Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168074.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_322, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:658 original size:181 final size:179
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10 AAATAAATTA
* * * *
20 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATCAAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * * *
85 AGGTTGTATG-A-ATAAAACAAGTTATTTTACGATAAAAAAAAAGGTTCATAACGATTTGGAATA
65 AGCTTATATGAACAAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
148 GATAATCT-TTCATATAGTCTTAACAATTTGAACTGGTTCGACAATTATATTTATTT
128 GATAAT-TGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTGGTTAG-CAAATATATTTA--T
* * * ** * *
204 TTTTTAATTTTCCTGGTTATT-ATGTTTTGGAATATTATTAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
** * * ** * * * * **
267 AAAATGAGTATGAA-TAGGACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATA
64 AAGCTTA-TATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
331 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGCTTAGCAAACATATTTAC
128 GATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTGG-TTAGCAAATATATTTAT
* * * *** *
385 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAAC
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * ** *
450 AAACTTATATTAAGAAAAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
64 AAGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * **
515 ATAATTGTTCATATAGTTTAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAATGGATTTAT
129 ATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTGGTT-AGCAAATATATTTAT
* * *
567 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * *
632 AGCTTATATAAACAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGA
65 AGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * *
697 GAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTTAT
130 TAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACT-GGTTAGCAAATATA-TTTAT
* *
750 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCC-AAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAAT
* *** * * * * * *
810 AAGCTTCTAT-ATTTAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATAACAGCAATTTGAAATAG
64 AAGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * * **
874 ATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTAAATTGATTCAATAAACT-TATTTAT
129 ATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTGGTT-AGCAAA-TATATTTAT
* * * ** *
927 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACA--ACT-TTATTTTATTTTAGATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * *
989 AGCTTTTATGAAC-TAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGA
65 AGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * **
1052 TAATTGTT-GAACAG-------GTTTG-A-----TA--AAA-AGGTTTAT
130 TAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTGGTTAGCAAATATATTTAT
* * ** *
1085 TTTTTAAATCTCTTA-T---TAATTTTTCTAATATTAATATATTAACATTATTTTATTCCAAACA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * *
1146 AACTTATATGAA-TAAAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAA-AGATTTCAAATTG
65 AGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAG
* * * * * *
1208 ATAA-TGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTAT
129 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTGGTTA-GCAAATATATTTAT
* * *
1260 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTACTTTATTCTAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAAT
*** * **
1324 AAGC-TAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
64 AAGCTTA-TATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
1387 GATAATTGTTCATATA-AACTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACAAATTTAA
128 GATAATTGTTCAAATAGTA--TAACTATTTGAACTGGTT-AGCAAATATATTTAT
* * * * *
1441 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * *
1505 AAGCTTGTATAAAC-ATAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTTATTTTTTTAAATAATT
64 AAGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCA------T-AA-CA--
* * * * * * *
1569 GATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTAT
118 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTGGTTAG-CAAATATATTTAT
* * *** *
1634 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAACA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * *
1699 ACCTTGTATG-ATAAAAAA-AATTCTTATATGACTAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGA
65 AGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
1762 TAATTGTTGAAATGGCCATATCTATTTGAGCTTGTTTG-ATGA-ACATTT-T
130 TAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTGGTTAGCA-AATATATTTAT
* * * * * *
1811 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTAGTGCGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * *
1876 AGCTTGTATGAAC-TAAAATAATTGTTTGT-TGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAG
65 AGCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
1939 ATAATTGTTCTAATAGTTTTAATTATTTGAATTGGTT
129 ATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTGGTT
1976 TGGCAAAACT
Statistics
Matches: 1386, Mismatches: 292, Indels: 194
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
154 18 0.01
156 10 0.01
157 68 0.05
158 20 0.01
159 3 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
165 3 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
171 2 0.00
174 3 0.00
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178 179 0.13
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181 262 0.19
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188 1 0.00
189 2 0.00
191 3 0.00
192 22 0.02
193 115 0.08
195 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
GCTTATATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTGGTTAGCAAATATATTTAT
Found at i:978 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 20--1059 Score: 632
Period size: 183 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
10 AAATAAATTA
* * * *
20 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTA-ATCAAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTC-CAAT
* * * * * * * * * * *
84 AAGGTTGTATGAA-TAAAACAAGTTATTTTACGATAAAAAAAAAGGTTCATAACGATTTGGAATA
63 AAGCTTATATAAACTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAATGAT-ATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * * * **
148 GATAATCT-TTCATATAGTCTTAACAATTTGAACTGGTTCGACAATTATATTTATTT
126 GAGAAT-TGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACATATTTA--T
* * * ** * * * *
204 TTTTTAATTTTCCTGGTTATTATGTTTTGGAATATTATTAAATAGTATTATTTTA-TTCTAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTC-CAATA
** * * * * * * * **
268 AAATGAGTATGAA-TAGGACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAG
64 AGCTTA-TATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATATAACAATTTGAAATAG
* * * * * ** *
332 ATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGCTT-AGCAAACATATTTAC
127 AGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT-AAACTAG-TTCAATAAACATATTTAT
* * * ** *
385 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAAC
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT-TGAAATATTAATAA-ATAGTATTATTTTATTTCCAAT
* * ** * *
450 AAACTTATATTAAGAAAAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATA
63 AAGCTTATATAAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGAT-ATAACAATTTGAAATA
* * * ** * * ** ***
514 AATAATTGTTCATATAG-TTTAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAATGGATTTAT
126 GAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACATATTTAT
* * *
567 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCC-AAT
* * * *
631 AAGCTTATATAAACAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAG
63 AAGCTTATATAAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATATAACAATTTGAAATAG
* * ***
696 AGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTTAT
127 AGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACATA-TTTAT
*
750 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCCAATA
* ** *
811 AGCTTCTAT-ATTTAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA-GATA-ACAGCAATTTGAAATA
64 AGCTTATATAAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATATA-A-CAATTTGAAATA
* * * * * * *
873 GATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTAAA-TTGATTCAATAAACTTATTTAT
126 GAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAG-TTCAATAAACATATTTAT
* * *
927 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACA-ACT-TTATTTTATTT-TAGATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCCA-ATA
* * * *
989 AGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATTTAAAATAGA
64 AGCTTATATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGAT-ATAACAATTTGAAATAGA
*
1052 TAATTGTT
128 GAATTGTT
1060 GAACAGGTTT
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 132, Indels: 83
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 58 0.08
178 99 0.14
179 57 0.08
180 13 0.02
181 137 0.20
182 92 0.13
183 155 0.23
184 67 0.10
185 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCCAATAAG
CTTATATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATATAACAATTTGAAATAGAGAA
TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACATATTTAT
Found at i:1968 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1569--1977 Score: 443
Period size: 178 Copynumber: 2.3 Consensus size: 179
1559 TTAAATAATT
* * * *
1569 GATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAAC-AATTTAT
* * **
1634 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAACA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTGCGAACA
*
1699 ACCTTGTATGATAAAAAAAATTCTTATATGACTAAACAAAAAGTAATAAC
130 ACCTTGTATGATAAAAAAAATTCTTATATGACTAAACAAAAAGTAAGAAC
* * * * * * *
1749 AATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAT-ATCTATTTGAGCTTGTTTGATGAAC-ATTT-T
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTGGTTTGATAAACAATTTAT
* ** * *
1811 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTAGTGCGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTGCGAAC
* * * * * *
1875 AAGCTTGTATGA-ACTAAAATAATTGTT-TGTTGACTAAACAAAAGGTTAGAAC
129 AACCTTGTATGATA--AAAAAAATTCTTAT-ATGACTAAACAAAAAGTAAGAAC
* ** *
1927 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAATTATTTGAATTGGTTTG
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG
1978 GCAAAACTCG
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 37, Indels: 14
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.01
177 61 0.33
178 77 0.41
179 3 0.02
180 44 0.24
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTGCGAACAA
CCTTGTATGATAAAAAAAATTCTTATATGACTAAACAAAAAGTAAGAAC
Found at i:2415 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1997--5003 Score: 1820
Period size: 181 Copynumber: 16.6 Consensus size: 179
1987 GTTTATTTTT
* * * * * * *
1997 TATTATTAAATTAGTATTATCTTA-ATCTGAATAGGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTATATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
2061 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
2124 TAGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT-AAT-ACTT--TTATTAATTTTCAAAA
129 TA-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAA
* * ** * * * * **
2173 TCTTAATGAATCGGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTACA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
2237 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGGAATAGATAATTTTTCAAATGAACATGACTATTTGAATT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ATCATAACTATTTGAACT
* * *
2302 TATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAACTTTTAGAA
129 TATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAA
* * * **
2354 TATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTACAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
2419 CAAAATAAAAGATCAAAACTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTT
* *** * * * * * *
2484 GTTCAATAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
130 ATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAA
* * * * * *
2535 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * ** * * * *
2600 TGAAACAAAATGT-ATGGC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATAACTATTAGAACTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTT
* * ** *
2663 ATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAA
130 ATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAA
* * * * * * * * *
2714 TTTTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * *
2779 TAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
2844 ATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCGAAA
130 ATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AA
* * * * * * *
2895 TATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGCATGAAAAGAAAAAATTATTTTGTG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * *
2959 ACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TATCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
