Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168082.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_33, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 6 of 7
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*
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* *
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*
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*
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TTATATATTATAA
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ATATTATAATTATATATTAA
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* * *
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ATATTATTATTAAACTAATAATTAATAATA
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*
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TTAATAATATATTAATAT
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*
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*
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TAATAATATAATTATTAGATTAATATT
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*
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TAATTAATATAATAT
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TAATAAAATAATTAAAAT
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* * *
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506530 AT -T AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT
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AT
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ATATATTATATATATATATTAT
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TATATATTATATA
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* *
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**
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AATAATAATTATATTATATTGA
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1 T
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* *
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1 TT
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1 A
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*
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* *
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* * *
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*
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* * * * * *
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*
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ATTAATAATATTATAATATTTGATTATTAATTATT
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* * * * * *
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** * * * * *
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64 TTTACTCAACA-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAT
* *
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* * * * * *
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* * * * ** * * **
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** * * *
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* * * * * ** * * ** *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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** * *** * **
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* * * * * * *
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* * * ***
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1 AATTACTTATTAT-TAATT-TA
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AATTACTTATTATTAATTTA
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*
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524401 TAATAACAAT
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ATATTTATATTAATTACTTATTAT
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*
524352 T--TAATT-TA--AATT-CTTATTA
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TAATATTTATATTAATTACTTATTA
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*
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TAAATATTATTCACTA
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*
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*
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526377 TATTTTTTTA
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* *
526441 AAAATTACAATAATT-TTAT
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526877 CATATTTATT
* * * * *
526887 TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATGA
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*
526952 CCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAG
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128 ATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTTGCACTGATTTGATAAACTG
* * **
527061 TTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * *
527126 GCTTTTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATA
66 CCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATA
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131 ATTGTTCAAAT
527202 AGTTATAACT
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CCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATGACCATAATTATTTGCACTGATTTGATAAACTG
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527071 CCAACTTCTC
* * * * * * *
527081 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAACT-GGAAC
1 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTTGTATGAA-TAGAAAC
* ** * *
527144 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
64 AATTG-TTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
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127 ACTATTTGAAC-T-TTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATT
* * * * *** * * *
527260 AATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATAAAT-TAAATAA
1 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * ** ** *
527324 TTATGTTATGACTAAACAATAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTTAC
66 TTGT-TTATGACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** *** * *
527389 TATTTGAACGGATTT-AACAAATGCATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATT
129 TATTTGAAC---TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT
* * * ** * * * * * ** * *
527440 AATTTTTAGAATATGATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAGC-A
1 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAA
* * *
527504 TTGCTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AAT
66 TTG-TTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
527567 TATTTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTCTAAA----TGTCTTATT
129 TATTTGAACT--TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT
* * * * * * *
527614 AATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTT-GTTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATA
1 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAATTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * *
527678 ATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGGAAGAGATAATAGTTCACATGGACATGA
65 ATTG-TTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ***
527743 CTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
128 CTATTTGAAC-T-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT
* * * *
527795 AATGTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAA
* * *
527860 TTGTTTTTGACAAAACAAAAGAT-ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
66 TTGTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
527924 ATTTGAACTCTCTCGGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATT
130 ATTTGAACT-T-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT
* * * *
527974 AATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGATTT-TATGAACAAAAACA
1 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTTGTATGAATAGAAACA
* * ** **
528038 ATCGGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACCATTAAAAATAGATAATT
65 AT-TGTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
528087 ATTTTTAAAT
Statistics
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0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 47 0.07
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179 201 0.32
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
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AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAA
TTGTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT
Found at i:528197 original size:129 final size:129
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Period size: 129 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
527957 TAAATCTTTT
* * * * *
527967 TCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGATTTTATGAACA
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACA
* *
528032 AAAACAATCGGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACCATTAAAAATAGATAATTATTTTTAAA
66 AAAACAATCGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAAAAATAGATAATTATTTTTAAA
** * * **
528096 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGA
1 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACA
* * * * **
528161 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
66 AAAACAATCGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAAAAATAGATAATT
528216 GTTCAAATGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACA
AAAACAATCGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAAAAATAGATAATTATTTTTAAA
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Indices: 527789--528410 Score: 710
Period size: 310 Copynumber: 2.0 Consensus size: 306
527779 AAATCTCCAA
*** * *
527789 CTTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAA
** * *
527854 AAACAATTGTTTTTGACAAAACAAAAGATATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCA
66 AAACAATTGTTTTTGACAAAACAAAAGATATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCA
* * * * ** ** *
527919 TAACTATTTGAACTCTCTCGGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTGGA
131 TAACTATTTGAACTATCTCGAGAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACCAATTTTTGAA
* * * *
527984 ATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGATTTTATGAACAAAAACAATCGGTTTATG
196 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTAATTCAAATAAGATTTTATGAACAAAAACAATCGGTTTATG
*
528049 GCAAAACAAAAGGTCATAACCATTAAAAATAGATAATTATTTTTAAAT
261 ACAAAACAAAAGGTCATAACCATTAAAAATAGATAA-T-TTTTTAAAT
* **
528097 CTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATG
1 CTTATTAATGTTTAG-AATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT-
* * * *
528160 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
64 AAAAACAATTGTTTT-TGACAAAACAAAAGAT-ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
528225 GCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGATAAACTAACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACCAATTT
127 GCCATAACTATTTGAACT-ATCTCGAGAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACCAATTT
* * ** * *
528289 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTTTATGAGCTGAAACAATTGTT
191 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAATTCAAATAAGATTTTATGAACAAAAACAATCGGT
* * * * *** **
528354 TTATGATAAAATAAAATGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTTTTTAAAT
256 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTAAAAATAGATAATTTTTTAAAT
528405 CATTAT
1 C-TTAT
528411 AACTATTTGA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 49, Indels: 11
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
307 6 0.02
308 72 0.28
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Consensus pattern (306 bp):
CTTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAA
AAACAATTGTTTTTGACAAAACAAAAGATATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCA
TAACTATTTGAACTATCTCGAGAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACCAATTTTTGAA
ATATTAATAAAGTAATATTATTTTAATTCAAATAAGATTTTATGAACAAAAACAATCGGTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACCATTAAAAATAGATAATTTTTTAAAT
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528637 CTCTTACTTA
528647 TTAATTTTAAGAATATTT
1 TTAATTTTAAGAATATTT
*
528665 TTAA-TTTAGGAATATTT
1 TTAATTTTAAGAATATTT
528682 T
1 T
528683 ACTCTGAATA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.76
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TTAATTTTAAGAATATTT
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Indices: 528097--532897 Score: 2361
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528087 ATTTTTAAAT
** ** *
528097 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * ** *
528161 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
528226 CCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAAC-TAACTTATTTTTTAAATCTCTAA
129 TCATAACTATTTGAACTTATTCG-GAAACAT-A-TTTTTTTTTAAAT-TTTTA
** * * ** * *
528278 CTTACCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTTTATGAGCT-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * * * * * * * *
528342 GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTTTTTAAATCA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* * * * * * *
528407 -TTATAACTATTTGAACATGTTCGATAAATTGATTTATTTTTTTTTTAA-TTTCA
128 GTCATAACTATTTGAACTTATTCG-GAAA--CA--TATTTTTTTTTAAATTTTTA
* * * * * * * * *
528460 TGTGTATTAATGTTCTG-CATGTTAAT-AAGTAAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGA
1 -CT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
528523 ACTAAAAAAAATAT-TTTT-TTACTACACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATGATTATTCT
61 A-TAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
528586 AATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACACATTCATTCTTTAAATCTCTTA
124 AATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGG-AAACATATT-TTTTTTTAAAT-TTTTA
* * * * * * *
528643 CTTATTAA-TTTTAAGAATATT-TTTAATTTAGGAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
528706 AAAAACAATTGTTTTATGACATAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * *
528770 CTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAATAAATAGATTTTGTTTTAAA--TCT-
128 GTCATAACTATTTGAACTT-ATTC-GGAAACATATTTTTTTTTAAATTTTTA
* *
528818 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAAT-TGTTTTGTAT-AAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAG-CTTGTATGAA-
** * * * *
528880 TAGAAACAATTGTTTTACAATAAAA-AAAATGTCATAAAT-ATTTGAAATATATAATAGTTCAAA
62 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * ***
528943 TGGACATGACTATCTGAACTTGTTTAGTG-AACAGATCTATTTTTTAAATCTCCAA
126 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCG-GAAACATAT-TTTTTTTTAAAT-TTTTA
* * *
528998 CATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * * * *
529062 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * *
529127 TCATAACTATTTGAAC-TCCTCGGTAA-ATGA-----ATTT--ATTTTTAA
129 TCATAACTATTTGAACTTATTCGGAAACAT-ATTTTTTTTTAAATTTTT-A
* ** * * * * *
529169 CTTATTATTTTTTGGTATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * **
529234 AAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTCAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
529299 TATAACTATTTGAACGTATTCAGGAAACATATTTTTTTTTAAATTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTTATTC-GGAAACATATTTTTTTTTAAATTTTTA
* * * *
529348 CTTACTAATTTTGGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
529413 AACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG-CTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
529477 TTATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTATTCG-GAAACATATTT-TTTTTTAAATTT-TTA
** * * *
529529 CTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCATATAAGCTTATATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
529592 GAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * *
529656 TCATGGCTATTTGAACTTATTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTATTCGG-AAACATATTT-TTTTTTAAATTTTTA
* * * * *
529707 CTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATAAACA
1 CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * ** * *
529771 GAAAGAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATTACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
529836 CCATAAAGATTTGAACTTATTCAGTG-AACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTATTC-G-GAAACATA-TT-TTTTTTTAAAT-TTTTA
* *
529889 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * * * * * *
529952 AGAAAAAATCATTTTATGAC-AAA-AAAATGTTATGACGATTTCAAATAAATAATTGTTAAAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
530015 GCCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTATTC-GGAAACATATT-TTTTTTTAAAT-TTTTA
* * ** * * *
530068 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATATCTTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
530133 AAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * **
530198 CATGACTATTTG-A-TATAGTTCGATAAATATATTTACTTTTGAAAATTTTTA
130 CATAACTATTTGAACT-TA-TTCG-GAAACATATTT--TTTTTTAAATTTTTA
* * * * * *
530249 CTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTT-AATAAGTTTATATAAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-AT-TTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * ** * *
530313 GAAACTATTGCTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *
530378 TTATAACTATTTGAGCTGGCTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TCT-
129 TCATAACTATTTGAACT-TATTCGG-AAACATATTT-TTTTTTAAATTTTTA
* * * ** * * * *
530426 CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGA-TTAGATT-TTCTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATT-TTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
530489 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
530554 TCATAAGTATTT-AAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTT-ATTCGG-AAAC-ATATTTTTTTTTAAAT-TTTTA
* * * * *
530606 CATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
530671 AAAAAATTATTTTTATGACAAAACAAAA----A-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATA
65 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATA
* * * * * **
530728 GCCTTAATTATTAGAAC-TAGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTCG-GAAACATATTT-TTTTTTAAAT-TTTTA
* * * *
530781 GTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
530844 AGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGATTATAATGATTTGAAGT-G-TACAGTTGTTTAAA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA-A-TTGTTCAAA
* * *** * *
530907 TAGTTATAAC------AA--T-TT---AAAC-TA--GTTCAGTAAATATCT-
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGAAACATATTTTTTTTTAAATTTTTA
* * ** * *
530943 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG-ATCA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * * * *
531007 -AATGCAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTGAAATG
64 GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
531071 GCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAA---TCA
128 GTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGG-AAACATATTT-TTTTTTAAATTTTTA
* * *
531120 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCCTGTATAAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * ** ** *
531184 A-AAACAATGGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *** * *
531248 GTCTTAACTATTTGAATTTTTTTAATAAAAAAATTATTTTTTTAATAAAAAAATTATTTTTTTAA
128 GTCATAACTATTTGAA-CTTATT--CGGAAACA-TATTTTTTT--T----TAA--A--TTTTT-A
* * * * * *
531313 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTGAGAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
1 --CTT-ATTA--AT-TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTA
* * ** * * * * *
531377 TGCACT-GAAACAATTGTCTTATGTTAAAATAAAAAGGTCATAATGCTTTTAAATAAATAATTAT
58 TG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * * * *
531441 TCAAATAATCATAACTATTAAAAATTGTTCGGCAAATAGATTTATGTTTTCAAATCTTTTG
121 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGG-AAACATATTT-T-TTTTTAAAT-TTTTA
* * * * *
531502 CTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATTTGA-AATATTTTATTCTAAATAAGTTTGTAAG-AT
1 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTT-ATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * ** * *
531564 ATTATACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
63 A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * * *
531629 AGTTTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGACAAATACATTTATATTTTAAATCTCTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCG-GAAACATATTT-TTTTTTAAAT-TTTTA
* * ** * *
531683 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAA-TTAGCATTATATTTAACTGAATAACCTTTTATG-AT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
531745 CAAAAACAGTTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAAT
63 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
531809 AGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAAC-------TTTTTAAATCTCTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGG-AAACATATTTTTTTTTAAAT-TTTTA
* * * * * **
531855 CTTATTAATTTTTCAAATATTAACAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTGTGAGCA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA
* * * ** * ** *
531919 CAAACAATTGTTTCATGATAAAA-AAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
531983 CCGTAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAATTTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTT-ATTCGG-AAACATATTT-TTTTTTAAATTT-TTA
* ** * *
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* * * * *
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* * ** * *
532160 ATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTT-
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GGAAACATATTT-T-TTTTTAAAT-T-TTTA
* *
532217 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTATTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTG--TGAAC
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * *
532278 TA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAAT
62 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
532342 AGTC-TTAGTGATTTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
127 AGTCATAACT-ATTTGAACTT-ATTCGG-AAACATATTT-TTTTTTAAAT-TTTTA
* * * * * *
532396 TTTATTAA-TTTTCAAAGTATTATTAAATTTGTATTATTTTACTTAGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * ** * *
532460 -AAACAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTTATATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * *
532524 TCTTAACTATTTTAAC-TAGTTTAGCAATTAGATTTGTTTTTTAATTTTCTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTA--TTCGGAAACATATTT-TTTTTTAAATTT-TTA
* * * * ** ** *
532576 GTTATTAAGTTTTGGAATACTT-TTAAA-TTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
532639 CAG-AACTAA-TGTTTGATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
62 TAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * * * *
532702 TAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCG-GAAACATATTT-TTTTTTAAAT-TTTTA
* * * * * * * * * * *
532757 CTGATTAGTTTTCT-CAATATTAATAAATAT-TATTATTTAATTTCAAACAAACTTATATTAACA
1 CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA
* *
532820 AAAACAATTGTTTTATGATGAAAA-AAAA---CAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
532881 AGTTATAATTCTTTGAA
127 AGTCATAACTATTTGAA
532898 TTGGTTTGGT
Statistics
Matches: 3535, Mismatches: 808, Indels: 557
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 5 0.00
162 91 0.03
163 7 0.00
164 9 0.00
167 2 0.00
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169 1 0.00
170 1 0.00
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181 740 0.21
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187 4 0.00
189 1 0.00
190 4 0.00
191 1 0.00
192 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTATTCGGAAACATATTTTTTTTTAAATTTTTA
Found at i:530668 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 528162--538367 Score: 3378
Period size: 541 Copynumber: 19.0 Consensus size: 535
528152 GTATGATGAA
* * * * *
528162 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
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** * * * * * **
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65 TTATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAA--TCT-ACTTATTAATTT
* * * * * *
528289 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTTTATGAGCT-GAAACAATTG
126 TTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTAGAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTG
* * * * * * * *
528352 TTTTATGATAAAATAAAATGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTTTTTAAATCA-TTATAACTA
188 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAAT-AGTCATAACTA
* * * ** * * * * *** * *
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252 TTT-AA-ATTGTTAGGTAAA--CA-AAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAT-TTTTGAAA
* * * * ** * * * * * * * * *
528479 TGTTAATAAGTAAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAAATATTTTTTTA
311 TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
528544 CTACACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
375 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTA
* * * * * * ** ** *
528609 GTTCGGTAAACACATTCATTCTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAGAATATTTTTAATTTA
440 CTTCGATAAATATATTTATT-TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGA-AATATTAATAAATTA
** * * * * * * *
528673 GGAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAA
502 ATATTATTTTAATATTAATAAG-TTTTATAAACAG
* * * * * * * *
528708 AAACAATTGTTTTATGACATAACAAAGA-TCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACT
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * * *
528772 CATAATTATTTGAATTG-GTTCAATAAATAGATTT-TGTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAA
66 TATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTG-A
* * * *
528834 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AAT-TGTTTTGTAT-AATTAGAAACAATTGTTT
130 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTAGAAATAAG-CTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTT
** * * * * * * * *
528895 TACAATAAAA-AAAATGTCATAAAT-ATTTGAAATATATAATAGTTCAAATGGACATGACTATCT
191 TATGACAAAACAAAATGTCAT-AATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT-T
* * * * **
528958 GAACTTGTTTA-GTGAAC-AGATCTATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTT-AGAATATTA
254 TAAATTG-TTAGGTAAACAAAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * *
529020 ATAAATTGATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
316 ATAAATT-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * * * * *
529085 CAAAATATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-CCTCG
380 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTACTTCG
* * * * *
529149 GTAAATGA-ATTTATTTTTAACTTATTA-TT-TT--TTG--G-TATTTTAATAAATTAATATTAT
445 ATAAAT-ATATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * *
529206 TTT-ATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAA
509 TTTAATATT-AATAAG-TTTTATAAACAG
* * * ** * *
529234 AAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTCAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* *
529299 TATAACTATTTGAAC-GTATTCAGG-AAACATATTT-TTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTTTG
66 TATAACTATTTGAACTGTATTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAATTTT-
* * * * *
529361 GGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTT
127 TGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
529426 ATAACAAAACAAAA-GGCTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTG
192 ATGACAAAACAAAATGTC-ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-
* * * * * * **
529490 AACA-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATA
255 AA-ATTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
529553 AATTAGTATTATTTTA-TTTCATATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATA
319 AATTA-TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
529617 AAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATGGCTATTTGAACTTATTTGGA
382 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC-TACTTCGA
* * *
529681 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATT
