Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168071.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_32, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 17 of 17
Found at i:642637 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 641667--643154 Score: 1139
Period size: 359 Copynumber: 4.2 Consensus size: 355
641657 ATCCGTTACA
* * *
641667 TATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGCATTACTTTATT-TCAAATAAGACTT-TATCAA-TA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA-ACTTATATGAACT-
* * * * *
641728 GAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATCAATT-TT-AAATT
63 GAAACAATTACTTTATG---AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATAT-AATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
641791 GTTATAACTAATTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTCATATTAA---TTA
124 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTTAAATTTCTCTTATTAATTTTTT
* * * * * * *
641851 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAA-ACTAGATTATATGAACGAAA-ACATTCGTT
189 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA--AGCTTGTATGAATGAAACA-ATT-ATT
* * * * * * * * *
641913 TTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATAT-AGCCTTAACTATT
250 TTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGA-ACATAACTATT
* * * * * * *** *
641977 TAAATTTGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGT
314 TGAA-CTGTTCTAGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * * * * * * *
642020 TATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATT-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAGAT-A
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAA-CTGA
* * *
642083 AATAATT-GTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAAT
65 AACAATTACTT-TATG---AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
642147 CATAACTAGTTGAACCAGTTTGGTAAGCATATTT-ATTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTT
126 CATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTTAAAT-TTCT-CTTATTAATTTTTT
* * *
642210 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTT
189 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTATT
** *
642273 TTATGATAAAACAAAACT-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATT
250 TTATGATAAAACAAAA-TATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGAACATAACTATT
* *
642337 TTAACTGATTCTAGAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
314 TGAACTG-TTCTAGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * * * * ** * * *
642380 TCTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTGA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACTGA
* ** *
642444 AACAATTATTTTAT-AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA
65 AACAATTACTTTATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
642508 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAATTTTTAAAATTTTTTGCTAATTAATTTTTTGAA
130 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTT-AAA-TTTCT-CTTATTAATTTTTTGAA
** * *
642573 CGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
642638 CT-AAATAAATTGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCT-AAT-AATCTTAACTATTTGAA
256 -TAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT-TAAATGAA-CATAACTATTTGAA
* * * * * **
642700 CTGGTATGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
318 CTGTTCTAG-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * * ** * * * * *
642739 TATTAATTTTTATAACATTATTAGTTTTGTAATATTTTACTCTAAATAAACTTATATGCACTTAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACTGAA
* * ** * * *
642804 ACAATTGCTTTATGACAAAACAAATATCATAATGCTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
66 ACAATTACTTTATGA-AACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * **
642869 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATA-ATTTAGTTTTTAAA--TCTCTTATTAATTTTTAAAATA
129 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTTAAATTTCTCTTATTAATTTTTTGAATA
* * ** * * *
642931 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTTTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACA
194 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATA
* * * *
642996 AAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCACATGAACATGACTATTTGAACTTGT
258 AAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGAACATAACTATTTGAAC-TGT
* * * * *
643061 TCGATAAATAGAGTTATTTTTCAAATCTCCAATT
322 TCTAGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * * *
643095 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAAATTGTATGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAA
643155 TATAAACAAT
Statistics
Matches: 897, Mismatches: 190, Indels: 93
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 9 0.01
353 87 0.10
354 40 0.04
355 2 0.00
356 186 0.21
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362 63 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACTGAA
ACAATTACTTTATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTTAAATTTCTCTTATTAATTTTTTGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTATTTTATGATAAAA
CAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGAACATAACTATTTGAACTGTTCTA
GAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
Found at i:642675 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 641639--643180 Score: 1231
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641629 TGGTCAAGCT
* * * * * * * * *
641639 AACATATTCATTTTTTAAATC-CGTTACATATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGCATTACT
1 AACACATTTATTTTTTAAATCTC-CTACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTAGTAATATT
* * ** * *
641702 TTA-TTTCAAATAAGACTT-TAT-CAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAA
65 TTACTCT-AAATAA-ACTTATATGCACTA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAT-ATCATAA
* * * ** * * * *
641764 TGATTTGAAATAAATCAATT-TT-AAATTGTTATAACTAATTAAACTAATTTGGTAAATAGATTT
126 TGATTTAAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATA-ATTT
* * * * * *
641827 ATTTTTTAAATCTCATATTAA---TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACT-A
189 AGTTTTTAAATCTCTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAA-TAA
* * ** * ** * *
641888 GATTATATGAACGAAAAC-ATTCGTTTTACGATAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAAA
253 GCTTTTATGAATAAAAACAATT-ATTTT---ATAAAACAAAA-GATCATAACAATTTAAAATAGA
* * * * * * * * *
641951 TAATTA-TTCATAT-AGCCTTAACTATTTAAATTTGTTCAACAAACAAATTT-ATTTTTTAAATC
313 TAA-TAGTTCAAATGA-ACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAATTTTTAAAAT-
* * * ** * * * *
642013 TTTTAG-TTATTAATTTTCAT-AATATTATTATATTAGTATTTTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
375 TTTTTGCTAATTAATTTT-TTGAACGTTAATAAAATAGTATTTTTTATTCTGAATAAGCATGTAT
* * * * *
642076 GAAGATAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCA
439 GAAGATAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA
* *
642141 AATAATCATAACTAGTTGAACCAGTTTGGTA
504 AATAATCATAACTAGTTGAACCAGTATGGCA
* * * *
642172 AGCATATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-ATAACATTAATAAATTAGTAATATT
* ** * * *
642235 TTATTCTAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-ACTTCATAA
65 TTACTCTAAATAAACTTATATGCACT--AAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAA
* * * * *
642297 TGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTTAACT-GATTCTAG-AAATTGATT
126 TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TT-TAGTAAA-TAATT
* * * *
642360 TATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGG
188 TAGTTTTTAAATCT----CTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGA
* * * * *
642425 ATAAGCTTTTGTGAACT-GAAACAATTATTTTAT-AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATA
249 ATAAGCTTTTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGA
* * *
642488 TAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAATTTTTAAAATTT
313 TAATAGTTCAAATGA-ACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAATTTTTAAAATTT
642552 TTTGCTAATTAATTTTTTGAACGTTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCATGTATG
377 TTTGCTAATTAATTTTTTGAACGTTAATAAAATAGTATT-TTTTATTCT-GAATAAGCATGTATG
* * * * ** *
642616 AA-CTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAATTGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCT
440 AAGAT-AAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA
* * **
642680 AATAATCTTAACTATTTGAACTGGTATGGCA
504 AATAATCATAACTAGTTGAACCAGTATGGCA
* * ** *
642711 AACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAACATTATTAGTTTTGTAATATTT
1 AACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTAGTAATATTT
* *
642776 TACTCTAAATAAACTTATATGCACTTAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATATCATAATGCTT
66 TACTCTAAATAAACTTATATGCACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATT
* * * *
642841 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAATTTAGTTTTT
131 TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAATTTAGTTTTT
* * **
642906 AAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTTTAT
196 AAATCTCTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAT
* **
642971 GAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCA
261 GAATAAAAACAATTATTTTAT---AAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCA
* * * * * * * ***** *
643036 CATGAACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAGTT-ATTTTTCAAATCTCCAATTTATTA
323 AATGAACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAATTTTTAAAATTTTTTGCTAATTA
* ** * * * *
643100 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAA-AATTGTATGAATATAAACAA
388 ATTTTTTGAACGTTAATAAAATAGTATT-TTTTATTCTGAATAAGCA-TGTATGAAGATAAACAA
* *
643164 TTGTTTTATGACAAAAC
451 TTATTCTATGACAAAAC
643181 GACAAAACAA
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 147, Indels: 94
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
532 41 0.05
533 78 0.10
534 111 0.14
535 3 0.00
536 3 0.00
537 150 0.18
538 129 0.16
539 155 0.19
540 88 0.11
541 51 0.06
542 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
AACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTAGTAATATTT
TACTCTAAATAAACTTATATGCACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATT
TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAATTTAGTTTTT
AAATCTCTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAT
GAATAAAAACAATTATTTTATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAAT
GAACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAATTTTTAAAATTTTTTGCTAATTAATT
TTTTGAACGTTAATAAAATAGTATTTTTTATTCTGAATAAGCATGTATGAAGATAAACAATTATT
CTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAGTT
GAACCAGTATGGCA
Found at i:642998 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 642961--642998 Score: 51
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642951 TATTTTGAAT
*
642961 AATTTTTTATGAATAAAAAC
1 AATTTTTTATGAACAAAAAC
642981 AATTATTTTATG-ACAAAA
1 AATT-TTTTATGAACAAAA
642999 CAAAATATCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
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21 7 0.44
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Consensus pattern (20 bp):
AATTTTTTATGAACAAAAAC
Found at i:644583 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 643278--646381 Score: 1393
Period size: 362 Copynumber: 8.6 Consensus size: 358
643268 TAACTTAGTA
* * * * * * * *
643278 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACTAAAATAATTTTTTTATGACATAACAAAAGGTCAT
1 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCAT
* * * * *** * *
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66 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGATAAA-AAAT
* * * * * * *
643407 TTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTCAAGATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * * * *
643471 GAATAAGCTTGTACGAACAGAAACTATTATTTTATAACGAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAA
193 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
643536 TA-AATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
258 TAGAA-AATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACT-ATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
*
643600 T--TT-CTTATTATTTTTTGAAATATTAATAGATTAATT
321 TCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT-ATT
* * * * * * * *
643636 TT-TTTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
1 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCAT
* * * * * *
643700 AACGATTTGAAATAGATAATTTTTAAAATAATCATAATTATTAGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-
66 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGATAAA-A-AAT
* * * **
643764 TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTG
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCG
* ** ** *
643829 AATAAG-TTAGTATGAATTCAAAAAAAACTTATTTTAGGACAAAACAAAACATCATAACGATTTG
194 AATAAGCTT-GTATGAA--CAAAAACAA-TTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
643893 AAATAGATAATTGTTCATATAATCATAAATATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTA
255 AAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
643958 ATTCTCTTAGTTGTTAATTTTTGAAATATTATTAGATTATT
319 AATC-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTATT
* * *
643999 ATTATTTTATTTCGTATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAACTGTTTTATGATAGAACT-AAAGGT
1 -TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATA-AAATAAAAGGT
* ** * * *
644062 TATAATGATTT-AAAGTTTACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAAA
63 CATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGATAAAAA
* * * * * *
644126 GATTTATTTTTTAAATATCTTACTAATTAATTTTTGAAAGATTAATAAGA-AAAAATTATTTCAT
127 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTAT
* ** * * ** * *
644190 TCCGAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTATTATATGGCCAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
190 TCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *** * * * *
644255 AAATAGAAAATTGTTGACATTGCCATAATTATTTAAACTACTTTGATAAACAGATTCACTTTTTA
255 AAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTA
* *
644320 AATCACTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTT
319 AATC-CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTA-TT
* * * **
644362 TTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAAATCAT
1 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
644427 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTATTTTGATGAACAAATT
66 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGAT-AAAAAATT
* *
644492 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATA-TAATTAAATTAATATTATTTTATTCCG
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAATATTATTTTATTCCG
** * * *
644556 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA-GAATTAAAAT
194 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
644620 AGATAA---TT---AT--TC--AAACA--GAAACTAGTTCGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAATC
259 AGAAAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
644673 TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATGT
323 -CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAT-T
* * **** *
644711 ATTAATTTA-TTCGAATAGGCTTGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTCATGA-AAAACAAAA-GTC
1 -TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT-ATGATAAAATAAAAGGTC
* * * * ** * * * *
644773 TTTATAGA-TTGAAATACATAATTGTT--AATAACCATAATT-TTTGTAGCCGATTTTGAT---A
64 ATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTG-A-ACTAGTTAGATAAAA
* * * ** * *
644831 AATTGACTATTTTTAAATCTC-CACCTTATCAATTTTT-TTATA-TAATAAAGTACTATTATTTT
126 AATTTA-T-TTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTT
* * * * ** ** * * *
644893 TATT-TG-ATAAACTTTTATGAACTGAAATTAA-TA-TTTAGGGATAAAAC---AGGTTAATATT
187 TATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTATTTTA-TAACAAAACAAAAGG-TCATAAT
* * * * * * * ** * *
644951 TATTTTTAATTAG-ATATTGTTCCAATAAGTCATAACTATTTTAAC-ATATCCATAAACATATTG
249 GA-TTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAA-TCATAAATATTTAAACTAT-TTGATAAACAAATTT
* * ** * *
645014 A-TTCTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATA
311 ATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAGATT-ATT
* * * * * * *
645063 TTATTTTAATAT-GAATAAACTTGCATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
1 TTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTC
** * * * ** ** * * *
645126 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGAAATAAAAAATTGAACTTGTTTGATAAAAAAA
64 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGAT--AAAAA
* * * * ** * *
645191 AATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATGAATTTGTCTTATTTAAT
127 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * **
645254 T-TGAAATAAGCCTGTATGAA-TAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCGATTT
190 TCCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * * *
645316 CAAATAGATAATTATTGAAATATTCACAATTATTTAAACT-TGTTCGATAAATAGATTCA-TTTT
254 GAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACTAT-TT-GATAAACAAATTTATTTTT
* * *
645379 TAAATCTCGTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ACTTAGTA
317 TAAATC-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTA-TT
* * * * *
645423 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATT-TTTTAATGACAAAATAAAAGGTCA
1 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT-ATGATAAAATAAAAGGTCA
* * * * * * ** ***
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* * * * * * * * *
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128 T--TTAT--TTTTTAAATC---TCT--T--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAA-
** * * * * * * * * * ***
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179 TATT-ATTTTATT-CCGAATAAG-CTTGTATGAA---CAA-AAACAAT-TAT----TTTA-----
* ** * * *
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227 -------TAACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAATCATAA
* * ** * *
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*
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347 TAATAGATTA-T-T
* * * * * * * * *
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1 TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCA
** * * *
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65 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGATAAA-AAAT
* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * ** * * **
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* * * * * *
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321 T-CCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAGATTA-TT
* * * * * *
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1 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCA
** * * * * * * *
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65 TAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGATAAA-AAA
* * * * *
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128 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * *
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193 GAATAAGCTTGTATGAACAAAA
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AAAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTAAACTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTATT
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* * * * * * * * *
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* *
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** * * ** *
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*
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*
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* *
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* ** * * *
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** * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* ** *
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** * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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*
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1 ATTT
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646430 ATTTATTTCA
* * * * *
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*
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*
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* *
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*
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129 TCTCTTATTAATTTTAAAATATTAATA
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TCTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATG
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* *
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** *
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* *
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*
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1 G
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GTAAATCATTGATAACTTAATA
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1 TAGTA
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Statistics
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TAGTAAATCATAAATAACT
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*
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* *
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1 ATAACTTAATAG-TAATTA
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ATAACTTAATAGTAATTAATTG
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* *
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1 ATAATTTAGTAATAAATCACTT
* * * *
647102 -GAATTTAGTAGTAAATTACTA
1 ATAATTTAGTAATAAATCACTT
** *
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1 ATAATTTAGTAATAAATCACTT
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1 ATAATTTAGTAATAAAT
647162 TAATTAATTA
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647158 AAATTAATTA
* * * * *
647168 ATTATTAATAATTTTATAGTAAATCATCGATAACGTCATAGAAAATTAGTTATAACTTTATAATA
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647233 G
66 G
* *
647234 ATTATTAATAACTTAAAAGTAAATCATTC-ATAACTTAATAGTAAATCA-TTGATAA-TTTAATA
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647296 ATA
63 ATA
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Statistics
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ATTATTAATAACTTAAAAGTAAATCATCGATAACGTAATAGAAAATCAGTTATAACTTTATAATA
G
Found at i:647310 original size:22 final size:22
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* * *
647219 ATAACTTTATAATAGATTATTA
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*
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* *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * **
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* * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * * *
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* * * *
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* * *
673426 CAAAACACA-AAACATGATAACTTGCGTTGGTTTTAGA-TTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
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* * * * * * *
673489 GAAGGATTTTCGAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGAGCATAAAAGCAATT
259 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAAC-ATC
* * * ** * * *
673554 TGCATAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAACTTTTCATACTTATCTGTT
323 TGCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAATCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCT
* * * * *
673619 TCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCTCAAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGGTATTTT
388 TCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTG
* * * *
673684 GATGTCATTTGTCAGATCGATATTGGT
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* * *
673711 GCTTGATACGATTAACTATGTGCTAACTTATTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
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* * *
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* * * * *
673906 TCAAACAAAGAAACATGACAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAGGTGTAAGTTATG
195 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTATAAGTTACG
* * * *
673971 AAGGATTTTGGAGTTTAAAACATCAAATTTTCGTTTTTGAAA-AATTATGGGCATAAAAACTATT
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* * * *
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*
674098 CTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGTCA-AGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATAT
386 CTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAAT-GCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATAT
* * *
674162 TTGGATTTCATTTGTGCAATTGTTATTGGC
450 TTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGC
** *
674192 ATTTGATGCGATTAACTGTATGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
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* * * *
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** * **
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131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * * * * *
674387 CAAACCCA-AAACTTGAAAACTTGAATTGGTTTAAACTTTTCACAATGTTAAGCT-TAAGTTAAG
196 CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAG-TATAAGTTACG
* * ** *
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** * *
674515 GCGTAATTTCAAATTGAGATACAAAAATCATTTGAACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
324 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAATCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
* * * *
674580 GAAATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATTTTTGG
389 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGG
* * *
674645 ATGTCATTTATCAAATCGTTATTCGC
454 ATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGC
* *
674671 GCTTGATGCAATTAGCTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * *
674736 TTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTAGAGCCGAGGTTTAAAAGTATGA
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
*
674801 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAAAGGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
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*
674866 TCAAACACAGAAACATGATAAATTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTATAAGTTACG
195 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTATAAGTTACG
* * * **
674931 AATGATTTTGTAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTAAACAATTATGGGCATCAAAGCCATCT
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* *
674996 GCATAATTTCAAATT-ACGATATAAAAA-CTATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTACTTGC
324 GCACAATTTCAAATTGA-GATATAAAAATC-ATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGC
* * * * **
675059 TTTAGATGCAATTTTAGGAGGATTCATTAATGCCCCAGGGAATTTGCGAAATGCTGTTGATATTT
387 TTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTT
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* * * *
675217 TTTCTGAAGTTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGCTGAGCTTCAAAAGGATGA
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* * * *
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131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * ** *
675347 CAAAACACAAAAACATGATAACTTGCGTTGGTTTTAACTTTCCACAGTGTTAAGCGTAAGTTATG
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* * * * * *
675412 AAGGATTTTCGAACTTGAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGAGCATAAAAACAATTT
260 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAAC-ATCT
* * * ** * * *
675477 GCATAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAACTTTTCATACTTATCTGCCT
324 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAATCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
* * * * *
675542 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAAGGAATTTGCAGGATGCTGTTGGTATTTTG
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* * *
675607 ATGTCATTTGTGAGATCGATATTGGT
454 ATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGC
* * *
675633 GCTTGATGCGATTAATTATGTGCTAACTTATTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * *
675698 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAAGCATTTCTGCTGGAG-TCAAGCTTTAACAGTATG
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCT-GAGCTTTAAAAGTATG
* *
675762 AAATATTATTTGAGCAAGTTTTTTAGAA-GGAAATGAATATGTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
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* *
675826 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTTTAAGTTAC
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* * * * *
675891 AAAGGATTTTGGAGCTGAAAACATCAAAATCTCGTTTCTGAACAACTATGGGCATAAAAACTATC
259 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAAC-ATC
* *
675956 TGCACAATTTCAAATTGCGATAT-AAAATCCATTTGCCCGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGC
323 TGCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAAT-CATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGC
* * * *
676020 TTCAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATG-CACCAAGGAATATGCAGGATGCTGTTGATA-T
387 TTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCA-CAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATT
* *
676083 TCGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
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* * *
676112 ACTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAAATTAG-TTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAAT
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTT-GTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAAT
* * * * **
676176 GTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTCAAAACCGTTTCTGTTGGATCCAAGCTTTAAAAGTATG
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* * *
676241 AAACATTGTTTGAGCAAGTTTTTAAAAGGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
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* * * *
676306 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACTTTTCATAGTGCTAAGTTTAAGTTACG
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* ** * *
676371 AAGGATTTTAGAGCTTAAAAGGTCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGAATAAAAACAGTCT
260 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAACA-TCT
* * * *
676436 GCACAATTTCAAATTGCGATAGAAAAATCATTTGCTA-GATTTTAGTCTTTCATAC-TAGTTTGC
324 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAATCATTTGC-ACGATTTTAATTTTTCATACTTA-TTTGC
* * * * * * * *
676499 TTCATAAGAATTTGTAAGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCGGGTTGCTGTTAATATTT
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* * *
676564 GGTTGTCATTTGTCAAATCGTTATTGGT
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* * * ** * *
676592 GCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTATTTTTATAT-TTGCGCACAAACACAAAGCTCAAAG
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* * * *
676656 TTTCTAAAGCTTTTTATGTTTTGATTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTAAGCTTTAAAAGTATC
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* * *
676721 AAATATTGCTTCAGCAAGTTTTTTGAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTCAAACTTG
130 AAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAACTTG
* * * * *
676786 CTGAAACACAGAAACATGATAACTTGCACTGGTTTTAACTTTTTATAGTGTTAAGTATACGTTAC
194 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTATAAGTTAC
* * *
676851 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAATTATC
259 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAA-CATC
* * *
676916 TTCACAATTTCAAATTGAGATAT-AAAATCCATTTGCACGATTTTAGTCTTTCATACTTATTTGC
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* * * *
676980 TTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCACAAGGAATTTGTGAGATGCTATTGATATTT
387 TTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTT
* * * * *
677045 GGGTGCCATTTGTAAAATTGTTATTGGT
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* * ** * *
677073 GCTTGACGTGATTAGTTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATGTTATGCACAATCTCAAA-CTCAATG
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* * * ** *
677137 TTTCTAAAGGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGCCAAGCTTTAGAAGTATGA
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* *
677202 AATATAGTTTGAGCAAGTTTTTTGAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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325 CACAATTTCAAATT-GAGATATAAAAATCA-TTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCT
* * ** * *
677461 TCAAATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAATGAATTTGTGGGATGATGTTGATATTTG
388 TCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTG
* ***
677526 GATGTTATTTGTGAAATTAATATTGGC
453 GATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGC
* * * * *
677553 ACTTGATACGATTTACTGTGTGCTAACTTGGTTTCATATATT
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATT
677595 GTGAAAACCA
Statistics
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476 182 0.04
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Consensus pattern (479 bp):
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ACAATTTCAAATTGAGATATAAAAATCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCA
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GTCATTTGTGAAATCGTTATTGGC
Found at i:674880 original size:960 final size:959
Alignment explanation
Indices: 672277--687863 Score: 15238
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672267 TGTTATTCAT
* * * *
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* * * *
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* * * * * **
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128 TGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTT
* * * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * *
672664 TTCAGATGTATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGTGGGA---TGTTGATTTTT
388 TTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCC-CAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTT
* * * ** * *
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452 GGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTAT
* *
672791 ATATTATGCACAAACCCAAAGCTCAATGTTTCCAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTT
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* * * *
672856 TTGCTAGAGCCGAGCCTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCGAGTTTTTTAAATGAAAATGAAT
582 CTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAAT
* * * * *
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647 ATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAAC
* * * * *
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712 TTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCT
* * * * *
673050 AAACAATTATGGGCATCAAAACCATTTGCACAATTTCAAATTACGATATAAAAACTATTTGCACG
777 GAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACG
* * *
673115 ATTTTAATTTTTCATACTTACTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATTAAT-GCTCCAGG
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* *
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906 GAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTG-GC
* *
673233 ACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTTAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * * *
673298 TTTCTGAAGTTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACTATTTTTGCTGGAGCTGAGCTTCAAAAGGATGA
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
* * * *
673363 AATATTGTTTGAGCAAG--TTTTAAATGGAAATGACTGTCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTGTT
131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* *
673426 CAAAACACA-AAACATGATAACTTGCGTTGGTTTTAGA-TTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
196 C-AAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTA-ACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAC
* * * * * * *
673489 GAAGGATTTTCGAACTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGAGCATAAAAGCAATT
259 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
* * *** * * *
673554 TGCATAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAACTTTTCATACTTATCTGTT
324 TGCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCT
* * * *
673619 TCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCTCAAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGGTATTTT
389 TCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCC-CAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTG
* * * * * * *
673684 GATGTCATTTGTCAGATCGATATTGGTGCTTGATACGATTAACTATGTGCTAACTTATTTTTATA
453 GATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
* *
673749 TATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCGTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTC
518 TATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTC
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* *
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646 TATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAA
* * * * *
673943 CTTTTCACAGTGTTAGGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGTTTAAAACATCAAATTTTCGTTTT
711 CTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTC
* * * * * * *
674008 TGAAAAATTATGGGCATAAAAACTATTTGTACAATTTCAAATTACGATATAAAAACAATTTGCAG
776 TGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCAC
* * *
674073 GATTTTAATTTTTTATACTTATTTACTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGTCAAGG
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* *
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906 GAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
** *
674192 ATTTGATGCGATTAACTGTATGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * *
674257 TTTTTGAAGCATTTATGTTTTGCTTTTAAAACCATTTCTACTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
** * **
674322 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATCAAAATGAATTTCTTGAATTGAATGTTTTAAACTTGCT
131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * * * * *
674387 CAAACCCA-AAACTTGAAAACTTGAATTGGTTTAAACTTTTCACAATGTTAAGCT-TAAGTTAAG
196 CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAG-TGTAAGTTACG
* * ** * * *
674450 AACGATTTTGGAGTTTAAAATTTCAAATTTTCGTTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAATCATCT
260 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
** * * * *
674515 GCGTAATTTCAAATTGAGATACAAAAATCATTTGAACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
325 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
* * * *
674580 GAAATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCCACAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATTTTTGG
390 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCC-CAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGG
* * * * *
674645 ATGTCATTTATCAAATCGTTATTCGCGCTTGATGCAATTAGCTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAT
454 ATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAT
674710 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCT
519 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCT
* *
674775 GCTAGAGCCGAGGTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAAAGGGAAATGAATA
584 GCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAG-TTTTTTAAATGGAAATGAATA
*
674840 TCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAAATTGCATTGGTTTTAACT
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* * * * *
674905 TTTCACAGTGTTAAGTATAAGTTACGAATGATTTTGTAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTA
713 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTG
* * * * *
674970 AACAATTATGGGCATCAAAGCCATCTGCATAATTTCAAATTACGATATAAAAACTATTTGCACGA
778 AACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACGA
* * * * * *
675035 TTTTAATTTTTCATACTTACTTGCTTTAGATGCAATTTTAGGAGGATTCATTAATGCCCCAGGGA
843 TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGCCAAGGGA
** *
675100 ATTTGCGAAATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTA-TGCGC
908 ATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTG-GC
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1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * *
675217 TTTCTGAAGTTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGCTGAGCTTCAAAAGGATGA
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
* * * *
675282 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATTAATGTCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTGTT
131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * * *
675347 CAAAACACAAAAACATGATAACTTGCGTTGGTTTTAACTTTCCACAGTGTTAAGCGTAAGTTATG
196 C-AAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACG
* * * * * *
675412 AAGGATTTTCGAACTTGAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGAGCATAAAAACAATTT
260 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
* * *** * * *
675477 GCATAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAACTTTTCATACTTATCTGCCT
325 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
* * * *
675542 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAAGGAATTTGCAGGATGCTGTTGGTATTTTG
390 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG-CCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGG
* * * * * *
675607 ATGTCATTTGTGAGATCGATATTGGTGCTTGATGCGATTAATTATGTGCTAACTTATTTTTATAT
454 ATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAT
* *
675672 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAAGCATTTCT
519 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCT
* * * * *
675737 GCTGGAGTCAAGCTTTAACAGTATGAAATATTATTTGAGCAAGTTTTTTAGAA-GGAAATGAATA
584 GCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTA-AATGGAAATGAATA
* *
675801 TGTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACT
648 TCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACT
* * * *
675866 TTTCACAGTGTTAAGTTTAAGTTACAAAGGATTTTGGAGCTGAAAACATCAAAATCTCGTTTCTG
713 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTG
* * * *
675931 AACAACTATGGGCATAAAAACTATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAATCCATTTGCCCGA
778 AACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACGA
* *
675996 TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCACCAA-GG
843 TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG-GCCAAGGG
* * *
676060 AATATGCAGGATGCTGTTGATA-TTCGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
907 AATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
* * *
676112 ACTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAAATTAG-TTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAAT
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTT-GTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAAT
* * * * **
676176 GTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTCAAAACCGTTTCTGTTGGATCCAAGCTTTAAAAGTATG
65 GTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATG
* * *
676241 AAACATTGTTTGAGCAAGTTTTTAAAAGGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
130 AAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * * *
676306 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACTTTTCATAGTGCTAAGTTTAAGTTACG
195 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACG
* ** *
676371 AAGGATTTTAGAGCTTAAAAGGTCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGAATAAAAA-CAGTC
260 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCA-TC
* * * * *
676435 TGCACAATTTCAAATTGCGATAGAAAAATCATTTGC-TAGATTTTAGTCTTTCATAC-TAGTTTG
324 TGCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCAT-GATTTTAATTTTTCATACTTA-TTTG
* * * * * * *
676498 CTTCATAAGAATTTGTAAGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCGGGTTGCTGTTAATATT
387 CTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG-CCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATT
* * * * * *
676563 TGGTTGTCATTTGTCAAATCGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTATTTTTA
451 TGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTA
** * * *
676628 TAT-TTGCGCACAAACACAAAGCTCAAAGTTTCTAAAGCTTTTTATGTTTTGATTTGAAAACCAT
516 TATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGC-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCAT
* ** * * * *
676692 TTCTGCTGGAGCTAAGCTTTAAAAGTATCAAATATTGCTTCAGCAAGTTTTTTGAATGGAAATGA
580 TTCTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGA
* *
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645 ATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTT
* * * *
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709 AACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTT
* ** * * *
676887 TCTGAACAATTATGGGCTTAAAAATTATCTTCACAATTTCAAATTGAGATATAAAATCCATTTGC
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* *
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839 ACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGCCA-
* * * * * * * *
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903 AGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
* * ** * *
677073 GCTTGACGTGATTAGTTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATGTTATGCACAATCTCAAA-CTCAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * ** *
677137 TTTCTAAAGGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGCCAAGCTTTAGAAGTATGA
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
* *
677202 AATATAGTTTGAGCAAGTTTTTTGAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * *
677267 CAAACACAGAAAAATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCGCAGTATTAAGTGTAAGTTACGA
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* * ** * * *
677332 AGGGTTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCCAAACAATTATGGGCTTAAAAATCATTTG
261 AGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTG
* *
677397 CACAATATCAAATTCG-GATATAAAAACCATTTTGCATGATTTTAATCTTTCATACTTATTTGCT
326 CACAATTTCAAATT-GAGATATAAAAACCA-TTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCT
* ** * *
677461 TCAAATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAATGAATTTGTGGGATGATGTTGATATTTG
389 TCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG-CCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTG
* *** * * * * *
677526 GATGTTATTTGTGAAATTAATATTGGCACTTGATACGATTTACTGTGTGCTAACTTGGTTTCATA
453 GATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
* *** ** * *** * *
677591 TATTGTG-A-AAAC-CATTTCTGC--TGGAGTC--GAGC-TTTA---AAAG-TATG-AAA-TATT
518 TATTATGCACAAACTCAAAGCT-CAAT-GTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATT
** * ** * * * * **
677642 GT-T--T-GAG-TAAGTTTTTTAA--ATGGAA-A-----T--G-AA-TATCTTGAAT-CCAATG-
581 -TCTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGA
* *
677688 -T-T-TT--A---AA-----T----TTGCTCAAACACAGAAACATAATAACTTGCATTG-GTT--
645 ATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAA----C-TTGCATTGG
*** * * * *
677733 TTAAC--TTTTCATAGTATCAAGTGTAAGTTTA-G-ATGATTTTGGAGCTTAAAACATC-AAATT
705 TTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAG-TTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATT
* * * * * *
677793 TCGTTTCTTAAGAATTATTGGCATAAAAACCATTTTCACAATTTCAAATTGCGATAT-AAAACCC
769 TCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCA
* * * *
677857 TTTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTGTAGGAGAATTCATGAATG
834 TTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG
* * * * *
677922 TCCCATGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGT
899 GCCAAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
* *
677983 GCTTGATACGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTTAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * * * *
678048 TTTTTTATGCTATTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGA
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
* * * * * *
678113 AATATTGTTTGAACAAATTTTTTAAATGGAAATTAATGTCTTGAATCCAAT-TTTTTAACTTACT
131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* *
678177 CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACCTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACAA
196 CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGA
* * ** *
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* * *** *
678306 GCACAATTTCAAATTGTGATATAGAAACCATTTGCCCAATTTTAATTTTTAATACTTATTTGCTT
325 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
**
678371 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCTAGGGAATTTGCAAGATGCTGTTGATATTTGG
390 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCC-AGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGG
* * *
678436 TTGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTTTGCTAAGTTGTTTTTATAT
454 ATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATAT
* * * * *
678501 ATTATGCACAAACTCAGAGCTCAATGTTTCTGAAGGTTTTATGTTTTGCTTTGACAACCAGTTCT
519 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCT
* * * * * *
678566 GCTGGAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATAATGTTTGAGCAAGTGTTTTAAACGGAAGTGAATAT
584 GCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATAT
* * *
678631 CTTGAATCGAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACATAAACATGATAACTTGCATTGGTTTCAACTT
649 CTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTT
* * * * * ** *
678696 TTCATAGTGCTAAGTTTAAGTTACGAAAGATTTTAGAGCTTAAAAGGTCAAAATTTCGTTTTTGA
714 TTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGA
* * * * * *
678761 ACAATTATGTGAATAAAAACCTTCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAATCATTTGCAAGAG
779 ACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACGAT
* * * * * * * * * *
678826 TTTAGTCTTTCATACTTGTTTGCTTCATAAGAATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCCCCAGGAAA
844 TTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGCCAAGGGAA
* * ** * *
678891 TTTGCGGGATG-TCGTTAATATTTGGTTGTCATTTGTCTAATCGTTATTGAC
909 TTTGCGGGATGCT-GTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
* * ** * ** *
678942 GCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTATTTTTATATATCGTGCATAAACGGAAAGCTCAAAG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * * *
679007 TTTCTAAAGCTTTTTATATCTTGATTTGAAAACCATTTCTGCTGGAG-TCGAGCTTTAAAAGCAT
66 TTTCTGAAGC-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCT-GAGCTTTAAAAGTAT
* * * * *
679071 GAAATATTGCTTGAGAAAGTTTTTTTAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAACTTA
129 GAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
*
679136 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACCTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAC
194 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAC
* * * * *
679201 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACAACTAAATTTCATTTTTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATC
259 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
* * *** *
679266 --CACAAATTTCAAATTGCGATATAGAAACCATTTGCCCAATTTTAATTTTTAATACTTATTTGC
324 TGCAC-AATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGC
* ** ** *
679329 TTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCGTGAACACCCTAGGGAATTTGCAAGATGCTATTGATATTT
388 TTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCC-AGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTT
* * * * *
679394 GGTTGCCATTTGTGAAATCGTTACTGGCACTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTATTTTTAT
452 GGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTAT
* ** * * *
679459 ATATTGTGCACAAACAGAAAGCTCAAAGTTTCTGAAA-CTTTTTATGTCTTGATTTGAAAACCAT
517 ATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCT-AAAGC-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCAT
* *
679523 TTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGCTTGAGCAAGTGTTTTT-AATGGAAATG
580 TTCTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGT-TTTTTAAATGGAAATG
*
679587 AATATTTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACAAATTGCACATTT
644 AATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAAC---TTG--CA--T
** * * * *
679652 ATGAGCTTAAAACATTTCACAGTGTTAAGTATAAGTTACGGAGGATTTTGGAGCTTAAAACAAC-
702 -TG-G-TTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCA
* * * *
679716 AAATTTCGTTTCTGAACAATTATGAGCTTAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCAATATAGA
764 AAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAA
* * * *
679781 AACCATTTGCCCGATTTTAATTTTTAATATTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAAGAGGATTCAT
829 AACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCAT
* * *
679846 GAAT-GCCACAAGCAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCA-TTGTGAAATCGTTATTG
894 GAATGGCCA-AGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTG
679909 GC
958 GC
* * * * * *
679911 GCTTGATGTGATAAATTGTGTGATAACTTGTTTTTATATATTATGCACAATCTGAAAGCTCAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * * * ** * *
679976 TTGCTAAAGGTTTTATGTTTTGCTTTGACAACCATTTCTGCTGGAACCAAGTTTTAAAAGGATGA
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGA
680041 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
** *
680106 CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCGTAGTGTTAAGTGTAAGTTAAGA
196 CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGA
* * * * * *
680171 AGGATTTTGGAGGTTCAAACATCAAAATTTCGTTTCTTAAGAATTATGGGCATAAAAACCTTTTG
261 AGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTG
* *
680236 CACAATTTCAAATT-ACGATATAAAATCCATTTGCATGATTTTAATTGTTCATACTTATTTGCTT
326 CACAATTTCAAATTGA-GATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
* * * ** * *
680300 TAGATTCCTTTTTATTAGGATTCATGAATGCCCTATGGAATTTGCGGGATGCTATTGATATTTGG
390 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCC-AGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGG
* *
680365 ATGTCATTTGTGAAATCGTTATTTGTGC-CTT-ATGCAATTAACTGTATGCTAAC-T-TTTTTAT
454 ATGTCATTTGTGAAATCGTTA-TTG-GCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTAT
* * * *
680426 ACA-TATTCAC-AACTCAAAGCTCAAAGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACAATTT
517 ATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTT
* * *
680489 ATG-TAGGAGCAGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTCTTTT-CATGGAAATGA
582 CTGCTA-GAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTT-TTTTAAATGGAAATGA
* * * *
680552 ATATCTTGAATCAAATGTTTTAAGCTTGCGCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGATTTA
645 ATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTA
* * *
680617 ACTTTTCACATTGTTAAGTGTATGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTT
710 ACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTT
*
680682 CTG----A--A----C------A--AT-T-----A-TT---A--GC---ATAAAAACCATTTACA
775 CTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCA
* *
680714 TGATTTTAATTTTTCAAACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAAT-GCCACA
840 CGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGCCA-A
* * * * * *
680778 AGGAATTTGTGGGATGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTTTGAAATCGTTATTGGT
904 GGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
* * * * * *
680834 GCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTATATATATTTTGTACAATCTCAAAGCTCCATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * * *
680899 TTTCTAAAGATTTTATGTTTTACTTTGAAAACTATTT-TCGCTGGAGC-CACGCTTTAAAAGTAT
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCT-GCTGGAGCTGA-GCTTTAAAAGTAT
* * * * * *
680962 GAAAGATTGTTAGAACTA-TTTTTTAAATGGAAGTTAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
129 GAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
* * **
681026 CTTAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACTTTTTGCAGTGTTAAGTGTAAGTTAC
194 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAC
* * * *
681091 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGATTTTCGTTTTTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATC
259 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
* ** * * * * *
681156 TGCACAACTTCAAATTCCGATATAAAAAACCTTTTTGGATGCTTTTAATCTTTCAGAC----TTG
324 TGCACAATTTCAAATTGAGATAT-AAAAACC-ATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTG
* * * * * *
681217 CTTTAGATGCGTTTTTAGGAGGATTAATGAATGCCCCAGTGAATTTGCTGGATGCTATTGATATT
387 CTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG-CCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATT
* * ** * * * **
681282 TAGATGTTATTTGTGAAATCAATATTGGCACTTGATGTGATTAACTGTGTCCTAACTCATTTTTA
451 TGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTA
* * *
681347 TCTATTATGGACAAACTCAAAGCACAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATT
516 TATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATT
* * *
681412 TCTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGTAAGTATTTCAAATGGAAATGAA
581 TCTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAA
* * *
681477 TATCTTGAATCCAAT-TGTTTAAACTTACTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTA
646 TATCTTGAATCCAATGT-TTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTA
* *
681541 ACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCATTT
710 ACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTT
** * **
681606 CTGAAGTATTATGGGCATAAAAACTATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGTG
775 CTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCA
* ** * * *
681671 CGATTTTAATTTTTCATACTTATTTACTTTTGATGCATTTTTAGGAGGATTCAAGAATGCCCCAG
840 CGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGCCAAG
** * * * *
681736 GGAATTTATGGTATAG-TATTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGC
905 GGAATTTGCGGGAT-GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
* * *
681791 GCTTGA--CG--TGA-T-TATACTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * *
681850 TTTTTGAAG-TTTTAATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTAGG
66 TTTCTGAAGCTTTT-ATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATG
* * *
681914 AAATATTGTTTTAGTAAGTATTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
130 AAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * ** * * *
681979 TCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGCATACGCTATG
195 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACG
* * * * * *
682044 AAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCATTGCTAAAGAATTATGGGCATAAAAACAATCT
260 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
* **
682109 GCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGTGTGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
325 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
* * * * * *
682174 TAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTGC-GGTGAATTTTCGGTATGCTATTGATATTTT
390 CAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGC-CCAGG-GAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTG
* * * *
682238 GATGTC--TTGTGAAATCGTTATTGGTGCTTGAAGCGATTAACTATGTGCTAACTCGTTTTTATA
453 GATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
* *
682301 TATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGTTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTC
518 TATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTC
* * * * * *
682366 TGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTAGGAAATTTTGTTTGAGTAAGGTTTTTAAATGGAAATGAATA
583 TGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATA
* * * *
682431 TCTTGAATCCAATGTTCTAAACTTGCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTAGTTTTAATT
648 TCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACT
* * * **
682496 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACAAATGATTTTGGAGCTTAAAACATCCAAATTTCACTTCTG
713 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTG
* *
682561 AAGAATTATGGGCAT-AAAA--A--TGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAAGCCATATGCACG
778 AACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAA-CCATTTGCACG
** * * * * * * *
682621 ATTTT-A----T--TA-GGA-TT-CATGA-ATGC-CTCTT-GGA--ATTTGCA-GGAT-G-CTAT
842 ATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGA-TT-CATGAATGGCCAAG
* ** * * * *
682668 TGATATTT---GGATGCCAT-TTG-TA---AAATCGTTATTTGCG--CTCG--A-T-GC
905 GGA-ATTTGCGGGATG-C-TGTTGATATTTGGAT-GTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
* * * * ** * * ** * * * ** *
682713 GATTAACTGTGTGTTAACT-TGTTTTTA-TATATTATGCACAAACTCATAGCACAATGTTTCTGA
1 GCTTGA-TGCG-ATTAACTGTGTGCTAACT-TGTT-TTTATATA-TTAT-GCACAA--ACTC-AA
** ** * * * * * **
682776 AGCTTTTATGTTT-T-TTGCTTTCAAAACCAT-TTTTGC--TG-GAGCC----GTGCTGTA--AA
57 AGC-TCAATGTTTCTGAAGCTTT------TATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTG
** * * *** *** ** * **
682829 AGAATGAAATATTGTTTG--GGCTTGTTTTTTCAA----TGGAAAT-G-AAT--ATCTTCAATCC
115 AGCTTTAAA-A--GTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAAT-ATC--TTG
* * * * * *
682884 AAT---GTTTT--AAACTTACTCAAACACATAAACTTGATAACTTGCATTGGTTTTAACCTTTCA
174 AATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCA
* * * * *
682944 CAGTGTTAAGTGTATGTTACAAACGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGCTTCCGAGCA
239 CAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAA-GGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* * * * *
683009 ATCATAGGCATAAAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACGATTTGCATGATTTT
303 ATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTT
*
683074 AATTTTTCATAATTATTTGCTTCAGATGCA-TTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCAAGGGAATTT
368 AATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCC-AGGGAATTT
** * * * * * * * *
683138 GTTGAATGCTATTGAAATTTAGATGTCATTTGTGAAATCATTTTTGGCGTTTGATGCGATTAAGT
432 GCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACT
* *
683203 CTGTGCTAACTTG-TTTTATATATTGTGCACAAACTC--A---C-A-G---CT----C---TATG
497 GTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATG
* * * * *
683250 TTTTGCTTTGAAATA-AATTTCTGTTGGAGCTGAGCCTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAA
562 TTTTGCTTTGAAA-ACCATTTCTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGC-A
* * * * ** * *
683314 ATTTTTTTTGAA-GGAAATGGATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACGTGCTTGAACATAAAAACA
625 A-GTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACA
* * * * * *
683378 TGATAACTTGCATTGGTTTAAAATTTTTCACAGTGTTAACTGGAAGTTATGAAGGATTTTCGAGC
689 TGATAACTTGCATTGGTTT-TAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGC
* * * * * *
683443 TCAAAATATCAAAATTTCATTTCTGAACAACTATGGGCATAAAAACTATCTTCACAATTTCAAAT
753 TTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAT
* * * * * *
683508 TGCAATATAAAATCCACTCGCAAGATTTTAATTTCTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTA
818 TGCGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTA
*
683573 GGAGGATTCATGAAT-GCC-----------C------C-------A----G-TG-AATTTGTGAA
883 GGAGGATTCATGAATGGCCAAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAA
683607 ATTGTTATTGGC
948 ATTGTTATTGGC
* * * * *
683619 ACTTGATGCGACTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTTTATACAATATCCACAAACT----GCTCAA
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTG--TTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAA
* * *
683680 TGTTGCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTTT
64 TGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTAT
* * *
683745 GAAATATTGTTCGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTCAATCCAATGGTTTAAACTTG
129 GAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
* * *
683810 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCATAGTGTTAAGTGTACGTTAA
194 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAC
* * * * * * * *
683875 AAAAGATTTTGGAACTTAAAACATCAAAATTTGGGTTCTGAACAATTATGAGAATAAAAACTATC
259 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
** * * * * * *
683940 ACCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCGTTTGCGTGATTTTAGTCTTTCTTACTTATTTGCT
324 TGCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCT
* * * *
684005 TCAGATGCA-TTTTCGTTAGGATTCATGAATGCCACATGGAATTTGCGGGATGCTATTGATATTT
389 TCAGATGCATTTTTAG-GAGGATTCATGAATGCC-CAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTT
* * * * * *
684069 GGATGTCATTTGTGAAATCATTATTTGCCCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTTGT
452 GGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTAT
* * * *
684134 ATGTTATACACAAACTCAAAGCTCAAT-ATTCTAAAGCTTTTGTGTTTTGCTTTGAAAACCATTT
517 ATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACC----
* * *
684198 ATTTCTGC-AGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAATTATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAATGGAAA
578 ATTTCTGCTA-GAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAA
* * * * *
684262 TAAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAATTTGCTTATACACAGAAACGTGATAACTTGCATTGGTT
642 TGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTT
* * *
684327 TTAACTTTTTACAGTGTTAAGTGTAAG-TATGAAGGATTTTGGAGGTTAAAACATCAAAATTTCG
707 TTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCG
* * *
684391 TTTCTGAACAATTATGGG-ATAAAAACCATCTGTACAATCTCAAATTGTGATATAAAAACCATTT
772 TTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTT
* * * * * * * *
684455 GTACGATTTTAGTATCTCATATTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCCC
837 GCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG--G
* * * * *
684520 CCAA-GGAATTTGCAGGATGCTGTTCATATTTTGATGTCATTTGTGAAATTATTATTGGT
900 CCAAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
*
684579 GCTTGATGCTG-TTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGTACAAACTCAAAGCTCAAT
1 GCTTGATGC-GATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAAT
* **
684643 GTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCT-GAGCCAAGCTTTAAAAGTATG
65 GTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATG
* * * *
684707 AAATATTGTTTGAACGAGTTTTTTAAATGGAAAAGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGC
130 AAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
**
684772 TCAAACACAGAAACATGATAACTT-CATTTATTTTAAC-TTTCGACAGTGTTAAGTGTATAAGTT
195 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTC-ACAGTGTTAAGTG--TAAGTT
* * * * * *
684835 TCGAATGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCATTTCTGAACAATTATGGGAATAAAAACCA
257 ACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCA
*
684900 TCTGCACAATTTCAAATT-ATGATATAAAAACCATTTGAATGATTTTAATTTTTCATACTTATTT
322 TCTGCACAATTTCAAATTGA-GATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTT
* * * *
684964 GCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGATTGGCCTAGGGAATTTGCTGGATGCTGTTGATAT
386 GCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAAT-GCCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATAT
* * * *
685029 TTGGATGTCCA-TTGTGAAATTGTTATTGGCGCTTGATACGATTAAATGTGTGCTAACTTGTTTC
450 TTGGATGT-CATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTT
** * * ***
685093 TATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCCGAAGCTTTTATGTTTTACATTGAAAATTG
514 TATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCA
* * * * *
685158 TTTCTGCTAGAGCCGTGCTTTAAAAGCAAGAAATATTGTTTGAACAAGTTTTTTAAATGGAAACG
579 TTTCTGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATG
* *
685223 AATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACATAAATATGATAACTTGCATTGGTTTT
644 AATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTT
* * * ** ** * * *
685288 AACTTTT-A-A---AT-A-TGATAACTTGC-ATTGATATTTGGA--TGTCCATCGT-GAAA--TC
709 AACTTTTCACAGTGTTAAGTG-TAAGTTACGAAGGAT-TTTGGAGCT-TAAAACATCAAAATTTC
** ** * *** * ** * *
685340 GTTAT-TGGTGC--TTGATATG-ATTAAATGTATGCT-AACTTGTTTCTATATATTATGCACAAA
771 GTT-TCT-GAACAATT-ATGGGCATAAAAACCAT-CTGCAC-AATTTC-A-A-A-T-TGC-GATA
* * * * * * * *
685400 CTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTT-ATGTTTTGCATTGAAAATCATTT-CTGCTAGA-GCC
825 -TAAAAAC-C-AT-TTGC--ACGATTTTAAT-TTTT-CA-T---ACTTATTTGCTTC-AGATG-C
* * * * ** ** *** *** ** *
685462 ATGCTTTAAAAGCAAGAAAT-ATTGTTTGAACAA-GTTTTTTAAATGGAAAC-G--AATATCTTG
876 AT--TTT--TAG-GAGGATTCA-TGAATGGCCAAGGGAATTT-GCGGGATGCTGTTGATAT-TTG
* * * * * **
685522 AAT-CCAATGTTTTTAAACTTGCTCA--AAC
933 GATGTC-AT-TTGTGAAA-TTG-TTATTGGC
* ** ** * * * *
685550 ACATAAATATGA-TAACT-TGCATTGAT-ATTTGGATGTCCATCGTGAAATCATTATTGCACAAT
1 GC-TTGATGCGATTAACTGTG---TGCTAACTT-G-T-T---T--TTATAT-ATTA-TGCAC-A-
* * * * **
685612 GATATGATTAAATGTGTGCTAACTTGTTTCTATATATTATGCACAAACTCCAAGCTCAATGTTTC
50 -A-A--CTCAAA-G-CT-C-AA--TGTTTC--T-GA--A-G--C--TT-----------------
* * * * * *
685677 CGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTCGAGCTGTGCTTTAAAAGCAAGAAGTA
78 --------TTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATA
* *
685742 TTGTTTGTGCAAGTTTTTTAAATGGAAGTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA
135 TTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA
* * * * * *
685807 CACATAAATATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCA-TGATCTTAAGTGTAACTTACGAAAG
200 CACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAG-TGTTAAGTGTAAGTTACGAAGG
* * * * *
685871 ATTTTGGAGCATAAAACATTAAATTTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCAAAAAAACCATCTTCAC
264 ATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCAC
* * * * * **
685936 AA-TCCAAATT-ACAATATCAAAACCTTTTG-TTCGATTTTAACATTTCATACTTATTTGCTTCA
329 AATTTCAAATTGA-GATATAAAAACCATTTGCAT-GATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCA
*
685998 GATGCATTTTTAGGAGGACTCATGAATGCCCCAGGGAA-TT------TGC-------A--T-GAT
392 GATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATG-CCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGAT
* * * * * *
686046 G-C--------AAT--TGATTGGCGCTTGATGCGATTCATTGTCTGCTTACTTATTTTTATATAT
456 GTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATAT
*
686100 TATGCACAAACTC--A----AA-G---CT-----TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCAATTCTGC
521 TATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * ** *
686150 TGGAGCCAAGCTTTAAAAGTGA-GAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAAACGAAATTAATATC
586 TAGAGCCGAGCTTTAAAAGT-ATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATC
* * * *
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650 TTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTT
* * * * *
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715 TCAC-A-GTGTTAA-GT--GTAAG---TT--A-C----GA-A--G-GA-----TT-TTGGAGCTT
* ** * * *
686344 AAAACGTCAATTTTTCATTTTTGAACAATAATGGGCATAAAAA-CATTCTGC-CGAATTTCAAAT
755 AAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCA-TCTGCAC-AATTTCAAAT
* ** * *
686407 TGC-AGTATGAAAACCATTTGCATTATTTCAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGGTGC-TTTTT
818 TGCGA-TATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTT
* * * ** * ** * *
686470 AAAGAGGACTGATGAAT-GCACCTGGGAATTTGCGTGATGC-GACAGATATTTGGATGTCAATCG
882 -AGGAGGATTCATGAATGGC-CAAGGGAATTTGCGGGATGCTG-TTGATATTTGGATGTCATTTG
** * *
686533 CAAAATCGTTATTGGT
944 TGAAATTGTTATTGGC
* * *
686549 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTGACTTATTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATA
1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
*
686614 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTAGAG-TCGAGCTTTAAAAGTATG
66 TTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCT-GAGCTTTAAAAGTATG
* * * *
686678 AAATATTGTTTGAGCAAGTTTGTTAAATGGAAAAGAATATCTTGAATCCGATGTTTTAAACTTTC
130 AAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * * *
686743 TCAAACAAAGAAACATGATAGCTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTATATGTTACG
195 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACG
* * * * *
686808 AAGTATTTTGGTGCTTAAAACATCAAATTTTCATTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
260 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCT
* * * * *
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325 GCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTT
* * * * * * *
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390 CAGATGCATTTTTAG-GAGGATTCATGAATG-CCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTG
* * * * * *
687002 GATGTCATTTGTAAAATTGTTGTTTGAGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
453 GATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATA
* * *
687067 TATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTATAAAGCTTTTAAGTTTTACTTTGAAAACCATTTC
518 TATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTC
* ** * *
687132 TGCTGGAGCTAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGATTGACCAAG-TTTTTAAATGGAAATGAATA
583 TGCTAGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATA
** *
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* * * * *
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713 TTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAA-GGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCT
* *
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777 GAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACG
* * * * * * *
687391 ATTTTAATCTTCCATACTTATTTGCTTCAGATTCATTTTT-GTTAGGATTCATGAATGCCCCATG
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* * * * * * * *
687455 AAATTTGTGGGATGCTATTCATATTTGGATGTCATTTGTAAAATTGTTGTTTGA
906 GAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
*
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1 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG
* * * * *
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* * * * **
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131 AATATTGTTTGAGCAAGTTTTT-TAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* *
687704 TCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAATTACG
195 TCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACG
* * * * *
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260 AA-GGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
*
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324 TGCACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACC
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Statistics
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Consensus pattern (959 bp):
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AATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGA
AGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTG
CACAATTTCAAATTGAGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTC
AGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGAT
GTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATAT
TATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
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TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTT
CACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAAC
AATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACGATTT
TAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGGCCAAGGGAATT
TGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGGC
Found at i:678498 original size:479 final size:480
Alignment explanation
Indices: 677596--680709 Score: 3987
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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390 CGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAAA
* * * *
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455 GTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTT
* * *
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1 TGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAA
* * * *
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* * *
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** * * *
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261 ACCATTTGCCCAATTTTAATTTTTAATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATG
** *
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326 AATGCCCTAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGC
* * * *
678462 GCTTGATGCGATTAACTGTTTGCTAAGTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAGAGCTCAATG
391 GCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAAAG
* *
678527 TTTCTGAAGGTTTTATGTTTTGCTT
456 TTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTT
* * * * *
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1 TGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAA
* * * *
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66 ATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGC
* * * * * **
678682 ATTGGTTTCAACTTTTCATAGTGCTAAGTTTAAGTTACGAAA-GATTTTAGAGCTTAAAAGGTCA
131 ATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTAC-AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCA
* * * *
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195 AAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATTC-GCACAATTTCAAATTGCGATATAG
* * * * * * * * * * *
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259 AAACCATTTGCCCA-ATTTTAATTTTTAATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTC
* * * * **
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323 ATGAATGCCCTAGGGAATTTGCGGGATGCT-GTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTAT
* * * ** * **
678938 TGACGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTATTTTTATATATCGTGCATAAACGGAAAGCTC
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* * *
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452 AAAGTTTCTAAAGC-TTTTATGTTTTGCTT
* * * * *
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1 TGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAA
* *
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* * * *
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* * *
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*
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260 AACCATTTGCCCAATTTTAATTTTTAATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGGATTCAT
** ** * * * *
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* * * **
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* *
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455 GTTTCT-AAAGC-TTTTATGTTTTGCTT
*
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*
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** * * **
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAA
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66 ATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGC
** * *
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131 ATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACA-AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCA
* * * * *
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195 AAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGCGATATAGA
*** * * * * * **
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* *
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324 TGAATGCCCTAGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTA-TT
* * * *
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* * *
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1 TGAAAACCATTTCTGCT-GGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTT-TTTT
* * * *
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* * *
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**
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Statistics
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* * * * * *
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* **
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * *
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* *
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* **
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*
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*** * *
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*
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*
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* *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * *
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**
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**
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * ** * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* *
683025 CCATATGCACAATTTCAAATTGTGAT
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
683579 TTCATGAATGCCCCAGTGAA-TTT-G-TG--A---A-A--TTG-T-T-A-TTG-G-CA-C-TTGA
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* * * * *
683625 -T-GCGAC-TAAC-TG--TGTGCTAACTTGTTTTTTTATACAATATCCACAAACT----GCTCAA
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* * * *
683680 TGTTGCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTTT
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* * *
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* * * *
683810 CTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCATAGTGTTAAGTGTACGTTAA
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* * * *** * * *
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387 GAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATC
**
683940 ACCACAATTTCAAATTGCGAT
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* * * * * * * *
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* * * * *
684025 ATTCATGAATGCCACATGGAATTTGCGGGATGCTATTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCAT
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
684284 TTAAATTTGCTTATACACAGAAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTTACAGTGTTAAGT
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* * *
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* * *
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* * * * **
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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**
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*
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* * ** ** * * * ** **
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* * * * * *
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1 A-TAAAAAC-C-AT-TTGCATG-A--TTTTAAT-TTTT-CA-T---ACTTATTTGCT-TTAGATG
* * * * ** ** * ** ** ** ** *
685460 CCATGCTTTAAAAGCAAGAAAT-ATTGTTTG-AACA-AGTTTTTTAAATGGAAACGAATATCTTG
52 -CAT--TTT--TAG-GAGGATTCA-TGAATGCCCCAGGGAATTTTGGATGCTATTG-ATATTTTG
* * * * *** * * * * ** *
685522 AAT-CCAATGTTTTTAAA-C----TT-GCTCAAACACATAAATATGATAACTTGCATTGATAT-T
109 -ATGTC-AT-TTGTGAAATCGTTATTGGCGC-TTGACGTGATTATGCTAACTTGTTTTTATATAT
* * * *
685579 TGGATGTCCATCGTGAAA-TCATTATTGCACAATGATATGAT-TAAATG-TGTGCTAACTTGTTT
170 T--ATG--CA-C---AAACTCA--A-AGCTCAATG-T-T--TCTGAA-GCT-T--TTA--TG-TT
** ** *** *** *
685641 CTATATATTATGCACAAACTCCA-AGCT-CAATGTTTCCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAA
213 -T-T-GCTT-TG-A-AAA--CCATTTCTGC--TGGAGCCG-AGC-TTTA---AAAG-TATG-AAA
* ** * * * * **
685704 TCATT-TCTGCTCGAGC-TGTGCTTTAAAAGCAAGAAGTATTGTTTGTGCAAGTTTTTTAAATGG
261 T-ATTGT-T--T-GAGCAAGTTTTTTAAATG---GAA--A-------TG-AA-TATCTTGAATCC
* * * *
685767 AAGTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACATAAATATGATAACTTGCATTG
307 AA-TG--T-T-TT--A---AA---CTT--GC-T---CAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTG
* * * * * * * *
685832 GTTTTAACTTTTCA-TGATCTTAAGTGTAACTTACGAAAGATTTTGGAGCATAAAACATTAAATT
353 TTTTTAACTTTTCACAG-TGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAAT
* * * * * *
685896 TTCGTTTCTGAACAATTATGGGCAAAAAAACCATCTTCACAA-TCCAAATTACAAT
417 TTCATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGAT
* * * ** *
685951 ATCAAAACCTTTTG-TTCGATTTTAACATTTCATACTTATTTGCTTCAGATGCATTTTTAGGAGG
1 ATAAAAACCATTTGCAT-GATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGG
* *
686015 ACTCATGAATGCCCCAGGGAA-TTTGCATG--A-TGCA-A---T--TG--A-TTG-G----CGCT
65 ATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTTGGATGCTATTG-ATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCG-T
* * * * * *
686062 TGA-T-GCGATTCA-TTG--TCTGCTTACTTATTTTTATATATTATGCACAAACTC--A----AA
128 T-ATTGGCGCTTGACGTGATTATGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAA
* *
686116 -G---CT-----TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCAATTCTGCTGGAGCCAAGCTTTAAAAGTGA
192 TGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAAAGT-A
** * *
686172 -GAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAAACGAAATTAATATCTCGAATCCAATGTTTTAAACTT
256 TGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTT
* * * * *
686236 GCTCAAACATAGAGACATGATAACTTGCATT-TGTTTTAACTTTTCACAATGTTTTAATTTACGA
321 GCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGT-TTTTAACTTTTCAC-A-GTGTTAA-GT--GT
* * * ** *
686300 AAGATTTTGGAGCTTAAAACATCGAAATTTCGTTCTTGGAGCTTAAAACGTCAATTTTTCATTTT
380 AAG---TT--A-C----GA-A--G-GA-----TT-TTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTC
*
686365 TGAACAATAATGGGCATAAAAA-CATTCTGC-CGAATTTCAAATTGC-AGT
425 TGAACAATTATGGGCATAAAAACCA-TCTGCAC-AATTTCAAATTGCGA-T
* * * * * *
686413 ATGAAAACCATTTGCATTATTTCAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGGTGC-TTTTTAAAGAGG
1 ATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTT-AGGAGG
* * * * * * ** * * * **
686477 ACTGATGAATGCACCTGGGAATTTGCGTGATGCGACAGATATTTGGATGTCAATCGCAAAATCGT
65 ATTCATGAATGCCCCAGGGAATTT-TG-GATGCTATTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGT
* * * * *
686542 TATTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTGACTTATTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAG
128 TATTGGCGCTTGA--CG--TGA-T-TATGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAG
* * *
686607 CTCAATATTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTAGAGTCGAGCTTTAAA
187 CTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAA
* * *
686672 AGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTGTTAAATGGAAAAGAATATCTTGAATCCGATGTTTTAA
252 AGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * * * * *
686737 ACTTTCTCAAACAAAGAAACATGATAGCTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTATAT
317 ACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA
* * * *
686802 GTTACGAAGTATTTTGGTGCTTAAAACATCAAATTTTCATTTCTAAACAATTATGGGCATAAAAA
382 GTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAA
* *
686867 CCATCTGCACAATTTCAGATTGTGAT
447 CCATCTGCACAATTTCAAATTGCGAT
* * * * * *
686893 ATAAAAACCATTTTCACGATTTTAATCTTTCATACTTATTTGCTTCAGATTCATTTTT-GTTAGG
1 ATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAG-GAGG
* * * * * *
686957 ATTCATGAATGCCCCATGAAATTTGTGGGATGCTATTCATATTTGGATGTCATTTGTAAAATTGT
65 ATTCATGAATGCCCCAGGGAATTT-T-GGATGCTATTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGT
* * * * * *
687022 TGTTTGAGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAG
128 TATTGGCGCTTGA--C--GTGA-T-TATGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAG
* * * * **
687087 CTCAATGTTTATAAAGCTTTTAAGTTTTACTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTAAGCTTTAAA
187 CTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAA
* *
687152 AGTATGAAATATTGATTGACCAAG-TTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
252 AGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
** * *
687216 ACTTAATCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA
317 ACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAA
* * * * * *
687281 ATTACGAATTGATTTTAGAGCTTAAAACCTGAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAA
382 GTTACGAA-GGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAA
* *
687346 ACCATTTGCACAATTTCAAATTGTGAT
446 ACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGAT
* * * * * *
687373 ATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATCTTCCATACTTATTTGCTTCAGATTCATTTTT-GTTAGG
1 ATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAG-GAGG
* * * * * *
687437 ATTCATGAATGCCCCATGAAATTTGTGGGATGCTATTCATATTTGGATGTCATTTGTAAAATTGT
65 ATTCATGAATGCCCCAGGGAATTT-T-GGATGCTATTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGT
* * * * * *
687502 TGTTTGAGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAG
128 TATTGGCGCTTGA--C--GTGA-T-TATGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAG
* * * * * *
687567 CTCAATGTTTATAAAGCTTTTAAGTTTTACTTTGAAAACCATTTATGCTGGAGCTGAGCTTTAAA
187 CTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGCTTTAAA
* * * *
687632 AGTATGAAATATTGATTGACCAAGTTTTTAAAAATAGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
252 AGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTT-TAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
** * *
687697 AACTTAATCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTA
316 AACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTA
* * * * * *
687762 AATTACGAATTGATTTTAGAGCTTAAAACATGAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGAGCATAAA
381 AGTTACGAA-GGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATAAA
* *
687827 AACCATTTGCACAATTTCAAATTGTGAT
445 AACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGAT
687855 ATAAAAACC
1 ATAAAAACC
687864 CTTAGGGAGG
Statistics
Matches: 5421, Mismatches: 836, Indels: 857
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Matches are distributed among these distances:
433 12 0.00
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Consensus pattern (472 bp):
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TGGCGCTTGACGTGATTATGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTT
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GATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCA
CAATTTCAAATTGCGAT
Found at i:690388 original size:475 final size:477
Alignment explanation
Indices: 688489--691286 Score: 2580
Period size: 475 Copynumber: 6.0 Consensus size: 477
688479 CTGCTGGAGC
* * * *
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* * * *
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* * *
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130 ATAAAAACCATCTGGACCATTTCAATTACGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAATTTTTCAT
* *
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195 ACTTATTTGCTTCAAATGCATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGTGGGATGCT
* * * *
688746 GTTGATATTTCGATGTCATTTGTGAAAT-AGTTATTGGCGCTTGATACGATTAACTGT-TGCTAA
260 GTTGATATTTAGAT-TCATTTGTGAAATCA-ATACTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAA
* * * *
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323 CTTTTTTTATATATTATGCACAAAG-TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTGTGTTTTGCCTT
* * * ** * * *
688871 GGAAAAACATTGCAG-CTGGAGCCAAGCTTTAAAAGAATGAAATATTGTTTGAGCAGGTTTTTTA
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* * * *
688935 AAAGGAAATAAATATCTTGTATCCAATG
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* * * *
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** * * *
689028 GTGTAAGTTGCAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTT-GTGAAC-A-TTATGAG
66 AAGTAAGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCG-GAACAACTT-TGGG
** * * ** * *
689090 CATAAAAACCATCTACACAATTTTAAAATTGTGATATAAAAA-CAGTT-TGCAAAATTTTAATTT
129 CATAAAAACCATCTGGACCA-TTT-CAATTACGATATAAAAACCATTTGTGC--GATTTTAATTT
* * * * * * *
689153 TTCATACTTATTTGTTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCCTCAAGGAATTTGTGGG
190 TTCATACTTATTTGCTTCAAATGCATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGTGGG
* * * * *
689218 ATGGTGTTGATATTTAGATTTCATTTGCGAAATCATTAGTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTG
255 ATGCTGTTGATATTTAGA-TTCATTTGTGAAATCAATACTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTG
* * *
689283 GTAACATATTTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGCTTT-TGAAGCTTTTATGTTT
319 CTAAC-T-TTTTTTATATATTATGCACAAAGTCAAAGCTCAATG-TTTCTGAAGCTTTTGTGTTT
* *** * *
689347 TGCTTTGAAAACCATTTCTGTTGGAGCCAAGTTTTAAAAGTATGAAACATTGTTTGAGCAAG--T
381 TGCCTTGAAAACCATTTCTGTCACAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTT
*
689410 TTTT--T--AAATGGA-A-A-TGAATCCAATG
446 TTTTAATGGAAATGAATATATTGAATCCAATG
* *
689435 TTTTTAACTTGCTCAAACAC--AAACATGATAACTTGC-TTTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTA
1 TTTTAAACTTCCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTT-GTTTTAACTTTTCACAGTGTTA
** * ** * * * ** *
689497 AGTGTATGTTATGAAGGATTTTTGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTTTGAA-AAATTATGGG
65 AAAGTAAGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCGGAACAACTT-TGGG
* * * * * * *
689561 C-TTAAAACCATTTGTACAATTTCAAATTCCAATATAAAAACCATTT-TGCACGATTTTAATCTT
129 CATAAAAACCATCTGGACCATTTC-AATTACGATATAAAAACCATTTGTG--CGATTTTAATTTT
* * * * *
689624 TCAGACTTATTTGCTTCATATGCATTTTTACGAGGATTCATGAATGCCCCAGTGAATTTGTGGGA
191 TCATACTTATTTGCTTCAAATGCATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGTGGGA
* * * * * * *
689689 TGCTGTTGATATTTGGATGTTAATTGTGAAAACAATACTGGTGCTTGATTG-GATTAACTATGTA
256 TGCTGTTGATATTTAGAT-TCATTTGTGAAATCAATACTGGCGCTTGA-TGCGATTAACTGTGTG
* * *
689753 CTAACTTGTTTTTATATATTATGCATAAAGTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTGTTTTTTT
319 CTAACTT-TTTTTATATATTATGCACAAAGTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTG-TGTTTT
* * ** *
689818 GCTTTGAAAATCATTTCTGTCACAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAACAAGTTTT
382 GCCTTGAAAACCATTTCTGTCACAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTT
* * * *
689883 TCTAATGGAAATGAATATCTTAAATCTAATG
447 TTTAATGGAAATGAATATATTGAATCCAATG
* * *
689914 TTTTAAACTTCCTCAAACACGGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACTTTTTACGGTGTTAA
1 TTTTAAACTTCCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAA
* * * *
689979 AAGTAAGTTATAAAGGATTTTGAAACTTAAAATTTCAAAATTTCGTTTCGGAACAACTTTGGGCA
66 AAGTAAGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCGGAACAACTTTGGGCA
* *
690044 TAAAAACCATCTTGACCATTTCAATTACAATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAATTTTTCATA
131 TAAAAACCATCTGGACCATTTCAATTACGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAATTTTTCATA
* * * * *
690109 CTTATTTGCTTCAATTGCATGTTTAGGAGAATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCGAGATGCTC
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* * * *
690174 TTGATATTT-G-TT-AGTTGTGAAATTAATACTGGCGCTTGATGGGATTAACTGTGTTCTAACTT
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* * * *
690236 GTTTTTATATATTATGTATAAAGTCAAAGCTCAATGTTTCT-AACGTTTTTGTTTTTTGCCTTGA
326 -TTTTTATATATTATGCACAAAGTCAAAGCTCAATGTTTCTGAA-GCTTTTGTGTTTTGCCTTGA
*** *
690300 AAACCATTTCTGTCACAGTTGAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAATG
389 AAACCATTTCTGTCACAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAATG
*
690365 GAAATGAATATATTGAATCTAATG
454 GAAATGAATATATTGAATCCAATG
*
690389 TTTTAAACTTCCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTCTTTTAACTTTTCACAGTGTTAA
1 TTTTAAACTTCCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAA
* * *
690454 AAGTAAGTTACAAAGGATTTTGGAACTTAAAATATCAAAATTTTGTTTCGGAACAACTTTGGGCG
66 AAGTAAGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCGGAACAACTTTGGGCA
* ** *
690519 TCAAAACCATCTGGACCATTTCAATTACGATATAAAAACTGTTTGTGCAATTTTAATTTTTCATA
131 TAAAAACCATCTGGACCATTTCAATTACGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAATTTTTCATA
* * **
690584 CTTATTTGCTTCAAATGGATTTTTAGGAGAATTCAAGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGATGC--
196 CTTATTTGCTTCAAATGCATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGTGGGATGCTG
* * *
690647 -TG----TTA-A-T-A-TTG-G-GAT-TA-ACT---G--TG-T---ACTAACT-TGT--T---TT
261 TTGATATTTAGATTCATTTGTGAAATCAATACTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTT
* * * * *
690684 TATGTATTAT-----GCACAAAGTCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTGTTTTTTGCTTTGAA
326 TTTTTA-TATATTATGCACAAAGTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTGTGTTTTGCCTTGAA
*** * * * * *
690744 AACCATTTCTGTTGGAGCCGAGTTTTAAAAGTATGAAATATT-ATT------G--TTTTAAATGA
390 AACCATTTCTGTCACAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAATGG
* *
690800 AAATAAATATCTTGAATCCAATG
455 AAATGAATATATTGAATCCAATG
* * * *
690823 TTTTAAACGTGCTCGAAA-ACAGAAAAATGATAACTTGCATTGGTTTTTAACTTTTCACAGTGTT
1 TTTTAAACTTCCTC-AAACACAGAAACATGATAACTTGCATTTG-TTTTAACTTTTCACAGTGTT
* * * * * * **
690887 AAGTA-TAAGTTACGAATGATTTTGGGGCTTAAAACATTAAAATTTCGTTTCTAAACAA-TTATG
64 AA-AAGTAAGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCGGAACAACTT-TG
* * * * * ** * * * * *** *
690950 GGCATACAAACCAATTTGCACAAATTCAAATTGTGTTATGAAGACCCTTTGCATGATTTTGATTT
127 GGCATAAAAACC-ATCTGGACCATTTC-AATTACGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAATTT
* * * * ** * *
691015 TTCATATTTATTTGCTTCAGATGAATTTTTAGGAGGATTTGTGAATGCCCCAGGGAATTTTTAGG
190 TTCATACTTATTTGCTTCAAATGCATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGTGGG
* * ** * * * * *
691080 ATGCTGTTGATATTTGGATACCATTTGTGAAATCGTTA-TCAGTGTTTGATGTGATTAACTGTTT
255 ATGCTGTTGATATTTAGAT-TCATTTGTGAAATCAATACT-GGCGCTTGATGCGATTAACTGTGT
* * * * * *
691144 GCTAACTTCTTTTTATATATTATGCACAAACTTAGAGCTCAATGTTTTCTGAGGGTTTTATGTTT
318 GCTAACTT-TTTTTATATATTATGCACAAAGTCAAAGCTCAATG-TTTCTGAAGCTTTTGTGTTT
* ** * *
691209 TGCATTGAAAACCATTTCTG-CTGGAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATAATATTTGAGCAA-TT
381 TGCCTTGAAAACCATTTCTGTC-ACAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTT
*
691272 GTTTTAAATGGAAAT
445 -TTTTTAATGGAAAT
691287 CAACAGAAAC
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Consensus pattern (477 bp):
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AAGTAAGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCGGAACAACTTTGGGCA
TAAAAACCATCTGGACCATTTCAATTACGATATAAAAACCATTTGTGCGATTTTAATTTTTCATA
CTTATTTGCTTCAAATGCATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGTGGGATGCTG
TTGATATTTAGATTCATTTGTGAAATCAATACTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTT
TTTTTATATATTATGCACAAAGTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTGTGTTTTGCCTTGAAA
ACCATTTCTGTCACAGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAATGGA
AATGAATATATTGAATCCAATG
Found at i:692855 original size:480 final size:479
Alignment explanation
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691279 ATGGAAATCA
** * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * *
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260 ATTTGTGAAATCGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTT--ATATATTA
* * * *
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323 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCT-
* * * ** * *
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387 GGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
* *
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452 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * * * * *
691769 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGATTCAACATTTCACATTGTTAAGTGTATGTTACAAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* * * *
691834 TTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTAAACAATTATTGGCATAAAAACCATCTCCACAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
*** *
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131 TTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
* ** * *
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* * * * *
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260 ATTTGTGAAATCGTTAT-TAGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTG-TTTTATATATTA
* * * * * *
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323 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTG
* *
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388 GAGCT-GAGCTTT-AAAAGTATGAAATATTGTTTGAC-CAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATC
**
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450 TTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * * *
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1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* * *
692315 TTTGGAGCTTAAAACATCCAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAAGCATCTGCACAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* * *
692380 TTTCAAATTGCAATATAAAAACCATTTCCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCATATG
131 TTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
* * *
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196 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCTGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCA
* * *
692510 TTTGTGAAATCGTTATTAGTGCTTGCTGCGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTCTTATATATTATG
261 TTTGTGAAATCGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTT-TTATATATTATG
* * *
692575 CACAAAATGAAAACTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGA
325 CACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGA
*
692640 GCTGAGCCTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAA
390 GCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAA
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455 TCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * * *
692730 ATAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGCGTAAGTTATGAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* * * * * *
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66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* * * * *
692860 TTTTAAATTGGGATATAAAAACAATTTTTGCA--ATTTTAATTTTTCATAGTTATTTGCTTTAGA
131 TTTCAAATTGCGATATAAAAACCA--TTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGA
* * * * * * *
692923 TGCATTTTTTGGAGGATTAATGAATGCCCCCGGGAATTTGCCGGATGCTATTGATATTTGGTTTT
194 TGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCTGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGT
* *
692988 CATTTGTGAAATCGTTATT-GTTGCTTGATGTGATTATCTGTGTGCTAACTTGTTCTTACATATT
259 CATTTGTGAAATCGTTATTAG-TGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTT-TTATATATT
* * * *
693052 ATGCACAAAATGAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTATGTT
322 ATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCT
* * * * *
693117 GGAGCTGAGCCTTAAAAGTATGAAATATTTTTTGACGAAGTTTTTTAAATGCAAATGAAAATCTT
387 GGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
*
693182 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAT
452 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * **
693210 GCAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGCATAAGTTACGAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* * * * * * * *
693275 TGTGTAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAATCGTGTCCGCAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* *** * * * **
693340 TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCCCAATTTTAATTTTTCTTCCTTATTTGTTTTGGATG
131 TTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
* ** * * * * *
693405 CATTTTTTGGAGGATTCATGGTTG-CCATAGGGAATTTGCGGTATGCAGTTTATATTTTGATGTC
196 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCT-GGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTC
* ** * ** * * *
693469 ATTTGGGTTATCGTTATTGGCACATGATGCGGTTAACTGTGTGCTAA-TATGTTTTTATATATTA
260 ATTTGTGAAATCGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACT-TG-TTTTATATATTA
* * *
693533 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAATCTTTTATATTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTG
323 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTG
* ** * **
693598 GTGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTAAAAAAG--TTTTACAATGGAAAT-AACTATCT
388 GAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTA-AATGGAAATGAA-TATCT
* *
693660 TCAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAAC
451 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * *
693689 ATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACGGTGTTAAGTGTAAGTTACTAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* * * * **
693754 TTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTCTCTGAACAATTATGGGCACAAAACCCATCTGTGCAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* * * * *
693819 TTTCAAAATACAATATAAAAACCTTTTGCATGATTTTAATTTCTCATACTTATTTGCTTCAGATG
131 TTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
* ** * **
693884 TATTTTTAGGTTGATTCATGAATG-CCCTATGGAATTTGCTTGATGCTGTTGATATTTGGATGTC
196 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCT-GGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTC
* * * * *
693948 ATTTGTTAAACCATTATTGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTAGTTTTATATATTAC
260 ATTTGTGAAATCGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTT-GTTTTATATATTAT
* * * *
694013 GGACAAACTTAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATATTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGG
324 GCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGG
**
694078 AGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAAAAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGA
389 AGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGA
* * *
694143 ATCCAATGTTTTAAGCTTACTGAAAC
454 ATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * * *
694169 ACAAAAACATGATAACTTGCTTTGGTTTTATCTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACTAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* *
694234 TTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCACAAAAACCATCTGCACAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* * *
694299 TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCA-CACTTTTAATTTCTCATACTTATTTGCTTCAGAT
131 TTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCATGA-TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGAT
* *
694363 GCAATTTTTTA-GAGGATTCATGAATG-CACTAGGGAATTTGCGAGATGCTGTTGATATTTATTG
195 GC-A-TTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCT-GGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATA--T-TTG
* *
694426 TATGTCATTTGTGAAATTGTTATT
254 GATGTCATTTGTGAAATCGTTATT
694450 TGCACTTGCT
Statistics
Matches: 2317, Mismatches: 328, Indels: 68
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
478 12 0.01
479 400 0.17
480 1398 0.60
481 468 0.20
482 16 0.01
483 1 0.00
484 22 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (479 bp):
ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
TTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCTGGGAATTTGCGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCA
TTTGTGAAATCGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTATATATTATGC
ACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAG
CTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAAT
CCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
Found at i:694147 original size:959 final size:955
Alignment explanation
Indices: 691289--694449 Score: 3944
Period size: 961 Copynumber: 3.3 Consensus size: 955
691279 ATGGAAATCA
** * * *
691289 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTTGCATTGTTAAGTGTATGTTACGAAGAAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* ** *
691354 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTGGTTTCTTCACTATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* * * * * * * * *
691419 -TTTCAATTAGTGATATAAAAATCATTTGCACGATCTTAGTCTTTCATACCTATTTGCTTTAGAT
131 TTTTAAATT-GCGATATAAAAACCATTTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGAT
* * * * * * **
691483 TCCTTTTTAT-TAGGATTCATGAATGCCCCTTGAAATTTGCTGGACACTA-TTGATATTTGGATG
195 GCATTTTT-TGGAGGATTCATGAATGCCCATGGGAATTTGC-GGATGC-AGTTGATATTTGGATG
* * * *
691546 TCATTTGTGAAATCGTTATTTGCGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTT-TTTTACACATAT
257 TCATTTGTGAAATCGTTATTAGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTT-TATATAT
* * *
691610 TATGCACAAACTCAAAACTCAAAGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTACTTTGAAAACCATTTCTG-
321 TATGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * *
691674 TAGGAGCCGAGCTTTAAAGGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTC-ATGGAAATCAATAT
386 T-GGAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAACAAG-TTTTTACAATGGAAATCAATAT
* * * * * * *
691738 GTTGAATCAAATGTTTTAAACTTGCGCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGATTCAACAT
449 CTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTT
* * * *
691803 TTCACATTGTTAAGTGTATGTTACAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTAA
514 TTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACTAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTGA
* * *
691868 ACAATTATTGGCATAAAAACCATCTCCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCATTTGTGC-GA
579 ACAATTATGGGCAAAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACC-TTT-TGCAGA
*
691932 TTTTAATTTTTCAAACTTATTTGCTTCAGATGCAATTTTTGGAGGATTCATGAATGCCACAAGGA
642 TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG-AATTTTTGGAGGATTCATGAATGCC-CAAGGA
* * * * *
691997 ATTTACGGGGTGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTATGAAATTGTTA-TGCATGCTTGATGTGAT
705 ATTTGCCGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTG-ATGCTTGATGTGAT
* * * * * *
692061 TAACTATGTGCTAACTTGATTTTATATATTTTGCACAATCTCAAAGCTCAATATTTCTTAAGGTT
769 TAACTGTGTGCTAACTTG-TTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTT
* * * *
692126 TAATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCCGCTGGAG-TCGAGATTTAAAAAGTATGAAAGATTGTTT
833 TTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCT-GAGCTTT-AAAAGTATGAAATATTGTTT
*** **
692190 GCGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCGTTGTTTTAAACTTGCTCAAAC
896 GAAAAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * * *
692250 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGCTTTTAACTTTTTACGGTGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* * *
692315 TTTGGAGCTTAAAACATCCAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAAGCATCTGCACAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* * * ** *
692380 TTTCAAATTGCAATATAAAAACCATTTCCATGATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCATATG
131 TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
* * * ** *
692445 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCTGGGAATTTGTGGGATGTTGTTGATATTTGGATTTCA
196 CATTTTTTGGAGGATTCATGAATGCCCATGGGAATTTG-CGGATGCAGTTGATATTTGGATGTCA
* * * *
692510 TTTGTGAAATCGTTATTAGTGCTTGCTGCGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTCTTATATATTATG
260 TTTGTGAAATCGTTATTAGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATG
* *
692575 CACAAAATGAAAACTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGA
325 CACAAACTCAAAACTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGA
* * * *
692640 GCTGAGCCTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGACCAAGTTTTTTA-AATGGAAATGAATATCTTGA
390 GCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAACAAG-TTTTTACAATGGAAATCAATATCTTGA
*
692704 ATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCAC
454 ATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCAC
* * * * * *
692769 AGTGTTAAGCGTAAGTTA-TGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCATTTTTGAAGAA
519 AGTGTTAAGTGTAAGTTACT-AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTGAACAA
* * * *
692833 TTGTGGGCAAAAAAACCATCTGCACAATTTTAAATTGGGATATAAAAACAATTTTTGCA-ATTTT
583 TTATGGGCAAAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAAC--CTTTTGCAGATTTT
* * * * **
692897 AATTTTTCATAGTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTTGGAGGATTAATGAATGCCCCCGGGAATTT
646 AATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG-AATTTTTGGAGGATTCATGAATG-CCCAAGGAATTT
* * * * *
692962 GCCGGATGCTATTGATATTTGGTTTTCATTTGTGAAATCGTTATTGTTGCTTGATGTGATTATCT
709 GCCGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGATGCTTGATGTGATTAACT
* * *
693027 GTGTGCTAACTTGTTCTTACATATTATGCACAAAATGAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATG
774 GTGTGCTAACTTGTT-TTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATG
* * * * **
693092 TTTTGCTTTGAAAACCATTTATGTTGGAGCTGAGCCTTAAAAGTATGAAATATTTTTTGACGAAG
838 TTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAAAAAG
* * *
693157 TTTTTTAAATGCAAATGAAAATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAT
903 TTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * **
693210 GCAGAAACATGATAACTTGCATTGTTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGCATAAGTTACGAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* * * * * * * *
693275 TGTGTAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATTGGCATAAAAATCGTGTCCGCAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* * * * **
693340 TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCCCAATTTTAATTTTTCTTCCTTATTTGTTTTGGATG
131 TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
** * *
693405 CATTTTTTGGAGGATTCATGGTTG-CCATAGGGAATTTGCGGTATGCAGTTTATATTTTGATGTC
196 CATTTTTTGGAGGATTCATGAATGCCCAT-GGGAATTTGCGG-ATGCAGTTGATATTTGGATGTC
* ** * * * *
693469 ATTTGGGTTATCGTTATTGGCACATGATGCGGTTAACTGTGTGCTAA-TATGTTTTTATATATTA
259 ATTTGTGAAATCGTTATTAGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACT-TGTTTTTATATATTA
* * * *
693533 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAATCTTTTATATTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTG
323 TGCACAAACTCAAAACTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTG
* * * *
693598 GTGCCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTAAAAAAG-TTTTACAATGGAAAT-AACTATCTT
388 GAGCCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAACAAGTTTTTACAATGGAAATCAA-TATCTT
* *
693661 CAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTC
452 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTC
* *
693726 ACGGTGTTAAGTGTAAGTTACTAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTCTCTGAACA
517 ACAGTGTTAAGTGTAAGTTACTAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTGAACA
* * ** * * *
693791 ATTATGGGCACAAAACCCATCTGTGCAATTTCAAAATACAATATAAAAACCTTTTGCATGATTTT
582 ATTATGGGCAAAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCTTTTGCA-GATTTT
* * ** *
693856 AATTTCTCATACTTATTTGCTTCAGATGTATTTTTAGGTTGATTCATGAATGCCCTATGGAATTT
646 AATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATGAATTTTT-GGAGGATTCATGAATGCCC-AAGGAATTT
** * * * *
693921 GCTTGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTTAAACCATTATTGGTGCTTGATGTGATTAACT
709 GCCGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGATGCTTGATGTGATTAACT
* * * *
693986 GTGTGCTAACTTAGTTTTATATATTACGGACAAACTTAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATA
774 GTGTGCTAACTT-GTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATG
*
694051 TTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAAAAAG
838 TTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAAAAAG
* * *
694116 TTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAGCTTACTGAAAC
903 TTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
* * * *
694169 ACAAAAACATGATAACTTGCTTTGGTTTTATCTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACTAAGGAT
1 ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
* *
694234 TTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCACAAAAACCATCTGCACAA
66 TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
* *
694299 TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACACTTTTAATTTCTCATACTTATTTGCTTCAGATG
131 TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
* * * *
694364 CAATTTTTTAGAGGATTCATGAATGCAC-TAGGGAATTTGCGAGATGCTGTTGATATTTATTGTA
196 C-ATTTTTTGGAGGATTCATGAATGCCCAT-GGGAATTTGCG-GATGCAGTTGATA--T-TTGGA
*
694428 TGTCATTTGTGAAATTGTTATT
255 TGTCATTTGTGAAATCGTTATT
694450 TGCACTTGCT
Statistics
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Consensus pattern (955 bp):
ACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGAT
TTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA
TTTTAAATTGCGATATAAAAACCATTTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTCAGATG
CATTTTTTGGAGGATTCATGAATGCCCATGGGAATTTGCGGATGCAGTTGATATTTGGATGTCAT
TTGTGAAATCGTTATTAGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGC
ACAAACTCAAAACTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAG
CCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAACAAGTTTTTACAATGGAAATCAATATCTTGAAT
CCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACATAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAG
TGTTAAGTGTAAGTTACTAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAATTTTCGTTTCTGAACAATTA
TGGGCAAAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGCGATATAAAAACCTTTTGCAGATTTTAATTT
TTCATACTTATTTGCTTCAGATGAATTTTTGGAGGATTCATGAATGCCCAAGGAATTTGCCGGAT
GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGATGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCT
AACTTGTTTTATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTT
TGAAAACCATTTCTGCTGGAGCTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAAAAAGTTTTTTAA
ATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
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Alignment explanation
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Period size: 137 Copynumber: 2.2 Consensus size: 137
694397 AATTTGCGAG
694407 ATGCTGTTGATATTTATTGTATGTCATTTGTGAAATTGTTATTTGCACTTGCTATGATTAACTAT
1 ATGCTGTTGATATTTATTGTATGTCATTTGTGAAATTGTTATTTGCACTTGCTATGATTAACTAT
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131 ATTAACT
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1 ATGCTGTTGATATTTATTGTATGTCATTTGTGAAATTGTTATTTGCACTTGCTATGATTAACTAT
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694674 ATTAACT
131 ATTAACT
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1 ATGCTGTTGATATTTATTGTATGTCA
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Statistics
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ATGCTGTTGATATTTATTGTATGTCATTTGTGAAATTGTTATTTGCACTTGCTATGATTAACTAT
GTACTATGTATGTCAATGCTATGATTAACTATGTACTATGTACTATGCTCAATGTACTATGTATG
ATTAACT
Found at i:696104 original size:481 final size:481
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694694 TTATTGTATG
* * *
694704 TCAATGCTCAATGTTTCTGAATCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGTTGGAGCCGAGC
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* * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
694963 TAAAAAGCATCTGCACAATTTCAAATTGCAATAT-AAAAACCATTTGAACGATTTTAATTTTTCA
261 TAAAAACCATCTGTGCAATTTCAAATTGCGATATAAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCA
* * *
695027 TACTTATTTGCTTCAAATGCATTCTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGATGC
326 TACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGATGC
* * *** * * *
695092 TGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATTGTTATTGTTACTTGATGCAATTAACTATGTGCTAG
391 TGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAA
* *
695157 CTTTTTTTTTATATATTATGCAC-AAT
456 C-TTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * * * * *
695183 TCATAGCTCAATTTTTCTGAAGCTTTTATGTATTGCTTTGAAAACCATTTCTTCTAGAGCCGGGC
1 TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
* * * * * *
695248 TTTAAAAGTACGAAATATTTTTTGAGCAAGTTTTTAAAATGGAAATGAATATCTTGCACCCAATC
66 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
* * * * *
695313 TTTTACACTTGCTCAAACATAGAAACTTGATAACTTTCATTGGTTTTAACTTTTCACATTGTTAA
131 TTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAA
* * * ** *
695378 GTGTAAGTCACGACGGATTTTGCAGCTTAAAAC-TTGAAATTTCGTTTATGAACAATTATGGGCA
196 GTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCA
* ** * *
695442 TAAAAACAATCTGTG-AATTTTCAAATTATGATAT-AAAAACCTTTTGCACGATTTTAATTTCTC
261 TAAAAACCATCTGTGCAA-TTTCAAATTGCGATATAAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTC
* * * *
695505 ATACTTATTTGCCTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCTAAGGAATTTGCTGGATG
325 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGATG
* * * * * *
695570 CTGTTGATATTTAGATGTCATTTGTTAAACCATTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTA
390 CTGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTA
*
695635 ACTTGGTTTTATATATTATGCACAAAC
455 ACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * * * *
695662 TCAAAACTCAAATGTTTCCGAAGCTTTTATGTTTTGCGTTGAAAACCATTTCTGCTGGTGCCAAG
1 TCAAAGCTC-AATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAG
* * *
695727 CTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCACA-TTTTTTCAATGGAAATGAATACCGTGAATCCAA
65 CTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCA-AGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAA
* * ** ** * *
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129 TGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTT
* * *
695856 AAGTGTAAGTTTCGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCATTTCTAAACAATTATGGG
194 AAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
* * * *
695921 CATAAAAACCATCTGTGCAATTTCAAATTGCGATAT-AAAATCCACTTGCACAATTTTAATTTCT
259 CATAAAAACCATCTGTGCAATTTCAAATTGCGATATAAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTT
* * ** * * * *
695985 AAAACTTATTTAATTCAGATGCTTTTTTAAGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCGGGAT
324 CATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGAT
* * * ** * * *
696050 GTTGATGAAATTTTGATGTCATTTGTGAAATTATTTTTGGCGCCTGATGCGATTAACTTAACTAT
389 GCTGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCG----A-TTAACTGT
* *
696115 GTGCTAACTTCTTTTTATATACTATGCACAAAC
449 GTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * * * * * *
696148 TCAAAACTGAATGTTTCTAAAGCTTTTTTGTTTTTCTTTAAAAACCATTTCTGCTGCAGCCGAGC
1 TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
* * * *
696213 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAACAAGTTTTTTAATTGGAAATGAATATCTCGAATCCAATA
66 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
* * * * * * * * *
696278 TTTTTAGCTTACTCAATCACGGAAACGTTATAACTTACATTGGTTTTAACTTTTTACAGTGTTAA
131 TTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAA
* * * * *
696343 ATGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACACCAAAATTTTGTTTTTGAACAATTATTGGCA
196 GTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCA
* * ** * *
696408 TAAAAACCATCTGCGCAATTTCAAATTGTGATAT-AAAAATGATTT-CTACGATTTAAAATTTTC
261 TAAAAACCATCTGTGCAATTTCAAATTGCGATATAAAAAACCATTTGC-ACGATTTTAATTTTTC
** * * * *
696471 ATACTTATTTGCTTTAGATAAATATTTAGGAGGATTCATCG-TTGCCCCAGGGAATTTTCCGGAT
325 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCAT-GAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGAT
* * *
696535 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGTAATTGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCT
389 GCTGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCT
696600 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
454 AACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * * ** * *
696628 TCAAAGGTCAATGTTTCTGAAGCTCTTATG-TTTGCTTTAAAAACTGTTTCTACTGGAGCCAAGC
1 TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
**
696692 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAACAAATATCTTGAATCCAATG
66 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
* * *
696757 TTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACAAGATAACTTGCATTGGCTTTAAC-TTTCTACTGTGTTA
131 TTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTC-ACAGTGTTA
* ** * * *
696821 AGTGTAAGTTACGAAGGTTTTTAAAGCTTAAAACCTGAAAATTTCATCTT-TGAACAATTATGGG
195 AGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGT-TTCTGAACAATTATGGG
* * * * * * * *
696885 AATAAATACCATCT-TCGCAATTTTAAATTGAGATAT-CAAAATCATTTCCATGATTTTTAATTT
259 CATAAAAACCATCTGT-GCAATTTCAAATTGCGATATAAAAAACCATTTGCACGA-TTTTAATTT
* * * * * *** *
696948 CTCATACCTATTTGC-TTCGAATGCATTTTTACGAGGATTCATGAATGCCCCATGGAATACACAA
322 TTCATACTTATTTGCTTTAG-ATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAG
* * * * * *** *
697012 TATGTTGTTGATATTTGGATATCACTTGTGAAATCGTTATTATTGCTTGATGTGATTAACTGTGT
386 GATGCTGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGT
697077 GCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
451 GCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * * * *
697108 TCAAAGCTCAATGTTTCTAAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCTTTTATGCTGGAGCCAAGT
1 TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
* * * * * * *
697173 TTTAAAAGAATGAAATATTTTTTGAACATG-CTTTCAAATGGAAATGAATATCTTGAATACAATG
66 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
** * * * * * *
697237 TTTTAAACTTGCAGAGACACAGAAACATAATTACTTGCATTGGTTTT-ATTATTTCGCAGCGTTT
131 TTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACT-TTTCACA--GTGT
* * * * * *
697301 TAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATTAAAATTTTGTTTTTGAACAATTACGG
193 TAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGG
* * ** * ** **
697366 GCGTCAAAATTATTTGAACAATTTCAAATTGTC-ATATAAAAAACCATTTGCTTGATTTTAATTT
258 GCATAAAAACCATCTGTGCAATTTCAAATTG-CGATATAAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTT
* * * * * **
697430 TTCATACTTATTTGTTTTAGATGCATTTTTAGAAAGATTCATGATTGCCCCAAGGAATTTGTGGG
322 TTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGG
* *
697495 ATGCTGTT-ATA-TTTGAATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGTGATTAATTGTGT
387 ATGCTGTTGATATTTTG-ATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGT
*
697558 GCTAAATTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
451 GCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * * * * * * *
697589 TCGAAGCTCAATGTTTTTTACGCCTTTATGTTTTGCTTTGAAAGCCATTTCTGCTGGAGGCAAGC
1 TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
* * *