3024 TAATCGATAAACACT-TTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
129 TATTTGGTAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAA
* * * * * * * * *
3076 TATTAATAAATTAG-ATTTATGTTA-TTCCAAGTCAGCTTATACGAACAAAAACAATTATTTTGT
1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * **
3139 AAC-AAACAAAAGGTTATAAC-ACTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAAATAATTGTT
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAA
* *** * * ** * ** * ** * **
3202 C-AAACAGTTATAAC-TATTTGTATTGGTCAGGC-C-AACAGATTCATTTTTTAA
127 CTTATTTGGTA-AACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAA
** * * * * * * * * ** *
3253 -ATCCATTACTT-GTTAATT-TTTAGGATATTAACAAATTAGCAT-TACTTTATTTCAAATAAGA
1 TATTAATAAATTAG-T-ATTATTT----TATT-TCGAATAAGCTTGTA--TGAATAGAAA-CA-A
* * * * * *
3314 TAGTATCAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAACA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAA
55 TTGT-T---T----TAT----------GACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
3378 TTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAA--T-AT-C
101 TTGTTCAAA-TATCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
3439 TTATTAATTTTCAAAA
165 TTATTAATTTT-AGAA
* * * * * ** * * *
3455 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
3520 CAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTGAACTATTTGAA-TT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATCAT-AACTATTTGAACTT
* * * * *
3584 GGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAA
130 -ATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAA
* * * * * * * *
3636 TATTATTATATTAGTATTATTGTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
3701 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTT
* * * *
3765 AGTTCT-GTGAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
130 A-TT-TGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AA
* * * * *
3817 TATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAGGTTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** *
3881 ACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCAATAATTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATC-ATAACTATTTGAACT
** *** * * * *
3946 GCTTCAATAAAC-TGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTAACTTCTCAGTTTTTGAAA
129 TATTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTAG-AA
* * * * * * * *
3998 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATAAATTA-AAACAAATGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
4062 ATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACT
* * * *
4127 TGTTTGATAAACATATTTTATTTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA
129 TATTTGGTAAACATA-TTTA-TTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTAGAA
* * * *
4181 TGTTAATACAA-GAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTTAT
1 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * * *
4244 GATTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTCAA-
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAAC
* ** * *
4308 TTGGTTCAGTAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AA
128 TT-ATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAA
* ** * *
4361 CTATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** *
4425 GACAAAACAAAA-ATCCTAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
4489 TAATTTTGTATACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
128 TTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AA
* ** * *
4538 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
4603 CAAAATAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATGGA-CATGAA-TGTTTAAAT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT--ATCAT-AACTATTTGAAC
* * * * ** *
4666 TTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATTTTTA-AGA
128 TTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGA-A
* * * *
4719 CATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * *
4784 CAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTC
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ATCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
4849 GCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
130 ATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAA
* * * * * *
4899 -AGTTTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACA-AAATCAATAGGTTTA
1 TA--TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTA
* *
4961 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATTATTGTT
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
5004 AGCTCAAAGA
Statistics
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0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATCATAACTATTTGAACTTA
TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAA
Found at i:3222 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
3161 TTTGAAACAG
3171 ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
1 ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
3193 ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
1 ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
3215 CTATTTGTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
ATAATTGTTCAAACAGTTATAA
Found at i:3870 original size:741 final size:741
Alignment explanation
Indices: 2446--3925 Score: 1699
Period size: 741 Copynumber: 2.0 Consensus size: 741
2436 ACTATATGAA
* * * *
2446 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAATAAATAGATTCATATTTTAAA
1 ATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGA-CTTGGTCAACAAACAGATTCATATTTTAAA
* * ** *
2511 TCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATA
65 TCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGAATTACTTTATTTCAAATAAGCATATA
* * * * * ** *
2576 TGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTATGGCATTTGAAATAGATAATTATTCAA
130 TCAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTATGGCATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * *
2641 GTAGTTATAACTATTAGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
195 ATAGTTATAACTATTAGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAA--TTATACTTATTAAT
* * ** *
2706 TGGCAAAATTTTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAACAAAAACAATAG
258 TGGCAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATAG
* * *
2771 TTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
323 TTTTAAGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
2836 TTAAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCGAAATATTAA
388 TTAAACTTATTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTGTCGAAATATTAA
* * *
2901 TAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATGAAAAGAAAAAATTATTTTGTGACAAAAC
453 TAAATTAGTATTATTGTAATTGAAATAAGCTTGCATGAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC
*
2966 AAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAACTATTTGAACTTAATCGA
518 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAACTATTTGAACTTAATCGA
* *
3031 TAAACACTTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGATTTAT
583 TAAACACTTTCAGTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTAT
* * * *
3096 GTTATTCCAAGTCAGCTTATACGAACAAAAACAATTATTTTGTAAC-AAACAAAAGGTTATAACA
648 GTTATTCCAAGTCAGCTTATACGAAAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAA-A
*
3160 -CTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTT
712 GATTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTT
* * * *
3189 ATAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTA-TTGGTCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAA
1 ATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTG-ACTTGGTCA-ACAAACAGATTCATATTTTAA
** *
3253 ATC-CATTACTTGTTAATTTTTAGG-ATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAG-AT
64 ATCTC-TTACTCATTAATTTTT-GGAATATTAACAAATTAGAATTACTTTATTTCAAATAAGCAT
*
3315 AGTATCAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAACA-GTTATAATG-ATTTGAAATAAATAA
127 A-TATCAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA-ATG-TAT--GGCATTTGAAATAAATAA
* * *
3378 TTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTACTTTTT-AAA-TAT-CT
187 TTATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACTGATTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAATTATACT
** * * ** *
3440 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAA
251 TATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAAA
* * ** * * * * *
3505 ACATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCATATAG-CC
316 ACAATAGTTTTAAGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
3569 TGAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTC-
381 T-AACTATTTAAACTT-ATTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTGTCG
* * * * * *
3632 ATAATATTATTATATTAGTATTATTGT-ATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATT
444 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTGTAATT--GAAATAAGCTTGCATGAAAAGAAAAAATTATT
* * *
3695 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
506 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAACTATTT
* * * * *
3760 GAAC-TAGTTCTG-TGAGCA-TATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
571 GAACTTA-ATC-GATAAACACT-TTCAGTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
3822 ATAAATTAGCA-TTATTTTATTCGAA-T-AGGTTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACA
633 ATAAATTAG-ATTTATGTTATTCCAAGTCA-GCTTATACGA-AAAAAAACAATTATTTTATAACA
*
3884 AAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
695 AAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAA
3926 TGGCAATAAT
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 98, Indels: 47
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
739 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (741 bp):
ATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGACTTGGTCAACAAACAGATTCATATTTTAAAT
CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGAATTACTTTATTTCAAATAAGCATATAT
CAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTATGGCATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
TAGTTATAACTATTAGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTATACTTATTAATTGG
CAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATAGTTT
TAAGACAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
AACTTATTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTGTCGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTGTAATTGAAATAAGCTTGCATGAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAACTATTTGAACTTAATCGATAA
ACACTTTCAGTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTATGTT
ATTCCAAGTCAGCTTATACGAAAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAAAGATT
TGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTT
Found at i:3966 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 1997--5003 Score: 2163
Period size: 362 Copynumber: 8.3 Consensus size: 357
1987 GTTTATTTTT
* * * * * * *
1997 TATTATTAAATTAGTATTATCTTA-ATCTGAATAGGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTATAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGTTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
2060 GACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGCCAT-AACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATGGCATGAATTATTTGAA
* * * * * * * *
2123 CTAGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT-AAT-ACTT--TTATTAATTTTCAAAATCTTAATGAAT
128 TTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAAT
** * * * * * **
2184 CGGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAA
192 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * * * *
2248 GGTCATAACGATTTGGAATAGATAATTTTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAATTTA-TTTGGTA
256 GGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTAGTTT-GTA
* * * *
2311 AACATATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAACTTTT-AGAA
318 AACAAATTTATTTTTTAA-ACT-CT-CTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * *
2354 TATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTACAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
2419 CAAAATAAAAGATCA-AAACTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAGC
66 CAAAACAAAAGATCATAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCATGAATTATTTGA-A
* * * * *
2482 TT-GTTCAATAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
128 TTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * * * * * * ** *
2546 TAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAT
192 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
*** * * * * *
2611 G-TAT-GGCATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATAACTATTAGAACTTA-TTTGGTAAA
257 GTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTT-GTAAA
* * * ****
2673 CATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAA
320 CAAATTTATTTTTTAAA-C-TCT-CTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
