Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168071.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_32, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 17
Found at i:1023 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 448--1385 Score: 581
Period size: 180 Copynumber: 5.1 Consensus size: 179
438 AAATTGCTAA
* * * ** *
448 ATTAATATTCTAAACATTAATAACTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTGAATCAGTTC
1 ATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCAGTTC
* * * * *
511 AAATAGTTA-AGAC-TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
65 AAATAATTATAGCCAT-TTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TTCAT
* *
574 AAAATAATTG--CTTCAACTCATAAATGCTTATTC-TAAATAAAATAATACTAATTT
127 AAAACAATTGTTTTTC-A-TCATAAA-GCTTATTCAT-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
628 ATTAACATTCA-AAAAATTATTAAGTAAGA-AATTAGAAAAAAAAATCTA-TTTACCGAA-CAAG
1 ATTAATATT-ATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATC-AGTTTATCGAATC-AG
* * * * * * * *
689 TTCAAAT-ATTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTATATTTTATC
62 TTCAAATAATTATAG-CCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TC
* * *** * * *
753 ATAAAACAACTATTTTAGTTCATAAAGCTTATCTGA-AATAAAATAATATTACTTT
125 ATAAAACAATTGTTTTTCATCATAAAGCTTAT-TCATAATAAAATAATACTAATTT
* * *
808 ATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
1 ATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
* * * *
873 AATAATTATAGCCATTTAAACAACTATCAATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTTTATAAAA
66 AATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCATAAAA
* *
938 GAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCATAATAAAATAATACTAATTT
131 CAATTGTTTTTCATCATA-AAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
988 ATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAAACTG-TTATCGAATTAGTTC
1 ATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTC
* * * * * ** *
1051 AAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATAATCATTTTCACATTGTTATACACCTTTTTGTTTTG
65 AAATAATTATAG-CCATTTAAACAATTAT-CT-A-TTTCAAATCATTAT-GACC-TTTTGTTTT-
* * * * * * *
1115 TCATAAACATAATT-ATTATCTTCATACAAGCTTCATTGAGAATAAAATTAATAACTAAATCT
123 TCATAAA-ACAATTGTTTTTCATCATA-AAGCTT-ATTCATAATAAAA-TAAT-ACT-AATTT
* * * * * * *
1177 AGTAATATTATGAAAATCTAA-AACTGATGAGATTTAACAAAACTAAAATTTA-TTTACCG-ACC
1 ATTAATATTATAAAAAT-TAATAAGT-AAGAGATTTAA-AAAA-T-AAA-TCAGTTTATCGAATC
* * * * * * *
1239 AATTCAAATAGTTA-AGGCTATAATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
60 AGTTCAAATAATTATA-GCCAT-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * *
1303 GTCATAAAACAAATGTTTTTGGTTCATATAAGTTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTT
123 -TCATAAAACAATTGTTTTT-CATCATA-AAG-CTTATTCATAATAAAATAATACTAATTT
*
1364 ATT-ATATT-TCAAAATTAATAAG
1 ATTAATATTATAAAAATTAATAAG
1386 AATTTAATAA
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 122, Indels: 93
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 60 0.10
180 202 0.34
181 87 0.15
182 14 0.02
183 4 0.01
184 12 0.02
185 29 0.05
186 21 0.04
187 10 0.02
188 9 0.02
189 44 0.07
190 36 0.06
191 18 0.03
192 2 0.00
193 22 0.04
194 16 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
ATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
AATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCATAAAA
CAATTGTTTTTCATCATAAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTT
Found at i:1980 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1796--2324 Score: 416
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 180
1786 CAAGAGATTT
** * * ** * *
1796 AAAAAGAAATCTGCTTACCAAACCATTTCAAGTAATTTTGACTATTTCAATAATTATTTATTTCA
1 AAAAAGAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCA
* * * **
1861 AATCGTTATAACCTTTTATTTT-ATCATCAAACAATTGATTTTGTTCATACTATTTTATTTAGAA
66 AATCATTATAACCTTTTATTTTAAT-ATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* *
1925 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAATAAAATTA
129 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAATAAAATTA
* ** * * * * * *
1977 AAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTCTATGAATGATTATCTATTTCA
1 AAAAAGAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
2042 AATCATTATGACCTTTTCTTTTAATGTAAAACAATTTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTTGATTA
66 AATCATTATAACCTTTTATTTTAATATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATA
** * * *
2107 AAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
131 AAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAATAAAATTA
* * ** ** * * ** * * * *
2157 AAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATGGTTAAAATTAT-TAGAATAAGTATCTATTTC
1 AAAAAGAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATAT-CAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
2221 ATATCATTTTGATCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAACAAGCTTATTCAGA
65 AAATCATTATAACCTTTTATTTTAAT-ATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * *
2285 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATA
128 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATA
2325 TGAAAGAGAT
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 68, Indels: 8
0.78 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.02
180 140 0.51
181 128 0.46
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAAAGAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCA
AATCATTATAACCTTTTATTTTAATATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATA
AAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAATAAAATTA
Found at i:2919 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 2369--3722 Score: 723
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 176
2359 AACAAATTTA
* * * * * * * *
2369 AATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTC
1 AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTG
* * * * ** **
2434 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTGGTCATATGACAATTATTTTTGA-TCA
63 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTCAATTCA
* *
2498 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T
127 TACAAGCTTATTT-GAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
*
2549 --TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAG
1 AATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-G
* * * * * * **
2611 AGCAGTTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAATACAAT-TATTTCTGTTCA
63 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAATTCA
* * *
2674 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATT
127 TACAAGCTTATTTG-AATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATT-TCAAAAATT
* * * **
2726 AATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAA-ATTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATAT
1 AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-T
* **
2790 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCA
62 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCA
* *
2855 TACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATT
127 TACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
2907 AATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
1 AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTG
* * **
2972 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGTTTT-TGTTCA
63 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATATTTTCAATTCA
* * ** ** * *
3036 TATAAG-TT-TGTT-CAT---ATAAGTTTGTTCATATAAGTCA--TAAAACAATT
127 TACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAAAATAATTTAT-TAA-T-ATTTCAAA-AATT
* **** * * * **
3083 -AT-CTATA-AG-TTT--TTTCT-TAT-TG-AT-C--A--AGTTGAAATAGTTATGACTATCCAA
1 AATAATA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGA
*** * * * **
3134 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGGTTCTGTTCAT
64 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAATTCAT
* * *
3198 GCAAGCGTAATTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
128 ACAAGC-TTATTTGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
3249 AATAAGTATA-A-TTTTAGAAAATAAAGCTAT-TTT-CTGAGCACA-TTCAAATAGTTATAACTA
1 AATAA-TA-AGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTAC-AAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTA
*** * * * * *
3309 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAAT-TGTTTCTA
60 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAA
* ** * *
3373 TTCAAACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATTCTAATTAATTAATA-TTCCAAAATT
123 TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *** * *
3428 AATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTG
1 AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTG
** * * * * *
3491 AACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAACAAT-TGTTTCTATTCA
63 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAATTCA
* * * * *
3554 TACAAGTTTACTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACA-TTCTAAAAATT
127 TACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * *
3606 AATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGTGTCTATT
1 AATAA-TAAG-AGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-T
* * * * * * **
3669 TCAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAAT
61 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
3723 TGTTTCTTAT
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 173, Indels: 155
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 6 0.01
161 73 0.08
163 4 0.00
164 3 0.00
165 2 0.00
166 5 0.01
167 15 0.02
168 6 0.01
169 9 0.01
170 1 0.00
171 1 0.00
172 3 0.00
173 4 0.00
174 7 0.01
175 23 0.02
176 63 0.07
177 157 0.17
178 65 0.07
179 37 0.04
180 215 0.23
181 212 0.23
182 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAAC
AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCATACA
AGCTTATTTGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
Found at i:3047 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3028--3070 Score: 86
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
3018 AACTAATGTT
3028 TTTGTTCATATAAG
1 TTTGTTCATATAAG
3042 TTTGTTCATATAAG
1 TTTGTTCATATAAG
3056 TTTGTTCATATAAG
1 TTTGTTCATATAAG
3070 T
1 T
3071 CATAAAACAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 29 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.07, G:0.14, T:0.51
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TTTGTTCATATAAG
Found at i:4046 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 3744--4082 Score: 459
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
3734 GATCAAGTTG
*
3744 AAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
** * *
3809 AACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATATAAATTAATTAATA-TTCAA
* * *
3874 AAATTAATAAGTAAAA-TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTAAAACACATTC
130 AAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTTAAAACACATTC
* * *
3923 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
3987 AACCAATTGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-TCTAATTAATTAATATTCC
65 AAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATAT-AAATTAATTAATATTCA
*
4051 AAAATTAGTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
129 AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
4083 TTTGTTTACT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 19, Indels: 6
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 19 0.14
179 117 0.85
180 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCAAA
AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTTAAAACACATTC
Found at i:4223 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 3955--4236 Score: 379
