Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22966848
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 129000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 129
Found at i:31 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 12--46 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
2 ACACGAATAT
12 AAAAAAGATAGAAA
1 AAAAAAGATA-AAA
26 AAAAAAGATAAAA
1 AAAAAAGATAAAA
*
39 AGAAAAGA
1 AAAAAAGA
47 GTGATTGTGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.50
14 10 0.50
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.14, T:0.06
Consensus pattern (13 bp):
AAAAAAGATAAAA
Found at i:654 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 344--2043 Score: 1190
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 179
334 TTATTCGGAT
* * * * *
344 TAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAATAAATA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATT
* * *
409 TATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCTA--ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
64 TGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
472 ACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTAATATAAATTATTTAAAA
128 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAATTATTTAAAA
* * * * * *
525 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATGAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTT
* *
590 GTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAACA-CATTATGA
65 GTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGA
* * * * * * **
654 CTTTTTGTTTTGTCAGAAAGCAATTGGATCTA-TTCATGAAAGCTTATTTTGAA
129 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCAT-AAA-ATTATTTAAAA
* * * * *
707 TAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTAAAAAACTTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAATTT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* ** * * * * **
770 ATTTTTTTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
65 -GTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
835 C-TATTTGTTTTGTGATAAATCAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAA
129 CAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AA-ATTATTTAAAA
* * * * *
888 TAAAATAATATTAGTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT-AAAAA-AAATCTA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
** ** * * * * *
950 TTT-CCCAAGTGAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGAT
66 TTTACTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * *
1014 C-TTTTCTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGTTTATTTGAAA
129 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAA--TTATTTAAAA
** *
1066 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
1130 ATTTA--GCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 GTTTACTG-AAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** *
1192 GACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATACCAATGATTTAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTAT
127 GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-----TG-TTT----T-A---G--TTCAT--AAAATTAT
*
1257 TCAAAA
174 TTAAAA
* *
1263 TAAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATGTG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * *
1322 -TT-CGTCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTGTTTCAACTCATTTTG
66 TTTAC-T-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
1384 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCAT-ACATGCCAATTTGAAA
128 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAT---TATTTAAAA
* * * * * * *
1438 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAACATAAATTA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTT
* * * * * *
1503 GTTTACT-AAACAAGTTAAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATA
65 GTTTACTGAAA-AAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * **
1566 ACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTAAATAAAAGCTTATTTAAAA
128 A-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAA--TTATTTAAAA
* * * * *
1621 TAAAATAATATT-ACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * *
1685 TTTA-TCAAATCAGTTTAAATAATTACTG-CCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
66 TTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * ** ** *** *
1748 -ACTTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCCTATTCGGAT
129 CA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGT-TCATA-AA-ATTATTTAAAA
* * * *
1803 TAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* *** * * * * * *
1868 TTTACCGAGCCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACC
66 TTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * * *
1933 TTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTATA-TTGATACAAGTTA-TTAAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAATTATTTAAAA
* * * *
1982 TAAAATAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAAT
1 TAAAATAATATTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
2044 AAATTAGAAT
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 239, Indels: 180
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
175 39 0.03
176 1 0.00
177 8 0.01
178 133 0.11
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180 94 0.08
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184 4 0.00
185 3 0.00
186 5 0.00
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196 1 0.00
197 41 0.03
198 3 0.00
199 4 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAATTATTTAAAA
Found at i:806 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 785--840 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
775 TTTGAACACG
785 TTTAAATAGTTATGACTA
1 TTTAAATAGTTATGACTA
* *
803 TTTAAACAATTAT--CTA
1 TTTAAATAGTTATGACTA
*
819 TTTCAAATTGTTATGACTA
1 TTT-AAATAGTTATGACTA
838 TTT
1 TTT
841 GTTTTGTGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 5
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.20
17 7 0.23
18 11 0.37
19 6 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAATAGTTATGACTA
Found at i:1624 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1253--2043 Score: 608
Period size: 183 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
1243 TCATACAAAA
* * *
1253 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAA
1 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
1312 AATAAATGT-GTTCGT-CGAATA-AGTTCAAA-TAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTGTTTC
66 AATAAAT-TAGTT--TACTAA-ACAGTTAAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * * ** * *
1373 AACTCATTTTGA-CTTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATACATGC
126 AAATCATTATAACCTTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTT-ATATAATACAAGC
** * * * * * *
1428 CAATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAA
1 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
*
1493 ACATAAATTAGTTTACTAAACAAGTTAAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAA
66 A-ATAAATTAGTTTACTAAAC-AGTTAAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
*
1558 TCATTATAACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTA-AATAAAAGC
129 TCATTATAACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-A-TATAATACAAGC
* * * * *
1611 TTATTTAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAA
1 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
1675 AATAAATTAGTTTA-TCAAATCAGTTTAAATAATTACTG-CCATTTAAATAATTATCTATTTCAA
66 AATAAATTAGTTTACT-AAA-CAGTTAAAATTATTA-TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * * *
1738 ATCATTATGAA-C-TTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTTTTTTATCATACAAGC
128 ATCATTAT-AACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTG---TTTATATAATACAAGC
* *** * * *
1793 CTATTCGGATTAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** *
1858 AATAAATCT-GTTTACCGAGCCAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
66 AATAAAT-TAGTTTA-CTAAACAGTTAAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * *
1921 ATTATTATAACCTTTTGTA--TTGTCATAAAACAATTATTTATATTGATACAAG-
128 ATCATTATAACCTTTT-TATTTTATCATAAAACAATTGTTTATA-TAATACAAGC
* *
1973 TTA-TTAAAATAAAATAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
1 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
*
2035 AAATTAAAT
64 AAAATAAAT
2044 AAATTAGAAT
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 93, Indels: 66
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 35 0.07
176 1 0.00
178 9 0.02
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180 34 0.07
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184 9 0.02
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATTAGTTTACTAAACAGTTAAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
ATTATAACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTATATAATACAAGC
Found at i:2080 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2058--2116 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 17
2048 TAGAATATAT
2058 TTAATTATAATTAAATA
1 TTAATTATAATTAAATA
*
2075 TTAATT-TAAATAAACTA
1 TTAATTATAATTAAA-TA
* *
2092 ATAATTAAAAGATTAAAT-
1 TTAATT-ATA-ATTAAATA
2110 TTAATTA
1 TTAATTA
2117 ATTTTAAATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 8
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.21
17 14 0.42
18 5 0.15
19 2 0.06
20 5 0.15
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TTAATTATAATTAAATA
Found at i:2265 original size:24 final size:24
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Indices: 2214--2277 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
2204 GATTTTTACT
*
2214 TAATTATTATTATA-T-ATTTATA
1 TAATTAATATTATATTAATTTATA
2236 TAATTAATATTATATTAATTTATA
1 TAATTAATATTATATTAATTTATA
2260 -ATATTAATAATTA-ATTAA
1 TA-ATTAAT-ATTATATTAA
2278 AAACCAATTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.35
23 2 0.05
24 18 0.49
25 4 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (24 bp):
TAATTAATATTATATTAATTTATA
Found at i:4079 original size:253 final size:253
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Indices: 3631--4160 Score: 936
Period size: 253 Copynumber: 2.1 Consensus size: 253
3621 AAAAAATGAA
*
3631 TTAATAAGTTTATTATACAATCACATAATTGCTTGTATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATAT
1 TTAATAAGTTTATTATACAAGCACATAATTGCTTGTATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATAT
3696 ACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCCGTTGCCCTT
66 ACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCCGTTGCCCTT
* **
3761 TCCTAATTTGTCACGTGAAAGGCTTCTTTTCTCTTCACCTACATGTGATGGGAGCCTGTTAAAAG
131 TCCTAATTTGTCACGTGAAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATGGGAGCCTGTTAAAAG
3826 TTTAAATAACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAAT
196 TTTAAATAACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAAT
* *
3884 TTAATAAGTTTATTATACAAGCGCATAATTGCTTGTATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCATTAT
1 TTAATAAGTTTATTATACAAGCACATAATTGCTTGTATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATAT
* * *
3949 ACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACATGGTATGAGAGCTAGGACTTTCTTTCTGTTGCCTTT
66 ACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCCGTTGCCCTT
* * *
4014 TCCTAATTTTTCATGTGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGAT-GGAGGCCTGTTAAAA
131 TCCTAATTTGTCACGTGAAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATGGGA-GCCTGTTAAAA
4078 GTTTAAATAACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAAT
195 GTTTAAATAACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAAT
4137 TTAATAAGTTTATTATACAAGCAC
1 TTAATAAGTTTATTATACAAGCAC
4161 CTTAGGTTTA
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 13, Indels: 2
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
252 3 0.01
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TTAATAAGTTTATTATACAAGCACATAATTGCTTGTATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATAT
ACATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCCGTTGCCCTT
TCCTAATTTGTCACGTGAAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATGGGAGCCTGTTAAAAG
TTTAAATAACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTAATATTAATAAT
Found at i:4287 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4261--4300 Score: 71
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4251 TTTTTTGTCC
*
4261 TTAATTCTAGGGATACAAAAA
1 TTAATTCTAGAGATACAAAAA
4282 TTAATTCTAGAGATACAAA
1 TTAATTCTAGAGATACAAA
4301 TATAACTATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
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TTAATTCTAGAGATACAAAAA
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Alignment explanation
Indices: 4677--4720 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
4667 ATATTTAATT
4677 ATAATTAATAAATTATA
1 ATAATTAATAAATTATA
*
4694 ATAATTAAT-AATTCTA
1 ATAATTAATAAATTATA
4710 ATTAATTAATA
1 A-TAATTAATA
4721 TTTCAAACTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.29
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ATAATTAATAAATTATA
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Indices: 5783--5834 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
5773 AAATAATTGT
5783 TATAATTAA--ATAATAA
1 TATAATTAATTATAAT-A
*
5799 TCTAATTTAATTATAATA
1 TATAA-TTAATTATAATA
*
5817 TATAATTAATTAAAATA
1 TATAATTAATTATAATA
5834 T
1 T
5835 TATATCAATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
16 4 0.13
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19 5 0.17
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Consensus pattern (17 bp):
TATAATTAATTATAATA
Found at i:5839 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 5791--5839 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
5781 GTTATAATTA
* *
5791 AATA-ATAATCTAATTTAATTAT
1 AATATATAATCTAATTAAAATAT
5813 AATATATAAT-TAATTAAAATAT
1 AATATATAATCTAATTAAAATAT
*
5835 TATAT
1 AATAT
5840 CAATATTTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 2
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.78
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Consensus pattern (23 bp):
AATATATAATCTAATTAAAATAT
Found at i:6000 original size:13 final size:13
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Indices: 5984--6008 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
5974 AATACAAATA
5984 AATCTAATTATTT
1 AATCTAATTATTT
5997 AATCTAATTATT
1 AATCTAATTATT
6009 AATAAAGTAT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
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AATCTAATTATTT
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Indices: 6539--6568 Score: 51
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6529 TTAAGAGATT
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1 ATAAATTTAGTATA
*
6553 ATAAATTTATTATA
1 ATAAATTTAGTATA
6567 AT
1 AT
6569 TTAACGTAAG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ATAAATTTAGTATA
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Indices: 6909--6945 Score: 56
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
6899 AAAATATATT
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1 AT
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ATATAATTATA
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*
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*
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AAATATATTATATAATTATAATCATAATT
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* *
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1 AAT
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AATTATATTCATAATTAAA
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*
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* * * *
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* * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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131 CAAAAAGTCATAACA
* * * *
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* * * *
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* *
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ACAAATTAATATTATTTTAATATAAATAACCTTGTATGAATAAAAAATATTATTTTATGACAAAA
CAAAAAGTCATAACA
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11324 TTACTTAATT
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* *
11356 ATAAATAATAATTAATATGATTTAA
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*
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*
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AATTATATAATTTA
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11368 TAATATGATT
*
11378 TAAATATA-TAATTTA-AAT-TA
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* *
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1 TAAA
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TAAATATATTAAATTATAATCTA
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11487 TTAATTATAT
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* *
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11551 CTAGTAAAAT
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AAATAAATATAGATTATAATATTA
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11527 TATATATTAT
*
11537 AATATTAAATATAACTAGTAAA
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* *
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*
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AATATTTAATATAACTAGTAAA
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11916 GATATTAGTT
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* * *
11953 TAATTATAACAATACTTTTGTTGTTAA
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1 T
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Statistics
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12016 T
1 T
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TAATTAATTAATTA
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11966 ACTTTTGTTG
*
11976 TTAATT-AATTATTATAATTA
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11996 TTAATTAAATTAATTAATTA
1 TTAATTAAATTAATTAATTA
12016 TT
1 TT
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Statistics
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TTAATTAAATTAATTAATTA
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12209 TGTTATATAA
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1 TTAATTATATAATACTAATT
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1 T
12259 ATTAATCTTT
Statistics
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TTAATTATATAATACTAATT
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12388 ATTATTTCTG
* ** * * * *
12398 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-A-AATAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACT
1 TTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAA-AGT-TATTAATATTTTGAAAATTAATAAAT
* * * * * * * *
12461 AAGAGATTTAAAAAATAAA-ATTATTTGCCGAACTAG-TTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATA
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* * * * * * ** ***
12523 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAAT-GTTTTTG
126 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTCTAT-AAAAAAAAAATAGTTTCAA
* * * *
12579 TTCATAT-AAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAA-TCTATTAATA-TTT-AAAA--AATTAAT
1 TTCAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAGT-TATTAATATTTTGAAAATTAATAAAT
* * * * * * *
12638 AAAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTAGC-AAACTAG-TTCAA-A-TTA-AGACTATTT-AAGC
64 AAAAGA-TTAAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGATTAAACAGTCATA-ACTATTTGAA-T
* * * * * * * *
12696 AATTATTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAGATAATAGTTTCTA
125 AATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTCTATAAAAAAAAAATAGTTTCAA
* * * * * *
12754 TTTATTCAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTTTTACAATTAATAAATA
1 TTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAGTTATTAATA-TTTTGAAAATTAATAAATA
*
12819 AAAGATGTAAAAAAATTAAATATGTTTATTGAACTAGATTAAACAGTCATAACTATTTGAATAAT
65 AAAGAT-TAAAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACTAGATTAAACAGTCATAACTATTTGAATAAT
*
12884 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTCTGTAAAAAAAAAATTAG-TTCAA
128 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTCTATAAAAAAAAAA-TAGTTTCAA
** *
12938 TTCATAT-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTA
1 TTCAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATA
* * *
13002 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
65 AAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAA
13033 TAAGTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATTAAACAGTCATAACTATTTGAATAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTCTATAAAAAAAAAATAGTTTCAA
Found at i:12965 original size:359 final size:357
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12237 TTTTAATTAT
* * * *
12247 TAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAA
1 TAATACTAA-TTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAA
* * * *
12312 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAGCAGTTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTT
65 CCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT
* * *
12377 GTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAAATAATCTAATAAT
130 ATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAATAATCTAATAAT
* * * * *
12442 ATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGT
195 ATTCTGAAAATTAATAAATAAAAGATTAAAAAAATAAAATTATTTACCGAACTAGTTCAAACAGT
* * * * * **
12507 TAAAGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAAT
260 CAAAGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTCTGTCAAAAAAAAAAT
*** * *
12572 GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
325 GTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
12605 TAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTATTTAGC-A
1 TAATACTAAT-TATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAA
* * * * * * *
12668 AACTAGTTC-AA-A-TTAAGACTATTTA-AGCAATTATTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG
63 AACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAGCAATT-GTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * * *
12729 TTCTATTATAAGATAA-TAGTTTCTATTTATTCAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACA-AATTT
126 TTCTATCATAAAATAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AAATAATCT
* * * * * * **
12792 ATTAATAGTTTTTACAATTAATAAATAAAAGATGTAAAAAAATTAAATATGTTTATTGAACTAGA
189 AATAATA-TTCTGAAAATTAATAAATAAAAGAT-TAAAAAAATAAAAT-TATTTACCGAACTAG-
* *
12857 TT-AAACAGTCATAA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTCTGT-
250 TTCAAACAGTCA-AAGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTCTGTC
12919 AAAAAAAAAAT-TAGTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
314 AAAAAAAAAATGT--TTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
12964 TAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAA-TAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 TAATACTAA-TTATTAATA-TTT-AAAA--AATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAAT
13021 TTGTTTACTG
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 54, Indels: 37
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 16 0.05
356 78 0.23
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359 104 0.30
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364 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TAATACTAATTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAAC
CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTA
TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAATAATCTAATAATA
TTCTGAAAATTAATAAATAAAAGATTAAAAAAATAAAATTATTTACCGAACTAGTTCAAACAGTC
AAAGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTCTGTCAAAAAAAAAATG
TTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
Found at i:13144 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12351--13146 Score: 627
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12341 AGTTGTATAC
* *
12351 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 TTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAA-TAAT-TATTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * ** *
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64 TAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** *
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* * * * * * * *
12707 TTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTCTATTATAAGATAA-TAGTTTCTATTTATTCAAGCTTA-T
1 TTCAAATCATTATAACCTTTTGCTT-TGTCATAAAATAATTA-TTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
12769 TCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTTTTACAATTAATAAATAAAAGATGTAAAAAAA
64 TAGAA-TAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTTTGAAAATTAAT-AATAAGAGAT-TTAAAAAA
* * * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* *
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* * *
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** ** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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*
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* ***
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*
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* * * * * *
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* *
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**
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1 TTA