446 TAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* *
529745 TTAATATGAATAAGCTTGTATAAACAG
510 TTAATATTAATAAG-TTTTATAAACAG
* * *
529772 AAAGAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATTACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGC
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
529837 CATAAAGATTTGAACT-TATTCAGTGAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
66 TATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T
* **
529901 CTT-AATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATCAT
126 -TTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGT
* * * * * * *
529964 TTTATGAC-AAA-AAAATGTTATGACGATTTCAAATAAATAATTGTTAAAATAGCCATAATTATT
189 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
* *
530027 TAAACTTGTTCA-GTAAAC-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTGGAATATT
254 TAAA-TTGTT-AGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTGAAATATT
** * * *
530089 AATATCTTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAA
315 AATA-AATTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
530154 ATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATA-TAGTT
379 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA-ACTACTT
*
530218 CGATAAATATATTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATAT
443 CGATAAATATATTTA-TTTT-TAAATTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATAT
* *
530283 TATTTTAATCTTAATAAGTTTATATAAATAG
506 TATTTTAATATTAATAAGTTT-TATAAACAG
* * * * *
530314 AAACTATTGCTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* **
530379 TATAACTATTTGAGCTGGCTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAA
66 TATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTG-A
* * * ** * * * * *
530442 ATACTAATAGA-TTAGATT-TTCTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
130 ATATTAATAAATTTATATTATT-TTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
*
530505 GACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAGTATTTAAAT
194 GACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAT
530570 TGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
259 T-GTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
530635 CATTTTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTTATGACAAAACAAAA
323 -ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAATTGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * *
530699 ----A-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGCCTTAATTATTAGAACTAGTTCGACAA
385 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATGACTATTTGAACTACTTCGATAA
* ** * ** * * *
530756 ACATATTTATTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATT-TTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTT
449 ATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGA-AATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
530820 T-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
511 TAATATT-AATAAG-TTTTATAAACAG
* * * * * ** * * ** * * *
530846 AAATAATTGTTTTATGACAGAA-TAAAAGATTATAATGATTTGAAGTGTACAGTTGTTTAAATAG
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * *
530910 TTATAACAATTTAAAC--TAGTTCAGT----A-A---A-----T--ATCT-CTTATTAATTTTTG
65 TTATAACTATTTGAACTGTA-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * ** *
530957 AAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG-ATCAAATGCAATTGTTAT
129 -AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
531021 ATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTGAAATGGCCATAATTATTTGA
192 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * *
531086 ATTGATTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
257 ATTG-TTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * * * *
531147 TTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCCTGTATAAACTAAAACAATGGTTTTGTAACAAAACAAAA
321 TTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** ** * * * * * ** **
531212 GGTCATAACAATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTTTTTTAATAAA
385 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTACTTCGAT--A
* * * *
531277 AAAATTATTT-TTTTAATAAAAAAATTATTTTTTTAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTG
448 AATA-TATTTATTTT--T-----AA--A--TTTTT-A------CTTATTAATTGTCGAAATATTA
* * * * ** *
531341 AGAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGGATAAGCTTTTATGCACTG
494 ATAAATTAATATTATTTTAATATT-AATAAG-TTTTATAAACAG
** * *** * *
531384 AAACAATTG-TCTTATGTTAAAATAAAAAGGTCATAATGCTTTTAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AAACAATTGCT-TTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * * * * *
531448 ATCATAACTATTAAAAAT-TGTTCGGCAAATAGATTTATGTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATT
64 GTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATC---TACTTATTAATT
* * ** * * * * *
531512 TTTCGAATGTTAATAAATTTGA-AATATTTTATTCTAAATAAGTTTGTAAG-ATATTATACAAAT
125 TTT-GAATATTAATAAATTT-ATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATT
* * * * ** * * **
531575 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTAACT
187 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACT
* * * ** * * * * *
531639 ATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATAT
251 ATTT-AAATTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGA-AATAT
* * ** * * ** * *
531703 TATTAAATTAGCATTATATTTA-ACTGAATAACCTTTTATG-ATCAAAAACAGTTATTTTATGAC
314 TAATAAATTA-TATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
531766 AAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
376 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAC
* * * * * * *
531830 TTTGGT--A-A-A---CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAACAAATTAGT
441 TTCGATAAATATATTTATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
531887 ATTATTTT-AT-TTCAAATAAGTTTGTGTGAGCAC
504 ATTATTTTAATATT--AATAAGTTT-TATAAACAG
* * * * ** *
531920 AAACAATTG-TTTCATGATAAAA-AAAATA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATG
1 AAACAATTGCTTT-ATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
*** * * * * * * *
531982 GCCGTAATTATTTTAATTG-ATTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAAT-TTCTTACTTGATATTT
64 GTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTA-TT-A-ATTT
* ** ** * *
532045 TAGAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTTTACT-AACT-GAAACAAT
126 TTG--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTA-TGAA-TAAAAACAAT
* * * * * * * *
532107 TGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACT
186 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
532172 ATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AAT
251 ATTT-AAATTGTT-AGGTAAACAAAATTAT-TTTTTAAATCTCTTACATATTAA-TTTTTGAAAT
* * * * * *
532235 ATTAATAAATTATTATTAATTTATTCTAAATAAGC-T-TGTGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC
312 ATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
532298 TAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TTAGTGATTTGAATTG
376 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT-ATTTGAACT-
* * * * ** * *
532362 A-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTC-AAAGTATTATTAAATT
439 ACTTCGATAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGAAA-TATTAATAAATT
** * * * *
532425 TGTATTATTTTACT-TAGAATAAGCTTGTATGAACA-
501 AATATTATTTTAATAT-TAATAAG-TTTTATAAACAG
* * * * * ** * *
532460 AAACAATT-CTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTTATATAG
1 AAACAATTGC-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * **
532524 TCT-TAACTATTTTAACTAGT-TT-AGCAATTAGATTTGTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGT
65 T-TATAACTATTTGAACT-GTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAA-T
* * ** ** * * *
532586 TTTGGAATACTT-TTAAA-TTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAA-CAGAACTAA
124 TTTTGAATA-TTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC-AA
* * * * * * * *
532648 -TGTTTGATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
185 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
532712 TATTTGAAATGGTTTGATAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAC-TGATTAGTTTTCT-CAAT
250 TATTT-AAATTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTTT-TGAAAT
* ** * * * ***
532775 ATTAATAAA-TATTATTATTTAATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGAT
312 ATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA-
* * * * * * *
532839 GAAAA-AAAA---CAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTCTTTGAATT
375 CAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT
** * * * * * * * *
532900 GGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAGATCTCTTACTTATAAATT-TTGAAATA-TAATAAA-T-
439 ACTTCGATAAATATATTTATTTT-TAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA
*
532961 -TA--A-TTT--TATT-CT-A---TT-T---C-G
502 ATATTATTTTAATATTAATAAGTTTTATAAACAG
* * * * * * *
532979 AATGCACTTG---TATGAGCTAAAA-TAAAAGTCATAACACTTTGAAATAAATTATTGTTCATAT
1 AA-ACAATTGCTTTATGA-C-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** *
533040 AGTCT-TAACTATTTCAAC-G-A-AAGGTTATAAC--A---A---TTTGAA---A--TA--AA--
63 AGT-TATAACTATTTGAACTGTATTCGG-TA-AACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATT
* * * *
533084 --TAAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
125 TTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTAGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATT
* * * * * * * * *
533144 ATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACT
187 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACT
* * * * * *
533208 ATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGAAATATT
251 ATTT-AAATTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATT
* * * ** * * * *
533269 ATTAAATTAGTATTGTTTT-TATCTGAATAAGCTTGGATG-ATCAGAAACAATTATTTTTTGAGA
315 AATAAATTA-TATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
533332 AAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT
377 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTA-C
* * * * * *
533396 TTGGA-AAACA-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTT-
441 TTCGATAAATATA-TTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAA-TTA
* * *
533458 GTATTGTTTT-ATTTTGAATAAGTTTCTAT-----G
502 ATATTATTTTAATATT-AATAAGTTT-TATAAACAG
* * * * * *
533488 ----AA---C----T---AAAACAAAAGGTCATAACGACA-TTAATTAGTCAGATCGACTATTCA
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-A-ATTTAA--AAT-AAAT-AATTGTTCA
* * * ** * *
533538 AGTAGTCA-AATCTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAGATTTATTATTTTAAATCT-CTTGCTCA
60 AATAGTTATAA-CTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTATT-TTTTAAATCTAC-T--T-A
* * **
533600 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATTGAA
119 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-AGAAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * *
533663 ATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTTGTTCT-AATAGT
181 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAA-TTGTT-TAAATAGT
* * * * * * *
533727 CTTAACTATTT-AATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
244 CATAACTATTTAAATT-GTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTG
* * * * * ** * ** * * *
533791 GAATATTATTAAAGTAGTATTATTTCAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAGCAACTCTTTTA
308 AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTA
* * ** * *
533856 T-A-AAAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGCTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
372 TGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
* * * * * *
533919 ACTATTTTGAAAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
436 ACTACTTCGATAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * * *
533981 AAATATTATTTTATTCTGAATAA-TTTTGGATGAACAG
500 TAATATTATTTTAATATTAATAAGTTTT--ATAAACAG
** * * * * * *
534018 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATGGA
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
534083 CATGACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
66 TATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTT
* * * *
534147 AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
128 -GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTAGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
* * * * * **
534210 TTATGACAAAGCAAAA-GATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGCTCAACCAGTCATAACTAT
190 TTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
534273 TTGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGA
253 TT-AAATTGTTAGGTAAACAAAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * ** *
534338 GTATACTTGTATTA--TTATTTTGAAT-A-CATATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAA
316 ATA-AATTATATTATTTTATTTTGAATAAGC-T-TATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
534399 AATAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAAATAA-TAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGT
378 AACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT-AGATAATTA-TTCAAATAGTCATGAC----T--A---
* * *
534462 GTTTTATGAAAAAATAGTCTTAACTATTTTAGCTAATTTGGCAAACATAATTATTTTTTAAATCT
431 ---TT-TG-----A-A--C-T-AC----TT--C-GA--T---AAATATATTTA-TTTTTAAAT-T
* * * * ** * **
534527 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGCATGA
468 TTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATTAATAAG-TTTTAT-A
534592 AA-AG
531 AACAG
* ** * * * * * * *
534596 AAACAATTGTTTTATGACAAAGTAAAGA-TCAAAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * * **
534660 CATAACTATTTGAACTAT-TTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAACCT-CTTATTAATTTTCAAA
66 TATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTT-TGA
* * * ** *
534723 ATATTAATAGA-TCAGTATTATTTTATTCTG-AATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
130 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-AGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
534786 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
193 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AA
* * * * * * * *
534851 CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
257 ATTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * ** * * *
534916 TCATCTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAAC-ATTACTTTGTGACAAAATAGAAG
322 T-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
534980 ATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTCGAACTTAC-TC-AGTA
386 GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC-TACTTCGA-TA
* * * *
535042 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTT
448 AATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
535107 T-AT-TTCAAATACGCTTGTATGAACA-
511 TAATATT--AATAAG-TTTTATAAACAG
* * * * * *
535132 AAACAATTGGC-TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
1 AAACAATT-GCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
535196 TCATAACTATTTGAACATGT-TT-AGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTT
65 TTATAACTATTTGAAC-TGTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TCTACTTATTAATTTT
* * * * *
535259 GGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAG-TATAAGCTTTGTATAAATAGAAACAATTAT
127 -TGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-AGAAATAAGC-TTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * ** * * * *
535323 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
189 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
* * *** * *
535388 TGAACTTGTCCA-GTAAA-TTGATTCA-TTTTTAAATCTCTTGC-TCATTAA-TTTTCAAAGTAT
254 T-AAATTGT-TAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTTTTGAAA-TAT
* * ** * **
535448 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCCTATATGAACCGATACAATTGTTTTATGATGA
314 TAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * **
535513 AACAAAGGGTCATAA-CAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACTTGT
378 AACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTACT
* * * * * * * *
535577 T-TAGCAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAACTAAT
442 TCGA-TAAATATATTTATTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAAT
** * * * *
535641 ATTATTTTAAT-CGAACAAGCTTGTATGAACAA
504 ATTATTTTAATATTAATAAG-TTTTATAAACAG
* * * * ** * *
535673 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAATTATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * * *
535738 CATAACTATTTGAACT-TATTCTATAAATAGATTTATTTTTTAAAACTTTTATTTATTAATTGTC
66 TATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAA--TCTACTTATTAATT-TT
** ** * ** *
535802 TGAATGA-TAATAAGCTGGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAA-TTTTAT
127 TGAAT-ATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTAGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGT
* * * **** * * *
535864 TTTATGACAAAATAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATA
189 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT-
* * * * * * * ** **
535929 TGAAGTTGTTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
253 TTAAATTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * *** * * *
535994 AAATTAGAATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTGTGACAAAAT
318 AAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* ** * * * * **
536058 AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGCAA-T-GGTC
380 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-AACTACTTC
* ** * * * ** **
536121 AAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGCA
444 GA-TAAATATATTTA-TTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTGTCGA-AATATTAATAAATTAATA
* * * * *
536185 TTACTTT-AT-TTCGAATTAAGACTATATCAATAG
505 TTATTTTAATATT--AA-TAAG-TTTTATAAACAG
* * * ** ** * * * *
536218 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGATATGAAATAAATAATTATT-AAATTGT
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * **
536282 TATAACCAATTGAACTAGT-TT-GGTATACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTCAA
66 TATAACTATTTGAACT-GTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTT-TG
* * * * * * *
536344 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAACA-AA-CTTATATTAACAAAAGCATTTATTT
129 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTAGAA-ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
536406 TATGACAAAACAAAA-GAAT-ATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCACATTGCCTTAACTATT
191 TATGACAAAACAAAATG--TCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * *
536469 TGAACTGATTCA-ACAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTA-ATTATTAA-TTTTCATAATATT
254 TAAATTG-TT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTGA-AATATT
* * * ** * *
536531 ATTAGATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGCATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACAA
315 AATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * *
536595 AACAAAAGGTTATAATGACTTAAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
378 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTACTT
* * * * * * **
536660 -TAGT-AA-ACA--GA----T-AATTTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTAT
443 CGA-TAAATATATTTATTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * ** *
536715 TATTTT-AT-TCTAATTAGGATTGTATGATGAA
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* * * ** * **
536746 AAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAAT-G
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * ** * *
536809 ACCATAACTATTTAAACT-AATTCAATAAAC-TGATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTTTTAATT
65 -TTATAACTATTTGAACTGTATTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCT---ACTTATTAATT
* * * * * *
536872 TTGGAAATATTAATAAAATAATATTATTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTTACATTATTT
125 TTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTT-T---A--TT---AGA--AAT-AAG---C-TTGTAT
* * ** * * * * * **
536937 TATTTTAGATAA--GCTTTTATGA-AATGAA-ATAATTGT-TTTATGATAAAACCAAGGGTCATA
173 GAATAAAAACAATTG-TTTTATGACAA--AACA-AAATGTCATAATGAT---TTCAA-----ATA
* * * * ** * ** *
536997 -ACAATT-TTAAAATGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAAGTTGTTTGGTAAACGGAT
226 GATAATTGTT----T-A-AATAG-TC-ATAA--C-T-A-TTTAA--A-TTGTTAGGTAAACAAAA
* * * *
537060 TTATTTTTTAAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATT
275 TTATTTTTT-AAATCT-CTTACATATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT
** * * * * * * * *
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336 TTGAATAAGCTTA-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * ** * *
537186 AAATAGATAAGTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-AGCAAATACATTTATTTTTT
400 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTACTTCGA-TAAATATATTTA-TTTTT
* * ** * ** ** * * * ***
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463 AAAT-TTTTACTTATTAATTGTCGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATTAATAAGTT
** *
537314 TGTATGCATAG
526 T-TATAAACAG
* * * * * * * *
537325 ATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCAT-ACTGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-AATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
537388 TCATAACTATTTGAACTG--GTCTGGTAAACATATTTA-GTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTCA
65 TTATAACTATTTGAACTGTATTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTT-T
* * ** ** * *
537449 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
128 GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * *
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193 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AA
* *** * * ** * * * * *
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257 ATTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-TCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
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321 TTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT-ATGAATTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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446 TAAATATATTTATT-TTTAAATTTTTACTTATTAAT-TGTCGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * *
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* * * * * ** * * *
537858 AAATAGTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GA
1 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * * ** *
537922 TAATAATTATTTGAACGTGT-TT-AGAAAATAAATTTATTATATATATTTTTACTTATTAATCTT
65 TTATAACTATTTGAAC-TGTATTCGGTAAACATATTTATT-T-TTTAAATCTACTTATTAAT-TT
* ** * * * * *
537985 TGGAATATTAGCAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATG-ACAGAAATAATTGTTT
126 TTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
538049 TATGGCAAAATAAAAGGTCATAGTGA-TT----T-GA-AA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTG
191 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-
* * * *
538106 AACTTGTTTGGTAAAC-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAATTTTT-AGAATAGTAA
255 AAATTGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * * *
538168 TAAGTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTATGGCAAAAC
317 TAAATT-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** *
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381 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTACTTCGA
* *
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TATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
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TTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATA
TTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
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TATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATTAAT
AAGTTTTATAAACAG
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* * * *
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* * * * ** * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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ATTTTTTTAATAAAAAAATT
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** *
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* * * * * * * *
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**
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* **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * ** *
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* ** * * **
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* * * ** *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGCATTATATTTA-ACTAAATA
* * * * * * * * * * *
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** * * * * *
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** * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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TCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACT
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531374 TTATGCACTG
* * * * *
531384 AAACAATTGTCTTATGTTA-AAATAAAAAGGTCATAATGCTTTTAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATG--ACAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA
* * ** * * ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** * *
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189 TTCATGA-TAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCTAACTATT
* ** * * * *
531642 TGAACT-AGTTTGACAAATACATTTA-TATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
252 TGAATTGA-TTTGGTAAACAAATTTACT-TTTTAAATCTCTTACTGATT-ATTTTCA-AATATTA
* ** * * * * * * *
531705 TTAAATTAGCATTATATTTA-ACTGAATAACCTTTTATGATCAA
313 ATAAA-TATTATTAT-TTTATTC-AAACAAGCTTATATTAAC-A
* * * * * * * ** *
531748 AAACAGTTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTA
* * * * * *
531813 ATAACTATTTGAACTAGTT-------T-G-GTAAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC
66 ATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTTG
* * * *
531869 AAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTGTGAGCACAAACAATTGTTTCA
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-ATGTGTGA--ACAAACAATTGTTTCA
** * * * * * *
531934 TGATAAAAAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCGTAATTATTTTAAT
193 TGATAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTGAAT
* * * *
531999 TGATTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTGA-TATTTTAGAAAATATTAATAAAT
257 TGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAC-TGATTATTTT--CAAATATTAATAAA-
* * * * * *
532063 TAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTTTACTAACTG
318 TATTATTATTTTATTCAAAC-AAGCTTATATTAAC-A
* * * * * **
532100 AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGT
* * * *
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65 AATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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256 TTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATT-ATTTTCAAA-TATTAATAAAT
* * * *
532424 TTGTATTATTTTACTT-AGAATAAGCTTGTATGAACA
319 AT-TATTATTTTA-TTCA-AACAAGCTTATATTAACA
* * * *
532460 AAACAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTTATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGT
** * * * * * * * *
532525 CTTAACTATTTTAACTAGTTTAGCAATTAGATTTGT-TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT
65 AATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTT
* * *
532589 GGAATACTT-TTAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAACTAA-TGTT
130 GGAATA-TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGAT-GTGTGAACA-AAC-AATTGTT
* *
532652 TGATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
190 TCATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTT
* * * * *
532717 GAAATGGTTTGATAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAGTTTTCTCAATATTAATA
253 GAATTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTA-TTTTC-AAATATTAATA
* *
532782 AATATTATTATTTAATTTCAAACAAACTTATATTAACAA
316 AATATTATTATTTTA-TTCAAACAAGCTTATATTAAC-A
* **