2714 TTTTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
2779 TAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTAAACT
66 CAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCATGAATTATTTGAA-T
* ** * * * * **
2843 T-ATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCGAAATATTAATAAATT
129 TGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATT
* * * * * *
2907 TGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGCATGAAAAGAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAAAG
193 AGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
2971 GTTATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAACTATTTGAACTTA-ATCGATAAA
257 GTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTG-TAAA
* * *
3035 C-ACTTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
320 CAAATTT-ATTTTTTAAA-CTC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
3076 TATTAATAAATTAG-ATTTATGTTA-TTCCAAGTCAGCTTATACGAACAAAAACAATTATTTTGT
1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAA-TAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* *
3139 AAC-AAACAAAAGGTTATAACACTTTGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAAATAATTGTTC
64 GACAAAACAAAA-G--AT--CA---T--AA-AGAT--TTG-----A-A---ATAGATAATTGTTC
* ** * * *** * *
3203 AAACAGTTAT-AACTATTTGTATTGG-TCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTG
107 AAA-TGGCATGAATTATTTGAATTGGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
* * * * * * * * *
3265 TTAATTTTTAGGATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGATAGTATCAATAGAAAA
169 TTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
3330 AATTATTTTATGACAAAACAAACA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTAT
233 AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * **
3394 AACTATTTGAACT-GATTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAA-TATCTTATTAATTTTCAAAA
297 AACTATTTGAACTAG-TTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** * * * *
3455 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
3520 CAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTGAACTATTTGAATTG
66 CAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCATGAATTATTTGAATTG
*** * * * * * *
3585 GTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTATATTAG
131 GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
3650 TATTATTGTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
195 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * *
3715 ATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTGTGAGCATA
260 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGTAAACAAA
3780 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
324 TTTATTTTTTAAA-CT-CT-CTTATTAATTTTTGAAA
* * *
3817 TATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAGGTTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATG
*
3881 ACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCAAT-AATTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC-ATGAATTATTTGAAT
* * * * *
3945 TGCTTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTAACTTCTCAGTTTTTGAAATATTAATAAA
129 TGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
* * * * * * * * * *
4008 GTAATATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATAAATTA-AAACAAATGTTTTATGATAAAACAAA
191 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
4072 AGGTTATAACAATTTTAAATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAA
255 AGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG-TAA
*
4137 ACATATTTTATTTTTTTAAACTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AA
319 ACA-AATTTA-TTTTTTAAAC-TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAA
* * ** ** *
4181 TGTTAATACAA-GAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
4245 ATTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TTAATTATTTCAAT
65 ACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCATGAATTATTTGAAT
* * * * **
4309 TGGTTCAGTAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAACTATTATTAGTTT
129 TGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA-TATTAATAAATT
* * *
4374 AGCAATATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
193 AGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * *
4437 ATCCTAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTTGTATAC
257 GTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGTAAAC
*
4502 AAATTTAGTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTTGAAA
321 AAATTTATTTTTTAAACTCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
4538 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
4603 CAAAATAAAATG-TCATAACA-ATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGAA-TGTTTAAA
66 CAAAACAAAA-GATCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG-CATGAATTATTTGAA
** * * ** * *
4665 TTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATTTTTAAGACATTAATAAAT
128 TTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-ATATTAATAAAT
* *
4730 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
192 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** *
4795 ATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTAAAT
257 GTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGTAAAC
*
4860 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
321 AAATTTATTTTTTAAA-C-TCT-CTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
4900 GT-TTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAATAAGCTTT-TATGAACAAAATCAATAGGTTTAT
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* *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * ** * ** * *
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* * * * *
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* * * *** *
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* * *
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** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* ** * ** * **
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* *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * ** *
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*
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* * * *
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* *
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* * *** *
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* * **
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* * * *
18415 A-TAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATA
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* * * ** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * **
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* ** * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * ** * *
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* * *
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* * *
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* * *** * * * *
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* * *
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* * *
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** * * * * *
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** * * * * * * *
19414 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
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* * *
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*** * * * *
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* * * * * * *
19591 -CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAT
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* * ** *
19654 TAAAAAAAAACTTATTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
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* ** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * ** *
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66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * *
20198 AAACAATTATTTGATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTTGAAATAGATA
131 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGA-TTTGAAATAGATA
* * * * * *
20250 ATTGTTTAAATA---A-AA--A-TTG-----GTTTGATAAATAGATTTATTTATTAAATCTCTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ***
20303 CTTATTAA-TTTTG-AATATTAAT-AATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTT-TATGATGA
66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * **
20363 AAAACAATTGTTTTAAGAC-AAA-TAAAGTTTTTAACGATTTGAAATAGATA
130 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * ** * *
20413 ATTGTT-AAATGGCCATAATTATTTGAA-GCGATTCGATAAAC----TAATTTTTTAAATC-TTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * *
20471 ATCTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTC-ACATAAGCTTTTATGA
65 A-CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA
* ** * * * * *
20534 ACTGAAACAATCATTTTATCATAAAACAAAAGGTCAT-AC-TTCTTATAAATATATA
127 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGAT-TT-GAAATAGATA
* * *
20589 ATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTT
1 ATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT
** * * * *
20652 TTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCATGTGTG
63 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
20716 AAC-AGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACGATTTGAAATAGATA
126 AACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
20772 ATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAATTGGCTT-AGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * **
20836 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTGCTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
65 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
20900 -AGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAAATA
129 TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *** * *
20952 ATTGTTGAAGTAGGCATAACTATTTAAACTGGTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATC---T-
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
21013 CTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT-AAATA
66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * *
21077 TAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACCATATGAAATAGATA
131 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * ***
21129 ATAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-GTTCGATGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * * ** * *
21193 ACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAAATTGTGT-AAAT
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
21257 AGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATA
130 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
21310 ATTGTT-TAATGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAATCTT
1 ATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT--AAATCTT
* * * *
21374 TTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA
63 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
21439 CAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATA
128 CTAAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * ** *
21493 ATTATTCAAATAGTGACAAATATTTGAACGT-GTTTGAAAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* *
21555 ACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGCAATAAGCTTGCATGAA
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA
* * * *
21617 C-AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTGAAATAGATA
128 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
21671 ATT-ATCTAGATAGTCATAACTATTTGAA-CATGTTCAGTAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCT
1 ATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAATTA-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * *
21734 TACTCATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
64 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
21798 CTAAAACAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATA-ATA
128 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * *
21851 ATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTT-GCTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
** * * * * * *
21914 TACTTATT-ATTTGTCAAAATATTTATATATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAATCTTGTATGA
64 TACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
21977 A-TAGAAATAATTATTTTATGAAAAAACTAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATA
127 ACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * ** ** * *
22032 ATTGTTCAATTAGTTATAAAGATTTGAACTT-GTTTTGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
22096 ACCTATTAACTGTCTT--AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTATATGA
65 ACTTATTAA-T-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGA
** ** * * * *
22157 AC-AGAAA-AGATCATTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATA
127 ACTA-AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
22212 ATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTT-GTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
