Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168065.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_314, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35663
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Found at i:407 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 389--418 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
379 TGACCCAAAT
389 TCACCATCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
*
404 TCACCTTCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
419 GATTTGGATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
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Consensus pattern (15 bp):
TCACCATCAACACAA
Found at i:824 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 790--824 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
780 AAAGCATAAG
**
790 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
808 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
825 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:2981 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1595--6771 Score: 3519
Period size: 181 Copynumber: 28.8 Consensus size: 181
1585 GCTTGTTCAA
* * * * ** * * * *
1595 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTTGCTTTTTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
1660 TTTATTTCGAATAAGCTTCTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTTAACAAAAGGT-TTGAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AA
* * ** * * ***
1723 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
1776 CAAATACA-TT-TTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** * * **
1834 TTT-TAACCGAATAAACTTCTATGATTAGAAACAATT-TTTTATGAAAAAAC-AAAGATTTTAAC
66 TTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * **
1896 AATTTGAGAAT-GATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTCAG
130 GATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGG
* * * * * * *
1948 TAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTTT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
2013 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAC
* * * * *
2078 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTT-TAACTGATTTGG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* * ** *
2130 TAAACATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * ** * * *
2191 TTTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAAT
66 TTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * **
2255 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
2310 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAAATTTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
2374 ATTTA-TTCTAATAA-CTTGTATGAA-ATGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * **
2436 CGATTT-AAAGTATATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAAA-TGATTCAG
129 CGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* * * *
2489 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATT-A--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* ** * * ** *
2550 TTTTA-ATCAGAATAAGCTTGTACAAATA-AAATAATTGTTTTACAACAAAA-AAGAGGTCATAA
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
2612 CGATTTGAAATAGACAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTG-AATTGGTT-C
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * ** * * * *
2663 AACAATTA-ACTTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGCAT
1 TA-AA-TAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * * *
2727 TATTTTTATTTCTAATGAA-ATAATATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTA
63 TA-TTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*
2791 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-ACACTATTTGAAATTGTTTGG
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * *
2846 CAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** *
2911 TTTATTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATAATAACG
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
2976 ATTTGAAATAGATAATTGTGC-AATA-TTATAACTATTTGAACTCGTTTTG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * *
3025 TAAATAGAATTATTTTCTAAATC-CTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
3089 TTCTATGTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTTATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * * *
3154 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGATCGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
3206 CAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTAT
1 TAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
3268 TATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-AATTATTTTATGATAGAAC-AAAGGTTAT
63 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * **
3330 AAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAA
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGG
* * * *
3385 TAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTGATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * *
3446 TTTATTTAGAA-ACAGCTTGTA--CATTGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAA
66 TTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * * *
3508 TGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTG-AACTGATTCGA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* *
3561 TAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
3625 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
3689 TGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACTG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA---T--T--T-G-AA--A--T----TG
3754 ATTTGG
177 -TTTGG
* * * * *
3760 CAAACACATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * * *
3820 TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTTTGAGAAAAAAGAAAGATCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA
* * * * * * * ***
3884 TGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAGTGGTTCAA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * * *
3936 AAAAAAGCTTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTCGAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * **
4000 TTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
4064 CGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGG
129 CGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * *
4117 CAAACAGATTTATTTTTTTAAAATGTATTGCTCATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 TAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
4181 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAA
63 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
4246 ACGATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGA
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * *
4300 CAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
4365 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTT-TGACAAAA-TAAAGATTATAAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
4427 GATTTGAGATAGATAACTGTTCAAATGGTCATAAATATTTG-AATTGTTTTGG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* * * * *
4479 TAAATAGATTT-TGTTTATAAATCTC-T--TT-TTAA-TTATGAAAATCTTAATATATAAGTATT
1 TAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * *
4538 GTTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC--AATGTCATTA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
4601 TGATTTGAAATAGACAA-TAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGG
129 CGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * ** * *
4654 TAAACAGATTTATTTTTTATATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
4718 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
4783 AATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGCTCGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * *
4834 CAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGCATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * *
4899 TTTATGTCAAAAAAAGGTT-TCACAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATA
66 TTTATTTC-GAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATA
* * *
4963 ACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TGTTTAG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATTGTTTGG
* * * * * * * *
5017 AAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAAT
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * *
5079 ATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
* * * * * * *
5144 ATGTTTTGAAACAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * *
5198 TAAACATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
5262 TCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * **
5326 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * *
5379 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTTAGAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * **
5444 TTTA-ATCTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTATTCTATAACAAAACAAAAAATCATAAC
66 TTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
5508 AAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
5560 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * *
5622 TATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAATAG-AA-ATTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT
63 TATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
5684 -GCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATTT-AAATATGTTTAG
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAAT-TGTTTGG
* * * *
5738 T-AACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
5801 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *** * ***
5866 GATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * *
5918 TAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
5982 TTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAA-GTCCTAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * *
6046 GATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTTGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGG
* * * *
6097 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATTATTAC
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * *
6158 TTTATTCCG---AA-C----A--AACCA-AGATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
6209 TGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * *
6262 TAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * * *** * *
6326 TTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * * * *
6390 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACTAGCTCGG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * * * *
6444 CAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6509 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-AGAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAAT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** *
6573 GATTTGAAGTTTACAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTTGG
130 GATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGG
*
6625 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
6690 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
*
6754 GATTTGAAATATATAATT
130 GATTTGAAATAGATAATT
6772 GTTCTAACCA
Statistics
Matches: 3920, Mismatches: 857, Indels: 437
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 10 0.00
164 13 0.00
165 63 0.02
166 3 0.00
167 3 0.00
169 37 0.01
170 1 0.00
171 3 0.00
172 50 0.01
173 21 0.01
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175 230 0.06
176 195 0.05
177 140 0.04
178 140 0.04
179 588 0.15
180 440 0.11
181 1063 0.27
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183 185 0.05
184 42 0.01
185 11 0.00
186 2 0.00
187 1 0.00
188 1 0.00
189 2 0.00
191 1 0.00
193 2 0.00
194 55 0.01
195 63 0.02
196 1 0.00
197 1 0.00
199 23 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
Found at i:3915 original size:195 final size:197
Alignment explanation
Indices: 3544--3923 Score: 489
Period size: 194 Copynumber: 1.9 Consensus size: 197
3534 TGGCCATGAT
* ** * *
3544 TATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TCCTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * *
3609 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAA
64 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAA
* * * * *
3674 AACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTCTAATAGTCG
129 AAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCTAATAGTCG
3739 TAAC
194 TAAC
* *
3743 TATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-CCT-CTTATTAATTTTAG-AATATTA
1 TATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCCTACTTATTAATTTTAGAAATATTA
* * * *
3805 TTAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTTTGAGAAA
66 ATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAA
* * *
3869 AAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
130 AAA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
3924 GAAGTGGTTC
Statistics
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Consensus pattern (197 bp):
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AAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCTAATAGTCGTA
AC
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Alignment explanation
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1914 GTTTAACTAG
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* ** * * **
2651 TTG-AATTGGTTCAACAATTA-ACTTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTT-TTGAAATA
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* * * ** * * *
2712 -TTATTAAATTTGCATTATTTTTATTTCT-AATGAAA-TAATATAAATAGAACCAATTGTTTGAT
252 TTTA-TAAATTAGTATTA-TTTTA-ATCTAAAT-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTT-AT
* * ** * * * * *
2774 GACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-ACACTATTTGAA
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* * * * ** * * * * * * *
2837 ATTGTTTGGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-
373 ACTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAA-TTTTTGAATATTAACAAAT
* * * *
2901 TTAGTATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTT-ATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
437 TTA-AAATATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGA-ATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
2963 AAATA-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTGC-AAT-A
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* * * * * * *
3001 TTATAACTATTTGAACTCGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTAAATC-CTTTACTTATAAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * ** * *
3065 TGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATGTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTT
64 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTT
* * * * * * * * *
3130 TATGACAAAGC-AAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTT
129 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * *
3194 GAACTGGA-TC-GACAAATGA-ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATT-TTTAGAATA-T
193 GAAAT-TATTCAG-TAAAT-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-AATATT
* * * * ** * * *
3254 TACTAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-AATTATTTTATGATAG
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTA-TTTATAACAA
** * * * * * * *
3318 AAC-AAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTT
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* * * * * * * *
3382 TAATAAA-TTGATTTGTTTTTTAAA---TTT-CTGATTAATTCTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
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* * * *
3441 ATTATTTTATTTAGAAA-CAGCTTGTACATTG-A-A-AACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAG
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* * * * * **
3501 GTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGG
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* * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * *** * * * *
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63 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTT
* ** * * * * *
3665 TTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTC
128 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT-
* * * *
3730 T-AATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-C--CT-CTTATT
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* * * * *
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* * * ** * ** * * * * * * *
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361 ATAACTATTTGAACT-ATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG-
* * * * * * * **
3978 AAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTTA-AACAATTGTTT
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* * * * * *
4041 TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
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* * * * * * * *
4093 TCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAAATGT-ATTGCTCATTACT
1 TCATAA-CTATTTGAAATTGTTTGG-TAACAGA-TTA-TTTTTT-AAATCTCTTTACTTATTAAT
* * ** * * * *
4156 TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTA
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* * * * * * * *
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126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * *
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191 TTGAAATTA-TTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGTTGAAATA
* * * * * *
4347 -TTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTTTGAC
252 TTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTATAAC
* * * * * * * *
4410 AAAA-TAAAGATTATAA-AGATTTGAGATAGATAACTGT-TCAAATGGTCATAAATATTTGAATT
315 AAAACAAAAAATCATAACA-A-TTGAAATAAATAA-T-TCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * * * *
4472 GTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTATAAATCTCTT--TT-T-AA-TTATGAAAATCTTA-ATATA
376 -ATTTAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGAATAT-TAACAAATT
* * ** * * * *
4530 TAAGTATTGTTTTATTTTG-AATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC---
438 TAA--AATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
4591 AATGTCATTATGATTTGAAATAGACAA-TAGTTCAAATAGA
499 AAAGTTATAATGATTTCAAACAGATAATTA-TTCAAATA-A
* * * **
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1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
4694 TAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGC-T
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* * * * * *
4758 TTATGAAAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATT
128 TTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * * * *
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192 TGAAATTATTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTT-
* * * * * ** * *
4884 ATAAATTTGCATTATTTT-ATGTCAAAAAAAGGTT-TCACAAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
255 ATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAA-CTTGT-ATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACA
*
4947 AAA-AAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
316 AAACAAAAAA--TCATAACAA-TTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * * * *
5011 GTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA
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* *
5075 AAATATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
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* * *
5140 TATAATGTTTTGAAACAGATAATTATTCAGATAA
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* * * * *
5174 TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAA-ACATATATTTTATTTAAT-TCTCTTACTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAACAGAT-TATTTT-TTAAATCTCT-TTACTTATTAATTT
* * * * *
5237 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTT
63 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTT
* * *
5302 TTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
128 TTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* *
5366 TGAAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTTAG
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* * * * *
5431 AAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTATTCTATAACAAAACA
257 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATT-TATAACAAAACA
*
5496 AAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGT
321 AAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGT
* * *
5561 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAACAAATTTATATTAT
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* * * * * * **
5625 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAA-ATTTTTTTTTTTACAAAAC-AAAAGGTTATGCT-
446 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATG
* *
5687 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGA
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* * *
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1 TCATAACTATTTGAAAT-TGTTTGGTAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* ** *
5777 TGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTT
64 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTT
* *
5842 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG
129 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * *
5907 --GTCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAA
194 AAAT-TA-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTTGAAATATTTA
* * * * *
5969 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAAC
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* * * * *
6034 -AAAAGTCCTAACGATTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GA
320 AAAAAATCATAACAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAG-
* * * * * *
6097 TAAATAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATT--ATT
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* * * * * * * *
6156 ACTTTATTCCGAACA-AA-C--CAA-G-A-TG----ATTAG--GTA-AACAAAAC-AAAAGGTCA
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
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* * * * ** * *
6365 CTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATA
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* * * * * * * * * *
6429 TTTG-AACTAGCTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTT-TTGGAATA-
190 TTTGAAATTA-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATAT
* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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375 TA-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG-AATATTAACAAATT
*** * ** *
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438 TA-AAATATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAACAGAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
6743 AAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTC---TAA
499 AAAGTTATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * ** *
6779 -C----C-ACTT--CA------GCAAACA-ATTTTATTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAACAGATTAT-TTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
6828 -GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTT
65 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTT
* * * * * * * *
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129 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * ** * * *
6948 ---GT-TT-GGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA-TAAATGTTTGAAACA-TTAAA
194 AAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG-TTGAAATATTTATA
* * ** * * *
7006 CAATTAGTATTATTTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-ATA-AAACAATTGTTTTTGAC-AAAC
258 -AATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTATTTATAACAAAAC
*** * * * * * *
7067 AAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTGAACCAATTTT
320 AAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTATTTA
* * * * * * * *
7131 GACAAAC-TGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATTCAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAAT
381 G-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TGAATTTTTG-AATATTAACAAATTTAA-
* * * ** ** * * * * *
7194 ATTATTTTATATCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGA-TAAAC-AAAAGGTC
441 AATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAA-CAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTT
* * * * * * *
7257 ATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAG
505 ATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * *
7290 TCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAACATATTTATTTTTT-AATTTC-TTA-TGTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACT-TATTAATTTT
* * * * * ** * *
7351 CT-AAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAGCTGAAAAAATTATT
64 -TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTT
* * * * * * * *** *
7415 TTATGA-ACTAATAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGGTAGTCTTAT-CCTA
128 TTATGACA-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC--ATGACTA
* * * * * * *
7478 TTTG-AATTGGTT-TGTCAAACACATTTATATTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA-
190 TTTGAAATT-ATTCAGT-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
* ** * * ** * * * *
7536 TTATTAATTTACCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGCTTTATGACA
253 TTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACA
* * * *** *** * ** * *
7601 AAAC-AAAGATCATAATAATTTGAATTGGTTCAATAAACATATTAGTTTTTGAATCTCTTATTAA
316 AAACAAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAAT-AATTCTCA-AATAG-TCAT-AA-CTATT-TGAA
* * **** * * * *
7665 --ATTT--TGAA-ATATTAAAAAATTAGTAT-TATTTTCTTTTGAATAATTTTG--TATGAATC-
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* * *** * *
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* ** * * ** *
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65 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTT
* * **
7913 ATGACAAAAC-AAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTT-
130 ATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * * * * *
7976 AAACTCT-TTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAAT-TTTAA
194 AAA-T-TATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTT-A
* * ** * * * * *
8039 TAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACA-AAAAAATTGATTTATGACAAAAC
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACAAAAC
** * * * * * *
8103 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGTTCAG
320 AAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAG
* * * * * *
8168 AAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAT
382 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG-AATATTAACAAATTTAAAATAT
** * * * * *
8232 TTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGA-AAAAC-AAAAGGTAATAA
446 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAA-CAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAAGTTATAA
* * * * * *
8295 TGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAG
509 TGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * * * *
8324 TCATAACTATTTGAACA-TATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTC-TTACTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAA-ATTGTTTGGT-AACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
8387 TTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACTAAAACAATTGTT
63 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTT
* * * * * * *
8452 TTATTATAAAA-AAAGAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
128 TTATGACAAAACAAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * *
8516 TGAATTTGTT-TGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAA
192 TGAAATTATTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTTA
* * * * * * * *
8580 TAAATTAATATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTCTTTTATGACAAAA
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACAAAA
* * * * ** * *
8644 CAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTG
319 CAAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTA
* * * * *
8709 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAA-TTAGTAT
381 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATT-T-TTGAATATTAACAAATTTA-AAA
* ** * ** **
8772 TATTTTATTCGAAATAAGCTTCTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAAC-AAATGGTTAT
443 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTAT
* * * *
8836 AGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAGA
507 AATGA-TTTCAAACAGAT-AATTATTCAAATA-A
* * *
8869 -CA-AACT-TGTT--CA--G--T--AAACA-ATTCATTTTTTAAATCTC-TTAATTATTAATTTT
1 TCATAACTAT-TTGAAATTGTTTGGTAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
8921 TGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATATTTT
64 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAT-TCTT
* * * * *
8986 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATA-ACACGACTGTT
128 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * *
9049 TG--ATCTAGTTC-GATAAACATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTAGTTATTAATTATTGAAATAT
192 TGAAAT-TA-TTCAG-TAAATATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
* * * * * * *
9110 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATAAATAAAAACTATTATTTTATAACAA
253 TTATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTA-TTTATAACAA
* * * * * * **
9175 AA-AAAAAGTCATAACAATTTGGAAGAAATAATTGCTGAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTT
317 AACAAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT
* * * * * ** * *
9239 CGATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-CTTATTAA-TTTTGAATATTAGTATA-TT--AG
380 AG-TAAACATATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGAATATTAACAAATTTAAAA
* * * * * * * * *
9296 TATTTTTTTTCCAAACAAACTT-ATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTC
443 TATTTTATTT-GAAATAAGCTTGA-ATGAA-CAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTT
** * * * *
9359 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAT
505 ATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * ** * * * *
9392 TCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTGTTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTC
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AAC-AGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
** * * *
9456 TAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTAT-GAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-AATTA
64 TGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA-TATGAATTGAAACAATTC
* * * * * *
9517 TTTTATGGCAAAA-TAAAAG---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA-
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * * *
9574 TTGGAATTAGTTCGGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTTAGAATA-T
191 TTGAAATTA-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-AATATT
* * * * * * * * *
9637 TATTATATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAG
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACAA
* ** * * ** * * * * * * *
9701 AACACAAGGTTAGAATGATTAGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATT
317 AACAAAAAATCATAACAATT-GAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATT
* * * * * * * * **
9766 T-GATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAA-TTAGT
379 TAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TGAATTTTTGAATATTAACAAATTTAAA
* * * * * ** *
9829 AT-TATTTATTCTG-AATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTTACATGAC-AAAC-AAAATGT
442 ATAT-TTTATT-TGAAATAAGCTTGAATGA-ACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* ** * * * * **
9890 AATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
504 TATAATGA--TTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * *
9926 CCATAATTATTTGAAA-TGATTTGGTAA-ATGGATTTATTTTTTAAATCAC-TTACTTATTAATT
1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAACA--GA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATT
* * ** * * *
9988 TTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAATTGAAACAATT-T
62 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCT
* * ** ** * * *
10051 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGTATAGTTTTAATTGTT
127 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * * *
10116 T-AAACTGCT-TTGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATA-T
192 TGAAA-T--TATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
* * ** * *
10177 TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACT-GAAA-AATTATTTTATAATA
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTATAACA
* * ** * * * * *
10240 GAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-AGTAATGT-TCAAATAG---GAAC----T-AA-TA--
316 AAACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAAT-TCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATT
* * ** * * * * * *
10292 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-AATTACTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTAT
379 TAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGAATATTAACAAATTTA-AAA
* * ** *
10355 TATTTTATTCTG-ATTAGGCTT-ATATGATGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAAC--AAAAGTT
443 TATTTTATT-TGAAATAAGCTTGA-ATGAACAGAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG-T
* * * * ** *
10415 TGTAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAA-AG
504 TATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * * * *
10448 GCAATAATTATTTG-AATCGATTTGATAA-ATTGACTTATTTTTTAAATTTC-TAACTTATCAAT
1 TC-ATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAACA--GA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAAT
* * * * * *
10510 TTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATT
61 TTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT
* * * *** * * * *
10574 GTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACTA
125 CTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* * * * *** * *
10638 TTT-AAACTTACTCCGTAAACAGATTTATTTTCTTAAAT-TTTTTGGTATTAATTTTTTG-AATG
190 TTTGAAA-TTATTCAGTAAATATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATA
* * * * * *
10700 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGA
252 TTTATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTATAA
* ** * * * * * * * * *
10764 CTAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TT
314 CAAAACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * **
10828 TGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTT
377 T-TT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTT-GAATATTAACAAATTT
* * ** * ** * *
10892 AGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT
439 A-AAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAA
* * * * *
10957 CTTAACAATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTT-TTTAAAT-C
502 GTT-ATAA--TG-A-T--TTC---AAACAGA--TAATTATTCAAATAA
* * * * * * * *
11003 TCTTATTAA-TTTTTGAAA---TAT--TAAAAAATTA-GTATT--AT-T-TTATTCTTAATAA-T
1 TC--A-TAACTATTTGAAATTGTTTGGTAACAGATTATTTTTTAAATCTCTT-TACTTATTAATT
* ** * * *** * ** * * *
11056 TTT-G--TATGAAT-AA-GGGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
62 TTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-T-AT-ATGAATTGAAACA
** ** ** * * * * * * * *
11116 GATGATAGT-T--C--AA-ATGAA--CATGACTATTTGAACTTGTTCGATTA-ACAAAT--TTAT
122 -ATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
11170 -TCT-TTT--AA-T-CTC--CAACT-TA-TTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTT
185 GACTATTTGAAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTA-AATCTT--T-TACT--TATTA-ATT
** * * *
11225 GTTTCAA-A--TA-AAATT-GTA-T-G---AA--T--A-GAAC-------AATTG-------T-T
243 GTTGAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * *
11260 TTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
308 TTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATT-GAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
11325 AAACT-TGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAAT-AATTTTTGGAATTTTAA
371 GAACTAT--TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATGAATTTTT-GAATATTAA
* * * * * ** * **
11388 TAAA-TTAGTATTATTTTTATTCCG-AATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAA
432 CAAATTTA-AAATA-TTTTATT-TGAAATAAGCTTGAATGAACAG-AACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
11451 AACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
493 AACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * ** * *
11496 TTACAACTA-TTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-T-TTTACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAAT-TGTTT-GGTAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* ** ** *
11558 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAA-CAAAACCAATTG
63 TTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA-CAATTC
* * *
11621 TTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT
* * * * * * * *
11684 ATTTGAACA-TGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAT
189 ATTTGAA-ATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
* * * * * * * **
11748 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACT-GAAACAATCATTTTATTGCA
253 TTATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTATAACA
* * * * * * ** *
11812 AAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAACT-TG
316 AAACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-
* * *
11876 TTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TATTTATTGAAATATTAATAAA-TTA
378 TT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTT-TTG-AATATTAACAAATTTA
* * * *
11939 ATATTATTTTAATCT-ATATAAGCTT-ATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
440 A-AATATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGA-ATGAA-C-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
12000 AAGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAG
500 AAGTTATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
** * * *
12038 TCATAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA---T
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
12099 T-G--TA--AAT---TT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAAATCAT
64 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-TGAAACAATTC-T
* * * * * * * * * * * *
12155 TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGGTTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATT
127 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * * * * *
12220 T-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTCAAAACATTA
192 TGA-AATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTT
* * ** * * * * *
12283 ATAACA-TAGTATTAATTT-ATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACA
255 ATAA-ATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACA-A-TTATTTATAACA
* * ** * * * * * *
12346 AAAGAAAAGATCATAACGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCAAGT
316 AAACAAAAAATCATAAC-AATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-T
* * ** * * *** * *
12411 TTGGTAAATATATTTA-TTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTAGT
378 TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATT-TTTGAATATTAACAAATTTA-A
* * ** * * * * * * * *
12474 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATGA-TAGA-TAAAAAGTC
441 AATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTT
** * * * ** *
12537 ATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAG
505 ATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * * *
12570 TTATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC--T-CTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * *** * * *
12630 TGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTT
64 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTT
** * * * * *
12695 TACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
129 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* ** * * * * * * *
12760 AACTGGTT-AGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATA
194 AAATTATTCA-GTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTTATA
* * * * * * **
12824 AATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAC
258 AATT-AGTATTATTTTAATCTAAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACAAAAC
* * * * * * * *
12887 -AAAAA-C---A-ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGC
320 AAAAAATCATAACAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAGT
* * * * * * ** * * *
12946 AGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATA-TTAGTATTAT
383 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTT-GAATATTAACAAATTTA-AAATAT
* * * * * * *
13010 TTTATTTCAAA-ATAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAAC-AAAAGGTTATAA
446 TTTATTTGAAATA-AGCTTGAATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAA
* ** * * * *
13073 TGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG
509 TGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * ** *
13102 TCATAACTATTTTAACTAATTTGGTAA-ATGGATTTATTTTGTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAACA--GA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * ** * * ** *
13165 TTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCAAAACAATTATT
63 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTT
* * * * * * * * * *
13229 ATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTT
128 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * * * ** * * * *
13294 GAACTGACTT-GGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTT-TTCAAAATATTAA
193 GAAATTA-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTTA
* * * * * * *
13357 TAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAAA
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATT-ATTTATAACAAAA
** ** * *** * * * * * * *
13421 TGAAAGGTCAGAACAATTTTCGATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTG
319 CAAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTTA
* * * * * *
13486 GTAAA-AAAATTATTTTTTTAAACTCTTGT--TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA-TTAGTA
381 GTAAACATATTTA-TTTTTTAAA-TCTTTTACTTATGAATTTTTG-AATATTAACAAATTTA-AA
* * * * * *
13547 TTATTTTATTTTG-GATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAAGGT
442 ATATTTTA-TTTGAAATAAGCT-TGAATGAACAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* * * * *
13609 CATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAG
504 TATAATGATTTCAAACAGA-TAATTATTCAAATAA
* **** * * *
13643 TCATAACTATTTGAATTTGTCCAATAA-ATGGATTTCTTTTTTCAAATAT-TTTGCTTATTAATT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAACA--GA-TTATTTTTT-AAATCTCTTTACTTATTAATT
** * ** * * * *
13706 TTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATACCAAATAAGCATGTAAG-ATATGAAACAAAT
62 TTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-TGAAACAATT
* * * * * * * ** *
13769 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACT
125 CTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATGACT
** * * * * *
13833 ATTT-AAACTGGTTC-GACAAATAAATTTCTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATA
189 ATTTGAAA-TTATTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
* * * * * * *
13892 -TTATTAAATTAATATTATTTTTAA-CTGAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAATAATTGTTTTCTA
252 TTTA-TAAATTAGTATTA-TTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATT-ATTTATA
* * * * * *
13954 ACAAAGC-AAAGATCTTAACAATTTAAGACT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
313 ACAAAACAAAAAATCATAACAATTGAA-A-TAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
14017 TGGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACT-AATTTTTGAAATATTAATAAA
375 T-ATTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TGAATTTTTG-AATATTAACAAA
* * * ** * *
14080 -TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AA
436 TTTA-AAATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** *
14141 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGA
498 AAAAGTTATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * * *
14181 CCATAATTACTTT--AATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTTTCTTATT-ATT
1 TCATAACTA-TTTGAAATTG-TTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATT
* * * * *
14241 TTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATTAACTT-AAACAATT
62 TTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TTGAAACAATT
* * * * * * * *
14305 ATTTTATAACAAATCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT-G----G----
125 CTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* * * * **
14361 --T--AA--A--CAG--ACT-TA--T-TTTTTTAAATATCTTT-CTCATTAATTTTTTG-AATGC
190 TTTGAAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTGTTGAAATAT
* * * * * * * * * * *
14410 TAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGGAACAATTGTTTTATGACTA
253 TTATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACAA
** * * * * * * * ** *
14475 AACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAA-TCATTTGAACCAAT
317 AACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-CTAT
* * * * * ** *
14539 TCAGT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAA-TTAGT
378 TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAA-TTTTTGAATATTAACAAATTTA-A
* * * ** * * *
14602 ATTATTTTA-ATCAGAATAAGCTT-ATACAAACAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAA-T
441 AATATTTTATTTGA-AATAAGCTTGA-ATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* ** * * * * * *
14664 CATAACAATTTAAAATAGATAACTATTTATATAG
504 TATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * ** * * * * ** *
14698 TCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAATTAGATTTTTTTTTAATTTTC-TTGGTTATTAAGTTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAA-CAGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
* * ** ** * *
14762 AGAATATT-ATCAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAA-AATAGTATGAACAGAACCAATTGTT
65 GGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTGAAACAATTCTT
* * * * **
14825 TGATTACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
128 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * ** * *
14890 GAAATGATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGAATTAATT-TTCTAAATATTAAT
193 GAAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTTAT
* * * * * * * * * **
14954 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATCTTAACCA-AAACAATTGTTTTATGCCAAAAC
257 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATT-ATTTATAACAAAAC
** * * * * * * **
15018 AAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAAC-A-AAAGG
320 AAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTA-G
* * * * * * * * *
15081 T---CATA---A------CAA--TTTGA--AAT-AA---ATAAATGTTAATAAA-TTAGTATTAT
382 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGAATATTAACAAATTTA-AAATAT
* * * * * * * *
15125 TTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGA-ATAAAC-AATAGGTCAAA
446 TTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAAGTTATA
* * * *
15187 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAC
508 ATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * ** *
15217 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC----C-TATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTT-TGGTAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * ** ** *
15277 TGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGC--ATAAGCTTGGATG-ATCAAAAACAATTA
64 TGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAAT-TGAAACAATTC
* * * * * * * * *
15339 TTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* ** * * * *
15403 TTG-AACTAGGTTCAAAAAATAGT-TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATT-TTCAAAATA
191 TTGAAATTA--TTCAGTAAATA-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATA
* * * * * ** * * *
15465 TTAATAAAGTAATATTATTTT-ATTTCAGATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
252 TTTATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATT-ATTTATAA
** ** * * * * * * * *
15528 CAAAA-TGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATCTTTTT
314 CAAAACAAAAAATCATAA-CA-ATT--G-AAATA-AATAATT-CTCAAATAGTCATAA-CTATTT
* * * * * * * ** * *
15591 TAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTCAAATGTTAAT
371 GAACTATTT-AGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATGAAT-TTTTGAATATTAAC
* * * * * * *
15656 AAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTAT-ATCTAA
433 AAATTTA-AAATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAACAG-AACAATTGTTTTATGA-CAAA
* * ** * * * * * * *
