Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168066.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_315, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35548
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Found at i:2467 original size:162 final size:162
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Indices: 2181--2505 Score: 479
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
2171 CAACTTTGAA
*
2181 TCATATTACTTTATTAGTACCAAAATATAAAACTTAAGAACATGTAGCTAATAAATCGTTTTCAA
1 TCATATTAATTTATTAGTACCAAAATATAAAACTTAAGAACATGTAGCTAATAAATCGTTTTCAA
2246 AATTTTGATCAAGTTTATTTATCTTTAAGTTTTGTCCATTTTCAAATAAAAGACAATTCAAGGCT
66 AATTTTGATCAAGTTTATTTATCTTTAAGTTTTGTCCATTTTCAAATAAAAGACAATTCAAGGCT
2311 AACAAAAATGGCTATAATTATTT-AAACTGATT
131 AAC-AAAATGGCTATAATTATTTAAAACTGATT
*
2343 TCATATTAATTTATTTAGTACCAAAATATAAAACTT-AGAACATGTTA-CTTAA-ATAATCTTTT
1 TCATATTAATTTA-TTAGTACCAAAATATAAAACTTAAGAACATG-TAGC-TAATA-AATCGTTT
*
2405 TC-AAATTTTGAATCAAGTTTA-TTATCTTTATGTTTTGGT-CA-TTTCAAA-ATAAAGATCAAT
62 TCAAAATTTTG-ATCAAGTTTATTTATCTTTAAGTTTT-GTCCATTTTCAAATA-AAAGA-CAAT
2465 TCAAGGCTAACAAAATGGCTATAATTATTTAAAACTGATT
123 TCAAGGCTAACAAAATGGCTATAATTATTTAAAACTGATT
2505 T
1 T
2506 GATAAATCTG
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 3, Indels: 18
0.88 0.02 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
161 31 0.21
162 71 0.47
163 48 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (162 bp):
TCATATTAATTTATTAGTACCAAAATATAAAACTTAAGAACATGTAGCTAATAAATCGTTTTCAA
AATTTTGATCAAGTTTATTTATCTTTAAGTTTTGTCCATTTTCAAATAAAAGACAATTCAAGGCT
AACAAAATGGCTATAATTATTTAAAACTGATT
Found at i:3408 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 2650--3453 Score: 607
Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 175
2640 TAAATTGATG
* * * *
2650 ATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTT-ATAAAATATAGGTAATATTTTATTT
1 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAAT-TA-GTATTATTTTATTT
** * *
2713 CAAATAAGTCATAATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGCTCATAACGATTTG
62 CAAATAAG-C-TTGTATGAATAGAAAC-A--ATTTTATGAC-AAAC-AAAGATCATAACGATTTG
* * * * * *
2778 AACTAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGTTTCGACAAACATATTT
120 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT-AACAAACAGATTT
* * ** * ** * * * *
2835 ATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATTTTAGCAATATTTTACTCCAAA
1 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * *
2900 TAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTTTTTTATGACAATACAAAAATCATAATGATTT-AAGATAA
66 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAA---TTTTATGACAA-ACAAAGATCATAACGATTTGAA-ATAA
* * * * *
2964 ATAATT-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAATAAGCAGATTT
126 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAACAAACAGATTT
* * * * * *
3014 AGTTTTTAAA---TCT-CTTAGTAAGTTTTGAAATATGAATAAATTAGTATT-TTTTA-TTCTGA
1 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
** * * * * *
3073 ATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTTGTA-AAC-AA-AATG-TCATAACGATTGGAAATAGATA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTT-TATGACAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATA
* * * * ** *
3134 ATAGTTCAAATGGTCATGATTATTTGAACT-TATTCAGTAAATAGATTT
129 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-AACAAACAGATTT
* ** *
3182 ATTTATTAAATTTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
*
3246 ATAAACTTGTATGAATAGAAACATATGCTTTATGACAAACAAGAGATCATAACGATTTGAAATAA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-AT--TTTATGACAAACAA-AGATCATAACGATTTGAAATAA
* * * *
3311 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACT-TTCTAGGCAAATAGATTT
126 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTT-TA-ACAAACAGATTT
* * *
3362 ATTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCG
1 A-TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCA
* *
3427 AATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
3454 AGTTTATGAT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 93, Indels: 74
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 19 0.04
168 43 0.09
169 1 0.00
170 1 0.00
171 8 0.02
172 31 0.06
173 28 0.06
174 31 0.06
175 28 0.06
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178 3 0.01
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183 19 0.04
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185 30 0.06
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTATGACAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAACAAACAGATTT
Found at i:4605 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4090--8819 Score: 3089
Period size: 181 Copynumber: 26.4 Consensus size: 179
4080 TGACTCTTCA
* * * ** * * *
4090 AAATCTTAATAGATTGGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* ** * * * * * *
4154 ATGACAAAATAGGAGGTAATAA-TGATTTGAACTAGATAATTTTTCAAATGGACATGACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*** * * * * *
4218 AACTTGTTTGGCAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCA
129 AACTTG-TTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G
* * * * *
4271 AAATATTTATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
4335 ATAAC-AAACAAAAGATAATAACTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
4399 ACTTGCTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTTAATTTTG
130 ACTTGTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTG
* * **
4450 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGATTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
*
4515 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGA
* *
4579 A-TGTGTTCAAAAACAAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCT-
130 ACT-TGTTCATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TG
* * *
4629 AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-AGACTAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATT
1 A-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
4692 TTATGATAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
63 TTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
4757 CGAACTTGATCGAAAAATAGAA-TCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTA
127 TGAACTTGTTC-ATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
** * * *
4811 ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
** * * * * * **
4875 TATGATGAAACAAAAGGTCACAA-TGATTTGAAATGGACAATTATTCAAATAGTTATGCCTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * **
4939 GAACTTATTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCA
128 GAACTT-GTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTG
* * * * * *
4993 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* ** * *
5057 ATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * **
5122 ACTTATTCGATTAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAGTCATCCG
130 ACTTGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT--TTTG
* * ** * * ** *
5175 -AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGGAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTAA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * ** * **
5239 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTACAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
5304 CTTGTTCGATAAACAAATTCAATTTTTAACTCACTTATTTATTAATTTTTT
131 CTTGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * *
5355 TAATATTAATAAATTAG-AGTTATGTTATTCCGAATAAGC--GTATACAAAAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
5417 TGTGACAAAACAAAAGGTTATAA-TAATTTGAAATAAATAA-TGTTTCAAACAGTCACAACAATT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
5480 TGTA-TTGGTCA-AGCCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT
127 TGAACTTGTTCATA---AACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTG
* * * *
5534 AGAATATTAATAAATTAGCT-TT-TCTTTATTTCAAATAAGATTGTTTCAATAGAAACAATTATT
1 A-AATATTAATAAATTAG-TATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
** *** * * * * * *
5597 TTACAACAAAACAAATTATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
5662 GAACTAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTA
128 GAACTTGTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
** * * * * * * * * *
5712 AAATATTAATAAATTAAAAATATTTTATTTCGAACAAACTTATATAAACA-AAAGCATTTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTT
* * * ** *
5776 ACGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACCCTTAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
5840 ACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG
130 ACTTGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * ** * * * *
5892 TAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAT-GTCAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTT
* * * * *
5956 ATGACAAAACAAAAAGTTATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** *
6020 AACTGGTTCAGT----AAA--TA---GAT-AATCTCCTACTTATTAATTTTTG
129 AACTTGTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * *
6063 AAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTTTG-ATGAAAAACAATTGTTTG
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
6127 ATGACAAAAAAAAAGTTCATAA-TGATTTGAATTAGATAATTGTTCAAACAGCCATAACAATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** * * *
6191 -AGTTGATTTGATAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAGTTTTTG
129 AACTTG--TTCATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTG
* * * *** * *
6245 AAATATTAATAAAGTATTATTATTTAATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-G-AATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
6308 ATGA-TAAGCAAAAGGCCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* **** * *
6372 ACTTATTTGGCAACATATTT-TTTTTTAAAT-TCCTTGCTTATTAAATTTTTG
130 ACTTGTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATT-AA-TTTTG
* * * * * * *
6423 -GATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAACTAAGCATGTATGAACTA-AAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
6486 ATAACTAAACAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
6551 ACTAGTTCATCAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
130 ACTTGTTCAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* ** * * * * * *
6601 AGAATATTATTAGTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTC
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * **
6665 ATGATAAAAC-AAAGCTCATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTGTAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
6729 AC-CGATCCAATAAACAAATTTAGTTTTT-AA------GCTTATTAATTTTG
130 ACTTG-TTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* **
6773 AAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
6837 ACGACAAAACAAAATGTCATAA-TAATTTAAAATTTG-TAATAGTTCAAATGGACATGATTATTT
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** *
6900 GAACTTGTTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAA-CT-TCTATCTAATT--TTTTG
128 GAACTTGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TA-CTTATTAATTTTG
* * * *
6951 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
7015 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*** * * *
7080 CTCACTCAGTAAATAGATTTACTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
131 CTTGTTCA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * * * *
7132 GAAT-TT--TAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAGTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
7193 ATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACGATTCGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTTAGAACTATTTG
65 ATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
7256 AACGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTGCTTATTAATTGTTG
129 AACTTGTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTG
* * * ** * *
7308 GATTATTAGTCAGTTTA-TATTATTTTA-TTCATAATAAGCTTGTCTGAATAGGAACAATTGTTT
1 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * *
7371 TATAACAACATA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTTATAACTATT
64 TATGACAA-A-ACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * **
7435 TGAACTTATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTCGTTAATTTTTG
127 TGAACTTGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * *
7490 GAATATTAATAAATTAGAATTATATTA-TTCTAAATAAGCTTGTACGAACAGAAACGATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
7554 GTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** ** ** *
7618 CA-TTGGTT-AGGCCAACAAATACATTTCCTAAATC-CTTTACTTATTAATTTTCA
129 AACTT-GTTCA--TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT-G
* * * * * *
7671 AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGACTT-TATGAACAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
7735 ATGACAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
7799 AACTGGTTTGATAAAGAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
129 AACTTG-TTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G
* * * * * ** * * * *
7848 AAATATT-ATAAA-TAATATTA-TTGATTCCAAACAAACTCATATCAACAAAAACATTTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * *
7910 TGACAAAACAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
7974 ACTGGTTCGACAAACATAA-TTATTTTTTAAACCTCTTACTTAATAATTTTTG
130 ACTTGTTC-ATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * * * * *
8026 AAATATTAGTAAGTTTGTTTTGTTTTA-TTCGAAAT-TGGTTAGTAAGCACT-GAAA-AATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-GTATG-AATAGAAACAATTGTT
** * * * * * *
8087 TTACAAC-AAACTAAAAGGCCATAA-TAATTTGCAATAGGTAATTGTTCATACA-TCCTTAACTA
63 TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTA
* * * * * *
8149 TTTGAAGTGGTTTGGCA-AAA-AAA-ATATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTC
125 TTTGAACTTG-TT--CATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* * * * * *
8204 ATAATCTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAATAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
8268 ATGATAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATATATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
8332 AAATGGTTCAGTAAA-TAATTTTTTTTTTAAATCTCTAACTTGTAAAATTTTG
129 AACTTGTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTG
* * * * * * *
8384 AAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTACAAATAAACTTGGATGAGCT-GAAATAATT-TCTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGT-TT
* * * * * ** * * *
8447 TATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTCTTCATATAGTTTTAATTGTTTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *** * * *
8512 AACTGGTTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-TTGATTTTT
129 AACTTGTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
** * * * ** * * * * *
8563 AGAATATTTTTAATTTTGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
8628 ATGATAGAACAAAAGATTATAACAATTTGAAA-AGGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
8691 AAATTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTC--A--TACTAATTCTTG
