Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167850.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_120, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 77631
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Found at i:1338 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 1249--1352 Score: 154
Period size: 53 Copynumber: 2.0 Consensus size: 53
1239 TTATGACTAT
* *
1249 TTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAGC
1 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAAGC
* * **
1302 TTGAACAATTATGTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAA
1 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAA
1353 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 45 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (53 bp):
TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAAGC
Found at i:1854 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1305--2414 Score: 676
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 179
1295 TAAAAGCTTG
* * * * * *
1305 AACAATTATGTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-CATC
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTGC-TC
* * ** *
1368 ATACCAGCCTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTAAAAG
64 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGAG
* * * * *
1433 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AGGAGCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTA
127 ATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * *
1486 AACAATTATATATTTCAAATTGTGATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTGCTCAT
* * * * * * * *
1551 ACAAGCTTATTCAAATAAAGTAATACTAATGTAATAATATTTTAAAAAAATTAAGAACTAAGAAA
66 ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTT-CAAAAATTAA-TAGTAAGAGA
* * * * * * *
1616 TTTAAAAAATAAATT-TGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATG
128 TTTAAAAAAT-AATTCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * *
1668 AACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-ATTAAACAATT-TTTTTAGTTCT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTT-GCTCA
1731 TACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGA
65 TAC-AAGCTTATTC-AAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * *
1794 GATTTAAAAAATAATTCTATGTGCTAAATCGGTTCAAATAATTATGACTATTTA
126 GATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
** * * * * *
1848 AACAATTATCCATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAACAAATGTTTTTGTTCAA
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTGCTCAT
* * * ** * ** * *
1912 ATAAGTTTGTT----TTGAATAA-AATAA--TA--AGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAAAT
66 ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATT
* * * * * *
1968 TAAAAAATAAATTC--TTTACTAAACTAGTTTAATTAATT-TAACTATTTA
130 TAAAAAAT-AATTCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * * * * * **
2016 ATCAATTATTTATTTCAAATTGTCATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTGCTCAT
* * * ** * * * *
2081 ACAATCATATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTAT-GAAAAGTAATAAGCAATAGA
66 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AGTAAGAGA
* * ** * *
2145 TTTAAAAAATGAA-TCTGTTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTG
128 TTTAAAAAAT-AATTCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * * * * * * **
2197 AATAATTATGTACTTCAAATCATTATAACATTTTGCTTTATCA-CAAAGCAATTGTCTTTATTCA
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAA-CAATTATTTTTGCTCA
* * * * * *
2261 TACAAGCTTATCCGAAATAATATAATTATAACTTATTAATATTTCGAAACTTAATA--AA-AGAT
65 TACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGA-
** * ** * * * * *
2323 TTTAAAAAATGAA-TCTATTTATTGAATAAGTTGAAATAGTAATCATTATTTG
128 TTTAAAAAAT-AATTCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * *
2375 AACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA-CTTTTGTTTTGT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
2415 GATAAAAAAA
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 174, Indels: 74
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 44 0.06
169 39 0.05
170 32 0.04
171 5 0.01
172 2 0.00
174 7 0.01
175 12 0.02
177 14 0.02
178 65 0.09
179 38 0.05
180 155 0.22
181 197 0.27
182 106 0.15
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTGCTCAT
ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTT
AAAAAATAATTCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
Found at i:2017 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1989--2022 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1979 TTCTTTACTA
*
1989 AACTAGTTTAATTAATTT
1 AACTAGTTTAATCAATTT
2007 AACTA-TTTAATCAATT
1 AACTAGTTTAATCAATT
2023 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.67
18 5 0.33
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AACTAGTTTAATCAATTT
Found at i:3113 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2474--4402 Score: 1331
Period size: 181 Copynumber: 10.8 Consensus size: 181
2464 AACTAGTTTT
* * * * * * * * * *
2474 TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTCTTA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * * * *
2539 GTTCATACAAGCTTAGTCGAAATTAATTAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTA
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * **
2604 AGAGAGTTAAAATATAAATCTATTTGCTGAAATAGTTCAAAAAGTTAAAAC
131 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGAC
* ** * * ** * * * ** **
2655 AACATGAACAATTATTTATTTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACACTCATTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * *
2720 GTTCATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** * * *
2784 ---GATTTAAAAAGTAAATCTGTGTGTTGAATCATTTCAAATA-TTATGGC
131 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * * *
2831 CATTTCAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAATGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * *
2896 GATCATTCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAACTAATAAGTA
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* **
2961 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGACCCAATTCAAATAGTTATGAC
131 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * * *
3012 TATTTGAACAACTATATATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAATAATTATTTAT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * * * *
3077 GTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGACTACTAATGTAATAATCTTATGAAAAATTAATAACT
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT
* * * * * ** * *
3142 AAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGC-CAAATCAGTTCAAACGGTTAAGGC
130 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAA-CAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
3194 TATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
3258 CGGTTCTTAGTAA-CTTATTTAGAATAAAATAAAACGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT
65 -TGTTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * ** * * * * *
3322 GTTAGATATTT-ATCAGT---TC-GAATAATTATAACTATTTAAATAATTAT--C
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-AACAATTCAAATAGTTATGAC
*
3370 TATTT---CAA--ATC-A--T----T-A-TA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * ** *
3419 GTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTA
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
3484 AGAGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTA-TTAAGCCAATTCAACTAATTATAAC
131 AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-ACAATTCAAATAGTTATGAC
* * ** *
3536 TCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * ** * * *
3601 GTACATACAATCTTATAGGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * *
3665 AATGA-ATTTAAAAAATGAATCTGTTAAACTGATA-AGTGCAAATAGTTATGAC
130 AA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAAACAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** * * * *
3717 TGTTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAAATTTTTCTTTTATCAAAAAATAATTGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * * * *
3782 GTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAATATAATTCTAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTA
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
3847 AGAGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGAC
131 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
3898 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATGACTTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * ** * * * *
3963 CTTTATACAAGCTTATTTATATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCAACAATTAATAAGTA
66 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
4028 AAAGATTT-TAAAATAAATGT-TTTAC-CAAGCAAGTTCAAATGGTCATAAC
131 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
4077 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TTGTATGACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTGTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
** * * * * *** * *
4141 AATTTAGATACGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAG
65 TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
** * *
4204 TAAGAGATTTAAAAAATTGTATCTGTTTA-TCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
129 TAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
4258 AATGTGAA-ATATTATCTATGTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTT
1 TATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* *
4322 TGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
65 TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*
4386 TAA-AAATTTAAAAAATA
129 TAAGAGATTTAAAAAATA
4403 TATGTTTTCT
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 350, Indels: 117
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.00
159 72 0.05
160 10 0.01
161 3 0.00
162 2 0.00
163 2 0.00
164 19 0.01
165 2 0.00
166 5 0.00
168 1 0.00
169 3 0.00
170 1 0.00
171 3 0.00
172 1 0.00
173 3 0.00
174 1 0.00
176 111 0.08
177 35 0.03
178 44 0.03
179 109 0.08
180 55 0.04
181 583 0.44
182 210 0.16
183 60 0.04
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGAC
Found at i:3365 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3342--3388 Score: 64
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
3332 TATCAGTTCG
3342 AATAATTATAACTATTT-A
1 AATAATTATAACTATTTCA
3360 AATAATTAT--CTATTTCA
1 AATAATTATAACTATTTCA
*
3377 AATCATTATAAC
1 AATAATTATAAC
3389 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 9 0.36
18 9 0.36
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
AATAATTATAACTATTTCA
Found at i:4377 original size:541 final size:541
Alignment explanation
Indices: 3336--4399 Score: 1191
Period size: 541 Copynumber: 2.0 Consensus size: 541
3326 GATATTTATC
* * * *
3336 AGTTCGAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * * *
3401 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAAATGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * ** * *
3466 TTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTATTAAGCCAATTCAACTAATT
131 TTTCAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTT-AAAAATAAATCGTTTTACCAAGCCAATTCAAATAATC
* * ** *
3531 ATAACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
195 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTCATCATAAAACAATTG
* * *** * * *
3596 TTTTTGTACATACAATCTTATAGGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
260 TTATTGTACATAC-AGCTTATACAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
** * *
3661 AAGTAATGAATTTAAAAAATGAATCTGTTAAACTGATAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTAAAT
324 AAGTAATGAATTTAAAAAATGAATCTGTTAAACAAACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTGAAAT
* * * * * * *
3726 AATTATCTATTTTAAATCATTATAAATTTTTCTTTTATCAAAAAATAATTGTTTTTGTTCGTACA
389 AATTATCTATGTCAAATCACTATAAACTTTTCTTTTATCAAAAAACAACTGTTTTTGTTCATACA
* * * * *
3791 AGCTTATTCGAAATAATATAATTCTAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
454 AGCTTATTCGAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTA
3856 AAAAGTGAATCTATTTACTGAACA
518 AAAAGTGAATCTATTTACTGAACA
* * * * * * *
3880 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATGACTTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * * * *
3945 CTTAAAACAATTGTTTTTCTTTATACAAGCTTATTTATATTAAAATAATATTAATTTATTAGTA-
66 CATAAAACAAATGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* **
4009 TTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAATAAAT-GTTTTACCAAG-CAAGTTCAAATGGT
131 TTTCAA-AATTAAGAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCGTTTTACCAAGCCAA-TTCAAATAAT
* * *
4071 CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TTGTATGACATTTTGTTTCATCATAAAACAAT
194 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACAATTTGTTTCATCATAAAACAAT
* * *
4135 TGTGTCAATT-TAGATAC-GCTTATTCAAAATAAAATAATATTA-TTTATTAATATTCAAAAAAT
258 TGT-T--ATTGTACATACAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * * **
4197 TAATGAGTAA-GAGATTTAAAAAATTGTATCTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACAAT
320 TAATAAGTAATGA-ATTTAAAAAA-TGAATCTGTTAAACAAACAAGTGCAAATAGTTATGAC--T
* * * * *
4261 G-TGAAAT-ATTATCTATGTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTG
381 GTTGAAATAATTATCTATGTCAAATCACTATAAACTTTTCTTTTATCAAAAAACAACTGTTTTTG
*
4324 TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
446 TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAT-TCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
4387 AAAAATTTAAAAA
509 AAAAATTTAAAAA
4400 ATATATGTTT
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 79, Indels: 28
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
539 2 0.00
540 52 0.12
541 215 0.50
542 19 0.04
543 13 0.03
544 128 0.30
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (541 bp):
AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTATAACCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAAATGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
TTTCAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCGTTTTACCAAGCCAATTCAAATAATCA
TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTCATCATAAAACAATTGT
TATTGTACATACAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
GTAATGAATTTAAAAAATGAATCTGTTAAACAAACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTGAAATAA
TTATCTATGTCAAATCACTATAAACTTTTCTTTTATCAAAAAACAACTGTTTTTGTTCATACAAG
CTTATTCGAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA
AGTGAATCTATTTACTGAACA
Found at i:4421 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 4386--4441 Score: 94
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
4376 AATTAATAAG
*
4386 TAAAAATTTAAAAAATATATGTTTTC
1 TAAAAATTTAAAAAAAATATGTTTTC
*
4412 TAAAATTTTAAAAAAAATATGTTTTC
1 TAAAAATTTAAAAAAAATATGTTTTC
4438 TAAA
1 TAAA
4442 CACATTCAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 28 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
TAAAAATTTAAAAAAAATATGTTTTC
Found at i:4978 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4629--5729 Score: 819
Period size: 180 Copynumber: 6.1 Consensus size: 179
4619 AAACAAAATC
* * * * ** * *
4629 AAATAAAATAATGCTAATGTAATAACATTTTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
4694 TTGTTT-GCTGAACCAGTTTAAATAGTTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 CTATTTATCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
** *
4758 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-ATTTTCAATTCATATTAGCTTATTCA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTT-TGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * *
4810 AAAT-AAATAAGA-TGAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTAAAAAAATAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
4873 TTTGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCATTAT
64 TCTATTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * **
4938 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
* ** ** * *
4990 AAATTAAATAATACTAACCTATTAATATTTTAAAATT--TAAG-AAGAGATTTAAGAAGTAAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
5052 TATTTGTCAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAGA-GATTATTTATTTCAAATC-TTTTA
66 TATTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * * * * * * * *
5115 ATTTTTTATTCTATTATAAAACAATAATTTTTATTCACACAAGCTTATTCT
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-ATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * ** * * * *
5166 AATTAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
5231 ATATTTATCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
65 CTATTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * **
5296 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAATTTCAGTTCATATAAGCTTTTTTG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-ATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * *
5347 AAATAAAATAATACT-ATGCTATTAATATT-ACAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
5410 TCTGTTTA-CTGAACAAGTTTAGATAATTATGACCATTTAAACAATAATTTATTTGAAATCGTTA
64 TCTATTTATCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * * *
5474 T-ACCTTTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTA
128 TGACC---TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAT-TTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
* * * * *
5529 GAATAAAATCATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
5593 TCTATTTATCGAACAAGTTCAACTCATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGCTAT
64 TCTATTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
5658 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTTTTGTTCAT-TCAAGCTTATTCG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTTTGTTCATAT-AAGCTTATTCA
* * *
5710 GATTAAAATAATATTAATTT
1 AAATAAAATAATACTAATTT
5730 TTCAATAGTT
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 174, Indels: 56
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Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 57 0.08
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
Found at i:5371 original size:357 final size:360
Alignment explanation
Indices: 4884--5679 Score: 880
Period size: 363 Copynumber: 2.2 Consensus size: 360
4874 TTGTTTACCT
* * * *
4884 AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* ** *
4949 TTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATTAAATAATACTAACCTATTA
65 TTGTCATAAAATAAATATTTCAGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAACCTATTA
** * * *
5014 ATATTTTAAAATT-TAA-GAAGAGATTTAAGAAGTAAATCTATTT-GTCAA-ATTAGTTCAAATA
130 ATATTACAAAATTATAATGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAACA--AGTTCAAATA
* * * * * *
5075 GTTATGACTATTTAAGA-GATTATTTATTTCAAATC-TTTTA-ATTTTTTATTCTATTATAAAAC
193 ATTATGACCATTTAA-ACAATAATTTATTTCAAATCGTTATACATTTTTTATTCTATCATAAAAC
* * **
5137 AATA-ATTTTTATTCACACAAGCTTATTCTA-ATTAAAAT-ATTACTAATTTATTAAAATTTTGA
257 AATATA-TTTTATTCACACAAGCTTATT-TAGAATAAAATCA-TACAAATTTATTAAAATTAAGA
5199 CAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAA-AATAAATATATTTATCG
319 CAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAACAATAAATATATTTATCG
* * * *
5241 AACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
**
5306 TTGTCATAAAA-AAATAATTTCAGTTCATATAAGCTTT-TTTGAAATAAAATAATACTATGCTAT
65 TTGTCATAAAATAAAT-ATTTCAGTTCATATAAG-TTTGTTTGAAATAAAATAATACTAACCTAT
* * * * * *
5369 TAATATTACAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAGAT
128 TAATATTACAAAATT-ATAATGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAAT
* * * * *
5434 AATTATGACCATTTAAACAATAATTTATTTGAAATCGTTATACCTTTTTTTGTTTTGTCATAAAA
192 AATTATGACCATTTAAACAATAATTTATTTCAAATCGTTATA-CATTTTTTATTCTATCATAAAA
** * * * *
5499 TGATTTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATCATACAAATTTATTAATATTAAGACA
256 CAATATATTTTATTCACACAAGCTTATTTAGAATAAAATCATACAAATTTATTAAAATTAAGACA
* *
5564 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAATCTATTTATCG
321 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAACAATAAATATATTTATCG
* * * * * * *
5604 AACAAGTTCAACTCATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGCTATGACTTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
5669 TTGTCATAAAA
65 TTGTCATAAAA
5680 CAATTCTTTT
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 59, Indels: 28
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 5 0.01
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364 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AACTAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAATAAATATTTCAGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAACCTATTAA
TATTACAAAATTATAATGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATAATT
ATGACCATTTAAACAATAATTTATTTCAAATCGTTATACATTTTTTATTCTATCATAAAACAATA
TATTTTATTCACACAAGCTTATTTAGAATAAAATCATACAAATTTATTAAAATTAAGACAATTAA
TAAGTAAAAAATTTAAACAATAAATATATTTATCG
Found at i:6325 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 5900--6346 Score: 467
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 177
5890 TTATTACCTT
* * ** * **
5900 TTGTTTTGTCATAAAATAATTG-GTTCTATTCATGCAAGCTTAATTC-AAATAAAATATTAAAAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTG-TCCATTCAAACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * **
5963 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAATTTTAAAAATTAATTTGTTTTATGAACACATT
64 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACCAACACATT
*
6028 CAAATATTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAG
128 CAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG--CAG
* *
6080 TTGTTTTGTCATAAACCAATTGTGTCTATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTCCATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * *
6145 TATTAATACTCCAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACCAAGCA-AGTT
66 TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACCAA-CACA-TT
* * * *
6208 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TCTTATTTCAAATTATTTTG-A-
128 CAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGCAG
* * * * * * * *
6256 TTTTTTTTTCATAAAACAATTTTTTCCATTTATACAGGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTCCATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
*
6321 TATTAATATTCTAAAATGTAATAAGT
66 TATTAATATTCAAAAAT-TAATAAGT
6347 TGAAGATTTG
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 33, Indels: 17
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 70 0.31
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180 117 0.52
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTCCATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTTACCAACACATTCAA
ATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGCAG
Found at i:7325 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7007--7333 Score: 439
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
6997 TCATAAAAGC
* * * * *
7007 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTGTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAT
1 TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAACCTTTGTGTTATCATAAAACAATTATTTCTCAT
* ** * *
7072 CATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA
66 CATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAACAATATTTCAAAAATTAAGAACTAGAA
*
7137 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCGAAGCAGTTCAATTAGTTTTAACTAT
131 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGTTCAATTAGTTTTAACTAT
7188 TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCCTTTGT-TCTATCATAAAACAATTATTTCT-
1 TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAA-CCTTTGTGT-TATCATAAAACAATTATTTCTC
* * * *
7250 ATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAACAATA-TTCTGAAAATTAAGAACT
64 A-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAACAATATTTC-AAAAATTAAGAACT
7314 AAGAA-ATTTAAAAAATAAAT
127 -AGAAGATTTAAAAAATAAAT
7334 TTGTTTGCCA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 15, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 7 0.06
181 115 0.91
182 4 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAACCTTTGTGTTATCATAAAACAATTATTTCTCAT
CATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAACAATATTTCAAAAATTAAGAACTAGAA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGTTCAATTAGTTTTAACTAT
Found at i:8180 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 8019--8192 Score: 240
Period size: 94 Copynumber: 1.9 Consensus size: 94
8009 AACGTAATAA
* * ** * *
8019 GTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
1 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTTATAACTAATTAAACAA
8084 TTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTT
66 TTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTT
** * * * *
8113 GTAAAAGATTTTGAAAATAAATATGTTTACTAGACAAGTCCAAATAGTTATAACTAATTGAATAA
1 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTTATAACTAATTAAACAA
8178 TTATCTATTTCAAAT
66 TTATCTATTTCAAAT
8193 CATTATGACC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 12, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 68 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (94 bp):
GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTTATAACTAATTAAACAA
TTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTT
Found at i:8796 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 8126--9164 Score: 1034
Period size: 357 Copynumber: 2.9 Consensus size: 355
8116 AAAGATTTTG
* *
8126 AAAATAAATATGTTTACTAGACAAGTCCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACTA-ACAAGTTCAAATAGTTATAA-TATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
8191 ATCA-TTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAATAGTTGTATC-AGATTATATAAGCTTAATCGAAA
64 AT-AGTTATGACATTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAG-TTATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
8254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAACTAATGAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTG
126 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
8319 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCTTTTGACCA
189 TTTACTAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTTGACCA
* * * *
8384 TTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTCTATTCCTACAAGCTTATTCCGAGTAAAATAATATAAATT
254 TTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCCGAATAAAATAATATAAATT
* * *
8449 TTTTAATATTCCAAATATTAATAAGTA-TA-ATTTAA
319 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA
** * *
8484 AAAATAAATATGTTTTTTTAACACGTTCAAATAGTTTTAATATTTGAATAATTATCTATTT-AAG
1 AAAATAAATATG-TTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATAATATTTGAATAATTATCTATTTCAA-
* *
8548 ATAGTTTTGACATTTTGGTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAGTTATACAAGCTTATTTGAAATA
64 ATAGTTATGACATTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * *
8613 AAATATTATTAATTTGTGAATATTTCACAAATTAATAAGTAAAGGATTTTAAAAAATAAATCTAT
128 AAATAATACTAATTTATTAATATTTGA-AAATTAATAAGT-AAGGA-TTTAAAAAATAAATCTAT
* * ** ***
8678 TTACTAAATAAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTGAATAC-TTTG-TTT
190 TTACTAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CTTTTGACCA
* * *
8741 TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG-TTCTATTCATACAAATTTATT-TGAAATAAAATAATATTAA
254 TTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCCG-AATAAAATAATATAAA
* * **
8804 TTTATTAGTATTCTAAAAATTAATTGGTAGGAGATTTAA
317 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA
* * *
8843 AAAATAAATTTGTTTACTAACCAAGTTCAAATAGTCAT-GTCCATTTGAATAATTATCTATTTCA
1 AAAATAAATATGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATAAT--ATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * ** *
8907 AATTGTTATGACTTTTTTTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAAATT-TTTTAGA
63 AATAGTTATGAC-ATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTT-ATACAAGCTTATTTGA-A
*
8970 ATAAAATAATACTAATTTATTATATATTTTGAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAACTAAATCT
125 ATAAAATAATACTAATTTATTA-ATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
9032 ATATACTAAACT-AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA
188 ATTTACTAAA-TAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTTTGA
* * * * * * *
9096 TC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATT-CGAATTAAGATAATAC
251 CCATTTGTTTTGTCATA-AAAAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCCGAA-TAAAATAATA-
9159 TAAATT
313 TAAATT
9165 AATAATAAAA
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 91, Indels: 59
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
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361 20 0.04
362 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (355 bp):
AAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
AGTTATGACATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTA
AATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTTGACCATTTGTTT
TGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
ATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA
Found at i:8891 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 8126--9171 Score: 824
Period size: 178 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
8116 AAAGATTTTG
* * ** *
8126 AAAATAAATATGTTTACTAGACAAGTCCAAATAGTTATAACTAATTGAATAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATCTGTTTACTA-ACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* ** * * * * * * * * *
8191 AT-CATTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAATAGTTGTATCAGATT-ATATAAGCTTAATCGAAA
65 ATAC-TT-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAACTTATTTGAAA
* * * * *
8254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAACTAATGAGTAAGTGATTTAA
127 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
8307 AAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
8372 AT-CTTTTGACCATTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTATTCCTACAAGCTTATTCCG-AGT
65 ATAC-TTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT-TGAAAT
* * * * *
8434 AAAATAATATAAATTTTTTAATATTCCAAATATTAATAAGT-ATA-ATTTAA
128 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * *
8484 AAAATAAATATGTTTTTTTAACACGTTCAAATAGTT-T-TAATATTTGAATAATTATCTATTT-A
1 AAAATAAATCTG-TTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGT-CTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *
8546 AGATAGTTTTGACATTTTGGTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAGTT-ATACAAGCTTATTTGAA
64 A-ATA-CTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTGAA
* * * *
8610 ATAAAATATTATTAATTTGTGAATATT-TCACAAATTAATAAGTAA-AGGATTTTAA
126 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA-GA-TTTAA
* * * * **
8665 AAAATAAATCTATTTACTAAATAAGCTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAATAATTATTTATTTTG
1 AAAATAAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATG-TCTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * *
8729 AATACTTTG-TTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG-TTCTATTCATACAAATTTATTTGAAATA
64 AATACTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATA
* ** *
8792 AAATAATATTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATTGGTAGGAGATTTAA
129 AAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
8843 AAAATAAATTTGTTTACTAACCAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAA
1 AAAATAAATCTGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
** * * * * * *
8908 ATTGTTATGACTTTTTTTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATT-TTTTAGAAT
65 ATACTT-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGA-AAT
* * *
8972 AAAATAATACTAATTTATTATATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
128 AAAATAATATTAATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
9021 AAACTAAATCTATATACTAAACTAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAA
1 AAAATAAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * *
9086 AT-CGTTATGA-TCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCGAATT
65 ATAC-TT-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAAT
* * * *
9149 AAGATAATACTAAATTAATAATA
128 AAAATAATATTAATTTATTAATA
9172 AAAAAATGTG
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 131, Indels: 73
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 25 0.04
177 108 0.15
178 205 0.29
179 121 0.17
180 71 0.10
181 132 0.19
182 34 0.05
183 1 0.00
184 1 0.00
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AAAATAAATCTGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
TACTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAA
ATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
Found at i:9614 original size:181 final size:182
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9200 ATAGTTAAGA
* * ** * * * * * * * *
9210 CTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATAATTTTGAGCTTTTGTTTAGTCATATAATAACTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * *
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66 AGTTAATAAAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAA
* * * ** *
9339 GCAAGAGATTTGGAAAAATAAAAT-TGTTT-CCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGG-
129 GTAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATCTATTTATTCAAACAA-TTCAAATAATTATGGT
* * * * * *
9393 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
9458 AGTTTATAAAAGCTTATACAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
66 AGTTAATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * * *
9523 AAGTGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGT
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAACAATTCAAATAATTATGGT
* * * *
9575 C-ATTTGAACAACTATCTAGTTCAAATCGTTCTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
9639 --TCAACGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTACTAATA-TTTCAAGAATT-A-A
66 AGTTAA--TAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATA
* * * * *
9699 A--AAGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTA-CCATACTAGTTTAAATAATTAT-GA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAAC-AATTCAAATAATTATGGT
* * * * * * *
9750 CTCTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTCATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTCC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T
* * * ** * *
9815 TA-TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGGAATATTTTAAAAATTAATAAC
65 TAGTTAATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
9879 TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTT-GTCAAACTAATTCAAACAGTTAAGAT
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAAC-AATTCAAATAATTATGGT
* * * * ** * * * * * *
9932 -TATATGAATAATTATTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCATCAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * ** *
9996 AGCTCATACAGGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATAAGT
66 AGTTAATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* * * * * * * **
10061 AAGAAATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAATTCAAATAATTAT-AA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAACAATTCAAATAATTATGGT
* * * *
10112 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * ** * * * * *
10177 TGTTAATATAAGTTTGCTC-GAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAGTTAG
66 AGTTAATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * * * * * *
10241 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-CCATAACATTTAAAATAGTT-TTGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCA-AACAATTCAAATAATTATGGT
* * * * *
10293 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* ** ** * * * ** *
10358 T-GTTCATACTATTTTATTC-GTAATAAAATAATTCAAATGTAAAAATATTTTG-AAATACAATA
65 TAGTTAATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT-TAATA
** ** * * * * *
10420 ACCAAGA-AACTAAAAAATAAATCTAATT-TGCAGAACTAATTCAAATAGTTA-AGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCA-AAC-AATTCAAATAATTATGGT
* ** ** * * * *
10474 CTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCTTTTCTTCTATAATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * ***
10539 -GTTCATATAAGCTTATTCTA-ATTAAAAAAATACTAATTTAATAATATTGCAAAAATT-A-AA-
66 AGTTAATAAAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * * * * ** * *
10599 -AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATAAGTTCAATTGGTTA-AGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAACAA-TTCAAATAATTATGGT
* * * * * * * * *
10650 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *** *
10715 AGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGA
66 AGTTAATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* ** *
10780 AAGAGAATTAAAAAAATACTTCTATTTACT-AAACAATT
131 AAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAACAATT
10818 TTCAAATCGT
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 268, Indels: 90
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
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179 7 0.01
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Consensus pattern (182 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
AGTTAATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAACAATTCAAATAATTATGGT
Found at i:10133 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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10091 AACCAATTCA
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10134 CAAATCGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:10732 original size:719 final size:716
Alignment explanation
Indices: 9202--10817 Score: 1657
Period size: 719 Copynumber: 2.2 Consensus size: 716
9192 CCAGTCAGAT
* * *
9202 AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATAATTTTGAGCTTTTGTTTAGTCATATAATA
1 AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
* * * * * * *
9267 ACTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAACTAAAA-AAATACTAATTTATTAACATTTGAAAA
66 ATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAAA-ACTAATTTATTAACATTTCAAAA
* * * ** * * * * **
9331 ATTAATAAGCAAGAGATTTGGAAAAATAAAATTGTTTCCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTA
129 ATTAATAAGAAAGAAATTTAG-AAAATAATTTTATTTACTAAACAA-TTCAAATAATTATAACTA
*
9396 TTTGAACAATTATTTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
192 TTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * *
9461 TTATAAAAGCTTATACAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAG
257 TAATAAAAGCTTATACAGAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
9526 TGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGTCATTTGAACAACTATC
322 AGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATGAATCAATTAAAATAATTATGCTCATTTGAACAACTATC
* * *
9591 TAGTTCAAATCGTTCTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACGTACAAGCTTAT
387 TAGTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAC-TACAAGCTTAT
** * ** * * * *
9656 TCAAAATAAAATAATACTTATTTACTAATATTTCAAGAATTAAAAAGAGATTAAAAAATAAATCT
451 TCAAAATAAAATAATACAAATGTAAAAATATTTAAAGAAATAAAAAGAAACTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
9721 ATTTACCATACTAGTTTAAATAATTATGACTCTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTCATAAC
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* * * *
9786 CTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTCCTATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
581 CTTTTCTTCTATAACAAAACAATTGTTCCTATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAAAAATACTA
* ** * *
9851 ATTTAGGAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCAAACTAA
646 ATTTAAGAATATTGCAAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAA
9916 TTCAAAC
710 TTCAAAC
* * * * * * * *
9923 AGTTAAGATTA-TATGAATAATTATTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTA-TCATCAAA
1 AGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA
* * * * *
9986 CAATTATTTCAGCTCATACAGGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATAAATATTTCAAAA
64 TAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAA
* * *
10051 ATTTATAAGTAAGAAATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAATTCAAATAATTATAACTAT
129 ATTAATAAGAAAGAAATTTAGAAAATAATTTTATTTACT-AAACAATTCAAATAATTATAACTAT
* * * * * * * * *
10116 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTT
193 TTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * * *
10181 AATATAAG-TT-TGCTCGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAGTTAGTAA
258 AATAAAAGCTTATAC-AG-AATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
10244 GAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAT-AA-CATTTAAAATAGTTTTGACT-ATTTGAATAAT
321 GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA--ATGAATCAATTAAAATAATTATG-CTCATTTGAACAAC
* * * *
10306 TATCTATTTCAAATGGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTC-A-TACTA
383 TATCTAGTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTT-T-TTCAACTACAA
** ** * * *
10369 TTTTATTCGTAATAAAATAATTCAAATGTAAAAATATTTTGAAATACAATAACCAAGAAACTAAA
445 GCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATGTAAAAATA-TTT-AAAGA-AATAA-AAAGAAACTAAA
* * **
10434 AAATAAATCTAATTT-GCAGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCA
506 AAATAAATCT-ATTTACCA-AACTAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
10498 AATTTTTATAACCTTTTCTTCTATAATAAAACAATTGTT-TTGTTCATATAAGCTTATTC-TAAT
569 AATTGTCATAACCTTTTCTTCTATAACAAAACAATTGTTCCTATTCATATAAGCTTATTCGGAA-
*
10561 TAAAAAAATACTAATTTAATAATATTGCAAAAATT-A-AA-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
633 TAAAAAAATACTAATTTAAGAATATTGCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* **
10623 TTATCGAA-TAAGTTCAATT
698 TTATCAAACTAA-TTCAAAC
* * * *
10642 GGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTTATAAAATA
1 AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
* * * * *
10707 ATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAA
66 ATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTC-AAAAA
* * * *
10771 TTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAATACTTCTATTTACTAAACAATT
130 TTAATAAGAAAGA-AATTTAGAAAATAATTTTATTTACTAAACAATT
10818 TTCAAATCGT
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 148, Indels: 50
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
717 2 0.00
718 13 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (716 bp):
AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
ATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
TAATAAGAAAGAAATTTAGAAAATAATTTTATTTACTAAACAATTCAAATAATTATAACTATTTG
AACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAAT
AAAAGCTTATACAGAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCAATTTAATGAATCAATTAAAATAATTATGCTCATTTGAACAACTATCTAGT
TCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACTACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACAAATGTAAAAATATTTAAAGAAATAAAAAGAAACTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACTAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATAACCTTTT
CTTCTATAACAAAACAATTGTTCCTATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAAAAATACTAATTTA
AGAATATTGCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAATTCAAA
C
Found at i:10943 original size:148 final size:148
Alignment explanation
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Period size: 148 Copynumber: 1.9 Consensus size: 148
10659 CAATTATCTA
* * ** *
10669 TTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTT
1 TTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGCCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTC
* * *
10734 AGAATAAATTAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAATAC
66 AGAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAATAC
10799 TTCTATTTACTAAACAAT
131 TTCTATTTACTAAACAAT
* * * * *
10817 TTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACATGTTTATTC
1 TTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGCCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTC
* *
10882 A-AAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTATATAAGCAAGA-AATTAAAAAAA
66 AGAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA-ATAAGAAAGAGAATTAAAAAAA
10943 AATCAATATA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 15, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
147 45 0.41
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TTTCAAATCATTCTAACCATTTGTTTAGCCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTC
AGAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAATAC
TTCTATTTACTAAACAAT
Found at i:11448 original size:178 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10817--11671 Score: 703
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 181
10807 ACTAAACAAT
* * * * * * *
10817 TTTCAAATCGTTCTAACCTTTTG-TTTAGCCATAAAATAATTGTTT-TAGTTTATACATGTTTAT
1 TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTATA-TTTATACAAGCTTAT
* * * *
10880 TCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTATATAAGCAAGA-AATTAAAAAA-
64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
*** * * * * *
10942 AAATCAATATA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAGTTATCTA
128 AAATTTGTTTATCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGCTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
10996 TTT-AATATCATTATGAC-TTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTCA-ATTCATAAAAGCTTA-
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* * *
11057 TCAAAAATAAAATAATA-TCACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAA
64 TC-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
*** * * * * * * *
11121 TAAATCAATTTAT-TGAATCAATTCAAATAATTATGGTTATTTGAGCAGTTATCTA
127 TAAATTTGTTTATCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGCTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
11176 TTTCAAATCGTTATAA-ACTGTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTAT
1 TTTCAAATCGTTATAACA-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTAT-ATTTATACAAGCTTAT
*** * *
11239 TTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
*
11304 AATTTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTT-A-CTATTTGAACAATTATATA
129 AATTTGTTTATCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGCTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
11354 TTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATATTTATATAAGTTTATTC
1 TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTTATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
11419 ATAATAAAATAATAATAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAGATAA
66 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
11483 ATTTGTTT-GCTAAACTAGTTGAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTTTTTA
130 ATTTGTTTATCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA-GCTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
11535 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATT-TTTTTAATTCT-TACTAAG-TTA
1 TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTAT-ATT-TATAC-AAGCTTA
* *
11597 ATCAAAATAAAATAA-ACTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT
63 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
*
11661 TAATTTTGTTT
127 TAAATTTGTTT
11672 GCTTAACCAA
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 104, Indels: 58
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 6 0.01
178 180 0.33
179 56 0.10
180 60 0.11
181 230 0.42
182 10 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTTATACAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTATCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGCTATTTGAACAATTATCTA
Found at i:11476 original size:359 final size:361
Alignment explanation
Indices: 10880--11671 Score: 806
Period size: 359 Copynumber: 2.2 Consensus size: 361
10870 ACATGTTTAT
* * *
10880 TCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTATATAAGCAAGA-AATTAAAAAA-
1 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
*** * * *
10942 AAATCAATATACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAGTTATCTATTTAATATCAT
65 AAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATATATTTAATATCAT
* * *
11007 TATGACTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAA
130 TATAACTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
11072 TATCACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGA
195 TATCAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTAA
* * * * *
11137 A-TCAATTCAAATAATTATGGTTATTTGAGCAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTGTTGTT
260 ACT-AATTCAAATAATTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTGTTGTT
* * *
11201 TTGTTATAAAACAATTATTTTTCA-TCATAC-AAGCCTAT
324 TTGTGATAAAACAATT-TTTTTAATTCATACTAAG-CTAA
*** * *
11239 TTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
1 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * **
11304 AATTTGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAG-T-T-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAA-ATTG
66 AATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATATATTT-AATATCA
* * * * * *
11364 TTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTT-ATATTTATATAAGTTTATTC-ATAATAAA
129 TTATAAC-TTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCA-ATTCATAAAAGCTTA-TCAAAAATAAA
* * ***
11427 ATAATAAT-AATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAGATAAATTTGTT
191 ATAAT-ATCAATGTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATT
* * * * * * * * *
11490 TGCTAAACTAGTTGAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
254 TACTAAACTAATTCAAATAATTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTG
* *
11555 TTGTTTTGTGATAAAACAATTTTTTTAATTCTTACTAAGTTAA
319 TTGTTTTGTGATAAAACAATTTTTTTAATTCATACTAAGCTAA
* *
11598 TCAAAATAAAATAA-ACTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATT
1 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
*
11662 AATTTTGTTT
65 AAATTTGTTT
11672 GCTTAACCAA
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 66, Indels: 28
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 40 0.11
359 240 0.68
360 51 0.14
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TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATATATTTAATATCATT
ATAACTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAAT
ATCAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTAAA
CTAATTCAAATAATTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTGTTGTTTT
GTGATAAAACAATTTTTTTAATTCATACTAAGCTAA
Found at i:11700 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 11614--11752 Score: 217
Period size: 69 Copynumber: 2.0 Consensus size: 70
11604 TAAAATAAAC
* * * * * *
11614 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAATTTTGTTTGCTTAAC
1 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTGAAC
11679 CAATT
66 CAATT
11684 TAAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTGAAC
1 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTGAAC
11748 CAATT
66 CAATT
11753 CGAATAATTA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
69 59 0.94
70 4 0.06
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (70 bp):
TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTGAAC
CAATT
Found at i:13592 original size:544 final size:532
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12039 AATAAAAAAC
* * ** ** * *
12049 AATTGTTTTATGACAAGACAAAAACTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** ** *
12114 ATTATTTGAACTAATTTGGTTAACA-AATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTA-TATATTGTTTG-
66 ACTATTTGAACTGGTTCAG-TAA-ATAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATT-TTTGA
** * ** * * * *
12176 AATATTAGCAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGTATGAATAGAAGA-AATTGCTTT
126 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAGCCTAGTATGAACA-AAAACAATTGTTTT
* * * * *
12239 AT-ACATAACAAAAGGTT-ATAGCGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAATTATTTG
189 ATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACATAATTATTTG
* * * * * **
12302 AACTTGTTTAATAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATGCTAATA
252 AA--TGATTCATAAACGATA-T-ATGTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * * * * ** * * *
12366 AATTAGGATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAA-CAAAAACAATTGTTTTGTGATAACACA
312 AACTAATATTATTTTA-TTCGAATAAG-TTTTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * ** * * * *
12430 AAAGGTTATAATGAATTGTAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAGCTATTTGCA-TTGGTCA--
374 AAA-GTCATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * *
12492 AACCAACATATTCA-TTTTT-AATC-CATTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAT
438 AAACAA-AT-TT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
12554 TACTTTATTCTGAATATGAC-TGTAGGAACAAAAAA
498 TATTTTATTCTGAATA-AACTTGTATGAACAGAAAT
* * * * **
12589 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGTTTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * **
12654 ACTAATTGAACAGGTTTTGTAAACAAATTTTTGTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA-TAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
12719 ATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAACAAACCTA-TTTGAACAAAAACATTTGTTTTATG
129 ATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAA-TAGCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
12782 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAG
192 ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAAT-GACATAATTATTTGAA-
* * * * * * *
12847 TGGTTCAGCAAACAAAACTAT-TTTTCAAGTCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
254 TGATTCA-TAAACGATA-TATGTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAC
** * * * * * * *
12911 TTGTTTTATTTTATTCGTAAAAAGTTAGTAAGAACTG-AAAAATTGTTCTATGACAAAACAAATT
315 TAATATTATTTTATTCG-AATAAGTT-TTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-A
* * * * * * *
12975 GTCATAACAATTTGAAATAAAAGAATTGTTC-ATATGGCCTTAACTATTTG-AGTTGGTTCA--A
377 GTCATAACGATTTGAAAT-AAACAATTGTTCAAT-TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTA
* * *
13036 CAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAAGTATTAT
439 -AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATT-AGTATTAT
13101 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAAT
501 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAAT
* * * ** * * *
13133 AATTATTTTATGAGAGAACAAAAGGTTATAAAAAATTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
13198 ACTATCTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTAATTTTTAGATCTCCTACTTATTGATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** *
13263 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGTCTAGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAC
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
*
13328 AAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTTGAACTTA
194 AAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-CATAATTATTTGAA-TGA
* * *
13393 TTCGATAAACCGATATATGTTTTAAATCTTTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAAT
257 TTC-ATAAA-CGATATATGTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAAT
* * *
13458 ATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAAATT-TTTTATGATAAAATAATAAGTC