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*
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* * * *
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* * *
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130 AC
* * * *
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* *
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C
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TTAATTAA
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* *
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*
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* **
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*
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*
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
17452 AACATTCTGAAAGTTAAAAAATAAGAGATTTGAAAAAAATAAATGTATTTACC
131 AATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * ** *
17505 AAA-CAAGTTTAAATAGTTATGAT-TATTTAAAAAATTATTTATTTAAAATTGTTATGAACTTTT
1 AAATCAA-TTCAAATAGTTATG-TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * * *
17568 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCTTATCCAAAAAAAAAAAAAAACTACTT
64 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTAT-TTAAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * *
17632 TATTAATATTTTTAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGCTTACC
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * ** * * * * *
17687 AAATCAGA-TCAAATAATTATGGCCATCCGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTATTACATTTCG
1 AAATCA-ATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
* * * ** **
17751 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
17815 TAATACTTC-AAGAATTAGT--A-AA-AGATTTAAAAAA-AAATCAGTTTATC
130 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * *** *
17862 AAACCAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-AGCGTTTT
1 AAATCAATTCAAATAGTTATG-TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTT
* * * * * * * *
17925 GTTTTGTCAGAAAACAATTATTTCAATTCATACATATTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTA
64 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
17990 ATAATATTCTAAAAGTTCATAATTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
18034 ATGCTTTCTA
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 134, Indels: 44
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 81 0.15
176 54 0.10
177 2 0.00
179 2 0.00
180 41 0.07
181 144 0.26
182 89 0.16
183 97 0.17
184 45 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AAATCAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
Found at i:17535 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17512--17561 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
17502 ACCAAACAAG
17512 TTTAAATAGTTATGATTA
1 TTTAAATAGTTATGATTA
* *
17530 TTTAAAAAATTAT--TTA
1 TTTAAATAGTTATGATTA
*
17546 TTTAAAATTGTTATGA
1 TTT-AAATAGTTATGA
17562 ACTTTTGTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 5
0.71 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.25
17 7 0.29
18 11 0.46
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAATAGTTATGATTA
Found at i:18292 original size:179 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17148--18303 Score: 491
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 170
17138 TAAAAATAAA
* ** * * * * * *
17148 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
17213 TAAAATAATTATTCCAGTTCGTACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TCATTGATATT
66 TAAAACAATTATTTCA--ACATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATAT--TTAATATT
* * * * *
17277 CCAAAATTTAATAAATAAGTGATTTAAAAAGTTAATT-TGTTTACCAAATCAA
127 TCAAAATTT-AT-AA-AA--GAATTAAAAA---AATTCTATTTA-CAAACCAG
* * * * *** * * * *
17329 TTCAAATAGTCAT-GTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATC
1 TTCAAATAGTTATAAT-TATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTC
* * * * ** * * *
17393 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
65 ATAAAACAATT-ATTTCA-ACATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATAT-TTAATAT
* * * * * *
17457 TCTGAAAGTTAAAAAATAAGAGATTTGAAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAG
126 T-TCAAAATT-TATAA-AAGA-A-TT-AAAAAAAT---TCTATTTA-CAAACCAG
* * * * * * * * *
17512 TTTAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATTTATTTAAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTAT-AACATTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * *
17576 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAAAAAAAACTACTTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTATTTCAA--CATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATAT-TTAATA-
* * * * *
17641 TTTTAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATC-AGCTTACCAAATCAG
125 TTTCAAAATTTATAA--AAGA-A-TTAAAAAA--ATTCTA-TTTA-CAAACCAG
* * **** ** *** * *
17694 ATCAAATAATTATGGCCATCCGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTATTACATTTCGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
17759 TAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTC
66 TAAAACAATT-ATTTCAACATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATAT-TTAATATTTC
* *
17824 AAGAA-TTAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATC-AGTTTATCAAACCAG
129 AA-AATTTA-TAAAAGAATT-AAAAAAATTCTA-TTTA-CAAACCAG
* * * *
17869 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAGCGTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * *
17934 GAAAACAATTATTTCAATTCATACATA-TTTATTCAAAATGAAATAATACT-A-ATTTAATAATA
66 TAAAACAATTATTTCAA--CATACA-AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATTTAAT-AT-
* * ** * *
17996 TTCTAAAAGTTCATAATTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAG
126 TTC-AAAA-TTTATAA--AAG-AATTAAAAAAAT-TCTAT--TTAC-AAACCAG
* * * * * *
18050 TTCAAACAGTTA-AGATTATATGTATAATTGTATATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATA-ATTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTC
* * * *
18114 ATAAAGCAATTATTTCAACCCGTTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATATTTGAATATT
65 ATAAAACAATTATTTCAA--CATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATTT-AATATT
18179 TCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAACTTCTATTTACAGAACCAG
127 TCAAAA-TTTATAA--AAGA-ATTAAAAAAA-TTCTATTTACA-AACCAG
* * * *
18229 TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCA
*
18294 TCAAACAATT
66 TAAAACAATT
18304 GGTTCAGTTT
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 172, Indels: 110
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 7 0.01
175 81 0.11
176 32 0.04
177 9 0.01
178 14 0.02
179 84 0.11
180 34 0.05
181 248 0.33
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183 99 0.13
184 42 0.06
185 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCAACATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATTTAATATTTCAA
AATTTATAAAAGAATTAAAAAAATTCTATTTACAAACCAG
Found at i:20244 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 19719--20248 Score: 464
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 175
19709 TAGTTTATCG
* *
19719 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* *
19784 TTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTAATA
65 TTGTCAT-AAACAATTA-TTCAGTTCATA-AAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * *
19849 ATA-TTCTAAAAATTCAAAACTAAGAAATTTAAAAAGTAAATATGCTTTCTA
127 ATATTTC-AAAAATT-AAAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATAT-CTTACTA
* * * * *
19900 AACTAGTTCAAATAGTTAAGATAA-TATGT-ATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-
1 AACCAGTTCAAATAGTT---ATAACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* ** * * * * *
19962 TGTTGTCATAAAGCAATTATTTTGACTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTT-T
63 TTTTGTCATAAA-CAATTATTCAG-TTCA-TAAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * ** * ***
20026 TGAATATTTCAAAATTTTAGAAGGAA-AAGATTAAAAAAATTTTTAT-TTACTA
125 T-AATATTTCAAAA-ATTAAAACCAAGAAAATT-AAAAAATAAATATCTTACTA
* * * *
20078 AACCAGTTCAAAAAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * *
20143 TTGTCATATCACAATTGGTTCAGTTCATAATATTTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAAT
65 TTGTCATA-AACAATT-ATTCAGTTCATAA-AATTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAAT
*
20207 AATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
126 AATATTTCAAAAATTAA-AACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
20249 CTAATTGCTG
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 56, Indels: 44
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 4 0.01
178 53 0.19
179 76 0.28
180 77 0.28
181 51 0.19
183 4 0.01
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
TGTCATAAACAATTATTCAGTTCATAAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTCAAAAATTAAAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATATCTTACTA
Found at i:20823 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 20307--20854 Score: 511
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 179
20297 AAGAATTAGT
* * * *
20307 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-AGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAA
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGA-TTTCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAA
* * * *
20370 TTATCTATTTCTAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTCAATTCATACAAA
64 TTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTACTTCAATTCATACATA
* * *
20435 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACT
128 -TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTCATAACG
* * * * * * ** *
20488 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATT
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGATTTCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATT
* * * * *
20553 ATAAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCA-AG
66 ATCAATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTACTTCAATTCATACATA-
* * * * * *
20617 TT-TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTGAATATTTCAAAATTTTATAAGG
128 TTAT-TTAG-AATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTCAAAAATTCATAACG
* * * * *
20670 AAGAGA-TTAAAAAA-AATTCT-ATTTCCTGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATTTAAACAAT
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGATTT-CTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAAT
* ** *
20732 TATCCATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATA
65 TATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTACTTCAATTCATAC-ATA
* * * *
20797 TCATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACC
128 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTCATAACG
20849 AAGAAA
1 AAGAAA
20855 AAAAACACTA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 61, Indels: 30
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 72 0.25
180 62 0.21
181 82 0.28
182 73 0.25
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAGAAATTTAAAAAATAAATATGATTTCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATT
ATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTACTTCAATTCATACATATTA
TTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTCATAACG
Found at i:21450 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 20926--21485 Score: 460
Period size: 178 Copynumber: 3.1 Consensus size: 179
20916 AAGAATTAGT
* ** *
20926 AAGAGATTTAAAAAATAAAATAGT-TTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTTTTTAAACAAT
1 AAGAAATTTAAAAAAT-AAATA-TCTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAT
* * * * *
20990 TATCAATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCAATTCACACAAAT
64 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTCAATTCATACAAAT
* * *
21055 TTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCAAAACT
128 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTCAAAACG
* * ** * * ** *
21106 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAAGTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGTATAAT
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATAT-CTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAAT
* * * * *
21170 TATATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTT-AACCTCATTCAA
64 TATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTATTTCAA-TTCATACAA
* * * * * * * *
21234 GTTTA-TTCGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTGAATATTTCAAAATTTTATAAGG
126 ATTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTCAAAAATTCAAAACG
* ** *
21288 AAGAGA-TTAAAAAAGT-TCTAT-TTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATT
1 AAGAAATTTAAAAAA-TAAATATCTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATT
* * * * * *
21350 GTCTATCTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGA-TTCAGTTCATACTATT
65 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-ATTTCAATTCATACAAAT
* * *
21414 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTT-AATAACC
128 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTCAA-AACG
**
21466 AAGAAAAGTAAAAAATAAAT
1 AAGAAATTTAAAAAATAAAT
21486 CTAATTGCTA
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 69, Indels: 41
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 71 0.24
179 69 0.24
180 68 0.23
181 50 0.17
182 29 0.10
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAGAAATTTAAAAAATAAATATCTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTA
TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTA
TTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTCAAAACG
Found at i:22038 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 21549--22074 Score: 521
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 178
21539 TTAGTAAGAG
* * * *
21549 ATTTAAAAAATAAA-AT-AGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATATGA-TTT-CCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTGTC
*
21612 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAATTTAT
64 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAA-TATTTCAATTCATACAAATTTAT
* *
21677 TCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAATAAAGCA
127 T-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTCATAAGAAAGCA
* * * ** * * ** *
21730 ATTTAAAAAATAAATATGCTTTCCAAACTAGTTCAAACGGTTA-AGATTATATGTATAATTGTAT
1 ATTTAAAAAATAAATATGATTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAATAATTGTCT
* * * * *
21794 ATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAAATATTTCAACTCGTTCAAGTTTATT
65 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-C-AATATTTCAATTCATACAAATTTATT
* * * * *
21859 TGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAG-A
128 T-AAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTCAAAAATTCATAAGAAAGCA
* * * *
21910 GA-TTAAAAAA-AATTCT-ATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTGTC
1 -ATTTAAAAAATAAATATGATTT-CCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTGTC
** * * *
21972 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATCGGTTCAGTTCATACTATTTTAT
64 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAT-ATTTCAATTCATACAAATTTAT
22037 TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
127 TTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
22075 CTTAATAACC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 52, Indels: 32
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 7 0.03
179 112 0.40
180 18 0.06
181 131 0.47
182 10 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGATTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTGTCTA
TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATATTTCAATTCATACAAATTTATTTAA
ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTCATAAGAAAGCA
Found at i:22098 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 21572--22099 Score: 517
Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 177
21562 AATAGTTTAT
* * *
21572 CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
1 CGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * *
21637 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
66 TTTTGTCAT-AAACAA-TATTTCAATTCATACAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * *
21702 TAATA-TTCTAAAAATTCATAATAAAGCAATTTAAAAAATAAATATGCTTTC
129 TAATATTTC-AAAAATTAATAACAAAG-AAATTAAAAAA-AAATATGATTTC
* * ** * * ** * *
21753 CAAACTAGTTCAAACGGTTA-AGATTATATGTATAATTGTATATTTTAAATTGTTATAACCTTTT
1 CGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
* * * * *
21817 GTTTTGTCATAAAGCAAATATTTCAACTCGTTCAAGTTTATTT-GAAATAAAATAAAACTAATTT
65 GTTTTGTCATAAA-C-AATATTTCAATTCATACAAATTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * * *
21881 -TTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAAATTCT-ATTTAC
127 AAT-AATATTTCAAAAATTAATAACAAAGAAATTAAAAAAAAATATGATTT-C
* *
21932 TGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
1 CGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
** * * *
21997 TTTTGTCATCAAACAATCGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAA
66 TTTTGTCAT-AAACAAT-ATTTCAATTCATACAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAA
* * *
22062 TAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATAAAAAAA
129 TAATATTTCAAAAATTAATAACAAAGAAATTAAAAAAA
22100 TAAATCTAAT
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 59, Indels: 26
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 6 0.02
179 131 0.47
180 19 0.07
181 115 0.42
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
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ATATTTCAAAAATTAATAACAAAGAAATTAAAAAAAAATATGATTTC
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17812 TATTAATACT
* * *
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1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-AGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
17885 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAGCGTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTATTTCA
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
* * * *
17950 ATTCATACATATTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAGTTCATAATTA
130 ATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTA
*
18015 AGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTG
195 AGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTA
* * * *
18080 TATATTTCAAATTGCTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACCCGTTCAAGTT
260 TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTT
*
18144 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATATTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAA
325 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAA
*
18209 ACTTCTATTTACAGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGT
390 A-TTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGT
* * *
18274 TATAACATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTTATACTATTTTATTTAGGATAAAATA
454 TATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATA
* * *
18339 ATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAGCGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTG
519 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTG
* *
18404 AACCAACTTAAATAGCCAATACTATATGAACGATTA
584 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
* *
18440 TGAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
18505 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGATATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
18570 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
* *
18635 GAAATTTAAAAAAT-AATATGCTTTCTAAACTAGTTTAAACGGTTAAGATTATATGTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
* *
18699 ACATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCTTTCAAGTTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
*
18764 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTCGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAATA
326 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAA-A
*
18829 ATTCTATTTACTCAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
390 ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* *
18894 ATAGCCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTCATTTAGAATAAAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
* * *
18959 TACTAATCTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTGTTGA
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
* * *
19024 ACCAGCTTAAATAATCAATACTATATGAAGGATTC
585 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
** *
19059 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
19124 TTTTGAACAATTAT-TAATTTCAAATTGTTACAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
66 ATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
* *
19188 ATTCAAACAAATTTATTCAAAATAAAA-AATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTA
130 ATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTA
19252 AGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTA
195 AGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTA
* * *
19317 TATATTTCAAATTGTAATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCAACTCATTCAAGTT
260 TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTT
*
19382 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAAGAAGAGATTAAAAAA
325 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAA
* * *
19447 ATTTTATTTACTGATCCAATTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
390 ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* * * *
19512 ATAACCTTTTGTTTTTTCATCAAACAATTGGTTTAGTTCAGACAATTTTATTTAGAATAAAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
* * * *
19577 TACTAACTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATAAATCTAACTGTTGA
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
* *
19642 ACCAGCTTAAGTAGTCCATACTATATGAACGATTA
585 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
19677 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
19742 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
* * *
19807 TTCATACAAATTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCAAAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
* * *
19872 GAAATTTAAAAAGTAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATAATATGTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
**
19937 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTG--TTGTCATAAAGCAATTATTTTGACTCATTCAAGTTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
* *
20000 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTAGAAGGAAAAGATTAAAAAAA
326 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAA
* * * *
20065 TTTTTATTTACTAAACCAGTTCAAAAAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTTAAATTGTT
391 -TTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* *
20130 ATAACCTTTTGTTTTGTCAT-ATCACAATTGGTTCAGTTCATAATATTTTATTTAGAATAAAATA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCA-AACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATA
20194 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTG
519 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTG
20259 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
584 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
*
20295 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
20360 ATTTTAACAATTATCTATTTCTAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
20425 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
20490 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
*
20555 AAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
20620 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAA
326 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATT-AAAAAA
* * * *
20685 ATTCTATTTCCTGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATTTAAACAATTATCCATTTCAAATTGTT
390 ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* *
20750 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATATCATTTAGAATAAAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
* *
20815 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAA--AAAACACTAAATCTAATTGTTG
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA-AATAAATCTAATTGCTG
*
20878 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTACATGAACGATTA
584 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
* * * *
20914 TAAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
20979 TTTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
* *
21044 TTCACACAAATTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCAAAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
* *
21108 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAAGTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
*
21173 ATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTT-AACCTCATTCAAGTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAA-CTCATTCAAGTT
21237 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAA
325 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAA
* *
21302 GTTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATCTCAAATTGTT
390 ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* *
21367 ATAATCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGATTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
* * *
21432 TACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATAAATCTAATTGCTAA
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
21497 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
585 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