22276 AATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGC-TGATATGAA
65 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAA
* * * * *
22339 CTAAAATATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
128 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * ** *
22393 CTTATACAAATAATCATGACTATTTG-ATCTAGTTCAATAAAC-GTATTTA-TTTTTAAATTTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * *
22455 TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGTTTTTATGAAC
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * * * * *
22520 -ACAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATA
129 TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
22573 ATTGCTCAAATAGTCATAACT-TTCTGAACTAGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATC---T
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * * *
22634 A-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGGA-T
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* **
22697 GAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATA
130 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
22750 ATTGCTCAAACAGTCATAATTATTTGAA-TAGTTAGGCAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
22814 CGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATT
66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
** *
22878 GAAAA-AATTGCATTATGACAAAAC--AA---A-AACAATTTGAAATAGATA
130 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * * *
22923 ATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAGACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
22988 ATTGTTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-T
66 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** ** * *
23051 AAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAATAATTTTTCAGTATG-CA
130 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGA-TTTGAAATA-GATA
* * * * * * *
23105 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAAATCTCT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTT
* * * * * * * * *
23170 TACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTCTTTCAAATAAACATATATAATA
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-A
** * * *
23235 AAAAAACAATTGTTGTAT-----AACCAAA--CA-AACGATTTGAAATTGATA
128 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * **
23280 ATTGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAACT-GATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAATCACT
1 ATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAATTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * *
23343 TGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAAT
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
23408 TCAGATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAAACA
129 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* ** * *
23460 ATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTA-TTTAGTAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * *
23521 GCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
23586 GAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATA
130 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
23639 ATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTTAA-CATGTTTGATAAACAAATTTATTTTTCCAAATCATT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTT
* * *
23703 TCCTTATTAAGTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGA
64 TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
23766 TA-TGAAACAAATATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATTA-ATA
127 -ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA-TAGATA
* * * * * *
23821 ATTATTCGAATAG-CTTTAACTATTTGAATTAGCTT-AG-AAACACATTTATTTTGTAAAT-TTC
1 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-
* * * *
23882 TTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TTTAACCAAGTAAGCTTCTAT
63 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--CGAA-TAAGCTTGTAT
* * * * *
23945 G-A-TAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA-TCTTAATGACTTGAGATTA-ATA
125 GAACT-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGA-AATAGATA
* ** **
24001 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAATAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
24066 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATATAAGCTTGTATG-A-T
66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * *
24128 AAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGGATGACTTAAAATAGATA
130 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
** * * * * * * * * *
24181 ATCATTCAAA-CGGCTATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAGT-TTCT
1 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-T
* * * * * * *
24244 TACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTTTATTA
64 TACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
24307 ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTGATAACGATTTTAAATAGACA
127 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
24362 TTTTTTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTTGTTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTC
1 -ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-
* * * *
24426 TTT-CTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAGGCTTGTATG
62 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
24488 AACTGAAATAATTATTTTATGACCAAACAAAATGTTAGAACAATTTCAAACAGATA
126 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * ** * * * *
24544 ATTATTCTAATAATCTTAACCATTTCAATT-GATTCGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* ** * * * * *** *
24608 ATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATGAA-T
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * * * *
24672 AAAACAATTGCTTTGCGACAAAAGAAAAAGGTCCTAACAATTTGAAACAGATA
130 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* ** * ** ***
24725 ATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGACATTTAGATTTATTTTTT-AAT-TTTCC
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT--
** * ** * ** *
24788 TGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA
64 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
24852 C-AGGACCAATTGTTTGATGACAAAATAAGAAGTTATAATGATTAGAAATAGATA
128 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * ** * * *
24906 GTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
24971 CTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATTAACG
66 CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * *
25036 AAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATA
130 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
** * * ** * * * *
25088 ATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTGATGTTTTAAAT-TTCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT
* * * * * *
25152 AGTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGAAC
65 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
25216 AAAAACAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-
129 TAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * *
25268 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATC---TA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
25328 -TTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTAT--ATTG
66 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-
* * * *
25390 AAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATA
130 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
25443 GTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAATT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
25473 GATTTATTTT
Statistics
Matches: 8216, Mismatches: 1720, Indels: 931
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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160 106 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
Found at i:16174 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16131--16186 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
16121 AAAATAAAAG
16131 GTCATAA-TGATTTGAAATA
1 GTCATAATTGATTTGAAATA
16150 G--ATAATTG-TTT-AAATA
1 GTCATAATTGATTTGAAATA
*
16166 GTCATAATT-ATTTGAACTA
1 GTCATAATTGATTTGAAATA
16185 GT
1 GT
16187 TAGGTAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
17 7 0.23
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ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
GTCATAATTGATTTGAAATA
Found at i:17136 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16904--17224 Score: 452
Period size: 167 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
16894 ATTGCTTCGA
* *
16904 TAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTGAATATTATTAAATTAATATTATT
1 TAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATGTTTGAATATTATTAAATTAATATTATT
* * * * *
16969 TTATTCTAAATTAGTTTGTATGA-ACTACAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTT-ATAAC
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* *
17032 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAGTTGGTTTAG
129 AATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGGAGTTGGTTTAG
* * *
17072 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATGTTTGAA-A-TATTTAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATGTTTGAATATTA-TTAAATTAATATTAT
* * *
17135 TTTATTCTGAATTGGCTTGTATGACAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCGTAACA
65 TTTATTCTAAATTAGCTTGTATGACAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACA
17200 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
130 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
17225 GGCTAAAATT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 15, Indels: 7
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
TAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATGTTTGAATATTATTAAATTAATATTATT
TTATTCTAAATTAGCTTGTATGACAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAA
TTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGGAGTTGGTTTAG
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** * * * *
17134 TTTTATTCTG--AATTGGCTTGTATG-ACAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCGT
64 TTTTATT-TGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *** * *
17196 AACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT-GGCTAAAATTATTTGAACCAATTCAATAAAC-TAT
126 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * * *
17259 CTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTC
190 -TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-
* ** * * * *
17324 GGATAAGCATT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATAAT-A
253 GAATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGAT-TTGA
* * *
17387 AATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCG
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** * *
17431 GTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAATATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTT-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
17495 ATTTTATTT-CGAATAAGCATGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATA
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** *
17559 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACAT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGAT
* * * * * * * * *
17622 TTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAA-TTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTA-CTGC
190 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-
* * * * *
17681 AAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGTTTTGAGAT
254 -AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
17746 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAAC-GGATTCG
318 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * * * * **
17787 ATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTCAAAATATTGAT-AATTTTTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
17847 TTTTATTTTG--AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATA
64 TTTTA-TTTGCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
17910 ACGATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAAAT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* ** * *
17973 TTATTTTTTAAATATCCAACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAGTTAGTATCATTTTATTTT
190 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * * *
18037 GAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGACCATAGTGATTTGAAA
253 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAA
18102 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-G
317 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
*
18144 GT-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
18208 ATTTTA-TTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
18272 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAAACATATT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATT
* * *
18337 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-
