Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168071.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_32, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 7 of 17
Found at i:243804 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 243753--243811 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
243743 TCTTTAATAA
*
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1 TTATAATATTAT-ATTATATTT
* *
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1 T-TATAATATTATATTATATTT
*
243796 TTATAATATAATATTA
1 TTATAATATTATATTA
243812 ATATAGTATA
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TTATAATATTATATTATATTT
Found at i:243984 original size:13 final size:13
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243910 TCAATTATAA
*
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* *
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1 AATTAATTAATAT
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*
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1 AATTAATTAATAT
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AATTAATTAATAT
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243971 TATAATTAAC
* *
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1 T
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TAATATTATAATATATA
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243989 TATTCTATAT
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* *
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1 A-ATATTATAATC
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1 AATAT-TATAATC
*
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AATATTATAATC
Found at i:244504 original size:33 final size:32
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244456 ATTATACTAT
*
244466 TAATTATATATGTTAAATAGTTCTATTAT-TAATA
1 TAATTATATATATT-AA-A-TTCTATTATATAATA
*
244500 -AATTATTTATATTAAATTCTATTATATAATA
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244531 TAATTA
1 TAATTA
244537 AAGATAATCA
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TAATTATATATATTAAATTCTATTATATAATA
Found at i:244895 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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244862 AATTTTACTT
244872 ATTAATTTAAAATTAAAATA
1 ATTAATTTAAAATTAAAATA
*
244892 ATT-A-TTATAATTAAATAATA
1 ATTAATTTAAAATT-AA-AATA
* *
244912 ATCTAATAT-AATTATAATATATA
1 AT-TAATTTAAAAT-TAA-A-ATA
*
244935 ATTAA-TTAAAATATAATATA
1 ATTAATTTAAAAT-TAAAATA
* * *
244955 AAT-ATTTAAATTTTAAAT-
1 ATTAATTTAAAATTAAAATA
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1 ATTAA-TTTAAA-ATTAAAA-TA
244996 AT
1 AT
244998 ATATATTGTT
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ATTAATTTAAAATTAAAATA
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244943 AAATATAATA
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1 TAAATATTAA
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TAAATATTAATTT
Found at i:245247 original size:22 final size:22
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245195 AATATTGCAA
* *
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1 TAGTTTAAATTTATATATATAT
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1 TAGTTTAAAT-TTATATATATA
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Consensus pattern (22 bp):
TAGTTTAAATTTATATATATAT
Found at i:245301 original size:13 final size:13
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1 AAAATAATTAATT
*
245309 AATAATTATT-ATT
1 AA-AATAATTAATT
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1 AAA-ATAAT
245331 AAACAATTAT
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AAAATAATTAATT
Found at i:245869 original size:181 final size:182
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245601 ATTGAAATAC
* * * * *
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1 AAATAGCCATAACCATTTAAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAAATCTTTAACTTAT
* * * * *
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* *
245735 ATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTA
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* ** * **
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1 AAATAGCCATAACCATTTAAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAAATCTTTAACTTAT
* * ** * ** *
245851 CAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGGACAAACTTTTATGATCTAAAACA
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* * * * *
245916 ATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTC
130 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATTA
* * * * **
245969 AAATAGTCATAACCATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTGCTTATT
1 AAATAGCCATAACCATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAAATCTTTAACTTATT
** * *
246034 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
246071 TTGAATGAGC
Statistics
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AAATAGCCATAACCATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAAATCTTTAACTTATT
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTACGAACAAACTAGTATGATCAAAAACAA
TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATTA
Found at i:247923 original size:142 final size:140
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247711 TTTTAAATCG
* *
247721 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTTTTTCAATTCATACTAACTTATTCAGAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-ATCCATACTAACTTATTCAGAAT-AAAT
* * *
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128 CCAGTTCAAATAA
* * * *
247863 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTC-TCCATA-TAAGTTTGTTCGGAATAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTCATCCATACTAA-CTTATTCAGAATAAA
* * *
247926 TTAATGCTACTCTATTAATATTTTAAAAATTAATAATAGATCTAAAAAATAA
63 TAAATGC-AATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAA
247978 ATTTTTTAGA
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ATGCAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAATTCTACTTACCTAACCA
GTTCAAATAA
Found at i:248060 original size:27 final size:28
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247983 TTAGATATCT
247993 ATTAATTAATAAAAATCAATAATTAAAATA
1 ATTAA-TAAT-AAAATCAATAATTAAAATA
* * *
248023 TTTAA-ATTAAAATCAAT-ATTCAAATA
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ATTAATAATAAAATCAATAATTAAAATA
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247985 AGATATCTAT
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1 TAATTAATAATAAATCAATAATTAAAA
* * *
248021 TATTTAA-ATTAAAATCAAT-ATTCAAA
1 TAATTAATAAT-AAATCAATAATTAAAA
248047 TAATTAATAATAAAT
1 TAATTAATAATAAAT
248062 TATAAGTATT
Statistics
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248521 TTACATAACA
*
248531 AATAGTTTATTTTT-ATT
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1 AATAATTTATTTTTAATT
248565 AATAATT
1 AATAATT
248572 GCGTTAATTG
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AATAATTTATTTTTAATT
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1 AAATAG-CATAATTATTT
249213 GTACTTGTTC
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* *
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*
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1 TATTAATTTTTGAATTTTTAAT
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Indices: 249661--249703 Score: 50
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*
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*
249690 TTTGGATTTTTAAT
1 TTT-AATTTTTAAT
249704 AAATTTATAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
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TTTAATTTTTAATT
Found at i:249716 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 249380--250139 Score: 590
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
249370 TGCACTTTTG
* *
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1 TGAAT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAAAGATTTGAAATAAT-TAATTAT
* * * * *
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63 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACATATTTATT-TTTTAAT-TTTTACTTAT
* * * * ** *
249507 TAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
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* * * *
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1 TGAATA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAAAGATTTGAAATAATTAATTATTC
* * *
249625 AAATAGTCATAACTA-TTGAA-TGTGTTTACAAACATATTTATTTTTTAATTTTTAATTTATTAA
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* *
249688 TTTTTGGATTTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
128 TTTTTGGATTATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCA
* * * * *
249738 TGAACAAAACTAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGA-TAATTATT
1 TGAATAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAAAGATTTGAAATA-ATTAATTATT
* * * * *
249802 TAGATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTCGATAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACATATTTATTTTTTAATT-T-TTACTTATT
* * * ***
249867 AATTTTTGG-TATATTAATAAA-TTAGAGCTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTG
126 AATTTTTGGAT-TATTAATAAATTTATA-TTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCA
* * * * * * * * **
249919 TTAGCTAAAACAATTATTTTATTACAAAATAGAA-GGTCACAATTATTTGAAATAGA-TAATTAT
1 TGA-ATAAAATAATTGTTTTATGACAAAACA-AATAGTCATAAAGATTTGAAATA-ATTAATTAT
* * * * * *
249982 TCAAATAGTCTTGACTACTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTAT
63 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGATAAACATATTTATTTTTT-AAT-TTTTACTTAT
* * *** * * * ** *
250047 TAGTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
125 TAATTTTTGGATTATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCA
* * * * *
250100 TGAACAGAAACAATT-ATTTATTACAAAA-AAAAAGTCATAA
1 TGAATA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAA
250140 CAATTCTGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TGAATAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAAAGATTTGAAATAATTAATTATTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACATATTTATTTTTTAATTTTTACTTATTAATTT
TTGGATTATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCA
Found at i:250180 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 250156--250202 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
250146 TGTTTACAAA
250156 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
250174 GACTATTT-GAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
250192 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
250203 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 3 0.12
18 9 0.36
19 7 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:250479 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 250161--250801 Score: 650
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
250151 ACAAAACTAT
* * * *
250161 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
250226 TAAAACAAA-TGTTTTTGTTCATATAAGTCTGT-TTGGAAAAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 TAAAA-AAATTGTTTTTGTTCATATAA-TCT-TATTCGAAATAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * *
250289 TTCAAAAATTAATGCCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAT-ACCAG
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTGGCATGACCAG
* * * * * * * *
250342 TTCAATTAGTTATAACTATTTGACCAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
250407 TAAAAAAATTGTTTCTGTTCAGATAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT
66 TAAAAAAATTGTTTTTGTTCATATAATCTTATTCGAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTT
* * ** *
250472 TAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGTATCTTTTGGCTTGACCAG
130 CAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTTTTGGCATGACCAG
* * * * *
250523 TGCAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
250588 CAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT
66 TAAAAAAATTGTTTTTGTTCATATAATCTTATTCGA-AATAA-ATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
250652 CCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTT-AC-CGAACAAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTGGCATG-ACCAG
* * * * * *
250704 TTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
250769 TAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAATCTTATT
66 TAAAAAAATTGTTTT-TGTTCATATAATCTTATT
250802 TCAAATCTGT
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 70, Indels: 22
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 28 0.07
181 345 0.91