319 ATTATTTTA-TTCGAATAAG-TTTTATGAATTGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTC
* * *
13522 ATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATA
380 ATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAA
* *
13587 TTTATTTTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
445 TTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * ** *
13652 TTTAATAAGCATGTATGAATTGGAAT
507 CTGAATAAACTTGTATGAACAGAAAT
* * * * * * *
13678 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCTAATAATCTTA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
13743 AC-ATTTGAACTGGATCAGCAAATCAA-TTATTTTTTAAATC-CTTA-TTAAT-A-TTTAG-AAT
66 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAT-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
13801 TTTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAGGCTTGTATGAACAAAAACAAATGTTTTAGGAC
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
13866 AAAATAAAGAGTT--TAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTACACAGTG--ATAACTATGTGAAT
194 AAAACAAA-AGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TT-CA-AATGACATAATTATTTGAAT
* * * *
13927 CGACTCAATAAAAAGATTTA-GTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAACT
255 -GATTC-AT-AAACGATATATG-TTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACT
* * * * * *
13988 AACATTTTTTTATTCTAAATAA-TTTGTATAAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAA
316 AATATTATTTTATTC-GAATAAGTTT-TATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * *
14052 TCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAGTTGAACTTGCTT-GATAAA
378 TCATAACG-ATTTGAAATAAACAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAA
*
14115 CAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
441 CAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
14179 TT-TCGAATAAGCTTGTTTGAACAGAAAC
505 TTCT-GAATAAACTTGTATGAACAGAAAT
** * *
14207 AATTGGTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
14271 ATCTATTTAAACGTGTTTCA-AAAATAACTTTATTTTCCAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGCA
65 AACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAATAA-TTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * * * *
14333 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGCATGAACAAAACCATTTGTTTTA
127 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAGCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
14396 TGACAAAA-TAAAGGTCATAATGTTTTCAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCA-GATTATTTTTA
190 TGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACATAATTA--TTTG
* * ** * * * ** * * ** * *
14459 AAT-CTTTATTAATTTTTGAAAGA-ATAATAAATTCATTTATTTTATTCCAA-ATAGGCTAGTAT
252 AATGATTCA-TAA---ACGATATATGTTTTAAA-TC-TTTA-CTTATT--AATTTTTG-AAATAT
* ** * ** * ** * *
14521 GAATTAAAAAAAAACTTATTTTA--CGACA-AA-----ACAAATGGTCATAA-TG-ATT-TGA-A
307 TAA-TAAACTAATA-TTATTTTATTCGA-ATAAGTTTTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACA
* ** *** *
14574 ATAGATAATTGTTCAT-A-G-TCTTG-AATATTTGAATTGGTTC----AG-CA-AACAAATTT--
369 A-A-ACAAAAG-TCATAACGAT-TTGAAATA-AACAATT-GTTCAATTAGTCATAAC-TATTTGA
* * * *** ** * * * *
14627 ATTTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATACTATTA--TATT-AGTATT--ATATT--
427 ACTTGTTTAGTAAACAAATTTATT--TTTT--AAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAA
* * * * *
14685 T--TTTCGAATAAGCTTGTA-TC------AAC--------A-A-AAAT
487 TAAATTAGTATTA--TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAAT
* * * * * * ** * *
14714 ATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTTAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
14779 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAG
66 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * ** *
14844 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAG-CTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATGA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AGCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
14907 TAAAACAAAAGATAATAACAATTCGACATAGATAATTGTTGACAAGGCCATAATTATTTGAACTG
193 CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATGACATAATTATTTGAA-TG
** * * * *
14972 ATTTGGTAAAAC-AAATTCACT-TTTTAAATCACTTACTTTTTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
256 A-TTCAT-AAACGATA-T-A-TGTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAC
* * * ** * * *
15034 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
315 TAATATTATTTTA-TTCGAAT-AAGTTTTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
* * * * * *
15099 GTCAT-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATAGTCTTGACTATTTGAA-TTGCTTCAGCAA
377 GTCATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAT-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAA
* * * * *
15161 ATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
440 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** *
15226 ATTCTGAATAAACTTATATGAATTGAAAC
504 ATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAAT
* * * ** * * * *
15255 AATTAGTTCATTATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA---AAA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
15317 ACTAGTT---C-GG-T-A--AACA-AATTTATTGTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAA-ATAATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * ** *
15373 ATTAATACATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAGGCTTA-TATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-GCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
** * * * *
15437 CAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATACATAATTGCTT-AAATGGCCATAATTATTTGAACC
193 CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAT-GACATAATTATTTGAA-T
* * * * * * * *
15501 GATTCAATTAACTACT-TATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATAGTAATAAATTA
255 GATTC-ATAAACGA-TATATGTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTA
** * * * * * *
15565 GGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGGATTGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGT
317 ATATTATTTTA-TTCGAATAAG-TTTTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGT
* *** * * * * * * ** *
15630 TATATTTATTTTAAATAGATC-ACTGTT-TA-TA--CAT-GCTTATTTGAA---ATAAAATAATA
379 CATAACGATTTGAAATA-AACAATTGTTCAATTAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTTAGTAA-A
* ** * ** *
15686 CTAATTTATTTTTGTTCATGCATGTT-CTGAAATAAAATGCATAATTTCAAAACATGTAGTAACT
441 CAAATTTATTTTT-TAAAT-C-TCTTACT----T---AT---TAATTT-TTAA-A--TATTAA-T
* * * * *
15750 AAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTA-AAAC
488 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAAT
* * * * * *
15794 AATTATTTCATGACTAAACAAAAGG-C-TAAAGCAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * ** *
15857 TAAGTATTTGAACTGGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAGATCTCCAACTTATTAATTTTTAAA
64 TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * ** * * *
15922 ATATTAATAATTTAGTATTATTCTATTTTGGATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-
127 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
15986 AGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAAC
192 A-CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACATAATTATTTGAA-
* * * *
16051 TCG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAA
254 T-GATTCA-TAAA-CGATATATGTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* ** * * *
16113 TTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA
314 CTAATATTATTTTA-TTCGAATAAG-TTTTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * * * *
16178 GGTTATAACGATTTTAAATAGATATTTATTTAAATAGTCATAACTATTTGGACGTGTTCAGAAAA
377 -GTCATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * * *
16243 TATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-AATTATTTT
441 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* ** *
16306 ATTC-GAAATAAACTTGCATGATTAG-TAT
504 ATTCTG-AATAAACTTGTATGAACAGAAAT
* * * * * ** *
16334 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAACAGATAATTATTCAGGTACTCAT
1 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
16399 AACTATTTGAA
65 AACTATTTGAA
16410 TTTATTTAAT
Statistics
Matches: 2882, Mismatches: 663, Indels: 551
0.70 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
503 8 0.00
504 6 0.00
505 7 0.00
506 12 0.00
507 81 0.03
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519 12 0.00
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521 10 0.00
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528 37 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGCCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACATAATTATTTGAATGATTCA
TAAACGATATATGTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTT
TATTCGAATAAGTTTTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTG
AAATAAACAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGT
ATGAACAGAAAT
Found at i:14251 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12045--14447 Score: 1624
Period size: 181 Copynumber: 13.4 Consensus size: 179
12035 TTGAAATAAA
* * * * * *
12045 AAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAAACTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** ** * * * *
12110 CATAATTATTTGAACTAATTTGGTTAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATATATTGTTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTAT-TAAT-TTT
** * * *
12175 G-AATATTAGCAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGTATGAATAG
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * *
12226 AAGA-AATTGCTTTAT-ACATAACAAAAGGTTATAGCGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
1 AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
12289 TCATAATTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAA-TTT
* ** * * * * *
12353 TGGAATGCTAATAAATTAGGATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACAA
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * * *
12406 AAACAATTGTTTTGTGATAACACAAAAGGTTATAATGAATTGTAATAGATAATTGTTTAAACAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
12471 CATAGCTATTTGCA-TTG-GTCA-AACCAACATATTCA-TTTTT-AATCCAT-TGCTTATTAATT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAA-AT-TT-ATTTTTTAAAT-CTTCTACTTATTAATT
* * * * * *
12530 TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATATGAC-TGTAGGAACAA
126 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAACAG
* * * * **
12585 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGTTTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** ** *
12650 CATAACTAATTGAACAGGTTTTGTAAACAAATTT-TTGTTTTAATTC-TCTTACTTATTAATTTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
12713 CAAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAACAAACCTATTTGAACAA
128 -GAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
12766 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * *
12831 TCATAATTATTTGAA-GTGGTTCAGCAAACAAAACTATTTTTCAAGTC-TCTTACTAATTAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAA-TT
* * * * *
12894 TTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCGTAAAAAG-TTAGTAAGAACTG
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT-GTATGAACAG
* * * * * * *
12948 AAA-AATTGTTCTATGACAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAAAGAATTGTTCATATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
13012 CCTTAACTATTTG-AGTTGGTTCA-ACAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTT
* * * *
13074 TTAGAATATTATTATATTAAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACAG
127 TGA-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * ** * * *
13129 AAATAATTATTTTATGAGAGAACAAAAGGTTATAAAAAATTGAAATATATAATTGTTAAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
13194 CATAACTATCTGAAC-TGGTTCAGTAAATAGATTTAATTTTTAGATCTCCTACTTATTGATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATT-AATTTT
* ** *
13258 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AGTCTAGTATGATGAA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAG
*
13310 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * ** * * *
13374 CCATAATTATTTGAACTT-ATTCGATAAACCGATATATGTTTTAAATCTT-TAACTTATCAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCT-ACTTATTAA-TT
* * * * * **
13437 TTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAATTG
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
13491 AAACAAATT-TTTTATGATAAAATAATAAGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAATTAG
1 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
13555 TCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAAAAT-TTCTTACTTATTAAT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAACAAATTTATTTTTT--AAATCTTC-TACTTATTAAT
* * ** * **
13618 TTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCATGTATGAATTG
125 TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * * *
13674 GAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCTAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * *
13739 CTTAAC-ATTTGAAC-TGGATCAGCAAATC-AA-TTATTTTTTAAATCCT-TA-TTAAT-ATTTA
65 CATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
13797 G-AATTTTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAGGCTTGTATGAACAA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * *
13848 AAACAAATGTTTTAGGACAAAATAAAGAGT-TTAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTACACAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** *
13912 GATAACTATGTGAA-TCGACTCAATAAA-AAGATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTTC-ATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-TTT
* * ** * * * * *
13971 TGAAATAGTAATAAACTAACATTTTTTTA-TTCTAAATAA-TTTGTATAAATAG
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
14023 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
14087 TCATAACTAGTTGAACTTGCTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTG
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTG
*
14152 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTGAACAG
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
14203 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * **
14268 CATATCTATTTAAACGTGTTTCAAAAATAACTTTATTTTCCAAAT-TT-TACTTATTAATTTTTG
65 CATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-TTTTG
* * * *
14331 CAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGCATGAACA-
129 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * *
14381 AAACCATTTGTTTTATGACAAAATAAAGGTCATAATGTTTTCAAATAGATAATTGTTTAGATAGT
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
14446 CA
65 CA
14448 GATTATTTTT
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 382, Indels: 213
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 34 0.02
174 72 0.04
175 50 0.03
176 85 0.05
177 9 0.01
178 62 0.04
179 239 0.14
180 307 0.18
181 539 0.31
182 216 0.12
183 120 0.07
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
Found at i:14908 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14464--16409 Score: 1210
Period size: 180 Copynumber: 10.8 Consensus size: 180
14454 TTTTAAATCT
* * ** * * *
14464 TTATTAATTTTTGAAAGAATAATAAATTCA-T-TTATTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGAATGAA-T-
* * * * * * *
14527 AAAAAAAACTTATTTTACGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TT-CAT
62 AAAAACAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * * * * * * *
14590 AGTCTTGAA-TATTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTAG
126 AGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * * * *
14646 TTATTAATTTTCAAAATACTATTATATTAGTATTATATTT-TTTCGAATAAGCTTGTATCAACAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTT-GAATAAGCTTGAATGAATAA
* * * * ** *
14710 AAATATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTTAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
14775 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
129 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
14827 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGAATG-TTCAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGAATGAAT-AAA
* * * ** * * * * *
14891 AACAATTGTTATATGATAAAACAAAAGATAATAACAATTCGACATAGATAATTGTTGACAA-GGC
65 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTA-AATAGT
* ** * * * * *
14955 CATAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTAC
129 CATAACTATTTGAACTAG-TTCAGT-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
15008 TTTTTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGAATGAA-TAA
* * * * * *
15072 AAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * * * * *
15135 CTTGACTATTTGAA-TTGCTTCAGCAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAG
129 CATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * **
15187 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTT-ATATGAATTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGA-ATGAATAA
* * * * *
15251 AAACAATTAG-TTCATTATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TT-CA-A-
64 AAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * *
15311 --ATAA--A----AACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTGTTTAAATCTCTTGC
128 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** *
15356 TTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAGGCTT-ATATG-ATGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGA-ATGAAT-A
* * * * * * *
15419 AAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATACATAATTGCTTAAATGG
63 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * * * * *
15484 CCATAATTATTTGAAC-CGATTCAATTAA-CTACTTATTTTTTAAATCTCTAAC
128 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * ** * **
15536 TTATCAAATTTTGAAATAGTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGGATTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGAATGAATAAA
* * * * * * *
15601 AACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATATTTATTTTAAATAGATCACTGTTT--ATA--C
65 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
* ** * ** *
15662 AT-GCTTATTTGAA--A-TAAAAT-AATACTAATTTATTTTTGTTCATGCATGTT-C
130 ATAAC-TATTTGAACTAGTTCAGTAAATA-T-ATTTATTTTT-TAAAT-C-TCTTAC
*** *
15713 TGAAATAAAATGCATAATTTCAAAACATGTAGTAACTAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
1 T----T---AT---TAATTTTTGAA-A--TATTAA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAG
* * * *
15777 CAT-ATATGAACT-AAAACAATTATTTCATGACT-AAACAAAAGGCTA-AA-GCAATTTGAAATA
51 CTTGA-ATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAATG--ATTTGAAATA
* * * ** *
15837 GATAATT-TTTCTAATAGTCATAAGTATTTGAACTGGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAGATC
111 GATAATTGTTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
**
15901 TCCAAC
175 TCTTAC
* * * * * * *
15907 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTCTATTTTGGATAAACTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGAATGAATAAA
* * * *
15972 AACAATTGTTTTAT-AGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * * *
16036 CATAACTATCTAAACTCGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTTTAC
129 CATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** *
16087 TTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGAATGAATAA
* * * * * *
16151 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATATTTATTTAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * *
16216 CATAACTATTTGGACGT-GTTCAGAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTAC
129 CATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
16267 TTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-AATTATTTTATTCGAAATAAACTTGCATGATTAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGAATGAATAA
* * * * * * * * ** *
16331 TATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAACAGATAATTATTCAGGTACT
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
16396 CATAACTATTTGAA
129 CATAACTATTTGAA
16410 TTTATTTAAT
Statistics
Matches: 1371, Mismatches: 299, Indels: 190
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 124 0.09
170 4 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
173 5 0.00
174 1 0.00
175 15 0.01
176 14 0.01
177 4 0.00
178 5 0.00
179 43 0.03
180 634 0.46
181 285 0.21
182 63 0.05
183 22 0.02
184 14 0.01
187 8 0.01
188 1 0.00
189 4 0.00
190 75 0.05
191 6 0.00
192 3 0.00
193 1 0.00
194 14 0.01
195 3 0.00
196 10 0.01
197 3 0.00
198 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGAATGAATAAAA
ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:15445 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15163--15474 Score: 402
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
15153 TTCAGCAAAT
* *
15163 AAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
**
15228 TCTGAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTAGTTCATTATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
66 TCCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTAGTT-ATTATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
*
15293 AAATAGATAATTGTTCAAATAAAAACTAGTTCGGTAAAC
130 AAATACATAATTGTTCAAATAAAAACTAGTTCGGTAAAC
* *
15332 AAATTTATTGTTT-AAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTTTTATTTT
1 AAATTTATT-TTTCAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * *
15395 ATTCCAAATAGGCTTATATG-A-TGAAAAGCAATT-GTT-TTATGACAAAACAAAAGTTTGTAAT
64 ATTCCAAATAAACTTATATGAATTG-AAA-CAATTAGTTATTATG---AAACAAAAGGTTATAAC
15456 GATTTGAAATACATAATTG
124 GATTTGAAATACATAATTG
15475 CTTAAATGGC
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 12, Indels: 14
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.04
167 2 0.02
168 8 0.06
169 106 0.85
170 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
AAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTAGTTATTATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
AATACATAATTGTTCAAATAAAAACTAGTTCGGTAAAC
Found at i:17199 original size:186 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16999--17855 Score: 426
Period size: 179 Copynumber: 4.8 Consensus size: 180
16989 CTGATTAGAT
* *
16999 AAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATATTTGAAATATTATTAAATT-TATTTAT
1 AAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT-TTTGAAATATTATTAAATTGTATTTAT
*
17062 TTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTTATTAAAAAAAACTTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT
64 TTTATTCCAAATAAGCTAGTAT-AA---A-CAAAAAAAA-TTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * *
17127 ATAATGATTTGAAATGGATAATT-GTTAATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGCTCGGC
123 ATAACGATTTGAAATGGACAATTAGTTAA-ATAGCCATAAATATTTAAACTAGCTCAGC
* * * * * *
17185 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTGATTTTTAGGATATTGTTAGATTAGTATTT-T
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATT-GTATTTAT
* * * * * * *
17249 TTT-TTCC-AATAAGCTTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACG
64 TTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACG
* ** * * * *
17312 ATTTGAAGTTTACAATTATTTAAATAGCCATAAGTATTTAAACTAGTTCAGT
129 ATTTGAAATGGACAATTAGTTAAATAGCCATAAATATTTAAACTAGCTCAGC
* * *
17364 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGGTA-TTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATT-GTATTTAT
* * * *** * ** * * * * * * *
17428 TTTATTCTAAATAAGCTTGAATGCTCAAATACTATTGTTATATGACTAAACAAAATGTAATAACA
64 TTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * ** * * * * * *
17493 ATTTGAAATAGATAATT--TTTGATAGGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGT
129 ATTTGAAATGGACAATTAGTTAAATA--GCCATAAATATTTAAACTAG-CTCAGC
* * * * * * *
17545 AAACAGATTCATTTCTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTGAAATATTAATAAA-T-TAGTTT-TT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTGTA-TTTATT
* * * * * * * * *
17607 TT-TT---AATAAGCTTGTATGAGCTAAAAAATTTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAACGA
65 TTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * * * * * *
17668 TTTGAAATAGATAATT-GTTTATTGGTCTTAACTGTTTGAATTA-CTTC-GAC
130 TTTGAAATGGACAATTAGTTAAATAGCCATAAATATTTAAACTAGC-TCAG-C
* * * * *
17718 AAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTA-TTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATT-GTATTTAT
* *** * * ** * * * * *
17782 TTTATTACGTGTAACCTTA-TATGAACTGAGACAATTATTTTATAATAAAACAAAATGTTATAAT
64 TTTATTCCAAATAAGC-TAGTATAAACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAAC
17846 GATTTGAAAT
128 GATTTGAAAT
17856 AGATAACTGT
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 118, Indels: 62
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 42 0.08
174 77 0.15
175 7 0.01
176 4 0.01
177 8 0.02
178 6 0.01
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184 1 0.00
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187 4 0.01
188 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTGTATTTATTT
TATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
TTGAAATGGACAATTAGTTAAATAGCCATAAATATTTAAACTAGCTCAGC
Found at i:17680 original size:174 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17362--17787 Score: 435
Period size: 174 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
17352 AACTAGTTCA
* * * * * *
17362 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTGGTATTA
1 GTAAACAGATTCATTTCTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAG-ATTA
* * *
17427 TTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGCTCAAATACTATTGTTATATGACTAAACAAAATGTAATAAC
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGCTCAAAAAATATTGTTATATGACAAAACAAAATGTAATAAC
17492 AATTTGAAATAGATAATTTTTGATAGGGCCATAATTATTTGAATTGATTCG
130 AATTTGAAATAGATAATTTTTGATAGGGCCATAATTATTTGAATTGATTCG
* *
17543 GTAAACAGATTCATTTCTTAAATCACTTACTTTTTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAG-TT-T
1 GTAAACAGATTCATTTCTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGATTAT
* * * *
17605 TTT-TT-T-AATAAGCTTGTATGAGCT-AAAAAAT-TTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAA
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGAAT--GCTCAAAAAATATTGTTATATGACAAAACAAAATGTAATAA
* * * * * *
17665 CGATTTGAAATAGATAATTGTTT-AT-TGGTCTTAACTGTTTGAATT-ACTTCG
129 CAATTTGAAATAGATAATT-TTTGATAGGGCCATAATTATTTGAATTGA-TTCG
** * * * * * * *
17716 ACAAATAGATTTATTT-TTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTCATTTCTT-AAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAG-ATT
17780 ATTTTATT
64 ATTTTATT
17788 ACGTGTAACC
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 30, Indels: 23
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.01
173 46 0.22
174 77 0.38
175 9 0.04
176 7 0.03
177 8 0.04
178 4 0.02
180 20 0.10
181 31 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACAGATTCATTTCTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGATTAT
TTTATTCTAAATAAGCTTGAATGCTCAAAAAATATTGTTATATGACAAAACAAAATGTAATAACA
ATTTGAAATAGATAATTTTTGATAGGGCCATAATTATTTGAATTGATTCG
Found at i:18003 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17713--18040 Score: 394
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
17703 TTGAATTACT
* * * *
17713 TCGACAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTA
1 TCGACAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * *
17778 TTATTTTATTACGTGTAACCTTATATGAACTGAGACAATTATTTTATAATAAAACAAAATGTT-A
66 TTATTTTATTACGAATAACCTTATATGAAC-AAGACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GTTCA
* *
17842 TAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAACAACTGGA
129 TAATGATTTGAAATACATAACTGCTCAAATAACAACTGGA
* *
17882 TCGATAAATATATTTATTTCTT-AAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
1 TCGACAAATAGATTTATTT-TTCAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** ** * *
17946 ATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGCATGATGAA-AAG-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT
65 ATTATTTTATTACGAATAACCTT--AT-ATGAACAAGACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTT
* *
18009 CATAATGATTTGAAGTACATAATTGCTCAAAT
127 CATAATGATTTGAAATACATAACTGCTCAAAT
18041 GGCTATAATT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 20, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 120 0.90
170 4 0.03
171 2 0.01
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
TCGACAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTACGAATAACCTTATATGAACAAGACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATA
ATGATTTGAAATACATAACTGCTCAAATAACAACTGGA
Found at i:18184 original size:350 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17555--18223 Score: 753
Period size: 350 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
17545 AAACAGATTC
*
17555 ATTTCTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTAATAAGCTT
1 ATTTCTTAAATCACTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTAATAAGCTT
* * *
17620 GTATGAGCTAAAAAATTTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
66 GCATGAGC-AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATACATAATTG
** * * * * * *
17685 TTTATTGGTCTTAACTGTTTGAATTACTTCGACAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTAT
130 TCAAATGGTCTTAACTATTTGAATTACTTCAACAAATAGACTTATTTTTCAAATCTCTAACTTAT
* ** * * * *
17750 TAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTACGTGTAACCTTATATGAACTGAGACA
195 CAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTACGTGTAACCTTATATGAACTGAAACA
* *
17815 ATTATTTTATAATAAAAC-AAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAACAACT
260 ATTATTTTATAATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAACAACT
17879 GGATCGATAAATATATTT
325 GGATCGATAAATATATTT
*
17897 ATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTCTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAG---T-TTTT-TTTT-AA
* * *
17962 TAGGCTTGCATGATG-AAAAGCAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAG
59 TAAGCTTGCATGA-GCAAAA--AATTTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAA
* * *
18024 TACATAATTGCTCAAATGG-CTATAATTATTTGAACTTA-TTCAATAAATTGACTTATTTCTT-A
120 TACATAATTG-TCAAATGGTCT-TAACTATTTGAA-TTACTTCAACAAATAGACTTATTT-TTCA
* ** *
18086 ATTCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTT
181 AATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTACGTG-TAACCTT
* * * * * * * *
18150 -TTTTAAGCTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAAT
245 ATATGAA-CTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAC
18214 TGTTCAAATA
309 TGTTCAAATA
18224 GTCATACTAT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 40, Indels: 27
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 23 0.09
343 22 0.08
346 1 0.00
347 4 0.01
348 9 0.03
349 63 0.23
350 108 0.40
351 39 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (342 bp):
ATTTCTTAAATCACTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTTTTTTAATAAGCTT
GCATGAGCAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATACATAATTGT
CAAATGGTCTTAACTATTTGAATTACTTCAACAAATAGACTTATTTTTCAAATCTCTAACTTATC
AATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTACGTGTAACCTTATATGAACTGAAACAA
TTATTTTATAATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAACAACTG
GATCGATAAATATATTT
Found at i:19001 original size:357 final size:359
Alignment explanation
Indices: 18231--32028 Score: 5065
Period size: 359 Copynumber: 38.3 Consensus size: 359
18221 ATAGTCATAC
* ** * * * *
18231 TATTTTTTGAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
** ** * * * * * * * **
18296 ATAAGCAAGTACAAACTAAAATAATTA-TTCATGAC----CAAAAAGTCAAAACAAGTCAAAATA
65 ATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * *
18356 AATAAGTA-TTCAAATAGTCTTAAC-ATTTCCAACTAGCTCAATAAACACATTTATTTTTTAAAA
129 GATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAACTTGTTTAATAAACAGATTTA-TTTTTAAAA
* * * * * * * * *
18419 TCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATTATTTATTTAGGAATATTTTACTTT-GAATAAGCCTGT
191 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGC
* * * *
18483 ATGAATAAAAGCAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAGATCATAACAATTT-AAGATAGATAGTTGT
255 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGATCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGT
** * *
18546 TCAAATAGAAATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACA-AGTT
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGA-TT
* * * * * * * *
18588 TA-GTTTTAAA-ATTTT--TTATTGATTTTTAAAAAATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
** * * *
18649 ATAATTTTGTATGAGTCAAAACAATTTTTTTATGACAGAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
65 ATAAGCTTGTATGA-TCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * *
18714 GATAATAGTTCAAATGGGCATGACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTCAAATCT
129 GATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAATCT
*** * *
18779 CCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAACTTGCATGA
194 TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGA
* * *
18844 ATAAAAACAATT-TTTT-TGACAAAAACAA-GATCA-ATCAATTTGAAATAAATATTTGTGC-AA
259 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* *
18904 TAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAGATT
324 TAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAGATT
* * * *
18941 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTGTTTTATTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* ** * *
19006 ATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
19070 AGATAATTGTTCAAATAGTGATAATTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAA
128 AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACT-TGTTTA-ATAAACAGATTTATTTTTAAAA
* * * *
19133 T-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTCC
191 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGC
* * * * * * * * *
19195 ATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TTATAATATTTTGAAATAGATAATTAT
255 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * **
19259 TCAGATAGTTATAATTATTTGAA-TATTTTCTATGAACAGATT
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTA--AACAGATT
* * * * * *
19301 CATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTT-TCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-A
* * * * * *
19365 AATGAGCTTATATGAAGT-GAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAA
64 AATAAGCTTGTATG-A-TCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* ** *
19429 TAAATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAA
127 TAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAA
* * ** * * *
19493 TTTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTT-C
191 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGC
* * * * *
19556 TATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAAA-AA-TAGTCATAACCATTTAAAATAAATAATTG
255 -ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
* ** * * *
19619 TTCAAATAGTCAAAAAGATTTAAACTTA-TTCAGAAAATAGATT
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGTAAACAGATT
** * * *
19662 TATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTGCTAAATTTTGTACTATTTTAATC
1 TA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
19726 AAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTCATTACAAAACAAAATGTTATAATGATTTTG-
62 TAAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA
* * * * ** * * * *
19790 AATAGATAGTTA-TTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTGAACTGATTCATTTTTTA
125 AATAGATA-ATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAA
* * * * * * **
19854 AATCTTTTAATTATTAAATATCAAAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTA
189 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-
* *
19919 G-ATGAATAAAATA-AATT-TTTTATGAC-AAAACTAAAGG-TTAAAACAATTTGAAATAGAA-A
253 GCATGAATAAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAAAC--AAGGATCATAACAATTTGAAATA-AATA
* * * * *
19978 ATTATTCAAATAGTCATGACTATTTTATCTAGTGTAGTAAACATATT
314 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TAGTAAACAGATT
* * * ** *
20025 TAATTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * *
20090 ATATGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
65 ATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* ** * ** * * * *
20155 AATAAT--TCTCAGGTAGTCA-GAACTATTTGAACAAGTTTGATAAATAGATTTGTTTTTTAAAT
129 GATAATAGT-TCAAATAGTCATG-ACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAAT
* * * ***
20217 C---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTAATAT
192 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCAT
* * * * * * *
20278 GAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGAT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
257 GAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * *
20342 AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAAT
321 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAGATT
* * * * *
20382 TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTA
* * * ****** * *
20446 ATTAAGCTAG--TG-T--GAAC---TA--TT-TG--AATTGGTTAGGT-A-AACAAATTTGAGAT
64 AATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAAT
* * * * * **** * * *
20496 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTGGGCAATAAATTTA-TTTT-AATTC
128 AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAATC
** * * ** * * * * * *
20558 CCTAAGTTATT-A-TTTTGGAATATTATTAGATTACTGTTATTTTATTTCGATTAAGCTTGTATG
193 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATG
* * * ** * ***
20621 -ATCAAAAATAATTTTTTTATGAC-AAAACAA-AAGTCCATAATGA-TTGAAGTTCTGTAATTGT
258 AAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGA-T-CATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGT
* *
20682 TCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAACAAATT
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGT-AAACAGATT
* * *
20725 TATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTAT-
1 TATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * ** *
20785 TATAAACTTGTATGAT-AAAAAAATT-TGTTATATAACCAAAC-AAAGGT-AGTAGTGATTTAAA
64 AATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
20846 ATAGATAATTGTTGAAATTG-CTATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTCAGTTTTT-
126 ATAGATAATAGTTCAAATAGTC-ATGACTATTTAAACTTG-TTTAATAAACAGATTTA-TTTTTA
*
20908 CAAT-TATTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATCTT-GAATAAG
188 AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAG
* * * * * * *
20971 CTTGTTAT-AAGCT-GAAGCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGG-CCATAACATTTTTAAATA
250 CTTG-CATGAA--TAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAAATA
* * * ** * * * *
21033 GACAATTATTC-AATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAAATT
310 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAAC-AGATT
* * * * * *
21084 TATTTCTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAATATTAAGAAATAAGTATTAATTTATT-T
1 TATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** * ** * *
21147 AGGATAATCTTGTATGAAAATGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAAATGATTTT
63 A-AATAAGCTTGTATGATCA--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTG
* * * * * * * *
21212 AAATAAATAATTA-TTCAAATAATCATAATTA-TTGAACTT-TTCAGTAAAACAAATTTATTTTT
124 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAAT-AAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
21274 CAAATCTTTT-CTTATTAATTTTT--AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAACT
187 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * * * * * * * *
21336 TGTAAG-CTATGAAACAAATATTTTATGACTAAATA-AAGG-TTAGAACGATTGGAAATAGATAA
252 TGCATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * ** * * * * * * *
21398 TTATTCTAATAGTTTTTAATTATTTAAACTGGTTCGGCAAATACATT
315 TTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATT
* * * **
21445 TATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTTGAAATATT-ATAAAACTAGTATTATTTTTAAGC
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT-AAATATTAAT-AAATTAGTATTA-TTTTATTC
* * * * * * * * * *
21509 CAAATGAGCTTCTTTGATAAGAAATAATTA-TTTATAACAAAAGAAAA--TCTTAACGA-TTGAG
62 TAAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
21570 ATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAA-TAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA
126 ATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAA
* *
21634 ATCTGTTAC-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTG
190 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * ** * *
21697 TATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TC
254 CATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * *
21759 ATCAAATGGCCATAATTATTTTAACT-GATTCGGTAAATAGATT
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGTAAACAGATT
* * *** * *
21802 TATTTCTTAAATTTTTTACTTATTAATTGAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * * * *
21867 CTAAGCTTGTATTAACCGATAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAAT
65 ATAAGCTTGTA-TGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
21932 AGACAATTGGTTCAAATAAGTAAT-AGCTATTTGAATTTGTTTAATAAACATATTTATTTTGTAA
128 AGATAA-TAGTTCAAAT-AGTCATGA-CTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTT-T-A
*** * * *
21996 AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGTATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCT
188 AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
** * * ** *
22060 TTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGA-ATAATCAAAAAGTTA-AGACAATTTGAAATAAATA
252 TGCATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGA-TCATA-ACAATTTGAAATAAATA
** * * ** *
22122 ATT-TTGTAATAGTC-TAACCAATTGAACT-GATTCTTTAAACAAATT
314 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGTAAACAGATT
* * * * * * *
22167 CATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTAATC-ATA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-A
* ** * * *
22231 ATAAGCTTGTATGAACAAAAC-ATT-TCCCT-T-ACAAAAGAAAAAGTCAAAACGATTTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAAT
* * * * * * * ** ** *
22292 AGATATTTGTTTATATTGTCCT-AGCTATTTAAACTAG-TTAGGCAAGTAGATTTATTTTT-TAA
128 AGATAATAGTTCAAATAGTCATGA-CTATTTAAACTTGTTTA-ATAAACAGATTTATTTTTAAAA
* ** * * * * * *
22354 TTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTA--TT-TTT-GAATGAA-ATAG
191 TCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTG
* * * * ** * * * * * *
22414 TATGAACATAACCAATTGTTTCGGTAACTAAATAACCAATTGTTCACTTGACAA-AT-AAACCAA
254 CATGAATAAAAACAATTGTTT-TATGAC-AAA-AA-CAA-GGATCA--TAACAATTTGAAA-TAA
* ** * * * * * * * *
22477 TTGTTTGATGACAAAATAAATGTTATAACGATTTGAAGTAAATAATTTTCAAATAGCCAAAACTA
311 ATAATTG-T-TC-AAAT--A-GTCATAACTATTT---G-AACT-A-GTT--AGTA---AACA-GA
22542 TT
358 TT
* * * * *
22544 TGAAATGGTTTGGTAAA-CAAATTTGCTT-TTATATCTCTTACTGATTAATTTTCTAA-ATATTC
1 T---AT--TTT-TTAAATC--TTTTACTTATTA-AT-T-TT--T-A--AA-TAT-TAATAAATT-
* * * * * ** *
22606 A-TAAATTAGTATTATTTATCTTGAACAAACTTATATTGA-CAAAAACAATCGTTTTATAACAAA
47 AGT--ATTA-T-TT-TAT-TC-TAAATAAGCTTGTA-TGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * *
22669 ACAAAAAGTAAT-A-GATTTGGAATAGACAA-ATTTGCAAATAGTTA-GATTATTTGAA-TTGGT
103 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTT-CAAATAGTCATGACTATTTAAACTT-GT
*** * * * * * * * *
22729 TCGGTAAATAGAATTATTTCT-AAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTT
166 TTAATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * * * *
22793 TTATTTTAATTCCAAATAAGATTTTATGAGCT-GAAATAATTATTTTATGACAAAGCAA-AAGG-
231 TTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGCATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA--AACAAGGA
* * * * * *
22855 TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAGTAATTCA-CAAACA
292 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACA
*
22919 AATT
356 GATT
* * * * *
22923 TATTTTTTAAATATCTTAGTTAATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTCT-
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * *
22987 GATAAGCTTGCATGAATAGAAAACCATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
64 AATAAGCTTGTATG-AT-CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AA
* * * * * ** *
23052 ATAGATAATTGTTCCAATAGTCCATAAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAATTTTT-
126 ATAGATAATAGTTCAAATAGT-CAT-GACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTT-ATTTTTA
* * * ** *
23116 -AATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGT-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCAT
188 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * *
23175 GTATG-TTAAAAAACAATTCGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-TAATAACGATTTTGAAATAGAT
253 GCATGAAT-AAAAACAATT-GTTTTATGAC-AAA-AACAAGGATCATAAC-AATTTGAAATAAAT
* * * * * * *
23238 AGTTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGAATTCAGTAAACAAATT
313 AATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-AGTT-AGTAAACAGATT
** * * * ** * ** **
23287 T-TTTTAAAAATCTCTTAGTTGTTAACTTTCGAAATATTAACAAAGGAGTATTATTTCT-TT-GG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTA
* * * * * * ** * *
23349 AA-AACCTTTTAAGAACTAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTTAAAA
64 AATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAAT
* * *** * * *
23412 ATATAACT-GTTCAAATAGTCAATAACTATTTGAAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTC
128 AGATAA-TAGTTCAAATAGTC-ATGACTATTT-AAACTTGTTTAATAAACAGATTTA--TTTTTA
** * * * *
23476 AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCGAATAAGCT
188 AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * ** * ** * * ** * *
23540 TGTATGACTTGAAACAATTATAATATGACTAAACCAAAAAGTCATAAAATGATTTGAAATAGATT
252 TGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGA-TCATAACA--ATTTGAAATA-AAT
* * * * * * *
23605 AATTATTCTAATAGTCTTAAC-CTTTGAATTGGTTCG----CA-A--
313 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTAAACAGATT
* * *
23644 -A---TTTAAATC---T-CTTAATAATTTTTAGAATATTATTAAAATTAGCCATTATTTT-TATC
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAAT-AAATTAG-TATTATTTTAT-TC
* * * * *
23700 CAAATAAACTTGTATGATAAAAAAACAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
62 TAAATAAGCTTGTATGAT--CAAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * * * ** *
23765 AGATTGATATTTGTTTAAATAGTTATAAACTA-TTGAACTAGTTT-CGAAACAGCTTTAGTTTTT
124 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT-GACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTA-TTTTT
* * * * * * *
23828 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTT
187 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
** * * * * * * * *
23892 TTTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAATGACTTT-AAATAGATA
252 TGCATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAA-CAATTTGAAATAAATA
* * *
23954 ATTGTTCAATTAGTCA-AATCTAGTTGAACT-GTTCAGTAAACAAATT
314 ATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATT
* * * * * * *
24000 TAATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTTGCATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
1 T-ATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TT-AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
24065 TGAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTCTTTTATGACTAAAGAAAAGG-CTAGAACAATTTGA
62 TAAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGA
* ** * * * ** * *
24129 AATAGATAATTGTTTTAATAGTC-TAAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTA
125 AATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT-GACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAA
* ** * * * * * * *
24193 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTAATTTAATCCTAATAAAGGTT
189 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTT
* * * *** *
24258 GTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATA-AA-GATCACATTGA-TT-AATGATAGATA
253 GCATGAATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAA--ATAAATA
* * *
24318 ATTCTTC-AATA-TCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAACAAATT
314 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGTAAACAGATT
* ** * * * *
24363 TAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTCCAAAATATTAATAGATCAGTATTA-TTTCTTGTAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
** * * * * *
24423 ATAAATTTGCATGAAT-AGCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *** * * *
24487 AGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATATAAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
128 AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAATC
* * * * * * * **
24552 TTCCTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAATATTATCTTATTTTGAAAAAACTTATA
193 TT-TTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCA
* * * * *
24615 TGAAT-AAAATAATTGTTTTTAGGAC-AAAACAACAGATCATAAACTATTTGAAATAAAT-ATTA
256 TGAATAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAAACAA-GGATCAT-AACAATTTGAAATAAATAATTG
* * ** *
24677 TTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCCTTAGTAAGA-AAATT
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGTAA-ACAGATT
* * * *
24720 TATTTTTTAAGTC-TTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTA
* * * * * ** *
24783 AATATGCTTTTATAAAACCAGAAACAATTA-GTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTCTTTCAA
64 AATAAGCTTGTAT--GATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
24847 ATAGATAATTGTTCCAATAGTTTATAACTATTTGAACATGTTCAA-AAACA-ATTTTGTTTTTTA
126 ATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGA-TTTATTTTTAA
* * **
24910 AAT-TATTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCT
189 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCT
* * * ** *
24972 TGTATG-A-ACAAAC-ATTGTTTTATGACGAAACAA-AATG-TCATAATGATTTAAAATATAA-A
252 TGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AACAAGGATCATAACAATTTGAAATA-AATA
* * * *
25031 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTTGTGTTCGATAAATAGATT
314 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-AGTTAG-TAAACAGATT
* ** * *
25080 TATTTTTAAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTATCTTATT-TC
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * * * * * ** *
25144 GAATAAGCCTATACGAACTGATACAATTGTTTTGTGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
63 AAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
25209 TAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCT-AT-AACATATTTATTTTTAAA
127 TAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTT-TAATAAACAGATTTATTTTTAAA
* * * * * * * * *
25271 ATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAATCCGAATAATCTTGT
190 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGC
* * ** ** ** *
25336 ATGAA-ATAAACAATTGTTTTATAAC-AAAACAAAAAATCGCAATGATTTGAAATCAATAATTGT
255 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAC-AAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * *
25399 TCAAATAGTCCA-AATTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATT
319 TCAAATAGT-CATAACTATTTGAAC-TAGTTAGTAAACAGATT
* * * * * * *
25441 TACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTGATTAATTTGTTTTATTTTAATT-GA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTA
* * * * *
25505 AATAA-CTTGTATAAAT-AGAAAAAAGTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAGCGATTTGAAA
64 AATAAGCTTGTAT-GATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * *
25566 TAGGTAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCAGTTTTT-AAA
127 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTA-TTTTTAAAA
* * ** * *
25630 ---TAT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTA
191 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCA
* * * * * * * *
25691 TGAATAGAAACAATTATTTTCTTACAAAACAAAAGG-TTATAACAATTTTGAAATAGATAATTGC
256 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAA-TTTGAAATAAATAATTGT
* * **
25755 TCAAACAGTCATAACTATTT-ACACTGGTTAGGCCAACAGATT
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTA-GTAAACAGATT
* *** * * * *
25797 CATTTTTTAAATCCACTACTTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTCTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* ** * * * * *
25862 AATAAGATTGTACCAATAGAAAAAAATT-TTTTATAACAAAACAAATGGTCATAAGGAATTTGAA
64 AATAAGCTTGTA-TGAT-CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAA
* * * * * * ** *
25926 ATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAGTTGAA-TTGGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTAA
126 ATAGATAATAGTTCAAA-TAGTCATGACTATTTAAACTT-GTTTAATAAACAGATTTATTTTTAA
* * * *
25989 ATATC--TT-C---TTAATTCTCAAATTATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGACA-AA-C
189 A-ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA-ATAAGC
* * * * * * *
26046 -TGATATGAACAAAAA-GATTTTTTTATGACAAACTAA-AA-GTTCATAACAATTTAAAATATAT
251 TTG-CATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA--AACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * * * * * * *
26107 AATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAAATAAT
313 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATT
* * * * * * * * * * *
26155 TA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATAAACTTTCATAATATTATTAGATTGGTACTACTTTCTTC---
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * *
26216 -T--GCTTGTATGAAT-ATAAATAATTGTTTTTTGAGAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * *
26277 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGACAAACAAATTTATTTTT-AAAT
128 AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTG-TTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAAT
* * * * * * *
26340 -TTCCTACTCATGAATTTTTGAAATATTAA-AAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-T-CA
192 CTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCA
* * * ** * *
26401 T-ACGATGAACAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGACATAGATAATT
256 TGA--AT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAC-AAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * *
26464 GTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCAATAAACTGATT
317 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATT
** * * * * * * * *
26508 TATTTTTTAAAT-TTCCAACTTCTTAACTTTTGAAACATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * * * * *
26572 GATATGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAAT
64 AATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** *
26637 AAATAATTA-TTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACA-AATT-TTTTT--AAT
128 AGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAAT
* * * ** * * * **
26697 GTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTG
192 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCA
* * * * *
26761 TGAACTAAAAA-AATTATTTTATGAC---TA-AAGG-TTAGAATGAA-TTGAAATAAATAATTGT
256 TGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGATCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTGT
* * * *
26819 TCAAATAGTC-TCAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACATATT
319 TCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATT
* * * * * * * * * *
26861 TGTTTTTTAAATATCTTAGC-TATTAA-TTTTAGAATATT-ATTAGTTCAGCAATATCTTAGTCC
1 TATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT
* * * * * * *
26923 GAGTAAGCTTGTATGAACATAAACAAGTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATATT-AG