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 145
3945 AATTATCTAT
* *
3955 TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAAACAAGCTTATTTG
* * * *
4020 GAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAGTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
66 GAATAAAATAATACTAATTAATTAACATTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
4085 TGTTTACTGAGTGAG
131 TGTTTACTGAGTGAG
* * * * *
4100 TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTT
1 TTCAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAAACAAGCTTATTT
* ** *
4164 GGAATAAAATAATACTAA-TATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTA
65 GGAATAAAATAATACTAATTA-ATTAACATTC-AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
*
4228 ATTAGTTTA
128 ATTTGTTTA
4237 TCGAACCAGT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 16, Indels: 5
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
144 3 0.03
145 81 0.69
146 34 0.29
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (145 bp):
TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAAACAAGCTTATTTG
GAATAAAATAATACTAATTAATTAACATTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACTGAGTGAG
Found at i:4887 original size:183 final size:173
Alignment explanation
Indices: 4101--5163 Score: 553
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 173
4091 CTGAGTGAGT
* * * * *
4101 TCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTT
1 TCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTA-TC
** * * **
4164 GGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAA
62 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA---G--GATTTAAAAAAAAAA
* * ** * * *
4229 T-TAGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCT-ATTATCTATT
122 TGTA-TTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-A-ATAATTATCTATC
** * * ** * * **
4282 TCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTTCTA-TTCATACACA-ATTATTT
1 TCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACA-AGCTTATCC
* ** *
4345 ATAATAAAATAATAATAATTTATT-ACTATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATC
63 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAAC-A-TTCAAAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAAAAAATG
* * * * *
4408 TCTTTACTAAACCAA-TTTAAATAGTTATAACTGTTTAAACAATTATCTATC
124 TATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AATAATTATCTATC
* * * * ** *
4459 TCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCCTAAAACGTTTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAT
1 TCAAATCATTATGACCTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATCCA-
* * * * * * * * *
4523 AGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAAAAAATGTATTT
* * * * *
4588 GCTGATCTAGTTCAAATAATTA-AGACTATTATAATAATTATCTATT
129 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT-TAATAATTATCTATC
* * * ** *
4634 TCAAATCATTCTAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATTCTTATCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATCCA
*
4699 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAAAAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG---G--A-TTT-AAAAAAAAAA
*
4764 TTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATC
122 TGTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AATAATTATCTATC
* * * *
4817 TAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTGTCCCA
1 TCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-CCA
* * * * * * *
4882 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAAATGATAAGTTAAAGATTTAAAACATAAAT-
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAT--TAA--TAAGGATTTAAAAAAAAAATG
* * * * * * *
4946 TAGTTTA-TCGAATC-AGTTAAAATAATT-TAGGCCATTTGAACATTTATCTATT
124 TA-TTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTT-AATAATTATCTATC
* * * *** * * *
4998 TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGA-CATAAAATAATTATTTTTCATCACACTAGCTTATTCG
1 TCAAATCATTATGACCTTTT-TTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TCC
* * * * *
5062 TAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
63 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT---AA-TAAG-GATTTAAAAAAAAAA
* * * *
5126 TTTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT
122 TGTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
5164 GTATTTCAAT
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 137, Indels: 100
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 70 0.10
176 104 0.15
177 90 0.13
178 6 0.01
179 1 0.00
180 20 0.03
181 239 0.34
182 47 0.07
183 97 0.14
184 11 0.02
185 1 0.00
186 3 0.00
188 3 0.00
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Consensus pattern (173 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATCCAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAAAAAATGTATTTAC
TGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAATAATTATCTATC
Found at i:14200 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13539--16014 Score: 1489
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 178
13529 TTCTTAGTAA
* * * * *
13539 CTTATTT-AGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGGGATTTAA
1 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
13603 AAAATAATTTTGTTTGTCAAACCAA-TTTAATTAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCA
64 AAAATAAATAT-TTT-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * ** * *
13667 AATCGTTATGGCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATATAAG
126 AATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * * *
13720 TTTGTTTGGAATAAAATAGTATTAATCTATTCATATTTTGAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * ** * * * * *
13781 AAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAGTTAGTTATAATTATTTAAACAATTCTTTATTTCAAA
65 AAATAAATAT-TTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
13846 TCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC-AG
128 TCATTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * *
13896 TCTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATGTATTAATATTTTGAAAATTCATAAGTAACAGATTTA
1 -CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *** * * *
13960 AAAAATGAATCTGTAGGCCTG-ACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTC
63 AAAAATAAATAT-T-TTTC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
14024 AAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAA-AATTTGTTTCTGTTCGTAAAAG
125 AAATCA-TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * *
14078 CTTATTTGAAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATTCTTAAAA-CAATGAGTAAGATATTTAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
*
14141 AAAATGAAACTATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
64 AAAAT-AAA-TATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * *
14206 ATCATTATGACCTTTAATTTTGTCATAAAACAA---TTT-T-TTC-TAC--T
127 ATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * *
14250 CATATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATA-TTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
14314 AAAATAAAT-TTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACAATTATTTATTTCA
64 AAAATAAATATT-TTT--CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
14378 AACCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAAG
126 AATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * * *
14431 CTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
14496 AAATAAATATATTTACCAAATCAAG-TCAAATAGTCA-AAC-ATATTG-ATAATTATCTATTTAA
65 AAATAAATAT-TTT-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCA
* * * ** * *
14557 AATCATTTTGACCTTTTGTCTTTCATCAACTAAAGACCAATTG-TACAATTCGATATAGG
126 AATCATTATGACATTTTGT-TTT-ATC-A-TAAA-A-CAATTGTTTCTGTTC-ATACAAG
* * * ** * *
14616 C--ATATCAAATAAAATAAATACTAA-ATATT-ATA-TCCAAAA--AATATGGATAG-GA-TTAA
1 CTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAA
* * *
14672 AATATGAAACTA-TCTTCGAACCAAG--CAAATAGTTATGACTA-TTGAA-TATATATCTATTTC
64 AAAAT-AAA-TATTTTTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTC
* * * * *
14732 AAATC-GTATAACA--TTGTTTGTAGTCATAAAACAATCGTCT-TGTTCAT-GAAG
125 AAATCATTATGACATTTTGTTT-TA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * *
14783 TTTATTTCG-AATAAAAATAATA-TAAATTTTATTAA-AATTCAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
1 CTTATTT-GAAAT-AAAATAATACT-AA-TTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
14844 TAAAAATAAATTTGTTTTTTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTTTTTC
62 AAAAAATAAA--TATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
14909 GAAT-AGTTATGAC-TTTTGTTTCATTATAAAACCAAATGTTTCTGTTCATACAAG
125 AAATCA-TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * ** * * *
14963 CGTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAGTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAA
* * * * *
15028 AAAATAAAT-TTGTTTACCATGCAAGTTCAAATAGTTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTC
64 AAAATAAATATT-TTT-CGA-ACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
**
15092 AAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG
125 AAATCA-TTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * *
15146 TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
15211 AAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAA
65 AAATAAATAT-TTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* *
15276 TCATTATGATC-TTTTG-TTTAGTCAGAAAACAA----TT-TGTTCATGCAA-
128 TCATTATGA-CATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * *
15321 --AATTGGCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTA
1 CTTATTTG--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
15380 AAAACTAAATCTATTTAT-GAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTG-ACAGTTATCTATCT
63 AAAAATAAA--TATTTTTCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTAT-T
* * *
15443 T-AAATCATTATG--ATCTTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCT-TTCCATACATG
123 TCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT-CATACAAG
* * * **
15496 CTTATTCG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * * *
15559 AAAATAAATATGTTTGCCAACCAGTTCAAATA-TTAAGACTATTAGAAC-ATTATCTATTTTAAA
64 AAAATAAATAT-TTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
15622 TCATTCTAAC-CTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAG
128 TCATTATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * *
15672 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
15737 AATATAAAT-TGTTTATTGAACAATTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTTTTTATTT-A
65 AA-ATAAATAT-TTT-TCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
15799 AAGTCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAA
126 AA-TCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
** * * * * *
15853 CTTATACGAAATAAAATAATACTATTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTT-AA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
15917 AACTAAAGATGTTTTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAAT
65 AAATAAATAT-TTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*
15982 -AGTTTATG--ATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATT
129 CA--TTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATT
16015 ATTAATAATT
Statistics
Matches: 1783, Mismatches: 354, Indels: 318
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 3 0.00
169 23 0.01
170 25 0.01
171 71 0.04
172 52 0.03
173 113 0.06
174 62 0.03
175 97 0.05
176 92 0.05
177 242 0.14
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184 30 0.02
185 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
Found at i:14377 original size:353 final size:353
