Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22966848
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 129000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 95 of 129
Found at i:15783983 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 15783913--15784426 Score: 645
Period size: 59 Copynumber: 8.7 Consensus size: 58
15783903 ATAAAAATAA
* *
15783913 AAAAAATATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTTTCAATTTTCCTTGAAAATCAAAGTTTC
1 AAAAAA-ATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAAGTTTC
*** * * *
15783973 AAAAAAATATTTTTGAAAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTTAAAATAAAATTTC
1 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAAGTTTC
* * *
15784031 AAAAAAAAAATTTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATCAAAGTTTTC
1 ---AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAAG-TTTC
* * *
15784094 TAAAAAAAAATATTTTTGGGAAAAAGTTAAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
1 ---AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAAGTTTC
* * *
15784155 -AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTAAAAATAAAATTTC
1 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAAGTTTC
** * * *
15784212 AAAAAAAGGGTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAAA-TATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAAGTTTC
* *
15784271 AAAAAAATATTTTTCGAGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAA-TTTC
1 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAAGTTTC
* * *
15784328 CAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGAAAATAAAAGTTTC
1 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAAGTTTC
* *
15784387 CAAAAAATATTTTTGGGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
1 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
15784427 TCTTGCACAA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 42, Indels: 19
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 101 0.25
58 56 0.14
59 134 0.33
60 6 0.01
61 49 0.12
62 6 0.01
63 51 0.13
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (58 bp):
AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAAGTTTC
Found at i:15784334 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 15783912--15784430 Score: 713
Period size: 174 Copynumber: 2.9 Consensus size: 174
15783902 AATAAAAATA
* * *
15783912 AAAAAAATATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTTTCAATTTTCCTTGAAAATCAAAGTTTCAAAA
1 AAAAAAA-ATATTTTT-GGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAA-TTTCCAAA
**
15783977 AAATATTTTTGAAAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTTAAAATAAAATTTCAAAAAAAAAAT
62 AAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAA-TTTTCTTTAAAATAAAATTTC---AAAAAAAT
* * *
15784042 TTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATCAAAGTTTTC
123 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATCAAAGTTTTC
* *
15784094 TAAAAAAAAATATTTTTGGGAAAAAGTTAAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAA
1 --AAAAAAAATATTTTTGGG-AAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTCCAAAA
**
15784159 AATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTAAAAATAAAATTTCAAAAAAAGGGTT
63 AATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTT-AAAATAAAATTTCAAAAAAA-TATT
15784224 TTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAAT-AAA-TTTTC
126 TTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATCAAAGTTTTC
*
15784271 -AAAAAAATATTTTTCGAGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTCCAAAAAA
1 AAAAAAAATATTTTT-GGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTCCAAAAAA
* * *
15784335 TATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGAAAATAAAAGTTTCCAAAAAATATTTT
65 TATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAA-TTTTCTTTAAAATAAAA-TTTCAAAAAAATATTTT
15784400 TG-GGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTT
128 TGAGG-AAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTT
15784431 GCACAAGAAC
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 19, Indels: 24
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.01
174 127 0.41
175 19 0.06
177 5 0.02
178 10 0.03
179 39 0.13
180 8 0.03
181 49 0.16
182 6 0.02
183 37 0.12
184 7 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (174 bp):
AAAAAAAATATTTTTGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTCCAAAAAAT
ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTAAAATAAAATTTCAAAAAAATATTTTTGA
GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATCAAAGTTTTC
Found at i:15789955 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15789935--15789973 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
15789925 CAGAAATACT
*
15789935 AGAGAAAGCTAGA-AA
1 AGAGAAAGCTAAAGAA
*
15789950 AGAGAAACCTAAAGAA
1 AGAGAAAGCTAAAGAA
15789966 AGAGAAAG
1 AGAGAAAG
15789974 GTGAAATAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.55
16 9 0.45
ACGTcount: A:0.62, C:0.08, G:0.26, T:0.05
Consensus pattern (16 bp):
AGAGAAAGCTAAAGAA
Found at i:15791609 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15791256--15792413 Score: 968
Period size: 180 Copynumber: 6.4 Consensus size: 179
15791246 TTTGTTTGGG
* * *
15791256 TAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TCCTTACTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAACA-TATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTATTAA-ATTAGTA
*** * * * * * * *
15791318 TTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACT-TAAACAATTATTTTATGACTATACAAAAGGTTA
62 TTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGATCA
* * * *
15791382 GAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-AACTGGTTCAA
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAA
* * * * * * *
15791437 CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAAATTATTAATTTAGCAATAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * *
15791502 TTTACTCCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCAT-ATCG
66 TTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAT-G
* *
15791566 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TCATAACTATTTTAACTAGTTCAG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAA
* * * * * *
15791617 TAATTAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTGT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * * * *
15791678 TATATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATG-TCATAAC
66 TTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GATCATAAT
* * * * * * * * *
15791742 AATTTGAAATGGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTTAG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAA
* * * ** * *
15791794 GAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATT-AATTACTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAAATTAGTATTA
* * ** * * *
15791858 TCTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATGGAAACTATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAAT
65 TTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGATCATAAT
* * * * * * * *
15791923 GATCTGAAATAAAT-ATTATTTAAATAATTATAACTATTTGAACTCGCTCCA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAA
* * * * * *
15791974 TAACTAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
** * * * *
15792039 TTTATTCTGAATAAGCCTT-TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAAAAAAAAGTCATAAT
66 TTTATTCCAAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGA-TCATAAT
*
15792103 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA-A
* * * *
15792156 -AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA-TTAGTATTA
** * * * *
15792217 TTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAT
* * * * * ***
15792282 GATTTAAAATGGATAACTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTTGTTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAA
* * * * * * * * *
15792334 TAAACAAATTTGTTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTACTAAGTTACTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
*
15792399 TTTATTTCAAATAAG
66 TTTATTCCAAATAAG
15792414 CCTTTATGAA
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 163, Indels: 68
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 75 0.10
177 63 0.08
178 8 0.01
179 198 0.25
180 233 0.30
181 199 0.26
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAA
Found at i:15792154 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15791255--15792324 Score: 1069
Period size: 361 Copynumber: 3.0 Consensus size: 357
15791245 TTTTGTTTGG
* * * *
15791255 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTCCTTACTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAACATATTATT
1 GTAACTAGATTTA-TTTTT-AAA-TCTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAA-ATAGTATT
* * * * * * * *
15791320 ATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACT-TAAACAATTATTTTATGACT-ATACAAAAGGTTAG
61 ATTTTATTCTGAATAAGTATTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCAT
* * * *
15791383 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-AACTGGTTCA-ACAAATACAT
124 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAACACAT
* * * * *
15791446 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAAATT-ATTAATTTAGC-AATATTTTACTC
187 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTA-CTATTATTTTATTT
* *
15791509 CAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGATCAT-ATCGATTTGA
251 CAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGATCATAAT-GATCTGA
* * * * *
15791572 AATAGATAATTGTTCAAATTATCATAACTATTTTAACTAGTTCA
314 AATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTCCA
* *
15791616 GTAATTAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTGT
1 GTAACTAGATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AAATAGTATTAT
* * * * *
15791678 TATATTCTAAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAAC
63 TTTATTCTGAATAAGTATT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * * * * *
15791742 AATTTGAAATGGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTTAGGAAACATATTTAT
127 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTAGAAAACACATTTAT
** * *
15791807 TTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATTAA-TTACTATTATCTTATTTCAAAT
191 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTACTATTATTTTATTTCAAAT
** * *
15791871 AAACTTGTATGAATGGAAACTATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAATGATCTGAAATAAA
256 AAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGATCATAATGATCTGAAATAAA
* * *
15791936 T-ATTATTTAAATAATTATAACTATTTGAACTCGCTCCA
320 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG-TCCA
* *
15791974 -TAACTAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 GTAACTAGATTTAT-TTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TAGTATTA
** * * *
15792038 TTTTATTCTGAATAAGCCTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAAAAAAAAGTCATAAT
62 TTTTATTCTGAATAAGTATTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC
*
15792103 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACAGATTTAT
127 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAACACATTTAT
* * * * *
15792168 TTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAT
191 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTACTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * **
15792230 AAGTTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATGGA
256 AAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATCTGAAATAAA
* * * *
15792295 TAACTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
320 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA
15792325 TTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 102, Indels: 53
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 8 0.01
356 105 0.18
357 144 0.25
358 30 0.05
359 94 0.16
360 37 0.06
361 161 0.28
362 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
GTAACTAGATTTATTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATAGTATTATTTT
ATTCTGAATAAGTATTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGAAAACACATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTT
TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAATGATCTGAAATAAATAATTA
TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTCCA
Found at i:15792519 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 15792265--15792584 Score: 381
Period size: 156 Copynumber: 2.1 Consensus size: 156
15792255 TTTTATGACA
* * * * * *
15792265 AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATGGATAACTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTTGT
1 AAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGG
** * * * * * *
15792330 TTGGTAAACAAATTTGTTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTACTAAGTTACTA
66 TTAATAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
*
15792395 TTATTTT-ATTTCAAATAAGCCTTTAT
131 TTATTTTAATAT-AAATAAGCCTTTAT
* * * * * * *
15792421 GAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTTAAATTGG
1 AAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGG
* * * *
15792486 TTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
66 TTAATAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
*
15792551 TTATTTTAATATGAATAAGCCTTTAT
131 TTATTTTAATATAAATAAGCCTTTAT
15792577 AAACAAAA
1 AAACAAAA
15792585 ATAATTATTT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 28, Indels: 2
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
156 132 0.98
157 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (156 bp):
AAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGG
TTAATAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTAATATAAATAAGCCTTTAT
Found at i:15792712 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 15792582--15792797 Score: 321
Period size: 119 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
15792572 TTTATAAACA
* *
15792582 AAAATAATTATTTTATGACAAAA-TAAATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
*
15792646 GTAATAACTATTTAAACTT-ATTCAGTAAATAGAATAAAATAAGCTTGTATGAATAG
65 GCAATAACTATTTAAACTTGA-TCAGTAAATAGAATAAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
15792702 AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
*
15792766 CCATAACTATTTAAACTTGATCAGTAAATAGA
66 CAATAACTATTTAAACTTGATCAGTAAATAGA
15792798 TTCATTAATT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 8, Indels: 5
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
119 76 0.88
120 10 0.12
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (120 bp):
AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
CAATAACTATTTAAACTTGATCAGTAAATAGAATAAAATAAGCTTGTATGAATAG
Found at i:15793407 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 15793004--15794003 Score: 553
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 176
15792994 TTAGCGTTAC
* * * *
15793004 TTTATTTTAAATAAGATTATATGAA-CAGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAATA-GTCATAA
1 TTTATTTTGAATAAG-TTATATGAATC-GAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAA-AGGTCATAA
** * * * * * * *
15793066 CAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATT-ATAACTAATTGAAATGGTTTTGCA-AACAGAT
63 TGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAAT-ATTCATAA-TTATTGAACTAG-TTT-CATAA-AAAA
* * *
15793129 TTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAA-TTTTCAAGATATTAATAAATTAATAATAT
122 TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * *
15793185 TTTATTTTGAACAAATTTATATGAAT-AAAAAAATTTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTAATAAT
1 TTTATTTTGAA-TAAGTTATATGAATCGAAAAAA-TTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** *
15793249 GATTTAAAATAGATAATCCTTCAAATATTCATAATTAGTTGAA-TTGTTTCAACTAACAAAATTA
64 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAATTA-TTGAACTAGTTTC-A-TAA-AAAATTA
15793313 TTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTAT
125 TTTTTT-AAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AATATTAT
* * * * * *
15793367 TTTATTTTGAATAAGTTAGTAAGAGTCGAAAAAATTGTTTTACAATAAAATAAAAGGTCATAACT
1 TTTATTTTGAATAAGTTA-TATGAATCGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-T
* * ** * * * * * * *
15793432 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAAGTGGGTTCGTAAATAATTTTAT
64 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAATTA-TTGAACTAGTTTCATAAA-AA-ATTAT
* * ** * * *
15793496 TTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
126 TTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * * * * **
15793548 TTTATTCTGGATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGTTTATAACA
1 TTTATTTTGAATAAG-TTATATGAATCGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
15793613 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTT-ATAATTATTCAAACTAGTTTGATAAAAAATTATTT
65 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTCATAATTATT-GAACTAGTTTCATAAAAAATTATTT
*
15793677 TTTAAATCTCTTA-TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTGGAT-TTAT
128 TTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AATATTAT
* * * * * * *
15793723 TATATTATGAATAAACTTATAT-TAGCTGAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAAT
1 TTTATTTTGAAT-AAGTTATATGAATC-GAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
15793787 GATTTGAAATAAATAATTATT----TA-T-A-ACTGT-TTGAATTAGTTTGACAAACAAATTTAT
64 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAAT-TATTGAACTAGTTTCATAAA-AAA-TTAT
* * * * * * * *
15793844 GTTTTAAATCTCTTAGTTA-TGACTTCTAAGAATATTATTAATTTAAAATTAT
126 TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
** * * * * * * * *
15793896 TTTATTTCAAATAAATTTATATGAA-CAAAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
1 TTTATTTTGAAT-AAGTTATATGAATCGAAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT
* *
15793960 AATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACT
64 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTCATAATTA-TTGAACT
15794004 TATTCGGTAA
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 138, Indels: 95
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 13 0.02
168 7 0.01
169 21 0.03
171 4 0.01
172 11 0.02
173 77 0.12
174 2 0.00
175 86 0.14
176 5 0.01
177 2 0.00
178 4 0.01
179 23 0.04
180 25 0.04
181 195 0.31
182 138 0.22
183 21 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTTATTTTGAATAAGTTATATGAATCGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAATTATTGAACTAGTTTCATAAAAAATTATTTTTT
AAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
Found at i:15793646 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15793623--15793660 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
15793613 ATTTGAAATA
15793623 TATAATTATTCAAA-TAGT
1 TATAATTATTCAAACTAGT
15793641 TATAATTATTCAAACTAGT
1 TATAATTATTCAAACTAGT
15793660 T
1 T
15793661 TGATAAAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.74
19 5 0.26
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
TATAATTATTCAAACTAGT
Found at i:15794669 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15794137--15799066 Score: 3504
Period size: 180 Copynumber: 27.4 Consensus size: 180
15794127 GATACTAACA
* * * ** *
15794137 ATTTT-TTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
15794200 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTGATTCAGCAAA-ATGAT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACA-GAT
* * *
15794263 TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTAATAAAGTAATATT
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
15794315 ATTTTATTT----TAAACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAA-AATAATTTCAT
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAT
** * * * * * *
15794374 AACAATTTTAATTAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAGATT
* ** *
15794439 TATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATGTTTCCAAA-GTTAATAAATTAGTATT
128 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
15794493 ATTTTCTTTTGAACAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * ** * *
15794558 TGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAATCTTAATTATTTGAACTAATTTGCAAACACATTTA-
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGTAAACAGATTTAT
* * *
15794622 TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATT
131 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
15794672 ATTTT-TATTCGAATCAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTATTTTATGATAAAA-AAATA--TCA
1 ATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCA
* * * * * * * *
15794732 TAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAATTGCTTTGGAAAACA-AC
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GTAAACAGA-
* * * * * * *
15794796 TTTAGTTTTCAAATTTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATT
126 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
15794851 ATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
1 ATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * ** * * *
15794914 AACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATATCTATTTCAAATTATTCAGTAAACATAGT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAGATT
* ** *
15794979 TATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
128 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
15795033 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
15795097 ACGATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAAAATATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GTAAACAGATTT
* * * * * *
15795162 ATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTCTGAAATACTATTAAATTAGTATC
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
15795214 ATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAA-ATCATT
1 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * *
15795277 ACAATTTGAGATGGATAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTAAACTGGTTCGATAAACAGATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG-TAAACAGATTT
* * * * * *
15795342 AGTTTTT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATCAATATT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
15795390 ATTTTATTT-GAATAA-TTCTATATGAATAAAAACTATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
15795453 ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAACTAGACATGATTATTTGAAATTGTTTGGTAAACATATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GTAAACAGATTT
* * * * *
15795518 ATTTTTTAAATCTCCTAC-CATTAA-TTTAAAGAATATTAATAAAGTAATATT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * *
15795569 ATTTTATTCCAAAAAAACTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTTACAACTAAACAAAAGATCATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** ** * **
15795634 CT-ATTTGAAATA-AAAAGTTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTCAGTAAATATTTT
66 -TGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGTAAACAGATT
* * *
15795697 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATT
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * *
15795750 ATTTTATTTTTAATAAGCTGGTATGAATAGAAA-AATTAG-TTTATCACAAAAC-AAAGGTCATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
15795812 ACT-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAAC-GTGTTCTGAAAATAAAT
65 A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTT-TGTAAACAGAT
* * **
15795875 TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATT
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * *
15795927 ATTATA-TTCGAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGA
1 ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
15795991 ACGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATTC
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GTAAACAGATTT
* *
15796056 ATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-T
129 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * *
15796109 ATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATAACAAAA-AAATAGGTTAT
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT
* * * * * * ** *
15796172 AACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAAAGAGTTATAACTCTTTGGACTTGTTCAATAAACATAT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAGAT
* * *
15796236 TTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
15796289 ATTTTTATTT-GAATTGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAACATAAA-GTCAT
1 A-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCAT
* * * ** *
15796352 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGAGT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG-TAAACAGATT
* * * * ** *
15796417 T-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAGTTGTCT-GAATATTAATAAATTTTTATA
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
15796468 ATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
1 ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * *** *
15796531 AGTGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGTACTTGATCAATAAATAGATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGTAAACAGATT
* * * * *
15796596 CATTTTTTAAATCTCTTACCTT-TTAAATTTTAGAATATTAATAAAATAGAATT
128 TATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
15796649 ATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTGTGACAAAAC-AAAGGTTATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * ** ** *
15796713 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGTACTAGTCAGGCCAACAAATTTA
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TTGTAAACAGATTTA
* *
15796778 TTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * *
15796829 ATTTTATTCCTAATAAAATTTTATGAATAGAAAC-ATTGGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
15796893 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTAGTAAATAGACTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GTAAACAGATTT
* * * *
15796958 -TTTTTAAAATTTCTTA-TTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * *
15797008 ATTTTATTTTGAACAAACTTATACGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
15797073 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGCAAATAGAATT-
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAGATTTA
* * * * * *
15797137 TTTTTTAAATCACTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGTTTT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
15797188 ATTTTATTTCGAATAAG-TTACG-AAGAACT-GAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGG-CA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTT--GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * *
15797249 TAATGATTTGAAAAAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAAT
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAGAT
* * * * * **
15797314 TTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTATGTTAGTATT
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * * * *
15797368 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAATAGTTGTTTTATGAGATAACAAAATGTTATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
15797433 CAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATATA-TT
66 TGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GTAAACAGATTT
* * * *
15797496 ACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTACT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
15797548 ATTTTA-CTCTGAATAAGCTTGTAT-AATGAAAAACATTTGTTTTATGAC-AAACCAAAGTTCAT
1 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ** * *
15797610 AACAATTTGAAATAAATAGTTGTTCTAATAG-CTATAATTATTTGAACTAATTTTATAAACTGAT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GGTTTGTAAACAGAT
* * ** * * *
15797674 TTATTTTTTTAAATAT-TTAACTTATCAAAATTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
127 TTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * * * *
15797729 ATTTTATTTCAAATAAATTTTTATGTACTA-AAACAGTTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* **
15797793 ATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAATATCTGAACTTAT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTC--A-A-AT-A--G-TC--ATA-AC-T-AT-T-TGAACTGGT
* * * * *
15797858 TTGATAAATAGA-TT-TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCT-CAATGTTAATAAATTAGT
115 TTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGT
15797920 ATT
178 ATT
** * * * * * * * * *
15797923 ATTGCATTTCAAATAAGCATGTACGAACTA-AAATAATTATTTTTTTGACTAAACAAAAGAT-TT
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * * * *
15797986 AAACT-ATTCGGAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTTAGAAAACACA
64 -AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GTAAACAGA
* * *
15798050 TTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATT
126 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * **
15798099 ATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAATATCAT
1 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT
** *** * * * * * *
15798162 AACAATTTGAAATAGATAACAATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG-TAAACAGATT
* * *
15798227 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATT
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
15798280 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATTATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** * **
15798345 CGATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTA
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGTAAACAGATTTA
* * * * * *
15798410 CTATTTAAATTTTTTACTTATTAA-CTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * **
15798461 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAATTGTCATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
15798526 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAAC-GTGTTCAGAAAACATATTT
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTT-TGTAAACAGATTT
* ** * * *
15798590 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCT--TTTTTTTATTTTTAATAAATTTATTATT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * ** *
15798641 ATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGATGAAACAAATGGTCATA
1 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
15798705 ATGTTTTGAAATAAATAATTAGTT-AGATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAGATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAGATT
* * * *** *
15798769 TATTTTTTTAATTATCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAATTAGAATT
128 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
15798823 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTTATTAC-AAA-AATAGATCACA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** * *
15798885 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAGATTT
* * * * *
15798950 ATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
15799002 ATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
15799067 CAATTCTATT
Statistics
Matches: 3731, Mismatches: 839, Indels: 361
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 14 0.00
175 186 0.05
176 159 0.04
177 98 0.03
178 136 0.04
179 801 0.21
180 933 0.25
181 790 0.21
182 438 0.12
183 31 0.01
184 2 0.00
185 3 0.00
186 2 0.00
187 3 0.00
188 1 0.00
189 1 0.00
190 1 0.00
191 3 0.00
192 4 0.00
193 2 0.00
194 65 0.02
195 39 0.01
196 7 0.00
197 12 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:15797109 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15797066--15797116 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
15797056 AAAACAAAAG
*
15797066 GTCATAATGATTTGAAATA
1 GTCATAATTATTTGAAATA
15797085 G--ATAATTATTT-AAATA
1 GTCATAATTATTTGAAATA
15797101 GTCATAATTATTTGAA
1 GTCATAATTATTTGAA
15797117 TTGGTTAGGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 9 0.32
18 10 0.36
19 3 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
GTCATAATTATTTGAAATA
Found at i:15797819 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15797798--15797839 Score: 84
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
15797788 TCATAATGAT
15797798 TTCAAATAGATAATTG
1 TTCAAATAGATAATTG
15797814 TTCAAATAGATAATTG
1 TTCAAATAGATAATTG
15797830 TTCAAATAGA
1 TTCAAATAGA
15797840 CATAATATCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 26 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (16 bp):
TTCAAATAGATAATTG
Found at i:15798968 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 15794137--15799067 Score: 2067
Period size: 361 Copynumber: 13.7 Consensus size: 359
15794127 GATACTAACA
* * * * * * * *
15794137 ATTTT-TTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAA-GGTAAT
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATG-GAAACAATTGGTTTATG-CAAAA-CAAATAGTCAC
* * * * * **
15794199 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTTAAC-TGATTCAGCAAA-ATG
63 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATGATTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAT-
* * *
15794261 ATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-
125 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * * * * ** * *
15794323 --TTAAACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAA-AATAATTTCATAACAATTTTA
189 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTAA
* * * ** * * * * *
15794384 ATTAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCA
252 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTT-A
* * * * ** * * *
15794449 AATCTCTTGCTTATTAATGTTTCCAAA-GTTAATAAATTAGTATT
316 AATTTCTTACTCATTAA-CTTTAGAAATATTAATAAAATAGAATT
* ** * * * ** * *
15794493 ATTTTCTTTTGAACAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAA-AGGTCAAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAATA-GTCACA
* * * * * * ** *** *
15794557 ATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAATCTTAATTATTTGAACTAATT-TGCAAACACATTT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTT
* * * * * *
15794621 A-TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAA
129 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCAAA
* * * * * *
15794685 TCAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTATTTTATGATAAAA-AAATA--TCATAATGATTTGAGAT
192 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTAAAAT
** * * * ** * *
15794746 TGATATTTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAA-TTGCTTTGGAAAACA-ACTTTAGT-TTTCAA
255 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGC-TCAGTAAACAGA-TTTACTATTT-AA
* * * * *
15794808 ATTTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAA-AAAAGTAGTATT
317 ATTTCTTACTCATTAACTTTAGAAATATTAATAAAA-TAGAATT
* * * * ** *
15794851 ATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAATA-GTCAC
* * * * * * * * * *
15794914 AACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTCAAATTATTCAGTAAACATAG
63 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAT-TATTTGAACTTGTTCAATAAACATAT
* * ** * *
15794978 TTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
127 TTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTC
* * * * * * *
15795043 AAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTTAGAACGATTTGA
189 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
** * * ** * ** * * * * *
15795106 AATGGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAAAATATTTATTTTTTA
252 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTT-GCTCAGTAAACAGATTTACTATTTA
* * * * * * * * *
15795170 AATCTATTACTTATTAA-TTTCTGAAATACTATTAAATTAGTATC
316 AATTTCTTACTCATTAACTTT-AGAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * ** * * *
15795214 ATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATT-GTTGTATGACAAAATAAA-AATCAT
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTT-TATG-CAAAACAAATAGTCAC
* * * * * * * * * *
15795276 TACAATTTGAGATGGATAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTAAACTGGTTCGATAAACAGATT
63 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
* * * * * * **
15795341 TAGTTTTTAAGTCTCTTA-TTA--ATTTTCAAAGTATTAATAAATCAATATTATTTTATTTGAAT
128 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAT
* * * * ** * *
15795403 AA-TTCTATATGAATAAAAACTATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
193 AAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAA
* * * * * * ** * * * *
15795467 ATAATTGTTCAACTAGACATGATTATTTGAAA-TTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
257 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTAAATTT
* * *
15795531 CCTAC-CATTAA-TTTAAAGAATATTAATAAAGTA-ATATT
321 CTTACTCATTAACTTTAGA-AATATTAATAAAATAGA-ATT
* * * * * * * ** * *
15795569 ATTTTATTCCAAAAAAACTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTTACAACTAAACAAA-AGATCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTA-TGCAAAACAAATAG-TCACA
* * * * * * * * ** * * *
15795633 ACTATTTGAAATA-AAAAGTTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTCAGTAAATATTTT
64 ACGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
* * **
15795697 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTTA
128 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAA
* * * * * *
15795762 ATAAGCTGGTATGAATAGAAA-AATTAGTTTATCACAAAAC-AAAGGTCATAACTATTTCAAATA
191 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATA
* * ** * * * * * * * *
15795825 GATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACGTGTTCTGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTT
256 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTAAATTT
* * * * **
15795890 -TTACTTATTAAATTTTGGAATATTAAT-AAATTTAATT
321 CTTACTCATTAACTTTAGAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * * * *
15795927 ATTATA-TTCGAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAAATGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAG
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAATA-GTCAC
* * * * * * * *
15795990 AACGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATT
63 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATT
* * * * *
15796055 CATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTC
128 TA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTA-TTC
* * * * * * * * *
15796119 GAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATAACAAAA-AAATAGGTTATAACGATTTGA
189 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTAA
* * * * *** * * *
15796182 AATAGATAATT-TTCTAAAGAGTTATAACTCTTTGGACTTGTTCAATAAACATATTTA-T-TTTA
252 AATAAATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTT-
* * *
15796244 AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTA-ATATT
315 AAAT-TTCTTACTCATTAA-CTTTAGAAATATTAATAAAATAGA-ATT
* ** * * *
15796289 ATTTTTATTT-GAATTGGCTTGTATGAA-GAAAAACAATT-GTGTCATGACAAAACATAA-AGTC
1 A-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATG-GAAACAATTGGT-TTATG-CAAAACA-AATAGTC
* * * * * * * ** *
15796350 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGA
61 ACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATA
* * * ** *
15796415 GTT-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAGTTGTCT-GAATATTAATAAATTTTTATAATTTTATTT
126 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-TT-TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* * * * * ** *
15796477 GAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGA
188 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * ** *** * * * * * *
15796541 AATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGTACTTGATCAATAAATAGATTCATTTTTTAA
252 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTAA
* * *
15796606 ATCTCTTAC-CTTTTAAATTTTAG-AATATTAATAAAATAGAATT
317 ATTTCTTACTC-ATT-AACTTTAGAAATATTAATAAAATAGAATT
* * ** ** * * * *
15796649 ATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAA-GGTTATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAATAGTCACAA
* * * * * * * *** *
15796713 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGTACTAG-TCAGGCCAACAAATTT
65 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTT
* * * *
15796777 ATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAA
129 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CAAA
** * * * * * *
15796842 TAAAATTTTATGAATAGAAAC-ATTGGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATA
192 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATA
* * * * *
15796906 AATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATT-GAA-TTGGTTTAGTAAATAGACTTT--T-TTTAAA
256 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTAAAACTT-GCTCAGTAAACAGA-TTTACTATTT-AA
** * *
15796966 ATTTCTTA-TTTTTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTA-ATATT
317 ATTTCTTACTCATTAA-CTTTAGAAATATTAATAAAATAGA-ATT
** * * * **** * * *
15797008 ATTTTATTTTGAACAAACTTATACGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAATA-GTCACA
* * * ** * * *
15797072 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGCAAATAGAA
64 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTT-GTTCA-ATAAACATAT
** * * * ** * *
15797135 TT-TTTTTTAAATCACTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGTTTTATTTTATTTCG
127 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCA
* * * * * *
15797199 AATAAG-TTACG-AAGAACT-GAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGG-CATAATGATTTGA
190 AATAAGCTT--GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-A
* * * * ** * * * * * *
15797260 AAA-AAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTA
251 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTA
* * * * *** *
15797324 AATCTT-TTAGTTATTAATTTTCAG-AATATTATTATGTTAGTATT
316 AAT-TTCTTACTCATTAACTTT-AGAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * * *** * * * * *
15797368 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAATAGTTGTTTTATG-AGATAACAAA-ATGTTAT
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTATGCA-A-AACAAATA-GTCAC
* * * * * *** *
15797431 AACAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATATA
63 AACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATA
* * * * * * *
15797494 -TTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTACTATTTTACTCT
126 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-
* * * * * * * * *
15797558 GAATAAGCTTGTAT-AATGAAAAACATTTGTTTTATGA-CAAACCAAAGTTCATAACAATTTGAA
189 AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAA
* * * ** * * * * *
15797621 ATAAATAGTTGTTCTAATAG-CTATAATTATTTGAACTAAT-TTTA-TAAACTGATTTATTTTTT
253 ATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTAAAACT--TGCTCAGTAAACAGATTTA-CTATT
* * * * *
15797683 TAAATATT-TAACTTATCAAAATTT-GAAATATTAATAAAGTA-ATATT
314 TAAAT-TTCTTACTCAT-TAACTTTAGAAATATTAATAAAATAGA-ATT
** * * * * ** * * * *
15797729 ATTTTATTTCAAATAAATTTTTATGTACT-AAAACAGTTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-AATGGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAATAGTCACA
* * * * *
15797793 ATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAATATCTGAACTTAT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTATTC--A-A-AT-A--G-TC--AT-G--AT--TATTTGAACTTGT
** * * * * * *
15797858 TTGATAAATAGA-TT-TTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCT-CAATGTTAATAAATTAG
114 TCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-ATTTT-TAAAATATTAATAAATTAA
** * * * *
15797919 TATTATTGCATTTCAAATAAGCATGTACGAACTA-AAATAATTATTTTTTTGACT-AAACAAAAG
176 TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGA-TAAAACAAAAG
* * * *** * ** * * * * *
15797982 AT-TTAAACTATTCGGAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAAC-TGATTTAGAAA
237 GTCAT-AACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTG-CTCAGTAA
* * * * * * * * *
15798045 ACACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATT
300 ACAGATTTACTATTTAAATTTCTTACTCATTAACTTTAGAAATATTAATAAAATAGAATT
** * * * ** *
15798099 ATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAAT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAATA-TCA
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTATG-C-AAA-ACAAATAGTCA
* * ** * * ** *
15798161 TAACAATTTGAAATAGATAACAATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAAT
62 CAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATAT
* * * * *
15798226 TTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
127 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CA
* * * * * *
15798291 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATTATAACGATTTAAAAT
190 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAAT
*
15798356 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTAAATT
255 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTAAATT
* * *
15798421 TTTTACTTATTAACTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATT
320 TCTTACTCATTAACTTTAGAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * *
15798461 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAATTGTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTAT-GCAAAACAAATAGTCACAA
* * * *
15798526 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACGTGTTCAGA-AAACATATTT
65 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTT
** * * *
15798590 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCT-TTTTTTTATTTTTAATAAATTTATTATTATTTTATTCAAA
129 ATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTC-AA
* * * * * * * *
15798653 ATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGATGAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATA
191 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATA
* ** * * * * *
15798718 AATAATTAGTT-AGATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATT
256 AATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTAAATT
* * ** *
15798782 ATCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAATTAGAATT
320 -TCTTACTCATTAACTTTAGAAATATTAATAAAATAGAATT
* * * *
15798823 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTTAT-TACAA-AAATAGATCACA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGGAAACAATTGGTTTATGCAAAACAAATAG-TCACA
* * *
15798885 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTT
* * *
15798950 ATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAA
129 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCAAA
*
15799015 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC
192 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
15799068 AATTCTATTT
Statistics
Matches: 3611, Mismatches: 738, Indels: 447
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 88 0.02
356 288 0.08
357 230 0.06
358 301 0.08
359 613 0.17
360 590 0.16
361 649 0.18
362 404 0.11
363 157 0.04
364 12 0.00
365 2 0.00
366 3 0.00
367 1 0.00
368 2 0.00
369 28 0.01
370 67 0.02
371 7 0.00
372 1 0.00
374 3 0.00
375 69 0.02
376 35 0.01
377 59 0.02
378 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGGTTTATGCAAAACAAATAGTCACAAC
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTAT
TTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTAAATTTCTTAC
TCATTAACTTTAGAAATATTAATAAAATAGAATT
Found at i:15799115 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15799082--15799135 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 19
15799072 CTATTTGCAG
15799082 AACTATTTCAAATAATTAT
1 AACTATTTCAAATAATTAT
*
15799101 AACTATTT-GAATAATTAT
1 AACTATTTCAAATAATTAT
* *
15799119 --TTATTTCAAATCATTAT
1 AACTATTTCAAATAATTAT
15799136 TACCCTTTGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 4
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.17
17 8 0.27
18 9 0.30
19 8 0.27
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
AACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:15799611 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15799090--15799734 Score: 561
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
15799080 AGAACTATTT
* * * *
15799090 CAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCCTTTGTTTTGTCTTA
1 CAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
15799155 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGA-TTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTT
66 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAGTAAT-TCTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
15799218 CAGAAATTAA-TACGTAAAAGATTTTAAAAATATATTTTTTTTCTAAACTA-AA
129 CAAAAATTAATTA-GTAAGAGA-TTTAAAAA-ATGTATTGTTACT-AACTAGTA
* * * * * * *
15799270 TCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTAGATTTATCAT
1 -CAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** *
15799335 AAAACAATT-TTTTTCATTCATAGAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTA
65 AAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATTCTAATTTATTAATATT-
* *
15799399 T-GAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGTATCTGTTAGCCTAACTAGTA
128 TCAAAAATTAATTAGTAA-GAGATTTAAAAAATGTAT-TGTTA--CTAACTAGTA
* * * * * **
15799452 CAAACAATTATGACTGTTTGAGTAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
15799517 AAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAACGTAATTCTAATTTATTAATATTTCA
66 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATTCTAATTTATTAATATTTCA
* * *
15799582 AAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTA-TAGAATAAGTT
131 AAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGTAT-TG-TTACTA-ACT-AGTA
* ** * * * *** * *
15799633 CAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATA
1 CAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*
15799698 AAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
66 AAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
15799735 CTATTTACCA
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 70, Indels: 34
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.02
180 24 0.06
181 335 0.89
182 12 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
CAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATTCTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGTATTGTTACTAACTAGTA
Found at i:15800071 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15799761--15802316 Score: 1902
Period size: 181 Copynumber: 14.3 Consensus size: 180
15799751 TTCAAATCAA
* * *
15799761 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * ** * ** *
15799826 ATTTTTGTTCATACTGGCTTATTTTG-ATTAAAATAATGTTAGTTTATTAATATTTTGACAATTA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *
15799890 ATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
130 ATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * **
15799941 AATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
15800006 GTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
15800071 TGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
131 TAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * ** * * * *
15800122 TATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTAAGACCTTTTCTTTTGCCACAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
15800187 GTTTCTATTTATACAAGCTTATGTTG-AATAAAATAAT-GTAAATTTACTAATATTCCAAAGATT
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ***
15800250 AATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGT
129 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGT
* *
15800302 TATGACTATTTGAACAATTACCAATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCAT-AAACTAAT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT
* * * * * * * * * * *
15800365 AGCTTCTATTCATAAAAACTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATTCAGATTCCAAGAATTA
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * *** *
15800430 GTAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTA-CTAAGTGGGTTTAAATAGT
130 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * *
15800482 TATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** ** *
15800547 GTTTCTTTTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
15800612 TAAG---GA-ATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGGACCAGTTTAAATAGT
131 TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
15800659 TATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGACATAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** *
15800723 GTTTCTA-TCTATACGAA-CTTATTAGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAAT
66 GTTTCTATTC-ATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * * * * * *
15800785 TTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACAGAACTAGTTCCAATAGT
128 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
15800839 TAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
15800904 -TTTTTAGTTCATACATGCCTATTTGAATTAAAATAATACTATTTTATTAGA-A-TTCAAAAAAT
66 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTC-AAAAAT
* * * * * *
15800966 TAAT-AGCAAG-GAATTAAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
128 TAATAAGTAAGAG-ATT-TAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * *
15801019 TATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
15801083 TGTTTC-ATTCCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
65 TGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ** * * *
15801147 GAGAAATTGGAGATTAAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAGT
129 AATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* ** * * * *
15801200 TATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * **
15801265 ATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATACTAACATATTAATATTTCAAAAATT
66 GTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
15801328 AATAAGTAGGAGA--T-----T--ATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAAT
129 AATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
15801371 TATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
15801436 ATTTATATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTA
* ***
15801500 ATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGT
130 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** * * *
15801552 TAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTTCTTTTGTTTTATCATAAAAGAAAT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * **
15801617 ATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-ATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** *
15801681 AT--G--AGAGATTTAAAATATAAATTTATTTACCAAATGAGTTCAATTAGT
130 ATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
15801729 TATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTTGCTTTATCTTAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * * *
15801794 ATTTCTATTGATA-TTGTCTTATTCAAAACAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
66 GTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * ** * * * *
15801857 AATAAGTAACATATTTAAAAAATGAATCTGTTCGCTTG-GCTAGTGCAAATAGT
129 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
15801910 TATGACT-TCTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCACAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* *
15801974 GTTTCTATTCATACAAGCTTATT-GAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** *
15802038 ATAAATAAGAGATTTAACAAATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGT
130 ATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* ** * * * *
15802090 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTATCATAATATAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T
* * ** * * * *
15802155 TTTTTCTATTCCTACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATGCAAATTTATT-ATCA-TT-AAGACAG
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAA-A-AA
* * * * * * * *
15802217 CTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGCATAAGTTTAAATAGT
127 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * *
15802272 TATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
15802317 AACAATTTGA
Statistics
Matches: 1874, Mismatches: 419, Indels: 165
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 133 0.07
172 2 0.00
173 2 0.00
175 4 0.00
176 81 0.04
177 185 0.10
178 11 0.01
179 85 0.05
180 593 0.32
181 630 0.34
182 142 0.08
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
Found at i:15800186 original size:481 final size:482
Alignment explanation
Indices: 15799283--15800208 Score: 1128
Period size: 481 Copynumber: 1.9 Consensus size: 482
15799273 ATTAGTTATA
*
15799283 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTAGATTTATCATAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTAGATTTATCATAAAACAATTTTTT
* * *
15799348 TCATTCATAGAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG
66 TCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG
** ** * * * * * *
15799413 TAACGGATTTAAAAAATGTATCTGTTAGCCTAACTAGTACAAACAATTATGACTGTTTGAGTAAT
131 TAAAAGATTTAAAAAAAATATCTGTTAGCCGAACAAGTACAAACAATAATAACTATTTGAATAAT
* ** * *
15799478 TATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGC
196 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCATATTCATACAAGC
* * ** * * *
15799543 TTATTTGAAATAACGTAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAA
261 TTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
15799608 AATGAATATGTTTATAGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTTTTTCAAAT
326 AATGAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * *
15799673 TGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTA
391 AACTATAACCTTTTCTATTGCCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTA
15799738 TTTACCAAATAATTTCAAATCAATATG
456 TTTACCAAATAATTTCAAATCAATATG
** * * *
15799765 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA-TTTTGTCATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-ATTAGATTTATCATAAAACAATT-TT
* ** *** * * * * *
15799829 TTT-GTTCATACTGGCTTATTTTGATTAAAATAATGTTAGTTTATTAATATTTTGACAATTAATA
64 TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATA
* * * *
15799893 AGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGT-TTA-CCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAT
129 AGTAAAAGATTTAAAAA-AAATATCTGTTAGCCGAACAAGTACAAACAATAATAACTATTTGAAT
* ** *
15799956 AATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTATCA-ATTCATAT
193 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TCATATTCATAC
* *
15800020 AGGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT
257 AAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT
* * * *
15800085 AAAAAATGAATTTGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTT
322 AAAAAATGAATATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* * *
15800149 CAAATAATTA-AGACCTTTTCTTTTGCCACAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTAT
386 CAAATAACTATA-ACCTTTTCTATTGCCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
15800209 GTTGAATAAA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 69, Indels: 13
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
480 1 0.00
481 236 0.64
482 119 0.32
483 13 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (482 bp):
ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTAGATTTATCATAAAACAATTTTTT
TCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG
TAAAAGATTTAAAAAAAATATCTGTTAGCCGAACAAGTACAAACAATAATAACTATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCATATTCATACAAGC
TTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAA
AATGAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
AACTATAACCTTTTCTATTGCCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTA
TTTACCAAATAATTTCAAATCAATATG
Found at i:15800996 original size:537 final size:537
Alignment explanation
Indices: 15799885--15801757 Score: 1467
Period size: 537 Copynumber: 3.5 Consensus size: 537
15799875 ATATTTTGAC
* * * * * * * *
15799885 AATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
1 AATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * *
15799949 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-TCCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTATCAA
66 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAT
** * * * *
15800013 TTCATATAGGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAA
130 TTCATA-AAACTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG
* * * * * * *
15800078 GAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTAT
191 GAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
15800143 CTATTTCAAATAATTAAGACCTTTTCTTTTGCCACAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA
256 CTATTTCAAATTAGTAAGACCTTTTCTTTTGACACAAAACAATTGTTTCTATCTATACAAGCTTA
* * * * *
15800208 TGTTGAATAAAATAATGTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
321 TGTAGAATAAAATAATGTAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAAATA
*** * *
15800273 AATCTATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCAATTTCAAATCGTT
386 AATCTATTTACAGAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTACCAATTTCAAATCGTT
* * * *
15800338 ATGACCTTTGTTTTGTCATAAACTAATAGCTTCTATTCATAAAAACTTATTTGGAGTAAAATAAT
451 ATGACCTTTGTTTAGTCATAAAATAATAGCTTCTATTCATAAAAACCTATTTGAAGTAAAATAAT
* *
15800403 ACTAATTTATTCAGATTCCAAG
516 ACTAATTTATTCAGATTCAAAA
* * * * **** *
15800425 AATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACTAAGTGGGTTTAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
15800490 TTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTT
66 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCATT
* * * *
15800555 TCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGGA-A
131 TCATA-AAACTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAGA
* * * *
15800619 TTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGGACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTAT
195 TTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
15800684 TTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATCTATACGAA-CTTAT-T
260 TTCAAATTAGTAAGACCTTTTCTTTTGACACAAAACAATTGTTTCTATCTATAC-AAGCTTATGT
* * * *
15800746 AGAAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAATATTCTAAAAATTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
324 AGAA-TAAAATAATG-TAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA-AAATTTAAAAAATA
* * * * * * *
15800810 AATGTATTTACAGAACTA-GTTCCAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGT
386 AATCTATTTACAGAAC-ACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTACCAATTTCAAATCGT
* ** * * ** *
15800874 TCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT-TTTTTTAGTTCATACATGCCTATTTGAATTAAAAT
450 TATGACC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATAGCTTCTA-TTCATAAAAACCTATTTGAAGTAAAAT
*
15800938 AATACTATTTTATT-AGAATTCAAAA
513 AATACTAATTTATTCAG-ATTCAAAA
*
15800963 AATTAAT-AGC-AAGGAATTAAAAAAATG-AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AATTAATAAGCAAAAG-ATTAAAAAAA-GAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
15801025 TATTTGAATAATTA-TCATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC
64 TATTTGAATAATTATTTA-TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC
* * * *
15801089 ATTCCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA-AA
128 ATTTCATAAAA-CTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAA
* * * *
15801153 TTGGAGA-TTAAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAA
190 --GGAGATTTAAAAAC-TAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
15801217 TTATCTATTTCAAATTATTTTAA-A-CTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTATTTTTCATC-ATA
252 TTATCTATTTCAAATTA--GTAAGACCTTTTCTTTTGA-CACAAAACAATTGTTTCT-ATCTATA
* * * * * * *
15801278 CAAGCCTAT-TCAGAATAAAATAATACT-AA-CATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAG
313 CAAGCTTATGT-AGAATAAAATAAT-GTAAATC-TAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA-AAA
* * * *
15801340 A--T------T--ATCTATTTACTGAAC-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTA-T
374 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACACA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTACC
* * * * * * * * *
15801392 ATATTTCAAGTCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTATATTCATACAAGCTT
437 A-ATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTAGTCATAAAATAA-TAGCTTCTATTCATAAAAACCT
* * * * * * *
15801456 TTTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-ATGAA
499 ATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTCAGATTCA-AAA
** * ** * * * *** * * *
15801495 AATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCT
1 AATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAAGAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * *
15801559 ATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTTCTTTTGTTTTATCATAAAAGAAATAT-TTT-
65 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TGTTTC
** * * * * ** *
15801622 -TGTTCATATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGA-
128 AT-TTCATA-AAACTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** * * * *
15801685 GAGATTTAAAATA-TAAATTTATTTACCAAATGAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTA
191 GAGATTTAAAA-ACTAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
*
15801749 TTTATTTCA
255 TCTATTTCA
15801758 TATCATTATG
Statistics
Matches: 1077, Mismatches: 205, Indels: 113
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
529 53 0.05
530 6 0.01
531 3 0.00
532 116 0.11
533 129 0.12
534 18 0.02
535 5 0.00
536 77 0.07
537 287 0.27
538 73 0.07
539 1 0.00
540 31 0.03
541 200 0.19
542 69 0.06
543 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
AATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCATT
TCATAAAACTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAGAT
TTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTAGTAAGACCTTTTCTTTTGACACAAAACAATTGTTTCTATCTATACAAGCTTATGTAG
AATAAAATAATGTAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACAGAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTACCAATTTCAAATCGTTATGAC
CTTTGTTTAGTCATAAAATAATAGCTTCTATTCATAAAAACCTATTTGAAGTAAAATAATACTAA
TTTATTCAGATTCAAAA
Found at i:15801225 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15799731--15802316 Score: 1671
Period size: 361 Copynumber: 7.2 Consensus size: 357
15799721 AGCTTATTTC
* * * *
15799731 AAATCTATTTACCAAAT-AATTTCAAATCA-ATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT
1 AAATCTATTTA-CGAATCAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** *
15799794 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTGGCTTATTTTGATTAAAA
63 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAA
** * * * * * *
15799859 TAATGTTAGTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAC
127 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
15799923 CGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTG
191 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTG
* * * * * * *
15799988 TTTTGTCATAAAATGATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAAC-TTA
255 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAACAAAATAATA-TTACTTTA
*
15800052 TTACTATTTCAAAAATTA-ATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
319 TTAATATTTCAAAAATTAGA--AGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15800092 GAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAAT
1 AAATCTATTTACGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
15800157 TAAGACCTTTTCTTTTGCCACAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATGTTGAATAAAATA
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATA
* * * * ***
15800222 AT-GTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTG
129 ATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * *
15800286 AACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTT
193 AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTT
* * * * * * *** ** * * *
15800350 TTGTCATAAACTAATAGCTTCTATTCATAAAAACTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATTC
257 TTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTACTTTATTA
* * * * *
15800415 AGATTCCAAGAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAAG
322 ATATTTCAAAAATTAG-AAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *** * * * *
15800452 AAATCTATTTACTAAGTGGGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACGAA-TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** *
15800517 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAAATTATTTAAAATAAAAT
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAAT
* * * * * *
15800581 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---GAATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCG
128 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * * * * *
15800643 GACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATTGGTATGATCTTTGTTT
193 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTT
* * * * ** * ** *
15800708 TGA-CATAAAACAATTGTTTCTA-TCTATACGAA-CTTATT-AGAA-GTAA-AATATTGCTAAAC
258 T-ATCATAAAATAATTGTTTCAATTC-ATA-AAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTACTTTAT
* *
15800767 TAATAATATTCTAAAAATTTATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
320 TAAT-AT-TTC-AAAAA-TTAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15800809 AAATGTATTTACAGAA-CTAGTTCCAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCG
1 AAATCTATTTAC-GAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
15800873 TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCCTATTTGAATTAAAA
64 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAA
* * * * * *
15800937 TAATACTATTTTATTAGA-ATTCAAAAAATTAAT-AGCAAGGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA
127 TAATACTAATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* *
15801000 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTT
190 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACC-TT
* *
15801064 TGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-ATTCCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAATATTACTT
253 TGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATT-CATAAAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTACTT
* **
15801128 TATTAATATTTCAAAAATTGAGAAATTGGAGA-TTAAAAACAT
317 TATTAATATTTCAAAAATT-AGAAGTAAGAGATTTAAAAA-AT
* *
15801170 AAAT-TAGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
1 AAATCTA-TTTA-CGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
15801234 TTTTAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAA
64 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
** * *
15801298 TAATACTAACATATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--ATCTATTTA
127 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * *
15801352 CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAATCTTTT
190 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTT
* * * * ** * * * *
15801417 GTTTTGTCATAAAATAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATCT
254 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTACTTT
* * * * *
15801481 AATAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAAT
318 ATTAATATT-TCAAAAATT-AGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * **
15801522 AAATTTGTTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
1 AAATCTATTT-ACGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * * * * *
15801587 TATGTTCTTTTGTTTTATCATAAAAGAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAT-AATAAAAT
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATT--TGAATAAAAT
* * * * * * * *
15801651 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT--G-AGAGATTTAAAATATAAATTTATTTACCA
128 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
** * * * * * * * * *
15801713 AATGAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTTGCT
193 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTT
* * * * * ** * ** *
15801778 TTATCTTAAAACAATTATTTCTATTGAT-ATTGTCTTATTCAAAACAAAGTAATGCTAATTTATT
257 TTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAG-CTTATTCAAAACAAAATAATATTACTTTATT
* * *
15801842 AATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACATATTTAAAAAAT
321 AATATTTC-AAAAATT-AGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * *
15801880 GAATCT-GTT-CGCTTGGCTAGTGCAAATAGTTATGACT-TCTGAACAATTATTTATTTCAAATT
1 AAATCTATTTACGAAT--C-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
15801942 GTTATGACCTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTGAAAATAAA
63 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTG--AATAAA
* * * * * * * *
15802006 ATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAACAAATGAATTTGTTTA
126 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * ** *
15802071 TTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTT
190 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTT
* * * * * ** ** *** *
15802136 GTTTTATCATAATATAATTTTTTTCTATTCCTACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATGCAAATTT
254 GTTTTATCATAAAATAA-TTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTACTTT
* * * * *
15802201 ATT-ATCA-TT-AAGACAGCTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT
318 ATTAAT-ATTTCAA-A-A-ATTAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
15802242 AAATTTATTTACTGCAT-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCA
1 AAATCTATTTAC-GAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
15802306 TTATGA-CTTTT
64 TTATGACCTTTT
15802317 AACAATTTGA
Statistics
Matches: 1731, Mismatches: 395, Indels: 197
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
348 4 0.00
349 1 0.00
350 2 0.00
352 257 0.15
353 14 0.01
354 11 0.01
355 7 0.00
356 17 0.01
357 345 0.20
358 160 0.09
359 4 0.00
360 303 0.18
361 444 0.26
362 108 0.06
363 37 0.02
364 14 0.01
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAATCTATTTACGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTAT
CATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATAT
TTCAAAAATTAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:15801475 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15801190--15801513 Score: 413
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
15801180 ATCGAATCAA
* * * * *
15801190 TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTAAACTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTATCA
* *
15801255 TAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAA-CATATTAATATT
66 TAAAACAATTATTTATCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATC-TAATAATATT
*
15801319 -TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTATCTATTTACTGAACCAG
130 AT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTATCTATTTACTGAACCAG
* * * * *
15801361 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTATCA
* * **
15801426 TAAAATAATTATTTAT-ATTCATACAAG-CTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
66 TAAAACAATTATTTATCA-TCATACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
* *
15801489 TATGAAAATTAATAATTAAGAGATT
129 TATAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
15801514 TGAAAAATAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.05
171 122 0.94
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTATTTATCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTATCTATTTACTGAACCAG
Found at i:15802876 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 15802320--15804438 Score: 1355
Period size: 358 Copynumber: 6.0 Consensus size: 353
15802310 GACTTTTAAC
* * * * * * * ** * *
15802320 AATTTGAAATATAT-TTTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTAT
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
15802384 TTTTTAAATCT-CTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAAC
66 TTTTTAAATCTGCTTAT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * * * * *
15802448 TTGTA-TGAGCTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
130 TTGTAGTTAG---AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAA
* * * * ** *
15802512 TTGTTCATATTGTCTTAACTGTTTGAGTTGGTTTCGAAAATGAATTTATTTTTTAAATCACTTAC
192 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGAAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** *
15802577 TTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTGCAAATAAACTTATATGAACAA
255 TTAT-AATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTTATATGAACAA
* *
15802641 AAATAATTGATTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAT
318 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAT
** * *
15802677 AATTTGAAATAGATAATTACTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAATAGATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * **
15802742 TTTTTAAATCT-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGC
66 TTTTTAAATCTGCTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * ** *
15802806 ATGTACGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAAT
130 TTGTA-GTT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAAT
* * * *
15802871 TGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTT-GATAAACTAATTTATTTTTTAAATCGCTTGC
193 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTCGA-AAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * ***
15802935 TTAATAATTTTTGAAAAATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGA
255 TT-ATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTTATATGAACAAA
*
15803000 AATGATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAAT
319 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT-ATAAT
* * * * **
15803035 GATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTCGTTCAGTAAACAGATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
15803099 ATTTCAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
66 TTTTTAAA--TCT-GCTTA-TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * ** * * * *
15803163 AAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTATTTTATGATAAAAAAAAATCTTAGAATGATTTGAAATAG
126 AAGCTTGTA-G--TTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAT
* * * * * * *
15803227 ATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACACTTTTTTTTTTAAATCTC
188 ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTC-GAAAATAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
15803291 TAAC---TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATGAGCTTATATGAT
251 TTACTTATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TGTGAATAAGCTTATATGAA
* * * ** *
15803352 CAGAAATAAAATT-TTTTATGACAAAAC-AAAGATCGTAGT
315 CA-AAA-ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * * ** * *
15803391 AATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTAAATTGGTTTGAAAAACAGCTTTAA
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
** * * *
15803456 TTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAGAATTACTTTATTTCAAATA
66 TTTTTAAAT--C-TGCTT-ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * ** * *
15803521 AGTTTTTAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAACGATTTTAAATAGT-TA
127 AGCTTGTAGTTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA-TATA
** * *
15803585 ATTGTTCAAATAGTCATATTTATTTGAGCATGTTTGGTAAACAT-ATTTATTTGTTTAAATCTCT
191 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCG-AAA-ATAATTTATTT-TTTAAATCTCT
* * * *
15803649 TGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGA
252 TACTTA-TAA-TTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTTATATGA
*** *
15803712 ATTGAAATAATTTTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAAT
314 ACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * * * *
15803752 GATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCGG----CA-A---A-
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
15803808 -----ATA-CT--TT-T-ATTTTT---A-ATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAACT
66 TTTTTAAATCTGCTTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
** ** * * * * * * * *
15803859 AATATGAAAAGAAATAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATTATAAC-ATTTGAGATAGATAATT
131 TGTA-G-TTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAATT
* * * * * * *
15803922 GTTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTGGTTTGGTGAATAGAATTT-GTTTTTAAATCGCTTA--
194 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT--CGAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * * * ** **
15803984 T-TAA-TTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGCATGAACAAAAA
256 TATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* *
15804047 CAATTGTTTTA-AATAAAACAAAAGGTTATAAT
321 TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAT
* ** * * * * * * * * *
15804079 GATTAAAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGAGTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGAATGA
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTAGTTTGGTAAACAGATTTA
* *
15804143 TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
65 TTTTTTAAATCTGCT---TA-TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
** * * * * *
15804207 TAAATTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTGATCACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATA
125 TAAGCTTGTA-G-TTAGAAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
* * * * * * ** * * *
15804271 AATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTAGAGCTTGCCTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
187 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
15804336 TTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGCTTGTATGA
250 CTTACTTA-TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTTATATGA
* * * * *
15804400 ACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
314 ACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAA
15804439 CTATTTAAAC
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 304, Indels: 192
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 59 0.04
328 49 0.04
329 3 0.00
331 2 0.00
332 1 0.00
333 12 0.01
334 69 0.05
335 18 0.01
336 23 0.02
338 6 0.00
339 1 0.00
341 4 0.00
342 2 0.00
343 1 0.00
344 2 0.00
347 3 0.00
349 1 0.00
350 6 0.00
353 5 0.00
354 59 0.04
355 82 0.06
356 127 0.09
357 200 0.15
358 275 0.20
359 13 0.01
360 63 0.05
361 255 0.19
362 16 0.01
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTGCTTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
TGTAGTTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAA
TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATT
GTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAT
Found at i:15803148 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15802321--15803794 Score: 1089
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 180
15802311 ACTTTTAACA
* * * * * * * *
15802321 ATTTGAAATATAT-TTTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * **
15802385 TTTTAAA--TCT--CTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAA
65 TTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * ** * * * **
15802446 ACTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACA
130 GCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * * * * *
15802497 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTGTCTTAACTGTTTGAGTTGGTTTC-G-AAA-ATGAATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-G-TTCAGTAAACA-G-ATTT
* * * * **
15802559 ATTTTTTAAATCACTTA-CTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTGCA
62 ATTTTTTAAATCTC-TAGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * *** * * * *
15802622 AATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGATTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAATA
125 AATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATG
** * * ** *
15802678 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
15802743 TTTTAAA--TCT--CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAA
65 TTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * * * ** * *
15802804 GCATGTACG--TTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATG
130 GCTTTTATGAATT--GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * * * *
15802855 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATT-TGATAAACTA-ATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAG-TAAAC-AGATTTA
* * * * * **
15802918 TTTTTTAAATCGCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGAT
63 TTTTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
* *
15802983 AAGCTTTTATGAATTGAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATG
128 AAGCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* *
15803036 ATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTCGTTCAGTAAACAGATTTATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
15803100 TTTCAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
65 TTTTAAATCTCTAGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * * *
15803164 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAA-AAAAATCTTAGAATG
129 AGCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATG
* * * * * *
15803216 ATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACA-CTTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAGTAAACAGATTTAT
* * * *
15803279 TTTTTAAATCTCTA----ACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAAT
64 TTTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAAT
* * * * * * *
15803339 GAGCTTATATG-ATCAGAAATAAAATT-TTTTATGACAAAAC-AAAGATCGTAGTA
128 AAGCTTTTATGAAT-TGAAAT--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * * * * * * * * *
15803392 ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTAAATTGGTT-TGAAAAACAGCTTTAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAG-TAAACAGATTTAT
* * * ** * * *
15803456 TTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAGAATTACTTTATTTCAAATA
64 TTTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * * *
15803521 AG-TTTT-TAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAACG
129 AGCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
* * ** ** *
15803571 ATTTTAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATATTTATTTGAGCA-TGTTTGGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA--ATTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * *
15803635 TTGTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
64 TT-TTTAAATCTCTAGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* *
15803699 TAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTT-ATAATG
127 TAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATG
* * * *
15803753 ATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
15803795 CTAGTTCGGC
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 211, Indels: 118
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.01
176 111 0.11
177 200 0.19
178 24 0.02
179 68 0.07
180 215 0.21
181 317 0.31
182 75 0.07
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG
CTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
Found at i:15803484 original size:537 final size:533
Alignment explanation
Indices: 15802460--15803823 Score: 1442
Period size: 537 Copynumber: 2.5 Consensus size: 533
15802450 GTATGAGCTA
* * * * *
15802460 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTGT
1 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
15802525 CTTAACTGTTTGAGTTGGTTTCG-AAA-ATGAATTTATTTTTTAAATCACTTA-CTTATGAATTT
65 CATAACTATTTGAATT-G-TTCGTAAACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTC-TAGCTTATTAATTT
* * * * * ***
15802587 TTAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTGC-AAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGA
125 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATT-A
* * * * *
15802651 -TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTACTCA-AATTGTCATAACTA
188 TTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTATAATAGTCTTAACTA
* * * * * * *
15802714 TTTAAATTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAATAA
252 TTTGAACTAGTTCGGCAAATA-CTTTTTTTTTTAAATCTCTAACTAATTCTTGAAATATTAATAA
* * * * * * *
15802779 ATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTACGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAA
316 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATATACGATCAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATCAA
* * * * *
15802844 AGGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAA
381 AGATAATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTTGAAAA
* * * * *
15802909 ACTAATTTATTTTTTAAATCGCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATTAATAAAATAGTATTATTTT
446 ACTAATTTAATTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATTAATAAAACAGAATTACTTT
*** * *
15802974 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTG
511 ATTTCAAATAAG-TTTT-TAAATAG
* * * * *
15802999 AAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
1 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
15803064 ATAACTATTTGAATTCGTTCAGTAAACAGATTTATATTTCAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTTG
66 ATAACTATTTGAATT-GTTC-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTTG
* *
15803129 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTAT
129 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTATTTTAT
* ** *
15803194 GATAAAAAAAAATCTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAC
194 GATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAC
* * * *
15803259 T-GATTCAGCAAACACTTTTTTTTTTAAATCTCTAACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTA
259 TAG-TTCGGCAAATACTTTTTTTTTTAAATCTCTAACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
15803323 TTATTTT-TATCTGAATGAGCTTATATGATCAGAAATAAAATT-TTTTATGACAAAA-CAAAGAT
323 TTATTTTAT-TCTAAATAAGCATATACGATCAG-AA-AAAATTGTTTTATGACAAAATCAAAGAT
** * * * * * * * *
15803385 CGTAGTAATTTGAGAT-TGATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTAAATTGGTTTGAAAAAC-
385 AATAATAATTTGAAATAT-ATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTTGAAAAACT
* * *
15803448 AGCTTTAATTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAGAATTACTTTAT
449 A-ATTTAATTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATTAATAAAACAGAATTACTTTAT
15803513 TTCAAATAAGTTTTTAAATAG
513 TTCAAATAAGTTTTTAAATAG
* * * *
15803534 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAACGATTTTAAATAGTTAATTGTTCAAATAGT
1 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *
15803599 CATATTTATTTGAGCA-TGTTTGGTAAACATATTTATTTGTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
65 CATAACTATTTGA--ATTG-TTCGTAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTT
* * * * *
15803663 TTGAATGTTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTTTTT
126 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTATTT
* * * *
15803728 TATGACT-AAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTT
191 TATGA-TAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTT
*
15803792 GAACTAGTTCGGCAAAATACTTTTATTTTTAA
255 GAACTAGTTCGGC-AAATACTTTTTTTTTTAA
15803824 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 120, Indels: 43
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
535 36 0.05
536 57 0.08
537 339 0.50
538 207 0.30
539 44 0.06
540 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (533 bp):
AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAATTGTTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTTGAA
TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTATTTTATGA
TAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
GTTCGGCAAATACTTTTTTTTTTAAATCTCTAACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCTAAATAAGCATATACGATCAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATCAAAGATAATAAT
AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTTGAAAAACTAATTTAA
TTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATTAATAAAACAGAATTACTTTATTTCAAATA
AGTTTTTAAATAG
Found at i:15803522 original size:357 final size:359
Alignment explanation
Indices: 15802404--15804447 Score: 1079
Period size: 361 Copynumber: 5.8 Consensus size: 359
15802394 TCTTATAAAA
* * * * ** * * *
15802404 TTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAGCTAAAATAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA
* * * * * ** * * * * * * *
15802469 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTGTCTTAACTGT
66 TTTTATGACAAAAAAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
** * * * *
15802534 TTGAGTTGGTTTCGA-AAA-TGAATTTATTTTTTAAATCACTTACTT-ATGAATTTTT-AGAATA
131 TTGAACT-GATTAGACAAACT-AATTTATTTTTTAAATC-CTTGCTTAAT-AATTTTTGA-AAAA
* * * * * * * * *
15802595 TTATTAAATTAATATTATTTTATTGC-AAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGATTTATGAT
191 TTAATAAAATAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * ** *
15802659 AGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTAG
255 AAAACAAAAGATCATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAG
* * * *
15802724 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-C-T-CTTACTAAT
319 TTTGATAAACAGATTTAATTTTTAAATCCTTGCTTAATAAT
* * * * *
15802762 TCTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTACG--TTGAGAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT--GAAACAAT
* ** * * * * *
15802825 TGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCATAATT
64 TATTTTATGACAAAAAAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* *
15802890 ATTTGAACTGATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCGCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATT
129 ATTTGAACTGATTAGACAAACTAATTTATTTTTTAAATC-CTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATT
* * * * * *
15802955 AATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAATGATTGTTTTATGATAAA
193 AATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
15803020 ACAAAAGTTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTCG-TTC
258 ACAAAAGATCATAATAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTG
* * *
15803084 AGTAAACAGATTT-ATATTTCAAATCTCTAGCTTATTAATT
323 A-TAAACAGATTTAAT-TTTTAAATC-CTTGCTTAATAA-T
*
15803124 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATT
* * * * *
15803187 ATTTTATGATAAAAAAAAATCTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACT
65 ATTTTATGACAAAAAAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGCCATAACT
* * *
15803251 ATTTGAACTGATTCAG-CAAAC-ACTTTTTTTTTTAAAT-C-T-C-TAACTAATTTTTGAAATAT
129 ATTTGAACTGATT-AGACAAACTAATTTATTTTTTAAATCCTTGCTTAA-TAATTTTTGAAAAAT
* * *
15803310 TATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATGAGCTTATATG-ATCAGAAATAAAATT-TTTTATG
192 TAATAAAATAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAAT--AATTGTTTTATG
* * * * * * *
15803372 ACAAAAC-AAAGATCGTAGTAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTAAATT
253 ACAAAACAAAAGATCATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
* * *
15803436 GGTTTGAAAAACAGCTTTAATTTTTAAATCCCTTGCTTAATAAT
317 AGTTTGATAAACAGATTTAATTTTTAAAT-CCTTGCTTAATAAT
** * * * * *
15803480 TTTTGAAATATTAATAAAGCAGAATTACTTTATTTCAAATAAG-TT-TTTAAATAGAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA
* * * * * * * * * **
15803543 TTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAACGATTTTAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATATTTAT
66 TTTTATGACAAAAAAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * ** * **
15803608 TTGAGCATG-TTTGGTAAAC-ATATTTATTTGTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATG
131 TTGAAC-TGATTAGACAAACTA-ATTTATTT-TTTAAATC-CTTGCTTAATAA-TTTTTGAAAAA
* * * * * * *
15803670 TTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACT
191 TTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
15803735 AAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGT
256 AAACAAAAGATCATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGT
* *
15803800 TCG----GCA-A---AA----T--A--C-T--TT--T-AT
320 TTGATAAACAGATTTAATTTTTAAATCCTTGCTTAATAAT
* * * * * ** ** * *
15803818 TTTT---A-ATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAACTAATATGAAAAGAAATAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA
* * * * * * * * * * *
15803879 TTCTATGACAA-AATAAAGATTATAA-CATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAA
66 TTTTATGACAAAAAAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * ** * * * * *
15803942 TTGAACTGGTTTGGTGAATA-GAATTT-GTTTTTAAAT-C--GCTTATTAA--TTTCAAAATAAT
131 TTGAACT-GATTAGACAA-ACTAATTTATTTTTTAAATCCTTGCTTAATAATTTTTGAAAA-ATT
* * * ** ** * * * * *
15804000 AATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTA-AATAAA
193 AATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * * * *
15804064 ACAAAAGGTTATAATGATTAAAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGAGTATTTGAACTT-GTT
258 ACAAAAGATCATAATAATT-TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTAGTT
* * * * * * * * *
15804128 TGGTAAATAGAATGATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAT
321 TGATAAACAGATTTAATTTTTAAATC-CTTGCTTAATAAT
** *
15804168 TTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAAT
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAT
* * * * * ** * * **
15804231 T-TTTTGATCACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAAC
64 TATTTT-ATGACAAAAAAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAC
* * ** * * * *
15804295 TATTAGAGCTTGCCTAG-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAA
128 TATTTGAAC-TGATTAGACAAACTA-ATTTATTTTTTAAATC-CTTGCTTAATAATTTTTGAAAA
* * * * *
15804358 ATTAAT-AAATCAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
190 ATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
*
15804421 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAA
254 CAAAACAAAAGATCATAA-TAATTTAAA
15804448 CGTGATCAGA
Statistics
Matches: 1310, Mismatches: 277, Indels: 196
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
326 3 0.00
327 54 0.04
328 49 0.04
329 9 0.01
331 2 0.00
332 1 0.00
333 8 0.01
334 63 0.05
335 22 0.02
336 25 0.02
338 6 0.00
339 2 0.00
341 3 0.00
343 1 0.00
344 2 0.00
345 1 0.00
347 2 0.00
349 2 0.00
350 6 0.00
353 8 0.01
354 53 0.04
355 100 0.08
356 135 0.10
357 168 0.13
358 225 0.17
359 10 0.01
360 69 0.05
361 254 0.19
362 25 0.02
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA
TTTTATGACAAAAAAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
TTGAACTGATTAGACAAACTAATTTATTTTTTAAATCCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATTAAT
AAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGATCATAATAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGATA
AACAGATTTAATTTTTAAATCCTTGCTTAATAAT
Found at i:15803822 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15802404--15803823 Score: 1139
Period size: 361 Copynumber: 4.0 Consensus size: 357
15802394 TCTTATAAAA
* * * * ** *
15802404 TTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAGCTA-AAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTT-TAT-AAATAGAAACAATT
* * * * ** ** * * * * *
15802468 GTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTGTCTTAACTG
63 ATTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
** * * * * *
15802533 TTTGAGTTGGTTTCG-AAA-ATGAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATGAATTTTT-AGAATA
128 TTTGAACTGATTTGGTAAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATA
* *** * * * *
15802595 TTATTAAATTAATATTATTTTATTGCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGATTTATGATA
190 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATA
** **
15802660 GAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTAGT
255 -AACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTAGT
* * ** *
15802725 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-C-T-CTTACTAAT
319 TCGGAAAATACTTTTA-TTTTTAAATCCTTGCTTAATAAT
* * * ** * ** *
15802762 TCTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTACGTTGAGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATA-AAT-AGAAACAATTA
** *
15802827 TTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATA-TATAATTGTTCAAATAGCCATAATTA
64 TTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGT-TAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * *
15802891 TTTGAACTGATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAATCGCTTGCTTAATAATTTTTGAAAAATT
128 TTTGAACTGATTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
15802955 AATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAATGATTGTTTTATGATAAA
192 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAT-AA
* * *
15803020 ACAAAA-GTTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTCGTT
256 ACAAAAGGTT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTAGTT
* * * ** * * *
15803083 CAGTAAACAGATTTATATTTCAAATCTCTAGCTTATTAATT
320 CGGAAAATACTTTTAT-TTTTAAATC-CTTGCTTAATAA-T
* * *
15803124 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-TT-TATAAATAGAAACAATT
* ** * * * * * *
15803187 ATTTTATGATAAAAAAAAATCTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACT
63 ATTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGTTAATTGTTCA-AATAGTCATAATT
** * * *
15803251 ATTTGAACTGATTCAGCAAACACT-TTT-TTTTTTAAA--TC-T-CTAACTAATTTTTGAAATAT
127 ATTTGAACTGATTTGGTAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATAT
* *
15803310 TATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATGAGCTTATATG-ATCAGAAATAAAATT-TTTTATG
191 TATTAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAAT--AATTGTTTTATG
* * ** * * * * ** *
15803372 ACAAA-ACAAAGATCGTAGTAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTAAATT
252 ATAAACA-AAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATT
* * * * *
15803436 GGTTTGAAAAACAGCTTTAATTTTTAAATCCCTTGCTTAATAAT
316 AGTTCGGAAAATA-CTTTTATTTTTAAAT-CCTTGCTTAATAAT
** * * *
15803480 TTTTGAAATATTAATAAAGCAGAATTACTTTATTTCAAATAAGTTTTTAAATAGAAACAATTATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATAAATAGAAACAATTATT
* * * * *
15803545 TTATGACAAAACAAAAGGTGATAACGATTTTAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATATTTATTT
66 TTATGACAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* *
15803610 GAGCATG-TTTGGTAAACATATTTATTTGTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTA
131 GAAC-TGATTTGGTAAACATATTTATTT-TTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATT-
* * *
15803673 ATT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACTAA
192 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-TAA
* * * * * *
15803737 ACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTC
256 ACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTAGTTC
15803802 GGCAAAATACTTTTATTTTTAA
321 GG-AAAATACTTTTATTTTTAA
15803824 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 179, Indels: 97
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 86 0.10
356 86 0.10
357 163 0.20
358 214 0.26
359 13 0.02
360 21 0.03
361 222 0.27
362 24 0.03
363 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (357 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATAAATAGAAACAATTATT
TTATGACAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
GAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAACAAA
AGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTAGTTCGGAAA
ATACTTTTATTTTTAAATCCTTGCTTAATAAT
Found at i:15804348 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15803980--15804447 Score: 496
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
15803970 TTTTAAATCG
* * * * * *
15803980 CTTATTAA-TTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGCATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAATTTGTATGAACAG
* * ** * * **
15804044 AAACAATTGTTTTA-AATAAAACAAAAGGTTATAATGATTAAAAATAGATAATTATTCAAATGGA
66 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGA
* * * ** * *
15804108 CATGAGTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAATGATTTTTTAAATCTCCTA
131 CATAACTATTAGAACTTGCCTAGTAAACAGAATGATTTTTTAAATCTCCTA
* * *
15804159 CCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAATTTGTATGAACAG
* * *
15804224 AAACAATT-TTTTGATCACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAG
66 AAACAATTGTTTT-ATAACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAG
** * * * **
15804288 TTATAACTATTAGAGCTTGCCTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 ACATAACTATTAGAACTTGCCTAGTAAACAGAATGATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * **
15804340 CTTATTAATTTTT-GAAAAATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAATTTGTATGAACA
* * *
15804403 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAA
65 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTAAA
15804448 CGTGATCAGA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 47, Indels: 9
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 11 0.05
180 105 0.44
181 121 0.51
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAATTTGTATGAACAG
AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGA
CATAACTATTAGAACTTGCCTAGTAAACAGAATGATTTTTTAAATCTCCTA
Found at i:15804506 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 15804319--15804589 Score: 397
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
15804309 TAGTAAACAG
*
15804319 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAA-TCAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTCA-TATTATTTTA-T
** * *
15804383 TTGA-AT-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTA
64 TCAACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTA
15804446 AACGTGATCAGAAAATAA
129 AACGTGATCAGAAAATAA
* * * *
15804464 ATTTATTTTTTAAAT-TTCTATTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTCATATTATTTTATTC
* *
15804528 AACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTT
66 AACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTT
15804590 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 11, Indels: 6
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
143 3 0.03
144 40 0.36
145 69 0.62
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTCATATTATTTTATTC
AACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAA
CGTGATCAGAAAATAA
Found at i:15804706 original size:505 final size:506
Alignment explanation
Indices: 15803993--15804931 Score: 1158
Period size: 505 Copynumber: 1.9 Consensus size: 506
15803983 ATTAATTTCA
** * *
15803993 AAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGCATCAACAAAAACAATTATTTTA
* * * ** *
15804058 AATAAAACAAAAGGTTATAATGATTAAAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGAGTATTTGAAC
66 AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAAAAATAGATAATTATTCAAATAGACACAACTATTTGAAC
* * * *
15804123 TTGTTTGGTAAATAGAATGATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
131 TTGATTGGTAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAAGAAATT
** * * *
15804188 AGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGA-ATAGAAACAATTTTTTGATCACAAAACAAAAG
196 AGTATTATTTTATTCTAAATAAACCTATATGACAT-GAAACAATTGTTTAATCACAAAACAAAAG
*
15804252 ATCATAACCATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTA-GAGCTTGCCTAGTAAA
260 ATCATAACCATTTGAAATAAATAACTATTCAAACAGTTATAACTATTAGGA-CTTGCCTAGTAAA
* * * * *
15804316 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAA-ATTAATAAATCAGTATTATTTT
324 CAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTT-TTAATTTGTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTT
* * * * *
15804380 ATTTTGAAT-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATT
388 AATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACTATT
15804444 TAAACGTGATCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTATTTATTACTTTTTG
453 TAAACGTGATCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTATTTATTACTTTTTG
* * * *
15804498 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCA-ACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTATTT
1 AAATAATAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-ATAAATAAGCTTGCATCAACAAAAACAATTATTT
* * ** * *
15804561 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTG
64 TA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAAAAATAGATAATTATTCAAATAGACACAACTATTTG
**
15804626 AACTTGATTGGTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTTTTA-CTATTAATTTTT-GAAATATTAAG
128 AACTTGATTGGTAAACAGAA-TCATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAG-AATATTAAG
* * * * * * * *
15804688 AAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGACCTGATACAATTGTTTAATTATAAAACA
191 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACCTATATGACATGAAACAATTGTTTAATCACAAAACA
* * * * * ** *
15804753 AAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGT
256 AAAGATCATAACCATTTGAAATAAATAACTATTCAAACAGTTATAACTATTAGGACTTGCCTAGT
* * * *
15804818 AAGCATATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTTTTATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
321 AAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTTTAATTTGTCAAAATATTAATAAATCAATATTATT
* **
15804883 TTAATCTAAATAAGGTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATGAAAAAA
386 TTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAAAAAA
15804932 TGAAAAGTCA
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 65, Indels: 17
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
504 12 0.03
505 228 0.63
506 120 0.33
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (506 bp):
AAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGCATCAACAAAAACAATTATTTTA
AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAAAAATAGATAATTATTCAAATAGACACAACTATTTGAAC
TTGATTGGTAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAAGAAATT
AGTATTATTTTATTCTAAATAAACCTATATGACATGAAACAATTGTTTAATCACAAAACAAAAGA
TCATAACCATTTGAAATAAATAACTATTCAAACAGTTATAACTATTAGGACTTGCCTAGTAAACA
GATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTTTAATTTGTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAAT
CTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAA
ACGTGATCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTATTTATTACTTTTTG
Found at i:15804753 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15804462--15806046 Score: 1265
Period size: 180 Copynumber: 8.9 Consensus size: 181
15804452 ATCAGAAAAT
* * * *
15804462 AAATTTATTTTTTAAATTTC-TATTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * **
15804525 TTCAACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTT
66 TTTAA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * *
15804590 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGATTGGTAAAC
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * * *
15804642 AAATTCATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTTTTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
15804706 TTTGAATAAGCCTATATGACCTGATACAATTGTTTAATTATAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
66 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
15804771 AAATATATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAGC
131 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * **
15804822 ATATTTATTTTTAAAATCTCTTACTT-TTTATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * ** * * * * **
15804886 ATCTAAATAAGGTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATGAAAAAATGAAAA-GTCAAAAGGATT
65 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
15804950 TAAAATAAATAATTATTCAAGTAGTCATAACT-TTTGAACTTATTCT-ATAACC
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAAC
* * ** *
15805002 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * *
15805066 TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATT
65 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * **
15805130 TG--A-A-A-AA-TA-T---A-A-TCATAAGTATTTGAACCTGTTTTATAAAC
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* ** *
15805171 AAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * * * *
15805235 TTCCAAATAAGATTGTATGAACAT-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACGATT
65 TTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
15805299 TGAAACAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAAC
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * **
15805351 AAATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * ** * * * * * *
15805416 TCTAAACAAACTTATTTGAACAAAAAC-ATTTTTTTTTGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTA
66 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
15805480 AAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTTTGATAAAC
131 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAAC
* * * *
15805531 AGATTTATTTTTTAATTCACATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
*** * * * * * *
15805596 TCCGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAATAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGTTGATAATAATT
66 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * ** *
15805658 TGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCAAAATTATTTG-ACCTGATTTGACAGAC
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAC
* * * * * *
15805711 TAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * *
15805776 TTCAGACAAGCTTTTATGAAGTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTT-
66 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
15805840 AAATAGACAATTATTCAAATATTCAAAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
131 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * *
15805891 -AA---ATTTTTT---TC-CATACATATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * * * **
15805947 TTTCGAATAAGCATATATGAGCTGAAGCAATTATTTTACGACT-AAACAAAAGGTCATAATGATT
65 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * *
15806011 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
15806047 AAATTGGTTC
Statistics
Matches: 1108, Mismatches: 252, Indels: 97
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 127 0.11
170 2 0.00
171 2 0.00
172 81 0.07
173 38 0.03
174 4 0.00
175 4 0.00
176 8 0.01
177 1 0.00
178 1 0.00
179 66 0.06
180 621 0.56
181 139 0.13
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
Found at i:15804764 original size:325 final size:326
Alignment explanation
Indices: 15804142--15804769 Score: 820
Period size: 325 Copynumber: 1.9 Consensus size: 326
15804132 AAATAGAATG
15804142 ATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
1 ATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * *
15804207 TAAATTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTGATCACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATAA
66 TAAACTTGTATCAACAGAAACAATTTTTTGATCACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATAA
* * * * * *
15804272 ATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTAGAGCTTGCCTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
131 ATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTAGAACTTGACTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTT
* * *
15804337 TTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAGCTTGTATGAAC
196 TTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAAGAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAGCCTATATGAAC
* *
15804402 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAACGTGATCAGAAAATAAATT
261 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAACGTGATCAGAAAATAAATT
15804467 T
326 T
* ** *
15804468 ATTTTTTAAAT-TTCTATTTATTACTTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC-A
1 ATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTA
* * * **
15804529 ACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAA
64 A-ATAAACTTGTATCAACAGAAACAATT-TTTTGATCACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAA
* * * * * *
15804593 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
127 ATAAATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTAGAACTTGACTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
* * *
15804658 TCTTTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCCTATA
192 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAAGAAATCAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGCCTATA
* * * * *
15804722 TGACCTGATACAATT-GTTTAATTATAAAACAAAAGATCATAACGATTT
256 TGAACAGAAACAATTGGTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
15804770 GAAATATATA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 37, Indels: 13
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
324 50 0.19
325 191 0.74
326 18 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (326 bp):
ATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
TAAACTTGTATCAACAGAAACAATTTTTTGATCACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATAA
ATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTAGAACTTGACTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTT
TTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAAGAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAGCCTATATGAAC
AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAACGTGATCAGAAAATAAATT
T
Found at i:15805442 original size:529 final size:536
Alignment explanation
Indices: 15804462--15805671 Score: 1341
Period size: 529 Copynumber: 2.3 Consensus size: 536
15804452 ATCAGAAAAT
* *
15804462 AAATTTATTTTTTAAAT-TTCTA-TTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTATACTTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
* * * * * *
15804525 -TTCAACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATT
65 TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATT
* *
15804589 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTCATTTTT
129 TGAAATAGATAA---TT--AATAGTCACAACTATTTGAACCTGATTGATAAACAAATTCATTTTT
* * ** *** *
15804654 TAAATCTTTTACTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCCT
189 TAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACT
* * * * * * * *
15804719 ATATGACCTGATACAATTGTTTAATTATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTA
254 ATATGACATGAAAAAATTATTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAACAGATAACTA
* * ** * * * * *
15804784 TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTT
319 TTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTAT
* * ** *
15804849 TTATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGGTTGTATGAACAAAAAC
384 TAATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
** ** *
15804914 AATTTTTTTATGAAAAAATGAAAAGTCAAAAGGATTTAAAATAAATAATTATTCAAGTAGTCATA
449 -ATTTTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
*
15804979 ACT-TTTGAACTT-ATTCT-ATAACC
513 ACTATTTGAA-TTGATT-TGATAAAC
* * *
15805002 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTATACTTTTTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
**
15805066 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTT
* * * *
15805131 GAAA-A-AT-A-T-A-A-TCATAAGTATTTGAACCTGTTTTATAAACAAATTCATTTTTTAAATC
130 GAAATAGATAATTAATAGTCACAACTATTTGAACCTGATTGATAAACAAATTCATTTTTTAAATC
* * *
15805189 TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTAT
195 TCTTAC-TATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTATAT
* * * * *
15805253 GAACAT-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACGATTTGAAACAGATAATTATTC
258 G-ACATGAAAAAATTATTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAACAGATAACTATTC
* *
15805317 AAATAGTT-TAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTA
322 AAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACT-ATTA
* *
15805381 ATTT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATTTGAACAAAAACAT
386 ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAT
* * * * * *
15805445 TTTTTTTTGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACT
451 TTTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* *
15805510 ATTTGCATTGGTTTGATAAAC
516 ATTTGAATTGATTTGATAAAC
* * ** * *
15805531 AGATTTATTTTTTAATTCACATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTATACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
* *
15805596 TCCG-AATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAATAATTATTTTATGAC-AAACAAAA-GTTGATAATAA
66 T-TGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATAA
15805656 TTTGAAATAGATAATT
127 TTTGAAATAGATAATT
15805672 GTTCAAATGA
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 87, Indels: 48
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
527 4 0.01
528 89 0.16
529 231 0.41
530 105 0.19
531 11 0.02
532 1 0.00
534 1 0.00
538 1 0.00
539 2 0.00
540 18 0.03
541 89 0.16
542 11 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
AAATTTATTTTTTAAATCTTATACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTG
AAATAGATAATTAATAGTCACAACTATTTGAACCTGATTGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCT
CTTACTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTATATGAC
ATGAAAAAATTATTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAACAGATAACTATTCAAAT
AGTTATAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTATTAATTTG
TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTT
TATGAAAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
AATTGATTTGATAAAC
Found at i:15805828 original size:709 final size:709
Alignment explanation
Indices: 15804462--15805839 Score: 1539
Period size: 709 Copynumber: 1.9 Consensus size: 709
15804452 ATCAGAAAAT
* * * * *
15804462 AAATTTATTTTTTAAATTTCTATTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
1 AAATTCATTTTTTAAATCTCTACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTACATTACTTTATT
* * **
15804527 CAACATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGA
66 CAACATAAGATTGTATCAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
15804592 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAAATTCATTTTTTAA
131 AACAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTAATTAAACTGGATTAGTAAACAAATTCATTTTTTAA
* ** * * * * * *
15804657 ATCTTTTACTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCCTATA
196 ATCTCTTACTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACCTATA
* ** * * *
15804722 TGACCTGATACAATTGTTTAATTATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTC
261 TGAACAAAAACAATTGTTTAATTATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATATATAACTATTC
* * * * * * * * *
15804787 AAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTTTTA
326 AAATAGTCATAACTATTTGCACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCACATACTTTTAA
*
15804852 TTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGGTTGTATGAACAAAAACAAT
391 TTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAACAAT
* * * * * *
15804917 TTTTTTATGAAAAAATGAAAAGTCAAAAGGATTTAAAATAAATAATTATTCAAGTAGTCATAACT
456 TATTTTATGAAAAAATCAAAAGTCAAAAGAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACT
* * * * * * * *
15804982 TTTGAACTTATTCTATAACCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTGTTTGAATATTA
521 TTTGAACTGATTCTACAACCAAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTGTTTAAATATTA
* ** * * *
15805047 ATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
586 ATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* *
15805112 CAAAAGGTTATAGCAATTTGAAAAATATAATCATAAGTATTTGAACCTGTTTTATAAAC
651 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAATATAATCATAAGTATTTGAACCTGTTTTATAAAC
*
15805171 AAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGCATTACTTT
1 AAATTCATTTTTTAAATCTC-TACTTATT-ACTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-CATTACTTT
* * * *
15805234 ATTCCAA-ATAAGATTGTATGAACATAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACGAT
63 ATT-CAACATAAGATTGTATCAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
** * *
15805298 TTGAAACAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTT
127 TTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTAATTAAACTGGATTAGTAAACAAATTCATTTT
* *
15805362 TTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAC
192 TTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAC
* * ** * *
15805427 TTATTTGAACAAAAAC-ATT-TTTTTTTGATAGAACAAAA-AGTTATAACAATTTAAAATATATA
256 CTATATGAACAAAAACAATTGTTTAATT-ATAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATATATA
* * *
15805489 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAATTCACAT
319 ACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCACAT
** * * *
15805553 ACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAAT-AGGCTTGTATGAT
383 ACTT-TTAATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGG-TTGTATGAA
* * * * * * * * *
15805616 GAAAAATAATTATTTTATG-ACAAA-CAAAAGTTGATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
446 CAAAAACAATTATTTTATGAAAAAATCAAAAG-TCAAAAGAATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
* * *
15805679 T-GACCAAAATTATTTGACCTGATT-TGACAGA-CTAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCA
510 TAG-CCAAAACT-TTTGAACTGATTCT-ACA-ACCAAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCA
* * *
15805741 ATT-TTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGACAAGCTTTTATGAAGTA-AAACA
571 ATTGTTT-AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAA
* * *
15805804 ATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTT
634 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
15805840 AAATAGACAA
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 105, Indels: 34
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
707 6 0.01
708 49 0.09
709 320 0.59
710 162 0.30
711 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (709 bp):
AAATTCATTTTTTAAATCTCTACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTACATTACTTTATT
CAACATAAGATTGTATCAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
AACAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTAATTAAACTGGATTAGTAAACAAATTCATTTTTTAA
ATCTCTTACTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACCTATA
TGAACAAAAACAATTGTTTAATTATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATATATAACTATTC
AAATAGTCATAACTATTTGCACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCACATACTTTTAA
TTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAACAAT
TATTTTATGAAAAAATCAAAAGTCAAAAGAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAAAACT
TTTGAACTGATTCTACAACCAAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTGTTTAAATATTA
ATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAATATAATCATAAGTATTTGAACCTGTTTTATAAAC
Found at i:15806657 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15806092--15807494 Score: 1115
Period size: 180 Copynumber: 7.8 Consensus size: 178
15806082 TAAGCTTGTA
* * * * * * * *
15806092 TGAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTC
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * *
15806156 AAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCAGGA-AAA-GGATTTAATTTTTAAATCTTTTA-TTA-
66 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC--GATAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * * *
15806217 -ATTTTTGAAATAGTAATAAACTAG-ATTATTTTATTCTAAATAATTTTATA
128 TAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTT-TC
* ** * * * *
15806267 TGAATAGAAACAATTGCTTTACAATAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTT
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TT
* * * **
15806331 CAAATGGACATAACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACTA-ATTAATCTTTTAAATCTTCAACTTA
65 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAAC-AGATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
15806394 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
127 TTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTTTC
* * *
15806448 TGAGTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATT
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* * *
15806512 CAAATAGTCATAACAATTTGAACTCGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
65 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATT
**
15806577 AATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATACTGAATAAGGTTTTC
129 AATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GTTTTC
* * *
15806628 TGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * * *
15806693 AAATAATCACAACTA-TTAAACGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA
66 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
15806756 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGC
131 -TTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGTTTTC
* * *
15806805 ATGAAT-GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTT
1 -TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* * * * *
15806869 CAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGCAAACA-ATTTTTTTTTTTAATTCTTTTACTCT
65 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAACAGA--TTTATTTTTAAATCTTTTACT-T
* * ** *
15806932 -TTGATCTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAC
126 ATTAAT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTC
* * * *
15806985 ATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAAGTC-TCAATGATTTGAAGTAGATAATT
1 -TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * * * * *
15807048 ATTCAAAGAGTAATGATTATTTAAAATT-TTTGGTAAACATATATA-TTTTAAATCTTTTGCTTA
62 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * ** *
15807111 CTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTCATA
127 TTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTTC
** *
15807165 T-AGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAATTCGTAA-GAATTTGAAATAAATAA-TA
1 TGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTA
* * * * *
15807227 GTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATT
63 -TTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACT
* * * *
15807291 TATTAATTATCT-TAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAG-CTTC
125 TATTAATT-T-TGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGTTTTC
* ** * ** * * * *
15807345 GTGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTGTAGTGATTCTG-AATCAATGATTTT
1 -TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAAATAATTAT
* * * * * * * * *
15807409 TCAAATGGTCATAATTATTTACACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTAG
64 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTAT
*
15807474 TAATTTTTAGAATATTAATAA
128 TAA-TTTTGGAATATTAATAA
15807495 CATAATATTA
Statistics
Matches: 1000, Mismatches: 167, Indels: 117
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
175 32 0.03
176 65 0.06
177 91 0.09
178 63 0.06
179 166 0.17
180 289 0.29
181 191 0.19
182 98 0.10
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTC
Found at i:15807216 original size:538 final size:537
Alignment explanation
Indices: 15806080--15807382 Score: 1361
Period size: 538 Copynumber: 2.4 Consensus size: 537
15806070 TTTTACTCCA
** * * * * * * * *
15806080 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAGAT
1 AATAAGCTCATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * *
15806144 AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCAGGAAAA-GGATTTAATTTTTAAA-
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTCA-GAAAATAGATTT-ATTTTTAAAT
* * * * ** *
15806207 TCTT-TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAA-CTAGATTATTTTATTCT-AAATAATTTTATATG
128 TTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTT-CATG
* ** * * *
15806269 AATAGAAACAATTGCTTTACAATAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAA
191 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAA
* *
15806334 ATGGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACTAATTAATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAAT
256 ATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAACTAATTAATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAAT
* ** ** *
15806399 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAGTAGAAACAATTG
321 CTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTACATGACTAGAAACAATTG
** * *
15806464 TTTTATAACAAAACAAAGGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAAT
386 TTTTATAACAAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTAATAACAAT
* * * * *
15806529 TTGAACTCGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAAT
451 TTAAAATCGTTCGATAAACAGATATATTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTTTGAAATATTAAT
*
15806594 AAATTAGTATTATTTTATACTG
516 AAATTAATATTATTTTATACTG
* ** * **
15806616 AATAAGGTTTTCTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTCATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * *
15806681 AAATAATTGTTCAAATAATCACAACTA-TTAAACGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAATTT
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAATTT
15806745 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA
130 TTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-CATGAA
* * * * *
15806810 T-GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCAGAT
193 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAAT
* * ** * * ** *
15806874 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAAC-AATTTTTTTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTGAT
258 AGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAACTAA-TTAATCTTTTAAATCTTCAACT-TATTAAT
**
15806937 CTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTACATGAACT-GAAACAATT
321 CTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTACATG-ACTAGAAACAATT
* * * * * *
15807001 GTTTTATTACAAAACAAAAAAGTC-TCAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAAGAGTAATGAT
385 GTTTTATAACAAAACAAAAAA-TCAT-AATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTAATAAC
* * * * * *
15807065 TATTTAAAAT-TTTTGGTAAACATATATA-TTTT-AAATCTTTTGCTTACTAATTGTTGAAATAT
448 AATTTAAAATCGTTCGATAAACAGATATATTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATT-TTGAAATAT
*
15807127 TAATAAATTAATATTATTTTA-ATTTG
512 TAATAAATTAATATTATTTTATA-CTG
* * *
15807153 AATAAGCTCATAT-AGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAATTCGTAA-GAATTTGA
1 AATAAGCTCATATGA-ATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAATG-ATTTGA
* * * *
15807216 AATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAA
63 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTATTTTT-A
* *
15807280 AATTTTTTATTTATTAATTATCTT--AATGTTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCT
125 AA-TTTTTA-TTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCT
* * ** *
15807343 TCGTGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGT
186 TCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
15807383 TGTAGTGATT
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 106, Indels: 45
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 13 0.02
536 76 0.12
537 111 0.17
538 249 0.39
539 96 0.15
540 9 0.01
541 79 0.12
542 1 0.00
543 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
AATAAGCTCATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAATTTT
TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGA
CATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAACTAATTAATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAATCTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTACATGACTAGAAACAATTGTTTTA
TAACAAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTAATAACAATTTAAA
ATCGTTCGATAAACAGATATATTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTTTGAAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATACTG
Found at i:15807326 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15806095--15807355 Score: 1119
Period size: 361 Copynumber: 3.5 Consensus size: 355
15806085 GCTTGTATGA
* * * * * * *
15806095 ATAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAACAAAGATCATAACG-ATTTGAGATAGATAATTA-TTCAA
1 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAA-GAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAA
* * * * *
15806158 ATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCAGG-AAA-AGGATTTAATTTTT-AAATCTTTTATTAATT
64 ATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTC-GGTAAACA-GATTT-ATTTTTAAAATTTTTTATTTATT
* * * * *
15806220 --TTTGA-AATAGTAATAAACTAG-ATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATGAATAGAAACAAT
125 AATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTACATGAATAGAAACAAT
* * * *
15806281 TGCTTTACAATAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATG-G-ACATA
190 TGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCTCAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA-GAGTA-ATA
* * ** *
15806343 ACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC-TAATTAATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAA
252 ACTATTTAAACTT-TT-TGTAAACATAA-T-ATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AA
* * * **
15806407 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-G
312 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTCATATAG
* * *
15806450 AGTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTCA
1 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AATCATAAGAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCA
* * * * *
15806514 AATAGTCATAACAATTTGAACTCGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA
63 AATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAA
* * * *
15806579 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATACTGAATAAGGTTTTC-TGAATAGAAACAATT
127 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GTTTACATGAATAGAAACAATT
* * ** * * * * * *
15806643 GGTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCACAACT
191 GCTTTATAACAAAACAAAAAGTC-TCAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTAATAACT
* * ** * *
15806707 A-TTAAACGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
255 ATTTAAACTTTTTGTAAACATA-ATATA-TTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTA
* *
15806770 ATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCAT-GA-
317 ATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGC-T-CATATAG
* * * * *
15806809 AT-GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTGAAATAAATAATTGTTCAG
1 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA-GAATTTGAAATAAATAATAGTTCAA
* * * ** * *
15806872 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACA-ATTTTTTTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTG
64 ATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATT-TTTTA-TTTATTA
15806935 ATCTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTACATGAACT-GAAACA
126 AT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTTACATGAA-TAGAAACA
* * * *
15806998 ATTGTTTTATTACAAAACAAAAAAGTCTCAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAAGAGTAATG
188 ATTGCTTTATAACAAAAC-AAAAAGTCTCAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTAATA
* * * *
15807063 ATTATTTAAAATTTTTGGTAAACAT-ATATATTTTAAATCTTTTGCTTACTAATTGTTGAAATAT
252 ACTATTTAAACTTTTT-GTAAACATAATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATAT
15807127 TAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTCATATAG
315 TAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTCATATAG
*
15807168 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAATTCGTAAGAATTTGAAATAAATAATAGTTCAA
1 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAA-TCATAAGAATTTGAAATAAATAATAGTTCAA
*
15807233 ATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAAT
64 ATAGTCATAAT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAAT
* * * * *
15807298 TATCT-TAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTT-CGTGAATAGAAA
128 T-T-TAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTACATGAATAGAAA
15807356 AAATCATTTT
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 122, Indels: 101
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 44 0.06
357 173 0.24
358 122 0.17
359 113 0.15
360 73 0.10
361 184 0.25
362 21 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAGAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAAT
AGTCATAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTTT
AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTACATGAATAGAAACAATTGCTTT
ATAACAAAACAAAAAGTCTCAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTAATAACTATTTAA
ACTTTTTGTAAACATAATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTAATTTGAATAAGCTCATATAG
Found at i:15807532 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 15807423--15807592 Score: 261
Period size: 87 Copynumber: 2.0 Consensus size: 87
15807413 ATGGTCATAA
* ** *
15807423 TTATTTACACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTAGTAATTTTT-AGAAT
1 TTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTAAAAATCTCTTAATTAGTAATTTTTGA-AAT
15807487 ATTAATAACATAATATTATATAT
65 ATTAATAACATAATATTATATAT
*
15807510 TTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTAAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATA
1 TTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTAAAAATCTCTTAATTAGTAATTTTTGAAATA
* *
15807575 TTAATATCATAGTATTAT
66 TTAATAACATAATATTAT
15807593 TTTATTTTGA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 7, Indels: 2
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
87 74 0.99
88 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (87 bp):
TTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTAAAAATCTCTTAATTAGTAATTTTTGAAATA
TTAATAACATAATATTATATAT
Found at i:15808006 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 15807557--15816432 Score: 3853
Period size: 181 Copynumber: 49.8 Consensus size: 176
15807547 AATCTCTTAA
* * ** * * * *
15807557 TTATTAATTTTTGAAATATTAATATCA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATAAACTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * ** ** *
15807621 AAATAATTTTTTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAAACTAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
15807686 TCATGACTATTT-GATCTAG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTAC
128 TCATAACTATTTAAAT-T-GTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTAC
* * * * * * * *
15807739 TTATTAGTTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTAATCTGAACAAGCTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * ** * * *
15807804 AACTATTGTTTTATAACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT
*
15807868 CATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAACCT-C
129 CATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * * * * * *
15807916 TAATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATCTTATTCCAAGCAAACTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-TAAGCTTGTATGAACAGA
* * *
15807981 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
15808045 CATAATTATTTAAATTGATTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
129 CATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * * * *
15808097 TGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAA-TA-TGCTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAAC
1 TTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCCAATAAGCTT-GTATGAAC
* * * * * * *
15808159 TA-AAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTATTGATAT
62 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * * * * * * *
15808223 AACCTTAACTATTCAAACTGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAT
126 AGTCATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * * * * *
15808278 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTCTATATACGCTTGTATGAATAT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAACAG
* ** * * * * *
15808343 AAATAATTGTTTTATGTTAGAACAAAAAGTTATAA-GAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** * *
15808407 CCACAACTATTTAAACTGGTTAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAT
128 TCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CTAC
* * * * * ** *
15808460 TTATTAATTTTTGAAATATTAGTTAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * * *
15808525 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATGGCC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
15808590 ACAA-TCATTCAAACTGGTTTAATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAAC
130 ATAACT-ATTTAAA-TTGTTTGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAA--TCT-AC
* * * * *** * * * *
15808641 TTATCAATTTTTATAATATTAATAAA-GAATATTATTTTATTTTGGACAAGCTTTTTTGAACTGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * *
15808705 AACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
15808770 A-ATACTATTTGAATAT-TTTAAGT-AACTAGA--T-TTTTTTAATTTCTTAC
130 ATA-ACTATTTAAAT-TGTTTGA-TAAAC-AGATTTATTTTTTAA-ATC-TAC
* ** ** * * * * *
15808817 TTAGTAATTTTTTGAATGGTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCATGCATGAGCTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * ** * **
15808881 AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATA-AGTAATTGTTTTAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAG
* * * * * *
15808945 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACACATATATTTTTTAAATCCTTAC
128 TCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-C-TAC
** * * * * * * *
15808997 TTATTAACATTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACATA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * *
15809062 AATAAATGTTTTAAGATAGAAC-AAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
15809126 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAGAG-TTTAGTTTTTAAATCT-C
130 ATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * ** ** * *
15809172 TTCTTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATACA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* ** * ** * * *
15809237 ATCAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTTGTAATGATTTGAAATAGATAA-TAGATCAAATGGA
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT
* * * *
15809301 CATGAA-TATTTGAACTTGTTAGATAAACATATTAATTTTTTAAATCTTCAAC
129 CAT-AACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T--AC
* * * * * *
15809353 TTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTATTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * *
15809418 AACAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * * * * *
15809481 CATAACTGTTTGAACTCATTCAGTGAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTTC
129 CATAACTATTTAAATTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTAC
** * * * * * *
15809533 TTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTATTATT-TTTTATTTCGAATAAGGTTTTTTGAGCAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
** * * * * *
15809596 AACAATTGGCTTATGACAAAACAAATGATCATAATTATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
** * * *
15809661 ATAACTATTTGAACA-TGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTAC
130 ATAACTATTT-AA-ATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TCTAC
*** * * ** *
15809711 TTATTAATTTTTGGGACATTGATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
15809775 AACCAATTGTTTTATGACAAAATATAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAACTGA-TCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAG
* * * *
15809839 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTAATTCCCTTAC
128 TCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTA--TTTTTTAAAT--C-TAC
** * * * * **
15809894 TCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATTG
1 T-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
15809958 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAATTAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
15810023 CATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAAC--A--TATTTTTTTAATCTTTTAC
129 CATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TAC
* * * * ** * * **
15810071 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTCATACGGATGGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * *
15810136 AACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAAAAGTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 AACAATTGTTTTATGACAAAA-C-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
15810200 GTCATAA-TGATATGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
127 GTCATAACT-AT-TTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TAC
* * ** *
15810254 TTATTAATTGTCTT--AATATTAATGAATTTGTATTATTTTATTTTAAATAA-CTTGTATGAATA
1 TTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACA
** * * * * ** ** * *
15810316 GAAA-TTTTTTTTTATGACACACCAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATCGATAATTATTCAAATGG
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
15810380 TCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
128 TCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * * * * * **
15810433 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAACA-TAATATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATAAATTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
15810497 AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
15810562 CATTACTAATT-GATCTAGTTCGATAAACATATTTGTTTTTTAAATTTTGTCC
129 CATAACTATTTAAAT-T-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTAC
* * * * * * * *
15810614 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTATTATT-TTATTAATCTGAACAAGCTTGTATGGATAG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACAG
* *** * ** *
15810678 AAACTATCACTTTAT-AGCAGAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATA
64 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* * * * * *
15810741 TTCAAAATTATTTGAATTGGTTTGATGAATAGATTT-TTTTTTAAAATCT-C
127 GTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTAC
* * * * ** * * ** *
15810791 TTATTAATTTTCAAAATATTAACAGATTAATATTATTTTACTTTGAACAAACTCATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * *
15810856 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* *** * *
15810921 ATAATTATTTGAACCGGTTTCGACAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
130 ATAACTATTT-AAATTGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * * * * * * * *
15810973 TGATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATT-TTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGCAAGAACTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTT-GTATGAACAG
* * * * * * * *
15811036 AAAAAATTG-TTT-T-AC----GATAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AGGAATTGTTCATACAA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAG
* * *** * * * * *
15811093 CCTTAACTATTTGAAGCAGCTTGAAAAATAAATTTATTTTTTAAAACTCTTAG
128 TCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TC-TAC
* * * * *
15811146 TTATTAATTTTTAGAATACTATTACATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-A
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * ** * *
15811210 AATTAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTC-AATAG
65 AA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** *
15811274 TCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAATGAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
128 TCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CTAC
* * * ** * ** *
15811327 TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * ** * *
15811392 AACAATTGTTTTATGAC-AAAC---AGAT--TTAT-TTTTTAAATAGAT--TT-TT-TTAT-TTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
15811445 TTATCT-TTT-ATTTTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
130 ATAACTATTTAAATTGT-TT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * * * **
15811495 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCTGAAT-AGCCTTGTATGATGA-
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAG-CTTGTATGAACAG
* ** * *
15811558 AAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGACATAGATAATTATTCAAATGG
64 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** ** * *** *
15811623 CCATAATTTTTTACCTAATTCGATAATTTGATTTATGTTTTAAATCTCTAAC
128 TCATAACTATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-AC
* * * * *** * *
15811675 TTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG-ACTTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAAC-AG
* * * * * * *
15811739 AAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * * *
15811804 CAAAACTACTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTCTAATTTCCTAC
129 CATAACTA-TTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA-AT-CTAC
* * ** * * *
15811854 TTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGCTGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
** * * * * * *
15811918 AGTAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
15811983 TTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTAC
130 ATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-C-TAC
* * * * * * * ** * *
15812033 TTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTCACTTTGAATATGCTTGT-TGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * * * *
15812097 AATAAATGTTTTAGGACAAAA-TAAAGATCATAATAATTGGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* **** * * * * *
15812161 ATAACTATTTGAATGTGGACAAAAAATAGATTTGTTTTTTTAATTTTTAC
130 ATAACTATTTAAAT-TGTTTGATAAACAGATTT-ATTTTTTAA-ATCTAC
* ** * * *
15812211 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAATCTTGAAGGAACA-
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * *
15812274 AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAGTTTTGAAATAAAAAATTGTT-AAGTAG
64 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
15812338 TCGTAACTATTTAAAGTTG-ATCAGTAAACAAATTTATTGTTTTAATTCT-C
128 TCATAACTATTTAAA-TTGTTTGA-TAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTAC
** * *
15812388 TTACTCTATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTATATGAA
1 TTA---T-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAA
** * * *
15812453 TTGAAACAACTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAA
61 CAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * *
15812517 TAGTCATGACTTTTTAAACTTGTTCGGTAAAC--A--TATTTTTTAAAATCTTTTAC
125 TAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC---TAC
* * * * * *
15812570 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAAGCTTGTTTGGACAG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAT-AAGCTTGTATGAACAG
* * * *
15812635 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
15812699 GTCATAA-TGATTTGAACTTG-TTCAGTATATAGATTTATTTTTTGAATCTTTTAC
127 GTCATAACT-ATTT-AAATTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TAC
** *
15812753 TTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCGAAGTAAGCTTGTATGAACA
1 TTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-TAAGCTTGTATGAACA
* * ** * * * *** * ** *
15812816 AAAATAATCATTTTATAACAAACCAAAAGGTTATAGCAACTCCAAATCA-ATAATTGTTCAAAT-
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATA
* * * *
15812879 GATCATAATTATTTAAACTT-TTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAT
127 G-TCATAACTATTTAAA-TTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AA-ATC-TAC
* ** * * * * *
15812934 TTATTAACTTTTGGAATATTAATAACA-TAGCATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATG-ACTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
15812997 AAAAAAATT-TTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAG
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
15813061 TCATGACTATTT-GATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTATAAAATTTTTTAC
128 TCATAACTATTTAAAT-T-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTAC
* * * * * * * *
15813114 TTATTAAATATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATTAGCTTGTATAAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * *
15813179 AACTATTATTTTATAATCAAATA-GAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-GAATA
65 AACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATA
* * * * *
15813241 TTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATATATTTTTTGAATCT-C
127 GTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * * * * * *
15813291 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAACTTATATCAGCTA-
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAAC-AG
* * * * * * *
15813355 AAACATTTATTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAAAAGC
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
15813420 CATAATTATTTGAACTGGTTAGGA-AAAGAGAATTT-TTTCTT-AATCT-C
129 CATAACTATTT-AAATTGTT-TGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * * **
15813467 TTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAGATAAGCTAGTATGAATTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
15813531 AGAA-AATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAACTATTCATATAG
64 A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * ** * * *
15813595 TTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCTTAG
128 TCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTA-A-ATC-TAC
* * * * * ** *
15813648 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAATATTGTTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * *
15813713 AATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** ** * *
15813778 ATAACTATTTGAACGGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAGATCT-C
130 ATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * ** *
15813825 TTATTAATTTTTAAGAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGATA-AA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGA-ACAG
* * * * * * * * *
15813889 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTGATAATGATTTGACATAGATAATTGTTGAAATGGC
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * * * *
15813954 CATAATTATTTGAACTAATTCT-ACAAATAGATTCACTTTTT--A---AG
129 CATAACTATTT-AAATTGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
** ** * * *
15813998 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TAATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * ** * *
15814062 GAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
15814127 CATAACTATCTAAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTTTTTTTTTACACTCTTGC
129 CATAACTATTTAAA-TTGTTTGA-TAAACAGA-TTTATTTTTTA-AATC-TAC
*** * * * * * * * ** * * *
15814179 TTATTAATTTTTTTTTATTTTGGATAAGCTT-TTATGAATTGA-AACAAT-TG-TTTTAT-ATCA
1 TTATTAA-TTTTTAAAATATT-AATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAACA
** *** **** * * * * * *
15814239 -AAACAAAAGGTCAAAATGATTTTACATAA----ATAATTA-TTCAAATA-ACAACTATTTGAAC
63 GAAAC-AATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAA-
* * * * * * * * ** *
15814297 TTATTCGGTAAATAGATTT--ATTTTTTCA-AATC--TTTTGCTTATT-AAT-T--
124 ATAGTC-ATAACT--ATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
*** * * * * * * * * *
15814344 TTCCAAATGTTCATAAAT-TTG---GA-T--TATT-TTAT-TCCAAATAAGCTAGTGA-GACA-T
1 TTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGT-ATGA-ACA
* * * * * * * *
15814398 GAAACAAATATTTTATCACTAAACAAAAAGT-TTGAACGATTTGAAATAGAT-ATTATTCTAATA
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * * * *
15814461 GTTTTAATTATTTGAACTGGTTCA-ACAA-ATGTATTTATTTTTT-ACTCT-C
127 GTCATAACTATTTAAATTGTTTGATA-AACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTAC
** * * * ** *
15814510 TTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTCTATGATTAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATTCCAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * *
15814573 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAACTAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
15814637 TATAACTA-TTACTTATTG-TT--TAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTAC
129 CATAACTATTTA--AATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TAC
* * ** * *
15814686 TTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * * *
15814751 AACAATTGCTTTGTGAGAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
15814816 CATAATTATTTTAACTGACTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTTC
129 CATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTAC
*** * * * *
15814868 TTATTAATTTAGGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTGTTAATC-G
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAA-CAG
** * ** * * *
15814932 AAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
15814997 AATAACTATTTGAACTT-ATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTTC
129 CATAACTATTT-AAATTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * * * **
15815049 TTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * ** * * *
15815114 AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAAAAAGATTTGACGTATATAATTATTCTAATAATC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** *
15815179 TTAACCATTTGAAATAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-C
130 ATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * * * * ***
15815226 TTATTAGTTTTTGAAATATT-ATGAAATTAATATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTGCAAACA-
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACAG
* ** * * * *
15815289 AAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-ATCATTCATATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** ** **
15815353 CTTAACTATTTGAATTGGTTCT-ACAATTAGATTTATTTTTTTAGGTTTCTTGG
129 CATAACTATTTAAATT-GTT-TGATAAACAGATTTA-TTTTTTA--AATC-TAC
* ** * * * ** * ** * * *
15815406 TTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTTGAACAAAATAGTATAAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * *
15815471 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** * *
15815536 AAAACTATTTGAAA-TGGTTG-TCAAGTAGATTTACTTTCTAAATCT-C
130 ATAACTATTT-AAATTGTTTGAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* ** * ** * *
15815582 TTACTGGTTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTAAACAAAATTATATTA
1 TTA----TTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGA
* * * *
15815646 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAA
60 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
15815711 TAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTCATAAATAGAATTATTTTCTAAATCT-C
125 TAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * * * * ** * *
15815763 TTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTGGAATAAGCTTGTATGAGCTGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* ** * * * ** * * *
15815828 TATGATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
15815893 TTAACTGTATGAACTGATTTGGTAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCTCATAA
130 ATAACTATTTAAATTG-TTTGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * *
15815944 TTATTAATTTTTAGAATATTACA-AAA-T--TATTATTTTTTTCCAAATAAGCTT-TATGAGCAG
1 TTATTAATTTTTAAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACAG
* * * ** * * *
15816004 AAA-AATTGTTTTATGATAGAACAAAA-GTTATAACAATTTGATAT-GAATAATTGTTAAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAG
* ** * ** * *
15816066 TCATAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATTGATTTGTTTTTTAAAT-TTC