532821 AAACAATTGTTTTATGATGAAAAAAAA---CAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG
* * * * * **** * * * * *
532883 TTATAATTCTTTGAATTGGTTTGGTAAATAGAATTAT-TTTCTAGATCTCTTACTTA-TAAATTT
64 TAATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTT
* ** * * *
532946 TGAAATA-TAATAAA-T--TA--ATTTTATT-C---T---AT-T-TCG-A-ATGCACTTGTATGA
129 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATGTGT-GAACAAACAATTGTTTCA
* * * * * * *
532994 -GCTAAAATAAAA-GTCATAA-CACTTTGAAATAAATTATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTCA
193 TGATAAAA-AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTGA
* ** * *
533056 A-CGA-AAGGTTATAAC--A---A--TTTGAAA-----TA---A--A---T-AAATGTTAATAAA
255 ATTGATTTGG-TA-AACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTATTTTCAAATATTAATAAA
* * * * * *
533098 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
318 -TATTATTATTTTA-TTCAAACAAGCTTATATTAAC-A
* * * * * * *
533136 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGT
** *** * * *
533201 CTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
65 AATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTT
* * * ** * * *
533261 GAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTT-TATCTGAATAAGCT-TGGATGATCAGAAACAATTATT
130 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGATGT-G-TGA--ACAAACAATTGTT
** * * * * * * * *
533324 TTTTGAGAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
190 TCATGATAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTATTTG
* * * * * * *
533389 AACT-AGTTTGGAAAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTA
254 AATTGA-TTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATT-A-TTTTCAAATATTAATA
* ** * * * *
533453 AAGT-TGTATTGTTTTATTTTGAATAAGTTTCTATGAACTA
316 AA-TAT-TATTATTTTA-TTCAAACAAGCTTATATTAAC-A
** * * ** * * * * * * * *
533493 AAACAAAAG-GTCAT----AACGACA--T--TAATTA-GTCAGATCG--ACT-ATTCAAGTAGTC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGT-
* * * * *
533545 AA-ATCTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTAT-TATTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTT
65 AATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCT-TTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTT
* * ** * * * *
533608 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTT
129 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-ATGTGTGAA--CAAACAATTGTTT
* * * * *
533673 TATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
191 CATGA-TAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTC-TAACTATTT
* * * * * * ** *
533738 -AATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
253 GAATTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATT-A-TTTTCAAATATTAATA
* * * * *
533802 AAGTAGTATTATTTCAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-A
316 AA-TATTATTATTT-TATTCAAACAAGCTTATATTAACA
* * * * ** **
533840 AGAAGCAACTCTTTTAT-AAAAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGCTAGATAATTGTTCAAATA
1 A-AA-CAATTGTTTTATGACAAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA
* * * *
533904 GTCATAACTATTTGAACTATTTTGAA-AAATAGATTTA-GTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAA-T
63 GTAATAACTATTTGAACTA-GTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGT
** * * ** * *
533962 TTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCTGAATAA-TTTTGGATGAACAGAAACAATT
127 TTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATGT-G-TGAAC--AAACAATT
* * * * ** * * * * * *
534026 ATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATGGACATGACTA
187 GTTTCATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTA
** * * * * *
534091 TTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAATTTTTAAAATAT
250 TTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-CTGATT-A-TTTTCAAATAT
* * * * * * *
534154 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
311 TAATAAA-TATTATTATTTTA-TTCAAACAAGCTTATATTAACA
* * * *** **
534198 GAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGCTCAACCA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA
* * * *** * * * * * *
534262 GTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
63 GTAATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTT
* * * * * *
534327 TTGGAATATGAGTATACTT-GTATTATTATT-TT--GAATACATATGTATGAACAGAAACAATTG
128 TTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATT-TTATTCCAAATA-AGATGTGTGAAC--AAACAATT-
* * *
534388 GTTT-ATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAAATAA-TAGTTTAAATAGTCATAA
187 GTTTCATGATAAAA-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT-AGATAATTA-TTCAAATAGTC-TAA
** * * ** *
534450 CTATTTGAATGTG-TTTTATGAAAAAATAGTCTTAACTATTTTAGCTAATTTGGCAAACATAATT
247 CTATTTGAAT-TGATTTGGT-AAACAA-A-T-TT-ACT-TTTTA---AATCT--CTTAC-TGATT
* * * * * * * *** * * *
534514 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATT-AAATTCGTATTATTTTAATA
299 A-TTTTCAAA--TATTAATAAAT-ATTATT---ATTTTATTCAAACAAG-CTTATATTAACA
* * ** * * ***
534575 TGAATAA--GCTTGCATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGTAAAGATCAAAACGATTTG
1 -AAACAATTG-TTTTATGACAAA-AAA-AA--G------GTC--A-TAATGATTTGAA--A--T-
* * * * * *
534637 AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAATAAATAAATTTA-GTTTTT
46 AGATA-AT--C-ATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTT
** * * ** **
534701 AAA-C-C-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTGAATAATTT
107 AAATCTCTTGCTTATTAAGTTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-GA
* * *
534761 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
170 TGTGTGAAC--AAACAATTGTTTCATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
534826 GTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
232 ATTCAAATAGTC-TAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-C
* * ** * * * * * *
534890 T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TCATCTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATA
294 TGATT-A-TTTTCAAATATTAATAAATAT--TATTATTTTA-TTCAAACAAGCTTATATTAACA
** * * * * * ** *
534952 GAAAC-ATTACTTTGTGACAAAATAGAAGATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA
* * * ** * * *
535015 GTTATAACTATTCGAACTTA-CTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
63 GTAATAACTATTTGAAC-TAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGT
* * * * * * * *
535078 TTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAACAATTGGC
127 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-ATGTGTGAAC-AAACAATT-GT
* * * *
535143 TT-ATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTAT
189 TTCATGATAAAA-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTAT
* * * * * **
535206 TTGAACATG-TTTAGAAAACAAATTTA-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGGGAATATT
251 TTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTGATT-ATTTT-CAAATATT
* * * * * *
535268 AATAAATTTATATTATTTTATTCAGTATAAGCTTTGTATAAATA
312 AATAAATAT-TATTATTTTATTCA-AACAAGC-TTATATTAACA
* * ** * * **
535312 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATATTTGTTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG
* * * ** * * *
535377 TCATAACTATTTGAACTTGTCCAGTAAATTGATTCA--TTTTTAAATCTCTTGCTCATTAA-TTT
64 TAATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTT
** *** * * * * *
535439 TCAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCCTATATGAACCGATACAATTGTT
129 TGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-ATGTGTGAA-C-AAACAATTGTT
* * * * *
535504 TTATGATGAAACAAAGGGTCATAA-CAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATGGCTAT
190 TCATGAT-AAAAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTA--ACTAT
* * * * * * *
535567 TTAAACTTG-TTTAGCAAACATATTTA-TTTTTAAAATCT-TCTACTTATTAACTATCAAAATAT
251 TTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTT-AAATCTCT-TACTGATT-ATTTTC-AAATAT
* * * * *
535629 TAATAAACTAATATTATTTTAATCGAACAAGCTTGTATGAACAA
311 TAATAAA-TATTATTATTTTATTCAAACAAGCTTATATTAAC-A
* * * * * * * **
535673 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAATTATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGT
* * * * * **
535738 CATAACTATTTGAACTTA-TTCTATAAATAGATTTAT-TTTTTAAAACTTTTATTTATTAA-TTG
65 AATAACTATTTGAAC-TAGTTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTT-
** * * * *
535800 TCT-GAATGA-TAATAAGCTGGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCT-TGTAGGAATAGAA-AATT
128 T-TGGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGATGTGT--GAACA-AACAA--
* * * * **** * *
535860 TTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
185 TTGTTTCATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAC
* * * * * * *
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248 TATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATT-ATTTTC-AAATA
** * * * * *
535989 TTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACA
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* ** * **
536034 TAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA
* * * * * * * * * *
536099 GTCATAACTATTCGCAA-T-GGTCAAGCCAACAGATTCAT-TTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
63 GTAATAACTATTTG-AACTAGTTCAA-CAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAG
* * * * * * * * * *
536161 TTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATTAAGACTATATCAATAGAAATAATT
126 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGA-TGTGT-GA-ACAAACAATT
* * * * * * *
536226 GTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGATATGAAATAAATAATTATT-AAATTGTTATAACCA
187 GTTTCATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCTAACTA
* * * * *
536290 ATTGAACT-AGTTTGGTATACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--TAATTTTCAAAATATTA
250 TTTGAATTGA-TTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTATTTTC-AAATATTA
* ** *
536351 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA
313 ATAAA-TATTATTATTTTA-TTCAAACAAGCTTATATTAACA
* * * * * * *
536393 AAAGCATTTATTTTATGACAAAACAAAAGAAT-ATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCACATT
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA
*** * * **
536457 GCCTTAACTATTTGAACT-GATTCAACAAATAAATTTAT-TTTTCAAATCTCTTAATTATTAA-T
63 GTAATAACTATTTGAACTAG-TTCAACAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGT
** * * * *** * *
536519 TTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCT-TGCATGAACATAAATAATT
127 TTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATGTG--TGAAC--AAACAATT
* * * * * * * * *
536583 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTAAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTA
187 GTTTCATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAACTA
536648 TTTGAA
250 TTTGAA
536654 CTAGTTTAGT
Statistics
Matches: 3738, Mismatches: 848, Indels: 646
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
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TTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTATTTTCAAATATTAATAAATATTATTA
TTTTATTCAAACAAGCTTATATTAACA
Found at i:533811 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 533534--536900 Score: 2109
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533524 AGATCGACTA
** * * *
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* * * **
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* * * *
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128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAA-TTG
* * * *
533717 TTCTAATAGTCTTAACTATTT-AA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
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* * * * * *
533780 ATTAATTTTTGGAATATTATTAAAGTAGTATTATTTCAATTC-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
64 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * ** *
533844 GCAACTCTTTTAT-A-AAAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGCTAGATAATTG
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTG
* ** * *
533896 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTGAAAAATAGATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTT
1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * ** *
533956 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGGATGAACAGAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * *
534021 CAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * ** *
534073 TTCATATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
1 TTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
534138 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
65 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* *
534202 CAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
* * * *
534254 CTCAACCAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTT
1 TTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
534319 ATTAATTTTTGGAATATGAGTATACTT-GTATTA--TTATTTTGAAT-A-CATATGTATGAACAG
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* * *
534379 AAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAAATAATAG
126 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAAT-AAATAATTG
* ** * * * *
534435 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGAAAAAATAGTCTTAACTATTTTAGCTAAT
1 -TTCAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG--TTCGGTAAACAGA-T-TT-A-TTTTTTA---AAT
** * * * * * **
534499 -TTGGCAAACATAATTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTC-
55 CTT---TTAC-TTATTAATTTTTAGAA-----TA-TTAATAA--ATT--AGTATTATTTTATTCT
* * ** * ** *
534561 GTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGCATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGTAAAGAT
106 GAATAAGCTT-GTATG---AA-----C------AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
534625 CAAAACGATTTGAGATAGATAATTA
156 CATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
** * * * *
534650 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAA-C--CT-CTT
1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * ** *
534710 ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAACAAAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
*
534775 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * * * ** *
534827 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
534892 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TCTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAA
65 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
** * * * * *
534956 C-ATTACTTTGTGACAAAATAGAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
* * * ** * *
535007 TTCAAACAGTTATAACTATTCGAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
535072 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TCAAATACGCTTGTATGAACA-AA
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** * *
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128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
* * ** * * *
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1 TT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
** * * * *
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* * * * * *
535315 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATATTTG
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
* * ** * * * *
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1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * *
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** * * * *
535496 CAATTGTTTTATGATGAAACAAAGGGTCATAACAGTTTGAAATAGATAATTA
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAAATAATTG
* ** * ** * * * *
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1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * * * * *
535613 TTAACTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATC-GAACAAGCTTGTATGAACAAAAAT
65 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
535677 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAATTATTTGAAATAAATATTTG
130 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
* ** * * *
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1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** * * * *
535793 TTAATTGTCT-GAATGA-TAATAAGCTGGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTAGGAATAGA
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* * * * * **
535855 AA-ATTTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATGGCA-ATTTGAAATAGGTAATTG
127 AACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT--AATATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * * *
535909 TTCAAATAGTCATAACTATATGAAGTTGTTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATATCTTATTTA
1 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * ** *
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65 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * *
536039 AATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
130 AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTG
* * * ** *
536091 TTCAAATAGTCATAACTATTCGCAA--TGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAAT-TTGTTAC
1 TTC-AATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTAC
* * * * *
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62 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAA-TAAG-CTTGTATGAAC
* * * * *
536216 AGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGATATGAAATAAATAATTA
124 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * * * *
536273 TTAAATTGTTATAACCAATTGAACTAGTTTGGTATACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
1 TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * *
536334 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA-AAAGC
66 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-C
* * * ** *
536398 ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGAAT-ATAATGATTTGAAATGGATAATTA
130 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * * *** * * * * *
536449 TTCACATTGCCTTAACTATTTGAAC-TGATTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATT
1 TTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * * *
536513 ATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGCATGAACATAAA
64 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
536578 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTAAAATATATAATTG
129 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * * ** * *
536630 TTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGA--TA---ATT---TC--CTACTTA
1 -TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** *
536685 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCT-AATTAGGATTGTATGATGAAAA
65 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * **
536748 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGGTAATTG
128 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTG
* * ** ** * * ***
536801 TTCAA-ATGACCATAACTATTTAAACTAATTCAATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCCAACTT
1 TTCAATA-G-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
536865 TTTAA-TTTTGGAAATATTAATAAAATAATATTATTT
64 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
536901 CTCAAATTTT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAAATAATTG
Found at i:536604 original size:721 final size:712
Alignment explanation
Indices: 534504--536668 Score: 1918
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534494 CTAATTTGGC
* ** * ***
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* * * * * ** * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
534948 AATAGAAACATTACTTTGTGACAAAATAGAAG-ATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
445 AACA-AAACATTATTTTATGACAAAACAAAAGAAT-ATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * *
535012 ACAGTTATAACTATTCGAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
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* * * * ** *
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** * * * *
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633 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
*
535206 TTGAACATGTTTAGA
698 ATGAACATGTTTAGA
* *** * *
535221 AAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTTATATTATTT
1 AAACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTAAATTATGT
** * * *
535286 TATTCAGTATAAGCTTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
66 TATTCACAATAAGCTTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * **
535351 TCTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCCAGTAAATTGATTCATTT
131 TCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTCAAGCAAACAGATTCATTT
* * * * *
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196 TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAACAAGA
* * * * *
535481 CTATATGAACCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAGGGTCATAA-CAGTTTGAAATAGATAA
261 CTATATCAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAA
* * * * * *
535545 TTATTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTAC
325 TTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCTAC
* * * * * *
535610 TTATTAACTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTA-ATCGAACAAGCTTGTATGAACAAA
387 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAAC-AA
* * * * * *
535674 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATA-ATTATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGT
450 AA-CATTATTTTATGACAAAAC-AAAAG-AATATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-
* * * * *
535738 CATAACTATTTGAACTTATTCTATAAATAGATTTATTTTTTAAAACTTTTATTTATTAATTGTC-
511 CTTAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCA
* * * * ** * * * *
535802 TGAATGATAATAAG-CTGGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAATTTTATTT
576 T-AAT-ATTATTAGAATAGTATTATTTTTTTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAA-ATTGTTT
* ** *
535866 TATGACAAAATAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATG
636 TATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATG
** *
535931 AAGTTG-TTCGA
701 AACATGTTTAGA
*
535942 TAAACAAATTTAATTTTT-AAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGAATT
1 -AAACAAATTT-ATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTA-AATT
* * * * *
536005 ATGTTATTCCCAATAAGC-TTGTATGAACATAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCAT
62 ATGTTATTCACAATAAGCTTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCAT
* *
536069 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGCAA-TGGTCAAGCCAACAGAT
126 AACAATCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCG-AACTGGTCAAGCAAACAGAT
* * * *
536133 TCATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTC
190 TCA-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA-AAGTATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTC
* * * *
536197 GAATTAAGACTATATCAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGATATGAA
253 GAA-CAAGACTATATCAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
536262 ATAAATAATTATT-AAATTGTTATAACCAATTGAACTAGTTTGGTATACAAATTTATTTTTTAAA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* *
536326 TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTA
382 TCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGA
** * *
536390 ACAAAAGCATTTATTTTATGACAAAACAAAAGAATATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCACA
446 ACAAAA-CA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGAATATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * *
536455 TTGCCTTAACTATTTGAACTGATTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATT
508 TAG-CTTAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT
* *
536520 TTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGCATGAACATAAATAATTGT
572 TTCATAATATTATTAGAATAGTATTATTTT-TTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-AATTGT
** * * * * * *
536585 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTAAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATT
634 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATA
*
536650 TGAAC-TAGTTTAGT
699 TGAACAT-GTTTAGA
536664 AAACA
1 AAACA
536669 GATAATTTCC
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 236, Indels: 90
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
716 53 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (712 bp):
AAACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTAAATTATGT
TATTCACAATAAGCTTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAA
TCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTCAAGCAAACAGATTCATTT
TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAACAAGA
CTATATCAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
TATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTAT
TAATTTTCAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAACAAAACATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGAATATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCTTAACTATT
TGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCATAATATTATT
AGAATAGTATTATTTTTTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACATGTTTAGA
Found at i:537678 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 536907--538416 Score: 1074
Period size: 180 Copynumber: 8.5 Consensus size: 179
536897 ATTTCTCAAA
* * * *
536907 TTTTGAAATATTAATAAAGTT-ACATTATTTTATTT-TAGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAATAA
1 TTTTAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTTAATGAATA-GAAATAA
* * * * * * *
536969 TTGTTTTATGATAAAACCAAGGGTCATAACAATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAAAAGTCATAA
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * ** *
537033 CTATTTAAAGTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAAATTCCTTGCTTATTAAT
127 CTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAAATT--TTACTTATTAAT
** * * * * ** * * *
537089 TTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCAAGT-CTGAATTGAAACAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTTAATGAATAGAAATAATT
* * * * * * * *
537153 ATTTTATGACTAAA-GAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCTAATAGTCTTAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
537217 TTTAAACTGGTTC-AGCAAATACATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATAAAT
130 TTTGAACTGGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAAT
* * ** ** * * * * * * * * *
537269 TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATGTTTTACTCCAAATAAG-TTTGTATGCATAGATACAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-AATGAATAGAAATAATT
* *
537333 GTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
537396 ATTTGAACTGG-TCTGGTAAACATATTTAGTTTT-AAA-TCT-CTTATTAAT
129 ATTTGAACTGGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAAT
* * * *
537444 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTTGTATGAATAGAAATAAT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTT-AATGAATAGAAATAAT
* ** * * * * *
537507 TGTTTTATTACAAAACAAAATATCTTAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAACTAGTCATAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
*** **
537572 ATTTGAACTCACTCGATAAACCGATTTATTTTTAAACATTTTACTTATTAAT
129 ATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAA-ATTTTACTTATTAAT
* * * *
537624 TTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTAATGAATAGAAACAACTA
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTAATGAATAGAAATAA-TT
* * * * * *
537689 G-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGTAATAATTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
537753 TTTGAACGTGTTTAGA-AAACAAATTTATTATATATATTTTTACTTATTAAT
130 TTTGAAC-TGGTTCGATAAACAAATTTATT-TTTAAAATTTTACTTATTAAT
* ** * * * *
537804 CTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTA-TTTATTT-GAAATAAGCTTGAATG-ATAGAAATAGTT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTAATGAATAGAAATAATT
* * * *
537866 GTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GATAATAATT
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACT
* * * * * *
537930 ATTTGAACGTGTTTAGA-AAATAAATTTATTATATATATTTTTACTTATTAAT
129 ATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAAATTTATT-TTTAAAATTTTACTTATTAAT