21532 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
21597 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
21662 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAA-TAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACT-A
* * * *
21726 AGCAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCCAAACTAGTTCAAACGGTTAAGATTATATGTATAATTG
195 AGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTA
* * * *
21791 TATATTTTAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAGCAAATATTTCAACTCGTTCAAGTT
260 TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTT
*
21855 TATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAA
325 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATT-AAAAA
*
21920 AATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTGTCTATTTCAAATTGT
389 AATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGT
*
21985 TATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATCGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATA
454 TATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATA
* *
22050 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATAAAAAAATAAATCTAATTGTTG
519 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTG
*
22115 AACCAGCATAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
584 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
* * * * * * *
22151 TCGAGAATTAGAAAAAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATGGAAGCAGTTCAAATAATTATAACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
22216 TTTTGAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
22281 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
*
22346 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGCTAAGATTATATGTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
* * *
22411 ATATCTCAAATTGTTATGACCTTTTTCTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCGACTCATTCAAGTTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
*
22476 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAACGAAGAGATTACAAAAA
326 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTA-AAAAA
* * * * *
22541 ATTTTATTTACTGAACCAGTTCAAACAATTATAACTATTTAAACAATTGCCCATTTTAAATTGTT
390 ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
22606 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
* * * *
22671 TTCCAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAGTTGCTGA
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
*
22736 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAATGATTA
585 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
* *
22771 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
22836 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
22901 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAA-AAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTA
* *
22965 AGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTAACATTATATGTATAATTA
195 AGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTA
*
23030 TATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTT-AACCTCATTCAAGT
260 TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAA-CTCATTCAAGT
23094 TTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAA
324 TTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAA
* * * *
23159 AATTCTATTTACTGAACCAGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGT
389 AATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGT
*
23224 TATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAAGAAAATA
454 TATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATA
* * *
23289 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATACATCTAATTGTTG
519 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTG
* *
23354 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAATGATTT
584 AACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
**
23390 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAAATAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
*
23455 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
* * *
23520 TTCGTACAAATTTATTCACAATAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
*
23585 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATTTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
* * * *
23650 ATACTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCGACTCATTCATGTTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
* *
23715 TTTTGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAA
326 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATT-AAAAAA
*
23780 ATTTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
390 ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* *
23845 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTTAGTTCATACCATTTTATTTAGAATAAAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
*
23910 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
*
23975 ACCGGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
585 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
* * *
24010 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAACCAGTTAAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
24075 ATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
24140 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
*
24205 TAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
*
24270 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCTTTCAAGTTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
*
24335 ATTCGAAACAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAA
326 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATT-AAAAAA
** *
24400 ATTCTATTTACTGAGGCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAACTGTCTATTTCAAATTGTT
390 ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* *
24465 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTTTAGTTCATACTATTTTATTTAGAAT-AAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
** *
24529 TACTAATTTAATAATATTTCAAATTTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
24594 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
585 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
24629 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
*
24694 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
* * * *
24759 TTCATACAAGTTTATTCACAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTCTAAAAAGTCATAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
* *
24824 GAAATTTAAAAGATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAGACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
* * *
24889 ATATTTCAAATTGTAATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCGACTCATTCAAGTTT
261 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
*
24954 TTTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAA
326 ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAA
* * * * *
25019 GTTTTTTTTACTGAACCAGTTGAAATAATTATAACTATTTCAACAATTGTCCATTTCAAATTGTT
391 -TTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTT
* * *
25084 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCAGTTCATACCACTTTATTTAGAATAAAATAA
455 ATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
* * * *
25149 TACAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACGAAGAAAATTAAAGAATAAATCTACTTGCTGA
520 TACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGA
** *
25214 ACCAGCTTAAATAGTCCGTACTATATGATCGATTA
585 ACCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
* * *
25249 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTAGTTTATCGAACCAGTTAAAATAGTTATGACT
1 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
25314 ATTTGAACAATTACCTGTTTGAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
25379 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
131 TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
**
25444 GAAATTTTGAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACCA-TTAAGATTATATGTATAATTA
196 GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAA-CAGTTAAGATTATATGTATAATTA
* * *
25508 TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTCTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCTTTCAAGTT
260 TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTT
* *
25573 TATTCGAAATGAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTGTAAGGAAGAGATTAAAAAA
325 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAA
* * *
25638 GATTTTATTTACTGAACCAGTCCAAATAATTATAACTATTTAAGCAATT
390 -ATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATT
25687 ATTTCAATTC
Statistics
Matches: 6779, Mismatches: 434, Indels: 66
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
617 264 0.04
618 1499 0.22
619 2870 0.42
620 2135 0.31
621 11 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (619 bp):
TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
TTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA
GAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGTATAATTAT
ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTT
ATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAA
TTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTA
TAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAAT
ACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAA
CCAGCTTAAATAGTCAATACTATATGAACGATTA
Found at i:23158 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 22783--23307 Score: 472
Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 176
22773 AAGAATTAGT
* *
22783 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATAT-G-TT-TCTAACCAGTTCAAATAGTTA-AATTATTTGAACAAT
* * *
22847 TATCTATTTCAAATTATTATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAT
62 TATCTATTTCAAATTGTTATA-CCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTCAACTCATACAAAT
* *
22912 TTATTCAAAATAAAAAAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACT
125 TTATTCAAAATAAAAAAGAACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACG
* * * * *
22964 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTAACATTATATGTATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTCT-AACCAGTTCAAATAGTTAA-ATTATTTGAACAATT
* * * *
23029 ATATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTT-AACCTCATTCAAG
63 ATCTATTTCAAATTGTTAT-ACC-TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTATTTCAA-CTCATACAAA
* * * * *
23093 TTTATTCGAAATAAAATAA-AACTAATTT-TTGAATATT-TCAAAATTTTATAAGG
124 TTTATTCAAAATAAAA-AAGAACTAATTTAAT-AATATTCT-AAAAATTCATAACG
* ** * * *
23146 AAGAGATTAAAAAAAT-TCTAT-TTACTGAACCAGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAACAATTA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCT-AACCAGTTCAAATAGTTA-AATTATTTGAACAATTA
** ** * *
23209 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTT
64 TCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTCAACTCATACAAATTT
* * * *
23274 ATTTAGAAGAAAATAA-TACTAATTTAATAATATT
127 ATTCAAAATAAAA-AAGAACTAATTTAATAATATT
23308 TCAAAACTTA
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 50, Indels: 31
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 56 0.20
179 56 0.20
180 4 0.01
181 78 0.28
182 84 0.30
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTAACCAGTTCAAATAGTTAAATTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATTGTTATACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTATTTCAACTCATACAAATTTATTC
AAAATAAAAAAGAACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACG
Found at i:23339 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22790--23340 Score: 512
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 179
22780 AGTAAGAGAT
* *
22790 TTAAAAAATAAATTAGT-TTATCT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 TTAAAAAATAAA-TA-TCTTA-CTAAACCAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
22853 TTTCAAATTATTATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTC
63 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTT
* * * *
22918 AAAATAAAA-AAGTACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTAAGAAAT
127 AGAATAAAATAA-TACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAAAA
* * * * * *
22971 TTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-ACATTATATGTATAATTATATAT
1 TTAAAAAATAAATAT-CTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ATTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
23035 TTCAAATTGTAATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTT-AACCTCATTCAAGTTTA-T
64 TTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTATTTCAA-TTCATACAAATTTATT
* * * * * ** *
23098 TCGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAG-AGA
126 TAG-AATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAA
** * * *
23152 TTAAAAAA-ATTCTAT-TTACTGAACCAGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAACAATTATCTATT
1 TTAAAAAATA-AATATCTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATT
** * * *
23215 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAG
65 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTTAG
* *
23280 AAGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAA
129 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAA
*
23331 GTAAAAAATA
1 TTAAAAAATA
23341 CATCTAATTG
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 57, Indels: 39
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 69 0.23
179 69 0.23
180 7 0.02
181 79 0.27
182 65 0.22
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTAAAAAATAAATATCTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTTAGAA
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAA
Found at i:23727 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 23401--23962 Score: 405
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 181
23391 CAAGAATTAG
* * * *
23401 TAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
1 TAAGAAATTTAAAAAATAAAATAGCTTATCGAAATAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAAT
* * * * *
23466 TATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCGTACAAAT
66 TATATACTTCAAATTATTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAACTCATACAAAT
**
23531 TTATTCACAATAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAAC
131 TTATTCACAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAAC
* * * *
23582 TAAGAAATTTAAAAAAT-AAATATGCTT-TCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATT-TAT
1 TAAGAAATTTAAAAAATAAAATA-GCTTATCGAAA-TAGTTCAAACAGTTAAGACTAT-TTGAAC
** * *
23644 AATTATATACTTCAAATTATTAT-GACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCGACTCATT
63 AATTATATACTTCAAATTATTATAG-CC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAACTCATA
** * * * * * *
23708 CATGTTTTTTTGA-AATAAAATAAAACTAATTT-TTGAATATT-TCAAAATTTTATAAG
126 CA-AATTTATTCACAATAAAATAAAACTAATTTAAT-AATATTCT-AAAAATTCATAAC
* * ** * ** * * *
23764 GAAGAGA-TTAAAAAA-AATTTTA-TTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTAAAC
1 TAAGAAATTTAAAAAATAA-AATAGCTTATC-GAAATAGTTCAAACAGTTA-AGACTATTTGAAC
* * * * * * * * **
23824 AATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-AGTTCATAC
63 AATTATATACTTCAAATTATTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAACTCATAC
* * * * * * *
23888 CATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAACTTAATAAC
127 AAATTTATTCACAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTCATAAC
* *
23943 GAAGAAAATTAAAAAATAAA
1 TAAGAAATTTAAAAAATAAA
23963 TCTAATTGCT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 63, Indels: 41
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 7 0.02
179 70 0.23
180 64 0.21
181 77 0.26
182 74 0.25
183 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAGAAATTTAAAAAATAAAATAGCTTATCGAAATAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAAT
TATATACTTCAAATTATTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAACTCATACAAAT
TTATTCACAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAAC
Found at i:23908 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 23436--23958 Score: 480
Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 175
23426 TTATCGAAAT
* *
23436 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
23501 CATAAAAAAATTATTTCAATTCGTACAAATTTATTCACAATAAAATAGTACTAATTTAATAATA-
65 CAT-AAACAATTATTT-AGTTCATACCATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * *
23565 TTCTAAAAATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACT
128 TTC-AAAAATTAATAACGAAGAAA-TT-AAAAA-AAATATGATTTCTAAACC
* * * * * * * *
23617 AGTTCAAACAGTTA-AGATTATATTTATAATTATATACTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATA-ACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTT
* * * * * *
23681 GTCATAAAGCAATTATTTCGACTCAT-TCATGTTT-TTTTGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTG
63 GTCATAAA-CAATTATTTAG-TTCATACCAT-TTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAAT-
* * * * * * *
23743 AATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAAATTTTATTTACTGAACC
123 AATATTTCAAAAATTAATAACGAAGAAATTAAAAAAAATATGATTT-CTAAACC
* *
23797 AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
*
23862 CATCAAACAATTGGTTTAGTTCATACCATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
65 CAT-AAACAATT-ATTTAGTTCATACCATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
*
23927 TTCAAAACTTAATAACGAAGAAAATTAAAAAA
128 TTCAAAAATTAATAACGAAG-AAATTAAAAAA
23959 TAAATCTAAT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 55, Indels: 37
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
179 76 0.28
180 74 0.28
181 50 0.19
182 66 0.25
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AGTTCAAATAGTTATAACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
ATAAACAATTATTTAGTTCATACCATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
AAAAATTAATAACGAAGAAATTAAAAAAAATATGATTTCTAAACC
Found at i:25941 original size:315 final size:314
Alignment explanation
Indices: 25364--26002 Score: 1086
Period size: 315 Copynumber: 2.0 Consensus size: 314
25354 TTTTGTCATA
25364 AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA
1 AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA
**
25429 AAAATTCATAACTAAGAAATTTTGAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACCATTAAGAT
66 AAAATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACCATTAAGAT
*
25494 TATATGTATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTCTGTCATAAAGCAATTATTTC
131 TATATGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTATTCTGTCATAAAGCAATTATTTC
* * **
25559 AACTCTTTCAAGTTTATTCGAAATGAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTGTAAGG
196 AACTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTACAAGG
*
25624 AAGAGATTAAAAAAGATTTTATTTACTGAACCAGTCCAAATAATTATAACTATTT
261 AAGAGATTAAAAAA-ATTCTATTTACTGAACCAGTCCAAATAATTATAACTATTT
* *
25679 AAGCAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAA-AAGTACTAATTTGATAATATTCT
1 AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTAATAATATTCT
* *
25743 GAAAATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAA-TAGTTAAG
65 AAAAATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACCA-TTAAG
* *
25807 ATTATATGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATT
129 ATTATATGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTATTCTGTCATAAAGCAATTATT
25872 T-AACCTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTACA
194 TCAA-CTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTACA
*
25936 AGGAAGAGATTAAAAAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTT
258 AGGAAGAGATTAAAAAAATTCTATTTACTGAACCAGTCCAAATAATTATAACTATTT
25993 AAACAATTAT
1 AAACAATTAT
26003 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 16, Indels: 7
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
314 52 0.17
315 253 0.83
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (314 bp):
AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA
AAAATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACCATTAAGAT
TATATGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTATTCTGTCATAAAGCAATTATTTC
AACTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTACAAGG
AAGAGATTAAAAAAATTCTATTTACTGAACCAGTCCAAATAATTATAACTATTT
Found at i:26363 original size:933 final size:935
Alignment explanation
Indices: 24748--26619 Score: 3187
Period size: 933 Copynumber: 2.0 Consensus size: 935
24738 GTCATAAAAA
* *
24748 AATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCACAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTCTAAAAA
1 AATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTCTAAAAA
* *
24813 GTCATAACTAAGAAATTTAAAAGATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAGACAGTTAAGATTATA
66 GTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATA
*
24878 TGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCGACT
131 TGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAACT
* *
24943 CATTCAAGTTTTTTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGA
196 CATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTACAAGGAAGA
* * * * *
25008 GATTAAAAAAAGTTTTTTTTACTGAACCAGTTGAAATAATTATAACTATTTCAACAATTGTCCAT
261 GATTAAAAAAAGTTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCCAT
25073 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCAGTTCATACCACTTTATTTA
326 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCAGTTCATACCACTTTATTTA
* * *
25138 GAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACGAAGAAAATTAAAGAATAAAT
391 GAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATAAAT
* * ** * *
25203 CTACTTGCTGAACCAGCTTAAATAGTCCGTACTATATGATCGATTATCAAGAATTAGTAAGAGAT
456 CTAATTGCTGAACCAACTTAAATAGTCAATACTATATCAACGATTATCAAGAATTAGTAAGAGAT
* * * *
25268 TTAGAAAATAAATTAGTTTATCGAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTGTT
521 TTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTAAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTACCTATT
*
25333 TGAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAA
586 TCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAA
**
25398 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAAATTTTGAAAATAAATA
651 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATA
*
25463 TGCTTTCTAAACTAGTTCAAACCA-TTAAGATTATATGTATAATTATATATTTCAAATTGTTATG
716 TGCTTTCTAAACTAGTTCAAA-CAGTTAAGATTATATGTATAATTATAAATTTCAAATTGTTATG
* *
25527 ACCTTTTTATTCTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCTTTCAAGTTTATTCGAAATGAAATAAAA
780 ACCTTTTTATTCTGTCATAAAGCAATTATTTCAACTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAA
* * *
25592 CTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTGTAAGGAAGAGATTAAAAAAGATTTTATTTACTGAACCA
845 CTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTAAAAAAAATTCTATTTACTGAACCA
* *
25657 GTCCAAATAATTATAACTATTTAAGC
910 GTCCAAATAATTAAAACTATTTAAAC
* * *
25683 AATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAA-AAGTACTAATTTGATAATATTCTGAAA
1 AATTATTTCAATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTAATAATACTCTAAAA
* *
25747 ATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATTAT
65 AGTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTAT
*
25812 ATGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTT-AAC
130 ATGTATAATTATATATTTCAAATTGTAATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAA-
25876 CTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTACAAGGAA
194 CTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTACAAGGAA
*
25941 GAGATTAAAAAAA-TTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCT
259 GAGATTAAAAAAAGTTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCC
* * *
26005 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATT
324 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCAGTTCATACCACTTTATT
*
26070 TAGAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATAA
389 TAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATAA
*
26134 ATCTAATTGCTGAACCAACTTAAATAGTCAATACTATATCAACGATTATCAAGAATTAGTTAGAG
454 ATCTAATTGCTGAACCAACTTAAATAGTCAATACTATATCAACGATTATCAAGAATTAGTAAGAG
* *
26199 ATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTA
519 ATTTAAAAAATAAAATAGTTTATCGAACCAGTTAAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTACCTA
*
26264 TTTCTAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTC
584 TTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAATTTATTC
26329 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAA
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* *
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*
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*
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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*
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*
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*
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CATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTTTGAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGA
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TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCAGTTCATACTATTTTATTTAG
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAAGTAAAAAATAAATC
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CAAATTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAA
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*
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*
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* *
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* * * *
