Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168082.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_33, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 7
Found at i:345745 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 345651--345753 Score: 118
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 44
345641 GGTTGCCTCG
* * * *
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* *
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1 ACCACCATCAGCA
345754 CCTGCTCACC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 4
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43 3 0.06
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Consensus pattern (44 bp):
ACCACCATCAGCATACGCTGGCCCTTGGTGCGGGCAGCATGCCA
Found at i:351938 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 351624--359767 Score: 3241
Period size: 181 Copynumber: 45.2 Consensus size: 178
351614 GTTGAATAAG
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * **
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCT
* * * *
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65 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAT-
* * * * * *
352111 AAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGA
128 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * *
352162 TAATTGTTCAAATAGCCAT-A--A-TT-AACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC
* ** * *
352221 TTATTTATTAATTTCAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGCTTGTATTAG
64 TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-
* * * *
352286 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATGGA
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* * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAA-CT
* * *
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* * ** *
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126 -A-TTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
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1 TAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC
** *
352583 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTTGTATTATTTTAGTTC-AAATAAGCTTGTATGA
64 TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
352647 ATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATTGA
127 TTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * ** ***
352699 TAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAATTAAATTTATTTTTTATTTTCTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTT
* * * * * * ** * *
352764 GGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAAT
66 -CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATT
* * * * * *
352828 AGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
129 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
352879 TAATTATTCAAATAGGCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCT
* * * * *
352944 TACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAA
65 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-A
** ** * * * *
353008 CAAAAACAATTGCTTTATCACAAACCAAAA-AGCAATAACAATTTGAAATAGA
127 TTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
353060 TAATTATTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAA-CT
* * * * * *
353123 CTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA
63 CTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* * * **
353188 GCTGAAATAATTATCGTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGA
127 -TTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * ** **
353241 TAATTATTCATATAGTCTTAAC-AGTTTAAACTGGTTTGGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC
* * * * * * * * *
353305 TTAGTTATGAA-TTTTCAGAATACT-GTTAATTAGTATTATTTT-CTCTTAGTTATTGAA-CTGG
64 TT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TA---AAT-AAGCTTG
* ** * * ** * ** * *
353366 T-TTAGCAAAACATATTTATTTTTTATTATTAAATTAGTATTATCTTACTTTGAATAAGTTTATA
122 TATGATTAAAACA-A-TTA--TTTTATGA-CAAAACA-AAAGATC--A---T--A-ACG---ATT
* *
353430 TGAAAAAAAAA
170 TG--AAATAGA
* * * * * * * * * * * *
353441 CAATTGTTC-TAT-GACA-AAATAAAGATTAAAAT-GATTTG--AGATAAA-TAATTGTTCAAA-
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT--A-TTTGAACTAG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAC
** * * * ** * * *
353498 --TAGTTA-TAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAA-TAG-ATTTAGTTTTTAACTCTTTTATTAA-
62 TCTTCTTATTAA-TTTTTGAAAT--ATTAATAAATTAGTA-TTA--TTTT-A-T-TCTAAATAAG
* * *** *** * * * *
353557 TTTTTAAAAT-ATTAATAAATCGATATTATTTTATTTTTAATAATTTTGTATGAACAAAAACAAT
118 CTTGT---ATGATT-A-AAA-C-A-ATTATTTTA-TGACAA-AA---CAAAAGATC-ATAACGAT
***
353621 TATTTTAT-GA
169 T-TGAAATAGA
* ** * * * * *** * * * *
353631 CAA---AACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTGAAATGGATATGACTATTTGA
1 TAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACT--AG-TTTGAT-AAACAAAT-TTATTTTTTAA
* * * * * * * *** *
353692 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTT-AAATCTCCTACCT--ATTAATTTTCAAAATATTAATA
60 AC---TCT--T---CTTATTAATTTTTGAAATAT--TA-ATAAATTAGTATT-ATTTTATT-CTA
* * * * * * * * ** * * * * ***
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112 AATAAG-CTTGTATGATT-AAAACAATTA-TTTTATG-ACA-AAACAAAAG-ATCATAACGATTT
* * *
353817 AAAACATCA
171 GAAATA-GA
* * * *
353826 TAACTAT-TTGAAATA--AATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAGCTTGCTTGGTAA-A
1 TAA-T-TGTTCAAATAGTCATAACTATT----T-G----AACTAGTTTGA-------T--AAACA
* * * *
353886 CAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
46 --AATTTATTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** ** ** * * * **
353951 TTTTGAATAAATTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAAATATT
107 TTCTAAATAAGCTTGTATG-ATTAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAACGATT
*
354016 TTAAATAGA
170 TGAAATAGA
* * * ** * * *
354025 TAATTGTTTAAATAGTCAAAACTAATTGAAC-ATGTTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAATTTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC
* * * * *
354088 TACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTGTTC-AGAATAAACTTGTATGA
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* * * * * *
354151 ATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAATAAAA-AGTCATAATGATTTAAAATAGA
127 TTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGA
* * * ** * *
354204 TATTTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTT-AGGAAACTGATTCATATTTTAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CT
* * * * *
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63 CTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTAT
* ** * * ** * * *
354330 AAATTGGTAA-AATTGTTTTATAATGAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGA
125 -GATT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * **
354385 TAATTATTCAAATAGTTATGACTATTT-AGACGT-GTTTGATAAACATATTTATTTTAAAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC-TAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CT
* * * * * *
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63 CTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
** * * * * * *
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126 ATTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
354566 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT--TATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CT
* * * * * * *
354629 TTTACTTATTACTTTTTTG-AATATTAACAAATTTGCATTATTTTATT-TGAAATAAGTTTCTAT
63 CTT-CTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
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125 GATTAAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
354747 TAATTGTTCAAATAATCA-AACTATTTAAACTTG-TTCAGTGAACAGATTCATTTTTTAAA-TC-
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAACTCT
** * * * * **
354808 TCTTATTAA-TTTCAAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATT-TCGAATAAGCTTATACAAT
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* * * * * * *
354871 TAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAATGGTTACAACGATTTGAAATAGA
128 T-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
354923 TAATTATTCAAACAGTCACAACTATTT-ACCTTGGTTAGGAT-AATAGATTCATTTTTTAAA-TC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAACT-
** * * * *
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63 C-TT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTA
** * * * *
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* * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAACTCT
*** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAACT-C
* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC
* * * ** * * * *
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** * * ** * * *
355586 ACAGAAATAATTGTTTTATGGTAGAACAAAATG-TTATAA-GAAGTTG--A-A-A
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* * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CT-C
* * * * * ***
355694 TACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTATGAATAGGCCAATATGAT
64 TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAT
* * * **
355758 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAATATTTGAAATAGA
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* * * ** *
355810 TAAATGTTCAAAT-GGC----C-A--TG----A-TTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAA-TCTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTC-T
* * * * * * *
355861 TAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTTTATGA
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
355978 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAATTTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTA--TTTTTTAAACTC
** * * * *
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64 TT-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
356106 AACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAACT-C
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* * ** *
356402 TT-TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGTATGAAT
64 TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATT
*
356466 AAAA-AATACTATTTTACT-ACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGA
129 AAAACAAT--TATTTTA-TGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * **** *
356517 TAA-TGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATTGGTTAATTTTTTAAA-TCTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTT
* * ** * *
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66 ---CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
356644 ATAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGTAATAAA
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* * **
356697 TAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--C-
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTCT
* * * * * * *
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65 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATTA
** * * *
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130 -AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * **** *
356872 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-T-GTGATTAGA-AAATTGCTTTATTTTTTAAAAT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT--TT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAACT
* * * * ** * * *
356934 TTTATTTATTAATATTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGCATGA
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* * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAA-ACTC
** * * * * * *
357117 TTAC-TATTTAATTTTCAAAATATTAATCACTTAGTGTTATTTTATTTTAAATAGGCTTATATGA
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357181 ACTAAAAAAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGACTTGATATAGA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *** * *
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* * * * * * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CT
* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAACT
* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTC
* * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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1 TAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAA-CT
* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC
* * * ** *
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* ** * ** * *
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** * * * * * * * ** * **
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAA-ACTC
* * * * ** *
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* * * * * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCT
* * * * * ** * *
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** * * * * *
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* * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
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Statistics
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* * * ** ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** * ** * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * **
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* * * * ** *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * ** *
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** * * * * **
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* ** * *
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* ** * * * **
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* * * * * ** * * *
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** * *
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** * *
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* * **
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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*
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* *
356756 A-C----ACTTATTAA-TTTTGGAATATTAACAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA
129 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-CA
* * * * ** *
356804 -AATAAGCTTATTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
356868 TAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGA-TTAGAAAATTGCTTTATTTTTTAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T-ATTTAGGAAACTGATTTATTTTTTAA
* * * * *
356931 A-ATTTTATTTATTAATATTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCA
129 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
* * * ** * * *
356983 AAATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** *
357048 TAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTT-GTT-CGATAAGCCAATTCATTTTTTTA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGGA-AA-CTGATTTA-TTTTTTA
* * * * * * * *
357111 ATTCTCTTAC-TATTTAATTTTCAAAATATTAAT-CACTTAGTGTTATTTTATTTTA
128 AATCTTTTACTTA-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCA
* * * * * * * * *
357166 -AATAGGCTTATATGAACTA-AAAAAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGACTTGAT
1 GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * *
357229 ATAGATAATTATTCAAAT-G-----ACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAGCAT-ATTTATTTTTTA
65 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGG-AAAC-TGATTTATTTTTTA
* *
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128 AATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCA
* * * * * *
357338 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTCTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAA
1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * **
357403 TAAATAATTATT-AAATAGTCATAACGATTTAAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGG-AAACTGATTTATTTTTTAAA
* * ** *
357466 TCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATACTAATAAATTTGCATTATTTTATT-T
130 TCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
* ** * * * * *** *
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1 G-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * ** * *
357582 ACTAGAAAATTGTTTAAATAATCAT-AGTCATTTAAACTTGTAGAGTAAA-TAGATTCATTTTTT
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* * *
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* * * * * *
357701 -AATAAGCTTATATGAATTA-AAATAATTTTTTTATAACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAA
1 GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
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* * * * *
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127 AAATCTTT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCA
*** * * * * *
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1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
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66 TAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAG-GAAAC-TGATTTATTTTTT
* *
358003 AAA---TTT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGA-TTAGCATTATTTTATTTCGA
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * *
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1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGA
* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
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* * *
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* ** * * * *
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1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * * **
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** **
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* * * * *
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* * ** * * * * * * * *
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* * ** **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* ** * * ** * *
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1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
** * * * * * * * *
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66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGGAAACT-GATTTATTTTTTAAA
* ** * *
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** * ** * * * * * *
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1 GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * ** * ** *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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1 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * *
359734 ATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGA
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359768 CTAAACAAAA
Statistics
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Alignment explanation
Indices: 353425--359754 Score: 3498
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* ** * **
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* * * *
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* *
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* * * ** * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * **
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*** * *
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* * * * * * * *
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1 TTATATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * ** * *
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* ** ** * * *
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*** * ** * * * *
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* * * * **
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* *
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* ** * * * * *
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1 TTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
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* * * *** * * *
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* * *
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* * * * *
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256 TAGTCAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTCAA
* * * *
354823 GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGC
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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*
355183 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAAC
323 TATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCCAAATAAAC
* * *
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1 TTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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192 C-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
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256 TAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT
* * ** * **
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* * * * ** * * * * *
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* **
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* * * * **** **
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130 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACA
* *
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* * *
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258 GTCAAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATC--T-ACTTATTAA-TT
* * * * **
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* *
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* ** * ** *
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** * * * ** *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * **
356403 T--TTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGTATGAA
128 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAA
* * * *
356465 TAAAAA-ATACTATTTTACT-ACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TGTTCAA
192 CAAAAACA-ATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
356527 ATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TTGGTTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAA
255 ATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATC-T--ACTTATTAA
* * * * **
356591 TTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGGAAAC
315 -TTTCAAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCCAAATAAAC
* * * * * * *
356636 TTGA-ATGAATAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGTAATAAATAA
1 TT-ATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * *** * *
356700 TTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGCA-AACAAATTTATTTTTTAAA-C----
65 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGG-ATAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *** * * * *
356758 ACTTATTAA-TTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATTTGAATA
129 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACA
* * * ** * *
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194 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
356887 TCATAACTATTTGAA-TGTGATT-AG-AAA-ATTGCTTTATTTTTTAAAATTTTATTTATTAATA
259 TCA-AACTATTTGAACT-TG-TTCAGTAAACA-T-ATTTATTTTTT-AAA-TCTACTTATTAAT-
*** ** * **
356948 TTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATAAGT
316 TTCAAAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTCCAAATAAAC
** * * * * *
356991 TTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAAT
1 TTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
357056 TATTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTT-GTT-CGATAAGCCA-ATTCATTTTTTTAATTCTCT
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGGATAA--TAGATTTA-TTTTTTAAATCTTT
* * * * * * * * * *
357118 TAC-TATTTAATTTTCAAAATATTAATCACTTAGTGTTATTTTATTTTAAATAGGCTTATATGAA
128 TACTTA-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAA
* * * ** * * *
357182 CTAAAAA-AATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGACTTGATATAGATAATTATTCAAA
192 C-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * *
357246 T-G----ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTG
256 TAGTCAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-
* * * *
357306 TCTAAATATTAATAAATTATATTATTTTAATT--GAATAAGC
317 TCAAAATATTAATAAATTAAATTATTTT-ATTCCAAATAAAC
* * * * * * * * *
357346 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTCTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAAT
1 TTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
357411 TATT-AAATAGTCATAACGATTTAAACTT-GTTCGG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
66 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGGAT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *** *
357473 CCTATTAATTGTCTT--AATACTAATAAATTTGCATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA
130 CTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGATTGTATGAA
* ** * * * ** * * * *
357535 TGGAAAAA-AATCATTTTATGATAAAGCAAAAGGTTATAGTAATTTCAACTAGAAAATTGTTTAA
192 --CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * * * *
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255 ATAGTCAAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAA-
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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1 TTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-
* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * ** *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * **
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** * * * * * *
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* * * * * **
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** * *** *
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* * * *
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* ** * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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*** * * *
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* * * ** * *
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* * * * *** * * * * *
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* * * * ** *
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** * * ** * ** ** * * *
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194 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * ** * * ** *
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259 TC-AAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAA-TTTC
* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTA-TATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
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64 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGGATAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* * ** * * *
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128 TACT-TATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGA-TTGTATG
* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** * * **
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *** ** * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * *
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** ** * * *
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** * * * ** * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTAG-TAAACA-AT
** *
355677 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTCTTGA-AATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTA
63 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATT-
* *** * **
355740 T-GAATAGGCCAATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAAATATTT
125 TCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTT
* ** * * * *
355802 GAAATAGATAAATGTTCAAAT-GGC----C-------A-TGATTCGATAAACT-GATTTATGTTT
188 GAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTT
* * * * * *
355853 TAAATCTTTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAGATAAGT
252 TAAAT-TTT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGC
* * * * * * *
355917 TTTTATGACAT-GAAACAATTGTTTTATG-ATAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-AGATAGAT