129 AACTT-GTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTG
* * * *
8741 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATAAAATAAGCTTGTAT-ATTCA-AAACAATTGTCTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
*
8804 ATGACAAACCAAAAGG
65 ATGACAAAACAAAAGG
8820 AAATAACAAT
Statistics
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170 5 0.00
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
Found at i:8892 original size:67 final size:66
Alignment explanation
Indices: 8762--8892 Score: 181
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
8752 AATTAGTATT
* *
8762 ATTTTATATAAAATAAGCTTGTATATTCAAAACAATTGTCTTATGACAAACCAAAAGGAAATAAC
1 ATTTTATATAAAATAAGCTTGTATATTAAAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGAAATAAC
8827 A
66 A
* * * * * *
8828 ATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATATAAAATAAGCTTGTATATT-AAAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGAAATAA
8893 TGATTTGAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTATATAAAATAAGCTTGTATATTAAAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGAAATAAC
A
Found at i:8921 original size:16 final size:17
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8890 TAATGATTTG
8900 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
8916 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
8933 TGAAGTGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:9260 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8858--10257 Score: 814
Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 180
8848 GTATGTTGAA
* * * * *
8858 AAACAGTTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
* * * * * * * *
8923 TATAATTATTTGAAGTGATTCGATAAACTATTTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTGATCTTT-
66 CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC
* * ** *
8987 AAAATGTTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTGGATAAATTTTTATGAACTG
130 AAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTGTTATGAACTG
*
9039 AAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
* * *
9102 GTCATAACTATTTCAACCT-ATTCAATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATT
64 GTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
9166 TTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTCTTTTTC-AAATAAGCTTGTT-TGAATTG
126 TTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTAAATAA-ATTGTTATGAACTG
* * *
9221 AAACAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAG
** * * *
9285 TGTTAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** ** *
9349 CAAACTA-ATATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATCAGCTTG-TATG-AC-A
129 CAAA--AGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAAT-AAATTGTTATGAACTG
* * * * * * * ** *
9400 AAACAA-AG----ATCA-TAATC---A---TGTGA-GA-TTGACAT---TTATT-TAAATA--GT
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
* * * * * * * *
9445 CATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC
* * ** *
9510 AAATA-TTAATAAAGTACTATTATTTTATT-TCGGATAAGTT-TTATGAACTG
130 AAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAATTGTTATGAACTG
* * ** *
9560 AAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAAGTCATAGCGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
* ** * * * *
9624 TATATTTATTGGAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * *
9688 TTGAAAGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTG-TATGAACTA
128 TCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA-ATTGTTATGAACTG
* * ** ** * * * * *
9741 AAATAATTGTTTTATGATTAAATGAAATATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCT-TATAA
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAG
* * * * * * *
9805 TCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACATATTTA-ATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * ** * **
9869 GGAATA-TTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTT-ATATGAAAAG
129 -CAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA-AATTGTTATGAACTG
* * * * * * *
9921 AAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG
** * * *
9984 TCATAACTATTTGAACCTG-TTCGGCAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTACTTATGAATTT
65 TCATAACTATTTGAA-CTGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *
10048 TTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTG-TATGAACTG
127 TTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-ATTGTTATGAACTG
** * * * ** *
10102 AAACAATAATTTTATAACTAAATAACAGGTTATAACAAGTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAG
* * ** * * * * * *
10166 CCTTAACTATTCAAACTAATT-TAGTAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTAGTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* **
10230 TGAAATA-TTGTTAAATTAGTATTATTTT
128 TCAAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTT
10258 TATCCGAATC
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 207, Indels: 140
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
158 7 0.01
159 73 0.08
160 14 0.01
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162 4 0.00
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167 2 0.00
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170 1 0.00
171 1 0.00
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183 20 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA
AAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTGTTATGAACTG
Found at i:9732 original size:339 final size:340
Alignment explanation
Indices: 9091--9736 Score: 767
Period size: 338 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
9081 AAATAGATAA
* *
9091 TTATTTAAATAGTCATAACTATTTCAACCTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTG
1 TTATTTAAATAGTCATAACTATTTCAACCTATTCAAAAAATAGATTTAGTTTTTCAAATCTCTTG
* * * *
9156 CTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTCTTTTTCAAATAAGCTTGTTTGAATTG
66 CTTAATAATTTTTCAAAAGTTAATAAAGTACTATTATTCTTTTTCAAATAAGCTTGTTTGAACTG
* * * *
9221 AAACAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
131 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* ***
9286 GTTAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
196 GTTAACTATTGGAACTGATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * *
9351 AACTAATATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATCAGCTTGTATGACAAAACAAAGATCATAAT
261 AACT-ATAATAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGACAAAACAAAGATCATAAT
9416 CATGTGAGATTGACAT
325 CATGTGAGATTGACAT
* * *
9432 TTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTT-AAATCTCTT
1 TTATTTAAATAGTCATAACTATTTCAACCT-ATTCAAAAAATAGATTTAGTTTTTCAAATCTCTT
* **
9495 GCTTAATAATTTTTGAAATA-TTAATAAAGTACTATTATT-TTATTTCGGATAAG-TT-TTATGA
65 GCTTAATAATTTTTCAAA-AGTTAATAAAGTACTATTATTCTT-TTTCAAATAAGCTTGTT-TGA
* * * *
9556 ACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAAGTCATAGCGATTTTAAATAGATAATTATT-TAA
127 ACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-A
** * * * *
9619 ATAGT-TATATTTATTGGAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATT
191 ATAGTGT-TAACTATTGGAAC-TGATTCAATAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT
* * * *
9682 AATTTTTTGAAAGT-TAATAAGTTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
253 AA--TTTTCAAACTATAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGA
9737 ACTAAAATAA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 37, Indels: 24
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.01
338 74 0.29
339 73 0.28
340 53 0.21
341 55 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (340 bp):
TTATTTAAATAGTCATAACTATTTCAACCTATTCAAAAAATAGATTTAGTTTTTCAAATCTCTTG
CTTAATAATTTTTCAAAAGTTAATAAAGTACTATTATTCTTTTTCAAATAAGCTTGTTTGAACTG
AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
GTTAACTATTGGAACTGATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
AACTATAATAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGACAAAACAAAGATCATAATC
ATGTGAGATTGACAT
Found at i:9862 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 9432--10164 Score: 555
Period size: 180 Copynumber: 4.1 Consensus size: 182
9422 AGATTGACAT
* * * * * * * *
9432 TTATTTAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGT-TT-TTAAATCTCT
1 TTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAACT-GTTCGACAAACAGATTTA-TATTCTCAAATTTCT
* * * * * * ** *
9494 TGCTTAATAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCGGATAAG-TTTTATGAA
64 TACTTATTAATTTTTCGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
9557 CT-GAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAAG-TCATAGCGATTTTAAATAGATAA
128 CTAGAAAAAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGATCATAAAGATTTGAAATAAATAA
* * * ** * * * * * * *
9611 TTATTTAAATAGTTATATTTA-TTGGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT
1 TTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAAC-TGTTCGACAAACAGATTTATATTCTCAAATTTCTT
* * * *
9675 GCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
65 ACTTATTAATTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* ** *
9740 A-AAATAATTGTTTTATGATTAAATGAAATATCA-AAATGATTTGAAATAAATAA
130 AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAAA-GATTTGAAATAAATAA
** * * *
9793 TTATTCTTATAATCTTAACTATTT-AAACTGGTTCGACAAACATATTTA-ATTCT-AAATCTCTT
1 TTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAACT-GTTCGACAAACAGATTTATATTCTCAAATTTCTT
* * * * * *
9855 ACTTATTAATTTTTGGAATA-TTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTATATGAA-
65 ACTTATTAATTTTTCGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * *
9918 AAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAA
129 TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAAAGATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
9972 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTA
1 TTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAACTGTTCGACAAACAGATTTATATTCTCAAATTTCTTA
* * *
10037 CTTATGAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-
66 CTTATTAATTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* ** * * * * * *
10101 GAAACAATAATTTTATAACTAAATAACAGGTTATAACA-AGTTGAAATAGATAA
131 GAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAA-AGATCATAA-AGATTTGAAATAAATAA
*
10154 TTATTCTAATA
1 TTATTCAAATA
10165 GCCTTAACTA
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 87, Indels: 41
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 96 0.22
180 143 0.32
181 123 0.28
182 76 0.17
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAACTGTTCGACAAACAGATTTATATTCTCAAATTTCTTA
CTTATTAATTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA
GAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAAAGATTTGAAATAAATAA
Found at i:10147 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 9485--10338 Score: 892
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 361
9475 CTTTAGTTTT
* * * * * * * *
9485 TAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCGGATAAG-T
1 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCGAAT-AGCT
* ** * **
9549 TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAAG-TCATAGCGATTTTAA-ATAGATAAT
65 TATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGATCATAAAGA-TTTAAGATAGATAAT
* * * ** * * * *
9612 TATTTAAATAGTTATATTTATTGGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGC
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACCTGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTAC
* ** * *
9677 TTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAA
193 TTATGAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAA
* ** * * * ** * * *
9742 AATAATTGTTTTATGATTAAATGAAATATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTTATAATC
258 AACAATAATTTTATAACTAAATGAAAGATCAAAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCTAATAACC
* ** *
9807 TTAACTATTTAAACTGGTTCGA-CAAACATATTTA-ATTC
323 TTAACTATTCAAACTAATT-GAGCAAACACATTTATATTC
* *
9845 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCT
1 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA-GCT
* * *
9910 TATATGAAAAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAATTG
65 TATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAAGATTTAAGATAGATAATTG
* ** *
9975 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTACTT
130 TTCAAATAGTCATAACTATTGGAACCTGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTT
* *
10040 ATGAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
195 ATGAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * * *
10105 CAATAATTTTATAACTAAAT-AACAGGTTATAACAAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCT
260 CAATAATTTTATAACTAAATGAA-AGATCAAAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCTAATAACCT
* * * *
10169 TAACTATTCAAACTAATTTAGTAAACACATTTATTTTT
324 TAACTATTCAAACTAATTGAGCAAACACATTTATATTC
* * * * * *
10207 TAAATATTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATCAGCT
1 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCGAAT-AGCT
** ** * ** * * *
10272 TATATGATTAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAATTATCATAATGATTTAAGATTGATATTTG
65 TATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAAGATTTAAGATAGATAATTG
10337 TT
130 TT
10339 TAAAATATTA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 83, Indels: 14
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
359 1 0.00
360 63 0.16
361 226 0.56
362 112 0.28
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (361 bp):
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAGCTT
ATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAAGATTTAAGATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTGGAACCTGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTA
TGAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
AATAATTTTATAACTAAATGAAAGATCAAAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCTAATAACCTTA
ACTATTCAAACTAATTGAGCAAACACATTTATATTC
Found at i:11394 original size:328 final size:323
Alignment explanation
Indices: 10779--11395 Score: 676
Period size: 328 Copynumber: 1.9 Consensus size: 323
10769 ATGACAAAAT
* *
10779 AAAGTTCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTAGAACTGGTTAGAT
1 AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACCATAACTATTAGAACTGGTTAGAT
* * *
10844 AAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 AAAAAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTAT
**
10909 TTTCAATAATTCTATATGAACAGAAACAACTTTTTTATGAGAAAACAAAAGGCCATAACAATTTG
130 TCACAATAATTCTATATGAACAGAAACAACTTTTTTATGAGAAAACAAAAGGCCATAACAATTTG
* * * *** * * *
10974 AAATAGATAATTGTTCAAGTGGACATGATGATGTCAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
195 AAAAAAATAATTATTCAAACAGACATAATGATGTCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTTTTTA
* *
11039 AACCTCCTACCTATTAAATTGTAGAATATGTATGCATAGAAATACTTTTTCTACAACAAAACAA
260 AACATCATACCTATTAAATTGTAGAATATGTATGCATAGAAATACTTTTTCTACAACAAAACAA
* * * * * *
