Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168060.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_31, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 845463
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.18, T:0.31
Warning! 13000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 3
Found at i:532499 original size:162 final size:161
Alignment explanation
Indices: 532211--532551 Score: 368
Period size: 162 Copynumber: 2.1 Consensus size: 161
532201 AGTTGCTCGC
* * *
532211 ACCAAGGGCC-GACTTGTGTCGATAGTGCTTGAGGTAATCGCCCGTACCAAGGCCTAACATTTGC
1 ACCAAGGGCCAG-CTTGTGACGATAGTGCTTGAGGTAATCGCCCGTACCAAGGCCCAACATGTGC
* *
532275 CGATGGTGTTCGAGGTAATCGCACACACCAGGGACCATCTTTTACTAAAGCTAATTGAGGCATGG
65 CGATGGTGTTCGAGGCAATCGCACACACCAGGGACCATCTTTTACTAAAGCTAATCGAGGCAT-G
* *
532340 CACATGTCGATGGTAGTCTAGGTAAATACCCAT
129 CACATGTCGATGGTAGTCAAGGCAAATACCCAT
* * * * * *
532373 ACCAATGGCCAGCTTGTGACGATAGTGGTTGAGG-CATGTGCCTGTACCAAGGCCCAACATGTGT
1 ACCAAGGGCCAGCTTGTGACGATAGTGCTTGAGGTAAT-CGCCCGTACCAAGGCCCAACATGTGC
* * * * *
532437 CGATGGTGCTT-GAGGCAATCGCCCGCACCAAGGG-CCATCTTTTA-TCGATGCTCATCGAGGCA
65 CGATGGTG-TTCGAGGCAATCGCACACACC-AGGGACCATCTTTTACT-AAAGCTAATCGAGGCA
* ** * * * *
532499 TTCATGTGTCGATGGTGGTCAAGGCAAGTGCCTAT
127 TGCACATGTCGATGGTAGTCAAGGCAAATACCCAT
532534 ACCAAGGGCCAGCTTGTG
1 ACCAAGGGCCAGCTTGTG
532552 TCAATGACGA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 26, Indels: 11
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 45 0.30
162 96 0.65
163 7 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (161 bp):
ACCAAGGGCCAGCTTGTGACGATAGTGCTTGAGGTAATCGCCCGTACCAAGGCCCAACATGTGCC
GATGGTGTTCGAGGCAATCGCACACACCAGGGACCATCTTTTACTAAAGCTAATCGAGGCATGCA
CATGTCGATGGTAGTCAAGGCAAATACCCAT
Found at i:533873 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 533837--533890 Score: 99
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
533827 GTTGACTTAG
533837 GCATACAGAGTTCATTCCTAGTCTAA
1 GCATACAGAGTTCATTCCTAGTCTAA
*
533863 GCATACGGAGTTCATTCCTAGTCTAA
1 GCATACAGAGTTCATTCCTAGTCTAA
533889 GC
1 GC
533891 TCAGATCAGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (26 bp):
GCATACAGAGTTCATTCCTAGTCTAA
Found at i:536158 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 535739--536328 Score: 384
Period size: 158 Copynumber: 3.7 Consensus size: 157
535729 TGGTCAAGAT
* * * * * * * *
535739 TGGGAATGCACTACATATGCCTAAGTCAACCCACGAAACAAGCGTGCGGGCACTAAGCTGGCCAA
1 TGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAAC-AGCATGGGGGCACTGAGCTGGCTAG
* * * * ** * *
535804 AG-GGCCAGAATGCACAATCTAGGGATCGACCCGATCCCTTTCGATGTGGTGTGGATCCTACTAT
65 AGAGG-CAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGATCCCCCTCGATGTGCTGCGGATCCTACTAT
** *
535868 GGGTCCCTCGGTCCGGTTGGGGCTTAGAC
129 GGGTCCCTCAATCCAGTTGGGGCTTAGAC
** * * *
535897 TGAAAATGAACTCCGTATGACTAAGTCAACCCATGAAACA-AATGTGCGGGCACTGAGCTGGCTA
1 TGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACAGCATG-G-GGGCACTGAGCTGGCTA
* ** * * * * * * *
535961 GAAAGATAGGATACGAAAGCCAAGGAT-TAGCTCGGTCCCCCTCTG-TGTGCTGCGGATCCTTCT
64 GAGAGGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGA-CCCGATCCCCCTC-GATGTGCTGCGGATCCTACT
* *
536024 GTGGGTCCCTCAATTCAGTTGGGGCTTAGAC
127 ATGGGTCCCTCAATCCAGTTGGGGCTTAGAC
*
536055 TGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGATACGAGCATGGGGGCACTGAGCCT-GCTA
1 TGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAAC-AGCATGGGGGCACTGAG-CTGGCTA
* * * * * **
536119 GAGAGGCAAAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGTTCCCCATTG-CGTGCTGTC-GATCCTGGTA
64 GAGAGGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGATCCCCCTCGATGTGCTG-CGGATCCTACTA
* * * *
536182 CGGGTCCTGCTGCCACAACCCTTGGTCTGGTCTAAGCTTAGAC
128 TGGGTCC--CT----CAATCC--AGT-TGG----GGCTTAGAC
* * * * * * * *
536225 TAGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCTATGAAATGAGCGTGCGGGCATTGAGCTGGCCAG
1 TGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAA-CAGCATGGGGGCACTGAGCTGGCTAG
* ** *
536290 AGAGGCAGGATGCGCAAGCTGAGGATCGACCCAATCCCC
65 AGAGGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGATCCCC
536329 TTCTGCGTGC
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 78, Indels: 38
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.01
157 22 0.07
158 189 0.57
159 9 0.03
160 3 0.01
163 4 0.01
165 2 0.01
166 3 0.01
169 2 0.01
170 93 0.28
ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (157 bp):
TGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACAGCATGGGGGCACTGAGCTGGCTAGA
GAGGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGATCCCCCTCGATGTGCTGCGGATCCTACTATGG
GTCCCTCAATCCAGTTGGGGCTTAGAC
Found at i:536405 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 536047--536758 Score: 723
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
536037 TTCAGTTGGG
* * * * * *
536047 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGATACGAGCATGGGGGCACTGAG
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGCGTGCGGGCACTGAG
* * ** * *
536112 CCT-GCTAGAGAGGCAAAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGTTCCCCATTGCGTGCTGTCGATC
66 -CTGGCCAGAGAGGCAAGATGCGCAAGCTGAGGATCGACCCGATCCCCTTTGCGTGCTGTCGATC
* * * * * *
536176 CTGGTACGGGTCCTGCTGCCACAACCCTTGGTCTGGTCTAA
130 CTGTTACGGGTCCTACTACCACAACCCTCGGTCCGGTCTGA
* ** ** *
536217 GCTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCTATGAAATGAGCGTGCGGGCATTGAG
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGCGTGCGGGCACTGAG
* *
536282 CTGGCCAGAGAGGCAGGATGCGCAAGCTGAGGATCGACCCAATCCCCTTCTGCGTGCTGTCGATC
66 CTGGCCAGAGAGGCAAGATGCGCAAGCTGAGGATCGACCCGATCCCCTT-TGCGTGCTGTCGATC
* * *
536347 CTGTTACGGGTCCTGCTACCACAACCCTCAGTCCAGTCTGA
130 CTGTTACGGGTCCTACTACCACAACCCTCGGTCCGGTCTGA
* * *
536388 GCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAGGTCAACCTACAAAACAAATC-TGCGGGCACTGA
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAAC-AAGCGTGCGGGCACTGA
* * * * *
536452 ACCGGCCAAAGAGGTAAGATGCGTAAGCTGAGGATC-AGCCCGATCACCCTTTGCGTGCTGTCGA
65 GCTGGCCAGAGAGGCAAGATGCGCAAGCTGAGGATCGA-CCCGATC-CCCTTTGCGTGCTGTCGA
* * * * * * *
536516 TCCTGCTACGGGTCTTACTGCCATAACTCTCGATCTGGTCTGA
128 TCCTGTTACGGGTCCTACTACCACAACCCTCGGTCCGGTCTGA
* ** *
536559 TCTTAGACTGGGAATGAACTTTGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGCAG-GCAGGCACT-A
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGC-GTGCGGGCACTGA
* * * ** * * * * *
536622 CGCTGGCCAGAGAGGCAGGATGTGCAAGCTGAGGATCAGTCGGGTTCCCCTCTGCATGCTGCCAA
65 -GCTGGCCAGAGAGGCAAGATGCGCAAGCTGAGGATC-GACCCGATCCCCTTTGCGTGCTGTCGA
* * * *
536687 TCCTGTTGCGGGTCTTACTACCACAACCCTCGGTCCGATCAGA
128 TCCTGTTACGGGTCCTACTACCACAACCCTCGGTCCGGTCTGA
** * *
536730 GCTTAGACTCAGAATGAAATCCATATGCC
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCC
536759 AAAGCCATTT
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 85, Indels: 19
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 100 0.22
171 334 0.75
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.26, T:0.22
Consensus pattern (170 bp):
GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGCGTGCGGGCACTGAG
CTGGCCAGAGAGGCAAGATGCGCAAGCTGAGGATCGACCCGATCCCCTTTGCGTGCTGTCGATCC
TGTTACGGGTCCTACTACCACAACCCTCGGTCCGGTCTGA
Found at i:536692 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 536047--536758 Score: 824
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 341
536037 TTCAGTTGGG
* * * * *
536047 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGATACGAGCATGGGGGCACTGAG
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACAAAACAAGCATGCGGGCACTGAA
* * * *
536112 CCTGCTAGAGAGGCAAAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGTTCCCCATTGCGTGCTGTCGATCC
66 CCGGCCAAAGAGGCAAAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGATCCCCATTGCGTGCTGTCGATCC
* * * *
536177 TGGTACGGGTCCTGCTGCCACAACCCTTGGTCTGGTCTAAGCTTAGACTAGGAATGAACTCCGTA
131 TGCTACGGGTCCTACTGCCACAACCCTCGATCTGGTCTAAGCTTAGACTAGGAATGAACTCCGTA
** ** * *
536242 TGCCTAAGTCAACCTATGAAATGAGCGTGCGGGCATTGAGCTGGCCAGAGAGGCAGGATGCGCAA
196 TGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGCGTGCAGGCACTGAGCTGGCCAGAGAGGCAGGATGCGCAA
* * * *
536307 GCTGAGGATCGACCCAATCCCCTTCTGCGTGCTGTCGATCCTGTTACGGGTCCTGCTACCACAAC
261 GCTGAGGATCGACCCAATCCCCTTCTGCATGCTGCCAATCCTGTTACGGGTCCTACTACCACAAC
*
536372 CCTCAGTCC-AGTCTGA
326 CCTCAGTCCGA-TCAGA
* * * *
536388 GCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAGGTCAACCTACAAAACAAATC-TGCGGGCACTGA
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACAAAAC-AAGCATGCGGGCACTGA
* * * ** *
536452 ACCGGCCAAAGAGGTAAGATGCGTAAGCTGAGGATC-AGCCCGATCACCCTTTGCGTGCTGTCGA
65 ACCGGCCAAAGAGGCAAAATGCGCAAGCCAAGGATCGA-CCCGATC-CCCATTGCGTGCTGTCGA
* * * * * * **
536516 TCCTGCTACGGGTCTTACTGCCATAACTCTCGATCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAACTTT
128 TCCTGCTACGGGTCCTACTGCCACAACCCTCGATCTGGTCTAAGCTTAGACTAGGAATGAACTCC
536581 GTATGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGCAG-GCAGGCACT-ACGCTGGCCAGAGAGGCAGGATG
193 GTATGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGC-GTGCAGGCACTGA-GCTGGCCAGAGAGGCAGGATG
* * **** * *
536644 TGCAAGCTGAGGATCAGTCGGGTTCCCC-TCTGCATGCTGCCAATCCTGTTGCGGGTCTTACTAC
256 CGCAAGCTGAGGATC-GACCCAATCCCCTTCTGCATGCTGCCAATCCTGTTACGGGTCCTACTAC
*
536708 CACAACCCTCGGTCCGATCAGA
320 CACAACCCTCAGTCCGATCAGA
** * *
536730 GCTTAGACTCAGAATGAAATCCATATGCC
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCC
536759 AAAGCCATTT
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 56, Indels: 13
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 87 0.28
342 211 0.69
343 9 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.26, T:0.22
Consensus pattern (341 bp):
GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACAAAACAAGCATGCGGGCACTGAA
CCGGCCAAAGAGGCAAAATGCGCAAGCCAAGGATCGACCCGATCCCCATTGCGTGCTGTCGATCC
TGCTACGGGTCCTACTGCCACAACCCTCGATCTGGTCTAAGCTTAGACTAGGAATGAACTCCGTA
TGCCTAAGTCAACCTACAAAACAAGCGTGCAGGCACTGAGCTGGCCAGAGAGGCAGGATGCGCAA
GCTGAGGATCGACCCAATCCCCTTCTGCATGCTGCCAATCCTGTTACGGGTCCTACTACCACAAC
CCTCAGTCCGATCAGA
Found at i:537986 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 537694--537987 Score: 338
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
537684 GGGCTTTGAT
* * * * * *
537694 TGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCGTACAGGTGTTGAGCCGGCTAG
1 TGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCATACAGGAGCTGAGCCAGCCAA
* *** ** * *
537759 AGAGGCAGGATGCACAAGCTAAAGATCGACCTGGTCCCCCTTTGTGTGCTATGGATCCTGCTGTA
66 AGAGGCAGGATGCACAAGCCAAAGATCGACCCAATCCCCCTTTGCATGCTATGGATCCTCCTGCA
537824 GGTCCTTCGGTTTGGTTGGGGCTTAAAC
131 GGTCCTTCGGTTTGGTTGGGGCTTAAAC
* * *** *
537852 TGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACTCATGAAATGAGCATGTGGGAGCTGAGTCAGCCAA
1 TGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCATACAGGAGCTGAGCCAGCCAA
* * * * *
537917 AGAGGTAGGATGCATAAGCCGAGGATCGACCCAAT-CCCCTTCTGCATGCTATTGATCCTCCTGC
66 AGAGGCAGGATGCACAAGCCAAAGATCGACCCAATCCCCCTT-TGCATGCTATGGATCCTCCTGC
*
537981 GGGTCCT
130 AGGTCCT
537988 GCTGCCATAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 26, Indels: 2
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
157 6 0.06
158 103 0.94
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (158 bp):
TGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCATACAGGAGCTGAGCCAGCCAA
AGAGGCAGGATGCACAAGCCAAAGATCGACCCAATCCCCCTTTGCATGCTATGGATCCTCCTGCA
GGTCCTTCGGTTTGGTTGGGGCTTAAAC
Found at i:538189 original size:197 final size:198
Alignment explanation
Indices: 537854--538244 Score: 443
Period size: 197 Copynumber: 2.0 Consensus size: 198
537844 GCTTAAACTG
* * *
537854 GGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACTCATGAAATGAGCATGTGGGAGCTGAGTCAGCCAAAG
1 GGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACTCATGAAATGAGCATGAGGCAGCTGAGTCAGACAAAG
* * * * * * *
537919 AGGTAGGATGCATAAGCCGAGGATCGACCCAATCCCCTTCTGCATGCTATTGATCCTCCTGCGGG
66 AGGCAAGATGCATAAGCCGAGGATCGACCCAATCCCCTTCTACATGCTATCGATCCTACTACAGG
* * *
537984 TCCTGCTGCCATAACCTTC-AGTCTGATCCAAGCTTAGGCTGGGAATGAACTCCGTATG-CTAAG
131 TCCTGCTGCCACAACCCTCGA-TCTGATCCAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAG
538047 ACTA
195 ACTA
* * *
538051 GGAATGAACTCTGTATGGCTAAGTCAAC-CTATGAAATGAGCGTGCAGGCA-CTGAG-CTGGACA
1 GGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACTC-ATGAAATGAGCATG-AGGCAGCTGAGTC-AGACA
* * * ***
538113 GAGAGGCAAGATGCGTAAGCTGAGGATCGACTTGATCCCCCTT-TACATGCTATCGATCCTACTA
63 AAGAGGCAAGATGCATAAGCCGAGGATCGACCCAAT-CCCCTTCTACATGCTATCGATCCTACTA
* * * * * *
538177 TAGGTCCTGCTGCCACAACCCTCGATTTGGTTCGAGCTTAGACTGGGAATGAACTTCGTATGCCT
127 CAGGTCCTGCTGCCACAACCCTCGATCTGATCCAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCT
538242 AAG
192 AAG
538245 TCAACCTACG
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 28, Indels: 11
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
196 2 0.01
197 143 0.89
198 15 0.09
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (198 bp):
GGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACTCATGAAATGAGCATGAGGCAGCTGAGTCAGACAAAG
AGGCAAGATGCATAAGCCGAGGATCGACCCAATCCCCTTCTACATGCTATCGATCCTACTACAGG
TCCTGCTGCCACAACCCTCGATCTGATCCAAGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGA
CTA
Found at i:538722 original size:150 final size:149
Alignment explanation
Indices: 538407--538727 Score: 405
Period size: 150 Copynumber: 2.1 Consensus size: 149
538397 TGAACTCTAT
* * * * *
538407 ATGCCAAAGCCATTTTTGTGGCCCATGAATTCATATGAGCCCTCCCCAACGCCTGCACACCACAC
1 ATGCCAATGCCATTTTTATGGCCCATGAATTCACATGAGCACTCCCCAACGCCCGCACACCACAC
* * * *
538472 ACGGGTGTCTTAAACCTGAGCCGAGCACCAATGTGCTCCGCGATCAGGTGTTAGGTGGGTTTAGG
66 ACGGGTGTCTGAAACCGGAGCCGAGCACCAATGTGC-CCACGATCAGGTGGTAGGTGGGTTTAGG
538537 CACATCTTCATATTTCTACC
130 CACATCTTCATATTTCTACC
* * ** *
538557 ATGTCAATACCATTTTTATGGCCTTTGAATTCACATGAGCACTCCCCAACGCCCGTACACCACAC
1 ATGCCAATGCCATTTTTATGGCCCATGAATTCACATGAGCACTCCCCAACGCCCGCACACCACAC
* ** *
538622 GCGGGTGTTCTGAGCCCGGA-CCGAGCACC-ATGCATG-CCACGATCGGGTGGTAGGTGGGTTTA
66 ACGGGTG-TCTGAAACCGGAGCCGAGCACCAATG--TGCCCACGATCAGGTGGTAGGTGGGTTTA
*
538684 GGCACATCTTCATATTTCTTCC
128 GGCACATCTTCATATTTCTACC
*
538706 ATGCCAATGCCAATTTTATGGC
1 ATGCCAATGCCATTTTTATGGC
538728 TTGTAAATTC
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 22, Indels: 7
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
149 66 0.45
150 70 0.48
151 10 0.07
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (149 bp):
ATGCCAATGCCATTTTTATGGCCCATGAATTCACATGAGCACTCCCCAACGCCCGCACACCACAC
ACGGGTGTCTGAAACCGGAGCCGAGCACCAATGTGCCCACGATCAGGTGGTAGGTGGGTTTAGGC
ACATCTTCATATTTCTACC
Found at i:548635 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 548591--548635 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
548581 CTTGGGCTTG
*
548591 GAGGACTCAAACTTGTTCA
1 GAGGACTTAAACTTGTTCA
548610 GAGG-CTTAAACTT-TATCA
1 GAGGACTTAAACTTGT-TCA
548628 -AGGACTTA
1 GAGGACTTA
548636 GCAGTAGTCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 5
0.79 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.17
18 15 0.65
19 4 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (19 bp):
GAGGACTTAAACTTGTTCA
Found at i:563147 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 562846--563214 Score: 420
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
562836 CTCGGTCTGA
* **
562846 CTGAGGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTAGGCCTAAGTCAACCCATGAAATGAGCATGCGGGCA
1 CTGA-GCTTAGACTGGGAATGAACTCCATAGGCCTAAGTCAACCCACAAAATGAGCATGCGGGCA
* * *
562911 CTGAGCCGGCCAGAGAAGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGGCCTAGTCCCCCTCTGCGTGCTGT
65 CTGAGCCGGCCAGAGAAGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGCCCTAGTCCCCCTCTACATGCTGT
* *
562976 CGATCTTGCTACGGGTGCTGCTGCCACAACCCTAGATCCAG-T
130 CGATCTTGCTACAGGTCCTGCTGCCACAACCCTAGAT-CAGAT
* * * * *
563018 CTGAGCTTAGACTAGGAATGAACTTCATATGCCTAAGTCAACCTACAAAATGAGCGTGCGGGCAC
1 CTGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCCATAGGCCTAAGTCAACCCACAAAATGAGCATGCGGGCAC
** * * * *** **
563083 TGAGGTGGCCA-AGAGGCAGGATGTGCAAGTTGAGGATCAGCCCT-GATCCCTTTCTACATGCTG
66 TGAGCCGGCCAGAGAAGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATC-GCCCTAG-TCCCCCTCTACATGCTG
* * * * *
563146 TCGATCTTGTTACAGGTCCTGCTGCTACAACCTTCGATCTGAT
129 TCGATCTTGCTACAGGTCCTGCTGCCACAACCCTAGATCAGAT
*
563189 TTGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCC
1 CTGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCC
563215 GTATGCTTAG
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 31, Indels: 7
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 24 0.15
171 135 0.83
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.27, T:0.22
Consensus pattern (171 bp):
CTGAGCTTAGACTGGGAATGAACTCCATAGGCCTAAGTCAACCCACAAAATGAGCATGCGGGCAC
TGAGCCGGCCAGAGAAGCAGAATGCGCAAGCCAAGGATCGCCCTAGTCCCCCTCTACATGCTGTC
GATCTTGCTACAGGTCCTGCTGCCACAACCCTAGATCAGAT
Found at i:563230 original size:26 final size:26
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563183 TCTGATTTGA
563193 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTAT
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTAT
* *
563219 GCTTAGATTGGGAATGAACTCTGTAT
1 GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTAT
563245 GC
1 GC
563247 CTAAGTCATC
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GCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTAT
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564443 GCATGGTGAT
* * * *
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* * * * * *
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GGCACTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGCTGACCCTTGGTACA
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564792 CGAGCACTTA
* * *
564802 CCTCGACCACTATCGGTAAAAGATGGCCCCTAGTGTGGGCGGTTG
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* *
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* *
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CCTCGACCACCATCGATAAAAGATGGCCCCTAGTGTGGGCAGTTG
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564878 AGTGTGGGCA
*
564888 GTTGCCTCAAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGACG
1 GTTGCCTCAAACACCATTGGCACATGCTGGACCTTGGTGCGGACG
* * * * * * * * ** *
564933 GTTGCCTTAATCACCATTGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATGGGCG
1 GTTGCCTCAAACACCATTGGCACATGCTGGACCTTGGTGCGGACG
** * * *
564978 GTTTTCTCGAACACCATCGACACATGCTGGACCTTGGTGCGGA
1 GTTGCCTCAAACACCATTGGCACATGCTGGACCTTGGTGCGGA
565021 TGTTTACCTT
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GTTGCCTCAAACACCATTGGCACATGCTGGACCTTGGTGCGGACG
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564831 CTAGTGTGGG
* * *
564841 CGGTTGCCTCGATCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTAGTGTGGGCAGTTGCCTCAAACACCATT
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* *
564906 GGCACATGCTGGGCCTTGGTGCGGA
66 GACACATGCTGGACCTTGGTGCGGA
* * * * * ** *
564931 CGGTTGCCTTAATCACCATTGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATGGGCGGTTTTCTCGAACACCATC
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66 GACACATGCTGGACCTTGGTGCGGA
565021 TGTTTACCTT
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CGGTTGCCTCAATCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTAGTATGGGCAGTTGCCTCAAACACCATC
GACACATGCTGGACCTTGGTGCGGA
Found at i:565038 original size:90 final size:90
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Period size: 90 Copynumber: 2.1 Consensus size: 90
564842 GGTTGCCTCG
* * *
564852 ATCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTAGTGTGGGCAGTTGCCTCAAACACCATTGGCACATGCTG
1 ATCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTAGTATGGGCAGTTGCCTCAAACACCATCGACACATGCTG
* *
564917 GGCCTTGGTGCGGACGGTTGCCTTA
66 GACCTTGGTGCGGACGGTTACCTTA
* * * * ** *
564942 ATCACCATTGGTAGAAGATGGCCCCTGGTATGGGCGGTTTTCTCGAACACCATCGACACATGCTG
1 ATCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTAGTATGGGCAGTTGCCTCAAACACCATCGACACATGCTG
* *
565007 GACCTTGGTGCGGATGTTTACCTTGA
66 GACCTTGGTGCGGACGGTTACCTT-A
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1 ATCACCATCG
565042 CATGTGTTGG
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91 2 0.02
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ATCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTAGTATGGGCAGTTGCCTCAAACACCATCGACACATGCTG
GACCTTGGTGCGGACGGTTACCTTA
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565169 GATTGCATCA
* * * *
565179 ATCACCATCGGTAGAGGGTGGCCTCTAGTGCAGGCAGTTGCCTCG
1 ATCACCATCGGTACAAGATGGCCCCTAGTGCAGGCAGTTGCCTCG
* * **
565224 ATCACCATCTGTACAAGATGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTGCCTCG
1 ATCACCATCGGTACAAGATGGCCCCTAGTGCAGGCAGTTGCCTCG
*
565269 AACACCATC
1 ATCACCATC
565278 AGCACATGCT
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ATCACCATCGGTACAAGATGGCCCCTAGTGCAGGCAGTTGCCTCG
Found at i:565298 original size:45 final size:45
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Indices: 565197--565322 Score: 126
Period size: 45 Copynumber: 2.8 Consensus size: 45
565187 CGGTAGAGGG
* * ** * *
565197 TGGCCTCTAGTGCAGGCAGTTGCCTCGATCACCATCTGTACAAGA
1 TGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTGCCTCGATCACCATCAGCACAAGA
* * *
565242 TGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTGCCTCGAACACCATCAGCACATGC
1 TGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTGCCTCGATCACCATCAGCACAAGA
* * ** *
565287 TGGGCCTTGGTGTGGGTGGTTACCTCGATCACCATC
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565323 GGTAAAAAAT
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TGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTGCCTCGATCACCATCAGCACAAGA
Found at i:565319 original size:90 final size:90
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Indices: 565219--565388 Score: 216
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565209 CAGGCAGTTG
* * * * * **
565219 CCTCGATCACCATCTGTACAAGATGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTGCCTCGAACACCATC-AGCAC
1 CCTCGATCACCATCGGTAAAAAATAGCCCCTGGTACAGGTAATTGCCTCGAACACCATCGA-CAC
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65 ATGCTGGGCCTTGGTGTGGGTGGTTA
** * *
565309 CCTCGATCACCATCGGTAAAAAATAGCCCCTGGTATGGGTAATTGCCTTGAACACTATCGACACA
1 CCTCGATCACCATCGGTAAAAAATAGCCCCTGGTACAGGTAATTGCCTCGAACACCATCGACACA
*
565374 TGTTGGGCCTTGGTG
66 TGCTGGGCCTTGGTG
565389 CAAGCGGTTA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 12, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
90 66 0.99
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Consensus pattern (90 bp):
CCTCGATCACCATCGGTAAAAAATAGCCCCTGGTACAGGTAATTGCCTCGAACACCATCGACACA
TGCTGGGCCTTGGTGTGGGTGGTTA
Found at i:565506 original size:45 final size:45
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Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
565441 ATGCCTCAAG
* ** * *
565451 TTGGTATGGGCGA-TTGCCTCAACCACCATCGGCACGTGCTGGGCC
1 TTGGTGTGGGC-ACTTGCCTCAACCACCATCGGCACAAGCCGGCCC
* *
565496 TTGGTGTGGGCACATGCCTCGACCACCATCGGCACAAGCCGGCCC
1 TTGGTGTGGGCACTTGCCTCAACCACCATCGGCACAAGCCGGCCC
565541 TTGGTGTGGGCACTTGCCT
1 TTGGTGTGGGCACTTGCCT
565560 TGATCACCGT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
45 54 0.98
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Consensus pattern (45 bp):
TTGGTGTGGGCACTTGCCTCAACCACCATCGGCACAAGCCGGCCC
Found at i:571532 original size:27 final size:28
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Indices: 571491--571561 Score: 83
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571481 CTTGCCTTGA
* *
571491 CCATTCTTGGTCTATCGATCTTTGTC-C
1 CCATCCTTGGACTATCGATCTTTGTCTC
* *
571518 CCATCCTTGGACTATTGGTCTTTGTCTC
1 CCATCCTTGGACTATCGATCTTTGTCTC
*
571546 CC-TCCATGGACTATCG
1 CCATCCTTGGACTATCG
571562 GTCTCTGCCA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 2
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 34 0.92
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Consensus pattern (28 bp):
CCATCCTTGGACTATCGATCTTTGTCTC
Found at i:571564 original size:27 final size:27
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Indices: 571502--571565 Score: 85
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571492 CATTCTTGGT
* *
571502 CTATCGATCTTTGTCCCCATCCTTGGA
1 CTATCGGTCTTTGTCCCCATCCATGGA
*
571529 CTATTGGTCTTTGTCTCCC-TCCATGGA
1 CTATCGGTCTTTGTC-CCCATCCATGGA
571556 CTATCGGTCT
1 CTATCGGTCT
571566 CTGCCATCAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 29 0.91
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CTATCGGTCTTTGTCCCCATCCATGGA
Found at i:611728 original size:22 final size:22
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Indices: 611700--611751 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
611690 ACCAGGGGCT
*
611700 AGCATGTGCCAATGGTAGTCAA
1 AGCATGTGCCAATGATAGTCAA
* * *
611722 AGCATGTGTCGATGATGGTCAA
1 AGCATGTGCCAATGATAGTCAA
611744 AGCATGTG
1 AGCATGTG
611752 TCAAGACCAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 26 1.00
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Consensus pattern (22 bp):
AGCATGTGCCAATGATAGTCAA
Found at i:627897 original size:45 final size:45
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Indices: 627846--627950 Score: 113
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
627836 TTGTAGGTGT
* *
627846 TGATGGTGGTTGAGGCATGTGCCCACACCAAGGCCCAGCATGTGC
1 TGATGGTGGTTGAGGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAGCATATGC
* * * * *
627891 TGATGGT-GTTCAAGGCAAGTGCTCATAGCAAGGGCCAGCATATGC
1 TGATGGTGGTT-GAGGCAAGTGCCCACACCAAGGCCCAGCATATGC
* *
627936 CGATGGTGTTTGAGG
1 TGATGGTGGTTGAGG
627951 TAACTACCAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 10, Indels: 4
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 3 0.06
45 43 0.90
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ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.34, T:0.23
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Found at i:631623 original size:181 final size:180
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Indices: 631173--632299 Score: 922
Period size: 178 Copynumber: 6.3 Consensus size: 180
631163 ATTTGCTATT
* * * *
631173 TATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTGAT-AAACAAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAA-ATTA
* * * * * *
631237 TT-TGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTATAAA
64 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * *
631300 ATGAATCT-TTTACT-AAGTAA-GCTAAATTA-TTATGACTATTTGAGCAATTTTT
127 ATAAATATGTTTACTAAACCAATTC-AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * *
631352 TATTTCAAA-AGTTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGTTTTT
1 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTATT
* * * * * * *
631415 CAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAGTTAATACGTAGGAGATTTAAAAAATAT
66 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
631480 ATATGTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTAAACAATTATC
131 ATATGTTTACT-AAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * **
631530 TATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAATTAT
1 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AATTAT
* * * *
631595 TCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTA
65 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
631656 AATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
130 AATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
631707 TATCTCAAATTGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTAT
1 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTAT
* * *
631771 TC-GATTAAAATTATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-A
65 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
631834 AATATGTTT-GTCAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
130 AATATGTTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
631885 TATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTT-TAGTTCATACAAACTTA
1 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-TTA
* * * ** *
631949 TTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAA
64 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA
* * * * *
632014 TAAATCTGTTTACTGAA-CAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATC
128 TAAATATGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * **
632067 TATTTAAAATTGTTTTAACTTTTTGTCTTGTCAT-AAACAATTGTTTCAATT-A-ATAACGTA-T
1 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTATT
* * * * * * *
632128 CTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTA
66 C-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
** * ** * * * *
632193 AAGCTGTTTTCTAAAGTAATTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATC
130 AATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * *
632244 AATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAC
1 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
632300 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 151, Indels: 70
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 31 0.04
176 105 0.14
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178 177 0.23
179 94 0.12
180 62 0.08
181 59 0.08
182 69 0.09
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTATT
CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:631908 original size:355 final size:345
Alignment explanation
Indices: 631173--632299 Score: 1002
Period size: 355 Copynumber: 3.2 Consensus size: 345
631163 ATTTGCTATT
* * *
631173 TATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTGAT-AAACAAATTGTTTCTATCCATACAAGCTT
1 TATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAA-ATT
* * * *
631236 ATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTATAAAA
63 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAA--AATTAATAAGAGATTTA-AAAA
* * * * * * *
631301 TGAATCTTTTACTAAGTAA-GCTAAATTA-TTATGACTATTTGAGCAATTTTTTATTTCAAA-AG
123 TAAATCTTTTACTAA-CAATTC-AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * *
631363 TTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAG-TTTTTCAGAATAAAAT
185 -TATGATC-TTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCA-ATAAGCTTATTC-GAATAAAAT
* * * * *
631426 AATACTACTTTATTAATATTTTGCAAGTTAATACGTAGGAGATTTAAAAAATATATATGTTTATC
245 AATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTT-TC
* * * * * *
631491 GAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTAAACAATTATC
308 AAACAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
* * * **
631530 TATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAATTAT
1 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AATTAT