313 TTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGAT
* * * * *
355979 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATAG-ATTTATTTTTTTTAATTT
376 AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGAATTCA-TTTTTTAAATCT
* ** * * *
356042 CTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGCTAATAAATTAATGTTATTTTATT-TCAAATAAGC-ATGCA
439 CTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTA-GTA
* * * * *
356104 TGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
501 TGAA-TAAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
* * *
356144 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGTACT-GCATCAGTAAACACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTCG-TTTAGTAAACA-ATT
* * * * * *
356208 TATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTA-CTCTG
64 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * * *
356271 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAG
128 AATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * ** * * * *
356335 ATAGATAATTTTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAACATTTAGTTTTTAAA
191 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * **
356400 TCTT-TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGTATGA
256 TTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
356464 ATAAAAA-ATACTATTTTACT--ACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TGTTC
321 ATAAAAACA-ATTGTTTTA-TGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTT
* * ** * * *
356525 AAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATTG-GTTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTAT
384 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTCATTTTTTAAATCTCT-TACTTAT
* * ** * * * *
356588 TAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGGAAACTTGAATGAATAGAAAC
448 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATA-AAAT
* * * * *
356652 AATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGATTAT
511 AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
** * * * * * ** * *
356681 AACAATTTGTAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTCACTTGGCAAACAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTAGTAAAC-AATT
* * * *
356746 TATTTTTTAAA-C----ACTTATTAATTTT-GGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
64 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * *
356805 ATAAGCTTATTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATA
129 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
356870 GATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGATTAGAAAATTGCTTTATTTTTTAAAAT
194 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTG-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAAT
* * * ** ** * *
356934 TTTATTTATTAATATTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGCATGA
257 TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *** *
356999 ATAGAACCAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAG
321 ATAAAAACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAA
* * * * *
357063 ATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAGC-CAATTCATTTTTTTAATTCTCTTAC-TATTT
386 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TT
** * * * * * *
357126 AATTTTCAAAATATTAATCACTTAGTGTTATTTTATTTTAAATAGGCTTA-TATGAACTAAAAAA
449 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC-TAGTATGAA-TAAAATA
* * *
357190 ATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCAA
512 ATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
* * * * * *
357218 AATGACTTGATATAGATAATTATTCAA-A----TGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTAGTAAACA-ATTT
* * *
357278 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCTA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTAATT-GA
65 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTC-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * *
357340 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTCTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATA
129 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
357405 AATAATTATT-AAATAGTCATAACGATTTAAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
194 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--
* * * *
357468 TTTTACCTATTAATTGTCTT--AATACTAATAAATTTGCATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGT
256 TTTT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGT
** * * * ** * * *
357530 ATGAATGGAAAAA-AATCATTTTATG-ATAAAGCAAAAGGTTATAGTAATTTCAACTAGAAAATT
317 ATGAAT--AAAAACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
357593 GTTTAAATAATCAT-AGTCATTTAAACTTG-TAGAGTAAATAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTA
380 ATTTAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCG-GTAAACAGAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* *
357655 ATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACA-TAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA-TATGA
443 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TAGTATGA
* * * *
357716 ATTAAAATAATTTTTTTATAACAAAAGAAAATGTCAT
504 A-TAAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
* * * * * * *
357753 AACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGATTATTT-AATCTAGTTTAGTAAA-TATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTCGTTTAGTAAACAATT
* * * * *
357816 TATTTTTTTACAT-TTTGTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTC
64 TA-TTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
357880 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCTATTGTTTTATAATAGAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAA
127 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
357945 TAAATAATTGCTT-ATATAGTC-TTA--ATTTGAATCGATTTGATAAACATATTTATTTTTTAAA
192 TAGATAATTG-TTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * ** * *
358006 -TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTATTTTATT-TCGAGCAAACTTATATG
256 TTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
358069 AACAAAAACATTTATTTTAT-CACAAAACAAAAGGTCATTACAAATTGAAATAGATAAGTT-TTT
320 AATAAAAACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTATTT
* * * * *
358132 AAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTTGGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
384 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
358196 AATTTTTGAAATATTAATAACTTTGTTTTAATTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTTAAAATA
449 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAA--TAAAATA
*
358261 ATT-TTTTATGACAAAATAAAAATGTCAT
512 ATTATTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCAT
* * * *
358289 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAAATATTTGAACTGGTTTGGTAAACAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTT-AACTATTTGAACTCGTTTAGTAAACAATT
* * * * *
358354 TATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTCAA
64 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * *
358419 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTA
129 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * *
358484 TACAACTGCTCAAAT-ACCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TT
194 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTT
* * *
358547 TCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATTA
259 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
** * * * * *
358612 AAAACAATTGTCATATGAAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTGAAATG
324 AAAACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
* * * * ** *
358676 GCCATAATTATTTG-ACCTGATTCGGTAAACA-TATTCACCTTTTAAATCACTTACTTATTAATT
389 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
358739 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACATTTGT
453 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAA-TAAAATAATTAT
* *
358804 TTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
517 TTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
** * * * * * *
358827 AAT--TTT-AAATAGATAATCGTTCACATAGT-TGTAGCTATTTAAATTTGTTCAGTAAACAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCT-TAACTATTTGAACTCGTTTAGTAAACAATT
* * * ** *
358888 TATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAATATTAAGGAATTAGTATTATTTTATTTTG
64 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
358951 GATAAACTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACGATTTCAAA
128 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * *
359015 TAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAA
192 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAA
* * *
359079 ATCTCTTTTGTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTCAATAAGCTTG
255 AT-T-TTCT-TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * ** * **
359143 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG-ACTAAACAAAATATCAGAATGATTTGAAATAGATAATT
316 TATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** ** * *
359206 ATTCT-AATAATCTTAACCATTTGAACTAATTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATATCTTAC
380 ATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * *
359269 TTTTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAA
444 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATAAA
* * ** *
359334 ATGATTATTTTACGA-TTAAAAAAA-GTCAA
509 ATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
* * * * **
359363 AATGATTTGAAATAGATAATCATTC-ATAGAATCTTAACTATTTGAAC-CATTCAGCAATTAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAG--TCTTAACTATTTGAACTCGTTTAGTAAACA-AT
* ** * *
359426 TTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGA-AATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTT
63 TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * *
359489 CGAATAAAATAGTATG-ATCAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGT
126 CGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
* * * * * * ** * *
359553 AATAAAT-ATTATTGAAATAGTCAAAAATATTTGAAA-TGGTTTGGTAAGCAAATTTACTTTTTA
190 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * * **
359616 AATCTCTTATGGATTTATTTTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACAAATT
254 AAT-T-TTCT-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCT
* * * * * * *
359679 TATATTAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAAT
314 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * *
359743 TGTTTAAATAGTTATAATTATTTGA
379 TATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
359768 CTAAACAAAA
Statistics
Matches: 4524, Mismatches: 962, Indels: 546
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
516 3 0.00
517 33 0.01
518 27 0.01
519 43 0.01
520 45 0.01
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522 4 0.00
523 1 0.00
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525 13 0.00
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528 7 0.00
529 62 0.01
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532 67 0.01
533 262 0.06
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535 615 0.14
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540 183 0.04
541 216 0.05
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543 134 0.03
544 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTAGTAAACAATTTA
TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAA
AACAATTGTTTTATGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATAAAATAATTATTTTA
TGACAAAAAAAAAGGTCAT
Found at i:359482 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 355842--359495 Score: 973
Period size: 182 Copynumber: 20.4 Consensus size: 180
355832 TCGATAAACT
* * * * * *
355842 GATTTATGTTTTAAATCT-TTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * ** *
355906 TTC-AGATAAGTTTTTATG-ACATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAAGGTCATAATGAC
64 TCCGA-ATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTACGACT-AAACAAAATATCAAAATGA-
* * * * * * * ** * *
355968 TTT-AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATA
125 TTTGAAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAAC-TAATTCAGCAAATA
* * ** * *
356023 GATTTATTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGCTAATAAATTAATGTTATTTTA
1 GATTTA-TTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * **
356087 TTTCAAATAAGCATGCATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTT
63 TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATTT
* * * * * * * *
356152 GAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGTACTGCA-TCAGTAAACA
128 GAAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAACT-AATTCAGCAAATA
* * * * * *
356204 CATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTAC
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * **
356267 TCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAAAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAAT
64 TCCGAATAAGCTTGTATGAACT---AAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGAT
* * * * * * * * *
356330 TTGAGATAGATAAT-TTTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAAAA
126 TTGAAATAGATAATCATTCT-AAGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * *
356385 CATTTAGTTTTT-AA-ATCTT-TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTA
1 GATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** ** * * * * **
356447 TAAATAATTTTGTATGAA-TAAAA-AATACTATTTTACTACAAAACAAAATGTCATAACAATTTG
66 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT--TATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATTTG
* * * * * * ** * * *
356510 AAATAGATAAT-GTTCAAATAGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATT
129 AAATAGATAATCATTCTAAGA-ATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * ** *
356561 GGTTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAAT-ATCTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * * * * **
356625 TCC-AAGGAAACTTGAATGAA-TAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGATTATAACAATT
64 TCCGAA-TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATT
* * ** * * * * * * * *
356688 TGTAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGCAAACA
127 TGAAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAACT-AATTCAGCAAATA
* * * *
356742 AATTTATTTTTT-AA-A-C-ACTTATTAA-TTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTC
1 GATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * * * *
356802 CAAATAAGCTTATTTGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTG
66 CGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTAAACAAAAT-ATCAAAATGATTTG
* * * * * * * * *
356865 AAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATGTGATT-AGAAAATT
129 AAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAA-CTAATTCAGCAAATA
* * * * * **
356917 GCTTTATTTTTTAAA-ATTTTATTTATTAATATTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * * *
356981 CAAAATAAGTTTGCATGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTG
65 CCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATTTG
* * * * ** *
357045 AAATAGATAATTATT-T-AGATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTC-G-ATA-A
129 AAATAGATAATCATTCTAAGA-A-TCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * ** * * *
357094 GCCAATTCATTTTTTTAATTCTCTTAC-TATTTAATTTTCAAAATATTAATCACTTAGTGTTATT
1 G---ATTTA-TTTTTTAAATATCTT-CTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * ** * **
357158 TTATTTTAAATAGGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGA
60 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGA
* * * * * ** ** * **
357223 CTTGATATAGATAATTATTC--A-AA---TGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
125 TTTGAAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * * *
357273 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCT-AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAA
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * **
357336 TT--GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTCTATGA-TAGAACAAAA-AGTTATAACAA
63 TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTA-AACAAAATA-TCAAAATGA
* * * * * * * * ** * * *
357396 TTTGAAATAAATAATTATT-AAATAGTCATAACGATTTAAACTTGTTCGGTAAACA
125 TTTGAAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * * * * *
357451 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATACTAATAAATTTGCATTATTTTA
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * * * *
357514 TT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAAAAAATCATTTTATGA-TAAAGCAAAAGGTTATAGTA
63 TTCCG-AATAAGCTTGTATGAACT--AAAACAATTATTTTACGACTAAA-CAAAATATCAAAATG
* * * ** * * ** * ** ** *
357576 ATTTCAACTAGAAAATTGTT-TAAATAATCATAGTCATTTAAACTTGTAGAGTAAATA
124 ATTTGAAATAGATAATCATTCT-AAGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * *
357633 GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACA-TAATATTATTTTA
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ** * * * * *
357696 TTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTTTTTTATAACAAAAGAAAATGTCATAACGATTT
63 TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATTT
* * * ** * * *
357761 GAAATAGATAATTATT-TAA-ATAGTCATGATTATTT-AATCTAGTTTAGTAAAT-
128 GAAATAGATAATCATTCTAAGA-A-TCTTAACCATTTGAA-CTAATTCAGCAAATA
* * * ** *
357813 -ATTTATTTTTTTACAT-TTTGTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 GATTTA-TTTTTTAAATATCT-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * * * * *
357876 ATT-CGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAGCTATTGTTTTA-TAATAGAATAAAA-AGTTATAACG
62 ATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTA-AACAAAATA-TCAAAATG
* * * * * * *
357937 ATTTGAAATAAATAATTGC-TTATATAG--TCTT-A--ATTTGAATCGATTTGA-TAAACA
124 ATTTGAAATAGATAA-T-CATTCTA-AGAATCTTAACCATTTGAA-CTAATTCAGCAAATA
* * * *
357991 TATTTATTTTTT-AA-AT-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTATTTTATTT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * ** ** ** *
358053 CGAGCAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATC-ACAAAACAAAAGGTCATTACAAATTGA
66 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTA-CGACTAAACAAAATATCAAAATGATTTGA
* * ** * * ** * *
358117 AATAGATAAGT--TTTTAA-ATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTTGGTAAACA
130 AATAGATAA-TCATTCTAAGA-A-TCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * * * * *
358168 GAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTGTTTTAATTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * *
358233 CTAAATAAGCTAGTATGAATTTAAAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAATGTCATAATGATTT
65 CCGAATAAGCTTGTATGAA-CTAAAACAATTATTTTACGACTAAA-CAAAATATCAAAATGATTT
** ** ** ** * *
358297 GAAATAGATAATTGTTCATATAG--TCTTAAAATATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
128 GAAATAGATAATCATTC-TA-AGAATCTT-AACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * * * * *
358351 -ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAGATTAGTACTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * ** * *
358414 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAATGATT
64 TCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTA-AACAAAATATCAAAATGATT
* * * * * * * * * ** ** *
358477 TGAAGTATACAA-C-TGCTCAA-ATACCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATA
127 TGAAATAGATAATCATTCT-AAGA-ATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* *
358530 GATTTATTTTTT-AA-AT-TTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATGATTTTATTC
1 GATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * ** **
358592 TGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTCATATGAAC-AAACAAAAGGT-AATAACAATTT
66 CGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTACG-ACTAAACAAAATATCAA-AATGATTT
* * * ** ** * ** * * * * *
358654 AAAATAAATAATTATTGAAATG-GCCATAATTATTTGACCTGATTCGGTAAACA
128 GAAATAGATAATCATTCTAA-GAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * **
358707 TATTCACCTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAAT-ATCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * ** *
358771 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT--TTT-
64 TCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATTTG
* * * * * * * ** * *
358833 AAATAGATAATCGTTC-ACATAGT-TGTAGCTATTTAAATTTGTTCAGTAAACA
129 AAATAGATAATCATTCTA-AGAATCT-TAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * **
358885 -AATTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGGAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * * *
358948 TTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCAAAA-AGTTATAACGATTT
65 CCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAA-CAAAATA-TCAAAATGATTT
* * ** * * ** * ** * *
359011 CAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATA
128 GAAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAG-CAAATA
* * *
359064 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTTTGTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTA
1 GATTTA-TTTTTTAAATATCTTCT-TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
359128 TTCTC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAGAATGATT
63 TTC-CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATT
* * * * *
359192 TGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTTAGTAAACA
127 TGAAATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * *
359246 AATTTATTTTTTAAATATCTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * *
359311 CCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATGATTATTTTACGATTAAA-AAAA-GTCAAAATGATTTGA
65 CCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATTTGA
* * *
359373 AATAGATAATCATTC-ATAGAATCTTAACTATTTGAAC-CATTCAGCAATTA
130 AATAGATAATCATTCTA-AGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
* * * * *
359423 GATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATATCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*
359488 TCGAATAA
65 CCGAATAA
359496 AATAGTATGA
Statistics
Matches: 2720, Mismatches: 571, Indels: 368
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 7 0.00
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATTTATTTTTTAAATATCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAATATCAAAATGATTTGAA
ATAGATAATCATTCTAAGAATCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAATA
Found at i:360041 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 359817--360244 Score: 454
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 181
359807 AACAATTATA
* * * * * * * **
359817 ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTTGT-AAACTAATTGTT
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC-AATTGTT
* * ** * *
359881 T-TATTTGTACAAGTTTATTT-GAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATA
65 TCAAATCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTGAAAAATTAATA
*
359944 AGTAAGAGATTTAAAAAAA-AAATTTGTTTACCGAATCAGTTTAAATGGTTAAG
128 AGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTTAAATGGTTAAG
*
359997 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
360062 CAAATCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATATTAATTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGA
66 CAAATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGA
* * * **
360127 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATT
131 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AGTTTAAATGGTTAAG
* ** * * * * * * *
360178 ACAATTTTAACAATTGTCTATTTAAAATCTTTATAACTTTTTAATTT-GTCATAAAAAAATTGTT
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTT
360242 TCA
65 TCA
360245 GTTAATACAA
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 36, Indels: 11
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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181 109 0.53
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
CAAATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGA
AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTTAAATGGTTAAG
Found at i:360375 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 360115--360397 Score: 381
Period size: 155 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
360105 AATATTTGAA
* * * * *
360115 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTAC
1 AAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTAAAATAATTATGAC
* * * * *
360180 AATTTTAACAATTGTCTATTTAAAATCTTTATAACTTTTTAATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCA
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360245 GTTAATACAATTTATTGATATTTTCT
130 GTTAATACAATTTATTGATATTTTCT
* **
360271 AAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGAC
1 AAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTAAAATAATTATGAC
* * * *
360335 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTTATTTATCATAAAACAATTATTTC
66 AATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACT-TTTTATTTATCATAAAAAAATTATTTC
360398 TGATCATAGA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 17, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
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155 69 0.63
156 19 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (155 bp):
AAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTAAAATAATTATGAC
AATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACTTTTTATTTATCATAAAAAAATTATTTCAG
TTAATACAATTTATTGATATTTTCT
Found at i:361104 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 360247--361475 Score: 1044
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 358
360237 TTGTTTCAGT
* * ** *
360247 TAATAC-AATTTATTGATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AG--ATTT-AAAAATAAATTTGTTTAT
* * * * * * *
360311 CGAATTAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT-
62 CGAATCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * * *
360375 ATTTATCATAAAACAATTATTTCTGA-TCAT-AGAAACTTATTC-AATTAAAAATAATACTAATT
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATGA-AAAATTATCCAAAATAAAAA-AATACTAATT
* * * * * * * * **
360437 TAATAATA-TTCTAAAAATTAAT----AAGAGA-TTTAAAAAATGAATATGTTTGCTAAACCAGT
189 TATTAACATTTC-CAAAATTAATAAGCAAGAGACTTAAAAAAATAAATTTGTTTCCGAAAAAAGT
* * * * * ** * * * *
360496 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTG-AC-CTTTTGTTTAGTC
253 TCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTTTTTTTA-TA
* * ** * * *
360559 A-AAAATATTTGTATCATATCTTACAAGCTTATTCCAAATAAAA
317 ATAAAACA-AT-TATTTTAGCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
360602 TGATTCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGACAAAATAAATTTCTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT---AGATTT-A-AAAATAAATTTGTTTA
* * * * * *
360667 TCGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCCTTACAACCTTT
61 TCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * *
360731 TGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTAT-AAAAACTTATCCAGAATAAAATAATACTAATT
125 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATGAAAAA-TTATCCAAAATAAAAAAATACTAATT
* *
360795 TTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAG-CTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAA-T
189 TATTAACATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGACTTAAAAAAATAAATTTGTTT-CCGAAAAAAGT
* * * * *
360858 TTAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATTATGATCTTTTTTTTTTATAA
253 TCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTTTTTTTATAA
*
360923 TAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAA
318 TAAAACAATTATTTTAG--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
360966 TAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCGA
1 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCGA
* * * *
361030 ATCAATTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTT
65 ATCAATTCAAATAGTTATGA-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* ** * * * * *