** * * * *
18400 AATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAAT
254 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
18465 AGATAATTATTTATATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCA
318 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * *
18506 ATAAACAAATTCATTTTTT-ATTCTCTTACTCAATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
18570 ATTTTATTT-CAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGATCACA
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *
18634 ATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAACTTGTTTGAAAAACATATTT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
** * * * * * *
18699 ATTACTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTGTAATTTGAA
192 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTGAA
*
18764 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAAGTCATAA-GAATTTGAAATA
256 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAATG-ATTTGAAATA
* * *
18828 AATAATTATTCAAATAGTCCTAA-GATTTGAACTTATTCG
319 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
18867 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAGTGTCTTT-ATATTAATAAATTTGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-T-TTTAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
18931 ATTTTATTTGC-AATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * * * * * *
18995 GCAATTTCAAAAAGAAAATTATTGGAATAGTTATAATTATTTAAAGTTGCTCGACAAATAGATTT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
** *
19060 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAA
192 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA
*
19125 TAAGC---T-T-----------A------TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
256 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAA
* * **
19169 ATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTT-AATTTAGTTTA
320 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * * * *
19208 ATAAACATATTTATTTGTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT-TAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
19273 TTTTAATCTG--AATAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAACAA-GTCAT
64 TTTT-ATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAT
* * * * *
19335 AACTATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTCAT-TTC-ATAAATAGA
126 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAACAGA
* * *
19398 TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCC
189 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * * * *
19459 AAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
253 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAA
* * *** * *
19523 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGGTTATTTGAACTGGTTAG
316 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
19566 GTAAATAGAATTT-TTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTT
1 GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATT-AGTAT
* * * * * **
19625 TATTTTA-TTCCAAATAAGCTAGTATAAATTAAAAAAAAACTTATTTTATGTTAAAACAAAAGGT
62 TATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTAT-GA--ACAAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * ** * * * * *
19689 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTCGACAAAGAA
123 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * * * *
19754 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
188 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * *
19819 TGAATAAGATTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
252 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAA
* ** * * * * *
19884 GTTTACAATTGTTCAAATAGT--T-ACGTATCTGAACTAGTTCA
316 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCG
* *
19925 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
19990 TTTTA--TGCCAAATAGGCTTGAATGATA-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATA
64 TTTTATTTG-CAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *** *
20052 A-TTTTTGATAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACCACTTCGACAAACAGAT
127 ACAATTTG--AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * ** * **
20116 TTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATT-ATTAATTAGTA-TATTTTATTCCA
190 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * * * * *
20179 AAAAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTGATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTTGAAA
254 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAA
* * * *
20244 TAGATAATTGTTTAAATA---A-AA--A-TTG-----GTTTG
317 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
20274 ATAAATAGATTTATTTATTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAATATTAAT-AATTACTATTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * **
20338 TTATTCTG--AATAGGCTT-TATGATGAAAAACAATTGTTTTAAGAC-AAA-TAAAGTTTTTAAC
66 TTATT-TGCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
20398 GATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATGGCCATAATTATTTGAAGC--GATTCGATAAAC----TA
129 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTG-TTCGATAAACAGATTT
* ** * *
20456 ATTTTTTAAATCT-TTATCTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCA
192 ATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * ** * * * **
20519 CATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATCATTTTATCATAAAACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAA
255 -ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATT-TGAAA
* * *
20583 TATATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTG
317 TAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* ** *
20625 GTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
20690 ATTTTTATTT-CAAATAAGCATGTGTGAACAGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAG
63 A-TTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
20754 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAATTGGCTTAG-CAAACACA
126 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGATAAACAGA
* * * * * * *
20817 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTGCTTC
189 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* ** *
20882 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGA
253 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAA
* * * * * * **
20946 TAAATAATTGTTGAAGTAGGCATAACTATTTAAACTGGTTTA
317 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
20988 ATAAATAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
21049 TTTTATTTTG--AATAATTTTGTATAAATATAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAATGTTATA
64 TTTTA-TTTGCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
21112 ACCATATGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATGAATAGATT
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** ** **
21176 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAA
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGA
** * * * * * *
21241 ATAAAATTGTGTAAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
255 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
21306 AATAATTGTT-TAATGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTCG
319 AATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *
21346 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTAT
* **
21411 TATTTTATTTTG--AATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATC
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* * * * * * *
21473 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGACAAATATTTGAACGTGTTTGAAAAACATA
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* ** *
21538 TTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC
189 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * *
21599 GCAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTGAA
253 G-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAA
* * * *
21664 ATAGATAATTA-TCTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCA
316 ATAAATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
21707 GTAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
21772 TTTTATTT-CAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTCAGAA
64 TTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * *
21836 TGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACATATTT
128 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * * * * * *
21899 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATCTAA
192 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGA
* * * * * **
21963 ATAATCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAAAAAACTAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
255 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** **
22028 AATAATTGTTCAATTAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTT
319 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
22068 GTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAACTGTCTTAATATTAATAAATT-GTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-TTTTAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** ** * *
22132 TTTTATTTG-AAATAAGCTTATATGAACAGAAAAGATCATTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAG
64 TTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
22196 CAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCA
128 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA
* * *
22261 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAAT
193 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
* * * *
22326 AGGC-TGATATGAACTA-AAATATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
257 AAGCTTG-TATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
22389 AATACTTATACAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTCA
319 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
22429 ATAAAC-GTATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATT
1 GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT-TAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * * * ** *
22492 ATTTTA-ATCCGAATAAGTTTTTATGAACACAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATA
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * * *
22556 ACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT-TTCTGAACTAGTTTGATAAATATATT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * *
22620 TATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGA
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA
* * * * * * *
22681 ACAAACTTATATGGA-TGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAAT
255 ATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAAT
* ** * * * *
22745 AGATAATTGCTCAAACAGTCATAATTATTTGAA-TAGTTAG
318 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
22785 GCAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATT-AGTATT
* * * ** **
22849 ATTTTA-TTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGCATTATGACAAAAC--AA----A-A
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * ** * *
22906 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAGACAAATTT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * * * * *
22971 GTTTTTTAAATCTCTTAATTGTTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAA
192 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA
* * * * * * * * ** *
23036 TAAGCTTATATGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAATAATTTTTCAGTA
256 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGA-TTTGAAATA
*** * *
23101 TGCAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCG
319 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
23141 ATAAACAAATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTACTAT
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
23206 TATTTTCTTT-CAAATAAACATATATAATAAAAAAACAATTGTTGTAT-----AACCAAA---CA
62 TATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
23262 -AACGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAT
125 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* * * * ** *
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188 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * *
23389 TGACTAAGCTTGTATGAATTCAG--ATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTT-
252 TGAATAAGCTTGTATGAA--CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * * **
23451 AAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTATTTA
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* * *
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* * * * *
23558 TTTTATTTTG--GATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGGTCAT
64 TTTTA-TTTGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
** * * * * * * * *
23621 AATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTTAACATGTTTGATAAACAAATT
126 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * *
23686 TATTTTTCCAAATCAT-TTCCTTATTAAGTTTTT-GAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATT
191 TATTTTT-TAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