697654 TTTAAAGGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTTAATGGAAACGAATATCTTGAATCCAATG
66 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
* * * * * *
697719 TTTTAAACTGGCTGAAAC-CGAGAAACATGATAAATTGCATTGGTTTTAATTTTTTACAGCGTTA
131 TTTTAAACTTGCTCAAACAC-AGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTA
* * * * * * * * **
697783 GGTGCAAGTTATGAAGGATTTTGGTGCTTAAAATATAAAAATTTTGATTCTGAACAATTATGACC
195 AGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATG-GG
* * * * *
697848 CA-AAAAACCATGTGTACAATTTCAAATT-CTGATGTAAAAAACCATTTGTATGATTTTAATTTT
259 CATAAAAACCATCTGTGCAATTTCAAATTGC-GATATAAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTT
* * * *** **
697911 TCATACTTCTTTGCTTTAGGTGCATTTTTAGAAGGATTCATGAATGTTTCAGGGAATTTGTGGGA
323 TCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGA
* * *
697976 TGCTGTTGATATTTTGATGTCATTTATAAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCAATTAACTGTGTGC
388 TGCTGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGC
698041 TAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
453 TAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * * * * * *
698070 TTAGAGCTTAACGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGTTGGAGCCGAGC
1 TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
*
698135 TTT-AAAGCTATGAAATATTG-TTGAGCAAG-TTTTTAAATGGAAATAAATATCTTGAATCCAAT
66 TTTAAAAG-TATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAAT
* * *
698197 GTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAATTTTGCATTGGTTTTAATTTTTC-CAGCGTT
130 GTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAA-CTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTT
* ** * * * *
698261 AAGTGCAAGTTTTGAAGGATTATGGGGCTTAAAATATGAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
194 AAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
* * * * * *
698326 CATAAAAACCATATGCT-CAATTT-TAATTGTGATATAAAAAAACATTTGCACAACTTTAATTTT
259 CATAAAAACCATCTG-TGCAATTTCAAATTGCGATATAAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTT
* * * * * * * * *
698389 TAATACTTTTTTGCTTTAGATGAATTTCTAGGATGATTCATTAATGCTCCAAGAAATTTGCAGGA
323 TCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGA
* ** ** * *
698454 TGCTGTTGATA---T--T-TCGTTTGTGAAATTATTGCTGGTGCTTGACGCGATTAACTGTGTGC
388 TGCTGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGC
698513 TAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
453 TAACTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
* * *
698542 TCAAAGCTCAATG--T-T---GCTTTTGTGTTTTGCTTTAAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGC
1 TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
* ** *
698601 TTTAAAGGTACAAAATATTGTTTGTGCAAG-TTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATA
66 TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAAT-
* * *
698665 TTTTTAAACTTGCCCAAACACAGAAACATGATAACTTGCTTTGGTT
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698711 ATTTTGATAT
Statistics
Matches: 2970, Mismatches: 508, Indels: 112
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (481 bp):
TCAAAGCTCAATGTTTCTGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGCCGAGC
TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTGAGCAAGTTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
TTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCACAGTGTTAA
GTGTAAGTTACGAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCA
TAAAAACCATCTGTGCAATTTCAAATTGCGATATAAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCA
TACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCCCCAGGGAATTTGCAGGATGC
TGTTGATATTTTGATGTCATTTGTGAAATCGTTATTGGCGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCTAA
CTTGTTTTTATATATTATGCACAAAC
Found at i:700797 original size:480 final size:480
Alignment explanation
Indices: 699687--701690 Score: 2657
Period size: 480 Copynumber: 4.2 Consensus size: 480
699677 GTGCAGATAC
* *
699687 TTCAGAAATGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACTTACACTTAACACTGTGA
1 TTCAGAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGA
* * * *
699752 AAAGTTAAAAACAATGCAAGTTATCATGTTTCTATGTTTG-AGTAAGTTTAAAAAATTGGATTCA
66 AAAGTTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA
* ** *
699816 AGATATTCATTTCCATTTAAAATACTTA-CTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCTACTCT
131 AGATATTCATTTCCATTTAAAAAAC-TAGCTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGGCTCC
*
699880 AGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTCCAT
195 AGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGATTGT-CAT
* ** * * * ** *
699945 AATAGATAAAAATGAGTTAGGACACAGTTAATCGCATCAAGTGCCAATATTGATTTCACAAATAA
259 AATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGA
* * * *
700010 CATCTAAATATCAATAGCATCCCGCAAATTCAC-TGGGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAACGCA
324 CATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTC-CTTGTGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCA
* * * * * * * *
700074 TCTAAAGC----AAGTCTGAAAGATTAAAAGCTTCCAAAAAGGTTTTTATATCGGAATTTGAAGT
388 TCTAAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCATGC-AAATGGTTTTTATATCGCAATTTGAAAT
*
700135 TGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCGTAATTG
452 TGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTG
* * * *
700164 TTCAAAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTCAAAACTGCGA
1 TTCAGAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGA
*
700229 AAAGTTAAAACAAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTT-AAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA
66 AAAGTTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA
* *
700293 AGATATTAATTTCCATTTAAAAAACTAG-TGCAAACAATCTTTCATACTTTTAAAGCGT-GGCTC
131 AGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTAGCT-CAAACAATATTTCATACTTTTAAAGC-TCGGCTC
* * * *
700356 CAGCAAAAATAGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATCTTCAGAAACATTGAGCTTTGAGATTGTACA
194 CAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGATTGT-CA
* *
700421 AAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCAAAAATG
258 TAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATG
* * *
700486 ACATCCAAATATCAACAACATCTCACAAATTCCTTGTGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCA
323 ACATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTCCTTGTGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCA
*
700551 TCTGAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCGCAATTTGAAATT
388 TCTAAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCGCAATTTGAAATT
* * **
700616 GTGCAGATGGGTTTTATGCTAATAATTG
453 GTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTG
* * * *
700644 TTCAGAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAATTCCTTTGTAACATACACTTAACAATGTGA
1 TTCAGAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGA
* * *
700709 AAAGTTAAATCCAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGCA-CAAGTTTAAAACATTTGATTCA
66 AAAGTTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA
** * *
700773 AGATATTCATTTCCATGAAAAAAACTTGCTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCTGCTCCT
131 AGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTAGCTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGGCTCC-
* * * *
700838 A-CATAAATTGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACTTTGAGCTTTGAG-TTGT--GA
195 AGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGATTGTCATA
* * * *
700899 ATATGTAGAAAA-AAGTTAGCACACAGTTAATCACATAAAGCACAAATAACGATTTCACAAATGA
260 ATATATA-AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGA
* * ** * *
700963 CATCCAAATATCAATAGCATCCCGCAAATTCCATAG-GGCATTCATGAATCCTAATAAAAAGGAA
324 CATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTCC-TTGTGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCA
* * * *
701027 TTTAAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGATTTTATATCGTAATTTGAAATT
388 TCTAAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCGCAATTTGAAATT
* * *
701092 GTGCAAAAGGTTTTTATGCCCATAATT-
453 GTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTG
* * * * **
701119 CTCAAGAAACGAAATTTTGATGTTTGAACCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTACG
1 TTC-AGAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTG
*
701184 AAAAGTTAAAACCAATTCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAA-CAAGTTTAAAACATTGGATTC
65 AAAAGTTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAAGCAAGTTTAAAACATTGGATTC
* * * * *
701248 AAGATATTCATTTCTATTTAAAAAACTTGCTCAAACAATATTTCATCCTTTTAAAGCTTGGTTTC
130 AAGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTAGCTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGG-CTC
* * * * *
701313 CAGCAGAAATGGTTGTCAAAGCAAAACATAAAACCCTTAGCAACATTGAGCTTTCAGATTGTGCA
194 CAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGATTGT-CA
*
701378 TAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTTACAAATG
258 TAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATG
* * *
701443 ACATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTGCTTGTGGCGTTCATGAATCCTCTTAAAAATGCA
323 ACATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTCCTTGTGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCA
* ** * *
701508 TCTCAAGCAAAT-AGTATT-AAAAATTAAAATCGGGCAAATGGTTTCTATATCACAATTTGAAAT
388 TCTAAAGCAAATAAGT-TTGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCGCAATTTGAAAT
701571 TGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTG
452 TGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTG
* * * * *
701600 TTCAAAAACG-AAATTTAGTTGTTTTAAGCTCCAAAATCCTCCGTAACTTAAACTTAACACTATG
1 TTCAGAAACGAAAATTT-GATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTG
*
701664 AAAAGTTAAAACAAATGCAAGTTATCA
65 AAAAGTTAAAACCAATGCAAGTTATCA
701691 ATAACGATTA
Statistics
Matches: 1331, Mismatches: 169, Indels: 51
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
475 2 0.00
476 361 0.27
477 398 0.30
478 5 0.00
479 10 0.01
480 412 0.31
481 143 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (480 bp):
TTCAGAAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGA
AAAGTTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCA
AGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTAGCTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGGCTCCA
GCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGATTGTCATAA
TATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGATTTCACAAATGACA
TCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTCCTTGTGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCT
AAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTTTATATCGCAATTTGAAATTGTG
CAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTG
Found at i:701360 original size:957 final size:953
Alignment explanation
Indices: 698762--701690 Score: 3756
Period size: 957 Copynumber: 3.1 Consensus size: 953
698752 CTTTAGCAAT
* * * * * **
698762 GAAATTTTGATATTTTAAGCTTCAAAATCCTTCGTAGCGTATGCTTAACACTGTGAAAAGTTAAA
1 GAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAA
* *
698827 AATAATGCAAATTATCATGTTTCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAT
66 AACAATGCAAGTTATCATGTTTCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAT
* * *
698892 TTCCATTTAAAATACTTACTAAAACAATATTTCCTACTTTTAATGCT-TGGCTCTAGCAGAAATG
131 TTCCATTTAAAATACTTACTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCT-GCTCTAGCAGAAATG
* * *
698956 GTTTTCAAAGCAAAACATTAAAA-CTTCAAAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGCATCATATATAA
195 GTTTTCAAAGCAAAACA-TAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTG-A--ATATGT-A
* * *
699020 AAAACAAGTTAGCACATAGTTACTCGCTTCAAGCACCAATAACGATTTCAC-AA-GACATCAAAA
255 AAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATCAAAA
* ** ** * *
699083 TATCAATAGCATACCAAAAATTCC-CCGAAGCATTCATGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGC
320 TATCAATAGCATCCCGCAAATTCCATAG-GGCATTCATGAATCCTCCTAAAAACGCATCTAAAGC
* *
699147 AAATAAGTATGAAAAATTAAAATCACACAAATGGCTTTTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGAT
384 AAATAAGTATGAAAAATTAAAATCATACAAATGGATTTTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGAT
** ** * * * * *
699212 TTTTTTTATGCCCATAATTCTTTAGCAATGAATTTTTTATATTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGT-
449 GGTTTTTATGCCCATAATTCTCAAGAAACGAAATTTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTA
* ** * * *
699276 AGTGTATGCTTAACACTGTGAAAAGTTAAAA-ATAATGCAAGTTATCATGTTTCTATGTTTGAGC
514 ACT-TACACTTAACACTGCGAAAAGTTAAAACA-AATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAAC
* * * *
699340 AAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAATACTTACTAAAACAATATTTCC
577 AAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCTCAAACAATATTTCA
* * * *
699405 TACTTTTAAAGCTCGGCTCTAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACAT-TAACACTTCAAAAACA
642 TACTTTTAAAGCTTGGCTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAACACTTCAGAAACA
* *
699469 TTGAGCTTTGAGTTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAG----TA--T-ATCACATCAAGCGC
707 TTGAGCTTTGAGATTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGC
* * * * * * *
699527 CAATAACGATTTCACAAATGACATCAAAATATCAATAGTATACCGTAAATTCCCTGGGGCATTCT
772 CAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCAT-CCGCAAATTCCTTGTGGCATTCA
* * *
699592 TGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGTAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGCACAAATGGTTT
836 TGAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCGCGCAAATGGTTT
*
699657 TTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGA------TA-C-------TTCAGAAAT
901 TTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTAGCATAATTGTTCAGAAAC
*
699696 GAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACTTACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAA
1 GAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAA
* *
699761 AACAATGCAAGTTATCATGTTTCTATGTTTGAGTAAGTTTAAAAAATTGGATTCAAGATATTCAT
66 AACAATGCAAGTTATCATGTTTCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAT
*
699826 TTCCATTTAAAATACTTACTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCTACTCTAGCAGAAATGG
131 TTCCATTTAAAATACTTACTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCTGCTCTAGCAGAAATGG
**
699891 TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTCCATAATAGATAAAA
196 TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGAAT-AT-G-TAAAA
** * ** ** * *
699956 ATGAGTTAGGACACAGTTAATCGCATCAAGTGCCAATATTGATTTCACAAATAACATCTAAATAT
258 ACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATCAAAATAT
*
700021 CAATAGCATCCCGCAAATT-CACTGGGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAACGCATCTAAAGC---
323 CAATAGCATCCCGCAAATTCCA-TAGGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAACGCATCTAAAGCAAA
* * * * * * * * *
700082 -AAGTCTGAAAGATTAAAAGCTTCCAAAAAGGTTTTTATATCGGAATTTGAAGTTGTGCAGATGG
387 TAAGTATGAAAAATTAAAATCATAC-AAATGGATTTTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATGG
* * * *
700146 TTTTTAAGCCCGTAATTGTTCAA-AAACGAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAA
451 TTTTTATGCCCATAATT-CTCAAGAAACGAAATTTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAA
* *
700210 CTTACACTCAAAACTGCGAAAAGTTAAAACAAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTT-AAGCAA
515 CTTACACTTAACACTGCGAAAAGTTAAAACAAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAA-CAA
* * *
700274 GTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTAATTTCCATTTAAAAAACTAG-TGCAAACAATCTTTCAT
579 GTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCT-CAAACAATATTTCAT
* * * *
700338 ACTTTTAAAGCGTGGCTCCAGCAAAAATAGTTTTCAAAGCAAAACATAAAA-TCTTCAGAAACAT
643 ACTTTTAAAGCTTGGCTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAACACTTCAGAAACAT
* *
700402 TGAGCTTTGAGATTGTACAAAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCC
708 TGAGCTTTGAGATTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCC
* * *
700467 AATAACGATTTCAAAAATGACATCCAAATATCAACAACATCTCACAAATTCCTTGTGGCATTCAT
773 AATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATC-CGCAAATTCCTTGTGGCATTCAT
* **
700532 GAATCCTCCTAAAAATGCATCTGAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGTTTT
837 GAATCCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCGCGCAAATGGTTTT
700597 TATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATGGGTTTTATGCTAATAATTGTTCAGAAAC
902 TATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGAT-GGTTTTA-GC--ATAATTGTTCAGAAAC
* * * *
700653 GAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAATTCCTTTGTAACATACACTTAACAATGTGAAAAGTTAAA
1 GAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAA
** * *
700718 TCCAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGCA-CAAGTTTAAAACATTTGATTCAAGATATTCA
66 AACAATGCAAGTTATCATGTTTCTATGTTTG-AGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCA
** * * *
700782 TTTCCATGAAAAAAACTTGCTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCTGCTCCTA-CATAAAT
130 TTTCCATTTAAAATACTTACTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCTGCT-CTAGCAGAAAT
* *
700846 TGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACTTTGAGCTTTGAG-TTGTGAATATGTAGAAA
194 GGTTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGAATATGTA-AAA
* * * *
700910 A-AAGTTAGCACACAGTTAATCACATAAAGCACAAATAACGATTTCACAAATGACATCCAAATAT
258 ACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATCAAAATAT
** * * *
700974 CAATAGCATCCCGCAAATTCCATAGGGCATTCATGAATCCTAATAAAAAGGAATTTAAAGCAAAT
323 CAATAGCATCCCGCAAATTCCATAGGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAACGCATCTAAAGCAAAT
* * * *
701039 AAGTATGAAAAATTAAAATCATGCAAATGGATTTTATATCGTAATTTGAAATTGTGCAAAAGGTT
388 AAGTATGAAAAATTAAAATCATACAAATGGATTTTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATGGTT
* *
701104 TTTATGCCCATAATTCTCAAGAAACGAAATTTTGATGTTTGAACCTCCAAAATCCTTCGTAACTT
453 TTTATGCCCATAATTCTCAAGAAACGAAATTTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTT
* * *
701169 ACACTTAACACTACGAAAAGTTAAAACCAATTCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAACAAGTTT
518 ACACTTAACACTGCGAAAAGTTAAAACAAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAACAAGTTT
* *
701234 AAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCTATTTAAAAAACTTGCTCAAACAATATTTCATCCTTT
583 AAAACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCTCAAACAATATTTCATACTTT
* * * *
701299 TAAAGCTTGGTTTCCAGCAGAAATGGTTGTCAAAGCAAAACATAAAACCCTT-AGCAACATTGAG
648 TAAAGCTTGG-CTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAACACTTCAGAAACATTGAG
*
701363 CTTTCAGATTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATA
712 CTTTGAGATTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATA
* * *
701428 ACGATTTTACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTGCTTGTGGCGTTCATGAAT
777 ACGATTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCAT-CCGCAAATTCCTTGTGGCATTCATGAAT
* * * *
701493 CCTCTTAAAAATGCATCTCAAGCAAAT-AGTATT-AAAAATTAAAATCGGGCAAATGGTTTCTAT
841 CCTCCTAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGT-TTGAAAAATTAAAATCGCGCAAATGGTTTTTAT
* *
701556 ATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTGTTCAAAAAC
905 ATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATGG-TTTT-AG--CATAATTGTTCAGAAAC
* * * *
701609 G-AAATTTAGTTGTTTTAAGCTCCAAAATCCTCCGTAACTTAAACTTAACACTATGAAAAGTT-A
1 GAAAATTT-GATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGAAAAGTTAA
701672 AAACAAATGCAAGTTATCA
65 AAAC-AATGCAAGTTATCA
701691 ATAACGATTA
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 203, Indels: 104
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
931 22 0.01
932 279 0.16
933 54 0.03
934 223 0.13
935 62 0.04
936 2 0.00
938 2 0.00
939 153 0.09
946 2 0.00
948 1 0.00
953 106 0.06
954 7 0.00
955 17 0.01
956 353 0.20
957 437 0.25
958 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (953 bp):
GAAAATTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACACTTAACACTGTGAAAAGTTAAA
AACAATGCAAGTTATCATGTTTCTATGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAT
TTCCATTTAAAATACTTACTCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCTGCTCTAGCAGAAATGG
TTTTCAAAGCAAAACATAAAAGCTTTAGAAACATTGAGCTTTGAGTTTGTGAATATGTAAAAACA
AGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCACCAATAACGATTTCACAAATGACATCAAAATATCAA
TAGCATCCCGCAAATTCCATAGGGCATTCATGAATCCTCCTAAAAACGCATCTAAAGCAAATAAG
TATGAAAAATTAAAATCATACAAATGGATTTTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTT
ATGCCCATAATTCTCAAGAAACGAAATTTTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTCGTAACTTACA
CTTAACACTGCGAAAAGTTAAAACAAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAACAAGTTTAAA
ACATTGGATTCAAGATATTCATTTCCATTTAAAAAACTTGCTCAAACAATATTTCATACTTTTAA
AGCTTGGCTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAAAACACTTCAGAAACATTGAGCTTT
GAGATTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCACATCAAGCGCCAATAACGA
TTTCACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCGCAAATTCCTTGTGGCATTCATGAATCCTCC
TAAAAATGCATCTAAAGCAAATAAGTTTGAAAAATTAAAATCGCGCAAATGGTTTTTATATCGCA
ATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTAGCATAATTGTTCAGAAAC
Found at i:701913 original size:266 final size:266
Alignment explanation
Indices: 701423--701956 Score: 730
Period size: 266 Copynumber: 2.0 Consensus size: 266
701413 CATCAAGCGC
** * * * * * *
701423 CAATAACGATTTTACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTGCTTGTGGCGTTCA
1 CAATAACGATTAGAAAAATGACAACCAAATATCAACAGCATCCCGCAAATTCCCTGGGGCATTCA
* * * * *
701488 TGAATCCTCTTAAAAATGCATCTCAAGCAAATAGTATTAAAAATTAAAATCGGGCAAATGGTTTC
66 TGAATCCTCTTAAAAATGCATATCAAGCAAAAAGTATGAAAAACTAAAATCGGGCAAATGATTTC
701553 TATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTGTTCAAAAACGAAATTTAG
131 TATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTGTTCAAAAACGAAATTTAG
***
701618 TTGTTTTAAGCTCCAAAATCCTCCGTAACTTAAACTTAACACTATGAAAAGTTAAAACAAATGCA
196 ACCTTTTAAGCTCCAAAATCCTCCGTAACTTAAACTTAACACTATGAAAAGTTAAAACAAATGCA
701683 AGTTAT
261 AGTTAT
* *
701689 CAATAACGATTAGAAAAATGACAACCAAATATTAA-TGACATCCCGCAAATTCCCTGGGGCATTC
1 CAATAACGATTAGAAAAATGACAACCAAATATCAACAG-CATCCCGCAAATTCCCTGGGGCATTC
* * * * **
701753 ATGAATCCTCTTAAAAATTCTTATGAAGCAAACAAGTATGAAAGACTAAAATCTTGCAAATGATT
65 ATGAATCCTCTTAAAAATGCATATCAAGCAAA-AAGTATGAAAAACTAAAATCGGGCAAATGATT
* * **
701818 TTTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTATTCCCATAATTGTTCAAAAACGAAATTT
129 TCTATATCACAATTTGAAATTGTGCAGATGGTTTTTAAGCCCATAATTGTTCAAAAACGAAATTT
* * * * *
701883 -GACCTTTTAAGCTCTAAAATCTTTCGTAACTTAAACTTAGCACTATGAAAAGTTGAAACAAATG
194 AGACCTTTTAAGCTCCAAAATCCTCCGTAACTTAAACTTAACACTATGAAAAGTTAAAACAAATG
*
701947 CAATTTAT
259 CAAGTTAT
701955 CA
1 CA
701957 TGTTTCTGTG
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 34, Indels: 4
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * *
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* *
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*
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* * *
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*
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* *
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* * **
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * *** * *
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* * * **
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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390 TCAAACAATATTTCATACTTTTAAAGCTCGGCTCCAGCAGAAATGGTTTTCAAAGCAAAACATAA
*
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* * * * **
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1 TTTGTGCATAATATATAAAAACAAGTTAGCACACAGTTAATCGCATCAAGCGCCAATAACGATTT
* * * *
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66 CACAAATGACATCCAAATATCAACAGCATCCCGCAAA-TTCCTTGGGGCATTCATGAATCCTCCT
* ** * * * ** * *
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130 AAAAATGCATCTGAAGCAAATAAGTATGAAAAATTAAAATCGTGCAAATGGTTTTTATATCGCAA
* * * * *
709474 TCTGAAATTATGCAGATGATTTTTATGCCCATAATTGTTTAGAAACGAAATTTTGATGTTTTAA
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Statistics
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* ** *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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*** * * * * * * **
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1 CAATAACGATTTGACAAATGACATCCAAAAATCAACAGCATCCCGCAAATTCCCTGGGGCATTCA
* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*** *
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* * * * * **
704162 ATGAAAAACTAAACTCGTGCAAATGGATTTTATATCTCAATTTGAAATTGTGA-AGATAATTTTT
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* *
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* * *
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* * * * * *
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** * *
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* ** * * * *
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* * * *
