Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168060.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_31, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 845463
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.18, T:0.31
Warning! 13000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 3
Found at i:264569 original size:359 final size:354
Alignment explanation
Indices: 263731--265391 Score: 1271
Period size: 359 Copynumber: 4.6 Consensus size: 354
263721 GTATGTTGAA
* * *
263731 AAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA--AAAAGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
263794 TCCATAATTATTTAAAATTGATTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAA
63 T-CATAACTA-TTAAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAA
* * * *
263859 AATATTAATAAACTAGTATTAATTGTT-TT-TGGATAAACTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTT
126 AATATTAATAAATTAGTATT-ATT-TTATTCTGAAT-AACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * *
263922 ATGACAAAACAAAAGTTCATATTGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAGCTATTTGA
188 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTAGA
* * * * * *
263987 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGGAAA-GTTAATA
253 A-TTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATA
* * * * *
264051 ACTTAGTATTATTTTCTTTC-GAATAAGCTTGTTTGAACT-
316 AATTAGTATTATTTTATTCCAG-ATAAGCTT-ATTGAAATG
* * * ** * * *
264090 AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
264155 CTTAACTATTTAAATTGATTCAGCAAACATATTTATTTATTTATAT-TATTTATTAATTTTAAAA
64 CATAACTATTAAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTT-TTTAAATCT-CTTATTAATTTTTAAA
* *
264219 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATTAACTTGTATGATC-AGAAACAATTGTTTTA
127 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAA-TAACTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTA
* * * * * *
264282 TGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTATTAGAA
189 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTAGAA
* * * * *
264346 TTACTTTAGAAAACAGCTTTAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAA
254 TT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * *
264410 GTAGTATTATTTTATTCCAGATACG-TTATT-AATTG
318 TTAGTATTATTTTATTCCAGATAAGCTTATTGAAATG
* * * *
264445 AAACAATTGTGTTATGACAAGACAAAAAGTTAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAA-A-AAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
*
264510 CATATCTAATTAAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
64 CATAACT-ATTAAAATTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
** * * * * * * *
264574 TCGAATGTTAATACAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTT
123 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * * *
264639 TATGACTAAAGAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCTTAACTATTTA
187 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTA-TTA
* * * * *
264704 -AATTGGTTT-GACAAACA-TTTTTTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATCTTTAGAATATTAT
251 GAATT-GTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * *
264766 TAAATTAGTATAATTTTAATCGA-ATAAGCTTATGTGAAAAG
314 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAGCTTAT-TGAAATG
* * ** * * *
264807 AAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAG-TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
** * * * * *
264872 ATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATA
65 ATAACTATTAAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATA
* * * **
264937 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACCAC
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAACT-TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
265001 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGGACATAACTATTTGAACTTG
193 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTAGAA-TTG
* * * * * * ** *
265066 TTCA-ACAAACATATATATTTTTT-AAATCTTTTACGTATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTA
257 TTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * *
265129 GTATTATTTTATT-CTGAATAAACTTGTATG-AATAG
321 GTATTATTTTATTCCAG-ATAAGCTTAT-TGAAAT-G
* ** * * * **
265164 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAAC-TTTGTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAG-TCAAAACAATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * *
265228 TCATAA-TAATTTAAGCTT-ACTT-AGTAAACATATTCATTTTATAAATCTTTTATTTATTAATT
63 TCATAACT-A-TTAAAATTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
* * * *
265290 TTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGGA-TAGAAACAATT
121 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA-CTTGTATGAACTA-AAACAATT
* *
265353 -TGTTTATCACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATA
183 GT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATA
265392 AATAGCAAAT
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 202, Indels: 107
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 5 0.00
355 85 0.08
356 180 0.17
357 98 0.09
358 155 0.15
359 212 0.20
360 134 0.13
361 60 0.06
362 114 0.11
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTAAAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTAGAATTGTTTA
GAAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCCAGATAAGCTTATTGAAATG
Found at i:265287 original size:537 final size:531
Alignment explanation
Indices: 263712--265366 Score: 1614
Period size: 537 Copynumber: 3.1 Consensus size: 531
263702 TTTTATTTCA
** * * *
263712 AATAAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAACGATTTGAGA
* * * * * *
263776 TAGATAATTATTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAATTGATTCAGTAAACT-GATTTATTTTTTA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTT-GAATTGATTTAGTAAA-TAGATTTAGTTTTTA
* *
263839 AATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTAATTGT-TTTTGGATAAACTT-T-T
126 AATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATT-ATTTTATTTTGAAT-AA-TTCTGT
* * * * *
263901 GTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATATTGATTTTAAATAGATAATTAT
188 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGT
* * *
263965 TTAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTCCTTA
252 TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* ** * *
264030 TTAATTTTTGGAAA-GTTAATAACTTAGTATTATTTTCTT-TCGAATAAGCTTGTTTGAACTAAA
316 TTAA-TTTTGCAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * * * *
264093 A-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAATCT
379 ATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAACT--TTTGAAATAGATAATT-GTCAAATAGTCT
* * *
264157 TAACTATTTAAATTGATTCAGCAAACATATTTA-TTTAT--TTATATTATTTATTAATTTTAAAA
441 TAACTATTTAAATT-ATT-AGCAAACATATTTATTTTATAAATCTATTATTTATTAATTTT-AGA
*
264219 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTG
503 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC-G
** *
264249 AATTAA-CTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGAT
1 AA-TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGAT
* * * * * * * *
264313 TGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTATTAGAATT-ACTTTAGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA-
* * **
264377 CTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCCAGAT-A--C-GTT
128 -TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAATTCTG-T
* * * * * * * *
264437 ATTAATTGAAACAATTGTGTTATGACAAGACAAAAAGTTAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTT
188 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
264502 CAAATAGTCATATCTAATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
253 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
264567 TAATTTTTCGAATGTTAATACAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATA
317 TAATTTTGCAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATA
* * * *
264632 ATAGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCTTAA
382 ATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG-TCAAAC-TTTTGAAATAGATAATTGT-CAAATAGTCTTAA
* * * * * *
264697 CTATTTAAATTGGTTTGACAAACAT-TTTTTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATCTTTAGAAT
444 CTATTTAAATT-ATTAG-CAAACATATTTATTTTAT-AAATCTATTATTTATTAAT-TTTAGAAT
*
264761 ATTATTAAATTAGTATAATTTTAATCG
505 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCG
* * * * *
264788 AATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTACAATTTGAGATA
1 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATA
* *
264853 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
* * *
264918 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTGTATGAATAG
131 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTGTATGAATAG
** * * *
264983 AAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGGA
196 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
** * * * * *
265048 CATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAACATATATATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAA-CTTGC
261 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGC
* *
265112 AAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTT
326 -AAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTT
* * * * * *
265176 TATGACAAAACAAAAGATCCTAACTTTGTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGTCATAA-TAATTT
389 TATGACTAAACAAAAGGT-CAAACTTT-TGAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCTTAACT-ATTT
* * * * * *
265240 AAGCTTACTTAGTAAACATATTCATTTTATAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
450 AA-ATTA-TTAGCAAACATATTTATTTTATAAATCTATTATTTATTAATTTTAG-AATATTATTA
* * *
265305 AACTAGTATTATTTTATTTCA
512 AATTAGTATTATTTTA-ATCG
* * *
265326 AATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATT-TGTTTATCACAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAA
265367 CAAAAGGTTA
Statistics
Matches: 905, Mismatches: 166, Indels: 93
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
534 1 0.00
535 70 0.08
536 209 0.23
537 287 0.32
538 153 0.17
539 141 0.16
540 41 0.05
541 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGC
AAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
TGACTAAACAAAAGGTCAAACTTTTGAAATAGATAATTGTCAAATAGTCTTAACTATTTAAATTA
TTAGCAAACATATTTATTTTATAAATCTATTATTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
TATTTTAATCG
Found at i:265393 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 263701--265391 Score: 1299
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 179
263691 AGTACTAACA
* * * ** *
263701 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
263765 ACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAATTGATTCAGTAAAC-TGA
65 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTT-AAATTG-TT-AGTAAACAT-A
*
263828 TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATT
125 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * *
263879 AATTGTT-TTT-GGATAAACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA
1 -ATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
263941 T-ATTGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA
63 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTT-AGTAAACATA
* * * **
264005 TTTATTTTTTCAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGGAAA-GTTAATAACTTAGTATT
125 TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * *
264061 ATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTTTGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-A
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
264123 AATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTAAATTGATTCAGCAAACATATT
65 ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TT-AGTAAACATATT
* * * * *
264188 TATTTATTT--A--TATTATTTATTAATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATT
127 TATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * *
264238 ATTTT-TATCTGAATTAA-CTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCA
1 ATTTTATTTC-GAA-TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
264299 TAA-TGATTTGAGATTGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTA-TTAGAATTACTTTAGAAAACAG
63 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AATT--GTTAGTAAACAT
* * * *
264362 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
124 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * * * * * *
264418 ATTTTA-TTCCAGAT-A-CGT-TATTAATTGAAACAATTGTGTTATGACAAGACAAAAAGTTAAA
1 ATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
264479 ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAATTGTT-AGTAAACATATTT
* ** * *
264544 ATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATACAGTAGTATT
128 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * * * * *
264597 ATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTA-AAATAATAGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTTAAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
264661 ACGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTTGACAAACAT-TTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTAG-TAAACATATTT
* * * * * *
264725 TTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATCTTTAGAATATTATTAAATTAGTATA
128 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * * * * *
264778 ATTTTA-ATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
264841 CAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA
66 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-G-TTAGTAAACATATTTA
* * * *
264906 GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATT
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * **
264953 ATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** *
265017 A-TAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAACATATA
65 ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTT-AGTAAACATATT
* * * **
265081 TATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATT
127 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * *
265134 ATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTA
1 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
265198 ACT-TTGTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAGCTTACTTAGTAAACATAT
65 ACTATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAA-ATT-GTTAGTAAACATAT
* * * * * *
265261 TCATTTTATAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATT
126 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * *
265315 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATT-TGTTTATCACAAAACAAAAGGTTATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
265379 ACTATTTGAAATA
65 ACTATTTGAAATA
265392 AATAGCAAAT
Statistics
Matches: 1204, Mismatches: 237, Indels: 140
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 37 0.03
176 51 0.04
177 209 0.17
178 159 0.13
179 127 0.11
180 118 0.10
181 368 0.31
182 131 0.11
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTAGTAAACATATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
Found at i:282558 original size:209 final size:209
Alignment explanation
Indices: 282198--282618 Score: 842
Period size: 209 Copynumber: 2.0 Consensus size: 209
282188 TGATATATGA
282198 ATAGGCAACCAACAAGCCACAAGTTAATCTCAAGAATACAGAACAATATATCGGCACATAATGGG
1 ATAGGCAACCAACAAGCCACAAGTTAATCTCAAGAATACAGAACAATATATCGGCACATAATGGG
282263 AGCACACCAAGGTAACCCTTAGTGTTCTCATAAGAAAAAATGTTTTATTAACATCAAGAATAGTA
66 AGCACACCAAGGTAACCCTTAGTGTTCTCATAAGAAAAAATGTTTTATTAACATCAAGAATAGTA
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131 TAATAAGTACAAAAAGAGCATTGAGTCTTCCTACCATCGTCGAGTTTAGAGGGGTAGCCCTAAAT
282393 GGGTGGTCTAGCAC
196 GGGTGGTCTAGCAC
282407 ATAGGCAACCAACAAGCCACAAGTTAATCTCAAGAATACAGAACAATATATCGGCACATAATGGG
1 ATAGGCAACCAACAAGCCACAAGTTAATCTCAAGAATACAGAACAATATATCGGCACATAATGGG
282472 AGCACACCAAGGTAACCCTTAGTGTTCTCATAAGAAAAAATGTTTTATTAACATCAAGAATAGTA
66 AGCACACCAAGGTAACCCTTAGTGTTCTCATAAGAAAAAATGTTTTATTAACATCAAGAATAGTA
282537 TAATAAGTACAAAAAGAGCATTGAGTCTTCCTACCATCGTCGAGTTTAGAGGGGTAGCCCTAAAT
131 TAATAAGTACAAAAAGAGCATTGAGTCTTCCTACCATCGTCGAGTTTAGAGGGGTAGCCCTAAAT
282602 GGGTGGTCTAGCAC
196 GGGTGGTCTAGCAC
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1 ATA
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Consensus pattern (209 bp):
ATAGGCAACCAACAAGCCACAAGTTAATCTCAAGAATACAGAACAATATATCGGCACATAATGGG
AGCACACCAAGGTAACCCTTAGTGTTCTCATAAGAAAAAATGTTTTATTAACATCAAGAATAGTA
TAATAAGTACAAAAAGAGCATTGAGTCTTCCTACCATCGTCGAGTTTAGAGGGGTAGCCCTAAAT
GGGTGGTCTAGCAC
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300380 TCAGTGCCCC
* * * * * *
300390 CACACTCATTTCTTGGGTTGACTTAGGCATGCAGAGTTCATTCCCAATCCAAGCCCCAGTCAGGT
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* * * * **
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* **
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131 GCCACCTCTATGGCCAGCTCAATACCCG
* *
300548 CACACTTATTTCTTGGGTTGACTTAGGCTTACAAAGTTCATTCCCAGTCTAAGCCCCAG-CCGGA
1 CACACTTATTTCTTGGGTTGACTTAGGCATACAAAGTTCATTCCCAGTCTAAGCCCCAGTCAGGA
* * * * * ** * * *
300612 CTAAGGGTCCTACGGTAGGATCCATAGCACACCGAGGGGGATCGAGTC-GATCCTTAGCTTGAAC
66 C-AAGGGACCCACAGAAGGATCCACAGCACACAAAGGGGGACCAAG-CAGATCCTCAGCTTGAAC
* * * * * *
300676 ATTCTAGCTCTATGGCCAGCTTAGTGCCCG
129 ATGCCACCTCTATGGCCAGCTCAATACCCG
* * * *
300706 CACGCTTGTTTCTTGGGTTGACTTAGGCATACATAGTGCATTCCCAGTCT
1 CACACTTATTTCTTGGGTTGACTTAGGCATACAAAGTTCATTCCCAGTCT
300756 TGACCAACCA
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CACACTTATTTCTTGGGTTGACTTAGGCATACAAAGTTCATTCCCAGTCTAAGCCCCAGTCAGGA
CAAGGGACCCACAGAAGGATCCACAGCACACAAAGGGGGACCAAGCAGATCCTCAGCTTGAACAT
GCCACCTCTATGGCCAGCTCAATACCCG
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319879 GAGGCAACCA
* * *
319889 CCTAAACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACC-GCTGCACCAGGGGCCATCTT
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**
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* * * * * *
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1 CCTAAACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCAAGGTAACCA-CCTGCACCAGGGGCCATCT
* * * * **
320042 TCTACCAATGGTGGTCAAGGTATGTG-
65 TCTACCAATAGTGATCAAAGCAACTGC
* * * * *
320068 CCTACACCAAGGCCCAGCACGTGTCAATGGTGGTCAAGGTAACCACCTGCACCAG
1 CCTAAACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCAAGGTAACCACCTGCACCAG
320123 CTCGAGGTAT
Statistics
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CCTAAACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCAAGGTAACCACCTGCACCAGGGGCCATCTT
CTACCAATAGTGATCAAAGCAACTGC
Found at i:320326 original size:45 final size:45
Alignment explanation
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320114 CTGCACCAGC
* ** * **
320124 TCGAGGTATGTGCCTGCACCAAGGCCCAGCACATGTCGATGGTGT
1 TCGAGGTAAGTGCCCACACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGT
* *** * * * *
320169 TCGAGGCAACCACTCATACTAAGGTCCAGTATGTGTCGATGGTGT
1 TCGAGGTAAGTGCCCACACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGT
* * * * * * * *
320214 TTGAGGTAAGTGCCCACACCATGGGCCA--TTTTCTACTAATGGTGAT
1 TCGAGGTAAGTGCCCACACTAAGGCCCAGCATGTGT-C-GATGGTG-T
* **
320260 T-GAGGCAA-TCGCCCGTACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGT
1 TCGAGGTAAGT-GCCCACACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGT
320304 TCGAGGTAAGTGCCCACACTAAGG
1 TCGAGGTAAGTGCCCACACTAAGG
320328 GCTGACTTGT
Statistics
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0.66 0.25 0.10
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.03
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Consensus pattern (45 bp):
TCGAGGTAAGTGCCCACACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGT
Found at i:320360 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 320185--320369 Score: 201
Period size: 90 Copynumber: 2.1 Consensus size: 90
320175 CAACCACTCA
* * * * *
320185 TACTAAGGTCCAGTATGTGTCGATGGTGTTTGAGGTAAGTGCCCACACCATGGGCCATTTTCTAC
1 TACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGTAAGTGCCCACACCAAGGGCCATCTTCTAC
* * ** *
320250 TAATGGTGATTGAGGCAATCGCCCG
66 CAATGGCGATCAAGGCAATCGCACG
* * * *
320275 TACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGTAAGTGCCCACACTAAGGGCTGA-CTTGTG
1 TACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGTAAGTGCCCACACCAAGGGC-CATCTTCTA
* * *
320339 CCGATGGCGCTCAAGGTAATCGCACG
65 CCAATGGCGATCAAGGCAATCGCACG
320365 TACTA
1 TACTA
320370 GGGACCATCT
Statistics
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0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
90 76 0.99
91 1 0.01
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Consensus pattern (90 bp):
TACTAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGTAAGTGCCCACACCAAGGGCCATCTTCTAC
CAATGGCGATCAAGGCAATCGCACG
Found at i:320508 original size:45 final size:45
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Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
320402 TGGCACATGC
* **
320412 CCGATGGTGGTCCAGGTAAGTGCCCGTACCAATGGCCAGCTTGTG
1 CCGATGGTGGTCCAGGTAAGTGCCCGTACCAATGGCCAACACGTG
** * * *
320457 ATGATGGTGGTCGAGGTAGGTGCCTGTACCAA-GGCTCAACACGTG
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320502 CCGATGGTG
1 CCGATGGTG
320511 CTCAAGGCAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 10, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (45 bp):
CCGATGGTGGTCCAGGTAAGTGCCCGTACCAATGGCCAACACGTG
Found at i:320668 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 320569--320674 Score: 108
Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
320559 AAGGCATGCA
* * * *
320569 TGTGTCAATGGTGGTTGAGGCAAGTGCCTGTACCAAGGGCCAGCT
1 TGTGTCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCTGTACCAAAGGCCAGCC
* * *
320614 TGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAAGTG-CTCGTACCAAAAGG-TAGCC
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*
320659 TGTGTCGATGATGGTC
1 TGTGTCGATGGTGGTC
320675 AATGAATGTG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 9, Indels: 4
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.36, T:0.25
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TGTGTCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCTGTACCAAAGGCCAGCC
Found at i:321566 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 321248--321554 Score: 409
Period size: 149 Copynumber: 2.1 Consensus size: 149
321238 GACCAATGTA
* * *
321248 TGAATTTACAAGCTATAAAAATGGCATTGGCATGGCATAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACC
1 TGAATTCACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGGCATAAATATGAAAATGTGCCTAAACCCACC
*** * * ** *
321313 TACCACCCGATCGTGGCGTGCATGGTACTCTGCACGAGCTCAGGACACCTACGTGTGGTGTGCGG
66 TACCACCCGATCGTGGCACACATGGTACTCGGCACGAGCTCAGGACACCCACACGTGGTGTGCAG
*
321378 GCACTGGGGAGTGCTCATG
131 GCACTGGGGAGGGCTCATG
*
321397 TGAATTCACAAGCCATAAAAATGGTATTGGCATGGCATAAATATGAAAATGTGCCTAAACCCACC
1 TGAATTCACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGGCATAAATATGAAAATGTGCCTAAACCCACC
* * * * * *
321462 TACCACCCGGTTGTGGCACACATTGGTGCTCGGCCCGGGCTCAGGATACCCACACGTGGTGTGCA
66 TACCACCCGATCGTGGCACACA-TGGTACTCGGCACGAGCTCAGGACACCCACACGTGGTGTGCA
*
321527 GGCATTGGGGAGGGCTCAT-
130 GGCACTGGGGAGGGCTCATG
321546 TCGAATTCA
1 T-GAATTCA
321555 TGGGCCAAAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 20, Indels: 3
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
149 79 0.58
150 57 0.42
ACGTcount: A:0.27, C:0.24, G:0.27, T:0.22
Consensus pattern (149 bp):
TGAATTCACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGGCATAAATATGAAAATGTGCCTAAACCCACC
TACCACCCGATCGTGGCACACATGGTACTCGGCACGAGCTCAGGACACCCACACGTGGTGTGCAG
GCACTGGGGAGGGCTCATG
Found at i:321888 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 321604--322087 Score: 489
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
321594 TAGTCTAAGC
* * *
321604 TTGTGGCAACAAGACCCATAGTAGGATCGACAGCACGTAGGGGGGAACCCGA-TTGATCCTCAAC
1 TTGTGGCAGCAAGACCCATAGTAGGATCGACAGCACG-AAGAGGG-A-CCGAGTTGATCCTCAAC
* * ***
321668 TTGTGCATCCTACCTCTCTGGCCGG-TGAAGTGCCCACCCACTTCTTTCGTAGGTTGACTTAGGC
63 TTGTGCATCCTACCTCTCTGGCTGGCT-CAGTGCCCACATGC-TCTTTCGTAGGTTGACTTAGGC
* * ** *
321732 ATACAGAGTTTATTTCC-CCTCTAAGATTGGATCAGACCAAGGG
126 ATACAGAGTTCATTTCCTACTCTAAGATCAGATCAGACCAACGG
** * *
321775 TTGTGGCAGCAAGACCTGTAGTAGGATCGACAGCACGCAGAGGGCACCGAGTTGATCTTCAACTT
1 TTGTGGCAGCAAGACCCATAGTAGGATCGACAGCACGAAGAGGG-ACCGAGTTGATCCTCAACTT
*
321840 GTGCATCCTGCCTCTCTGGCTGGCTCAGTGCCCACATGCTCATTTCGTAGGTTGACTTAGGCATA
65 GTGCATCCTACCTCTCTGGCTGGCTCAGTGCCCACATGCTC-TTTCGTAGGTTGACTTAGGCATA
* * * * **
321905 C-GAAGTCCA-TTCCTAGTCTAAGCTCAGATCGGACTGACGG
129 CAG-AGTTCATTTCCTACTCTAAGATCAGATCAGACCAACGG
* * *
321945 TTGTGGCAGCAAGACCCATAGTAGGATCAACAGCACGTAAAGAGGGACCG-GATAGATCCTCAGC
1 TTGTGGCAGCAAGACCCATAGTAGGATCGACAGCACG--AAGAGGGACCGAG-TTGATCCTCAAC
* * * * * *
322009 TTATGCATTCTACCTCTTTGG-TCGACTCAGTGCTCC-CATGCTCGTTTCATGGGTTGACTTAGG
63 TTGTGCATCCTACCTCTCTGGCT-GGCTCAGTGC-CCACATGCTC-TTTCGTAGGTTGACTTAGG
322072 CATACAGAGTTCATTT
125 CATACAGAGTTCATTT
322088 TCAATCTAAG
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 41, Indels: 23
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.04
170 130 0.50
171 108 0.42
172 11 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.26, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (169 bp):
TTGTGGCAGCAAGACCCATAGTAGGATCGACAGCACGAAGAGGGACCGAGTTGATCCTCAACTTG
TGCATCCTACCTCTCTGGCTGGCTCAGTGCCCACATGCTCTTTCGTAGGTTGACTTAGGCATACA
GAGTTCATTTCCTACTCTAAGATCAGATCAGACCAACGG
Found at i:330405 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 330265--330462 Score: 229
Period size: 90 Copynumber: 2.2 Consensus size: 90
330255 TAACCGCTTG
* *
330265 CACCAGGGGCCATCTTCTACCAATAGTGATCGAAATAACTGCCCTCACCAAGGCTCAGCATGTAC
1 CACCAGGGGCCATCTTCTACCAATAGTGATCGAAATAACTGCCCTCACCAAGGCCCAGCATATAC
* * * *
330330 CGATGTTGTTCGAGATAATTGCCCA
66 CAATGGTGTTCGACATAACTGCCCA
* * * ** *
330355 CACCAGGGGCTATCTTCTACCAATGGTGATGGAGGTAA-TCGCCCGT-ACCAAGGCCCTGCATAT
1 CACCAGGGGCCATCTTCTACCAATAGTGATCGAAATAACT-GCCC-TCACCAAGGCCCAGCATAT
* *
330418 GCCAATGGTGTTCGACATAACTGCCTA
64 ACCAATGGTGTTCGACATAACTGCCCA
*
330445 CACTAGGGGCCATCTTCT
1 CACCAGGGGCCATCTTCT
330463 GTCGATGGTG
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 16, Indels: 4
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
89 1 0.01
90 88 0.98
91 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.29, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (90 bp):
CACCAGGGGCCATCTTCTACCAATAGTGATCGAAATAACTGCCCTCACCAAGGCCCAGCATATAC
CAATGGTGTTCGACATAACTGCCCA
Found at i:331876 original size:150 final size:149
Alignment explanation
Indices: 331558--331892 Score: 431
Period size: 150 Copynumber: 2.2 Consensus size: 149
331548 GGGACCATTG
* * ** *
331558 TATGAATTCACAAGCCATAAAAATGACATTGGCATGGCAAAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
1 TATGAATTCACAGGCCACAAAAATGGTATTGGCATAGCAAAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
* * *
331623 CCTACCACCCGATCGTGGCACGCATGGTGCTCGGCCCAGGCTTAGGACACCCGCACGTGGTGTAC
66 CCTACCACCCGATCGTAGCACACATGGTGCTCGGCCCAGGCTTAGGACACCCGCACGTGGTGCAC
*
331688 GGGCACTGAAGAGTGCTCA
131 GGGCACTGAAGAGGGCTCA
*
331707 TGTGAATTCACAGGCCACAAAAATGGTATTGGCATAGCAAAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
1 TATGAATTCACAGGCCACAAAAATGGTATTGGCATAGCAAAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
* * * * * * *
331772 CCTACCACCTGGTCGTAGCGCACATTGGTGCTTGGCCCGGGCTTAGGACACCTGCGCGTGGTGCA
66 CCTACCACCCGATCGTAGCACACA-TGGTGCTCGGCCCAGGCTTAGGACACCCGCACGTGGTGCA
* **
331837 CGGGCATTGGGGAGGGCTCA
130 CGGGCACTGAAGAGGGCTCA
* *
331857 TATGAATTCTTCA-GTCACAAAAATGGCT-TTGGCATA
1 TATGAATTC-ACAGGCCACAAAAATGG-TATTGGCATA
331893 CAGAGTTCAT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 23, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
149 78 0.49
150 79 0.49
151 3 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.25, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (149 bp):
TATGAATTCACAGGCCACAAAAATGGTATTGGCATAGCAAAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
CCTACCACCCGATCGTAGCACACATGGTGCTCGGCCCAGGCTTAGGACACCCGCACGTGGTGCAC
GGGCACTGAAGAGGGCTCA
Found at i:332428 original size:171 final size:171
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Indices: 332040--332600 Score: 484
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
332030 CTGCCCGATT
* * *
332040 ATTTTGTAGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATT-GAGCCAAATCGAGGG
1 ATTTTGTAGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAATCTAAGCTTAGA-CCAGATCGAGGG
* * * * * * * * * * *
332104 TTATGGCGGTAAGACCCGCAGCAGGATCGGTAACACGTAGAGAGGGA-CCAGGTCGATCCT-TAG
65 TTGTGGCAGTAGGACCTGTAGTAGGATTGATAGCACGTAGAGAGGGATCGAGCT-GATCCTCT-G
*** * * ***
332167 CTTGCGTATCCTACCTCTCTGGTCGGCTTAGTGCTCGCATGTTC
128 CTTGTACATCCTACCTCTCTGGTCGGCTCAGTGCCCGCACACTC
* ** *
332211 ATTTTGTTGGTTGACTTAGGCATAGGGAGTTCATTCTCAATCTAAGCTTAGACCAGATCGAGGGT
1 ATTTTGTAGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAATCTAAGCTTAGACCAGATCGAGGGT
** *
332276 TGTGGCAACAGGACCTGTAGTAGGATTGATAGCACGCAGAGAGGGATCGAGCTGATCCTCTGCTT
66 TGTGGCAGTAGGACCTGTAGTAGGATTGATAGCACGTAGAGAGGGATCGAGCTGATCCTCTGCTT
* *
332341 GTACATCCTGCCTCTTTGG-CTGGCTCAGTGCCCGCACACTC
131 GTACATCCTACCTCTCTGGTC-GGCTCAGTGCCCGCACACTC
* * * * **
332382 ATTTCGTAAGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAATCTAAGCTCAAACTGGATCGAGGGT
1 ATTTTGTAGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAATCTAAGCTTAGACCAGATCGAGGGT
* * * ** * * *
332447 TGTGGTAGTAGGACCTGTAATAGGATTGACAGTGCGTAGAGAGGGATCGAGCCGATCTTCAGCTT
66 TGTGGCAGTAGGACCTGTAGTAGGATTGATAGCACGTAGAGAGGGATCGAGCTGATCCTCTGCTT
** * * * *** ** **
332512 GTGTATTCTACCTCTCTAGCCCATTCAGTGCCTTCATGCTC
131 GTACATCCTACCTCTCTGGTCGGCTCAGTGCCCGCACACTC
** * * * *
332553 ATTTCATGGGTTGACTTAGGCATA-GGAGTTCATTCCTAGTCTAAGCTT
1 ATTTTGTAGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAATCTAAGCTT
332601 TAGCTGGATC
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 72, Indels: 11
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 21 0.07
171 284 0.91
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Consensus pattern (171 bp):
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TGTGGCAGTAGGACCTGTAGTAGGATTGATAGCACGTAGAGAGGGATCGAGCTGATCCTCTGCTT
GTACATCCTACCTCTCTGGTCGGCTCAGTGCCCGCACACTC
Found at i:335144 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 335095--335146 Score: 81
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
335085 AACCACCATG
335095 CCTTCCTACTCATCAAGGCCTAGC
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*
335119 CCTTCCTATTCATCAA-GCC-AGC
1 CCTTCCTACTCATCAAGGCCTAGC
335141 CCTTCC
1 CCTTCC
335147 CCGACGGTTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 9 0.33
23 3 0.11
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CCTTCCTACTCATCAAGGCCTAGC
Found at i:340599 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 340546--340761 Score: 189
Period size: 45 Copynumber: 4.8 Consensus size: 44
340536 GGTCGACTTA
340546 TGCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACG
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAT-TGCCCGTACCAAGGCCCAGCACG
* * * * * *
340591 TGCTGATGGTGGTCGAAGCAATAGCCCGCACCAAGGCCTAGCATG
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGC-ATTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACG
* *
340636 TGCCGATGATGGTCGAGGCATTTTCCCGTACCAAGGCCCAGCACG
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCA-TTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACG
* * * * * * * * *
340681 TGCCGATAGTGTTCAAGGTAACTGCCCCTACCAAGACCTAGCATG
1 TGCCGATGGTGGTCGAGG-CATTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACG
* * * * *
340726 TGCCAATGGTGTTCAAGGCAACTGCTCGTACCAAGG
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGC-ATTGCCCGTACCAAGG
340762 GCCATCTTCT
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TGCCGATGGTGGTCGAGGCATTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACG
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340536 GGTCGACTTA
* * *
340546 TGCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACGTGCTGATGGTGGTCGAA-GC
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCATCTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACGTGCCGATAGTGGTC-AAGGC
*
340610 AA-TAGCCCGC-ACCAAGGCCTAGCATG
65 AACT-GCCC-CTACCAAGACCTAGCATG
* * * * *
340636 TGCCGATGATGGTCGAGGCATTTTCCCGTACCAAGGCCCAGCACGTGCCGATAGTGTTCAAGGTA
1 TGCCGATGGTGGTCGAGGCATCTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACGTGCCGATAGTGGTCAAGGCA
340701 ACTGCCCCTACCAAGACCTAGCATG
66 ACTGCCCCTACCAAGACCTAGCATG
* * * * *
340726 TGCCAATGGTGTTCAAGGCAACTGCTCGTACCAAGG
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340762 GCCATCTTCT
Statistics
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TGCCGATGGTGGTCGAGGCATCTGCCCGTACCAAGGCCCAGCACGTGCCGATAGTGGTCAAGGCA
ACTGCCCCTACCAAGACCTAGCATG
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340745 AACTGCTCGT
* *
340755 ACCAAGGGCCATCTTCTAC-CAATGGTGATCGAGGCAACCGCCCTC
1 ACCAA-GGCCATCTTCT-CTCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCAC
* * * * *
340800 ACCAAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCAC
1 ACCAAGG-CCATCTTCTCTCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCAC
* * *
340845 ACAAAGGCCATCTTCTCTCGATGGTGATCAAGGTAACCGCCCAC
1 ACCAAGGCCATCTTCTCTCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCAC
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1 ACCAAGGCC
340898 CAGCATGTGT
Statistics
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ACCAAGGCCATCTTCTCTCGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCAC
Found at i:340885 original size:89 final size:89
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340673 CCAGCACGTG
* * * * * * * *
340683 CCGATAGTGTTCAAGGTAACTGCCCCTACCAAGACCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCAAGGCAAC
1 CCGATGGTGATCAAGGTAACCGCCCC-ACCAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGCAAC
* * *
340748 TGCTCGTACCAAGGGCCATCTTCTA
65 CGCTCGCACCAAAGGCCATCTTCTA
* * * *
340773 CCAATGGTGATCGAGGCAACCGCCCTCACCAAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAAC
1 CCGATGGTGATCAAGGTAACCGCCC-CACCAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGCAAC
340838 CGC-C-CACACAAAGGCCATCTTCT-
65 CGCTCGCAC-CAAAGGCCATCTTCTA
* *
340861 CTCGATGGTGATCAAGGTAACCGCCCACACCAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTTGATGCAA
1 C-CGATGGTGATCAAGGTAACCGCCC-CACCAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGCAA
340926 CCG-TCTGCACCA
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340938 GGGGTAATCT
Statistics
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CCGATGGTGATCAAGGTAACCGCCCCACCAAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCGAGGCAACC
GCTCGCACCAAAGGCCATCTTCTA
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340433 TACCCGTACT
* * * *
340443 AAGGCCCAACACATGTCGATGGTGTTCGAGGTAACCACCCACACC
1 AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
* * * * * * * * ** * *
340488 AGGGGCCATCTTCTGTCGATGCTGATCGAGGTAAGTGCTCGCACC
1 AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
** * * * *** **
340533 AAGGGTC-GACTTATGCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCGTACC
1 AAGGCCCAG-CATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
** * * ** *
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1 AAGGCCCAGCATATGTC-GATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
* * * * * **** **
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** * * * * *
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* * * * * * * * **
340713 AAGACCTAGCATGTGCCAATGGTGTTCAAGGCAACTGCTCGTACC
1 AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
* * * * ** * * *
340758 AAGGGCCATCTTCTACCAATGGTGATCGAGGCAACCGCCCTCACC
1 AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
*
340803 AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACA
1 AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
* * * * * * *
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* * *
340892 AAGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTTGATGCAACCG
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340929 TCTGCACCAG
Statistics
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AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCACACC
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346062 TAATGATTTT
346072 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
346088 AAATAGTCATAATTATT
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346105 TGAACTTATT
Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
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Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 183
345780 TCTACTTATT
* * ***
345790 AATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATTGGCTTGTATGACGAA-AAACA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA--AATAAACA
* * * * *
345854 ATTGTTTTATGATACAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGAT-ATTGTTTAAAT-GGCTATA
64 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATA
*** *
345917 ACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGGTTTTATTTTT-TAAATCTCC-AACTT-CTC
128 ACTATTTGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTGTAAAT-TCCTAACTTACTA
* * *
345971 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAAATGAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAAT-AAACAA
* * *
346036 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT
65 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * ** *
346101 TATTTGAACTTATTCAGTAAA-TAAATTTATTTTTGTAAATTCCTTGCTTATTA
130 TATTTGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTGTAAATTCCTAACTTACTA
* * * * ** *
346154 AATTTCT-AAATGTTAACAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAA-TATGTATGAACTAAAACA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACT-TGTATGAAAT-AAACA
* * * * * * *
346217 ATTATTTTATAACT-AAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
64 ATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
346281 ACTATTTGA
128 ACTATTTGA
346290 TTGGTTTAGC
Statistics
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Consensus pattern (183 bp):
AATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAATAAACAAT
TGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTTGTAAATTCCTAACTTACTA
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Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
347102 GATAAACAGA
*
347112 TTTATTTTTGAACTCT
1 TTTACTTTTGAACTCT
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1 TTTACTTTTGAACTC
347143 GATAAATTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTACTTTTGAACTCT
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346296 TAGCAAATAC
* * * * * * *
346306 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCATAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * **
346371 CTAATTGAAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTGTTGCTTTATTAATTTTTCGA
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTAAA
* * * *
346436 ATGTTAAT---GTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* ** * * * * *
346486 ATTATTTTATGATTAAA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
346550 CTATTTAAACTAGTT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
346613 ATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
346664 ATTGTTATATGAC--AACATAAAGATCATTA-TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
346726 AACTATATGAA-TTGGTTCTGTAAACAGATTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAA
64 AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * ** *
346786 ATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* *
346840 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA-A
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** ** * * *
346903 GACTATTTGAGGTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGTAAAA
65 -ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* *
346968 TATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * *
347021 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATAC
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * * *
347086 CTATTTGAGCTTACTC-GATAAACAGATTTA-TTTTTGAA---C-T-CTT-TT-ACTTTT-GAA-
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* ** * * *
347140 CTCGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGGATAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
347192 A-TGGTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * **
347255 CTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAAT
66 CTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* *
347318 ATTAATAAATT--TAATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACA
130 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
347367 ATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
347432 CTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
347497 ATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCGACTAAGCCTATATGAATTGATACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
347549 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
347614 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * *
347678 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACA
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * *
347729 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
347793 CTATTTGAACTTATT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AC
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTAAA
347855 ATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-A
128 ATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
347908 TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
347973 ATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAAAAAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
65 ACTATTTGA-ACTTGTTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * *
348037 ATATTAATAAAATAGAATTATGTTA-CTCAAATAAGCTTGTACGAATATAATCA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
348090 ATTGTTTTGTGATAAAACAGAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * ** *
348154 ACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAG-TTTCATTCTTCAAATTTGTTACTTATTAGCTTTCAAA
65 ACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
348217 ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCTAATAAGAC-TATATAAATAGAAATA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
348271 ATTGTTTTATCATAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * **
348335 ACTAATTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTTTTAATTTACAAAAT
65 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * * *
348400 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* ** *
348452 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * ** *
348517 TTATTTGAACTGGTT-AGGCAAACATAATTGTTTTTTAAACCTCTTACTTATTGAGATTTGAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
348581 ATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA
*** * * * * * * * *
348632 AAAATTTTACGACAAAATAAAAGGTCAT-ACTGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
348696 ACTGTTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAAT
65 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
348761 ATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAACAAAAATA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * * * * * *
348813 ATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
348878 CTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
** *
348943 TTAGCAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACA
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * *
348994 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCTTAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
349058 ATTATTTAAACTAAT-TTGA-TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAA
65 ACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * ** *
349121 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCGGATAAACTT-T-TGTCTACTGAAATA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA--GAAACA
* * * * * * * *
349175 GTTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATGT-AAATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATA
* * * * *
349239 ACTATTTGCACTTATTC-GATAAATA-A---ATTTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTCT-TA
65 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAA
* * * * *
349295 ATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * * * *
349349 ATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATTAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
349414 CTATTTGAAATGGTT-TGGAAAGCACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * ** *
349472 AGTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAAAA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * ** * * *
349524 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
349589 CTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * *
349653 AATAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
349705 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAA-AGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
349769 CTATTTGAACTTGCTC-GATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTTTAGAAA
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAA
* *
349832 TATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * ** ** *
349885 ATTGGTTTATAACTAAATAAATTGTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
349950 CTATTTGAACGTGTTTAG-AAA-ATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAA
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
350012 TTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA
129 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * * * * ***
350065 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-ATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
350129 ACTAATTGAACTTTTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACT
65 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
350179 CATGCTTATA
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
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CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
Found at i:348030 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 346306--350178 Score: 3004
Period size: 542 Copynumber: 7.2 Consensus size: 538
346296 TAGCAAATAC
* * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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254 CTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * *
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318 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAA
* * *
346685 GATCATTA-TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAA-TTGGTTCTG-T
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* *
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** *
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505 TTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA
** * *
346840 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA-AG
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-
* ** * * * * *
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*
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128 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * * * *
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192 TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
** * * * * * **
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257 GTTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
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* * * * *
347218 AACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAAA
387 AACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTT-GATAAACAGA
* *** * *
347281 TTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAAT-T-GTTTTATTC
450 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTCAAAATATTAATAAATTT-ATGTAATTTTATTT
* *
347343 GAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACA
513 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA
* * * *
347367 ATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
347432 CTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAAT
66 TTATTTGAACTTGTTCGATAAA-A-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * * *
347497 ATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCGACTAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGAC
128 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAT
* *
347562 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG
193 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
* *
347627 TTC-AGTAAACATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT
258 TTCGA-TAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
347691 ATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCA
322 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAAGTCA
* *
347756 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGAT
386 TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGAT
* *
347820 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTACATATTAATAAATTTATGTAATTTTATTTG
451 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-T-TCAAAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATTTG
*
347884 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAT
514 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA
* * *
347909 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
347974 TTATTT-ATACTTGTTCGGTAAAAAAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
66 TTATTTGA-ACTTGTTCGAT-AAAAA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * * *
348038 TATTAATAAAATAGAATTATGTTA-CTCAAATAAGCTTGTACGAATAT-AATCAATTGTTTTGTG
127 TATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTATG
* * * * *
348101 ATAAAACAGAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCA-T
191 ATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
* * ** * * ** *
348165 TGGTCAAGCCAACAGT-TTCATTCTTCAAAT-TTGTTACTTATTAGCTTTCAAAATATTAATAAA
256 TGTTCGA-TAAACA-TATTTATT-TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
348228 TTAGCATTACTTTATTTCTAATAAGAC-TATATAAATAGAAATAATTGTTTTATCATAAAACAAA
317 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAA
** * * * * * *
348292 TGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTT-AGT
380 AAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-T
* * * * * *
348355 AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTTTTAATTTACAAAATATTAATAAATTAATATTAT
443 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTT-CAAAATATTAATAAATTTATGTAAT
** * * * *
348419 TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA-AAAACA
506 TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-A
* *
348452 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * ** *
348516 ATTATTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAACCTCTTACTTATTGAGATTTGAAAT
65 ATTATTTGAACTTGTTCGATAAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * ** *
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128 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT-GTATGAATTGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
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192 TAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
348707 TAGTT-TAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACAT
255 TTGTTCGA-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
348771 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAACAAAAATAATCAT-TTTATGAGATAACAAAA
318 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT--TGTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
348835 GGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAA
381 AGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAA
* * * ** **
348899 ACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGCAAA-TTA-GTATTATT
445 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTTATGTA--ATT
348962 TTATTCTG-AATAAGCTTGTATG-AT-GAAAAACA
507 TTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-A
* * ** * *
348994 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * * * * *
349059 TTATTTAAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATA
66 TTATTTGAACTTGTTCGATAAA--AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * ** * * *
349124 TTAATAAAGTAATATTATTTTATATCGGATAAACTTTTGTCTACTGAAATAGTTATTTTATGATA
129 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATA
* * * *
349189 AAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATGT-AAATAGTCT-TAACTATTTGCACTT
194 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTT
* ** * * *
349252 ATTCGAT-AA-ATAAAT-TTTTTAAA--ATTT-CTTATTAATTTTCT-TAATGTTAATAAATTAG
257 GTTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
349310 TATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTGACTAAAC-AAAAGAT
321 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAG-T
* * * * * * * * * *
349374 TAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATTTGAAATGGTTTGGA-AAGCA
384 CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACA
* ** * *
349438 CATTTA-TTTTTAAATC-----CCCATTGATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTAT-T-ATTTTA
448 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTCAAAATATTAATAAATT--TATGTAATTTTA
**
349495 TTCTG-AATAATTTTGTATGAATAGAAAAA
510 TT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA
* * ** * * *
349524 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
349589 CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATA
66 TTATTTGAACTTGTTCGAT-AA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * *
349654 ATAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
129 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAT
* * * * *
349718 AAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACTTG
193 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
* * * *
349782 CTCGATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAG
258 TTCGATAAACATATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAG
* * * * * **
349846 CATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACTAAATAAATTGT
321 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAGT
** * * *
349910 TTTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAA-T
384 CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACA
* * * * * *
349973 GTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTAT
448 G-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTTATGTAATTTTAT
* * * *
350037 TCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA
511 TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AA
* * **** * ***
350065 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
350130 CTAATTGAACTTTTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACT
66 TTATTTGAACTTGTTCGAT-AA-AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
350179 CATGCTTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
TTATTTGAACTTGTTCGATAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
AATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC
GATAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACT
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATTTGAAATAAG
CTTGTATGAATAGAAAAA
Found at i:350451 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 350427--350473 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
350417 TGTTTGTAGA
350427 ACTATTTCAAATAATTAT
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* *
350445 GACTATTT-GAACAATTAT
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1 ACTATTTCAAAT
350474 CGTTATTACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:350771 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 350432--351073 Score: 639
Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
350422 GTAGAACTAT
* *
350432 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCCTTTGTTTTGTCA
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* * * * * * *
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66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
350562 CAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAACCAA
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* * * * * * * * *
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*
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** * ** *
350742 TGAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGTATCTGTTGGCCTGACCAG
129 CAAAAATTAATAAGTAA-GGATTTAAAAAATGAATCTGTT-GCCAAACCAA
* * ** * *
350793 TGT-AAATAATTATGATTGTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTC
1 T-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
350857 ACAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATT
* ***
350922 CCAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAA-CAA
128 TCAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATGAATCTG-TTGCCAAACCAA
* * * * * * *
350969 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTC
1 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
351034 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAAT
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AAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGCCAAACCAA
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350960 ATTAAACAAG
* *
350970 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
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* * * * *
351090 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
* *
351155 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAT
66 TAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAT
351193 TAAAATAATA
Statistics
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TAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATCTATTTACTGAATAAT
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350786 TGACCAGTGT
* **
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* * ** *
350861 AATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATATTCCAA
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* * ** * **
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* ** * * *
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* * ** * *
351093 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
* * * **
351158 AACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATT-AATTTGTTAATATTTT
66 AACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAAT--TATTCAATTTATTAATATTCC
* *
351221 GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAA
128 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAA
* * * *
351286 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTCGTCATAAAATAATTGTAT
189 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATT-GTCATAAAACAATTGTAT
* *
351350 CAATTCATATAGGCTTATTCAAA
253 CAATTCATACAAGCTTATTCAAA
351373 ATAAAATAAT
Statistics
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AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
AACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATTCAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCAT
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351060 AGCTTATCTC
* * * * * * * **
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* * * *
351135 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCA-AATTAAAAT
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* * **
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130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
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1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
351316 TATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * *
351381 ATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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* ** *
351432 GAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
351496 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
* * * *
351560 AATA-TGAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATATAAAAAAT
130 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *** * * *
351611 AAATATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** * *
351676 GATGACTTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTA-TCAGAATAAAAT-
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * *
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131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * * * *
351787 AAATTTGTTTAACTAGTAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* **
351852 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* *
351917 ATACTAATTTATTAATAGTTT-GAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACT
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* * * * **
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1 AAATCTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
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* * ** * * *
352089 TATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
352202 TTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTC-GAAATAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAG-AATAAA
* * * * *
352265 ATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACAT
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* * * * *
352320 AAATCTGTTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTAAAAATCA
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCA
* * * *
352384 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAA
* * * ** *
352447 ATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAATTGAA-AATTTGGAA-ATTTAAAACAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA-GTAAAAGATTTAAAAAAT
** * * * *
352500 AAATCAATTTATTC-AATCAA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTA-CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
352563 ATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAATAAA
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* **
352627 AAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
352675 ---T-TGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCA
1 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
352735 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAA
* * * * * ** *
352799 TAATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *** * * * * *
352851 AAATTTGTTTGTTGAACCAA-TTCAAGTAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATA
1 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
352914 ATTATGTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAA
64 ATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* **
352978 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * **
353028 AAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAATAATTATTTATTTCATATTGT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * ** *
353093 TATGACGATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
353157 AATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * *
353209 GAATCTGTTCGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
353273 TTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
353338 AATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * **
353390 AAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGC
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
353455 CATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTCA-ATTAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAA
* * * * * *
353518 TAATACAAAGTTATT-ATCATTT-AGATAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAAT-ATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
353571 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
353635 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * ** * * * *
353700 ATATTAGTTTATTAATATTTTGACAGTTAATAAGTATAAGATTTTAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * ***
353751 AAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGC
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * * *
353816 TATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* *
353879 AATACTAATTTATTAATA-CTCTAAAAATTAATGAG-AAAGAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAT
* * * ** *
353931 GAATTTATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCA
* * * *
353995 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATAT-TGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAA
** * *
354059 TAATAGAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAT
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* * * **
354111 AAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
354175 TCATGACCTTTTATTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATT-TGAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAA
* *
354239 TAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *** * * * *
354292 AAATTTGTTTACCGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAAT-AG
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-
* * * * * *
354356 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* **
354421 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * **
354473 AAATTTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** *
354538 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * ** *
354603 ATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *
354650 AAATCTATTTACTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATC
1 AAATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATC
* * * * * * * * * * *
354713 GTTATG-CTTTTTATTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTTTTCGTACCAGTTTATTTAGATTAAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* *
354777 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
*
354830 AAATGTGTTT
1 AAATCTGTTT
354840 GTCAAACTAG
Statistics
Matches: 2925, Mismatches: 547, Indels: 235
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:353989 original size:361 final size:362
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Indices: 351070--354839 Score: 3457
Period size: 361 Copynumber: 10.5 Consensus size: 362
351060 AGCTTATCTC
* * * * * **
351070 AAATCTATTTACTGAA-TAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
351134 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCA-AATTAAAA
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAA
* *
351198 TAATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
130 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * ***
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** * * * * * * *
351328 TTTCGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
259 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
351393 TACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
324 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
*
351432 GAATCTGTTTACTAAAC-AAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
351495 TTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAA
66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAA
* * ** * * * * **
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130 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * *
351624 GAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATGATGACTTTTT
195 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGC-T-ATGACCTTTT
* * * * *
351687 GTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTA-TCAGAATAAAAT-A-A-TAATTTA
258 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
351748 TTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAATT
323 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
351787 AAATTTGTTTAACT--AGTAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATC
1 AAATCTGTTT-ACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * **
351850 GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
351915 TAATACTAATTTATTAATAGTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACT
130 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * *
351977 -AGACAA-TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTG
195 GA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTG
* * * * * * * * **
352039 TTTTGTCATTAAACAATTGTTT-T-GTCTATACAAACTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAACTA
259 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
*
352102 ATAATATTTTAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAAT
323 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
352138 AAATATATTTA-TCAAA-TCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATC
1 AAATCTGTTTACT-AAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ***
352201 ATTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTC-GAAATAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCAG-AATAA
