATACGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
122 -AT----AAT----TCA-A--AA---ATT-A-A----T--AA--GA-AAGAGATTT--AAAATAA
* * * * *
25586 ATTTGTTTACTAAATCAA-TTAAAATAATTTTG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
159 ATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GT
* * *
25649 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
221 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT----CAAAATA
* * * *
25714 ATAATAATAATAATAATAATAATAATTTATAATAATCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
281 A-AATAATACTAAT--T--TATTAA--TAT--T--T-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
25779 AGTGAATCTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAA-T-TGGCCATTT-CATAATTATCTATTTCAAA
334 AATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
25840 TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAACAA-T-TTTTTCATCATAGAA-CCTATTTAGAATAA
398 TCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* *
25901 AATAATACTAATTTATTAAT-TATTCAAAAATTAATAAGTAGGAAGATTTAAAAAAT-AATTTGT
462 AATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTAGT
* * * * * * *
25964 TTACTG-AAC----C--A-A--T-T-CCTATTTGAATAATTACCCTATTTCAAAGCGTCATAATC
525 TTAC-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * *
26017 TTTT-TTCTACT-AT-AAATAATTG-TT-TAGTTCACATATGCTTATTTTCAAAAT-AAATAATA
588 TTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA--TTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * **
26076 TTAATTTAATAATTTTTCAAAAATTAAATAACTAAGAGATTTATAAGAAAT-AATTTGTTTGCCG
649 CTAATTTATTAA-TATTCAAAAATT-AATAAGTAA-AGATTTA-AA-AAATAAATCTGTTTACTA
**
26140 AAGTAG
709 AACAAG
* * * * * * * *
26146 TTCAAA-ATTTAAGATTAATATGAACAA-TATCTTTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTCT
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
* * * **
26208 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-AA---ATT--T-A
63 CATAAAAC-ATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* * * * * *
26266 TT--AATATT--T-------A-A---AAAATGAATCTGTTTACCGAATC-ATTTCAAATAATTAG
126 TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * * * *
26315 GGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
26380 T-TTTATCATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATA
254 TCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
26444 TGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-
318 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACA
* ** * * * * ** * *
26508 -TTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGT-ATAAAACAATTATTTCTGTTAACACAA
383 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAA
* * * * ** *
26571 GTTTATTC--AATAAAATAATACTAATGTAATGATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
447 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * ** * * *
26634 AAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTCAA
512 AAAATAAATTAGTTTACGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * * * *
26699 ATTGTTATGACATTTTGTTTTGCCTTAGAACAATT-TTT-TAGTTCTTAGTAA-CTTATTC-ATA
576 ATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCGA-A
* * *
26760 ATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATAATTC
638 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
26824 TGTTTGCCAAGCTAG
700 TGTTTACTAAACAAG
* * * *
26839 TTCAAATAATTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA------------CAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * * * *
26892 AAAACAAATGTTTTTT-TTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAACAAGATTAATTTATTAATATTT
66 AAAAC--AT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
** * * * * * * * *
26956 TGAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTAAACCAGTTCAATTAATTATA
128 CAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * *
27020 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * *
27085 CTATGCATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTATGAATA-TTCTAAAAGTTAATA
255 CTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * *** * * * *** *
27148 AATAACGA-ATTTAAAAAACAAATCTATTGGCCTG-ACTAGTGT-ATATAGTTATGATTGTTTAA
318 AGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGT-TCAAATAATTATGACCATTTGA
* * * * ** **
27210 ACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTTTGTTTGT
380 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTAATCAT
* * * * *
27275 ACAAGCATATTCGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
443 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* *
27340 TTAAAAAATTAATCTA-TTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTA
508 TTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
*** * * * * *
27403 TTTCAAATTGCTATCACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATT
570 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* *
27468 -----T--CA-AATA--AA---ATT-A-A-T----AAGTAA-AA-T----ATTTAAAAAATAAAT
634 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
* *
27507 CTTTTTACCT-AATAAG
699 CTGTTTA-CTAAACAAG
* * * * ** *
27523 TTTAAACAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* * *** * *
27588 TAAAACAATTGTTTTTCTTCACACTAA-CTTATTTGGATTAAAATAATA-TGAATTTATTAATAT
65 TAAAAC-ATT-TTTTTATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAA
**** * * * * *
27651 TTTGCCAATTAATAAGTAAA-ATATTTTAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCA
126 TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGA-TTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
* * * * * *
27715 TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTCATTATAAAACAATTG
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTG
* * * * * *
27779 TATC-AGTTTATATAGGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATT--
252 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * ** * * *
27840 TAA-CAAGTGATTTAAGAAAATGAATCTACTTA-CTGAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTG
316 TAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTG
* * * * *
27903 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGTATTCAT
379 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCAT
*** * ** *
27968 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT--TAAATTTGTCCATATTCCAAAAATTAATAAGTCAA-A-
443 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAG
* * ** * *
28029 A-TAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACCCA-TTCAAATAATTATGACTATTTATCTATTTGAAC
506 ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACGAA-ACAGTTCAAATAGTTATG-------A-CTATTTGAAC
* * *
28092 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
561 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
28156 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTACATATTT
625 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT
* * *
28221 AAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAG
688 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
* * * * * * * *
28248 TTAAAAT-GATTATGACTGTTTGAATAATTATTTTTTTCAAATAGTTATGCTCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTGTTTTGTC
* * * * *** * * *
28312 ATAAAACAATTATTTATATTCAAAGAAGTTTATTTTGAATAAAATTATACTAATTTATTACTATT
64 ATAAAAC-ATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
*** * * * * * * * * *
28377 TTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACATGTTCAAATAGTC
127 TCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT----AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAAT-
* * * *
28442 ACATG-C-ACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAGAAA-AA
187 -TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAA
* * *
28504 --G----TATT--T-----C-TATGC-----------ATAC--A--TATT-CTA---C--AATTT
249 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * * * * * *
28534 AATAGGTAGGAGGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTGACATCATCATGTCCACTTG
314 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTG
* * * *
28599 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAA-AAGTTGTTTCTATTCA
379 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTAATCA
* * * **
28663 TA-TAGAATTATTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT--T-A-TAAGAG
442 TACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * **
28723 ATTTAGAAACTAAATTTGTTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTA
506 ATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * *
28788 TCTT-AAATTGTTATGAA-CTTTAT-TTT-GTCATAGAACAATTGTTTTTTTTTTTTTCAGACAA
570 T-TTCAAATCATTAT-AACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTG-----TTTCTATTCATACAA
* * * * * * *
28849 GCAT-TTAGGATTAAAATAATACTGATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAA
627 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* *
28913 AAAATAAATAC-ATTTGCTAAACTAA-
690 AAAATAAAT-CTGTTTACTAAAC-AAG
* * * * * *
28938 TTCAAATAGTTAGGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAACTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
29003 TAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAACAATACTAATTTATTAACT-TT
65 TAAAAC-ATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TAAT
* ** * * * * * ** * *
29067 TGAAAAGGTAGT-AGCCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAACAGA-
127 TCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT---AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-AT
* * ** * *
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* * * * *
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251 GTTTCTA-TTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
29254 CCAAATATCA
Statistics
Matches: 10739, Mismatches: 2242, Indels: 1750
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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681 85 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (714 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCAT
AAAACATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAA
AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** * * ** * *
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* * * *
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18946 TAAAAAAATATATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAT
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*** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * *
19671 TAAAAAATAAATATGTTTTCTTAA-CACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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* * * * * * *
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*** ** * *
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* * * * * *
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19967 ATAATTTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTTGGAGA
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** * * * * * *
20031 TTTAAAAAATAAATCTATGCATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGT
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* * ** * * * * *
20086 TATTATCAATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAACAA-TTATTTAT-ATTTAT
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** ** * * * *
20148 ACAAAATTATTAAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGAGATTTAA
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* *
20213 AAACTAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAAT
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* * * * * *
20263 AATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATA
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* * * *
20325 CAAGCTTA-TTCGAATTAAAAT-ATTATGAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
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* * ** * * *
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123 ATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * ** *
20443 AATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCGTTTACTCTTAAAATAA--TTTTTTCAGTTCATA
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* ** * * * * *
20506 CATGGATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTCTT-ATCA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAA
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* * * * *
20569 TTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAA
124 -TTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
** * * * * * * ** *
20625 AATTATCTATTT-ATAAGAAGTATAACCTTTTGTTTTATCA-CAAA-ACGATTGCTTCAATTCAT
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20687 AAAAGCATACCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAA-AAGTTAAAGAT
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* * * * * * *
20751 TTAAAAAATAAGTC-AGTTTATTGAATC-GCTTCAAATAATTATTG-CCATTTAAAC
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* * *
20805 AATTATCTATTTCAAATTATTATGAACTTTT-TTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTTTC-ATCATA
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* * * * *
20867 CAAGCCTATTCGGAATAAAGTAATATTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
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* * * *
20932 TAAAAAATAAATTTATTTATTGAA-C----C-AAT--TT-T---TATATGAAC
126 T-AAAAATAAATCTATTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
20973 AATTATTTATTTCCAATCATTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAA--TTGTTTCAGTTCATA
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* * * * *
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* * * * * * * * *** *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * ** * * * ***
21334 AATTATAAACTTCAAATCATTA-AAACAATTATTTTGTTCAT---ACAAG-TTTATTC-AAAATA
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
21445 AAATAAATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAACATTTAAGACTATATGAAT
129 AAATAAATCTATTT-ACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* *
21494 AATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
21559 CTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
65 C-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * *
21622 AAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAT
128 AAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
21672 GATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-GTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCGTTCATAC
* * * * *
21736 AAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATAATAATATATTAATA-TTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAA
66 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT--AA
* **
21800 AAATAAATCTATTTATCAAATGAGTTCAAATAGTTATGACT-TTATGACTATTT
129 AAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGA--A--T
* ** * * * *
21853 GAGTAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAT-AGTTGTTTCCTGTT
1 -A--A-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTT
* ** * **
21917 CATACAAGCCTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACCAATTAATAAGTAAA
61 CATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----
* * * * * * * *
21981 AAAAGTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
121 -AGATTTAAAAATAAATCTATTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* *
22039 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA--TTATTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* * * * * ** * *** ** *
22101 TAAGCTTA-TTCGAA-ATAATAATTAAGAGATTTA--AAAAAATGAATCTGTTTGTTGAACA-AG
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAA-TAATA-ATTTATTAATATTTCAA--AAATTAAT-AAGAGA-
* * * ** * * *
22161 TTTGAATAAT-TATGACTATTT-C-AA-CAATT---ATCTTTTTGA--AATTGCTAT
124 TTT-AAAAATAAAT--CTATTTACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AAT
* * * * * **
22209 AATCTTTTGTTTTGTCATAA--A--ATGA--TTTT-TTCTAT-TCATACAAGCTTA-TTTTGAAT
1 AA--TTATCTATT-TCA-AATCATTATGACCTTTTGTT-T-TGTCATA-AA-ATAAGTTTT-TTT
*** * ** * * *
22265 AAATAATACAAATTTA-TT--AATATAAAGAA-AATGAA-TTAGTAAACATTT-AAAAA-TAA-A
57 CGTTCATACAAGCTTATTTGGAATA-AAATAATAAT-AATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATA
*** ** * * * * * * * * *
22322 TTTG-TTTACCGAACAAGTTCAAATTTTA-TGACTATTTGAACA-A-TTAT--TTACTTTAAAT
119 AGAGATTTA-AAAATAA-ATC-TA-TTTACTAACCAGTTCAA-ATAGTTATGACTA-TTTGAAT
** * **** * ** * * *
22380 TCTTATGACTTCTTGTTTTGTCA-TA-GAACAATTGTTTTTGTTCAT---ACAAG-GTTATTC--
1 AATTAT--C-TATT-TCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTG-TCATAAAATAAGTTTTTTTCGT
** * * * * * *
22437 AAATTACAA--TAATGTT--AAT---TTATTAAT-ATTT-TGACA-A-TT-AATAAGT-A-AA-A
60 TCA-TACAAGCTTAT-TTGGAATAAAATAATAATAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * ** * *
22487 GATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGCCTA-GACTATTTGAAT
122 GATTTAA-AAATAAATCTATTTACT-AACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAT
* * * * *
22544 AATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTG-TTTGTAATAAAACAA--TTGTTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* * * *
22606 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAAT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAG-AT
* * * * * * *
22671 TAAAAAATGAATATGTTTACTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAAC
125 TTAAAAATAAATCTATTTACT-AACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * ** ** * *
22724 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAATTGGTTCTATTCATG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* * *
22788 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA-T
* * * * *
22852 TTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
125 TTAAAAATAAATCTATTTACTAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * *
22905 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA--TTGTTTCTATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* * * * * *
22968 AAAACTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
* ** * *
23033 TAACAAAATAAATCTGTTTACTAAATGAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAC
126 T-A-AAAATAAATCTATTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
23087 AATTATTTATTCCAAATCACTATGATCC-TTTATTCTGTCATAAAATAA--TTGTTTCTATTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCAT
* * *** ** * *
23149 ATAAGTTTATTCCAAAATAAAATGTTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTTATAAGTTGAAG
64 ACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA---G-AG
* * * * * * * *
23213 ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCT
123 ATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGA-AT
* * * ** * * * *
23270 -ATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTATATTTTGTTGTAAAACAA--TTGTTTCTATTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCAT
** *** *** ** *
23331 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCGATTTATTAATATTTTGAAAATTGATAAGAGATTTAA
64 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * * *
23396 AAACTAAATTTGTTTATCGAGCCAGTTCTAATAGTTATGATTATTTGAAT
129 AAA-TAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
23446 AATTATCTATCTCAAATCGTTATAATC-ATTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTAT-ATTCATG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTCGTTCATA
** * * ** *
23508 CAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAATTTGA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGAT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGAT
* * * * * * * *
23572 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAAT
125 TT-AAAAATAAATCTATTT-ACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * *
23626 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA--TATTTTCAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* * *** * * * *
23689 CATGCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACTACAAAT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT--A--AGAGA-
* * * * *
23753 TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTCGAAC
124 TTT-AAAAATAAATCTATTT-ACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * * *
23808 AATTACCTATTTAAAATAAATATGA-CTTTTCTTTTATCATAAAACAA--TTGTTTCAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* * * * * *
23870 AAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
* ** * * *** * * * * *
23935 TAAATAGTATGTCAATTTATCGAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAAC
126 TAAA-AATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * * **
23988 AATTATCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TTGTTTTCCATCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCGTTCATA
* *** *
24052 CAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATT
* * *
24117 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTC------------CTATTTGAAA
126 T-AAAAATAAATCTATTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * * * *
24158 AATTATCAATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAA-TTGTTTTAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCGTTCATAC
* *** * * * * *
24222 AAACTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTT
66 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TT
* * * * ** * * * * **
24286 TAAAAATTAATCTGTTTGCCGAAGTAGTTGAAATAGTTAAGACTGTATGACC
126 TAAAAATAAATCTATTT-ACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
** * * *
24338 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* *** * * * *
24401 CAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTTATATTCCAAAAAGTAAAAAGTAAGTGATT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
* ** * * * * * *** *
24466 TAAAAAATAAATCTGTTTACCTAATAAGTTTAGATAATTATGGCCATGCCAAC
126 T-AAAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * **
24519 AATTAACTATTTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAA-TTGTATTT-GAACAT
1 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTCGTTCAT
* ** * * * *
24581 TCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-A---ATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAAATAT
64 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGAT
* * *
24642 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
125 TT-AAAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * *
24696 AATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAA-TTATTTTT-GTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTCGTTCATA
* ** * * * * * *
24759 TAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAATAATTAATAACTAAAAGAAT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAA-AA--ATTAA-TAAGAG-AT
* * * * * ** * *
24824 TAAAAAATAAATTTATCTAATAAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAAC
125 TTAAAAATAAATCTATTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
*
24877 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTT-GAATTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCG--TTCAT
*** * *
24941 TTTAGCTTATTTGGAATAACATAA-AATGAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGA
64 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGA
* * * * *
25005 TTTAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCA-TTCCAAAATAATTATGACTATTTGAAC
124 TTTAAAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTT-C-AAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
25060 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTT-GTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCGTTCATA
* * * * * * * * * * *
25123 TAAG-TT-TGAT-AAAAAAAAGTAACACTAATCTATTAATATTTCTAATACTAATAACAGATTTA
65 CAAGCTTAT-TTGGAATAAAA-TAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-
* * * * * **
25185 AAAAATAAATTTATTTATCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAGC
127 AAAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * *
25236 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTTATAAAACAA-TTTTTTAT-GTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT-TCGTTCATA
* * * * * * *
25298 CAAGCTTATTTAGACTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAACAAGTAAAAATTT
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA-TT
* * * * * * * * *
25363 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTAAAT
126 T-AAAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * *
25416 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAA--TTGTTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTC-GTTCATA
* * *
25479 TAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTA
25515 CAAGCTTATA
Statistics
Matches: 7468, Mismatches: 1715, Indels: 1140
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
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189 1 0.00
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191 2 0.00
192 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCGTTCATAC
AAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
ATAAATCTATTTACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:21881 original size:185 final size:177
Alignment explanation
Indices: 21365--22110 Score: 517
Period size: 178 Copynumber: 4.1 Consensus size: 177
21355 AAAACAATTA
* *** * * * *
21365 TTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAAT
1 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATATATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * *
21429 AACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAA-CATTTAAGACTATATGAA
65 AAC----AG-ATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTTATGACTATTTGAA
* * * * *
21493 TAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTT
125 TAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT
* *
21546 TTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
1 TTTT--GTTCATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATATATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
21610 ATAAGAGATTTAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAA-TTATGACTATTTGAAT-G
63 ATAACAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTTATGACTATTTGAATAG
* *
21673 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAATGT
128 -TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT
* * *
21724 TTTTGTTCATACAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATAAT-AATATATTAATA-TTCAAAAATTAAT
1 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATATATTAATATTTCAAAAATTAAT
* **
21787 AACAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTTTATGACTATT
65 AACAGATTT--AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTT-AAA-A--TA--A-TTTATGACTATT
* * * * * **
21852 TGAGTAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGT
121 TGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT
* * ** * *
21909 TTCCTGTTCATACAAGCCTA-TTCAAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCACCAATTA
1 TT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAA-AATAAATATATTAATATTTCA--AA--A
* * * * * * * * * * * *
21972 A-TAAGTAAAAAAAGTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAAT-AGTCATGACTATTT
59 ATTAA-T-AACAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTTATGACTATTT
* * * * *
22035 GAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTAT
122 GAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT
** *
22090 TTCAGTTCATATAAGCTTATT
1 TTTTGTTCATACAAGCTTATT
22111 CGAAATAATA
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 83, Indels: 58
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 23 0.05
176 34 0.08
177 26 0.06
178 92 0.20
179 4 0.01
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181 13 0.03
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185 63 0.14
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188 1 0.00
189 4 0.01
190 24 0.05
191 3 0.01
192 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATATATTAATATTTCAAAAATTAATA
ACAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTTATGACTATTTGAATAGTTA
TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT
Found at i:22930 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22165--26281 Score: 2440
Period size: 181 Copynumber: 22.7 Consensus size: 178
22155 AACAAGTTTG
* * * * *** * *
22165 AATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTTTTTGAAATTGCTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * ** * **
22230 ATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAT-AAATAATACAAATTTATTAATA-TAAAGA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA-A
* * * **
22293 AAATGAATTAGTAAACATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
129 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCA
* *
22343 AAT-TTTATGACTATTTGAACAATTATTTACTTT-AAATTC-TTATGA-CTTCTTGTTTTGTCAT
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAA-TCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCAT
* * * * * *
22404 AGAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGGTTATTCA-AATTACAATAATGTTAATTTATTAATATTT
63 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTT
** * * * ** *
22468 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCA
126 CAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCA
* * * * *
22523 AATAGCCTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTG-TTTGTAATAA
1 AATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
22586 AACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
65 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC
* * * *
22649 AAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACATGTTCA
127 AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-GTTCA
* * * *
22703 AATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
* * * ** *
22768 AAAAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAA
* * *
22833 AAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCA
129 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-GTTCA
*
22884 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
22949 CCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
23014 AATTAGTAAGTAAAAGATTTAACAAAATAAATCTGTTTACTAAATGAGTTCA
130 AATTAATAAGTAAAA-ATTTAA-AAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAGTTCA
* * * * * *
23066 AATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCCAAATCACTATGATCC-TTTATTCTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * **
23130 AATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCCAAAATAAAATGTTACTAATTTATTAATA-TTCT
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-
* * * * *
23194 AAAAATTTATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCA
127 AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCA
* * * * * * * **
23248 AATAGTCAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTATATTTTGTTGTA
1 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * ** **
23311 AAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCGATTTATTAATATTTTG
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA
* * * * ** *
23376 AAAATTGATAAG---AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAGCCAGTTCT
128 AAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAGTTCA
* * * * * * *
23425 AATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATC-ATTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
23489 ATAATTGTTTATATTCATGCAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAATTTGA-TAATATTTTAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ATAATTT-ATTAATATTTCAA
* * **
23553 AAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCA
129 AAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCA
* * * * * *
23605 AATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
23670 ATAATAT-TTTCAATTCATACATGCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAA
66 ACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-A
* * * * *
23733 AAAATTAATAAACTACAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCT-AACAAGTTCA
128 AAAATTAAT-AAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAAC-AGTTCA
* * * * * * * *
23787 AATAGTTATGGCTATTCGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGA-CTTTTCTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
23851 ACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * ** *** * ***
23915 AAATTGATAAGTTAGAGATTTAAATAGTATGTCAATTTATCGAATTGGTTCA
129 AAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAGTTCA
* * * * * ** * *
23967 AATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTTGTTTTGTTATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
24032 AACAATTGTTTTCCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
65 AACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA
* *
24096 AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC----C-
128 AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAGTTCA
* * * ** * * *
24143 ---AG-T-T-CCTATTTGAAAAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
24202 ATAATTGTTT-TAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTAATAATATTCCAA
66 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * ** *
24265 AAATTAATAACTAAAAAATTTTAAAAATTAATCTGTTTGCCGAAGTAGTTGA
129 AAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAACAGTTCA
* * * * ** *
24317 AATAGTTAAGACTGTATGACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
24382 ACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTTATATTCCAA
66 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAA
* * ** * *
24446 AAAGTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAATA-AGTTTA
129 AAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAA-ACAGTTCA
* * * * *** * * * *
24498 GATAATTATGGCCATGCCAACAATTAACTATTTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
24562 AACAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-A---ATTAATCTTTC
65 AACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC
* * * **
24621 AAAAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCA
127 AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCA
* ** * * * *
24675 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
24740 ATAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAT
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
24805 AATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTATCTAATAAACCAGTTCA
130 AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAGTTCA
* ** *
24856 AATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *** ** * * *
24921 ATAAGTT-TTTTTGAATTTATTTTAGCTTATTTGGAATAACATAAAATGAATTTACTAATATTTC
66 ACAA-TTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTC
* * * *
24985 AAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGTTTACCTAACCA-TTCCAA
127 AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAGTT-C-A
* *
25039 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTTTATCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
25103 AATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGA-T-A-AAAAAAAGTAACACTAATCTATTAATATTTC
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAA-TAATA-TAATTTATTAATATTTC
* * * * *
25165 --TAA-TACTAA-TAACAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACGAGTTTA
127 AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAAC-AGTTCA
* * * * * *
25215 AATAGTTATGACTATATGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTTATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
25279 ACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGACTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAC
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
25344 AATTAACAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCA
130 AATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGTTCA
* * * * * * * *
25395 AATAATCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * **
25460 AGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTACA-AGCTTA
66 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTA-ATA--TT-
*
25523 TACGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
125 T-C------AAA-AAT--T-A---A-T-A-A---GT--AA------A-A-ATTTAAAAAATAAAT
* *
25588 TTGTTTACTAAATCAATTAA
160 TTGTTTACTAAA-CAGTTCA
* * * *
25608 AATAATTTTG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
25672 AACAATTGTTTCAATTCTTACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAATAATAATAATAATAATAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AAT--AA-AATAAT-ATAAT--T--T-AT--
* ** * * * * *
25736 TAATTTATAATAATCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCA
118 TAA--TAT--T--T-CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACA
25801 GTTCA
174 GTTCA
* * * * * *
25806 AATA-AT-TGGCCATTT-CATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
25867 ACAATTTTTTC-A-TCATAGAA-CCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TATTCAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT-TTCAA
* *
25928 AAATTAATAAGTAGGAAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTGAAC----C-
129 AAATTAATAAGTA--AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAGTTCA
* * * * * * * * * *
25974 -A-A--T-T-CCTATTTGAATAATTACCCTATTTCAAAGCGTCATAATCTTTT-TTCT-AC-TAT
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-
* * * * * * *
26030 AAATAATTG-TT-TAGTTCACATATGCTTATTTTCAAAAT-AAATAATATTAATTTAATAATTTT
64 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA--TTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * **
26092 TCAAAAATTAAATAACTAAGAGATTTATAAGAAAT-AATTTGTTTGCCGAAGTAGTTCA
125 TCAAAAATT-AATAAGTAA-AAATTTA-AA-AAATAAATTTGTTT-ACTAAACAGTTCA
* * * * * * *
26150 AA-ATTTAAGATTAATATGAACAA-TATCTTTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTCTCATA
1 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
26212 AAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
64 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT
*
26275 AAAAAAT
126 CAAAAAT
26282 GAATCTGTTT
Statistics
Matches: 3086, Mismatches: 620, Indels: 462
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 9 0.00
165 19 0.01
166 26 0.01
167 6 0.00
168 90 0.03
169 71 0.02
170 39 0.01
171 3 0.00
172 1 0.00
173 4 0.00
174 25 0.01
175 49 0.02
176 156 0.05
177 291 0.09
178 52 0.02
179 23 0.01
180 542 0.18
181 673 0.22
182 506 0.16
183 201 0.07
184 8 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
187 1 0.00
188 10 0.00
189 2 0.00
191 10 0.00
192 10 0.00
193 1 0.00
194 13 0.00
195 41 0.01
196 6 0.00
197 1 0.00
198 29 0.01
199 3 0.00
200 1 0.00
201 1 0.00
204 1 0.00
205 2 0.00
206 2 0.00
207 1 0.00
210 1 0.00
211 1 0.00
212 4 0.00
213 112 0.04
214 3 0.00
215 2 0.00
216 11 0.00
217 2 0.00
218 1 0.00
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220 3 0.00
221 2 0.00
222 1 0.00
223 3 0.00
225 2 0.00
226 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAGTTCA
Found at i:23869 original size:902 final size:901
Alignment explanation
Indices: 22454--25514 Score: 2069
Period size: 902 Copynumber: 3.4 Consensus size: 901
22444 AATAATGTTA
* * *
22454 ATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAG
1 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AAGATTTAAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAG
* * * * * *
22519 TTCAAATAGCCTAGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTGTAAT
63 TTCAAATAGCCTAGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATAACATTGTGTTTGTAAT
* * *
22584 AAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
128 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * *
22649 AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTATGA
193 AAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAATTAAGA
*
22714 CTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTT
258 CTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAAAAAATT-GTT
* * *** * ** *
22779 CTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG
322 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAC
* * * *
22844 TAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
387 TAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTCCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATT
* * * * * * * *
22909 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACT
452 ACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACT
*
22974 TAT-TTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATT-AGTAAGTAAAAGATTTAAC
517 TATCTGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTGA-TAAGTAAAAGATTTAA-
** * * *
23037 AAAATAAATCTGTTTA-CTAAATGAGTTCAAAT-ATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCC
579 AAAATAAATCAATTTATCGAAATG-GTTCAAATAATTT-TGACCATTTGAACAATTATCTATTCC
** * * * * **
23100 AAATCACTATGATC-CTTTATTCTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATATAAGTTTATTCCA
642 AAATCACTACAAACTCTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTTCCA-TCATACAAGCCTATT-CA
** * * *
23163 AAATAAAATGTTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTTATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAA
705 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAG-AGATTTAAAAAATAA
23226 ATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATAGTTA
768 ATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATAGTTA
23291 TGACATTATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
833 TGACATTATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
23356 ACCG
898 ACCG
* * * *
23360 ATTTATTAATATTTTGAAAATTGATAAG-AGATTTAA-AAACTAAATTTGTTTATCGAGCCAGTT
1 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAGAAA-TAAATATGTTTATCGAACAAGTT
* * * * *
23423 CTAATAG-TTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATCATTGT-TTTGTCAT
65 CAAATAGCCTA-GACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATAA-CATTGTGTTTGTAAT
* * * * *
23486 AAAATAATTGTTT-ATATTCATGCAAGCTTATTCAG-AGTAAAATATTGCTAATTTGA-TAATAT
128 AAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATAT
** * * *
23548 TTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAAC-TAGTTCAAATAATT
190 TCCAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAT-GTTCAAATAATT
* * * * *
23612 AAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATA
254 AAGACTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAA-AAAA
* *
23676 TT-TTCAATTCATACATGCTTGTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATT
317 TTGTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCAAAAAATT
* * *
23739 AATAAACTACAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATT
381 AAT-AACTAAAAATTTT-AAAAATAAATATATTT-CCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
23803 CGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGA-CTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTC
443 CGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTC
* * * * * * *
23867 ATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAG
508 ATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAG
* * ** * *
23932 ATTTAAATAGTATGTCAATTTATCGAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTA
573 ATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAAATGGTTCAAATAATTTTGACCATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
23997 TTTCAATTCATTACAAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTCCATCATACAAGCCTATT
638 TTCCAAATCACTACAAACTCTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTTCCATCATACAAGCCTATT
*
24062 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
703 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *** * *
24127 ATTTGTTTACTAAACCAGTTC-------C---T--ATTTGAAAAATTATCAATTTCAAATTGTTA
768 ATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
24180 TAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAA-AA
833 TGACATTATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
**
24243 TACTA
897 TACCG
* *** * * * * ** **
24248 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTTAA-AAATTAATCTGTTTGCCGAAGTA
1 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AGAAGA-TTTAAGAAATAAATATGTTTATCGAACAA
* * * * ** * ** * * * *
24312 GTTGAAATAG-TTAAGACTGTATGACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGT
62 GTTCAAATAGCCT-AGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATAACATTGT-GTTTGT
* * * * *
24376 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCA-AAATAAAATAATAATAATTTATTTATA
125 AATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * * *
24440 TTCCAAAAAGTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAATAAGTTTAGATAATT
189 TTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAATT
* * * * * * * * * * *
24505 ATGGCCATGC-CAACAATTAACTATTTCAAATA-GTTATTACCTTTTGTTTGGTCAT-ATAACAA
254 AAGACTAT-CTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAAAAAA
* * * * *
24567 TTG-T-ATTTGAACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AA-TTA--ATCTTTC-AAAA
317 TTGTTCAATT---CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCAAAAA
** * * * *
24625 ATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
378 ATTAATAACTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATATTT-CCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* **** * * *** * * * * * * ***
24689 TTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTATTTTTGT
441 TTCGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAT
* * * * * * * * * *
24754 TCATATAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAATAATTAATAACTAA
506 TCATAAAAACTTATCTGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTGATAAGTAA
* ** * ** ** * *
24818 AAGAATTAAAAAATAAATTTATCTAAT--AAACCAGTTCAAAT-ATTTAAAACTATATGAACAAT
570 AAGATTTAAAAAATAAATCAAT-TTATCGAAA-TGGTTCAAATAATTT-TGACCATTTGAACAAT
* * ** * * * * * ** * ***
24880 TATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTTATTTT
632 TATCTATTCCAAATCACTACAAACTCTTTATTCTGTCATAAAACAA-TTGTTTTCCA-TCATACA
* *** * * * **
24944 AGCTTATTTGGAATAACATAA-AATGAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTT
695 AGCCTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT
* * * * * * * * *
25008 -AAAAATAATTTTGTTTACCTAACCA-TTCCAAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
759 AAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTT-C-AAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTAT
* * * ** * * * * * * **
25070 TTCAAATCA-TTATGAC-TGTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGA-
821 TTCAAAT-AGTTATGACAT-TATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATT-AT
* **
25132 T-AAAA-AAAAGTAACACTA
883 TCAAAATAAAA-TAATACCG
* * * * * * * * *
25150 ATCTATTAATATTTCT-AATACTAATAA-CAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACGAGTT
1 ATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTT
* * * ** * * * * * * *
25213 TAAATAG-TTATGACTATATGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTATTTTGTTAT
65 CAAATAGCCTA-GACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATAACATTGT-GTTTGTAAT
* * * *
25276 AAAACAATT-TTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAG-ACTAAAACAATACTAATTTATTAATATT
128 AAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
25339 TCAACAATTAACAAGTAAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-TAGATCAAATAAT
191 CCAAAAATTAATAAG-AAAGAGA-ATTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAT-GTTCAAATAAT
* * * * * * * * * *
25401 CATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCAT-AAAAGAA
253 TAAGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTG-TTTAGTCATAAAAAAAA
* * ***
25464 TTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACT-AATTTATTA
317 TTG-TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
25515 CAAGCTTATA
Statistics
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TCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAAAAAATTGTTCAAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAACTAAA
AATTTTAAAAATAAATATATTTCCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTACCT
ATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATC
TGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCAATTTATCGAAATGGTTCAAATAATTTTGACCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTA
CAAACTCTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTTCCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAA
ACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTATATTT
TGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCG
Found at i:24829 original size:358 final size:356
Alignment explanation
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* * * *** * * * *
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*** * ** * * *
22245 CATACAAGCTTATTTTGAAT-AAATAATACAAATTTATTAATA-TAAAGAAAATGAATTAGT-AA
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* * * * * * ** *
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** * ** * *
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* ** ** *
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* * *** * **
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1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATA-ATTATGACTATT
* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
22668 AATTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTAT-CTAAACAATTATCT
195 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AA-AAGTTTAAATAATTATGGCTATAC-GAACAATTATCT
* * * * * *
22732 ATTTCAAA-ACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTTCT-ATTCATGCAAGCTT
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** *
22795 ATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAAT
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* * * ** *
22837 TAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATT
* **
22900 TGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TT
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTT
* * * * * * * *
22964 CATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAA
129 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAA
* * * * * ** *
23029 GATTTAACAAAATAAATCTGTTTACTAAATGAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATT
194 GATTTAA-AAAATAAATTTATTTACTAAA--AGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTATC
* * * * * * *
23094 TATTCCAAATCA-CTATGATCC-TTTATTCTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAT-AAGT
256 TATTTCAAAT-AGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGA-ACAT-TCAAGC
* ** *
23155 TTATTCCAAAATAAAATGTTACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
316 TTATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTAAT-AT-TTC-AAAAAT
* ** * * * * * * *
23200 TTATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGA-CTATT
* * * * * ** *
23264 TGAGCTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA-T
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGT
* ** ** *** * *
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* * * ** * ** ** *
23388 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAGCCAGTTCT-AATAGTTATGATTATTTGAATAATTAT
193 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTA-AAAGTT-TAAATAATTATGGCTATACGAACAATTAT
* * * * * * * *
23452 CTATCTCAAATCGTTATAATC-ATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT-ATTCATGCAAGCTT
255 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGA-ACATTCAAGCTT
* * * *
23515 ATTCAGAGTAAAATATTGCTAATTTGATAATATTTTAAAAAT
318 ATTCAGAATAAAATAATACTAA-TT--TAATATTTCAAAAAT
* * *
23557 TAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATT
1 TAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * * *
23621 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATAT-TTTCAATT
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* * * *
23685 CATACATGCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACTACA
129 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AACTA-A
* * * * * * *
23750 AA-TTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTCGAACAATTAC
192 AAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ACTAA-AAGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTAT
* ** * * * **
23814 CTATTTAAAATAAATATGA-CTTTTCTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATAAAAGCTT
255 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAA--CATTCAAGCTT
* * *
23877 A-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
318 ATTCAG-AATAAAATAATACTA--AT-TTAATATTTCAAAAAT
* * * * * ** ** * * * * * *
23919 TGATAAGTTAGAGATTTAAATAGTATGTCAATTTATCGAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * * ***
23984 GAACAATTATCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTCCATC
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* * * * *
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* ** *
24114 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAG-TT-CCT-ATT-T-G----A--AA-AATTATCAA
195 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA--AGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTATCTA
* * * * * ** *
24167 TTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAT-AAACTTATT
258 TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GAACAT-TCAAGCTTATT
*
24231 CAAAATAAAA-AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAT
321 CAGAATAAAATAATACTAATTTAAT-AT-TT-CAAAAAT
* * * * * * * * * * *
24269 TAATAACTAAAAAATTTTAAAAATTAATCTGTTTGCCGAAGTAGTTGAAATAGTTAAGACTGTAT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * *
24334 GACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
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* * * * * * **
24399 TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTTATATTCCAAAAAGTAAAAAGTAAGTGA
131 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGA
* * * * * * *
24464 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAATAAGTTTAGATAATTATGGCCATGCCAACAATTAACTAT
196 TTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAA-AAGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTATCTAT
* * *
24529 TTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCA
259 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTGAACATTCAAGCTTATTCA
*
24594 GAATAAAATAATACTAA-TTAATCTTTCAAAAAT
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* * * *
24627 TAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * * * * *
24692 GAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCA
66 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
* * * * *
24757 TATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAATAATTAATAACTAAAAGA
131 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGA
* * * * * *** *
24822 ATTAAAAAATAAATTTATCTAATAAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
196 TTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA--AGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTATCTAT
* * * **
24887 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTTATTTTAGCTTAT
259 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTGAA--CATTCAAGCTTAT
** * *
24951 TTGGAATAACATAA-AATGAATTTACTAATATTTCAAAAAT
320 TCAGAATAAAATAATACT-AA-TT--TAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
24991 TAATATGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGTTTACCTAACCA-TTCCAAAATAATTATGACTAT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTT-C-AAATAATTATGACTAT
* * *
25054 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTTGT
64 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGT
* * * * * * *
25118 TCATATAAGTTTGA-T-AAAA-AAAAGTAACACTAATCTATTAATATTTC--TAA-TACTAA-TA
128 TCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTA
* * * * *
25176 ACAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAGCAATT
191 AAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAA--AGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATT
* * * * * ** *
25240 ATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTTATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCT
253 ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGAACATTCAAGCT
* * * *
25304 TATTTAGACTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAT
317 TATTCAGAATAAAATAATACTAA--T-TTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
25347 TAACAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGATTATT
1 TAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * * * *
25411 TAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTC
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTC
* *** * *
25476 ATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTACAAGCTTATACGGAATAAAATAATAC
130 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT--AA---TATTC-----CAAA-AAT--
* *
25541 TAATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAATT
182 T-A---A-T-A-A---C------T-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA--AGTT
* * ** *
25606 AAAATAATTTTGG-TCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
226 TAAATAATTATGGCT-ATACGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
25670 AAAACAATTG-TTTCAATTC-TTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATAATAATAATAA
290 AAAACAATTGTTTTGAA--CATT-CAAGCTTA--T----T--CAGAATAA-AATAATACTAAT--
*
25733 TAATAATTTATAATAATCCTAAAAT
341 T--TAA--TAT--T--T-CAAAAAT
** * * * *
25758 TAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAA-T-TGGCCATT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * *
25820 T-CATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-TTTTCA--T
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTT
* * * * * *
