Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168068.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_317, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35367
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Found at i:1953 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1922--1962 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
1912 CACAGTTATT
1922 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
1940 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
*
1956 AACTATT
1 AATTATT
1963 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
17 4 0.19
18 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:2738 original size:941 final size:908
Alignment explanation
Indices: 1344--3194 Score: 2979
Period size: 941 Copynumber: 2.0 Consensus size: 908
1334 CTTTTTGTCA
*
1344 TAAAACAATTGATTTCAACTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTC
1 TAAAACAATTAATTTCAACTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTC
* *
1409 AAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTATAAATAATTATGACCACT
66 AAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTATAAATAATTATAACCACT
* *
1474 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATAAATAAAAAAGGCATATA
131 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAGCCATATA
* * * * *
1539 GATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCATTC
196 GATAATAATTACGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAAATCTGGGCTTAAAAACCATTC
1604 GCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTT
261 GCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTT
*
1669 TTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGAGGGAATTTTTAGAAATTTC
326 TTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGAGGAAATTTTTAGAAATTTC
1734 AAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAAT
391 AAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAAT
*
1799 AGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAAC-ATATCTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCT
456 AGTTATGAATA-TTCAATGCATTAACATAACTATATCTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCT
* *
1863 ACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTAT
520 ACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAAAAGCTACAATTAACACAATTATTAATTAT
*
1928 TAATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAAT
585 TAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAAT
* *
1992 TATATAAATTTACACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAAA
650 TATATAAATTTACAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTAAAAA
* ** * *
2057 TTAATATTTAAATATGCTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTG
707 TTAATA--T--ATAT-CATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTG
2122 AGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAAT
767 AGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTAT--T--AT--A---AA-T-AAATTGAATTATCTAAT
*
2187 AAAATATATGTAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAA
821 AAAA-ATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAA
2252 TTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
885 TTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
* * *
2276 TAAAACAATTAATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTAA-TTTCAACTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
*
2341 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
65 CAAGAATTAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTATAAATAATTATAACCA
*
2406 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
129 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAAT-AAAAAAGCCAT
*
2471 ATAGATAATAATTACGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAAATCTGGGCTTAAAAACCA
193 ATAGATAATAATTACGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAAATCTGGGCTTAAAAACCA
*
2536 TTCGCACAATTATTGCAGCGATTTTAAATTTTTTCATTGTGTTTCATA-TGTATTTTGCTTTTAG
258 TTCGCACAATTATTGCA-CGATTTT-AA-TTTTTCATTGTATTTCATACT-TA-TTTGCTTTTAG
* *
2600 ATACATTTTTAGGTGGCTGCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGAAATTTT
318 ATACATTTTTAGGT-GCT-CTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGAGGAAATTTT
* *
2665 TTGAAATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATA
381 TAGAAATTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATA
* * * *
2730 ATATTCAAATAGTTATGAATATTCAATGCATTGACATAACTATTTTTATTGTTATAAATCATTTT
446 ATATTCAAATAGTTATGAATATTCAATGCATTAACATAACTATATCTATTGTTATAAATAATTTT
2795 TAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAAAAGCTACAATTAACACAATT
511 TAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAAAAGCTACAATTAACACAATT
2860 ATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATA
576 ATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATA
*
2925 TTACGTAATTATATAAATTTACAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAA
641 TTACATAATTATATAAATTTACAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAA
*
2990 ATTACTATATATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGAT
706 ATTAATATATATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGAT
* *
3055 CTTATATCTACTATTATCTAATTTATTATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAAATATATAATAA
771 CTTATATCTACTATTATCTAATTTATTATAAATAAATTGAATTATCTAATAAAAATATATAACAA
3120 TAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATA
836 TAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATA
3185 ATTTTAAT
901 ATTTTAAT
3193 TA
1 TA
3195 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 865, Mismatches: 42, Indels: 39
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
917 84 0.10
918 20 0.02
919 1 0.00
920 2 0.00
923 1 0.00
925 2 0.00
927 1 0.00
929 74 0.09
930 4 0.00
932 12 0.01
933 68 0.08
934 105 0.12
935 86 0.10
936 9 0.01
937 5 0.01
938 23 0.03
939 27 0.03
940 20 0.02
941 241 0.28
942 80 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (908 bp):
TAAAACAATTAATTTCAACTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTC
AAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTATAAATAATTATAACCACT
TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAGCCATATA
GATAATAATTACGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAAATCTGGGCTTAAAAACCATTC
GCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTT
TTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGAGGAAATTTTTAGAAATTTC
AAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAAT
AGTTATGAATATTCAATGCATTAACATAACTATATCTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTA
CTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAAAAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATT
AATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATT
ATATAAATTTACAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATATAT
ATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTA
CTATTATCTAATTTATTATAAATAAATTGAATTATCTAATAAAAATATATAACAATAATTAAATA
AGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