* * * * *
352264 AATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAG-CAAGCAATTTAAAAACATAAATCTG
128 AATAATATTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAG--ATTTAAAAA-ATAAATATG
* ** * * * *
352327 TTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTAAAAAT-CATTATGA
189 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGC--TATGA
* * * *
352390 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATAT
252 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
* * * ** * *
352454 TACTTTATTAATA-TTTCAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACAT
316 TAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
352500 AAATCAATTTATTCAA-TCAA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTACTAAACT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * *
352563 ATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * *
352628 AAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGTTTAC
130 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * *** *
352683 TGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAACCTTTT
194 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTT
* * * * ** * *
352747 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATCTA
258 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
352812 ATAATATTATGAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
323 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * * *
352851 AAATTTGTTTGTTGAACCAA-TTCAAGTAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATA
1 AAATCTGTTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
352914 ATTATGTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAA
65 ATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* *
352978 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
129 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
** * * * * * * * * **
353040 CAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAATAATTATTTATTTCATATTGTTATGACGATTTG
194 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTG
* * * * ** * *
353105 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTA
259 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
353169 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
323 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * *
353209 GAATCTGTTCGCCT-GAC-CAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATCTGTT-TACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
353272 ATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * *
353337 TAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA
130 TAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * *
353401 -TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCCATAACCTTT
193 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTT
* * * * * * * *
353465 TATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAAGT
257 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
353529 TATT-ATCA-TTTAGATAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAT
321 TATTAAT-ATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
353571 AAATCTGTTTA-TCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTACT-AAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
353633 ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * *
353698 TAATATTAGTTTATTAATATTTTGACAGTTAATAAGTATAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
130 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * *
353763 TGAACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTG
194 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTG
* * * *
353828 TTTCATCAT-AAACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
259 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
353891 TTAATACTCTAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAAT
323 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
353931 GAATTTATTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATC
* *
353994 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATAT-TGAATAAA
65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAA
** ** * * * * *
354058 ATAATAGAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTC
129 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
354123 TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG-TCATGACCTTT
194 TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCT-ATGACCTTT
* * * * * * *
354186 TATTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTT
257 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTT
** *
354251 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
322 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * *
354292 AAATTTGTTTAC--CGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAAT-
1 AAATCTGTTTACTAAAC-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
354354 AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAA
65 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * * * *
354419 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTA
129 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * * *
354484 CCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTATGATCTTTT
193 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTT
* * * ** * *
354549 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
258 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
354614 CTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT
323 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
354650 AAATCTATTTACTGAAA-T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAAT
1 AAATCTGTTTACT-AAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT
* * * * * * * * * *
354712 CGTTATG-CTTTTTATTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTT-TTCGTACCAGTTTATTTAGATTAA
64 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * *
354775 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
128 AATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT
354840 GTCAAACTAG
Statistics
Matches: 2776, Mismatches: 513, Indels: 243
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
347 3 0.00
348 2 0.00
349 3 0.00
350 20 0.01
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353 29 0.01
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363 10 0.00
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
AAATCTGTTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:355306 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 354878--356272 Score: 1023
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 180
354868 TTTTGTCATA
* * * * * *
354878 AAACACATTCAAATAGTTATTATTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
1 AAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * ** * * * *
354943 TTTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCAAAC-ATGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACT-TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
355007 TCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAAATAAATCTATTTACTG
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTA-TG
* *** * * * *
355061 AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGT
1 AAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* ** *
355126 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
355191 AATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATG
* * * * *
355242 AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGT
1 AAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * *
355307 TTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAAAATTTATCTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
355372 AATAGTTT-GAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTTTTTG
130 AATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATG
* * *
355419 AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-T
1 AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGT
* * * * ** *
355483 TTT-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAA
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
355546 TAATATTACAAAAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATG
* ** * * *
355599 AACCAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTT
1 AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
** * * * * ** *
355664 TAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
** *
355729 GCA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTGTTTATTG
131 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTA-TG
* * * * *
355781 -AACAAGTTTAAATAGATT-GGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAAAGTCATTATGACC
1 AAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-TCGTTATGACC
* *** * * * * * *
355844 TTTTCTTCCATTATAAAATAA-TGTTTC-AGCTCATAGAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTA
59 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
355907 CTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTC
123 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATG
* * * * *
355965 AAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCATTATGATC-TTTG
1 AAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
356028 TTTTCTCTTAAAATAATTGTTTCTGA-TCAT----GCTTATTTGG-ATAAAATAATAATATTTTA
64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
356087 ATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
128 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATG
* * * * * * ** * * * *
356137 AACCAGTT-AGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTAATCATTTGT
1 AAACAATTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
** * * *
356201 TTAATCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTA
*
356264 TTAACATTT
128 TTAATATTT
356273 ATTTATTTTA
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 202, Indels: 100
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 63 0.07
172 35 0.04
174 7 0.01
175 82 0.09
176 75 0.08
177 45 0.05
178 4 0.00
179 27 0.03
180 91 0.09
181 195 0.20
182 60 0.06
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184 9 0.01
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186 73 0.08
187 26 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATG
Found at i:355632 original size:356 final size:358
Alignment explanation
Indices: 355041--355715 Score: 838
Period size: 356 Copynumber: 1.9 Consensus size: 358
355031 AAAGATCTAA
* * * *
355041 AAAAATAAATCTATTTACTGAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTC
1 AAAAATAAATCTATTTACTGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAGATGAACAAGTATCTATCTC
* ** **
355106 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAA
66 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTAATACAACCTTATTTCAAA
* ** * ** *
355171 TAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTG
131 TAAAAGAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
*** * *
355236 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACC
196 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCAACACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
** * * * * * * *
355301 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAAAATTTA
261 TTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTCAGAACAAAATAAAATTTA
355366 TCTATTAATAGTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
326 TCTATTAATAGTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
* ** ** * *
355399 AAAACTAAATCTATTTTTTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTC
1 AAAAATAAATCTATTTACTGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAGATGAACAAGTATCTATCTC
* * * *
355463 AAATCGTTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTA-TTCAA
66 AAATAGTTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTAATACAACCTTATTTCAA
*
355525 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
130 A-TAAAAGAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
355590 TGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTG
194 TGTTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTCAACACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* *
355654 ACCTTTTGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAGAACAAAATAA
258 ACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTCAGAACAAAATAA
355716 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 50, Indels: 8
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
355 4 0.02
356 180 0.68
357 57 0.22
358 23 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AAAAATAAATCTATTTACTGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAGATGAACAAGTATCTATCTC
AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTAATACAACCTTATTTCAAA
TAAAAGAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCAACACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTCAGAACAAAATAAAATTTA
TCTATTAATAGTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
Found at i:355807 original size:937 final size:932
Alignment explanation
Indices: 353951--355778 Score: 2135
Period size: 937 Copynumber: 2.0 Consensus size: 932
353941 ACTAAACTAG
* *
353951 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
354016 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATATTGAATAAAATAATAGAAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATATCGAATAAAATAATAGAAATTTATTAATATTC
** *
354081 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGA
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACACATTCAAATAGTTATGA
** * * * * * *
354146 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTCATGACCTTTTATTTTATCATAAACCAATTGTTTT
196 CTAGATGAACAAGTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC
* * *
354211 TGTTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
261 TATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
**** * *
354276 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATC
326 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATC
* * * *
354341 ATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAAGTT
391 ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACATAAGAT
* *
354406 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAA
456 TATTCAAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATA-G-AGGAGATTTAAAAA
* * * * * *
354471 ATAAATTTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATT
519 ATAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAATC
* *
354536 GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAA
584 GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAAATTATTCAAAATAAAA
* *** * * *
354601 TAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAA
649 TAATACTAATCTAATAATATTACAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA
* * ** * * * **
354666 ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTTAAATCGTTATGCTTTTTATTTTG
714 ACAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTATGCCTTTTATTTAA
* * ** * * * * ** *
354731 TCACAAAATAATTGTTTCTTTTCGTACCAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
779 TCACAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTAATAACA
* * * *
354796 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGGTCAAATAGTT
844 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGGTCAAATAGTT
354861 AAAACTATTTTGTCATAAAACACA
909 AAAACTATTTTGTCATAAAACACA
* * *
354885 TTCAAATAGTTATTATTAGTT-AAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
354948 CATAAACCAATTGTTTATGTTCAAACATG-TGTAT-TCGAAATAAAATAAT-GCTAGTTTATTCA
64 CATAAAACAATTGTTTATGTTCAAACAAGCT-TATATCG-AATAAAATAATAG-AAATTTATTAA
355010 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAGCA-AGTTCAAA
126 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-AT-TAAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CACA-TTCAAA
* * * * * *
355074 TAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
187 TAGTTATGACTAGATGAACAAGTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC
** * **
355139 AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
252 AATTATTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* ** * **
355204 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATT
317 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATT
* * * * *
355269 TGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTT
382 TGAACAATCATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * *
355334 ATGCA-AA-ATTATTTAGAATAAAATAAAATTTATCTATTAATAGTT-TGAAAATTAATA-A-GA
447 A--CATAAGATTATTCAAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGAGGA
* * *** * * *
355394 GATTT-AAAACTAAATCTATTTTTTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTAT
509 GATTTAAAAAATAAATCTACTTACCG-AACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAA-TAATTAT
* * **
355456 CTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTT
572 CTATCTCAAATCGTTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAAATT
* *
355519 ATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAA
636 ATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTACAAAAATT-A-A--TAAAAGATTTAAAAAA
* * * *
355584 TAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATT
697 TAAATATATTTACTGAAACAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATCTT-AAATC
* * * *
355648 GTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAGAACAAAA
761 GTTATG-CCTTTTATTTAATCACAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAGAACAAAA
* *
355713 TAATACTAATTTATTAGCA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTGTTT
825 TAATACTAATTTAATAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTT
355777 AT
888 AT
355779 TGAACAAGTT
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 129, Indels: 43
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
931 64 0.09
932 64 0.09
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939 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (932 bp):
TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTATGTTCAAACAAGCTTATATCGAATAAAATAATAGAAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACACATTCAAATAGTTATGA
CTAGATGAACAAGTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC
TATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATC
ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACATAAGAT
TATTCAAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAAT
AAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGT
TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAAATTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATCTAATAATATTACAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAAAC
AATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTATGCCTTTTATTTAATC
ACAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTAATAACATT
TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGGTCAAATAGTTAA
AACTATTTTGTCATAAAACACA
Found at i:356090 original size:11 final size:11
Alignment explanation
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Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
356064 TTGGATAAAA
356074 TAATAATATTT
1 TAATAATATTT
356085 TAATAATATTT
1 TAATAATATTT
356096 TAA
1 TAA
356099 AAATTAATAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (11 bp):
TAATAATATTT
Found at i:356762 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 356375--356774 Score: 447
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 176
356365 ATACAAGCGC
* * *
356375 ATTCGGAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--TTATAAGAGATTTAGAAAA
1 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTATAAGAGATTTAGAAAA
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65 TAATGCTATTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
356501 TAATACTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTT
130 TAATACTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATATAAGTTT
* **
356548 GTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA-AAAA
1 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTA-TAAGAGATTTAGAAAA
* * * * * * *
356612 GTGAAT-CTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAAT
65 -T-AATGCT-ATTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
356676 CGTT-ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATACT-ATTTT
127 CATTAAT-A-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATA-TAAGTTT
* * * *
356729 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAT
1 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT
356775 AACCAAGAAA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 26, Indels: 18
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.01
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174 1 0.01
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179 1 0.01
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182 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTATAAGAGATTTAGAAAAT
AATGCTATTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
AATACTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATATAAGTTT
Found at i:357595 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 357127--359616 Score: 904
Period size: 180 Copynumber: 14.0 Consensus size: 176
357117 GTTTAAACAG
* * * * * *** *
357127 TTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAATATAAAACAAT
1 TTATGACCATTTCAACAATTA-TCTATTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* * * * *
357192 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTA
65 TGTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *
357257 ATAAGTAAGAGTTTAAAAAGTAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAG
130 ATAAG--AGA-TTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * * * * *
357307 TTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAATAATT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTATTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAATT
* *
357372 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTA
66 GTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * *
357436 ATAAGAGATTTAAAAAGTGAA-TTTGTTTACCATATC-AGTTTAAATAA
130 ATAAGAGATTTAAAAAGT-AATTTTGTTTACCA-AACAAATTCAAATAA
* * * * * *
357483 TTATGGCCATTTCAATAATTATGTATTTCG-AATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATAACAA
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TT-GAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAA
*** *** * *
357547 TTGTTTTTTTATCATACAA-ATATATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTCATCTTTCAAAAA
64 TTGTTTCAGT-TCATACAAGAT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * *
357611 -T--T---A-A--T-AAAAG--A---TGTTTACTAAACCAATTAAAATAA
127 TTAATAAGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * * * * * *
357646 TTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCATTTTG-TT--CTATCATAAAC
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACC-TTTTGTTTGGTTA-CA-AAAC
* * * ** * * *
357708 AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTGTGAAAA
62 AATTGTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* * * **** * * *
357773 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCTAATAA
126 --ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * ** * *
357827 TTAAGACCATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTT-T----TTTT-TTT-GTCATAAAACAA
1 TTATGACCAT-TTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAA
* * * * *** * *
357884 TTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAATT
64 TTGTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
357948 TAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAATC-AGTTCAAATAA
128 T-A-A--TAAGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACC-AAACAAATTCAAATAA
* * * * * * * * *
358001 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAA
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* ** * * * * *
358066 TATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAA-AAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
65 TGTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
358129 ATAAGAGATTTAGAAAA-TAAATCTATTTACCAAA-ACAATTCAAATAG
130 ATAAGAGATTTA-AAAAGTAATTTTGTTTACCAAACA-AATTCAAATAA
* * * * * * * * * *
358176 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTAT-A-ATTTT-TTTTGTTATAAAATAAT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* * * *
358238 AGTTTCTA-TTCATACAA-ACTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAT
65 TGTTTC-AGTTCATACAAGA-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *** * *
358301 TAATAAATAAAAATTTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAACTAGA-TCAAATAG
128 TAAT--A-AGAGA-TTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAAC-AAATTCAAATAA
* * * * * ** * * * * *
358354 TCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAAT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* * * * * *
358419 TATTTCAGTTTATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTA
65 TGTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-
* * * * *** * * *
358484 ATAATTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATTGAATAAGTTTAAATAA
128 -TAA-TAAGAGATTT-AAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * * *** * * * * **
358536 TTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* * * * * *
358601 TTTTTCTGTTCATACAAGCCTTTTTC-TAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAA
65 TGTTTCAGTTCATACAAG-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AA
* * * ** * **
358663 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAATATATGTTCACTGAACAACTTCAAATCT
127 TTAATAAG----AGATTTAAAAAGTAAT-TTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * * * * * ** * * * *
358717 TTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* * *** * * *
358782 TGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATT
65 TGTTTC-AGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * *
358846 AATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAATAAATTCAAATAG
129 AATAAG----AGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * * * * * * * * * * *
358898 TCATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTATTTTGACCTTTTGTTTTG-TAGTAAAACGA
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTA-CAAAACAA
** * * * * *
358962 TTGTTTCAACTCATATAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAATT
64 TTGTTTCAGTTCATACAAGATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA--
* * * * * ** * *
359026 AATGAATAAGAGAATTAAAAAATGAA-TATGTTTACCGAACATGTTTAAATAG
125 AATTAATAAGAGATTTAAAAAGT-AATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* ** * * * * * * *
359078 TTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* * * *
359143 TGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTCATATTTCAAAAA
65 TGTTTC-AGTTCATACAAGATTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * **** ** *
359205 TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAGTATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAG
127 TTAATAAG---AGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * * * ** * ** * * *
359258 TTTTGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTATCATAAATCAAT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
** * * ** * * ***
359323 TGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAAGAATACTAATTTCTTGAA-AGACCAAAAATT
65 TGTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATT
* * * ** ** * *
359387 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTTAGGAGTTCAAATAG
129 AATAAG----AGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
* * * * * ** ** * * * * *
359438 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAGT
1 TTATGACCATTTCAACAATTATCTA-TTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAAT
* *
359503 TGTTTCCA-ATAATACAA-ATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAA
65 TGTTT-CAGTTCATACAAGA-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * *
359565 TTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACAAAACAAGTTCAAAT
127 TTAAT-A---AGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAAT
359617 GGTCATATCC
Statistics
Matches: 1833, Mismatches: 359, Indels: 235
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
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165 2 0.00
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168 5 0.00
169 2 0.00
171 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTATGACCATTTCAACAATTATCTATTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTTACAAAACAATT
GTTTCAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGAGATTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAA
Found at i:358829 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 357621--359655 Score: 1768
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 180
357611 TTAATAAAAG
* * * * * * * **
357621 ATGTTTACTAAACCAA-TTAAAATAATTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCATTAT
1 ATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
357685 AACCATTTTGTTCTATCAT-AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
65 GACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * *
357749 ACTAATATAATAATATTGTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
129 ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
357802 TTGTTTGTTGAACTAGTTCTAATAATTAAGACCATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTG-T-T
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * *
357864 ----TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-A
65 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * *
357923 ATGAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
130 CT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * **
357976 TTGTTTACCT-AATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
1 ATGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * * *
358039 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-AGAA-AAAA-AA
64 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
*
358101 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAGAAAATAAAT
128 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
358151 CTATTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTAT
1 ATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * *
358215 -A-ATTTT-TTTTGTTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCAGATTAAAATAAT
65 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT
* * * *
358276 ACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAA-ATTTTCAAAAGTAAAT
129 ACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
358329 ATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATG
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * *
358394 ACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * *
358458 CTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
130 CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
358511 ATATTTATTGAATAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATA
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * **
358576 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCCTT-TTTCTAATAAAATAATA
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATA
*
358640 CAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AATAT
130 CTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-AT
* * ** * * *
358692 ATGTTCACTGAACAACTTCAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
358757 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAT
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* *
358822 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
131 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
358873 ATGTTTTCTAAATAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTATTTTG
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
358938 ACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATA
66 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* ** * * *
359002 TTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAA-TAAGAGAATTAAAAAATGAAT
130 CTAATTTATTAATATTTAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ***
359053 ATGTTTACCGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAAACATTATG
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
359118 GCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* *
359182 TAAATTTATTCATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAGT
131 T-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * *
359233 ATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATG
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * * *
359298 TCCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAAGAATAC
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* ***
359363 TAATTTCTTGAA-AGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
131 TAATTTATT-AATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * *
359414 TTATTTACT-TAGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * * * * ** **
359478 ATATTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCCAATAATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATAC
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* *
359543 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
131 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
359594 TTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTT
1 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
359656 TCTATTCATA
Statistics
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TAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
Found at i:359487 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 357621--359655 Score: 1726
Period size: 360 Copynumber: 5.7 Consensus size: 360
357611 TTAATAAAAG
* * * * * * * * ** *
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1 ATGTTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
357686 ACCATTTTGTTCTATCAT-AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
65 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * * * *
357750 CTAATATAATAATATTGT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAA
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* * * * *
357814 CTAGTTCTAATAATTAAGACCATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTG---T-T--TTTT-TTT
192 CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATATCCTTTTGTTT
* * ** * *
357871 TGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATT
256 TGTCATAAATCAATTGTTTT-TATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * *
357934 AATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
319 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
357976 TTGTTTACCTAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
1 ATGTTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
358041 ACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-AGAA-AAAA-AATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA
* * * ****
358103 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAAAC
129 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTTGAAC
* * * *
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193 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATATCCTTTTGTTTTG
* * * * *
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258 TCAT-AAATCAATTGTTTTTATTCATA-AAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
358289 TATTTCAACAATTAATAAATAAAA-ATTTTCAAAAGTAAAT
321 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
358329 ATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATG
1 ATGTTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
358394 ACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * *
358458 CTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATTGAA
129 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTTTTGAA
* * * * * * * *
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192 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATATCCTTTTGTTTT
* * * * * *
358588 GTCATAAAAT-GATT-TTTTCTGTTCATACAAGCCTTTTTC-TAATAAAATAATACAAATTTATT
257 GTCAT-AAATCAATTGTTTT-TATTCATAAAAG-CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT
358650 AATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AATAT
319 AATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-AT
* * * ** *
358692 ATGTTCACTGAACAACTTCAAATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 ATGTTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * * ** * *
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65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * * *
358822 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAATA
130 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACA
* * * * * * * *
358887 AATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTATTTTGA-CCTTTTGTTTTG
194 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ATCCTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
358951 T-AGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
258 TCA-TAAATCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTC-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
359014 TA-TTCCAAAATTAATGAA-TAAGAGAATTAAAAAATGAAT
321 TATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ***
359053 ATGTTTACCGAA-CATGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAAACATTAT
1 ATGTTTA-CTAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
* ** *
359117 GGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * *
359182 -TAAATTTATTCATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAGTATGTTTTTTGAAC
129 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAC
* * * * *
359246 ACGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTA
193 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATATCCTTTTGTTTTG
* * *
359311 TCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAAGAATACTAATTTCTTGAA-
258 TCATAAATCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT-AAT
***
359375 AGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
322 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * **
359414 TTATTTACTTAGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 ATGTTTACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
** * * * * * * **
359479 TATTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCCAATAATACAAATTTA-TTCAAAATAAAATAATAC
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* * *****
359543 TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACAAAAC
130 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAC
* * * *
359607 AAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTT
193 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
359656 TCTATTCATA
Statistics
Matches: 1353, Mismatches: 264, Indels: 120
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Matches are distributed among these distances:
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352 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATGTTTACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATATCCTTTTGTTTTGTCA
TAAATCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
Found at i:359790 original size:148 final size:146
Alignment explanation
Indices: 359514--359795 Score: 335
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
359504 GTTTCCAATA
*
359514 ATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAG
1 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--TAGAG
* * *
359579 ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGTCATATCCATTTGAACTATTATCTA
64 ATTTAAAAAATAAATCTATTCACAAAACAAGTTCAAATAGTCATAT-CATTTGAACTATTATCTA
359644 TTTCAAATTGTTTCTATTC
128 TTTCAAATTGTTTCTATTC
*
359663 ATACAAAATTATTCAGAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A-AGAGA
1 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATAGAGA
* * * * * *
359724 TTTAAAAACA-AAATCTATTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGAGT-ATTTGAACAATCATC
65 TTTAAAAA-ATAAATCTATTCA-CAAAACAAGTTCAAATAGTCAT-A-TCATTTGAACTATTATC
*
359786 TATCTCAAAT
126 TATTTCAAAT
359796 CATTATGATC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 12, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (146 bp):
ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTCACAAAACAAGTTCAAATAGTCATATCATTTGAACTATTATCTATTT
CAAATTGTTTCTATTC
Found at i:360747 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 360547--361495 Score: 558
Period size: 180 Copynumber: 5.3 Consensus size: 177
360537 TAGTTTATAT
* *
360547 AAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * * **
360612 AAAAATAAATTTGTTTG-CTGAA-GTAGTTCTAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTGTTT
66 AAAAATAAATTTGTTTGTC-GAACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTACTT
* *
360675 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCGTAC
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* * * * ** * *
360727 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAAGTGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
360792 AAAAAGTGAATTTGTTTGTCGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTA-TT
66 AAAAA-TAAATTTGTTTGTCGAACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTACTT
* * * ** * * *
360855 CAAGTCATTATTACCTTTTGCTTCATCATATAACAATTTTATTTGAAAGTTC
130 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTA-TT---CGTAC
* * * * * *
360907 AATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTT-CAAAAATTAAT-A--AGGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * * ** **
360968 AAAAAATAAATTTGTTT-ACTAACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTAT-TGAAACAATTATAAACT
66 -AAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG-AACAATTATCTACT
* * * * * *
361031 TGAAATCATTA-AAACATTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATAC
129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA--A-TTTTATTCGTAC
* *** * * *
361082 AAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTGATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG-ATT
* * * * * *
361147 AAAAAAAAAATTTCTTTGTCAAACC-AGTTCAAATATTTAAGACTATA-GAATAATTATCTACTT
65 TAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTACTT
* *
361210 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTGAATTCATAC
130 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA------TTTT--ATTCGTAC
* * *** * * * * *
361266 TAGATTATTTGGAATAAAA-AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
* * * * *
361329 TAAAAA-ATAATTCT-TTTAT--AACC-AGTTCAAATAATTATGACTA-ATTGAATACTTATCTA
65 TAAAAATA-AATT-TGTTTGTCGAACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATA-TGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
361388 TTTCAAATCGTTATTAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATAT
127 CTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAA---TTTTATTCGTAC
* * * * * * *
361442 AAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
361496 GTGATTTAAA
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 125, Indels: 79
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 49 0.08
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184 25 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
AAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTACTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTATTCGTAC
Found at i:361151 original size:355 final size:356
Alignment explanation
Indices: 360724--361495 Score: 773
Period size: 355 Copynumber: 2.2 Consensus size: 356
360714 TTTCAGTTCG
* * * * * * ** * *
360724 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAAGTGA
1 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA
* *** * * * * *
360789 TTTAAAAAGTGAATTTGTTTGTCGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCAT-GTCAATAATTATCT
66 ATTAAAAAAAAAATTTCTTTGTC-AAACCAGTTCAAATAATTAAGACCATAG--AATAATTATCT
* * * *
360852 A-TTCAAGTCATTATTACCTTTTGCTTCATCATATAACAA-TTTTATTTGAAAGTTCA-A-T-CT
128 ACTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCATAAAACAAGTTTTATTTG-AA-TTCATACTAAT
* *
360912 TATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTACTAAT-CTTCAAAAATTAATAAG-GAGATTTAAAAAA
191 TATTTAGAATAAAA-AA-AATGAATTTACTAATACTTCAAAAATTAATAAGACAGATTTAAAAAA
* * * *
360974 TAAATT-TGTTTACTAACTTAGTTCAAATAGTTTTGACT-ATTGAA-ACAATTATAAACTTGAAA
254 T-AATTCT-TTTA-TAAC-CAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATAC--TTATAAACTTCAAA
*
361036 TCATTA-AAACATTTT-TTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCA
313 TCATTATAAAC-TTTTGTTTGTCATAAAATAAATATTTTTATTCA
* * * *
361079 TACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTGATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
1 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA
* *
361144 ATTAAAAAAAAAATTTCTTTGTCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATAGAATAATTATCTACT
66 ATTAAAAAAAAAATTTCTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACCATAGAATAATTATCTACT
* ** * *
361209 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTGAATTCATACTAGATTAT
131 TCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCATAAAACAAG-TTTTATTTGAATTCATACTA-ATTAT
* * *
361274 TTGGAATAAAAAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAA
194 TTAGAATAAAAAAAATGAATTTACTAATACTTCAAAAATTAATAAG--ACAGATTTAAAAAATAA
** * * *
361339 TTCTTTTATAACCAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATACTTATCTATTTCAAATCGTTATTA
257 TTCTTTTATAACCAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATACTTATAAACTTCAAATCATTATAA
* *
361404 ACTTTTGTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCA
322 ACTTTTGTTTGTCATAAAATAAATATTTTTATTCA
* * * * *
361439 TATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA
1 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAA
361496 GTGATTTAAA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 60, Indels: 33
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 16 0.05
355 119 0.35
356 4 0.01
357 11 0.03
358 12 0.04
359 66 0.20
360 86 0.25
361 10 0.03
362 14 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA
ATTAAAAAAAAAATTTCTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACCATAGAATAATTATCTACT
TCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCATAAAACAAGTTTTATTTGAATTCATACTAATTATTT
AGAATAAAAAAAATGAATTTACTAATACTTCAAAAATTAATAAGACAGATTTAAAAAATAATTCT
TTTATAACCAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATACTTATAAACTTCAAATCATTATAAACTT
TTGTTTGTCATAAAATAAATATTTTTATTCA
Found at i:361634 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 361452--361699 Score: 374
Period size: 131 Copynumber: 1.9 Consensus size: 131
361442 AAGTTTGTTC
* ** *
361452 GAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTA
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
*
361517 TTT-TAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATGCAAGCTTT
66 TTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTA-TTATTTCAACATGCAAGCTTT
361580 TTT
129 TTT
* * * *
361583 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATTTG
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
361648 TTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAA
66 TTT-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAA
361700 ATTGTTATAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 9, Indels: 5
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
131 60 0.57
132 9 0.09
133 35 0.33
134 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (131 bp):
GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
TTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAACATGCAAGCTTTTT
T
Found at i:361917 original size:178 final size:174
Alignment explanation
Indices: 361585--362531 Score: 651
Period size: 178 Copynumber: 5.5 Consensus size: 174
361575 GCTTTTTTGA
* * *
361585 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGACATTTAAAAAATAA-ATTTGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAATATTT-T
* * *
361649 TTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATAACTC
64 GT-C-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-C
* * * *
361713 TTTT-TTTCTATTATAAAA-ATTTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAG
126 TTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG
*
361761 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAATGAATATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA--AAGATTTAAAAAAT-AATAT-
* * * *
361826 TTTGTCAAACCAGTTCAAATA-CTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
61 TTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* ** * *
361890 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATT-TG
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG
* * * * * *
361938 AAATAGAATAAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTTATAAGAGATTT-AAAAA-AAT-TTT
1 -AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAATATTT
* * * *
362000 TATTACTAACTAGTT--AATA-TTAATACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATTA-C
63 T-GT-CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* *
362059 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--GTTAATATAAAG--T-TTGA-
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATTCAG
* * * *
362103 AATAAAAT-TTACTAATTTATTAACATTTAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAGTAAAT-CTAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAA-AAAATAATAT
* * * * *
362166 TTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTA-ACTATTTG-ACAATTGTCTATTT-AGAATTGCTATGAC
61 TTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATTGTTATGAC
* * * * *
362228 CTTTTGCTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCAAGTTTATACAAGTTTATACGG
125 CTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTCAG
* * * ** * * *
362279 AATAAAATAATA--AA--AATT--TA-TTAATAAGT-A-AGGATATTT-AAAAATAATTTTTATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAATATTT-TG
* * * * * * * * * * * *
362334 TCGAATTAGTT-AAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTTTTTTTAAATTGCTATAACCATT
65 TCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * ** *
362398 TGTTTTGTTATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTC-G
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG
* *
362442 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT-AATAT-T
* * *
362507 TTGTGAAACCAGTTTAAATAGTTAA
62 TTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAA
362532 AATTATAAGA
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 108, Indels: 123
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
161 8 0.01
162 21 0.03
163 13 0.02
164 53 0.09
165 19 0.03
166 47 0.08
167 11 0.02
168 33 0.05
169 40 0.07
170 39 0.06
171 27 0.04
172 22 0.04
173 12 0.02
174 19 0.03
175 9 0.01
176 63 0.10
177 52 0.09
178 77 0.13
179 30 0.05
180 4 0.01
181 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAATATTTTGT
CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG
Found at i:363940 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 363609--365454 Score: 1276
Period size: 179 Copynumber: 10.4 Consensus size: 178
363599 TTGACCAGTG
* * * * *
363609 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCTGTTTTATCA-C
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * *
363673 AAACAATTGATTAT-AATTCGTACAAGCTTATTTGAGTAAATAATT-C-TATTTTATTAATATTC
66 AAACAATT-ATT-TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AA-AATTACATAATTTATTAATA-T-
* *
363735 TA-AAAATTAATAAGTAACGAGATTTAAAAAATAAA-CTTTTTTACCGAACAAGTAT
125 TAGAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAACAAGT-T
* * * *
363790 -AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*
363854 AAACAA-AATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATATGTAG
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATTACAT-AATTTATTAATAT-TAG
* * * *
363918 ACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTT
128 A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * * *
363969 CAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATG
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
364033 AAACAATTGTTTTTTTTCATACAAGCCTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTA-T-ATAATT--
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATTACA-TAATTTATTAAT-ATTAG
* * * *
364094 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * *
364144 CAACATAGTCATAACTATTTGAATAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
1 CAA-ATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
364208 -ATAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTAGTCGAAATAAATATTAC-TAATTTATTAATATT
64 TA-AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAA-ATTACATAATTTATTAATA--
* * * * ***
364271 TTGGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTT
124 TTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * *
364327 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGCTATGACC-TTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
364391 AAGATAATT-GTT-TGTTCATA-AAGCTTGTTTCGAATAAAA-CA-ATTAAATTTATTAATATTC
65 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATTACA-T-AATTTATTAATATTA
* * * * * * * *
364451 CAAAATTTATAAGT-A-A-ATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAAC-ACTT
127 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * * * * *
364499 CAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGTGATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
364563 AAGCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-TA-AT-ACTAATT--TA-TCG--
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATTACATAATTTATTAATATTAGAA
* * * * * * ** *
364620 AGTTCAA-AAGTAAAAGAGTT-CAAAATAAATCTGTTTATCGAGTAAGCT
130 AATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * * * * * * *
364668 CAAATAGGTATTACTGTTTAAACAATT-TTTTTTTCAAATAGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
364731 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATAATAC-TACTTTATTAATATTTTA
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAA-ATTACATAATTTATTAATATTAGA
* * **
364795 CAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACCT
129 -AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * *
364846 CAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
364910 AAAACAATTATTTCTATTCATACAA-ATTATTCAAAATAAAATAATAC-TGATTTATTAATATTT
65 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT--TACATAATTTATTAATA-TT
* *
364973 TG-AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTA-CAGAACCAA-TT
126 AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AA-CAAGTT
* * * * * *
365021 CATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGA--TATTTATGTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * * *
365084 ATAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCGATTAAAATGATAC-TAATTTAATAATTTTTG
65 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAT--TACATAATTTATTAATATTAG
* ** *
365148 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * * * * **
365198 TAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTT-TTTAATCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
365262 AAATAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAA-TA-ATACTACATTAACATTCGA
66 AAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATTACATAATTTATTAATATTAG-
* * *** *
365323 AAAATTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTT
128 AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * * * * * * *
365377 CAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
365442 AAACAATGTATTT
66 AAACAAT-TATTT
365455 GCTAAACCAA
Statistics
Matches: 1321, Mismatches: 254, Indels: 180
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.01
167 9 0.01
168 74 0.06
169 29 0.02
170 3 0.00
171 33 0.02
172 43 0.03
173 31 0.02
174 92 0.07
175 115 0.09
176 51 0.04
177 168 0.13
178 106 0.08
179 207 0.16
180 204 0.15
181 76 0.06
182 45 0.03
183 28 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATTACATAATTTATTAATATTAGAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
Found at i:364024 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 363609--365454 Score: 1314
Period size: 180 Copynumber: 10.4 Consensus size: 176
363599 TTGACCAGTG
* * *
363609 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTCTGTTTTATCA-
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * *
363672 CAAACAATTGATTAT-AATTCGTACAAGCTTATTTGAGT-AAATAATTCTATTTTATTAATATTC
65 AAAACAATT-ATT-TCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA---TAATTTATTAATA-T-
* * *
363735 TA-AAAATTAATAAGTAACGAGATTTAAAAAATAAA-CTTTTTTACCGAACAAGTAT
123 TAGAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCAAACAAGT-T
* * * *
363790 -AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*
363854 AAACAA-AATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATATGTAG
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAA-TA-AT-AATTTATTAATAT-TAG
* * *
363918 ACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTT
126 A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * *
363969 CAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATG
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * *
364033 AAACAATTGTTTTTTTTCATACAAGCCTATTCGGATTAAAATAAT-ATTAATTTATATAATTAAA
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAATTTATTAATATTA-GAAA
* * *
364097 ATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTT
129 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTT
* * * *
364144 CAACATAGTCATAACTATTTGAATAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
1 CAA-ATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
364208 -ATAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTAGTCGAAATAAATATTACTAATTTATTAATATTT
64 TA-AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAA-A-TAATAATTTATTAATA--T
* * * * **
364272 TGGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTT
123 TAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * *
364327 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGCTATGACC-TTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * **
364391 AAGATAATT-GTT-TGTTCATA-AAGCTTGTTTCGAATAAAACAATTAAATTTATTAATATTCCA
65 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAA-T-AATTTATTAATATTAGA
* * * * *
364453 AAATTTATAAGT-A-A-ATTTTAAAAATAAATTTATTT-TCTAAAC-ACTT
127 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTT
* * * * *
364499 CAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGTGATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
364563 AAGCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATT--TA-TCG--AG
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAATTTATTAATATTAGAAAA
* * * * ** *
364622 TTCAA-AAGTAAAAGAGTT-CAAAATAAATCTGTTTATCGAGTAAGCT
130 TT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * * * * * *
364668 CAAATAGGTATTACTGTTTAAACAATT-TTTTTTTCAAATAGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * **
364731 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAAT-AAATAATACTACTTTATTAATATTTTA
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA--A-TTTATTAATATTAGA
* * * **
364795 CAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACCT
127 -AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* *
364846 CAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
*
364909 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTT
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA---ATTTATTAATA-TT
* *
364973 TG-AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTA-CAGAACCAA-TT
124 AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AA-CAAGTT
* * * * *
365021 CATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TAATGA--TATTTATGTTGTCA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
365083 TATAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCGATTAAAATGATACTAATTTAATAATTTTTG
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAATATTAG
* * *
365148 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTT
126 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * * * * * **
365198 TAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTT-TTTAATCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
365262 AAATAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTACATTAACATTCGAAA
66 AAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAATTTATTAATATTAG-AA
* * ** *
365325 AATTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTT
128 AATTAAT-AAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * * * * * * *
365377 CAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
365442 AAACAATGTATTT
66 AAACAAT-TATTT
365455 GCTAAACCAA
Statistics
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CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATAATTTATTAATATTAGAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
Found at i:364640 original size:16 final size:15
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GAGTTCAAAATAAAA
Found at i:365232 original size:699 final size:700
Alignment explanation
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363599 TTGACCAGTG
* * *
363609 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCTGTTTTATCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTT-TGTTTTGTCATA
* * * * * *
363674 AACAATTGATTATAATTCGTACAAGCTTATTTGAGT-AAATAATTCTATTTTATTAATATTCTAA
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* * * *
363738 AAATTAATAAGTAACGAGATTTAAAAAATAAACTT-TTTTACCGAACAAGTATAAATAATTATGA
124 AAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAATAAA-TTATTTT--CAAAC-AGTTTAAATAGTTAAGA
* * * *
363802 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AATTTC
183 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * *
363866 TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATATGTAGACACATAATAAGT
247 TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-TA-AT--ACTAATT-ATATGTAGACACA-AATAAGT
* * *
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306 AAAAGAGTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGCTCAAATAGTTTGACTATTTAAACAATTA
* * * *
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371 TTTATTTCAAATAGTTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCCT
* * * *
364061 ATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATATAATTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAAT
436 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATATAATTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT
* ** * *
364126 ATGTTTACTAAACAAGTTCAACATAGTCATAACTATTTGAATAAATTATCTATTTCAAATCGTTA
501 ATGTTTACCAAACAACCTCAACATAGTCATAACCATTTGAATAAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** * *
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566 TGACCTTTTGTTTGTCAATAAACAATTATATCAATTCATACAGAATTAGTCAAAATAAATAATAC
* **
364256 TAATTTATTAATATTTTGGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTATTGAA
631 TAATTTATTAATATTTTGGAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACAGAA
364321 CAAGTT
695 CAAGTT
*
364327 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGC-TATGACCTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAA-T-CATATGACCTTTGTTTTGTCAT
* * * * * **
364391 AAGATAATTGTTTGTTCATAAAGCTTGTTTCGAATAAAACAAT--TAAATTTATTAATATTCCAA
63 AA-ACAATTGTTTATTCATAAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATTTTTAAA
* * * * *
364454 AATTTATAAGTAA-A-TTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACACTTCAAATAGTTCTA-ACTAT
125 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA-TTATTTTC-AAACAGTTTAAATAGTT-AAGACTAT
* * * * * *
364516 TTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTGATAAAGCAATTGTTTCTATCC
187 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
**
364581 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT-TATCG-AG-TTC-AA-AAGTAAAAGAGTT-
252 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTATAT-GTAGACACAAATAAGTAAAAGAGTTA
* * * * *
364640 CAAAATAAATCTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGGTATT-ACTGTTTAAACAATT-TTTTTTTC
316 AAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGCTCAAATA-GT-TTGACTATTTAAACAATTATTTATTTC
* **
364703 AAATAGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAA
379 AAATAGTTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTCAGAA
* * * ** *
364767 T-AAATAATACTACTTTATTAATATTTTACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG
444 TAAAATAATACTAATTTA-T-ATA-ATTA-AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATG
* ** *
364831 TTTACCAAACAACCTCAA-ATAGTCTTGTCCATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
504 TTTACCAAACAACCTCAACATAGTCATAACCATTTGAATAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
364894 CCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-AATTATTCAAAATAAAATAATAC
569 CCTTTTG-TTTGTCAAT-AAACAATTATATCAATTCATACAGAATTAGTCAAAAT-AAATAATAC
* * *
364957 TGATTTATTAATATTTT-G-AAATT-A-A-TAAGAGATTT-AAAAAGTAAATCTGTTTACAGAAC
631 TAATTTATTAATATTTTGGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACAGAA-
365016 CAA-TT
695 CAAGTT
* * ** * *
365021 CATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATATTTATGTTGTCATAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-ATGACCTTTGTTTTGTCATA-
* * * * * *
365086 AACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCGATTAAAATGATACTAATTTAATAATTTTTGAAA
64 AACAATTG-TT-TATTCATA-AAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTAAAA
*
365151 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATT
126 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT-TATTT-TCAAAC-AGTTTAAATAGTTAAGACTATT
* * * ** *
365216 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTT-TTAATCATAAAATAATTATTTC-AGTT
188 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAA-CTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
*
365279 CATATAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTACATTA
251 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTA
365315 ACATTCGAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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721 1 0.00
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TAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTATTTTCAAACAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTATATGTAGACACAAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCAAATAAGCTCAAATAGTTTGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA
CTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACT
AATTTATATAATTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAACCTCA
ACATAGTCATAACCATTTGAATAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCAATA
AACAATTATATCAATTCATACAGAATTAGTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGGA
AAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTT
Found at i:365364 original size:531 final size:518
Alignment explanation
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363599 TTGACCAGTG
* * * *
363609 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCTGTTTTATCACA
1 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT-TGTTTTATCAAA
* * * * * *
363674 AACAATTGATTAT-AATTCGTACAAGCTTATTTG-AGTAAATAATTCTATTTTATTAATATTCTA
65 AATAATT-ATT-TCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTA--TCATTAATATTCGA
* *
363737 AAAATTAATAAGTAACGAGATTTAAAAAATAAA-CTTTTTTACCGAACAAGTAT-AAATAATTAT
126 AAAATTAATAAGTAAC-AGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCGAACAA-T-TCAAATAGTTAT
* *
363800 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AATT
187 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
*
363864 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT--TACATAAATTTATTAATATGTAGACACATAAT
252 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC-TAAATTTATTAATATTTAGA-A-AT--T
* *
363927 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACA
311 AA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAA-TTCAAATAGTTTGACTATTTGAACA
* *
363992 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTTTTCATACAA
372 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG--TTGTCAT-AAACAATTGTTTCTTTTCATACAA
* * *
364057 GCCTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATATAATT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA
434 GCTTATTC-GATTAAAATAATACTAATTTA-ATAATTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* *
364121 TAAATATGTTTACTAAACAAGTT
497 TAAATATGTTTTC-AAACTAGTT
* * * * *
364144 CAACATAGTCATA-ACTATTTGAATAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTGTC
1 CAA-ATAGTTA-AGACTATTAGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGT-TTTATC
* * * * * * * *
364207 AATAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTAGTCGAAATAAATATTACTAATTTATTAATATTT
62 AA-AAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACT-A-TCATTAATA-TT
* * * * * * **
364272 TGGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA
123 CGAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTA
* * *
364337 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATTGCTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAGATAATT-
186 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * *
364400 GTT-TGTTCATA-AAGCTTGTTTCGAATAAAACAAT--TAAATTTATTAATATTCCA-AAATTTA
250 TTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATT-TAGAAATTAA
* * * * * * *
364460 TAAGTAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACACTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAAT
313 TAAG-AGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAATTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAAT
* * *
364525 TATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTGATAAAGCAATTGTTTCTATCCATACAAGCT
374 TATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTGTCATAAA-CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCT
* * * * * *
364590 TATTTGAAATAAAATAATACTAA-TT--T-ATCG--AGTTCAA-AAGTAAAAGAGTTCAAAATAA
437 TATTCG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATTGAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAATAA
* * * *
364648 ATCTGTTTATC-GAGTAAGCT
500 ATATGTTT-TCAAACT-AGTT
* ** * * * * * * *
364668 CAAATAGGTATTACTGTTTA-AACAATT-TTTTTTTCAAATAGTTATGATCTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTATCA-A
* * * * * **
364731 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAATAATACTACTTTATTAATATTTTA
64 AAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAATAATACTA--TCATTAATATTCGA
* * ** * * *
364795 CAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACCTCAAATAGTCT-TGT
126 AAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGT-TATGA
* ***
364859 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
189 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * *
364924 TATTCATACAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACT-GATTTATTAATATTTTGAAATTAATAAGA
254 TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGA
*
364987 GATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACAGAACCAATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
318 GATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACA-AA-CAATTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
365052 ATCTCAAATCA-TAATGA-TATTTATGTTGTCATATAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTAT
379 ATTTCAAAT-AGTTATGACT-TTT-TGTTGTCATA-AACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTAT
* *
365115 TCGATTAAAATGATACTAATTTAATAATTTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT
440 TCGATTAAAATAATACTAATTTAATAA---TTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT
365180 ATGTTTGTCAAACTAGTT
502 ATGTTT-TCAAACTAGTT
* *
365198 TAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTT-TTTTAATCATA
1 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTT-ATCA-A
* * *
365262 AAATAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTA-CATTAACATTCGAAAA
64 AAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTATCATTAATATTCGAAAA
* ** * *
365326 ATTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGAC
129 ATTAAT-AAGTAACAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
365391 TATTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTT
190 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTT
365455 GCTAAACCAA
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 191, Indels: 143
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
518 11 0.01
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522 112 0.11
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (518 bp):
CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTATCAAAA
ATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTATCATTAATATTCGAAAAAT
TAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGAGATTTAAA
AATAAATCTGTTTACAAACAATTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGT
TATGACTTTTTGTTGTCATAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATAATAC
TAATTTAATAATTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTTCAAACTAGTT
Found at i:365678 original size:270 final size:268
Alignment explanation
Indices: 365199--365718 Score: 665
Period size: 270 Copynumber: 1.9 Consensus size: 268
365189 AAACTAGTTT
*
365199 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTTTTAATCATAAA
1 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTTTTAATCATAAA
* * *
365264 ATAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTACATTAACATTCGAAAAATT
66 ATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATAATACATTAACATTAGAAAAATT
* * * *
365329 AATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTAT
131 AATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTAT
** * * *
365394 TTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTTGCTA
196 TTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCAGAAAACAATGTATTTGCTA
365459 AACCAATC
261 AACCAATC
* * * *
365467 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAATCTTTTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTAATCATAA
* * * **
365532 AATAATTGTTTTAGTTCATACATA-TTTATTTGAAATAAAATAATAATATTTGTTAACATTTAG-
65 AATAATTATTTCAGTTCATACA-AGCTTATTTGAAAT-AAATAATAATA--CATTAACA-TTAGA
* * * * *
365595 AAATTTAAT-AAGCAA-GGAATTT-ACAAAAATAAATTTATTTACTGAATAAGTTCAAATA-ATT
125 AAAATTAATAAAGCAACAG-ATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGA-T
* *
365656 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAGAAAACAAT
188 ATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCAGAAAACAAT
365719 TGTTTCATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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271 10 0.05
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (268 bp):
AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTTTTAATCATAAA
ATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATAATACATTAACATTAGAAAAATT
AATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTAT
TTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCAGAAAACAATGTATTTGCTA
AACCAATC
Found at i:365681 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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365639 AATAAGTTCA
365649 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
365667 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
365682 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:365806 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
365455 GCTAAACCAA
* * * * * * * *
365465 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAATCTTTTG-TTTAGTTA
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCA
* * * * ** * *
365529 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATA-TTTATTTGAAATAAAATAATAAT-ATTTGTTAACATT
65 TAAAACAATTG-TTTATTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* ** * *
365592 T-AGAAATTTAATAAGCAAGGAATTTACAAAAATAAATTTATTTACTGAATAAGT
128 TCAGAAAATTAATAAG-TTGGAATTTA-AAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGT
* *
365646 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAG
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * *
365711 AAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC
66 AAAACAATTGTTT-ATTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * *** **
365776 A-AAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACCAGTTTATTGAATTAGT
130 AGAAAATTAATAAGTTGGA-ATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATTGAACAAGT
* * * * * *
365828 TCAAATAGTTAT-AGCCATTTAAACAA-TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCTATCA
1 TCAAATAATTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* ** *
365891 TAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTATT--TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * * *
365955 TCA-AAAATTAATAA----G----TAGAAGAT-TATTTATTTATCGAACCAA-T
128 TCAGAAAATTAATAAGTTGGAATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAA-CAAGT
* * * * * * *
365998 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTTATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * ** * *
366063 AAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAATA--TC
66 AAAACAATTGTTTAT-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
366126 ATGAAAATCAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAGCCAGT
130 A-GAAAATTAATAAGTTGGA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGT
* * * * * ** *
366179 TCAAATAATTAAGGCTATATAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGTTCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
366244 AA
66 AA
366246 TTTATTAATA
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 97, Indels: 56
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
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TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
AAAACAATTGTTTATTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA
GAAAATTAATAAGTTGGAATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGT
Found at i:370846 original size:45 final size:45
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370780 CGAGCGATTA
* * * **
370790 CCTCGACCACCATCGACACGTGCTGGGCCTTGGTACGGGCACATG
1 CCTCAACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCAGTTG
* * * * ** * * * * *
370835 CCTCAACCACCATTGGCAGAAGATGACCCCTGGTGCAGACGGTTG
1 CCTCAACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCAGTTG
* * *
370880 CATCAAACACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTGA-GGGC-GATTG
1 CCTCAACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGT-ACGGGCAG-TTG
* * * * * * * *
370925 CCTCGATCACCATTGGTAGAAGATGGCCCTTGGTACGGGCAGTTG
1 CCTCAACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCAGTTG
* * * * *
370970 CCTCGAA-CACCA-CTGGCACATGCTAGGCTTTGGTAGGGGTAGTTA
1 CCTC-AACCACCATC-GGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCAGTTG
* * * **
371015 CCTCGAA-CACTATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGGTAAATG
1 CCTC-AACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCAGTTG
* * * * ** *
371060 TCTCGACCACCATCTGCACATGCTAGGCCTTGGTGTGAGCTA-TTG
1 CCTCAACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGC-AGTTG
* ** * **
371105 CTTCAACCACCATCGGCATGTGTTGGGCCTTGGTACGGGCACATG
1 CCTCAACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCAGTTG
* *
371150 CCTCGACCACCATCGACACA
1 CCTCAACCACCATCGGCACA
371170 AGTCGACCTT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 85, Indels: 20
0.70 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 4 0.02
45 232 0.97
46 4 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (45 bp):
CCTCAACCACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCAGTTG
Found at i:370970 original size:90 final size:89
Alignment explanation
Indices: 370797--371007 Score: 228
Period size: 90 Copynumber: 2.3 Consensus size: 89
370787 TTACCTCGAC
*
370797 CACCATCGACACGTGCTGGGCCTTGGTACGGGCACATGCCTCAACCACCATTGGCAGAAGATGAC
1 CACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTA-GGGCACATGCCTCAACCACCATTGGCAGAAGATGAC
* *
370862 CCCTGGTGCAGACGGTTGCATCAAA
65 CCCTGGTACAGACAGTTGCATCAAA
* * * * *
370887 CACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTGAGGGCGA-TTGCCTCGATCACCATTGGTAGAAGATGG
1 CACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGT-AGGGC-ACATGCCTCAACCACCATTGGCAGAAGATGA
* * * * *
370951 CCCTTGGTACGGGCAGTTGCCTCGAA
64 CCCCTGGTACAGACAGTTGCATCAAA
* * *
370977 CACCA-CTGGCACATGCTAGGCTTTGGTAGGG
1 CACCATC-GACACATGCTGGGCCTTGGTAGGG
371008 GTAGTTACCT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 16, Indels: 7
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
89 5 0.05
90 95 0.93
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ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.29, T:0.20
Consensus pattern (89 bp):
CACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTAGGGCACATGCCTCAACCACCATTGGCAGAAGATGACC
CCTGGTACAGACAGTTGCATCAAA
Found at i:379434 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 379251--379876 Score: 582
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
379241 GTAGAATACA
* * * * * * * *
379251 CAAGCTGAGGATCGACCTGGTCCCCCTCTACGTGCTGTCAATCCTACTACAGGTCCTACTACCAC
1 CAAGCAGAGGATCGACCTGATCCCCCTCTACGTGCTATCGATCCTGCTACGGGTCCTGCTGCCAC
* * * *
379316 AACCCTTGATCTAGTTTGAGCTTAGATTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAA
66 AACCCTCGATCTGGTTTAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAA
** * *
379381 TGAGTGTGCGGGCACTGAGCCAACCAAAGAGGCAAGATGTG
131 TGAGCATGCGAGCACTGAGCCAACCAAAGAGGCAAGATGCG
** * *
379422 CAAGCAGAGGATC-AGTTCGATCCCCCTCTGCGTGCTATCGATCCTGCTACGGGTCCTGTTGCCA
1 CAAGCAGAGGATCGACCT-GATCCCCCTCTACGTGCTATCGATCCTGCTACGGGTCCTGCTGCCA
* * * *
379486 CAACCCTCGATCTGGTCTAAGCTTAGACTGAGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCAACAAA
65 CAACCCTCGATCTGGTTTAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACAAA
* * * *
379551 ATGAGCATGTGAGCACTGAGCCGACCAGAGAGGCAGGATGCG
130 ATGAGCATGCGAGCACTGAGCCAACCAAAGAGGCAAGATGCG
* * * * ** *
379593 CAAGCTA-AGGATCGACCCGATCCCTCTTTACGTGCTACCGATCCTGCTGTGGGTCTTGCTGCCA
1 CAAGC-AGAGGATCGACCTGATCCCCCTCTACGTGCTATCGATCCTGCTACGGGTCCTGCTGCCA
* * * * *
379657 CAACCCTCGGTCTGGCTCAATCTTAGACTGGGAATGAACTTTGTATGCCTAAGTCAACCTACAAA
65 CAACCCTCGATCTGGTTTAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACAAA
** * ** * * * *
379722 ACAATCGGGC-AGGCACT-ACGTCAGCCAGAGAGACAAGATGCG
130 ATGAGCATGCGA-GCACTGA-GCCAACCAAAGAGGCAAGATGCG
* * * * * * * *
379764 TAAGCTGAGGATCGACCAAGTTCCCTTCTGTA--TGCTATCGATCCTGTTACGGGTCCTACTGCC
1 CAAGCAGAGGATCGACC-TGATCCC-CCTCTACGTGCTATCGATCCTGCTACGGGTCCTGCTGCC
* * * * *
379827 ACAACCCTTGATC-CGATCAGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCC
64 ACAACCCTCGATCTGGTTTA-AGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCC
379877 AAAGCCATTT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 77, Indels: 18
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 349 0.95
172 7 0.02
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (171 bp):
CAAGCAGAGGATCGACCTGATCCCCCTCTACGTGCTATCGATCCTGCTACGGGTCCTGCTGCCAC
AACCCTCGATCTGGTTTAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAA
TGAGCATGCGAGCACTGAGCCAACCAAAGAGGCAAGATGCG
Found at i:380198 original size:149 final size:150
Alignment explanation
Indices: 379898--380203 Score: 416
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
379888 TGTGACTGAA
* * * * * *
379898 GAATTCATATGAGCCCTCCCCAATGCCCGTGCACCACGCGCAGGTGTCCTGAGCTCGGGCCAAGC
1 GAATTCACATGAGCACTCCCCAATGCCCGTACACCACGCACAGGTGTCCTAAGCCCGGGCCAAGC
** **
379963 ACCAATGTGCGCCACGACCAGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTTTGCTGTGCCA
66 ACCAATGCACGCCACGACCAGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTTTGCCATGCCA
*
380028 ATACCATTTTTGTGGCATGT
131 ATACCATTTTTATGGCATGT
* * * *
380048 GAATTCACATGAGCACTCCCCAGTGCCCGTACACCACGTACGGGTGTCCTAAGCCCGGGCCGAGC
1 GAATTCACATGAGCACTCCCCAATGCCCGTACACCACGCACAGGTGTCCTAAGCCCGGGCCAAGC
* * *
380113 ACC-ATGCATGCCACGATCGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTTTGCCATGCCA
66 ACCAATGCACGCCACGACCAGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTTTGCCATGCCA
** *
380177 ATGTCATTTTTATGGCTTGT
131 ATACCATTTTTATGGCATGT
380197 GAATTCA
1 GAATTCA
380204 TAAAATGGTC
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 21, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
149 77 0.57
150 58 0.43
ACGTcount: A:0.21, C:0.27, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (150 bp):
GAATTCACATGAGCACTCCCCAATGCCCGTACACCACGCACAGGTGTCCTAAGCCCGGGCCAAGC
ACCAATGCACGCCACGACCAGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTTTGCCATGCCA
ATACCATTTTTATGGCATGT
Found at i:381155 original size:162 final size:161
Alignment explanation
Indices: 380836--381144 Score: 345
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
380826 ACCTTGACTG
* * * * *
380836 CCATCGACACAAGTTGGCCCTTAGTATAGGCACTTGCCTTGACCACCATCGACACATGCATGCCT
1 CCATCGACACAAGGTAGCCATTAGTACAGGCACTTGCCTAGACCACCATCGACACATGCATGCCT
* * * * * **
380901 CGATGAGGATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTACAGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCATGTGT
66 CGATCAGCATCGACAGAAGATGGCCCTTGGTACAGACAGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATGT
* * *
380966 TGGGCCTTGGTATGGGCACATGCCTCGACCA
131 TAGACCTTGGTACGGGCACATGCCTCGACCA
* * * **
380997 CCATCGTCACAAGGTAGCCATTAGTACGGGCACTTGCCTAGACCATCATCGACATGTGCCATGCC
1 CCATCGACACAAGGTAGCCATTAGTACAGGCACTTGCCTAGACCACCATCGACACATG-CATGCC
* * * *
381062 TTGATCAGCATC-AGCAGAAGATGGTCCC-TGGTGC-GTACAGTTGCCTTGAACACCATCGGTAC
65 TCGATCAGCATCGA-CAGAAGATGG-CCCTTGGTACAG-ACAGTTGCCTCGAACACCATCGGCAC
381124 ATGTTAGACCTTGGTACGGGC
127 ATGTTAGACCTTGGTACGGGC
381145 CGTTGCCTCG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 24, Indels: 7
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 50 0.42
162 67 0.56
163 3 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (161 bp):
CCATCGACACAAGGTAGCCATTAGTACAGGCACTTGCCTAGACCACCATCGACACATGCATGCCT
CGATCAGCATCGACAGAAGATGGCCCTTGGTACAGACAGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATGT
TAGACCTTGGTACGGGCACATGCCTCGACCA
Found at i:381271 original size:90 final size:88
Alignment explanation
Indices: 381177--381544 Score: 244
Period size: 90 Copynumber: 4.1 Consensus size: 88
381167 ATAAGTTGAC
* * *
381177 CCTTGGTGGTGGAACTTACCTTGACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATGGGCGGTTGCC
1 CCTTGGTGG-GGCACTTACCTTGACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATAGGCAGTTGCC
*
381242 TCGAACACCATCAGTAATTACTGAG
65 TCGAACACCATCAGCAA-TACTGAG
* ** * ** ** * *
381267 CCTTGG-GGTAGGCACATGTCTTGACCACCATTGACAGAAGATGGCTTCTAGTATAGGCAGTTAC
1 CCTTGGTGG--GGCACTTACCTTGACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATAGGCAGTTGC
* * **
381331 ATCGAACATCATTGGC-ATA-TGCAAGG
64 CTCGAACACCATCAGCAATACTG--A-G
* * * *
381357 CCTTGGTACGGGTG-A-TTGCCTCT-ATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGTGGGCAGTT
1 CCTTGGT--GGG-GCACTTACCT-TGACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATAGGCAGTT
* * *
381419 GCCTCGAACAACATCGGCACATGCTGAG
62 GCCTCGAACACCATCAGCA-ATACTGAG
* * * * * ** * *
381447 CCTTGGTGAGGGCAGTTACTTTGATCACTATTGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCGGTTGCC
1 CCTTGGTG-GGGCACTTACCTTGACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATAGGCAGTTGCC
* *
381512 TCGAACACCATCAGCACATGCTGGG
65 TCGAACACCATCAGCA-ATACTGAG
381537 CCTTGGTG
1 CCTTGGTG
381545 TGGGTGGTTA
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 46, Indels: 32
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
87 2 0.01
88 4 0.02
89 8 0.04
90 191 0.88
91 4 0.02
92 3 0.01
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Consensus pattern (88 bp):
CCTTGGTGGGGCACTTACCTTGACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATAGGCAGTTGCCT
CGAACACCATCAGCAATACTGAG
Found at i:381555 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 381380--381544 Score: 249
Period size: 90 Copynumber: 1.8 Consensus size: 90
381370 GATTGCCTCT
*** *
381380 ATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACAACATCGGCACATGCTG
1 ATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCAGTTGCCTCGAACAACATCAGCACATGCTG
381445 AGCCTTGGTGAGGGCAGTTACTTTG
66 AGCCTTGGTGAGGGCAGTTACTTTG
* * * *
381470 ATCACTATTGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCGGTTGCCTCGAACACCATCAGCACATGCTG
1 ATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCAGTTGCCTCGAACAACATCAGCACATGCTG
*
381535 GGCCTTGGTG
66 AGCCTTGGTG
381545 TGGGTGGTTA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 9, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
90 66 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.25, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (90 bp):
ATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCAGTTGCCTCGAACAACATCAGCACATGCTG
AGCCTTGGTGAGGGCAGTTACTTTG
Found at i:381566 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 381389--381567 Score: 241
Period size: 90 Copynumber: 2.0 Consensus size: 90
381379 TATCACCATC
*** *
381389 GGTAGAAGATGGCCCCTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACAACATCGGCACATGCTGAGCCTTGGT
1 GGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCAGTTGCCTCGAACAACATCAGCACATGCTGAGCCTTGGT
* * *
381454 GAGGGCAGTTACTTTGATCACTATT
66 GAGGGCAGTTACCTCGAACACTATT
* * *
381479 GGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCGGTTGCCTCGAACACCATCAGCACATGCTGGGCCTTGGT
1 GGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCAGTTGCCTCGAACAACATCAGCACATGCTGAGCCTTGGT
* **
381544 GTGGGTGGTTACCTCGAACACTAT
66 GAGGGCAGTTACCTCGAACACTAT
381568 CGACATGTGT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 13, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
90 76 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.24, G:0.31, T:0.24
Consensus pattern (90 bp):
GGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCAAGCAGTTGCCTCGAACAACATCAGCACATGCTGAGCCTTGGT
GAGGGCAGTTACCTCGAACACTATT
Found at i:390007 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 389812--390251 Score: 479
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
389802 CTGCCTGATC
* * * * *
389812 CCCCTTTGCATGCTGTTGATCCTACTATGGGTCTTGCTGCCACAACCCTCAGTCCGATCTGAGCT
1 CCCCTCTGCGTGCTGTCGATCCTACTATGGGTCCTGCTGCCACAACCCTC-GTCCGATCAGAGCT
* * *
389877 TAGACTAGGAATGAACTTTGTATGCCTAAGTCAACCTACGAAACG-AGCATGTGGGCACTGAACT
65 TAGACTAGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACGAAA-GAAGCAGGTGGGCACTGAACC
* * *
389941 AGCTAGAGAGGCAAGATGCACAAGTTGAAGATCGACTC-GATG
129 AGCCAGAGAGACAAGATGCACAAGTTGAAGATC-AATCGGATG
* * * * *
389983 CCCCTCTGCGTGCTGTCGATCCTACTACGGGTCCTGCTGCCACAACCTTCGATCTGATCCGATCT
1 CCCCTCTGCGTGCTGTCGATCCTACTATGGGTCCTGCTGCCACAACCCTCG-TCCGATCAGAGCT
*** ** ** ** *
390048 TAGAGGGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACGAAAGAAGTGGGTGGGTGCTTCACCG
65 TAGACTAGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACGAAAGAAGCAGGTGGGCACTGAACCA
* * * * *
390113 GCCAGAGAGACAGGATGTACAAGTTGAGGATCAATCGGGTT
130 GCCAGAGAGACAAGATGCACAAGTTGAAGATCAATCGGATG
* * * *
390154 CCCCTCTACGTGCTGTCGATCCTACTATGGGTCCTGTTGCCATAACTCTCGGTCCGATCAGAGCT
1 CCCCTCTGCGTGCTGTCGATCCTACTATGGGTCCTGCTGCCACAACCCTC-GTCCGATCAGAGCT
* * *
390219 TAGATTAGGAATGAACTCCGTATGCCAAAGTCA
65 TAGACTAGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCA
390252 TTTTTTTGGC
Statistics
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0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 215 0.97
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (170 bp):
CCCCTCTGCGTGCTGTCGATCCTACTATGGGTCCTGCTGCCACAACCCTCGTCCGATCAGAGCTT
AGACTAGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTACGAAAGAAGCAGGTGGGCACTGAACCAG
CCAGAGAGACAAGATGCACAAGTTGAAGATCAATCGGATG
Found at i:390691 original size:45 final size:45
Alignment explanation
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Period size: 45 Copynumber: 4.4 Consensus size: 45
390625 ACCCTTAGTG
390635 TGGGCACTTACCTCGAACACCATCGACACATACTGGGCCTTGGTA
1 TGGGCACTTACCTCGAACACCATCGACACATACTGGGCCTTGGTA
* * * * * * * * *
390680 CGGGCAATTACCTCGATCACCATTGGTAGA-AGA-TGGCCCCTGGTG
1 TGGGCACTTACCTCGAACACCA-TCG-ACACATACTGGGCCTTGGTA
* * * *
390725 TGGGCACTTGCCTCAAACACCATCGACACATGCTGGACCTTGGTA
1 TGGGCACTTACCTCGAACACCATCGACACATACTGGGCCTTGGTA
*** * * * *
390770 TGGGTGGTTGCCTCGAACACCATCGACACGTGCTGGGCCTTGGTG
1 TGGGCACTTACCTCGAACACCATCGACACATACTGGGCCTTGGTA
* *
390815 TAGGCACATACCTCGA
1 TGGGCACTTACCTCGA
390831 GCTGGTGTAA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 34, Indels: 8
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 2 0.02
44 3 0.03
45 102 0.90
46 4 0.04
47 2 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.27, T:0.22
Consensus pattern (45 bp):
TGGGCACTTACCTCGAACACCATCGACACATACTGGGCCTTGGTA
Found at i:390814 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 390626--390828 Score: 210
Period size: 90 Copynumber: 2.3 Consensus size: 90
390616 CACAAGTCAA
* * *
390626 CCCTTAGTGTGGGCACTTACCTCGAACACCATCGACACATACTGGGCCTTGGTACGGGCAATTAC
1 CCCTTGGTGTGGGCACTTACCTCAAACACCATCGACACATACTGGACCTTGGTACGGGCAATTAC
* * **
390691 CTCGATCACCATTGGTAGAAGATGG
66 CTCGAACACCATCGACAGAAGATGG
* * * * *** *
390716 CCCCTGGTGTGGGCACTTGCCTCAAACACCATCGACACATGCTGGACCTTGGTATGGGTGGTTGC
1 CCCTTGGTGTGGGCACTTACCTCAAACACCATCGACACATACTGGACCTTGGTACGGGCAATTAC
* *
390781 CTCGAACACCATCGACACG-TGCTGG
66 CTCGAACACCATCGACA-GAAGATGG
* * *
390806 GCCTTGGTGTAGGCACATACCTC
1 CCCTTGGTGTGGGCACTTACCTC
390829 GAGCTGGTGT
Statistics
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0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
90 89 0.99
91 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (90 bp):
CCCTTGGTGTGGGCACTTACCTCAAACACCATCGACACATACTGGACCTTGGTACGGGCAATTAC
CTCGAACACCATCGACAGAAGATGG
Found at i:410442 original size:158 final size:158
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Indices: 410197--410570 Score: 375
Period size: 158 Copynumber: 2.4 Consensus size: 158
410187 TGGTTGGTCA
* * * * *
410197 AGACTGGGAATGCACTATGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACGAGCGTGCGGGCACTAAGCTGG
1 AGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCAAGAAACGAGTGTGCGGGCACTAAGCTAG
* * **
410262 CCATAGAGCTAGAATGTTCAAGCTAG-GGATC-GACTCGATCC-CCTTCAGTGTGCTACGGATCC
66 CCAAAAAGCTAGAATGCACAAGC-AGAGGATCTGACT-GATCCTCCTT-AGTGTGCTACGGATCC
* * * *
410324 TATC-GTGGGACCCT-TATTCTGGCTGGGGCTT
128 T-TCTGTGGGACCCTCGA-CCCGACTGGGGCTT
* * *
410355 AGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCAAGAAACGAGTGTGCGGGTATTGAGCTAG
1 AGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCAAGAAACGAGTGTGCGGGCACTAAGCTAG
* * * * * *
410420 CCAAAAAGGC-AGCATGCACAAGCCGAGGATCTGTCTGGTCCTCCTTTGTGTGCTGCGGATCCTT
66 CCAAAAA-GCTAGAATGCACAAGCAGAGGATCTGACTGATCCTCCTTAGTGTGCTACGGATCCTT
* *
410484 CTGTGGGTCCCTCGACCCGACTTGGGCTT
130 CTGTGGGACCCTCGACCCGACTGGGGCTT
* * * * *
410513 GGATTGGGAATGAACTCTGCATGCCTAAGTCAACCCATA-AAATGAGTGTGGGGGCACT
1 AGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCA-AGAAACGAGTGTGCGGGCACT
410571 GAGCCGACCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
157 3 0.02
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ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (158 bp):
AGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCAAGAAACGAGTGTGCGGGCACTAAGCTAG
CCAAAAAGCTAGAATGCACAAGCAGAGGATCTGACTGATCCTCCTTAGTGTGCTACGGATCCTTC
TGTGGGACCCTCGACCCGACTGGGGCTT
Found at i:411061 original size:197 final size:197
Alignment explanation
Indices: 410690--411067 Score: 443
Period size: 197 Copynumber: 1.9 Consensus size: 197
410680 CTTAGACTAG
* ** * * *
410690 GAATGAACTCCATATGACTAAGTCAACCTATGAAACAAGCATGTGGGCACTGATCCAGCCAGAGA
1 GAATGAACTCCATATGACTAAGTCAACCTACGAAACAAGCATGCAGGCACTAAGCCAGCAAGAGA
* * * * *
410755 GGCAGGATGCGCAAGCTGAAGATCGGCCCGATCCCCCTTTGCATGCTATCGATCCTGCTGCAGGT
66 GGCAGGATGCGCAAGCTGAAGATCGACCCGATCCCCCTCTACATGCTACCGATCCTGCTACAGGT
* * *
410820 CCTGCTAGCACAACCCTCGATCTGATCCAAGCTTAGATTGGGAATGAACTCTGTAAGCTTAGATT
131 CCTGCTACCACAACCCTAGATCTGATCCAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTAAGCTTAGATT
410885 GA
196 GA
* * ** * * *
410887 GAATGAACTCCATATGCCTAATTCAACCTACGAAATGAGCGTGCAGGCACTAAGCCGGCAAGATA
1 GAATGAACTCCATATGACTAAGTCAACCTACGAAACAAGCATGCAGGCACTAAGCCAGCAAGAGA
* * * **
410952 GGCAGGATGCGCAAGCTGAGGATCGACCCGATCCCCCTCTACGTGCTGCCGATCCTGCTATGGGT
66 GGCAGGATGCGCAAGCTGAAGATCGACCCGATCCCCCTCTACATGCTACCGATCCTGCTACAGGT
* * * * * * *
411017 CTTGCTACCATAACCCTTAG-TCTGGTTCGATCTTAGGCTGGGAATGAACTC
131 CCTGCTACCACAACCC-TAGATCTGATCCAAGCTTAGACTGGGAATGAACTC
411068 CATATGCCTA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 33, Indels: 2
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
197 145 0.99
198 2 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (197 bp):
GAATGAACTCCATATGACTAAGTCAACCTACGAAACAAGCATGCAGGCACTAAGCCAGCAAGAGA
GGCAGGATGCGCAAGCTGAAGATCGACCCGATCCCCCTCTACATGCTACCGATCCTGCTACAGGT
CCTGCTACCACAACCCTAGATCTGATCCAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTAAGCTTAGATT
GA
Found at i:412382 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 412269--412382 Score: 120
Period size: 45 Copynumber: 2.5 Consensus size: 44
412259 GCTCGATGAG
* * ** *
412269 CATCGGCAGAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCAGTTGCCTCGACCAC
1 CATCGGCACAAGCTGG-CCTTGGTGCGGGCACATGCCTCAACCAC
** *
412314 CATCGGCACGTGTTGGGCCTTGGTGCGGGCACATGCCTCAACCAC
1 CATCGGCACAAGCT-GGCCTTGGTGCGGGCACATGCCTCAACCAC
*
412359 CATCGTCACAAGCTGGCCATTGGT
1 CATCGGCACAAGCTGGCC-TTGGT
412383 ATGGGCACTT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 11, Indels: 4
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 4 0.07
45 50 0.89
46 2 0.04
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.31, T:0.20
Consensus pattern (44 bp):
CATCGGCACAAGCTGGCCTTGGTGCGGGCACATGCCTCAACCAC
Found at i:412774 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 412594--412793 Score: 244
Period size: 90 Copynumber: 2.2 Consensus size: 90
412584 TGGTGCAGGT
* * * *
412594 GGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAAAATGGTCCCTAGTATGGGTGGTTGCCTCGAACACCATTG
1 GGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAAAATGGTCCCTAGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATTC
* *
412659 GCATATATTAGGCCTTAGTACGAGC
66 GCATACATTAGACCTTAGTACGAGC
* * *
412684 GGTTGCCTTGATCACCATCGATAGAAGATGG-CCCATGGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCA-T
1 GGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAAAATGGTCCC-TAGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATT
* *
412747 CG-ATACATGCTAGACCTTGGTATGAGC
65 CGCATACAT--TAGACCTTAGTACGAGC
*
412774 GGTTGCCTCGAGCACCATCG
1 GGTTGCCTCGATCACCATCG
412794 GCATATGCTG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 13, Indels: 6
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
88 5 0.05
89 5 0.05
90 84 0.89
ACGTcount: A:0.23, C:0.26, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (90 bp):
GGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAAAATGGTCCCTAGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATTC
GCATACATTAGACCTTAGTACGAGC
Found at i:412855 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 412761--413105 Score: 307
Period size: 90 Copynumber: 3.8 Consensus size: 90
412751 ACATGCTAGA
* * * * *
412761 CCTTGGTATGAGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCATATGCTGGGCCTTGGTGCGAGCACATGCC
1 CCTTGGTATGGGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGGCACATGCC
* *
412826 TCAACCACCATCGACAAAAGATGGC
66 TCAACCACCATCGATAGAAGATGGC
* * * * * * * **
412851 CCTTGATGTGGGCGGTT--GTGCGAACACCATCGACACATGTTGGGCCTTGGTGTGGGTAGTTGC
1 CCTTGGTATGGGCGGTTACCT-CGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGGCACATGC
* *
412914 ATCAATCACCATCGATAGAAGATGGC
65 CTCAACCACCATCGATAGAAGATGGC
* * * ** * * * ** *
412940 CCTTGCTGTGGGCGGTTACCTCGAACACCATTGGCATGTGCTAGGCCTTGGTGAGGGTAGTTACC
1 CCTTGGTATGGGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGGCACATGCC
* * *
413005 TCGATCACCATCGGTAGAAGATGGC
66 TCAACCACCATCGATAGAAGATGGC
* * * * * * *
413030 CCCTAGTACGGGCGGTTACCTTGAACACCATCAGCACATGCTGGCCCTTGGTGCGGGCACATTCC
1 CCTTGGTATGGGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGGCACATGCC
*
413095 TCGACCACCAT
66 TCAACCACCAT
413106 TCTCACAAGC
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 48, Indels: 6
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
88 1 0.00
89 72 0.35
90 130 0.64
91 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (90 bp):
CCTTGGTATGGGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGGCACATGCC
TCAACCACCATCGATAGAAGATGGC
Found at i:412864 original size:135 final size:134
Alignment explanation
Indices: 412459--412898 Score: 380
Period size: 135 Copynumber: 3.3 Consensus size: 134
412449 TCTGGTGTGT
* ** * * *
412459 GGTTGCCTCGAACACCATCGATACATGCTGGGCCTTAGTGCGGGCAGTTACCTTGAGCACCATCG
1 GGTTGCCTCGAACACCATCGATACATGCTGGACCTTAGTATGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCG
* * * * ** * * *
412524 ACACAAGCCATCCCTTGGTGCAAGCACTTACCTCAACCACCATCAGAAGAAGATGGCCCCTGGTG
66 GCATATGCTAGGCCTTGGTGCGAGCACTTGCCTCAACCACCATC-GAAGAAGATGGCCCATGGTG
* *
412589 CAGGT
130 CGGGC
* * *** * * * * *
412594 GGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAAAATGGTCCCTAGTATGGGTGGTTGCCTCGAACACCATTG
1 GGTTGCCTCGAACACCATCGATACATGCTGGACCTTAGTATGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCG
** * * ** ** * *
412659 GCATATATTAGGCCTTAGTACGAGCGGTTGCCTTGATCACCATCGATAGAAGATGGCCCATGGTA
66 GCATATGCTAGGCCTTGGTGCGAGCACTTGCCTCAACCACCATCGA-AGAAGATGGCCCATGGTG
412724 CGGGC
130 CGGGC
* * * *
412729 GATTGCCTCGAACACCATCGATACATGCTAGACCTTGGTATGAGCGGTTGCCTCGAGCACCATCG
1 GGTTGCCTCGAACACCATCGATACATGCTGGACCTTAGTATGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCG
* * * * *
412794 GCATATGCTGGGCCTTGGTGCGAGCACATGCCTCAACCACCATCGACAAAAGATGGCCCTTGATG
66 GCATATGCTAGGCCTTGGTGCGAGCACTTGCCTCAACCACCATCGA-AGAAGATGGCCCATGGTG
*
412859 TGGGC
130 CGGGC
* * *
412864 GGTTG--TGCGAACACCATCGACACATGTTGGGCCTT
1 GGTTGCCT-CGAACACCATCGATACATGCTGGACCTT
412899 GGTGTGGGTA
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 72, Indels: 5
0.75 0.23 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 1 0.00
134 26 0.11
135 204 0.88
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (134 bp):
GGTTGCCTCGAACACCATCGATACATGCTGGACCTTAGTATGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCG
GCATATGCTAGGCCTTGGTGCGAGCACTTGCCTCAACCACCATCGAAGAAGATGGCCCATGGTGC
GGGC
Found at i:412883 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 412826--412956 Score: 122
Period size: 44 Copynumber: 3.0 Consensus size: 44
412816 AGCACATGCC
*
412826 TCAACCACCATCGACAAAAGATGGCCCTTGATGTGGGCGGTTG-
1 TCAATCACCATCGACAAAAGATGGCCCTTGATGTGGGCGGTTGA
* * * * * **
412869 TGCGAA-CACCATCGACACATGTTGGGCCTTGGTGTGGGTAGTTGCA
1 T-C-AATCACCATCGACAAAAGATGGCCCTTGATGTGGGCGGTTG-A
* * *
412915 TCAATCACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGCTGTGGGCGGTT
1 TCAATCACCATCGACAAAAGATGGCCCTTGATGTGGGCGGTT
412957 ACCTCGAACA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 15, Indels: 8
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 34 0.50
45 32 0.47
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.30, T:0.24
Consensus pattern (44 bp):