128 TCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * ** * **
15816115 TTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTTGTAT--ATTGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * *
15816178 AACCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTTAGATGG
65 AA-CAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
15816243 CCATGATTATTTGAACTGATTCA-ATAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGC
128 TCATAACTATTTAAATTGTTTGATA-AACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* ** *** * * *
15816295 TTATTAATTTTTGAAATATTAATGAAGCT-GTATTATTTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTA-TTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * * *
15816359 A-AAGCAATT-TTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTGAAATA
62 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
15816422 GTCATAACTAT
127 GTCATAACTAT
15816433 AGATTTATTT
Statistics
Matches: 6611, Mismatches: 1645, Indels: 878
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.00
157 4 0.00
158 16 0.00
159 6 0.00
160 15 0.00
161 5 0.00
162 6 0.00
163 11 0.00
164 18 0.00
165 11 0.00
166 5 0.00
167 12 0.00
168 99 0.01
169 12 0.00
170 5 0.00
171 46 0.01
172 16 0.00
173 214 0.03
174 173 0.03
175 209 0.03
176 358 0.05
177 993 0.15
178 424 0.06
179 587 0.09
180 1042 0.16
181 1515 0.23
182 535 0.08
183 254 0.04
184 13 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAACAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
Found at i:15809820 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15807511--15814190 Score: 3964
Period size: 181 Copynumber: 37.3 Consensus size: 179
15807501 ATTATATATT
* * * * ** *
15807511 TATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTAAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
15807576 TAAT--ATCATAGTATTATTTTATTTTG-AATAACCTTATATAAACTGAAATAATTTTTTTATGA
64 TAATAAAT-TTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** *** * *
15807638 CAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAAACTAATAGTCATGAC
126 C-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * **
15807693 TATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTCAAAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
15807757 TTAATAAA-TTAGTATTATATTAATCTG-AACAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAA
63 TTAATAAATTTA-TATTAT-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * *
15807820 CTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTCATAAC
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * **
15807874 TATTT-AAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CCT-CTAATTAATTTTCAAAATATT
1 TATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** ** * * * *
15807936 AATAGA-TTAGTATTATCTTATTCCAAGCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
65 AATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* *
15808000 AACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAT
129 AACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
15808051 TATTT-AAATTGATTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTGAAAT
1 TATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTTGAAAT
* * * * *
15808115 ATTAATAAA--TATGCTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAACTA-AAAAAATTATTTTAT
62 ATTAATAAATTTAT-ATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * ** *
15808176 GACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTATTGATATAACCTTAAC
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * *
15808232 TATTCAAAC-TGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTAAAATA
1 TATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TT-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
15808296 TTATTAAA-TTAGTATTTTTTTTATTCT-ATATACGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATG
63 TTAATAAATTTA-TA-TTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * *
15808359 TTAGAACAAAAAGTTATAA-GAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCACAAC
125 ACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * *
15808414 TATTTAAACTGGTTAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** * * *
15808479 TAGTTAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTATGAC
64 TAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
15808542 AAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATGGCCACAA-
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * ** * * *
15808594 TCATTCAAACTGGTTTAATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-ATAA
1 T-ATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGA-AA
** * * * * * *
15808657 TATTAATAAA-GAATATTATTTTATTTTG-GACAAGCTTTTTTGAACTGAAACAATTATTTTATG
61 TATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
15808720 ATAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-ATAC
125 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-AC
** * *
15808775 TATTTGAA-TAT-TTTAAGT-AACTAGA--T-TTTTTTAATTTCTTACTTAGTAATTTTTTG-AA
1 TATTTGAACT-TGTTCGA-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAA
** * * * * * * *
15808833 TGGTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGCATGAGCTGAAGCAATTATTTTATGA
61 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** ** *
15808898 CTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATA-AGTAATTGTTTTAATAGTCTTAAC
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * **
15808952 TATTTGAACTAGTTTGACAAACACATATATTTTTTAAATCCTTACTTATTAACATTT-AGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * ** * * * * *
15809016 T-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAAATGTTTTAAGATA
64 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
15809080 GAAC-AAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
128 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
15809131 TATTTGAACTGGTTTGGTAAAGAG-TTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTCTTAATTTTTGAAATAGTA
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
** * * * **
15809193 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTATG-AATAATTTTGTATGAATACAATCAATTGTTTTACAACAA
66 ATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * *
15809256 AACAAAATGTTGTAATGATTTGAAATAGATAATAGATCAAATGGACATGAA-
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAC
* * * * *
15809307 TATTTGAACTTGTTAGATAAACATATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAGTTTTT-AGAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTTTGA-AATA
* ** * * *
15809371 TTAATAAA-TTATTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGA-
63 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
15809434 AAAA-AAAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGTCATAAC
127 AAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * *
15809487 TGTTTGAACTCATTC-AGTGAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTTCTTATTAA-TTTTGGAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * **
15809550 TTAATAAA-TTATTATT-TTTTATTTCG-AATAAGGTTTTTTGAGCAGAAACAATTGGCTTATGA
63 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
15809612 CAAAACAAATGATCATAATTATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * ** *
15809666 TATTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGGACATT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
15809731 GATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAA
65 AATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
15809796 ATATAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAACTGATCAAATAGTCATAAC
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
15809846 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTAATTCCCTTACTCT-TTAATTTTTGGAA
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATT---TTACT-TATTAATTTTTGAAA
** * * * ** * *
15809910 TATTAATAAATTGGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTATTTTATTA
61 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15809975 CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAATTAGTCATGAC
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * **
15810029 TATTTAAACTTGTTCGATAAAC--ATAT-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** ** * * **
15810091 AATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTCATACGGATGGAAACAATTGTTTTATGACAAA
65 AATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
15810156 ACCAAAAAAGTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-
130 A-C-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
15810207 TGATATGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AA
1 T-ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-T-TTGAAA
* * * * ** *
15810270 TATTAATGAATTTGTATTATTTTATTTTAAATAA-CTTGTATGAATAGAAA-TTTTTTTTTATGA
61 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** ** * * * *
15810333 CACACCAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATCGATAATTATTCAAATGGTCATAAT
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * **
15810387 TATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * ** * *
15810452 TAATAACA-TAATATTATTTTATTTCG-AATAACCTTATATAAATTGAAATAATTTTTTTATGAC
64 TAATAA-ATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
15810515 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATTAC
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * **
15810568 TAATTGATCTAGTTCGATAAACATATTTGTTTTTTAAATTTTGTCCTTATTAATTGTCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTT-TACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * ***
15810633 TAATAAA-TTATTATT-TTATTAATCTG-AACAAGCTTGTATGGATAGAAACTATCACTTTAT-A
64 TAATAAATTTA-TATTATT-TT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * *
15810694 GCAGAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTCAAAAT
126 -CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * **
15810749 TATTTGAA-TTGGTTTGATGAATAGATTT-TTTTTTAAAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATT
1 TATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * ** * *
15810811 AACAGATTAATATTATTTTACTTTGAACA-AA-CTCATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACA
65 AATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* *
15810874 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
128 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * *
15810926 TATTTGAACCGGTTTCGACAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
15810991 GTAATAAATTT-TTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGCAAGAACTGAAAAAATTG-TTT-T-AC
63 TTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** *
15811051 ----GATAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AGGAATTGTTCATACAACCTTAAC
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
15811100 TATTTGAAGC-AGCTT-GAAAAATAAATTTATTTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAA
1 TATTTGAA-CTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TTTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * ** *
15811162 TACTATTACATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATTAATTGTTTTATG
61 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATG
* * * * ** *
15811226 ATAGAACAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTC-AATAGTCATAAC
125 ACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * *
15811281 TATTTGAA-TTGGTTCGATAATGAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTGTTGAAATA
1 TATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** *
15811345 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
63 TTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * ** *
15811409 -AAAC---AGAT--TTAT-TTTTTAAATAGAT--TT-TT-TTAT-TTTTTATC
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** *
15811450 T-TTT-ATTTTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGA-ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * **
15811513 TTAATAAATTAATATTATTTTGTTCTG-AAT-AGCCTTGTATGATGA-AAAGCAATTGTTTTATG
63 TTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATG
* ** * * * *
15811575 ACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGACATAGATAATTATTCAAATGGCCATAA-
125 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** *** * * *
15811629 TTTTTTACCTAATTCGATAATTTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-ATAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGA-AATA
* * * * * * *
15811693 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATG-ACTTGAAATAATTATTTTATGA
63 TTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
15811756 TAAAATAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
15811810 TACTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTCT-AATTTCCTACTTATTAATTTTT-TAATGT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTT--TACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** *
15811872 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTATGAGCTGAAGTAATTATTTTATGAC
64 TAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
15811935 TAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
15811988 TATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATGTTT-AGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * * * * * *
15812052 T-ATTAATTTAGCAATATTTCACTTTG-AATATGCTTGT-TGAACAAAAATAAATGTTTTAGGAC
64 TAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
15812114 AAAA-TAAAGATCATAATAATTGGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * *
15812166 TATTTGAA-TGTGGACAAAAAATAGATTTGTTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
15812230 TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAATCTTGAAGGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACA
64 TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
15812294 AAACAAAAGGTCAAAAAGTTTTGAAATAAAAAATTGTT-AAGTAGTCGTAAC
128 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
15812345 TATTTAAAGTTGATC-AGTAAACAAATTTATTGTTTTAATTCTCTTACTCTA-TAATTTTTGGAA
1 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATT-TTTTAAAT-T-TTACT-TATTAATTTTTGAAA
** * ** * *
15812408 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTATATGAATTGAAACAACTATTTTATT
61 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-T
* * *
15812472 G-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * **
15812527 TTTTTAAACTTGTTCGGTAAAC--A--TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
15812588 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAAGCTTGTTTGGACAGAAACAATTATTTTATGAC
63 TTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
15812653 AAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-
127 AAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
15812706 TGATTTGAACTTGTTC-AGTATATAGATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--A
1 T-ATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AA-ATTTTACTTATTAATT-T-TTGAA
* * * * * ** *
15812768 ATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCGAAGTAAGCTTGTATGAACAAAAATAATCATTTTATA
60 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * *** * ** *
15812833 ACAAACCAAAAGGTTATAGCAACTCCAAATCA-ATAATTGTTCAAAT-GATCATAAT
125 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAC
* * * * * *
15812888 TATTTAAACTTTTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAACTTTTGGAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
15812952 TTAATAACA--TAGCATTATTTTATTTCG-AATAACCTTATATG-ACTGAAAAAAATT-TTTTGT
63 TTAATAA-ATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTAT
* * ** *
15813012 GATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATGAC
124 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * **
15813068 TATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTATAAAATTTTTTACTTATTAAATATCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
15813133 TAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTG-AATTAGCTTGTATAAATAGAAACTATTATTTTATAAT
64 TAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-
* * * * *
15813196 CAAATA-GAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-GAATATTCATAAC
126 CAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
15813249 TATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATATATTTTTTGAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * *
15813312 ATAGA-TTAGTATTGTTTTATTTCG-AATAAACTTATATCAGCTA-AAACATTTATTTTATGACA
66 ATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
15813374 AAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAAAAGCCATAAT
128 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
15813426 TATTTGAACTGGTTAGGA-AAAGAGAATTT-TTTCTT-AA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAACAT
1 TATTTGAACTTGTT-CGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * * **
15813486 TAATAAATTTATTTTATTTTATTCCAGATAAGCTAGTATGAATTGAGAA-AATTGTTTTATGACA
64 TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * **
15813550 AGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAACTATTCATATAGTTTTAAC
128 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
15813602 TATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * ** * * *
15813667 TATTAGATTAATATTGTTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAT
64 TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
15813732 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAAC
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
15813783 TATTTGAAC-GGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAGA-TCT-CTTATTAATTTTT-AAGAGAT
1 TATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAA-ATAT
* *
15813844 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTATATGAC
64 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
15813907 CAAACAAAAAGTGATAATGATTTGACATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAAT
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * * * *
15813960 TATTTGAACTAATTCTACAAATAGATTCACTTTTT--A----AGTTATTAATTTTTGGAATATTA
1 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
15814019 ATAAA-TTATAATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGCATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACAA
66 ATAAATTTAT-ATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * *
15814082 AACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAAC
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
15814133 TATCTAAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTTTTTTTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTT
1 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA-TTTATTTTTTA-AATTTTACTTATTAATTTTT
15814191 TTTTATTTTG
Statistics
Matches: 5050, Mismatches: 1149, Indels: 599
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 103 0.02
169 11 0.00
170 4 0.00
171 2 0.00
172 7 0.00
173 173 0.03
174 97 0.02
175 83 0.02
176 237 0.05
177 697 0.14
178 373 0.07
179 563 0.11
180 817 0.16
181 1214 0.24
182 413 0.08
183 234 0.05
184 13 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
Found at i:15809867 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 15807511--15817907 Score: 4231
Period size: 539 Copynumber: 19.4 Consensus size: 538
15807501 ATTATATATT
* * * ** *
15807511 TATTTAAACTT-GTTCAATAAATAGATTCATTTTAAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
15807575 TTAATATCA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATAAACTGAAATAATTTTTTTATGAC
64 TTAATA-AATTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** ** * * * *
15807639 AAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAAACTAATAGTCATGACTATTTGATCTA
126 -AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
15807704 GTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTCAAAATATTAATAAATTA
190 GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * * * ** *
15807768 GTATTATATTA-ATCTGAACAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACTGAACAAAAAG
254 ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
15807832 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTCATAACTATTTAAATTAGTT-TGATAAA
318 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAG-TAAA
* * * * * *
15807895 CAGATTTATTTTTTAAA-C--CT-CTAATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATCTTA
380 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
* * * * * * * *
15807956 -TTCCAAGCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-AT
444 TTTCGAA-TAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TAAT
* *
15808019 TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAT
507 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
15808051 TATTT-AAATTGATTC-GACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTGAAA
1 TATTTGAACTTGGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTTGAAA
* * * * *
15808114 TATTAATAAA-TATGCTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAACTA-AAAAAATTATTTTAT
62 TATTAATAAATTAT-ATTATTTTATTT-GAATAAGCTT-GTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** * **
15808176 GACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTATTGATATAACCTTAACTATTCAAAC
123 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
15808241 -TGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAA
188 TTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * ** *
15808304 TTAGTATT-TTTTTTATTCTATATACGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGTTAGAACAA
251 TTAATATTATTTTAT-TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * *
15808368 AAAGTTATAA-GAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCACAACTATTTAAACTGGTTAAAT
314 AAGGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAGT
* * ** * * * * *
15808432 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTTAATTAGTATTATT
377 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATT
* * * * * * * *
15808497 TTA-TTCTAAATAGGCTTGTATGATG-AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAAC
441 TTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-GCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * * * *
15808560 GATTTGAAATAAATAATTATTTAAATGGCCACAA-
504 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * *
15808594 TCATTCAAAC-TGGTTTAATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-ATA
1 T-ATTTGAACTTGGTTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGA-A
** * * * * * *
15808656 ATATTAATAAAGAATATTATTTTATTTTGGACAAGCTTTTTTGAACTGAAACAATTATTTTATGA
61 ATATTAATAAATTATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
15808721 TAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-ATACTATTTGAA-T
125 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACT
** * ** * * * **
15808784 AT-TT---TAAGTAACTAGATTTTTTTAAT-TTCTTACTTAGTAATTTTTTGAATGGTAATAAAT
189 -TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
15808844 TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGCATGAGCT-GAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAA
252 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * ** * * *
15808908 GGTCAGAACAATTTGAAATAAGTAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGACAA
316 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAG-TAA
* * * * * * * * ** *
15808972 ACACATATATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAACATTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTT
379 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTT
* * * * * * * * * *
15809036 ACTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAAATGTTTTAAGATAGAAC-AAAGATCATAATAATT
443 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATT
* *
15809100 TGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
508 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * *
15809131 TATTTGAAC-TGGTTTGGTAAAGAG-TTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTCTTAATTTTTGAAATAGT
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
** * * * **
15809192 AATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATACAATCAATTGTTTTACAACAAA
66 AATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * *
15809257 ACAAAATGTTGTAATGATTTGAAATAGATAA-TAGATCAAATGGACATGAA-TATTTGAACTTGT
129 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
15809320 TAGATAAACATATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTATTG
192 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
* * * *
15809385 TTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGGATTA
257 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCA
* * * *
15809448 TAATGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTCATTCAGTGAACAGAT
321 TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAAATAGAT
* * * **
15809513 TTATTTTTAAAATTTTTTTCTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTATTATT-TTTTATTTCGA
385 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGA
* * * ** * *
15809577 ATAAGGTTTTTTGAGCAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAATGATCATAATTATTTGAAATA
450 ATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATA
*
15809642 GAAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
515 GATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** ** *
15809666 TATTTGAACAT-GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGGACAT
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
15809730 TGATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAA
65 TAATAAA-TTATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
15809795 AATATAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAACTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
128 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
15809859 TCGATAAACAAATTTATTTTTTTTAAT-TCCCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
192 TCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TC-TACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
** * * * * *
15809922 GGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGG
253 AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
15809987 TCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAATTAGTCATGACTATTTAAACTTGTTC-G-ATAA-
318 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCAGTA-AAT
* * * * *
15810049 ACA--TATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
381 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
* * ** * * *
15810112 TCCAAATAAGCTCATACG-G-ATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAAAAGTCATAAGAA
445 TTCGAATAAGCTTGTATGAGCA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGA-TCATAATAA
* *
15810175 TTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-
506 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
15810207 TGATATGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--A
1 T-ATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-T-TTGAA
* * * * ** *
15810269 ATATTAATGAATTTGTATTATTTTATTTTAAATAA-CTTGTATGAATAGAAA-TTTTTTTTTATG
61 ATATTAAT-AAATTATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** ** * * * *
15810332 ACACACCAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATCGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTAAACT
124 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
15810397 TGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC-TCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACA-
189 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-AT
* * * * * * *
15810460 TAATATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATAAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG
252 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
15810525 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATTACTAATTGATCTAGTTC-GATAAA
317 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAG-TAAA
* * * * *
15810589 CATATTTGTTTTTTAAAT-TTTGTCCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTATTATT-TTAT
380 TAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTATTATTATT-T
* * * * *** * *
15810652 TA-ATCTGAACAAGCTTGTATG-GATAGAAACTATCACTTTAT-AGCAGAACAAAAAATCATAAT
442 TATTTC-GAATAAGCTTGTATGAG-CAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * * *
15810714 GATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTCAAAAT
504 AATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAC
* * * * **
15810749 TATTTGAA-TTGGTT-TGATGAATAGATTT-TTTTTTAAAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * ** * *
15810810 TAACAGATTAATATTATTTTACTTTGAACAAACTCATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
65 TAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * **
15810875 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGGTT
128 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T
* * *
15810940 TCGACAAACAGAA-TTATTTTTTAAATC-TCTTACTGATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATT-
192 TCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA
* * * * * * *
15811001 TTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGCAAGAACT-GAAAAAATTG-TTT-T-AC----GATAAG
254 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * ** * * *
15811057 GTCATAATGATTTGAAATAAGGAATTGTTCATACAACCTTAACTATTTGAAGC-AGCTTGA-AAA
317 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTA--TTCAGTAA
* * * * * * * * *
15811120 ATAAATTTATTTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATACTATTACATTAATATTATTTT
379 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTT
* * * * * * * * *
15811185 ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATTAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAAGTTATAACAA
443 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATAA
*
15811249 TTTGAAATATATAATTGTTC-AATAGTCATAAC
506 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
15811281 TATTTGAA-TTGGTTC-G-ATAATGAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTGTTGAAA
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTA-AAT-AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** *
15811343 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA
62 TATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * ** * **
15811408 C-AAAC---AGAT--TTAT-TTTTTAAATAGAT--TT-TT-TTAT-TTTTTATCT-TTT-ATTTT
125 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT
* *
15811459 TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAT
189 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* *
15811522 TAATATTATTTT-GTTCTGAAT-AGCCTTGTATG-AT-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACA
252 TAATATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACA
* ** * * * * * * *
15811583 AAAGTTCATAACAATTTGACATAGATAATTATTCAAATGGCCATAA-TTTTTTACCTAATTC-GA
313 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAG-
* * * * * * * * *
15811646 TAATTTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTAT
376 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTATTATTAT
* * * * * * * * * * *
15811711 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA-CTTGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAAC
440 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * *
15811775 GATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
504 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * *
15811810 TACTTGAGCTT-GTTTGGTAAATAGATTT-TTTTCT-AATTTCCTACTTATTAATTTTT-TAATG
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTT--TACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * ** * *
15811871 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGCTGAAGTAATTATTTTATGACT
64 TTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
15811936 AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGT
127 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * **
15812001 TCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCCT-TACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCA
192 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
15812065 ATATTTCACTTT-GAATATGCTTGT-TGAACAAAAATAAATGTTTTAGGACAAAA-TAAAGATCA
257 TTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * **
15812127 TAATAATTGGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGGACAAAAAATAGA
321 TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT--TCAGTAAATAGA
* * *
15812191 TTTGTTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-TATATTATTTTATTT
384 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTT
* * * * *
15812254 -GAAATAATCTTGAAGGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AA-AAGTTT
447 CG-AATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAA--TT
* * * *
15812315 TGAAATAAAAAATTGTT-AAGTAGTCGTAAC
508 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
15812345 TATTTAAAGTT-GATCAGTAAACAAATTTATTGTTTTAATTCTCTTACTCTA-TAATTTTTGGAA
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATT-TTTTAAAT-T-TTACT-TATTAATTTTTGAAA
* * ** * *
15812408 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTATATGAATTGAAACAACTATTTTATTG
62 TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TG
* * * *
15812473 -CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTTTTTAAACT
124 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
15812537 TGTTCGGTAAAC--A--TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
189 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * *
15812598 AATATTATTTTAATTCAAATAAAGCTTGTTTGGACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
253 AATATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA
* * *
15812663 AGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTCAGTA
316 GGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TATTCAGTA
* * *
15812726 TATAGATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATT-TCTATTAT
378 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAATTAT-TATTAT
* * * ** * * * * **
15812789 TTTA-TTCGAAGTAAGCTTGTATGAACAAAAATAATCATTTTATAACAAACCAAAAGGTTATAGC
440 TTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* ** *
15812853 AACTCCAAATCA-ATAATTGTTCAAAT-GATCATAAT
504 AATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAC
* * * * *
15812888 TATTTAAACTT-TTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAACTTTTGGAATA
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
15812952 TTAATAACA-TAGCATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATG-ACTGAAAAAAATT-TTTTGTGA
64 TTAATAA-ATTA-TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
15813014 TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTA
125 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * * * *
15813079 GTTCGGTAAACATATTTATTTATAAAATTTTTTACTTATTAAATATCAAAATATTAATAAATTAG
190 GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
* * * * * * * *
15813144 TATTATTTTA-ATCTGAATTAGCTTGTATAAATAGAAACTATTATTTTATAATCAAATA-GAAA-
255 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAAG
* * * * *
15813206 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-GAATATTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAA
317 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAG-TAA
* * * * * * *
15813269 ACAGATATATTTTTTGAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTGTTTT
379 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTT
* * * * * * * *
15813330 ATTTCGAATAAACTTATATCAGCTA-AAACATTTATTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAATGAT
443 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAGC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAAT
* * * *
15813394 TTGAAATCGATAATTGTTCAAAAAGCCATAAT
507 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
15813426 TATTTGAAC-TGGTT-AGGAAAAGAGAATTT-TTTCTT-AA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAACA
1 TATTTGAACTTGGTTCA-GTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* ** * **
15813485 TTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCAGATAAGCTAGTATGAATTGAGAA-AATTGTTTTATGAC
64 TTAATAAA-TTATATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** *
15813549 AAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAACTATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTGG
126 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * * *
15813614 TTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAGATC-TCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAGATTA
191 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA
* ** * *
15813677 ATATTGTTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGT
254 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
15813742 TATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGGATTCAATAAATAG
319 CATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCAGTAAATAG
* * * *
15813807 ATTTATTTTTTAGATC---T-CTTATTAATTTTTAAGAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
383 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
** * * * * *
15813868 -GAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAA-AGTGATAATGATTTG
447 CG-AATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATAATTTG
* * * * *
15813931 ACATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAAT
510 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * *
15813960 TATTTGAAC-TAATTCTA-CAAATAGATTCACTTTTT--A----AGTTATTAATTTTTGGAATAT
1 TATTTGAACTTGGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
15814017 TAATAAATTATAATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACAA
65 TAATAAATTAT-ATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * *
15814082 AACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTT
128 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *** * **
15814147 C-AGTAAACAAATTTTTTTTTTTACA-C-TCTTGCTTATTAATTTTT-TTTTATT-TTGGA-TAA
193 CGA-TAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
** * * * * * * ** *** **** *
15814206 GCTT-TTATGAATTGAAACAA--TTGTTTTATATCA-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTTACATA
255 TATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AT-AGAAAC-AATTGT-TTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * ** *
15814267 A----ATAATTA-TTCAAAT-AACAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTT-ATTTTTTCA
315 AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAA-ATAGTC-ATAACT--ATTTGAACTATTC-
* *** * * * * * * *** *
15814325 AATCTTTTG-CTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATT-ATTTT--ATTCCAAATAAG
374 AGTAAATAGATTTATT--TTTT--AAATCTT--T-TACTT--ATTAATTTTAAAATATTAATAAA
* * * ** * ** * ** * * * * **
15814386 CTAGTGA-GACATGA-AACAAAT-ATTTTATCACTAAACA-AAA-AGTTTGAACGATT-TGA-AA
430 TTA-TTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-A-TGAGCAGAAACA-ATTG---TTTTATGACAA
* * * ** * * * ** * * *
15814444 TAGATATTATTC-TAATAGTTTTAATTATTTGAACTGGTTCAACAAATGT-AT--T
488 AACAAAAGA-TCATAATAATTTGAAATAGAT-AA-TTGTTCAA-ATA-GTCATAAC
** * * * * * * * *
15814496 TATTTTTTACTCT-CTT-ATTAATTTTGGA-ATA-TTATTAAA--TTA-GTATTATT-TTT--AA
1 TA-TTTGAACT-TGGTTCAGTAA--ATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * ** * ** *
15814551 T-TGAATAAGCTTCTATGA--TTA--AAAACAA--TTGT-TTTA-TG--ACAA-------A--AC
62 TATTAATAA-ATTATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
15814596 AAA------GATTATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAACTAGTTATAACTA-TT--ACTTA
126 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
15814652 TT-GTTTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGT-TACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATCAATT
191 TTCG-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
* ** * * * * *
15814714 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGCTTTGTGAGAAAATAAAAA
253 AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA
* * * * * * *
15814778 GGTTATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGACTT-GGTAA
316 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-A-TTCAGTAA
* * * * *
15814842 ACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTTCTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAATTTAGTATTATTT
379 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA--AAATATTAATAAATTATTATTATTT
* * * * * ** * * *
15814906 TA-TTCCATCTAAGCTTGTGTTAATC-GAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACA
442 TATTTCGA-ATAAGCTTGT-ATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA
* * *
15814969 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAAC
505 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
15815003 TATTTGAACTT-ATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTT-CTTATTAATTTTTTAAAT
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-TTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * **
15815066 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAC
63 ATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * * * * * **
15815131 TAAACAAAATGTCAAAAAGATTTGACGTATATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAAATAA
126 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* *
15815196 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAGTTTTT-GAAATATT-ATGAAATTA
191 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAAT-AAATTA
* * * *** * * ** *
15815255 ATATTATTTTA-ATCTGAACAAGCTTGTGCAAACA-AAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGG
254 ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
15815318 TCATAACGATTTGAAATAGAT-ATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTC--TACAAT
318 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAGTA-AA-
** ** ** * *
15815380 TAGATTTATTTTTTTAGGT-TTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATT-TGCATTATT
380 TAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAT-TATTATT
* * ** * * ** * * * * *
15815443 TTATTTTGAACAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAA
441 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAA
* * *
15815508 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAAC
506 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * **
15815541 TATTTGAA-ATGGTT--GTCAAGTAGATTTACTTTCTAAATCTCTTACTGGTTAATTTTCT-AAA
1 TATTTGAACTTGGTTCAGT-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT-TGAAA
* * * ** * * *
15815602 TATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTAAACAAAATTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
62 TATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15815667 CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TT
125 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
15815731 GGTTTC-ATAAATAGAA-TTATTTTCTAAA---TCT-CTTATAAAATTTT-GAAATATTAATAAA
190 -G-TTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * ** * * ** * *
15815789 TTAATTTTATTCTATTTGGAATAAGCTTGTATGAGCT-GATATGATTATTTTATGACAAAACGAA
251 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * * * **
15815853 AGGTTATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTATGAACTGATTTGGTAA
315 AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAA
** * *
15815918 AT-GAATTTATTTTTTAAATCTCATAATTATTAATTTTTAGAATATTACA-AAATTATTA-T-TT
379 ATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTA-ATAAATTATTATTATT
* * * * * *
15815979 TT-TTCCAAATAAGCTT-TATGAGCAGAAA-AATTGTTTTATGATAGAACAAAAG-TTATAACAA
441 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAA
* *
15816040 TTTGATAT-GAATAATTGTTAAAATAGTCATAAC
506 TTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
15816073 TATTTAAAC-TGGTTCAACAAATTGATTTGTTTTTTAAA-TTT-CTTATCAATTTTTGAAATATT
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* **
15816135 AATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTTGTAT--ATTGAAACCAATTGTTTTTATGACA
66 AATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTG-TTTTATGACA
* * * * * * * * * *
15816198 AAACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTTAGATGGCCATGATTATTTGAAC-TGA
127 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
* ** * **
15816262 TTCAAT-AACTGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATGAAGCT
191 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAAT-AAATT
* *** * * * * *
15816324 -GTATTATTTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTA-AAGCAATT-TTTTATGACAAAACAAAT
253 AATATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
15816386 GGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTA--T--A-GA-T---T---T
316 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCAGTAAAT
* ** * * *** * * *
15816439 --A--T-TTTTTTAAGTCTCATGCCTATTAATTTTTTGACAGTCAATAAATTAGTATTATTTTA-
381 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATA-TTAATAAATTATTATTATTTTAT
* * * * * * * * * * *
15816498 TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATGACTAAACCAAAGGTCAAAATGATTT
445 TTC-GAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTT
* * * * * *
15816563 G-AATATATTACTATTCTAATAGTCTTAAC
509 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * **
15816592 AATTTGAACTAGTTTGA-CAAACACATTTATTTTTTAAA-TTT-CTTATTAA-TTTCAAAATATT
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
** ** * * * *
15816653 GTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA-CTTTTTGAAATATTAATA-AAGT
66 AAT-AAATTATA---TTA--TTTT--A--T-TTG--AATAAGC---TTG---TATGAACAGAA--
* ** * ** ** * * * * *
15816716 A-ATATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAACAAAAAAG
110 ACA-ATTGTTTTATGACA-A-AA-----CA--AAAGGTCATAA-TG-ATT-TGA-AATAGATAA-
* ** * * *
15816780 GTCATGACGACTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAACTCTATTTCAACTTGTTTATCAAAC
160 -T--T----A-TTCAAATAG-TCATAACT---AT-TTGAACT-T-GTT---C--G---AT-AAAC
* * * * * * * *
15816845 AGATTTATTTTTTAAAT-GTCTTGCTCATTAGTTTTTTGAATGTTAATAAATTATTATTATTTTA
201 AAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * * * * * *
15816909 TTTTGAATAACCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTT
265 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * * *
15816974 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTTATT-TGACAAACACATTTGTTTTT
330 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCAG-TAAATAGATTTATTTTT
* * * ** * * * *
15817038 GAAATCTCTTAC-TA--ATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
393 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * *
15817100 GTTTGA-AAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-AGGTTTGAGATAGATAAA
458 GTATGAGCA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA-ATTTGAAATAGATAAT
* *
15817162 AGTTCAAATAGTCATAAA
521 TGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * * ** *
15817180 TATTTGAA-TTGTTTTGGTAAATAGA--TCTTTTTTAAA-TCT-CTTTTTAGTTATCAAAATCTT
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * ** * * *
15817240 ACTAGATAAGTATCATTTTATTCTAAATAATTTTGAAT-AAGTAGAAACAATTATTTTATGACAA
66 AATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
15817304 AACAACATGTCATTATGATTTGATATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGT
128 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
15817368 TTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATC-TCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGT
192 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
** * * *
15817432 ATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAAAAAACAAAAGATCA
256 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
15817497 TAATGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-TGCTAAGTAAATAGA
321 TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT--TCAGTAAATAGA
* * * *
15817561 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
384 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTC
* * * * * ** * * *
15817626 AAAAAAGGTTTTACGAATAGAAACAATTGGTTAATGACTAAAA-AAAAG-TCATAACAATTTGAA
448 GAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAA
* *
15817689 ATAGATAATTCTAT-AAATATTCATAAC
512 ATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
15817716 TATTTAAACGT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGATTAT
1 TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
15817780 TAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAGATTGCATGAATA-AAACCAATTGTTTTATGACA
65 TAATAAA-TTATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
15817844 AAACAAAGAGGTTATAATGTTTTCAAATAAATAATTGTTCAGATAGCCATAACTATTTGAACTT
127 AAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
15817908 ATTTGGTAAA
Statistics
Matches: 7375, Mismatches: 1878, Indels: 1206
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
504 8 0.00
505 10 0.00
506 37 0.01
507 37 0.01
508 35 0.00
509 25 0.00
510 62 0.01
511 22 0.00
512 12 0.00
513 16 0.00
514 45 0.01
515 22 0.00
516 16 0.00
517 14 0.00
518 24 0.00
519 76 0.01
520 17 0.00
521 6 0.00
522 71 0.01
523 33 0.00
524 20 0.00
525 19 0.00
526 84 0.01
527 45 0.01
528 93 0.01
529 257 0.03
530 67 0.01
531 183 0.02
532 542 0.07
533 190 0.03
534 417 0.06
535 265 0.04
536 516 0.07
537 473 0.06
538 583 0.08
539 796 0.11
540 381 0.05
541 468 0.06
542 416 0.06
543 309 0.04
544 237 0.03
545 21 0.00
546 2 0.00
547 6 0.00
548 15 0.00
550 1 0.00
552 2 0.00
557 11 0.00
558 6 0.00
559 2 0.00
560 2 0.00
561 7 0.00
562 4 0.00
563 1 0.00
564 3 0.00
567 1 0.00
568 2 0.00
569 1 0.00
570 15 0.00
571 5 0.00
572 5 0.00
573 30 0.00
574 103 0.01
575 1 0.00
576 4 0.00
577 1 0.00
578 3 0.00
580 2 0.00
581 1 0.00
582 4 0.00
584 2 0.00
586 22 0.00
587 31 0.00
588 83 0.01
589 11 0.00
591 3 0.00
592 13 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
TATTTGAACTTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCAGTAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGC
TTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAAC
Found at i:15810560 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15810528--15810560 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
15810518 ACAAAAGGTC
15810528 ATAATAATTTGAAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
*
15810545 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
15810561 TCATTACTAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATAATTTGAAATAG
Found at i:15813770 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 15807548--15816269 Score: 868
Period size: 358 Copynumber: 24.5 Consensus size: 358
15807538 CATTTTAAAA
* * * * * *
15807548 ATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATATCA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTA
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-GATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * * * * ** *
15807612 TAT-AAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
65 TATCAGA-TAAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATT
*** * * * * * * * * * * * *
15807676 AAACTAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCAGTAAACATATTTATTT-TTAAAATTTTTTAC
128 GTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGA-TTCAATAAAGAGATTTATTTCTT-AGATCTCTTA-
* * * * ** * *
15807739 TT-ATTAGTTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTAATCTGAACAAGCTTGTATGA-ATA
190 TTAATT--TT-T-AAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA-A
* * * * ** * * * * *
15807802 GAAACTATTGTTTTATAACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATA
250 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTA-TTCATATA
* * * * * ** * *
15807866 -TTCATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA
314 GTT-TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* ** * * * * *
15807911 ACCTC-TA---ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATCTTA-TTCCAAGCAAACTTA
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAA-TAAACTTA
* * * * *
15807971 TATGA-ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATT
65 TATCAGA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGACAATT
* * * * * ** * * * * * * *
15808034 GTTTAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTG
128 GTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATCTC-T--T-
* * * * *
15808099 ATTAATTTTTTGAA-ATATTAATAAA-TA-TGCTTATTTTATTTCAAATAAGTTAGTAAGA-ACT
189 ATTAA-TTTTT-AAGACATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA--
* * * * * * * * * * *
15808160 AAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTATTGATATA
249 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATA
*** ** * * * *
15808224 ACCTTAACTATTCAAACTGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
314 GTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * * * * * **
15808269 ATTTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT-TTTTTTATTCTATATACGCTT
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTAT-TTCGA-ATAAACTT
* * * * ** * * * * *
15808333 GTATGA-ATATAAATAATTGTTTTATGTTAGAACAAAAAGTTATAA-GAATTTGAAATATATAAT
64 ATATCAGATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGACAAT
* * * * * * * *
15808396 TGTTCAAATAGCCACAACTATTTAAACTGG-TTAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAT
127 TGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-GGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATCT-C---
* * * * * * *
15808460 TTATTAATTTTTGAA-ATATTAGTTAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAA
187 TTATTAATTTTT-AAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAA
* * * * * * * * * * *
15808524 AAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTAATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATGG
251 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAG
**** ** **** * * *
15808588 CCACAA-TCATTCAAACTGGTTTAATAAACTAATTTATGTTTTAA
315 TTTTAACT-ATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * ** * * * * * *
15808632 ATCTCTAACTTATCAATTTTT-ATAATATTAATA-AAGAATATTATTTTATTTTGGACAAGCTTT
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * * * * * * *
15808695 TTTGA-ACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTG
65 TATCAGA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
* * * * * ** * **
15808759 TTTAAATAGTCA-ATACTATTTGAA--TATTTTAAGTAACTAGATTT-TTT-TAATTTCTTACTT
129 TTCAAAAAGCCATA-ACTATTTGAACGGA-TTCAA-TAAAGAGATTTATTTCTTAGATC-T-CTT
* * * * ***
15808819 AGTAATTTTT-TGA-ATGGTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGC-ATGCATGAGCT
189 ATTAATTTTTAAGACAT--TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-GTATGATAA
* * * * * * * * * * * *
15808880 GAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATA-AGTAATTGTT-TTAAT
250 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGA-TAACTATTCAT-AT
* * * * * * *
15808943 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACACATATATTTTTTAA
313 AGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* ** * ** * * * * * *
15808989 ATC-CTTACTTATTAACATTT-AGAATATTATTA-ATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTT
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGA-TTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTT
* * * * * * * * * * *
15809051 GTATGAACATAAATA-AA-TGTTTTAAGATAGAAC-AAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAAT
64 ATAT-CAGATAAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAAT
* * * *** * *
15809113 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTTGGTAAAGAG-TTTAGTTT-TTAAATCTCTTC
127 TGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-GGATTCAATAAAGAGATTTA-TTTCTTAGATCTCTTA
* * *** ** * *
15809175 TTAATTTTTGAA-ATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATGA-ATACAA
190 TTAATTTTT-AAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA-AAAA
* * ** * * ** * * * * * *
15809238 TCAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTTGTAATGATTTGAAATAGATAA-TAGATCAAATGGAC
253 ACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTA-TTCATATAG-T
* * * * ** * * *
15809302 ATGAA-TATTTGAACTTGTTAGATAAACATATTAATTTTTTAA
316 TTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * * * * * *
15809344 ATCT-TCAACTTATTAGTTTTT-AGAATATTAATAAATTATTGTTATTTTATTCCAAATAAACTT
1 ATCTCT-TAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTT
* * * * * **
15809407 GTATGA-ATAGAAACAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATGAT
64 ATATCAGATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGACAAT
* * * * ** * * * * *
15809469 TATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTCATTCAGTGAACAGATTTATTT-TTAAAATTTTTTTC
127 TGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTT-AGA----TCTC
** * * * * * ** * ** *
15809533 TTATTAATTTTGGA-ATATTAATAAATTATTATT-TTTTATTTCGAATAAGGTTTTTTGAGCAGA
187 TTATTAATTTTTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAA
* * * ** * * * * *
15809596 AACAATTGGCT-TATGACAAAAC-AAATGATCATAATTATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAG
252 AACAATT-GTTATATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAG
** *** * * *
15809659 TCATAACTATTTGAACAT-GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAA
315 TTTTAACTATTTGAAC-TGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AG
* ** * * * * * * *
15809704 AT-T-TTACTTATTAATTTTTGGGACATTGATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCG-AATAAACTTA
* * * * * * * * * *
15809766 CATGA-ACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATATAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAACTG
65 TATCAGATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
* * * * * * * * *
15809830 ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTA-ATTCCCTTA
129 TTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-GGATTCAATAAAGAGATTTA--TTTCTTAGA-TCTCTTA
* * * * * * *
15809893 CTCTTTAATTTTT-GGAATATTAATAAATTGGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGA-AT
190 ----TTAATTTTTAAG-ACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA-
** * * * * * * * *
15809956 TGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGA-AGTAGATAATTATTCA-AT
249 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACA-TAGATAACTATTCATA-
** * * * ** *
15810019 TAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAAC--ATAT-TTTTTTA-
312 TAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * ** * * * * * * *
15810062 ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTCAT
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTAT
* * * * * * *
15810127 A-CGGATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAAAAGTCATAA-GAATTTAAAATAAATAAT
66 ATCAGAT-AAAACAATTATTTTATGACAAAA-C-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGACAAT
* * * * ** * * * *
15810190 TGTTCAAATAGTCATAA-TGATATGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
127 TGTTCAAAAAGCCATAACT-ATTTGAAC-GGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATC---T-
* * * ** *
15810253 CTTATTAATTGTCTT-A-ATATTAATGAATTTGTATTATTTTATTTTAAATAA-CTTGTATGA-A
186 CTTATTAATT-T-TTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA
* ** * * * * * * ** * * * *
15810314 TAGAAA-TTTTTTTTTATGA-CACACCAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATCGATAATTATTCAAA
249 -AAAAACAATTGTTATATGACCA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATA
* ** * * * * * * * *
15810377 TGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAA
312 TAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* ** * * *
15810424 ATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATA-ACATAATATTATTTTATTTCGAATAACCTTA
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * * * * * *
15810488 TAT-AAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
65 TATCAGA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
* * * * * * * * * * * * * *
15810552 TTTAAATAGTCATTACTAATTGATC-TAGTTCGATAAACATATTTGTTTTTTAAATTTTGTCCTT
129 TTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGA-TTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGA---TCT-CTT
* * * * * * ** * * *
15810616 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTATTATT-TTATTAATCTGAACAAGCTTGTATGGAT-AGA
189 ATTAATTTTTAAGACATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCCAAATAAGCTAGTAT-GATAAAA
* ** * * * * * * *
15810679 AACTATCACTT-TAT-AGCAGAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATA
252 AACAAT-TGTTATATGACCA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTA-TTCATATA
** * * * *** * * *
15810741 -TTCAAAATTATTTGAATTGGTTTGATGAATAGATTT-TTTTTTAAA
314 GTT-TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AG
** * * * *
15810786 ATCTC----TTATTAATTTTCAAAATATTAACAGATTAATATTATTTTACTTT-GAACAAACTCA
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTA-TTTCGAATAAACTTA
* * * * * *
15810846 TATGA-ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
65 TATCAGA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
* * * * * * * * * *
15810910 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGGTTTCGACAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTG
129 TTCAAAAAGCCATAACTATTTGAA-CGGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATCTC-T--T-
* * * * * * * * *
15810975 ATTAATTTTTGAA-ATAGTAATAAATT-TTTTTATTTTATTTCAAATAAGTTAGCAAGA-ACTGA
189 ATTAATTTTT-AAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA--AA
* * * * * * * * * *
15811037 AAA-AATTGTT-T-T-A-C---GATAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AGGAATTGTTCATACAA
251 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGA-TAACTATTCATATAG
** * * ** * *
15811093 CCTTAACTATTTGAAGCAGCTT-GAAAAATAAATTTATTTTTTAA
315 TTTTAACTATTTGAA-CTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * * * * * *
15811137 AACTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATACTATTACATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * * * * * * * ** * *
15811201 TATGA-ACAAAATTAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATT
65 TATCAGATAAAA-CAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATT
* * * * * * * *
15811265 GTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TTCGATAATGAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
128 GTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAA-CGGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGA--T-CT-CT
* * * *** * * *
15811328 TATTAATTGTTGAA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAA
188 TATTAATT-TTTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAA
* * * ** * * ** *
15811392 AACAATTGTTTTATGA-CAAAC--AGA-T--TTA-TTTTTTAAATAGAT---T-TTTTTAT-TTT
252 AACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAGTT
* ** ** ** * *
15811445 TTATCT-TTT-ATTTTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
317 TTAACTATTTGA-ACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * ** *
15811486 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-GTTCTGAATAGCCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTC-GAATAAACTTA
* * ** * *
15811550 TAT--GATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGACATAGATAATT
65 TATCAGAT-AAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATT
* ** * * * ** * *** *
15811613 ATTCAAATGGCCATAA-TTTTTTACCTAATTCGATAATTTGATTTATGTT-TTAAATCTCTAACT
128 GTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAAAGAGATTTAT-TTCTTAGA--TCT--CT
* * * * **** ** **
15811676 TATCAATTTTTATA-ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGACT-TG
188 TATTAATTTTTA-AGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGA-TAAA
* * * ** * * * * * * *
15811739 AAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
251 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAGT
*** * * * * * * * *
15811804 CAAAACTACTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTCTA-
316 TTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * * * * * * * * *
15811845 ATTTCCTACTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGT
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTAT
* * * ** * * * * * *
15811909 ATGAGCTGAAGTAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAATTAGATAATTATT
66 ATCAGATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTT
* * * * * * * * * *
15811974 CTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATT
131 CAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGA-TTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGAT-C-T-CTTATT
* * * * * * * ** * *
15812038 AATGTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTCACTT-TGAATATGCTTGT-TGA-ACAAAAA
192 AATTTTTAAG-ACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTAGTATGATA-AAAAA
* * * * * ** * * * * * * **
15812099 TAAATGTTTTAGGA-CAAA-ATAAAGATCATAATAATTGGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
254 CAATTGTTATATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAGTTT
* *
15812162 TAACTATTTGAA-T-G-T-GGACAAAAAATAGATTTGTTTTTTTA-
318 TAACTATTTGAACTGGTTCGG-C-AAACA-A-ATTT-ATTTTTTAG
* * * * * *
15812203 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAATCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCG-AATAAACTT-
** * * * * * * *
15812266 A-AGGA-ACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAGTTTTGAAATAAAAAATT
64 ATATCAGATAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATT
** * * * * * * *
15812329 GTT-AAGTAGTCGTAACTATTT-AAAGTTGA-TCAGTAAACAAATTTATTGTTTTA-ATTCTCTT
128 GTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACG--GATTCAATAAAGAGATTTATT-TCTTAGA-TCTCTT
* * * *
15812390 ACTCTATAATTTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTA-TATGAA
189 A---T-TAATTTTTAAG-ACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATG-A
* * * * * *
15812453 TTGAAACAACTATT-TTAT-TG-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AGTAGATAATTATTC
247 -T-AAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACA-TAGATAACTATTC
* ** * * * * * *
15812514 AAATAGTCATGACTTTTTAAACTTGTTCGGTAAAC--A--TATTTTTTAAA
309 ATATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AG
* * * ** * * * * *
15812561 ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAAGCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAA-CTTA
** * * * *
15812626 T-TTGGACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAAT
65 TATCAGATA-AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGACAAT
* * * * * * *
15812689 TGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTG-TTCAGTATATAGATTTATTT-TTTGAATCTTTT
127 TGTTCAAAAAGCCATAACT-ATTTGAAC-GGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAG-ATC---T
* ** * * *
15812751 ACTTATTAATTGTCTT-A-ATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCGAAGTAAGCTTGTATGA-
186 -CTTATTAATT-T-TTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAT
* ** * * * * * * * ** * * *
15812813 ACAAAAATAATCATTTTAT-AACAAACCAAAAGGTTATAGCAACTCCAAATCA-ATAATTGTTCA
248 A-AAAAACAATTGTTATATGACCAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGACAT-AGATAACTATTCA
* ** * * ** * * * * *
15812876 AAT-GATCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
310 TATAG-TTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * * ** * *
15812925 ATATCTTATTTATTAACTTTTGGAATATTAATA-ACATAGCATTATTTTATTTCGAATAACCTTA
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * * * * *
15812989 TAT--GACTGAAAAAAATT-TTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATA
65 TATCAGA-T-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATT
* * * * * * ** * * * * * *
15813051 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCGGTAAACATATTTATTTATAAAATTTTTTACT
128 GTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGA-TTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGA---TCT-CT
* * * * * * ** * *
15813115 TATTAAATATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATTAGCTTGTAT-A-AATAG
188 TATTAATTTTTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAA-A-
* * * * * * * * * * * *
15813178 AAACTATTATTTTATAATCAAATAGAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTTGA-ATA-
251 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACT-ATTCATATAG
* * * ** * *
15813241 TTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATATATTTTTT-G
315 TT-TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
*
15813285 AATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
1 -ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * * * *
15813346 TATCAGCTAAAACATTTATTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGT
65 TATCAGATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGT
*
15813411 TCAAAAAGCCATAATTATTTGAACTGG-TT-AGGA-AAAGAGAATTT-TTTCTTA-ATCTCTTAT
130 TCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-GGATTCA--ATAAAGAG-ATTTATTTCTTAGATCTCTTAT
* * ** *
15813471 TAATTTTTGAA-ACATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAGATAAGCTAGTATGAATTGAGA
191 TAATTTTT-AAGACATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG-ATAAAAA
* *
15813534 A-AATTGTTTTATGA-CAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGA-ATTAGATAACTATTCATATAGT
253 ACAATTGTTATATGACCAA-ACAAAAAGTCATAACGATTTGACA-TAGATAACTATTCATATAGT
15813596 TTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
316 TTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* ** * *
15813639 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAATATTGTTTTATTTTTAATAAGCTTGT
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTAT
* * * * * * *
15813704 ATGA-ATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGT
66 ATCAGATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGT
* ** * *
15813768 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACGGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAGATCTCTTATTAAT
130 TCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATCTCTTATTAAT
* ** *
15813833 TTTTAAGAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTG
195 TTTTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAAAACAATTG
* * * * * * * *** *
15813898 TTATATGACCAAACAAAAAGTGATAATGATTTGACATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTAT
260 TTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAGTTTTAACTAT
** ** * * * *
15813963 TTGAACTAATTCTACAAATAGATTCACTTTTT--
325 TTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * *
15813995 A------AGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATAATTATTTTATTTTGAATAAACTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAAT-ATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * ** * * ** * *
15814053 CATGA-ACTGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGACAATTA
65 TATCAGA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
* * * * * * *
15814117 TTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTTG-TTCAGTAAACA-A---ATTT-TT---T-T-TT-TTA
129 TTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-GGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATCTCTTATTA
* * * **** ** **
15814170 CACTCTT--G-C-TT-ATTAATT--T-TT-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA-ATTGAAACA
193 -ATTTTTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA-AAAAACA
* * * * * * * * ***
15814225 ATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTACATAAATAATTATTCA-A-A-TAACA
256 ATTGTTATATGA-CCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAGTTTTA
** * * * *
15814286 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAA
320 ACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AG
* ** * * * *** * * * *
15814326 ATCT-TTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGC-TA
1 ATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
* * * * * * * * * *
15814389 GTGA-GACATGAAACAAATATTTTATCACTAAACAAAAAGT-TTGAACGATTTGAAATAGA-TAT
65 -T-ATCAGATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGACAAT
* * * *** * * * * *
15814451 TATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACTGG-TTCAACAAATG-TATTTATTTTTTA-CTCTCTTA
127 TGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-GGATTCAATAAA-GAGATTTATTTCTTAGATCTCTTA
** * * * ** *
15814513 TTAATTTTGGA-ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT--GAATAAGCTTCTATGATTAAAA
190 TTAATTTTTAAGACATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAAA
* * * * * * * *
15814575 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCA-ACTAGTT
253 ACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATA-TAGTT
* ** ** * * * *
15814638 ATAACTA-TT--ACTTATT-GTTTAAATAGATTTATTGTTTAA
317 TTAACTATTTGAACTGGTTCG-GCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * * * *
15814677 ATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA
** * * * * * *
15814741 TAT--GATCAAAAACAATTGCTTTGTGAGAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAAT
65 TATCAGAT--AAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAAT
** ** * * * ** * * * *
15814804 CATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGACTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTTC
127 TGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGA-TTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGA----TCTC
** * * ** * *
15814868 TTATTAATTTAGGAA-ATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCT--TGTGTTAAT
187 TTATTAATTT-TTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAA-
* * * * * * * * * * *
15814930 CGAAACAATTGTTTTATGA-CAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
250 -AAAACAATTGTTATATGACCAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATAT
* ** ** * *
15814994 AATAATAACTATTTGAACTTATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAA
313 AGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* ** * * * * ** * *
15815040 ACCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTC-GAATAAACTTA
* * * * * * * ** * * *
15815104 TATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAAAAAGATTTGACGTATATAATTA
65 TATCAGA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
* * * * *** ** * * * *
15815168 TTCTAATAA-TCTTAACCATTTGAAATAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
129 TTC-AAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATCTCTTATTA
* * * * ** * *
15815232 GTTTTTGAA-ATATT-ATGAAATTAATATTATTTTAATCTGAACAAGCT--TGTGCA-AACAAAA
193 ATTTTT-AAGACATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG-ATAA-AAAA
* * ** * * * * * *
15815292 TAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATC-ATTCATATAGTCTT
254 CAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAGTTTT
* ** ** *
15815356 AACTATTTGAATTGGTTCTACAATTAGATTTATTTTTTTAG
319 AACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAG
* * * * * * * *** * * * *
15815397 GTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTTGAACAAA-ATAG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTA-
* * * * * * * * *
15815461 TAT-AAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTA
65 TATCAGATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
* ** * * * * *
15815525 TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGG-TT--GTCAAGTAGATTTACTTTC-TAAATCTCTTAC
129 TTCAAAAAGCCATAACTATTTG-AACGGATTCAATAAAG-AGATTTA-TTTCTTAGATCTCTTA-
* * ** * ** *
15815586 TGGTTAATTTTCTAA-ATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTAAACAAAATTA-TATTA-AC
190 ---TTAATTTT-TAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTAGTATGATA-
* * * * * * * *
15815648 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATA
249 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATA
* * * ** * * *
15815713 GTTATAATTATTTGAATTGGTTTC-ATAAATAGAA-TTATTTTCTAA
314 GTTTTAACTATTTGAACTGG-TTCGGCAAACA-AATTTATTTTTTAG
* * * * * * * *
15815758 ATCTCTTA--TA--AAATTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTGGAATAAGCTTGT
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTAT
* * * * ** * * ** * *
15815819 ATGAGCTGATATGATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTT
66 ATCAGATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTT
* * * * * * * *** * *
15815884 CATATAGTCTTAACTGTATGAACTGATTTGGTAAATGA-ATTTATTTTTTAAATCTCATAATTAT
131 CAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAAA-GAGATTTATTTCTTAGATCTC----TTAT
* * * ** *
15815948 TAATTTTT-AGAATATTACA-AAA-T--TATTATTTTTTTCCAAATAAGCT-TTATGAGCAGAAA
191 TAATTTTTAAG-ACATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAAAA
* * * * * * * * * *
15816007 -AATTGTTTTATGA-TAGAAC-AAAAGTTATAACAATTTGATAT-GAATAATTGTTAAAATAGTC
254 CAATTGTTATATGACCA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAG-ATAACTATTCATATAGTT
* * ** *** *
15816068 ATAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATTGATTTGTTTTTTA-
317 TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
* * * * * * * *
15816109 A-AT-TT-CTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAA-AAAGCTTG
1 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAA-CTTA
* * * * * * *
15816170 TAT-A-TTGAAACCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTAAAATAGATAATT
65 TATCAGAT-AAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATT
* * ** * * *
15816233 GTTTAGATGGCCATGATTATTTGAACTGATTCAATAA
128 GTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAA
15816270 CTGATTTATT
Statistics
Matches: 6344, Mismatches: 1510, Indels: 1021
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
328 32 0.01
330 3 0.00
331 70 0.01
332 2 0.00
333 1 0.00
335 6 0.00
336 36 0.01
337 83 0.01
338 3 0.00
339 3 0.00
340 10 0.00
341 3 0.00
342 1 0.00
343 1 0.00
344 1 0.00
345 7 0.00
346 7 0.00
347 5 0.00
348 132 0.02
349 122 0.02
350 142 0.02
351 139 0.02
352 263 0.04
353 211 0.03
354 101 0.02
355 308 0.05
356 364 0.06
357 727 0.11
358 1015 0.16
359 522 0.08
360 401 0.06
361 591 0.09
362 477 0.08
363 472 0.07
364 66 0.01
365 15 0.00
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTAT
ATCAGATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTT
CAAAAAGCCATAACTATTTGAACGGATTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAGATCTCTTATTAATT
TTTAAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAAAACAATTGT
TATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGACATAGATAACTATTCATATAGTTTTAACTATT
TGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAG
Found at i:15814321 original size:158 final size:156
Alignment explanation
Indices: 15814033--15814345 Score: 378
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
15814023 ATTATAATTA
*
15814033 TTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAC
1 TTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAC
* * *
15814098 AATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTTT
66 AATTTTAAATAAACAATTATTCAAATA--CACAACTATCTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTTT
15814163 TTTTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTT
129 TTTTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTT
* * ** *
15814191 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCAAAA
1 TTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAAAA
** * * * * * * * *
15814255 TGATTTTACATAAATAATTATTCAAATA-ACAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATT
65 CAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATACACAACTATCTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTTTT
* * *
15814319 TTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
130 TTTTTACA-CTCTTGCTTATTAATTTT
15814346 CCAAATGTTC
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 34 0.26
156 17 0.13
157 1 0.01
158 79 0.60
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (156 bp):
TTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAC
AATTTTAAATAAACAATTATTCAAATACACAACTATCTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTTTTT
TTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTT
Found at i:15814886 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15814191--15817919 Score: 1072
Period size: 181 Copynumber: 20.7 Consensus size: 180
15814181 ATTAATTTTT
* * ** * *
15814191 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAA-ACAAAAGGTCAA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAATA-AAAAGGTTAT
* * * * * * * *
15814253 AATGATTTTACATAAATAATTATTC-AA-A-TAACAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATT
63 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATT-GGTAAACAGATT
** * * * *
15814315 TATTTTTTCAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTA
127 TATTTTTT-AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * *
15814370 TTTTATTCCAAATAAGCTAGTGA-GA-CATGAAACAAATATTTTATCACTAAACAAAAA-GTT-T
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGATCA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAAGGTTAT
* * ** * * ** * *
15814431 GAACGATTTGAAATAGAT-ATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACTGGTT--CAACAAATGT
63 -AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATTGGTAA-ACA-G-
*
15814493 ATTTATTTTTT--A-CTC--TCTTATTAATTTTGG-AATATTATTAAATTAGTATTA
124 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
15814544 TTTT-TAATTGAATAAGCTTCTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATTATAA
1 TTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGGTTATAA
* * * * * *
15814607 CGATTTGAGATTGATAATTGTTCAACTAGTTATAACTA--TT-ACTTATTGTTTAAATAGATTTA
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATTG-GTAAACAGATTTA
* * * * *
15814669 TTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
15814721 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGCTTTGTGAGAAAATAAAAAGGTTATAA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAATAAAAAGGTTATAA
* * ** * ** * *
15814786 TGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGACTTGGTAAACAGATTTA
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTA-TTGGTAAACAGATTTA
* * * *
15814851 TTTTTTAAATTTTTTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAATTTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
15814903 TTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTGTTAATC-GAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATA
1 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGT-ATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGGTTATA
* * * * * * *
15814966 ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTATTCAGCAAACAAATTT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATT-GGTAAACAGATTT
* ** *
15815031 ATTTTTTAAACCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
15815084 ATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAATGTCAAA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAAGGTTATA
* ** * * * * ** * * * * * *
15815147 AAGATTTGACGTATATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAAATAATTTGATAAACAAATTT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTA-TTGGTAAACAGATTT
* * *
15815212 ATTTTTTAAA--TC--TCTTATTAGTTTTTGAAATATT-ATGAAATTAATATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * *** * * ** *
15815261 TTTTAATCTGAACAAGCTTGTGCAAAC-AAAATAATTGTTTTACAACAAA-AGAAAAGGTCATAA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATAA
** * ** * * * *
15815324 CGATTTGAAATAGAT-ATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTT-CTACAATTAGATT
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTT-ATTGGTA-AA-CAGATT
** * ** * * * * *
15815386 TATTTTTTTAGGTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTTGCATTA
127 TA-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
15815441 TTTTATTTTGAACAAAATAGTATAAAT-AGAACCAATTGTTTGATGACAAA-ATAAAAGGTTATA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATA
** * * * ** **
15815504 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAA-AACTATTTGAAATGGTT-GTCAAGTAGATT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAATAACTATTTTAACTTATTGGT-AAACAGATT
* * * ** ** *
15815567 TACTTTCTAAATCTCTTACTGGTTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTG
127 TATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * *
15815621 TTTTATTTTAAACAAAATTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAAGTAATAA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATAA
* * * * * * * ** * *
15815685 TGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTTCATAAATAGAATT
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTT--ATTGGTAAACAGATTT
* * * * *
15815749 ATTTTCTAAATCTC-TT-ATA-AAATTTT-GAAATATTAATAAATTAATTTTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * ** * *
15815798 TTCTATTTGGAATAAGCTTGTATGAGCTGATATGATTATTTTATGACAAA-ACGAAAGGTTATAA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATAA
** * * ** * * * * *
15815862 AAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTATGAACTGATTTGGTAAA-TGAATTT
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTA-TTGGTAAACAG-ATTT
* ** *
15815926 ATTTTTTAAATCTCATAATTATTAATTTT-TAGAATATTACA-AAA-T--TATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGA-AATATTA-ATAAATTAGTATTA
** * * * *
15815976 TTTT-TTTCCAAATAAGCTT-TATGAGCAGAAA-AATTGTTTTATGATAGAA-CAAAA-GTTATA
1 TTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACA-AATAAAAAGGTTATA
* * * * * ** *** **
15816036 ACAATTTGATAT-GAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATTGATT
64 ACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATT-GGTAAACAGATT
* * *
15816100 TGTTTTTTAAA----TTTCTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
127 TATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
15816150 TTTTATTTAGAAAAAGCTTGTAT-ATTGAAACCAATTGTTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTAATA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTG-TTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATA
** * * * * ** * * * * ** *
15816213 ATAATTTAAAATAGATAATTGTTTAGATGGCCATGATTATTTGAACTGATT-CAATAACTGATTT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATTGGTA-AACAGATTT
* * * **
15816277 ATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAAGCT-GTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
15816330 TTTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTAAAGCAATT-TTTTATGACAAA-ACAAATGGTCATA
1 -TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATA
* * * * * * ** * * **
15816393 ATGATTTTAGATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATAGATTTATTTTTTTAAGT-CTCATG
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT---TTTAACTTATT-GGTAAACA-G
* * ** ** * ** * * *
15816457 CCTATTAATTTTTTGACAGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-
124 ---ATTTATTTTTT-A-AATC--T-CTTTCTTATTA-ATT-TTGGAAAT-A--TT-AATAAATTA
* *
15816521 GAAATAA
175 G-TATTA
* * * ** * * ** * * * * * * * * *
15816528 TTATTA-TATGACTAAAC--CAAAGGTCAAAATGATTTGAATATATTACTATTCTAATAGTCTTA
1 TT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAT-AAAAAG-GTT-
* * * * * * ** * * * **
15816590 ACAATTTGAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAAT--TTCTTATTAATTTCAAAATATT
61 ---A--T-AACGA-TTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTAATAACT-ATTTTAACTTATT
* * * * * * * * *
15816653 GTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAAGTAA
115 GGT----AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAG
15816718 TATTA
176 TATTA
* * * ** * *
15816723 TTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGATAACA-AAAAAGGTCAT
1 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA-ATAAAAAGGTTAT
* * * * * * **
15816785 GACGACTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAACT--CTATTTCAACTTGTTTATCAAACAGA
63 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AA-TAACTATTTTAACTTATTGGT-AAACAGA
* * * * * * *
15816848 TTTATTTTTTAAATGTCTTGCTCATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAATTATTATTA
125 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTA-ATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
15816904 TTTTATTTTGAATAACCTTGTATGAAT-TGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAA-GTTAAA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAAGGTTATA
* ** * * ** *
15816967 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTTATTTGACAAACACATTT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTA-TTGGTAAACAGATTT
* * * * * *
15817032 GTTTTTGAAATCTCTTAC-TA--ATTTTTGG-AATATTATTTAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
15817081 TTTTAATTCGAATAAGCTTGTTTGA--AAGGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGATCATA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAA--AAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGGTTATA
* * * ** * * * * * *
15817143 AAGGTTTGAGATAGATAAAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGA--T
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACT-TATTGGTAAACAGATTT
* ** * * * * *
15817206 CTTTTTTAAATCTCTTT-TTAGTT-A---TCAAAATCTTACTAGATAAGTATCA
128 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTA-TTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * * * * *
15817255 TTTTATTCTAAATAATTTTGAATAAGT-AGAAACAATTATTTTATGACAAA-ACAACATGTCATT
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-TCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATA
* * * * * *
15817318 ATGATTTGATATAGATAATAGTTCAAAT-GGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA-ATAACTATTTTAACTT-ATTGGTAAACAGATT
* *** * *
15817382 TATTTTTAAAATCTCAAACTTATTAATTTT-TAGAATACTAATAAATTAGTATTA
127 TATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * * * * *
15817436 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTGTGA-AAAAACAAAAGATCATA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTATA
* * * * * * * ** *
15817499 ATGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTAAGTAAATAGATTT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTT-ATTGGTAAACAGATTT
* ** *
15817564 ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTCATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
15817617 TTTTATTTTAAAAAAGGTTTTACGAAT-AGAAACAATTGGTTAATGACTAAA-AAAAA-GTCATA
1 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAAGGTTATA
* * * * * * * * * *
15817679 ACAATTTGAAATAGATAATTCTAT-AAATATTCATAACTATTTAAACGTGTTCAGAAAACATATT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATT-GGTAAACAGATT
* * *
15817743 TATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGG-ATTATTAATAAATTTA-AATTA
127 TATTTTTT-AAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * *
15817796 TTTTA-TTCGAAATAAGATTGCATGAAT-AAAACCAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGAGGTTA
1 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAA-AGGTTA
* * * * * ** *
15817858 TAATGTTTTCAAATAAATAATTGTTCAGATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA
62 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTA-TTGGTAAACA
15817920 TATTCTTTTA
Statistics
Matches: 2624, Mismatches: 725, Indels: 400
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 36 0.01
172 8 0.00
173 28 0.01
174 166 0.06
175 178 0.07
176 161 0.06
177 362 0.14
178 53 0.02
179 155 0.06
180 350 0.13
181 735 0.28
182 159 0.06
183 29 0.01
184 17 0.01
185 2 0.00
186 2 0.00
187 14 0.01
188 2 0.00
189 2 0.00
190 1 0.00
191 1 0.00
192 6 0.00
193 2 0.00
194 13 0.00
195 26 0.01
196 8 0.00
197 29 0.01
198 13 0.00
199 7 0.00
200 2 0.00
201 6 0.00
202 1 0.00
203 1 0.00
204 3 0.00
205 3 0.00
206 17 0.01
207 3 0.00
208 4 0.00
209 7 0.00
210 11 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGGTTATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTATTGGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:15815727 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15815409--15815765 Score: 466
Period size: 180 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
15815399 TTCTTGGTTA
* * * * * *
15815409 TTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTTGAACAAAATAGTATAAATAGAACC
1 TTAAGTTTCGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAAACAAAATAGTATAAACAAAAAC
* * * *
15815474 AATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAA
66 AATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTTAAA
* *
15815539 ACTATTTGAAATGGTTGTC-AAGTAGATTTACTTTCTAAATCTCTTACTGG
131 ACTATTTGAAATGGTT-TCAAAATAGAATTACTTTCTAAATCTCTTACTGG
* * * * *
15815589 TTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTAAACAAAATTA-TATTAACAAAAA
1 TTAAGTTTCGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAAACAAAA-TAGTATAAACAAAAA
* * *
15815653 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTTAT
65 CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTTAA
* * *
15815718 AATTATTTGAATTGGTTTCATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA
130 AACTATTTGAAATGGTTTCA-AAATAGAATTACTTTCTAAATCTCTTA
15815766 TAAAATTTTG
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 23, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 123 0.81
181 26 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTAAGTTTCGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAAACAAAATAGTATAAACAAAAAC
AATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTTAAA
ACTATTTGAAATGGTTTCAAAATAGAATTACTTTCTAAATCTCTTACTGG
Found at i:15818382 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15818050--15818383 Score: 456
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
15818040 ATAGTTTTAG
* * *
15818050 TTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTAGTTCAGATAAGTT
1 TTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCT
* * *
15818115 TCTATGAACTGAAACAATTGTTTTAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTG
66 TCTATGAACTGAAACAATTATTTTAGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTG
*
15818180 TTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAGCATATTTATT
131 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAGCATATTTATT
* ** * * *
15818227 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTTAGTTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGC
1 TTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAGTT-CAAATAAGC
* * *
15818291 TTGTATGAACT-AAGATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
65 TTCTATGAACTGAA-ACAATTATTTTA-GACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
* **
15818355 TTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAGCT
128 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCT
15818384 AGTTAGGCAA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 19, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.03
177 72 0.53
178 59 0.44
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (177 bp):
TTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCT
TCTATGAACTGAAACAATTATTTTAGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAGCATATTTATT
Found at i:15819990 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 15818954--15820100 Score: 557
Period size: 180 Copynumber: 6.4 Consensus size: 176
15818944 GAACTTGTTC
* * * * ** *
15818954 GGTAAAGATATTTATATTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATATTTT-CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* **** * *
15819019 ATTTTAATCCGAA-AAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGGA-AAACAAAAAGTCAT
63 A-TTTATTCCGAACAAA-CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAGAAA-AAAAGGTTAT
* * * * *
15819082 AATGATTTGAAAAAAATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTT
125 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAA-TCAGTTT
* * * * * *
15819135 GGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTTTCTAAATATTAATAAATTTGTATTA
1 GGTAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTT-CTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * **
15819200 TTTTAATT--GAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACA-AAAAAAA-GTTA
64 -TTT-ATTCCGAACA-AA-CTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTACAACAGAAAAAAAGGTTA
** * * * * * * * *
15819259 TAGTGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAAGAATAATAACTATTTGAA-CTTGATC
124 TAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAATC-AGTTT
* * * * * *
15819313 GATAAACAGTTTCAGTTTTTAAATCTCTTAT-TTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAG-AT
1 GGTAAAAAATTT-ATTTTTTAAATAT-TT-TCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTA-
** * * * * * *** * *
15819376 TTATGTTATTTGGAGTC-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTTACA-AAGCAAAATGTT
61 TTAT-TTATTCCGA-ACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAGAA-AAAAAGGTT
* * * * * * * *
15819439 ATAATGCTTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTGTTTGTA-CTAGTCAAT
123 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAATC-AGT--TT
** * * * * * * *
15819496 -CCAACAAATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTGAGGATATTAACAAATTAGCATT
1 GGTAAAAAATTTATTTTTTAAATAT--TTTCTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * ** ** * * *
15819559 ACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTGTCAATAGAAACAACT-ACTTATGACA-AACCAAATGGTTTT
63 A-TTTATTCCGAACAA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAGAA-AAAAAGGTTAT
* * *
15819621 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAA-CTGGTTT
125 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAATC-AGTTT
* * * *
15819674 GGTAAATAGATTTACTTTTT-AA-A-TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATATTTTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
15819736 GTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACAACAGAAAAAAAGGTTATAAC
64 -TTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAGAAAAAAAGGTTATAAC
* *
15819801 -AGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCTTTAACTATTTGAATCAGTTT
128 GA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TTTAACTATTTGAATCAGTTT
* * * *
15819851 GATAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTTGGTTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTA
1 GGTAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTT-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** *
15819916 TTGTATTCCGAA-ATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACA-AAATAAAATGTTAT
64 TT-TATTCCGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAGAAA-AAAAGGTTAT
* * **
15819979 AACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCTTAACTATTTGAATTTGTTT
125 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAATCAGTTT
* * * *
15820032 GGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAA-AAAATTTATTTTTTAAATAT-TTTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT
15820097 ATTT
63 ATTT
15820101 TACTCAAAAC
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 159, Indels: 106
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 65 0.09
177 63 0.08
178 67 0.09
179 88 0.12
180 204 0.27
181 203 0.27
182 59 0.08
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
GGTAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTTCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAGAAAAAAAGGTTATAACGAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAATCAGTTT
Found at i:15820121 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15818870--15820564 Score: 1209
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 181
15818860 ATGAATTGAT
* ** * * * ** *
15818870 ACAACTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGGTAATTACTCAAGTAGT-T
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * * * * * **
15818934 ATGACAATTAGAACTTGTTCGGTAAAGATATTTATATTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAA
66 -TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
15818999 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAA-AAGCTTATATGAACAAAA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
** * * * * * *
15819051 ACAATTGTTTTATGGGAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAAAAATAATTGTGCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * *
15819116 TAACTATTTGAACTTATTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTTTCT-A
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA
* *
15819179 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * **
15819231 AAAATTATTTTATGACAAAA-AAAA-GTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAAGAATAA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * * *
15819294 TAACTATTTGAACTTGATCGATAAACAGT-TTCAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAGTTTTTGA
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
15819358 AATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTGGAGTCAGCTTGTATGAATAGAA
130 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * *
15819410 ACAATTGTTTTGTTACAAAGCAAAATGTTATAATGCTTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGT-T
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * *** * * *
15819474 ATAACTGTTTGTACTAG-TCAATCCAACAAATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAA-TTTT
66 -TAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
15819536 GAGGATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTCG-AATAAGAC-TGTGTCAATAGAA
128 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAG-CTTGTATGAACAGAA
* ** * * * * *
15819591 ACAACT-ACTTATGACAAACCAAATGGTTTTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGT-T
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * *
15819654 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAA
66 -TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
15819715 AATATTAATAAATTAATATTAGTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAA
* ** * *
15819767 ACATTTGTTTTACAACAGAAA-AAAAGGTTATAA-CAGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-
1 ACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * **
15819829 CTTTAACTATTTGAA-TCAGTTTGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATATTTTGGTTATTAATTTT
64 C-TTAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
15819892 T-ATAATATTATTAGATTAGTATTATTGTATTCCGAAATAAGTTTGTATGAACATAA
127 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * *
15819948 ATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* *
15820013 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
15820078 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAA
131 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * *
15820127 ACACATTTGTTTTATGACGAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTTAAATCGATAATTATTCAAATGG
1 ACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * ** *
15820191 TGATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTTTTAATTT
63 TCTTAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
15820254 TTGAAATATTAGTAAAGTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATAAACTA-AA
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAA
* * * * * * *
15820310 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTTTTGAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* *
15820375 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAACTTCTTGCTTA-TTAATTAATT
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTACTT-ATTAATT
* * ** * * *
15820439 TTTCG-AATGTTAACAAAAGAGTATTATTTTGTTTC-AAATAAGCATGTATGAACTGAA
125 TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * ** * * * *
15820496 ACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
15820561 TAAC
66 TAAC
15820565 AATTATTTTA
Statistics
Matches: 1195, Mismatches: 253, Indels: 127
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 58 0.05
177 69 0.06
178 59 0.05
179 104 0.09
180 229 0.19
181 476 0.40
182 79 0.07
183 6 0.01
184 2 0.00
185 3 0.00
186 105 0.09
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
Found at i:15820623 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 15820495--15820625 Score: 160
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
15820485 TATGAACTGA
* * *
15820495 AACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
1 AACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGACCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
15820560 TT
66 TT
* * * *
15820562 AACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATAACAATTTGAGATATATAATTGA-TCAAATAG
1 AACAATTATTTTATGACTAAATA-AAAGACCAAAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAG
15820624 TC
64 TC
15820626 ATATCTAATT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 5
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
65 1 0.02
66 36 0.65
67 18 0.33
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (67 bp):
AACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGACCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
TT
Found at i:15821100 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15820562--15821681 Score: 815
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 178
15820552 TAATAGTCTT
* * * * * *
15820562 AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATATATAATTGA-TCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGT
* * * * * * *
15820625 CATATCTAATTGAAATGATTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTCTTAATTTTT
65 -ATAACTATTTGAACTG--CTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
15820685 GAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TTTTACAAGAATAAA
127 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTTT--ATGAATAGA
* * * ** * * * * * *
15820738 AACAATTATTTTATGACAAAATAACATATCATAACAATTTCAAATAGATAA-TAGTTTAAATGGA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG-
* * * * ** * * * *
15820802 CATGACTGTTTGAAATTATTCGATAAAT--ATATATTTTTTAAATCTCTAATTTATTAATTTTAG
64 TATAACTATTTG-AACTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * **
15820865 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTAAATGAATAGA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTTTATGAATAGA
* * * *
15820916 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-T
* * *
15820981 ATAACTATTTGAACTCGCTCGATAAATAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
65 ATAACTATTTGAACT-GCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
*
15821046 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATTAAGCTTTTATGAATAGA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA-TAAGCTTTTATGAATAGA
* * * * *
15821097 AACAATGGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-T
* * * * * * ** *
15821162 ATAATTACTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA
65 ATAACTATTTGAAC-TGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** *
15821226 AATATTAATAAATTTA-AATT-TTTTATTCCAAATAAGCTTACATGAACAGA
129 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-CTAATAAGCTTTTATGAATAGA
* * * *
15821276 ACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGGTCT-TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGGT-TATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
15821340 GTATGAATTGTTTGAACTGCTTCGACAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTT
63 GTAT-AACTATTTGAACTGC-TCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
15821405 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTATATGAACTA-C
126 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTT-TATGAA-TAGA
* * * * * * * * *
15821459 AACAATTATATTATAAGAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATCCAAACA--A
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTA
* *
15821522 GAACTAGTT----TG---G-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
66 TAACTATTTGAACTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
15821579 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTTTATGAAT-AGA
* * * * * * *
15821628 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTTGTAAATGATTTGTAATAGATAATT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AATAATTTGAAATAAATAATT
15821682 GTTTTACTAA
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 143, Indels: 84
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 4 0.01
169 98 0.13
170 20 0.03
174 2 0.00
175 14 0.02
176 25 0.03
177 46 0.06
178 114 0.15
179 57 0.07
180 78 0.10
181 233 0.31
182 34 0.04
183 33 0.04
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTA
TAACTATTTGAACTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTTTATGAATAGA
Found at i:15822081 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15821696--15825438 Score: 553
Period size: 181 Copynumber: 20.9 Consensus size: 180
15821686 TACTAAACAG
* * * *
15821696 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* *
15821761 ATAAAACAATTATTCATATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
66 ATAAAACAATTATTCATATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATATAACTTTATTAATATTT
* * * ***
15821826 CAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAGTAAATCAATTTATTGAATCA
131 CAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* *
15821876 GTTCAAATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTAT
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTAT
* * * * * * *** * * *
15821940 CGTAAAACAATTGTTTCTTATCATATAAGCCTCTTTGAAATAAAATAATAGTAATTTTTTTAATT
65 CATAAAACAATT-ATTCATATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATA
* * *
15822005 TTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-AGGCTTACCAAA-CTA
128 TTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ACTTACCAAATC-A
* *
15822058 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * * * * * * **
15822123 ATAAAACAA-T-TT-ATGTTCCTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TCTAACAATAT
66 ATAAAACAATTATTCAT-ATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATAT
* * * * ** * **** * ** *
15822184 TAT-GAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTGCTGAAGCA
129 T-TCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * * * * * * * ** *
15822236 ATTCAAATAGTTA-AGCACATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGGC-TATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTAT
* ** * * *** **
15822300 CATAAAA-AAATATTTTTGTTCATATAAGTTTAAATAGAATAA-AAAATAATATTAA-TTTATTA
65 CATAAAACAATTATTCAT-ATCATAAAAACCT--ATCCAA-AATAAAATAATA-TAACTTTATTA
* * * ** * * * *
15822362 ATATTT-AAAAA--AATAAATT--TG-TTT----ACCAAA-CCAGTT---TAATTA
125 ATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * ** * * *
15822404 GTT-ATAACAATT-TGAATAATT----ATTTA----TTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTTTA
1 GTTCA-AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTTTTA
* * * ** * *** * *
15822458 TCATAAAACAATTGTTTCCAT-TGATACATTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAA-TTTATTAA
64 TCATAAAACAATT-ATT-CATATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAAT-ATAACTTTATTAA
* * * * * *** *
15822521 TA-TTCTAAAAATTTATAAATAAT-G-GATTTAAAAAATGAAT-ATA-TTGGCTTGACCA
126 TATTTC-AAAAATTAAGAAGT--TGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ACTT-ACCAAATCA
** * ** * * * * * * * * *
15822576 GTAAAAATAATTATAACTGTTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * * ** * * **** * * *
15822640 ACAAAAAAAATTGTTTC-TATTTATACCAGCTTATTTGGAATAACATAGTTCTAA-TTTATTAAT
66 A-TAAAACAATT-ATTCATA-TCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATA-ATATAACTTTATTAAT
* * ** * **** * * *
15822703 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAATAA
127 ATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * * * *
15822757 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTTTC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * * * * * * * *
15822822 ATAAAATAATTTTTTC-TATTTATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATTTAAATTTATTAATA
66 ATAAAACAA-TTATTCATA-TCATAAAAACCTA-TCCAAAATAAAATAATATAACTTTATTAATA
* * *** * * * * *
15822885 -TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAA
128 TTTCA-AAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * * * * * * * * * * *
15822938 ATTCAAATAGTAAAGACTGTTTGAACAAATT-TTTATTTCAAATCATTTTGA-GTCTTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAC-AATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTTTTA
* * ** * * * * *** * *
15823001 TTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTACAATAATATTAA-TTTATTAAT
64 TCATAAAACAATTATTCAT-ATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAAT
* * *** * ** *
15823065 ATTT-ATATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAA-CAA
127 ATTTCA-AAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ACTTACCAAATC-A
* * ** * * * * * *
15823119 GTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * ** * ***
15823184 ATAAAACAACTGTGTCAGT-TCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
66 ATAAAACAATTAT-TCA-TATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATA
* ** * * **** * *
15823247 TTCCAAAAATTAATG-AGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTACTGAAA-AA
128 TTTCAAAAATTAA-GAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTAC-CAAATCA
** ** * *
15823300 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT-TCATTTCAAATCGTTACGACCTTTAGTTTTTT
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTC-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * * * **** * * * *
15823364 C-TAAAATAA-TAGTTTC-TACTCATACAAGCTTTTTTTTGAATAAAACAATATAAATATGTTAA
65 CATAAAACAATTA--TTCATA-TCATAAAAAC-CTATCCAAAATAAAATAATATAACTTTATTAA
* * ** * * **** * *
15823426 TA-TTCTAGAAATTAATAA-TTAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACAT-A
126 TATTTC-AAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTAC-CAA-ATCA
* * * ** ** * *
15823481 -TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATGTT-AAATAATTATAACATTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * ** * * * * * * *
15823544 TATAAACCAATTTTTTTTTTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAAAACTAA-TTTGTTAATAT
65 CATAAAACAATTATTCATATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATAT
* * **** * **** *
15823608 TTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CAA
129 TTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATC-A
* * * * * * * * * * * *
15823660 GTTTAAATATTTA-GGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTGGCTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGG-CTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTAT
* ** *** **** *
15823724 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTTGTAATCAAATAATACTAA-TTTATTAAT
65 CATAAAACAATTATTCATA-TCATAAAAACCTA-TCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAAT
* * * * * * *
15823788 A-TTCTAAAAATTAATAGGTGGGAGATTTAACAAATAAATCTATTTACGAAA-CAA
127 ATTTC-AAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATC-A
* * * * * * * *
15823842 GTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* ** * * * * *
15823907 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGAAAAA-TTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TCTATTAATA
66 ATAAAACAATTATTCAT-ATCAT-AAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATA
** * * * * * **
15823970 TTTTTAAAACTAATAA----GA-AATT-AAAAA-AAATCTATTTATTGAAAAT-A
128 TTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTA--CCAAATCA
** * * * * * * * *
15824017 GTTCAAATTAGTTATAACTATTTGGACAAATATCTATATCAAATTGTTATGA--TATTTATTTTG
1 GTTCAAA-TAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTTTTA
* * * * * * ** * * *
15824080 TCATAAAACAATTGTTTCTTTTTATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAA-TTTAATAAT
64 TCATAAAACAATT-ATTCATATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAAT
* ** **** *
15824144 ATTCCAAAAATT-AGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTC-
127 ATTTCAAAAATTAAG-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAA-TCA
* * * * * * * * * * *
15824198 GTTTAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * *** ** * **
15824263 ATAAAATAATTATTTCAGT-TTATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAGCA
66 ATAAAACAATTA-TTCA-TATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATA
* * * * * * *
15824326 -TTCGAAAAA-TAATCAA----GAGATTTTAAAAAATATATCTATTTATCGAATAA
128 TTTC-AAAAATTAA-GAAGTTGGAGA-TTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * * * * *
15824376 GTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGT-TATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTTA
* * * *
15824439 TCATAAAACAATTGTT-TTAGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAA
64 TCATAAAACAATTATTCATA--TCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAA
* ** * * * * *
15824502 TATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAA-CTA
126 TATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATC-A
* * ** * * ** * * * * *
15824557 ATTCCAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * ** * * * * ** * *
15824621 ATAAAATAACTGTTTTTGAGCATAAGAGCTTAT-TTAGATAAAAATAATACTAA-TTTAATAATA
66 ATAAAACAATTATTCAT-ATCATAAAAACCTATCCAAAAT-AAAATAATA-TAACTTTATTAATA
* **** ** *
15824684 TTTCAAAAATT-AGTA--T-GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCA
128 TTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * * * * * * * * *
15824733 ATTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-TTTAGT
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTA-T
* * * ** * * * * *
15824797 CATATAATAATTGCTTCAGT-TCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAC
65 CATAAAACAATT-ATTCA-TATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAAT
* * * *
15824860 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAT-GAGATTTGAAAAAATAAATCTA-TCTACCGAA-CAA
127 ATTTC-AAAAATTAAGAAG-TTGGAGATTT-AAAAAATAAATCAACT-TACCAAATC-A
* * * * * * * * * *
15824915 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * *
15824980 ATAAAACAATTATT-TTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTGTTAATA
66 ATAAAACAATTATTCATA--TCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATA
* ** * * * ** * * *
15825043 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAATAATAAATTAGTTTATCGAATTA
128 TTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * * * * * *
15825096 GTTTAAATAATTAT-GCCATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAC-AATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTAT
** * * * * ** * *
15825159 CATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATGCTAA-TTTATTAATT
65 CATAAAACAATTATTCAT-ATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAAT-ATAACTTTATTAATA
* **** * * *
15825223 TTTCAAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACCA
128 TTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
* * * * * *
15825272 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTGTTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATC
1 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * * * * *
15825337 ATAAAACAATTGTGTC-TGGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTAGTAATA
66 ATAAAACAATTAT-TCAT-ATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATA
* ****
15825400 -TTCTAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
128 TTTC-AAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC
15825439 CATCTATCGG
Statistics
Matches: 2741, Mismatches: 624, Indels: 395
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
157 4 0.00
158 24 0.01
159 36 0.01
160 10 0.00
161 8 0.00
162 1 0.00
163 6 0.00
164 3 0.00
167 3 0.00
168 15 0.01
169 1 0.00
171 2 0.00
172 14 0.01
173 6 0.00
174 17 0.01
175 76 0.03
176 155 0.06
177 178 0.06
178 229 0.08
179 95 0.03
180 516 0.19
181 861 0.31
182 467 0.17
183 14 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
ATAAAACAATTATTCATATCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATATAACTTTATTAATATTT
CAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATCA
Found at i:15822675 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15822405--15826316 Score: 2044
Period size: 181 Copynumber: 21.9 Consensus size: 179
15822395 GTTTAATTAG
* * * * *
15822405 TTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTATCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * *
15822470 TGTTTCCATTGATACATTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTT
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * **
15822535 ATAAATAATGGATTTAAAAAATGAATATATTGGCTTG-ACCAGTAAAAATAA
129 ATAAGTAA-GGATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * *
15822586 TTATAACTGTTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCACAAAAAAAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCA-TAAAACAAT
* * * * *
15822651 TGTTTCTATTTATACCAGCTTATTTGGAATAACATAGTTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * *
15822716 ATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTT-TATCGAATAAGTTCAAATAG
129 ATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * * * *
15822767 TTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
15822832 TTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATT-CAGACAAT
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA-AAAAT
* * * * *
15822895 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATCGAATAAATTCAAAT-A
127 TAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * *
15822947 GTAAAGACTGTTTGAACAAATT-TTTATTTCAAATCATTTTGAGTCTTTGTTTTGTTATAAAACA
1 TTATA-ACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
15823011 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTACAATAATATTAATTTATTAATATT-TATATAA
63 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAA
* * *
15823075 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTT-TAC-CGAACAAGTTCAAATAA
126 TTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATATATTGT-CTCGAACAAGTTCAAATAA
* * *
15823129 TCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TATTTCATCATAAAACAA
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAACAA
* * * *
15823193 CTGTGTC-AGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
64 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * * * *
15823257 TAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTT-TACT-GAAAAAGTTCAAATAG
127 TAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATATTGT-CTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * * *
15823310 TTATGATTATTTGAACAATTAT-TCATTTCAAATCGTTACGACCTTTAGTTTTTTC-TAAAATAA
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
15823373 TAGTTTCTACTCATACAAGCTTTTTTTTG-AATAAAACAATA-TAAATATGTTAATATTCTAGAA
64 TTGTTTCTATTCATACAAGC--TTATTTGAAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAA
* ** * * * * * *
15823436 ATTAATAATTAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCT-GAACATA-TTTAAATAG
125 ATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACA-AGTTCAAATAA
* * * * * *
15823490 TTATGACTATTTGAATAATTATCAATGTT-AAATAATTAT-AACATTTTGTTTTGTTATAAACCA
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ** * * **
15823553 ATT-TTTTTTTTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTAAAAAAT
63 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* ** * * * * * *
15823617 TAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTT-TATCAAACAAGTTTAAATAT
127 TAATAAG-TAAGGATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
** * * *
15823670 TTAGGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTGGCTTTGTCATAAAACAA
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
15823734 TTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTTGTAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
64 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* ** * * *
15823799 TAATAGGTGGGAGATTTAACAAATAAATCTATT-T-ACGAAACAAGTTCAAATAA
127 TAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCG-AACAAGTTCAAATAA
* ** * * * *
15823852 TCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * *** *
15823917 TGTTTTTGTTCATGA-AAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAAC
65 TGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * *
15823980 TAATAAG-AA--A-TT-AAAAA-AAATCTATT-TATTGAAAATAGTTCAAATTAG
127 TAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACA-AGTTCAAA-TAA
* * * * ** * *
15824028 TTATAACTATTTGGACAAATATCTATATCAAATTGTTATGATATTTATTTTGTCATAAAACAATT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
15824093 GTTTCTTTTTATAAAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * ** *
15824157 GTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT-TGC-CAAACTCGTTTAAATAA
129 ATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATATTGT-CTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * *
15824208 TTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATA
1 TTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** *
15824271 ATTATTTC-AGTTTATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCGAAAA
63 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * *
15824334 A-TAATCAAG--A-GATTTTAAAAAATATATCTATT-TATCGAATAAGTTCAAATATA
125 ATTAAT-AAGTAAGGA-TTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACAAGTTCAAATA-A
* * *
15824387 TT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *** * *
15824450 TTGTTT-TAGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
64 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * ** * * * *
15824514 TAAAAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTC-CAAACTAA-TTCCAATAG
127 TAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAAC-AAGTTCAAATAA
* * * * * * * *
15824567 TTATAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAACT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
15824632 GTTTTTGA-GCATA-AGAGCTTATTTAGATAA-AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
66 GTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATTT-GA-AATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * *
15824694 TAGT-A-TGA-GATTTAAAAAATAAATGTGTT-TACT-GAACCAA-TTCAAATAT
127 TAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATATTGT-CTCGAA-CAAGTTCAAATAA
* * ** * * * * *
15824743 TTA-AGACTATTAGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAA
1 TTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
15824807 TTGCTTC-AGTTCATTCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA
64 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * *
15824870 TTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATCT-AC-CGAACAAGTTTAAATAG
126 TTAATAAGTAAG-GATTT-AAAAAATAAATATAT-TGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * *
15824925 TTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *** * * *
15824990 TATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATT
65 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * ** *
15825054 AATAAGTAAGAGATCTAAATAATAAAT-TAGTT-TATCGAATTAGTTTAAATAA
128 AATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATA-TTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * *
15825106 TTAT-GCCATTTGACTAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** * * *
15825170 TATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATTTTTCAAAAATT
65 TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * *
15825234 AATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCT-AAACCAGTTCAAATAG
128 AATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * ** * * * *
15825282 TTATGACTATTTGAATAATTATCTGTTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** ** * *
15825347 TGTGTCTGGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTA
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
** ** * * *
15825412 ATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATCTATC-GGATCAA-TTCAAATAA
129 ATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATAT-TGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * * * * *
15825463 TTA-AGACTGTATGAACAATTATTTATTTTAAAAT-TTTATGACCTTTTTCTTTATCATAAAATA
1 TTATA-ACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTTGTCATAAAACA
* * * * *
15825526 ATTGTTT-TAGCTCATAAAAGCTTATTCGGAATAGAATAA-ATCTAATTTATTAATATTTCAAAA
63 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATA-AATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * * * * *
15825589 TTTTATAAG--A-GATTTAGAAAATAATTTTATT-TGC-CAAACTAGTTCAAACAA
125 ATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATATTGT-CTCGAACAAGTTCAAATAA
* * ** * * * *
15825640 TTATAATTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * *
15825705 TGTTT-T-TGTCAATATAATTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATT--AGAAA
65 TGTTTCTAT-TC-ATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCA-AAA
* * * * * * *
15825766 ATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTG-C-C-AAAACATTTCAAATAG
125 ATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATAT-ATTGTCTCGAACA-AGTTCAAATAA
* * * * * *
15825821 TTTTAAC--TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTT-TATTTG------AATAGT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTTGTCATAAAACAAT
* * ** ** * *
15825877 T-TTGACTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTT
65 TGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
** ** * * * * *
15825941 AATAACCAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTG-CT-AAACTAGTTCAAATAG
128 AATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATAT-ATTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
* * * * *
15825992 TTA-AGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAGAACAA
1 TTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * **
15826056 TTGTTT-TGTTCATATACGCTTATTTGGATTAAAATAATACT-A---A-TAATATTTTAAAAATT
64 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * *
15826115 AATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATT-TACT-AAATC-AGTTCGAATAG
128 AATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATATATTGT-CTCGAA-CAAGTTCAAATAA
* * * * * * * *
15826167 TTAAAACTATTGGAAT-A-TA--T-TGT-AAATCGTTCT-AACTTTTAGCTTAGTCATAAAACAA
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTT-GTTTTGTCATAAAACAA
* * *
15826225 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT-AAAAAAT
64 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
*
15826288 TAATAAGAAAGAGATTTAAAATAATAAAT
127 TAATAAGTAAG-GATTTAAAA-AATAAAT
15826317 CTGTTTACCA
Statistics
Matches: 2910, Mismatches: 632, Indels: 384
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 30 0.01
170 27 0.01
171 40 0.01
172 51 0.02
173 38 0.01
174 66 0.02
175 149 0.05
176 153 0.05
177 283 0.10
178 151 0.05
179 116 0.04
180 448 0.15
181 997 0.34
182 351 0.12
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
AAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATATTGTCTCGAACAAGTTCAAATAA
Found at i:15823059 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 15822370--15826325 Score: 2587
Period size: 362 Copynumber: 11.1 Consensus size: 359
15822360 TAATATTTAA
* * * * * * *
15822370 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCA
1 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * ** * ** *
15822435 AATCGTTATGA-CTATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTGATACATTCTTATTTGAAA
66 AATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAA
* * * * * *
15822499 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAATAATG-GATTTAAAAAATGAATAT
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCT
** * ** * ** * * * *
15822563 ATTGGCTTG-ACCAGTAAAAATAATTATA-ACTGTTTGAA-TAATTATATATTTAAAATCATTAT
192 ATT-TATCGAATAAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * *
15822625 GATCTTTGTTTTGTCACAAAAAAAATTGTTTCTATTTATACCAGCTTATTTGGAA-TAACATAGT
255 GACCTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAAT
*
15822689 TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
318 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
15822731 AAAAACTAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTC
1 AAAAA-TAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * *
15822796 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTCAAT
65 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAA
* * *
15822861 TAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
129 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
15822925 ATTTATCGAATAAATTCAAATAGTAAAGACTGTTTGAACAAATT-TTTATTTCAAATCATTTTGA
192 ATTTATCGAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
15822989 GTCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTACAATAATATT
257 -CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACT
* * *
15823054 AATTTATTAATATT-TATATAATTAATAAGTAAAAGATTTT
321 AATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT
* * * *
15823094 AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * ** * * * * * * *
15823159 AATCATTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAACTGTGTCAGTTCATATAGGCTTATTTGAAAT
66 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * *
15823224 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGT
130 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * *
15823289 TTA-CTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC-AATTAT-TCATTTCAAATCGTTACG
194 TTATC-GAATAAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCT-ATTTCAAATCATTATG
* * * * ** * *
15823350 ACCTTTAGTTTTTTC-TAAAATAATAGTTTCTACTCATACAAGCTTTTTTTTGAA-TAAAACAAT
256 ACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC--TTATTTGAATTAAAATAAT
* * * * * *
15823413 A-TAAATATGTTAATATTCTAGAAATTAATAATTAA-AAATTT
318 ACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
15823454 GAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACATA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATGT
1 -AAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-T
* * * * * * *
15823518 T-AAATAATTATAACATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTTTTTTTTTCATATAAGCATA-TTCAA
63 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-A
* * * * * * *
15823581 AATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAATT
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
15823646 TGTTTATCAAACAAGTTTAAATATTTAGGACTGTTTGAA-TAATTATTTATTTCAAAT-AGTTAT
191 TATTTATCGAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
* * * * * *
15823709 GATCTTTGGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTTGTAA-TCAAATAA
255 GACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTTG-AATTAAAATAA
* * **
15823773 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTGGGAGATTT
317 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
15823816 AACAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTT
1 AA-AAATAAATTTGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * **
15823880 CAAATCGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGA-AAAATTA-TTCA
64 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCAT-ACAAGCTTATTTCA
* ** *
15823943 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAACTAATAAG--A-A-A-TT-AAAAA-AAAT
127 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * **
15824001 CTATTTATTGAA-AATAGTTCAAATTAGTTATA-ACTATTTGGAC-AAATATCTATATCAAATTG
190 CTATTTATCGAATAA-A-TTCAAA-TAGTTA-AGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCA
** * * *
15824063 TTATGATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTTATAAAAGCTTATTT-AGATTAAAA
251 TTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGA-ATTAAAA
* *
15824126 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT
314 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** * * * *
15824172 AAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTCGTTTAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
1 -AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * *
15824237 AAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGTTTATTT-AGA
65 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-A
** * *
15824301 ATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCGAAAAA-TAATCAAG--AGA-TTTTAAAAAATATATC
128 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* **
15824362 TATTTATCGAATAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAAC-AATTATCTATTT-AAAGTCATTA
191 TATTTATCGAATAAATTCAAATAGT-TAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * * *** *
15824424 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAAT
254 TGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAAT
* * *
15824489 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTT
318 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * * * * * * * * *
15824531 AAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACTAA-TTCCAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCAATCT
1 AAAAA-TAAATTTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
15824595 CAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAACTGTTTTTGA-GCATA-AGAGCTTATTT-
64 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTTATTCATACA-AGCTTATTTC
* * *
15824656 AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGTATGAGATTTAAAAAATAAA
126 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * **
15824717 TGTGTTTA-CTGAACCAATTCAAATATTTAAGACTATTAGAA-TAATTATCTGTTTCAAATTGTT
189 TCTATTTATC-GAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * ** * *
15824780 TTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGCTTCAGTTCATTCAAGCTTATTCAGAA-TAAAATA
253 ATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATTAAAATA
* * * *
15824844 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTT
316 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
15824888 GAAAAAATAAATCTATCTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTT
1 --AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
15824953 AAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAA
64 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-A
* * * *
15825017 AATAAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAATAATAAAT-
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
15825081 TAGTTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATG-CCATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATCATTAT
191 TA-TTTATCGAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *** ** * *
15825144 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATG
255 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATA
* *
15825209 CTAATTTATTAATTTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
319 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * *
15825246 AAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTGTTTT
1 -AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * **
15825311 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTGTCTGGTCATACAAGCTTA-TTCAAA
65 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AA
* ** *
15825375 ATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCC
128 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
15825440 ATCTATCGGATCAATTCAAATAATTAAGACTGTATGAAC-AATTATTTATTTTAAAAT-TTTATG
192 ATTTATCGAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCTA-TTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
15825503 ACCTTTTTCTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATTCGGAA-TAGAATAA-A
256 ACCTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATTAAAATAATA
* *
15825566 TCTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TTA-TAAGAGATTT
319 -CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * * *
15825604 AGAAAATAATTTTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAATTATAATTATTTGCATAATTATCTATTTC
1 A-AAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * * * ** * *
15825669 AAATTGTTATTACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTT-GTCAATATAATTTTGTTTGAA
65 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTC-ATACAAGCTTATTTCAA
* * *
15825733 ATAAAATAATATTAATTTATTAATAATT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
128 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * *
15825797 TGCTT-GCCAA-AACATTTCAAATAGTTTTA-AC--TTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATCATT
191 TATTTATCGAATAA-A-TTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * ** * * ** ** *
15825856 ATAACCTTT-TATTTG------AATAGTT-TTGACTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATA
253 ATGACCTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATA
* * ** * * *
15825913 ATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAAAAATTA
316 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * ** * * * *
15825957 AAAAATAAATCTAATTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * * ** *
15826022 AATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTGTTCATATACGCTTATTTGGATTA
66 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
* * * * *
15826087 AAATAATACTAA--TAAT-AT-TTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
131 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * * * * *
15826148 A-CTAAATCAGTTCGAATAGTTAAAACTATTGGAA-T-A-TA--T-TGT-AAATCGTTCTAACTT
196 ATC-GAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * *** *
15826205 TTAGCTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAATTAATACTAA
260 TT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATACTAA
* * *
15826269 TTTATTAACATT-AAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
323 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
*
15826305 AAAATAATAAATCTGTTTACC
1 -AAA-AATAAATTTGTTTACC
15826326 AAACNNNNNN
Statistics
Matches: 2828, Mismatches: 614, Indels: 317
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 14 0.00
343 5 0.00
344 1 0.00
345 3 0.00
346 47 0.02
347 4 0.00
348 30 0.01
349 89 0.03
350 22 0.01
351 29 0.01
352 85 0.03
353 7 0.00
354 3 0.00
355 24 0.01
356 211 0.07
357 393 0.14
358 456 0.16
359 239 0.08
360 156 0.06
361 215 0.08
362 660 0.23
363 133 0.05
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
ATCGAATAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
Found at i:15824887 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 15822402--15826329 Score: 2773
Period size: 539 Copynumber: 7.3 Consensus size: 536
15822392 CCAGTTTAAT
* * * * * * *
15822402 TAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTATCATAAAAC
1 TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAAC
*** * ** *
15822467 AATTGTTTCCATTGATACATTCTTATTT-GA-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAA
65 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATAA-AAA-TAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * ** ** * **
15822529 AAATTTA-TAAATAATGGATTTAAAAAATGAATATATTGGCTTGACCAGTAAAAATAATTATA-A
127 AAA-TTAGT-AA-GA--GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAATTCAAATAATTA-AGA
* * * * * * * *
15822592 CTGTTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCACAAAAAAAATTGTTT
186 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA-TAAAACAATTG-TT
* * * * * *
15822656 CTA-TTTATACCAGCTTATTTGGAATAACATAGTTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
249 C-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
15822720 GTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
313 GCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
15822785 TTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTTATACAA
378 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAA
* * * *
15822849 GCTTATTTC-AATTAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
442 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
15822911 TAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAATTCAAA
504 T-AAAAATAAATCTATTTATCGAACT-AATTCAAA
* * * * * *
15822945 TAG-TAAAGACTGTTTGAACAAATTTTTATTTCAAATCATTTTGAGTCTTTGTTTTGTTATAAAA
1 TAGTTATA-ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
15823009 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTATAT
64 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CA-
* * * * ** *
15823073 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATCATA-AC
126 AA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAATTA-AGAC
* * *
15823136 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCA-TCATAAAACAACTGTGTC
187 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-AGTCATAAAACAATTGT-TC
* * *
15823200 AGTTCATATAGGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
250 AGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
15823264 TAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTA-CTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAA
314 CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
15823328 TTAT-TCATTTCAAATCGTTACGACCTTTAGTTTTTTC-TAAAATAATAGTTTCTA-CTCATACA
378 TTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAA
* *** * * * * * *
15823390 AGCTTTTTTTTGAATAAAACAATA-TAAATATGTTAATA-TTCTAGAAATTAATAATTAA-AAAT
441 AGC-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
15823452 TTGAAAAATAAATTTGTTT-TCTGAAC-ATATTTAAA
503 TT-AAAAATAAATCTATTTATC-GAACTA-ATTCAAA
* * * * * * *
15823487 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATGTT-AAATAATTAT-AACATTTTGTTTTGTTATAAA
1 TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTAT-TTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
15823550 CCAATT-TTTTTTTTCATATAAGCATATTCA-AAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTAAA
63 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
15823613 AAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAA-CAAGTTTAAATATTTAGGA
127 AAATTAGTAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACT-AAACCAA-TTCAAATAATTAAGA
* * * * *
15823676 CTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTGGCTTT-GTCATAAAACAATTGTTT
186 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTG--T
* * * * * *
15823740 TTA-TTCATAAAAGTTTATTTTGTAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
248 TCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* *** * * * * * *
15823804 GGTGGGAGATTTAACAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAAC
312 AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *
15823868 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGAA
376 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-AA
* * * ** *
15823933 AA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAACTAATAAG--A-A-A-TT
440 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
15823992 AAAAA-AAATCTATTTATTGAAAATAGTTCAAA
505 AAAAATAAATCTATTTATCG-AACTAATTCAAA
* * ** * *
15824024 TTAGTTATAACTATTTGGACAAATATCTATATCAAATTGTTATGATATTTATTTTGTCATAAAAC
1 -TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
15824089 AATTGTTTCTT-TTTATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA
65 AATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
15824153 ATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTC-GTTTAAATAATTAAGACTA
129 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAAC-CAATTCAAATAATTAAGACTA
* * * * * * * *
15824217 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGT
189 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTCAGT
* * ** *
15824282 TTATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCGAAAAA-TAAT---CAAG
253 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAG
* *
15824343 AGATTTTAAAAAATATATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTA
318 AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTA
* * *
15824407 TCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACT
381 TCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCT
* * *
15824471 TATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAA
445 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *
15824536 CTAAAGCTATTT-TCCAAACTAATTCCAA
510 -TAAATCTATTTAT-CGAACTAATTCAAA
* * * * *
15824564 TAGTTATAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATA
1 TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** *
15824629 ACTGTTTTTGAGCATA-AGAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
66 ATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * *
15824693 TTAGTATGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAATTCAAATATTTAAGACTATTAGAA
130 TTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAA
* * * * * *
15824758 TAATTATCTGTTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGCTTCAGTTCATTC
195 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTCAGTTCATAC
* * * *
15824823 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTT
259 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * *
15824888 GAAAAAATAAATCTATCTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTT
324 -AAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
15824953 AAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA
388 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAA
* * *
15825018 ATAAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAATAATAAAT-T
453 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AATAAATCT
* * *
15825082 AGTTTATCGAATTAGTTTAAA
517 A-TTTATCGAACTAATTCAAA
* * * * * *
15825103 TAATTAT-GCCATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TAGTTATAACTATTTGAAC-AAATATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
* *** * * * *
15825166 CAATTATTTTTCAACATACAAGCTTA-TTAAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATTTTTCAAA
64 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
15825230 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTG
* * * * * *
15825295 AATAATTATCTGTTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGTGTCTGGTCA
193 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGT-TCAGTTCA
* * * *
15825359 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAA-CAAAGAG
256 TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGC-AAGAG
* * * * * * * *
15825423 ATTTAAAAAATAAATCCATCTATCGGATCAA-TTCAAATAATTAAGACTGTATGAACAATTATTT
320 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
15825487 ATTTTAAAAT-TTTATGACCTTTT-TCTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTA
384 A-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
** * *
15825550 TTCGGAATAGAATAA-ATCTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TTA-TAAGAGATTTAGAAAA
447 TTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAA
* * ** * *
15825610 TAATTTTATTTGCCAAACTAGTTCAAA
510 TAAATCTATTTATCGAACTAATTCAAA
* * * * * * ** * * * *
15825637 CAATTATAATTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTGTCATAAACC
1 TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * * * *
15825702 AATTGTTTTTG-TCAATATAATTTTGTTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATT-AGA
65 AATTGTTTTTGTTC-ATACAAGCTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A
* * * * * * * * *
15825764 AAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGCCAAAACATTTCAAATAGTTTTA-AC
127 AAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAATTCAAATA-ATTAAGAC
* * * * * *** *
15825828 --TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT-G----AATAGTTTTG-ACTA
187 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTC-A
* ** * * * * *
15825885 -TTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCA
251 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * * **
15825949 A-AAAATTAAAAAATAAATCTAATT-GCTAA-ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGAT
316 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
15826011 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAGAACAATTGTTTT-GTTCATATACGC
379 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
*** * * * *
15826075 TTATTTGGATTAAAATAATACT-A---A-TAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA
444 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * * * *
15826135 AATAAATTTATTTA-CTAAATCAGTTCGAA
508 AATAAATCTATTTATCGAACT-AATTCAAA
* * * * * * *
15826164 TAGTTAAAACTA-TTG---GAATA--TATTGT-AAATCGTTCT-AACTTTTAGCTTAGTCATAAA
1 TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATT-TCAAATCATTATGATC-TTT-GTTTTGTCATAAA
*** * * *
15826221 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTAAA
63 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
15826284 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAATAATAAATCTGTTTACCAAAC
127 AAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATGTGTTTACTAAAC
15826330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2742, Mismatches: 503, Indels: 302
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
520 30 0.01
521 80 0.03
522 5 0.00
523 11 0.00
524 7 0.00
526 10 0.00
527 39 0.01
528 37 0.01
529 79 0.03
530 58 0.02
531 1 0.00
532 6 0.00
533 12 0.00
534 179 0.07
535 248 0.09
536 24 0.01
537 123 0.04
538 341 0.12
539 594 0.22
540 28 0.01
541 155 0.06
542 278 0.10
543 366 0.13
544 19 0.01
545 5 0.00
546 4 0.00
547 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAAT
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAGTTCATACAA
GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTT
ATCGAACTAATTCAAA
Found at i:15824952 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15824931--15824963 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
15824921 ATAGTTATGA
*
15824931 CTATTTGAAAA-ATTAT
1 CTATTTAAAAACATTAT
15824947 CTATTTAAAAACATTAT
1 CTATTTAAAAACATTAT
15824964 GACCATTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.67
17 5 0.33
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTAAAAACATTAT
Found at i:15825769 original size:897 final size:888
Alignment explanation
Indices: 15821680--15826318 Score: 2948
Period size: 897 Copynumber: 5.2 Consensus size: 888
15821670 TAATAGATAA
* * *
15821680 TTGTTTTACTAAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
1 TTGTTTT-CTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-TTTTAAATAATTAT
* * * * * *
15821745 AACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCAT-ATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
63 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * **** * * * *
15821809 TTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAGTAAATCAATTTATTGAAT
127 CTAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTA-TCAAA
* * ** * * * ** *
15821874 CAGTTCAAATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGT-TTT
190 CAATTCAAATAATTAAGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATC-TTTGTCTTT
* * * * * * * * *
15821938 ATCGTAAAACAATTGTTTCT-TATCATATAAGCCTCTTTGAAATAAA-ATAATAGTAATTTTTTT
254 ATCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTATTTGGAATAAATA-AATACTAA-TTTATT
* * * ** **** *
15822001 AATTTTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATAGGCTTACCAAACTAGTTCAAAT
316 AA-TATTTCAAAATT--TTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* *** * * * * * * *
15822066 AGTTATGGCTATTTGAACAATTATATCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACA
377 AATTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * **
15822131 A---TTTATGTTCCTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAACAAT-ATTATGAAAA
442 ATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTAT-AAAA
* * * * * * *
15822192 TGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTGCTGAAGCAA-TTCAAATAGTTA-AGCAC-
506 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA--ACT
* * *** * *
15822254 ATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAT-TTTT-
568 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTA
* * ** *
15822317 GTTCATATAAGTTTAAATAGAAT-AAA-AA-A-TAA--TATTAAT-TT------ATTAAT-A-T-
632 GTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
** * * * * * * *
15822366 TTA-A---AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTAT
697 AGAGATTTAAAAATAAA-TTGTTTACGAAA-TAGTTTAAATAATTATGACTATTTGACTAATTAT
* * * * * * * * **
15822427 TTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTGATACATTCTT
760 CTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-CACTCATACAAGCTT
* * * *
15822491 ATTT-GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAATAATGGATTTAAAAA
823 ATTTAG-AATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAAA-GA--GATTTAAAAA
*
15822555 ATGAAT
883 ATAAAT
* * ** * * ** * * * * * * *
15822561 ATATTGGCTTGACCAGTAAAAATAATTATAACTGTTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATG
1 TTGTTTTC-TAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-TTTTAAATAATTATA
* * * * * ** *** * * *
15822626 ATC-TTTGTTTTGTCACAAAAAAAATTGTTTCTATTTATACCAGCTTATTTGGAATAACATAGTT
64 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** ** * * * * *
15822690 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAAT
127 CTAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTATCAAAC
* * * * ** ** * *
15822755 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT-TTT
191 AA-TTCAAATAATTAAGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATC-TTTGTCTTT
* * * * * * *
15822819 TTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTT-CAATTAAA-ATAAT-TTAAATTTAT
254 ATCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTATTTGGAA-TAAATA-AATACT-AATTTAT
* * * * * *
15822880 TAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAATTCAA
315 TAATATTTCA-A-AATT--TTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * * ** * *
15822944 AT-AGTAAAGACTGTTTGAACAAATT-TTTATTTCAAATCATT-TTGA-GTCTTTGTTTTGTTAT
375 ATAATTATA-ATTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * *
15823005 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATTACAATAATATTAATTTATTAATATTT
436 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
* * * * * * *
15823069 ATATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATA
500 ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA
* * ** * *
15823134 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAACTGTGT
565 ACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
15823199 CAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
630 TAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
15823264 TAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC-AA
695 TAAGAGATTTAAAA-AT-AAATTGTTTAC-GAAATAGTTTAAATAATTATGACTATTTG-ACTAA
* ** * *
15823328 TTAT-TCATTTCAAATCGTTACGACCTTTAGTTTTTTC-TAAAATAA-TAGTTTCTACTCATACA
756 TTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTC-ACTCATACA
* * * * * * * * * * *
15823390 AGCTTTTTTTTGAATAAAACAATATAAATATGTTAATATTCTAGAAATTAATAATTAAAAATTTG
818 AGC-TTATTTAGAATAAAATAATCT-AATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAA--AGAGATTTA
15823455 AAAAATAAAT
879 AAAAATAAAT
* * * * *
15823465 TTGTTTTCTGAACATATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATGTTAAATAATTATA
1 TTGTTTTCTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TTTTTAAATAATTATA
* * * * * * * *
15823530 ACATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTTTTTTTTTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAAAACT
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
15823595 AATTT-GTTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC
129 AATTTAG-TAATATTTAAAAAATTAATAA-CAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTATCAAAC
* * * * * * *
15823658 AAGTTTAAATATTTAGGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTGGCTTTG
191 AA-TTCAAATAATTAAGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTGTCTTTA
* * * *
15823723 TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAAAAGTTTATTTTGTAATCAAAT-AATACTAATTTATTA
255 TCATAAAATAATTG-TTTTAGATCATAAAAGCTTA-TTTGGAAT-AAATAAATACTAATTTATTA
* * ** *
15823786 ATATTCTAAAAATTAATAGGTGGGAGATTTAACAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATA
317 ATATT-TCAAAATT-TTA-GTAAGAGATTTAA-AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * *
15823851 ATCAT-GTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACA
378 ATTATAAT-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** * * *
15823915 ATTGTTTTTGTTCATGA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAA
442 ATTGTTTTTGTTCAT-ATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTATAAAA
* ** *
15823979 CTAATAAG--A-A-A-TT-AAAAA-AAATCTATTTATTGAAAATAGTTCAAATTAGTTATAACTA
506 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAA-TAGTTATAACTA
* * ** *
15824037 TTTGGACAAA-TATCTATATCAAATTGTTATGA-TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
569 TTT-GAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
* * * * * *
15824099 TTTTATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTA
632 GTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
15824164 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTCGTTTAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTA
697 AGAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTACGAAA-TAGTTTAAATAATTATGACTATTTGACTAATTA
* * * * *
15824229 TCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGTTT
759 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCA-CTCATACAAGCTT
** *
15824294 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCGAAAAA-TAATCAAGAGATTTTAAAAAATA
823 ATTTAGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAAAGAGA-TTTAAAAAATA
*
15824358 TAT
886 AAT
* * * * * * *
15824361 CTATTTATCGAATA-AGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTA
1 TTGTTT-TCTAA-ACAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTAAA-TAATTA
* * * *
15824424 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAAT
62 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * ** * * *
15824489 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAA
126 ACTAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAT-CAAA
* * * * * ** * *
15824554 CTAATTCCAATAGTTATA-ACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGT-TT
190 C-AATTCAAATAATTA-AGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTGTCTT
* * * * * * * *
15824617 TCTCATAAAATAACTGTTTTTGAGCATAAGAGCTTATTTAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATA
253 TATCATAAAATAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATTTGGAATAAATA-AATACTAATTTATTA
* * * * * * *
15824681 ATATTTCAAAA-ATTAGTATGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATATT
317 ATATTTCAAAATTTTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAAT
* * * * * *
15824744 TA-AGACTATTAGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTT-TTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAA
380 TATA-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * *
15824807 TTGCTTCAGTTCAT-TCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTCAAAAAA
443 TTGTTTTTGTTCATAT-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-ATAAAA
* * * * *
15824870 TTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATCTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAT
506 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * *
15824935 TTGAAAAATTATCTATTTAAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTT
570 TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
** * * *
15825000 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
635 CATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
15825065 GATCTAAATAATAAATTAGTTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATG-CCATTTGACTAATTATCT
700 GATTTAAA-AATAAATT-GTTTA-CGAAATAGTTTAAATAATTATGACTATTTGACTAATTATCT
* * *
15825129 ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTAT
762 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA--TTTCACTCATACAAGCTTAT
* * *
15825193 TAAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATTTTTC-AAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAA
825 TTAGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAA-TATTCGAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAA
15825256 T
888 T
**
15825257 TTGTTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTGTTTTAAATTGTTATA
1 TTGTTTTCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-TTTTAAATAATTATA
* * * * *
15825322 ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTGTCTGGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
15825387 TAATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATCTATCGGAT
128 TAATTTAGTAATATT-TAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TATC-AAA
* * * * *
15825451 CAATTCAAATAATTAAGACTGTATGAACAATTATTTATTTTAAA-ATTTTATGACCTTTTTCTTT
190 CAATTCAAATAATTAAGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATA-ATTATGATCTTTGTCTTT
* *
15825515 ATCATAAAATAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATTCGGAATAGAATAAAT-CTAATTTATTAA
254 ATCATAAAATAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATTTGGAATA-AATAAATACTAATTTATTAA
* * * * *
15825579 TATTTCAAAATTTTA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAATTA
318 TATTTCAAAATTTTAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
* * * *
15825643 TAATTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGT
382 TAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * *
15825708 TTTTG-TCAATATAATTTTGTT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTAGAAAATTAA
447 TTTTGTTC-ATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTATAAAATTAA
* * ** * * * *
15825771 TCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGCC-AAAACATTTCAAATAGTTTTAAC--TTTGA
510 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * *** **
15825833 ATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA-TTTG----AATAGTTTTG-ACTA-TTCATA
574 AAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
** ** * * * ** * *
15825891 CTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAAAAATT
639 AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * * * * * * *
15825956 AAAAAATAAATCTAATTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTC
704 TAAAAATAAAT-TGTTTACGAAA-TAGTTTAAATAATTATGACTATTTGACTAATTATCTATTTC
* * * * * *** * * * *
15826021 AAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTGTTCATATACGCTTATTTGGATT
767 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCACTCATACAAGCTTATTTAGAAT
** *
15826086 AAAATAATACT-A---A-TAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
832 AAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAAT--A-AAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * ** *
15826142 TTATTTACTAAATCAGTTCGAATAGTTAAAACTATTGGAAT-A-TA---TTGTAAATCGTTCTAA
1 TTGTTTTCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTAAATAATTATAA
* * ** * * * *
15826202 -CTTTTAGCTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAC
65 CCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
15826266 TAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAATAATAAATCT
128 TAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAA-AATAAATCT
15826319 GTTTACCAAA
Statistics
Matches: 2935, Mismatches: 653, Indels: 342
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
877 1 0.00
878 36 0.01
879 94 0.03
880 153 0.05
881 182 0.06
882 10 0.00
883 137 0.05
884 23 0.01
885 63 0.02
886 49 0.02
887 114 0.04
888 5 0.00
889 5 0.00
890 10 0.00
891 135 0.05
892 10 0.00
893 7 0.00
894 41 0.01
895 44 0.01
896 345 0.12
897 488 0.17
898 337 0.11
899 86 0.03
900 8 0.00
901 2 0.00
902 5 0.00
903 160 0.05
904 246 0.08
905 125 0.04
906 13 0.00
907 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (888 bp):
TTGTTTTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTAAATAATTATAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTATCAAACAATTC
AAATAATTAAGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTGTCTTTATCATAA
AATAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATTTGGAATAAATAAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AATTTTAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAATTATTT
GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
TATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTATAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATT
GTTTACGAAATAGTTTAAATAATTATGACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCACTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATCTAATT
TATTAATATTCGAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
Found at i:15829460 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 15829454--15829483 Score: 60
Period size: 3 Copynumber: 10.0 Consensus size: 3
15829444 TAGCAATGGA
15829454 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
15829484 GATATTCTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 27 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:15833579 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 15833572--15833597 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
15833562 TAGGGTTGAA
15833572 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
15833598 TCTTTTAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:15834688 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15834669--15834701 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
15834659 TATAATTTTA
15834669 AAAATTTAACTAAATT
1 AAAATTTAACTAAATT
*
15834685 AAAATTTAATTAAATT
1 AAAATTTAACTAAATT
15834701 A
1 A
15834702 CATATTATTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.03, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTTAACTAAATT
Found at i:15835004 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 15834970--15835022 Score: 65
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
15834960 ATTTTTTATT
15834970 AATAAATAA-TT-TATTAATTTTTAAA
1 AATAAATAACTTCTATT-ATTTTTAAA
*
15834995 AATAAGATAACTTCTCTTATTTTTAAA
1 AATAA-ATAACTTCTATTATTTTTAAA
15835022 A
1 A
15835023 TTTTTTTTAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
25 5 0.21
26 4 0.17
27 12 0.50
28 3 0.12
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (26 bp):
AATAAATAACTTCTATTATTTTTAAA
Found at i:15839065 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 15838852--15839095 Score: 470
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
15838842 ATAACAACAA
15838852 TTATGAGTCTAGGTAAACCCCATAACGAAAGTTATTGCACGGCAACAAAAAGTTCAACCCAACAA
1 TTATGAGTCTAGGTAAACCCCATAACGAAAGTTATTGCACGGCAACAAAAAGTTCAACCCAACAA
*
15838917 TGAAAAGCAGCTTGAGGTTTTTGTTCTTTTCATCCCTATGCCATTATGAAAAATT
66 TGAAAAGCAGCTTAAGGTTTTTGTTCTTTTCATCCCTATGCCATTATGAAAAATT
*
15838972 TTATGAGTCTAGGTAAACCCCATAACGAAAGTTATTGCACGGCAACAAAAAGTTTAACCCAACAA
1 TTATGAGTCTAGGTAAACCCCATAACGAAAGTTATTGCACGGCAACAAAAAGTTCAACCCAACAA
15839037 TGAAAAGCAGCTTAAGGTTTTTGTTCTTTTCATCCCTATGCCATTATGAAAAATT
66 TGAAAAGCAGCTTAAGGTTTTTGTTCTTTTCATCCCTATGCCATTATGAAAAATT
15839092 TTAT
1 TTAT
15839096 CTTTACGAGT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 122 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (120 bp):
TTATGAGTCTAGGTAAACCCCATAACGAAAGTTATTGCACGGCAACAAAAAGTTCAACCCAACAA
TGAAAAGCAGCTTAAGGTTTTTGTTCTTTTCATCCCTATGCCATTATGAAAAATT
Found at i:15841428 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15840569--15842917 Score: 1728
Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 181
15840559 CCACTCTTTG
* * * * * * * *
15840569 ATTTGAGATAGATAATTATTCAACTAGTAATAACTATTT-AAATTATTTTGATAAACAGATTTAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTAT
*
15840633 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCT-GTATTATTTTA-TTCTAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAA
** * * * * *
15840692 TAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGA
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CA
* * * * * * * * * *
15840747 TTTTTTGAAATAAACAATTGTTCATATAGATGTGATTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTA
1 --ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA
* * *
15840812 TTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * **
15840876 TAAACTTGCATGAATAGAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATT
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * **
15840929 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACA-TGTATAACTGTTTGAACTTGCTT-GGTAAATGGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTA
* * * *
15840992 CTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCAAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
15841055 ATA-CTTGCATGAACAGAAACAATTGA-TTTA-GAATAAAACAAAAGGTCATAACT
129 A-AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
15841108 ATTTAAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-TGTGTT-AAAAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTTAT
** * *
15841171 TTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTTA-TGTTATTTTATTTGAAA
65 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA
** **
15841233 TAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACA
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
15841287 ATTTGAAATAGAAAATTGATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAGATAAATCTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT
* * **
15841351 TTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * * * **
15841416 AGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTTTGACATAATAAAAGCTCATAATG
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
15841468 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTG-TCCAGTAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * * * * * * * * *
15841532 TTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAACTAATATTATTTTAATTT-GAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT
* * * * * *
15841596 AAGTTTATGTGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACA
* * * * * * * * *
15841649 GTTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTC-AGTAAACATAGTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * * * *
15841713 TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATTT-GAATATTAATAAATTTA-TATT-TGTTTAATTAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT-TTTATTTCAA
* * * * * * *
15841775 ATATGCTTGTAAGAATAGAGAA-AATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACA
127 ATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
15841830 ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAATCAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATT
** ** * *
15841895 TTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGCTATTCCAAATAT
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * *
15841956 GTTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATA
131 GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
** * * * * ** *
15842007 ACATGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTCG--CTTTGGTCAAGCCAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TTGTTCGA-TAAACAGATTTA
* * * * *
15842070 TTTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTACTTTATTTCGA
64 -TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
15842134 ATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACA
127 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
15842189 ATTTGAAATAAATAAAATT-TT-AAGTTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAGAT--AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA
* * * * * *
15842252 TATTTTAAA--TCTT--TTAATAATTTTCAAAA-ATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAAC
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * **
15842312 AAACTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * *
15842365 ATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGGTT-TAACTATTTGAAATAGTTTGACAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * *
15842429 TTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * **
15842494 AGCTTGCATGAATATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATG
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
15842546 ATTTAAAATATATAATTGTTTAAATAGTTATACCTATTTGAA-TTAGTTCGCTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * * ***
15842610 TTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAA-TTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGAT
65 TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * **
15842673 AAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTCTATTAAAAAACAAAA-GTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
15842725 ATTTTAAATAGATAATTGTTTGAAA-AGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT
* ** * * *
15842789 TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAAAAGAATT-GTATTATTTTATTTCGAA
65 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
15842853 TAAGCATATATGAACT-GAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTCAGAACA
128 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
15842907 ATTTGAAATAG
1 ATTTGAAATAG
15842918 TCTTAACTAT
Statistics
Matches: 1708, Mismatches: 383, Indels: 154
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 6 0.00
176 123 0.07
177 148 0.09
178 78 0.05
179 241 0.14
180 260 0.15
181 596 0.35
182 154 0.09
183 32 0.02
184 63 0.04
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
Found at i:15841634 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 15840567--15844700 Score: 2080
Period size: 361 Copynumber: 11.4 Consensus size: 356
15840557 AACCACTCTT
* * * * * * * * * *
15840567 TGATTTGAGATAGATAATTATTCAACTAGTAATAACTATTTAAATTATTTTGATAAACAGATTTA
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCATAAACAAATTTA
* * *
15840632 ATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCT-GTATTATTTTA-TTCTAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AA
** * * * * * * *
15840691 ATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGATTTTTTGAA
128 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAA-CA--ATTTGAA
* * * * * * * * * *
15840756 ATAAACAATTGTTCATATAGATGTGATTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
189 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAA
** * * * ** **
15840821 TCTCCTA-TCTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGC
253 TCTTTTACT-TATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGTTTAT
* * * *
15840885 ATGAATAGAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAA
315 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA
* * * * * * ** ***
15840927 TTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACATGT-ATAACTGTTTGAACTTGCTTGGTAAATGGATTT
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAACAAATTT
* * *
15840991 ACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAA-ATTTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
15841053 ATATA-CTTGCATGAACAGAAACAATTGA-TTTA-GAATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAA
128 ATA-AGCTTGTATGAATAGAAATAATT-ATTTTATG-ACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAA
* * * * * *
15841115 ATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-TGTGTT-AAAAAACAGATTTATTTTTTAA
189 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAA
* *** * * * *
15841178 A-ATTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTTATGTTATTTTATTTGAAATAATTTTGT
252 ATCTTTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGTTTAT
* * * *
15841242 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAA
315 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
** * * * * *
15841285 CAATTTGAAATAGAAAATTGATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAGATAAATCTA
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAATTTA
* * * *
15841350 GTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * * * **
15841415 AAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTTTGACATAATAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGA
130 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
15841480 TAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTG-TCCAGTAAATATATTTATTTTTAAAATTTT
194 TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTT-AAATCTT
* * * *
15841544 TTATTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAACTAATATTATTTTAATTTGAATAAGTTTATGTGAA
257 TTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGTTTATATGAA
*
15841609 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAA
320 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAA
* * * * * * * *
15841647 CGGTTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTCAGTAAACATAGTTA
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAACAAATTTA
* * * *
15841712 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATTT-GAATATTAATAAATTTA-TATT-TGTTTAATTAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT-TTTATTTCA
* * * * *
15841774 AATATGCTTGTAAGAATAGAGAA-AATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAA
127 AATAAGCTTGTATGAATAGA-AATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAA
* * * **
15841838 TAGGTAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAATCAATTTTTAAAT
190 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG-ATTTATTTTTAAAT
* ** ** * * *
15841903 CTTTTA-TTAATT--TTT-AAAATATTAATAAATTAAAATTATGCTATTCCAAATATGTTTGTAC
254 CTTTTACTT-ATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGTTTATAT
*
15841964 GAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA
317 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* ** * * * * *
15842005 TAACATGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTCG--CTTTGGTCA-AGCCAATAGAT
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCATA---AACAAAT
* * *
15842067 TTATTTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTACTTTATTT
62 TTA-TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15842131 CGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATTTGAA
125 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTTATAACAATTTGAA
* * * * * * *
15842196 ATAAATAAAATT-TT-AAGTTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATATTTTA
189 ATAGAT--AATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTA
* * * **
15842259 AATCTTTTA---A-TAATTTTCAAAA-ATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAACAAACTTA
251 AATCTTTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGTTTA
* * *
15842319 TATGAACAAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
314 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * * * *
15842363 TGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGGT-TTAACTATTTGAAATAGTTTGACAAACAAATTT
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAACAAATTT
* * * * * *
15842427 ATTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * ** * *
15842492 TAAGCTTGCATGAATATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAT
129 TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAG
* * * *
15842557 ATAATTGTTTAAATAGTTATACCTATTTGAA-TTAGTTCGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
193 ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCT
** * * ** * *
15842621 TCAACTTCTCAATTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGA
256 TTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAG-TTTATATGA
** * * *
15842685 ACTGAAACAATTGTTCTATTAAAAAACAAAAGTCATAA
319 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAA
* * *
15842723 TGATTTTAAATAGATAATTGTTTGAAA-AGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACATATTT
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAATTT
* * * * *
15842787 ATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAAAAGAATT-GTATTATTTTATTTCG
64 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * *
15842851 AATAAGCATATATGAACT-GAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAA
127 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAA
* ** *
15842915 TAG--------TC-------T-TAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
190 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * ** ** * *
15842963 TCTATTATTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTATTTCGAATAAGTTTGTAT
253 TCTTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGTTTATAT
*
15843028 GAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCA-ATA
317 GAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATA-A
* * * * * ** * *
15843068 TGACTTGAGATAGATAATTGTTTAAATATTCATAACAATTTCAA-TTGGTCTGGTTAACATATTT
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GT-TCATAAACAAATTT
* * * *
15843132 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTGTA-TTCTGA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
** * * * * *
15843192 ATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAAA-TATCATAACGATTTGAAAT
128 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-T-ATAACAATTTGAAAT
* ** * * * * *
15843256 AGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATA-TTAGTTTTTGAAG
191 AGATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTT-AAA
** * * ** * * * ** *
15843319 TC-TCCATCTCATTAATTTTATTATATGAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
253 TCTTTTA-CTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGTTTATA
* * * * * * * *
15843383 TGAATAGAATCAATTGCTTTATTACAAAGCAAAAATTTATAATAA
316 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA---GTCATAA
* * * * * * * * * * *
15843428 TAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGCTCGGTAAATATATTTA
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAATTTA
* * *
15843493 TTTTTTAAATCT-TTAAC-TA-TAATTATTT-GAACTAGCTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAA
65 TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-TTTAGAA-TA--T---T-AATA-AATTA-GTATT--A
* * * * * * *
15843554 TCTTTTACTTATTAACTTTTGAA-ATTTTAATAAATTAATATTAATTTATTACGAATAAGCTTGT
117 --TTTTA-TT-TCAA---AT-AAGCTTGT-ATGAA-T-AGA--AA-TAATT----AT----TT-T
* * *** ** * *
15843618 ATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAA-AACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
159 ATG-AC-AAAACAA-AAG-TTATAACAATTTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAG----TT-A
* *** ** * * * ** ** *
15843681 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTTAAGAAAACATTT-ATTTTTTAAATTTTTATTTATTA
212 T-AACTA-TTTGAACTTGTT---CGA--T-A-AACAGATTTATTTTTAAATCTTT-TACTTATTA
** * * * ** * **
15843745 ATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-TTTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCGG
267 A-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT--GAATAAGTTTATATGAACAAAAACAA
* ** *
15843809 TTGTTTTAAGGTAAAACAAAAGGTCATGA
329 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * *
15843838 TGTTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCGATAAACATATTT-
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAATTTA
* * *
15843902 TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTT-AA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAA
* * * * * ** * **
15843965 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAGGAAAAGGTCATAATTATTTGAAATA
128 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATA
* ** *
15844030 GATAATTATTCAAATAG-T-CAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT
192 GATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCT
** * * * *
15844093 TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAACAAATTAAAATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGA
256 TTTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGTTTATATGA
* *
15844158 ACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
319 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAA
* * * * ** * * * *
15844197 TAAGTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTACAATAAACATATTTA
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAATTTA
* **
15844262 TTTTTTAAATCTTTTACTTATCGATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCG
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * * *
15844323 ACATAAGCTTGTTTTAACT-GAAATAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTTTAA-AACTTCT-
126 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAA-TT-TG
* * * * *
15844385 AAATAGACAA-TGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTT
187 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTT
* *** * * * *
15844448 TAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCT
250 AAATCT-TTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGTT
*** * * *
15844512 TATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAA
312 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
** * * *
15844558 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTTTTAACCAATTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATT
1 TGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-ATAAACAAATT
* * * * * *
15844621 TATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTT-GAACTAGTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTCG
63 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
*
15844685 AGTAAGCTTGTATGAA
127 AATAAGCTTGTATGAA
15844701 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 2889, Mismatches: 650, Indels: 469
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 8 0.00
340 80 0.03
341 1 0.00
342 2 0.00
344 19 0.01
345 152 0.05
346 5 0.00
348 2 0.00
353 1 0.00
355 17 0.01
356 95 0.03
357 231 0.08
358 362 0.13
359 353 0.12
360 390 0.13
361 395 0.14
362 357 0.12
363 55 0.02
364 13 0.00
365 8 0.00
366 4 0.00
368 1 0.00
369 5 0.00
370 4 0.00
371 3 0.00
373 1 0.00
374 8 0.00
375 15 0.01
376 9 0.00
377 6 0.00
378 4 0.00
379 2 0.00
380 4 0.00
381 6 0.00
382 1 0.00
383 3 0.00
385 2 0.00
386 4 0.00
387 3 0.00
388 2 0.00
390 2 0.00
391 1 0.00
392 6 0.00
393 4 0.00
394 2 0.00
395 3 0.00
396 6 0.00
397 10 0.00
398 18 0.01
399 9 0.00
400 2 0.00
402 3 0.00
403 4 0.00
404 5 0.00
405 4 0.00
406 7 0.00
408 1 0.00
409 15 0.01
410 65 0.02
411 7 0.00
412 19 0.01
413 60 0.02
414 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
TTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGTTTATATGAACAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAA
Found at i:15842611 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 15840619--15842917 Score: 1736
Period size: 539 Copynumber: 4.3 Consensus size: 530
15840609 AATTATTTTG
* * * * *
15840619 ATAAACAGATTTA-ATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCTGTATTATTT
1 ATAAACAGATTTATA-TTTTAAATCTTTTAATAATTTTCAAAA-ATTAATAAATTTATAATATTT
* * * *
15840683 TA-TTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGA
64 TATTTC-AAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CA
* * * * * * * * * * *
15840747 TTTTTTGAAATAAACAATTGTTCATATAGATGTGATTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAGATTT
127 --ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAAATCT
* *
15840811 ATTTTTTAAATCTCCTATCTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
188 A-TTTTTAAATCT-CT-TTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
* * * * *
15840876 TAAACTTGCATGAATAGAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATTATTTAAAATAA
250 TAAGCTTGCATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAG
* * * * *
15840940 ATAATTGTTCAAACA-TGTATAACTGTTTGAACTTGCTT--GGTAAATGGATTTACTTTTTAAA-
315 ATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTG-TTCAGCTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
15841001 TCTTTTACTTATTAATTTTT-GAA-ATTTAATAAACTAGTATTATTTATTTCAAATATACTTGCA
378 TC-TTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAACTAGTATTATTTATTTCGAATA-AGTTGTA
* * * * * * *
15841064 TGAACAGAAACAATTGA-TTTA-GAATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAAT-AGTTAATTG
440 TTAACAGAAACAATT-ATTTTATG-ACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATT-
15841126 TTCAAATAGTCATAACTAATTGAATGTGTTA
502 TT-AAATAGTCATAACTAATTGAATGT-TTA
* * * * ** * **
15841157 AAAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTTATGTTAT
1 ATAAACAGATTTATATTTT-AAATCTT--TTAATAA-TTTTCAAAAATTAATAAATTTATAATAT
* * * *
15841222 TTTATTTGAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACA
62 TTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * *
15841287 ATTTGAAATAGAAAATTGATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAGATAAATCTAG
127 ATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATCTA-
* ** * *
15841351 TTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
189 TTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
* ** * * * * * *
15841416 AGCCTATATGAAT-TGATATAATTGTTTTTTGACATAATAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGA
252 AGCTTGCATGAATAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGA
* * * * * * *
15841480 TAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTCCAG-TAAATATATTTATTTTTAAAATTTT
316 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCT
* * * * * *
15841544 TTATTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAACTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGTT-TATGTG
381 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTT-ATTTCGAATAAGTTGTAT-T-
* * ** *
15841607 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACGGTTTGAAATAAATAATTGTTTAA
442 AACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAAT-TTTAA
* * *
15841672 ATAGTCACAACTATTTGAATTTATTCA
506 ATAGTCATAACTAATTGAATGT-TT-A
* * * * ** * *
15841699 GTAAACATAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATTTGAATATTAATAAATTTAT-ATT
1 ATAAACAGATTTATATTTTAAATCTTTTA---A-TAATT-TTCAAAAATTAATAAATTTATAATA
* * * * * * * *
15841763 TGTTTAATTAAAAT-ATGCTTGTAAGAATAGAGAA-AATTGTTTTATGATAAAATAAAATG-TTA
61 T-TTTATTTCAAATAAT-CTTGTATGAACAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCA
* * * *
15841825 TAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAA
122 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACA-AA
* * * **
15841890 TCAATTTTTAAA--TCTTTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGCTATTCCAAA
185 TCTATTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * * * * * ** *
15841953 TATGTTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATAACATGAAATAG
250 TAAGCTTGCATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAG
* * * *
15842018 ATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTCG--CTTTGGTCAAGC-CAATAGATTTATTTTTTTAAA
315 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TTGTTC-AGCTAAATAGATTTA-TTTTTTAAA
* * *
15842080 TTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGATTGTA
377 TTCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAG-TTGTA
* *
15842145 TTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAAATAAAATTTT
440 TTAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAAT-AAATTTT
* * * *
15842210 AAGTTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTG
504 AAATAGTCATAACTAATTGAA-T-GTTTA
* *
15842239 GTAAACAGATTTATATTTTAAATCTTTTAATAATTTTCAAAAATTAATAAATTAATAATATTTTA
1 ATAAACAGATTTATATTTTAAATCTTTTAATAATTTTCAAAAATTAATAAATTTATAATATTTTA
* * * * * * * **
15842304 TTTCAAACAAACTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
66 TTTCAAATAATCTTGTATGAACAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATT
* * * * * *
15842368 TGAAATAGATAATTATTTATATAGGTTTAACTATTTGAAATAGTTTGACAAACAAATTTATTTTT
130 TGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATCTATTTTT
* * *
15842433 AAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
194 -AAATCTCTT--TTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* * *
15842498 TGCATGAATATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATATATAATT
256 TGCATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* * * *
15842563 GTTTAAATAGTTATACCTATTTGAA-TTAGTTC-GCTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTCAA
321 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCAGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTT-TA
* * * * * * * * * *
15842625 CTTCTCAATTTTGA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
384 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAG-TTGTATTAACAG
* * * * * ** * * *
15842689 AAACAATTGTTCTATTAAAAAACAAA-AGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTGAAA-AG
447 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAAT-TTT-AAATAG
* *
15842752 TCATAACTATTTGAATTTGTTCA
510 TCATAACTAATTGAA--TGTTTA
* * * ** ** *
15842775 ATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAAAAGAATTGTAT-
1 ATAAACAGATTTATATTTT-AAA--TCTT--TTAATAA-TTTTCAAAAATTAATA-AATT-TATA
* * * * * * * * *
15842839 -TATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACTGAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTCAG
58 ATATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
15842903 AACAATTTGAAATAG
123 AACAATTTGAAATAG
15842918 TCTTAACTAT
Statistics
Matches: 1395, Mismatches: 287, Indels: 154
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
533 2 0.00
534 11 0.01
535 109 0.08
536 66 0.05
537 80 0.06
538 157 0.11
539 359 0.26
540 174 0.12
541 173 0.12
542 121 0.09
543 134 0.10
544 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
ATAAACAGATTTATATTTTAAATCTTTTAATAATTTTCAAAAATTAATAAATTTATAATATTTTA
TTTCAAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATCTATTTTTAA
ATCTCTTTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCAT
GAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTATTTCGAATAAGTTGTATTAACAGAAACAATTA
TTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATTTTAAATAGTCATAACTAAT
TGAATGTTTA
Found at i:15843059 original size:164 final size:165
Alignment explanation
Indices: 15842743--15843059 Score: 388
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
15842733 TAGATAATTG
* * * *
15842743 TTTGAAAAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTT
1 TTTGAAAAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACATATTTATTTTTTAAAATCTATTACTT
* * * * *
15842808 ATTAATTTTTTGAATGTTAAAAGAATTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACTGAAA
66 ATTAATTTTTAGAATATTAAAAGAATTGCAATATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACAGAAA
* *
15842873 CAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAA
131 AAATTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAA
* *** *
15842908 TTTGAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTT-AAATCTATTATT
1 TTTGAAA-AGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACATATTTATTTTTTAAAATCTATTACT
** * ** *
15842972 TATTAA-TTTTAGAATATTATTAG-TTTAGCAATATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGA
65 TATTAATTTTTAGAATATTAAAAGAATT-GCAATATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACAGA
*
15843035 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
129 AAAAATTATTTAATGACAAAACAAA
15843060 GATCAATATG
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 23, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.02
164 65 0.51
165 22 0.17
166 38 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (165 bp):
TTTGAAAAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACATATTTATTTTTTAAAATCTATTACTT
ATTAATTTTTAGAATATTAAAAGAATTGCAATATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACAGAAA
AAATTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAA
Found at i:15843384 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15843161--15843490 Score: 400
Period size: 183 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
15843151 AATTTTTAAA
* * ** *
15843161 ATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAAT-AATTGTTTTAC
1 ATATGAATAAATTAGTATTATTGTATTCTAAATAAACTTGTATGAAT-AAAATCAATTGCTTTAC
* * * * *
15843225 GACAAA-ATAAAA-TATCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTG
65 GACAAACA-AAAATTATAATAACAATTTGAAATAAATAACTA-TTCAAATAGACATAACTATTTG
* *
15843287 AACTTGTTCGGTAAATATATTAGTTTTTGAAGTCTCCATCTCATTAATTTTATT
128 AACTAGCTCGGTAAATATATTAGTTTTTGAAGTCTCCATCTCATTAATTTTATT
* * *
15843341 ATATGAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAATAGAATCAATTGCTTTAT
1 ATATGAATAAATTAGTATTATTGTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAAAATCAATTGCTTTAC
* * **
15843405 TACAAAGCAAAAATTTATAATAATAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
65 GACAAA-CAAAAA-TTATAATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGACATAACTATTTG
15843470 AACTAGCTCGGTAAATATATT
128 AACTAGCTCGGTAAATATATT
15843491 TATTTTTTAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 19, Indels: 11
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.04
180 54 0.44
181 4 0.03
182 1 0.01
183 58 0.47
184 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATATGAATAAATTAGTATTATTGTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAATCAATTGCTTTACG
ACAAACAAAAATTATAATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGACATAACTATTTGAAC
TAGCTCGGTAAATATATTAGTTTTTGAAGTCTCCATCTCATTAATTTTATT
Found at i:15843488 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 15843458--15843547 Score: 76
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
15843448 TTCAAATAGT
*
15843458 TATAACTATTTGAACTAGCTCGGTAAA
1 TATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAA
* ** ** ** *
15843485 TATATTTATTT--TTTAAATCTTTAAC
1 TATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAA
15843510 TATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAA
1 TATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAA
*
15843537 TATATTTATTT
1 TATAATTATTT
15843548 TTTAAATCTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 18, Indels: 4
0.66 0.28 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.40
27 26 0.60
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (27 bp):
TATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAA
Found at i:15843521 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 15843458--15843576 Score: 195
Period size: 52 Copynumber: 2.3 Consensus size: 52
15843448 TTCAAATAGT
15843458 TATAACTATTTGAACTAGCTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTAAC
1 TATAACTATTTGAACTAGCTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTAAC
* *
15843510 TATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
1 TATAACTATTTGAACTAGCTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTAAC
15843562 TTATTAACT-TTTGAA
1 -TA-TAACTATTTGAA
15843577 ATTTTAATAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 3, Indels: 3
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
52 50 0.81
53 8 0.13
54 4 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (52 bp):
TATAACTATTTGAACTAGCTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTAAC
Found at i:15844046 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15844014--15844046 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
15844004 GGAAAAGGTC
*
15844014 ATAATTATTTGAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
15844031 ATAATTA-TTCAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
15844047 TCAACTATTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTCAAATAG
Found at i:15844299 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15843533--15844708 Score: 1123
Period size: 180 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
15843523 ACTAGCTCGG
* * * *
15843533 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTAA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTAT
*
15843598 TTTATTAC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
65 TTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * **
15843660 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTT-AA
128 TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * *
15843712 GAAA-ACATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* ** * ** * ** *
15843775 TTTTTTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCGGTTGTTTTAAGGTAAAACAAAAGGTCATGAT
65 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
** * * * *
15843839 GTTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCGA
129 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * *
15843891 TAAACATATTT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * ** * **
15843955 TTTACTT-TAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAGGAAAAGGTCATAAT
65 TTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* **
15844019 TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTTGTTCGG
129 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * *
15844069 CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAACAAATTAAAATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * *
15844134 TTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATA
65 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * *
15844199 AGTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTACAA
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
** *
15844250 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCGATTGTCTT-AATATTAATAAATTTATATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * **
15844314 TTTTATTC-GACATAAGCTTGTTTTAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTTTAA
64 TTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
15844378 -AACTTCT-AAATAGACAA-TGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTAG
128 TAA-TT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * *
15844430 TAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * ** * * *
15844494 ATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAAT
64 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * ** * * **
15844559 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACCAATTGAA-TTGATTCGG
129 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAA
* ** * * * *
15844611 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAACTAGTATTAAAGTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAATATTAT
*
15844676 TTTAATTC-GAGTAAGCTTGTATGAACA-AAACAA
65 TTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
15844709 AAAGGTTATA
Statistics
Matches: 810, Mismatches: 158, Indels: 57
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.01
177 76 0.09
178 91 0.11
179 140 0.17
180 266 0.33
181 226 0.28
182 4 0.00
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
Found at i:15844530 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 15843516--15844708 Score: 1350
Period size: 540 Copynumber: 2.2 Consensus size: 534
15843506 TAACTATAAT
* * * *
15843516 TATTTGAACTAGCTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATTT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATAT
* *
15843581 TAATAAATTAATATTAATTTATTAC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACA
65 TAATAAATTAATATTATTTTAAT-CTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTAGTTTATGACA
* * * ** * *
15843645 AAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTT
128 AAACAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACGAGTC
* *
15843710 AAGAAAACATTTATTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAT
193 AAGAAAACATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATCAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATATTAT
* ** ** * **
15843775 TTTTTTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCGGTTGTTTTAAGGTAAAACAAAAGGTCATGATG
257 TTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAAAC
* * * * * * *
15843840 TTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCGATAAACATATTTTTT
322 TTCTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTAGATAAACAGATTTTTT
*
15843905 TTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTAAATAAG
387 TTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTACTTTAAATAAG
* * * * *
15843970 CTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTAC-AAAGGAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATA
452 CTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATA
15844034 ATTATTCAAATAG-TCAAC
516 ATTATTCAAATAGTTCAAC
*
15844052 TATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATAT
* * * *
15844117 TAACAAATTAAAATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGATA
65 TAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTAG-TTTATGACA
* **
15844181 AAACAAAAAGTCATAATAAGTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGT
128 AAAC-AAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACGAGT
* * *
15844246 ACAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCGATTGTCTT-AATATTAATAAATTTAT
192 -CAAGAAA-ACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTAT
* * ** * * * * * *
15844310 ATTATTTTATTCGACATAAGCTTGTTTTAACTGAAA-TAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTT
252 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
15844374 TTAAAACTTCT-AAATAGACAA-TGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATA
316 AT-AAACTTCTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTG-TTAGATAAACA
* * * *
15844436 GATTTATTTTTTTAA-TCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
379 GA-TT-TTTTTTTAATTCTCTTACTCATT-AGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA
* *
15844499 TTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTT
441 CTTTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTT
* * *
15844564 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAC
506 GAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTCAAC
* * * ** *
15844594 CAATTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAACTA
1 TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATA
* * * * *
15844658 GTATTAAAGTAGTATTATTTTAAT-TCGAGTAAGCTTGTATGAACAAAACAA
64 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAACAA
15844709 AAAGGTTATA
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 85, Indels: 39
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 5 0.01
536 113 0.21
537 51 0.09
538 5 0.01
539 47 0.09
540 199 0.36
541 37 0.07
542 91 0.17
543 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATT
AATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTAGTTTATGACAAAA
CAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACGAGTCAAG
AAAACATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATCAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAAACTTCT
GAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTAGATAAACAGATTTTTTTTTA
ATTCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTACTTTAAATAAGCTTA
TATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTTCAAC
Found at i:15845671 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15844757--15848003 Score: 2097
Period size: 181 Copynumber: 18.2 Consensus size: 180
15844747 AGCCTTAACC
* * * * * *
15844757 TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATAGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * *
15844822 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAATTAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTCTT
66 TTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
15844887 TGAACTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATT
130 TGAA-TTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * *
15844939 TTT----T-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAACTAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * * *
15844999 TATATGACTAAACAAAATGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAGTATT
66 TTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ***
15845064 TGAATTAGGTTGGCAAACATATTT-TTTAAAAAATCTC-T-C--ATTAATT
130 TGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * * *
15845110 TTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCAAAAAAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* ** * * * * *
15845174 TTTTATGA-AAAAAAAATATCATAACTAATTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
65 TTTTATGACTAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** ** * * *
15845238 TGAACTGGTTCGAAAAATGACTTTAGTTGTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
130 TGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
15845285 TTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * *
15845349 TTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATTTA
66 TTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTA
* * * * * * * * *
15845412 TTTAAACTT-GTTCGATAAATAGA-TT-TTTTTT-AATCTTTTGCTCATTAGTT
128 TTTGAA-TTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
15845462 TTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATTAACTGAAATAATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * * * *
15845527 TTTATGACTAAATAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATT
66 TTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
15845592 TGAATTAGTTTGGCAAACGCATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATT
130 TGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * ** * *
15845643 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAGTCTAAATAAGTTTGTATGAAAAGAAACCATTT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * * * *
15845708 TTTTATAAC-AAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTACTT-AAAAAGTAATAACTG
65 TTTTATGACTAAAA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTA
* ** *
15845771 TTTGAACTA-TTTCTATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
128 TTTGAATTAGTTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * ** *
15845820 TTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG
* * * * * *
15845884 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATATATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTA
65 TTTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTA
* * * ** ** * * *
15845948 CTTGAACTCGTTCAGTAAACCGATTCATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-T
128 TTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
15846000 TTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATT
1 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
** * ** ** * * * * * *
15846064 GTTTTATTTCAAAACAAAATATCATAATTATTTTAAATAAATAATTGTTCCAACAATCATAATTA
64 GTTTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
15846129 TTTGAACTTA-CTAGGTAAACAAATATATTTTTAAAATCTTTTACCTATCAATT
128 TTTGAA-TTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * ** *
15846182 TTTGGAATATTAATAAGCTAGTATTATTTTGTTTCCAATACA-CTTGTATGAA-TAGAAAAAATT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA-AGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
** * * * * *
15846245 GGCTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
64 GTTTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** *
15846310 TTTGAATGT-GTTTAGAAAACTTATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTCTTAATT
128 TTTGAAT-TAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
15846362 TTTGGAATATTAAAAAATTTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTCGTATGAA-TAGAAAAAATT
1 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * * *
15846425 ATTTTATGA-TAAAATAAAAAGTTATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
64 GTTTTATGACT-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** *
15846489 ATTTGGACTT-GTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
127 ATTT-GAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** * * *
15846543 TTTGGAATATTAATAAATTAG-ATTTATCTTATTTCGAACAAGCTTGTATGAA-TATAAACAGTT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * *
15846606 GTTTTGTGA-TAAAACAAAAGTTCATAAC-ATTTG-AATAGATAATTGTTCAAACACTCATAACT
64 GTTTTATGACT-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
15846668 ATTTGCACTGGTCATGCT-AGCAAATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATT
127 ATTTGAATTAGT-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* ** * *
15846722 TTT-AGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATGAACAGAAACAATTC
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * * *** * *
15846785 TTTTATGAC-AAAAAATGGTCATCATGATTTGAAGTAAATAATCAATCAAATAGTTATAACTAAT
65 TTTTATGACTAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
15846849 TGAACTAGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCATCTCT-TCAA-T
130 TGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CT-TATTAATT
** * ** * * * *
15846900 TTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTACAAATAAACTTATATGAAC-AAAAGCATTTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTG
* * * *
15846964 -TTTATGAC-AAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
65 TTTTATGACTAAAA-AAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
15847027 TTTGAATTGGTTCGGCAAACAGAA-TTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAGTT
128 TTTGAATTAGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
15847080 TTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAT-AATTGAAA-ATT
1 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-GT-ATGAACTGAAACA-A
* * * * * *
15847141 TTGTTTTATGA-TAAACAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACT
62 TTGTTTTATGACTAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * *
15847205 ATTTAAATTAGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTACTAA-T
127 ATTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * * *
15847258 TTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-TAGAAATAATT
1 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * * * * * *
15847322 GTTTTATGACATAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGATCAAACAGTCATAATTA
64 GTTTTATGAC-TAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
15847387 TTTGAACTGGTTTAGTGAACAGATTTATTTTTTACATCTCCTA-TTGATTAATT
128 TTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATT
* * **** * *** * *
15847440 TTTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATACGGAATACGCTTGTATGAAGAAAAATAATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
15847505 TTTATGA-TAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGC----C-A-
66 TTTATGACT-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * *
15847562 -TG-ATTA-TTT-G--AACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATT
129 TTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
15847608 TTTGAAATATTAA-CAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGCACTGAAACAATTTT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
15847672 TTTATGA-TAAAAATAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATGT
66 TTTATGACTAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
15847736 GAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTT
131 GAA-TTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* *** * * *
15847787 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGTATAGGCATGTATGAACTGAAACAATTTT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * ** * *
15847851 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAATTATTCTCATAGGCTTAACTAT
66 TTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * *
15847916 TTGAATTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAA----TT-CTTATTAATT
129 TTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
15847963 TTTCAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTGTTTTGAATAA
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
15848004 TTTTGTATTA
Statistics
Matches: 2395, Mismatches: 550, Indels: 245
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 35 0.01
166 5 0.00
167 43 0.02
168 39 0.02
169 2 0.00
170 2 0.00
171 14 0.01
172 2 0.00
173 11 0.00
174 90 0.04
175 65 0.03
176 157 0.07
177 298 0.12
178 264 0.11
179 321 0.13
180 285 0.12
181 666 0.28
182 96 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
TTTATGACTAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
Found at i:15845847 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15844761--15847992 Score: 1791
Period size: 358 Copynumber: 9.1 Consensus size: 357
15844751 TTAACCTTTG
* * ** * * *
15844761 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATAGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
15844825 ATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAATTAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTCTTTGA
65 ATGACAAAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** *
15844890 ACTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT----T-TTAATA
129 A-TTGGTTTAGCAAACGCATTTATTTTTT--AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
15844949 AATTAGTATTATTTTATTCCAACTAAGCTTGTATAAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAACA
191 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-A
* * * * * * * *
15845013 -AAATG-TTAGAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCTAATAGTCTTAAGTATTTGAA-TTAGGT
253 TAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATT-AAAAAGTCATAACTATTTGAACTT--TT
* * * ** * * **
15845074 -TGGCAAACATA-TT-TTTTAAAAAATCTCTCATT-AATTTTTG
314 CTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTCTTATTCAATTTTCA
* * * * *
15845114 GAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCAAAAAAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
** * * * * *
15845177 TATGA-AAAAAAAATATCATAACT-AATTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
64 TATGACAAAAAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
15845240 AACTGG-TTCGAAAAATG-ACTTTAGTTGTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTA
128 AATTGGTTTAG-CAAACGCA-TTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * *
15845300 AAGTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACA
191 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-T
* * * ** * * * *
15845363 AAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATTTATTTAAACTTGTTCG
254 AAAGATCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTAATTAAAAAGTCATAA-CTATTTGAACTT-TTCT
* * * * * *
15845426 A-TAAATAGA-TT-TTTTTTAATCTTTTGCTCATT-AGTTTTTC-
316 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAAC-TCT-CTTATTCA-ATTTTCA
* * ** * * *
15845466 AAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATTAACT-GAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
15845530 ATGACTAAATAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGA
65 ATGAC-AAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
15845595 ATTAGTTTGGCAAACGCATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
129 ATTGGTTTAGCAAACGCATTTATTTTTTA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
15845660 TTAGTATTATTTTAAGTCTAAATAAGTTTGTATGAAAAGAAACCATTTTTTTATAACAAAATAAA
193 TTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA
* * * * *
15845725 GATCATAACGATTTGAGATAGATAATTACTTAAAAAGTAATAACTGTTTGAACTATTTCTA-TAA
257 GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTAAAAAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCTAGTAA
*
15845789 ACAAATTTAGTTTTTAAA-TCTCTTATT-AATTTTCA
321 ACAAATTTATTTTTTAAACTCTCTTATTCAATTTTCA
* * ** *
15845824 AAATATTAATAGATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
15845888 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATATATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTACTTG
65 ATGACAAAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTG
* * * * * * * *
15845952 AACTCGTTCAGTAAAC-CGATTCATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCAGAATATTAAT
128 AATTGGTTTAGCAAACGC-ATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * ** *
15846015 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTTCAAAACA
190 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-T
* ** * * * * *
15846080 AAATATCATAATTATTTTAAATAAATAATT-GTTCCAACAA-TCATAATTATTTGAAC-TTACTA
254 AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATT--AAAAAGTCATAACTATTTGAACTTTTCTA
* * * **
15846142 GGTAAACAAATATA-TTTTTAAAATCTTTTACCTATCAATTTTTG
317 -GTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTCTTA--T-TCAATTTTCA
* ** * * * * **
15846186 GAATATTAATAAGCTAGTATTATTTTGTTTCCAATACACTTGTATGAATAGAAAAAATTGGCTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* *
15846251 TTACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
66 TGACAAAA-AAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** ** * * * *
15846315 A-TGTGTTTAGAAAACTTATTTATTTTTTAAAATTTTACTTCTTAATTTTTGGAATATTAAAAAA
129 ATTG-GTTTAGCAAACGCATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
15846379 TTTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAA
193 -TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA
* * * * ** * *
15846443 AAGTTATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGGACTTGTTC-AGTA
257 GA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTAAAAAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCTAGTA
* **
15846507 AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTG
320 AACAAATTTATTTTTTAAA-CTC-T-CTTATTCAATTTTCA
* * * * * * *
15846547 GAATATTAATAAATTAG-ATTTATCTTATTTCGAACAAGCTTGTATGAATATAAACAGTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
15846611 GTGATAAAACAAAAGTTCATAA-CATTTG-AATAGATAATTGTTCAAACACTCATAACTATTTGC
65 ATGACAAAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * ** *
15846674 ACTGG-TCATGCTAGCAAATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT-AGATATTAATA
129 ATTGGTTTA-GCAAACGCATTTATTTTTT-AATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
15846736 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATGAACAGAAACAATTCTTTTATGACAAAA-A
191 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATA
* * * * * * * * * * * *
15846799 ATGGTCATCATGATTTGAAGTAAATAATCAATCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTT-TAAT
255 AAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTAAAAAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCTAGT
*
15846863 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCATCTCTTCAA-TTTCA
319 AAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTC-T-TATTCAATTTTCA
* * * * *
15846904 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTACAAATAAACTTATATGAACA-AAAGCATTTG-TTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTT
* * * * *
15846967 ATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
65 ATGACAAAAAAAAGG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * *
15847032 ATTGGTTCGGCAAACAG-AATTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAGTTTTTAAAATATTAATAA
129 ATTGGTTTAGCAAAC-GCATTTATTTTTTAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * * *
15847096 ATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAT-AATTGAAA-ATTTTGTTTTATGA-TAAA
192 A-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GT-ATGAATAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
15847156 CAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAGAATT-GTTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTAGTTC
253 TAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATT-AAAAAGTCATAACTATTTGAACTT--TTC
* * *
15847219 -AGCAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTAAGTTACTAATTTTCA
315 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTCTTA-TT-C-AATTTTCA
* * * * * *
15847263 TAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * ** * * * * *
15847328 TGACATAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGATCAAACAGTCATAATTATTTGAA
66 TGACA-AAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * *
15847393 CTGGTTTAGTGAACAG-ATTTATTTTTTACATCTCCTA-TTGATTAATTTTTAAAATATTAGTAA
130 TTGGTTTAGCAAAC-GCATTTATTTTTTA-ATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * * * * *
15847456 ATTAGTATTATTTTATACGGAATACGCTTGTATGAAGAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAA
192 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-TAA
* * * * * *
15847521 AGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATGGC----C-A--TG-A-TTATT-T-G--
256 AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTAAAAAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCTAGTA
** **
15847572 AACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTA-TCAATTTTTG
320 AACAAATTTATTTTTTAAA-CTCT--CTTATTCAATTTTCA
* * * * * * * *
15847612 AAATATTAA-CAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGCACT-GAAACAATTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTT
* * * ** * *
15847675 ATGA-TAAAAATAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATGTGAA
65 ATGACAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * * *
15847739 CTT--ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
130 -TTGGTTTAG-CAAACGCATTTA-TTTTTTAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* * *
15847801 AATTAGTATTATTTTATTTCGT--ATAGGCATGTATGAACT-GAAACAATTTTTTTATGACTAAA
191 AATTAGTATTATTTTA-TTC-TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA
* * * ** * * *
15847863 CA-AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAATT-ATTCTCATAGGCTTAACTATTTGAA-TTGG
252 -ATAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAT-AATTAATT-AAAAAGTCATAACTATTTGAACTT--
* *
15847925 TTC-AGCAAACACATTTATTTTTTAAA-T-TCTTATT-AATTTTTC-
312 TTCTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTCTTATTCAA-TTTTCA
* *
15847967 AAATAGTAATAAATTGGTATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
15847993 GTTTTGAATA
Statistics
Matches: 2235, Mismatches: 483, Indels: 319
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
345 3 0.00
346 157 0.07
347 28 0.01
348 52 0.02
349 39 0.02
350 87 0.04
351 92 0.04
352 68 0.03
353 65 0.03
354 63 0.03
355 26 0.01
356 50 0.02
357 199 0.09
358 339 0.15
359 332 0.15
360 235 0.11
361 214 0.10
362 172 0.08
363 10 0.00
364 1 0.00
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
TGGTTTAGCAAACGCATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATC
ATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTTTCTAGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAACTCTCTTATTCAATTTTCA
Found at i:15846293 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15846268--15846315 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
15846258 ACAAAAGGTA
15846268 ATAACTATTTGAAATAG-
1 ATAACTATTTGAAATAGC
* *
15846285 ATAATTA-TTCAAATAGTC
1 ATAACTATTTGAAATAG-C
15846303 ATAACTATTTGAA
1 ATAACTATTTGAA
15846316 TGTGTTTAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 4
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
17 6 0.25
18 6 0.25
19 4 0.17
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
ATAACTATTTGAAATAGC
Found at i:15847288 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15846248--15847471 Score: 445
Period size: 179 Copynumber: 6.8 Consensus size: 180
15846238 AAAAATTGGC
* * * * * *
15846248 TTATTACAAAACAAAAGG-TAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTATGACAAAAC-AAAGGATAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** * * ***
15846312 TGAATGT-GTTTAGAAAACTTATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTT-CTTAATTTTTGGAATATT
65 TAAAT-TAGTTCAGCAAACAGAATTATTTTTT-AAATCTCTAACTTAC-TAATTTTCAAAATATT
* * * * *
15846373 AAAAAATTTATATTATTTTATTTTAAATAAGCT-CGT-ATGAATAGAAAAAATTAT-T
127 AATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGTTAC-TAAT-AATTG--AAAATTTTGT
* * * * * * * * *
15846428 TTATGATAAAATAAA-AAGTTATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
1 TTATGACAAAACAAAGGA-TAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ***
15846492 TGGACTT-GTTCAGTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
65 T-AAATTAGTTCAGCAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAATTTTCAAAATATTA
* * * * * *
15846555 ATAAA-TTAGATTTATCTTATTTCGAACAAGCTT-GT-ATGAATAT-AAACA-GTTGTT
128 ATAAATTTATA-TTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAT-AAT-TGAAA-ATTTTG-T
* * * * * * * * * *
15846609 TTGTGATAAAACAAAAGTTCATAAC-ATTT-GAATAGATAATTGTTCAAACACTCATAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * * * * *
15846672 GCACT-GGTCATGCTAGCA-AATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTT-TAGATATTA
66 AAATTAGTTCA-GCAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTC-TAACTTACTAATTTTCAAAATATTA
*** * ** *
15846733 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG--ACTGTATGAACAGAAACAATTCT-T
128 ATAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGTTACT-AAT-AATTG-AA-AATTTTGT
* * * * * * * *** * *
15846787 TTATGACAAAA-AATGG-TCATCATGATTTGAAGTAAATAATCAATCAAATAGTTATAACTAATT
1 TTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * *
15846850 GAACTAGTTTAATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTCATCTCTTC-AA-TTTCAAAATATTA
66 AAATTAGTTCAGCAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCT-AACT-TACTAATTTTCAAAATATTA
* *** * * *
15846912 ATAAATTAATATTATTTTATTACAAATAAACTTA-T-ATGAA--CAAAAGCATTTGT
128 ATAAATTTATATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTACTAAT-AATTGAAAA--TTTTGT
* * *
15846965 TTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
1 TTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
15847030 GAATTGGTTCGGCAAACAGAATTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAGTTTTTAAAATATTAATA
66 AAATTAGTTCAGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAATTTTCAAAATATTAATA
*
15847095 AATTTATTTTATTTTATTTTGAATAAGTTACTAATAATTGAAAATTTTGTT
131 AATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGTTACTAATAATTGAAAATTTTG-T
* * * *
15847146 TTATGA-TAAACAAAGG-TCATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
15847209 AAATTAGTTCAGCAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTACTAATTTTCATAATATTATT
66 AAATTAGTTCAGCAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAATTTTCAAAATATTAAT
* *** * * *
15847273 ACA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTA-T-ATGAATAG-AAATAATTGTT
130 AAATTTA-TATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTACTAAT-AATTGAAAAT-TTTG-T
* * * * * * *
15847325 TTATGACATAATA-AAAGG-TTATAACAATTTAAAATATATAATTGATCAAACAGTCATAATTAT
1 TTATGACA-AA-ACAAAGGATAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** * * * *
15847388 TTGAACTGGTTTAGTGAACAGATTTATTTTTTACATCTCCT-A-TTGATTAATTTTTAAAATATT
64 TTAAATTAGTTCAGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCT-CTAACTT-ACTAATTTTCAAAATATT
*
15847451 AGTAAA-TTAGTATTATTTTAT
127 AATAAATTTA-TATTATTTTAT
15847472 ACGGAATACG
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 176, Indels: 119
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 8 0.01
177 9 0.01
178 127 0.16
179 257 0.32
180 206 0.25
181 189 0.23
182 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
AAATTAGTTCAGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAATTTTCAAAATATTAATA
AATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGTTACTAATAATTGAAAATTTTGT
Found at i:15848136 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 15848079--15848177 Score: 141
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
15848069 TAGTTTGAAA
* * *
15848079 TAGA-TTA-TTAAAT-GAGCATGAGTATTTGAACTTGTTTGGTAAG
1 TAGATTTATTTAAATGGA-CATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAG
15848122 TAGATTTATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAG
1 TAGATTTATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAG
15848167 TAGATTTATTT
1 TAGATTTATTT
15848178 TTTAAATCTC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 3, Indels: 4
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
43 4 0.08
44 3 0.06
45 41 0.82
46 2 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (45 bp):
TAGATTTATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAG
Found at i:15849216 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 15848954--15849295 Score: 366
Period size: 162 Copynumber: 2.1 Consensus size: 162
15848944 ATTTGTTGTT
* * * **
15848954 CAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTCCTTATT
1 CAAATAG--ATAATTATTTAAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
** * * * * *
15849019 AATTGTCTTAATATCAATAAAGTTATATCATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGATGA-A
64 AATTGTCAAAATATCAATAAACTTATATCATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAATAGA-AATA
* * *
15849083 ATCTTTTTAAAACAAAACAAAAGCTTATAGCGATTC
128 ATCTTTTTAAAACAAAACAAAAG-TCATAACAATTC
* * * *
15849119 CAAATAGATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATA-ATTTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
1 CAAATAGATAATTATTTAAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
* * * *
15849183 TTTTCAAAATATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAATTGAAATAAT
66 TTGTCAAAATATCAATAAACTTA-TATCATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAATAGAAATAAT
* ** *
15849247 TTTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTT
130 CTTTTTAAAACAAAACAAAAGTCATAACAATTC
*
15849280 TAAATAGATAATTATT
1 CAAATAGATAATTATT
15849296 CAAATAGTCA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 28, Indels: 8
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 29 0.20
162 88 0.60
163 23 0.16
165 7 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (162 bp):
CAAATAGATAATTATTTAAACTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
TTGTCAAAATATCAATAAACTTATATCATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAATAGAAATAATC
TTTTTAAAACAAAACAAAAGTCATAACAATTC
Found at i:15849901 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15849119--15855818 Score: 3438
Period size: 181 Copynumber: 37.3 Consensus size: 181
15849109 ATAGCGATTC
* * * * * * *
15849119 CAAATAG--ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAAT-AATTTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** * *
15849181 AATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAATTG-AAATA
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAT-
* * *
15849245 ATTTTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
15849296 CAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAAC--A-TT-TTTTTT-AATTTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** * *
15849356 -ATTTGTCAAAATAATAATAAA-TA--ATTA----A--TCCAATTAAGCTTGTATGAATAGAAAC
66 AATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * * * ** * * *
15849411 TACTGTTTTAT-AGCAGAACAAAAAGTTGA-AATGATTGGAAATAAATAATTGCT
129 TATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
15849464 CAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTTGATAAA-AAGATTTATTTTTT-AA-GTC-T-CTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * *
15849524 TAATTTTT-GAAATACTAATAGATTTGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA--CAAAA
65 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * * * *
15849586 CTATTTGTTTTATGAC-AAACAAGAGGTCATAACGATTTGGAATATATAATTATT
129 -TA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15849640 CAAATAGTCATAATTATTAGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
15849705 AATTTTT-GAAATATTATTAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA
66 AATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * *
15849768 TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTGGAATAGATAATTGTT
129 TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
15849821 CAAACT-GACATAACAATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTAT
1 CAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
15849885 TAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA-CGTAACT
65 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAT
* * * * * * * ** *
15849949 AATTATTTTATAATAGAACAAAAGATTTATTTTGTAA-ATAATTGATTTGAAGTATACTATTCTT
130 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCA-----TAACA-ATTTGAAAT--AG-ATA--ATTGTT
* * * *
15850013 CAAATAATCATAACTATTTGAA-TCGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ***
15850077 TAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-ATAT-AAA
65 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAA
* * * * * *
15850139 ACAATTGTTATATGACCAAACAAAACG-CAACAACAATTTGAAATAGATAATTATT
128 A-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * * * *
15850194 GAAAT-GACGATAATTATTTGAACTAATTTGACAAATAAATTCACTTTTTAAA----TTACTTAT
1 CAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * *
15850254 TAATTTTT-GAAATATTAATCAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-AAAA
65 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * * * *
15850317 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTT
129 -TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
15850371 CAAATATTCATAACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAA-CTTTTGCATA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
15850434 TTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTA-TTTATTTTGGATATGCTTTTATGAACTG-AAA
64 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * * * * *
15850497 TAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTT
129 T-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15850551 CAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * ** *
15850615 TTAATTTTTTGCATGTTAATAAATT-GAATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAG-ATATG-AA
64 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAA
* * * ** * ** *
15850677 ATAAATATTTTATGACTAAACAAAATATCAAAATGATCTT-AAATAGATAATTATT
128 AT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** *** ** * * *
15850732 CTAACAATTTTAACTATTTGAACAAATTTCCTCAAGCACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** **** * **
15850797 TAATTTTCT-GAATATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAACTAAGCTTCTATG-ATAAAAA
65 TAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATTGAAA
* ** * *
15850859 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCTTAATGATTT-AAGATTGAAAATTGTT
128 AT-ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTT
* * *
15850913 CAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * **
15850973 TAATTTTTA-AAGTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-ATAAAAAA
65 TAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAA
* * * * * * **
15851036 ACAATTATTTTATAACAAAA-AAAATGATCATAACATTTTCAAATAGATAATCATT
128 A-TATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * * * *
15851091 CAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTGATTCAGCAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * **
15851155 TAATTTCAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTACT-AATTG-AAA
65 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TGAATTGAAAA
* * * * ** * *
15851218 TAATTATTTTATGACAAATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTT
129 T-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * **
15851272 CAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTTTTGTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTC--TTACTT
* * * * *
15851337 ATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGAATTAATTTATTTTGAATAAGTTTGTAGGAATTGAAA
63 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
* * * * * * *
15851401 CA-ACTATTTTATAACTAAGCAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATT
128 -ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
15851455 CTAACAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
15851520 AATTTTTTA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAT-AACA
66 AA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAAA
*
15851583 -ATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
129 TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** ** * * * * **
15851635 CATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * ** * *
15851700 AAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA--CAAAACC
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA--
* * * * * * *
15851763 AATTGTTTAATGACAAAATAAAATGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
129 TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * *
15851816 CAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAATAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** * *
15851881 AATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTA-TATTTTCTTTTGAACAAGCTAATATTAA--CAAAAG
66 AA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA-
* * * ** *
15851942 CAATTGTTTTATGACAAGACATAAA-GTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
129 -TATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * *
15851996 CAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGCCTGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTA--TA-
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * * *
15852057 -AATTTTT-GAAATATTAA-AGTTTAGTTTTATTCTATTCTT-TATAAGCTTGTAT-AAGCT-AA
65 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAA
* *
15852116 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
127 AAT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** *
15852172 CATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTTGATAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
15852237 AATTTTCAAAATATTACTAAATTAGTATTAGTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-AT
* * * *
15852301 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGTTAATTATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
15852353 CAAATGGTCATAACTATTTGTACTGGTTTGGTAAACAGATATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