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAAAAATTGTTTTTGTTCATATAATCTTATTCGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTGGCATGACCAG
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Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
250516 TGACCAGTGC
250526 AAACAATTATGACTATTT
1 AAACAATTAT-ACTATTT
250544 AAACAATTAT-CTATTT
1 AAACAATTATACTATTT
250560 CAAATTATTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
AAACAATTATACTATTT
Found at i:251072 original size:299 final size:301
Alignment explanation
Indices: 250532--251077 Score: 740
Period size: 299 Copynumber: 1.8 Consensus size: 301
250522 GTGCAAACAA
* *
250532 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAAT
1 TTATGACTATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAAT
* *
250597 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
66 TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * ** *
250662 ATAAGTGAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGA
131 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAATAATAACTATCTGA
* * *
250727 ACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATA
196 ACAATTATCTAGTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTTTTTCTATTCATA
250792 CAATCTTATTTCAAATCTGTTTATCAAATAATTTTGAATAG
261 CAATCTTATTTCAAATCTGTTTATCAAATAATTTTGAATAG
* * * * *
250833 TTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTG-TTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAAT
** * * *
250896 TATTTTTGTTCATATTAGTTTATTCAG-ATCAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAACAAT
66 TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * *
250959 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTAATAACTATCT
129 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAATAATAACTATCT
* * * * *
251024 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT
194 GAACAATTATCTAGTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATT
251078 ATATCAATTC
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 34, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
298 2 0.01
299 164 0.78
300 5 0.02
301 38 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (301 bp):
TTATGACTATTGAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAAT
TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAATAATAACTATCTGA
ACAATTATCTAGTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTTTTTCTATTCATA
CAATCTTATTTCAAATCTGTTTATCAAATAATTTTGAATAG
Found at i:251113 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 250828--252095 Score: 1216
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 181
250818 AATAATTTTG
** * *
250828 AATAGTTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTG-TTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** ** * *
250891 ACAATTATTTTTGTTCATATTAGTTTATTC-AGATCAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
250955 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * *
251007 AATAGTAATAACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
251072 ACAATTATATCAATTCATATAGACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
251137 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * *
251188 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
251253 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
251316 AAGATTAATAAGTAAAA-ATATATAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACGTTCAA
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTC-A
* * * * *
251369 AATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG--TTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
251432 CCAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAAAATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ***
251496 AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAGAGTGAGTTCA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCA
* * * *
251548 AATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAA
* * **
251612 AATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
251677 AAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTATATTTGTTTATCGGACCAA-TTCA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCA
* * **
251725 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTT-AAATTGGTATGATGTTTT-TTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * ** *
251788 AACAATTGCTTCTATCCATACAAACTTATTCAAAGTACAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * *
251852 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATTGAACCAGTTCA
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * *
251905 AATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAGATCATTTTGACCTTTTGTTTAG-CGATAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAA
* * ** * *
251969 AATAAATG-TTC-AGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-TTCA
65 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
252031 GAAAATTAATAAG-CAAGGAATTGAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTA
129 -AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
252084 AATAGTTATGAC
1 AATAGTTATGAC
252096 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 168, Indels: 58
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 70 0.08
177 68 0.08
178 11 0.01
179 206 0.23
180 173 0.19
181 353 0.40
182 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
Found at i:251201 original size:661 final size:661
Alignment explanation
Indices: 250165--251460 Score: 1604
Period size: 661 Copynumber: 2.0 Consensus size: 661
250155 AACTATTTCA
* * * * *
250165 AATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCCTAAA
1 AATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * **
250230 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTCTGTTTGGAAAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
66 ACAAATATTTTTGTTCATATAAGTCTATTCAGAAAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
** * * * * * * *
250295 AATTAATGCCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCATACCAGTTCAATTAGTTATAACTA
131 AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCATACAAATTCAAATAGTAATAACTA
* * * * * * **
250360 TTTGACCAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTGT
196 TCTGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTACCATAAAAAAATTATATCAAT
* * * * **
250425 TCAGATAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAT
261 TCAGATAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAT
* * * * *** *
250490 GGATTTAGAAAATGTATCTTTTGGCTTGACCAGTGCAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATC
326 GGATTTAAAAAATGAATATTTTGACCAAACAAGTGCAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATC
* *
250555 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT-CTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
391 TATTTCAAATTATTATGAACTTTTATTTTGC-CACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
250619 -TTCAGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAA
455 TTTCA-AATAAAATAATAT-AAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATATAAAAA
* ** *
250682 ATGAATCTATTTACCGAACAAGTTC-AAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAAT
517 ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAAT
* * * * *
250746 TGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAATCTTATTTCAAATCTG
582 CGCTATAACCTTTTG--TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATCTG
250811 TTTATCAAATAATTTTG
645 TTTATCAAATAATTTTG
* *
250828 AATAGTTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTG-TTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** *
250891 ACAATTATTTTTGTTCATATTAGTTTATTCAGATCAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAC
66 ACAAATATTTTTGTTCATATAAGTCTATTCAGAAAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
*
250956 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAAATTCAAATAGTAATAACT
131 AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-ATACAAATTCAAATAGTAATAACT
* * * * *
251020 ATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATATCAA
195 ATCTGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTACCATAAAAAAATTATATCAA
* * *
251085 TTCATATAGA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTA
260 TTCAGATA-ATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
251149 A-GAGATTTAAAAAATGAATATATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
324 ATG-GATTTAAAAAATGAATAT-TTTGACCAAACAAGTGCAAACAATTATGACTATTTAAACAAT
* *
251212 TATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
387 TATCTATTTCAAATTATTATGAACTTTTATTTTGCCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
* *
251277 TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATATATAAA
452 TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATATAAAAA
* * *** * *
251342 ATAAATTTGTTTTTTGAACACGTTCAAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
517 ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAAT
* * *
251407 CGTTATGACCTTTTGTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT
582 CGCTATAACCTTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT
251461 CGAAATAAAA
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 92, Indels: 20
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
659 34 0.06
660 28 0.05
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662 15 0.03
663 42 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (661 bp):
AATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAAATATTTTTGTTCATATAAGTCTATTCAGAAAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCATACAAATTCAAATAGTAATAACTA
TCTGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTACCATAAAAAAATTATATCAAT
TCAGATAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAT
GGATTTAAAAAATGAATATTTTGACCAAACAAGTGCAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATC
TATTTCAAATTATTATGAACTTTTATTTTGCCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
TTCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATATAAAAAATAA
ATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCGCT
ATAACCTTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATCTGTTTATC
AAATAATTTTG
Found at i:251519 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 250828--252092 Score: 1205
Period size: 360 Copynumber: 3.5 Consensus size: 355
250818 AATAATTTTG
** * *
250828 AATAGTTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTG-TTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTGTTTTGCCATAAA
* * ** * * *
250891 ACAATTATTTTTGTTCATATTAGTTTATTC-AGATCAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
250955 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTAATAACT
130 -AATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACACATTCAAATAGTTATAACT
* * * * *
251020 ATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATATCAA
192 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG--TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
251085 TTCAT-ATAGACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTA
255 TTCATAAAAG-CTTATTC-AAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
*
251149 AGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTCA
318 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTTCA
* * * *
251188 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTGTTTTGCCATAAA
* * *
251253 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
* * * * *
251316 AAGATTAATAAGTAAAAATATATAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACGTTCAAAATAATTATAAC
129 AA-ATTAATAAGTAAAAATTTA-AAAATAAATTTGTTTATCGAACACATTC-AAATAGTTATAAC
* * *
251381 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAT
191 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
251446 TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
256 TCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ***
251511 ATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAGTGAGTTCA
320 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACA-AACAAGTTCA
* * * * * **
251548 AATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCCTTTGTTTTGTAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACCTTTGTTTTGCCATAAA
* * ** *
251613 ATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAA
* * * *
251678 AATTAATAAG---AGATTTAAAAACTATATTTGTTTATCGGAC-CAATTCAAATAGTTATGACTA
130 AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCGAACAC-ATTCAAATAGTTATAACTA
* * * ** * *
251739 TTTAAATAATTATCTATCTT-AAATTGGTATGATGTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTAT
193 TTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * *
251803 CCATACAAA-CTTATTCAAAGTACAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