TCAATCACCATCGACAAAAGATGGCCCTTGATGTGGGCGGTTGA
Found at i:412969 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 412551--413061 Score: 164
Period size: 45 Copynumber: 11.4 Consensus size: 45
412541 GTGCAAGCAC
* ** *
412551 TTACCTC-AACCACCATCAGA-AGAAGATGGCCCCTGGTGCAGGTGG
1 TTACCTCGAA-CACCATC-GATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * * * * *
412596 TTGCCTCGATCACCATCGATAGAAAATGGTCCC-TAGTATGGGTGG
1 TTACCTCGAACACCATCGATAGAAGATGG-CCCTTGGTGTGGGCGG
* * * ** * ** *
412641 TTGCCTCGAACACCATTGGCATATATTA-GG-CCTTAGTACGAGCGG
1 TTACCTCGAACACCA-TCG-ATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * * * ** *
412686 TTGCCTTGATCACCATCGATAGAAGATGGCCCATGGTACGGGCGA
1 TTACCTCGAACACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * * * * * * *
412731 TTGCCTCGAACACCATCGATACATGCTAGACCTTGGTATGAGCGG
1 TTACCTCGAACACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * ** * * * * * * **
412776 TTGCCTCGAGCACCATCGGCATATGCTGGGCCTTGGTGCGAGCAC
1 TTACCTCGAACACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * * * *
412821 ATGCCTC-AACCACCATCGACAAAAGATGGCCCTTGATGTGGGCGG
1 TTACCTCGAA-CACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * * * * * **
412866 TT--GTGCGAACACCATCGACACATGTTGGGCCTTGGTGTGGGTAG
1 TTACCT-CGAACACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * *
412910 TTGCATC-AATCACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGCTGTGGGCGG
1 TTACCTCGAA-CACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * * * **
412955 TTACCTCGAACACCATTGGCAT-G-TGCTAGG-CCTTGGTGAGGGTAG
1 TTACCTCGAACACCA-TCG-ATAGAAGAT-GGCCCTTGGTGTGGGCGG
* * * * **
413000 TTACCTCGATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTAGTACGGGCGG
1 TTACCTCGAACACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
*
413045 TTACCTTGAACACCATC
1 TTACCTCGAACACCATC
413062 AGCACATGCT
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 98, Indels: 42
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
43 7 0.02
44 47 0.14
45 270 0.78
46 16 0.05
47 7 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.26, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (45 bp):
TTACCTCGAACACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCGG
Found at i:413104 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 413035--413152 Score: 112
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 44
413025 ATGGCCCCTA
** * * * *
413035 GTACGGGCGGTTACCTTGAACACCATCAGCACATGCTGGCCCTTG
1 GTACGGGCACTTACCTCGACCACCATC-GCACAAGCTGGCCATTG
* *
413080 GTGCGGGCACATT-CCTCGACCACCATTCTCACAAGCTGGCCATTG
1 GTACGGGCAC-TTACCTCGACCACCA-TCGCACAAGCTGGCCATTG
* *
413125 GTACGGGCACTTACTTGGACCACCATCG
1 GTACGGGCACTTACCTCGACCACCATCG
413153 ACATGTGCCA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 12, Indels: 7
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
44 4 0.07
45 50 0.86
46 4 0.07
ACGTcount: A:0.20, C:0.33, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (44 bp):
GTACGGGCACTTACCTCGACCACCATCGCACAAGCTGGCCATTG
Found at i:413356 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 413307--413624 Score: 140
Period size: 45 Copynumber: 7.1 Consensus size: 45
413297 TGGCCTTAAC
*
413307 CACCATTAGCAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAT
1 CACCATTAGCAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
* * * * *
413352 CACCATTAGTAGAAGATGGCCTCTGGTGTGGGTGGTTGCCTCGAA
1 CACCATTAGCAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
* * * * * * * * * *
413397 CACCATCAACACATA-CTGGACCTTGGTACGGGCAATTGCCTCGAA
1 CACCATTAGCAGA-AGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
* * * * * * * * * * *
413442 CACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGAGGGTGGTTACCTCGAG
1 CACCATTAGCAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
* * * * * * *
413487 TACCATCTA-CACAAGATGGCCTCTGGTGCGAGCATTTGCCTC-AA
1 CACCAT-TAGCAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
* * * * * * * *
413531 CCACCA-TCGACAAAAGATAGCCCTTGATACGGGCAGTTACCTCGAT
1 -CACCATTAG-CAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
* * ** * *
413577 CACCATTAGTAGAAGATGGCCTTTGGTGTGGGTAGTTGTCTCGAA
1 CACCATTAGCAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
413622 CAC
1 CAC
413625 TATCGACACA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 69, Indels: 16
0.70 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 1 0.01
45 189 0.96
46 5 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (45 bp):
CACCATTAGCAGAAGATAGCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGAA
Found at i:413526 original size:90 final size:91
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413359 AGTAGAAGAT
* * * *
413369 GGCCTCTGGTGTGGGTGGTTGCCTCGAACACCATCAACACATACTGGACCTTGGTACGGGCAATT
1 GGCCTCTGGTGAGGGTGGTTACCTCGAACACCATCAACACATAATGGACCTTGGTACGAGCAATT
413434 GCCTCGAA-CACCATTGGCACATGCTG
66 GCCTC-AACCACCATTGGCACATGCTG
** * * *
413460 GGCCT-TGGTGAGGGTGGTTACCTCGAGTACCATCTACACA-AGATGG-CCTCTGGTGCGAGCAT
1 GGCCTCTGGTGAGGGTGGTTACCTCGAACACCATCAACACATA-ATGGACCT-TGGTACGAGCAA
413522 TTGCCTCAACCACCAT
64 TTGCCTCAACCACCAT
413538 CGACAAAAGA
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GGCCTCTGGTGAGGGTGGTTACCTCGAACACCATCAACACATAATGGACCTTGGTACGAGCAATT
GCCTCAACCACCATTGGCACATGCTG
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413185 AGATGGTCCC
* * *
413195 TGGTACGTGCGATTGCCTCGAACACCACTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGAGGGCGGTTACCTTG
1 TGGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGAGGGCGGTTACCTCG
* * * * * *
413260 AGCACCATCTGCACAAGATGGCCCCTGGTGTGGGCATTGGCCTTAACCACCATTAGCAGAAGATA
66 AGCACCATCTACACAAGATGGCCCCTGGTGCGAGCATTGGCCTCAACCACCATGAGCAAAAGATA
* * * * *
413325 GCCCCTGGTGCGGGTAGTTGCCTCGATCACCATTAGTAGAAGATGGCCTCTGGTGTGGGTGGTTG
131 GCCCCTGATACGGGCAGTTACCTCGATCACCATTAGTAGAAGATGGCCTCTGGTGTGGGTAGTTG
413390 CCTCGAACACCATCAACACATACTGGACCT
196 CCTCGAACACCATCAACACATACTGGACCT
* *
413420 TGGTACGGGCAATTGCCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGAGGGTGGTTACCTCG
1 TGGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGAGGGCGGTTACCTCG
* * *
413485 AGTACCATCTACACAAGATGGCCTCTGGTGCGAGCATTTGCCTCAACCACCATCGA-CAAAAGAT
66 AGCACCATCTACACAAGATGGCCCCTGGTGCGAGCATTGGCCTCAACCACCAT-GAGCAAAAGAT
* *
413549 AGCCCTTGATACGGGCAGTTACCTCGATCACCATTAGTAGAAGATGGCCTTTGGTGTGGGTAGTT
130 AGCCCCTGATACGGGCAGTTACCTCGATCACCATTAGTAGAAGATGGCCTCTGGTGTGGGTAGTT
* * *
413614 GTCTCGAACACTATCGACACATACTGGACCT
195 GCCTCGAACACCATCAACACATACTGGACCT
* * * * ** *
413645 TGGTACGGGTGGTTGCTTTGAACACCATCAGCACGTGCTGGGCCTTGGTG
1 TGGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTG
413695 TAGGTACATG
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TGGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGAGGGCGGTTACCTCG
AGCACCATCTACACAAGATGGCCCCTGGTGCGAGCATTGGCCTCAACCACCATGAGCAAAAGATA
GCCCCTGATACGGGCAGTTACCTCGATCACCATTAGTAGAAGATGGCCTCTGGTGTGGGTAGTTG
CCTCGAACACCATCAACACATACTGGACCT
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425056 ACATGTTGGG
*
425066 CCTTGGTGCGGGCGATTGCCTCGATCACCATCGATAGAAGATGGC
1 CCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGA-CACCATCGATAGAAGATGGC
* * * * *
425111 CCTTAGTGCGAGC-AGTTACCTTGACTACCATTGGTAGAAGATGGC
1 CCTTAGTGCGGGCGA-TTGCCTCGAC-ACCATCGATAGAAGATGGC
* * * * *
425156 CCCTAGTACTGGTGGTTGCCTCGAACACCATCG
1 CCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCG-ACACCATCG
425189 GTACGTGTTG
Statistics
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CCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGACACCATCGATAGAAGATGGC
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434238 AAGAGTCTAT
* *
434248 AGCCTTGGTCGACAAGCTCGGGTA
1 AGCCTTGGCCAACAAGC-CGGGTA
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1 AGCCTTGGCCAACAAGCC-GGGTA
* *
434296 ATCCTTAGCCAACAAGCCCGGGTA
1 AGCCTTGGCCAACAAG-CCGGGTA
434320 A
1 A
434321 TCTTTGGAAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 4
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AGCCTTGGCCAACAAGCCGGGTA
Found at i:434321 original size:24 final size:24
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Indices: 434259--434322 Score: 92
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 24
434249 GCCTTGGTCG
* * *
434259 ACAAGCTCGGGTAAGCCTTGGCCA
1 ACAAGCCCGGGTAATCCTTAGCCA
*
434283 ACAAGCCTGGGTAATCCTTAGCCA
1 ACAAGCCCGGGTAATCCTTAGCCA
434307 ACAAGCCCGGGTAATC
1 ACAAGCCCGGGTAATC
434323 TTTGGAATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
24 35 1.00
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ACAAGCCCGGGTAATCCTTAGCCA
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Indices: 435707--436162 Score: 449
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435697 GCTACGAATC
* * * * * * *
435707 CCTCAGTTCGAT-TGGGCTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGA
1 CCTCGGTTCGATCTGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTATGAAACGA
* ** * ** *
435771 GCGTGTGGGCACTGAACAAGCTAGAGAGGCAGAATGCGGATGCTGAGGATCAGTTCGGTCCCCCT
66 GCGTGCGGGCACTGAACAAGCTAGAGAGGCAGAATGCACAAGCTGAGGATCAGCCCGATCCCCCT
* *
435836 CCGCGTGCTGCCAATCCTCCTGCGGGTCCTGCTACCAC-AA
131 CCGCGTGCTACCAATCCTCCTACGGGTCCTGCTACCACTAA
*
435876 CCCTCGG-TCTGAT-TCGAGCTTAGACTGGGAATGAACTTTGTATGCCTAAGTCAACCTATGAAA
1 -CCTCGGTTC-GATCT-GAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTATGAAA
* ** * * * *
435939 CGAGCGTGCGGGCACTGAGCCGGTTAGAGAGGTAGGATGTACAAGCTGAGGATC-GACCCGATCC
63 CGAGCGTGCGGGCACTGAACAAGCTAGAGAGGCAGAATGCACAAGCTGAGGATCAG-CCCGATCC
* ** * * * *
436003 CCTTTTGTGTGCTACCTATCCTGCTACGGGTCCTGCTGCCACTAA
127 CCCTCCGCGTGCTACCAATCCTCCTACGGGTCCTGCTACCACTAA
* * * *
436048 GCTCGGTTCGATCTGAGCTTAGATTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCATCCTATGAAACAA
1 CCTCGGTTCGATCTGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTATGAAACGA
* * * * *
436113 GCGGGCGGGCACT-ACGCCAGCCAGAGAGGCA-AGATGCGCAAGCTGAGGAT
66 GCGTGCGGGCACTGA-ACAAGCTAGAGAGGCAGA-ATGCACAAGCTGAGGAT
436163 TTATTGGGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCTCGGTTCGATCTGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCTATGAAACGA
GCGTGCGGGCACTGAACAAGCTAGAGAGGCAGAATGCACAAGCTGAGGATCAGCCCGATCCCCCT
CCGCGTGCTACCAATCCTCCTACGGGTCCTGCTACCACTAA
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Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 42
437736 CACGTGCTAA
* **
437746 GCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCATCGACATGTGTTAG
1 GCCTTGGTGCGGGCGATTGCCTCGACCATCGACATGTACTAG
* * *
437788 GCCTTGGTGCAGGCGATTGCCTTGACCATCGACATGTACTGG
1 GCCTTGGTGCGGGCGATTGCCTCGACCATCGACATGTACTAG
*
437830 GCGTTGGTGCGGGC
1 GCCTTGGTGCGGGC
437844 ACTTACCTTG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 0
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GCCTTGGTGCGGGCGATTGCCTCGACCATCGACATGTACTAG
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Indices: 437746--437857 Score: 125
Period size: 42 Copynumber: 2.7 Consensus size: 41
437736 CACGTGCTAA
* * **
437746 GCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCATCGACATGTGTTAG
1 GCCTTGGTGCGGGC-ATTGCCTTGACCATCGACATGTACTAG
* *
437788 GCCTTGGTGCAGGCGATTGCCTTGACCATCGACATGTACTGG
1 GCCTTGGTGCGGGC-ATTGCCTTGACCATCGACATGTACTAG
* *
437830 GCGTTGGTGCGGGCACTTACCTTGACCA
1 GCCTTGGTGCGGGCA-TTGCCTTGACCA
437858 CCATCGATAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCCTTGGTGCGGGCATTGCCTTGACCATCGACATGTACTAG
Found at i:437984 original size:45 final size:45
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Indices: 437876--438022 Score: 143
Period size: 45 Copynumber: 3.3 Consensus size: 45
437866 AGAAGATGGC
* * * * * * * **
437876 CCTTTGTGCGGGCGGTTGCCACGAACATCATCGGCACATGCGGGG
1 CCTTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACACCATCAGCACGTGCTAGG
* * * * *
437921 CCTTAGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCAT-TGACATGTGCTAGG
1 CCTTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACACCATCAG-CACGTGCTAGG
*
437966 CTTTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACACCATCAGCACGTGCTAGG
1 CCTTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACACCATCAGCACGTGCTAGG
438011 CCTTGGTGTGGG
1 CCTTGGTGTGGG
438023 AATATGCTTC
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 15, Indels: 4
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (45 bp):
CCTTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACACCATCAGCACGTGCTAGG
Found at i:438013 original size:90 final size:90
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Indices: 437669--438018 Score: 277
Period size: 90 Copynumber: 4.0 Consensus size: 90
437659 CTGGTGTGTA
* * ** * * * *
437669 CGGTTGCCTCGAACATCATTGACAAATGTTGGGCCTTGGTGCGGACGGTTGCCTCAAACACCATT
1 CGGTTGCCTCGAACACCATCGACATGTGTTAGGCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATC
*
437734 AGCACGTGCTAAGCCTTGGTGCGGG
66 AGCACGTGCTAGGCCTTGGTGCGGG
* * *
437759 CGGTTGCCTCG---ACCATCGACATGTGTTAGGCCTTGGTGCAGGCGATTGCCTTG---ACCATC
1 CGGTTGCCTCGAACACCATCGACATGTGTTAGGCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATC
* * * *
437818 -GACATGTACTGGGCGTTGGTGCGGG
66 AG-CACGTGCTAGGCCTTGGTGCGGG
** * * * * * * * * *
437843 CACTTACCTTGACCACCATCGATA-GAAGAT-GGCCCTTTGTGCGGGCGGTTGCCACGAACATCA
1 CGGTTGCCTCGAACACCATCGACATG-TGTTAGG-CCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCA
* * ** *
437906 TCGGCACATGCGGGGCCTTAGTGCGGG
64 TCAGCACGTGCTAGGCCTTGGTGCGGG
* * * * *
437933 CGGTTGCCTCGAACACCATTGACATGTGCTAGGCTTTGGTGTGGGCAGTTGCCTCGAACACCATC
1 CGGTTGCCTCGAACACCATCGACATGTGTTAGGCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATC
437998 AGCACGTGCTAGGCCTTGGTG
66 AGCACGTGCTAGGCCTTGGTG
438019 TGGGAATATG
Statistics
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0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.01
84 30 0.16
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87 61 0.32
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91 4 0.02
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Consensus pattern (90 bp):
CGGTTGCCTCGAACACCATCGACATGTGTTAGGCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATC
AGCACGTGCTAGGCCTTGGTGCGGG
Found at i:438128 original size:113 final size:113
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Indices: 437924--438128 Score: 241
Period size: 113 Copynumber: 1.8 Consensus size: 113
437914 TGCGGGGCCT
* * * * ** * **
437924 TAGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATTGACATGTGCTAGGCTTTGGTGTGGGCAGTTGCCTCG
1 TAGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATCGACACGTGCTAAACCTTGGTGTGGGCACATGCCTCG
* ** * *
437989 AACACCATCAGCACGTGCTAGGCCTTGGTGTGGGAATATGCTTCAAGC
66 AACACCACCAGCACAAGCGAGCCCTTGGTGTGGGAATATGCTTCAAGC
* *
438037 TAGTACGGGCGATTGCCTTGACCACCATCGACACGTGCTAAACCTTGGTGTGGGCACATGCCTCG
1 TAGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATCGACACGTGCTAAACCTTGGTGTGGGCACATGCCTCG
*
438102 ACCACCACCAGCACAAGCCGA-CCCTTG
66 AACACCACCAGCACAAG-CGAGCCCTTG
438129 CTATGGGTAC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 17, Indels: 2
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 72 0.97
114 2 0.03
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (113 bp):
TAGTACGGGCGATTGCCTCGAACACCATCGACACGTGCTAAACCTTGGTGTGGGCACATGCCTCG
AACACCACCAGCACAAGCGAGCCCTTGGTGTGGGAATATGCTTCAAGC
Found at i:438218 original size:90 final size:90
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Indices: 438097--438334 Score: 226
Period size: 90 Copynumber: 2.6 Consensus size: 90
438087 TGGGCACATG
* * * * ** * * *
438097 CCTCGACCACCACCAGCACAAGCCGACCCTTGCTATGGGTACTTGCCTTGACCACCATCA-TCAA
1 CCTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCTTGCTATGGGCAGTTGCCTTGAACACCATCAGT-AA
* *
438161 AAAATGGCCCCTGGTGTGGACGATTA
65 AAAACGGCCCCTGGTGCGGACGATTA
* * ** * * *
438187 CGTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCTTGGTGCGGGCAGTTGCCTCGATCACCATCAGTAGA
1 CCTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCTTGCTATGGGCAGTTGCCTTGAACACCATCAGTAAA
** ** *
438252 AGCCGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTA
66 AAACGGCCCCTGGTGCGGACGATTA
* * *
438277 CCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGCAATGGGCGGTTGCCTTGAACACCAT
1 CCTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCTTGCTATGGGCAGTTGCCTTGAACACCAT
438335 TGCCACGTGC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 31, Indels: 2
0.78 0.21 0.01
Matches are distributed among these distances:
90 115 0.99
91 1 0.01
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AAACGGCCCCTGGTGCGGACGATTA
Found at i:438221 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 438172--438308 Score: 132
Period size: 45 Copynumber: 3.0 Consensus size: 45
438162 AAATGGCCCC
* * *
438172 TGGTGTGGACGATTACGTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCT
1 TGGTGCGGGCGATTACCTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCT
* * * * * * * *
438217 TGGTGCGGGC-AGTTGCCTCGATCACCATCAGTAGAAGCCGGCCCC
1 TGGTGCGGGCGA-TTACCTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCT
* * *
438262 TGGTGCGGGTGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
1 TGGTGCGGGCGATTACCTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCT
438307 TG
1 TG
438309 CAATGGGCGG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 22, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
44 1 0.01
45 67 0.99
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TGGTGCGGGCGATTACCTCGAACACCATCGGCACAAGCTGGGCCT
Found at i:439463 original size:27 final size:27
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Indices: 439433--439509 Score: 75
Period size: 27 Copynumber: 2.9 Consensus size: 27
439423 CTTGCCTTGA
* *
439433 CCATTCTTGGTCTATCGACCTTTGTCT
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* **
439460 CCATCCTTGGACTATTGGTCTTTGTCT
1 CCATCCTTGGACTATCGACCTTTGTCT
* *
439487 CCCT-CTATGGACTATCGATCTTT
1 CCATCCT-TGGACTATCGACCTTT
439510 TCCATCACAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 2
0.80 0.16 0.04
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26 2 0.05
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CCATCCTTGGACTATCGACCTTTGTCT
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472158 ACCAGGGGCT
* *
472168 AGCATGTGCCAATGGTAGTCAA
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* *
472190 AGCATGTGTCGATGGTGGTCGA
1 AGCATGTGTCGATGGTAGTCAA
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1 AGCATGTGTCGA
472224 GACCAAAGGC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 30 1.00
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496456 GCTATTTATT
* * * * * *
496466 TCAAATAGTTATAACCTTT-TGTTTTGTGAT-AAACAAATTGTTTATGTCCATACAAGCTTATTT
1 TCAAATCGTTATGATCTTTATG-TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TT
* * * * * ** * *
496529 GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTATAAAATGAA
63 CAGATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA-AAAATAAA
* * ** * * * * * *
496594 TCTGTTTACT-AAGTAAGCTTAAATTA-TTATGACTATTTGAGCAATTTTTTATT
126 TATGTTTTCTAAACCAA-TTTAAA-TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATC
** * * * *
496647 TCAAAAAGTTAGGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
1 TCAAATCGTTATGATCTTTATG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * * *
496711 GAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAGTTAATACGTAGGAGATTTAAAAAATATAT
65 G-ATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * * * * * * *
496776 ATGTTCGT-TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTC-CTTTAAACAATTATCTATT
127 ATGTT-TTCTAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATC
* ** * ** * * *
496827 TTAAATTATTATGACCTTT-TGTTTTGTGGTATAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGAATTATTC
1 TCAAATCGTTATGATCTTTATG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTC
* * * *
496890 AAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAATAACTAAA
64 -AGATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA-AAATAAA
* * * *
496951 TCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATC
126 TATGTTTTCTAAACCAATTTAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATC
* * * * * *
497004 TCAAATTGTAATGATCTTTAT-TTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTC-G
1 TCAAATCGTTATGATCTTTATGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * *
497067 ATTAAATTATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAAGATTTAAAAA-AAATAT
66 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TGAAAATTAATAAGCAAG-AGATTTAAAAATAAATAT
* *
497131 GTTTGTC-AAACCCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATT
129 GTTT-TCTAAA-CCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATC
* * * * * *
497182 TCAAATCGTTTCTAACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACTATTATTT-TAGTTCATACAAACTTATT
1 TCAAATCG-TTATGATCTTTATGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
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63 CAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTG-AAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAATAA
* * * * * *
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125 ATATGTTTTCTAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATC
* * * * * * ** * *
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1 TCAAATCGTTATGATCTTTATGT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-
* * * * * * *
497423 GGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAATT-ATAGGCGAGAGATTTAAAAACTAAAG
64 AG-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAAT
* ** * * * *
497487 CTGTTTTCTAAAGTAATTCT-AATAGTTACGACTATTTGGACAAATATCAATC
127 ATGTTTTCTAAACCAATT-TAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATC
* *
497539 TCAAATCATTATGATCTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAG-TTAATTCA
1 TCAAATCGTTATGATCTTTATGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTCA
* * **
497602 GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTAAT-A--AATA-ATAAAAAAATAAATAT
65 GAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATAT
* * * * * * *
497663 GTTTGCTGAATCAATTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATT
129 GTTTTCTAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATC
* * * * *
497713 TCAAATCATTTTGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTTCAAACAAGCTTATTC
1 TCAAATCGTTATGATCTTTATGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTC
* * * * ** *
497775 GAAAGAAAATAATACTAAGTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTGAAAAAATA
64 -AGATAAAATAATACTAATTTAATAA-TATT-TGAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAATA
* * * * * * * *
497839 AATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATTGCTATA-ACTATTTAAATAATTATCTATT
124 AATATGTTTTCTAAACCAA-TTTAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATC
* * * * * * * *
497894 TAAAATCGATATAAACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTTATCC
1 TCAAATCGTTATGATCTTTATG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
497957 AAAAAAAATTAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAA
64 AGATAAAA-TAATACTAATTTAATAATA-TTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAA
* * * * * * * *
498018 TCA-GTTTACTGAATCAATTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAATAATTATCTATT
126 T-ATGTTTTCTAAACCAA-TTTAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATC
* * * * ***
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1 TCAAATCGTTATGATCTTT-ATGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
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Statistics
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ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATATGT
TTTCTAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATC
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496452 ATTTGCTATT
** * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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124 TAAATCTATTTACTGAA-TCAATTTTAAA-TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * *
496652 AAGTTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAA
187 TCGTTATGA-CCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTC-GAATAA
* * * * * * *
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* * * * *
496782 GT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGTC-CTTTAAACAATTATC
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* * ** *
496823 TATTTTAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTATAACAATTGTTTCTA-TTCATACAGAATT
1 TATTTCAAATCT-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACA-AATT
* * *
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* * * * * *
496951 TCTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTAA
128 TCTATTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
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*
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*
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* * * *
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1 TATTTCAAATC-TTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAA-TT
** * * *
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64 ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAA
* * * *
497306 ATAAATCTGTTTACTGAA-CAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAT
123 ATAAATCTATTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
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188 CGTTATGACCTTTAT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAACAAGCTTAT-TCGAATAAA
* * * ** **
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250 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTT
* * * ** *
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* * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCTTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAATT-A
* * * * *
497598 TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAAATTAATAA-ATAATAAAAAAATAAAT
65 TTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
497661 ATGTTTGCTGAATCAA-TTTAAATAGTTA-AGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTT
129 CTATTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* *
497724 TGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTTCAAACAAGCTTATTCGAAAGAAAATA
193 TGACCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-AACAAGCTTATTCG-AATAAAATA
* ** * *
497786 ATACTAAGTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTAC
253 ATACTAATTTATTAA-TATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATATGTTTTC
* * * *
497850 TGAACAAGTTCAAATTGCTATA-ACTATTTAAATAATTATC
315 TAAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTAAACAATTATC
* ** * *
497890 TATTTAAAATCGATATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACA-AAAGTTT
1 TATTTCAAATCTTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAA--TT
* * * *
497953 ATCCAAAAAAAATTAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
64 ATTCAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
498018 TC-AGTTTACTGAATCAATTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGT
128 TCTA-TTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *
498081 TATTACCTTTCATTTTGTTATAAAACAATTGTTT
191 TATGACCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
498115 TTCAACATAC
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
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TATTTCAAATCTTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAATTAT
TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAGTTC
AAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATC
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498064 TATCTATTTC
* * **
498074 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTAATTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
498139 TA
66 TA
* * * * *
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498205 TA
66 TA
498207 GAATAATACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTAATTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
TA
Found at i:498740 original size:177 final size:175
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Period size: 177 Copynumber: 3.7 Consensus size: 175
498131 ATTTGAAATA
* * * *
498141 AAATTGTTAGT-A-CTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATAATTT-TGA-ACATACAAGTTTATTTG
1 AAATTGTTA-TAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAAGTTTA-TTC
* * * *
498202 AAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-A-T--GAGATTCAAAAAATAAAT
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* ** * *
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* * * * * * *
498317 AAATTGTTACAACTTTTTTGTTCTGTCATAAAATAGTTATTTCTGTTCATATAAATTTATTTCAA
1 AAATTGTTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAA
* *
498382 ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATATATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATA-ATTT
* * * * * *
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* * * ** *
498502 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTC-AACCTATCCAAGTTTATTCATA
1 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTC-ATACAAGTTTATTCA-A
* *
498566 ATAAAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAATT-TTA-TAAGAGATTTAAAAAATAATGTTA
64 ATAAAAT-AATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAT-TTA
* *
498628 TTTATGGAACCACTTCAAATAATTATACTTATTTGAACAATTATATATTTT
127 TTTAT-GAACCAGTTCAAATAGTTATAC-TATTTGAACAATTATATATTTT
* * * *
498679 AATTTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATGTCTATTCATACAAGCTTATTC--A-
1 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAT
* * *
498741 AAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
66 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTAT
498806 TTA
128 TTA
498809 ACTATTTGTA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 68, Indels: 57
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTATTTA
TGAACCAGTTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATATATTTT
Found at i:500426 original size:143 final size:143
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Indices: 500177--500456 Score: 373
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500167 GTTTTACAAT
* * * * *
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1 AAAACAAAATACCATAATGATTTGAAATAAATAATAGCTCAAATAGATATAACTATTTGAACTCG
* * * * *
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66 CTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
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131 ATTATTTTATGAC
* * *
500320 AAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTC
1 AAAACAAAATACCATAATGATTTGAAATAAATAATAGCTCAAATAGAT-ATAACTATTTGAACTC
** *** *
500384 GCTCGTTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAG
65 GCTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
500449 TATTATTT
130 TATTATTT
500457 CTATTCTGAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 19, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
142 1 0.01
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Consensus pattern (143 bp):
AAAACAAAATACCATAATGATTTGAAATAAATAATAGCTCAAATAGATATAACTATTTGAACTCG
CTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATGAC
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Alignment explanation
Indices: 500858--500890 Score: 50
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500848 AGAAAAAGTC
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*
500875 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
500891 TCATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ATAATGATTTGAAATAG
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* * * **
500578 TTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT
1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTC-AAATAAACTTATAT
* * * * *
500642 GAAC-AAAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATTAGATAATTGTT
64 GAACTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATT
* * ** **
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* * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAACTTATATG
* * * * * * *
500822 AACTAAAAAAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
65 AACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
500887 ATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATC
130 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * *
500939 TTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTAT-
1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAAACTTATATG
* * * * * * * * **
501003 AGGC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACAC
65 A-ACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
501067 AAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
128 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
501120 TTTTACATTTTTAATTGCCTT--AATATTAATAAATTTGA-ATTATATTATTTGAAATAAGA-TT
1 TTTTAC-TTATTAATT--TTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTA-TTCAAATAA-ACTT
* * * * * * *
501181 GTATGAA-TAGATAA-AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAAT
60 ATATGAACTA-A-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * *
501244 TGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACATT-TTCAGTAAACAGATTCATCTTTTTAAATT
123 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTATTTGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATC
* * * * ** *
501303 TCTTTA-TTATGAATTTTTGAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
1 T-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAACTTATAT
* * * *
501367 GAACTGAAACATTTCTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
64 GAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
501432 AAAAATCATGATTATTTGATC-TAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--
129 AATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* ** * * * * *
501482 TTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCATGTATG
1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAACTTATATG
* * * * * * **
501547 AA-TAGAAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTAAAATAAATAATTGCTCA
65 AACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * *
501610 AATAGTCAAAACTATTTGAAC-TAGTTGGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
129 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