15852414 AATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTAT--CTTGAGAAAC
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA-AAA-
* * * * ** * * *
15852476 AATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGACAGTAGTT
129 TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * ** * * * * * *
15852529 CAAATTGCCATAATTTTTTTAATTAATTCGGTAAACTAATTT-TTTTTTAAAATTTTTTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
15852593 TAACTTTT-GTAATATTAATAAAGTAGTATTATTTCA-TTTGGATAAGATTTTATGAACT-AAAA
65 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * * ** * *
15852655 CAATTGTTTTATGACAAAACAAATGCTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATT
129 -TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * * **
15852709 CAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGTTAAATAAATTTATGTTTTCAAATCTC--A-TGCT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
** *
15852771 T-A---TT-G-ATA--AAT--A--AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAC
65 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA-
* * * * * *** * * *
15852823 AATTAG-TGTATGACTAAAGAAAAGGTCAGAGTGATTTAAAACAGATAATTATT
129 TATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * * *
15852876 TTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGA-CAACACATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
15852936 AATTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTATATG-ATTAGAAAC
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAA-
* * *** * *
15852999 A-ATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGGTTT-AAGATTGATATTTGTT
128 ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTT
* * * * *
15853051 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGA-AAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * * **
15853115 TAATAGTT-GAAATATTAA-AAATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGCT-AAA
65 TAATTTTTAG-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
* * * * *
15853177 ATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAACACCTTT-AAATAGATAATTGCT
128 AT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15853232 CAAATAGTCA-AATCTATTTGAATTTGTTGGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCA
1 CAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
15853296 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AA
64 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
* * * * ** *
15853360 ATAATTGTTTTATGACTAAACAATAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT
128 AT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * *
15853415 CTAATTGTGTTAACTATTTGAATTGGTTTGATAAA-AACATGTATGTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA-ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * **
15853479 CTAGTTTTTGGAATATGATTGAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAG-AAA
64 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * * * *
15853543 TAATTATTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTT
129 T-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
15853596 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGATAAATAGATTTA-GTTTTAAA-ATCTT--TTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * * ** * *
15853657 AATTTTCAAAATATAAATAGATTAGTATTATCTCATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACA-
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-AT
* * *
15853721 ATTATTTTATGACAAATTCAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTT
130 ATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
15853773 CAAATGGACATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
15853838 AATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAG-AAATA
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAT-
* * * * *
15853902 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGCT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * *
15853954 CAAACAATCATAACGATATAAACTTGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAGTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
15854017 TTAATTTTTGGAATCTAAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTCTATGAACAT-AAA
64 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAA
* ** * * *
15854081 CA-ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGTACTTGAAATCGATAATTATT
128 -ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * * *
15854135 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*** *
15854198 TAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAT-AA
65 TAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAA
* * * * * * *
15854260 ACA-ATTATTTTATGACACAATAAAAGGTCGTAACAATTTAAAATAAATAAATGTT
127 A-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
15854315 CAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTTGACAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTCATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * **
15854380 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATTAATT-AATGTA
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAT-
** *
15854444 ATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAA-TATT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
15854494 CAAATAGTTATGA-GATTTGAAATAGATAATT-ATTTAAA-TAGTTATGATTATTTGAACTTGCT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGT--TTGA--TAAACAAATT-T-ATT-TTTTAA-AT-CT
* * * * * * * * * *** * *
15854556 CGGTAAACATATTTATTTTGAAAATATT--TTACTTATTAATTGTCAAAATATT-AATAA-ATTA
56 C--T-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTT-
* * * * * * * * ***
15854617 ATATTATTTTAATCCGAATA-AGCTTGTATGAACAAAA-ATAATTATTTTGTGACAAAACAAAAA
115 GTATGAATTGAA----AATATTG-TTTTATG-ACAAAACA-AA--A----G-GTCATAACAATTT
** * *
15854680 GTCATA-ATGATTTGAAGT
166 GAAATAGAT-AATTG--TT
** ** * * * *
15854698 -AAATAATTGTTCAAATAATCATAACT-ATTTGAACTTATTTGGTAAAGAGA-TT-TTTTTTAAA
1 CAAAT-A--G-TC--ATAA-C-TATTTGAACTG-----GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
15854759 TCTTTTACTCATT-ATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-TATTGAAATAAGCTTG
53 TCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTG
* * * * *
15854821 TATGAATAGAAAA-ATATG--TTATGACAAAATAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTG
116 TATGAATTGAAAATAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
15854883 TT
180 TT
* * * * * *
15854885 CAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ***
15854950 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATCAA-CTTGTA-CAAACAAAAA
66 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAATTGAAAA
* * * * *
15855012 GAAAT-TTTTGTGACAAAACAAAA--T-AT-CCTAA--TG-ATTAGATAATTGTT
129 -TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** * * *
15855059 CAAACAGTTATAACTA--T--ACTAGTTAAGCCAATA-GATTTTTTTTTTTAAATC-CGTTACTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTT
* * *** * * *
15855118 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTGGTGTTATTTTTATTCCAAATAAGATTGTATTAATAGAA
63 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
* * ** ** * * *
15855183 ACA-ATTGTTTTAGGACAAAACAAATGACCATAATGACTTGAAATAAATAATTGCT
127 A-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *** *
15855238 CAAATTGTTATTACTAATTAAACTGGTTTG-TAAATGGATTTATTTATTAAA--TC-T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * * ** *
15855298 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTGAACAAACCTATATGAA-CAAAAACA
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAATA
** * ** *
15855362 TTTGTTTTACAACAAAAC-AAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTT
131 -TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
15855413 CTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA-ATCTT--TTACT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * ** *
15855475 AATTCTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAACAAGCTTGTATGAAAAGAACCA-
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA-AAT
* * * * ** *
15855539 ATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATAATAATGATTTGAGATAGATAATTGTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15855590 TAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * ** * * *
15855651 AATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTAGAATAATTTTGCAAGAA--CAAAAGC
66 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA--
* * * * * ** *
15855714 AATTGTTTGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTT
129 TATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * *
15855768 CAAATAGACATGATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA
15855819 GAAATCTGAT
Statistics
Matches: 4997, Mismatches: 1183, Indels: 685
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 3 0.00
165 8 0.00
166 25 0.01
167 114 0.02
168 58 0.01
169 20 0.00
170 20 0.00
171 54 0.01
172 40 0.01
173 21 0.00
174 46 0.01
175 170 0.03
176 557 0.11
177 469 0.09
178 220 0.04
179 132 0.03
180 876 0.18
181 1243 0.25
182 272 0.05
183 272 0.05
184 24 0.00
185 3 0.00
186 12 0.00
187 18 0.00
188 22 0.00
189 38 0.01
190 5 0.00
191 6 0.00
192 126 0.03
193 7 0.00
194 1 0.00
195 1 0.00
196 8 0.00
197 5 0.00
198 1 0.00
199 3 0.00
200 8 0.00
201 11 0.00
202 10 0.00
203 26 0.01
204 10 0.00
206 3 0.00
207 2 0.00
208 5 0.00
209 5 0.00
210 1 0.00
211 3 0.00
212 7 0.00
213 2 0.00
215 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAATA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
Found at i:15850197 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15850176--15850211 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
15850166 CAACAACAAT
15850176 TTGAAAT-A-GATAATTA
1 TTGAAATGACGATAATTA
15850192 TTGAAATGACGATAATTA
1 TTGAAATGACGATAATTA
15850210 TT
1 TT
15850212 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.39
17 1 0.06
18 10 0.56
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
TTGAAATGACGATAATTA
Found at i:15851867 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15849119--15855818 Score: 4197
Period size: 361 Copynumber: 18.6 Consensus size: 357
15849109 ATAGCGATTC
* * * * **
15849119 CAAATAG--ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATA-ATTTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAT-T-TTTCTTATT
* * ** * * ** *
15849181 AATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAATTGAAATAA
63 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAA
* * * *
15849246 TTTTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAT
127 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * **
15849310 TATTTGATCTAGTTCGGTAAAC--A-TT-TTTTTT-AATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATA
192 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTTAAATA
* ** * *
15849369 ATAATAAA-TA--ATTA----A--TCCAATTAAGCTTGTATGAATAGAAACTACTGTTTTAT-AG
256 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGA-
* * * * * * *
15849424 CAGAACAAAAAGTTGA-AATGATTGGAAATAAATAATTGCT
318 CAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15849464 CAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAA-GTCTCTTATTAAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAAT
* * * * * * * * *
15849528 TTTTGAAATACTAATAGATTTGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAACTATTTG
66 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAC-AATTG
* * * * *
15849593 TTTTATGAC-AAACAAGAGGTCATAACGATTTGGAATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTAT
130 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
15849657 TAGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
195 TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA
* * **
15849722 TAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGACAAA
260 TAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
15849785 ACAAAAGGTCGTAACAATTTGGAATAGATAATTGTT
322 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * **
15849821 CAAACT-GACATAACAATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTAT
1 CAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAT-T-TTTCTTAT
* * * * * **
15849885 TAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACGTAACTA
62 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAC-A
* * * * * * * ** *
15849950 ATTATTTTATAATAGAACAAAAGATTTATTTTGTAA-ATAATTGATTTGAAGTATACTATTCTTC
126 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCA-----TAACA-ATTTGAAAT--AG-ATA--ATTATTC
* *
15850014 AAATAATCATAACTATTTGAA-TCGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
179 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ***
15850078 AATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATATAAAACAA
243 AATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAA
* * * * * *
15850143 TTGTTATATGACCAAACAAAACG-CAACAACAATTTGAAATAGATAATTATT
307 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** ** * * * * *
15850194 GAAAT-GACGATAATTATTTGAACTAATTTGACAAATAAATTCACTTTTTAA-ATTACTTATTAA
1 CAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAA
* * * ** *
15850257 TTTTTGAAATATTAATCAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT
65 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATT
* * * * * *
15850322 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATATTCATAACTA
129 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * * **
15850387 TTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAA-CTTTTGCATATTAATTTTCAAAATATT
194 TTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATT
* * * * * * * *
15850451 AAGAAATTAGTATTA-TTTATTTTGGATATGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGTCAAA
258 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
15850515 ACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTT
322 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *
15850551 CAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT--AA--TTTTTCTTAT
*** * * ** * ** *
15850616 TAATTTTTTGCATGTTAATAAATT-GAATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAATA
62 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACA
* * * ** * ** * * * **
15850680 AATATTTTATGACTAAACAAAATATCAAAATGATCTT-AAATAGATAATTATTCTAACAATTTTA
126 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
*** ** * * * * *
15850744 ACTATTTGAACAAATTTCCTCAAGCACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCTGAA
190 ACTATTTGAACTGGTTTGGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAA
** **** * * *
15850809 TATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAACTAAGCTTCTATGATAAAAAATAATTGTTTTATG
254 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
15850873 ACAAAACAAATA--TCTTAATGATTT-AAGATTGAAAATTGTT
317 ACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTT
* * * *
15850913 CAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTATTAAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAAT
* * * *
15850977 TTTTAAAGTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGATAAAAAAACAATT
66 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--AACAAAACAATT
* * * * * * * * *
15851042 ATTTTATAACAAAA-AAAATGATCATAACATTTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATT
129 GTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * * * * ***
15851106 ATTTTAATTGATTCAGCAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTCAAAAATATT
193 ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATT
* ** * * *
15851171 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTACT-AATTGAAATAATTATTTTATGACAA
258 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
15851235 ATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTT
321 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
15851272 CAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTTTTGTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT-TTTT-AA----TTTTTCTT
* * * * * * **
15851337 ATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGAATTAATTTATTTTGAATAAGTTTGTAGGAATTGAAA
60 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAA
* * * * * * * * *
15851401 CAACTATTTTATAACTAAGCAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTT
124 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
15851466 AACCATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAA
189 AACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAA
* * * *
15851531 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATATAACAATTGTTTTATGAC
254 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGAC
* *
15851596 CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
319 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15851635 CATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA--TTTTT-CTTATT
* * * ** *
15851700 AAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAAAACCAA
63 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAA
* * * * * *
15851765 TTGTTTAATGACAAAATAAAATGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
127 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** ** *
15851830 TATTTGAAATGGTTTAATAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATAT
192 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATAT
* * ** * *
15851895 TAATAAATTAGTA-TATTTTCTTTTGAACAAGCTAATATTAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAA
257 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAA
* * * *
15851959 GACATAAA-GTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
321 AACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * * *
15851996 CAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGCCTGGTAAATAGAATTATTTTCTAA-ATCTCTTATAAAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAAT
* ** * * * *
15852060 TTTTGAAATATTAA-AGTTTAGTTTTATTCTATTCTT-TATAAGCTTGTAT-AAGCTAAAATAAT
66 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAA-C-AAAACAAT
* * *
15852122 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACT
128 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * **
15852187 ATTTGAACCGGTTTGATAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAT
193 ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATAT
* * * * *
15852251 TACTAAATTAGTATTAGTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAA
257 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
15852316 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGTTAATTATT
321 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15852353 CAAATGGTCATAACTATTTGTACTGGTTTGGTAAACAGATATATTTTTTAA-ATCTCTTATTAAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAAT
* * ****
15852417 TCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTATCTTGAGAAACAATTG
66 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTG
* * * ** * * * * * *
15852481 CTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA-CAGTAGTTCAAATTGCCATAATTT
130 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * *
15852545 TTTTAATTAATTCGGTAAACTA-ATTT-TTTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAACTTTTGT-AATA
194 TTTGAACTGGTTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTTAAATA
* * * * *
15852607 TTAATAAAGTAGTATTATTTCA-TTTGGATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
256 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
15852671 AAACAAATGCTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATT
320 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * * * *
15852709 CAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGTTAAATAAATTTATGTTTTCAA---ATC----TCA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAATTTTTCTTATTAA
** * * **
15852767 -TGCT----TATTGATAAATAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
65 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATT
* * * * *** * * ** *
15852827 AG-TGTATGACTAAAGAAAAGGTCAGAGTGATTTAAAACAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACT
129 -GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * **
15852891 ATTTGAACTAG-TTCG-ACAACACATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATAT
193 ATTTGAACTGGTTTGGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATAT
* * * * *
15852950 TATTAAATTTGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGA
257 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
15853014 AAAC-AAAGATCATAATGGTTT-AAGATTGATATTTGTT
320 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTT
* * * * * *
15853051 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGA-TTTA-TTTTTTAAT-T-TTTCTTAT
** * * * * * *
15853115 TAATAGTTGAAATATTAA-AAATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGCTAAAAT
62 TAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * **
15853179 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAACACCTTT-AAATAGATAATTGCTCAAATAGTCA-
125 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
15853242 AATCTATTTGAATTTGTTGGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTG
189 AA-CTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * *
15853307 AATGTTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
252 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
15853372 TGACTAAACAATAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT
315 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * * * *
15853415 CTAATTGTGTTAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAACATGTATGTTTTTAAATCTTTTACTTAC
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTT-AAT-TTTT-CTTAT
* ** * * * * * * *
15853480 TAGTTTTTGGAATATGATTGAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATA
62 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACA
* * * * * *
15853545 ATTATTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
126 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * **
15853609 CTATTTGAACTGTTTTGATAAATAGATTTA-GTTTTAAA-ATCTT--TTATTAATTTTCAAAATA
191 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATA
* * * * * * ** * *
15853670 TAAATAGATTAGTATTATCTCATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
256 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * *
15853735 AATTCAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTT
320 AA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
15853773 CAAATGGACATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAT-T-TTTCTTATT
* * * * * * *
15853838 AATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAA
63 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAA
* * * * ** * *
15853903 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGCTCAAACAATCATAAC
127 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * ** *
15853968 GATATAAACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTGGAATC
192 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATA
* * * * * *
15854032 TAAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTCTATGAACATAAACAATTGGTTTATGACA
256 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * *
15854097 AAACAAAAGGTCATAA-GTACTTGAAATCGATAATTATT
320 AAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTT
**** * * *
15854135 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTGCTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTT-TAATTTTT-CTTATT
* ***
15854199 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACATAAACA
63 AATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACA
* * * * * * * *
15854263 ATTATTTTATGACACAATAAAAGGTCGTAACAATTTAAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATAA
126 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
15854328 CCATTTGAACTTGTTTGACAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTTAGAAT
191 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AAT
* * * * *** *
15854392 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATTAATTAATGTAATTGTTTTATGAT
255 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
15854457 GAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAA-TATT
319 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * **
15854494 CAAATAGTTATGA-GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGCTCG
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGT--TT-GGTAAATAG--AT--TTA-TT----TT--T--
* *
15854558 GTAAACATATTTATTTTGAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
49 -T----A-ATTT-TTCT-----TA--TTA---ATT--TT-T-AAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
15854623 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAAT
93 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** *
15854688 GATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAGAGA-TT-T
157 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
15854751 TTTTTAAATCTTTTACTCATT-ATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-TATTGAAAT
222 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
* * * * *
15854814 AAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATG--TTATGACAAAATAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAG
286 AAGCTTGTATGAATA-AAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
15854876 ATAATTGTT
349 ATAATTGTT
* * * * * * * *
15854885 CAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAT-T-TTTCTTATT
* * * ** *
15854950 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATCAA-CTTGTACAAACAAAAAGA
63 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAAC-AAAACA
* * * * * * *
15855014 AAT-TTTTGTGACAAAACAAAA--T-AT-CCTAA--TG-ATTAGATAATTGTTCAAACAGTTATA
126 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** ** * *
15855071 ACTA--T--ACTAGTTAAGCCAATAGATTTTTTTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAA-TTTTTAG
190 ACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTTA-
* * *** * *
15855130 AATATTAATAAATTGGTGTTATTTTTATTCCAAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTA
252 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTA
* * ** * * * *
15855195 GGACAAAACAAATGACCATAATGACTTGAAATAAATAATTGCT
315 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
15855238 CAAATTGTTATTACTAATTAAACTGGTTT-GTAAATGGATTTATTTATTAA-ATCTCTTATTAAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAAT
* * * * * * * *
15855301 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTGAACAAACCTATATGAACAAAAACATTTG
66 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTG
** * ** * * * *
15855366 TTTTACAACAAAAC-AAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAT
130 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * ** *
15855430 TTAAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA-ATCTT--TTACTAATTCTTGGAATATTAT
195 TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA
* * * * *
15855492 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAACAAGCTTGTATGAA-AAGAACCAATTATTTTATGACAAAA
260 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
15855556 -TAAAGATAATAATGATTTGAGATAGATAATTGTT
323 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
15855590 TAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAA-ATCTCTTATTAAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAAT
* * * ** * *
15855654 TTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTAGAATAATTTTGCAAGAACAAAAGCAATTG
66 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTG
* * * * ** * * * * *
15855719 TTTGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTA
130 TTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
**
15855784 TTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
194 TTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
15855819 GAAATCTGAT
Statistics
Matches: 4924, Mismatches: 1165, Indels: 522
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 7 0.00
342 96 0.02
343 49 0.01
344 120 0.02
345 9 0.00
346 45 0.01
347 109 0.02
348 84 0.02
349 58 0.01
350 53 0.01
351 42 0.01
352 72 0.01
353 185 0.04
354 50 0.01
355 84 0.02
356 381 0.08
357 638 0.13
358 427 0.09
359 188 0.04
360 82 0.02
361 645 0.13
362 321 0.07
363 182 0.04
364 267 0.05
365 118 0.02
366 22 0.00
367 2 0.00
368 10 0.00
369 73 0.01
370 6 0.00
371 9 0.00
372 19 0.00
373 181 0.04
374 1 0.00
378 1 0.00
379 1 0.00
380 7 0.00
381 2 0.00
384 4 0.00
385 2 0.00
386 2 0.00
387 3 0.00
388 6 0.00
389 19 0.00
390 27 0.01
391 55 0.01
392 33 0.01
393 6 0.00
394 120 0.02
395 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTCTTATTAAT
TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
Found at i:15854517 original size:33 final size:35
Alignment explanation
Indices: 15854475--15854549 Score: 118
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
15854465 AGGTCATAAA
15854475 ATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTTATGA-G
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATG
* *
15854508 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATG
15854543 ATTTGAA
1 ATTTGAA
15854550 CTTGCTCGGT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 15 0.39
34 16 0.42
35 7 0.18
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (35 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATG
Found at i:15854545 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15854490--15854546 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 18
15854480 AAATAGATAA
*
15854490 TATTCAAATAGTTATGA-
1 TATTTAAATAGTTATGAT
* *
15854507 GATTTGAAATAG--ATAAT
1 TATTT-AAATAGTTATGAT
15854524 TATTTAAATAGTTATGAT
1 TATTTAAATAGTTATGAT
15854542 TATTT
1 TATTT
15854547 GAACTTGCTC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 7
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.29
17 7 0.23
18 15 0.48
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TATTTAAATAGTTATGAT
Found at i:15854901 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15854508--15855815 Score: 644
Period size: 176 Copynumber: 7.4 Consensus size: 179
15854498 TAGTTATGAG
* * * * * * *
15854508 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-TT
* * **
15854573 TTGAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
65 TT-TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
* * **
15854638 GCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAATG
129 GCTTGTATGAACAAAAATAATTATGTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * *
15854689 ATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAGAGATTTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTTTT
* ** * *
15854754 TTAAATCTTTTACTCATT-ATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTTAT-TGAAATAAG
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCG-AATAAG
* * * * * *
15854817 CTTGTATGAATAGAAA-AA-TATGTTATGACAAAATAAAATGTTATAGCA
130 CTTGTATGAACAAAAATAATTATGTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * *
15854865 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT--TT
* * * * **
15854930 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTTGAAT
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCGAAT
** * * *
15854993 CAA-CTTGTACAAACAAAAAGAAATT-T-TTGTGACAAAAC-AAAA-T-AT-CCTA
127 -AAGCTTGTATGAACAAAAA-TAATTATGTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-A
* * * * ** ** *
15855042 A--TG-ATTAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTA--T--ACTAGTTAAGCCAATAGATTTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA---TTT
** * ** * * *
15855100 TTTTTAAATCCGTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTGGTGTTATTTTTATTCCAAA
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTAATCCGAA
* * * * * * * * * * **
15855164 TAAGATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAAC-AAATGACCATAATG
126 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATGTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACA
* * * * * * * * * * **
15855218 ACTTGAAATAAATAATTGCTCAAATTGTTATTACTAATTAAACTGGTT-TGTAAATGGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-TT
* ** * * ** *
15855282 TATTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTGAACAA
65 T-TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
* * * * * * * ** * * **
15855343 ACCTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACAACAAAAC-AAAGGTCAAAATG
129 GCTTGTATGAACAAAAATAATTATGTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * * ** *
15855393 ATTTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TT-TT
* * * * ** *
15855458 TTTTAAAATCTTTTACTAATT-CTTG---GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAACA
64 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
** * * * * **
15855519 AGCTTGTATGAA-AAGAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TAATAATG
128 AGCTTGTATGAACAA-AAATAATTATGTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * *
15855570 ATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGGTAAACAGATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTT--
* ** * * * **
15855634 TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTAGAATA
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
** * * ** * * * **
15855695 ATTTTGCAAGAACAAAAGCAATTGT-TTGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATG
128 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTATGTT-ATGACAAAA-CAAAAAGTCATAACA
* * * * * *
15855748 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-TT
15855813 TTT
65 TTT
15855816 TAAGAAATCT
Statistics
Matches: 865, Mismatches: 205, Indels: 118
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.01
171 49 0.06
172 28 0.03
173 18 0.02
174 26 0.03
175 48 0.06
176 189 0.22
177 168 0.19
178 140 0.16
179 86 0.10
180 24 0.03
181 65 0.08
182 7 0.01
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTTTT
TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGC
TTGTATGAACAAAAATAATTATGTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
Found at i:15855094 original size:574 final size:572
Alignment explanation
Indices: 15853974--15855069 Score: 1236
Period size: 574 Copynumber: 1.9 Consensus size: 572
15853964 TAACGATATA
* * * * *** *
15853974 AACTTGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATCTAAATAA
1 AACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATAAATAA
* * ** * * *
15854039 AATAGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTCTATGAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
66 AATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAA
* ** * *
15854104 AGGTCATAAGTACTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAA
131 AAGTCATAAGTACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAA
* * * *
15854169 ACATATTTATTTTTAAAATTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
196 ACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTCATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
* * * *
15854234 TTCAAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACACAATAAAAGGTCGTAACAATTT
261 TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATGTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTT
* * *
15854299 AAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTTGACAAACAAATTTATATTTT
326 AAAATAAATAAATGTTCAAATAGCCATAACCATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTCATATTTT
* *
15854364 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCT
391 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCT
** ** * * ** *
15854429 ATATTAATTAATGTAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAAAATTTGAAATAGATAATATT
456 ATACAAAAAAAAGTAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AAA-TTGAAATAGATAATATT
*
15854494 CAAATAGTTATGAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTTG
519 CAAACAGTTATGAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTTG
* * *
15854548 AACTTGCTCGGTAAACATATTTA-TTTTGAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
1 AACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATAAATA
* * * * *
15854612 AATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTGTGACAAAACAA
65 AAATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAA
* * * * ****
15854677 AAAGTCATAA-TGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGGT
130 AAAGTCATAAGT-ACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAA
* *
15854741 AAAGAGATTT-TTTTT-AAATCTTTTACTCATT-ATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTAT
194 AAACAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTCATTAATT-TCTGAAATATTAATAAATTTATATTA-
* * * * *
15854802 TTTTATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AA-TATGTTATGACAAAATAAAATGTTATAGC
256 TTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATGTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
15854864 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCAG
321 AATTTAAAATAAATAAATGTTCAAATAGCCATAACCATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTCA-
* *
15854929 T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAA
385 TATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAA
* * * * * *
15854992 TCAA-CTTGTACAAACAAAAAG-AAAT-TTTTGTGACAAAACAAAATATCCT-AA-TG-ATTAGA
449 T-AAGCCTATACAAA-AAAAAGTAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATTGAAATAGA
*
15855051 TAATTGTTCAAACAGTTAT
512 TAA-TATTCAAACAGTTAT
15855070 AACTATACTA
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 81, Indels: 29
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
564 8 0.02
565 15 0.03
567 2 0.00
569 19 0.04
570 144 0.33
571 8 0.02
572 48 0.11
573 34 0.08
574 153 0.35
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (572 bp):
AACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATAAATAA
AATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAA
AAGTCATAAGTACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAA
ACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTCATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATGTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTT
AAAATAAATAAATGTTCAAATAGCCATAACCATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTCATATTTT
AAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCT
ATACAAAAAAAAGTAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATTGAAATAGATAATATTCA
AACAGTTATGAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTTG
Found at i:15855836 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 15855721--15855922 Score: 404
Period size: 104 Copynumber: 1.9 Consensus size: 104
15855711 AGCAATTGTT
15855721 TGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATT
1 TGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATT
15855786 TGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAAATC
66 TGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAAATC
15855825 TGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATT
1 TGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATT
15855890 TGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
66 TGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
15855923 ATCTCATACT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
104 98 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (104 bp):
TGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATT
TGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAAATC
Found at i:15856078 original size:286 final size:282
Alignment explanation
Indices: 15855564--15856078 Score: 630
Period size: 286 Copynumber: 1.8 Consensus size: 282
15855554 AATAAAGATA
* * * * *
15855564 ATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTTGGTAAACAGA
1 ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGA
*
15855629 TTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTAGAAT
66 TTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAT
** * *
15855694 AATTTTGCAAGAACAAAAGCAATTGTTTGATAACAAAATAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAG
131 AAACTTGCAAGAACAAAAGCAATTGTTTGATAACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAA
* * * * *
15855759 ATAATTGTTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAAAT
196 ATAATTATTCAAACAGACATAATGATATGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAAAT
15855824 CTGATAACAAAATAAAAAAGTC
261 CTGATAACAAAATAAAAAAGTC
* *
15855846 ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAG
1 ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAG
* * *
15855910 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
65 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * ** *
15855975 TAG-ATAAACTTGTATGAATATAAA-TAATTGTTTTCTAACAAAACAAAATA-TCATAACT-A-T
125 TAGAATAAACTTGCAAGAACA-AAAGCAATTGTTTGATAACAAAACAAAAAAGTCATAA-TGATT
*
15856035 TCAAAATAAAATAATTATTCAAACA-ATTATAATGATATGAACTT
188 TC-AAAT-AAATAATTATTCAAACAGA-CATAATGATATGAACTT
15856079 GCTCAATAAA
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 28, Indels: 18
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
282 67 0.35
283 2 0.01
284 5 0.03
285 13 0.07
286 101 0.52
287 6 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (282 bp):
ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGA
TTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAT
AAACTTGCAAGAACAAAAGCAATTGTTTGATAACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAA
ATAATTATTCAAACAGACATAATGATATGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAAAT
CTGATAACAAAATAAAAAAGTC
Found at i:15856952 original size:532 final size:534
Alignment explanation
Indices: 15855984--15857048 Score: 1617
Period size: 532 Copynumber: 2.0 Consensus size: 534
15855974 CTAGATAAAC
* *
15855984 TTGTATGAATATAAATAATTGTTTTCTAACAAAACAAAATATCATAACTATTCAAAATAAAATAA
1 TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACTATTCAAAATAAAATAA
* *
15856049 TTATTCAAACAATTATAATGATATGAACTTGCTCAATAAACATATTTATATTTTAAAGTTTTACT
66 TTATTCAAACAATCATAATGATATGAACTTGCTCAACAAACATATTTATATTTTAAAGTTTTACT
* * * * *
15856114 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGA
131 TTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAATACTATTTTATTTCGAATACGCTTGTATGAACAAA
15856179 AACAATTGGTTTAAGACAAACAAAAGGTCATATCCATTTGAAATAGACAAAACATTATGACCTTT
196 AACAATTGGTTTAAGACAAACAAAAGGTCATATCCATTTGAAATAGACAAAACATTATGACCTTT
** *
15856244 TGTTTTGTCAAAAAACAATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTATCTCAAATAAAATAACACAACTTT
261 TGTTTTGTCAAAAAACAATTAGTTCGGTTCATGCAAGCTTATCTCAAATAAAATAACACAAATTT
* ** *
15856309 ATTAGTATTCTGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTATTGAACAAGTTTC
326 ATTAATATTCTGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTACAGAACAAGTTCC
* *
15856374 AATAGTTATGACTATCTACACAATTATTTATTTTATATCATTATGACTTTTT-TTTTGTCATAAA
391 AATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
15856438 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTACTTTATTAACT-TTTTGA
456 ACAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTA-ATTATTAA-TATTTTAA
15856502 AAAATAATAAGTAAAAA
518 AAAATAATAAGTAAAAA
**
15856519 TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAAT-AAATAA
1 TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACTATTCAAAATAAAATAA
** * *
15856583 -TAGTTCAAACAATCATAATGATATGAACTTGCTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTA
66 TTA-TTCAAACAATCATAATGATATGAACTTGCTCAACAAACATATTTATATTTT-AAAGTTTTA
* * *
15856647 C-TTATTAATTTTTGGAATATCAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATACGTTTGTATGAACA
129 CTTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAATACTATTTTATTTCGAATACGCTTGTATGAACA
* * * *
15856711 AAAACAATTGGTTTAAGACAAACGAAAGGTTATA-CTATTTGAAATAGATAAAACATTATGACCT
194 AAAACAATTGGTTTAAGACAAACAAAAGGTCATATCCATTTGAAATAGACAAAACATTATGACCT
* * *
15856775 TTTG-TTTGTCAAAAAACAATTGGTTCGGTTCATGCAAGCTTATTTCAACA-AATATAACACAAA
259 TTTGTTTTGTCAAAAAACAATTAGTTCGGTTCATGCAAGCTTATCTCAA-ATAAAATAACACAAA
* *
15856838 TTTATTAATATT-TAGACAATTAGAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTACAGAATAAG
323 TTTATTAATATTCT-GACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTACAGAACAAG
* * *
15856902 TTCCAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
387 TTCCAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
*
15856967 TAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTATTAATATTTTA
452 TAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTATTAATATTTTA
15857032 AAAAATAATAAGTAAAA
517 AAAAATAATAAGTAAAA
15857049 GATTTTAAAA
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 43, Indels: 16
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
530 1 0.00
531 29 0.06
532 191 0.40
533 58 0.12
534 139 0.29
535 63 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (534 bp):
TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACTATTCAAAATAAAATAA
TTATTCAAACAATCATAATGATATGAACTTGCTCAACAAACATATTTATATTTTAAAGTTTTACT
TTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAATACTATTTTATTTCGAATACGCTTGTATGAACAAA
AACAATTGGTTTAAGACAAACAAAAGGTCATATCCATTTGAAATAGACAAAACATTATGACCTTT
TGTTTTGTCAAAAAACAATTAGTTCGGTTCATGCAAGCTTATCTCAAATAAAATAACACAAATTT
ATTAATATTCTGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTACAGAACAAGTTCC
AATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTATTAATATTTTAAAAA
ATAATAAGTAAAAA
Found at i:15857303 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15856766--15858060 Score: 993
Period size: 181 Copynumber: 7.2 Consensus size: 179
15856756 AGATAAAACA
* * * *
15856766 TTATGACCTTTTG-TTTGTCAAAAAACAATTGGT-TCGGTTCATGCAAGCTTATTTC-AACA-AA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTATC-ATTTATACAAGCTTA-TTCGAA-ATAA
* * * * * *
15856827 TATAACACAAATTTATTAATATT-TAGACAATTAGAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CTTGT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTA-ATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TGT
* * * * * * * * * *
15856890 TTACAGAATAAGTTCCAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATTTGTTTTAAATCG
124 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * * *
15856946 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCATTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* ** * *
15857010 AATATTAA-TTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATAC-GTTTA-
65 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTAC
* * *
15857072 TCGAACAAG-TCTAAATAGTCATAACTACTTT-AATAGTTATCTATTTCAAATCG
128 T-GAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
15857125 TTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGAATCAGTTTATATC-GGCTTACTT-GAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCA-TTTATA-CAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * *
15857188 ATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* *
15857253 CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
127 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* ** * * * * *
15857306 TTTTGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-ATTTATACAAGCTTA-TTCGAA-ATAAA
* * * *
15857371 AAAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT
63 ATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATT-AATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * *
15857434 TTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATAG
126 ACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* *
15857488 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTATC-ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
*
15857552 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
64 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * *
15857617 TGAGCAAGCTCTAATAGTTATGATTGTTTGAATACTTATTTATTTAAAATAG
128 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * ** * *
15857669 TTATGATCTTTTATTTTGTGATCAAACAATTGTTTCTATTCATACCGGTTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
** ** *** * * * *
15857734 AACGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAACAAATTTATTTACC
65 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * *
15857799 AAACAAGTTCAAATAGTTGTG-TTCGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * * * * * *
15857850 TTGTGACCTTATGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTTATTTCTTAC-AGAATTATTCAAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTATCATTT-ATACAAG-CTTATTCGAAATAA
** * * * * *
15857914 AATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATT--TAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTA
62 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
15857976 CTAAACCAGTTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCA
127 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCG
* * *
15858029 TTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
15858061 TTCTTTTCAT
Statistics
Matches: 907, Mismatches: 168, Indels: 84
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 1 0.00
178 18 0.02
179 183 0.20
180 113 0.12
181 381 0.42
182 129 0.14
183 78 0.09
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
Found at i:15857569 original size:363 final size:356
Alignment explanation
Indices: 15856766--15860063 Score: 1700
Period size: 363 Copynumber: 9.3 Consensus size: 356
15856756 AGATAAAACA
* * * *
15856766 TTATGACCTTTTG-TTTGTCAA-AAAACAATTGGTTCGGTTCATGCAAGCTTATTTC-AACA-AA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGT-AATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAC-AGCTTA-TTCGAA-ATAA
* * * * * *
15856827 TATAACACAAATTTATTAATATT-TAGACAATTAGAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CTTGT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTCCA-A-AAATA-ATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TGT
* * * * * * * * *
15856890 TTACAGAATAAGTTCCAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTATGACTT
123 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAATCGTTATGACCT
* * * * * *
15856955 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTA-TTTGGATTAAAATAATATTAA
187 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAAAATA-TAA
* * * *
15857018 -TTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATACGTTTATCGAACAAGT
251 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAATT
* * * *
15857082 CTAAATAGTCATAACTACTTT-AATAGTTATCTATTTCAAATCG
315 C-AAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* ** * *
15857125 TTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGAATCAGTTTATATCGGCTTACTT-GAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTTATA-CAGCTTA-TTCGAAATAAAA
* * *
15857189 TAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC
64 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* *
15857254 TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG
127 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTG
**
15857319 TTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAAAAATATAAATTT
191 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAT-AAAAAAAATAT-AATTT
* * * *
15857384 ATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACATTCAA
254 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-ATTCAA
*
15857449 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATAG
318 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
*
15857488 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTGTTTCTGTTTATAC-AGCTTATTCGAAATAAAA
*
15857552 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
64 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAATA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * * * *
15857617 TGAGCAAGCTCTAATAGTTATGATTGTTTGAATACTTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTA
127 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTG
* ** * *** * ***
15857682 TTTTGTGATC-AAACAATTGTTTCTATTCATACCGGTTTATTCAAAATAAAATAACGCTAATTTA
191 TTTTGTCA-CAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAAAATATAATTTA
* * ** * * * * * * *
15857746 TTAATATTCTGAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAACAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAA
255 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA-TTCAA
* * *
15857811 ATAGTTGTG-TTCGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-
318 ATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AG
* * ** * * * * * *
15857850 TTGTGACCTTATGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTTATTTCTTACAGAATTATTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTTTCTGTTT-ATACAG-CTTATTCGAAATAAA
** * * * * * *
15857915 ATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAT-TTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * *
15857978 AAACCAGTTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTATGATC-TTTAT
128 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * ** * * ** *
15858042 TTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATTAGCTTATTTAG-ATTAGGATAATACTAA--T-T
192 TTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAAAATA-TAATTTAT
* * * *** *
15858103 TAATA--ATAAAAA-TAA-ATGT----ACTTT-----CCCA-A-----A-C--TC-ATTCAAATA
256 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAATTCAAATA
* * * *
15858145 GTCAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATAG
321 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * *
15858181 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATTATCTCAT-TTCT-TACAAGCTTAATCGAAAT-AA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-TGTT-TATAC-AGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
15858243 ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAAT-AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
** * * * *
15858308 ACCAAACAAGCTCAAATAGATATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT
125 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * *
15858373 TGTTTTG-CAATAAAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTA-TTCGAA-ATAAAATAATACT
189 TGTTTTGTC---ACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATA-AAAAAAATA-T
* * * * * * * * *
15858435 ACTTTAGTAATATT-TGACAAATTATTAAGCAAGAGA-TTTAAAAATTAAAGCAT-TTTTTCAAA
249 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-TAAA-TATGTTTATCGAA
* * * * * * * *
15858497 CCAGTTCAAATAGTTACGACCACTTAAATAAATATCAATCTCAAATAG
310 -CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * *
15858545 CTATGATC-TTTGTTTTGTCATGAAAAAAATT-TTT-TGATCATACAAGCTTATTC-AGATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAAT-AAAACAATTGTTTCTGTTTATAC-AGCTTATTCGAAAT-AAA
* * ** * * *
15858606 ATAATA-TAATTTAATAATATTTC-AAAA-AATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
63 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-AC
** * ** * * * * * * ** *
15858668 T-AATTAGTTCAAATTGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTA
127 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
15858732 TTTTATCATAAAATAACTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTA
191 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAAAATA-TAATTT
* * * * * * *
15858795 ATT-ATCATACAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
254 ATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-TAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA-TT
* * * * *
15858859 CAAATAGTTATCATTATTTGAATATTTATCTATTTAAAATCG
315 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * * *
15858901 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TACTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCT-GTTTAT-ACAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *
15858965 TAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAA-AAATCAT-TTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTA
* *** * * * * * * *
15859027 CTAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATGTTTTAAATCGTTATTACCTTTC
126 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
15859092 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCA-ACATACAAGCTCA-TTTGAA-ATAAAATAATACTAAT
190 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTTGAATA-AAAAAAATA-TAAT
* * * * *
15859154 TTATTAATATT-TCAAGAATTAGTAAG---AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTTAACTAAT
252 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATC-GAAC-AAT
* *
15859214 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
314 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
15859257 TTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAC-AGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * *
15859322 AATACTAGTTTAATAATATTCTAAAAATTTATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCT
65 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * * * *
15859387 GAATAATTTTAAATAGTTAAGACAATATGAGCAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACCTTTTGT
128 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * ** ** *
15859452 TTTATCATAAGA-TATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAA-CCAATTTGT
192 TTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAA-AAAATATAATTTAT
* * * * * * * * *
15859515 TAATA-TCTCAAAATT--T-TGTAAGAGA-TTTAAAAAGAATTCTATTTA-CTAAACCAGTTCAA
256 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTATC-GAA-CAATTCAA
* * * *
15859574 ATAATTATAACTATTTGAA-AA-TATATATTTCAAATTG
318 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * * * *
15859611 TTATTACTTTTTATTTTATCATAAGATAATTGTTTTTATTCATATA-AG-TTCATTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTT--TATACAGCTT-ATTCGAAATAAA
* * * * *
15859674 ATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAATAAGAA-ATTTAAAAAGTAAATATGTT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAA-TAAT-AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * * * * *
15859737 TACCAAATAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACCTT
124 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTT
* * * * ** *
15859802 TTGTTTTGTCATC-AAACTATTGGTTT-TGTTCTTACTATTTTA-TTTGAA-ATAAAATAATACT
188 TTGTTTTGTCA-CAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATA-AAAAAAATA-T
** ** * * ** * *
15859863 AATTTCA-TAATATTCTAAAGCTTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATATAATTGTCAAACC
249 AATTT-ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAA-C
* * * * *
15859927 AATTCAAATAATTAAG-CTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTG
311 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * ** * * * * *
15859972 TTATGACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAC-AGCTTATTCGAAATAAAAT
* *
15860036 AATAC-ACATTTAATAATATTTCAAAAAT
65 AATACTA-ATTTATTAATATTCCAAAAAT
15860064 TATCCATGCC
Statistics
Matches: 2273, Mismatches: 507, Indels: 318
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
328 24 0.01
329 16 0.01
330 8 0.00
331 61 0.03
332 14 0.01
333 65 0.03
334 8 0.00
335 4 0.00
336 36 0.02
338 1 0.00
339 5 0.00
340 1 0.00
341 4 0.00
342 4 0.00
343 2 0.00
347 6 0.00
348 1 0.00
351 1 0.00
352 2 0.00
353 16 0.01
354 180 0.08
355 91 0.04
356 277 0.12
357 136 0.06
358 115 0.05
359 102 0.04
360 305 0.13
361 210 0.09
362 149 0.07
363 314 0.14
364 115 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAAAATATAATTTATTAATA
TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAATTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
Found at i:15857929 original size:544 final size:539
Alignment explanation
Indices: 15856764--15859810 Score: 1308
Period size: 544 Copynumber: 5.7 Consensus size: 539
15856754 ATAGATAAAA
* * * * * ** * * *
15856764 CATTATGACCTTTTGTTT-GTCAAAAAACAATTGGTTCGGTTCATGCAAGCTTATTTCAA-CAAA
1 CATTGTGACCTTATGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTCAATAAAA
* * * * * * *
15856827 TATAACACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAGAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTT
66 AAAAATATAAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAAAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAA-TTGTTT
* * * * * * * * *
15856892 ACAGAATA-AGTTCCAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTATGACTTT
128 ACTGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATAGTTATGACCTT
* * * * *
15856956 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATT
192 TTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
** *
15857020 ATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATACGTTTATCGAACAAGTCTA
256 ATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTATCGAACAAGTCTA
* * * *
15857085 AATAGTCATAACTACTTTAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAA
321 AATAGTCATAACTACTTTAATACTTATCTATTTAAAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTAATAAA
* * * *
15857150 ACAATTGAATCAGTTTATATCGGCTTACTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAA
386 ACAATTGAATCAGTTCATACCGGCTTACTTAAAATAAAATAACACTAATCTATTAATATTCCAAA
** * ** *
15857215 AACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
451 AACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
15857280 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
516 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
15857304 CGTTTTGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAA
1 CATTGTGACCTTATGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTA-TTTCAATAAA
*
15857369 AAAAAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTT
65 AAAAAATATAAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT-TGTTT
** *
15857434 TTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATAGTTATGACCTT
128 ACTGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTT-AAATAGTTATGACCTT
15857498 TTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
192 TTGTTTTGTCATAAAC-AATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-
* * * *
15857562 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATTGAGCAAGC
254 TTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAC-GTTTATCGAACAAG-
* * ** * * * *
15857626 TCT-AATAGTTATGA-TTGTTTGAATACTTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTG
317 TCTAAATAGTCATAACTACTTT-AATACTTATCTATTTAAAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTA
* ** * * *
15857689 ATCAAACAATTGTTTCTA-TTCATACCGGTTTA-TTCAAAATAAAATAACGCTAATTTATTAATA
381 ATAAAACAATTGAATC-AGTTCATACCGGCTTACTT-AAAATAAAATAACACTAATCTATTAATA
** * ** *
15857752 TTCTGAAAATTAAT-AGGTTGGAGATTTAAAAAACAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
444 TTCCAAAAACTAATGA-GTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * *
15857816 TGTG-TTCGTTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
508 TATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** *** * * *
15857848 CATTGTGACCTTATGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTTATTTCTTAC-AGAATTA-TTCAA-A
1 CATTGTGACCTTATGTTTCATCACAAAACAATT-GTTTCTA-TTCATACAAG-ATTATTTCAATA
* * * *
15857910 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAATT--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAACTAAATT
63 A-AAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAATTAAAAAGTAA-AAATTTTAAAAA-TAAA-T
* * * *
15857970 TATTTACTAAAC-CAGTTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCA-TTAT
123 TGTTTACTGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAAT-AGTTAT
* * ** * * **
15858033 GATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATTAGCTTATT-----TAGATTAGGA
186 GACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * ** *
15858092 -TAA-TACT-A-ATT--------TAATAA-TAAAA-A--T---AAAT--GTAC-TTTCCCAAACT
250 CTAATTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTATCGAAC-
* * * * * * * * *
15858135 CATTC-AAATAGTCA-AGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTTTGACCTTTTGTTT
314 AAGTCTAAATAGTCATA-ACTACTT-TAATACTTATCTATTTAAAATAGTTATAACCTTTTATTT
* * * * * * ** * ** * *
15858197 AGTCATAAAGCAATT-ATCTCATTTCTTACAAGCTTAATCGAAAT-AAATAATACTAATTTATTA
377 TGTAATAAAACAATTGA-ATCAGTTCATACCGGCTTACTTAAAATAAAATAACACTAATCTATTA
* * * * * * *
15858260 ATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-ATTAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAA
441 ATATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAACA--AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * *
15858324 TAGATATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAAT
504 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
15858360 CGTTATGACCTTTTGTTTTGCAAT-AAAAAAAAATTGTTTCAATTCATA-AAAACTTA-TTCGAA
1 CATTGTGACCTTATG-TTT-C-ATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGA-TTATTTC-AA
* * * * * ** * *
15858422 -ATAAAATAATACT-ACTTTAGTAATATTTGACAAATTATTAAGCAAGAGA-TTTAAAAATTAAA
61 TAAAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAAAAGTAA-AAATTTTAAAAA-T-AA
* * * * * * * * * * * *
15858484 GCATT-TTTTC-AAAC-CAGTTCAAATAGTTACGACCACTTAAATAAATATCAATCTCAAATAGC
121 --ATTGTTTACTGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TTTTTAAATAGT
* * ** *
15858546 TATGATC-TTTGTTTTGTCATGAAAAAAATT-TTT-TGATCATACAAGCTTATTC-AGATAAAAA
183 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT--AAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAA
* * * ** **
15858607 TAATA-TAATTTAATAATATTTCAAAAAATAACAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
245 TAATACTAA-TTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTAT
* ** * * * * * * * * **
15858667 CTAATTAGT-TCAAATTGTTAAAATTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTAAGATT
309 CGAACAAGTCT-AAATAGTCATAACTACTT-TAATACTTATCTATTTAAAAT-AGTTATAACCTT
* * * * ** * ** * ** *
15858729 TTATTTTATCATAAAATAACTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-
371 TTATTTTGTAATAAAACAATTGAATCAGTTCATACCGGCTTACTTAAAATAAAATAACACTAATC
* * * * * * *
15858793 TAATT-ATCATACAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
436 T-ATTAAT-ATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * *
15858857 TTCAAATAGTTATCATTATTTGAATATTTATCTATTTAAAAT
498 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** * * * *
15858899 CGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TACTTCATAAAAGTTTA-TCCAA-AAT
1 CATTGTGACCTTATGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGATTATTTCAATAA-
* * * * *
15858961 AAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAA-AAATCAT
64 AAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAAAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT--T
** * * * * * *
15859023 -TTTACT-AA-ATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATGTTTTAAATCGTTATT
124 GTTTACTGAACA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATAGTTATG
** *** * *
15859085 ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATAC
187 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * *
15859150 TAATTTATTAATATTTC-AAGAAT--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTTAAC
251 TAA-TTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTATC-GAAC
* * * * * * * *
15859210 TAA-TTTAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTC
314 -AAGTCTAAATAGTCATAACTACTTT-AATACTTATCTATTTAAAATAGTTATAACCTTTTATTT
* * * ** * * * * * *
15859273 TGTCATAAATCAATT-ATTTCTA-TTCATACAAGTTTA-TTCAAAACAAAATAATACTAGTTTAA
377 TGTAATAAAACAATTGA-ATC-AGTTCATACCGGCTTACTT-AAAATAAAATAACACTAATCTAT
* * * * * * * * * * * *
15859335 TAATATTCTAAAAATTTATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CCTGAATAATTTTAA
439 TAATATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAA
* * * * **
15859399 ATAGTTAAGACAATATGAGCAATTATCTATTTTGAAT
503 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
15859436 CGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAGA-TATTATTTCAACTCATACAAGTTTA-TTCAGA-ATA
1 CATTGTGACCTTATGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTCA-ATA-A
* ** * * * ** * * * *
15859498 AAATAAA-ACCAATTTGTTAATATCTCAAAATT---TTGTAAGAGA-TTTAAAAAGAATTCTATT
64 AAAAAAATATAAATTTATTAATATTTAAAAATTAAAAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT-TGTT
* * * * * * * *
15859558 TACTAAAC-CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATATAT-ATTTCAAATTGTTATTACTT
127 TACTGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTTTTTAAATAGTTATGACCT
* * * * *
15859620 TTTATTTTATCATAAGATAATTGTTT-TTATTCATATAAG-TTCATTCGAAATAAAATAATATTA
191 TTTGTTTTGTCATAA-ACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
15859683 ATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAA-TAAGAA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAAT
253 A-TTATTAATATTCCA-AAAAATAAT-AAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATACGTTTATCGAAC
* ** * * * * * *
15859745 AA-TTTCAAATAGTTTTTACTA-TTTGAATAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
314 AAGTCT-AAATAGTCATAACTACTTT-AATACTTATCTATTTAAAATAGTTATAACCTTTTATTT
15859808 TGT
377 TGT
15859811 CATCAAACTA
Statistics
Matches: 1970, Mismatches: 388, Indels: 303
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 48 0.02
512 174 0.09
513 20 0.01
514 9 0.00
515 23 0.01
516 76 0.04
517 12 0.01
518 4 0.00
519 2 0.00
520 9 0.00
521 5 0.00
522 8 0.00
523 1 0.00
524 3 0.00
529 1 0.00
530 8 0.00
531 76 0.04
532 34 0.02
533 34 0.02
534 22 0.01
535 143 0.07
536 58 0.03
537 195 0.10
538 244 0.12
539 118 0.06
540 69 0.04
541 100 0.05
542 92 0.05
543 84 0.04
544 276 0.14
545 12 0.01
546 9 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
CATTGTGACCTTATGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTCAATAAAA
AAAAATATAAATTTATTAATATTTAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTGTTTACT
GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAATAGTTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTATTAA
TATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTATCGAACAAGTCTAAATAG
TCATAACTACTTTAATACTTATCTATTTAAAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
TGAATCAGTTCATACCGGCTTACTTAAAATAAAATAACACTAATCTATTAATATTCCAAAAACTA
ATGAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAAT
Found at i:15859350 original size:538 final size:531
Alignment explanation
Indices: 15858131--15860066 Score: 1667
Period size: 538 Copynumber: 3.6 Consensus size: 531
15858121 TACTTTCCCA
* * * * * *
15858131 AACTCATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTTTGACCTTTTGTT
1 AACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * * * * *
15858196 TAGTCAT-AAAGCAATTATCTCATTTCTTACAAGCTTAATCGAAAT-AAATAATACTAATTTATT
66 TTGTCATAAAATCAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * * *
15858259 AATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAA
131 AATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAA
*
15858324 TAGATATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAA
195 TAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-AT---A
** * * *
15858388 AAAAATTGTTTCAA-TTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATATTTGA
256 AAAAATTGTTT-AACTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCA
* * * * *
15858452 CAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCATTTT-TTCAAACCAGTTCAAATAGTTACGA
320 AAAATTA-TAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAATCATTTTACT-AAACCAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
15858516 CCACTT-AAATAAATATCAATCTCAAATAGCTATGATCTTTGTTTTGTCATGAAAAAAATT-TTT
382 CCATTTGAAA-ATATAT--ATTTCAAATAGTTATTACCTTTATTTTGTCAT-AAAAAAATTGTTT
* * * * * * *
15858579 TGATCATACAAGCTTA-TTCAGATAAAAATAATATAATTTAATAATATTTCAAAAAATAACAAGA
443 TCATCATACAAGCTCATTTGAAAT-AAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* *
15858643 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCT
507 GATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACT
* * * * * ** * ** *
15858669 AATTAGTTCAAATTGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTATT
1 AACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *
15858734 TTATCATAAAAT-AACTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTAAT
66 TTGTCATAAAATCAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * * *
15858797 TATCATACAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAA
131 AAT-ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * ** * *
15858862 ATAGTTATCATTATTTGAATATTTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
194 ATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* *
15858927 CAATTGTTTTACTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA
259 -AATTGTTTAACTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA
*** *
15858992 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-AAATCATTTTACTAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATT
323 ATT-ATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCATTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATT
* * * * *
15859056 TGAACAATTATATGTTTTAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAAC
387 TGAA-AA-TATATATTTCAAATAGTTATTACCTTT-ATTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TCATC
* *
15859121 ATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTT
448 ATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
15859186 AAAAAATAAATATGTTTACTT
512 AAAAAATAAATATGTTTAC-T
* * *
15859207 AACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
1 AACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *
15859272 CTGTCAT-AAATCAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAGTTTAA
66 TTGTCATAAAATCAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * * * *
15859335 TAATATTCTAAAAATTTATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CCTGAATAATTTTAA
130 TAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-GAACAAGTTCAA
* * ** * *
15859399 ATAGTTA-AGACAATATGAGCAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAG
194 ATAGTTATA-ACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
15859463 ATATTATTTCAAC-TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTTGTTAATATCTC-AA
258 AAATTGTTT-AACTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
15859526 AATT-T-TGTAAGAGATTTAAAAAGAATTC-TATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTAT
322 AATTATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCAT-TTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCAT
* * * * * *
15859588 TTGAAAATATATATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTATCATAAGATAATTGTTTTTATTCA
386 TTGAAAATATATATTTCAAATAGTTATTAC-CTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTCA-TCA
* * * *
15859653 TATAAGTTCATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAA
449 TACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--T-AATAAGAG
* *
15859717 ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACC
508 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* *** * *
15859741 AAATAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
1 AACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
* * * * * ** * *
15859806 TTTGTCATCAAA-CTATTGGTTTT-GTTCTTACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTC
65 TTTGTCATAAAATCAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** ** * * ** ** *
15859869 ATAATATTCTAAAGCTTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATATAATTGTCAAACCAA-TTCA
129 ATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCA
* * * *** * * * * *
15859933 AATAATTA-AGCTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCTTAAA
193 AATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*** * * *** * *
15859997 ACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC-ACATTTAATAATATTTCAA
258 A-AATTGTTTAACTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAC-TTTATTAATATTTCAA
15860060 AAATTAT
321 AAATTAT
15860067 CCATGCCAAA
Statistics
Matches: 1133, Mismatches: 222, Indels: 88
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
530 3 0.00
531 85 0.08
532 22 0.02
533 37 0.03
534 91 0.08
535 247 0.22
536 79 0.07
537 187 0.17
538 252 0.22
539 129 0.11
540 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
AACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
TTGTCATAAAATCAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAAT
AATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
AGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAA
TTGTTTAACTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
ATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCATTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAA
AATATATATTTCAAATAGTTATTACCTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTCATCATACAAGC
TCATTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTACT
Found at i:15859770 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15858137--15860065 Score: 1297
Period size: 181 Copynumber: 10.8 Consensus size: 179
15858127 CCCAAACTCA
* * * * * * * *
15858137 TTCAAATAGTCAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * * *
15858202 TAAAGCAATT-ATCTCATTTCTTACAAGCTTAATCGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
15858265 CAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTACCAAACAAG
130 -TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAG
* * * ** * *
15858318 CTCAAATAGATATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-CA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC-
* ** * ** * *
15858382 ATAAAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATA
65 AT--AAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** **
15858447 TTTGACAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCAT-TTTTTCAAACCAG
128 TTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACCAAATAAG
* * * * * * * * * * *
15858501 TTCAAATAGTTACGACCACTTAAATAAATATCAATCTCAAATAGCTATGATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
15858565 TGAAAAAAATT-TTTTGA-TCATACAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATA-TAATTTAATAATAT
66 T-AAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
15858626 TTCAAAA--AATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCTAATTAG
129 TTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAG
* ** * * * * ** * *
15858675 TTCAAATTGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
15858740 TAAAATAACTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTAATT-ATCAT
66 TAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
** * * * *
15858803 ACAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
129 -TTAAAAATTAAT-AATAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAG
* * * *
15858857 TTCAAATAGTTATCATTATTTGAATATTTATCTATTTAAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
15858921 ATAAAACAATTG-TTTTACTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
65 ATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
15858985 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAA-AAATCAT-TTTACTAAATTGG
129 TT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAATAAG
* * * * * * * * **
15859036 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATGTTTTAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
15859101 TAAAACAATTGTTTCTCA-ACATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTT-TTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
15859165 TCAAGAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTTAACTAA-
130 T-AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAATAAG
* * *
15859213 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
15859278 T-AAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAGTTTAATAATATT
66 TAAAAT-AATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
15859342 CTAAAAATTTATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CCTGAATAAT
130 -TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAATAAG
* * * * ** ** * *
15859394 TTTAAATAGTTAAGACAATATGAGCAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * *
15859459 TAAGAT-ATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAAAACCAATTTGTTAATATC
66 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * * * **
15859522 TCAAAATT--TTGTAAGAGATTT-AAAAAGAATTCTATTTACTAAACCAG
130 TAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAG
* * * * * * * *
15859569 TTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AA-TATATATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15859632 TAAGATAATTGTTTTTATTCATATAAGTTCATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
15859697 AGAAAATTAATCAATAAGAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAATAAT
131 A-AAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAG
* * * *
15859748 TTCAAATAGTTTTTACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
15859813 TCAAACT-ATTGGTTTTGTTCTTACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTCA-TAATAT
66 T-AAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATAT
** * * * ** ** *
15859876 TCTAAAGCTTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATATAATTGTCAAACCAA-
129 T-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-TAAG
* * * * * * * * *
15859929 TTCAAATAATTAAG-CTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
15859993 TAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC-ACATTTAATAATATT
66 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
15860056 TCAAAAATTA
130 T-AAAAATTA
15860066 TCCATGCCAA
Statistics
Matches: 1362, Mismatches: 322, Indels: 130
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 37 0.03
174 119 0.09
175 64 0.05
176 49 0.04
177 127 0.09
178 41 0.03
179 237 0.17
180 120 0.09
181 274 0.20
182 163 0.12
183 84 0.06
184 47 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAG
Found at i:15859771 original size:712 final size:705
Alignment explanation
Indices: 15858234--15860062 Score: 1676
