Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168082.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_33, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 7 of 7
Found at i:563427 original size:180 final size:179
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Indices: 561886--565256 Score: 2393
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * ** * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTAT
*** * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGA-TAAATAGATTTA
* ** * *
562486 TTTTTTTAAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTATG-
64 -TTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
* * * * * *
562550 AATAAACCTT-TATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAATG
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* *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-GATAAATAGATTTA
* * * ** **
562668 TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATA
64 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATA
* * *
562733 AGCTTGCATG--C--AGAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
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* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATT-TA
* * * *
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64 TTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT
* ** * * * *
562909 AAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATG
128 AAGCTTGTATGAA-CAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * *
562962 ATTCAAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTCAACTTGTTCTG-TAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTA
* * * * * *
563025 TTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTCAAA
64 -TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA
* * * * * * *
563090 TAACCATGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
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* * ** *
563144 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* *
563209 TTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAAT
66 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT
* * * * *
563272 AAGCTTGTAT-AGACAAAAAAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
128 AAGCTTGTATGA-ACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * ** *
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66 TTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATA
* * ** * *
563453 AACTTATATGAACTAAAGCAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
129 AGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTAT
*** * * * * *
563568 TTAAAAAAAATTTTTACTTATGAATTATCT-AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAATTCAAA
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* * * * * * *
563632 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATTACTAAACGAAAA-GCCAAAACA
127 TAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG
* * * ** * * * * ** *** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
** * * * * * **
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* * * * *
563816 CTTCTATGAATAGAAACAAA-TGTTTTAGGACAAAA-AAATAGATCATAATG
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* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
564043 A-TTAAAATAAATAATAGTTTAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACTA-ATTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-TAGATTT
* * * * * **
564104 ATTTTTTAAATCTTCACCTTGTT-ATTTTTCATAATAATAATAAATTAAAATTATTTTATTCT-A
63 ATTTTTTAAATTTTTA-CTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
* * ** * * *
564167 AATAAACTTGTATGAATAGAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
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* * ** *
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1 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA
* * *
564286 TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AA
64 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAA
* * * * * * **
564349 TAAGCTTGTTTGGAA-AAACAAATTGGTTTATGAAAAAAGAAATGGTTGTAACG
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* * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT-AAATAGATTTAT
* ** **
564466 TTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATA
65 TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATA
* * * * *
564530 AGCTTGCATGAACAAAATTAATGGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG
129 AGCTTGTATGAACAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-T
* *
564637 TTTTTAAATTCTCTTACCTT-TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCG-A
65 TTTTTAAATT-T-TTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA
* * * * *
564700 ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATG
126 ATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * *
564818 TTTTAAATCTTTTA-TTATT-ATTTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG-AAT
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* * * *
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128 AAGCTTGTATGAAC-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
564934 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTAAACTTGTTCGGTGAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
* * * * **
564999 TTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT--GATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTCAAAAT
66 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT
* * * ** * * **
565062 AAGCTTATATGAATAGAAAAAGTCATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGTG
128 AAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
565115 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCTAATTATTTAAATTTCTTC-AGTAGATAGATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTAT
* * * ** ** *
565179 GTTTTAAATCTTTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAATATCTTAGTATTATTTTATTTTG-AAC
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*
565243 AAGCTTATATGAAC
128 AAGCTTGTATGAAC
565257 TGCAATAGAT
Statistics
Matches: 2542, Mismatches: 521, Indels: 255
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.00
171 31 0.01
172 4 0.00
173 86 0.03
174 76 0.03
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184 4 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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Found at i:565797 original size:181 final size:179
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* * * ** ** *
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* ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * ** * ** *
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* **
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* **
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
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** *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTAGGTAAACAAATTTAT-TTTTT
* * * *
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* * * * ** *
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128 GTATGAATTGAAAA-AATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * ** * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-A
* * * * * *
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* ** * * *
566284 GTAAG-ATATGAAACAAATAT-TTTATGACTCAACAAGAGGTCAAAATAATTTGA
128 GTATGAAT-TGAAA-AAAT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** **
566467 ATG-A-TAAAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGA
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* * * * * * *
566516 GATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
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*** * * ** *
566646 ATGATAAAAAAAACAATTGTTTTATGACACAACAAAAGCTCATAACAATTTGT
130 ATGA-ATTGAAAA-AATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * * * * * *
566699 TATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTTA-GTAAACAAATTCATTTTTTG
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * *
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* * * * ** *
566827 GTATAAACT-AAAACAATTTTTTAATGA-AAAATCAAAAGGTTATAGCGATTTTA
128 GTATGAATTGAAAA-AATTGTTT-ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
566880 AATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTTGGTACATAGATTTATTTCTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTT-TTTA
* * ** * * * * *
566945 AATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATCAATTTATTCTTAATAAACTTG
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* * * * **
