Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168082.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_33, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.11, T:0.39
Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 4 of 7
Found at i:295059 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 293866--295184 Score: 1395
Period size: 358 Copynumber: 3.7 Consensus size: 356
293856 TTCAGTAAAT
*** * * * *
293866 ATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* ** * * * * * **
293931 TTCGAATAAAATTCTAT-AAGTAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGATCATAATGAT
66 TT-AAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAAT
* * * * *
293993 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACCCT-CTTGGTAAACAG----A--
128 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTAA-GATTTGAA-CTTGTTTAGTAAACAGATTCATT
* * * *
294050 -TTT-ATT-T-TTACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATAA
191 TTTTAATTATCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * *
294110 GCTTTTATGAAC-AAAAACAATTGATTTATGACAAAACCAAA-GGTGATAATGATTTGAAATAGA
255 GCTTATATAAACTAAAAACAATTGTTTTATTACAAAA-CAAATGGTTATTATGATTTGAAATAGA
* * * ** *
294173 CAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAAC
319 TAATTATTCAAATAGTCATGA-TA---ACTTGT-TTGA-AAAAC
* * *** * *
294217 ATATTTACTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATGACTCT-ATATTATTTTA
1 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTA
* * * * * ***
294280 TTTGAAATAAGCTTGCATGAA-TAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGTTT
65 TTT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
* * * * * *
294344 TGAAATAGAA-AATTGTTCAGATAGTTA-TAACTATTTGAACATATTTAGTCAACAGATTCATTT
129 TGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATTAA-GATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTT
* *
294407 TTTAGTTATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAG
192 TTTAATTATCTTACTCATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
*
294472 CTTATATAAACT-AAAATAATTGTTTTA-TACAAAACAAATGGTTATTATGATTTGAAATAGATA
256 CTTATATAAACTAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTTATTATGATTTGAAATAGATA
* * *
294535 ATTATTCAAATAGTCATGACAACTTGTTTGGAAAGC
321 ATTATTCAAATAGTCATGATAACTTGTTTGAAAAAC
* * *
294571 --ATTT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGT
1 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-A
* *
294633 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCAATTT
65 TTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
* *
294698 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTAAGATTTGAAGTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTT
130 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTT
*
294763 AATTATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
195 AATTATCTTACTCATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
*
294828 ATATCAACTAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTTATTATGATTTGAAATAGATAATT
259 ATATAAACTAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTTATTATGATTTGAAATAGATAATT
294893 ATTCAAATAGTCATGATAACTTGTTTGAAAAAC
324 ATTCAAATAGTCATGATAACTTGTTTGAAAAAC
*
294926 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * *
294991 TCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGAAATTGCTTTATGACGAAACAAAAAGTCATAACAATTT
66 T-TAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
* * * *
295056 GAAATAAATAACTGTTCAAATAGTC-TTAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
130 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATT-AAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTT
** * ** * * *
295120 TAATCT-T-TTGTTTATTAATTGTTTTATTATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGC
194 TAAT-TATCTTACTCATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
295183 TT
257 TT
295185 GTGTGAACAA
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 109, Indels: 64
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
349 5 0.01
350 118 0.14
351 34 0.04
352 58 0.07
353 159 0.19
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356 4 0.00
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358 175 0.21
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360 72 0.09
361 38 0.05
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Consensus pattern (356 bp):
ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
TTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTA
ATTATCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT
ATAAACTAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTTATTATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATGATAACTTGTTTGAAAAAC
Found at i:295518 original size:136 final size:135
Alignment explanation
Indices: 295274--295542 Score: 299
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295264 AAACAAATTC
* * * * * * *
295274 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAA
1 ATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAAATCCAAA
* * * * *
295339 TAAGCTTATATGAATTGAAATAACTTTTTTATAACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATCTGAAATA
66 TAAGCATATACGAATAGAAAT-ACTTTTTTATAACAAAACAAAAAGG-CATAACAATCTGAAAGA
295403 AATATTT
129 AATATTT
* * * *
295410 ATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTCATAAATTAGTATTATTTAAATCCAAA
1 ATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAAATCCAAA
* * * * *
295475 TAAGCATGTACGAATAGAAACT-TTTGTTTTATAGCAGAACAAAAAGGCATAACAATTTGAAAGA
66 TAAGCATATACGAATAGAAA-TACTT-TTTTATAACAAAACAAAAAGGCATAACAATCTGAAAGA
295539 AATA
129 AATA
295543 ATTGCTTAAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 21, Indels: 6
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
135 2 0.02
136 100 0.92
137 7 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (135 bp):
ATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAAATCCAAA
TAAGCATATACGAATAGAAATACTTTTTTATAACAAAACAAAAAGGCATAACAATCTGAAAGAAA
TATTT
Found at i:296316 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 295406--297301 Score: 1211
Period size: 180 Copynumber: 10.7 Consensus size: 179
295396 TGAAATAAAT
* * * * * * * *
295406 ATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTCATAAATTAGTATTATTTAAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * ** *
295471 CAAATAAGCATGTACGAATAGAAACT-TTTGTTTTAT-AGCAGAACAAAAAGGCATAACAATTTG
66 TAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAA-TTATAACGATTTG
* * * * * *
295534 AAAGAAATAATTGCTT-AAATAG-TCAT-ACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAG
128 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGCT-ATAATTA-TTGAACTGATTCGATAAATAG
* *
295586 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAC----TAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGTA--ATTTT-TTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * * *
295643 TAAACAAACTTATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTATAACGATTTGAA
* * * ** * * *
295708 ATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAA-TATTTCAATTGATAAGGTAAACAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAATTA-TTGAACTGATTCGATAAATAG
* * * * *
295758 AATTATTTTTTAAATCCCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTGTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * *** * *
295822 CCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC---AA--A-AACAATATGAA
65 CTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTATAACGATTTGAA
* * * * ** * * *
295880 ATAAATAATTGTTCATATAGCT-TAACTATTGGAA-TTAGTTTAACAAACAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATT-GAACTGA-TTCGATAAATAG
* * * * * *
295930 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATACTATTATATTATTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** *
295994 -TCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTATGATAGAACAAATGGTTATAATGATTTG
65 CT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AATTATAACGATTTG
* * * * * * * * *
296058 AAGTATACAATTGTTTAAATAG-TCATAATTATTAAAATTAGTT-TAGTAAACAG
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAATTATTGAACTGA-TTCGA-TAAATAG
* *
296111 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * *
296176 TTAATAAAATTGTATGATA-AAAAATAATTGCTATATGAC-AAACAAAACATAATAACGATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTATAACGATTTGA
*
296239 AATAGATAATTGTTGAAATAGCTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTA-TTGAACTGATTCGATAAATAG
* * *
296291 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** *
296354 TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACGATTTAA
66 T-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TTATAACGATTTGA
* * * * * *
296419 AATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTGAAACTGTTTTGGTAAACAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAATTATTG-AACTGATTCGATAAATAG
* * * *
296471 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * * *
296536 TAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAGAATAAAAGTTATAACGATTTGAAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTATAACGATTTGAAA
* * * *
296601 TAGATAATTTTTCAAATAG---GAACTA--G---T--TT-GGTAAATAG
131 TAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTGAACTGATTCGATAAATAG
* * * * *
296639 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTT-TAATATTAATAGATTAGTATTATTGTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * *
296703 CAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTGTAAC-ATTTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTATAACGA-TTTGA
* * * * *
296767 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTGAACCGATTCAACAAACT-G
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTGAACTGATTCGATAAA-TAG
* * * ** * *
296818 ACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * * * * * * ** *** *
296883 TAGATAAACATT-TATGAACTGAAACAATTATCTTATAATAAAATAAATGGTTATATTTATTTTA
66 TAAATAAGC-TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AATTATAACGATTTGA
* * * * *
296947 AATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCTG-TAAACAT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAATTA-TTGAACTGATTC-GATAAATAG
* * ** *
296999 ATTTATTTTTTAAAATTTCTTA-TGCATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
297063 T-TGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAACAATT
64 TCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTATAACGATT
* * * * ** * *
297127 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTGAACTGGTTCGGCAAACAC
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAATTATTGAACTGATTCGATAAATAG
* * * * * * *
297181 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
297245 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAAC
65 CTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTATAAC
297302 AATTGGAACT
Statistics
Matches: 1342, Mismatches: 292, Indels: 165
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 64 0.05
168 68 0.05
169 2 0.00
171 23 0.02
172 202 0.15
173 25 0.02
175 22 0.02
176 7 0.01
177 25 0.02
178 5 0.00
179 116 0.09
180 387 0.29
181 250 0.19
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183 56 0.04
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
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TAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTATAACGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTGAACTGATTCGATAAATAG
Found at i:296432 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 295523--300079 Score: 1743
Period size: 360 Copynumber: 12.9 Consensus size: 357
295513 ACAAAAAGGC
* * *
295523 ATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTTAAATAG-TCAT-ACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAG
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*
295586 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAC----TAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGTA--A-TTT-TTT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
295642 CTAAACAAACTTATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
128 C-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* ** * * * * *
295707 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTCAATTGATAAGGTAAACAAAATTATTTTTTAA
192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * ** *
295771 ATCCCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTGTTCCAAATAAGCTAG
256 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAAATTG
*** * *
295835 TATGAATTGAAA-AATTGTTTTATG---ACAAAACA-A
320 TATGAACAAAAATAATTGCTATATGAAAACAAAACATA
* * * * * * * *
295868 A-AACAATATGAAATAAATAATTGTTCATATAGCT-TAACTATTGGAA-TTAGTTTAACAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCTATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAG
* * *
295930 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATACTATT-AT-ATTATTATTATTTTAT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAA-A-TATTAATAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
295993 TTCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTTTTTTATGATAGAACAAATGGTTATAATGATTTG
126 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * *
296058 AAGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTAAAATTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTA
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
296123 AATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAAAATTG
255 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATTG
296188 TATGATA-AAAAATAATTGCTATATGACAAACAAAACATA
320 TATGA-ACAAAAATAATTGCTATATGA-AAACAAAACATA
* * * *
296227 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCTATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAGA
* * * *
296292 TTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCG
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *
296357 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACGATTTAAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * **
296422 AGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGAAACTGTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
195 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** *
296487 TCTTAGTAATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATG
259 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATTGTATG
** ** * * * * *
296552 AACTGAAATAATTATTTTATAATAGAATAAAA-GTT
324 AACAAAAATAATTGCTATATGA-A-AACAAAACATA
* * * *
296587 ATAACGATTTGAAATAGATAATT-TT---T--C-A-AA-TA--GGAACT-AGTTTGGTAAATAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGCTATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAGA
* * * * *
296640 TTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTT-TAATATTAATAGATTAGTATTATTGTATTCC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * ** **
296704 AAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTGTAAC-ATTTTGAA
129 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA
* * * * ** * *
296768 ATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTG-AACCGATTCAACAAACTGACTTATTTTTTAAA
193 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * ** * * *
296832 TCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTAGATAAACATT-T
257 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAA-ATTGT
** * * * *** *
296896 ATGAACTGAAACAATTATCTTATAAT-AAAATAAATGGTT
321 ATGAACAAAAATAATT-GC-TAT-ATGAAAACAAAACATA
*** * * *
296935 ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCTG-TAAACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCT-ATAACTATTTGAACTGATT-TGATAAACA
* * * ** *
296998 TATTTATTTTTTAAAATTTCTTA-TGCATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
63 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTA
* * ** *
297062 TTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAACAATT
125 TTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
297127 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTG-AACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * * * **
297191 TAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGC
253 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAA
* * * ** *
297255 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACA
317 TTGTATGAACAAAAATAATTGCTATATG--AAAACAAA-A-CAT---A
* * * ** * * * *
297303 ATTGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTCTTATTATTTTTTGAAAT-A-TT-A
1 A-T--AAC-AATTTG--AAATAGA--TAATTGTTAAATAGC-TATAACTATTTGAACTGATTTGA
* * *
297365 -AAA-A-ATTAGTATTATTTT--AT-TCTTA---A-TAA-TTTTG---TATGAATAGA-AAGAAT
57 TAAACAGATT--TATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTAT
* ** * * ** ** * * *** * *
297415 TGTTTTACGATAAAACAA-AATGTCAT-AACAATTTGA-AATAG----ATGATAGTTCAAATGAA
118 TATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGT-ATGAACAA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-G
* * * * * * * * * * *
297473 T-ATGACTATTT-AAACTTG-T--TTGGT-AAACA-T-AT-ATTTTTTAAAATCTT---T-AACT
178 TCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTGTTCAGTAAACA
* * * * * * * * * *
297525 TATTAATTTTTATAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTT--TATTTCAAATAAAATT-GTATGA-
242 GATTTATTTTT-TAA-ATCT-CTTACTTATTAATT-TTTGAAATAT-TAAT-AAATTAGTATTAT
** * * * **
297584 ---A-TAGAAACAATTATTTTATGATA-AAACAA-AA--G--ATCAT---AAC--AATTTA
301 TTTATTCTAAATAA-AATTGTATGA-ACAAA-AATAATTGCTAT-ATGAAAACAAAACATA
* * * * * ** *
297630 A-AACAAAT---AAT---T--GT-TTAAATAG-TCATAATTATTTAAACTCG-CTCAATAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGCT-ATAACTATTTGAACT-GATTTGATAAACAG
* * * * *
297683 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
297748 CAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGGTCGTAATGATTTGA
128 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGA
* * *
297813 AATAGATAAATT-TTCAAATAATCATAACTATTTG-AACAGTTCA-TAAAACATATTTATTTTTT
192 AATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAACTGTTCAGT-AAACAGATTTATTTTTT
* * **
297875 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGC
254 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAA
* * * * * ** *
297938 TTGCATGGAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
317 TTGTATGAACAAAAATAATTGCTATATG--AAAACAAAACATA
*** * * * * *
297980 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG-TCATAATTATTTAAACATG-TTCGATAAGCA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGCT-ATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAACA
* * * * *
298043 TATTCAGTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
63 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AATTAGTATTATTTT-A
* * *** * * *
298107 TTT-GAATAAGCTTATAT-ATATTGAAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAAGTC-TCAATGA
125 TTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGA
* * * * * * *
298168 TTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATGACTATTTG-AACTTGTTCAATAAAAATATTTATT
187 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAAC-TGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * *
298232 TCTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAAT
250 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAAT
** * * * * *
298295 AAGCTAGTATGATAAAAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAA-AGTT
313 AAAATTGTATGA-ACAAAAATAATTGCTATATG--AAAACAAAACA-TA
* * * * * * * *
298342 GTTACAATTTAAAACAAAAAATTGTTCAAATAG-TCATTAA-GATTTGAACT--TGTTCAGTAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCT-A-TAACTATTTGAACTGAT-TTGA-TAAA
* * *
298403 CAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTT
61 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTT
* * ** * * *
298466 TA-GTCGAAATAAGCTTGTAT-ATATAAAAA-AATCATTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAGA-
123 TATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AC
* * * * * * * ** *
298527 GATTTCAAATA-ATAATTGTTGAAATAGTTATAATTCTTTAAATTTGTTC-GATAAACCTATTCA
185 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAA-CTGTTCAG-TAAACAGATTTA
* * *
298590 TTTTTTAAACCCCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATT-TCAA
248 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCT-AA
** * * * ** * ** *
298653 ATAATTTTATATGAACTAAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
311 ATAAAATTGTATGAACAAAAATAATTGCTATATG--AAAACAAAACATA
* * * * *
298702 AT-ACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGATCT-AGTTTGGTAAACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAG-CTATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACA
* * * * * * *
298764 TATTTATTTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
63 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
298829 TCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACCATTGTTTTAT-AGTAGAACAAAAAGTCTTAACAATTTC
127 TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* ** * * * * *
298893 AAATAAATAATTCATCAAATAGTTATAATTATTTG-AACTGGTT-TGATAAATAGTTTTATTTTT
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAACT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
298956 TAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTTTTTTTTATTTTGAACAAA
253 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTATTCTAAATAAA
** * * * * ** ** *
299017 CCTATATGAACAAAAACATTTATT-TTACAACAAAACAAAAGGTC
316 ATTGTATGAAC-AAAA-A-TAATTGCTATATGAAAACAAAACATA
* * *
299061 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACT-AGTTAGGTAAAC-
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCT-ATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACA
* * * * *
299123 GGTATTATCTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA
63 GAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATT-AGTATTATTTTA
* * ** *
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125 TT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ** * * *
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188 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAACT-GTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * *
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** * * * ** *
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315 AATTGTATGAACAAAAATAATTGCTATATGA-A-AACAAAACATA
* * * * * * **
299416 AT-ACTGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG-TCATAACTAATTGAATTTGA-TCAATAAAC
1 ATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCT-ATAACTATTTGAA-CTGATTTGATAAAC
* * * * * * **
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* * * * ** * * * * * *
299542 ATTCCAAATAAGCATCTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTACAACAAT
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* * ** * * *
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* * * * * *
299667 TTTAAA-ATC-T-CTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAAGTAGTATT-TTTT-TTAACTGAATA
251 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--CTAAATA
** * * * * * *
299727 AGCTTCTATGATAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGATC
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* * * * * *
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1 ATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTT-AAATAGCT-ATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACA
** * *
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63 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATT
** * * * *
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127 TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
** ** * * ** * *
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192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
** *
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TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATTGTATGAA
CAAAAATAATTGCTATATGAAAACAAAACATA
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* * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * * *
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*
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ATTATTGTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTAT
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*
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* **
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* * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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*
296602 AGATAATTTTTCAAATAGGAAC
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* * * * * *
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*** * * * **
296688 AGTATTATTGTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATT
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** *
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130 TAATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTGAACCGATTCAACAAACT
* *
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194 GACTTACTTTTTAAATCACTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATT
* * * * ** ** *** *
296882 TTAGATAAACATTTATGAACTGAAACAATTATCTTATAATAAAATAAATGGTTATATTTATTTTA
259 TGAGATAAACATTTATGAACTAAAACAATTATCTTATAACAAAACAAAAAGCCATAACGATTTAA
*
296947 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCTGTAAACATATTTATTTTTTAA
324 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
297012 AATTTCTTATGCATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
389 AATCTCTTATGAATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTA
* *
297077 TATGAACTAAAAAAAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
454 TATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
*
297142 TTCTAATAG
519 TTCAAATAG
297151 TCTTAACTAT
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
TAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
AGTATTATTGTATTCCAAATAAAATTGTATGATAAAAAATAATTGCTATATGACAAACAAAACAT
AATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTGAACCGATTCAACAAACTGA
CTTACTTTTTAAATCACTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTG
AGATAAACATTTATGAACTAAAACAATTATCTTATAACAAAACAAAAAGCCATAACGATTTAAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAAA
TCTCTTATGAATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATA
TGAACTAAAAAAAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGGAAC
Found at i:297612 original size:321 final size:323
Alignment explanation
Indices: 297040--297627 Score: 803
Period size: 321 Copynumber: 1.8 Consensus size: 323
297030 TTTTTTAATG
* *
297040 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTATGAT
1 TTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTACGAT
* * * * *
297105 TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTGAACTGGT
66 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTAAACTGGT
* * * * *
297170 TCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCA
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**
297235 ATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
196 ATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
297299 AACAATTGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTCTTATTATTTTTTGAAATA
261 AACAATTGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTCTTATTATTTTTTGAAATA
* ** * *
297362 TTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCT-TAATAATTTTGTATGAA-TAGAAAGAATTGTTTTACGA
1 TTAAAAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTACGA
* * *
297425 TAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAATGAAT-ATGACTATTTAAAC
65 TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT-AATCATAACTA-TTAAAC
* * * *
297488 TTGTTTGG-TAA-ACATATATTTTTTAAAATCTTTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAAT
127 TGGTTCGGCAAACACATATATTTTTT-AAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * *
297551 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
191 TAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
297616 ATCATAACAATT
256 ATCATAACAATT
297628 TAAAACAAAT
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 31, Indels: 12
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
320 14 0.06
321 148 0.65
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Consensus pattern (323 bp):
TTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTGTTTTACGAT
AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTAAACTGGT
TCGGCAAACACATATATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCA
ATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
AACAATTGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTCTTATTATTTTTTGAAATA
Found at i:297754 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 297295--300163 Score: 2062
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297285 AAAACAAAGA
* * * ** * * *
297295 TCATAACAATTGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTATTATTTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** ** * *
297356 GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * * * *
297421 ACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGAA
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* * *** * *
297473 T-ATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC--ATATATTTTTTAAAATCTTTAACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT
* **
297535 T-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATT
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT
* * * * * * *
297599 TTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAACAAATAATTGTTTAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
297652 TCATAATTATTTAAACTCGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * *
297717 GGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGA-TT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTT
* * *
297781 TATGACAAAACAAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTCAAATAA
130 TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAG
* *
297834 TCATAACTATTTGAAC-AGTTC-ATAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT
* * * * *