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*
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**
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** * * *
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** * * *
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* * *
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* *
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91430 AATAGGTGGG
* * * * * **
91440 TTCAAGCACACATTCATATTTTTATCATGCCAATGTTATTTTTATGGCTTGTAAATTCAGATGAG
1 TTCAGGCACATATTCATATTTCTACCATGCCAACGACATTTTTATGGCTTGTAAATT-AGATGAG
* * * * ** * * * * * * *
91505 TGCTCACTAGCACCTGCACCTGGGCTTGGCTCAATTATGCTAAACATGAACACCATGCCTAAGAC
65 CGCTCACCAACACCCGCACCTAAGCCTGGCTCAATTATACCAAACATGAACACTAT--TTGAGCC
* * * * * ** *
91570 TC-AAGAGTCTTGATCACTATAC-ATACCACCATTTTAGGCTAGTTCACCATGACCTAAGCATCT
128 TCTTA-AGTCCTGATCACTA-CCTATACCACTATTTCAGGCTAGTT-ATTATGACCTAGGCATCT
* * * **
91633 AGTAGGCCTTAAGGCCTATTCCCCTTGCTGTTAGACCCTATCCTGTTAGAACCTCTAT-GCCTAG
190 AGTAGGCCTAAAGGCCTAGTCCCCTAGCTGTTAGACCCTATCCCATTAGAACC-CT-TGGCCTAG
*
91697 ACTAGCTTGCTTGCTGATCGTGACACATGCATGTGTCTCGACCACCATCCGCACATGCTAGCCCA
253 ACTAGCTTGCTTGCTGATCATGACACATGCATGTGTCTCGACCACCATCCGCACATGCTAGCCCA
* ** ***
91762 TTGTGCGAGTAGTCCCTTGAACTGTATTGACACATGCTAGGTCATGCACCATGCACAGGTATCCT
318 TTGTGCGAGCAGTCCCTCAAACACCATTGACACATGCTAGGTCATGCACCA-GCACAGGTATCCT
* * *
91827 GAGCCTGGACCTGACACCATGCATACCATAATTGGGCAATAGATGGA
382 GAGCCTGGACCTGACACCATGCACACCATAATTAGGCAAGAGATGGA
* * * * *
91874 TTTAGGCACATATTCATCTTTCTGCCATGCCAACGTCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATATGAG
1 TTCAGGCACATATTCATATTTCTACCATGCCAACGACATTTTTATGGCTTGTAAATT-AGATGAG
* *** * * *
91939 CGCTTACCAACATTTGCACCTAGGCTTGGCTCAATTATGCCAAACATGAACA-TAGTGTATGAGC
65 CGCTCACCAACACCCGCACCTAAGCCTGGCTCAATTATACCAAACATGAACACTA-T-T-TGAGC
*
92003 CTC-TAGAGTCCTGATCATTACCTATACCACTATTTCAGGCTAGTTAATTATGACCTAGGCATCT
127 CTCTTA-AGTCCTGATCACTACCTATACCACTATTTCAGGCTAGTT-ATTATGACCTAGGCATCT
* * * *
92067 AGTAGGCCTCAAGGCCTGGTCCTCCTAGCTGTCAGACCCTATCCCCTTAGAACCCTTGGGCCTAG
190 AGTAGGCCTAAAGGCCTAGTCC-CCTAGCTGTTAGACCCTATCCCATTAGAACCCTT-GGCCTAG
* * * * * *
92132 ACTAGCTTGCTTGTTGATTATGACACATGCA-GATG-CTTTGACCATCATCGGCACATGCTGGCC
253 ACTAGCTTGCTTGCTGATCATGACACATGCATG-TGTC-TCGACCACCATCCGCACATGCTAGCC
*
92195 CATTGTGCGAGCAGTTCCCTCAAACACCATTGACACATGCTAGGTCATGCACCA-CATATGGGTA
316 CATTGTGCGAGCAG-TCCCTCAAACACCATTGACACATGCTAGGTCATGCACCAGCACA--GGTA
* * * * *
92259 TCCT-AGGCTCGCG-CCATG-CACGATGCACACCATAATTAGGTAAGAGGTGGG
378 TCCTGAGCCT-G-GACC-TGACACCATGCACACCATAATTAGGCAAGAGATGGA
* * ** * * ** * *
92310 TTCAGGCACTTTTTCATATTTCTACTGTGCTAATGACATTTTTATTTCTTGTAAATT-GATGTGT
1 TTCAGGCACATATTCATATTTCTACCATGCCAACGACATTTTTATGGCTTGTAAATTAGATGAGC
* *** * * * * ** *
92374 GCTCCCCAGTGCCCGCACTTAAGCCTGGCTCAATTCTATCAAACATGGACACTATTTTTGCTTCT
66 GCTCACCAACACCCGCACCTAAGCCTGGCTCAATTATACCAAACATGAACACTATTTGAGCCTCT
* * * * * * * * *
92439 TAAGTCTTGATCACTGCCTATACCATTATTTCGGGTTACTTCTCTATGACCTGGGCCTCTAGTAG
131 TAAGTCCTGATCACTACCTATACCACTATTTCAGGCTAGTTAT-TATGACCTAGGCATCTAGTAG
* * * *
92504 GCCTAAAGGCCTAGTCCCCTCGACTATTGGACCCTATCCCATTAGATCCCTTGGCCT-GAACTAG
195 GCCTAAAGGCCTAGTCCCCTAG-CTGTTAGACCCTATCCCATTAGAACCCTTGGCCTAG-ACTAG
92568 CTT
258 CTT
92571 ACAGACTGTG
Statistics
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0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
430 1 0.00
431 18 0.03
432 95 0.17
433 6 0.01
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436 116 0.21
437 3 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (428 bp):
TTCAGGCACATATTCATATTTCTACCATGCCAACGACATTTTTATGGCTTGTAAATTAGATGAGC
GCTCACCAACACCCGCACCTAAGCCTGGCTCAATTATACCAAACATGAACACTATTTGAGCCTCT
TAAGTCCTGATCACTACCTATACCACTATTTCAGGCTAGTTATTATGACCTAGGCATCTAGTAGG
CCTAAAGGCCTAGTCCCCTAGCTGTTAGACCCTATCCCATTAGAACCCTTGGCCTAGACTAGCTT
GCTTGCTGATCATGACACATGCATGTGTCTCGACCACCATCCGCACATGCTAGCCCATTGTGCGA
GCAGTCCCTCAAACACCATTGACACATGCTAGGTCATGCACCAGCACAGGTATCCTGAGCCTGGA
CCTGACACCATGCACACCATAATTAGGCAAGAGATGGA
Found at i:108518 original size:7 final size:7
Alignment explanation
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Period size: 7 Copynumber: 4.1 Consensus size: 7
108496 CAGTTGTGGT
108506 GTGCATG
1 GTGCATG
108513 GTGCATG
1 GTGCATG
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1 GTGCATG
108527 GTGCATG
1 GTGCATG
108534 G
1 G
108535 CCCAAGCCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
7 22 1.00
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Consensus pattern (7 bp):
GTGCATG
Found at i:120266 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 120179--120267 Score: 115
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
120169 CTCACTGAAG
* * * * **
120179 GCTAGCATGTGTTAATGGTGGTTGAGGTAGGTGCTTGTACTAAAA
1 GCTAGCATGTGTCAATAGTGGCTGAGGTAGGTGCGTACACTAAAA
*
120224 GCTAGCTTGTGTCAATAGTGGCTGAGGTAGGTGCGTACACTAAA
1 GCTAGCATGTGTCAATAGTGGCTGAGGTAGGTGCGTACACTAAA
120268 GGCCAAATTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.33, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
GCTAGCATGTGTCAATAGTGGCTGAGGTAGGTGCGTACACTAAAA
Found at i:120322 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 120295--120369 Score: 123
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
120285 GATGGTCAAG
120295 GCATGTGTCCATACCATGTGTCA
1 GCATGTGTCCATACCATGTGTCA
* *
120318 GCATGTGACCATATCATGTGTCA
1 GCATGTGTCCATACCATGTGTCA
120341 GCATTGTGTCCATACCATGTGTCA
1 GCA-TGTGTCCATACCATGTGTCA
120365 GCATG
1 GCATG
120370 CTGAGTGATG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 2
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Consensus pattern (23 bp):
GCATGTGTCCATACCATGTGTCA
Found at i:120353 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 120298--120368 Score: 117
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 24
120288 GGTCAAGGCA
120298 TGTGTCCATACCATGTGTCAGCA-
1 TGTGTCCATACCATGTGTCAGCAT
* *
120321 TGTGACCATATCATGTGTCAGCAT
1 TGTGTCCATACCATGTGTCAGCAT
120345 TGTGTCCATACCATGTGTCAGCAT
1 TGTGTCCATACCATGTGTCAGCAT
120369 GCTGAGTGAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 1
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
23 21 0.49
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ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
TGTGTCCATACCATGTGTCAGCAT
Found at i:125236 original size:130 final size:129
Alignment explanation
Indices: 124986--125705 Score: 578
Period size: 130 Copynumber: 5.6 Consensus size: 129
124976 ACCATTATGT
* * * *
124986 TACCTTTCTCTTATAATTAGTTACTAAATAAT-TCCT-TAGCAAATTACGAAAATGCCTTTTCCA
1 TACCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTAT-G-AAATTACCAAAATACCCTTTCCA
* * ** * * * *
125049 TTATATGTTAGGAAATTGACATGTGATCAAATTGACAATTACGCTACCATACAATAATTATGAAA
64 TTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATGCTATCATACAATAATTATGAAA
125114 A
129 A
* * * * **
125115 TACCCTTTCTTTTATATTTATTTACTAAATAATCCCCTGTGAAATTAAGAAAATACCCTTTCCAT
1 TA-CCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCAT
* * * * *
125180 TATATGATAAGAAATTCACATGTGGTCAAATGGACTACTATGCTATAATACCATAATTATGAAAA
65 TATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATGCTATCATACAATAATTATGAAAA
* * * * *
125245 TAACCTTTCT-TATATAATTATTTACTAAACAATC-CCTTAAGAAATTACTAAAATGCCTTTTCC
1 T-ACCTTTCTCT-TATAATTATTTACTAAATAATCTCC-TATGAAATTACCAAAATACCCTTTCC
* * ** * * * * * ** * **
125308 ATCAAATGGCAA-AATTTTGATATGTGACCAAATTGACTATTACGCCCTTATATGATAATTATGA
63 ATTATATGATAAGAA-ATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATGCTATCATACAATAATTATGA
125372 AAA
127 AAA
* * * * * *
125375 TACCTTTCCCTTATAGTTATCTAGTAATTAATCTCCTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATT
1 TACCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATT
* * * * * * * * *
125440 ATATGTTAAAAAATTAACATGTGGCCAATTGAATTATTATTTCT-TCATACCATAATTA-CAAAA
66 ATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTA-TGCTATCATACAATAATTATGAAAA
* ** * *
125503 TACCTTTTCTCTTATAATT-GTTACTAAATAATCTTTTATCAAATTACCAAAATACCCTTTCCAA
1 TACC-TTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCAT
* * * * ** * *
125567 TATATTATAAGAAGTTTG-CATGTTGCCAAATGGACTTTTATGCCCTTATACAATAATTACGAAA
65 TATATGATAAGAA-ATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATGCTATCATACAATAATTATGAAA
125631 A
129 A
* * * * **
125632 TAACTATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCATAAGAAATT-CTAAAAATACAGTTTCCA
1 TACCT-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTAC-CAAAATACCCTTTCCA
125696 TTATATGATA
64 TTATATGATA
125706 TATATTAAAA
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 109, Indels: 35
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 2 0.00
128 84 0.18
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130 246 0.53
131 5 0.01
132 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (129 bp):
TACCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATT
ATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATGCTATCATACAATAATTATGAAAA
Found at i:125518 original size:260 final size:259
Alignment explanation
Indices: 124986--125565 Score: 601
Period size: 259 Copynumber: 2.3 Consensus size: 259
124976 ACCATTATGT
* *
124986 TACCTTTCTC-T-TATAATTAGTTACTAAATAATTCCTTAGCAAATTACGAAAATGCCTTTTCCA
1 TACCTTTCTCTTATATAATTAGTTACTAAACAATCCCTTAGCAAATTACGAAAATGCCTTTTCCA
* * ** *
125049 TTATATGTTAGGAAATTGACATGTGATCAAATTGACAATTACGCTACCATACAATAATTATGAAA
66 TCAAATGGCA-GAAATTGACATGTGACCAAATTGACAATTACGC-ACCATACAATAATTATGAAA
** * * * * *
125114 ATACCCTTTCTTTTATATTTATTTACTAAATAATCCCCTGTGAAATTAAGAAAATACCCTTTCCA
129 ATACCCTTTCCCTTATAGTTATCTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAACAAAATACCATTTCCA
* * * * *
125179 TTATATGATAAGAAATTCACATGTGGTCAAATGGACTACTATGCTATAATACCATAATTATGAAA
194 TTATATGATAAAAAATTAACATGTGGCCAAATGAACTACTATGCTATAATACCATAATTATCAAA
125244 A
259 A
* *
125245 TAACC-TT-TCTTATATAATTATTTACTAAACAATCCCTTAAG-AAATTACTAAAATGCCTTTTC
1 T-ACCTTTCTCTTATATAATTAGTTACTAAACAATCCCTT-AGCAAATTACGAAAATGCCTTTTC
* * **
125307 CATCAAATGGCA-AAATTTTGATATGTGACCAAATTGACTATTACGC-CCTTATATGATAATTAT
64 CATCAAATGGCAGAAA--TTGACATGTGACCAAATTGACAATTACGCACC--ATACAATAATTAT
* * * *
125370 GAAAATA-CCTTTCCCTTATAGTTATCTAGTAATTAATCTCCTATGAAATTACCAAAATACCATT
125 GAAAATACCCTTTCCCTTATAGTTATCTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAACAAAATACCATT
* * * * * *
125434 TCCATTATATGTTAAAAAATTAACATGTGGCCAATTGAATTATTATTTCT-TCATACCATAATTA
190 TCCATTATATGATAAAAAATTAACATGTGGCCAAATGAACTACTA-TGCTATAATACCATAATTA
125498 -CAAAA
254 TCAAAA
* ** * * * *
125503 TACCTTT-TCTCT-TATAATT-GTTACTAAATAATCTTTTATCAAATTACCAAAATACCCTTTCC
1 TACCTTTCTCT-TATATAATTAGTTACTAAACAATCCCTTAGCAAATTACGAAAATGCCTTTTCC
125565 A
65 A
125566 ATATATTATA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 43, Indels: 26
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
256 1 0.00
257 37 0.14
258 24 0.09
259 101 0.38
260 101 0.38
261 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (259 bp):
TACCTTTCTCTTATATAATTAGTTACTAAACAATCCCTTAGCAAATTACGAAAATGCCTTTTCCA
TCAAATGGCAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACAATTACGCACCATACAATAATTATGAAAAT
ACCCTTTCCCTTATAGTTATCTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAACAAAATACCATTTCCATT
ATATGATAAAAAATTAACATGTGGCCAAATGAACTACTATGCTATAATACCATAATTATCAAAA
Found at i:125937 original size:130 final size:128
Alignment explanation
Indices: 125793--128054 Score: 1241
Period size: 130 Copynumber: 17.4 Consensus size: 128
125783 TGCTATTCTA
* * *
125793 CCCTAATATCATAATTACAAAAATAACCATTCTCTTGTAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAA
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAAT-ACCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAA
** * * *
125858 AATTACCAAAATACCTTTTCCAAAATATGGTAAGAAATTGACATGTAGG-CAAATGGACTATTAT
64 AATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGT-GGCCAAATTGACTATTAT
125922 G
128 G
* * * * * * *
125923 CCCTCACACAATAATTATAAACATACCACTTCTCTTATAATTATTTACTAAACAATCTCATATGA
1 CCCTCATAC-ATAATTATAAAAATACCA-TTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAA
* * ** * * * *
125988 AATTATCAAAATACCTTTTCTATTACCTAATAAGAAGTT-AAATTGTGGCCATATTGACTATTAT
64 AATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACA-TGTGGCCAAATTGACTATTAT
126052 G
128 G
* * * *
126053 CCTTCATACCATAATTATGAAAAT-GCACTTGCTCTTATAGTTATTTAG-TAAATAAT-CCTT-T
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATACCA-TT-CTCTTATAATTATTT-GCTAAATAATCCCTTAT
* * * * * * **
126114 AAGGAATTTCCAAAATGCCCTTTCCATTCTATGATATGAAATTTACATGTGGTGAAATTGACTAT
62 AA--AATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTAT
126179 TATG
125 TATG
* * * * * **
126183 CCCTCATATCATAATTACAAAAATAACCTTTATCTTATAATTATTTACTAGATAATCCCCCCA-A
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAAT-ACCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAAT-CCCTTATA
* * * *
126247 AAGATTACTAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTCATATGTGGCCAAATAGACTATTA
63 AA-ATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTA
*
126312 TA
127 TG
* * * * * * * *
126314 CCTTCATATTATAATTATGAAAGTACCCCTTCTATTACAATTATTTAG-TAAATAATCCCTTACG
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATA-CCATTCTCTTATAATTATTT-GCTAAATAATCCCTTA-T
* ** * * ** *
126378 AAAA-TACTAAAAGGCCTTTTACATTGTACAATAAGAAATTTTA-ATGTGGCCAAATTGACTATT
62 AAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAA-TTCACATGTGGCCAAATTGACTATT
126441 ATG
126 ATG
* * * * * *
126444 CCTTCAAATCATAATTATAAAAATACCTTTTCTTTTATAATTATTTAG-TAAATAATCCCTAATG
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATACC-ATTCTCTTATAATTATTT-GCTAAATAATCCCTTATA
* *
126508 AAATTACCAAAATGCCCTTTT-CATTGTATGATATA-AAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATT
63 AAATTACCAAAAT-ACCTTTTCCATTATATGATA-AGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATT
126571 ATG
126 ATG
* * * * *
126574 TCCCT-ATACTATAATTATGAAAATACCCTTCGCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGA
1 -CCCTCATAC-ATAATTATAAAAATACCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAA
* * * * * *
126638 AATTAACAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACAAGTGACCAAATGGACTATTAT-
64 AATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTATG
*** * * * * * *
126702 TTTTCATACGTAATAATGAAAATACCTTTCTCTAATAATTATTTACTAAATATTTACCAAAAATC
1 CCCTCATACATAATTATAAAAATACCATTCTCTTATAATTATTTGCT-AA-A--T------AATC
* * * * * * * **
126767 CCTTATAAAATTATCGAAATGCCCTTTTTCGTTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCAAACAG
56 CCTTATAAAATTACCAAAAT-ACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTG
* *
126832 ATTATTATA
120 ACTATTATG
* * * * * * * **
126841 CCATCATGCCATAATTA-CAAAATACCCCTTCTCTTATAATTAGTTACTAAATAAT-CGTCTAGC
1 CCCTCAT-ACATAATTATAAAAATA-CCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCT-TATA
** ** * * ** *
126904 AAATTATGAAAATGATATTTT-TATTATATGATATGAAA-TCGACATGTGGTGAAATTGACAATT
63 AAATTACCAAAAT-ACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTC-ACATGTGGCCAAATTGACTATT
*
126967 ACG
126 ATG
*** * * * * * * *
126970 TTTTCATAACATAATTACAAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATATTCTCATACAAA
1 CCCTCAT-ACATAATTATAAAAATACCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAAA
* * * * * * *
127035 ATTACCAAAATACCATTTCCTTTATATGATAAAAAATTGACATGTAGCCAAATAGACTCTTATG
65 ATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTATG
* * * * *
127099 CCTTCATGGA-ATAATTA-AGAAAATA-CATTTTCTCATATAATTAGTTACTAAATAATCCCCTA
1 CCCTCAT--ACATAATTATA-AAAATACCA--TTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTA
* * * * * * ** *
127161 -AGAAATTACTAAATTTCCTTTTTCATTATATGATAGGAAATTGACATGTGATCAAATTGACAAT
61 TA-AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTAT
127225 TATG
125 TATG
* * * * * * * *
127229 TCCTCATATCACAATTATGAACATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGA
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATA-CCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAA
* ** * * * * * * * ** *
127294 AAGTAAAAAAATGCCTTATCTATTATATCATAAGTAATTGACACGTGATCAAATTGATTATTATG
64 AATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTATG
* * * * * *
127359 CCATCATACCATAATTATGAAAATAACCCTTCT-TTCATAATTATTTACTAAGTAAT-CTTTCA-
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAAT-ACCATTCTCTT-ATAATTATTTGCTAAATAATCCCTT-AT
* ** * * ** **
127421 AGAAATTACTAAAAT-GTTGTTTACATTATATGATAAGAAATTGACATGAAGCCAAATCAACTAT
62 A-AAATTACCAAAATACCT-TTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTAT
*
127485 TACG
125 TATG
* * ** * * *
127489 CCCTCATATCATATTTATGACAACATGGC-TTCAT-TTATAATTACTTACTAAGTAATCCAC-TA
1 CCCTCATA-CATAATTAT-A-AAAATACCATTC-TCTTATAATTATTTGCTAAATAATCC-CTTA
* * * *
127551 TTAAATTACCAAAATTTCCTTTTCCATTATCTGATAAGAAATTGACATGAT-GCCAAATTGACTA
61 TAAAATTACCAAAA-TACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATG-TGGCCAAATTGACTA
*
127615 TTATA
124 TTATG
* * * * * * *
127620 CCTTCATAGTATAATTATGAAAATACCAATTCTCTTATAATCATTTACTAAATAAT-CTTCTATG
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATACC-ATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCT-TATA
* * * * * * *
127684 AAATTACCAAAATACCTTATCCAATAAATGATAAGATATTAACATGTGGCCAAATGGACAATTAT
63 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTAT
*
127749 T
128 G
* * * * * *
127750 CTCACATATCATAATTATGAAAATACCA---TCTTATAATTATGTACTAAATAATCTCTTATAAA
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATACCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAAA
* * * * * ** * * *
127812 ATTATCGAAATACCCTTGCCATTTTATGATAATCAATTGACATGTGGTCAAA-TGTACTATTATT
65 ATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTG-ACTATTATG
** * ** ** * * * * * *
127876 TTCTTATACCATGGTTACGAAAATACCCTTATCTAATAATTATTTACTAAAAAATCCCTTATGAA
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATACCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAAA
* * * * ** * * * * * **
127941 GTTTCCAAAATGCCCTTTCTGTTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCGAATGGACTTTTACA
65 ATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTATG
* * * *
128005 TCTTTATATCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTT-CTAA
1 CCCTCATA-CATAATTATAAAAATA-CCATTCTCTTATAATTATTTGCTAA
128055 CTAAGAAATT
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CCCTCATACATAATTATAAAAATACCATTCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATAAAA
TTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTATG
Found at i:126490 original size:391 final size:389
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125783 TGCTATTCTA
* *
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1 CCCT-ATATCATAATTACAAAAATAACCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATAA
* ** *
125858 AATTACCAAAATACCTTTTCCAAAATATGGTAAGAAATTGACATGTAGG-CAAATGGACTATTAT
65 AATTA-CAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGT-GGCCAAATGGACTATTAT
* * * * *
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128 ACCCTCACACAATAATTATAAACATACCACTTCTATTACAATTATTTACTAAACAATCCCATACG
* * *
125987 AAATTATCAAAATACCTTTTCTATTACCTAATAAGAAGTTAAATTGTGGCCATATTGACTATTAT
193 AAAATATCAAAAGACCTTTTCTATTACCTAATAAGAAGTTAAATTGTGGCCAAATTGACTATTAT
* * * * *
126052 GCCTTCATACCATAATTATGAAAATGCACTTGCTCTTATAGTTATTTAGTAAATAATCCTTTAA-
258 GCCTTCAAACCATAATTATAAAAATACACTTGCTCTTATAATTATTTAGTAAATAATCC-CTAAT
* * * * **
126116 GGAATTTCCAAAATGCCCTTTCCATTCTATGATATGAAATTTACATGTGGTGAAATTGACTATTA
322 GAAATTACCAAAATGCCCTTTCCATTCTATGATATAAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTA
126181 TG-
387 TGT
* * * **
126183 CCCTCATATCATAATTACAAAAATAACCTTTATCTTATAATTATTTACTAGATAATCCCCCCA-A
1 CCCT-ATATCATAATTACAAAAATAACCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCCTTATA
* * *
126247 AAGATTACTAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTCATATGTGGCCAAATAGACTATTA
64 AA-ATTAC-AAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTA
* * ** * * * * *
126312 TACCTTCATATTATAATTATGAAA-GTACCCCTTCTATTACAATTATTTAGTAAATAATCCCTTA
127 TACCCTCACACAATAATTAT-AAACATACCACTTCTATTACAATTATTTACTAAACAATCCCATA
* * *
126376 CGAAAATA-CTAAAAGGCCTTTTAC-ATTGTA-C-AATAAGAAATTTTAA-TGTGGCCAAATTGA
191 CGAAAATATC-AAAAGACCTTTT-CTA-T-TACCTAATAAG-AAGTTAAATTGTGGCCAAATTGA
* * *
126436 CTATTATGCCTTCAAATCATAATTATAAAAATAC-CTTTTCTTTTATAATTATTTAGTAAATAAT
251 CTATTATGCCTTCAAACCATAATTATAAAAATACAC-TTGCTCTTATAATTATTTAGTAAATAAT
* *
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315 CCCTAATGAAATTACCAAAATGCCCTTTCCATTCTATGATATAAAATTCACATGTGGCCAAATTG
126565 ACTATTATGT
380 ACTATTATGT
** * * *
126575 CCCTATA-CTATAATTATGAAAAT-ACCCTTCGCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGA
1 CCCTATATC-ATAATTACAAAAATAACCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATAA
* *
126638 AATTAACAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACAAGTGACCAAATGGACTATTAT-
65 AATT-ACAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATA
*** * * * * * * * *
126702 TTTTCATACGTAATAATGAAAATACCTTTCTCTAATAAT-TATTTACTAAATATTTACCAAA-AA
129 CCCTCACAC--AATAATTATAA-A-CATAC-C-ACT--TCTA-TTAC-AATTATTTACTAAACAA
* * * * * ** * * * *
126765 TCCCTTA-TAAAATTATCGAAATGCCCTTTT-TCGTTATATGATAAGAAATTGACA-TGTAGCCA
184 TCCCATACGAAAA-TATC-AAAAGACCTTTTCT-ATTACCTAATAAGAAGTT-AAATTGTGGCCA
** * * * ** * * * *
126827 AACAGATTATTATACCATCATGCCATAATTA-CAAAATACCCCTT-CTCTTATAATTAGTTACTA
245 AATTGACTATTATGCCTTCAAACCATAATTATAAAAATA-CACTTGCTCTTATAATTATTTAGTA
* ** *** ** * *
126890 AATAATCGTCT-A-GCAAATTATGAAAATGATATTTTTATTATATGATATGAAA-TCGACATGTG
309 AATAATC-CCTAATG-AAATTACCAAAATGCCCTTTCCATTCTATGATATAAAATTC-ACATGTG
** * *
126952 GTGAAATTGACAATTACGT
371 GCCAAATTGACTATTATGT
** * * * * * *
126971 -TTTCATAACATAATTACAAAAAT-ACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATATTCTCATACAA
1 CCCT-ATATCATAATTACAAAAATAACCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATAA
* * * * * * * *
127034 AATTACCAAAATACCATTTCCTTTATATGATAAAAAATTGACATGTAGCCAAATAGACTCTTATG
65 AATTA-CAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATA
* *** * * * * * *
127099 CCTTCATGGAATAATTA-AGAAAATA-CATTTTCTCA-TATAATTAGTTACTAAATAATCCCCTA
129 CCCTCACACAATAATTATA-AACATACCA-CTTCT-ATTACAATTATTTACTAAACAATCCCATA
* * *** ** * * * * ** *
127161 AGAAATTA-CTAAATTTCCTTTT-TCATTATATGATAGGAAATTGACA-TGTGATCAAATTGACA
191 CGAAAATATC-AAAAGACCTTTTCT-ATTACCTAATAAGAAGTT-AAATTGTGGCCAAATTGACT
* * * * * * *
127223 ATTATGTCC-TCATATCACAATTATGAACATACCCCTT-CTCTTATAATTATTTACTAAATAATC
253 ATTATG-CCTTCAAACCATAATTATAAAAATA-CACTTGCTCTTATAATTATTTAGTAAATAAT-
* ** * * * * * * **
127286 CCCT-ATGAAAGTAAAAAAATG-CCTTATCTATTATATCATA-AGTAATTGACACGTGATCAAAT
315 CCCTAATGAAATTACCAAAATGCCCTT-TCCATTCTATGATATA-AAATTCACATGTGGCCAAAT
*
127348 TGATTATTATG-
378 TGACTATTATGT
* * ** * * *
127359 CCATCATACCATAATTATGAAAATAACCCTTCT-TTCATAATTATTTACTAAGTAAT-CTTTCA-
1 CCCT-ATATCATAATTACAAAAATAACCATTCTCTT-ATAATTATTTACTAAATAATCCCTT-AT
* ** **
127421 AGAAATTACTAAAAT--GTTGTTTACATTATATGATAAGAAATTGACATGAAGCCAAATCAACTA
63 A-AAATTAC-AAAATACCTT-TTT-CATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTA
** * * ** * * **
127484 TTACGCCCTCATATC-ATATTTATGACAACAT--GGCTTC-ATTTATAATTACTTACTAAGTAAT
124 TTATACCCTCACA-CAATAATTAT-A-AACATACCACTTCTA-TTACAATTATTTACTAAACAAT
** * * ** * * * * *
127545 -CCACTATTAAATTACCAAAATTTCCTTTTCCATTATCTGATAAGAAATTGACA-TGAT-GCCAA
185 CCCA-TACGAAAATATCAAAA-GACCTTTTCTATTACCTAATAAGAAGTT-AAATTG-TGGCCAA
* * ** * * * *
127607 ATTGACTATTATACCTTCATAGTATAATTATGAAAATACCAATT-CTCTTATAATCATTTACTAA
246 ATTGACTATTATGCCTTCAAACCATAATTATAAAAATA-CACTTGCTCTTATAATTATTTAGTAA
* * * ** * *
127671 ATAATCTTCT-ATGAAATTACCAAAAT-ACCTTATCCAATAAATGATA-AGATATTAACATGTGG
310 ATAATC-CCTAATGAAATTACCAAAATGCCCTT-TCCATTCTATGATATA-AAATTCACATGTGG
* *
127733 CCAAATGGACAATTAT-T
372 CCAAATTGACTATTATGT
** * *
127750 CTCAC-ATATCATAATTATGAAAAT-ACCA---TCTTATAATTATGTACTAAATAATCTCTTATA
1 C-C-CTATATCATAATTACAAAAATAACCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATA
* * ** * ** * *
127810 AAATTATCGAAATACCCTTGCCATTTTATGATAATCAATTGACATGTGGTCAAATGTACTATTAT
64 AAATTA-CAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTAT
127875 TTTCTTATAC
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
387 65 0.05
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Consensus pattern (389 bp):
CCCTATATCATAATTACAAAAATAACCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATAAA
ATTACAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATACC
CTCACACAATAATTATAAACATACCACTTCTATTACAATTATTTACTAAACAATCCCATACGAAA
ATATCAAAAGACCTTTTCTATTACCTAATAAGAAGTTAAATTGTGGCCAAATTGACTATTATGCC
TTCAAACCATAATTATAAAAATACACTTGCTCTTATAATTATTTAGTAAATAATCCCTAATGAAA
TTACCAAAATGCCCTTTCCATTCTATGATATAAAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTATGT
Found at i:127383 original size:260 final size:259
Alignment explanation
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125792 ACCCTAATAT
** * * *
125802 CATAATTACAAAAATA-ACCATTCTCTTGTAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATA-AAATTACC
1 CATAATTATGAAAATACACC-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTA-AGAAATTACT
** * * * *
125865 AAAATACCTTTTCCAAAATATGGTAAGAAATTGACATGT-AGGCAAATGGACTATTATGCCCTCA
64 AAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA-CCAAATTGACTATTATGTCCTCA
* * * * * *
125929 CA-CAATAATTATAAACATACCACTTCTCTTATAATTATTTACTAAACAATCTCATATGAAATTA
128 TATC-ATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTA
* ** * * * * *
125993 TCAAAATACCTTTTCTATTACCTAATAAGAAGTT-AAATTGTGGCCATATTGACTATTATGCCTT