567010 TATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTCAGAACAATTTGA
129 TATGAATTGAAAA-AATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
567062 AATATATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
567127 ATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTGAATTAGCATTATTTTAATCTGAATAAGCTTG
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* ** * * * *
567191 TACGAAAAGAAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAATA--TCGTAATGATTTGA
129 TATGAATTG-AAAAAATT-GTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGA
* * ** ** * * * ** *
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* * * * *
567304 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAAT
58 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
* * * *
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* * * *
567428 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA-GAAAACATATTTATTTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* *
567491 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTT
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTT
* * * *
567554 GTATGAA--CAAACCTAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGA
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* * * * * ** * ** ** * *
567735 CTATGAACTGATAAAGTTATTTTATGATGAAATAAGGGGTTGTAAAGATTTTA
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
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* * * * * *
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* * ** * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * * **
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTT-AGGTAAACAAATTTATTTTT
* * * ** *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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129 TATGAATTGAAA-AAATTG-TTT-ATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGA
* * * * *
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* * * * ** *
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64 AAATCTCTTACTTATTAA---TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAG
* * * * * * * *
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* ** * * ** *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* ** * * *
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66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
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129 TATGAATTGAAAAAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTT
** * *
569661 -AATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCT
* * ***
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* * *** * * *** *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
569843 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATATGCTTTT
66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGT
* ** *
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* * * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * ** *
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64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCT
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* * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGGTAAACA-AATTTATTTTT
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * *
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1 AATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-
* * * *
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* * * *** *
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126 TTGTATGAATTG-AAAAAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
570686 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTA
** * *
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* * * * * *
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* * * * * *** * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * ** * *
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* * * * * * * **
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* ** * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAA-ATTTATTTTTTA
* *** *
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65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT-TGAA-TAAGCT
* ** ** * * * * * *** * *
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* ** * ** * * * ** * **
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1 AATAGAT-AA-TTGTTC-AAATAGTCATAACTA-TTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
571290 TAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGC
62 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC
** * *
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126 TTGTATGAATTGAAAAAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* *
571473 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTT
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTT
** ** * **
571536 GTATGAACAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAATTCATAATGATTTGA
128 GTATGAATTGAAAAAATT-GTTTATGACAAAAC--AAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * * * * *
571591 AATATATATTTGTCCAAATAGTTAGAATTATTTGAACTTGTTCGATAAGCAAATTCATATTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
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66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGT
* * * * * * *
571721 ATGAACTGATAGAATTATTTTATGACGAAATAAAAGGTCATAATGATTTTA
130 ATGAATTGAAAAAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * ** * *** * *
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** * * * ** *
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* * * * * **
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
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* * *
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128 GTATGAATTGAAAAAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* ** ** * * *
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66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGT
* * * * * * *
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130 ATGAA-TTGAAAAAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *
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65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA-GCT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
** * * *
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66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGT
* *
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* * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* ** ** * * *
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65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * * ***
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
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* * * * * **
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128 GTATGAAT-TGAAAAAATTG-TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT-TGA
* * *
573198 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACATATTAATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
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66 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTT
* * * * *
573324 GTATGAACTGAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
128 GTATGAATTGAAAAAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
573377 AATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCA-GCAAA-ACATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* ** * * ***
573440 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTT
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT
* * * *
573504 GTATGAATAGAAACAATTG--TATGTC----CAAATA-GTCATAATTATTT-A
128 GTATGAATTGAAAAAATTGTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ** * * ** ** *
573549 AACTGGGT--TGGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAA
1 AA-TAGATAATTGT--TCA-A-ATAG-TCAT-AA-CTATT-TGAACTAGTT-AGGTA--AACAAA
* * * * ** *
573611 TTAGTATTATTTT--AT-TC-TA---A-AAAATTTTG---TATGAATAAA-AACAATTGTTTTAC
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573664 GACAAAAAAAATGTCAT-TATGATTTGAAATAGATAATAGTTTGAATGGACAAGACTATTTGAAC
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* * * *
573728 TTGATGA-GTAA
168 ATAATGATTTGA
* * * * * ** ** * * *
573739 ACATA-TTTATTTTTTAAAT-CTCCA-GCCTA-TT-AA-TTTTTAGAATATTAATAAA-TTA-GT
1 A-ATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTAGTTAG-GTA--AACAAATTTATTT
* * * * * ** * * * *** **