15718 AC-AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAG
494 ACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * ** *
15761 TCTTAACTATTTGAACTAGCTTGACAAACACATT-TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTG-GTAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * ** * *
15824 GGAATATTATTAAATTGGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCCTGTATGAAAAGGAACAATT-GTT
65 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTT
** * * * * * * *
15887 TATGA-TGAATAAAGA-TCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTG
129 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* ** * * * * * *
15950 AACTGT-TTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAA---TGT-CTTATTAATT-TTCAAAATATTAAT
194 AAAT-TATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTTAT
* * * * * ** * * * *
16009 AGATCAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
257 AAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTA-TTTATAACAAAACA
* * * ** * * * * *
16074 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATAGT-TCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGG
321 AAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAAT--TCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAG
* * * *** * * * * * *
16138 TAAATAGATTTATATTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTTTAATATTAA-TAAGTTAGTATTA
382 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAA-TTTTTGAATATTAACAAATTTA-AAATA
** * * * * *
16201 TTTTATTTTG-AATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGA-ACAAACAAAAGA-TCAT
445 TTTTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAACAG-AACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAAGTTAT
* * * * * *
16263 AACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAG
507 AATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
* * * * * *
16294 TTATAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * ** **
16358 TGGAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTTATGAACAGAAACAATTGGT
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* * * * * * * *
16422 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
128 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
** * * * * * *
16487 GAACGTGTTCA-AAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
193 GAAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTTATA
* * * * * * * * *
16550 AATTTA-TATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGA
258 AA-TTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATAACAAAACA
** *** * * * *
16614 AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGT
321 AAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGT
* * * * * * * ** * * *
16679 AAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCACAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
383 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTT-TGAATATTAACAAATTTA-AAATAT
* * * * * * *
16743 TTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAATGAAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAAGGTCACAA
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* * *
16806 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
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* * * * *
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1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAGA-TTATTTTTT-AAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * **
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126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * *
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191 TTGAAATTATTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TGAAATATT
* * * * * * * *
17090 AATATATTTA-TATTATTTTAATCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTATTGACAA
254 TATA-AATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTA-TAACAA
** * * * * * * *
17153 AACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-TGT
317 AACAAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-T
* * * * * * * ** *
17217 TCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAA-TAGCTTAGT
379 T-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTT-GAATATTAACAAATTTA-A
* * * * * * * *
17281 ATTATTTTATTTTG-AATAA-TTTTATATTAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGG
441 AATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGA-ATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG
* * * *
17343 TCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAA-AA
503 TTATAATGATTTCAAACAGATAATTATTCAAATAA
** * * * * * * *
17377 GTCATAACTA-TTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTTATTTATTAACTA
1 -TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGT-AACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
17440 TTGAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTAATCCAAATGAGCTTATATGAACAT-AAACTATTGT
63 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TTGAAACAATTCT
* * * * * * *
17504 TTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATT
127 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
** * * * *
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192 TGAAA-TTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCT
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ATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAACA
GATAATTATTCAAATAA
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*
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* * * * *
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*
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*
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* * * *
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AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAAAATTTGAAATA
GATAATTGTTCTAACCACTTCAGCAAACAAT
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Period size: 167 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
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* * * * * *
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* *
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*
6924 AGATAATTGTTCAAATAGGAATTGGTTTGGTAAAAAGA
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* * * * **
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*
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Statistics
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ATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTTAACAAACAAAGGTTCATAACAATTTGAAATAAA
TAATTGTTCAAATAGGAATTGGTTTGGTAAAAAGA
Found at i:7961 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7657--10954 Score: 2318
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7647 TTTTGAATCT
* * * ** **
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * * **
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** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
8016 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACA-
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* * * *
8080 AAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
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* * * * * *
8145 CATAATTATTTGAACGTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
8322 AGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
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* * * * *
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1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * *
8441 -AAACAATTGTTTTATTATAAAA-AAAGAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
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* * * *
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1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** * *
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** * * * * * *
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* *
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* ** * * * *
8801 AGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAA
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* *
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* * * ** *
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* * * ** *
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* ** * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * * * * *
9154 AAAACTATTATTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGGAAGAAATAATTGCTGAAATTG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * * * * ** *
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* ** * * *
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** * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** *
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* * * * * * * * *
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64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** *
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* * * * * * * * * *
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AAATAGACAAACTTGTTG
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* * *
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*
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*
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TAATTATTTGAAAGGAAA
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* *
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* *
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* * *
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* * *
10908 AAATGAGCTTGTGTGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
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10955 ATCTTAACAA
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* * * * *
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* * * * **
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* *
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*
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * *** * * *
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* * * * **
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* * ** * ** * *
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* * ** * *
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* * ** * * ** * * * **
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* * * *
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* * * * *
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66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-A-TTATTTTAT
* *
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* * * * * *
12750 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
12815 ATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAA-AATTGTTT
66 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAA--CAAAACAATTATTT
* * * * *
12876 TATGGCAAAACAAAA----A-CA-ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
12924 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
12989 ATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
13053 GATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCA
129 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * *** *
13105 TAACTATTTTAACTAATTTGGTAAATGGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * * * *
13170 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCAAAACAATTATTATATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
13234 ACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCA
130 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * **
13285 TAATTATTTGAAC-TGACTT-GGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCA
1 TAACTATTTGAACTTG--TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * *
13348 AAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTG
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTA
** * * *** * *
13413 TGACAAAATGAAAGGTCAGAACAATTTTCGATAGACAATTGTTTAAATAGTCA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
13466 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* *** * *
13529 AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAAC-AAAACAATTATTTTA
* * *
13593 TGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTCA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** *** * * * * *
13646 TAACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTCTTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * ** *
13711 AATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATACCAAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAATATTTTA
65 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTATTTTA
* * * * * **
13775 TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTT
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCA
* * ** * * * *
13828 TAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATAAATTT-CTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * * * *
13889 ATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTCT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTATTTTAT
* * * * *
13953 AACAAAGC-AAAGATCTTAACAATTT-AAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCA
129 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
14004 TAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** **
14068 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTAT
* * *
14133 GACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GACCA
129 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA
* * * * * *
14184 TAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTTCTTATT-ATTTTAG
1 TAACTA-TTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T
* * * * *
14245 GAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTT
* * * * * * *
14310 ATAACAAATCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
14359 GGTAAACAGA
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ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:15004 original size:181 final size:177
Alignment explanation
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14534 CCAATTCAGT
* * *
14544 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * * * *
14609 TAATCAGAATAAGCTTATACAAACAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAATCATAACAATT
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* * * ** * *
14674 TAAAATAGATAACTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGAC
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* * * * * *
14723 AATTAGATTT-TTTTTTAATTTTCTT-GGTTATTAAGTTTTAGAATATT-ATCAAATTAGCATTA
1 AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACG-TATTAATTTTTA-AATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * * *
14785 TTTTATTTCA-AATAAAATAGTAT-GAACAGAACCAATTGTTTGATTACAAAATAAAAAGTTATA
62 TTTTATTT-AGAATAAAAT--TATCTAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATA
* * *
14848 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTAGTA-
123 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAAT-AGTTAG-AC
*
14904 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
14969 TATTTTGAATAAAATTATCTTAACCAAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGGTCT-TAACAA
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* *
15033 TTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTC
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15061 TTAATTGTTT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 50, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTAGAATAAAATTATCTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTG
AAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTAGAC
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Indices: 14943--15232 Score: 359
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14933 ATTAATTTTC
* * * * *
14943 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATCTTAACCAAAACAATTGTTTT
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* ** * * * *
15008 ATGCCAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGA
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131 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* ** * *
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1 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTATATGAACCAAAACAATTATTAT
* ** *
15166 ATG-AATAAACAATAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATACTCTTAACTATTT
66 ATGCAA-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAT-ATACTCTTAACTATTT
15229 GAAC
129 GAAC
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Statistics
Matches: 109, Mismatches: 21, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
157 2 0.02
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TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTATATGAACCAAAACAATTATTAT
ATGCAAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATACTCTTAACTATTTGA
ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
Found at i:15517 original size:181 final size:181
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Indices: 15102--22272 Score: 2695
Period size: 181 Copynumber: 39.7 Consensus size: 181
15092 TGAAATAAAT
* * * *
15102 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTAT
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* * * * *
15166 ATGA-ATAAACAATAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTG
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** * * *
15230 AACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTG
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * ** *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
15343 ATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA
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* * * *
15408 CTAGGTTCAAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCA
131 CT-GGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
15460 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAG-ATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
** * * * * * *
15524 ATGACAAAATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATCTT
66 ATGACAAAACAAAGGTCATAATGA-TTT--G-AAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTA
* ** * * * * *
15588 TTTTAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
125 TTTGAACTGGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
15646 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * ** * * * *
15710 AT-ATCTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTG
66 ATGA-CAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
15774 AACTAGCTT-GACAAACACA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
129 AACT-GGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * ** *
15825 GAATATTATTAAATTGGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCCTGTATGAAAAGGAACAATTG-TTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
** * * * * * * * *
15888 ATGA-TGAATAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAA
66 ATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
15952 CTGTTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTCA
131 CTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * ** * * * *
15999 AAATATTAATAGATCAATATTATTTTA-AT-ATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * *
16062 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTG
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* **** * ** *
16127 AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATATTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTT
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** *
16179 TAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAAATTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * * *
16242 TATGA-ACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT
65 TATGACA-AAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * *
16306 GAACTCGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
128 GAACT-GGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
16360 GAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTCCA-AATAAG-TTGTTATGAACAGAAACAATTGGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTG-TATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * *
16423 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
16488 AAC-GTGTTCAAAAACAT--ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
129 AACTG-GTTCAAAAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
16539 GAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTA-TTC-GAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTGT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * *
16600 TTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATT
63 TTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* **** * * * *
16665 TGAACAT-ATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCA
127 TGAAC-TGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* *
16720 CAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAA-TGAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTT
* * * *
16783 TATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * * *
16848 AACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTA
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
16901 GAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTA-ATCCGAATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGCT
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * ** * * * **
16964 TTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTT
64 TTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** *
17029 GAACTTATTCGATAAAAAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-
128 GAACTGGTTC-A-AAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTA
* * * * **
17084 -AATATTAATATATTTA-TATTATTTTA-ATC-GAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAAAATCAT
1 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* *** * *
17143 TTATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
64 TTA-TGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *** * * *
17208 TAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTA
127 TGAACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * ** * * * * *
17263 GAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTT-TGAATAATTTTATATTAACTAAAATAATTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * *
17327 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTA-TTGA
66 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * **** * * * * * * * * *
17391 TCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTG
130 ACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
17443 AAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTAATCCA-AATGAGCTTATATGAACAT-AAACTATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTT
* * * ** * * ** *
17506 TATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTA
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
17571 AACTGGTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTC--A--TATTAA-TTTTG
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * * * *
17619 AAATATTAATAGATTA-TGA-CA----A-AACAAAAGAA-CATAATGATTTGAAAT-AAATAATT
1 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAGAATAAGC-T--TG-TATGAACTGAAACAATT
* * ** * ** * * * * * * * * * *
17675 ATTTATATAGCCTTAAC-TATTTGA-ACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTC-TA
61 GTTT-TAT-GACAAAACAAAGGTCATAATGATTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * **
17736 AGT-TATTG-A-T-TTTC-----AT-GA--TA-TTATTAGAT-TAGCATTA-TT-TT-ATTTCGA
121 ACTAT-TTGAACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCT--C-TTACTTATTAATTTTTA
** * * * * ** * * * * ** *
17784 ATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAATA
1 A-AATATT-AAT-AA-ATTAGT-ATTATTTTATTTC-AGA-ATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACA
** * * * * * * * *** *
17849 TATAATTGT-T--C--AA-ATA-GTCATAATTATTTGAATTGGTTCGA-TAAACAAATAATC-T-
58 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
17904 TCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTA-CTATT--AT-T-TTA-TT-TTGAATTGG
121 ACTA-TT-TGAACTGGTTCAAA-A--AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATT--
*
17960 CTT-
178 TTTA
** * * * * * * * *
17963 GTATGATGAA-AAA-CA--ATTGTTTTATGAT-AGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT-AGA