63 AAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAA
* * * * * **
26986 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTCCAATAAACAGATTTAGTTTTT-AA
126 ATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* * **
27050 ATC---T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTG
190 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * * * * * * * **
27110 TATAAATATAAATAACTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
254 CATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
* * *
27174 TTCAAATATTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAGATT
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAGATT
*
27217 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTATAAA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * * * *
27279 AAATAAGATTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAA
63 AAATAAGCTTGTATGATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *** * *
27344 TAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAAACTTATTCGGTAAACATATTCT-TTTTTTAA
127 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAACTTGTTTAATAAACAGATT-TATTTTTAAA
* * * * ** * **
27408 TTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTAT
190 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGC
* * * * ** * *
27473 ATGAACT-GAAACAATTGTTTTACT-ACAAAAAGAA-AATGTCAGAATGATTTAAAATAGATAAT
255 ATGAA-TAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAAACAAGGA--TCATAACAATTTGAAATAAATAAT
** * * * *
27535 TACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTG-ATAACATATT
316 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTA-AACAGATT
** ** * *
27579 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTTAATCTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA
* * * * * * * * * *
27644 ATTATGCTTGTATAAACAAAAAATATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGATCAAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
27709 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTA-TTACAACTTGTTTGATAAATAGATATATTTTTTAAAT
128 AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTA-AACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAAT
* * * * * * * **
27773 C---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGAATTAATATTTTTTTATTTCAAACAAACTTATA
192 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCA
* * * ** * *
27834 TGAACAAAAA-AATTTGTTTTATGACAAACATAAGG-TCATGTCGATTTGAAATAGATAATTGTT
256 TGAATAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAAACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * *
27897 CAAATAGTTCATAATTATTTGAATTAGTTAGGTAAATAGAAT
320 CAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAGATT
* * * * * *
27939 TGTTTTTTAAA-CTCTTAATTATTAATTTTTGAATTATTAATAGATTCA-TTTTA-TTTATTCCT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CT
* * * * *
28001 -AACAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATT-GTTTATGACAAAA-ACAAAGGTCAATAATGATTTG
63 AAATAAGCTTGTATG-A-TCAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTC-ATAACGATTTG
* * * * * ** * *
28062 AAAATAGATAATTA-TTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAT-TTCAGCAAATAAATTTATTTT
124 -AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACT-TGTTTAATAAACAGATTTATTTT
* * * * * ** * * *
28125 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAGTGAGC
186 TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * * * * *
28190 ATGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAA-AAGG-TTATAACAATTTGAAGTATACA
251 TTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATA
* *
28253 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATACTGGTTTAGTAAATAGATT
314 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAG-TTAGTAAACAGATT
* * * * * * * *
28300 TATTTTTTAAATATCTTACTTATTGATTTTTGAAAAAACTAATAAATAAGTGTTATTTTATTCCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * ** * * *
28365 AATAAGGTTGTATAACCAAAAACAATTGTAATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *** * * *
28430 AGATAATTGCTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTAATTCGCTAAGCAGATGTACTTTTAAAAT
128 AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTT-GTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAAT
* * * * *
28494 C----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
192 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCAT
** * * * * ** * * *
28555 GAATTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTC
257 GAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * *
28619 CAATACTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATT
321 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATT
* * * * * * **
28659 TA-TTTTTAAAAC-TTTGCTTATTTATTTTTGAAATATTAAGATATTAGTATTATTTTATTTTGG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * * *
28722 ATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT-GTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
65 ATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * *** * *
28786 AATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATC
129 GATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTA-TTTTTAAAATC
* * * * * * * *
28851 TTTTTCTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAG
193 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGCAT
* ** * * * ** * *
28914 GATTTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAA-AAGG-TCGTAATGATTTGAAATAAAAAATTATT
257 GAATAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
** * ** * * *
28977 TTAACAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACA--
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATT
* * * * *
29016 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTA
* * * * **
29080 AATAAGCTTCTATGATTAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAGTGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGA-TCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * ** *
29143 AGATAATTGTTCAAAT-GTTTATAATTATTTTAA-TTGAGTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
128 AGATAATAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTAAACTTG-TTTAATAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * * * *
29206 AT-TTTTATTTAATAATTTATGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCATCTAAACTTG
190 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTG
* * * * * * * *
29269 AATTAACT-AAAACAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAGG-TTATAATAATTTTAAATAGACAAT
254 CATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA--ACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
29331 TATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
316 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATT
* * *
29376 TATTTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCT
1 TA-TTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * *
29440 AAATAAGCTTGCATGAACTAAAACAATGATTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
63 AAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** *** * *
29505 TAGATAA-ATTTTCTAATAGTCATAACCATTTGAAC-AATTCGCTAAA-TGAATTTATTTTTTAA
127 TAGATAATA-GTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAG-ATTTATTTTTAAA
* * * *
29567 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTA-TATTTGAATAT-GAATAAGCTT-
190 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCGAATAAGCTTG
* * * *
29629 C-T-ACA-AACAAACAATTGTTTTACGACAAACGAA-AAGG-TCATAAAAATTTGAAATAGATTA
254 CATGA-ATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAA--AACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * * **
29689 TCGTTCATATTA-TCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAATTAGATTT
315 TTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGA-TT
* ** ** ** * * *
29736 TATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTGAGCTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
** * * * * * ** * * * *
29800 AATAAAATAGTATGAAACAAAATCAATTGTTTGATGA-TAAATTAAAGATTATAATGGTTTGAAA
64 AATAAGCTTGTATG-ATCAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * * *
29864 CAGTTAATTGATCAAATACTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGATAAGCAGATTTACTTTTT-AA
127 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAACTTGTTTAATAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * *
29927 ATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAACAAACTTA
190 ATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * ** * *
29991 TATTAACAAAAACAATTGTTATATGGC-AAAACAAAAAGT-A-AACAATGATTTGAAAGAGATAA
254 CATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGA-TCATAAC-A--ATTTGAAATAAATAA
* * * * * * * *
30053 TTGTTTAAATAGTTATAA-TTTTTGGAACTGGTTCAATAAATATAAT
315 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTAGTT-AGTAAACAGATT
* * * * * * *
30099 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAGTTTTATTCTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * *
30164 ATAAGCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTCATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
65 ATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** ** * * * * *
30228 AATAATTGTTCATATTTTTTTAACTATTTAAAC-TGGTTAGACAAATAAGATTTATTTTTTAAAT
129 GATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTA-ATAAA-CAGATTTATTTTTAAAAT
* ** * * * * * * *
30292 CTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATTTTACT-AATTATTATTATTTTATTGCAAATAAGCTTGTAT
192 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCAT
* * * ** * * *
30356 GAA-AAGAAATAATTGTTTTATGATAGAAACAAAAGG-TTGTAACGATTTGAAATAGATAATTAT
257 GAATAA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * *
30419 TCAAAGAGTCATAACTATTTGAAATGGTAAGGTAAATAGATT
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAGATT
* * *
30461 TATTTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATT-TC
1 TA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * * *
30521 GAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAAACAATTTGA
63 AAATAAGCTTGTATGAT-CAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTG-
* * * * * * * * *
30586 AAATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTT
124 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTG-TTTAATAAACAGATTTATTTTTA
* * ** * * *
30650 AAATC---T-CTTATTAA-TTTT----GA--AATAAAGTAGTATTAACTTATTTTGGATAAGATT
188 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
** * * * *** * *
30704 TTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAGG-TTATAATGGTTTTAAATAGATA
253 GCATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAC--AA-AAACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATA
* * * * *
30767 ATTGTTTAAATAGTCCATAACACTATTTGAACTTGATCGATAAAGAGATT
314 ATTGTTCAAATAGT-CAT-A-ACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGATT
** * * * * *
30817 TATTTTTTCCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGACTATTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTT
1 TATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * *
30881 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTCATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
63 -AAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * * *
30946 AATACATAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTCGATACTGGTTTCGACAAAAACATTTATTTTT
125 AATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATT-TAAACTTGTTT-AATAAACAGATTTATTTTT
* * ** * * *
31010 TAAATC---T-CTCATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAGG
187 AAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG
* ** * ** * *
31070 CATGCATG-ATCAAAAACTGTTGTTTTATGAGAAAATA-AA-GATCATAATGATTTG--AGAGAT
250 CTTGCATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-ACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * * ** *
31130 ATTTGTTCAAACATTCAAAACTATTTGAACTAGTTAAAAAAACAGCTT
313 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATT
* * * * * * * * * *
31178 TAGTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAGATATTAATAGAGTAATTTTTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * * * *
31243 GATAAGTTTTTATGAACTGAAAGAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAA
64 AATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAA
* * * ** ** * * **
31307 TGGATAATTGTTC-AATAGTCA-AATCTATTCGAACTTGTTTGGTAAAACTGATTTTTTTTTTTT
127 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATGA-CTATTTAAACTTGTTTAAT-AAACAGA-TTTATTTTTAA
* * ** * * *
31370 AA--TTTTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTT
189 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT
* * * * * *
31432 GTATGAA-ATGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAA-AAGG-TCAGAACGATTTGAAATAGATAA
253 GCATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * * * * *
31494 TTGTTCTAATATTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAACACATT
315 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATT
* * * * * *
31540 TATTTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
1 TA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* ** * ** *
31601 AATAAGCCTTGTAAGAAAAGAAACAATT-TTTTAATGACAAAA-TAAAGGATTGT-ACTAATTT-
64 AATAAG-CTTGTATGATCA-AAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGG-TCATAAC-GATTTG
* * * *
31662 AAGATAGATAATTA-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAACAGATTTAGTTT
124 AA-ATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTT-AATAAACAGATTTA-TTT
* * * * *
31725 TTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATTTTAATATATCAGTATTACTTTA-TTCTAGATAA
185 TTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAA
** * * * * ** * * *** *
31785 TTTTGCGTAAATAGAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGG-TCAAAATGTTTTGAAATAGA
249 GCTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAA
* * * * * * * *
31849 TAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAATTTGTTCGATAAACATATT
312 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGATT
* * * * *
31898 TATTTTTTAAATTCTCCTAACCTATTAATTTTTAGAATAATAATAAAATTAGTATTATTTAATTC
1 TATTTTTTAAA-TCT-TTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT-
** * * * * * ** * * *
31963 CCGAATAAACTTGTATTGATAAAAATAGTTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCATAACTATTTGA
61 CTAAATAAGCTTGTA-TGATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
32028 A
125 A
32029 CTTGCTCCAT
Statistics
Matches: 10193, Mismatches: 2425, Indels: 1638
0.71 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.00
340 47 0.00
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387 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
TAAGCTTGTATGATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
TAATAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTT
TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGAAT
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTAAACAGATT
Found at i:19249 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 18398--32028 Score: 6858
Period size: 181 Copynumber: 75.7 Consensus size: 179
18388 CTAGCTCAAT
* * * * * * * * *
18398 AAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATTATTTATTTAGGAATAT
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
18463 TTTACTTTGAATAAGCCTGTATGAATA-AAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAC
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * ** *
18526 AATTT-AAGATAGATAGTTGTTCAAATAGAAATAACTATTTGAACTGGTTT-GA
127 TATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * * *
18578 TAAACA-AGTTTA-GTTTTAAA-ATTTT--TTATTGATTTTTAAAAAATTAAAAAATTATTATTA
1 -AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
18638 TTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAGTCA-AAACAATTTTTTTATGACAGAACAAAATGTCATAA
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
18702 CGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGCATGACTATTTAAACTTGTTCA-A
127 -TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * *** *
18755 TAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
18820 TTTATTTCGATTAAACTTGCATGAATAAAAACAATT-TTTT-TGACAAAA-ACAAGATCAATCA-
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAT
* * * *** *
18881 ATTTGAAATAAATATTTGTGC-AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * *
18932 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTGTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
18997 TTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGA
66 TTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TA
* *
19062 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAATTATTTGAA-TGTGTTTAGA
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGA
* * * *
19113 AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
** * * *
19176 TTTATTCGAATAAGCTTCCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAT
65 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-
* * * * *
19241 TTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTTATAATTATTTGAA-TATTTTCTATG-
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-TA-GA
* * * * *
19293 -AACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATATATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
19356 TTTGTTTCAAATGAGCTTATATGAAGT-GAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAAT
65 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
19420 GATTTGAAATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGT
128 -ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * *
19473 AAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
19538 TTAATCTAAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAA-AAATA-GTCATAACC
66 TTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA-T
* * * ** * * *
19601 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAGATTTAAACTTATTCAGA
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* ** * *
19653 AAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTGCTAAATTTTGTAC
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * ** * * * *
19716 TATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTCATTACAAAACAAAATGTTATA
62 TATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
19781 ATGATTTTG-AATAGATAGTTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGT
126 AT-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * * ** * *
19836 GAACTGATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAATATCAAAATATTAATAACTTATTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * *
19901 TTATTTTAAATAAGCTTAG-ATGAATA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAACTAAAGGTTAAAAC
66 TTA-TTCGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * * * * * * *
19963 AATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTTATCTAGTGTAGT
127 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * **
20016 AAACATATTTAATTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
20081 TTAATCTAAATATGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGA
66 TTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TA
* * ** * **
20146 TTTGAAATAAATAATT-CTCAGGTAGTCAGAACTATTTGAACAAGTTT-GA
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * *
20195 TAAATAGATTTGTTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
20256 TTTATTTCGAATAAACTAATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGAT-ATAAC
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-
* * * * * *
20320 GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGGTTAGGT
127 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GA
* * * * *
20373 AAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * * **** * **
20437 TTTATTATGATTAAGCTAGTGTGAACTA-TTTGAATTG-GTTA-G------GTAAA---C--AA-
65 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
20487 ATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTGGG
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * ** * * * * * * *
20538 CAATAAATTTA--TTTTAATTCCCTAAGTTATT-A-TTTTGGAATATTATTAGATTACTGTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
20599 TTATTTCGATTAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-GTCCATAAT
66 TTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAAT
* * * * *
20662 GA-TTGAAGTTCTG-TAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAGTTCAGTA
128 -ATTTGAA-AT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-A
* *
20716 AAACAAATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * * * *
20777 TTTGTTATTATAAACTTGTATG-ATA-AAAAAATTTGTTATATAACCAAAC-AAAGGT-AGTAGT
65 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAAT
* * * * * *
20838 GATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATTG-CTATAATTATTTGAAC-TGATTCAGT
128 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTTAGA
* * * *
20891 AAACAGATTCAGTTTTTCAAT-TATTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * *
20955 TTTTATCTTGAATAAGCTTGTTAT-AAGCT-GAAGCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCA
64 TTTTAT-TCGAATAAGCTTG-TATGAA--TAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * ** * *
21018 TAACATTTTTAAATAGACAATTATTC-AATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCA-A
124 TAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * *
21073 TAAACAAAATTTATTTCTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAATATTAAGAAATAAGTAT
1 -AAAC-AGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * **
21137 TAATTTATTTAGGATAATCTTGTATGAAAATGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCAT
62 TATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
21202 AAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAATTA-TTGAACTT-TTCAGTA
125 -AAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-A
* * * * *
21258 AAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTT-CTTATTAATTTTT--AATGTTAATAAATTTGGATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * *
21320 TTATTTTGAATAAACTTGTAAG-CTATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-TAAAGGTTAGAACG
66 TTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-T
* * * ** * * * ** *
21383 ATTGGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTTAATTATTTAAACTGGTTCGGC
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
21436 AAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTTGAAATATT-ATAAAACTAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
** * * * * * * * * *
21500 TTTTTAAGCCAAATGAGCTTCTTTG-ATAAGAAATAATT-ATTTATAACAAAAGAAAA--TCTTA
64 -TTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
21561 ACGA-TTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATAGTTT-GA
126 A-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* *
21614 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTGTTAC-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* *
21677 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * ** *
21740 TGATTTGAAATAGATAA-TCATCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTCGGT
127 T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGA
* * * ***
21793 AAATAGATTTATTTCTTAAATTTTTTACTTATTAATTGAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * *
21858 TTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACCGATAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACG
66 TTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-T
* * * * *
21923 ATTTTAAATAGACAATTGGTTCAAATAAGTAATAGCTATTTGAATTTGTTTA-A
128 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * *
21976 TAAACATATTTATTTTGTAAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-TATGTTAATAAATTAGTA
1 -AAACAGATTTATTTT-T-TAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
22039 TTAATTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-ATAATCAAAAAGTT
61 TTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTC
* * ** * * **
22102 A-AGACAATTTGAAATAAATAATT-TTGTAATAGTC-TAACCAATTGAAC-TGATTCT-TT
123 ATA-A-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-TAGA
* * * * * *
22158 AAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATGTTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * * *
22222 TTAATCATAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC-ATT-TCCCT-T-ACAAAAGAAAAAGTCAAAACG
66 TTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-T
* * * * * * * * *
22282 ATTTTGAAATAGATATTTGTTTATATTGTCCTAGCTATTTAAACTAG-TTAGGC
128 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GA
** * ** * * *
22335 AAGTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** * * **
22398 -TTT-TT-GAATGAA-ATAGTATGAACATAACCAATTGTTTCGGTAACTAAATAACCAATTGT--
64 TTTTATTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-TATGAC--AA-AACAAAAGGTCA
* * * * * * *
22457 T--CACTTGACAAATAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAATGTTATAACGATTTGAAGTAAAT
124 TAATATTTG--AAATAGA-TAATTG--T--T--C-AAAT--A-GTCATAACTATTT---G-AACT
*
22520 AATTTTCAAATAGCCA
172 --TGTT----TAG--A
* * * *
22536 AAAC-TATTTGAAATGGTTTGGTAAA-CAAATTTGCTT-TTATATCTCTTACTGATTAATTTTCT
1 AAACAGATTT---AT--TTT-TTAAATC--TTTTACTTATTA-AT-T-TT--TGA--AA------
* * * * * *
22598 AAATATTCATAAATTAGTATTA-TTTATCTTGAACAAACTTATATTGACA-A-AAACAATCGTTT
45 ---TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTA-TGA-ATAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
22660 TATAACAAAACAAAAAGTAAT-AGATTTGGAATAGACAAATT-TGCAAATAGT--TAGATTATTT
104 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTT
** *
22721 GAA-TTGGTTCGGT
167 GAACTT-GTTTAGA
* * * * * * *
22734 AAATAGAATTA-TTTCTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
22798 TTAATTCCAAATAAGATTTTATGAGCT-GAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAC
66 TT-ATT-CGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * * * ** * *
22862 GATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAGTAATTCA-C
127 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * *
22914 AAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTAATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAATATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
22978 TTTTATTCTG-ATAAGCTTGCATGAATAGAAAACCATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAA
64 TTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
23042 CAATTTGAAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCCATAAACTATTTGAAC-TGGTTCGA
127 -TATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CAT-AACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * *
23098 TAAATAGATTTAATTTTT-AATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGT-AATTAGTATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * *
23157 TTTATTTTAAATAAGCATGTATGTTAA-A-AAACAATTCGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTAAT
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG--AATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
* * * * * * *
23220 AACGATTTTGAAATAGATAGTTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGAATTCAGT
125 AA-TA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG--TTTAGA
* ** * * * * * * **
23278 AAACAAATTT-TTTTAAAAATCTCTTAGTTGTTAACTTTCGAAATATTAACAAAGGAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
23342 TCT-TTGGAA-AACCTTTTAAGAACT--AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
66 T-TATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-
* * * * ** *
23402 ATTTTTAAAAATATAACTGTTCAAATAGTCAATAACTATTTGAAACTTGTTCGGT
128 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTG-AACTTGTTTAGA
* * * *
23457 AAATAAATTTATTTTTTTCAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-AGTGTTAATAAATTAGTAT
1 AAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** * *
23520 TATTTTGTTCCGAATAAGCTTGTATGACTTGAAACAATTATAATATGACTAAACCAAAAAGTCAT
62 TATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
23585 AAAATGATTTGAAATAGATTAATTATTCTAATAGTCTTAAC-CTTTGAA-TTGGTTCG-
125 --AAT-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * *
23641 ---CA-A---A---TTTAAATC---T-CTTAATAATTTTT-AGAATATTATTAAAATTAGCCATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAG-TATT
* * * * * * *
23691 ATTTTTATCCAAATAAACTTGTATGATAAAAAAACAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
63 A-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
23756 AATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTTATAAACTA-TTGAACTAGTTTCG-
125 AAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
23811 AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
23876 TTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATG
66 TTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-
* * * *
23940 ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAATTAGTCA-AATCTAGTTGAAC-TGTTCAGT
128 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * *
23991 AAACAAATTTAATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTTGCATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 AAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TT-AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
24055 TAATTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTCTTTTATGACTAAAGAAAAGG-CTA
62 TATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-A
* * ** * *
24118 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTC-TAAACTATTTGAACTAGTTTAGC
124 TAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
24175 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTAAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-AT
* * * * * * * * * *
24240 TTAATCCTAATAAAGGTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCACATTG
65 TTTATTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-
* *
24304 A-TT-AATGATAGATAATTCTTC-AATA-TCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGT
128 ATTTGAA--ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGA
* * *** * *
24354 AAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTCCAAAATATTAATAGATCAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * *
24415 TCT-TGT-AAATAAATTTGCATGAATAGCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
66 T-TAT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-T
* * * * * * ** *
24478 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATATAAACTTGTTCGGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * *
24530 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTCCTA-TCTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTAATATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
24592 ATCTTATTTTGAAAAAACTTATATGAATA-AAATAATTGTTTTTAGGACAAAACAACAGATCATA
63 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* * * * **
24656 AACTATTTGAAATAAAT-ATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCCTTAGTA
125 AA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-A
* *
24712 AGAA-A-ATTTATTTTTTAAGTC-TTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAA
1 A-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-A
* * * * *
24773 TTTTATTTTGAATATGCTTTTATAAAACCAGAAACAATTAG--TTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-GAA-TAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
24836 AACTCTTTCAAATAGATAATTGTTCCAATAGTTTATAACTATTTGAACATGTTCA-A
125 AA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * *
24892 AAACA-ATTTTGTTTTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA
1 AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * *
24954 TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAAC-ATTGTTTTATGACGAAACAAAATGTCATAAT
64 TTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
25016 GATTTAAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTTGTGTTCGA
128 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTAGA
* * ** *
25070 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * * * * **
25135 TCTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACT-GATACAATTGTTTTGTGATGAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
25199 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCT--A
127 T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGA
* * * * * ** * *
25252 TAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** **
25317 TTAATCCGAATAATCTTGTATGAA-ATAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCGCAATGA
66 TT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-A
* * * * *
25381 TTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCCA-AATTATTTAAACTTATTTGGT
129 TTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * *
25432 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTGATTAATTTGTTTTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
25496 TTTAATT-GAAATAA-CTTGTATAAATAGAAAAAAGTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAGC
65 TTT-ATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-A
* * * *
25557 GATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCGA
127 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * **
25609 TAAATAGATTCAGTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAAAATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
25670 GTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTCTTACAAAACAAAAGGTTATAACA
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-T
* * * *
25735 ATTTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCATAACTATTT-ACAC-TGGTTAGGC
128 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTA-GA
* * *** * *
25788 CAACAGATTCATTTTTTAAATCCACTACTTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGAATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
25852 CTTTATTCTGAATAAGATTGTACCAATAGAAAAAAATT-TTTTATAACAAAACAAATGGTCATAA
64 TTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
25916 GGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAGTTGAA-TTGGTTTAGC
127 --TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGA
* * * * * *
25971 AAATAGATTTA-TTTTTAAA---TAT-CTTCTTAA-TTCTCAAATTATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
26030 TTTATTTCAGACA-AA-C-TGATATGAACA-AAA-AGATTTTTTTATGAC-AAACTAAAAGTTCA
65 TTTA-TTC-GA-ATAAGCTTG-TATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA
* * * * * * * * *
26089 TAACAATTTAAAATATATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCA
124 TAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-A
* * * * ** * * * * * *
26147 AAA-ATAATTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAAACTTTCATAATATTATTAGATTGGTACTAC
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
26209 TTTCTTC---T--GCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTTTGAGAAAACAAAAGGTTATAATGA
65 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-A
* * *
26269 TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGA
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
26319 CAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTCCTACTCATGAATTTTTGAAATATTAA-AAAGTAGTATTA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
26381 TTTTATTCCAAATAAGCTCATACG-AT-GAACAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
64 TTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAG-A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** *
26444 ATGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCA-A
126 AT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* ** * * * * * *
26498 TAAACTGATTTATTTTTTAAAT-TTCCAACTTCTTAACTTTTGAAACATTAACAAAGTAATATTA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
26562 TTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGTTCATAA
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
26626 CGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATTTGTTTGGT
127 -TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
26680 AAACA-A---ATTTTTTTAATGTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTA
* * * * * * * *
26739 TTTTATTTTGAATAAGCATGTGTGAACTA-AAAAAATTATTTTATG-----ACTAAAGGTTAGAA
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** *
26798 TGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-TCAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
127 T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTTAGA
* * * * * * * * *
26852 AAACATATTTGTTTTTTAAATATCTTAGC-TATTAATTTTAG-AATATT-ATTAGTTCAGCAATA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * * * * *
26914 TCTTAGTCCGAGTAAGCTTGTATGAACATAAACAAGTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAC
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * * **
26978 GATATT-AGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTCCA-A
127 TAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* *
27030 TAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * *
27091 TTTATTCTGAATAATTTTGTATAAATATAAATAACTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
65 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-
* * *** *
27156 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTCACTTAGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* *
27208 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTAT-AAA-ATTAATAAATTTA-TATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * *
27270 TTTTATTTGAAATAAGATTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTAT
64 TTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * ** *
27335 GTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAAACTTATTCGGT
128 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTTTAGA
* * * *
27389 AAACATATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
27453 TTTACATCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTACT-ACAAAAAGAAAATGTCAGA
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGAC-AAAACAAAAGGTCATA
* ** *
27516 ATGATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTT-GA
126 AT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * ** **
27570 TAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T
* * * * * * * * * * *
27635 TTTAATCTGATTATGCTTGTATAAACA-AAAAATATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAT
65 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * **
27699 GATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTACAACTTGTTT-GA
128 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
27751 TAAATAGATATATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGAATTAATATTT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTA
* * * * * * * *
27812 TTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACA-AAAAAATTTGTTTTATGAC-AAACATAAGGTCAT-G
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
27874 TCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTCATAATTATTTGAA-TTAG-TTAGGT
127 T--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT-GTTTA-GA
* * * * * * * *
27930 AAATAGAATTGTTTTTTAAA-CTCTTAATTATTAATTTTTGAATTATTAATAGATTCA-TTTTA-
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * * *
27992 TTTATTCCTAACAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTG-TTTATGACAAAA-ACAAAGGTCAATAA
65 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTC-ATAA
* * * * *
28055 TGATTTGAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAT-TTCAGC
127 T-ATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGA
* * * * * **
28110 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGGTTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * *
28175 TTATTTTGAGTGAGCATGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAA
66 TTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TA
* * * * *
28240 TTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATACTGGTTTAGT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAGA
* * * * * * * *
28291 AAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTGATTTTTGAAAAAACTAATAAATAAGTGTTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * *
28356 TTTATTCCAAATAAGGTTGTAT-AACCAAAAACAATTGTAATATGACCAAACAAAAGGTAATAAC
65 TTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * * * ** * *
28420 AATTTGAAATAGATAATTGCTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTAATTCGCT
127 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-A
* * * * * *
28473 AAGCAGATGTACTTTTAAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTGGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
28534 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
66 TTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-A
* * * * * * *
28599 TTTTAAATAGACAATTGTTCCAATACTCGTAACTATTTGAATTTGTTCA-A
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * *
28649 TAAACAAATTTA-TTTTTAAAAC-TTTGCTTATTTATTTTTGAAATATTAAGATATTAGTATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
28712 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * ** *
28775 GATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGT
128 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
28828 AAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
28892 TTTATTCTGAATAAACTTGTAGGATTTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCGTAATG
65 TTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-
* * * ** * ** * * *
28957 ATTTGAAATAAAAAATTATTTTAACAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGC
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * *
29009 AAACACA--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-
** * * * * * *
29071 TTTTAACCAAATAAGCTTCTATGATTAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAGTG
64 TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-
* * * ** *
29134 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTTTATAATTATTTTAA-TTGAGTCGA
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
29185 TAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTATTTAATAATTTATGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 -AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
29249 TTTTATTCCATCTAAACTTGAATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAGGTTATA
64 TTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA
* * * * * * *
29312 ATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
126 AT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* *
29367 AAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
1 AAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
29430 AGTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACTA-AAACAA-TGATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAT
63 ATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
29493 AATGATTTGAAATAGATAAATT-TTCTAATAGTCATAACCATTTGAACAATTCG-CT--A
125 AAT-ATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--TT-GTTTAGA
** * * *
29549 AATGA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTA-TATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
29612 TGAATAT-GAATAAGCTTCTA-CAA-ACAAACAATTGTTTTACGAC-AAACGAAAAGGTCATAAA
66 T-TAT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT-AA
* * * * * * *
29673 AATTTGAAATAGATTATCGTTCATATTA-TCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGT
127 TATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
** * ** * ** ** *
29726 AATTAGATTTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTGAGCTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * ** * *
29790 TTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA-ACAAAATCAATTGTTTGATGA-TAAATTAAAGATTATA
64 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
29853 ATGGTTTGAAACAGTTAATTGATCAAATACTCAAAACTATTTGAAATGGTTT-GA
126 AT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * *
29907 TAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * * * *
29971 TTTTATTTGGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTATATGGCAAAACAAAAAGTAAACAA
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* * * * * *
30036 TGATTTGAAAGAGATAATTGTTTAAATAGTTATAA-TTTTTGGAACTGGTTCA-A
127 T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTTTAGA
* * * * * * *
30089 TAAATATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAGTTTTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
30154 TCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTA-AAATAATTGTTTCATGAC-AAATAAAAGGTCATAAC
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * ** ** * *
30217 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTTTTTTAACTATTTAAAC-TGGTTAGA
127 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * ** * * *
30269 CAAATAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-AGAATTTTACT-AATTATTATT
1 -AAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
30332 ATTTTATTGCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGATAGAAACAAAAGGTTGTA
63 ATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
30397 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAA-ATGGTAAGGT
126 A-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GA
* * * *
30452 AAATAGATTTATTTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATGTTAATAAATTAGGATTAT
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
30513 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAA
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * * * *
30577 ACAATTTGAAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCA-A
126 A-TATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGA
* * *
30632 TAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTG----A--AATAAAGTAGTATTAA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
30686 CTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAGGTTATA
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCATA
* * * * *
30750 ATGGTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCCATAACACTATTTGAACTTG-ATCGA
126 AT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CAT-A-ACTATTTGAACTTGTTTAGA
* ** * * *
30807 TAAAGAGATTTATTTTTTCCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-ACTATTAATAAGTTAGTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
30871 TATTTATTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTCATTATATGACTAAACAAAAGGTCA
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* * * * * * * *
30935 AAATGATTTGAAATACATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTCGATACTGGTTTCGA
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* * * * *
30993 CAAAAACATTTATTTTTTAAATC---T-CTCATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * *
31054 TTTT-TATCTGAATAGGCATGCATG-ATCAAAAACTGTTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATA
64 TTTTAT-TC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
31116 ATGATTTG--AGAGATATTTGTTCAAACATTCAAAACTATTTGAACTAGTTAAAA
126 AT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * * * * * *
31169 AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAGATATTAATAGAGTAATTTTTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTAT
* * * * * *
31234 TTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-GAAAGAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * *
31298 AACTTT-AAATGGATAATTGTTC-AATAGTCA-AATCTATTCGAACTTGTTTGGTA
127 TA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-A
* * * * * *
31351 AAACTGATTTTTTTTTTTTAA--TTTTGCTCATTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
31413 TTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAA-ATGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAA
64 TTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
31477 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGT
127 -TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGA
* * * * *
31531 AAACACATTTATTTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * **
31592 TTTAATCCAAATAAGCCTTGTAAGAAAAGAAACAATT-TTTTAATGACAAAA-TAAAGGATTGTA
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* * * *
31655 CTAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGT
126 AT-ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGA
* * * * * *
31710 AAACAGATTTAGTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATTTTAATATATCAGTATTAC
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** ** * * ** *
31771 TTTATTCTAGATAATTTTGCGTAAATAGAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGGTCAAAAT
65 TTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
31836 GTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAATTTG-TTCGA
128 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
* * * * *
31888 TAAACATATTTATTTTTTAAATTCTCCTAACCTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAAATTAGTA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTA
* * * * * ** * *
31952 TTATTTAATTCCCGAATAAACTTGTATTG-ATAAAAATAGTTGTTTTATGATGAAATAAAAGATC
61 TTATTTTATT--CGAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
32016 ATAACTATTTGAA
123 ATAA-TATTTGAA
32029 CTTGCTCCAT
Statistics
Matches: 10307, Mismatches: 2335, Indels: 1612
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA
Found at i:21264 original size:184 final size:182
Alignment explanation
Indices: 20868--22087 Score: 432
Period size: 179 Copynumber: 6.7 Consensus size: 182
20858 TGAAATTGCT
* * * * * * *
20868 ATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTCAATTATTTACTTATTAATTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTA-TTTTTCAAATCTTTGCTTATTAATTTTTA
* * ** *
20932 AAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTTATAAGCTGAAGCAATTGTTT
64 AAATATTAATAAAATAAGTATTAATTTATCTTGAATAAGCTTGTTATAAAATGAAACAATTGTTT
* * *
20997 TTATGACAAAACAAAAGGCCATAACATTTTTAAATAGACAATTATTCAATAGTT
129 TTATGACAAAACAAAAGGCCATAACATTTTTAAATAAACAATTATTCAATAATC
* * **
21051 GTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAAATTTATTTCTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-AAATTTATTT-TTCAAATCT-TTGCTTATTAATTTTT
* * *
21115 GAAAATATTAA-GAAATAAGTATTAATTTAT-TTAGGATAATCTTG-TATGAAAATGAAACAATT
63 -AAAATATTAATAAAATAAGTATTAATTTATCTT-GAATAAGCTTGTTAT-AAAATGAAACAATT
** * *
21177 G-TTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAA-ATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAATC
125 GTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACAT--TTTTAAATAAACAATTATTC-AATAATC
* * *
21236 ATAATTA-TTGAACTT-TTCAGTAAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTCTTATTAATTTTT--
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAAT-AAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTGCTTATTAATTTTTAA
* ** * * * * ** * *
21297 AATGTTAAT-AAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAACTTG-TA-AGCTATGAAACAAAT-ATT
65 AATATTAATAAAATAAGTATTAATTTATCTTGAATAAGCTTGTTATA-AAATGAAACAATTGTTT
* * ** * ** * * * *
21358 TTATGACTAAA-TAAAGGTTAGAACGA-TTGGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTT
129 TTATGACAAAACAAAAGGCCATAAC-ATTTTTAAATAAACAATTATTC-AATA-ATC
* * * * *** * * * ** *
21413 TTAATTATTTAAACTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCT-TTGCTTATTAA-TTTTTA
* * ** * * * *
21478 AAATATT-ATAAAACT-AGTATTATTTTTAAGC-CAAATGAGCTTCTT-TGATAA-GAAATAA-T
64 AAATATTAATAAAA-TAAGTATTA-ATTT-ATCTTGAATAAGCTTGTTAT-AAAATGAAACAATT
* * * * * * * ** * *
21537 -TATTTATAACAAAAGAAAA--TCTTAACGA--TTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATC
125 GTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAC-ATTTTTAAATAAACAATTATTC-AATAATC
* * ** * *
21592 ATAACTATTTGAAATAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTGTTAC-TATTAATTTTT-A
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCT-TTGCTTATTAATTTTTAA
* * *
21655 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTTAT-TTCAAATAAGCTTG-TATGATAAA--AAACAATTG
65 AATATTAATAAAATAAGTATTA-ATTTATCTT-GAATAAGCTTGTTAT-A-AAATGAAACAATTG
* * * * * * ***
21715 -TTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATCA-TCAAATGGCC
126 TTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAA-CATTTTTAAATAAACAATTATTC-AATAATC
* * ** * * * * ***
21770 ATAATTATTTTAAC-TGATTCGGTAAATAGATTTATTTCTT-AAATTTTTTACTTATTAATTGAG
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTT-TTCAAA-TCTTTGCTTATTAATTTTT
* * * ** * * **
21833 GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TCCATCTAAGCTTG-TATTAACCGATAACAATTG
63 AAAATATTAATAAAATAAGTATTAATTTATCTTGA-ATAAGCTTGTTATAAAATGA-AACAATTG
* ** * * *
21895 -TTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGA-TTTTAAATAGACAATTGGTTCAAATAAGTA
126 TTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAC-ATTTTTAAATAAACAATT-ATTC-AATAA-TC
* * * * * *
21954 ATAGCTATTTGAATTTGTTTAATAAACATATTTATTTTGTAAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTT-T-CAAATCT-TTGCTTATTAATTTTT
*** * * * * * *
22019 TGTATGTTAAT-AAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTT-TTATGAACTAAAACAATTG-T
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* * *
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*
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* * * * * * * *
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* ** * **
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
18623 AAAAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATG-AGTCAAAACAATTTTTTTATGACAG
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* * * * ** * *
18687 AACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGCATGACTATTTAAACTTGTT
441 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTT
* * * **
18752 CAATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
506 C--TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
18817 TATTTTATTTCGATTAAACTTGCATG-AATAAAAACAATT-TTTT-TGACAAAA-ACAAGATC--
569 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGT
* * * * * *** * * *
18876 AATCAATTTGAAATAAATATTTGTGC-AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAGAT
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*
18940 TTATTTTTTAAATCTTTTAC
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* * * * * *
18960 TTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATT-GTTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG
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* * *
19024 AAACAATTGGTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
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* * * * * * *
19089 GATAATTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTATTTATTAATTTTT
128 CATAACTATTTGAACT-TG-TTCGATAAACAGATTTGTTTTTTAAA--TTTACTTATTAATTTTT
* * ** * *
19152 GAAATATTAGTAAATTTATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTCCATGAATAGAACCAATTATTTT
189 GAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AA-CAATTGTTTT
* * * * *
19216 ATGACAAAACAAAAGGTTATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTTATAATTATTTG
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
19280 AA-TAT-T-TTCTATGAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTA
316 AACT-TGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * * * *
19341 ATATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATGAGCTTATATGAAGTGAAACAATTATTTTATTACAAAA
379 ATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
* * * * *
19406 CAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTT
443 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * * * * ** *
19470 GGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATT
506 -CTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
19535 ATTTTAATCTAAATAAGCTTCTATG-AATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAA-AAATAG-TCAT
570 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCGT
** * * * ** * * ** * * *
19597 AACCATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAGATTTAAACTTATTCAGAAAATAGATT
633 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATT
*
