Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168075.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_323, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * * * * *
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* * *
72 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAGT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * * * *
136 TAATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATACTAAA
131 TCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAA-TATAATTTATTAATAT-TTAAA
* * * * * * ** *
187 AATTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAAATGAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
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* * **
316 GTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCCAA
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* * * * *
368 AATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATGATTA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * *
431 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * *
496 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAA
131 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAA
546 AA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATTAT-TTT-C-GAACAA-TTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * ** * * * * *
601 ATTAGAATGATTATATATTTCAAATTGTT-TGATCTTTT-TTTTGT-AAAAAATAGTTGTTTC-A
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
*
662 TTCATACAAG-TTATTT-GAAT-AAATAATACTAATTTATTAA-AATTAAA
130 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAA
* * * * *
709 AATTAATAAG--A-AGATTT-AAAAA-AAAT-TATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTG
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * * * * *
768 TTCGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA--TATTT-TTTTATCATAAAAAAACTATTTCAG
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * *
830 TAT-ATAAAAGTTTA-TT-CAATTAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAT
130 T-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAA
* * * ** *
880 AATTGATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAATCA-GTTTA-TCAATTAGTTCAAATAATTATG-C-
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
940 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * *
1005 ATCATACAAGCCT-CTTCGAAATAAAATAATATTAA-TT-TTAATATTTCAAA
130 TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAA
* * *
1055 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGT-TA-AT-TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * * *
1117 TTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC-TTT-TTATCTCATAAAACAATTATTTCAGT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * * * ** * *
1180 TCACACAAGTTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATGCAATAATATTATGAA
131 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAA
* * * * * * *
1230 AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-AAACTAGTTTAAATAGTTAAG-GTA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
1293 TATGAAC-ATT-T-TTTTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTTAG
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-G
* ** * * *
1354 TTCTTAGTAGCATA-TCAGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAA
130 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAA
* * * * * * *
1404 ACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATGATT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
1468 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTAGTCCATAAAAACAA-TGCTTT
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CAT-AAAACAATTG-TTT
* * * * *
1531 -TGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATCATTTATTAATATTTTGAA
127 CTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * * * * *
1584 AATTAAAGAAGTAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAAC
1 AATT-AATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
1649 TATTT-AACAATCATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTC
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
1712 TGTTCATA-TAGTCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAA
128 TGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * * *** * *
1766 AACTAATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAACTAT-TGGCCT-AACTAGTGCAAATAGTTATGAC
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
1829 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA-CAAATAATTGTTTTC
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC
* * * ** * *
1893 TATTCGTATAAGCTTATTT-GAATAACGTAATCTATTTTATTAATATTCTAAA
128 TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATT-TAAA
* * * * * *
1945 AATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGAACAAGTAC-AATAATTATGACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * *
2009 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGCTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-ATTCT
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT
* * * *
2073 ATTCCATAAAAGCTTATTTA-AATAAAATTACATA-AATTTAGTAATA-TTAGGCAG
129 GTT-CATACAAGCTTATTTAGAATAAAA-TA-ATATAATTTATTAATATTTA---AA
* * * * * *
2127 CA-TAATAAGTAA-A-AGTTAAAAAA-AAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTGTGACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
2187 ATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTAAGA-CTTTTATTTTGTCATGACACAA-TGTTTTT
65 ATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
2249 CTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAA
129 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * ** * * * *
2302 AGTTAATAAGTAA-AGATTT--AAAATAAATATATTAACCAAACAAGTTTAAAGA-TCATAACTA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * **
2363 -TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTAATCAA
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTG
* * * * * *
2427 TTCATATAGGATTATTCAGAATAAATATCAT-TAATTTATTAATATTT-GA
130 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA-ATAATATAATTTATTAATATTTAAA
* *
2476 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATG-TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * * * * *
2540 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTATCATAAAA-TATTATTTTTGT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
* **
2603 TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT-TAATTTATTAATATTCCAA
131 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAA
* * * * * *
2651 AATTAATAAGTAA-AAATTT--AAAATTAATTTTTTTTC-GAACACA-TTCAAATAGTT-TAACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT
* ** *
2710 ATTTGAACAATCATCTATTTTCAAAT-AGTTATGACC-TTTG-TTTGTGGTAAACCAATTGTTTC
65 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
2772 T-ATCATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTAATTAATATTCCAAA
128 TGTTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTT-ATTAATATT-TAAA
* * * * *
2826 AATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-AAGTAAGCTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
2889 GTTTGAGCAATTTTTTA-TTCAAAT-AGTTGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * **
2952 ATTCATACGAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTATTTTATT-ATGATTTTGCA
129 GTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-A-TTTAAA
* * ** * *
3005 AATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTC
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-
* * *
3069 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCT
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
3133 GTACATACAA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAGTATTTTGAA
129 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * *
3185 AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTTATTTAC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
3245 ATTTGAACAATTATCTATCGCAAATTATAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTT
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * *
3309 TTCACATAAGCTTATTT-GACTAAAAT-GTACTAATTTAATAATATTCTAAA
130 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAA
* * * *
3359 AATTAATAAGGAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGT-C-GAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
3422 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTCA
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-
* *
3486 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
128 TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAA
* * * *
3540 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATGTTTACTGAACAATTTCAATTAGATATGAC
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * * *
3605 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCA
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * ** * *
3670 GTTAATAAAAACTTATCGA-AATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAA
129 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTT-AAA
* * * * * *
3722 AATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT-TTGAAGCAA-TTCCAATAGTTTTGA
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
3784 CTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTATGATC-TTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTC
63 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * ** * * ** *
3848 TAATCATATAAGCAGATTCAG-ATAAAAATAAAACTAATTTAAAAATATTTTGAA
128 TGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * * * * *
3902 AATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAATGAA-TTCAAATAATTAAGATT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * * ** *
3966 ATTAGAATGATTGTCTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTACTTCAG
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* *
4030 TTCATACAAGC-TATTT-GAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTAAAA
130 TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAA
* * * *
4081 AATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACT
1 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
4146 ATTTGAATAATTATCTGTTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
65 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * ** * * *
4211 TTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAA
130 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAA
* * *
4263 AA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATTAGTTTACTGAATC-AGTTTAAATAATTATGG
1 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-T-GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-G
* * * * ** *
4322 A-TATTTAAACAATTATTTATTTTAAATC--TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATTGTTT
62 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
4384 TTCAACATTC
Statistics
Matches: 3336, Mismatches: 661, Indels: 401
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 11 0.00
164 24 0.01
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166 57 0.02
167 24 0.01
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174 226 0.07
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAA
Found at i:4057 original size:541 final size:529
Alignment explanation
Indices: 68--4288 Score: 2376
Period size: 541 Copynumber: 7.9 Consensus size: 529
58 AATAATCATA
* * * * * * * * *
68 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTATAAAACAATTGTTTC
1 ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTATGATC-TTTATTTTGCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
133 -AGTTAATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATACTAAAAATTAATGA
65 TA--TCATATAAGCTTATTCAGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * ** * * *
196 GTGAGAGAATTAAAAAAATGAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTA-AAT
127 GTAAGA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATGAA-TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAAC
* * * * * * ** *
260 AATTATCTATTTTAAAACATTATGACCATTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGGTT-TTGTTCATG
189 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATT-ATTCAAGTTCATA
* ** *
323 CAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAG-AA-AAA
252 CAAGC-TATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
383 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
314 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * * * **
448 TTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTG
378 TTAAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATTCA
* * * *
513 GAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTT-AAAATTAATAAG-GATTTAAAAA-TAAA-TTAT
442 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAACTAAACTT-T
* *
574 TTTCGAACAATTCAAATAGTTATG
506 TTTTGAACAATTCAAATAGTTTTG
* ** * * * * * * * *
598 ACTATTAGAATGATTAT-ATATTTCAAATTGTT-TGATCTTTTTTTTGTAAAAAATAGTTGTTTC
1 ACTATTTGAACAAATATCA-ATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTGCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
661 -ATTCATACAAG-TTATT-TGA-ATAAATAATACTAATTTATTAA-AAT-TAAAAATTAATAAG-
65 TA-TCATATAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
719 AAG--ATTT-AAAAA-AAAT-TATTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGATTGTTCGAATAAT
129 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAATGAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT
* ** * ** * * *
778 TATCTATTTAAAATTGTTATGATATTTT-TTTA-TCATAAAAAAACTATTTC-AGTAT-ATAAAA
192 TATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA-TTCAAGT-TCATACAA
** * * * * * * *
839 G-T-TTATTCAATTAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTTAGAGATTT-A
255 GCTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * ** * *
901 AAAATAAATCAGTTTA-TCAATTAGTTCAAATAATTATG-C-ATTTGAACAATTATCTATTTCAA
319 AAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * * * *
963 ATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTCTTCGAAA
383 ATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTAATAAAAACTTATTCAAAA
* * * * * *
1026 TAAAATAATATTA-ATT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAA-TTT
445 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAACTTT
** * *
1088 TACTGAACCAGTTCAAATAGTTATG
506 TTTTGAA-CAATTCAAATAGTTTTG
* * * * * *
1113 ACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TTATCT-CATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAACAAATATCA-ATCTCAAATTATTATGATCTTTATT-T-TGCATAAAACAATTGTT
* * * ** * *
1175 TC-AGTTCACACAAGTTTATTCA-A-AATAAATAATACTAATGCAATAATATTATGAAAATTAAT
63 TCTA--TCATATAAGCTTATTCAGATAA-AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * * *
1237 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAACT-AGTTTAAATAGTTAAG-GTA-TATGAA
125 AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAA-TGAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAA
* * * * * * ** * *
1299 C-ATT-T-TTTTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTAGTTCTTAG
188 CAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCAAGTTCATAC
* * * * * *
1361 TAGC-ATATCAGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTT
253 AAGCTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
1424 AAAAAA-CAATTATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATT
317 AAAAAATAAATT-TGTTT-ACTGAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * ** * *
1487 TCAAATCATTATGACTTTTGTTTAGTCCATAAAAACAA-TGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTT
379 TAAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGT-CAT-AAAACAATTG-TTTCAGTTAATAAAAACTTATTC
* * * *
1550 AGAATAAAATAATA-T-CATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAGAAGTAAGAAAATTTAAAAAAT
441 AAAATAAAATAATACTAC-TTTATTAATATTTTAAAAATT-AACAAG--AG---ATTTAAAAACT
* * * * *
1613 AAA-TTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATA
499 AAACTTT-TTT--TGAA-CAATTCAAATAGTTTTG
** * * * * *
1647 ACTATTT-AAC-AATCATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-A
1 ACTATTTGAACAAAT-ATCAATCTCAAATTATTATGATC--TTTATTTTG-CATAAAACAATTGT
* * ** * * * * * *
1709 TTCTGTTCATAT-AGTCTAATTTGGA-ATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAA
62 TTCT-ATCATATAAG-CTTATTCAGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
* * *** * * * * *
1772 TAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAACTAT-TGGCCTAACT-AGTGCAAATAGTTATGACTATTTG
124 TAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACGAA-TGAATTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* * * * *
1835 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCACAAATA-ATTGTTTTCTA-TT
186 AACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAA-ACAAT-TATTCAAGTT
* * ** * *
1897 CGTATAAGCTTATTTG-AATAACGTAAT-CTATTTTATTAATATTCT-AAAAATCAATAAGTAAG
248 CATACAAGC-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
1959 AGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGAACAAGTAC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
311 AGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
2023 CTATTTTAAATCGCTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-ATTCTA-TTCCATAAAAGC
374 CTATTTAAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC-AGTT-AATAAAAAC
* * * *** ** * * *
2086 TTATT-TAAATAAAAT--TACATAAATTTAGTAATATTAGGCAGCA-TAATAAGTAAAAGTTAAA
435 TTATTCAAAATAAAATAATAC-T-ACTTTATTAATATT-TTAAAAATTAACAAG--AGATTTAAA
* * * *
2147 AA--AAAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTGTG
495 AACTAAACTTT-TTT-T-GAACAA-TTCAAATAGTTTTG
* * * * * * * *
2184 ACTATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTAAGA-CTTTTATTTTGTCATGACACAATGTTT
1 ACTATTTGAACAAATA-TCAATCTCAAATTATTATGATC-TTTATTTTG-CATAAAACAAT-TGT
* ** * * * * *
2247 TTCT-TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAGTTAATAA
62 TTCTATCATATAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * ** * * * *
2311 GTAA-AGATTT--AAAATAAATATATTAACCAAACAAGTTTAAAGA-TCATA-ACTATT-GAATA
127 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATGAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACA
** * * * * * *
2370 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTAATCAA-TTCATAT
190 ATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-TATTCAAGTTCATAC
* * * * * *
2434 AGGAT-TATTCAGAAT-AAAT-ATCATTAATTTATTAATATTT--GAAATTAATGAGTAAGAGAT
253 AAGCTAT-TTGA-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* *
2494 TTAAAAAATGAATATG-TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
315 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * * * *
2558 TCAAATTGTTATAACTTTTGTTTTATCATAAAA-TATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-G
379 TAAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTA-TTCAA
* ** * * * *
2621 AATAAAATAAT--TAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAA-TTAATTT
443 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAG---AGATTTAAAAACTAAACTT
*
2681 TTTTTCGAACACATTCAAATAG-TTTA
505 TTTTT-GAACA-ATTCAAATAGTTTTG
* * * * * *
2707 ACTATTTGAAC-AATCATCTATTTTCAAA-TAGTTATGACCTTTGTTTGTG-GTAAACCAATTGT
1 ACTATTTGAACAAAT-ATC-AATCTCAAATTA-TTATGATCTTTATTT-TGCATAAAACAATTGT
* * *
2769 TTCTATCATACAAAGCTTA-TCA-AAATAAAATAATACTAATTTAATTAATATTCCAAAAATTAA
62 TTCTATCATA-TAAGCTTATTCAGATA-AAAATAATACTAATTTAA-TAATATTCTAAAAATTAA
* * * * * * *
2832 TAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAA-GTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGA
124 TAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATG-AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
* * * * * * * *
2895 GCAATTTTTTA-TTCAAAT-AGTTGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
187 ACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTCAAGTTCA
* * * *** *
2957 TACGAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATT-ATGATTTTGCAAATTAATAGGTAAGAG
250 TACAAG-CTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * *
3021 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATTT
313 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT-ATGACT-ATTTGAACAATTATCT
* * * *
3085 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCTG-TACATACAAA-TTA
376 ATTTAAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTA-ATAAAAACTTA
* * * *
3147 TTCAAAATAAAATAATATTGA-TTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
438 TTCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAACTAAA
** * *
3211 TCTTATTTACGAACCAGTTCAAATAGTTATG
502 -CTT-TTTTTGAA-CAATTCAAATAGTTTTG
* * * * *
3242 ACTATTTGAACAATTATCTATCGCAAATTATAATGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTC
1 ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTG-CATAAAACAATTGTTTC
* * * *
3307 TTTTCACATAAGCTTATT-TGACT-AAAAT-GTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
65 -TATCATATAAGCTTATTCAGA-TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
* *
3369 GAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGT-CGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
128 TAAGAAATTTAAAAAATAAATATG-TT-TACGAA-TGAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
*
3432 ATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCAAGTTCATACAA
190 ATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCAAGTTCATACAA
*
3497 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
255 GC-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
3562 AAAAAAAATCTATGTTTACTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTA
319 AAAATAAAT-T-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * *
3627 AAATTGTTTTAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTA-TCGAAA
381 AAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATTCAAAA
* *
3691 TAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTA
445 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-TAAAA--ATTAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAA-CT-
*
3756 TTTTTTGAAGCAATTCCAATAGTTTTG
504 TTTTTTGAA-CAATTCAAATAGTTTTG
3783 ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTC
1 ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTG-CATAAAACAATTGTTTC
** * * * *
3848 TAATCATATAAGCAGATTCAGATAAAAATAAAACTAATTTAAAAATATTTTGAAAATTAATAAGT
65 T-ATCATATAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT
** * * * **
3913 AAGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAATGAATTCAAATAATTAAGATTATTAGAATGATT
129 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAATGAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT
* * *
3978 GTCTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTACTTC-AGTTCATACAAGC
193 ATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA-TTCAAGTTCATACAAGC
* * *
4041 TATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAA
257 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * * *
4106 AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTGTTTAAAAT
321 AATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
* * * ** *
4171 CATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAA
385 CGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATTCAAAATAAA
* *