11103 AAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGT-GCATGTGACTATTTGAACTTGTTCGA
1 AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCA--TAACTATTAGAACTGGTTAGA
*
11166 TAAAAAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAA-TTGCAAAATATTAATAAATTAGTATA
64 TAAAAAAATTTA-GTTTTTAAATCT-CT---TA-TAAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATA
* * * * * *
11230 ATTTTATTCAGAATAAACTTGT-T-TGAATATAAATAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGAG-C
123 ATTTTATTCACAAT-AA-TTCTATATGAACAGAAACAACTT-TTTTATGAGAAAACAAAAG-GCC
* * * * *
11291 ATAACTATTTGAAAAAAATAATTATTCAAACAGTCATAACT-ATTTTAACTTGCTCAGTAAACAT
184 ATAACAATTTGAAAAAAATAATTATTCAAACAGACATAA-TGATGTCAACTTGCTCAGTAAACAG
* * * *
11355 ATTTACTTTTTAAATAT-ATAACTTATTAATTTTTAGAATAT
248 ATTTACTTTTTAAACATCAT-ACCTATTAAATTGTAGAATAT
11396 TAATAAATTA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 40, Indels: 24
0.79 0.13 0.08
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321 2 0.01
323 58 0.24
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (323 bp):
AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCATAACTATTAGAACTGGTTAGATA
AAAAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATT
CACAATAATTCTATATGAACAGAAACAACTTTTTTATGAGAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGA
AAAAAATAATTATTCAAACAGACATAATGATGTCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTACTTTTTAA
ACATCATACCTATTAAATTGTAGAATATGTATGCATAGAAATACTTTTTCTACAACAAAACAA
Found at i:11813 original size:364 final size:355
Alignment explanation
Indices: 11095--12065 Score: 917
Period size: 367 Copynumber: 2.7 Consensus size: 355
11085 TTTTCTACAA
* * * * *
11095 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-T-CA-AGTGCATGTGACTATTTGAA
1 CAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATATAAATAGT-CA--TAACTATTTGAA
* ** * * *
11157 CTTGTTCGATAAAAA-AATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATT-GCAAAATATTAATA
62 CTTGTTC-A-AAAAACAATTTA---TTTTAAATATTTTACTTATT-AATTGGTAAAATATGAATA
* * * * *
11220 AATT-AGTATAATTTTATTCAGAATAAACTTGTTTGAATATAAATAATTGTTTTATGATAAAACA
121 AATTCA-TATTATTTTATTCA-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
* * *
11284 AAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTTAACTTGCTCAG
184 AAAG-GTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAG
* * * *
11348 TAAACATATTTACTTTTTAAATATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
247 TAAACAGATTCACTTTTT--ATAAATAACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
11413 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA-
310 TTTATTTAGAATAAGCCTATATAAATAGAAACAATTGGTTTATAAT
* *
11458 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAAATAGTCATAATTAT
1 CAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA---TT---AT--ATAAATAGTCATAACTAT
* ** ** ** *
11523 TTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTT-TTTATTTTGACTTATTAATTTTTGGAATATGGA
57 TTGAACT-TGTTCAAAAAACA-ATTTATTTTAAATATTTT-ACTTATTAATTGGTAAAATATGAA
* * * * *
11586 TAAATTTA-ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATACAAACAATTGCTTTATGACAAAAT
119 TAAATTCATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
* * * *
11650 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTCAG
183 AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAG
** * *
11715 TAAGTAGATTCA-TTTTCT-TAAATCACTTGTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
247 TAAACAGATTCACTTTT-TATAAATAACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
11778 TTATTTAGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTTATAAT
311 TTATTTAGAATAAGCCTATATAAA-TAGAAACAATTGGTTTATAAT
* * * *
11823 GAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG
1 CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATATAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
11888 TTCGATAAACAATTTATTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGGTAAAATATTAATAAATTCATAT
66 TTCAAAAAACAATTTATTTT-AAATATTTTACTTATTAATTGGTAAAATATGAATAAATTCATAT
* * * * * *
11953 TATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAAGTCATA
130 TATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* *
12018 ACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
194 A-TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
12066 ATTAGGTAAA
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 80, Indels: 64
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
355 9 0.02
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373 3 0.01
374 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATATAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCAAAAAACAATTTATTTTAAATATTTTACTTATTAATTGGTAAAATATGAATAAATTCATATT
ATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAGATTCACT
TTTTATAAATAACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGC
CTATATAAATAGAAACAATTGGTTTATAAT
Found at i:11834 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11094--16835 Score: 1589
Period size: 181 Copynumber: 32.4 Consensus size: 177
11084 TTTTTCTACA
* * * * *
11094 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGT-G-CATGTGACTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA--TAACTATTTGAA
* * * * * * ** *
11157 CTTGTTC-GATAAAAAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAATATTAATAA
64 CTTGTTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTT--ATAT--AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * *
11221 ATTAGTATAATTTTATTCAGAATAAACTTGTTTGAATATAAATAATTGTTTTATG
123 ATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
11276 ATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTTAAC
1 ACAAAACAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
11340 TTGCTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAATATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTT---TATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * *
11405 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
126 AGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* *
11457 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAAATAGTCATAATTA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTC--------AAATAGTCATAACTA
** * * * **
11522 TTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTTATTTTGACTTATTAATTTTTGGAATATGGA
58 TTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTA-TATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * *
11586 TAAATT--TAATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATACAAACAATTGCTTTATG
120 TAAATTAGT-ATTATTTTATTTAG-AATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * *
11643 ACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
11707 TTGTTCAGTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCACTTGTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TTATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * *
11772 ATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATAT-AA-ACTGATACAATTGTTTTATA
129 ATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATA-T-AAACAATTGTTTTATG
* * * * *
11821 ATGAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 A-CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * ** *
11885 TTGTTC-GATAAACA-ATTTATTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGGTAAAATATTAATAAATT
65 TTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTT---TTATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
** * * * * *
11948 CA-TATTATTTTAATCCA-AATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTACG
126 -AGTATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
12000 ATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
12065 TATT-AGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-A-TT-TTACTTTTT--AATTTTATTTGAAATAAG
66 TGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTA-AT-AAATTAG
* *** * * * * ** **
12124 -CTTGCATGA-ATAGAAAAAATTG-TTTTATGACA-A-AAA-AAAGGTGATA-G
128 TATTATTTTATTTAG-AATAA--GCTTGTATGA-ATATAAACAATTGTTTTATG
**** * * *
12171 -CAATTTGAAA--T-A-GA-TAATTG---T---TCAA--A-T---AG--TCATAACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * *
12216 TTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--A--TATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
12280 AGAATTATATTATTTCGAATATGCTTGTA-CAACAAAAACAATTATTTTTGTG
126 AGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATT-GTTTTATG
* * * * * * *
12332 ATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGCAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
12396 TAG-TCAGGCCAATAGATTTGTTTTTTAAATTCGTTATTTATTAACTTTTAGAATATTCATAAAT
65 TTGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTT--A-T-ATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * *
12460 TAGCATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TATATGCATAGAAACAATTATTTTATG
125 TAGTATTATTTTATTTAGAATAAG-CTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
12513 ACAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTAATTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
12577 TGGTTTAGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--A--TATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
12641 AATCTTGTTTTATTTCA-AACAAACTTATATGAAAAAAAACATTTGTTTTAT-
126 AGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * *
12692 ------------GTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
12744 TAGCTT-GGCAAACAAAATTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA
65 TTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--A--TATAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * * * * *
12807 TTTA-TTTTATTTTA-TTATGAATAAG--T-TACTAAAAACTAAAAAATTGTTCTAAG
124 -TTAGTATTATTTTATTTA-GAATAAGCTTGTA-TGAATA-TAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * ** *
12860 GCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * * * * * * *
12925 GGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATCATTACATTA
66 TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--A--TATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
12990 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTTAACAGAAATAATTGTTTTATA
127 GTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
13041 ACATAACAAAAGATTATAA-TAATTTGAAATATATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * *
13105 TGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAAT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--A--TATAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* * * * *
13169 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-ATAAAAAACATTTGTTATATG
125 TAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAAT-ATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
13222 ACCAAACAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAA-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * ** * * *
13285 ATGATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-A-TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATA
65 TTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTT-ATTAATTTTTAGAATATTA-AT-AAATT
* * * ** * * * ** ***
13348 AG-CTTATATGAACT-GAAACAATTG-TTTTATG-AGA-AAACAAAAGGTCAAAATG
126 AGTATTATTTTATTTAG-AATAA--GCTTGTATGAATATAAAC-AATTGT-TTTATG
**** * * * * * *
13400 ATTTGA-AATA-G--ATAATTGTTT---AT--ATAA-TCTT-AAAT-GT-TTAAACTACTTCGGC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTA-TT-TG-
*** * * ** * * * ** * * * * * *
13452 AAACAGATTTATTTATTTAAATCTCTTAGTTAT-TAATTTTTGAAATATTATTAA-A-T--T--A
62 -AACTTGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAA
* * * *
13510 --A-TATTATTTTATTTCA-AATAAGCATATGTGAACTA-AAACAATTATTTTAT-
124 TTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
13560 AGTAGAACAAAAGATTATGACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG---GAA-TA---G---
1 A-CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
13615 --GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--ATAT--AACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* * *
13677 TAGTATTATTTTATTCTA-AATAGGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATG
125 TAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAAT-ATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
13730 ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGCCAGAATTATTTGAAC-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
13794 TGATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGGATTATTATAAATTATTAT
66 TG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTATTAA---T----TT-TTA-GAA-TATTA-
* * * * * *
13859 TATTATTATTATTATTATTATTTTATTTCA-AATAGGCTTATAAGAACT-GAAACAATTATTTTA
119 -A-TA--A--ATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTA
13922 TG
176 TG
* * * * * *
13924 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCAAAATTATTTTAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
* * * * ** *
13988 -TGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAGATTAG
65 TTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* * *
14051 TATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATG
128 TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTATG
* * * *
14101 ACAAAACCAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTATTA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGA
* * ** * * ** * * *
14163 GCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAT
63 ACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT---A--TATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * *
14228 ATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATATGGAACAAATATTTTATG
123 ATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAT-AAACAATTGTTTTATG
* * * * *
14283 ACTAAAAC--AAGGT-AAAACGATTTGAAATTGATAATTAGTC---TA---AT-AGT-TTT-AAC
1 AC-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ** *
14336 -TATTCA-AAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * **
14399 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTGACA-AAAAACAATTGGTTTACA
130 TTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGA-ATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * **
14447 ACAAAATAAAAGGTTAGAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTTAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * ** *
14511 TAATTCAGTAAATAAATATATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAAT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT
* ** * * *
14575 ATTATTTTATTCCA-TTTAAGCATGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATG
129 ATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
14624 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATTATTGTTCAAATAGTAATGATTAATTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** *
14689 TATTCAGTAAATCA-ATTTATTTTTTAAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTA-AATTTTAATAAAT
66 TGTTCAGTAAAT-AGATTTATTTTTT---A--TATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *
14752 TAGTATTAATTTATTCCA-AATAAACTAGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG
125 TAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
14805 ACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC
* * * * * * *
14868 TAGTTCGGTAAATAGATATATTTTTTAAATTCTTACTTATGAATTTTT-GAAATATTATTAAATT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--A-TATAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
* *** * * ***
14932 TGTATTATTTTAAACCA-AATAAGCTTGTACGAA-AAAAATTTTTTGTTTTATG
126 AGTATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAA-CAATTGTTTTATG
* ** * ** * *
14984 ATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATTGATAATCGTTC-AATAGTCTTAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** * * * *
15048 GGTTCAGTAATTAGATTAATTTTTTA-ATTTCCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATT
66 TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATA-TAAC----TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* ** * * * *
15112 AGTATTATTTCA-TTATGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATG
126 AGTATTATTTTATTTA-GAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
15164 ACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTACAAGTAGTCAAAACTATTTTAAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * ** * ** *
15229 TGGTTTGGTAAACATATTTGCTTTTTAAATCTCTTACTGCTTAATTTTCTA-AATAATAATAAAT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTA----TTAATTTT-TAGAATATTAATAAAT
* * * *
15293 TAGTATTATTTTATTTCA-AACAAACTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
125 TAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
15346 ACAAAACAAAATGTAATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C
* * * ** * *
15411 GTT-TT-GGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAA
65 -TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTA--T-T-AATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * * * * * * * * **
15473 TTAGTTTTATTTTATTCCA-AGTAAACTTATATGAGCT-GAAATAATTGTCTTAAA
124 TTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGA-ATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** *
15527 ACAAAATAAAAGGTCATAA-TCATTTGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * ** * * * *
15591 TAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATT
65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTA--T-T-AATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * * *
15656 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAACA-GAATAATTGTTTTATG
126 AGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
15707 -CAAAACGAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
15771 AGTTCAGTAAGTAGATTTAATTTTTAAATCAA-TTACTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGC
66 TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATAT-AACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT
* * * *
15834 ATTATTTTATTTTA-AATAAGTTTGTATG-TTGAAAAATAATTGTTTTATG
129 ATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTGTATGAAT-ATAAACAATTGTTTTATG
* * * *
15883 ACAAAATGAAAA-GT-AT---TA----ACAAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGA
1 ACAAAA-CAAAAGGTCATAACTATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGA
** * * * * * * *
15933 ACTGATTTGGTAAACTAATTTA-TTTTGTTAAATTTCT-T-ACTTACTAATTTTT-GAAATATTA
63 AC----TT-GTTCAGTAA-ATAGATTTATT--TTTTATATAACTTATTAATTTTTAG-AATATT-
* * * * *
15994 AAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AA-ACTGAAACAATTGTTTTATG
118 AATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATA-T-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
16054 ATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAACA-A-AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** *
16117 TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTT-GAATGTTAATAAAT
66 TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT---A--TATAACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAAT
* *** * * * *
16181 TA--A-T-GTTTATTCCCAACAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATAGTTTTACG
125 TAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * * * * *
16230 ACTAAACAAAAACTTAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTCAAC-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * * *
16294 TGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAAATTATTAAAT
66 TG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--A--TATAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* * * * *
16358 TAGTATTATTTTTATTT-GAATAAGCTTATATGATTAGAAACAATTTTTTTTTG
125 TAGTATTA-TTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
16411 ACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGT-AGTAACTAATTGAA-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * * * * ** *
16473 TTGGTT-TGAAATATAGGTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAC
65 TT-GTTCAGTAA-ATAGATTTATTTTTTATATAACTTA-TTAAT--TTTTAG-AATATTAATAA-
* * * * *
16537 A-TAGTTTTATTTTAGTTT-GGACAAGTTTTTAT-AA-ACTGAAACAATTGTTTTATG
123 ATTAGTATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTGTATGAATA-T-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
16591 ACAAAAGAAAAAGCTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAG
1 ACAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
16655 CTTGTTC-GATAAACATATATATTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAAT
64 CTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTT---TATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * *
16719 TAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATG
125 TAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
* * * * **
16771 ACTAAACAAAAGGTCGA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTTTTAACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTC-ATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
16835 T
65 T
16836 GGTTTCGCAA
Statistics
Matches: 4182, Mismatches: 976, Indels: 807
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
152 37 0.01
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157 8 0.00
158 21 0.01
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195 1 0.00
196 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTATATAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
Found at i:12200 original size:152 final size:154
Alignment explanation
Indices: 11983--12264 Score: 424
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154
11973 TGTGTGAAGA
* *
11983 AAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * *
12048 TCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTTTTAATTTTA
66 TCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTAATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTA
12113 TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
131 TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
* * * * *
12137 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
12200 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA
66 TCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTAATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTA
12265 AAATATTAAT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 14, Indels: 2
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
152 94 0.82
153 16 0.14
154 4 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
AAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTAATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTA
TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
Found at i:12422 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 11809--12425 Score: 749
Period size: 332 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
11799 AAACTGATAC
* * * * *
11809 AATTGTTTTATAATGAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATG
1 AATTGTTTTATAATCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *
11874 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAATTTATTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGGTAAAATAT
66 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAATTAATTTTAAAATATCTTACTTATTAATTGGTAAAATAT
* * * ** *
11939 TAATAAATTCATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTACGATAA
131 TAATAAATTCAAATTATATTAATCCAAATAAGCTTGTGACAACAAAAACAATTGTTTTACGATAA
* * * * * *
12004 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
196 AACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGAACTTATC
*
12069 AGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTTTTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA
261 AGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTTTTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA
12134 TAGAAAA
326 TAGAAAA
* * * *
12141 AATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATAATCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
12205 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-ATTAA-TTTTAAAATATCTTACTTATTAATTGGTAAAAT
* * * * * **
12269 ATTAATAAATT-AGAATTATATTATTTCGAATATGCTTGT-ACAACAAAAACAATTATTTTTGTG
129 ATTAATAAATTCA-AATTATATTAATCCAAATAAGCTTGTGACAACAAAAACAATT-GTTTTACG
* ** * *
12332 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGCAC-
192 ATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGAACT
* * *
12396 TAGTCAGGCCAATAGATTTGTTTTTTAAAT
257 TA-TCAGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAAT
12426 TCGTTATTTA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 45, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
331 80 0.34
332 133 0.57
333 22 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (332 bp):
AATTGTTTTATAATCAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAATTAATTTTAAAATATCTTACTTATTAATTGGTAAAATAT
TAATAAATTCAAATTATATTAATCCAAATAAGCTTGTGACAACAAAAACAATTGTTTTACGATAA
AACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGAACTTATC
AGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTTTTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA
TAGAAAA
Found at i:12901 original size:528 final size:528
Alignment explanation
Indices: 12173--13221 Score: 1170
Period size: 528 Copynumber: 2.0 Consensus size: 528
12163 GGTGATAGCA
* * * * * * * *
12173 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGCTTGGCAAAAAAATTAATT
*
12238 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCGAATATG
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAG
* * ** * ** * *
12303 CTTGTACAACAAAAACAATTATTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA
131 CTTCTAAAACAAAAACAATTATTTAAGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAGAA
* * * * * *
12368 TTGTTCAAACAATCATAACTATATGCACTAGTCAGGCCAATAGATTTGTTTTTTAAAT-TCGTTA
196 TTGTTCAAACAACCATAACTATATGAACTAGTCAGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA
* * *
12432 TTTATTAACTTTT-AGAATATTCA-TAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGACTATATG-CA
260 GTTATTAA-TTTTCAAAATA-TCATTAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAA-ACT-TATGTAA
* * * * * *
12494 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
321 CAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAACTATTCAAAT
* * * * *
12559 AGTTATAATTAATTGAACTGGTTTAGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTT
386 AGTCATAACTAATTGAAATGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTT
* *
12623 TCAAAATATTAATAAATTAATCTTGTTTTATTTCAAACAAACTT-ATATGAAAAAAAACATTTGT
451 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTGA-ATGAAAAAAAACATTTGT
*
12687 TTTATGTCATAATG
515 TATATGTCATAATG
*
12701 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAATTATTTGAACTAGCTTGGCAAACAAAATT-AT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGCTTGGCAAA-AAAATTAAT
* * ** *
12765 TTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTAT-GAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGAATTATATTATT-TCGAA
* * * *
12828 TAAG-TTACTAAAAACTAAAA-AATTGTTCTAAG-G-CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
127 TAAGCTT-CT-AAAACAAAAACAATTATT-TAAGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
* * * * * **
12889 TAAAGAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
189 TAAAGAATTGTTCAAACAACCATAACTATATGAACTAGTCAGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
12954 CTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATCATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGT
254 CTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATCATTAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAACTTATG-
* * * * * *
13019 TAACAGAAATAATTGTTTTATAACATAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATATATAACTGTTCA
318 TAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAACTATTCA
* * *
13084 AATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAA
383 AATAGTCATAACTAATTGAAATGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAA
** * * * * * *
13149 TTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACATTT
448 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTGAATGAAAAAAAACATTT
13214 GTTATATG
513 GTTATATG
13222 ACCAAACAAA
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 79, Indels: 27
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
526 3 0.01
527 10 0.02
528 263 0.61
529 137 0.32
530 15 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (528 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGCTTGGCAAAAAAATTAATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAG
CTTCTAAAACAAAAACAATTATTTAAGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAGAA
TTGTTCAAACAACCATAACTATATGAACTAGTCAGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
TTATTAATTTTCAAAATATCATTAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAACTTATGTAACAGAA
ACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCA
TAACTAATTGAAATGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTGAATGAAAAAAAACATTTGTTATATG
TCATAATG
Found at i:13450 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 13148--13473 Score: 383
Period size: 157 Copynumber: 2.1 Consensus size: 157
13138 TTACATATTA
* * * *
13148 ATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACATT
1 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATAAAAAACAAT
* ** *
13213 TGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATT
66 TGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAACCCTAAAT
*
13278 ATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTC
131 ATTTGAAATGATTCGGCAAACAGATTC
* **
13305 ATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGA-ACTGAAACA
1 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGATA-AAAAACA
* * * * * *
13368 ATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAATCTTA
64 ATTGTTATATGACAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAACCCTA
* *
13432 AATGTTT-AAACT-ACTTCGGCAAACAGATTT
128 AATATTTGAAA-TGA-TTCGGCAAACAGATTC
13462 ATTTATTTAAAT
1 ATTT-TTTAAAT
13474 CTCTTAGTTA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 20, Indels: 11
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 6 0.04
157 128 0.90
158 9 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATAAAAAACAAT
TGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAACCCTAAAT
ATTTGAAATGATTCGGCAAACAGATTC
Found at i:13822 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13620--16862 Score: 2105
Period size: 181 Copynumber: 18.1 Consensus size: 181
13610 AATAGGTTCA
* *
13620 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
13685 TTTTATTCTAAATAGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
13750 GATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACTGATTCG
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
* * *
13801 GTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTA-TTAATTTTAGGATTATTAT-AAATTATTATTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A--TTA--ATT-TT-TGAAA-TATTA--A-TA
* * * * *
13864 TTATTATTATTATTATTTTATT-TCAAATAGGCTTATAAGAACTG--AAACAATTATTTTATGAC
55 --A--ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
13926 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCAAAATTATTTTAACTG
113 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTG
**
13990 ATTTA
177 ATTCG
* * *
13995 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *** * *
14056 TTTTATTTTGTATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAAT
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
14121 GATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTT-TATT-AGCTTATTTG
131 GATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTAT-TTGAACTGATTCG
* * * *
14172 GTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * *
14236 TATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAT-ATGGAACAAATATTTTATGACTAAAAC--AAGGT-
64 TATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTC
* * *
14296 AAAACGATTTGAAATTGATAA----T----TAGTC-TAA-TAGTTTTAACT-ATTC-
126 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTGAACTGATTCG
** * *
14341 AAAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * ** * * *
14402 TTTTATT-TCGAATAAGCTTGTTTGACAAAAAACAATTGGTTTACAACAAAATAAAAGGTTAGAA
66 TTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** * *
14466 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTTACTAATTCA
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
* * * * *
14518 GTAAATAAATATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
14579 TTTTATTCCATTTAAGCATGTATTAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
14642 ACGATTTTAAATAGATTATTGTTCAAATAGTAATGATTAATTGAACTTATTCA
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
* * *
14695 GTAAATCA-ATTTATTTTTTAAAATTTCTTTCTTATTAATTTTT-AAATTTTAATAAATTAGTAT
1 GTAAA-CAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *** * *
14758 TAATTTATTCCAAATAAACTAGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAA
64 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
14823 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAACT-AGTTCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTGA-TTCG
* * * * *
14875 GTAAATAGATATATTTTTTAAAT-TCTTACTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * *** *
14939 TTTTAAACCAAATAAGCTTGTACGA-AAAAAATTTTTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
15003 AGATTTGAAATTGATAATCGTTC-AATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCA
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
** * * ** * ** *
15054 GTAATTAGATTAATTTTTT-AATTTCCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * * *
15118 ATTTCATTATGAATAAAATAGTATGAAT-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
15182 ACGATTTAAAATAGATAATTATTACAAGTAGTCAAAACTATTTTAAATGGTTTG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
* ** ** *
15236 GTAAACATATTTGCTTTTTAAATCTCTTACTGCTTAATTTTCT-AAATAATAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
15300 ATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTAAT
65 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
15363 AACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACCGTTTTG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
* * * * * * *
15417 GTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * ** *
15482 TTTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCTG--AAATAATTGTCTTAAAACAAAATAAAAGGTCATA
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA--TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * *
15545 ATC-ATTTGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAACT-AGTTTG
129 A-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCG
* * * ** * *
15598 GCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
15663 TTTTATTTTGAATAAACTTG--TG-TGAACAGAATAATTGTTTTATG-CAAAACGAAAGGTTATA
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAA-A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
15724 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-AGTTCA
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCG
** * * * * *
15777 GTAAGTAGATTTAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGCATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
15838 TTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAA-GT-ATTA
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCA-TA
* *
15901 AC-------AAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTGATTCG
* * * *
15942 GTAAACTA-ATTTATTTTGTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAAGTAGTA
1 GTAAAC-AGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTA
* ** * * * *
16006 TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTC
63 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
16069 ATAACAATTTTAAACA-A-AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
126 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCG
* * * *
16123 GTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA--A-
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * *** * * * ** * *
16184 T-GTTTATTCCCAACAAGCTTTTATGAACTAAAACAATAGTTTTACGACTAAACAAAAACTTAAA
64 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** * *
16248 ACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTCAACTGATTTG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
* * * * *
16301 GCAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
16366 TTTTTATT-TGAATAAGCTTATATGATTAGAAACAATTTTTTTTTGACAAAAC-AAAGATCATAA
66 -TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * *
16429 CAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGT-AGTAACTAATTGAATTGGTT-T
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAATTATTTGAACTGATTCG
* * * * * *
16480 GAAATATAGGTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTTT
1 GTAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTAT
** * * * * * *
16544 TATTTTAGTT-TGGACAAGTTTTTATAAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGCT
64 TATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGT
* * *
16606 CATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAGCTTG-TTCG
125 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAAC-TGATTCG
* * * * *
16663 ATAAACATATATA-TTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
16726 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATG--AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCGA-
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-AT
* * ** * *
16788 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTCG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTCG
** *
16843 CAAAACATATTTATTTTTTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTA
16863 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 2395, Mismatches: 502, Indels: 330
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 9 0.00
164 64 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCG
Found at i:13857 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 13841--13885 Score: 65
Period size: 3 Copynumber: 15.0 Consensus size: 3
13831 TAATTTTAGG
*
13841 ATT ATT ATAA ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -TT ATT
1 ATT ATT AT-T ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
13886 TCAAATAGGC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 34 0.89
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ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:13894 original size:194 final size:194
Alignment explanation
Indices: 13675--14062 Score: 514
Period size: 194 Copynumber: 2.0 Consensus size: 194
13665 ATATTAATAA
* * * *
13675 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGTTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
1 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTATAAGAACTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * *
13738 AAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACTGATTCGGT
64 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGACCAAAATTATTTGAACTGATTCAGT
* * * *
13803 AAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGGATTATT-ATAAATTATTATTATTATTA
129 AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTA
13867 TT
193 TT
*
13869 ATTATTATTATTTTATT-TCAAATAGGCTTATAAGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAGGCTTATAAGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
13933 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCAAAATTATTTTAACTGATTTAGTA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGACCAAAATTATTTGAACTGATTCAGTA
* * * *
13998 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT
130 AACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
14063 TTGTATAAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTATAAGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGACCAAAATTATTTGAACTGATTCAGTAA
ACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
Found at i:17292 original size:181 final size:174
Alignment explanation
Indices: 16861--17350 Score: 524
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 174
16851 ATTTATTTTT
* * * * *
16861 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAAGCTTATATGGAA-A-AAAACAATTGTTCTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATAT-GAATAGAAAA-AATTGTTTTAT
* * *
16924 AACAAAAT-AAAGATCATAACGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAGC
64 -ACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAA--CATAACTATTTGAGC
* * *
16988 TAATTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAATACTCTTATTAATTTTCAAAA
126 TTATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAATACTCTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * * *
17037 TCTTAATGAATCAATATTATTTTATTCTAAAT-AATTCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACT-TATATGAATAGAAAAAATTGTTTTA-T
* * * *
17101 ATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTATTTGAACT
64 ACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA--AACATAACTATTTGAGCT
* *
17166 TATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA-ATCTCCTACCTATTAA-TTTCTAGAA
127 TATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAATA-CT-CT---TATTAATTTTC-AAAA
* *
17218 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTAT-A
* *
17283 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTT
65 CAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-A-ACATAACTATTTGAGCTT
17348 ATT
128 ATT
17351 CAGTAAGCCT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 39, Indels: 27
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATAC
AAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAACATAACTATTTGAGCTTATT
TGATAAACAAATTTAGTTTTTAATACTCTTATTAATTTTCAAAA
Found at i:17693 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17373--23947 Score: 4800
Period size: 181 Copynumber: 36.7 Consensus size: 180
17363 ATGAATTGAT
** ** ** ** *
17373 ACAATTGTTTTATGATGAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTACT-AAAGTAGTT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTC
* * * * * * * * * **
17437 ATGAC-AGTTAGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATATTTAAAATATTTTATTTATTAATTATCA
65 ATAACTA-TTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTT
* * *
17501 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * *
17554 ACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
17619 TAACT-TCTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCTA
66 TAACTAT-TTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTA
* * * *
17683 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAA
* * * * * * * *
17736 A-AATTATTTTTTGACAAAACACAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGT-A
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
17799 GTAACTATTTGAACTTGATCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATCTTTGA
66 -TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTA
* * * * * * * *
17864 AATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAGTCAGTTTGTACGAATAGAA
129 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * * * *
17916 ACAATTGTTTTGTAATAAAACAAAAGGTTATAAC-ACTTTAAAATAGAT-ATTGTTCAAACATTT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * **
17979 ATAACCATTTGTA-TTG-GTCAGTCCAATAGATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTT
65 ATAACTATTTGAACTTGTTTGA-T-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
18042 AGGATATTAACAAATTAGCATTGCTTTTATTTCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAA
128 A-AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTAAATAAG-CTTGTATGAACAAAA
* ** * *
18097 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAA-TTATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTA-T
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGT
* * * ** * * *
18160 TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATGGACTTACTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCA
64 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T
* * * * * * *
18221 AAATATTAATAAATTAATACTT-TTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACGAAA
128 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * *
18274 ACATTTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATAAC-AGTTTGAAATAGATAAATATTCATATAGC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * **
18338 CTTAACTATTTGTACTGGTTTAGCA-AAA-A-ATTTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTT
64 CATAACTATTTGAACTTGTTT-G-ATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * ** * *
18400 TTATAATATTATTAAATTAGTAATATTGTATTCCAAATAAGCTTGTATGAGCATAA
126 TTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * *
18456 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * **
18521 TAACTATTTGAA-TCGGTTCGGTAAGCATATTTCTTTCTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA
66 TAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
** * *
18585 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAACAAGCTTGTATGAGGC--AA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAA
* ** * * *
18636 ACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTG
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * **
18700 A-AATTGTTTAAAC-TGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATC--TT-C-----AA--TTGG