192 CCAAAATACC-TTTCTATTATATGATAAGAAATTGACA-TGTGACCAAATTGACTATTATGCCTT
126057 CATAC
255 CATAC
* * * * * * *
126062 CATAATTATGAAAATGCA-CTTGCTCTTATAGTTATTTAGTAAATAATCCTTTAAGGAATTTCCA
1 CATAATTATGAAAATACACCTT-CTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAAATTACTA
* * * * * *** *
126126 AAATGCCCTTTCCATTCTATGATATGAAATTTACATGTGGTGAAATTGACTATTATGCCCTCATA
65 AAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGTCCTCATA
* * * * * * *
126191 TCATAATTACAAAAATAACCTTTATCTTATAATTATTTACTAGATAATCCCCCCA-AAAGATTAC
130 TCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCCCTATGAA-ATTAC
* * * * * * *
126255 TAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTCATATGTGGCCAAATAGACTATTATACCTTCA
193 CAAAATACCTTTCT-ATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGCCTTCA
*
126320 TAT
257 TAC
* * * * * * * *
126323 TATAATTATGAAAGTACCCCTTCTATTACAATTATTTAGTAAATAATCCCTTACGAAAATACTAA
1 CATAATTATGAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAAATTACTAA
** * * ** * * *
126388 AAGGCCTTTTACATTGTACAATAAGAAATTTTA-ATGTGGCCAAATTGACTATTATG-CCTTCAA
66 AATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAA-TTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGTCC-TCAT
** * *
126451 ATCATAATTATAAAAATACCTTTTCTTTTATAATTATTTAGTAAATAAT-CCCTAATGAAATTAC
129 ATCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCT-ATGAAATTAC
* * * * *
126515 CAAAATGCCCTTT-TCATTGTATGATATA-AAATTCACATGTGGCCAAATTGACTATTATGTCCC
193 CAAAAT-ACCTTTCT-ATTATATGATA-AGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATG-CCT
126578 T-ATAC
254 TCATAC
* * *
126583 TATAATTATGAAAATAC-CCTTCGCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTAAC-A
1 CATAATTATGAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAAATT-ACTA
* * * **
126646 AAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACAAGTGACCAAATGGACTATTAT-TTTTCATA
65 AAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGTCCTCATA
* * * * * *
126710 -CGTAATAATGAAAATA-CCTTTCTCTAATAATTATTTACTAAATATTTACCAAAAATCCCTTAT
130 TCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACT-AA-A--T------AATCCCCTAT
* * * * * * ** *
126773 AAAATTATCGAAATGCCCTTTTTCGTTATATGATAAGAAATTGACATGT-AGCCAAACAGATTAT
185 GAAATTACCAAAAT-ACCTTTCT-ATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA-CCAAATTGACTAT
* * *
126837 TATACCATCATGC
247 TATGCCTTCATAC
* * * *
126850 CATAATTA-CAAAATACCCCTTCTCTTATAATTAGTTACTAAATAAT-CGTCT-AGCAAATTA-T
1 CATAATTATGAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCT-TAAG-AAATTACT
** * * * *** * * **
126911 GAAAATGATATTTT-TATTATATGATATGAAATCGACATGTGGTGAAATTGACAATTACGTTTTC
64 -AAAAT-ACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGTCCTC
* * * * * **
126975 ATAACATAATTACAAAAATA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATATTCTCATACAAAATTA
127 ATATCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTA
* * *
127039 CCAAAATACCATTTCCT-TTATATGATAAAAAATTGACATGT-AGCCAAATAGACTCTTATGCCT
192 CCAAAATACC-TTT-CTATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA-CCAAATTGACTATTATGCCT
**
127102 TCATGG
254 TCATAC
* * ** * * *
127108 AATAATTAAGAAAATACATTTTCTCATATAATTAGTTACTAAATAATCCCCTAAGAAATTACTAA
1 CATAATTATGAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAAATTACTAA
* * * * * *
127173 ATTTCCTTTTTCATTATATGATAGGAAATTGACATGTGATCAAATTGACAATTATGTCCTCATAT
66 AATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGTCCTCATAT
* * * * **
127238 CACAATTATGAACATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAAGTAAAAA
131 CATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTACCAA
* * * * * * *
127303 AATGCCTTATCTATTATATCATAAGTAATTGACACGTGATCAAATTGATTATTATGCCATCATAC
196 AATACCTT-TCTATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGCCTTCATAC
* *
127368 CATAATTATGAAAATA-ACCCTTCT-TTCATAATTATTTACTAAGTAAT-CTTTCAAGAAATTAC
1 CATAATTATGAAAATACA-CCTTCTCTT-ATAATTATTTACTAAATAATCCCTT-AAGAAATTAC
** * * ** * *
127430 TAAAAT-GTTGTTTACATTATATGATAAGAAATTGACATG-AAGCCAAATCAACTATTACGCCCT
63 TAAAATACCT-TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA-CCAAATTGACTATTATGTCCT
* * * * *** * * * *
127493 CATATCATATTTATGACAACATGGCTTCAT-TTATAATTACTTACTAAGTAATCCACTATTAAAT
126 CATATCATAATTATAAAAATACCCCTTC-TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAAT
* * * *
127557 TACCAAAATTTCCTTTTCCATTATCTGATAAGAAATTGACATGATG-CCAAATTGACTATTATAC
190 TACCAAAA-TACC-TTTCTATTATATGATAAGAAATTGACATG-TGACCAAATTGACTATTATGC
*
127621 CTTCATAG
252 CTTCATAC
* * * * * *
127629 TATAATTATGAAAATAC-CAATTCTCTTATAATCATTTACTAAATAAT-CTTCTATGAAATTACC
1 CATAATTATGAAAATACAC-CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCT-TAAGAAATTACT
* * * * * * * * *
127692 AAAATACCTTATCCAATAAATGATAAGATATTAACATGTGGCCAAATGGACAATTAT-TCTCACA
64 AAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGTC-CTCA
* * * * * * *
127756 TATCATAATTATGAAAATA--CC--ATCTTATAATTATGTACTAAATAATCTCTTATAAAATTAT
128 TATCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAC
* * * * ** ** **
127817 CGAAATACCCTTGCCATTTTATGATAATCAATTGACATGTGGTCAAA-TGTACTATTATTTTCTT
193 CAAAATA-CCTTTCTATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTG-ACTATTA-TGCCTT
127881 -ATAC
255 CATAC
** * * * * * * * *
127885 CATGGTTACGAAAATAC-CCTTATCTAATAATTATTTACTAAAAAATCCCTTATGAAGTTTCCAA
1 CATAATTATGAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAAATTACTAA
* * ** * * * ** * *
127949 AATGCCCTTTCTGTTATATGATAAGAAATTGACATGT-AGCCGAATGGACTTTTACATCTTTATA
66 AATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA-CCAAATTGACTATTATGTCCTCATA
128013 TCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTT-CTAA
130 TCATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAA
128055 CTAAGAAATT
Statistics
Matches: 1574, Mismatches: 337, Indels: 166
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
255 98 0.06
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ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (259 bp):
CATAATTATGAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAAATTACTAA
AATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGTCCTCATAT
CATAATTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTACCAA
AATACCTTTCTATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTGACTATTATGCCTTCATAC
Found at i:128312 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 128056--128664 Score: 500
Period size: 129 Copynumber: 4.7 Consensus size: 129
128046 TATTTCTAAC
* * * * * * * * *
128056 TAAGAAATTGACATGTGGTCAAAGT-TACAATTACGCCCACATATCATAATTATGAAAATGCCCA
1 TAAGAAATTGACATGTGGCCAAA-TAGACTATTATGCCCTCATACCATAATTATCAAAATACCCC
* * * * * * **
128120 TTCCCTTATAATTATTTACTAATTAATCCCATATGAAATTATCAAAATGCCCTTTTCTTTTATAT
65 TTCTCTAATAATTATTTACTAAATAAT-CCTTAT-AAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATAT
128185 GA
128 GA
*
128187 TAAGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATTCCCTCGA-ACCATAATTA-CAAAATACCCC
1 TAAGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATGCCCTC-ATACCATAATTATCAAAATACCCC
* *
128250 TTCTCTAATAATTA-TTACTAAATTATCTCTTACTAAATGACCAAAATACCCTTTTCCATTATAT
65 TTCTCTAATAATTATTTACTAAATAATC-CTTA-TAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATAT
*
128314 TA
128 GA
* * ** * ** * * *
128316 TAAGAAGTTTATGTGTGGCCAAATGGTTTATTATGCTCTCGTACCATAATTATGAAAA-A--CCT
1 TAAGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATGCCCTCATACCATAATTATCAAAATACCCCT
* * * * *
128378 TATCTCATATAATTATTTACAAAATAATCCTTTATAAAATTATCAAAACACCC-TTTCCAATATA
66 TCTCT-A-ATAATTATTTACTAAATAATCC-TTAT-AAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATA
128442 TGA
127 TGA
* * * * * **
128445 TAAGAAATTGATATGTCGCCAAATAGACTACTATGCCATCATGCCATAATTA-CGAAAATACTAC
1 TAAGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATGCCCTCATACCATAATTATC-AAAATACCCC
* * * *
128509 TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCACTTATTAAATTACCAAAATAACCTTTTTCATTACAT
65 TTCTCTAATAATTATTTACTAAATAATC-CTTA-TAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATAT
128574 GA
128 GA
* * * * * * * * *
128576 TAAGAAGTTAACATGTTGCCATATTGACTATCATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATACCCTT
1 TAAGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATGCCCTCATACCATAATTATCAAAATACCCCT
* * *
128641 TGTCTTA-AATTATGTACTAAATAA
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128665 CATGTTAAGA
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 79, Indels: 39
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
127 7 0.02
128 2 0.01
129 146 0.38
130 108 0.28
131 110 0.29
132 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (129 bp):
TAAGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATGCCCTCATACCATAATTATCAAAATACCCCT
TCTCTAATAATTATTTACTAAATAATCCTTATAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATATGA
Found at i:128366 original size:346 final size:340
Alignment explanation
Indices: 127752--128395 Score: 703
Period size: 346 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
127742 CAATTATTCT
* *
127752 CACATATCATAATTATGAAAATACCATCTTATAATTATGTACTAAATAATCTCTTATAAAATTAT
1 CACATATCATAATTATGAAAATACCATCTTATAATTATGTACTAAATAATCCCATATAAAATTAT
* ** * ** *
127817 CGAAATACCCTTGCCATTTTATGATAATCAATTGACATGTGGTCAAATGTACTATTATTTTCTTA
66 CAAAATACCCTTGCCATTTTATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGTACTATTATTCCCTGA
** * **
127882 TACCATGGTTACGAAAATACCCTTATCTAATAATTATTTACTAAAAAATCCCTTATGAAGTTTCC
131 TACCATAATTACGAAAATACCCTTATCTAATAATTATTTACTAAAAAATCCCTTATGAAATGACC
* ** * *
127947 AAAATGCCCTTTCTGTTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCGAATGGACTTTTACATCTTTAT
196 AAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCAAATGGACTTTTACATCTTCAT
* *
128012 ATCATAATTATAAAAATACCCCT-TCTCTTATAATTATTTCTAACTAAGAAATTGACATGTGGTC
261 ACCATAATTATAAAAA-A-CCCTATCTCATATAATTATTTCTAACTAAGAAATTGACATGTGGTC
128076 AAAGTTACAATTACGCC
324 AAAGTTACAATTACGCC
* * * *
128093 CACATATCATAATTATGAAAATGCCCATTCCCTTATAATTATTTACTAATTAATCCCATATGAAA
1 CACATATCATAATTATGAAAAT-ACCA-T--CTTATAATTATGTACTAAATAATCCCATATAAAA
* ** *
128158 TTATCAAAATGCCCTTTTCTTTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATAG-ACTATTATT
62 TTATCAAAATACCCTTGCCATTT-TATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT-GTACTATTATT
* ** *
128222 CCCTCGA-ACCATAATTAC-AAAATACCCCTTCTCTAATAATTA-TTACTAAATTATCTCTTACT
125 CCCT-GATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTATCTAATAATTATTTACTAAAAAATCCCTTA-T
* * * ** *
128284 -AAATGACCAAAATACCCTTTTCCATTATATTATAAGAAGTTTATGTGTGGCCAAATGG---TTT
187 GAAATGACCAAAATACCC-TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCAAATGGACTTTT
* * * *
128345 ATTATGCTCTCGTACCATAATTATGAAAAACCTTATCTCATATAATTATTT
251 A-CAT-CT-TCATACCATAATTATAAAAAACCCTATCTCATATAATTATTT
128396 ACAAAATAAT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 43, Indels: 24
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 22 0.09
342 3 0.01
343 5 0.02
344 5 0.02
345 99 0.40
346 110 0.45
347 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
CACATATCATAATTATGAAAATACCATCTTATAATTATGTACTAAATAATCCCATATAAAATTAT
CAAAATACCCTTGCCATTTTATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGTACTATTATTCCCTGA
TACCATAATTACGAAAATACCCTTATCTAATAATTATTTACTAAAAAATCCCTTATGAAATGACC
AAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCAAATGGACTTTTACATCTTCAT
ACCATAATTATAAAAAACCCTATCTCATATAATTATTTCTAACTAAGAAATTGACATGTGGTCAA
AGTTACAATTACGCC
Found at i:128623 original size:260 final size:259
Alignment explanation
Indices: 128126--128633 Score: 626
Period size: 260 Copynumber: 2.0 Consensus size: 259
128116 CCCATTCCCT
* * * ** ***
128126 TATAATTATTTACTAATTAATCCCATATGAAATTATCAAAATGCCCTTTTCTTTTATATGATAAG
1 TATAATTATTTACAAAATAATCCCATATAAAATTATCAAAACACCCTTTTCCAATATATGATAAG
* * * * *
128191 AAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATTCCCTCGAACCATAATTACAAAATACCCCTTCTCT
66 AAATTGACATGTCGCCAAATAGACTACTATGCCATCGAACCATAATTACAAAATACCACTTCTCT
* * * * *
128256 AATAATTATTACTAAATTATCTCTTACTAAATGACCAAAATACCCTTTTCCATTATATTATAAGA
131 AATAATTATTACTAAATAATCACTTACTAAATGACCAAAATAACCTTTTCCATTACATGATAAGA
* ** ** * *
128321 AGTTTATGTGTGGCCAAATGGTTTATTATGCTCTCGTACCATAATTATGAAAAACCTTATCTCA
196 AGTTAACATGTGGCCAAATGGACTATCATGCTCTCATACCATAATTATGAAAAACCTTATCTCA
**
128385 TATAATTATTTACAAAATAATCCTTTATAAAATTATCAAAACACCC-TTTCCAATATATGATAAG
1 TATAATTATTTACAAAATAATCCCATATAAAATTATCAAAACACCCTTTTCCAATATATGATAAG
* * *
128449 AAATTGATATGTCGCCAAATAGACTACTATGCCATC-ATGCCATAATTACGAAAATACTACTTCT
66 AAATTGACATGTCGCCAAATAGACTACTATGCCATCGA-ACCATAATTAC-AAAATACCACTTCT
* * * *
128513 CTTATAATTATTTACTAAATAATCACTTATTAAATTACCAAAATAACCTTTTTCATTACATGATA
129 CTAATAATTA-TTACTAAATAATCACTTACTAAATGACCAAAATAACCTTTTCCATTACATGATA
* * *
128578 AGAAGTTAACATGTTGCCATATTGACTATCATGC-CTTCATACCATAATTATGAAAA
193 AGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTATCATGCTC-TCATACCATAATTATGAAAA
128634 TACCCTTTGT
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 37, Indels: 7
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
257 1 0.00
258 56 0.27
259 61 0.29
260 90 0.43
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (259 bp):
TATAATTATTTACAAAATAATCCCATATAAAATTATCAAAACACCCTTTTCCAATATATGATAAG
AAATTGACATGTCGCCAAATAGACTACTATGCCATCGAACCATAATTACAAAATACCACTTCTCT
AATAATTATTACTAAATAATCACTTACTAAATGACCAAAATAACCTTTTCCATTACATGATAAGA
AGTTAACATGTGGCCAAATGGACTATCATGCTCTCATACCATAATTATGAAAAACCTTATCTCA
Found at i:129151 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 128843--129250 Score: 491
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 179
128833 GCAAGCTTAT
** *
128843 TTTG-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAT
* * * * * * *
128907 AAATTTATTTACTGAGCAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATCATTTATTTCAAATTGT
65 AAATCTATTTACTGAACAAAGTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATCATCTATTCCAAATTGT
* * **
128972 TATGATATTTTGTTTTGTC-TCAAAATAATTATTTCTATTCATACAATTTTA
130 TATGACACTTTGTTTTGTCGT-AAAATAATTATTTCTATTCATACAA-AATA
***
129023 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTTGGAGACTTAAAAAAT
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAT
* * *
129088 ATATCTATTTA-TGAAACAAGGTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACT-ATCATCTATTCCAAATT
65 AAATCTATTTACTG-AACAAAGTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATCATCTATTCCAAATT
*
129151 GTTATGACACTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTATTTATACAAAATA
128 GTTATGACACTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTATTCATACAAAATA
* * * *
129203 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATAGTTCAAAAATTAATAA
1 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
129251 AAGATTTAAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 25, Indels: 13
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 11 0.06
181 180 0.92
182 5 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATA
AATCTATTTACTGAACAAAGTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATCATCTATTCCAAATTGTT
ATGACACTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTATTCATACAAAATA
Found at i:129708 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 129284--130180 Score: 628
Period size: 180 Copynumber: 5.1 Consensus size: 178
129274 TATTGATAGA
* * * * * *
129284 TCAAATCGTTATGATCTTTATCTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTG-G
1 TCAAATCATTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTA-TTGAG
* * * * * * ** *
129348 AGTAAAGTATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * ** * * * *
129412 GTGCTTGCTTAACCA----AAATAGTTAAAACTA-TTAGGATAGTTATATATT
128 CT-ATTTATCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATT
* * * * * *
129460 TCAAATCATTATGACATTT-TGTTTAGTCATAAAA-TATTTTTTTAGTTCATACATGCTTATTTG
1 TCAAATCATTATGACCTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTA-TTG
* *
129523 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAAT-ACACAAGAAATTTAAAAAATA
62 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAC-CAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
129585 AATTTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
125 AATCTATTTA-TCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
* * ** * * *
129640 TAAAATAAAAATGACCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCGA-
1 TCAAATCATTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTAT-TGAG
* * * ** *
129704 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAGT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
129768 CAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATT
128 CTATTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
* * * * * *
129820 TCAAACCATTACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTA
1 TCAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTG--TTTCATTCATAAAAGCTTATTGA
***
129884 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGTAGCAGATTTAAAAAATAAA
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* * *
129948 TCT-GTT-T---AC----CAAATAG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATT
127 TCTATTTATCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
* * * * * *
129988 TCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAA-CTTATTTA
1 TCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATA-AAAGCTTATTGA
* *
130052 GAATAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
130117 CTATTCATCAAACAGTTTAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
128 CTATTTATCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
* *
130168 TTAAATCGTTATG
1 TCAAATCATTATG
130181 GCTTTTTTTT
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 113, Indels: 82
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.01
167 3 0.01
168 118 0.21
169 7 0.01
170 2 0.00
171 6 0.01
173 2 0.00
175 7 0.01
176 92 0.16
177 15 0.03
178 1 0.00
179 16 0.03
180 190 0.34
181 97 0.17
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTGAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTATCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
Found at i:129907 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 129451--130201 Score: 629
Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 180
129441 ATTAGGATAG
* *
129451 TTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTAGTCATAAAA-TATT-TTTTT-AGTTCATAC
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTCAG-TCATAC
* * *
129512 ATGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACACAAGAAAT
63 AAGCTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-ACAAGAGAT
* * * * * *
129575 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
126 TTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* * ** * * *
129631 TTATCTATTTAAAATAAAAATGACCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAG-TCATACAA
* ** * * * *
129694 GTTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAA-AGATTT
65 GCTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--CAAGAGATTT
* * * *
129757 AAAAAATAAGTCAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAA
128 AAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* *
129811 TTATCTATTTCAAACCATTACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAGTCATACAA
* ***
129875 GCCTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAGCAGATTTA
65 GCTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAG-AGATTTA
* * * *
129939 AAAAATAAATCT-GTT-T---AC----CAAAT-AGT-T-CCTATTTGAACAA
129 AAAAATAAATCTATTTATCAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* * * * * * *
129979 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTG--TTTCAATTCATATA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC-AGTCATACA
* * *
130042 AACTTATTTAG-AATAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTT
64 AGCTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAAGAGATTT
* * * * * *
130106 AAAAAATAAATCTATTCATCAAACAGTTTAAACAGTTAAGACTATTTGAACAA
128 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
* * * * *
130159 TTATCTATTTTAAATCGTTATGGCTTTTTTTTTTGTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTATCATAAAA
130202 TAATACTAAT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 83, Indels: 64
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.01
167 2 0.00
168 123 0.27
169 4 0.01
170 3 0.01
171 5 0.01
173 2 0.00
175 1 0.00
176 1 0.00
177 3 0.01
178 1 0.00
179 24 0.05
180 184 0.40
181 92 0.20
182 2 0.00
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAGTCATACAAG
CTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTATCAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA
Found at i:130084 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 129801--130118 Score: 439
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
129791 AATTATGGCC
*
129801 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTACGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
* ***
129866 ATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGTA
66 ATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAA
129930 GCAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGTTCCT
131 G-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGTTCCT
* * * * * *
129969 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTACGAA-CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT--
* *
130033 ATTCAT-ATA-AA-CTTATTTAGAATAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
63 -TTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
130095 CCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
127 CCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
130119 ATTCATCAAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 13, Indels: 10
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.02
168 117 0.89
169 5 0.04
170 3 0.02
171 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.05, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTACGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
ATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGTTCCT
Found at i:130228 original size:141 final size:143
Alignment explanation
Indices: 130054--130321 Score: 335
Period size: 142 Copynumber: 1.9 Consensus size: 143
130044 CTTATTTAGA
* *
130054 ATAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATCC
* * * * * *
130119 ATTCATCAAA-CAGTTTAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGGC
66 ATTCACCAAATCAGTTCAAACAATTAAGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGC
130183 TTTTTTTTTTGTC
131 TTTTTTTTTTGTC
* ** * * *
130196 ATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
130259 CGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 CATTCACCAAATCAGTTCAAACAATTAAGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
130322 TACCTTTTGT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 19, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
140 3 0.03
141 45 0.43
142 57 0.54
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATCC
ATTCACCAAATCAGTTCAAACAATTAAGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGC
TTTTTTTTTTGTC
Found at i:130891 original size:354 final size:346
Alignment explanation
Indices: 130326--130990 Score: 755
Period size: 353 Copynumber: 1.9 Consensus size: 346
130316 CGTTATTACC
* * * * *
130326 TTTTGTTTGTCATATAACAATTCTTTTTTATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTTGTTTGTCATAAAACAATTCTTTTATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAT
* * * *
130391 TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCGAACTAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAACCAGCT
* * * **
130456 TGAATATTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTCTATTTTAA
131 TAAATATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTCTATCATAA
* * * *
130521 AATAATTATTTTTATTCAAAAAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATATAATAGTATTTCA
196 AACAAATATTTTTATTCAAAAAAACTTATTAGGAAA-AAAATAAT-C--ATATAATAATATTTCA
* * * *
130585 AAAATTAATAACAAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTCAAACTAATTCTAATAGTTAAGAC
257 AAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAC
130650 TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
318 TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
130679 TTTTGTTGTGTCATAAAATAATT-TTTTA-ATTCATACTAGCTTATTCAAAATTAAATAA-AATG
1 TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTCTTTTATA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT-
* * * * * *
130741 AATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATATGTAAG-GAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCCTAACC
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAACC
* * * * * * * *
130805 AGCTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
127 AGCTTAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTCTAT
* * ** * * *
130870 CATAAAACAAATATTTTTATTCATATAAGTTTGTTAGGAAAAAATTAATCATATATTAATATTTC
191 CATAAAACAAATATTTTTATTCAAAAAAACTTATTAGGAAAAAAATAATCATATAATAATATTTC
*
130935 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAATCCAATTCAAATAGT
256 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGT
130991 AATAACTATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (346 bp):
TTTTGTTTGTCATAAAACAATTCTTTTATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAACCAGCT
TAAATATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTCTATCATAA
AACAAATATTTTTATTCAAAAAAACTTATTAGGAAAAAAATAATCATATAATAATATTTCAAAAA
TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
CAATTATCTATTTCAAATCAT