* ** ** * * *
537982 CTTTGGAATATTAGCAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATG-ACAGAAATAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTAATGAATAGAAATAATT
* * * *
538045 GTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCAT-A-G---TG-ATTTGA-AA-TATTCAAATAGTCATAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
538102 TTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
130 TTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAAT
* * * * * *
538154 TTTTAGAATAGTAATAAGTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC-CTATATGAATTGATATAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTA-ATGAATAGAAATAATT
* * * * * *
538218 GTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAACAGTTATTACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * *
538283 TTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAAT
130 TTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAAATTTTACTTATTAAT
* ** * * * * * *
538334 TGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC-TAATATGAACAAAAATAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTA-ATGAATAGAAATAATT
* *
538398 GTTTTACGGCAAAACAAAA
65 GTTTTATGACAAAACAAAA
538417 ATAATTGTTT
Statistics
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TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTAATGAATAGAAATAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAAT
Found at i:538326 original size:530 final size:525
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536902 TCAAATTTTG
* * * * **
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* * * * * * *
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64 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAA-TTT-GAA--ATAA---TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
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122 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGAATG-TAAT
* * * * * * *
537104 AAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCAAGTCTGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAA-G
184 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTA-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
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248 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * * *
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312 AAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTATAAATTTA--TAT-
* * * * * * * *
537296 T-TTTACTCCAAATAAGTTTGTATGCATAGATACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAC
371 TATTTAATCCAAATAAGCTTGAATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAA
* * * * *
537359 TGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCTGGTAAACATATTTA
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537424 GTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA
501 GTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA
* ** * *
537449 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAACAGAAATAATTGTTTTA
* * * *
537514 TTACAAAACAAAATATCTTAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAACTAGTCATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT-AAT--TCA---AA-TAGTCATAACTATTTGAA
*** * * * * * *
537579 CTCACTCGATAAACCGATTTA-TTTTTAAA-CATTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAA
124 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TGTAATAAA
* * * *
537642 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTAATGAATAGAAACAACTAG-TTTATGATAAAACAAA
187 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAT-ATGAATTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
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250 AGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAA
* * * *
537770 AACAAATTTATTATATATATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTA
314 AACAAATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAAT-TTTGGAATATTA-TAAATTTATATTATTTA
* ** * *
537835 TTTGAAATAAGCTTGAATG-ATAGAAATAGTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
377 ATCCAAATAAGCTTGAATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTT
* * *
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442 GAAATAGATAATTATTCAAATAG-TAATAACTATTTGAACTG-GTCTAGAAAACAAATTTAGTT-
* * *
537961 TATATATTTTTACTTATTAATCTTT-G
504 T-TA-A-ATCT-CTTATTAAT-TTTCA
* * *
537987 GAATATTAGCAAATTTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGAATG-ACAGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGAATGAACAGAAATAATTGTTTT
* * * ***
538050 ATGGCAAAATAAAAGGTCATAGTGATTTGAAAT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
538114 TGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATAGTAATAAGTTAATAT
130 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT-GTAATAAATTAGTAT
* * *
538179 TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATA
194 TATTTTATTTCGAATAAG-CTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
538244 ATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAACAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTT
258 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTT
* * *
538309 ATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
323 ATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATT-TTGGAATATT-ATAAATTTATATTA-TTTAATCCAAAT
* * * *
538374 AAGC-TAATATGAACAAAAATAATTGTTTTACGGCAAAACAAAA
385 AAGCTTGA-ATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA
538417 ATAATTGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAACAGAAATAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATT
TTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTGGAATATTATAAATTTATATTATTTAATCCAAATAAGCTT
GAATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCTAGAAAACAAATTTAGTTTTAAATCTCTTATTAAT
TTTCA
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Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
538495 ACAAATTTGA
* * * * * ***
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1 AATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
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* * *
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127 TCTATTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTG
* * * **
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1 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
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* ** * * *
538816 TGTTACTTATTAATTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTG
129 TATTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTG
* * * * *
538866 AATAAGATTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
538931 AAATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTAATTAAATTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAATTGGTTTGACAAAGATA--CATTTTTTAAAT
* * * * **
538995 CTCTTACGTATTAATTTTTAAAATATTAATACATTA-ATATTATTTTATTCCA
128 CTATTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCTG
* * * * * *
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1 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
539112 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
539145 ATAGTTTTGT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 78, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
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TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTG
Found at i:539129 original size:16 final size:17
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1 AAATAG-CATAATTATT
539141 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:539148 original size:19 final size:18
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539093 GGTAATAACA
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*
539120 A-TTCAAATAGTCATAATT
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1 ATTTGAAATAGT
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Statistics
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ATTTGAAATAGTATAATT
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539292 ACCAAATAAG
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*
539321 TT-AAATAATT-AG-CTAT
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1 TTCAAATAATT
539348 GTGACCTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAATTAAGACAAT
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539938 TT
1 TT
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Statistics
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TTGTTTCTATTCATAAAAAA
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539156 AATAGAATTG
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
539346 TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATATGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * *
539410 TAACT-CTAATTTATTAATATACCAAAACTTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTT
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* * * * * *
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128 ATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
539528 TTATGACCATTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTTTTCATACGAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
539593 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAATAATAAATCTATTTAC
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* * * *
539657 CGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCT
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
539709 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
539774 AATACTAGTTTATTATTATTCTAAAAGTTAATAATTTAGAGATTTACAAAATAAATCTATTTATC
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * *
539839 GAACAAGTTTAAACAGTCAT-ATCTA-TTAAACTATTATCTATTTCAAATCA
131 GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
539954 AATAC-AATTTATTACTATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATGTGTTTTT
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* **
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130 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * * *
540051 TTTTGATATTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *
540115 TAATACTAATTTATAAAAATTCAAAAAATTAATAAG--A-A-A--T--AAAA-AAATCTATTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * **
540171 CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
540223 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTTTCAATACATA-AATGTTTCTCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCGAAATAAAA
* * * ** *
540287 TAATATTATTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTTGGAG-TTTTAAAAATAAAT-TAGTTT
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* ** * * * * * *
540349 TTCGAATTAGGTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCA
128 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
540403 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCACACAAGCCTATTTGGAATAAAA
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* ** * * * *
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* *
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128 ATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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64 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * * *
540893 GCCTAACCAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
540946 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * * *
541011 AAAATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAATTAAGAAATTTAAAAAGTAAAACTATTTA-C
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * * *
541075 TAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATCA
131 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
541127 TTATGATCATTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * **
541192 AATACTAATTTATCAATATTCT-GAAA-T-A-AA-TAACAAATTTAAAAAATGAATC-AGCTAGC
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA--
* * * * *
541251 TTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
129 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
541303 TTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAAATAATTGTTTCT-GTCTGTACAAGCTTATTTGGAATAACA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *
541367 TAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * *
541427 CTAAACAAGTACAAATCA-TTATGACTAATTGAACAATTATATATTTCAAATCG
130 C-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *** *
541480 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAACTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA
* * * * * ** *
541544 TTATACAAATTTATTAATATT-TAGACAACTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
541607 TCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTACAAATCA
129 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
541660 TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGAATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * *
541724 AATATTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTATC
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
** * *
541788 GAACAAGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
131 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
541839 TTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
541904 ATTACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTA-
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAT
* *
541968 CTGAATATA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
130 C-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*
542021 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG----T-TTC-T----GCTTATTCCAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
542076 AAGTA--AATTTATTAATATTC-CAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-T
66 AA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * *
542136 CTGAACATGTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-A
130 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
542188 GTTATAACCTTTTGTTTTATGATAAACCAATTTTTTCTATCCATTCAAGCTTATTTC-AAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * * * *
542252 ATAAT--TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATATGTAA-AAATTTAAAAAATCAATTTATTT
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* * * *
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128 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
542366 GTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAGACCAATTGTTTCTATCCATAAAATTTTATTCGAAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * *
542431 TAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
** * * * * *
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130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
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1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAA
* * ** * * * *
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64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
542676 TTGAACAAGTTCAAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
129 TCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
542730 TTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATGAA-ATTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
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129 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
** * * * *
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* * * * * *
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130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATT-CGAAATAA
* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT-ATTCGAAAT-AA
* * * * * *
543503 AATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * * * *
543568 GCCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 ATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
543622 TTTTGACCTTTTTTTTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGTTTATTAAAAAGAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * * *
543686 AATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATTTGT
63 AATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT
* *
543750 TTA-CTAAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
126 TTATC-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
543806 TTGTGAACTTTTTTTTTTTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *
543870 TAATATTACTTTTATTAATATT-T-----TGAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTT
65 TAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT
* * * * * * **
543927 A-CTG-ACTTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
128 ATC-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * *
543981 TTATTACGTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
544045 T
65 T
544046 TGTTAGTACA
Statistics
Matches: 3757, Mismatches: 762, Indels: 367
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 21 0.01
161 6 0.00
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170 16 0.00
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185 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
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AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
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Found at i:541030 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 539166--545524 Score: 3645
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539156 AATAGAATTG
* * * * * * * *
539166 TTATGACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTT-TGTT-A-ACAAGCTTATTGGGATTAAAA
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* * * *
539228 TAATATTAATTTATTAATATGT-TGACAATTGATAAGTGAA-AGATTTTAAAAAATAAATATGTT
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * *
539484 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATTTATTTCAAAACA
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* * * * * * *
539528 TTATGACCATTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTTTTCATACGAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
539593 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAATAATAAATCTATTTAC
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* * * * *
539657 CGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTATGATCTTTTG
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
539850 AACAGTCAT-ATCTA-TTAAACTATTATCTATTTCAAATCA
320 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
539889 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * **
539954 AATA-CAATTTATTACTATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATGTGTTTTT
66 AATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* ** * **
540011 TGAAGC-AGTTCAAATAG---T---TA----AA-AATTAT-TATTAGAAATCATTTTGATATTTT
130 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
540063 GTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTA
194 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA-ACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
540128 -TAAAAATTCAAAA--AATTAA-TAAGA-A-AT-AAAAA-AA-TCTATTTACCAAATAAGTTCAA
258 TTAATATTTCAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT-CCTAACAAGTTCAA
* **
540184 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
321 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
540223 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTTTCAATACATA-AATGTTTCTCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GTTTATTCGAAATAAAA
* * ** *
540287 TAATATTATTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTTGGAG-TTTTAAAAATAAAT-TAGTTT
65 TAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTT
** ** * * * * * * *
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128 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * *
540414 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCACACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATA-TCAA
193 TGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACT-AA
* ** * * * *
540476 TTTACTAATACTTGAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATT-TGTTTACTGAACTA
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*
540540 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTC-
315 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCA
* * * * *
540585 TTATAACCTTTT-TTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAA
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* * * * * * **
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* * * * * * * * *
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130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
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195 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-CAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
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*
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* * * * *
540946 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * * * *
541011 AAAATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAATTAAGAAATTTAAAAAGTAAAACTATTTACT
66 AATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * * *
541076 AAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATCATTATGATCATTTGT
131 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** * * *
541141 TTTGTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAATTTATC
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* * * * * * * *
541206 AATA-TTCTGAAA-T-A-AA-TAACAAATTTAAAAAATGAATCAGCTAGCTT--GACCAA-TGCA
260 AATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT--TCTA-TTTCCTAACAAGTTCA
* *
541263 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
320 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
541303 TTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAAATAATTGTTTCT-GTCTGTACAAGCTTATTTGGAATAACA
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* *
541367 TAAT-TCTATTTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA
65 TAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * ** *
541427 CTAAACAAGTACAAATCA-TTATGACTAATTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATAACCTTT
129 CCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
*** * *
541491 TGTTTTGTCATAAAACAAAACTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAATTATACAAAT
193 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC-AACTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * *** * * * *
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* * *
541617 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTACAAATCA
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* * * * ** * *
541660 TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGAATTAAAAT
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* * * * * *
541724 AATATTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTATC
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** * * *
541788 GAACAAGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGT
131 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
541853 TTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATATTACTAACTTATT
196 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA-ACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
541918 AATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATT-TGTTTACTGAATATA-TTTA
260 AATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTCTATTTCCT-AACA-AGTTCA
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* *
542021 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG----T-TTC-T----GCTTATTCCAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
542076 AAGTA--AATTTATTAATATTC-CAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTC
66 AA-TATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
542137 TGAACATGTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTT
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * * *
542201 GTTTTATGATAAACCAATTTTTTCTA-TCCATTCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT--TAAAT
194 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAA-CTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * ** *
542262 TTATTAATATTCCAAAATTTAATATGTAA-AAATTTAAAAAATCAATT-TATTTTTTGAACATGT
255 TTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTCCT-AACAAGT
*
542325 TC-AATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-A
317 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
542366 GTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAGACCAATTGTTTCTATCCATAAAATTTTATTCGAAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAA
* * * *
542431 TAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
65 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * *
542496 CGAGTAAGCTCAAACAGTTATGACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * *
542560 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTACTT
194 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAA-CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * **
542623 TATTAATATTTTGC-AAATTGATAGGTAGGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTT
256 TATTAATA-TTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTCCT-AACAAGTT
* * * * *
542687 CAAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
318 C-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
542730 TTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATGAA-ATTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGTTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
542793 TAATATTGATATATTAATAGTT-TGAAAA-T--TCA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTA
65 TAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
542853 CCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TTT
129 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * * *
542917 ATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACTAATTTA
194 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * * *
542982 ATAATATTTCAAAA--ATTAA-TAA-AGATTTAAAAAATAAATACGT-TAGCCAAACTAGTTTAA
258 TTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTC-TATTTCCTAACAAGTTCAA
* * * *
543042 ATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
321 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
543081 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* ** * *
543146 AATACTAATTTATTAGCATT-TGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTAC
66 AATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * *
543209 CGAACAATTTCAAATAGATATGACTACTTGAACAAGTATCTATTTAAAATTATTTTGACATTTTG
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
543274 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAAGTT-TTACGAAAT-AAATAATACTACTTTA
195 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAACTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** *
543337 TTAATATTTCAAAAATTATTAAGCT-AGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTGAA-AGCAGTT
258 TTAATATTTC-AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTCCT-AACA--AGTT
* * * * ** * *
543400 CTAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATGAATCTCAAATCG
318 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
543442 TTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATATAAGTTGATTC-AAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAA
* * * * * * *
543504 ATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG
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* * * * *
543569 CCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT
129 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TT
* * * ** *
543633 TTTTTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTAAAAAGAAAATAATACTAAT
192 TTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
543698 TTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATT-TGTTTACTAAACAA
255 TTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTCTATTTCCT-AACAA
*
543761 GTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
315 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
543806 TTGTGAACTTTTTTTTTTTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAA
* * * *
543870 TAATATTACTTTTATTAATATT-T-----TGAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA
65 TAATATTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * ** * *
543928 CTG-ACTTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACGTTT
129 CCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * * * ** *
543992 CATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAGTAC
193 TGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAA-CTTATTCGAAATAAAA-TAATACTA-
* ** * ** * * *
544055 ATTTTGTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACTTACA-AGTTTATTTTAAATAAAATAATAC
253 A-TTTATTAATAT--TTCAA-AATTA---AT-AA-GTA-AGAG---A-TTT-AA-AAAATAATTC
** * * * ** * * * * *
544119 TAATTTATTAA-TATTTCAAGA-A-TTA-GTACGGGATTCAAAAAATAAATTTAATTACCAAATA
302 T-ATTTCCTAACAAGTTCAA-ATAGTTATG-AC--TATTTGAACAAT-TATCT-ATT-TCAAATC
544180 A
359 A
* * * ** * * * * *
544181 GTTCAAAT-A-GTTATGACTATTTG--A-ACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATA-ATATTTTGT
1 -TT---ATGACCTTTTG--T-TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC-TA-T-TCATACA-AGTTTAT
** * * ** *
544240 TTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTC-AAAAATAAATAATACTAAATTAA
54 TCGA-AATAAAATAA-TATTAAT-TT-AT-T-AA--TATTCTAAAAAT---T-A-A-T-AAGTAA
* * * *** * *
544304 TAATATTCTAAAAATTCATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAGTTTAA
104 -GAGATT-TAAAAAAT-A-AATCT----G-TTTACCGAA-CAA---G--T-TC-AAATAG-TT--
** * * * * * *
544368 ATAGTTAAGACTATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGGCCTTTTATTTTGTTATAAAACA
149 AT-G--ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
544433 ATTATTTTAGTTCATCCAAGCTTTTTCGTAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATT
210 ATTGTTTCAGTTCATACAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-T
* * ** * * * *
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* * **
544563 GAACAATTATATATTTCAATTTG
337 GAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
544586 TTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATT-ATTCTACTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAA
* ** * * * * * * *
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65 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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193 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AACTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AAT
* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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320 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
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* * *** **
545419 CGAACAAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAAAACCTTTTG
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *
545484 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
195 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAA-CTTATT
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TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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260 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATCATTAA
* * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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64 ATTTAATAATATTTTGAAACGAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATATAATTACCAAATAAGT
* * * **
544183 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTAT-A-ATATTTTGTTTTA-T
129 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTTGTTTTAGT
* * *
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193 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAATTTATT-AAAAAGAAAATAATACTAAATTAATAACT
* * * * * *
544308 ATTCTAAAAATTCATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-GTCGAACTAGTTTAAAT
257 -TTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAAT
* * **
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* * * *
544432 AATTATTTTAGTTCATC-CAAGCTTTTTCGTAATAAAATAAAACTAAT-TTA-TTAATATTTCAA
382 AATTATTTCAGTTCA-CAAAAG-TTTATC----CAAAATAAAA-TAATATTACTT-ATA-TT-AA
* * * *
544494 AATTTT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTA-TTTATTGAAC-CAGTTGAAATAATTATA
437 AATTTTGAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCAGTTTACTG-ACTCAGTTGAAATAATTATA
* * *
544556 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTC
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*
544621 TACTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
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544650 AATACTAATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (604 bp):
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TTAATAATATTTTGAAACGAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATATAATTACCAAATAAGTTC
AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTGTTTTAGTCAT
AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAATTTATTAAAAAGAAAATAATACTAAATTAATAACTTTCA
AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATCATTAAG
ACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTTTTTGTTCATAAAACAATTATTTC
AGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTATATTAAAATTTTGAAAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGACTCAGTTGAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATATAT
TTCAAATTGTTATAACCTTTCATTCTATCATAAAACAATTATTCTACACATACAAGCTTATTTAG
AATAAAATTGTTAGTACAT
Found at i:544745 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 544106--545162 Score: 1009
Period size: 360 Copynumber: 2.9 Consensus size: 359
544096 GTTTATTTTA
* * * * *
544106 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA--T-T-AGTACGGGATTCAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTT
* ** * * *
544167 TAATTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAA
65 TAATTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
** ** * *
544232 TATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAAATAAATAATACT
130 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCAAAAATAAATAATACT
* * * * *
544297 AAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTA
195 AAATAAATAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCA
* * * * * *
544362 GTTTAAATAGTTAAGACTATGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGGCCTTTTATTTTGTTA
260 CTTCAAATAGTTAAGACTATGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTATTTTATTA
* * *
544426 TAAAACAATTATTTTAGTTC-ATCCAAGCTTTTTCGT
324 TAAAACAATTATTTTAGCTCTATCCAA-CTTATTCAT
544462 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTT
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTT
* * * * * *
544527 TATTTATTGAACCAGTTGAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTATAA
65 TAATTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* * * * *
544592 CCTTTTATTCTATCATAAAACAATTA-TTCTACTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATAC
130 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCAAAAAT-AAATAATAC
* * *
544655 T-AATCAAATAATATTTTGATAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC-AGA
194 TAAAT-AAATAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGA-A
* *
544718 CCACTTCAAATAGTT-AGGCTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTT
257 CCACTTCAAATAGTTAAGAC--TATGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTT
* * * *
544782 ATTGTAAAACAATTTTTTTAGCTCTTTCTAACTTATTCAT
320 ATTATAAAACAATTATTTTAGCTCTATCCAACTTATTCAT
* * * *
544822 AATAAAAT-AAATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGA-TTAAAGACATAAT
1 AATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAT
* * *
544885 TTT-GTTAGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTT
63 TTTAATTA-CTAAACCAGTTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * ** * *
544948 ATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTATTC-AAAATACAATA
126 ATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCAAAAATA-AATA
* * * * * * * * * *
545012 ATATTAATTTATTAATA-TCTTGAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAGATAGATATGTTTGCC
190 ATACTAAATAAATAATATTC-TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC
* * * * * * *
545076 AAACTATTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTT
254 GAACCACTTCAAATAGTTA-AGACTA--TGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTT
* * * *
545139 GTTTTATCACAAAACAATTGTTTT
315 ATTTTATTATAAAACAATTATTTT
545163 TGTTCATATA
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 100, Indels: 50
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 31 0.05
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362 52 0.09
363 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTT
AATTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCAAAAATAAATAATACTA
AATAAATAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAC
TTCAAATAGTTAAGACTATGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTATA
AAACAATTATTTTAGCTCTATCCAACTTATTCAT
Found at i:545023 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 544042--545514 Score: 914
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 181
544032 ATTTGAAATA
* * ** * * * **
544042 AAATTGTTA-GTACATTTTGTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACTTACAAGTTTATTTTA
1 AAATTGTTATG-ACCTTTTG-TTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAA
* * * *
544106 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTACGGGATTCAAAAAATAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATT
** ** * *
544167 TAATTA-CCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTC
128 TTGTTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** *
544220 AAATTGTTATAATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAA
* * * * *
544285 -ATAAATAATACTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
66 TA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTT
* * * * * * * * *
544348 TGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTA--TGAATAATTATCTATTTT
129 TGTTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * ** * **
544399 AAATCATTATGGCCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGTTCATCCAAGCTTT-TTCGTA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAA-ATTTATTCAAA
* * *
544463 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTT
* *** * * *
544528 ATTTA-TTGAACCAGTTGAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATATATTTC
130 -GTTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** * ** * *
544580 AATTTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTA-TTCTACTCATACAAGCTTATTTAGAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAA
** * ** * * *
544644 TAAAATAATACTAATCAAATAATATTTTGATAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
* * * ** * * *
544709 TTTGCCAGACCACTTCAAATAGTTA-GGCTATATGAATAATTATCTGTTTC
131 TTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * *
544759 AAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAACAATT-TTTTTAGCTC-TTTCTAACTTATTCAT
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT-GTTCATAT-AAATTTATTCAA
* * *
544822 AATAAAATAA-ATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGA-TTAAAGACATAAT
64 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAT
* * *
544885 TTTGTTAGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTT
127 TTTGTTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
544940 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAA
* * * * * *
545005 TACAATAATATTAATTTATTAATATCTT-GAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAGATAGA-TA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-ATTT
* * * * *
545068 TGTTTGCCAAACTATTTCAATTAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATTTATTTC
129 TGTTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
545121 AAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATAT-AGTCTTATTCAGA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAAT-TTATTCAAA
* * * * *
545185 ATCAAGTAATGC--------T-A-ATTT--AAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAAT-GTAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAT-T
* * *** ** * * * * *
545236 CTGTTGGCTTGATTAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTT
128 TTGTTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * **
545290 AAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTCCGTACAAGCTTATT--AAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAA
* * * * *
545353 TAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT--T-A-CAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TT
* * * **
545414 T-TTA-CCGAACAAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTC
129 TGTTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * *
545465 AAATTGCTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATA
545515 CAAGCTTATT
Statistics
Matches: 992, Mismatches: 250, Indels: 109
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.01
169 110 0.11
170 6 0.01
171 2 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
174 4 0.00
175 83 0.08
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182 18 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
TTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:545633 original size:120 final size:119
Alignment explanation
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Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
545398 TTAAAAAATG
* **
545408 AATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
1 AATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
* *
545473 AAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
66 AAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCA
* * * *
545528 AATCTATTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
1 AATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
** *
545593 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCA
66 AAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA
545647 AAT
1 AAT
545650 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 12, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 7 0.06
120 98 0.90
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (119 bp):
AATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
AAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA
Found at i:546209 original size:23 final size:24
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Indices: 546169--546222 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
546159 ATTCAAAATA
*
546169 AAAAAATTAATCTATTAAA-ATTC
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*
546192 AAAAAATTAAT-AACTTAAAGATTT
1 AAAAAATTAATCAA-TTAAAGATTC
546216 AAAAAAT
1 AAAAAAT
546223 AAATTTGTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.04
23 16 0.59
24 10 0.37
ACGTcount: A:0.61, C:0.06, G:0.02, T:0.31
Consensus pattern (24 bp):
AAAAAATTAATCAATTAAAGATTC
Found at i:546607 original size:358 final size:356
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Indices: 545722--547472 Score: 1238
Period size: 357 Copynumber: 4.9 Consensus size: 356
545712 TATGTTTAAC
* * * * * * * *
545722 TATTTAAATAATTATCTATTTTAGATTGTTTTGATC-TTTTGTTTCGTCATAAAA-AATTGTATC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *** * * * * **
545785 AATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAGAATATTAACTTAATAATATTCAAAAAATTAATGAGT
65 TATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A--A-T
* *
545850 AAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
126 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
545915 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTACGTTTATAGAAGCT
191 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTCATAAAAGCT
* * *
545980 TATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCTAAAGATTAATAAGTAAGA-ATTTAAA
256 TA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
546042 AAATAAATCTATTTTCTTAACACGTTCAAATAATTATCA
319 AAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAACAATCAT-A
* * * *
546081 CTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAATCATTATGA-A-CTT-TTTTGTCAT-AAACTAATTATT
1 -TATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
*** * * * **
546142 TCTATTCATAAAGGCTTATTCAAAATAAAA-AA-ATTAATCTATTAAAATTCAAAAAATTAATAA
63 TCTATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A
* * * * * * * *
546205 CTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTCAAATAGTTATGACAACTTAAATAA
127 ---AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
546270 TTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCCATTCATACAAG
189 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTCATAAAAG
* * **
546335 TTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAA
254 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
546400 TAATAAATATGTTTACGGAACAAGTTCAAATAGTCATA
319 AAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAACAATCATA
* * *
546438 TTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTAGGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT
1 -T-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** *
546503 CTATTCATAAAAAATTATTCAGTATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
64 CTATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * ** * *
546568 AGATTCAAAAAATAAATTTGTATACTGGACCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATC
129 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
546633 TATTTCAAATCGGTATGATC-TTTGTTTTACCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAA-CTTA
194 TATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTCATA-AAAGCTTA
** * * * ** * * * *
546696 TTTGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
258 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
546761 AAATGTATTTACTGAACCAGTCCTGAACCAGTCAAA
323 AAATATATTTACTGAACAAGT--TCAAACAATCATA
* * * * * * * * * * *
546797 TAGTTAAGACTATTGAAC-AGTTATC-TAT-ATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT
1 TATTTGA-ACAATT-ATCTA-TT-TCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * ** * * *
546859 TTC-AGTTCATACATACA-TATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACA-TTTAGAAAATTA
62 TTCTA-TTCATA-AAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTA
* * *
546921 ATAAG-GAATTTAAAAAAAAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
124 ATAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * **
546985 ATTATTTATTTAAAATTGTTATGATCTTTAATTTTATCATAAAACAATTGTTT-CATTTCATAAA
188 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCA-TTCATAAA
* * * **
547049 AG--TATGTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTGGGAGAT
252 AGCTTAT-T-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAGAAGTAAGAGAT
* * *
547111 TT-AAAAA-AAATCA-GTTTA-TCAA-ATCAGTTCAAACAATTATA
314 TTAAAAAATAAAT-ATATTTACTGAACA--AGTTCAAACAATCATA
* * *
547152 GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 --TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** *** *
547217 TTCA-ACATTCAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A
64 CT-ATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
** ** * * * * * *
547280 -AG---TATGAGCT-TATAT-TTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTAT
128 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * ** *** * *
547339 ATATTTCAAGTCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTACTTATGTTCATACAAGCTAA
193 CTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTCATAAAAGCTTA
* * * * * * *
547404 TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TCATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAGAAAA
258 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAA
547468 TAAAT
322 TAAAT
547473 TTGTTTGTCA
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 249, Indels: 119
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 125 0.11
350 9 0.01
351 9 0.01
353 1 0.00
354 4 0.00
355 17 0.02
356 82 0.08
357 320 0.29
358 299 0.28
359 122 0.11
360 60 0.06
361 15 0.01
362 23 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (356 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTCATAAAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TATATTTACTGAACAAGTTCAAACAATCATA
Found at i:546637 original size:16 final size:17
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Indices: 546605--546637 Score: 50
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546595 GACCGGTTCA
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1 AATAGTTAT-ACTATTTG
546623 AATAGTTAT-CTATTT
1 AATAGTTATACTATTT
546638 CAAATCGGTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AATAGTTATACTATTTG
Found at i:547174 original size:16 final size:17
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547132 AATCAGTTCA
547142 AACAATTATAGCTATTTG
1 AACAATTATA-CTATTTG
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1 AACAATTATACTATTT
547175 CAAATTGTTA
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AACAATTATACTATTTG
Found at i:547182 original size:179 final size:178
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Indices: 546934--547275 Score: 424
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
546924 AGGAATTTAA
** * * *
546934 AAAAAAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAA
1 AAAAAAAATCAGTTTACCAAATAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* ** *
546999 ATTGTTATGATCTTTAATTTTATCATAAAACAATTG-TTTC-A-TTTCATAA-AAGTATGTCCAA
66 ATTGTTATAAAATTTAATTTTATCATAAAACAATTGTTTTCAACATTCA-AACAA--AT-T-CAA
* *
547060 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTGGGAGATTT
126 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTGGGAGATTT
* * *
547113 AAAAAAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAACAATTAT-AGCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
1 AAAAAAAATCAGTTTACCAAATAAGTTCAAACAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * *
547177 AATTGTTATAAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAAACCAATTCAAAAT
65 AATTGTTATAAAATTTAATTTTATCATAAAACAATTG-TTTTCAACATTCAAACAAATTCAAAAT
547242 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
129 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
547276 AATAAGTATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
178 1 0.01
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AAAAAAAATCAGTTTACCAAATAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
ATTGTTATAAAATTTAATTTTATCATAAAACAATTGTTTTCAACATTCAAACAAATTCAAAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTGGGAGATTT
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Indices: 547125--547435 Score: 399
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
547115 AAAAAATCAG
* * * **
547125 TTTATCAAATCAGTTCAAACAATTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAAA
1 TTTATCAAACCAGTTCAAACAATTAGAGCTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAAA
* ** * *
547190 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTACTTATCAACATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
547255 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGCTTATAT
131 TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGCTTATAT
* * * *
547295 TTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAG-GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAAC
1 TTTATCAAACCAGTTCAAACAATTAGAG-CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAA
* *** * * *
547359 CTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTACTTATGTTCATACAAGCTAATTCGAAATAAAATAATACTA
65 ATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTACTTATCAACATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTA
547424 ATCTAATAATAT
130 ATCTAATAATAT
547436 CATGAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATCAAACCAGTTCAAACAATTAGAGCTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAAA
TTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTACTTATCAACATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAA
TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGCTTATAT
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Indices: 547565--547836 Score: 185
Period size: 82 Copynumber: 3.2 Consensus size: 81
547555 AATCTATTAA
*
547565 TATTTCAAAATTAATATGACATTTAAAAATTAAATTTGATTATTAAACTAGTTCAAATAGTTTTG
1 TATTTC-AAATTATTATGACATTTAAAAATTAAATTTGATTATTAAACTAGTTCAAATAGTTTTG
547630 ACTATTTGAGCAATTATT
65 ACTATTT-AGCAATTATT
* *
547648 TATTTCAAATTATTATGAC-TTT-----TT--GTTCTG-TTATAAAACAATAGGTTATGTTCATA
1 TATTTCAAATTATTATGACATTTAAAAATTAAATT-TGATTATTAAAC-------TA-GTTCA-A
* *
547704 CA-AGCTTATTTGGA-T-TTATTGTAATCTATT
56 -ATAG--T-TTT-GACTATT-TAGCAAT-TATT
547734 AATATTTCAAAATTATTATGACATTTAAAAATTAAATTTGATTATTAAACTAGTTCAAATA-TTT
1 --TATTTCAA-ATTATTATGACATTTAAAAATTAAATTTGATTATTAAACTAGTTCAAATAGTTT
547798 ATGACTATTTAAGCAA-TATT
63 -TGACTATTT-AGCAATTATT
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1 TATTTCAAATTATTATGAC
547837 TTTTTGTTCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTCAAATTATTATGACATTTAAAAATTAAATTTGATTATTAAACTAGTTCAAATAGTTTTGA
CTATTTAGCAATTATT
Found at i:548586 original size:180 final size:179
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Indices: 548214--550244 Score: 1676
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 179
548204 GATTTTTTTG
** * * *
548214 TTCATACAATATTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATCAATA-TT-AAGACAATTTATAAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
* * *
548276 TAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTATTGAACAA-TTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAA
62 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * *
548339 TTAT-TATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACTATTATTTTTA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
548393 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTACAAA-TAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
548457 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACGATTTGAATAATTA
64 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
548522 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATCGTTTCCA
129 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
548573 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAAATTAATGAGTAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * *
548638 GAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTAATAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTAT
65 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
548703 CAATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
130 CTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* *
548754 TTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
548818 AAAA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
63 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
548882 ATCTATTTCAGATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
548935 TTCATAAAAGCTTATT-AAAAAAAATAATACTAATATATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * ** ** *
548999 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
549064 TATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTA
131 TATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
549114 TTCATACAA-TTTCATTTGACATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTT-A-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
** * * * * *
549177 TGAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCT-T-ATCCATTTGAACTA
63 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT-TATGA-CTATTTGAAC-A
** * * *
549240 A-TATCTATTTTGAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTG
125 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** * * * ** *
549295 TTCATGCAAAATTATTCAGATTAAAATAATA-TAGATCTATTAATGTTTTGATAA-T--TAA-TA
1 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
549355 AAAGATTTAAAAACTAAATCTATTGTTTGA--AAAC-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
64 AAAGATTTAAAAAATAAA--TA-TGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** * *
549417 ATTATCTATCTCAAAACATTATGA-TATTTATTTTGTCATAAAAAAATTACTCCTT