23748 TCGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAATGATTTG
252 T-GAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * *
23812 AAATTAATAATTATTCGAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTT-A
314 AAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-G-TTCG
* * *
23857 G-AAACACATTTATTTTGTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTT-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
23920 -TTTT-TTTAACCAAGTAAGCTTCTATGATA-AAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--T
63 ATTTTATTT--GCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGT
* ** * * * *
23980 CTTAATGACTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAATAAAC
123 CATAACAATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAAC
** * *
24043 ATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
186 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** *
24108 TTCATATAAGCTTGTATGATA-A-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGGATGACTT
251 TTGA-ATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT
* * * * * * * ** *
24171 AAAATAGATAATCATTCAAA-CGGCTATAATTATTTTAACTAATTTG
313 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
24217 GTAAACATATTTATTTTTTAAGT-TTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGCAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT--TAA-TATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * * *
24280 TATTTTA-TTCCATCTAAGCTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTGAT
62 TATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
24344 AACGATTTTAAATAGACATTTTTTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGTTAAACATAT
126 AACAATTTGAAATAGATA-ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * *
24409 TTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT
190 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * * * * * ** *
24473 AAATAGGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACCAAACAAAATGTTAGAACAATTTCAAA
253 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
24538 CAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTCG
317 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
** * * * * * * * * *
24580 ACAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * ** * *
24645 TTTTA-ATAAAAAAAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGCTTTGCGACAAAAGAAAAAGGTCCTAA
64 TTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
* * * ** * * ***
24709 CAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGACATTTAGATTTA
128 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA
* * * ** * * **
24774 TTTTTTAATTTTCCTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
193 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
** * * * * * * * *
24839 AAAATAGTATGAACAGGACCAATTGTTTGATGACAAAATAAGAAGTTATAATGATTAGAAATAGA
257 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * **
24904 TAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTA
321 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
24942 GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T--AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
25007 ATTTTATTT-CGAATAAACTTATATTAACGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATA
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * * *
25071 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TAGCAAATAGATT
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATT
* * * * * * *
25135 GATGTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA
* * * * * **
25200 ATAGGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
255 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAAT
* * *
25264 AGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTG
318 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * *
25304 GTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT-TAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * *
25363 TTTTATTTTG--AATAGGCTTCTAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAAAGTAAT
64 TTTTA-TTTGCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
25425 AACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-----T---T-----GATT
126 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* *
25477 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTAGTTTG
191 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * *
25537 GATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTG-TTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
254 AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAA
** * ** *
25600 TTGATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTCAAATTTGTTCG
317 TAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
25642 ATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
25707 ATTTTA-TTCCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAGGTTAAA
63 ATTTTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
25771 ATGATTTGAAATTA-A-AACTTATTCTAATTGTCTTAACCATTTGAACTAGTTCAACAAACACAT
127 ACAATTTGAAA-TAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * *
25834 TTATTTTTTTAAGTCTCTTAC----TAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTT
190 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT
* * * * **
25895 GAATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATTATTTTATAAGGAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAG
253 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAA-
** *
25958 ATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACT
316 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
25986 TGCTTTTTAA
Statistics
Matches: 6762, Mismatches: 1376, Indels: 835
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
336 5 0.00
337 74 0.01
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339 44 0.01
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365 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTGCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGC
TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
Found at i:19143 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 18973--19291 Score: 372
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
18963 AAATTCATTT
* * ** * *
18973 TATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA-AAGAAAATTATTGGAATAGTTATAATTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAA-AAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
19037 AAAGTT-GCTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAAT
65 -AAGTTAGCTCAACAAACAGATTTATTTGTAAAATCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAAT
* * *
19101 AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
129 AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA
* * * *
19133 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
* * * * * * *
19198 ATTTAGTTTAATAAACATATTTATTTGTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAA
66 AGTTAGCTCAACAAACAGATTTATTTGTAAAATCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAA
19263 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTT
131 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTT
19292 GTGTGAATAG
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 26, Indels: 4
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.03
160 125 0.95
161 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (160 bp):
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
AGTTAGCTCAACAAACAGATTTATTTGTAAAATCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA
Found at i:23027 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 22555--23050 Score: 440
Period size: 174 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
22545 AAAAAATAAT
* * * * **
22555 AACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTT-TCTGAACTAGTTTGATAAA-TATA
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCATAA-TTATTTGAA-TAGTTAGGCAAACTA-A
* * * * * *
22618 TTTATTTTTTAAA--TC-T-ATTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATT-AGTTTTATTTTATTT
63 ATTATTTTTTAAATCTCTTAAGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTC
* * * * * **
22678 TGAACAAACTTATATGGA-TGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA
127 CGAATAAGCTTATATGAATTGAAAA-AATTGCATTATGACAAAACAAA
*
22725 AGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCATAATTATTTGAATAGTTAGGCAAA
1 A----ACA---ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCATAATTATTTGAATAGTTAGGCAAA
* * *
22790 CTGAATTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTA
59 CTAAATTATTTTTTAAATCTCTTAAGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTA
22855 TTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATTGCATTATGACAAAACAAA
124 TTCCGAATAAGCTTA-TATGAATTGAAAAAATTGCATTATGACAAAACAAA
* * * * * *
22905 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAGAC-AAAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCATAATTATTTGAA-TAGTTAGGCAAACTAAA-
* * * * * *
22969 TTGTTTTTTAAATCTCTTAATTGTTAATTTTT-AGAATATTATTATATT-AGTATTATTTTATTT
64 TTATTTTTTAAATCTCTTAAGTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTC
23032 CGAATAAGCTTATATGAAT
127 CGAATAAGCTTATATGAAT
23051 AAAAATAATT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 37, Indels: 38
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
173 42 0.16
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175 2 0.01
176 26 0.10
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178 2 0.01
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181 7 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
AACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCATAATTATTTGAATAGTTAGGCAAACTAAATT
ATTTTTTAAATCTCTTAAGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCGAA
TAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGCATTATGACAAAACAAA
Found at i:25906 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 25474--25984 Score: 467
Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 175
25464 ATTTGAATTG
25474 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTAGTTTG
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * *
25537 GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATT
63 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATT
* * * * * * *
25602 GATAATTGTTCAAATCATCATAACTATTCAAATTTGTTCGATAAACAA
128 GAAAATTATTCAAATCATCATAACCATTCAAACTAGTTCAACAAACAA
* * *
25650 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-CTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * *
25715 CCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGA
61 TGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
* ** * ** *
25780 AATT-AAAACTTATTCTAATTGTCTTAACCATTTGAACTAGTTCAACAAACAC
124 AATTGAAAA-TTATTCAAATCATCATAACCATTCAAACTAGTTCAACAAACAA
* * *
25832 ATTTATTTTTTTAAGTCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTGA
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGA
* * * * ** * *
25897 ATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATTATTTTATAAGGAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGAT
64 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA-AT
* *
25960 TGATATTTATTCAAAT-AGTCATAAC
127 TGAAAATTATTCAAATCA-TCATAAC
25985 TTGCTTTTTA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 49, Indels: 31
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.03
177 44 0.16
178 61 0.23
179 14 0.05
180 8 0.03
181 58 0.21
182 78 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
ATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT
AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATTGAA
AATTATTCAAATCATCATAACCATTCAAACTAGTTCAACAAACAA
Found at i:26024 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 25859--26117 Score: 326
Period size: 137 Copynumber: 1.9 Consensus size: 137
25849 TCTTACTAAG
* * * *
25859 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATT
1 TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * *
25923 ATTTTATAAGGAAAC-AAAGATCATAATGA-TTTAAGATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACT
65 ATTTTATAAGAAAACAAAAGATC-TAATGACTTTAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
25986 TGCTTTTTAA
128 TGCTTTTTAA
* * * * * *
25996 TTTTTGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTG
1 TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * *
26061 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAATGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
66 TTTTATAAGAAAACAAAAGATCTAATGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
26118 AATCTATTCA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
137 91 0.88
138 12 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (137 bp):
TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
TTTTATAAGAAAACAAAAGATCTAATGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTTGC
TTTTTAA
Found at i:26368 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 25992--27424 Score: 1271