65 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * *
18753 AATATTAATAAACTAATAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* ** * *
18805 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
18870 TAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTC
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-
* ** * * **
18933 TAAATGTTAATAAAAGAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAA
127 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * *
18986 ATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
19051 TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AA
* ** * * * * * * **
19116 ATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGGA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* ** * ** * *
19167 ACAATTATTTTATGACAAAATGAAGA-TCATAGTGATTTGAGATAGATAATTGATCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
19231 TAACTAATTGAAATAAT-TTTG-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTTTTAATTTTTG
66 TAACTATTTGAACT--TGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-
* * ** * *
19290 AAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * * *
19343 ACAATTGTTTTACGATAAAATAAAATA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATAG-ACTAATTGGA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGT
* * * * * * * * * *** *
19406 AATGATTATTTAAACTTATTTAATAAACAGAATTGTTTTTAAAATCTCAAAATTATTAATTTTTA
64 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
19471 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * *
19524 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
19588 ATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGTGTTTTACTTATTAATTTTCAG
65 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-
* ** * *
19653 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATTAAGCTTTTATGAACAAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * **
19705 ACAATGGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * *
19770 ATAGCTATTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
65 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
* ** * *
19834 AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG-ATTGAATAGAA
129 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-TGAACAAAA
* * * * * * * **
19886 TCAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTTAGCTAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * ** * *
19951 TAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAATAAATTCATTTTTTATTTCTCTTACTCATTAATTTTTAG
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-
* * * * * *
20015 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTTAAACAAACTTATAAGAACTAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * *** *
20067 ACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATTGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
20132 TGACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAA
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTA
* * * * * * * *
20197 AATATTAAAAAATTAGTATTATTCTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * *
20249 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCAT-AAATAGTC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTC
* * * *
20313 ATAA-TGATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT
65 ATAACT-ATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-T
* * * *
20377 T-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATGAGCTTGTATGAATAGAAA
127 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAA
* * * * * * *
20431 AAAATTCTTTTATAACAAAAC-AAAAGTTATAGCGATTTCAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
20495 TAATTATTTAAACTTG-TTCAGTAAA-TGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTG
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-
* * *** * **
20557 GATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTATATGAACTGAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * *
20610 ACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAATCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
20675 TGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGA
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTA
* * * *
20739 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAGTCTAAATAAGCTTGTATGAACATAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * *
20791 A-AATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * **
20853 TAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATATTAGAA
66 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAA
* *
20914 ATATTAATAGATTAGTATTACTTTT-TTTTAACA-AA-CTTATATGAAC-AAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * *
20963 A-ATTTATTTTATGATAAAACAAATAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
21027 TAATTATTTTGGACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGA
66 TAACTA-TTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
* * * ** * *
21092 AATATTAGTAAATTCA-TTTTATGTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTCAAAA
129 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAA
* * * * * *
21146 AAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTT
1 ACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
21211 TTAAATATTTGAACTGGTTCGACAGAA-A-ATTTATTTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTATTG
65 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTT
* * * ** *
21274 GAATATTATTATATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACAAAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * ** *
21326 ATAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
21391 TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA-AGATTTA-TTTTTAAATATTTTACATATTAATTTTTGAA
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* * * * ** *
21454 AGA-T--T-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAT
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * * *** * *
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1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * ** * * *
21566 TAATTATTTAAACTTATTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTTTTACTTTTTGAA
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* * * **
21631 TATTAAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTGAA
131 TATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * *
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1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** ** * * * *
21747 TAACTGTTTCAAC-TACTTGGCAAACAGATTAATTTTTTAAAT-TCTTAGTT-TTAATTTTTGGA
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* * * * *
21809 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTAAA
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ***
21976 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGGAAA
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* ** * * * *
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* * *** * ** ** * * * *
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* * * * * ***
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* * * * **
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* * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* ** * * * **
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** * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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65 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TA
* * ** *
23771 TATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
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** * * * * * * *
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1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * * *
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* * *
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*
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* *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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*
24881 AA-TTG
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* * * * ** * * ** *** **
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAAT
* * * * ** * * * *
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* * * *
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** * *
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* * ** *
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* * * ** * * *
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* * * * **** ** * ** ** **
25362 TTAATGAAGTAATATTATTTTATTTCGGGTATGCTT-TTATGAATTGAAGCAA-TCG
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* * * * ** ** ** *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
25780 TTTTATGAGAAAAC-AAAGATAATAACGATTTGAGATAGATAAT-ATTGAAATAGTCAT--AACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * * * *
25841 ATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTAAAATATTAATA
66 ATTTAAACT-ATTAGATAAATAGAATTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * ** * * * * * *
25906 AATT-AGTACTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATAAAT-ATAAATAA-TTG
129 AATTCA-TATTACTTTATTCCAAAAAACTTAGTATGAATCA-AAAAAACTTA
* ** * * * * * * *
25955 TTTTACGACAAAACAAAATATCATAACT-ATTTGAAATTGATAATAACTCAAATGGACAT--GAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAAT
* * * ** *
26017 TATTTGAACTTGTTTGATGCATAG-ATTCATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTT-AGAAT
65 TATTTAAAC-TATTAGATAAATAGAATT-A-TTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * * * *
26080 ATTAATTAATT-AGTATTATTTTCTTTCGAATAAAA-TTA-TATGAAT-AGAAACAA-TTG
122 ATTAATAAATTCA-TATTACTTT-ATTCCAA-AAAACTTAGTATGAATCA-AAAAAACTTA
* * * ** * *
26136 TTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAA-CATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCAT--AAC
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAAT
* * * ** *
26198 TATTTGAACTGCTTGGGA-AACAT-TTATT-TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGCAAAT
65 TATTTAAACT-ATT-AGATAA-ATAGAATTATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTG-AAAT
* * * * * * * *
26260 -TTAATAAA-TAAGCATTATTTTATTCTGAATAAGC-T-GTTATAAAT-AGAAATAA-TTGA
122 ATTAATAAATTCA-TATTACTTTATTC-CAAAAAACTTAG-TATGAATCA-AAAAAACTT-A
* * * * ** *
26316 -TCTATCATAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT--AACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * * * *
26378 ATTTAAACGTGTTAAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
66 ATTTAAAC-TATT-AGATAAATAGAATTA-TTTTT-AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * ** *
26442 AATAAATTTATATTATTTTTTTCGAAATAAGCTT-GCAT-AAACAGAACCAA-TTG
125 AATAAATTCATATTACTTTATTCCAAA-AAACTTAGTATGAATCA-AAAAAACTTA
* ** * * *
26495 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCAT--AACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * * *
26558 ATTTGGAAA-TGTTCGATAAACA-AATTAATTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAATTTTAG-AATA
66 ATTT--AAACTATTAGATAAATAGAATT-A-TTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * *
26620 TTCATGAATT-ACTATTA-TTT-TTTCAAATAAGCTTA-TATCAA-CTGAAACAA-TTG
123 TTAATAAATTCA-TATTACTTTATTCCAAA-AAACTTAGTATGAATC-AAAAAAACTTA
* * * * * *
26673 TTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC--AAGACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * * * * *
26736 ATTTGAACATGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTGAAATAT
66 ATTTAAAC-TATT-AGATAAATAGAATTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
26800 TTATAAATT-AGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTT-GTATGAAT-AGAAACAA-TTG
124 TAATAAATTCA-TATTACTTT-AT-TCCAAAAAACTTAGTATGAATCA-AAAAAACTTA
* ** * * **
26854 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT--A-AAT-TTTCAATTAGTCAT--AAGG
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * *
26913 ATTTGAACTTGTTTAG-TAAACA-AATTTATTTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--A
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* ** * * *
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120 ATATTAATAAATTCATATTACTTTA-TTCCAAAAAACTTAGTATGAATCA-AAAAAACTTA
** * * *** * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* **
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66 ATTTAAAC-TATT-AGATAAATAGAAT-TA-TTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
27157 TTAATAACTT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTGA-TATGAA-CTAAAATAA-TTT
123 TTAATAAATTCA-TATTACTTTATTCCAAA-AAACTTAGTATGAATC-AAAAAAACTTA
* * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * * * * * * **
27275 ATTTGATCTAGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTA
66 ATTTAAACTA-TTAGATAAATAGAATTA-TTTTT-AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * ** ** ** *
27339 ATAAATT-AGTATTATTTTAATCTGAATAAA-TTTTTATGAATTGAAATTA-TTG
126 ATAAATTCA-TATTACTTTATTC-CAAAAAACTTAGTATGAATCAAAAAAACTTA
* * * * ** ** ** * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* *
27455 -TTTAAACTAGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTAAAATC-CATTATTAATTTTTGAAATATTAA
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* * * * * * *
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*** * **
27568 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT--AATT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * * * *
27631 ATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAGTCTCTTACATATTAATTTTTGAAATGTT
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* * * * * * *
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* ** * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
** * * *
27805 ATTTGTACTAGTTTA-ATAAACA-AATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATA
66 ATTTAAACTA--TTAGATAAATAGAA-TT-ATTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATA
** * * * * * *
27868 TTTTTATATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAAT-AGAAATAA-TTG
123 TTAATAAATTCA-TATTACTTTATTCCAAA-AAACTTAGTATGAATCA-AAAAAACTTA
* * * * * * ** *
27923 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAT--AAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAAT
* * * * *
27985 TATTTAAACCAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA
65 TATTTAAACTA-TTAGATAAATAGAATTA--TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * * *
28050 TAAATAAATT-ACTATTATTTTATTTTGAATAAACATA-TATG-ATTAAAAACAA-TTG
123 TTAATAAATTCA-TATTACTTTA-TTCCAAAAAACTTAGTATGAATCAAAAA-AACTTA
* * * * * ** * * *
28105 TTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAT--AATT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
* * * * *
28168 ATTT-GACTTGATTCGGTAAACA-AATTCATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATTGAAATAT
66 ATTTAAAC-T-ATTAGATAAATAGAATT-ATTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * * * *
28231 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTT-GTATGAATTC-AAACAA-TTG
124 TAATAAATTCA-TATTACTTTATTCCAA-AAAACTTAGTATGAA-TCAAAAAAACTTA