Alignment explanation
Indices: 13541--16014 Score: 1193
Period size: 358 Copynumber: 7.0 Consensus size: 353
13531 CTTAGTAACT
* * * ***
13541 TATTTAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGGGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * *
13606 ATAATTTTGTTTGTCAAACCAA-TTTAATTAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
66 ATAAATTTGTTTGCCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * ** * * *
13670 CGTTATGGCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAA
130 AGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAA
* * * * *
13735 ATAGTATTAATCTATTCATATTTTGAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
195 ATA-AATTAATTTATTAATATTTTAAAAAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* ** * * * *
13800 ACTAGTTCAGTTAGTTATAATTATTTAAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTT
259 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTT
* *
13865 TGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAGTCT
324 TGTCATAAAACAA---TTTTTGTTCATACA-TCA
* * * * * * *
13899 TATTCAGAATAAAGTAATGCTAATGTATTAATATTTTGAAAATTCATAAGTAACAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * ** * * * *
13964 ATGAATCTGTAGGCCTGACT-AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
66 ATAAATTTGTTTGCC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
14028 AGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAA-AATTTGTTTCTGTTCGTAAAAGCTTATTTGAAATAA
130 AGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAA-TTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAA
* * *
14092 CATAAATCTAATTTATTAATATTCTTAAAACAATGAGTAAGATATTTAAAAAATGAAA-CTATTT
194 AATAAAT-TAATTTATTAATATT-TTAAAA-AATAAG-AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTT
* * ** *
14156 -TTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-T
254 ACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT
14219 TTAATTTTGTCATAAAACAA-TTTT-TTC-TAC-TCA
318 TT-ATTTTGTCATAAAACAATTTTTGTTCATACATCA
* * *
14252 TATTTCA-AATAAAATTATACAAATTTATTAATATTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TA-TTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * *
14316 AATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAC
65 AATAAATTTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-
* * * * *
14381 CA-TTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATTAA
129 TAGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAA
* * * * *
14445 AATAATATTAATTTTTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTT
194 AATAA-ATTAATTTATTAATATTTT-A-AA-AAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * *
14510 ACCAAATCAAG-TCAAATAGTCA-AAC-ATATT-GATAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCT
254 ACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTAT-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
* * *** * *
14571 TTTGTCTTTCATCAACTAAAGACCAATTGTACAATTCGATATAGGCA
317 TTTAT-TTT-GTC-A-TAAA-A-CAATT-T-TTGTTC-ATACA-TCA
** * * * *
14618 TA-TCA-AATAAAATAAATACTAAA--TATT-ATA--TCCAAAA--AATATGGATAGGA-TTAAA
1 TATTCAGAATAAAAT-AATAC-AAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * ** * * *
14673 ATATGAAACTAT-CTT-CGAACCAAG--CAAATAGTTATGACT-ATTGAA-TATATATCTATTTC
64 AAAT-AAA-TTTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAAT-TATCTATTTC
* * * * * * * * *
14732 AAATCG-TATAACATTGT-TTGTAGTCATAAAACAATCG-TCTTGTTCAT-GAAGTTTATTTCGA
126 AAATAGTTATGACATTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGA
* * * * * *
14793 ATAAAAATAATATAAATTTTATTAA-AATTCAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATT
190 AT-AAAATAA-ATTAA-TTTATTAATATTTTAAAA--AATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * * *
14856 TGTTTTTTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTTTTTCGAAT-AGTTATG
249 TATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * ** * * *
14920 A-CTTTTGTTTCATTATAAAACCAAATGTTTCTGTTCATACAAGCG
313 ACCATTTATTTTGTCATAAAA-C-AAT-TTT-TGTTCATAC-ATCA
* * * * * *
14965 TATT-TGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCA-AAAATTGATAAGTAAAAGAGTTAAA
1 TATTCAG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAA
* *** * * *
15028 AAAATAAATTTGTTTACCATGCAAGTTCAAATAGTTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCA
63 AAAATAAATTTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAG-TTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCA
* *** * *
15093 AATAGTTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTTGGAA
127 AATAGTTATGA-CATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAA
* * * * *
15157 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATG
191 TAAAATAA-ATTAATTTATTAATATTTT-AAAA--AATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * ** * * * * *
15222 TTTA-TCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAATCATTATGAT
251 TTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
15286 CTTTTGTTTAGTCAGAAAACAA--TTTGTTCATGCA--A
315 CATTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTGTTCATACATCA
* * ** * *
15321 AATTGGCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAA
1 TATT--CAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * *
15382 AACTAAATCTAT-TTATG-AAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTTG-ACAGTTATCTATC
64 AAATAAAT-T-TGTT-TGCCAAATAAGTTCAAATAGTTATGA-T-TGTTTGAACAATTATCTAT-
* * * *
15442 TT-AAATCA-TTATG--ATCTTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTT-TCCATACATGCTTA-
123 TTCAAAT-AGTTATGACAT-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATAAAAGCTTAT
* * * * **
15500 TTCGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAAT
185 TTGGAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATATT-TTAAAA--AATAAG-AAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * * *
15564 AAATATGTTTGC-CAACCAGTTCAAATA-TTA-AGACTA-TTAGAAC-ATTATCTATTTTAAATC
244 AAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
15624 ATTCTAACC-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCT
307 ATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTT--GTTCATA-CATCA
* * * * * *
15674 TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-GAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAG-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
**** * * * * * * *
15738 ATATAAA-TTGTTTATTGAACAATTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTTTTTATTT-AA
65 A-ATAAATTTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAG-TTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * ** * ** *
15800 AGTCA-TTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATACGAAA
128 A-T-AGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAA
* * * * * * ** *
15864 TAAAATAATACTATTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTT-AAAACTAAAGATG
191 TAAAATAA-ATTAATTTATTAATATTT-TAAAA--AATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
15928 TTTTC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAAT-AGTTTATGA
251 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA--TTATGA
* * *
15991 TC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATT
314 CCATTTATTTTGTCATAAAACAATT
16015 ATTAATAATT
Statistics
Matches: 1639, Mismatches: 336, Indels: 280
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
345 19 0.01
346 24 0.01
347 18 0.01
348 38 0.02
349 75 0.05
350 34 0.02
351 84 0.05
352 96 0.06
353 266 0.16
354 118 0.07
355 78 0.05
356 57 0.03
357 59 0.04
358 269 0.16
359 56 0.03
360 57 0.03
361 118 0.07
362 31 0.02
363 33 0.02
364 82 0.05
365 20 0.01
366 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
TATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATTTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
GTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA
TAAATTAATTTATTAATATTTTAAAAAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC
AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTG
TCATAAAACAATTTTTGTTCATACATCA
Found at i:15808 original size:526 final size:534
Alignment explanation
Indices: 13539--16012 Score: 1281
Period size: 532 Copynumber: 4.6 Consensus size: 534
13529 TTCTTAGTAA
* * * * ** * * *
13539 CTTATTTAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGGGATTTAAA
1 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * ** *
13604 AAATAATTTTGTTTGTCAAACCAA-TTTAATTAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
66 AAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAACAATTATCTATTTGAA
* * * * * * * ** ** ****
13668 ATCGTTATGGCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATA
130 ATCATTATGACCTTTTATTTAGTAAGAAAAC-AA----TTTGTTCATGCAAAATTG-GCAAAATA
* * * * * * *
13733 AAATAGTATTAATCTATTCATATTTTGAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
189 AAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-T
* ** * * * * * *
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** * * * * * *
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* * *** * * * * * *** *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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189 AAATAATACTGATCTATTAATATTTTGA-A---AATTAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTAT
** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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312 C-TTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTCTGTTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAATACT
** *** * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * ** *
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1 CTTATTTAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATATGTA-AGAGATTTA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
14790 C-GAATAAAAATAATA-TAAATTTTATTAA-A-ATTCAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAA-
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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* ** * *
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* *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
15651 AATTATTTCAGTTCATATAAG
514 AATTATTTCAATTCATACAAG
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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* *
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*
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*
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* *
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*** * *
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** * * * **
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* * ** *
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* * *** * *
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* *
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* * * * * * *
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** **
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* *
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257 ATT-AA-CAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAAATAGGACTAT
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* * * * *
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* ** **
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* * * * *
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* * ** *** * *
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* * * * * *
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* * * ** ** *
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* ** * *
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** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
17082 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGGTTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTTCAAAAC
65 AATTTATTAATATTTTAAAAATTA--AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTG-TTTACTAAAC
* * * *
17146 -AGTTCTAATAGTTATGACTATTTAAATAAATAT-TAATCTCAAATCGTTATG--
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGAC
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
17558 ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCACAAAAGTTTAACCAAAATAAAATAATACT
1 A-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * ** ** *
17623 ACTTTTCTTAATATTTTGAAAA-T----TAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTAC-GGACTTA
65 A-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC-AA
* * * * * * *
17682 GTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* **
17734 CTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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Statistics
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ATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
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16337 TCATACAAGT
* * * * *
16347 TTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAATATTTTGC--AAATTAATAGGTATGAGATTT-
1 TTATTCAAAAGAAAATAATACTAATT-TATTAA-CTTTT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTG
* * * * * ** * *
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63 AAAAACTAAAGT-TGTTTA-CAAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTA-AACAAATATCTAT
* * * * * **
16470 TTCAAATTGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAATTATTC
125 CTAAAATCGTTATGAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTC
* ** * * * ** * *
16533 AAAATAAAATAATTTTGATTTATTAATATTTTAAAAATT-AA-TAAGAGA-TTTAAAAACTAAAT
188 AGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * **
16595 CTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAAT
253 CTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAAATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTCT
* * * ** * * *
16659 AATC-TTTAT-TTT-GTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGC
317 AA-CATTT-TGTTTAATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAATAAAAAC
*** ** * * *
16703 TTATTTGGATTAAAATGATACTAATTTAATAA-TATTTAAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AA
1 TTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAA
* * * * ** * * *
16762 AAAATAAA-TATGTTAATC-GAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATCAAAATAATTATCTATTT
65 AAACTAAAGT-TGTTTA-CAAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAAATATCTATCT
* * * * * ** *
16824 CAAATCATTCT--ATCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-AATTCAGTTCATACAAGCTTATTC
127 AAAATCGTTATGAATC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTC
* * *
16886 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
188 AGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
* * * * *
16951 CTGTTTACTAAACAATTTCAAATAAATATGACTATTTA-AACAATTATCTGTTTAAAATTATTTT
253 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAAATAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTCT
* * *
17015 GACATTTTGTTTTATTATAAAAAAATTGTTTCAGTTAATAAAAAC
317 AACATTTTGTTTAATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAATAAAAAC
* * * * *
17060 TTA-TCTAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAA-TATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGGTTT-A
1 TTATTC-AAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGA
* * * *
17122 AAAACTAAAGTTGTTTTTCAAAAC-AGTTCTAATAGTTATGACTATTTAAATAAATAT-TAATCT
64 AAAACTAAAGTTG-TTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCT-ATCT
* * *
17185 CAAATCGTTATG-ATCTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTATCATATAAGCTTATTCAG-A
127 AAAATCGTTATGAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAA
* *** * *
17248 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATG
192 T-AAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATT-A-AAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * *
17312 TGTTTGCCT-ATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTA
254 TGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAAATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTCTA
* * * * *
17375 ACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
318 ACATTTTGTTTAATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAATAAAAAC
* * * * *
17419 TTATTCGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAGCAAGATATTTGAAA
1 TTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA
* * * *
17484 AACTAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAA
66 AACTAAAGTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCTATCTAAAA
* * * * * * ** *
17549 TCGTTGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCACAAAAGTTTAACCAAAATAA
131 TCGTTATGAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAA
17614 AATAATACTA
195 AATAATACTA
17624 CTTTTCTTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA
AACTAAAGTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCTATCTAAAA
TCGTTATGAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
ATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
TAAACAAGTTCAAATAAATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTCTAACATTTTG
TTTAATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAATAAAAAC
Found at i:18222 original size:32 final size:31
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18176 TAAAATTAAT
*
18186 ATATATTATAGTATTA-AATATAACTAGTAAAA
1 ATATATTAAAGTATTATAATATAA-TA-TAAAA
* *
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18261 CTTTTTATTA
Statistics
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ATATATTAAAGTATTATAATATAATATAAAA
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18314 ATTAAAAGAT
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1 TTAATCTATTTGATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAATCTATTTGATTA
Found at i:19500 original size:180 final size:180
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19244 TAATCCTTAG
* * * * ** * * * **
19254 AATATTAGTAAATTTATGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACGTAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTAT
* *
19319 GACAAAATAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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* *
19384 TTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTG-
131 TTATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTATTGA
* * * * * * *** *
19435 AATATTGATAAGTTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCCTATATAAATTGACACAATT-TTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTAT
** * * * ** * * * *
19499 GATGAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTTGAAT
66 GACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
19564 TTATTTGATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGA
131 TTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTATTGA
* * * * *
19614 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTAT
* **
19679 GACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
19744 TTATTCAGTAAATAGATT
131 TTATTCGGTAAACAGATT
19762 TGAAATAAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTAT
GACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTATTGA
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19634 ATTTTAATCC
* **
19644 AAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGCCATAACAATTTGAAA
* **
19709 TAAATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTG
66 TAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTG
* * * *
19764 AAATAAG-TTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACATAAGGCCATAGCAATTTGA
1 AAATAAGCTTT-TATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGCCATAACAATTTGA
* *
19827 AATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
64 AATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATT
19882 CATTTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGCCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTG
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20688 TTAAATTTTA
20698 ATTAGATTATTAA-
1 ATTA-ATTATTAAT
*
20711 ATTAATTAATAAT
1 ATTAATTATTAAT
20724 ATTAA-TA-TAATT
1 ATTAATTATTAA-T
20736 ATTAATATATTAAT
1 ATTAAT-TATTAAT
20750 ATAATAATTTATTCAAAAT
1 AT--TAA-TTATT---AAT
*
20769 ATTAATTATT-AG
1 ATTAATTATTAAT
* *
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1 ATTAATTATTAAT
20806 TATATAACAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTAATTATTAAT
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20700 TAGATTATTA
20710 AATTAATTAATAATATTAATAT
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20732 AATT-ATTAAT-ATATTAATAT
1 AATTAATTAATAATATTAATAT
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1 AATTAATT
20759 TATTCAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTAATTAATAATATTAATAT
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21722 ATAACTATCC
*
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1 TAATATATAATAA
*
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1 TAATATATAATAA
*
21758 TAATATTAGTAATTA
1 TAATA-TA-TAATAA
* **
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1 TAATATATAATAA
21785 TAAT-TAATAATAA
1 TAATAT-ATAATAA
21798 T-ATATATTAATTAA
1 TAATATA-TAA-TAA
* *
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1 -TAATATA-TAATAA
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21838 TAAT
1 TAAT
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Statistics
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TAATATATAATAA
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21729 TCCTAATATA
* * *
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* * *
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*
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1 TAATAATAATAAATATTAATTAAT
21813 TAA
1 TAA
21816 AAATTTATAA
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TAATAATAATAAATATTAATTAAT
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* *
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* *
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*
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1 TAATTAAAAATTTATATTAAT
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Statistics
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*
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*
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*
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*
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Statistics
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TAATAAAAATATAATATTA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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65 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AATAATTATCTATT
** * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* *
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*
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
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* *
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* * * *
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TAATAT
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*
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*
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*
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* *
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Statistics
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*
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1 ATTAA
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ATTAATATTA