19662 TATTTTTTTAAATCTTTTAC
697 TA-TTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * ** *
19682 TTATTAATTGTCTT--AATATTGCTAAATTTTGTACT-ATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAA
* * * * * * *
19744 CAGAAAAAATCAT-TTCATTACAAAACAAAATGTTATAA-TGATTTTG-AATAGATAGTTATTTA
63 CA-AAACAAT--TGTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * ** *
19806 AATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTGAACTGATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA
122 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTGTTTTTTAAA---TTTACTTATTAA
* * ** * * * *
19871 ATATCAAAATATTAAT-AACTTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTAG-ATGAATAAAATAAA
184 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-CAAA-CAA
* * * ** * * *
19934 TT-TTTTATGACAAAACTAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATGAC
245 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * * ** * **
19998 TATTTTATCTAGTG-TAG-TAAACATATTTAATTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAAT
310 TATTTGAACTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * ** * *
20061 ATTAATAAATTAGTATTATTT-TAATCTAAATATGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAA
375 ATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * ** * * **
20125 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-CTCAGGTAGTCAGAACTATTTGAACAA
438 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
20189 GTTTGATAAATAGATTTGTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAG
503 G-TT-CTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * ** * * *
20250 TATTATTTTATTTCGAATAAACTAATATGAACA-AAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA
566 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GA
* * * * * * * *
20314 T-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACA
629 TCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
*
20378 AAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
693 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
20401 ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTTATTTTATTATGATTAAGCTAGTGTGAACT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAAC-
**** * * * *
20464 ATTTGAATTGGT-T-----------AGGT-A-AACAAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AAAACAATTGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * ** * *
20515 CATAACTATTTGAA-TTGGTTGGGCAATA-A-A-TT-TATTTT-AATTCCCTAAGTTATTATTTT
128 CATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAA-ACAGATTTGTTTTTTAAATTTACTTA-TTAAT-TTTT
* * * * * * * * *
20574 GGAATATTATTAGA-TTACTGTTATTTTATTTCGATTAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTTTTT
189 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAACAATTGTTT
* * *
20638 TATGACAAAACAAAA-GTCCATAATGA-TTGAAGTTCTG-TAATTGTTCAAATAGTGATAACTAT
251 TATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAA-AT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
20700 TTGAAC-T-AGTTC-AGTAAAACAAATTTATTTTTTAAA-AT-CT-CTTATTAATTTTTGAAAGA
313 TTGAACTTGTGTTCGA-T-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATA
*** * * * * * *
20759 TTAATAAATTAGTATTATTT-TGTTATTATAAACTTGTATG-A-TAAAAAAATTTGTTATATAAC
376 TTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTGTTTTATGAT
* * * * * * *
20821 CAAAC-AAAGGT-AGTAGTGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATTGCTATAATTATTTGAAC-T
439 AAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
* * * * *
20883 GATTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTCAAT-TATTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAAT
503 G-TTC--TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAAT
* * *
20947 TAGTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTTAT-AAGCTGAAGCAATTGTTTTTATGACAAAACAA
563 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAA-ATGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAA
** * * * * ** * ***
21011 AAGGCCATAA-CATTTTTAAATAGACAATTATTC-AATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAAT
625 AAGATCGTAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* *
21074 AAACAAAATTTATTTCTTTTAA-CTCTTGC
688 AAAC-AAATTTATTT-TTTAAATCTCTTAC
* * * *
21103 TTATTAATTTTTGAAAATATTAAGAAATAAGTATTAA-TTTATT-TAGGATAATCTTGTATGAAA
1 TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTAT-AAA
** * * * *
21166 -ATGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAA
63 CA--AAACAATTG--TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
21230 ATAATCATAATTA-TTGAACTT-TTC-AGTAAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTCTTATTAA
123 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T-AAACAGATTTGTTTTTTAAA--TTTACTTATTAA
* ** ** * * ** *
21292 TTTTT--AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAAGCTATGAAACAAAT
184 TTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--AACAAACAATT
* * * * * * * * * ** *
21355 ATTTTATGACTAAA-TAAAGGTTAGAACGATTGGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTTAATT
247 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT
* ** * * *
21419 ATTTAAAC-TG-GTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTTGAAAT
311 ATTTGAACTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTTGAAAT
* * * * * * * * *
21482 ATT-ATAAAACTAGTATTATTT-TTAAGCCAAATGAGCTTCTTTGATA-AGAAATAATT-ATTTA
375 ATTAAT-AAATTAGTATTATTTATT---TCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
21543 TAACAAAAGAAAA--TCTTAACGA-TTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
435 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * *
21605 ATAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTGTTAC-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
500 CTTG-TT-CTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
** *
21668 TAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA
563 TAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
21731 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCA-TCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTCGGTA
626 AGATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTG-TTTGGTA
* * * * *
21794 AATAGATTTATTTCTTAAATTTTTTAC
689 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*** * * *
21821 TTATTAATTGAGGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTC-CATCTAAGCTTGTATTAACC
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTA-TAAAC
* * * * * *
21884 GATAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGGTTCAAAT
64 -AAAACAATTG--TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAAT
* * * ** * * * *
21949 AAGTAATAGCTATTTGAATTTGTTTAATAAACATATTTATTTTGTAAAAATCTCTTTCTTATTAA
125 -AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTGTTTT-T-TAAA--T-TTACTTATTAA
* * * ** *
22014 TTTTTTG-TATGTTAATAAA-TTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA
184 -TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAA
* * * ** * **
22077 TTGTTTTATGA-ATAATCAAAAAGTTA-AGACAATTTGAAATAAATAATT-TTGTAATAGTC-TA
245 TTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * * *
22138 ACCAATTGAAC-TG-ATTCTTTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
308 ACTATTTGAACTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * **
22200 ATGTTATTAAATTAGTATTATTT-TAATCATAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC-ATT-TCCCT-
373 ATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT-TTTA
* * * * * * * * * ** * *
22260 T-ACAAAAGAAAAAGTCAAAACGATTTTGAAATAGATATTTGTTTATATTGTCCTAGCTATTTAA
435 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* ** * * * ** * * * *
22324 ACTAGTTAGGC-AAGTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAA
499 ACTTGTT---CTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * *
22388 ATTAGTATTATTTTTGAATGAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTCGGTAACTAAATAACCAA
561 ATTAGTATTA-TTTT--AT----T--T-TG-A-ATAAGC--TTGTAT--G-AAAT-GA-AA-CAA
* * * ** * ** * *
22453 TTG-TTCACTTGACAAATA-AACCAATTGTTTGATGACAAAATAAATGTTATAACGATTTGAAGT
606 TTGTTTTA--TGACAAA-ACAA--AA--GATCG-T-A-ATGAT--TTGAAAT-A-GA--TAAT--
* * * ** *
22516 AAATAATTTTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTT-GCTTTTATATCT
653 ---T-A--TTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
22580 CTTAC
711 CTTAC
* * * * * **
22585 TGATTAATTTTCT-AAATATTCATAAATTAGTATT-A-TTTA-TCTTGAACAAACTTATATTGAC
1 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTC-TGAATAAGCTTGTATAAAC
* * * * * * * *
22646 AAAAACAATCGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAAT-A-GATTTGGAATAGACAAATT-TGCAAAT
64 -AAAACAAT--TGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
22708 AGT--TAGATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAATAGAATT-ATTTCTAAATCTCTTACTTATAAAA
125 AGTCATA-ACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTGTTTTTTAAA--T-TTACTTATTAAT
* * * * * *
22769 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTTTTATTTTAATTCCAAATAAGATTTTATGAGCTGAAATAAT
185 TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAAT
* * * * * *
22833 TATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
246 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
22898 ATTTGAA---GTAATTC-ACAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTAATTAATTTTT-AGA
311 ATTTGAACTTGT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTT-ATTAATTTTTGA-A
* * * * *
22958 ATATTACTAAATTAATATTATTT-TATTCTG-ATAAGCTTGCATGAA-TAGAAAACCATTATTTT
373 ATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAACAATTGTTTT
* ** * *
23020 ATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCCATAAACTATT
434 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TAT-AACTATT
* * * * * * *
23085 TGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAATTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGT
496 TGAACTTGTTC--TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* *
23145 -AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCATGTATGTTAAA--AAACAATTCGTTTTATGACAAA
559 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--AAATGAAACAATT-GTTTTATGACAAA
* ** * * * *
23207 ACAAAAAGGTAATAACGATTTTGAAATAGATAGTTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTG
621 AC-AAAAGATCGTAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-A-AACTATTTGAACTTG
** ** *
23270 AATTCAGTAAACAAATTT-TTTTAAAAATCTCTTAG
682 --TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * * *
23305 TTGTTAACTTTCGAAATATTAACAAAGGAGTATT-ATTTCT-TT-GGAA-AACCTTTTA-AGAAC
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTT-TATTCTGAATAAGCTTGTATA-AAC
* * * * *
23365 TAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTTTAAAAATATAACTGTTCAAATA
64 AAAACAATTG-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
23429 GTCAATAACTATTTGAAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTCAAATCTCTTTCTTATTAA
126 GTC-ATAACTATTTG-AACTTGTTCGATAAACAGATTT-GTTTTTT-AAA--T-TTACTTATTAA
* * * * *
23494 TTTTTTG-AGTGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTGTTCCGAATAAGCTTGTATG-ACTTGAAACA
184 -TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC---AAACA
* ** * * * *
23556 ATTATAATATGACTAAACCAAAAAGTCATAAAATGATTTGAAATAGATTAATTATTCTAATAGTC
244 ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAT--AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
23621 TTAAC-CTTTGAA-TTG-GTTCG-----CA-A---A---TTTAAA--T-CT-CTTAATAATTTTT
305 ATAACTATTTGAACTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * ***
23667 -AGAATATTATTAAAATTAGCCATTATTT-TTATCCAAATAAACTTGTATGATAAAAAAACAAAT
370 GA-AATATTAAT-AAATTAG-TATTATTTATT-T-CGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAAC-AAT
* * * * *
23730 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTTATAAAC
428 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-AAC
* * ** * *
23795 TA-TTGAACTAGTTTCGAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
492 TATTTGAACTTG-TTCTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * *
23859 AGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAA
556 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
23924 ACAAAATG-TCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAATTAGTCAAATCTAGTTGAAC-TGT
621 ACAAAA-GATCGTAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAA-CTATTTGAACTTGT
** *
23986 TCAGTAAACAAATTTAATTTTTTAAATCTCTTGC
683 TTGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
24020 TCATTTGCATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTAA-TTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA
1 TTA-TT-AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAA
* * * * * * **
24083 CTAAAATAATTCTTTTATGACTAAAGAAAAGG-CTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAA
63 C-AAAACAA-T-TGTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
24147 TAGTC-TAAACTATTTGAACTAGTT-TAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
124 TAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTGTTTTTTAAA--T-TTACTTATTAA
* * * * * * * * *
24210 TTTTTGGAATACTATTAAA-TTAGTATTAATTTAATCCTAATAAAGGTTGTATGAAAAGAAACAA
184 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATG--AACAAACAA
* * * * * *
24274 TTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCACATTGA-TT-AATGATAGATAATTCTTC-AATA-TCATA
245 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA--ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ***
24334 ACTATTTGAA-TTGT-TTC-AGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTCCAA
308 ACTATTTGAACTTGTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * *
24392 AATATTAATAGATCAGTATTATTTCTTGT-AAATAAATTTGCATGAA-TAGCAACAATTGTTTTA
372 AATATTAATAAATTAGTATTATTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTA
* * ** * ** * * * *
24455 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATATAAA
435 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * *
24520 CTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTCCTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAAT-A
500 CTTGTTC--TAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * * *
24583 ATTAATATTATCTTATTTTGAAAAAACTTATATG-AATAAAATAATTGTTTTTAGGACAAAACAA
561 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** *
24647 CAGATCATAAACT-ATTTGAAATAAAT-ATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTCCTTAG
625 AAGATCGT-AA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
*
24710 TAAGA-AAATTTATTTTTTAAGTCT-TTAC
687 TAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
24738 TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAATTTTATTTTGAATATGCTTTTATAAAACC
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAA-C
* * *
24802 AGAAACAATTAGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTCTTTCAAATAGATAATTGTTCCAATAG
64 A-AAACAATT-GTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
24867 TTTATAACTATTTGAACATGTTC-AAAAACA-ATTTTGTTTTTTAAATTATTATTTATTAATTTT
127 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-TTTGTTTTTTAAA-T-TTACTTATTAATTTT
* *
24930 TGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAC-ATTGTTTTA
188 TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
24994 TGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAA
253 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
25059 CTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAA
318 CTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-A
* * * * * *
25124 AATTAGTATTATCTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACTGATACAATTGTTTTGTGATGAAACAA
382 AATTAGTATTAT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
*
25189 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCTATA
446 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCTA-A
* * * * * * *
25254 ACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTT
510 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * *
25319 AATCCGAATAATCTTGTATGAAAT-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCGCAATGATT
575 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAATGATT
* * * * *
25383 TGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCCAAATTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTACTTT
640 TGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGT-CAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTT
*
25447 TTAAATCTTTTAC
703 TTAAATCTCTTAC
* * * * * *
25460 TTATTAATTGTTTG-AATATTGATTAATTTGT-TTTATTTTAAT-TGAAATAA-CTTGTATAAAT
1 TTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATAAAC
* * * * * *
25521 AGAAAAAAGTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATA
64 A-AAACAA-T-TGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
25584 GTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCAG-TTTTTAAATAT-CTTATTAATTTTTC
126 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT-TGTTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
25647 AAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTC
190 AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACAATTGTTTTA
* * ** * *
25712 TTACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCATAACTATTT-A
253 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *** * * *
25776 CAC-TG-GTTAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CACTACTTTATTAA-TTTTCATAATATT
317 -ACTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-CTAC-TTATTAATTTTTGA-AATATT
* * ** * * *
25837 AATAAATTAGAATTACTTTA-TTCTGAATAAGATTGTACCAA-TAGAAAAAAATT-TTTTATAAC
378 AATAAATTAGTATTA-TTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAACAATTGTTTTATGAT
* * * *
25899 AAAACAAATGGTCATAAGGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAGTTGAA-T
439 AAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAACT
* * * *
25962 TGGTT-TAGCAA-ATAGATTTA-TTTTTAAATATCTT-C---TTAATTCTCAAATTATTAATAAA
502 T-GTTCTA--AACAT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * *
26020 TTAATATTATTTTATTTCAGACA-AA-C-TGATATGAACA--AAA-AGATTTTTTTATGAC-AAA
562 TTAGTATTATTTTATTT-TGA-ATAAGCTTG-TATGAA-ATGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * * * * * *
26078 CTAAAAGTTCATAACAATTTAAAATATATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTT
622 C-AAAAGATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTT
* * *
26143 GGCAAA-AATAATTA-TTTTTAAATCTCTTAG
685 GGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * * * * * * *
26173 TTA-TAAACTTTCATAATATTATTAGATTGGTACT-ACTTTCTTC----T--GCTTGTATGAATA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACA
* * * * *
26230 TAAATAATTGTTTTTTGAGAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
65 -AAACAATTG--TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
26294 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGACAAACAAATTT-ATTTTTAAATTTCCTACTCATGAATTT
126 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTGTTTTTTAAA-TT--TACTTATTAATTT
* *
26357 TTGAAATATTAA-AAA-GTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCATACG-ATGAAC-AACAATT
187 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCT--T--GTATGAACAAACAATT
* * * * *
26418 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA
247 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * * *
26483 TTTAAAC-T-AATTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTCTTAACTTTTGAAACA
312 TTTGAACTTGTGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * * * *
26545 TTAACAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATTATA
376 TTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * * * * *
26610 AAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATTTG
440 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTG
* * * * ** *
26674 TTTGGTAAACA-A---ATTTTTTTAATGTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TAG
504 -TT-CTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAG
* * * * * * * * * *
26734 TATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTGTGAACTAAAAAAATTATTTTATGAC----TAAAGGTTA
566 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * * * * *
26795 G-AATGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTCAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAT
631 GTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAA
* *
26858 ATTTGTTTTTTAAATATCTTAGC
694 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-C
* * * * * * * * * *
26881 -TATTAATTTTAG-AATATT-ATTAGTTCAGCAAT-ATCTTAGTCCGAGTAAGCTTGTATGAACA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACA
* * * *
26942 TAAACAAGTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATATT-AGATAGATAATTGTTCAAATA
65 -AAACAA-T-TGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
27005 GTCATAACAATTTGAACTAGTCCAATAAACAGATTTAG-TTTTTAAATCT-CTTACTAATTTTTG
126 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT-GTTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * * *
27068 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATAAATATAAATAACTATTT
190 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT-GA-ACAAACAATTGTTT
* * *
27131 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*** * ** *
27196 AAC-TCACTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTAT-AAA-ATTAA
316 AACTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAA
* * * * *
27257 TAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGATTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAA
380 TAAA-TTAGTATTA-TTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAA
* * * * * * *
27320 ACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAAACTTATT
442 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-GAACTTGTT
* * *
27385 CGGTAAACATATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
506 C--TAAACATATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
** ** * * *
27449 TTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAAAGAAAATG-T
568 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTA-TGAC-AAAACAAAA-GAT
* * * *
27512 CAG-AATGATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGAT-AACA
630 C-GTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
* *
27575 TATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
693 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** ** * * * *
27598 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTTAATCTGATTATGCTTGTATAAACAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACAA
* * * * * * * *
27663 AAAATATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
66 AACA-A-T-TGTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
27727 TCATAACTATTACAACTTGTTTGATAAATAGATATATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAA
127 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTGTTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
27791 ATATTAGTAGAATTAATATTTTTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAAAATTTGTTTTAT
192 ATATTAATA-AATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAACAA-TTGTTTTAT
* * *
27856 GAC-AAACATAAGGTCAT-GTCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTCATAATTATTTGA
254 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
27919 A-TT-AGTTAGGTAAATAGAATTGTTTTTTAAA-CTCTTAATTATTAATTTTTGAATTATTAATA
317 ACTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * * *
27981 GATTCA-TTTTATTTATTCCTAACAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTG-TTTATGACAAAA-AC
382 AATT-AGTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA-
* *
28043 AAAGGTCAATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTAT-TT
445 AAAGGTC-ATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACT-TGTT
* * * * * * **
28106 CAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGGTTAGTAT
506 C--TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * **
28171 TATTTTATTTTGAGTGAGCATGTATG-AATAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT
569 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGT
** * * * * * * * *
28235 AACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATACTGGTTTAGTAAATAGAT
633 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAACAAAT
*
28299 TTATTTTTTAAATATCTTAC
696 TTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * ** * *
28319 TTATTGATTTTTGAAAAAACTAATAAATAAGTGTT-ATTTTATTCCAAATAAGGTTGTATAACCA
1 TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAAC-
* * * * *
28383 AAAACAATTGTAATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTGAAATAG
64 AAAACAATTGT--TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
28448 CCATAATTATTTGAA-TTAATTCGCTAAGCAGA--TGTACTTTTAAAATCACTTATTAATTTTTG
127 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTGT-TTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
28510 AAATATTAATAAAGTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTA
190 AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
28575 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCCAATACTCGTAACTATTTGAA
253 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
28640 -TT-TGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAAACT-TTGCTTATTTATTTTTGAAATATTAAGAT
318 CTTGTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * *
28701 ATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTG-TTTATG-TCAAAACAA
383 ATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAA
* * *
28764 AAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA-TTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGT
446 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTTGTTC--T
* * * * * * *
28828 AAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTTGGATTAT
508 AAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * *
28892 TTTATTCTGAATAAACTTGTAGGATTTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCGTAATG
572 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAATG
* * ** * ** * * *
28957 ATTTGAAATAAAAAATTATTTTAACAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACA--TATT
637 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
29020 TTTTAAATCTCTTAC
701 TTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * *
29035 TTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGATTA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-A-AA
* *
29098 -AAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCAT-AGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
63 CAAAACAATTG--TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
29159 -GTTTATAATTATTTTAA-TTGAGTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTATTTAATAAT
125 AG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTGTTTTTT-AAA--TTTACTTATTAAT
* * * ** * * *
29222 TTATGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATCTAAACTTGAATTAACTAAAACAATTG
185 TTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTG
* * * * * * *
29287 TTTTATGA-AAAATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAATAACTA
248 TTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
29351 TTTGAACTTGT-TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AAT
312 TTTGAACTTGTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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** * * * **
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* ** ** * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** * * *
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*** * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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**** ** *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *** * ***
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* * * *
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* ***
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* * *
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* * * * * *
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* **
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66 AACTATTTGAAC-T-TGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAA-CTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
25111 GAAATATTAATAAAATTAGTATTATCTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACTGATACAATTGTTT
127 GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TT
* ** * *
25176 TGTGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
190 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * ***
25241 AACTTGTTCTAT-AACATATTTATTTTTAAAATAT-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
255 AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT-TTTGAATATTAATA
* * * * * *
25304 AATTAATGTTATTTTAATCCGAATAATCTTGTATGAAAT-AAA
318 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AATGAAA
* ** **
25346 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCGCAATGATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCC
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGT-C
* * * ** * * *
25410 A-AATTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG
64 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATT-TTTG
* * * * * * *
25474 -AATATTGATTAATTTGTTTTATTTTA-ATTGAAATAA-CTTGTAT-AAATAGAAAAAAGTAT-T
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA-T-TGT
* ** * *
25534 TTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
189 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
25597 GAACTTGTTCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAA----TATCTTATTAATTTTTCAAATATTAATA
254 GAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
** * *
25658 AATTAAAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
318 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAA
* * * * ** * *
25701 CAATTATTTTCTTACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * *
25766 TAACTATTT-ACACTGGTT-AGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CACTACTTTATTAA-TTT
65 TAACTATTTGA-ACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTC-TTAC-TTATTAATTTT
* * * * * ** * *
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126 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAACAATTG
* * * * *
25891 TTTATAACAAAACAAATGGTCATAAGGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTA
188 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTA
* * * * * * * **
25955 GTTGAA-TTGGTT-TAGCAAATAGATTTA-TTTTTAAATATC-TTC---TTAATTCTCAAATTAT
251 TTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAA-TAT
* * * * *
26013 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGACAAAC-TGATATGAA-CAAA
313 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAATGAAA
* * * ** * * * * *
26059 AAGATTTTTTTATGAC-AAACTAAAAGTTCATAACAATTTAAAATATATAATTATTCATATAGCC
1 CA-ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * * ** *
26123 TTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAA-AATAATTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAAACTTTC
64 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
26185 ATAATATTATTAGATTGGTACTA-CTT-TCTT--CT--GCTTGTATGAA-TATAAATAATTGTTT
128 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TT
* * * *
26243 TTTGAGAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
190 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
26308 AAC-TGATTCGACAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCCTACTCATGAATTTTTGAAATATTAA-A
255 AACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
* * ** *
26370 AAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCATACG-ATGAACAA
318 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATG-A-AA
* * * *
26413 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATGGCCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * ** ** ** * *
26478 AATTATTTAAACTAATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTCTTAACTTTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * * * *
26543 CATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATTA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGA
* * * * * * * * *
26608 TAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATTT
195 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
26673 GTTTGGTAAACAAA--T-TTTTTT-AATGTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TA
260 GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATA-AATTA
** * * *
26733 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTGTGAACTAAAA
323 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * * * *
26771 AAATTATTTTATG-----ACTAAAGGTTAGAATGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-T
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
26830 CAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACATATTTGTTTTTTAAATA-TCTTAGC-TATTAATTTTA
66 -AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-ACTCTTA-CTTATTAATTTTT
* * * * * * ** * *
26892 G-AATATT-ATTAGTTCAGCAATATCTTAGTCCGAGTAAGCTTGTATGAACAT-AAACAAGTGTT
127 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTG-T
* * * *
26954 TTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATATT-AGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATT
189 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
27017 TGAACTAGTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC--TCTTACTAATTTTTGAAATATTAAT
253 TGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* ** * *
27078 AAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATAAATATAAA
317 AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-GAAA
* * * * * *
27122 TAACTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * *
27187 AACTATTTGAACTCACTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTAT-A
66 AACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTT-TGA
* * * *
27250 AA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGATTGCATGAACAGAACCAATTGTTTT
129 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTT
* * * * *
27312 ATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAA
191 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-G
* * * * * *
27377 AACTTATTCGGTAAACATATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATA
255 AACTTGTTCGATAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
** *
27441 AATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
318 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * **
27484 CAATTGTTTTACT-ACAAAAAGAAAATGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTC
1 CAATTGTTTTA-TGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * **
27548 ATGACTATTTGAACTTGTT-TG-ATAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
64 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTG
** * * * * * * * *
27611 AAATATTAATAAATTAAAATTATTTTTAATCTGATTATGCTTGTATAAAC-AAAAAATATTATTT
128 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATT-GTT
* * * * * * **
27675 TATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTAC
190 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
27740 AACTTGTTTGATAAATAGATATATTTTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAG
255 AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATA-
* * * * * **
27801 AATTAATATTTTTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAA
318 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA
* * *
27843 AAATTTGTTTTATGAC-AAACATAAGGTCAT-GTCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
1 CAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T
* * * *
27906 CATAATTATTTGAA-TTAGTT-AGGTAAATAGAA-TTGTTTTTT-AAACTCTTAATTATTAATTT
63 CATAACTATTTGAACTT-GTTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
27967 TTGAATTATTAATAGATTCA-TTTTA-TTTATTCCT-AACAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTG
125 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * *
28029 TTTATGACAAAA-ACAAAGGTCAATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACT
188 TTTATGACAAAACA-AAAGGTC-ATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * **
28093 ATTTGAACTAT-TTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATA
250 ATTTGAACT-TGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATA
* ** ** * * *
28156 TTATTAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAGTGAGCATGTATGAATAGAAA
312 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAA
* * * * * ** * * *
28205 TAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
28270 AACTATTT-ATACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATA-TCTTACTTATTGATTTTTGA
66 AACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-ACTCTTACTTATTAATTTTTG-
* * * * *** * ** *
28333 AAAAACTAATAAATAAGTGTTATTTTATTCCAAATAAGGTTGTAT-AACCAAAAACAATTGTAAT
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTGT-TT
* * ** * * * *
28397 ATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTGAAATAGCCATAATTATTTGA
191 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
28462 A-TTAATTCGCTAAGCAGATGTA-CTTTTAAA-ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
256 ACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* *
28522 AGTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
319 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * * * * *
28564 TAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCCAATACTCGT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
28629 AACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAAACT-TTGCTTATTTATTTTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
28692 TATTAAGATATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTATGTC
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTATGAC
* * * *
28757 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAACTTG
196 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
28822 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTTGG
261 TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGT
* * * *
28887 ATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAGGATTTGAAA
325 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ATGAAA
* * * * * * * ** * **
28923 CAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAAAAATTATTTTAACAGTTTT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * *
28988 AACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACA--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGA
66 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* **** * * * *
29050 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-ATTAAAAATAATTGTTTTA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TTTA
* * * *
29113 TGAC-AAA-AAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTTTATAATTATTTTA
192 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGA
* * * *
29175 A-TTGAGTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTTATTTAATAATTTATGAAATATTAAT
256 ACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* * ** * * * *
29237 AAATTAATATTATTTTATTCCATCTAAACTTGAATTAACTAAAA
317 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * * * *
29281 CAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAA
1 CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * *
29345 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG
65 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
29410 -AATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACTAAAACAA-TGATTTT
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG--TTT
* * * *
29473 ATGACTAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTCTAATAGTCATAACCATTTG
191 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * ** * * *
29537 AAC-AATTCGCTAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAA
255 AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * * * * **
29601 ATTAGTA-TATTTGAATAT-GAATAAGCTTCTA-CAAACAAA
319 ATTAGTATTATTT-TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA
* ** * * *
29640 CAATTGTTTTACGAC-AAACGAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATTATCGTTCATATTA-TC
1 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTC
* * * ** * *** ** * ** **
29703 TTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAATTAGATTTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTGAGCTTCA
64 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * *
29768 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAAAC-AAAATCAATTGTTT
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AACTGAAA-CAATTGTTT
* ** * * * * * * * *
29832 GATGA-TAAATTAAAGATTATAATGGTTTGAAACAGTTAATTGATCAAATACTCAAAACTATTTG
191 -ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * *
29896 AAATGGTTTGATAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAA
255 AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA
** * * * * **
29961 ATTAGTATTATTTTATTTGGAACAAACTTATATTAACAAAAA
319 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * * * * *
30003 CAATTGTTATATGGCAAAACAAAAAGTAAACAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTTAAATAGTTA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
30068 TAA-TTTTTGGAACTGGTTCAATAAATATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTG
65 TAACTATTT-GAACTTGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
30131 AAATATTAATAAGTTAGTTTTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTCA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT-A
* ** * * ** ** *
30196 TGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTTTTTTAACTATTTAAA
192 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * *
30260 CTGGTTAGACAAATAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATTTTACT-AA
257 CTTGTTCGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA
* * *
30324 TTATTATTATTTTATTGCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA
320 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AATGAAA
* * ** * * *
30365 TAATTGTTTTATGATAGAAACAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCA
1 CAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
30430 TAACTATTTGAA-ATGGTAAGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTCTTGA
65 TAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
30491 AATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTT
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTG--TT
* * ** * * *
30554 TATGACAAAATAAAAGGTAATAAACAATTTGAAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATT
190 TATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
30619 TGAA-TTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--TCTTATTAA-TTTTG---A--AAT
253 TGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATATTAAT
* ** *** * * *
30673 AAAGTAGTATTAACTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACTAAAA
317 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * * *
30717 TAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAGGTTATAATGGTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
1 CAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
* * * * * *
30782 CATAACACTATTTGAACTTGATC-GATAAAGAGATTTATTTTTTCCAAATCTCATGCTTATTAAT
63 CAT-A-ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT--AAAACTCTTACTTATTAA-
* * *
30846 TTTTTG-ACTATTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
122 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * * * * *
30909 TCATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATACATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
186 T-GTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
30974 TATTCGATACTGGTTTCGACAAA-AACATTTATTTTTTAAATCTC--TC--ATTAATTTTTTGGA
249 TATTTGA-ACTTG-TTCGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTT-GA
* * * * * * *
31034 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAGGCATGCATG-ATCAAA
309 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATGAAA
* * * * * * *
31084 -AACTGTTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAATGATTTG--AGAGATATTTGTTCAAACATT
1 CAA---TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** ** * * *
31145 CAAAACTATTTGAACTAGTTAAAAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTG
63 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
31210 AGATATTAATAGAGTAATTTTTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAAGAATTGTTTT
128 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTT
* ** * *
31275 ATTACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATGGATAATTGTTC-AATAGTCA-AATCTATTC
191 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTT
* * * * * * * * *
31337 GAACTTGTTTGGTAAAACTGATTTTTTTTTTTTAAT-T-TTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTAA
254 GAACTTGTTCGAT-AAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAA
*
31400 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGTATGAAATGAAA
316 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-AATGAAA
* * * * * * * *
31445 TAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
31510 AACTATTT-AAATTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAAA-TC-T-CTTACTAATTTTTGGA
66 AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *** * ** *
31571 ATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCCTTGTAAGAAAAGAAACAATTTTTTAAT
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT-AT
* ** * * * *
31636 GACAAAA-TAAAGGATTGTACTAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGA
193 GACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
31699 AC-TGTTTC-AGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA-ATC--TCTTATTAATTTTTAAAATTTTAATA
256 ACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * * ** ** *
31759 TATCAGTATTACTTTA-TTCTAGATAATTTTGCGTAAATAGAAA
318 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-GAAA
* ** * * * *
31802 CAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGGTCAAAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
1 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
31867 TGACTATTTAAATTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATTCTCCTAACCTATTAATTTTT
65 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-ACT-CTTACTTATTAATTTTT
*
31931 -AGAATAATAATAAAATTAGTATTATTT
127 GA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTT
31958 AATTCCCGAA
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA
Found at i:32440 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 181
32035 CCATAAAAGA
* * *
32045 TTTTTAAATTTTTTAACTT-ATAATTTTTGGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AA
1 TTTTAAAATCTTTT-ACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAA
* * * ** * *
32107 TATGCTTATATGAACAGAAATAATTGGTTTATGAA-AAAACAAATAGTCA-AAAG-TTTTAAAAT
64 TAAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGAAGAAAA-AAA-GGTCATAAAGATTTGAAAAT
* * ** *
32169 AAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTGAACACATTCAA-AAACTAAATTTAT
127 AGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTAGAACTTATTCAATAAAC-AAATTTAC
** *
32224 TTTTAAAAT-TTTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAAT
1 TTTTAAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAGAAT
* *
32287 AAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATAGAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAAATAG
65 AAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGA-AGAAAAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAATAG
* *
32352 ATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTATTCAATAAACAAATCATA-
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTATTCAATAAACAAAT-TTAC
* * * * *
32405 TTTT-AGATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
1 TTTTAAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATA
* * * * *
32469 AGCCTATATGAA-TTGATACAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAG
66 AGCTTATATGAACAT-AAACAATTATTTTATGAAGAAA-AAAAGGTCATAAAGATTTGAAAATAG
* * * * ** * *
32532 ATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTA-AACTTGTTCGGTAAATATATTTAC
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAGAACTTATTCAATAAACAAATTTAC
* ** ** * *
32585 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATCATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GCAT
1 TTTTAAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAGAAT
* * * * *
32649 AAACTTGTATGAACA-AAAAAAATGTTTTATGATAGAATAAAAA
65 AAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGA-AGAA-AAAAA
32692 CAATTATTTT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 64, Indels: 42
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 20 0.05
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTTAAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATA
AGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGAAGAAAAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTATTCAATAAACAAATTTAC
Found at i:33020 original size:17 final size:17
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32990 AGTCATAACA
33000 ATTTGAAATAG-ATAATT
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1 ATTT
33039 TAACTGATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.25
17 5 0.25
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ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
ATTTGAATAGCATAATT
Found at i:33325 original size:175 final size:180
Alignment explanation
Indices: 32879--34373 Score: 536
Period size: 178 Copynumber: 8.4 Consensus size: 180
32869 TCAGTAAACA
32879 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
1 TATTTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
*
32943 CGAATAAGCTTGTATAA-TAAAAATAATTGTTTTATAACAACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAA
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* ** * * * *
33007 ATAGATAATTATTTGAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAATT
127 ATAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATT
* * *
33061 TA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCC
1 TATTTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * *
33124 GTATAAGCTTGTGTTAACTAAAACAATGTTTTGTGAC-A-AAAAAAGGTCATAACGATTTTAAAT
65 GAATAAGCTTGT-ATAACTAAAACAATGTTTTATAACAACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
33187 AGACAATTGTTCAAATAGTAC-TAACTATTTGACCTTATTTGATAAATAGATT
129 AGACAATTATTCAAATAG-ACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATT
* * * *
33239 TATTTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATGAATTAGTTTTAATTTATTCTG
1 TATTTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * * **
33300 AATAATCTTGTATGAACTGAAACAAT-TATCTTTTGACTGA-ATAAAAGGTCAGAATGATTTGAA
66 AATAAGCTTGTAT-AACTAAAACAATGT-T-TTATAAC-AACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * *** * * * * * * *
33363 ATAGA-TATTGTT-ATAGTAGTTTTAACCATATGAACTGGTTCGGTAGACAGA-T
127 ATAGACAATTATTCA-AATAGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATT
* * * * * *
33415 TA-TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAATCC
1 TATTTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * **
33478 AAATAAGCTTGTATGAA-GAAAA-AATTATTTTATGAC-A-AAACAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 GAATAAGCTTGTAT-AACTAAAACAA-TGTTTTATAACAACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * *
33539 TTG---A-TAGTC---T-----TAACTATTTGAACTG-GTT--CAAACAATTGGATT
128 TAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAA----ATT
* ** ** * * *
33581 TA-TTTTTT-ATTTCCTTGGTCT-TTAA--GATTCATAATATTATTAAATTATTATTATTTTATT
1 TATTTTTTTAAATT-CTTACT-TATTAATTTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * * *
33641 CAGAATAAAATAGCATGGAC-AAAACCAAATGTTTGATGACAA-AACAAATGTTATAA-AGATTT
63 CTGAATAAGCTTGTAT-AACTAAAA-C-AATGTTTTATAACAACAAAAAAAGTCATAACA-ATTT
* * * * * * * * * * *
33703 GAAATCGATAATTATTTTAAAGAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATATATT
124 GAAATAGACAATTA-TTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATT
* * *
33761 TA-CTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-T
1 TATTTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** * * * * * **
33822 CAAACAAAATTATATGAAC-AGAAATAATTATTTTATGACAA-ACAAAAAGAAATAACAATTTGA
65 -GAATAAGCTTGTAT-AACTA-AAACAA-TGTTTTATAACAACAAAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * ** ** * * ** *
33885 AATATATAATTATT-AAATAGTTATATTTATTTAAACTGGTTTGGCAAATAGAA-T
126 AATAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACA-AATT
* * * * * *
33939 T-GTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTT-AAATATTAACAAATTGGTTTTATTTTATT-T
1 TATTTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * ** **
34001 CAAATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAA-AACAAAGGGTCATAATGATTTGA
65 -GAATAAGCTTGTAT-AACTAAAACAA-TGTTTTATAACAACAA-AAAAAGTCATAACAATTTGA
* * ** * * * * *
34065 AATAGATAATTGTTCCTATAGTCTTAACTACTTGAACTGGTTCGATAAA-AAGATT
126 AATAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAA-ATT
* * * ** * * *
34120 TA-TTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAA-TTTTCAAAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTT
1 TATTTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * *
34183 GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA-AGATAGA-AAAAAAAGGTTATAGCATTTTG
65 GAATAAGCTTGTAT-AACTAAAACAA-TGTTTTATA-ACA-ACAAAAAAA-GTCATAACAATTTG
** * * *
34246 AAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAACATATT
125 AAATAGACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATT
* * *
34302 TA-TTTTTTAAA-TC-T-CTTACTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATT-TC
1 TATTTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
*
34361 AAATAAGCTTGTA
65 GAATAAGCTTGTA
34374 GGTTGAAAAA
Statistics
Matches: 1009, Mismatches: 227, Indels: 158
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
163 1 0.00
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166 9 0.01
167 9 0.01
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169 1 0.00
171 1 0.00
172 4 0.00
173 2 0.00
174 2 0.00
175 86 0.09
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180 172 0.17
181 164 0.16
182 76 0.08
183 1 0.00
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
AATAAGCTTGTATAACTAAAACAATGTTTTATAACAACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
ACAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATT
Found at i:34178 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 33613--34373 Score: 678
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 178
33603 TAAGATTCAT
* * * * * * * * *
33613 AATATTATTAAATTATTATTATTTTA-TTCAGAATAAAATAGCATGGACA-AAACCAAATGTTTG
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTGTATGAACAGAAA-TAATTGTTTT
* * * * * * **
33676 ATGACAAAAC-AAATGTTATAAAGATTTGAAATCGATAATTATTTTAAAGAGCCAAAACTATTTG
64 ATGACAAAACAAAAGGTAAT-AAGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCTTAACTATTTG
* * * *
33740 AAATGGTTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTA
127 AACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTA
* * * * *
33793 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAATTATATGAACAGAAATAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT
* * * * ** *
33858 GAC-AAACAAAAAGAAATAACAATTTGAAATATATAATTATT-AAATAGT-TATATTTATTTAAA
66 GACAAAACAAAAGGTAATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAA
* * *
33920 CTGGTTTGGCAAATAGAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTTA
129 CTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT--AATTTTTA
* * * * *
33972 AATATTAACAAATTGGTTTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT
* * * ** *
34037 GACAAAACAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCCTATAGTCTTAACTACTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTAATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