256 TCATA-AAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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*** ** * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * * **
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** * * * *
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Consensus pattern (181 bp):
GACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCAATCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG
TAAGAAATTTAAAAAATAAAATCTATTTATCAAATCAATTCAAATAATTAA
Found at i:260850 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 260124--263634 Score: 2365
Period size: 361 Copynumber: 9.9 Consensus size: 359
260114 TGGAACATTT
* ** * ** * * *
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* * * * * * *
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64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
* * * ** * * * * * *
260252 CTATTTATACTATTTTA-TTCGATATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAA
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* * * * ** * * * * ** * * **
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192 -GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * **
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* * *
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* * * * *
260487 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATCTATCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
260552 ATTAGAATAATTATATACTTT-AAATTGTTTTGACCATTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
66 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * **
260615 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAACACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAA
130 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * * *
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195 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *
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*
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322 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * * * *
260847 AAAATAGTAAGTAACAAATTTAAACAATAAATTTGTTTA-CTAAATCAATTCAAATAATTATGAC
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATTTATCGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * **
260911 TATTTGAACAATTATCAATCTCAAA-CTGTTA-AAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
260974 TAA-TCATAGAAGCCTATTCA-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT--
129 -AATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * ** * * *
261035 --AAGAGATTTAAAAATTAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATTGTAAAAACAATTAGAATAA
192 GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
261098 TTATCTATTTCAAAT-AGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTTATAAAATATTTGTTTCATGTCTTATA
256 TTATCTATTTCAAATCA-TT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTTCATACA
**** * * * * *
261161 AGCTTATTTGGTATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGAA
317 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
261204 AAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTTAAAAAGTTATGA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAATTATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
261268 TTATTT-AATAAATTAT-TTTTATAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTT
64 CTATTTGAA-CAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * *
261331 TCAATTCATAAAAGC----TT---ATCCAA-AATA-GAA---A--GA-A--T------TTAATAA
127 TCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
261373 GCAGGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCAAATTCAGATAGTTACGACTATTTGAACA
192 GAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
261437 ATTGTCTGTTTAAAATCATTATGA-C----ATTTTATCATAAAATAGTTGTTTCAGTTCATACAA
255 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTTCATACAA
* *
261497 GCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAA
318 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * *
261539 AAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGT-GAATCTATTT-GCGAAATTAGTTCAAATAATTATGG
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTATCGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
261602 TTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTATTT-
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * * *
261666 TTTATCATACATGATTATTCAAAAATAAAATAATAATAA-TTATTAATCTTTCAAAAATTAAT--
129 AAT-TCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
261728 --AAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-CTAACAGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-
192 GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * *
261789 T-TCTATTCTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTACGTCATTAAACAATTATTTCTGTTCATACAA
257 TATCTA-T-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TTCATACAA
* * * *
261853 GCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTTCCA
318 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
261895 AAATTAATAACTAAGGGATTT--AAAATTAAATT-TGT-GCG-ACCAATTCAAATAGTTAAGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** *
261955 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTCTTACCATAAAACAATT-TTCTTA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCA
* * * *
262019 ATTTATACTAGCTTATTT-GAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAG
130 ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
262082 TAAGCGATTTAAAAAATAAGTCTATTTACCTAACCAGTTTAAAAAATTAT-ACTATTTGAACAAT
193 AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
262146 TATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGT
257 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-TTCATACAAGC
* * * *
262211 TTTTTCGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAA
320 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
262251 AAATTAATAAGT----GATTTAGACAAT-AAATCTATGTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * **
262310 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** * *
262375 TATTCATACAGGCTTATTTACATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGT
129 AATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* * * * * * *
262440 AAA-AAATTTTAAAAAT--A--TGTTTACCACACTAGATCAAATAATCATGA-TAATTTGAATAA
193 AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAA
* * * * * *
262499 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAAGAGTTGTTTCAGTTCATACAAG
256 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTTCATACAAG
* *
262564 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAA
319 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * * * * * *
262605 AAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGACTTTGTTTA-CTAAACAAATTTAAATAATTAGGA
1 AAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAAATTATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
262668 CTGTTTGAATAATTATCTATTTGAAATAGATATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTTTTTC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * *
262733 TGTTCAT-CTAAGCTTATTTCGAATAAAAAAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATA
129 AATTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATA
* ** * *
262795 AGTAAA-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTTAATCA-TTATGGCTATTTGAG
191 AG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA
* * ** * *
262857 CAATTATTTATTTCAACAT-GTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATA
253 CAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-TTCATA
* * * * * *
262921 CAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTAA
315 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
262966 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTCATTA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
263029 ATATTTCAATAATTATCTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTCTAATAAAACACTTGTTTC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
263094 AATTCATATAATCTTATTT-GAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
129 AATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
** * * * *
263158 TGAGAGAATTAAAAAA-ATAATATGTTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACA
193 AAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTAC-CAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
263221 ATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTTTGTTCATGCAA
255 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G-TTTTTTCATACAA
* * *
263286 GCTTATTTC-GAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAA
318 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA
*
263328 AAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTTCTG-AACACGTTCAAATAGTTAT
1 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAATTAT-TTATC-GAAACA-GTTCAAATAGTTAT
* * * *
263388 GACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTT
62 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** *
263453 TCTAGTCATAAAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAGCACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA
127 TCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
263517 AGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
191 AG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
263581 AATCATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
254 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
263635 CTATTCAAGA
Statistics
Matches: 2444, Mismatches: 554, Indels: 305
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 4 0.00
334 81 0.03
335 81 0.03
336 5 0.00
338 1 0.00
339 6 0.00
340 56 0.02
341 1 0.00
342 5 0.00
343 4 0.00
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348 1 0.00
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA
TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTCATACAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
Found at i:261386 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 260407--261388 Score: 1150
Period size: 538 Copynumber: 1.8 Consensus size: 536
260397 TGTTATGACC
** ** *
260407 TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTTGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAAT
1 TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATCATACAAGCCTATTCATATTAAAATAATACTAAT
* * *
260472 TTCATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATCTATCGAATCATTT
66 TTAATAATATTTAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATCTA-C-AACCAGTT
* * * * ***
260537 CAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTTAAATTGTTTTGACCATTTTTTAGTCATAA
128 CAAATGGTAAAAACAATTAGAATAATTATATACTTTAAATAGTTCAAACCATTTTTTAGTCATAA
* * * *
260602 AACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAACACTAATTTATTAACATTTGGA
193 AACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAACACAAATTTATGAACATTTGAA
*
260667 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCC
258 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGACC
* * * **
260732 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAATACAATTGATTTTT
323 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGATTTCA
* * * * ** *
260797 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTAAAAAATAGTAAGTAAC
388 ATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTAAGCAAGATTTAAAAAATAGTAAGTAAC
260862 AAATTTAAACAATAAATTTGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
453 AAATTTAAACAATAAATTTGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
260927 AATCTCAAACTGTTAAAAT
518 AATCTCAAACTGTTAAAAT
* *
260946 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCCTATTCA-ATTAAAAATAATACTA
1 TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAATCATACAAGCCTATTCATATT-AAAATAATACTA
* * *
261010 ATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATATGTTTGCTA-AACCAG
64 ATTTAATAATATTTAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-AT-TAT-CTACAACCAG
* * * *
261071 TTCAAATTGTAAAAACAATTAGAATAATTATCTA-TTTCAAATAGTTCAAACCTTTTGTTTAGTT
126 TTCAAATGGTAAAAACAATTAGAATAATTATATACTTT-AAATAGTTCAAACCATTT-TTTAGTC
* * * * * *
261135 ATAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTATAAGCTTATTTGGTATAAAATAATC-CAAATTTATGAACA
189 ATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA-CACAAATTTATGAACA
* *
261198 TTTGAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CAAGTTTAAAA-
252 TTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AG-TTAAAAT
* ** * * *
261260 AGTTATGATTATTT-AATAAATTAT-TTTTATAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA
313 AATTATGACCATTTGAAT-AATTATCTATT-TAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAA
* *
261323 CAATTG-TTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAGAAAGAAT-TTAA-TAAGCAGGAGTTTAA
376 CAATTGATTTCAA-TCATAAAAGCTTATCCAAAATA-AAAGAATACTAATTAAGCAAGA-TTTAA
261385 AAAA
438 AAAA
261389 ATAAATTTGT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 57, Indels: 37
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
535 3 0.01
536 67 0.18
537 97 0.26
538 112 0.30
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (536 bp):
TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATCATACAAGCCTATTCATATTAAAATAATACTAAT
TTAATAATATTTAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATCTACAACCAGTTCAA
ATGGTAAAAACAATTAGAATAATTATATACTTTAAATAGTTCAAACCATTTTTTAGTCATAAAAC
AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAACACAAATTTATGAACATTTGAAAAA
TTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGACCATT
TGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGATTTCAATC
ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTAAGCAAGATTTAAAAAATAGTAAGTAACAAA
TTTAAACAATAAATTTGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
CTCAAACTGTTAAAAT
Found at i:261711 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 261489--263634 Score: 1679
Period size: 181 Copynumber: 12.0 Consensus size: 180
261479 TTGTTTCAGT
* *
261489 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * ** * ** *
261554 TGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCGAAATTAGTTCAAATAATTATGGTTATTTTAACAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
261619 TATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTATTTTTTA
131 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTA
* * * *
261670 TCATACATGATTATTCAAAAATAAAATAATAATAA-TTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAA
1 TCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
261730 GAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC-TAAC-AGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-T
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * *
261791 CTATTCTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTACGTCATTAAACAATTATTTCTGT-
130 CTA-T-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TTTA
* * * * *
261845 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAATTAATAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
261910 GGATTT-AAAATTAAAT-T-TGTGCG-ACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * *
261970 TATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTCTTACCATAAAACAATTTTCTTAA
131 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * ** * *
262020 TTTATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTA
1 -TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * *
262084 AGCGATTTAAAAAATAAGTCTATTTACCTAACCAGTTTAAAAAATTAT-ACTATTTGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
262148 TATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTGTT-
129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTT-TTA
* * * * * *
262202 T-ATATAAGTTTTTTCGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
262263 -GATTTAGACAATAAATCTATGTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * *
262326 TTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA
130 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * * * ** * *
262377 TTCATACAGGCTTATTTACATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAA
1 -TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
262442 AAAATTTTAAAAAT--A--TGTTTACCACACTAGATCAAATAATCATGA-TAATTTGAATAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTA
* * * * * *
262502 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAA-GAGTTGTTTCA
129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* *
262553 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TA
1 --TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* * * * * * * * * * *
262617 AAGAGATTTAAAAAATGACTTTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTAGGACTGTTTGAATAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
262682 ATCTATTTGAAATAGATATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTGT-
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-T-TA
* * *
262736 TCAT-CTAAGCTTATTTC-GAATAAAAAAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAG
1 TCATAC-AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
* * ** * *
262797 TAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTTAATCA-TTATGGCTATTTGAGCAA
62 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA
* ** *
262860 TTATTTATTTCAACAT-GTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGT-
126 TTATCTATTTCAA-ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT-TA
* * * * * * * *
262916 TCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
262981 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTCATTAATATTTCAATAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * **
263046 TCTTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTCTAATAAAACACTTGTTTCAA
131 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * ** * * * * *
263096 TTCATATAATCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTGA
1 -TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
263161 GAGAATTAAAAAA-ATAATATGTTTACTG-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATT
65 GAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
263224 ATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTTTGT-
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTTTTA
* * * *
263278 TCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
1 TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
263341 A-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTG-AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAT
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* * * * *
263403 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
127 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * ** *
263457 GTCATAAAAGCTTTTTCAAAATAAAATAGCACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 -TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
263522 AAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATCAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
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130 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
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Statistics
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TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
Found at i:263290 original size:542 final size:535
Alignment explanation
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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** * *** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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*
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* ** * * * * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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250 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** *
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314 ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * * ** *
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379 CTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTCAACAATTAATAAG
* * * * * *
262439 TAAAAAATTTTAAAAAT--AT-GTTTACCACACTAGATCAAATAATCATG-ATAATTTGAATAAT
444 TAAAAGA-TTTAAAAATAAATATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAAT-ATTTGAATAAT
*
262500 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
507 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * **
262529 ATTTGTCATAAAAGAGTTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
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66 TAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGA-ATTTAAAAAAT-AATATGTTTACT-AACAAGTTTAAA
* * * * * * *
262659 TAATTAGGACTGTTTGAATAATTATCTATTTGAAATAGA-TATAACCTTTTATTTTGTTATAAAA
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* *
262723 TAATT-TTTTCTGTTCATCTAAGCTTATTTCGAATAAAAAAATACAAATTTATTAATATT-AAGA
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** *
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254 -AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACT
* * *
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317 ATTTGAGCAATTATTTATTTCAA-ATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
* * * * *
262914 GTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTAACAATTAATAAGTA
381 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
* * *
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446 AAAGATTT-AAAAATAAATAT-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTA
* * *
263044 TCTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTC
509 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
263071 TTTTCTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAATCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTAT
1 TTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
263136 TAATATTCCAAAAATTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAAATAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAA
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* * *
263201 TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
128 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
** **
263266 AATTGGCTTTGTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAA
193 AATTGTTTTTGTTCAT-CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAA
* * * * ** *
263331 TTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATT
256 TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
263395 TGAAG-AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAG-
320 TG-AGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-GT
* * ** * * *
263458 TCATAAAAGCTTTTTCAAAATAAAATAGCACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
383 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA
* * * * * * *
263523 AGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATCATT
448 AGATTT-AAAAATAAA-TATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATC
* * *
263588 TATTTCAAATCGTTATAATCTTTTA
511 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * *
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1 TTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
263642 AGATAATAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (535 bp):
TTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGAATTTAAAAAATAATATGTTTACTAACAAGTTTAAATAA
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTTTGTTCATCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCA
ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
AAATAAATATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTG
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263888 TAATAATCAT
* *
263898 TAATTAATAATTTTATTAA
1 TAATTAACAATATTATTAA
263917 TAATTAACAATATTATTAA
1 TAATTAACAATATTATTAA
263936 T
1 T
263937 GGCTATTGAA
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TAATTAACAATATTATTAA
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264212 TTATTATTTA
264222 ATAA-AGATTAAAATATTAATT
1 ATAATAGATTAAAATA--AATT
*
264243 ATAAT-TATT-AAATAAATT
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1 ATAATAGATTAAAAT
264276 TAGTATTATG
Statistics
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ATAATAGATTAAAATAAATT
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*
264385 ATAATAATATATTT
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1 ATAATAATATAATT
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1 AT
264415 TTAGTTTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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* * *
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* *
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*
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1 TAATTAATT
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Statistics
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* * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * * **
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* * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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1 AAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
** * * * * * *
265938 ACAAATAAATTTATTTTTCAAATCTATTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTA
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* * * *
266003 TTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