361094 TTGTCATAAAACAATTGTTGCTGTTCGTGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATATTGATTTATTA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATGAAAAATTATCCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTA
** * *
361159 ACATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTCCTAAAAAAGTTCAAAT
194 ACATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGACTTAAAAAAATAAATTTGTTTCCGAAAAAAGTTCAAAT
** * ** * * *
361224 AGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATGAACTTTTTTTTTTGTCATAGAAC
259 AGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTTTTTTTATAATAAAAC
*
361289 AATTATTTTAGCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAA
324 AATTATTTTAGCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAA
* **
361324 TAATACTACA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA
1 TAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT---AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * *
361388 CCAAATCAAATCAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
61 TCGAATCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* *
361453 GTTTTGTCACAAAACCATTGTTT
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
361476 TCCAACATAC
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 134, Indels: 63
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 4 0.01
356 30 0.04
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363 15 0.02
364 65 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
TCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATGAAAAATTATCCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAAC
ATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGACTTAAAAAAATAAATTTGTTTCCGAAAAAAGTTCAAATAG
TTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTTTTTTTATAATAAAACAA
TTATTTTAGCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
Found at i:361323 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 360247--361444 Score: 1272
Period size: 540 Copynumber: 2.2 Consensus size: 538
360237 TTGTTTCAGT
* * * *
360247 TAATAC-AATTTATTGATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * ** * *
360311 CGAATTAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTA
66 CGAAAAAATTAAAATAATTACAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTA
* * * *
360376 TTTATCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAACTTATTCAATTAAAAATAATACTAATTTAAT
131 TTTATAATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTTATTCAAATAAAAATAAAACTAATTTAAT
* *
360441 AATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTT
196 AATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTC
* * * * * * *
360506 AAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAATATTTGT
261 AAAACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAAAAACAATTGT
* ** * **
360571 ATCATATCTTACAAGCTTATTCCAAATAAAATGATTCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
326 ATCATATCGTACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATTCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
* * * * * *
360636 AGTAAAAGATTTGACAAAATAAATTTCTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
391 AGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTCTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * **
360701 AATTATTTATTTAAAATCCTTACAACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAA
456 AATTATCTATTTAAAATCCTTACAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAATGCATAAA
*
360766 AACTTATCCAGAATAAAA
521 AACTTATCCAAAATAAAA
* * * * * *
360784 TAATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGCTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
360849 CGAAAAAATTTAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATTATGATCTTTTT
66 CGAAAAAATTAAAATAATTACAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC--TTT
* * **
360914 TTTTTATAATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGGTTATTCAAA-ATAAAATAAAACTAATT
129 TATTTATAATAAAACAATTATTTCT-GATCATACAAACTTATTCAAATA-AAAATAAAACTAATT
* * * * * * * *
360977 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTT-ATCGAATCAATTCAAA
192 TAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGCT-AAACCAATTCAAA
* * * * * *
361041 TAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
256 TAGTCAAAACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA-AAAAC
* * ** ***
361106 AATTGT-TGC-TGTTCGTGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATAT-TGATTTATTAACATTTTGA
320 AATTGTAT-CAT-ATCGTACAAAATTATTCAAAATAAAAAAAT-TCAAATTTATTAACATTCAAA
* * *
361168 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-CCTAAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
382 AAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTCTTTATC-AAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
361232 TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGC-TATGAACTTTTTTTTTTGTCATAGAACAATTATT
446 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA-TCCTTA-CAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATT
* * *
361296 T-TA-GCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAA
509 TCAATGCATAAAAACTTATCCAAAATAAAA
* *
361324 TAATACTACA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA
1 TAATACTA-ATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* ** * * *
361388 CC-AAATCAAA-TCAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 CCGAAA--AAATTAAAATAATTACAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
361445 TACCTTTTGT
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 109, Indels: 29
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
537 6 0.01
538 96 0.18
539 6 0.01
540 270 0.50
541 130 0.24
542 28 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
TAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
CGAAAAAATTAAAATAATTACAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTA
TTTATAATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTTATTCAAATAAAAATAAAACTAATTTAAT
AATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTC
AAAACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAAAAACAATTGT
ATCATATCGTACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATTCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
AGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTCTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTAAAATCCTTACAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAATGCATAAA
AACTTATCCAAAATAAAA
Found at i:361367 original size:181 final size:179
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Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 179
360237 TTGTTTCAGT
* ** * * *
360247 TAATAC-AATTTATTGATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCT
* ** * * * *
360311 CGAATTAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTT
66 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACT-TTTT
* * *
360375 -ATTTATCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAA-CTTATTC-AATTAAAAA
129 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCATA-AAAGCTTATTCAAAAT-AAAA
* * * *
360426 TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-C
* ** * * * * * *
360487 TAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG
65 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTG
* * * * * * * *
360552 TTTAGTCA-AAAATATTTGTATCATATCTTACAAGCTTATTCCAAATAAAA
130 TTTTGTCATAAAACAATTATTTC-TATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * ** * * * *
360602 TGATTCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGACAAAATAAATTTCTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTC
* * * * ** *
360667 TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCCTTACAACCTTTT
65 T-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTT
* * * * * * * *
360732 GTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCCAGAATAAAA
129 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * *
360784 TAATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGCTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT--
* * * ** * * *
360849 CGAAA-AAATTTAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATTATGATCTTTT
64 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA-CTTTT
* * * * *
360913 TTTTTTATAATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAA
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA--TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
360966 TAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTTAATTTGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-T
* * * * * **
361027 CGAATCAA-TTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTT
64 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTT
* * * *
361090 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGCTGTTCGTGCAAAA--TTATTCAAAATAAAA
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
361143 AAATATTGATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-
* * * *
361208 CTAAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATGAACTTTT
64 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG-ACTTTT
* * *
361273 TTTTTTGTCATAGAACAATTATTT-TAGCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAA
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATCATAAAAGCTTATTC-AAAATAAAA
**
361324 TAATACTACA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA
1 TAATACTA-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-
* * * * * * * * * *
361388 CCAAATCAA-ATCAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTT
64 CTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTT
*
361452 TGTTTTGTCACAAAAC
128 TGTTTTGTCATAAAAC
361468 CATTGTTTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCT
AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
Found at i:361501 original size:360 final size:357
Alignment explanation
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360683 AGTTATGACT
* * * * ** * * *
360693 ATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCCTTACAACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTT--TC
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTGCTC
* * * * * * * * **
360756 AATTTATA-AAAACTTATCCAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAG
66 AA--CATACAAAA-TTAT-TAAAATAAAAAAATATTGATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAG
*
360820 CAAGAGCTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAATTTAAATAGTTACAACTATTTGAACAAT
127 CAAGAGCTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAT
* * * * *
360885 TGTTTATTTAAAATCATTATGATCTTTTTTTTTTATAATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAG
192 TATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTTTTTTTATAATAAAACAATTATTTTAG-TCATAAAAG
* *
360950 GTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGT
256 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAAT
* ** * * * *
361015 TAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTCATATCC
321 AAATCAGTTTACCAAATCAAATCAAATAATCATATCC
* * * * *
361052 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGCTG
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTGCTC
** * *
361117 TTCGTGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATATTGATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGCAA
66 AACATACAAAATTATT-AAAATAAAAAAATATTGATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGCAA
* * ** *
361182 GAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-CCTAAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
130 GAG-CTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAA-TTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATT
** * * *
361246 ATCTATTTAAAATTGCTATGAACTTTTTTTTTTGTCATAGAACAATTATTTTAG-CATAAAAGCT
193 ATCTATTTAAAATCACTATGAACTTTTTTTTTTATAATAAAACAATTATTTTAGTCATAAAAGCT
* *
361310 TA-TCTAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
258 TATTC-AAAATAAAATAAAACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAA
*
361373 AAATAAATCAGTTTACCAAATCAAATCAAATAATTATGA-CC
317 AAATAAATCAGTTTACCAAATCAAATCAAATAATCAT-ATCC
* * * *
361414 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCACAAAACCATTGTT-TTC
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTGCT-
**
361478 CAACATACAAGTTTATT-AAATAAAA
65 CAACATACAAAATTATTAAAATAAAA
361503 TCATTATCAC
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 67, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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358 52 0.14
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361 2 0.01
362 102 0.28
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTGCTC
AACATACAAAATTATTAAAATAAAAAAATATTGATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGCAAG
AGCTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATC
TATTTAAAATCACTATGAACTTTTTTTTTTATAATAAAACAATTATTTTAGTCATAAAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATC
AGTTTACCAAATCAAATCAAATAATCATATCC
Found at i:361517 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 361459--361559 Score: 193
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361449 TTTTGTTTTG
*
361459 TCACAAAACCATTGTTTTCCAACATACAAGTTTATTAAATAAAATCATTA
1 TCACAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGTTTATTAAATAAAATCATTA
361509 TCACAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGTTTATTAAATAAAATCATTA
1 TCACAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGTTTATTAAATAAAATCATTA
361559 T
1 T
361560 TATCTTTTGT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 50 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.17, G:0.04, T:0.35
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TCACAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGTTTATTAAATAAAATCATTA
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362853 CGGCAAACAC
* * * * * *
362863 ATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
362926 CTAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
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130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* * ** *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * *
363103 TAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAA-AAATG-TTATAACAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
363166 ATAGATTATAGTTTAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-G
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAA-TAA
* ** * * *
363217 ATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTACTATTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
363281 CCATATAAACTTGTATAAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * *
363346 AATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTCGCTTGGTAAATAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAATAA
*
363398 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
363462 CAAATACGCTTGTTTGAATAGAAACAACTGGTTTATGATAAAACAAGTAG-TCATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGATCATAACGATTTGA
* * *
363526 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGA-AAATAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GATAAATAA
* * * * *
363578 CTTTATTTTCTAAA-ATTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
** * * * * *
363641 TGAAATAAGCTTGAATGAACATAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TATTTT
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGA-TTT
* * * * * * **
363704 GAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAGCAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* * * * * *
363758 ATTCATTTTTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATCAATTAGTATTATTTTAT
1 ATT--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
363823 TTCAATTAGGCTTATATCAATTG--A-AATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * *
363885 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACTTGTTTTATAAACAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* **** * *
363938 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGCCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
364003 CAAATAAGCTTGTATAAATGGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAA-AGTTATAACAATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGA
* * *
364067 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTAGATAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* * * * *
364119 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTGCATTATTTCAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** ** * * * * *
364182 TTGAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA-AATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * * * * * *
364245 CAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* * * * * *
364299 A-TTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAGTAACTTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
364362 TCAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAATATCATAACAATTTAA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * * *
364427 AATAGATAATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTG-ATCTAG-TTCAGTAAATAT
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTTGA-TAAATAA
* * * * ** * *
364479 ATTTATTTTTTTACATTTTTTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAAACT-GTATTATTTTAA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
364543 TCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATATAA-AAAAG-TTATAACGATTTG
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * ** * *
364606 AAATAAATAATTGCTT-AAATAGTC-TTA--ATTTGAATCAATTTCATAAATAG
129 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTGATAAATAA
* *
364656 ATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * *
364717 CAAGCAT-A-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATCAC-AAACAAAAGGTCATAACAAATTG
66 CAA--ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* ** * * * * *
364779 AAATAGATAATTATTCTTATAGTCATAA-TATTTAAACTGGTTAGGTAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* * * * * ** * *
364831 AATTATTTTTTAAATGTCTTACATATTAATTTTTTAAATATTAATTTATTTGTTTTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * ** * *
364896 TAAAAAAGCTAGTATGAATTTAAA-ATACTACTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * ** * * * *
364960 AATAGATAACTGTTCATATAGTGTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAAAAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* * * * *
365012 AATTATTTTTTAAAT-TTCCTAATTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * * *
365075 TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAAGCTTATAATGATGT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * * * * *
365140 GAAATATACAATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGATTGATAAATAG
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAATAA
* * *
365194 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATCATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * ** * * * *
365259 TGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTCATATGACCAAAGAAAAG-GCAATAACAATTTG
66 CAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACGATTTG
* * * * * * * *
365322 AAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGGT-AA-AC
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGATAAATAA
* * ** * *
365373 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * *
365438 TGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACATTTCTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTA
66 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * ** * * *
365502 AATAGATAATTATTGACATAGTTGTAACTATTTGAATATTTTTTATAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTGATAAATAA
* * * **
365554 A-TTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATGAAGGAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
**** * * * * * * * *
365617 TTGGATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTT
65 CCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * *
365681 AAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGGTCGATAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAA
* * * *
365734 ATTTATTTTTTGAAATCTATT-GTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * *
365797 TATGAATAATCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACGAAAGATCAAAATGATTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * * * * * * *
365861 GAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTGATTCAGTAAATAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGA-TAAATAA
* * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * * *
365976 CAAATAAGTTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * * *
366040 ATAGATAACTGTTCATAGAGTCTTAACTATTTGAATTGTTTGATAATTAG
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* * ** * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
** ** * * * * * * * *
366154 T-CAAATAAAATACTATGAA-CGGAACTAAATGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * * * * * **
366217 GAAATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAAATATTTGAAATGGTTTGATAAGCAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTGATAAATAA
* * * ** * *
366271 ATTTACTTTTTAAATCTCTTGCGGATTTATTTTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
366335 TCAAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTGTTTTAT
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
366372 CTGTACAAGC
Statistics
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0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAATAA
Found at i:363678 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 362863--366371 Score: 2355
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362853 CGGCAAACAC
* * * * * *
362863 ATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTC
1 ATTTA-TTTTTAAAT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
362927 TAAATAAGCTT-ATATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGA
64 -AAATAAGCTTGA-ATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * * * * * * *
362990 GATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAAGATATTTAGTTTTTAA
127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* ** * **
363055 A--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTACGTTATTATAAATAATTTTGT
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* * * * * * *
363116 ATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAA-AAATGTTATAACAATTTGAAATAGATTATAGTTT
256 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
363180 AAATGGACATGATTATTTGAACTTG-TTCGATAAACT-G
321 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGA-AAA-TAG
* * * * * *
363217 ATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTACTATTTAATTC
1 ATTTA-TTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
363282 CATATAAACTTGTATAAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTCAA
63 CAAATAAGCTTGAATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * *
363347 ATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTCGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-G-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * ** *
363411 ATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCCAAATACGCTTGT
191 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGT
* * * * * **
363475 TTGAATAGAAACAACTGGTTTATGATAAAACAAGTAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
256 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
363540 CAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAATAG
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGAAAATAG
* * *
363578 CTTTATTTTCTAAAATTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT
1 ATTTATTTT-T-AAATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * *
363642 GAAATAAGCTTGAATGAACATAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TATTTTG
63 CAAATAAGCTTGAATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGA-TTTG
* * * * * *
363705 AAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAGCAAATTCATTTTTTT
126 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAAATT--TATTTTT
* * * * * * *
363770 TAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAATTAGGCT
188 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT
* * * * * **
363835 TATATCAATTG--A-AATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
253 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * *
363897 ATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACTTGTTT-TATAAACAT
317 GTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTCGA-AAATAG
* *** * * * *
363938 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGCCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTA-TTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
364003 CAAATAAGCTTGTAT-AA-ATGGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAA-AGTTATAACAATTT
63 CAAATAAGCTTGAATGAACAT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTT
* * *
364065 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTT
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * *
364129 TAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTGCATTATTTCATTTGAAATAAG
188 TAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG
** * * * *
364192 CTTGTATGAACTA-AAA-AATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATA
251 CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
364255 ATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAT
314 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGAAAATAG
* * * *
364299 ATTCT-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAGTAACTTAATATTATTTTATTT
1 ATT-TATTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
364363 CAAATAAGCTT-ATATGAA-TTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAATATCATAACAATTTA
63 CAAATAAGCTTGA-ATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * *
364426 AAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTC-AGTAAATATATTTATTTTT
126 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTCGA-TAAACAAATTTA-TTTT
* * * * * ** * * *
364489 TTACATTTTTTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAAACT-GTATTATTTTAATCTAAATAAG
187 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG
* * * * * * * *
364553 CTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATATAA-AAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAAT
251 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* **
364617 TGCTT-AAATAGTC-TTA--ATTTGAA-TCAATTTC-ATAAATAG
316 TG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTCGA-AAATAG
* * *
364656 ATTTATTTTTTAAA-TTT-CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTCC
1 ATTTA-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
364718 AAGCAT-A-CTT-ATATGAACAAAAACATTTGTTTTATCAC-AAACAAAAGGTCATAACAAATTG
64 AA--ATAAGCTTGA-ATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
** * * * * *
364779 AAATAGATAATTATTCTTATAGTCATAA-TATTTAAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTA
126 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * ** * * * * *
364843 AATGTCTTACATATTAATTTTTTAAATATTAATTTATTTGTTTTATTTTATTCTAAAAAAGCTAG
190 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
** * ** * ** *
364908 TATGAATTTAAA-ATACTACTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTG
255 TATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * *
364972 TTCATATAGTGTTAACTATTTGAAC-TGGTTCGACAAAAAA
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGA-AAATAG
* * * *
365012 AATTATTTTTTAAATTTCCTAATTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATTT--TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
365077 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAAGCTTATAATGATGTGA
63 CAAATAAGCTTGAATGAACATAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * *** * *
365142 AATATACAATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGATT-GATAAATAGATTTATTTTTTA
127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-G-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