1 AAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAG-A-ATAAG--C-T--TG-TATGAACTGAAA
* * * * * ** * * * * * * * *
18022 TAATTGTTTAAATGGCCATAAC-TATTTGAACTAATTCA-AT-AAACTGGTTTTATTTTTTAAAT
56 CAATTGTTT-TAT-GACAAAACAAAGGT-CA-TAA-TGATTTGAAA-TAG-ATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * * * **
18084 -CTC-CAACT-TCTCAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT--AT-T-TT--GGAT
114 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAA-A--AATAGA-T-TTATT-TTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
18139 AAACTTTTA
173 TAATTTTTA
* * * ** *** * * * ** * *
18148 TGAA-ATGAA-ACAATT-GTTTTATGATAAAACA-AA-AGGTCAT-AATGATTTTAAATAGA-T-
1 -AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACA-ATTG
** * * * * * * * * *
18205 AATTAT-TCAAATAGTCATAA--TTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTGTAAATT
62 TTTTATGACAAA-A--CA-AAGGTCA--T-AA-TGATTTG--AAATAGA-TAATTGTT-CAAA--
* * * * * * * *
18267 CCTTGCTTATTAA--ATTTCTAAAT-GTT-AACAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAATATG
113 --TAG-TCA-TAACTATTT-GAACTGGTTCAA-AAAATA-GATT-TATT-TTT----TAAATCTC
* **
18328 TATGAACTAAAACAATTATTTTA
165 T-T--ACT-TATTAA-T-TTTTA
* * * * ** * ** ** * * ***
18351 TAACTA-AACAAAAGATTAGAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACT-ATTT
1 -AAATATTA-ATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAG--AA-TAAGCT--T-GTATGAACTGAAAC
* * * * * * *** *
18413 GATTGGTTTA-G-CAAATACATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCAAAACAATTTTATATAGAT
57 AATTGTTTTATGACAAA-ACA------AAGGTC---AT-AATGAT-TTGA-AA---TAGATA-AT
** * * * * *
18476 AATT-ATTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCT
105 TGTTCA----AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCT
* * *
18540 ATTGCTTTATTAATTTTTT
164 CTTAC-TTATTAATTTTTA
* * * * *
18559 GAATGTTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTCA-AGTAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * *
18619 ATGATTAAAA-AAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
66 ATGA-CAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * *
18683 ACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
130 ACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * * ** *
18735 AAA-ATTATTAAATTAGTACCATTTTA-ATC-GAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * *
18797 ATGACAAAATAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAA
66 ATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * *
18862 TTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTACA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
131 CTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * *
18909 AAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTT-TGAATAATTTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* *
18973 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTATTTG
66 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTG
** * **** * * **
19037 AGGTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCA
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
19090 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTACGAA-TAGAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * * * *
19153 TATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATACCTATTT
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** * * * * * * * *
19217 GAGCTTACTCGATAAACAGATTT-TTTTTTAACTCTTTTACTTAGTAATATTTG
128 GAACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
19270 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTGGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTTT
* * * * *
19333 TATCAC-AAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTT
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
19396 GAA-TGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTG
128 GAACTG-GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
19449 GAATATTAATAAATT--TAATTGTTTTA-TTC-GAAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTATC
1 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
*** * *
19508 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
64 TTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * ** *
19573 GAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCA
128 GAACTGGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
19628 AAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTC-GAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
** * * * *
19691 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTG
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * *
19756 AACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *** *
19808 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCCGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTC
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* *
19872 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTG
66 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * * * *
19935 AACTTATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTA
* * * **
19988 ACATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTT-AAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAA-TTTTGT
1 AAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * *** *
20048 TTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTAGTCATAATTAT
63 TTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTAT
* *** * * *
20113 TT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
126 TTGA-ACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
20169 GAATATTAATAAAATAG-ATTTATGTTA-TTCA-AATAAGCTTGTACGAA-T-ATAATCAATTGT
1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGA-AA-CAATTGT
* * * *
20229 TTTGTGATAAAACAGAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
63 TTTATGACAAAACA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * ** *
20294 TGCACTGG-TCAAGCCAACAG-TTTCATTATTCAAATCTGTTACTTATTAGCTTTCA
127 TGAACTGGTTCAA-AAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
20349 AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTC-TAATAAGAC-TATAT-AAATAGAAATAATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAG-CTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * * * *
20411 TTATCACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATT
64 TTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * **
20476 AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACA
128 GAACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * ** *
20530 AAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCCA-AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * *
20593 ATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTGA
66 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** *
20658 ACTGGTT-AAGCAAACATA-A-TTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTG
130 ACTGGTTCAA--AAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * ***
20710 AAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTT-TGAATAA-ATTACTAAGAATTGCAAA-AAAAATT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTT-GTATGAACTG-AAACAATTGTT
* * * * * * * *
20771 TTACGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAACTATTT
64 TTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * *
20836 GAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTTA
128 GAACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * **
20890 GAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTGTAAACAGAAATAATCATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * ** * * * *
20954 ATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTAA
66 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
**** * * * *
21019 ACTGGTTTGGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
130 ACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* *
21071 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTT
* * * * *
21133 TTATGACAAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
64 TTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * * *
21198 AAACTAATTTGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
128 GAACT-GGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * * *
21252 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCA-AATAAACTTTTGTGTACTGAAATAGTTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
21316 ATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATGT-AAATAGTCTTAACTATTTG
66 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * *
21380 AACTTATTTGATAAATA-A-AT-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCT-
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TA
* * * * * * *
21426 TAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTT-TGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * * *
21490 TTGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTT-TAATAGTCTTATCTATTTGA
66 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * *
21554 AATGGTTTGGAAAGA-ACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCA
130 ACTGG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * *
21600 AAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTT-TGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * ** ** * * *
21663 TACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATAGACGTGACTATTTG
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
21728 AACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTGAATCTCTAACTTATTAATTTTTA
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
21781 GAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTCCACAA-AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * * * *
21844 TATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAAAAGTCATAACTATTTG
65 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
21909 AACTTGCTCGATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTTTA
129 AACTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* *
21961 GAAATA-TAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTA-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGG
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * * ** * *
22022 TTTATAACTAAATAAATTGTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
63 TTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
22087 TGAA-TGTGTTTAGCAAAT-GTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTA
127 TGAACTG-GTTCAAAAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
22141 GAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTC-GAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTAT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGT
* * * *** *
22202 TTTATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAACTAAT
63 TTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
22267 TGAACT
127 TGAACT
22273 TTTTTGGTAA
Statistics
Matches: 5295, Mismatches: 1278, Indels: 838
0.71 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 7 0.00
162 3 0.00
164 3 0.00
165 8 0.00
166 5 0.00
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168 8 0.00
169 10 0.00
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189 6 0.00
190 7 0.00
191 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
Found at i:17077 original size:723 final size:710
Alignment explanation
Indices: 10980--22217 Score: 4773
Period size: 723 Copynumber: 15.7 Consensus size: 710
10970 ACTGGTTCGA
* * *
10980 TAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCT-TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * ** * * * *
11044 A-TTCTTAATAATTTTGTATGAATA-AGGGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGA
65 ATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * * * * *
11107 TTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTCGATTAACA-A-ATTT
128 TTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTT-TAGTAA-ATAGATTT
** * * * * * *
11168 ATTCTTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCAA
189 ATT-TTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATA-AGTAATATTATTTTATTTCGA
* * * *
11232 ATAAAATTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAA-TTAGAAAT
251 AT-AAGTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTA-AAAT
* * * *
11295 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAATAA-ATTTATTTTTTAAA
314 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
11358 TCTTTTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAGGCTTTT
377 TCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTA-TATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGT
* * ** * * * *
11423 ATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCT
438 ATGAACAGAAA-AATTAATTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGT
* * ** * * * * *
11488 TCAAATAGTTACAACTATTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
501 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCA-AAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
11552 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAAC
564 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-
* *
11615 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
628 CAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
11679 TAACTATTTGAAC-ATGTTCAG
691 TAACTATTTGAACTAT-TT-AG
* * * **
11700 TAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-CT-ATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
11765 TTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTGAAACAATCATTTTATTG-CAAAACAAAAAGTCACAAT
62 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * ** * * * ** *
11829 GATTTAAAATAAATAATTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTTAT
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTAT
* * * * * * *
11894 TTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTATAT
191 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-TTAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGA-AT
* * * * *
11958 AAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATAATTTAAAATA
253 AAG-TTGTTTGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATA
* * ** * * *
12021 AAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
315 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT
* * ** *
12086 TTTACTTATTAA---TT-GTA--AAT---TTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATA
380 TTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GA-A
* * * * * * * ** * * *
12142 TAAAAAAAATCATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGGTTTCAAATAGATAATTGTTGAAAT
443 -CAGAAAAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * *
12207 AGTTATAATTATTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
507 AGTCATAACTATTTGA-AC-TGTTC-AAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
*** * * * ** * * * *
12271 TTCAAAACATTAATAACA--TAGTATTAATTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATATAT
569 TTTGGAATATTAATAA-ATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA-AT
* * * * * * *
12334 TTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACT
632 TGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * *
12399 ATTTGATCAAGTTTGG
696 ATTTGAACTA-TTTAG
* * ** * * *
12415 TAAATATATTTA-TTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCT-C-TATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * **
12479 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATGA-TAGATAAAAAGTCATAACA
62 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* ** * *
12543 ATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAATAAATTTAT
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTTAT
* * * * * *
12607 TTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACA
191 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATA-AGTAATATTATTTTATTTCGAA-T
* * * * * * * * * ** * * ** * *
12668 AACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGAT
253 AAGTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAAT
* * ** * * * * * * *
12733 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTT
318 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *
12798 ACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAAT
383 ACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAAC
* ** * * *
12862 TGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAC--AA----A-AACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATATA
444 AG-AAAAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
12920 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
508 GTCATAACTATTTGAACT-G-TT--CAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
12983 TTTGGAATATTATTATA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAAATAGCTTGGATGAACAAAAATAATT
569 TTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * * *
13046 GTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
633 GTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* *
13111 TTTTAACTAATTTGG
697 TTTGAACT-ATTTAG
** * * *
13126 TAAATGGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-C-TATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * *
13191 TTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCA-AAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAT
62 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * ** * * * *
13254 GATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGACTTGGTAAACAGATTGAC
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTAT
* * * * * * *
13319 TTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATA
191 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-AAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGAAT-
* * * * * * *** *
13384 AACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAAATGAAAGGTCAGAACAATTTTCGATAGA
253 AAGTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAA
* * * * * * * *
13448 CAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAA-AATTATTTTTTTAAACTCT
317 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTA-TTTTTTAAA-TCT
* * ****
13512 TGT--TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTAT-TATG
380 TTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATG
* ** * * ** * * *
13574 AACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTCTTCAA
441 AACAGAAA-AATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
* * *** * * * *
13639 ATAGTCATAACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTCTTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAA
505 ATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAA-AAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
** * * ** * * * *
13704 TTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATACCAAATAAGCATGTAAGATA-TGAAACAA
567 TTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAA
* * * * * * **
13767 ATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAA
631 TTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAA
* ** *
13831 CTATTTAAACTGGTTCG
694 CTATTTGAACTATTTAG
* * * * * * * *
13848 ACAAATAAATTTCTTTTTAAAATCTCT-TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * * * * **
13912 T-TAACTGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTCTAACAAAGCAAAGA-TCTTAACAA
64 TATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * * *
13975 TTT-AAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTT-GATAAACATATTTA
128 TTTGAA-A-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTTA
* * * * * *
14037 TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
190 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * *
14102 AAGCTTGTATG-GTCAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
253 AAG-TTGTTTGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTAAAATAA
** * * * *
14165 ATAATCGTTCAAAT-GACCATAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTAAAA
316 ATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA-TTTGAACTT-ATTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
14226 T-TTTTTCTTATT-ATTTTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGT
377 TCTTTTACTTATTAATTTT--TA-ATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
* ** * * * * * * *
14289 ATTAACTTAAACAATTATTTTATAACAAATCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTT
438 ATGAACAGAAA-AATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTT
* * * *
14354 CAAATGGT-A-AAC-A---G-AC--TT---------A--T-TTTTTTAAATATCTTTCTCATTAA
502 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * **
14398 TTTTTTGAATGCTAATAAA-TTATTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGGAACAA
567 TTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * * **
14461 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAA-
631 TTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *
14525 TCATTTGAACCAATTCAG
695 T-ATTTGAA-CTATTTAG
* * *
14543 T-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-C-TATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * *
14607 TTTA-ATCAGAATAAGCTTATACAAACA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAATCATAAC
62 TTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * * * *
14670 AATTTAAAATAGATAACTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCG-ACAATTAGATTT
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTA-AA-TAGATTT
* * ** * * * ** *
14733 -TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATT-ATCAAATTAGCATTATTTTATTTCAA
189 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAAT--AAGTAATATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * * * *
14796 ATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATTACAAAATAAAA-AGTTATAACGATTTGAAAT
251 AT-AAGTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGA-TCATAACAATTTAAAAT
* * * * * *
14860 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
314 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAAT
* ** *** ** * *
14924 CTCTTACGAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATCT
378 CTTTTACTTATTAATTTT-T-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
* ** * *
14989 TAACCA-AAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGGTCT-TAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
440 GAA-CAGAAA-AATTAATTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTAAAATAAATAATTGTT
* * * * *** * *
15052 CATATAGTCTTAATTGTTTGAA-----CAAAAGGTCA--TA------ACAAT-T-TGA---AATA
502 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAAAAACACATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTA
* * *
15099 A---AT-AAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
566 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * * * *
15159 TTATTATATGAATAAACAATAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAAC
631 TTGTTTTATGAA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *
15224 TATTTGAACTGGTTCAG
695 TATTTGAACT-ATTTAG
* * ** *
15241 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-CTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT
* ** * * * *
15305 TATCTGC--ATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGA
64 TAT-TTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * * * * * ** * *
15367 TTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTAGGTTCAAAAAATAGTTTTAGT
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTTAGTAAATAGATTTATT
15432 TTTTAAATCTCTTACTTC-TTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGAT
192 TTTTAAATCTCTTAC-TCATTAATTTT-AAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGA-AT
* * * * *
15495 AAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-GAAGCTCATAATGACTTTAAGTAA
253 AAGTTGTT-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAA-CAATTTAA--AA
* * * * * * * * *
15558 TTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATCTTTTTTAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTT
313 -TA-AATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTA-TTTTTT
* * * * ***
15622 AAATCTCTTACTCATTAATGTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
374 AAATCTTTTACTTATTAAT-TTT-TAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * * *
15687 GTATGAACTGAAATAATTATTTTAT-ATCTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATT
436 GTATGAACAGAAA-AATTAATTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATT
* * * * *