Found at i:3203 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3163--3212 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
3153 ATCTATACAG
3163 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
3178 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
3192 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
3210 TTA
1 TTA
3213 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:4119 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4098--4130 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
4088 TATTGATTTC
4098 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
4114 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
4131 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:4389 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 4076--4494 Score: 511
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
4066 TACATGATCG
* * * * * *
4076 AACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
* * * * * *
4141 CAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATT
66 AAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAATATCAAGAAATTACTATTATT
*
4206 TTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAGAATTG-TTTTATGACAA
131 TTATCTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * **
4253 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTATTTAAATTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
* * *
4317 AAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATCAAGAAATTAGTAT
66 AAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTGAAATATCAAGAAATTACTAT
* * * *
4382 TATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCAA
127 TATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * * * *
4434 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT
4495 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 31, Indels: 9
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.18
177 37 0.18
178 2 0.01
180 64 0.31
181 41 0.20
182 23 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
AAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAATATCAAGAAATTACTATTATT
TTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
Found at i:4593 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4555--4596 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
4545 GAATGTTAAT
*
4555 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
4577 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
4597 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:5940 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5917--5958 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
5907 CACAATTATT
* *
5917 AATTATTATTTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
5935 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
5952 AACTATT
1 AATTATT
5959 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 2
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.70
18 6 0.30
ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:6678 original size:937 final size:914
Alignment explanation
Indices: 5333--7185 Score: 3064
Period size: 937 Copynumber: 2.0 Consensus size: 914
5323 CTTTTTGTCA
5333 TAAAACAATTGATTTTCAACCTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACCTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACT
* * * * *
5398 TCAAGAATTTGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCACACCGGTTTAAATAATTATGACC
66 TCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACC
* * *
5463 ACTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATAAATAAAAAAAAGGC
131 ACTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAAGCC
* * * * *
5528 ATATAGATAATAATTATGATTTAAAACGTTAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAAC
196 ATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCTTAAAAAC
5593 CATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
261 CATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
*
5658 CATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATTATGAAATTTTTAGAA
326 CATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGAAATTTTTAGAA
*
5723 ATTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAAGTTAAATTAGAATAATATT
391 ATTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATT
5788 CAAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAAT
456 CAAATAGTTATGAATATTT-AATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAAT
5853 TAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTA
520 TAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTA
* *
5918 ATTATTATTTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTAC
585 ATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTAC
* * * *
5983 ATAATTTTATAAATTTATACGCTATGCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTT
650 ATAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TT
* ** * *
6048 AAAAATTAATATTTAAAT-ATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTT
707 AAAAATTAATA--CAAATCA----TAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTT
*
6112 GTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTA
766 GTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATC----ATAAA-TGAA-T----TT-AATTA
6177 TCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG
820 TCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG
6242 TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
885 TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
* *
6272 TAAAACAATTGATTTTCAA-CTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACCTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACT
6336 TCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACC
66 TCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACC
** *
6401 GGTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAAAT-AAAAAAAGCC
131 ACTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAAGCC
6465 ATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCTTAAAAAC
196 ATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCTTAAAAAC
* *
6530 CATTCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
261 CATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
* * *
6595 CATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGTAATTTTTTGAA
326 CATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGAAATTTTTAGAA
* *
6660 ATTTCAAATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATT
391 ATTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATT
* *
6725 CAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
456 CAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
6790 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
521 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
*
6855 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACG
586 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
6920 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAA
651 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAA
6985 TACAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
716 TACAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
*