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* * *
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* *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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**
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* * * * * * * * *
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*
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* ** * * * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * ** *
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*
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* *
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Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
30788 AACTGTGTAG
30798 AAAACTAAAAGT
1 AAAACTAAAAGT
30810 AAAACTAAAAGT
1 AAAACTAAAAGT
30822 A
1 A
30823 TATTGAAAAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.08, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (12 bp):
AAAACTAAAAGT
Found at i:32480 original size:18 final size:18
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Indices: 32424--32492 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 3.7 Consensus size: 18
32414 AACAATAAGA
*
32424 ATATAAATTATTAATATT
1 ATATTAATTATTAATATT
* *
32442 ATTGTTTAATTGAATAA-ATT
1 A-T-ATTAATT-ATTAATATT
32462 ATATTAATTATTAATATT
1 ATATTAATTATTAATATT
**
32480 ATAAGAATTATTA
1 ATATTAATTATTA
32493 TAAAGATTAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 7, Indels: 8
0.73 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.10
18 21 0.52
19 2 0.05
20 9 0.22
21 4 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
ATATTAATTATTAATATT
Found at i:32778 original size:11 final size:10
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Indices: 32762--32811 Score: 57
Period size: 10 Copynumber: 4.9 Consensus size: 10
32752 ATTATTAGTT
32762 TATTTAATTAA
1 TATTTAATT-A
32773 TATTTAATTA
1 TATTTAATTA
* *
32783 TAATTAAATA
1 TATTTAATTA
32793 TATTCTAATT-
1 TATT-TAATTA
32803 TATTTAATT
1 TATTTAATT
32812 TTTTAAATCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 4
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.15
10 16 0.47
11 13 0.38
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (10 bp):
TATTTAATTA
Found at i:33028 original size:181 final size:179
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Indices: 32803--33414 Score: 551
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 179
32793 TATTCTAATT
** * *
32803 TATTTAATTTTTTAAATCTCTTAGATATTAATTTTTAGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTA
1 TATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA
** * * *
32867 TTTTTAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACATAACAAAATGTTATAATAATTT
64 TTTCGAATAAACTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAA-GTTATAATGATTT
* *
32932 GAAATATATAATTGCTCAAATAGTCATATCTGTTTGAACTGGTTCGATAAA-TA
126 GAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTGGTTCGATAAACTA
* * *
32985 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAAT
1 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * *
33050 CCGAATAGGCTTATATG-ATAAAAAACAATTGGTTTATGACGAAACAAAAGTTTATAATGATTTG
66 TCGAATAAACTT-TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG-TTATAATGATTTG
* * * * ** * * *
33114 AAATACATAATTATTTAAATGGTTGTAAT-TATTTGAATTGATTTGATAAACTA
127 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAACTGGTTCGATAAACTA
* * * * *
33167 -ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATT
1 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
33230 TCGAATAAGCCTTTATGAACT-GACACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTT
66 TCGAATAA-ACTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAA-GTTATAATGATTTG
* * *
33294 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTTAACCT-GTTC-AGTAAACT-
127 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAA-CTGGTTCGA-TAAACTA
* * * * * *
33346 GATTTATGTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTATA
1 TATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
33411 TTTC
64 TTTC
33415 AAATTGGCAT
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 68, Indels: 35
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 101 0.29
181 198 0.58
182 26 0.08
183 17 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (179 bp):
TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCGAATAAACTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTATAATGATTTGAAAT
ATATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTGGTTCGATAAACTA
Found at i:33937 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 33433--33961 Score: 471
Period size: 178 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180
33423 ATTTATGAGC
* * * * * * *
33433 TGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGAA-AAACACATT--TATT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-ATAACTATTTGAACTTATTC-AATAAACAAATTCATTTT
* *
33495 TTTAAATC-----CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCGAAATAA
64 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCG-AATAA
* ** * * * *
33554 GCTTTTATGAATAGATCCAATTGCTTTCTGACAAAAGAAAAAGTTATAATGTGT
128 GCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATGTGT
* * * * *
33608 TGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAAATTCATTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-ATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTCATTTTT
* * * * * ** *
33673 TTAATTCTTTTACTCATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAA-T
65 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGC
* * * * * *
33737 TTATATTAGCT-GAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAGGTCATAATGAT-T
130 TTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATG-TGT
* * *
33788 TGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-TAGACTATTTGAA-TATATTCAATAAATATATTTA-TTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAATATA-ACTATTTGAACT-TATTCAATAAACAAATTCATTTT
* * *
33850 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAA-ATAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
64 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAATATTATTTTAATTCGAATAA
33914 GCTTAT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
128 GCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAA
33962 CAATTATCTA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 58, Indels: 30
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 47 0.17
177 12 0.04
178 81 0.29
179 38 0.14
180 34 0.12
181 23 0.08
182 41 0.15
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TGAAATAGATAATTATTCAAATAATATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTCATTTTTT
TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT
TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGTGT
Found at i:34215 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 34198--34246 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 4.0 Consensus size: 12
34188 CACAATCAAC
34198 TCTTTTTTTTTA
1 TCTTTTTTTTTA
*
34210 TCTTTTTTTTTC
1 TCTTTTTTTTTA
*
34222 TCTATCTTTTTTA
1 TCT-TTTTTTTTA
* *
34235 TATTTTTGTTTA
1 TCTTTTTTTTTA
34247 AAATGTTCTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 2
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
12 21 0.70
13 9 0.30
ACGTcount: A:0.10, C:0.10, G:0.02, T:0.78
Consensus pattern (12 bp):
TCTTTTTTTTTA
Found at i:34227 original size:16 final size:14
Alignment explanation
Indices: 34200--34233 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
34190 CAATCAACTC
34200 TTTTTTTTTATCTT
1 TTTTTTTTTATCTT
34214 TTTTTTTCTCTATCTT
1 TTTTTTT-T-TATCTT
34230 TTTT
1 TTTT
34234 ATATTTTTGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.39
15 1 0.06
16 10 0.56
ACGTcount: A:0.06, C:0.12, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTTTTTATCTT
Found at i:35558 original size:67 final size:66
Alignment explanation
Indices: 35471--35608 Score: 199
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
35461 AATTAGTATT
35471 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTT-GAAAAGCAATTGTTTTATGATTAAAAAAAAAAGGTAA
1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGGAAAA-CAATTGTTTTATGA--AAAAAAAAAAGGTAA
35535 TAACA
62 TAACA
* **
35540 ATTTTATTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAAC
1 ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGGAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAAGGTAATAAC
35604 A
66 A
35605 ATTT
1 ATTT
35609 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 3, Indels: 6
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
65 21 0.32
67 30 0.46
68 5 0.08
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ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (66 bp):
ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGGAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAAGGTAATAAC
A
Found at i:35948 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 35740--36176 Score: 499
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 182
35730 CTTTTATACT
* *
35740 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
1 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * *
35805 TCATAACTATCTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTACTAATTT
66 TCATAACTATCTGAAC-TGATTCAATAAACAAATTAACTTTTT-AAATCACTTACTTACTAATTT
* *
35869 TCAGAATGTTAATAAATCAATATTT-TTTTAGTTTGAATAA-TTTGCAT-AAATA
129 TCAGAATATTAATAAATCAAT-TTTATTTTAGTTTGAATAAGCTTGCATGAAATA
* * * * *
35921 GAAAGAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGG
1 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* * * * *
35986 A-CATGACTATTTGAACTGATTCAATAGACAAATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTT
65 ATCATAACTATCTGAACTGATTCAATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTACTAATTTT
** * * * * *
36050 TGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
130 CAGAATATTAATAAATCAATTTTATTTTAGTTTGAATAAGCTTGCATGAAATA
* * * * *
36103 -AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
*
36167 TCATAGCTAT
66 TCATAACTAT
36177 TTAAATTTGT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 39, Indels: 12
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 50 0.24
181 153 0.73
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
TCATAACTATCTGAACTGATTCAATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTACTAATTTTC
AGAATATTAATAAATCAATTTTATTTTAGTTTGAATAAGCTTGCATGAAATA
Found at i:36428 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 36411--36453 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
36401 TATTTATTAA
* *
36411 TAAATATTGATAAT
1 TAAATATTAAAAAT
*
36425 TAAATAGTAAAAAT
1 TAAATATTAAAAAT
*
36439 TAAATATTTAAAAT
1 TAAATATTAAAAAT
36453 T
1 T
36454 TAAAATTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 24 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.05, T:0.40
Consensus pattern (14 bp):
TAAATATTAAAAAT
Found at i:36787 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 36466--37584 Score: 914
Period size: 182 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
36456 AAATTTTTTA
* * * * * *
36466 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATATGAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGATCAA
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTA
* * *
36529 GTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
36594 AAAAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
128 -ATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
36649 TTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATTAATTTGTTTATTGAACAAAT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGT
* *