15751 GTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTTGACAAACACA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTT
499 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTCAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
15814 ATTAATTTTTGGAATATTATTAAA-TTGGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCCTGTATGAA--AA
562 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAA
** * * * * * *
15875 GGAACAATTG-TTTATGATGAA-TAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGT
626 --AACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
15938 TATAACTATTTGAACTGTTTCAA
689 CATAACTATTTGAACTATTT-AG
* * * * * *
15961 AAAACAGATTTAGTTTTTAAATGTCT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * ** ** *
16025 AATAT-GAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
65 -ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
* * * * * * *
16089 TTGAAATAGCTAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATAT
129 TTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTT
** * ** * *
16153 TTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
193 TTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAG-TAATATTATTTTATTTCGAAT-AA
* * * * *
16217 ATTGTATT-AATAGAAACAATTGTTTTATGA-ACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAAT
255 GTTGT-TTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAATAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAAT
* ** * *
16280 AATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGCTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
318 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTT
*
16344 TACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTTATGAA
382 TACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG-TATGAA
** ** * *
16408 CAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATCTAAAATATATAATTGTTCAAAT
443 CAGAAA-AATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* *
16473 AGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
507 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
16537 TGGAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTG
571 TGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* * * *
16599 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTAT
634 TTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*
16664 TTGAACATATTTGG
698 TTGAAC-TATTTAG
* * *
16678 TAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCACAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-CT-ATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
16743 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAAT
62 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * *
16807 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTAT
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTAT
* * *
16872 TTTTTAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAGAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTAATCCGAA
191 TTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTT-TA-AAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGAA
*
16936 TAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAA-AGTCATAACAATTTAAAATA
252 TAAG-TTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATA
** *
17000 AATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCT
315 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
17065 TTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATATATTTATATTATTTTAATCGAAATAAGCTTGTATGA
380 TTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATA-AATTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
17130 ACA-AAAAAATCATTTATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
442 ACAGAAAAATTAATTTA-TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
* * ** * * *
17194 TAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
506 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC-AAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * ** * * * *
17259 TTTAGAATATTAAT-AGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAACTAAAATAATTT
569 TTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* *
17323 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTA-
634 TTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
17387 TTGATCTAGTTTGG
698 TTGAACTA-TTTAG
* * * * * * * * *
17401 TAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATAAATTAGTATAAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTCTCTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * **
17466 TTTAATCCAAATGAGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACA
62 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
17531 ATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAATAAATAGATTTAAT
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATT
* * * **** ****
17596 TTTTAAATCTC--A-T-ATTAATTTTGAAATATTAAT-AG-ATTATGACAAAACAAAAGAACATA
192 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAGTAATATTATTTTA-TTTCG-A-ATA
* * * * *** * ** * ** * *
17655 A--TGATTTGAA-ATAAATAATT-ATTTAT-ATAGCCTTAACTAT-TTGAACTGGTTCGACAAAC
254 AGTTG-TTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCAT-AAC-AATT-TA-AAAT
* * * * * * * ** ** *** *
17714 AAATTTATTTTTTAAAT-CTC-TAAGT-TATTG-A-TT-TTC-ATGATATTA-TTAGATTAGCAT
314 AAA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * * * *
17771 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAT-ATAAA-TA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
377 TCTTTTACTT--ATTAA-TTTTTAAT-ATTAATAAATTATATTATTTTAT-TC-CAA-ATAAGCT
* ** * * * ***
17832 TATAACAACTTGAAATATATAATTGT-T--CAAATAGTCATAA--TTATTTGAATTGGTTCGATA
435 TGTATGAAC-AGAAAAAT-TAATT-TATGACAAA-A--CAAAAGGTTATAACAA-T--TT--A-A
* * * * * * * * * *
17892 AACAAATAA-TCTTC---TACTTATTAA-TTTTTGAAATATT--AATA-A-A-TTA-CTATT--A
488 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGTTCAAAAACACATTTATTTTTTAAA
* * * * * * ** ***
17944 T-T-TTA-TT-TTGAATTGGCTT-GTATGATGAAAAACAATT-GTTTTATGATAGAAC-AA-AAG
552 TCTCTTACTTATT-AATT--TTTGGAAT-ATTAATAA-ATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * * * **
18001 TTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTTAAATGGCCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA
612 --C-T--TG-TATGAACTAAAACAATTGTTT-TAT-G-AAAAAC-A----AA--AGGTC-AT-AA
* * * *** * * * * * * *
18065 CTGGTTT-TATTTTTTAAATCTCCAACT--TC-TCAA-TTTTTGAAATA-TTAA
659 -TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTATTTAG
* * ** * * *
18113 T-AA-AG-TAATATTATTTT--AT-TTTGGATAAACTTTT-ATGAA-ATGAA-ACAATT-GTTTT
1 TAAACAGAT-TTATT-TTTTAAATCTCTCTATTAA-TTTTCA--AATATTAATA-AATTAGTATT
** *** * * **** * * * *
18168 ATGATAAAAC-AA-AAGGTCATAATGATTTTAAATAGA-TA-ATTAT-TCAAATAGTCATAATTA
60 ATTTTATTTCAAATAAGCTTAT-ATGAACAGAAACA-ATTATTTTATGACAAA-A--CA-AA-AA
* * * * * * * * * * * *
18228 -T-TTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTGTAAATTCCTTGCTTATTAA--ATTTCTAAA
118 GTCAT-AA-TGATTTG--AAATAGA-TAATTATT-CAAA----TAG-TCA-TAACTATTT-GAAC
* ** * * * *
18289 T-GTTAACAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAATATGTATGAACTAAAACAATT-ATTTTAT
170 TGGTTTAGTAAATA-GATT-TATT-TTT----TAAATCTCT-T--ACT----C-ATTAATTTTA-
* * * * * *
18352 AACTA-AACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAAT-AGTCTTAACTATTTG
219 AAATATTA-ATAAG--T--AA-TA-TT---AT---T--TTATTTCGAATAAG---T---TGTTTG
* * * * * * * *
18414 ATTGGTTTAGCAAATACATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCAAAACAATTTTATATAGATAAT
263 AATAG---A-AACA---ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAAT
* * * * * * * *
18479 TATTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTATTG
321 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTA--TTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
18544 CTTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTCAAGTAAGCTTGTATGAACT
384 C-TTATTAA-TTTTT-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * ** * * *
18605 GAAATAATTATTTTATGATTAAA-AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
445 GAAA-AATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
18669 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
509 TCATAACTATTTGAACT-G-TTCAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * ** * * * *
18733 CAAAAATTATTAAA-TTAGTACCATTTTA-ATCGAATAAGCTTATGTGAA-AAGAAACAATTGTT
572 GGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * * *
18795 GTATGACAAAA-TAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATAT
636 TTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
18859 GAATTGGTTCAG
700 GAACT-ATTTAG
* * *
18871 TAAACAGATTTAGTTTTTACATCTCT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** ** * * * *
18935 ATTTTGAATAATTTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
65 ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT
* * * ** * *
19000 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTATTTGAGGTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTT
130 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTT
* * *
19064 TTAAATCTCCTAC-CTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAA
194 TTAAATCTCTTACTC-ATTAATTT-TAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTC-GAAT-A
* ** * * * * *
19127 ACTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAA
254 AGTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATA
* * * * * * * * *
19192 ATTGTTTAAACAGTAATACCTATTTGAGCTTACTCGATAAACAGATTT-TTTTTTAACTCTTTTA
319 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
19256 CTTAGTAATATTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGAA-A
384 CTTATTAAT-TTT-TAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAACA
** * * * * * * *
19320 GAAACAATTGGTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
445 GAAA-AATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
19384 TTAGAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT
509 TCATAACTATTTGAA-CTGTTCA-AAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
19448 GGAATATTAATAAATTTA--ATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTATC
572 GGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
*** *
19508 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
636 TTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
*
19573 GAACT-TGTTCAA
700 GAACTAT-TT-AG
* * *
19585 TAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTGA-T
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-T--CTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * ** * *
19649 ATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
60 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
** * * * * * * *
19714 CAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA
125 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTA
* * * * * *
19779 -TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAT
190 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * *
19843 AGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAA
253 AAG-TTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATAA
* * * *
19907 ATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTT
316 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTT
* ** *
19971 TTACTTATT-ATGTGTCTACATATTAATAAATT-TATGTAATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATA
381 TTACTTATTAAT-T-TTTA-ATATTAATAAATTATAT-T-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
* ** ** * * * *
20034 AATAGAAATTTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
441 AACAGAAAAATTAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** * *
20099 TTAGTCATAATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
506 -TAGTCATAACTATTTGA-AC-TGTTC-AAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
20163 TTTTTAGAATATTAATAAA-ATAG-ATTTATGTTA-TTCAAATAAGCTTGTACGAA-TATAATCA
567 TTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACA
* * * * *
20224 ATTGTTTTGTGATAAAACAGAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
630 ATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * **
20289 CTATTTGCACTGGTCAAG
694 CTATTTGAACT-ATTTAG
** * * * ** *
20307 CCAACAG-TTTCATTATTCAAATCTGTTACTTATTAGCTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTA
1 TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCT-CT-C-TATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * **
20371 CTTTATTTCTAATAAGAC-TATATAAATAGAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAATGGTCATAA
61 TTTTATTTCAAATAAG-CTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * *
20435 TGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA
125 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTA
* * * * *
20500 TTTTTTAAATTTCTTACTTC-TTAATTTACAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCCAAA
190 TTTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAATTT-TAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * * * * *
20563 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-AGATTTGAAATA
252 -TAAGTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACA-ATTTAAAATA
* * * * * ** * * * * * *
20627 GATAATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AAGCAAACATAATTGTTTTTTAAATC
315 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATC
* ** * *** * * *
20691 TCTTACTTATTGAGATTTGAAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAG
379 TTTTACTTATT-A-ATTTTTAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATG
** * * * * ** * * *
20755 AATTGCAAAAA-AAATTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCA
441 AACAG-AAAAATTAA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * * *
20819 TATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAA
504 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA-AAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
20884 TTTTTAGAATATTATTACA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTAAAC-AGAAATAA
567 TTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAA
** * * ** * * *
20947 TCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTTTTCAAATAGTCATAAT
631 TTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *
21012 TATTTAAACTGGTTTGG
695 TATTTGAACT-ATTTAG
* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * **
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126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAA-TAGATTT
* * * * * *
21221 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCAAA
189 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * * *
21286 TAAACTT-TTGTGTACT-GAAATAGTTATTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACGATTTTAAA
252 T-AAGTTGTT-TG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GATCATAACAATTTAAAA
* * *
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313 TAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAA
* * *** *
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** * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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502 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TT-CAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *** * * * **
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* * * * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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61 TTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * ** * *
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250 AATAAG-TTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA-AGATCATAACAATTTAAAA
* * * ** * *
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313 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGATAAAAAG-ATTTATTTTTTAA
* * *
22120 AT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGC
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*
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * *
18912 TATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAGAAATA
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* *
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** ** * * * **
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* * *
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* *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * **
19390 CTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAAT
66 CTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* *
19453 ATTAATAAATT--TAATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACA
130 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
19502 ATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** *
19567 CTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * *
19632 ATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACA
130 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
19684 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
19749 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * *
19813 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACA
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * *
19864 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
19928 CTATTTGAACTTATT-TGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AC
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTAAA
** * *
19990 ATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATAAATAGAAA-T
128 ATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
20043 TTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATA
* * * * *
20108 ATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
65 ACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
20172 TATTAATAAAATAG-ATTTATGTTA-TTCAAATAAGCTTGTACGAATATAATCA
129 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
20224 ATTGTTTTGTGATAAAACAGAATGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * ** *
20288 ACTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAACAG-TTTCATTATTCAAATCTGTTACTTATTAGCTTTCAAA
65 ACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
20351 ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCTAATAAGAC-TATATAAATAGAAATA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
20405 ATTGTTTTATCACAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * **
20469 ACTAATT-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACAAAA
65 ACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
20533 TATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * ** * *
20585 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * ** *
20650 TTATTTGAACTGGTTAAGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTGAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * *
20715 TTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGCAAA-A
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAACA
*** * * * * * * * *
20765 AAAATTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
20829 ACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAAT
65 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
20894 ATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTAAACAGAAATA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * * * * * *
20946 ATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTTTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * *
21011 TTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * *
21076 TTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACA
131 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * *
21127 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCTTAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
21191 ATTATTTAAACTAAT-TTGA-TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAA
65 ACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * * *
21254 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCAAATAAACTTTTGTGTACT-GAAATA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACA
* * * * * * * *
21308 GTTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATGT-AAATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATA
* * * * *
21372 ACTATTTGAACTTATT-TGATAAATA-A-AT-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCT-TA
65 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAA
* * * * *
21428 ATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * * *
21482 ATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTT-TAATAGTCTTAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
21546 CTATTTGAAATGGTT-TGGAAAGAACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * ** *
21604 AGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAAAA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * ** * * *
21656 ATTATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATAGACGTGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
21721 CTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTGAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * *
21785 AATAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCACAAAAACTTGTATGAATAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
21837 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAAAAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
21902 CTATTTGAACTTGCTC-GATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTTTAGAAA
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAA
* *
21965 TA-TAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * ** ** * *
22017 ATTGGTTTATAACTAAATAAATTGTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
22082 CTATTTGAA-TGTGTTTAGCAAA-TGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAA
66 CTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
22144 TTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA
129 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CA
* * * * * ***
22197 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-ATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * *
22261 ACTAATTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTCATTCTTTTAATTCTCTTACT
65 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACT
22311 CATGCTTATA
Statistics
Matches: 2937, Mismatches: 639, Indels: 246
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 28 0.01
174 204 0.07
175 63 0.02
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177 159 0.05
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182 117 0.04
183 2 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
Found at i:20378 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 18431--22310 Score: 2633
Period size: 361 Copynumber: 10.8 Consensus size: 357
18421 TAGCAAATAC
* * * ** * * * *
18431 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCAAAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCATAT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * ***
18496 CTAATTGAAATTGTTCAA-TAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTATTGCTTTATTAATTTTTTG
66 CTATTTG-AACTGGTCAAGTAAACAG-TTTA---TTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTCAA
* * *
18560 AATGTTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTC-AAGTAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTT
125 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTAT-AAATAGAAAT-ATTGTTTT
** * * * *
18619 ATGATTAAA-AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
187 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
18683 ACTAGTTT-GACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAAATTATTAA
252 ACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* ** * * * * * *
18746 ATTAGTACCATTTTAATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACA
316 ATTAATATTATTTTATTCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACA
* * * * *
18789 ATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
18853 CTATATGAATTGGTTC-AGTAAACAGATTTAGTTTTTACA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTGG-TCAAGTAAACAG-TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * ** * *
18913 ATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGAC
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAAT-ATTGTTTTATGAC
* * **
18978 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTATTTGAGGTT
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTT
* * * * * ** * * *
19042 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAG
256 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