365206 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTG
190 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
* ** * * * *
365271 TATG-ATAAAAAACAATTGTCATATGACCAAAGAAAAGGCAATAACAATTTGAAATAGATAATTA
255 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * ** *
365335 TTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGTAA-AC
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGAAAATAG
* * *
365373 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * *
365438 TGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACATTTCTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTA
63 CAAATAAGCTTGAATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * ** * **
365502 AATAGATAATTATTGACATAGTTGTAACTATTTGAATATTTTTTATAAACAAA-TTATTTTTTTA
127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * ** ** * *
365566 AA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATGAAGGAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTT
190 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
* * * * *
365630 TATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTG
255 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
365694 TTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTG-GTCGATAAACAA
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGA-AAATAG
* * * *
365734 ATTTATTTTTTGAAATCTATT-GTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTA-TTTTT-AAAT-T-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
365798 AT-GAATAATCTT-ATATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGACTAAACGAAAGATCAAAATGATT
62 -TCAAATAAGCTTGA-ATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATT
* * * * * * *
365860 TGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTGATTC-AGTAAATAATTTTATTTT
124 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTT
* * * ** *
365924 TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATCCAAATAAGT
187 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
** * * * * *
365985 TTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAC
252 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
366049 TGTTCATAGAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTT-GATAATTAG
316 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGA-AAATAG
* * * * *
366090 ATTGATTTTTTAATTTT-CTTGGTCATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAC
1 ATTTATTTTTAAATTTTAC-T--T-ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** *** ** * * * * * *
366153 TTCAAATAAAATACTATGAAC-GGAACTAAATGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTT
61 TTCAAATAAGCTTGAATGAACATAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTT
* * * * * * * *
366217 GAAATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAAATATTTGAAATGGTTTGATAAGCAAATTTACTTTTT
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
* ** * * * * *
366282 AAATCTCTTGCGGATTTATTTTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACT
189 AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT
* * * * *
366346 TATATTAACAAAAATAATTGTTTTAT
253 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
366372 CTGTACAAGC
Statistics
Matches: 2469, Mismatches: 551, Indels: 263
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 75 0.03
352 26 0.01
353 74 0.03
354 84 0.03
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362 100 0.04
363 188 0.08
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATTTATTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGAATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA
TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGAAAATAG
Found at i:364252 original size:721 final size:712
Alignment explanation
Indices: 362863--366335 Score: 2410
Period size: 721 Copynumber: 4.8 Consensus size: 712
362853 CGGCAAACAC
* * * * * * *
362863 ATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * *
362927 TAAATAAGCTTATATG-A-ATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAA-GATCATAATGATTT
64 TGAATAAGCTTATATGAACATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCATAATGATTT
* * * * * * * * **
362988 GAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAAGATATT-TAGTTTT
128 GAAATAGATAATT-ATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTATTTTTTT
* * * ** * **
363052 TAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTACGTTATTATAAATAATTT
192 TAATTCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCT
* * ** * * * *
363113 TGTATGAATAGAAACAATTGTT-TTACGATAAAAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATTA-TA
256 TATAT-AAAAGAAATTATT-TTATTAC-A-AAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * **
363176 GTTTAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTT
317 --TTAAATAGTCAT-AATATTTGAA-TTGTTCGATAAACT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
363241 ATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTACTA-TTTAATTCCATATAAACTTGTATAAATAGAA
377 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TCCAAATAAGCTTGTATAAATA-AA
* * * *
363305 AA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAAAGT
440 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * *
363368 CATAACTATTTGAATTCGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
504 CATAACTATTTGAATT-G-TTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * *
363432 AAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCCAAATACGCTTGTTTGAATAGAAACAA-C-TGGTT
567 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATCAT--TT
* * ** *
363495 TATGATAAAACAAGTA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
629 TATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTT
* * *
363559 GAACATGTTTAGA-AAATAG
693 GAACTTGTTTCGACAAATAA
* * *
363578 CTTTATTTTCTAAAAT-T-TTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
1 ATTTATTTT-T-AAATCTATTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
*
363640 TTGAAATAAGCTTGA-ATGAACAT-AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAAT-AT
63 TTG-AATAAGCTT-ATATGAACATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCATAATGA-
* * * **
363701 TTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAGCAAATTCATTT
125 TTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATT-ATTT
* * *
363766 TTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAATTA
188 TTTTTAATTCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-TA
* ** *
363831 GGCTTATATCAATTGAAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
252 AGCTTATAT-AAAAGAAATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
**
363896 TATTCAAATAGTCATGAATATTTGAACTTGTTTTATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
315 TATT-AAATAGTCAT-AATATTTGAA-TTGTTCGATAAAC-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* *** * **
363961 TATAAATTGCCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATGGAA
376 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAAAA
* * *
364026 ACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
441 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* *
364091 TAA-TGATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT
506 TAACT-ATTTGAA-TTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TT
* * * *
364155 -AATATTAACAAATTTGCATTATTTCATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AATCATTTTA
567 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATCATTTTA
* * * * * * *
364218 TGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAA
631 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA
** * *
364283 CTTGTTT-GGTAAACAT
696 CTTGTTTCGACAAATAA
* * * *
364299 ATTCT-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAGTAACTTAATATTATTTTATTT
1 ATT-TATTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * ** *
364363 CAAATAAGCTTATATGAA-TTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAAT-ATCATAACAATTTA
65 -GAATAAGCTTATATGAACATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCATAATGATTTG
* * * *
364426 AAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTAGTTC-AGTAAATATATT-TATTTTT
129 AAATAGATAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAAATTAT-TTTTT
* ** * * *
364489 TTACATT-TTTTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAAACT-GTATTATTTTAATCTAAATAA
191 TTA-ATTCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAA
* * * * * * *
364552 GCTTGTATGAACAGAAACTATTGTT-TTATAATATAAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAA
253 GCTTATAT-AAAAGAAATTATT-TTATTACAA-A-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* *
364616 TTGCTTAAATAGTC-TTA-ATTTGAATCAAT-TTC-ATAAA-TAGATTTATTTTTTAAA---TTT
314 TT-ATTAAATAGTCATAATATTTGAAT---TGTTCGATAAACT--ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * *
364673 -CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAGCAT-A-CTTATATGAA
373 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA--ATAAGCTTGTATAAA
* * * * * * **
364735 CAAAAACATTTGTTTTATCAC-AAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTATTCTTAT
436 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * * *
364799 AGTCATAA-TATTTAAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATGTCTTACATATTAATTT
501 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
** * * * * **
364863 TTTAAATATTAATTTATTTGTTTTATTTTATTCT-AAAAAAGCTAGTATGAATTTAA-AATACTA
564 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAAT-C-A
* * * ** * * *
364926 CTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCATATAGTGT-TAACTA
626 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT-TATAACTA
* *
364990 TTTGAAC-TGGTTCGACAAAAAA
690 TTTGAACTTGTTTCGACAAATAA
* * ** * *
365012 AATTATTTTTTAAATTTCCTAATTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
365077 CGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAAGCTTATAATGATGTG
65 -GAATAAGCTTATATGAACATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCATAATGATTTG
* * *** * *
365141 AAATATACAATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGATT-GATAAATAGATT-TATTTT
129 AAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGATAAATAAATTATTTTTT
* * * * *
365203 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGC
191 TTAATTCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGC
* * ** * * *
365268 TTGTATGATAAAAAACAATTGTCATATGACCAAAGAAAAGG-CAATAACAATTTGAAATAGATAA
255 -T-TAT-ATAAAAGA-AATTATTTTATTA-CAAAAAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * **
365332 TTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGGTAAAC-ATTCACTTTTTAAATCACTTACT
314 TTATT-AAATAGTCATAA-TATTTGAATTG-TTCGATAAACTATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * *** *
365396 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AA
376 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAA
* * * * * * * * * * *
365460 AACATTTCTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTGACATAGTT
440 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * ** *
365525 GTAACTATTTGAATATTTTTTATAAACAAA-TTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTG
505 ATAACTATTTGAAT-TGTTAGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* ** * * * *
365588 AAATATGAAGGAATTAGTATTATTTTATTTTG-GATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTATTTT
567 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATCATTTT
* * * * *
365652 ATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGA
630 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGA
* * *
365717 ACTTG-GTCGATAAACAA
695 ACTTGTTTCGACAAATAA
* * * *
365734 ATTTATTTTTTGAAATCTATT-GTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTA-TTTTT-AAATCTATTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
365798 ATGAATAATCTTATATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGACTAAACGAAA-GATCAAAATGATTT
64 -TGAATAAGCTTATATGAACATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCATAATGATTT
* * *
365861 GAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAAC-TGATTC-AGTAAAT-AATT-TTATT
128 GAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAATAAATTATT-TT
* * * * * *
365922 TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATCCAAATAA
189 TTTTAATTCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAA
* * * * * ** * *
365983 GTTTGTACAAACAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
253 GCTTATA-TAA-AAGA-AATTATTTTATTACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * * *
366048 CTGTTCATAGAGTCTTAACTATTTGAATTGTTTGATAATTA-GATTGATTTTTT-AATTTTCTTG
314 TTATT-AAATAGTCATAA-TATTTGAATTGTTCGATAA--ACTATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
* * * * * * * ** ** * **
366111 GTCATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAAATACTATGAA-CG
374 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAA
* * * * * * *
366175 GAACTAAATGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTGAAATAG
439 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * ** *
366240 TCAAAAATATTTGAAATGGTTTGATAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTGCGGATTTATTTTC
503 TCATAACTATTTG-AATTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-
*
366305 TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
566 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
366336 CAAACAAACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (712 bp):
ATTTATTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
AATAAGCTTATATGAACATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTATTTTTTTTAAT
TCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTATAT
AAAAGAAATTATTTTATTACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAATAGT
CATAATATTTGAATTGTTCGATAAACTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
TTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTGTTTCGACAAATAA
Found at i:366691 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 366375--368096 Score: 466
Period size: 180 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
366365 GTTTTATCTG
* * * *
366375 TACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAAAGAGA
* * * * ** * * * *
366440 TTTAGAAAATAAATTTGTTTATCAAATTAGTTTAAATGGTTAAGCCTATTAGAAAAATTATCTTT
66 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTAT
*
366505 TTAAAATCATTT-TGACCATTT-ATTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAA
131 TTAAAATC-TTTATAACCATTTAATTT-GTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAA
* * *
366556 TACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAATAA-TT-ATCAATATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAG
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAAT-AATATTTCAAAAATAAATAAGAAAGAG
* ** ** * *
366619 ATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTTAACAATTCTCT
65 ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCT
* * * *
366684 ATTTAAAATCTTTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAGTTGTTTTAGTTAA
129 ATTTAAAATCTTTATAACCATTTAATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAA
* * * * * * * * ** *
366737 TACAAGTTTAGAT-GGACTAAACTAATACTAA-TTAATAATGTTTCTTAAATTATAGTTATGATA
1 TACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTC--AAA-AATAAATAAGA-A
** * * ** * * * *
366800 TTTAAATTTTATAAAATATTAAAAATTTATTTTTA-CAAATTATTTAAAATAATTATG-C-A-T-
61 -AGAGA-TTTA-AAAA-A-T--AAATCTA--TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
* * * * * *
366860 G-AATATTAT-TTTTTCAAAT-TGT-T---CA--TAGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTT---TTA
117 GAAAAATTATCTATTTAAAATCTTTATAACCATTTA-ATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTA
366912 TCA
181 --A
* * * * * * ** *
366915 TACAAGTTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTAAAAAATTCATATGTATAA-
1 TACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAG-A-AAG
* * **** ** * * * *
366979 A-ATTTATAAAATAAATCTGTTTATTGTAGTAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAAAAATTATA
63 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATC
* * ** * * * ** *
367043 TATTTCAAA-CTCTATAACC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
128 TATTTAAAATCTTTATAACCATTTAATT-TGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAA
** * ** * * ** *
367096 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGCAATAATA-TTCTAAAAATTAAGAACTAAGAA
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTC-AAAAATAAATAAGAAAGAG
* * * * * * *
367160 ATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGGTAAGGCTA-TATGAACAA-T-TCT
65 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAAAAATTATCT
* * * * * * * ** * **
367222 TTGTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT-ATTAAACCATT-TTTTAGTTCT
129 AT-TTAAAATCTTTATAACCATTTAATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAA
* ** * * * * * *
367274 TTCTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AACAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATTAGTAAGA
1 TAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATAA-TAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAAAGA
* * * ** * * *
367337 GATTTAAAAAATAATTCTATTCGACGAGCCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTA-AATAATTAT
64 GATTTAAAAAATAAATCTATT-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAAAATTAT
* * * * ** * **
367400 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAA-TGTTTTTGTTCAA
127 CTATTTAAAATCTTTATAACCATTTAATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTT-AA
* * * * * * * * *
367455 -ATAAGTTTGTTCTGAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAATAAG--AGA-A
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAAAGAGA
* * * * * * * * *
367516 -TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCCAGTTCAATTAATTTA-ACTATTTA-AAAAATTATTTA
66 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAAAATTATCTA
* * * * *
367578 TTTCAAAT-TGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA-TTCA
130 TTTAAAATCT-TTATAACCATTTAATTTGTCATAAAAAAATTG-TTTC-AGTTAA
** * * * ** * *
367631 TACAATTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATG-G
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAG-AAAGAG
* * * * * * * * * * *
367695 ATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTGCCTAAC-TGATGCAAACAATTATGACTGTTTGAAAAATTATG
65 ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATC
* * * * * * * * *
367758 TATTTCAAACCGTTATAACC--TTATGTTTATCACAAAACATTTGTTTCTA-TTAG
128 TATTTAAAATCTTTATAACCATTTA-ATTTGTCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTAA
* * * * * * * * *
367811 TACAAACTTATTCAAAATAACATAAGT-CTAACTTATTAATA-TTCTAAAACTTAATAAGTAAGA
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TAATAATTTAATAATATTTC-AAAAATAAATAAGAAAGA
* * ** * * ** * * * *
367874 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGCTCAAATAGTTTTGACTGTTCGAACAATTATTT
64 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCT
** ** * * ** * *
367939 ATTTCGAATAATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
129 ATTTAAAATCTTTATAACCA-TTTAATTTGTCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTAA
** ** * * * * * *
367992 TACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGT-AAAAATTAATAGGTAGGAG
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATT-TCAAAAATAAATAAGAAAGAG
* * *
368056 ATTTAAAAATTAAAACTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
65 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
368097 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 1159, Mismatches: 289, Indels: 186
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 15 0.01
169 6 0.01
170 1 0.00
171 2 0.00
172 2 0.00
173 10 0.01
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186 11 0.01
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189 2 0.00
190 1 0.00
191 7 0.01
192 15 0.01
193 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTAT
TTAAAATCTTTATAACCATTTAATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTAA
Found at i:367395 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 367369--367419 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
367359 GACGAGCCAA
367369 TTCAAATAATTATGACTAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
367388 TT-AAATAATTAT--CTAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
*
367404 TTCAAATCATTATGAC
1 TTCAAATAATTATGAC
367420 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 9 0.32
18 10 0.36
19 3 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:367764 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 366888--368381 Score: 1195
Period size: 357 Copynumber: 4.2 Consensus size: 356
366878 TTGTTCATAG
* *
366888 TTTTGTCAT-AAATAATTGTTTT-TA-TCATACAAGTTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAA-TTT-ATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * ** *
366950 ATTAGTATTTAAAAAATTCATATGTATA-AAATTTATAAAATAAATCTGTTT-ATTGTAGTAGTT
64 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATTTGA--CTAACAATT
* * *
367013 CAAATACTTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAA-C-TCTATAACCTTTTGTTCTATCA-
124 CAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGT-TATAACCTTTTGTTTTATCAC
* * * ** ** *
367075 TAAAACAATTATTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGCAATAATATT
188 T-AAACAAATGTTTTTGTTCAGAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** **
367139 CTAAAAATTAAGAACTAAGA-AATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGGT
252 CTAAAAATT---AA-TAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTT
* * * *
367202 AAGGCTATATGAACAATTCTTT-GTTCAAATCATTATGACCTTTTA
313 AA--CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTA
* * * * * * *
367247 TTTTGT-ATTAAACCA-T-TTTT-TAGTTCTTTCTAACTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA-TTCATAC-AATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
367308 ATTAATATTTCAAAATTTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTCGACGAGCCAATTCA
64 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-T-TATTTGACTA-ACAATTCA
* * *
367373 AATAATTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TA
126 AATAATTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCACTA
* * * * * * *
367436 AACAAATGTTTTTGTTCA-AATAAGTTTGTTCTGAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTTA
190 AACAAATGTTTTTGTTCAGAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
*
367500 AAAATTAATAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGCCAGTTCAATTAATTTAACTAT
255 AAAATTAATAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CCAGTTCAAATAATTTAACTAT
* * **
367563 TTAAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTA
319 TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTA
** *
367601 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAATTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAA-TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
367666 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATTAGTTTGCCTAACTGATGCA
65 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AATTA-TTTGACTAAC-AATTCA
* * * * * *
367730 AACAATTATGACTGTTTGAAAAATTATGTATTTCAAACCGTTATAACCTTATG-TTTATCACAAA
126 AATAATTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCACTAA
** * * * * * * *
367794 ACATTTGTTTCTATT-AGTACAAACTTATTCAAAATAACATAAGT-CTAACTTATTAATATTCTA
191 ACAAATGTTTTTGTTCAGAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTA
* ** * * *
367857 AAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGCTCAAATAGTTTTGAC
255 AAAATTAATAAG--AGA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATA-ATTTAAC
* * * * * *
367922 TGTTCGAACAATTATTTATTTCGAATAATTATGA-TATTTTG
316 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTA
367963 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATAC-AATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
368027 TTAATATTGTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAAAACTATTT-ACTAAACAAGTTCA
65 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA--ATAATTATTTGACT-AACAA-TTCA
* * * * * * * * *
368091 AATAGTCATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTTGTTTTAT-AGTAA
126 AATAATTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCACTAA
* * * *
368155 A-ACAATAGTTTTTGTTCAGAAGAA--TTATTAAGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
191 ACA-AAT-GTTTTTGTTCAGAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * *
368217 GAAAATTAATAAGAG-ATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTA
254 AAAAATTAATAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATT-TAACTA
* * *
368281 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTA
318 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTA
* * * * * * * * *
368319 TTTTATTATAGAACAATTG-TTTCTTTTTATATAAGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAA-TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
368382 CATAATAAAA
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 180, Indels: 101
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
353 16 0.02
354 60 0.07
355 17 0.02
356 69 0.08
357 253 0.28
358 163 0.18
359 41 0.05
360 10 0.01
361 197 0.22
362 74 0.08
363 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATTTGACTAACAATTCAAATAA
TTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCACTAAACAAA
TGTTTTTGTTCAGAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
AATAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTTAACTATTTGAACA
ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTA
Found at i:368147 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 366887--368381 Score: 1128
Period size: 180 Copynumber: 8.4 Consensus size: 180
366877 ATTGTTCATA
* * ** *
366887 GTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTTTA-TCATACAAGTTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTT-ATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * ** **
366950 ATTAGTATTTAAAAAATTCATATGTATA-AAATTTATAAAATAAATCTGTTTATTGTAGTAGTTC
65 ATTAATATTTTAAAAATTAATA-GTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
* * * *
367014 AAATACTTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAA-C-TCTATAACCTTTT
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTT
* * * * * * **
367066 GTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGCA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
367131 ATAATATTCTAAAAATTAAGAACTAAGAAATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAA
66 TTAATATTTTAAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAA
* * * * *
367196 ATAGGTAAGGCTATATGAACAA-T-TCTTTGTTCAAATCATTATGACCTTTT
130 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
367246 ATTTTGT-ATTAAACCATT-TTT-TAGTTCTTTCTAACTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * **
367308 ATTAATATTTCAAAATTTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTCGACGAGCCAA-TT
65 ATTAATATTTTAAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTT-TACTAAACAAGTT
* * *
367371 CAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * ** * *
367425 GTTTTGTCAT-AAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTCT-GAATAAAATAATATTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
367488 ATTAGTATTTTAAAAATT-A-A-TAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCCAGTTCAA
65 ATTAATATTTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAA
* * * * * * ** *
367550 TTAATT-TAACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTT
130 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** ** *
367600 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAATTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
367665 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATTAGTTTGCCT-AAC-TGAT
65 ATTAATATTTTAAAAATTAAT-AGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAACAAG-T
* * * * * * * * * *
367727 GCAAACAATTATGACTGTTTGAAAAATTATGTATTTCAAACCGTTATAACCTTAT
126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *** * *