25880 CATAGAA-CCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTATT-CAAAAATTAATAAGTAGG
129 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAACTA-A
* ** * ** * *
25943 AAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACT----G---AACCAA-T-T-CCTATTTGAATAATTACCC
192 AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAAGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTA-TC
** * * * * * * ** *
25997 TATTTCAAAGCGTCATAATCTTTT-TTCT-AC-TATAAATAATTGTTTAGTTCACA-T-ATGCTT
256 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTT--TGAACATTCAAGCTT
* *
26057 ATTTTCAAAAT-AAATAATATTAATTTAATAATTTTTCAAAAAT
318 A--TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAAT-A--TTTCAAAAAT
* * * * * * * *
26100 TAAATAACTAAGAGATTTATAAGAAAT-AATTTGTTTGCCGAAGTAGTTCAAA-ATTTAAGATTA
1 T-AATAAGTAAAAGATTTA-AA-AAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACT-
* * * * * *
26163 ATATGAACAA-TATCTTTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTCA
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* ** * ** *
26226 GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATGAAT--CT-
126 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTA
*** * ** * * ** * * * *
26288 ---G-TTTACCGAAT-CATTTCAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTAT--CTATTTCAAATC-
191 AAAGATTTAAAAAATAAATTT-ATTTACTAAAAG---TTTAAATAATTATGGCTA-TACGAA-CA
**** * * ***
26345 ATTAT-TACCTTTTGTTTGGTCATAT-AACAAATGTTTT-T--T------A------T---CATT
250 ATTATCTA--TTTCAAATAGT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATT
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* * * * * *
26439 TAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTT
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* * * * * * *
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* * * * * *** *
26565 ACACAAGTTTATTC--AATAAAATAATACTAATGTAATGATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAG
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* * * * * * * * * *
26628 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTA
195 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA--AGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTATCTA
* * * * * ** *
26693 TTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGCCTTAGAACAATT-TTTTAGTTC-TT-AGTAACTTAT
258 TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GAACATTCA--AGCTTAT
* *
26755 TCATAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
320 TCAGAATAAAATAATACT-AA--T-TTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
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1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CTAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * **
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65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTC
* * * ** * * * *** * * *
26911 ATATAAGTTTGTTTGAAATAAAACAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAAGTAAGAG
130 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAG
* * * ** ** * *
26976 ATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTAAACCAGTTCAATTAATTATAACTATTTGAATAATTATTTA
195 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA--AGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTATCTA
* * *
27040 TTTCAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATGCA-T-ATAGTCTT
258 TTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGA-ACATTCA-AG-CTT
* * *
27101 ATTCGGAATAAAATAATGCTAATTT-ATGAATATTCTAAAAGT
318 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAAT--AT-TTC-AAAAAT
* * * * ** * * * *
27143 TAATAAAT-AACGAATTTAAAAAACAAATCTATTGGCCTG-ACTAGTGT-ATATAGTTATGATTG
1 TAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-GAACTAGT-TCAAATAATTATGACTA
* * * * * *
27205 TTTAAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTTTG
63 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTTAG
** * * * * ** *
27270 TTTGTACAAGCATATTCGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
127 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
* * * * * * * ** *
27335 GAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTAT
192 AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAA-AAGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTAT
* * * * * * * *
27400 CTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATGCAAGCTT
255 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GA-ACATTCAAGCTT
27465 ATTTCA-AATAAAATTAATA
318 A-TTCAGAATAAAA-TAATA
27484 AGTAAAATAT
Statistics
Matches: 3841, Mismatches: 833, Indels: 664
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
333 33 0.01
335 50 0.01
336 10 0.00
337 30 0.01
338 36 0.01
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346 45 0.01
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354 7 0.00
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375 1 0.00
378 1 0.00
379 1 0.00
380 1 0.00
384 1 0.00
385 1 0.00
386 1 0.00
387 1 0.00
390 2 0.00
391 2 0.00
392 3 0.00
393 74 0.02
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396 1 0.00
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411 46 0.01
412 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGA
TTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAAGTTTAAATAATTATGGCTATACGAACAATTATCTATTT
CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATTCAAGCTTATTCAGAA
TAAAATAATACTAATTTAATATTTCAAAAAT
Found at i:25521 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 25480--25550 Score: 115
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
25470 CAGTTCATAT
** *
25480 AAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAC
1 AAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATCTATTAC
25516 AAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATCTATTA
1 AAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATCTATTA
25551 ATATTTCTAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 32 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (36 bp):
AAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATCTATTAC
Found at i:25672 original size:213 final size:215
Alignment explanation
Indices: 25313--25721 Score: 540
Period size: 213 Copynumber: 1.9 Consensus size: 215
25303 TTATTTAGAC
*
25313 TAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAACAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAACAATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAACAAG--AAAATTTTAAAAAATAAATATG
* * * *
25378 TTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
64 TTTACCAAACTAGATAAAATAATCATGATCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
25443 TTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAA
129 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATAATAA
25508 TTTATTACAAGCTTATACGGAA
194 TTTATTACAAGCTTATACGGAA
* * * *
25530 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAA-AATTAATAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATTTGT
1 TAAAACAATACTAATCTATTAATATTTC-AACAATTAACAAGAAAATTTTAAAAAATAAATATGT
* ** * *
25592 TTACTAAA-TCA-ATTAAAATAATTTTGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
65 TTACCAAACT-AGA-TAAAATAATCATGATCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * *
25655 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATA
128 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATAATA
25720 AT
193 AT
25722 AATAATAATA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 22, Indels: 10
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
212 2 0.01
213 126 0.75
214 2 0.01
217 35 0.21
218 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
TAAAACAATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAACAAGAAAATTTTAAAAAATAAATATGTT
TACCAAACTAGATAAAATAATCATGATCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATAATAATT
TATTACAAGCTTATACGGAA
Found at i:25718 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25705--25749 Score: 65
Period size: 3 Copynumber: 15.0 Consensus size: 3
25695 GCTTATTTGA
*
25705 AAT AA- AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AATT TAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA-T AAT AAT AAT
25750 CCTAAAATTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 34 0.89
4 2 0.05
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:25865 original size:195 final size:192
Alignment explanation
Indices: 25528--25878 Score: 465
Period size: 195 Copynumber: 1.8 Consensus size: 192
25518 GCTTATACGG
* * * *
25528 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AATAAAATAATAATAATCTATTAATAATCCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * *
25593 TACTAAATCAATTAAAATAATTTTGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
66 TACCAAATCAATTAAAATAA-TTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
25658 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAAT
130 TTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCAATTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAAT
* * *
25722 AATAATAATAATAATAATTTA-TAATAATCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
1 AATAA-AATAATAATAATCTATTAATAATCCTAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
25786 CTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAA-TTGGCCATTT-CATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
61 CTGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
*
25849 ACTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTTTTCA
126 ACTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCA
25879 TCATAGAACC
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 17, Indels: 10
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
194 38 0.28
195 53 0.39
196 10 0.07
198 34 0.25
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (192 bp):
AATAAAATAATAATAATCTATTAATAATCCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
TACCAAATCAATTAAAATAATTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
TGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCAATTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAAT
Found at i:26717 original size:513 final size:499
Alignment explanation
Indices: 25771--26794 Score: 1119
Period size: 513 Copynumber: 2.0 Consensus size: 499
25761 TAAGTAAGTG
* *
25771 ATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTGGCCATTTCATAATTATCTATTT
1 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTGGCCATTTCACAATTATCTATTT
* * *
25836 CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTTTTCATCATAGAACCTATTTAGAATAA
66 CAAATCATTATGAACTTTTGTTTGGTCATAAACAATTTTTTCATCATACAACCTATTGAGAATAA
* * * *
25901 AATAATACTAATTTATTAATTATTCAAAAATTAATAAGTAGGAAGATTTAAAAAATAATTTGTTT
131 AATAATACTAATTTACTAATTATTCAAAAATTAATAAGTAGAAAGATTTAAAAAATAATCTCTTT
** * * * * *
25966 ACTGAACCAATTCCTATTTGAATAATTACCCTATTTCAAAGCGTCATAATCTTTTTTCTACTATA
196 ACCAAACCAATTCATATTTGAATAATTACCATATTTCAAAGCATCATAACCTTTTTTATACTATA
* * * * * * * *
26031 AATAATTGTTTAGTTCACATATGCTTATTTTCAAAATAAATAATATTAATTTAATAATTTTTCAA
261 AACAATTATTTAGTTAACACAAGCTTATATTCAAAATAAATAATACTAATGTAATAATTTTTCAA
* ** *
26096 AAATTAAATAACTAAGAGATTTATAAGAAATAATTTGTTTGCCGAAGTAGTTCAAAATTTAAGAT
326 AAATTAAATAACTAAGAGATTTATAAGAAATAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAAAGTTAAGAT
* *
26161 TAATATGAACAATATCTTTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTC
391 TAATATGAACAATATCTTTTTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTC-CATAAAACAATT-TTTC
* *
26225 AGTTCATA-TAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACAAATTTATTAAT
454 AGTTCATAGTAA-CTTA-TTCATAATAAAATAAAACAAATTTATTAAT
*
26271 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATT--GGCCATTTC-ACAATTATCTA
* * * * *
26336 TTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTATCATTCAAGCTTATTC
63 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTGGTCATA-AAC-AAT-TTTTTCATCATACAA-CCTATT-
*
26401 GA-AATAAAATAATACTAATTTACTAA-TATTTCAAAAATTAATATGTA-AAAGATTTAAAAAAT
123 GAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATTA-TTCAAAAATTAATAAGTAGAAAGATTTAAAAAAT
* * ** *
26463 AAATCTCTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTA-TATATTTCAAATTATT
187 -AATCTCTTTACCAAACCAATTC--ATA-TT-TGA--A--T-AA-TTACCATATTTCAAAGCATC
* * *
26527 ATAACCTTTTGTTAT-GTATAAAACAATTATTTCTGTTAACACAAG-TT-TATTCAATA-AAATA
241 ATAACCTTTT-TTATACTAT-AAACAATTATTT-AGTTAACACAAGCTTATATTCAAAATAAATA
* *
26588 ATACTAATGTAATGATATTTT-GAAAATT-AATAACTAAGAGATTTA-AA-AAATAAATTTGTTT
303 ATACTAATGTAATAAT-TTTTCAAAAATTAAATAACTAAGAGATTTATAAGAAAT-AATTTGTTT
* **
26649 GCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTT-ATATGAACAAT-TCTTTATTTCAAATTGTTATGACAT
366 GCCAAACCAGTTCAAA-AGTTAAGATTAATATGAACAATATCTTT-TTTCAAATCATTATGACAT
* * * * *
26712 TTTGTTTTGCCTTAGAACAATTTTTTAGTTCTTAGTAACTTATTCATAATAAAATAAAATAAATT
429 TTTGTTTT-CCATAAAACAATTTTTCAGTTCATAGTAACTTATTCATAATAAAATAAAACAAATT
26777 TATTAAT
493 TATTAAT
*
26784 ATTTCAAAAAT
1 ATTTAAAAAAT
26795 TAATAAGTAA
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 58, Indels: 49
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
500 40 0.09
502 9 0.02
503 40 0.09
504 3 0.01
505 3 0.01
506 28 0.06
507 62 0.14
508 1 0.00
509 2 0.00
510 2 0.00
511 3 0.01
512 12 0.03
513 102 0.23
514 41 0.09
515 26 0.06
516 35 0.08
517 18 0.04
518 8 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (499 bp):
ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTGGCCATTTCACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGAACTTTTGTTTGGTCATAAACAATTTTTTCATCATACAACCTATTGAGAATAA
AATAATACTAATTTACTAATTATTCAAAAATTAATAAGTAGAAAGATTTAAAAAATAATCTCTTT
ACCAAACCAATTCATATTTGAATAATTACCATATTTCAAAGCATCATAACCTTTTTTATACTATA
AACAATTATTTAGTTAACACAAGCTTATATTCAAAATAAATAATACTAATGTAATAATTTTTCAA
AAATTAAATAACTAAGAGATTTATAAGAAATAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAAAGTTAAGAT
TAATATGAACAATATCTTTTTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTCCATAAAACAATTTTTCAG
TTCATAGTAACTTATTCATAATAAAATAAAACAAATTTATTAAT
Found at i:26818 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 26271--27483 Score: 606
Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 179
26261 ATTTATTAAT
* * * * * * * * ** * *
26271 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATTTGAACAATTATTTA
* * * * * * *
26336 TTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT-TGGTCATATAACAAATGTTT-T-TTATCATTCAAGCTTA
66 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTAT-GT-ATAAAACAATTATTTCTGTTAACA--CAAGCTTA
* * *
26398 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAG
127 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * ** *
26452 ATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC--TTATATA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATTTGAACAATTATTTA
* * *
26515 TTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTATAAAACAATTATTTCTGTTAACACAAGTTTATTC-
66 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTATGTATAAAACAATTATTTCTGTTAACACAAGCTTATTCA
* * ** *
26579 AATAAAATAATACTAATGTAATGATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAG
131 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* *
26628 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATTTGAACAATTATTTA
* * * *** *
26693 TTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGCCT-TAGAACAATT-TTT-TAGTTCTTAGTAA-CTTA
66 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTATG--TATAAAACAATTATTTCT-GTTAACA-CAAGCTTA
* *
26754 TTCATAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
127 TTCA-AATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
26808 ATCTAAAAAAT-AATTCTGTTTGCCAAGCTAGTTCAAATAATT-ATGTCTATTTGAACAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGT-TATTTGAACAATTATT
* * * * * * * *
26871 TATTTCAAATCATTATGACA------TA---A-AACA-AATGT-TTT-TTTTCATATAAGTTTGT
64 TATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTATGTATAAAACAAT-TATTTCTGTTAACACAAGCTT-A
* * * * * ** *
26923 TTGAAATAAAACAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAAGTAAGAG
127 TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * ** *
26976 ATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTAAACCAGTTCAATTAATTATA-ACTATTTGAATAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGGTTATTTGAACAATTATTT
* * * * * * *
27039 ATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-AT-GCATATAGTCTT
65 ATTTCAAATTATTATGA-CATTTTGTTATGT-ATAAAACAATTATTTCTGTTAACACA-AG-CTT
* * * *
27101 ATTCGGAATAAAATAATGCTAATTT-ATGAATA-TTCTAAAAGTTAATAAATAACGA-
126 ATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAG
* * * * ** * * * * * * *
27156 ATTTAAAAAACAAATCTATTGGCCTGACTAGTGT-ATATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT-TCAAATAGTTAAGGTTATTTGAACAATTATTT
* ** * * * * * * * *** *
27220 ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTTTGTTTGTACAAGCATAT
65 ATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTATGT-A-TAAAACAATTATTTCTGTTAACACAAGCTTAT
* * * *
27285 TCGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
128 TC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * ** * *
27338 ATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATTTGAACAATTATTTA
** * * * * * * * **
27403 TTTCAAATTGCTATCACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATT
66 TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTATGT-ATAAAACAA-TTATTTCTGTTAACACAAGCTTA-T
27468 TCAAATAAAATTAATA
128 TCAAATAAAA-TAATA
27484 AGTAAAATAT
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 167, Indels: 110
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 54 0.07
168 64 0.08
169 16 0.02
173 1 0.00
174 1 0.00
176 89 0.11
177 2 0.00
178 71 0.09
179 66 0.08
180 162 0.20
181 111 0.14
182 156 0.19
183 13 0.02
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATTTGAACAATTATTTA
TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTATGTATAAAACAATTATTTCTGTTAACACAAGCTTATTCA
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
Found at i:27424 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 26940--27452 Score: 525
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
26930 AAAACAAGAT
* * ** *
26940 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTAAACC
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * * * * *
27004 AGTTCAATTAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
27069 CATAAAATAATTGTTTCTATGCATATAGTCTTATTCGGAATAAAATAATGC
131 CAAAAAATAATTGTTTCTATGCACATAGTCATATTCGAAATAAAATAATGC
* * * * * **
27120 TAATTTATGAATATTCTAAAAGTTAATAAATAACGA-ATTTAAAAAACAAATCTATTGGCCTG-A
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-GAA
* * * * * *
27183 CTAGTGT-ATATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
64 CAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
27247 TATCACAAAAATAATTGTTTTTGTTTGTACA-AG-CATATTCGAAATAATATAATTC
128 TGTCA-AAAAATAATTG--TTTCTATGCACATAGTCATATTCGAAATAAAATAATGC
*
27302 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACA
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * * *
27367 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTTTTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
27432 CATAAAACAATTTTTTTCTAT
131 CAAAAAATAA-TTGTTTCTAT
27453 TCATGCAAGC
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 59, Indels: 22
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 49 0.19
181 68 0.26
182 136 0.52
183 2 0.01
184 8 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CAAAAAATAATTGTTTCTATGCACATAGTCATATTCGAAATAAAATAATGC
Found at i:27497 original size:154 final size:155
Alignment explanation
Indices: 27320--27605 Score: 414
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
27310 TAATATTTTA
* * *
27320 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTATGAC
* * * *
27385 TATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
66 TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTACTATCA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
27448 TCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
130 TCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
* * * * *
27474 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTTAAACAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTATGAC
* * *
27539 TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
66 TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTACTATCACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
27604 CT
131 CT
27606 TCACACTAAC
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 15, Indels: 3
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
153 6 0.05
154 102 0.89
155 7 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (155 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTATGAC
TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTACTATCACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
CTATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
Found at i:27812 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27476--28490 Score: 471
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181
27466 TTTCAAATAA
* * * * *
27476 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTTAAACAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAACAGTCATAACTA
* * * * **
27541 TTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCT
66 TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCACT
* *
27606 TCACACTAACTTATTTGGATTAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTGCC
131 TCACACTAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGCC
* * *
27657 AATTAATAAGTAAAATATTT-TAAAATAAAT-TTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACT
1 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCGAACAAGTTCAAACAGTCATAACT
* *
27720 ATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT-TTTCATTATAAAACAATTGTATC
65 ATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC
* * * * * **
27783 AGTTTATA-TAGGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
128 ACTTCACACTA-ACTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGCC
* * * ** * ** * *
27836 AATTTAACAAGT----GATTTAAGAAAATGAATCTACTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATGAC
1 AA-TTAATAAGTAAAATATTTAA-AAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAACAGTCATAAC
* * * * ** * * *
27897 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGT
64 TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-C
* * ** *****
27962 A-TTCATAC-AAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT--TAAATTTGTCCATATTCCAAA
128 ACTTCACACTAA-CTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGCC
** * * *
28014 AATTAATAAGTCAAAATA---AAAAAATAAATCTATTTT-TTGAACCCA-TTCAAATAATTATGA
1 AATTAATAAGT-AAAATATTTAAAAAATAAATCT-TTTTACCGAA-CAAGTTC--A-AA-CA-GT
* * * ** *
28074 CTATTTATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACC
58 C-A--TAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAAC
* * ** * *****
28138 AATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAA
119 AATTGTATC-ACTTCACACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGCC
* * * * * * * *
28201 AATTAATAAGTTACATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGTT-AAA-ATGATTATGAC
1 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAACA-G-TCATAAC
* * * * * *
28264 TGTTTGAATAATTATTTTTTTCAAAT-AGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
64 TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTCATCATAAAACAA-T-TGT
** * * *
28327 AT-A-TTCA-AAGAAGTTTATTTTG-AATAAAATTATACTAATTTATTACTATTTTG-C
125 ATCACTTCACACTAA-CTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGCC
* ** * * * * * *
28381 AATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACATGTTCAAATAGTCACAT
1 AA-TTAATAAGTAAAATATTT--AAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAACAGTCATA-
* * * ** *
28446 GC-ACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
62 ACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
28491 TGTCGTAGAA
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 126, Indels: 114
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.01
177 25 0.04
178 119 0.18
179 21 0.03
180 126 0.19
181 128 0.20
182 6 0.01
183 66 0.10
184 7 0.01
185 6 0.01
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187 27 0.04
188 6 0.01
189 17 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAACAGTCATAACTA
TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCACT
TCACACTAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGCC
Found at i:27957 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 27474--28322 Score: 524
Period size: 178 Copynumber: 4.7 Consensus size: 176
27464 TATTTCAAAT
** * * ** *
27474 AAAATTAATAAGT-AAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCT-AATAAGTTTAAACAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTCAAAATA---AAAAAATAAATCTACTTA-CTGAACAAGTTCAATTAGTTATA
* * * * *
27537 ACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-
62 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTC
** * * * * ***
27601 TTTCTTCACACTAA-CTTATT-TGGATTAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTG
126 AGT-TT-ATAC-AAGCTTATTCT-AAATAAAATAATCT-AATTTATTAATATTCCA
** ** * ** * *
27655 CCAATTAATAAGT-AAAATATTTTAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATAA
1 AAAATTAATAAGTCAAAATA--AAAAAATAAATCTACTTACT-GAACAAGTTCAATTAGTTATAA
* * * * *
27718 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTCATTATAAAACAATTGTATC
63 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTT-GTCATAAAACAATTGT-TC
* * *
27783 AGTTTATATAGGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
126 AGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCCA
* * * ** * * *
27835 AAATTTAACAAGT-GATTTAAGAAAATGAATCTACTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATGACTA
1 AAAATTAATAAGTCAAAATAAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATAACTA
* * *
27899 TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTT-TGTA
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTCAGT-
* * * **
27963 TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TAAATTTGTCCATATTCCA
129 TT-ATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATCT-AATTTATTAATATTCCA
* ** *
28012 AAAATTAATAAGTCAAAATAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACCCA-TTCAAATAATTATGACT
1 AAAATTAATAAGTCAAAATAAAAAAATAAATCTACTTACTGAA-CAAGTTC----AATTA-G--T
* * *
28076 ATTTATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA
58 -TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* *
28140 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCA
120 TTG-TTC-AGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCCA
* * * * ** * * * *
28199 AAAATTAATAAGTTACATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGTTAAAAT-GATTATGA
1 AAAATTAATAAG-T-CAAAATAAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAATTAG-TTATAA
* * * * *
28263 CTGTTTGAATAATTATTTTTTTCAAAT-AGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
63 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT
28323 ATTTATATTC
Statistics
Matches: 529, Mismatches: 106, Indels: 66
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 27 0.05
178 129 0.24
179 12 0.02
180 128 0.24
181 76 0.14
182 7 0.01
183 2 0.00
185 5 0.01
186 82 0.16
187 29 0.05
188 5 0.01
189 24 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAAATTAATAAGTCAAAATAAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATAACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAGTTT
ATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTCCA
Found at i:28456 original size:364 final size:359
Alignment explanation
Indices: 27474--28494 Score: 965
Period size: 364 Copynumber: 2.8 Consensus size: 359
27464 TATTTCAAAT
* * *
27474 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCT-AATAAGTTTAAACA-G-TTAT
1 AAAATTAATAAGT-TAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAG-TTAAA-ATGATTAT
27536 GACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACT-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
62 GACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-TATTATGACTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
27600 TTTTCTTCACACTAA-CTTATTTGGATTAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGCCAATTAAT
126 TTATATTCAAAC-AAGCTTATTTTGAATAAAATTATATAAATTTATTACTATTTTG-CAATTAAT
** * * *
27664 AAGTAAAATATT-TTAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTAAA
189 AAGT-AAAT-TTAAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCACATACTATTTGAA
* * * * *
27727 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTCATTATAAAACAATTGTATCAGTTTATA
252 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATA
* * * *
27791 TAGGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
316 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * *
27835 AAATTTAACAAG-T--GATTTAAGAAAATGAATCTACTTACTGAACAAGTT-CAATTAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTTAATATTTAA-AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATGA-TTATGA
* * * * *
27896 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTT
64 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGACTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
27960 GTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TAAATTT-GT-CCATATTCCAAAAATTAATA
128 ATATTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATTATATAAATTTATTACTATTTTGC---AATTAATA
* * * *
28022 AGTCAAA-ATAAAAAAATAAATCTATTTTT-T-GAACCCA-TTCAAATAATTATGACTATTTATC
190 AGT-AAATTTAAAAAAATAAAT-T-TTTTTATCGAA-CAAGTTCAAAT-A--GTCAC-A--TA-C
* *
28083 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT
244 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-
*
28148 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCA
308 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
28199 AAAATTAATAAGTTACATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGTTAAAATGATTATGAC
1 AAAATTAATAAGTTA-ATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATGATTATGAC
* * * *
28264 TGTTTGAATAATTATTTTTTTCAAATAGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTA
65 TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATA-TTATGACTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTA
* * *
28328 TATTCAAAGAAGTTTATTTTGAATAAAATTATACT-AATTTATTACTATTTTGCAATTTAATAGG
129 TATTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATTATA-TAAATTTATTACTATTTTGCAA-TTAATAAG
* * *
28392 TAGGAGATTTAAAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACATGTTCAAATAGTCACATGC-ACTTGAAC
192 TA--A-ATTT-AAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCACATACTATTTGAAC
*
28456 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
253 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
28495 GTAGAAAAAG
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 84, Indels: 87
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 6 0.01
356 21 0.04
357 38 0.07
358 109 0.21
359 2 0.00
360 1 0.00
361 10 0.02
363 1 0.00
364 152 0.29
365 7 0.01
366 3 0.01
367 111 0.21
368 24 0.05
369 6 0.01
370 12 0.02
371 5 0.01
372 22 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AAAATTAATAAGTTAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATGATTATGACT
ATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATATTATGACTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATA
TTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATTATATAAATTTATTACTATTTTGCAATTAATAAGTAAA
TTTAAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCACATACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
Found at i:28657 original size:146 final size:147
Alignment explanation
Indices: 28380--28664 Score: 387
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
28370 TACTATTTTG
* * * *
28380 CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACATGTTCAAATAGTCACA
1 CAATTTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCACA
* * *
28445 TGCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAGAAAAAGTATTT
65 TCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAGAAAAAGTATTT
28510 CTATGCATACATATTCTA
130 CTATGCATACATATTCTA
* * * * **
28528 CAATTTAATAGGTAGGAGGTTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTGACATCA-TCATG
1 CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTCACA
*
28591 TCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATA-AAAAAGTTGTT
65 TCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAGAAAAAG-TATT
*
28655 TCTATTCATA
129 TCTATGCATA
28665 TAGAATTATT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 15, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
145 6 0.05
146 92 0.77
147 1 0.01
148 21 0.17
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (147 bp):
CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCACAT
CCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAGAAAAAGTATTTC
TATGCATACATATTCTA
Found at i:29952 original size:352 final size:352
Alignment explanation
Indices: 29337--29981 Score: 852
Period size: 352 Copynumber: 1.8 Consensus size: 352
29327 ATTCGCGATA
* *
29337 AAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATGTGT
1 AAAACAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATGT
** * * * **
29402 TTACTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTTGTTCTAACCT
66 TTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGGCTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCT
* * * * * *
29467 ATTATTTAGTTATAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATT
131 ATTATTTAATCATAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAACT
** * * * *
29532 TATTAACTTTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTCGTTTGCCGAACAGGTT
196 TATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTCATTTACCGAACAAGTT
** * *
29597 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
261 CAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
29662 TTCTTTTCGTACAAGCATATTTTGATT
326 TTCTTTTCGTACAAGCATATTTTGATT
* * * *
29689 AAAACAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AGAATTAAATATG
1 AAAACAATATTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
29752 TTT-GTCGAACCAGTTTAAATAGTT-AGGATTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
65 TTTACT-GAACCAGTTTAAATAGTTAAGG-CTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
* *
29815 TCT-TTCATTTAATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
128 CCTATT-ATTTAATCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATAC
**
29879 TAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAA-TCTATTTATTGAA
191 TAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTC-ATTTACCGAA
*
29943 CAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAATAATTATCTAT
255 CAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTAT
29982 TTAAAATCAC
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 38, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
350 6 0.02
351 71 0.29
352 172 0.69
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (352 bp):
AAAACAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATGT
TTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGGCTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCT
ATTATTTAATCATAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAACT
TATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTCATTTACCGAACAAGTT
CAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCTTTTCGTACAAGCATATTTTGATT
Found at i:30349 original size:542 final size:540
Alignment explanation
Indices: 29635--30763 Score: 1422
Period size: 542 Copynumber: 2.1 Consensus size: 540
29625 TCTATCTCAA
** * ** * *
29635 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCGTACAAGCATATTTTGATTAAAACAATATT
1 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCATACAAGC-TATTCGGATAAAAACAATACT
* * * ** *
29700 AATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAATTAAATATGTTTGTCGAACCAG
64 AATTGAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAG
* ** * * *
29765 TTTAAATAGTTAGGATTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA-TCTTTCATTTAATC
129 TTCAAATAGTTAACACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACT-TTTCATTTAATC
* * * *
29829 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTT
193 AAAAAACAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTT
*
29894 CAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAAATA
258 CAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAAATA
*
29959 TAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCACTATG-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
323 TAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * *
30023 TTTCAGTTCATAAAAACTTATCC-GAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAT
387 TTTCAGTTCATAAAAAATTATCCAG-AATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAA
* * * * * * *
30087 TAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTA-TTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAA
451 TAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAA-TAGTTTATCGAACCACTTCAAATAATTATAACTATTTAA
*
30151 ATAAATATCAATCTCACAT-GATTATG
515 ATAAATATCAATCTCAAATCG-TTATG
* * * *
30177 ATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGATCATACAAGCTGATTCGGATAAAAATAATACTA
1 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCT-ATTCGGATAAAAACAATACTA
* * * * *
30242 ATTGAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAG
65 ATTGAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACCAG
* ** *
30307 TTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTAGTCA
129 TTCAAATAGTTAACACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTCATTTAATCA
* * * * *
30372 AAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGAAAGAGAATAATACTAATTTATTAACTTTT
194 AAAAACAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTC
* * * * * **
30437 GAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAGGTTGAAATAGTTAT
259 AAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAAATAT
* * * *
30502 GACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTT
324 AACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * *
30567 TCAGTTCATAAAAAATTATCCAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAA
389 TCAGTTCATAAAAAATTATCCAGAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAA
* * * *
30632 GTAAAAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATAATTATTTGAATAA
454 GCAAAAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCACTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAA
* * * *
30697 TTATCTATTTCAAATCGTTATT
519 ATATCAATCTCAAATCGTTATG
* *
30719 ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCT
1 ATCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCT
30764 TATTTTAAAT
Statistics
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Consensus pattern (540 bp):
ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCTATTCGGATAAAAACAATACTAA
TTGAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTT
CAAATAGTTAACACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTCATTTAATCAAA
AAACAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAA
AAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAAATATAA
CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATAAAAAATTATCCAGAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGC
AAAAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCACTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAAAT
ATCAATCTCAAATCGTTATG
Found at i:30447 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 29336--30748 Score: 973
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29326 GATTCGCGAT
* * * * * * * *
29336 AAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATGTG
1 AAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * ** * *
29401 TTTA-CTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAACTTGTTCTAA
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* * * * *
29464 CCTATTATTTAGTTAT-AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGA
128 CTTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTATTT-GA
* *
29515 AGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAAT-
1 A-AAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* ** * * * *
29579 TCGTTTGCCGAA-CAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC-TT-T
63 T-ATTTATCGAATCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** ** *
29641 -A--TTTTG----TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCGTACAAGCATATTTTGA
126 GACTTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTA-TTTGA
* * * * * * * *
29687 TTAAAACAATATTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AGAATTAAATA
1 -AAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT-TGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
29750 TGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAGGATTA-TAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTG
63 TATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
29814 ATCTTTCAT-TTAATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
127 A-CTTT-TTGTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTATTTG-A
* ** *
29867 ATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATC
1 A-AAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* ** * *
29932 TATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAAATATA-ACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCACTAT
63 TATTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * **
29995 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA-AAACTTATCCGAA
126 GACTTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA-AACAAGCTTATTTG-A
* * * * * *
30049 ATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACT
1 A-AAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
30114 ATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATCAATCTCACATGATTATGA-
64 ATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
30178 TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGATCATACAAGCTGATTCGGA
129 TTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTATT-TGA
*
30228 TAAAAATAATACTAATTGAATATT-ATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AAAAATAATACTAATT---TATTAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
30291 GTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAACACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT
62 CTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
30355 AACTTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGA
126 GACTTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTATTTGA
30408 AAGAGAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AA-A-AATAATACTAATTTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * *
30473 CTATTTATTGAAT-AGGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTATTAT
62 CTATTTATCGAATCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** **
30537 GAAC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAA-AAAATTATCCAGA
126 G-ACTTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA-AACAAGCTTAT-TTGA
* * * * * * * *
30591 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-AT
1 A-AAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
30655 AGTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATA-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATT
64 A-TTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
30719 ACCTTTCAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTT
127 A-CTTT-TTGTTTATCATAAAATAATTGTTT
30749 TTCAACATAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
AAAAATAATACTAATTTATTAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
TTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTATTTGA
Found at i:30805 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 30708--30843 Score: 202
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30698 TATCTATTTC
30708 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
1 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
30773 TAA
65 TAA
* ** * * *
30776 AAAT-GTTATTTCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAATATACAAGCTTATTTTATAT
1 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
30840 AA
66 AA
30842 AA
1 AA
30844 TAATACTAAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
AA
Found at i:31408 original size:180 final size:177
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 177
30904 CTAAATCTGT
* *
30914 TTTGAACAATTATCCT-TTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTG
1 TTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-ATTATTTTTG
* ** * * * *
30978 TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACAAAGTTAAAAATATTCTAAAAATCATAACTAAG
64 TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATT-TAAAAATAATAATTAAG
* *
31043 AGATTTAAAAAATAAATCAATTTGCTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTA
127 AGATTTAAAAAAAAAATCAATTTACTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTA
* * * * * * * *
31094 TATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAATTATTTTAGC
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAA-ACATTATTTTTGT
* * * ** * * *
31159 TCATCCAAGTTTATTTGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTACAAGTT-A
65 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTT-AAAA-ATAATAA-TTAA
* * * * *
31223 GAGATTTAAAAAAAAAAT-TATTTACTGAACCATTTCAAATAATTATAACTA
126 GAGATTTAAAAAAAAAATCAATTTACTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTA
* * ** * *
31274 TTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAACATCATTATTTTTTT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAA-AACATTATTTTTGT
* * * *
31339 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTATGACAACTAATAATTAAG
65 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATT-T-AAAAATAATAATTAAG
31404 AGATTTAAAAAA
127 AGATTTAAAAAA
31416 TAATTTTTTT
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 58, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
179 6 0.02
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACATTATTTTTGTT
CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTAAAAATAATAATTAAGAGAT
TTAAAAAAAAAATCAATTTACTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTA
Found at i:31714 original size:68 final size:69
Alignment explanation
Indices: 31574--31714 Score: 171
Period size: 68 Copynumber: 2.1 Consensus size: 69
31564 TTCAAAAATT
* * * * *
31574 ATTAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGATTAATTT
1 ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTAATTT
*
31639 GAAA
66 AAAA
* *
31643 ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACT-ATT
1 ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTAATT
31705 TAAACA
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31711 ATTA
1 ATTA
31715 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 8, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTAATTT
AAAA
Found at i:31971 original size:181 final size:180
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31684 GTTCAATTAG
* * *
31694 TTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* ***
31759 TGTTTCTGTTCATA-AAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
66 TGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAA-TAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* ** * * * * *
31823 AATAAGTAA-AGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTAACCAA-TGCAAATAA
129 AACAAGTAACA-GATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAA-CAAGTGCAAATAA
* * *
31875 TTATGACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCACAAAACAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
** * *
31940 CATTTCTGTTCGTACAAGCTTATTTAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAA-ATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
32005 ACGAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
130 ACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * *
32056 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATGTTGTTATAAAACAA
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
32121 TTGTTCCTATTCATACAAGCTTA-TTATGAATAAAATAAT-ATAAACTGACTAATAATCCAACAA
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA-GAAT-AAATAATGCT-AATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * ** * * * *
32184 TTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAG
127 TTAACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * * ** *
32237 TTCTAACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTGTAGTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * ** * *
32301 TGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAGTCCAAAAATTA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * *** * *
32366 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTGAGTCCAAATAG
130 ACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * ** * *
32417 TTATGACTA-TTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
32481 TATTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
*** * * * * *
32545 -AGTTG-GA-AG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAA
129 AACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* ** * * * * * * * *
32593 TCATGTCCATTTGAACTATTA-CGAATTTTAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATAACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAA
** ** * **
32657 TTGTTTCAATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATT
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * * * * *
32722 ---AA-T-A-AG-CTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGGATC-GGTTCAAATAA
129 AACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGAC-CGAACAAGTGCAAATAA
* * * * *** * * * *
32767 TTACAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * ** * *
32831 TGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGTAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * * * ** *
32896 TAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGA-CGAACTAGTTTAAATAG
131 CAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * ** * * ** * *
32945 TTA-AGACTA-TTAGAATAATTATCTACTTCAAATTGTTCTTA-CTTTTTGTTTAATTATAAAAT
1 TTATA-ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
33007 AATTATTT-TAGTTCATACATGCTTAGTT-GAAATAAAATATTACTATTTTATTAACA-TCCAAA
63 AATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAG-AAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCC-AA
* * * * * * *
33069 AAATTAATAAGCAA-GGAATTTAAAAAA-GAAAATCTGTTG-CCAAACAAGTTCAAATAG
124 AAATTAACAAGTAACAG-ATTTAAAAAATG--AATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * ** * ** *
33126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCC-TTTTGCTTATCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * ** * * *
33190 TG-TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTG
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* *** * * * * * *
33254 AGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAACT-CGAATAG
130 ACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTGACCGAA-CAAGTGCAAATAA
* * * * * * *
33305 TTATGACTGTTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAAACTTTTTTTTTGTCATCAAACAA-
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
33369 -G--CCTATT--T----G--GA-TT---A-AAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * ** *
33418 TAAGTAGA-AGA--T------T--ATCTATTTACTGAACCAGTTTAAATAG
131 CAAGTA-ACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * * *
33458 TTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAA
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * **
33522 TTATTGAC-GTTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATATTACTAATGTAATAATATTATAAAAAT
65 TTGTT-TCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * * * * * * * *
33586 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-TCGAACCACTTCAAATAG
128 TAACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
** * * * * * *
33639 TTA-AGGGTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTTTGTCGTAAAAT
1 TTATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC--TTTTTTTTTGTCATAAAAC
* * * * ** **
33703 AAATGCTTT-TGTTTATATAAG-TT-TGTTAGAAATAAAATATTTTTAATTTATTAATATTTTAA
63 AATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TTAG-AAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * ** * * * *
33765 AAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACTAGTTCAATTAG
124 AAATTAACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * * ** ** * *
33818 TTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
33883 TGTTTCTATTGAAACAATCTTATTT-GAAATAAAGCAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA-TAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * * **
33947 AATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGATCAA-TACAAATTG
129 AACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGAC-CGAACAAGTGCAAATAA
* * * * * * * *
33999 TTATGATTGTTTGAAAC-ATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAA
1 TTATAACTATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAA
** * * * **
34063 TTGTTTCT-TTTGTATATGCTTATTCAGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTAAAAAAAT
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAA-ATAA-TGCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * ** * * * * * * *
34126 TAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAACAAGTTG-TAATAG
128 TAACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAG-TGCAAATAA
* * * * * * * **
34179 TTATGACTATTTGAATAATT-CCATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTT-TCATTAAATT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * **
34242 ATTTTTTCTATTCATACAATCCTATTCCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CATATG
64 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCA-AAA
* * * * * * * * * *
34305 ACTAA-TAGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAATCGAATAAGTTCAAATAG
126 ATTAACAAG-TAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * *
34360 CTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACA
* * ** * ** *** *
34423 ATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAT
64 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * * * * * * * * * *
34488 TAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAG
128 TAACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
** * * * * * * **
34541 GCATAACTATTTGAATAATTGTCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * ***
34606 TGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
** * * *** * * *
34671 ATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAG
130 ACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * ** * * *
34722 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTATCATAAAATAA
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
34787 TTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCT-GAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTCTAGAAA
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTAGAAT-AAATAATGCT-AATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * **** * *
34850 TTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAG
127 TTAACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACA-AGTGCAAATAA
* * * * **
34903 TTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCA
1 TTATAACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACA
* * * *
34966 ATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTT-GAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
64 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * * ** *
35030 TAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTTAAATAG
127 TTAACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* * * * * * * * *
35083 TTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATTATCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAA
1 TTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAA
* * * ** * * ***
35147 TTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATTTTGAAAATT
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * ** * * * * * *
35212 AATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGATTG-CCAAACAAGTTCAAATAG
129 AACAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTGACCGAACAAGTGCAAATAA
* ** * * * * ** * *
35264 TCATGTCCATTTGAAA-TATTATCTAGTTCAAATCATTATTACCTCCTATTTTGTCATAAAATAA
1 TTATAACTATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAA
* * ** *
35328 TTATTTCTAG-TCATGCAAAATTATTTAAAATAAAATAAT
65 TTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAAT
35367 ACCAATCTAT
Statistics
Matches: 2736, Mismatches: 607, Indels: 298
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
152 11 0.00
153 62 0.02
154 2 0.00
155 1 0.00
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159 1 0.00
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184 7 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
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Found at i:32351 original size:361 final size:355
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * * * *
31702 ATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
66 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * ***
31767 TTCATA-AAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
130 TTCATACAAG-CTTATT-TGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
** ** * * ** * * * * *
31831 AAGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTAACCAA-TGCAAATAATTATGACTGTTTAAACAATT
192 AA-GATTTAAAAAATAAATCTATT-TTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTGAACAATT
* * * ** * * *
31895 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCACAAAACAATCATTTCTGTTCGTACAAGCT
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* *
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** *
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1 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * *
32063 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATGTTGTTATAAAACAATTGTTCC
65 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
32128 TATTCATACAAGCTTATTATGAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGC
128 TATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * *
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191 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTAT
* * *
32258 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTGTAGTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA
255 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA
* * *
32323 CTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAGTCCA
320 TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
*** * *
32359 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGTGAGTCCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * *
32423 CTA-TTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
32487 TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGT-TG-
128 TATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
32550 GAAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTA
191 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTA
* * ** * ***
32614 -CGAATTTTAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAA-
254 TC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAAG
* * * **
32676 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGA
316 CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * * *
32716 AAAA-T--TAA-T-AAG-CTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGGATC-GGTTCAAATAATTACAAT
1 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * *
32774 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGCTTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTA
65 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * ** * *
32839 TTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
130 TTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
32903 GAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGACGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
193 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTAT
* * * * * * * * * * *
32967 CTACTTCAAATTGTTCTTA-CTTTTTGTTTAATTATAAAATAATTATTTTAGTTCATACATGCTT
255 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTT
* * * * *
33031 AGTTGA-AATAAAATATTACTATTTTATTAACA-TCCAA
319 A-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCC-A
* * * * ** * *
33068 AAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAAGAAAATCT-GTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * ** *
33132 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTGCTTATCATAAAACAATTG-TTC-
64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *** * * * * *
33195 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT
129 A-TTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-
** * * *
33260 TGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAA-CTCGAATAGTTATGACTGTTTGAACAA
190 TAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTGAACAA
* * * * * *
33323 TTATCTAATTCAAATCATTATAAACTTTTTTTTTGTCATCAAACAA--------G--C-------
251 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
** * * * *
33371 C-TATTTGGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCA
316 CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* *
33410 AAAATTAATAAGTAGAAGA--T------T--ATCTATTTA-CTGAACCAGTTTAAATAGTTATAA
1 AAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * * * *
33464 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTGA
64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-T
* * * * * * ** *
33529 C-GTTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATATTACTAATGTAATAATATTATAAAAATTAATAAC
127 CTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
33593 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCACTTCAAATAGTTAAGGGTATTTGAATAAT
190 TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAAT
* * * * * * * *
33658 TATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTTTGTCGTAAAATAAATGCTTTTGTTTATATAA
252 TATCTATTTCAAATCGTTATGACC--TTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAA
* * * * **
33723 GTTTGTT-AGAAATAAAATATTTTTAATTTATTAATATTTTA
315 GCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * *
33764 AAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAACTAGTTCAATTAGTTATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
33825 AATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
65 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * ** * *
33890 ATTGAAACAATCTTATTTGAAATAAAGCAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
129 ATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
33955 ACGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTT-GATCAA-TACAAATTGTTATGATTGTTTGAA-ACA
192 A-AGATTTAAAAAATAAATCTATT---TTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTGAACA-A
* ** * * * *
34017 TTATTTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTT-TT-GTATA
251 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATAAA
* * * **
34079 TGCTTATTCAGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTAAA
314 AGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * ** *
34121 AAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAACAAGTTGTAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* ** * * * ** *
34186 TATTTGAATAATT-CCATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTTTCATTAAATTATTTTTTC
65 TATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * ** *
34250 TATTCATACAATCCTATTCCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CATATGACTAAT-AG
128 TATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAG
* * * *
34313 CTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAA
190 -T-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAA
* * *
34378 TTATTTATTTCAAATTC-TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACA
251 TTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAA
* * ***
34441 AGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
314 AGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * **
34483 ACAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGGCATAAC
1 AAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * ** *
34548 TATTTGAATAATTGTCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC-
65 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** *** *
34612 AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATGAGT
129 A-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * *
34677 AAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
191 AA-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATT
* * * * *
34742 ATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAG
253 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTG--TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
* * * *
34806 CTTAGTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTA
316 CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
34846 GAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA-
1 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAAC
* **
34909 TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTC
65 T-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
34974 TATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGT
128 TATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
35039 AAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATT
191 -AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTGAACAATT
* * * * * * * * * *
35103 ATTTATTTCAAATAGTTATTATC-TTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCTATTCATATAAGT
253 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGC
* * * ***
35167 TTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATTTTG
317 TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * ** * * **
35206 AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGA-TTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
1 AAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * * *
35270 CCATTTGAA-ATATTATCTAGTTCAAATCATTATTACCTCCTATTTTGTCATAAAATAATTATTT
64 CTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** *
35334 CTAGTCATGCAAAATTATTTAAAATAAAATAATA
127 CTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA
35368 CCAATCTATT
Statistics
Matches: 2611, Mismatches: 601, Indels: 313
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
331 5 0.00
332 54 0.02
333 17 0.01
334 110 0.04
335 2 0.00
336 18 0.01
340 1 0.00
341 2 0.00
342 38 0.01
343 5 0.00
344 1 0.00
349 28 0.01
350 75 0.03
351 44 0.02
352 115 0.04
353 10 0.00
354 43 0.02
355 3 0.00
356 43 0.02
357 140 0.05
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362 517 0.20
363 154 0.06
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTT
CAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAGA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
Found at i:34751 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 33447--35379 Score: 1687
Period size: 362 Copynumber: 5.4 Consensus size: 362
33437 TTACTGAACC
* * * * *
33447 AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
33512 CGTAAAATAATTATTGAC-GTTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATATTACTAATGTAATAATA
66 CATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
33576 TTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCACTTCAAATAGTT
130 TTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTT
* ** * * * * *
33641 AAGGGTATTTGAATAATTATCTATTTTAAA-TCGTTATGACCTTTTTTTTTTTGTCGTAAAATAA
195 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA-C-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * *
33705 ATGCTTT-TGTTTATATAAGTTTGTT-AGAAATAAAATATTTTTAATTTATTAATATTTTAAAAA
257 TTG-TTTCTATTTATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA
* * * *
33768 TTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAACT
320 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATC-AAACA
* * * ** **
33807 AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** ** *
33872 CATAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGAAATAAAGCAATGCTAATTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
33937 TCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTT-GATCAA-TACAAATTG
131 TATAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TTTCGATCAAGTTCAAATAG
* * * * *
33999 TTATGATTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAA
193 TTATGACTATTTGAACA-ATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * ***
34063 TTGTTTCT-TTTGTATATGCTTATTCAGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTAAAAAAAT
257 TTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
* ** * * * *
34126 TAATAAATAAGTGA-GTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAACA
321 TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAAACA
** * * * * *
34168 AGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-CCATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
34232 TCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAATCCTATTCCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * **
34297 TTCAT-ATGACTAAT-AGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAATCGAAT-AAGTTCAAATA
130 TT-ATAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTCG-ATCAAGTTCAAATA
* *
34359 GCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * *
34424 TTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATT
257 TTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
* *
34489 AATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATA
322 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
** * * * **
34530 AGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAATTGTCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCAT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
34595 CATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
34659 TTATGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTT
130 TTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTT
* * *
34724 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTATCATAAAATAATT
195 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * *
34789 GTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCT-AGAAATTA
259 GTTTCTATTTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA-AAATTA
* * * * **
34853 ATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACA
323 ATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
*
34892 CA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTT
*** * ** *
34954 TGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAA
63 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * *
35019 TATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTACTGAGCAAGTTTAAATA
128 TATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTC-GATCAAGTTCAAATA
* * ** * * *
35082 GTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTA-TCTTTTGTTTTGTTATAAAAAA
192 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * *
35146 ATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTATAAATATTTTGAAAAT
256 ATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
* ** * **
35211 TAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAACTAAATATGATTGCCAAACA
321 TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAAACA
* ** * * * ** *
35253 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-ATATTATCTAGTTCAAATCATTATTACCTCCTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * *
35317 TCATAAAATAATTATTTCTAGTCATGCAAAATTATTTAAAATAAAATAATACCAATCTATTAA
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
35380 GATTTTGAAG
Statistics
Matches: 1260, Mismatches: 267, Indels: 91
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 50 0.04
358 24 0.02
359 4 0.00
360 273 0.22
361 409 0.32
362 411 0.33
363 89 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
TTCTATTTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
Found at i:34941 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 34894--34943 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
34884 TTTGAACACA
34894 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
34913 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
34929 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
34944 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.39
18 8 0.35
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:35015 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 33431--35379 Score: 1503
Period size: 181 Copynumber: 10.8 Consensus size: 180
33421 GTAGAAGATT
* * * * *
33431 ATCTATTTA-CTGAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA-T
1 ATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGT
* * * * * * * *
33494 TATAACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTGAC-GTTCATACTAGCTTA-TTCAGAATAAAA
64 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * *
33557 TATTACTAATGTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
127 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * * ** * *
33612 ATTTGTTTGTCGAACCACTTCAAATAGTTAAGGGTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTA
1 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
33677 TGACCTTTTTTTTTTTGTCGTAAAATAAATGCTTT-TGTTTATATAAGTTTGTTAGAAATAAAAT
66 TGACC--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** *
33741 ATTTTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAA
128 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
33791 ATTTATTTA-CTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTT
1 ATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT
** * * * **
33855 ATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGAAATAAAGCAA
65 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * *
33920 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGA
130 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAA
** * * * * * * *
33972 ATCTATTGGCTTGATCAA-TACAAATTGTTATGATTGTTTGAA-ACATTATTTATTTCAAATTA-
1 ATCTATT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAA-TAG
* ** * * * *
34034 TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCT-TTTGTATATGCTTA-TTCAGAATAACA
63 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
** * * * * *
34097 TAACT-CTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGA
127 TAA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAA
* ** * *
34152 ATCTGTTTATCGAACAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-CCATATTTCAAATCA-C
1 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAAT-AGT
* * * * * * * ** *
34215 TATAACCTTTTGTTTTTTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAATCCTATTCCAATTAAAATA
64 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* ** *
34280 ATACAAATTTATTAATATTC-ATATGACTAAT-AGCTAAAAGATTTAAAAAATAA
129 ATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG-T-AAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * **
34333 ATCTGTTAATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTA
1 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
34398 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAAT
66 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * *
34463 ATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAA
131 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * *
34514 ATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAATTGTCCATTTCAAATCA-TT
1 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTT
* ** * * * * **
34578 GTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATA
65 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
34642 ATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGA
129 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * *
34695 TTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
1 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * *
34760 TGACTTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTG-AATAAAATA
66 TGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATA
* *
34824 ATA-TAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
129 ATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA
* *
34876 ATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGT
1 ATCTATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGT
*** *
34939 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATA
64 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *
35004 GTACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
129 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
35056 ATCTATTTA-CTGAGCAAGTTTAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTT
1 ATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * * * *
35120 ATTATCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTT-AGAATAAAATA
65 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * * * * *
35184 ATATTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAA
129 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
35237 ATATGA-TTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-ATATTATCTAGTTCAAATCA-
1 ATCT-ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAAT-AG
* ** * * * * ** *
35299 TTATTACCTCCTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAGTCATGCAAAATTATTTAAAATAAAAT
63 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* *
35364 AATACCAATCTATTAA
128 AATACTAATTTATTAA
35380 GATTTTGAAG
Statistics
Matches: 1401, Mismatches: 310, Indels: 114
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 70 0.05
178 1 0.00
179 84 0.06
180 348 0.25
181 731 0.52
182 90 0.06
183 70 0.05
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTA
TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA
Found at i:36692 original size:348 final size:349
Alignment explanation
Indices: 36021--36819 Score: 759
Period size: 348 Copynumber: 2.2 Consensus size: 349
36011 ATCATAAACT
*
36021 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
* * * *
36086 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAGAAAGTTAAAATAGTTATTACTAT
66 ATTAATAAG---AAAATTTAAAAAATAAATCTACTT-CATAGAAAATTAAAATAGTTATGACTAT
* * **
36151 TTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAGTATATGTTTCTATTC
127 ATAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTC
* * * *
36216 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATCAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAA
192 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAAATAATCAATATTCTAAAAATTAATAAG-TCAAA
* * * *
36281 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATATCCATTTGAACTATTATCTA
256 ATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACAATTATCTA
* *
36346 TTTCCAATTGTTATGA-CATTTTGTTTACA
321 TTTCAAATCGTTATGAGC-TTTTGTTTACA
* * *
36375 AATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTC-AAA
1 AATTGTTTCTATTCATA-AAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAA
* * * * * *
36438 ACTTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGCTT-ATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATA
65 AATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTACTTCATAGAA--AATTAAAATAGTTATGACTATA
* *
36501 TAAA-AATTATTTATCTT-AAATCATTATGAT-TTTTGTATTGTCATAAAAAA-ATTGTTTCTGT
128 TAAACAATTATTTAT-TTCAAATCATTATGATCTCTTGT-TTGTCATAAAAAATA-TGTTTCTAT
* * * *** *
36562 TTATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAAT-AATATTTTAAAAATTAATAAG-CA
190 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACT-AAATAATCAATATTCTAAAAATTAATAAGTCA
* * * * * *
36625 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAA-ACAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTTAAACAA
254 A-A-ATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAATA-AGTTCAAATAATCATA-ACCATTTAAACAA
36687 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTAGTCATAAAA
314 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTA--C-----A
* * * * * *
36730 TAATTGTTTCAATTCATATATA-CTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAA
1 -AATTGTTTCTATTCATA-AAAGATTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAA
36792 AAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
63 AAAATTAATAAG--A-AAATTTAAAAAA
36820 ATCATCTATT
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 55, Indels: 48
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.01
347 14 0.04
348 158 0.44
349 49 0.13
350 1 0.00
353 12 0.03
354 52 0.14
355 8 0.02
356 57 0.16
360 10 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
ATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTACTTCATAGAAAATTAAAATAGTTATGACTATATAA
ACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCATAC
AAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAAATAATCAATATTCTAAAAATTAATAAGTCAAAATTTA
AAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATGAGCTTTTGTTTACA
Found at i:36758 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 35977--36836 Score: 717
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 179
35967 TATAGTGATT
* * * *
35977 TTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * *
36041 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTA
64 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTA
* * * **
36106 AAAAATAAATCTATTTGCCTAGAAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTAAACAA
128 AAAAATAAATCTATTTGTCGA-AAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAA
* * *
36159 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTCTTGTTT-GTCATAAAGT-ATATGTTTCTATTCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT-TGTTTCTATTCATACAA
* * * * **
36222 GTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATCAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TTGAAAATTT
64 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGCAAG-AAATTT
* * * * * * *
36285 AAAAAATAAATCTATTT-ACTGAATAAGTTCAAATAATCATA-TCCATTTGAACTA
127 AAAAAATAAATCTATTTGTC-GAA-AAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTAAACAA
* * * *
36339 TTATCTATTTCCAATTGTTATGACATTTTGTTTA--C-----A-AATTGTTTTTATTCATACAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
* ** * * *
36396 ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAACTTAATAAG--AG--ATTTAAA
65 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
* ** * * * *
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130 AAATAAATCTATTTGTCGAA--AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAA
* * * * * *
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1 TTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACTTTTGT-TTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * ** * * *
36570 GCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
64 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAA
* * *
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129 AAAATAAATCTATTTGTCGAAA-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAA
* *
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1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-A
* * * *
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64 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAA
* *
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* * * * * *
38888 CTATGTGAACAATTCTCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
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* * * * *
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66 T-GTTCATATAA-CTTGATTT-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* * * * *
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* * * * * * **
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-CAAAACAATTGTT
* * * * * *
39127 TCTGTTGATATAATCCT-ATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAACTTAATA
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* * * ** * * *
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126 AGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCGT-TTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * *
39245 TTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCACAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTT
* * * **
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66 TGTTCATATAACTTGATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* *
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* * * * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT
* * * * *
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* * * * *
39552 AAGTAA-ATGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGA
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* *
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TGTTCATATAACTTGATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
Found at i:39494 original size:21 final size:21
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39452 CACTATAACC
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*
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TTTTATTTTATTCATAAAATA
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39670 TTTGATCTTC
* * *
39680 TTGATAAATAAATTTATTTTTTAAAAATTTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAGTAAATTAGT
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*
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 TTGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * *
40105 TTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TTGAAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
40282 TATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGAGAAAACTAAAA-GTAAT
64 TATTTT-ATTTAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGTT-TATGACAAAAC-AAAAGGTAAT
* * * * * *
40346 AACGATTTAAAATAAATAATTATTAAAATAATCATAAC-ATTTAAACTT-AT
126 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTT
* *
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TTGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGA
TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTT
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48126 AATGCTGATC
* * *
48136 GAGGCATGTGCCTACACTAAGGGCTAGCATGTGCTAATGGTGGTT
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* *
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1 GAGGCAAGTGCCTACACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGGT
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GAGGCAAGTGCCTACACCAAGGGCTAGCATGTGCCAATGGTGGTT
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*
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*
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AGCAATGCCTTCATTGCTA
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* *
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*
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*
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1 A
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Statistics
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AACTCTGGCTCCCCATGTC
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56425 CATAAGTAAT
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*
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AAACAAGAGAAAAGTTAGAAG
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*
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1 TT
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Statistics
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TTAGTCCTTGCCTT
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78321 CAGCTTAGAA
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*
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1 TGAGGC
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Statistics
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TGAGGCTAAGAGC
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78965 ATACTAATCA
* **
78975 AGGCATGTGCCCGTACCAATGGCCAGTTTAAGCCAATGATGATTG
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* *
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Found at i:100995 original size:43 final size:44
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Period size: 44 Copynumber: 2.6 Consensus size: 44
100935 CCATCTTCTA
*
100945 CCAATGTTGATCGAGGCATGTGCTCGCAC-AAGTCTAGATTATG
1 CCAATGTTGATCGAGGCATGTGCTCACACTAAGTCTAGATTATG
* * ** * *
100988 CCAATGTTAATCAAGGCATGCACCCACACTAGGTCTAGATTATG
1 CCAATGTTGATCGAGGCATGTGCTCACACTAAGTCTAGATTATG
* *
101032 CTAATGCTGATCGAGGCATGTGCTC
1 CCAATGTTGATCGAGGCATGTGCTC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCAATGTTGATCGAGGCATGTGCTCACACTAAGTCTAGATTATG
Found at i:116943 original size:23 final size:23
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116856 GATGGTAGAG
*
116866 GCATGTGCCCACACAATACACTA
1 GCATGTGCCCACACAATGCACTA
116889 GCATGTGCCCACACAATGCACTA
1 GCATGTGCCCACACAATGCACTA
*
116912 GCATGTGCCCACACTATGCAC
1 GCATGTGCCCACACAATGCAC
116933 CAACATATGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCATGTGCCCACACAATGCACTA
Found at i:118981 original size:434 final size:434
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Indices: 118173--119042 Score: 1740
Period size: 434 Copynumber: 2.0 Consensus size: 434
118163 CTATGGTGCA
118173 CTAGGTTTAGAAGGTTCCAAGCTCTCTTGCAAAGTGCCCATGCCTCAAGCCTTCTAAAAGCTTCC
1 CTAGGTTTAGAAGGTTCCAAGCTCTCTTGCAAAGTGCCCATGCCTCAAGCCTTCTAAAAGCTTCC
118238 CTACTTGGTGCTAAAGTAATGATACCTATTTTCATATTTGGCTCTTCTAGAAGGTTTTGCACCCA
66 CTACTTGGTGCTAAAGTAATGATACCTATTTTCATATTTGGCTCTTCTAGAAGGTTTTGCACCCA
118303 TGCATCTAACCTGTATCTAGGCTTATTTAGAACCTTTGTACCTATAGTGCCTACACCATCTTTCT
131 TGCATCTAACCTGTATCTAGGCTTATTTAGAACCTTTGTACCTATAGTGCCTACACCATCTTTCT
118368 AGGGCTTTTTAAAGCTTCTCCTAAATGGTCCTTAATCTGAGCAATAAGTAATTCACATACAGACT
196 AGGGCTTTTTAAAGCTTCTCCTAAATGGTCCTTAATCTGAGCAATAAGTAATTCACATACAGACT
118433 TATTCTTATAGATTGGTGCTTCATCAATGGTTTAGCCTCTATACATTGATGCTCAAACCTTGGTC
261 TATTCTTATAGATTGGTGCTTCATCAATGGTTTAGCCTCTATACATTGATGCTCAAACCTTGGTC
118498 CTGATAGTGCTGATGCAGGGTGTGACATTCTCTTCTATCTATTAGTTGATGCCCTCATCATGTCT
326 CTGATAGTGCTGATGCAGGGTGTGACATTCTCTTCTATCTATTAGTTGATGCCCTCATCATGTCT
118563 TCTTCATGAAATTTGTCAATCGGATCTTAGAACTACCATAATGC
391 TCTTCATGAAATTTGTCAATCGGATCTTAGAACTACCATAATGC
118607 CTAGGTTTAGAAGGTTCCAAGCTCTCTTGCAAAGTGCCCATGCCTCAAGCCTTCTAAAAGCTTCC
1 CTAGGTTTAGAAGGTTCCAAGCTCTCTTGCAAAGTGCCCATGCCTCAAGCCTTCTAAAAGCTTCC
118672 CTACTTGGTGCTAAAGTAATGATACCTATTTTCATATTTGGCTCTTCTAGAAGGTTTTGCACCCA
66 CTACTTGGTGCTAAAGTAATGATACCTATTTTCATATTTGGCTCTTCTAGAAGGTTTTGCACCCA
118737 TGCATCTAACCTGTATCTAGGCTTATTTAGAACCTTTGTACCTATAGTGCCTACACCATCTTTCT
131 TGCATCTAACCTGTATCTAGGCTTATTTAGAACCTTTGTACCTATAGTGCCTACACCATCTTTCT
118802 AGGGCTTTTTAAAGCTTCTCCTAAATGGTCCTTAATCTGAGCAATAAGTAATTCACATACAGACT
196 AGGGCTTTTTAAAGCTTCTCCTAAATGGTCCTTAATCTGAGCAATAAGTAATTCACATACAGACT
118867 TATTCTTATAGATTGGTGCTTCATCAATGGTTTAGCCTCTATACATTGATGCTCAAACCTTGGTC
261 TATTCTTATAGATTGGTGCTTCATCAATGGTTTAGCCTCTATACATTGATGCTCAAACCTTGGTC
118932 CTGATAGTGCTGATGCAGGGTGTGACATTCTCTTCTATCTATTAGTTGATGCCCTCATCATGTCT
326 CTGATAGTGCTGATGCAGGGTGTGACATTCTCTTCTATCTATTAGTTGATGCCCTCATCATGTCT
118997 TCTTCATGAAATTTGTCAATCGGATCTTAGAACTACCATAATGC
391 TCTTCATGAAATTTGTCAATCGGATCTTAGAACTACCATAATGC
119041 CT
1 CT
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Statistics
Matches: 436, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (434 bp):
CTAGGTTTAGAAGGTTCCAAGCTCTCTTGCAAAGTGCCCATGCCTCAAGCCTTCTAAAAGCTTCC
CTACTTGGTGCTAAAGTAATGATACCTATTTTCATATTTGGCTCTTCTAGAAGGTTTTGCACCCA
TGCATCTAACCTGTATCTAGGCTTATTTAGAACCTTTGTACCTATAGTGCCTACACCATCTTTCT
AGGGCTTTTTAAAGCTTCTCCTAAATGGTCCTTAATCTGAGCAATAAGTAATTCACATACAGACT
TATTCTTATAGATTGGTGCTTCATCAATGGTTTAGCCTCTATACATTGATGCTCAAACCTTGGTC
CTGATAGTGCTGATGCAGGGTGTGACATTCTCTTCTATCTATTAGTTGATGCCCTCATCATGTCT
TCTTCATGAAATTTGTCAATCGGATCTTAGAACTACCATAATGC
Found at i:141310 original size:36 final size:35
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Indices: 141234--141325 Score: 107
Period size: 36 Copynumber: 2.6 Consensus size: 35
141224 AATCACATCC
*
141234 ACACCATCAACAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAA
1 ACACCACCAACAGATGCTAGCCTATTGTTG-CTCAA
*
141270 ACACCACCAACAGATGCTGGCCTATTGTTG-TCATA
1 ACACCACCAACAGATGCTAGCCTATTGTTGCTCA-A
*
141305 GACACC-CTCAGCAGATGCTAG
1 -ACACCAC-CAACAGATGCTAG
141326 TGTCATTGGC
Statistics
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0.83 0.07 0.10
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34 3 0.06
35 2 0.04
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ACGTcount: A:0.29, C:0.30, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (35 bp):
ACACCACCAACAGATGCTAGCCTATTGTTGCTCAA
Found at i:144127 original size:44 final size:45
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Indices: 144048--144143 Score: 115
Period size: 44 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
144038 CTCAACCATC
** * *
144048 ATTGGCATAAGCTGAACATTGGTATGGGCACATGCCTTTATTAGT
1 ATTGGCATAAGCTGAACATTGGTACAGGCACATGCCTTGATCAGT
*
144093 ATTGGCATAATCT-AGAC-TTGGTACAGGCACATGCCTTGATCAGT
1 ATTGGCATAAGCTGA-ACATTGGTACAGGCACATGCCTTGATCAGT
*
144137 ATAGGCA
1 ATTGGCA
144144 GAAGATGGCC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 3
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ATTGGCATAAGCTGAACATTGGTACAGGCACATGCCTTGATCAGT
Found at i:145944 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 145880--146046 Score: 176
Period size: 45 Copynumber: 3.7 Consensus size: 45
145870 CATCATCGAG
* *
145880 GGCACTTACCTTAACCACCATTGGCATATGCTAGCCCTTGGTATA
1 GGCACTTGCCTTAATCACCATTGGCATATGCTAGCCCTTGGTATA
* * *
145925 GGCACTTGCCTCAATCACCATTAGCATATGCTAGCCCTTGGTGTA
1 GGCACTTGCCTTAATCACCATTGGCATATGCTAGCCCTTGGTATA
* * * *
145970 GGCA-TATGCCTTGATCAACATTGGC-TGAAGATAGCCCTTGGTATA
1 GGCACT-TGCCTTAATCACCATTGGCAT-ATGCTAGCCCTTGGTATA
* *** *
146015 TGTGGTTGCCTTAAACACCATTGGCATATGCT
1 GGCACTTGCCTTAATCACCATTGGCATATGCT
146047 GGCTCTTATA
Statistics
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45 94 0.96
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ACGTcount: A:0.24, C:0.25, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
GGCACTTGCCTTAATCACCATTGGCATATGCTAGCCCTTGGTATA
Found at i:153116 original size:30 final size:30
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Indices: 153068--153127 Score: 75
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
153058 AACTATGTTG
* * *
153068 ATTTCAAGTCTGTACCTATGGTTGATGCTA
1 ATTTCAAGTCTATACCTATGATTAATGCTA
* *
153098 ATTTCAAGTTTATGCCTATGATTAATGCTA
1 ATTTCAAGTCTATACCTATGATTAATGCTA
153128 CCTCAAACTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
30 25 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (30 bp):
ATTTCAAGTCTATACCTATGATTAATGCTA
Found at i:181834 original size:10 final size:8
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Indices: 181808--181833 Score: 52
Period size: 8 Copynumber: 3.2 Consensus size: 8
181798 TTACAGCACA
181808 ACTAACAC
1 ACTAACAC
181816 ACTAACAC
1 ACTAACAC
181824 ACTAACAC
1 ACTAACAC
181832 AC
1 AC
181834 AAGCTACCCG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 18 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.38, G:0.00, T:0.12
Consensus pattern (8 bp):
ACTAACAC
Found at i:193699 original size:6 final size:6
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Indices: 193683--193724 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 6.8 Consensus size: 6
193673 GCTTACAGCC
* *
193683 CATGACA CATGCA CATGCA CATTCA TATGCA CATGCA CATGC
1 CATG-CA CATGCA CATGCA CATGCA CATGCA CATGCA CATGC
193725 GTTGACCAAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 1
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
6 27 0.87
7 4 0.13
ACGTcount: A:0.33, C:0.31, G:0.14, T:0.21
Consensus pattern (6 bp):
CATGCA
Found at i:197207 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 196807--197293 Score: 576
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
196797 TCAAACCATT
* ** ** *
196807 AAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCC
1 AAACAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
196872 AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCATACAAGTTCAAATAGTTATAAC
66 AAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCATACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * *
196937 TAATTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
130 TAATTAAACAATTATCTATTCCAAATCACTATGACCTTTTGCTTTGTCATA
* *
196988 AAACAATTGTTTTTGTTCAT-TCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
1 AAACAATTGTTTCTGTTCATAT-AAACTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * *
197050 TCAAAAATTACTAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGA-ACACA-TTTAAATAGTTA
63 CCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CATACA-AGTTCAAATAGTTA
* *
197113 TAACTATTTGAACAATTATCTA-TCCAAAT-AGCTATGACCTTTTGCTTTGTCATA
126 TAACTAATTAAACAATTATCTATTCCAAATCA-CTATGACCTTTTGCTTTGTCATA
*
197167 AACCAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
1 AAACAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * *
197232 AAACTTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGA-GCAAGCTCAAATAGTTAT
66 AAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCATACAAGTTCAAATAGTTAT
197294 GACTGTTTGA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 34, Indels: 25
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 96 0.37
180 97 0.37
181 65 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCATACAAGTTCAAATAGTTATAACT
AATTAAACAATTATCTATTCCAAATCACTATGACCTTTTGCTTTGTCATA
Found at i:197500 original size:18 final size:19
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Indices: 197465--197505 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
197455 TTTTATGAAT
*
197465 ACAAAAAAAATATTTTATA
1 ACAAAAAAAATATGTTATA
*
197484 ACAAAACAAA-ATGTTATA
1 ACAAAAAAAATATGTTATA
197502 ACAA
1 ACAA
197506 TTTGAAATAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.55
19 9 0.45
ACGTcount: A:0.63, C:0.10, G:0.02, T:0.24
Consensus pattern (19 bp):
ACAAAAAAAATATGTTATA
Found at i:197755 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 197301--198066 Score: 606
Period size: 180 Copynumber: 4.3 Consensus size: 176
197291 TATGACTGTT
* * * * *
197301 TGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAATTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * * **
197365 CTTATTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TATTTACTTATTAGTTGTCAAAATATTAATAAA
66 C-TAGTTGAT-AATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAA
*** * * * ** *
197429 TTTGTATTATTTTAATT--GAAACAAGCTTTTATGAATACAAAAA-AAATATTTTA
127 TTAAAATTA-TTT-ATTCCTAATC-AG-TTATATG-A-ACAAAAACATTTGTTTTA
* * * * * *
197482 TAACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * *
197547 CTTGTTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
66 CTAG-TTGAT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * *
197612 TAAAATTATGTTATTCCTAATCAGTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTG
128 TAAAATTAT-TTATTCCTAATCAGTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
** * * *
197662 TGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGTA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * *
197727 CTGGTCATGCTAATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTATTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAA
66 CTAGT--TGATAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
** * *
197791 TTAGCATTACTTTATTCCAAAT-AGGATTATATCAACAAAAA-ATTTGTTTTA
127 TTAAAATTA-TTTATTCCTAATCA-G-TTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
* * * * *
197842 TGACAAAACAAATGGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* **
197907 CTAGTT-TTATATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATT
66 CTAGTTGATA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATT
* * * * *
197967 AATATTATTTTATT-ATAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTA
129 AAAATTA-TTTATTCCTAATC--AGTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
* * * *
198017 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGAGAATTGTTCACATAG
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
198067 CCATTAAATT
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 86, Indels: 50
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 46 0.10
175 55 0.12
176 1 0.00
177 3 0.01
178 18 0.04
179 11 0.02
180 194 0.41
181 41 0.09
182 102 0.21
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
CTAGTTGATAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAA
AATTATTTATTCCTAATCAGTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
Found at i:200610 original size:349 final size:351
Alignment explanation
Indices: 200051--200896 Score: 794
Period size: 349 Copynumber: 2.4 Consensus size: 351
200041 TTTGATAAAT
* * *
200051 AGATTT-GTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTA
1 AGATTTAGTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
200114 TTTTAAATAAGTATATATGAATTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTT
62 TTTTGAATAACT-TTTATGAATAAAAAC-A--A--TTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACGATTT
** * * *
200179 GAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACATACTTATTTTTT
120 GAAATAGAAAACAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACAGACTTATTTTTT
**** * ** * *
200244 AAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCAATTTTTTACTCCAAATAAGCTT
185 AAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTT
** * *
200309 GTATAAACAGAAACA-ATTTTTTTATGACAAA-ACAAAAATCATAATGATTTGAGATAAATAATT
250 GTATAAACAGAAACATA-TGCTTTATGACAAATA-AAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATT
* * *
200372 GTTTAAATAGTCATGACTA-TTTAAATTGGTTCA-ACAAGC
313 GTTTAAATAGTCATAACTATTTTAAATT-GCT-AGACAAAC
*
200411 AGATTTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 AGATTTAGTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * *
200475 GAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATT-TG-TAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATA
66 GAATAACTTT-TATGAATAAAAACAATTATGATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAAA
* * * * * * * * * *
200538 ACAGTTCCAATGGACATGATTTTTTGAACTTA-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCA
130 ACAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAAC-TAGTTTAGCAAACAGACTTATTTTTTAAATCTCCA
* * * * * * *
200602 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
194 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTGTATAAACA
* * *
200667 GAAACATATGCTTTATGACAAATAAGAGATCGTAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
259 GAAACATATGCTTTATGACAAATAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
* * *
200732 CATAACTATTTTAACTTGCTAGGCAAAT
324 CATAACTATTTTAAATTGCTAGACAAAC
* * * * *
200760 AGATTTATTTTTTTAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTA-GTTTTTAA--ATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * *
200825 TCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
63 TTTGAATAA-CTTTTATGAATAAAAAC-A--A--TTATGAT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTG
200890 AAATAGA
121 AAATAGA
200897 TAAAATCATT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 66, Indels: 41
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 199 0.50
350 18 0.05
351 2 0.01
352 4 0.01
353 58 0.15
354 5 0.01
356 5 0.01
357 57 0.14
358 3 0.01
359 4 0.01
360 7 0.02
361 36 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (351 bp):
AGATTTAGTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
GAATAACTTTTATGAATAAAAACAATTATGATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAAAA
CAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACAGACTTATTTTTTAAATCTCCAAC
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTGTATAAACAGA
AACATATGCTTTATGACAAATAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCA
TAACTATTTTAAATTGCTAGACAAAC
Found at i:200864 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 200047--200899 Score: 690
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 179
200037 AATGTTTGAT
* * * *
200047 AAATAGATTT-GTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAAATAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
200110 TTTATTTTAAATAAG-TATATATGAATTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTAGTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAA
* *
200173 CGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAAC-TAGTTTAGC
126 CGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTAG-TTAGC
* * * * ** * * ** *
200227 AAACATACTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCAATT-T
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTAT
* * * * ** * *
200291 TTTACTCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAA-AAAGATCATAACGA
* * * * * *
200356 TTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATGACTA-TTTAAATTGGTTCAAC
129 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTAGTT-AGC
** * *
200407 AAGCAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** ** * * * *
200468 TTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATT--TGTA--A-ACAAAATG-TCATAACGATT
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAAAAAGATCATAACGATT
* ** * * * * * * *
200527 TGAAATAGATAACAGTTCCAATGGACATGA-TTTTTTGAACTTATTTAGT
131 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTT-AACTTAGTTAGC
** *
200576 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTACTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
200640 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC-A-TATGCTTTATGACAAATAAGAGATCGTAAC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA-G-TTTATGACAAA-AAAAGATCATAAC
* *
200703 GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTT-GCTAGGC
127 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTAGTTA-GC
* * * *
200756 AAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
200821 TTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA-CAAA-AAAAGATCATAACGA
*
200886 TTTGAAATAGATAA
129 TTTGAAATAAATAA
200900 AATCATTATA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 117, Indels: 63
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 53 0.10
170 8 0.02
171 6 0.01
172 3 0.01
173 60 0.11
174 3 0.01
175 6 0.01
176 53 0.10
177 2 0.00
178 4 0.01
179 14 0.03
180 199 0.38
181 106 0.20
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAAAAAGATCATAACGATT
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTAGTTAGC
Found at i:201826 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 201484--203042 Score: 1309
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 181
201474 AAGCTGAATC
* ** * *
201484 TTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTG
1 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* ** * * * * *
201548 -TTTATGACAAAATAGGAGGTCATAA-TGATTTGAACTATATAATTGTTCAAATGGACATGACTA
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * *
201611 TTTGAACTTGTTCGACAAACATTTTTAGTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
129 TTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
201664 TTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAT
1 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * *
201729 TTTATAACAAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
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*** * *
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* * *
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66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTAT
* * * *
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* *
202024 TTCTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAACTAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * ** **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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1 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * *
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** * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * *
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* ***
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* *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
205588 TATATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGATTATAAC-ATTTGAAATAGATAATT
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* * * *
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* * **
205706 AATCTC--A--TACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTACCCTAAAATAAGC-
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** * *
205766 TGTATGTTCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTA
64 TGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * *
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* * * * * * *** **
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* * * * * *
205946 TTTATGAACTAAAACAATTGGTTTTATGATAAAACAAACGTTCATAATGATTTTAAATAGATAAT
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* * * * * *** *
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127 TATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAATATATTTATTTTTT-A
* * * *
206066 AATCTCTTACTT-TTAATTTTTCCAAAAAAGTTAATAAATTAGTA-TATTTTCTTCCAAATAAGT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTT--GAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-
* * * * * * *
206129 CTTGTTTAAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACACAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATA
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** * ** * *
206194 A-TATTCT-AATAGTGTTAACTATTTGAACTTGATTTGGTAAACACATTTATCTTTTTA
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** * * * * * *
206251 AATCTCTTAACTTATTAA--TTCAAAATAATATTAATTTAGTATTATTTT-TATCCAAATCAGCC
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* * * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * *
206564 TTAAATAGTTATATTTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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129 TT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAATATATTTATTTTTTA
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206794 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTT
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* * * * * *
206859 GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTTATCGAC-AAA-TAACGATCCATAATGATTTGAGATAGATAA
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* * * * * *
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* * ** * ** * *
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66 TATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCA-T-AACGATTTGAAATAGATA-AT
* * * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * ** *
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* ** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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129 TT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTA
* * * * * * *
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1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
* * * * * * *
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** * * * **
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** * * *
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*
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* * * * * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** ** * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* ** *
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* * * * * * ** * * ***
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* ** * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * ** * ** ** * * **
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** ** * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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379 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-A-ATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TT-
* * * * * * *
205147 GCAA-AAA-A-A-ATATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTGTCAGAAT-CTAATTAGATTAG
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* * * *
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* * * * * *
205243 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATA
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * ** * * *
205561 TTTGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAAC-AAA
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * ***
205750 TTACCCTAAAATAAGC-TGTATGTTCA-AAAC
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* * * * *
205780 AATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
205845 ATTATTTGAAGTGATTCCG-ATACT-ATTTTAATTTTTTAAAATCTTTTACTTAATTGA-TCTTA
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* * **
205907 AAACTATTAATAAAGTAATATTATTTATTTTG-GTAAATTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTT
127 AAA-TATTAATAAATTAATATTATTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGG-TTT
* * * * * * *
205971 ATGATAAAACAAACGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAA
190 ATGA-CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAATTATTTGAA
*** *** * *
206036 CTTGTTTCGGTACCCAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTCCAAAAAAGTTAA
254 C-TG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT--AGAATA-TTAA
* * * * * *
206100 TAAA-TTAGTA-TATTTTCTTCCAAATAAGTCTTGTTTAAACTGAAACAATTATTTTATGACTAA
313 TAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
206163 ACACAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCTAATAGTGT-TAACTATTTGAACTTGA
375 ACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTG-
*** * * ** * * *
206226 TTTGGTAAACACATTTATCTTTTTAAATCTCTTAACTTATTAA--TTCAAAATAATATTAATTTA
438 TTCAATAAACATATTTAT-TTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** *
206289 GTATTATTTT-TATC-CAAATCAGCCTGTCATGATCAAAAAC
501 GTATTATTTTAT-TCTCAAATAAGCTTGT-AAAAT-AGAAAC
* * * * * * * * *
206329 AATTATTTTCATGAACAAACCAAAGAT-TCATAATCATGCTGAGATTGACATTTATTTAAATAGT
1 AATTGTTTT-ATG-ACAAAACAAA-ATGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** ** * * * *
206393 CGTAACTATTTGAATTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTG
62 CATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
206458 AAATATTAATAAAGTACTATTATTTATTTTG-GATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
127 AAATATTAATAAATTAATATTATTTATTCTGAG-TAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTA
* * * * * * *
206522 TGATAAAACAAAAAGTCATAGCGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTATTTGAA
191 TGA-CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAATTATTTGAA
** * * * *
206587 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAAT-AA
254 C-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAA
* * *
206650 GTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGAC-TAA-ATA
317 TTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** ** * * *
206713 AAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTCGACA
380 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAATA
* * * * *
206778 AACATATTTA-ATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATT
445 AACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
206842 TTAATC-CAAATATGCTTGTATGAAA-AGAAAC
509 TTATTCTCAAATAAGCTTGTA--AAATAGAAAC
** * * *
206873 AATTGTTTTTATCGACAAATA-ACGAT-CCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACTAGT
1 AATTG-TTTTAT-GACAAA-ACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGT
* * * * * * *
206936 C-TAACTATTTTAAACCTG-TTCGGTAACACAGA-TTATTTTTTCAAT-TTTTGC-TATGAATTT
62 CATAACTA-TTTGAA-CTGATTCAGTAA-ATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
206996 TT-CAA-ATTAATAAATT--TA--A--TCTTC-CAATAA-C-TGTATG------AACAATT-ATT
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* * * ** * * *
207043 TATAATTAAATAAACTTGTTATTGAAC-A-GTGAAA-AGATATATT-TTCTAAT--TCCTTAA-T
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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255 T-GTTCAAAAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
207703 TCAGTATTACTTTAATCCAAA-ATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGAC-AAA-ATAA
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* * * * * * * *
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381 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATA
* ** * **
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* **
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* *** ** * * * * *
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** * * * * ** *
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250 TGAACTGTTCAAA-AAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * *
208199 TAAA-TTAGTATAATTTTATT-CAGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAA
313 TAAATTTA-TATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
208262 AC-AAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGC
375 ACAAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT
* *
208325 TCAGTAAACATA-TT-TTTTTTAAATAT-TTAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
439 TCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** *
208387 ATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
503 ATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAAAC
* * *
208424 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTC--------AA
* * ** * * *
208488 ATAGTCATAATTATTTGAA-TGGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTT-TAT-TTTGACTTATTAA
57 ATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * *
208550 TTTTTGGAATATTGACAAATTTA-ATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
121 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTG-AGTAAGCTTTTATGAACTA-AAACAA
* * * *
208612 TTGCTTTATGACAAA-ATAAAGGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAA
183 TTGGTTTATGACAAACA-AAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA
* * ** * * ** *
208676 CTAATTGAACTTGTTCATTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTCTTACTCGTTAAATTTTAGAAT
245 TTATTTGAAC-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * *
208741 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTCT-TT-TAGAATAAGC-TATATGAACTGATACAATTG-TTTAT
308 ATTAATAAATTTA-TATTATTT-TATTCCA-AATAAGCTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTAT
* ** * *
208801 AATGAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
369 GACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * ****
208865 CTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAAT
434 CTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * ** * *
208929 TCA-TATTATTTTAATC-CAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAAC
499 T-AGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGT-AAAATAGAAAC
* * ** * *
208970 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *
209035 ACTATTTGAACTTATT-AGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA--TTT---
66 ACTATTTGAACTGATTCA-GTAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
209093 -TA-T--T---TGAA-A-TA---A-GCT---T--GC----ATGAA-TAAAAGAATTTTGTTTTAT
129 ATATTAATAAATTAATATTATTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAA--TTGGTTTAT
* * * * *
209135 GACAAAATAAAAAGGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
192 GAC-AAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGAA
*** * *
209200 CTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-
254 C-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * ** ** * * * *
209264 TTAGAATTATATTATTTCAAATATGCTTGTACAAACAAAAACAATTATTTTTGTGATAAAAC-AA
318 TTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * **
209328 AAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATATGCACCGGTCTGGCC
380 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG-AAC--T-TGTTC
* * * * * * * *
209393 AAT--AGA-A-TTGTTTTTTAAATTTGTTATTTATTAACTTTT-AGAATATTCATAAATTAGCAT
441 AATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * **
209453 TATTTTATTC-CGAATAAGGC-TATATGCATAGAAAC
505 TATTTTATTCTCAAATAA-GCTTGTA-AAATAGAAAC
* * * *
209488 AATTATTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
209552 AACTAATTGAACTGGTTTAGT-AATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTCAAA
65 AACTATTTGAACTGATTCAGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** * * * *
209616 ATATTAATAAATTAATCTTGTTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAA--AAAAAAATTTGTTTTA
129 ATATTAATAAATTAATATT-ATTTATTCT-GAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAA-TTGGTTTA
* *
209678 TGA-ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGTCATAACGATCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAT
191 TGACA--AAC--AAA-A---G------GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAG-T
*** * *
209742 -ATAATTATTTGAACTAGCTT-GGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
240 CATAATTATTTGAACT-G-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *** * *
209805 -GAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTATGAATAAG-TTACTAAGAACTGAAA-AATTGTT
303 AG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAA-TGAAATAATTGTT
* * * * * * **
209867 CTAT-AGCAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAACCT-TAACTA
365 TTATGA-CAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTTATAACTA
* **** * * *
209929 TTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATT
428 TTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * * ** *
209993 ATTACATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTGTGAATAGAAAT
492 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGT-AAAATAGAAAC
* * * * * *
210041 AATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * *
210106 ACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * ** * *
210169 ATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATC-AAAAC-ATTTGTTATATGA
131 ATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTT-TATGA
* * * * * * *
210232 CCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATG
194 -CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCATAATTATTTGAACTG
*** * * *
210297 ATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTT
257 -TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTT
* * * **
210361 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGG
320 ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG
* * * * * * * ** ***
210425 TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCT-TAAATGTTTGAACTACTTCGGCAAAC
384 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
* * * * *
210489 AGATTTATTTATTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA
448 ATATTTATTT-TTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
210554 TT-TCGAATAAGCATATGTGAACT-GAAAC
512 TTCTCAAATAAGC-T-TGTAAAATAGAAAC
* * * * * * *
210582 AATTATTTTAT-AGTAGAACAAAA-GATTATGACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG---
1 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * **
210642 -GA--A-TTG----G-TTC-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAA
64 TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * * *** *
210697 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAT
129 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTT-TATGAACTAAAACAATTGGTTTAT
* * * * * *
210761 GACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAGAATTATTTGAAC
192 GAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCATAATTATTTGAAC
**** * * * * *
210826 TGATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTAGGAATATT-ATAAAT
255 TG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAAT-AA-
* * * * * *
210889 TATTATTATTATTATTTTATTTCAAATTAGCTAGTAAGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
316 -A-T-TTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
210954 -TAAAAGGTCATAACGATTTGAAATTGATAATTA-TCAAAT-GATAAAATTATTGTTAAC-TGAT
376 CAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATT-TGAACTTG-T
* * *
211015 T-AAGT-AACA-ATTTA---TTTAAA-CTC-T-CTTATTAA-TTTAG-AATATT-ATAGATTAGT
439 TCAA-TAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * *
211068 ATTA-TTTATTCT-GTATAAGCTTGTATTAACTA-AAAT
503 ATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA--AAATAGAAAC
* * ** * *
211104 AAGTTG-TTTAAGACACAA-AAAA-GCTTCACCTCCTGAGTT-AAATA-AGTAATTGGTTCAATG
1 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAATG--TCA--TAATGATTTGAAATAGA-TAATT-ATTCAA--
* * * ** * * * * * ** *
211164 ACTAATCAT-ACTA-GTG-ACT-TTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTCAAATATCTCGCCTATTAT
57 A-TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-
* * * ** * * * *
211224 TTTTTTG-AATGTT-ATATATTAGGATTATGTATT-TCA-AATAGCTTGTAATG-A-TATAAACA
120 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTCTGAGTA-AGCTT-TTATGAACTA-AAACA
** * *
211283 A---AATTATGAACAAA-ACAAGGTC--AACGA-TTG-AA-AGAT-A-TATTCTAATAGT--T--
182 ATTGGTTTATG-ACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA
* * * *
211333 TTA-CT--A-T-TT-----AA-A-ATTTATTTTTTTAAA--TC-T--TGAGTAA--TTGA-AATA
245 TTATTTGAACTGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT-
* * * * * *
211378 ATTGAATAAATTAATA-TATTTTATT-CGAATAAGCTGTCTATAAAAG-AACAATTG--TTAT-A
308 ATT-AATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAATGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * * * ** * *
211437 -ACAA-TAAAAGGTTAGAACGATTTGAAAATAATATAATTGGTTCAAATGGCCAT-ATTATTT-T
371 CAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTG-AAAT-AGATAATT-ATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* *
211498 AC-TGATTCAGTAAACA-ATTTATTTTTT--A-ATC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAA
433 ACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * *
211556 ATTAATATTATTTTATTC-CATTTAAGCATGTATTAACT-GAAAC
497 ATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA--AAATAGAAAC
* * * * * * * *
211599 AATTG-TTTATAACAAAACAAAAGGTC-TAACGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTAATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
211662 ATTATTTGAATTTATTCAGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTT-CTTATT-A-TTTT-AA
66 ACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATT-TTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
211723 ATTTTAGT--ATTAAT-TTATTCCA-AC--A-CAA-CTTGTATGAACT-AAACAATT-GTTTATG
129 ATATTAATAAATTAATATTATT-TATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTATG
* * * * *
211778 ATAAACAAAAGGTTA-AATGATTTGAAAT-GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAAAC
193 ACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA-TTATTTG-AAC
**** * * * *
211839 TGGTTTGGTAAATAAATATATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAAT
255 T-GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* * ** ** ** * *
211903 TTGTATTATCTTAAACCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAATTTTTTGTTTTATGATATAAC-AAAA
318 TTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * ** * * * *
211967 GGTCATAAAGATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCT-TAATTATTTGAACTGGTTCATTAA
382 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCAATAA
** * * * * ** * * * * *
212031 TTAGATTAATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAAAATTATTAAATTAATATTATTTC
446 ACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * ** * * *
212096 ATTAT-GAATAAAATAGTATGAATAGAACC
511 ATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAAAC
* * * * * * * * *
212125 AATTGTTTGATGACGAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAAAAGATAACTATTACAAATAGTCAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCAT
* * ** * * * *
212190 AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCT-AA
65 AACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAA
* * ** * * **
212254 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAA-TAAAAACAATTTTTTTA
129 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCT-GAGTAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTGGTTTA
* * * * * * *
212317 TGACAAAACAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAA
191 TGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAATTATTTGAA
**** * * * *
212382 CTGGTTTGGTAAATAGATATT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAA
254 CT-GTTCAAAAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAA
* * * * * * *
212445 A-TTAGTTTTATTTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTCTTA--A-AAAAAAA
316 ATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
212506 AAAGGTCATAATGATATGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAAC
379 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAAT
* * * * ** * *
212571 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATT
444 AAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * ** ** *
212636 TTATT-TTGAATAAACTTGTGTGAGCAGAAAT
509 TTATTCTCAAATAAGCTTGT-AAAATAGAAAC
* * **
212667 AATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
212730 AATTATTTAAACT-AGTTCGGTAAATAGATTTAATTTTTAAATC----AATTACTAATTCTTAAA
65 AACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * **** *
212790 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-TTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAT
129 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTT-TATGAACTAAAACAATTGGTTTAT
* * * *
212854 GACAAA-ACAA----A-AA-G-TATT--AATA-AT-TTTGTTCAAATGGTTATAATTATTTGAAC
192 GACAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGAAC
**** ** * * * *** * * * ** *
212907 TGATTTGGTAAATTTATTGA-TATTCAAA-AAATTAATAAGTAACGGATTTA-AA-A--AATGAA
255 TG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTTAGAATATTAATAAA
* **** * ** * * ** * ** **
212966 TCTAT-TGGCCTGA--CC-AATACAAATAGT-TAAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTAGTT
317 TTTATATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTGTATGAATGAAA-TAATTGTTTT--ATGAC--A-AA
** * * * * **
213025 ATTAATA-GTCA-AA--ATATT--ATTAGATTACTATT-ATTTTA-TTATAA--A--T-AAGCTT
375 ACAAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTTATAACTATTTGAA-CTT
* * * * * ** * ***
213077 GTGTGAATAGAA-ATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTA-TAACAAATTGAAATATATAAT
437 GT-TCAATA-AACATATTTATTTT-TTAAATATC-TTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATAT-TAAT
** * * * *
213140 -TGTTCAAAG-AGTTATAATTATT-T-AAACT--GATTCG--ATA-AGTAA-
495 AAATT---AGTA-TTAT-TTTATTCTCAAA-TAAGCTT-GTAAAATAGAAAC
* * * * * * * * *
213182 TATTGTTTT-T--TAAATC----TCT-ATAA-AATTTTGAAATA-CTAATAAATT-AATTTTATT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAAT-TATTCAA--ATA-G
* * * * * * ** * *** *
213236 TAATTACGA-GTAAACTTGGA-TGAGCTGAAAT-AATTGT-TTTATAACAAAAC-AAAAGGTTA-
61 TCATAACTATTTGAAC-T-GATTCAG-T-AAATAAATT-TATTT-T-TTAAATCTTTTA-CTTAT
** * * * * * * *
213295 TAACAATTTGAAATAATAAAAAATTATTCATATAGTTT-TAACT-ATTTGAA-CTGTT-TCAA--
118 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAAT-AT-TA-TTTAT-TCTGA-GT-AAGCTTTTATGAACT
* * * * * *** * * * * * * *
213354 GAAACAAATT-ATTTTTTA-AATCTTTTA-GTTATGAA--TTTTTAGAAT-G-TTATTAATTTAG
176 AAAAC-AATTGGTTTATGACAAAC-AAAAGGTCAT-AACGATTTGA-AATAGATAATT-GTTCAA
* * * * * * ***
213412 TA-TTAT-TTTATTTCGAATAAATTTATATGAACAGAAATA-A-TTATTTTATGACAGAAT-AAA
236 TAGTCATAATTATTT-G----AA-CTGT-TCAA-A-AAATAGATTTATTTT-T--TA-AATCTCT
* * * * * * *
213472 AAGTTATAATAATTTAAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTTATTCAGTA
288 TACTTAT--TAATTT---TTAGAAT-ATTAAT-AAAT--TTAT-ATTATTT-TA--T-TCCA--A
* *** * ** * ** * **
213536 A-ACAGATT-TATTTTTTGAATCTCATACTAATTCT-TGA-AATATTAATAAA--TTAGTATTGT
337 ATA-AGCTTGTA-----TGAATGAAATAATTGTTTTATGACAA-AACAA-AAAGGTCA-TAACG-
* * * ** * * ** * * *
213595 TTTTTTTCAAATAAACTTGTGTGTTCAAA-AATTAT-TGTTTTATGACACAATG-ACAAGTACTA
392 ---ATTTGAAATAGA-TAAT-TATTCAAATAGTTATAACTATT-TGA-AC-TTGTTCAA-TA--A
* * * * ** * *
213657 ACA-ATTT-TATTTCAAATAAGCTTGCATGTTGAAAACCATTTTTTTTATGACAAAACGAAAGGT
446 ACATATTTATTTTTTAAAT-ATCTT--A-CTT-------ATTAATTTT-TG----AA--ATA-TT
* * * ** * * * ** *
213720 AATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATATCCATAAT-TAATAA-AGTACTATTATTTT
492 AATAA--ATTAGTATTATTTTATT-CTCAAATAAGC-T--TGTAA-AATAG-A--A--A---C
* * * * * **** *
213781 ATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTAAAAC-AATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGA
1 A-ATT-G------TTTTATG-AC-AAAACAAAATGTCATAATGATTTGA-AATAG---AT-A--A
** * * *
213844 TTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATT
49 --TT--ATTCA-AA-TAGTC----A--TA-A-CTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAAATTTATT
* * * * * * *
213908 TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTT-TCTTTCA-A
99 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTAT-TCTGAGT
* * ** * *
213970 ATAGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAG
161 A-AGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *** * *
214034 ACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
224 ATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGAACTG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * * * *
214099 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTTTTAAA-TTAGTTTTATTTT-TACTCGAATCAGCTTATATG
287 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
214162 -ATCAGAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTC
350 AAT--GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * **
214224 AAATAGTCATAACTACTAGAA-TTGCTTC-AGAAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTA
413 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATA--TTTATTTTTTAAATATCTTACTTA
* * ** * * *
214286 ATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-T-TGATAAGTTTGTATTAATTGAAA
475 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAAA
214349 C
539 C
* * * * * ** * * *
214350 AATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * * * * *
214415 TGTAATTGAAATTG-TTTAGTAAACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAA
66 ACTATTTG-AACTGATTCAGTAAATAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * * * * *
214478 ATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAATAATTGTTTTATG
129 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTATG
* * ** ** *
214543 ACTAAAC-AAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACT
193 AC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGAACT
** * ** * *
214607 AGTTTGACAAGCATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATCAAA-T
256 -GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATT
* * * * * * * *
214670 TAGTATCATTTTAAT-CAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGAC-AAA-ATAAA
319 TA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-AATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * ** * * *
214732 GATCATTACAATTTGCGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA
382 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA
* * * ** * * *
214797 TAAATTTAGTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATTTTA
447 CATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * **
214858 TT-TTGAATAA-TTCTGTATGTATAGAAAC
512 TTCTCAAATAAGCT-TGTA-AAATAGAAAC
* * * * *
214886 AATTCTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACA
1 AATTGTTTTA-TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCA
* * ** ** * ** * ***
214949 TGATTATTTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAA
64 TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
215014 ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
129 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCT-GAGTAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGGTTTA
* * * * *
215077 TGACAAAACAAAAGAT-ATGAACTATTTGAAATA-A-AAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
191 TGAC-AAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGA
* ** ** *
215139 GC-GTACTCAGTAACGA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATT-ATA
253 ACTGT--TCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * * * * * *
215200 AA-TTAGTATT-TATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTCTAACCG-CAAA
315 AATTTA-TATTAT-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAATAATT-GTTTTA-TGACAAA
* * * *
215262 AC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATGATTGTTTAAATTAGTTA-AACTATTTGAA-TGTG
375 ACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAACT-TG
* * * *
215324 TTCAA-AAA-A-A-TTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTTAATAAATT--
438 TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAG
* ** * *
215382 TAATTATTTAATT-TGGAATAAGCCTTGTATGAACAGAAAC
502 T-ATTATTTTATTCTCAAATAAG-CTTGTA-AAATAGAAAC
* * * **
215422 AATTATTTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATG-ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
215487 AACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
65 AACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAAATT--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * *
215551 AAATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTT
127 AAATATTAATAAATTAAT-ATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTT
* * * * * * * * * *
215615 ATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAA
190 ATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGA
**** * * * * *
215680 ACTTGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAA
253 AC-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * *
215744 TTAATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAA-GAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAA
317 TTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATG--AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * **
215808 AA-GTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATTTGA
380 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * *
215871 TAAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATT--TATG
443 TAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-
* * * *
215931 TAATTTTCTT-TGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-
505 T-ATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAA-AC
** * * ** * * *
215967 TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
216032 ATTATTTGTACTTG-TTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGA-TTTTCAGA
66 ACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * * * * ** *
216095 ATATTAATAAAATAGA-ATTACGTTATTC-AAATAAGCTTATACGAA-TAGAAACAATTATTTTG
129 ATATTAATAAATTA-ATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGGTTTA
* * * *
216157 TGATAAAGCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AC
191 TGACAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGA-
*** * * * * * *
216221 ACTAG-TCAGGCCAATAG-TTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATA
253 ACT-GTTCA-AAAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * *
216284 AA-TTAGCATTACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAA-CAGAATAATTGTTTTATGACAAAAC
315 AATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAATGA-AATAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * ** *
216346 -AAATGGTCGTGATGATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTA
377 AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * *
216410 GTAAACGTATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTATTATTA
442 ATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
216473 TTTCTATTC-CAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
507 TTT-TATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAAAC
* * * *
216507 ATTTGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
216570 ATTGTTTGAATTGGTT-AGGCAAACATAA-TTGTTTCTTAAATC---T-CTTATTAAGTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTGATTCA-GTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
** * * * * ** * * *
216629 ATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATATGCTACTAAGAACTAAAA-AATTGTTTTATT
129 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTATG
* * * * * * ** * * * ** * * **
216693 TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAACAAAAGATCACGCTATTGAAAT
193 ACAAACAAA--AG-GT-CAT---AAC----GATTTGAAATAGATAATTGTTCA----ATAGTCAT
** * * * ** * * **** * *
216758 AAAAATTGCTCAACAGTCCATAACTATCTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
243 AATTATT--TGAACTGTTCA-AA--AAAT-AGATT--T-ATTTTTTA-A---ATCTCTT--A-C-
* * * * * * *
216823 TTTACTTATGAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGG
291 TTA---T-T-AATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * * ** *
216888 ATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAA-TAAAAGGTCATCACTATTTGAAATAGATGGTTGTTCAA
351 AT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** *
216952 ATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTTCGAA-AAA-A-A-TTAAGTTTTAAAT-TTTTACTTATTA
415 ATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTC-AATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTA
* * *
217011 AATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTATTTTA-T-TCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
478 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTCA-AATAAGCTTGTA-AAATAGAAAC
* * * ** * *
217072 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * **
217137 ACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCAAA
66 ACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATT--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
217202 ATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCG-GATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTA
129 ATATTAATAAATTAAT-ATTA-TTTATTCTGAG-TAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTA
* * *
217265 TGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATCTATTTCAAAT
191 TGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAG---TC-A--T--AA-
* **** * * * *
217330 CGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTT
245 ---T-T-A---TTTGAAC-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
217394 TTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAA-GAAAAACAATTGT
301 TTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATG--AAATAATTGT
* * * * * *
217458 GTCATGACAAAATAAAAA-GTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACT
364 TTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAG-TTATAACT
* ** * * * *
217521 ATTTGAACTTATTTGATAAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATA
427 ATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAAT-T-TTTGAAATA
* * * * * * *
217583 TTAATAAATTTGTGTAATTTTATT-TGAAATAAGCTTTTATGAATAGGATA-
490 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATA-GAAAC
** * * ** * * *
217633 TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
217698 ATTATTTGTACTTG-TTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGA-TTTTCAGA
66 ACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A
* ** * * * * ** *
217761 ATATTAATAAAATAGA-ATTACGATATTC-AAATAAGCTTATACGAA-TAGAAACAATTATTTTG
129 ATATTAATAAATTA-ATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGGTTTA
* * * *
217823 TGATAAAGCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AC
191 TGACAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGA-
*** * * * * * *
217887 ACTAG-TCAGGCCAATAG-TTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATA
253 ACT-GTTCA-AAAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * *
217950 AA-TTAGCATTACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAAT-AGAATAATTGTTTTATGACAAAAC
315 AATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAATGA-AATAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * *
218012 -AAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAAC-TGTTTA
377 AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * ** *
218075 GTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTA
442 ATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
218139 TTTTATTC-CAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
507 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAAAC
* * * *
218172 ATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
218237 ATTGTTTGAACTGGTT-AGGCAAACATAA-TTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTGATTCA-GTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
** * * * * ** * * * *
218300 ATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACG
129 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGGTTTATG
* * ** ** * ** *
218365 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AAAAGTTCATATACCCTTAACCATTTAAACT
193 AC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAATTATTTGAACT
** * * * * * * **
218428 AGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCA-TT
256 -GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTT
*** * * * * *
218492 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAAC-GAAAG
320 A-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * * * * * *
218556 GTTATTACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT-TCTATTTTAACTAGTTCAGTAAAT
383 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
* * * * *
218620 AGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTA
448 ATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTA
** * * ** *
218684 TT-TTGAAGAGGCTTGTATGATGAAAAAC
512 TTCTCAAATAAGCTTGTAAAAT-AGAAAC
* * * * * * * *
218712 AATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GTTCATAACGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
218776 AATTATTTGAACTAATT-TGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATTGA
65 AACTATTTGAACTGATTCAG-TAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *** *
218839 AATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATTGTTGTTTTA
128 AATATTAATAAATTAATATTATTT-ATTCTGAGTAAGCTTTTATGA-ACTAAAACAATTGGTTTA
* * ** * * * * *
218903 TGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA
191 TGA-CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGAA
* * * ** * *
218968 CTTATTCAATAAATA-A-CT-TTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATTTTAATAAA
254 C-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
219029 -TTAGTATTATTATATTTCGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAAC-A
317 TTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * ** * * *
219091 AAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATCGTTCTAACAGTCT-TAACTATTT-AAATTGGTTCA
379 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * ** * * *
219154 AAAAATACATTTA-TTTTT-AA-ATC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTA
442 ATAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** *
219213 TTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
507 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAAAC
* * * * * *
219246 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATTA-ATAA-CAGTCCAAATGGACA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTA-TTCAAATAGTCA
* * * * * *
219309 TGACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-A
64 TAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * * * * * **
219372 GAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAACTATTTT
128 -AATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAGTAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGGTTT
* * * * * * *
219436 ATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
190 ATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTGA
*** * * *
219501 ACTTGCTT-GGTAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATA
253 AC-TG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * *
219564 AA-TTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATG-CAAAAC-
315 AATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * * * *
219625 AAATTGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTAAACGTGTTC-A
378 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * *
219688 GAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTAG-AAT-TTAATAAATTTA-TATTA
443 TAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
219749 TTTTATTCT-AAATAAGCTTGCATGAACA-AAACC
507 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTA-AAATAGAAA-C
* * * * * *
219782 AATTATTTTATGATAAAA-ACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * * * * * *
219846 TAACTAATTGAACTTG-TTTGGCAAAGAAATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTT-
64 TAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
219909 AGTATGTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATTAA-TAGAAACAATTGT
127 A-AATATTAATAAATTA-ATATTA-TTTATTCT-GAGTAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGG
* * * * * * *
219971 TTTAT-ACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATT
187 TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATT
*** * * * * * * *
220035 TGAACTTGTTC-GGTAA-ACATAT-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
250 TGAAC-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * ** * * *
220097 AAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAAC
314 AAATTTATATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
*
220161 AAAAA-GTCATAACAATTT
377 AAAAAGGTCATAACGATTT
220179 TGTTGGCAGA
Statistics
Matches: 12401, Mismatches: 2899, Indels: 2483
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
485 9 0.00
486 8 0.00
487 34 0.00
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489 29 0.00
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497 26 0.00
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499 11 0.00
500 52 0.00
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AAGCTTGTAAAATAGAAAC
Found at i:205604 original size:180 final size:178
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* * * * * * ** *
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* * * **
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** ** * ** * * * * **
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* * * * * **** *
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* ** ** * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * *
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* * * ** * * * * * * * * *
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1 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * ** * ** * *
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* * *
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1 TATTTTATTTC-GAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * ** * ** * * **** *
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65 AA-CATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAATAAATT
* ** * *
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* * * * * * *
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1 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * * ** *
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66 AC-ATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTCAACAAATAAATT
* * * * * *
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* * * ** ** *
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1 TATTTTATTTC-GAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTA
* * * * * *
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* ** * * * ** **
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127 TTT-TTTTTTAAATCTCTAACTTTA-AAATT-TTGAAATATT-GAAAAATTAGTAT
* * * * ** * * * *
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1 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTAT
* * * * *
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65 AAC-ATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAATAAATT
* * * * * * *
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129 -TTTTTTTAAATCTCTAACT--TTAAAATTTTGAAATATTGAA-AAATTAGTAT
* * * ** ** * * * * * * *
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1 TATTTTATTTC-GAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * *
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65 AA-CATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTT----CAACAAATA
* ** * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TATTTTATTTCGAATAA-ACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * *
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65 AA-CATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAATA-AAT
* * * * *
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* * * ** * * ** * * **
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1 TATTTTATTTCGAATAAACTTA-TATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTA
* * ** * * * *** *
205092 TAACAATTTGCAATAGATAATTGTTCATACAT-CCT-TAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAAAAA
64 TAAC-ATTTGAAATAGATAATTCTTCA-A-ATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAATAA
* * * * * * * * *
205155 AATATTTTTTAAATCTCTTA-GTTATTAATTGTCAGAAT-CT-AATTAGATTAGTAT
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* *
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1 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * *
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66 A-CATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAATAAATTT
*
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130 TTTTTTAAATCTCTAAC-TTTAAAATTTTGAAATATTGAAAAATTAGTAT
* * * ** * * * *
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1 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * *
205452 AACAATTTAAAATAGATAATTCTTCATATAGTTTTAATTGTTTTAACTGGTTCGACAAACT-GAT
65 AAC-ATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAA-TAAAT
* ** * *** * *
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128 TT-TTTTTTAAATCTCTAACTTTAAAATTTTGA-AATATTGAAAAATTAGTAT
* * * *
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1 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * ** * *
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66 ACATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAATAAATTT
*
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130 -TTTTTTAAATCTCTA-ACTTTAAAATT-TTGAAATATTGAA-AAATTAGTAT
** ** * * ** * * * *
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*
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64 TAAC-ATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
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Statistics
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TTTTTAAATCTCTAACTTTAAAATTTTGAAATATTGAAAAATTAGTAT
Found at i:205839 original size:16 final size:17
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* ** * * * *
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** * * * *
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*
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130 TTCAGCAAAT-GTATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAAAG
* *
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1 TTAATAAAATAGTATTATTTTATTCC-AAGTAAACTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** *
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* * ** * *
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129 ATTCAGCAAATGTATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAA-AG
* * * * * * *
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1 TTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTCCAAGTAA-ACTTATAT-AAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
207756 ACAAAA-TAAA-GTTCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATAATCATAACTATTTGAAC
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* * * ** * * * *
207819 TGGTT-AGATAAACAG-ATTTAGCTTTT-AAA--TC-T-CTTA-TAAATTTTCAAAATA
127 TGATTCAG-CAAA-TGTATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAAA-G
* * * * *
207870 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAA-T-AATTCTGTATGAACAT-AAACAACTT-TTTTAT
1 TTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTCCAAGTAAACT-TATATAAAC-TGAAACAA-TTGTTTTAT
* *
207931 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
62 GACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATT
207970 GTTTAAGTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCTAACTATTTGAATTGAT
TCAGCAAATGTATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAAAG
Found at i:207812 original size:176 final size:175
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207370 TTTATGAACT
* * * * *
207380 GAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGGTT-TTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATA
* * * ** * * ** * *
207444 GTCTTATCTATTTGAACTTATTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACT
63 ATCATAACTATTTGAACTGGTT-AGACAAACAGATTTAGCTTTT-AAA--TC-T-CTTA-TAAAT
* * * * *
207508 TTTCGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAA-ACT-TAT-ATAAA
121 TTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTACTTTATATCC-AATAATGCTGTATGA-AAA
* * ** * * *
207560 CTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
1 --GAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAAT
* * * * ** * *
207625 AGTCCTAACTATTTGAATTGGTTCAG-CAAA-TGTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTTTT
62 AATCATAACTATTTGAACTGGTT-AGACAAACAG-ATTTAGCTTTTAAATCTCTTA-TAAATTTT
*** *
207688 TGGAATATTATTAAATCAGTATTACTTTA-ATCCAA-AATGCTTGTATGAAAA
124 CAAAATATTAATAAATCAGTATTACTTTATATCCAATAATGC-TGTATGAAAA
* *
207739 GAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGTTCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATAAT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAAT
*
207804 CATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTAGCTTTTAAATCTCTTATAAATTTTCAAAAT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAGATTTAGCTTTTAAATCTCTTATAAATTTTCAAAAT
* * * * * *
207869 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAATTCTGTATGAACA
130 ATTAATAAATCAGTATTACTTTATATCCAATAATGCTGTATGAAAA
* *
207915 TAAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 GAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
207972 TTAAGTGGAC
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 60, Indels: 37
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 32 0.10
176 105 0.31
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178 25 0.07
179 8 0.02
180 1 0.00
181 7 0.02
182 83 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAATC
ATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAGATTTAGCTTTTAAATCTCTTATAAATTTTCAAAATA
TTAATAAATCAGTATTACTTTATATCCAATAATGCTGTATGAAAA
Found at i:208167 original size:144 final size:145
Alignment explanation
Indices: 207921--208195 Score: 414
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 145
207911 AACATAAACA
* *
207921 ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGA
1 ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGCACATGA
* * *
207986 CTATGTCAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACCTATTAAATTGCAGAATA
66 CTATGTCAACTTGCTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAATA
208050 TGTATGAATAGAAAT
131 TGTATGAATAGAAAT
**
208065 ACTTTTTCTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAGTGCATGTG
1 ACTTTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGCACATG
* *
208128 ACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAA
65 ACTATGTCAACTTGCTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAA
208192 ATAT
128 ATAT
208196 TAATAAATTA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 9, Indels: 7
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
142 2 0.02
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145 37 0.31
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (145 bp):
ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGCACATGA
CTATGTCAACTTGCTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAATA
TGTATGAATAGAAAT
Found at i:208324 original size:325 final size:319
Alignment explanation
Indices: 207729--208348 Score: 714
Period size: 325 Copynumber: 1.9 Consensus size: 319
207719 CCAAAATGCT
* *
207729 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGTTCATAACAATTTGAGATAGATAATTG
1 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
*
207794 TCCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTAGCTTTTAAATCTCTTATAAA
66 TCCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTAGCTTTTAAATCTCTTATAAA
* * ** * *
207859 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAATTCTGTATGAACATAAACAACT
131 TTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCACAATAACTCTGTATGAACAGAAACAACT
* * * * * *
207924 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGACTA
196 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTA
**
207989 TGTCAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACCTATTAAATTGCAGAATA
261 TGTCAACTTGCTCAGTAAACAGA-TT-TTTTTTAAATCTCTACCTATTAAATTGCAGAATA
* * * *
208050 TGTATGAATAGAAATACTTTTTCTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAA-T
1 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * **
208113 GTTCAAGTGCAT-GTGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTAC
65 GTCCAAAT-AATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTA-GCTTTTAAATCT-CT--
* * *
208177 CTATTAAA-TTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCAGAATAAACT-TGTTTGAATA
125 -TA-TAAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCACAAT-AACTCTGTATGAACA
* * *
208240 GAAATAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAAT
187 GAAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAAT
* * * *
208303 AGTCATAACTATTTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTTTTTTAAAT
250 AGACATAACTATGTCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTTTTTTAAAT
208349 ATTTAACTTA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 40, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
320 36 0.15
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (319 bp):
TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
TCCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTAGCTTTTAAATCTCTTATAAA
TTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCACAATAACTCTGTATGAACAGAAACAACT
TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTA
TGTCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTTTTTTAAATCTCTACCTATTAAATTGCAGAATA
Found at i:208622 original size:186 final size:183
Alignment explanation
Indices: 208191--209046 Score: 597
Period size: 180 Copynumber: 4.7 Consensus size: 183
208181 TAAATTGCAA
* * * * * *
208191 AATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTC-AGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTTTATTCGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTA
* *
208255 TGATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTC-----AAATAGTCATAACTA
64 TGACAAAACAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTA
* * ** *
208314 TTTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG
128 TTTGAACTGGCTCAAAAAACAGATTTTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG
* * *
208370 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTA
1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTA
* *
208434 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAAATAGTCATAAT
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT--A-AAATAGTCATAAC
* * ** *
208499 TATTTGAA-TGGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTTAT-TTTGACTTATTAATTTTTGG
126 TATTTGAACT-GGCTCAAAAAACAGATTT-TTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG
*
208557 AATATTGACAAATTTA-ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTAT
1 AATATTAACAAA-TTAGATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTAT
* * * *
208621 GACAAAATAAAGGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT---A-A-TCATAACTAA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTAT
* * ** ** * ** * *
208680 TTGAACTTGTTCATTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTCTT-ACTCGTTAAATTTTAG
129 TTGAACTGGCTCAAAAAACAGATT--TTTT-TTAAATAT-TTAACTTATTAATTTTTGG
* * * * *
208738 AATATTAATAAATTAGTATTATTTCTTTTAG-AATAAGC-TATATGAACT-GATACAATTG-TTT
1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTT-TATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGCTTT
* ** * * * * *
208799 ATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT----T-AAATAGTTATGACTA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *****
208859 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAA
128 TTTGAACTGGCTCAAAAAACAGATTT-TTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG
* * * * * * * * *
208916 AATATTAATAAATTCATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAACAAATT-AGATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTAT
* * * *
208981 GATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TT----TCAAATAGTCATAACTATT
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTATT
209041 TGAACT
130 TGAACT
209047 TATTAGGTAA
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 87, Indels: 77
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 4 0.01
178 72 0.13
179 120 0.22
180 135 0.25
181 39 0.07
182 17 0.03
183 4 0.01
185 4 0.01
186 85 0.15
187 60 0.11
188 10 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (183 bp):
AATATTAACAAATTAGATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAAATAGTCATAACTATTT
GAACTGGCTCAAAAAACAGATTTTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGG
Found at i:209000 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 208077--220172 Score: 1587
Period size: 360 Copynumber: 33.6 Consensus size: 356
208067 TTTTTCTATG
* * * * *
208077 ACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAGT-GCATGTGACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
** *
208139 TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAATATTAATAAAT
65 TTGTTCGATAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGCAAAATATTAATAAAT
* * * * *
208204 TAGTATAATTTT-ATTCAGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
127 TA-TATTATTTTAATCCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
* *
208268 GAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGCTCAGTAA
190 -AGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAA
* * * *
208332 ACATATTTTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
253 ACAGATTTTTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
208397 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
318 TTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * *
208436 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAAATAGTCATAATTA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TTAAATAGTTATGACTA
* * * * * ** * **** *
208501 TTTGAA-TGGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTTAT-TTTGACTTATTAATTTTTGGAATATTG
58 TTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTA
* * * * *
208564 ACAAATT-TAATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAA
121 ATAAATTAT-ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
* ** * * * *
208628 TAAAGGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCA
185 CAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCA
* ** * *
208693 TTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTCTT-ACTCGTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
249 GTAAACAGATT--TTTT-TTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
*
208757 TATTTCT-TTTAGAATAAGC-TATATGAACT-GATACAATT-GTTTATA
310 TATTT-TATTTAGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATA
** *
208802 ATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
*
208867 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCA
66 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-GCAAAATATTAATAAATT-A
* * * *
208932 TATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTC
129 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTC
* * * * *
208997 ATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTAGGTAAAAAG
194 ATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCA-GTAAACAG
* * * ** **
209061 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT-AATTTT---AT-TT--GAAA-TA--A-GCTTGCA--T
257 A-TT-TTTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
209113 -GAATAA----A-A-GAAT-------TTTGTTTTATG
320 AGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * * *
209136 ACAAAATAAAAAGGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * **
209201 TTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
65 TTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAATT
* * * * * ** * * * * *
209266 AGAATTATATTATTTCAAATATGCTTGTACAAACAAAAACAATTATTTTTGTGATAAAACAAAAG
128 A-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * * * * * * * **
209331 GTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATATGCAC-CGGTCTGGCCAA
191 GTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAA
* * * * * * *
209395 TAGAATTGTTTTTTAAAT-TTGTTATTTATTAACTTTTAGAATATTCATAAATTAGCATTATTTT
254 CAG-ATT-TTTTTTAAATATT-TAACTCATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * ** *
209459 ATTCCGAATAAGGC-TATATGCATAGAAACAATTATTTTATG
316 ATTTAGAATAA-GCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* ** * * * * *
209500 ACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * * *
209565 GGTT-TAGTAATA-GATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
66 TGTTCGA-TAA-ACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
209628 TAATCTTGTTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA-A-AAAAAATTTGTTTTATGAATGAACAA-A
127 T-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATG-AT-AA-AACA
* * *
209690 AACATTTGTTTTATGTCATAACGATCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGA
187 AA-A--------A-GTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGA
* ** * * * *
209754 ACTAGCTTGGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATA
240 ACTTGCTCAGTAAACAG-ATT-TTTTTTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATA
* *
209817 AATTTA-TTTTATTTTA-TTATGAATAAG-TTACTAAGAACT-GAAA-AATT-GTTCTATA
301 AA-TTAGTATTATTTTATTTA-GAATAAGCTTA-TATGAA-TAGAAACAATTGGTT-TATA
* * * * * * *
209872 GCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAACCTTA--ACTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAAT-A-GTTATGACTATTTGAA
* * ** * * ** * * *
209935 CTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACAT
64 CTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAAT
* ** * * * * * *
210000 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAG
127 TA-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * **
210065 GTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAC
191 GTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAAC
* * * *
210130 AGATTTTTTTTAAATCTTTTACAT-ATT-AATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAT
255 AGATTTTTTTTAAATATTTAAC-TCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
210193 TTTGAATAAGCTTGA-ATG-ATCA-AAAC-ATTTGTTATATG
318 TTAGAATAAGCTT-ATATGAAT-AGAAACAATTGGTT-TATA
* * ** * * * *** * * *
210231 ACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAA-A
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * ** ***
210295 TGATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
66 TG-TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAA-T
* * * * * * *