Found at i:131001 original size:174 final size:171
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Period size: 174 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
130288 GCCATTTCAA
* * *
130298 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTG-TTTGTCATATAACAAT-TCTTTTTTATCATA
1 CAATTATCTATTTCAAATC-TTA-TACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTTAT-TCATA
* * * * * * *
130361 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
62 CTAGCTTATTCAAAAT-AAATAA-AATGAATATATTAGTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
* ** * * ** * *
130425 TTAAAAAATAAATCTGCTTACCGAACTAGTTTGAATA-TTATGACTATTTGAA
121 TTAAAAAATAAATTTG-TTTTC-AACCAATTCAAATAGTAATGACTATTTGAG
* * * * * * * * ** * * *
130477 TAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTCTATTTTAAAATAATTATTTTTATTCAAAA
1 CAATTATCTATTTCAAATC-TTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTTATTCATAC
* * ** * * *
130542 AAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATATAATAGTATTTCAAAAATTAATAACAAAGATATT
63 TAGCTTATTCAAAAT-AAATAA-AATGAATATATTAGTATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATT
* * * *
130606 TAAAAAATAAATTTGTTTCTCAAACTAATTCTAATAGTTAA-GACTATATGAA
122 TAAAAAATAAATTTGTTT-TC-AACCAATTCAAATAG-TAATGACTATTTGAG
* *
130658 CAATTATCTATTTCAAATC----A-TTTTTGTTGTGTCATAAAATAAT-TTTTTAATTCATACTA
1 CAATTATCTATTTCAAATCTTATACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTT-ATTCATACTA
* *
130717 GCTTATTCAAAATTAAATAAAATGAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATATGTAAGGAATTTAA
65 GCTTATTCAAAA-TAAATAAAATGAATATATTAGTATTTCAAAAATTAATAAG--A-G-ATTTAA
* * * *
130782 AAAATAAATTTATTTTCCTAACCAGCTT-AAATAATTATGACTATTTGAG
125 AAAATAAATTTGTTTT-C-AACCA-ATTCAAATAGTAATGACTATTTGAG
130831 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTATTCATA-
1 CAATTATCTATTTCAAATC-TTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATATTTTTATTCATAC
* * * * *
130895 TAAGTTTGTT-AGGAAA-AAAT-TAAT-CATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
63 T-AGCTTATTCA--AAATAAATAAAATGAATATATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
*
130956 AAAATAAATTTGTTTATCAATCCAATTCAAATAGTAATAACTATTTGAG
125 AAAATAAATTTGTTT-TCAA-CCAATTCAAATAGTAATGACTATTTGAG
* * * * * * *
131005 CAATTATTTTTTTTAAATTGTTATAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATAC
1 CAATTATCTATTTCAAA-TCTTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATA-TTTTTATTCATAC
* *
131070 AAACTTATTC
63 TAGCTTATTC
131080 GGATTAAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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182 11 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATCTATTTCAAATCTTATACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTTATTCATACTAG
CTTATTCAAAATAAATAAAATGAATATATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
AATTTGTTTTCAACCAATTCAAATAGTAATGACTATTTGAG
Found at i:131037 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 131014--131048 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
131004 GCAATTATTT
131014 TTTTTAAATTGTTATAAC
1 TTTTTAAATTGTTATAAC
**
131032 TTTTTATTTTGTTATAA
1 TTTTTAAATTGTTATAA
131049 AACAATAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
TTTTTAAATTGTTATAAC
Found at i:131377 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 131345--131377 Score: 50
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131335 AACAAGTTTA
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1 AATAATTAT-ACTATTTC
131363 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
131378 GAAATTGCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTC
Found at i:131496 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 130198--131745 Score: 735
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130188 TTTTTGTCAT
* * ** * * **
130198 AAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCCG
1 AAAATAAGACAAATTTATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
130261 TTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAC
65 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAAC
* * * * * *
130325 CTTTTG-TTTGTCATATAACAATTCTTT-TTTATCATACAAGTTTATTCGA-AAT
129 CTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTC-ATAAA
* * * * *
130377 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAAGACAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * ** * * * ***
130441 CTTACCGAACTAGTTTGAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTATAACC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACC
* * **** * * * * * *
130505 TTGTGTTCTATTTTAAAATAATTATTTTTATTCAAAAAAACTTATT--TGAAA
130 TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAT-AAA
* * * * * * * *
130556 TAAAATAATACTAATATAATAGTATTTCAAA-AATTAATAA-CAAAGATATTTAAAAAATAAATT
1 -AAAATAAGACAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
130619 TGTTT-CTCAAACTAA-TTCTAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-T-C-AT
63 TGTTTAC-CGAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTAT
* * * *
130679 ----TTTTGTTGTGTCATAAAATAATT-TTT-TAATTCATACTAGCTTATTCA-AAA
126 AACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCATAAA
* * ** * * * *
130729 TTAAATAAAATGAATTTATTAGTATTTCAAA-AATTAATATGT-AAGGAATTTAAAAAATAAATT
1 -AAAATAAGACAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATA
* * * * ** *** *
130792 TATTTTCCTAACCAGCTT-AAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATG
63 TGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATA
* * * * * * * * *
130856 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTATTCATATAAGTTTGTT-AGGAAA
127 ACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-TAAA
* * * *
130911 AAATTAA-TC--ATATATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAAGACAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * ** * * * *
130968 TTTATC-AATCCAA-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAGCAATTATTTTTTTTAAATTGTTATAA
65 TTTACCGAA--CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA
* * ** * * ** **
131031 CTTTTTATTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGGATT
128 CCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAAA
* * * ** * * ** * * * * * *
131085 AAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATAAATAACCAAAATATAT-ATATATATATATAT
1 AAAATAAGACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * ** * * * * * *** ***
131149 TTACTGAACTAGAGCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTA-GTCGAAATCATTGGGACC
66 TTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATTGCTATAACC
* * *
131213 TTTTGTTTTAG-CATAAAA-AATTATTTC-AGTTCATAGAAACTTATTCA-AAA
130 TTTTGTTTT-GCCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCATAAA
* * * * * ** *
131263 TAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCTAAA-AATTAATAATTATGAGATTTAAAAAATGAATAT
1 -AAAATAAGACAAATTTATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
131327 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAAC
** * *
131392 CTTTTGTTTTGCCATAAAATGATT-TATTCTATTCTTACAAGCTTATT-TTGAAAA
129 CTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCAT--AAA
*
131446 AAAATAAGACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAAGACAAATTTATTAATATTTAA-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * ** * * * * *
131510 TTCACTGAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACC
* * * * *
131575 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGGTTATTCATAAT
130 TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAAA
* ** * * * *
131627 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAGTTAAAAAATAAATATAT
1 AAAATAAGACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
** ** * * *
131692 TTTTCGAACAAGTTCAAGGAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
66 TTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
131746 AAAAGTATGC
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 258, Indels: 126
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 115 0.11
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175 4 0.00
176 3 0.00
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183 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAATAAGACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCT
TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAAA
Found at i:132070 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 131736--132093 Score: 447
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
131726 AATAATTATC
* * *
131736 TATTTCAAATAAAAGTATGCTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGTAAAAATCTAAAAAG
1 TATTTCAAATAAAAGTATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATCTAAAAAA
* * * *
131801 TAAATATGTTTTCTTAATACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTCTATTTTAAATCA
66 TAAATATGTTTACTTAATACATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
131866 TCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTATTTCTGTTCATAAAAGCT
131 TCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCT
* *
131916 TATTTGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
1 TATTTCAAATAAAAGT-ATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATCTAAA
* * *
131979 AAATAAATCTGTTTAC-TAAGTGA-ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
63 AAATAAATATGTTTACTTAA-T-ACATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCA
* * * * *
132042 AA-CTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTATTCATAAAA
126 AATC-ATCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAA
132094 TAATACTAAT
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 20, Indels: 11
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 52 0.34
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182 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TATTTCAAATAAAAGTATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATCTAAAAAA
TAAATATGTTTACTTAATACATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCA
TCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCT
Found at i:132202 original size:164 final size:163
Alignment explanation
Indices: 131924--132243 Score: 389
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
131914 CTTATTTGAA
131924 ATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
131989 GTTTACTAAGTGAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACTGTTATAAT
66 GTCTACGAAG-CAATTCAAATAGTCATGACCATTTAAATAATCATTTATTTCAAACTGTTATAA-
* *
132054 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTATTC
129 CATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
*
132088 ATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTT-AAAAATTAATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTA-TTAAATTTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
132151 TTGTCTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACT-ATCATTTATTTTAAATTGTTA
64 CTGTCTA-CGAAGCAA-TTCAAATAGTCATGACCATTTAAA-TAATCATTTATTTCAAACTGTTA
* *
132214 TGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATTGT
126 TAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
132244 ATATACTTAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 17, Indels: 12
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.02
164 113 0.85
165 17 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (163 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
GTCTACGAAGCAATTCAAATAGTCATGACCATTTAAATAATCATTTATTTCAAACTGTTATAACA
TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
Found at i:132724 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 132422--138312 Score: 3319
Period size: 181 Copynumber: 33.0 Consensus size: 178
132412 AAATATTGCT
* * * * * * *
132422 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAATATAAATGTGTTTGCTGAATCAGTTTAAATAGTTAAGACT
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
132487 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATT-TTTCAA
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAA
* * *
132551 TTCAGACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAA
129 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AA
* * * *
132602 AAATTAATACATAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAGTGCAAATAGTTATGACT
1 AAATTAATA-ATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
132667 ATTTGAACAATTATCCATTTAAAATAAATATGACCTTCTATTTTATCATAAAATAATTGTTGT-A
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCA
* * * *** * * *
132731 GTTCATAAAAGCTGATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATAAATATTTCAA
128 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * * * * *
132783 AAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATTAAGTCAGCTCAAATAATTATGGC
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * ** * * **
132847 CATTTGAGTAATTATCTATTTTAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * *
132912 A-TCATA-ATGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
128 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * *
132962 ATATTTATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG-AAC----C----AGTT-T--CT
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * *
133015 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTAAGTTTTATTATAAAATAATTGTTTTAG
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAA
** * *
133080 TTTGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
129 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAA
* * * * * * *
133131 AAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGCTAAAATAGTTCAAACAGTTAAGACT
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** *
133196 ATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACGATCGTTTCAG
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-
** * ** * * *
133261 A-TCACGCAAGTTTATTCAAAACAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCCAA
128 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAA
* * * ** * *
133312 AATTTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGC
1 AAATTAATAA-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** ** ** * * *
133376 CATGTCAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATTCCCTTTTGTTTCATCATATAAGAATTCTATTT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TGTTT
* * * ** *
133441 GAA--AATTCAAGCTTA-TCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-A
126 CAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAA
* * * * * **
133492 GAAGT-CT-ATACGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * ***
133555 TTTGAACAATTGTAAACTTCAAATC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGT
65 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAAT
* * * * * *
133618 TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATCTAATAGTATTTCAA
130 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * * * **
133668 AAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCATTTCAAATATTTAAAACT
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
133733 ATATGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCCTTTGTTTCT-TCATAAAATAGGTTTTTTT
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAATA-----ATTG
* * * * * *
133797 TTTGAATTTATACTAGCTTTTTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAA
123 TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAA
* * * * *
133854 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATGATTTTGTTTACCT-AAACAGTTTAAA-A---A--A-
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA--TGAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * **
133911 T-TATG-AC---TA--TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * *
133969 GTTCATAGAAG-TT-TGTTGAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTAA
128 ATTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * * *
134021 AAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATATATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATAAATA
1 AAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * **
134083 TTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTG
65 TTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAA
* * **
134147 TTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
129 TTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * * ** * * * *
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1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTATGAAAC--AGTTCAAATAGTTATGA
* * ** *
134263 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
62 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * *
134328 AATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAA
127 AATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAA
* *
134381 AAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTG-AACA----AATTTAATTATGAC
1 AAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAAACAGTTCAA-ATAGTTATGAC
* * * * * *
134441 TGTTTGAATAATTATCTATTTGAAAT-AGCTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTT
* * * *
134505 CTATTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCAGA
126 CAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-A
* * * * * * *
134558 CAATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAATAAATCTGTTTACGAAATAAGTTCAAATCGTTATGACC
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * *
134622 ATTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-A
64 ATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * * * **
134685 TATTCATATAAGTTTA-TTCATATTAAAATAAAATTAATTTATAAATACTTTTA
128 -ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * ** * * *
134738 CAATTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATATAATTACTG-AACAAGTTTAAATAATCATGAC
1 AAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * * *
134802 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTCTTTTATAATAGAATATTTGTTTCA
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * *
134867 GTTTATATAAGCTTATTTGAAGTAATATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
128 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * ** * * *
134919 AAAATAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AAGAGTATGTTTAACAAAAAAAGTTTAGATAGTTATG
1 AAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAA-A-TCTGTTT-A-TGAAACAGTTCAAATAGTTATG
* * ** **
134983 ACTATCTT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTT
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* * * *
135047 TCTATTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAA
125 TCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCAA
* * * * * *
135102 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAGTA-AGTTCAAAAAGTTATGAC
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATGA-AACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** *
135166 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* ** ** * *
135230 TATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAGTATTCTAA
127 AATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AA
** * * *
135283 AAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTCATGTC
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGAC
** * * * * * ** * * *
135347 TATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTAATAACATTTCGTTTCATCGTAAAACAATTGTTTCT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * ** ** *
135412 ATTTATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATA-TTGTTCTATTAATATT--T
128 ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCAA
** * ** * * ** *
135461 TGA-TAATTAATAAGAGATTTAATAACGAAATATATTTACAAAAACAGTTCAAATAGTTATGATT
1 AAATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** *
135525 ATTTAAAGAATTATCTATTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAA
* * * * * *
135590 CTCACAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAA
129 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * * * *
135641 AAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATATATCTATTTACCGAGTA-AGTTCAAATACTTATGAC
1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGA-AACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
135705 TATTTCAATAATTATATATTTTAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
** ** *
135770 ATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
128 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
** * * * * *
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1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * ** * *
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63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * *
135949 ATGCA-A-AA--TTATTTAAAATAAAATAATATTGATCTATTAATATT--T
128 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
** * * *
135994 TGA-TAATTAATAAGAGATTT-AAAAATGAAATTTATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTAT-GAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
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* * * * * *
136121 TTTTATACAAGTTTA-TTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
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* * * * * *
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1 AAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * * * *
136771 TTAGAGTAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACTTTTTATTTAGTCATATAATAATTATTTCAGT
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* * * *
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* * *
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1 AAATTAATAATA-A-GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATGA-AAC-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
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* * * * *** *
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125 TCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAA
* * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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62 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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1 AAATTAATAA-TAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTATGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * **
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63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * * *
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* * * * * *
137773 AAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTGA-CAAACCAATTCAAATAGTTTTGAC
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* * * * * *
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63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTC
* * ** * * * * * *
137901 TA-TCTATACTATATTGTTTGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATGTTCCGA
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* * * * * * ** ** * *
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1 AAATTAAT-A--ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATGAAA-C-AGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
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61 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
*
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* * * * * * *
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1 AAAT-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * **
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* * ** * *
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1 AAATTA
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** *
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* * * * * * * *
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*
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* *
133151 TGAAAAATAAATTTGTTT
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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**
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * **
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65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAAT-ATTTAAAAATTAATAAATAAA-AGATTTAAAAAAT
* * * * *
134409 AAATCTGTTTATTGAACAAATT----TAATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTGAAAT-AG
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* * * * * * * *
134469 CTATTAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTA-TTCATCCAAGCTTATTTCAAATAA
192 TTATGACTATTTTATTTTGTAATAAAAT-ATTTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
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255 AATAATATAATTTATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTAAAA-AATTAAAAAAAAATATGTTTA
* * * * * * *
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* ** * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTAT
* * * * * * *
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* * * *
134767 AATATAATTACTGAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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*
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* ** ** * *
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* * ** * * *
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** * * * * *
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* * * * ** * * ** **
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* ** * ** * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * ** * * *
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257 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAAAATATGT-TTAAC
** ** * * *
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320 AAAAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATC
* * * * * * *
135721 TATTTTAAATCGTTATAATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAATTTTA
1 TATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA
* * * ****
135785 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTTTGGGATTTAAAAAAT
65 TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATT-TAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
135849 AAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCGATTTCAAATCG
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* * ** * * * * *
135913 TAATGAC-ATTTTATTTTATTGTAAAACAATTATTTCA-TGCA-A-AA--TTATTTAAAATAAAA
192 TTATGACTATTTTATTTTGTAATAAAATATTTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** * * * * * * *
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257 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAA-AAAATATGTTTAAC
* * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
136136 TTCATATTAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTCCAAAAATTAGTAGGTAAGAGATTTAAAAAC
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* * * * * *
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** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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251 ATAAAATAATATAATTT-ATTAATATTTCAACAAT-TAATAAGTAA-AAAATTAAAAAA-AAATA
* * * ** * * * *
138159 TATTTATC-GAATCA-TTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATA
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
134274 ATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATAT-A
253 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATT--TATCA
** * * **
134338 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTA
315 AAATTATTTAAAATAAAATAATA-TTATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAAT-AAGAGATTTA
* * * * * *
134403 AAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA-A-TT----TAATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTT
375 AAAAATAAATATATTTA-TCAA-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
134462 GAAATAGCTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCA
438 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGA
*
134527 AATAAAATAATA-TAAATTATTAATA-TTCAGA
502 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A
* * * * * *
134558 CAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAAATAAGTTCAAATCGTTATGACC
1 AAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
134622 ATTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAT
64 ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * * * * * *
134686 ATTCATATAAGTTTATTCATATTAAAATAAAATTAATTTATAAATACTT-TTACAATTAATAAAT
127 ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
** * ** * * *
134750 AAAATATTTAAAAAATAAATATAATTACTGAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATT
191 ATGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
134815 ATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTCTTTTATAATAGAATATTTGTTTCAGTTTAT-ATAAGC
256 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA-TTTATCA-AA-A
* * * * * *
134879 TTATTTGAAGTAATATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGAATTAAAA
318 TTATTTAAAATAAAATAATATT-ATTTATTAATATTT-TAAAAAT--T-AATAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
134944 AA-AAGAGTATGTTTAACAAAAAAAGTTTAGATAGTTATGACTATCTT-AATAATTATCTATTTC
378 AATAA-A-TATATTTATC-AAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
135007 AAAACATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTTTTTGAAA
439 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAA
135072 TAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTCAA
504 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAA
* * ** *
135102 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAGTAAGTTCAAAAAGTTATGACT
1 AAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * *
135167 ATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * * *
135232 TTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTT
128 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAT
* * *
135297 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTAT
193 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
135362 CTATTTCAAATCGTAATAACATTTCGTTTCATCGTAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTA
258 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTAT-CAAAATTA
* * * * * **
135427 TTTAGAATAAAATAATATTGTTCTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTTAATAACGAAAT
321 TTTAAAATAAAATAATATTATT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
135492 ATATTTA-CAAAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAAGAATTATCTATTACAAATCGTTAT
385 ATATTTATC-AAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
135556 GACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTACTCACAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATA
449 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATA
* *
135621 TTAATTTATTAAAATTTCAA
514 CTAATTTATTAATATTTCAA
* * ** *
135641 AAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATATATCTATTTACCGAGTAAGTTCAAATACTTATGACT
1 AAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
135706 ATTTCAATAATTATATATTTTAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* *
135771 TTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTTT
128 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAT
* * * * *
135835 GGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTA
193 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTA
* * * ** * * *
135899 TCGATTTCAAATCGTAATGACATTTTATTTTATTGTAAAACAATTATTTCA--T-GCAAAATTAT
257 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCATTTATCAAAATTAT
* * *
135961 TTAAAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTT-AAAAATGAAAT
322 TTAAAATAAAATAATATT-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * *
136025 TTATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATG
385 ATATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
136090 ATC-TTTGTTTTGTCATCAAATAATTGTTTCTTTTTATACAAG-TTTATTCATATTAAAATAATA
450 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGA-AATAAAATAATA
* *
136153 CTAATTTAATAATATTCCAA
514 CTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
136173 AAATTAGTAGGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
1 AAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
136238 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-A
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * * * * * *
136302 GTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAGTACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCA
128 -TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * * *
136367 AGATATTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTAAAATAGAT-TTGACTATTTGAACAA
192 TGAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAA
* * * * * *
136431 TTATTTATTT-AAAGT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATGAAATAATTGTTTCAATTCATAAAA
254 TTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTATCAAA
* * * *
136494 ACTTATATGAAATAAAATAAT-TCTA---CTT--TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
317 A-TTATTTAAAATAAAATAATAT-TATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAA
* * * * * * * *
136553 AAACTAAAGT-TGTTTTTTCAAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATC
376 AAAATAAA-TAT-ATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
136617 AAATAGTTATGATC-TTTCTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCAT-CAAGCTTATTTG-G
439 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTTTTTGAA
* *
136678 ATAAAAATAATACTAATTGAATAATA-TTCTAA
503 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
** * * * * *
136710 AAATTAATAAG---AGATTTAGAAAATAAAT-GGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGATTA
1 AAATTAATAAGTAAAGATTTA-AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
136771 TTAGAGTAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACTTTT-TATTTAGTCATATAATAATTATTTC-A
65 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGT-TTT-GTCATAAAATAATTATTTCTA
* *** * * * **
136834 GTTCGTACAAAG-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAAC
128 -TTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
136898 ATGAGATTTGAGAAAATAAATCTGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-CATCAA
191 ATGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT-AA
* * * *
136962 TTAT-TGATTTAAAATCCTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTTTAT-AA
254 TTATCT-ATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA-TTTATCAA
** * *
137024 AAGCTTATCAAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
316 AA--TTATTTAAAATAAAATAATATTA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTT
* * * * * * * *
137089 AAAAAATAAAT-TAATTTATCCAATCAGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACAACTATCTATTT
374 AAAAAATAAATAT-ATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * **
137153 TAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-TTAGCATACAAGCTTTTTCA
438 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT--CATACAAGCTTTTTTG
* *
137216 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAA
501 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
137249 GAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAAAAATTTATTT-GCTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
1 AAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
137310 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTAT
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT
* * * * *
137375 TCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAATTATG
129 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTATG
* * * * * *
137440 AGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACCGAACTAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTAT
194 AGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * * * * * * **
137504 TTATTTCAAATATTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTATACAAGCTTA
258 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTAT-CAAAATTA
*** * * * * *
137569 TTCGGATTAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTGAAAATTTTATAAGTAAGAGA-TTAAGAAAA
321 TTTAAAATAAAATAATATT-ATTTATTAATATTTTAAAA--AT-TAA-TAAGAGATTTAA-AAAA
* * * * * *
137633 TAATTCTATTTA-CAAAACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTG--C-ATAATC-A-TT---A--
380 TAAATATATTTATCAAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
137687 -TTAT---TTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTAATATAAG-TTTATTCGAAATAAA
444 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTT-TTTGAAATAAA
* *
137747 ATAATATTAATTTATTAATATTTGAA
508 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
137773 AAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTGA-CAAACCAA-TTCAAATAGTTTTG
1 AAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAA-TAAATCTA-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
** * * *
137835 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAATAATTAGTT
61 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
* * ** * * * * ** * *
137900 CTA-TCTATACTA-TATTGTTTGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATGTTCCGAAACTTGATA
125 CTATTC-ATACAAGT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
** ** * * * ** * * * * * * *
137963 ACCAAAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCTA-TTCAAATATTTAAGATTATATGA
188 A--GTATGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
* * * * * * * * *
138027 ATGATTATCTATTTC--ATCATTATAACTTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTATTTTATTCATAC
250 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCATTTAT-C
** * *
138090 AAGCTTA-TT--AAT--AATACTA--ATTTCA-TAATA-TTTCAAAATCTAATAAGTAAGATATT
314 AAAATTATTTAAAATAAAATAATATTATTT-ATTAATATTTTAAAAAT-TAATAAG--AG--ATT
* * * * * * * * *
138146 TAAAAAATAAATTTATTTATCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTT
373 TAAAAAATAAATATATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT
* * * ** * * * **
138211 T-AAATCATTCTGACATTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAG-TTTATTCA
437 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTT-TTTG
* *
138274 AAATAAATTAATACTAATTAATTAATATTTCAA
501 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
138307 AAATTA
1 AAATTA
138313 TTTCAAACTT
Statistics
Matches: 4283, Mismatches: 815, Indels: 512
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
516 4 0.00
517 4 0.00
518 2 0.00
519 5 0.00
520 42 0.01
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534 120 0.03
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546 10 0.00
547 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTC
ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTATGAG
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCATTTATCAAAATTATTTAA
AATAAAATAATATTATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT
ATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAA
Found at i:137827 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 137524--137848 Score: 388
Period size: 167 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
137514 TATTTATAAC
* * * *
137524 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTATACAAGCTTATTCGGATTAGAATAAAATTA
1 TTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTA
* * * * **
137589 ATTTATTAATATTTGAAAATTTTATAAGTAAGAGATTAAGAAAATAATTCTATTTACAAAACCGG
66 ATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAGAAAATAAATCTATTGACAAAACCAA
*
137654 TTCAAATAATTATAACTATTTGCATAATCATTATTAT
131 TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATCATTATTAT
* *** * * *
137691 TTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT-TTGTTAATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATT
1 TTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATT
*
137755 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAA-AAAGTAAATCTACTTGAC-AAA
65 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AAGTAAGAGA-TTAAGAAAATAAATCTA-TTGACAAAA
* * *
137817 CCAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAAT
127 CCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
137849 TATCTATTTC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 22, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.02
167 120 0.91
168 10 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
TTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTA
ATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAGAAAATAAATCTATTGACAAAACCAA
TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATCATTATTAT
Found at i:154081 original size:165 final size:160
Alignment explanation
Indices: 153696--154295 Score: 513
Period size: 159 Copynumber: 3.7 Consensus size: 160
153686 AGTTGAAGGT
* *
153696 CAACTTTGAAACCAAACAAAATGAATAGGAGAAATGCTTTTTTCTTTTTGCAAACAAAAGCAACA
1 CAACTTTGAAACCAAACAAAATGAATAGGAGAAATGC---TTT-TTTTGGTAAACAAAAGCAACA
** * * * ** *
153761 ATATCATGTATCCCAATGGTTAC-AAACT-TATTTGGTTGGTACTTTGT--CTAAAGAACTTATA
62 ATATC-TGTATCCCAATGGGAACTATA-TAT-TTTGCTTGGTAATTTGTGAAAAAAAAACTTATA
** * * * * **
153822 TTTTTACAATGGAGGAAGTTTGAAAGAGTTGAAAG-AC
124 CATTTATAAAGAAAGAAGTTTGAACCAGTTG-AAGCAC
* **
153859 TAACTTTGAAACCAAACAAAATGAATAGGAGAAATGCTTTTCGTGGTAAACAAAAGCAACAATAT
1 CAACTTTGAAACCAAACAAAATGAATAGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATAT
* * * *
153924 CGTGTATCCGAATGGGACCTATATATTTTGCTTGGTATTTTGTGAAAAAAAAAGCTTATACTTTT
66 C-TGTATCCCAATGGGAACTATATATTTTGCTTGGTAATTTGTGAAAAAAAAA-CTTATACATTT
153989 A-AGAAGAAAGAAGTTTGAACCAGTTAGAAGACCAC
129 ATA-AAGAAAGAAGTTTGAACCAGTT-GAAG--CAC
* * *
154024 CAACTTTGAAACAAAACAAAATGAATGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAGA-AAAAGCAATAA-A
1 CAACTTTGAAACCAAACAAAATGAATAGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAA-ACAAAAGCAACAATA
* * * ** **
154087 TCATGCATCCCAATGGTAAC-AAACTATTTCACTTGGTAATTTGTG--AAAATGACTTATACATT
65 TC-TGTATCCCAATGGGAACTATA-TATTTTGCTTGGTAATTTGTGAAAAAAAAACTTATACATT
* * * * *
154149 TATAATGGAGGAAGTTTGAACTAGTTGAAGGAC
128 TATAAAGAAAGAAGTTTGAACCAGTTGAAGCAC
* * *
154182 TAACTTTGAAACCAAACAAAATGTAA-AGGATAAATGCTTTTTTTTGGTAAACGAAAGCAACAAT
1 CAACTTTGAAACCAAACAAAATG-AATAGGAGAAATGC-TTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAAT
* * * *
154246 ATCTAGTATCCTAATGGGAACTATTTATTTTGCTTGGCACTTTGTGAAAA
64 ATCT-GTATCCCAATGGGAACTATATATTTTGCTTGGTAATTTGTGAAAA
154296 TAATTGCCAC
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 60, Indels: 43
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 33 0.09
159 75 0.21
160 43 0.12
161 36 0.10
162 39 0.11
163 39 0.11
164 34 0.10
165 56 0.16
166 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (160 bp):
CAACTTTGAAACCAAACAAAATGAATAGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATAT
CTGTATCCCAATGGGAACTATATATTTTGCTTGGTAATTTGTGAAAAAAAAACTTATACATTTAT
AAAGAAAGAAGTTTGAACCAGTTGAAGCAC
Found at i:155738 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 155275--157602 Score: 973
Period size: 158 Copynumber: 14.4 Consensus size: 159
155265 GTAAACAACC
* * * * * * *
155275 TATAATTTTATGATTAATGAAGTTTGAACAAGTTG-ATGACCAACTTTGAAACAAAACAAAATGA
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGA
* * * * *
155339 ATGGGAGAAATACTTTTTTTTTTTGTAAA-AGAAAACAACAATATCATGTATCCCAATAGTAACA
66 AAGGGAGAAATGC---TTTTTTTGGTAAACA-AAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATAGTAACA
* * * *
155403 AACTATTTTACTTGGTACTTTATGAAAAG-AAT
127 ATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
* * * ** * * * *
155435 GTACACTTTTACAATGGATAAAGTTTAAATTAGTT-AAAGGACCAACTTTAAAACCAAACAGAAT
1 -TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAA-GACCAACTTTGAAACCAAACAAAAT
* * * * * *
155499 AAAAGGGAGAAATGCTTTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATTTATTATATCCCAATAGAAACT
64 GAAAGGGAGAAATGC--TTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATAGTAACA
*
155564 ATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGCAAAGAAAT
127 ATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
** *
155597 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAAGACTAACTTTGAAACCAAACAAAATGA
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGA
* * * * *
155662 AAGGAAGAAATGC-TTTTTTGGTAAATAAAAGCAACAATATCTTGTCTCCTAATAAG-AACTATC
66 AAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAAT-AGTAACAATC
* * *
155725 TATTTTTCATGATATTTTGTGAAAA-AAACT
130 TATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAA-T
* * * * * *
155755 TATATTTTTATGATAGATGAAGTTTGAATAAGTT-AAAGGACCAACTTTGAAACCTAATAAAATG
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAA-GACCAACTTTGAAACCAAACAAAATG
* * *
155819 AAAGGCATAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAAGC-ATAT-TATGTATCCCAATGGTAACAA
65 AAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAA-CAATATCT-TGTATCCCAATAGTAAC-A
** * * * *
155882 AT-TATAATGCTTGGTGCTTTGTGAAAAGGACT
127 ATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
* * * * * * * * * *
155914 TACATTTTTACACTAGAGGAAGTTTGATTGAGTTGAAGGACCTACTTTGAAACTAAACAAAATG-
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGA
* * *
155978 AA--TA-AAA-GCTTTCTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCATT-TATCCCTATTGTAACAAA
66 AAGGGAGAAATGCTTT-TTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATC-TTGTATCCCAATAGTAAC-AA
* * * *
156038 T-TATTTTGCTTGGTATTTTGTGAAAATAACCT
128 TCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAA-AT
*** * * * * * *
156070 T-TACTTTTA-CGGTGAAGAAAGTTTAAACAAGTTGAAGGGCCAACTTTGAAACCAAACAAAATA
1 TATACTTTTATAATTG-AGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATG
* * * ** * *
156133 AAAGGGAGAAATACCTTTTTTGGTAAAC-AAAGCAACAATATCATGTATCCTTATAGGAACTATG
65 AAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATAGTAACAAT-
*
156197 C-ATTTTGCTTGATACGTTGTG---A-AAA-
129 CTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
* * ** * *
156222 TA-ACTTATATGACCGAGGAAGTTTGAATGAGTT-AAATGACCAACTTTGAAACCAAATAAAATG
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAA-GACCAACTTTGAAACCAAACAAAATG
* * *
156285 AAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATAT-TGTGTCTCCCAATGGTAACAAA
65 AAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCT-TGTATCCCAATAGTAAC-AA
* ***
156349 T-TATTTTGCTTGTTACTTTGTGAAAAGTTCT
128 TCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
** * * * *
156380 TATACTTTTACGATAGAGGGAA-TTTGAATGAGTT-AAAGGACCAACTTTGAAATCGAAC-AAAT
1 TATACTTTTATAATTGA-GGAAGTTTGAATAAGTTGAAA-GACCAACTTTGAAACCAAACAAAAT
* * * * * * * * ** *
156442 ----CGGTGAAATGCTTTTTGTGGCAAACAAAAGCAACAATGTCATATATCCTAATGAATGGGAG
64 GAAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAAT--A-GTAAC
* * ** *
156503 AA-CTGTTTCT-TTTGGA-A---AATG-AAAGCAACAA
126 AATCTATTT-TGCTT-GATACTTTGTGAAAAG-AA-AT
* * * * * ** *
156534 TAT-CTTGTATCCCAGTGGGAGCTATATATTTTGCTTGATAGTTTTGGAAAAGAACTTATACTTT
1 TATACTTTTAT---AAT-TGAG---GA-AGTTTGAAT-A-AG--TT-G-AAAG-AC-CA-ACTTT
* ** ** ** * * **** ** *
156598 TACAATGAAGGAAGTTTG-AATGCATTGAAA-GACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGA
49 GA-AACCAAACAA-AATGAAAGGGA--GAAATG-CTTTTTTTG---GTAAAC---A--AAA-GCA
* * ** * * ** *
156661 AAAATGCATTTTTTTGGTAAACCAA-AGTAGCAATATCTTATATCCCAATGGGAACTATCTATTT
100 ACAAT--A---TCTT-GTATCCCAATAGTAAC-A-ATC-TATTTTGC--T-TG-A-TA-C---TT
156725 TGCTTGACATTATTATGAAAAGAAT
147 TG--TGA-A--A--A-G---A-AAT
* * * * * * *
156750 ATATACATTTACAATGGAAGAAGTTTGAA-AGAGTTAAAAG-CCTAACTTTGAAACCATATAAAA
1 -TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATA-AGTTGAAAGACC-AACTTTGAAACCAAACAAAA
* * * *
156813 TGAAAGGGAGAAATGATTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATTTCTTGTATCCCAATGAG-AGCT
63 TGAAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAAT-AGTAACA
* * * * *
156877 ATCTATTTTGGTTGGTAATTTGTGAAAATAACT
127 ATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
* * ** * * * *
156910 TATACCTTTATGA-TGAAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGACTAACTTTGAAAGCAAACAAAAAG
1 TATACTTTTATAATTG-AGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATG
** * * * * * *
156974 AAAAAGAAAAATGCTTTATTT-GTAAACAAACGTAACAATATCTTGTATCCCAATAGGGAA-TAT
65 AAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATA-GTAACAAT
* * * *
157037 CTATTTTGCTTGGTGCTTTGTGAATA-AACT
129 CTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
** * ** * * *
157067 TATA-TTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGATCAACTTTGAAACCAAACATAATGA
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGA
* * * * * *
157131 AAGGGTGTAAGGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATTCCAATAGGAACTATCT
66 AAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATAGTAACAATCT
* * * * *
157196 ACTTTGCTTGGTACTTTATTAAAAGAACT
131 ATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
* * * * * * * *
157225 TATA-TTTTATGATGGAGCAAGGTTGAATGAGATGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAACTGA
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGA
* * * * * *
157289 AAGGAAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAACAACAATATCTTGTATCCTAATGGGAACTATCT
66 AAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATAGTAACAATCT
* * *
157354 ATTTTGCTTGAT-CTTTGTGATAGGAACT
131 ATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
* * * * * * * *
157382 TATACTTATATGATGGATGAAATTTGAACAAGTT-AAAGGACCAACTTTGAAACCAAATAGAATG
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAA-GACCAACTTTGAAACCAAACAAAATG
* * * ** * **
157446 AAAAGGAGAAATGCTTTTGTTTGGTAAA-AAAAGCAAAAATATCATGTATTGCAATGGTCAAGGA
65 AAAGGGAGAAATGCTTTT-TTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATAGT-AACAA
* * *
157510 -CTATTTTTCTTGGTACTTTGTGAAAAGAACT
128 TCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
* * ** * ** *
157541 TATACTTTTACAATGGAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGATTAACTTTAAAACCAAACAAAA
1 TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAA
157603 GTATTTGTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (159 bp):
TATACTTTTATAATTGAGGAAGTTTGAATAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGA
AAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATAGTAACAATCT
ATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAAT
Found at i:156421 original size:466 final size:473
Alignment explanation
Indices: 155293--156489 Score: 1251
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155283 TATGATTAAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * **
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384 TGGTAAATAAAAGCAACAATATCATGTATCCTAATAAGAACTATCTATTTTGCATGATACGTTGT
* *
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449 GAAAAAAACTTATA---TTATGACAGAG
* * * *
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1 GAAGTTTGAATAAGTTAAATGACCAACTTTGAAACCAAATAAAATGAAAGGGAGAAATGCTTTTT
** *
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66 TTGGTAAACAAAAGCAA-CAATATTATGTATCCCAATGGTAACAAATTATTTTGCTTGGTACTTT
* * * *
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130 GTGAAAA-GATCTTACACTTTTACA-TAGAGGAAGTTTGAATGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAA
* * *
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193 CCAAACAAAATAAAAGGAGAAATGCTTTTCTTTTGGTAAACAAAAGCAACAAT-TCATTATATCC
* * * * * * * **
156025 CTATTGTAACAAAT-TATTTTGCTTGGTATTTTGTGAAAATAACCTT-TACTTTTA-CGGTGAAG
257 CAATAGAAAC-AATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAA-ATTATACTTTTATAAGTG-AG
* * *