* * **
631595 TCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATC
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATC
* *
631660 TATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTAATGA
129 T-TTTACT-AA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT-ATGA
* * * *
631725 TCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCGATTAAAATTATACTAA
190 TCTTTATTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTATTCA-ATAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAC
* *
631790 TTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTTTGTCAAACCAATT
253 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTTT-TCAAA-CAATT
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* * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-TTA
* * * *
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64 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT----AAGAGATTT--AAAAA
* * * *
632014 TAAATCTGTTTACTGAACAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
123 TAAATCT-TTTACT-AACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * * *
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* * * * **
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247 TACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAATATGTTTTC-AA
* * * *
632207 AGTAATTCT-AATAGTTACGACTATTTGGACAAATATC
310 A-CAATT-TAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
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CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTT
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TTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCAATAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTACTTTATTAA
TATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTTTTCAAACAATTTAAATAGTTA
AGACTATTTGAACAATTATC
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* *
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1 T
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TAAAATTAAAAAAAATCT
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*
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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TGATGGTGGTTCAAGGCAAGTGCCCGTAGCAAAGGCCAGCATATG
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* *
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* *
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672687 ATTTGCTATT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * * **
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTA
* ** **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
* * * ** *
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65 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAA
* * * ** * * *
673720 TAA-AGCTGTTTTCTAAAGTAATTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATC
128 TAATA--TGTTTTCTGAA-CAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTA
* * * *
673836 TTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAAT-A-AATA-ATTAAAAAAAT
65 TTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
673897 AAATATGTTTGCTGAATCAATTTAAATAGTTA-AGATTATTAGAATAGTTATC
129 -AATATGTTTTCTGAA-CAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
673949 TATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTTTAAACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTA
* *
674012 TTC-GAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAA
65 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAAAAATTAATAA-GAAGAGATTT-AAAA
* * * *
674075 AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAATAATTATC
126 AAT-AATATGTTTTCTGAACAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * *
674130 TATTTAAAATCGA-TATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTT
1 TATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTT
* * *
674193 ATCCA-AAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAAT
64 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAT
674254 AA
129 AA
674256 ATCAGTTTAC
Statistics
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TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAA
TATGTTTTCTGAACAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
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672983 TAATACGTAG
* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
673118 -TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAA--TTAATAAGAGATTTAAAAA
127 GTTA-TCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTTTAACAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
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* ** * * * *
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* *
673373 CGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTG
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* *
673438 TTTAGTCATAAAACT-ATTATTTTAGTTCATACAAACTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATGT
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* * * * *
673528 GAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTA
1 GAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACAATTA
* * *
673593 TCTATTTAAAATAG-TTTTAACTTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-A-ATAACG-
66 TCTATTTAAAATAGATATGAAC-TTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACA-AAAGT
*
673654 TATCCGAAATAAACTAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTTTTAAGCAAGAGATTTAAAAA
129 TATCC-AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAA-TTTTAA-CAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * **
673719 CTAAAGCTGTTTTCTAAAGTAATTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATC
191 CTAAAGCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATC
* *
673784 ATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGT-TAATTCAGATAAAAA
256 ATAATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCACACAA-TCTAATTC-GATAAAAA
* * *
673848 TAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAAT-A-AATA-A-TTAAAAAAATAAATATGTTTGC
319 TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGC
* * * * *
673909 TGAATCAATTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG
384 TGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG
* * *
673974 TTTAGTCATAAAATAATTTTTTAGTTTAAACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATT
449 TTTAGTCATAAAATAATTTTTTAGTTCAAACAAACTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATGTATT
* *
674039 AACTTTTCAAAAATTAATAAGGAA
514 AACTCTTCAAAAATTAATAAGCAA
* * *
674063 GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAATAATTA
1 GAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACAATTA
* * * *
674128 TCTATTTAAAATCGATATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTT
66 TCTATTTAAAATAGATATGAACTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACAAAAG-TT
* * *
674193 ATCCAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAA--TTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
130 ATCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTTTAACAAGAGATTTAAAAACTAA
* *
674256 ATC-AGTTTACTAAATCAATT
195 AGCTA-TTTACTAAACCAATT
674276 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 87, Indels: 54
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (537 bp):
GAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACAATTA
TCTATTTAAAATAGATATGAACTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACAAAAGTTA
TCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTTTAACAAGAGATTTAAAAACTAAA
GCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATAAT
GATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCACACAATCTAATTCGATAAAAATAATACT
AATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCA
ATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTC
ATAAAATAATTTTTTAGTTCAAACAAACTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATGTATTAACTCTT
CAAAAATTAATAAGCAA
Found at i:674546 original size:16 final size:17
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674504 AATTAGTTCA
674514 AACAATTATGACTATTTG
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674532 AACAATTAT-CTATTT
1 AACAATTATACTATTT
674547 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AACAATTATACTATTTG
Found at i:675964 original size:181 final size:180
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Indices: 675529--683379 Score: 3283
Period size: 181 Copynumber: 43.5 Consensus size: 180
675519 ATTATTTTAT
* * * * * * ** *
675529 GATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAAC-TAGTTCGATAAGTATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTA
* * * * *
675593 TTTTTTAATTCTCCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT
65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
675658 AAACTTGTATG-ATTAAAAACAATTTTTTTATAACAAAATAAAAAGTTCATAAC
130 -AAGTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTTCATAAC
** * * * * * *
675711 GATTTGAAATAGATAATTGTTTGAAT-GACCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACTGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTA
* * * * * ***
675775 TTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT
65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
675840 AAGTTTTATTAAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAAC
130 AAGTTGTA-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * ** *
675892 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTAT
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*
675957 TTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCA
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* * *** * * * *
676019 AATTAGCTTGTATGAACTGAAAAAAAAAATTTTCTGACAAAACAAAAGGTCAGAAT
127 AATAAG-TTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * * * *
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* *
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127 -AATAAG-TTGTATGAACTA-AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTA
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* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTA
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* * *
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129 T-AAGTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* *** * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
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* ** *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAACAGATTTA
* * *
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* * * * **
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
** * * *
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* * * * * * ** *
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130 -AAGTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * *
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129 T-AAGTTGTATGAA-CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAAC
* * * *** * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GGTAAACAGATTTA
* * * * **
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* * * *
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127 AATAAG-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * * * * * * * *
677682 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATC-CAGTTTAGTAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTA
* * * * *
677746 TTTTTTAAAT-TT-TATTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAAT
65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
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130 AAG-TTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAAC
* * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTA
* * * *
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65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA-
* * * * *
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* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAACAGATTTA
* * * * * * *
678101 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTTAT-AATTGTT--CAAA-TAGTCATTGCTGTTTGAACTA
65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-A-T--TATTT----TA
* * * * * *** * * * * *
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122 -TTT--CAAATA-AGTT-GTATGAA--CTAAAAC-AATT-GTTTTATGACA-A--AA-CAAAAGT
**
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174 TCA-TAAC
* * ** * ** **
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* ** * *** * * * * * *
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* * * * * ** *
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107 ATTAGTATTATTTT--AT-T-TCA---AATAA-GTT--G--TATGAACTAAA--ACAATTGTTTT
* * * *
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158 ATGACAAAACAAAAG-TTCATAAC
* * * * * *** ** * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTT
* **** * * ** * * ** **
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64 ATTTTTTAAATCTTCTACTTATT-AAT-TTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTAT--TATT--TTA
* * * * * ** ** * ** *
678553 TTTGAAAT---TT-TAATAAATTAATAC---TATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAA
122 TTTCAAATAAGTTGT-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA-A--C--AAAAG-TTCATAA
678611 C
180 C
* *** *** ** * * **
678612 AATTATTTTAT-GA-AA--AAACAAA-AGTTTGTAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATG
1 GATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT-ATTTGAACT-TAT--TTGGT-AAACA
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678671 GCCA-TAATTATTTGAA-CTAGTTC-GATGT-ATTTTTTAAATCTCTAATATACCA--ATT-TTT
59 G--ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTAT-TAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * ** *** * *
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120 -TATT-TCAAAT-AAGTTGTATGA-ACTAAAACA-AT-TG-TTTTATGACAA---AACAAAA--G
*
678790 TTTTATGATAAAAC
173 ---T-TCAT--AAC
* ** * * *
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1 -----G--AT-TTGAAAT--A---GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGG
* ** **
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** * * * * * * * * *
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115 TATTTTATTTCAAATAAG-TTGTATGAACTAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
678995 AAC
178 AAC
* ** * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTA
* * * *
679062 TTTTTTAAATC-T-T--TTATT-A-----G-AATATTATTAATTTA-TCAATATTTTA-CTCTAA
65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTC-AA
* * *
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128 ATAAG-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * * * * ***
679166 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAATATAA-AGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTA-AACAGATTT
* * **
679229 AGTTTTTAAATC-T-T--TTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
64 ATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * *
679290 TAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TATAACAAC
129 TAA-GTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * * * * * * * * *
679343 AATTTGATATAAATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTT-AAGCTTGTTTGGTGAACAAATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTATTTGGTAAACAGATTTA
* * * **
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65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAA
* * * * *
679472 TAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAAGATCATAAT
129 T-AAGTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* ** * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
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66 TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
679655 AGCCTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAAC
131 AG-TTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * * ** * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTA
* * ** *
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65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * *
679832 TATGCTTGTATGAA-TAGAACCAAATGTTTTATAAGAAAACAAAA-TGTCATAA-
129 TAAG-TTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * * *
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1 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAC-AGATTT
* * * * *
679948 ATTTTTTAATTC-TCTTTCTAATTAATTTCTAGAAAATATAAATAAATTAGTATTA-TTTATTTT
64 ATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTT-TTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * *
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125 CAAATAAG-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
** * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAC-AGATT-T
* * * * *
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64 ATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
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* * * * * * **** *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * ** * * *
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66 TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-AAA
** * * *
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* * * * ** * *** *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTATTTGGTAAACAGATTTA
* * *
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65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* ** **
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* * * * ** *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GGTAAACAGATTT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTA
* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * *
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* ** * *
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* * * * *
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* **
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** ** ** * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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65 TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A-A
* ** * * * * *
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* * * * ** * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
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66 TTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAA
* * * *
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129 TAAGTT-GTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
** * * * *
681852 GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTAGCAAACA-AGTTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGA-TTT
* * * * * **
681915 ATTTTTTAAATC-TCTCAGTTATTAAGTTTTGGAATAGTT-TTATATTAGTATTATTTTATTTTG
64 ATTTTTTAAATCTTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
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66 TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAA-A
* * * * * * *
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129 TAAGTTGTATGAACT--AAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAA-GTTCATAAC
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* * **
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* * * * * *
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* * * ** *
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* ** * ** *** * *
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* * * *
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123 CAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTG
** * * * * ** **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTAT
* ** * * * *
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* * * * *** *
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128 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* ** * ** *
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* * * *
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* ** **
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* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAACAGATTT
* * * * * * *
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* * ** * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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254 TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAG-TTGTATG
** * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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** * * * * * *** *
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* * * *
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* ** * **
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** ** * **
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* * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTA
* * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *** ** * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * ***
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* *** * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ****
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** ** ** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* *
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* ** * * * * * ** * ***
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* ** * ** * ***
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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*
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** **
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAACTTGTATGAACGAAA-
* * * * *
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* * * * * * * *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAAATAAACTTGTATGAACGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
TATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
Found at i:677175 original size:345 final size:348
Alignment explanation
Indices: 676509--677179 Score: 809
Period size: 347 Copynumber: 1.9 Consensus size: 348
676499 AAATCTCCAA
* * *
676509 CTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATCAATAG
1 CTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATCAACAG
* * *
676574 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
676639 CATAACTATTTGAACTCGCTCGTTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
131 CAGAACTATTTGAACTCACTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA
* * ** * *
676704 GAATTTTAATAAATTAGTATCATTTCTATTCTGAATAAGTTTTTATGAGCAAAAACAATTAGTTT
196 GAATATTAATAAATTAGTATCATTTCTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTAGTTT
** * * *
676769 ATGATGAAACAAAAGATCATATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
261 ATGACAAAACAAAAAATCATATGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
676834 TGTGTTCAGAAAACATTTCTTTT
326 TGTGTTCAGAAAACATTTCTTTT
* * * *
676857 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATCAACA
* * * * * *
676920 -AAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATATA
65 GAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * ** **
676984 GTCAGAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGATTT-TTTTTT-GTTCTCTTACTCATTAATTTT
129 GTCAGAACTATTTGAACTCACTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
* * **
677047 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TACTTC-AAATAAACTTATATGAACTGAAACAATT-G
194 TAGAATATTAATAAATTAGTATCATTTCTA-TTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTAG
* * * *
677109 TTATATTACAAAAGAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAAATATTTAAATAGTCATGACTAT
258 TT-TATGACAAAACAAAAAATCAT-ATGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATAACTAT
677174 TTGAAT
321 TTGAAT
677180 TTATTTGGCA
Statistics
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0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
343 3 0.01
344 39 0.14
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349 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (348 bp):
CTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATCAACAG
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CAGAACTATTTGAACTCACTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATCATTTCTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTAGTTT
ATGACAAAACAAAAAATCATATGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
TGTGTTCAGAAAACATTTCTTTT
Found at i:678115 original size:546 final size:544
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Indices: 677055--678110 Score: 1199
Period size: 546 Copynumber: 2.0 Consensus size: 544
677045 TTTGGAATAT
* *
677055 TAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTGTTATATTACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTATATGACAA
* * * * * **
677120 AAGAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAAATATTTAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATT
66 AACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAAATATTCAAAAAATCATGACTATTTGAATCCATT
* *
677185 TGGCAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
131 TAGCAAACATATTTATTTTTTAAAA-CTTTTACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
** * * * * *
677250 TTATTTTAATTTAAATAAACTTGTATAAGCAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGCCAT
195 TTATTTTAATCCAAATAAACATGTATAAGCAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGCCAT
* * * *
677315 AACAAGTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATT
260 AACAAGTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCAAAACAATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
** ** * **
677380 TATTTTTAAAATCTTTTACATTTTTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGAATTATATTATTTGA
325 TATTTTTAAAATCTTTTA-ATTAATAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGAATTATATTATCCGA
* * * ** * *
677445 AATAAGATTGTATGAATAGATAAAATTCTTTTGTGACAAAACACTAGGTTATAGCAATTTCAAAT
389 AATAAGATTATATGAACAGATAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAAT
* *** *
677510 AGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTCATCTTTTTAAAT
454 AGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTGGATCAGTAAACAGATTAATCTTTTTAAAT
677575 TTCTTTATTATGAAATTTTGAATTAC
519 TTCTTTATTATGAAATTTTGAATTAC
* ** * * *
677601 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTCTTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTATATGACAA
** * *
677666 AACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTG-ATCCAGT
66 AACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAAATATTCAAAAAATCATGACTATTTGAATCCA-T
* * *
677730 TTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAA-TTTTATTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTA
130 TTAGCAAACATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
* * * *
677793 TTATTTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAA-CAGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCA
195 TTATTTTAATCCAAATAAACATGTAT-AAGCAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGCCA
* * * * * * *
677857 TAA-GATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGAT
259 TAACAAGTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCAAAACAATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
* * * *
677921 TTATTTTTTAAATCTTTT-ATTAAT-ATT-T-GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAGTCCG
324 TTATTTTTAAAATCTTTTAATTAATAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGAATTATATTA-TCCG
* * * ** *
677982 AACA-AA-TTTATATGAACA-A-AAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
388 AA-ATAAGATTATATGAACAGATAA--AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTC
* * * *
678043 GAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGAT-AGGTAAATAGAATT-AT-TTT
450 AAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTGGATCA-GTAAACAG-ATTAATCTTT
678105 TTAAAT
513 TTAAAT
678111 CTTTTACTTA
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 78, Indels: 26
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
535 2 0.00
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546 126 0.30
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (544 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTATATGACAA
AACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAAATATTCAAAAAATCATGACTATTTGAATCCATT
TAGCAAACATATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAT
TATTTTAATCCAAATAAACATGTATAAGCAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGCCATA
ACAAGTTAAAATAAATAATTACACAAATAGTCAAAACAATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTT
ATTTTTAAAATCTTTTAATTAATAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGAATTATATTATCCGAAA
TAAGATTATATGAACAGATAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAG
ATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTGGATCAGTAAACAGATTAATCTTTTTAAATTT
CTTTATTATGAAATTTTGAATTAC
Found at i:678181 original size:79 final size:78
Alignment explanation
Indices: 678049--678205 Score: 188
Period size: 79 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
678039 TTTGGAATAG
* * *
678049 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGATAGGTAAATAGAATTA-TTTTTAAATCTC
*
678114 TTACTTATTCATTT
65 TTACTTATTAATTT
* ** * * * * * *
678128 ATAATTGTTCAAATAGTCATTGCTGTTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAGTCTCT
1 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGATAGGTAAATAGAATTATTTTTAAATCTCT
678193 TACTTATTAATTT
66 TACTTATTAATTT
678206 TTAAAAGATT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 13, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
78 23 0.35
79 42 0.65
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Consensus pattern (78 bp):
ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGATAGGTAAATAGAATTATTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTT
Found at i:678796 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 678549--678861 Score: 389
Period size: 173 Copynumber: 1.8 Consensus size: 173
678539 CCTTCCTATT
* * *
678549 AATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAA
1 AATTTTTGAAATTTTAATAAAGTAATACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAATGAAAAACAA
* ** * * * * *
678614 TTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAAT
66 TTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAC
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131 TATTTGAACTAGTTCGATGTATTTTTTAAATCTCTAATATACC
* * ** *
678722 AATTTTTG-AATTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGGTAAGCTTTTATAAATTG-AAAA
1 AATTTTTGAAATT-TTAATAAAGTAATACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-AA-TGAAAAA
* * * * *
678785 -AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
63 CAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT
678849 AACTATTTGAACT
128 AACTATTTGAACT
678862 TGTTTGATAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 21, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.03