* *
19107 TATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTACGAATAGAAACA
321 TATTATTTTATTC-AAATAAACTTGTATGAATA-AAACA
* * * * * * *
19146 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * * **
19210 CCTATTTGAGCTTACTCGA-TAAACAGATTTTTTTTTAACTCTTTTACTTAGTAATATTT-GGAA
65 ACTATTTGAAC-TGGTCAAGTAAACAG-TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAA
* * * * * *
19273 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTGGTTTATC
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAA-TATTGTTTTATG
* * * *
19337 AC-AAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAA-
190 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
19399 TGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAAT
254 T-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *
19463 TTA-ATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAACA
318 TAATATTATTTTATTC-AAATAAACTTGTATGAATAAAACA
* * *** * *
19502 ATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* **
19567 CTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACA-TATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAA
66 CTATTTGAAC-TGGTCAAGTAAACAGT-TT-A--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAA
* * * * *
19630 ATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACA-ATTATTTTA
126 ATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAATAGA-A-ATATTGTTTTA
** * * * *
19693 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
188 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
19758 CTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
253 CTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * ** *
19822 TAATATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACA
318 TAATATTATTTT-ATTCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAACA
* * *
19864 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-A
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** ** * * * * *
19927 ACTATTTGAACTTAT-TTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTAC
65 ACTATTTGAACTGGTCAAG-TAAACAG-TTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAA
** *
19990 ATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATAAATAGAAATTTTGTTTTAT
126 ATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAATATTGTTTTAT
* * *** *
20053 GATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTAGTCATAATTATTT-AT
189 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGA-
** *
20117 ACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
252 ACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * *
20182 ATAGAT-TTATGTTATTCAAATAAGCTTGTACGAATATAATCA
317 TTA-ATATTATTTTATTCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACA
* * * * *
20224 ATTGTTTTGTGATAAAACAGAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * * **
20289 CTATTTGCACTGGTCAAGCCAACAGTTTCATTATTCAAATCTGTTACTTATTAGCTTTCAAAATA
66 CTATTTGAACTGGTCAAGTAAACAGTTT-ATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * *
20354 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCTAATAAGAC-TATATAAATAGAAATAATTGTTTTATCAC
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATAAATAGAAAT-ATTGTTTTATGAC
* * * * * *
20418 AAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATT-AAATTG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * * ** *
20482 GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACAAAATATTAATAAATTAA
256 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
* * *
20547 TATTA-TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACA
321 TATTATTTTATT-CAAATAAACTTGTATGAA-TAAAACA
* * * * *
20585 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
20650 TTATTTGAACTGGTTAAGCAAACA-TAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGA-TTT-GAA
66 CTATTTGAACTGGTCAAGTAAACAGT--TT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTCAAA
* * * * * * ***
20712 ATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTA-AGAATTGCAAAAAAAATTTTA
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATA-AATAG-AAATATTGTTTTA
* * * * * * * *
20774 CGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAA
188 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
20839 CTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACAT
253 CTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * *
20904 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTAAACAGAAATA
318 TAATATTATTTTA-TTCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACA
** * * * ** * *
20946 ATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTTTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *** * **
21011 TTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
66 CTATTTGAACTGGTCAAGTAAACAG-TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * *
21076 TTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-GATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAA-TATTGTTTTATGAC
* * * * * * **
21140 AAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAA
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * *
21205 TTT-GATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTA
257 TTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA
* * * * *
21268 ATATTATTTTATATCAAATAAACTTTTGTGTACTGAAATA
320 ATATTATTTTAT-TCAAATAAACTTGTATG-AATAAAACA
* * * * * * * *
21308 GTTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATGT-AAATAGTCTTA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATA
** ** * ** ** *
21372 ACTATTTGAACTTAT-TTGATAAATAAATT-TTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCTTAATG
65 ACTATTTGAACTGGTCAAG-TAAACAGTTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * * * * *
21431 TTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTGACT
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAA-TATTGTTTTATGACA
* * ** * * * * * *
21496 AAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTT-TAATAGTCTTATCTATTTGAAATGGT
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * * **
21560 TT-GGAAAGAACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGT
258 TTAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
** ** *
21618 ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAAAA
322 ATTATTTTA-TTCAAATAAACTTGTATGAATA-AAACA
* * * * ** ** * * *
21656 ATTATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATAGACGTGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
21721 CTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAAATTTATTTTTTGAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAT
66 CTATTTGAAC-TGGTCAAGTAAA-CAGTTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * * * *
21785 AATAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCACAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATAAATAGAAA-TATTGTTTTATGA
* * * * * * *
21849 TAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTT
191 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
21914 G-CTCGATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTTTAGAA-ATATAATAAATT
256 GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATT
** *
21976 AGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
319 AATATTATTTTATTC-AAATAAACTTGTATGAATA-AAACA
* * * * ** ** * *
22017 ATTGGTTTATAACTAAATAAATTGTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** * * * * *
22082 CTATTTGAA-TGTGTTTAGCAAA-TGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAA
66 CTATTTGAACTG-GTCAAGTAAACAG--TTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * *
22144 TTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTA
127 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATAAATAGAAA--TATTGTTTTA
* * * * *** *
22206 TGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAACTAATTGAA
188 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
22271 CTTTTTTGGTAAACAAATTCATTCTTTTAATTCTCTTACT
253 CTTGTTTAGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACT
22311 CATGCTTATA
Statistics
Matches: 2790, Mismatches: 592, Indels: 277
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 3 0.00
348 111 0.04
349 8 0.00
350 19 0.01
351 8 0.00
352 3 0.00
353 23 0.01
354 66 0.02
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360 552 0.20
361 695 0.25
362 359 0.13
363 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTCAAGTAAACAGTTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAATATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTCAAATAAACTTGTATGAATAAAACA
Found at i:22584 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22560--22606 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
22550 TGTTTGCAGA
22560 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
* *
22578 GACTATTT-GAACAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
22596 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
22607 CGTTATTACC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.26
17 2 0.09
18 8 0.35
19 7 0.30
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:22883 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22565--23139 Score: 440
Period size: 178 Copynumber: 3.2 Consensus size: 178
22555 GCAGAACTAT
* * ** * *
22565 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCCTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTATCA
* * * *
22630 TAGAACAAATTTTTTTGTTCCTATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATTAATTTATTAATATTTCA
66 TAGAACAAATTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATTAATTTATTAATATTTCA
* *
22695 AAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAATAG
131 AAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAATAG
* * * * *
22743 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATAATTTATTTTATCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTATCA
*
22808 TA-AAGC-AATTGTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTCA-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
66 TAGAA-CAAATT-TTTCTATTCATATAAGT-TTATTCAGAATAAAATAAT--TAATTTATTAATA
** * ** *
22869 TTTTGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCT-ATTGGCCTGACCAAT-G
126 TTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTGCTT-GCC--A--AATAG
* * * ** * * ** * *
22925 -T-AAATAATTATGATTGTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTATCA
* * * * ** * *
22988 CA-AA-ATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATAT
66 TAGAACA-AATT-TTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATT--AATTTATTAATAT
* * * *** *
23051 TCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAACAAG
127 TTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAA-TAG
* **
23100 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
23140 TTTGCTATAA
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 63, Indels: 43
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.01
175 2 0.01
176 1 0.00
177 67 0.21
178 77 0.25
179 50 0.16
180 72 0.23
181 38 0.12
182 1 0.00
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTATTTTATCA
TAGAACAAATTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAATAG
Found at i:23306 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 23100--23322 Score: 313
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
23090 ATTAAACAAG
* *
23100 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
* *
23165 TAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAATCTATTTACTGAATAAT
66 TAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATCTATTTACTGAATAAT
* * * * * *
23220 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
* *
23285 TAAAACAATTACTTT-TGTTCATACTAGCTTATTCAAAT
66 TAAAACAATT-CTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT
23323 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 3
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 6 0.07
120 81 0.90
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (119 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
TAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATCTATTTACTGAATAAT
Found at i:23489 original size:302 final size:295
Alignment explanation
Indices: 22926--23503 Score: 667
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 295
22916 TGACCAATGT
* **
22926 AAATAATTATGATTGTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
* * ** *
22991 AATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTCTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATTC-AATTTATTAATATTCCAA
* * * ** * **
23056 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTT
130 AAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* ** * * *
23121 GAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCA
195 GAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCA
23186 TACAAGCTTATCTCAAATCTATTTACTGAATAATTTC
260 TACAAGCTTAT-TCAAATCTATTTACTGAATAATTTC
* * ** * * *
23223 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAA
1 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
* * *
23288 AACAATTACTTT-TGTTCATACTAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATT-AATTTGTTAATATTT
66 AACAATT-CTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAAT--TATTCAATTTATTAATATTC
** *
23350 TGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAAT
127 CAAAAATTAATAAG----AGAT-TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAT
* * * *
23415 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTA
187 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTGTA
* *
23480 TCAATTCATATAGGCTTATTCAAA
252 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
23504 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 41, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
296 4 0.02
297 106 0.46
298 3 0.01
299 4 0.02
301 9 0.04
302 105 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (295 bp):
AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
AACAATTCTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATTCAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCAT
ACAAGCTTATTCAAATCTATTTACTGAATAATTTC
Found at i:23651 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23200--23694 Score: 609
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
23190 AGCTTATCTC
* * * * * **
23200 AAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
23265 TATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTCTGTTCATA-TAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * ** *
23330 ATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAAT
129 ATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATATAAAAAAAT
* * * * *
23382 AAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
**
23447 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TCTGTTCATATA-GCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
23512 ATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGAT-TTAAAAAAT
129 ATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATATAAAAAAAT
* *
23563 GAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
23627 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTCTGTTCATA-TAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
23691 AATA
128 AATA
23695 TGAATTTACC
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 40, Indels: 12
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 94 0.35
181 35 0.13
182 139 0.52
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTCTGTTCATATAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATATAAAAAAAT
Found at i:23789 original size:101 final size:100
Alignment explanation
Indices: 23608--23803 Score: 261
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 100
23598 TATTTGAACA
* * *
23608 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
**
23673 GCTTATTTCAAATAAAATAATA-TGAATTTACCAAT
66 AATTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTACCAAT
* * * * *
23708 ATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTATTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGCCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACA
23773 AAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
65 AAATTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
23804 TTAATAGTTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 10, Indels: 5
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 38 0.46
101 44 0.53
102 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (100 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
AATTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTACCAAT
Found at i:24145 original size:457 final size:459
Alignment explanation
Indices: 22941--24153 Score: 1055
Period size: 457 Copynumber: 2.6 Consensus size: 459
22931 ATTATGATTG
* * * * * *
22941 TTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCA-TAATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTG
1 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-A
* *** * * * * * * *
23005 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A
64 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
* * * ** * *
23068 G--ATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTAT
129 GAAATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTAGAACAATTAT
* *** * * * *
23131 CTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATT-GTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTT
193 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT
* *
23195 ATCTCAAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC-A-ATTATTTATTTC
257 AT-T----TC-----A---AATAA----AAATA-ATATGA--ATTT-ACCAATATTATTTATTTC
* * * * * **
23258 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAT
301 AAATCGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTACTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAT
* * *
23323 TAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATAT
366 TAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTGAAAATTAATAAG---AAGATATAAAAAAATAAATAT
* *
23388 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
428 ATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
* * *
23420 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAAT
1 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-AT
* ** * * *
23485 TCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGCAAG
65 TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
* * * * * *
23550 AGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
130 AAATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTCAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCT
* **
23615 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
195 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
* *
23680 TCAAAT-AAAATAATATGAATTTACCAATATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTATTG
260 TCAAATAAAAATAATATGAATTTACCAATATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTATTG
*
23744 TCATAAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
325 TCAT-AAAACAATTACTTT-TATTCATACAAAATTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
23807 ATAGTTTGAAAATTAATAAG-AGAT-TTAAAAACTAAATCTATTTACTAG-ACAA-TTTAAATAG
387 ATAGTTTGAAAATTAATAAGAAGATATAAAAAAATAAATATATTTAC-AGAACAAGTTCAAATAG
* * *
23868 TTATGAGTA
451 TAATAACTA
** * * *
23877 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTC-TG
1 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAT-
* * * * * * *
23940 TCTATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAAC-TAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTA
65 TC-ATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
* * * *
24004 AGAAATTTACAAAATAAATATATTTATCGAATC-TGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
128 AGAAATTTAAAAAATAAATATATTTA-CGAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTAGAACAATT
* * ** * *
24068 ATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCGTATATA-C
191 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA-AGC
24132 TTA-TTCTAAATAAAAATAATAT
255 TTATTTC-AAATAAAAATAATAT
24154 TATTTTATTA
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 92, Indels: 61
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
454 1 0.00
455 2 0.00
456 96 0.15
457 133 0.21
458 32 0.05
459 5 0.01
460 2 0.00
461 5 0.01
462 38 0.06
463 68 0.11
464 7 0.01
468 1 0.00
469 3 0.00
472 1 0.00
477 2 0.00
479 106 0.17
480 1 0.00
481 5 0.01
482 81 0.13
483 33 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (459 bp):
TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCATT
CATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA
AATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTCAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
CAAATAAAAATAATATGAATTTACCAATATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTATTGT
CATAAAACAATTACTTTTATTCATACAAAATTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAG
TTTGAAAATTAATAAGAAGATATAAAAAAATAAATATATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTAATA
ACTA
Found at i:24814 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23708--26748 Score: 2398
Period size: 181 Copynumber: 16.9 Consensus size: 180
23698 ATTTACCAAT
* * * * * * *
23708 ATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTATTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTTTTTCTGTTCATACA
** * * *
23773 AAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTT-TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
23833 AAAAACTAAATCTATTTACT-AGACAA-TTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATA
129 AAAAA-TAAATTTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* *** * * *
23885 ATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTG-TCTATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTC-ATACA
* * * * * * ** * * * *
23948 AACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAAATTTA
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
24013 CAAAATAAATATATTTA-TCGAATC-TGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATA
130 -AAAATAAATTTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * ** * *
24065 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCGTATAT
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACA-
* * * *
24130 A-CTTATTCT-AAATAAAAATAATATTATTTTATTAACATTC-AGAAAATTAATAAGCAAGCA-A
65 AGCTTATT-TAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAG-AGA
* * ** * * * *
24191 TTTAAAAACATAAATCTGTTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATCTGAACA
126 TTT-AAAA-ATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * *
24248 GTTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAA
1 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-TGTTCATAC
* ** * * * * * ** *
24311 AACCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAATTTGGAAATT
64 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
*** * * * * *
24375 TAAAACATAAATCAATTTATTCAATCAA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACA
128 TAAAA-ATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * **
24429 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTT-TCATCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACA
* * * *
24493 AGCCTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
24555 -----T--ATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
129 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * *
24600 ATTATATATTTCAAGTCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
* * ** * * * * * *
24665 GCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAACTAATAATATTATGAAAATTAATAATTATGAGATTTGA
66 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * * *
24730 AAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATA
131 AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATA
* * * * * *
24780 ATTATCCATTTCAAATAATTATGTA-CTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTT-TGTTCATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACA
* * * *
24843 AGTTTGTTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
** * * * * *
24904 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAATA
129 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * ** * * * *
24956 ATTATTTATTTCATATCATTATGACGATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATAC-A
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