297896 TTGAAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGGACA-AAACAATTGT
64 TTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * * *
297959 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
298013 TCATAATTATTTAAACATGTTCGATAAGCATATTCAGTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** * *
298078 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATAT-ATATTGAAACAATTAT
66 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTAT
* * * * *
298140 TTTATTG-CAAAACAAAAAGTC-TCAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAG
128 TTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
298194 TCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAAAATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-T
* ** * * * *
298258 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTAGTATGATAAAAAAACAATT-G
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTAT
* ** * * * * * *
298321 TTTATGACAAAACAAAAAGTTGTTACAATTTAAAACAAAAAATTGTTCAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
298375 TCATTAA-GATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGT
1 TCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * * * *
298439 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAGTCGAAATAAGCTTGTAT-ATATA-AAAAAATCA
64 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTA
* * * * *
298500 TTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAGA-GATTTCAAATA-ATAATTGTTGAAATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** * * ** *
298554 TTATAATTCTTTAAATTTGTTCGATAAACCTATTCATTTTTTAAACCCCTTAATTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * ** *
298619 GAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAATTTTATATGAACTA-AAATGATTTTT
66 GAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATT
* *
298682 TTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * * *
298734 TCTTAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
298799 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACCATTGTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * * * * * **
298863 TAT-AGTAGAACAAAAAGTCTTAACAATTTCAAATAAATAATTCATCAAATAG
130 TATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
298915 TTATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGTTTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *** * * * * * * *
298976 GAAATGTTAATAGATTAGTATTTTTTTTTATTTTGAACAAACCTATATGAACAAAAACATTTATT
66 GAAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT
** *
299041 TTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** *
299094 TCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAAC-GGTATTATCTTTTAAATCTCCTACATATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* *** * * * *
299157 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGT
64 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * *
299221 TTTATGGCAAAACAAAA----AT---GATTTAAAATAGATAATTATTCATATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * * * *
299268 TCTTGACTATTTGAACTAGTTTGGTAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
299333 GAAATATTATTATATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
299398 ATGATAGAACAAAAGGTTAT-ACTGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
299449 TCATAACTAATTGAATTTGATCAATAAACGGATTTATTTTATGAAATCTTGTGCTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * *
299514 TCAAATTTTAATAAATTTGGGTTATTTTATTCCAAATAAGCATCTAAG-ATATGAAACAAATATT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATT
* * * * * *
299578 TTATGACTAAA-AAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * ** * * * *
299630 TTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAAATTT-TTTTTAAAATC---T-CTTATTAAGTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * * * *
299690 GGAATATTATTAAAGTAGTATT-TTTT-TTAACTGAATAAGCTTCTATGATAAAAAAAATAATTG
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--CCAAATAAGCTTGTATG--AATAGAAACAATTA
* * * * * *
299753 TTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACTATTTGGAACT-GATAATTGTTCAAATAA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *
299807 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
***
299872 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAGCAATTATT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAATTATT
* ** **
299935 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAACGG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * **
299988 CCATAATTATTTTAA-TTGATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAA-AATTT-CTTATT-ATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** * *
300047 AGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACT-TAAACAATTAT
65 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTAT
* * ** * * *
300111 TTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATTAATTTTAAATAGACAATTGTACAAAT
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
300164 GGTAAACAAA
Statistics
Matches: 2121, Mismatches: 471, Indels: 198
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 140 0.07
175 49 0.02
176 9 0.00
177 199 0.09
178 60 0.03
179 296 0.14
180 439 0.21
181 687 0.32
182 197 0.09
183 39 0.02
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:298056 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 297295--300163 Score: 2122
Period size: 361 Copynumber: 8.0 Consensus size: 360
297285 AAAACAAAGA
* * * * * * *
297295 TCATAACAATTGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTATTATTTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * ** * *
297356 GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTT
* * * ** * * *
297421 ACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAATGAAT-ATGACTATTT
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT-AGTCATAACTATTT
* * ** * *
297484 AAACTTGTTTGGTAAACATA--TATTTTTTAAAATCTTTAACTTATTAATTTTT-ATAATATTAA
194 GAACTAG-TTCATAAAAATATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
** * * *
297546 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAA
255 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
297610 CAAAAGATCATAACAATTTAAAACAAATAATTGTTTAAATAG
319 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
297652 TCATAATTATTTAAACTCGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * ** *
297717 GGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTT
* *
297782 ATGACAAAACAAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTCAAATAATCATAACTATTT
131 ATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
297846 GAAC-AGTTCATAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATA
194 GAACTAGTTCATAAAA-ATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-
* * *
297910 AAATTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGGACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
256 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
*** * *
297973 AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
321 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
298013 TCATAATTATTTAAAC-ATGTTCGATAAGCATATTCAGTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTA-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* *
298077 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATAT-ATATTGAAACAATT-
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTG
* * * *
298138 ATTTTATTG-CAAAACAAAAAGTC-TCAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATGAC
127 A-TTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *
298201 TATTTGAACTTGTTCAATAAAAATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATA
189 TATTTGAACTAGTTC-ATAAAAATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT-TTGAAATA
* * *
298265 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-G-AATAAGCTAGTATGATAAAAAAACAATTG-TTTATG
251 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAAATAAGCTTGTATG--AACAAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * *
298327 ACAAAACAAAAAGTTGTTACAATTTAAAACAAAAAATTGTTCAAATAG
313 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
298375 TCATTAA-GATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTG
1 TCA-TAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-
* * *
298438 TCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAGTC-GAAATAAGCTTGTAT-ATATA-AAA-AAA
63 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAAT
* * * * * *
298497 TCATTT-TGTAACAAAACAAAAGGTTATAGA-GATTTCAAATA-ATAATTGTTGAAATAGTTATA
125 TGATTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * ** * *** *
298559 ATTCTTTAAATTTGTTCGATAAACCTATTCATTTTTTAAACCCCTTAATTATTAATTTTTGAAAT
187 ACTATTTGAACTAGTTC-ATAAAAATATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
** * ** *
298624 ATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAATTTTATATGAACTAAAATGATTTTTTTATG
250 ATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATG
* * *
298687 ACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
313 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
298734 TCTTAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
298799 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACCATTGTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT
* * * * ** * * * *
298863 TAT-AGTAGAACAAAAAGTCTTAACAATTTCAAATAAATAATTCA-TCAAATAGTTATAATTATT
130 TATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
298926 TGAACTGGTTTGATAAATAGT-TTTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTGAAATGTTAAT
193 TGAACTAG-TTCATAAA-AATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * **
298987 AGATTAGTATTTTTTTTTATTTTGAACA-AA-CCTATATGAACAAAAACATTTATTTTACAACAA
256 AAATTAGTA--TTATTTTATTTCGAA-ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAA
299050 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
317 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** *
299094 TCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACGGTA-TTATCTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
299158 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTT
65 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGAT
* * * * *
299222 TTATGGCAAAAC--AA----A-AATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTGACTATTT
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * *
299280 GAACTAGTTTGGTAGATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATT
194 GAACTAG-TTCATA-AAAATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
299344 ATATTAGCATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAAC
256 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
299408 AAAAGGTTAT-ACTGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG
320 AAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * * *
299449 TCATAACTAATTGAATTTGATCAATAAACGGATTTATTTTATGAAATCTTGTGCTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** ** * * * *
299514 TCAAATTTTAATAAATTTGGGTTATTTTATTCCAAATAAGCATCTAAG-ATATGAAACAAAT-AT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGA-
* * * ** * **
299577 TTTATGACTAAA-AAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATT
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
299641 TGAACTAGTTCAGCAAATAA-A-TT-TTTTTTAAA-ATCT-CTTATTAAGTTTTGGAATATTATT
193 TGAACTAGTTCA-TAAA-AATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
299701 AAAGTAGTATT-TTTT-TTAACTG-AATAAGCTTCTATGATAAAAAAAATAATTGTTTTATGACA
256 AAATTAGTATTATTTTATT-TC-GAAATAAGCTTGTATG---AACAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
299763 AAA-TAAAGATCTTAACTATTTGGAACT-GATAATTGTTCAAATAA
316 AAACAAAAGGTCATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
299807 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
*
299872 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAGCAATT-AT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAATTGA-
* ** * *
299934 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAACGGCCATAATTATT
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * ** *
299999 TTAA-TTGATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAAAATTT-CTTATT-ATTTTAGGAAATATTAA
193 TGAACTAG-TTCA-TAAAAATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAA
* ** * * * *
300059 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGACAAAT
255 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
300123 CAAAAGGTTATAATTAATTTTAAATAGACAATTGTACAAAT
319 CAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
300164 GGTAAACAAA
Statistics
Matches: 1995, Mismatches: 393, Indels: 246
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 1 0.00
353 59 0.03
354 10 0.01
355 99 0.05
356 82 0.04
357 240 0.12
358 145 0.07
359 260 0.13
360 367 0.18
361 411 0.21
362 285 0.14
363 33 0.02
364 3 0.00
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Consensus pattern (360 bp):
TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTAGTTCATAAAAATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:300829 original size:181 final size:181
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300523 GGTTATTAAG
* * * * * *
300533 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAAATAGTATTAATAAAACCAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAAATAGTATTAACAAAAACAATAG
* ** * * * *
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66 TTTGATCACAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCAAAACTAT
* *** * *
300662 TTGAAATGGTTTGTTAAACA-AATT-TGCTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAT
131 TTGAAATAGTTCAATAAACAGAATTAT--TTTCTAAATCTCTTACTAATAAAT
* *
300713 TTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTA-TCTTAACAAAAACAAT
1 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAA-ATAGTATTAACAAAAACAAT
* * ** *
300776 AGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTTACGATT
64 AGTTTGATCACAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCAAAACT
* * *
300841 ATTTGAACTAGTTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAAT
129 ATTTGAAATAGTTCAATAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTAATAAAT
*
300894 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
300922 CCTATTTCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAAATAGTATTAACAAAAACAATAG
TTTGATCACAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCAAAACTAT
TTGAAATAGTTCAATAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTAATAAAT
Found at i:300964 original size:181 final size:180
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300595 TGTTTGGTGG
* * * * *
300605 CAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
1 CAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATA
*** * *
300670 GTTTGTTAAACAAATTTGCTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAG
66 GTTCAATAAACAAATTT-CTTTCTAAATCTCTTACTAATAAATTTTCTAAATATTAATAAATTAG
** * * *
300735 TATTATTTTATTTCGAACAAACTTATCTTAACAAAAACAATAGTTTTATCA
130 TATTATCCTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATAGTTTTATCA
* ** * *
300786 CAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTTACGATTATTTGAACTA
1 CAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATA
* *
300851 GTTCAATAAATAGAATTAT-TTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
66 GTTCAATAAACA-AATT-TCTTTCTAAATCTCTTACTAATAAATTTTCT-AAATATTAATAAATT
* *** * * * * * *
300914 AGTTTTATCCTATTTCAAACATGTTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGA
128 AGTATTATCCTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATAGTTTTATCA
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1 CAAAACAAAA
300977 GGTCATAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
180 1 0.01
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CAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATA
GTTCAATAAACAAATTTCTTTCTAAATCTCTTACTAATAAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGT
ATTATCCTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATAGTTTTATCA
Found at i:302239 original size:180 final size:179
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300997 AATAAATGTC
* * * * * * *
301007 AATAAATTAGTATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATAACTAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-ATTTTTTTATGAC-AA
* * * * *
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* * * *
301134 TTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTCTA-AATACT
128 --TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATT
* * * ** * * *
301184 ATTAAATTAGTATTACTTTTACT-TGAATAAGCTTGGATGGTTAGAAACAATTGTTTATGAGAAA
1 AATAAATTAGTATTA-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATTTTTTTATGACAAA
* * ** * * * * * **
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65 CA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCAT
* * * *
301312 GGA-AAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATT
129 -GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * * * * * *
301363 AATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTCAGATAAGTTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC-ATTTTTTTATGAC-
* ** * * * * * *
301426 AAACAAAAGCTCATAGCGACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAAAGTCA-AATCTTTTTAA
62 AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAA-A--TA-AATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGA
*** * * * * * * *
301490 ACT-TTTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAGTTTTCGAATGTT
121 ACTAGCAT-GATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * *
301550 GATAAATTAGTATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAATTTTATTTTATGATTA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-TTT-TTTTATGA-CA
* * * * * *
301615 AACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAATCTTAATTATTTGAACTAGTT
63 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG--
* * * *
301680 CA--ACAAACACAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
126 CATGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * *
301732 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAAGATTA-ATTGTTTTATGACAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG-AATAGA-AACATTTTTTTATGACAA
** * * * * * * ***
301796 A-ATAAATATCATAATGTTTTGAGATAGATAATCATTC-AGTAGTCATAACTATTTGAACGATTT
64 ACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCA
* *
301859 TGGA-AAATAGATTTA--GTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATT
128 T-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * ** ** *
301905 AATAGATCAATATTATTTTAATTTGAATAATTTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-ATTTTTTTATGAC-AA
* * * * * * *
301970 ACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TACTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTA-T
64 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGC
* **
302033 TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATT
127 ATGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * **
302086 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAAATTGTATGAATAGAAACATTTTTTTATGAACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATTTTTTTATG-ACAAA
* * * * * *
302151 CAAAAGGTCACATTGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTCGCATG
65 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCATG
* * * *
302216 ATAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTT
130 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* ** * * * ** *
302266 AATAAATTAATATTATTTTCTTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATGATTAGTTTATGTCAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CATTTTTTTATGAC-AA
* * * * * * * * **
302331 AGAAAAGGTCATAATAATCTGAAATAGATAATTATACAAATAGTTATAACTATTT-AAATGTGTT
64 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGCA
* * * *
302395 TAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTAGTAATTTTTGGAATATT
128 T-GATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * ** * * *
302446 AATCAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACA
1 AAT-AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-C-ATTTTTTTATGAC-
* * * * * *
302509 AAACAAAAGGTCATAATGTTTTGACATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATG
62 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G
* * * * * * * *
302573 -TTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTGTCTTGCTCATTAATTTTT-GAAATATT
126 CAT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * *
302627 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGC-T-TAT--AT-G----A-------ATG-GAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATTTTTTTATGACAAA
* * * * * * * * *
302674 CAAAGGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACTTG-TTT
65 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCATG
* * * *
302738 AGTAAACATATTTATTTTTTAAACCGT-TTA-TGTATT-ATTTATAGAAATATT
130 A-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACT-TATTAATTTTTAG-AATATT
* * * *
302789 AATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-ATTTTTTTATGAC-AA
* * * ** * * *
302854 ACAAAAAGTCATAA-AAATT--AATAAATAATTATTCAAAT-GATCATAAGGATTTGAATTTG-T
64 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGCA
* * * * *
302914 TTAGTAAACATGTTTTATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATT
128 TGA-TAAATA-GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATT
* * **
302969 AATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTAAAATAAGCTTGTATGAA-A-AAA-ATCATTTTATGACAA
1 AATAAA-TTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATTTTTTTATGACAA
* *** * * * * * *
303029 AGCAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATGAATAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA--
64 A-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGC
* * * * * *
303092 TTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
127 AT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
** * * ** * * * *
303146 AATACCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CATTTTTTTATGAC-AA
* * ** * * * *
303211 ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATGTTTATTCAAATAGTCATGATTATTTGTA-TAG-TT
64 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCAT
* * * * * * * * *
303274 TAGTAAACATATTTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATTAATGTTGA-AATTTT
129 GA-TAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * *
303326 AAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATTATTATTTTATAACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CATTTTTTTATGAC-AA
* ** * **
303391 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TAGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
64 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCA
* * * * *
303455 TAATAAATTGATTTAATATTTAAATCTC--A--TATTAATTTTGA-AATATT
128 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
*
303502 AATAGATTA
1 AATAAATTA
303511 CGTCAAAACA
Statistics
Matches: 1789, Mismatches: 406, Indels: 265
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 6 0.00
162 110 0.06
163 4 0.00
164 6 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
171 2 0.00
172 6 0.00
173 63 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATTTTTTTATGACAAAC
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCATGA
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
Found at i:302385 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 301007--303510 Score: 1534
Period size: 361 Copynumber: 7.0 Consensus size: 355
300997 AATAAATGTC
* * * * * * * *
301007 AATAAATTAGTATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATAACTAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-ATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
301072 ACAAAAGGTC-TAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATACTCTTAACTATTTGAACCGATT
65 ACAAAAAGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGT
* * * * * *
301136 TAATAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTCT-AAATACTATTAAATTAGTA
128 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATA
* ** * * * * *
301196 TTACTTTTACTT-GAATAAGCTTGGATGGTTAGAAACAATT-GTTTATGAGAAAA-CAAAGATCA
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* * * * * * ** *
301258 TAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGA-AAACAGT
254 TAATAATTTGAAATAGATA-ATATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTT-GATAAACAGA
* *
301322 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATT
317 TTTATTTTTTAAATCT-TT-ATTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * * *
301363 AATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTCA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC-ATTGTTTTATGACA
** * * * * * *
301426 AAAC-AAAAGCTCATAGCGACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAAAGTCA-AATCTTTTTA
63 AAACAAAAAG-TCATAATGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
** * * * * * * * *
301489 AACTTTTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAGTTTTCG-AATGTTGAT
121 AACTAGTT-GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT
* * * * * ** *
301553 AAATTAGTATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAATTTTATTTTATGATTAAAC
183 AAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGA--TTATTTTATGACAAAAG
* ** * * * * * * **
301618 AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAATCTTAATTATTTGAAC-TAGTTCA
245 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTTG
* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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64 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GT
* * * * *
301859 TGGA-AAATAGATTTA--GTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATA
128 T-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA
* ** ** * *
301917 TTATTTTAATTTGAATAATTTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
192 TTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-GATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAT
* * * * * *
301982 AATGATTTAAAATAGATAATACTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTATTTGATAAATAGATT
255 AATAATTTGAAATAGATAATA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGATAAACAGATT
**
302047 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATT
319 TATTTTTTAAATCT-TTA-TTATTAATTTTTAGAATATT
** *
302086 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAAATTGTATGAATAGAAACATTTTTTTATGA-ACAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATTGTTTTATGACA-AA
* * * * * * * * *
302150 ACAAAAGGTCACATTGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTCGCAT
65 ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT
** * *
302215 GATAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATT
129 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * * *
302280 ATTTTCTTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATGATTAGTTTATGTCAAAAGAAAAGGTCATAA
194 ATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-GATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAA
* * * * *
302345 TAATCTGAAATAGATAATTATACAAATAGTTATAACTATTTAAA-TGTGTTTAGA-AAACATATT
257 TAATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TATTT-GATAAACAGATT
* *
302408 TATTTTTTAAAAT-TTTACTTAGTAATTTTTGGAATATT
319 TATTTTTT-AAATCTTTA-TTATTAATTTTTAGAATATT
* *** * *
302446 AATCAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACA
1 AAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-C-ATTGTTTTATGACA
* * * * * *
302509 AAACAAAAGGTCATAATGTTTTGACATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATG
63 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G
* * * * * * * *
302573 TTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTGTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
127 TT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
302638 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-G---G---A----A--AC-AAAG----GGTAAC
191 ATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAT
* * * * * *
302685 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACATAT
255 AATAATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGA-TAAACAGAT
* *
302749 TTATTTTTTAAACCGTTTATGTATT-ATTTATAGAAATATT
318 TTATTTTTTAAATC-TTTAT-TATTAATTTTTAG-AATATT
* * * * *
302789 AATAAATTAATATTATTTTA-ATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-ATTGTTTTATGACAA
* * * ** * *
302853 AACAAAAAGTCATAA-AAATT--AATAAATAATTATTCAAAT-GATCATAAGGATTTGAATTTGT
64 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGT
* * *
302914 TTAGTAAACATGTTTTATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT
128 TGA-TAAACA-GATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATT
* ** *
302977 TATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAA-A-AAA-ATCATTTTATGAC-AAAGCAAAAGG
188 AATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGATTATTTTATGACAAAAG-AAAAGG
* ** * * * *
303038 TAATAGCAATTTCAAAT-GAATAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCGATAAAC
251 TCATAATAATTTGAAATAG-ATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGATAAAC
* * *
303102 AAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
314 AGATTTATTTTTTAAATCT-TT-ATTATTAATTTTTAGAATATT
** * ** * * * * *
303146 AATACCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CATTGTTTTATGACAAA
** * * * *
303211 ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATGTTTATTCAAATAGTCATGATTATTTGTA-TAGTTT
65 ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTG
* * * * * * *
303275 AGTAAACATATTTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATTAA-TGTTGAAATTTTAAGAAATTAGTAT
130 A-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * * * * *
303339 TATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATTATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATA
193 TATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-GATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATA
* * * * * **
303404 ACAATTTGAAATAAATAATAGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAATAAATTGATT
256 ATAATTTGAAATAGATAATA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTTGATAAACAGATT
* * * *
303468 TAATATTTAAATC-TCA-TATTAATTTTGA-AATATT
319 TATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTAGAATATT
*
303502 AATAGATTA
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Statistics
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CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATAAT
TTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTT
TAAATCTTTATTATTAATTTTTAGAATATT
Found at i:302702 original size:162 final size:162
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302499 TTTTATGACA
* * * * * * * *
302509 AAACAAAAGGTCATAATGTTTTGACATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGT
1 AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACATGT
* ** *
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* * * *
302636 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGG
128 ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAG
* * *
302671 AAACAAAGGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACTTGT
1 AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACATGT
* * * *
302736 TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAACCGTTTATGTATTATTTATAGAAATATTAATAAATTAATA
66 TCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAACCGTCTATGTATTATTTATAGAAATATTAATAAATTAATA
* *
302801 TTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
131 TTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAG
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1 AAACAA
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TCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAACCGTCTATGTATTATTTATAGAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAG
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304324 TTTTACTCCA
* * * * *
304334 AATAAATTTATATGAATAGAAACAACTATTTTATGACAAAA-GAAAGATCATACCAATTTGAAAT
1 AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAAT
* * ** * * * *
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* * **
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1 AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAAT
* * ** *
304575 AGATAATAGTTCAAATAGACATGACTTTTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTCAAATC
65 AGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACCGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATC
* * * *
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130 T---ACTTATTAATTTGTAAAATATTAATAAAATAGTATTATCTTATTATG
* * * ** * * * *
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1 AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A------AAAGTCATAAC---A
* * * * ***
304756 GATCATAATG-ATTAGAAATAAATAATT-ATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTACTT-GGTA
56 -AT--T--TGAAATAG--AT-AATAGTTCA----AATAGACATAACTATTTAAACCGGTTCGGTA
* * * * * ** *
304818 AACAGATTTATTTTTTAAATAATTTAATTATTAGTTTTTGCAAT-TTCAA-AAAATTAGTATTCT
109 AACAGATTTA-TTTTT-CA-AATCTACTTATTAATTTGTAAAATATT-AATAAAA-TAGTATTAT
* ***
304881 TTTATTCCA
169 CTTATTATG
** * *
304890 AATAACCTT-TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACATAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
304953 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAA-TGTGTTTGGAAAACAGATTTATTTATT-AA
64 TAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACCG-GTTCGGTAAACAGATTTATTT-TTCAA
* ** * * * *
305015 ATTTTTACTTATTAATCTT-TGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATT-CG
127 A--TCTACTTATTAAT-TTGTAAAATATTAATAAA-ATAGTATTATCTTATTATG
** * * * * *
305067 AAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 -AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAA
* * * * ** * * * *
305132 TAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAAT
64 TAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACCGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAAAT
* * * * * *
305197 CTTTTACTCATTAATTTTTGAAATA--AGT----TAGTATTATTTTATTTTG
129 C---TACTTATTAATTTGTAAAATATTAATAAAATAGTATTATCTTATTATG
*** * * * * * ** * * *
305243 AATAAGCCTATAAGAATTGATACAATTTTTTTATGATGAAACAAATGATCAAAACGATTTGAAAT
1 AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAAT
** * * ** * * *
305308 AGATAATTA-TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAA
65 AGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACCGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTCAAA
* * * * *
305372 TCTTTTACTTATT-ATTTGCTGAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATTCA--
128 TC---TACTTATTAATTTG-TAAAATATTAATAAAATAGTATTATCTT-ATT-ATG
* * * * * *
305425 AATAAGCTTT-TATAAACA-AAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAAAAATTTGAAA
1 AATAA-ATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTG-AA
* * *
305488 AAAAATAACTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT
63 ATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATAACTATTT
305520 GAACTTATTC
Statistics
Matches: 784, Mismatches: 150, Indels: 146
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACCGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCT
ACTTATTAATTTGTAAAATATTAATAAAATAGTATTATCTTATTATG
Found at i:304733 original size:19 final size:19
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1 GAAACTATTGTTTTATGA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAAACTATTGTTTTATGAT
Found at i:304751 original size:19 final size:19
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**
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1 AAACTATTGTTTTATGACA
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1 AAAC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACTATTGTTTTATGACA
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304719 TTTTATGATG
* * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * ** * *
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* * * * * * * *
304858 CAAT-TTCAAAAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAACCTTTATGAATAG
130 GAATATT-ATAAATTTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTTATGAACAT
*
304908 AAACAATTGGTTTATGACATAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA
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*
304971 GTCATAA-TATTTGAA-TGTGTTTGGAAAACAGATTTATTTATTAAAT-TTTTACTTATTAATCT
64 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-T
305033 TTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT
127 TTGGAATATTA-TAAATTTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTT-TATGAACAT
* * * *
305087 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
305152 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGG
* * * * *
305217 -A-A--AT-AAGTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATAAGAA-TT
131 AATATTATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAG-CTTTATGAACAT
* * ** * * *
305261 GATACAATTTTTTTATGATGAAACAAATGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
305326 TTATTACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * *
305389 GCTGAAATATTTATAAA-TTAATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTTTATAAACA-
128 --TGGAATA-TTATAAATTTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGC-TTTATGAACAT
* * * ** * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAG
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65 TCATAACTATTTGAACTT
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Statistics
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
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AATATTATAAATTTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTTATGAACAT
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304719 TTTTATGATG
* * * *
304729 AAACTATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTAGAAATAAATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * *
304794 CATAACTATTTGAACTACTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAATTTAATTATTAGTTTTTGC
65 CATAACTATTTGAACTTCTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATAATTTAATCATTAATTTTTG-
* * *
304859 AATTTCAAAAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAACCTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
129 AA--T-AAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTATAAGAATAGAAACAATTGGTTTATG
* *
304924 ACATAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAATATTTGAATGT
191 A-ATAAAAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAATATTTGAATGT
* * *
304989 GTTTGGAAAACAGATTTATTTATTAAATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTAT
255 GTTTCGAAAACAGATTTATTTATTAAATTTTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAATTAAT
*
305054 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT
320 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATAAACAT
* * * * * *
305087 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * ** *
305152 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTG
65 CATAACTATTTGAACTTCTT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATAATTTAATCATTAATTTTTG
* * *** * * **
305217 -A-AATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATAAGAATTGATACAATTTTTTTATG-A
129 AATAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CCTATAAGAATAGAAACAATTGGTTTATGAA
* * *
305279 TGAAACAAATGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACT
193 T-AAA-AAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCA-TAATATTTGAA-T
* *
305343 -TG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AT-TTGCTGAAATATTTA-T
253 GTGTTTCGA-AAACAGATTTA-TTTATTAAAT-TTTTACTTATTAATCTT--TGAAATA-TTAGT
*
305403 AAATTAATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTTTATAAACA-
312 AAATTAATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATAAACAT
* * * * *
305443 AAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAAAAATTTGAAAAAAAATAACTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAAGATTTG-AAATAAATAATTATTCAAATAG
305508 TCATAACTATTTGAACTT
64 TCATAACTATTTGAACTT
305526 ATTCAGCGAA
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 55, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTCTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATAATTTAATCATTAATTTTTGAA
TAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTATAAGAATAGAAACAATTGGTTTATGAATAA
AAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAATATTTGAATGTGTTTCG
AAAACAGATTTATTTATTAAATTTTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATT
TTATTCGAAATAAGCTTGTATAAACAT
Found at i:306344 original size:470 final size:466
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305051 TATATTATTT
* * * * * * *
305061 TATTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
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* * * *
305126 TTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTT
66 TTGAAATAGGTAATTGTTC-AATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTT
* ** * * * ** *
305191 TTAAATCTTTTACTCATTAATTTTT-G---A--AATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
130 TTAAATCTCTTA-TTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTCCGAATAAGT
* * * * * * *
305250 CTATAAGAATTGATACAATTTTTTTATGATGAAAC-AAATGATCAAAAC-GATTTGAAATAGATA
194 TTATAA-AATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAATG-TC-ATACTGATTTGAAATAGATA
* * * * *** * * * *
305313 ATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTTAAATCTT
256 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTTAGGCCAAC-TA-ATACATTTTCTAAATCTG
** * * *
305376 TTACTTATTATTTGCTGAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAG-CTTTTATAA
318 TTAC-TA--A--T--T---A-A-TTATAAATTAGCATTACTTT-ATTCAAATAAGAC-TGTATGA
* * * * * * *
305440 AC-AAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAT-GTCATAAAAATTTGAAAAAAAATAACTATTCA
369 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAATGGCCATAACAATTTG-AAATAAATAATTGTTCA
* * *
305503 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGCGAACA
432 AATAGTCATAACTATTTGAACATATTCAACAAACA
* *
305538 TATTTGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAAT
1 TATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
* * *
305603 TTGAAATACGCAATTGTTCAAATAGCCATAACCATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTT
66 TTGAAATAGGTAATTGTTC-AATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTT
* *
305668 TTAAATCTC---TTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTT
130 TTAAATCTCTTATTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTCCGAATAAGTT
* * * * *
305730 TATATGAACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
195 TATA-AAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAATGTCATACTGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
305795 ATTCAAATAGTCATAATTGTTTGCACTGGTTAGGCCAACTAATACATTTTCTAAATCCGTTACTT
259 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGCATTGGTTAGGCCAACTAATACATTTTCTAAATCTGTTACTA
*
305860 ATTAATTTTAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
324 ATTAATTATAAATTAGCATTACTTTATT-CAAATAAGACTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
*
305925 GATAAAACAAATGGCCATAACAATTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
388 GATAAAACAAATGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
305990 ATATTCAATAAACA
453 ATATTCAACAAACA
* * * *
306004 TATTTGAAACAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAGAGAAGGTTATAACAAT
1 TATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
*
306069 TTGAAATAGGTAATTGTTCAATTAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTT
66 TTGAAATAGGTAATTGTTCAA-TAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTT
*
306134 TTAAATCTCTTAATTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTACCTTATTCCGAATAAGT
130 TTAAATCTCTT-ATTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTCCGAATAAGT
306199 TTATACAAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAATGTCATACTGATTTGAAATAGATAAT
194 TTATA-AAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAATGTCATACTGATTTGAAATAGATAAT
*
306264 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCATTGGTTAGGCCAACTAATACATTTTCTAAATCTGTTACT
258 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGCATTGGTTAGGCCAACTAATACATTTTCTAAATCTGTTACT
* *
306329 AATTAATTATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
323 AATTAATTATAAATTAGCATTACTTTA-TTCAAATAAGACTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * *
306394 TGATAAAAGAAGTGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
387 TGATAAAACAAATGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
306453 ATTAAACTAG
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 104, Indels: 49
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
465 5 0.01
466 205 0.26
467 36 0.05
468 1 0.00
470 281 0.36
471 3 0.00
473 11 0.01
474 1 0.00
475 1 0.00
477 125 0.16
478 19 0.02
479 97 0.12
480 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (466 bp):
TATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
TTGAAATAGGTAATTGTTCAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTT
TAAATCTCTTATTGTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTCCGAATAAGTTT
ATAAAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAATGTCATACTGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGCATTGGTTAGGCCAACTAATACATTTTCTAAATCTGTTACTAAT
TAATTATAAATTAGCATTACTTTATTCAAATAAGACTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT
AAAACAAATGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA
TTCAACAAACA
Found at i:306681 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 306337--307354 Score: 809
Period size: 180 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
306327 CTAATTAATT
* * * * * *
306337 ATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAA
* ** * * * *
306401 AGAAGTGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTAGTTT
65 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTT
* * * * *
306466 GGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAGATAGTA
130 GGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAA-ATATTA
* * * * * *
306518 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATAGGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAA
* * * *
306583 CAAAAGGTAATAACGATTTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA-TTCATAATTATTTGAACTGGTT
66 CAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTGGTT
* * * *
306647 AGGCTAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC---TT-A--TTGAAATATCA
129 TGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTA
* * * * * * ** *
306693 ATAAATTTG-ATTTGTTTTATTCTGAATAAA-TTAGTAAGAGCTAAAAA-AATTGTTTTACAATA
1 ATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAAC-AAAAATAATTATTTTATGACA
* * * * * * * *
306755 AAATAAAATGTCATAA-TATTTTAAATAAATAATTGTTCATATAGCCT-TCACTATTTGAAGTGG
63 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTGG
* * * * *
306818 TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTA
127 TTTGGCAAACAAAATTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTC-AAATATTA
* * * * * * * * *
306874 TTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTATTCTATGATAGAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * **
306939 CAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCA
66 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTG
** * *
307004 ATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGAAATATTA
131 GCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTA
* ** ** * *** *
307054 ATAAATTAGTTTTATTTTATTACGAATAAACTTGGATGAGCTGCAATAATTGTTTTAT-AGCAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGA-CAAA
* * * *
307118 ATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTT-TGAACTATTTGAATTGGTT
65 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACTGGTT
* * * *
307182 TGACAAGA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGT-ATTTTTAGAATATTA
129 TGGCAA-ACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTCA-AATATTA
* * * * * *
307235 TTAATTTAGTATTATTTTTATTTCT-AATAAATTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC-A
1 ATAAATTAGTATTA-TTTTATTT-TGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAA
* * * *
307298 AA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGA
64 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
307355 CTTTATTTAG
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 146, Indels: 65
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 57 0.09
174 12 0.02
175 56 0.08
176 9 0.01
177 2 0.00
178 2 0.00
179 4 0.01
180 199 0.30
181 159 0.24
182 158 0.24
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTG
GCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTA
Found at i:306841 original size:355 final size:357
Alignment explanation
Indices: 306030--307354 Score: 1044
Period size: 350 Copynumber: 3.7 Consensus size: 357
306020 GTATGAATAG
** * * * **
306030 AAAAAATTGTTTTATGACAAAAGAGAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCA-ATTAG
1 AAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATA-TAG
** * * * * * * * *
306094 CCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTGTTAATTTT-
65 -TTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTC
** * * ** ** * * * *
306158 TGGAATATTAATAAATTAGAATTACCTTATTCCGAATAAGTTTATA-CAAATAGAAACAATTATT
128 AAG-ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTATATGAAA-AAAAATAATTATT
* * * * * * * *
306222 TTGTGATAAAACAAAATGTCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
191 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAATTATT
* * *** * * * *
306286 TGCATTGGTT-AGGCCAAC-TAATACATTTTCTAAATCTGTTAC---TAA-TT--AAT-T--ATA
255 TGAACTGGTTCA-ATAAACAAAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTGAAATATCAATA
* * * * *
306340 AATTAGCA-TTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATGAAC-A
318 AATTAG-ATTTATTTTATTACGAATAA-ACTTGGAAGAGCTA
* ** * * ** * *
306379 AAAACAATTATTTTATGATAAAAGAAGTGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAA-AATTGTTTTACAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG
* * * * *
306444 TTATAACTAATTAAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTC
65 TT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTC
* * * * * * * *
306509 AAGATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATAGGAACAAAAACATTTATTTT
128 AAGATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTATATGAAAAAAAATAATTATTTT
* * *
306574 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTTTAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTG
193 ATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTG
*
306639 AACTGGTT-AGGCT-AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC-T-T-A-TTGAAATATCAATAAA
257 AACTGGTTCA--ATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTGAAATATCAATAAA
* * *
306698 TTTGATTTGTTTTATT-CTGAATAAA-TTAGTAAGAGCTA
320 TTAGATTTATTTTATTAC-GAATAAACTT-GGAAGAGCTA
* * * *
306736 AAAAAATTGTTTTACAATAAAATAAAATGTCATAA-TATTTTAAATAAATAATTGTTCATATAGC
1 AAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG-
* * * * *
306800 CTTCACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTGTC
65 TTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCTTTTAGTTATTAATTTTC
* * * ** * *
306865 AAAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTATTCT
128 AAGATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTATATGAAAAAAAATAATTATTTT
* * * * *
306930 ATGATAGAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTT-ATAATTATTTG
193 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-TTCATAATTATTTG
* *
306994 AACTGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTTGAAATATTAATAAA
257 AACTGGTTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAA--TTTGAAATATCAATAAA
* * *
307059 TTAGTTTTATTTTATTACGAATAAACTTGGATGAGCTG
320 TTAGATTTATTTTATTACGAATAAACTTGGAAGAGCTA
* * * * *
307097 CAATAATTGTTTTATAGCAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
1 AAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT
* * *
307162 TTGAACTATTTGAATTGGTTTGACAAGAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGT-ATTTT-
66 TT-AACTATTTGAACTGGTTTGGCAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTAT-TAATTTTC
* * * * *
307225 TAGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTTATTTCT-AATAAATTTATATGAATAGAAATAATTGT
128 AAG-ATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTT-TGAATAAATTTATATGAAAAAAAATAATTAT
* *
307289 TTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-TGTCATAACTAT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAT-TCATAATTAT
307351 TTGA
254 TTGA
307355 CTTTATTTAG
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 147, Indels: 71
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 4 0.01
350 163 0.21
351 70 0.09
352 5 0.01
353 3 0.00
354 2 0.00
355 129 0.16
356 145 0.18
357 6 0.01
358 2 0.00
359 1 0.00
360 48 0.06
361 109 0.14
362 99 0.13
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT
TTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCAAG
ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTATATGAAAAAAAATAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACT
GGTTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTGAAATATCAATAAATTAGAT
TTATTTTATTACGAATAAACTTGGAAGAGCTA
Found at i:308127 original size:216 final size:214
Alignment explanation
Indices: 307719--308127 Score: 502
Period size: 216 Copynumber: 1.9 Consensus size: 214
307709 TATTTACCGG
* * *
307719 AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATCTTAAACAGTTATGATCTTTATTTT
1 AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTTCTATCTTAAACAGTTATGAGCTTTATTTT
*** ** *** * *
307784 GTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
66 GTCATAAAACAACCATTTCTTTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAAT
* * * * *
307849 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTTTCGAACCAGCTCAAATACT
131 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTTACGAACAAGCTCAAATACT
307914 TAAGACTATTTTGTCATAA
196 TAAGACTATTTTGTCATAA
*
307933 AACACATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATT-TAT-TTCAAATAGTTATGAGCTTTTA
1 AACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT-TTCTATCTT-AAACAGTTATGAGC-TTTA
* * *
307996 TTTTGTCATAAACCAACCATTT-TTGTTCATACATGCATATTCAAAATAAAACAATACTAGTTTA
62 TTTTGTCATAAAACAACCATTTCTT-TTCATACAAGCATATTCAAAATAAAACAATACTAATTTA
* * * *
308060 TTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAGCAAGTTCA
126 ATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTTACGAA-CAAGCTCA
308124 AATA
190 AATA
308128 GTGATGACCG
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 26, Indels: 10
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
214 6 0.04
215 51 0.31
216 106 0.65
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (214 bp):
AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTTCTATCTTAAACAGTTATGAGCTTTATTTT
GTCATAAAACAACCATTTCTTTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAAT
ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTTACGAACAAGCTCAAATACT
TAAGACTATTTTGTCATAA
Found at i:308257 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 307939--308783 Score: 773
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 180
307929 ATAAAACACA
* * * *
307939 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAGCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* *** * * * * * * * *
308004 TAAACCAACCATTTTTGTTCATACATGCATATTCAAAATAAAACAATACTAGTTTATTCATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
*
308069 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGCAAG
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAA-CAAG
* ** * * *
308120 TTCAAATAGTGATGACCGGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTAAGATCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* *
308185 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCTAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * ** * * * *
308250 TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACAAG
* * * * * * * *
308301 TTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATGTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
** * ** * * *
308366 TAAAACAATTGTTTCCGTTCATGCAAAATTATT-TAAAATAAAATAATATTTATCTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * *
308430 TTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATAT-TCTTTCTAAAATAG
130 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT-TTACTAACA-AG
* ** * * * *
308478 TTCACATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGAT-TTTTATTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * *
308541 ATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAA-CTTTATTC-AAATTATAATAATATTAATTTAATAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCTAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
308604 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATGTATTTATTGAACCAG
128 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACAAG
* * * *
308659 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGA-CTTTTTGTTTAG
1 TTCAAATAGTTATGACCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTG
* * * *
308721 TTATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
63 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
308784 CATTTGAAAA
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 105, Indels: 41
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 78 0.14
177 60 0.11
180 6 0.01
181 324 0.60
182 64 0.12
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAACAAG
Found at i:308601 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 308577--308605 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
308567 ACTTTATTCA
308577 AATTATAATAATATT
1 AATTATAATAATATT
308592 AATT-TAATAATATT
1 AATTATAATAATATT
308606 CCAAAAATTA
Statistics
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0.93 0.00 0.07
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14 10 0.71
15 4 0.29
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Consensus pattern (15 bp):
AATTATAATAATATT
Found at i:308614 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 308142--308793 Score: 826
Period size: 358 Copynumber: 1.8 Consensus size: 358
308132 TGACCGGTTA
* * *
308142 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTAAGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATCTCAAATAGTTAAGATCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * **
308207 ACAAGTTTATTCTAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGAT
66 ACAACTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * *
308272 TTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTAT
131 TTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATTAGAACAATTATCTAT
** * * * ** *
308336 GTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCGTTCATGCAAAATTATTTA
196 GTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTTA
* * *
308401 AAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATTC
261 AAATAAAATAATACTAATCTATTAACA-TTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATTC
308466 TTTCTAAAATAGTTCACATAGTTATGACTTTTTG
325 TTTCTAAAATAGTTCACATAGTTATGACTTTTTG
* * * *
308500 AACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGAT-TTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTCA
1 AACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTAAGATCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* *
308563 TACAACTTTATTC-AAATTATAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
65 TACAACTTTATTCTAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
** * * * *
308627 ATTTTAAAAAATAAATGTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
129 ATTTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATTAGAACAATTATCT
* * * * * **
308692 ATTTCAAATCATTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
194 ATGTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAAATTATT
* *
308757 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAA
259 TAAAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAAAA
308794 ATAAATCTAC
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AACAATTATCTATCTCAAATAGTTAAGATCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAACTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGACCATTAGAACAATTATCTAT
GTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTTA
AAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATTCT
TTCTAAAATAGTTCACATAGTTATGACTTTTTG
Found at i:309300 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 308862--313520 Score: 1037
Period size: 181 Copynumber: 26.4 Consensus size: 176
308852 CTACTTAAAG
* * * * * * ** *
308862 TCGTTATGACTTTTTCTTCTA-TCATAGAATAGTTGTTTCAGTTCATAGAAATTTATCCGAAATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * *
308926 AAATAATACTACTTTACTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTT-TC
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-
* * * * * *
308990 CAAACCAATTCAAATAGTTATTATTATTTGAA-CA--AA-TA--TC-AA
129 CGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * ** * * * *
309032 TCTATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAAATGTTTCTA-ATCAT-CTAAGCTTATTC-AGA
1 TC-GTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATAC-AAGCTTATTCGAAA
* * * * * * * *
309093 TAAAAATAATGC-CATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAAAGATTCAAAAAATAAATGTGTTT
63 T-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
*
309157 GTCGAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
127 ATCGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* *
309208 TCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
*
309273 AATAATACTAATTTATTAACA-TTTGAAAAATTATTGTGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTAT
66 AATAATACTAATTTATTAACATTTTG-AAAATTA--AT--AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTAT
* * * ** * * *
309337 TTACCAAACAAGTTCCA-A--TA-GACTATTTGAACAATCGATCTGACTATTT-AAA
125 TTATCGAACCAGTTAAATAGTTATGACTA-TT--AGAAT-AAT-TAACTATTTCAAA
* * * * * * * *
309389 GTCGTTATAACCTTTT-TTTA-TCATAGAATAATTGTTTCAATTTATAGAAACTTATAT-GAGAT
1 -TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAAT
* * * * * *
309451 AAAATAATACTACTTTACTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAATACTAAAACTATTT-T
64 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * * * * *
309515 CTGAAGCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAA
129 C-GAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * ** * * *
309565 TCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTA-ATCATTCAAGCTTATTCG-AATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-
* * * * * * * *
309627 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAATTGTGTTTAA
64 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * *
309692 CGAACTAGTTTAAATAGCTAAGCCTATTAGAATAATTATCTATTTCCAA
129 CGAACCAG-TTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * *
309741 TTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATTTAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* *** * * *
309806 AATAATACTAATTTATTAACA-TTT----ATTTATTTCATATTGT----TAT-AA-C-CTTT-T-
66 AATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * **
309857 G-----TTCAAATAGTTAAGATTATAT-GAATAATTATTTATTTCAAA
130 GAACCAGTTAAATAGTTATGACTAT-TAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * *** * * *
309899 GT-GTTATGA-CTTTTATTTCAGCTCATACAAGCACATTCGGAATAG--AATA-AAACTAATT--
1 -TCGTTATGACCTTTTGTTT-AG-TCATATAA-TA-ATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG
* * * * ** * * * *** *
309957 TATTAATAT-TTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAA-TAAT--TTTATTTATCGAACCAATTC
60 AAATAAAATAAT-ACTAATTTATTA-ACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTA---AA--AAAT-
* * * * * * * * ***
310018 AAA--TAATTAT--AACTATTTGAACAATTAT--CTATTTCA-AATCATT-ATTACTTTCTTT
117 AAATCTATTTATCGAACCAGTTAAATAGTTATGACTA-TT-AGAATAATTAACTA-TTTCAAA
* * * * ** * *
310073 TTGTCATTAAACAATTGTTTTTGTTA-AT-ATAA--G-TTT-GTTCA-A-AA---TA----AAAT
1 TCGTTA-TGACCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * ** * * * * *
310123 AATACTAATTTACTAATAT-TTAGA-AAATT---AATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATCTAT
64 AA-AATAA--TACTAATTTATTA-ACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
310183 TTACCAAAACATTTCCAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
125 TTATCGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * **
310236 TCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCA-AACT-ATTGGTTCT-GTTCATACCATTTTACTT--AC
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-ATAA-TAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGA-
* * * * *
310296 AAT--AA-AATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
61 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAA-TTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
310357 CTAATT-CCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TACGAACGATTATCTATTTCAAA
121 CTATTTATC-GAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTA-GAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * * * *
310414 TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAGAATTGTTTCA-TTCGTACAAGCTTATTTTG-ATTA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATA
* * * * *
310477 AAATAATACTAATTTAATAATATTTTGGAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTT-G-AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
310542 TACCGAATCAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAA
126 TATCGAACCAG-TTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * *
310594 TCGTTTTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * *
310658 AATTCATACTAATTTATTGACA-TTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
310722 TTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
125 TTATCGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * *
310775 TCGTTATAACCTATTGATTT-GTCATAAAATTATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAAT
1 TCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
* * * * *
310838 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT-AAAATAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATTTG
64 AAAATAATACTAATTTATTAACATTT--TGAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
310902 TTTA-CTGAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTTGTATGACTATCTATTTCAAA
124 TTTATC-GAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * *
310956 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTGT-GATCATACAAACTTATTCGAAAAA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * *
311020 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAGATAAATTTGT
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTTG-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * *
311084 TTACCGAACTAGTTCAA-AGTTATAACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAA
125 TTATCGAACCAGTTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * * **
311135 TCGTTAAT-ATCTTTAT-TTT-GTCGTAAAAGAATTGTTTTTGATCATAGAAGGC-TATT-GAGT
1 TCGTT-ATGACCTTT-TGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTATTCGAAA
* * * * * *
311195 TAAATATAATATTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATAG
63 TAAA-ATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-C
* ** *
311260 T-TTTA-CTGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGCATAATTATA-TATTTCAAA
122 TATTTATC-GAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTA-ACTATTTCAAA
* * * * * * * * * *
311315 TCATTTTGGCTTTTTTTTTAGTCATAAAATATTTATTTCA-TATCTTACAAGCTTATTCGAAATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * *
311379 AAATAATCCAAATTTATTAACA-TCTGACAAATTAATAAGCAAAACATTTGAAAAAATAAATCTG
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTTGA-AAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTA
* * * * * * ** *
311443 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTAAAA
124 TTTATCGAACCAG-TTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * * * * * *
311497 TCGTTATGACCTTCTATTTTGACACAAAACAATTGTTTCAGCTCATA-AATGCTTATCCAAAATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTATTCGAAATA
* * ** *
311561 AAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAAT-TATT
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAAATAAATCTA-T
* * ** * * * * * ** **
311625 TTAACAAATAATTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAAA
125 TTATCGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATT-TCAAA
* * * * * * *
311679 TTGTTAT-ATCCTTTTGTTTTATTACA-A-AACAATTGTTTCAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAA
1 TCGTTATGA-CCTTTTG-TTTAGT-CATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * ** * ** * * *
311741 TAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAGGTGAATTTGTTTA
63 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * ** *
311806 -CTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAA
128 TC-GAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * *
311856 TCGTTATTACTTTTTAG-TTAGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGTTTATTTGAAATA
1 TCGTTATGACCTTTT-GTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
** * * *
311920 AAATAATACTAATTTATTAATC-TTTCAAAAATTAAT-A-AG---T----AAGAGA--TGTTTAT
65 AAATAATACTAATTTATTAA-CATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
*** * * * * *
311973 CGAGGTAGTTTAAATAGATATGACTATGT-GAACAATTGTA-TACTACAAA
129 CGAACCAG-TTAAATAGTTATGACTAT-TAGAATAATT-AACTATTTCAAA
* ** * * * * * *
312022 TTGTTACAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAACCTATTTGAAAT
1 TCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * *** * * *
312085 AAAACAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGT
64 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** * * * * * *
312150 TTGTCGAATTAGTTCTAATAATTAAGAATA-TATTAATAATTATCTATTTCAAA
125 TTATCGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTA-GAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * *
312203 ---TTAT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * ** * * * * *
312260 AAATAA-AGTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAGTAATTTTGT
65 AAATAATACT-AATTTATTAACATTTTGAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
312324 TTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA
125 TTATCGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * * * * *
312377 TCATTATGA-CTTTT-TTT-GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAACAA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * * * ** * * * *
312439 AAAAATAGTAATCTATGAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
66 AATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG
* * ** **
312504 AATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAA
131 AACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * * * * * *
312551 TTGTAATGACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * * * * * * * *
312616 AATAATACCAATTCATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTGAAAAGTAAATATGTC
66 AATAATACTAATTTATTAACATTTTGAA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * * **
312680 TATCAAACTAGATCAAATAGTCATTACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAA
126 TATCGAACCAG-TTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * ** * *
312732 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAACTTATTCCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * *** * *
312796 AAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAAATAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGA-
65 AAATAATACTAATTTATTAACATT-TTGAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-AT
* * * * * ** * * *
312860 TCA-CTGAACAAGTTAAGTAATTATGATTATTTTAACAATTATCTATTTGAAA
125 TTATC-GAACCAGTTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
** * * * * * * ***
312912 TCACTATAACCTTTAT-TTT-GACATAAAAT-ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTAATTTTTAATA
1 TCGTTATGACCTTT-TGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * ** * * *
312974 AAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAA-G---AGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * ** * * * ** * **
313039 CA-CTGAACAAGTTCAAATCTTTATGAATATTTGAACAATTATTTGTTTTTAA
126 TATC-GAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * * * * *
313091 TTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATATAAGCTTATTTGGATTA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * *
313155 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGA-TT--AAAA-AAATATATT
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTTTG--AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
313216 TTTCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
126 TATCGAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
** * * * * * * * * * * *
313268 TTATTGTGACCTTGTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTA-TCTAAAATA
1 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAAT-
* * ** *
313332 AAAACAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTAT
64 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * *
313396 ATACCGAA-CATGTTCGAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAA
125 TTATCGAACCA-GTT-AAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTAACTATTTCAAA
* * * * * * * *
313449 ACATTATGGA-ATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTTG-A
1 TCGTTAT-GACCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAA
313510 ATAAAATAATA
62 ATAAAATAATA
313521 TAAATTAATA
Statistics
Matches: 3346, Mismatches: 818, Indels: 640
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.00
157 25 0.01
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159 21 0.01
160 12 0.00
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169 79 0.02
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Consensus pattern (176 bp):
TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
AATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG
AACCAGTTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAA
Found at i:309469 original size:526 final size:532
Alignment explanation
Indices: 308829--309829 Score: 1532
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308819 AAATAGATTT
* * * * * *
308829 GACTATTTGAATAATTGATTTGACTACTTAAAGTCGTTATGACTTTTTCTTCTATCATAGAATAG
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* * *
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* *
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* * *
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** * *
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*
309213 TTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
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*
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1 GACTATTTGAACAATCGATCTGACTACTTAAAGTCGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAGAATAA
* * *
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66 TTGTTTCAATTCATAGAAACTTATACGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTTGAAAATT
* ** *
309485 AATAAGAGATTTAAATACTAAAACTATTTTCTGAAGCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
131 AATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTCCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
*
309550 AATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATTCAAG
196 AATATCAA-CTC--ATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAAATGTTTCTAATCATTCAAG
* * *
309615 CTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAAT
258 CTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTCAAAAAAT
* * * * * * *
309680 AATTGTGTTTAACGAACTAGTTTAAATAGCTAAGCCTATTAGAATAATTATCTATTTCCAATTGT
323 AAATGTGTTTAACGAACCAGTTAAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAATCGT
* * *
309745 TTTGACCTTTTGTTTAGTTATTTAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
388 TTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
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453 ATACTAATTTATTAACATTT
309830 ATTTATTTCA
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GACTATTTGAACAATCGATCTGACTACTTAAAGTCGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAGAATAA
TTGTTTCAATTCATAGAAACTTATACGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTTGAAAATT
AATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTCCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
AATATCAACTCATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAAATGTTTCTAATCATTCAAGCTT
ATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTCAAAAAATAAA
TGTGTTTAACGAACCAGTTAAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTTT
GACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAACATTTGAAAAATTATTGTGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
CAAGTTCCAATA
Found at i:309664 original size:18 final size:19
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*
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1 TTAATAAGATATTTAAAAA
*
309678 ATAAT
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Statistics
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TTAATAAGATATTTAAAAA
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309928 AGCACATTCG
* * * * *
309938 GAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATT
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* * * *
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1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * ***
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1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* *** * *
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* * * *
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* * * * *
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1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
311193 G-TTAAATATAATATTAATTTAATAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAA
1 GAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * *
311256 ATAGT-TTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGCATAATTATATATTTCAAATCAT
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*** * * * * * *
311319 T-TTGGCTTTTTTTTTAGTCATAAAATATTTATTTCA-TATCTTACAAGCTTA-TTC
128 TATAACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * *
311373 GAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATCTGACAAATTAATAAGCAAA-ACATTTGAAAAAATA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * * *
311437 AATCTGTTTACC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTAAAATCGT
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* * * * * * * * **
311501 TATGACCTTCTATTTTGACACAAAACAATTGTTTCAGCTCATA-AATGCTTATCCA
128 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTATTTA
* * * *
311556 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* ** * * * * ** *
311620 -TTATTTTAAC-AAATAATTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAAATTGT
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* * * * * * * *
311683 TATATCCTTTTGTTTTATTACAAAACAATTGTTTCAGTTTAGACAAGCTTATTT-
128 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * ** *
311737 GAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAGGTGAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * *
311798 TTTGTTTACTAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
65 TTTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
311862 TTACTTTTTAG-TTAGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGTTTATTT-
130 TAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * *
311914 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG---------AT--G
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
*** * * * * * * * *
311968 TTTA--T--CG-AGGTAGTTTAAATAGATATGACTATGTGAACAATTGTATACTACAAATTGTTA
65 TTTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
312028 CAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAACCTATTT-
130 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * ** *
312080 GAAATAAAACAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** ** * * * * *
312145 TTTGTTTGTCGAA-TTAGTTCTAATAATTAAGAATATATT-AATAATTATCTATTTCAAA---TT
65 TTTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
312205 AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTTG
129 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * *
312255 GAATAAAATAA-AGTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAGTAAT
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
312319 TTTGTTTACCTAACC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTA
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* * * * * * * **
312383 TGA-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCG
130 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *
312433 GAACAAAAAAATAGTAATCTATGAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
312494 TTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTAAT
66 TTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
312558 GACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
131 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * *
312610 GATTAAAATAATACCAATTCATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA-AAATTTGAAAAGTAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * *
312674 TATGTCTATC-AAACTAGATCAAATAGTCATTACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCGTTA
65 TTTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * *
312738 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AACTTATTCCAGTTCATATAAGCTTATTCA
130 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * *
312791 AAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAAATAATAATTAAA-AGATTTAAAAAATGAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * **
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65 T-TTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
312917 ATAACC-TTTATTTTGACATAAAAT-ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTAATTTT
129 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
* *
312969 TAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGGAAA-AGATTTAAAAAATA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * * * ** *
313031 AATTTGTTCACTGAA-CAAGTTCAAATCTTTATGAATATTTGAACAATTATTTGTTTTTAATTGT
63 AATTTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
313095 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATATAAGCTTATTTG
128 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * ** * * * *
313150 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA-ATAAAAGATTAAAAAAATATA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** *
313214 -TT-TTT--C-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTG
65 TTTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * *
313274 TGACCTTGTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATCTA
130 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * *
313327 AAATAAAAACAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
1 GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
313391 TCTATATACCGAA-CATGTTCGAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
65 TTTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
313455 TGGAA--TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTT
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1 GAATAAAATAATA
313521 TAAATTAATA
Statistics
Matches: 2636, Mismatches: 627, Indels: 284
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTATTTACCGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
Found at i:311231 original size:178 final size:177
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309934 TTCGGAATAG
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
310120 AATAATACTAATTTACTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATCTATTT
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* * * * * *
310185 ACCAAAACATTTCCAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
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* * * * ** * *
310250 TATTTTGTCATCAAACT-ATTGGTTCT-GTTCATACCATTTTACTT-ACA-AT
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* * ** * * * **
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* * * ** * * *
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* * * * * * **
310426 TTTGTTTTGTCAAAAAAGAATTGTTTCA-TTCGTACAAGCTTATTTTGATTAA
126 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTGAGA-TAA
* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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*** * *
310724 GTTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTA
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-
* * * *
310788 TTGA-TTTGTCATAAAATTATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGATG-GAATAA
127 TT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-TTGAG-ATAA
* * *
310840 AATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATTTGTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT--GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * ** * * *
310904 TACTGAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTTGTATGACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
64 TACCGAATCAGTT-CAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-T
* * * *
310969 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTGT-GATCATACAAACTTATTCGAAAAAA
127 TTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTATT-GAGATAA
* *
311021 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAGATAAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * *
311086 ACCGAA-CTAGTTCAA-AGTTATAACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCGTTA-ATATCTT
65 ACCGAATC-AGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA-ACCTT
* * * * *
311148 TATTTTGTCGTAAAAGAATTGTTTTTGATCATAGAAGGC-TATTGAGTTAA
128 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAA-GCTTATTGAGATAA
* * * *
311198 ATATAATATTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAA-TAGTT
1 A-ATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-T
* * * * * * * * * * ** *
311262 TTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGCATAATTATATATTTCAAATCATTTTGGCTT
63 TTACCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * * * * * *
311327 TTTTTTTAGTCATAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTTATTCGAAATAA
127 TTATTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATT-GAGATAA
* * * * * * * *
311380 AATAATCCAAATTTATTAACATCTGACAAATTAATAAGCAAAACATTTGAAAAAATAAATCTGTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTGA-AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * *
311445 TACC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTAAAATCGTTATGACCT
64 TACCGAATC-AG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * * * * ** *
311509 TCTATTTTGACACAAAACAATTGTTTCAGCTCATA-AATGCTTATCCAAAATAA
127 T-TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAA-GCTTAT-TGAGATAA
* * * *
311562 AATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTAT-T
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATT-TGT
* * * * ** * * ** * *
311625 TTAACAAATAATTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAAATTGTTATATCC
63 TTACCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCGTTATAACC
* * * * * * * * * *
311690 TTTTGTTTTATTACAAAACAATTGTTTCAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAA
126 -TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-TTGAGATAA
* * ** *
311744 AATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAGGTGAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
** * ** * * * *
311805 ACTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTT
65 ACCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTT
* * * * * * *
311870 TAGTTAGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGTTTATTTGAAATAA
128 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-TTGAGATAA
* *
311921 AATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-------------A--TGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * * * * *
311971 ATCGAGGT-AGTTTAAATAGATATGACTATGTGAACAATTGTATACTACAAATTGTTACAACCTT
65 ACCGA-ATCAG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * * * *
312035 T-TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAACCTATTTGAAATAA
128 TAT-TT-TGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTA-TTGAGATAA
* * * ** * *
312087 AACAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
** * * * * *
312152 GTCGAATTAGTTCTAATAATTA-AGAATATATT-AATAATTATCTATTTCAAA---TTAT---TT
65 ACCGAATCAGTTC-AATAGTTATA-ACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * *
312209 TTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTTG-GAATAA
127 TTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-AGA-TCATACAAGCTTA-TTGAG-ATAA
* * * * * *
312261 AATAA-AGTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAGTAATTTTGTT
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * *
312325 TACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CTT
64 TACCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * * * * *
312389 T-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCG-GAACAA
128 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATT-GAG-ATAA
* * * * * *
312439 AAAAATAGTAATCTATGAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * *
312501 CCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTAATGACCTTTT
66 CCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTT
* * * *
312566 ATTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG-GATTAA
129 ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-TTGAGA-TAA
* * * * * * * * *
312616 AATAATACCAATTCATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTGAAAAGTAAATATGTCT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
312681 ATC-AAACTAGATCAAATAGTCATTACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-T