36713 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGATCTTTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
36778 TAAAACAATTGTCTCAATTCATACAAGCTTTTTCAATATTAAATAATAATAAT
129 TAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
36831 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTACAGAACTAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACTAGT
* * * * * * * *
36895 TCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
36960 ATAACAATTGTTTT-TTATCATACAAGC---TTCAGAATAAAATAATATTAAT
130 AAAACAATTGTTTTAAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
37009 TTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACTTGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTAGT
* * * *
37073 TTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATGTA-C-AGTTTAAATTAGTTATTTAAAAAATAAACCT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AAT-TATCTA-TTTAAA--A-TCA-TT-----AT-GACC-
* * * * * * *
37136 TTTTGTTCTATCATAAAACAATT-ATTCATATTCATACAAACTTCTTCGAAATAAAATAATACTA
116 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
37200 AT
180 AT
* * * * * * *
37202 CTAATAATA-ATCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAGTTATTTGCTGAACTAGT
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGT
* * * * * * * *
37266 TTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAGTTATCTATTTTAAAT-AGTTATTATCTTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
37330 TAAAATAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTACTCAGAATAAAATAA-AATGAAT
129 TAAAACAATTGTTTT-AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * *
37383 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAATAAAT-AATTCTGCTTACCT-AACGAG
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACTAG
* * * * * *
37442 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * *** * *
37507 TAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAATTAATACTACT
129 TAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* *
37560 CTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
37585 TAGATCTAAA
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 146, Indels: 86
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 122 0.16
178 99 0.13
179 13 0.02
180 5 0.01
181 108 0.14
182 211 0.28
183 43 0.06
184 3 0.00
188 5 0.01
189 6 0.01
190 29 0.04
191 3 0.00
192 10 0.01
193 89 0.12
194 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:36930 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36898--36930 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
36888 AACTAGTTCA
36898 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
36916 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
36931 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:37239 original size:371 final size:362
Alignment explanation
Indices: 36479--37514 Score: 917
Period size: 371 Copynumber: 2.8 Consensus size: 362
36469 TTAACATTCA
* * * * * *
36479 AAAAATTAATAAGC-AAAAGATATGAAAAAATAAATTTGTTTATC-GATCAAGTTCAAATAGTTA
1 AAAAATTAATAA-CTAAGAGAT-TTAAAAAATAAAGTTATTTA-CAGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
36542 TGACAATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTG
63 TGGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTG
* * * * *
36607 TTTTAGT-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAA
127 TTTT-CTATCATACAAGCTTAT-CAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
36671 TAAGTAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
190 TAAGTAAGAATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
* * * * *
36736 CAATTATCTATTTAAAGTCATTATGATCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCAATTCATA
255 CAATTATCTATTTAAAGTCATTATAACCTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATCTCAATTCATA
* * * * * *
36801 CAAGCTTTTTCAATATTAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
320 CAAACTTCTTCAATATAAAATAATAATAATCTAATAATATCTC
* * * * * *
36844 AAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTACAGAACTAGTTCAAATAATTATG
1 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAGT-TATTTACAGAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
36908 GCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT
65 GCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
36973 TTTATCATACAAGC-T-TCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGT
130 TCTATCATACAAGCTTATCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
*** *
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*
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * **
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** * ** ** * *
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* * ** * * * * * *
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* * ***
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* * * * *
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** * * **
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* * *
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** * * ** * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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** * *
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* *** * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* **** ** * *
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* * * * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
39300 TTCGAACAAACTTATATGTACAAAAACATTTGTTTTATGAC
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* ** *
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* * * *
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* *** * * * **
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* * * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* ** * **
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* * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
40187 ATTACTATATTTCGAATAAGCATGTATG--GACTAAAA-AATTATTTTTTGACTAAACAAAAGAT
126 ATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATGA--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * *
40249 CATAATA-ATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-AA-ACTGCTTCA-AAAA
189 CATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAAAGTCATAACTATTTGAATAAT--TTCATAAAA
* * **
40310 ATACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTT
250 CTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * *
40369 ATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAAT
314 ATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * ** *
40412 AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAACAGTTCAAAT-GAACATGACTACGTAAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-T
** * * *
40476 GTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTCAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGA-A-TAATAAATTAG
64 GTTTAGCAAAATAGA-TTATTTTTTAAATCT-T--CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAG
* ** * * *
40538 TATTATTTTATTCCAAATAAATTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
125 TATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * *
40602 CATAGAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT---TAACTTGCTCAGT-AA
189 CATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAATAA-TT--TCA-TAAA
* * * *
40663 ACAAATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
249 ACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * *
40728 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATGGGTTTATGAC
314 ATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
**
40771 AAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAA-TGT
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
** * * * * * *
40834 GTTCAAAAAACATA-TTTATTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATAAATTTA
66 -TT-AGCAAA-ATAGATTATTTTTTAAA-TCTT-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTA
* * * *
40898 -TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGA--ACAAAACTAATTATTTTATGACAAAACAAATG
124 GTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATGA-AAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
40960 GTCATAATGTTTTGAAATAGATAA-TATTTAGATAGTCATAATTATTTGAACT--TGTTCGGT-A
187 ATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AAAGTCATAACTATTTGAA-TAAT-TTC-ATAA
* * * ** ***
41021 AA-TAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAATTAGA-GCCA
248 AACTA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTA
** * * * * *
41084 TTTTATTTCAAATAAGCTTATGT-TCACT-GAAACAATTATTTTATTAC
310 TTTTATTTTGAATAAAC-T-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** ** * *
41131 AAAATAGAAGGTAACAATTATTTGAAATAGATTCTTATTCAAATAGT-ATTCACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC-T
* * * * **
41195 GTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTCACTTGTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
64 GTTTAGCAAA-ATAGATTATTTTTTAAATC-TT--CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTA
* * ** ** * * *
41259 ATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA-A
124 GTATTACTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA
41322 GTCATAA
188 -TCATAA
41329 CAATTCTATT
Statistics
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAGTCATAACTATTTGAATAATTTCATAAAACTAATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAA
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
Found at i:40673 original size:710 final size:709
Alignment explanation
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39089 CAAAATATTG
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * **
39293 GTTTTATTTCGAACAAACTTATATGTACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAACATAA
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* *
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254 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTTAGCAAAATGAATTAT
* ** * * *
39423 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTTCAAATATTAATAAATTTGTTTTACTTTATTATGAATA
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* * *
39488 AGTTACTAAGAAATGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAG
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**
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449 AATTGTTCATATAGCCTTAAATATTTAAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC--
* * * * *
39618 TGTTATTAATTTTCATAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATA
512 T-TTATTAATTTTCATAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATA
* * * * ** *
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576 GAAACAATTATTTTATGAGATAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAACAGTTCAAATAG
* ** * *
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39813 ATATT
706 ATA-T
** *
39818 AGTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAA
1 A-TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AATTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * *
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* * *** * **
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* * * *
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187 TATTATTTTATTTT-GAACAAACTTATATG-ACTGAAACA-ATGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
* * * * * *
40073 CATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTA-TTCG-ATAAAT
249 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GAGTTAGCA-AAAT
*
40136 -AGATT-TTTTTAAAAAAT-TT-CTTATTAA-TTTTCTAAATTTTAATAAATTAGTATTACTATA
312 GA-ATTATTTTTAAAAAATCTTGCTTATTAAGTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTACTATA
* * * * *** * *
40196 TT-TCGAATAAGCAT-GTATGGACT-AAAAAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCATAATAAT
375 TTAT-GAATAAG-ATACTAAGAAATGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * *
40258 TTGGAATAGATAATTGTTC-TAATAGTCTTAACTATTTAAACT-GCTTCAAAAAATACATTTA-T
438 TTGAAATAAAGAATTGTTCAT-ATAGCCTTAAATATTTAAACTAG-TTCAAAAAACAAATTTATT
* ** **
40320 TTTTAAATC-C-TTATTAATTTTTGA-AATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATT
501 TTTTAAATCTCTTTATTAA-TTTTCATAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAAC
* *
40382 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT-A-ATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATA
565 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAGAT-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATA
* * ** * * *
40445 ACAGTTCAAAT-GAACATGACTACGTAAACTTGTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTCAATCTCT
628 ACAGTTCAAATAG-ACATAACTACGTAAACTAGTTTAGCAAAACAGATTAACTTTTTAAATCT-T
40508 AACTTATTAATTTTT-AGAATA-
691 ---TTATTAATTTTTGA-AATAT
*
40529 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
40594 CAAAAGATCATAGAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGCTCA
65 CAAAAG-TCATA-AGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGAT-A
* * *
40659 GTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTA
127 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * **
40724 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATGGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAAC
192 TTTTATTTTGAACAAACTTATATGACT-GAAACAAT-GTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
40789 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
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40828 GAATGTGTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGTCATAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGATAGTAA
ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
ATTTTGAACAAACTTATATGACTGAAACAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTTAGCAAAATGAATTATTTTTAAA
AAATCTTGCTTATTAAGTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTACTATATTATGAATAAGATACT
AAGAAATGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTT
CATATAGCCTTAAATATTTAAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAAT
TTTCATAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTA
TTTTATGAGATAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAACAGTTCAAATAGACATAACTAC
GTAAACTAGTTTAGCAAAACAGATTAACTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATAT
Found at i:41749 original size:16 final size:17
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41707 GACCAGTGCA
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1 AACAATTATACTATTT
41750 CAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACAATTATACTATTTG
Found at i:41801 original size:25 final size:25
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41755 CATTATGACC
*
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1 TTTTGTTCTCTCATAGAACAATTGT
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1 TTTTGTTC
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Statistics
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TTTTGTTCTCTCATAGAACAATTGT
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAACAAGTTC-AAATAG
* * * *
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128 ATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* **
42669 AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCGAGTAAGTTCAAATA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTT-TTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
42733 ATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTTGTTTTGTAATAAAACA
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* * *
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** * * * * * *
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1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
42912 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-
65 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * ** *
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* * * * * *
43026 TA-TTCTAAAAATTAAT--G---AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAG
1 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
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65 TTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
43148 TTG-TTC-AGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAA
129 TTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
43199 CA-TTCAGAAAATTAATAAG-AAAGGAA-TTAAAAAATAAAT
1 TATTTCA-AAAATTAATAAGTAAA--AATTTAAAAAATAAAT
43238 TTGTTTAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
Found at i:43380 original size:36 final size:36
Alignment explanation
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1 AAAATTAAGAAATAATATTACTTTATCAATATTTCA
* *
43367 AAAATTGAGAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA
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1 AAAATTAAGAA
43414 GTTGGAGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATTAAGAAATAATATTACTTTATCAATATTTCA
Found at i:44485 original size:15 final size:15
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44457 AAGCAATATT
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*
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*
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1 TTAAATATAAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAAATATAATAATA
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* *
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Statistics
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TATTAAAATAATAATAAATTTAGA
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* * *
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*
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*
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** *
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* *
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*
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* *
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46143 AAATAAATAA
* * * * *
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* * ** * *
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* ** *
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* *
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* * * * * *
46397 AGCTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGTTTTGAAATAGATAATTTGTTTACATAG
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* * * *
46462 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTCTTTTTTAATTCTCTCAC
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* * * * * * **
46514 TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATTGA
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* * * * * * * * *
46579 AATAAGTATTTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTA
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * **
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130 ATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAACATA-TTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* ** * * * * * *
46695 TTATTAATTGTCAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATTCG-AATAAACTTGCATGACCCA
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* * ** * * *
46759 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-GTTGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
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* * * *
46823 CCATAA-TGATTAGAACTTGTTTGGTAAACGA-ATT-TATTTTTAAATCTTTTAC
128 TCATAACT-ATTTGAACTTG-TTAGTAAAC-ATATTAT-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
46875 TTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTAG-ACGAAT
1 TTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAAC
* * * * * * *
46937 AGAAAAAATTCTTTTATTACAAAAC-AAAGGTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAC
63 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
47000 AGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-
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* * *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * *
47118 AAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
47183 CATGATTATTTGATCTAGTGTGGTAAAC--A-TATTTTTAAAATTTTTTAC
129 CATAACTATTTGAACTTGT-TAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * * *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AAATAAGCTTGTATGAACA-
** * * * **
47295 AAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
47472 AAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
47537 -ATAATTTTTTGAACTGGTTAGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTATTAC
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* * * * * * *
47588 TTATTATTTTTTAAAATAGTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA--C
* * * *
47652 AGAA-AATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
47716 CCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAG
128 TCATAACTATTTGAACTT-GTTAG-TAAACATA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
47769 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTG-AATAAGTTTGTATGAACAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
47833 AA-ATTATTGTTTTATGACATAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATGG
65 AACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
47897 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCGCTTA-
128 TCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACATATT-ATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
47949 TTA--AA-TTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTATGATA-AA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAA
* * * * * * *
48010 AAGCAATTGTTATATGACCAAACAAAATGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GA
65 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * * ** * * * *
48074 CCA-AATTATTTGAACTAAT-TTTGCAAGTAGATTCACTTTTTAAATCACTTTC
128 TCATAACTATTTGAACT--TGTTAGTAAACATATT-ATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
48126 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * *
48190 AAACAATTATTTTATGACAAAAC---A--TCATAATGA-TT--AATAGACAATTGTTTAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** ** * * * * *
48247 GGTAACTACCTGAATTTGCTCGATAAACAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGC
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* * * *
48298 TTATTAAATTCTT----T-TT-AT---TTTGGATAAGCTTTTA--TG----AA--TTG-A--AAC
1 TTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC
**** ** * ** * ** * *
48343 -AATTGTTTTATGTAAAAAAA-A-AAAAGGTCATAACAATTTTATAA-AAATAATTGA-TCAAAT
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATT-ATTCAAAT
* * * * * *
48403 AGTCATAACTTTTTAAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGC
126 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAACATA-TTATTTTTT-AAATCTCTTAC
** * * * * ** * *
48459 TTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAAG-ACATG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA--
* * * * * *
48523 AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
48586 GT-TTTACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTTAATTTTTAAA--TC-T-C
127 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * **
48635 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCG-AATAGGCTTCTATGATTAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-
* ** * * * * *
48699 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAACTAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
48763 TATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC--A-GA---TTT--A----TTAT
129 CATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