Period size: 712 Copynumber: 2.5 Consensus size: 705
15858224 ACAAGCTTAA
*
15858234 TCGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAT
1 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAAT
* * * * * *
15858298 TAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGT
63 AAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGT
* * * *
15858363 TATGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAAAAAAATTG-TTTCAATTCATAAAAACTTATTCGAAATAA
127 TATAACCTTTTGTTTTGTC-AT--AAAACAATTGTTTTCAA--CATACAAACTTATTTGAAATAA
* * * * *
15858426 AATAATACTACTTTAGTAATATTTGACAA-ATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCATTT
187 AATAATACTAATTTA-TAATATTT--CAAGA--ATT-AGAAAGAGATTTAAAAAATAAA-TA-TA
* * * * * * * * * * *
15858490 TTTCAAACCAGTTCAAATAGTTACGACCACTTAAATAAATATCAATCTCAAATAGCTATGATC-T
244 TTTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* *
15858554 TTGTTTTGTCATGAAAAAAATTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATATAATTT
309 TTGTTTTGTCAT-AAAACAATTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAAAAAATAATATAATTT
* * *
15858618 AATAATATTTCAAAAAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCTAATTAGTTCAAATT
372 AATAATATTTCAAAAAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCTAATAAGTTCAAATA
* * * *
15858683 GTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTATTTTATCATAAAATAA
437 GTTAAAAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTATCATAAAATAA
* * ** ** * *
15858748 CTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTAATTATCATACAAAAAATT
502 CTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTAATTATCATACAAAAAATT
* * * * *
15858813 AATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATCATTATTT
567 -ATGAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTT
* * * *
15858878 GAATATTTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACTTCA
630 GAATATATATATATTTAAAATCGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTACTTCA
*
15858943 TAAAAGTTTAT
695 TAAAAGTTCAT
* * *
15858954 CCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-AA
1 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAA
* ** * ** * *
15859018 ATCAT-TTTACTAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATGTTTTAAATCGTT
65 AT-ATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGTT
* ** * *
15859082 ATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAA
128 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCAACATACAAACTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
15859147 TACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTTAACTA
192 TACTAATTTA-TAATATTTCAAGAATTAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-C-AAACCA
* * * *
15859212 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTC
254 ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
15859277 ATAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCA-AAACAAAATAATACTAGTTTAATAATA-
319 ATAAAACAATT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAAA-AAAATAATA-TAATTTAATAATAT
* * *
15859340 TTCTAAAAATTTATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CCTGAATAATTTTAAATAGT
380 TTC-AAAAA---ATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCT-AATAAGTTCAAATAGT
* ** * * * * *
15859404 TAAGACAATA-T-GAGCAATTATCTATTTTGAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAGAT-A
439 TAA-A-AATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTATCATAAAATAA
* * ** **
15859466 TTATTTCAACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTTGTTA--ATATCTCAAAAT
502 CTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTAATTATCATA-CAAAAAAT
* * * *
15859529 T-T-TGTAAGAGATTT-AAAAA-GAATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTT
566 TATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTT
* * * * *
15859590 GAA-A-ATATATATTTCAAATTGTTAT-TACTTTTTATTTTATCATAAGATAATTGTTTTTA-TT
630 GAATATATATATATTTAAAATCGTTATGAAC-TTTTATTTTATCATAAAACAATTG-TTTTACTT
*
15859651 CATATAAGTTCAT
693 CATAAAAGTTCAT
* * *
15859664 TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAGT
1 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AAGCAAGAGATTTAAAAA-T
* * * * *
15859728 AAATATGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATTGT
63 AAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTTTTT-AAATCGT
* * *** * * **
15859793 TATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATTGGTTTTGTTCTTACTATTTTATTTGAAATAAAATA
127 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
15859858 ATACTAATTTCATAATATTCTAAAGCTTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATATAATTGTCA
191 ATACTAATTT-ATAATATT-TCAAG---AATTAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-ATT-TCA
* * * *
15859923 AACCAATTCAAATAATTAAG-CTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATT
249 AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * ** ** *
15859987 TTATCTTAAAACAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACACATTTAATAA
314 TTGTCATAAAACAA-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAAAAAAATAATATA-ATTTAATAA
15860052 TATTTCAAAAA
377 TATTTCAAAAA
15860063 TTATCCATGC
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 165, Indels: 96
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
709 3 0.00
710 105 0.12
711 20 0.02
712 217 0.24
713 31 0.03
714 83 0.09
715 76 0.08
716 94 0.10
717 12 0.01
718 116 0.13
719 86 0.10
720 7 0.01
721 49 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (705 bp):
TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAA
TATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAATCGTTATA
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT
AATTTATAATATTTCAAGAATTAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTCAAACCAATTCAAA
TAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAAAAAAATAATATAATTTAATAATATTTCAAAAAATA
ACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCTAATAAGTTCAAATAGTTAAAAATATTAGAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTCAACTCATACAAG
CTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTAATTATCATACAAAAAATTATGAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATATATATATATTTAAAAT
CGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTACTTCATAAAAGTTCAT
Found at i:15859779 original size:354 final size:352
Alignment explanation
Indices: 15858237--15859823 Score: 1024
Period size: 356 Copynumber: 4.4 Consensus size: 352
15858227 AGCTTAATCG
* * *
15858237 AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATTA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-CTAAGAAATTT--AAAAATAA
* ** * * * * *
15858300 ATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTA
62 ATATGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGTTA
* * * * * *
15858365 TGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAAAAAAATTG-TT-TCAATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAA
126 TAACCTTTTGTTTTGTC-AT--AAAACAATTGATTCTCAA--CATACAAGCTCATTAGAAATAAA
* * * * * * ** * *
15858427 ATAATACTACTTTAGTAATATTTGACAA-ATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCATTTT
186 ATAAAACCAATTTATTAATATCT--CAAGA--ATT-AGTAAGAGATTTAAAAAAGAAA-TATATT
* ** * * * * * * * *
15858491 TTC-AAACCAGTTCAAATAGTTACGACCACTTAAATAAATATCAATCTCAAATAGCTATGA-TCT
245 TACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT-AATATCTATTTCAAATTGTTATAACT-T
* * * *
15858554 TTGTTTTGTCATGAAAAAAATT-TTTTGA-TCATACAAGCTTATTC-
308 TTGTTTTGTCAT--AAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCA
* * * *
15858598 AGATAAAAATAATA-TAATTTAATAATATTTCAAAA--AATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAAATTT-AAAAATAAAT
* * * * * * ** ** * * * * *
15858659 GTGTTTGCCTAATTAGTTCAAATTGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTA
64 ATGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGTTATA
** * * * * * * * * * *
15858724 AGATTTTATTTTATCATAAAATAACTG-TT-TTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTCA--ACATACAAGCTCATTAGAAATAAAATAAA
* * * * * * * *
15858787 ACTAATTAATT-ATCATAC-AAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACC
191 ACCAATTTATTAAT-AT-CTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AAAAAAGAAATATATTTACT
* * * * * * *
15858850 GAACAAGTTCAAATAGTTATCATTATTTGAATATTTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGT
249 AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA-ATATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGT
* *
15858915 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTTACTTCATAAAAGTTTATCCA
312 TTTGTCAT-AAATAATTGTTTTTA-TTCATAAAAGTTTATTCA
* *
15858957 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAA-AAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-CTAAGAAATTTAAAAATAAAT
* *** * * * *
15859020 CAT-TTTACTAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATGTTTTAAATCGTTAT
64 -ATGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGTTAT
* ** * * *
15859084 TACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATA
127 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTCAACATACAAGCTCATTAGAAATAAAATAAAA
* * * * * * *
15859149 CTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTTAACTAAT
192 CCAATTTATTAATATCTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATATATTTACTAAACCAGT
* * *
15859214 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCAT
257 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA-TATCTATTTCAAATTGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * *
15859279 AAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
320 AAAT-AATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCA
* * * * *
15859313 AAACAAAATAATACTAGTTTAATAATATTCTAAAAATTTATAACTAAGATATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAAATTT-AAAAATAAAT
* * * * * * *
15859378 CTGTTT-CCTGAATAATTTTAAATAGTTAAGACAATATGAGCAATTATCTATTTTGAATCGTTAT
64 ATGTTTACC-AAATAATTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCT-TTTTAAATCGTTAT
* * * * * *
15859442 GACCTTTTGTTTTATCATAAGA-TATT-ATT-TCAACTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATA
127 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTCAA--CATACAAGCTCATT-AGAAATAAAATA
* * * *
15859503 AAACCAATTTGTTAATATCTCAA-AATTTTGTAAGAGATTT-AAAAAGAATTCTATTTACTAAAC
189 AAACCAATTTATTAATATCTCAAGAA-TTAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATATATTTACTAAAC
* * * * *
15859566 CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATATATATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTAT
253 CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATATCTATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTTGT
* * *
15859630 CATAAGATAATTGTTTTTATTCATATAAGTTCATTCG
317 CATAA-ATAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCA
*
15859667 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAGTAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AACTAAGAAATTTAAAAA-TAAA
* * * * *
15859731 TATGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATTGTTAT
63 TATGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTTTTT-AAATCGTTAT
* *
15859796 AACCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATTG
127 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
15859824 GTTTTGTTCT
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 199, Indels: 111
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 1 0.00
353 15 0.02
354 169 0.17
355 86 0.09
356 246 0.25
357 163 0.17
358 101 0.10
359 22 0.02
360 5 0.01
361 117 0.12
362 29 0.03
363 20 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAATAAATAT
GTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTTTTTAAATCGTTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTCAACATACAAGCTCATTAGAAATAAAATAAAACCAA
TTTATTAATATCTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATATATTTACTAAACCAGTTCAA
ATAGTTATAACTATTTGAATAATATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAATAA
TTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCA
Found at i:15861507 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15861475--15861510 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
15861465 AACAAGTTTA
15861475 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
15861493 AATAATTAT-CTATTTG
1 AATAATTATACTATTTG
15861509 AA
1 AA
15861511 ATTGCTACAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:15861582 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15860085--15862627 Score: 1776
Period size: 181 Copynumber: 14.2 Consensus size: 180
15860075 AATTGTTTCA
* * * * * *
15860085 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTA-TTTGAATTAAATTAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATA
* * * * *
15860149 CTAATTTATTAACAATCTT-AAAATTAATCAGAAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTA-CTG
65 CTAATTTATTAA-TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA--AAATCTATTTATC-G
* * *
15860212 AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATG
126 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * *** *
15860267 ACCTTTTGTTTTCTTATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACTAGCTTATTCAAAATAAAATTATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC
* * * * ** * *
15860332 AAATTTATTACTATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATC
66 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAATCTATTTATCGAA-C
* * * * *
15860397 -ATTTCAAATAATTAT-AGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT
129 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * **
15860448 ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTT-TATCATTTAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT
*
15860511 ACTACTTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTG
64 ACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTATC-G
* * * *
15860574 AACCAA-TTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATTGTTATA
126 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATG
** * * * * * **
15860629 AATTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGA-AAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAATA
* * * * * * * * *
15860693 CTAATCTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACC
65 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACA
* * * * * * * *
15860758 A-TCCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAACCATTTTAAAATGTTATG
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* ** * *
15860808 ACCTTTT-TTATGTCATAAAA-AATT-TTTCAGTTCATACTAGCTTA-GTTGAAATAAAATAA-A
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA
* * * * *
15860868 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAATATTTCAGTTTA-CAT
65 CT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCT-A-TTTATC-G
* * * *
15860928 AACTAGTTCAAAAAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
126 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * * * *
15860983 AATTTTTGCTTTT-TCATAAAATAAATGTTTTTGTTTATATAAG-TTTTTTTGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT
* * *
15861046 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
64 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTATCGAA
* * * *
15861107 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACAAATTATTTATTTAAAATCGTTATG
128 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * ** ** *
15861160 ACTTTTTGTCTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGCTTAATATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC
* * * * * * * ** * *
15861225 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTGCCGAGCT
66 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACA
* * * * **
15861290 AGATCAAATAGTCAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *** * * **
15861341 GCATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTAAATTCTTATAATTTTA-TTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA
* *
15861405 -TAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACA
65 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACA
* * * * * **
15861469 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTACA
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * *
15861520 ACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGGATAAAATAATA
1 ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
*** * * * *
15861585 -TAAATTTATTAATATTAGGACAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
65 CT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTATCGAA
* * *
15861649 TAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
128 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
15861702 ACTTTTTGTTTTGTAATAAAGCAATTATTTCTATTCATACAAGGTTA-TTTAAATTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATA
* * * * *
15861766 TTAATTTATTAATA--TT-----TTGAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
65 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTATCGAAC
** * * * * **
15861823 AAAATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATT-TG
129 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
15861874 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTTAGTTCA-ACTAAGCTTATTTTAAATAAAATGATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
* * * * ** * * *
15861938 CTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATGAGTAAGAGAATTAAAAATTAATCTGTTTATTGAACT
65 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACA
* ** * * * * *
15862003 TGTTCAAATAGTTATGACTACATGAATAATTATCTATTTAAAAATATTATA
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * **
15862054 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTATGTTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC
* * ** *
15862118 TAAATTGATTAATGTTACAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTGAA
66 T-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAAATCTATTTATC-GAA
* * ** * **
15862181 CATGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCCTTATG
128 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
15862234 ATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAA-TGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT
* * * * * * * * * *
15862296 ATTTATTTTTTAAAAATTTCAAAAATTAGTAAGT-AGTAGAATGAAATAATAAATCTATATA-CT
64 ACTAATTTATT-AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAA-AAAAAATCTATTTATC-
* * * * *
15862359 GAGCGAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCT-TTATG
125 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATG
* * * * * * * * * * ***
15862415 ATCTTTTGTCTTATTATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC
* * * * ** * * *
15862480 CAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATATGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCAAT-GAAA
66 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATT-TATCGAAC
* * * * * ** ** * * * *
15862544 AAGTTTAGATAATCATGTCCGTTCAAACTATTATCAATTTCAAAATATTATG
129 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * *
15862596 ACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
15862628 TGTTTAAAAT
Statistics
Matches: 1843, Mismatches: 430, Indels: 177
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 80 0.04
173 79 0.04
174 12 0.01
175 49 0.03
176 56 0.03
177 123 0.07
178 81 0.04
179 209 0.11
180 303 0.16
181 633 0.34
182 211 0.11
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
Found at i:15862205 original size:893 final size:882
Alignment explanation
Indices: 15860085--15862507 Score: 2234
Period size: 893 Copynumber: 2.7 Consensus size: 882
15860075 AATTGTTTCA
* * * * * * *
15860085 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAC-AAGTTTATTTGAATTAAATTAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAG-TTATTTTAAATAAAATAATA
* *
15860149 CTAATTTATTAACAATCTT--AAAATTAATCAGAAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTACTG
65 CTAATTTATTAA-TAT-TTCAAAAATTAAT-AG--AAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATTG
* * * *
15860212 AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTT
124 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAAAAATTATCTATTTAAAAATGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
15860277 TTCTTATAAAACAATT-GTTTTAGTTAATACTAGCTTATTCAAAATAAAATTATACAAATTTATT
188 TTATTATAAAACAATTGGTTAT-GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATAAATTTATT
* * * *
15860341 ACTATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGA-TTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCAT-TTCAA
251 AATATTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AATTTTAAAAA-TAAATCT-TTTTCCGAA-CATGTTCAA
* * * * * ** * * *
15860404 ATAATTATAGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAA
311 ATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
15860469 CAAATGTTTTTTATCATT-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT-TTTTCAA
375 C-AATGTTTTAT-TC-TTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTT-AA
**
15860532 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCGAATAGTTATGAC
436 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGAC
* * * *
15860596 TATTTGAACAATTGTATACTTTAAATTGTTATAAATTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT
499 TATTTGAACAATTATATA-TTTAAATTGCTACAAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT
**
15860661 ATTCATACAAGCTTATTCAGAGAAAAATAATACTAATCTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTA
563 ATTCATACAAGCTTATTCAGAGAAAAATAATACTAATCTAGTAATATTAGGAAAATTAATAACTA
* * *
15860726 AGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCATCCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAAC
628 AAAGAATTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAATCCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAAC
* * *
15860791 CATTTTAAAATGTTATGACCTTTTTTATGTCATAAAAAATTTTTCAGTTCATACTAGCTTAGTTG
693 CATTTCAAAATGTTATGACCTTTTTTATGTAATAAAAAATTTTTCAGTTCATACAAGCTTAGTTG
* * *
15860856 AAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATATTTCAG
758 AAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTT--AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAAAATATCAG
* * ** * * **
15860921 TTTACATAACTAGTTCAAAAAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
821 TTTACAGAACAAAATCAAAAAATCATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATG
** * * * *
15860983 AATTTTTGCTTTT-TCATAAAATAAATGTTTTTGTTTATA-TAAGTTTTTTTGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAGTTATTTT-AAATAAAATAAT
* ** *
15861046 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCA
64 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
* * * *
15861110 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAACAAATTATTTATTT-AAAATCGTTATGACTTTTTGTCTTAT
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTGAA-AAATTATCTATTTAAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * ** *
15861174 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGCTTAATATAATACT-AATTTATTAATA
192 TATAAAACAATTGGTTATGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
** * * * * *
15861238 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTGCCGAGC-TAGATCAAATAGT
255 -TTCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTTTAAAAATAAATCTTTTT-CCGAACAT-GTTCAAATAGT
* * * * *
15861302 CAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATT
316 TAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T
* **
15861367 GTTTAAATTCTTATAATTTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAA
379 GTTT-TATTCTTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAA
* * *
15861431 TAATTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA
443 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACT-GAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * *
15861495 TAATTATCTATTTGAAATTGCTACAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATA
507 CAATTATATATTT-AAATTGCTACAAACTTTTG-TTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
** * * * * *
15861560 CAAGCTTATTTTG-GATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAGGACAATTAGTAAGTAAAAGA
570 CAAGCTTATTCAGAGA-AAAATAATACT-AATCTAGTAATATTAGGAAAATTAATAACTAAAAGA
* * * * ***
15861623 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCA-TTATA-ACTATTTGAACAATTATTT
633 ATT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA-TCCAAAT-ATTTA-AGACTATATGAACAATTAACC
* * * * *
15861686 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAGCAATTATTTCTA-TTCATACAAGGTTA-
694 ATTTCAAAATGTTATGACCTTTT-TTATGTAATAAA-AAATT-TTTC-AGTTCATACAAGCTTAG
* * * ** *
15861749 TTTAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGA-TAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
755 TTGAAA-TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAA-AAATAT
* * * * * *
15861812 -A-TTTACCGAACAAAATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATT-TG
818 CAGTTTACAGAACAAAATCAAAAAATCATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATG
* * *
15861874 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTTAGTTCA-ACTAAGCTTATTTTAAATAAAATGATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAG-TTATTTTAAATAAAATAATA
* * * *
15861938 CTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAATTAATCTGTTTATTGAAC
65 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
** * * * * *
15862002 TTGTTCAAATAGTTATGACTACATGAATAATTATCTATTTAAAAATATTATAACCTTTTGTTTTG
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAAAAATTATCTATTTAAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
15862067 TCATAAAAAAATTGGTTATGTTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTGATTAATG
191 TTATAAAACAATTGGTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
* *
15862132 TTACAAAAATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACATGTTTAAATAGTTA
255 TT-CAAAAATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAATAAATCT-TTTTCCGAACATGTTCAAATAGTTA
* *
15862197 AAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCCTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATGT
318 AAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATGT
* * * * * * *
15862261 TTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTTATTTTTTAAAAATTTCAAAAATTAGT
381 TT-TATTCTTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTT-AATATTTTAAAAATTAAT
* * * * * * *
15862326 AAGT-AGTAGAATGAAATAATAAATCTATATACTGAGCGAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAA
444 AAGTAAG-AGATTTAAA-AAAAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * * *
15862390 CAATTATTTATTTCAAATCT-TTATGATCTTTTG-TCTTATTATAAAATAATTATTTCTATTTAT
507 CAATTATATATTT-AAAT-TGCTACAAACTTTTGTTC-TATCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * * **
15862453 ACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATA
569 ACAAGCTTATTCAGAGA-AAAATAATACTAATCTAGTAATATTAGGAAAATTAATA
15862508 TGTTGGAGAT
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 235, Indels: 128
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
890 12 0.01
891 130 0.11
892 219 0.18
893 352 0.29
894 298 0.24
895 91 0.07
896 13 0.01
897 49 0.04
898 61 0.05
899 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (882 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAGTTATTTTAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTGAAAAATTATCTATTTAAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTATTATA
AAACAATTGGTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAA
AATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAATAAATCTTTTTCCGAACATGTTCAAATAGTTAAAACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTATTCTTA
TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAAAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTA
AATTGCTACAAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGA
AAAATAATACTAATCTAGTAATATTAGGAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAATAAATCTGTT
TATCGAACAATCCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAACCATTTCAAAATGTTATGACCTTT
TTTATGTAATAAAAAATTTTTCAGTTCATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATT
AATATTTAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAAAATATCAGTTTACAGAACAAAATCAAAAAATCA
TAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATG
Found at i:15862386 original size:713 final size:713
Alignment explanation
Indices: 15860083--15862507 Score: 1727
Period size: 712 Copynumber: 3.4 Consensus size: 713
15860073 CAAATTGTTT
* * * * * * *
15860083 CAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATACAAGTTTA-TTTGAATTAAATT
1 CAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTTGAA-TAAAAT
* * * * * * *
15860145 AATACT-AATTTATTAACAA-T-CTTAAAATTAATCAGAAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATT
64 AATA-TAAATTTATTAA-AATTAC-AAAAATTAGTAAGTAAAAGAATGAAAAAA-TAAATCTATA
* * * * * *
15860207 TA-CTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACC
125 TATC-GAACAAGTTAAAATCA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-T
* * * * * * * * *
15860270 TTTTGTTTTCTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACTAGCTTATTCAAAATAAAATTATACAA
187 TTTTGTTTT-TAATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAAGTTTATT-TAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
15860334 ATTTATTACTATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATC-A
249 ATTTATTAATATT-T-AAAATTAATAA--AA--GATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AAACAA
** * * * * * ** *
15860398 TTTCAAATAATTAT-AGCCATTTCAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGT-TTG
307 AATCAAATAGTCATGA-CTATTT-AACAAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTT-
* * * * * ** * *
15860460 GTCATATAACAAATGTTT-TTTATCATTTAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTTATTA
369 ATAATAAAACAACTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
15860523 ATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCA-ATTCGAAT
432 ATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGA-TCAAAT
* * ** * * * ** * *
15860587 AGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATTGTTATAA-ATTTTTGTTCTATCATAAAA
495 AGTCAAGACTACATGAATAATTATCTA-TTTAAAATCATTATAACA-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** ** * * ***
15860650 CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAGA-AAAATAATACTAATCT-AGTAATATTTTG
558 AAATTGGTTAAATTCATACAAGTTTATTTCA-A-ATAAAATAATA-TAAT-TGATTAATATTACA
* * * * * * ** * *
15860712 AAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCA-TCCAAATATTTAAGACT
619 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTAAAACT
* * * * * **
15860776 ATATGAACAATTAACCATTTTAAAATGTTA
684 ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTCCTA
** * ** *
15860806 TGACC-TTT-TTTATGTCATAAAA-AATT-TTTC-AGTTCATACTAGCTTA-GTTGAAATAAAAT
1 CAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTTG-AATAAAAT
* * * * * * * * * *
15860865 AAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-ATATTTCAGTTTA
64 AATATAAATTTATTAAAATTACAAAAATTAGTAAGTAAAAGAATGAAAAAATAAATCT-A-TATA
* * * *
15860925 -CATAACTAGTTCAAAA-AATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTT
127 TC-GAACAAGTT-AAAATCATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ATTT
* * * * * * * *
15860988 TTGCTTTTTCATAAAATAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATA
189 TTG-TTTTTAATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTT-AAATAAAATAATACTAATT
* * * **
15861053 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAAT
252 TATTAATATTT--AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAAATCAAAT
* ** * * *
15861118 AGTTATGACTATTTAACAAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTCTTATTATAAAACA
315 AGTCATGACTATTTAACAAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTATAATAAAACA
* ** * ** * *
15861183 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGCTTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAT
380 ACTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAG
* * * **
15861248 TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTGCCGAGCTAGATCAAATAGTCAAGACTATTT
445 TAATAAGTAAAAAA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCAAGACTACAT
* ** * * *
15861313 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTAAATTCT
509 GAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTAAATTCA
* * * ** ** *
15861378 TATAATTTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGAT
574 TACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
** *
15861443 TTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
639 TTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTT
*
15861508 GAAATTGCTA
704 GAAATTCCTA
* * * * *
15861518 CAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGGATAAAATAA
1 CAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAA
* ** * * * * *
15861583 TATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
66 TATAAATTTATTAAAATTACAAAAATTAGTAAGTAAAAGAATGAAAAAATAAATCTATATATCGA
* *
15861648 ATAAGTTCAAATCATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTT
131 ACAAGTTAAAATCATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TTTTTGTTT
** * * *
15861713 TGTAATAAAGCAATTATTTCTATTCATACAAGGTTATTTAAATTAAAATAATATTAATTTATTAA
195 T-TAATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
** * *
15861778 TATTT-TGA-TAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAAATCAAATAGTCATGA
258 TATTTAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAAATCAAATAGTCATGA
* * * * *
15861841 TTATTTGAA-TAATTAACTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTT
323 CTATTT-AACAAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTATAATAAAACAACTGTTT
* *
15861904 -TAGTTCA-ACTAAGCTTATTTTA-AATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAAT
387 CTA-TTCATAC-AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAAT
* * * * ** * * * *
15861966 GAGTAAGAGAA-TTAAAAATTAATCTGTTTATTGAACTTGTTCAAATAGTTATGACTACATGAAT
449 AAGTAA-AAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCAAGACTACATGAAT
* ** *
15862030 AATTATCTATTTAAAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTATGTTCATGC
513 AATTATCTATTT-AAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTAAATTCATAC
*
15862094 AAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTGATTAATGTTACAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT
577 AAGTTTATTTCAAATAAAATAATAT-AATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
* * *
15862158 TAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACATGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTT
640 TAAAAAAAAATCTATTTATC-GAACAAGTTTAAATAATTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTT
15862222 GAAA-TCCTTA
704 GAAATTCC-TA
** * *
15862232 TGATCTTTTG-TTTTGTCATAAACTAA-TGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTTGAAATAAAATA
1 CAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTG-AATAAAATA
** * * ** *
15862294 ATATTTATTTTTTAAAAATTTCAAAAATTAGTAAGTAGTAGAATGAAATAATAAATCTATATA-C
65 ATATAAATTTATT-AAAATTACAAAAATTAGTAAGTAAAAGAATGAAAAAATAAATCTATATATC
* * * *
15862358 TGAGCGAGTTAAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCT-TTATGATCTTT
129 -GAACAAGTTAAAATCA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGAT-TTT
* *
15862421 TGTCTTATT-ATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATT
190 TGT-TT-TTAATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATT-TAAATAAAATAATACTAATT
15862485 TATTAATATTCTGAAAATTAATA
252 TATTAATATT-T-AAAATTAATA
15862508 TGTTGGAGAT
Statistics
Matches: 1369, Mismatches: 265, Indels: 142
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
710 1 0.00
711 68 0.05
712 310 0.23
713 296 0.22
714 204 0.15
715 82 0.06
716 178 0.13
717 20 0.01
718 11 0.01
719 113 0.08
720 58 0.04
721 11 0.01
722 14 0.01
723 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (713 bp):
CAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAA
TATAAATTTATTAAAATTACAAAAATTAGTAAGTAAAAGAATGAAAAAATAAATCTATATATCGA
ACAAGTTAAAATCATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTGTTTT
TAATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAAATCAAATAGTCATGACTA
TTTAACAAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTATAATAAAACAACTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAA
AAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCAAGACTACATGAATAATTATCT
ATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTAAATTCATACAAGTTTATT
TCAAATAAAATAATATAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAT
CTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTCCTA
Found at i:15862523 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15860085--15862535 Score: 1874
Period size: 361 Copynumber: 6.8 Consensus size: 357
15860075 AATTGTTTCA
* * * * * *
15860085 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATACAAGTTTATTTGAATTAAATTAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
15860149 CTAATTTATTAACAATCTT--AAAATTAATCAGAAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTACTG
64 TTAATTTATTAA-TAT-TTCAAAAATTAATAAG-TAGAGAATT-AAAAA-TAAATCTATTTACTG
* * * * *
15860212 AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTT
124 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTT
* * * * * * *
15860277 TTCTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACTAGCTTATTCAAAATAAAATTATACAAATTTATT
189 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
15860341 ACTATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAAT
253 AATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAAT
* * * * * *
15860406 AATTAT-AGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT
316 AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
* * * **
15860448 ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTT-TTTATCATTTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
15860512 CTACTTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
64 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGAATT-AAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * * *
15860577 CAATTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATTGTTATAAAT-TTTTGTTC
127 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTAT-GATCTTTTGTTT
* * * * * *
15860640 TATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGA-AAAATAATACTAATCTAGTA
190 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
15860704 ATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCA-TCCAAATAT
254 ATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAG
* * * *
15860768 TTAAGACTATATGAACAATTAACCATTTTAAAAT-GTTATG
318 TTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCGTTATG
* * * * *
15860808 ACCTTTT-TTATGTCATAAAAAATT-TTTC-AGTTCATACTAGCTTAGTTGAAATAAAATAAAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * *
15860870 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAA-AATATTTCAGTTTACAT-AA
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGAATTAAAAATAA-ATCT-A-TTTAC-TGAA
* * *
15860930 CTAGTTCAAAAAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAT-TTTTGCTT
126 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ATCTTTTG-TT
* * * * * * * ** *
15860994 TT-TCATAAAATAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATATATTA
189 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
15861058 ATATT-TCAAAAATTAAT-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATA
254 ATATTCT-AAAAATTAATAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATA
*
15861119 GTTATGACTATTT-AACAAATTATTTATTTAAAATCGTTATG
317 GTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTAAAATCGTTATG
* * * * * ** *
15861160 ACTTTTTGTCTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGCTTAATATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA
* ** * * * * * * * *
15861224 CTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTGCCGAGC
64 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGAA--TTAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * ** *
15861289 TAGATCAAATAGTCAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-GCATTTTGTTTT
127 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTT
* ** * * * ** *
15861353 GTCATAAAAGAATTGTTTAAATTCTTATAATTTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTTTAAT
191 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
15861417 ATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATT
256 ATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * **
15861482 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTACA
320 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
* * * * *
15861520 ACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-GATAAAATAAT
1 ACCTTTTG-TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT
* *** * * * * *
15861584 ATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGA
63 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGAATT-AAAAATAAATCTATTTACT-GA
* *
15861648 A-TAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTG
125 ACT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTG
* * * * * * *
15861710 TTTTGTAATAAAGCAATTATTTCTATTCATACAAGGTTATTTAAATTAAAATAATATTAATTTAT
187 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * **
15861775 TAATA-T-T-----TTGATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAAATCAAAT
252 TAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAAT
* * * * * *
15861833 AGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATT-TG
316 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
* * * *
15861874 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTT-TAGTTCA-ACTAAGCTTATTTTAAATAAAATGAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * *
15861937 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATGAGTAAGAGAATTAAAAATTAATCTGTTTATTGAAC
63 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGAATTAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* ** * * * * * *
15862002 TTGTTCAAATAGTTATGACTACATGAATAATTATCTATTTAAAAATATTATAACCTTTTGTTTTG
127 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15862067 TCATAAAAAAATTGGTTATGTTCATGCAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTGATTAA
192 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* *
15862130 TGTTAC-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTGAA-CATGTTTAAA
255 TATT-CTAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCA-GTTCAAA
** * *
15862191 TAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCCTTATG
315 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
* *
15862234 ATCTTTTGTTTTGTCATAAACTAA-TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * * * *
15862298 TTATTTTTTAAAAATTTCAAAAATTAGTAAGTAGTAGAATGAAATAATAAATCTATATACTGAGC
65 TAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAG-AGAATTAAA-AATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * *
15862363 GAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCT-TTATGATCTTTTGTCTT
127 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGATCTTTTGTTTT
* * * * * *
15862427 ATTATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAAT
191 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** *
15862492 ATTCTGAAAATTAATATGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
256 ATTCTAAAAATTAATA-ATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATT
15862536 CAATGAAAAA
Statistics
Matches: 1659, Mismatches: 336, Indels: 187
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 5 0.00
351 39 0.02
352 165 0.10
353 96 0.06
354 140 0.08
355 115 0.07
356 3 0.00
357 79 0.05
358 109 0.07
359 112 0.07
360 178 0.11
361 343 0.21
362 179 0.11
363 96 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGAATTAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
Found at i:15862586 original size:894 final size:884
Alignment explanation
Indices: 15860085--15862625 Score: 2358
Period size: 894 Copynumber: 2.8 Consensus size: 884
15860075 AATTGTTTCA
* * * * * * *
15860085 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAC-AAGTTTATTTGAATTAAATTAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAG-TTATTTTAAATAAAATAATA
* *
15860149 CTAATTTATTAACAATCTT--AAAATTAATCAGAAAAAGATTTAAAAAACTAAATCTATTTACTG
65 CTAATTTATTAA-TAT-TTCAAAAATTAAT-AG--AAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATTG
* * * *
15860212 AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTT
124 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAAAAATTATCTATTTAAAAATGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
15860277 TTCTTATAAAACAATT-GTTTTAGTTAATACTAGCTTATTCAAAATAAAATTATACAAATTTATT
188 TTATTATAAAACAATTGGTTAT-GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATAAATTTATT
* * * *
15860341 ACTATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGA-TTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCAT-TTCAA
251 AATATTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AATTTTAAAAA-TAAATCT-TTTTCCGAA-CATGTTCAA
* * * * * ** * *
15860404 ATAATTATAGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAA
311 ATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA
* * * * *
15860469 CAAATGTTTTTTATCATTTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTTCAAAA
375 CAAATGTTTTAT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA-TTTTTTAATATTTCAAAA
**
15860534 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCGAATAGTTATGACTA
438 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTA
* * *
15860598 TTTGAACAATTGTATACTTTAAATTGTTATAAAT-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA
501 TTTGAACAATTATATA-TTTAAATTGTTAT-AATCTTTTGTT-TATTATAAAATAATTATTTCTA
* * * * *
15860662 TTCATACAAGCTTATTCAGAGA-AAAATAATACTAATCTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTA
563 TTCATACAAGCTTATTCA-AGATAAAATAATACAAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTA
* ** * * *
15860726 AGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACCA-TCCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTA
627 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTAT-TGAACAATTA
* * * * * * *
15860789 ACCATTTTAAAATGTTATGACCTTTT-TTATGTCATAAAAAATT-TTTCAGTTCATACTAGCTTA
691 TCAATTTCAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA
* * *
15860852 GTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATATT
756 GTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTT--AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAAAATA
* * ** * * **
15860917 TCAGTTTACATAACTAGTTCAAAAAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
819 TCAGTTTACAGAACAAAATCAAAAAATCATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTAT
15860982 G
884 G
** * * * *
15860983 AATTTTTGCTTTT-TCATAAAATAAATGTTTTTGTTTATA-TAAGTTTTTTTGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAGTTATTTT-AAATAAAATAAT
* ** *
15861046 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCA
64 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
* * * *
15861110 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAACAAATTATTTATTT-AAAATCGTTATGACTTTTTGTCTTAT
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTGAA-AAATTATCTATTTAAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * ** *
15861174 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGCTTAATATAATACT-AATTTATTAATA
192 TATAAAACAATTGGTTATGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
** * * * * *
15861238 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTGCCGAGC-TAGATCAAATAGT
255 -TTCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTTTAAAAATAAATCTTTTT-CCGAACAT-GTTCAAATAGT
* * * * *
15861302 CAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTCATAAA-AGAAT
316 TAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AA-
* * ** * *
15861366 TGTTTAAATTCTTATAATTTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAA
379 TGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTTTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
15861431 TAATTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA
443 TAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * *
15861495 TAATTATCTATTTGAAATTGCTACAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATA
507 CAATTATATATTT-AAATTGTTATAATCTTTTGTTTAT-T-ATAAAATAATTATTTCTATTCATA
*** * * * * *
15861560 CAAGCTTATTTTGGATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAGTAAGTAAAAGATT
569 CAAGCTTATTCAAGATAAAATAATACAAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * **
15861625 TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTT
634 TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTT
* * * * *
15861690 CAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAGCAATTATTTCTA-TTCATACAAGGTTA-TTTA
698 CAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTAGTTGA
* * ** *
15861753 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGA-TAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-A-T
761 AA-TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAA-AAATATCAGT
* * * * * *
15861814 TTACCGAACAAAATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATT-TG
824 TTACAGAACAAAATCAAAAAATCATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATG
* * *
15861874 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTTAGTTCA-ACTAAGCTTATTTTAAATAAAATGATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAG-TTATTTTAAATAAAATAATA
* * * *
15861938 CTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAATTAATCTGTTTATTGAAC
65 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
** * * * * *
15862002 TTGTTCAAATAGTTATGACTACATGAATAATTATCTATTTAAAAATATTATAACCTTTTGTTTTG
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAAAAATTATCTATTTAAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
15862067 TCATAAAAAAATTGGTTATGTTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTGATTAATG
191 TTATAAAACAATTGGTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
* *
15862132 TTACAAAAATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACATGTTTAAATAGTTA
255 TT-CAAAAATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAATAAATCT-TTTTCCGAACATGTTCAAATAGTTA
* * * *
15862197 AAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCCTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATGTT
318 AAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATGTT
* * *
15862262 TCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTTATTTTTTAAAAATTTCAAAAATTAGTA
383 T-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TTATTTTTT-AATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
15862327 AGT-AGTAGAATGAAATAATAAATCTATATACTGAGCGAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAAC
445 AGTAAG-AGATTTAAA-AATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
15862391 AATTATTTATTTCAAATCT-TTATGATCTTTTGTCTTATTATAAAATAATTATTTCTATTTATAC
508 AATTATATATTT-AAAT-TGTTATAATCTTTTGT-TTATTATAAAATAATTATTTCTATTCATAC
* * * * * **
15862455 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATATGTTGGAGATTT
570 AAGCTTATTCAAGATAAAATAATACAAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * ** * *
15862520 AAAAAATAAATTTATTCAAT-GAAAAAGTTTAGATAATCATGTCCGTTCAAACTATTATCAATTT
635 AAAAAATAAATTTGTT-TATCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTATT-GAACAATTATCAATTT
* *
15862584 CAAAATATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTT
698 CAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTT
15862626 TTTGTTTAAA
Statistics
Matches: 1311, Mismatches: 272, Indels: 124
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
890 16 0.01
891 135 0.10
892 204 0.16
893 353 0.27
894 377 0.29
895 97 0.07
896 16 0.01
897 49 0.04
898 61 0.05
899 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (884 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATACTAAGTTATTTTAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTGAAAAATTATCTATTTAAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTATTATA
AAACAATTGGTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAA
AATTAATAAGTAAGAATTTTAAAAATAAATCTTTTTCCGAACATGTTCAAATAGTTAAAACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATGTTTTATTCAT
ATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTA
AATTGTTATAATCTTTTGTTTATTATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAGATA
AAATAATACAAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
TATCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTATTGAACAATTATCAATTTCAAAATGTTATGACATTT
TGTTTTGTCATAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAAAATGAATTTA
TTAATATTTAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAAAATATCAGTTTACAGAACAAAATCAAAAAAT
CATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATG
Found at i:15862691 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 15862661--15862703 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
15862651 TAACAATCAA
15862661 AAAATTAATAAGCAA-AAAATTT
1 AAAATTAATAAGCAAGAAAATTT
*
15862683 AAAA-TAATAAGTAAGAAAATT
1 AAAATTAATAAGCAAGAAAATT
15862704 AACAAGCTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.47
22 10 0.53
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.07, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
AAAATTAATAAGCAAGAAAATTT
Found at i:15863118 original size:179 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15862899--15863315 Score: 423
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 172
15862889 AACTTAAACA
* * ** * *
15862899 AAATAAAATAGTACTAGTTTATTAATATTTCTGAAATTAATAAG-A-ACTTTTAAAAAATATATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGACATTTAAAAAATAAATA
* * **
15862962 TGTTTACTGAATCAGTTAATATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTA-CTTCAAATCATT-AT
66 TGTTTA-TCAA--A---AA-ATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAATC-TCAAATCATTGA-
*
15863025 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTTATCA-AGCAAGCTTATTTG
122 GACC-TTTATTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTTTATCATA-CAAGCTTATTTG
*
15863078 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGACATTTAAAAAATAAAT
* * * *
15863143 CTGTTTATCAAACAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTGAGATCTTTA
65 ATGTTTATCAAAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTGAGACCTTTA
** *
15863208 TTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTTATCATATAAGCTTATTTG
130 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTG
** * * * * *
15863251 -GTTAAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAATAAA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGACATTTAAAAAATAAA
15863315 T
64 T
15863316 GTGCTAGCAG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 26, Indels: 20
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 77 0.38
174 21 0.10
175 38 0.19
176 3 0.01
179 41 0.20
181 4 0.02
182 20 0.10
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGACATTTAAAAAATAAATA
TGTTTATCAAAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTGAGACCTTTAT
TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTG
Found at i:15863266 original size:173 final size:175
Alignment explanation
Indices: 15862982--15863315 Score: 446
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 175
15862972 ATCAGTTAAT
* ** *
15862982 ATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAACTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
* *
15863047 CAAATGTTTTTTTATCAAGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
66 CAAATGTTTTTTTATCAAGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAA
* * *
15863112 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
131 AATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
* *
15863157 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAA-TCTCAAATCATTGA-GATC-TTTATTTTGTCATAA
1 ATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAACT-TCAAATCATT-ATGACCTTTTATTTTGTCATAA
** * **
15863219 AACAGTTG-TTTTTTATCATA-TAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATGTAATAATATTT
64 AACAAATGTTTTTTTATCA-AGCAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATGTAATAATATTT
15863281 CAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAATAAAT
127 CAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAATAAAT
15863316 GTGCTAGCAG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 16, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.01
173 77 0.55
174 22 0.16
175 38 0.27
176 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
ATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAACTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
CAAATGTTTTTTTATCAAGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAA
AATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
Found at i:15864925 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15864893--15864925 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15864883 AACAAGTTTA
15864893 AACAATTATGACTATTTG
1 AACAATTAT-ACTATTTG
15864911 AACAATTAT-CTATTT
1 AACAATTATACTATTT
15864926 AAAATCGCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AACAATTATACTATTTG
Found at i:15865002 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15863541--15865585 Score: 1145
Period size: 182 Copynumber: 11.4 Consensus size: 179
15863531 GCATATCCAC
* *
15863541 AATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGTTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
15863605 TTGTTTATCAAGCAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATC
64 CTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC---A--
* * * ** * * *
15863670 GTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACATGCTTA-TTCAA
124 -TTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTC-G
*
15863728 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAGTAAA-CA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC-
* * * * * * * * *
15863789 TATTTACTGAATC-GGTTCAAATAATTATGGCCATCTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT
65 TATTTAC-CAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * *
15863853 ATGTTTTTTTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTATT-ATACAAGGTT-GTTCG
129 ATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAA-TG-TTTTTATTCATATAAGCTTATTTCG
* * * *
15863905 AATAAAATAATAC-------TTAATTTTTCAAAAATTAATGAGT---GATTAAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
15863960 GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTGTGC-ACTTCAAATCAATTATT
66 ATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATC-ATTA--
* * * * * *
15864024 TAAAAAATAAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAAT-TATTTATGTTCATACAACCCTATTT-G
127 T----AAT----CTTTTGTTTTATCATAAAACAATGT-TTT-TATTCATATAAGCTTATTTCG
* * ** *
15864085 AAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-TCAAGAGATTTAAAAATTAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AA-AGATTTAAAAAATAAA
* * *** ** * ** *** *
15864149 TTTGTTTATTGAACTGGTTTAAATAGTTAAAACTATACAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
63 TCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * *
15864214 GACCCTTTCTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATACT-ACCTTATTTAG
128 AATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATGTTTTT--ATTCATA-TAAGCTTATTTCG
* * * * *
15864268 AATGAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-T
* * * *
15864333 CTATTTACCTAACCAA-TTCT-AATAATTAGGACTATTTTG-ACAATTATCTGTTTCAAATTATT
64 CTATTTACC-AAACAAGTT-TAAATAATTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
15864395 ATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGG
126 ATAATCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTCG
* * * *
15864450 AACAAAATAATATTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
15864512 TTTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATTA
66 ATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * *
15864576 -CTTTT-TATTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCACACAAGCTTA-TTCG
130 TCTTTTGT-TT-TATCATAAAACAAT-GTTTTTATTCATATAAGCTTATTTCG
* * * *
15864626 AATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAACAAAATAAAT
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA-AAAATAAAT
* * * * * * *
15864691 ATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
64 CTATTTACCAAACAAGTTTAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
* * * * * * *
15864755 TTAT-TTTTGTTTTGTCCTTAAAAAAAT-TATGTCAGTTCATATAAGCTTA-TTCAA
127 TAATCTTTTGTTTTAT-CATAAAACAATGT-TTTTA-TTCATATAAGCTTATTTC-G
* * * * * *
15864809 AATAAAATAATACTAAGTTATTGATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAGAATGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * **
15864874 TGTTTACCGAACAAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAA
65 TATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* *
15864939 TCTTTTGTTTTATCATAAAA-AGATTTCTTTTATTCAT-TCAAGTTTATTTCG
130 TCTTTTGTTTTATCATAAAACA-ATGT-TTTTATTCATAT-AAGCTTATTTCG
* * *
15864990 AATAAAATAATACAAATTTATTAACA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * **
15865053 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATCATTATGATTATTTGAAC----A---A---CAAATTGTTAT
63 TCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
15865108 GA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCA-ATAAGCTTA-TTCAG
128 AATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAAT-GTTTTTATTCATATAAGCTTATTTC-G
* * * *
15865160 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * ** * * *
15865225 TGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTTATGAGTCCTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGA
65 TATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * * ** *
15865290 CCTTGTGTTTTCTAATAAAAAAAT-TGTTTTAGTTAATATAATTTTATTTGG
130 TCTTTTGTTTTATCATAAAACAATGT-TTTTA-TTCATATAAGCTTATTTCG
* * * * * *
15865341 AATAAAATTATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AG-ATTTAAAAAATAAAT
** * * * *
15865406 CTATTTATTGAAA-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAACA-CATTA
64 CTATTTA-CCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTA
** * * * ** * *
15865469 CGA-CTTTTAGTTTTGTCAGAAAGCAATTGGATCTATTCATGA-AAGCTTATTTTG
127 TAATCTTTT-GTTTTATCATAAAACAA-TGTTTTTATTCAT-ATAAGCTTATTTCG
* * * *
15865523 AATAAAATAATA-TAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
15865586 TTGTTTTTTT
Statistics
Matches: 1440, Mismatches: 306, Indels: 231
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
170 166 0.12
171 44 0.03
172 4 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
176 24 0.02
177 130 0.09
178 44 0.03
179 18 0.01
180 78 0.05
181 266 0.18
182 382 0.27
183 129 0.09
184 18 0.01
185 3 0.00
187 43 0.03
188 17 0.01
189 1 0.00
191 5 0.00
192 59 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAT
CTTTTGTTTTATCATAAAACAATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTCG
Found at i:15865271 original size:351 final size:344
Alignment explanation
Indices: 15864086--15866817 Score: 976
Period size: 363 Copynumber: 7.6 Consensus size: 344
15864076 CCCTATTTGA
* * * * * *
15864086 AATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAATCAAGAGATTTAAAAATTAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAT-AAAAGATTTAAAAAATAAATA
*** ** ** ** *
15864151 TGTTTATTGAACTGGTTTAAATAGTTAAAACTATACAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
64 TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A
* * * * * * * ** * * *
15864216 CCCTTTCTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATACTACCTTATTTAGAATGAAATAAAAC
127 ACTTTTGTTTTATAATAAAA-AATTTTTTT--ATTCATTCAAGTTTATTTCGAATAAAATAATAC
* * * * * *
15864281 AAATTTATTAATATTTCAAA-ACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTCTATTTACCTAA
189 TAATTTAATAATA-TT-AAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATC-AA
* * * * * * *
15864345 CCAA-TTCTAATAATTAGGACTATTTTG-ACAATTATCTGTTTCAAATTATTATAACCTTTTGCT
249 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAAC-A--A-------CAAATTGTTATAACTTTTTGTT
* * * * **
15864408 TTGTCATAAAACAA-ATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGG
303 TTGTCATAAAACAATA-GTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAG
* * * *
15864450 AACAAAATAATATTAATATATTAATATTTCAAAA--ATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
15864513 TTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATTACT
66 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT
* * * ** *
15864578 TTT-TATTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCACACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACT
130 TTTGT-TT-TATAATAAAA-AAT-TTTTTTATTCATTCAAGTTTATTTCGAA-TAAAATAATACT
* * * * * * *
15864641 AATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAACAAAATAAATATGTTTACCAAACTA
190 AATTTAATAATA-TTAAACAATTAATAAGTAAAAATTTAA-AAAATAAATCTATTTATCAAACAA
* * * *
15864706 GATCAAATAGTTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATTA-TTTTTGTTTTGT
253 GTTCAAATAG-TTATGACTATTTG----A--A-C-A--ACAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGT
* * * *
15864770 CCTTAAAAAAATTA-TGTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAA
307 -CATAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCAG
* * * * * * * *
15864809 AATAAAATAATACTAAGTTATTGATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAGAATGAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * **
15864874 TGTTTACCGAACAAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAA
64 TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* *
15864939 TCTTTTGTTTTATCATAAAAAGATTTCTTTTATTCATTCAAGTTTATTTCGAATAAAATAATACA
128 -CTTTTGTTTTATAATAAAAA-ATTT-TTTTATTCATTCAAGTTTATTTCGAATAAAATAATACT
* *
15865004 AATTTATTAACATTAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAA
190 AATTTAATAATATTAA-ACAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAA
* *
15865069 GTTCAAATCA-TTATGATTATTTGAACAACAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
253 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAACAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
15865133 TAGTTTCTATTCA-ATAAGCTTATTCAG
317 TAGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAG
*
15865160 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATA
** * * * *
15865225 TGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTTATGAGTCCTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGA
64 TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACT-ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A
* * * * * * * *
15865290 CCTTGTGTTTTCTAATAAAAAAATTGTTTTAGTTAATAT-AATTTTATTTGGAATAAAATTATAC
127 ACTTTTGTTTTATAAT-AAAAAATTTTTTTA-TTCAT-TCAAGTTTATTTCGAATAAAATAATAC
* * * *
15865354 TAATTTAATAATATTCCAAA-AATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
189 TAATTTAATAATATT--AAACAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA
* ** * * *
15865418 A-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAACACATTACGACTTTTAGTTT
249 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACAAATT-GTT------A-TA--ACTTTTTGTTT
* * * ** **
15865482 TGTCAGAAAGCAATTGGATCTATTCATGA-AAGCTTATTTTG
304 TGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCAT-ATAAGCTTATTCAG
* * * * * *
15865523 AATAAAATAATATAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAAT-AATAAAAGATTTAAAAAATAAATA
**** * * * * * ** *
15865587 TGTTTTTTTAACACGTTTGAATAGTTATAACTATTGAAACAAATATTTATTTCAAATTGTTATGA
64 TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * *** *
15865652 CTATTTGTTTTCTGAT--AAAA------GCCT-ATTC-A----A-----AATAAAACAATACTAA
128 CT-TTTGTTTTATAATAAAAAATTTTTTTATTCATTCAAGTTTATTTCGAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** ***
15865698 TTTATTAAAATTTCAAA-ACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAG
192 TTTAATAATA-TT-AAACAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAG
* * * *
15865762 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTT-TTTTATC
254 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC----A---A---CAAATTGTTAT-AACTTTTTGTTTTGTC
* *
15865826 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAACTTTATTCAG
308 ATAAAACAATAGTTTCTATTCATATAAGC-TTATTCAG
* * *** *
15865863 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * * **
15865928 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATCGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATTGTTATGA
64 TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A
* **
15865993 TA-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCATGAGAATTGGTATTCATAT-AAAATTAT
127 -ACTTTTG-TTT-T-AT--AATAA-A--AA--ATT--T-----TT-TTATTCAT-TCAAGTTTAT
* * * * * *
15866056 TTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAA-AATTAATAAG----GATTTAAAATATA
172 TTCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT-AAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * *
15866116 AATGTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT-TCAAATCAT
235 AATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-CA--AATTGT----T-A-
* ** * * * * * *
15866180 TGACTTTTTGTTTACTCAT-AGACTAATTA-TTTCAACTCATACATGCCTATTC-G
291 TAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TAGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAG
* * * *
15866233 TAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAAAAAT
1 -AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAA-TAA-AAGATT--TAAAAAAT
* * * * * *
15866296 AAATCTGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCG
59 AAATATGTTTACCA-AACAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * ** * *
15866360 TTATGACCTTTTATTTTATCATAACACAATTGTTTCAGTGCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
122 TTAT-AACTTTTGTTTTATAATAA-AAAATTTTTTTA-TTCATTCAAGTTTATTTC-GAATAAAA
* * * * *
15866424 TAATATTACTCATTAAT-AT-TTCAAA-AATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTT
183 TAATACTAAT--TTAATAATATT-AAACAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TT
* * * * **
15866485 TATCAAATCAA-TTTAAATAATTACGTCTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-
243 TATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC----A---A---CAAATTGTTAT-AACT
* * *
15866548 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACT-AGCTTATTCGG
296 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTAT-TCATA-TAAGCTTATTCAG
* * * * * *
15866597 AATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGGATAAGATTT--AAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * **
15866660 TTTTTACCAAATCAA-TCTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATA
64 TGTTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * * *
15866724 ACCTTTTATTATGTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATA
127 A-CTTTTGTTTTATAATAAAA-AATT-TTTTTATTCATTCAAGTTTATTTC-GAATAAAATAATA
15866788 CT-ATTGTAATAATATTCTAAA-AATTAATAA
188 CTAATT-TAATAATA-T-TAAACAATTAATAA
15866818 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 1807, Mismatches: 376, Indels: 374
0.71 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
339 11 0.01
340 112 0.06
341 103 0.06
342 9 0.00
343 4 0.00
344 2 0.00
346 3 0.00
347 1 0.00
349 3 0.00
350 11 0.01
351 186 0.10
352 86 0.05
353 23 0.01
354 1 0.00
355 1 0.00
356 20 0.01
357 33 0.02
358 49 0.03
359 243 0.13
360 104 0.06
361 58 0.03
362 124 0.07
363 277 0.15
364 68 0.04
365 5 0.00
366 8 0.00
367 1 0.00
368 11 0.01
369 6 0.00
370 16 0.01
371 65 0.04
372 9 0.00
373 116 0.06
378 38 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (344 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
TTGTTTTATAATAAAAAATTTTTTTATTCATTCAAGTTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTA
ATAATATTAAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAACAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
TTCATATAAGCTTATTCAG
Found at i:15865562 original size:533 final size:533
Alignment explanation
Indices: 15864590--15865585 Score: 1208
Period size: 533 Copynumber: 1.9 Consensus size: 533
15864580 TTATTCTATT
*
15864590 ATAAAATAATAGTTTCTATTCACACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTACTAATATT
1 ATAAAACAATAGTTTCTATTCACACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTACTAATATT
*
15864655 TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAACAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTTA
66 TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAACAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTTTA
* * * * * **
15864720 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATTATTTTTGTTTTGTCCTTAAAAAAATTAT
131 TGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTGTGTTTTCTCAATAAAAAAATTAT
* * *
15864785 GTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTGATATTCCAAAAATTAATA
196 GTCAGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATA
** * * * * *
15864850 ATTAAGAGATTTAAAGAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAACA
261 AGAAAGAGATTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * **
15864915 ATTATCTATTTAAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAAAGATTTCTTTTATTCATTCAA
326 ATTATCTATTTAAAATCACTACAATCTTTTGTTTTATCAGAAAAAGATTGCATCTATTCATGAAA
* * *
15864980 GTTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAA
391 GCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATATATTAACATTAAGACAATTAATAAATAAAA-ATTTAA
15865045 AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATCATTATGATTATTTGAACAACAAATTGTTATGA
455 AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATCATTATGATTATTTGAACAACAAATTGTTATGA
15865110 CTTTTTGTTTTGTC
520 CTTTTTGTTTTGTC
* * *
15865124 ATAAAACAATAGTTTCTATTCA-ATAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATAGTTTCTATTCACACAAGCTTATTCGA-ATTAAAATAATACTAATTTACTAATAT
*
15865187 TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATAAATATGTTTACCAAACAAG-TACAAATAG-
65 TTCAACAATTAATAAGTAAAA-AATTAACAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGAT-CAAATAGT
* * *
15865249 TTATGAGTCCTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTGTGACCTTGTGTTTTCT-AATAAAAAA
128 TTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTGTGTTTTCTCAATAAAAAA
* * * ** *** * *
15865312 ATTGTTTTAGTTAATATAATTTTATTTGGAATAAAATTATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAT
191 ATTATGTCAGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAAT
* ** * *
15865377 TAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-AATGTTCAAATAGTTATGACTAT
256 TAATAAGAAAGAG-ATTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA-GTTCAAACAATTATGACTAT
* * * * * * *
15865441 TTGAACAATTATTTATTTCAACA-CATTACGA-CTTTTAGTTTTGTCAGAAAGCA-ATTGGATCT
319 TTGAACAATTATCTATTT-AAAATCACTACAATCTTTT-GTTTTATCAGAAA-AAGATTGCATCT
* * *
15865503 ATTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATATATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAA
381 ATTCATGAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATATATTAACA--TTAAGACAATTAATAAA
* *
15865566 TAATAATTTAAACAATAAAT
444 TAAAAATTTAAAAAATAAAT
15865586 TTGTTTTTTT
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 64, Indels: 26
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
532 126 0.33
533 225 0.58
534 31 0.08
535 4 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (533 bp):
ATAAAACAATAGTTTCTATTCACACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTACTAATATT
TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAACAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTTTA
TGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTGTGTTTTCTCAATAAAAAAATTAT
GTCAGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATA
AGAAAGAGATTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTAAAATCACTACAATCTTTTGTTTTATCAGAAAAAGATTGCATCTATTCATGAAA
GCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATATATTAACATTAAGACAATTAATAAATAAAAATTTAAA
AAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATCATTATGATTATTTGAACAACAAATTGTTATGAC
TTTTTGTTTTGTC
Found at i:15865772 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 15865523--15865811 Score: 386
Period size: 160 Copynumber: 1.8 Consensus size: 159
15865513 GCTTATTTTG
* * * * *
15865523 AATAAAATAATATAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAATAATTTAAACAATAAATTT
1 AATAAAACAATATAAATATATTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATTT
* * * *
15865588 GTTTTTTTAACACGTTTGAATAGTTATAACTA-TTGAAACAAATATTTATTTCAAATTGTTATGA
66 GTTTATTGAACACGTTTAAATAGTTATAACTATTTG-AACAAATATTTATTTCAAATCGTTATGA
15865652 CTATTTGTTTTCTGATAAAAGCCTATTCAA
130 CTATTTGTTTTCTGATAAAAGCCTATTCAA
* * *
15865682 AATAAAACAATACT-AATTTATTAAAATTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAACAATA-TAAATATATTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAAT
** *
15865746 TTGTTTATTGAGTGA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTAT
64 TTGTTTATTGA-ACACGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTAT
15865810 GA
128 GA
15865812 TCTTTTTTTT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 15, Indels: 7
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 39 0.35
160 68 0.61
161 4 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (159 bp):
AATAAAACAATATAAATATATTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATTT
GTTTATTGAACACGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTATGAC
TATTTGTTTTCTGATAAAAGCCTATTCAA
Found at i:15865992 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15865675--15866828 Score: 811
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 181
15865665 GATAAAAGCC
* * * * * *
15865675 TATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
* * * *** * * * * *
15865740 ATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATC
66 ATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATT
*
15865805 GTTATGATCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAACTT
131 GTTATGACCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAC-T
*
15865856 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAA
* * * * * *
15865920 AATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATCGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAAT
65 AATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * ** *
15865985 TGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCATGAGAATTGGTATTCATATAA
130 TGTTATGACCTTTT-TTTT-T-AT--CATAA-AAC-A--A-T--T--G--TTTCTATTCATACAA
*
15866050 AAT
179 ACT
* * * *
15866053 TATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAAT-A---AG-GATTTAAAAT
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
* * * *
15866113 ATAAATGTGTTTACCT-AACTAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAA
66 ATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * ** *
15866176 -TCAT-TGA-CTTTTTGTTTACTCAT-AGACTAATTATTTCAACTCATACATGCC
129 TTGTTATGACCTTTTTTTTTA-TCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAACT
* * ** * *
15866227 TATTC-GTAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAA
1 TATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTAGAGATT--TA
* * *
15866290 AAAAATAAATCTGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTA
62 AAAAATAAATCTGTTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * * *
15866354 AAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAACACAATTGTTTC-AGTGCATA-AAAGCT
126 AAATTGTTATGACCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CT
* * * * *
15866410 TATTCAAAATAAAATAATA-TTACTCATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
* * * * *
15866474 ATAAAT-TAGTTTA-TCAAATCAA-TTTAAATAATTACGTCTATTCAAACAATTATCTATTTCAA
66 ATAAATCT-GTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
15866536 ATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACTAGCT
128 ATTGTTATGACCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAACT
* * * *
15866590 TATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGGATA-AGATTT--AA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTTAGAGATTTAAAA
* * * * * *
15866652 AATAAATTTTTTTACCAAATCAA--TCTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAA
65 AATAAATCTGTTTACTAAA-CAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * * **
15866715 ATTGTTATAACCTTTTATTATGTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTT
128 ATTGTTATGACCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACT
* * * *
15866769 TATTCAAAATAAAATAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTT
15866829 GAAATTAAAT
Statistics
Matches: 763, Mismatches: 153, Indels: 116
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.01
174 45 0.06
175 1 0.00
178 11 0.01
179 140 0.18
180 114 0.15
181 204 0.27
182 39 0.05
183 43 0.06
184 15 0.02
185 2 0.00
186 5 0.01
187 4 0.01
188 4 0.01
189 4 0.01
190 4 0.01
191 6 0.01
192 55 0.07
193 4 0.01
195 1 0.00
196 1 0.00
197 51 0.07
198 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATT
GTTATGACCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACT
Found at i:15866782 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15866319--15866839 Score: 568
Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
15866309 GAACAAGTTC