210360 TGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
127 TATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * * * * * *
210424 GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTGAAC-TACTTCGGCAAA
191 GTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGC-TCAGTAAA
* * * * * *
210488 CAGATTTATTTATTTAAATCTCTT-AGTTATT-AATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATT
254 CAGA-TT-TTT-TTTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * **
210551 TTATTTCGAATAAGCATATGTGAACT-GAAACAATTATTTTATA
314 TTATTTAGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATA
** * * * * * * *
210594 GTAGAACAAAAGATTATGACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG----GA--A-TTG----
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* ** ***
210648 -GTTCG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
66 TGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAATTA
* * * * *
210711 GTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
129 -TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG
* * * * * * * **
210774 TTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAGAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAA
192 -TCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCAGTAAA
* * * * *
210838 CAAATTCACTTTTTAAATCACTT-ACTTATT-AATTTTAGGAATATT-ATAAATTATTATTATTA
254 CAGATT--TTTTTTAAAT-ATTTAACTCATTAAATTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATT-
* * * ** *
210900 TTATTTTATTTCAAATTAGC-TAGTAAGAACT-GAAACAATTATTTTATG
314 TTA-TTTA----GAATAAGCTTA-TATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * ** * *
210948 ACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATTGATAATTA-TCAAAT-GATAAAATTATTGTTAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATT-TGAAC
* * * * *
211011 -TGATT-AAGT-AAC-AATTTA--TTTAAA-C-TCT-CTTATTAATT-TAGAATATT-ATAGATT
65 TTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCAAAATATTAATAAATT
* *** * * * * *
211065 AGTATTA-TTTATTCTGTATAAGCTTGTATTAACTA-AAATAAGTTG-TTTAAGA-CACA-AAAA
128 A-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAA
** * * * * *
211125 AGCTTCACCTCCTGAGTT-AAATAAGTAATTGGTTCAATGACTAATCAT-ACTA-GTG-ACTT-T
190 AG--TCA--TAAT-ATTTGAAATAAATAATT-GTTCAA--A-TAGTCATAACTATTTGAACTTGC
** * * ** ** * * * *
211185 TTGGTAAACAGATTATTTTTCAAATATCTCGC-CTATTATTTTTTTGAATGTT-ATATATTAGGA
246 TCAGTAAACAGATT-TTTTTTAAATATTTAACTC-ATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * **
211248 TTA-TGTATTTCA-AAT-AGCTTGTAATG-ATATAAACAA---AATTATGA
309 TTATTTTATTT-AGAATAAGCTTAT-ATGAATAGAAACAATTGGTTTAT-A
* *
211292 ACAAAAC--AAGGTC--AACGA-TTG-AA-AGAT-A-TATTCT-AATAGTT-TTACTATTT-AA-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * *
211344 -AATT---T------A-TT-TTTTTAAATC---T--TGAGTAATTG--AAATAATTGAATAAATT
65 TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCAAAAT-ATT-AATAAATT
* * * * * * *
211390 A-ATATATTTT-ATTCGAATAAGCTGTCTAT-AAAAG-AACAATTG--TTAT-A-ACAATAAAAG
128 ATAT-TATTTTAATCCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * * * *
211447 GTTAGAACGATTTGAAAATAATATAATTGGTTCAAATGGCCAT-ATTATTT-TAC-TGATTCAGT
191 GTCATAA-TATTTG-AAATAA-ATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCAGT
* * * *
211509 AAACA-ATTTATTTTT-TA-ATCT--CTTATT-AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATT
251 AAACAGATTT-TTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
211568 TTATTCCA-TTTAAGCATGTATTAACT-GAAACAATT-GTTTATA
314 TTATT-TAGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * * * *
211610 ACAAAACAAAAGGTC-TAACGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTAATGATTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * **
211674 TATTC-AGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTT-CTTATT-ATT-TTAAAT-TT--T--A-
66 TGTTCGA-TAAACAAATTTA-T-TTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGCAAAATATTAATAAAT
* * * *
211729 -GTATTAATTTATTCCAACACAA-CTTGTATGAACT--AAACAATTG-TTTATGAT-AAACAAAA
127 TATATTATTTTAATCCAA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
* * * * * * * **
211788 GGTTA-AATGATTTGAAAT-GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAAACTGGTTTGGTA
190 AGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG-AACTTGCTCAGTA
* * * * * * * *
211849 AATAAATATATTTTTAAA-ATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTAT
252 AACAGAT-TTTTTTTAAATAT-T-TAACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * *** * *
211912 CTTAAACCA-AATAAGCTTGTATGAA-AAAAATTTTTTGTTTTATG
313 -TTTATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAA-CAATTGGTTTATA
* * * ** * * * *
211956 ATATAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCT-TAATTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT-TATGACTATTTGAA
* ** * * * * ** *
212019 CTGGTTC-ATTAATTAGATTAATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTG-AAAA-ATTATTA
64 CTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA---TTGCAAAATATTAATA
* * *** ** * * * ** *
212081 AATTAATATTATTTCATTATGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACGAAATAA
124 AATT-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * * * * * * * **
212146 AAGGTTATAATGATTT-AAAAAAGATAACTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
188 AAAGTCATAAT-ATTTGAAATAA-ATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAG
* * * *
212210 TAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTATTA
250 TAAACAGATTT--TTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** *
212274 TTTTATTTCA-AACAAACTTATATGAATAAAAACAATTTTTTTATG
312 TTTTATTT-AGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * * * *
212319 ACAAAACAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * * * * *** *
212384 GGTTTGGTAAATAGATATTT-TTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATT
66 TGTTCGATAAACA-A-ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTGCAAAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
212448 AGTTTTATTTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCT-GAAATAATTGTCTTA--A-AAAAAAAAAA
128 A-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * ** * * **
212509 GGTCATAATGATATGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAA
191 -GTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAA
* * * * * * *
212574 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-AGTTA-TGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTT
254 CAGA-TT-TTTTTTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * ** * *
212637 TATTTTGAATAAACTTGTGTGAGCAGAAATAATTGTTTTAT-
315 TATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * * *
212678 GCAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** * *
212742 TAGTTCGGTAAATAGATTTAATTTTTAAATCAATTACTAATT-CTT--AAAATATTAATAAATTA
65 TTGTTCGATAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCAAAATATTAATAAATTA
* ** * * * *
212804 GTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
129 -TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG
* * * * * ** **
212868 ------TA-TT--AAT-AAT-TTTGTTCAAATGGTTATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATT
192 TCATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCAGTAAACA
* * * * * * * * * * * ** * *
212921 TATTGATATTCAAAAAATTAA-TAAGTAACGGA-TTTAAAAAATGAATCTATTGGCCTGACCAAT
256 GATT-TTTTTTAAATATTTAACTCATTAA---ATTTTAGAATATTAATAAATTAG--T----ATT
*** * * * ** *** * ** *
212984 ACAAATAGTTAAAACAAATTTAT-TTTTTA-AATCTCTTAGTTATTAATA
311 A-TTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-GGT-TT-ATA
* * * * * ** * * * * * * ** * *
213032 GTCAAAATATTATTAGATTACT-ATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAATAATTA
1 -ACAAAACA--A-AAGGTCA-TAACAATTTGA-AATAGATAA--TTATTTAAATAGTTATGACTA
** * ** * * *
213096 TTTTATGAAAAAACAAAAGGTT--AT-AACAAATTGAAATATATAAT-TGTTCAAAGAGTTA-TA
58 --TT-TG----AAC---TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTA-AATCT-TT----TACTTATTA
** * * * * * * **
213156 ATTATTTAAACTGATTCGATAAGTAATATTGTTTTTTAAATCTC-TATAAAATT-T-TGAAATAC
107 A-T-TGCAAAAT-ATT-AATAAATTATA-T-TATTTT-AATC-CAAATAAGCTTGTATG-AATA-
* * * * * * * ** ** *
213218 TAATA-AATTAATTTTAT-TTAATTACGAGTAAA--CTTGGATGAGCTGAAAT-AATTGTTTTAT
162 GAA-ACAATT-GTTTTATGATAA-AAC-A-AAAAGTCAT-AAT-ATTTGAAATAAATAATTGT-T
* * * * ** * * *
213278 AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA-ATAAT-A--AAAAATTATTCATATAGTTTTAACTA
219 --C---A-AATA-GTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACA-GATT--T-T--TTTTAAATA
** *** ** *
213339 TTTGAACTGTTTCAAGA-AACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTTAGAATGTT
271 TTT-AACTCATT-AA-ATTTTAGAA-TA-TTAATAAA----TTAG-TAT-TA-TTTT---AT-TT
* * * * * * * *
213402 ATTAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AATT--TATATGA
320 A-GAA-TAAG-CTTATATGA-ATAGAA-ACAATTGGTTTAT-A
* * * * * *
213442 ACAGAAATAATTATTTTATGACAGAATAAAAAGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
1 AC-------A--A----A--AC-----AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAA
* * * * * * ** * *
213507 TAGTCATAACTATTTGTACTTATTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTCATACTAATT-CT
46 TAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* ** * * * * * **
213570 TG--AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTTTTTCAAATAAACTTGTGTG-TTCAAAAATTATTG
109 TGCAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * ** * * * ** * *
213632 TTTTATGACACAATGACAAGT-ACTAACAATTTTATTTCAAATAA--GCTTGC--AT-GTTGAAA
172 TTTTATGATAAAACAAAAAGTCA-TAA-TATTTGAAAT-AAATAATTG-TT-CAAATAG-TCATA
* **** * **** ** ** * * * * *
213691 ACCATTTTTTTTATG-ACA--AAAC-GAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT
231 ACTATTTGAACT-TGCTCAGTAAACAGATTTTTTTTAAATATTT-AACTCATTAAAT-TTT--AG
* * * * * * * *
213752 ATCCATAATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGT
291 A---AT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGG
*
213816 TTTATG
351 TTTATA
* * * *
213822 ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC
* * * *** *
213886 TTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAA
65 TTGTTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA--TTGCAAAATATTAATAA
** * * *
213949 ATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACT-AAAC-
125 ATTA-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACA
* * * * * * * * *
214010 AAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTCGG
187 AAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCAG
* * * * * ** *
214074 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-AATTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTTTT
250 TAAACAGA-TT-TTTTTTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
214137 ATTTT-TACTCGAATCAGCTTATATG-ATCAGAAATAATTGTTTTATG
311 ATTTTAT-TTAGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * * * * * * * *
214183 ACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* ** * ** * *** *
214246 TGCTTCAGA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAG
66 TG-TTC-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAAT
**** * * * * * * *
214310 TAGTATTATTTT-ATTTTGATAAGTTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAG
127 TA-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * ** * * * *
214374 GTTAAAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATGTAATTGAAATTGTTTAGTAAAC
191 GTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAAC
* * * * * * *
214439 AAATTTTGTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAATATTATTTT
255 AGA-TTT-TTTTTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
214502 ATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACTAG-AATAATTGTTTTATG
316 ATT-TAGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * *
214543 ACTAAAC-AAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTGT-TAACTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGT-TATGACTATTTGAA
* * * * * ** *
214605 CTAGTTTGACAAGCATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATCAA
64 CTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAAT-AA
* * * * * * *
214668 ATTAGTATCATTTTAAT-CAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAA
125 ATTA-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* ** * * * *
214732 GA-TCATTACA-ATTTGCGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTA
189 AAGTCA-TA-ATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTA
* * * * * * * *
214795 AATAAATTTAGTTTTT-AA-ATCT--CTTATT-AATTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATT
252 AACAGATTT--TTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * **
214855 TTATTTTGAATAA-TTCTGTATGTATAGAAACAATTCTTTTACT-
314 TTATTTAGAATAAGCT-TATATGAATAGAAACAATTGGTTTA-TA
* * * ** *
214898 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
* * * ** * *
214962 TTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAAT
65 TTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAATT
* * * *
215027 AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
128 A-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG
* * * *
215091 AT-ATGAACTATTTGAAATAAA-AA-TGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCGTACTCAGT-AA
192 -TCAT-AA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAA
* * * *
215152 C-GAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATT-TAT
254 CAG-A-TT-TTTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT-T
* * * *
215213 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTCTA-A
314 TTATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * *
215255 CCGCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATGATTGTTTAAATTAGTTA-AACTATTTGA
1 --ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAA-TAGTTATGACTATTTGA
* * *
215319 A-TGTGTTC-A-AAA-AAATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATAT-TTAATA
63 ACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATT-AA--TTGCAAAATATTAATA
*** * * *
215378 AATT-TAATTA-TTTAATTTGGAATAAGCCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAACAAAA
124 AATTAT-ATTATTTTAA-TCCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ATAAAA
* * * * * *
215441 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
185 CAAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCA
* * *
215506 GTAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTT-ACTCATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT
249 GTAAACAG----ATTTTTTTTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGT
** * * * * *
215569 GA-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATG
308 -ATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * ** * * * *
215618 ACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * * **
215683 TGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAA
66 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAATT-A
* * * * * * *
215748 TATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAAGTC
129 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTC
* * * * **
215813 TTAATGATTTGAAATAACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTT-ATTTGATAAACA
194 ATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGCTCAG-TAAACA
* * * ** *
215877 -ATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTATGTGTCTA-AATATTAATAAATT--TATGTAATTTT
256 GA--TTTTTTTTAAATATTTAACTCATTAAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTT
* * ** * *
215938 CTTT-GAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATG
316 ATTTAG-AATAAGCTTATATGAATAGAA-ACAATTGGTTTATA
* * * * * * * * *
215979 ACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
216044 TGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATA
66 TGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGCAAAATATTAATAAATTA
* ** * * * * * * *
216109 GAATTACGTT-ATTCAAATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAGCAAAAGGT
129 -TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGT
* * * ** *
216173 CATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACTAG-TCAGGCCAAT
193 CATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGCTCA-GTAAAC
* * * * * *
216236 AG-TTTCATTCTTTAAAT-TTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTT
255 AGATTT--TT-TTTAAATATT-TAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
216298 TATTCCA-AATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATG
315 TATT-TAGAATAAG-CTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * ** * * * * * * * *
216339 ACAAAACAAATGGTCGTGATGATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * ** * *
216404 AGTT-TAGTAAACGTATTTATTTTTAAAT-TTCTTACTTCTTAATTTTC-AAATATTAATAAATT
66 TGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
216466 ATTATTATTTCTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACT--AACAAAA
128 A-TATTATTT-TAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAA
* * * * * * * * *
216529 GGTCATAATGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAA-TTGGTTAGGCAA
190 AGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCA-GTAA
* * * * * * *
216592 ACATAATTGTTTCTT-AA-ATCT--CTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTT
253 ACA-GATT-TTTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
216652 TATTTTGAATATGC-TACTAAGAACTA-AAA-AATTGTTTTATT
315 TATTTAGAATAAGCTTA-TATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATA
* *** * * * ** *** * *
216693 TCAAATA-AACTTGT-AT--GAA-TAGAAACA-ATTGTT-TTGTGACAA-ACAAAAGA-TCA--C
1 ACAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-T-A-AATAGTTATGACT-ATTT
* * * ** * * ** * *
216747 G--C-TATT-GA-AATA-AAA---ATTGCTCAACAGTCCATAAC-TATCTGA--GCTTACTCAGT
61 GAACTTGTTCGATAA-ACAAATTTATT-TTTAA-A-TCTTTTACTTAT-TAATTGCAAAAT-ATT
* ** * * * * * *
216800 AA-ACAGATT-TATT-TTTTAAATCTTTTACTTATGAATT-TTTGGAATATTAATA-AATTAATA
120 AATA-A-ATTATATTATTTT-AATC---CAAATAAG-CTTGTAT-GAATA-GAA-ACAATT-GTT
** *** * ** * * * *
216860 TTATTTTATTTCGAATAAG-C-TTCTA-TGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAATAAAAGGT
174 TTATGATAAAAC-AAAAAGTCATAATATTTGAAATAAATAATT-G-TT----C-AAAT---A-GT
* * * * * * * * * ***
216922 CATCACTATTTGAAATAGATGGT-TGTTCAAATAG-TTAAAACTATTTGAATGTGTTCGAAAAAA
227 CATAACTATTTGAACT---TGCTCAG-T-AAACAGATT----TTTTTTAAATAT-TT---AACTC
* * * * *** ** *
216985 ATTAAGTTTTA-AATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTCAG
279 ATTAAATTTTAGAA----TA-TTAATAAA--TT--AGTATT-AT---TTTATTTAGAATAAGC-T
* ** *
217049 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
330 TA--------TATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * *
217084 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * *
217149 TATTC-AGTAAACAGATTCATTT-TTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAA
66 TGTTCGA-TAAACA-A---ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAA
* ** * * * * * *
217212 ATTA-ATGATATTTTATTCCGGATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAA
125 ATTATAT--TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * *
217276 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACTC
188 AAAGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG---TC-A--T--AA-C----T-A---
* * ** * * * * * * * *
217341 TTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAA
235 TTTGAACTTGCTCAGTAAACAGATTT-TTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTTAGAATATTAA
** * * * * * *
217406 TAAATTTA-TATTATTTTAATCCA-AATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATT-GTGTCATG
299 TAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGT-TTATA
* * * ** * * *
217464 ACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTTAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* * * * *
217528 CTTATTTGATAAACAATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTAAATATTAATAAAT
64 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TG-CAAAATATTAATAAAT
* * ** * * ** *
217592 T-TGTGTAATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGGATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAA
127 TATAT-T-ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * ** * * * * * * *
217655 AGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAA
189 AAGTCATA-ATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAA
* * * * * * **
217720 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-GATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACG
253 ACAGATT--TTTTTTAAATAT-TTAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * *
217783 ATATTCA-AATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTG
314 TTATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * ** * * * *
217825 ATAAAGCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGA-AC
* *** *
217889 TAG-TC-A-GGCCAATAGTTTCATTCTTTAAAT-TTGTTACTTATTAGTTTTG-AAAATATTAAT
65 TTGTTCGATAAACAA-A-TTT-ATT-TTTAAATCTT-TTACTTATTA--ATTGCAAAATATTAAT
* * * * * * *
217949 AAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAATAG-AATAATTGTTTTATGACAAAAC
123 AAATTA-TATTATTTTAATCCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
** ** * * * * *
218012 AAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAAC-TGTTTAG
186 AAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAG
* * * *
218076 TAAACATATTTATTTTTAAAT-TTCTTACTTC-TT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATT
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * ** * ***
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* * * * * ** * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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316 ATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * * * * * * * * *
218544 AGATAACGAAAGGTTATTACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT-TCTATTTTAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * * ***
218608 AGTTC-AGTAAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAAT
66 TGTTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATT-AATAAAT
* *** * * * * *
218671 TAATATTATTTTATTTTGAAGAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAA-GAAA
127 T-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
* * * * * * * *
218734 AGTTCATAACGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGA-T
190 AG-TCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGCTCAGT
* * * * * * *
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* * * * * *** * *
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312 TTTTATTTAGAATAAGCTTATATGA-ATAGAAACAATTGGTTTATA
* * ** * * * * * * *
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1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * ** *** *
218970 TATTCAATAAA-TAACTT-TTTAAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTA
66 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * *
219032 GTATTATTATATTTCGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTTTTTTACT-AAAC-AAAA
129 -TATTATTTTAATCCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAA
* * * * * * * * * * **
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191 G-TCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GCTCAGTAA
* * * * * * * *
219158 ATACATTTATTTTT-AA-A--T-CCTTATT-AATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTT
253 ACAGATTT-TTTTTAAATATTTAACTCATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * ** *
219217 ATTCTA-AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
316 ATT-TAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* * * ** * **
219258 ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATTA-ATAA-CAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * ** * *
219321 CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAAT
64 CTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCAAAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
219386 TAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAA-TAAAA
127 TA-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * **
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191 G-TCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAA
* * *
219515 CAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT
254 CAGATTT-TT-TTTAAATATTTAACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
219578 ATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTAT-
316 ATT-TAGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
* ** * * * * * * *
219618 GCAAAACAAATTGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTAAACG
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * ** *
219682 TGTTC-AGAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTAGAAT-TTAATAAATTTA
66 TGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCAAAATATTAATAAA-TTA
* * * * * **
219744 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTATGATAAAAACAAATGG
129 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAAG
* * * * * * * * ** * *
219808 TCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAAGA
192 TCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACA
* * * * * * *
219873 AATTCATTTTTTTAAT-TCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATTATTTTA
256 GATT--TTTTTTAAATAT-T-TAACTCATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
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* * ** * * *
219976 ACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * *
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66 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG-CAAAATATTAATAAATT-A
* * * * * * *
220104 TATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTC
129 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTC
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194 ATAA
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Statistics
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AGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATA
Found at i:209593 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 209084--212865 Score: 1783
Period size: 181 Copynumber: 21.3 Consensus size: 178
209074 ATATTTTACT
* *
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* *** * *
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* * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TATATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACA--AA-ACAAA-
* * * *
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* * * * *
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209822 A-
177 AG
* * * *
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** * * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
210132 A-TT-TTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAG
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * ** * *
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* * * *
210491 ATTTATTTATTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAA
128 ATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AACAG
* * * * *
210841 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGGAATATTATAAATTATTATTAT
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* * * * *
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* * * * * * * **
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*
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211127 CTTCACCTCCTGAGTT-AAATA-AGTAATTGGTTCAATGACTAATCAT-ACTA-GTG-ACT-TTT
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* * ** * * * * *
211186 TGGTAAACAGA-TTATTTTTCAAATATCTCGCCTATTATTTTTTTGAATGTT-ATATATTAG
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* * * * * **
211246 GATTA-TGTATTTCAAAT-AGCTTGTAATG-ATATAAACAA---AATTATGAACAAAAC--AAGG
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TAT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGG
* * * *
211303 TC--AACGA-TTG-AA-AGAT-A-TATTC---TA---AT-AGT-TTT--ACT--ATT--TAA-A-
63 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAACAG
* * * * *
211345 ATTTATTTTTTTAAATCT-TGAGTAATTGAAATAATT-GAATA--AATTAA-TA-
128 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT--AAT-TTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * *
211394 ---TATTTTA-TTCGAATAAGCTGTCTAT-AAAAG-AACAATTG--TTAT-A-ACAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGC--TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * **
211449 TAGAACGATTTGAAAATAATATAATTGGTTCAAATGGCCAT-ATTATTT-TACTGATTCAGTAAA
64 CATAATGATTTG-AAAT-AGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AA
*
211512 CA-ATTTATTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA
125 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
211561 TATTATTTTA-TTCCATTTAAGCATGTATTAACT-GAAACAATTG-TTTATAACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTCGA-ATAAGC-TATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * ** ** *
211623 TC-TAACGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTAATGATTATTTGAATTTATTCAGTAAATA
63 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AACA
*
211687 GATTTATTGTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTT--AA-A-T--T---TTAG
127 GATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
211730 TATTAATTTA-TTCCAACACAACTTGTATGAACT--AAACAATTG-TTTATGA-TAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTCGAATA-AGC-TATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
211790 TTA-AATGATTTGAAAT-GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAAACTGGTTTGGTAAA
63 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG-AACTGGTTTGGT-AA
* * * * * * *
211851 TAAATATATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTG
125 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* *** * * * *** * *
211906 TATTATCTTAAACCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAATTTTTTGTTTTATGATATAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TATATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *** *
211970 CATAAAGATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCATTAATTAG
64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAA-CAG
* * * ** * * *
212035 ATTAATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-GAAAAATTATTAAATTAA
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* ** * * * *
212087 TATTATTTCATTAT-GAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACGAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATT-TCGAATAAGCTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
212151 TATAATGATTTAAAAAAGATAACTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACA
64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AACA
* * *
212216 GATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAG
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT-TAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
212269 TATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAATAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
212334 ATAACT-ATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAG
65 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AACAG
* * *
212398 ATATT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAG
128 AT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
212450 TTTTATTTTA-TTCCAAGTAAACTTATATGAGCT-GAAATAATTGTCTTA--AAAAAAAAAAAGG
1 TATTATTTTATTTCGAA-TAAGC-TATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ** * ****
212511 TCATAATGATATGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACA
63 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGGTAACA
* * * * *
212576 GATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAG
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * *
212629 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAGCAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
212693 ATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AACAGA
* * * *
212758 TTTAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAG
129 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAG
** * * * *
212805 TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAG-CTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
212866 AGTATTAATA
Statistics
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0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
143 3 0.00
144 1 0.00
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TATTATTTTATTTCGAATAAGCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAACAGATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAG
Found at i:209684 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 209657--209704 Score: 80
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209647 ACAAACTTAT
209657 ATGAA-AAAAAAATTTGTTTTATGA
1 ATGAACAAAAAAATTTGTTTTATGA
*
209681 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATG
1 ATGAACAAAAAAATTTGTTTTATG
209705 TCATAACGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATGAACAAAAAAATTTGTTTTATGA
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Indices: 209084--220164 Score: 3233
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209074 ATATTTTACT
** * * *
209084 TATTAATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAT-AAAAGAATTTTGTTTTATGACAAAATAAAA
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* * * * * * *
209147 AGGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
60 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAA
* * * * *
209212 ATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATATT
124 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * *
209277 ATTTCAAATATGCTTGTACAAACAAAAACAATTATTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACGAT
189 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
* * * * * * * * * *
209342 TTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATATGCACCGGTCTGGCCAATAGAATTGTTTT
253 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAG-ATTATTTT
* * * *
209407 TTAAATTTGTTATTTATTAACTTTT-AGAATATTCATAAATTAG
317 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT-ATAAATTAG
* ** * *
209450 CATTATTTTATTCCGAATAAGGC-TATATGCAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGG
* * ** * * *
209513 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGT-AATA
63 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * * * * *
209577 GATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTGTTTTAT
127 GA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
209642 TTCAAACAAACTTATATGAA-AAAAA-AATTTGTTTTATGA-ATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
191 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAA-TTGTTTTATGACA--AA-ACAAA-A---G------
* * * * * *
209704 GTCATAACGATCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGAACTAGCTTGGCAAA
242 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAA
209768 CAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-
306 CAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAA-TTAG
* * * * * *
209823 TTTTATTTTATTATGAATAAG-TTACTAAGAA-CTGAAA-AATTGTTCTATAGCAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAATC-AAAACAATTATTTTATA-CAAAACAAAAGG
* * * * *
209885 TCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA
63 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * *
209950 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-T
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
210014 TCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTG
192 TC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * *
210079 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATT-TTTTTTAA
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTATTTTTTAA
* *
210143 ATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAG
321 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAG
* * * *
210182 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATG-ATCAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-ATATGAATCAAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
210245 AATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTCGGTAAACAG
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* * *
210310 ATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
210374 TCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
192 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * ** *
210438 AAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTGAACTACTTCGGCAAACAGATTTATTTATTT
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTT-TTT
* *
210503 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAA
319 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAG
* * * * * * *
210544 TATTATTTTATTTCGAATAAGCATATGTGAA-CTGAAACAATTATTTTATAGTAGAACAAAAGAT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATC-AAAACAATTATTTTATA-CAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
210608 TATGACGATTTGAAATAGGTAATTATTC----A----AA-TA--GGAATTGG-TTCGTAAACAGA
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA
* *
210661 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
129 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
210725 CAAATAGGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTG
193 CAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTG
* * * * * * * *
210788 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTA
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATT-ATTTTTTA
* * * *
210853 AATCACTTACTTATTAATTTTAGGAATATTATAAATTAT
320 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAG
* * * * *
210892 TATTATTATTATTTTATTTCAAATTAGC-TAGTAAGAA-CTGAAACAATTATTTTATGACAAAAT
1 TATTATT-TTA---T-TTT-GAATAAGCTTA-TATGAATC-AAAACAATTATTTTAT-ACAAAAC
* * * * * * *
210955 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATTGATAATT-ATCAAATGA--TAAAATTATTGTTAACTGATTA
57 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACCT-TAACTATT-TGAACTGGTTT
* *
211017 AGT-AACA-ATTTA---TTTAAA-CTC-T-CTTATTAA--TTTAGAATATT-ATAGATTAGTATT
119 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
211071 A-TTTA-TTCTGTATAAGCTTGTATTAACTAAAATA-AGTTG-TTTAAGACACAA-AAAAGCTTC
184 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-
** * * * * * *
211131 ACCTCCTGAGTT-AAATA-AGTAATTGGTTCAATGACTAATCAT-ACTA-GTG-ACT-TTTTGGT
245 A--TAATGATTTGAAATAGA-TAATT-GTTCAA--A-TAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGC
* * ** * * * *
211190 AAACAGATTATTTTTCAAATATCTCGCCTATTATTTTTTTG-AATGTTATATATTAG
303 AAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTATAAATTAG
* * ** * * *
211246 GATTA-TGTATTTCAAAT-AGCTTGTAATG-AT-ATAAACAA-AATTATGA-ACAAAAC--AAGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT-ATGAATCA-AAACAATTATT-TTATACAAAACAAAAGG
* * * *
211303 TC--AACGA-TTG-AA-AGAT-A-TATTC---TA--AT-AGT-TTT--ACT--ATT--T-AA-A-
63 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* * * *
211345 ATTTATTTTTTTAAA--TC-T--TGAGTAA--TTGA-AATAATTGAATAAATTAATA-TATTTTA
128 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT-ATT-AATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
211401 -TTCGAATAAGCTGTCTAT-AA-AAGAACAATTG--TTAT-A-ACAATAAAAGGTTAGAACGATT
190 TTTCAAATAAGCT-TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * ** *
211459 TGAAAATAATATAATTGGTTCAAATGGCCAT-ATTATTT-TACTGATTCAGTAAACA-ATTTATT
254 TG-AAAT-AGATAATT-GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATT
* *
211521 TTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA
315 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
** * * * * * *
211561 TATTATTTTA-TTCCATTTAAGCATGTATTAA-CTGAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAATC-AAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGG
* * * * * * ** ** *
211623 TC-TAACGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATA-GTAATGATTATTTGAATTTATTCAGTAAAT
63 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCT--TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC
* *
211686 AGATTTATTGTTTTAAATCTCTTTCTTATT-A-TTTT--AA-A-T--T---TTAGTATTAATTTA
126 AGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
211740 TTCCAACACAA-CTTGTATGAACT--AAACAATTG-TTTATGA-TAAACAAAAGGTTA-AATGAT
190 TTTCAA-ATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
* * * * * *
211799 TTGAAAT-GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAAACTGGTTTGGTAAATAAATATATT
253 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTG-AACTGGTTTGGCAAACAGAT-TATT
* *
211861 TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTG
315 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAG
* ***** * * *** * * *
211906 TATTATCTTAAACCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAATTTTTTGTTTTATGATATAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCAAAA-CAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *** **
211970 CATAAAGATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCATTAATTAG
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* * * ** * * * * *
212035 ATTAATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-GAAAAATTATTAAATTAATATTATTTCATT
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * *
212099 AT-GAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACGAAATAAAAGGTTATAATGATTTA
192 -TCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * * *
212163 AAAAAGATAACTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTT
256 AAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTTTT
* *
212228 AAATCTTTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAG
319 AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATT-ATAAATTAG
** * * * * * *
212269 TATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAATAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTA
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCAAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * * *
212334 ATAACTATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGA
65 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA
* * * * *
212399 TATT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATT
129 T-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * * * *
212462 CCAAGTAAACTTATATGAGCT-GAAATAATTGTCTTA--AAAAAAAAAAAGGTCATAATGATATG
192 TCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * ** * * ***
212524 AAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTA
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTTTTA
* * ** *
212589 AATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAG
320 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAG
* * * * * * * *
212629 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTG-AGCAGAAATAATTGTTTTATGCAAAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTATACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
212693 ATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGA
65 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA
* * * * * *
212758 TTTAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
129 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *
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194 AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
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* * * * ** * * * * *** *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TATTATTT--TAT-TT-TGAA-TAAG-CTTATATGA-ATC-AA-AACAATTATTTTATACA-AAA
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * * * *
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** * *** *** * **** ** * * *
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** * * *
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341 TGA-AATATTATAAATTAG
* * * * * *
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1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATC-AAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * **
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64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCTTA-A-CTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * *
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127 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
213964 TTTCAAAT-AGCTTGTATGAACT-AAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATT
190 TTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * * * * * *
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254 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTTT
** *
214091 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTTTAAATTAG
318 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTATAAATTAG
* * * * * * * *
214133 TTTTATTTT-TACTCGAATCAGCTTATATG-ATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGA
1 TATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * ** * *
214195 TCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAATTGCTTCAGAAAATA
63 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * ** * *
214260 GCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTAATAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * * * ** *
214324 TT-TGATAAGTTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTT
191 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * * *
214388 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATGTAATTGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTTGTTTTT
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTAT-TTTTT
* * * *
214452 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAA
319 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
*** * * * * *
214493 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CTAGAATAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATC-AAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * ** * ** * ** * *
214556 TAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAGCAT
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* * *
214621 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATCAAATTAGTATCATTTTA-A
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * **
214684 TCAAATAAGCTTATGTGAA-AAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACAATTTG
192 TCAAATAAGCTTGTATGAATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
** * * ** * * * *
214747 CGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTA
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTTTTA
** * * *
214812 AA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATCAA
320 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTATAAATTAG
* * * *
214848 TATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGTAT-AGAAACAATTCTTTTACTACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TATATGAATCA-AAACAATTATTTTA-TACAAAACAAAAGG
* * * * **
214911 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAACATGATTATTTGAACTTTTTTGGTAAACA
63 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * ** * *
214976 AATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
215041 TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATATGAACT-ATTT
192 TCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AA-TGATTT
* * * * *
215104 GAAATA-A-AAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAGC--GTACT--CAGTAAC-GAATTTATT
255 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGT-TTGGCA--AACAG-A-TTATT
*
215162 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAG
315 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAG
* * * ** *
215206 TATT-TATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGAT-AGAAACAATTGGTCTA-ACCGCAAAACAAAA
1 TATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTATA---CAAAACAAAA
* * * * *
215268 GGTCATAACTATTTGAAATAGATGATTGTTTAAATTA-GTTAAACTATTTGAA-T-GTGTT--CA
61 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TACCTT-AACTATTTGAACTGGT-TTGGTA
* * * * * *
215328 AA-AAAATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTTAATAAATT--TAATTAT
123 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGT-ATTAT
* ** * * *
215389 TTAATTTGGAATAAGCCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAA
186 TTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTTATAA
** * * * ** *
215454 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCA
249 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATT-A
* ** *
215519 TTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA
313 --TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
** * ** * * *
215568 TGA-TATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
1 T-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCAAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
215632 TATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA-GTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATA
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCTTA--ACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * * * * *
215696 TATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
215760 CCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAAGTCT-TAATGATTTG
192 TCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAATGATTTG
* * ** ** *
215824 AAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACA-ATTTTTTTTT
256 AAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTTT
* *
215887 TAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATT--
318 TAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTGAAATATT-ATAAATTAG
* * * * * *
215927 TATGTAATTTT-CTTTGAAATAAGCTTTTATGAAT-AGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TAT-T-ATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAATCAAAACA-ATTATTTTAT-ACAAAACAAAA
* * * * * * * * * ***
215990 GGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAA
61 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA
* * * * * * **
216055 TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACGTTA
125 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
216120 -TTCAAATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAGCAAAAGGTCATTATGATTT
190 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
* * ** * * * *
216184 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACTAGTCAGGCCAATAGTTTCATTCTT
255 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTGGTTTGGCAAACAGATT-ATTTTT
* * *
216248 TAAATTTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAG
318 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATT-ATAAATTAG
* * *** * * * * *
216290 CATTACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAA-CAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTATATGAATCAAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** * ** *
216353 CGTGATGATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGTAAAC-G
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* * * *
216417 TATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCA-AATATTAATAAATTATTATTATTTCTAT
128 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TAT
* * * * * * * *
216480 TCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATGA-TTG
191 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * * *
216543 AAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAATTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTCTTA
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA-GATTATTTTTTA
* *
216608 AA--TC-T-CTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTG
320 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
* * * * * ***
216644 TTTTATTTTATTTTGAATATGC-TACTAAGAA-CTAAAA-AATTGTTTTATTTCAAATA-AACTT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAATC-AAAACAATTATTTTA-TACAAA-ACAAAAG
* * * ** * * ** * * * ***
216705 GT-AT---GAATAGAAACA-ATTGTTTTGTGACAAACAAAAGATCACGCTA-TTGAAATAAAAAT
62 GTCATAACGATTTGAAATAGA-T-AATTGT-TC--A-AATACCTTA-ACTATTTGAACT--GGTT
* * * ** * ** * ** * *
216764 TGCTCAACAGTCCATAACTATCTGAGCTT-ACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTTTTA
118 TGGTAAACAG---AT--TTAT-T--TTTTAAATCTCT-TACTTA-TTAATTTTTAGAA--TATTA
* * * * * * * ** * *
216827 CTTATGAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGGATA
171 ---AT-AA-ATTAGTATTATT--TTATTTCAA-ATAAGCTTGTAT-G---AA-------T--A-A
* ** * * * **
216891 GAAACAATTGGTTTACCACAAAATAAAAGGTCATCACT-ATTTGAAATAGATGGTTGTTCAAATA
214 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * ** * *
216955 GTTAAAACTATTTGAA-T-GTGTTCG-AAAAAAATTAAGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTT
277 GTCATAATTATTTGAACTGGT-TTGGCAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*
217016 TGGAATATTAATAAATT--
341 TGAAATATT-ATAAATTAG
** *
217033 TAATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
1 T-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGG
* * * * * ** **
217097 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA
63 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * * * *
217162 GATTCATTTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTTT
127 GATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTT
* ** * * ** * * * **
217226 ATTCCGGATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATT
189 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * *
217291 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGG
254 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TC-A--T--AA----T-T-A---TTTGAACTGGTTTGG
* * * * * * *
217356 TAAATATATT-TATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTTA-
302 CAAACAGATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAA-TTAG
* *** * * ** * * * * *
217414 TATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAAGTC
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCAAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
217479 TTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACA
65 ATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT--ACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * * * *
217543 -ATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTA-AATATTAATAAATTTGTGTAATTTTA
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** **
217605 TTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGGATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATT
190 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * **** *
217669 TAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTT
254 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATT-ATTTTT
* * *
217734 TAAATCTCTTACTTATTGA-TTTTCAGAATATTAATAAAATAG
318 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT-ATAAATTAG
* *** ** * * * *
217776 AATTACGATA-TTCAAATAAGCTTATACGAAT-AGAAACAATTATTTTGTGATAAAGCAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** ** *
217839 CATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACTAGTCAGGCCAATA
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGA-ACTGGTTTGGTAAACA
* * * * * * * *
217903 G-TTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
127 GATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
217967 TCCAAATTAGAC-TATATGAAT-AGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAATGATTT
191 TTCAAATAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
* * * * * * * *
218030 GAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACT-GTTTAGTAAACATATT-TATTTTT
255 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTAT-TTTTT
* * ** *
218093 AAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAT
319 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
*** * * * * *
218134 TATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATC-AAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
218198 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACAT
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* * * * *
218263 AATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-T
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * *
218326 TCTAAATATGCTACTAAGAACTAAAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
192 TC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
** * ** * ** * * ** * *
218390 GAAATA-A-AAAAGTTCATATACCCTTAACCATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT
255 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTTTT
* * **
218453 AAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTGCATTAG
319 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA-TAAATTAG
* * * * * * * *
218494 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * ** *
218558 TATTACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATT--CTATTTTAACTAGTTCAGTAAATA
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA--CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * *
218621 GATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTA
127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-AATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
218684 TTTTGAAGAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GTTCATAACGAT
190 TTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGAT
* * * ** ** *
218747 TGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTT
253 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTT
* * * * *
218812 TTAAATCTCTAACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAA
317 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
* * * ** *** * * * **