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Consensus pattern (173 bp):
AATTTTTGAAATTTTAATAAAGTAATACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAATGAAAAACAA
TTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAC
TATTTGAACTAGTTCGATGTATTTTTTAAATCTCTAATATACC
Found at i:679137 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 679112--679154 Score: 52
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679102 ATTTTACTCT
679112 AAATAA-GCTTGTATGAACAA
1 AAATAATGCTT-TATG-ACAA
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1 AAATAA-TGCTTTATGACAA
679152 AAA
1 AAA
679155 AATATCATAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
20 13 0.62
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Consensus pattern (19 bp):
AAATAATGCTTTATGACAA
Found at i:680769 original size:361 final size:359
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678344 CAGCAAACAA
* * * * *
678354 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * ** * *
678419 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGATAGAACAAAAGGTTACAACAATCTAAA
65 CAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
678484 ATAGATAATTGT----T--T-A-AA-TA--AGAAC-TGATTC-AGTAAATAGATATA-TTTTTAA
130 ATAGATAATTGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAA
* * ** * * * * * *
678535 ATCTCCTT-CCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTG
193 ATCT-TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * ** ** *
678599 TATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAAGTTTGTAATGATTTGAAATATATAATT
257 TATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * *
678662 GTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAGTTC--------G
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAATAG
* * * ** * *
678695 ATGTATTTTTTAAATC-TCTAATATACCAATTTTTGAATTATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * ** * * * *
678759 TCAGGTAAGCTTTTATAAATTGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTCA
64 TCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *
678824 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA
129 AATAGATAATT-GTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-A
** ** ** ** *
678889 AAT-TTCTTGTTTATTAATTTTCTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAT
192 AATCTT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
** * * * * * * *
678953 GCATGAGCTA-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCGAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAT
256 ATATGA-ATAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* ** * * **** * *
679015 TGTTCTAATTTTCTTATCTATTTGAATTAGTTTGGCAAACAC
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAATAAATAG
* * * *
679057 ATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATT-A-----GAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTA-CT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTT
* * *
679110 CTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCATAACGATTT
65 C-AAATAAGCTTATATGAACAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
679171 GAGATAGATAATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAATATAA-AGATTTAGTTT
127 GAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATA-AACAAATTTATTTT
** ** **
679234 TTAAATCTTTTAC----TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATT
189 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * *
679295 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TAACAACAATTTGATATAAATAA
254 TTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * *** * * *
679359 TAGTTCAAATGGACATGACTATTT-AAGCTTGTTTGGTGAACAA
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TTGTTCAATAAATAG
* *
679402 ATTTATTTTTTAAAT-TTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
** * * * * * * *
679466 TTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTG
63 TTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
679531 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAACAAATTTAGTTTTTA
128 AAATAGATAATTG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
*** * * * * *
679596 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTCATTTAAAATAAGCCTA
192 AATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
** * * *
679661 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAACTGT
257 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-
* * *
679726 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAAAATGTTTAGA-AAATAT
321 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCA-ATAAATAG
* ** *
679765 ATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTTTTTTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
679827 CGAAATATGCTTGTATGAATAGAACCAAA-TGTTTTATAAGAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTT
65 C-AAATAAGCTTATATGAACAGAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTT
* * * *
679890 AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTGGT-AACAAGATTTATTTTT
127 GAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA-ATTTATTTTT
* * * *
679954 TAATTCTCTTT-CTAATTAATTTCTAGAAAATATAAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTCAAATA
190 TAAATCT-TTTACTTATTAATTT-T-CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATA
* * **
680017 AGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAAC-AAAAGTTCACAATGATTTGAAATAG
251 AGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAG
** * * * *
680080 ATAATAATTCAGATAGCCATAACTATTTGAACATGTT-AGGTAACA-AG
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCA-ATAA-ATAG
* * *
680127 ATTCT-TTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATT-TATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
680190 TTCAAATAAGCTTATATGAGCTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTT
63 TTCAAATAAGCTTATATGAAC-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
680254 GAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTT
127 GAAATAGATAATT-GTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * *
680319 AAATATTCTACTTATTAATTGTCAAAATATAAATAAATTAATATT-TTGTTA-ATCGAAATAAAC
191 AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-AAATAAGC
* * * * *
680382 ATGTATG-ATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAAT
254 TTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * **
680446 TTTTCAAATAGTTATAAAGATTTGATATTGTTCAATAAATAG
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTCAATAAATAG
* *
680488 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT--TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * *
680551 TCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAGTGATTTC
64 TC-AAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
680615 AAATAGATAATTGTCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTTTTCGACAAACAGATTCATTTTTTT
128 AAATAGATAATTGTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
680680 AATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
192 AATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * * * * * *
680745 TATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGG
257 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** *
680810 TCAAATAGTCATTACTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAGCAT
322 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTCAATAAATAG
* * *
680849 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * **
680914 T-GAATAAGCTTATATGAA-A-AAAAACTATTGTCTTATAACAAAA-GAAAGGTCATAACAATTT
64 TCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
680975 GAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGATCTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
127 GAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
* * *** * *
681040 AAATTTTTTACTTATTAATTGTCTTGATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGTT
191 AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT
* * * * * * *
681104 TGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAA
255 TATATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAA
*
681169 TTGTTCAAATAG---TAAC---TTG---T-TTC-TTAAATAG
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAATAG
* * * **
681200 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * *
681265 CAAATAAGCTTACATGAACCGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAA
65 CAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
681330 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAA
130 ATAGATAATT-GTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
681395 TTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT
194 TCTTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT
* * * * * * * * *
681459 ATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT
258 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *
681524 CAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAG
323 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAATAG
* * *
681562 ATTTATTTTTTAAATC----CCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTGTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * ***
681623 CGAGCAAACTTACATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCCATTTGA
65 CAAATAAGCTTATATGAACAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
681687 AAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTACTTTTTA
129 AATAGATAATTG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTA
* * * ** * * * *
681751 AATCTCTTGCATATTAATTTT-TTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TT
192 AATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * **
681813 AATGTGAATTGAAAAAACTGTTTTATGAC--AA-AAAAA-T-AT---GATTTGAAATAGATAAAG
256 -ATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** *
681870 GTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACA-
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAATAG
* * * * * *
681910 AGTTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAAGTTTTGGAATAGTT-TTATATTAGTATTATTTTAT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * *
681974 TTTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACT-ATTT
63 TTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTT
* * * * * ** * *
682038 GAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT
127 GAAATAGATAATT-GTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
** * * * ** **
682103 AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAAATT
191 AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCT
* * *** * * * * ** *
682164 TGTAT-AATAAAAAACAATGGCTATAT-ATCCAAACAAAATGTTATAATGATTTAAAATAGATAA
255 TATATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *** *
682227 TTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACCA-
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAATAAA-TAG
** *
682270 ATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * * *
682335 TGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTTAA
65 CAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
682400 ATAGACAATTGTTCAAATAAG-CATAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTTA
130 ATAGATAATTG-TCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * ** * * * *** *
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192 AATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * * ** * *
682528 TATAAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATT
257 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * ** *
682591 GTTCAAATAGTAATCACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAG
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAATAG
* * * * *
682632 ATTTATTTTTTCAAA-CTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * * * *
682696 TCGAATAAGATTGTAAGATA-TGAAACAAA-TATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTT
64 TCAAATAAGCTTATATGA-ACAGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ** * * *
682759 AAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTT
127 GAAATAGATAATT-GTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
* * ** * **
682824 AAATCTCTGACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAAT-A--T
191 AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT
* * * * * * *
682885 T-TATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCTTAACGATTTG-GATTGATAAT
255 TATATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * ** * *
682946 TGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAG
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAATAG
* *
682988 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
683053 CAAATAAGCTTGTATGATA-A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
65 CAAATAAGCTTATATGA-ACAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * * ****
683116 AAATAAATAATCAT-TCATATAGT-TTTAGTATTTGAAATGGTT-TAGCAATTTGATTTATTTTT
128 AAATAGATAAT--TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTT
* ** * * * ** *
683178 T-AATTTTCTTGGTTATTAAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-A
190 TAAATCTT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * * * *
683241 ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGT-TGACAAAATAAAAGGTTATAATGAA-TTGGAATAGAT
254 TTA-TATGAATAGAAACAATTATTT-TATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTTGAAATAGAT
*
683304 AATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
683332 AGGGTTTGGT
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
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AAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAATAG
Found at i:681177 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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681146 TTATAGCAAT
681156 TTCAAATAGATAA-TTG
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1 TTCAAATAGTAACTTG
681188 TT
1 TT
681190 TCTTAAATAG
Statistics
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TTCAAATAGTAACTTG
Found at i:683507 original size:116 final size:115
Alignment explanation
Indices: 683274--683491 Score: 258
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683264 TTGTTGACAA
* * *
683274 AATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAAAGGGTTT
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* ** * *
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* ** * **
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1 AATAAAAGGTTAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAAGAGTT
* *
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683492 TTTGGAATAT
Statistics
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AATAAAAGGTTAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAAAGAGTTT
GGCAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTATTTCCAAAGTATT
Found at i:684946 original size:180 final size:181
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683383 AAGTATTAAT
* * * ** * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * * * *
683458 CAAATACATTTATTTTTTAAATCT-TT-C--ACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
683519 TTT-TATCCGAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAG
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** * *
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1 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTC
* * * * * **
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* *
683876 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGA-ATAAAC
127 TTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC
* * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
684056 TTTTACTCATAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC
130 TTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
684108 AAATA--TCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TTAGTTC
1 AAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* * * *
684170 GGTAAACAGATTTAATTCTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAACTAATAT
64 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* ** **
684230 TATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAAC
128 TATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * **
684348 TAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
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131 TTTA-TTCAGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * ** * * * *
684461 TAAAGATCAAAATGATTTGAAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGAACTCGTTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
684526 GTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGCATTA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** *
684590 TTTTGTT-ATGAATAAGCTT-TATGAAT-GAAACAATTGGCTTATGACAAAGC
130 TTTTATTCA-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
684640 TAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * *
684705 AAAACATATTTA-TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTA-AATATTAATAAATTTA-TATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
684765 TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAC
130 TTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** *
684817 AAAAGGTCATAATG-TTTAAAATAGATAATTGTTCGGATAGTCATAACTATTTGAACATTATT-G
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCG
* * * *
684880 GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * *
684945 TTTTATTTC-GAATAAGCTTACATAAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
130 TTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
684997 AAAAGGTCACAATGATTTGAAACA-ATTAATTATTCAAATACTAATGAAC-ATTTGAACTTGTTC
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
685060 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ACTTGTCGAAATATTAATAAATTAATAT
64 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
685124 T-TTTTAATCCA-AATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
128 TATTTT-ATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *** * * * *
685177 AAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGGTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * *
685242 GT----AGA--TA--TATTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAAT-AATTTGTAT
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * **
685296 TATTTTATTCAAAATAAGCTTG-ATGAATAGAAAAAAATCAATTTTATGACAAAAC
128 TATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
685351 AAAAAGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * * * *
685416 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAATATTA-
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** ** *
685480 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTATGACAAAAC
131 TTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
685531 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * * * * *
685596 TAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTT-GAAATATTATTAAATTGGTATT
66 TAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
685659 ATTTTA-TC-CAATAAGCTTGTAATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACCCAATC
129 ATTTTATTCAGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC
** * * * * *
685712 GAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATATTCATAACTATATGAACT
1 -AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
685770 GGTTGATAAA
Statistics
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0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 18 0.01
173 52 0.03
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176 235 0.13
177 206 0.12
178 212 0.12
179 128 0.07
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:685411 original size:354 final size:352
Alignment explanation
Indices: 683407--685779 Score: 1657
Period size: 354 Copynumber: 6.6 Consensus size: 352
683397 GGTTAGAATG
** * * * * * *
683407 ATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAA-TA-CATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATTATTATTAA
* * * * *
683470 TT-TTTTAAATCTTTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCGAATAA
66 TTCTTTT--A-C-TT-ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCAGAATAA
* * * *
683533 GCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAGAAAA--TCATAAAGATTTGAGAAT-GA
124 GCTTG-ATGAAT--GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGA
* * * * *
683594 TATTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-AGAAA-ATAACTTTA-GTTTTAAATCT
185 TAATTATTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTCGATAAACAT-A-TTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
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247 CTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG
** * *
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311 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * *
683762 ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGT--A-A-A-TTA
* * * * * ** *
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59 --TTA-TTAATTCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGA
* * * * *
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120 ATAAGCTTG-ATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
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182 AGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * ** * * *
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245 CTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTA
* * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATTATTA-TT
* * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * **
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316 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* ** * * * *
684475 ATTTGAAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGAACTCGTTCAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT----AAA-TTAT
* * * * *
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* *** * * *
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* * * *
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188 TTATTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
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251 CTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * *
684794 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-T
316 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCGGT--A-A-ATT-A-
* * *
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* * * * * * *
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122 AAGCTT-GATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * *
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185 -TAATTATTCAAATAGTCAT-AACATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
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* * *
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313 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATTATTATTA
* *
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* * * * *
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127 TGATGAAT-G-AAACAAT-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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317 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * *
685545 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGAATATTTATG
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT---AA-A-TTAT-
* * * * * *
685610 TTTTAAATT-TTTTAGTTATTAATTGTTGAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTA-TC-CAATA
60 TATT-AATTCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATA
* * * * * *
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* * ** * * *
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GAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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** * * *
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* * **
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* * * * * * ** *
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* *
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* **
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* *
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*
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TATTTTGATAAATAAATTTATATTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTT
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* * ** ** * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 CCGATGGTGTTCAA
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Statistics
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* * * * ** *
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* *
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* * * * *
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** * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
696795 TGACTTAGGCATATAGATTTCATTCCCAATCTAAGCCCCAATCGGACCAAGGGA-C-CCATAGTA
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**
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* ** * ** ** *
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* * *
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CAATCCTCAGCTTGCGCATTCTGCCTCTCTGGCTGGCTCAGTGCCCACAAGCTCATTTCATGGGT
TGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAATCCAAGCCCCAATCGGACCAAGGGACCTCCAAAAGG
ATCCGCAGCACACAGAAGGGGACCGGGT
Found at i:710188 original size:45 final size:44
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710052 ATGCTCATTG
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* * * * * *
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* * * *
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710189 ATCAATATGG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 14, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:710211 original size:23 final size:23
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Indices: 710185--710236 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
710175 TCGATGCATG
*
710185 TGCCATCAATATGGGCCATCATA
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* * *
710208 TGCCATCACTATGCGCTATCATG
1 TGCCATCAATATGCGCCATCATA
710231 TGCCAT
1 TGCCAT
710237 TGATGGTTGA
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Consensus pattern (23 bp):
TGCCATCAATATGCGCCATCATA
Found at i:712412 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 712113--712697 Score: 545
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
712103 AAAATGCTTT
* *
712113 GGCATATGGATTTCATTCCCAGTCTAAGCTCCA-ATCGGA-TCGAGGGTTGTGGCAGTAAGACCT
1 GGCATATGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCT-CAGATCGGACT-GA-GGTTGTGGTAGTAAGACCT
* * * * * * * *
712176 GTAGCAGGATCGACAGCACGTAG-AGGGGAACCCGATTGATCTTTAGCTTATGCATCCTGCCTCT
63 GTAGCAGGATCGATAGCACGCAGAAGGGG-A-CAGGTTGATCCTCAGCTTGTGCATCCTACCTCT
*
712240 CTAGCTGGCAT-AGTGCCCGTCCGCTTATTTTGTAGGTTGACTTA
126 CTAGCTGGC-TCAGTGCCCGTCCGCTTATTTCGTAGGTTGACTTA
* * * *
712284 GGCATATGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGATCAGACTGAGGATTATGGTAGCAAGACCTGT
1 GGCATATGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCTCAGATCGGACTGAGG-TTGTGGTAGTAAGACCTGT
* * * * *
712349 AACCGGATCGGTAGCATGCAGAAGGGGATCAGGTTGATCCTCAGCTTGTGCATCCTACCTCTCTG
65 AGCAGGATCGATAGCACGCAGAAGGGGA-CAGGTTGATCCTCAGCTTGTGCATCCTACCTCTCTA
** * *
712414 GCCAGCTCAGTGCCC-ACAGGC-TAGTTTCGTAGGTTGACTTA
129 GCTGGCTCAGTGCCCGTC-CGCTTA-TTTCGTAGGTTGACTTA
* *** * * * * * *
712455 GACATACAAAGTTCATTCCCAGTCTAAGTTCAAACCGGACCGAAGGTTGTGGTAATAGGACCTGT
1 GGCATATGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCTCAGATCGGACTG-AGGTTGTGGTAGTAAGACCTGT
* * * * *
712520 AGTAGGATCGATAGCACACAGAAGGGGACTGAGTCGATCCTCAGCTTGTGTATCCTACCTCTCTA
65 AGCAGGATCGATAGCACGCAGAAGGGGACAG-GTTGATCCTCAGCTTGTGCATCCTACCTCTCTA
* * *
712585 GCTGGCTCAGTGCCCGTACACTCA-TTCGTAGGTTGACTTA
129 GCTGGCTCAGTGCCCGTCCGCTTATTTCGTAGGTTGACTTA
* * * * *** * *
712625 GGCATATGGAGTTCATTCCTAATCTAAGCTCAGATCGAACCGAGGGTTGTAACAGTAGGACCCGT
1 GGCATATGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCTCAGATCGGACTGA-GGTTGTGGTAGTAAGACCTGT
712690 AGCAGGAT
65 AGCAGGAT
712698 TGACAACACG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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GGCATATGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCTCAGATCGGACTGAGGTTGTGGTAGTAAGACCTGTA
GCAGGATCGATAGCACGCAGAAGGGGACAGGTTGATCCTCAGCTTGTGCATCCTACCTCTCTAGC
TGGCTCAGTGCCCGTCCGCTTATTTCGTAGGTTGACTTA
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733623 ACACCATTAA
*
733633 TAGATGCTAGCCTGTTGTTGCCTCAGACACCACCAG
1 TAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAGACACCACCAG
733669 TAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAGACACCACCAG
1 TAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAGACACCACCAG
* * * * *
733705 TAGATGCTGGCCCATTATTACCTTAGACACC
1 TAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAGACACC
733736 TTAGCAGATG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 6, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAGACACCACCAG
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Indices: 735124--736494 Score: 973
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735114 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
735124 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAA
* * * * ** ***
735189 TACTACTTT-TCTAATATTTTAAAAATTAATAAACAAGATA-TTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTT
65 TACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAAT-AACAAGAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
735252 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATAGTT
128 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* ** * * **
735305 ATGA--TTCTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTT-TTTTAGATAAAAA
1 ATGACCTT-TTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTGGA-AT-AAAA
* * * *
735366 TAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT---AAGAG-TTTTAAAAAGAT---TATGTTTG
62 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTTAAAAA-ATAAATATGTTTA
*** * * * * * * *
735424 TTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
126 CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * ** *
735479 TTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTGGAATAAAATAA
* * *
735544 TCCTAATTTATTAACA-TTCGAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTGAAAAATTAAATATGTTTA
65 TACTAATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAA-CAAGAGATTTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * **
735608 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
126 CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * ***
735663 ATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TGGAATAAAATAA
* * * *
735728 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAACTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTGCCA
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC-AAGAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * * * *
735791 AATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTTAAATTGTT
129 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * *** *
735843 ATGACCTCTTGCTTT-GTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAATAA
1 ATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAA
* * * * *
735907 TATTACTTTATTAATATTTC-AAAAGT--TAACAAGGGA-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCG
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CC
* * * *
735967 AAA-TAGTTTAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGTT
128 AAACTAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * *
736019 ATTACTTTTTGTTTTA-TCTTAAAACAATTTGTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 ATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAA-TT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAA
* * *
736081 TAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT---AAGAGATTTT-AAAAGTAAATATGTTTT
62 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTTAAAAAATAAATATG-TTT
*
736141 ACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
125 ACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * ** * * * *
736197 ATAACCCTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAGGCTTCTTTAGCATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTGGAATAAAATA
* * * * * *
736261 ATACTAATTTAGTAGTA-TTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTGT
64 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAC-AAGAGATTTTAAAAAATAAATATGTTT-A
* * * * *
736325 CGAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGACTATATGAACAACTATTTATTTC-AATTG-T
126 CCAAACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * *
736379 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCTTATTCGGAATAGAATA
1 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAG-TTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAATA
* * * * *
736443 AAACTAATTTATTAATATTTCACAAATTTATAAGTAAG-GGTTTTAAAAAATA
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTTAAAAAATA
736495 TTTTCTTTAC
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 184, Indels: 124
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 57 0.06
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ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
Found at i:741994 original size:36 final size:37
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Indices: 741953--742025 Score: 112
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741943 TAAGTTTGTG
*
741953 TGGATTAGGATGCATAAATTGAGGGG-AGTTTGCCAT
1 TGGATTAGGATGCACAAATTGAGGGGAAGTTTGCCAT
* *
741989 TGGATTAGGATTCACAAATTGAGGGGAATTTTGCCAT
1 TGGATTAGGATGCACAAATTGAGGGGAAGTTTGCCAT
742026 GCATTGTTTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
36 24 0.73
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Consensus pattern (37 bp):
TGGATTAGGATGCACAAATTGAGGGGAAGTTTGCCAT
Found at i:744938 original size:180 final size:180
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Indices: 743789--749514 Score: 3903
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743779 AAATCATTAT
* * *
743789 TACTAATTTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAG-AATTTAAAAAGTAAATCTATTTAC
1 TACTAA-TTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * * *
743851 CAAACCATTTTAAATAGTT-TTA-TAATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTT
63 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * ** *
743914 ATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** * * ** *
743969 TAATAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAACAATAAATCT-AATAGCC
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA-AATAAATCTGTTTA-TC
* * ** ** *
744033 AAACAAGTTCAAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTG
64 GAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * ** ** * *
744097 GTTTCTCGT-AAATAATTATTTTGTTTGTA-AAGCTTATTCGGATTAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
744148 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAA-TAA-AA-TAAG-AATTT-AAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * *
744208 ATC-AGCTC-AATGGTTAAGACTATTCAGAATACATTATCTATTTCAAATTA-T-TGACCTTTTA
66 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-
* * * ** *
744269 ATTTAGTCATAAAACAATTGTTAT-AGTTCATATAAGCCTTATTTAAACATAAATTAA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCA-TTCATACAAG-CTTATTCGAA-ATAAAATAA
* ** * * * *
744326 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAAGAAAGAAGATTTAAAAGAGTAAATCTATTTGT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAA-ATTTAAAA-AATAAATCTGTTT-A
* * * ** ** ** * **
744391 TCAAAC-AGTTCAAATAGTTATTGACAATTTGAAAAATCTGGCCTATTAGAGCTTCTTTAAAAAC
62 TCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAAT-T-ATCTATTTCA-AATCATT-ATGAC
** * * *
744455 CTTTTGACTTGCCATAAAACAATTTTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCG--ATAAAATAA
122 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* * *
744514 TA-TAAATTTATTAATA--TTAAGATAATTAATTAGGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATGATGTT
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAA-TAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAAAT-CTG--
* * * * * * *
744575 TTTACCGAATAAGTTTC-AATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGA-
58 TTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * *
744638 CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTGGTTCATTCAAACTTATTC-AGATTAAAATAA
122 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
** * * *
744697 TTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * *
744761 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTCTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * *
744825 TTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * ** *
744877 CACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * *
744942 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * **
745007 TATCTTAAAATAATTGGTTTTATTCATGTAAGCTTATTTCG-AATAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* * *
745058 TA-TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTA-AAATTTAAAAAACAAATCTGTTT-TCT
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-
* ** * * * * * * *
745120 TAACTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGT
64 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
*
745185 TTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-ATACTAAAATAA
129 TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * *
745238 TATTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAGTTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
1 TACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * * * * * *
745300 CAGACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTG
64 GA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
745365 TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAA
128 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
** * ** * * * * *
745420 TACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * *
745484 ATAAGTTCAAATAATCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTGT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGT
* * * * * **
745547 TTGGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAATATTATTC-AGAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * * *
745600 TAC--------TAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * *
745653 ACTAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACC-ATTGTT
66 ACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
745716 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAATAT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAA
** ** * * * * * * *
745768 TGGTAAACTAATAATATTCT--AAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTTGTCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCG
* * * * * * *
745831 AACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACTTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
745896 TAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * ** * * *
745948 TATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA-AACATTTTAAAAAATAAATATGTTCA-C
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * *
746011 TGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
64 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
746076 CTTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** * **
746130 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * ** * *
746195 ATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATT
66 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
746259 TTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
746311 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAAGCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * *
746376 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
746441 TGTTATATAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * ** *
746492 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTGCCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * * * *
746556 ACCAGTTCAAATAGTAAAGACTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTCTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* ** * * * * *
746621 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAA-AA
131 TGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
746671 TATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * ** * * * * * *
746732 ACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** * *
746797 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
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* * * * * ** *
746848 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATC
* * * * *
746912 GACCAA-TCCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTA
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* **
746975 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAGCATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * * *
747029 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * ** *
747094 ACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAAACC-TTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTT
* * * *
747158 TTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTC-AATTAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* * * * * * **
747210 TACAAATTTATTAATA-TTCAGATAATTAATAAATAA-AAGATTTAAAAAATAACTATGTTTGCC
1 TACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * *
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64 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
* * * ** *
747338 TTTCGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
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* * * * * * * *
747391 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* *** * * * ** *
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** * * * * *
747521 CATCATAAAACAATTATATT-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
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* * * * * * *
747572 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * * * **
747637 ATAAGTTCCAATTGTTTTGGCTATATAAATAAATT-TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
747701 TTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
** * * *
747753 TA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-AATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTAT
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTAT
* ** * * * * * *
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* *
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* * ** *
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1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-
* * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * ** * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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* *
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** ** * * * * *
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1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * * * * * * * * *
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65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
*
749494 TTGTCATAAAAACAACTGTTT
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*
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TTTAAATAATTATCTA
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* * * * * * * *
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* *
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** * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * ** *
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* * * ** * *
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* *** *
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* * * * * *
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** ** * ** *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * ** * * *
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128 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * ** * *
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* *
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** * * *
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128 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AA-AAAATAAATATG
* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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127 TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATG
* * * *
752182 TTT-TCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATAT-AATTCTCAAATCT-TTATG
1 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAAT-TGTTATG
* * * *
752244 A-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAATAATA
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATA
* ** * * * *
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127 TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * * * ** ** * *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * ** * * * *
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66 TTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAA-TAAAA-TA-AT
** ** * * * * * *
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126 A-TTAA---TTT-ATTAATA-TTTT-AAAAATT-AATAAGTA---A---AAGATT--TAAAAAAT
*** *
752540 TTTTATT
175 AAATATG
* * * * ** ** * *
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*** ** ** *** *
752610 TAATAT-TT-TGACACTTAATAACTAAGAAAATTAAAA-AA-TAAATCAAATTGC-TA-AA-C--
53 -AAT-TGTTATGAC-CTT--TTGTTTTG-TCA-TAAAACAATTGTTTC-TATT-CATACAAGCTT
* * ** ** ***
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** * * ** * *
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* ** ** ** * *
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* * ** * ** * * **
752862 ATTTGAGCAATTATCAATCCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTAT
109 ATTT-AG-AA-TA-AAAT---AAT-ATTAATTTATTAATATT-T--T-AAA-AATTAATAAG--T
752927 CATAAAGCTTATTTAGTTAAAAATAATACTAAT-
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* * * * * * ** ** *
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* **** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
753079 TTTAGTTAGAAAATATTGTTTCATATCTTA-CAATCTTATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTAT
110 TTTAG-AATAAAATAAT-ATT-A-AT-TTATTAATATT-TTAAAAAT----TAAT---AA-GTA-
* * * *
753143 TAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAG
160 AAAGATTT--AAAA--AATAA--ATATG
** * * * **
753171 TTT-T-GAA-AAAAT-AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGATTA-CTATTTAAACAAT
1 TTTATCGAACAAGTTCAAAT-AG-TTAT--GACTA-TTTGAATA---ATTATCTATTT---C-A-
* * *
753231 TATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAA
53 -A---A--T----T-GTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
** * * * * * * *
753294 GCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAG-TTTAA
105 GCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-A
753358 AAAAATAAAT-TAG
169 AAAAATAAATAT-G
* * * * * * * * * *
753371 TTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTTTGGC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * *
753435 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTA
* * **
753500 ATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-TGG
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-G
* * ** * * * * * * * * *
753552 TTTACCAAATTAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTAAATTATTATAACA
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * *
753617 TTTTGTTTGGAT-ATATAGCAATTGTTTTTTATT-ATACAAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAG
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* * * *
753680 TAATTTATTAATCTCTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTA
128 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * * * * * *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * * *
753795 -TTTG-TTCGTCGT-AAACAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* ** * ** * * * *
753857 TATAAAAAAATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
131 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *** *
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1 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * **
753966 -TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAAAG
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * * * * * * * *
754028 AATTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTA
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * ** * ** *
754144 CTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATGTAAGTTTGCTTAGAATAAAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTA
* * ** *
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130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * ** *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * * * * **
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65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTA
* * * * *
754386 ATTTATTAATAATTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * ** * * *
754503 TTTTGTTTTATCATAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATT
** * * * * *
754566 AAGCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * **
754672 TTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACA
66 -TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * *
754737 AATTTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTA
129 AATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * * * **
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** * * *
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1 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* ** * * * **
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* * * * * * * *
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129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *** *
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** * * * * **
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* * *
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129 AATTTATTAATATTTTAA--AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * * *
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* * * * *
755460 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAGAATATTTAAAAAATAAATATG
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * ** *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * *
755578 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATATC-AGCTTATTTTA-AATGAAATAGTAC
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755640 TAATTTTTTATTATTCCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-
128 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * ** *
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1 T-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * *
755758 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAC
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAT
* * * *
755821 TAATTTATTAATATTTTCTAGAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-
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* * * * * * *
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1 T-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
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755941 ATTTTTTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTCGAATAAAATAAAAAAA
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* * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * ** *
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* * * *
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* *
756366 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAAA-ATTTAAAAAATAAATTTG
131 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
756417 TTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATATCAAATTGTTATTA
1 TTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * * ** * * *
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64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * *
756545 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCT-
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
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1 TT-TATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
756657 --TTTTTTTTTGTCATAAAGA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
756715 TTGATAAATT
Statistics
Matches: 4938, Mismatches: 1166, Indels: 807
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
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TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
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Indices: 744126--752426 Score: 3559
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744116 TTTGTTTGTA
* * * * *
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* * ** * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
744313 AAACATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAAGAAAGAAGATTTAAAAGAG
189 AAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAG-AGATTTAAAA-AA
* * * * ** **
744378 TAAATCTATTTGTTCAAAC-AGTTCAAATAGTTATTGACAATTTGAAAAATCTGGCCTATTAGAG
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** * ** * * * * ** *
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309 AATCTTT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATTCAAAATTATTTAGA
* * *
744505 ATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-AAGATAATTAATTAGGTCAAAGATTTAAAAAATAAAT
372 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA-A-AATT-A--A--T--AAGATTTTAAAATTAAAT
* * ** * * *
744569 GATGT-TTTTACCGAA-TAAGTTTC-AAT-CGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACT
428 --T-TATTTT-CTGAACCAA--TTCAAATAC-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAT
* * * * * * *
744630 TATTATGACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTG-TT-TGGTTCATTC
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* * ** * * *
744675 AAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA--TT-CCAA-AAATTAAGTAAAAGATT
* * * * * *
744739 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATT
62 TAAAAAATAAATGTGTTAATAGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATT
* * * * * * **
744803 TCAAATCATTAT-ACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATGAGCTTATTTGA
126 TCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAA
* * * * * * * * **
744867 AGTAAAATAACACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATC
191 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * **
744932 TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTACCTATTTCAAAACATTATGG
256 TATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAA
* * * ** *
744997 CCTTTTGTTTTATCTTAAAATAATTGGTTT-TATTCATGT-AAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
320 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCAT-TCAAAATTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * ** * * * *
745060 TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAAAATTTAAAAAACAAATCTGTTTTCTTAACT
383 CAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-----ATTTTAAAATTAAATTTATTTTCTGAACC
** * * * * * * * * **
745125 TGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGT
442 AATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGT
* *
745190 CAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAC
506 CATAAAAC-AAATGCTTCTATTCATAC
* * * * * * *
745216 AAGCTTATTCATACTAAAATAATATTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAA---ATTAAGTAAAAGATT
* ** * * * * *
745280 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAG-A-CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTAT
62 TAAAAAATAAATGTG-TTAATAGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTAT
* * * * * * * *
745343 TTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATT
125 TTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATT
* * ** * ** * *
745407 CGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTA
188 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
745471 ATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATT
253 ATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTT
* * * * * * * * *
745535 ATGACAC-TTTGTTTGGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATA
316 ATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAAATTATTTAGAATAAAATA
* * * * * ** ** *
745599 ATAC-----TAAT-AT-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACTA
380 ATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT-A-AGATTTTAAAATTAAATTTATTTTCTGAACCA
* * * ** *** *
745657 GTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCATTGTTTTGTT
443 ATTCAAA-TACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATTTTTGTTTTGTC
* * *
745721 ATAAAACAATTGTTTCTATCCATAC
507 ATAAAACAAATGCTTCTATTCATAC
* ** ** * * *
745746 AAGCTTATTCA-AAGTAAAATATTGGTAAACTAATAATATTCTAAATTAA-TAAGCAATAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA--AATTAAGTAAAAGATTT
** * * * * * *
745809 AAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTT
63 AAAAAA-TAAATGTGTTAATAGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
745874 CAAATCGTTCTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAA
127 CAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
* * * * * * * *
745939 ATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAACATTTTAAAAAATAAATA
192 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
746004 TGTTCACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGA
256 TATTTAC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAA
* * * * * ** *
746069 CCTTTTGCTTTATAATAAAACATTTGTTTCAATTCA-T-AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
320 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATA
** * * * * * **
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383 CAAATTTATTAATA-TTCAAAAATT---AA--T-AAGATTTTAAAATTAAATTTATTT-TCTGAA
* * * * * * * * *
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440 CCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATG-ATTTTTGTTTT
* * *
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504 GTCATAAAACAAA-TGCTTCT-ATTCATAC
* * * * * **
746289 AAGCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-A--AGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
746354 AAAAAATAAATCTATTAAGCA-AACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTT
63 AAAAAATAAATGTGTTAA-TAGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
746418 CAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAA
127 CAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATATAAGCTTATTCAA
* * * * * *
746482 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-
191 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
746546 TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGACTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
256 TATTT-ACAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAA
* * * * ** * * *
746611 CCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT-AAGTTTGTTTGGAATAAAA-AATAT
320 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-TCAAAATTATTTAGAATAAAATAATAC
* ** * * * * ** * *
746674 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACTAGTT
384 AAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGA-TTTTAAAAT-TAAATTTATTTTCTGAACCAATT
* * ** * * * * * **
746739 CAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATA
446 CAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATA
* ** *
746804 AAACAATTATTTCTATTGATAC
510 AAACAAATGCTTCTATTCATAC
** ** * * *
746826 AATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAAGTAATGGATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGTAA--AA--GATT
* * * ** * * * *
746890 TAGAAAATGAATCTGTTGGCTTG-ACCAATCCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTAT
62 TAAAAAATAAATGTGTT-AATAGAACCAATTCAAATAGTTATGA-CTATTAGAATAATTATCTAT
* * * * * * *
746953 TTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
125 TTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTC
* ** * *
747017 AGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAA
189 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * * **
747081 ATCTGTTTATTGAACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTA
253 ATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA
* * * ** *
747146 TAAACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCA-ATTAAAATA
317 T-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAAATTATTT-AGAATAAAATA
* * * * * * * *
747209 ATACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTGCCG
380 ATACAAATTTATTAATATTC--A-AA--AATTAAT--AAGATTTTAAAATTAAATTTATTTTCTG
** * * * * * **
747274 AATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGT
438 AACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA--TTTTTGT
* * ** * *
747339 TTCGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTCATAC
501 TTTGTCATAAAACAAATGCTTCTATTCATAC
* * * * *
747369 AAGCTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA-TAAGTAACAGAT
1 AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA--TT-CCAA-AAATTAAGTAAAAGAT
* * * * * *** * * *
747432 TTTAAAAATAAATATGTTTATTGAA-TAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
61 TTAAAAAATAAATGTGTTAATAGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTAT
** * * ** * *
747496 TTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATT-AGTTCATATAGGCTAATTC
125 TTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTCAGTTCATATAAGCTTATTC
*
747560 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