7050 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATGAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAAT
781 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATGAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAAT
7115 TAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTT
846 TAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTT
7180 TAAT
911 TAAT
7184 TA
1 TA
7186 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 43, Indels: 29
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
912 101 0.12
913 2 0.00
917 1 0.00
918 3 0.00
919 5 0.01
923 74 0.09
926 4 0.00
927 1 0.00
928 13 0.01
930 2 0.00
931 2 0.00
932 3 0.00
933 2 0.00
936 212 0.24
937 274 0.31
938 152 0.17
939 19 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (914 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACCTTATAAACATATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACT
TCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACC
ACTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAAGCC
ATATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCTTAAAAAC
CATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
CATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGAAATTTTTAGAA
ATTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATT
CAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAACAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAA
TACAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATGAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAAT
TAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTT
TAAT
Found at i:7194 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7154--7203 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
7144 ATCTATACAG
7154 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
7169 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
7183 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
7201 TTA
1 TTA
7204 ATAAAACTAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:8101 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8080--8112 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
8070 TATTGATTTC
8080 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
8096 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
8113 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:8399 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 8058--8476 Score: 504
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
8048 TATATGATCG
* * * * * *
8058 AACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
* * * * *
8123 CAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATT
66 AAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATT
*
8188 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG-TTTTATGACAA
131 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * **
8235 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTATTTAAATTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
* *
8299 AAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT-CGTA
66 AAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAC-TA
* * * * *
8363 TTATTTTATCTT-GGATTAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCAA
126 TTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * * * *
8416 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT
8477 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 30, Indels: 11
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.18
177 37 0.18
178 2 0.01
179 1 0.00
180 63 0.31
181 41 0.20
182 23 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
AAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATT
TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
Found at i:8575 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8537--8578 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
8527 GAATGTTAAT
*
8537 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
8559 AATTAAAA-TGTTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
8579 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:9288 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 8856--9290 Score: 423
Period size: 173 Copynumber: 2.5 Consensus size: 174
8846 CTATTTGACC
* * ** *
8856 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--ACATAC
*
8919 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACAAAGTGATTT
64 AAGCTTATT--AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT---AAAGAGATTT
* * **** * * * *
8984 AAAAAGTTAATTTTTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAT
124 AAAAAATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCA-TTGAAT
* * * * * ** *
9036 AGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTG-TTTCAGTATAAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
* * * *
9100 GCTTATGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAA
66 GCTTAT--TAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAA
* * *
9164 ATAAATCAGCTTGCCAAATTA-TATCAAATAATTATGGCC-TTGAAT
129 ATAAATCAGCTTACCAAATCAGT-TCAAATAATCATGGCCATTGAAT
* *
9209 AATTATCTATTTCCAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CAACATACA
9274 AGCTTATTAAATAAAAT
65 AGCTTATTAAATAAAAT
9291 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 39, Indels: 21
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 59 0.28
174 4 0.02
175 50 0.24
179 49 0.23
180 30 0.14
181 17 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
GCTTATTAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTGAAT
Found at i:10288 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10267--10324 Score: 107
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
10257 ACTTATAAGC
*
10267 TTATTTGAAAGAAATTAA
1 TTATTTGAAAGAAAATAA
10285 TTATTTGAAAGAAAATAA
1 TTATTTGAAAGAAAATAA
10303 TTATTTGAAAGAAAATAA
1 TTATTTGAAAGAAAATAA
10321 TTAT
1 TTAT
10325 AAGCAATCCA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 39 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TTATTTGAAAGAAAATAA
Found at i:10562 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 10522--10572 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 5.1 Consensus size: 10
10512 AATCTATAAG
10522 TTATAATTAA
1 TTATAATTAA
10532 TT-TAATTAA
1 TTATAATTAA
10541 --ATAATTTAA
1 TTATAA-TTAA
10550 TTATCAATTAA
1 TTAT-AATTAA
10561 TTTATAATTAA
1 -TTATAATTAA
10572 T
1 T
10573 AAAAACTATA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 12
0.74 0.00 0.26
Matches are distributed among these distances:
8 3 0.09
9 11 0.31
10 3 0.09
11 12 0.34
12 6 0.17
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (10 bp):
TTATAATTAA
Found at i:11476 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11455--11487 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11445 TATTGATTTC
11455 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
11471 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
11488 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:11758 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11413--11851 Score: 531