** * * * *
25020 GTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAGTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTA
66 G-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
25085 AATAATGAATCTGTTCACCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATA
130 AA-AATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * *
25137 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
* * * * * *
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* *
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*** * * * * * * * *
25318 ATTATCTATTTCAAATCGCCAATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTTTTGCTATTCTTATA
1 ATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACA
* * * * * * * *
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65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
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* * * * *
25501 A-TATTTATTTCAAATCA--CTGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTT-TGTTTATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACA
** * * * * * * *
25562 AGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTTGACAGTTAATAAGTATA-AGATTT
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AGAGA-TT
* * * *
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128 TAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* *** ** * * *
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* * * *
25742 GGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTA
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* *
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* *
25858 ATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATAA
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* * * *
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64 AAGCTTAT-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
25985 TAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTTAAATAGTTACGACTATTTGAATA
128 T-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
** * * *
26039 ATTATCTATTTCAAATTGTCATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTT-TGTTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACA
* * * * * *
26103 AACATATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* *** *
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* * * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
* * * *
26285 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAA
66 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* ** * * * *
26350 AAAATAAATTTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATA
130 AAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
** * * *
26401 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
** * * * * *
26466 AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAG---G-GATTTAA
66 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* *
26527 AAACTAAATCTATTTACTGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
131 AAA-TAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * *
26578 ATTATCTATCTT-AAATCATTATG--CTTTTCATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTTTTCATAC
1 ATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAC
* * * *
26640 CAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
64 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * *
26704 TAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGGTCAAATAGTTAAGACT
128 T-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
26749 TTTTTGTCAT
Statistics
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171 130 0.06
172 1 0.00
173 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
Found at i:25689 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 23708--33434 Score: 2322
Period size: 361 Copynumber: 26.8 Consensus size: 358
23698 ATTTACCAAT
* * * * *
23708 ATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTATTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
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** * **
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64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTT
* * * * *
23833 AAAAACTAAATCTATTTACT-AGACAA-TTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCT
128 AAAAAATAAATTTGTTTACTGA-ACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * ** *
24023 ATATTTATCGAATCTGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATA
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* * * * * * * *
24065 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCGTATAT
1 ATTATCTATTTCAAATC-ATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-
* * * * *
24130 A-CTTATTCTAAATAAAAATAATATTATTTTATTAACATT-CAGAAAATTAATAAG--CAAGCAA
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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** * * ** * *
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*** * * *
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* * * * *
24429 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCA-TCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
* * * * * **
24493 AGCCTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T-
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTA
* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * ** * *
24742 TTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATA
321 TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATA
* * * * * *
24780 ATTATCCATTTCAAATAATTATGTA-CTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTT-TGTTCATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * **
24843 AGTTTGTTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTA
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTA
** * * * * * * *
24904 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAATAATTATTTATTTCA
129 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * **
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194 -A--ATTGCATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAG-CTTATTTAA
* * * * * * *
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* * ** * *
25096 TGTTCACCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATA
318 TGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * *
25137 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
25202 ACTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATA-AGAGATTTA
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* *
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* * * * * *
25330 AAATCGCCAATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTCA
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* * * * * *
25394 ATTAAAATAATACAAAGTTATT-ATCATTTAGATAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAATAAAT
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTA-AAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
25458 ATGTTTATCAAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATTA
317 TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TA
* * * * * * *
25501 A-TATTTATTTCAAATCA-CTGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAG
1 ATTATCTATTTCAAATCATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*** * * * *** * * *
25564 CTTATTTGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTTGACAGTTAATAAGTATAAGATTTTAA
66 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTAAA
* * * *
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131 AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * *
25694 TTGCTATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATTTAAAATA
196 TTGC-ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTAAAATA
* * * *
25757 AAATAATACTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATT
259 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTT
*
25822 TA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-A
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* * * *
25858 ATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAA
1 A-TTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * *
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* * * *
25986 AAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTTAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTT
128 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
26050 CAAATTGTCATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAACATATTTGAA
192 CAAATTG-CATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAAA
* *
26115 ATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
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* ** *
26180 GTTTATTGCGTAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAACA
319 GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATA
* * * * * * *
26220 ATCATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * **
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65 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTAA
* ** * * * * *
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130 AAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * ** ** *
26415 ATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATA
195 ATTG-CATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAAAATA
* * * * * * *
26480 AAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAG---GGATTTAAAAACTAAATCTATTT
259 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
26542 A-CTGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
323 ATC-GAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
26578 ATTATCTATCTT-AAATCATTATG--CTTTTCATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTTTTCATAC
1 ATTATCTAT-TTCAAATCA-TATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
26640 CAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATT
63 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-AGATT
* * ** * * * * * * * *
26704 TAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGGTCAAATAGTTAAGACTTTTTTGTCATAA--AACACA
127 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGAC-TATTTG-AATAATTATC-TA
* * * * * *
26767 TTT-AAA-T--A-G---TTAT-TATTAGT--T-AAACAATTATTTAT-TTCAAAT-AGTTATGAC
189 TTTCAAATTGCATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCT-T-A-
**** *** * * * * * * * **
26818 CTTTTGTTTTGTCATAA-ACCAATGT-TT-CTGTTCAAACATGTGTATTCG--AA-A--TAAAAT
250 --TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAT-T-AATAAGAAAAGATTTAAAA-
* * * * * * * ** *
26875 AATGCTAGTTTATTCATATTCCAA-AAATT--AATAAGTAAAAGATCTAAAATAAATA
310 AAT--AAATTTGTT--TA-TCGAATAAGTTCAAAT-AGT-TATGA-CT-ATTTGAATA
* * * ** * * * *
26930 A--ATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAAT-A-GTTATG-ACTG-GATGAACAAGTATTTATTTCAA
1 ATTATCTATTT-C--A--AA--TCATATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA-AA-CAATTGTTTC--
** * * * * * *
26989 ATAGTT-ATGATCTTTTG-TTTTGTCATAAA-ACAATTATTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTGG
54 -TA-TTCAT-A-C--AAGCTTAT-TCA-AAATA-AAATAATACTAATTTAT-TAA---TA-TT--
** * * * * * * * * *
27050 AATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAA-AAAATAG-GTA--GGA-GA-TTTAAA-A-
103 -CCAAAA-ATTAATAA-GTA-TAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAG
* * * * * * * * * ** **
27107 -AAT-A-AATTTGTTTATAA--AACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATC-TATT
164 TTATGACTATTTG--AATAATTATCTATTTCAAATTG-CATGACCTTTTG---TTTTATCATAAA
* * * ** * * * * ** * *
27166 TCAA--GTTGT-TATGACCT-TTTGTTTTGTTGTAAAA-CAATTGTTTCT-ATTTATGCAAAATT
223 ACAATTGTT-TCTAT-TCATATAAG-CTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTAT---TAA-T
* * * * * * *** *
27225 ATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTA--AAACTAA
280 ATTT--AA-AAATTAATA---A--GA-AAAGA-TTTAAAAAATAA-ATTTG-TTTATCGAA-TAA
* * * * * **
27288 -ATC-TAT-TTTTTGACACAATTCAAATA
332 GTTCAAATAGTTATG--ACTATTTGAATA
* * * * **** * * * * * *
27314 GTTATGACTATTT-GAA-C-TATTATCTATCTCAAATTGTTAT-GATCTTTATT-TTTTTA-TAA
1 ATTAT--CTATTTCAAATCATATGACCT-T-TTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTCTATTCA
* * * ** * * * * *
27373 AACAATTGTTTCTT-TTAATACAACCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTACA
60 TACAA--GCTTATTCAAAATA-AA-ATAATACTAATT----T-AT--TAA--T-AT-----TCCA
* * * * **
27437 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAACA
106 AAAATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGA
* * * * * *
27501 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTC-TGACCTTTTGTTTAATGATAAAGCAATTATTT
170 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG--CATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
27565 CAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
233 CTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
27630 CAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGATT-GGACTATTTGAACA
297 -AAAAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATA
* * * * *** * * *
27694 ATCAATCTAACTGTTTAAAGTCATTATGACATTTTCTTCCATTATAAAATAA-TGTTTC-AGCTC
1 AT-TATCT-A-T-TTCAAA-TCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * * * * *
27757 ATAGAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGC
59 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-A
* * * *
27821 GATTTAAAAACTAAAACTATT-TTT-C-GAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAAT
123 GATTTAAAAAAT-AAA-T-TTGTTTACTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * *
27882 ATC-ATTCTCAAATCAT-TATGATC-TTTGTTTTCTCTTAAAATAATTGTTTC--TT-ATCAT--
184 ATCTATT-TCAAAT--TGCATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ATAA
** * *
27939 GCTTATTT-GGAT-AAATAATAATAATTTAATAAT-TTTAAAAATTAAT-AG---AGATTTAAAA
245 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
27997 AATAAATATGTTT-GCTAA-ACCAATTCGAATAATTAAGACTATTAGAATA
310 AATAAATTTGTTTATCGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * ** * *
28046 ATTATCTATTTCAAATCATTTTAATCATTTGTTTAATCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * ** * * *
28110 AACTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TATTTATTTCAA-ATTGTTATAACT
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATT-AATA-AG-TATAA-G
* *** * * * *
28173 TTTTGTTCAAAT-AGTTAAGACTATA-TGAACAATTATTTATTCAA-AGTGTTATGACT-TTT--
124 ATTT-AAAAAATAAATT-TG--TTTACTGAACAA--GTTTA---AATA--GTTATGACTATTTGA
* * * * ** *** ** *
28232 AT-TTTAGCTCA-TAC-AA--GC--G-CATTCAG-AACAGAATAAAACTAA-TGTATTAATATTT
178 ATAATTATCT-ATTTCAAATTGCATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGT-TT-CTA-TT
* ** * * ***
28287 CCAAAATTTATAAG-TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA
238 -C---A--TATAAGCT----TATTT--AAAATAA-AATAATACTAATTTA-TT--AAT-ATT-TA
* * * ** *** * * * * ** *
28351 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAATACTTT-TTT-TTGTCATAA-AAC-AATTGT
285 A-AAATT-AATAAGAAAAGATTT-AAA-AAATAA-A-TTTGTTTATCG-AATAAGTTCAAATAGT
28412 T-T---T-TGTT-AAT-
343 TATGACTAT-TTGAATA
* * * * * * * * * ****
28422 ATAAGT-T-TGTTCAAAATAAAATAATACTATTTATTAATAT-TTAGAAAATTAATTAGTAAGAG
1 ATTA-TCTAT-TTC-AAATCATATGA-CCT-TTTGTT--T-TGTCATAAAA-CAATT-GT-TTCT
* * * ** * *
28484 ATTTA-AAAAGTGAATATATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGGATAAATTATC
55 ATTCATACAA--G-CT-TA-TT--CAAA--A--T-AAA-A-TAAT-ACTAATT---T--ATTA-A
* * * * * ** ** * * ** *
28548 TATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAA-CAA-TTGGTTAC-GTTCATACTATT
99 TATTCCAAA-AATTAATAA-GTATAAGATT-T-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-A--GTT
* * * * * ******
28609 TTATTTGGAATAAAATAAT-ACTAATTT-AATAA-TA--T-TTTGAAACTT-AATAACCAAGAAA
157 T-A-----AAT--AGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGCATGACCTTTTGT
* * ** **
28667 GTTATCAATATCAAATCGTTAGATCTTTGTTTTGTATAAAT-TAA--TTGATTTTGATCATAGAA
212 TTTATC-ATA--AAA-C---A-A---TTG-TTTCTATTCATATAAGCTT-A-TTT-AAAATA-AA
* * * * * * *** * * *
28729 GGTTATTC-AATTAAAT-ATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTC
261 -ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGA----AAAGA-T-TTAA--AA-A-A-T-
* * *
28792 ATAATATAAATGTATT-TGCTGAACT-AGTTCAAATAATTA-AAGCTATTAGAATA
313 A-AAT-T---TGT-TTAT-C-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATA
* * * * * * * *
28845 ATTATCTATTTCAAATAATTTTTTACCTTTCGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTAC
1 ATTATCTATTTCAAATCA--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC
* * * * * * *
28909 AAGCTTATTCAAAATAAAATATTCCAAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCTA-AAGGTT
63 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TATAAGATT
* * * * * *
28973 TGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATTTTTT
127 T-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * *
29037 TAAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTAAT-AAAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAACTTGTC
191 TCAAAT--TGCATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATT
* * * *
29098 CAAAATAAAAATAGTACTAATTTCTT-ATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGTTTAAAAAAAT
252 TAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAAGA-TTT-AAAAAAT
* * * * * * *
29161 AATTTTTTTTTTAGCAAAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGACACA
313 AA--ATTTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATA
* ** * * *
29211 ATTGTCTTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAC
1 ATTATC-TATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * *
29275 AAGCTTATT-TAAATTAAATGATACTAATTTATT-ATATTCTAAAAATTAATAAG---AAGATTT
63 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTT
* * * * * * * * *
29335 AAAAAGTGAATCTGTTTATCAT-ATC-AGTTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATGTAT
128 AAAAAATAAATTTGTTTA-C-TGAACAAG-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * * * *
29398 TTCGAATCATTAC-TTACCTTTTGTTTGGTTATTATAACAATGTGTTTTTGA-TCATATAA-ATT
190 TTC-AA--ATTGCATGACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATATAAGCTT
** * *
29460 AATTTCGAATAAAAT-ATACTAATTTA-T-ATCTTCCAAAAATTAAT----AAAG----------
249 -ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
29508 ---A--TGTTTA-CTGAACCAA-TTAAAATAATTATGACTATTTAAACA
312 TAAATTTGTTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * * *
29550 ATTGTATACTTCAAATCATTATAACCATTTTGCTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * *** *
29615 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTA-AGAGATTT
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-AGATTT
* * * * * *
29679 AAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTCT-AATAATTAAGACCATATT-AACAATTATCTATT
128 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTT-TAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATT
* * * * *
29742 TCAAATTG--T----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTCAG
191 TCAAATTGCATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTAA
* * * * * *
29800 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATACTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
255 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
29864 TTGTTTACCTAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
317 TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * * * * *
29906 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTCCGTATAG
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
29971 GTTTGTTCAGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATACTT-CAAAAATTAATAAG----AGATTT
65 GCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTT
* * * ** * ** *
30031 AGAAAATAAATCTATTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT
128 AAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
** * * ** * * * *
30095 CAAATTATTATGA--TTTT-TTTCTATTATAAAATAATAATTTCTATTCATACAAACTTATTCAG
192 CAAATT-GCATGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAA
* * * * * * *
30157 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAACATTTTCAAAAGTAAATA
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAAGA-TTTAAAAAATAAATT
* * *
30222 TGTTTATTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
318 TGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * ** * * * *
30263 AATATTTATTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATA
1 ATTATCTATTTCAAA-TCATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * *
30327 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATTATTA-AGAGATTT
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-AGATTT
* * * * * * * * *
30391 AAAAAATGAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAACAATTATCTACTTG
128 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * ** * **
30456 AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTCCTATTCATACAAGCCTT-TTTCT
193 AAATTGC-ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATATAAG-CTTATTTAA
* * *
30519 AATAAAATAATACAAATTTATTAACA-TGAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
30583 ATGTTCACCAAACAAGTTCAAATCTTTGTAACTATTTGAATA
317 TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* ** * ** * *
30625 ATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTCTATTTATACAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TCATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
*** * * *
30690 GCTTATT-TGGATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
65 GCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTA
* * * * * * * *
30754 AAAACTAAATATGTTTTCTGAATAAATTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTA
129 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
*** * * * * *
30819 AATTATTGTGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATCTAAAA
194 AATT-GCATGACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAAAA
** * * * * *
30883 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGT
257 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * *
30948 TTACCAAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACA
321 TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
30986 ATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATGCA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACA
* * *
31050 AGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATT
64 AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATT
* * * * * * *
31112 TAAAAAATAAGTATGCTTT-TTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACT
127 TAAAAAATAAATTTG-TTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * * *
31176 TCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAG
191 TCAAATTG-CATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAA
* * * ***
31241 AATAAAAGAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATT
** **
31306 TGTTTA-CCTAGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
318 TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* ** ** * * * * *
31346 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCCAATAATACAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TCATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** ** * *
31411 ATTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TAGAGATTTA
65 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-AGATTTA
* ** * * * *
31475 AAAAATAAATTTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATTT
129 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTT
* * * * * **
31538 CAAATAGTTATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTTA
192 CAAATTG-CATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTA
*
31602 GAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACA-AAAT
254 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAA-ATAAAT
* * * * * *
31662 CTATTTATCGAACCAA-TTCTAATAGTTATGAGTATTTGAACA
317 TTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * ** * * * * *
31704 ATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTCATTTGGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCACACTA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * * *
31768 GCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAA
65 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTAA
* * * * * *
31829 AAAATAAATATGCTTA-TAGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
130 AAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-
* * * * ** * * * *