4236 ATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAATAAA
449 ATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAACTAAA
4289 ATTAGTTTAC
Statistics
Matches: 2917, Mismatches: 544, Indels: 453
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
508 8 0.00
509 6 0.00
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Consensus pattern (529 bp):
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TATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCAAGTTCATACAAGCTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATAC
TACTTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAACTAAACTTTTTTTGAACAATTCAA
ATAGTTTTG
Found at i:6563 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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5091 TCAGGCCAAT
* * ** *
5101 AGATTCATTTTTTAAAT-TGT-TACTTATTAATTTTTTG-AATATCAATAAATTAGCATTACTTT
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* * * *
5163 ATTCCAAATAAGAC-TGTATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGA
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* * * * * *
5226 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAA-TTGGTTTGGTAAAC
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*
5281 AGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * * *
5342 TTAGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGGA-TC
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* ** * * * ***
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* * * * * * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * **
5521 ATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-ATAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGATTATAACAAT
64 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
5585 TTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTCCGAT-AAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
5638 TATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 -AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* *** * * *
5703 TTAT-GAATAAACTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATCATT
65 TT-TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* *
5767 TGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-TGATTCGAG-AAAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCG-GTAAAC
* * * * * * *
5820 TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * *
5885 TTTGGATAAG-TTTTATTGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
66 TTCGAATAAGCTTGTA-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
5949 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGATAAAT
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
6000 AGATTTTTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATT-ATATTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTT
* * ** * * *
6062 TATTTCAAATTAGCTTGTATGAACTGAAAA-AA--AATTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAA-GT
63 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
6121 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTC-GCAAAT
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTTGTTCGGTAAAC
* * ** *
6175 ACATTTA-TTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * *
6237 ACTTT-GAACAAGCTTGCATGAA-TAGAAATAAATGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACT-A
64 A-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * *
6298 TTTGAGATAAATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTTGGTAAAA
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
*
6353 AGATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* ** * ** * * *
6414 TTTGAATAATTTTGTAAGAA-TAAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATAATTTG
66 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * ** * *
6478 AAATAGATTATAGTTCAAATGGACATGGCTATTTGAACTTGTTCGGCAAAT
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
6529 ATATTTATTTTTTAAATCTTCAACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
6593 TTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAAGATCATAACGATT
65 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * **
6657 TAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCATTAAAC
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* * * *
6710 AGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTT
* * * * * * *
6774 ATTCCGAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATAACAAAACCAAAA-ATCAT-ATAA
64 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGA
* *
6836 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAG--AA-
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAAC
* *
6888 A-A--CA----TT---T-TT-T-CTTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAATATTATTTT
* * * * *
6938 A-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAA-GTCATAAT-A
64 ATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * *
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** * * * *
7055 AGATTCT-TTTTTTAGTTC-TCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATAATATTTT
1 AGATT-TATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * * *
7118 ACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACT
64 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * *
7183 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * **
7236 ATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-
* * **
7301 ATAT-GAATAAACTTGTATGAAC-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACAA
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* * * * *
7363 GTTGAAATAAATAATTGCAT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
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* * * * * *
7418 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTT--AATATTAATAAATTTGAT-TTATA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTAC-TTATTAA-T-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATT
* * * *
7480 TTATTT-GAAATAAGATTGTATGAA-TAGATAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAG
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** * * * * * *
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* * * * **
7599 AGATTCATATTTTTAAAT-TTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTT
1 AGATTTAT-TTTTTAAATCTTC--TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * *
7662 TATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGAT
63 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * *
7727 TTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAAC
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* * * ** *
7781 ATATTTGTTTTTTAAAT-TT-TACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * *
7843 ATCGAATAAGC--ATAT--A-T-GAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTG
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
8014 TT-GAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
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* * * * *
8078 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAAT
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * *
8312 AAATTTATTTTTTAATTC-TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * **
8376 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTT
65 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** * * ** * * *
8440 GAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACTAGATCAGTAAAC
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
8492 AAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* ** * ** * * **
8556 TTTTGAATAAAATTGAATGTTC-AAACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATT
65 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
8620 TGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * * *
8673 AGATTCACTTGTTAAATAAC-T-TACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAAT--CTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * *
8735 TATTT-GAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGAT
63 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * **
8799 TTCAAAAAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGCTTTGACAAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * * *
8853 AGATTTATTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTAGTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * ** ** * * * * *
8916 TTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAA-CAATT
65 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
8980 GAAAATAGATAATTGTCCAAATAG---GAAC----CG-A----TTCAGTAAAC
130 G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
9021 AAATTTA-TTTTTAAATCTCCTTCTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * ** *
9085 TCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAA-AATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGCTTGTAACGATTT-
66 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
9146 AAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-----C---AATTC
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-AC
* * * ** * *
9190 -GATGTA-TTTTTAAATC-TCTAATATATCAAAATTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * * *
9252 -TTCTAGCTAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATT
65 TTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * *
9316 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC--AAAAA
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * ** ** *
9367 AAATTTATTTTTTAAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTTCT-AAATGCTAATAAATTAGTATTATTT
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTT-CTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * * **
9430 TATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAA-TACTATTTTATGAC-AAGCAAAGGGTCAAAACAAT
63 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
9493 TTGAAATAAATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC
* * * *
9547 ACATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATTAATTTATCAATATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAAT-ATTATTTT
* * * * *
9606 ACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGAT
64 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGAT
* * * * * * *
9669 TTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATATAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC
* * *
9724 AGATTAAGTTTTTAAATC-T-T--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGA-ATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA
** * * **
9784 -TTCTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAAT
65 TTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * *
9847 TTGATATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
9901 AAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * *
9965 TTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAATAAAAAAAGAAGATTATAATGAT
65 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGAT
* * * **
10029 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
10083 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
10147 TTCAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAA-CATTT
66 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** *** *
10210 GAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAAT
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
10261 ATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-TTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * *
10323 TT-GAAATAAGCTTGCATG-AGTAGAACCAGA-TGTTTTATGATGAGAAAACAAAATGTCATAAT
66 TTCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACA-ATTG-TTT-T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
10385 GTTTTAAAATAGATAA-TGTTTAGATAGTCATAACTATTTGATAACATGTTCGAT-AAC
125 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG--AACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * *
10442 AAGATTCATTTTTTAATTC-TCTTTCTCATTAATTTCTGGAATATTAAATAAATT-ATATTA-TT
1 -AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAATATTATTT
* * * *
10504 TATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGAT
63 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
** * *
10569 TTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-GT-AAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
** * * * *
10621 AAGATTCCTTTTTTAATTC-TCTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-T--TA-TATTTTA
1 -AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
10681 TTTCAAATAAGCTTATA-GAACTGAAACAATTG-TTTATTACAAAAAAAAAAGGTCACAATGAAT
65 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATG-AT
* * * * *
10744 TTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGG-AAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * * * *
10796 ATATTTATTTTTTAAATGTTCTAC-TATTAATTGTCGAAATATTAAAAAATAAATATT-TGTGA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * * *** *
10858 ATCGAATAAACATGTATG-A--GAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTC
66 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * ** *
10920 AAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGA-TTGAAATTGTTCAATAAAT
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* *
10970 AGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAGTT-GTATTATT
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTTCTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATT
* * ** * *
11032 TTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGT
62 TTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * **
11094 AATTTCG-AATAGATAATTG-TCGAAA-AGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAAC
125 GATTT-GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
11150 AGATTCATTTTTTAAATC-TCTTAATTATTAA-TTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * ** * * * * * *
11213 ATTTTGAATAAACTTACATGAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACGATT
64 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
11277 TGAAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAAC
129 TGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
11331 ATATTTACTTTTTAAAT-TAAT-TACTTATCAATTGTCGAAATATTAATAAATTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCT--TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
11384 TTAGTATGAA
Statistics
Matches: 4853, Mismatches: 973, Indels: 553
0.76 0.15 0.09
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
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AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
Found at i:7014 original size:164 final size:165
Alignment explanation
Indices: 6728--7040 Score: 391
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6718 TTTTTAAATC
* * * ** * **
6728 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAAGTTTTTAT
1 TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT
* * *
6793 GAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACCAAAAATCATATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
66 GAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACCAAAAATCATATAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
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131 ATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAACAT
*
6893 TTTTTCTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTA-TTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
1 TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
* * ** * * *
6956 TGAACAAAACCAATT-GTTTTGTGGCAAAA-CGAAAGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTATT
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*
7019 CAGATAGTCATAACTATTTGAA
128 CAAATAGTCATAACTATTTGAA
7041 CTTATTCGAT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 20, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (165 bp):
TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT
GAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACCAAAAATCATATAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAACAT
Found at i:7694 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 6891--16502 Score: 5574
Period size: 363 Copynumber: 27.1 Consensus size: 359
6881 TTCAGAAAAC
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
7014 TTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GATAAACAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTT
126 TTA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
7077 AGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAATAATATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAAC
188 ACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
7141 T-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
250 TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** *
7205 AGTCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAA
314 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AA
* ** * * *
7252 ATTT-TTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTT
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTT
* *
7315 GTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAATAAATAAT
64 GTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* ** *
7378 TGCAT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
127 T--ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
7442 ATTTTTAACTGTCTTAATATTAATAAATTTGAT-TTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAATA
190 -TTATTAA-T-TTTTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * ** * *
7506 GATAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAG
252 GA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
7570 TCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTCATATTTTTAA
316 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAA
* * * * *
7615 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * *
7680 ATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
66 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-T
* * * * * * * * *
7745 CAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTATC
130 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * * *
7808 AATTGCTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-ATCGAATAAGC--ATAT--AT-GAACAA
195 AATT--TTTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA
* * * ** * * *
7866 TTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAAC
258 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
7931 TATTTGAACTAGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAA
323 TATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * ** * * * * *
7968 A--TC--TCTTATTAATATTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTT-GAACAAACTTAT
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
** * * * *
8028 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
66 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-AT
* * * * *
8093 CAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACGTA
130 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
8156 TTAATTTCTGAAATATTAATAAA-TTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTAAA
193 TTAATTT-T-TAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-T-AG
* * *
8219 AAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
253 AAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
8284 CTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-A
317 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
8326 A-TTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
1 ATTTCT-TTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
** * * * * * ** *
8390 GTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTG
64 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-
* * ** * *
8454 TTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACTAGATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
128 ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** ** * *
8519 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAAATTGAATG-TTCA-AA
193 TTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * * * *
8581 CACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCC
255 -A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
8646 ATAATTATTTGAAC-TGATTC-GATAAACAGATTCACTTGTTAA
318 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
**
8688 ATAAC-TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTT
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * *
8750 CTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAA-AAGATAATT
64 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA-ATAATT
* * * * * * *
8814 ATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGCTT-TGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
128 A-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
8877 TTATTAGTTTTTGAATATTATTAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-G
190 TTATTAATTTTT-AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
** ** * * * * *
8940 AAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAA-TTGAAAATAGATAATTGTCCAAATAG
253 AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
9004 ---GAAC----CG-A----TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAA
316 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
9035 ATCTCCTTCTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGT
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * ** * *
9100 ATG-A-TGAAA-AATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGCTTGTAACGATTT-AAATAGATAATTGTT
66 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-AT
* * ** * * *
9161 CAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-----CA--ATTC-GATGTA-TTTTTAAATCTC-TAATATA
130 CAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TA
* * * * * ** * *
9215 TCAAAATTTGAAGTATTAATAAA-GTAATATTATTTTA-TTCTAGCTAAGCTTTTATGAATTGAA
193 T-TAATTTTTAA-TATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
9278 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
255 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
9343 TAACTATTTGAACTTGTTCA--AAAAAAATTTATTTTTTAAA
319 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AA
* ** * *
9383 ATTTGTTGT-TTATTAATTTTCT-AAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAT
1 ATTTCTT-TATTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * *
9446 GTATGAACT-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAGGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATT
64 GTATGAACTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT
* * * * ** * *
9508 GTTCTAATATTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CT
128 -ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
9568 TATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTT-ATCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAA
191 TATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGAT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
9631 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAA
253 AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * * *
9694 ATCATAATTATTTGAA-TTGGTT-TGATATACAGATTAAGTTTTTAA
315 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * **
9739 A--TC-TT-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTG
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * * * *
9799 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATAA-TA
65 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
* * * * **
9862 GTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
129 --TCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
9926 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGA
191 TATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
9990 AACAATTGTTTTATAATAAAAAAAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
254 AA-AATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
10055 CATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAA
317 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
10098 ATCT-TTTACTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * *
10161 TATGAA-TAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAAT-AATAATTA
65 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
** ** * * * *
10223 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCA
129 -TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
10286 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT--TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAAC
193 TTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-
* * * ** * * *
10349 CAGA-TGTTTTATGATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAA-TGTTTAGATAG
255 -AAATTG-TTT-T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
10412 TCATAACTATTTGATAACATGTTC-G-ATAACAAGATTCATTTTTT-A
316 TCATAACTATTTG--AACTTGTTCAGTA-AAC-AGATTTATTTTTTAA
* * * * *
10457 ATTCTCTTTCTCATTAATTTCTGGAATATTAAATAAATTA-TATTA-TTTATTTCAAATAAGCTT
1 ATT-TCTTTATTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * * *
10520 ATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAA
64 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
* * ** * *
10585 TTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-GT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTT-CTC
129 -TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
*
10647 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAA--T--TA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTATA-GAACT-GA
192 ATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * *
10705 AACAATTG-TTTATTACAAAAAAAAAAGGTCACAATGAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAG
254 AA-AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
10768 TTATGACTAGTTGAACTTGTT-TGGAAACATATTTATTTTTTAA
316 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * * * * * *
10811 ATGTTC--TACTATTAATTGTCGAAATATTAAAAAATAAATATT-TGTGA-ATCGAATAAACATG
1 AT-TTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
10872 TATG-A--GAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA-TTA
** * * * * *
10934 TCAAATAGTCATAAAGA-TTGAAATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTA
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* *
10998 TTAATTGTCTTAATATTAATAAAGTTG-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAA
193 TTAATT-T-TTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
** * *
11061 AAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCG-AATAGATAATTG-TCGAAA-AGTC
255 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT-GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTC
* * * * *
11123 AAAATTATTTAAACTTGTTC-GACAAACAGATTCATTTTTTAA
318 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
11165 ATCTCTTAATTATTAA-TTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTA
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * *
11229 CATGAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-
* * * * * *
11293 TCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACTT
129 T-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTT
* ** *
11357 ATCAATTGTCGAA-A-T-ATTAA--T-A-A--A--TTA--T----T-A----GTATGAATAGAAA
192 ATTAATT-TTTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
11400 CAATTGTTTTTAATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTC
256 -AATTG-TTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
* *
11464 AAACTATTTGAACTATTTGAAACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAA
317 ---C-A--T-AACTATTTG-AACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
11515 A--TC--TCTTATTAATTTTTGAGATATTAATATATTAATATTACTTTATTT-GAACACA-CTTA
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTG
** * * * * *
11574 TATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-A
* * * *
11639 TCAAA-AATCATAATTA-TTGAACTAGTT-AGGTAAACATAA-TTGTTTTTTAAATCTCTTACTT
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
11700 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTCAT-TTTTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCA-
192 ATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AG
* * * *
11762 AAAAACTTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGT
253 AAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
11826 CTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAA
317 C-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
11870 TTTTC-TTAGTTATTAATTTTTG-AATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTTG
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
** * * * * * * * *
11933 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC-ATTTGAAGT-TACAATTGT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-A
* * *
11996 TCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AA--TCTT--TTGT
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * *
12054 TAATTTTTGAAAGATTAAT-AATTAG-TATTATTTTATTCCGAATAAGCTGGAATGATAAAAAAA
194 TAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA
* * * * * *
12117 CAATTG-TTAATGACTAAACAAAAGGCCATAAT-TTTTAGTAAATAAATAATTGTTCATATAGTC
256 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
12180 TTAATTGTTTGAA-TTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTTGA
318 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTA--TTTTTTAA
* * * * ** * * * *
12224 ATCTCCTTGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCT-
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TG
* * * * * * * *
12288 TATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAAC-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-A
* * * *
12352 TCAAATAG--A-AAC----T--A---G-TCAGTAGACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTAT
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * *
12404 TAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAG-TATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAA
194 TAATTTTT---AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* ** * * *
12467 ATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAG--AATTATTCAAGT-GATC
255 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TC
* * * * *
12528 ATAATTATTTAAACCAAT-TTGA-TAAACTA-ACTTATTTTTTAA
318 ATAACTATTTGAA-C-TTGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAA
** ** * * *
12570 A--TCTTTAATTTATTGGTTTTTTGAAATATTTTTTAAAGTAATATTATTTTATGTTAG-ATAAG
1 ATTTCTTT-A-TTATT-AATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAG
* *** *
12632 CTT-T-T---CT--AACTAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATATTTATTCT-AAATAGAT
61 CTTGTATGAACTGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAAAT
* * * * * * * * *
12688 AATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAACTT-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTTT
124 AATT-ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCT
** * * ** *
12752 TGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGC-AGTATGAA
187 TACTTATTAA-TTTTT-AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
12815 CTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGAAAAATTTGAAAATAGATAATTGTTCTA
250 -TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAA
* * *
12879 ATAGTCTTAACTAATTGAA-TTAGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAA
312 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * * * *
12927 ATCTCTTTCTT-TT--TTTTAG-AATATTATTAATTTAGCAATGTTTTACTTT-GAATAAGTTTG
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
12987 TATGAACAGAAGCAATTG-TTTATTACAAAA-TAAAGATCATAAC-ATTTGAGATAGATAATTGC
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-A
* * * * * * *
13049 TCAAATAGCCATAAGTATTT-AACTGGTTC-GATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTA
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
13108 TTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TTCTAAAT-A--TT-T-TGAATAGA
193 TTAATTTTT---AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * **
13166 AACAATCGTTTTATGACAAAACAGACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAAT
254 AA-AATTGTTTTATGAC--AA-A-ACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
13231 AGACATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAAATTTATTTTTTAA
314 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC-AGATTTATTTTTTAA
* ** * * * **
13278 ATCTC-CAACCTATTAATTATT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAAATT
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
*
13340 GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA----AT---GATTTGAAAT-AATAATT
64 GTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT
* ** * * * * * *
13395 GTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAAACTCGCTCGGTAAATAGATATATTTTTTAAATCT-TTACT
128 -ATCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
13459 TATTAATTTTTGAATTTTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TTCTATATAAGCTTTTATGAATAGA
191 TATTAATTTTT-AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
13522 AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AATAGATAA-T-TTCAAATAGTT
254 AA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
13584 ATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAA
318 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
13626 A-TT-TTTACTTATTAACTATT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAAC
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGC
* * * * * * * *
13686 TTGCATGAAC-AAAACCAATTTTTTTACGA-TAAAC-AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAA
62 TTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * * *
13748 TTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC--TAAA-ATAGAATTAATTTTTAATTCTCTT
126 TT-ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
13809 ACTCATTAATTTTATAATATTAATAAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
188 ACTTATTAATTTT-TAATATTAATAAATTTGA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * *
13873 TA-AAACAATTGTTTTAT-----TA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAA
250 TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAA
* * * * * *
13930 TATTTATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAA
313 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
** * * * * *
13977 ATTT-TTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATAAT-TTTTAATCCAAATAAGCTT
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * **
14039 GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATT
64 GTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT
* * ** ** * * *
14103 GTTCAAAAAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTT
128 -ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
*
14167 ATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTT-ATA-TATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGA
192 ATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-
** * ** *
14229 AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT-AGCATTTCAAATAGATAA-T-TTCAAATAGT
253 -AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
14291 CATAATTATTTAAACTTATTCATTAAATAGATTTATTTTTTAA
317 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
14334 A--TCTTAATTATTAAGTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
** * *
14396 TATGAACTGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-
* * * * * * *
14461 TCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTC-GTAAGCATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
14524 TTAATTGTTGAAATATTAATAAA-ATGGTATTATTTTA-ATCGAATAAGCATGTATGAACA-AAA
193 TTAATT-TT-TAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
14586 ACTATTGTTTTAAT-A-GAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
256 A--ATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
14647 ATAACTATTTAAAC-TGATT-TGATGAACA-ATTTATTTTTTAA
318 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
14688 A--TC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTA-TTCTGAACAAACTTA
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
** * * *
14748 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAGCTATTTGAAA-AAGATAATTG
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA-ATAATT-
* * * * *
14811 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAACCTCTTACAT
128 ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * ** * *
14874 ATTAATTTTTTAGTATGAATAAA-TTCATTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAA
192 ATTAA-TTTTTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAGAA
* * * ** * *
14937 AATTTTGTTTTATG-----ACAAAA----A-AATGATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCT
255 AA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
14992 TAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTTAA
319 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * * ** * *
15034 A-CTC-TCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
15097 TATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAGTATACAACTAT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-
* * * * *
15162 TCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
15225 -ATTTTTTAGAGATTAATAAA-AT-ACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAT-AATAAAAA
194 TAATTTTTA-ATATTAATAAATTTGA-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * * * *
15285 ACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCC
255 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * *
15349 ATAATTATTTG-AGTTGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAA
318 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
** *
15391 ATCAC-TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * *
15454 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTG
64 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-
* * * * * *
15519 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTA
128 ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *** *
15583 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG-TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAA
193 TTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * *
15646 ACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
255 A-AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
15710 ATCACTATTTGAATTTGTTC-GATAAACAGATTTAATTTTTTCAA
318 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTT-ATTTTTT-AA
** * * * * * * *
15754 ATCTT-TTCCTTATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAGATTG
1 AT-TTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * * * * * *
15818 TA-AAATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATATAATTA
65 TATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
* ** * * * **
15882 TTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTC-GACAAACATGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
129 -TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * ** * *
15946 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG-TAGTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATGATTAGA
192 ATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGATATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * ** * **
16008 AATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTTATAACTACTCAAATAGTC
254 AA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
16072 ATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
318 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
16114 A--TC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATG
1 ATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* ** * *
16174 TATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGT
65 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT--T
** * ** * * * * *
16239 -TCATGTAGTC-TTACTATTTGAA-AGGTTC-G-ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGT
128 ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * * ** * *
16299 TATTAAGTGTTGGAATATT-ATTAATTAG-TATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTACGAATAG
191 TATTAA-T-TTTTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
16361 AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
253 AA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * *
16426 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGTTTTATTTTTTAA
317 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* *
16469 ATCTC-TTACTGATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
1 ATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
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AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAATATTAATAAATTTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
Found at i:13674 original size:177 final size:179
Alignment explanation
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12387 TTAAACCTCC
* * * *
12397 TACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A
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* * * ** *
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65 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * ** *
12523 T-GATCATAATTATTTAAACCAATTT-GATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTTT
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* * ** * ** * *
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1 TACTTATTAATTTTTAG-AATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGA-ATAAGCTTGTAT
* * *** *
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* * * *
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** * * * *
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1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * * *
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* * * * *
12880 TAGTCTTAACTAATTGAATTAG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
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* * * * * *
12934 T-C-T-TT--TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATGTTTTACTT-TGAATAAGTTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * **
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65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * *
13055 AGCCATAAGTATTT-AACTGGTTCGATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC
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* *
13103 T-CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-A--TT-T-TGAA
1 TACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** *
13162 TAGAAACAATCGTTTTATGACAAAACAGACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTC
65 TAGAAACAATTGTTTTATGAC--AA-A-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * **
13227 AAATAGACATGACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAAATTTATTTTTTAAATCTCC
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* * * * **
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1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * **
13348 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA----AT---GATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAAGG
66 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * *
13404 GTCATAACTATTTGAAACTCGCTCGGTAAATAGATATATTTTTTAAATCTT
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* *
13455 TACTTATTAATTTTT-GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATATAAGCTTTTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA
*
13518 TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AATAGATAA-T-TTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* *
13580 AGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTT
130 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
* * * *
13631 TACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAACTTGCATGA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGA
* * * * *** *
13694 ACA-AAACCAATTTTTTTACGA-TAAAC-AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTC-A
64 ATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
13755 ATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCT--AAAATAGAATTAATTTTT-AATTCTCT
128 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT-TAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATT-T-T
* * * *
13808 TACTCATTAA-TTTTATAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA
* * **
13871 ACTA-AAACAATTGTTTTAT-----TA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCA
64 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCA
* * * * * *
13928 AATATTTATGACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTT
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* * * * * **
13983 TACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATAAT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
14046 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAA
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * *
14111 AGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTTT
130 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTT
** *
14162 TACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT--TATATATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATG
1 TACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* ** * * *
14223 AATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGC-ATTTCAAATAGATAA-T-TTCA
63 AATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * ** * *
14285 AATAGTCATAATTATTTAAACT-TATTCATTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
* * * *
14338 TAATTATTAAGTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA
** * *
14402 CT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
65 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
14466 TAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTCGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTT
129 TAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
* * * * *
14518 TACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTAATC-GAATAAGCATGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * **
14581 CAAAAACTATTGTTTTAAT-A-GAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
65 TAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
14642 TAGTCATAACTATTTAAACTGATTT-GATGAACA-ATTTATTTTTTAAA--TC
129 TAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
* * * * *
14691 T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
14754 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAAT
65 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
14818 AGTCATAATTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACA-AATTATTTTTTAAACCTCT
130 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTTA-GAAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTT
* * * * *
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1 TACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATG
* * * * ***
14930 AATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC--AA-AAAA----AT---GATTTGAAATAAATAACGGTTCA
63 AATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
14984 TATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCT
127 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTT
* * * ** * * *
15039 CAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
15104 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAGTATACAACTATTCAAATA
66 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
15169 GTCATAATTATTTAAATTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
131 GTCATAACTATTTGAACTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTT
* * * * *
15219 TACTTA--ATTTTTTAG-AGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAT-AAT
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
15280 AAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
66 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * * * * **
15344 TGGCCATAATTATTTGAGTTGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAATCACT
129 TAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTT
*
15397 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * *
15462 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
66 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * * *
15527 GTTATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAACTCT
131 GTCATAACTATTTGAA-CTGTTTAGAAAAC-AGATTTATTTTTTAAATTTT
* * * * *
15577 TGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * *
15641 CT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAA
65 -TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
15704 ATAGTCATCACTATTTGAA-TTTGTTCGATAAACAGATTTAATTTTTTCAAATCTTT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTAGA-AAACAGATTT-ATTTTTT-AAAT-TTT
* * * * * * * *
15760 TCCTTATTAAATTTTCA-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAGATTGTA-AAA
1 TACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * ** * * *
15823 TATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAA
65 TA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * * *
15888 TAGTTTTAACTATTTAAACTAG-TTCGACAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTCT
129 TAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAACA-GATTTATTTTTTAAAT-TTT
* * * ** *
15941 TACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTAGTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATGA
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * ** * *
16003 TTAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTTATAACTACTCAAA
64 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * *
16067 TAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC
129 TAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
* *
16117 T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG-
1 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* ** ** *
16178 ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAT
64 AT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * ** *
16243 GTAGTC-TTACTATTTGAA-AGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTT-T
* * * * * ** * *
16295 TAGTTATTAAGTGTTGGAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAAT
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
16359 AG-AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAAT
66 AGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
16423 AGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCT
130 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTT
*
16475 TACTGATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
16503 AGGTTAGAAT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
Found at i:14127 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12380--16502 Score: 2878
Period size: 180 Copynumber: 23.2 Consensus size: 180
12370 GTAGACAAAA
* * *
12380 TTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * ** *
12445 GAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAA
64 GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *** * * *
12508 AT--AGAATTATTCAAGT-GATCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTA-AC
128 ATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGAT
* ** * ** * * *
12559 TTATTTTTTAAATCT-TTAATTTATTGGTTTTTTGAAATATTTTTTAAAGTAATATTATTTTATG
1 TTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT--AATTTTAAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ***
12623 TT-AGATAAGCTT-T-T--CT---AACTAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATATTTATTC
62 TTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-
* * * * * **
12679 T-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAACTT-TTCAATAAACAGAT
124 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * ** ** *
12734 TTATTTTTTTAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * **
12799 GAATAAGC-AGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGAAAAATTTGAA
64 GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-A
* * * * * *
12862 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAATTGAA-TTAGTTCGATAAACAAAT
127 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGAT
* * * * * * * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * *
12978 ATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTG-TTTATTACAAAA-TAAAGATCATAAC-ATTTGAGATA
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* * * * * * *
13040 GATAATTGCTCAAATAGCCATAAGTATTT-AACTGGTTCGATAAATAGAT
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* * * * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * *
13151 AAT-A--TT-T-TGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAAACAGACAAAATGTCATAATGATTTG
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* ** * * * *
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** * * **
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
** *
13331 AATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA----AT---GATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
** * * *
13388 -AATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAAACTCGCTCGGTAAATAGAT
130 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACAGAT
* ** * *
13439 ATATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-A
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * *
13502 TATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAT
66 -ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** * *
13566 AGATAA-T-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATAT
130 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * *
13615 TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * *
13677 GAAATAAACTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTACGA-TAAAC-AAAGGTCATAATGTTTTGA
64 G-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * *
13739 AATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC--TAAAATAGAA
127 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAACAGAT
* * * * **
13791 TTAATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTATAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * *
13856 AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT-----TA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** *
13914 TAATTAATTATTCAAATATTTATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATAT
129 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * * * * * **
13966 TTATTTTTAAAATTTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATAAT-TTTTAATCC
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * **
14029 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTGAAA
64 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* ** *
14094 TAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
129 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * * *
14146 TTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATT--TATATATTTTATTC
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTT
** * * ** * * *
14207 AAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGC-ATTTCA
63 TGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * ** *
14271 AATAGATAA-T-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCATTAAATAGAT
127 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* ** *
14386 AATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
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* * * * * * *
14450 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTC-GTAAGCATAT
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* * * * * * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * *
14565 AATAAGCATGTATGAACAAAAACTATTGTTTTAAT-A-GAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAA
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * ** ** *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
15561 TTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTG
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TT-ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * ***
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTT
* * * * * * * *
15988 AAATAAGC-TCTATGATTAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGA
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** * ** * *
16051 TTTATAACTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGAT
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* *
16103 TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTG
* * *
16164 AATAAGCATGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
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* * ** * ** ** **
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* * * * ** * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
** * * * * * * *
16342 AATAAAATAGTACGAATAG-AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAATTGAAA
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* * * * * * * *
16406 TAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGTT
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* *
16458 TTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAATATTAATAAA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAA
16503 AGGTTAGAAT
Statistics
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Found at i:14698 original size:707 final size:706
Alignment explanation
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5091 TCAGGCCAAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
5678 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATG-AT-GAAAAACAATTGTTTTA
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* * * * * * * * *
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*
5805 ACTGATTCGAG-AAAC
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* ** * * * * * *
5820 TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-CTCAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTA
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* * * * * *
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* * * * * *
5948 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTT-GATAAATAGATTTTTTTT
127 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCG-TAAACATATTTATTTT
* * * * * *
6011 TTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATTAG
191 TTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTAAATATTAATAAAA-TAGTATTATTTTA-ATCAAATAAG
* * * ** *
6075 CTTGTATGAACTGAAAAA-AA---ATTTATGACAAAAAAAGGTTAGAA-GTTTTGAAATAGATAA
252 CTTGTATGAAC--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * * * * *
6135 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCG-CAAATACATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
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* * ** * * *
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375 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
6262 AAATAAATGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACT-ATTTGAGATAAATAATTATTGAAATAGTC
440 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
6326 ATAACTATTTAAACTCGTTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGA
505 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-
* * * * * *
6387 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTAAGAATA-AAACAATTGTTTTA
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** * * * * * * ** *
6450 CAACAAAATAAAATGTCATAATA-ATTTGAAATAGATTATA-GTTCAAATGGACATGGCTATTTG
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* * * *
6513 AACTTGTTCGGCAAAT
691 AACTTATTCAGTAAAC
* * * *
6529 ATATTTATTTTTTAAA-TCTTCAACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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127 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTC-GTAAACATATTTATTTT
* * * * *
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* * * * * *
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252 CTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGAC-AAA--AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATA
** * *
6849 ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAAC------A--TTTT---T-T-C
313 ATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-ATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * *** * *
6899 TTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-
376 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
6962 AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAA-GTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTATTCAGATA
440 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
7025 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAATTT
502 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
7089 TTGGAATATTAATAAATTAATAATATTTTACTTC-AAATAAACTTATATGAACT-GAAACAATTG
565 TT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAAAAATTG
* * * * * * * *
7152 TTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTAT
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* * **
7217 TTGAACTTGTTTGGTAAAC
688 TTAAACTTATTCAGTAAAC
* * * * * *
7236 ATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATT-AATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
1 AGATTTATTTTTT-AAA-CTCTTACTTATTAAATT-TTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT
* * * *
7300 AATAT-GAATAAACTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACA
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* * * * * * *
7362 AGTTGAAATAAATAATTGCA-T-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
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* * * * * * *
7425 TTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTT-AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTTGA
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* * * * * * *
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* ** * * * ** *
7552 AGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTC-AGTAAACAGATTCATATTTTTAAA
308 AAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAGATTTAT-TTTTTAAA
** * * * * *
7616 TTTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT
371 --TC--TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * *
7680 ATGAACT-GAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
432 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * *
7744 TCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTAT
495 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * *
7807 CAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-GAATAAGC--ATAT--AT-G-AACA
559 TAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAA
* * * * *
7865 ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAA-TTGCTCAAATAGTCAAA
623 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT-A-GATTT-AAATAAATAACTT--TCAAATAGTCATA
* * *
7929 ACTATTTGAAC-TAGTT-TGATAAAT
683 ACTATTTAAACTTA-TTCAG-TAAAC
* * * *
7953 AAATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATT-AATATTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAAAT-TTTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * ** *
8014 TT-GAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** * * *
8077 GAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTT
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCGTAAACATATTTATTTTTT
* * * *
8142 AAATCTCTTACGTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCT
193 AAATCTCTTACTTATTAATTT-T-AAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTAAT-CAAATAAGCT
* * * ** *
8206 AT-TATGAATTAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
254 -TGTATGAA-CAAAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATA
** * * * ** * *
8270 ATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACT-AGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTT
313 ATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-T
* * * * ** *
8334 AGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
374 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * ** * ** *
8399 AAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT
439 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
8464 TATTGCTATTTGAACTAGATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
504 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** ** * * *
8529 AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGAATG-TTCA-AACACAATTGTTA
568 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAAT-AGAA-AAAATTGTTT
* * * * * * * *
8592 TATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTG
630 TATGACAAAACAAAAGGTAAT-A-GATTT-AAATAAATAACT-TTCAAATAGTCATAACTATTTA
*
8657 AACTGATTC-GATAAAC
691 AACTTATTCAG-TAAAC
* * * *
8673 AGATTCACTTGTTAAA-TAACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAACT--CTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTA
* * * *
8737 TTT-GAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTT
63 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
8801 CAAAAAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACT-GCTTT-GACAAACAGATTTATTTT
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTTCG-TAAACATATTTATTTT
* * * * * *
8864 TTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
191 TTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAAT-CAAATAAGCT
* ** ** ** * * *
8929 TATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAA-TTG--A-AAAT-A-G
254 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * *
8988 A-T--AATTGTCCA-AA-TA--GGAACCGATTC-AGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTTC
316 ACTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CTAC
* * * *** *
9044 TTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-AT-GA
376 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** * * *
9107 AA-AATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGCTTGTAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT-GGC
441 AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* *** * * * **
9169 TATAATTATTTGAACCAATTC-G------ATGTA-TTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTTG
505 -ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTG
* * ** * *
9225 AAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAGCTAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
568 AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTA
* ** * * *
9290 TGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
632 TGACAAAACAAAAGGT-A-ATAGA-TTTAAATAAATAACT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* *
9355 CTTGTTCA--AAAA
693 CTTATTCAGTAAAC
* * * ** * **
9367 AAATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTA-AATGCTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTT-AAA-CTCTTACTTATTAAATTT-TAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
9431 ATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAGGGTCAAAACAAT
62 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * * * *
9493 TTGAAATAAATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTT
126 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCGTAAACATATTTATTTT
* * ** * *
9558 TTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGC
191 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AATATTAATAAAATAGT-ATTATTTTAAT-CAAATAAGC
* * ** * *
9619 TTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
253 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
** * * * * * * * * * *
9684 GTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTTTGATATACAGATTAAGTTTTTAAATCT-TTTAT
316 ACTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTAT
* * * * **
9748 TAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACA
380 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * ** * * * * *
9813 ATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATG
445 ATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATA
* **
9877 ACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAAT
508 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAT
* * * *
9942 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA
571 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * *
10006 TAAAAAAAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
635 CAAAACAA-AAGGTAAT-A-GATTT-AAATAAATAACT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
*** *
10071 CGCTCAATAAAC
695 TATTCAGTAAAC
* * *
10083 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * ** *
10147 TTCAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAC-ATTT
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* ** *
10210 GAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--AGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTT
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT-TTC-GTAAACATATTTATTTT
* * ** * *
10271 TTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTTTATTATTTTATTTGAAATAAGC
191 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-ATCAAATAAGC
* ** * * * *** * *
10334 TTGCATGAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGA
253 TTGTATGAACAAAAACA-ATTG-TTT-T-ATGA-CAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAA
* * * *
10398 TAATGT--TTAGATAGTCATAACTATTTGATAACATG-TTCGAT-AACAAGATTCATTTTTTAAT
311 TAAT-TACTCAAATAGTCATAACTATTTG--AAC-TGATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAA
* ** ** *
10459 TCT-CTTTCTCATTAATTTCTGGAATATTAAATAAATTA-TATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTA
371 TCTAC--T-T-ATTAATTTTTAAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * **
10521 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAA
431 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
* * ** * *
10585 TTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-GT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTT-CTC
494 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
10647 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATT-TTAT-TTC-AAATAAGCTTATA-GAACT-GAA
557 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAA
* * * * *
10706 ACAATTG-TTTATTACAAAAAAAAAAGGTCACA-ATGAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAG
620 AAAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGT-A-ATA-G-ATTT-AAATAAATAACT-TTCAAATAG
* * * * * * *
10768 TTATGACTAGTTGAACTTGTT-TGGAAAC
678 TCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAAC
* * * * * * *
10796 ATATTTATTTTTTAAA-TGTT-CTACTATT-AATTGTCGAAATATTAAAAAATA--AATATTTGT
1 AGATTTATTTTTTAAACTCTTACT--TATTAAATTTTAG-AATATTAATAATTAGTATTATTT-T
* * * * * * * * *
10856 GA-ATCGAATAAACATGTATG-A--GAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATACCAAT
62 -ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * ** * * * * *
10917 TTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTGAAA-TTG-TTCAATAAATAGATTTATTT
126 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTC-GTAAACATATTTATTT
* * * * *
10980 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAGTTGTATTATTTTATTCAAAATAA
190 TTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-T-TAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATC-AAATAA
* * * ** * ** *
11045 ACTTGTATGAATAGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCG-AATAGAT
251 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA-GTCATAACAATTT-GAAATAAAT
* * * * * *
11108 AATT-GTCGAAA-AGTCAAAATTATTTAAACTTG-TTCGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
312 AATTACTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC
* * * * * * **
11170 TTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAA
373 -TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
11235 TTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAAA
437 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT-CAAA
* * * * * * *
11299 TAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAAT
500 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAAT
* * * *
11363 TGTCGAA-A-T-ATTAA-TA--A--A--TTA---T---T-AG----TATGAATAGAAACAATTGT
563 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTG-
* * * * *
11407 TTTTAATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAATAAATAA-TTGCTCAAATAGTCAAACTAT
627 TTTT-ATGACAAAACAAAAGGTAAT-A-GATTTAAATAAATAACTT--TCAAATAGT----C-A-
* * *
11471 TTGAACTATTTGAAACTTGTT-TGATAAAT
681 -T-AACTATTT-AAACTTATTCAG-TAAAC
* * *
11500 AGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATT-AATTTTTGAGATATTAATATATTAATATTACTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAAATTTTAGA-ATATTAATA-ATTAGTATTATTTTAT
* * ** *
11561 TT-GAACACA-CTTATATGAACAAAAAC-ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
64 TTCGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * ** * *
11623 TGAAATAGATAATTGTTCAAA-AATCATAATTA-TTGAACTAGTTAGGTAAACATAATTGTTTTT
127 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCGTAAACATATTTATTTTT
* * *
11686 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTTTTTTATTTCAAATAAGC
192 TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTA-ATCAAATAAGC
* * * ** *
11749 TAGTATGAATTCAAAAA-ACTTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
253 TTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * * * * * *
11813 TTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACT-AGTTC-AGCAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCT
314 TTACTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-
* * * * * * *
11876 TAGTTATTAATTTTT-GAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC
373 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * *
11940 AAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA-CATTTGAAGT-TACAATTGTTCAAATA
438 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
12003 GTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AA--TCTT--TTGTTAATTTT
502 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** *** *
12061 TGAAAGATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTGGAATG-ATAAAAAAACAATTG-
566 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAAA-AATTGT
* * ** * * * * *
12123 TTAATGACTAAACAAAAGGCCATAAT-TTTTAGTAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTG
628 TTTATGACAAAACAAAAGG---TAATAGATT--TAAATAAATAACT-TTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
12187 TTTGAA-TTGTTTTAGCAAAT
687 TTTAAACTT-ATTCAGTAAAC
* * * * * * *
12207 AGGTTTATTTTTTTTGAATCTCCTT-GTTA-TCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATT
1 AGATTTA--TTTTTT-AAACT-CTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATT
* * * * * * * *
12270 TTATTCCAAATAAGCTCT-TATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAAC-AAAGGTTATAATG
60 TTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
12333 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACTA-GT---C-AG--TAG-ACAA-A-A-TTAT
124 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCGTA-AACATATTTAT
* * * * * **
12384 TTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAAT
188 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT--AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-ATCAAAT
* ** * ** *
12449 AGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAAT--AG
249 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * * ** * *
12512 AATTATTCAAGT-GATCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTT
312 AATTACTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATC--
* ** * ** * * *
12575 TAATTTATTGGTTTTTTGAAATATTTTTTAAAGTAATATTATTTTATGTT-AGATAAGCTT-T-T
373 T-ACTTATT-AATTTTTAAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT
* * * * *
12637 --CT---AACTAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTT
434 GAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAAATAATTGTT
* * * * ** * * **
12695 TAAATAGTTATGACAATTTGAACTT-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTTTTGTTTAT
496 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * ** *
12759 TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-AGTATGAACTA-AAAC
559 TAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAAA
* * * * * * * * *
12822 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGAAAAATTTGAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT
622 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-A-ATAGATTT--AAATAAATAACT-TTCAAATAGTCAT
* *
12887 AACTAATTGAA-TTAGTTC-GATAAAC
682 AACTATTTAAACTTA-TTCAG-TAAAC
* * * * * *
12912 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT-TT---TTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATGTTTTAC
1 AGATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTA-
* * * * * * *
12973 TTT-GAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAA-TTGTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAAC-ATTT
63 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* ** * * * * * * *
13034 GAGATAGATAATTGCTCAAATAGCCATAAGTATTT-AACT-GGTTCGATAAATAGATTTAATTCT
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCG-TAAACATATTTATTTTT
* * *
13097 TAAATCTCTTA-TTAATT--TTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-A--T
192 TAAATCTCTTACTT-ATTAATTT-TAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATC-AAATAAGCT
* * * ** *
13156 T-T-TGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAAACAGACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAT
254 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC---A-A-A-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * * *
13219 AATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAAATTTATTTTTTAAATCTC
312 AATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-
* * * ** **
13283 CAACCTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAAATTGTATGAA
374 --ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * **
13347 TAGAAACAATTATTTTATGAC----AAAA---CAAAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAAGG
437 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
13404 GTCATAACTATTTGAAACTCGCTCGGTAAATAGATATATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
502 GTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
13468 TTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTT
565 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTT
* * * * * *
13533 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATAGATAA-TTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
630 TATGACAAAACAAAAGGTAAT-A-GATTTAAATAAATAACTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * *
13597 CGTGTTTAGAAAAC
693 CTTATTCAGTAAAC
* * * * *
13611 ATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
13675 TT-GAAATAAACTTGCATGAAC-AAAACCAATTTTTTTACGA-TAAAC-AAAGGTCATAATGTTT
64 TTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * *
13736 TGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-A-TGTTC-TAAA-ATAGAATTAAT
127 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT-TTCGTAAACAT--ATTTATT
* * *
13796 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTATAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
189 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AATATTAATAAAA-TAGTATTATTTTA-ATCAAATAA
* * * * * ** *
13861 GCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT---TAAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAATTAATT
251 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * * *
13923 ATTCAAATATTTATGACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACT
316 ACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTACT
* * * * ***
13987 TATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATAAT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
377 TATTAATTT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** *
14050 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTC
441 AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
** * * *
14115 ATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT
505 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TT
* **
14179 -AATATTAATAAATT--TATATATTTTATTCAAAATAAG-TTTGTATGAATAGAAAAAAATCATT
567 GAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTCTAAATAAGCTTT-TATGAATAG-AAAAAATTGTT
* *
14240 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCATTTCAAATAGATAA-TTTCAAATAGTCATAATTATTTAA
629 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAG-ATTT-AAATAAATAACTTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* *
14304 ACTTATTCATTAAAT
692 ACTTATTCAGTAAAC
* *
14319 AGATTTATTTTTTAAA-TCTTAATTATTAAGTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT
1 AGATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATT
* **
14383 TCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
65 TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
14448 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTCGTAAGCATATTTATTTTTAAA
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * *
14513 AT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTAATCGAATAAGCATGTA
195 ATCTCTTACTTATTAATT-TT-AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCAAATAAGCTTGTA
* * *
14577 TGAACAAAAACTATTGTTTTAAT-AGAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAA
258 TGAACAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAA
* * *
14641 ATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTGATGAACA-ATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTT
322 ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * *
14704 TGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTT
387 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* *
14769 TATGACAAAAAAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
452 TATGACAAAAAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
14832 GAACTAGTTAGGTAAACAAATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTAGTATGAATAAA
515 GAACTTGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAA
* * * * * * **
14897 TTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAATTTTGTTTTATGAC---A-AA
580 TT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-TTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
14956 AA---AAT-GATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAAC-TAGTTTAGCAA
643 AAGGTAATAGATTT-AAATAAATAAC-TTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCAGTAA
15016 AC
705 AC
* * * * * **
15018 AAATTTATTTTTTTAAACTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTA-TTTTTTAAACTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
15083 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTG
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * * *
15148 AAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
15212 AATCTCTTACTTAATT--TTTTAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGT
194 AATCTCTTACTT-ATTAATTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATC-AAATAAGCTTGT
* * * *
15275 AT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTG
257 ATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAA-GTCA-TAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * ** * * * *
15338 TTGAAATGGCCATAATTATTTGAGTTGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTA
317 CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-TACTTA
* *
15403 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
379 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
15468 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATA
444 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
15533 ACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
508 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* * ** *
15597 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-A
571 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * *
15660 TCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCACTATTTGAATT
635 -CAAAACAAAAGGTAAT-A-GA-TTTAAATAAATAACT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
*
15725 TGTTC-GATAAAC
695 TATTCAG-TAAAC
* * * * *
15737 AGATTTAATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAAATTTTCA-AATGTTAATAAATTTGGATTATTT
1 AGATTT-ATTTTTT-AAA-CTCTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * * * *
15801 TATTCCGAATAAGATTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCAAAATGA
61 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * ** * *
15865 TTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAG-TTCGACAAACATGTTTATT
125 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCG-TAAACATATTTATT
* * * *
15929 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTTAACCAAATAA
189 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTTAATCAAATAA
* ** * * * ** * **
15994 GC-TCTATGATTAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTTATAA
251 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * *
16058 CTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTA
314 TTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTA
* * *
16122 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG-ATCAAAA
379 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * **
16185 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATGTAGTC-
442 ACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** ** ** * * * * *
16249 TTACTATTTGAA-AGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTGTTGGA
506 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGA
* * ** ** * ** *
16313 ATATT-ATTAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAGAACTAATTGTTTGATG
569 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATG
* * * * * * *
16377 ACAAAATAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-
634 ACAAAACAAAAGG---TAATAGATTTAAATAAATAACT-TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAC
** ** *
16441 TGGTTTGGTAAAT
694 TTATTCAGTAAAC
* * *
16454 AGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTA-AATATTAATAA
1 AGATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAA
16502 AAGGTTAGAA
Statistics
Matches: 8420, Mismatches: 1600, Indels: 1330
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
689 1 0.00
690 17 0.00
691 60 0.01
692 4 0.00
693 28 0.00
694 105 0.01
695 88 0.01
696 154 0.02
697 80 0.01
698 96 0.01
699 252 0.03
700 269 0.03
701 286 0.03
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726 73 0.01
727 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (706 bp):
AGATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTCGTAAACATATTTATTTTTTAAA
TCTCTTACTTATTAATTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCAAATAAGCTTGTATGA
ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT
AGATTTAAATAAATAACTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAAC
Found at i:16613 original size:116 final size:115
Alignment explanation
Indices: 16381--16615 Score: 278
Period size: 116 Copynumber: 2.1 Consensus size: 115
16371 TTGATGACAA
* **
16381 AATAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTT
1 AATAAAAGGTTAGAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATCATT
* * ** *
16446 TGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAATATT
66 TAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATT-ATTTTGAAATATT
** * * * * *
16497 AATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCATT
1 AATAAAAGGTTAGAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATCATT
*
16562 TAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCT-TTCACT-ATT-TTTTGGAATATT
66 TAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTGATTATTTTGAAATATT
*
16610 ATTAAA
1 AATAAA
16616 TTAATATTAT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 17, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
113 15 0.15
115 5 0.05
116 81 0.80
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (115 bp):
AATAAAAGGTTAGAACAAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATCATT
TAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTATTTTGAAATATT
Found at i:17630 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16510--18898 Score: 1782
Period size: 180 Copynumber: 13.3 Consensus size: 180
16500 AAAAGGTTAG
* * ** * * *
16510 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAGCAAATACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * *
16575 TATTTTTTAAATCT-TTCAC-TATT--TTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTC-A
66 TATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA
* * * *
16635 AATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAACTATTTTATAAGAAAAC-AAAGATCAT
129 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * ** *
16686 ATTGATCTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACA-ACT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-T
* * * *
16750 TTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-T
65 TTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * *
16813 CAAATAAGTTTTTATGAAATTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAT
128 -AAATAAGCTTGTATG--A-----AT---A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * * *
16878 GACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTG-ACTTGTT-TGATAAATAA
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAG
* * *
16939 ATTTATTTTATTTAAATCT-TTAACTCATTAATCTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTT
63 ATTTA-TTT-TTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT-TTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
17002 ATTCTAAATAAGCTTGTATGACT--AAATAATTATTTTATGACTAAACAGAAGGT-AGG
123 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-T
** * * * * * * * * * *
17058 AACAAATTGATAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAA-CGCA
1 AATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG-A
* * * * * * * *
17122 TTTATTTTTCAAAGCTCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTC-
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCT
* * * * *
17183 GAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCAT
128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * *
17235 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTAATAAACAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGAT
* * * ** *
17299 TTAATTCTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTCA-AATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTT
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
** * ** *
17360 AATAATTTTTTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATG-TCAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
** * *
17411 AATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
**
17476 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGC-AA
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAA
** *
17540 ATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAA
130 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * ** * * *
17591 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAGTAAACAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * * *
17656 TATTTTTTAAATCT-TATACTTATTATTTTTTGAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
66 TATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * *
17720 AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * *
17772 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA-AAAACATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGAT
* * * * *
17835 TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTA-TTTATTCG
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT
* * *
17897 AAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCAT
128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * * **
17950 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * *
18014 AATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-A
* * * *
18078 AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGGTCAC
129 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * *
18129 ATTGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTC-GATAAATATA
1 AATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGA
* * * * *
18192 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATC
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * *
18256 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
127 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * ** **
18310 AACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * * * * *
18375 TATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAA
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * *
18439 AATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATTCATTTTATGGCAAAACAAAA-AGTTAT
129 AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
** * * * * *
18493 AGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAGTTTAAATTTATTCATTAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAT
* * * * ** * *
18557 TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTGATAGCTTAGTATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* ** * * * *
18622 AATAAGCTTATATGAATCA-AAATGATTTTTTTCTGAGAAAATAAAATG-TCAT
129 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * ** *
18674 AACGATTTG-AATAGGTAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TGATAAGCATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGAT
* * * * * * *
18737 TTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATT-GAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAATCC
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * **
18801 GAATAAGTTTGTATGAACAAAAACTATTACTTTAT-A-ATAAA-AAAA-ATCAT
128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCAT
** * ** *
18851 AACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
18899 GGTTTGATAA
Statistics
Matches: 1758, Mismatches: 348, Indels: 212
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 20 0.01
176 275 0.16
177 60 0.03
178 161 0.09
179 171 0.10
180 455 0.26
181 300 0.17
182 36 0.02
183 133 0.08
184 1 0.00
186 1 0.00
188 2 0.00
190 1 0.00
191 37 0.02
192 40 0.02
193 49 0.03
194 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:17782 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16833--22030 Score: 2388
Period size: 181 Copynumber: 28.7 Consensus size: 180
16823 TTTATGAAAT
* * *
16833 TTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATA
1 TTTTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATA
* * *
16896 ATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTG-ACTTGTT-TGATAAATAAATTTATTTTATTTAAATCT
64 ATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTA-TTT-TTTAAATCT
* * * *
16958 TTAACTCATTAATCTTTTGAAA-GTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGC
125 TT-ACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * * * * * * *
17015 TTGTATGACT--AAATAATTATTTTATGACTAAACAGAAGGT-AGGAACAAATTGATAATTGATA
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGA-AATAGATA
* * * * * * * * * *
17077 ATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAA-CGCATTTATTTTTCAAAGC--T-
64 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTA
* * * * *
17138 CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAG-
128 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGC
* * * * * *
17190 TTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAA
1 TTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
17254 TTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTAATAAACAAATTTAATTCTTAAATC--T-C
65 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* ** * **
17315 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTTAATAATT
129 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
** * * * *
17367 TTTTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAAC
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * **
17431 AATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* * **
17496 TATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGC-AAATAAAA
130 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGC
* * * * *
17546 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** * * *
17611 TATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATACT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TACT
*
17676 TATTATTTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
130 TATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* *
17727 TTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
17792 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA-AAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACT
* *
17855 TACTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTA-TTTATTC-GAAATAAGC
130 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGC
** * * * * *
17905 TTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * *
17970 TATTTAGATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* *
18034 CATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGC
130 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC
* * * **
18085 TTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGGTCACATTGATTTGAAATA-ATTA
1 TTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TA
* * *
18147 ATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTC-GATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
64 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTT
* * * *
18211 ACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCGAATAAGC
127 ACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * *
18265 TTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** ** * *
18330 TGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACT
* **
18395 TATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAG-
130 TATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * * * *
18445 TTTGTATGAATAGAAAAAAATTCATTTTATGGCAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGAT
1 TTT-TATGAATAG-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *
18510 AATTATTCAAATAGTCATAA-TAGTTTAAATTTATTCATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCT
63 AATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-T
* ** * ** *
18574 TAATTATTAATTTTCAAAATATTGATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
126 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* ** * * * * * *
18629 TTATATGAATCA-AAATGATTTTTTTCTGAGAAAATAAAATGTCATAACGATTTG-AATAGGTAA
1 TTTTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * ** * * *
18692 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TGATAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTA
65 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTA
* * * * *
18756 CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAATCCGAATAAG-
128 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * ** * * * *
18808 TTTGTATGAACAAAAACTATTACTTTATAATAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAATAAATAA
1 TTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
** * * * * *
18870 TTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAAT--A-TTA----ATAAAT-TAGTA
65 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * ** * * ** *
18926 C-TATT-TTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAACAATATTGTTTTATTACAAAATAAAAAC
128 CTTATTAAT-TTTTGAA-ATA-TTA-A-T-A-AATTAGTATTATTTTATT-CTGAAT--AAGC
* * * * * * ** * * * * * *
18987 TAATAATTATTTGAAATAGATAATTTT-TTA-AATAGATATAA--TTATTTGAACTAGTTCAGTA
1 T-TTTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAA-A-ACAAAAGGTCA--T-AACGA-TT-TG-A
* * * * * * * * * * *
19048 AATAAAATTATTTTTTAAAT-CTCTTATAA-AATTTTCAA-ATATT-AATAAATTAGTTTTACTT
56 AAT-AGATAATTATTCAAATAGTC--ATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGATTTA-TT
* * * * ** * **
19109 TATTTCGAATGAGCTTTTATGAGCTAAAATAAGTGTTTT-ATCACAAAACAA-AAAGTCAG-AAC
115 T-TTT--AA--A--TCTT-T-A-CT-TATTAA-T-TTTTGA--A-ATATTAATAAA-TTAGTATT
* *** *
19171 AATTTAAGATAAATAA--
163 ATTTTATTCTGAATAAGC
* * ** * * *** * ** * *
19187 TTGTTCAT--ATAGTCTTAACTATTTGAATT-GGTTCGGTA-AATA-G--AT--TTATTTGTATT
1 TT-TT-ATGAATAG---AAAC-AATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** * *
19243 AGTTATTAATT-TTTAGAATA-TTACTAAATTAGTATT-ATTTTATTC--TAAATAAGCTTGTA-
59 AG--A-TAATTATTCA-AATAGTCA-T-AACTA-T-TTGAACTTGTTCAGTAAAT-AGATT-TAT
*** * * *** * * * * * * *
19302 TGGATAGAAACAATTGT-TTTATT-ATAAAATAAAATGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTG
114 TTTTTA-AATC--TT-TACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAAT-A-AATTAG-TAT-TAT-TTTA
*
19364 TTCAAATAGTCATAA-C
169 TTC---T-G-AATAAGC
** * * * * ** * * * *
19380 TATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATT-TACTTTTTG--AAAATAATTGCTTTATGATAGACAAA
1 T-TTT--A-T-GAATAG-AAACA-ATTGT--TTTATGACAAAACAAAAG----GTCATA-ACGAT
** * * ** * * * * *
19442 AGGTAATA-ATAATTTAAAAT-AAATAGTTGGTCAA--ATGGTCATAATTATTTCAACTTATTCA
52 TTGAAATAGATAA-TT--ATTCAAATAG-TCAT-AACTAT-TTGA-ACTT-GTTC-A-GTA---A
* * * * ** ** * * * *
19503 GTAAACTAATTTGTTTTTTAAATCT-CTTAATT-ATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAT
104 ATAGATTTA-TT-TTTTAAATCTTTACTT-ATTAATT-T---TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*
19566 TATTTTCTT-TCGAATAAGC
162 TATTTTATTCT-GAATAAGC
* * * * * *
19585 TTTTTTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCGATAA
1 TTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
19649 TTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTG
65 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCT-TTA
* *
19714 CTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
128 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * * * * * *
19767 ATGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAGATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
19832 TATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTC-GACAAATACATTTATTTTTTAAATCTTT-C-
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACT
* * * * **
19894 -ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGC
130 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGC
* ** * ** * * * ** *
19944 TTGTATG-ATCA-AAATTGATTGTTTTATAAGGAAAC-AAAGATTATAATGATTTGAGCTTGATA
1 TTTTATGAAT-AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * ** *
20006 TTTGTTCCAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAATA-ACTTAAGTTTTAAATCTCTTG
64 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* * * *
20070 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCT-AATAAGT
128 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGC
* * ** * * **
20123 TTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACAAAATGAAAGATCGTAGTGACTTT-AAATAGATA
1 TTTTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATA
* * *
20186 ATTGTGCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACATAT-TTGA-TAAATAGATTTATATTTTTTAAATC
64 ATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-T-TGTTCAGTAAATAGA-TT-TATTTTTTAAATC
* * * *
20248 TTTTACTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGA
124 -TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * ** * *
20306 TTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGAGTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAA
1 TTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
** * * * * * * * *
20370 TTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAAGC--T-C
65 TTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* * * * *
20431 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGC
129 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * * * * * * *
20483 TTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAA-TAAATGTGATAATGATTTTAGATAGATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * ** * * *
20547 TATTCAAATAATAATAACTATTT-ATGTTGTTTAGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACT
** * *
20608 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAA--
130 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* *
20657 TTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
1 TTTT--ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
20721 ATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--T-C
64 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* * * *
20783 ----------TT-ACATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAC
129 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
** ** * *
20824 TTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGTAAAAC-AAAGGTTCATAACTATTTGAAATAAATAA
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * **
20888 TTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTCCTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
65 TTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTT
* * * * * *
20951 ACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATA-TTTATTTTGAATATGC
127 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * ** *
21004 TTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAGATAGATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** *
21069 TATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* * * *
21134 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGC
130 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC
* * * * * * * *
21185 CTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGACGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA
1 TTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
21249 CTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTAC
65 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* ** * * *
21314 TTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAAC
129 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGC
* * * * *
21366 TTGTATGAACA-AAGACAATTTTTTTATGACAAAATGAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATA
1 TTTTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * ** *
21429 TTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTTGGTAAAT-GTAGTTATTTTTTAAATCTTTT
64 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATC-TTT
* * * * *
21493 ATTTATTAATTGTATG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGG
127 ACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGC
* * * * * * *
21547 TTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
21612 TATTCAACTAATCGTAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTAC
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC
* * * ** **
21676 TTATAAATTTTTGAAATATTAATGAATTAGAATTATGCTATTCCAAATAAGC
129 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
** * * *
21728 TTGCATGAATAGAAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAATGT--TAACGATTTGAAATAGATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * *
21791 TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATTCGTTAC
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTAC
* * ** *
21855 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAAAC
129 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AAGC
* * * * *
21908 -TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
1 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * *
21972 TATTCAAATTGTTATAACTATTTGAAGTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
22031 CTTAATGTTA
Statistics
Matches: 3794, Mismatches: 905, Indels: 636
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Matches are distributed among these distances:
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166 67 0.02
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TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
Found at i:18041 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 16510--18896 Score: 2010
Period size: 538 Copynumber: 4.4 Consensus size: 534
16500 AAAAGGTTAG
* * * * * * * * *
16510 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAG-CAAATACAT
1 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT--TGTCGATAAACATAT
* * * * * *
16574 TTATTTTTTAAATCTTTCAC-TA-T-TTT-TTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTCA
64 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCG
* * * ** * * * *** * *
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129 AATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
** * * * *
16699 TGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTTTAGTT-TTAAATC
194 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC-AAAAACAAATTTATTTCTTAAAT-
* * * *
16763 TCTTGCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTTT
256 TTTTAC-TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGT
* * * * **
16826 ATGAAATTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAA
317 ATG--A-----AT---A-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAA
* * * * *
16890 TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTG-ACTTGTTT-GATAAATAAATTTATTTTATTT
370 TAGATAATTATTCAAATAGACATAA-CTATTTGAACATGTTTAG-TAAATAGA-TTAATTT-TTT
* * *
16952 AAATCT-TTAACTCATTAATCTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTAAATAAG
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* * * * * * *
17014 CTTGTATGACT-AAATAATTATTTTATGACTAAACAGAAGGT-AGG
492 CTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGTCA-A
** * ** * * * * * * * * **
17058 AACAAATTGATAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAACGCAT
1 AATGATTTGA-AATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TCGATAAACATAT
* * * * * * ** * * *
17123 TTATTTTTCAAAGCTCTTA-TTA--ATTT-TTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCG
64 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCG
* * * * ** *
17184 AATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAT
129 AATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
17248 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTTAATAAACAAATTTAATTCTTAAA--
194 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAA-AAACAAATTTATTTCTTAAATT
* * * ** * *
17311 TCT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTTAATAATTTTTTATGA
257 TTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGA
* * * **
17375 ATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAA
321 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * **
17439 TAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT
386 TAGACATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** *
17504 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTT
451 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTT
17569 TTATGACAAAACAAAAGATCAA
515 TTATGACAAAA-AAAAG-TCAA
* ** * * *
17591 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTC-AGTAAACAGAT
1 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TCGA-TAAACATAT
* * * * *
17655 TTATTTTTTAAATCTTATACTTATTATTTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
64 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATA-TTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
* *
17719 GAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
128 GAATAAG-TTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *
17783 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAACATATTTATTTTTTAAAT
192 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCAAAAACAAATTTATTTCTTAAAT
* * * * *
17848 TTTTACTTACTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTATATTA-TTTATTCGAAATAAGCTTGCATG
256 TTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATG
* * * * * *
17912 AATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAG
320 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
17977 ATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAAT
385 ATAGACATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-
18041 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
449 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTG
* *
18106 TTTTATTACAAAAAAAAGGTCAC
513 TTTTATGACAAAAAAAA-GTCAA
* * * *
18129 ATTGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAATATATT
1 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TCGATAAACATATT
* *
18194 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCGA
65 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGA
* * *
18259 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATA
130 ATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
** *** * * * *
18324 AATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATCT
195 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-TTCAAAAACAAATTTATTTCTTAAAT-T
*
18389 TTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATG
257 TTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATG
* * * ** *
18453 AATAGAAAAAAATTCATTTTATGGCAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTC
320 AATAG-AAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
18518 AAATAGTCATAA-TAGTTT-AA-ATTTATTCATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
383 AAATAGACATAACTA-TTTGAACATGT-TT-AGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** ** *
18580 TTAATTTTCAAAATATTGATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCAAAAT
445 TTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-AAAAC
* * * * *
18645 GATTTTTTTCTGAGAAAATAAAATGTCAT
508 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTCAA
* ** * * * *
18674 AACGATTTG-AATAGGTAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAGCATATT
1 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TCGATAAACATATT
* * * *
18738 TATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTAATCCGA
65 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGA
* * * * *
18803 ATAAGTTTGTATGAACAAAAACTATTACTTTATAATAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAATA
130 ATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* *
18865 AATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
195 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
18897 CTGGTTTGAT
Statistics
Matches: 1524, Mismatches: 259, Indels: 119
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
531 44 0.03
532 83 0.05
533 75 0.05
534 31 0.02
535 7 0.00
536 76 0.05
537 60 0.04
538 296 0.19
539 162 0.11
540 35 0.02
541 71 0.05
542 11 0.01
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545 62 0.04
546 2 0.00
547 1 0.00
548 11 0.01
549 188 0.12
550 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTCGATAAACATATTT
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
TAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAAAAACAAATTTATTTCTTAAATTTTTA
CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAC
ATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAAAAAAGTCAA
Found at i:19021 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18989--19036 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
18979 ATAAAAACTA
18989 ATAATTATTTGAAATAG
1 ATAATTATTTGAAATAG
*
19006 ATAATT-TTTTAAATAG
1 ATAATTATTTGAAATAG
19022 ATATAATTATTTGAA
1 --ATAATTATTTGAA
19037 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.35
17 6 0.23
18 6 0.23
19 5 0.19
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTGAAATAG
Found at i:20506 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 19517--21897 Score: 1507
Period size: 539 Copynumber: 4.4 Consensus size: 535
19507 ACTAATTTGT
* * * *
19517 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTCGAATA
1 TTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATA
* * * * ** *
19582 AGCTTTTT-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCG
64 AG-TTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTAT-AACAAAA-AAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAG
* *
19645 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCT
125 ATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCT
* * *
19710 CTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGA
190 CTTACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGA
* * * * * *