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 177
11403 TATGATAAAA
* * ** * * * *
11413 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * *
11478 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
*
11543 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
131 ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
*
11590 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* ** * *
11654 CATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTG
* * *
11719 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTT-GGATAAGCTTTTATGAACTG
127 AAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
11770 AAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
11835 TCACAACTATTTGAACT
65 CCATAACTATTTAAACT
11852 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 33, Indels: 9
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.17
177 53 0.24
178 2 0.01
180 66 0.30
181 41 0.18
182 23 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:11950 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 11912--11953 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
11902 GAATGTTAAT
*
11912 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
11934 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
11954 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:12663 original size:173 final size:176
Alignment explanation
Indices: 12231--12663 Score: 423
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 176
12221 CTATTTGACC
* * ** *
12231 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--ACATAC
*
12294 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGTGATTT
64 AAGCTTATT--AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTT
* * **** * * * *
12359 AAAAAGTTAATTTTTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAT
126 AAAAAATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCA-TTGAAT
* * * * * ** *
12411 AGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTG-TTTCAGTATAAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
* * * *
12475 GCTTATGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAA
66 GCTTAT--TAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAA
* * *
12537 AAATAAATCAGCTTGCCAAATTA-TATCAAATAATTATGGCC-TTGAAT
129 AAATAAATCAGCTTACCAAATCAGT-TCAAATAATCATGGCCATTGAAT
* *
12584 AATTATCTATTTCCAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CAACATACA
12649 AGCTTATTAAATAAA
65 AGCTTATTAAATAAA
12664 TTGTTATTAC
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 39, Indels: 21
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 57 0.28
174 4 0.02
175 51 0.25
176 3 0.01
178 1 0.00
179 44 0.21
180 30 0.14
181 17 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
GCTTATTAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTGAAT
Found at i:13298 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13268--13307 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
13258 CACAGTTATT
*
13268 AATTATTAATTAAAATA
1 AATTATTAATAAAAATA
13285 AATTA-TAATAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAATA
*
13301 AACTATT
1 AATTATT
13308 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.70
17 6 0.30
ACGTcount: A:0.60, C:0.03, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
AATTATTAATAAAAATA
Found at i:14232 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14201--14242 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
14191 CACAATTATT
*
14201 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
14219 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
14236 AACTATT
1 AATTATT
14243 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:14336 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14314--14351 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
14304 TTCATAATTA
14314 ATAAATAATTAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAATTAAT
*
14333 ATAAATCATAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAATTAAT
14351 A
1 A
14352 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.63, C:0.03, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (18 bp):
ATAAATAATAAAATTAAT
Found at i:14540 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 14500--14549 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
14490 ATCTATACAG
14500 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
14515 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
14529 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
14547 TTA
1 TTA
14550 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:15457 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15436--15468 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15426 TATTGATTTC
15436 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
15452 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
15469 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:15739 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15394--15832 Score: 531
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 177
15384 TATGATAAAA
* * ** * * * *
15394 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * *
15459 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
*
15524 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
131 ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
*
15571 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* ** * *
15635 CATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTG
* * *
15700 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTT-GGATAAGCTTTTATGAACTG
127 AAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
15751 AAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
15816 TCACAACTATTTGAACT
65 CCATAACTATTTAAACT
15833 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 33, Indels: 9
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.17
177 53 0.24
178 2 0.01
180 66 0.30
181 41 0.18
182 23 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:15930 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15892--15933 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
15882 GAATGTTAAT
*
15892 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
15914 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
15934 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:17279 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17248--17289 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
17238 CACAGTTATT
*
17248 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
17266 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
17283 AACTATT
1 AATTATT
17290 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:17382 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17355--17405 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 4.4 Consensus size: 12
17345 ATTTATTCAT
17355 AATTAAAAA-T-
1 AATTAAAAATTA
17365 AATTAAAAATTA
1 AATTAAAAATTA
* *
17377 AATTAAATATAA
1 AATTAAAAATTA
*
17389 AATTAATAATTA
1 AATTAAAAATTA
*
17401 TATTA
1 AATTA
17406 TGAATAAAAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 2