* * * * * *
34102 TGGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTCAA
130 TGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-AATTTT-TA
* * ** * *
34153 AATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT
* * * * *
34218 GATAGAAAAAAAAGGTTAT-AGCATTTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
66 GACA-AAACAAAAGGTAATAAG-A-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGA
* * * *
34282 ACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC---TAATTCTTGA
128 ACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATT-TTTA
* *
34331 AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
34374 GGTTGAAAAA
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 99, Indels: 32
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 89 0.19
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182 78 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTAATAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT
GGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTTA
Found at i:34391 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 33700--34413 Score: 605
Period size: 178 Copynumber: 4.0 Consensus size: 177
33690 GTTATAAAGA
* * * * * * * *
33700 TTTGAAATCGATAATTATTTTAAAGAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATATATTTACT
1 TTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * *
33765 TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAA
65 TTTTAAATCTCTTACT--TAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAA
* * * * * * * *
33830 ATTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAA-GAAATAACAA
128 CTTGTAGGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTAAT-ACAT
* * ** * * * *
33880 TTTGAAATATATAATTATT-AAATAGTTATATTTATTTAAACTGGTTTGGCAAATAGAATTGTTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTT
* *
33944 TTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTTAAATATTAACAAATT-GGTTTTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTAAATCTCTTAC-T-T-AAATTTTTAAATATTAATAAATTAGG-ATTATTTTATTTCAAATAA
* * ** * * *
34008 ACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATA-AT
127 ACTTGTAGGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATACAT
* ** * * * * *
34058 GATTTGAAATAGATAATTGTTCCTATAGTCTTAACTACTTGAACTGGTTCGATAAAAAGATTTAT
1 --TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAT
* * * * ** **
34123 TTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTA--AATTTT-TAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
34188 AACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAAGATAGAAAAAAAAGGTTATAGCAT
126 AACTTGTAGGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAAGGTAATA-CAT
* * * *
34242 TTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTT
* *
34307 TTTAAATCTCTTAC-T-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCT
66 TTTAAATCTCTTACTTAAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAACT
*** * * **
34370 TGTAGGTTGAAAAACAATTG-TTTATGAGAAAATGAAAGGTAATA
130 TGTAGGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATA
34414 ATGATTTTAT
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 96, Indels: 34
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 12 0.03
177 7 0.02
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179 77 0.18
180 42 0.10
181 101 0.24
182 78 0.18
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAACTT
GTAGGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTAATACAT
Found at i:35100 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 34561--35429 Score: 791
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 363
34551 CTTGAATCTT
* * * *** * **
34561 TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGT-ACTACTATTTTATTTTGGATAAGCTCT-TATGAATT
1 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTCACATAAGCT-TAAATGAACA
* * * * * * ** * **
34624 GAAACAATTGTTATATGACAAATCAAAA-ATTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATA
64 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
* * * * * * * * *
34688 ATCATAACTATTTAAACTT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAAATCTCTTACTT-ATAAA
128 GTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGAAAAATAATTTTAGTTTTT--AAATCTCTTACTTAAT-AA
* * * * * *
34751 TTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCT-AATAAGCTGATATGAATTGAAATAAT
189 TTTTTTAAATATGAATAAAGTAGGATTATTTTATT-CTGAATAAGCTGATATGAATTGAAACAAT
* * * * *
34815 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAGTAGT-TTAAA
253 TATTTTATAACAAAACAAAAGG-TAGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AA
* * *
34878 CCATTTGA-ATTGATTTGGCAAACACA-TTTA-TTTTTTAAATCTTTTAC
316 CCATTTGAGATT-ATTCGACAAACA-ATTTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * **
34925 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGA-ATCAA-CTTGTATGATA-
1 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATAAGTATTA-TTTTATTTCACAT-AAGCTTAAATGA-AC
* * * * *
34987 AAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGAT-ATTTTTTTAAAT
63 AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AAT
*
35050 AGT-TGTAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATT
127 AGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATT
* * ** *
35114 TTTTAAATATGAATAAAGTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGT
191 TTTTAAATATGAATAAAGTAGGATTATTTTATTCTGAATAAGCTGATATGAATTGAAACAATTAT
* * * * * *
35179 TTTATAACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATT
256 TTTATAACAAAACAAAAGGTAGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATT
* *
35244 TGAGCTTATTCGATAAACAATTTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
321 TGAGATTATTCGACAAACAATTTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
35287 TTATTAATTTTTCTAATGTTAATAAATAAGTTTTATTTTATTTCACATAAGCTTAAATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCACATAAGCTTAAATGAACAAA
* * *
35352 AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
66 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
35417 TTAACTATTTGAA
131 TTAACTATTTGAA
35430 CTGATTGGAC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 75, Indels: 45
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
360 4 0.01
361 145 0.36
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364 65 0.16
365 11 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (363 bp):
TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCACATAAGCTTAAATGAACAAA
AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
TTAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTTA
AATATGAATAAAGTAGGATTATTTTATTCTGAATAAGCTGATATGAATTGAAACAATTATTTTAT
AACAAAACAAAAGGTAGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAGA
TTATTCGACAAACAATTTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:35191 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 34417--35445 Score: 677
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 178
34407 GGTAATAATG
** * * * *
34417 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAT
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTG--AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
** * * * * * * * * * * *
34480 AGCGATCTAAAAAAGATAATTGTTTAAATGGCTATAAGTATTTGGACTGATTTGATAAACTAATT
63 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTTAACTATTTGAATTGATTTGAAAAAC-AATT
* * * * *
34545 TGTTTTCTTGAA--TCTT--TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTACTACT
126 TATTTT-TTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * * *
34595 ATTTTATTTTGGATAAGCTCTTATGAATTGAAACAATTGTTATATGACAAATCAAAAATTCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAA
* * * * * * * *
34660 TGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTAAACTT-ATTCGATAAACAAATTT
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACTATTTGAA-TTGATTTGAAAAAC-AATTT
* * *
34724 ATTTTTTCAAAATCTCTTACTT-ATAAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
127 ATTTTTT--AAATCTCTTACTTAAT-AATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATT
* ** * * * * *
34778 ATTTTATTCCT-AATAAGCTGATATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGA
1 ATTTTATT-TTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA
* * * **
34842 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAGTAGTTTAAACCATTTGAATTGATTTGGCAAACACATTT
64 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTT-AACTATTTGAATTGATTTGAAAAACA-ATTT
* * * * *
34907 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
127 ATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATT
* ** *
34959 ATTTT-TATTTGAATCAA-CTTGTATG-ATAAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAT
1 ATTTTAT-TTTGAAT-AAGCTTTTATGAAT-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAT
** * * * * * * *
35021 AACAATTTGAGATTGATATTTTTTTAAATAGTTGTAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAATTT
63 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT-TAACTATTTGAATTGATTTGAAAAACAA-TT
* * * *
35086 TAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATGAATAAAGTAGGATT
126 TATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * *
35139 ATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCGTAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA
* * * * * * * *
35204 TGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTT-ATTCGATAAACAATTTT
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACTATTTGA-ATTGATTTGAAAAACAA-TTT
* * *
35268 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCT-AATGTTAATAAA-TAAGTTTT
127 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTT-TAAATATTAATAAAGT-AGTATT
* ** * * * * * * *
35321 ATTTTA-TTTCACATAAGCTTAAATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAA
1 ATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA
** * * * *
35385 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTGGACAAAACA
64 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACTATTTGAATTGATTTGA-AAAACA
35446 CGTATATTTT
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 148, Indels: 67
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 7 0.01
178 95 0.14
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184 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTAACTATTTGAATTGATTTGAAAAACAATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATT
Found at i:35458 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 34417--35445 Score: 790
Period size: 182 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
34407 GGTAATAATG
* * * *
34417 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAT
1 ATTTTATTTC-AATAAGCTTATATGAATT--AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * * * *
34480 AGCGATCTAAAAAAGATAATTGTTTAAAT-GGCTATAAGTATTTGGACTGATTTGATAAACTAAT
63 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAAAT
* * * * *
34544 TTGTTTTCTTGAA--TCTT--TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTACTACT
127 TTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * **
34595 ATTTTATTTTGGATAAGCTCT-TATGAATTGAAACAATTGTTATATGACAAATCAAAAATTCATA
1 ATTTTA-TTTCAATAAGCT-TATATGAATTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * *
34659 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAAATTT
64 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAAATTT
* * *
34724 ATTTTTTCAAAATCTCTTACTTATAAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
129 ATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
34778 ATTTTATTCCTAATAAGCTGATATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
1 ATTTTATTTC-AATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * ** *
34843 TGATTTGAAATAGATAATTATTCCAGTAGT-TTAAACCATTTGAATTGATTTGGCAAACACATTT
65 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT-AACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAAATTT
* * *
34907 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
34959 ATTTTTATTTGAATCAA-CTTGTATG-ATAAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
1 A-TTTTATTTCAAT-AAGCTTATATGAAT-TAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * *
35021 AACAATTTGAGATTGATATTTTTTTAAATAGT-TGTAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAATT
63 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAAAT
* * * * * *
35085 TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATGAATAAAGTAGGATT
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
35139 ATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCGTAA
1 ATTTTA-TTTCAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * * *
35204 TGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTATTCGATAAACAATTTTA
65 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAAATTTA
* * *
35269 TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCT-AATGTTAATAAATAAGTTTT
130 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
35321 ATTTTATTTCACATAAGCTTAAATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAA
1 ATTTTATTTCA-ATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
35386 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTGGACAAAACA
65 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGA-AAAACA
35446 CGTATATTTT
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 158, Indels: 49
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.00
178 97 0.15
179 14 0.02
180 135 0.20
181 138 0.21
182 144 0.22
183 136 0.20
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTATTTCAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:35841 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 35457--37670 Score: 1741
Period size: 181 Copynumber: 12.4 Consensus size: 180
35447 GTATATTTTT
* * * ** * * * *
35457 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATGCGAATAAGCTTATATGAAAAAAAAAACAATTGTTCTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--AATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
35522 GACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
64 GACAAAACAAAAG-GCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
35585 TTGGTTAGGTAAACAAATTTA-ATTTCAAA---TCT-CTTATTAATTTTCAAAA
128 TT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
* * ** * * **
35634 TATTAATAAATCAGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
35699 CAAAACAAAAGGCCTCAATTATTTGAAATCGATAATTGGTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAGGCAT-AACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
35764 GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTT-TTCATTTTCAAAA
130 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTA-CTTATTAATTTTTAAAA
* *
35815 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * **
35880 CACAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGCAGTCATAACTATTT-AAGCT
66 CAAAACAAAAG-GCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT
* ** * * * **
35944 TGCTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTTTTGGAA
129 TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
* ** *
35996 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATG
* * * * * * *
36060 AGAAAATAAAAGTTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACG
65 ACAAAACAAAAG-GCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * **
36125 TGTTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTGGAA
129 TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
* * ** *
36176 TGTTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAATGATTATTTTATG
1 TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
36239 ACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGG-CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * **
36304 TGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAAT-ATCTTACTCATAAACTTTTGGAA
129 TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * ** * *
36356 TGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGGTACAATTGTTATATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
36421 CGAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATGTTATGACTATTTGAACT
66 CAAAACAAAAG-GCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACT
** * * *
36486 TGTTTGGTAAACATGTTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-AAA
129 TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT-TTTAAAA
* * * * *
36538 TATTAATATATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * * * * *
36603 AAAAACAAAAACTCATAGCAATTTAAAATAAATAATTGCTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTT
66 CAAAAC-AAAAGGCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
36668 ATTTGGTAAACAGATTTACTTTTTT-AATTTTGTACTTATTAATTGTTT-TAA
130 GTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT-TTTAAAA
* ** ** * *
36719 TATTAACAAATTTTTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATTAATAGAAAAAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
36784 CAAAACAAAAGGCTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAGCTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAGGC-ATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
36849 GTTTGGTGAACAGATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTCATTAATTTTTGAAA
130 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAA
* * ** * *
36900 TATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTGTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * *
36965 TTAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGCA-TT
66 CAAAACAAAAGG-CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
37029 GGTCAGGCT-AACATATTCATTTTTTAAATCCAT-TACTTATTACTTTTTAGAA
130 -GTTTGG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
37081 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
37146 TAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTACAGCTAATTGAA-T
66 CAAAACAAAAGG-CATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
37209 TGGTTTAGTAAGCAAATTTATTTTTT-AA--TTCT-CTTATTAATTTTTAAAA
129 T-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
37258 TATCAATAAATTAATATTATTTTATTCAT-AACAAAC-T-TAT---TTG-AACAA-------A-A
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
37308 ACAAAACAAAAGGTCATAACCACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAAT
65 ACAAAACAAAAGG-CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
**** * * ** *
37372 TAGTTCAACAAAAAAAATTATTTTTTAAATC-TCTTACAGATTAATTTTTGAAA
129 T-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
37425 TATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTGTTTTACG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
37489 ATAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAA-GGCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
37554 GGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTCAAAA
129 TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
37606 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATGAA-CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
37670 A
65 A
37671 TAGAACTAAA
Statistics
Matches: 1633, Mismatches: 337, Indels: 130
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 69 0.04
164 3 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 41 0.03
169 2 0.00
171 5 0.00
172 4 0.00
173 4 0.00
175 28 0.02
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177 83 0.05
178 2 0.00
179 95 0.06
180 143 0.09
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182 154 0.09
183 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
Found at i:38668 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 37709--39789 Score: 1467
Period size: 181 Copynumber: 11.6 Consensus size: 180
37699 TCTATAATTG
* ** ** * * *
37709 TTATTAATATTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAAATTATTTTGACTAGGCTAGTATG-ATGA
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * **
37772 AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTGATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
37836 GCTATAATTATTT-AAATTGATTCGATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAAC
129 TC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-TAAC
* * * * * *** * **
37890 TTATCAATTTTTAAAAAATAAATAAAGTTA-TTTTATTTTATTTTGTATAAGCTTTTGCGAACT-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * ** *
37953 TAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
38018 TCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAAAAATTTCTT-GC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT----AAA--TCTTAAC
*
38075 TTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAACT
1 TTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAA-T
* * * * * * **
38138 A-AAACAATTATTTTACGGCTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATA
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * *
38202 GTTTTAACTATTTGAACTAGATT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAATC----C
128 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTAAC
* * * * * *
38251 TTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATGTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
38315 AAATAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
38379 TATAACTATTTGAACTAGCTT-GGTAAA-AGATTTAGTTTTTAAATC-T--C
130 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTAAC
* * * * * *
38426 TTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTTGCATTATTTTA-ATCTAAATAA-TTTCATATGAAT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-GTATGAAT
* * * * *
38488 AGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
38553 GACATGAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAAC
128 GTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-AAC
* * * *
38607 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTCTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
38672 AACAACTATTTTATGACAAAACAAGAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
38737 AAAACTATTTGAACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TT--T
131 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTAAC
* * *
38784 TTACTT-A-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAA-ATAGCTTGTTTGAATA
1 TTA-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAATA
** * ** * *
38846 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTG-TCAAATAA
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * ** *
38910 TCATAACTATCTAAACATGTTCAAAAAATAGCTTTATTTTCAAAAAT-TTTA-
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTTAAC
* * * ** *
38961 TTATTAATTTTTGGAATATGAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAATAT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *** * * *
39025 AACCAATTGTTTTATGATAAAATAACATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
39090 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAAATTCATTTTTTAATTAT-TTTAC
130 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATCTTAAC
* * * * * * *
39142 TCT-TTACTTTTTGGAATGTTAATAGATCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA
1 T-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * ** * * ** * * *
39206 -AAACAATTGTTTTGTTATAGTACAAAAGGTTACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
39270 TCATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTAAC
* * * * * * * * * * *
39323 TTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAACTTGTATAAACAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
39387 AAACAATTCTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAGATAG
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* *
39451 TCATAACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ACTTTATTTTTTAAATCTTTTAA-
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATC--TTAAC
* * * *
39504 TTATTAATTGTCTT--AATATTGATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAATA
1 TTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * * *
39567 GAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAACTGCTCAAATAA
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
39632 TCATTAATTATTTAAACTTGATT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATGTCTTAA-
129 TCA-TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTAAC
* * * * *
39686 TTATTAATTATCAAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
39750 --A-AATAATTTTATGATAAAAGAAAAAGTCATAACAAATTGA
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
39790 TTAAAACAAA
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 303, Indels: 152
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 20 0.01
175 169 0.11
176 219 0.14
177 26 0.02
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180 21 0.01
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184 5 0.00
185 132 0.09
186 7 0.00
187 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTAAC
Found at i:39178 original size:535 final size:540
Alignment explanation
Indices: 37954--39746 Score: 1249
Period size: 535 Copynumber: 3.3 Consensus size: 540
37944 TTGCGAACTT
* * ** * * *
37954 AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGA
* ** * * * **
38019 CAT-AACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAAAAATTTCTTGCTTATTAAT
66 CATGAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTAATTTTTT--AAATA-TTC-AACTTATTAAT
* * * * * *
38083 TTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAACTAAAACAAT
126 TTT-TAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAAC-TTATATGAACTAAAACAAC
* * * * * * * * * ***
38146 TATTTTACGGCTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACT
189 TATTTTATGACAAAACAAAAGATCACAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAAAACT
* * * ** * * * * * *
38211 ATTTGAACTAGATTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTA-TTA-ATTTTTAGAATATT-A
254 ATTTAAACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATATTGTCAAAATATTAA
* ** * * * * * * * * * * *
38272 TTAATGTAGCAATATTTTACTC-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTAGGATAAA
319 TAAAT-TAATATTATTTTAATCTC-AATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTCTTGTATGACAAA
* * * * * * * * * * *
38336 ACAAAGA-TCATAACAATTTGAGAT-AGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGC
382 ACAAAAAGTAATAATAATTTAAAATAAG-TAATTGTTCAAATAATCATAACAATCTAAACAT-G-
*** * * *
38398 TTGGTAAAA-GA-TTTAGTTTTT---AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAA-ATAGTAATAAATTT
444 TTCAAAAAACAACTTTA-TTTTTCAAAAATTTTAATTATTAATTTTTGAATAT-G-AATAAATTT
* * * *
38455 GCATTATTTTAATCT-AAATAATTTCATATGAATAG
506 GTATTATTTT-ATTTGAAATAACTTCACATGAATAG
* * *
38490 AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGA
* *
38555 CATGAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTA
66 CATGAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATATTCAACTTATTAATTTTTA
* * * *
38620 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTCTATGAA-TAGAAACAACTATTTT
131 GAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTA-AAACAACTATTTT
* * * * *
38684 ATGACAAAACAAGAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGA
195 ATGACAAAACAAAAGATCACAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTAA
* **
38749 ACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTAT-TT-T-GGAATATTAATAAATT
260 ACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATATTGTCAAAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
38811 AGTATTATTTT-CTTTCAA-AATAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTT-TATGACAAAACAAA
325 AATATTATTTTAATCTCAATAA-A-CTTGTATAAACAAAAACAATT-CTTGTATGACAAAACAAA
** * * *
38873 TGGTCATAATGATTTAAAAT-AGATAATTG-TCAAATAATCATAACTATCTAAACATGTTCAAAA
387 AAGTAATAATAATTTAAAATAAG-TAATTGTTCAAATAATCATAACAATCTAAACATGTTCAAAA
* * *
38936 AATAGCTTTA-TTTTCAAAAATTTT-ATTATTAATTTTTGGAATATGAATAAATTTATATTATTT
451 AACAACTTTATTTTTCAAAAATTTTAATTATTAATTTTT-GAATATGAATAAATTTGTATTATTT
*
38999 TATTTGAAATAAGCTT-ACATGAATAT
515 TATTTGAAATAA-CTTCACATGAATAG
* * * * *** * * * *
39025 AACCAATTGTTTTATGATAAAATAACATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGA
* * * * ** *
39090 CAT-AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAAATTCATTTTTTAATTATTTTACTCT-TTACTTTT
66 CATGAA-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATATTCAACT-TATTAATTTT
* * * * * * *
39153 TGGAATGTTAATAGATCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
129 TAGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAACTATTT
* * * ** * * ** * **
39218 TGTTATAGTACAAAAGGTTACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTA
194 TATGACAAAACAAAAGATCACAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTA
* * * * *
39283 AACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTAATAA
259 AACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT--ATTGTCAAAATATTAATAA
*
39348 ATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTCTTGTATGACAAAACAAA
322 ATTAATATTATTTTAATCTCAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTCTTGTATGACAAAACAAA
* * * * * * **
39413 AAGTAATAATAATTTGAAATAAGTAATTGTTCAGATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCAGTAA
387 AAGTAATAATAATTTAAAATAAGTAATTGTTCAAATAATCATAACAATCTAAACATGTTCAAAAA
* **
39478 ACAACTTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTCTT-AATATTG-ATAAATTTGTATTATT
452 ACAACTTTATTTTTCAAAAATTTTAATTATTAATT-T-TTGAATA-TGAATAAATTTGTATTATT
**
39541 TTATTTGAAATAAACTT-GTATGAATAG
514 TTATTTGAAAT-AACTTCACATGAATAG
* * ** * * * * *
39568 AAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAACT-GCTCAAATA-
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATAG
* * * * * *
39631 ATCATTAATTATTTAAACTTGATT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATGTCTTAA-TTATTAAT
65 A-CATGAA-TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATAT-TCAACTTATTAAT
* * * * * *
39694 TATCAAAATATTAATAACAT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
126 TTTTAGAATATTAATAA-ATCAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA
39747 TTGAAATAAT
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 203, Indels: 92
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 2 0.00
531 20 0.02
532 209 0.21
533 42 0.04
534 16 0.02
535 282 0.28
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537 4 0.00
538 2 0.00
539 3 0.00
540 76 0.08
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542 13 0.01
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544 89 0.09
545 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGA
CATGAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATATTCAACTTATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAACTATTTTA
TGACAAAACAAAAGATCACAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTAAA
CTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATATTGTCAAAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTAATCTCAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTCTTGTATGACAAAACAAAAAGT
AATAATAATTTAAAATAAGTAATTGTTCAAATAATCATAACAATCTAAACATGTTCAAAAAACAA
CTTTATTTTTCAAAAATTTTAATTATTAATTTTTGAATATGAATAAATTTGTATTATTTTATTTG
AAATAACTTCACATGAATAG
Found at i:40081 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 39814--41340 Score: 1043
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 179
39804 TAATTATAAC
* * * * * * ** * *
39814 TTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTATTT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
* * * * * * *
39879 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAATTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTT-ATTAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
39944 TTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAT
130 TTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * *
39995 TTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTTAAATCATTATAACTT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
* * * * * ** *
40060 TTTATTTTGTCTTCAAACAATTGGTTCTATTCATAGTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATT-AAAATAAAATAATACTAAT
* * * * ** * * * **
40125 TCAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAA
130 TTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
40176 TTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
* * * * * * * *
40241 ATTGTTATGTCGTAAAAGAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATTCTAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATT-AAAATAAAATAATACTAAT
* * *
40305 TTAATAATATTTCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTATAAAATAAAT-TGT
130 TTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* ** * * * * * * * *
40355 TTACCGAA-TCAACTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCTTTTTGACC
1 TTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT
* * ** * * * * *
40419 TTTTCTTTAGTCATAAAACAAGCG-TTTCAGTTCATACCAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTA
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATT-AAAATAAAATAATACTA
* * *
40483 ATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAACTAAATATGT
128 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-TAAATCTGT
* * * * * * * * * * * *
40538 TTATCGAACAAATTTAAATAGTTATTACGATTTAAACAATTATCTATCTAAAATCATTATAACCT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
* * * * * * * *
40603 TTTGATTTATTATAAAACAATTG-TTTTAGTTAATACAA-TCTTAGATAGAATAAAATAGTGCTA
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGT-TTA-TTAAAATAAAATAATACTA
*** * *
40666 ATTTATTAATATGTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGT
128 ATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * ** ** *
40719 TTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCCT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
* * * * *
40784 TTTGTTTTGTCATAAACCTATTATTTTT-TATCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGTTTATT-AAAATAAAATAATACTAA
* *
40848 TTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAATTTAAGTAATAAATCTAT
129 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AA---AA--AATAAATCTGT
* * * * * *
40908 TTATCAAACTAGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTA-AGA-T
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACT
* * * * * * * * **
40971 CTTTGTGTTGTCGTAAAATAATTATTTTT-TATCATAGAAGCTTATTCAGTTAAAAATAATACTA
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGTTTATTAAAAT-AAAATAATACTA
* *
41035 ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGT
128 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* ** * * *
41087 TTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTCTAACTT
1 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
* * * * * * * * *
41152 TTTTGTTTAGTC-TAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGTATGTTCAAAATAAAATAATCCAA
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGTTTATT-AAAATAAAATAATACTA
* * * * *
41215 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTCT
128 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
41269 TTACTGAAA--AGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTAT-TTTTTAAAATCATTATTACC
1 TTAC-CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT
41331 TTTTGTTTTG
65 TTTTGTTTTG
41341 ACATCAAAGA
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 249, Indels: 76
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 139 0.13
180 216 0.20
181 393 0.37
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184 5 0.00
187 4 0.00
188 83 0.08
189 58 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
Found at i:41358 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 41023--41363 Score: 391
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
41013 TATTCAGTTA
* * * * * * *
41023 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTT
1 AAAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATAAATCTCTT
* * *
41088 TGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTCTAACTTT
66 TACCAAAC-AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACTCT
* * *
41153 TTTGTTTAGTCTAAAATATTTGTTTCATATTTTACAAGTATGTTCAAAAT
130 TTTGTTTAGACTAAAAGAGTTGTTTCA-ATTTTACAAGTATGTTCAAAAT
* *
41203 AAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTC
1 AAAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT--AAAAATAAATCTC
* ** * * * *
41268 TTTACTGAAA-AGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTAT-TTTTTAAAATCATTATTAC-
64 TTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACT
* *
41330 CTTTTGTTTTGACATCAAAGAGTTGTTTCAATTT
128 CTTTTGTTTAGAC-TAAAAGAGTTGTTTCAATTT
41364 ATAAAAGCTT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 24, Indels: 9
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 14 0.11
180 72 0.54
181 29 0.22
182 15 0.11
183 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATAAATCTCTT
TACCAAACAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACTCTT
TTGTTTAGACTAAAAGAGTTGTTTCAATTTTACAAGTATGTTCAAAAT
Found at i:41628 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 41402--41741 Score: 425
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
41392 ATTTCCTGAA
* * * *
41402 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAACAGATAGCTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAACAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
* * * *
41467 TTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATT-TT-AGAATATTAATAACTT
66 TTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAAAT-TCTTAATTATT-AATTGTTGA-AATATTAATAAATT
* * *
41529 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTATGAC
128 AGTATTATTTTAATCCGAATAAGATTATATGAATTGAAATAATTTTTTATGAC
* * * * * * *
41582 AAAACAAAAGGTCATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAACAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
* * * *
41647 TTCGATAAACATATTTATGTTTTAAAATTTTTATTTATTGATTGTTGAAATATTAATAAATTAGT
66 TTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAAATTCTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGT
*
41712 ATTATTTTAATCCGAATAAGATTGTATGAA
131 ATTATTTTAATCCGAATAAGATTATATGAA
41742 CAAAAGGCTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 23, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.02
180 122 0.91
181 9 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAACAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
TTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAAATTCTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTAATCCGAATAAGATTATATGAATTGAAATAATTTTTTATGAC
Found at i:42037 original size:337 final size:335
Alignment explanation
Indices: 41404--42065 Score: 771
Period size: 337 Copynumber: 2.0 Consensus size: 335
41394 TTCCTGAAAA
* * * * *
41404 AACAAAAGGTTATAATGATTTCAAACAGATAGCTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTT
1 AACAAAAGGCTATAACGATTTCAAACAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
*
41469 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAACTTAGTAT
66 TGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAACTTAGTAT
* * * * *
41534 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGA
131 TATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAATGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
** * * *
41599 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTA
196 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA
** * * * * *
41664 TGTTTTAAAATTTTTATTTATTGATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAAT
261 TGTTTTAAAATTCCTACTCATTAATTGTTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
41729 AAGATTGTATG
325 AAGATTGTATG
* * * * * *
41740 AACAAAAGGCTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTAGT
1 AACAAAAGGCTATAACGATTTCAAACAGATAACTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTAGT
* * * * *
41804 TTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTCATAATATTATTAGA-TTAG
65 TTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTT-AGAATATTAATA-ACTTAG
* *
41868 TATTATTTTA-TTCTAAATAAATTTGTATGAACAT-AAATAATTTTTTATGAC-AAACTAAAAAG
128 TATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAA-ATGAAATAATTTTTTATGACAAAAC-AAAAAG
* * * * * *
41930 TTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTGGTAAAT
190 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAAC
* * * * *
41994 AGATTTAT-TTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTAAAATATTAAAAATTTGTATTTTTTTAT
254 AGATTTATGTTTTAAAAT-TCCTACTCATTAATTGTTAAAATATTAAAAATTAGTATTATTTTAA
42058 TCCAAATA
318 TCCAAATA
42066 GGCTTATATG
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 47, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 130 0.48
337 138 0.51
338 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (335 bp):
AACAAAAGGCTATAACGATTTCAAACAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
TGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAACTTAGTAT
TATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAATGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA
TGTTTTAAAATTCCTACTCATTAATTGTTAAAATATTAAAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
AGATTGTATG
Found at i:42158 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 41740--43066 Score: 605
Period size: 180 Copynumber: 7.3 Consensus size: 180
41730 AGATTGTATG
* * * * **
41740 AACAAAAGGCTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCTTTAACTATTTGAACT-AGT
1 AACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA-T
* * * * * * * * *
41804 TTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTCATAATATTATTAGATTAGT
65 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAAATATTATAAAATTAGT
* * * *
41869 ATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAACATAAATAATTTTTTATGACA
130 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACATAAACAATTTTTTATGACA
* * *
41920 AACTAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
1 AAC-AAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGAT
*
41985 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTT-AAAATATTA-AAAATTTGT
65 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAAATATTATAAAATTAGT
* ** ** *
42048 ATTTTTTTATTCCAAATAGGCTTATATGATGA-AAACCAATTGTTTTATGGCA
130 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACATAAA-CAATT-TTTTATGACA
* * *
42100 AA-ACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGA
1 AACA-AAAAGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
42164 TTTGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCT-CTAACT-TTTGAGTTTTTGAAAA-ATTA-ATAAA
64 TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTCATT-AATTTTTCAAAATATTATA-AAA
* * **** * * * *
42224 GTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATTATAA
125 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAT-AAACAATT-TTTTATGA-CA
* * * * * * **
42282 AACGAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAAAGCAAATTTATTTTT
1 AACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT-AA-C-----TA--TTT
* * ** * * * * * ** *
42347 TAA--AATTTGCTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-TGAATG
57 GAACTGATTTG----GTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAAATA
** *** * * * *
42409 TTAATTTAA-TAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTATGTAT-TACCTAAAACAATTATTTTATG
117 TT-ATAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT-TATATGAACAT-AAACAATT-TTTTATG
*
42471 TCTA
178 AC-A
* * * * * *
42475 AACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AC
1 AACAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA-
* * * * ** ** * * * ** *
42539 TTTGGCAAACATATTTA-TTTTGAAGCCTAATACTTATTAA-TTTT-AGAATATTATTAGTTTAA
64 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAAATATTATAAAATTAG
* * * * * * * *
42601 TAATATTTAACTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA
129 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACATAAACAATT-TTTTATGACA
* * * * * ** * *
42654 AAAAAAAAGATCATAACGATTTTAGATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGT
1 AACAAAAAG-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGAT
*** * * * *
42719 TCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-CT--T-GTTAATGTTT-GAAATATTA-ATAAATTAG
65 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAAATATTATA-AAATTAG
* ** * * **
42778 TATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATGAATAAAAACAATTATTTTACAACGA
129 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACATAAACAATT-TTTTATGAC-A
* * * * *
42832 AACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGAA-TATTTTAACTTG
1 AACAAAA-AGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT-AACTATTTGAAC-TG
* * *
42895 -TTTGGTAAATAGA-TTAATTTTTAAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTT-ATAATATTGAT-AAAT
63 ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTCCTACTCATTAATTTTTCAAAATATT-ATAAAAT
** * * * * *
42955 TAGTATTA-TTTATTTTAAATAAA-TGTTTATGAATAAAAAAAAATTGTTTTATCACA
126 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT-TATATGAA-CATAAACAATT-TTTTATGACA
* * * * *
43011 AA-ATAAAAG--AT---GATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTGAACT
1 AACA-AAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
43067 CGCTCGATAC
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 204, Indels: 139
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 33 0.04
176 15 0.02
177 111 0.13
178 19 0.02
179 125 0.14
180 211 0.24
181 183 0.21
182 19 0.02
183 11 0.01
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186 1 0.00
187 6 0.01
188 7 0.01
190 5 0.01
192 21 0.02
193 79 0.09
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATT
TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAAATATTATAAAATTAGTA
TTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACATAAACAATTTTTTATGACA
Found at i:42862 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 42569--43021 Score: 394
Period size: 177 Copynumber: 2.5 Consensus size: 175
42559 TGAAGCCTAA
* * * ** * * * * *
42569 TACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAATAATATTTAACTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
1 TACTCATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTCTAAATAATCTT-TATGAATA
* * ** * * * * *
42634 AAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACGATTTTAGATAGATAATTGTTTAAATAG
64 AAAACAATTATTTTACAACAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG
** *
42699 TTAT-AATTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TC
129 ACATGAA-TATTTGAACTGGTTCAATAAATAGA-TTAATTTTTAAAGTC
** *
42746 T-CTTGTTAATGTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATGAA
1 TACTCATTAAT-TTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTAAATAATCTT-TATGAA
* * *
42809 TAAAAACAATTATTTTACAACGAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
62 TAAAAACAATTATTTTACAACAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
* * ***
42874 AGACATGAATATTTTAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTAAAGTC
127 AGACATGAATATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTAATTTTTAAAGTC
* * *
42923 TCCAACTCATTAATTTTATAATATTGATAAATTAGTATTATTTATTTTAAATAAATGTTTATGAA
1 T---ACTCATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTAAAT-AATCTTTATGAA
* * *
42988 TAAAAAAAAATTGTTTTATC-ACAAAATAAAAGAT
62 T-AAAAACAATTATTTTA-CAACAAAAAAAAAGAT
43022 GATTTAAAAT
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 41, Indels: 23
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 19 0.09
177 117 0.53
178 6 0.03
179 19 0.09
180 53 0.24
181 8 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TACTCATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTAAATAATCTTTATGAATAAA
AACAATTATTTTACAACAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGAC
ATGAATATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTAATTTTTAAAGTC
Found at i:43528 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 43087--47086 Score: 2179
Period size: 180 Copynumber: 22.2 Consensus size: 178
43077 ACAGATTTAC
* * * * * *
43087 TTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAACT-GAAAAAAT
* * * ** * *
43151 TGGTTTATGACAATAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTCATAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
43216 ATTTGAA-TGTGTTAAGA-AAGCATATTTATTTTTTACAA-CT-TTACTTATTAA
129 ATTTGAACT-TATT-CGATAAACA-A-ATATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAA
* * ** * **
43267 TTTTTGGAATATTGATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAAT
* * * * * *
43331 TATTTTATGACAAAGA-AAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCAGAAC
64 TGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
43395 TATTTAAACTTATCCGATAAATAAA-ATTGTTTTAATTCTCTTACTGATTAA
128 TATTTGAACTTATTCGATAAACAAATATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
43446 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTTAAAAAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATT
* * ** * * ** * * * *
43511 GTTTTATTACAAAAGAAAAAAATAAAAATGATTTGAAATAGATAATTACTT-AAATATTTATGAC
65 GTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
43575 TATTTGAACTTGTTCGAAAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAA
128 TATTTGAACTTATTCGATAAACA-A-ATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * * * * * *
43628 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATAATGTTCTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAAA-AAT
* * * * * *
43692 TTTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAAGAAGTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAA-T
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
43755 GATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
129 -ATTTGAACTTATTCGATAAACAAA--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
43808 TTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAAGAAGCTTGTATGAACAGAAAAAG
1 TT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAA
* * * * * * *
43871 TT-ATTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAAT
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
43935 TATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
128 TATTTGAACTTATTCGATAAACA-AAT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
43988 TTTTTGGAATATTAATAACTTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAA-
1 TTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAAT
* * * *
44052 T-ATTTAT-AGCAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTA-TCA-AG
64 TGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATA-
* * * * * *
44113 ACTATTTTATC-TAGTTTGATAAA-AATATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAG
126 ACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAA-A--TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * * **
44169 TTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAACTGT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAA-AAT
* * * * * * * * * *
44232 TGTTTGATAATAGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAAG
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
44296 TATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAAATTTTTTTTTAA-GTCTT--TGATTAA
128 TATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
44344 TTTTTGAAATATTAAT-CATTATTATTATTTTACTCCAAACAAACTTATAAGAA--GAAAAGCAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAA--AA
* * * *
44406 TTGTTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
44471 TATTTGAA-TTAATTAGGTAAACTAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAG
128 TATTTGAACTT-ATTCGATAAAC-AAA-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * **
44524 TTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTCTTTTATTCACAATAAGC-TAGTATGAATTTAAAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCA-AATAAGCTTA-TATGAACTGAAAAAA
* * * * *
44587 TTGTTTTATGATAAAACTAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAC
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
44652 TATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACGAATTTATTTTTGAAATCTCTTAGTTATT-A
128 TATTTGAACTTA-TTCGATAAAC-AA-ATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * *
44704 TTTTT-ACGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATGTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATA
1 TTTTTGA--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCAAATAAGCTTATATGAAC-TGAAAAA
* * * * * *
44767 ATTATTTTATGATAGAATA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAT
62 ATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * * *
44831 AATTATTT-AAATTGGTCTAGTAAACATATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTCA-TAA
125 AACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACA-A-ATATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA
* * * *
44887 TTTTTGAAAGATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-TAAAAAATAA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAA-AA
* * * * * * ** *
44950 TTGTTATATAACCAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAACCATAAT
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
45015 TATTT-AAATTGATTC-AGTAAATGAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA
128 TATTTGAACTT-ATTCGA-TAAA-CAAAT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* **
45068 TTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAAG--TAGTATGAACT-AAAACA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT-AAGCTTA-TATGAACTGAAAA-A
** * * * *
45130 ATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAA
62 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
45195 CTATTTGAATTTGTTAGCTTAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA
127 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAA--TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
** * * * * * * *
45249 TTTTCAAAACATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTG
** * * *
45314 TTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAACAATCTT-AAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
45378 TTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAA
130 TTTGAACTTATTCGATAAACA-A-ATATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * * *
45430 TTTTTCAAATGTTAGTAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAACTTGA-AAGATA-TGAAACAA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTT-ATATGA-ACTGAAA-AA
* * * * ** * * * **
45493 A-TATTTTATGACTAAATAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAA
62 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * *
45557 CTATTT-AAGTTGGTTTTGCA-AACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAG
127 CTATTTGAACTT--ATTCG-ATAA-ACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
45611 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAGT-GAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAATAG
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAAAA
* * * ** ** * * *
45674 CTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** **
45738 TATTTGAACAGGTTTTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAA
128 TATTTGAACTTATTCGATAAACAAA--TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA
** * *
45791 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTG-A-T-AAAAGCAA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAA--AA
* * * * ** * *
45853 TTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGATATATATAATCATTCAAATAGCCATAAT
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * ** * *
45918 TATTTTAACTAATTTGATAAGCTGATTTATTTTTTTAAATTTCTTACTTACTAA
128 TATTTGAACTTATTCGATAAAC--AAATA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
