genome.fa.s238.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168063.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_312, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35918

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820--875	19	2.8	19	81	5	58	46	3	1	48	1.30
944--1014	22	3.2	23	72	20	69	54	0	0	45	0.99
946--1032	45	2.0	44	84	6	113	56	0	0	43	0.99
1496--1535	20	1.9	20	85	10	53	50	2	2	45	1.28
2022--2052	12	2.6	12	89	0	53	45	0	0	54	0.99
2112--2205	26	3.7	26	78	12	81	55	1	1	42	1.14
2132--2187	21	2.8	19	75	19	60	53	1	0	44	1.11
2822--2868	19	2.5	20	83	13	64	44	0	4	51	1.21
3320--4099	181	4.3	175	76	7	534	39	7	11	41	1.68
3320--4413	182	6.1	181	75	6	782	38	7	11	42	1.69
4540--4580	22	1.9	21	90	5	64	39	2	2	56	1.26
4681--4779	15	7.2	14	69	26	61	45	0	1	53	1.07
5504--5555	22	2.4	20	76	17	50	40	1	3	53	1.30
5684--5725	13	3.2	13	90	6	59	42	2	0	54	1.13
5688--5770	19	4.5	19	74	14	68	50	1	1	46	1.16
6635--6730	38	2.4	41	86	6	128	44	2	1	52	1.19
6632--6706	19	3.9	19	76	15	82	42	2	0	54	1.14
6595--6706	61	1.9	61	85	5	149	43	2	0	52	1.21
7025--7079	29	1.9	28	82	10	67	47	0	5	47	1.25
9092--9132	12	3.3	12	83	6	55	53	2	0	43	1.13
9482--9538	28	2.0	28	83	6	71	43	0	1	54	1.10
9653--9715	27	2.3	27	84	10	76	42	4	4	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10368--10434	16	4.1	17	71	19	61	50	0	1	47	1.10
10346--10436	27	3.6	26	77	13	77	49	1	1	48	1.15
11033--11081	13	3.6	14	77	17	50	48	0	2	48	1.12
11129--11170	17	2.5	17	80	7	50	54	0	2	42	1.13
11153--11209	28	1.9	31	82	10	75	49	1	1	47	1.22
11177--11218	21	2.0	21	85	0	57	52	2	0	45	1.13
11145--11238	17	5.2	17	68	18	57	52	2	1	44	1.20
11494--11967	181	2.7	180	82	7	542	41	9	7	41	1.65
12200--12244	22	2.1	21	83	4	54	51	8	2	37	1.46
12291--12323	16	2.1	15	94	5	57	57	0	0	42	0.98
12922--12983	31	2.0	31	81	12	74	43	6	0	50	1.28
13635--13678	16	2.7	16	82	10	54	40	0	2	56	1.11
13892--13970	30	2.7	28	72	21	72	53	2	1	43	1.22
14614--14939	181	1.8	179	79	2	384	41	7	11	40	1.68
15996--16042	18	2.4	20	86	10	62	55	0	0	44	0.99
16016--16061	18	2.5	19	79	10	51	58	0	2	39	1.10
16341--16402	20	3.0	21	82	15	76	54	4	0	40	1.22
16572--16631	21	2.8	20	73	11	57	56	6	1	35	1.35
17130--17172	16	2.9	15	86	13	63	48	0	0	51	1.00
17535--17573	17	2.2	17	86	4	51	48	0	0	51	1.00
17593--18125	180	3.0	181	81	5	458	42	9	8	39	1.68
17578--18203	181	3.5	181	83	5	680	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18492--18551	14	3.9	16	82	16	56	38	0	3	58	1.15
18615--18650	15	2.4	15	95	0	63	41	2	0	55	1.14
18618--18666	15	3.3	15	81	18	59	42	2	0	55	1.11
18868--18907	15	2.6	16	84	15	57	52	0	2	45	1.14
19163--19201	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
19722--19764	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
19830--19883	22	2.5	21	79	8	63	48	0	3	48	1.19
20097--20623	180	2.9	181	75	10	513	40	8	9	41	1.68
20875--21223	182	1.9	180	86	4	488	38	7	10	43	1.66
21422--21463	11	4.0	11	75	12	52	52	9	0	38	1.34