573796 ATT-AGTTTATTTCAAATAAATTTGTATG-AATA-GAA-ACAATT-GTTTTATGACAAAAT-AA-
61 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TGAAATATTAATA-AATTAGTATTAT-TTTATTTGAAT
* ** * * ** * *** * *
573854 AAGATCATAACGATTTGAAAAAA--AATAATTG--TTTA-AATA-GTCATAATGAGTTCAGAA
122 AAGCTTGT-ATGAATTGAAAAAATTGTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TT-TG-A
* * ** * * * *
573911 AATAGATTGATTTTTTTAAT--T-TTTACT-TATT-AACT--TTTGGAATATTAATAAATTTAAA
1 AATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGTTAGG--TA--AACAAATTT--A
** * ** * ** * ****
573969 TTATTTT--AT-TC--A-AAATAAACTTGCATG-AATA-GAACCAATT-GT-TT-TTTGACAAAA
58 TT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * ** ** * *** * * * *
574023 CAAAAGATCATAATGTTTTGAAACAGA-CAATTAT-TCAAATAGTCATAA-CT-ATTTAAACTTA
120 -ATAAGCTTGT-ATGAATTGAAA-AAATTGTTTATGACAAA-A--CAAAAGGTCA--T-AA-TGA
*
574084 TTCAGTA
175 TT-TG-A
* ** * ** * ** * * * * *
574091 AACAGATTCTTTTTTTAAT-CTTGTTACTCA-TT-AA-T-TTTTGGAATAATA-ATAAATTA-AT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTAGG--TAA-ACA-AATTTATTT
* * * ** * * * ** ***
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* * * * ** * *
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177 TGA
* * * * *
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** * * * ** *
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* * **** ** * * * **
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* * * ****
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* * *
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* * *
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* * * *
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**
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* * ** * * * * *
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*
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* *** * ** *
566763 AAT-TTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTATAAACTT
65 AATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * ** *
566827 GTATAAACT-AAAACAATT-TTTTAATGA-AAAATCAAAAGGTTATAGCGATTTTAAATAGATAA
129 GTATGAA-TGAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAA-CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
566889 TTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTTGGTACA-TAGATTTATTTCTTAAAATCTCTT
191 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTT-TTTAAATCT-TT
* * * * * * *
566953 T-CTTTTTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATCAATTTATTCT-TAATAAACTTGTATGAA
253 TACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * **
567016 CTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTCAGAACAATTTGA
316 -TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
567062 AATATATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
567127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTGAATTAGCATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTG
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
567191 TACGAAAAGAAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAATA-TCGTAATGATTTGACATAGATATTTG
130 TATG-AATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG--A--T-
* * * * * * *
567255 AACTTATTTAGAAAATAGATT-T-ATTTTTTAAAATT-TT---TAAACAT-ATTTATTTTTAAAA
189 AA-TT-GTT--CAAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAA
* * * *
567313 TTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATACGCTTGTA
248 TCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
** *
567378 TGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTGA
312 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* ** * *
567428 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
*
567492 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * * * *
567554 GTATGAA-CAAACCTAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATATTT
129 GTATGAATGAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
567618 GCTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-T-ATATTCA-TATTTAAAGTCTCTTA
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGAT-TT-ATTTTTTAAA-TCTTTTA
* * * * *
567680 CATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTGTATTTTG-AATAAGCCTCTATGAACT
255 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T
* ** * ** ** * *
567744 -GATAA-AGTTATTTTATGATGAAATAAGGGGTTGTAAAGATTTTA
317 AGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
567788 AATAGATAGTTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTGAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
567853 ATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAGCTTGT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* *
567918 ATGAATGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TT
131 ATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
567982 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACTTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGT
196 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
568047 AATTGTCTGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAA
261 AATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACA
* * * * * *
568112 AATATTTTGTGACAAAATAAAAGGTTATAGTGAGTTGA
324 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * ** * * * * * *** **
568150 AATAGGCAATTATTCAAATAATTGTAAGTATTTAAATTTGTTTGATAAATGGATTTGGTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * ** * *
568215 ATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTAT-GTATTAGCTTA
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTG
* * * *
568279 TGTGAAT-AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
130 TATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
*** * * *** * *
568342 TTTGTATAGTTATAACTATTTGTAC-TGGTCAGGCCAACAGATTTATTTTTTAAATCTGTTACTT
194 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * ** *
568406 AGTAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCATTACTTTATTTTG-AATAATATTGTATCAATAGAA
258 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
568470 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCACAATGATATGA
321 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** * * *
568511 AATAAATAATTGTTCAAA-ATGTTATAACTAACTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * * *
568575 AATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAATATGATTTTATTTCAAACAAACTTA
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
568636 TATGAA-CAAAATATTTATTTTACGACAAAATAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGACAATTAT
130 TATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
** * * * * ** *
568700 TCGTATAGCCT-TAATTATTTGAATTTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
195 TCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
568763 TTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGCGT-TGACATA
259 TTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTT--GTATGA-ATA
* * *
568825 -AATAC--TTCA-TTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGA
318 GAA-ACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *** *
568867 AATATG-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGGTTCAATAAGCATATTTATTTTTT
1 AATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
** * * * ** * *
568930 AAATCACCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTTATTTAATTTTTATTATTCATTATTCCGAATAG
64 AAATC-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATA-TTAATAAATTAGTATTATT--TTATTTCAAATA-
* * * * * * *
568995 CGCATATATGCATTGAAAA-AATTGTTTTAAGACAAAAC-AAAAGTTTATAATGTTTTGAAATAG
124 AGCTTGTATG-AATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAG
* ** * * * * *
569058 ATAACTACTCAAATGGTCATAATTATTTGAAC-TGATTC-AGTAGACTAATTTATTTTTTAAATC
187 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACTGATTTATTTTTTAAATC
** * * * * * * * *
569121 ACTAACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATGAAGTA-TATTATTTTATTTG-GATAAGCTTTTATG
250 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * ** *
569184 ATTTGAAACAATTTGTTTTCAGGATAAAACAGAAGGTCCATAACAATTTTA
314 AATAGAAACAA-TTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGA
* * * *
569235 TAATAGATAATTGTTC-AATAGTTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTT
1 -AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
* * ** * **
569299 AAATTTTTTACCTATTAATTTTTTTTGAATGTTAATAAAAGAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
64 AAATCTTTTACTTATTAA--TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * *
569364 ATGTATGAACTG-AAACAATTATTTTGTGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