367782 G-TTTATCACAAAACATTTGTTTCTATT-AGTACAAACTTATTCAAAATAACATAAGT-CTAACT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-TACTAATT
* * * * *
367844 TATTAATATTCTAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGCTC
64 TATTAATATTTTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
* * * * * * **
367909 AAATAGTTTTGACTGTTCGAACAATTATTTATTTCGAATAATTATGATATTTT
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
*
367962 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
368027 TTAATATTGTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAAAACTATTTACTAAACAAGTTCAA
66 TTAATATTTTAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAA
* * * * * *
368092 ATAGTCATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTT
130 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * ** *
368143 GTTTTAT-AGTAAAACAATAGTTTTTGTTCAGA-AGAA-TTATTAAGAACAAAATAATACTAATT
1 GTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
* * *
368205 TATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAACCAA-TTC
64 TATTAATATTTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTC
* *
368266 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTT
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * * *
368318 ATTTTATTATAGAACAATTGTTTCTTTTTATATAAGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
368382 CATAATAAAA
Statistics
Matches: 1034, Mismatches: 238, Indels: 91
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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179 70 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
Found at i:368321 original size:718 final size:714
Alignment explanation
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Period size: 718 Copynumber: 1.8 Consensus size: 714
367010 GTTCAAATAC
* *
367020 TTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAACTCTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
1 TTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAACTCTATAACCTTATGTTCTATCACAAAACAATT
* * * ***
367085 ATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGCAATAATATTCTAAAAATTAA
66 ATTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGCAATAATATTCTAAAAATTAA
* * * *
367150 GAACTAAGAAATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGGTAAGGCTATATGAA
131 GAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGGTAAGACTATATGAA
* * * * * * * *
367215 CAATTCTTTGTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTATTAAACCATTTTTTAGTTCTTTCTAA
196 CAATTATTTGTTCAAATAATTATGACATTTTATTTTGTATAAAACAATTTTTTAGTTCATACAAA
*
367280 CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATTAGTAAGAGATTTAAA
261 CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAA
** ** * * * *
367345 AAATAATTCTATTCGACGAGCCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
326 AAATAAAACTATTCGACGAAACAATTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTCAAA
* * * * ** *
367410 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTCTGAATAAA
391 TCATTATGACCTCTTGTTTTATCATAAACAAATGTTTTTGTTCAAAGAAG-TTATTAAGAACAAA
* *
367475 ATAATATTAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA
455 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA
* * * * **
367540 GCCAGTTCAATTAATTTAACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTT
520 GCCAATTCAAATAATTTAACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCATTTATTTT
*
367605 GTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAATTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAA
585 ATCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAATTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAA
367670 TATTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTAGTTTGCCTAACTGATGCAAACAA
650 TATTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTAGTTTGCCTAACTGATGCAAACAA
* * *
367735 TTATGACTGTTTGAAAAATTATGTATTTCAAAC-CGTTATAACCTTATGTT-TATCACAAAACAT
1 TTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAACTC--TATAACCTTATGTTCTATCACAAAACAA
* * * *
367798 TTGTTTCTATT-AGTACAAACTTATTCAAAATAACATAAGT-CTAACT-TATTAATATTCTAAAA
64 TTATTTCTATTCA-TACAAACTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAA-TGCAATAATATTCTAAAA
* * * * ** * * ** *
367860 CTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGCTCAAATAGTTTTGACTGT
126 ATTAAGAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGGTAAGACTAT
* * * *
367925 -TCGAACAATTATTTATTTCGAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
191 AT-GAACAATTATTT-GTTCAAATAATTATGACATTTTATTTTGT-ATAAAACAATT-TTT-TAG
* * *
367988 TTCATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGT-AAAAATTAA-TAGGT
251 TTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATTA-GT
* * * * * * *
368051 AGGAGATTTAAAAATTAAAACTATT-TACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAAC
314 AAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTCGACGAAACAA-TTCAAATAATCATGACCATTTAAACAAC
*
368115 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTTGTTTTAT-AGTAAA-ACAATAGTTTTTGTTCAGAAGA
378 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTTTTATCA-TAAACA-AAT-GTTTTTGTTCA-AAGA
* * *
368178 A-TTATTAAGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAC
439 AGTTATTAAGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAA
* * * *
368242 TAAATTTGTTTACTGAA-CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC
504 TAAATTTGTTTACT-AAGCCAATTCAAATAATT-TAACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATC
* * *
368306 ATTATGATC-TTTATTTTATTATAGAACAATTGTTT
567 ATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
368341 CTTTTTATAT
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 88, Indels: 35
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
714 3 0.01
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720 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (714 bp):
TTATGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAACTCTATAACCTTATGTTCTATCACAAAACAATT
ATTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGCAATAATATTCTAAAAATTAA
GAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGGTAAGACTATATGAA
CAATTATTTGTTCAAATAATTATGACATTTTATTTTGTATAAAACAATTTTTTAGTTCATACAAA
CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAAACTATTCGACGAAACAATTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTCAAA
TCATTATGACCTCTTGTTTTATCATAAACAAATGTTTTTGTTCAAAGAAGTTATTAAGAACAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAG
CCAATTCAAATAATTTAACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCATTTATTTTA
TCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAATTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAAT
ATTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTAGTTTGCCTAACTGATGCAAACAA
Found at i:369331 original size:180 final size:181
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Indices: 368417--376626 Score: 3882
Period size: 181 Copynumber: 45.9 Consensus size: 181
368407 GAACTAGTTT
* * ** * **
368417 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTG-ACATTTTGTTGAGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * *** *
368481 AAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCA
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* *
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129 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCA-GTTTACT-GAACCAA--TTC
* * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
368663 AAACAATT-TCTGCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATTT
65 AAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTT
* * * * * * *
368726 CAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGTTA-TTT-TTCATACCAATTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACTGA-ACCAATTC
* * * * *
368780 AAATAGTTACGACCATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATTGTTATG-A-TTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * *
368842 AAAAAAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
64 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * *
368906 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGC-GTTTGCCAAATCAGTT-
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CAGTTTACTGAACCAATTC
* * * * * * * * * *
368959 AAAGTGGTTAAGATTATTAGAATAATTTTCTATTTCACATTGTTCT-AACCTTTTATTTAGTCAT
1 AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * *
369023 AAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGTAATAAATTAATACTAATTTATTAA-ACATT
64 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* ** *
369087 CAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAA-CAGGTTC
128 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTACT-GAACCA-ATTC
* * ** * * *
369143 AAATAATTATGATTATTTGAATTATTATTTATTTAAAATAGTTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
369207 AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATATTACTACTTCT-TTAATATTTAA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCA
*
369271 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCAATTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAATTC
* * * * * * * * **
369323 AAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAACTGTTATTACCTTTCGTTTTGTTGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* **
369388 AACAATTGTTT--TTTACCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTC
66 AACAATTGTTTCAGTT--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * *
369450 AAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTA-TTTACCAAACCAGTTT
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACTGAACCAATTC
* * * * *
369499 AAATATTTATGACAATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTT-TCCTT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGT-CAT
* * * *** *
369562 AAAACAATTATTTCTA-TTCGTACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
64 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * ** * * *
369626 TGAAAATTCA-CAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTTT
128 CAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCA-ATTC
* * * * * * * *
369681 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTGTTATCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
369746 AATAAATATTTTAGTTCATACAAGTTTAATCGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * **
369811 AATTTTATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAATTCTA-TTCACAAAACCAATTC
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAACCAATTC
* * ** * * *
369862 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-TACTTTTTATTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
369926 AAACAATTATTT-TGCTCATATATATGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACA-A-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * * * *
369990 AAAAAATTAATCTGTAA-ATGATTCAAAAAGTAAATTTA-TATATTGAACCATTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACTGAACCAATTC
* * * *
370044 AAATAGTTTTAACTATTTGTAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * * *
370108 CAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTAATAATATTTC
64 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
370173 AAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAAAATAAATCTA-ATTACTGAACCAATTC
129 AAAAATTAATAAGTAAG-AGATT-TAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAACCAATTC
* * * ** ** * * *
370228 GAATAGTTAAGAATACATGAATGATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG--TTGCCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * *
370291 AACAATT-TTTTTGCTCATACAAGCTTAATCAAATTAAAATAATACAAATTTAGTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
370355 AAATTAATAAGTAAGATAATTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACCAGTTC
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAATTC
* * * * * ** * * *
370406 ATATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTG-ACCTTTGTTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* ** ** * * * **
370470 AACAATTGTTTTAGTTTGTACAAGCTTATTCGGAATAAATTAATAGTAATTTATTAACATTTGGA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
*
370535 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTA-TTTACTGAA-CAAGTTC
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* * ** * * * *
370585 AAATAGTTATTACTATTTCAACAATTGCCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * *
370650 AAACAATTGTTTCGGTTAATACAAGCTTATAT-AGAATAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * *
370713 TAAAATTAACAAG---GA-AATTAAAACAATAAATTTA-TTT-GTCGAA-TAGTTA
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAA-TCAGTTTACT-GAACCAATTC
* * * * * ** * *
370762 AAATAATTAAGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
** *
370827 AACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCA
66 AACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * ** *
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130 AAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACTGAACCAATTC
** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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129 AAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAA--TTC
* * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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128 CAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACTGAACCA-ATTC
* * * * *
371306 AAATAGTTATGATTATTTTAACAATT-T-TATATTCAAAATCGTTATG-TCTTTTTGTTTTGCCA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTC-AAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCA
* * * ** * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * ** **
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** * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
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65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * ** *
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129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAACCAATTC
* ** * * ** * * *
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1 AAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-GAACTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * ** * *
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* * * * * * * * *
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128 CAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAATTC
* * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * *
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* ** *
372145 AAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAACCAATTC
* *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* ** * *
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* * ** *
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127 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACTGAACCAATTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * * *
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65 AAACAATTGTT-TCAGTTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * ** * * *
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128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAATTC
* * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
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* * * *
372686 GAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-AAGCCAGTTT
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAA-CCAATTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * ** *
372804 AATAATTGCTTCTTTTTATAC-AGTCTTA-T-AAGGAATAAAGCAATGCTAATTTATTAATA-TT
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* ** *
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128 C-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCA-GTT-TACTGAACCAATT-C
* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * * *
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66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * *
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* * **** * *
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1 AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
373160 AAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATTATACAAATATATTAATA-CT
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* * * * * *
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* * *** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT-TTGTTTTGTCATA
*** * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * * ** **
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
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* * * *
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* *
373634 AAATAGTTATGACTATGTGAA-ATATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * ***** * * * *
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64 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC--TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATAT
** ** * * * *
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126 TTCAAA-AAT-TAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAA--TT-C
** * ** * * * *
373806 AAATAAATATG--TTTTCTGAACACATTCAAATAGTT-ACGACTGTT-TGAACAATTATCTATTT
1 AAATAGTTATGACTATT-TGAACA-ATT-ATCTATTTCA-AATTGTTATGAAC--TT-T-TGTTT
* * * ** * * * *** * * * *
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* * * * ** * *
373924 TATTCGAA-A--TAAAATAATACTAATTTA-TTA-ATATTCCAAAAATTAATAAG--TA---AA-
117 TATT--AATATTTCAAA-AAT--TAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAC
*
373978 -AGATTT
176 CA-ATTC
** * * * * ** * * ** *
373984 AAA-AAATA-AATCTATTT--ACCA-T-GCAAGCTCAAATAGTTATG-ATTGTTTGAACAATTAT
1 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACT-TTTG---TTTTGT
* *** * *** * * ** * *
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61 CATAAAAC-AATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTAT-TCA-AAATA-AAATAATACTAATT-TAT
* * * * * ** ***
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120 TAA---TATTT--CA-AAAATTA-A-TAA-GTA--AGAGATT-TA-AAA--AATAAATCAGTTTA
* * * *
374162 TTTAA-AAAAT-
170 CTGAACCAATTC
* * * * * **
374172 AAATCCA-TCATGTCTATTTGAACATTTATGTATTTTAAATTGTTATG-ACATTTTGTTTCATCA
1 AAAT--AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * *
374235 TAAAA-AATTTATTTCTGTGCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTGATATT
63 TAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * *
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127 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAATTC
* * * ** * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * *
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* * ** * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
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* * *
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1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* ** *
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** * * * *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * ** * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * * * *
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66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-A-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * *
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65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* *
376598 AAAATTAATAAATAATG-GATTTAGAAAAT
130 AAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT
376627 GTATTTATTA
Statistics
Matches: 6142, Mismatches: 1423, Indels: 928
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AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
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** *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* *
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ACTATTTCAAATAATTAT
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* *
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*
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* * * * * * *
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** * * * * * * **
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*
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** * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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*
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* * ** *
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** * * *
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* *
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* *
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***
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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**
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* * * ** * * * *
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* * ** ** * * * * * *
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* * * * * *
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258 CCTAATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTT--CAA--AG-A-AGAGA-TT--AAA
* ** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * **** * * * *
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* ** * * * * *
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GATATGA
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* *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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** * * *
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* * *
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* **
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* **
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*
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ATTCACAAGATTCCAAGTTTCACAGAGGTTCTAGATTCACAAAGGTTTCAAGTTT
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* *
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* *
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* *
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* *
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*
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*
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*
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*
387085 AATAA TAATAA TAATGAA AATAAA AATCTAA AAGTAA AATGAA AATAA AATAG
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*
387138 AA-AA AGTAA AATAA AATAA AATAA AATAA AA
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AATAA
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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1 AATATTTC-AAAAATTAATAAG-A-GAG-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAACAA-TTCA
* * **
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* * * * * *
388745 ATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAAAACTACTTTATT
125 ATAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
388799 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAAA-AAATCAGTTTGCTGAATCAATTCAAATAAT
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* * * *
388862 TATGGCCATTTGAATAACTATCTATTTCAAA-CATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGT
66 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T
*
388925 TGTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATT
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* * * * * *
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1 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAAC-AATTCAAATAG
* ** * ** *
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65 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
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TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
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389145 TTGACCAATG
* ** * * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTT-TTTTGTCATA
* ** * *
389220 AAATCAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGATATAACATAA-ATCTAATTTATTAATA-T
64 AAA-CAATTGTTTCATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
389282 TTCAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATA-AGTT
127 TTAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-C-AAAACAGTT
* * ** * * *
389336 CAAATGGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTATTGTGCCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-TT-TGTCATA
* * * * * *
389401 AAATAAAAT-TTTC-TATTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-GTAAATTTATTAACA-
64 AAA-CAATTGTTTCATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *** *
389461 TTCAGACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCCGTTTACCAAATA-AATT
126 TTTA-AAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CAAA-ACAGTT
* * * * * *
389516 CAAATAATTATGACTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTATCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTT-TTTTGTCATA
* * * * *
389581 AAAGAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTCATATTTT
64 AAACAATTGTTTCATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * **
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129 AAAAATTAATAA--G-AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACAAAAC-AGTT
* * * * ** *
389697 CAAATAGTCATAACTATTT-AA-ATATTATCTATATCAAATCGTTATGACCTCTTTTTTCATAAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TCTTTTTTTGTCAT
* * * *
389760 AAAACAATTGTATCA-GTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
63 AAAACAATTGTTTCATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * **
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128 TAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACAAAAC-AGTT
* * *
389873 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-TTTTGTCATAA
* * *
389938 AATAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCC
65 AACAATTGTTTCATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-T
* * * *
390001 T-AAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTATGAACACA-TT
128 TAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTA-CAAAACAGTT
* * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTT-T-TTGTCAT
* * * *
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63 AAAACAATTGTTTCATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** *
390176 CATAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAA-AAATCTATTTACCGAGCTAGCTT
128 TAAAAATTAATAAG---AAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACAAAAC-AG-TT
* * * *
390230 -AAATAGTTATGACTGTTTGAAC----AT-TAGTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTGTGTTAT
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* * * * *
390288 AAAACAATTGTTTC-TATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATTC
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* * * *
390352 TAAAAATTAATAGGCAGGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTCCTGAAAA-AATT
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* * * ** *
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** * *
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*
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* ** * ** *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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64 AAACAATTGTTTCATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * *
391601 AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTGCTGCATA-AGTT
129 AAAAATTAAT-AA-GA-AGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTAC--AAAACAGTT
* * * ** *
391653 CAAATAGTTATGGCCT-TTTGTACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATTATCTTTTTTT-TCATAA
1 CAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTGTCATAA
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
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* * **
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* * * * * *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AATCATTATGACCTTTTG