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1 CAATAACGATTTGACAAATGACATCCAAAAATCAACAGCATCCCGCAAATTCCCTGGGGCATTCA
* * * * * * * *
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* *
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** * * * **
704734 TTTGACCTTTTAAGCTCTAAAATCCTTCGTAACTTAAACTTAGCACTATGAAAAGTTAAAATAAA
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* * *
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* * * *
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*
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* *
704993 AAACTAATTTAGCACACAGTT-ATCACATCAAGTGCCAATAACAATTTCACAAATGACAT-CGAA
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* * * *
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* * * * *
705121 AATAAGTATGAAAAATTAAAATCGGGCAAATGGATTTTATATCGCAATTTGAAATTGTGCAGATA
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* * *
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* *
705251 CTTAAACTTAACACTGTGAAAAGTTAAAACAAATGCAAGTTATCATGTTTCTGTGTTTGAGCAAG
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* *
705316 TTTAAAACATTGGATTCAACATATTCATTTCC-TTCTAAAAAACTTGCTCAAATAATATTTCATA
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * *** *
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* * * * *
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* * * ** * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* **
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** * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * **
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* *
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*
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* *
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*
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* * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * ** *
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* * *
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** * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* ** * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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*** * *
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** * * *
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125 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGT-TTTTA-T
* * * ** *
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1 TCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAG
* * * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAA
* ** * *
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** ** * * * * * ** *
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* * * *
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1 TCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAA
* * * * * * *
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61 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
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* * *
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1 TCATAC-AAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TA
* * * * * * *
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60 AGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
** * *
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* * * * * * *
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1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* *
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* * * * *
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129 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-GTTTTTAT
* * *
738461 TCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATCTTGACAATTAA-TAAGTA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TT--CAA-AAATTAA-TA
* * * * * * * ** * * *
738524 AAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA-CTGAACTAGATCAAATAGCCATGACTATTTAAATAAAT
60 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
738588 ATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAAAAAT-TATTTCAGT
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* * * * * * *
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Statistics
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TTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTTAT
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* * * *
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1 TATTTCAATAAATATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAAAATTATTTTA
* * * * * *
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* *
736579 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTTAAATAATTGTGAA
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*
736630 TATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATT-TTTT
1 TATTTCAATAAATATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATTATTTT
* *
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* *
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127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTT
736795 CAATTTTATA
Statistics
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ATTCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAGACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTGTGAA
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736656 CACTATAACC
*
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* * *
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* * * * **
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** ** * *
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736952 TT
128 TT
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CATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTC
AATTTTATATTTCAAATTGTTATGACT
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736467 TTTTAAATCA
* *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAAAAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * *
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66 AATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATG
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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326 ATATTTCAAATTG
* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATTATTT-TAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAA
* * * * * * *
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63 AATAATACTAAGTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * * *
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127 TATGGAACAAGTTTAAATAATTATGAATATTGCAACAATTATCTAATTGAAA-TAAATATAACCT
* * * ** *
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191 TTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTCA-TTCACAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAAGACAAAT
* *
737068 TTATTAATATTAAAAAAATTGATAAG
254 TCATTAATATTAAAAAAATTAATAAG
737094 GTGGAGATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAAAAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATG
GAACAAGTTTAAATAATTATGAATATTGCAACAATTATCTAATTGAAATAAATATAACCTTTTGT
TTTATCATAAAATAATTTTTCATTCACAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAAGACAAATTCATTAA
TATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACAAGTTCAATTTT
ATATTTCAAATTG
Found at i:737159 original size:179 final size:180
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Indices: 736955--737290 Score: 380
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736945 GAATAAGTTT
* *
736955 AAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATCTAATT-AAAGTAAATATA-ACTTTT-TTTTATCATA
1 AAATAATTATGACTATTGAAACAATTATCTAATTCAAA-TAAATA-AGACTTTTGTTTTATCATA
* * * *
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*
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* * * * ** *
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1 AAATAATTATGACTATTGAAACAATTATCTAATTCAAATAAATAAGACTTTTGTTTTATCATAAA
* * * **
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*
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130 AAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAA
737291 GAAATCTGTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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ACAATTGTATTTCACCATAAAAGCCTATTCGAAATAAAATAATAAGTATTTATTAATATTAAAAA
AATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAACAAGTCAATTTATCAAATCGGTAC
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Indices: 736823--738669 Score: 1072
Period size: 358 Copynumber: 5.2 Consensus size: 352
736813 TGTTATGACT
* * * * * *
736823 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTC-ATATTAAAATAATATT
1 TTTTATTTTATCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA-AAT
* * * * * * * **
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* * * * * ** **
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123 GTTTAAATAATTATGACAATAT-CAATAATTATCTATTTCAAA-T-CTTATAACCTTTTGTTTGG
* * * ** * * * *
737012 TCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATA
185 CCATAAAATAATTGTTT-TGAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-TTATTTTATTAATA
** * * * * ** * * *
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248 TTTCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTATCAAACT-AGTTCAAATAG
* * *
737140 TTATGGCTATTT-AAACAATTATGTATTTCAAATC--TAT-AAGA
310 TTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGAA-A
* * * * **** *
737181 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCACCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACAT
1 -TTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-A-AT
* * * * * * * *
737246 TATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTGAGAGATTTAAAAAAGAAATCTGTTTATCGAACTA
63 AATCTATTAATA-TTC-TAAATT-AT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAATA
* * * * * **
737311 GTTT--CT-GTT-TG--------AATAATTATCTATTTTAATTCTTATAACCTTTTGTTTTGTTA
123 GTTTAAATAATTATGACAATATCAATAATTATCTATTTCAAATCTTATAACCTTTTGTTTGGCCA
* ** *
737364 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATT-ATATT
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* * ** * *
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* * **
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*
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* * * * * *
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65 TCTATTAATATTCTAAATTATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-TAGTTTAA
* * * *
737662 ATAATTATGGCAATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAA
129 ATAATTATGACAATATCAATAATTATCTATTTCAAATC-TTATAACCTTTTGTTTGGCCATAAAA
* * * * *
737727 TAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCGGAATGAAATAATTTTTTCTTATTAATCTTTCAAAA
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* * **
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256 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
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* * *
737889 CTTTAGTTCTATCATAAAATAGTTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT
1 TTTTA-TTTTATCATAAAATAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AAT
* * * * * *
737953 AATCTAATAATATTTCAAAAATTAACAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTA
63 AATCTATTAATA-TTC-TAAATT-ATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAATA
* * * * ** *
738018 GTTTAAATATTTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATGTTTTGTTTTGTC
123 GTTTAAATAATTATGACAATATCAATAATTATCTATTTCAAATC-TTATAACCTTTTG-TTTGGC
* * * * *
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186 CATAAAATAA--TTGTTTTGAA--CATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATTTATTTTATTA
* * * *
738146 ATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCTAAT
245 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T-TTTATCAAACTAGTTCAAAT
* * * *
738210 AATTATGATTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
308 AGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGAAA
* * * * * * * * * * *
738255 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AAATTAAT
1 TTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATAAT
** * *
738319 CTATTAATATT-TCAAAAAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATCAGTTCAA
66 CTATTAATATTCT-AAATTATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAT-AGTTTAA
* ** * * * * * * * **
738383 ATAGTTATGATTAT-TTAAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTCGTTATAAA
129 ATAATTATGACAATATCAA-TAATTATCTATTTCAAA-TCTTATAACCTTTTGTTTGGCCATAAA
* * *
738447 ATAATAGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATCTT-
192 ATAATTGTTT-TGA-ACATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAAT-TTATTTTATTAATAT-TTC
* * * * * * * * **
738509 GACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA-CTGAACTAGATCAAATAGCCATG
252 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
738573 ACTATTT-AAATAAATATTTATTTCAAATTATTATGACC
315 ACTATTTGAAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGAAA
* * * * * * * *
738611 TTTTGTTATGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
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738670 TATTAAGTTA
Statistics
Matches: 1177, Mismatches: 236, Indels: 152
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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352 1 0.00
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Consensus pattern (352 bp):
TTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATAAT
CTATTAATATTCTAAATTATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAGTTTAAAT
AATTATGACAATATCAATAATTATCTATTTCAAATCTTATAACCTTTTGTTTGGCCATAAAATAA
TTGTTTTGAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA
AATTATCTATCTCAAATCATTATGAAA
Found at i:737949 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 179
737308 CTAGTTTCTG
* * * * * *
737318 TTTGAATAATTATCTATTTTAATTC-TTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-GTTTCAG
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-
* * *
737381 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTA
65 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-TTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTA
** ** * *
737445 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCGTCAAAATAGTTCAAATAGTTAAGACTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * *
737498 TATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTTTATTTTATCATAAAATAATTA-TTTTAG
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-
* ** * *
737562 TTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTC-TAAATT--TTAATAA
65 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAA
* * * * ** * * * * *
737623 GTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCAAAGTAGTTTAAATAATTATGGCAA
129 GAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
737675 TGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTATTTGA
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT-TTTTA
* * * * ** *
737740 -ACATTCAAGCTTATTCGGAATGAAATAATTTTTTCTTATTAATCTTTCAAAAATTAATTAGTAA
65 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAA
*
737804 GATATTTAAAAAATAAATCTTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * * *
737856 TTTGAATAATTGTAAACTTT-AAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCATAAAATAGTTATTTTTA
1 TTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA
* * * ** *
737920 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATCTAATAATATTTCAAAAATTAACAACTAA
65 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAA
* * * * *
737985 GAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAGTTTAAATATTTATGACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** *
738037 TATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATGTTTTGTTTTGTCCTAAAATAAGGTT-TTTTT
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTATTTTT
* * *
738101 GAATTCATACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TA
64 --ATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTA
* * * *
738164 TGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACTAGTTCTAATAATTATGATTA
125 -GTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T-TTTA-TTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
738221 TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTAT
* * * * * * *
738286 TCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AAATTAATCTATTAATATTTC-AAAA--AA-TAATAAGA
66 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGA
* * * *
738346 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATCAGTTCAAATAGTTATGATTA
131 GATTTAAAAAATAAATTT-TTTATTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
738396 TTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTCGTTATAAAATAA-TAGTTTCT
1 TTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTTT
* * *
738459 ATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATCTT-GACAATTAATAAG
64 ATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAAT-TTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATTAG
* * * * * * **
738522 TAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTGAACTAGATCAAATAGCCATGACTA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
738577 TTTAAATAAATATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAAAAATTA-TTTCAG
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-
* * * * *
738641 TTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAAGATTT
65 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTT
738689 ATTTTTTAAA
Statistics
Matches: 951, Mismatches: 193, Indels: 94
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 9 0.01
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185 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTAT
TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATTTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:738038 original size:539 final size:519
Alignment explanation
Indices: 736444--738275 Score: 1386
Period size: 539 Copynumber: 3.5 Consensus size: 519
736434 TCAACAAGTC
* * * * * *
736444 ATGACTATTTGAATAAATATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATT
1 ATGACTATATGAACAATTATCTA-TTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTATCA-TAAAATAATT
* * * * * * *
736508 ATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAA
63 ATTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATA-TTC-AAAATT-T
* * * * * ** *
736573 TAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACA-AGTTTAAATAATTGTGAATATTTCA
124 TAA-TAAGTGATTT-AAAAATAAGTCTATTTA-TCAA-ATAGTTTAAATAATTATGGCTATTTAA
* * * * * * * *
736637 ATAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-T-TTT-ATTCAC
185 AAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGCCATAAAACAATTGTATTTCA-ACAT
* * * * * * * *
736699 ACAGGCTTATTTC-AAATTAAATAAGACA-AATTCATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAA
249 ACAAGCCTA-TTCGAAATAAAATAATA-ATTATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATGAGTAAG
* * * * * ** * *
736760 AGATTTAGAAAATAAATTTTTTTATCGAACAAG-TTCAATTT---T-AT-A--T--TTCAAATTG
310 AGATTTAAAAAAGAAATCTGTTTATCGAACTAGTTTCTGTTTGAATAATAATCTACTTTAAA-TC
* * * * * * * *
736815 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-ATATTAAAA
374 TTATAACCTTTAGTTCTATCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAA
** * * * * * * *
736879 TAATATTAATTTGTTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTA
437 TAATATTAATTTAATAATA-TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
*
736943 TGGAATAAGTTTAAATAGTT
501 TCGAAT-AGTTTAAATAGTT
* * *
736963 ATGACTAT-TGGAACAATTATCTAATT-AAAGTAAATAT-AACTTTTTTTTATCATAAAATAATT
1 ATGACTATAT-GAACAATTATCT-ATTCAAA-TCATTATGATCTTTTTTTTATCATAAAATAATT
* * * * * * * ** *
737025 ATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTAAAAAAATTGA
63 ATTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTCAAAATTTTAA
* * * **
737090 TAAGGTGGAGATTTAAAAAACAAGTCAATTTATCAAATCGGTACAAATAATTATGGCTATTTAAA
127 TAA-GT---GATTT-AAAAATAAGTCTATTTATCAAAT-AGTTTAAATAATTATGGCTATTTAAA
* * * * * * *
737155 CAATTATGTATTTCAAATC--TATAAGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCACCATA
186 AAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CCTTTTGTTTGGCCATAAAACAATTGTATTTCAACATA
*
737218 CAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACATTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTGAGAGAT
250 CAAGCCTATTCGAAATAAAATAATA-ATTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAT
* * *
737283 TTAAAAAAGAAATCTGTTTATCGAACTAGTTTCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAATTCTTATA
314 TTAAAAAAGAAATCTGTTTATCGAACTAGTTTCTGTTTGAATAATAATCTACTTTAAATCTTATA
* * * * * *
737348 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
379 ACCTTTAGTTCTATCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * *
737413 TAATTTAATTATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCGTCAAAAT
443 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-GAAT
*
737478 AGTTCAAATAGTT
507 AGTTTAAATAGTT
* *
737491 AAGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTTTATTTTATCATAAAATAATTA
1 ATGACTATATGAACAATTATCTAT-TCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTATCATAAAATAATTA
*
737556 TTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAATTTTAAT
64 TTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTCAAAATTTTAAT
* * * * *
737621 AAGTGATTTAAAAAGTGAA-TCTGTTTATCAAAGTAGTTTAAATAATTATGGCAATGTCAATAAT
128 AAGTGATTTAAAAA-T-AAGTCTATTTATCAAA-TAGTTTAAATAATTATGGCTATTTAAAAAAT
* * * * *
737685 TATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTATTTGAACATTCAAGC
190 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGCCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAAGC
* * * * * * * *
737750 TTATTCGGAATGAAATAAT-TTTTTCTTATTAATCTTTCAAAAATTAATTAGTAAGATATTTAAA
255 CTATTCGAAATAAAATAATAATTAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
737814 AAATAAATCTTTTTATTGAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTTAA
319 AAAGAAATCTGTTTATCGAACTAGTTTC---T-GTT-TGA--A--T-AATAA-TCT--ACTTTAA
*
737878 ATCATTATAACCTTTAGTTCTATCATAAAATAGTTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATA
371 ATC-TTATAACCTTTAGTTCTATCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * *
737943 AAATAATAATAATCTAATAATATTTCAAAAATTAACAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTT
434 AAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
*
738008 TGTCGAACTAGTTTAAATATTT
499 TGTCGAA-TAGTTTAAATAGTT
* * * * *
738030 ATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATGTTTTGTTTTGTCCTAAAATAAGGT
1 ATGACTATATGAACAATTATCTA-TTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTATCATAAAATAA--T
* * * *
738095 TTTTTTGAATTCATAC-TAACTTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAAT
62 TATTTT-AGTTCATACAT-GCTTATTCGAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATA-TTC-AAAAT
* * * * * * **
738159 TAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCT-AATAATTATGATTATT
122 T-TTA-ATAAGTGATTT-AAAAATAAGTCTATTTATC-AAATAGTT-TAAATAATTATGGCTATT
* * * * *
738223 TGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
182 TAAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGCCATAAAACAA
738276 ATGTTTTTGT
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 179, Indels: 121
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
513 3 0.00
514 3 0.00
515 10 0.01
516 33 0.03
517 115 0.11
518 35 0.03
519 75 0.07
520 10 0.01
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523 1 0.00
524 2 0.00
525 12 0.01
526 109 0.10
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528 139 0.13
529 23 0.02
530 76 0.07
532 1 0.00
534 1 0.00
535 4 0.00
536 2 0.00
538 10 0.01
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545 4 0.00
546 80 0.08
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (519 bp):
ATGACTATATGAACAATTATCTATTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTATCATAAAATAATTATT
TTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTCAAAATTTTAATAAG
TGATTTAAAAATAAGTCTATTTATCAAATAGTTTAAATAATTATGGCTATTTAAAAAATTATCTA
TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGCCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAAGCCTATTC
GAAATAAAATAATAATTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAA
TCTGTTTATCGAACTAGTTTCTGTTTGAATAATAATCTACTTTAAATCTTATAACCTTTAGTTCT
ATCATAAAATAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATA
TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATAGTTTAAATAGTT
Found at i:738539 original size:540 final size:533
Alignment explanation
Indices: 736795--740978 Score: 1888
Period size: 540 Copynumber: 7.9 Consensus size: 533
736785 CGAACAAGTT
* * * *
736795 CAATTTTATATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
1 CAATTATATATTT-AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
736860 AAGTTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATT
65 AAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
* * * * * * *
736924 TAAGAAATAAATATGTTTATGGAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATCTAAT
126 TAAAAAATAAATTTATTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
736988 T-AAAGTAAATAT-AACTTTT-TTTTATCATAAAATAA-TTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTT
190 TCAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTC
* * * ** * * *
737049 GAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTAAAAAAATTGATAAGGT-GGAGATTTAAAAAACAA
254 AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * ** * *
737113 GTCAATTTATCAAATCGGTACAAATAATTATGGCTATTTAAACAATTATGTATTTCAAATC-TAT
317 ATCTATTTACCAACT-AGTTCTAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-T
* *** * *
737177 AAGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCACCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAA
380 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AA
* * * * * *
737241 TACATTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTGAGAGATTTAAAAAAGAAATCTGTTTATCG
444 TAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAAATAAT-A--AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG
*
737306 AACTAGTTTC---T-GTT-TGA--A--T--
505 AACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTAA
* * * *
737325 -AATTATCTATTTTAATTCTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAC
1 CAATTATATATTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * *
737388 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
65 AAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTT-ATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
* ** * * * * *
737452 TAAAAAATAAATTTGTTCGTCAAAATAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATCT
126 TAAAAAATAAATTTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
737517 CAAATCATTATGATTTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTT-AGTTCATACATGCTTATTCGA
191 CAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAA
* * * * *
737581 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTC-TAAATT-TTAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATC
256 AATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *** * * * *
737642 TGTTTATCAAAGTAGTT-TAAATAATTATGGCAATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATT
320 TATTTA-CCAACTAGTTCT-AATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** * ** * *
737706 ACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCGGAATGAAATAAT-T
383 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAAAATAC
** * * * *
737770 TTTTCTTATTAATCTTTCAAAAATTAATTAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTT-TTTATTGAA
447 TAAT-TTATTAATATTTCAAAAAATAA-TA--AAGAAATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCGAA
*
737834 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
507 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AA
* * * * * * * * * * * *
737862 TAATTGTAAACTTTAAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCATAAAATAGTTATTTTTATTCATAC
1 CAATTATATA-TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
737927 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATCTAATAATATTTCAAAAATTAACAACTAAGAGAATT
65 AAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT
* * * * * *
737992 AAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAGTTTAAATATTTATGACTATATGAATAATTATCTATTTC
127 AAAAAATAAATTTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
738057 AAATCGTTATGATGTTTTGTTTTGTCCTAAAATAAGGTTTTTTTGAATTCATACTAA-CTTATTC
192 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAA--TTTTTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTC
* *
738121 AAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAT
254 AAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*
738186 TCTATTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATGATTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTAT
318 TCTATTTACC-AACTAGTTCTAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
738251 GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAA-AT
382 GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAATAC
* *
738315 TAATCTATTAATATTTCAAAAAATAAT-AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATC-AG
447 TAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAG
*
738378 TTCAAATAGTTATGATTATTTAA
511 TTCAAATAGTTATGACTATTTAA
* * * *
738401 GCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTCGTTATAAAATAATAGTTTCTATTCATA
1 -CAATTATATATTT-AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
* * *
738466 CAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATCTTGACAATTAATAAGTAAAAAATT
64 CAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
* * * ** * * * *
738531 TTAAAAATAAATATATTTA-CTGAACTAGATCAAATAGCCATGACTATTTAAATAAATATTTATT
126 TAAAAAATAAATTTATTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
738595 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAA-AAATTATTTCAGTTTATATAAGCTTATTCA
190 TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCA
* * *** * ** * *
738659 AAATAAAATAATATTAAGTTATTAAGATTTATTTTTTAAATCTATTTACCT-AGCGAGTTTAAAT
255 AAATAAAATAA-AATAATTTATT-A-A--TATTTCAAAAAT-TA-ATAAGTAAGAGA-TTTAAAA
** * * * * * * ***** *
738723 GTTATGAT-TATTTGAACAAGTATTTATTATAAATCGTTATG-TTATTTTGTTTTGTCGTAAAAC
312 AATA-AATCTATTT-ACCAACTAGTTCTAAT-AA---TTATGATTA-TTTGAACAAT--T--ATC
* ** * * ** * ** ** *
738786 AATTGT-TTAT-ATTCAT-ACAATTT-TATTCACAATAAAATAA-TACTAAT-TT-AT-TAA---
366 TATT-TCAAATCATT-ATGACATTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT
** * * * ** *** ** **
738840 TATTC----T-AAAAAT--TAATAAATTGGAGATTT-GAAAAATAACTCTATTTATCGAACAAGT
428 TATTCAAAATAAAAAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAAATAA-TAAAGAAATTTAA-AAAA
* * ** * * * * * *
738897 TCAAA-TAG-TCAT-GTTCATG-TGAACTA-TTATCTA-TTTTAAA
490 T-AAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTAA
** * * ** * *
738937 TC-ATTATGATATTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTG--TT-TT------T-A----TTC-ATAC
1 -CAATTAT-ATATTTAAATTAT-T-ATGACCT-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTC
738985 A-A-AA--TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AG
61 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
739042 ATTTAAAAACTAAA-TTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
124 A-TTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * * *
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188 TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATT
* * * * * * *
739169 TAGAGTAAAATATTACAA-AA-CTAATAATGTTAT-AAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAA
253 CAAAATAAAATA--A-AATAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
739231 TAAATATGTTTGCCATACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCG
314 TAAATCTATTTACCA-ACTAGTTCTAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * *
739296 TTTTGACAATTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAAT
378 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-
* * * * *
739361 AATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATTAGCAAAAAATTTTAAAAATTAAATATGTTTA
442 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAA-TAA-TA--AAGAAA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * *
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502 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AA
* * *
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1 CAATTATATATTT-AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * * ***
739518 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATT
64 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
** * * * * * * *
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126 TAAAAAATAAATTTATTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * *
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* * *
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254 AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
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318 TCTATTTACC-AACTAGTTCTAA-TAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
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381 TGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAA
* * * * * *
739902 TACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTG
444 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--AATAA-TAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG
* * * *
739966 AACAAATTTAAATAGTTA-AAGCTATATGAA
505 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT-TTAA
* * * * ** * *
739996 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACGAA-TGTTT-TCGTTCAT
1 CAATTATATATTT-AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-TAATTGTTTCT-ATTCAT
* * * * *
740059 ATAATC-TAGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--TAATTAAT-A-T--GAGAT
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* * * * * * * *
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125 TTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTAT
* * * * * * *
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189 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTC-AGTTCATATAAG-CTTAT
** * ** *
740242 TTGAAATAAAGTAATGCTAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATATGTAACG-GATTTAAAAAA
252 TCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
* * * * * * **
740304 TGAATATGTTAGCTTGT-CCAA-TA--T-AAATAGTTATAATTGTTTGTACAATTATCTATTTTT
314 T-AA-AT-CTA--TT-TACCAACTAGTTCTAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * * * * * *
740364 AAGCATTGTGACCTTATATTTTGTTACAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTAATTTAGAAT
373 AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * * *
740429 AACATAATTCTAATTTATT-AT-TTT-AAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
438 AA-AAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * *
740490 TCGAATAAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAA
502 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AA
* ** * * * *
740523 TAATTAGT-TATTTCAAATTGCTATAACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TTTTGCT
1 CAATTA-TATATTT-AAATTATTATGAC-CTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATT-C-
* * ** *
740585 TATATAAGCTTATTTC-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATT-ATAAGTAAAA
61 -ATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAAA
* * *
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* * * * *
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185 CTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTTCAGTTCATATAAGC
* * * * ** * * *
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* ** * * *
740837 AATAAATATATTTATTGAACAAGTT-T-A-AA-TA-GTTATATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
312 AATAAATCTATTTA-CCAACTAGTTCTAATAATTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTC-AA
* * ** * * * ** * * * *
740897 AT-GTTATGACCTTTTGTTTCATCATGAAATAATTGTATAAGTTCATATAGGCTTTTTCGAAATA
374 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
*
740961 AAATAATATTAATTTATT
439 AAA-AATACTAATTTATT
740979 CAAAATGAAT
Statistics
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AGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAA
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CATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
AATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAACTAGTTCTAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAAATAATAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTAA
Found at i:739551 original size:178 final size:182
Alignment explanation
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739212 AAGTAAGACA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* **
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* *
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TTAAAATCGTTATGACAATTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCTTATCCAA
AATAAAATAATACTATTTTATTAACATTTCAAAAAATTAATTAGCAAAAAAT
Found at i:740010 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 738731--740978 Score: 1450
Period size: 181 Copynumber: 12.6 Consensus size: 178
738721 ATGTTATGAT
* * * *** *
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* ** * *
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** * * * * * *
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* * * ** *
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** * *
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* * * * *
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* * *
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1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
** * * * * * * * ** * *
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* * * * * *
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128 AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTAAG-C
* * * * ** * * *
739268 TATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTTTGACAATTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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128 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAG-C
* * * ** *
739450 TATTTAAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTG--TT-T-ATAAAACAATTGTTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * * * * * * *
739511 GTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTT
65 TTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
739576 GGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTCTAGAATC-AGTTAAAATAATTATGGC
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* * * ** *
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1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * *
739692 CATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
66 -TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* ** * * ** * * *
739757 GGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTGGTTCAACTAGTTATGAT
129 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAG-C
* * * *
739808 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTATTTAT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * *
739873 TTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA-AATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAACTA
65 TTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
739937 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACAAATTTAAATAGTTAAAGC
129 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-AAGC
* * * * *
739988 TATATGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACGAA-TGTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTT
* * * * * *
740052 CGTTCATATAATC-TAGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--TAATTAAT-A-T
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* * ** * * *
740112 --GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATTAGTTTAATTAGTTATAAC
128 AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGC
* * * * * *
740162 AATTT-AA-AATTTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCTTAAAATAATTGTTTC
1 TATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * * *
740225 TATTGATA-AAGTCTTATT-TGAAATAAAGTAATGCTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAT
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* * * ** **
740287 GTAACG-GATTTAAAAAATGAATAT-GTTAGCTTGTCCAA-TAT-AAATAGTTATAAT
126 GTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATATTTA--TCGAACAAGT-TCAAATAGTTA-AGC
* * ** * * * * * * *
740341 TGTTTGTACAATTATCTATTTTTAAGCATTGTGACCTTATATTTTGTTACAAAATAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * *
740406 ATTCATACAAGCTAATTTAGAATAACATAATTCTAATTTATT-AT-TTTAAAAA-T--TAA-TAA
65 TTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
740465 GAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAATAAGTTTAATTAGTTATGAC
130 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAG-C
* *** * * *
740515 TATTTGAATAATTAGT-TATTTCAAATTGCTATAACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT
1 TATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
740578 TTTTGCTTATATAAGCTTATTTC--ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATT-AT
64 TTTT-C--ATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAAT
* * * * *
740640 AAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
124 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTA-AGC
* * * * *
740695 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * *
740760 GTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
66 -TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTA
* * * *
740825 AAAGATTTTAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTT-A--
129 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGC
* * ** * * *
740872 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTCATCATGAAATAATTGTATA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
** * * * *
740936 AGTTCATATAGGCTTTTTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATT
64 TTTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATT
740979 CAAAATGAAT
Statistics
Matches: 1630, Mismatches: 345, Indels: 189
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Matches are distributed among these distances:
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGC
Found at i:740333 original size:353 final size:350
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Indices: 738695--740930 Score: 1270
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738685 ATTTATTTTT
* *** * * *
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* *** * * * * ** *
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65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TTTTGATACAAGCTTATTTA-AAT-AAA
* *** *
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126 TAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA---TATGTTA
* * * ** * * * **
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* ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 TAAATCTATTTACCGAATTAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
** *** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * ** * * * **
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* ** * * * **
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66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TTTTGATACAAGCTTAT-TTAAAT-AAAT
* * * * ***
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127 AATACTA-ATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAT--ATGTTA
* * * ** * * * **
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187 GCTTGACA--AATT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * *
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249 TTTGTTTTATCATAAAACTAATTG-TTTTCGTTCATACAAGTCTATTTAGAATAAAATAATATTA
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313 ATTTATTAATATTT--AAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * * *
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1 TAAATCTATTTACCGAATTAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
* * * * * *
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66 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TTTTGATACAAGCTTATTTA-AATAAATA
* * * * * *
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* * *
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* * *
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*
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* *
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* * * *
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* * **
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* * * * * ** * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * **
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* * * * * *
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* *
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126 TAATACTAA-TTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATG-TTAG
* * *
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* * * * *
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* * *
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* ** ** * * *
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* ** *
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65 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
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TAAAATTAATATGAGATTTAAAAAA
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* *
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* *
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* * * * * * **
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* *
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64 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG
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AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTACCA
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*
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*
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1 AATTATTAATATTATATTATAT
*
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1 AATTATTAATATTAT
741999 TATGCTATTA
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AATTATTAATATTATATTATAT
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*
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* *
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AATAATTATAATT
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* *
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TTAATA
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* *
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* *
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*
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TATAATAATATTATTATATTAT
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*
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*
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*
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* *
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Statistics
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ATTATAATTATAATATT
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AATTAAATTAATTATT
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*
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* * *
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1 A
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* *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * ** *
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* * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTT
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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** * *
758814 GGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAAT
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** *
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* *
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* *
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* * * *
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1 ATTTATGTTTTAAATCCATCAA-TTATCAAATTTCATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATT
* ** * * * * **
758976 TTAAATAAGCTTTTATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGATACAATATAAGGTCACT-GATTTTA
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* * * *
759039 AATAGATAATTGTTCAAATAGTAAAAAATATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTTCT-
128 AATAGATAATTGTTCAAAT-GTAAAAAATATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTT-TA
* * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 AT
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**
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
760548 TTAATTTTATATTAATTTAA
1 TTAATATTATATTAATTT-A
* *
760568 CTAATA-TAAATTAATTTA
1 TTAATATTATATTAATTTA
*
760586 --AATATAAATTATTAA-TTA
1 TTAATAT-TA-TATTAATTTA
760604 TTAA-A-TAT-TTAATTTA
1 TTAATATTATATTAATTTA
760620 TTAATGATTATATTAATTTA
1 TTAAT-ATTATATTAATTTA
760640 TTAATATTA
1 TTAATATTA
760649 ATAAATATAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 6, Indels: 21
0.71 0.07 0.23
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.06
16 12 0.18
17 1 0.02
18 6 0.09
19 23 0.35
20 19 0.29
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.01, T:0.52
Consensus pattern (19 bp):
TTAATATTATATTAATTTA
Found at i:760680 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 760584--760673 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 4.0 Consensus size: 24
760574 TAAATTAATT
* *
760584 TAAATATA-AATTATT-A-ATTAT
1 TAAATATATATTTATTAATATTAA
*
760605 TAAATATTTAATTTATTAATGATT-A
1 TAAATATAT-ATTTATTAAT-ATTAA
760630 T--AT-TA-ATTTATTAATATTAA
1 TAAATATATATTTATTAATATTAA
*
760650 TAAATATATATTTATTGA-ATTAA
1 TAAATATATATTTATTAATATTAA
760673 T
1 T
760674 TGATATAAAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 5, Indels: 18
0.70 0.06 0.23
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.06
20 12 0.22
21 7 0.13
22 3 0.06
23 16 0.30
24 9 0.17
25 1 0.02
26 3 0.06
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (24 bp):
TAAATATATATTTATTAATATTAA
Done.