127 TTGTATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* ** * * *** ** *
569428 TTATTTTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCCAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
191 TTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * *
569492 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTG-AATAAGCTTGTACGAATA
255 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
569556 GAAATAATTGTTTTATAATAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGA
318 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * * * ** * *
569599 GATAGATAACAGTCCGAATGGACA-AGACTATTTGAACTCGTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTT-
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
*** * *
569661 AATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** ** *
569726 TATGAAT-AGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAAACATAACT-ATTTGAAATAAATAATT
130 TATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
* * *** *
569789 GTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCCTCGATAAA-TGGATTTATTGTTTAAATCTTTTACT
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
569853 TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATATGCTTTTATGCACAGAA
257 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
*
569918 ACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGA
321 ACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * ** * * * *
569960 CATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATA-TTCAGAAAATAAATTTATTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
* * *
570024 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAACT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT
* * * * * * *
570086 TGCATGAA-CATAATCAATTGTTTTATG-CAAAAAAGAAAAGGTTATTATGTTTTGAAATAGATA
128 TGTATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
570149 ATTATTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTC-AGTATA-TAGAACTT-TTTTTT-AATTTT
190 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACT-G-ATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * *
570210 GTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTCACTTCAAATAACCTTATATGA
252 -TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
** * * *
570275 ATTTAAACAATTTTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGA
315 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
570322 AATTGATAATTATT-AAAGTAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACACATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * *
570386 AATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTGAAATAAAG-TT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTT
* * * ** *
570450 GTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAGCAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATA-ATTAAT
129 GTATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAAT
* * * *
570513 TGCTCAAATAGTTATAACGATTTAAACTTGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTA
192 TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTT-AAATCTTTTA
* * * *
570577 CTTATTAACTATCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGTGTGAATA
255 CTTATTAA-T-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
* *** *
570641 GAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTTA
318 G-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *** * *
570686 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
** * * *
570751 ATCTCTTTA-TTATTAATTTCCAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
66 ATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * *
570815 TATGAATTG-AAACAATTCTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTTATAATGATTTGAATTAGATAATT
130 TATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
570878 ATTCAAATAGTCATAATTACTTGATCTAGTTCCATAAACAT-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACT
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
*** * *
570942 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGGATAGA
257 TATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** * * * **
571006 AACAATTTTTTTAAAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
320 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * * * *
571048 AATAAATAATTGTTTGAATAGTCTTAACTGTTTGAACGAGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * *
571113 ATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAA-TCG---TA--TTA---C-CAT-A-----
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * ** * * * *
571158 T-T--CTG--AACAA-AGTTTTACAACAAAAGAAATA-TCATAATGATTTGAGATAGATATTTGT
130 TATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
*
571216 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTAAAAATTTTTAAGCTG
195 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCG------------A----T----A-----AA-CTG
* *
571281 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
234 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** *
571346 CAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGA
298 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* ** * * * *
571410 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTA-TTCAGAAAATAGATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
*
571474 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * * * *
571536 GTATGAA-CAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAATTCATAATGATTTGAAATATATAT
129 GTATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * ** * * *
571600 TTGTCCAAATAGTTAGAATTATTTGAACTTGTTCGATAAGCAAATTCATATTTTAAATCTCTTAC
191 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * ** * * *
571665 TCATTAATTTTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATGGTATTTCAAATAAGCCTATATGAACT-G
256 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * *
571729 ATAGAATTATTTTATGACGAAATAAAAGGTCATAATGATTTTA
319 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
571772 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTAATTTAGTAAACATATTTATTTTTAAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
571837 ATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTTCT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
** * * ** * *
571902 CCGAATGAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGGAATAAATAATTGTT
131 ATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
571967 TAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGATAAACTTATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT
196 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
572031 AGTTGTCTGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTCA-TTGAAAT-A------A-G---A-AAA-A
261 AATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* *
572082 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGA
324 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
572120 AATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTCGATAAACAAATTCAGTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GGTAAACATATTTATTTTTTA
* ** ** ** *
572183 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAGTTA-TTCTAAATCAGCTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * * * * *
572247 ATACGAA-CATAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAGA-TCAGAATGATTTAAAATAGATAATT
129 GTATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * ** *
572310 GTTCATACAGTTATAACTATTTGTACTGGTCTAGTTAAGA--AATTCATTTTTTAAATCCCTTAT
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAA-ACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
572373 TTAATAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTTTG-AATAATAC-TATATCAATA
256 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAA-GCTTGTATGAATA
* *
572436 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCACAATGATTTGA
318 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
572480 AATAAAGAGTTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * ** * *
572545 ATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTAT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* ** * * *
572606 ACGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAAGAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
131 ATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** **
572671 TCATATAGCCT-TAACTATTTGAA-TAGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTT
195 TCAAATAG-TTATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
** ** * * * * *
572730 ATTAATTTTCAT-AATATTTTTTTATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACATAA
258 ATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
572794 ATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGA
321 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
572835 AATATATGATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* *** * * * *
572900 AGCACCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTAT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
** * * * * * * * * *
572965 ATGGTTAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAATTTATAACGTTTTGAAGTGGATAATTATT
131 ATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * * ** *
573030 CAAATGGCCATAATTATGTGAAC-TGATTCGATAAAGTGATTTATTTTTTAAATC-ACTAGCTTC
196 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTA
* * * * * * * *
573093 TCAATTTTTAAAATATTATTAAAGTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATG-GTATGAA
259 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAA
* * * **
573156 ACAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTCT-A
321 ACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT-TGA
* *
573198 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACATATTAATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * ** * * *
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66 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
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129 GTATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
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193 GTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTT-GTTC-G-ATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* ** * * * **
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* * *
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* * * * * ** * * * * * *
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1 AA-TAGATAATTGT--TCA-A-ATAG-TCATAACTAT-TTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTAT
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* * * * * * * * *** * * *
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119 AAATAA-G-CTTGTATGA-ATG-AA-A-ACAATTGTTT-TAT-GACAAAACAAAAAG-TCATAAT
* * * * * * * * ** * * *
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175 GATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCG-ATA--AACTGA
* * * * * ** * * * ***
573790 ATTA-GTATT-AGT-TTATTTCAAATAAATTTGTATGAATA-GAA-ACAATT-GTTTTATGACAA
235 TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTT-T-TGAATATTAATA-AATTAGTATTAT-TTTA
** * * * * * * * * * * ** *
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*
573910 AAATAGA-TTGA
351 TAAT-GATTTGA
** *** * ** ** ** *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTAGTTTGGTAAACAT-ATTTATTTT-T
* ** * * ** * *** *
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* ** ** * ** * * * * * * *
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125 GCTTGT-ATG-AATG-AA-A-ACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATT-TG
* ** * ** * * * * * * * * *
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181 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACTTGTTCG-ATAA-ACTGATTTATTT
* * * ** ** * **
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242 TTTAAATCTTTTACTT--ATTAATTTTTGAATATTAA-T-AAATTAGTATTATTTTATT--TGAA
* * * * * * * ** * *
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301 -ATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATT-AT-TTTATGACAAA-ACAAAAGGTCA-TAATGAT--
574263 TT-A
358 TTGA
* * * *
574266 TAAT-GAT--TT-TTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGGAA-TA-TTAT--TAAATTAGTAT
1 -AATAGATAATTGTTCAAA-----TAGTCA-TAACTATTT-GAACTAGTT-TGGTAAA-CA-TAT
* * * ** * *
574322 TATTTTATTTTGGATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTAGTTTATAATA-GAATAAAAGGTT-G
55 T-TATT-TTTT--A-AATCTT-T-T--ACT-TATTAATT--TTTAAAATATTAAT-AAA--TTAG
* *** ** * * *
574385 TAATGA-TTTAAAACAAATAATTATTCAAATAGGAATAGGTTCAATAAGC-TTTCGAATAAACTT
105 T-ATTATTTTATTTCAAATAA-GCTT---GTATGAAT--G---AA-AA-CAATT-G--T----TT
* * * **** * * * *
574448 GTATGATAAAA-AACAATTGTGAT-ATGACCAAACAAAAGGTAATAGCGATTTTAAATAGATTAT
151 -TATGACAAAACAA-AA-AGTCATAATGATTTGA-AATAGATAAT--TG--TTCAAATAG----T
* ** ** *
574511 TATTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTAAC
204 TA-T--AA----C-----TATTTGAACTTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
*
574575 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATAAACT
256 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * **
574639 -GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTG-
317 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA
* * ** * * * * *
574683 GATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTA-TTGAATTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * *** *
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66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * *
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131 ATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
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194 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTT
* * * * * * *
574939 ATTAATTTTTTTAAGTTTTAAT-AATTTGGATCATTTTATTTTG-AATAAACTTGTAAG-ATATG
258 ATTAA-TTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * ** *
575001 AAACAAATATTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCAAAACCATTGGA
319 AAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ** * *
575044 AATAGATAATTATTCTAATAG-CTTTAGCTATTT-AATCTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
* * * **
575107 AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTTGGCATTATTTT-TAACCAAATAAGC
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGC
* * * * * * *
575166 TTATATG-ATCAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCTTAATGATTTGAGATTGATAA
127 TTGTATGAAT-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
** * * * * * * *
575229 TTGTTTGAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTTTTTTTTAAATCTCTTAG
191 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
** *
575294 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGACCAA
256 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
575358 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCTTAATGATTTGA
319 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * * * * ** *
575401 AATAGATAATAATTCCAATGGGCATAATTATTTTAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * **
575465 AAT-TATTACTTATTAA-TTTAAGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCATCTAAGCTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * * *
575528 GTATTAATTG-AAATAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATT
129 GTATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** * *
575592 GTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAATCCCTTT-CT
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACT
* * *
575656 TATTAATTTTTGAATGTTAAT-AATTAGTATTAATTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATTGAA
257 TATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
575719 ACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAAGTTAAAATGATTTGA
321 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
575760 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTAAACTATTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * **
575825 ATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTAA
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* ** * * * * * ***
575889 TA-CAAACAAAATAATTGTCTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGAAAATCAC
130 TATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * * **
575953 TCATATAGTCT-TAGCTATTTGAACTAGTTAG-GCAATTAGCTTTATTTTTT-AATTTTCTTGGT
195 TCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT
* * * * ** * *
576015 TATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTATTATCATTTTATTTTG-AATAAAATAGTATGAACAGA
257 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
576079 ACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGA
320 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
576121 AATAGATAATTAG-TCAAATAGTCAAAACTATATGAAATGGTTT-GTAAACAGATTTACTTTTTA
1 AATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
576184 AATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AACTATGACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACT
65 AATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * * *
576247 TATATTAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TAATAACGATTTGGATTAAATAATT