19775 ATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
255 ACTAAAAAAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAA
* * * * *
19840 TAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTCACTAAGTTTTG
320 TAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTAGACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTTTCACTAAGTTTTG
** * * * *
19905 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTGTCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAATTGATTGTTTTA
385 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTA
** * * * * * * * *
19970 TAAGGAAACAAA-GATTATAATGATTTGAGCTTGATATTTGTTCCAATAGTCATAACTATTTAAA
450 TAACAAAACAAATG-TGATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-AA
*
20034 CTAGTTTA-GAAAATA-ACTTAAG
513 CTAGTTTAGGAAAACAGA-TTAAG
*
20056 -TTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCTAATA
1 TTTTTAAATCTC-T-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATA
* * * *
20120 AGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAATGAAAGATCGTAGTGACTTTAAATAGAT
64 AGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGAT
* * * * *
20185 AATTGTGCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACATAT-TTGA-TAAATAGATTTATATTTTTTAAAT
127 AATTGTGCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-T-TGTTCAGTAAACACATTTAT-CTTTTCAAAT
* *
20247 CTTTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAG-ATTGTA
188 CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGCA-TGTA
* * * * *
20311 TGAACTAAAAAAATTGTTTTATGAGTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATTA
252 TGAACTAAAAAAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTA
** * * *
20376 TAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTAG-CAAACACATTTATTTTTCAAAGCTCTT-ATTAAT
317 TAATAGTCCTAACTATTTAAACTAG-TTAGACAAACACATTTATTTTTCAAAGCT-TTCACTAAG
*
20439 TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGA-AAAGAAATAATT
380 TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTATGATAAA-AAATAATT
* *
20503 GTTTTATAACAAAATAAATGTGATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTAT
444 GTTTTATAACAAAACAAATGTGATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTAT
** * * *
20568 TTATGTTGTTTAGGTAAACAGATTTAG
509 TTAACTAGTTTAGGAAAACAGATTAAG
** * *
20595 TTTTTAAATCTC--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTT-TGAATAA
1 TTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCT-AATAA
* *
20657 -TTTTGCATG-AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
65 GTTTT-TATGAAAT-GAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGAT
* * * * * *
20720 AATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCT
127 AATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCT
* * * * * *
20784 TA--C----A----T---A--TTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAA-
192 TACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGAAC
* * * * * * * *
20833 TAGAAACAATTGTTTTATG-GTAAA-ACAAAGGTTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCA-
257 TA-AAAAAATTATTATATGACTAAACA-AAAGG-TCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATT-AT
* * * * *** * * * * * * *
20895 AACAAG-CATAATTATTTGAACTTCCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTA
318 AA-TAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTAGACAAACACATTTATTTTTCAAAGC-TTT-C--ACTA
* * * * * *** * * * *
20959 ATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATA-TTTATTTTGAATATGCTTGTATGA-ATAGAAACAA
378 AGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTATGATA-AAAAATAA
* * * * * * * *
21022 TTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAAC
442 TTGTTTTATAACAAAAC-AAATGTGATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAAC
* * * * * *
21087 TATTTGAACTTGTTT-GGTAAATAAATTTAT
506 TATTT-AACTAGTTTAGGAAAACAGATTAAG
* * * *
21117 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATA
** * * * * * * * * **
21182 AGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGACGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT
64 AGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGAT
* * ** * * * * * * * *
21247 AACTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTGT
127 AATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCT
* * *** * * *
21311 TACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAACTTGTATGAA
192 TACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTACTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCATGTATGAA
* * * * * * * * *
21375 C-AAAGACAATTTTTTTATGACAAAATGAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATT-TA
256 CTAAA-AAAATTATTATATGACTAAA-CAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTAT-
** * ** *** * * * * * *
21437 AATAGTCAC-AACTATTTGAATTTA-TTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTA-T
318 AATAGTC-CTAACTATTT-AAACTAGTTAGACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTTTCACTAAGT
* * ** * * *
21499 TAATTGTATGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGGTTGTATGAATAGAAAA-
381 T--TTG---GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTATG-ATAAAAAAT
* * * ** * * * **
21563 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTATTCAACTAATCGTA
440 AATTGTTTTATAACAAAAC-AAATGTGATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATA
* * * *
21628 ACTATTTGAACTTG-TT-CGATAAATAGATTTAG
504 ACTATTT-AACTAGTTTAGGA-AAACAGATTAAG
* * * * ** * *
21660 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATGAATTAGAATTATGCTATTCCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATA
* ** * * * * * *
21725 AGCTTGCATG-AATAGAAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAATGT--TAACGATTTGAAATAGA
64 AGTTTTTATGAAAT-GAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGA
* * * * ** * * * *
21787 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAATAGATTCAT-TTTTTAAAT-T
126 TAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCT
* * * *
21849 CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGC-ATTATTTTATTC
190 C-TTACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTA-CTATTATTTTATTC
21898 CAAATAAAAC
Statistics
Matches: 1486, Mismatches: 270, Indels: 171
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
516 1 0.00
517 14 0.01
518 109 0.07
519 4 0.00
520 1 0.00
521 38 0.03
522 101 0.07
523 8 0.01
526 61 0.04
527 86 0.06
531 1 0.00
533 16 0.01
534 7 0.00
535 62 0.04
536 69 0.05
537 11 0.01
538 149 0.10
539 289 0.19
540 29 0.02
541 102 0.07
542 132 0.09
543 187 0.13
544 7 0.00
545 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATAAG
TTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATT
GTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTACT
CATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTATGAACTAAA
AAAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCC
TAACTATTTAAACTAGTTAGACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTTTCACTAAGTTTTGGAATAT
TATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATAACAA
AACAAATGTGATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAACTAGTTTA
GGAAAACAGATTAAG
Found at i:20955 original size:166 final size:165
Alignment explanation
Indices: 20622--21140 Score: 443
Period size: 180 Copynumber: 3.0 Consensus size: 165
20612 AATTTTCAAA
* * * * **
20622 ATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * *
20687 ACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAACTT
66 ACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTT
**
20752 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
131 CCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
20787 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATG
** * *
20852 GTAAAACAAAGGTTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAA
66 ACAAAAAAAAGG-TCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-AAGACATAACTATTTGAA
* * *
20915 CTTCCTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
128 CTTCCTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** *
20953 ATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATATTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAA
1 ATATTAA----T--AA-ACTAGT--A-T--T-AT-TTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAA
** * * * * * * * * *
21018 ACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCA
52 ACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGACA
** ** *
21083 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
116 TAACTATTTGAACTTCCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
21133 -TCATTAAT
1 AT-ATTAAT
21141 TTTTGGAATA
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 42, Indels: 35
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 68 0.24
166 78 0.27
167 3 0.01
170 1 0.00
172 2 0.01
173 4 0.01
175 1 0.00
176 2 0.01
178 1 0.00
179 6 0.02
180 118 0.41
181 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (165 bp):
ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATG
ACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTT
CCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:21079 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 21047--21079 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
21037 ACAAAATGTC
*
21047 ATAATTATTTGAGATAG
1 ATAATTATTTCAGATAG
21064 ATAATTA-TTCAGATAG
1 ATAATTATTTCAGATAG
21080 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTCAGATAG
Found at i:24258 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 24220--24259 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
24210 TAAAACTTTA
*
24220 GAAAAAGGAAATTTTTATTT
1 GAAAAAGGAAATTTATATTT
24240 GAAAAA-GAAATTTAATATTT
1 GAAAAAGGAAATTT-ATATTT
24260 TGATGAATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.39
20 11 0.61
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
GAAAAAGGAAATTTATATTT
Found at i:30394 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 29924--32642 Score: 1903
Period size: 180 Copynumber: 15.2 Consensus size: 179
29914 AAAAGCTAAC
* * * * * * * * *
29924 ACTTAATAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAATTTTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGA-AC
1 ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-
* * * *
29988 AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACA
64 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
30053 G-CATTTACTATTTGAAC-AGGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTGAATCTTTT
128 GTCA-TAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * *
30105 AGTTATTAATTTTCTTAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA-A
1 ACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATA
* * * * * *
30168 CATAAATAAATGTTTTGTTACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
64 -A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
30233 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-CTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
30285 ACTCATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAGGCTTATATGATGA
1 ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAT-A
* * * *
30350 AAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
64 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * **
30415 CCATAATTATTTGAACT-GATTTAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCA
129 TCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * ** *
30466 ACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTTTAATAAGCTTTTATGA-AC
1 ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-
* * * * * *
30529 TAAAACATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATA
64 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
30594 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTTAATTTCTT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
30646 GCTTATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TA-CA-
1 ACTTATTA--ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAT
* * * * * *
30707 AACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
63 AA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * * * *
30772 ATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATT
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * *
30827 ACTTATTAATTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATG-AT
* * * * * *
30890 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
63 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
30954 GTCATAACAATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * **
31006 A-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAA
1 ACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAA
* * * * * ** * *
31068 AAATAATTTTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAGAATAATTCAAATGGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * **
31133 CGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTAATTTCTTAAGTCTCCA
130 CATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
31183 ACTCATTAATTTT-ATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATA
* * * * * *
31247 GAAACAACTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATA
64 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
31311 G-CTATAACTATTTAAACTCA-CTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT
128 GTC-ATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
31362 ACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAAT
1 ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATG-AT
* *
31426 AGAAAA-AATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
63 A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * ** * *
31489 AGTCA-AAAAATTTCAACAAATTAAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TA
127 AGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* **
31541 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGATATAATCTTACATGA-
1 ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAT
* * * * * * * * *
31603 ACAGAACCATTATTTTAAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGA
63 A-AAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * ** *
31668 TAGTCATAACTATTTTAAACTTA-TTCGGTAAATAGA-TTCCTTTTCAGTTTTCTT
126 TAGTCATAACTA-TTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * ** **
31722 ACTCATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAACAAGCTCATATGAATTG
1 ACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAA
* * * * * *
31787 GAATAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
31852 CATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
130 CATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * *
31902 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTAATTTA-TTCAAATAAGCTTGTATTAAT
1 ACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGAT
** * * * * * * *
31965 TGAAACAATTATTTTATAAC-AATCAAAAGG-CTTTAAAGCTTCT-AAATAGA-CATTGTTCAAA
63 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
32026 TTGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
32080 -TTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTGA-TTCTGAGTAGGCTTGTATGA-
1 ACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAT
* * * * *
32141 ACTAAAACAATTG-TTTATGACTAAAC-AAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
63 A--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
32204 TAGTTCTTAGCCATTTGAAATAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTT
126 TAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
32259 ACTTATTATTTTTTAACATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAATTCGAATAAGCTTGTACGA-A
1 ACTTATTAATTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGATA
* * * * * * * * *
32323 CAAAACAATTATTTTACGAGAAACCAAAAGGTCATAA-AATTTAAAATAAATAATCGTTCATATA
64 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
32387 GTCTTAGCTATTTGAACTTGTTTGG-CATTAGA-TTATTTTTTAATTTTCTT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * * *
32437 GGTTATTAAGTTTCAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAA-ATTAG-AT-ATCA
1 ACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAT-A
* * * * * *
32498 ATAGAACAATTGTTTGATGAC-AAA-TAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAAT
64 A-A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
32561 AGTCA-AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTT--ATCTCTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
32610 A-TTGATTTAATTTCT--AATATTAATAAATTAGTA
1 ACTT-A-TTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
32643 ATATATTTGA
Statistics
Matches: 1991, Mismatches: 449, Indels: 204
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 24 0.01
174 37 0.02
175 43 0.02
176 87 0.04
177 156 0.08
178 174 0.09
179 261 0.13
180 753 0.38
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182 33 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:31349 original size:717 final size:709
Alignment explanation
Indices: 29925--32602 Score: 2299
Period size: 717 Copynumber: 3.7 Consensus size: 709
29915 AAAGCTAACA
* ** * * * * * * * * *
29925 CTTAATAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAATTTTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAAC-A
1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * *
29989 AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACAG
66 AAA-CAATTG-TTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-TA-A-
* ** * * * *
30054 CA-T-TT-ACTATTTGAACAGGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTGAATCTTTTAGTTATTAATT
126 TATTCTTAACTATTTGAACAAATTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT
** * * * * *
30116 TTCTTAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAAATGT
190 TT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * * * *
30181 TTTGTTACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATT
* *
30246 TAAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTATTA
318 TAAACTAGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAAT-CTTACTCATTAA-TTTTGAAATATTAATA
* * * *
30311 AATTAGTATCATTTTATTTCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTT-TGACAAAAC
380 AATAAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAT-AAAAATAATT-TTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
30374 AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTA
443 AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTTG
* ** * *
30438 ATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTC-TCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATT
506 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-TCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTATATT
* ** * * * * * *
30502 ATTTTTTTTTAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAA
568 ATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA-TAAAAAACAAAAGTTTATAA
* * * * *
30566 TGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTA
631 TGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA
* *
30631 TTTTTTTAATTTCTT
695 TTTTTTAAATCTCTT
* * * * **
30646 GCTTATTAGTTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TACAAAC
1 -CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAAC
* * * *
30710 TGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
64 TGAAACAATT-GTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
*** * * *
30775 TTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTT
128 TTCTTAACTATTTGAACAAATTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT
** * * * *
30840 AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTTCTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
192 AGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * *
30905 ATGACAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGA
256 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAA
* * *
30969 ACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATA
321 ACTAGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTTACTCATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATA
* ** * *
31032 AGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTTTTTTAGGACAAAACAAAATG
384 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-G
* * *
31097 TCATAACGATTTGAAATAGAGAATAATTCAAATGGACGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA
448 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA
* * * **
31162 AATTAATTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
513 AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-
* *
31227 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAACTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGA
576 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT-A-AAAAACAAAAGTTTATAATGATTT-A
* *** * *
31292 AATA-ATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTAAACTCACTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
638 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTA
31355 AATCT-TT
702 AATCTCTT
* * *
31362 ACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAA-
1 -CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAAC
*
31425 TAGAAAAAATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAA
64 T-GAAACAATT-GTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AA
* * ** * * * * *
31488 TAGTC-AAAAAATTTCAACAAATTAAAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTAACTTATTAA
126 TATTCTTAACTATTTGAACAAATT--TGACAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTACTTATTAA
* * * ** *
31550 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGATATAATCTTACATGAACAG-AACCAT
188 TTTTAG-AATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * *
31613 TATTTTAAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAAC
250 TATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * **
31678 TATTTTAAACTTA-TTCGGTAAATAGATTCCTTTTCAGTTTTCTTACTCATTAATTTTGAAATAT
314 -AATTTAAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTATTTTTTA--AATCTTACTCATTAATTTTGAAATAT
* * * * * *** * *
31742 TAATAAATTAA-TATTATTTTACTCCAAACAAGCTCATATGAATTGGAATAATTGTTTTATTACA
375 TAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAATAATTTTTTTATGACA
* * * *
31806 AAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGT
439 AAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGT
* * * * *** * *
31871 TCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATA
503 TTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATT-TTAAAATATTAATAAA-TTATA
* * * * *
31936 TTAATTTATTCAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATAACAATCAAAAGGCTTTA-
566 TTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAAAAAACAAAA-G-TTTAT
* * * *
32000 AA-GCTTCTAAATAGA-CATTGTTCAAATTGTAATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATT
629 AATGATT-TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATT
32063 TATTTTTTAAATCTCTT
693 TATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
32080 TTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTGA-TTCTGAGTAGGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * *
32144 AAAACAATTGTTTATGACTAAAC-AAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