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* * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * **
266119 GTAAACAGA-TAATCTCCT--A-C-TTA-TTA--AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
266176 TTA-TTCTAATTAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
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* * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
** * * *
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* * * *
266353 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
125 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * ** **
266407 AAAATGTCACAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAATAGTCATAAATATTTAAACTTATTTG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * * *
266471 GTAAACAGATTTATTTTTTAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTAT
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA--TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
266536 TTTATTTCGAATAAACATGTATGAACT--AAACAATTATTTTATGACTAAAC
128 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
266586 AAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
** * * * ** * *
266650 ACAAATACATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTGTAGAATATTATTAGTTTAGCAAT
65 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTT-TA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
266715 ATTTTACTCCGAATAAGTTTGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
126 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * *
266768 -AAAGATCATACCGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TCCG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* *
266831 ATAAACAGATATAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** *
266893 TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
128 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * **
266944 -AAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTT-
1 AAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTC
* * *
267007 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATT
64 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT
* *
267072 ATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
126 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
267125 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTTAAAC-GTGTTC
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTG-GTTC
** * * * * * *
267189 AAAAAACAAATTTATTTTATATATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATT
64 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAAT-TTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATT
* *
267253 ATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATACAAACAATTGTTTTATGGCAAAAC
126 ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * **
267306 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * *
267371 TAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTA
66 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
267436 TTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATAA-AATTGTTTTATGGCGAAAC
127 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
267488 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* *
267553 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * *
267618 TTT-TATCCGAATAAACTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
128 TTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * ** ** * **
267669 AAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
267734 TAAACAGATTT
66 TAAACAGATTT
267745 GAAATAAACT
Statistics
Matches: 1645, Mismatches: 322, Indels: 159
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.01
171 113 0.07
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174 4 0.00
175 5 0.00
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183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:267347 original size:899 final size:893
Alignment explanation
Indices: 265518--267720 Score: 2225
Period size: 899 Copynumber: 2.5 Consensus size: 893
265508 TGACAACCTA
* ** * ** *
265518 AAAAGGTCATAATGATTT-AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTACAA-TGGTTA
1 AAAAGGTCACAACAATTTGAAAAT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTA-AACTTATTT
** * * * * * * *
265581 GGCCAACATATTCA--TTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGCA
64 GGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAAATAGTA
* * * * * * * *
265643 TTACTTTATTCCGAATAAGCCTATATCAA-TAGA-AATAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTT
128 TTATTTTATTTCGAATAAACATATATGAACT-GATAA-AATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * * * **** *
265706 ATAACAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAA
191 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACACA
* * *
265771 TTTATTTTTCAAATCTCTTA-TTAATT--TT-TA-AAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATT
256 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAACAATATTTTTA-T
** * * * * * * *
265830 CTAAACAAAATTATATTAAC-AAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAAT-ATAATGATTTG
319 CCGAATAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAG-ATCATAACGATTTG
* * * * * *
265893 AAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCA
382 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCCAACAAACAAATATATTTTTCA
* * * *
265958 AATCTATTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTG
447 AATC--TTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * *
266023 TATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAGCTTGAAATATATAATTGT
510 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAGCTTGAAATAAATAATTAT
* *
266088 TTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATAATCTCCTACTTATTAAATTTTGA
575 TTAAATAGTCATAATTATTTGAACTACTTCAGTAAACAGATAATATCCTACTTATTAAATTTTGA
* * *
266153 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATTAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAT
640 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATTAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGGTTTAT
* * *
266218 GACAAAATAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTAAAC
705 GACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTAAAC
* ** * * *
266283 TGATTCGATAAAATGATTTTTGTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT
770 TGATTCGAAAAAAAAATTTTTGTTATAAATCTCCAACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAAGT
* * * *
266348 AATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
835 AATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATCAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
266407 AAAATGTCACAACGATTTTAAAATGATAATTGTTTAAATAGTCATAAATATTTAAACTTATTTGG
1 AAAAGGTCACAACAATTTGAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTATTTGG
* * * * *
266472 TAAACAGATTTA-TTTTTTAATTC-CTTGCTTATTAATTTTTTGAAT-GTTAATAAAATAGTATT
66 TAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAG-TAATAAAATAGTATT
* *
266534 ATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAACT-A-AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGA
130 ATTTTATTTCGAATAAACATATATGAACTGATAA-AATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGA
*
266597 ATGATTTGAAATAGATAATTATTATA-ATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACAT
194 ATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAGATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACACAT
* ** *
266660 TTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTGTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATA-TTTTACT
257 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTGTAGAAATATTAATAAATTAACAATATTTTTA-T
** ** * * * *
266723 CCGAATAAGTTTGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCGATTTGAG
319 CCGAATAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * *
266788 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCCGATAAACAGATATAGTTTTT-AA
384 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCCAACAAACAAATATA-TTTTTCAA
* ** **
266852 ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT
448 ATCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* *
266915 GAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGATCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTATT
513 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-GAGCTTGAAATAAATAATTATT
* **
266978 TAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAT
576 TAAATAGTCATAATTATTTGAACT-ACTTCAGTAAAC--A--GA-----T-AATATCCTACTTAT
* * * *
267042 TAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTTTATGAAT-AGAAA
630 TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATTAAGCTTGTATG-ATGAAAAA
* * * *
267105 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCAT
693 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCAT
* * ***
267170 AATTATTTTAAACGTG-TTC-AAAAAACAAATTTATT-TTATATAT-TTTTACTTATTAATCTTT
758 AACTA-TTTAAAC-TGATTCGAAAAAA-AAATTT-TTGTTATAAATCTCCAACTTATTAATCTTT
* * * *
267231 GGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATG-AATACAAACAATTGTT
819 GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAAT-CAAACAATTGTT
*
267294 TTATGGCAAAAC
882 TTATGACAAAAC
* * * *
267306 AAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
1 AAAAGGTCACAACAATTTGAAAAT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTATTTG
* **
267370 GTAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATT
65 GTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAAATAGTATT
* * * * * *
267435 ATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATAAAATTGTTTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAA
130 ATTTTATTTCGAATAAACATATATGAACTGATAAAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAA
* * *** *
267500 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA
195 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTA
* * * *
267565 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCCGAAT
260 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAACAATATTTTTATCCGAAT
* * * *
267630 AAACTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAA
325 AAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGA
* *
267695 TAATTGTTCCAATAGTCATAACTATT
389 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
267721 CAAAATTATT
Statistics
Matches: 1079, Mismatches: 185, Indels: 87
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
888 88 0.08
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891 1 0.00
892 4 0.00
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900 42 0.04
901 138 0.13
902 134 0.12
903 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (893 bp):
AAAAGGTCACAACAATTTGAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTATTTGG
TAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAAATAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAACATATATGAACTGATAAAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAACAATATTTTTATCCGAATA
AACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCCAACAAACAAATATATTTTTCAAATCTTAAT
TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAGCTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
TAATTATTTGAACTACTTCAGTAAACAGATAATATCCTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCGAATTAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
AGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCGAAAA
AAAAATTTTTGTTATAAATCTCCAACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATCAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:268356 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 268029--268361 Score: 411
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
268019 CAAAAGATAC
* * * *
268029 ATTTTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAA
1 ATTTTCTAAATCCATTACGTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCCAAA
* * * * * * **
268094 TAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAA
66 CAAGATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAA
* * *
268159 ATATTTGGTAAAATAGTTATAACTAATTGAACTATTATGGCAAACAAATTT
131 ATAATTAGTAAAATAGTCATAACTAATTGAACTATTATGGCAAACAAATTT
* * *
268210 ATTTTTTAAATCTC-TTACGTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCA
1 ATTTTCTAAATC-CATTACGTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCCA
* *
268273 AACAA-ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
64 AACAAGA-TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
* * *
268337 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
128 TAAATAATTAGTAAAATAGTCATAA
268362 TTATTTCAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 23, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.02