128 TGTATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
576311 GTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAA-TAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACT
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
576375 TATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTAT---T-GA
257 TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
** * * ** *
576435 AATGACTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTAA
320 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * ** * *
576477 AATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGCTTGAACTGGTTTGGTAAATGA-ATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-CATATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
576541 AATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTG
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* ** * * * ** * * * ** *
576606 CACAAAT-AGAAACAATT-ATTTATGATAGAACCCAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTA
130 TATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
576669 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAATTTTTAAATC-TCT--TTA
194 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** * * *
576731 TTAATTCTTGAAATATTAGCAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAA
259 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* *
576795 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA
322 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * ***
576835 AAAAAATAGTTGTTCGAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCAATAAAC-TGATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTT
* * * * * ** *
576898 AAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAACTAGTATTATCTT-TTTGGAA-AAGTTT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * *
576961 TTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAAGGATTTTAAAAATATAAT
129 GTATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** *
577025 TGTTCAAATTA-TCATAAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTTCAAATCTCTT
192 TGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTT-ATTTTTT-AAATCTTTT
* * * *** *
577089 ACTTATAAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAGCTTGAATGAACT
254 ACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T
* ** ** *
577154 -GAAACAATTATTATATGAGTAAACAGTAGGTCAGAATGATTTGA
317 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** * * ** * *
577198 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * ** * *
577263 AT-TATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTATATGATAGGA-AAAAATTGTTTTATA
66 ATCT-TTTACTTA-T-TAATTTTTA---AAAT-A--TTA-AT-A-A--ATTAGTATTATTTTATT
* * * * **** * * **** *
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117 TC-AAA-TAAGCTTGTATGAATGAAAACA-ATTG-TTTTATG-ACAAA-A-CAAAAAGTCA--T-
* * * * * * * * *
577386 AATTGGTTTAGAAA-ACA-ACTTTAGTTTACAAATCCGTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATT-A
172 AA-TGATTT-GAAATAGATA-ATT-G-TT-CAAAT-AGTTA--TA--ACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * ** ** *
577447 ATAAAGTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAATTTTTTA-TGAATTGAAATAATTGTTTTATGACA-
226 ATAAACT-G-A-T-TTAT-TTTT---TAAATCTTTTACT-TATT--AATTTTTG-AATATTA-AT
** * * *** ** * * ** *
577510 AAACAAAATGTTATAACGACTTT-AAATAGATAATTGT-TCAA-ACAGTCAAATCTATTTGAACT
278 AAA-TTAGTATTAT-TTTA-TTTGAAATA-A-GCTTGTATGAATAGAAAC-AAT-TATTT-TA--
* * *** ** * *
577572 TGTTCGATAAATAATTTTATTTTTTTAAATCACTTGCTA
333 TG-AC-A-AAACAA----AAGGTCAT-AATGATTTG--A
* * * * * * *
577611 ATTA-ATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGT-ATTAATTTATTCTGAA-TAAGCTTGCATGAAC-T
1 AATAGA-----TAATTGTT--CAAA-TAGTCA-TAA-CTATT-TGAACT-AGTTTG-GTAAACAT
** * * * * * ** *** * * *
577672 GAAATAATTGTT---T-TATGACTAAAGAAAAGGTTAGAATGGTT--TGAAA-TAGATAATTGTT
53 -ATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTAAAAT-ATTAAT-AAATTAG-T-ATTATT
* * * * * * ** * * * *** ** **
577730 CTAATAGTCTTAATCA-TTTGAACTGGTTCGGCAAACATATATTTTTTA-AATCTCTTATTAATT
112 -TTAT-TTC-AAATAAGCTTGTA-TGAAT--GAAAACA-AT-TGTTTTATGA-C-AAAACAAAAA
* * * * * * * ****
577793 TTTAGAAT-ACTATT-AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGTTTGTATGC-AAACAAACAAT
167 GTCATAATGA-T-TTGAAA-TAG-A-TA-ATT-GTTCAAAT-AG-TTATA-ACTATTTGAAC--T
* ** ** ** * * * * ** * *
577855 TGTTTTATGATAAA---ATAAAGATCAT-AATAATTTGAGATGGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT
220 TG--TT-CGATAAACTGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTA-CT-TATTAATT-TTTGAATATTAAT
* * * * * * ** * ** *
577915 AACTAAGTGAATTGTTTTA-GT-AAA-CAGATTTGGT-T-TTTA-AATCTCTTATTAATT-T-TC
278 AAATTAGT--ATTATTTTATTTGAAATAAG-CTT-GTATGAATAGAAACAATTATT--TTATGAC
* * * **
577972 AAAATATTAATAGATCAATATTAT-TTTTTT
337 AAAACA--AA-AGGTC-ATA--ATGATTTGA
** * * ** * **
578002 CTTA-ATAATT-TTGCATGAACAG--A-AAC-AATTG--CT--TTATGACAAAACA-A--AAGAT
1 AATAGATAATTGTT-CA--AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TG-GTAAACATATTTATTT
** * * ** * ** * * ** *
578054 CATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTT-AAAT-GGACAT-GATTA-TATGAACTT-GTTCGGT
61 TTTAA-ATCTTTTACTTA-TTAATT-TTTAAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTC---
* *** * * ** * * * ** *
578113 AAAT-AGATT-TATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGT-AT
119 AAATAAGCTTGTATGAATGAAAACAATTG----TT--TTATGACAA-AACAA-AAAGTCA-TAAT
* * * * *
578174 TATTT-TATTATGAATAAACTTGTAT-GAATAG--A-AAC-AATTG---TT-TTACGATGAAACA
175 GATTTGAAATA-G-AT-AA-TTGT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTT-CGAT-AAAC-
* ** * * **
578229 AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCA-TAACCATTTGAACTTACTCGA
232 --TGAT--T---TATTT--TTTAAAT-CTT-TT---AC--TTATTAA-TTTTTGAA--TA-T---
* * * * * ** * * *
578293 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTG--TTAATTTTTGGAAT-ATTATTAAACTAGTAT
274 T-AATAAA-TTA-GTATT--A--TTTTATTTGAAATAA-GCTT-GTATGAATA-GAAAC-A--AT
**** * * * ** * *
578355 TATTTTAT--TTTGA-ATATGCTTGT-ATGAATAGA
326 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * *
578387 AACA-ATTGGCTTATAACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 AATAGA-T-AATTGT-TC-AAAT---AG-TCATAACTATTTGAACTAG-T--TTGGT---A-AA-
* ** * * *
578451 CATAATTATTTTAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTGAATTTTTAGTTTTTTTTTAATAT
50 CATATTTA-TTT----T-TT----AAAT-CTTTTACTTATT-AATTTTTA---------AAATAT
* * *
578516 TAATAAATTTA-TGTTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATCA
94 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
578578 CAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATCTGAACTT
156 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
578643 GTTTTTG-TAAA-TAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAACT
221 G--TTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAT
* * * * * * ** * *
578706 TAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAATGGATACAATTGCTTTATAATAAAACAAAAG
282 TAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * **
578771 GTAATAATAATTCAA
347 GTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
578786 AATAGAAAATTATTCAAATAGTTATGACTACTTGTACTTGTTTGGTAAACATGTTTATTTTTAAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * *
578851 ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTG
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
** * * *
578915 TATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAGTCGTAA-GAATTTGAAATAAATAATT
130 TATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
578979 GATCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTATTCAATAAA-TAGATTTATATTTTAAATCTATTACT
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * ** *
579043 TAATAATTGTTTGAATATTGATAAATTTGCCTTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
257 TATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
579108 A-ATATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTAA
321 ACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *** * * * *
579149 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTCA-ATTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * *
579213 AT-ATCTACCTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATGTT-CTTCTAAATAAGCTT
66 ATCTTTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
** * * * * *
579276 GTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTA
129 GTATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * * * *** * * * *
579341 TTCAAACTA-TCATAATTACCTGCATTTGTTAGGCCAACAGATTCATTTTTGAAATAC-ATTACT