125 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
549472 TTTATACATGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
549537 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTA
65 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
549601 TCAATTTTAAATCGTTTTGACCTTTTATGTAGTCATAAGACAATTATTTC-A
129 TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * *
549652 GTTCGTACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTGAAAATTTAATAAGCA
1 -TTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
549717 AGAGATTTAAAACAATAAATCTGTTTACCAAAAAAGTTCAAAAAGATT-TGACTTTTTGAACAAT
64 AAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
549781 CCT-TCTAACTATTTAAAGTCATTATGAGCATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAA
127 --TATCT-A-T-TTCAAA-TCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * ** ** * *
549840 TTCATA-AGAACTTATCTGAAATAAAATACTACTGCTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGCA
1 TTCATACA-AGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** * * * *
549904 AGAGATTTAAAACTTAAA-ATAGCTTT-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAAA
64 AAAGATTTAAAAAATAAATAT-G-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
549967 TGT-TAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTCTTAAAACAATTGTTTTTGA
127 TATCT-ATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-A
* * * * *
550021 -TCATCCAAGCTTATTCATATAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-AG---
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * * *
550081 GAGATTTAAAGAATTAAA-GTGTTTGA-TGAACCGGTTCAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATT
65 AAGATTTAAA-AAATAAATATGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
550144 ATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* *
550197 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
550245 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 1501, Mismatches: 274, Indels: 156
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 57 0.04
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Consensus pattern (179 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
Found at i:550390 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 550114--550398 Score: 340
Period size: 157 Copynumber: 1.8 Consensus size: 157
550104 TGATGAACCG
* *
550114 GTTCAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTTGTTTAGTC
1 GTTCAAACAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTC
* * * * * * * *
550179 ATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCGTATTTCAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
550244 TATTTATTTCAAATTGTTTGACCTTTT
131 TATTTATTTCAAATTGTTTGACCTTTT
* * * ** * *
550271 GTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAACAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGT
* * ***
550335 CATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCGTA-TTCATAATAGGGTAAAACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCGTATTTCA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
550399 CTTCAAAAAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 22, Indels: 4
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
156 5 0.05
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GTTCAAACAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTC
ATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCGTATTTCAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
TATTTATTTCAAATTGTTTGACCTTTT
Found at i:550880 original size:179 final size:180
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Indices: 550271--550975 Score: 496
Period size: 179 Copynumber: 3.9 Consensus size: 180
550261 TTGACCTTTT
** * * **
550271 GTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGT
* * ** * * *** * * *
550335 CATAAAACAATTATTTTAGCTCATAC--AAGCGTATTCATAATAGGGTAAAACTAATTTATTAAT
64 CATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAAT
* * * * * * *
550398 ACTTCAAAA---AAT-TATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCG
128 ATTTCAAAACTTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTATTTACTGAATCA
* * * * * *
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1 GTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGT
*
550512 CATAAAACAATTGTTTTTGTT-A-AGATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAAT
64 CATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAAT
* * * ** **
550575 ATTTCAAAACTTAATAAACAAGAAAGTTAAAAAATAAATCTAACTGTTGAATCA
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* * * * * * * *
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* * ** * *
550693 CGTAAAACAATTGTTTTGTTCATACATGA-TTT-TT-TTATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
64 CATAAAACAATTGTTTTGTTCATACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATA
* *
550755 TTTTGAAAA-TTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAGTTGTTTACTGAATCA
129 -TTTCAAAACTTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTGAATCA
* * *
550808 GTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTC
* * * * * * **
550873 ATAAAACAATTGTTCTAGTTCATGC--AAGCTTATTCAAAATAAATTAATA-ATAATTTATTAGC
65 ATAAAACAATTGTT-TTGTTCATACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACA-AATTTAATAAT
* *
550935 A-TTCATAAAATTAATGAGA-AAGAGATTTAAAAAAATAAATT
128 ATTTCA-AAACTTAAT-AAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATT
550976 TGTTTACCAT
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 94, Indels: 52
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCA
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TCAAAACTTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAATCA
Found at i:551059 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 550834--551140 Score: 363
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
550824 CTATTAGAAT
* * * * * *
550834 AATTATCTATTTAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTCTAGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCTAGTTAATACA
* * * * *
550899 AGCTTA-TTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCA-TTCATAAAATTAATGAGAAAGAGATT
66 AGCTTAGAT-AAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTCATAAAA-TAATAAGAAAGAAATT
**
550962 TAAAAAAATAAATTTGTTTACCATTTGAACA
129 T-AAAAAATAAATCCGTTTACCATTTGAACA
550993 AATT-TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTATT-TAAGTTAATA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTCT-AGTTAATA
** * * * *
551055 CAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAATAATAAGTAAGAAATT
64 CAAGCTTAGATAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTCATAAAATAATAAGAAAGAAATT
551120 TAAAAAATAAATCCGTTTACC
129 TAAAAAATAAATCCGTTTACC
551141 GAATCAATTA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 10
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 19 0.15
158 90 0.72
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Consensus pattern (158 bp):
AATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCTAGTTAATACA
AGCTTAGATAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTCATAAAATAATAAGAAAGAAATTTA
AAAAATAAATCCGTTTACCATTTGAACA
Found at i:551239 original size:181 final size:181
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Indices: 550984--552602 Score: 1214
Period size: 181 Copynumber: 9.0 Consensus size: 181
550974 TTTGTTTACC
* * * **
550984 ATTTGAACAAATT-TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTAA
1 ATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTT
* * * ** *
551048 GTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAG
65 GATCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAG
* ** * * * * *
551111 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCC
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * *
551165 ATTTGAACGATTATCTGTTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTG
* * *
551230 ATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
551295 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
131 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
551346 ATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTA-ATATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT
* * * * *
551409 T-ATCATAGAAGCTTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAGAAA-T--TAA-
64 TGATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * **
551468 TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTTTTTGCCGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAAACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
551522 ATTAGAATAATTATCTATTTTAAA--ATTTTCCAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTGTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT--AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTT
* * ** *** * * **
551584 CAT-ATCTTACATTCTTATTTGGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATA
63 -TTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** * *
551647 AGCAAAAGAATTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CAAATTCAAATAGTTATAACT
126 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTG
* * * * * **
551769 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAATCATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
551834 AGAG-TTTAAAAAA-ATA-TT-TTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** ** * * * **
551882 ATTTGAACAATTGTCCATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTG
* * * * * *
551947 TTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
552012 GTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACC-ATATCAGTTCAAATCA-TTAT-AGCC
131 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA-ATCAGTTCAAAT-AGTTATGA-CT
* * * * *
552063 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTG
* * * *
552127 ATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
** * * * * * *
552192 GAGATTTGCAAAATAAATCTATTTACCAAATTAGTTTAAATAGTTATGATT
131 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
552243 ATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTG
* * * * * * * *
552308 ATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTATTCACTAA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * *
552373 GAGATTTAAAAAATAAATTTATCAACCCAA-CTAGTTCAAATAGTTAAAT-ATT
131 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTT--ATGACT
* * * * * **
552425 ATATGAATAATTATATATTTTAAATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAA-TTTTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTG
* * *
552482 ATTCATA-ATAGCTTATT-AAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAT
66 A-TCATACA-AGCTTATTCAA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
552544 GTAAGATATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATAACT
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
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1 ATTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
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Found at i:552332 original size:361 final size:362
Alignment explanation
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* * * * * * *
550984 ATTTGAACAAATT-TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAA-TTATTTA
1 ATTTGAAC-AATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTT
* * ** *
551047 AGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAA
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* ** * * * * * * *
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127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * ** *
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* *
551239 GATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATGT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
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* * * *
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* * * * * *
551346 ATTTAAACAATTATCA-ATCTCAAATCATTAATATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT
* * * * *
551409 TA-TCATAGAAGCTTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAGAAA-T--TAA-
64 TATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** * *
551468 TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTTTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * * *
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* *** * * ** * * *
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** *
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* * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * * * **
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* * * *
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* * ** ** * * * *
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* *
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259 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
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* * * *
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1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * * *
552128 -TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
** * * * *
552192 GAGATTTGCAAAATAAATCTATTTACCAAATTAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
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196 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGATCATATAAGCTT
* * * * * *
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* ** * * * *
552386 TAAATTTATCAACCCAACTAGTTCAAATAGTTAAATATT
325 TAAATTTGTTTATCCAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACT
* * * * **
552425 ATATGAATAATTATATATTTTAAATC---A-T---TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * *
552483 TTCATA-ATAGCTTATT-AAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATATG
66 TTCATACA-AGCTTATTCAA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
552545 TAAGATATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATA---AT---TA--T-----A-
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * * *
552596 -A-CTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTCTTATTGTAAAATAAATGT-TTTTA-TTCATATAA
193 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTTCAGATCATATAA
* * * * *
552656 GTTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
256 GCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
** ** * *
552717 AAAAAT-AACCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTGTAACT
320 AAAAATAAATTTGTTTATCCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
** * * * * * * * ** *
552759 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
** * * ** * * *
552824 TTCATACAAGCTTATT-TGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACATTTAATAAGCAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * * *
552888 -AAATTTTTAAAAACAACTATGTTTACCAAACTAGATCAACTAGCCT-TGATTATTTTAACAAAT
131 GAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * **
552951 ATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAAAT
194 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGATCATATAAGCT
* * *
553016 TATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAA
259 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
553081 ATGAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAACAATTATAACT
324 ATAAATTTGTTTATCCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * * **
553120 ATTTCAATAATTATTTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATGA-TTTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* ***
553184 TTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC-AATTTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAG
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
* * ** * * *
553246 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTTAAAT-CTTCATGACTATTTGAATA
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACA
* * * * * * **
553309 ATTTTTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATTATACGA
191 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGATCATATAA
* * * ** * * *
553374 GCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAAAAAGTAAAAGATTTA
256 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* * ** * *
553438 AAAAAATAAATATGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
319 AAAAAATAAATTTGTTTATCCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
** * * * *** * * * *
553482 ATTCAAATAATTATCTATTGT-AAATCATTGCGACCTTTTATTTTG-CAATAGAATAA-TTGTTT
1 ATTTGAACAATTATATATT-TCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTTTTTT
* * * * * * * *
553544 CAGTTTATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAAAATTAATGAT
64 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
** * ** * * *
553609 TAAGAGAACTAAAAAATGAATCTATTTACTGAAC-ATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAA
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * * **
553673 TTGTCTATTTGAAAACATTATGACCTTTTTTTTTGTGATAAAATAATTGGTTT-TGCTAATGCAA
192 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAGATCATATAA
*** * * * *
553737 GCTTATTTTGAATAAAAGAATA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTT
256 GCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
553800 AAAAATAAATATGTTT-TCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACT
320 AAAAATAAATTTGTTTATC-CAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * **
553843 ATTTGAAGAATTATCTA-TT----TC---A--A---TTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTGCTA
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
* * ** * * * * *
553895 TTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAAAAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
553960 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACGAGTTTAAATCGTTATGACTATTTGAAAAATTAT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** ** * * * **
554025 TTATTTTAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCACACAATTTT
196 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGATCATATAAGCTT
* **
554089 ATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA
260 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * **
554153 TAAATTAT-TTTA-CCGAAC-A-TTCTAATAGTCAT-TTT
325 TAAATT-TGTTTATCC-AACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * ** * *
554188 ATTTGAAC---TATACTACTTCAAATTGTTAGATATATTTTATTTTAATCATAAAACAA--TTTT
1 ATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCGTTA-TTACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTTTTT
* * ** *
554248 TTAATCAAACAATATTATT-AATGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT-
63 TTATTCATACAAGCTTATTCAA--AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
554311 A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATTA-TTATGA-TATTT
126 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTT
554367 CTTTTCTCGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
334 22 0.01
335 22 0.01
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343 4 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTA
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGATCATATAAGCTTA
TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
AAATTTGTTTATCCAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
Found at i:552602 original size:717 final size:712
Alignment explanation
Indices: 551067--552602 Score: 1521
Period size: 717 Copynumber: 2.1 Consensus size: 712
551057 AGCTTAGATG
*
551067 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAAT-AA
* * * * * * * ** **
551131 TCCGTTTACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTGTTTTAAATTGTTAT
62 TTCTTTTACCAAACCAATTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTGAAAATTGTTAT
* * * * **
551196 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTTTGATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATA
127 GACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCAGATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATA
* *
551261 CTAATTTTTTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
192 CTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCAAC
* * *
551326 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAATATCTTTGTTTTGT
257 CAGTTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAATACCTTTGTTTGGT
* *
551391 CATAAAACAATTATTTCTTATCATAGAAGCTTATTCAATTAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
322 CATAAAACAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * *
551456 TTTAGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTTTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAAC
387 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAAC
* * * * * * * *
551521 TATTAGAATAATTATCTATTTTAAAATTTTCCAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA
452 TATTAGAACAATTATATACTTCAAAATTAT-CAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
* ** * * * * *
551586 TATCTTACATTCTTATTTGGAATAAAATAATTTAAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCA
516 TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCTAAATATAATAACATTAAAAAAATTAATAAGCA
* ** *** * *
551651 AAAGAATTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
581 AAAGAATTGAAAAAATAAATTTATCAACCCAACAAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATT
* *
551716 AAATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCT
646 AAATATTTAAAATC--TAT---CTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCT
551781 TATCCAA
706 TATCCAA
* * ** *
551788 -AATAAAAATCATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTT-AAAAA-AATA
1 GAAT-AAAAT-AAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAT-
* * * * *
551850 T-TTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCCATTGAAAATTGTTATG
63 TCTTTTACCAAACCAATTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTGAAAATTGTTATG
* * * *
551914 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
128 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCAGATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
551979 TAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTA-CCATA
193 TAATTTATTAATATGT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCA-A
* * * * * *
552042 TCAGTTCAAATCA-TTAT-AGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTT
256 CCAGTTCAAAT-AGTTATGA-CCATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAATACC-TTTGTT
* * * * *
552105 TGGTCATATAACAATT-TTTTTTATCATACAAGTTTATTCAAA-ATAAAATAATATTAATTTATT
318 TGGTCATAAAACAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTCAAATA-AAAATAATACTAATTTAAT
* ** * * *
552168 AATCTTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTGCAAAATAAATCTATTTACCAAATTAGTTTAAAT
382 AATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAAT
** * * *
552233 AGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTCTT-GTCATAAAA
443 AGTTAAAACTATTAGAACAATTATATACTTCAAA--ATTATCAACCTTTTGT-TTAGTCATAAAA
* * **
552296 CAATTATTTC-TAATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATATAATAATATTCCAA
505 CAATTATTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAAATATAATAACATTAAAA
* * * * * *
552359 AAATTATTCA-C-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCAACCCAACTAGTTCAAATAGTTAAAT
568 AAATTAATAAGCAAAAGA-ATTGAAAAAATAAATTTATCAACCCAACAAATTCAAATAGTTAAA-
* * * * *
552422 ATTATATGAATAATTATATATTTTAAATC-AT-TTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTTCAAT
631 ACTATATGAACAATTAAATATTTAAAATCTATCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTT-AAT
* *
552484 TCATAATAGCTTAT-TAA
695 TCATAAAAGCTTATCCAA
* * *
552501 GAATAAAATAAAATGAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATATGTAAGATATTTAAAAAATAATT
1 GAATAAAATAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAATT
* * * *
552566 CTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATAACTATTT
64 CT-TTTACCAAACCAATTAAAATAATTATGACTATTT
552603 AAATCATTAT
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 130, Indels: 62
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
712 3 0.00
713 40 0.06
714 42 0.06
715 6 0.01
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720 49 0.07
721 186 0.28
722 4 0.01
723 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (712 bp):
GAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATTCT
TTTACCAAACCAATTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTGAAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCAGATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCAACCAGT
TCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAATACCTTTGTTTGGTCATA
AAACAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATT
AGAACAATTATATACTTCAAAATTATCAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCATATCA
TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCTAAATATAATAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGA
ATTGAAAAAATAAATTTATCAACCCAACAAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTAAATA
TTTAAAATCTATCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCTTATCCAA
Found at i:553158 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 552586--554171 Score: 960
Period size: 180 Copynumber: 8.9 Consensus size: 181
552576 AACCAGTTTA
* * * ** * *
552586 AATAATTATAACTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTCTTATTGTAAAATAAATGTTTTTA-TT
1 AATAATTAT--CTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTT
* * * * * * *
552649 CATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----
63 TATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
** * * * * * * * *
552710 AGATTTAAAAAAT-AACCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTGTAACTATTTG
127 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTC
** * * ** * * * * * * * *
552764 AGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA-TTCA
1 AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTA
** * * *** * * *
552828 TACAAGCTTATT-TGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACATTTAATAAGCAAAA-A
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** * * * * * *
552891 TTTTTAAAAACAACTATGTTTACCAAACTAG-ATCAACTAGCCT-TGATTATTTT
130 -TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAAC-AG-TTATGACTATTTC
* * * * * * * *
552944 AACAAATATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCAT
1 AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTAT
* ** * * * *
553009 ATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *
553074 TTAAAAAATGAATATGTTTA-TCGAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTC
131 TTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTC
* ** * * * *
553125 AATAATTATTTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTTA-TTTAT
1 AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTAT
***
553189 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC-AATTTTATTAATATT--AAGATAATTAATAAGTAAAA
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAA
* * *
553251 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATC--TTCATGACTATTTG
128 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAA-CAGTT-ATGACTATTTC
* * * * * * * *
553305 AATAATTTTTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATTAT
1 AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTAT
* * * * ** * *
553370 ACGAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAAAAAGTAAAAGA
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * * *
553434 TTTAAAAAAATAAATATGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTC
130 TTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTC
** *
553486 AAATAATTATCTA-TTGTAAATCATTGCGACCTTTTATTTTG-CAATAGAATAATTGTTTCAGTT
1 -AATAATTATCTATTTG-AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTCAGTT
* * * * * *
553549 TATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAAAATTAATGATTAAGA
63 TATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
** * * * * * * *
553614 GAACTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTA
128 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTC
* * * * * * * *
553668 AACAATTGTCTATTTGAAAACATTATGACCTTTTTTTTTGTGATAAAATAATTGGTTT-TGCTAA
1 AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCAGTTTA
* *** * *
553732 TGCAAGCTTATTTTGAATAAAAGAATA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