* * * *
15866319 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAA
* ** * * * * * *
15866384 CACAATTGTTTCAGTGCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTCATTAATATTTCAAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTAATAATATTTCAAA
* * * *
15866449 AATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAATCAATTT
131 AATTAATAAGATAGAGATTT-AAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAATCT
* * * ** * *
15866499 AAATAATTACGTCTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCATA
* ** * *
15866563 AAACAATTGTTTTT-TATCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTAATAATATTTC
**
15866627 AAAAATTAATAAGGATA-AGATTT-AAAATAAATTTTTTTACCAAATCAATCT
128 AAAAATTAATAA-GATAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAATCT
* * *
15866678 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTATGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAA
* * *
15866743 AATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTGTAATAATA-TTCTA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATT-TAATAATATTTC-A
* * *
15866807 AAAATTAATAA-CTAAGAGATTTGAAATTAAATT
129 AAAATTAATAAGAT-AGAGATTTAAAAATAAATT
15866840 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 50, Indels: 22
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 9 0.03
179 140 0.50
180 97 0.35
181 30 0.11
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTAATAATATTTCAAA
AATTAATAAGATAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAATCT
Found at i:15873232 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 15873179--15873275 Score: 176
Period size: 47 Copynumber: 2.1 Consensus size: 47
15873169 TCCAAGCCCT
* *
15873179 TTCTTATCATATTTCAAACTTTAAAATCATGGGCCATTATGAACACC
1 TTCTTATCACATTTCAAACTTTAAAATAATGGGCCATTATGAACACC
15873226 TTCTTATCACATTTCAAACTTTAAAATAATGGGCCATTATGAACACC
1 TTCTTATCACATTTCAAACTTTAAAATAATGGGCCATTATGAACACC
15873273 TTC
1 TTC
15873276 ATCTTCATTC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 48 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (47 bp):
TTCTTATCACATTTCAAACTTTAAAATAATGGGCCATTATGAACACC
Found at i:15875787 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15875135--15882330 Score: 3524
Period size: 181 Copynumber: 39.9 Consensus size: 178
15875125 CGAACCAATT
* * * * * * * * * * *
15875135 CAAATAGTTAAGGCTATATAAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATC
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
15875200 AAACAATTTTTTC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTTAGAATAAA-AAAACAAATTTATTAATA-TTT
66 AAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTCA-AATAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * *** *
15875261 CAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAATTAATTTTGTTTGTC-GAATTGGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCT-ATTGACTGAACAAGTG
* * * *
15875309 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTACGA-CATTTTCTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * **
15875373 ACAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATCCATATTTT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * ** * * * *
15875438 GAAAATTAAGAAATAAGATATTTGAAAAATAAATCCGTTTACTAAACTAGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * *
15875490 CAATTAGTTATAACTATTGGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTATG-GCCATTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAG-CTTTTGTTTTGTCAT
* * *
15875553 AAAACAATTGTTTCTATTCAT-ATAGTCTTAATCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-CTTATTC-AAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTT
* *
15875617 TAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTTGACCAA-TG
127 TAAAAATTAATAAGTAA-GAATTTAAAAAATAAATCTATTGAC-TGAACAAGTG
* * * * *
15875670 CAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTTTCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
15875735 AAGCAATTGTTTCTATGCGTAAAAGCTTATTCAAAATGACATAA-ATCTAATTTATTAATATTCT
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATA-CTAATTTATTAATATT-T
* * * * *
15875799 T-AAAATCAATAAG--AG-ATTT-AAAAATGAATCTATTTACTGAATAAGTT
127 TAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * *
15875846 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCACTATAATCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
15875911 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATAC-ACATTTTTTAATA-TTT
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTA-ATTTATTAATATTTT
* * * * * *
15875974 AGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAATAAGTT
128 A-AAAATTAATAAGT-AAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGACT-GAACAAGTG
* * * *
15876027 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATG-TCATTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * *** ** *
15876090 TAAAACAATTATTTTTCTCCATAAAA-CAATTAATT-TTCTCCATACA-AGCTTTATTTGAATTA
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGC--TT-ATTCAAATAAATA-ATA-C-TAATTT--ATT-
* *** * ** * * * ** * * * *
15876152 AAATAATATTAATTTTTTAAT-ATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AA-ATGT
120 -AAT-ATTTTAA-AAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AAATCTATT--GACTGAACAAG-
*
15876214 TTAC
177 -T-G
* * * * * * * * *
15876218 CGAATAAGTT-TAAATAGTCAT-AACTATTTAAGTAACTATCTATTTAAAATCGTTGTGACCTTG
1 CAAAT-AGTTATGACTA-T-TTGAAC-----AA-T---TATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTT
** * * * * * *
15876281 TGTTTCATCATAAAACTATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTT
54 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTT
** * * * ** ** *
15876346 ATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAGATATTTTCTGAACAAGTT
117 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * *
15876409 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
15876474 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTTT
* * * * *** *
15876538 AAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAAGAAATCGATTCTTTGAACACA-TT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACA-AGTG
* * * *
15876589 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTTAC
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAGCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
15876653 AAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATACTACTAGA-TTATTAATATT
65 AAAAC-AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTA-ATTTATTAATATT
** * * * * * * *
15876717 CCAAAAATTGATAAGTAAAAAAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTG-C-AAAGCAAGTT
126 TTAAAAATTAATAAGT-AAGAA-TTTAAAAAATAAATCT-ATTGACTGAA-CAAGTG
* ** * * * * *
15876772 CAAATAGTTATGATTGCTTGAACAATTATTTATTTTAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATTAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAGCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
15876836 AAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * *
15876901 GAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAAAAAGTA
128 AAAAATTAATAAG-TAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * *
15876953 TAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTGA-CTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
15877016 TAAAACAA-----TCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATA
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
15877075 TTGAAAGTTAATAAG--AG-ATTT-AAAACTAAATCTATTTA-TGAAAATAGTT
126 TTAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACA-AGTG
* * * * ** * *
15877124 CAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
15877188 AAACAACTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * * *
15877253 AAAATTAATAAATAAGAAATTAAAAAAATAAATGTGTTTGTC-AAACCAGTT
129 AAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATCT-ATTGACTGAACAAGTG
* * * * * * *
15877304 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTGATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
15877369 AAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATGTAAAAGAAAATAATACTAATTTAATAACATTTG
66 AAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTAT-TCAAA-TAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * *
15877433 AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACAAGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTGACT-GAACAAGTG
* *
15877486 CAAATAGATTCA--ACTATTTGAACAATTTTCTATTT-AAAGTCATTATGA-CATTTTATTTTGT
1 CAAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAGC-TTTTGTTTTGT
* * * *
15877547 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATA
62 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * ** * * *
15877611 TTTCAAAAATTACTAAGCAAGAGATTT-AAAACT-AATGTTGTTTTC-AAACTAGTT
124 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAAT-CTATTGACTGAACAAGTG
* * * * *
15877665 CAAATAG-T-T-ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT-AGTTATGA--TATTT-TTTTCTTA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAGCT-TTTGTTTTGTCA
* * *
15877723 TAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTTGATAA-AAATAATACTAATTTAATAATAT
64 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTA--TTCA-AATAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
15877786 TTCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAGATAAATGTGTTTG-C-GAAATAAGTT
125 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCT-ATTGACTG-AACAAGTG
* * * * * * * * * * * *
15877837 CACATAGTTAAGGCTATTAGAATATTTATCTATTTCAATTCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * **
15877902 TAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
15877967 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTT
129 AAAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * *
15878019 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
15878084 AAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATACAATAATGCTACTTTATTAATATTTC
66 AAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-AAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * ** *
15878148 AAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACAAAATC-AGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTGACTGAA-CAAGTG
* * * * * * *
15878200 CAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTTTGTTTTGTTA
1 CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
15878263 TAAAACAATTGTTTATCA-ACTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTATTTTATTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * *
15878327 TCAGTAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATATGCTT-A-TCAAACAAGTT
126 TTAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCT-ATTGACT-GAACAAGTG
* * * * * *
15878377 CAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACATTTTGTTCTATCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
15878441 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * *
15878506 AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA-AATTC-ATTTG-TTGAACCAA-TT
128 AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTGACTGAA-CAAGTG
* * * * ** * ** * * *
15878556 CAAATAGTTAAGACTATATGAAAAATTATATATTTGTATTTGTTACGA-CATTTTATTTTGTTAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
15878620 AAAATAATTATTTC-AGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTT
65 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-AAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * ***
15878684 CAAAAATTTATAAGCAAGAGATTTAGAAAATATTTCTATTTACTGAACCTTTG
127 TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * ** *
15878737 GAAATAATTAT-ACCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
15878800 TAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * ** ** * * *
15878865 AAAAAATTAATCAGTAAGGGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTTCCAAACCATTT
127 TAAAAATTAATAAGTAA-GAATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * ** * *
15878918 CAAGTAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTCAAATTGTTAT-AACATTTTATTTTGTCA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCA
* * ** ** * *
15878981 TGAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCGTAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** * * * *
15879046 CGAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATT-A-TCGAACCGACT-
127 TAAAAATTAATAA-GTAAGAATTTAAAAAATAAATCT-ATTGACT-GAA-CAAGTG
* * * * * ** * * *
15879099 TAAGTAGCTAAGACTATATGAATGATAATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
15879164 AAACAATTATTT-TATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * *
15879228 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAAC-GAATCAA-TT
129 AAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATCT-ATTGACTGAA-CAAGTG
* * * * * * *
15879278 TAAAT-GATTAAGACTATTAGGACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
1 CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
15879342 AAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTC
65 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCA-AATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** *
15879406 AAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAATAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAGTT
127 TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAA-AAAAT-AAATCTATTGACTGAACAAGTG
* ** *
15879461 CAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
15879524 CAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTACTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTA-ATTTATTAATATT
* * * * * ** *
15879588 TCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCGAACCGGTT
126 TTAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACT-GAACAAGTG
* * ** *
15879642 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTAT-TTTT-TCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTT-TGTTTTGTCAT
* * * ** * * * ** * *
15879705 AAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * *
15879770 -AAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * ** * * * *
15879817 TAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCA-GA-CATTTCGCTTAGTGA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGAGC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
15879880 T-AAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTC
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * ** * * * *
15879944 AAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAACAAATAAATCCGTTTACTGAATAAATT
127 TAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAA-AAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * * *
15879998 CAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAT-GTTAT-AACATTTTGTTTTATAAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * *
15880061 AAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATATTACTTTATTAATATT
65 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-AAAT--AAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * * * * * *
15880125 TCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAGACCAA-TT
126 TTAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGA-CTGAACAAGTG
* * * * * ** * *
15880179 CAAATAATTAAGATTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGT-AAA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** ** * *
15880242 GAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTATAATATTGTTAAACTAATAATATTCT
66 -AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * *
15880307 -AAAATTAATATGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTT
128 AAAAATTAATAAGT-AAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * * * *
15880358 CAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
15880423 AAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CATATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTC
66 AAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * *
15880486 AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAACAAATAAATATGTTTACTGAACAAATT
128 A-AAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAA-AAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * * * * *
15880540 CAAAAAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTATAATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
15880604 AAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC
66 AAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * ** * * ** *
15880668 AAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAATTAGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACT-GAACAAGTG
* * * * * * * * * *
15880720 TAAATAATTATGACAAATTT-AACAGTTATCTATTTCAAATCTTTATAAACATTTATTTTGCCAT
1 CAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * *
15880784 AGTACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCAAA-ATATAATACTAATTTATTAATATTTCA
65 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * *
15880847 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTT
129 AAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * *
15880898 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCCTTATGACCTTTTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
15880963 AAATAATTATTTATATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA--TTA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * ** *
15881026 AGAAAGTTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-CCAAATCAA-TT
129 A-AAA-TTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTGACTGAA-CAAGTG
* * * * * * *
15881079 CAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTG-TTTGTCGTA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
15881143 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* ** * *
15881208 AAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTT
129 AAAATTAATAAGTAAGAATTT-AAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * * * * * *
15881256 TAATTATTTAT-AATAATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCATGATGACCATTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
15881320 AAAATAATTTTTTTCTATTGAT-ATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
65 AAAACAA-TTGTTTCTATTCATAAAAG-CTTATTC-AAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * **
15881384 TTAAAAATTAATAAATAACAAATTTAGAAAATGAATCTATTGGCTTTACTAA-TG
126 TTAAAAATTAATAAGTAA-GAATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAAC-AAGTG
* * * * *
15881438 TAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* ** *
15881503 AAACAATTGTTT-TATTCCA-ACAAGCTTATTTGGAATAACATAA-ATTTAATTTATTAATATTT
66 AAACAATTGTTTCTATT-CATAAAAGCTTA-TTCAAATAA-ATAATA-CTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
15881565 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTA-TCAAACAAGTT
127 TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACT-GAACAAGTG
* *** ** *** * **
15881618 TAAATAGTTATGACTATTTGAGTGATTGCCT-TTTCAAATTGCTATAATATTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * *
15881682 AAAAAAGTT-TTTCTATTTGTACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTC
66 AAACAA-TTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * * *
15881745 AAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTTACCGAATAAATT
128 AAA-AATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * * * *
15881798 CAAATAGTTATGATTATTTTGATCAATGATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTATTTTTATC
1 CAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTT-GTTTTGTC
* * * ** * *
15881862 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
63 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * * *
15881927 TCGACAATTAATAAGTACA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATT
126 TTAAAAATTAATAAGTA-AGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * * * * ** *
15881981 TAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTGTTGTTTCATCAAA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTC-AT
* * * * *
15882046 AAAACATTTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
65 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
15882110 TAAAAATTAATGAGGAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAATAAATT
127 TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
* * * * *
15882163 CGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCAT
* *
15882227 AAAAAAATT-TCTTCTATTCATACAAA-TTTATTGCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
65 AAAACAATTGT-TTCTATTCATA-AAAGCTTATT-CAAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * *
15882289 TTCAAAAAATTAATATGTAATAATTTAAAAAATAAATCTATT
125 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATT
15882331 TTTTGAACAC
Statistics
Matches: 5474, Mismatches: 1196, Indels: 697
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 28 0.01
171 61 0.01
172 24 0.00
173 5 0.00
174 149 0.03
175 216 0.04
176 251 0.05
177 296 0.05
178 172 0.03
179 437 0.08
180 888 0.16
181 1618 0.30
182 810 0.15
183 318 0.06
184 21 0.00
185 2 0.00
186 4 0.00
187 12 0.00
188 16 0.00
189 3 0.00
190 10 0.00
191 18 0.00
192 10 0.00
193 3 0.00
194 13 0.00
195 16 0.00
196 3 0.00
197 2 0.00
198 4 0.00
199 3 0.00
200 7 0.00
201 47 0.01
202 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
AATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGACTGAACAAGTG
Found at i:15876113 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 15876088--15876133 Score: 83
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
15876078 TTTGTTTTGT
*
15876088 CATAAAACAATTATTTTTCTC
1 CATAAAACAATTAATTTTCTC
15876109 CATAAAACAATTAATTTTCTC
1 CATAAAACAATTAATTTTCTC
15876130 CATA
1 CATA
15876134 CAAGCTTTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.20, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
CATAAAACAATTAATTTTCTC
Found at i:15877344 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15876130--15882327 Score: 4493
Period size: 181 Copynumber: 34.5 Consensus size: 181
15876120 TAATTTTCTC
* * * * *
15876130 CATACAAGCTTTATT-TGAATTAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCGACAATTAATAAGTAA
1 CATACAAGC-TTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * * * *
15876194 -AAGATTTTAAAAATAAA--TGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAGTAACT
64 GAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATT
* * * * ** * * * *
15876255 ATCTATTTAAAATCGTTGTGACCTTGTGTTTCATCATAAAACTATTATATCAATT
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
15876310 CATATAGGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
15876375 GATTTAAAAAATGAAGATAT-TTTCT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
66 AATTTAAAAAAT-AA-ATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
15876438 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** *
15876491 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA-
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* **
15876554 AAATTTAAAAAAGAAATC-GATTCT-TTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
65 AAATTTAAAAAATAAATCTG-TT-TATCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
15876616 ATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTACAAAACTAATTGTTTCTATT
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATT
* * * * *
15876672 CATACAAGCGTATT-TGAAATAAAATACTACTAGA-TTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAA
1 CATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * **
15876735 AAAAGTTAAAAAAATAAATTTGTTT-GCAAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGCTTGAACAATT
64 GAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
15876799 ATTTATTTTAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATT
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
15876854 CATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAAT-AGATAG
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAA
* * * ** * *
15876917 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAAAAAGTAT-AAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATT
64 GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGT-TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* **
15876980 GA-CTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-----TCTATT
127 -ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * * * * * *
15877030 CATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATATT-GAAAGTTAATAAG--AG
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * *
15877092 --ATTT-AAAACTAAATCTATTTATGAAAATAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTGTT
65 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
15877154 TATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTTTT
130 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
15877205 CATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
15877270 AATTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
15877335 ATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTGATAAAATAATTATTTC-AGTT
131 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * *
15877386 CATACAAGCTTATGT-AAAAGAAAATAATACTAATTTAATAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAG
1 CATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
15877450 AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGATTCA--ACTATTTGAACAATT
65 AAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATT
* ** * *
15877513 TTCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTT
127 ATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * * *
15877568 CATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTACTAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
15877633 GATTT-AAAACT-AATGTTGTTT-TCAAACTAGTTCAAATAG-T-T-ACTATTTGAACAAATATC
66 AATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
15877692 AATCTCAAATAGTTATGA--TATTT-TTTTCTTATAAAACAATTGTTTCTGA-T
130 TATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
** *
15877742 CATACAAGCTTATTTTG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG
1 CATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * * * * *
15877804 --ATTTAAAAGATAAATGTGTTT-GCGAAATAAGTTCACATAGTTAAGGCTATTAGAATATTTAT
65 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
15877866 CTATTTC-AATTCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAATT
129 CTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * ** *
15877919 CATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
15877984 GATTTGAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
66 AATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * *
15878049 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTT
130 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * * *
15878101 CATAAAAGCTTATCCAAAATACAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
15878166 GATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CAAAATCAGTTCAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTA
66 AATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC-AAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
15878228 CCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTATCA-A
128 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* ** * * **
15878282 CTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTATTTTATTAATATTTCAGTAATTAATAAG--AG-
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
15878344 -ATTTAAAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCT
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
15878408 ATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTT
131 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *
15878459 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAA-
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * * *
15878522 AAGATTTAAAAAA-AATTC-ATTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAAAAATTAT
65 AA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * * * * *
15878585 ATATTTGTATTTGTTACGACATTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTC-AGCT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
15878638 CATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * * * * * *
15878703 GATTTAGAAAATATTTCTATTTA-CTGAACC-TTTGGAAATAATTAT-ACCTATTTAAACAATTA
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAGTT-CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTA
* * * * * *
15878765 TCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTT
128 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * * * * *
15878819 AATATAAGTTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGG
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
15878884 GATTTAAAAAGTAAATTTGTTT-TCCAAACCATTTCAAGTAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT-
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
15878947 TGATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATGAAACAATTGGTTCTATT
130 T-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** * * * ** *
15879000 CATACTATTTTATTC-GTAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAA
1 CATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * * * * ** *
15879064 AAAATTAAAAAATAAATCTAATTATCGAACCGACTT-AAGTAGCTAAGACTATATGAATGATAAT
65 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * *
15879128 CTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
15879180 TATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
15879245 AATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAACGAATCAATTTAAAT-GATTAAGACTATTAGGACAATTATC
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * *
15879308 TATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTT
130 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
15879360 CATACATGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
15879423 AAGATTTAATAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAAT
65 AA-ATTTAA-AAAAT-AAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
15879487 TATCTATTT-AAAGTTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCAATT
126 TATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
15879543 CATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
15879606 AAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
65 AA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
15879671 CTATCTCAAATTGTTATGATCTTTAT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTATGTT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * * ** * *
15879723 CATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG--AG-
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
15879784 -ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
15879848 ATTTCAAATTGTTCA-GACATTTCGCTTAGTGAT-AAATAATTGTTTCAATT
131 ATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
15879898 CATACATGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAA
1 CATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * *
15879961 GAAATTTAAACAAATAAATCCGTTTACTGAATA--AATTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAAT
64 GAAATTTAAA-AAATAAATCTGTTTA-TCAA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
15880024 TATCTATTTGAAA-TGTTATAACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTT-TAGTT
126 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * **
15880079 CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGG
1 CATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
15880144 AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAGACCAATTCAAATAATTAAGATTATTTAAACAATTATC
65 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
15880209 TATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGT-AAAGAAATAATTGTTTCTATT
130 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATT
* * * ** ** * * *
15880260 CATACAAGCTTATT-TGAAGTATAATATTGTTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATATGTGAA
1 CATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AA
* * * * * * *
15880323 -AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTAT
64 GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
15880387 CTATTTCAAATCT-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATT
129 CTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
15880440 CATACATA-CATATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAA
1 CATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
15880503 GAAATTTAAACAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAATTCAAAAAGTTATGATTATTTGAACAATT
64 GAAATTTAAA-AAATAAATCTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
15880567 ATCTATTT-AAAATGTTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTC-AGTT
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * * **
15880621 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * ** * * * *
15880686 GATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATGACAAATTT-AACAGTTATC
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATC
* * * * * ** *
15880750 TATTTCAAATCT-TTATAAACATTTATTTTGCCATAGTACAATTGTTTTTCA-T
130 TATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * *
15880802 CATATAAGCCTATTC--AA-AATATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGA
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
15880864 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
66 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *
15880928 TATTTCAAATCCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATT
130 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
15880980 TATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TT-AAGAAAGTTAATAACTA
1 CATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAA-TTAATAAGTA
* * ** * * * * * *
15881042 AGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTA
63 AGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * *
15881107 TCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTG-TTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTT
128 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
15881160 CATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG-
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
15881222 -ATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAATTATTTAT-AATAATTTGAACAATTAT
66 AATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * ** * * * *
15881285 TTGTTTCAAATCATGATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATT
* * * * * * * *
15881339 GATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAC
1 CATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** ** * * *
15881403 AAATTTAGAAAATGAATCT-ATTGGCTTTACTAATGT-AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTA
65 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * *
15881466 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTT-TATT
128 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * *
15881519 CCA-ACAAGCTTATTTGGAATAACATAA-ATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 -CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *** **
15881582 GAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGTGATTGC
64 GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** *
15881647 CT-TTTCAAATTGCTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAGTT-TTTCTATT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATT
** * *
15881699 TGTACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAA
1 CATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAA
* * * * * ** * * * *
15881762 -AAGATTTAAAAAACAACTCTATTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGATTATTTTGATCAATG
64 GAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATT
* * * * * * *
15881826 ATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTT
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** * * * *
15881882 CATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTACA-
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AG
* * * * * * * * * *
15881946 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTAT
65 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * ** * * *
15882010 CTATATCAAATCATTATGACCTGTTGTTTCATCAAAAAAACATTTGTATC-AGTT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
15882064 CATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGGAAG
1 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * * *
15882128 ATATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAATAAATTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTT
65 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
15882192 TTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TCTTCTATT
129 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATT
** *
15882245 CATACAAATTTATTGCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATATGTA
1 CATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
*
15882308 A-TAATTTAAAAAATAAATCT
63 AGAAATTTAAAAAATAAATCT
15882328 ATTTTTTGAA
Statistics
Matches: 4771, Mismatches: 1014, Indels: 465
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 24 0.01
171 70 0.01
172 23 0.00
173 3 0.00
174 77 0.02
175 198 0.04
176 108 0.02
177 289 0.06
178 167 0.04
179 496 0.10
180 762 0.16
181 1430 0.30
182 782 0.16
183 323 0.07
184 19 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
Found at i:15877819 original size:533 final size:533
Alignment explanation
Indices: 15875133--15882331 Score: 3550
Period size: 537 Copynumber: 13.3 Consensus size: 533
15875123 GTCGAACCAA
* * * ** * *
15875133 TTCAAATAGTTAAGGCTATATA-AACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATAACCTTTTATTT-TGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAT-T
* * * * * *
15875196 CATCAAACAATTTTTTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTTAGAATAAAA-AA-ACAAATTTATTAATA
64 -ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *** *
15875258 TTT-CAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAATTTTGTTTGTCGAATTGGTTCAAATAATT
127 TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
15875318 ATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTACGACATTTTCTTTTGTCATACAACAAATG
192 A-GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AAT-
* * * * * * ** **
15875383 T-TTTTA-TTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATCCATATTTTGAAAATTA
253 TATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-
* ** * * ** * * * *
15875446 AGAAATAAGATATTTGAAAAATAAATCCGTTTACT-AAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTGG
317 ATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAT--GTTTTTTCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
15875510 AACAATT-TTTATTTCAAATCA-TTATGGCCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
379 AACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTAT-GACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TCA
* * * * * * * *
15875573 TA-TAGTCTTA-ATCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACG
441 TACAAG-CTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAA-TAA-G
* * * * * *
15875636 -AATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTTGACCAA-
502 AAATTAAAAAAATAAATGTGTTTGC--AAACAAG
* * * * * * * * *
15875668 TGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTTTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTATT-A
* * * * * * * *
15875733 CAAAGCAATTGTTTCTA-TGCGTAAAAGCTTATTCAAAATGACATAA-ATCTAATTTATTAATAT
65 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATAT
* * * * * *
15875796 TCT-TAAAA-T--CAA-TAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGT
128 T-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
15875854 TATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCACTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
191 TA-GACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
15875919 TTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATAC-ACATTTTTTAATATTT-AGACAA
254 ATTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCA-AAAA
* * * * * *
15875980 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-TTATTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATAACTA
315 TT-ATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAATGTT-TTT-TCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
15876043 TTTGAACAATTATTTATTTCAAACT-GTTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC
375 TTTGAACAATTATCTATCTCAAA-TAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAAC-A--A-TTGT-
* **
15876107 TCCATAAAACAATTAATTTTCTCCATACAAGCTT-TATTTGA-ATTAAAATAATATTAATTTTTT
433 T---T----C---T-A-----T-CATACAAGCTTAT-TTTGATA-TAAAATAATACTAATTTAAT
* * ** ** * *
15876170 AATATTTCGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATGT-TTACCGAATAAG
479 AATATTTCAAAAATT-ATAA-TAAGAA-ATTAAAAAAATAAATGTGTTTGCAAACAAG
* * ** * * ** * *
15876226 TTTAAATAGTCATA-ACTATTTA-AGTAACTATCTATTTAAAATCGTTGTGACCTTGTGTTTCAT
1 TTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-AT
* * * * * * * *
15876289 CATAAAACTATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
63 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * ** *
15876354 TCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAGATATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTT
128 TTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
15876418 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
192 A-GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
* * ***
15876483 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
255 TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A
** * ** * * * *
15876547 TAAATAA-AAATTTAAAAAAGAAATCGATTCTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
318 TAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAT-G-TTTTTTCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * *
15876610 ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTACAAAACTAATTGTTTCTATTCAT
380 ACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAAC-AATTGTTTCTA-TCAT
* * * * * *
15876675 ACAAGCGTA-TTTGAAATAAAATACTACTAGA-TTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAA
442 ACAAGCTTATTTTGATATAAAATAATACTA-ATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAA-TAAGAA
*
15876738 AGTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCAAAGCAAG
504 A-TTAAAAAAATAAATGTGTTTGCAAA-CAAG
* * * * * *
15876770 TTCAAATAGTTATGATTGCTT-GAACAATTATTTATTTTAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTAT
1 TTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTG-TTTAT
* * * *
15876833 TATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
63 TATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
15876897 TTATG-AAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAAAAAGTAT-AAATA
127 TT-TGAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGT-TCAAATA
* * * *
15876959 GTCATATCCATTTGAACAATTGA-CTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-
189 GTTAGA-CTATTTGAACAATT-ATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
15877022 A--A-TCTA-TTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATATT--GAA
251 ATTATTTTAGTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAA
* * * * * *
15877080 AGT-TAA-TAAGAGATTTAAAACTAAATCTATTTATGAAAATAGTTCAAATTGTTATGACTATTT
314 ATTATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAATGT-TTTTTCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
15877143 GAACAATTGTTTATCTCAAATTGTTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTTTTCA
378 GAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-TATCA
* **
15877207 TATAAGCTTATTCAGAT-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAA
441 TACAAGCTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AT-AATAAGAA
*
15877271 ATTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAG
504 ATTAAAAAAATAAATGTGTTTG-CAAACAAG
* *
15877302 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTGA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTA-TTA
* * * * * *
15877367 TAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATGT-AAAAGAAAATAATACTAATTTAATAACATT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
15877431 TGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT
129 TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TT
* * *
15877496 CA-ACTATTTGAACAATTTTCTATTTAAAGTCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
192 -AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
* * * *
15877560 TTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTACT
255 TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-T
*
15877625 AAGCAAGAGATTTAAAACT-AATGTTGTTTTCAAACTAGTTCAAATAG-T-T-ACTATTTGAACA
319 AAGCAAGAGATTTAAAACTAAATGTT-TTTTCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
15877686 AATATCAATCTCAAATAGTTATGA-TATTT-TTTTCTTATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAA
383 ATTATCTATCTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* *
15877749 GCTTATTTTGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAATAAGAGATTTAAA
446 GCTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAATAAGAAATTAAAA
* *
15877811 AGATAAATGTGTTTGCGAAATAAG
511 AAATAAATGTGTTTGC-AAACAAG
* * * * * *
15877835 TTCACATAGTTAAGGCTATTAGAATATTTATCTATTTC-AATTCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACCTTTTGTTTA-TT
* * * * * *
15877899 ATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
64 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * *
15877964 AAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
129 TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
15878029 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
193 -GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
15878094 TTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATACAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
256 TTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATA
* * * * *
15878159 AGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACAAAATCAGTTCAAAT-GATTATGGCCATTTGAA
320 AGCAAGAGATTT-AAAACTAAATGT-TTTTTCAAAAT-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
15878222 CAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTATCAACTTAC
381 CAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-ATCATAC
* * * * ** * *
15878287 AAGCTTATTTGGA-ATAAAATAATTCTATTTTATTAATATTTCAGTAA-T-TAATAAGAGATTTA
444 AAGCTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAATAAGAAATTAA
*
15878349 AAAAATAAATATGCTTAT-CAAACAAG
509 AAAAATAAATGTG-TT-TGCAAACAAG
* * * * * * *
15878375 TTCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT-TATTA
** * *
15878440 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * *
15878505 T-AAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAA-AAATTCATTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTA
129 TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTT-
* * * * * ** * * * *
15878566 AGACTATATGAAAAATTATATATTTGTATTTGTTACGACATTTTATTTTGTTATAAAATAATTAT
192 AGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
15878631 TTCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATA
256 TTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTATA
* ** * * * ** *** * * *
15878696 AGCAAGAGATTTAGAAAATATTTCTATTTACTGAACCTTTGGAAATAATTAT-ACCTATTTAAAC
320 AGCAAGAGATTTA-AAACTAAATGTTTTTTCAAAATAGTT-CAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
15878760 AATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATA
382 AATTATCTATCTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
** * * * * * * **
15878825 AG-TT-TGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGGGATT
445 AGCTTAT-TTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AT-AATAAGAAATT
* * * * * *
15878888 TAAAAAGTAAATTTGTTTTCCAAACCAT
507 AAAAAAATAAATGTG-TTTGCAAACAAG
* ** * * * * * *
15878916 TTCAAGTAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTT-TGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT-ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAT-T
* * * ** *
15878979 CATGAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTC-GTAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
64 -ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * * * * *
15879042 ATTTCG-AAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATCGAACCGACTT-AAGTA
126 ATTT-GAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAACAAGTTCAAATA
* * ** * * *
15879105 GCTAAGACTATATGAATGATAATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
189 G-TTAGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
* * ** * * *
15879170 TTATTTTA-TTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATT
252 TTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
15879234 AATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA--TTGTTT-AACGAATCAATTTAAAT-GATTAAGACTAT
317 -ATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAATGTTTTTTCAA--AAT-AGTTCAAATAG-TTATGACTAT
* * * * * * *
15879295 TAGGACAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAG
376 TTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * * * *
15879358 TTCATACATGCTTATTTAGA-ATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGA
438 -TCATACAAGCTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-ATAATA
* * * * *
15879421 AAAAGATTTAATAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAG
500 AGAA-A-TTAAAAAAAT-AAATGTGTTT-GCAAACAAG
* * * * *
15879459 TTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGATCTTTTGTTT-TG
1 TTCAAATAG-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATGACCTTTTGTTTAT-
* * * * * * * *
15879521 TCACAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTACTAAT
63 T-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAAT
* * * * * * **
15879585 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCGGTTCAAATAGT
126 ATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
* * ** * *
15879650 TATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTTTCATAAAACAATT
191 TA-GACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * *** * * * ** * *
15879714 -GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAA-T-
254 ATTTTA-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * ** * * *
15879775 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAA
318 TAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAATGT-TTTTTCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
15879839 CAATTATCTATTTCAAATTGTTCA-GACATTTCGCTTAGTGAT-AAATAATTGTTTCAATTCATA
381 CAATTATCTATCTCAAATAGTT-ATGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TCATA
* * * * * *
15879902 CATGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAA
443 CAAGCTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-ATAA-TAAGAAA
* ** * * * *
15879965 TTTAAACAAATAAATCCGTTTACTGAATAAA
505 -TTAAAAAAATAAATGTGTTTGC-AAACAAG
* * * * * * * *
15879996 TTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAA-TGTTATAACATTTTGTTTTATAA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTATTA
* * * * * * *
15880060 TAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATATTACTTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * * * * * *
15880125 TCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAGACCAA-TTCAAATAATTA
129 TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTT-
* * * ** * * * * *
15880189 AGATTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGT-AAAGAAATAATTG
192 AGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATA-AAACAATTA
* ** * * * ** ** * *
15880252 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAGTATAATATTGTTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAA
255 TTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A
* * * * ** * ** * * *
15880315 TATGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGA
318 TAAG-CAAGAGATTT-AAAACTAAATGT-TTTTTCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * * *
15880379 ACAATTATCTATTTCAAATCTTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA
380 ACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TCATA
* ** * * * * *
15880444 CATA-CATA-TTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAA
443 CA-AGCTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATT-ATAA-TAAGAA
* * * * *
15880506 ATTTAAACAAATAAATATGTTTACTGAACAAA
504 A-TTAAAAAAATAAATGTGTTTGC-AAACAAG
* * * * * * * *
15880538 TTCAAAAAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATAACCTTTTGTTTTATAA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTATTA
* * * * *
15880602 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** ** * ** * *
15880667 CAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATG
130 GAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA-G
* * * * * * * ** *
15880732 ACAAATTT-AACAGTTATCTATTTCAAATCTTTATAAACATTTATTTTGCCATAGTACAATTGTT
194 AC-TATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
*** * *
15880796 TTTCATCATATAAGCCTATTCAAAAT---ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
257 TTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA
* * * * * * *
15880858 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
321 GCAAGAGATTT-AAAACTAAATGTTTTTTC-AAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * ** * * * * * *
15880923 TTATATATTTCAAATCCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTTATACAAG
384 TTATCTATCTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAAG
* * * * *
15880988 CTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TT-AAGAAAGTTAATAACTAAGATATTT
447 CTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA-AAA-TT-ATAA-TAAGAAATTA
*
15881050 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAA-
508 AAAAAATAAATGTGTTTG-CAAA-CAAG
* * ** * **
15881077 TTCAAATAGTTAAGGCTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTATTA
* ** * * * * *
15881141 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
15881206 TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAATTATTTAT
130 GAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAG
* * * * * * * *
15881267 AATAATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCATGATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTT
194 ACT-ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTAT
* * ** * * *
15881332 TTCTA-TTGAT-ATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
256 TT-TAGTTCATAAAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A
** * * * * * * *
15881395 TAAATAACAAATTTAGAAAATGAATCTATTGGCTTT-ACTAAT-G-T-AAATAGTTTTGACTATT
318 TAAGCAAGAGATTTA-AAACTAAATGT-TT---TTTCA-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
15881456 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTT-TATT
377 TGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * *
15881519 CCA-ACAAGCTTATTTGGA-ATAACATAA-ATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
439 -CATACAAGCTTATTTTGATATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAA-TA
* * * * * *
15881581 AGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCAAACAAG
500 AGAAATTAAAAAAATAAATGTGTTT-GCAAACAAG
* * * *** ** ** * **
15881616 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAGTGATTGCCT-TTTCAAATTGCTATAATATTTTGTTT-TGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAT-T-
* ** * *
15881679 ATAAAAAAAGTT-TTTCTA-TTTGTACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
64 ATAAAACAA-TTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
15881741 A-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTTACCGAATAAATTCAAATAG
126 ATTTGAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
15881805 TTATGATTATTTTGATCAATGATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTATCATAAAACA
190 TTA-GACTA-TTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTA-TTTTGTCATAAAACA
* * * *** * * * *
15881870 ATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAAT
251 ATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * ** * * * *
15881935 TAATAAGTACAAGA-TTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA-A-TTTAAATAGTCATAACTA
316 T-ATAAG--CAAGAGATTTAAAACT-AA-ATGTTTTTTCAA-AATAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * * * *
15881997 TTTGAATAATTATCTATATCAAATCA-TTATGACCTGTTGTTTCATCAAAAAAACATTTGTATC-
375 TTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * *
15882060 AGTTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGA
437 A--TCATACAAGCTTATTTTGATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-AT-A
** * * * * * * * *
15882123 GGAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAATAAA
497 ATAAGAAATTAAAAAAATAAATGTGTTTGC-AAACAAG
* * * * * * ** *
15882161 TTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT-TGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAT-T-
* **
15882225 ATAAAAAAATT-TCTTCTA-TTCATACAAATTTATTGCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
64 ATAAAACAATTGT-TTC-AGTTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * *
15882286 TATTTCAAAAAATTAATATGTAATA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT
125 TATTT-GAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
15882332 TTTGAACACA
Statistics
Matches: 5344, Mismatches: 993, Indels: 643
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
531 10 0.00
532 151 0.03
533 462 0.09
534 57 0.01
535 159 0.03
536 160 0.03
537 745 0.14
538 309 0.06
539 381 0.07
540 561 0.10
541 529 0.10
542 452 0.08
543 457 0.09
544 250 0.05
545 112 0.02
546 97 0.02
547 16 0.00
548 4 0.00
550 1 0.00
551 1 0.00
553 1 0.00
554 1 0.00
555 1 0.00
557 5 0.00
558 97 0.02
559 20 0.00
560 58 0.01
561 2 0.00
562 92 0.02
563 146 0.03
564 5 0.00
565 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTATTAT
AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGCAAG
AGATTTAAAACTAAATGTTTTTTCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TCTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCATACAAGCTTATTTTG
ATATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAATAAGAAATTAAAAAAATAAATGT
GTTTGCAAACAAG
Found at i:15878860 original size:718 final size:715
Alignment explanation
Indices: 15875133--15882357 Score: 4206
Period size: 718 Copynumber: 10.0 Consensus size: 715
15875123 GTCGAACCAA
* * * * * * * * * *
15875133 TTCAAATAGTTAAGGCTATATAAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATAACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
15875198 TCAAACAATTTTTTC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTTAGAATAAAA-AA-ACAAATTTATTAATAT
66 TAAAAAAATTATTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * ** * *** *
15875259 TTC-AAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAATTAATTTTGTTTGTCGAATTGGTTCAAATAATTA
129 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
15875319 TGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTACGACATTTTCTTTTGTCATACAACAAATGT
194 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * ** *
15875384 TTTTATTCATATAAGTTTGTT-TAGAATAAAATAATAT-TAATTTATCCATATTT-TGAAAATTA
259 TTATCTACATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAG-AAATT-
* * ** * * * * *
15875446 AGAAATAAGATATTTGAAAAATAAATCCGTTTA-CTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTGG
320 ---AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * *
15875510 AACAATT-TTTATTTCAAATCATTATGGCCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
381 AACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-GACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * *
15875573 TA-TAGTCTTAATC-GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACG
445 TACAAG-CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAACTAA-G
** * ** * * * * *
15875636 -AATTTAAAAAATAAA-TCTATTGGCTTG-ACCAATGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTA
506 AAATTT-AAAAATAAATTC-ATT-TATCGAATTAATTCAAATAGTTAAGACT-ATTGAACAATTA
* * ** * * *
15875698 TCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTT-TTCACAAAGCAATTGTTTCTA-TGCGTAAAAG
567 TCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTT-ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAG
* * * *
15875760 CTTATTCAAAATGACATAAATCTAATTTATTAATA-TTCTTAAAA-T--CAA-TAAGAGATTTAA
629 CTTATTCAAAAT-AAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * **
15875820 AAATGAATCTATTTACTGAATAAG
692 AAATAAATCTATTTACTAAACACT
* * * *** *
15875844 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCACTAT-AATCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTGTC
* * * **
15875908 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATAC-ACATTTTTTAATA
65 ATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATA
* * * * * * **
15875971 TTT-AGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATCGAATAAGTTCAAATAG
128 TTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
* * * * *
15876034 TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAC-A
* * *
15876098 TTATTTTTCTCCATAAAACAATTAATTTTCTCCATACAAGCTTTATTTGAATTAAAATAATAT-T
254 --ATTGTT-T--AT----C---T-A-------CATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAAT-TCT
* * * * *
15876162 AATTTTTTAATATTTC-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AA-ATGTTTACCGAATA
297 AATTTATTAATATTTCAGA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
* * * * * * * ** * * * *
15876224 AGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAGTAACTATCTATTTAAAATCGTTGTGACCTTGTGTTTCA
357 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTA
* * * ** * * *
15876288 TCATAAAACTATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
421 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
15876353 TTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAGA-T-ATTT-TCTGAA-CAAGTTCAAAT
486 TT-TAAAAATTAATAACTAAGAAATTT-AAAAAT-AA-ATTCATTTATC-GAATTAA-TTCAAAT
* * * * *
15876414 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
545 AGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATA
** *** *
15876479 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAA
609 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
15876543 TTAATAAATAA-AAATTTAAAAAAGAAATCGATTCT-TTGAACACA
672 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATT-TACTAAACACT
* * * * * *
15876587 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
15876652 CAAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATACTACTAGA-TTATTAATAT
66 TAAAA-AAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATAT
* * * * * * * * *
15876716 TCCAAAAATTGATAAGTAAAAAAGTTAAAAAAATAAATTTGTTT-GCAAAGCAAGTTCAAATAGT
129 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAA-CCAGTTCAAATAGT
* ** * * * * * *
15876780 TATGATTGCTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGA-TCTTTTGTTTTATTATAAAACAAT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
15876844 TGTTTCTATTCATATAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTATGA-AAA
256 TGTTTATCTACATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATT-TCAGAAA
* * * * * * *
15876906 TTAATAGATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAAAAAGTAT-AAATAGTCAT-ATCCA
318 TTAAT--A-A-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGT-TCAAATAATTATGA-CTA
* * * * *
15876969 TTTGAACAATTGA-CTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-----TCTA
377 TTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTG
** * * * * * * *
15877028 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATATT-GAAAGT--TAA-TAA
441 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAACTAA
* * * * * * *
15877089 GAGATTTAAAACTAAA-TCTATTTAT-GAAAATAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTG
505 GAAATTTAAAAATAAATTC-ATTTATCG-AATTAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTA
* * * * * * * ** *
15877152 TTTATCTCAAATTGTTATG--ATCTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTTTTCATATAAGCT
567 TCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
* * * * * * *
15877215 TATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAAATTAAAAAA
631 TATTCAAAAT-AAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAA
* * * *
15877280 ATAAATGTGTTT-GTCAAAC-CAG
694 ATAAATCTATTTACT-AAACAC-T
* * * * * * *
15877302 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTG
1 TTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * *
15877366 ATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATGT-AAAAGAAAATAATACTAATTTAATAACA
65 ATAAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * *
15877429 TTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGA
128 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG-
* * *
15877494 TTCA--ACTATTTGAACAATTTTCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACA
191 TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * *
15877556 ATTGTTTTAGT-T-CATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAA
254 ATTG-TTTA-TCTACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAGAA
* * * * *
15877619 ATTACTAAGCAAGAGATTT-AAAACT-AATGTTGTTT-TCAAACTAGTTCAAAT-AGT-T-ACTA
317 A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * *
15877678 TTTGAACAAATATCAATCTCAAA-TAGTTATGATATTTT-TTTCT-T-ATAAAACAATTGTTTCT
377 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACATTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGTTTCT
* ** *
15877739 GATCATACAAGCTTATTTTG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-T
440 GTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACT
* * * * * * * *
15877799 AAGAGATTTAAAAGATAAATGT-GTTT-GCGAAATAAGTTCACATAGTTAAGGCTATTAGAATAT
503 AAGAAATTTAAAA-ATAAAT-TCATTTATCGAATTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAA
* * * * * *
15877862 TTATCTATTTCAATTCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAG
564 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAG
* ** * * ** *
15877927 TTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAA
629 CTTATTCAAAAT-AAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--A
* ** **
15877992 AAAATAAATTTATTTACCGAACAAG
691 AAAATAAATCTATTTACTAAACACT
* * ** * * *
15878017 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
15878082 TAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATACAATAATGCTACTTTATTAATATT
66 TAAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * *
15878146 TCAAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACAAAATCAGTTCAAAT-GATTA
130 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG-TTA
* * * * * * *
15878210 TGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
194 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
15878275 TTATCAACTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTATTTTATTAATATTTCAGTAATTAATA
259 TTATCTACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATA
* *
15878340 AGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTA
324 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
15878405 TCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
389 TCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* *
15878470 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAA-AAGATTTAAAAA
454 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAA-ATTTAAAAA
* * ** * * ** * *
15878534 -AAATTCATTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAAAAATTATATATTTGTATTTG
517 TAAATTCATTTATCGAATTAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
15878598 TTACGACATTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAAT
581 TTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAT
* * **
15878663 AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGCAAGAGATTTAGAAAATATTTCTATTTACT
645 AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTACT
*
15878728 GAAC-CT
709 AAACACT
* *
15878734 TTGGAAATAATTAT-ACCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGT
1 TT-CAAATAATTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
15878798 CATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATAT
64 CATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * * * * * *
15878863 TTAAAAAATTAATCAGTAAGGGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTTCCAAACCATTTCAAGTAGTTT
129 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
15878928 TGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATGAAACAATTG
194 TGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-
* ** * * *
15878992 GTTCTAT-T-CATACTATTTTATTCGTAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-GAAACTT
257 GTT-TATCTACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAGAAA-TT
* * * * ** * * * * ** * *
15879054 AATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATCGAACCGACTT-AAGTAGCTAAGACTATAT
320 AAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
** * * ** * * * *
15879118 GAATGATAATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTTA
380 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * *
15879182 TACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA
445 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAAA
* * * * *
15879247 TTTAAAAAATAAATT-GTTTAACGAATCAATTTAAAT-GATTAAGACTATTAGGACAATTATCTA
509 TTT-AAAAATAAATTCATTTATCGAATTAATTCAAATAG-TTAAGACTATT-GAACAATTATCTA
* * * * * * * *
15879310 TTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTT
571 TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
15879375 AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAATAAAATA
636 AAAATAAA-TAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A-AAAAT-
* **
15879439 AAATCTATTTACCAAACAAG
696 AAATCTATTTACTAAACACT
* *
15879459 TTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGA-TCTTTTGTTTTG
1 TTCAAATA-ATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACT-TTTTGTTTTG
* * * * * * * *
15879521 TCACAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTACTAAT
63 TCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTAATAAT
* * * * *
15879585 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTATCGAACCGGTTCAAATAG
127 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
* * * * *
15879649 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TCTTTATTTTTTCATAAAACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * ** *
15879713 TGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAAT-ATTGCTAAACTAATAATA-TTCTA-AAAT
256 TGTTTATCTACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATT-CTAATTTATTAATATTTC-AGAAAT
* * * * * * * *
15879775 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
319 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * **
15879840 AATTATCTATTTCAAATTGTTCA-GACATTTCG-CTTAGTGAT-AAATAATTGTTTCAATTCATA
384 AATTATCTATTTCAAATTATT-ATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * *
15879902 CATGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAAA
447 CAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-CTAAGAAA
* * * * *
15879965 TTTAAACAAATAAATCCGTTTA-CTGAATAAATTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
509 TTT-AA-AAATAAATTCATTTATC-GAATTAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
15880029 ATTTGAAAT-GTTATAACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATT
570 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * **
15880093 CAAAATAAA-AAAAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAACT
635 CAAAATAAATAAAACTA--A-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T
* * * *
15880157 AAATCTGTTTACCAGAC-CAA
696 AAATCTATTTACTAAACAC-T
* * * *
15880177 TTCAAATAATTAAGATTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGT-A
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * ** **
15880240 -AAGAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTATAATATTGTTAAACTAATAATA-
66 TAA-AAA-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * *
15880303 TTCTAAAATTAATATGTGAA-AGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
129 TTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
15880366 TAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
15880431 GTTTCAAT-T-CATACATA-CATATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAGAAAA
257 GTTT--ATCTACATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAG-AAA
* * *
15880492 TTAATAAGCAAGAAATTTAAACAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAATTCAAA-AAGTTATGATT
318 TTAATAAG--AG--ATTTAAA-AAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAA-TTATGACT
* * * * * *
15880555 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAG
376 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * * * * **
15880619 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTG
441 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAA
* * * * * * * *
15880684 GAGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTATCGAATTAGTTTAAATAATTATGACAAATTTAACAGTTA
505 GAAATTT-AAAAATAAATTC-ATTTATCGAATTAATTCAAATAGTTAAGAC-TATTGAACAATTA
* * * ** ** * *
15880748 TCTATTTCAAATCTTTATAAACA-TTTATTTTGCCATAGTACAATTGTTTTTCA--TCATATAAG
567 TCTATTTCAAATCGTTAT-GACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAG
* * *
15880810 CCTATTCAAAAT--ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAA
629 CTTATTCAAAATAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* *
15880873 AATAAATCTGTTTACTAAACTA-G
693 AATAAATCTATTTACTAAAC-ACT
* * * ** * *
15880896 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCCTTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
15880961 TAAAATAATTATTTATATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TT
66 TAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * *
15881025 -AAGAAAGTTAATAA-CTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAATTCAAATAGTT
131 CAA-AAA-TTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
15881088 AAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTT-GTTTGTCGTAAAACAAATG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * * *
15881152 TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
258 TTTATCTACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAA
* * * * * * * *
15881216 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAATTATTTAT-AATAATTTGAACA
322 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACA
* * * * * * * * *
15881280 ATTATTTGTTTCAAATCATGATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTGATA-
385 ATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATAC
* * * * * *
15881343 TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAACAAATT
448 AAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAACTAAGAAATT
* ** ** * **
15881408 TAGAAAATGAA-TC-TATTGGCTTTACTAATGT-AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTA
511 TA-AAAATAAATTCAT-TTATC-GAATTAAT-TCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
15881470 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTA-TTCCA-ACAAGCTTATT
571 TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTT-CATACAAGCTTATT
*** ** *
15881533 TGGAATAACATAAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTGA
635 CAAAATAA-ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAA
* *
15881598 ATCTGTTTA-TCAAACAAGT
698 ATCTATTTACT-AAAC-ACT
* * *** ** * *
15881617 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAGTGATTGCCT-TTTCAAATTGCTAT-AATATTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTGTC
** * * *
15881679 ATAAAAAAAGTT-TTTCTATTTGTACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
65 ATAAAAAAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * ** *
15881742 -TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTA-TTTACCGAATAAATTCAAATAG
128 TTTCAAA-AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
* * * * *
15881805 TTATGATTATTTTGATCAATGATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTATCATAAAACA
191 TTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTA-TTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
15881870 ATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTC-GACA
254 ATTGTTTATCTACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAGA-A
* * * * * * *
15881933 ATTAATAAGTACAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAATTTAAATAGTCATAACTA
317 ATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * * * * *
15881997 TTTGAATAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTGTTGTTTCATCAAAAAAACATTTGTATCAG
377 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATC-ATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * **
15882062 TTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGGAA
441 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAA
* * * * * * *
15882127 GATATTTAAAAAATGAA-TCTATTTA-CTAAATAAATTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
505 GAAATTT-AAAAATAAATTC-ATTTATC-GAATTAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATT
* * * * *
15882190 TTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TCTTCTA-TTCATACAAA
566 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGT-TTC-AGTTCATACAAG
* * * *
15882253 TTTATTGC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATATGTAATA-ATTT
629 CTTATT-CAAAAT-AAATAAAACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * *
15882315 AAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA
690 -AAAAATAAATCTATTTACTAAACACT
15882342 TTCAAATAATTATGAC
1 TTCAAATAATTATGAC
15882358 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 5128, Mismatches: 1044, Indels: 669
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
707 9 0.00
708 6 0.00
709 30 0.01
710 14 0.00
711 98 0.02
712 100 0.02
713 92 0.02
714 483 0.09
715 334 0.07
716 162 0.03
717 259 0.05
718 682 0.13
719 441 0.09
720 380 0.07
721 185 0.04
722 387 0.08
723 288 0.06
724 210 0.04
725 289 0.06
726 86 0.02
727 26 0.01
731 1 0.00
732 1 0.00
736 6 0.00
737 3 0.00
738 40 0.01
739 215 0.04
740 53 0.01
741 4 0.00
742 12 0.00
743 82 0.02
744 70 0.01
745 80 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
TAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
ATCTACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAG
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAATAAA
TTCATTTATCGAATTAATTCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
ACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAAAACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACACT
Found at i:15884299 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15884273--15884308 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
15884263 CGAATAGAAA
*
15884273 TAATATTAAGTTTAAATT
1 TAATATTAACTTTAAATT
*
15884291 TAATTTTAACTTTAAATT
1 TAATATTAACTTTAAATT
15884309 CATCTTAAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (18 bp):
TAATATTAACTTTAAATT
Found at i:15884554 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15884509--15884555 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
15884499 AGATATTTTA
15884509 TTAATTAAAATAATAAAAAT
1 TTAATT-AAATAATAAAAAT
* *
15884529 ATATTTAAAT-ATAAAAAT
1 TTAATTAAATAATAAAAAT
15884547 TTAATTAAA
1 TTAATTAAA
15884556 CTCTTCAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 2
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 15 0.65
19 4 0.17
20 4 0.17
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TTAATTAAATAATAAAAAT
Found at i:15888797 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 15888790--15888818 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
15888780 CATCATTTCT
15888790 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T
1 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T
15888819 GTGTTGTTGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.48, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TC
Found at i:15889275 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 15889232--15889285 Score: 74
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
15889222 TGTATTTAAT
15889232 ATTAAATTTTAAATTTTTT-TATAAA
1 ATTAAATTTTAAATTTTTTATATAAA
*
15889257 ATTAAAGTTTTATAATTTTTAATATAAA
1 ATTAAA-TTTTA-AATTTTTTATATAAA
15889285 A
1 A
15889286 AGTAAAAAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.24
26 5 0.20
27 7 0.28
28 7 0.28
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (26 bp):
ATTAAATTTTAAATTTTTTATATAAA
Found at i:15890658 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15890632--15890826 Score: 131
Period size: 18 Copynumber: 10.9 Consensus size: 18
15890622 AGCATAATTT
*
15890632 TATTTATAAATAATATTA
1 TATTAATAAATAATATTA
15890650 TATTAATAAATAATATTA
1 TATTAATAAATAATATTA
**
15890668 TACAAATAAATAATA-TA
1 TATTAATAAATAATATTA
15890685 CTATTAATAAATAATATTATAATA
1 -TATTAATAAAT-A-A-TAT--TA
*
15890709 TATTAATAAACAATATTA
1 TATTAATAAATAATATTA
*
15890727 TATTAATAAAT--CA-TA
1 TATTAATAAATAATATTA
15890742 TATTAATAAAT-A-A-TA
1 TATTAATAAATAATATTA
* *
15890757 TAGTAATAAATATTATTA
1 TATTAATAAATAATATTA
* *
15890775 -ATTTAAATTATTAAATATTA
1 TA-TT-AATAAAT-AATATTA
* * *
15890795 TAATAAT--ATATTAATA
1 TATTAATAAATAATATTA
15890811 TATTAATAAATAATAT
1 TATTAATAAATAATAT
15890827 AAAGAATAAT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 21, Indels: 34
0.72 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
15 26 0.19
16 12 0.09
17 5 0.04
18 59 0.42
19 9 0.06
20 11 0.08
21 4 0.03
22 1 0.01
23 10 0.07
24 2 0.01
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
TATTAATAAATAATATTA
Done.