* * * * **
28285 CTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCAT--AATT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAAATT
** * * * * *
28348 ATTTGAATTTGTTCGGTAAACA-AATT-TATTTTAAACTCTTTCTTATTAATTTTTGAATTATTA
66 ATTT-AAACTATTAGATAAATAGAATTAT-TTTTAAA-TC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* *
28411 AGAAATT-AGTATTATTTTATT
126 ATAAATTCA-TATTACTTTATT
28432 TTGGATAAGC
Statistics
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Statistics
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AATAAATAATTGTTC
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* * * * * * * * *
24967 AAATAGATTTGTTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
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* * * *
25032 TTATTCCAAAAAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGA
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*
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* * * * *
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* *
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25617 GGTCAAAATG
* * * * * ** * * * *
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* *
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** *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * **
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1 -ATTTGAAATAGATAAT-ACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTCAT
*
26047 TTTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATA
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* *
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* ** * * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTCA-T
* * * * * *
26226 TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTT-GCAA-ATTTAATAAATAAGCATTATTTTATTCTGAA
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** * * * * * * * ** *
26289 T-AAGCTGTTATAAATAGAAATAATTGATCTATCATAAAACGAAAGGTCATAATG
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** * * * * * *
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* * * * * *
26406 TTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTTTCGAAAT
63 TTTTTT-AAATCTCACTCATTAATTTTTAGAATATTAATTAA-TTAGTA-TATTTTATTCG-AAT
** * * * * ** *
26470 AAGCTTGCATAAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
124 AAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA-C
* ** * * * * * * * *
26523 TTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGGAAAT-GTTCGATAAACAAATTAAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTT-GAACTGGTTTGATAAATAGATTCAT
* * * * * *
26587 TTTTTAATTCTCTTGCTCATTAA-TTTTAGAATATTCATGAATTACTATTATTTT-TTCAAATAA
64 TTTTTAAATCTC--ACTCATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGTA-TATTTTATTCGAATAA
** * * * ** * *
26650 GCTTATATCAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATG
126 AATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA-C
* * * ** * * *
26701 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACAT-GTTCAATAAACATATTTA
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* * * * * *
26764 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTT-GAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATAT-GA
63 TTTTTTAAATC--TCACTCATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTAGTA-TATTTT-AT-TCGA
**
26827 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAC
122 ATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAAC
** * * ** * * * *
26881 AATTTGAAAT--A-AATTTTCAATTAGTCATAAGGATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAATTTAT
1 -ATTTGAAATAGATAATACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGATTCA-
* * *
26942 TTTTTTAAATCTTTTAC-CTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGT
63 TTTTTTAAATC--TCACTC-ATTAATT-T-TTAGAATATTAATTAATTAGTA-TATTTTATTCG-
** * ** ** * *
27003 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTGGTGACAAAACAAAA-AGTTATAGC
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* * * * * * *
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1 -ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGAT-TC
* * * * *
27121 ATTTTTTAAATCTCTGAATTATTAATTTTCAAAATATTAA-TAACTTAGTATTATTTTATTTCAA
62 ATTTTTTAAATCTC--ACTCATTAATTTTTAGAATATTAATTAA-TTAGTA-TATTTTA-TTCGA
** * * * ** * *
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122 ATAAAATTG-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA-C
* * * * * * * * *
27240 ATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACA-ATTTATT
1 ATTTGAAATAGATA-ATACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTCATT
* ** * * * * * *
27304 TTTTAAAATTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAA
65 TTTT-AAATCTCACTCATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGTA-TATTTTATTC-GAATAAA
* * * ** * * * * * **
27369 TTTTTATGAATTGAAATTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATTGTAAC
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* * * * * * * * *
27418 AATTTTAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGATAAACAAATTTAT
1 -ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTCAT
* * *
27483 TTTTAAAATC-CA-TTATTAATTTTT-GAAATATTAA-TAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACA
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* * * * ** *
27544 AACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGC
125 AAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAAC
* ** * * * * *
27595 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATT-A
1 -ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAG-ATTCA
* * * * * *
27659 TTTTTTAAGTCTCTTACAT-ATTAATTTTT-GAAATGTTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTAA
63 TTTTTTAAATCTC--AC-TCATTAATTTTTAG-AATATTAATTAA-TTAGTATATTTTATTC-GA
** * *
27722 ATAAGCTAGTATGAAGT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-A-C---A-
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** * * * * * * * *
27770 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGTACTAGTTTAATAAACAAATTTC-T
1 ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGA-TTCAT
* * * * *
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** * * * ** *
27898 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
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* * * ** * * ** * * *
27950 TATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCGGTAAATAGATTTAT
1 -ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTCA-
* * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * **
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** ** * **
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123 TAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA-C
* * ** * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTCATT
** * ** * *
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** * * * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * ** * * ** * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * ** **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAA-TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGATTCAT
* * * *
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* * * * * * * **
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* ** * ** * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** *
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* * * * *
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* ** ** * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** * * ***
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* * * * ** * * * ** *
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* *
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** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* ** ** *
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* * *
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* ** ** * * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * **
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* * ** * * * * ** ** * * *
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** * * * * *
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*
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* * * *
27671 CTTACATATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGC-TAGTA
130 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA-TA
* * *
27733 TGAAGTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT
192 TG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** * *
27790 CATATAGTCTTAACTATTTGTACTAGTTTAATAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTTATT
256 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * *
27855 AATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAA
321 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
* * * *
27896 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAGTA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATA
* * * ** *
27961 TACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATC
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * * *
28026 TCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG
129 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG
* * * * *
28091 ATTAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
194 ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
28156 ATGGCCATAATTATTTG-ACTTGATTCGGTAAACAAATTCA-TTTTTAAATCACTTACTTATTAA
259 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
28219 TTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
323 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
** * * *
28257 ACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TCATTTTAAA
1 A-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAA
* * *
28321 TAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTAAA-
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
28383 CTCTTTCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT
128 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAT
* * * *** * * * * *
28448 GAACT-AAAACAAATGTTTTATGTCAAAACAACTTGTCATAATGATTTTAAATAAATAATAGTTT
193 G-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
28512 AAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTTT
257 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTAT
* *
28576 TAATTTTCTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTCTTTTATTTTGA
320 TAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTGA
* * * * * * *
28618 ATAAACTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA-TGATTTAAAA
1 ATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAA
* * * * ** * * ** ** *
28681 TAGATAATTATCCTAATAATTTTAACTATTCGAATTGACTCGACAAACTCATTTATTTTTCAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * ** * *
28746 CTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTT-TAACGAAATAAGTTTCTA
128 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATA
* * * * * * * *
28810 TGATCAGAAA-AATTGTTTTATGATAAAAC-ATAGATCTTAACGACTTGAGATTA-ATAATTGTT
192 TGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTT
* * *
28872 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
256 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
28937 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
321 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
* * * *
28978 ATAAGCTTGTGTG-ATAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAAT
** * * * * ** ** * * *
29042 AGATAATCATTAAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACTGATTTCTTTTTTAAGT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
29106 TTCTTACTTATT-ATTTTGGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCCATCTAAGCTTGT
128 CTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTAT
* * * * * * * * *
29169 ATTAATT-GAAACAAATGTTTTATGAGAAATCAAAAAGTTATAACGATTTTAAATTA-ACAATTG
191 A-TGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTG
* * * * * * * *
29232 TTCAAATAGTAATAACTATTCGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTATTTCTC
254 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
29297 ATTAATTTTTG-AATGTGAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGA
318 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA
* * * * * * * * *
29340 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTTTTTTATGACTAAATAAAAGATCAGAACGATTTCAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATA
* * * * * * * * *
29405 GATAATTGTTCTAATAATCTTAGCCATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
29470 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTA-ATCAGAATAAGCTTGTATG
130 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATG
* * * * * *
29534 AAT-AAAACAATTATTTTACGATAAAAGAAAAAGGTCATAACGATTTGGAATAGATAATCT-TTC
194 ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTC
* * * ** * * * * **
29597 ATATAGTC-TAACAATTTGAACTGGTTCGATAATTATATTTATTTTTTTAATTTTCCTGGTTATT
257 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
29661 -ATGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
321 AAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
** * * * * *
29702 ATAAAATAGTATGAATAGGACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAA-TGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAAT
* * * * * *
29766 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGCTT-AGCAAACAGATTTA-CTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
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128 CTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATA
* ** * * *
29894 TTAAGAAAAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
192 TGATTAAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *** *
29959 CATATAGT-TTAATTATTTGAACTAGTT-TAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
256 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*
30022 TAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
320 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
* * * * * * * *
30064 ATAAGCTTATATAAACAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAAT
* * * *
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65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAAT
* * * *
30193 -TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATAAGCTTCTAT
128 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAT
* * * * * * * * *
30255 -ATTTAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATAACAGCAATTTGAAATAGATAGTTGTTT
193 GA-TTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * **
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* * * *
30383 AACTTTTGAAATATTAATACA--ACT-TTATTTTATTTTA
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* * * * *
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* * * *
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** * ** * * * *
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* * * * * *
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194 ATTAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAAT
* ** * * * * * * * *
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65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
30887 TCTTAGTTATTAA-TTTTCATATTATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
129 TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAT
* ** * * * * * *
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193 GATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG----------T-CATAA-CGATTTGAAATA
* * * *
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* *
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* * * * * * * * *
31132 ACAACCTTGTATG-ATA-AAAAAATTCTTATATGACTAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATA
* * * * * * * **
31195 GATAATTGTTGAAATGGCCATATCTATTTGAGCTTGTTTGATGGAC--ATTT-TTTTTTAAATCT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
31257 CTTGCTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTAGTGCGAATAAGCTTGTATG
130 CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG
* * * * * *
31321 AACT-AAAATAATTGTTTGT-TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
194 -ATTAAAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** *
31384 TAATAGTTTTAATTATTTGAA
257 AAATAGTCATAACTATTTGAA
31405 TTGGTTTGGC
Statistics
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TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
Found at i:30967 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* *
30954 CAT-AAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGT
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30987 TTATTTTTTT
Statistics
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AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTCAAATAGATAATGTTCAAATAAAC
ATAACTATTAGAACTGGTTAGGCAAACAGAATTAATTTTAAAATCTCTTA
Found at i:31319 original size:176 final size:180
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*
31019 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
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* * **
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*
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* * * * * ** *
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** * * *
31261 CTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTAGTGCGAATAAGCTTGTATGAACT
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* * * * * **
31325 AAAATAATTGTTTGTTGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAT
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* *** * *
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Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTGCGAACAACCTTGTATGAACTA
AAAAAATTCTTTGATGACTAAACAAAAAGTAAGAACAATTTGAAATAGAT
Found at i:31848 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 31469--32266 Score: 524
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
31459 TGAATAGGCT
* * * * * * *
31469 TATATGAAAAGAAACAATTGTTATATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATT
1 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
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* * * * ** * *** **
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* ** *
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* * * * *
31710 TTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAATTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAGTCTCCTAC-
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** **
31773 CTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTACAAATAAATT
129 C-ATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTACAAATAAACC
* * * * * *
31826 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCAAAACTATATGAAATAAATAATT
1 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATT
* * * *** * * * * *
31891 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAATAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTC
65 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTC
* * *** *
31956 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCC
130 ATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTACAAATAAACC
* * ** * **
32007 TATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGT-ATGGCATTTGAAATAGATAATTA
1 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTA
* * * * ** *
32071 TTCAAGTAGTTATAACTATTAGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
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** * * * * * * ** *
32136 TT-AATTGGCAAAATTTTAATAAATTA-ATATTAGTTTAATCCGAATAGGCT
131 TTAAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTACAAATAAACC
* * * * * * ** * *
32186 TGTATGAACAAAAAAAATAGTTTTATGATAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
1 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATT
*
32251 GTTCAAATAGTCATAA
65 ATTCAAATAGTCATAA
32267 ATCTTTTACT
Statistics
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179 129 0.27
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Consensus pattern (180 bp):
TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
TTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTACAAATAAACC
Found at i:32211 original size:360 final size:356
Alignment explanation
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Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 356
31422 GTTTATTTTT
* * * *
31432 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAGGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTATATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAAA-AAACAATTGTTTTATGA
* * * *
31497 CAAAAT-AAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACTA
64 CAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * *
31561 GTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAATACTTTTATTAATTTTCAAAATTTTAATGAATCGGTATT
129 GTTCAATAAACAGATTTAGTTTTAAATACTTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGAATT
**
31626 ATTTTATTTTGAATAATTCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAA
194 ATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
31691 CGATTTGGAATAGATAATTTTTCAAATGAACATGACTATTTGAATTTATTTGGTAAACATATTTA
259 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTATTAGAACTTATTTGGTAAACATATTTA
* * ** *
31756 TTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAAATTTTAGAA
324 TTTTTAAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAA
* * * * *** *
31789 TATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTACAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * *
31854 CAAAATAAAAGATCAAAACT-ATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCT
64 CAAAATAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ***
31918 TGTTCAATAAATAGATTCATA-TTTTAAAT-CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
128 AGTTCAATAAACAGATT--TAGTTTTAAATACT-TT--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
* ** * ** ** *
31981 TAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAT
187 CAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAG
** * **
32046 GT-ATGGC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-AGTTATAACTATTAGAACTTATTTGGTAAA
252 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-ACATAACTATTAGAACTTATTTGGTAAA
** *
32108 CATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTGGCAAAA
316 CATATTTATTTTTAAAATCTCCTACCTATTAAATT-GCAAAA
* * * *
32149 TTTTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAACAAAAAAAATAGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * *
32214 TAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
64 CAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
32267 ATCTTTTACT
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 78, Indels: 23
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
TCAATAAACAGATTTAGTTTTAAATACTTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGAATTAT
TTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTATTAGAACTTATTTGGTAAACATATTTATT
TTTAAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAA
Found at i:32380 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 32122--32409 Score: 357
Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
32112 TTTATTTTTA
* * *
32122 AAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATTTTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAATAGGCTT
1 AAATCTTTTACTAATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAATAAGCTT
* *
32187 GTATGAACAAAAAAAATAGTTTTATGATAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
66 GCATGAACAAAAAAAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
* *
32252 TTCAAATAGTCAT
131 TTCAAAGAATCAT
* *** ** *
32265 AAATCTTTTACTAATTAGTTGTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT-CGAAATAAGCT
1 AAATCTTTTACTAATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCG-AATAAGCT
* ** * *
32329 TGCATGAA-AAGAAAAAATTA-TTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAAATAA
65 TGCATGAACAA-AAAAAA-TAGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAA
32392 TTGTTCAAAGAATCAT
128 TTGTTCAAAGAATCAT
32408 AA
1 AA
32410 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 19, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (143 bp):
AAATCTTTTACTAATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAATAAGCTT
GCATGAACAAAAAAAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
TTCAAAGAATCAT
Found at i:32619 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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32558 TTTGAAACAG
32568 ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
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32590 ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
1 ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
32612 CTATTTGTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
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ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
Found at i:33340 original size:182 final size:181
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Indices: 32632--34404 Score: 1403
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32622 TGGTCAGGCC
* * * * * ** *
32632 AACAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTGTTAATTTTT-AGGATATTAACAAATTACCATTAC
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
32695 TTTATTTCAAATAAGATAGTATCAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAACAG-TTATAA
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAA
* * * * *
32758 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACT-GATT-TGGTA
127 AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCT-GTA
* * * * ** *
32813 AATAGATTTACTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * *
32874 TATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGGT
66 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGAT
* * * * *
32939 TTGAAATAGATAATTATTCATATAG-CCTGAACTATTTGAATTGGTT-TGGTA
131 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTCT-GTA
* * * * *
32990 AAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
33054 GTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA
65 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGA
* *
33119 TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTGTG
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTGTA
* * * *
33171 AGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
33236 TA-TTCGAAATAGGTTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAG
66 TATTTCG-AATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAG
* * **
33300 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTTGAACT-GCTTCAATA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-TTCTGTA
** * * * * *
33353 AACTGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTAACTTCTCAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 AACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * * * * *
33416 TTTATTTTGGATAGGCTTTTATAAATTAAAACAAATGTTTTATGATAAAAAAAAAAGGTTATAAC
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAA-
* * *
33481 A-ATTTTAAATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATA
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* * * **
33535 AACATATTTAATTTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAAGAGTATT
1 AACAAATTT-A-TTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * ** * *
33598 ATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTATAA
62 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * *
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* * * ** * *
33718 AACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAACTATTATTAGTTTAGCAATATT
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* * *
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65 TTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-A
* * *
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* *
33898 TACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
33959 TATTTTGAATAA-TTTTTCACGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATG-TCATAACA
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* * * * * * *
34022 -ATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGAA-TGTTTAAATTTA-TTC-GATA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-CTAGTTCTG-TA
* * ** * * *
34075 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATTGTT-AAGACATTAATAAATTAGTATTATT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
34139 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATA-
65 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-AG
* * * * * * *
34203 ATTTGAAATAAATAATTTTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTGTA
* * * *
34256 AATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGT-TTAATAAATTAGTATTTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
34320 TTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAATCAATAGGTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAC
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAAA
*
34384 GATTTGAAATAGATTATTGTT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTT
34405 AGCTCAAAGA
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 260, Indels: 123
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.00
176 78 0.06
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Consensus pattern (181 bp):
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTGTA
Found at i:35310 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 35260--35314 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
35250 ATCCCTTTAA
35260 GAGGGGATCGAT-CCCTTGCCT
1 GAGGGGATCGATCCCCTTG-CT
* *
35281 TAGGTGATCGATCCCCTATG-T
1 GAGGGGATCGATCCCCT-TGCT
35302 GAGGGGATCGATC
1 GAGGGGATCGATC
35315 TTTTTTCTGG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 4
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 22 0.79
22 4 0.14
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Consensus pattern (21 bp):
GAGGGGATCGATCCCCTTGCT
Done.