181 123 0.98
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
ATTTTCTAAATCCATTACGTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCCAAA
CAAGATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAA
ATAATTAGTAAAATAGTCATAACTAATTGAACTATTATGGCAAACAAATTT
Found at i:268359 original size:646 final size:655
Alignment explanation
Indices: 267083--268371 Score: 1545
Period size: 646 Copynumber: 2.0 Consensus size: 655
267073 TTTTATTTCG
* * * * *
267083 AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
267148 AGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTTAAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATATAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAAACGTGTTCAAAAAACAAATTCATTTTATAAAT
* * * * *
267213 TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
131 TCTGACTTATTAATCTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * *
267278 AATACAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
196 AACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT--A
* * ** * *
267343 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA
259 ATAGTCAT-A-TATGTCAA------TGCCAAATAGATACATTTTTCTAAATCTCTTACTCATTAA
** * * * * *
267408 TTTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATAAAATT
316 TTTTCAGAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAATAGATAAAATT
* * * * * * *
267473 GTTTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATTACTA
381 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAGTAAAATAGTTATAACTA
* * * * *
267538 TTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTA
446 ATTGAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATATTA
* * * *
267603 ATAAATTAATATTATTTTTATCCGAATAAACTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
511 ATAAATTAACATTATTTTTATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
267668 CAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCATAACTA-TTCAAAATTATTC
576 CAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAAAATTATTC
267732 AGTAAACAGATTTGA
641 AGTAAACAGATTTGA
* * * *
267747 AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATT-ATTTATGACAACACAAAAGGTTATAGCAATTTGAACT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * **** *
267811 AGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTA-TTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTCATTTT-TCAAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAAACGTGTTCAAAAAACAAATTCATTTTAT-AAA
*
267874 TCTCTGACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTTTG-AATAAGCTTG
130 T-TCTGACTTATTAATCTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATGTTA-TTTGAAATAAGCTTG
* *
267937 TATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAG-AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
192 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-GCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * *
268001 TT-TTTG-CAT-TA-GTCAA-GCCAAA-AGATACA-TTTTCTAAATC-CATTACTTATTAATTTT
256 TTAATAGTCATATATGTCAATGCCAAATAGATACATTTTTCTAAATCTC-TTACTCATTAATTTT
* *
268058 CAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGATTATATGAATAGA-AACAATTGTT
320 CAGAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAATAGATAA-AATTGTT
* * * *
268122 TTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGGTAAAATAGTTATAACTAATT
384 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAGTAAAATAGTTATAACTAATT
*
268187 GAACTAT-TAT-GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAA
449 GAACT-TGT-TCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATATTAA
* *
268250 TAAATTAACATTA-TTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA
512 TAAATTAACATTATTTTTA-TCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
268314 TAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTCAAA
576 CAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAAA
268372 TAGTTTTGTA
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 80, Indels: 39
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
645 8 0.01
646 279 0.52
647 14 0.03
648 4 0.01
655 3 0.01
656 2 0.00
659 3 0.01
660 2 0.00
661 1 0.00
662 29 0.05
663 160 0.30
664 29 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (655 bp):
AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAAACGTGTTCAAAAAACAAATTCATTTTATAAAT
TCTGACTTATTAATCTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAT
AGTCATATATGTCAATGCCAAATAGATACATTTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAAT
AGTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAATAGATAAAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAGTAAAATAGTTATAACTAATTGAACTTG
TTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAC
ATTATTTTTATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAA
TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAAAATTATTCAGTAAACAGA
TTTGA
Found at i:268363 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 268340--268375 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
268330 TTTGAAATAG
268340 ATAATTA-TTCAAATAGTC
1 ATAATTATTTCAAATAGTC
268358 ATAATTATTTCAAATAGT
1 ATAATTATTTCAAATAGT
268376 TTTGTAAATA
Statistics
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0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.41
19 10 0.59
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Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATTTCAAATAGTC
Found at i:269137 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 268400--271132 Score: 1747
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 181
268390 TGTTATGAAT
* * * * **
268400 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATGTTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * *
268465 TTTATTAATATTT-TGACAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAAGATGTTTACCAAACAAG
66 TTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * *
268529 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAATTGTGACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * **
268581 TTCTATTTTGTAATAAAATAATTATTT-TA-GC-TAACGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAACT-
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AC--AAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TA
* ** * * * * *
268642 CTAGTTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATTAATCTATTTACCGAA
62 CTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* * *
268707 CAAGTTCAAATAAG-TATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
126 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
268763 ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAG-TTCTATTTATGCAAGATTATTTC-AAATAAAATAATA-T
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * * ***
268825 AAATTTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACA
64 -AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * *
268889 CA-TTC-AATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA
128 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
268942 ATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
269007 TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAATAATAAATTTATTTACCGAGCAAGT
66 TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGT
* * * * *
269072 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTATGATC
131 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ***
269123 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * *
269188 TTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAG
66 TTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * * * **
269252 TTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-GTTATTTATTTCAAATCGTTATGATA
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * *
269304 TTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * **
269369 TTTATTATTATTTCAAAAATCAATAAG-----GATTT-AAAAATAAAAGTGTTTTTCGAA-ACAG
66 TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AG
** * * * * *
269427 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGATC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * * *
269479 TTTTGTCTAGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTCATTCGAAATATATTAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * *
269543 ATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAG---AA-ATTT-TAAAA-ACATCTATTTACCGAATAAG
65 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* *
269602 TTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTATCTATTT-AAA--ATTGTTGACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACC
* * * * * * * * *
269652 TTTTATTTTATCATAAAACAACTATTTC-AGTACATAAAAG-TTTTTCTAAAAAAAAAATAATAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC--AAAATAAAATAATAC
** * * *** * *
269715 TGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATC-ATA
63 TAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGA-A
** * * * *
269778 TTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
126 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ***
269833 TTTCT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACCAGCCTATTTGGAATAAAATAATACT
1 TTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * ** *
269896 AATTTACTAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTAAACCA
64 AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
* * * ** *
269957 GTTCACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * * * *
270010 TTTTGTTATCTTATAAAACAATTATTTCTAGTGACACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
270075 TATAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAG
66 TTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * * * **
270139 TTCAAATATTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * ** * *
270191 TTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTC-ATTTCGTAGTAA-CTTATTCGTAATAAAGTAA-AAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
270253 AATTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAACAACAATTC-AGTTTGCCTAAC
64 AATTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAAC
* * * * **
270316 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATATTTATCTATTTCAAATCATTACGTTC
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * * * * * *
270371 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTGTTTAGAATAAAACAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * ** *
270436 TTTATTAATATTT-TGAAAATTAAGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACTAAACTA
66 TTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
* ** * * *
270499 GTTTACTTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * * * *
270552 ATTTGCATTGTCATAAAA-TATTATTTCTGTTTATAC-AGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** * *
270615 ATTTATCAATATTT-TGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCAATTGGCTTG-ACCA
65 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CGAACAA
** *
270678 GCGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
270731 TTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTC-ATCCCAAAACAATTGTTTCTATCTATACTAGCTTAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TC-ATACAA--GCTTAT-TC-A-A--A----A-
* * * * *
270795 TTGAAATAATA-TAATTCTATT--T-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
52 -TAAAATAATACTAATT-TATTAATATTT-CTAA-AAT-TAATAAGT-A-AA-AGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
270856 TGAATCTGTTTATCGAACGAGTACAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCTAATCG
109 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** *
270921 CGATAACC
174 TTATGACC
* * * * * *
270929 TTTTGTTTTGTCCTAAAATAAAAT-TTTCTATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
270992 AATTTATTAATA-CTCAAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATA
64 AATTTATTAATATTTCTAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * * ** *
271056 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
271110 TTTTGTTTTCTCATGACACAATT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
271133 TAATATTTAT
Statistics
Matches: 1966, Mismatches: 479, Indels: 215
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 7 0.00
173 33 0.02
174 40 0.02
175 173 0.09
176 40 0.02
177 104 0.05
178 14 0.01
179 265 0.13
180 275 0.14
181 679 0.35
182 153 0.08
183 11 0.01
184 22 0.01
185 9 0.00
186 3 0.00
188 1 0.00
190 1 0.00
191 3 0.00
192 3 0.00
193 7 0.00
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197 7 0.00
198 85 0.04
199 5 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
Found at i:269566 original size:356 final size:352
Alignment explanation
Indices: 268917--270196 Score: 831