* * ** * * * *
312745 TTGTTTTGTCATAAAA-AACTTATTCCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
127 TTATTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTTAGATCATACAAGCTTATT-GAGATAA
* * ** * * * * * * *
312797 AATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAAATAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGATC
1 AATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * **
312862 ACTGAA-CAAGTT-AAGTAATTATGATTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTT
65 ACCGAATC-AGTTCAA-TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * * *
312925 TATTTTGACATAAAAT-ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTAATTTTTA-ATAA
128 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCT--TATTGAGATAA
* * * * * *
312975 AATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTC
1 AATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* ** * * ** * * *
313040 ACTGAA-CAAGTTCAAATCTTTATGAA-TATTTGAACAATTATTTGTTTTTAATTGTTATGACTT
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-C
* * * * *
313103 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATATAAGCTTATTTG-GATTAA
126 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTA-TTGAGA-TAA
* * * * * *
313156 AATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTAAAAAAATATA-TT-TTT
1 AATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * ** * *
313219 --C-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTT
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * * * * *
313281 GTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-ATTCAAATAAGCTTATCTAAAATAAA
128 -TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGA-TCATACAAGCTTAT-TGAGAT-AA
* ** * * * * *
313334 AACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATATA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * *
313399 CCGAA-CATGTTCGAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGAA-TT
66 CCGAATCA-GTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT--AACCT
* * * * * *
313462 TTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTTGA-ATAA
127 TTATTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGATCATACAAGCTTA--TTGAGATAA
** * * * *** * ***
313514 AATAATA-TAA---ATTAATAAGTAAAAATTTAA-AAATAA-ATATGTT---TTTTGAACACG-T
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * *
313569 T--CAAAT-AGTT-ATGACTA-TT-TGAAC-AATT-ATC---TA--T-TT-CAAATCATTATGA-
64 TACCGAATCAGTTCA--A-TAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
** * * * *
313618 CTTT-TTTTGTCATAAACCAATTATTTCTA-TTGATAAAAGCTTATTCG-GAATAA
125 CTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTATT-GAG-ATAA
* **** * *
313671 AATAATACTAATTTATTAAAAAACCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATT
1 AATAATACTAATTTATT-AATATTTGAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* ** * * * * *
313735 TATC-AAGGAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATCATTATGATCT
64 TACCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTAT-AACC
* * * * ** *
313798 TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAATTTATTTGAAATAAA
126 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTA-TTGAGAT-AA
* * ** * *
313852 AATAATGA-TAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTT
1 AATAAT-ACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
*** * ** * * * * * *
313916 CGTCGAA-CAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTCTGACAT
64 TACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-C
* * * * * * *
313980 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAAAC-TATTCAAAATAA
126 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCAT-ACAAGCTTATT-GAGATAA
* * * * *
314033 AATAATCCTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * * * *
314093 TCGAACCAATTCAAATAATTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTG
66 CCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTA
* * *
314158 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTCGAG-TAA
130 TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTA-TT-GAGATAA
* * * * * * *
314207 AATATTGCTAAATTAATAATATTCT-AAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTC
1 AATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
314268 ACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTACTACAAATCGTTATGA-CT
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * *
314330 TT-TTGCTTCGTCA-AAAATAATT-TTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAA
127 TTATT--TT-GTCATAAAATAATTGTTTT-AGATCATACAAGCTTA-TTGAGATAA
* *
314383 AATAATACTAATTTATTAACA--TGCATAGCATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTG-A-A-AATTAATA-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * * *** *
314445 GTTTACC-AAACAAGTTAAAATAGTTATGA-TGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATG
61 GTTTACCGAATC-AGTT-CAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * * * * * *
314508 ACCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCA-AAATA
123 ACCTT-TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTGAGATA-A
* * * * * * **
314564 AATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
314629 ATCGAATCAGTTCATATAATTATAGCCATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
65 ACCGAATCAGTTCA-ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTT
* * * ** *
314694 TCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCAT--AAGCCTATTG-GAATAA
128 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTGAG-ATAA
* * * * * * *
314742 AATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATCT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * **
314807 ACTG-A--A---C--TAG-T-T-CCTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTATT
65 ACCGAATCAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-TT
* * * * * * *
314861 GTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTG-GAATAA
129 ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-TTGAG-ATAA
* ** * * *
314911 AATAATATTAATTTA--AAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTCAAAAAATAAATTTGTT
1 AATAATACTAATTTATTAA-TATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * *
314974 TGCC-AA--AG--C---AG-T-T--C-A----AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT
64 TACCGAATCAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTT
* * * ** ** * * * * *
315022 TGTTTTGTCATAGAACAATCATTTCAATTCATACA-AGCTTA-TTTGAAATAAAATAA
128 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTT---TAGAT-CATA-C-AAGCTT--ATTGAGATAA
* * * * * * * **** **
315078 AACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTTAATAAATGATTTAA-AAAGTGATTTTGTTTACCAAAT
1 AA-TAA--TACTAAT-TTATTAATATTTGA-AAATTA-ATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * ** * ** * *
315141 TAG-TT--CAAAT-AATT--ATAGCCAT--GT-TAA---CAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
59 TTGTTTACCGAATCAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* ** ** * *
315194 CCTTTTACTTCATCATCTAATAATTGTATTT-GAACATTCAAGCTTATTGAGAATAA
124 CC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGT-TTTAGATCATACAAGCTTATTGAG-ATAA
* * * *
315250 AATAATGCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * ** * * *
315315 ACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTTTGACTTTTTGAATAATTGTAAACTTGAAATCATTATAACCTT
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * * *
315379 T-TGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATATAAGTTTATTTGA-ATAA
128 TAT-TT-TGTCATAAAATAATT-GTTTTAGATCATACAAGCTTA-TTGAGATAA
* * * ** * * *
315430 AATAAGACTAATCTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * *
315495 GCC-AAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTT
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-T
* * * *
315559 TTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTTA-AT-ATAAGCTAGCTTATTTG-GAATAA
127 TTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCAT-A-CAAGCTTA-TTGAG-ATAA
* * *
315611 AATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTT
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTT
* * * * * * ** *
315671 TATCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGACATT
64 TACCGAATCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CT
* * * * * * * *
315736 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTCGA-ATAA
127 TTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTT-ATT-GAGATAA
* * * * *
315788 AGTAATACTAGTATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATTTATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * *
315849 ATC-AAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
65 ACCGAATC-AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
315899 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 4401, Mismatches: 1017, Indels: 721
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
156 3 0.00
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158 7 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
CCGAATCAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTAT
TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTGAGATAA
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309911 TTATTTCAGC
** * * * * * *
309921 TCATACAAGCACATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG----
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAA
* * * * * *
309982 AGATTT-AGAAAATAATTTTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
66 AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * * * * *
310045 TCTATTTCAAATCATTATTA-CT-TTCTTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAG-T
129 TCCATCTAAAATCGTTATAACCTATT-GATTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGATAATACAAGCT
** * * *
310107 TTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAA
193 TTG----AGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * ** ** *
310172 AGTGAATCTATTTACCAAAACATTTCCAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
253 A-TAAATTTGTTTACTGAATCAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
310237 CGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACT-ATTGGTTCTGT
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* ** * * * * *
310278 TCATACCATTTTACTT--ACAAT--AA-AATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCA
1 TCATACAAGCTTA-TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAA-GA
** * **
310338 AGAAA-A-TT-AAAAAATAAATCTAATT-CCTAAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATACGAA
63 A-AAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACC-GAA-CAAGTTC-AATAGTTATA-ACTATTTGAA
* * * * * * * * * * * **
310397 CGATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAGAATTGTTTCA-TTCGTAC
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* *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *** *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAA
* * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAA
* * * * * *
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66 AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAA
* ** * * ** * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * *
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253 ATAAATTTGTTTACTGAATCAGTTAAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAAT
** *** * * * *
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* * * * * * * ** ** *
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* ** ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *** * *
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* * * * * * ** * * * *
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** * * *
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***** *** * ** * *
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** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
315587 T-ATAAGCTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
1 TCAT-A-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGA
* * * * *
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63 AAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAA
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* * * * *
309939 AATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---TA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * * *
310000 TATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
66 TGTTTA-CCAAATAATTTC-AATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTAT
* * * * * * * * * **
310063 -TACTTTCT-TTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT
127 ATCCTTT-TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * *
310126 ACTAATTTACTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAA
191 ACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTAA
* * * * * *
310191 ACATTTCCAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
251 ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAGTTA
* * * * * * ** * *
310256 GTCATCAAACTATTGGTTCTGTTCATACCATTTTACTT-ACAAT--AA-AATACTAATTTAATAA
316 GTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
310317 TATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATT-CCTAAACCAA-TTCAAAT
380 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAA-CAAGTTAAAAT
* ** * *
310380 AGTTAAGACTATACGAACGATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAGA
443 AGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACA
* * ****
310445 ATTGTTTCA-TTCGTACAAGCTTATTTTG
508 ATTGTTTCAGATCATACAAGCTTATCCAA
* * ***
310473 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGGAAATTAATAAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
310537 TTGTTTACCGAATCAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTA
65 TTGTTTACCAAAT-AATTTCAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTATA
* * * * * * * *
310602 ACATTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTCAT
128 TCCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT
* * * * ** *
310665 ACTAATTTATTGACATTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTGTTGAA
191 ACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG---TAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTACTAAA
* * * * *
310730 CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTATT-GATT
252 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAG-TT
* ** * * * ** *
310794 TGTCATAAAATTATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
315 AGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
310859 TATTTCCTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAATC-AGTTAAAAT
380 TATTT-CAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTAAAAT
* * * * * * * *
310922 AATTATGACCATTTGTATGACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
443 AGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACA
** * *
310987 ATTGTTTGTGATCATACAAACTTATTCGAA
508 ATTGTTTCAGATCATACAAGCTTA-TCCAA
* * * *
311017 AA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAGATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
311081 TGTTTACCGAACT-AGTTCAA-AGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCGTTAAT
66 TGTTTACC-AAATAATTTCAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTAT-TGAAATCGTT-AT
* * * * * * * **
311143 AT-C-TTTATTTTGTCGTAAAAGAATTGTTTTTGATCATAGA-AGGC-TA-TTGAGTTAAATATA
127 ATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG-T-TTAGACAAGCTTATTTGAAATAAA-ATA
* * * * * *
311203 ATATTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATAGT-TTTACT
189 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATGAAT-CTATTTACT
* * ** * * * * ** * *
311267 GAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGC-ATAATTATATATTTCAAATCATTTTGGCTTTTTT
249 -AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTA
* * * * * * * * *
311331 TTTAGTCATAAAATATTTATTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTA
312 GTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
311395 TTAACATCTGACAAATTAATAAGCAA-AACATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTT
376 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTA
* * * * * *
311459 AAATAGTTATGACTATTTGAAC-AGTTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGACACA
439 AAATAGTTATGACTATTTGAACGA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAA
*
311523 AAACAATTGTTTCAGCTCATA-AATGCTTATCCAA
503 AAACAATTGTTTCAGATCATACAA-GCTTATCCAA
* *
311557 AATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
311621 TAT-TTTAACAAATAATTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAAATTGTTA
65 T-TGTTTACCAAATAATTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTG--AAATCGTTA
* * * *
311685 TATCCTTTTGTTTTATTACAAAACAATTGTTTCAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATGAT
126 TATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
** * *
311750 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAGGTGAATTTGTTTACTAAATCA
191 ACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAA-CA
* * * *
311814 GTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTAGTTAGTC
254 GTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAGTTAGTC
* * *
311879 ATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
319 ATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *** * *
311944 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTT------T--ATC-G-------AGGTAGTTTAAATAGATA
384 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTA
* * * * * * * ** * * * *
311993 TGACTATGTGAACAATTGTATACTACAAATTGTTACAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAT
448 TGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGT
* * * * ***
312058 TTCTGTTCATACAAACCTATTTGA
513 TTCAGATCATACAAGCTTATCCAA
* * * * * * *
312082 AATAAAACAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * * * * *
312147 TGTTTGTCGAATTAGTTCTAATAATTAAGAATATATT-AATAATTATCTATTTCAAA----T-TA
66 TGTTTACCAAATAATTTC-AATAGTTAAGACTAT-TTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTATA
* * * * * *
312206 T--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-A
128 TCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-AGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * *
312267 GTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAGT-AATTTTGTTTACCTA
192 CT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AGA--TTTAAAAAATGAA-TCTATTTA-CTA
* * * * * * *
312331 ACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CTTTT--TT
250 AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAGTT
* * * * * * * * * * * * *
312393 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAACAAAAAAATAGTAATCTATGAA
315 AGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
312458 TATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATA
380 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTAAAATA
* * * * * * * * *
312518 GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTAATGACCTTTTATTTTGTTATAAAATAA
444 GTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAA
* ** * ****
312583 TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGG
509 TTGTTTCAGATCATACAAGCTTATCCAA
* * * * * * * * * *
312611 ATTAAAATAATACCAATTCATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTGAAAAGTAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * ** * * * *
312676 TGTCTATCAAACTAGA--TCAAATAGTCATTACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCGTTAT
66 TGTTTACCAAA-TA-ATTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTAT
* * ** * * * **
312739 GA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AACTTATTCCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
127 -ATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * *
312802 TATTAAGTTATTAATATTCCAAAAAATAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGA-TCACTG
190 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATCT-ATTTACTA
* * * * * * ** *
312866 AACAAGTT-AAGTAATTATGATTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACC-TTTATT
250 AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAGT
* * * * * * ** *
312929 TTGACATAAAA-TATTTTTTTTGTTCATACAAGCTAATTTTTAATAAAATAATACAAATTTATTA
314 TAGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** *
312993 ATA-TT-AAGACAATTAATAAGGAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACTGAACAAGTTCAA
379 ATATTTCAA-A-AATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAA
** * * * * ** * * *
313055 ATCTTTATGAATATTTGAACAATTATTTGTTTTTAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
441 ATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAA
* * * ****
313120 CAATTGTTTCTA-TTTATATAAGCTTATTTGG
506 CAATTGTTTC-AGATCATACAAGCTTATCCAA
* * ** * * * *
313151 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAA-TAAAAGATTAAAAAAATATA-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** *
313214 TT-TTT--CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTG
65 TTGTTTACCAAATAATTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTAT-
* * * * * * * * * * *
313276 A-CCTTGTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATCTAAAATAAAAACAAT
127 ATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAAT
** * * * * **
313340 ACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATATACCGAAC
191 ACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAAC
* * * * * *
313405 ATGTTCGAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGAA--TTTT-GTT
253 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT--AACCTTTTAG--
* * * *
313467 TTA-TCATAAAACAATTGGTTCT-ATTCATGCAAGCTTATTT----T----GAATA--AA---A-
313 TTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * **** * *
313516 TAATA--T---AAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAA
377 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAA
* * * *
313574 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTT-TTTTGTCATAAACC
442 TAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAC
* * * * * **
313636 AATTATTTCTA-TTGATAAAAGCTTATTCGG
507 AATTGTTTC-AGATCATACAAGCTTATCCAA
* *** *
313666 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAAAACCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * * *
313730 CTATTTATC-AAGGA-GTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATCATTAT
65 TTGTTTACCAAATAATTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA-TCTA-TTGAAATCGTTAT
* * * **
313793 GAT-CTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAATTTATTTGAAATAAAAATA
127 -ATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATA
* * * *
313856 ATGA-TAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-CG
189 AT-ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-T--AGATTTAAAAAATGAATCTATTTAC-
* * * * * * * * *
313918 TCGAACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATAGTTCTGACATTT
248 T-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
* * * * ** *
313982 T-GTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAAAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATCCTA
310 TAG--TTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * *
314043 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAACCAA
371 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAA
* * * * * * *
314102 -TTCAAATAATTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTT
435 GTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
314165 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTC-G
500 AAAAAACAATTGTTTC-AGATCATACAAGCTTA-TCCAA
* * * * * * * *
314202 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * **
314263 TATTCACTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTACTACAAATCGTTATG
66 TGTTTAC-CAAATAATTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTAT-
* * ** * * * *
314327 A-CTTTTTGCTTCGTCA-AAAATAATT-TTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAAT
127 ATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-AGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
314389 ACTAATTTATTAACATGCATAGCATTAA-TACATAAG-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
191 ACTAATTTATTAATAT--TTA--A-AAATTA-ATAAGTAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTACT
* * * * *** *
314452 AAACAAGTTAAAATAGTTATGA-TGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTCTG
249 AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT-T-
* * * * * ** * *
314516 T-TTTA-TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATATTATTTT
310 TAGTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * * * *
314578 ATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCGAATC-AGTTC
375 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTA
* * * * * * *
314642 ATATAATTAT-AGCCATTTGAAC-AGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCAT
439 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACGA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAA
* *** * ***
314705 AAAACAATTATTTTTCATCAT--AAGCCTAT-TGG
502 AAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTTATCCAA
* * * *
314737 AATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * ** *
314802 TATCTA-C---TGAA---C--TAGTT---CCTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATAA
66 TGTTTACCAAAT-AATTTCAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTATAT
* * * * * * * * * *
314855 CCTATTGTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
129 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
314920 AATTTA--AAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAGC
194 AATTTATTAA-TATT-TAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAA-C
* *
314983 AGTTCAAACAGTTAT--CTATTTC---AA--ATC-A-TT---AT-G--AT---CTTTT-GTTTTG
253 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAG-TTAG
* ** ** *
315029 TCATAGAACAA-TCATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
317 TCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * ** * *
315093 ATTTTAAAATTTAATAA--ATG--ATTTAAAAAGTGATTTTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAAT
381 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGT
* * * * ** ** *** *
315154 TAT-AGCCATGTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTACTTCATCATCTAATAA
446 TATGA-CTAT-TTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAA
* * * ** *
315217 TTGTATT-TGAACATTCAAGCTTATTGAG
509 TTGT-TTCAGATCATACAAGCTTATCCAA
* *
315245 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-TAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * ** *
315309 TTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTTTGACTTTTTGAATAATTGTAAACTTGAAATCATTAT
65 TTGTTTACC-AAATAATTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCGTTAT
* * * * * * * *
315373 AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATATAAGTTTATTTG-AATAAAATAAG
127 ATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * ** * * * * * * *
315436 ACTAATCTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGCCAAA
191 ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAA
* ** * * * * * *
315501 CTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTT-GTTT
252 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAG-TT
* * * * * * *
315565 TGTCATAAAATAGTT-TTTTTAAT-ATAAGCTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTAT
315 AGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAT-A-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * *
315627 TAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCTAACCAA-TTCAA
377 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTAAA
* * * * *
315687 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
441 ATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAA
* ** * * * * * *
315752 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTC-G
506 CAATTGTTTCAGATCATACAAGCTT-ATCCAA
* * * *
315783 AATAAAGTAATACTAGTATATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
315844 TATTTATCAAACT-AGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAGCAATTATTTATT
66 TGTTTACCAAA-TAATTTC-AATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATT
315895 TCAACATACA
Statistics
Matches: 4225, Mismatches: 889, Indels: 617
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
504 3 0.00
505 85 0.02
506 6 0.00
507 18 0.00
508 91 0.02
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511 3 0.00
513 3 0.00
514 7 0.00
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523 7 0.00
524 12 0.00
525 168 0.04
526 50 0.01
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530 8 0.00
531 77 0.02
532 146 0.03
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534 175 0.04
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACCAAATAATTTCAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAATCGTTATATCC
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAGTTAGTCATAAAAC
AATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATT
TGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCAGATC
ATACAAGCTTATCCAA
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313512 AAAATAATAT
* * * * * * *
313522 AAATTAATAAG-TAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACT
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* *
313585 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTT-TTTTGTCATAAACCAATTATTTCTAT
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * ** *
313648 TGATA-AAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAAACCAA
131 TCATACAAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* **
313698 AAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGGAG-TCAAATAGTTATGACT
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
313761 ATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCT
66 ATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*
313826 ATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAAATAATGA-TAATTTATTAATATTCTAA
129 ATTCATACAAACTTATTTGAAAT-AAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * ** * * *