189 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * * * * *
747624 ATTTATTTACCAAATAAGTTCCAATTGTTTTGGCTATATAAATAAATT-TCTATTTCAAATCATT
253 ATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCTTT
* ** * * * * **
747688 ATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATAT-AAGCTTATTTCA-AATAAAAT
316 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-TCAAAATTATTT-AGAATAAAAT
* * * * * *
747751 AATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTAT
379 AATACAAATTTATTAATATT-CAAAAA-T--T-AATAAGATTTT--AAAATTAAATTTATTTTCT
* * * * * * * * ** *
747816 GAA-TACTTTTAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTG
437 GAACCA-ATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTG
* *
747880 TTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAC
500 TTTTGTCATAAAAC-AAATGCTTCTATTCATAC
* * * * *
747912 AAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 AAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
747975 T-AAAAATAAATCTATTTACT-G-AGCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATCTA
62 TAAAAAATAAATGT-GTTAATAGAACCAA-TTCAAATAGTTATGAC-TATTAGAATAATTATCTA
* * * * ** *
748036 TTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGTTTAT
124 TTTCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTAT
* * * *
748099 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATA
187 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * ** * * *
748164 AATCTATTTACCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAACGT
252 AATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTT
* * * * * *
748228 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATA
315 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAAATTATTTAGAATAAAATA
* ** * * * * * *
748293 ATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCGAAAC
380 ATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGA-TTTTAAA-ATTAAATTTATTTTCTGAACC
* * * * * * * * *
748358 AGTTTAAATAGTTATTACTATTTAAATGATTATATATCTCAAATCGTTATG-TTGTTTATTTTGT
442 AATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATT-TTTGTTTTGT
* * *
748422 CATAAAACAATTGTTTCTTTTCATAC
506 CATAAAACAAATGCTTCTATTCATAC
* * * * *
748448 AAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAA-TAAGAGCTTTGAA
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGTAAAAGATTTAAA
** * * * * * *
748512 AAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAAA
66 AAATAAATGTGTTAATAGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
748577 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAA
131 TCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
** * * * * *
748642 AATAATTGTAATTTATTAACATT-TGAAAAATAAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTA
196 AATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTA
* * *
748706 TTTATCAAACAAGTTTAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGA
258 TTTA-CAAACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCTTTATAA
* *
748769 CCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTC-ATTTCA-T-AAAACCTTA-TTCGAAATAAAATAA
320 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATTCAAAA--TTATTTAG-AATAAAATAA
* * * * *
748830 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGA-TTTAAAACTAAAGTTGT-TTTTTT
381 TACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT------AAGATTTTAAAATTAAA-TT-TATTTTCT
* * * * * ** * ** *
748893 GAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAACATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTT
437 GAACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATTTTTGTT
* * *
748958 TTCTCATAAAAC-AAT-CTTTTTTTATCATAC
502 TTGTCATAAAACAAATGC-TTCTAT-TCATAC
* * * * *
748988 AAGCTTATAT-GGAA-AAAA-AATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AGTGAGAGATTTAA
1 AAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGTAAAAGATTTAA
* * ** * * *
749049 AAAATAAATATATTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAA
65 AAAATAAATGT-GTTAATAGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * * * * * *
749113 AATCATTCTAACTTTTTATTTAGTCTTATAATAATTGTTTCAGTTTATACATGTTTATTCAGAAT
129 AATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAAT
* * * * *
749178 AAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGT
194 AAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
749242 GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGAC
257 ATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAAC
** * * *
749307 CTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCA-T-AAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAGA
321 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATTCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * * * * ** *
749368 CTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTGACTAAA
383 CAAATTTATTAATA-TTCAAAA---ATTAA-T-A-AGATTTTAAAATTAAATTTA-TTTTCTGAA
** * * * * * * * * * * *
749432 TAAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTT
440 CCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTGTTTT
* * * ***
749496 GTCATAAAAACAACTGTTTTTAAAAAATA-
504 GTCAT-AAAACAAATGCTTCT-ATTCATAC
* * * * * * ***
749525 AATCTTTTTACCAAACCAGTTCAAACAGTTATATCT-ATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGT
1 AAGCTTATT--CAGA--A--T-AAA-A-TAATA-CTAATTT----AA-TA-ATATTCCA-AAAAT
* ** * * **
749589 TTA-TAACATTTTATTCTATAATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
49 TAAGTAA-A--AGATT-TA-AA-AAATA-AA-TGTGT-TA---ATAGAA-CCAATTC-AAAT--A
* * ** * * ** *
749652 ATAAT-ACTATTTTAGTAAT-ATTATGAAAATTAATAACTAAGA-AATT-TAAAAAATAAATATG
98 GTTATGACTA--TTAG-AATAATTAT--CTATT--T--C-AA-ATCATTCT--GACCT---TTTG
* ** * ** * **
749713 -TTTG-C-TAAACCAATTCA-AACAGTTAAGACTATATGAA-CAATTATTTAACTTAAATTGTTA
147 TTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTT----C-ATAT-AAGC--TTATTCAAAATAAAATAATA
** ** * * * * *
749773 -TGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCGAAATAGAATA
203 CT-AATTTATTAATAT-TC-T-AAA-AATTA-ATAAG--T-AAGAGA--T-TT--AAA-A-AATA
* ** * * * * *
749836 AAACTAATTTATTAA-TATTTCAAA-AATTTAAAAGA-GATTTAGAA-AATAATTCTATTTACAA
252 AATCT-ATTTACAAACAAGTTCAAATAA-TT--ATGACTATTT-GAACAATTA-TCTATTT-C-A
* ** * ** * * * *
749897 AACCAGTTTAAATAA--TTATAACTATT-T-A-AATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATTACTT
309 AATC--TTT--ATAACCTT-T-TGTTTTGTCATAA-AACAAT-TGTTTCTATTCATTCA--A--A
* * * **** * *** * ** *
749956 TTTATTTTGTAATAAAACAAT-TTTTTTTGTTAATA-T-AAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACT
362 ATTATTTAG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA--AAATT---AATAAGATTTTA-A
* * * * * * * * *
750018 AATT-TATTAATATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCT-TTTATTTATTT
420 AATTAAATT--TATTT-TCTGAACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATCT
* *
750080 CAAATTGTTATGATTTTT-TATTATGTTATAAAAC-AATAGTTTCTATTCATAC
481 CAAATTGTTATGATTTTTGT-TT-TGTCATAAAACAAAT-GCTTCTATTCATAC
** * * * * *
750132 AAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTCAACAATTAA-TAACTATAAAAT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGT-A--A-AAGAT
* * * ** * * *
750195 TTAAAACATAAATATTCTTACCA-AACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA
61 TTAAAAAATAAAT-GTGTTAATAGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTA
* * * * *
750258 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTC
124 TTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTC
* * * * * * * *
750323 AAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTTTGAAAATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA
189 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
750388 TTTGTTTAACGAATAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTAT
254 TCTATTT-ACAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTAT
* * * * ** *
750453 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT
318 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATTCAAAATTATTTAGAATAAAATAAT
* ** * **
750518 ACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAG---TAAAACATCT-AATAAACTACCT-AACCA
382 ACAAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGATTTTAAA-AT-TAAATTTATTTTCTGAACCA
* *
750577 AGTTCAAAT-CTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTG
443 A-TTCAAATAC-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAT-TTTTGTTTTG
*
750641 TCATAAAACAATTAT-C-TCTGTTCATAC
505 TCATAAAACAA--ATGCTTCTATTCATAC
** * * * * *
750668 AAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAA-TAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA--TT-CCAA-AAATTAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
750731 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TAT
62 TAAAAAATAAATGTGTTAATAGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT-ATCTAT
* * * * **
750794 TTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTG
125 TTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * *
750859 AAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAA
190 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
750924 TCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTAT
254 TCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTAT
* * * * **
750988 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTA-AATAAAATAAT
318 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAAATTA-TTTAGAATAAAATAAT
* * * *
751052 ATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-
382 ACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-----ATTTTAAAATTAAATTTATTTTCTGAAC
* * * * * * *
751116 CACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTT
441 CA-ATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTGTTTT
* * *
751181 GTCAT-AAGCTAATTGTTTC-ATTCATA-
504 GTCATAAAAC-AAATGCTTCTATTCATAC
* * *
751207 ACAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAGGTAAAAGATT
1 A-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-A-A-GTAAAAGATT
* * * * * *
751272 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACGAATTCGAATAGTTATGACCATTCA-AATAATTATTTAT
62 TAAAAAATAAATGTG-TTAATAGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT-AGAATAATTATCTAT
* * * * ** *
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125 TTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTC
**
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189 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** *
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254 TCTATTTAC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTAT
* ** ** *
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** * *
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383 CAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGA-TTTTAA-AATTAAATTTATTT-TCTGAACCAA
* * * *
751656 TTCAAATACTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTATTATGATATTTGTTTTGTAAT
444 TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATTTTTGTTTTGTCAT
751721 AAAACAAATGCTTCTATTCATAC
509 AAAACAAATGCTTCTATTCATAC
* * * * * * * *
751744 AAACTTATT-ATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAA-TAAGAGCTTTGA
1 AAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGTAAAAGATTTAA
* * *
751807 AAAATAAATGTGTTAATAGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
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* * *
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130 ATCATTCTGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAAT
** * * *
751936 AAAATAATTGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAATAAAATAAATCT
194 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCT
752001 ATTTATCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGT-TGTTAT
257 ATTTA-CAAACAAGTTCAAAT-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCT-TTAT
*
752063 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCA-TAAAAACTTATTT-GAAATAAAATA
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* * * * * *
752125 ATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAGTTATTTTCTGA
380 ATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT----AAGA-TTTTAAAATTAAATTTATTTTCTGA
* * * * * *
752190 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATAT-AATTCTCAAATCT-TTATGATTTTTGTT
439 ACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TCTCAAAT-TGTTATGATTTTTGTT
* * * *
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* *
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1 AAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGTAAAAGATTTAA
* * *** * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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1 GTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTAGTTTTGTCAT-AAAC
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* ** * * * ** ** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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** * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * ** *
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* * *** * *
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* * ***
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* * * ** **
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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251 TCTATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** * * * *
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* ** *
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* * ** * *
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** * * *
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* * * * * **
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* *** * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 GTTA-AGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAACT
* * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * ** * *
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* ** *
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* * * ** * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * *** * *
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** * *
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** * * ** * ** ** *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * *** * ** * * * * **
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** ** * * * **
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* * * ** *
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* * *
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*** * * * * * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * *
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1 GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAACT-A
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* * * * * **
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* * *
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* * * * * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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** * *
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* ** * * **
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* * * * * *
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** * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** *
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* * * *
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** *
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* *
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*
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* *** *
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191 TAT-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
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* * **
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** * * * *
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* * * *
754745 AATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTA-TTTATCGAACAAGTTCA
189 AATATTTCAA-A-AATTAATAAG-AAAGAGTTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGAACAAGTTCA
* ** * * * * *
754807 AATCGTTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAG
250 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
754872 ACAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTC-GAATGAAAATAATACCAA
315 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * ** ** *
754920 TTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATCCTTACTGAACTAGA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * **
754985 TCAAATAGTCATGACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTG-TCA
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGATCA
* * * * * * *
755049 TAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAACATTA
131 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
** * * * * * *
755114 T-AAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAATGAATCT-GTTTGTCGGAA-AAGTTTAAATAATT
195 TCAAAAATTAATAAGAAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-ACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * ** * **
755176 TTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT
257 ATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *** *
755240 TTTTTTATTCATACAAGCATATTTTGAATAAAATAATACAAA
321 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ***
755282 TTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC-A
1 TTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
* ** * * * * *
755344 ATATCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTATTTT-A
64 GT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGA
* * * * * * *
755408 TCATAAAATAATTGTTTCTG-TCATACATGTTTATTTCG-ATTAACAA-AATATTAATTTATTAA
128 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTT-GAAATAA-AATAATACTAATTTATTAA
** * * *** *
755470 TATTTTGACAATTAATAAGCAGAATA-TTTAAAAAATAAA-TATGTTTTTTGAACAAGTTCAACT
191 TATTTCAAAAATTAATAAG-A-AAGAGTTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
755533 AGTCATAATTATTTAAATAATTATATATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA
253 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * *
755598 ATTGTTT-TAGCTCATATC-AGCTTATTTTAAATGAAATAGTACTAA
318 ATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
755643 TTTTTTATTATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGTTACCTAAC-AT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCAAACTA-
* ** * ** * *
755706 GTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATTACTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-T
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGAT
* * * *
755770 AATAAAACAATTTTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
129 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * *
755835 TTTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAG
193 TTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
755899 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTTTTTTCTCATAAAACAT
255 TTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * **
755963 TTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTC-GAATAAAATAAAAAAAA
319 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
756007 ATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT--AAAATAAATATATTTTCTAAAC-ATT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA-G
* * *
756068 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTT-ATC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGATC
* * * * *
756132 ATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTTAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAAT
130 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
756196 TCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTCAAATAGTT
194 TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
756260 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
257 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
*
756325 TTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
322 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
756366 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
* * * * * * *
756429 GCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTG-
64 G-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGA
* * * **
756492 TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCACACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
128 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* **
756555 TATTTCAAAAATTAAT-A-AAAGA-TTTAAAAACTAAATCT--TTATATTGAACCAA-TTCAAAT
191 TATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTT-TACCGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * * *
756614 AATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TTTTTTTTTGTCATAAAGA-
253 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AC
* * *** * *
756676 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA
317 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAA
* * * * *
756722 ATTAATAATA-TTC------TAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * ** * * * *
756776 TCAAATAGATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
756832 CTTGTTATTC
Statistics
Matches: 3190, Mismatches: 687, Indels: 357
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
344 5 0.00
345 67 0.02
346 16 0.01
347 27 0.01
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351 32 0.01
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TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGATCA
TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
Found at i:755741 original size:723 final size:718
Alignment explanation
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752479 CCAAACCCTT
* * ** * * *
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* * * ** * * *
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** * * **** * * *
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* * * * *
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189 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
* ** * *
752741 TGTTTT-TTATCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAAT
254 TGTTTTAGT-TCATATC-AGCTTATTTAAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * *
752803 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTAT-TTA-CTGAA-TTAGTTCAAATAATTATGACTA
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* * * * * * **
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378 TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAA
** *
752924 TATCATA-AAGCTTATTT-AGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-
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* * * * * * * * *
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504 AAGAGAATTAAAAAATAAA--T-CTTGTTACCAAACATGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
* * * * ** * * * * *
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566 ATTATCTATTTTAAAAT-ACTATAACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTAT-TCATAC
* * * *** * * * * *
753110 AATCTTA-TTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGTTT
629 AAGCATATTTC-GAATAAAATAAAAAAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATT
* *
753174 TGAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGT-
692 T---AAAATAAATATATTT-TCTAAACAA-TA
* * * *** *
753204 TCAAATAGTGATTACTATTT-AAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTAAAATTGCTATGACTTTTTGTTTT-ATC
* * * * * * *
753267 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATA
64 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAA-AATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
753330 TTTCAA-A-AATTAATAAG-CAATAGTTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTTAAATA
126 -TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
753392 GTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTTTGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
188 GTTATGAC-TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA
* * ** * * * *
753456 ATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAT
252 ATTGTTTTAGTTCATATCAGCTTATTTAAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* ** * * ** * *
753521 TAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTGGTTTACC-AA-ATTAGTTCAAATAATTGTGGCCAT
317 TAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCTAACA-T-GTTCAAATAGTCATGACTAT
* * ** * * * ** * **
753584 TTCAA-TAATTATCTATTTTAAATTATTATAACATTTTGTTTGGAT-ATATAGCAATTGTTTTTT
379 TTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAAAAATT-ATTTCA
* * * *
753647 ATT-ATACAAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTCTTAAAAATTAAT---
441 ATTCATAC-AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAG
* * * ** * * * *
753707 -AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTACCGAACCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
503 AAAGAGAATTAAAAAATAAATCTT-GTTACCAAACATGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
* * * * * * * * ** * *
753770 TTGTATA-CTTCAAATAGTTATAAC-CTTTG--TTCGTCGT-AAACAATTATTTCTGTTTATACA
567 TTATCTATTTTAAAATA-CTATAACATTTTGTTTTC-TCATAAAACATTTGGTTCTATTCATACA
* * * ** ** * * * * *
753830 AGCTTA-TTCAAAATAAAAT-AATACTAATATAAAAAAATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATT
630 AGCATATTTC-GAATAAAATAAAAAAAAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATT
* * * *
753893 TAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGT-
692 T--AAAATAAATATATTTTCTAAAC-AATA
* * *** * *
753922 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAA-T-C----A-TTTTT-TTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * ** * *
753979 AAAACAATTTTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAAAGAATTTATTCATACTA
66 AAAATAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTCGATTAAAA-AATACTAATTTATTAATATTA
* * * * * * * * * * * *
754043 A-AAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTAT
129 AGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
*** * * *
754106 GACTATTTGAACT-ATTATCTT-TTTCAAATGGCTATGACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATG
193 GACTATTTGAA-TAATTAT-TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
* * * * * ** * * * * *
754169 TTTTTGTTTATGTAAGTTTGCTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTATT
256 TTTTAGTTCATATCAGCTTATTTAAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * *
754234 AAG---G-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC-TAGTTCAAATAGTTATGATTATTT-AA
321 AAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCTAACAT-GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
* * * * * * * * ***
754293 GCGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TAGTTTTTGTTCAT
384 -CTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA-TTTCAATTCAT
* * * * *
754357 ACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAATTCAATAATTAATAAGTAAA-A-A
447 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGA
* * * * * * * *
754420 ATTTTAAAAATAAAT-ATGCTTACCGAAC-TAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC
510 A-TTAAAAAATAAATCTTG-TTACCAAACAT-GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * *** * * *
754483 TA-TTTCAAAT-CGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAACT
572 TATTTTAAAATAC--TATAACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTA-TTCATACAAGCA
* ** ** *
754545 TATTT-GAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAAAGATTT-AA
634 TATTTCG-AATAAAATAAAAAAAAATTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAA
*
754607 A-AAATGA-ATCTATT-T-AAGAA-A
696 ATAAAT-ATAT-T-TTCTAAACAATA
* * *
754628 -C--A-AG--AT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATTGCTATGA-CTTTTTGTTTTATCA
* * * * *
754686 TAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
65 TAAAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAA-AATACTAATTTATTAATATT
* * *
754751 AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATCGTTAT
128 AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
** ** * * * *
754816 GACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAGACAATAGTT
193 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTT
* * ** * *
754881 TTTGTTCATATAAGCTTA-TTCGAATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAACAATTAATA
258 TTAGTTCATATCAGCTTATTTAAAATG-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
** *
754945 AGTAAA-AAATTTAAAAAATAAATATCCTTA-CTGAAC-TAGATCAAATAGTCATGACTATTTGA
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* * * **
755007 CCAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA
383 ACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA
* * * **
755072 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAACATTATAAAAATTAATAATTAAGAG-AT
448 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGAAAGAGAAT
* * * * * *
755136 TAAAAAAATGAATC-TGTTTGTCGGAAA-A-GTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAATTATC
512 T-AAAAAATAAATCTTG-TT-AC-CAAACATGTTCAAATAATTATAACTA-TTTGAACAATTATC
* * * * * *
755197 TA-TTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTT-TTTTTATTCATACAAGCAT
572 TATTTTAAAAT-ACTATAACATTTTGTTTTCTCATAAAA-CATTTGGTTCTATTCATACAAGCAT
* * * * *
755260 ATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
635 ATTTCGAATAAAATAAAAAAAAATTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAAA-ATTT--AA
* *
755323 AATAAATCTATTTAT-TGAACAATA
695 AATAAATATATTT-TCTAAACAATA
** * * * *
755347 TCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTATTTTATCAT
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* * * * **
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66 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGATTAA-AAAATACTAATTTATTAATATTAA
* * * * * * * * *
755476 GACAATTAATAAGCAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAA
130 GACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
755541 TTATTTAAATAATTATATATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
195 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
755606 AGCTCATATCAGCTTATTTTAAATGAAATAGTACTAATTTTTTATTATTCCAAAAATTAATGAGA
260 AGTTCATATCAGCTTATTTAAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
** * * * *
755671 AAGAGAA-TTAAAAAAGGAATCTTGTTACCTAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATTAC
325 AAGA-AATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACCTAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAT
* * * * * * * * *
755735 TATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTTTTTTAGTTCATATAAGC
388 TATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGC
* *
755800 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATTAA
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* *
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* * *