48802 TTATT-ATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGATA-A
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * *
48864 AAA-AATTGTATTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
48928 CCATAATTATTTTAACTAAT-TTGGTAAACATATT-TATTTTTAAA--T-TT-C
128 TCATAACTATTTGAACT--TGTTAGTAAACATATTAT-TTTTTAAATCTCTTAC
* ** ** * **
48976 TTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCT-AGCTTGTATTAATTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-CAA
** * * * * * *
49040 AACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAA-CATTTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
49104 AATAACTA-TTGAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTGAAATCTCTTTC
129 CATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * **
49155 TTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * * * * * *
49219 AAACAATTGTTTTATGACTAAA-AAATGGTCAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATATT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
49283 CTTAACCATTTGAA
129 CATAACTATTTGAA
49297 ATGATTCGAT
Statistics
Matches: 2271, Mismatches: 514, Indels: 358
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
152 1 0.00
153 10 0.00
154 1 0.00
155 3 0.00
156 7 0.00
157 3 0.00
158 3 0.00
159 39 0.02
160 17 0.01
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172 35 0.02
173 35 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAA
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TAACTATTTGAACTTGTTAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:46865 original size:361 final size:359
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Indices: 46155--47730 Score: 861
Period size: 361 Copynumber: 4.4 Consensus size: 359
46145 ATAAATAATT
* * * * **
46155 ATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAAA-AAGCTTTTATGACCAGAA
1 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAAATAAGCTTATATGAATAGAA
* ** * * * *
46219 ACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCA
65 AAAATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGTCAT-AATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAA
* **
46284 TAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAA
128 TAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTACTTATTAATTGTCAAAA
* * * *
46349 TATTAATAAATTTAAATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAGCTAATTGTTTTATGA
193 TATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAACTTGCATGAACAAAGATAATTATTTTATGA
** * * ** * * * *
46414 CAAAACAAAAGGTCGTAATGTTTTGAAATAGATAATTTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAACT
258 CAAAACAAAAAATCATAATGTTTTGAAATAAATAATTTACTCAAATAGCCATAACTATTAGAACT
*
46479 TATTCAGTAAACATATTCTTTTTTAATTCTCTCACTC
323 TATTCAGTAAACATATTCTTTTTTAAATCTCTCACTC
*
46516 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTAATTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAA
1 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTAATTCGAAATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * * * *
46580 ATAAGTATTTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAA
65 AAAATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAA
* * * **** * * **
46645 TGACTGTTTGAACTTGTTTTGTAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTTTTATTAATTGTCAAA
128 TAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAAT-TTTACTTATTAATTGTCAAA
* *
46710 ATATTAATTAA-TTAATATTATTTTAATTCG-AATAAACTTGCATGACCCAAA-ATAATTATTTT
192 ATATTAATAAATTTAA-ATTATTTT-ATTCGAAATAAACTTGCATGA-ACAAAGATAATTATTTT
46772 ATGACAAAACAAAAAATCATAA-GTTGTTGAAATAAATAA-TTACTCAAATAGCCATAA-TGATT
254 ATGACAAAACAAAAAATCATAATGTT-TTGAAATAAATAATTTACTCAAATAGCCATAACT-ATT
* ** * * *
46834 AGAACTTGTTTGGTAAACGA-ATT-TATTTTTAAATCTTTTACTT
317 AGAACTTATTCAGTAAAC-ATATTCT-TTTTTAAATCTCTCACTC
* * * *
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1 ATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCGAAATAAGCTTATATGAATAGA
* * * * * * **
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64 AAAAATTATTTTATTACAAAAAAAAGGTCATA-ATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAA
* * ** * ** * * * ** * ***
47005 TAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGG
128 TAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAAAAT-TTTACTTATTAATTGTCAA
* * * * ** * * *
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191 AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGCATGAAC-AAAGATAATTATTT
* ** * * * * * * * *
47130 TATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATTGTCATGATTATTT
253 TATGACAAAACAAAAAATCATAATGTTTTGAAATAAATAATTTACTCAAATAGCCATAACTATTA
* * * * * *
47194 GATC-TAGTGT-GGTAAACATA---TTTTTAAAATTTTTTAC-C
318 GAACTTA-T-TCAGTAAACATATTCTTTTTTAAATCTCTCACTC
* * * *** * * *
47232 TACTAAGTCTCAAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATGC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 -ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAAATAAGCTTATATGAATAGA
* * ** * * * ** *
47296 AACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
64 AAAAATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTA
* ** * * * * * * * **
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127 ATAACTATTTGAACAT-GTTCAAAAAACATATTTATT-TTTAAAAATTTTACTTATTAATTGTCA
* * * * ** * * * * *
47421 AAATATTAATAGA-CTAGTATTACTTTATTCCG-AATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTG
190 AAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-CGAAATAAACTTGCATGAACAAAGATAATTATTT
* * * * * * * * *
47484 TATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAA-TTATTCAAATAG-TATAATTTTTT
253 TATGACAAAACAAAAAATCATAATGTTTTGAAATAAATAATTTACTCAAATAGCCATAACTATTA
** * * * * *
47547 GAACTGGTT-AGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTATTACTT
318 GAACTTATTCAG-TAAACA-TATTCTTTTTTAAATCTCTCACTC
* ** * * * *
47590 ATTATTTTTTAAAATAGTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTC-AAATAAGC-TAGTATGAATTG
1 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTAATTCGAAATAAGCTTA-TATGAATAG
* * * * * * * *
47652 AGAAAATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGC
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**
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CTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
TAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAACTTGCATGAACAAAGATAATTATTTTATGACAA
AACAAAAAATCATAATGTTTTGAAATAAATAATTTACTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTTAT
TCAGTAAACATATTCTTTTTTAAATCTCTCACTC
Found at i:48906 original size:166 final size:171
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* * *
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* * ** * * * *
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** **
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* *
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* * *
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66 GAAAAAATTGTATTATGACAAAACAAAAA--TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
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* * * * *
48974 TCTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-CATCTAGCTTGTATTAAT
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTCTA-TGAT
* * ** * * * * *
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*** * ** * *
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** * * *
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* * *** * * * *
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64 TAGAAAAAATTGTATTATGAC-AAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
49280 A
128 A
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GAAAAAATTGTATTATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTAAT
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48314 ATTTTGGATA
* * *
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1 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG--ACAAAAAAAAAGGTTATAAC-ATTTTGA-AAT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AGCTTGTATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTTAT-AACAT-TTTGAAATA
* * * * * * * * *
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63 GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATTT
* * *
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* * *
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1 A-GCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTTATAAC-ATTTTGAAAT
* * * *
48744 TGATAATTGTTCAACTAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA---TT--A--T
62 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATTT
* * *
48802 -TTATT-ATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
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* * * * *
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* * * ** *
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* *
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* ** * *
49024 AGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACATTTTTAAATAGAC
1 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTTATAACATTTTGAAATAGAT
* * * * * * *
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* * * *
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*
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AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATTTCTTA
TTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAATT
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49168 AAATGTTAAT
* * *** *
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* * * * * *
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131 GATAAATTAATTTTTTAAGTATTATG
*
49334 AAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCGTGTA-CAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAG
1 AAATTAGTATTAATTT-ATTCTGAATAAGCGTGTATCAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* * * *
49397 AAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATCATT-TATATAGTT-TTAACTATTTGAATTGGTTC
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127 GATA
49464 ATTAGATTTA
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AAGGTCAAAACAAATTGAAATAGATAATCATTCTAATATTCTTAACCATTTGAAATGATTCGATA
GATAAATTAATTTTTTAAGTATTATG
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50182 TGTTTTATAA
* * *
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*
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*
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ATAAATATTATAATAATATAATTATATACTTATT
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* * *
50157 ATTATAATA-AATAATAATTGTATAATGTTTTATAAAT
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* *
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* *
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ATTATAATATAATATAATTATATACTTATTATAAAT
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50211 ATTTTTACTT
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*
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ATTATAATATTATAATTAATATA
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TATTATATATAATTATAATATATATT
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*
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*
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TATAATATATAAT
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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TATAAATATTAT
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*
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* * *
55452 TAATTCTATTATTTAATAA
1 TAATACTATAAATTAATAA
55471 T
1 T
55472 TATTTCATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
TAATACTATAAATTAATAA
Done.