* **
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65 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
391049 TAATATTTCAAAAATTATTAACCT-AGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTC
130 TAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
391100 CAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTT
1 CGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
391163 GTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCTA-ATAATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATT
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* * * * **
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127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * * * * ***
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* *
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* * * * * * **
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
391527 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACATCTCCAAAATGAAATAATACTACTTTAT
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* *
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130 TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * ** * *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTT
* * * * *** * ** * **
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** ** *
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127 TATTAATATTT-C--AA-A-AA---TTAAT-AA-ATA-AGAG---ATTTAAAA-AATA-AAT-CT
*
391829 AATTTA-
175 -GTTTAC
** * * * * * * * * * *
391835 TTAA-TATTTCAAAAACTAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATTAGTTCAAA
1 CGAACAAGTT--AAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-ATT-T-AAATCA-TT---A
* * * ** * ** ** * * **
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** * * *
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* * * * * * *
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1 ------C-GAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATG
* ** ** ***
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* * * * * * *
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121 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
392245 TGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATTACTTTTT
1 CGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** * ** * * *
392309 GTTTTGCCATAAAAAAATTGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
392374 TTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTAC
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
* ** * * ** ** **** *
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65 -TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * *
392556 TTAATA-TT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTAC
129 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * ** * * * *
392607 TAAATAAATTCAAATAGACATGACCATTTGAA-ATATTAGCTATTT---T-GTTATGA-CATTT-
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
392665 TTCTATCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
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* * *
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128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTAC
* ** * * * * **
392776 CTAGATTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-CTATCTCAAATCGTTATGGTC-TTT
1 CGA-ACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * **
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* * * * * *
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128 ATTAATATTTCA-AAAATTAATAAATAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * ** *
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1 CGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTT
* * * * * ** * *** *
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* * * * *
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* * * *
393137 CGAACAAATTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
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* ** * * * * ** * *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
* * *** *
393563 TTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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1 CGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * ** * * *
393743 GCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTT
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* * *
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128 ATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * ** * * * * * *
393853 TAAACCAGTTCTATTATTTATAACAATTT-AGACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTT
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTT
* * * * ** * * *
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* * * * * **
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128 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * ** * * * * *
394034 CTATCCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTC
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * **** * *
394099 TTTTATTACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTA
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* * * * * *
394163 TTATTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAACTGAATCTGTTTAT
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *** *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
394280 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATT
65 TTTTGTCATAAAACAA--TTATTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
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* * * * * ** *
394397 CGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATATTTATTTATTTCAAATCATTATTTCTTTTTG
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * ** * * *
394462 TTTTATCATAAAATAAAATTTTTTTA-TTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAGTAGTTT
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* ** * * * * *
394526 ATTGATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *** * * * *
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1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA--A-TTATCTATTT-AAATCA-TTATGACCT
*** * * * * ** * * * *
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* * * * * *
394709 ATTTATTCATATTCTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
124 ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * ** **
394767 CGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTTTCTATTTCAAATCGCTATGATATTTT
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * *
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* * * * **
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* * * *
394947 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTT
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * * * * * * * * * *
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64 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACT-TATCCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
395075 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATTAAATCTGTTTA-
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * **
395127 CAAACAAGTTCAAATGGTTATGACTGTTTCAACAAATATTTATTTCAAAT-AGTTATGATTTTTT
1 CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACCTTTT
* * * *
395191 GTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTA-TTCAT-ACAAGTT-TGCTCAAAATAAAATAATAATAAT
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** * * *
395253 TTATTAATA-TTCTAAAAATT-ATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
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* * * * * * *
395307 TGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT
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* * ** * * * *
395371 GTTTTGTCATAAAAAAATTTGTTTTTGTTCATGTAAAA-TTATTCAAAATAAAATAATACTGATC
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** * * * * *
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*
395485 CGAA-AGAGTTTAAATAGTTAT
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* * *
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* * * * * * * *
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1 TAAATGTGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA-AATC
* * * * *
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64 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAA
** * *
391035 TAATACTTCTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAACCT-AGAGATTTAAAAAC
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
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1 TAAATG-TGTTTT-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAA
* * * * * * *
391149 TCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCTA-ATAATACAAGCTTATTC-GAATA
62 TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAAT-
* * *
391211 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAA
125 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
** * * * * * *
391267 TAAATGTGTTTGTCGAATTAGTTAAAATTGTTAAGACTGTTAGAATAATTATATATTTCAAAT-A
1 TAAATGTGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * * **
391331 GTTCTGACCTTTTATTTAGTCATCAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
65 -TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAA
*
391396 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGC-ATA-AGATTTGAAAAAA
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-CTA-AGAGATTT-AAAAAA
* * * * * * * *
391449 TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATGGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCA
1 TAAATGTGTTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* ** * * * * * * * *
391514 TTATAAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACATCTCCAAAATGAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* *
391579 AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
** * * * * * * * *
391630 TAAATCAGTTTGCTGCATAAGTTCAAATAGTTATGGCCT-TTTGTACAATTATCTTTTTCAAATT
1 TAAATGTGTTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
* * *
391694 GTTATTATCTTTT-TTT--TCATAAAACAATTATTT
64 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
391727 TTCAACATAG
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TATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
Found at i:392100 original size:181 final size:180
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391788 TGTTTTTCAA
* * * *
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* * * **
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
392282 ATCTACTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTGTTTTGGTT
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* * * * * *
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* * * * * * **
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66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * *
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131 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTTATCATAAAATAATT-GTT-TTATT
* * ** * * * **
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1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * ** * * *
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* * *
392646 CTATTT----T-GTTATGA-CATTT-TTCTATCATAAAATAATTGTTTTTATT
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*** *
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1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
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* *** *
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* * * ** * *
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1 CATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
393047 CATACATGCTTGT-TTGA-AATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAGAATATTACTAAGAAA
1 CATACAAG-TT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
393110 GAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAAAAATT
64 GAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
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127 ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTA-TT
* * * * * * **
393229 CATAAAAGATTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTGAA-AAGTTG
1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT-AATAAGTAA
* * * * * * * * *
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64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTAT
* * * *
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* * * *
393410 CATATAAGCTTATTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATGAGTAAG
1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
393474 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-ATTATA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATC
* * * *
393538 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTT
130 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TATT
* * * * *
393590 CATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-ATGAAAATTAATAACTAA
1 CATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * * ***
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1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * *
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66 GATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACTAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGA-ATAATTA
* * * * * *
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* * * * *
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1 CATACAAGT-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-
* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 CATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
394372 AGATTTAAAAAATAACTCTATTTACCGAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATATTTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTAT
* * ** * *
394436 TTATTTCAAATCATTATTTCTTTTTGTTTTATCATAAAATAAAATTTTTTTATT
129 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAT--AATTGTTTTATT
* * * * * * * *** * *
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1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * **
394555 GATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAGGTTCAAATAAACATAAG--TATTTGAATATTAT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA-ATTCAAAT--AGTTAAGACTATTTGAATA--A-
* * * * * * * * *
394617 TTATCTATTTCAAATCATTTATGACTTTTTGTTTCACCATAAAACAACTGTATCAGTT
125 TTATCTATTTCAAATC-GTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTA-TT
* * * * * * * * *
394675 TATATATATGCTTATTCAAAATAAAACAGTAATAATTTATTCATATTCTGAAAAATTAATAAGTA
1 CATACA-A-GTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAAATTAATAAGTA
* * *
394740 AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAAC-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAT
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAA-
* * * ** * *
394802 TTTTCTATTTCAAATCGCTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
125 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TATT
* **
394859 CATACATGCATATTCTA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA
1 CATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** *
394922 -AAATTTGAAAAATAAATTTGTTTTTTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAT-AATT
* * * * ** * ** *
394984 ATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTATCATATACCAGTCATTTCTGTT
127 ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TATT
* * * *
395039 CAGACAAGTGTATTC-GAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
1 CATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
395102 AAGATTTTAAAATTAAATCTGTTTAC-AAAC-AAGTTCAAATGGTTATGACTGTTTCAACAAATA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTA
* * * ** ** * *
395165 TTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTATT
128 TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TATT
** * * * * *
395219 CATACAAGTTTGCTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATT-ATAGGTAGGA
1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
395283 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC-AAGTTCAAATAGTCATA-TCCATTTAAACAATTAT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTAT
* * *
395346 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTGTTTTTGTT
129 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TTG-TTTTATT
** ** * * *
395400 CATGTAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATT
1 CATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
395445 TTGAAAATTG
Statistics
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GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCT
ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTATT
Found at i:396413 original size:181 final size:180
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395787 TAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTAT
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* * * *
395851 TT-AAAGTCGTTATGA-TTTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
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* * * * * * *
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* * ** * * *
396035 -AAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAC
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* * * * * * **
396085 AAGCTTATTT-GATTAAAAATATTATTATTTTAATAATATTTC-AAA--AATAAATAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
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* * * * *
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* *
396262 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-GTCGAACAATTACTAAGCAAGAGATT
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* * * * * *
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* * * *
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** * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * * *
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127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTT-AGTTCATAC
* * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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1 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGC-AAGAGATT
* * * * * * * * * * *
396860 TAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTTAAACAATTAAGACTATATAAATAATTATTTTATT
64 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATT-TT
* * * * * *
396925 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATGATTATTTTAGCTCATAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
* * * * * *
396978 AAGCCTA-TTAGAATAGAATAAAAGTAATTTATTAATATTTCAATAATT-ATAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * * *
397041 AGAAAATAATTCTATTTACCGAACCAA-TTTAAATAATTATAACTACTTGAACAATTATCTATTT
65 AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATTTTT
* * * * ** * * * *
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129 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATAC
* * * * * * * * * *
397157 AAGTTTGTTT--GA-AACA-AA-A-TAATTCATTAATATTTACCAAATTAACCAA-TAGGAGGTT
1 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAA-TAAGCAAGAGATT
* * *
397215 TAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT-TTAT
64 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATT-T
* * * * * * * * *
397278 TTTAAATCGTTATAATCTTTTATTTTGTTATCAAACAATTGGTTTTA-TTTATAC
127 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATAC
* ** * * * * * *
397332 CATTTTATTTGAAATAAAATAATAGC-AATTTAATAATATTCCAAAACTTAAT-ACCTAAGAAAA
1 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGC-AAGAGAT
* ** * * * * * ** * *
397395 TTACAAAATAAATCTAACTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGGACGATTATCTATT
63 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATTTT
* * * * * *
397460 TCAAATCATTATGGCCTTTTCTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTT-GTTCATAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
* * * * *
397512 AAGCTTAATCT-AATTAAAATAATAGTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 AAGCTT-ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * * *
397576 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATTGTTAGGACTATTAGAA-CATTAT-TGTT
64 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATTTT
* * *
397638 T----T-G--A-G--CTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
128 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
* * * * * *
397681 AAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTTATTCATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATT
1 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGCAAGAGATT
*
397745 TAAAAATATAAATCTGTTTAC
64 TAAAAA-ATAAATCTATTTAC
397766 TGAATTAAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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184 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATTTTTCA
AATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
Found at i:396465 original size:539 final size:529
Alignment explanation
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Period size: 536 Copynumber: 5.2 Consensus size: 529
395493 TTTAAATAGT
* * * * * *
395503 TATCTTTATTTTGTCGT-AAACAATTGTTTCTTTTTATATAAGCTTATTTGGATT-AAAATAATA
1 TATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAAGCTTATTT-GATTAAAAATAATA
* * * * *
395566 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAC
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* * * * *
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* * * * **
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189 TCAT-AAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
395761 TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGA
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* * * * *
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* * *
395890 TGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGAAAGTTA
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* ** * * *
395955 ATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAACGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
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*
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506 ACAAATATCTAT-TTCAAATCATTA
* *
396044 TGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGATTAAAAATATTA
1 T-ATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGATTAAAAATAATA
* *
396109 TTATTTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG-CTGAATCAA
64 CTATTTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTGTC-GAACCAA
* * * *
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* *
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* * * * *
396303 GAACAATTACTAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTGT
256 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT-T
* *
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319 GACTATTGAATAATTATATTTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * *
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* * * * * *
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396561 TATCTATTTCAAATCATTA
511 TATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * **
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1 TAT-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTTATCATACAAGCTTATTTGATTA-AAAATAAT
* * * * * *
396644 ACTATTTTACTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAACCAA
63 ACTATTTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATTTTGTCGAACCAA
* * * * * * *
396709 TTGAAATGGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTA-TAACCTTTTGTTCTA-T
127 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTG-TACTAACCTTTTGTT-TAGT
* * * **
396772 CATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAA-AATACTAATTTAGAAATAT
190 CATAAA-TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
396835 TTTAAAAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACT-AGTTTAAACAAT
254 TCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
396898 TAAGACTATATAAATAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAATGAT
317 T-TGACTAT-TGAATAATTATATT-TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * * * *
396963 TATTTTAGCTCATACAAGCCTAT-TAGAATAGAATAAAAGTAATTTATTAATA-TTTCAATAATT
379 TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAAT-AAA-TAATTTATTAATATTTTGAA-AGTT
* ** * * *
397026 -ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTTAAATAATTATAACTACTTG
441 AATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* *
397090 AACAATTATCTATTTGAAATCATTA
505 AACAAATATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
397115 TTACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTACTTTTGT-TAATATAAGTTTGTTTGA-AACAAAATA
1 -TA-TCTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTT-TATCATACAAGCTTATTTGATTA-AAAATA
* * ** * * * *
397178 ATTC-A--TTAAT-AT-TTACCAAATTAACCAATAGGAGGTTTAAAAAATAAATCTTTT-TACCA
61 ATACTATTTTAATAATATT-TCAAA--AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTGT--CG
** * * * * *
397237 AACCAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTA-TAATCTTTTAT
121 AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTG-TACTAACCTTTTGT
* * * * * ** *
397301 TTTGTTATCAAACAATTGGTTTTA-TTTATACCATTTTATTTGAAATAAAATAATAGC-AATTTA
185 TTAGTCAT-AAATAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-CTAATTTA
* * * * * * * *** * **
397364 ATAATATTCCAAAACTTAAT-ACCTAAGAAAATTACAAAATAAATCTAACTGCCAAACCAGTTCA
247 TTAATATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCA
* ** * * * * * * *
397428 AATAGTTATGACTATATGGACGATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCTTTTCTTTTGTTATAAA
311 AATAGTT-TGACTAT-TGAATAATTATATTTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * **
397493 AAAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTAATCT-AATTAAAATAATAGTAATTTAGTAATATTTCAA
374 ATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-ATCTAAAATAAAATAA-A-TAATTTATTAATATTTTGA
* * * *** * * ** *
397556 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATTGTTAGGACT
436 AAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATGACT
* * * *
397621 ATTAGAAC-ATTAT-T-GTT----T--TGA
500 ATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTA
** * * * *
397642 GCT-TTTG-TTTAGTTATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATTAA
1 TATCTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTT-GATTAAAAATAA
* * * * * *
397703 TACT-TATTCATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATATAAATCTGTTT-A
62 TACTAT-TTTAATAATATTTC-AAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAA-ATAAATAT-TTTGT
** * * *
397765 CTGAATTAAAGTTTCATTACTATTCAGTAATTTTTTAA-ATCTCTTTCTTATTGAACAATTTTTT
119 C-GAA-CCAA--TTCA--A--A-T-AG-------TTAAGA---C--TATTA--GAATAATTATTT
* * * *
397829 ATTTAAAATTGTTA-TAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA
160 ATTTCAAATTG-TACTAACCTTTTG-TTTAGTCAT-AAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
** ** **
397892 GATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAG--A-A-ATTTAAAAAA
222 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * * * * *
397952 TAAATCTATTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATATAAATGATTATCTATTTCAAATCA
286 TAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTAT-TGAATAATTATATTTTTAAAATCG
* * ** ** * *
398017 TTATGACCTTTT-TTTTTTCATAAAAAAATTGTTTTTTTTATCATGCAAGCTTATTTGAAATAAA
349 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGT-TCATAAAAGCTTATCTAAAATAAA
** * * * *
398081 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTAAAAAAATAAATC-AGTTT
412 ATAA-A-TAATTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATCTA-TTT
** * * * * *
398145 ATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATTATTAA
473 ATTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATT-A
* * * *