65 GAAACAATTGTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA-T
* * ** * *
32208 TCTTAGCCATTTGAA-ATAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
129 TCTTAACTATTTGAACA-AATTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTA-ATTT
*
32272 TA-ACATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAATTCGAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAATTAT
191 TAGA-ATATTATTAAATTAGTATTATTTT--ATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * * * * * * * * *
32335 TTTACGAGAAACCAAAAGGTCATAA-AATTTAAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAGCTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATT
* * * * * ** * * * *
32399 TGAACTTGTTTGG-CATTAGATTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAATATTATTAA
318 TAAACTAGTTTGGTAAATAGATTATTTTTTAA--ATCTTACTCATTAATTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * * *
32463 ATTAGTATTATTTTATTTC-AATAA-ATTAGATATCAAT-AGAACAATTGTTTGATGAC-AAATA
381 ATAAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT--ATATGAATAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
32524 AAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTCA-AACTATTTGAAATGGTTTGGTA
444 AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTA
*
32588 AATAGATTTATTTTT
509 AATAAATTTATTTTT
32603 ATCTCTTATT
Statistics
Matches: 1578, Mismatches: 308, Indels: 151
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
711 30 0.02
712 35 0.02
713 7 0.00
714 68 0.04
715 155 0.10
716 219 0.14
717 419 0.27
718 101 0.06
719 211 0.13
720 117 0.07
721 62 0.04
722 149 0.09
723 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (709 bp):
CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
AAACAATTGTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTC
TTAACTATTTGAACAAATTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTAGAA
TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTAG
TTTGGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTTACTCATTAATTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATT
TTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAAATAAGCT
TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:33472 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 32728--34685 Score: 1180
Period size: 179 Copynumber: 11.0 Consensus size: 177
32718 CCCTTACATA
* * * * * *
32728 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCGTGTATAAGCTGAAATA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAGTTGAAATA
* * * * * *
32793 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-AACATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAA
66 ATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** * ** * *
32857 CTGGTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTTAGTTAT
130 CTATTTGAACTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTT-GTTAT
* * * * * * *
32908 TAACTTTT-AGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTGTATGAA-TAGAAA
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAGTTGAAA
** * *
32971 TAATTGTTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAAT-GATAATTGTTCAAATAGTCAT
64 TAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
33034 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATC---TTCT
128 AACTATTTGAACTA-TTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTGTTAT
* *
33083 TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTAT--GTTGAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAGTTG--AAA
* * * * * * * *
33145 CAATTGTTTTAAGACAAACAAAA-GTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTTGTTCAAATGGCCAT
64 TAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCAT
* *
33209 -ACTTATTTGAACTATTTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATC-C--CTTAT
128 AAC-TATTTGAACTA-TTT-AGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTGTTAT
* * * ** * *
33259 TAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTGGGGATAAGCTTCTATAAGTTGAAATA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAGTTGAAATA
* *
33323 ATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCCATATAGTCATA
66 ATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATA
* * * *
33388 ACTGTTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTTA-TTTTAAATCTCTTAGTTAT
129 ACTATTTGAACT-ATTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTT-GTTAT
* * * * * * * *
33438 TAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTA-TTCTGAATTAGCCTATATAAATAGAAAT
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATAAGTTGAAAT
* * * *
33502 AATTATTTTATGATAGCACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACGTCAT
65 AATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCAT
* * * * *
33567 AATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTT-TATCTC---TTA-
128 AACTATTTGAACT-ATTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTGTTAT
* *
33612 TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTAT--GTTGAAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAGTTG-AAA-
* * * * ** * ** * *
33675 CAATTGTTTGA-GACAAAACAAAAAGT-AGTAACGATTTGAGATACG-TAGCTGTTCAAATGGCC
64 TAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCA-TAAAAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** *
33737 ATAATTATTTGAACTATTTTGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
126 ATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT-GTTAT
* * * * *
33791 TAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-CT-AAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAGTTGAAA
* * * * *
33853 CAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCAT
64 TAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
33917 AACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAATCTCTTGCTTAT
128 AACTATTTGAAC-TATTTAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTG-TTAT
* * * *
33970 TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATTAAGCTTGTATAA-CTGAAA
1 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATAAGTTGAAA
* * * * ** * *
34032 TAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCT
64 TAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
34096 TAACTATTTAAACTAGTTCG-ACAA-ACATATATTTTTTAA--TCTT-TT-T
127 TAACTATTTGAACTATTTAGTA-AACAGATTTATTTTTAAATCTCTTGTTAT
* * * * * *
34142 CAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATT--AAAAAGCTTGTA-ATGATT-AGA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATAAG-TTGA-A
* * * ** * * *
34202 ACAATTGTTTTATGAGAAAC-TAAGGATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTC-AATAGTCA
63 ATAATTGTTTTATGATAAACAAAAGG-TCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
34265 TTACTATGTGAA-T-TGGTCGAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAT
127 TAACTATTTGAACTAT-TTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT-GTTAT
* * * * * * * *
34318 TAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGA-TCT-AAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAGT-TGAAA
* * * * * * * * *
34381 CAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGAACTTT-ACATTGATAATTATTTAAATAGTC
64 TAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAA--AAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
34445 A-AATCTATTTGAACT-TGTTCAAGTAAGCA-A-TT-TTTTT-AATCTCTTGCTCAT
126 ATAA-CTATTTGAACTAT-TT--AGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTG-TTAT
* * * * * * * * *
34496 TAATTTTTCAAATGTTAATACATTACTATTGTTTGTCTTTTGAATAAACTTGTATGAA-CTGAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAGTTGAAA
* * * * ** * * *
34560 TAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTT
64 TAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
34625 AACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
128 AACTATTTGAACT-ATTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT-GTTAT
34678 TAATTTTT
1 TAATTTTT
34686 TGGAAATTAT
Statistics
Matches: 1383, Mismatches: 285, Indels: 218
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 22 0.02
170 38 0.03
171 43 0.03
172 59 0.04
173 61 0.04
174 96 0.07
175 77 0.06
176 108 0.08
177 53 0.04
178 186 0.13
179 350 0.25
180 224 0.16
181 35 0.03
182 23 0.02
183 3 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAGTTGAAATA
ATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTGTTAT
Found at i:33600 original size:353 final size:349
Alignment explanation
Indices: 33014--33929 Score: 765
Period size: 353 Copynumber: 2.6 Consensus size: 349
33004 AATTTAAATG
* * * * *
33014 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATC
1 ATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTA-TTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* * *
33079 TT-C---TTAA-TTCTTGAAATATTAATAAAT-TAGTTTTA-TTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT
64 TTACTTATTAACTT-TTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCCTATAT
* * * * * * *
33136 GTTGAA-AAACAATTG-TTTTAAGAC-AAACAAAA-GTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTTGT
126 G--AAATAAACAA-TGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATA-ATTGT
* * ** * **
33197 TCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTATTTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCCCTTATTA
187 TC-AATAGTCATAAC-TATTTGAACTGGTTT-GGTAAAC--AAAT-TTTTTTAAATCCCTTA-TA
* * *
33261 ACTT-TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTGGGGATAAGCTTCTATAAGTTG-AAA-T
245 A-TTCTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTGCGAATAAG-TT-TATAAGTTGAAAACC
* * * *
33322 AATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCA-TAAAAATTTGAAATAA
307 AATTGTTTGA-GACAAAACAAAAAGT-AGTAAAAATTTGAAATAA
* * * *
33366 ATAATTGTTCCATATAGTCATAACTGTTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTTA-TTTTAAATCTC
1 ATAACTGTT-CAAATAGCCATAACTATTTAAACT-ATTTGGCAAACAGATTTATTTTTAAATCTC
* * * * * *
33430 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTGAATTAGCCTATAT-AA
64 TTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTATATGAA
* * * ** * *
33494 ATAGAAATAATTATTTTATGATAGCACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
129 AT--AAACAATGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTC-AA
* ** *
33559 TACGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTTTATCTCTTATAATTCTTGAAA
191 TA-GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTAAATCCCTTATAATTCTTGAAA
* * * * *
33624 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGTTGAAAACCAATTGTTTGAGAC
255 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTGCGAATAAGTTTATAAGTTGAAAACCAATTGTTTGAGAC
** * *
33689 AAAACAAAAAGTAGTAACGATTTGAGATAC
320 AAAACAAAAAGTAGTAAAAATTTGAAATAA
* * * * * * * **
33719 GTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCT
1 ATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTATTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * * * *
33784 TACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC
65 TACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTATATGAAA
* *
33849 TAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAAATAGATAATTGTTCAATAGT
130 TAAACAATGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAATAGT
33914 CATAACTATTTGAACT
195 CATAACTATTTGAACT
33930 TATTTAGTAA
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 84, Indels: 54
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 17 0.04
351 30 0.07
352 86 0.19
353 167 0.37
354 37 0.08
355 25 0.06
356 31 0.07
357 23 0.05
358 37 0.08
359 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (349 bp):
ATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTATTTGGCAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTATATGAAAT
AAACAATGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTAAATCCCTTATAATTCTTGAAATATTAA
TAAAGTAATATTATTTTATTGCGAATAAGTTTATAAGTTGAAAACCAATTGTTTGAGACAAAACA
AAAAGTAGTAAAAATTTGAAATAA
Found at i:33650 original size:530 final size:528
Alignment explanation
Indices: 32705--34113 Score: 1680
Period size: 530 Copynumber: 2.6 Consensus size: 528
32695 GATAATAGAA
* * * * * **
32705 TTATTTTCTAAATCCCTTACATATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAA
1 TTATTTTTTAAATCCCTT--AT-TAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATT-TTTTCCGG
* * *
32770 ATAAGCGTGTATAAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-AACATTTGAAATA
62 ATAAGCTTCTATAAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATA
* * * * * * * *
32834 AATAATTATTTATATAGTCTTAACTGGTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAAATTT
127 AATAATTGTTCATATAGTCATAACTGTTTGAACTA-TTTAGCAAACAGATTTATTTTT-AAATCT
* * * ** *
32899 CTTAGTTATTAACTTTTAGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTGTATGA
190 CTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATTAGCCTGTATAA
* **
32964 ATAGAAATAATTGTTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAAT-GATAATTGTTCAAA
255 ATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
33027 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATCTTCTTAATTCTTG
320 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATATCTTCATAATTCTTG
*
33092 AAATATTAATAAATTAGTTTTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAA
384 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTG-TTTAA
* * *
33157 GAC-AAAC-AAAAGTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTTGTTCAAATGGCCATACTTATTTGAA
448 GACAAAACAAAAAGTAATAAAAATTTGAAATACGTAG-CTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
33220 CTATTTTCAGTAAACTGAT
512 CTATTTT--GTAAACTGAT
* **
33239 TTATTTTTTAAATCCCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTTGGGGATAA
1 TTATTTTTTAAATCCCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTCCGGATAA
* *
33304 GCTTCTATAAGTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATA
66 GCTTCTATAAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATA
* *
33369 ATTGTTCCATATAGTCATAACTGTTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTTA-TTTTAAATCTCTTA
131 ATTGTT-CATATAGTCATAACTGTTTGAACT-ATTTAGCAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTA
* * *
33433 GTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTGAATTAGCCTATATAAATAG
194 GTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATTAGCCTGTATAAATAG
*
33498 AAATAATTATTTTATGATAGCACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACG
259 AAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G
* * * *
33563 TCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTT-TATCTCTT-ATAATTCTTGAAAT
323 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATATCTTCATAATTCTTGAAAT
* * *
33625 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGTTGAAAACCAATTGTTTGAGACA
388 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTAAGACA
* ** *
33690 AAACAAAAAGTAGTAACGATTTGAGATACGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATT
452 AAACAAAAAGTAATAAAAATTTGAAATACGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATT
*
33755 TTGTAAATTGAT
517 TTGTAAACTGAT
* **
33767 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-TTCCG
* * * * * *
33832 GATAAGCTTTTATGAA-CT-AAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAAA
61 GATAAGCTTCTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAA
* * * * *
33895 TAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAT
125 TAAATAATTGTTCATATAGTCATAACTGTTTGAAC-TATTTAGCAAACAGATTT-ATTTTTAAAT
* * * * * *
33959 CTCTT-GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CAATTAAGCTTGT
188 CTCTTAG-TTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATT-AGCCTGT
* * * * ** *
34022 ATAACT-GAAATAATTATTATATGACTA-AACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAT
251 ATAAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
** * * *
34085 TTTAGTAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT
315 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
34114 CGACAAACAT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 98, Indels: 46
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
528 23 0.03
529 38 0.05
530 279 0.37
531 146 0.19
532 201 0.27
533 50 0.07
534 19 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (528 bp):
TTATTTTTTAAATCCCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTCCGGATAA
GCTTCTATAAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATA
ATTGTTCATATAGTCATAACTGTTTGAACTATTTAGCAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTAGT
TATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATTAGCCTGTATAAATAGAA
ATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATATCTTCATAATTCTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTAAGACAAAAC
AAAAAGTAATAAAAATTTGAAATACGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGT
AAACTGAT
Found at i:34166 original size:530 final size:521
Alignment explanation
Indices: 32705--34664 Score: 1664
Period size: 530 Copynumber: 3.7 Consensus size: 521
32695 GATAATAGAA
* * * * * * * ***
32705 TTATTTTCTAAATCCCTTACATA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * *
32769 AATAAGCGTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAA
66 GATAAGCTTTTATGAA-CT-AAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT-AAA
* * * * ** * ** *
32832 TAAATAATTATTTATATAGTCTTAACTGGTTGAAC-TAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAAA
127 TAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTT--AA
* * * ** * * * * *
32896 TTTCTTAG-TTATTAACTTTTAGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-GAAGCCTG
188 TCTCTT-GCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATTAAGCTTG
* * * * **
32959 TATGAA-TAGAAATAATTGTTTTA-CAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAAT-GATAATT
251 TAT-AACT-GAAATAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
33020 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATCTTCTTA
313 GTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAAC--ATATA-TTTTT-TA-ATCTTTTTA
*
33085 ATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAAT
373 ATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTG-AAAACAAT
* * * *
33149 TGTTTTAAGACAAACAAAAGTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTTGTTCAAATGGCCATACTTA
437 TG-TTTAAGACAAACAAAAGT-ATAACAATTTGAGATACGTAG-TTGTTCAAATGGCCATAATTA
*
33214 TTTGAACTATTTTCAGTAAACTGAT
499 TTTGAACTATTTT--GTAAATTGAT
* **
33239 TTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTGGG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * *
33299 GATAAGCTTCTAT-AAGTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAA
66 GATAAGCTTTTATGAA-CT-AAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT-AAA
* * * * * * *
33363 TAAATAATTGTTCCATATAGTCATAACTGTTTAAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTAAATC
127 TAGATAATTGTT-CA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTAATC
* * * * * * *
33428 TCTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTGAATT-AGCCTATA
190 TCTT-GCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATTAAGCTTGTA
* * * **
33491 TAAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAGCACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
253 TAACT-GAAATAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
33555 CAAATACGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTTTATCTCTTATAATTCTT
316 CTAATA-GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATATTTTTTAATCT-TTTTAATTCTT
* *
33620 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGTTGAAAACCAATTGTTTG
379 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAA-CAATTGTTTA
* *
33685 AGACAAAACAAAAAGTAGTAACGATTTGAGATACGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
443 AGAC-AAAC-AAAAGTA-TAACAATTTGAGATACGTAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
33750 CTATTTTGTAAATTGAT
505 CTATTTTGTAAATTGAT
*
33767 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
33832 GATAAGCTTTTATGAACTAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAAATA
66 GATAAGCTTTTATGAACTAAACAAT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT-AAATA
*
33897 GATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAATCTC
129 GATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTT-ATTTTT-AATCTC
* *
33962 TTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATTAAGCTTGTATAAC
192 TTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAATTAAGCTTGTATAAC
* * * * *
34027 TGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTA
257 TGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
* * * * *
34092 GTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACATATATTTTTTAATCTTTTTCAATTTTTGGAATAT
322 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATATTTTTTAATCTTTTT-AATTCTTGAAATAT
* * * * * *
34157 TATTAAATTAATATTATTTT-TATT--AAAAAGCTTGTAATGATT-AGAACAATTGTTTTATGAG
386 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGT-ATG-TTGAAAACAATTG-TTTAAGAC
* * * * * * * * * *
34218 AAACTAAGGATCATAACTATTTGAGAT-TGATATTTGTTC-AATAGTCATTACTATGTGAA-T-T
447 AAACAAAAG-T-ATAACAATTTGAGATACG-TAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAT
* * * * *
34279 GGTCGAAAAATAGCT
509 -TTTG-TAAATTGAT
* * * *
34294 TTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTATTTT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA-TTATTTTATTTT
* * * *
34359 GGATAAGTTTTTATGATCTAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGAACTTTACA
65 GGATAAGCTTTTATGAACTAAAC-AATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAA-TTTAAA
* * * * * *
34424 TTGATAATTATTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAAGTAAGCA-A-TT-TTTTTAAT
127 TAGATAATT-GTTCAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATT-TAGTAAACAGATTTATTTTTAAT
* * * * * * * *
34485 CTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATACATTACTATTGTTTGTCTTTTGAA-TAAACTTGT
189 CTCTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTT-T-ATTCGAATTAAGCTTGT
* * *
34549 ATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
252 AT-AACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
34614 CTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAA
316 CTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGC-AA-ACATATATTTTTTAA
34665 ATCTCTTACT
Statistics
Matches: 1204, Mismatches: 171, Indels: 106
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
525 1 0.00
526 45 0.04
527 89 0.07
528 211 0.18
529 85 0.07
530 367 0.30
531 148 0.12
532 197 0.16
533 46 0.04
534 15 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (521 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
GATAAGCTTTTATGAACTAAACAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTAAATAGA
TAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTAATCTCTTGC
TTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAATTAAGCTTGTATAACTGAA
ATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATATTTTTTAATCTTTTTAATTCTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAACAATTGTTTAAGACAAACAAAAG
TATAACAATTTGAGATACGTAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGTAAATTGA
T
Done.