Period size: 176 Copynumber: 8.0 Consensus size: 176
25982 AACTTGCTTT
* * * * * *
25992 TTAATTTTT-GAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAAC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
* * *
26056 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TAATGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * *
26118 AATCTATTCAAACTTGTTTGATAAATAGA-TT-TTTTTAAATCTTTTGCTCA
130 AA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATC---T-CTTA
* * * * * *
26168 TT-ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-CAGAAA
* * * ** * * *
26231 TAATTGTTTTATAACTAAACAACGGGTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** *
26296 AACTATTTGAACCGGTTCGGTAAATACATTTATTTTTAAATCTCTTA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTA
* * * *
26343 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
** * * * * *
26408 AATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATTCATAATGATTT-AAGATAGATGATTGTTCACATAGTCA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCAAAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
26471 TAACTATTTAAACTAT-TTCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
129 TAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
*** * * * ** **
26520 TTAATTTTCAAAATTTTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
* * * * * * *
26585 AATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGACAT
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
26650 GACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTAAATCTCCTACCTA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCT-CT---TA
* * *
26701 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTATATGAACAGAAA
* * * * *
26765 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGGCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--
* * * * * *
26829 TAATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-ATCTTA
126 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
26880 TTAATTTGTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
** * * *
26945 AATTGGCTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * *
27009 AACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTA
130 AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT-AAA--TCT-CTTA
* * *
27060 CTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTTTTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAA
1 TTAA-TTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAA
* ** * * * *
27124 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAAATAAAAAATAGTTCAAATAGTC
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** *
27189 ATAACTATTCAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCAAA
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT----A
* * * *
27243 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACAGATAT
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
** * * * * * *
27308 AATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * *
27373 ACTATTTGAACTTGTAAGGTAAACATATTTATTTTAAAATCTTTTA
131 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTA
*
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TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTA
Found at i:27410 original size:537 final size:527
Alignment explanation
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25983 ACTTGCTTTT
* * * *
25993 TAATTTTTGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGG-ATAAGTTTTTATGAACTGAAACA
1 TAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGGAATAAGTTTATATGAACAGAAACA
* *
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65 ATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATA-AAAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** *
26119 ATCTATTCAAACTTGTTTGATAAATAGA-T-TTTTTTAAATCTTTTGCTCATT-ATTTTTTGAAT
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* * * * *
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** * * * * ** **
26245 CTAAACAACGGGTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACCG
256 -TAAACAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
26310 GTTCGGTAAATACATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
319 G-TCGGTAAACACATTTATTTTTAAA-ATCTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAACTAGTATTA
** ** * *
26375 TTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATGAAATAAAGATTCATAAT
382 TTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGGCTTATGACAAAAAAAAGACTCATAAT
* * * *
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447 GATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTATTTCTGAAAACAAATTTAG
*
26505 TTTTTAAATCTCTTAT
512 TTTTTAAATCTCTTAC
** * * * * * **
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1 TAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGTTTATATGAACAGAAACA
* * * * *
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** * * * * **
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128 ACTATTCAAACTTGTTTGGTAAATAGATTAT-TTTTTAAATCTCTTGCAAATTAATTTTTAGAAT
* * *
26715 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * *
26779 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGGCATAATAACTATTTAAA
256 -TAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--TAATAACTATTTGAA
* *
26844 CTTGCTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAACTAGTA
316 CTTG-TCGGTAAACACATTTA-TTTTTAAAATCTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAACTAGTA
* * * *
26909 TTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAAG-CTCA
379 TTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGGCTTATGACAAAA-AAAAGACTCA
* * *
26973 TAACT-ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TGTGTT-TAGAAAAT
443 TAA-TGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTAT-TTCT-GAAAAC
* *
27034 AGATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTAC
504 AAATTTAGTTTTT-AAA--TCT-CTTAC
* *
27061 TAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTTTTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAA
1 TAA-TTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGTTTATATGAACAGAAA
* * ** *
27125 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAAATAAAAAATAGTTCAAATAGTCA
63 CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAAAAATTA-TTCAAATAGTCA
* *
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* * * *
27255 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACAGATATAATTGTTTTATG
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATG
* * *
27320 ATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
255 AT-AAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
* *
27385 TGTAAGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTT
318 TGT-CGGTAAACACATTTATTTTTAAAATCTT
27416 TTACTAATTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGTTTATATGAACAGAAACAA
TTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTCAAACTTGTTTGGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTGCAAATTAATTTTTAGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAC
AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTCGGTA
AACACATTTATTTTTAAAATCTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAATTC
GAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGGCTTATGACAAAAAAAAGACTCATAATGATTTAAGA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTATTTCTGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
CTCTTAC
Found at i:27459 original size:64 final size:61
Alignment explanation
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27348 ATAGATAATT
27358 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTAAGGTAAACATATTTATTTTAAAATCTTTTACTA
1 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTAAGGTAAACATATTTA--TT-AAATCTTTTACTA
*
27422 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTATGGTAAACATATTTATTAAATCTTTTACT
1 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTAAGGTAAACATATTTATTAAATCTTTTACT
27482 CATTAATTGT
Statistics
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ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTAAGGTAAACATATTTATTAAATCTTTTACTA
Found at i:28182 original size:180 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 4.1 Consensus size: 175
27453 TGGTAAACAT
* * * * *
27463 ATTTATTAAATCTTTTACTCATTAATTGTT-GAAATATTAATAAA-TA-ATATTATTTTAATCCA
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* *
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61 AATAAGCTT--ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* *
27589 AAATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAGAGTT-
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* * * * **
27641 GTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAA
1 ATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTT-ATTCGA
* * *
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62 ATAAGC--TTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATG-A-TTTGAAA
** *** * *
27767 TAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAATAAACAAATTC
122 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAGATTC
*
27821 AGTTTTTAAATC-TT--TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAAT
1 ATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTA-TTCGAAT
* * * *
27883 AAGCTTATAGGAATAGAAACAA-T-TGTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
64 AAGCTTAT--GAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * * ** *
27946 TAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTTGCACTG-GTCAGGCCAACATATTC
126 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA-GTAAACAGATTC
* *
27996 ATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCGAA
1 ATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATT-CGAA
* *
28061 TAAGACTGTATTAATAGAAAAAATTA-TTTATGACAAAACAAATAGTCATAATGATTTGTAATAA
63 TAAG-CT-TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * ** * *
28125 ATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTT
125 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTC
28176 ATTTTTTAAAT
1 ATTTTTTAAAT
28187 AATACTATTT
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 74, Indels: 66
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 12 0.03
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Consensus pattern (175 bp):
ATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCGAATAA
GCTTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTC
Found at i:28783 original size:180 final size:179
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Indices: 28183--30899 Score: 2046
Period size: 180 Copynumber: 15.1 Consensus size: 179
28173 TTTATTTTTT
* * * * * * * * *
28183 AAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCACGAAATTAAAAAAATAAATCTATT
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** * * * * * *
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65 TACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * *
28313 TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATAGCTTA-TCTGATATA
129 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTC-GAAATA
* * * ** ***
28364 AAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * *
28429 TA-TCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT
65 TACT-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * ** * * *
28493 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAA-TTCTATTTGGAATA
128 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCGAAATA
* * * *
28545 AAATAATAGTAATTTATTAATATGTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * *
28609 TACTAAACCAATTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTT
65 TACTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * *
28674 GTGTTCTATCATAAAA-AATTATTTATGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATA
129 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * * * *
28724 AAATAACACTAATATAATAATATCTTAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAACAATAAATTT-AT
1 AAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* ** * * *
28788 T--TGAACTAATTCAAATAGTTAAGGGTATATGAACAATTCTTTATTTAAAATCGTTATGACCTT
65 TACTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** * * * *
28851 TTGTTTTATTGTAAAA-AATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATA
129 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATA
* * * * * **
28901 AAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCCAT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGT
* ** * * ** *
28964 TTGCTGAACCAGCTCAAACACTTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCT
64 TTACTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * * * *
29029 TTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTT-TTTTCAAATAAGTTTGTTCAAAATA
128 TTTGTTTTATCATAAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * *
29080 AAATAATATTCATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * *
29145 TACTAAATTAACTCAATTAGTT-TAACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGA-CT