398203 GATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCATAGAAGCTTATTCTG-TTAAAACTAATA
1 TATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAAGCTTATT-TGATTAAAAATAATA
*
398267 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
64 CTATTTTAATAATATTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
398319 GTGTTTACTG
Statistics
Matches: 1802, Mismatches: 347, Indels: 232
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 3 0.00
523 3 0.00
524 36 0.02
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526 2 0.00
527 6 0.00
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530 13 0.01
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564 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
TATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTTGATTAAAAATAATACT
ATTTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTGTCGAACCAATTCA
AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTTGACTATT
GAATAATTATATTTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
TAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAAATAATTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTC
AAATCATTA
Found at i:396947 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 395511--398318 Score: 1477
Period size: 180 Copynumber: 15.6 Consensus size: 179
395501 GTTATCTTTA
* * * * *
395511 TTTTGTCGT-AAACAATTGTTTCTT-TTTATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTT-GA-AAAAAAAATACTAATTTA
* * ** * **
395574 ATAATATTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACCAGTTCAA
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* * * *
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* * * * * * *
395691 TTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAA-AAAAAAATACTAATTTAT
** * *
395756 TAGCA-TTCAAAAAATTAATGAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
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*
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* * * * * *
395873 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTATTTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAA-AATACTAATTTAT
** * * ** ****
395938 TAATATTTTGAAAGTTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAATTAACGCTATTTTTTGAACCAGTTCAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAA
* * * * *
396002 ATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
396053 TTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGATTAAAAATATTATTATTTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA--AAAAAAAATACTAATTTAT
* * * ** * *
396118 TAATATTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTCAAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * *
396179 AAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTAAAATCG-TACTAACCATTTG
129 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTG
* * * ** *
396230 TTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAA-AATACTAATTTAT
* * * * * * **
396295 TAATA-GTCGAACAATTACTAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTC
64 TAATATTTC-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC
* * * * * *
396358 AAATAGTTGTGACTA-TGGAACAATTATATTTTTAAAATCGTTATGACCTTTTG
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * ** * *
396411 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAAATAATACTTTATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAAATACTAATTTATT
** * * *** * *
396475 AATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATTGAATCAATTCAAA
65 AATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * **
396539 TAATTATGGCCATTTCAATAACTATCTATTTCAAATCATTATTTCCTTTT-
129 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * *** * ** * *
396589 TTTTATCATAAAAAAATTGCTTTTCAACTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTAC
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAA-AATACTAATTTAT
* * * * * * *
396654 TAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAACCAATTGAAA
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* * * * * * *
396715 TGGTTATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTG
129 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * **
396766 TTCTATCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAATACTAATTTAGAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
396831 ATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTTAAACA
66 ATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATA
* * * * * *
396896 ATTAAGACTATATAAATAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
131 GTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* ** * * * * * * *
396946 TTTTGTCATTAAATGATTATTTTAGCTCATACAAGCCTATTAGAATAGAATAAA-AGTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAA-A-AAAAAATACTAATTTAT
* * * * * * *
397010 TAATATTTCAATAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTTAAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * *
397074 TAATTATAACTACTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATTACTTTTTG
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* ** * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAATACTAATTTATTA
* * * * * *
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* * * * * *
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129 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * **
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAA-AATA-CTAATTTA
* * * * * * * ** *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** ** * *
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* ** * * *
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* * * * * * * ** * * **
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** * * ** * * *
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* * * * ** *
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* ** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * **
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* *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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* * ** * * * * *
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* *
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399716 AGCTTATTCG
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * ** * ** * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *** * * *
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* *
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* * * *
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** * **
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* *
408074 TAAATTTGTTTTATTCTTAATAAGTTAGTAAGAATTGAAAATTA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * * * ** * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * * * *** * *
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* ** *
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129 AATAAATTAGTATTA---T-TCTT-AATAAGTTA-GTAAGAATTG-AA-AATTA
* * * * * * * * ** * *
408828 TTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
408956 TAATTTAGCAATATT-TTACTTCGAATAAGCTT-GCATGAATAGAAACAAATG
131 TAAATTAG---TATTATT-CTT--AATAAG-TTAGTAAGAATTG-AA-AATTA
* * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * ** *
409071 TTGAACTGGTTCGGTAAA-AAGATTTAGTT-TTTAAATATC-T--T-ATTAATTTTTGAAATAGT
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* * * * * *
409130 AATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATA-AATAGAAACAATTG
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* * * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * *
409248 TTGAACTCGCTT-GGTAAA-AAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT-GAAATATT
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* ** *** *
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* * * * * * * **
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* ** * *** * *** *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* ** ** * * * * ** *
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* *
409669 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTGAAACAATTA
127 TTAATAAATTAGTATTA--TT-CTT--AATAAG-TTAGTAAGAATTG-AA-AATTA
* * * * * * * *
409724 TTTTATTACAAAACAACATGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * * *
409789 TTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTAA
66 TTGAACTAGTTCAGCAAACAAAATTATTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATTAA
* * * *
409854 TAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTT-GTATGCTCAA--AAATAATTA
131 TAAATTAGTATTA--TT--CTT-AATAAG-TTAGTAAG---AATTGAA-AATTA
** * * * * *
409905 TTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAGTAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* ** * * * * * * ** *
409970 TTGAATTTA-TTCAAAAAACATATTTATTTGTTTAAATCTCTTGCTTAGTAATTTTTGAAATTTT
66 TTGAA-CTAGTTCAGCAAACAAAATTA-TTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATT
* * * *
410034 AATGAATTAGTTTTATTTTATT-TTGGATAAGCTT-TTATA-AACTGAAACAATTA
129 AATAAATTAG---TA--TTATTCTT-AATAAG-TTAGTA-AGAATTG-AA-AATTA
* ** * * *** * *
410087 TTTTATGATAAAACAAAAAATCATAATAATTTTAAATATGTAATTATTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * * * * *
410152 TTGAGCTTG-ACTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTC-AAATGT
66 TTGAACTAGTTC-AGCAAACAAAATTATTATTT-AAATCTCTTACTAATTAA-TTTTCAAAATAT
* ** * * *
410215 TAATATATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGTT-GTATG-ATATGAAACAAATG
128 TAATAAATTA-G--TA--TTATTCTTAATAAGTTAGTAAGAAT-TG-AA-AATTA
* * * * ***
410268 TTTTATGACTAAAA-AAAA-GTTAGAACGATTTGAAA-AAAAAATTATTCTAATAGTTTTAACTA
1 TTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTA
* * * * * ** *
410330 TTTGAACTAGTT-TGTCAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATT--TTTT--GAATATT
65 TTTGAACTAGTTCAG-CAAACAAAATTATTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATT
* * * * *
410390 ATTAAATTAGTATTATTCTTAACTGAATAAGCTT-CTATG-ATCAGAAACAATTG
129 AATAAATTAGTATTATTC-T---T-AATAAG-TTAGTAAGAAT-TG-AA-AATTA
* * *
410443 TTTTATGACAAAAC-AAA--T-AT-TTGATATTG--AT----AATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTA
* ** * * * * * **
410497 TTCGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTA
65 TTTGAACTAGTTCAGCAAACAAAATTATTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATTA
* * ** **
410558 ATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAGCTT-GTCTG-ATCAAAAGCAATTA
130 ATAAATTAGTATTA--TT-CTT--AATAAG-TTAGTAAGAAT-TGAA--AATTA
* * ** * * * * * * * *
410610 TTTTATAACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCCAATGGCTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * *
410675 TTTAACCGAATT-GGTAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTAA-TAATTTT-AGAAAT
66 TTGAA-CTAGTTCAG--CAAACAAAATTATTATTTAAATCTCTTAC-TAATTAATTTTCA-AAAT
* * ** ** *
410737 ATTAATAAATTTGTATTATT-TTATTTTGTATAAACTTA-TATTAACTAAAACAATTG
126 ATTAATAAATTAGTATTATTCTTA------AT-AAGTTAGTAAGAA-TTGAA-AATTA
* * * * **
410793 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * * * * * ** **
410858 TTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAAGGTTA
66 TTGAACTAGTTCAGCAAACAAAATTA-TTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATTA
* * *
410923 ATAAAATAGTATTTATTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATTGAAACAGTT-
130 ATAAATTAGTA-TTA--T-TCTT-AATAAG-TTAGTAAGAATTGAAA-A-TTA
* * * * ** * * * *
410974 TTCTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACCA
1 TT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTA
* ** * * * * * *
411039 TATGAACCGGTT-AGGTAACCAAATTTATTTTTTAAATATCTT--T--TTAATTTTTAAAATATT
65 TTTGAACTAGTTCA-GCAAACAAAATTATTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATT
* * * ***
411099 ATTAAATTTGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTT-GTAAGAACAAAAAATTTA
129 AATAAATTAGTATTA--TT-CTT--AATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAA-TTA
* * * ** * * *
411151 TTTTATAACAAAACAAAAAGTCGTAATGATTTGAAATTGAAAATTATTCATATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
** * * * * * ** * *
411216 TTGAACTAGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTA
66 TTGAACTAGTTCAGCAAACAAAATTATTATTTAAATCTCTTACTAATTAA-TTTTCAAAATATTA
* ** * * * *
411280 TTAAATTAGAATTATTTTATT-TTGAATAAAATAATATGAATAGAACCAATTT
130 ATAAATTAG---TA--TTATTCTT-AATAAGTTAGTAAGAATTGAA--AATTA
* * * * * * *
411332 TTTTATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * ** * * * * *
411397 TAGAAAT-GATTTGGTAAA-TAGATTCACTT-TTTAAAACTCTTACTAATTAATTTTCTAAATAT
66 TTGAACTAG-TTCAGCAAACAAAATT-A-TTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATAT
411459 TAATAAATTAGTA
128 TAATAAATTAGTA
411472 GATAATTGGT
Statistics
Matches: 2575, Mismatches: 561, Indels: 432
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
163 15 0.01
164 68 0.03
165 52 0.02
166 5 0.00
167 101 0.04
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169 10 0.00
170 6 0.00
171 11 0.00
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187 5 0.00
188 1 0.00
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Consensus pattern (174 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
TTGAACTAGTTCAGCAAACAAAATTATTATTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTCTTAATAAGTTAGTAAGAATTGAAAATTA
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Alignment explanation
Indices: 407974--408630 Score: 798
Period size: 346 Copynumber: 1.9 Consensus size: 337
407964 TCATAATGAT
* * * * *
407974 TTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAAATTATTAT
1 TTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACCAGCTCGACAAACAAAATTATTAT
* * * *
408039 TTAAGTCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTCTTAATAAGTTAGTA
66 TTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTA
* * * * *
408104 AGAATTGAAAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAT
131 AGAA-TAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTGAAATAAAAAATTGTTCAA
** * * * * *
408169 ATGGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
195 ATGGCCAAAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATATATATTTTAAATCTCTAACTTATCAAT
* * *
408234 TTTCAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGTATGACAGATTAAA
260 TTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGTATGACAGATTAAA
408299 AGGTTATATGAAA
325 AGGTTATATGAAA
* * * * * *
408312 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACCAGCTCGATAAACAAATTTAATTT
1 TTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACCAGCTCGACAAACAAAATT-ATTA
* *
408377 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGG
65 TTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA--A-T-TTATTTTATTCTGAATAAG
* * *
408442 CTAGTATCATGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGACTTGAAATAGAT
125 CTAGTA--A-GAATAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGACTTGAAATAAAA
* * * *
408505 AATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTAATT-TGATAAACCAATATATATTTTAAATCTCT
185 AATTGTTCAAATGGCCAAAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAAATATATATTTTAAATCTCT
* * *
408569 AACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATG
249 AACTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATG
408631 AACCAAAACA
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 42, Indels: 16
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 50 0.19
339 38 0.14
340 2 0.01
342 1 0.00
343 1 0.00
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347 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (337 bp):
TTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACCAGCTCGACAAACAAAATTATTAT
TTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTA
AGAATAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTGAAATAAAAAATTGTTCAAA
TGGCCAAAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATATATATTTTAAATCTCTAACTTATCAATT
TTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGTATGACAGATTAAAA
GGTTATATGAAA
Found at i:408641 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 408312--413014 Score: 2542
Period size: 181 Copynumber: 25.8 Consensus size: 181
408302 TTATATGAAA
* * * * * *
408312 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACCAGCTCGATAAACAAATTTAATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTT-ATTT
* *
408377 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAG
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
* * *** * * *
408441 GCTAGTATCATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGAC
129 GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * *
408494 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACTAATTTGATAAACCA-ATATATAT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA-CATATTTATTT
* * * * *
408558 TTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * *
408623 CTTTTATGAACCAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGAT
130 CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * *
408675 TTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTA-TTT
* * * * **
408740 TTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * * *
408804 AACATGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGAT
128 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
408858 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTGTTTGAACTAGATCGGCAAACACA-TTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
* * * * * *
408922 TTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAG
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * *
408985 CTTGCATGAA-TAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGAT
130 CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
409036 TTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTAGTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
* * * *
409101 TTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAACTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAT
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG
* * * * *
409161 TTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGAT
130 CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
409213 TTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTCGCTT-GGTAAAAAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATTTATTT
* *
409277 TTTAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * * *
409341 CTTGTTTGAACAAAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAATGGTCATAATGGT
130 CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
409393 TTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT-AATCGT-GTT---TAAAAAATAGCTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TAGTTCGGT-AAACATA--TTT
* * * *
409453 ATTTTTCAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAGTATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
61 ATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
409515 AATAAGCTTGCATGAAC-AGAACCAATTGTTTTATAAGAAAACAAAAGGTCACAATGTT
124 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * ** * *
409573 TTCAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACT--TATCGGTAAGTAGATTCATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCGGTAAACATATTTA-TT
* * * *
409636 TTTTAATTCTCTTAGTCT-TTAGTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
64 TTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * *
409700 AGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAACATGTCACAATGAT
128 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* *
409754 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
* * * ** * *
409819 TTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAG
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAG
** * * * **
409883 CTTGTATGCTCAAAAATAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGAT
130 CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ***
409935 TTTAAATAAACAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTCAAAAAACATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAACATATTTATTT
* * * * * ***
409999 GTTTAAATCTCTTGCTTAGTAATTTTTGAAATTTTAATGAATTAGTTTTATTTTATTTTGGATAA
65 -TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * ** *
410064 GCTTTTATAAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAATCATAATAAT
129 GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
410117 TTTAAATATG-TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTG-ACTGGTAAACATATTTATT
1 TTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GGTAAACATATTTATT
* * * * * *
410180 TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTCCAAATA
64 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
410245 AG-TTGTATGATA-TGAAACAAATGTTTTATGACTAAAA-AAAA-GTTAGAACGAT
128 AGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * ** * *
410297 TTGAAA-AAAAAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTT-TGTCAAGCATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AAACATATTTATTT
* * * ** *
410360 TTTAAATCTCTT-GTTA--ATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTCTTAACT-GAATAA
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAA
* *
410420 GCTTCTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATG-----ACAAAA---CA-AAT-AT
129 GCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * *
410463 TTGATATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
*
410528 TTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAACAAG
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAG
* * * * * **
410588 CTTGTCTGATC-AAAAGCAATTATTTTATAACAAAACAAAAGCTCATAACAAT
130 CTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * *
410640 TTGAAATAGATAGTTGTTCCAAT-GGCTATAATTATTTTAACCGAATT-GGTAAAAACAAATTTA
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGT--AAACATATTTA
* * * * ***
410703 TTTTTTAAATCACTTACTTAATAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGTAT
62 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
410768 AAACTTATATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
127 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * *
410823 TTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTA-TTT
* * * ** * **
410888 TTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAAGGTTAATAAAATAGTATT-TATTTATTTTGAATAA
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAA
* * * * *
410952 GCTTGTATGAATTGAAACAGTT-TTCTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGAT
129 GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* ** * * * * ** * * *
411005 TTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACCATATGAACCGGTTAGGTAACCAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
* * * * * *
411070 TTAAATATC-T--TT-TTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCGAATAAGC
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * *
411131 TTGTAAGAAC-AAAA-AATTTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCGTAATGAT
131 TTGTATGAACTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * ** *
411181 TTGAAATTGAAAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAATTAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
* * ** * * * ** *
411246 TTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAA
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* ** * * * * *
411310 ATAATATGAA-TAGAACCAATTTTTTTATGACAAAAGAAAATGTTATAATGAT
130 CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * *
411362 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTAGAAAT-GATTTGGTAAATAGATTCACTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATTTATTT
* * * *
411426 TTTAAAACTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTA-GA--TAATTGGT-AAAT
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TCAAAT
* * * ** ** * ** * *
411486 AGATTCATT-TTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGA-AATATTAATAAGAT-ACT-ATTAT
127 A-A-GC-TTGTAT-GAA-CT-AAAACAATT-GTTTTATGACAA-AACAA-AAGGTCA-TAATGAT
* ** * * * * ** * * * ***
411546 TTTATTTTGAATAACCTTATAT-GAATTGAAATAA-TTTTTCAATCACAAAACAAAAGGTCATAA
1 TTGAAATAG-ATAA--TTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TAGTTC----GGT-A-AA
* * ** * *
411609 C-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAATTCAATAAACATATTT
54 CATATTT---AT---T--TT-TT-AAAT-CTC-T---TACTT-AT-TAATT-TTTGAA-ATATTA
*** * * * * ** * * **
411673 ATTTTTTA-AAAT-TTTTATTT--ATTAA--TTATCAAAATATTAAAA-AATTAGTATTAT-ATT
100 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGA-ACTAAAACAATT-GTTTTATGACA
* * * * *
411730 AATCTGAAAAAG-CTTGTATGAA
162 AAAC--AAAAGGTCAT-AATGAT
** * ** * * * * * *
411752 CAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAAT
1 TTGAAA-TA--G----ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGT--TCG-GT-AA-
* * * ** *
411817 ATTCATAACTATTTAAACTTATTTGATAATTTAAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAT
53 A--C---A-TATTT--A-TT-TTTTA-AATCT--CT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * * *
411881 ATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATGGAC-AAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACAA
104 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA
**
411945 AAGGTCATAACAAT
168 AAGGTCATAATGAT
* * * * * *** * *
411959 TTAAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAAATTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
* * **
412024 TTAAATCTCTTACTGATTAATTCTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTATTTTGA
66 TTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAG---TA--TTATTTTATTTCAA
* * ** * *
412089 ATAAG-TTAATAAGAACTGAAAA-TTTTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGAT
125 ATAAGCTT-GTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * ** * * *
412146 TTCAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACATATAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
* * * * * * * * *
412211 TTAAATCTCCTAGTTATTATAATTTTAGGAATATTATTACATTAGTATTTTTTTTATTCCGAATA
66 TTAAATCTCTTACTTA-T-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATA
* ** * * * **
412276 AGCTTGTATGAACAAAAATGATTGTTTTATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAAT
128 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
412330 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTT-GATAAATAGATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATTTATTT
* * * * * * *
412394 TTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAGG
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
*** * *
412459 CTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGAT
130 CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * ***
412511 TTGAAGTAGATAATTATTCAAA-AGGCCATAATTATTTGAACT-GATTTAAT-AAC-TGATTTAT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAT-ATTTAT
* * * * **
412572 GTTTTAAATCTCTAACTT-TTCAATTTTT-ATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAA
63 TTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * *
412635 CAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGAT
126 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * *
412691 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATGTGAACTTGTTTGGTAAATAGATCT-TTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
*
412755 TT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
66 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
** * * * * * * *
412818 -TATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATCACTAAACAAAAGGTCAGAACGAT
130 CT-TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
412870 TTGAAATAGGTAAGTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACT-GATTCGGCAAACATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATTTATTT
* ** * * * * *
412934 TTTAAATC-CTTACTAATTAACGTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTTAATTT-GAAT
65 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATTTCAAAT
*
412996 AAGCTTGTATGAACGAAAA
127 AAGCTTGTATGAACTAAAA
413015 AAGATTTAGT
Statistics