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645 AAATAAAAAAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAATAAATATATTTTC
* *
756060 TAAACATTT
710 TAAACAATA
* * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTAAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTATCA
** * ** * * * *
756133 TAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTC
65 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTCGATTAAAAAATACTAATTTATTAATATT-
* * *
756198 CAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTCAAATAGTTA
128 -AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
756261 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
192 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGT
* * * **
756326 TTCTA-TTCATA-CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
257 TT-TAGTTCATATC-AGCTTATTTAAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
** * * * *
756389 TAAG-TTGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTG
320 TAAGAAAG-AAATTTAAAAAATAAATTTGTT-ACCTAACATG-TTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * * * * *
756452 AACTATTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAC
382 AACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCAT
** **
756517 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
447 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA
756573 AAGATTTAAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (718 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTATCAT
AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAAAATACTAATTTATTAATATTAAG
ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTA
GTTCATATCAGCTTATTTAAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAA
AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTACCTAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATTAT
CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAATA
AATCTTGTTACCAAACATGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATACT
ATAACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTCGAATAAAATAA
AAAAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAATAAATATATTTTCTAAACA
ATA
Found at i:755785 original size:542 final size:539
Alignment explanation
Indices: 752488--756714 Score: 2793
Period size: 542 Copynumber: 7.9 Consensus size: 539
752478 ACCAAACCCT
* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
** * * ** *** * *
752553 -ACAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 TA-AAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
752617 T-TGACACTTAATAACTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCAAATT-GCTAAACATTTCAAATAG-T
130 TAAGA-AATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAATTCAAATAGTT
* * * * * * *
752678 AAGACTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
192 ATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTATCATAAAACAATAG
* * * *
752743 TTT-TTTATCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTA
256 TTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTCG-ATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTA
* * * ** * * * *
752805 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATCTAT--TTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
319 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA-ATATGCTTACTGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTA
* * * * * * *
752867 AGCAATTATC-AATCCAAATCGTTA--AGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTATC
383 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGT-TC
** * * * * *
752928 ATA-AAGCTTATTT-AGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAG
446 ATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAG
* * * *** *
752991 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAG
510 AATTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAA-AAG
** * * * * * * *
753022 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGT--
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *** * *
753085 TAGAA-AATATTGTTTCATATCTTACAATCTTATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACAT
66 TAAAACAAT-TTTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
* * *
753149 TTGAA-AAATTAATAAGGAAAAGTTTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
129 TT-AAGAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAA-TTCAAATAGT
* * * * * ** *
753213 GATTACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAAT
191 TATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * * * * * * *
753277 TGTTTCAGTTTATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATT
254 AGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATT
* * * * ** * *
753341 AATAAG-CAATAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAA-ATTTAAATAGTTATG-CTTA
318 AATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATAT-GCTTACTGAACAAGA-TCAAATAGTCATGAC-TA
* * * * * * * * * *
753402 TTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTTTGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
379 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGT
* ** * * * *
753467 TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
444 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAA
* * *
753532 CGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTACC-AAATTAG
508 AGAATTAAAAAATGAATCT-GTTTACCGAAA--AG
* * * * * * * * * * *
753565 TTCAAATAATTGTGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTAAATTATTATAACATTTTGTTTGGAT-
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTG-TC
* * * ** ** *
753629 ATATAGCAATTGTTTTTTATT-ATACAAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATC
65 ATAAAACAATT-TTTTTTATTCATAC-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA
* * * ** *
753693 TCTTAA-AAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACCGGTTTAAATAGT
128 T-TTAAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAATTCAAATAGT
* * * * * * * ** *
753753 TATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAGTTATAAC-CTTTGTTCGTCGT-AAACAATTA
191 TATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTATCATAAAACAA-TA
* * * * * ** * * *
753816 -TTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAAAATTCCAAAAATTA
255 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTA
* * * * * * * * * * * * * *
753879 ATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
319 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAA
** * * * * *
753944 ACCTTTATCTATTTCAAATC---AT----TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCACA
384 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATA
* * ** * * * * * * *
754001 CTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAAAGAATTTATTCATACT-AAAAAATTAATATGCAAGAGAT
449 -TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAGAA
* * * *
754064 TTAAAAAGT-AATTCTATTTACCTAACCAG
512 TTAAAAAATGAA-TCTGTTTACCGAA-AAG
* * * * ** * *
754093 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACTATTATCTTTTTCAAATGGCTATGACCTTTTGTTCTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * ** * * *
754158 TAAAACAAATGTTTTTGTTTATGTAAGTTTGCTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
66 TAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
** * *
754223 CAA-AAATT-AT---TAAGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
131 -AAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-AATTCAAATAGTTAT
* ** * * *
754283 GATTATTT-AAGCGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGT
194 GACTATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT-TTTTATCATAAAACAATAGT
* * * *
754347 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAATTCAATAATTAATA
257 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATA
* * * * *
754412 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
322 AGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAACA
* * *
754477 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAA
387 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAA
* * * * *
754542 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAA
452 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAAAAGAATTAA
* *
754607 AAAATGAATCTATTTA-AG-AAA-
516 AAAATGAATCTGTTTACCGAAAAG
* ** *
754628 --C--A-AG--AT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACC-TTTTGTTTTGTC
** * *
754685 ATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
65 ATAAAACAATTTTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
* * * * *
754749 TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATCGTT
129 TTAAGA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAA-TTCAAATAGTT
** * * *
754814 ATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAGACAATAG
192 ATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTATCATAAAACAATAG
* * * *
754879 TTTTTGTTCATATAAGCTTA-TTCGAATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAACAATTAA
256 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCG-ATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAA
* * * *
754943 TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATCCTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAC
320 TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAA
* ** * * *
755008 CAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCCTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATAC
385 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATAT
* * ** **
755073 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAACATTATAAAAATTAATAA-TTAAGAGATT
450 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAGA-ATT
* *
755137 AAAAAAATGAATCTGTTTGTCGGAAAAG
514 -AAAAAATGAATCTGTTT-ACCGAAAAG
* * * *
755165 TTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTC
** *
755229 ATAAAATGATTTTTTTTATTCATACAAGCATATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T
65 ATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* ** **
755293 TAAGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATATCAAATCTTTA
130 TAA-GAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAT-TCAAATAGTTA
* * * *
755358 TGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGACTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGT
193 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT-TTTTATCATAAAACAATAGT
* * ** **
755423 TTCTG-TCATACATGTTTATTTCGATTAACAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
257 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGATTAA-AATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAAT
* * * * ** * * * * *
755486 AAGCAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTAAAT
321 AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAAC
* * * * * * * * * * *
755551 AATTATATATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGCTCATATC
386 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATA
* * * * * * *
755616 AGCTTATTTTAAATGAAATAGTACTAATTTTTTATTATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTA
451 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAA-AGAATTA
* * *
755681 AAAAAGGAATCT-TGTTACCTAACATG
515 AAAAATGAATCTGT-TTACCGAA-AAG
* ** * * * * *
755707 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAATTACTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* *
755772 TAAAACAA-TTTTTTTAGTTCATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
* * * * *
755835 TTTCTAGAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATA
128 TTT-AAGAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATCAAACA-ATTCAAATA
* * * * * * *
755898 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAATATTATGACATTTTTTTTTCTCATAAAACAT
189 GTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * ** * *
755963 TTGGTTCTATTCATACAAGCATATTTCGAATAAAATAAAAAAAAATTATTAATATTTCAAAAATT
253 TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATT
** * * *** *
756028 AATAAGT-AAAAATTT--AAAATAAATATATTTTCTAAACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTA
318 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTA
* * * ** *
756090 AACAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCA
383 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCA
* * * * *
756154 TAAAAGCTTATTTTAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
447 TATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAGA
* * * *
756219 TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAA-
511 ATTAAAAAATGAATCTGTTTACCGA--AAAG
* * * *
756249 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *** *
756314 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
* * * * * *
756379 TAA-AAATTAATAAGTTGAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTC
130 TAAGAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAA--TTCAAATAGTT
* * * * * * *
756441 ATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATATCAAATTGTTATTA-TATTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
192 ATGACTATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTT-TTTTATCATAAAACAAT
* * * ** * * *
756504 TGTTTCTATTCACACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AA--
254 AGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATT
* * * * * * * * * * *
756565 ATTAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCT-TTATATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTT
318 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCT-TACTGAA-CAAGATCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * * **
756627 TGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATG--ATTTTTTTTTGTCATAAAGAAATTGTTTTTGTTC
381 TAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTC
* * *
756690 ATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATA
446 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
756715 TTGATAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
526 9 0.00
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Consensus pattern (539 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
AAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAATTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTATCATAAAACAATAGTTTCT
GTTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
AAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTA
TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTT
ATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAGAATTAAAAAAT
GAATCTGTTTACCGAAAAG
Found at i:763405 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 763340--763469 Score: 131
Period size: 45 Copynumber: 2.9 Consensus size: 45
763330 GCAAATCTTG
* * **
763340 CACCAAGGGTCCA-TAGATGCTGATGGTGGTCAAGGTATGTGCT-T
1 CACCAAGGG-CCAGTATATGCTGATGGTGTTCAAGGTAACTGCTCT
* * *
763384 GCACCAA-TGCCTAGTATATGCTAATGGTGTTCGAGGTAACTGCTCT
1 -CACCAAGGGCC-AGTATATGCTGATGGTGTTCAAGGTAACTGCTCT
* *
763430 CACCAAGGGCCAGTATGTGCTGATGATGTTCAAGGTAACT
1 CACCAAGGGCCAGTATATGCTGATGGTGTTCAAGGTAACT
763470 ACCCACATTA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 12, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
43 2 0.03
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Consensus pattern (45 bp):
CACCAAGGGCCAGTATATGCTGATGGTGTTCAAGGTAACTGCTCT
Found at i:770089 original size:45 final size:45
Alignment explanation
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769868 GCACCAAAGC
* *
769878 CTAGCATGTGCCAAAGGTG-TTCAAGGTAAGTGCCTACT-GCAAGGG
1 CTAGCATGTGCCAATGGTGATT-AAGGTAAGTGCCTA-TACCAAGGG
* * * * * *
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1 CTAGCATGTGCCAATGGTGATTAAGGTAAGTGCCTATACCAAGGG
* * * ** * * * * *
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1 CTAGCATGTGCCAATGGTGATTAAGGTA-AGTGCCTATACCAAGGG
* * * *
770013 CTAGCATGTGCTAATGGTGGTTGAGGCAAGTGCCTATACCAAGGG
1 CTAGCATGTGCCAATGGTGATTAAGGTAAGTGCCTATACCAAGGG
* *
770058 CTAGCTTGTGCCAATGGCGATTAAGGTAAGTGCC
1 CTAGCATGTGCCAATGGTGATTAAGGTAAGTGCC
770092 CTCGATAATG
Statistics
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CTAGCATGTGCCAATGGTGATTAAGGTAAGTGCCTATACCAAGGG
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780381 CATTCAAGCC
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* *
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1 CTTACCCTTGGGCT
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CTTACCCTTGGGCTCAACT
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786789 TGTGTAGATG
* * *
786799 GTGGTTAAGGCAATTGCCCATACCAAGGGCCAGCTTATGCCGATA
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* * * *
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786885 AATGATGGCC
Statistics
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GTGGTCAAGGCAAATGCCCATACCAAAGGCCAGCTTATGCCGATA
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786803 TTAAGGCAAT
* * *
786813 TGCCCATACCAAGGGCCAGCTTATGCCGATAGTGGTCAAGGTAAA
1 TGCCCATACCAAAGGCCAGCTTATGCCAATAGTGGCCAAGGTAAA
* * *
786858 TGCCTATACCAAAGGCTAGCTTGTGCCAAT-GATGGCCAAGG
1 TGCCCATACCAAAGGCCAGCTTATGCCAATAG-TGGCCAAGG
786899 CATGTGCTCA
Statistics
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TGCCCATACCAAAGGCCAGCTTATGCCAATAGTGGCCAAGGTAAA
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821211 CACCATTAAC
* *
821221 AGATGCTAGCTTGTTGTTGCCTCAGACACCACTAGT
1 AGATGCTAGCCTGTTGTTGCCTCAGACACCACCAGT
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1 AGATGCTAGCCTGTTGTTGCCTCAGACACCACCAGT
821293 AGATG
1 AGATG
821298 TTGTCCCATT
Statistics
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AGATGCTAGCCTGTTGTTGCCTCAGACACCACCAGT
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822687 GTCCCCTAAG
* ** * * * * * * **
822697 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATTAACAAAAATAATTATTTTACGACAAAAC---ACTGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* * * * * * * * *
822759 CATTATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACA
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAACA
* * *** *
822823 GATTTATCTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
130 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * ** * * * * *
822875 GTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGA-
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG
* * * * *
822939 TCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAC-T-TGCTCGACAAA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAT-TTAGA-AAA
* * * * *
823001 TAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTG
128 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTA
* * * * * ** * * *
823056 TATTATTTTATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTAG-TTTATGAC--AAGAAAAAG
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAA
** * *
823118 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAAC
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAAC
* * *
823183 ATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTA
* * * * * * *
823236 AAATATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTATGAGAAAACAAAAAAT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG
* * * * * * * * *
823300 TTATAATGTTTTGAAATAGAAAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAACA
* * * *
823365 TATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
130 TAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * *
823417 GTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-TAAAA-GAAAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAA
* *
823480 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-ATTATTCA-ATAA
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TATTTAGA-AA
* * * *** * *
823543 ATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTGTCAAAATATTTAGAAATTAA
127 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-A
* * * * * * *
823599 TATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAA-T
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
** * * * * * *
823663 CATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACAT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAACAT
* * * *
823728 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAGTTGGCTT--AATATTAACAAATTTA
131 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT--TTTGGAATATTAATAAA-TTA
* * * * *
823780 TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAATAGAAAAAAAT-TTTT-T-ACAAAAC-AAAAGG
1 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG
* ** * * * * * * * *
823840 TTATGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATGTAAATATGTTTAGTAAAC
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAAC
* * *
823903 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * ** * *
823956 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG
* * * * * ** *
824020 TCATAACGATATGTAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTC-TAGTTCA-ATAAA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTTAGA-AAA
* * * *
824083 TATATTTA-TTTTTAAAGT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAA
128 CATATTTATTTTTTAAA-TCTTTT-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-A
* * * * * * * *
824138 TATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAAC-AAAAAGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* ** * ** * *
824202 CCTAACAATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTT-GATAAAT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTTAGA-AAAC
* * * *
824264 AGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * * ** * *
824313 TTATTACTTTATTCCG---AA-C----A--AACCA-AGATGATTAG--GTA-AACAAAAC-AAAA
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * *
824363 GGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTAGGTAA
63 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTA-GAAA
* * * * * * * * *
824427 ATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA
127 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-A
* * * * * *** * *
824483 TTTTATTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAAC--AAAA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAA
* * * * ** * * ** ** *
824546 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACTTGCTCGGCAAAC
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAAC
* * * * * * * *
824611 AAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTAATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
824664 GTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAC-CAAAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG
* ** * ** * * * * * *
824727 GCTATAGCGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTAGTTTCGTAAA
65 TC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTTAGAAAA
* * * * * *
824791 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTA
128 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * * *
824845 GTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAA-TAAAAA
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAA
*
824908 GTCATAATGATTTGAAATATATAATT
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
824934 GTTTTGAACC
Statistics
Matches: 1589, Mismatches: 379, Indels: 178
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 22 0.01
165 57 0.04
166 8 0.01
167 1 0.00
168 1 0.00
169 37 0.02
170 1 0.00
172 2 0.00
173 3 0.00
175 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAACAT
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
Found at i:823481 original size:362 final size:362
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Indices: 822766--825648 Score: 1565
Period size: 362 Copynumber: 8.1 Consensus size: 362
822756 TGTCATTATG
* * * * * *
822766 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAACAGATTTAT
* * ** ** *
822830 CTTTTAAATCTC-AAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
822894 AAAATTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAA
130 AAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAA
* ** * * *
822959 TAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGCTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTT
195 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * * **
823023 TACATATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAA
260 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC-AAATAAGCTTATATGAA
* * * *
823088 TAGAAACAATTAGTTTATGACAAGA-AAAAGGTCATAACA
323 TAGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
823127 ATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAACAGATTTATT
* * * * *
823192 TTTTAAA-AT-TTTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAATATTTTATTTGGAAT
66 TTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTCGAAT
* ** * * * * *
823254 AAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTATGAGAAAACAAAAAATTTATAATGTTTTGAAATA
130 AAACTTATATGAACAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAA-TCATAACGATTTGAAATA
* * *** * *
823318 GAA-AATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATATATATT-TTATTTAATT
193 -AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATATAT-TTATTTTTTAAAT
* * *
823381 CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATAT
256 CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATAT
* * * * **
823446 GAACT-GAAACAAGTGTTTTATTGTAAAAGAAAAGGTCATAATG
320 GAA-TAGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
823489 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-AT-TATTCA-ATAAATATATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGT-TT-AGA-AAACAGATTT
* * * * * * * * *
823551 ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATCAATTGTCAAAATATTTAGAAATTA-ATATTATTTTAATCCG
63 ATTTTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCG
* * * * * * * *
823614 AATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAGTTGAAAT
127 AATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
823679 AAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
192 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
823744 TTTTAATTATTAGTTGGCTT--AATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGA
257 TTTTACTTATTAATT--TTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTT-A
* * * * *
823806 -ATGAATAGAAA-AA-AATTTT-TTACAAAACAAAAGGTTAT-GCT
317 TATGAATAGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
823847 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATGTAAATATGTTTAGTAAACAGATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAACAGATTTAT
* * * * *
823911 TTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAAT
* ** * * * * * *
823975 AAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGTAATAGA
130 AAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAA
* * **
824040 TAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTC-TAGTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAAGT-T
195 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAA-TCT
* * * * * *
824102 TTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATG
258 TTT-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTATATG
* * * *
824167 AATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCCTAACA
321 AATAGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACA
* ** *
824209 ATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTT-GATAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTTAGA-AAACAGATTTA
* * ** * *
824271 TTTTTT-AA-ATC---ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGACTATTATTACTTTATTCCGA
64 TTTTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGA
* * * ** * ** *
824330 ACAAAC-CA-A-G-A-TG-----ATTA-GGTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
128 ATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
824383 TATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAAT
193 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCA-ATAAATATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
824446 ATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAGGC-TAGT
256 CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTA-T
** * * * * *
824509 ATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACG
318 ATGAATAGAAAC-AA-TTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * ** * * * * ** * *
824555 ATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACTTGCTCGGCAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAACAGATTTATT
* * * * * * ** *
824620 TTTT-AAT-TCTCTTAGTAATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAAT
66 TTTTAAATATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * ** * * **
824683 AAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACCAAAAGGCTATAGCGATTTGAAGTTT
130 AAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATC-ATAACGATTTGAAATAA
* * * * *
824747 ACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTAGTTTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
194 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA--TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
824810 TCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
257 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATG
* * * * **
824875 AACT-GAAATC-ATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATG
321 AA-TAGAAA-CAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
824917 ATTTG--A-A-AT-A-TA-T--AAT--T-GT---T-TTGAACCA-CTTCAGCAAACA-ATTTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAACAGA-TTTAT
* * * * *
824964 TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
65 TTTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAAT
* * *** * * * *
825028 AAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTAT-A-ATAAAGTGAAAGTTATAACAATTTGAAATAG
130 AAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAA
* ** ** * * *
825091 ATAATTGTTCAAATAG------------GAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC
194 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * * *
825144 CTATTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-
259 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCT-TATATGA
* * * * **
825207 ATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAACA
322 ATAGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAA-GGTCATAACA
* * * * * * * *
825249 ATTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GTCCATAATTATTTGAACCA-ATTT-GACAAACTGACTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTT-AAACATGTTTAGA-AAACAGATTT
* * * * * *
825311 ATTTTGTAAATCTC-TAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAATGAAGTA-ATATTATTTTATTTC
63 ATTTTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTC
* * * ** * * ** * ** *** *
825373 AAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATATTTATTTTAAA
126 GAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
825437 TAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAT
191 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAT
* * * *