65 TACTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-GTTATGACCT
* * * *
29207 AGTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTCG-TCATACAATCTTATTC-AGAATA
128 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * * * *
29260 AAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAACTAATGA-ATTTAAAAAATGAATCTG-
1 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGT
** * * * * * * *
29323 TTAGCCTGCCCAATGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
64 TTA--CTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
** * * * * *
29388 TTTTGTGCTATCACAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATA
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* * ** * * *
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1 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGT
* * * * *
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64 TTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CC
* * * * *
29570 TTTTTATTTTGTTATAAAACAATT-TTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATA
127 -TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATA
* * * * * *
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1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * *
29687 TA-TCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTT
65 TACT-GAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
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* * * * *
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1 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * *
29866 TTACTGAAAAAGTCCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGACC
64 TTACTGAACAA-T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
* ** * * * *
29931 TTTTGTTTGATTTTAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCTT-TTTGAAAT-
127 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * *
29982 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCT-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATT--TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * *
30046 TAACCGAACAAGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCT
64 TTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * *
30111 TCTATTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTGTTCATAGAAGCTTATTTCG-AATA
128 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATA
* * * *
30163 AAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTTAAAAATAAATCTAT
1 AAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * *
30226 TTTCTGAACACATTCAAATAGTGATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCT
64 TTACTGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
** * * *
30291 TTTGTTTCGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGAAA-A
128 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * * * * *
30342 AAATACTACTAATTTATTAGTGTTCCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
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* * * * * *
30407 TA-TGGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCGAATAGTTATGA--T
65 TACT-GAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
30469 ATTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-AGAATA
128 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * ** *
30521 AAATAATACTAAATTATTAATATTCTAAAATTTAAT-GGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * * * * * *
30585 TACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTT
65 TACTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-T
* * * * ** *
30650 TTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAAATTATT-TAGAATA
128 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * * * * *
30702 AAATAATATTGATTTACTAACATTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTTAAAAACTAAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * ** * *
30763 TACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAGCTCAAATCATTATGATC-T
65 TACTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * *
30827 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AGATTA
129 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* *
30878 AGATAATACTAATTTAATAATA
1 AAATAATACTAATTTATTAATA
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Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
ACTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
Found at i:31569 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 31305--34769 Score: 2222
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31295 TACTATGATC
* * * * *
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* * * * *
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* * *
31432 TTCGAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC-AATCATTTTAACCT
129 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * *
31484 TTTGCTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTAGTTCACATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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* ** * * ** **
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** * * * * *
31667 GTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAC
1 -TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*
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65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAAT
* * * * * * * *
31791 TCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATATATTTCAAGTCGTTATTACCT
130 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * *
31843 TTTGTTTTA-TCATAAAACAATTCTTTTTCA-ACAAACAAGTTGATT-TGAAATAAAATAATACT
1 TTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* *
31905 AATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAAAT-
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* * * * **
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* * *
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1 TTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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* * * * *
32145 AATTCCAACAGTTAAGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
127 AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * *
32200 TTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTTAACTT-ATACAAGTTTATTTC-GAAATAAAATAAAAC
1 TTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTA-TTCAG-AATAAAATAATAC
* * * * * * *
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* * * * * *
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127 AATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * * *
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1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * * *
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* ** *
32510 TCATATAGTTTTGACTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
130 TCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * * * * **
32562 TTTGTTTGGTCATCAAAA-AATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTAGTCAT-AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * ** * * * *
32626 TTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATT-GCTAAACGAG
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* * * *
32690 TTCAAATGGTTAAGACTA-TATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
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* * * * ** * *
32743 TTTGTTTTGTCATAAAAC-A-T-TTTTTAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAA
1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
32805 TTTAATAAGATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAA-AAAT-TGTTTATCCAA-CTA
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-A
* * * * * *
32867 GTT--TATACGATTAATACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCT
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* * ** * * * *
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1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
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66 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTATCGAATCAA
* * * * *
33049 GCTT-AAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCACTAT-ACCT
129 --TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* ** ** ** *
33102 TTTG-TTATTTCATAAAACAATTGTTTCGATAAATATGAGTTTA-T-ATGATATAAAATAATACA
1 TTTGTTTA-GTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCA-GA-ATAAAATAATACT
* * * *
33164 AATTTATTAATATTTCTAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAATCA
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* * * * * * * *
33228 ATT-AAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTCCAAATAGCA--ATAGCCA
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
33525 TATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAT-A
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
33642 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ACTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * ** *
33706 TTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGCACTTT-TTGAA-CA
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * **
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1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*
34063 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-T---ATC-A-
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAAT
* * *
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* * * * *
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* * * * *
34226 TAATTTAATAATA-TT-GAAAATTAATAACTAAGGGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-GCTGAAG
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-
* * * * *
34287 T-AGTTTAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA--A
125 TCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCT
* * * * * *
34342 TTTATTTA-TCAT-AAACAAATCG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTGA-AATAAAATAATA-AA
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* *
34402 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CTAAATC
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATC-GAATC
* * * ** *** * *
34462 ATTTCAAATAATTATAG-CCATTTCAACCTTTA-CTATTTCAAATCGTTATTACCT
127 AATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * ** * *
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1 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
34579 TTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGT---A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACCAG
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* * * ** * * **
34640 TTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACCAATGCT-TATACTGAAATGTTTATAACCT
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* * * * **
34694 TTTGTTTTTA-TGACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTCTTATTTGGAATAAAATAATACT
1 TTTG--TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGT-TTATTCAGAATAAAATAATACT
*
34758 AATATAATTAAT
63 AAT-TTATTAAT
34770 TATGAAATTT
Statistics
Matches: 2600, Mismatches: 509, Indels: 351
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
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Found at i:34449 original size:174 final size:172
Alignment explanation
Indices: 34185--34653 Score: 434
Period size: 174 Copynumber: 2.7 Consensus size: 172
34175 ATTATAGATA
* * * * *
34185 AAATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAATAATAATAATTTAATAATATTGAAAATTA
1 AAATGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTAAAATAAAATAATAA-AATTTATTAATATTCAAAA--A
* * * * * *
34249 ATAACTAAGGGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGT-AGTTT-AAATAGTTA-AGACTATA
63 TTAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATCA-TTTCAAATAATTATAG-CCATA
*
34310 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTAT-T-TATCATA-AAC
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*
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*
34423 TAATAAGTGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACTAAATCATTTCAAATAATTATAGCCATTTCAA
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** * ** *
34488 CCTTTACTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTATGTCATATAAC
128 CAATTACTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTATATCATATAAC
* * * * * * *
34533 AAATGTTTTTGATCATTCAAA-CTTATTCAAAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAA
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* * * * *
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34654 ACTATTTGAA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 32, Indels: 29
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 10 0.04
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Consensus pattern (172 bp):
AAATGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTAAAATAAAATAATAAAATTTATTAATATTCAAAAATTA
ATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCATTTCAAATAATTATAGCCATATCAACAA
TTACTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTATATCATATAAC
Done.