31893 AACCATT-C-TAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTTTTTTTGCTCATACATGATTATTTGA
193 AA--ATTGCATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAA
* * * * * * *
31955 AATAAAATGATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAA-AACACAAGAAATTTTAAAAAATAAA
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGA-AA-AGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
32019 TTTGTTTACCAAAAAAGTTTAAATAGTTATAACGATTTAAACA
316 TTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
32062 ATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTGA-A
1 ATTATCTATTTCAAAT-CATATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATA
* * * * * * * * * *
32125 AAAGCTTATTCGAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGT-TAGATAT
62 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-AGAT
* * ** * * * ** *
32189 TTAAAAATTAAGTCAGTTTA-TCAA-ATTGATTCAAATAACTAT-AGCCATTTGAATAATTATCT
126 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AG-TTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * *
32251 ATTTCAAATCGTTATGAACATTTCTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTAT
188 ATTTCAAATTG-CATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTAT
* ** *
32315 TCAGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAGGAGATTTAAAAAAT
251 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGA-A-AAGATTTAAAAAAT
* * * *
32379 AAATTCGTTTA-C---T-A----AATTGGTT-T--CTATTTGAACA
313 AAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * ** * * * *
32413 ATTATCTATTTC-AATTACTATAACCTATTATTAAGTTATAAAATAA-TGTTT-TAGTTTATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * * *
32475 AGCATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTA
64 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTA
* * ** * * * * *
32540 AAAAATAGA-TTGTTTGCTGAAGTAGTTCT-AACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTC
129 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
*** * * * * *
32603 AAATCAATATGACCTTTTGTTTTATCATAGAACAATCGTTT-TAGTTCGTACAAGCTTATTTGAA
193 AAAT-TGCATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTAAA
* ** ** * *
32667 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTT
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
32732 GTTTGTTGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATGTCAATA
319 GTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * ** ** * ** *
32772 ATTATCTATTTCAAGTCATTATTACCTTTTGCCTCATCATATAACAATT-TTAT-T-TGAAAGTT
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTAT-TCA-TA
* * * * * *
32834 CAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGAT
62 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-AGAT
* * * * * ** *
32898 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-ACTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAAC
126 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * * * * *
32962 TTGAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTG
190 TTCAAATTG-CATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTA
* * * * * ** * * *
33027 GAATAAAATAACACTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATACCTAAGAGAATTAAAAAAAAAAT
254 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-AGAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
33092 TTCTTTGTCGAACCAA-TTCAAATATTTAAGGCTA-TAGAATA
317 TTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
33133 ATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCAT
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTGTTTCT-ATTCAT
* * *** * * *
33198 ACTAGATTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAGATTTCAAAAATTAATAAGTA-ACAG
61 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-AG
* * * * *
33261 ATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTAC-GTAACCAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATACTTATC
124 ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTG-AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * ** * * * * * * *
33324 TATTTCAAATCGTTATTAAATTTT-TTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGT
187 TATTTCAAATTG-CATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTAT
** * *
33388 TCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
251 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
33435 TGATTTAAAA
Statistics
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0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
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423 9 0.00
424 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAAGATTTAAA
AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
TTGCATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
Found at i:27137 original size:398 final size:392
Alignment explanation
Indices: 26400--27139 Score: 889
Period size: 398 Copynumber: 1.9 Consensus size: 392
26390 CCATTTGAAT
* * **
26400 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACA
*** * *
26465 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAGGGATTTAAAAA
66 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAA
* ** * *
26530 CTAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTTAAATC
131 ATAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAGATGAACAAGTATCTATCTTAAATC
* * * * * *
26595 ATTATGCTTTTCATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTTAGATTAAAAT
196 ATTATGCTTTTCATTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAG
* ** *
26660 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACC
261 AATACTAATTTAATAATATTTAAAAAAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACA
*
26725 AAACTAGGTCAAATAGTTAAGACTTTTTTGTCATAAAACACATTTAAATAGTTATTATTAGTTAA
326 AAACAAGGTCAAATAGTTAAGACTTTTTTGTCATAAAACACATTTAAATAGTTATTATTAGTTAA
26790 AC
391 AC
* *
26792 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA-TGTTTCTGTTCAAAC-
1 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACA
** * * * * * *
26855 ATGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCT
66 AAAT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGAT-T
* * *
26920 AAAATAAATAAATCTATTTACTG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTAT
125 AAAA-AAATAAATCTATTTACTGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTAGATGAACAAGTATCTAT
* * *
26984 -TTCAAAT-AGTTATGATCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT
188 CTT-AAATCA-TTATG--CTTTTCATTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
27046 TTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAAAAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATA
249 TTAGAATAAAAGAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
27111 AATTTGTTTATAAAACAAGTTCAAATAGT
314 AATGTATTTACAAAACAAGGTCAAATAGT
27140 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 49, Indels: 18
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
390 2 0.01
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395 3 0.01
396 9 0.03
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398 113 0.39
399 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (392 bp):
AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACA
AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAA
ATAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAGATGAACAAGTATCTATCTTAAATC
ATTATGCTTTTCATTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAG
AATACTAATTTAATAATATTTAAAAAAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACA
AAACAAGGTCAAATAGTTAAGACTTTTTTGTCATAAAACACATTTAAATAGTTATTATTAGTTAA
AC
Found at i:27179 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 26770--28150 Score: 950
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181
26760 AAACACATTT
* * * * * *
26770 AAATAGTTATTATTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * **
26835 ACCAA-TGTTTCTGTTCAAACATGTGTA-TTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTCCA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * *
26898 AAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAATAAATAAATCTATTTACTG-AGCAAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAA-AAATAAATCTATTTA-TGAAACAAGTTC
*** * * * *
26952 AAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
27017 AACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTAAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
** * * * * *
27082 AAAAAAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAAAACAAGTTC
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAAACAAGTTC
* * * * **
27133 AAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * **
27198 AACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * *
27263 AAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTTTTTGACACAA-TTC
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATGAAACAAGTTC
* * * *
27309 AAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTAT-TTTT-TTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATA
* * ** * *
27372 AAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * *
27435 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAA-TTC
129 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATGAAACAAGTTC
** * * ** *
27489 AAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAATGATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
27554 AGCAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* *
27619 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTATTTATTG-AACAAGTTT
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTA-TGAAACAAGTTC
* * * ** * * ***
27671 AAATAGATT-GGACTATTTGAACAATCAATCTAACTGTTTAAAGTCATTATGACATTTTCTTCCA
1 AAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** ** * *
27735 TTATAAAATAA-TGTTTC-AGCTCATAGAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAA
60 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
27797 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAATCAA-TTT
123 TATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-GAAACAAGTTC
* * ** * * *
27856 AAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCTTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
27919 AAATAATTGTTTC--TT-AT-CATGCTTATTT-GGAT-AAATAATAATAATTTAATAAT-TTT-A
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * *
27976 AAAA-T--TAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCT-AAACCAA-TTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATGAAA-CAAGTTC
* * * * * ** * * * * ** *
28023 GAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAATCATTTGTTTAATCATAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** *
28088 AATAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTA
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
28151 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 198, Indels: 102
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 61 0.06
168 27 0.03
169 3 0.00
170 2 0.00
171 3 0.00
172 13 0.01
173 6 0.01
174 40 0.04
175 60 0.06
176 69 0.07
177 22 0.02
178 6 0.01
179 27 0.03
180 84 0.09
181 216 0.23
182 104 0.11
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184 10 0.01
185 38 0.04
186 75 0.08
187 22 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAAACAAGTTC
Found at i:27317 original size:574 final size:572
Alignment explanation
Indices: 26216--27295 Score: 1287
Period size: 574 Copynumber: 1.9 Consensus size: 572
26206 TAGCTATTTG
* * *
26216 AACAATCATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAC
1 AACAATCATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAA
* * * * **
26281 ATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGAT
66 ACAAGTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * ** * *
26346 TTAAAAAATAAATTTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATT
131 TAAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCAGATGAACAAGTATCTATT
* * * *
26411 TCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAA
196 TCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAA
* ** ** *
26476 AATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAGGGATTTAAAAACTAAATCTATT
261 AATAAAAGAATACTAATCTACTAATATTTAAAAAAAAAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * *
26541 TACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTTAAATCATTATGCTTTT
326 TACTAAAACAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTATGCTTTT
* ** * *
26606 CATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTT
391 CATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCT
* *
26671 AATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGGTCA
456 AATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAAGTCA
26736 AATAGTTAAGACTTTTTTGTCATAAAACACATTTAAATAGTTATTATTAGTTA
520 AATAGTTAAGACTTTTTTGTCATAAAACACATTTAAATAGTTATTATTAGTTA
* * *
26789 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA-TGTTTCTGTTCAA
1 AACAATCATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAA
* * * * *
26853 ACATGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* ** * * * ** *
26918 CTAAAATAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTA
131 -TAAAA-AAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCAGATGAACAAGTATCTA
** *
26983 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTT
194 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTC
** * *
27048 GGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAAAAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
259 AAAATAAAAGAATACTAATCTACTAATATTTAAAAAAAAAATA---AGG-GATTTAAAAAATAAA
* * * * **
27113 TTTGTTTA-TAAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAGTTGTT
320 TCTATTTACTAAAAC-AGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATT
* ** *
27176 ATGACCTTTT-GTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTT-ATGCAAAATTATTTAGAATAAAAT
383 ATG--CTTTTCATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAAT
* * * ** *
27239 AATATTTATCTATTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTT
445 AATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
27296 TTTGACACAA
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 77, Indels: 21
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
572 65 0.16
573 51 0.12
574 148 0.35
575 10 0.02
576 3 0.01
577 10 0.02
578 62 0.15
579 62 0.15
580 8 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (572 bp):
AACAATCATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAA
ACAAGTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TAAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCAGATGAACAAGTATCTATT
TCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAA
AATAAAAGAATACTAATCTACTAATATTTAAAAAAAAAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACTAAAACAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTATGCTTTT
CATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCT
AATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAAGTCAA
ATAGTTAAGACTTTTTTGTCATAAAACACATTTAAATAGTTATTATTAGTTA
Found at i:28625 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 28263--28658 Score: 453
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 178
28253 TTCAGAACAG
* * ** * *
28263 AATAAAACTAATGTATTAATATTTCCAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTATATTA
28328 CCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAATACTTTTT
66 CCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAATACTTTTT
* ** *
28393 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAA
131 TTTGTCATAAAACAATTGGTTACGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAA
*
28441 AATAATACT-ATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA-AAAAGTGAA-TATAT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-T-AATTATA-
* * * *
28503 TTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGGATA-AATTATCTATTTCAAATCATT-ATAA
63 TTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTT-GA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTAAT-A
* * * ***
28566 CCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTACGTTCATACT-ATTTTATTTGGAATAA
125 -CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGGTTACGTTAATA-TAAGTTTATTCAAAATAA
* * *
28622 AATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAA
28659 CCAAGAAAGT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 25, Indels: 16
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.02
177 38 0.21
178 41 0.22
179 24 0.13
180 6 0.03
181 46 0.25
182 24 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTATATTA
CCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAATACTTTTT
TTTGTCATAAAACAATTGGTTACGTTAATATAAGTTTATTCAAAATAA
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28995 GAACAAGTTT
* *
29005 AAATAGTTATGACTATTTGACAATTATTTTTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAATAAAAA
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* *
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* ** *
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* * ** *
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TTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAATTTTTTTTTTAGCAAAAAAAATTC
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* * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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*** * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ***
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*
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** * ** * * * * * * *
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*** * * * * * * * * * *
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*
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* *
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* ** *
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** * ** ** * ** * *
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* *
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* * * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * * * *
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** * * * * * * **
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* *
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* * * * * * *
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* *
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TTT
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Found at i:34126 original size:163 final size:160
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* *** * * *
33973 TATTTCAAATCGTTATTACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGCTAATATAAATTTG
1 TATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTAATACAAACTTA
*** * *
34038 TTTGAAATAAAATTGTACTAATTTATTAACA-TTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAGTA
65 TTTGAAATAAAATAAAAATAATTTATTAACATTTTAGAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAATA
* * * *
34101 AATCTACTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTAAC
126 AATCTACTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAAC
34136 TATTT
1 TATTT
34141 GAATAATTAT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 26, Indels: 9
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 27 0.20
163 98 0.72
164 1 0.01
165 1 0.01
166 10 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (160 bp):
TATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTAATACAAACTTAT
TTGAAATAAAATAAAAATAATTTATTAACATTTTAGAAAATTTATAAGAGATTTAAAATAAATCT
ACTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAAC
Found at i:34818 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 34042--35012 Score: 743
Period size: 179 Copynumber: 5.4 Consensus size: 179
34032 AATTTGTTTG
** * * * *
34042 AAATAAAATTGTACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT---AAGTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * *
34104 CTACTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 CTATTTACTGAATTAGTTCAAATA-ATTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * **
34168 AACCTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTCA
129 GACCTTTTA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
34220 AAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
34284 CTAATTACCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATG-ATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 CTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAA-GAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *** *
34348 GACATTTTCTTTTGTCGTAAAAGAATTGTTTTGCTT-GTACAAGCTTATTCA
129 GACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* ** * * * *
34399 AATTAAAATAATACTAATTTAAAAAATTTTTAAAAATTATTAAGTATGAGATTT-AAAAATAAA-
1 AAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *** * * *
34462 CTTGTTTA-TCGAATTAGTTTAAATGATTAAGACTATAAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT
65 C-TATTTACT-GAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
34526 TGACCTTTTATTGAGTC--AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTA
128 TGACCTTTTATT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
34577 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGTGATTAAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
34642 CTATTTGCTGAATAAGTTCAAATAATTATTATTATTTTAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATA
65 CTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
34707 ACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-A
130 ACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCA
* ** * *
34758 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
34823 CGGT-TTTACTGAATTAGTTAAAAATAATTATGGCCACTTGAATG-ATTATCTATTTCAAATTAT
65 C--TATTTACTGAATTAGTT-CAAATAATTAAGACTATTTGAA-GAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** *
34886 TATGACCTTTTGTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATATAAGCTTATTCA
126 TATGACCTTTTATTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
34939 AAATAAAAATAATACGCAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAA
1 AAAT-AAAATAATAC-TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
35004 ATCTATTTA
63 ATCTATTTA
35013 TCGAACCTTT
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 137, Indels: 58
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 57 0.09
178 55 0.09
179 149 0.24
180 119 0.19
181 123 0.20
182 35 0.06
183 86 0.14
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
Found at i:35534 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 35117--35663 Score: 494
Period size: 178 Copynumber: 3.1 Consensus size: 175
35107 CTAAGCAAAA
** ** * * * *
35117 GATTTGAAAAAATAAATCTGCTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTACTT-AGACAATTAT
1 GATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCA-ACAATTAT
* * * **
35181 TTATTTAAAATTGGTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTCCAGTTCAT-TAAAGCTT
64 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAT-AAGCTT
** * * *
35245 ATCCAAATTAA-AATACTAATTTCTTATTATTTCAAAAATTAATAAGT
128 ATTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
35292 AAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 --GA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATT
* * *
35357 ATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGC
62 ATCTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGC
** *
35422 TTACTTGAAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
126 TTA-TTGAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
35474 GATTTAAAAAGTGAATCTATTTA-TAAA-ATCAATTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTAT
1 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA--AATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTAT
* * * * * ** * *
35537 CCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAACTT
64 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATATAAGCTT
* * *
35602 ATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGA
128 ATT-GAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
*
35651 GGTTTAAAAAATA
1 GATTTAAAAAATA
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 53, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 76 0.25
178 147 0.48
179 40 0.13
180 10 0.03
182 31 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCT
ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATT
GAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
Done.