** * ** * * * * * *
45972 TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTATCTAATCTTGTATTAATTGCAACAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATT
* ** * * ** * * * *
46037 -TTTTATAACAAATTAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGACAATT-TCCAAATAATAATAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
46100 TTTAAACTTATTCTG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA
130 TTTGAACTTATTC-GATAAACA-A-ATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * ** * * *
46151 TTTCT-ACATGTTTATAAATTAGTATTAATTTTTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGACACAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATT
* * ** * * *
46215 GTTTTATAACTAAAA-GAAA-GTC-TGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGT-ATTAA
65 GTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAA
* * * * *
46276 CCATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
127 CTATTTGAACTT-ATTCGATAAACAAA--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * * *
46330 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTACTTGAATCCGAATAAACTTGTATGAAC--AAAGCAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA-AAAT
* * ** * * *
46393 TGTTTTACGACAAAA-AAAATGTCATAATGATTTAAAATAGAT-A-TGATTCATATAGTCTTAAC
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* ** * * **
46455 TATTTGAAC-TAGTTC-AGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA
128 TATTTGAACTTA-TTCGA-TAA--ACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * ** ** * **
46508 GTTTTGGAATATTATTAAAATAGTATCATTTTATTTTGAATAA-AATATTATGAA-TAGGACCAA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTA-TATGAACT-GAAAAAA
* * * ** * ** * *
46571 TTGTTTGATGACAGAATAAAATATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * * *
46636 TATTTAAAATGGTTTGGTAAATAGATTAACTTTATAAATCTCTTA-TTGATTAA
128 TATTTGAACTTATTCGATAAACA-AAT-ATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA
* * * * *
46689 TTTTTTAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATTAAC-CAAAACAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAA-AAT
* * ** * *
46753 TGTTTTATGACAAAGCAAAAAG-CAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AAT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
46816 TATTTGAA-TTGGTTTGGT-AACTGTAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAA
128 TATTTGAACTT-ATTCGATAAAC---AAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *** *
46868 TTTTTTGAAATATTAATAAATCAGTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGGGTTGAAATAAT
1 -TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAAT
* * * * *
46933 TGTTTTGTGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * *
46998 ATTTGAA-TTGGTATGGCA-AAGGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
129 ATTTGAACTT-AT-TCG-ATAAACAA-ATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
47050 CTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTTATTC
1 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTC
47087 TGAAATAAAT
Statistics
Matches: 2968, Mismatches: 651, Indels: 401
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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174 35 0.01
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181 978 0.33
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183 27 0.01
184 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTATTCGATAAACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
Found at i:45051 original size:544 final size:533
Alignment explanation
Indices: 43098--47095 Score: 2353
Period size: 542 Copynumber: 7.4 Consensus size: 533
43088 TTTTAAAATT
* * * ** *
43098 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATA
* * ** * * * * *
43163 ATAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTG
65 AAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTG-G
* * * *
43227 TTAAG-AAAGCATATTTATTTTTTACAA-C-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTT
128 TT-AGTAAA-CAAATTTATTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TT
* * * ** * *
43289 A-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGACAAAGA-AAAAG
189 AGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAAAATT-GTTTATAACAAA-ACAAAAG
* * * * * * * *
43352 GTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCAGAACTATTTAAACTT-A-TCCGATAA
251 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGATTCAG-TAA
* * * **
43415 ATAA--AATTGTTTTAATTCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTT
314 ATAATTCATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTT
* * * * ** * * **
43478 ACATCAAATAAGCTTA-TATGAACTTAAAAAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAAATAAAAATGA
377 A-TTCGAATAAGC-TAGTATGAAC-TAAAATATTGTTTTA-TACAAAA-CAAAAGGTCATAACAA
* * * *
43542 TTTGAAATAGATAATTACTT-AAATA-T-TTATGACTATTTGAACTT-GTTCGAAAAACATATTT
437 TTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCTTA--ACTATTTGAA-TTAGTTAGATAAACAAATTT
* * * * * *
43603 ATATTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
498 ATTTTTTAAAATCTCTTAGTTATTATTTTTC-GAATA
* * * * * * * *
43639 TTAATAAATTAATAATGTTCTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTTTTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATA
* * * * * *
43704 AAACAAAAGTCATAAGAAGTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAATGATTTGAATTTGTT
65 AAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTT
* * *
43769 CAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGT
130 -AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAAGATTAATAAATTAGT
** * * * * *
43832 ATTATTTTATTTGAAAGAAGCTTGTATGAACAGAAAAAGTTATTTATAACAAAACAAAAGGTTAT
192 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGTAAT
* * *
43897 AGCAATTTCAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTC-GATAAATAGA
256 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGATTCAG-TAAATA-A
* * * *
43960 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTTAATATTATTTTATTT
318 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATT-ATTTTATTTTA-TT
* * * *
44025 CGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAATAAT-ATTTATAGCAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAA
380 CGAATAAGC-TAGTATGAACTAAAATATTGTTTTATA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
44088 ATAAATAATTATTCAAATTA-TC-AAGACTATTT-TATCTAGTTTGATAAA-AATATTTATTTTT
443 ATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCTTA-ACTATTTGAAT-TAGTTAGATAAACAA-ATTTATTTTT
* * * *
44149 TAAAATATTTTACTTATTAGTTGTT-GAAATA
504 TAAAATCTCTTAGTTATTA-TTTTTCG-AATA
*** ** * * *
44180 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACTGTTGTTTGATAATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATA
* * * * * *
44244 GAATA-AAAAGTCATAACGATTTGAAGTAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAAGTATTTGAACTA
65 -AA-ACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTG
* * * * * *
44307 GTTTGATAAACAAATTT-TTTTTTAAGTC--TT--TGATTAATTTTTGAAATATTAAT-CATTAT
127 GTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
44366 TATTATTTTACTCCAAACAAACTTATAAGAAGAAAAGCATTTGTTT-TACGACAAAATAAAAGGT
191 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAA-AAATTGTTTATA--ACAAAACAAAAGGT
* * * *
44430 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAATT-AGGTAAACT
253 AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTCA-GTAAA-T
* *
44494 AAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTCTTTTAT
316 -AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATTTTATTTTAT
* * * * * *
44558 TCACAATAAGCTAGTATGAATTTAAAATTTTGTTTTATGATAAAACTAAAGATCATAACAATTTG
379 TC-GAATAAGCTAGTATGAA-CTAAAATATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
44623 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACGAATTTA-TTTTTG
441 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTA
44687 AAATCTCTTAGTTATTATTTTTACGAATA
506 AAATCTCTTAGTTATTATTTTT-CGAATA
* * * *
44716 TTATTAGATTAGCATTATTTTATGTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATA
* * * *
44781 GAATA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTG
65 -AA-ACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTG
* * *
44845 GTCTAGTAAACATATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTCA-TAATTTTTGAAAGATTAATAAAATA
127 GT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
* * *
44909 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTATATAACCAAACAAAAGA
190 GTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA-ACAAAAA-AATTGTT-TATAACAAAACAAAAGG
* **
44973 TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAACCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAATG
252 TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAAT-
* *
45038 AATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT
316 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATT-TTATTTTA-T
* * * * *
45103 TTGAATAAAG-TAGTATGAACTAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
379 TCGAAT-AAGCTAGTATGAACTAAAA-TATTGTTTTA-TACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
45167 AAATAGACAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTTGTTAGCTTAACAAATTTATTTTTT
441 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATTAGTTAGATAAACAAATTTATTTTTT
* * * *
45231 TAAA-CTCTT-GCTTATTAATTTTCAAAACA
505 AAAATCTCTTAG-TTATTATTTTTC-GAATA
* * *
45260 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT-AGATAAGCTTTTATGAAC-TGAAACAATTATTTTATGTT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTATTTTATGAT
* *
45323 AAAACAAAAGGTCATAACAATCTT-AAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTT-TTTGAACT
64 AAAACAAAA-GTCATAACAAT-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTT-AAAT
* * * * *
45386 T-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATG-TTAGTAAA
125 TGGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-GATTAATAAA
* * * * * * * * * *
45449 TTTGGATTATTTTATTCCGAATAAACTTGAAAGATATGAAACAAATAT-TTTATGACTAAATAAA
187 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA-A-CAAAAAAAT-TGTTTATAACAAAACAAA
* * ** * * * ** * * * ** *
45513 ATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAGTTGGTTTTGCAA
249 AGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAA
* * * * * *
45578 ACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
314 ATA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTA-TTT
* ** * * * ** **
45643 TAAGT-GAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAATAGCTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATTTTAATGA
376 T-ATTCGAATAAGCTAGTATGAACTA-AAATA-TTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * **
45705 TTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA-CAGGTTTTATAAACAAATTTAT
437 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATTA-GTTAGATAAACAAATTTAT
*
45768 TTTTT-AAATCTAC-TACTTATTAATTTTT-GAAATA
500 TTTTTAAAATCT-CTTAGTTATT-ATTTTTCG-AATA
* * * *
45802 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGATA-A-AAGCAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACATAAACAATTATTTTATGAT
* * * ** * * * **
45865 AAAACAAAACGTCATAACGATTTGATATATATAATCATTCAAATAGCCATAATTATTTTAACTAA
64 AAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGG
* * ** * ** *
45930 TTTGATAAGCTGATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTACTTACTAATTTAGGAAATATTAATAAATTA
128 TTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
* * ** * * *** * * ** * *
45994 ATATTATTTTATTCTATCTAATCTTGTATTAATTGCAACAATTTTTTATAACAAATTAAAAGTTT
190 GTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAAAAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGTA
** * * * * * * *
46059 ATAATGATTTGAAATAGACAATT-TCCAAATAATAATAACTATTTAAACTT-ATTCTGTAAACAT
254 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGATTCAGTAAATA-
* * * * * * * *
46122 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTCT-ACATGTTTATAAATTAGTATTAATTTTTTT
317 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-T-TTTATTTTATT
* * * * **
46186 TGAATAAGCTTGTATGAACTGACACA-ATTGTTTTATAACTAAAA-GAAA-GTC-TGAATGATTT
380 CGAATAAGCTAGTATGAACT-A-AAATATTGTTTTAT-AC-AAAACAAAAGGTCAT-AACAATTT
* * * * * * * *
46247 GAAATAAATAATTATTCTAATAGTATTAACCATTTGAATT-GATTTGGTAAATAAATTTATTTTT
440 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAG-TTAGATAAACAAATTTATTTTT
* *
46311 T-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
504 TAAAATCTCTTAGTTATT-ATTTTTCG-AATA
* ** ** * * * * *
46341 TTATTAAATTAGTATTACTTGAATCCGAATAAACTTGTATGAACA-AAGCAATTGTTTTACGACA
1 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATA
** * * * * * * * *
46405 AAA-AAAATGTCATAATGATTTAAAATAGAT-A-TGATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAG
65 AAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGG
** * * ** * * * * *
46467 TTCAGTAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAAATAG
128 TT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAG
* *** * * * ** * * * **
46531 TATCATTTTATTTTGAATAAAATAT-TATGAATAGGACCAATTGTTTGATGACAGAATAAAATAT
191 TATTATTTTATTCCAAATAAACT-TGTATGAACA-AAAAAATTGTTT-ATAACAAAACAAAAGGT
* ** * * * * * **
46595 TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAATAG
253 AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAATA-
* * * * * *
46660 ATTAACTTTATAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATT
317 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTA-T
* * * * * * * **
46724 TCAAACAAGCTTA-TATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAG-CAATAATGATTT
379 TCGAATAAGC-TAGTATGAACTAAAA-TATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTT
* * * * * *
46787 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TAAATTATTTGAATTGGTTTGGT-AACTGTAA-TTATTTT
440 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTAGATAAAC--AAATTTATTTT
* * * *
46849 TT-AAATCTTTTACTTATAATTTTTTGAAATA
503 TTAAAATCTCTTAGTTATTATTTTTCG-AATA
* * * *** * * * *
46880 TTAATAAATCAGTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATG-GGTTGAAATAATTGTTTTGTGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTATTTTATGAT
* * * *
46944 AAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGG
64 AAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGG
* * ** * * * * *
47009 TATGGCAAAGGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTT-AGAATATTACTAAATTAG
128 T-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAGATTAATAAATTAG
*
47073 TATTATTTTTATTCTGAAATAAA
191 TATTA-TTTTATTC-CAAATAAA
47096 TAATTATTCA
Statistics
Matches: 2754, Mismatches: 538, Indels: 327
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
534 12 0.00
535 71 0.03
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537 171 0.06
538 167 0.06
539 321 0.12
540 336 0.12
541 341 0.12
542 418 0.15
543 343 0.12
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545 22 0.01
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATAA
AACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTA
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAATAATTCATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTCGAATAAGCTA
GTATGAACTAAAATATTGTTTTATACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTAGTTAT
TATTTTTCGAATA
Found at i:46395 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 43424--46888 Score: 1455
Period size: 539 Copynumber: 6.4 Consensus size: 532
43414 AATAAAATTG
* * * * ** **
43424 TTTTAATTCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTACATCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-AAATATT-ATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGAATAA
* * * * **
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* * ** * * *
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124 AATT-GTTCAAATAGTTTA--ACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* ** * * * *
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* * * * * * * *
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248 G-ATAAAAGCAATTGTTTTACGACAAAA-AAAACGTCATAACG-ATTTAAAATAGAT-A-TCATT
* * * * *
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* *** * ** * * *
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* * * * ** *** * * *
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430 GCAACAA-TTGTTTGATAACAGAATAAAATATTATAATGATTTGAAATAGACAATTATCCAAATA
* * * * * * * * *
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** * * * *
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1 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-AAATATT-ATAA-ATTAGTATTATTTT-TTTTGAATA
* * * * ** *
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62 AGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAA-GTC-TAATGATTTGAAATAGAT
* ** * * * *
44094 AATTATTCAAATTA-TCAAGACTATTT-TATCTAGTTTGATAAA-AATATTTATTTTTTAAAATA
124 AATTGTTCAAA-TAGTTTA-ACTATTTGAAT-TGGTTTGGTAAATAA-ATTTATTTTTT-AAATC
* * * * * *
44156 TTTTACTTATTAGTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG
184 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTGAATCCGAATAAACTTGTATG
* ** ** * * * * *
44221 A-ACAAAACTGTTGTTTGATAATAGAATAAAAA-GTCATAACGATTTGAAGTA-A-ATAATTGCT
249 ATA-AAAGCAATTGTTT--TACGACAAAAAAAACGTCATAACGATTTAAAATAGATATCATT-C-
* * * * * *
44282 TAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTT-TGATAAAC-AAATTT-TTTTTT-AA-GTCTT--TGA
309 -AAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-T-AACTAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA
* * * * * * * * * * * * *
44340 TTAATTTTTGAAATATTAAT-CATTATTATTATTTTACTCCAA-ACAAA-CTTAT-AAGAAGAAA
371 CTAAGTTTAGGAATATTAATAAAATAATATCATTTTATTCTAATA-AAATATTATGAA-TAG-CA
* * ** * ** * * * * * *
44401 AGCATTTGTTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
433 A-CAATTGTTTGATAACAGAATAAAATATTATAATGATTTGAAATAGACAATTATCCAAATAATC
* * * * * * *
44466 ATAATTATTTGAATTAATTAGGTAAACTA-AATTATT
497 AAAACTATTTAAAATGATTTGGTAAAC-ACATTTATT
* * * * ***
44502 TTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTCTTTTATTCACAATA
1 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-AAATATT-ATAAATT-AGTATTATTTT-TTTTGAATA
* * * * * * **
44566 AGC-TAGTATGAATTTAAA-ATTTTGTTTTATGATAAAACTAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
62 AGCTTA-TATGAACTGAAACA-ATTGTTTTATAACAAAA-AAAAG-TC-TAATGATTTGAAATAG
* * * ** * *
44629 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACGAATTTATTTTTGAAATCTC
122 ATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * ** ** *
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186 TTACTTATTAATTTTTGA--AATATTAATAAATTAGTATTACTTGAAT-CCGAATAAACTTGTAT
** * * * * * * * * **
44756 GA-ACATAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACA-ATTGT
248 GATA-A-AAGCAATTGTTTTACGACA-AA-AAAAACGTCATAACGATTT-AA-AATAGATATCAT
* * * * * * *
44819 TCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTCTAGTAAAC-ATATTTATTTTTTAGATCTT-TTACT
307 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTC-AGT-AACTAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACT
* * * * * * * **
44881 T-CATAATTTTTGAAAGATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATG-ATAA
369 TAC-TAAGTTTAGGAATATTAATAAAATAATATCATTTTATT-CTAATAAAATAT-TATGAAT-A
** * * * * ** * * **
44943 AAAATAATTGTTAT-ATAACCA-AACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
430 GCAACAATTGTT-TGATAA-CAGAATAAAATATTATAATGATTTGAAATAGACAATTATCCAAAT
* * * * ** * * *
45006 AACCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAATGA-ATTCACT
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* * *
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* * * *
45111 AG--TAGTATGAACTAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA
62 AGCTTA-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAA-GTC-TAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* *** * * * *** * * * * * *
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* * * * * * * * * * * **
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** ** * **
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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*
46038 TTTATAACA-AATTAAAAGT-TTATAATGATTTGAAATAGACAATT-TCCAAATAAT-AATAACT
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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127 TGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
*
46324 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTACTTGAATCCGAATAAACTTGTATGA-ACAAA
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* * * * * *
46388 GCAATTGTTTTACGACAAAAAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATATGATTCATATAGTCTTA
255 GCAATTGTTTTACGACAAAAAAAACGTCATAACGATTTAAAATAGATATCATTCAAATAGCCATA
* * ** * *
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* * * * * *
46518 ATTATTAAAATAGTATCATTTTATTTTGAATAAAATATTATGAATAGGACCAATTGTTTGATGAC
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* * * *
46583 AGAATAAAATATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGG
449 AGAATAAAATATTATAATGATTTGAAATAGACAATTATCCAAATAATCAAAACTATTTAAAATGA
* * * *
46648 TTTGGTAAATAGATTAACT
514 TTTGGTAAACACATTTATT
* * * ** *
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1 TTTTAAATCTCTT-TCTTATTAA-TTTTTAAATA-TTATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGAATA
* ** *
46731 AGCTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAG-CAATAATGATTTGAAATAGA
62 AGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAA--AAAAAGTC--TAATGATTTGAAATAGA
* * * *
46795 TAATTGTTCAAATAGTTAAATTATTTGAATTGGTTTGGTAACTGTAA-TTATTTTTTAAATCTTT
123 TAATTGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAAT-AAATTTATTTTTTAAATCTTT
46859 TACTTA-TAATTTTTTGAAATATTAATAAAT
187 TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT
46889 CAGTTTTATT
Statistics
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0.75 0.15 0.10
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533 5 0.00
534 5 0.00
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Consensus pattern (532 bp):
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AATATTATAATGATTTGAAATAGACAATTATCCAAATAATCAAAACTATTTAAAATGATTTGGTA
AACACATTTATT
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44396 AGAAAAGCAT
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*
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* * * * * * * *
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1 TTGTTTTATGA-CAAAAAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAA
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* * * * * *
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1 TTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCT-TAA
* * * * * *
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* ** * * * * *
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125 AATATTATTAAAATAGTATCATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC--AAACAA
* ** * ** * * * * *
45311 TTATTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAACAATCTT-AAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAA
* * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
45438 ATGTTAGTAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAACTTGAAAGATATGAAACAA
126 ATATTATTAAAATAGTATCATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-A-CAAACAA
* * * * *
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1 TTGTTTTATGAC-AAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAA
* * ** * * * * *
45557 CTATTT-AAGTTGGTTTTGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATT-AGTTTTTGAAA
64 CTATTTGAA-TAGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAG-TTTTGAAA
* * ** * * * * *
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127 TATTATTAAAATAGTATCATTTTAT-TTTGAATAAACTTGTATGA--ACAAACAA
* * * * * * *
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1 TTGTTTTATGACAAAA-AAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCT-TA
* * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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64 CTATTTGAA-TAGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAAGTTT-TGAA
* * * * *
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* * ** *
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63 ACTATTTGAATAGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTGAAAT
* * * * * **
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * **
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* * * * ** * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* ** * *
46932 TTGTTTTGTGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAA
1 TTGTTTTATGACAAAA-AAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAA
* * * * ** * * *
46996 CTATTTGAATTGGTAT-GGCAAAGGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTT-AGAA
64 CTATTTGAATAGAT-TCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTGA-AA
* * * *
47059 TATTACTAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAAATAAA
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Consensus pattern (178 bp):
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ATTAAAATAGTATCATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAACAA
Found at i:46970 original size:361 final size:358
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43077 ACAGATTTAC
* * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* ** *
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1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA--TAAAACAAT
* * * * * * * *
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64 TGTTTTATAAC-AAA-CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTTATAA
** * * * **
43574 CTATTTGAACTTGTTCGAAAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
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* * * * * * *
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* * *
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* *** * *
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* * * *
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* * * *** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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252 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATA-ACTATTTGAA
* * * * *
44122 TCTAGTTTGATAAA-AATATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAG
314 T-TGGTTTGGTAAATAA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * * * **
44169 TTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACTGTTG
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTG
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
44358 AT-CATTATTATTATTTTACTCCAAACAAACTTATAAGAA--GAAAAGCATTTGTTTTACGACAA
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* * * **
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255 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
* *
44485 AGGTAAACTAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAG
320 TGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
44524 TTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTCTTTTA-TTCACAATAAGCTAGTATGAATTTAAAA-T
1 TTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAA--TAAAACA
* * ** *
44586 TTTGTTTTATGATA-AAAC-TAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-
62 ATTGTTTTAT-A-ACAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TA
* * * *
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* * * * *
44710 CGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATGTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTATT
185 --AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
44773 TTATGATAGAATA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
246 TTATGACA-AA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
44837 TTAAATTGGTCTAGTAAACATATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTCA-TAA
309 TTGAATTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA
* * * * *
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1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATT
* * ** * *** *
44952 GTTATATAACCAAAC-AAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAACCATAATT
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* * * **
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128 ATTTGAATTG-TTCGGTAACAT-AATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * **
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190 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
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254 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
* * * * *
45209 TAGCTTAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA
319 TTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
** * * * * *
45249 TTTTCAAAACATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT-AGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATT
* * * ** * * *
45313 ATTTTATGTTA-AAACAAAAGGTCATAACAATCTT-AAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAAC
65 GTTTTA--TAACAAACAAAAAGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * *
45376 TTTTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATG
127 TATTTGAA-TTGTTCGGT-AACATAATTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * * *
45441 TTAGTAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAACTTGAAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGAC
189 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * **
45505 TAAATAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT-AAGTTG
253 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * * *
45569 GTTTTGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAG
317 GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * * **
45611 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAGT-GAATAAGCTTCTATGATTAGAAATAGC
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAAT
* ** * *
45675 TGTTTTATAACAAA-ACAAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
64 TGTTTTATAACAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
** *** **
45739 ATTTGAACAGGTTTTATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTACTACTTATTAATTTTTGAAATAT
128 ATTTGAA-TTGTTCGGT-AACATAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
45803 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTG-A-TAAAAGCAATTGTTTTATGACA
190 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * **
45866 AAACAAAACGTCATAACGATTTGATATATATAATCATTCAAATAGCCATAATTATTTTAACTAAT
254 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
* * * * *
45931 TTGATAAGCT-GATTTATTTTTTTAAATTTCTTACTTACTAA
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** * ** * * **
45972 TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTATCTAATCTTGTATTAATTGCAACAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAAT
** * * * * *
46036 T-TTTTATAACAAATTAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGACAATT-TCCAAATAATAATAACT
64 TGTTTTATAACAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
46099 ATTTAAACTTATTCTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTCT-ACATGT
128 ATTTGAA-TTGTTCGGT-AACATAATTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
46162 TTATAAATTAGTATTAATTTT-TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGACACAATTGTTTTATAACT
190 TAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-
* * * * *
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253 AAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAATT
* *
46287 GATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
316 GGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * * * *
46330 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTACTTGAATCCGAATAAACTTGTATGAACAAAGCAATTG
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTG
** * *
46395 TTTTACGACAAA-AAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGAT-A-TGATTCATATAGTCT-TAACT
66 TTTTATAACAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGT-TATAACT
* * * * ** * *
46456 ATTTGAACTAGTTCAGTAA-TTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATA
128 ATTTGAA-TTGTTCGGTAACATA-A-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * ** * * *
46519 TTATTAAAATAGTATCATTTTATTTTGAATAAAATAT-TATGAA-TAGGACCAATTGTTTGATGA
189 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * * * *
46582 CAGAATAAAATATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATG
252 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * * *
46647 GTTTGGTAAATAGATTAACTTTATAAATCTCTTA-TTGATTAA
317 GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA
* * * * * *
46689 TTTTTTAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATTAACCAAAACAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATT
* *
46754 GTTTTATGACAAAGCAAAAAG-CAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AATT
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* *
46817 ATTTGAATTGGTTTGGTAACTGTAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAATTTTTTGAAATAT
128 ATTTGAATT-GTTCGGTAAC-ATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * *** * *
46881 TAATAAATCAGTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGGGTTGAAATAATTGTTTTGTGACAA
190 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
46946 AACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTA
255 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
* ** *
47011 TGGCAAAGGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
320 TGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
47050 CTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTT
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47082 TATTCTGAAA
Statistics
Matches: 2852, Mismatches: 610, Indels: 346
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 1 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
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TGAATTGTTCGGTAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAA
ATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
Found at i:47201 original size:121 final size:120
Alignment explanation
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* * * * **
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* *
47031 TAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTTATTC
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* *
47087 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACCAATTTA-TTTT
1 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTATAGCAAACCAATTTATTTTT
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47198 ATTTCAAATA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 10, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (120 bp):
TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTATAGCAAACCAATTTATTTTT
TAAATCTCTTAGTTATTACTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC
Found at i:47324 original size:297 final size:298
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46776 AATAATGATT
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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* *
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* ** *
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128 TGTATGGTTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * *
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*
47339 CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT
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47379 ATTTTGGATA
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 37, Indels: 20
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
295 4 0.02
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Consensus pattern (298 bp):
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AATCTCTTACTATAATTTCTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCTTGT
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ATTTTAGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTATTC
Found at i:47392 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 47087--48834 Score: 1403
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47077 ATTTTTATTC
* * * * * *
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*
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* * * * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACT-ATTTATTTTT
* * * **
47328 CAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCT
65 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT
* * * * * *
47393 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGGTCATAATGATT
129 TGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * *
47444 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAAC-TATTTA-TTTT
** * *
47509 TCAAATCT-TATGTTTATTAATTATTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
64 T-AAATCTCT-TACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * * *
47572 GCTTGTAT-A-AAATGAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTCAAAACGATT
126 GCTTGTATGATCAA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
47626 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-GACAAACATATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAAC-TATTTA-TTT
* * * *
47690 TTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATAAG
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAG
* * * *
47750 CTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGA-GAAACCAAAGATTATAATGATT
127 CTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * * * *
47802 CGAGATTGATACTTGTCCAAATATTTATAACTATTTGAACT-AGTTCAGAAAACAACTTAAGTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACTA-TTTA-TTT
* ***
47866 TT-AA-C-C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGGGTAAG
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAG
* * ** * *
47925 TTTTTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATGACTT
127 CTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TT
* * **
47979 T-AAATAGATAATTGTTCAAATAGGCA-AATTTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAAATTTATT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACT--ATTTA--
* * * *
48040 TTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATT
60 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * * * **
48104 AGGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACCAAAGAAAATAGTGAGAACAATT
124 AAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATT
* * * * * * ** *
48161 TGAAATAGAGAGTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGGATTGGCTCGGTAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAAC-TATTTATTTTT
* * *
48226 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGC
65 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGC
* * * **
48290 TTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACAATT
128 TTGTATGATCAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
48341 TGAGATAGATAACTGTTCAAATACTTATAACTATTTGAACT-ATTTTAGTTAATA-GATTTAGTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAG-TAA-ACTATTTA-TT
** * *
48404 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAT
62 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG
* * * *
48465 TTTGCATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
127 CTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * *
48518 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAT-ATGACTATTTGAACTTG-TTTAGAAAACAAATTTATTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAAC-TATTTA-TT
* *
48581 TTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
62 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * * *
48645 ACTTGTATGAAT-AGAAAGAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGATCATAACT-ATT
126 GCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATT
* * * * * *
48699 TGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTG-CTCAATAAACTGATTAATTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACT-ATTTATTTT
* *
48763 TAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC-AGAATAAG
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAG
*
48826 CTTCTATGA
127 CTTGTATGA
48835 ATGAAACTCT
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Matches are distributed among these distances:
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TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACTATTTATTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
TATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
Found at i:47505 original size:478 final size:478
Alignment explanation
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* * *
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1 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAACAGATTAACTTTA
* *
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66 TAAATCTC-T-TTGATTAATTCTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCT
*
46735 TATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAGCAATAATGATTTGAAATAGATAATT
129 TATATTAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAATGATTTGAAATAGATAATT
* ** ** * * * *
46800 GTTCAAATAGTTAAATTATTTGAATTGGTTTGGTAACTGTAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
193 GCTCAAATAGCCAAATTATTTGAACCGATTCGGTAACTGTAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTA
* *** * *
46865 TAATTTTTTGAAATATTAATAAATCAGTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGGGTTGAAAT
258 TAATTTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * *
46930 AATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTA
323 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
**
46995 ACTATTTGAATTGGTATGGCAAAGGAATTTATTTTTT-AAATCTCT-TAG-TTATTAACTT-TTA
388 ACTATTTGAATT-GTATGGCAAAACAATTTATTTTTTCAAATCT-TAT-GTTTATTAA-TTATTA
*
47056 GAATATTACTAAATTAGTATTATTTTTATTC
449 GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTC
* * * *
47087 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACCA-ATTTA-TTT
1 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAA-CAGATTAACTTT
* * *
47150 TTAAATCTC-TT-ATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
65 ATAAATCTCTTTGATTAATTCTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGC-T
* * * * *
47213 GTATGTTGA-AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
129 -TATATTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAATGATTTGAAATAGATAATT
* *
47277 GCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACTG-ATTTATTTTTCAAATCTCTTACT
193 GCTCAAATAGCCA-AATTATTTGAACCGATTCGGT-AACTGTAATTATTTTTCAAATCTCTTACT
* * * *
47341 TAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
256 T-ATAATTTTTTGAAATATTAATAAA-TCAGTATTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * ** * *
47404 AAACAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
319 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
*
47469 CATAACTATTTGAATT-TAT-TCAATAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTATGTTTATTAATTA
384 CATAACTATTTGAATTGTATGGC-A-AAACA-ATTTATTTTTTCAAATCTTATGTTTATTAATTA
** *
47532 TTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
446 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
47565 T-AAATAA
1 TGAAATAA
47572 GCTTGTATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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476 4 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (478 bp):
TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAACAGATTAACTTTA
TAAATCTCTTTGATTAATTCTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTA
TATTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCT
CAAATAGCCAAATTATTTGAACCGATTCGGTAACTGTAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATAA
TTTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAATTGTATGGCAAAACAATTTATTTTTTCAAATCTTATGTTTATTAATTATTAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTC
Found at i:47708 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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47670 TCGACAAACA
* *
47680 TATTTATTTTTTAAATATCT
1 TATTAATTTTTGAAATATCT
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1 TATTAATTTTTGAAATAT
47718 TATTAAATTA
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Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
TATTAATTTTTGAAATATCT
Found at i:47726 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 47680--47723 Score: 54
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47670 TCGACAAACA
* *
47680 TATTTATTTTTTAAATATCT
1 TATTAATTTTTGAAATA-CT
47700 TATTAATTTTTGAAATA-T
1 TATTAATTTTTGAAATACT
47718 TATTAA
1 TATTAA
47724 ATTAATATTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAATTTTTGAAATACT
Found at i:48484 original size:715 final size:715
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Period size: 715 Copynumber: 2.4 Consensus size: 715
47073 TATTATTTTT
* * * * * * *
47083 ATTCTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACCAATTTAT
1 ATTC-GAAATAGATAATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAG-AAAACAATTTAT
* *
47148 TTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
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* * * *
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129 GTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* *
47276 TGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACTGATTTATTTTTCAAATCTCTTACT
192 TGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTCAAATCTCTTACT
* * * *
47341 TAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAA
257 CAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * ** * *
47406 ACAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
322 ACAATTGTTTTATGCCAAAATAAATAGTCAGAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCA
* * * ** *
47471 TAACTATTTGAATTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTATGTTTATTAATTATTTT
387 TAACTATTTGAATTGACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTATACTTATTAATTATTTG
*
47536 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTATTATAT
452 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTATTATAT
* * * * * *
47601 GACCAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAC
517 GACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATACTCTTAACTATTTAAAC
* * * ** *
47666 TGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATA
582 TGGTTAGACAAACAGATTTAGTTTTTAAATATCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA
* * * *
47731 TTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGA-GAAACCAAAGATTAT
647 TTATTTTTATCCAAATAAGCTTGCATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
*
47795 AATG
712 AACG
* * * * * *
47799 ATTCGAGATTGATACTTGTCCAAATATTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACAACTTAAGT
1 ATTCGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAACAA-TTTA-T
* *** *
47864 TTTT-AACCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGGTAAGTTT
64 TTTTAAACCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* *
47928 TTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATGACTTT-AAATAGATAATT
129 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
* * *
47992 GTTCAAATAGG-CA-AATTTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAAATTTATTTTTTTAAATCTCT
193 GTTCAAAT-GGCCATAA-TTATTTGAAC-CGATTCGGTAAACT-AATTTA-TTTTTCAAATCTCT
* * * * *
48053 TGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATTAGGCTTGTATGA
253 TACTCAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGA
* * * *
48116 ACTAAAATAATTGTTTTATGACCAAAGA-AAATAGTGAGAACAATTTGAAATAGAGAGTTGTTCT
316 ACTAAAACAATTGTTTTATG-CCAAA-ATAAATAGTCAGAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCA
* * * ** *
48180 AATAGTCTTAACTATTTGGATTGGCTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
379 AATAGTCATAACTATTTGAATTGACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTATACTTATTA
*
48244 ATT-TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAAAA-GAAAC
444 ATTATTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTAT-AAAATGAAAC
* * * * * *
48306 AATTGTTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACAATTTGAGATAGATAACTGTTCAAATACT-TAT
506 AATTATTATATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATACTCT-T
* ** ** * *
48369 AACTATTTGAACTATTTTAG-TTAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATAT
570 AACTATTTAAACT-GGTTAGACAAACAGATTTAGTTTTTAAATATCTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * ** *
48433 TAATATATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
634 TAATAAATTAATATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGCATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGAC
*
48496 AAAACAAAAGGTCATAACG
697 AAAACAAAAGATCATAACG
* * * * *
48515 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATT
1 ATTCGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAAC-AATTTA-T
*
48580 TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAAT
64 TTTTAAA---CCT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* * * * *
48643 AAACTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAA
123 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAG
**** * * * ** * * *
48707 ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTG-CTCAATAAACTGATTAATTTTT-AAATTT
187 ATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-CGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTCAAATCT
* * * * * *
48770 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATG
251 CTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
48834 AA
315 AA
48836 TGAAACTCTT
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 144, Indels: 73
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
714 15 0.02
715 301 0.35
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717 86 0.10
718 7 0.01
719 50 0.06
720 20 0.02
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722 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
ATTCGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAACAATTTATTT
TTAAACCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTCAAT
AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
TTGTTTTATGCCAAAATAAATAGTCAGAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAATTGACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTATACTTATTAATTATTTGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTATTATATGACA
AAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATACTCTTAACTATTTAAACTGGT
TAGACAAACAGATTTAGTTTTTAAATATCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTTATCCAAATAAGCTTGCATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACG
Found at i:48603 original size:539 final size:527
Alignment explanation
Indices: 47087--48835 Score: 1807
Period size: 539 Copynumber: 3.3 Consensus size: 527
47077 ATTTTTATTC
* * * * * *
47087 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACCA-ATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTCAATAAA-CATATTTATTTT
* *
47151 TAAATC--TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
65 TAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
** * * * * *
47214 TATGTTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGC
130 TATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATAATAATGATTTGAGATAGATAACTGT
* * * * *
47279 TCAAATGGC-CATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACT-GATTTA-TTTTTCAAATCTCTTACT
193 TCAAAT-ACTTATAACTATTTGAA-CTATTCAGTAAA-TAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTA--
47341 TAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-A
252 T--TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTGGATAAG-TTTTATGAA-TAGA
* * *
47405 AACAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T
312 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGAT
* * * * **
47469 CATAACTATTTGAATTTATTCA-ATAAACATATTTATTTTTTCAAATCT-TATGTTTATTAATTA
376 -AT-ACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTA--CCTATTAATT-
* * *
47532 TTTT-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTAT
434 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GAATAAAACAATTGT
* * *
47596 TATATGACCAAACAAAAGGTCAAAACGATT
498 TTTATGACCAAACAAAAAGTCAAAACAATT
* * * * * * *
47626 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTCAATAAACATATTTA-TTTT
* * * * *
47691 TAAA--TATCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATCCAAATAAGCTTG
65 TAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
47754 TATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAACCAAAGATTATAATGATTCGAGATTGAT-ACTTGT
130 TATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATAATAATGATTTGAGATAGATAAC-TGT
* * * * * *
47818 CCAAATATTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACA-ACTTAAGTTTTT-AACCTCTTATTAA
193 TCAAATACTTATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAATAGA-TTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAA
* *
47881 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGGTAAGTTTTTATGAATTGAAACAATT
256 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATAAG-TTTTATGAATAGAAACAATT
* * * *
47946 GTTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGGCAAAT-TT
319 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATA-G-ATATACT
* * * **
48010 ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGT
381 ATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTACCT-ATTAATTTTTTGAATGT
* * *
48075 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATTAGGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACCA
444 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACCA
* * *
48140 AAGAAAATAGTGAGAACAATT
508 AACAAAA-AGTCAAAACAATT
* * * * **
48161 TGAAATAGAGAGTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGGATTGGCTCGGTAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTCAATAAACATATTTATTTTT
* *
48226 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT
66 -AAATC-TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT
* * **
48291 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAATCATAACAATTTGAGATAGATAACTG
128 TGTATGAAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATAATAATGATTTGAGATAGATAACTG
* *
48356 TTCAAATACTTATAACTATTTGAACTATTTTAGTTAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAA
192 TTCAAATACTTATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAA
** * * **
48421 TTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGCATGAATAGAAACAAT
256 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TGGATAAGTTTT--ATGAATAGAAACAAT
*
48485 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATGACT
318 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGATAT-ACT
* *
48550 ATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATT
381 ATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTACCTATTAATTTTTTGAATGTT
* * * **
48615 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTCATGATAAA
445 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACCAA
* *
48680 AC-AAAAGATCATAACTATT
509 ACAAAAAG-TCAAAACAATT
* * * * *
48699 TGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT-GCTCAATAAAC-TGATTAATTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGCTCAATAAACAT-ATTTATTT
*
48762 TTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCAGAATAA
64 TTAAA-TCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCA-AATAA
*
48825 GCTTCTATGAA