501662 --TT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAATTTATATG
1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CAAATAAACTTATATG
* * * * *
501723 AAC-AAAAGCATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCA
65 AACTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * *
501787 AATAATCATAATTATTTGAACTGGA-TAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC
129 AATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
501839 TCTTACTTATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTCTTTTATTCCAAGTAAGC-TATTAT
1 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CAAATAAACTTA-TAT
* *
501903 GAATTCAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
64 GAACT-AAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
501968 CAAA
127 CAAA
501972 AATCATGATT
Statistics
Matches: 976, Mismatches: 190, Indels: 94
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 74 0.08
177 62 0.06
178 68 0.07
179 208 0.21
180 18 0.02
181 85 0.09
182 376 0.39
183 76 0.08
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAACTTATATGA
ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
Found at i:501762 original size:355 final size:354
Alignment explanation
Indices: 500311--501971 Score: 1223
Period size: 364 Copynumber: 4.6 Consensus size: 354
500301 ATTAGTATTA
* * * * *
500311 TTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTA
* * * * ** * *
500375 TTTGAACTCG-CTCGTTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTT
65 TTTGAACT-GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATCAATTGCTGAAATATT
** ** * * * * **
500439 AATAAATTAGTATTATTTCTATTCTGAATAAGTTTTTATGAGCAAAAAAAATTAGTTTATGATGA
126 AATAAATTAGTATTATTT-TATTCCAAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAA
* * * *
500504 AAC-CAAAGATCAT-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAA-TGTG
190 AACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-
* * * * *
500565 TT-CA-AAA-A-A--CATTTTTT---TC--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATT
253 TTGGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATATTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT
** ** ** * *
500618 ATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTA
317 ATTTTATTCTGAATAAATTTATATGAACAAAA-CATTTC
* * * * * * * * * *
500657 TTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATTAGATAATTGTTCATATAGTTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAATCATAATTA
* * *** ** * * ** *
500721 TTTGAACTTATTTGGTAAATGGATTT-TTTTTT-GTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTA
65 TTTGAAC-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTGCTGAAATATTA
* * * * *
500784 ATAAATTAGTATTATTTTACTT-CAAATAAACTTATATGAACTAAAAAAATTGTTTTATTACAAA
127 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * * * *
500848 AGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTT
191 ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTT
* * * *
500913 GG-CAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATA
255 GGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA-TTAAT-ATT-T-GAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
500977 TTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATA-G-GCAGAAACAATTG
315 TTATTTTATTCTGAATAAA-TT-TATATGAACA-AAACATTTC
* * * * * ** * **
501018 TTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACGAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTAT
* * * *
501083 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAATTGCCT-TAATATT
66 TTGAAC-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTTTAC-TTATCAATTG-CTGAAATATT
* * * ** * * *
501147 AATAAATTTGAATTATATTATTTGAAATAAG-ATTGTATGAA-TAGATAAAATTCTTTTGTGACA
126 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCA-TGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACA
* * * * * * * *
501210 AAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAAC-ATT
189 AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATT
** * * * * *
501274 TTCAGTAAACAGATTCATCTTTTTAAATTTCTTTATTATGAATTTTTGAATTACTAATAAATTAG
254 TGGA-TAAACAGATTTAT-TTTTTAAA--TC-TT-TTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** *
501339 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTC
313 TATTATTTTATTCTGAATAAATTTATATGAAC-AAAACATTTC
* * *
501382 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTAT
* *
501447 TTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATA
66 TTGAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATA
* * * *
501512 AATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATAACAGAACA
130 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * *
501576 AAAAGTCATAA-GATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTGGAT
194 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGAT
* *
501640 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAT
259 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
501705 TCCGAACAAATTTATATGAACAAAAGCATTTT
324 TCTGAATAAATTTATATGAACAAAA-CATTTC
* * * *
501737 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTAT
** * **
501802 TTGAACTGGATAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTC-ATTTTTGAAATATT
66 TTGAACTGTTTA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTA-TCAATTGCTGAAATATT
* * * *
501865 AATAAATTCA-TTTTCTTTTATTCCAAGTAAGCTAT-TATGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGA
126 AATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-ATGTATGAACT-AAAAAAA-TTATTTTATGA
* *
501928 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
187 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
501972 AATCATGATT
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 206, Indels: 122
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
343 38 0.04
344 77 0.07
345 19 0.02
346 67 0.06
347 8 0.01
348 1 0.00
349 1 0.00
351 1 0.00
352 6 0.01
354 6 0.01
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356 4 0.00
357 56 0.05
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363 14 0.01
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365 3 0.00
366 4 0.00
367 5 0.00
368 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTAT
TTGAACTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGATAA
ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TGAATAAATTTATATGAACAAAACATTTC
Found at i:504365 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 503479--504787 Score: 1038
Period size: 178 Copynumber: 7.3 Consensus size: 177
503469 AAGATTTTTC
* * * * *
503479 CTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * ** * * *
503544 AAACT-ATTGTTTTATAGCAAAACAAGAA-GCCAT-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAGATA
65 AAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
503606 GTCATAACTGTTTGAACT-ACTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
129 GTCATAATTATTTGAATTGA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
503655 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTAT-TGAACAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAA
*** * * * * * *
503719 AAACCTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAACTTGAAATGGATAATTGTTCACATAGT
66 AAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
503784 CATAATTATTTGAATTGATTAGGTAAATAAAATTATTTTTT-AATCT
131 CATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
503830 CTTATTTATTAATTTTAT-AAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTGATTCTTAATAAGCTAGTAT
1 C----TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
** * * * *
503893 GAATTGAAAATTATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTC
60 GAA-CAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
503958 ATATAGTCTTAACTATTT-AATGGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
124 AAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
504011 CTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATGA
1 C----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * ** * * * *
504076 ATATAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAA
62 ACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
504141 TAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
127 TAGTCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
504192 CTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGTTTGTATGATAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * * * * *
504257 AAAATAATTGTTATATGGCCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATGG
65 AAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * *
504322 CCATAATTATTTAAATTGATTTTATAAATAGATTCACTTTTTAAATCA
130 TCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
504370 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGCATTACTTTATT-TCAAGTAAGCCTATATGAACC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAACA
* * * *
504434 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 AAAATAATTGTTTTATGGCAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
**
504499 GTCATAATTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTT
129 GTCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAA-TC-T
*
504551 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATT-TG-ATAAGCTT-TAATGAA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGT-ATGAA
*** * * * * *
504613 CTGGAATAATTGTTTTAT-G--TAACAAAAGGTCATACCAATTTTAAATAAATAATTG-TCTAAG
63 CAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAA
* * * * * *
504674 TAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAGCAGATTTATTTTTTCAAATCTTTT
127 TAGTCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC---T
* * * **
504729 GCTTAGTAATTTTCTG-AATGTCAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
1 -CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
504788 AGATATAAAA
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 194, Indels: 69
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 30 0.03
176 116 0.13
177 142 0.16
178 225 0.25
179 70 0.08
180 98 0.11
181 178 0.20
182 36 0.04
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:504563 original size:537 final size:531
Alignment explanation
Indices: 503638--504642 Score: 1233
Period size: 537 Copynumber: 1.9 Consensus size: 531
503628 TGACAAATAG
* * * *
503638 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAA
* * ** * * *
503703 CAAACTTATTGAACATAAACCTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAACTTGAAATGGA
66 CAAACTTATTGAAAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAACTTGAAATGGA
* * * * * *
503768 TAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAATTGATTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAATCTCTT
131 TAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTGATTAGATAAATAAAATTACTTTTTAATATC-T
* * *
503833 ATTTATTAATTTTATAAATATTAATAAATTCATTTTATTTGATTCTTAATAAGCTAGTATGAATT
195 ACTTATTAATTTTATAAATATTAATAAATTCA-TTTATTTGATTCTCAATAAGCTAGTATGAATC
* ** * * * *
503898 GAAAATTATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATA
259 CAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** *
503963 GTCTTAACTATTTAATGGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTT
324 GTCATAACTATTTAATGGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT
* ** * * *
504028 GGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGT-ATGAA-TATAAATAATTGTT
389 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTG-ATAAGCTT-TAATGAACT-GAAATAATTGTT
504091 TTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTT
451 TTATG-T--AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTT
504156 GAATTGGTTCGGTAAACAT
513 GAATTGGTTCGGTAAACAT
504175 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAA
* ** * * * * *
504240 TAAGTTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTATATGGCCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATG
66 CAAACTTAT-TGA-AAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAACTTGAAATG
* * ** *
504305 GATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAATTGATTTTATAAAT-AGATTCACTTTTTAA-AT
129 GATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTGATTAGATAAATAAAATT-ACTTTTTAATAT
*
504368 C-ACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTGGCA-TTACTTT-ATT-TCAAGTAAGCCTA-T
193 CTACTTATTAATTTTAT-AAATATTAATAAATT--CATTTA-TTTGATTCTCAA-TAAG-CTAGT
*
504427 ATGAA-CCAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTG
252 ATGAATCCAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* ** *
504491 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTT
316 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AATGGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTAACTT
*
504555 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGATAAGCTTTAATGAACTGGAAT
379 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGATAAGCTTTAATGAACTGAAAT
504620 AATTGTTTTATGTAACAAAAGGT
444 AATTGTTTTATGTAACAAAAGGT
504643 CATACCAATT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 57, Indels: 32
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 10 0.03
535 26 0.07
536 118 0.30
537 137 0.35
538 20 0.05
539 86 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (531 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAA
CAAACTTATTGAAAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAACTTGAAATGGA
TAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTGATTAGATAAATAAAATTACTTTTTAATATCTA
CTTATTAATTTTATAAATATTAATAAATTCATTTATTTGATTCTCAATAAGCTAGTATGAATCCA
AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTAATGGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGA
AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGATAAGCTTTAATGAACTGAAATAATTGTTTTATG
TAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGT
TCGGTAAACAT
Found at i:505089 original size:305 final size:305
Alignment explanation
Indices: 504530--505092 Score: 692
Period size: 305 Copynumber: 1.8 Consensus size: 305
504520 TCAGTAAACA
*
504530 AATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAAT
1 AATTTATTTGTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAAT
*** * * *
504595 TTGATAAGCTTTAATGAACTGGAATAATTGTTTTATGTAACAAAAGGTCATACCAATTTTAAATA
66 TTGATAAGCTTTAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
** * * * *
504660 AATAATTGTCTAAGTAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAGCAGATTTATTTTTTCAAATC
131 AATAATCATCTAAGTAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGATAACCAGATTTATTTTTTCAAATC
** *
504725 TTTTGCTTAGTAATTTTCTGAATGTCAATAAATTTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAG
196 TTTTGCTTAGTAATTTTAGGAATATCAATAAATTTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAG
504790 ATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTCGATAAATC
261 ATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTCGATAAATC
* ** * *
504835 AATTTA-TTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTGGTATTATTTTAT
1 AATTTATTTGTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAA
* * *
504899 TTTGAATAAGC-TTATATGATCAAAAATAATTGTTTTATGAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGA
65 TTTG-ATAAGCTTTA-ATGAACAAAAATAATTGTTTTATG-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * *
504963 AATAGATAATCATC-AAGTGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACCAG-TTTATTTTTT-
127 AATAAATAATCATCTAAGTAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGAT-AACCAGATTTATTTTTTC
* * * **
505025 AAAT-TTCTTGCTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTATCTAAG
191 AAATCTT-TTGCTTAGTAATTTTAGG-AATATCAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAG
505087 CTTGTA
253 CTTGTA
505093 TTAATTGAAA
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (305 bp):
AATTTATTTGTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAAT
TTGATAAGCTTTAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
AATAATCATCTAAGTAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGATAACCAGATTTATTTTTTCAAATC
TTTTGCTTAGTAATTTTAGGAATATCAATAAATTTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAG
ATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTCGATAAATC
Found at i:505241 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 504836--506339 Score: 1004
Period size: 178 Copynumber: 8.4 Consensus size: 181
504826 CGATAAATCA
* * * * *
504836 ATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTGGTATTATTTTATTT
1 ATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
504901 TG-AATAAGCTTATATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATG--AAAACAAAAGTTCATAATAATTTG
65 TGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** * * * * *
504962 AAATAGATAATCA-TCAAGTGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACCAG
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAA-TAG
* * **
505015 -TTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * *
505079 T-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTA
65 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *
505143 AATAGATAATTCTTAAAATAATAATAATTATTTGAACTTA-TTCAGCAAATAG
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGCAAATAG
* * * * * *
505195 ATTTATTTTTTTAATCACTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** *
505260 T-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TTT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAATGATTTG
65 TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
** ** * * * * *
505321 AAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTGATCATTTGAACTAATTC-GATAAACA-
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTCAG-CAAATAG
* * * ** ** *
505373 AGTTTATTTTCAAATCTCGTACTTAATAATTTTTAAAATATTTTTAAATTAGCATTATTTTAATT
1 A-TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * *
505438 -TG-AATAAGCTTGTA-CAA-ACAAAGCAATTCTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTT
64 CTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTT
** * ** ** ** *
505499 GAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACAATTTGAACTAGTTGGGCAATTAG
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAG
* * ** * * *
505553 ATTTATATTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * ** *
505618 TG-AATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGCTGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGA
65 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** **
505682 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAATAGTTTGGCAAGCAG
130 AATAGATAATTATTCAAATAGT-AATAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAG
* * * * *
505734 ATTTA--CTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATAATTTTATT-T
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** * * * * * * * *
505796 CAAACAAATTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGA
66 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
505861 AATAGATAATTGTTCAAATACTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAA
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAG
* * * * *
505913 AATTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATT-
1 ATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * **
505973 TCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGA
65 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * * * * *
506037 AATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGTTATTTGAACTGGTT-TGACAAACAT
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTCAG-CAAATAG
* * * *
506089 ATTCATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTT-TAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * ** *
506151 CT-TAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAAAT-TTTTATAATAGAA-AAAAGAGTTATAACAATTG
64 CTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-GTCATAATGATTT
* * * * * * * * *
506213 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTAGTTTAGCGAACAA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAG
*
506267 ATTTATTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
506327 -TCAAAAAAGCTTG
64 CTGAAATAAGCTTG
506340 CATGTTGAAA
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 237, Indels: 89
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 2 0.00
176 111 0.11
177 32 0.03
178 401 0.38
179 200 0.19
180 90 0.09
181 187 0.18
182 17 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAG
Found at i:506365 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 506213--506461 Score: 374
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
506203 ATAACAATTG
* * * * *
506213 GAAATAAATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTCTTTGAACTAGTTTAGCGAACAAATTTATTTTT
1 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTTT
** *
506277 TAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGCA
65 TAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGCA
506342 TGTT
130 TGTT
* *
506346 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAATAGATTTAATTTTT
1 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTTTT
* *
506411 AAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTC
66 AAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
506462 GAACAAACTT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 12, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 101 0.98
134 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (133 bp):
GAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTTTT
AAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGCAT
GTT
Found at i:506819 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 506416--508226 Score: 585
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 181
506406 TTTTTAAATC
* * * * * *
506416 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATT-AGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTA-TATGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATGAA
* * * * *
506479 CAAAAACATTTATTTTATGACAAAGCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAATT
64 TAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAATT
* *
506544 AGTCATAATTATTTGAACTGGTTATGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTGTT
129 AGTCATAAATATTTGAACTGGTTATGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* *
506597 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAA-T
* * * * *
506662 CAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCTA
65 --AAAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAA
* *
506727 -TAGTCTTAAATATTTGAACTGGTT-TG-ACAA-AGAAATT-TTTTTTAATTCTCTT
127 TTAGTCATAAATATTTGAACTGGTTATGTA-AACAG-AATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
506779 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATA-TCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAAT
* * ** * * * ** * * *
506843 AAAAATAATTATTTTATG---AAA-AAAATGTTTTAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATA
65 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAATTA
*
506904 GTCA-AAACTATTTGAACTAAGTTA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAA--TC-T
130 GTCATAAA-TATTTGAACT-GGTTATGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
506953 -CTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAAT-AA-GA-T-TGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAA-
* * * ** * * * * *
507012 TTTCAAATAAAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTATTGA
64 --T-AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCA
* * * * * * * *
507077 CA-TGGCCATAATTATTTGAA-TAGATT-CGACAAACA-AATTCACTTTTTAAATCACTT
126 -ATTAGTCATAAATATTTGAACT-GGTTATG-TAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTT
** * *** * * *
507133 ACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATT-ATTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAA-
* ** * * * * * *
507197 T-GAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTC-ATA
64 TAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAT-
* * * * ** * *
507260 TAATCTTAACTATTAGAACTACTTCA-GCAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTT
128 TAGTCATAAATATTTGAACTGGTT-ATGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *** **
507314 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATATGCT--TAT--AT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAAT
* ** * * * * * * *
507374 AAACTAAAACATTATTTTATAACTTAATAATAGGTTATAGC-AATTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 AAA--AAAA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAA
* ** * *
507438 --A-T-A-GAA-A--CCAA-T--TTA-GTAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCTCCT
127 TTAGTCATAAATATTTGAACTGGTTATGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * **
507481 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATCCCGAATAGGCTTA-TATG-A
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATGAA
* * * * * * *
507543 TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
64 T-AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAT
* ** * * * * *
507608 T-GGC-TACAATTATTTGAA-TCAATT-TGATAAACTGACTTAATTTTTAAATATCTA
128 TAGTCATA-AA-TATTTGAACT-GGTTATG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * * * * * * * *
507662 ACTCATCAAAATTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCGAATAAGCT-TTTTCAA-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATGTTATTTTATTC-CAAATAAACTAGTATGAAT
* * * * * *** * *
507724 ACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGT-TTAA
65 A--AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA--GTATTCA
* * * * * * * *
507788 ATCA-TCATAACTATTTAAACT-TTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT
126 ATTAGTCATAAATATTTGAACTGGTTAT-GTAAACAGAATTATTTTTT-AAATCTCTT
* * * * * * *
507844 A-TGTTTTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATT-A-GTATCATTTTATTTCAAATAAGC-ATGTAT
1 ACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTCATGT-T-ATTTTATTCCAAATAAACTA-GTAT
* * * * * * * * *
507904 GAGCT-AAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTC
61 GA-ATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTC
* * * * * * *
507968 TAA-TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTATAAGCATATTTATTTTTTAAA--TC-T
125 -AATTAGTCATAAATATTTGAACTGGTTATGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
508022 -CTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATTAATTTA-GCAATATTTTACTT-CGAATAAGCTAGTGTG
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCATG--TTATTTTA-TTCCAAATAAACTAGTATG
* * ** * * * * * *
508082 AATAAAAACAATTATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAA
62 AATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTC-A
* * * * * *
508146 ATCA-TCATAACTATTTGAATTGGTT-CGATAAATAG-ATTTTGTTTTTAAA--TC-T
126 ATTAGTCATAAATATTTGAACTGGTTATG-TAAACAGAATTAT-TTTTTAAATCTCTT
508198 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
508227 AGTATTATTT
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 275, Indels: 228
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 71 0.06
168 25 0.02
169 31 0.02
170 4 0.00
171 5 0.00
172 3 0.00
173 57 0.05
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184 29 0.02
185 50 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATA
AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAATTAG
TCATAAATATTTGAACTGGTTATGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:506992 original size:669 final size:663
Alignment explanation
Indices: 505755--506995 Score: 1633
Period size: 669 Copynumber: 1.9 Consensus size: 663
505745 TCTCTTACTG
* * * *
505755 ATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCAAACAAATTTATATTAACAAAAA
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* * * *
505820 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTTA
66 CAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATACTCA
*
505885 TAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTAGAAATAT
130 TAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTAGAAATAT
* * * * * *
505950 TAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTTTATGATAA
195 TAATAAATTAATTTTATTCTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAA
* **
506015 AACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGTTATTTGAACTGGTTT
260 AACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTT
* *
506080 GACAAACATATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
325 GACAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATCAGTATTAT
** * *
506145 TTTATTCTTAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAAATTTTTATAATAGAAAAAAGAGTTATAACAA
389 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAAATTTTTATAATAGAAAAAAGAGTTATAACAA
* * * *
506210 TTGGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTAGTTTAGCGAACAAATTTATTT
454 TTGCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTT
* *
506275 TTTAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTG
519 TTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTG
506340 CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAATAGATTTA
584 CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAATAGATTTA
506405 ATTTTTAAATCACTT
649 ATTTTTAAATCACTT
* * *
506420 ATTAATTTT-TGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAA
1 ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATAACTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAA
* * * *
506484 ACATTTATTTTATGACAAAGC-AAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAATTAGTC
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATACTC
* * * * *
506548 ATAATTATTTGAACTGGTT-ATGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTG
129 ATAATTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAAAATTATTTTCTAAATC---T-CTTATAAATTTTAG
* * *
506612 AAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTCAAAAAAAAACTTAT
189 AAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATT---AAAAAAA-TTAT
** * *
506677 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTC-TATAGTCTTAAATATT
250 TTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAATATT
* * *
506741 TGAACTGGTTTGACAAAGAAATT-TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
314 TGAACTGGTTTGACAAACAAATTATTTTTTAA--ATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
* * *
506805 TATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA-AAA-ATAATTATTT-T-AT-GAAAA
377 AATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACA-AATT-TTTATAATAGAAAA
* ** * * **
506865 AA-ATGTTTTAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAG-TTA
440 AAGA-GTTATAACAATTGCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-AGTTTA
* * *
506928 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTT
503 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
506993 ATT
568 ATT
506996 CTAAATAAGA
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 65, Indels: 32
0.84 0.11 0.05
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664 72 0.15
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671 13 0.03
672 114 0.23
673 29 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (663 bp):
ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATAACTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATACTCAT
AATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTAGAAATATT
AATAAATTAATTTTATTCTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAAA
ACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTG
ACAAACAAATTATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATCAGTATTATTT
TATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAAATTTTTATAATAGAAAAAAGAGTTATAACAATT
GCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTT
TAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGCA
TGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAATAGATTTAAT
TTTTAAATCACTT
Found at i:507621 original size:529 final size:522
Alignment explanation
Indices: 506400--510013 Score: 1334
Period size: 529 Copynumber: 6.8 Consensus size: 522
506390 TAACAAATAG
* * * * *
506400 ATTTAATTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
* * * * *
506465 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAGCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAG
66 TAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
506530 ATAAGTATTCAATTAG-TCATAATTATTTGAACT-GGTTATG-TAAACAGAATTATTTTTTAAAT
131 ATAATTATTCAAATGGCT-ATAATTATTTGAA-TAGATT-TGATAAACA-AATTAATTTTTAAAT
** ** * * * * *
506592 CTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTAT
192 CACTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAC
** * * * *
506657 GAATTCAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTA
256 GAA--C-TGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * *
506722 TTC-TATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTTTTTTAATTCTCTTAGTTATT
317 TTCATATAATCTTAACTATTAGAACTACTTAGACAAACAAATTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
* * * *
506786 AATTTTTGGAATATTATTATATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAA
382 AATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATAA
* * * * **
506851 TTATTTTATGAAAAAAATGTTTTAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATT
447 TTATTTTATGAAAAAAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG--AAAAC----
506916 TGAACTAAGTTAGTAAACAA
506 T---CTAAGTTAGTAAACAA
* * **
506936 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
* * * ** * * *
507001 TAAGATTGA-ACT-TTCAAATAA-AATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGACTTGAAA
66 TAAGCTT-ATA-TGATCAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTAATAACGATTTGAAA
* * * * * *
507063 TAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAATAGATTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAAT
128 TAGATAATTATTCAAATGGCTATAATTATTTGAATAGATTTGATAAACAAATT-AATTTTTAAAT
*
507128 CACTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTATTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAC
192 CACTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAC
* * * *
507193 GAACTGAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCA
256 GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
*
507258 TATAATCTTAACTATTAGAACTACTTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTA
321 TATAATCTTAACTATTAGAACTACTT-AGACAAACAAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
* *** ** *
507322 ATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTATATAAACT-AAAA-CA
383 ATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAA-TAAAAATAA
*