21443--21510	17	4.4	17	70	30	71	48	8	1	41	1.43
21627--21705	15	5.1	15	74	19	65	46	0	5	48	1.24
21964--22003	19	2.1	19	86	9	55	52	0	0	47	1.00
21992--22038	19	2.5	19	80	16	53	40	0	6	53	1.27
22093--22152	25	2.4	25	86	8	77	50	1	1	46	1.21
22294--22333	19	2.1	19	85	0	53	42	0	7	50	1.30
22597--22644	24	2.0	24	83	0	60	33	8	2	56	1.41
23612--23683	25	2.9	25	76	12	76	47	1	2	48	1.25
23618--23697	25	3.2	25	72	18	69	48	0	2	48	1.14
23872--23921	22	2.3	22	82	6	57	42	0	6	52	1.26
24003--24064	23	2.7	22	78	11	63	45	1	1	51	1.20
24020--24133	19	5.9	18	66	27	58	47	0	2	49	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24036--24109	20	3.9	20	72	18	68	45	0	2	51	1.15
24188--24264	15	5.4	14	70	18	52	45	0	3	50	1.20
24404--24438	16	2.1	18	89	10	56	45	0	5	48	1.26
24869--24956	15	6.0	15	71	15	60	47	0	0	52	1.00
24861--24936	22	3.3	22	71	14	64	52	0	0	47	1.00
24874--24941	24	3.1	20	74	25	66	45	0	0	54	0.99
24859--24937	26	3.4	24	78	18	87	51	0	0	48	1.00
24892--24955	26	2.4	26	84	7	76	45	0	0	54	0.99
24926--24955	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
24852--24954	46	2.2	44	78	11	109	49	0	0	49	1.07
25124--25171	23	2.1	23	88	7	71	47	0	2	50	1.12
25571--25622	18	2.8	18	77	13	52	51	1	1	44	1.23
25577--25621	19	2.4	18	85	7	54	55	2	0	42	1.12
25969--26017	23	2.2	22	85	3	62	48	0	2	48	1.12
25977--26031	27	2.0	27	85	0	74	45	0	1	52	1.11
26395--26456	21	3.1	20	80	13	65	50	4	1	43	1.33
26584--26642	25	2.3	26	82	5	68	33	0	3	62	1.12
26610--26642	16	2.1	16	88	11	50	36	0	0	63	0.95
26937--26973	12	2.9	13	84	15	51	48	5	0	45	1.25
26933--27015	38	2.2	38	82	10	98	46	3	2	46	1.33
27110--27172	11	6.4	10	77	17	62	41	1	0	57	1.08
27114--27170	4	15.0	4	74	17	50	43	1	0	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27110--27180	19	3.7	19	83	11	83	40	1	0	57	1.07
27110--27188	19	4.0	20	79	11	65	43	1	0	55	1.07
27419--27443	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27843--27882	20	2.0	21	85	14	57	57	2	5	35	1.34
27918--27977	21	3.0	20	76	18	63	50	0	1	48	1.11
27918--27971	18	2.8	19	80	11	65	50	0	1	48	1.11
28339--28393	20	2.6	21	77	16	60	41	9	3	45	1.53
28419--28443	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
29899--29940	12	3.2	13	76	10	50	35	0	2	61	1.09
30881--30926	19	2.6	17	86	10	65	45	0	2	52	1.13
32228--32280	10	4.8	11	77	15	56	54	0	0	45	0.99
32218--32268	22	2.3	22	82	0	66	52	1	0	45	1.12
32179--32255	41	1.9	40	84	7	102	45	3	0	50	1.20
32226--32279	22	2.4	22	76	14	56	53	0	0	46	1.00
33280--33312	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
33690--33749	24	2.5	24	86	8	77	51	3	1	43	1.28
33757--33808	22	2.4	22	83	6	61	48	1	0	50	1.12
34314--34368	18	3.2	17	70	14	51	54	3	0	41	1.18
34456--34517	8	7.4	9	73	12	53	51	0	1	46	1.10
34658--34691	14	2.5	13	86	9	50	52	0	5	41	1.25
34690--34754	33	2.0	33	87	0	94	50	1	4	43	1.32
34692--34772	33	2.6	30	79	13	74	51	1	4	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35403--35462	23	2.5	24	75	21	63	50	1	1	46	1.21

Tables:   1

The End!