553795 ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTC
* * * *
553848 AAGAATTATCTATTT--CA--ATT-TG---TTTTA-----TCAT-AAATCAATTGTTGCTA-TTC
1 AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTC-AGTTT
* * ** * * * *
553898 ATAAAAGTTTATTTGAAATAAAAAAATAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAG
64 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
553963 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACGAGTTTAAATC-GTTATGACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTTAAA-CAGTTATGACTATTTC
* * * ** * * * *
554016 AAAAATTATTTATTTTAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCA
1 AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTA
* ** * ***
554080 CACAATTTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
*
554144 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACCGAACA
130 TTTAAAAAATAAA-TATGTTTACTGAACA
554172 TTCTAATAGT
Statistics
Matches: 1082, Mismatches: 264, Indels: 122
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.01
167 62 0.06
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170 1 0.00
172 7 0.01
173 2 0.00
175 35 0.03
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179 17 0.02
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181 335 0.31
182 150 0.14
183 2 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTC
Found at i:553651 original size:543 final size:540
Alignment explanation
Indices: 552670--553865 Score: 1318
Period size: 543 Copynumber: 2.2 Consensus size: 540
552660 GTTCAAAATA
* * * * * **
552670 AAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT-AACCTGTT
1 AAAAGAATACAAATTTAGTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * * *
552731 TATTAAACCAGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTT
65 TACTGAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTT
* *
552796 TTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGATTAAAATAATATTAATTT
130 TTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGATTAAAATAATATTAATTT
** * ** * *
552861 ATTAATATTTTGACATTTAATAAGCAAAAATTTTTAAAAACAACTATGTTTACCAAACTAGATCA
195 ATTAATATTTTGACAAATAAAAAGCAAAAATTTAAAAAAACAAATATGTTTACCAAACAAGATCA
* * * ** * *
552926 ACTAGCCTTGATTATTTTAACAAATATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
260 AATAGCCATGACTATTCAAACAAATATCTATTTCAAAACATTACGACCTTTTATTTTGTCATAAA
*
552991 AAAATTATTTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAA
325 AAAATTATTTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAACAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAA
* ** *
553056 AATTAATAATTAAGATATTTAAAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAACAATTATAACTA
390 AATTAATAATTAAGAGAACTAAAAAATGAATATATTTATCGAACAAGTTTAAACAATTATAACTA
* * * * * * * * *
553121 TTTCAATAATTATTTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTAT
455 TCTAAACAATTATCTATTTGAAAACACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTAC
*
553185 TTATACAAGCTTATTTTGAAT
520 TAATACAAGCTTATTTTGAAT
* * * *
553206 AAAATAATACAATTTTATTAATATT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 AAAAGAATACAAATTTAGTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
553270 TTTACTGAATAAGTTTAAAT-CTTCATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATTATTATGAC
63 TTTACTGAACAAGTTCAAATACTT-ATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTATTATGAC
* * * *
553334 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATT-ATACGAGCTTATTCAT-ATTAAAATAATAT
127 TTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTC-GATTCATACAAGCTTATT--TGATTAAAATAATAT
* * ****
553397 TAATTTATTAATATTTTGACAAATAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGTTGAAC
189 TAATTTATTAATATTTTGACAAATAAAAAGCAAAA-ATTTAAAAAAACAAATATGTTTACCAAAC
* * * * * *
553462 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTGT-AAATCATTGCGACCTTTTATTTT
253 AAGATCAAATAGCCATGACTATTCAAACAAATATCTATT-TCAAAACATTACGACCTTTTATTTT
* * * * ** * *
553526 G-CAATAGAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTGA
317 GTC-ATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAACAAAATAATACTAAGTTATTAA
* * * *
553590 TATTCCAAAAATTAATGATTAAGAGAACTAAAAAATGAATCTATTTA-CTGAACATGTTTAAATA
381 TATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAACTAAAAAATGAATATATTTATC-GAACAAGTTTAAACA
* * * * * * *
553654 GTTATGACTATCTAAACAATTGTCTATTTGAAAACATTATGACCTTTTTTTTTGTGATAAAATAA
445 ATTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTGAAAACACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAA
* *
553719 TTGGTTTTGCTAATGCAAGCTTATTTTGAAT
510 TTGGTTTTACTAATACAAGCTTATTTTGAAT
* *
553750 AAAAGAATATAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTT
1 AAAAGAATACAAATTTAGTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * *
553815 TTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAA
65 TACTGAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAA
553866 TTTGTTTTAT
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 100, Indels: 31
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
534 2 0.00
535 3 0.01
536 29 0.05
539 1 0.00
540 13 0.02
541 91 0.17
542 49 0.09
543 288 0.53
544 62 0.11
545 1 0.00
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
AAAAGAATACAAATTTAGTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT
ACTGAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTT
TGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCGATTCATACAAGCTTATTTGATTAAAATAATATTAATTTA
TTAATATTTTGACAAATAAAAAGCAAAAATTTAAAAAAACAAATATGTTTACCAAACAAGATCAA
ATAGCCATGACTATTCAAACAAATATCTATTTCAAAACATTACGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
AAATTATTTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAACAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAA
ATTAATAATTAAGAGAACTAAAAAATGAATATATTTATCGAACAAGTTTAAACAATTATAACTAT
CTAAACAATTATCTATTTGAAAACACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTACT
AATACAAGCTTATTTTGAAT
Found at i:553742 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 552952--554157 Score: 850
Period size: 363 Copynumber: 3.4 Consensus size: 360
552942 TTAACAAATA
* * * * * * **
552952 TCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAAATT
1 TCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATAATACAAGCTT
* * * * * * *
553017 ATTCA-AAATAAAATAATACT-AAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAA
66 ATT-ATGAATAAAAGAATA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAA-AAATTTAAAA
* * * * * * * *
553080 AATGAATATGTTTATC-GAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTC-AATAATTATTTATT-TGA
128 AATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTCAAAGAATTATCTATTGT-A
** *** * * * *** *
553142 AATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTTATTTATACAAGCTTATTTTGAATA
190 AATCATTGCGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTATACAAGCTTATTCAAAACA
** *
553207 AAATAATACAATTTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
255 AAATAATACAATTTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *
553272 TACTGAATAAGTTTAAATCTTCATGACTATTTGAATAATTT
320 TACTGAACAAGTTTAAATCTTCATGACTATCTAAACAATTG
* ** * *
553313 TTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATTATACGAGCTT
1 TCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATAATACAAGCTT
* * * * ** *
553378 ATTCAT-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAAAAAGTAAAAGATTTAAAA
66 ATT-ATGAATAAAAGAATATAAATTTAGTAATA-TTCCAAAAATTAAAAAGTAAAA-ATTT-AAA
*
553441 AAATAAATATGTTTGT-TGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTGTAA
127 AAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAAGAATTATCTATTGTAA
* *
553505 ATCATTGCGACCTTTTATTTTG-CAATAGAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAAC
191 ATCATTGCGACCTTTTATTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTCA-TTTATACAAGCTTATTCAAAAC
* * * * *
553569 AAAATAATACTAA-TTTATTGATATTCCAA-A-AATTAATGATTAAGAGAACTAAAAAATGAATC
254 AAAATAATAC-AATTTTATTAATATT--AAGATAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAATAAATC
* *
553631 TATTTACTGAACATGTTTAAATAGTT-ATGACTATCTAAACAATTG
316 TATTTACTGAACAAGTTTAAAT-CTTCATGACTATCTAAACAATTG
* * * * * *
553676 TCTATTTGAAAACATTATGACCTTTTT-TTTTGTGATAAAATAATTGGTTT-TGCTAATGCAAGC
1 TCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGATAATACAAGC
* * *
553739 TTATTTTGAATAAAAGAATATAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAA
64 TTATTATGAATAAAAGAATATAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTAAAAA
* * ** *
553804 ATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATT-TCAAT-
129 ATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAAGAATTATCTATTGTAAATC
* * * * ** *
553867 -TT--G---TTTTA-----TCAT-AAATCAATTGTTGCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAA
194 ATTGCGACCTTTTATTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTC-ATTTATACAAGCTTATTCAAAACAAA
* * * * **
553920 AAAATA-ATAATTTATTAAAATTCCAA-A-AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
257 ATAATACA-ATTTTATTAATATT--AAGATAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAATAAATCTAT
* * * *
553982 TTA-TCAAACGAGTTTAAATCGTT-ATGACTATTTGAAA-AATTA
319 TTACT-GAACAAGTTTAAATC-TTCATGACTATCT-AAACAATTG
* * * * * * * * **
554024 TTTATTTTAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCACACAATTT
1 TCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGATAATACAAGCT
* * * * * ** *
554088 TATTA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAA
65 TATTATGAATAAAAGAATA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAAAAAG-TAAAAATTTAAAA
554151 AATAAAT
128 AATAAAT
554158 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 131, Indels: 77
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 1 0.00
347 51 0.07
348 166 0.24
349 5 0.01
353 5 0.01
356 1 0.00
358 2 0.00
360 7 0.01
361 151 0.22
362 99 0.15
363 177 0.26
364 15 0.02
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATAATACAAGCTT
ATTATGAATAAAAGAATATAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTAAAAAAT
AAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAAGAATTATCTATTGTAAATCAT
TGCGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAA
TACAATTTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
ACAAGTTTAAATCTTCATGACTATCTAAACAATTG
Found at i:554711 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 554376--555785 Score: 922
Period size: 182 Copynumber: 7.9 Consensus size: 180
554366 TCTTTTCTCG
* * * * * * *
554376 TAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAGA-AAAATATTTGCTAAATTAATAATA
1 TAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAATA-ATACTAATTTATTAATA
* * * * ** ** *
554439 -TTCTAAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGT
63 TTTC-AAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAAT
** * * *
554503 TAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCA
126 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* * * *
554558 TAAAATAATTTTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTC
1 TAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
554623 CAAAAACTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTAT
66 CAAAAATTAATA-ACAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTAT
* * * * *
554688 GACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTA-TCA
129 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTAGTCA
** * * * * ** *
554740 TAAAATAATAGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCTGAAATAAAATAATTTTACTTTATTAATATTT
1 TAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * * * **
554805 CAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAGAAGTCAGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTATG
66 CAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * *
554870 GCCATTTCAACAATTATGTATTTCAAATCATTATAAACTTTTTGTTTTGTCA
130 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTAGTCA
* * ** * *
554922 TAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAGTACTAGTTTATTAATAT
1 TAAAATAATT-TTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
554985 TTCAAAAATTAATATGCAGGAGATTTAAAAAAATAAA----TTTACCAGAGT-AGTTC---TTAT
64 TTCAAAAATTAATA-ACAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCA-AATAAGTTCAAATAAT
** * *
555042 T-TGA--A--T--AC--TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTA-TTA
126 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCA
* * *
555088 TAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 TAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** * * * *
555152 CCAAAAATTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAAGCAGTTTAAACAGTTAA
65 TCAAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * *
555216 GAGTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTTGTTA
129 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* * *
555268 TAAAATAATTATTTCAGTTCATACTAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATT
1 TAAAATAATTTTTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * **
555331 TTAAAAA-T-A-AATAAGTGATTTAAGAAGTGAATTTGTTTACTGAATCAAG-TCAAATAATTAT
65 TCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * *
555392 GGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATGATTACGTTTTGTTT-GTCA
129 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* * ** *
555443 TATAACAGTTA-TTTTTTA--TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-
1 TA-AA-A-TAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** ** * *
555504 TTTGAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTAATGAACCAA-TTTAGATAA
63 TTT-CAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAATAAGTTCAAATAA
* * * * * *
555568 TTATGACTTTTTGAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTCT-GTCA
125 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCA
* * * * * * *
555624 TAAAAAAATTATTTTT-GTTCATACATGCTTACTTGAAATAAAATAACACTTATATAATAATATT
1 TAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
555688 TAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAGTAA-TTCCAATAGTTA
65 TCAAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAATTA
** * * * *
555752 AAATTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATCATT
128 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
555786 TTTGTTTTGT
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 227, Indels: 123
0.73 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 11 0.01
165 9 0.01
166 74 0.08
167 20 0.02
168 9 0.01
169 2 0.00
171 3 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
174 3 0.00
175 42 0.04
176 86 0.09
177 10 0.01
178 7 0.01
179 29 0.03
180 150 0.16
181 214 0.23
182 252 0.27
183 15 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
Found at i:556042 original size:689 final size:684
Alignment explanation
Indices: 555157--556918 Score: 1674
Period size: 689 Copynumber: 2.5 Consensus size: 684
555147 ATATTCCAAA
* * * * ** * * * * *
555157 AATTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAAGCAGTTTAAACAGTTAAGAGTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTA
* ** * * * **
555221 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTTGTT-ATAAAATAATTATTTCAG
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT-TTCATAAAATAATTGTTTTTG
* * *
555285 TTCATACTAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTTAAAAATAAATAAGTG
130 TTCATA-TAAGCTTATTCGAAA-AAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* * * * *
555348 ATTTAAGAAGTGAATTTGTTTACTGAATCAAGTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTA
193 ATTTAA-AAATAAATATGTTTA-TGAA-CAAGTCAAATAATTATGACTATTT-AATAATTATCTA
* * * * * *
555413 TTTCAAATCATGATTACGTTTTG-TTTGTCATATAACAGTTATTTTTTATCATACAAGTTTATTC
254 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA-TTATTTTTTATCATACAAGCTTATTC
* * ** *
555477 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTGAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAA
318 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTT-CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
555542 TCTTTTTAATGAACCAAT-TTAGA-TAATTATGACTTTTTGAACAATTGTATACTTCAAATCGTT
382 TATGTTTAATGAA-CAATATCA-ATTAATCATGACTATTTGAACAAATACATACTTCAAATCGTT
* * **
555605 ATAATCTTTTGTTCTGTCATAAAAA-AATTATTTTTGTTCATACAT-GCTTACTTGAAATAAAAT
445 ATAATCTTCTGTTCTATCATAAAAAGAA-TATTTCAGTTCATA-ATAGCTTACTTGAAATAAAAT
*
555668 AACACTTATA-TAA-TAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
508 AACAC-TA-AGTAATTAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
* * ** ** *
555731 CCAAAGTAA-TTCCAATAGTTAAAATTATATGAATAGTTATCTATT-TC--AAATCATTTTTGTT
571 CCAAA-TAAGTTCAAATAATTAAAATTA-AAAAATAAATATCT-TTATCAAAAATGATTTTT-TT
* * ** *
555792 TTGTCATATAAAC-AATTTGGAATAAAACAA-AATGAATTTATTAATATTTCAA-A-
632 GT-TCATACAAACTAATTTCAAATAAAACAATAA-AAATTTATTAATA-TT-AAGAC
* ** * * * * * **
555845 AATTAATATGTAAGGGATTTAAAATATAATTTTTTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTA
* *
555910 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAAATGTTTTTGT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGT
* * * *
555975 TCATATAAGTTTCTTC-AAAAAAAAAAGTACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
131 TCATATAAGCTTATTCGAAAAAAATAA-TACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* * *
556039 TTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAGCAA-TCCAAA-AAGTTATGACTATTTAAGGAATTATTTC
195 TT-AAAAATAAATATGTTTAT-GAA-CAAGT-CAAATAA-TTATGACTATTTAA-TAATTATCT-
** * * * *
556102 A-TTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTATTCATACAAGCTTATT
253 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACATTATTTTTTA-TCATACAAGCTTATT
* * * *
556166 CAAATTAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAAAAAATTTCAAAAATAA
317 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
556230 GTATGTTTACTGAACTATATCAATTAGTCATGACTATTTGAATAAATACCTATTTCAAATCGTTA
381 ATATGTTTAATGAACAATATCAATTAATCATGACTATTTGAACAAATACATACTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
556295 TGATCTTCTGTTTTATCGTAAAAAGAATATTTCAGTTCATATTAGGTTATTTGAAATAAAATAAT
446 TAATCTTCTGTTCTATCATAAAAAGAATATTTCAGTTCATAATAGCTTACTTGAAATAAAATAAC
* * * * *
556360 ACTAAGTAATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAATAAATGAATTTGTTTGCCGAA
511 ACTAAGTAATTAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
* *** *
556425 TAAGTTTAAATAATTATGTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAAATGATTTTTTTGTTCATACA
576 TAAGTTCAAATAATTAAAATTAAAAAATAAATATCTTTATCAAAAATGATTTTTTTGTTCATACA
* *
556490 AGCTAATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTAAGAC
641 AACTAATTTCAAATAAAACAATAAAAATTTATTAATATTAAGAC
* ** *
556534 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTTAAATTTTTATGACTC
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTA
*
556599 TTTGAACAATTAAT-TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTT
66 TTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTG
* * * * *
556663 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAA
130 TTCATATAAGCTTATTC-GAAAAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
* * *
556728 AAGATTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTC-AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC
191 -AGATTTAAAAATAAATATG-TTTATGAACAAG-TCAAATAATTATGACTATTT-AATAATTATC
*
556792 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA--ATTGTTTTAGTTCATATAAGCTT
252 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACATTATT-TTTTA--TCATACAAGCTT
** * *
556855 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGAA-TTAAAAA
314 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAA
556919 TTGAATTTGT
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 158, Indels: 85
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
687 11 0.01
688 69 0.08
689 531 0.61
690 94 0.11
691 14 0.02
692 85 0.10
693 54 0.06
694 13 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (684 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGT
TCATATAAGCTTATTCGAAAAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
TAAAAATAAATATGTTTATGAACAAGTCAAATAATTATGACTATTTAATAATTATCTATTTCAAA
TCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAA
TGAACAATATCAATTAATCATGACTATTTGAACAAATACATACTTCAAATCGTTATAATCTTCTG
TTCTATCATAAAAAGAATATTTCAGTTCATAATAGCTTACTTGAAATAAAATAACACTAAGTAAT
TAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATAAGTTCAAA
TAATTAAAATTAAAAAATAAATATCTTTATCAAAAATGATTTTTTTGTTCATACAAACTAATTTC
AAATAAAACAATAAAAATTTATTAATATTAAGAC
Found at i:556885 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 556467--557035 Score: 620
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 179
556457 ATGTTTATCA
* * * * *
556467 AAAATGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTAATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTAA
1 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTAC
* * * * **
556531 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTTAAATTTTTATGA
66 GACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG-TTCAATAGTTATGA
* * * * * *
556596 CTCTTTGAACAATTAAT-TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCAT
129 CTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
556647 AAAATAATTGTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTC
1 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTAC
** *
556712 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAATAGTCATGACT
66 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAATAGTTATGACT
* *
556777 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAAT
131 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
556826 AAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
1 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTAC
* * * * * * * * *
556891 AAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAATTGAATTTGTTTGCTGACCATGTTCAAATAGTTATGA
66 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACAAGTTC-AATAGTTATGA
* * * * * * *
556956 ATATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATTACCGTTTATTTTGTCAC
129 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
557007 AAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTT
1 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
557036 TTATGAGTAG
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 62, Indels: 7
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 130 0.40
180 47 0.15
181 144 0.45
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTAC
GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAATAGTTATGACT
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:557797 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 557149--561652 Score: 1598
Period size: 181 Copynumber: 24.9 Consensus size: 180
557139 AATATATTTT
* * * * * * *
557149 TTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTCTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAC
* * ** *
557214 ATTTGTTTTATGACAAAATAAAATA-TCATAGCGATTTAAAATAGAGT--TTGTTCAAATAGTCA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
557276 TAATTATTTGAAATGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATA
128 TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
557329 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGGATTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GA-TAAAA
* * * *
557393 A-AATTGTCTTATGAC--AA-AATAA---A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
557450 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
128 TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * * * *
557499 TTAATTTTAG-AATATTTTTATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAC
* * * * * * * * *
557563 AATTATTTTATGACAAAACATAAGGTTATAATGATTTTAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
557628 ACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTA
130 ACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
557680 TTAATTTTGGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGATAAAAATC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAA-C
* * * * * * * *
557745 AATCGTTATATGACCAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGCCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** * *
557810 AGTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGGTTCACTTTTTAAA--TC--ACTTA
130 ACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * * * * **
557857 TTAATTGTCAAAATAGTGATAAATTAGTATTATTTCATTTTGACTAAGCTTGTATCATTCAAACA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAACA
* * * * *
557922 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATCA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
557987 CTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAGATAAT-TTCCTTG
131 CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-CTCTTACTTA
* * * * **
558038 TTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTAAATGAGCTTGTAAGATGTGAA
1 TTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAA
* * * * * * * * ** *
558101 ACAAATATTTTTTTACTAAAC-AAAGGTCCAT-ATGATTTGAAATGGATAATTATTTTAATAGTT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *** *
558164 ACAACTATTTGAATTGGCTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
127 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *** *
558218 TT-ATTTTTTAGAATATTATTAAATTATTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATTAGAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-TA-AA
* * ** * *
558281 AACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTC
62 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
558345 ATAACTATGTGAACTGGTTCGGTAACCATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTA
127 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
558395 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAGTAAGCTTGTATGATAAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAT--AAAA
**
558459 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGCTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-C
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** ** * * * *
558522 TATAATTATTTTAACTAATTTTGTAAACATATTTTATTTTTTAAGTTTCTTTCTTA
127 -ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * *
558578 TT-ATTTTAGTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCCATTTAAGTTTGTATTA-ACTAA
1 TTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGATA--AA
* * * * * *
558640 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTA
62 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
558705 ATAACTATTAGAACTTGTTCGATAAACAAA--T-TTTTTTAAATTTCTTTCTTA
127 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
558756 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTGTTAATTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACTAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA--AAAA
* * * * * * * *
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64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** * *
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129 AACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * *
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1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAC
* * ** * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * ** * * *
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1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAA
* * * * * *
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64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * ** * * ** ** * **
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129 AACTATTTGAACT--GGTTCG-GT-AA-ACAAATTTAT-TTTT-T-A-AATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
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1 T--TAA-TTTTTGAAAT-ATTA-AT-AA---ATTAG-T--ATTATTTTA-TTTTG-AATA----A
* ** * * * ***** * ** * *
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48 GCTT-GT-A-TGAT-AAA----AA-CAATT-G--TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT
** ** * * * * * *
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101 TGAAATAGA-TAATTGT-T--CAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGGT-AAACAAATTT