156087 AAAGTTTAAACAAGTTGAAGGGCCAACTTTGAAACCAAACAAAATAAAAGGGAGAAATACCTTTT
319 AAAGTTTAAACAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATAAAAGGAAGAAAT-CCTTTT
* * * *
156152 TTGGTAAA-CAAAGCAACAATATCATGTATCCTTATAGGAACTATGC-ATTTTGCTTGATACGTT
383 TTGGTAAATAAAAGCAACAATATCATGTATCCTAATAAGAACTAT-CTATTTTGCATGATACGTT
* *
156215 GTGAAAATAAC-T-TA-TATGACCGAG
447 GTGAAAAAAACTTATATTATGACAGAG
*
156239 GAAGTTTGAATGAGTTAAATGACCAACTTTGAAACCAAATAAAATGAAAGGGAGAAATGCTTTTT
1 GAAGTTTGAATAAGTTAAATGACCAACTTTGAAACCAAATAAAATGAAAGGGAGAAATGCTTTTT
* * * *
156304 TTGGTAAACAAAAGTAACAATATTGTGTCTCCCAATGGTAACAAATTATTTTGCTTGTTACTTTG
66 TTGGTAAACAAAAGCAACAATATTATGTATCCCAATGGTAACAAATTATTTTGCTTGGTACTTTG
* * *
156369 TGAAAAGTTCTTATACTTTTACGATAGAGGGAA-TTTGAATGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAAT
131 TGAAAAGATCTTACACTTTTAC-ATAGA-GGAAGTTTGAATGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAAC
* * * * *
156433 CGAAC-AAAT---CGGTGAAATGC-TTT-TTGTGGCAAACAAAAGCAACAATGTCA-TATATCC
194 CAAACAAAATAAAAGGAGAAATGCTTTTCTTTTGGTAAACAAAAGCAACAAT-TCATTATATCC
156490 TAATGAATGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (473 bp):
GAAGTTTGAATAAGTTAAATGACCAACTTTGAAACCAAATAAAATGAAAGGGAGAAATGCTTTTT
TTGGTAAACAAAAGCAACAATATTATGTATCCCAATGGTAACAAATTATTTTGCTTGGTACTTTG
TGAAAAGATCTTACACTTTTACATAGAGGAAGTTTGAATGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAACCA
AACAAAATAAAAGGAGAAATGCTTTTCTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATTCATTATATCCCAAT
AGAAACAATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAAATTATACTTTTATAAGTGAGAAAGTTT
AAACAAGTTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATAAAAGGAAGAAATCCTTTTTTGGTAAA
TAAAAGCAACAATATCATGTATCCTAATAAGAACTATCTATTTTGCATGATACGTTGTGAAAAAA
ACTTATATTATGACAGAG
Found at i:157196 original size:315 final size:314
Alignment explanation
Indices: 156491--157602 Score: 1208
Period size: 315 Copynumber: 3.5 Consensus size: 314
156481 CATATATCCT
* * * ** * *
156491 AATGAATGGGAGAACTG-TTTCTTTTGGAAAATGAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAGTGGGAG
1 AATGAAAGGGAGAAATGCTTT-TTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAAT-GGAA
* * * *
156555 CTATATATTTTGCTTGATAGTTT-TGGAAAAGAACTTATACTTTTACAATGAAGGAAGTTTGAAT
64 CTATCTATTTTGCTTGGTACTTTGT-GAAAAGAACTTATACTTTTACAATGAAGGAAGTTTGAAC
* *
156619 GCA-TTGAAAGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAAAAATGCATTTTTTTGGTAAAC
128 G-AGTTGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAAGGAAAAATGC-TTTTTTTGGTAAA-
* * *
156683 CAAAGTAGCAATATCTTATATCCCAATGGGAACTATCTATTTTGCTTGA-CATTATTATGAA-AA
190 CAAAGTAACAATATCTTGTATCCCAATGGGAACTATCTATTTTGCTTGATC--T-TTGTGAATAA
* * * * * *
156746 GAATATATACATTTACAATGGAAGAAGTTTGAAAGAGTTAAAAG-CCTAACTTTGAAACCATATA
252 -ACT-TATACTTTTACGATGGAAGAAGTTTGAACGAGTTAAAGGACC-AACTTTGAAACCAAATA
156810 A
314 A
* * *
156811 AATGAAAGGGAGAAATGATTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATTTCTTGTATCCCAATGAGAGC
1 AATGAAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATG-GAAC
* * * * **
156876 TATCTATTTTGGTTGGTAATTTGTGAAAATAACTTATACCTTTATGATGAAGGAAGTTTGAACGA
65 TATCTATTTTGCTTGGTACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATGAAGGAAGTTTGAACGA
* * * * *
156941 GTTGAAGGACTAACTTTGAAAGCAAACAAAAAGAAAAAGAAAAATGCTTTATTT-GTAAACAAAC
130 GTTGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAAGGAAAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAA-
*
157005 GTAACAATATCTTGTATCCCAATAGGGAA-TATCTATTTTGCTTGGTGCTTTGTGAATAAACTTA
194 GTAACAATATCTTGTATCCCAAT-GGGAACTATCTATTTTGCTTGAT-CTTTGTGAATAAACTTA
* * * * *
157069 TA-TTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGATCAACTTTGAAACCAAACAT
257 TACTTTTACGATGGAAGAAGTTTGAACGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAACCAAATAA
* * * *
157126 AATGAAAGGGTGTAAGGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATTCCAATAGGAAC
1 AATGAAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAAT-GGAAC
* * * ** * * * *
157191 TATCTACTTTGCTTGGTACTTTATTAAAAGAACTTATA-TTTTATGATGGAGCAAGGTTGAATGA
65 TATCTATTTTGCTTGGTACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATGAAGGAAGTTTGAACGA
* *
157255 GATGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAACTG-AAAGGAAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAA
130 GTTGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAAGGAA-AAATGCTTTTTTTGGTAAAC-AA
** *
157319 AACAACAATATCTTGTATCCTAATGGGAACTATCTATTTTGCTTGATCTTTGTG-ATAGGAACTT
193 AGTAACAATATCTTGTATCCCAATGGGAACTATCTATTTTGCTTGATCTTTGTGAATA--AACTT
* * * * * *
157383 ATACTTATATGATGGATGAAATTTGAACAAGTTAAAGGACCAACTTTGAAACCAAATAG
256 ATACTTTTACGATGGAAGAAGTTTGAACGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAACCAAATAA
* * * **
157442 AATGAAAAGGAGAAATGCTTTTGTTTGGTAAA-AAAAGCAAAAATATCATGTATTGCAATGGTCA
1 AATGAAAGGGAGAAATGCTTTT-TTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATGG--A
** * *
157506 AGGA-CTATTTTTCTTGGTACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATGGAGGAAGTTTGAAC
63 ACTATCTATTTTGCTTGGTACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATGAAGGAAGTTTGAAC
** *
157570 GAGTTGAAGGATTAACTTTAAAACCAAACAAAA
128 GAGTTGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAA
157603 GTATTTGTGA
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 99, Indels: 47
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Matches are distributed among these distances:
313 9 0.01
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321 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (314 bp):
AATGAAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAACAATATCTTGTATCCCAATGGAACT
ATCTATTTTGCTTGGTACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATGAAGGAAGTTTGAACGAG
TTGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAAGGAAAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAGT
AACAATATCTTGTATCCCAATGGGAACTATCTATTTTGCTTGATCTTTGTGAATAAACTTATACT
TTTACGATGGAAGAAGTTTGAACGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAACCAAATAA
Found at i:157676 original size:78 final size:80
Alignment explanation
Indices: 157526--157676 Score: 216
Period size: 79 Copynumber: 1.9 Consensus size: 80
157516 TTCTTGGTAC
** **
157526 TTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATGGAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGATTAACTTTAA
1 TTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATCAAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGACCAACTTTAA
157591 AACCAAACAAAAGTA
66 AACCAAACAAAAGTA
** * *
157606 TTTGTGAAAAG-ACTTATGGTTTTACAATCAAGGGAGTTTGAATGAG-TGAAGGACCAACTTTAA
1 TTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATCAAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGACCAACTTTAA
157669 AACCAAAC
66 AACCAAAC
157677 TAAATGAATG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
78 23 0.37
79 29 0.46
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (80 bp):
TTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACAATCAAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGACCAACTTTAA
AACCAAACAAAAGTA
Found at i:157899 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 157652--160435 Score: 943
Period size: 159 Copynumber: 17.5 Consensus size: 157
157642 TTTGAATGAG
* * *
157652 TGAAGGACCAACTTTAAAACCAAACTAAATGAATGGGAGAAATGTTTTTTTTGGTAAACAAAAGC
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAA-G-TTTTTTTGGTAAACAAAAGC
* * * * * * *
157717 AATAATACCATGTATCCCAATGGTAACAAACTATTTTTCATGGTACTTTGTGAAAAAAACCTATT
64 AATAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTATA
* *
157782 CTTTTACGATGGAGGAATTTTGAACGAGT
129 CTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * * * *
157811 TGTATGACCAACTTGGAAATCAAACAAAATGAAAGGGAGATAGTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAA
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAGTTTTTTTGGTAAACAAAAGCAA
* * * *
157876 TAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTGCTTAGTACTTTTTCAAAAGAACCTATATT
66 TAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTATACT
* *
157941 TTTACGATGAAGAAAGTTTGAACAAG-
131 TTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* *
157967 T---GGACCAACTATGAAACCAAATAAAATGAAAGGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGC
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAA-G-TTTTTTTGGTAAACAAAAGC
* * * * * * *
158029 AACAATAT-ATTGTATCCCAATA-GAAACTATA-TATTTTTCTTTA-TACTTTGTGAGACGAACA
64 AATAATATCA-TGTAT-CCAAAAGGTAAC-AAACTATTTTTC-TTAGTACTTTGTGAAAAGAACC
* * **
158090 TATACTTTTAAGATGGAGGAAGTTTAAATGAGT
125 TATACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * *
158123 TAAAGGACCAACTTTGAAACTAAACAAAATGAAAAGGTA-AAATTGTTTTTTTGGTAAATAAAAG
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATG-AAAGGGAGAAA--GTTTTTTTGGTAAACAAAAG
* * * * * * *
158187 CAA-AA-ATGC--GTACCCCAATGGTAAGAAACTAATTTACTTAGTACTTTGTGAAAAGAACTTA
63 CAATAATAT-CATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTA
* * **
158248 TACCTTTACTATATAGGAAGTTTGAACAAGT
127 TACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * *
158279 TGAAGGATCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAATATTTTTTCGTAACCAAAAGCA
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAGT-TTTTTTGGTAAACAAAAGCA
* * * ** * *
158344 ACAATAACTTGTATTCC-------AAC--TTTATTTTATC-TGGTACTTTGTGAAAAGAACTTAT
65 ATAATATCATGTA-TCCAAAAGGTAACAAACTATTTT-TCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTAT
** * * * *
158399 ACAATTACAATGTAGAAAGTTCGAACAAGT
128 ACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* ** * ** * ** * * *
158429 TAAAGGATGAACTTTGAGACCAAATGAAATGAAAGAGTTAAATGCTTTTTATGGAAAATGAAAA-
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAA-G-TTTTTTTGGTAAA-CAAAAG
* * * * * * * * * * *
158493 CAACAATATCTTGTATGCC-AACGGGAACTATCTATTTTGCTTGGTATTTTGTCAAAAGAACATA
63 CAATAATATCATGTAT-CCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTA
* *
158557 TACTTTTACAATGGAGGAAGTTT-AATAAGT
127 TACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * **
158587 TGAATGACCAACTTTGAAACCAAACAAAAAGAGTGGGAGAAA-TACTTCTTTTGGTAAACAAAAG
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAGT--TT-TTTTGGTAAACAAAAG
*** * * * * * *
158651 CTCCAATATCATGTATTTC-AATGGCAACAAACTATTTTGCTTGGTAC-TT-T-----G--CGTA
63 CAATAATATCATGTA-TCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTA
* * *
158706 TACTTTTAC-A---ATGAAGTCTGAACGAGT
127 TACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
** ** ** * * ** *
158733 TGAAGGATGTATACTTTGAAATGAATGTAAACTTTGTGAAA---AGAACGTATACTTTGAAATCA
1 TGAAGGA-CCA-ACTTTGAAACCAA-ACAAA----ATGAAAGGGAGAAAGT-TTTTTTG--GT-A
* * ***** * * *
158795 AACAAAATG-AATGAGAGA-AATGCT-T-TTTGTGGTAAACAAAGGCAATAATATCTT-GTA--T
55 AACAAAA-GCAAT-A-ATATCATG-TATCCAAAAGGT-AACAAA--CTAT-TTTTCTTAGTACTT
** * * * * * * * * *
158853 T-CCATCAGGAA-CTAT-CTATTT-TGCTTGA--TATTTTGTAGAA--
112 TGTGA-AAAGAACCTATACT-TTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * * ** ** ** ** * * ******
158893 --AA-AACTTATACTTTTACGATTAAGGAAGTGTGAACGAGTTAAAGGACCAGCTTTGAAACCAA
1 TGAAGGAC-CA-ACTTTGA-AACCAAACAA-AATGAA--AG--GGA-GA-AAGTTTTTTTGGTAA
* * ** *
158955 ACAAAATGAAATGGAGAAATACTTTCTTAGGTA-AAAAAAAGTAACAATATCTTGTATCCCAATG
56 ACAAAA-GCAAT-----AATA---TC--ATGTATCCAAAAGGTAACAA-A-C---TAT-----T-
* *
159019 ATAACTATCTATTGTGCTTTATACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACGATGGAGGAAGTTTG
99 -T---T-TCT-TAGT-------ACTTTGTGAAAAGAACCTATACTTTTACGATGGAGGAAGTTTG
159084 AACAAGT
151 AACAAGT
** * **
159091 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATGCACTTTTTGGCAAACAAAATA
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAA-G-TTTTTTTGGTAAACAAAAGC
* * * * * *
159156 AAAAATATCATGTATCCCAATGGTAACAAACTATTTTGT-TTGGTGCTTTGTGAAAAGAACTTAT
64 AATAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTT-TCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTAT
* * * * *
159220 TCTTCTACAATGAAGGAAGTTT-AAAAGAGT
128 ACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACA-AGT
* * * * *
159250 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAATAGAATGAAAGGGAAAAATGATTTTTTTGGTAAAAAAAAGT
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAA-G-TTTTTTTGGTAAACAAAAGC
* * * * * * * * * * *
159315 AACAGTATCTTGTATTCCAATAGG-AACTATCTATTTTGCTTGGTAATTTGTGAAAAAAACTTAT
64 AATAATATCATGTA-TCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTAT
* * **
159379 A-TTTTATGGTGGAGGAAGTTTGAATGAGT
128 ACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * * * * **
159408 CGAAGGACCAACTTTGAAACAAAACAAAAAGAAAGGGTTGAATGCTTATTTTGGTAAA-TGAAGT
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGG-AGAAAG-TTTTTTTGGTAAACAAAAG-
* * * * * * * * * * * *
159472 CAATGATATCTTTTATCCCAATGGGAACAATCTATTTTGCTTATTACTTTGTCAAAATAACTTAT
63 CAATAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTAT
* * * **
159537 A-TTTTATGATGGAGGAAGGTTGAATAAAA
128 ACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * *
159566 TGAAGGACCAACTTTAAAACTAAACCAAATGAAAGGGA-AAAATACTTTTTTGGGTAAACAAAAG
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAGT--TTTTTT-GGTAAACAAAAG
* * * * * * * * * ** * *
159630 CAACAACATCTTGTATCCCAAAGGAAACTATCCATTTTGCTTCA-TACCATGTAAAAAGAACTTA
63 CAATAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTT-AGTACTTTGTGAAAAGAACCTA
* * ** *
159694 TACTTGTTATGATGGATGAAGTTTGAATGACT
127 TACTT-TTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* *
159726 TAAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATG-AATGGAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAGC
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAA-G-TTTTTTTGGTAAACAAAAGC
* * * * * * *
159790 TAGAATATCATATATGCC-AATGGT-ACAAACTATTTTACTTGGTGCTTTGTGAAAAGAACCTAT
64 AATAATATCATGTAT-CCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTAT
* * ** *
159853 ACTTTTATGATAGAGGAAGTTTGAATGATT
128 ACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * *
159883 TTAAGGACCAATTTTGAAACCAAACAAAATGAATGGGAGAAAAGCTTCTTTTGGTAAACAAAAGC
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAG-AAAG-TTTTTTTGGTAAACAAAAGC
* ** * * *
159948 AACAATATTGTTTATGACC--ATGGTAACAAA-TCATTTTGT-TT-GCTACTTTAT-AAAAGAAC
64 AATAATATCATGTAT--CCAAAAGGTAACAAACT-ATTTT-TCTTAG-TACTTTGTGAAAAGAAC
* **
160007 CTATACTGTTAC-AGTGGAGGAAGTTTGAATGAGT
124 CTATACTTTTACGA-TGGAGGAAGTTTGAACAAGT
* * * * *
160041 TGAATGACCAACTGTG-AACCTAAACAAATTGAAAGGGGGAAATACTTTTTTTTGGTAAACAAAA
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACC-AAACAAAATGAAAGGGAG-AA-A-GTTTTTTTGGTAAACAAAA
* * * * * * * * *
160105 GTAATAATATCATATATCCCAATGGGAAC-TACGCATTTTTCCT-GATACTTTGTGAAAAGAACT
62 GCAATAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAAC-TATTTTTCTTAG-TACTTTGTGAAAAGAACC
* * *
160168 TATAATTTTACGATAGAGGAAGTTTGAACAAAT
125 TATACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
** * * * *
160201 TGAAATACCAACTTTGAAACGAAACAACATGAATGGGAG-AAGTGCATTCTTTGGTAAACAAAAG
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAGT---TTTTTTGGTAAACAAAAG
* * * * * * * * *
160265 CAATAGTATCATGTGTCCTAATGGTAGCAAACTATTTTACTTGGTACTTTGTGAAAAGATCTTAT
63 CAATAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTAT
* * *
160330 ACTTTTATGATGGATGAAGTTTGAACGAGT
128 ACTTTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
** * * * *
160360 TGAAGGATTAACTTTGAAATCAAACAAAATG-ATGGGTGAAATGCTTTTTTTGGCAAACAAAAGC
1 TGAAGGACCAACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAA-G-TTTTTTTGGTAAACAAAAGC
*
160424 AACAATATCATG
64 AATAATATCATG
160436 CATGCAAATG
Statistics
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201 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (157 bp):
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TAATATCATGTATCCAAAAGGTAACAAACTATTTTTCTTAGTACTTTGTGAAAAGAACCTATACT
TTTACGATGGAGGAAGTTTGAACAAGT
Found at i:158096 original size:549 final size:552
Alignment explanation
Indices: 157086--158151 Score: 1249
Period size: 549 Copynumber: 1.9 Consensus size: 552
157076 CGATGGAGGA
* * * *
157086 AGTTTGAACGAGTTGAAGGATCAACTTTGAAACCAAACATAATGAAAGGGTGTAAGGCTTTTTTT
1 AGTTTGAACGAGTTGAAGGACCAACTTTAAAACCAAACATAATGAAAGGGAGAAAGGCTTTTTTT
* * * * * * *
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66 GGTAAACAAAAGCAACAATACCATGTATCCCAATAGGAACAAACTACTTTGCATGGTACTTTATG
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
157411 AAGTTAAAGGACCAACTTTGAAACCAAATAGAATGAAAAGGAGAAATGCTTTTGTTTGGTAAAAA
326 AAGTT--AGGACCAACTATGAAACCAAATAAAATGAAAAGGAGAAATGCTTTTGTTTGGTAAAAA
** * * * * * *
157476 AAGCAAAAATATCATGTATTGCAATGGTCAAGGACTATTTTTCTTGGTACTTTGTGAAAAGAACT
389 AAGCAAAAATATCATGTATCCCAATAGTAAACGAATATTTTTCTTGATACTTTGTGAAAAGAACA
* * **
157541 TATACTTTTACA-ATGGAGGAAGTTTGAACGAGTTGAAGGATTAACTTTAAAACCAAACAAAAGT
454 TATACTTTTA-AGATGGAGGAAGTTTAAACGAGTTAAAGGACCAACTTTAAAACCAAACAAAAGT
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518 ATTTGTGAAAAGACTTATGGTTTTACAATCAAGGG
* * * *
157640 AGTTTGAATGAG-TGAAGGACCAACTTTAAAACCAAAC-TAAATGAATGGGAGAAATGTTTTTTT
1 AGTTTGAACGAGTTGAAGGACCAACTTTAAAACCAAACAT-AATGAAAGGGAGAAAGGCTTTTTT
* * * *
157703 TGGTAAACAAAAGCAATAATACCATGTATCCCAAT-GGTAACAAACTATTTTTCATGGTACTTTG
65 TGGTAAACAAAAGCAACAATACCATGTATCCCAATAGG-AACAAACTACTTTGCATGGTACTTTA
* * ** * * * *
157767 TGAAAAAAACCTATTCTTTTACGATGGAGGAATTTTGAACGAGTTGTATGACCAACTTGGAAATC
129 TGAAAAAAACCTA-TATTTTACGATGGAGCAAGGTTGAACGAGATGAAGGACCAACTTGGAAACC
* * ** *
157832 AAACAAAATGAAAGGGAGATA-G-TTTTTTTGGTAAACAAAAGTAATAATATCATGTATCCAAAA
193 AAACAAAATGAAAGGAAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAACAACAATATCATGTATCCAAAA
* * * *
157895 GGTAACAAACTATTTTGCTT-AGTACTTTTTCAAAAGAACCTATATTTTTACGAT-GAAGAAAGT
258 GGGAACAAACTATTTTGCTTGA-T-CTTTGTCAAAAGAACCTATACTTATACGATGGAAGAAA-T
*
157958 TTGAACAAG-T-GGACCAACTATGAAACCAAATAAAATGAAAGGGAGAAATGCTTTT-TTTGGTA
320 TTGAACAAGTTAGGACCAACTATGAAACCAAATAAAATGAAAAGGAGAAATGCTTTTGTTTGGTA
* * * *
158020 AACAAAAGCAACAATAT-ATTGTATCCCAATAG-AAACTATATATTTTTCTTTATACTTTGTGAG
385 AA-AAAAGCAAAAATATCA-TGTATCCCAATAGTAAACGA-ATATTTTTCTTGATACTTTGTGAA
* * * *
158083 ACGAACATATACTTTTAAGATGGAGGAAGTTTAAATGAGTTAAAGGACCAACTTTGAAACTAAAC
447 AAGAACATATACTTTTAAGATGGAGGAAGTTTAAACGAGTTAAAGGACCAACTTTAAAACCAAAC
158148 AAAA
512 AAAA
158152 TGAAAAGGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (552 bp):
AGTTTGAACGAGTTGAAGGACCAACTTTAAAACCAAACATAATGAAAGGGAGAAAGGCTTTTTTT
GGTAAACAAAAGCAACAATACCATGTATCCCAATAGGAACAAACTACTTTGCATGGTACTTTATG
AAAAAAACCTATATTTTACGATGGAGCAAGGTTGAACGAGATGAAGGACCAACTTGGAAACCAAA
CAAAATGAAAGGAAGAAATGCTTTTTTTGGTAAACAAAAACAACAATATCATGTATCCAAAAGGG
AACAAACTATTTTGCTTGATCTTTGTCAAAAGAACCTATACTTATACGATGGAAGAAATTTGAAC
AAGTTAGGACCAACTATGAAACCAAATAAAATGAAAAGGAGAAATGCTTTTGTTTGGTAAAAAAA
GCAAAAATATCATGTATCCCAATAGTAAACGAATATTTTTCTTGATACTTTGTGAAAAGAACATA
TACTTTTAAGATGGAGGAAGTTTAAACGAGTTAAAGGACCAACTTTAAAACCAAACAAAAGTATT
TGTGAAAAGACTTATGGTTTTACAATCAAGGG
Found at i:158525 original size:150 final size:149
Alignment explanation
Indices: 158227--158525 Score: 316
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
158217 AATTTACTTA
** * * * *
158227 GTACTTTGTGAAAAGAACTTATACCTTTACTATATAGGAAGTTTGAACAAGTTGAAGGATCAACT
1 GTACTTTGTGAAAAGAACTTATACAATTACAATATAGAAAGTTCGAACAAGTTAAAGGATCAACT
*
158292 TTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAATATTTTTTCGTAACCAAAAGCAACAATAACTTGTA
66 TTGAAACCAAACAAAATGAAA-GGAGAAAATATTTTTTCGAAACCAAAAGCAACAATAACTTGTA
* *** **
158357 TTCCAACTTTATTTTATCTG
130 TGCCAACGGGATACTATCTG
* *
158377 GTACTTTGTGAAAAGAACTTATACAATTACAATGTAGAAAGTTCGAACAAGTTAAAGGATGAACT
1 GTACTTTGTGAAAAGAACTTATACAATTACAATATAGAAAGTTCGAACAAGTTAAAGGATCAACT
* ** * * * ** *
158442 TTGAGACCAAATGAAATGAAA-GAGTTAAATGCTTTTTATGGAAAATGAAAA-CAACAATATCTT
66 TTGAAACCAAACAAAATGAAAGGAG-AAAAT-ATTTTT-TCG-AAACCAAAAGCAACAATAACTT
158505 GTATGCCAACGGGA-ACTATCT
127 GTATGCCAACGGGATACTATCT
158526 ATTTTGCTTG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 24, Indels: 8
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
148 3 0.02
149 4 0.03
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152 6 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (149 bp):
GTACTTTGTGAAAAGAACTTATACAATTACAATATAGAAAGTTCGAACAAGTTAAAGGATCAACT
TTGAAACCAAACAAAATGAAAGGAGAAAATATTTTTTCGAAACCAAAAGCAACAATAACTTGTAT
GCCAACGGGATACTATCTG
Found at i:158766 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 158739--158792 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
158729 GAGTTGAAGG
158739 ATGTATACTTTGAAATGA
1 ATGTATACTTTGAAATGA
* *
158757 ATGTAAACTTTGTGAAAAGA
1 ATGTATAC-TT-TGAAATGA
*
158777 ACGTATACTTTGAAAT
1 ATGTATACTTTGAAAT
158793 CAAACAAAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 4
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.41
19 4 0.14
20 13 0.45
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
ATGTATACTTTGAAATGA
Found at i:159078 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 158783--160432 Score: 1465
Period size: 159 Copynumber: 10.4 Consensus size: 159
158773 AAGAACGTAT
* * * * * * * *
158783 ACTTTGAAATCAAACAAAATGAATGAGAGAAATGCTTTTTGTGGTAAACAAAGGCAATAATATCT
1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATATCT
* * *
158848 TGTATTCC-ATCAGG-AACTATCTATTTTGCTTGATATTTTGTAGAAAA-AACTTATACTTTTAC
66 TGTATCCCAAT--GGTAACAATCTATTTTGCTTGATACTTTGT-GAAAAGAACTTATACTTTTAC
** * * *
158910 GATTAAGGAAGTGTGAACGAGTTAAAGGACCA
128 GATGGAGGAAGTTTGAATGAGTTGAAGGACCA
* * * * *
158942 GCTTTGAAACCAAACAAAATGAAATGGAGAAATACTTTCTTAGGTAAAAAAAAGTAACAATATCT
1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATATCT
* * * *
159007 TGTATCCCAATGATAACTATCTATTGTGCTTTATACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACGAT
66 TGTATCCCAATGGTAACAATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACGAT
**
159072 GGAGGAAGTTTGAACAAGTTGAAGGACCA
131 GGAGGAAGTTTGAATGAGTTGAAGGACCA
* ** * *
159101 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATGCACTTTTTGGCAAACAAAA-TAAAAAATATC
1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAGT-AACAATATC
* * * * * * * *
159165 ATGTATCCCAATGGTAACAAACTATTTTGTTTGGTGCTTTGTGAAAAGAACTTATTCTTCTACAA
65 TTGTATCCCAATGGTAACAATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACGA
* * *
159230 TGAAGGAAGTTTAAAAGAGTTGAAGGACCA
130 TGGAGGAAGTTTGAATGAGTTGAAGGACCA
* * * * *
159260 ACTTTGAAACCAAATAGAATGAAAGGGAAAAATGA-TTTTTTTGGTAAAAAAAAGTAACAGTATC
1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAAT-ACTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATATC
* * * * * *
159324 TTGTATTCCAATAGG-AACTATCTATTTTGCTTGGTAATTTGTGAAAAAAACTTATA-TTTTATG
65 TTGTATCCCAAT-GGTAACAATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACG
* *
159387 GTGGAGGAAGTTTGAATGAGTCGAAGGACCA
129 ATGGAGGAAGTTTGAATGAGTTGAAGGACCA
* * * * * ** **
159418 ACTTTGAAACAAAACAAAAAGAAAGGGTTG-AATGCTTATTTTGGTAAA-TGAAGTCAATGATAT
1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGG-AGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAGT-AACAATAT
* * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATATCT
* * * * * ** * *
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* * *
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* * *
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1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAG-TAACAATATC
* * * * * * * * *
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* * *
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130 TGGAGGAAGTTTGAATGAGTTGAAGGACCA
* * * *
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1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATA-CTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATATC
* * * * * * *
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*
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* * * *
160051 ACTGTG-AACCTAAACAAATTGAAAGGGGGAAATACTTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAATAATAT
1 ACTTTGAAACC-AAACAAAATGAAAGGGAGAAATAC-TTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATAT
* * * * * * * *
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* ** * **
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* * * * * * * * * * *
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1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATATCT
* * * * * * * *
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* * **
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* * * * * *
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1 ACTTTGAAACCAAACAAAATGAAAGGGAGAAATACTTTTTTTGGTAAACAAAAGTAACAATATC
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TGTATCCCAATGGTAACAATCTATTTTGCTTGATACTTTGTGAAAAGAACTTATACTTTTACGAT
GGAGGAAGTTTGAATGAGTTGAAGGACCA
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* * * *
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* * *
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*
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1 ACCATCATTGACACA
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ACCATCATTGACACAAGCTAGCCTTTGATATAGGCACTTGCCTCG
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GGCACATGGTGAA
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1 TGTTGGCACATGG
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1 TG
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1 TGTCAATTAACATTGGTGAAGATGG
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Found at i:217635 original size:16 final size:16
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217604 AGGCGCTTAG
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Consensus pattern (16 bp):
TGCCTATCTCTACGCC
Done.