507385 TTATTTTAT-AACTTAATAATAGGTTAT-A-GCAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-AAAC
447 TTATTTTATGAA---AA-AA-AGGTTATAATG-AATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAAAC
* **
507446 -C-AATTTAGTAAATGA
506 TCTAAGTTAGTAAACAA
*
507461 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCC
1 ATTTATTTTTTAAATCT-C---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
507526 CGAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAG-AAAAGTTCATAACGATTTGA
62 CGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGCAAAAGTTAATAACGATTTGA
* * *
507590 AATAGATAATTATTCAAATGGCTACAATTATTTGAATCA-ATTTGATAAACTGACTTAATTTTTA
126 AATAGATAATTATTCAAATGGCTATAATTATTTGAAT-AGATTTGATAAAC-AAATTAATTTTTA
* * * * * * *
507654 AAT-ATCTAACTCATCAAAATTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTT
189 AATCA-CTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAAT-AAATTATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * * * *
507718 TTTCAAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTG
252 GTACGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * ** * * *
507783 TTTAAATCATCATAACTATTTA-AACTTTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTATG
317 TTCATATAATCTTAACTA-TTAGAACTACTTAGACAAACA-AATT-TTTTTT-AAATCTCTTA-G
* * * * * * * * * * **
507847 TT-TTGATGTTCT--ACATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAGCT
377 TTATTAAT-TTTTGGA-ATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATAT-AAAT
* ** * *
507909 AAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAATGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
439 AAAAATAATTATTTTATGA--AAA-AAA-GGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * *
507973 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTA-TAAGCAT
500 G--AAAAC--TCT-AA---G-T-TAGTAAACAA
* * * *
508005 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-CG
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCG
* * * * *
508068 AATAAGC-TAGTGTGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACCAAATG---AAGATCATAATGATTTG
64 AATAAGCTTA-TATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-GCAAAAGTTAATAACGATTTG
* * * * * * * * **
508128 AGATAGATAATTGTTCAAAT--CATCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTTGTTTT
125 AAATAGATAATTATTCAAATGGC-T-ATAATTATTTGAATAGATTTGATAAACA-AATTAATTTT
** * **
508191 TAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTCTGAATAATT
187 TAAATCACTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTC-GAATAAGC
* * * * *
508250 TTGTATGAA-TAGAAACAA-----TT-TG-----A-AATA-G--ATAAT-AGTTCAAATGGAT-A
250 TTGTACGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
** * * * * *** * *
508297 -TGACCATTTGAA-CTT--GT-TT-----T-GTGA-ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTAACTT
314 TTGTTCATAT-AATCTTAACTATTAGAACTACTTAGACAAACAAATTTTTTTTAA-ATCT--CTT
* * * * * * * * * * *
508349 A-TTA--ATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATTATTG
375 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATA
* * * ** * * * *
508410 GAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
440 AAAATAATTATTTTATGA-AAAA-AAGGT-T-ATAATGAA-TTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
508474 GTCATAACTATTTGAACTCCTAAGTAAATAA
500 G--AAAAC--TCT-AAGT--T-AGTAAACAA
*** * *
508505 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCT-TTCAAGAAATTAGTATTCTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
508569 CCGATTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAG-GACATAACAATTTG
61 CCGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTA-ATAACGATTTG
* * * * * * * * *
508633 AAGTAGATAATTGTTCAAATAG-TCAAAACTATTT-AA-ACG-TGTTCAAAAAACATACTTATTT
125 AAATAGATAATTATTCAAATGGCT-ATAATTATTTGAATA-GAT-TT-GATAAACA-AATTAATT
** ** * *
508694 TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAA
185 TTTAAATCACTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAA-TTATTTTATTTTATTTCG-AATAA
* * * * * *
508757 GCTTGCATGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAAAT
248 GCTTGTACGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * ** * *
508821 AATTGTTC-TAATAGTCATAACTATTTA-AAC-ATGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCT
312 AATTGTTCAT-ATAATCTTAACTA-TTAGAACTA-CTTAGACAAACAAATT--TTTTTTAAATCT
* * * * * * * * *
508883 CTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTATATGA
372 CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAA
* ** * ** * * * * * * *
508947 GTTGAAACAATCGTTTTACTACAAAACAAAAGGTCACAAT-AATTTAAAATAAACAATTATTCAA
437 ATAAAAATAATTATTTTA-T--GAAA-AAAAGGTTATAATGAA-TTCAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * *
509011 ATAGTCATGACTATTTGAATTTATTTAGAAAACAT
497 ATAG--AAAAC--TCT--A---AGTTAGTAAACAA
* * * *
509046 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
509111 CAAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTG
62 CGAATAAGCTTATAT-GATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGC-AAAAGTTAATAACGATTTG
* * * ** * * * * * *
509174 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTG-TTCGGTGAACATATTTATTTTTT
125 AAATAGATAATTATTCAAATGGCTATAATTATTTGAA-TAGATTTGATAAACA-AATTAATTTTT
** ** * *
509238 AAATCTTTTACTTATT--AATTGTCTTAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTA-TTAGAAAAAG
188 AAATCACTTACTTATTAAAATT-T-GAAATATTAATAAATTAT-T-TTATTTTATTTCGAATAA-
* * * ** * *** *
509299 GCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATA
248 GCTTGTACGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * ** * ** * * *
509364 ATTTTTAAAATAGTCACAATTATTTA-AACTTGTTCAG-TAAATATATTCATTTTTTAAATCTCT
313 ATTGTTCATATAATCTTAACTA-TTAGAACTACTT-AGACAAACAAATT--TTTTTTAAATCTCT
* ** * * * ** *
509427 TAATTATTAATTTTTCAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATAAAT
374 TAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAAT
** * * * * *
509492 TGAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAA-CAATTTCAAATAGATATTTATTCAAAT
439 AAAAATAATTATTTTATG--AAAA--AAAGGTTATAATGAA-TTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * *
509556 AGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACAT
499 AG--AAAAC--TCT-A---AGTT-AGTAAACAA
** * * * *
509589 ATTTACTTTTGAAAATTGTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTA-TTTTTTAAA-T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
509654 TGAATAAGTTTGTATGAAT-AGAAACTATTATTTTATAACCAAA--AAAAATT-ATAATGATTTG
62 CGAATAAGCTTATATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAGCAAAAGTTAATAACGATTTG
* ** * * * * * * * *
509715 AAATAAATAATTGCTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCT
125 AAATAGATAATTATTCAAATGGCT-ATAATTATTTGAATAGATTTGATAAACAAATTAATTTT-T
** * * *
509779 AAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA--GTATTTT-TTTCTGAACAAACTT
188 AAATCACTTACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTC-GAATAAGCTT
* * ** * * * *
509837 ATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
252 GTACGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * ** **
509902 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATA
317 TTCATATAATCTTAACTATTAGAACTACTTAGACAAAC-AAATT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * * *
509967 TTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAA
380 TTAATTTTTGGAATATTATTAAA-TCAGTATTATTTTATTCCAAATAA
510014 GCTAGTATGA
Statistics
Matches: 2384, Mismatches: 490, Indels: 410
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
497 1 0.00
498 2 0.00
499 3 0.00
500 30 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (522 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
TAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATGGCTATAATTATTTGAATAGATTTGATAAACAAATTAATTTTTAAATCACT
TACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAACT
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAA
TCTTAACTATTAGAACTACTTAGACAAACAAATTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGG
AATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATAATTATTTTAT
GAAAAAAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAAACTCTAAGTTAGTAAAC
AA
Found at i:508306 original size:144 final size:147
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Indices: 508123--508404 Score: 346
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
508113 GATCATAATG
* * * * *
508123 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATCATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGATTT-T
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*
508246 AATTTTGTATGAATAGAAACA
127 AAATTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
508267 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-CATCATAACCATTTGAACTTGGTTCGTAAACAAATTTAT
508331 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAA-CTCT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
508396 AATTTGTAT
128 AATTTGTAT
508405 TATTGGAAAC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 11, Indels: 15
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
144 50 0.43
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149 17 0.15
150 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (147 bp):
ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATCATCATAACCATTTGAACTTGGTTCGTAAACAAATTTATT
TTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAT
TTGTATGAATAGAAACA
Found at i:509180 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 508263--510297 Score: 1756
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 180
508253 TATGAATAGA
* * * * ** * *
508263 AACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAT
* * * * *
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65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
** * * * * * **
508392 AATAAATTTGTATTATTGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
*** * * *
508508 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCT-TTCAAGAAATTAGTATTCTTTTATTCCG
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * *
508572 ATTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGACAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** *
508624 AACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACGTGTTCAAAAAACATACT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* **
508689 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA
* * *
508752 AATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * * * *
508804 AATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * * * * * * *
508869 CATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * *
508934 TAAGCTTATATGAGTTGAAACAATCGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCAC
131 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * *
508984 AATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTTAGAAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * *
509049 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* *
509114 ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
130 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** * * *
509165 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAAGTTGTTCGGTGAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * **
509230 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * ** *
509294 AA-AAGGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
129 AATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
509346 AGCAATTTCAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
* * * * * **
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* * * * * *
509476 ATAAGCTTATATAAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCAT
130 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
** * * * **
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* * * * *
509656 AATAAGTTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATAACCAAAA-AAAA--TTAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
** * * ** * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATAT
* **
509770 TTATTTTCTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T-TTTT-TTCTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * * * *
509828 AACAAACTTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * ** * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATAT
* * *
509944 TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCC
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCC
* * * *
510008 GAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-
128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAT
* * * * * *
510118 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCA
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * *
510183 AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGGTTAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCAT
** * * * * * *
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TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
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Alignment explanation
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* ** * * * * * **
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** ** * *
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* *** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * *
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* * * ***
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * * * * *
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* *
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* ** * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * *
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* * * * * * *
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131 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * ** **
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196 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * *
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** * * *
509670 AATAGAAACTATTATTTTATAACCAAAA-AAAA--TTAT
324 AATAGAAAAAATCATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
** * * * ** * * *
509706 AATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGGTAAATAGAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAGAAAACATAT
* * *
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65 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * **
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130 A-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * ** * * *
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194 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * *
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* **
510021 TGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-
322 TGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
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1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTA-AACTTGTTCAGA-AAACAT
* ** * *
510116 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
63 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * **
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128 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGA
* * * * * * *
510246 AGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAA----TT-GG--------TTTA----GTAA
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* * * *
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* ** * * * *
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** * * * * * * * * * * *
510398 AATGATTCGAAATACATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTAAA-ATGATAT-GGTAAACAGA
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-T-TCAGAAAACATA
* * *
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** * * * * **
510521 TGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTC
128 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * *
510585 AATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAAATTACTTTTTAA
192 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * ** * *
510650 A-CTCTTA--TA--ATTTTTGAAATATTAAGAATTTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
257 ATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTA
* ** * *
510710 TGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATTAAAAAAAAAGGTCAT
322 TGAA-TAGAAAAAATCATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * *
510750 AATGATTT-AAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATT
* * * * * * * *
510814 TATTTTTCAAACCT-TTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTGGATTATTTTATTTT
66 TATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
510877 GAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACGAAAGGT-AAAAAATGATTTG
129 AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA--ATTTG
* * * * * * * * * * * * *
510940 AAATAGATAATTAATCTAATA-ACTTTAATTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTAT
191 AAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT
* * * *
511004 AAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATT--GAATAACC
255 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTT-ATTCAGAATAAGC
* * * *
511067 TTCTATGAATA-AAATCAATTATTTTATTACAAAACAAA
317 TTGTATGAATAGAAA-AAATCATTTTATGACAAAACAAA
511105 GATCTTAACG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
336 9 0.00
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Consensus pattern (361 bp):
AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATT
TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAA
TAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
Found at i:511468 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 511140--511531 Score: 433
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 177
511130 CTTTCTTGGT
* * * * *
511140 TATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAA
1 TATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAAATAGTATGAACAAAA
*
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*
511270 AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAA-ACAGATTCACTTTT-TAAATTTCTTA
131 AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAATA-A-ATT-A-TTTTCTAAATCTCTTA
*** * * *
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1 -T-ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAA-ATAGTATGAACA
* * * *
511383 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAG-TATTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
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* * * *
511445 GTTATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAATAAATTATTTTCTAAATCTCTTA
127 GTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAATAAATTATTTTCTAAATCTCTTA
* *
511496 TA--AATTTT-TGAAATATTAATAAATTCGTTTTATTTT
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511532 GTTCTGAATG
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 23, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
172 1 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAAATAGTATGAACAAAA
ACAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCA
AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAATAAATTATTTTCTAAATCTCTTA
Found at i:512378 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 511643--514050 Score: 1343
Period size: 181 Copynumber: 13.2 Consensus size: 179
511633 TGAAATAAAT
* ** * * *
511643 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGTTTGTACGAACTA-AAACAATTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
** * * * * ** * * * *
511707 ATGATTAAACAAATGATTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTCT-
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATT-TG
* * *
511771 AACTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTA
127 AATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * *
511820 AAATATTAATAAAATATTATTATTTTATCCAAAT--A--GGCATG-ATCAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * *
511880 AGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGA
* * * * * * *
511943 ATTGATT-TGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
128 ATTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * ** ** * * *
511995 AAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * **
512058 ATAATGGAAAA-AAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCAATC
64 ATGA--CAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAA-A--TAGA-TAATTGTTCAAATAGTATAA-C
* * * * *
512122 TATTTAAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTT
121 TATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * * * * *
512182 GAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTTAATAAATTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTA
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** * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * *
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65 TGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGA
* ** * * *
512491 ATTGTTTCAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
128 ATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * *
512538 AAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTGTAAATAATTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
512603 TAACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAA
* * * * *
512668 CTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
129 -TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * *
512719 AAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTAT-AATAGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * ***
512783 TGACAAAACAAAAGATCTTAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAA
* * * *
512848 CTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTG
129 -TTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * *
512900 GAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAATACACATGTTTGAACAGAAAC-ATTAG-TTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTT
* * * * *
512963 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGA
* ** * * * * * ** ** * *
513028 ATGTGTTGTATGACAAAATAG-TCTTAACTATTTGACCTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTT
128 AT-TG--GT-TCAGTAAACAGAT-TT-A-TTTTTTA---AATCT--CTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * ** *
513091 AAATCTCT--T-ACTTATTAATT-TTTGAAATATT-ATTAAA-TTAGTATTATTTTAATCTAAAT
1 AAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTT--TAT-TTAAATAAACTT-GTATGAATAGAAAC--AAT
* ** * * * *
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58 -TG-TTTTATG-ACA-AAACAA--A---AG-GTC---AT---AA-C---A--ATTTGAA-ATAGA
* * * * *
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100 TAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
*
513276 T-CTTATTAATTTTCA
164 TACTTATTAATTTTTA
* * * ** * *
513291 AAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
513356 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAA
* * * *
513421 CTT-GTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAAC-TATTAATTTTTA
129 -TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
513472 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
513537 TGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAA
* * * * *
513602 CTTACG--CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
129 -TT-GGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * *
513653 AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
513718 CGATAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAA
* * * * *
513783 -TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTATTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
129 TTG-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * * * *
513833 GAATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAA-ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* ** *
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65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGA
* * * ** * *
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128 A-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAA
514051 GCCTGATTTC
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAATT
GGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
Found at i:514044 original size:542 final size:538
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513064 CTAGTTTGAC
* * *
513074 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
* ** * *
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*
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* * * ** **
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* *
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261 ATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAATTATT
* * * * * *
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326 CAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCTAACTATT
* *
513464 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAA
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521 TATTTGAACTTACGCGGT
*
513612 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
* * * * * * *
513677 TT-ATTTCAAATACGCTTGTATGAATAA-AAACAATTGGTTTACGATAAAA-CAAAAGGTCATGA
66 TTAATCT-AAATAAGCTGGTACGAA-AAGAAACAATTAGTTTACGACAAAATCAAAA-G-CATAA
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127 CAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGAAAATAGATT
* *** *
513802 TA-TTATTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTCTATTATTTTA-TTCAA
190 TAGTT-TTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAA
* * * ** *
513865 TATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAAT
251 -ATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAC
* * *
513930 ATATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAAT
315 AGAT-AATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT
*** *
513994 CT-CTTTGTCATTAATTGTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
379 CTCCTAACT-ATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
514051 GCCTGATTTC
Statistics
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Consensus pattern (538 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
TTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTAGTTTACGACAAAATCAAAAGCATAACAAT
TTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGAAAATAGATTTAGTTT
TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGC
ATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAATTATT
CAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCTAACTATT
AATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTATGTGAATAGAAACAA
TTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAAC
TATTTGAACTTACGCGGT
Found at i:516106 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 515818--516187 Score: 436
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
515808 TCCTACTGGG
* ** * *
515818 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCATGAAATGAGTGTACGGGCATTAAG
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*** * * *
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* * * *
515948 CTGTTACGGGTCCTGTTGCTACAGC-CTTTGGTCCAGTCCGA
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* * *
515989 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTTAACCTATGAAACGAGCATGCAGGCACTAAG
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCATGAAACGAGCATACAGGCACTAAG
* * * * * * *
516054 CCAACCAGAGAGGCAGGATGTGAAAGTTTAGGATCGATCCGATCCCCCTCTGCGTGCTGTCAATC
66 CCAACCAGAGAGGCAGAATGCGAAAGTTGAAGATCGACCCGATCCACCTCTGCGTACTGTCAATC
* * ** **
516119 TTGCTGCGGGTTTTGCTGCCACAACTCTTGGTCTGGTCCGA
131 CTGCTACGGGTCCTGCTGCCACAACTCTTGGTCCAGTCCGA
*
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1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGC
516188 TTAGATTGGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCATGAAACGAGCATACAGGCACTAAG
CCAACCAGAGAGGCAGAATGCGAAAGTTGAAGATCGACCCGATCCACCTCTGCGTACTGTCAATC
CTGCTACGGGTCCTGCTGCCACAACTCTTGGTCCAGTCCGA
Found at i:516189 original size:26 final size:25
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Indices: 516160--516212 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
516150 TCTGGTCCGA
516160 GCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTAT
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTC-GTAT
*
516186 GCTTAGATTGGGAATGAACTCGTAT
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCGTAT
516211 GC
1 GC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (25 bp):
GCTTAGACTGGGAATGAACTCGTAT
Found at i:517668 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 517619--517728 Score: 123
Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
517609 TACGGGTGGT
* ** * * *
517619 TACCTGGAGCACCATTGGCACATGTTAGGCC-TTGGTACGGGCACA
1 TACCTGGACCACCATCAGCACAAGCT-GGCCATTGGTACGAGCACA
* *
517664 TACCTTGACCACCATCATCACAAGCTGGCCATTGGTACGAGCACA
1 TACCTGGACCACCATCAGCACAAGCTGGCCATTGGTACGAGCACA
*
517709 TGCCTGGACCACCATCAGCA
1 TACCTGGACCACCATCAGCA
517729 TGTGCTATGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TACCTGGACCACCATCAGCACAAGCTGGCCATTGGTACGAGCACA
Found at i:517929 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 517873--518022 Score: 140
Period size: 45 Copynumber: 3.3 Consensus size: 44
517863 CAGGCACTTG
* * * ***
517873 CCTCGACCACCATCAGTAAAAGATGGCCCCTAGTACGGGTGGTTA
1 CCTCGATCACCATC-GTAGAAGATGGCCCCTGGTACGAACGGTTA
* * * * *
517918 CCTTGATCACCATCGATAGAAGATGACCCTTGGTGCGAACGGTTG
1 CCTCGATCACCATCG-TAGAAGATGGCCCCTGGTACGAACGGTTA
*
517963 CCTCGATCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTAC-AAGCGGTTG
1 CCTCGATCACCATC-GTAGAAGATGGCCCCTGGTACGAA-CGGTTA
*
518008 CCTCGAACACCATCG
1 CCTCGATCACCATCG
518023 ACAAGTGCTG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 16, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (44 bp):
CCTCGATCACCATCGTAGAAGATGGCCCCTGGTACGAACGGTTA
Found at i:518275 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 518061--518295 Score: 152
Period size: 45 Copynumber: 5.2 Consensus size: 44
518051 TACCTCGAGC
* * * *
518061 TGGTGCGGGCGGTTACCTCGACCACCATCG-ACATGTGCTAGGCCT
1 TGGTACGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGCACA--TGCTGGGCCT
* *** * * *
518106 TGGTAAGGGCACATGCCTTGAACACCATCGGTAAATGCTGGGCCT
1 TGGTACGGGCGGTTGCCTCGAACACCATC-GCACATGCTGGGCCT
* * * * * *
518151 TGGTGA-AGGCGGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAAGAT-GGCCAT
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** * * *
518196 TGGTACGGGTAGTTACCTCGAACACTATTGGCACATGCTGGGCCT
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* * *
518241 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCAGCACATACTGGGACT
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518286 TGGTACGGGC
1 TGGTACGGGC
518296 ACATATCTCA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 39, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (44 bp):
TGGTACGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGCACATGCTGGGCCT
Found at i:531636 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 531569--531683 Score: 140
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 45
531559 CGAGGCATGG
* * * * *
531569 CACATGCCGACGGTGATCGAGGCAAGTGCCCGCACCAAGGGCCAG
1 CACATGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAA
** * *
531614 CTTATGCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCATACCAAGGCCCAA
1 CACATGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAA
*
531659 CACGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAA
1 CACATGCCGATGGTGGTCGAGGCAA
531684 CCTCCTGTAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 13, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (45 bp):
CACATGCCGATGGTGGTCGAGGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAA
Found at i:531763 original size:68 final size:68
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Indices: 531630--531764 Score: 189
Period size: 68 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
531620 CCGATGGTGG
* * * **
531630 TCGAGGCATGTGCCCATACCAAGGCCCAACACGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCTCCTGTACC
1 TCGAGGCATATGCCCACACCAAGGCCCAACACGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCATACC
531695 AGC
66 AGC
* * * *
531698 TCGAGGCATATGCCCACATCAAGGCCCAACATGTGCCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACC
1 TCGAGGCATATGCCCACACCAAGGCCCAACACGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCATACC
531763 AG
66 AG
531765 GGGCCATCTT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 9, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TCGAGGCATATGCCCACACCAAGGCCCAACACGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCATACC
AGC
Found at i:531785 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 531733--531876 Score: 162
Period size: 45 Copynumber: 3.2 Consensus size: 45
531723 CCAACATGTG
*
531733 CCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAGGGGCCATCTTCTA
1 CCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAAGGGCCATCTTCTA
* * * * ** * * * *
531778 CTGATGGTGATCGAGGCAACCACCCACACCAAGACCCAACATGTG
1 CCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAAGGGCCATCTTCTA
* * *
531823 CCGATGGTGTTTGAGGTAACCATCCGTACCAAGGGCCATCTTCTA
1 CCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAAGGGCCATCTTCTA
531868 CCGATGGTG
1 CCGATGGTG
531877 ATCAAGGTAT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 24, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (45 bp):
CCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAAGGGCCATCTTCTA
Found at i:531853 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 531710--531879 Score: 277
Period size: 90 Copynumber: 1.9 Consensus size: 90
531700 GAGGCATATG
* * *
531710 CCCACATCAAGGCCCAACATGTGCCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAGGGGCCATCTT
1 CCCACACCAAGACCCAACATGTGCCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAAGGGCCATCTT
*
531775 CTACTGATGGTGATCGAGGCAACCA
66 CTACCGATGGTGATCGAGGCAACCA
* * *
531800 CCCACACCAAGACCCAACATGTGCCGATGGTGTTTGAGGTAACCATCCGTACCAAGGGCCATCTT
1 CCCACACCAAGACCCAACATGTGCCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAAGGGCCATCTT
531865 CTACCGATGGTGATC
66 CTACCGATGGTGATC
531880 AAGGTATGTA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 7, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
90 73 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (90 bp):
CCCACACCAAGACCCAACATGTGCCGATGGTGTTTGAGGCAACCACCCATACCAAGGGCCATCTT
CTACCGATGGTGATCGAGGCAACCA
Done.