* * * *
559485 ATTATTCAAATAGTCATAAC-TA
160 ATTTTTTAAAT-CTC-TTACTTA
* * * * * ** ** ** *
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1 -TT-AA--TTTTTGA-AATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAA-GCTT-GTATG
* * * * ** * ***
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* ** * * * *** **
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* * * *
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164 TTTAA-ATC-TC--T-TAC----T-TA
** * * * * * * * * ** ** *** **
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1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TA-GTAT-TATT-TTATT-TTGAATAAGCTTGT-ATG---
* * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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** * *
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* * * ** *
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*** * * * * * * * * *
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*** * * *** *
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** * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* *** * *
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* * * * * * *
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62 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * * *
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65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * ** *
561087 ATTATTTGAACAGGTTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATAACTTAGTTA
130 ACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
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* ** *
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* * * * *
561265 AACTGTTTGAACTGTTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC--A--TA
129 AACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
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* * * * *
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64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * *
561432 AA--ATTGGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTTA
129 AACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
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1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAA
* * * ** * * * *
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64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
561610 TAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTAACTTATTTTTTAAAT
128 TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
561653 ATTAATAAAG
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CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:557932 original size:358 final size:351
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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*
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* * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * ** * * * ** *
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** * ** ** * * * * *** * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
558426 ATTTTA-TTTCAAGTAAGCTTGTAT-GATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCA
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
558554 TTTATTTTTTAAGTTTCTTTCTTATT-ATTTTAGTAAATATTAATAA
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* ** * * * * *
558600 ATTAGTATTATTT-AATTCCATTTAAGTTTGTATTAACTA-AAACATTTGTTTTATGACAAAACA
1 ATTAGTATTATTTCATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TACAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
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* * * ** * *
558727 TAAAC-AA---ATTTTTTTAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATT-AGTGTT
128 TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTGGAAAGATTAATAAATTCA-TATT
* * * * * * * * * * *
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192 ATTTTATTTTGAATAAACTAGTATGGATTAAAAAAATCGTCTTATG-----ACAAAA--TAAAAA
* * * ** ** * * * **** *
558852 TGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAATTT
250 TGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAACAAATTC
* *
558916 ATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTCAAAATA-TTATTAA
314 ACTTTTTAAA--TCA--CTTATTAA-TTTCAAAATAGTGA-TAA
* * * * * * *
558959 ATTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATAAATA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAA
1 ATTAGTATTATTTCATTTTGAATAAGCTTGTATGAATACAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAA
** * * * * * * * * *
559023 AAGGTCATAACA-ATTTGGAA-CGAATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCGG
65 AAGGTCATAA-AGATTTTAAATAG-ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGG
** * * * *** * *
559086 TAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGG-AATATTATTAAATT-AGTAT
128 TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACATATTAA-TTTTGGAAAGATTAATAAATTCA-TAT
* *
559149 TATTTTGTTTTGAATAAAATAGTATG
191 TATTTTATTTTGAATAAACTAGTATG
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Statistics
Matches: 1273, Mismatches: 283, Indels: 184
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (351 bp):
ATTAGTATTATTTCATTTTGAATAAGCTTGTATGAATACAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAAAGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAA
ACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTGGAAAGATTAATAAATTCATATTATTT
TATTTTGAATAAACTAGTATGGATTAAAAAAATCGTCTTATGACAAAATAAAAATGATTTGAAAT
AAATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTCACTTTTTAAATC
ACTTATTAATTTCAAAATAGTGATAA
Found at i:558742 original size:538 final size:531
Alignment explanation
Indices: 557216--559242 Score: 1460
Period size: 538 Copynumber: 3.8 Consensus size: 531
557206 ACAAAAATAT
* ** *
557216 TTGTTTTATGACAAAATAAAATATCATAGCGATTTAAAATAGAGT--TTGTTCAAATAGTCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * **
557279 TTATTTGAAATGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATA
64 CTATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * *
557344 TTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGGAT-TGAAAA-AATTGTCTTATGA
127 TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTT-AATAAGCTTGTAT-GATAT-AAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
557407 CAAAATAAAA----AT--GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTA
188 CAAAACAAAAGGTCATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTATTTAAACTA
* * * ** *
557465 GTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAA-ATC--TCTTATTAATTTTAG--AATATTTTTATATTAG
252 -TTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTTCTTTCTTATTAATTTTAGTAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
557525 TATTGTTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACATAAGGTT
316 TATT-ATTTAATTTCAATAAGTTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * * *
557590 ATAATGATTTTAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTA-AACTGGTTTGGTAAATAG
379 ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTAGAACTTGTTCGATAAACAC
* * *
557654 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTGGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTAT
443 A--TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTAG-AATATTAATAAATTACTATTA-TTT-T
** * *
557718 TTTGAATAAACATATATGATA-AAAATCAA
503 TAAGAATAAGCTTATATGATAGAAAA-CAA
* * * * * * * * *
557747 TCGTTATATGACCAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGCCATAAG
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * *
557812 TATTTGAATTGATTTGGTAAACAGGTTCACTTTTTAAATC--ACTTATTAATTGTCAAAATAGTG
65 TATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * *
557875 ATAAATTAGTATTATTTCATTTTGACTAAGCTTGTATCAT-TCAAACAATTGTTTTATGACAAAA
130 ATAAATTAATATTATTTTA-TTT-AATAAGCTTGTATGATATAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
557939 CAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAG-TCATCACTATTTAAACT-TGTT
193 CAAAAGGTCATAAA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTAAACTAT-TT
* ** * * *
558002 CGATAAACAAATTTATTTTTTCAGATAATTTCCTTGTTAATTTT-CTAAATGTTAATAAATTTAG
255 CG-TAAACAAATTTATTTTTTAAG-TTCTTT-CTTATTAATTTTAGTAAATATTAATAAA-TTAG
* * * * * * * * * * *
558066 -ATTATTTTATTTTAAATGAGCTTGTAAGATGTGAAACAAATATTTTTTTACTAAAC-AAAGGTC
316 TATTA-TTTAATTTCAATAAGTTTGTATGA-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-
* * * * * ** * * * * * *
558129 CAT-ATGATTTGAAATGGATAATTATTTTAATAGTTACAACTATTTGAA-TTGGCTCAACAAACA
378 TATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTT-GTTCGATAAACA
* * *
558192 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTAGAATATTATTAAATTATTATTATTTTTAA
442 CATAT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTTAA
* *
558257 CCGAATAAGCTTCTATGATTAGAAAACAG
506 --GAATAAGCTTATATGA-TAGAAAACAA
* ** * *
558286 TTGTTTTATGACAAAACAAAAATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * **
558351 ATGTGAACTGGTTCGGTAACCATATTTATTTTTTAAAT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA
66 ATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
*
558414 TAAATTAATATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
131 TAAATTAATATTATTTTATTT-AA-TAAGCTTGTATGAT-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
558479 CAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTTTAACTAATTTT
193 CAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAACT-ATTTC
*
558544 GTAAACATATTTTATTTTTTAAGTTTCTTTCTTATT-ATTTTAGTAAATATTAATAAATTAGTAT
256 GTAAACA-AATTTATTTTTTAAG-TTCTTTCTTATTAATTTTAGTAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
558608 TATTTAATTCCATTTAAGTTTGTATTAACTAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
319 TATTTAATTTCA-ATAAGTTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
558673 ATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGTTCGATAAACA-A-AT
382 ATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGTTCGATAAACACATAT
* * * * * *
558736 TTTTTTAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTGTTAATTTATTTTA-A
447 TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTTAGAATATTAATAAATTACTATT-A-TT-TTTAAGA
*
558799 ATAAGCTTGTATGAACTAG--AACAA
508 ATAAGCTTATATG-A-TAGAAAACAA
* * * * * * * *
558823 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** *
558888 CATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTCAAAATAT
65 TATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * * *
558953 TATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTAT-AAATAAAACAATTGTTTTACGACAA
128 TAATAAATTAATATTATTTT-ATT-TAATAAGCTTGTATGATATAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
559017 AAGAAAAAGGTCATAACAATTTGGAA-CGAATAATCGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAATTG
191 AA-CAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTATTTAAACT-
** * * ** * *
559080 A-TTCGGTAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-G-GAATATTATTAAA
251 ATTTC-GTAAACAAATTTA-TTTTTTAA-GTTCTTTCTTATTAA-TTTTAGTAAATATTAATAAA
** * ** * * * * * * * *
559142 TTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAAATAGTATGAACAGGACCAATTGTTTGATTACAAAATAAAA
312 TTAGTATTA-TTTAATTTCAATAAGTTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
559207 AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
375 GGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
559243 TTATTTTATT
Statistics
Matches: 1163, Mismatches: 260, Indels: 136
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
526 3 0.00
527 24 0.02
528 48 0.04
530 4 0.00
531 34 0.03
532 47 0.04
533 3 0.00
534 54 0.05
536 2 0.00
537 33 0.03
538 278 0.24
539 111 0.10
540 217 0.19
541 236 0.20
542 60 0.05
543 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
TTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
TAAATTAATATTATTTTATTTAATAAGCTTGTATGATATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAACTATTTCGTAAA
CAAATTTATTTTTTAAGTTCTTTCTTATTAATTTTAGTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAA
TTTCAATAAGTTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTA
AATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGTTCGATAAACACATATTTTTTTAAA
TCTCTTACTTATTATTTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTTAAGAATAAGCTTATATG
ATAGAAAACAA
Found at i:558772 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 557149--559242 Score: 1173
Period size: 182 Copynumber: 11.7 Consensus size: 179
557139 AATATATTTT
* * * ** * * * * *
557149 TTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTCTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAA-A
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATTAATAAAACA
* ** ** *
557213 TATTTGTTTTATGACAAAATAAAATATCATAGCGATTTAAAATAGAGT--TTGTTCAAATAGTCA
65 -A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
557276 TAATTATTTGAAATGGTTAGGTAAACA-AAATTATTTTTTAAATCTCTTACATA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATA-TATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* * ** * * *
557329 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGGATTGAAA
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-TAAT-AAA
* * * *
557393 A-AATTGTCTTATGAC-AAA-ATAA----A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
62 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * *
557450 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--TCTTA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
** * * ** * *
557499 TTAA-TTTT-AGAATATTTTTATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTTCAAATAAGCTTGTATTAATA-AAA
* * * * * * * * *
557562 TAATTATTTTATGACAAAACATAAGGTTATAATGATTTTAAGTATACAATTGTTCAAATAATCAT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
557627 AACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTA
128 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATA-TTTTTTAAATCTCTTTCTTA
** * * ** * * * *
557680 TTAATTTTGGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGATAA-AAAT
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT--TAATAAAA
* * * * * * * * *
557744 CAATCGTTATATGACCAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGCCAT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** * *
557809 AAGTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGGT-TCACTTTTTAAA--TC--ACTTA
128 AACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATAT-ATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* * * ** * * * *
557857 TTAA-TTGTCAAAATAGTGATAAATTAGTATTATTTCATTTTGACTAAGCTTGTATCATTCAAAC
1 TTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATTAATAAAAC
* * * *
557921 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATC
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
557986 ACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAGATAAT-TTCCTTG
129 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATTTTTT-AAAT-CTCTTTCTTA
* * * ** * *
558038 TTAA-TTTTCTAAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTTAAATGAGCTTGTAAGATGTGAA
1 TTAATTTTTC-AAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATTA-ATAAA
* * * * * * * ** *
558101 ACAAATATTTTTTTACTAAAC-AAAGGTCCAT-ATGATTTGAAATGGATAATTATTTTAATAGTT
62 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
558164 ACAACTATTTGAA-TTGGCTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
126 ATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* * * * * * * *
558218 TT-ATTTTTTAGAATATTATTAAATTATTATTATTT-TTAACCGAATAAGCTTCTATGATTAGAA
1 TTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTATT--TCAAATAAGCTTGTAT--TAATAA
* * * ** * *
558281 AACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTC
61 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
558345 ATAACTATGTGAACTGGTTCGGTAACCATATTTATTTTTTAAA----TTTCTTA
126 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* * * *
558395 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTGTATGATAAAAAAA
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT--TAATAAAA
* **
558460 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTA
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * * * *
558524 TAATTATTTTAACTAAT-TTTG-TAAACATATTTTATTTTTTAAGTTTCTTTCTTA
127 TAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAACATA-TATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* ** *
558578 TT-ATTTTAGT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCCATTTAAGTTTGTATTAACTAAA
1 TTAATTTT--TCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATTAA-TAAA
* * * * *
558641 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAA
62 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
558706 TAACTATTAGAACTTGTTCGATAAACA-A-AT-TTTTTTAAATTTCTTTCTTA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* * * *
558756 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTGTTAATTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAC
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTTCAAATAAGCTTGTATTAA-TAAAAC
* * * * * * *
558821 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
558886 ACCATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTA
129 ACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* * *
558937 TTAA-TTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTATAAATAAAA
1 TTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCA-AATAAGCTTGTATTAATAAAA
* * ** * * * *
559000 CAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATAACAATTTGGAA-CGAATAATCGTTCATATAGTC
63 CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * **
559064 TTAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAATTAGATTTAT-TTTTTTAATTTTCTTGGTTA
126 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAA--ACATATATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* ** * * ** ** * * * * *
559119 TTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAAATAGTATGAACAGGACC
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATTAATA-AAAC
* * * * * *
559184 AATTGTTTGATTACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
559243 TTATTTTATT
Statistics
Matches: 1501, Mismatches: 319, Indels: 186
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 8 0.01
169 50 0.03
170 10 0.01
171 4 0.00
172 3 0.00
173 13 0.01
174 47 0.03
175 3 0.00
176 139 0.09
177 132 0.09
178 201 0.13
179 44 0.03
180 132 0.09
181 318 0.21
182 320 0.21
183 73 0.05
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGCTTGTATTAATAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTTCTTA
Found at i:560065 original size:354 final size:342
Alignment explanation
Indices: 559476--560349 Score: 806
Period size: 347 Copynumber: 2.5 Consensus size: 342
559466 TAATGATTTC
* * * *
559476 AAATAGATTATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAG-AATACATATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAA-ACATATTTATTTTTT
* * * ** * *
559540 ATATTTTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTTAAATTATTTTATTGGAAATAAGCTCG
64 AAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTAG
* * * * * * ***
559605 CATAAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAGATGTCATAATGTTTTGTGATAGTTAATTAT
128 TATAAACAGAA--AATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGTTAATTAT
*** * * * * ** *
559670 TCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTCTTCGGTACACAGATTCTTTTTTTTTTTTAATTTTTACT
191 TCAAACAATCATAACTATTTAAACTTCTTCAGTAAACAGA-----TTTATTTTGAAATCTTT--T
*
559735 TATATATGAATAAATTAATATTA-TTTT-TATCCAAATAAACTTATATGAAC-AGCAACAATTAT
249 TAT-TATGAATAAATTAATATTACTTTTATATCC-AATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTAT
559797 TTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTG
311 TTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTG
* * *
559829 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACATATTTATTTTTTA
* *
559894 AATCTGTTACTTATTAATTATTTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTAG
65 AAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTAG
* * *
559959 TATAAACAGAAAATTTTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATA-TATAATTG
128 TATAAACAGAAAA--TTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGT-TAATTA
* * *
560023 TTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTGAAATCTTTTTATTAT
190 TTCAAACAATCATAACTATTTAAACTTCTTCAGTAAACAGATTTATTTTGAAATCTTTTTATTAT
* * * * *
560088 TAATAAATTAGTATTACTTTTATTTCCAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGACA
255 GAATAAATTAATATTACTTTTATATCCAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAA
* * * *
560153 AAACAGAAGGTCATAACCATTTG
320 AAACAAAAAGTCATAACAAGTTG
* * *** * * * *
560176 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGTTATTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTAA
1 AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAACATATTTATTTTTTA
* *** * * * *
560241 AATTTTTTAGTTATTAATTGCCGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
65 AA-TTTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTAG
* * * * *
560306 TATGAATAGAAACAATCATTTTAT-AATAGAACAAAAAGTCATAA
128 TATAAACAG-AA-AATTATTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAA
560350 CAATTTGAAA
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 80, Indels: 38
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
346 21 0.05
347 190 0.45
348 8 0.02
349 15 0.04
352 4 0.01
353 55 0.13
354 129 0.30
355 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (342 bp):
AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAACATATTTATTTTTTAA
ATTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTAGTAT
AAACAGAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGTTAATTATTCAAA
CAATCATAACTATTTAAACTTCTTCAGTAAACAGATTTATTTTGAAATCTTTTTATTATGAATAA
ATTAATATTACTTTTATATCCAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAA
AAAGTCATAACAAGTTG
Found at i:560236 original size:347 final size:342
Alignment explanation
Indices: 559734--561428 Score: 898
Period size: 347 Copynumber: 4.8 Consensus size: 342
559724 TAATTTTTAC
* * * *
559734 TTATATATGAATAAATTAATATTA-TTTT-TATCCAAATAAACTTATATGAACAGCAACAATTAT
1 TTATATATTAATAAATTAGTATTACTTTTATTTCC-AATAAACTTATATGAACA-AAACAATTAT
* * * * * *
559797 TTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACGATT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT---TATT
* * * * *
559862 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTATTTTAATATTAAT
126 TGATCTAGTT-A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTAAATATTAAT
* * *
559927 AAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTAGTATAAACAGAAAATTTTATTTTATGAAAAAACA
188 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAGAAAA-ATTATTTTATGAAAAAACA
* * * *
559992 AAAGGTTATAGTGATTTCAAATATATAATTG-TTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTT-A
252 AAA-GTTATAATGATTTAAAATATATAATTGCTT-AAACAATCATAACTATTTAAACTAGTTTGA
560055 GTAAACAGATTTA-TTTTGAAATCT-TT-
315 -TAAACAGATTTATTTTTGAAATCTCTTA
*
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1 TTATATATTAATAAATTAGTATTACTTTTATTTCCAATAAACTTATATGAAC-AAAACAATTATT
* * *
560145 TTATGACAAAACAGAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGTTATTT
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* * * * * *** *
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127 GATCTAG-TT-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTAAATATTAATA
* * * * * *
560275 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTAT-AATAGAACA
189 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAGAAA-AATTATTTTATGAA-AAAAC-
* ** * * * * *
560339 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAT
251 AAAAGTTATAATGATTTAAAATATATAATTGCTTAAACAATCATAACTATTTAAACTAGTTTGAT
* *
560404 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
316 AAACAGATTTATTTTTGAAATCTCTTA
* * ** *
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1 TT-A-----T--ATATTAATAAATTAGTATTACTTTTATTTCCAATAAACTTATATGAACAAAAC
* * ** *
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* *
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* * * * *
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186 ATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTAT-AA-ACAGAAAAA-TTATTTTATGAAA
** * * * * * * * *
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247 AAACAAAAGTTATAATGATTTAAAATATATAATTGCTT-AAACAATCATAACTATTTAAACTAGT
* ** *
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311 TTGATAAACAGATTTATTT-TTGAAATCTCTTA
* * *
560773 GTTATTAATATTTGAAATATTATTAGATTAGTATTA-TTTTATTGT-GAATAAGCTTGTATGAAC
1 -TTA-T-ATA-TT---A-A-TA--A-ATTAGTATTACTTTTATT-TCCAATAAACTTATATGAAC
* * * * * * * ** * ** *
560836 AAAAATAATAATTTTGTGATAGAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTTTATAGTTGTT-AAATA
53 -AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * *
560900 GTTATAACTATTTGAAATAGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
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* * * * * * *** * * *
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177 T-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAGAAA-AATTATTT
** * ** * * * * * * *
561030 TATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAAGAGATAATT-ATT-GACATAGCCATAATTATT
240 TATGAAAAAACAAAA-GTTATAATGATTTAAAATATATAATTGCTTAAACA-A-TCATAACTATT
* * * * * *
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302 TAAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTGAAAT--C-T-CTTA
** * * *
561138 TTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAA
1 TTA-----T---ATATTAATAAATTAGTATTACTTTTATTTCCAATAAACTTATATGAAC-AAAA
* * *
561202 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTA
57 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC--
* * * * * *
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120 ATTATTTGATCTAGTTAT---AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AAA
* *** * * *
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* * *
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TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATTATTTGATC
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ATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAGAAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTATA
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ATTTTTGAAATCTCTTA
Found at i:560846 original size:23 final size:25
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**
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Consensus pattern (25 bp):
AATAAGCTTGTGATAGAACAAAAAT
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560556 ATAATTATTC
* * *
560566 TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
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*** * *
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* * * * *
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* * ** * * * **
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* * * ** * *
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* * * ** * *
561106 TAAATAGATTCACTTTTTAAATAACTTAGTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * **
561171 TTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCT-TAACA
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
561346 TTTATTTTGAATAAACCTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATG
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* * * **
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* * * * *
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* *** * *
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* * * * * *
561579 AATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATGGTTATAATTATTTGAACTGATTCGA
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTCGG
*
561631 TAAACTA-ACTTATTTTTTAAAT
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAAT
561653 ATTAATAAAG
Statistics
Matches: 727, Mismatches: 140, Indels: 79
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGTTATAATGAT
TTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTCGG
Done.