194 TTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACT
* * * * * * *
579404 TATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCG-AATAAGAC-TGTATTAGTAA
257 TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAG-CTTGTATGAATAG
* * ** *
579467 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGGAATAAAGATTTGA
319 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
579510 AATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAATTAATTGAACTAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * *
579575 A---TTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTA-TATCATATTATTTTAAATAAACTTA
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * ** * ** * *
579635 AAGGAA--AAAA-AATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTA
130 TATGAATGAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * ** *
579697 TTCATATAGCCT-TAACTATTTGAAATGGTTTGACAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTTGAAGT
194 TTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
579760 TATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATTAACAT
257 TATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** *
579823 AAATAATTA-TTTATGACAAAACAAAAATTCATAACGATTTGA
319 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
579865 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAA-TTGATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTT
*** ** * * *
579928 AAATCTCGAACTT-TTCAAAATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGC-AA-AAG
64 AAATCTTTTACTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT-CAAATAAG
* * * * * * * *
579990 CTTTTTTGAATTG-AGACAATTTTTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
126 CTTGTATGAA-TGAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
580054 AATTCTTCAAATAGACT-TGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAAAT-T
189 AATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * ** *
580116 TCTTGCTTATTAATATTTTCAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTTATTTCAGTTAAGCATGTA
251 T-TTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
* * **
580180 TGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGA
312 TGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * * * * * *
580230 AATAGATAATTGTTCTGATAATCTTAA-TATTTAAACTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * * *
580294 ATC----ATTTATT-AGTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * *** * *
580354 ATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAGCAATTTGACATAGATAATTAT
131 ATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** * * *
580417 TCAAATAATCATAACTATTCGAACTAATTTGGTAAACAT-ATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTA
195 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** *
580477 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAATAAAAA
259 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
580541 TAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTTATAATGGTTTAA
322 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
580581 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTCT-TTTTGT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACATATT-TATTTTTT
* ** * ** *
580644 -AA----TT-CTT-TT-A---CT----CGTTAATAAATTAGTAGTATTTTACATCAAATAACCTT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-T
* * * * * * *
580694 TATATGAACTG-AAACAATTGTTTTAAT-ACAAAAGAAAAGGTCAAAATAATTTGAAAAAGGTAA
128 TGTATGAA-TGAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
** * * * *
580757 TTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTCAATAAACAT-ATTTATTTTTTAAA-CTTTTA
191 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
580820 CTTATTAATTGTGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATATGCTTGTATGACA-A
255 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * * * **
580884 -AAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGA
318 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
580928 AATAAATAATTGCTCAAATAGT-ATAACTATTTGAATTAGTTTTGATATACAGATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
* *** * * * * *
580992 AATC---T-CTTCTTAATTTTTGGCATGTTAGTATATTAGTATTATTTTA-TTCTAAACAAACTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * ** * ** *
581052 ATATGAA-GAAAAACATTTTTTTTACAATAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
129 GTATGAATG-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * ** * * * ** ** * *
581116 ATTCATATACCCT-TAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
193 GTTCAAATA-GTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
581180 TATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTCA-TATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACA
257 TATTAATTTT--TGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
** * * *
581242 TCAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
318 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
581286 AATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
581351 ATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATA-TAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * **
581414 TA-CAATGAAAAACAATTGTTTAATGAC-AAA-AAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
130 TATGAATG-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * ***
581476 GTTCAAATGGCCATAATTATTTGTAA--TGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCAAAC
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AACTTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * *
581539 TTCTTAAGTTATGAAATATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-CATAAGCTTTTATGAACTA
256 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * *
581603 -AAACAATTGTTTTATTATAAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTA
318 GAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
581647 AATAGATAATTGTTCAAATAGACTTGACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * ** * * *** * *
581712 A-ATTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAGAGAA-TAGTATTATTTTATTTTTGATAACCATG
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * *
581775 TATGAACTG-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACGAATTGAAATAGATACTTG
130 TATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * *
581839 TTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAA-TTGGTT-GCA-AATAC--ATTTATTTTTAAAATCTCTTA
194 TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTT-GTTCG-ATAA-ACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * *
581898 CTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTACTCTG-AGTAAGCTTGTATGAACA
255 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
581961 CAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCACAAAGATTTGA
318 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *** * **
582004 GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTAGCCCGGTAAACAGATTTAGCTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * **
582069 ATC---T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTG
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * * ** * *
582129 TATAAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATTGTCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTG
130 TATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
582193 TTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTCG-TCAGGTAAA-TGGATTTGTTTTTTAAATCTTTTACT
194 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
582256 TATTAATATTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TT-CAA-AAGTTTGCATTAATAGA
257 TATTAAT-TTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
582317 ACCGATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATTATGTTTTGA
320 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** *
582358 AATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCGACAAACAAATTCT-TTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GGTAAACATATT-TATTTTTT
* * * ** * **
582421 -ATTCTCTTACTCATTAAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTACATCAAATAAGCT
64 AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * *
582485 TATATGAACTG-AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGATAAC
128 TGTATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
*** * * * * * * *
582549 AACTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGTTTGGTAAGCAT-ATTTATTTTTCAAATCTTTTCC
192 TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * ** *
582613 TTATTAATTATTAAACTTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATA-CTATTGTATGAAC