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.27
11 1 0.03
12 23 0.70
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (12 bp):
AATTAAAAATTA
Found at i:17585 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17545--17594 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
17535 ATCTATACAG
17545 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
17560 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
17574 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
17592 TTA
1 TTA
17595 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:18499 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18478--18510 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
18468 TATTGATTTC
18478 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
18494 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
18511 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:18781 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 18436--18874 Score: 531
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 177
18426 TATGATAAAA
* * ** * * * *
18436 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * *
18501 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
*
18566 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
131 ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
*
18613 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* ** * *
18677 CATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTG
* * *
18742 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTT-GGATAAGCTTTTATGAACTG
127 AAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
18793 AAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
18858 TCACAACTATTTGAACT
65 CCATAACTATTTAAACT
18875 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 33, Indels: 9
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.17
177 53 0.24
178 2 0.01
180 66 0.30
181 41 0.18
182 23 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAAT
ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:18973 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18935--18976 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
18925 GAATGTTAAT
*
18935 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
18957 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
18977 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:19686 original size:173 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19254--19688 Score: 427
Period size: 173 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
19244 CTATTTGACC
* * ** *
19254 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--ACATAC
*
19317 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGTGATTT
64 AAGCTTATT--AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTT
* * **** * * * *
19382 AAAAAGTTAATTTTTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAT
126 AAAAAATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCA-TTGAAT
* * * * * ** *
19434 AGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTG-TTTCAGTATAAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
* * * *
19498 GCTTATGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAA
66 GCTTAT--TAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAA
* * *
19560 AAATAAATCAGCTTGCCAAATTA-TATCAAATAATTATGGCC-TTGAAT
129 AAATAAATCAGCTTACCAAATCAGT-TCAAATAATCATGGCCATTGAAT
* *
19607 AATTATCTATTTCCAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CAACATACA
19672 AGCTTATTAAATAAAAT
65 AGCTTATTAAATAAAAT
19689 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 39, Indels: 21
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 59 0.28
174 4 0.02
175 51 0.24
176 3 0.01
178 1 0.00
179 44 0.21
180 30 0.14
181 17 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
GCTTATTAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTGAAT
Found at i:20321 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20290--20331 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
20280 CACAGTTATT
*
20290 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
20308 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
20325 AACTATT
1 AATTATT
20332 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:21239 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21208--21249 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
21198 CACAGTTATT
*
21208 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
21226 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
21243 AACTATT
1 AATTATT
21250 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:21682 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 21655--21692 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
21645 TGATTTACCA
*
21655 AACCGGTTTAAATAATTAT
1 AACCAGTTTAAATAATTAT
*
21674 AACCAGTTTAAATAGTTAT
1 AACCAGTTTAAATAATTAT
21693 TACTATTTGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
AACCAGTTTAAATAATTAT
Found at i:22157 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22125--22167 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
22115 ACACATTATT
22125 AATTATTAATTAAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAAATA
22144 AATTA-TAA-TAAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAAATA
*
22161 AACTATT
1 AATTATT
22168 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.59
18 4 0.18
19 5 0.23
ACGTcount: A:0.63, C:0.02, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
AATTATTAATTAAAAAATA
Found at i:23011 original size:930 final size:921
Alignment explanation
Indices: 19712--23349 Score: 6268
Period size: 918 Copynumber: 4.0 Consensus size: 921
19702 CTTTTTGTCA
* *
19712 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATAC-AAATTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * *
19776 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
* *
19841 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAAT-AAAAAAGGCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * *
19905 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
19970 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* *
20035 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
*
20100 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
20165 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
20230 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
521 GCTACTTAATAAATCAAAAAATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
20295 TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
586 TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
20360 TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAA
651 TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAA
20425 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
716 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
20490 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
781 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
20555 TAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