313879 AAAGTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTCGTCGAACAAGTTCAAATAGTAATGTCC
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
313944 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTCTGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** *
314008 ATTCATAAAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAATATT-TCAA
129 ATTCAT-ACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* *
314060 AAATTAAT-A---AGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATGAG
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
314118 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCT
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * * * * *
314182 ATTCATACAAGTTTATTTCG-AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCT-A
129 ATTCATACAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * *
314233 AAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTCA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
314294 TATTAGAATAATTATCTACTACAAATCGTTATGACTTTTTGCTTCGTCA-AAAATAATTTTTTC-
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * *
314357 AGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGC-ATA
129 A-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-A
** * * * * * *
314410 GCATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGA
1 AAATTAATA-AGTTAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
314474 -TGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
64 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * *
314538 -TAGTTCATA-AAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATATTATTTTATTAATATT-TCAA
127 CTA-TTCATACAAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* * * * *
314591 AATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTATCGAATC-AGTTCATATAATTAT-A
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
314653 GCCATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-ATT
64 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
314717 -T-TTCAT-CATAAGCCTA-TTGGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATT-TCAA
127 CTATTCATACA-AA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* * *
314769 AAATTAAGAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATCTA-CTG---AA---C---TAG-T-T-C
1 AAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
314820 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTATTGTTCTATTATAAAATAATTATTT-
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
314884 TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTA--AAGTATTCCAA
128 TA-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAA
* * * * * * * *
314937 AAATTAATAACTAAAAGATTCAAAAAATAAATTTGTTT-GC-CA-AAG--C----AG-T-T--C-
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** *
314988 A----AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
315049 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAA
130 TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * * * * * * ** *
315100 AATTTAATAA---A-TGATTTAAAAAGTGATTTTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTAT-AGC
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-C
* * ** ** ** *
315160 CATGTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTACTTCATCATCTAATAATTGTATT
65 TAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
* * * * *
315224 -TGA-ACATTCAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATCTT-TCAA
127 CT-ATTCATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* * * * * * *
315277 AAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTTTGACT
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * * * * *
315342 TTTTGAATAATTGTAAACTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** * * * **
315407 TTCATATAAGTTTATTTG-AATAAAATAAGACTAATCTAATAATATTCCCA
130 TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * * ** * * * **
315457 AAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAAACT
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
315522 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTTA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
315586 AT-ATAAGCTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAA
130 TTCAT-A-CAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AA
* * * *
315638 AAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCTAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
315698 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * * * *
315763 GTTCATATAAGTTTGTTTCG-AATAAAGTAATACTAGTATATTAATATT-TCAA
129 ATTCATACAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* * * * *
315815 AAATTAATAAG-T---GATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACT
1 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
315876 ATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAA
315899 CATACAAGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
Found at i:314365 original size:176 final size:174
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313558 TTTGAACACG
* * * * * * *
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1 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGCTTCGTCAT
** * * * * * * * * ***
313631 AAACCAATTATTTCTATTGATAAAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAAAC
66 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAGTAAAATAATCCTAAATTAATAATATTT
* * * **
313695 CAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AA-GGA
130 CAAAAAATAATAAG----AGATTT-AAAAA-AAATATATTCATCGAACCAA
* * * * * * * * **
313744 GTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTTTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTA-TCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGCTTCGTC
* ** * ** * *
313809 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTT-GAAATAAAAATAATGATAATTTATTAATA
64 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AGT-AAAATAATCCTAAATTAATAATA
* * * * *
313873 -TTCTAAAAAGTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTCGTCGAA-CAA
127 TTTC-AAAAAATAATAA----GAGATTT-AAAAA-AAATATATTCATCGAACCAA
* * * * * * * * * **
313926 GTTCAAAT-AGTAATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTCTGA-CATTTTGTTTTA
1 -TTCAAATAATTAA-GACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC--TTTGCTTCG
* * * * * *
313989 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAAAC-TA-TTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAA
62 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTC-GAGTAAAATAATCCTAAATTAATAA
* * *
314052 TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACCAA
125 TATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAAAATATATTCATCGAACCAA
* * * * * *
314102 TTCAAATAATTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTTAT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGCTTCGTCAT
* * *
314167 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTC
66 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAGTAAAATAATCCTAAATTAATAATATTTC
* *
314231 TAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTCA-CTGAACTAG
131 -AAAAAATAATAAGAGATTT-AAAAA-AAATATATTCATC-GAACCAA
* * *
314278 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA-CTACAAATCGTTATGACTTTTTGCTTCGTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCT-CAAATCGTTATGA-TCTTTGCTTCGTC
* * * *
314342 A-AAAATAATTTTTTC-AGTTCATACATGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA
64 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCG-AGTAAAATAATCCTAA
314394 TTTATTAACA
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 84, Indels: 66
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.01
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178 1 0.00
179 4 0.01
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183 24 0.05
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGCTTCGTCAT
AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAGTAAAATAATCCTAAATTAATAATATTTC
AAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAAAATATATTCATCGAACCAA
Found at i:314569 original size:712 final size:686
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Indices: 312212--314813 Score: 1758
Period size: 717 Copynumber: 3.7 Consensus size: 686
312202 ATTATTTTTG
* * * * *
312212 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AGTGAATTTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTA
* ** * * * * *
312276 TTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAGTAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAA
65 TTAA-A-ATCAAGCATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACAAGTTCAA
* * * * *
312341 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-C-TTT-TTTTGTCATAAAA
126 ATAGTTATGA-TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * * * * *
312403 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAACAA-AAA-AATAGTAATCTATGAATATTTCAA
190 CAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC--AA-AATAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AA
* * *
312466 AAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-ATCAGTTCAAATAGTTATGAC
251 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CGAACA--AGTTCAAATAGTAATG-C
* * * * * * * * * *
312526 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-TGTAATGACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTT
312 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAT-T-ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *** * * * *
312590 TGTTCAT-ACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTCATTAATATTTCAACAATTAA-TAA
375 TATTCATAAAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAA
* * * * * * * * * * * * * *
312653 GTAAAAAATTTGAAAAGTAAATATGTCTATCAAAC-TAGATCAAATAGTCATTACTATTTGAATA
439 G---AGAA-TTAAAAAATAAATCTATATACCGAACATA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAACA
* * * * * * * * *
312717 AATATTTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AACTT-ATTCCAGTTCATA
499 ATTATCTATCTCAAAACATTATGGA-ATTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGGTTCTA-TTCATA
* *
312779 TAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAA-AAATAATAATTAAAAGA
561 CAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAA---ATTAA-A----AAATAAA-AAT--TTAAAA-A
* * * * * * ** *
312842 TTTAAAAAATGAATCTGATCACTGAACAAGTT-AAGTAATTATGATTATTTTAACAATTATCTAT
612 --T---AAAT--ATAT--TCACTGAACACGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAC
** * *
312906 TTGAAATCACTATAACCTTT
668 TACAAATCATTATGA-CTTT
* ** * ** *
312926 ATTTTGACATAAAAT-ATTTTTTTTGTTCATACAAGCTAATTTTTAATAAAATAATACAAATTTA
1 -TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
312990 TTAATATTAAGACAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACTGAACAAGTTCAA
65 TTAAAATCAAG-C-ATTAATAA-GTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAACAAGTTCAA
** * ** ** * *
313055 ATCTTTATGAATATTTGAACAATTATTTGTTTTTAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
126 ATAGTTATG-ATATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * *** * * *
313120 CAATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
190 CAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAA
* * * * * * * *
313185 ATTAATAAATAAAAGATTAAAAAAATATAT-T-TTTCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT
253 ATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCGAACAAGTTCAAATAGTAATG-CCATTT
* * * * *
313248 GAA-TAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTGTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTC
317 GAACT-ATTATCTATTTCAAA-TATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
313312 A-AATAAGCT-TATCTAAAATAAAAACAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAA
380 ATAAAAAACTAT-TC-AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--AGTAA
* *
313374 GAGAATTAAAAAATAAATCTATATACCGAACATGTTCGAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
439 GAGAATTAAAAAATAAATCTATATACCGAACATATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
* *
313439 CTATTTCAAAACATTATGGAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTA
504 CTATCTCAAAACATTATGGAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * ***
313504 TTTTGAATAAAATAATATAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGT
569 TTTCGAATAAAATAATATAAATTAAAAAATAAAAATTTAAAAATAAATATATTCACTGAACACGT
* * * *
313569 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
634 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTACTACAAATCATTATGACTTT
** * * * * *
313622 TTTTGTCATAAACCAATTATTTCTA-TTGATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * **
313686 TTAAAAAACCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGGAG-TCAAA
65 TT--AAAATCAAGCATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAAGTTCAAA
* * * *
313750 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAA
127 TAGTTATGA-TATTTGAACAATTA-TTTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* **
313815 CAATTGTTTCTATTCATACAAA-TTTATTTGAAATAAA-AATAATGATAATTTATTAATATTCTA
190 CAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAATAAT-AT--TAATTTATTAATATT-TA
* * *
313878 AAAAGTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTCGTCGAACAAGTTCAAATAGTAATGTC
250 AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT--TCGAACAAGTTCAAATAGTAATG-C
* * *
313943 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATAGTTCTGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT
312 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*
314008 ATTCATAAAAAACTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGA
376 ATTCATAAAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGA
* * * * *
314072 G-ATTTAAAAA-AAATCTATTTATCGAACCA-ATTCAAATAATTATGAGTATTTGAACAATTATC
441 GAATTAAAAAATAAATCTATATACCGAA-CATATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * * * * *
314134 TATCTCAAATCGTTAT-G-ATCTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
505 TATCTCAAAACATTATGGAAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTA
*
314197 TTTCGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
569 TTTCGAAT-AAA-A----T-AA-T-ATAA-A-T-TAAAAAAT-A-AA-A-ATTT-AAAAATAAAT
* *
314262 ATATTCACTGAACTA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTACTACAAATCGTTAT
617 ATATTCACTGAAC-ACGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTACTACAAATCATTAT
314326 GACTTT
681 GACTTT
*
314332 TTGCTTCGTCA-AAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
1 TT--TT-GTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
*
314396 TATTAACATGCATAGCATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
63 TATTAAAAT-CA-AGCATTAATA-AGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC-AACAAGT
* * * * *
314460 TAAAATAGTTATGATGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTCTGTTTTATCAT
122 TCAAATAGTTATGAT-ATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* *
314525 AAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAATAATATTATTTTATTAATATTTC
186 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAATAATATTAATTTATTAATATTT-
* * * * * * *
314589 AAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCGAATC-AGTTCATATAATTATA
249 AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTAAT-
* *
314653 GCCATTTGAAC-AGTTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-A
310 GCCATTTGAACTA-TTATCTATTTCAAAT-ATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** ** *
314715 TT-T-TTCATCATAAGCCTATT-GGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
372 TTCTATTCAT-AAAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
* *
314777 -AAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATCTACTGAAC
436 TAAG-A-GA-A-TTAAAAAATAAATCTATATACCGAAC
314814 TAGTTCCTAT
Statistics
Matches: 1509, Mismatches: 271, Indels: 215
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
692 2 0.00
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720 2 0.00
721 20 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (686 bp):
TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAAAATCAAGCATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGT
TATGATATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
TTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAA
GTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCGAACAAGTTCAAATAGTAATGCCATTTGAACTATTA
TCTATTTCAAATATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAAACTA
TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
TCTATATACCGAACATATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAAACATTAT
GGAATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
TAAATTAAAAAATAAAAATTTAAAAATAAATATATTCACTGAACACGTTCAAATAGTTAAGACTA
TTAGAACAATTATCTACTACAAATCATTATGACTTT
Found at i:315066 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 314661--315095 Score: 418
Period size: 162 Copynumber: 2.6 Consensus size: 163
314651 TAGCCATTTG
*
314661 AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTCATCA
1 AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATTCAT-A
* * * * **
314725 TAAGCCTA-TTGGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGATT
65 TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTCCAAAAATTAAGAACTAAAAGATT
* **
314789 TAAAAAATAAATCTATCTACTGAACTAGTTCCTATTT
129 CAAAAAATAAATCTATCTACCAAACTAGTTCCTA--T
* * * * * * * * *
314826 GAAAAATTATTTATTTCAAATTATTAT-AACCTATTGTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTTC
1 -AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTA-TTC
* *
314890 ATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTA-AAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAAAG
62 ATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATAA-TATTCCAAAAATTAAGAACTAAAAG
* * * *
314954 ATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAGC-AGTT-C-A-
126 ATTCAAAAAATAAATCTATCTACCAAA-CTAGTTCCTAT
* * *
314989 AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCATTTCAATTCAT
1 AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--ATTCAT
* * *
315054 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
64 ATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA-TAATATT
315096 TTAAAATTTA
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 41, Indels: 27
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.01
162 75 0.35
163 6 0.03
164 2 0.01
165 2 0.01
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167 6 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (163 bp):
AACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATTCATAT
AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATAATATTCCAAAAATTAAGAACTAAAAGATTCA
AAAAATAAATCTATCTACCAAACTAGTTCCTAT
Found at i:315955 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 315783--316027 Score: 321
Period size: 132 Copynumber: 1.9 Consensus size: 132
315773 GTTTGTTTCG
* * ** *
315783 AATAAAGTAATACTAGTATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTATT
1 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * *
315848 T-ATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTTT
66 TGCT-AAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTT
315912 TGA
130 TGA
* * * * *
315915 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGACATTTAACAAATAAATCTGTT
1 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
* * *
315980 TGCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTT
66 TGCTAAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTATTT
316028 TAAATTGTTA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 17, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
132 94 0.99
133 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (132 bp):
AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATT
TGCTAAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTT
GA
Found at i:316523 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 316192--317420 Score: 903
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 181
316182 ATCATTAATT
* * * * * *
316192 TTATTCAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTT-GAAAAATATATAAGTAAGAGATTTAGA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
316256 AAATAATTCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * * *
316321 TTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGT
130 TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGC
* * * * *
316373 TTGTTTGAAATACAAT-ATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCA-TTAGAAGATTTAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAA
* * * *
316436 AAGTAAATCTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * **
316501 TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTAATACTATT
130 TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGC
* * * * * * *
316553 TTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTAGTAATAATCT-GAAACTTAATAATGCAA-AAAATTAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAGAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAA
** * * * * * * ** *
316616 AAAATAAATCTAATTGCCCAACCAATTCACATAG-TTAAGATTATAAGAATGATTATCTATTTCA
64 AAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * **
316680 AATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTGTTTGTACAAGC
128 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGC
* *
316733 TTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** * * *
316797 AAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAAT-GGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* ** * *** *
316861 ATCATTCTAACCTTTTATTGAGTCATTAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
129 ATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGC
* * * * *
316914 TTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA
1 TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* * ** * * * *
316977 AAAAATAAATCTGCTTGCTGAACAAGTTCAAAGAGTTATT-ATTATTT-AAAACATTATCTATTT
63 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT-TTAACTATTTGAATA-ATTATCTATTT
* ** * * * * * * * * *
317040 AAAATTGTTATTATCCTTTGA-CTTATCATAAAATAATTATTTTAGTTAATAAAAGT
126 CAAATCATTA-TAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGC
* * *** * *
317096 TTAGATAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTTAATTTAATAAGTAAGAAATTTAAA
1 TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** * * * * * * * *
317160 AAATAAA-CTTGTTTACCGAATTAATTAAAATAATTATAGCCATTTGAATGATTATATATTTCAA
65 AAATAAATC-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
317224 ATCATTGTGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-TATCATACAAAC
129 ATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TAATACAAGC
* * ** * * *
317277 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCTAAAAGTAATAAGTAATAGATTTAAAC
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
317342 AATAAATCTGTTTATCAAA-CAGGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAA
66 AATAAATCTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
317406 TCATTA-AATCCTTTT
130 TCATTATAA-CCTTTT
317421 TAAACTTGTT
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 209, Indels: 62
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 10 0.01
180 287 0.36
181 374 0.46
182 124 0.15
183 12 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGC
Found at i:316853 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 316306--317302 Score: 942
Period size: 361 Copynumber: 2.8 Consensus size: 359
316296 TATTTGAACA
* * *
316306 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTA-TTTTGTTAATAAAA
* * * * *
316371 GTTTGTTTGAAATACAAT-ATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCA-TTAGAAGATTTA
65 GTTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTA
* * * ** * * * *
316434 AAAAGTAAATCTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTA-ACTATTTGACTAATTATCTATTTC
127 AAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAATTCAAAT-GATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * ** *
316498 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTAATACTATTTTATTCGAAA
191 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATATTAATACAAACTTATTCAAAA
* * ** *
316563 TAAAATAATGCTAATTTAGTAATAATCTGAAACTTAATAATGCAAA-A-AATT-AAAAAATAAAT
256 TAAAATAATACTAATTTAGTAACAATCCAAAAATTAATAA-G-AAAGAGAATTAAAAAAATAAAT
* * *
316625 CTAATTGCCCAACCAA-TTCACATAGTTAAGATTA-TAAGAATG
319 CTAATTGCCCAA-CAAGTTCAAAGAGTTAAGATTATTAA-AA-C
* * * * ** *
316667 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTGTTTGTACAAG
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTGTTAATAAAAG
* * *
316732 CTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
66 TTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *
316797 AAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA
129 AAATAAATTTGTTTACCAAATTAATTCAAATGATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * * * *
316862 TCATTCTAACCTTTTATTGAGTCATTAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATA
194 TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTT-ATATTAATACAAACTTATTCAAAATA
* * * * **
316926 AATTAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGC
258 AAATAATACTAATTTAGTAACAATCCAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTAA
** **
316991 TTGCTGAACAAGTTCAAAGAGTTATTATTATTTAAAAC
323 TTGCCCAACAAGTTCAAAGAGTTAAGATTA-TTAAAAC
* * * *
317029 ATTATCTATTTAAAATTGTTATTATCCTTTGAC--TTATCATAAAATAATTATTTTAGTTAATAA
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CCTTT-TCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTT-GTTAATAA
* ** * *
317092 AAGTTTAGATAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTTAATTTAATAAGTAAGAAATTT
63 AAGTTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
317157 AAAAAATAAACTTGTTTACCGAATTAATTAAAATAATTATAG-CCATTTGAATGATTATATATTT
126 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAATTCAAATGATTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
317221 CAAATCATTGTGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATT-GTT-TTTTATCATACAAACTTATTCA
190 CAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATATTA--ATACAAACTTATTCA
317284 AAATAAAATAATACTAATT
253 AAATAAAATAATACTAATT
317303 GATTAATATT
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 99, Indels: 40
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 5 0.01
360 27 0.05
361 220 0.43
362 79 0.15
363 172 0.33
364 13 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTGTTAATAAAAG
TTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATTTGTTTACCAAATTAATTCAAATGATTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
ATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATATTAATACAAACTTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTAGTAACAATCCAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTAATTG
CCCAACAAGTTCAAAGAGTTAAGATTATTAAAAC
Found at i:317040 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 317014--317043 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
317004 TCAAAGAGTT
317014 ATTATTATTTAAAAC
1 ATTATTATTTAAAAC
317029 ATTATCTATTTAAAA
1 ATTAT-TATTTAAAA
317044 TTGTTATTAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.36
16 9 0.64
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (15 bp):
ATTATTATTTAAAAC
Found at i:317894 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 317622--317894 Score: 320
Period size: 141 Copynumber: 1.9 Consensus size: 141
317612 CTAATAGTCC
* * *
317622 TAACTATTTGAACTAGTTTCGCAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATAT
1 TAACGATTTGAACTAGCTTCGCAAACATATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * *
317687 TATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAAAAAGGTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAA
66 TATAAATTTAGCAATATTTTACTCCGAAAAAGGTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAA
317752 AATAAAGATCA
131 AATAAAGATCA
* *
317763 TAACGATTTGAACTAGCTT-GATAAACATATTTAGT-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAT
1 TAACGATTTGAACTAGCTTCG-CAAACATATTTA-TATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * ** * * *
317826 ATTA-AAATATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGAATGAATAGAAACAGTTGTTTTACG
64 ATTATAAAT-TTAGCAATATTTTACTCCGAAA-AAGGTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTACG
317889 ACAAAA
127 ACAAAA
317895 CAAAATGTCA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 18, Indels: 8
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
140 9 0.08
141 100 0.91
142 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (141 bp):
TAACGATTTGAACTAGCTTCGCAAACATATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATAT
TATAAATTTAGCAATATTTTACTCCGAAAAAGGTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAA
AATAAAGATCA
Found at i:318858 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 318841--318870 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
318831 TTATTTATTT
318841 TAATTATTAATA
1 TAATTATTAATA
318853 TAATTATTAATA
1 TAATTATTAATA
*
318865 TTATTA
1 TAATTA
318871 GTTACAATTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (12 bp):
TAATTATTAATA
Found at i:319447 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 319419--319464 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
319409 GTTCAAATAA
319419 TTATG-ACTATTT-GAACAATTAAAT
1 TTATGAAC-ATTTGGAA-AATTAAAT
319443 TTATGAACATTTGGAAAATTAA
1 TTATGAACATTTGGAAAATTAA
319465 TAAGCAAAAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.75
25 5 0.25
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (24 bp):
TTATGAACATTTGGAAAATTAAAT
Found at i:319777 original size:155 final size:150
Alignment explanation
Indices: 319471--319764 Score: 360
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
319461 TTAATAAGCA
* * * *
319471 AAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAATTTTAAAAAGTTATGACTATTTGATCAATT
1 AAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAAAAGTTATGACTATTTAAACAATT
* *
319536 ATTTTTATAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCT
66 ATTATTATAAAATCATTATGA----TTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCT
319601 TATCCAAAATAAAAAAAATTTAGT
127 TATCCAAAATAAAAAAAATTTAGT
* * * *
319625 AAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
1 AAAGA-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAAAAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * *
319690 TGTCTATT-TAAAATCATTATGA-TGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTT
65 TAT-TATTATAAAATCATTATGATTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTT
*
319752 ATTCAAAATAAAA
128 ATCCAAAATAAAA
319765 TAATTCTAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 16, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.01
150 46 0.38
154 5 0.04
155 66 0.55
156 3 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (150 bp):
AAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAAAAGTTATGACTATTTAAACAATT
ATTATTATAAAATCATTATGATTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATC
CAAAATAAAAAAAATTTAGT
Found at i:320071 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 319660--320158 Score: 530
Period size: 179 Copynumber: 2.8 Consensus size: 177
319650 TTATCGAGCA
* * *
319660 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA---TGT-TTTGTC
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTC
* * **
319721 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * *
319786 CCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAGTGAATCTATTTGCCAAATT
131 CCAAAAATTAATAAG-AA-CGATTTAAAAATGAATCTATTTACCAAACT
* * * * *
319835 AGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTGG
1 AATTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-G
* ** *
319899 TCATATAACAATTGTTTTTTTTGTCATATATGATTATTC-AAATAATAATAATAATAATTTATTA
64 TCATAAAACAATTG-TTTTAGT-TCATATAAGATTATTCAAAATAA-AATAATAATAATTTATTA
* * *
319963 ATTTTTCAAAAATTAATAAG-A-GATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACT
126 ATATTCCAAAAATTAATAAGAACGATTT-AAAAATGAATCTATTTACCAAACT
* * *
320014 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTCTATACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTATGT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGT
* * * * * * * * *
320079 CATAAAATAATTATTTCT-GTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATA
65 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
*
320143 CTCCAAAAATTAATAA
129 TTCCAAAAATTAATAA
320159 CTAAGGGATT
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 45, Indels: 26
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 43 0.16
177 42 0.16
178 17 0.06
179 87 0.33
180 16 0.06
181 11 0.04
182 48 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
CCAAAAATTAATAAGAACGATTTAAAAATGAATCTATTTACCAAACT
Found at i:320896 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 320541--321105 Score: 620
Period size: 177 Copynumber: 3.2 Consensus size: 178
320531 AATTATACAT
* * * * * * * *
320541 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAAA-CTC-TAC
* * * * ***
320606 TTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCT-A-AAGCTTGTATGATAAAAA
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTATATGA-ACTGA
* * ** * * *
320668 AACAATTGCTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAA
128 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* * * * * *
320719 TTGTTGAAATAGCCATAATTTTTTGAACTAATTTGGTAAACAGAA-TCATTTTTTAAA-TC-ACT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACA-AATTAATTTTTTAAACTCTACT
* *
320781 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTATATGAACTGAA
*
320846 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
129 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* ** *
320896 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAAACTCTTGCT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAAACTC-TACT
* * *
320961 TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-ATAAGCTTATATGAACTGAA
* * ** *
321026 ACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAA
129 ACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
*
321077 TTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
321106 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 52, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 32 0.10
175 8 0.02
176 4 0.01
177 91 0.28
178 55 0.17
179 3 0.01
180 66 0.20
181 65 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAAACTCTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTATATGAACTGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
Found at i:321447 original size:321 final size:321
Alignment explanation
Indices: 320869--321451 Score: 762
Period size: 321 Copynumber: 1.8 Consensus size: 321
320859 GACAAAACAA
* * ** * * *
320869 AAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTA
1 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTAAATA
* * *
320934 AACAAATTAATTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTT
66 AACAAATTAATTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTT
* * **
320999 ATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAACAAT
131 ATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * *
321064 TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGATTGGTAAATAGATTTATTTT
196 TTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAACTTGATTGATAAATAGATTTATTTT
321129 TTGCTTATTAATGTTTTGAATGTTAATAAATTTGGACATAATTTTGATCAACAACAATTTG
261 TTGCTTATTAATGTTTTGAATGTTAATAAATTTGGACATAATTTTGATCAACAACAATTTG
* * *
321190 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGTCATAATTATTTTAA-ATGATTAAAT
1 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATG-TTAAAT
* * * * * *
321254 AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 AAACAAATTAATTTTTAAAA-CTCTTACTTATTAATTTTAG-AAATATTAAGAAATTAGTAGTAT
* * * * *
321318 TTTATTTT-GTCTAAGCTTGTGTTAACTGAAACAATTG-TTTTATAACAAATCAAAAGGTTATAA
128 TTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
321381 CTATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGTACTT-ATTCGATAAATAGATTT
192 CAATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAACTTGATT-GATAAATAGATTT
321445 ATTTTTT
256 ATTTTTT
321452 TTAAATCTCA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 36, Indels: 10
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
320 5 0.02
321 153 0.69
322 63 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (321 bp):
AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTAAATA
AACAAATTAATTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTT
ATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
TTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAACTTGATTGATAAATAGATTTATTTT
TTGCTTATTAATGTTTTGAATGTTAATAAATTTGGACATAATTTTGATCAACAACAATTTG
Found at i:322182 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 321190--322659 Score: 962
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 181
321180 CAACAATTTG
* * ** * * * * * * *
321190 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGTCATAATTATTTTAAATGATTAAATA
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTTAGT-
* * * **
321255 AAC-AGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
65 AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
**** * * * * * *
321319 TTATTTTGTCTAAGCTTGTGTTAACT-GAAACAATTGTTTTATAACAAATCAA
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
321371 AAGGTTATAACTATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGTACT--TATTCGA
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGGT-TTAG-
* ** * *
321434 TAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCATT--TTATTAATTTTTTGAATGTTAGTAAATTAGTAT
64 TAACTAGATTTA--TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
321497 TAGTTTA-TTCTACATAACCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACCAAATAA
126 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
** * * * * * * * * *
321553 AATATTAGAACGATTTAAAATAGATAATT-TTTATAATAGTCT-TAA-AATTTTGAACTGATTCA
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGT-TATAACTA-TTTGAAATGGTTTA
* * * * *
321615 GTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
63 GT-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** ** *
321679 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACGAA-CAAAACAATTATTTTACAATTAAAGAA
127 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * * *
321733 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTTATATAGTCT-TAACTATTTCAATTGGTTTGGC
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAAATGGTTTAGT
* * * * * * * *
321797 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTTTTAT
65 AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * * *
321861 TTTATTTCGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGATAAAATAA
129 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* ** ** * * * * *
321914 AAGGTTATAATGATTCCAAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGT
1 AAGGTAATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTTAGT
* * *
321979 AAGC-AGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 AA-CTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
322043 TTTATTTCACACAAACTTATATTAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
129 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
** * * * *
322096 AAAATAATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTA
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTTAGTA
* * * *
322161 TA-TAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACT-TTCAT
66 -ACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-AT
* * * * * * *
322224 TCTATTTCAAATGAGCCTGTATGAGCT-AAAATAATTATTTTATGATAAAATAA
129 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * ** *
322277 AATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGACT-TAACTGTTTGAAAACGTTTGAC
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAAATGGTTT-AG
* * * * * **
322341 AAAC-GGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAGAATATTGCTAAATTAGTATTAT
64 TAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
322405 TTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACGATTGTTTTATGATAAAACAA
129 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
** * * * * * * *
322458 AAGGTTGTAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTTAGT-
* * *
322523 AACT-GATTTATTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATT
65 AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
322583 TTATTTCAAATAAGCTTGTAT--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
*
322634 AAGGTAATAACAATTTAAAATAGATA
1 AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATA
322660 GTGGTTTAAA
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 251, Indels: 83
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 45 0.05
177 50 0.05
178 1 0.00
179 6 0.01
180 149 0.15
181 472 0.47
182 259 0.26
183 14 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTTAGTA
ACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
Found at i:322540 original size:543 final size:538
Alignment explanation
Indices: 321190--322706 Score: 1446
Period size: 543 Copynumber: 2.8 Consensus size: 538
321180 CAACAATTTG
* * * * * * * * * ** *
321190 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGTCATAATTATTT-TAAATGATTAAAT
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGACTTAACTATTTCAAAACG-TTTGAC
* * * ** *
321254 AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
65 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * * *
321319 TTATTTTGTCTAAGCTTGTGTTAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTTATAACTA
130 TTATTTCGAATAAGATTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAA-TA
* * * *
321384 TTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGTACTTA-TTCGATAAA-TAGATTTAT
194 TTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACT-GATTTA-
* * * *
321447 TTTTTTTAAATCTCATTTTATTAATTTTTTGAATGTTAGTAAATTAGTATTAGTTTA-TTCTACA
256 -TTTTTTAAATCTC--TTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ACA
* * * * * * * * *
321511 TAACCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACCAAATAAAATATTAGAACGATTTAAAATA
317 TAAACTTATATTAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTAAAATA
* *
321575 GATAATT-TTTATAATAGTCT-TAA-AATTTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
381 GATAATTGTTTA-AATAGT-TATAATTA-TTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTCTAAA
* * * * * * * *
321637 TTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
443 TCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTAATCCAAATAAGCCTGTA
*
321702 CGAACAAAACAATTATTTTACAATTAAAGAA
508 CGAACAAAACAATTATTTTACAATAAAAGAA
* * * *** *
321733 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTTATATAGTCTTAACTATTTCAATTGGTTTGGCA
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGACTTAACTATTTCAAAACGTTTGACA
** * * * *
321798 ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTT-GATTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTTTTATT
66 AACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAG-TTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
321862 TTATTTCGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGA
130 TTATTTCGAATAAGATTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAT-A
* * * * * * * * * * * * *
321927 TTCCAAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAGCAGATTTACT
194 TT-TAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACTGATTTATT
*
321992 TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCACACAA
258 TTTTAAATCTCTT--T-ATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCACATAA
* * *
322057 ACTTATATTAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTTAAATAGATA
320 ACTTATATTAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTAAAATAGATA
* * * * *
322122 ATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAGTATATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTT
385 ATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACA-AATTTATTTTCTAAATCTCTT
* * * * *
322186 ACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACT-TTCATTCTATTTCAAATGAGCCTGTATGAGC
449 ACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATT-ATTCTAATCCAAATAAGCCTGTACGAAC
* ** *
322250 TAAAATAATTATTTTATGATAAAATAA
513 -AAAACAATTATTTTACAATAAAAGAA
* * ** * *
322277 AATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGACTTAACTGTTTGAAAACGTTTGACA
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGACTTAACTATTTCAAAACGTTTGACA
* * * * **
322342 AACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAGAATATTGCTAAATTAGTATTATTT
66 AACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
322407 TATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTGTAATAAT
131 TATTTCGAATAAGATTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAT-AT
*
322472 TTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACTGATTTATTTT
195 TTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACTGATTTATTTT
* * * * * * *
322537 TTAAATGTC-TTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
260 TTAAATCTCTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCACATAAACTTA
** * * *
322601 TATT--TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAGTGG
325 TATTAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTAAAATAGATAATTG
* * *
322664 TTTAAAT-GACTATAATTATTTGAATTGATT-AGGTAAACTAATT
389 TTTAAATAG-TTATAATTATTTGAACTGATTCA-GTAAACAAATT
322707 AGGTAAACTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
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AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGACTTAACTATTTCAAAACGTTTGACA
AACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCGAATAAGATTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATATT
TAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACTGATTTATTTTT
TAAATCTCTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCACATAAACTTAT
ATTAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTT
TAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATA
AATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTCTAATCCAAATAAGCCTGTACGAACAAAACAAT
TATTTTACAATAAAAGAA
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322681 ATTTGAATTG
322691 ATTAGGTAAACTA
1 ATTAGGTAAACTA
322704 ATTAGGTAAACTA
1 ATTAGGTAAACTA
322717 ATT
1 ATT
322720 TATTCTTTTA
Statistics
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ATTAGGTAAACTA
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322761 CTAAGTAGTA
* * * ** * * **
322771 TTATAACTATTTAAAATAGATAATTGTGGAACT-GTCATAACTATTTGCACT-AATCAAGCT-AA
1 TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-AG-TAAA
* * * * * * *
322833 CAAATTTATTTTTTAAATATGTTGCTTATTACTTTTTATAATATTAATAAATTAGCT-TTACTTT
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT
* * * * **
322897 ATTCTAAATAAGAC-TGTAT--A-A-AAA-AATTATTTTATGATAAAACAAATGG
128 ATTCCAAATAAG-CTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * ** * * * *
322946 TCACAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATTGTAAATAATT-AACTAGTTTAGTAAACA
1 TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
* * * *
323010 AATTTATTTTTT-AAT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
66 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
323073 CCAAACAAACTTATTTGAACA-AAA-ACATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGG
131 CCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATA-ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * ** *
323124 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTACAAACAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCAAAAAATA
1 TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
* * *
323189 GAATTAGTTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTGT-TTATTTT
66 GATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** *
323252 GTTCCAAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAAG
128 ATTCCAAATAAGCTTA-TATGAATAG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * * * * *
323307 ATCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAATTGGATT-GGCAAA
1 -TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCAGTAAA
* * * * *
323371 GAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * **
323436 TTCTGAATAAGCTTATCTGAATAGAAATAATTGTTTAATGACAGGACAAAAAG
129 TTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
*
323489 TTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
1 TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
* * *
323554 GATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
323619 CCAAATAGGCTTACATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAC-AAAAG
131 CCAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * * *
323668 TTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATT-TGATAAA
1 TT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAA
* * * * * * *
323732 CTGAGTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTT
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
**** * * * ** *
323796 ATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAATTAAAGG
128 ATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * *
323850 TCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACA
1 TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
* * * *
323915 TAATTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATATTTT-GAATA
66 GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAGAATA
323957 AGCATGTATG
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
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322995 CTAGTTTAGT
* * **
323005 AAACAAATTTATTTTTTAAT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AAACAAAGTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTT
** * * * *
323069 TATTCCAAACAAACTTATTTGAACA-AAA-ACATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
66 TATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATA-ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * ** *
323132 ATTTGAAATAGATAATTGTACAAACAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCAAAAAATAGAATTAGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGAATTA-T
* * * * *
323197 TTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTATTTTGTTCCAAATA
193 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTTTATTTTATTCCAAATA
* *
323262 AGTTAGTAAGAATTGAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
258 AGTTAGCAAGAATTGAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAA
* * * *
323327 AGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAATTGGATTGGC
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* * * * * *
323368 AAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTAT
1 AAACAAAGTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * ** * *
323432 TTTATTCTGAATAAGCTTATCTGAATAGAAATAATTGTTTAATGACAGGACAAAAAGTTATAACA
64 TTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * *
323497 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-T
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGAATTATT
*
323561 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
194 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTCCAAATA
* * * ** * *
323626 GGCTTA-CATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-CAAAAGTTCATAAAGATTTGAAAT
258 AG-TTAGCAAGAATTGAAAAA-AATTATTTTACAACAAAATAAAAAGATCATAAAGATTTGAAAT
* * * * * * *
323686 AGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTTGAT
321 AAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGA-TTGAC
** * * *
323729 AAACTGAGTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATT
1 AAACAAAGTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * ** *
323794 TTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAATTAAAGGTCATAACG
65 TTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * *
323858 ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACATAATTATT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGAATTATT
* * * * * * **** **
323923 TTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATATTTTGAATAAGCATGT-ATGAACTAAAACA-ACTATT--A
194 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TATT-AA-AA-TAT-TAATAAATTAGTTTATTTTATTCCA
* * * * *** * * * *** * * * *
323984 TATAACTAAACAA-AA--GGCCAAAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCTAATATTATTAA-TT
254 AATAAGTTAGCAAGAATTGAAAAAAATTATTTTACAACA-A-AA---TAAAAAGATCATAAAGAT
* * * ** * *
324044 TTTAACATTAA-AATCT-TTTACTTA---TTAA-TTTTTGAAA-T--A--GA-
314 TTGAA-ATAAAGAAT-TGTTCAAATAGCCATAACTATTT-AAACTGGATTGAC
* ** * * * *
324085 TAA-TTA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGA-ACTAT
1 AAACAAAGTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA-ATATTAT
* ** * * * ** *
324147 TTTGTTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACA
64 TTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * ** ** * *
324212 ATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAACGTGTTCAAAAAACATATTTA-
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCAGTAAACAGAATTAT
* * * *
324275 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAAT-TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAA
193 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAA-TTAGT-TTATTTTATTCCAAA
* ** ** * *** * * *
324337 TAAGCTT-GCATGAACAG-AACCAATTGTTTTTTGACAAAA-CAAAATATCATAATA-TTTTGAA
256 TAAG-TTAGCAAGAATTGAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAAGATCATAA-AGATTTGAA
* * * * * * *
324398 ATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTGGC
319 ATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAAC-TGGATTGAC
* ** * * * *
324443 AAACAGA-TTCATTTCTTACTTCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAGTAAAATAGTATTAT
1 AAACAAAGTT-ATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * * * *
324507 TTTTTTC-AAATAAGCTTATATGAATTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACTAATGGTCACAAT
64 TTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * *
324570 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTT-GTTTAGAAAACATATTT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGAATT
* * * * * **
324633 A-TTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TG
191 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTT-ATTCCA
* ** * * ** * *
324696 AATAAGCTT-GCATG-A-CCAAAAACAGTTGTTTTATGACACAACAAAAAG-TCATAACA-ATTT
254 AATAAG-TTAGCAAGAATTGAAAAA-AATTATTTTACAACAAAATAAAAAGATCATAA-AGATTT
* ** ** * * * *
324756 GAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAAAGATTTGAACTTG-TTCAAT
316 GAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGATT-GAC
* * * * * **
324804 AAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAAATTTGTATTAT
1 AAACAAAGTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * ** ****
324868 ATTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTGCGG
64 TTTATTCTG-AATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * * *
324932 CAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAATCATAACTATTTAAATCT-GTTCGGTAAACAG-ATT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAACAGAATT
* ** * * **
324995 CA--TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTCGTAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTT
191 -ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATT-AAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTCC
* * * * ** * *
325057 GAATAAGCTTA-TATGAACT-AAAATAAATT-TTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCA-AAAGAATT
253 AAATAAG-TTAGCAAGAATTGAAAA-AAATTATTTTACAACAAAATAAAAAGATCATAAAG-ATT
* * * * *
325117 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAA
315 TGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAA
325155 TCTAGTTCGA
Statistics
Matches: 1392, Mismatches: 302, Indels: 187
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (363 bp):
AAACAAAGTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTT
TATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGAATTATTTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTTTATTTTATTCCAAATAAGT
TAGCAAGAATTGAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAAAGA
ATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGATTGAC
Found at i:324081 original size:24 final size:24
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Indices: 324054--324127 Score: 89
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324044 TTTAACATTA
324054 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
1 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
*** * *
324078 AAAT-AGATAATTATT-ATTTTTT
1 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
324100 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
1 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
324124 AAAT
1 AAAT
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Statistics
Matches: 38, Mismatches: 10, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
22 10 0.26
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Consensus pattern (24 bp):
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:324089 original size:46 final size:46
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Indices: 324039--324127 Score: 133
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324029 CTAATATTAT
*
324039 TAATTTTTAACATTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAGA
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*** *
324085 TAATTATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
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324128 TTTAATAAAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTATTAACATTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAGA
Found at i:324793 original size:181 final size:178
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Indices: 324095--325243 Score: 1029
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324085 TAATTATTAT
* * * *
324095 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGA-ACTATTTTGTTCCAAAT
1 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT-TAAAT
* * * * *
324159 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTAAAATAGA
63 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
324224 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTCAAAAAACATATTTA
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* *
324275 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATA
1 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAAATA
* * * * * ** * * *
324339 AGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAACAAAATATCATAATATTTTGAAATAAAT
64 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * ** * *
324404 AATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTGGCAAACAGATTCA
129 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA
** * * * *
324454 TTTCTTACTTCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAGTAAAATAGTATTATTTT-TTTCAAA
1 TTT-TTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAA
* * * * * * *
324517 TAAGCTTATATGAATTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACTAATGGTCACAATAATTTGAAATAG
62 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* *
324582 ATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTA
127 ATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA
*
324634 TTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAAT
1 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAAT
* ** * * * *
324699 AAGCTTGCATGACCAAAAACAGTTGTTTTATGACACAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA
63 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * ** *
324764 TAATTGTTCAAATAATCATAAAGATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAGATTTA
128 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTA
* ** *
324815 TTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTATCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATATTATTTGAAA
1 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAA
* * ** ***** *
324879 TAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTGCGGCAATTTCAAATA
62 TAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
324944 GATAATTATTGAAATAATCATAACTATTT-AAATCTGTTCGGTAAACAGATTCA
126 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAACAGATTTA
* * * * * *
324997 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGTAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAATA
* * *
325062 AGCTTATATGAACTAAAATA-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAGAATTTGAAATAG
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* * *
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127 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCAGAAAACAGATTTA
* * * * * * *
325170 TTTTAAAATTTTTTACATATTAATTATTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAATCTAAATA
1 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAATA
325235 AGCTTGTAT
64 AGCTTGTAT
325244 CATAACAATT
Statistics
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174 3 0.00
176 1 0.00
177 1 0.00
178 8 0.01
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181 254 0.32
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAATAAG
CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA
Found at i:325551 original size:163 final size:165
Alignment explanation
Indices: 325258--325557 Score: 360
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
325248 ACAATTTGAA
* * ** *
325258 ATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA
1 ATAAATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTAATTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * ** *
325323 TTTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATGAACAAACTTATATGAA
66 TATCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTACCAACAAACTGATATGAA
325388 -TAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
131 TTAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * *
325422 ATAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAATAGAA-TTA-TTTTTAA
1 ATAAATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTAATTAGATAAATA-AATTTATTTTTTAA
* * * *
325485 ATATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT-CCAA-ATAAGTGAGTA
65 ATATCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT-AGTATTACTTTATTACCAACA-AACTGA-TA
325547 TGAATTAAAAA
127 TGAATTAAAAA
325558 AAAAACTTAT
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
162 6 0.05
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165 2 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (165 bp):
ATAAATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTAATTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAA
TATCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTACCAACAAACTGATATGAA
TTAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
Found at i:325886 original size:175 final size:173
Alignment explanation
Indices: 325426--327565 Score: 811
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 173
325416 AAAGTCATAA
* * * * *
325426 ATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAATAGAATTA-TTTTTAAATATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAACT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
325490 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TGAGTATGAATT
63 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGA-TATG-A--
* * *
325553 AAAAAAAAAACTTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
123 ACAAAAATAAC-TATTTTATAAC-AGA-AAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * * * *
325607 ATAAGTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACGGGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTG
1 ATAATTGTTCAAATAGTC--ATATATTTGAAC-TATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC--
* * * * *
325672 TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAA
61 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGATATGAA
* **
325737 CAAAAATAACTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTTT
124 CAAAAATAACTATTTTATAACAGAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAA-TAG
* * *
325788 ACAATTGTTTAAATAGTCATATATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTGAACTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
325853 ATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACGAATAAGCTTGA-ATGACCAAAA
65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTGATATGAACAAAA
* * * *
325917 ATAATTGTTATATAACCA-AACAAAAGGCTATAAT--TTTCGACAAATAG
129 ATAACTATTTTATAA-CAGAA-AAAAGGTTATAATGATTT-G--AAATAG
* * * * * *
325964 ATAATTGTTCATATAATCTTAATTATTTGAACTATATCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAACTAT-TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* **
326029 TTATT-A-----G-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-ATATGAACTG
63 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTGATATGAACAA
* * * *
326086 AAATAATTATTTTATAAAAGAAAAAAGCTTATAACGATTTGAAATAG
127 AAATAACTATTTTATAACAGAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
* *
326133 ATAATTGTTCAAATAG---GA-A-TTG--C--TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTGAACTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AA--ATC-T
* * *
326189 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATAGTGAA
62 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTG-ATA-TGAA
* * * * *
326254 -AAACAAT---TGTTTAATGACA-AAACAAAAGTTCCTAATGATTTGAAATAG
124 CAAA-AATAACTATTTTATAACAGAAA-AAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
326302 ATAATTGTTCAAATAACCTTATTTATTTGAATCGATTCGATAAACT-GACTTATTTTTAAAATTT
1 ATAATTGTTCAAAT-A-GTCATATATTTGAA-CTATTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAA--T
* * * * * * * * *
326366 TTAACTTATAAATTTTTGACATATTAATAAAGTAATATTATTTTTATTTTGGATAAACTT-TTAT
60 CT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAAT-AAGTTGATAT
* * * * * * * * *
326430 GAACTGAAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAT
121 GAAC-AAAAATAACTATTTTATAACAGAA-AAAAGGTTATAATGATT-TGAAATAG
* * * * *
326484 ATAATTATTCAAAGAGTTATAACTATTTAAACGT-TT-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAAC-TATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAA--T
* * * **
326547 GTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCACG-TA
60 -CT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAG-TTGATA
*** * * * * *
326609 TGAGTTGAAAAT---TATTTTATGACTACACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAG
120 TGA-ACAAAAATAACTATTTTATAAC-AGAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
* * * ** *
326662 ATAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGAATATC-GTAAGCACATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAACT--AT-TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * *
326726 TCTTATTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAATTTAGCATTATTTTA-CTCTGAATAAGCTTG-T
61 TC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-TTGAT
* * * *
326788 ATG---------AAC-A---GA-AAC-G---AAAGGTTAAAATAATTTGAAATAT
119 ATGAACAAAAATAACTATTTTATAACAGAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
326825 ATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATA-TATTTGAACT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-
* * *
326890 CTACTTATTTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGCTTG-TATG
60 CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-TTGATATG
** * * * * * **
326953 ATGAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAG
122 AACAAAAATAACTATTTTATAACAGAAA-AAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
327006 ATAATTGTTCCAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTTGATAAACTA-ATTTATGTTGTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAA-CTATTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAA--T
* * * * * ** *
327070 CTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATCTTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATAA
60 CT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGATATGA
*** * * * * * *
327135 ATTGAAACAATTGTTTTATAATA-AAGTAAAAGGTCA-AATCGATTTTAAATAG
123 ACAAAAATAACTATTTTATAACAGAA--AAAAGGTTATAAT-GATTTGAAATAG
* *** * *
327187 ATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAAATAAAAAGATTTATTTTTTAATTTCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAAC-TATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA-ATC-
* * * *
327252 TGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCATG-TATGG
61 T-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTGATATGA
** * * * *
327315 ACTGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATA-
123 ACAAAAATAACTATTTTATAAC-AGAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
327366 ATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAACT-ATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-C
* * * * *
327431 TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTT-GAATAAGCATG-TAT
61 -T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAG-TTGATAT
* * * * ** * * *
327493 AAATAGAAATAAATATTTTA-AGACA-AACTAAGGTCATAACGATTTGAGATAG
121 GAACAAAAATAACTATTTTATA-ACAGAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
* *
327545 ATGATTGTTCAATTAGTCATA
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATA
327566 ACGATTTGAG
Statistics
Matches: 1507, Mismatches: 300, Indels: 307
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
157 18 0.01
158 3 0.00
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184 1 0.00
185 3 0.00
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187 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTGAACTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGATATGAACAAAAAT
AACTATTTTATAACAGAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
Found at i:326769 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 326168--327574 Score: 835
Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 178
326158 CGATAAATAG
* **
326168 ATTTATTTTTTAAATCATCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-T
* * * * * **
326232 TTGAATAGGCTTGTAT-AG-TGAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAA-GTTCCTAATGATT
64 TTGAATAAGCATGTATGAGTTG---AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAATGATT
** * ** **
326294 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCTTATTTATTTGAA-TCGATTCGATAAACTG
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCG-TAAACAC
* * * * * * * **
326349 ACTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATAAATTTTTGACATATTAATAAAGTAATATTATTTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTTA-
* * * * ** * * * * * *
326413 TTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGA-TAAAATAAAAGGTCATATTTATTC
63 TTTGAATAAGCATGTATGAGTTG-AACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATT-
* * * * * * * * *
326477 T-AAATATATAATTATTCAAAGAGTTATAACTATTTAAAC-GTTTAGTAAATAG
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGTAAACAC
* * ** ** * *
326529 ATTTATTTTTTTAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
* * *
326594 ATGAATAAGCACGTATGAGTTGAA-AATTATTTTATGACTACACAAAAGGTTAGAATGATTTAAA
65 -TGAATAAGCATGTATGAGTTGAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAA
* * * *
326658 ATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGAATATCGTAAGCAC
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-AT-TCGTAAACAC
*
326710 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAATTTAGCATTATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTA-T
* * * * *
326774 CTGAATAAGC-T-TGT-A--TGAAC---------A-G---AAACGAAAGGTTAAAATAATTTGAA
64 TTGAATAAGCATGTATGAGTTGAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAA
* * * * * *
326821 ATATATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAT
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG-TAAACAC
* * * *
326872 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-
* * * *** * * * **
326937 TAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGA
65 TGAATAAGCATGTATGA-GTTGAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAATGATTTGA
* * * * * *
327001 AATAGATAATTGTTCCAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTTGATAAACTA-
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG-TAAAC-AC
* * * * * *
327053 ATTTATGTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATC-TTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTATT
** * * * * * * *
327117 TCGAATAAGTTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTAT-AATAAAGTAAAAGGTCA-AATCGATTT
65 T-GAATAAGCATGTATGAGTTG-AACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTTAGAAT-GATTT
* * * ** * *
327180 TAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAAATAAAAAG
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-CGTAAACAC
* * * * **
327234 ATTTATTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-GAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
*
327297 TCGAATAAGCATGTATG-GACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTG
65 T-GAATAAGCATGTATGAG-TTG-AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTG
* * * * * *
327361 AAATA-ATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAC
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGTAAACAC
* * * *
327413 ATTTATTTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-T
* * * * * * * * * *
327477 TTGAATAAGCATGTATAAATAGAAATAAATATTTTAAGAC-AAAC-TAAGGTCATAACGATTTGA
64 TTGAATAAGCATGTATGAGTTG-AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGA
* * * *
327540 GATAGATGATTGTTCAATTAGTCATAACGATTTGA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
327575 GATAGATAAT
Statistics
Matches: 947, Mismatches: 215, Indels: 130
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 64 0.07
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165 1 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
175 4 0.00
177 3 0.00
178 80 0.08
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTT
GAATAAGCATGTATGAGTTGAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGTAAACAC
Found at i:326914 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 326638--326953 Score: 406
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
326628 TGACTACACA
* * * **
326638 AAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGAATATCG
1 AAAGGTTAAAATAATTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGAATATCG
* * *
326703 TAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAATTTAGCATTA
66 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGCATTA
*
326767 TTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACG
130 TTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACG
* * * *
326801 AAAGGTTAAAATAATTTGAAATATATAATTGTTT-AAATAGTCAAAACTATTTGAATTG-GT-TC
1 AAAGGTTAAAATAATTTAAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGAATATC
* * * *
326863 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
65 G-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATT
* *
326928 ATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGA
129 ATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGA
326954 TGAAAAACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 19, Indels: 7
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
162 74 0.56
163 51 0.39
164 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (163 bp):
AAAGGTTAAAATAATTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGAATATCG
TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTAT
TTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACG
Found at i:326950 original size:704 final size:703
Alignment explanation
Indices: 326149--327501 Score: 1862
Period size: 704 Copynumber: 1.9 Consensus size: 703
326139 GTTCAAATAG
* *
326149 GAATTGCTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCATCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAATTGCTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *
326214 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTAT-AGTGAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACA
66 AATTAATATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGA-TGAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACA
* ** * * *
326278 AAAGTTCCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCTTATTTATTTGAATCGATTCGAT
130 AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAATTATTTGAACCGATTCGAT
* * * * * *
326343 AAACTGACTTAT-TTTTAAAATTTTTAACTTATAAATTTTTGACATATTAATAAAGTAATATTAT
195 AAACTAACTTATGTTGT-AAATCTCTAACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA-
* * * * * *
326407 TTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATATT
258 TTTTATTTCGAATAAACTTTTATAAACTGAAAAAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTCAAATC
* * * * * *
326472 TATTCTAAATATATAATTATTCAAAGAGTTATAACTATTTAAACGT-TT-AGTAAATAGATTTAT
323 GATTCTAAATAGATAATTATACAAAGAGTCATAACTATTTAAACGTATTAAATAAAAAGATTTA-
* * *
326535 TTTTTTAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAA
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* *
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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* *
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* ** *
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* * *
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** * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* ** * *
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128 ATT
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*
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* *
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*
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*
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*
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* * * **
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** * * *
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1 ATTTGAATTTTGGAGATTCACATCCAAAAGTTCAAAGCTTCTC
* * *
338294 ATTT-AAGTTTGAAAATTCACAT
1 ATTTGAATTTTGGAGATTCACAT
338316 TTGATAAATT
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ATTTGAATTTTGGAGATTCACATCCAAAAGTTCAAAGCTTCTC
Found at i:338391 original size:22 final size:21
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*
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1 CTCAAAGATTCTCATTTGAAA
*
338360 CTTAAAGATTCTCATTTGAAGA
1 CTCAAAGATTCTCATTTGAA-A
*
338382 CTCAAAGATTCTCATTTAAAA
1 CTCAAAGATTCTCATTTGAAA
* *
338403 CTAAAATGATCCTCAT
1 CTCAAA-GATTCTCAT
338419 CATTTTCATC
Statistics
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20 5 0.10
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CTCAAAGATTCTCATTTGAAA
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338500 ATTACTCACT
* *
338510 GGCTTCTTAGCATTAGCTATTTCCAAACAAATGTCATCCTTCATCATTTGGTCACCACTCACAAG
1 GGCTTCTTAGCACTAGCCATTTCCAAACAAATGTCATCCTTCATCATTTGGTCACCACTCACAAG
*
338575 CTTCTTAGCACCAACTGTTTCCAAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGGT
66 CTTCTTAGCACCAACAGTTTCCAAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGGT
* * * * * * *
338640 TCTTAGCACTAGCTATTCTAGAACAAATTTTATTTTTTATCACTTGATTACCATTCATA
131 TCTCAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATA
* * * * *
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1 GGCTTCTTAGCACTAGCCATTTCC-AAACAAATGTCATCCTTCATCATTTGGTCACCACTCACAA
** * *
338763 GCTTCTTAGCATTAGCAGTTT-CAAACAAATTCTATCTTCTATCACTTGGTCACCACTCAT-AGG
65 GCTTCTTAGCACCAACAGTTTCCAAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGG
* *
338826 CTTCTCAGCACTAGCTATTCCAAAATAAATTTTATCTTCTATCACTTGGTCACCACTCATA
130 -TTCTCAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATA
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1 GG
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Statistics
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GGCTTCTTAGCACTAGCCATTTCCAAACAAATGTCATCCTTCATCATTTGGTCACCACTCACAAG
CTTCTTAGCACCAACAGTTTCCAAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGGT
TCTCAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATA
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Period size: 63 Copynumber: 8.3 Consensus size: 63
338416 CATCATTTTC
* * * * * * * *
338426 ATCACTTGATCATCA-TGCATAGGCTTTTTAGCATTAGCAAGTT-CAAAACAAGTTTTATCCTCC
1 ATCACTTGGTCACCACT-CATAGGCTTCTTAGCACTAGCTA-TTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
** ** * * *
338489 ATCTTTTGGTCATTACTCACT-GGCTTCTTAGCATTAGCTATTTCC-AAACAAATGTCATCCTTC
1 ATCACTTGGTCACCACTCA-TAGGCTTCTTAGCACTAGCTA-TTCCAAAACAAATTTTAT-CTTC
338552 -
63 T
* * * * * * *
338552 ATCATTTGGTCACCACTCACAAGCTTCTTAGCACCAACTGTTTCC-AAACAAATTCTATCTTCT
1 ATCACTTGGTCACCACTCATAGGCTTCTTAGCACTAGCT-ATTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
* * * * *
338615 ATCACTTAGTCACCACTCATAAGG-TTCTTAGCACTAGCTATTCTAGAACAAATTTTATTTTTT
1 ATCACTTGGTCACCACTCAT-AGGCTTCTTAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
* * * *
338678 ATCACTTGATTACCATTCATAGGCTTCTTAGCACTAGCCATTCCAAAACAAATTTTATCTT-T
1 ATCACTTGGTCACCACTCATAGGCTTCTTAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
* * * * * *
338740 CATCATTTGGTCATCACTCACAGGCTTCTTAGCATTAGC-AGTTTC-AAACAAATTCTATCTTCT
1 -ATCACTTGGTCACCACTCATAGGCTTCTTAGCACTAGCTA-TTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
* *
338803 ATCACTTGGTCACCACTCATAGGCTTCTCAGCACTAGCTATTCCAAAATAAATTTTATCTTCT
1 ATCACTTGGTCACCACTCATAGGCTTCTTAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
* * * * * *
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1 ATCACTTGGTCACCACTCATAGGCT-TCTTAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
*
338929 ATCACTTGATCACCACTCATA
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338950 CACTTCTCGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATCACTTGGTCACCACTCATAGGCTTCTTAGCACTAGCTATTCCAAAACAAATTTTATCTTCT
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Indices: 338467--338983 Score: 659
Period size: 251 Copynumber: 2.1 Consensus size: 252
338457 CATTAGCAAG
* * * *
338467 TTCAAAACAAGTTTTATCCTCCATCTTTTGGTCATTACTCACTGGCTTCTTAGCATTAGCTATTT
1 TTCAAAACAAATTTTATCCTCCATCATTTGGTCATCACTCACAGGCTTCTTAGCATTAGCTATTT
* * *
338532 CCAAACAAATGTCATCCTTCATCATTTGGTCACCACTCACAAGCTTCTTAGCACCAACTGTTTCC
66 CCAAACAAATGTCATCCTTCATCACTTGGTCACCACTCACAAGCTTCTCAGCACCAACTGATTCC
* *
338597 AAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGGTTCTTAGCACTAGCTATTCTAGA
131 AAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGGTTCTTAACACGAGCTATTCTAGA
* * * * * ** *
338662 ACAAATTTTATTTTTTATCACTTGATTACCATTCATAGGCTTCTTAGCACTAGCCAT
196 ACAAATTCTATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATACACTTCTCAGCACTAGCCAT
* * *
338719 TCCAAAACAAATTTTATCTTTCATCATTTGGTCATCACTCACAGGCTTCTTAGCATTAGC-AGTT
1 TTCAAAACAAATTTTATCCTCCATCATTTGGTCATCACTCACAGGCTTCTTAGCATTAGCTA-TT
* * * *
338783 T-CAAACAAAT-TCTAT-CTTCTATCACTTGGTCACCACTCATAGGCTTCTCAGCACTAGCT-AT
65 TCCAAACAAATGTC-ATCCTTC-ATCACTTGGTCACCACTCACAAGCTTCTCAGCACCAACTGAT
* * *
338844 TCCAAAATAAATTTTATCTTCTATCACTTGGTCACCACTCAT-AGGTGTCTTAACACGAGCTATT
128 TCC-AAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGGT-TCTTAACACGAGCTATT
* * * *
338908 CTAGAATAAATTCTATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATACACTTCTCGGTACTGGCCAT
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*
338970 TTCAGAACAAATTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAAACAAATTTTATCCTCCATCATTTGGTCATCACTCACAGGCTTCTTAGCATTAGCTATTT
CCAAACAAATGTCATCCTTCATCACTTGGTCACCACTCACAAGCTTCTCAGCACCAACTGATTCC
AAACAAATTCTATCTTCTATCACTTAGTCACCACTCATAAGGTTCTTAACACGAGCTATTCTAGA
ACAAATTCTATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATACACTTCTCAGCACTAGCCAT
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340055 ATTCATTTCT
340065 CTTTTTTTTTTTTTTGTTTTG
1 CTTTTTTTTTTTTTTGTTTTG
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1 CTTTT-TTT-TTTTTTT-GTTTTG
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1 CTTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTTTTTTTTTTTTTGTTTTG
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341559 AACGAATGAA
341569 TTATTATTAATATATAAT
1 TTATTATTAATATATAAT
*
341587 TTATT-TTAATTATTTAAT
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*
341605 TAATTAT
1 TTATTAT
341612 AGTTAAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTATTAATATATAAT
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1 TAATA-TTATT-A-ATTAATAAT-TTAAA
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1 T-AATATTATTAATTAATAATTTAAA
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1 TAATATTATTAA
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Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 9
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TAATATTATTAATTAATAATTTAAA
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342369 AGTTATTAAT
342379 ATTAATAATATTA
1 ATTAATAATATTA
*
342392 ATCAAT-ATATTA
1 ATTAATAATATTA
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1 ATTAATAATATTA
* *
342416 AATAATATTATTA
1 ATTAATAATATTA
342429 A
1 A
342430 ATAAATTAAA
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ATTAATAATATTA
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342388 ATTAATCAAT
*
342398 ATATTAATT-AATAATTTAAATA
1 ATATT-ATTAAATAAATTAAATA
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1 ATATTATTAAATAAATTAAA
342440 ACTGATTAAT
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ATATTATTAAATAAATTAAATA
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1 TATATTTATAATTAA
342491 TATATTTATAATTAA
1 TATATTTATAATTAA
342506 TTATAATTATACTAATTAA
1 -TAT-ATT-TA-TAATTAA
342525 TA
1 TA
342527 ATAAATTAAT
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TATATTTATAATTAA
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342484 TAATTAATATATT-TA-TAAT
1 TAATTAATA-ATTATACTAAT
342503 TAATT-ATAATTATACTAAT
1 TAATTAATAATTATACTAAT
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1 TAATTAATAA
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TAATTAATAATTATACTAAT
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342474 AAGTATATTA
342484 TAATTAATATATTTATAAT
1 TAATTAATA-A-TTA-AAT
* *
342503 TAATT-ATAATTATAC
1 TAATTAATAATTAAAT
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TAATTAATAATTAAAT
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*
342903 TATATTATTTAAATTAAATAATATGT
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*
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*
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*
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1 TATATTATTAAATTAAT
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TATATTATTAAATTAATTATATGT
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*
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343045 T
1 T
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TAATAGTATTAATTTATA
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*
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1 TATATTAATT
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*
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*
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1 A-ATAATAA
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Statistics
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AATAATAATAAATTTGATTAAACT
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*
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*
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1 TTATTAAATATT
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Statistics
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*
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1 ATTAATTAATTAATAAA
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ATTAATTAATTAATAAA
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*
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*
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1 TATTTAAATA
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Statistics
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TATTTAAATAAATAAAA
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344501 TAATTAAACT
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* * * *
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1 TTAATTAAATATAAATTAAATAAG
*
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TTAATTAAATATAAATTAAATAAG
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Alignment explanation
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344653 AGTTATAATA
*
344663 ATATTAATTATATTGAATTAATTAATT-T-TAAAT
1 ATATAAATTATATT-AATTAATTAATTATATAAAT
*
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*
344731 ATATAACTTATA
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ATATAAATTATATTAATTAATTAATTATATAAAT
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344655 TTATAATAAT
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1 ATTAATTATATTA
* *
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*
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1 AT
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ATTAATTATATTA
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344868 TAATAATAAA
*
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1 ATTTATTTAATTATAAATT
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1 A
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345178 TTATTTGTGG
* **
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* **
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* * * ** * * *
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*
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Statistics
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Consensus pattern (45 bp):
TCGATCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
Done.