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0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 2 0.00
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168 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
Found at i:411106 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 411065--411107 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
411055 AACCAAATTT
* * *
411065 ATTTTTTAAATATCTTTTTA
1 ATTTTTAAAATATCTATTAA
411085 ATTTTTAAAATAT-TATTAA
1 ATTTTTAAAATATCTATTAA
411104 ATTT
1 ATTT
411108 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.40
20 12 0.60
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTAAAATATCTATTAA
Found at i:412210 original size:187 final size:183
Alignment explanation
Indices: 411855--412809 Score: 592
Period size: 180 Copynumber: 5.2 Consensus size: 183
411845 ATTTAAATCT
** * * * * ** * *
411855 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAG-TA--TTATTTTATTTCAAACAAATTTATATGGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAAGAA
*** * *
411917 CAAAAGCATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGAAAATTATTCAAAT
66 CAAAAATGTTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA-AAAATTGTTCAAAT
* * ** * * *
411982 AGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
130 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * **
412036 CTGATTAATTCTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAATA
1 CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAG--TTATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTT-ATA
* * ** *
412100 AGAACTGAAAAT-TTTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAAAGAATTGTT
62 AGAAC-AAAAATGTTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAA-AATTGTT
* * * *
412164 CATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACATATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
125 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * * * *
412223 GTTATTATAATTTTAGGAATATTATTACATTAG-TATTTT-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATG
1 CTTA-T-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAAG
* * * * *
412286 AACAAAAATGATTGTTTTATGT-CAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCA
64 AACAAAAATGTTTGTTTTAT-TACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA-AAAATTGTTCA
* * *
412350 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * * *
412407 TTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTA-----AATAGGCTTGTATG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG--TTATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAAG
** *** * * * ** * * * *
412467 ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAA
64 AACAAAAATGTTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA-AAAATTGTTCAA
* * * * * * *
412532 A-AGGCCATAATTATTTGAACT-GATTTAATAACT-GATTTATGTTTTAAATCT-CTAA
128 ATA-GTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-A
* * ** * * *
412587 CTT-TTCAATTTTT-ATAATATTAAT-AA--AGTAATATTATTTTATTTTGAACAAGCTTTTATG
1 CTTATT-AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTTATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAAG
** ** * * * * * * *
412647 AACTGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
64 AACAAAAATGTTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA-AAAATTGTTCAA
* * * ** * * * *
412712 ATAGTCAAAACTATGTGAACTTGTTTGGTAAATAGATCT-TTTTTT-AATTTCTTA
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
412766 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAG--TTATTTTATTT
412810 CAAATAAGTA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 119, Indels: 81
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.02
177 2 0.00
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189 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (183 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAAGAA
CAAAAATGTTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
Found at i:412703 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 412116--412911 Score: 533
Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
412106 GAAAATTTTG
* * * * * * * * *
412116 TTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * *** *
412181 TTGAACTAGTTTGACATATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAT-AATTTTAGGAATAT
66 TTGAACTAGCTTAATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCCTA--T-TTATCAATTTTTTAAAAAT
* * * * * *** * ** *
412245 TATTACATTAGTATTTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-ATGATTG
128 TAATAAAGTAG-AATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGTATGATGAAAACA--ATTA
* * * * * *
412300 TTTTATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
* * *
412365 TTGAACTAGCTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTTAAAAATTAA
66 TTGAACTAGCTTAATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCCTATTTATCAATTTTTTAAAAATTAA
* * * *
412430 TAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTG
131 TAAAGTAGAATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGTATGATG-AAAACAATTA
* * * * *
412481 TTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAA-AGGCCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GCCATAACTA
* * *
412545 TTTGAACT-GATTTAATAACT-GATTTATGTTTTAAATCT-CTAACTTT-TCAA-TTTTTATAAT
65 TTTGAACTAG-CTTAATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCCT-A-TTTATCAATTTTTTA-AAA
* * *
412605 ATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTTTGAACAAGCTTTTATGAACTG-AAATAATTA
126 ATTAATAAAGTAGA-ATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGTATG-A-TGAAAACAATTA
* * * * * *
412661 TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
* * * ** * * * * * *
412726 GTGAACTTGTTTGGTAAATAGATCTT-T-TTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTA
66 TTGAACTAGCTTAATAAATAGAT-TTATGTTTTAAATCTCCTATTTATCAATTTTTTAAAAATTA
* * * * *
412788 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAGTTG-AAGCAATTA
130 ATAAAGTAGAATTATTTTATTTTAAACAAGCT-TGTATGA--TGAAAACAATTA
* * * * * * * * *
412840 TTTTATCACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGGTAAGTGTTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
*
412905 TTAAACT
66 TTGAACT
412912 GATTCGGCAA
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 97, Indels: 47
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 121 0.24
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182 28 0.06
183 1 0.00
184 90 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
TTGAACTAGCTTAATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCCTATTTATCAATTTTTTAAAAATTAA
TAAAGTAGAATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGTATGATGAAAACAATTA
Found at i:412967 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 412314--412967 Score: 777
Period size: 359 Copynumber: 1.8 Consensus size: 360
412304 ATGTCAGAAC
* * * *
412314 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTTGA
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATGTGAACTAGCTTGA
* *
412379 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGAATTAT
66 TAAATAGATCTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGAATTAT
* * * * * * *
412444 TTTATTTTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATG
131 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATG-AAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGGTAAGAACG
* * * * *
412509 ATTTGAAGTAGATAATTATTCAAAAGGCCATAATTATTTGAACTGATTTAATAACTGATTTATGT
195 ATTTGAAATAGATAAGTATTCAAAAGGCCATAACTATTTAAACTGATTGAATAACTGATTTATGT
* ** *
412574 TTTAAATCTCTAACTTTTCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAACAAG
260 TTTAAATCTCTAACTATTCAACGTTTAGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAACAAG
412639 CTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAAT
325 CTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAAT
* * * * *
412675 AAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATGTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATGTGAACTAGCTTGA
* * * * *
412740 TAAATAGATCT-TTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 TAAATAGATCTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGAATTAT
* * *
412803 TTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAGTTG-AAGCAATTATTTTATCACTAAACAAAAGGTCAGAA
131 TTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGA--TGAAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGGTAAGAA
* * * * * *
412866 CGATTTGAAATAGGTAAGTGTTCTAATA-GTCTTAACTATTTAAACTGATTCGGCA-AACAT-AT
193 CGATTTGAAATAGATAAGTATTC-AAAAGGCCATAACTATTTAAACTGATT--GAATAAC-TGAT
* *
412928 TTATTTTTTAAATC-CTTACTAATT-AACGTTTAGAATATTA
254 TTATGTTTTAAATCTCTAACT-ATTCAACGTTTAGAATATTA
412968 TTAATTTAGC
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 43, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 1 0.00
359 142 0.59
360 29 0.12
361 70 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATGTGAACTAGCTTGA
TAAATAGATCTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAATTAGAATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGGTAAGAACGA
TTTGAAATAGATAAGTATTCAAAAGGCCATAACTATTTAAACTGATTGAATAACTGATTTATGTT
TTAAATCTCTAACTATTCAACGTTTAGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAACAAGC
TTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAAT
Found at i:412983 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 412956--412996 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
412946 CTAATTAACG
412956 TTTAGAATATTATTAA
1 TTTAGAATATTATTAA
*
412972 TTTAGCAATATTTTTAA
1 TTTAG-AATATTATTAA
412989 TTT-GAATA
1 TTTAGAATA
412997 AGCTTGTATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.17
16 6 0.26
17 13 0.57
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (16 bp):
TTTAGAATATTATTAA
Found at i:413792 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 413016--415894 Score: 2045
Period size: 180 Copynumber: 16.1 Consensus size: 180
413006 GAACGAAAAA
* * * * *
413016 AGATTTAGTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATGTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** * * * *
413077 TTTG-AATAATTTTGTCA-AAATAGAAACAATTGTTTAACGAC-AAAAAAATGTCATAACGATTT
65 TTTGAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTT
** * * * * *
413139 GAAATAGATAATAATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * * * *
413191 AAATTAATTTTTTAAATCT-TCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTCTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * * * *
413255 TTCCTAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACAATTT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTT
* * **
413320 AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTTGAACTTGCTT-GGCAAAC
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTG-TTCGATAAAC
* * *
413372 AGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * *
413436 TTTG-AATAAGGTT-TTTTAACAGAAACAATT-TGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACCATT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATT
* * * *
413498 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTT-AAAAATAT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAA-AC
* * * * *
413551 AGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGGACATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* ** * * *
413614 TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAGCCAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGTCATAATGTTTTG
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
413679 AAATAAACAATTGTTCAGATAGGCATAACTGTTTGAACTTGTTCGATAAAC
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* *
413730 AGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
* * ** * * * * * *
413794 TTTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAACAATGATT
64 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * * *
413859 TGAAGTAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGATCTTCTTTGGTAATC
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * * * * * * *
413912 --A--T-TTTTTAAAATCTTTTAATTATTAAGTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * * * *
413972 TTT-TAATAAGCTCGTATGGACAGTAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAATGTAATAA-GAAT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAACG-AT
* * * * *
414035 TTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGAATTGAAGTTGTTCGGTAAAC
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAAC
** * * * *
414089 AGATTT-TTTTAAAAATATTTTATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * ** * *
414151 ATTCAAAATAAGCTTGTATTAACAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAGCGATT
64 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATT
** * * * ** *
414216 CCAAATCA-ATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAATAAAT
128 TGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * *
414269 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAA-AAACATAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * *
414333 TTTCAAATAACCTTATATGAACTA-AAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATT
* * * *
414396 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATTTAGTTC-AGTAAAC
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAAC
* ** * * * * *
414449 ATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTA
1 AGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTT
* * * *
414513 ATCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAA-GTCATAATC-A
64 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGGTCATAA-CGA
* * * * * *
414575 TTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAAT
126 TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* **
414630 AGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGTTTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
414690 TTTTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATAACGAT
65 -TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
414753 TTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AAGTAAAC
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAC
* * **
414807 A-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT-GAAATAGCAATAAATT--T-TT-TTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * *
414866 TTTCAAATAAG-TTAGTAAGAACTA-AAAAAAAAGTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAACGAT
65 TTTGAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * ** *
414929 TTGAAATAAAAAAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTT-AAATTGGCTCGGCAAAT
127 TTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAAC
* * * * * ** * *
414984 A-AATT-TCTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTGCATTAGGATTATTTTGT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * ** * * * * * **
415047 TCCAAATAAGCTTGTATGAATGGAATTAATTGTTTTATAACAGAACAAAGGTTACAATAATTTGA
66 TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * ** *
415112 AATATATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTAATTCGATAAAT
131 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* *
415162 AAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
415226 TTTCG-AATAAGCTTGTATG-AT-GAAA-ATAGTTGTTTTATGACAAGACAAAAGTTCATAATGA
65 TTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAACGA
* * * *
415287 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAAC-TGATTCAATAAAC
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC
* * * * * * * * *
415342 TGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAACTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTGAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
415407 TTCG-GATAAGGTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAATAAAAGGTCATAACGATTT
66 TT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
415470 TAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCTTGCT-AAGTAAAC
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAC
* * * * *
415522 AG-TTT-TTTTCT-AATTTCCTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * *
415584 TTTG-AATAAGCATGTATGAACT-GAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
415647 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAGC
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * * * * *
415700 ACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAC
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** * * * * * * * *
415759 TCCG-AATAAGCTTGT-TGAATAGAAATAAATGTTTTAGGCCAAAACAAAGATCATAACAATTGG
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTG
* * *
415822 AGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTAGTTCGATAAAG
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAAC
*
415873 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
Found at i:414777 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 414751--414792 Score: 61
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414741 GGTCATAACG
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1 ATTTGAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.10, T:0.43
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ATTTGAAATAGCATAATT
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Alignment explanation
Indices: 413016--415894 Score: 2255
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413006 GAACGAAAAA
* * ** * *
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** * * * * *
413081 AATAATTTTGTCA-AAATAGAAACAATTGTTTAACGAC-AAAAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
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** * * * * *** * *
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* * * * * * * * *
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194 TCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
* * * * * * *
413273 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTC
258 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
413337 AAATAGTCATAAC-ATTTTGAACTTGCTT-GGCAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
322 AAATAGTTATAACTA-TTTG-ACTTG-TTCGGTAAACA-A-TT-TTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
* * * * * *
413400 TAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTT-TTTTAACAGAAACA
380 TAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
413463 ATT-TGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
445 ATTGT-TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
413527 ACTATTTGAA-TGTGTT-AAAAATAT
509 ATTATTTGAACTG-GTTCGATAA-AT
* ** *
413551 AGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGGACATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * *
413614 TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAGCCAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGTCATAATGTTTTG
61 TTTG-AATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
413679 AAATAAACAATTGTTCAGATAGGCATAACTGTTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
125 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
413744 ATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTCAAATAAGCT
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* * * * * * * * *
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253 TATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
413873 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGATCTTCTTTGGTAATC-A-TTTTTTAAAATCTTTTAATTATT
318 ATTCAAATAGTTATAACTATTTGA-CTTGTTCGGTAAACAATTTTTTTAAAAT-TTTTACTTATT
* * * * * * * *
413936 AAGTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTT-AATAAGCTCGTATGGACAGTAACA
381 AATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
** * * ** *
414000 ATTGTTTTACGACAAAACAAAAATGTAATAAGAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
445 ATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGGTCATAATCATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
414065 ATGAATTGAAGTTGTTCGGTAAAC
509 ATTATTTGAACTGGTTCGATAAAT
* * * * **
414089 AGATTT-TTTTAAAAATATTTTATTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTT-GTATTATTTTA
1 AGATTTATTTT-TAAATCTCTTATTAATT--TT-T-GAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTA
*** * * * * ** * * *
414152 TTCAAAATAAGCTTGTATTAACAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAGCGATTC
60 TTTTGAATAAACTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
414217 CAAATCA-ATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAATAAATAGATTCATTTTT
124 GAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTT
*
414281 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAA-AAACATAGTATTATTTTATTTCAAATAACC
188 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* *
414345 TTATATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
252 TTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
414409 TATTCAAATAGTTATGACTATTTGATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTTACT
317 TATTCAAATAGTTATAACTATTTGACTT-GTTCGGTAAACA-ATTT-TTTT--AAAATTTTTACT
* * * * *
414474 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
377 TATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
414539 ACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATCATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTC
442 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTC
*
414603 ATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAAT
506 ATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAAT
*
414630 AGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTTAGTATTATTTTATTTTG
1 AGATTT-ATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * *
414695 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
65 AATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
414760 AGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AAGTAAACA-AATTATTTTTTAAAT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * ** *
414823 CTCTTACTGATTAATTTTT-GAAATAGCAAT-AAAT--T-TTTTTTTATTTCAAATAAG-TTAGT
193 CTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-T
* * ** * * * * *
414882 AAGAACTAAAAAAAAAGTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAAATTGT
256 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTAT
* * * * * * * *
414947 TCATATAGCCT-TAACTATTTAAATTGGCTCGGCAAATAAATTTCTTTT-AAATTTCTTAGTTAT
320 TCAAATAG-TTATAACTATTTGACTT-GTTCGGTAAA-CAATTT-TTTTAAAATTT-TTACTTAT
* * ** * * ** * **
415010 TAATTTTTAGAATATTATTGCATTAGGATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTGTATGAATGGAATTA
380 TAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
415075 ATTGTTTTATAACAGAAC-AAAGGTTACAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCACAA
445 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
**
415139 TTATTTGAACTAATTCGATAAAT
510 TTATTTGAACTGGTTCGATAAAT
* * *
415162 AAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTA-TTTTTA-A-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
415227 TTCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAATAGTTGTTTTATGACAAGACAAAAGTTCATAATGATTTG
61 TTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * *
415291 AAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAAC-TGATTCAATAAACTGATTTATGTTTT
125 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * ** *
415355 AAATCTC-TAACTTATCAACTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTCGGATAAGGT
189 AAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * *
415419 TTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
253 TATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * ** *
415483 ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCTTGCTAAGTAAACAGTTTTTTTCTAATTTCCTACTTATT
318 ATTCAAATAGTTATAACTATTTGA-CTTGTTCGGTAAACAATTTTTTTAAAATTT-TTACTTATT
* * * * * *
415548 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-GAAGCA
381 AATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * * * * *
415612 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
445 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATC-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * **
415676 ACTATTTGAACTGGTTCGACAAGC
509 ATTATTTGAACTGGTTCGATAAAT
* * * * * * **
415700 ACATTTATTTTTAAATC-CTTATTAATGTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCG
1 AGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * * * * * *
415763 AATAAGCTTGT-TGAATAGAAATAAATGTTTTAGGCCAAAACAAAGATCATAACAATTGGAGATA
65 AATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * *
415827 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTAGTTCGATAAAGAGATTTAGTTTTTAAATC
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
415891 TCTT
194 TCTT
415895 GGCTTGGGCC
Statistics
Matches: 1872, Mismatches: 388, Indels: 171
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 81 0.04
532 144 0.08
533 105 0.06
534 51 0.03
535 158 0.08
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538 368 0.20
539 265 0.14
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542 89 0.05
543 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
AGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGA
ATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
AGTTATAACTATTTGACTTGTTCGGTAAACAATTTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTTAGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATA
ACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
GGTTCGATAAAT
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* * *
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* *
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* * * ** * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * **
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258 ACTACTGCCCAATCATAATATGCATGGTGCTCAGCCTAAGCCCAAAATACCCAAGCGTGGTGTGC
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * * * * * *
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* * **
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* *
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*
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*
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*
461770 AAT AAT GAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT -AT AAT AAT
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* *
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*
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*
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1 AATAACAACAAC
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1 AATAACAACAAC
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1 AATAA
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* * *
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* *
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* * **
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * **
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** * * *
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* * * *
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** * * *
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* ** * * * * *
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*** * ** * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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*
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*
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*
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* * *
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*
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261 AAAAATCAGAAGAATTTGAAATAGATAA
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GAACTTGTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATCTTTCAAAAGTTAAT
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AAAAATCAGAAGAATTTGAAATAGATAA
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* *
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* * * * *
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504932 TTTCAATTTT
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Done.