846 TAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
20620 ATTAATTTAAT
911 ATTAATTTAAT
20631 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
20696 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
20761 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
20826 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAA-AATTCTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
20890 TTCGCACAATTATTGCA--ATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
20953 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
*
21018 TTCAAATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
21083 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
21148 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
521 GCTACTTAATAAATCAAAAAATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
21213 TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
586 TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
21278 TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAA
651 TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAA
21343 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
716 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
21408 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
781 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
21473 TAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
846 TAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
21538 ATTAATTTAAT
911 ATTAATTTAAT
21549 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
21614 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
*
21679 GTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
21744 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
21809 TTCGCACAATTATTG--CGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
21872 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
21937 TTCAAATATTAGTA-CTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTT-AATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
* *
22000 AATAGTTATGAATATTT-AATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
22064 GCTACTTAATAAATCAAAAAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACA-TTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATC-AAAAA-ATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
22128 TATTAATTAAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
584 TATTAATT-AAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
22193 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTA
648 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTA
22258 AAAATTAATATTTAAATATGTTTA-CAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGT
713 AAAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGT
22322 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
778 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
22387 TAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTT
843 TAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG--
22452 ATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
906 ----TT-A--TAA-T---TAA-TTTAAT
22480 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* *
22545 CAAGAATTAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTAATTTATCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
22609 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT-TTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
22673 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTT-TTTCTGAACAATTCT-GGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
22736 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCCTTTTAGATAC
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTG-CTTTTAGATAC
*
22801 ATTTTTAGGCGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGAT-GAATTTTTTGAAA
325 ATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
22865 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
390 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
* * *
22930 AAATAGTTATGAATATTT-AATGAATTGACATAACTATA-TTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
455 AAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
*
22993 AGCTACTGAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACAC-------AA
520 AGCTACTTAATAAATCAAA-AA-ATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAA
23051 TTATTAATT-AAAATAAATTATAATAAAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTA
583 TTATTAATTAAAAATAAATTATAAT--AAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTA
* * *
23115 AATAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--T
646 CATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCT
*
23172 T---AA--AA-A-TT--A-A----T---AA-T-AT-A-T-TA---TGAATAAAAGCTTTAAATTT
711 TAAAAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTT
*
23212 GTCTTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTA
776 GTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTA
* *
23266 TCTAATAAAATATATAT-ATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCGTAGTTATAATCTATACAG
841 TCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG
23330 TTATAATTAATTTAAT
906 TTATAATTAATTTAAT
23346 TAAA
1 TAAA
23350 TAATTTTAAT
Statistics
Matches: 2656, Mismatches: 33, Indels: 113
0.95 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
866 10 0.00
867 3 0.00
870 1 0.00
871 3 0.00
873 1 0.00
874 2 0.00
880 45 0.02
881 22 0.01
882 2 0.00
886 1 0.00
887 2 0.00
890 1 0.00
892 61 0.02
895 2 0.00
896 1 0.00
897 1 0.00
898 2 0.00
899 1 0.00
900 2 0.00
902 1 0.00
906 1 0.00
907 1 0.00
909 2 0.00
910 1 0.00
911 2 0.00
913 2 0.00
916 62 0.02
917 222 0.08
918 1088 0.41
919 209 0.08
920 167 0.06
921 54 0.02
922 15 0.01
923 2 0.00
924 94 0.04
926 3 0.00
927 29 0.01
928 15 0.01
929 132 0.05
930 247 0.09
931 144 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (921 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
GCTACTTAATAAATCAAAAAATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAA
ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
TAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
ATTAATTTAAT
Found at i:23370 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 23330--23372 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
23320 ATCTATACAG
23330 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
23345 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
23359 TTATCAATTAATTT
1 TTAT-AATTAATTT
23373 ATATTTAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.12
14 10 0.42
15 3 0.12
16 2 0.08
17 6 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:24273 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24252--24284 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
24242 TATTGATTAC
24252 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
24268 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
24285 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:24492 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 24091--24646 Score: 532
Period size: 180 Copynumber: 3.1 Consensus size: 177