Period size: 356 Copynumber: 3.6 Consensus size: 352
268907 ATTTGAATAA
* * *
268917 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA
* ** * * *
268982 CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAA
66 ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAG----AGATTTAAA
** * ** *
269047 TAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
127 TAATAAAAGTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAA
* * * * * * *
269112 TCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAA
192 TCTTTATGATCTTTTGTCTAGTCAAAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGCTCATTCGAAATAA
**
269177 AATAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
257 AATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAG-A--A-ATTT-AAAAA-AAATCTATTT
* *
269242 ATCGAATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTG
316 ACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTG
* * * * * *
269279 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA
* *
269344 ATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTATTATTTCAAAAATCAATAAG-GATTTAAA-AAT
66 ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGAGATTTAAATAAT
* ** *
269407 AAAAGTGTTTTTCGAA-ACAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-T
131 AAAAGTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCT
* * * * *
269470 ATTCTGATCTTTTGTCTAGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTCATTCGAAATATA
195 -TTATGATCTTTTGTCTAGTCAAAAAACAATTGTTTCTA-TTCACACAAGCTCATTCGAAATAAA
* * *
269534 TTAATACTAATTTATTAAAATT-TAAAAAATTAATAAGAAATTTTAAAAACATCTATTTACCGAA
258 ATAATACTAATTTATTAAAATTCT-AAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTACCGAA
* * * * *
269598 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAA-TAA
322 TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-G
* * ** * * *
269629 TTATCTATTTAAAATTG-T-TGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTATTTC-AGTACATA-AA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAA
* * * **** * * *
269690 AGTTTTTCTAAAAAAAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTT
65 AATTATTC--AAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAA----GAGATTT
* * * ** * *** * * * *
269755 AAAAAAT-AAATTAGTTTATC-ATATTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATT
124 AAATAATAAAAGTA-TTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATT
* * * * * * * *
269817 TCAAATCATTATGAACTTTCT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACCAGC-CTATT
187 TCAAATCTTTATGATCTTT-TGTCTAGTCAAAAAACAATTGTTTCT-ATTCACACAAGCTC-ATT
* * * * *
269879 TGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAAAATTAATAA-AAGATTTAAAAAGTTAAT
249 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCT-AAAAATTAATAAGAA-ATTTAAAAA--AAAT
* * ** ** * * * * **
269942 TTGTTTACTAAACCAGTTCACATAGTTATGACTATTTGAACAA
310 CTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTG
* * * ** * * * * * * *
269985 TTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTTATAAAACAATTATTTCTAGTGACACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA
* * * * * * *
270050 TTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAA
66 ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATT-T-CAAA--AATCAA-TAAGAGATTTAA
* ** * * * * ** * *
270114 AAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATATTTAAGGCTA-TATGAACAATTCTTTATTTCA
126 ATAATAAAAGTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTA-GAACAATTATATATTTCA
*
270178 AAT-TGTTATGACCTTTTGT
190 AATCT-TTATGATCTTTTGT
270197 TTTGTCGTAA
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 154, Indels: 86
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
347 9 0.01
348 31 0.04
349 37 0.05
350 51 0.07
351 4 0.01
352 4 0.01
353 5 0.01
354 131 0.18
355 16 0.02
356 185 0.26
357 52 0.07
358 79 0.11
359 11 0.02
360 2 0.00
361 5 0.01
362 101 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA
ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGAGATTTAAATAAT
AAAAGTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCTT
TATGATCTTTTGTCTAGTCAAAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGCTCATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTACCGAATAAG
TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTG
Found at i:270426 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 270059--270757 Score: 793
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 359
270049 GTTTATTCGA
* * * **
270059 AATAAAATAACACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAACAACACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAAGAACTAAGAAATTTAAAAAATAAAAC
* * **
270124 TGTTTACTGAACTAGTTCAAATA-TT-TAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTAT
66 TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAA--CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* ** * *
270187 GACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCAT-TTCGTAGTA-A-CTTATTC-GTAATAAAGT
129 GACCATTTGCATTGTCATAAAA-AATTATTTC-TGTT--TA-TACAGCTTATTCAG-AATAAAGT
* * * *
270248 AA-AATAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAACAA-CAATTCAGTTTGC
188 AATAATAATTTATCAATATTTCAAAA-TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATCAA-TCAATTGGC
** * **
270311 CTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATATTTATCTATTTCAAATCATTACGTTCTTTTA
251 CTAACCAGCGCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTA
* *
270376 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTGTTTAG
316 TTTTATCACAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTGTTTAG
* * * * * * *
270420 AATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAAAC
1 AATAAAACAACACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAAGAACTAAGAAATTTAAAAAATAAAAC
* ** *
270485 TGTTTACTAAACTAGTTTACTTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
66 TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* *
270550 CCATTTGCATTGTCATAAAATATTATTTCTGTTTATACAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTA
131 CCATTTGCATTGTCATAAAAAATTATTTCTGTTTATACAG-CTTATTCAGAATAAAGTAATAATA
** * * * * *
270615 ATTTATCAATATTTTGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCAATTGGCTTGACCAGC
195 ATTTATCAATATTTCAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATCAATCAATTGGCCTAACCAGC
* * * *
270680 GCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAC
260 GCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTATTTTATCAC
*
270745 AAAACAATTGTTT
325 AAAACAAATGTTT
270758 CATCCCAAAA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 50, Indels: 19
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.01
358 3 0.01
359 1 0.00
360 127 0.46
361 141 0.51
362 2 0.01
363 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AATAAAACAACACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAAGAACTAAGAAATTTAAAAAATAAAAC
TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
CCATTTGCATTGTCATAAAAAATTATTTCTGTTTATACAGCTTATTCAGAATAAAGTAATAATAA
TTTATCAATATTTCAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATCAATCAATTGGCCTAACCAGCG
CAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTATTTTATCACA
AAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTGTTTAG
Found at i:270757 original size:19 final size:19
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270723 TTATGACCTT
270733 TTGTTTTATCACAAAACAA
1 TTGTTTTATCACAAAACAA
* *
270752 TTGTTTCATCCCAAAACAA
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1 TTGTTT-TATC
270782 TATACTAGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTTTTATCACAAAACAA
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Indices: 271534--271573 Score: 55
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271524 CACAATTATT
*
271534 AATTATTAATTAAAATA
1 AATTATTAATAAAAATA
271551 AATTA-TAATAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAATA
*
271567 AACTATT
1 AATTATT
271574 TGTTATGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATTAATAAAAATA
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271853 ATCTATACAG
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1 TTATAATTAATTTTAA
271878 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
271892 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
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1 TTA
271913 ATAAAACTAT
Statistics
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TTATAATTAATTTTAA
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Period size: 181 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
272323 ATTTTTTATT
* * *
272333 TTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
1 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* ** * * * *
272397 TAATGATTTAAAATAGATAATTACTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACAAAT
64 TAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAAT
* * * * *
272462 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAGTATTATTAGATTAGTA
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
272514 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATGTTATGATAGAACAAAAAAGGTT
1 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAAAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAGGTT
* ** *
272579 -TATTTCTTAAATAACTAATTTAAACTATACATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGGG
63 ATAATGATT---TAA--AA--T-AA--ATA-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GG
* * * * *
272642 TTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT
115 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
272707 A
180 A
* *
272708 TTATTTTA-TTC---TGAAGCTTGTATG-A-TAAAAGACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT
1 TTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACT-AAA-A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * ** *
272767 AATATTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT-TGATAAACA
62 TATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACA
* * * * *
272831 AAATCATTTTTTAAGTCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTA
126 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
272886 TTATTTTATTGCAAATAAGCTTGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
1 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * *
272951 AATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATT
65 AATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATT
* * * *
273016 AATTTTTTTGAAA-CTCTTGCTTATCAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA
130 TA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
*** * * * *
273068 TTATTTTATTTTGGATAA-CTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTTA
1 TTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACT-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * * *
273132 TAATGATTTTAAATAAATAATTTTTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACTTGATCGGTAAATAGAT
64 TAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAAT
* * * *
273196 TTATTTTTTCATATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA
129 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA
273242 TTAAAAATTT
Statistics
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0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
ATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
Found at i:273232 original size:182 final size:182
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Indices: 272611--273228 Score: 564
Period size: 182 Copynumber: 3.4 Consensus size: 182
272601 AACTATACAT
* * * * * * *
272611 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGGGTTCAATAAATAAATTTA-TTTTTT-AAATTTCT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGATCAGTAAACAAATTAATTTTTTTCAAA-CTCT
* * * * * *
272673 TACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-C---TGAAGCTTGTATG-A
64 TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTGCAAAT-AAGCTTGCATGAA
* * * * * *
272733 -TAAAAGACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAA
128 CT-AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAA
* * * * ** * * * *
272789 TTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TAATTTGATAAACAAAATCA-TTTTTT-AAGTCACT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCAG-TAAACAAATTAATTTTTTTCAA-ACTCT
* *
272851 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTGCAAATAAGCTTGCATGAAC
64 TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTGCAAATAAGCTTGCATGAAC
272916 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAA
129 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAA
* * * *
272970 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTAATTTTTTTGAAACTCTTG
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCAGTAAACAAATTAATTTTTTTCAAACTCTTG
* * **** **
273035 CTTATCAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAA-CTTTTTATGAACT
66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTGCAAATAAGC-TTGCATGAACT
* * * *
273099 GAAACAATTGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAA
130 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAA
* * * * * * *
273152 TTTTTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACTTGATCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTCATATCTTTT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCAGTAAACAAATTAATTTTTTTCA-AACTCTT
273215 GCTTATTAATTTTT
65 GCTTATTAATTTTT
273229 TGAATGTTAA
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 63, Indels: 25
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 82 0.23
179 3 0.01
180 7 0.02
181 133 0.37
182 134 0.37
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCAGTAAACAAATTAATTTTTTTCAAACTCTTG
CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTGCAAATAAGCTTGCATGAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAA
Found at i:273271 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 273254--273297 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
273244 AAAAATTTTA
273254 AAATTTAAATATTT
1 AAATTTAAATATTT
*
273268 AAATTAAAATATTT
1 AAATTTAAATATTT
* * *
273282 AATTTTTATTATTT
1 AAATTTAAATATTT
273296 AA
1 AA
273298 TTATCGATAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 25 1.00
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Consensus pattern (14 bp):
AAATTTAAATATTT
Found at i:273285 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 273240--273283 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
273230 GAATGTTAAT
273240 AATTAAAA-ATTTTAA
1 AATTAAAATA-TTT-A
*
273255 AATTTAAATATTTA
1 AATTAAAATATTTA
273269 AATTAAAATATTTA
1 AATTAAAATATTTA
273283 A
1 A
273284 TTTTTATTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 15 0.58
15 10 0.38
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Consensus pattern (14 bp):
AATTAAAATATTTA
Found at i:273785 original size:139 final size:140
Alignment explanation
Indices: 273603--273871 Score: 350
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
273593 TTTTGTTTTG
* ** *
273603 TCATAAAACAATTGTTTTAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAA-ACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTCTTTTAGTACATACAAAATTATTCAAAATAAAA-AAATACTAATTTATTAAC
* * * * *
273667 ATTCCAAAAATTAATAACTAAGTGATTT-AAAAAGTTAATTTGTTTATCT-AATCAA-TTCAAAT
65 ATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAAT-AAGTTCAAAT
273729 AGTCATGTCCATT
128 AGTCATGTCCATT
* * *
273742 TCATAAAACAATTCTTTCTA-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTGATTTATTAAC
1 TCATAAAACAATTCTTT-TAGTACATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAAC
*
273806 ATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAG
65 ATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAG
273871 T
130 T
273872 TATGATTATT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 13, Indels: 9
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
138 3 0.03
139 79 0.71
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ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (140 bp):
TCATAAAACAATTCTTTTAGTACATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACA
TTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGT
CATGTCCATT
Found at i:274139 original size:173 final size:174
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Indices: 273777--274141 Score: 380
Period size: 173 Copynumber: 2.1 Consensus size: 174
273767 GCAAAATTAT
* *
273777 TCAAAATAAAAAAATACTGA-TTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTGAAAAA
1 TCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTC-AAAAA-T--T-AATAAGAGATTTGAAAAA
* * * * * * * *
273840 ATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
60 ATAAATCAGCTTACCAAATAAGATCAAATAATTATGA-GACTTGAACAATTATCTATTTAAAATC
* * **
273905 GTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTTAAAAGCTTA
124 ATTATGAACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAACATAAAAGCTTA
273956 TGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAA
1 T-CAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAAAATAAA
* * * * *
274020 TCAGCTTACCAAATTAGATCAAATAATTATG-GCCTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATT
65 TCAGCTTACCAAATAAGATCAAATAATTATGAGACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* * * * *
274084 ACCTTTCGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTCCAACATACAAGCTTA
130 AACTTTCGTTTTATCATAAAACAATT-GTTT-CAACATAAAAGCTTA
*
274131 T-TAAATAAAAT
1 TCAAAATAAAAT
274142 TGTTATTACT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 25, Indels: 16
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 56 0.36
174 3 0.02
175 48 0.31
176 12 0.08
177 1 0.01
179 3 0.02
180 30 0.19
181 3 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (174 bp):
TCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
CAGCTTACCAAATAAGATCAAATAATTATGAGACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
ACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAACATAAAAGCTTA
Found at i:276156 original size:181 final size:181
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Indices: 275708--277491 Score: 909
Period size: 181 Copynumber: 9.7 Consensus size: 181
275698 TAGATAATTG
* *
275708 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCAT-ATTAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TTGAATAAAA
* * * *
275771 TAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATATATTTA-
65 TAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * *
275834 TTAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 TGAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ***
275886 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-AAGTTAATATAA-ATTATTAAAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAA
* * * * *
275949 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTA
65 TAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATT-AAAAAATAAATTTATTTA
* * *
276014 CTGAAA-AAGTTCAAATAATTATGGCTATCTAAACAATTATCTATTTCAACA-CA
128 CTGAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA-ATCA
* * * **
276067 TTATGACTTTTTGTTTTGCCAGAAAGCAATTGGATCTATTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTTGAATAAAA
* * * * * *
276131 TAATATAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAATTTATTTTT
65 TAATATTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTA-TTTA
* * **
276195 TTG-AATACA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
128 CTGAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
276248 TTATGACTATTTGTTTTGTGATAAATCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * *
276313 AATATTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATTAGTAAAAG-ATT-AAAAA-AAATCTATTTAC-
66 AATATTAATTTATT-AATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACT
* * * *
276374 CAAAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCA
130 GAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
276427 TTATGA-TCTTTTCTTTGGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-AA-ATTTTTATTCGAAATA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TT-G-AATA
* *** * *
276489 AAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
62 AAATAATATTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTATT
* * * * * * **
276554 TA--GCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTG
126 TACTG-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
276609 TTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATACCAATGATTTAGAATAATTGGTATTCATACAAAA
1 TTATGAC-TTTT-TGTT-TTGT--CATAA-AAC-A--A-TT-G--T--TT-CTATTCATACAAGC
* *** * * *
276674 TTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAG-----G-ATTTAAA
50 TTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAA
* * * * * * *
276733 AATAAATATGTTT-GTCG-AATCAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTGTTTCA
114 AATAAATTTATTTACT-GAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCA
* *
276795 ACTCG
177 AATCA
* * * * * * *
276800 TTCTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATACACGC-CA-ATTGAAATTAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AA-TA-
* * * * *
276862 AGATAATACTAATTTATTTAACATTTTAAAAAATTACATAAGCCAAGAAG-ATTAAAAAACATAA
62 AAATAATATTAATTTA-TT-A-ATATTCAAAAATTA-ATAAG-TAA-AAGAATT-AAAAA-ATAA
* * * * * * * *
276926 A-TCAGTTTTATTGAACA-AGGGGTTAAAAT-GTATTATGACTATTTTGAATAA-TATATATTTA
119 ATTTA--TTTACTGAA-ATA--AGTTCAAATAG--TTATGACTA-TTTAAACAATTATCTATTTC
276987 AAAGTCA
176 AAA-TCA
* * * * * * * *
276994 TTATTGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACT-ATTC-AGTGCGATAGAAAGCTTA-TTAGAAAT
1 TTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATA-CAAGCTTATTTTG-AAT
* * * * *
277056 AAAATAATATT-ACTTATT-ATATTCCAAAATTGAGTAAGT--TAGATATGTAAAAAAATAAATG
61 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATT-AATAAGTAAAAGA-AT-T-AAAAAATAAATT
* * * * *
277117 TAGTTA-TAAAATCAA-TTCCAAATA-TTA-CAGCCATTTAAATAAATTATCTATATTCAAATCA
122 TATTTACTGAAAT-AAGTT-CAAATAGTTATGA-CTATTTAAA-CAATTATCTAT-TTCAAATCA
* ** * * * * * *
277178 TTATGAGCCTTTTGTTTCCATCAATAAACCACATTGTTTTTTTATCATAACAAGCCTATTTGGAT
1 TTATGA-CTTTTTGTTT-TGTC-ATAAAACA-ATTGTTTCTAT-TCAT-ACAAGCTTATTTTGAA
* * * ** *
277243 TAAACATAAACAACCTAATTTACTAATAGTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA
60 TAAA-AT-AA-TA-TTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAA
* * ** * * *
277308 ATCTGTTTACTG-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTA
119 ATTTATTTACTGAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ***
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* * * * *
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* * * **
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* *
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* *
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* * * * *
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* *** *
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* * * * *
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* * * *
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ATAATATTAATA
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*
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TATAATAATTTATAACAATATTATATATA
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* *
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ATTATTTAAAATTAATAATAATAATTTA
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TTGG
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AAAGCTTCTCATTTGAATTTTGGAGATTCACATCCAAAAGTTC
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*
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* * * *
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* * * * *
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*
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*
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GAT
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*
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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*
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1 AT
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * *
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* * * * *
292548 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTGTTTGAACTGGTCAAGCCAAA-AGATACATTTTCTAAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTC-AGGCAAACAGATTCATTTTTTAAA
*
292612 TC-CATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-T
130 TCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCT
* * * * * * *
292663 GGAATAAGATTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAATA-GTCATAATGATTTTA
1 -AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
292727 AATAAATATTTG-TCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGT-ATGGCAAACAGATTTATTTTTTA
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* *
292790 AATCTCTTA-TGTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCC
128 AATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTATTCT
* * * *
292844 AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA
1 AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
292886 TTGATATTAT
Statistics
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179 6 0.02
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