218855 TATTATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATTGTTGTTTTATGATAAAATAAAATAT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ATCAAAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** *** *
218919 CATAACAATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATA-
64 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-CCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* ** * * *
218983 A-CT-TTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATTTTAATAAATTAGTATTATTATATT
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * * * * * **
219045 TCGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTG
192 TCAAATAAGCT-TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * * * **** * *
219109 GAATAGATAATCGTTCTAACAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAAAAAATACATT-TATTTTTA
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTAT-TTTTTA
** * *
219173 AA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGG
320 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTATAAATTAG
* * * ** * *
219208 TGTTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTAT-ACAAAACAAAAGGT
** * * * * *
219272 CATAACGATTTGAAATTA-ATAACAGTCCAAATGGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
64 CATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAAT--ACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC
* * *
219335 AGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTAT
126 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
219400 TCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTG
191 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * * * *
219465 AAATATATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTATTTA
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGA-TTATTTTTTA
* *
219530 AATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAG
320 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
*** * ** * **
219570 TATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGGTTTATGCAAAACAAATTGTC
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTATACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
219633 ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATATCATAACTATTTAAAC-GTGTTCAG-AAACATA
65 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCTTAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAACAGA
* *
219696 TTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAA-TTTTAGAAT-TTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TT
129 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
219756 CTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGATAAAAACAAATGGTCATAATGTTTTA
193 C-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * * *
219821 AAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAAGAAATTCATTTTTTT
256 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATT-A-TTTTTT
* * * * *
219886 AATTCTCTCACTCATTAATTTTT-AGTATGTTAATAAATTAG
319 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT-ATAAATTAG
* ** * * *
219927 AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAAT-AGAAACAATTGTTTTATACAAAACAGAAGGTC
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCA-AAACAATTATTTTATACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
219991 ACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA-GTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC--
65 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCTTA--ACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG
* * * * * * * *
220053 ATAT-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
220117 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAA
193 CAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
220165 AGTCATAACA
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Consensus pattern (358 bp):
TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCAAAACAATTATTTTATACAAAACAAAAGGTCA
TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAG
Found at i:211078 original size:354 final size:350
Alignment explanation
Indices: 210295--211001 Score: 827
Period size: 350 Copynumber: 2.0 Consensus size: 350
210285 TTATTTGAAA
* * * *
210295 TGATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 TGATTC-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
210360 TGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG--AAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAA
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* * ** *
210423 GGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTGAACTACTTCGGCAAA
128 GGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCAGAAATATTTGAACTACTTCGGCAAA
* * * * * * *
210488 CAGATTTATTTATTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT
193 CAAATTCACTTATTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGAAATATTATAAAATTAATATTATTTT
* * * * *
210553 ATTTCGAATAAGCATATGTGAACTGAAACAATTATTTTATAGTAGAACAAAAGATTATGACGATT
258 ATTTCAAATAAGCATATGTGAACTGAAACAATTATTTTATAGCAAAACAAAAGATCATAACGATT
* **
210618 TGAAATAGGTAATTATTCAAATAGGAAT
323 TGAAATAGATAATTATTCAAATAAAAAT
* *
210646 TGGTTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
1 TGATTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTA
*
210711 GTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT
66 GTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * ** * * *
210776 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACA
131 CAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCAGAAATATTTGAACT-ACTTCGGCAAACA
*
210840 AATTCACTT-TTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGGAATATTATAAATTATTATTATTATTAT
195 AATTCACTTATTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGAAATATTATAAA--ATTA--A-TATTAT
* * *
210904 TTTATTTCAAATTAGC-TA-GTAAGAACTGAAACAATTATTTTAT-GACAAAATAAAAGGTCATA
255 TTTATTTCAAATAAGCATATGT--GAACTGAAACAATTATTTTATAG-CAAAACAAAAGATCATA
*
210966 ACGATTTGAAATTGATAATTA-TCAAATGATAAAAT
317 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-A-AAAAT
211001 T
1 T
211002 ATTGTTAACT
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
TGATTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
CAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCAGAAATATTTGAACTACTTCGGCAAACAA
ATTCACTTATTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGAAATATTATAAAATTAATATTATTTTATT
TCAAATAAGCATATGTGAACTGAAACAATTATTTTATAGCAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
AATAGATAATTATTCAAATAAAAAT
Found at i:214002 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 212995--220178 Score: 3790
Period size: 180 Copynumber: 39.7 Consensus size: 180
212985 CAAATAGTTA
* * ** ** * * *
212995 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATAGTCAAAATATTATTAGATTACTATTATT
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* * * *
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66 TTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAAC
* * * * * * *
213123 AAATTGAAATATATAATTGTTCAAAGAGTTATAATTATTTAAAC-TGATTC-GAT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-T
* * * * *
213176 AAGTA-ATA-TTGTTTTTTAAATCTC-TA--TA--AAATTTTGAAATACTAATAAATTAATTTTA
1 AA--ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
213234 TTTAATTACGAGTAAACTTGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAA
* * * **
213298 CAATTTGAAATA-ATAAAAAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTGAAC-TGTTTCAAG-
127 CGATTTGAAATAGAT----AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-AGT
* * * * * * *
213355 AAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTT-AGAATGTTATTAATTTAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
213418 TTTATTTCGAATAAATTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAATA-AAAAGTT-ATAA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAGTTCATAA
** * * * * *
213481 TAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTTATTCAGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * *
213535 AAACAGATTTATTTTTTGAATCTC--A--TACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * *
213596 TTTTTTCAAATAAACTTGTGTG-TTCAAAA-ATTATTGTTTTATGACACAATGACAAGTAC-TAA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACA--ATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGTTCATAA
* * ** * * * * * * * **
213658 CAATTTTATTTCAAATAA--GCTTGC--AT-GTTGAAAACCATTT---TTTTTATGACA
127 CGATTTGAAAT-AGATAATTG-TT-CAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGT-TCAGT
* * ** * *** * * * * ** * * *
213709 AAACGAAAGGTAATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTTAAATATCCATA-ATTAATAAAGTAC
1 AAAC---A--TATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*** * * *
213772 TATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
59 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
* * * *
213837 ATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGT
123 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* *
213895 AAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
213959 TTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAG-TCAAAAT
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * * *
214022 GATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTCGGC
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGT
* ** ** *
214075 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTTTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
214140 TT-TACTCGAATCAGCTTATATG-ATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAC
66 TTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * *
214202 GATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAA-TTGCTTCAG-
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGT
* ** * *
214254 AAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 AAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
214318 TTTTATTT-TGATAAGTTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTT-AAAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAA
* * * ** * * *
214381 CAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATGTAATTGAAATTGTTTAGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * *
214435 AAACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTAT
1 AAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
214499 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAGGTT-AGAATA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
* ** * *
214563 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTAGTT-TG-
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
*
214613 ACAAGCATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATCAAATTAGTAT
1 A-AA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTAT
* * * * * * * * *
214676 CATTTTA-ATCAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATT
62 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* ** * *
214739 ACAATTTGCGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGT
126 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * ** * * *
214794 AAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * *
214855 TTATTTTGAATAA-TTCTGTATGTATAGAAACAATTCTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAAC
66 TTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATA-AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * **
214918 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGATTATTTGAACTTTTTTGGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * *** *
214971 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAATAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
215036 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT-ATGAACT
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT-AACG
* * * * **
215100 ATTTGAAATA-A-AAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCGTACTCAGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
*
215150 -AACGA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATT-T
1 AAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
215211 ATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTCTAACCG-CAAAACAAAAGGTCATA
65 -TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATT-GTTTTA-TGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * *
215275 ACTATTTGAAATAGATGATTGTTTAAATTAGTTA-AACTATTTGAA-TGTGTTCA--
126 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGT
* * * * *
215328 AAA-A-AATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTTAATAAATT--TAATTA
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGT-ATTA
* ** * *
215388 TTTAATTTGGAATAAGCCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAACAAAACAAAAGGTT-AT
64 TTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAA-GTTCAT
* *
215452 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
125 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * ** *
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* * * * * * *
215572 ATTTTATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT-ATA
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATA
* * * * * * * **
215636 ATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGT
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
215819 ATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATT-TGAT
129 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T
* * *
215872 AAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATT--TATGT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-T
* * * * * *
215932 AATTTTCTTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-AT
63 -ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCAT
* * * * * *
215996 AGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAAT
125 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * *
216052 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGA-TTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTAC
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
216116 GTTA-TTCAAATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAGCAAAAGGTCATTATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
* *
216180 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACTAG-TCAGG
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGT
** * * * * *
216231 CCA-ATAGTTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATT
1 AAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * * *
216294 ACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCGTGA
63 ATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * * * * ** *
216358 TGATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * *
216412 AAACGTATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
216475 TCTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATG
66 T-TATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
* * * * *
216539 A-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAA-TTGGTT-AGGC
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA-GT
* * * * * *
216590 AAACATAATTGTTTCTTAAA--TC-T-CTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * ** * ** * * * *
216651 TTATTTTGAATATGCTACTAAGAACTAAAA-AATTGTTTTATTTC-AAA-TAAACTT-GT-ATGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGA
* * * ** * * ** * * * **
216711 ATAGAAACA-ATTGTTTTGTGACAAACAAAAGATCA-CGCTATTGAAATAAAAATTGCTCAAC
130 TTTGAAATAGA-T-AATTGT-TC--A-AATAG-TCATAACTATT----T-GAACTTGTTCAGT
** ** ** * ** * ** * * * * * *
216772 AGTCCATAACTATCTGAGCTT-ACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT--TTACTTATGA
1 A-AACATATTTAT-T--TTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GT
* * * * * *** * * *
216834 ATT-TTTGGAATATT--AATAA-ATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGGATAGAAA
60 ATTATTT--TAT-TTCAAATAAGCTT-GTATGA--ATAAAAC-AAT-TG-TTTTAT-GACA-AAA
** * * * * * * * *
216895 CAATTGGTTTACCACAAAATAAAAGGTCATCACTATTTGAAATAGATGGTTGTTCAAATAGTTAA
114 CAA-AAG-TT----C---AT-AACGAT-TTGA--A-AT-AGATA-A---TTGTTCAAATAGTCAT
216960 AACTATTTGAA-TGTGTTC-G-
160 AACTATTTGAACT-TGTTCAGT
* * ** * * *
216979 AAA-AAAATTAAGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTAT
*
217040 TTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAA
65 TTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAA
* * *
217103 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * ** *
217157 AAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-T
1 AAACATATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* ** * * * * * *
217221 ATTTTATTCCGGATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * * * **
217286 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT--TATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAA-C--T-TG-TTCAGT
* * * * *
217344 AAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAA
1 AAAC-------AT-ATT-TA-TT-TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * *
217409 ATTTA-TATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAA
54 A-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CA
* * * * *
217473 AAAG-TCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATT-T
116 AAAGTTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCA
217535 GAT
179 G-T
* * * * * *
217538 AAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTGTAA
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
217600 TTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGGATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAG
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAA
* * * * *
217664 CGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAAT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * *
217718 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGA-TTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTAC
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * * * *
217782 GATA-TTCAAATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAGCAAAAGGTCATTATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
* *
217846 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACTAG-TCAGG
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGT
** * * * * *
217897 CCA-ATAGTTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATT
1 AAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
217960 ACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAATAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTT-GTA
63 ATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATA
* * * * * *
218023 ATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAAC-TGTTTAGT
126 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * ** *
218077 AAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
218141 TTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGA
* * * * * *
218206 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTT-AGGC
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GT
* * * * *
218257 AAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * *
218322 TTA-TTCTAAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTT-ATAAT
66 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAAC
** * ** * * * *
218385 GATTTGAAATA-A-AAAAGTTCATATACCCTTAACCATTTAAACTAGTTCAGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * **
218436 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * *
218500 TTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAAGGTT-ATTAC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAAC
* * * * *
218564 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT-TCTATTTTAACTAGTTCAGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * *
218616 AAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
218680 TTTATTTTGAAGAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGTTCATAAC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * *
218744 GATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGA-T
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGT
* * * * *
218797 AAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 AAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *** * *
218861 TTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATTGTTGTTTTATGATAAAATAAAA-TATCATAA
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* * * * * *
218924 CAATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
** ** * * *
218978 -AA-ATAACT-TTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * *
219040 ATATTTCGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAACA
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* * * * * * **
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* * ** * * *
219156 AAATACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** *
219215 TTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAAC
66 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
** * * * * *
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* * * *
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1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
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* * * * *
219460 ATTTGAAATATATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGT
* * * *
219512 AAACAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
219576 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATG-CAAAAC-AAATTGTCATAACA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACG
* * *
219639 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTAAACGTGTTCAG-
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * *
219689 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTAG-AAT-TTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * *
219750 TTTA-TTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGATAAAAACAAATGGTCATAA
65 TTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGTTCATAA
* * * * * * * ** *
219814 TGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGC
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * * *
219868 AAAGAAATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTT-AGTATGTTAATAAATTAGAATTA
1 AAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
219932 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATAGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAGAAGGTCACAAT
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * *
219996 GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * ** *
220049 AAACATA--T-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
220111 TTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAACA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACG
220175 ATTT
129 ATTT
220179 TGTTGGCAGA
Statistics
Matches: 5365, Mismatches: 1244, Indels: 791
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.00
172 8 0.00
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187 10 0.00
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189 10 0.00
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199 7 0.00
200 12 0.00
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217 1 0.00
218 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
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TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
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Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 177
217373 AAATCTTTTA
* * *
217383 CTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGA
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* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * ** * * * * * ** *
217624 AATAGGATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTA
60 AACA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCA
* * * * * *
217688 AATAGTCATAATTATTTGTACTT-GTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT
124 AATA-TCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TC-T
* * * * *** * * *
217744 ACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACGATATT-CAAATAAGCTTATACGAATA
1 -CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * **
217808 GAAACAATTATTTTGTGATAAAGCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATA-
* * * *** * * *
217873 TCATAACTATTT-ACACTAG-TCAGGCCAATAG-TTTCATTCTTTAAATTTGTT
128 TCATAACTATTTGAAATTGGTTCA-AAAAACAGATTT-ATTTTTTAAA-TT-CT
* * * * * *
217924 ACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAAT
1 -CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAAC
* * ** * * * **
217988 AG-AATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAAT
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAAT
* * * * ** *
218051 AGTTATAACTAATTG-AACT-GTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTT
127 A-TCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTC-T
* * * * *
218102 ACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
1 -CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
218167 AAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-CAGTTCAAAT-
* * * ** * * *
218231 ATCATAATTGTTTG-AACTGGTT-AGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTT
127 ATCATAACTATTTGAAATTGGTTCA-AAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TC-T
* * * * * ** *
218283 ACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATATGCTACTAAGAACT
1 -CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * * * * * *
218348 A-AAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AAAAGTTCATATA
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATA
* * * * * ** *
218410 CCCTTAACCATTT-AAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
128 -TCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TC-T
* * * ** *** * * *
218462 AGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATA
1 -CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * * * **
218527 GAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAAGGTTATTACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATA-
* * * * ** * * *
218592 TCAT-TCTATTT-TAACTAGTTCAGTAAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTT
128 TCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TC-T
* * *** * * **
218642 ACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAAGAGGCTTGTATGATG
1 -CTTATTAA-TTTTAAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * **
218706 AAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GTTCATAACGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAAT
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAAT
** * * ** ** * *
218770 GGCCATAATTATTTG-AACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCT
127 -ATCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCT
* * * * * *** * *
218822 AACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATA
1 --CTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-A
** *** * * * * * * * ** *
218886 TTGAAATTGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAAC
62 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAAT
* * * * * **
218951 AGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAATAAATA-A-CT-TTTTAAAAATTTCTT
127 A-TCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTC-T
* * * * * * *
219001 ACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATAAG-TATGTACGAAT
1 -CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAAC
* * * * * * * *
219065 TGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAA-GATCAAAACAATTTGGAATAGATAATC-GTTCTAA
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA-CAGTTCAAA
* * * *
219128 CAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAAAAAATACATTTA-TTTTTAAA-TC-
126 TA-TCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTCT
* * * * ** *
219177 CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAG
*
219242 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATTA-ATAACAGTCCAAATGG
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAACAGTTCAAAT--
* * ***
219306 A-CATGACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
127 ATCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCT
* * * * *
219356 AACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT
1 --CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
219421 AGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAA-GATCATAACGATTTGAAATATATAACTA-TTCAAA
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAAC-AGTTCAAA
* * *** * *
219484 TAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAGATTTATTATTTAAATCTTTT
126 T-ATCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTCT
219538 ACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 -CTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
** * * * **
219602 GAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAATTGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAT
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATAT
* * * *
219666 CATAACTATTT-AAA-CGTGTTC-AGAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTT
129 CATAACTATTTGAAATTG-GTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTCT
* * *
219715 CTTATTAATTTTAGAAT-TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACA-
1 CTTATTAATTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * *
219777 AAACCAATTATTTTATGATAAAA-ACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTA-TTTAGA
65 AAA-CAATTATTTTATGACAAAACA-AAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA-CAGTTCAAA
* * * * * *
219840 TAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGC-AAAGA-A-ATTCATTTTTTTAATTCT
126 TA-TCATAACTATTTGAAATTGGTT--CAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTCT
** * * * * *
219892 CTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTA
1 CT---T-ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
219957 ATAGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAA
61 ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-CAGTTCAA
* * * * *** * * *
220020 ATAGTTATGATTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC--ATAT-TTTTTTAAGTCTTTT
125 ATA-TCATAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAA--ATTCT
* * *
220072 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAAC
1 -CTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
220136 AAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTT
220179 TGTTGGCAGA
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 21 0.01
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185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
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CTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATATCA
TAACTATTTGAAATTGGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTCT
Found at i:220437 original size:27 final size:27
Alignment explanation
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Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
220385 TATAACTATT
* *
220395 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
*
220422 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
220449 TGA
1 TGA
220452 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 27 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (27 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
Found at i:220623 original size:164 final size:166
Alignment explanation
Indices: 220448--220757 Score: 392
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
220438 TCAAATTGTT
* * * * **** ***
220448 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTTTTCAATTCATGCTTGCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATACATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAA
* *
220512 AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTC-ATTTACCT
66 AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCG
*
220575 AACCAGTTCTAATAATTATGACCATTTTAAAATCATA
130 AACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTTAAAATCATA
*
220612 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAGTACATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATACATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAA
* * * ** *
220677 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAGAAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGA
66 AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGA
*
220742 ATCAGTTCAAATAATT
131 ACCAGTTCAAATAATT
220758 GTGGCCATCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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165 76 0.63
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
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ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATACATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAA
AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGA
ACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTTAAAATCATA
Found at i:221041 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 220612--223379 Score: 1826
Period size: 180 Copynumber: 15.5 Consensus size: 181
220602 TAAAATCATA
* * * ***
220612 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTC-AGTACATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** ** *
220676 ATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAGA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATC
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * *
220921 -AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTT
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* ** * * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
221152 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * *
221216 ATATTAAATTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTT--AAAATATATATGTTTACCA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCA
* * * * * *
221275 AA-ACAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCCAATCGTT
130 AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * * * *
221327 ATAACCAATAT-TTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * *
221391 ATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTAATG-GATTTTAAAAATGAATATG-TTGG
65 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAG
** * * * * * * *
221453 CCTGACCAGTGCAAA-CGTTATAATTGTTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTT
128 -CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * ** **
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1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * **
221572 TTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAACTAAATCTATTTATTAA
66 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAA
* * * ** * *
221637 ACAAGTACAAACAGTTATGATTATTTGACCAATTACCTATTTCAAATTGCT
131 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * *
221688 AT-AGCCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAAT
1 ATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * * *
221751 AATACAAATTTATTAATA-TTCAGACAATGAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTAC
64 AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAG
* * * * * * * * *
221815 CGAATAAATTCAAAAAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAA---TT
128 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * *
221866 -TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATA
* * ** * * * * ***
221929 ATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTATTG
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCA
* * * *
221993 ACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AATTGTT
130 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * ** * *
222044 ATGACCTCTTGTTTCATCATAAAAACAATTATATC-AGCCCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
222108 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGC
* * * * * * *
222172 AAAC-AGTTTAAATAGTTATAACTATAT-AACAATTTTTTTTATTCCAAATTG-T
129 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA--TTATCTATTTCAAATTGTT
** * ** * *
222224 ATGATATTTTGTTTTGA--ATAAAATAATTGCTTCT-GTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
*
222286 ATA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTCT-AAAAATAAATATGTTT-
65 ATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * **
222345 TCTGAGCACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATAATTATCTATTT-AAATAATT
127 GC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * *
222401 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TCATACAAGCGTA-TTCAAA-ACAAT-A
1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * *
222462 TACTAGTTTATT-ATATTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGGTT-GCC
66 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAG-C
* * * * * *
222523 GAACAAGTTC-AATAGCTATGCCTGTTTGAACAATTAT-TGATTTCAAATAGTT
129 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTT
** * * *
222575 ATGATGTTTTGTTTTATCGT-AAAC-ATTATTTCTATT-ATTGCAAG-TGTA-TTCAGAATAAAA
1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCA-TACAAGCT-TATTTGA-AATAAAA
* * *
222635 TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAGGT-AGAAGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTA
63 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * *
222698 CCGAACAAGTTCACATAGTCATGTC-A-TCGAAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
127 GCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * ** ** *
222752 ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAGTAA
1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
222817 TACT-ATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-A-TAAGAGATTTAAAAACTACATCTGTTTACCGA
66 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGC-A
* * * * * * * * * *
222876 TATAATTTAAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTT
130 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * *
222928 GTGA--TATTTATTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAAT
1 ATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
** * * * * *
222990 AATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAG---CA-CTTTGAAAAATAAATGTGTTT-GC
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGC
* * ** *
223050 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATT
129 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * **
223104 TTGACATTTTG-TTTAGTAATAAAACAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
223167 AATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
64 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAG
* * * *
223231 CAAACAAG-TCAAATAGATT-TAACTATTTGATTAACTATCTATTT-AAAGTCGTT
128 CAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTT
* * * *
223284 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
*
223348 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
223380 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 2000, Mismatches: 464, Indels: 247
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 11 0.01
173 36 0.02
174 83 0.04
175 226 0.11
176 214 0.11
177 304 0.15
178 116 0.06
179 227 0.11
180 468 0.23
181 310 0.16
182 4 0.00
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
Found at i:222398 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 222370--222402 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
222360 ATAGTTATAA
222370 CTATTTGAAATAATTAT
1 CTATTTGAAATAATTAT
222387 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTGAAATAATTAT
222403 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.62
17 6 0.38
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTGAAATAATTAT
Found at i:223817 original size:489 final size:490
Alignment explanation
Indices: 222898--223868 Score: 1231
Period size: 489 Copynumber: 2.0 Consensus size: 490
222888 TAATTATTAA
* * * *
222898 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATATTTATTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTT
1 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT
* * * *
222963 TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCAC
66 TTCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAAAACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCAC
* * * *
223028 TTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
131 TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
* * * *
223093 TTCAAATTATTTTGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCA
196 TTCAAATTATTCTAACATTTTGTTCAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
223158 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
261 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTGAAAAAATAAAT
* ** * *
223223 CTATTTATCAAACAAGTCAAATAGATTTAACTATTTGATTAACTATCTATTTAAAGTCGTTATGA
326 CTATTTATCAAACAAGTCAAAAAGATTTAACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * *** *
223288 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT
391 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACT
223353 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
456 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
* *
223388 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT-GATTATGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCG-TTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
** * * * *
223451 TTATCATAAAAGCTTATTTGGA-CAAAAAAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTGAG-
65 TT-TCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAAAACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGC
* *
223514 A-TTTAAAAAAATATATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
129 ACTTT-AAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATC
* * ** * * *
223578 TATTTCAAATTGTTCTAACCTTTT-TTCAGTCCTATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
193 TATTTCAAATTATTCTAACATTTTGTTCAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
223642 TTAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATGCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATCTGAAAAGAT
258 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAAAATTAATAAGCAAAAGAT-TGAAAAAAT
* * * * *
223707 AAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAAAAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAAT
322 AAATCTATTTATC-AAACAAG-TCAAAAAGATT-TAACTATTTGAACAACTATCT-ATTTAAAAT
* * *
223769 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAA
383 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAGAAA
* *
223834 ATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATA
448 ATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
223869 AGTAAGAGAT
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 64, Indels: 17
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
487 84 0.21
488 99 0.24
489 156 0.38
490 70 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (490 bp):
TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT
TTCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAAAAAAACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCAC
TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAT
TTCAAATTATTCTAACATTTTGTTCAGTAATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTGAAAAAATAAAT
CTATTTATCAAACAAGTCAAAAAGATTTAACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACT
ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTTATGAC
Found at i:224245 original size:359 final size:357
Alignment explanation
Indices: 223376--224573 Score: 930
Period size: 359 Copynumber: 3.4 Consensus size: 357
223366 TTCAAAAATT
* * * * * * * * *
223376 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATGATTATGATA-TTTGTTTTCTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
* * ** * *
223440 ACAATTGTTTT-TTATCATAAAAGCTTATTTGGACAA-AAAA-AA-ACTAATTTAATAATATTTC
66 AAAATTGTTTTAGT-TCATAAAAGCTTA--TCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTC
* * * * * * *
223501 -AAA---AATTAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGT-ATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
128 AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTAA
* * * * * * * * * * *
223559 GACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACC-TTT-TTTCAGTCCTATAATAATTG
191 GACCATAT-GAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTA
* * * * * * ***
223621 TTTCAATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATGCCAAAAATTAA
254 TTTCAA-CCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAA
* * * *
223685 TAAGCAAGAGATCTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
317 T----AAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * * *
223731 AAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAATAA
* * * *
223795 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAA
65 AAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAA
** * * * * *
223860 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGGC
130 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAA-TTCAAACAATTAAGAC
* * * * *
223924 CATTTGAACAACTATCTGTTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT
194 CATATGAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA--TTT
* * * * * *
223989 CAA-CATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
257 CAACCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGA
224053 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
322 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* **
224089 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAAT-AA
* **** * *
224154 AAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTG
65 AAAAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTTC
* *
224218 AAAA-TTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCCGAACCAATTCAAACAGTTAAG
128 AAAAGTTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTAAG
* * * *
224281 ACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
192 ACCATATGAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
* * * * * *
224346 CAACTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAC
257 CAAC-CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * *
224411 AGATTTAAAAAATAATTCTATTTATTAAACCAGTTCA
321 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* ** * * * * * * *
224448 AATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATCACTTTTTTATTTTGTCAT-A
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-ATTTTGTTCTATAATAA
* * * * * * ** * *
224512 AACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 AAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATTT
224574 ATCAAACCAA
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 129, Indels: 58
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.01
355 43 0.06
356 41 0.06
357 27 0.04
358 133 0.19
359 273 0.40
360 21 0.03
361 8 0.01
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363 67 0.10
364 5 0.01
365 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
AAAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAA
AGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAACCAATTCAAACAATTAAGACCA
TATGAACAACTATCTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAAC
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:224574 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 223376--224574 Score: 946
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 180
223366 TTCAAAAATT
* * * * * *
223376 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAA-TGATTATGA--TATTTGTTTTCTCATA
1 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* *
223438 AAACAATTGTTTTT-TATCATAAAAGCTTATTTGGACAA-AAAA-AA-ACTAATTTAATAATATT
64 AAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTT-GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * **
223499 TCAAAAA-T-TAGT--GAGATTTAAAAAA-ATATATGTATTTGCCAAACCAGTTCA
126 TAAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCTATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * ** * *
223550 AATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTT-TTCAGTCCTAT
1 AATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * ***
223613 AATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATGCCA
65 AACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * * * *
223677 AAAATTAATAAGCAAGAGATCTGAAAAGATAAATT-TGTTTACTGAACAAGTTCA
129 AAAATT-AT-AGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
* * **
223731 AA-AAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AATAA-TTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *** * * * *
223794 AAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTC
64 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* ** **
223858 AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-GGTTTACTGAATAAGTTCA
128 AAAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
** * * * * * *
223912 AATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
223977 ACAATTATTTTTCA-ACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
*
224041 AAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTGAACCAGTTCA
130 AAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * * * *
224089 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
* * * * **
224154 AAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGA
65 AACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * *
224219 AAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTGCCGAACCAATTCA
130 AAATT-ATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * *
224271 AACAGTTA-AGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * * * *
224335 AACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAA
65 AACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * *
224400 AAATT-TA-TAACAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTATTAAACCAGTTCA
130 AAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
* * ** * * *
224448 AATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATCACTTTTTTATTTTGTCAT-A
1 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
224512 AACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
65 AACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
224575 TCAAACCAAT
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 170, Indels: 73
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 3 0.00
174 67 0.08
175 26 0.03
176 8 0.01
177 202 0.25
178 75 0.09
179 5 0.01
180 4 0.00
181 249 0.30
182 168 0.21
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:224863 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 224648--224867 Score: 307
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
224638 TGGTTCTGTT
* * ** **
224648 ATAAAACAATAGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATACCAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATAGTTTATGTTTATACAAGCTCATTCAGATTAAAAAAATACCAATTTATTAATATT
*
224713 TCAACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATC
66 TCAACAATGAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATC
* * **
224768 ATAAAATAATTGTTTATGTTTATACAAGCTCATTCAGATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATAGTTTATGTTTATACAAGCTCATTCAGATTAAAAAAATACCAATTTATTAATATT
* *
224833 TCAACAAAT-AATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
66 TCAAC-AATGAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
224868 CATGTTTATT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 13, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
120 83 0.97
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (120 bp):
ATAAAACAATAGTTTATGTTTATACAAGCTCATTCAGATTAAAAAAATACCAATTTATTAATATT
TCAACAATGAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATC
Found at i:225278 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 224813--227049 Score: 816
Period size: 181 Copynumber: 12.6 Consensus size: 179
224803 AGATTAAAAA
* * * *
224813 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTAT
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
224877 TGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTG
64 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTG
*
224942 TTTTGTAATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAT
129 TTTTGTAATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAT
* * * * *
224993 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTAAAAAATTAATCTATTTAT
1 AATACTAAATTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * *
225057 CGAACATGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATTGTTTT
64 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACT-TTTT
* * *
225121 G-TTTGTCAT-AAA-CATTGGTTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTCGAAATAAAATT
128 GTTTTGTAATAAAAGAATT-GTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAAT-AAA-T
* *
225174 AATGA-TAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAGAATAAATATGTTT-T
1 AAT-ACT-AAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * ***
225237 TGAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTT-TGAGC-TTTT
64 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTT
* * ** * *
225300 GTTTCGTCATAAATCAATTGTTTCT-GTTCATAGAAGTTTATTTGGAAA-AAAT
128 GTTTTGTAATAAAAGAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAT
* * * * * * *
225352 GATACTAATTTATTAA-AATTC-CAAATT-ATAAAT-AATA-TTAAAAAGTAAACTA---TTATT
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTATT
* * * ** *
225409 -AGCA---TC--A-A---AT---TATTT-CA-AATTATTTATTTC-AATTATTTTGACTTTTGT-
65 GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTT-TG
* ** * *
225457 TGTTGGTCGT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-TTTAATTTGAAATAAAATT
129 T-TTTGTAATAAAAGAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTT-ATTTGAAAT-AAA-T
* * * * * * *
225510 AATACTAATTTAATGAATA-TTCTAAAAA-TAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAAT-AATCTGTC
1 AATACTAAATT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T-AAAAATTT-AAAAAATAAATATGTT
* * * * ** * *
225572 TA-CGAACAATGTTTAAATAGTCATG-GTCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
61 TATTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACT
* * * * * * ** *
225635 TTTTATTTTATCATAAAATG-ATTGTTCT-CTTAATACAAAATTA-TTCAGAATAAAT
124 TTTTGTTTTGTAATAAAA-GAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAT
* * * *** * * * * * *
225690 ACTACTAATTTAACT-ATATTT---TTTTTACTTA-TAGAGATTTAAAGAATTAAATAT-ATTAT
1 AATACTAAATT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA-AAATAAATATGTTTAT
* * * * * * *
225749 CGAACCA-ATTCAAATACTTACTGACTA-TTGAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TAT
64 TGAA-CATGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTT
* **
225811 TTGTTTTGTAATTAAAACAATTGCTTTT-GTTCATAC-AGCTTATTCCAAAGTAAAAT
126 TTGTTTTGTAA-TAAAAGAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-T-AAAT
* *
225867 ATTACT-AATTAATAAT-TTTCAAAAA--AATATAG-AAAGAGATTT-AAAAAT-AATGA-GATT
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-ATG-TT
** ** * * * * * * *
225924 TACCG-ACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTTACCTT
61 TATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTT
* * * * * * * **
225988 TTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAAT
126 TTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAT
* * * * * * * *
226043 AATAGTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AA-AAAATAAATATGTTTA
** * * * * * * *
226107 TCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAAGTCCTTATGACCTT
63 TTGAACATGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACTTT
* * * * * **
226170 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAAT
126 TTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATACAAG-CTTATTTGAAAT-AAAT
** * * *
226225 AATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAACTAAAGT-TGTTT-T
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTAT
* * * * * *
226287 CTGAAC-TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTT
64 -TGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTT
* * * * ** *
226350 TGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTA-ACCATATAAGCTTATTTGGATAA-AAAT
127 TGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-GA-AATAAAT
* * * * * * * * * ****
226404 AAGACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGT--G-AAAGATTTTAAAAATAAATATATTTGCCA
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTG
* * * * * * * * *
226466 AACCA-GTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGT
66 AA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGT
* ** * * *
226530 TTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
130 TTTGTAATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAT
* * * * * * *
226581 AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTAC
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * *
226645 TAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACAATTTGAACAATTATCGATTT-AAAATCATTATGA-TCTTT
64 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACT-TTT
* * * * ** *
226708 TGTTTTGTCATAAAATGAATTATTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAAT
127 TGTTTTGTAATAAAA-GAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAT
* * *** * * * * * *
226763 ATTGCTGCTTTATTATTATTT-GAAAGTTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
1 AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAT
* * * ** * * * * *** * *
226826 TAAATAAGTTCAAATAACTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTTG
64 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTG
* * * **** **
226891 TTATGTACT-AAAGCAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
129 TTTTGTAATAAAAG-AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAT
* ** * ** *
226943 AATA-TTAATTACCAA-ATATTC-AAAATT-TTAA-TAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
1 AATACTAAATTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
**
227003 TT-AACA-AATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
63 TTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
227050 TTGTCTATAA
Statistics
Matches: 1566, Mismatches: 338, Indels: 310
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
155 14 0.01
156 43 0.03
157 11 0.01
158 16 0.01
159 7 0.00
160 2 0.00
161 9 0.01
162 1 0.00
164 3 0.00
165 5 0.00
166 6 0.00
167 6 0.00
168 1 0.00
170 5 0.00
171 3 0.00
172 9 0.01
173 9 0.01
174 35 0.02
175 75 0.05
176 191 0.12
177 166 0.11
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182 218 0.14
183 53 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTG
AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTT
TTGTAATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAT
Found at i:225444 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 225418--225446 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
225408 TAGCATCAAA
225418 TTATTTCAAATTAT
1 TTATTTCAAATTAT
225432 TTATTTC-AATTAT
1 TTATTTCAAATTAT
225445 TT
1 TT
225447 TGACTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.53
14 7 0.47
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (14 bp):
TTATTTCAAATTAT
Found at i:226175 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 225722--227299 Score: 924
Period size: 182 Copynumber: 8.8 Consensus size: 179
225712 TTTTACTTAT
* * * * *
225722 AGAGATTTAAAGAATTAAA-TATATTATCGAACCAA-TTCAAATACTTACTGACTA-TTGAAATA
1 AGAGATTTAAA-AAATAAATTAT-TTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTG-AACA
* * * * * *
225784 ATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTAATTAAAACAATTGCTTT-TGTTCATA
62 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCT-TTTATTTAGTCA-TAAAACAATT-ATTTCAGTTCATA
* * * * *
225846 C-AGCTTATTCCAAAGTAAAATATTACTAA-TTAATAATTTTCAAAAA--AATATAGAA
123 CAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATA-AGCA
* ** * * *
225901 AGAGATTT-AAAAAT-AATGAGATTTA-C-CGACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT
1 AGAGATTTAAAAAATAAAT--TATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
225962 TATCTATTTTAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGA
64 TATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* *
226027 TTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATGAGCA
128 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGCA
* *
226079 AGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAATA
1 AGAGATTT-AA-AAAATAAAT-TATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACA
* * * * *
226142 ATTATTTATTTAAAGTCCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATA-AA
62 ATTATCTATTTAAA-TCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA
*
226206 GTCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCA
126 G-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-TTTCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * *
226262 AGAAATTT-AAAACTAAAGTTGTTT-TCTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAAT
1 AGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * ** *
226325 ATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTT-CTCATAAAATAATTATTTCTA-ACCATATAAG
65 ATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAG
*** * * * *
226387 CTTATT-TGGATAAAAATAAGACTAATTTAATAA-TATTCCAACAATTAGT--G-A
127 CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACT-TT-CAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * * *
226438 A-AGATTTTAAAAATAAATATATTT-GCCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATT
1 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
226501 ATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
65 ATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCT
** *
226566 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGCA
129 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGCA
* * * * *
226617 AGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACAATTTGAACAAT
1 AGAGATTT-AAAAAATAAA-TTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
226681 TATCGATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTATTTTAGTTCACAAAAG
64 TATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAA-CAATTATTTCAGTTCATACAAG
* * * ** * * **
226746 CTTATTCAAAAGAAAATATTGCTGCTTTATTATTA-TTT-GAAAGTTAATAAGTT
127 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA--ACTTTCAAAAATTAATAAGCA
* * ** * * *
226799 AGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAACTATGGCCATTTGAACAACT
1 AGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
226863 ATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTT-GTTATGT-ACTAAAGCAATTATTTTTCA--ACATACA
65 ATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTA-GTCA-TAAAACAATTA--TTTCAGTTCATACA
* ** * * *
226924 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA-TTACCAAATATTC-AAAATT-TTAA-TA
125 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAATTAATAAGCA
* * * *
226976 AGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTTAACAA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 AGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
227039 ATCTATTTCAATTGTCTATAACATTTTAACTTCCTA-TAATAAAACAATTATTTCTA-TTCAGAC
65 ATCTATTTAAATCAT-TATGACCTTTT-A-TT--TAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAC
*
227102 AAGCTTATTCAAAAATAAAATAATACTAATTTAGCTAA-TGATTCAAAAATTAATTAA-CTA
124 AAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAACT--TTCAAAAATTAA-TAAGC-A
** * * * * * *
227162 AGAGATTTACCAAAT-AATCCATTTGTCAAAACAA-TTCCAAACAATTATGACTAATATGAACAA
1 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCTAAACAAGTT-CAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAA
* * ** * * *
227225 TTATTTATCTCAAATTTTTATGACCATTTGT-TTTA--CATAAAA-TATTACTT-AGCTCATACA
63 TTATCTAT-TTAAATCATTATGACC-TTT-TATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
227285 AGCTTATTCAAAATA
125 AGCTTATTCAAAATA
227300 GAGTAGAAAT
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 227, Indels: 166
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 16 0.01
176 180 0.17
177 133 0.12
178 30 0.03
179 107 0.10
180 121 0.11
181 183 0.17
182 195 0.18
183 39 0.04
184 8 0.01
185 10 0.01
186 20 0.02
187 15 0.01
188 21 0.02
189 9 0.01
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
AGAGATTTAAAAAATAAATTATTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA
TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGCA
Found at i:226986 original size:538 final size:539
Alignment explanation
Indices: 225934--227170 Score: 1222
Period size: 538 Copynumber: 2.3 Consensus size: 539
225924 TACCGACAAA
* * * *
225934 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCA
1 TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCA
* *
225999 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTC
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* *
226064 AAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATATATTT
131 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAAGATATTT
* * ** * * *
226129 GACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAGTCCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
196 GACAATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
* * *
226194 TCATTTCATAAAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
261 TCAGTTCAAAAAGTCTTATTCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** *
226259 GCAAGAAATTTAAAACTAAAGTTGTTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAA
326 GCAAGAAATTTAAAAATAAAGTAGTTTACTGAAATAGTTCAAATAACTATAACCATTTGAACAAA
* * * *
226324 TATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTAACCATATAAGCT
391 TATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTAACCATACAAGCT
*** *
226389 TATTTGGATAAAAATAAGACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTGAAAGATTTT-AAAAATA
456 TATTAAAATAAAAATAAGACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTAAAAGATTTTAAAAAATA
226453 AATATATTTGCCAAACCAG
521 AATATATTTGCCAAACCAG
* * *
226472 TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCC
1 TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCA
* * * * **
226537 TATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* * * *
226602 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAA-AATATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGT-T
131 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAAGA-TAT
* * *
226664 ATT-ACAATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAAT
194 -TTGACAATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-CAAT
* * * * ** * *
226728 TATTTTAGTTCACAAAAG-CTTATTCAAAAGAAAATATTGCTGCTTTATTATTATTT-GAAAGTT
257 TATTTCAGTTCA-AAAAGTCTTATTCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATT
** * **
226791 AATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAACTATGGCCATT
321 AATAAGCAAGAAATTT-AAAAATAAAGT-AGTTTACTGAAAT-AGTTCAAATAACTATAACCATT
* * * * ** * * * *
226854 TGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTATGT-ACTAAAGCAATTATTTTTCAA
383 TGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACC-TTTGTTATCTCA-TAAAACAATTATTTCT-AA
* * *
226918 -CATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATATTAA-TTACCA-AATATT-CAA-AATT-TTAATA
445 CCATACAAGCTTATT-AAAATAAAAATAAGACTAATTTA--ATAATATTCCAACAATTAGTAA-A
* * * ** *
226976 AGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTTAA-CAA
506 AGA-TTTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACCAG
* * * * * ** * *
227010 ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTGTCTATAACATTTTAACTTCCT
1 TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCAT-TCTAACCTTTT-A-TT--T
* * * *
227074 A-TAATAAAACAATTATTTCTA-TTCAGACAAGCTTATTCAAAAATAAAATAATACTAATTTAGC
61 AGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTA-T
*
227137 TAATGATTCAAAAATTAATTAA-CTAAGAGATTTA
123 TAA-CATTCAAAAATTAA-TAAGC-AAGAGATTTA
227171 CCAAATAATC
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 103, Indels: 49
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 3 0.01
537 110 0.19
538 295 0.52
539 72 0.13
540 7 0.01
541 28 0.05
542 24 0.04
543 3 0.01
544 14 0.02
545 12 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (539 bp):
TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCA
TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAAGATATTT
GACAATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
TCAGTTCAAAAAGTCTTATTCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
GCAAGAAATTTAAAAATAAAGTAGTTTACTGAAATAGTTCAAATAACTATAACCATTTGAACAAA
TATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTAACCATACAAGCT
TATTAAAATAAAAATAAGACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTAAAAGATTTTAAAAAATA
AATATATTTGCCAAACCAG
Found at i:227986 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 227966--227997 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
227956 CATTATTAAA
227966 CTTC-TTGTGAG-TTTT
1 CTTCTTTGTGAGCTTTT
227981 CTTCTTTGTGAGCTTTT
1 CTTCTTTGTGAGCTTTT
227998 TCTATTTGTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.27
16 7 0.47
17 4 0.27
ACGTcount: A:0.06, C:0.16, G:0.19, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
CTTCTTTGTGAGCTTTT
Found at i:231217 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 229281--232889 Score: 2112
Period size: 180 Copynumber: 20.2 Consensus size: 179
229271 CTACCCAACA
* * * * ** *
229281 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGCCATAAAGATTTGAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAC-TGATTCGGTAAACAAATTTA
* * * *
229345 TTTTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT-AGTATTAAT-AA--AGTA-TATTTTATTCAAA
64 TTTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GA
* * * * * * * ***
229404 ATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAATCTTTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
125 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * *
229460 ATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATACTTATAATTATTTAAACTTG-TTTGGTAAATATATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * *
229524 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAACT
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAA-T
* ** * * * * **
229589 -AGATAATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGA-TAAAATAAAAGGTCTTAACA
127 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** ** *
229641 ATTTTCAAATAAATACTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTG-TTCAATAAACATATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGATTCGGTAAACAAATTTA
** * * *
229705 TTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAAT
* * * * ** * * **
229769 AAACTTTTA-CAAGCAGAAATTATTGTTTTGT-AATATAACAAAAAATCATAA-G
127 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * **
229821 AATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACT-AGTTTGTTAAACGGATTTA
1 -ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTTA
* * *
229885 TTTTTTAAA-ATC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT
* * * * * * **
229947 AAACTTATGTGAA-A-AAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAGCG
127 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
229997 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTG-ACCG-TTAGGTAAACAGAA-TTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACA-AATTTAT
* * * * * *
230057 TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTGTTTT-TCCAAATA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCGAATA
* * * *
230120 AGCTAGTATGAATTGTAAAAAAATTGTTTTACGAC--AA-AAAA----AT--T-
128 AGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
230164 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT-TTTACTATTTGAACTAGTTTGGGCAAATAAATTTGT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * * * * **
230228 ATTTTAAATTTCTTAATTATTAATTTTAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTAATTTTAATA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATA
* * * * *
230292 AGCTT-TATGAATATAAATAATTGTTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATTG
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * * * * * * *
230345 ATTTGAATTATACAATTGCTT-AAATAGTTATATC-ATTTAAACT-AGTTCGGT--ATAAA--GA
1 ATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTTA
* * * * *
230403 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAAT
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT
** ** * ** * * *
230468 AAAATAATATG-ATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACG
127 AAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * * * * * * *
230521 ATTTGAAATAGATAATTGCTGAAAT-GACCATAATTATTTAAACTGAATCGGTAAATAGATTCAC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTAT
* ** * * *
230585 CTTTTAAAT-TGC-T-C--ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACT
65 TTTTTAAATAT-CTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT
* ** * * * *
230645 AAGTTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-C
127 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * * *
230697 ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTATGCGATAAACAAATTTA--
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * ** * **
230760 TTTTCAA-CTCTTGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAA
66 TTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAA
* * *
230824 GCTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG-TTAAAACAAAAGGTCATAATA
129 GC-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTC-ATAACTATT-TGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
* * * **
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* * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
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*
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* * * * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * * *** * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * **
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* *
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* * * * * **
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127 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATT
* * *
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66 TTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAA
* * * ** * **
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129 GCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * * *
232552 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATA
* * * * * *
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* * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTAT
* * * *
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65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATA
* * * * * *
232794 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATA
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
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232890 AGTTCAGTAA
Statistics
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * ** *
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** * *
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* ** * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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** ** * ** * * **
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** * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * * **
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* * ** * * **
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * **
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1 ATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA
232901 TACTAATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAG
CTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACG
Found at i:232886 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 229332--232890 Score: 2130
Period size: 358 Copynumber: 10.0 Consensus size: 357
229322 AACTTGTTTG
* * *
229332 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT--AGTATTAAT-AA--AGTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * * * * * *
229391 -TATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAAATCTTTTGGTGACAAAACAAAAGGTT
63 TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTT-ATGATAAAACAAAAAGTC
*** * * * * * * * * * *
229454 ATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATACTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATA
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * * * *
229519 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTC
191 TTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** * * * * * * * *
229584 AAACT-AGATAATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGGTCTTAACAATTTTCA
252 GAA-TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGA
* * * * * * * ** ***
229648 AATAAATACTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCA
315 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAAAT-A
* * ** * *
229692 ATAAACATATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * ** * * * *
229756 TTTTAATCTGAATAAACTTTTA-CAAGC-AGAAATTATTGTTTTGTAATATAACAAAAAATCATA
66 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATA
* ** * * * * *
229819 A-GAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGTTAAACGGATT
129 ATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
* * *
229883 TATTTTTTAAAATCTATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
193 TATTTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * *
229947 AAACTTATGTGAA--AAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAGCGATTTGAAATAGA
256 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * *
230009 TAATTGTTCAAATAGTCAT-ATTATTTGACCGT---TA
321 TAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAAC-TAAATA
* *
230043 GGTAAACAGAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-
1 -GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTA
** * * * *
230104 TT-TGTTT-TTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGTAAAAAAATTGTTTTACG-----AC-AAAA--
63 TTAT-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA--CTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * *
230159 -A-AATTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT-TTTACTATTTGAACTAGTTTGGGCAAATA
125 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* * * * * * *
230221 AATTTGTATTTTAAATTTCTTAATT-ATTAATTTTAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTAA
189 GATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATT--TTTT-GAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-A
* * * **
230284 TTTT-AATAAGCTT-TATGAATAT-AAATAATTGTTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATTGA
248 TTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAA
* * * * * * * ** *
230346 TTTGAATTATACAATTGCTT-AAATAG--TTATATCATTTAAACTAGTTCG
310 TTTGAAATAGATAATT-ATTCTAATAGTCTTAAAT-ATTTGAACTAAAT-A
* * * * * *
230394 GT--ATAAA--GATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** ** ** ** * *
230455 TTTTATTTCAAATAAAATAATATG-A-TAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATA
66 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATA
* ** * * * * * *
230518 ACGATTTGAAATAGATAATTGCTGAAAT-GACCATAATTATTTAAAC-TGAATCGGTAAATAGAT
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGAT
* ** * *** * *
230581 TCACCTTTTAAAT-TGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACT
192 TTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
230645 AAGTTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGA
256 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* ** * * * * ** *
230709 CAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAA-TTTATGC
321 TAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAAAT-A
* * ** * *
230746 GATAAACAAATTTA--TTTTCAA-CTCTTGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATT
1 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
230808 ATTTTATTTTAGATAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATA
65 ATTTTATTTTAAATAAGC-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * *
230873 ATAATTTTAAATA-ATTAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
129 ATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
230937 TATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTT
193 TATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * * **
231001 AAAAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAA
252 GAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
231065 ATAGATATTTATTCTAATAGT-TCTAACTATTTAAATTGACTCG
316 ATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAAATATTTGAACTAAAT-A
* * *
231108 GCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
231172 ATTTT-TAATCAAATAAGCCTCTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCTT
65 ATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * * ** *
231234 AACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATT
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
231299 TATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAAATTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
193 TATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT---TTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * *
231363 AATAAGTTTGTATG-A-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
253 AATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
231426 ATAGATAATCT-TTCAAAT-GGCTATAATTATTCT-AACTAATTC
316 ATAGATAAT-TATTCTAATAGTCT-TAAATATT-TGAACTAAATA
* * * *
231468 GATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTAT
1 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** * *
231532 TATTTTATTCCTT--CTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGATAAATTAAAAGGTTA
64 TATTTTATT--TTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCA
* * * *
231595 TAATGATTT-TAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA-
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
** ** * * * *
231658 TT-TTTTAGATTTTTCTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATA
192 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
231721 AGCTTGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGAT
257 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * ** *
231786 AACTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACT-AATT
322 AATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAAATA
* *
231821 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATT
1 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
231886 ACTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGT-ATA
65 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-GTCATA
* * * * * * **
231947 ATGATTTGAAATAGATAATCATTCATACAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTT
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT
* * * * *** *
232012 ATTTTTTTAATTTTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
194 A-TTTTTTAAATCTCT---TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * **
232077 TAAAG-TAGTATGAATAGGACCAATTG-TTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATA
255 T-AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * ***
232140 GATAATTATTCAAATAGTC-AAAACTATTTAAAATGGTTTA
319 GATAATTATTCTAATAGTCTTAAA-TATTTGAACT-AAATA
* * ** * *
232180 GTAAATAGATTTACGTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTAT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
232244 TATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAA-TAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTAT
64 TATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT
** * * * *
232308 AACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATT
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
* * * *
232373 T-TTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
193 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * *
232436 AGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
257 AGCTTGTATGAATTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * *
232499 ATAGTTATT-TAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACATA
320 ATAATTATTCT-AATAGTCTTAAATATTTGAACTAA-ATA
* * * * *
232538 GTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
232603 TTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTCGTAAT
66 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * ** * *
232667 GATTTTAAATTGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTAT
131 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
232732 TTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATTTTATTAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGC
196 TTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * *
232797 TTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATTA-AAAA
260 TTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAA
232861 TTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTA
324 TTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTA
232891 GTTCAGTAAA
Statistics
Matches: 2469, Mismatches: 565, Indels: 332
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
341 22 0.01
342 46 0.02
343 7 0.00
344 31 0.01
345 14 0.01
346 27 0.01
347 62 0.03
348 35 0.01
349 18 0.01
350 45 0.02
351 65 0.03
352 92 0.04
353 79 0.03
354 225 0.09
355 146 0.06
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357 248 0.10
358 294 0.12
359 130 0.05
360 145 0.06
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362 231 0.09
363 76 0.03
364 46 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
ATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAAATA
Found at i:236121 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 235002--237663 Score: 1412
Period size: 181 Copynumber: 14.8 Consensus size: 180
234992 GAAACAAGTT
* *** * * * * * *
235002 ACTATTTGAACAATTATCTATTTGGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGT
* * * *
235067 TTCTACTCATACAAACTTATTTTGAAATAAAAATAATACAAATTTATT-ATATT-CAAGACAATT
64 TTCTATTCATACAAGCTTA-TTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATT
* * ** * * *
235130 AATCAAGTAAA-A-AATTTTAAAAATAAATTTAGTTTCTCCGACAAGTTCGAATCGTTATG
125 AAT-AAG-AAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTT-GTTAC-CAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
235189 -CTATTTGATGCAATTCATTTATTTCAAAATTGGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAGACAATC
1 ACTATTTGA-ACAATT-ATCTATTTC-AAA-TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-
* * * * * * *
235253 AGTTTTTTTTTCATATAAAGCCTTA-TTCAGATGAAAATAATACCAATCTTATTAATTATTCCAA
61 TG-TTTCTATTCATA-CAAG-CTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAAT-TTATTAA-TATTCCAA
* ** ** * *
235317 CAATTAATAAGTAAA-A-AATTTAAAAAATAAAATATCCTTACTGAAC-TAGATCAAATAGTCAT
120 AAATTAATAAG-AAAGAGAA-TTAAAAAAT-AAAT-TTGTTACCAAACAT-GTTCAAATAGTTAT
235379 G
180 G
* ** ** * *
235380 ACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATAAAAAAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
235445 CAATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATGCTAAGTTATTAACATT--ATGAAATTAATAA
66 CTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAA
** * * * * * * * *
235507 TTAAGAG-ATTAAAAAAATGAATCTGTTTGTCGAAA-AAGTTTAAATAATTTTG
130 GAAAGAGAATT-AAAAAATAAATTTG-TT-ACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
235559 ACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TT
1 ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * *
235622 TTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGGCAATTAAT
65 TCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA--AAATTAAT
* * *** * **
235685 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATTGAACAAT-ATCAAATCTTTATG
128 AAGAAAGAGAATTAAAAAATAAAT-T-TGTTACCAAAC-ATGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
235738 ACTA-TTGAAAAATTAT-TCATTTCAAATTGGTAATGACTTTTTATTTTATCATAAAATAATTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ** * * * *** *
235801 TTCT-GTCATACATGTTTTATTTCGATTAACA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
64 TTCTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * **** * * * *
235864 AAG-TAGA-ATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATA
128 AAGAAAGAGA-A-TTAAAAAATAAATTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
235918 ATTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
235983 -TAGCTCATATAAGCTTATTTTAAATGAAATAGTACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGA
66 CTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
** *
236047 GAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCTAACATGTTCAAATAGTTATG
130 GAAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* ** * * *
236099 ACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
236163 TTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAGAAATTAAT
66 CTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCCAAAAATTAAT
* *
236228 GAGAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATA
128 AAGAAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
236282 ACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * ** *
236346 TCTATTCATACAAGCATATTTCGAATAAAATAA-A-AAAAATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
65 TCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
236409 GTAA-A-AATT-TAAAATAAATATAT-TTTCTAAATATTTTCAAATAGTTATG
130 GAAAGAGAATTAAAAAATAAAT-T-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * *
236458 ACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
236523 CTATTCATAAAAGCTTATTTTAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
236588 TAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCAAATTCAAATAATTATG
131 -AAAGAGAATTAAAAAATAAATTT-GTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* *
236639 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * **
236703 TCTATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
65 TCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
** * * *
236768 G-TTGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATG
130 GAAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTT-ACCAAACATG-TTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * *
236820 TCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * *
236885 CTATTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---
66 CTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * ** * * *
236947 AAA-AGATTTAAAAACTAAATCTTTTTATTGAACCA-ATTCAAATAATTATG
131 AAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTGTTA-CCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
236997 ATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATA-TTT-TTTTGTCATAAAGA-AATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTT
* * * ** * * * *
237059 TTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATT-C------TAAT-
65 TCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * *
237115 --AAA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAAC-TAATTCAAATAGATAAG
129 AGAAAGAGAATTAAAAAATAAATTTG-TTACCAAACAT-GTTCAAATAGTTATG
** * * * * * * *
237165 AAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT
* * * ** *
237228 T-TAGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATA
65 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* *
237292 A-ACAAGA-AATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 AGA-AAGAGAA--TTAAAAAATAAATTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * **
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * **
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65 TCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * *
237647 GGAAGGAGATTTAAAAA
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Statistics
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * ** *
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** * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * *
235310 ATTCCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAATATCCTTACTGAACTAGATCAAATAG
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* * * **
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* * * * *
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** * * *
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* *
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**
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* * *
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* *
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* * * ** **
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
236088 AAATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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** * * *** *
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* * * * ** *
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* * * * *
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445 TAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGAA
* * * * *
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509 TTAAAAAATGAATCT-GTTATCGAACAAGTTC
* * * * *
236628 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTGATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * *
236693 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
66 AACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
236757 A-AAATTAATAAGTTGAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCAT
130 AGAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA--TTCAAATCGTTAT
* * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * * * * * * * *
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316 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACT-AAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAA
* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
237122 TTAAAAAATAAATGTGTT-TGCCAAACTAA-TTC
509 TTAAAAAATGAATCTGTTAT--CGAAC-AAGTTC
* ** * ** * * *
237154 AAATAGA-TAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATA
1 AAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** * **
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* ** * * * *
237280 AAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
129 AAGAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA-TTCAAATCGTTA
* * *** * * * *
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191 TGACTATTTGAAAAATTATTC-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTT
* * ** * ** * * * **
237408 TTTCAAT-TTATAAAAGCTTACCT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAAAATCG
255 TTT---TGTCATACAAGCTTATTTCG-ATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTA
* * * * * * * * * * * *
237471 ATATATTAGAGATTT---AAA-AAATA--CAT-C-GAACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGA
316 ATA-AGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAA
* * * * * * *
237528 ACAATTATATATTTCAAATCATTA-CAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTCA--TC
380 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCAGTTC
* * * * * * * * ** * *
237590 ATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAGTATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAGGAAGGAG
442 ATATAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAG
* *
237655 -ATTTAAAAAT-ATATCTATT-T---AC----T-
507 AATTAAAAAATGA-ATCTGTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * *** * * * * *
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1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
237741 AATAA-----TTGTT--T-C-A----A---T----T--CATAATACTAATTTAATAATATTCCCA
66 AACAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
237784 -AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGTAGCTT-AAA-CTGTTAAG
131 GAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CA-ATTCAAATC-GTTATG
* * * ** ** * *
237846 ACTATATGAACAATTA-TCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATATAATAATTGTA
193 ACTATTTGAAAAATTATTC-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TT
* * ** * * * * * *
237910 TTTGAGCATTCAATTTTA-TTCGGAATACAATAATA-CTATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATA
256 TTTG-TCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATA
* * * ** * * **
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319 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTAAA----C-A--AGATCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * * * * * *
238038 TTGATCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATACTTATTTCTGTT
376 TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTT
* * * * * * ** * *
238102 CATACATA-CTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAG-TA-
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* * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * * * **
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* * * * * * **
238328 TC-A-AAATGAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTA
127 TCAAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA-ACAATTCAAATCGTTA
* * * ** * * * *
238387 TGATTATTTGAACAATTA-TCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
191 TGACTATTTGAAAAATTATTC-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAA-TAATT
* * * * * *
238451 CTTTTGTTCATATAA-ATT-TGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA-ATATT
254 TTTTTG-TCATACAAGCTTAT-TTC-GATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACA-ATT
* * ** * * * ** *
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* * * * * * * *
238574 AGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTTCTA-TTCA
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* * * * * * * ** * *
238637 TACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-A
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * ** * * *
238798 AAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCA
66 AA-CAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA
* * * * * **
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* * ** * * * * * * *
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191 TGACTATTTGAAAAATTATTC-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTT
* * * * * *
238988 TATCTAT-TCATACAATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATT
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* * * * * * *
239050 AAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTT
315 AATAA-GTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTT
**** * * * * * * * * * *
239115 GTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTGCTT-
378 AAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAG-TTC
* * * * * * * * *
239179 ATACAAGTTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAA-
442 ATATAAGCTTATTTGA-AATGAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAG
* * * * *
239242 AGATTTAAAAAAATAAATATGTT-TGCTAAATAAGTTC
505 AGAATT-AAAAAATGAATCTGTTAT-C-GAACAAGTTC
* * * * * * * *
239279 AAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTCTTTTGTAATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
239343 AAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTA-TTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
65 AAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTC
* * ** * * * * * *
239407 AA-AAATTAATGAGTAAGAGA-ACAAAAAA-AAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATA
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* * * *** * ** * *
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* * * *** * *
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* * * * *
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* ** ** ** * *
239648 TTATCTATTTCAAATC-ATATGATC-TTTTGTTTCATCATAAACTAATT-TTTTTGCTCATAAAA
384 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAA
* * * * * *
239710 ACTTA-TTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATT
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* * * *
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* * * * **
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1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
239869 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCT
66 AACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTC-
*** * * ** * * *
239932 AA-AAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTCAT-
129 AAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AATTCAAATCGTTATG
* ** ** * * * ** *
239995 ATCCATTTGAACTATTA-TCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGT
193 A-CTATTTGAAAAATTATTC-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-T
** * * * *
240059 TTTAT-TCATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAGTTAA
255 TTT-TGTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAA-TTAA
* ** * * * * * * * *
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317 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAAC
* * * * * *
240183 AATTACCTATCTCAAATAG-TATG--ATCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTA-TTCATG
382 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATTTC-AGTTCATA
* * * ** * * * *
240244 CAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATGCTAAACTAATAA-ATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGAT
445 TAAGCTTATT-TGAAATGAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGAA
* * ** * *
240306 TTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTT-
509 TTAAAAAATGAATCTG-TTATCGAACAAGTTC
* * * * * * * * *
240337 ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAGA
1 A-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
*** * * * *
240402 AAATTTTTTTTTTCAGTTCATACAAGC-TAATTTGAAATAAAATAAAATAATTTTATTAATATTT
65 AAACAATTTTTTT--GTTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
* * * *
240466 --AGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAG
128 CAAG-AAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAA-TTCAAATCG
* * * * *
240527 TTATGATTATTTGAACAATTA-TCTATTTAAAATTGTTATAAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACA
188 TTATGACTATTTGAAAAATTATTC-ATTTCAAATTGTTAT-GACTTTTTGTTTTATCATAAAATA
* * * * ** ** * *
240590 ATTATTTTAGTTTAATA-AAACTTA--TCCAAAATAAATAATATTACTTTATGAATATTTCAA-A
251 ATT-TTTT--TGTCATACAAGCTTATTTCGATTA-AAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACA
* * ** * * ** * * * * *
240651 ATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTA-TCAAATTAGTTAAAATAATTATGGC
312 A-TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGCTTACT-AAACAAGATCAAATAGTCATGAC
* * * * * * * *
240714 CATTCAAACAATTATCTATCTCAAAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGGTT
373 TATTTAAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATT
* * * * * * * * * *
240779 TTA-ATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAACTAATAA
435 TCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
240842 GTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGAACTAGTTT
500 GAAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-GTTATCGAACAAGTTC
* * * *
240883 AAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
240924 TAAAATAATT
Statistics
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Consensus pattern (539 bp):
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AACAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAA
GAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAATTCAAATCGTTATGACT
ATTTGAAAAATTATTCATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTGT
CATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA
ATTTAAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTT
GAAATGAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAATGAA
TCTGTTATCGAACAAGTTC
Found at i:238409 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 237852--240921 Score: 1432
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237842 TAAGACTATA
* ** * * * * **
237852 TGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATATAATAATTGTATTTGAGC
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTC
* *
238103 ATACATA-CTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTG-ATAAGTAAA
65 ATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA--AAATGAATAAG--AA
* * * * *
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125 ATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* *
238217 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAAGTTTTTTTGAAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTTG--T
* * *
238282 TCATAATAGCTTACTTGGAATAAAAGAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAATGAATAAGAAAT
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* * *
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127 TTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* ** * **
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTC
** * * *
238460 AT-ATAAATT-TGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAA-AAGA
65 ATAATAGCTTAT-TT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATGAATAAGAA-A
* * * *
238522 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCCAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATT
126 TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* * * * * * * * * *
238572 TGAGCAATTATTTATTTTAAA-TCTTATAACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTC
* *
238636 ATACAT-GCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTG-ATAAGTAAA
65 ATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA--AAATGAATAAG--AA
* * * * *
238699 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAATCATGATTTTT
125 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* * * * * * **
238750 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTC
*** * * *
238815 AT-ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTCATAATAAAGA
65 ATAAT-AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-T--GAAT-AAGA
* * * *
238879 AATTTAAAAAGATGAATCTATTTACTGAAA-AAGTTTAAATAATTATGATTGTT
124 AATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACT-AAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* * * * * * * *
238932 TGACCAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAAGAATTTTATCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTT-TTTGTTC
* ** * * * * *
238997 ATACA-ATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAAAAATGTA
65 ATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA---AATGAATAA-G--
* * * * ** *
239059 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATT
123 -AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
*** * * * * * * * *
239114 TGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTGCTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTG-TT
* * * * * *
239179 -ATACA-AGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAA
64 CATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATGAATAAG---A
* * * * * *
239242 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCTAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
124 A-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACT-AGTTCAAATAATTATGATTATT
* * ** * * * *
239296 TAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTT
* * * *
239360 CAT-ATAAGTTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA
64 CATAAT-AGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATGAATAAG-AA
** * * * * * * *
239423 GA-GAACAAAAAAAAATCCATTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATA
125 -ATTTA-AAAAATAAATCTATTTACTAAACT-AGTTCAAATAATTATGATTATT
*** * * *
239475 TGAACAATTATCTAATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATAATTGGTTTTGTT
1 TGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTT
* * * * *
239539 CATGCA-AGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTCCAAA--AAT---TAA-
64 CAT-AATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAATGAATAAGAAAT
* * *
239595 -TAAGAAAA-AAATGT-TTT-CTGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATT
127 TTAA-AAAATAAATCTATTTACT-AA-ACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
** * ** * *
239641 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATATGATCTTTTGTTTCATCATAAACTAATTTTTTTGCTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCA
* * ** * * *
239705 TAAAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
66 TAATAGCTTATTTGGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATGAATAAG---AA-
* * * * * *
239770 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAC-GAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATT
125 ATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* ** ** * * *
239821 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTC
* * * *
239886 ATACA-AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGA
65 ATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATGAATAA----GA
* * * * * * * * * *
239950 GATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTCAT-ATCCATT
124 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGAT-TATT
* ** * * ** * * *
240002 TGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTATTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCA
** ** * * * *
240067 TACA-AAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGACATTT
66 TA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TGAATAAGAAATTT
** * * * * * *
240131 AAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATT
129 AAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* * * * * * * *
240178 TCAACAATTACCTATCTCAAATAG-TATGA--TCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATT-TTTTTGTT
* * ** * *
240240 CATGCA-AGCTTATTCT-GAATAAAATAATGCTAAACTAATAA-A-TTCTAAAATTAATAAGTAA
64 CAT-AATAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATGAATAAG--A
* ** * * * * * *
240301 GAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTT-ATAATAGTTAAGACTATT
124 -A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCA-AATAATTATGATTATT
* * * ** * * **
240355 AGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAATTTTTTTTTTCAGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTT--GTT
* * * * *
240420 CATACA-AGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGCAA
64 CATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTT-CAAAATGAAT----AA
* * *
240483 GAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATT
122 GAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACT-AGTTCAAATAATTATGATTATT
* * * * * *
240538 TGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTG-TT
* * **** * * * **
240603 AATAA-AACTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTATGAATATTTCAAAATTTGAGAAGTTGGA
64 CATAATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--T--GAA-TAAGA
* * * ***
240666 GATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-TCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATT
124 AATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-AAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
** * * * * * * * **
240718 CAAACAATTATCTATCTCAAAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGGTTTTAA
1 TGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGT
* *
240783 TCATACA-AGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAACT-AATAAGTAG
63 TCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TGAATAAG-A-
* * * ** * * * *
240846 GAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATTACTATT
124 -A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
* *
240900 TGAATAATTATATATTTCAAAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT
240922 CATAAAATAA
Statistics
Matches: 2241, Mismatches: 479, Indels: 332
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 21 0.01
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170 1 0.00
171 1 0.00
173 26 0.01
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188 3 0.00
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Consensus pattern (175 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCA
TAATAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATGAATAAGAAATTTAA
AAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATT
Found at i:239180 original size:533 final size:529
Alignment explanation
Indices: 238010--240590 Score: 1679
Period size: 533 Copynumber: 4.8 Consensus size: 529
238000 TTACCAAACT
* * * * *
238010 TCCAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGATCAATTATTTATTTTAAATCTTATGACTTTTTG
1 TCCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCTTATAACTTTTTG
* * *
238075 TTCTATTATAAAATACTTATTTCTGTTCATACAT-ACTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTA
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238139 TTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTTACTAAACTAGATCAAA
128 TTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTACTAAACTAGATCAAA
* * * *
238203 TAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAAT
192 TAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
238268 AAGTTTTTTTGAATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAAGAA-AATGAATTTATTAATATTTC-
256 AA--TTGTTTCAGTTCATATA-AGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTCA
***
238330 AAAA-TGAATAAGAAATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAGTTCAAATAATTATGATTAT
316 AAAATTGAATAAGAAATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAAAAGTTCAAATAATTATGATTAT
* * * *
238394 TTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTT
381 TTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGCTTTTATT
* * **
238459 CATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAAAAGATT
446 CATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTGCAAATAAAAATAAAAGATT
238524 TAAAAAATAAATCTATTTA
511 TAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
238543 TCCAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATCTTATAACTTTTTG
1 TCCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCTTATAACTTTTTG
*
238608 TTCTGTTATAAAATAATTATTTCTATTCATACATG-CTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTA
66 TTCTATTATAAAATAA-TA-TTCTATT-ATACATGTCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTA
238672 TTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAAT
128 TTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAAT
*
238737 AATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGA
193 AATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACA
* * *
238802 AATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAAT
257 ATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAT
* * *
238867 TCATAATAAAGAAATTTAAAAAGATGAA-TCTATTTA-CTGAAAAAGTTTAAATAATTATGATTG
321 T--GAAT-AAGAAATTTAAAAA-AT-AATTCTATTTACCT-AAAAAGTTCAAATAATTATGATTA
* ** ** * *
238930 TTTGACCAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAA-GAAT-TTTATCT