825502 -TTCTTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCATA
256 CTT-TTACT-TATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTA
* * * *
825564 TATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAACA
317 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATTA-TAAAACAAAAGGTCATAACA
* ** *
825610 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
825649 GAATTGGTTT
Statistics
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0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
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Consensus pattern (362 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAACAGATTTATT
TTTTAAATATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATA
AACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAAT
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAATAG
AAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACA
Found at i:824056 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 822809--825651 Score: 1541
Period size: 539 Copynumber: 5.3 Consensus size: 538
822799 CTATTTAAAC
* ** *
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1 TTGTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
* ** *
822873 TAGTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAA
65 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAA
* * * * * ** * *
822937 GATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGCTCGACAAA
130 G-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAAA
* * * * * **
823001 TAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAAT-TTTAATAAATTTGTATTATTTT
194 TATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTT-ATAAATTAATATTATTTT
* * * * ** * * *
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258 AAT-CCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * *
823128 TTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATATTTATTT
320 -TTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAACATATTTATTT
* * * * * *
823193 TTTAAA-ATTTTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAATATTTTATTTGGAATAAG
382 TTTAAATCTTTTAATTATGAATTCTT-GAATATTAACAAATTTAAAATATTTTATTTGAAATAAG
* ** * * * *
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446 CTTGAATGAACAAAA-CAAAATTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAATAGAAA
* * *
823322 ATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAAC
510 ATTATTCAAATAATCATAACTATGTGAAA
* * * * *
823351 TTATTTGGTAAATATA-TATTTTATTTAAT-TCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
1 TTGTTTGGTAAACAGATTATTTT-TTAAATCTCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
* * * * * * *
823414 TTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-TAAAAGAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTA-TGAAAAAACAAA
*
823478 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAA
128 AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAA
* * *
823543 ATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTGTCAAAATATTTAGAAATTAATATTATTTT
193 ATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTTATAAATTAATATTATTTT
* * * * *
823608 AATCCGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAGT
258 AATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATAACAAAACAAAAAGTCATAACAA-T
*
823673 TGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTT
321 TGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAACATATTTATTTTT
* * * *
823738 TAAATCTTTTAATTATTAGTTGGCTT-AATATTAACAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGC
384 TAAATCTTTTAATTATGAATT--CTTGAATATTAACAAATTTAAAATATTTTATTTGAAATAAGC
* * ** *
823802 TTGAATGAATAGAAA-AAAATTTTT-T-ACAAAAC-AAAAGGTTATGCT-ATTTCAAATAGATAA
447 TTGAATGAACA-AAACAAAATTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAATAGAAAA
* * *
823862 TTATTCAAATGATTATAATTATGT-AAA
511 TTATTCAAATAATCATAACTATGTGAAA
* *
823889 TATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAA
1 T-TGTTTGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
** * * *
823953 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAA
* * * * *
824018 AGTCATAACGATATGTAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG--GTCTAGTTCAATA
129 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAAT-TA-TTCAATA
*
824081 AATATATTTA-TTTTTAAAGT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTAT
192 AATATATTTATTTTTTAAA-TCTTTT-ACTTATTAATTGTCGAAATATTTATAAATTAATATTAT
* * * * * *
824144 TTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCCTAACA
255 TTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * *
824209 ATTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATT
319 ATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAG-TAAACATATTTATT
* * * * * *
824273 TTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATT----AA--TAGACTATTATTACTT----T-
381 TTTTAAATCTTTTAATTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTAAAATATT-TTATTTGAAATA
** * * ** * * * *
824323 A--TT--CCGAACAAACCAAGATGATTAGGTAAACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
444 AGCTTGAATGAACAAAACAAAATTTTTA--T-GACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAATA
* * * * * * *
824383 TATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
506 GAAAATTATTCAAATAATCATAACTATGTGAAA
* * * * * * * *
824416 TAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATC-TTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAAT
1 TTGTTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
824480 TCA-TTTTATTTTATTCCAAATAGGC-TAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAAC-
65 T-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTGAAAC-AA-TTATTTTATGAAAAAACA
* * * * ** * * * ** ***
824542 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACTTGCTCGGC
126 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAAT
* * * * * * * * * * *
824607 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTAATTAACTT-TTGGAATA-TTATTAGATTAGTGTTA
191 AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTTA-TAAATTAATATTA
* * * * * * * *
824670 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACCAAAAGGCTATAG
254 TTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAAAACAAAAAGTC-ATAA
* * ** * * * * * * *
824734 CGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTTCGTAAATAGATTTA
317 C-AATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAGTAAACATATTTA
* * * * ** ***
824799 TTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-TTAGTTTTATTTTATTTCG-A
379 TTTTTTAAATCTTTTAATTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTA-AAATATTTTATTT-GAA
* * * * * *
824862 ATAAGCTTGTATGAACTGAAATC--ATTGTTTTATGATAAAA-TAAAAAGTCATAATGA-TT---
441 ATAAGCTTGAATGAAC--AAAACAAAAT-TTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAA
* * *
824920 -T-G-AAA-TA-T---ATAAT--T--GT-TTTGAAC
503 ATAGAAAATTATTCAAATAATCATAACTATGTGAAA
*** ** * *
824943 CACTTCAGCAAACA-ATTTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAA
1 TTGTTTGGTAAACAGA--TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
* * * * ***
825006 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTAT-AATAAAGTGAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAA
* ** * * * **
825070 AGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-CTG-----GTTCGGTAAA
129 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAAA
* * ** * * * * * *
825123 AAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTA-TAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTT
194 TATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG-TCGAAATATTTATAAATTAATATTATTTT
* * ** * * * * **
825187 ATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-ATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAACAA
258 AATCCAAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACAA
* * * * * *
825250 TTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GTCCATAATTATTTGAACCAATTT-GACAAAC-TGACTTA
320 -TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGT-CATAACTATTTGAA-CTATTTAG-TAAACAT-ATTTA
* * * * ** * * *
825312 TTTTGTAAATC-TCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATGAA-GTAATATTATTTTATTTCAA
379 TTTTTTAAATCTTTTAA-TTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTAA-AATATTTTATTTGAA
** **** * * * * * * *
825375 ATAAGCTTTTATGAATTGGA-ATAATGGTTTTATGATAAAAC--AAAGGTCATATTTATTTTAAA
441 ATAAGCTTGAATGAACAAAACAAAAT--TTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAA
* * * * * * *
825437 TAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAAC
504 TAGAAAATTATTCAAATAATCATAACTATGTGAAA
* * * * * *
825472 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTC-TTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAA
1 TTGTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACT-TATTAATTTT-TGGAATATTAATAA
* * * * **
825534 ATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAA
63 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAA
* * * ** * ** * *
825599 AGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTTGAA
128 AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
825652 TTGGTTTGTC
Statistics
Matches: 1812, Mismatches: 358, Indels: 265
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
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517 1 0.00
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Consensus pattern (538 bp):
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AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAG
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAAATA
TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAAT
CCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTGAAA
TAAATAATTCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
TTTAATTATGAATTCTTGAATATTAACAAATTTAAAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAA
CAAAACAAAATTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAAT
AATCATAACTATGTGAAA
Found at i:824936 original size:181 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 180
824344 TTAGGTAAAC
* * * * * * *
824354 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTG
** * * * *
824419 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-
65 TTTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG
* * * * * * * * * *
824483 TTTTATTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGAC
129 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-TAA-TTATTTTATGAT
* * * *
824537 AAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTG
* * * * * * * * * * *
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65 TTTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
824665 TGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGA-
129 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGAT
* * * * * ** *
824716 CAAACCAAAAGGCTATAGCGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTA
1 AAAACAAAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATT-
*
824781 GTTTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAG
64 GTTTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
824846 TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCATTGTTTTATGAT
129 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGAT
* * * * ** * * * *
824898 AAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTTTGAACCACTTCAGCAAACAATTT-T
1 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG--TTCAAATAGTT-A--TAACTATTTGA
* * * ** * *
824962 ATT-TTT--TAAAT--CTCTTACTTATT-AA----TT-TTT-GGAA----T--ATTATTAAA---
61 ATTGTTTCGTAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
825006 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAAT
125 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGAT
*** * * *
825062 -AAAGTGAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---GAAC----TG----G-
1 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGT
* * * * *
825114 TTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGT
66 TTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
825179 ATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-A-TAAAAATAATTATTTTATGAC
130 ATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGAT
** * * * * * *
825229 AAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GTCCATAATTATTTGAACC
1 AAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA-T
** * * * * * * * *
825293 AATTT-GACAAACT-GACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATGAAG
63 TGTTTCG-TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * **
825356 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGAT
126 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGAT
* *** * *
825411 AAAAC-AAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTG
* * * * *
825475 -TTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTATGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTA
65 TTTCG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA
* * * *
825538 GTATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACT
128 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGA-T
* * * * **
825592 -AAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCT-TAACTATTTGAATTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATT-
* *
825655 GTTT-GTCAAACACG-TTTATATTTTAAATCTCTTATT
64 GTTTCGT-AAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
825691 AATTTTTAAA
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 202, Indels: 146
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
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161 5 0.01
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167 25 0.03
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173 2 0.00
174 3 0.00
175 2 0.00
176 2 0.00
179 9 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGT
TTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGAT
Found at i:825179 original size:168 final size:164
Alignment explanation
Indices: 824786--825189 Score: 481
Period size: 164 Copynumber: 2.4 Consensus size: 164
824776 AATTAGTTTC
* * *
824786 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTA
1 GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
824851 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAAT
66 TTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTATAATAAAATAAAAAGTCATAAC
* * *
824916 GATTTGAAATATATAATTGTTTTGAACCACTTCA
131 AATTTGAAATAGATAATTGTTTGGAACCACTTCA
* * * * *
824950 GCAAACAA-TTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
825014 ATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTATTTTATAATAAAGT-GAAAGTTATA
65 ATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATC-ATTATTTTATAATAAAATAAAAAGTCATA
*** *
825077 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAACTGGTTCG
129 ACAATTTGAAATAGATAATTGTT----T-GGAACCACTTCA
* * * *
825118 GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTA
1 GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
825183 TTTTATT
66 TTTTATT
825190 TCAAATAGGT
Statistics
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0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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164 101 0.50
165 1 0.00
167 3 0.01
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Consensus pattern (164 bp):
GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTATAATAAAATAAAAAGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAATTGTTTGGAACCACTTCA
Found at i:826273 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 825825--829116 Score: 2197
Period size: 181 Copynumber: 18.5 Consensus size: 180
825815 TTTTTAATCT
* * * ** **
825825 CTTATTAAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * ** * * * * *
825888 --AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * ***
825951 AT-ATGACTATTTGATCTTATTCGATTAACGGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
130 -TCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
826002 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT-AAGTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * ** * *
826066 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
826131 TCACAACTATTTAAACTCTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACT-TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
826183 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** *
826248 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
826313 CATAATTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
131 CATAACTATTTGAAC-TTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** *
826363 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
826427 TAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATA
65 AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
826491 GTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTT-
129 GTCATAACTATTTGAAC-TTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* * * * * * * *
826544 CTAATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
826609 AAACAATTGCTTTATTATAAAACAAAAGATTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
826674 CATGACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
131 CATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
826725 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * *
826790 AAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * *
826854 TCATAAAAATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
130 TCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
826906 CTTATTAATTGCTTT--AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCTTCTATGAAC
1 CTTATTAATT--TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * * * * *
826969 AGAAGA-AATCATTTTACGACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATATATAAATTGTTGAA
64 A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAA
* * * * *
827032 ATAGACA-AAC---TT--A--TTT-AGTATAC-AATTCATTTTTTAAATCTCTTA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * **
827077 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * ** * *
827142 ACATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
827206 TCACAACTGTTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAAACTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACT-TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
827258 GTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * ** * * * * *
827323 AAACTATTATTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAACAATTGTTGAAATTGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
827386 TATAACTATTGGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-
131 CATAACTATTTGAACT-TTTCGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
827434 CTTATTAA-TTTT-GAATATTAGTATATTAGTA-T-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * ** *
827494 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
827559 CATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAAT-TCTTTA
131 CATAACTATTTGAACT-TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* * ** * * ** * **
827610 CATATTAATTTCTAAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
827674 GAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAA-G------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
827731 TCTTAATTATTGGAA-TTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTT--TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
827783 GTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGCATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
827847 AAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
827912 TATAATTATTTAAACTGATTT-GATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATA
131 CATAACTATTTGAACT--TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** *
827963 CTTATTAAATTTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTTAATAAACTTGTATGATA-
1 CTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-AC
* ** * * ** *
828025 AAAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ***
828089 TGGCCATAATTATTTGAACTGATTT-GGTAAATGGATTTATTTTTTAAATC----A
127 TAGTCATAACTATTTGAACT--TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * **
828140 CTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
828204 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** ** * *
828269 CTTAATTGTTTAAACCGCTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
131 CATAACTATTTGAA-CTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * **
828320 GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATATGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * *
828385 AAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG-
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * **
828447 --GAAC----T-AA--TAT-AGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTA
131 CATAACTATTTGAACTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * ** * * **
828486 CAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATGA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * **
828549 AAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-AG
66 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *** * *
828612 GCAATAGTTATTTGAATCGATTT-GATAAATTGACTTATTTTTTAAAT-TTCTAA
130 TC-ATAACTATTTGAA-C-TTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
* * * * *
828665 CTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAACTTTTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAAC
** * * * * * * *
828728 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** *
828792 GTAATAACTATTTAAACTTACTCCATAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-TTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
** ** * * * *
828845 GGTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * * * *
828910 AAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
828974 TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTATATCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTT--TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * ** *
829026 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAACGAGCTTGTGTGAAC-A
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
829090 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
829117 ATCTTAACAA
Statistics
Matches: 2454, Mismatches: 542, Indels: 235
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 71 0.03
166 39 0.02
167 9 0.00
168 1 0.00
169 6 0.00
170 12 0.00
171 143 0.06
172 40 0.02
173 185 0.08
174 23 0.01
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176 90 0.04
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180 647 0.26
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182 27 0.01
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:826386 original size:675 final size:679
Alignment explanation
Indices: 825151--826393 Score: 1465
Period size: 675 Copynumber: 1.8 Consensus size: 679
825141 CTCCTATTTA
* *
825151 TAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGTGTGTATGATAAAAATA
1 TAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTGTGTATGATAAAAACA
* * **
825216 ATTATTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAATGTCCATA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAATTGTCATAACAATTTGAACTAAATAATAGTTCAAATGGACATA
* * * *
825281 ATTATTTGAACCAATTTGACAAACTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAAT
131 ACTATTTGAACCAATTCGACAAACGGACTTATTTTGTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAAT
* ** * * * * *
825346 ATTAATGAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGAT
196 ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATGGTTTTATGAC
* *** * * * * * *
825411 AAAACAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTTGT
261 AAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTTAAACTTGT
* * *
825476 TCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTATGTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTA
326 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATGTAATAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTA
* * * *
825541 TTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
391 TAATTTTATTCCAAACAAGCATATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAG
* ** * * * * *
825606 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAAACACGTT
456 AACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTAGTAAAACACATT
825671 TATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTCCGAATAA
521 TATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTCCGAATAA
825736 GATTGTATAAATAGAAACAATTTCTTTATAACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAATTGGTTAA
586 GATTGTATAAATAGAAACAATTTCTTTATAACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAATTGGTTAA
825801 ATAAACAGATTAGTTTTTTAATCTCTTAT
651 ATAAACAGATTAGTTTTTTAATCTCTTAT
* ** * * **
825830 TAAAT-TTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGA-ATCAACA
1 TAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTGTGTATGATAAAAACA
* * *
825892 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAACAATTTGAAAC-AAATGATAGTTCAAATGGATAT
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAATTGTCATAACAATTTG-AACTAAATAATAGTTCAAATGGACAT
* * ** ** * * *
825955 GACTATTTGATCTTATTCGATTAACGGATTTATTTT-TCAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGA
130 AACTATTTGAACCAATTCGACAAACGGACTTATTTTGTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGA-A
* * *
826018 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT-AAGTAGAAACAATTGTTTTAT
194 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATGGTTTTAT
* *
826082 GACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTAAAC
258 GACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTTAAAC
* * * *
826147 TCT-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTAATAATTTT-TGGAATTTTAATAA
322 T-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATGTAATAATTTTCT-AAATGTTAATAA
* * * *
826209 ATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAAC-AAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACA
384 ATTAGTATAATTTTATTCCAAACAAGCATATATGAACTAAAAA-AATT-ATTTTATGACAAAACA
* ** *
826272 AAAGG-TCGTAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGT-GTTCA
447 AAAGGTTAG-AACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-GTGGTT-A
* * * * * *
826335 G-AAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
509 GTAAAACACATTTATATTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATT-ATTAATTTA
826394 TATTATTTTA
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 85, Indels: 32
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
673 3 0.01
674 87 0.19
675 260 0.56
676 34 0.07
677 33 0.07
678 33 0.07
679 13 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (679 bp):
TAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTGTGTATGATAAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAATTGTCATAACAATTTGAACTAAATAATAGTTCAAATGGACATA
ACTATTTGAACCAATTCGACAAACGGACTTATTTTGTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAAT
ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATGGTTTTATGAC
AAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTTAAACTTGT
TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATGTAATAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTA
TAATTTTATTCCAAACAAGCATATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAG
AACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTAGTAAAACACATT
TATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTCCGAATAA
GATTGTATAAATAGAAACAATTTCTTTATAACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAATTGGTTAA
ATAAACAGATTAGTTTTTTAATCTCTTAT
Found at i:826555 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 825825--829116 Score: 2187
Period size: 361 Copynumber: 9.3 Consensus size: 357
825815 TTTTTAATCT
* * ** **
825825 CTTATTAAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * ** * * * * *
825888 --AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * **
825951 AT-ATGACTATTTGATCTTATTCGATTAACGGATTTA-TTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTT
130 -TCATAATTATTTGA--ATGTTCGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * *
826014 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTAT-AAGTAGAAACAATTG
191 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTG
* * ** * * *
826076 TTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCACAACTAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
826141 TTAAACTCTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
318 TTGAACT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTA
* * * * * *
826183 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
** *
826248 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
826313 CATAATTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
131 CATAATTATTTGAA--TGTTC-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
826377 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTT
193 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
826441 ATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTG
257 AT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
826505 AACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTT
321 AAC-TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * * * * * * *
826544 CTAATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
826609 AAACAATTGCTTTATTATAAAACAAAAGATTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
826674 CATGACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTG
131 CATAATTATTTGAA--TGTTCG-AAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
826739 AAATATTAATAAATTAATATTAGTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTCTTTT
193 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* ** * * **
826803 ATGACAAAAC-AAAGAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAAATTTG
257 ATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
826867 AACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
321 AAC-TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTA
* * *
826906 CTTATTAATTGCTTT--AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCTTCTATGAAC
1 CTTATTAATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
826969 AGAAGA-AA-TCATTTTACGACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATATATAAATTGTTGA
64 A-AAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCA
* * * * *
827031 AATAGACA-AACTTATTT--A-G-T---ATACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
125 AATAGTCATAA-TTATTTGAATGTTCGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * ** * * *
827087 TTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGACATAATTTT
189 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
** * * * *
827152 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAATCACAACTGT
254 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** *
827216 TTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAAACTTTTA
318 TTGAACTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTA
* * * * *
827258 GTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * ** * * * * *
827323 AAACTATT-ATTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAACAATTGTTGAAATTG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
827385 TTATAACTATTGGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAA-TTT
130 TCATAATTATTTGAA-T-GTTCGA-AAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
827445 TG-AATATTAGTATATTAGTA-T-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* ** * *
827506 TATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTG
256 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
827571 AACTAGTT-AAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTCTTTA
321 AACTA-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTA
* * * * * ** * **
827610 CATATTAATTTCTAAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
827674 GAAA-AATT-ATTTTATGACAAAATAAAA-G------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
65 AAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
827730 GTCTTAATTATTGGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
129 GTCATAATTATTTGAA-T-GTT-CGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
827795 T-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGCATGAACAAAAATAATTGTT
191 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
827858 TTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
827923 AAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATA
320 GAACT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TA
* ** *
827963 CTTATTAAATTTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTTAATAAACTTGTATGATA-
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * * ** *
828025 AAAAATAATTG-TTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAA
64 AAAAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
828088 ATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
126 ATAGTCATAATTATTTGAA-TG--TTCGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * **
828149 TTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAACTGAAACAATT
188 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * *
828212 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTG
252 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * *
828277 TTTAAACCGCTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
317 TTTGAA-CTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * * * **
828320 GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATATGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
828385 AAA-AATT-ATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * ** *
828447 GAACTAA-TA--T--A-G-T---AAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-
130 TCA-TAATTATTTGAATGTTCGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * **
828500 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAACTAATTGTTTTA
194 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AATTGTTTTA
* ** * ** * **
828564 TGAC-AAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-AGGCAATAGTTATTTGA
258 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGA
* * *** *
828627 ATCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAAT-TTCTAA
322 A-CTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-T-A
* * * * * * *
828665 CTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAACTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * *
828729 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAG
65 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * ***
828793 TAATAACTATTTAAACT-TACTCCATAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-TTTTTGGTATTAATTT
130 TCATAATTATTTGAA-TGT--TCGA-AAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * *
828856 TTTTAATGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTA
190 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTG
* * * * * *
828919 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * *
828984 TTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTATATCTCTTA
318 TTGAACT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * * * * ** *
829026 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAACGAGCTTGTGTGAAC-
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
*
829089 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA
829117 ATCTTAACAA
Statistics
Matches: 2313, Mismatches: 481, Indels: 278
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
342 8 0.00
343 11 0.00
344 8 0.00
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348 2 0.00
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363 24 0.01
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAATTATTTGAATGTTCGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTA
Found at i:828214 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 827259--828363 Score: 460
Period size: 173 Copynumber: 6.2 Consensus size: 177
827249 AAACTTTTAG
* * * ** *
827259 TTATT-AATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGA-ATA
1 TTATTAAATT-TTTAAAAATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTTAACAAACTTGTATGATA-A
* * ** * * * * * * *
827322 AAAACTATTATTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAACAATTGTTGAAATTG
63 AAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
** * ** * * * * *
827385 TTATAACTATTGGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAACCT-C
128 CCATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTT-GTTAAATCTAC
* * * * ** *
827435 TTATT-AA-TTTTGAATATTAGTATATTAGTATT-TTT-TTCCAAACAAACTTATATGA-ATAAA
1 TTATTAAATTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTTAACAAACTTGTATGATA-AAA
* ** * * * ***
827495 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTC
65 AACAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCC
* * * * * * *
827560 ATAATTATTTGAACT-AGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTCTTTAC
130 ATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAATAGATTTATTTGTTAAA-TC--TAC
* * * * * * * * *
827611 ATATT-AATTTCTAAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATT
1 TTATTAAATTTTTAAAA-ATTAATAAATT-AGTATTA-TTTATTCTTAACAAACTTGTATG-A-T
* ** * * * *
827674 GAAAAATTATT-TT--ATGACAAAA-TAAAAG---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
61 AAAAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
* * * ** * * * * * *
827729 AGTCTTAATTATTGGAA-TTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-C
126 GGCCATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTAC
* * * * * *
827780 TTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGCATGA-
1 TTA-TTA--AATTTTTA-AAAATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTTAACAAACTTGTATGAT
* ** * * * * * ** * * * * *
827843 ACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAA
61 A-AAAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
* **
827908 TAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATAC
125 TGGCCATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATC---TAC
*
827964 TTATTAAATTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTTAATAAACTTGTATGATAAAAA
1 TTATTAAATTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTTAACAAACTTGTATGATAAAAA
* *
828029 ATAATTGTTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
66 ACAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAA--TTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * * *
828093 CATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATC-AC
129 CATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTAC
* * *
828141 TTATT-AATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATT-TTGAACAAGCTTGTGTGA-AC
1 TTATTAAATTTTTA-AAAATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTCTT-AACAAACTTGTATGATA-
** ** * ** * * *
828202 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
62 AAAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG
* * * * * * * * * *
828267 GTCTTAATTGTTTAAACCGCTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCT-C
127 GCCATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTAC
* *
828317 TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 TTA-TTA--AATTTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTC
828364 AGAATATGCT
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 146, Indels: 110
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 12 0.02
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175 2 0.00
176 102 0.14
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184 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTATTAAATTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTTAACAAACTTGTATGATAAAAA
ACAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCA
TAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTAC
Found at i:828591 original size:165 final size:167
Alignment explanation
Indices: 828299--828601 Score: 400
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
828289 CGACAAACAT
* *** *
828299 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
828364 AGAATATGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
66 AGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
828429 TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAATAG
131 TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAATAG
* *
828466 ATTTA-TTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
828529 TGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTTTGTAATGATTTG
66 AGAATAGGCTTATATGAACTG-AAA--AATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTG
828591 AAATAGATAAT
128 AAATAGATAAT
828602 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 16, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.02
164 4 0.03
165 70 0.60
166 36 0.31
167 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
AGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAATAG
Found at i:829744 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 829143--832513 Score: 2208
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 180
829133 CTGGTTCGAT
* *
829143 AAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * ** *
829203 TTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAACG
66 TTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
829267 ATTTAAAATAGATGATAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTT-GA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT-AAATTGTTTGGA
* * *** * * *
829318 TTAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTT-AGAATAATAATATATTAGTATTA
1 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
829382 TTTTGTTTCGAATAAAATTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAAC
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
829446 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTGGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGGA
* * * * * *
829499 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T
* * * **
829564 TTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGA-AAAACAAAAAGGTCATAAT
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT
* * * * *
829628 GACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTCAAATGTGTTTAGA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGTTTGGA
*
829681 AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * *
829744 TTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTCATAAT
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* *
829808 -ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TGTTCGGT
129 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ATTGTTTGGA
* * * * *
829861 AAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * **
829926 TTATTTTGAATAAACTTATATAAACTA-AAACAATCATTTTATTG-CAAAACAAAAAGTCACCAT
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** * * * *
829989 GATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTAGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGGA
* *
830042 AAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
830106 TTTA-ATCTATATAAGCTTATAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** * *
830169 TAATTTAAAATA-AAAATTTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATT-TGTTCGA
128 TGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGT-TTGGA
* *
830222 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA---TTG---TA--AAT---TT-GTATTAT
1 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * *
830275 TTTATTT-GAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAG
65 TTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
830339 CAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAGACTTG-TTCGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AATTGTTTGGA
* * * * ** * *
830392 TAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAACATTAATAACA-TAGTAATA
1 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* * ** * * * * * *
830456 CTTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAA
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
830521 CGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCAA--GTTTGGT
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-A--AATTGTTTGGA
* * * *
830575 AAATATATTTA--TTTAAAATTTTTTTACTTATTAA-TTGTGAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAACATATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
830637 TTTTAATCCAAAGAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATGATAGATA-AAAA-GTCATAA
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAA
** * ** * * *
830700 CAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTT-GA
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGGA
* * * *
830753 TAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTT
1 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * ** *
830814 TTTATTTTG-ATCAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAG
65 TTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
830878 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGCATAATTATTTGAACTGGTTAGGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGGA
* * * * *
830931 AAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * * * *
830995 TTTA-TTCTAAATAAGCTAT-TATGATTTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA----A-CA
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* * * * * *
831053 --ATTT--AA-A-ATAGTTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTGGC
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGGA
* * * * * * * *
831101 AGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
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66 TTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** *
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*** * * *
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1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
831347 TTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCA-AAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATG
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * *
831410 ATTTAAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGACTTGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTTGGA
* * * ** * * **
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* * * ** * *
831527 TTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAAATGAAAGGTTAGAATG
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
*** * * * * *
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130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGG-A
* * * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * *
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1 A-AACAT--ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTA
* * * * * * * *
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61 TTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * * * *
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* * * *
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1 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
832065 TTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAAGC-AAAGATCTTAA
65 TTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * *
832127 CAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTT-GA
128 TGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGGA
*
832180 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
832244 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-GTCAAAAACAATTATTTTAAGACAAAA-AAAAGGTCACAA
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
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128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA-TTTAAATTG-TTTGGA
* * * * *
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1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
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** *
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128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
832514 GGTAAACAGA
Statistics
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830106 TTTAATCTAT
** *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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*
830412 ATCTCTTAATTATTAATT
127 ATATCTTAATTATTAATT
830430 TTCAAAACAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 12 0.10
170 100 0.83
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CTTAATTATTAATTGTAAATTTGTATTATTTTATTTGAA
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829111 ACAAAAATCT
* * * * * *
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* * ** ** *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * **
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374 ATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTA-TTT
* * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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** * * *
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* *
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*** * * ** *
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* * * * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTGGTTAGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTATTTATTGAA
*
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66 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATAATAAAAAACAATTGTTTTATG
* * *
830150 ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAAAAATTTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATT
131 ACAAAAC-AAA-G--ATAACAATTTAAAAT---AAGTTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT
* * * *
830215 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA---TTG--TA-A-AT-TT-GTA
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* * **
830271 TTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
254 TTATTTTATTTCAAAAT-AGCTTGTATGAA-A-AAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT
* * * * * * * *
830335 ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAGACTTGTTCGATAAATATA
316 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-ACTTGTT-GGTAAATAAA
* ** * *
830400 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAACATTAATAACA-TAGTAATACTTTATTT
379 TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAACATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * **
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443 CAAATAGACTTT-TATGAATAGAAACA-ATTAATTTATGA-AAAACAAAAAGATCATAACGACTT
* * ** * * *
830527 GAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATT-TGATCAAGTTTGGTAAATATATTTA-TTTA
505 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAAT-AAGTTTAGAAAACATATTTATTTTA
830590 AAATTTTTTTACTTATTAA-TTGTGAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAAAGAAG
569 AAA--TTTTTACTTATTAATTTGTG-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAAGAAG
* * * * * *
830653 CTTGTATGAATAGAAA-CTATTATTTTATGATAGATA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAAT
630 CTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTATCACA-AAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * *
830715 AATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-
693 AATTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCT
* *
830778 T-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTG-ATCAAACTTATATAAAC
757 TATCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAACTTATATAAAC
* * * * * * *
830840 AAAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
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830905 GGCA
886 GGCA
*
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* * * * **
830972 AAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAAGC-TATTATGATTTGAAAA-AATTGTTT
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* * * **
831035 TATGGCAAAAC-AA-A-AACAATTTAAAAT-AGTTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCGT
127 TATGACAAAACAAAGATAACAATTTAAAATAAGTTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTCGT
* * * * *
831096 TTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTA
192 TCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA-TA-TATATTAGTA
* *
831161 TTATTTTATTTCAAAATAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT
254 TTATTTTATTTCAAAATAGCTTGTATGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT
** * * * **
831226 AATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAAT-TTGGTAAATGGAT
318 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTAACT--TGTTGGTAAATAAAT
* * * **
831290 TTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
380 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * * *
831355 AATAAACTTATA-CAATCA-AAACAATT-ATTATATGACCAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTAA
445 AATAGACTTTTATGAAT-AGAAACAATTAATT-TATGA-AAAACAAAAAGATCATAACGACTTGA
* * * * * * * * * * * * *
831416 AATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGA-CTTGGTAAACAGATTGACTTTTTA
507 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTCAAATAAGTTTAGAAAACATATTTA-TTTTAA
** * * * * *** * *
831480 AATCACTTAATTATTAGTTT-TCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
570 AAT-TTTTACTTATTAATTTGT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAAGAAGCT
* * * * * * * * ** *** * *
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632 TGCATGAAC-AAAACCAATTATTTTATCACAAAA-CAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAA
* ** * ** * * *
831606 CTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAAATT-ATTTTTTTAAA-CTCTT
695 TTCCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGAT-AAACAAATTCA-TTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
831669 GTTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGC-TATTATGAAC
758 -ATCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATAAAC
** ** *** * * * * *
831733 TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTTTTCAAAT
821 AAAAACAATCATTTTACAACAAAACAAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGA-TAATTATTCAAAT
*
831797 AGTCA
885 AGGCA
** * * * * * * * *
831802 TAACTATTTGAA-TTTATCCAAT-AA-ATGGATTTCTTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTT-
1 TAACTATTTGAACTTGGT-TAGTAAACAT-AATTAC-TTTTT-AAATCTCTTACATATT-ATTTA
* * * * * * * * ** * *
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* * * * ** **
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* *
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180 ATTTGAACTCGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA-T
* * ** ** * * * * *
832049 ATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTATGACA-
243 A-TATATTAGTATTATTTTATTTCAAAAT-AGCTTGTATGA-AAAAAAAAATTGTTTTATGATAG
* *
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305 AA-CAAAAGGT-TATAACAATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTT
* * * * *
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** * * * * * *
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* * ** * * * * * ** *
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* * * * * *
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553 AAACATATTTA-TTTTAAAATTTTTACTTATTAATTT-GTGAAATATTAATAAATTTATATTATT
* * ** * * * * * * *
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* *
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ATTTCAAAATAGCTTGTATGAAAAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTTGTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
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ATGAATAGAAACAATTAATTTATGAAAAACAAAAAGATCATAACGACTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGTCATAACTATTCAAATAAGTTTAGAAAACATATTTATTTTAAAATTTTTACTTATTAA
TTTGTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCCAAAGAAGCTTGCATGAACAAAACCAATT
ATTTTATCACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTCATAACTA
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TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACAAAAACAATCATTTTACAACAAAAC
AAAAAGTCACAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGGCA
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* * *** * *
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* * * * *
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* * * *** *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* ** * **
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* * ** *
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** * * * *
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* * * * * * *
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*
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AGCTTGGATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTTCGATAGAC
AACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAAAAAAATTATTTTTGTAAACTCTT
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CCATAACTATTTGAACTGACTTGGTAAACAGATTGAC
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832519 ACAGACTTAT
* ** * * * *
832529 TTTTTTAAATATCTTTCTCATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAAT
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* ** ** * ** *
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*
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* * * * *
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* *
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* *
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Statistics
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TAACTGTTCTAACAGTCTTAACCATTTGAACCAATTTAGTAACAAATTTA
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833088 ATTAATTTTC
* * * * *
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*
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *** ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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255 CATAACGATTT-AAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAAC
* * * ***
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** * * * *
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* * * * * * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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** * * * ** * * *
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130 -AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** ** ** * *
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* * * * * *
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* * **
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324 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGGAATA
* * ** *
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1 TTAATAAGTTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATG-AC
* * * * *
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* * * *
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* * ** *
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193 TTATTTTAATCCAAATAAGCTT-ATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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254 TCATAACGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC
* * * * * *
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* ** * *
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* ** * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
835195 TTA-TATTATTTTAATCGAAGTAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCA-TTTATTGAGAAAACAAA
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* * * * * * *
835257 AGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAA
251 AGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAA
* *
835322 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATA
316 ACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTATTAATTTTTGGAATA
* ** * * *
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* * * * *
835429 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGATCTA
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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191 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
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* * *
835688 ATTTAATTCTTAAATCTC--A--TATTAA-TTTTGAAATA
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1 TTAATAA
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Statistics
Matches: 1695, Mismatches: 390, Indels: 165
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
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AAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTA
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
GATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGGAATA
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833195 TAAATAAATG
* * * * *
833205 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGA-
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* * * * * * * *
833268 ATAAACAATAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAATTATTTGAACTA
65 A-AAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * *
833333 GTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTTGGAATA
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* * * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
833445 GAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACT
64 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * * **
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* * *** * * *
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* * * *
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* *
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Done.