125 GCTTGTATGAA
48836 TGAAACTCTT
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 151, Indels: 94
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 11 0.01
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541 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (527 bp):
TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTCAATAAACATATTTATTTTT
AAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT
ATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATAATAATGATTTGAGATAGATAACTGTTCA
AATACTTATAACTATTTGAACTATTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAGTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATACTATTTGAACTT
GTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTACCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAAGTCAA
AACAATT
Found at i:48907 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 48771--48908 Score: 188
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
48761 TTTAAATTTT
* * * *
48771 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATGAA
1 TTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAGCCTATATGAA
48836 TGAAACTC
66 TGAAACTC
* ** *
48844 TTACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCCTATATGA
1 TTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCCTATATGA
48908 A
65 A
48909 CTGATATAAT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
72 3 0.05
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ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (73 bp):
TTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAGCCTATATGAA
TGAAACTC
Found at i:49047 original size:253 final size:253
Alignment explanation
Indices: 48597--49088 Score: 598
Period size: 253 Copynumber: 1.9 Consensus size: 253
48587 TCTCCTACCT
* * *
48597 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACCTATATGAATAGAAA
* * * *
48662 GAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT
66 GAATTATTTCATAACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT
* * **
48727 AACTATTTGAACTTGCTCAATAAACTGATTAATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
131 AACTATTTGAACTTGCTCAATAAACTGATTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
* * *
48792 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATGAATGAAACTCTTACTC
196 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATATGAATGAAACTCTTACTC
* * * * *
48850 ATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCCTATATGAACT-GAT
1 ATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACCTATATGAA-TAGAA
* * * * * *
48914 ATAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGA-CA-AAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGT
65 AGAATTATTTCATAACAAAACAAAA-GATCATAAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAT
** * * ** * *
48976 TTTGACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAT-ATTTATTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTGTC
128 CATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAAC-TGATTAATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTC
*
49040 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAA
191 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATATGAA
49089 CAAAAACAAT
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 34, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
251 3 0.01
252 61 0.31
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254 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (253 bp):
ATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACCTATATGAATAGAAA
GAATTATTTCATAACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT
AACTATTTGAACTTGCTCAATAAACTGATTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATATGAATGAAACTCTTACTC
Found at i:49215 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 48862--49320 Score: 523
Period size: 181 Copynumber: 2.5 Consensus size: 179
48852 TAATTTTTGG
* * * * * * *
48862 AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCCTATATGAACTGATATAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTATATGAAC-AAAAAAATTATTTTAT
* * * * * * **
48927 AACAAAA-AAAAGGACAAAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATAAACTATTTGAAC
* * *
48991 TTGTTCTGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTGTCAA
129 TTATTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
* * *
49042 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTCTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTATATGAACAAAAA-AATTATTTTAT
*
49107 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATG-TAATTATTCAAATAGTCATAAACTATTTGA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGT-ATAAACTATTTGA
* * *
49171 A-TATATT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTA
127 ACT-TATTCTG-TAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
* * *
49224 AATATTAATAAATGT-GTATTATTTTAATTGAAGAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTTATATGAACA-AAAAAATTATTTTAT
* *
49288 GACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAG
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
49321 GTGATAAACT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 34, Indels: 18
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 57 0.24
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182 82 0.35
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGCTTATATGAACAAAAAAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATAAACTATTTGAACTT
ATTCTGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
Found at i:49348 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 49178--49463 Score: 353
Period size: 144 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
49168 TGAATATATT
* * *
49178 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATGT-GTA
1 TGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAAT-TAGAA
* **
49242 TTAT-TTTAATTGAAGAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
65 TTATGTTCAATTGAAGAAGCTTGTACAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTAT
*
49306 AGTGATTTGAAATAGG
129 AATGATTTGAAATAGG
* * * *
49322 TGATAAACT-GATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAGTATTAATAAATTAGAA
1 TGATAAA-TAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGAA
** ** * * * *
49386 TTATGTTCCTTTGAATCAGTTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGTTATA
65 TTATGTTCAATTGAAGAAGCTTGTACAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATA
49451 ATGATTTGAAATA
130 ATGATTTGAAATA
49464 AATAATTGTT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 19, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
143 1 0.01
144 75 0.62
145 44 0.37
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (144 bp):
TGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGAAT
TATGTTCAATTGAAGAAGCTTGTACAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAA
TGATTTGAAATAGG
Found at i:49657 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 49625--49657 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
49615 ACAAAAGGTC
49625 ATAATGATTTGATATAG
1 ATAATGATTTGATATAG
*
49642 ATAATTATTT-ATATAG
1 ATAATGATTTGATATAG
49658 CCTTAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGATATAG
Found at i:49948 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 49756--50125 Score: 394
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
49746 TGTTATTTTG
* *
49756 AATAAGCTTGTATGA-G-CATA-AATAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTTATCATGATTT-A
1 AATAAGCTTGTATGATGTAATACAATAA-T-T-TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * *
49817 AAATATATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTTGGTAAGCAT-ATGT-ATTTTT
63 AAA-AAATAATTATACAAATAGCCATAACTATTTAAATTGATTCGATAA--ATGAT-TCATTTTT
* * *
49880 TAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTGTTTTATTCCT
124 TAAATATCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTGTTTTATTCCT
* * * * *
49937 AATAGGCTTGTATGATGTAATACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTTGTAATGATTTGAAAA
1 AATAAGCTTGTATGATGTAATACAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAA
* ** * * *
50002 AAATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATGATTCATTTTTTAAATAT
66 AAATAATTATACAAATAGCCATAACTATTTAAATTGATTCGATAAATGATTCATTTTTTAAATAT
* * * **
50067 CCAATTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTATT
131 CCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTGTTTTATTCCT
50117 AATAAGCTT
1 AATAAGCTT
50126 TAATAAACCG
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 26, Indels: 15
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.03
180 63 0.40
181 75 0.48
182 6 0.04
183 4 0.03
184 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTGTATGATGTAATACAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAA
AAATAATTATACAAATAGCCATAACTATTTAAATTGATTCGATAAATGATTCATTTTTTAAATAT
CCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTGTTTTATTCCT
Found at i:51520 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 51322--51601 Score: 331
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
51312 AGTTATCTAT
* * *
51322 TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGGTTATTTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTGA-TTC
** * * *
51387 GA-ATAAAATAATA-TAAACTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTGAAA-ATTTTAAAAATAA
65 GACATAAAATAATACT-AACTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
51449 ATATGTTTTCTGAACACA
129 ATATGTTTTCTGAACACA
* * * *
51467 TTCAAAT-AGTTATGA-CTTTT-TTTGTGTGATAAACCAATTGTTTT-TGTTTATACAAGCTGAT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTT-TGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTGAT
* *
51528 TCGACGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
63 TCGACATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
*
51593 AATCTGTTT
128 AATATGTTT
51602 ACCAAGTAAG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 15, Indels: 12
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
143 7 0.06
144 70 0.61
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTGATTCG
ACATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
ATGTTTTCTGAACACA
Found at i:51721 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 51467--53157 Score: 1314
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
51457 TCTGAACACA
* * * * * *
51467 TTCAAATAGTTATGA-CTTTT-TTTGTGTGATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTGATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* ** * * *
51530 GACGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
51595 TCTGTTTACCAAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTAT
129 TCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
51647 TTTAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
51712 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAACAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** ** * * *
51777 TTATTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTAT
130 CTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
*** * * * * *
51828 TTCAAACCTTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTCTCTATTCATACATA-ATTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTC
* * * ** *
51892 AAAATAAAATGATATTGATTTATTAATAATTTTAAAATTAATAAGT---A-ATTTAAAAACTAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
51953 TTTGTCTACCAGACT-AGTTCGAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTACCA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * * * * *
52005 CTCAAATCGCTATGATC-TTTATTTTGTCATGCAACAATTATTTCTTTTTATATAAGCTTATTCG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
52069 AATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGGGGTTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
52134 ATGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
130 CTGTTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
52185 TTCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATT-
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
52248 AGGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAAAT
65 A-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAAT
* * * * ** *
52313 AAATCTATTTACTAAACAAGTTCAATTACATATGACTATTTGATCAATTATCTAT
126 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
52368 TTAAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AGAACTTATC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATT
* * * * * *
52431 CAAAATAAAACAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAATAAGAGATTCAAAAACTAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * *
52496 AACTATTTTCTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATCAAT
128 ATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
52549 CTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGA-TCATACAAG-TTGATT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT-ATT
*** *
52611 -TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTTAAAAAAT
64 CAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * ** * *
52671 --ATTTGTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTAT
126 AAATCTG-TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *** * ** * * *
52725 TTCAAATTGTTCCAACCTTTTGTTTCGTTGTAAAATAATTG-TTGTAGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * *
52789 GAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGACAAAATA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * * *
52853 AATTTGGTTACCGAGTGAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
127 AATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
52907 TTAAAATCA-TTATGA---ATT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AATGTTTA-
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTAT
* *
52964 TCGAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
63 TC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
53029 AAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCG-CTATTTGAACAATTATCCAC
126 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
53084 TTCAAATCA-TTATTACCTTTCGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
**
53147 TGAAATAAAAT
64 CAAAATAAAAT
53158 CATTAGTACC
Statistics
Matches: 1202, Mismatches: 249, Indels: 119
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 132 0.11
177 191 0.16
178 86 0.07
179 16 0.01
180 142 0.12
181 413 0.34
182 69 0.06
183 142 0.12
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:52190 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 51581--53080 Score: 856
Period size: 357 Copynumber: 4.2 Consensus size: 358
51571 TAAATAAAAG
* * * *
51581 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTCTACCAACTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
51646 TTTTAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTC
66 TCTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTC
* * * * *
51711 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAACAAA
131 AAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAACAAA
* * * * * * * *
51776 TTTATTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACCTTTAT
196 TATATTTACCGACCAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTAT
* *
51841 GAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTCTCTATTCATACATAATTATTCAAAATAAAATGATA
261 GAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTCTCTATTCATACATAATTATTCAAAATAAAATGATA
51906 TTGATTTATTAATAATTTTAAAATTAATAAGTA
326 TTGATTTATTAATAATTTTAAAATTAATAAGTA
* * * * *
51939 ATTTAAAAACTAAATTTGTCTACCAGACT-AGTTCGAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTCTACCA-ACTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * *
52003 ATCTCAAATCGCTATGATC-TTTATTTTGTCATGCAACAATTATTTCTTTTTATATAAGCTTATT
65 ATCTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATT
* * * *
52067 CGAATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGG-GGTTTAAAAAATA
130 CAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAACA
* * * *
52131 AATATGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
194 AATATATTTACCG-ACCAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCAT
* * * * * * * *
52195 TCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT--ATAAGCTTATT-AGGAATAAA
258 TATGAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTCTCTATTCATACATAA--TTATTCA-AAATAAA
* * * * * ** *
52257 TTAATACTAATTTATTAA-CATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA
320 ATGATATTGATTTATTAATAATT-TTAAAATTAATAAG---TA
* * * * * ** *
52299 GATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AAGTTCAATTACATATGACTATTTGATCAATTA
1 -A-TTT-AAAAAATAAATCTGTCTAC-CAACTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
52363 TCTATTTAAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AGAAC
62 TCTATCTCAAAT-AGCTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACA-AGC
* * * * * * * * * *
52426 TTATCCAAAATAAAACAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAATAAGAGA-TTCAAA
125 TTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAA
* ** * * * * * * * * *
52490 AACTAAA-ACTATTTTCTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATCAATCTCAA
190 AAC-AAATA-TATTTACCGACCAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
*** * * * * **
52554 ATTGTTATGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAATAATTAT-T-TATGATCATACA-AGTTGATT-TG
253 ACCATTATGAACTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTGTCTCTAT--TCATACATAATT-ATTCAA
* * * * * *
52613 GATAAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTTCAAAATTTAATAAG-A
314 AAT-AAAATGATATTGATTTATTAATAATTTTAAAA-TTAATAAGTA
* * * * ** * *
52658 GATTTTAAAAAAT--ATTTGTTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTA
1 -A-TTTAAAAAATAAATCTG-TCTACC-AACTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *** * * * ** * * * *
52720 TCTATTTCAAATTGTTCCAACCTTTTGTTTCGTTGTAAAATAATT-GTTGTAGTTCATACAAGCT
62 TCTATCTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAGCT
** * * * * * *
52784 TATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGACA
126 TATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAA
* * ** *** * * * * * *
52848 AAATAAATTTGGTTACCGAGTGAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAA
189 AAACAAATATATTTACCGACCAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * **
52913 TCATTATGAA--TTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAATGTTTA-TCGAAAAT
254 CCATTATGAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTCTCTA-TTCATACATAATTATTC-AAAAT
* *
52972 AAAATAATACT-ACTTTATTAAT-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
317 AAAATGATATTGA-TTTATTAATAATTTT-AAAATTAATAAGT---A
* * * * * *
53017 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCG-CTATTTGAACAATTATC
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTCTACCAACTAAGCTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
53081 CACTTCAAAT
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 193, Indels: 113
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 60 0.07
356 22 0.02
357 327 0.37
358 151 0.17
359 52 0.06
360 4 0.00
361 3 0.00
362 13 0.01
363 125 0.14
364 131 0.15
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTGTCTACCAACTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TCTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAACAAA
TATATTTACCGACCAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTAT
GAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTCTCTATTCATACATAATTATTCAAAATAAAATGATA
TTGATTTATTAATAATTTTAAAATTAATAAGTA
Found at i:52700 original size:540 final size:530
Alignment explanation
Indices: 51516--53031 Score: 1527
Period size: 540 Copynumber: 2.8 Consensus size: 530
51506 GTTTTTGTTT
* * * * *
51516 ATACAAGCTGATTCGACGT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAA
1 ATACAAGCTTATTCGA-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC--AAAAT--TTAATAAGA
* * * * * * *
51580 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTT
61 GATTTAAAAAAT-AATATGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
* * * * * * * *
51644 TATTTTAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTAT
124 TATTTCAAATA-TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
51709 TCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAC
188 T-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
51773 AAATTTATTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CCT
252 AAATTTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAAT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
* * * *
51837 TTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTCTCTATTCATACATAATTATTCAAAATAAAAT
316 TT-TG-ACTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-A-AATTATCCAAAATAAAAT
* * *
51902 GATATTGA-TTTATTAATAATTT-TAAA--ATT-AATAAGTA-ATTTAAAAACT-AAATTTGTCT
376 AATACT-ACTTTATTAAT-ATTTAAAAATTATTAAATAAG-AGATTTAAAAACTAAAATTTGTCT
* * * * *
51960 ACCAGACTAGTTCGAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGCTATGATCTTT
438 A-CAGACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCAATCTCAAATCGCTATGATCTTT
** * ** *
52025 ATTTTGTCATGCAACAATTATTTCTTTTT
502 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGATC
* * * *
52054 ATATAAGCTTATTCGAATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGGG
1 ATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC-AAAATT--TAA-TAAGAG
* * * *
52119 GTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
62 ATTTAAAAAAT-AATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
* *
52184 TTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTA
126 TTTCAAAT-ATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTA
* * *
52249 GGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAAATA
190 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATA
* * * * *
52314 AATCTATTTACTAAACAAGTTCAATTACATATGACTATTTGATCAATTATCTATTTAAAATCATT
253 AATTTATTTACTGAGCAAGTTCAAATA-ATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
*
52379 TTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAGAACTTATCCAAAATAAAACAA
317 TTGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA-AA-TTATCCAAAATAAAATAA
* *
52444 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAATAAGAGATTCAAAAACTAAAACTATTTTCTA-
378 TACTACTTTATTAATATTT-AAAAATTATTAAATAAGAGATTTAAAAACTAAAA-T-TTGTCTAC
* * * *
52508 A-ACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATCAATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTT
440 AGACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCAATCTCAAATCGCTATGATCTTTATT
*
52572 TTGTCATAAAATAATTATTTATGATC
505 TTGTCATAAAACAATTATTTATGATC
* * *
52598 ATACAAG-TTGATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATT
1 ATACAAGCTT-ATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTTAATAAGAGA-T
* * *
52662 TTAAAAAAT-ATTTGTTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAATATG-TTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* ** * ** * * * *
52726 TCAAATTGTTCCAACCTTTTGTTTCGTTGTAAAATAATTGTTGTAGTTCATACAAGCTTATTTGA
128 TCAAA-TATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGA
* * *
52791 AAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGACAAAATAAAT
192 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
** * ** * * * *
52856 TTGGTTACCGAGTGAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATG
256 TTATTTACTGAGCAAGTTCAAATA-ATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTG
* * * *
52921 A--ATTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAATGTTTATCGAAAATAAAATAATACTA
320 ACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAA--ATTATCCAAAATAAAATAATACTA
* * *
52984 CTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
383 CTTTATTAATA-TTTAAAAATTATTAAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
53032 TCAGTTTACC
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 133, Indels: 63
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
534 1 0.00
535 93 0.11
536 5 0.01
537 10 0.01
538 189 0.23
539 83 0.10
540 263 0.32
541 22 0.03
543 12 0.01
544 126 0.15
545 4 0.00
546 1 0.00
547 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (530 bp):
ATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTTAATAAGAGATTT
AAAAAATAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
AATATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
TACTGAGCAAGTTCAAATAATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACTTTT
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAATTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
ATATTTAAAAATTATTAAATAAGAGATTTAAAAACTAAAATTTGTCTACAGACGAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAACTATCAATCTCAAATCGCTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATT
ATTTATGATC
Found at i:53195 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 53087--53220 Score: 223
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
53077 TATCCACTTC
* *
53087 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTAGTACCTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
53152 TA
66 TA
* * *
53154 AAATCATTAGTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAACATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTAGTACCTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
53219 TA
66 TA
53221 TAATAATACT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 62 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (67 bp):
AAATCATTAGTACCTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
TA
Found at i:53359 original size:244 final size:247
Alignment explanation
Indices: 52925--53401 Score: 574
Period size: 244 Copynumber: 1.9 Consensus size: 247
52915 ATTATGAATT
** * *
52925 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAATGTTTATCGAAAATAAAATAATACTACTTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGAACATAAATGCTTATCGAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
52990 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAA
66 TAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAA
* * * *
53055 TAATTATCGCTATTTGAACAATTATCCACTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTATCATAAAAG
130 TAATTATCACTATTTGAACAATTATCCACTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTCTATCATAAAAA
* *
53120 AATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATCATTAGTACCTTTTG
195 AATTATTTCT-ATACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATCATTAGTACCTTTTG
** * *
53173 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAACATACAA-GCTTATTTG-AAATATAATAATACTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGAACATA-AATGCTTA-TCGAAAATAAAATAATACTAATTT
* *
53236 ATTAATATTTCAAGAA-T-T-AGTACA-AGATTCAAAAAATAAATTTA-TTTACCAAACCAATTC
64 ATTAATATTTCAAAAATTATAAGTA-AGAGATTCAAAAAATAAA-TCAGTTTACCAAACCAATTC
* * * * ** *
53296 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
127 AAATAATTATCACTATTTGAACAATTATCCACTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTCTATCATAA
* * *
53361 AAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAAT
192 AAAAATTATTTCTATACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
53402 AATACTAAGT
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 30, Indels: 14
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
243 1 0.01
244 121 0.62
245 4 0.02
247 1 0.01
248 63 0.32
249 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (247 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGAACATAAATGCTTATCGAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAAT
AATTATCACTATTTGAACAATTATCCACTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTCTATCATAAAAAA
ATTATTTCTATACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATCATTAGTACCTTTTG
Found at i:53491 original size:103 final size:102
Alignment explanation
Indices: 53312--53518 Score: 265
Period size: 103 Copynumber: 2.0 Consensus size: 102
53302 TTATTACTAT
** *
53312 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTACT
* *
53377 CATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAGTTTA
66 CATATAAGTTTACTT-ATAATAAAATAAAACTAA-TTTA
* * * * * *
53415 TTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTC-AGC
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA-C
*
53479 TCATCTAAGTTTACTTATAATAAAATAAAACTAATTTA
65 TCATATAAGTTTACTTATAATAAAATAAAACTAATTTA
53517 TT
1 TT
53519 AATATTTCAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 5
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
102 8 0.09
103 82 0.91
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (102 bp):
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTACT
CATATAAGTTTACTTATAATAAAATAAAACTAATTTA
Found at i:53973 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 53415--53988 Score: 533
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
53405 ACTAAGTTTA
* * * *
53415 TTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAGCT
1 TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTTATAAAACAATTTTTTCAGCT
* * * *
53480 CAT-CTAAGTTTACTT-ATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-AT--TTAA
65 CATACTAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT-AAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
* * ** * *
53539 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATCGAA-TCAGTTCAAATAATTATAACTAT
128 GAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * *
53592 TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTA-AACCTTTTATTCTATCATCAAACAATTATTTT-TGT
1 TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TGTTATAAAACAATT-TTTTCAGC
* * * * * * ** *
53655 TCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAGATGATTCTAATGTAATAATATTTTTAAAATTAATAACAAA
64 TCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
* * ** * * *
53719 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACATCAAATAGTTAAGGCTAT
128 GAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * *
53772 ATGAACAATTATATCTTTCAAATCGTTATGACATTTT-TGTTGTTGTAAAACAATTTTTTCAACT
1 TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTAT-TTGTTATAAAACAATTTTTTCAGCT
* * *
53836 CTTACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAATTGAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
65 CATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAAATT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
*
53900 AGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT
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* * * *
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* ***
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* * *
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** * ** ** *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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1 AGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
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* * * * *** *
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* ** * * * * *
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1 AGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-
* * * * * *
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** * * * ** *
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** * * *
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1 AGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
** ** * *
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64 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * * **
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* * * *
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* * * ** * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* *** * * * * * * * * *** * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* **
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* * * ** *
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* ** *
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* * ** **
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127 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
** * * * * **
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1 AGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-TAAGAGA-TT
* * * * * * * *
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63 TAAAA-AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* **
57004 TCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
127 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
**
57058 AAATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTA
1 AGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA
* * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * * * * *
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* * ** *
57360 AATGGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACA
130 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * * * ** *
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** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *** * *
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1 AGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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** ** * * *
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* * * * * * ** * *
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* ** *
57900 TTCAAATCATTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATATA
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* * ** * **** * * *
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* ** * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
58263 AAATCATTATGACATTTTGGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
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* ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** ** * *
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* * *
58677 AG-TTATT-TAAAGTAAAATAATACTAAATTATTAATA-TTCTAAAAATTAGA-AGAT-AG-G--
1 AGCTTATTCGAAA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA-ATA-ATAAGAGAT
* ** * * * *
58734 -T-AAAAACAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATT
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* * *
58797 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCA
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** * * * * * * **
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1 AGCTTATTCGA-AAAAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * * * * *
58912 AGAAACTAAATCTATTT-TTTAAAATAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
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* * * ** *
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128 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACA
* * * ** * * *
59028 AGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
1 AGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTA
* * * * * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * *
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1 AGCTTATTCGA-AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATT
* * * ** * * * * * *
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* *
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Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
Found at i:56420 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 56117--56443 Score: 353
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 165
56107 AACAATTATT
** * *
56117 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGCTTATACAAGCTTAT
* * ** * * *
56182 TTACAAAAGAATAAAACTTATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAATAGATTTAGAAAATA
66 TTACAAAAGAATAAAACTAATTTATCAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGAATTAGAAAAAA
*
56247 ATTCTATTTA-TCAAAACAGTTCAAATAATTATAAC
131 AATCTATTTACTCAAAA-AGTTCAAATAATTATAAC
* *
56282 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT-ACTAAAACAATCATTTTAG-TTCATATAAGCTT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCA-TAAAACAATCATTTCAGCTT-ATACAAGCTT
* * * *
56345 GTTTGA-AATAA-AATAATACTAATTTATCAATA-TTCTAAGAATAAATGAGTAAGAGAATTA-A
64 ATTT-ACAA-AAGAATAAAACTAATTTATCAATATTTC-AAAAATAAATAAGTAAGAGAATTAGA
* * *
56406 AAAAAGAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
126 AAAAA-AATCTATTTACTCAAAAAGTTCAAATAATTAT
56444 GACAATCTGA
Statistics
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Consensus pattern (165 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGCTTATACAAGCTTAT
TTACAAAAGAATAAAACTAATTTATCAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGAATTAGAAAAAA
AATCTATTTACTCAAAAAGTTCAAATAATTATAAC
Found at i:58077 original size:542 final size:540
Alignment explanation
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54908 CTTAAAAATT
* * * * **
54918 AGCTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTT
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGA-TTT
* * * * * *
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* * ** * * *
55047 TCAACTCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTA-TCCA
127 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-ATAACTTATTTC-
* * * * *
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** * * ** * * * * **
55173 AAGCTGTTTTCCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATA-TCAGTCTCAAATGGT
253 AATTTG-TTTACAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCAT
* * * * *
55237 TATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTA-TTCGATTAAAAAT
316 TATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTGGAAT-AAAAT
* * * * * * * *
55300 AATAATAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCT
379 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
55361 GAACCATTTCAAATAGTTCA-AACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCGTT-TAGACATTTT
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* * * * *
55424 GTTTGGTCATATAATAATTGTTTCAATACATACA
507 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * *
55458 AGCTTGTTTTAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAACCAAGAGATTTG
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-
* * * * * * *
55523 AAAATATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
64 AAAAAATGAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
55588 AAATCAATATGACCTTTTATTTTTTCTTAAGAA-AATTGTTT-TACTTCATAAAAATT-TATCCA
129 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCT-GTTCATATAACTTAT-TTC-
* * * *
55650 AAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAATTAAGAGACTT-AAAAAATA
190 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATA
*** * * * * * * * *
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253 AATTTGTTTAC-AAATAAGTTTAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * * * **
55775 TAT-TTCTTTGTATTTTGTCGTAAAACATTTG-TT-T-TTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAAT
316 TATGATCTTTG--TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * **
55836 AATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT--G--AGAGATTTGAAAAATAAATCTGTTTATT
379 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * ** * * *
55897 GAACCAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGT
444 AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT
* * *
55962 TCTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACA
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* * *
55994 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* ** * * ** * * ** * * *
56058 AAAAAATAAATTCATGTGCTGAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAACAATTATTTATTTC
64 AAAAAATGAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * *
56123 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCTTATTTACA
129 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATATAA-CTTATTT-CA
* * * * * *
56187 AA-AGAATAAAACT-TATTTATTAATATTTCA-AAAATTTATAAGTAATAGATTT-AGAAAAT-A
191 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAA
* *
56247 ATTCTATTTATCAAA-ACAGTTCAAATA---AT---TA--T-AAC-------TATTTCAAATCAT
254 ATT-TGTTTA-CAAATA-AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * ** * *
56295 TATGACCTTTTCTTTTGT-ACTAAAACAATCATTT-TAGTTCATATAAGCTTGTTTGAAATAAAA
316 TATGATC-TTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * * * *
56358 TAATACTAATTTATCAATATTCTAAGAATAAATGAGTAAGAGA-ATTAAAAAAAGAATCTATTTA
378 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATA-AATATGTTTA
** * * * * * * * * *
56422 CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACAATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTT
442 CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
* * * * *
56487 GTTTTGTCATAAAATAATTAATTT-TGTTTATGCA
507 GTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACA
** * * *
56521 AGCTTATTTCGAATAAAATACTA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAAAAG-TT
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATT
* * ** * ** * * * *
56583 TAAAGAAA--AATCTATTGT-CTGAATACTTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTAT
63 TAAA-AAATGAATTTGTT-TACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * * *
56645 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAGCCAATTGTTT-TGTTCATACAATCTTATATG
126 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAA-CTTATTTC
* * *
56709 GAATAAAATAATACT-AATTTATT--TATTGAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAA
190 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAA
**** * * *
56771 ATTTGTTTAACGCGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
254 ATTTGTTT-ACAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * * * ** * *
56836 TGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTACTAATCATACAATTTTGTTTGAAATAAAATAATA
318 TGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * ** *
56901 CTAATTTATTAATATTAT-AAAATTAAAAAGTTGGAGATTTTAAAACA-AAAGT-TGTTTACTAA
383 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA-ATAAA-TATGTTTACCAA
* * * * * *
56963 ATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTT
446 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
* *
57027 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
510 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** *
57058 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAA
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAA
* * * * *
57120 AAAATGAATTTGTTTACAAAACCAGTTTAAATAGTTATCACTATATGAATAATTATTTATTTCAA
66 AAAATGAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * *
57185 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTGAAACAAATATTT-TGTTCATATAAGTT-TGTTCAAAAT
131 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAACTTAT-TTC-AAAT
* * * * *
57248 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATCAATAAGT----GATTT-AAAAAGTAAATCTG
194 AAAATAATATAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTG
* * * * ** *
57308 TATACCAAACT-AGTTCAATTAGTTATAACGATTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGAC
259 TTTA-CAAA-TAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
* * * * *
57372 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATACAATCTTA-TTGAGAATAAAGTAATGC
322 C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTG-GAATAAAATAATAC
* * * * * ** * **
57435 TGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAAT-AGCGAATTTAAAAA-ATGTATCTATTAGCTTTA
384 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGT-TTA-C-CAA
* * * * * * * * *
57498 CCAA-TGCAAATCGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTT
446 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT
* *
57562 TGTCATAGAACAATTGTTTCTATTCGTACA
511 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* *** * *
57592 AGCTTA-TTAGGAATAGCTTAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
1 AGCTTATTTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * *
57656 AAAAATTGAATTTGTTTATC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTT
64 AAAAAATGAATTTGTTTA-CAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
57720 CAATTTGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATT-TTTGCTATTCATATTAACTTATTTCA
128 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATA-TAACTTATTTCA
* * * * *
57784 ATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAACT
191 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * *
57849 TTGGTCACTGAATAAGTTTAAATCA-TTAAAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTAT
256 TTGTTTAC-AAATAAGTTTAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* *
57913 GA-CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
319 GATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* *** * *
57976 TTAATTTATTAATATTTTGTCAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
383 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
* * * * *
58041 AAGTTTAAATAGTCATAACTACTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTC
448 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTT-
* * * *
58105 ATCATTAAACAATT-TTATC-AGTTCGTATA
512 GTCATAAAACAATTGTT-TCTA-TTCATACA
* * *
58134 GGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTA
* ** * * * * * *
58199 AAAAATGAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATAACTATCTAAATAATTTTCTAGTTCA
65 AAAAATGAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * *
58264 AATCATTATGACATTTTGGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA
130 AATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAA-CTTATTTCAAA
* * * *
58328 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTGAAAAAATTGATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATAT
193 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTT
* * * *
58391 GTTTTCTAAATATGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATC-ATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
258 GTTTAC-AAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCA-TTATG
* * * ***
58454 A-CATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAA-CTATATTCAAAATAAAATAAT
320 ATC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCT-TATTTGGAATAAAATAAT
* * * * * *
58517 ACTACTTTATTCATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAA
382 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAAATAAATATGTTTACCAA
* * * * * * *
58582 GA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTTAAATAGTTATGATATTTTGTT
446 -ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
**
58646 TTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACA
510 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* *
58677 AG-TTATTTAAAGTAAAATAATACTAAATTATTAATA-TTCTAAAAATTAGA-AGAT-AG-G---
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA-ATA-ATAAGAGATT
* * * * *
58734 TAAAAACA--AATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATT
63 TAAAAA-ATGAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* *
58797 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCA-AAATTATTT-
127 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT--ATAACTTATTTC
** * * *
58860 AGAATAAAATAAATATTGATCTATCAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAGAAACTAA
190 A-AATAAAAT-AATATAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAA--AA
** * * *
58921 ATCTATTT-TTTA-AAAT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
250 ATAAATTTGTTTACAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
* ** * * *
58983 TTATGATCTTTATTTTGTCATATGACAATTGTTTCTTTTCAT-TCAAGTTTATTTGGATTAAAAT
315 TTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAT-AAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * **
59047 AATATTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTC
379 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * * * * *
59112 GAACCAGTTAAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGACCA-TTTG
444 AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTG
* ** *
59176 TTTAGTCATAAAATGATTATTTC-AGTTCATACA
508 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * *
59209 AACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATGAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * ** * **** * * * * *
59273 AAAAATTAAAACTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATCAATCTC
64 AAAAAATGAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * ** ** **
59338 AAATCATTATGA-----T-CTTTG-------ACAATTGTTTCTAATCATCCAAGCTTATTT-GGA
129 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAA-CTTATTTCAAA
*
59389 TAAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAAAGA-TTAAAAAAATAAA
193 T-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
** * * * *
59447 AATGTTTGTCAAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TT--A-AATCA--T-TTT--GA-C---
255 TTTGTTT-ACAAA-TAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
59497 CT--T-TTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
317 ATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
* ** * * *
59558 TACTAATTTATTAACA-TTT----ATT--TATTTCA-A-ATTGTT----ATGAGT-T-TTT----
381 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TTAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * * * * * * * *
59604 -----GTTCAAATAGTTAAGATTATATGGACAATTATTTATTTCAATTTGTTAGGACCTTTTGTT
445 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
* * * * * *
59664 TTATCATAAAATAATTATTTC-AGTCCCTATA
510 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
** * * *
59695 AG-TGTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAATAAGAGATTT
1 AGCT-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTT
* * * * * * * *
59759 AGAAAA-CAATTTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC-ATTT
64 AAAAAATGAA-TTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
59822 CAAATCATTATTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGA
128 CAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAA-CTTATTTCA
* *
59886 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTT-AAAAAGTAA
191 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAAATAA
* * * **
59948 ATCTT-TTTACCAAACT-A-TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA
254 AT-TTGTTTA-CAAA-TAAGTTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
* * * * * * **
60010 TTATAACCTTTTATTTTGTCA-CAAACAATTGGTTT-TGTTCAT-TCTATTTTATTCT-GAATAA
315 TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATAT-AAGCTTATT-TGGAATAA
* * ** * ** ** * **
60071 AATAATACTAATTTAATAGTATTTCGAAACTTAATAACCAAGA-AAATTAAAATATAAATCTAAT
376 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA-ATAAATATGTT
* * * * * ** * * *
60135 TGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
440 TACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATT
* ** * *
60200 TTCTTTTGTTGTAAAACAATTATTT-TGTTCATACA
505 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * * * *
60235 AGCTTATTTTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATAGATTTA
1 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-
* * * * * * * *
60300 AAAAAATAAATTTGTTTAACGAAGC-AGTTCAATTGGTTAGGACTA-TTAAATAATTATTTATTT
64 AAAAAATGAATTTGTTT-ACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
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128 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAA-CTTATTTCA-
* * * *
60425 AATAAATTAATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAA
191 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAATAA
* * * *
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254 ATTTGTTTA-CAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
60552 T
318 T
60553 TGTTGGCTTT
Statistics
Matches: 4018, Mismatches: 792, Indels: 571
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAA
AAAATGAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAACTTATTTCAAATAA
AATAATATAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTT
TACAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAA
ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTATTCATACA
Found at i:58081 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 56270--59354 Score: 2099
Period size: 361 Copynumber: 8.6 Consensus size: 360
56260 AAACAGTTCA
** * **
56270 AATAATTATAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT-ACTAAAACAATCATTT-TAGT
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* * * * * *
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62 TCATATAA-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATGAGTAAA
* * * * * * *
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125 AGATTTAAAAAAATAACTTTGTTTAC-GAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
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189 TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * *
56526 ATTTCGAATAAAATACTATAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAAAGTAAAAG--TTTAAAG
253 ATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAA-
* * ** * * * * * *
56588 AA-AAATCTATTGT-CTGAA-TACTTTCAAATAATTATGATTATTTG
316 AATAAATATGTT-TACCAAACAAGTTT-AAATAGTCATAACTATTTG
* * * * ** *
56632 AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAGCCAATTGTTT-TGTTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * ** * *
56696 ACAATCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATT--TATTGAAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
66 ATAA-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATGAGTAAAAGAT
* *** *
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129 TTAAAAAAATAACTTTGTTT-ACGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * ** *
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193 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * ****
56888 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTATAAAATTAAAAAGTTGGAGATTTTAAAACA-AAA
258 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAA-ATAAA
* * * ** * *
56951 GT-TGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTA
322 -TATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * *
56990 AACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
1 AA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * *
57054 TACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAG
65 TA-TAACTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATGAGTAAAAG
* * * * *
57114 ATTT-AAAAAATGAA-TTTGTTTAC-AAAACCAGTTTAAATAGTTATCACTATATGAATAATTAT
127 ATTTAAAAAAAT-AACTTTGTTTACGAATA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
57176 TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTGAAACAAATATTT-TGTTCATATAAGTTTG
189 TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
*** ** * *
57240 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATCAATAAG----TGA-TTTAAAAAG
254 TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAA-
* * * * * * *
57300 TAAATCTGTATACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACGATTTG
318 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
57343 AACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * * * * **
57407 TACAATCTTA-TTGAGAATAAAGTAATGCTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAAT-AGCG
65 TATAA-CTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATGAGTAAAAG
* * * * * * *
57470 AATTTAAAAAATGTATCTATTAGCTTTACCAAT--G--CAAATCGTTATGACTGTTTGAATAATT
127 -ATTTAAAAAA-ATAACT-TT-G-TTTACGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* ** * * * * *
57531 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCT
187 ATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* *** * * *
57596 TATTAGGAATAGCTTAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGA-ATTAA
252 TATTTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTTAA
* * * * *
57658 AAATTGAATTTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
315 AAA-TAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
57705 AACAATTACCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATT-TTTGCTATTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCA
* ** *
57769 TATTAACTTATTTCAATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATGAGTAAAAGA
65 TA-TAACTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATGAGTAAAAGA
* * * * *
57834 TTTAAAAAAATAACTTTGGTCACTGAATAAGTTTAAATCA-TTAAAACTATTTGAACAGTTATTT
128 TTTAAAAAAATAACTTTGTTTAC-GAATAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATTT
*
57898 ATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATTCATATAAGCTTAT
191 ATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* ****
57960 TTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTCAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATA
255 TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATA
* *
58025 AATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTACTTC
320 AATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
58066 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTCATCATTAAACAATT-TTATC-AGTT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTT-TCTA-TT
* * * * *
58128 CGTATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA
63 CATATA-ACTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATGAGTAAAA
* * * * * *
58193 GATTT-AAAAAATGAA-TTTATTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATAACTATCTAAATAATT-T
126 GATTTAAAAAAAT-AACTTTGTTTAC-GAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * *
58255 TCTAGTTCAAATCATTATGA-CATTTTGGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
189 T-TATTTCAAATCATTATGATC-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * * * * *
58318 TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTGAAAAAATTGATAAGTAAAA-ATTTAAAA
251 TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAA
* * * * * *
58382 AATAAATATGTTTTCTAAATATGTTTAAATAGTTAAAACTATTTG
316 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
58427 AATCATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTGTTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
58492 ATAAC-TATATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTCATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATA
66 ATAACTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATGAGTAAAAGA
* * * * * *
58556 TTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTT
128 TTTAAAAAAATAACTTTGTTTACGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA
* * **
58621 TTTTAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATT
192 TTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
58684 T-AAAGTAAAATAATACTAAATTATTAATATTCT-AAAAATT-AGAAG--ATAG---GTAAAAAC
256 TGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAT
* * * **
58741 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTG
319 AAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
*
58783 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * *
58848 GCA-AAATTATTT-AGAATAAAATAAATATTGATCTATCAATATTTTGAAAATT-A--A-TAAGA
66 --ATAACTTATTTCA-AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATGAGTAAAA
* * * *
58907 GATTTAGAAACTAAAT--CTATTTTTTA-AAAT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
126 GATTTA-AAA--AAATAACT-TTGTTTACGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * ** * * *
58968 ATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATATGACAATTGTTTCTTTTCATTCAAGTT
187 ATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * ** * *
59032 TATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA
252 TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAA
* ** * * * * * *
59097 ATAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTAAAATAATTA-AGACTATTAG
317 ATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATA-ACTATTTG
* * ** * * * ** *
59141 AACAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAATGATTATTTC-AGTTCA
1 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * * *
59205 TACAAACTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATGAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAG
65 TA-TAACTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATGAGTAAAAG
* ** * * * *
59269 ATTTAAAAATTAA-AACTATT-TTT-TGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATAT
127 ATTTAAAAA--AATAACT-TTGTTTACGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
** *
59331 CAATCTCAAATCATTATGATCTTT
189 TTATTTCAAATCATTATGATCTTT
59355 GACAATTGTT
Statistics
Matches: 2171, Mismatches: 422, Indels: 260
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 34 0.02
352 93 0.04
353 136 0.06
354 12 0.01
355 12 0.01
356 240 0.11
357 244 0.11
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360 133 0.06
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362 330 0.15
363 53 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ATAACTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATGAGTAAAAGATTT
AAAAAAATAACTTTGTTTACGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC
AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
Found at i:59907 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 59654--60552 Score: 699
Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 176
59644 ATTTGTTAGG
* * * ** * * * *
59654 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGTCCCTATAAGTGTATTTGGAATAAAATAAAAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGT-T-TTTTGAATAAAATAATAC
* * * *
59719 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAATAAGAGATTTAGAAAACAATTTTATTTACCAAACT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-AAGAGATTTA-AAAATAAATTTATTTACCAAACT
* * *
59784 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCATTTCAAATCATTATT
127 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCATTTCAAATCATTATA
*
59834 A-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTT-TTTG-AATAAAATAATA
*
59898 CTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTT-TTTACCAA
63 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAAAAGAGATTTAAAAA-TAAAT-TTATTTACCAA
* * *
59961 ACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATA
124 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-CATTTCAAATCATTATA
* * * * *
60015 ACCTTTTATTTTGTCA-CAAACAATTGGTTTTGTTCAT-TCTATTTTATTCTGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAT-AAGTTT-TT-TGAATAAAATAATA
* * * * * * * * * * *
60078 CTAATTTAATAGTATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAATATAAATCTAATTGCTAAAC
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTATTTACCAAAC
** * ** *
60143 TAGTTCAAATAGTTA-AGACTATACGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATG
126 TAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATC-ATTTCAAATCATTATA
* ** * * *
60195 ACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TTTTGAATAAAATAATAC
* * * * * *
60259 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAACGAAG
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGAGATTT--AAAAATAAATTTATTT-ACCAAA
* * ** * * * *
60324 C-AGTTCAATTGGTTAGGACTA-TTAAATAATTATTTATTTGAAATCATTCTA
125 CTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA-TCATTTCAAATCATTATA
* * ** * * ** *
60375 ACC-TTTG-TTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATAGAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TTTTGAATAAAATAATAC
* *
60438 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-AAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * * *
60501 TAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTAT
126 T-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC-ATTTCAAATCATTAT
60553 TGTTGGCTTT
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 114, Indels: 65
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.01
178 50 0.09
179 104 0.18
180 331 0.58
181 71 0.12
182 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTTTTGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGAGATTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCATTTCAAATCATTATA
Found at i:71419 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 70550--72423 Score: 1313
Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 180
70540 GAGCTAATAA
* * * * * * * *
70550 TTATAACCTTTCGATTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATAGAAGCTTAGAT-AGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * * * *
70613 ATAATACAAATTTACTAATATTTCCTAAAA-TAATAAG-AA-A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTA
** * * * * ** * *
70674 CCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTAACTATTTCAAATTG
128 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
70727 TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCTTACAAGCTTATTCAAAATATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * *
70791 TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGCTAAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * *
70855 CGAACCAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCG
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ****
70907 TTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
70969 TTAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAAT-AGTAAGATATTTAAAAAAAATAAATGTGTT
65 -TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GTTT--AAAAAATAAATTTATT
** * * ** * * * * * *
71032 TGTCGAACTAGCTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTGTTTTAAATTG
126 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * **
71087 TTCTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATT-TTTCTATATC-TCACAAGCTTATTCGGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
71149 ATAATCCAAATTTATTAACATTT-AAAAAGTTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA-TCATT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTATT
* * * * *
71212 TACCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCA
126 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
71267 TTATAACCTTTTCTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
71331 AAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTTTTTAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTT-AAAAAATAAATTTATTTAC
* * * ** *
71396 TGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCA
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * **
71448 TTATGACCTTTTGCTTTATCACAAAAAAATTGTTTCAATTTATTTAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * * * *
71513 AATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGT--TA-CTTAAAAAGTGAATTTGTTCACCA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTACCG
* * * *
71575 AATC-AGTTCAAATACTTATGGCCATTTCAAACAATTATCTATTTCAAATC-
131 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * **
71625 TTATTACCTTTTGTTTGGTGATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** * * *
71689 TAA-AATGAATTTATTACTATAGCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * * *
71753 CCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
128 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
71806 TTATGACCTTTTGCTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTCAAAATAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* ** * * *
71871 AATAATAACATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTACCG
* * * * *
71933 AACCAA-TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTG
131 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * * * *
71983 TTATGACTTTTTATTCTATTATAAAATAATAGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
72048 AATGCTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTT-AACAATAAATATATTTACT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * * * * *
72112 GAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAAATATCTATTTCAAATTG
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * **
72163 TTA-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAAATTATTCAAAAT-AAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
72225 TAACATTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTTAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * * ** * * *
72290 CGGACAAGTTTAAATAATTCTGACCATATCCAACGATTATCTATTTGAAATCA
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** ** *
72343 CTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTT-GGTTCATAGAAGCTTATTTC--AATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
*
72404 TAATACAAATTTATTAATAT
65 TAATACTAATTTATTAATAT
72424 AAGACAATTA
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176 10 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTACCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
Found at i:71676 original size:177 final size:176
Alignment explanation
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70539 TGAGCTAATA
* * * * * * *
70549 ATTATAACCTTTCGATTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTTAGTTCATAGAAGCTTAGAT-AGAATA
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAATGT-TTTT-GTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATA
** * * * * * * *
70611 AAATAATACAAATTTACTAATATTTCCTAAAAT-AATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
63 AAATAAT-TTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATAAATAAGAGACTTAAAAAATAATTTTGTTCAC
* ** * * * ** * *
70675 CGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTAACTATTTCAAATT
126 CAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
70726 GTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCTTACAAGCTTATTCAAAATATAA
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * ** * * *
70791 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGCTAAT
66 TAAT-TTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGACTTAAAAAATAATTTTGTTCAC
* ** * * * * *
70855 CGAACCAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATC
126 CAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * ****
70906 GTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAA
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * * **
70969 TTAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAGTAAGATATTTAAAAAAAATAAATGTGTTTG
66 -TAAT-TTAATTTATTAATATTCCAAAAATAA-A-TAAGAGACTT--AAAAAATAATTTTGTTCA
* * * * * ** * * * * * *
71034 TCGAACTAGCTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAATAATTATTTGTTTTAAATT
125 CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * **
71086 GTTCTAATCTTTTG-TTTAGTCAT-AAA-ATAT-TTTTCTATATC-TCACAAGCTTATTCGGAAT
1 ATTATGACCTTTTGCTTT-GTGATAAAACAAATGTTTT-TGT-TCAT-AAAAGCTTATTCAAAAT
** * * * * **
71146 AAAATAATCCAAATTTATTAACATT-TAAAAAGTTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCA
62 AAAATAAT-TTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAAATAAG----AGACTT-AAAAAAT-AATTT
* * * * * *
71210 T-TT-ACCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATC
119 TGTTCACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *** * *
71266 ATTATAACCTTTT-CTTT-TGATATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAAAA
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTG--ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * *
71329 AAAAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTT-T
64 AATAAT-TTAATTTATTAATA-TTC-CAAA--AATAAATAAGAGACTT-AAAAAAT-AATTTTGT
* *** * * * * * * **
71392 TTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATC
122 TCACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *** * **
71447 ATTATGACCTTTTGCTTTATCACAAAA-AAATTGTTTCAATTTATTTAAGCTTATTCAAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAA-TGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
** *
71511 ATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTTACTTAAAAAGTGAA-TTTGTTCACCA
65 ATAATT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGACTTAAAAAAT-AATTTTGTTCACCA
* * *
71575 AATCAGTTCAAATACTTATGGCCATTTCAAACAATTATCTATTTCAAATC
128 AACCAGTTCAAATAATTATGACCATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * **
71625 -TTATTACCTTTTG-TTTGGTGATATAACAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTCGGAATAA
1 ATTATGACCTTTTGCTTT-GTGATAAAACAAATGTTTTTGT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAA
* * * ** * *
71687 AATAAAATGAATTTATTACTATAGCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTT
64 AAT-AATTTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAA-A--TAAGAGACTTAAAAAATAATTTTGTTC
* * * *
71752 ACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
124 ACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
71805 ATTATGACCTTTTGCTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTCAAAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** * * * * * * * *
71870 AAATAATAACATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
66 TAAT-TTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGACTTAAAAAATAATTTTGTTCACCAAA
* * *** * * * *
71935 CCAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATT
130 CCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * * * * * * *
71982 GTTATGA-CTTTTTATTCTATTATAAAA-TAATAGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAATTAA
1 ATTATGACCTTTTGCTT-TGTGATAAAACAAAT-GTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * * * * * * * * *
72045 AATAATGCTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTAACAATAAATATATTTA
64 AATAAT-TTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAG---AGACTTAAAAAATAATTTTGTTCA
** * * * * * * * *
72110 CTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAAATATCTATTTCAAATT
125 CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
72162 GTTA-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCAGTTCATATAAA-ATTATTCAAAAT-
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAATGT-TTT-TGTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * * * *
72222 AAATAACATTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATT
63 AAATAA-TTTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGACTTAAAAAATAATTTTGTT
* * ** * * * ** * *
72287 TATCGGACAAGTTTAAATAATTCTGACCATATCCAACGATTATCTATTTGAAATC
123 CACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCAT-TTAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * ** * *
72342 ACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA-TGAT-TTTTGGTTCATAGAAGCTTATTTC--AATAAA
1 ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAA
**
72403 ATAATACAAATTTATTAATAT
65 ATAAT-TTAATTTATTAATAT
72424 AAGACAATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
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Consensus pattern (176 bp):
ATTATGACCTTTTGCTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
TAATTTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGACTTAAAAAATAATTTTGTTCACCAAAC
CAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:71945 original size:358 final size:349
Alignment explanation
Indices: 70641--72288 Score: 1007
Period size: 358 Copynumber: 4.6 Consensus size: 349
70631 TATTTCCTAA
* * * * ** * * * *
70641 AATAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTG
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** * ** * * * * * *
70705 AATGATTAACTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCTT
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTAGTTCAT
* * * * *
70770 ACAAGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
129 AAAAGATTATTCAAAATA-AA-AAAATTAACTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
* * * * * **
70834 TTAAAAAATAAAATTGCTA-AT-CGAACCAGTTCAAATAGC-TATGACTATTTGAATAATTATCA
188 TTAAAAAAT-AAA-T-CTATTTACCAAACAATTCAAATA-CTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * *
70896 ATCTCAAATCGTTA-AGATCTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATAGAAGCTTA
249 ATTTCAAATC-TTATA-ACCTTT-TATTT-TGATATAACAATTGTTTTCT-ATCATACAAGCTTA
* ** * *
70958 TTTGGTTAAAATTAATACT-AATTTAATAATATTTC-AAAATT
309 TTCGAATAAAA-TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * **
70999 AAT-AGTAAGATATTTAAAAAAAATAAATGTGTTTGT-C-GAACTAGCTCAAATAGTTAAAACTA
1 AATAAGTAAGAGATTT--AAAAAAT-AAT-T-TTTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * ** * * * * *
71061 TTAGAATAATTATTTGTTTTAAATTGTTCTAATCTTTTG-TTTAGTCAT-AAAATATTTTTCTA-
61 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTT-GTCATAAAAAAATGTTT-TAG
* * ** * * * *
71123 TATC-TCACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTT-AAAAAGTTAATAAG
124 T-TCAT-AAAAGATTATTCAAAATAAAAAAAT--TAACTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAG
71186 CAAAAGATTTGAAAAAATAAATC-ATTTACCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAA
184 ----AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAA
* * * *
71250 TTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGATATAAAACAATTG-TTTCAATTCATAAAA
243 TTATTTATTTCAAATC-TTATAACCTTTTATTTTGATAT--AACAATTGTTTTCTA-TCATACAA
* * * * *
71314 GCTTA-TCCAAAAAAAAAAAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATT
304 GCTTATTCGAATAAAATAAAAT--GAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
71361 AATAAATAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTTTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTTTTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * * *
71425 GAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATCACAAAAAAATTGTTTCAATTTA
64 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAA-TGTTTTAGTTCA
** * * * * * ** *
71490 TTTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTTACTTA
128 TAAAAGATTATTCAAAATAAAA-AAAT-TAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
71555 AAAAGTGAATTTGTTCACCAAATCAGTTCAAATACTTATGGCCATTTCAAACAATTATCTATTTC
191 AAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAATTCAAATACTTATGACTATTT-GAACAATTATTTATTTC
* * *
71620 AAATCTTATTACCTTTTGTTTGGTGATATAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAAT
254 AAATCTTATAACCTTTTATTT--TGATATAACAATTGTTTTCTATCATACAAGCTTATTC-GAAT
* **
71685 AAAATAAAATGAATTTATTACTATAGCAAAAATT
316 AAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
71719 AATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTT-TTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
71783 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
64 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTAGTTCA
* * *
71848 TAAAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATAATAACATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
128 TAAAAGATTATTCAAAATAAAAAAAT--TAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * * * *
71913 AAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAGCAATTATTTATTTCA
191 AAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * * * * * * *
71978 AATTGTTATGACTTTTTATTCTATTATAAAATAATAG-TTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAT
255 AA-TCTTATAACCTTTTATT-T-TGATATAACAATTGTTTTCT-ATCATACAAGCTTATTCGAA-
*
72042 TAAAAT--AATGCTAATTTATTAATATTTCAATAATT
315 TAAAATAAAATG--AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
72077 AATAAGTAAAAAATTT-AACAATAAATATATTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** *
72141 AATAAATATCTATTTCAAATTGTTA-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-TATTTCAGTTCA
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATGT-TTT-AGTTCA
* *
72204 TATAAA-ATTATTCAAAATAAATAACATTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGA
128 TA-AAAGATTATTCAAAATAAA-AAAATTAACTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA
*
72268 TTTAAAAGATAAATCTATTTA
187 TTTAAAAAATAAATCTATTTA
72289 TCGGACAAGT
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 210, Indels: 137
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 27 0.03
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATGTTTTAGTTCATAA
AAGATTATTCAAAATAAAAAAATTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTATTTACCAAACAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCTT
ATAACCTTTTATTTTGATATAACAATTGTTTTCTATCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAAAAT
GAATTTATTAATATTTCAAAAATT
Found at i:72556 original size:136 final size:134
Alignment explanation
Indices: 72324--72578 Score: 417
Period size: 136 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
72314 CATATCCAAC
*
72324 GATTATCTATTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTGGTTCATAGAAG
1 GATTATCTATTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTGATTCATAGAAG
72389 CTTATTTCAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TAAGACAATTAATAAGTAATTATGACTATT
66 CTTATTTCAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAATTATGACTATT
72453 CAAT
131 CAAT
* *
72457 GATTATCTATTTTGAAATCACTATAATA-TTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCAATA
1 GATTATCTA-TTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATGA-TTTTT-GATTC-ATA
72521 GAAGCTTATTTCAA-ATAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
62 GAAGCTTATTTCAATA-AAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
72579 AAGACTTAAA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 3, Indels: 8
0.91 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
133 29 0.26
134 22 0.19
135 4 0.04
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137 19 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (134 bp):
GATTATCTATTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTGATTCATAGAAG
CTTATTTCAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAATTATGACTATT
CAAT
Found at i:72861 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 72458--72922 Score: 472
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
72448 CTATTCAATG
* * * ** * * *
72458 ATTATCTATTTTGAAATCACTAT-A-ATATTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCAATA
1 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTC-ATA
* * * * *
72521 GAAGCTTATTTCAAAT-AAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGAC
63 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGACAAATAATAAATAAAAGAC
* * * * **
72584 TTAAAAAAATCTGTTTACTGAAAAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACA
127 TTAAAAAAATATGTTTACTGAAAAAATTCAAATCATCATAACTATAAGAACA
* ** * * * ***
72636 ATTATTTATTTTGAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAA
* * * *
72701 GTTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-TCAAATAATAAATAAAAGATTTA
66 GCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGACAAATAATAAATAAAAGACTT-
* * *
72765 AGAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATCATCATAACTATAAGAATA
129 A-AAA-AAATATGTTTACTGAAAAAATTCAAATCATCATAACTATAAGAACA
* *
72817 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAA
*
72882 GCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
66 GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
72923 AAAATTAATG
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 44, Indels: 15
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.03
177 20 0.09
178 72 0.31
179 5 0.02
180 3 0.01
181 126 0.54
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAA
GCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGACAAATAATAAATAAAAGACTTAA
AAAAATATGTTTACTGAAAAAATTCAAATCATCATAACTATAAGAACA
Found at i:72977 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 72458--72978 Score: 425
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
72448 CTATTCAATG
* * * ** * * *
72458 ATTATCTATTTTGAAATCACTAT-A-ATATTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCAATA
1 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTC-ATA
* * * * *
72521 GAAGCTTATTTCAAA-T-AAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAAT-AAGTAAAAG
63 CAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATA-AAATAATAAAG-AAAAG
* * * * * * * * ** *
72582 ACTT--AAAA-AAATCTGTTTACTGAAA-AAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACA
125 AATTAAAAAATAAATATGGTTAC-CAAACAAGTTCAAATCATCATAACTATAAGAATA
* ** * * * ***
72636 ATTATTTATTTTGAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAA
* * * * * *
72701 GTTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCATCAAATAATAAATAAAAGATTTAA
66 GCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAAATAATAAAGAAAAGAATTAA
* * **
72766 GAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATCATCATAACTATAAGAATA
131 AAAATAAATATGGTTACCAAACAAGTTCAAATCATCATAACTATAAGAATA
* *
72817 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAA
* * * *
72882 GCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATGAGGAAGAGAATTA
66 GCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAAA-TAATAAAGAAAAGAATTA
* * *
72946 AAAAATGAATTTGGTTACCAAACAGGTTCAAAT
130 AAAAATAAATATGGTTACCAAACAAGTTCAAAT
72979 AGTTATGACT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 61, Indels: 19
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.02
177 20 0.07
178 68 0.25
179 6 0.02
180 8 0.03
181 163 0.60
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAA
GCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAAATAATAAAGAAAAGAATTAA
AAAATAAATATGGTTACCAAACAAGTTCAAATCATCATAACTATAAGAATA
Found at i:73241 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 72653--73271 Score: 777
Period size: 341 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
72643 ATTTTGAATT
* * * * * *
72653 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATTAAAA
1 ATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAACTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAA
* * * * **
72718 TAATATTAATTTATTAATATTTCATCAAATAATAAATAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTAC
66 TAATATAAATTTATTAATATTCCATAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTAC
* * * * *
72783 TGAACAAGTTCAAATCATCATAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
131 TAAACAAG-TCAAATCATCATAAATATAAGAACAATTATCTATATCAAATCATTATAACATTTTG
*
72848 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
195 TTTTGTAATAAAACAATTGTTT-AATTCATAAAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
*
72913 TAATATTTCAAAAATTAATGAGGAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGGTTACCAAACAGGTTCAAA
259 TAAAATTTCAAAAATTAATGAGGAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGGTTACCAAACAGGTTCAAA
72978 TAGTTATGACTATTTGAAC
324 TAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
72997 ATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAA-AATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAA-TAAA
1 ATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAACTGGTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAA
* * *
73060 ATAATATAAATTTATTAATATTCCA-AAAATTATTAAATAAAA-TTTTAAAAAATAGATACATTT
65 ATAATATAAATTTATTAATATTCCATAAAA-TAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTT
* * ** *
73123 TCTAAAACAA-TCAAAT-AGTTATAAATATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATAACCTT
129 ACT-AAACAAGTCAAATCA-TCATAAATATAAGAACAATTATCTATATCAAATCATTATAACATT
** * * *
73186 TTGTTTTGTCCTAAACCAATTGTTT-ATGCTCATAAAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATATTAA
192 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTAAT--TCATAAAAGCTTATTC-GAAGTAAAATAATACTAA
73249 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAA
254 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAA
73272 CAAGAAAAAT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 36, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.01
340 1 0.00
341 114 0.49
342 24 0.10
343 62 0.27
344 29 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
ATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAACTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAA
TAATATAAATTTATTAATATTCCATAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTAC
TAAACAAGTCAAATCATCATAAATATAAGAACAATTATCTATATCAAATCATTATAACATTTTGT
TTTGTAATAAAACAATTGTTTAATTCATAAAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTA
AAATTTCAAAAATTAATGAGGAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGGTTACCAAACAGGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAAC
Found at i:73370 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 72996--76000 Score: 1740
Period size: 181 Copynumber: 16.9 Consensus size: 178
72986 ACTATTTGAA
* * * * *
72996 CATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAA-AATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAA
* * * * *
73059 AATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTATTAAATAAAA-TTTTAAAAAATAGATAC-AT
64 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTAT
* * ** * * *
73121 TTTCTAAAACAATCAAATAGTTATAAATATTTGAACAATTATCTATATCAAAT
127 TTACTGAAA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * *
73174 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCCTAAACCAATTGTTTATGCTCATAAAAGTTTATTCAGAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * * *
73239 ATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAACAAGAAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
73304 CTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
130 CTGA--AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** *
73355 CATTATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATT-TGAAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAA
* * *** *
73419 AATAATACCAATTTATAAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
73483 TTCCGAACAAGTTCAAACAATTATGTCTATTT-ACACTATTATCTATTTTAAAT
128 TACTG-A-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
73536 CGTTATCACATTCTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA---AATTCAGAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
*
73598 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
73659 -TCAAACCAGCTT-AAATAGTTAAGACTATTTCAACGATTATGTATCTGAAAT
130 CT-GAA--AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
73710 CATTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTATTTTTCATAAAAGCTTATTC-GAAGTAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAA
* * * * * *
73773 AATATTACTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG----AGATTGAAAAAATAAATGTGTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * ** * *
73833 TGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAGT
128 TACTGAA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T
* * * * * *
73887 -ATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCACACATGCTTATT-TGAAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAA
* * * * * * *
73950 AATAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAACCTAATGAGTGAGAA-A-TTAAAAAAT--ATATGT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
**
74010 TTACT--AAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTTGAACAATTATCTATTAAAAAT
127 TTACTGAAAGTTCAAATAGTTATGAC----T-----ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
74069 AAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATGA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAA
* * * * *
74133 AATGATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC-A--T
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* *
74195 -C----AGTTCAAATAATTAT-AGCTATTTGAACAATTATCTATGTCAAAT
129 ACTGAAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
74240 CATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTCAAAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* ** * *
74304 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATGAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* *
74368 ACTG-AA--T----TAG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAG
129 ACTGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
74408 CATTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTTCAGTTCATATAAGCTGATTCAAAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT--GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * *
74473 AATAAT-CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * *
74537 GCTGAAGTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATTATATATTTCAATT
129 ACTGAA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * *
74589 TTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTCA-AATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAA
* * * ** * **
74653 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAGTGAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAA-CCGTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATT
** * * * * *
74717 TACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAGCAATTATCTATTTCAAAT
128 TACTGAA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
74770 CGTTATTACCTTTTGTTTAGTCTTATAACA-AATAT-TTTTGATCATACAAGTTTATTC-GAAAT
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTC--ATAAAATAAT-TGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT
* * * * * *
74832 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATT-ATAAG----AGTTTTGAAGAATAAATATGT
62 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
74892 TTACTAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTGGAATAATT-GCATACTTCAAAT
127 TTACT-GA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAAT
* * * * * * * * *
74946 CGCTT-TAACATTTTATTGTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
1 C-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * * * *
75010 AATAATACTAATATAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
** * * * *
75074 TGTTGATCTAA-TTCTAATAGTTCTGATTATATGAACAAAATTATCTATTTC-AAT
128 TACTGA---AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC--AATTATCTATTTCAAAT
* * * **
75128 --TT-T---TTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCATACTAGCTTATTTGGAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT--GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* ** * * * * *
75186 AATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTTGTAAGAGATTTAAAAATTAATTTTGTT
64 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* *
75250 TACCT-AACCTGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT
128 TA-CTGAA--AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*** * * * * * * * * *
75303 TGGTATTAGCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCA-AATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAAT-TGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * * * *
75367 AAAAATACTAATATATTAATTTTTAAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * ** * *
75428 A-TCAAACCAGTTTAAATAGTTATAATTGTTTGAGTAATTATTTCTTTCAAAT
129 ACT-GAA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * ** * *
75480 TGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAATGATAGTTTCATTACATACAAGCTTATTTAGATTAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTT-CATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* ** * * *
75545 ATTAATACTAATTTACTAATATTTCAATGATTAATAAGTAAATA-ATTTTAAAAATAAATATGTT
65 A-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATT
** * * * * * * *
75609 TACCAAACTAGATCTAATAGTCATGACTAATTGAATAAATATTTATTTCAAAT
128 TACTGAA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*** * * * * * *
75662 TGCTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * * * *
75727 ATAATGCTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
75792 -TCG-AA---CAAGAATAATTGTAACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAAT
130 CT-GAAAGTTC-A-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
75839 CACTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT--GTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATA
* * * *
75903 AAAAAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTA
63 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* **
75965 TTTATTGAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGA
126 TTTACTG-A-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
76001 TTATGACTTT
Statistics
Matches: 2199, Mismatches: 468, Indels: 317
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 104 0.05
169 35 0.02
170 2 0.00
171 127 0.06
172 4 0.00
173 33 0.02
174 99 0.05
175 35 0.02
176 340 0.15
177 249 0.11
178 160 0.07
179 70 0.03
180 85 0.04
181 573 0.26
182 146 0.07
183 114 0.05
184 21 0.01
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
TGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
Found at i:74702 original size:349 final size:338
Alignment explanation
Indices: 74044--74705 Score: 814
Period size: 349 Copynumber: 1.9 Consensus size: 338
74034 AATTTGAACA
* * *
74044 ATTTGAACAATTATCTATTAAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTAAAAAGAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAG
* * * * * * *
74109 TTCATAAAAGCTTATCTAAAATGAAATGATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA
66 TTCATAAAAGCTGATCTAAAATAAAATGATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
* *
74174 GAGATTTAAAAAATAAATCATCAGTTCAAATAATTATAGCTATTTGAACAATTATCTATGTCAAA
131 GAGATTTAAAAAATAAATCATCAGTTCAAATAATTATAGCTATATGAACAATTATATATGTCAAA
74239 TCATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAA
196 TCATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAA
* *
74304 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATGAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTA
260 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTA
74369 CTGAATTAGTTCCT
325 CTGAATTAGTTCCT
** * * * *
74383 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTAAAAAGAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT-A
*
74448 GTTCATATAAGCTGAT-TCAAAATAAAAT-A-ATCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
65 GTTCATAAAAGCTGATCT-AAAATAAAATGATAT-TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
*
74510 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGTAGTTCAAATAATTA-AGACTATATGAATAA
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A--T-C------AGTTCAAATAATTATAG-CTATATGAACAA
* * ** * * * *
74574 TTATATATTTCAATTTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTTATACAA
182 TTATATATGTCAAATCATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAA
* * * *
74638 GCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAGTGAATAAGTAAGTGATTTA
245 GCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAACTAAGAGATTTA
74702 AAAA
309 AAAA
74706 GTGAAACCGT
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 34, Indels: 24
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 103 0.38
340 25 0.09
342 1 0.00
343 1 0.00
347 5 0.02
348 2 0.01
349 130 0.48
350 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTAAAAAGAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAG
TTCATAAAAGCTGATCTAAAATAAAATGATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCATCAGTTCAAATAATTATAGCTATATGAACAATTATATATGTCAAA
TCATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTAC
TGAATTAGTTCCT
Found at i:75221 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 75189--75245 Score: 62
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
75179 GGAATAAAAT
* * *
75189 AAAATAAATTTATTA-ATATTTCA
1 AAAATTAATTTATAAGAGATTT-A
*
75212 AAAATTAATTTGTAAGAGATTTA
1 AAAATTAATTTATAAGAGATTTA
75235 AAAATTAATTT
1 AAAATTAATTT
75246 TGTTTACCTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 24 0.83
24 5 0.17
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (23 bp):
AAAATTAATTTATAAGAGATTTA
Found at i:75658 original size:533 final size:536
Alignment explanation
Indices: 74430--75783 Score: 1280
Period size: 533 Copynumber: 2.5 Consensus size: 536
74420 TTGTTTTATT
* * * * *
74430 ATAAAATAATTATTTTCAGTTCATATAAGCTGATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTAATAATAT
1 ATAAAACAATTAGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATAT
* * * * * ** * * * * *
74494 TCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGTAGTTCAAATAATTA
65 TCAAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCTAATAGTTC
* * * * *
74559 AGACT-ATATG-A-ATAATTATATATTTCAATTTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
130 TGA-TAATATGAACAAAATTATCTATTTCAA-ATTCTAT-A-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * * *
74621 TGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAGTGA
191 TATTTCAGTTCATACTAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * *
74686 ATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAACCGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCA
256 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAAACCGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTCA
* * * *
74751 GCAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTAGTCTTATAACAAATATTTTTGATCATA
321 GCAATTATCTATTTCAAATCGGTATTACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAAATATTTTTGATCATA
* * * * * *
74816 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTATAAGAGTTTTGAAG
386 CAAGTTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATATATTAATCTTTAAAAAATTATAAGAGATTTAAAA
*
74881 AATAAATATGTTTACTAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTGGAATAATTGCATACTTCAAAT
451 AATAAATATGTTTACTAAACAAATTTAAATAGTTATAACTATTGGAATAATT-CATACTTCAAAT
74946 CGCTTTAACATTTTATTGTATC
515 CGCTTTAACATTTTATTGTATC
* **
74968 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
1 ATAAAACAATTAGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
* * **** *
75033 CAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGATCTAATTCTAATAGTTCT
66 CAAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCTAATAGTTCT
* * * *
75098 GATTATATGAACAAAATTATCTATTTC-AATT-T-T-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTT
131 GATAATATGAACAAAATTATCTATTTCAAATTCTATACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
** * **
75159 CAGTTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTT
196 CAGTTCATACTAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *** * * * *
75223 GTAAGAGATTTAAAAA-TTAATTTTGTTTACCTAACCT-GTTCAAATGATTATGACTATTTGAGC
260 GTAAGAGATTTAAAAAGTGAA-ACCGTTTACC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAGC
* * * * * * *
75286 AATTATCTATTTCAAATTGGTATTAGCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTGTTTATAT
323 AATTATCTATTTCAAATCGGTATTACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAAAT-ATTTTTGATCATAC
* *
75351 AAGTTTGTTC-AAATAAAAAAATACTAATATATTAATTTTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
387 AAGTTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATATATTAATCTTTAAAAAATT-ATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
75415 AATAAATTTGTTTA-TCAAACCAGTTTAAATAGTTATAATTGTTTGAGTAATT-ATTTCTTTCAA
451 AATAAATATGTTTACT-AAACAAATTTAAATAGTTATAACTATTGGAATAATTCA-TAC-TTCAA
* * * * * *
75478 ATTG-TTATGACTTTTTGTTTTATT
513 ATCGCTT-TAACATTTTATTGTATC
** * * * * *
75502 ATAAAATGA-TAGTTTCATTACATACAAGCTTATTTAGATTAAAATTAATACTAATTTACTAATA
1 ATAAAACAATTAGTTTCATT-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATACTAATATAATAATA
** * *
75566 TTTC-AATGATTAATAAGTAA-ATAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGA-TCTAATA
64 -TTCAAAAAATTAATAACTAAGA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA-ATTCTAATA
* * *
75628 G-TCATGACTAAT-TGAA-TAAA-TATTTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAA
126 GTTC-TGA-TAATATGAACAAAATTATCTATTTCAAATT-CTAT-A-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
75689 AAAATTATTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTCAA
186 ATAATTATTTCAGTTCATACT-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
75753 AAATTGATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAA
250 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAA
75784 TCTATTTATC
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 118, Indels: 57
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 6 0.01
533 218 0.33
534 134 0.20
535 68 0.10
536 9 0.01
537 31 0.05
538 93 0.14
539 3 0.00
540 102 0.15
541 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
ATAAAACAATTAGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
CAAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCTAATAGTTCT
GATAATATGAACAAAATTATCTATTTCAAATTCTATACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
CAGTTCATACTAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAGTGAAACCGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAGCAAT
TATCTATTTCAAATCGGTATTACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAAATATTTTTGATCATACAAGT
TTATTCGAAATAAAAAAATACTAATATATTAATCTTTAAAAAATTATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTACTAAACAAATTTAAATAGTTATAACTATTGGAATAATTCATACTTCAAATCGCTTT
AACATTTTATTGTATC
Found at i:76027 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 75849--76158 Score: 345
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
75839 CACTATAATC
* * *
75849 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAAAATACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTCTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAAAATACA
* * * * * *
75913 AATTTATTAATATTAAGGCAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAA
64 AATTTACTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAA
** *
75977 GTTCAAATCTTTATGACTATTTGATTATGACT
129 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGATTATGACT
* * * * * * **
76009 TTTTGTTTTTTTATAAAATAATTGTCTCTATTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTCTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACAAA
* ** * * *
76074 TTTACTATTATTTCGATAAATAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACTAAACAAGT
66 TTTACTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGT
*
76139 TTAAATAGTCATGACTATTT
131 TCAAATAGTCATGACTATTT
76159 AAATAATTAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 27, Indels: 4
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.03
159 53 0.44
160 64 0.53
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (160 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTCTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACAAA
TTTACTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGT
TCAAATAGTCATGACTATTTGATTATGACT
Found at i:77128 original size:177 final size:173
Alignment explanation
Indices: 76010--77567 Score: 707
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 173
76000 ATTATGACTT
* * * * * * * * * *
76010 TTTGTTTTTTTATAAAATAATTGTCTCTATTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATATTCATACAAGATTATT-TGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
76075 TTACTATTATTTCGATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAG
65 TTATTAATATCTC-AAAAATTAATAAG---AAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTATC-AAACAAG
* * * * *
76138 TTTAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCT-
124 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC--TATGA--TA
* * * ** * * **
76191 TTTGTTTTATAATAAAATAAATGTTTCAGT-TT-GTATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTT-A-TATTCATACAAGATTATTTG-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
76254 AATTATTAAAAT-TCCAAAAGTTAGTGAGTAAG-AGAATTAAAAA-ATGAT-TTTATTACCGAAC
63 ATTTATTAATATCT-CAAAAATTA---A-TAAGAAGATTTAAAAATA-AATCTGT-TTATCAAAC
* * * *
76315 ATGTTCAACTACTTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCT-
121 AAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC--TATGA--TA
* * * * * *
76372 TTTTTCTTTGTCAT-AAACAATTGGTTATATTTATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAA
1 TTTGT-TTTGTCATAAAACAGTTGTTTATATTCATACAAGATTA-TTTGAATAAAATAATACT-A
* * * *
76435 ATTTCTTAATA-CTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAATATATATATATATATTT-TCTAA
63 ATTTATTAATATC-TCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAA-A-ATA-A-ATCTGTTTATC-AA
* * * ** * * * *
76498 ACACGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCAATTAGCTATCTCAAATTGTTATGACA
119 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-T-CTATGATA
* * * * * **
76555 TTTTGTTTTGTCATAAACCAATTTTTTTTATTCATA-AA-ACTCAATCAGAATAAAATAATACTA
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATATTCATACAAGA-T-TATTTGAATAAAATAATACTA
* * ** *
76618 ATTTATTAA-AT-TCCAAAAATTAAAAAGCAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTATTGAGCA
63 ATTTATTAATATCT-CAAAAATTAATAAG---AAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
** * *
76681 GGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACCATTATTTATTTCAAATTGCTATGATCT
122 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-T-CTATGAT-A
* * **
76738 TTTGTTTTGTCATAAAA-AGTTGTTTATATTCTTAGAATTTTATTTGAAATAAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATATTCATACAAGATTATTTG-AAT-AAAATAATACTAA
* * ** *
76802 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACAAGTT
64 TTTATTAATATCTCAAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * * * * * *
76867 CAAAAAGTCATGTCCAGTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATCACA
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATC--TATGATA
* * *
76917 TTTTGTTTTGT-ACTAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAA-ATTATTTAGAATAAAATAGTACT
1 -TTTGTTTTGTCA-TAAAACAGTTGTTTATATTCATA-CAAGATTATTT-GAATAAAATAATACT
* *
76980 AATTTATTGAATATCTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACTAGT
62 AATTTATT-AATATCTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* *
77044 TTAAATAGTTATGACTGTTTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCATATGATA
125 TCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATC-TATGATA
* * * * * *
77095 TTTATTTTGTCATAAAACAGTTATTTATATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATATTCATACAAGATTATTTGAA-TAAAATAATACT-AA
* * ** *
77160 TTGA-TAATA-CTCTAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAGAATAAATGTGTTTATTGAACCAGTTC
64 TTTATTAATATCTC-AAAAATTAATAAGAAGATTTAAA-AATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
* * ** *
77222 AAATAGTTTAAGACTATTAGAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACATT
127 AAATAG-TTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAA----TCTATGATA
* * * * * * * *
77275 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCAAACATGCTTATTTGAAATCAAATAATACT-AT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATATTCATACAAGATTATTTG-AATAAAATAATACTAAT
* * * * *
77339 TTATTAACAT-TCAGAAAATTAATAAATGAGACATGTAAAAATATAAATATGTTTACCAAACAAG
65 TTATTAATATCTCA-AAAATTAAT-AA-GA-AGAT-TTAAAA-ATAAATCTGTTTATCAAACAA-
* * *
77403 GTTCAAAAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTA
123 GTTC---A----AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT--CTATGA--TA
* * * *
77465 -TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATA-TTCATACAAGATTATTTG-AATAAAATAATACTAA
* *
77527 TTTATTAATATTTC-AAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAA
64 TTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAA
77568 ATAAGTTCAG
Statistics
Matches: 1065, Mismatches: 204, Indels: 211
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 60 0.06
177 86 0.08
178 48 0.05
179 40 0.04
180 164 0.15
181 223 0.21
182 123 0.12
183 68 0.06
184 96 0.09
185 25 0.02
186 5 0.00
187 8 0.01
188 19 0.02
189 61 0.06
190 20 0.02
191 11 0.01
192 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATATTCATACAAGATTATTTGAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATCTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTATGATA
Done.