24081 CATTCGTTCG
* * ** * * * *
24091 AATAGTCATAACTATTTAAAC-AGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTA
1 AATAGCCATAACTATTTAAACTA-ATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAA-TTC--ACTTATTA
** * * **
24155 ACTTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATGATA-AAAAACAAT
62 ACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAAT
* * * * * * *
24217 TATTATATGACCAAACAAAAGGTAATATTGATTACAAATAGATAATTATTGA
126 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTATAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
24269 AATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAA-TCACTTATTAA-TT
1 AATAGCCATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATTCACTTATTAACTT
*
24332 TTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
66 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * *
24397 TTATGAGAAAACAAAAGATCATAATGATTGTAAATAGATAA-TATTCA
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTATAAATAGATAATTATTCA
* * ** * ** *
24444 AATAGCCCTAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTTTTGCTCATTAA
1 AATAGCCATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA--TTCACTTATTAA
* * * *
24509 TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
63 CTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * *
24574 GTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA
127 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTATAAATAGATAATTATTCA
* *
24625 AATAGTCATAACTATTTGAACT
1 AATAGCCATAACTATTTAAACT
24647 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 55, Indels: 21
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
173 28 0.09
174 11 0.04
175 37 0.12
176 67 0.22
178 39 0.13
179 9 0.03
180 94 0.30
181 26 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATAGCCATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATTCACTTATTAACTT
TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTATAAATAGATAATTATTCA
Found at i:24745 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 24707--24748 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
24697 GAATGTTAAT
*
24707 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
24729 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
24749 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:25458 original size:173 final size:176
Alignment explanation
Indices: 25031--25460 Score: 417
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 176
25021 TGACCAATTG
* ** * *
25031 TCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCT
1 TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--ACATACAAGCT
*
25094 TATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAA
64 TATT--AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAA
* * **** * * * * *
25159 GTTAATTTTTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAGCTA
126 ATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCA-TTGAATAACTA
* * * * ** *
25211 TCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTG-TTTCAGTATAAAAGCTTA
1 TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTA
* * *
25275 TGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
66 T--TAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
25337 AATCAGCTTGCCAAATTA-TATCAAATAATTATGGCC-TTGAATAATTA
129 AATCAGCTTACCAAATCAGT-TCAAATAATCATGGCCATTGAATAACTA
* *
25384 TCTATTTCCAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTT
1 TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CAACATACAAGCTT
25449 ATTAAATAAAAT
65 ATTAAATAAAAT
25461 TGTTATTACT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 38, Indels: 21
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 58 0.28
174 4 0.02
175 51 0.25
176 3 0.01
178 1 0.00
179 45 0.22
180 26 0.13
181 17 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTA
TTAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTGAATAACTA
Found at i:26089 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26058--26099 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
26048 CACAGTTATT
*
26058 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
26076 AATTA-TAATAAAAACTA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
26093 AACTATT
1 AATTATT
26100 TGTTATGTGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 2
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.70
18 6 0.30
ACGTcount: A:0.60, C:0.05, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:27068 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 26736--27231 Score: 518
Period size: 179 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
26726 TAAATTTCTT
* * ** * * **
26736 ACTTACTAACTTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATGATAAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * * * *
26799 AAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATATTGA-TTTCAATAGATAATTATTGAAATAG
65 GAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAG
* * * *
26863 CCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAAC-AA-AATCTTTTTTAAATC
128 CCATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAATAAT-TTTTTTAAA-C
*
26909 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAACT
* *
26974 GAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
65 GAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
* **
27039 ATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAAC
130 ATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAA-TAATTTTTTTAAAC
* * * * *
27084 CCTTGCTCATTGATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATG
1 AC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATG
* * *
27149 AACTGAAACAATTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAAT-TTCAAAT
61 AACTGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAAT
* * *
27213 AGTCACAACTATTTGAACT
126 AGCCATAACTATTTAAACT
27232 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 40, Indels: 19
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 36 0.13
174 59 0.22
175 24 0.09
176 23 0.08
177 3 0.01
178 23 0.08
179 100 0.37
180 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACTG
AAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCCA
TAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAATAATTTTTTTAAAC
Found at i:27330 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27292--27333 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
27282 GAATGTTAAT
*
27292 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
27314 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
27334 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:27425 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 27379--27425 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
27369 TATGAAATAA
*
27379 TAAAATAATTTATGAATTTTG
1 TAAAATAATTTATAAATTTTG
*
27400 TTAAATAA-TTATAAATATTT-
1 TAAAATAATTTATAAAT-TTTG
27420 TAAAAT
1 TAAAAT
27426 GTATATTTGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.55
21 10 0.45
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
TAAAATAATTTATAAATTTTG
Done.