380 TTTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGCTT-T-T
* * * * * *
238993 ATTCATA-CAATCTTATTTCA-AATAATATAATTCAAATTTATTAATATTAAGGCAATTAAAAAT
443 ATTCATATAAAT-TT-GTTCAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATT---GCAAATAAAAA-
* *
239056 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
502 -TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * **
239085 -CCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTT
1 TCC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA-ATCTTATAACTTTT
* * * * * * * *
239149 TGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTGCTTATACAAGT-TTATTTAGATTAAAATAATATTAATT
64 TGTTCTATTATAAAATAA-T-ATTCT-ATTATACATGTCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATT
* *
239213 TATTAATATTTC-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCTAAA-TAAG
126 TATTAATATTTCAG-CAATTGATAAGT-AAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACT-AG
* * * * * * * *
239276 TTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTGTTTCTTTTGTAA
186 ATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTATTTTGTCA
* * *
239341 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATT
250 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* * * * *
239405 CCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA--CAAAAAA-AAATCCATTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTT
314 -CAAAAA-T--TGAATAAGA-AATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAA-AAGTTCAAATAATT
* * * * * * * * * *
239466 ATAACTATATGAACAATTATCTAATT-TAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATAATT
373 ATGATTATTTGAACAATTATCT-ATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAAT
* * ** ** * ** ** * *
239530 GGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATT-C---CAAAAA
437 GCTTTTATTCATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTGCAAATAAAAA
* * *
239591 T--TA-A--TAAGAAAA-AAATGT-TTTC
502 TAAAAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTA
* * * * *
239613 T-GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATATGA-TCTTT
1 TCCAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCTTATAACT-TTT
* * * * *** ** *
239675 TGTT-TCATCATAAACTAAT-TTTTTTGCTCATA-AAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACTAA
64 TGTTCT-ATTATAAAATAATATTCTAT--T-ATACATGTCTTATTTGGACTA-AAATAATACTAA
* ** * * * * *
239737 TTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAC-GAGCGA
124 TTTATTAATATTTC-AGCAATTGATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAACTA
* * * * * * * * * *
239800 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTC
185 GATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTC
* *
239865 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-A
249 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* * * * * * *
239928 TTCTAAAAATT-AATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCC-AAACAAATTCAAATAG
312 TTC-AAAAATTGAATAA----GAAATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAA-AAGTTCAAATAA
* * * * * ** * ***
239991 TCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAA
371 TTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAA
* * * * * * * * * *
240055 TTG-TTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AGT
435 ATGCTTTTATTCATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTGCAAATA-A
* * * ** *
240118 TAATAAGACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTA
499 AAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * ** * ** *
240149 -CCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTACCTATCTCAAATAGTATGATCTTGT
1 TCC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCTTAT-AACTT-T
* * ** * * * *
240213 TT-TGTC-ATAAAACAAATTGT-TTCTATTCATGCAAG-CTTATTCT-GAATAAAATAATGCTAA
63 TTGT-TCTATTATA-AAATAATATTCTATT-ATACATGTCTTATT-TGGACTAAAATAATACTAA
** * * * * * * * *
240273 ACTAATAA-A-TTCTA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAG
124 TTTATTAATATTTC-AGCAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAG
* * * * * * * * * * *
240335 -TTATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTC
186 ATCA-AATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTC
* *** * * * *
240399 AGAAAATTTTTTTTTTCAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAAT-
249 ATAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
* * * *
240462 ATTTAGAAAATT-AATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAAT
311 ATTCA-AAAATTGAAT----AAGAAA-TTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AAAAAGTTCAAAT
* ** *** * * *
240525 AGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACA
369 AATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACA
240590 A
434 A
240591 TTATTTTAGT
Statistics
Matches: 1671, Mismatches: 264, Indels: 223
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
521 4 0.00
522 2 0.00
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524 6 0.00
525 161 0.10
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528 4 0.00
529 9 0.01
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541 2 0.00
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547 7 0.00
549 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
TCCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCTTATAACTTTTTG
TTCTATTATAAAATAATATTCTATTATACATGTCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAAT
CATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCAGTTCATATAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTGAAT
AAGAAATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAAAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATT
ATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGCTTTTATTCATATAAATT
TGTTCAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTGCAAATAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTA
Found at i:239312 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 239291--239323 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
239281 ATAGTCATGA
239291 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
239307 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
239324 GACTGTTTCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:239629 original size:166 final size:165
Alignment explanation
Indices: 239455--239768 Score: 391
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
239445 ACCAAATAAG
**
239455 TTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATCTAATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCC
1 TTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATCT-ATTTCAAAACA-TATGACCTTTTGTTTCACC
* ** * ** * *
239519 ACAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATA-AAATAAT-TTAAATTTATTAATA
64 ACAAAATAATT-GTTTTGCTCATAAAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACT-AATTTATTAAAA
239582 TTCCAAAAATTAATAAGAAAAAAATGTTTTCTGAACACA
127 TTCCAAAAATTAATAAGAAAAAAATGTTTTCTGAACACA
* * * * * *
239621 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATATGATCTTTTGTTTCATCAT
1 TTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATATGACCTTTTGTTTCACCAC
* * *
239686 AAACTAATTTTTTTGCTCATAAAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCT
66 AAAATAATTGTTTTGCTCATAAAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC
*
239751 AAAAATTAATAAGTAAAA
131 AAAAATTAATAAGAAAAA
239769 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 20, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 22 0.18
165 66 0.53
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (165 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATATGACCTTTTGTTTCACCAC
AAAATAATTGTTTTGCTCATAAAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC
AAAAATTAATAAGAAAAAAATGTTTTCTGAACACA
Found at i:239941 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 239621--240924 Score: 1112
Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 178
239611 TCTGAACACA
* **
239621 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCA
* ** * * * *
239685 T-AAACTAATTTTTTTGCTCATAAAAACTTA-TTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAAT
65 TAAAAC-AATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATA-AAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
239748 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAACGAGCGAG
127 T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
*
239801 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCA
*
239866 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
** * * *
239931 TAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAA
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * *
239982 TTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GAATTTTGTTTTGTC
* ** * * *
240046 GTAAAACAATTGTTTTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** *
240110 TCAAAAGT--TAA-TAAGACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACCAG
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
240158 TTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATG-ATCTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTGTTTTGTCAT
* * ** *
240221 AAAACAAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATGCTAAACTAATAA-ATT
66 AAAAC-AATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
240284 CT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAG
128 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
240335 TT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTC
* *** * * *
240399 AGAAAATTTTTTTTTTCAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAATA
64 ATAAAACAATTGTTTT-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
* * ** *
240463 TTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAG
126 TTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * ** * *
240518 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-TTTTGTTTTGTCA
* * * *** * * *
240583 TAAAACAATTATTTTAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTATGAATATT
65 TAAAACAATTGTTTTA--TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * * **
240646 TCAAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATTAG
128 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * ** * * *
240698 TTAAAATAATTATGGCCATTCAAACAATTATCTATCTCAAAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAA--TTTTGTTTTGT
* * * * *
240763 TATAAAACAATTGGTTTTAATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
63 CATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * *
240828 TTCAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGAACTAG
127 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * *
240880 TTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
240925 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 891, Mismatches: 195, Indels: 75
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 17 0.02
174 17 0.02
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176 66 0.07
177 69 0.08
178 5 0.01
179 20 0.02
180 184 0.21
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182 145 0.16
183 119 0.13
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
Found at i:241870 original size:184 final size:180
Alignment explanation
Indices: 241410--241944 Score: 527
Period size: 177 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180
241400 ACAAATAGTT
* *
241410 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATT
1 AAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTAAAATATTATTA-ATTAGTATTATT
** * * *
241475 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGACATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAACAA
63 TTATTC-GAATAAATTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * *
241540 ATTAAAAT-AT--ATAATTGTTCAAATAAGT-ATAATTATTTGAAGTGGTTCCAT
127 TTTAAAATAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCCAC
* * * * *
241591 AAATAACATTACTTTTTAAATCTCTTA--TA-AAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTT
1 AAACAA-ATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAATTTTTAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
241653 TATTATGAATAAACTTGGATA-G-GTTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACG
64 TATT-CGAATAAA-TT-TATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * **
241716 ATTTAAAATAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGAC
126 ATTTAAAATAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCCAC
*
241771 AAACAAATATATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTATT
1 AAACAAAT-TATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-AATTTTTAAAATATTATTAA-TTAGTATTATT
* * * *
241836 TTATTCGAAATAAATTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAAAGTTGTAACA
63 TTATTCG-AATAAATTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACA
* *
241901 ATTT--GA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACT
126 ATTTAAAATAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
241945 TATTCAGTAA
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 51, Indels: 37
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 76 0.27
178 7 0.02
179 9 0.03
180 50 0.18
181 23 0.08
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183 9 0.03
184 55 0.19
185 15 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAATTTTTAAAATATTATTAATTAGTATTATTTTA
TTCGAATAAATTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTA
AAATAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCCAC
Found at i:241882 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 241830--241884 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
241820 TTAATTTAGT
*
241830 ATTATTTTAT-TC-GAAATA
1 ATTATTTTATGACAGAAATA
241848 A--ATTTATATGAACAGAAATA
1 ATTATTT-TATG-ACAGAAATA
241868 ATTATTTTATGACAGAA
1 ATTATTTTATGACAGAA
241885 CAAAAAAGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 10
0.73 0.02 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.13
17 3 0.10
18 1 0.03
19 1 0.03
20 13 0.43
21 4 0.13
22 4 0.13
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
ATTATTTTATGACAGAAATA
Found at i:242484 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 242088--243749 Score: 1184
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 179
242078 TTTTATTTCA
**** ** *
242088 AATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAAAT
* * * *
242153 AGATAATTATTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAATTGATTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAA
65 AGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* *
242217 --TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTAATTGTTTTTG
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTTTTTG
* * * * * *
242266 GATAAACTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATATCGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAT-GATTTGAAAT
* * * *
242331 AGATAATTATTTAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAAT
65 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAAT
* * * *
242396 CTCTTCCTTATTAATTTTTGGAAA-GTTAATAACTTAGTATTATTTTCTTTTG
129 CTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTG
* * * * * *
242448 AATAAGCTTGTTTGAACTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATATGATTTGAAAT
* * * * *
242513 AGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTT-AAATTGATTCAGCAAACATATTTATTTATTT---
65 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTATTT-TTTAAA
* * * * *
242574 T-TATTATTTATTAATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTG
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT-TTTG
* * * *
242626 AATTAA-CTTGTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAG
1 AA-TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAA
* * * * * * * * * * *
242688 ATTGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTATTAG-AATTACTTTAGAAAACAGCTTTAGTTTTTAA
63 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * **
242752 ATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCC
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTG
* * * * * * * * * ** *
242805 AGAT-A-CGT-TATTAATTGAAACAATTGTGTTATGACAAGACAAAAAGTTAAAACAATTTTAAA
1 A-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATATGATTTGAAA
* * * *
242867 TAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTAATTAAAATTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAA
64 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA
* * ** * * **
242932 TCTCTTGCTTATCAATTTTTCGAATGTTAATACATTAGTATTATTTTATTCCG
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTG
* * * * * * *
242985 AATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATATGATTTGAAAT
* * * * * * *
243050 AGATAATTGTCCAAATAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTT-TGACAAACATATATTTTTTTTTAA
65 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTCAG-TAAACAGAT-TTATTTTTTAA
* * * * ** *
243113 ATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATAATTTTAATCG
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTG
* * * * * * * *
243166 AATAAGCTTATGTGAA-AAGAAACATTTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCAT-TGCAATTTGAG
1 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATG--ATTTGAA
* * * * * *
243228 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AATTGGTTTAGTAAATAGATTTAGTTTCTAA
63 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* *
243292 A--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTG
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTG
* ** * *
243342 AATAA-TTCTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAA
1 AATAAGCT-TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAA
* * * * * * * *
243405 ATAGATAATTGTTTAAATTGACATAACTATTTGAACTTGTTC-GACAAACATATATATTTTTTAA
63 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * ** * *
243469 ATCTCTTACGTATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTG
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTG
* * * * ***
243523 AATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAACTTTGTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATGATT-TGAAA
* * ** * * * *
243587 TAAAAAATTGCTCAAATAGTCATAA-TAATTT-AAGCTTACTT-AGTAAACAGATTCATTTTATA
64 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-ATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * **
243649 AATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCA
126 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTG
* *
243704 AATAAGCTTGTATGGAC-AGAAACAATT-TGTTTATCACAAAACAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAA
243750 AGGTTATAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTG
Found at i:243409 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 242107--243770 Score: 1188
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242097 GTATGTTGAA
* * * ** *
242107 AAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA-
1 AAACAATTGTTGTATGACAAAA-AAAAGATCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
242170 TCCATAATTATTTAAAATTGATTCAGTAAACTGATTTAT-TTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTT
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* * * *
242231 TTAAAATATTAATAAACTAGTATTAATTGTT-TT-TGGATAAACTTT-TGTGAACTA-AAACAAT
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* * * ** * *
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187 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAAC
* * * * * **
242356 TATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGAT-TTATTTTTTCAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGGAA
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* ** * * *
242419 A-GTTAATAACTTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGTTTGAACTA-
312 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTT-ATTGAA-TAG
* * * * * ** * * *
242467 AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAAT
1 AAACAATTGTTGTATGAC-AAAAAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * **
242532 CTTAACT-ATTTAAATTGATTCAGCAAACATATTTAT-TTATTTTTA-T-TAT--TTATTAATTT
65 CATAACTAATTAAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTATGTT-TCTAAACTCT-TGCTTATTAATTT
* * *
242591 TAAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATTAACTTGTATG-ATCAGAAACAATTG
127 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAA-TAATTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * *
242654 TTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTA-
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * *
242717 TTAGAATTACTTTAGA-AAACAGCT-TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATAT
254 TTA-AATT-GTTT-GACAAACATATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * *
242780 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAGATACG-TTATT-AATTG
316 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTATTGAATAG
* *
242822 AAACAATTG-TGTTATGACAAGACAAAAAG-TTAAAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
1 AAACAATTGTTG-TATGACAA-A-AAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
242885 GTCATATCTAATTAAAATTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATCAATTT
63 GTCATAACTAATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATGTTTCTAAA-CTCTTGCTTATTAA-TT
* * * * * *
242950 TTC-GAATGTTAATACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTA-AAATAATAG
126 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-TTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * *
243013 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCTTAACTAT
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTAT
* *
243078 TTAAATTGGTTTGACAAACATATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTA
254 TTAAATT-GTTTGACAAACATATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * *
243143 TTAAATTAGTATAATTTTAATCGAATAAGCTTATGTGAAAAG
318 ATAAAGTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTAT-TGAATAG
* * *** * * *
243185 AAACATTTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTGCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTT
1 AAACAATTGTTGTATGACAAAAAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
** * *
243250 ATAACT-ATTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA-GTTTCTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCA
66 ATAACTAATTAAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATGTTTCTAAACTCTTGCTTATTAATTTTCA
* *
243310 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * * ** * *
243375 CCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATTGACATAACTATTTGAA
194 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTT-AA
* * * * *
243440 CTTGTTCGACAAACATATA-TATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAACTTGCAAAATATTAATAAA
258 ATTGTTTGACAAACATATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* *
243504 GTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAG
323 GTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTAT-TGAATAG
* * ** * * * **
243542 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAAC-TTTGTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAG
1 AAACAATTGTTGTATGACAAAA-AAAAGATCAAAACAATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * * **
243606 TCATAA-TAATTTAAGCTTACTT-AGTAAACAGATTCAT-TTTATAAATCTTTTATTTATTAATT
64 TCATAACTAA-TTAAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATGTTTCTAAA-CTCTTGCTTATTAATT
** * * * * *
243668 TTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGGACAGAAACAATT-
126 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA-TTTGTATGAATAGAAACAATTG
* *
243731 TGTTTATCACAAAACAAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATA
189 T-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATA
243771 AATAGCAAAT
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 196, Indels: 125
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.00
355 72 0.07
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358 111 0.11
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364 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AAACAATTGTTGTATGACAAAAAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTAATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATGTTTCTAAACTCTTGCTTATTAATTTTCAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
GTTTGACAAACATATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTA
GTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATTGAATAG
Found at i:250816 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 250715--250823 Score: 107
Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
250705 ATGGTAGTTA
* *
250715 CCTCAAACACCATC-GACATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACTTG
1 CCTC-AACACCATCAGACACATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATG
* * * * *
250760 CCTTGAACACCATCAG-CACATGCTGGGCCTTGGTGTGGGCACATG
1 CC-TCAACACCATCAGACACATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATG
250805 CCTCAACCACCATCA-ACAC
1 CCTCAA-CACCATCAGACAC
250824 CTATAAACCC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 8
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
44 3 0.06
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ACGTcount: A:0.25, C:0.35, G:0.19, T:0.21
Consensus pattern (45 bp):
CCTCAACACCATCAGACACATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATG
Found at i:260954 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 260933--260965 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
260923 ATAGTCATGA
260933 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
260949 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
260966 GACTTTTTCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:261097 original size:180 final size:177
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Indices: 258789--262568 Score: 2341
Period size: 180 Copynumber: 21.2 Consensus size: 177
258779 GAATCAGTTC
* * ** * * * * * * * *
258789 CTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACATTTTGTTCTATCGTTAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * *
258854 AATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATT-CAAAATTAATAA-TA
65 AGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
258917 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGTAGTT-AAACT-GTTAAGA
129 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAATAGTTCAAA-TAATTATGA
* * * * * *
258966 CT-TATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCAT-AAATAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
** * * * * * **
259029 GAGCATTCAA-TTTATTGGAATACAATAATACT-A-TTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAA
66 GTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAATTAATAAGTAA
* * *** *
259091 GAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT-TCAAACTAGTTCAAACAGCAATAA
130 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-TAGTTCAAATAATTATGA
** ** ** * * * *
259138 CTATTTGAACAATTATAAACATCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCGT-AGTAAAAGAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATT-GTT
* * * **
259202 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAA-AAG
64 TAGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAATTAATAAG
* * * * * *
259266 CTAAAAGAATTAAAAAATAAAGT-TATTTGTCGAATCGGTTCCAATATTTGA-GA
127 -TAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCAAAT-AGTTCAAATAATT-ATGA
* * * *
259319 CTATATGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTT
* * * * * *
259384 TGAATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAAGAA-AATGAA-TTATTAATATTCAAAAATGAATA
64 T-AGTTCATACA-AGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAATTAATA
* * **
259446 AGTAAGAGATTT-AAAAATAATTCTATTTA-CCTATCCAGTTCAAATAATTATGA
125 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT--AGTTCAAATAATTATGA
* * * *
259499 TTATTTGAACAATTATCTATTCCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * ** * * * * *
259564 TGTTCATATAAATTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAA-TATTAA-TA
65 AGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTA
* * * *
259626 AAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTTTGA
129 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-CAAATAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * * * *
259676 CTATTTGATCAATTATTTATTTTAAATCTTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * *
259741 TGTTCATACATA-CTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAG
65 AGTTCATACA-AGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAATTAATAAG
* * * *
259805 T-AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATAATCATGA
127 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA-TAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
259855 -TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTT
* * * * * *
259919 TGAATTCATA-ATAGCTTACTTGGAATAAAAGAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATGAAT
64 T-AGTTCATACA-AGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCCAAAATTAAT
* * * * *
259982 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATTCAGTTCAAATAATTATGA
124 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT-AGTTCAAATAATTATGA
* * * *
260037 -TATTTGAACAATTATATATTCCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * ** * * * * *
260101 TGTTCATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAA-TATTAA-TA
65 AGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTA
* * *
260163 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTTTGA
129 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-CAAATAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
260213 CTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * * *
260277 TGTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGT
65 AGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAATTAATAAGT
* * * *
260342 --AA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATAATCATGA
128 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA-TAGTTCAAATAATTATGA
* * * *
260390 TTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AA-TGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTT
* ** * * *
260453 CAGTTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTCATAA-T
65 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAATTAATAAGT
* * * * *
260517 AAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTATTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTATGA
128 AAA-AGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTA-TCAAATAGTTCAAATAATTATGA
* * *** * * * *
260570 CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAAGAATTTTATC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T-
* * * * * *
260635 TA-TTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTTATTAATATT--AAGGCAATTAAAA
64 TAGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA---AATTAATA
* * * * * **
260697 ATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTCCAAATCGTTATGA
125 A-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-TAGTTCAAATAATTATGA
*** * * ** * * *
260752 CTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-
* * * * * *
260817 TACTT-ATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAG
64 TAGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAG
* * * * *
260881 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTAAATAAGTTCAAATAGTCATGA
127 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAT-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
260933 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * *
260998 GTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAA
66 GTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAA
*** * * * *
261063 AAGAACAAAAAAAAAAAATCCATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAA
130 AAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
261113 CTATATGAACAATTATCTAATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * *
261177 TTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAA--ATTAA-
64 TAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAG
* * * *
261238 T--AAGA---AAAAAAT--GT-T-TTT-TGAACACA-TTCAAAT-GTTATGA
127 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA-ATAGTTCAAATAATTATGA
* * ** *
261278 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTT
* * * * * * *
261341 TTGCTCATAAAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAA
64 TAGTTCATACAAGCTTATT-TGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAA
* * *** *
261406 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
126 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATAGTTCAAATAATTATGA
* ** *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-
* *
261524 TA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
64 TAGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAG
** * * ** * * * *
261588 TTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTCAT-A
127 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-TAGTTCAAATAATTATGA
* * * * **
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1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
** * * * *
261704 TA-TTCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG
64 TAGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAG
* ** * * ** * *
261768 ----ACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAGCCAGTTTAAATAGTTATGA
127 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA-ATAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-TT
* ** * *
261878 CTA-TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTCTAAACTAATAA-ATTCTAAAAATTAATAA
64 -TAGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAA
* * ** ** * * *
261941 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTT-ATAATAGTTAAGA
126 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-TAGTTCA-AATAATTATGA
* * * * * * **** *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * **
262059 AGTTCATAGAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAG
65 AGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAG
* * * *
262123 CAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
127 TAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAT-AGTTCAAATAATTATGA
* * ** * * * *
262176 TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* * ** * * * * * *
262241 AGTTTAATA-AAACTTA-TCCAAAATAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAGAAG
65 AG-TTCATACAAGCTTATTTGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAG
*** * *
262304 TTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATTAGTTAAAATAATTATGG
127 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAA-TAGTTCAAATAATTATGA
* ** * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G-
* * * * *
262421 TTTA-ATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATA
62 TTTAGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATA
** * * * * * * * *
262485 AGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATTA
125 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATAGTTCAAATAATTATGA
* *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
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* * * * * *
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* * * *** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * ** * *
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* * ** * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * ** * *
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* **
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* * * *** * ** ** * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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505 AGTAAAATATAAAAAAAAAAAATC-ATTTAT-CAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
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* * * *
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* ** *
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688 AAA-AAAGATGTTTTTTG
* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
260152 --AAA-TATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCCAACT-AGTTCAAATAGTTTTG
315 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * * *
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380 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTT
* *** * * *
260275 TCTGTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAA
445 T-AGTTCATACAAATTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAATTAAT-A
* * * * * * * * * *
260340 GT-AAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CTAAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAA
506 GTAAAATATAAAAAAAAAAAATCATTTATC-AAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * *
260402 TTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AA-TGTTTCAGTTCATATA
569 TTATCTAATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTCTGTTCATACA
* * *
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632 AGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAAGT-ATAAT-AAG--A---
260527 AAAAAGATGAATCTATTTACTG
689 AAAAAGATG--T-T-TTT--TG
* * * *
260549 AA-AAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGT
1 AACAAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * * *
260613 TTTGTCACAAAAGAATTTTATCTATTCATACAATCTTATTTCA-AATAATATAATTCAAATTTAT
63 TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATAAAAACTTACTTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
260677 TAATA-TTAAGGCAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTCCA
128 TAATATTTAA--AAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCGATCGAGTTCA
* *** * ** * * *
260741 AATCGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAA
189 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
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* * *
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* * *
260934 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTA
382 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTA
* * *
260998 GTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAA
447 GTTCATACAAATTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAAT-AGTAA
* * * *
261063 AAGAACAAAAAAAAAAAATCCATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTA
510 AA-TATAAAAAAAAAAAAT-CATTTATCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
261128 TCTAATTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCT
572 TCTAATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCT
* *
261192 TATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-TAATAAGAAAAAA-ATGTT
636 TATTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAAGTATAATAAGAAAAAAGATGTT
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700 TTTTG
* * * *
261258 AACACATTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATATGATCTTTTGTTT
1 AACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TATGACCTTTTGTTT
** * *
261322 CATCATAAACTAATTTTTTTTGCTCATAAAAACTTA-TTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATT
65 TGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATAAAAACTTACTTCAGAATA-AAATAATACTAATTTATT
* * * *
261386 AAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTAACGAGCGAGTTCAAAT
129 AATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCGATCGAGTTCAAAT
** *
261451 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTCTCATAAAACA
192 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
261516 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
257 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAA
** * * * *
261580 TTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCCAAACAAATTCAAATAGTCAT-ATCCA
320 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGA-CTA
* * * * * *
261643 TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTA-T
384 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTAGT
* * * * *
261707 TCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA--AGAC
449 TCATACAAATTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAGTA-AA
* *** * * ** * * * *
261770 AT-T-TAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAGCCAGTTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTACC
511 ATATAAAAAAAAAAAATC-ATTTATCAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
261833 T-ATCTCAAAT-AGTATGA--TCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
574 TAAT-TTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* ** * * * *
261894 A-TTCTGAATAAAATAATTCTAAACTAATAA-ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
637 ATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAGT-ATAA-TAAGA-A---AAAAG
* **
261957 ATAAATGTGCTTG
695 AT--GT-TTTTTG
* * * * * * * * *
261970 CCAAACCAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTTAAATCATTCTGACCTTT
1 ---AACAAATTCA-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--TATGACCTTT
* * * * * * *
262034 TGTTTTGTCA-GAAAT-TTTTTTTTTCAGTTCATAGAAGCTAATTTGA-AATAAAATAATA-TAA
60 TGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTT--GTTCATAAAAACTTACTTCAGAATAAAATAATACTAA
* * *
262095 TTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT-
123 -TTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAAT-TATTTACCG-ATC
* * * * ** * * *
262158 AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTA
182 GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** ** * * *
262223 TCATAAAACAATTATTT-TAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTATTAA
247 TCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *** * * *
262285 TATTTCAAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCAAATTAGTTAAAAT
310 TA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTAGCCAAATAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
262348 AATTATGGCCATTCAAACAATTATCTATCTCAAAATCGTCATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAA
373 AGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTTATAAAA
* * * *
262413 CAATTGGTTTTA-ATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
436 CAATT-GCTTTAGTTCATACAAATTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * * * * *
262477 AACTAATAAGTAGGAGAAT-TAAAAAATAAATAT-ACTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATTAC
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* *
262540 TATTTGAATAATTATAT-ATTTCAAATCAT
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Statistics
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724 37 0.01
725 40 0.01
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Consensus pattern (704 bp):
AACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATAAAAACTTACTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTACCGATCGAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATA
AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACA
AATTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAGTAAAATATAAAAAA
AAAAAATCATTTATCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTTAAATCA
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAGTATAATAAGAAAAAAGATGTTTTTTG
Found at i:261551 original size:346 final size:348
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 6.9 Consensus size: 348
259491 AATTATGATT
* * * * ** * *
259501 ATTTGAACAATTATCTATTCCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTCATCATAAAACAATTG-TTTTA
* * * * * * *
259566 TTCATATAAATTTGTTC-GAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-T-CAAA-TATTAA-TA
65 TTCATACAAAATTATTCAG-AATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
259626 AAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCCAA-CTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGATCAATT
129 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-ACAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
259690 ATTTATTTTAAATCTTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTCTGTTCATACATA-C
193 ATTTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGC
* * * * *
259754 TTATTTGGACTAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TCAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAA
256 TTATTT-GAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCT-A-AAAAT--TAA-TAAGA--TAAAA
* * *
259817 AATAAATATGTTTACTAAACTAGA-TCAAATAATCATGAT--
312 AAT-AATATGTTTGC--AAC-AAATTCAAATAGTCAT-ATCC
* * * * * ** * *
259856 TTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTCATCATAAAACAA-TTGTTTT-
** * * * * *
259921 AATTCATA-ATAGCTTACTT-GGAATAAAAGAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATGAAT
64 -ATTCATACA-AAATTA-TTCAGAATCAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * ** *
259982 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATTC-AGTTCAAATAATTATGA-TATTTGAA
124 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
260045 CAATTATATATTCCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCAT
188 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGAA--TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCAT
* ** * * * * *
260108 ATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATT-TCAAATATTAATAAAAGATTT
250 ACAAGCTTATT-TGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT--AAGA--T
* * * ** *
260171 AAAAAATAAATCTAT-TTATCCAACTAGTTCAAATAGTTTTGA-CT
308 AAAAAAT-AA--TATGTT-TGCAACAAATTCAAATAGTCAT-ATCC
* * * * * * * * *
260215 ATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTG-TTCTGTTATAAAATAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTC-ATCATAAAACAATTGTTT-T
* *** ** * * ** *
260278 GTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAGCAATTGATAAGT
64 ATTCATACAAAATTATTCAGAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * *
260342 --AA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAAT
128 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
260403 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AA-TGTTTC-AGTTCATATAA
192 TATTTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTCTCATAAA-ACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
** * *
260465 GCTTATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAGTAATTC-AAAAATTCATAATAAAGAAATTTA
254 GCTTATTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAAT-ATTCTAAAAA-T--TAAT-AAG--A--TA
* * * * * * *
260528 AAAAGATGAATCTATTTACTGAA-AAAGTTTAAATAATTATGA-CT
309 AAAA-AT-AATATGTTTGC--AACAAA-TTCAAATAGTCAT-ATCC
* * *** ** * ** * *
260572 GTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTT-T-T
** * * * *
260636 ATTCATACAATCTTATTTCA-AAT-AATATAATTCAAATTTATTAATA-T-TAAGGCAATTAAAA
64 ATTCATACAAAATTA-TTCAGAATCAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCTAA--AAATTAATA
* * * * * * ***
260697 ATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTCCAAATCGTTATGACTATTTGTGT
125 A-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** ** *
260762 AATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTT-ATAC
189 AATTATTTATTTCAAATCATTAT-GAATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * *
260826 AAGTTTATTTAGATTAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTCGACAATTAA-TAAGTAAAAGAT
252 AAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTCTA-AA--AATTAA-T--AAGA-
*
260889 TTAAAAAATAAATATGTTTGCTAA-ATAAGTTCAAATAGTCATGA-CT
307 -TAAAAAAT-AATATGTTTGC-AACA-AA-TTCAAATAGTCAT-ATCC
* * * * * ** *
260935 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTA-
* ** * * * *
260999 TTCATATAAGTTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATGAGTA
65 TTCATACAAAATTATTCAGAA-TCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
*** * * * ** * *
261062 AAAGAACAAAAAAAAAAAATCCATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATT
129 AAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
261127 ATCTAATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGC-CACAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGCAA
193 AT-TTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTT-CTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAA
* *
261189 GCTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA-AAAAAAT-GT
254 GCTTA-TTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGATAAAAAATAAT
* * * *
261252 -TTTTTG-AACACATTCAAAT-GTTATGA-CT
318 ATGTTTGCAACAAATTCAAATAGTCAT-ATCC
* *
261280 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TATGATC-TTTTGTTTCATCAT-AAACTAATT-TTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-GCATTTTGTTTCATCATAAAAC-AATTGTTTT
* * *
261341 TTGCTCATA-AAAACTTATTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATA
64 AT--TCATACAAAA-TTATTCAGAAT-CAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * *
261405 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
125 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
261470 ATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
190 ATTATTTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* *
261535 GTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTA
254 GCTTATTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA--T-AAGA--TA
261599 AAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTCATATCC
309 AAAAAT-AATATGTTTG-C-AACAAATTCAAATAGTCATATCC
* ** **
261642 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAT
* *
261707 TCATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAG---
66 TCATACAAAATTATTCAGAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * * * *
261768 -ACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAGCCAGTTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTAC
130 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
261832 CTATCTCAAAT-AGTATG-ATCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
195 TTATTTCAAATCATTATGAATTTTGTTTTCTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* *
261895 TTCTGAATAAAATAATTCTAAA-CTAATAA-ATTCTAAAAATTAATAAG
259 TT-TGAATAAAATAATT-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
261942 TAAGAGATTT
Statistics
Matches: 1658, Mismatches: 295, Indels: 273
0.74 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
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344 23 0.01
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368 2 0.00
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Consensus pattern (348 bp):
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TCATACAAAATTATTCAGAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
TATTTCAAATCATTATGAATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
TGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGATAAAAAATAATATGTTTGC
AACAAATTCAAATAGTCATATCC
Found at i:261576 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 178
261254 TTTGAACACA
* * **
261264 TTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCA
* * * * *
261327 T-AAACTAATT-TTTTTTGCTCATAAAAACTTA-TTCAGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAA
65 TAAAAC-AATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTTGA-AATA-AAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
261389 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTAACGAGCGAG
125 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* *
261444 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTCTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCA
*
261509 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
** * * *
261574 TAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAA
128 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * *
261625 TTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GAATTTTGTTTTGTC
* ** * * *
261689 GTAAAACAATTGTTTTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * *
261753 TCAAAAGTTAATAAG----ACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAGCCAG
128 T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
261801 TTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTACCTATCTCAAAT-AGTATG-ATCTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTGTTTTGTCAT
* ** *
261864 AAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATTCTAAACTAATAA-ATT
66 AAAAC-AATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
261927 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAG
128 -TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
261979 TT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTC
* *** * * *
262043 A-GAAATTTTTTTTTTCAGTTCATAGAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATA
64 ATAAAACAATTGTTTT-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
* ** *
262106 TTTAGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAG
126 TTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * ** * *
262161 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-TTTTGTTTTGTCA
* * * *** * *
262226 TAAAACAATTATTTTAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTTA--TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *** * **
262289 TCAAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATTAG
128 T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAAG
* * * * ** * * * *
262341 TTAAAATAATTATGGCCATTCAAACAATTATCTATCTCAAAATCGTCATGAACTTTTTATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAA--TTTTGTTTTGT
* * * *
262406 TATAAAACAATTGGTTTTAATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
63 CATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * ** * *
262471 TTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACCGAACTAG
127 TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * *
262524 TTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
262569 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 186, Indels: 90
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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178 58 0.06
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
Found at i:263677 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 263052--263692 Score: 762
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
263042 TACAAATAGT
* **
263052 TAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 TAAACAAATATAATTTTTAAATCTCTTAGTTAAGAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
** * * * *
263117 TTTATTCTGAATATGCTTGTATGAATAGACATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAACA
66 TTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACA
** * * * *
263182 AATTAAAATATTTAATTGTTCAAATAAGTATAATTATTTAAAGTGGTTCCATATATAACATTATT
131 AATTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAGTATAACTATTTAAACTGATTCCATAAATAACATTATT
* * *
263247 TTTTAAATCTCTTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAACTT
196 TTTTAAATCTC-TATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTATAAATAAACTT
*
263312 GGATAGGTTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGATTATAACGATTTAAAATAATAGATA
260 GGATAGGTTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACGAAAAGATTATAACGATTTAAAATAATAGATA
263376 ATATTTGAACTGGTTTGA
325 ATATTTGAACTGGTTTGA
* * * *
263394 TAAACAAATATATTTTTTAAATCTCTTAGTTAAGAATTTTTAGAATATTATTA-ATTTAGTATTA
1 TAAACAAATATAATTTTTAAATCTCTTAGTTAAGAATTGTCAAAATATTATTAGA-TTAGTATTA
* ** *
263458 TTTTATTC-GAAATAAATTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAGGACAAAAAAGTTGTA
65 TTTTATTCTG-AATAAACTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAAGTTATA
* * * * *
263522 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTGTTTGAACTTATT-CAGTAAATAGA-
128 ACAAATTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAGT-ATAACTATTTAAACTGATTCCA-TAAATA-AC
* * * *
263584 TTTATTTTTTGAATCTC-ATACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATT-TCAA
190 ATTATTTTTTAAATCTCTATA-AAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTAT-AA
* * *
263647 ATAAACTT-G-TATGTTCAAAATTATTGTTTTATGACAAAACGAAAAG
252 ATAAACTTGGATAGGTT-AAAATAATTGTTTTATAACAAAACGAAAAG
263693 TACTAACAAT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 39, Indels: 21
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.04
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (342 bp):
TAAACAAATATAATTTTTAAATCTCTTAGTTAAGAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
TTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACA
AATTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAGTATAACTATTTAAACTGATTCCATAAATAACATTATT
TTTTAAATCTCTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTATAAATAAACTTG
GATAGGTTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACGAAAAGATTATAACGATTTAAAATAATAGATAA
TATTTGAACTGGTTTGA
Found at i:263716 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 263639--263771 Score: 187
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
263629 AGTATTATTC
* ** *
263639 TATTTCAAATAAACTTGTATGTT-CAAAATTATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTACTAACAAT
1 TATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAACAAT
263703 TT
66 TT
* * * *
263705 TATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGAT
1 TATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAACAAT
263770 TT
66 TT
263772 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
66 22 0.38
67 36 0.62
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (67 bp):
TATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAACAAT
TT
Done.