256 TTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATA-AGC--TTGTATGAAT
* * * * * * * * *
582677 AAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAATGTAATAACGATTTGA
317 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * **
582722 AATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAATAAACATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * *
582787 ATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTAT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
** ** * * * * *
582848 ATGAACAAAAACTTTTGTTTTATGATAAAACAGAAGGTCGTAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
131 ATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
582913 CAAATAGTCATAATTATTT-CATTTGATTAGGTAAA-TAACATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
196 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACTGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *** * *
582976 TTACTTTTTGAAATATTAATATAATCA-TTTTATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAA
259 TTAATTTTTG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGA
* * * *
583040 AAAAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
320 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** *
583082 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * **
583147 ATCTCTT-CGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
66 ATCTTTTAC-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
583211 TATGAAT-AGAAATAATT-TTTT-T-ATAGAAC-AAAAGCTTATGATGATTTGATACA-AT-ATT
130 TATGAATGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
583269 GTTCAAATAATCA-AACTATTTTAA-TTGGTTTGGTAAA-TGGATTTATTTTTTAAAGC---T-C
193 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* *
583327 TTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG-ATAA
256 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * *
583390 AAAACAATTGTTATATGACCAAACCAAAA-GTAATAATGATTTGA
318 GAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
583434 TATAGATAATTGTTGAAATAGTAATAATTATTTGATATTTGAACTAATTTGGTAAAC-TGATTCA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A--A----CTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAT-ATTTA
* * * * **
583498 CTTTTTAAAT-TTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
58 TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * ** *
583562 TAAGCTTATATGAACTG-TAATAATTGTTTTATAACAGAGCAAAATGTCATAACAATTTTAAATA
122 TAAGCTTGTATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** * **
583626 GACAATTACTT-TAATAG-TAGTAACTATTTGATTTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA
186 GATAATT-GTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTA-TTTTTTAAA
** * * * * * *
583689 -CTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAAATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTA
248 TCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
* * * * *
583753 TGAACTA-CAACTATTGTTCTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTTA
312 TGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* * * * * * *
583803 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTA-TTTTGTTAACAAATTTATTTTTTC
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-
* * ** * * * * * *
583867 AAATTTTTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTGTATTCCAAATAGGCTT
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* * * * * *
583932 GTAAGATATG-AAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGAAAAT
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* * * * * ** ** *
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192 TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * * *** * * *
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257 TATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * * **
584122 AAACAATTGTTTTATGAC--AACATATGGTTATAACAATTTGA
319 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
584163 AATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGAG-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * *** ** *
584227 AATTTTTTATTTAATAATTTGGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
584292 AATG-ATCAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCGTAACGGTTTGAAATAAATAATTA
130 TATGAAT-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
** * ** * * * * ** * *
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194 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT
* * * * * * *
584420 TATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGCATTATTTTCTTTCTG-TATGAGCTTGTATTAACTA
257 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* *
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* * * * * * * *
584527 AAAAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-A
* ** * * * * *
584592 AATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTACTAATTTATTCCAAATAAGCTTG
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
584657 TATGAACTG-AAACAATTATCTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATT-
130 TATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * * * ** *
584720 TTCTAATTGTCT-TAA-TCAGATGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
194 TTCAAATAGT-TATAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * **
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* *
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* * * * ** ** *
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1 AATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
* ** * * * ** **
584949 -AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAAT
64 AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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192 TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
585141 TAATTAATTTTCTAAATAGTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCGAACA-AA-CTTATATGAACA
256 TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
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* * * * * * * * ****
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* * * * * * *
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* * *
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585427 ACCAAACCAA
Statistics
Matches: 14767, Mismatches: 3744, Indels: 2594
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ATGAATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
Found at i:570703 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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570672 TCATAGCAAT
*
570682 TTTAAATAG-ATAATTG
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TTTAAATAGCATAATTA
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Alignment explanation
Indices: 574434--577264 Score: 1978
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574424 TTCAATAAGC
* * ** * * *
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1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
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* *
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* * * ** * *
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1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGA-TT
* * ** * * * * *
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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1 TTTCGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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128 TT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
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1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * *
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64 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAACAGATTTATTT
* *
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127 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
** * * * * *
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1 T-TTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTT
* * ** ** *
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65 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
*
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* * * *
575334 TTTCGAATAAGCTTGTATGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCTTAATGATTT
1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTT
** * * * * * * * *
575399 GAAATAGATAATAATTCCAATGGGCATAATTATTTTAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTT
65 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* ** *
575463 TAAAT-TATTACTTATTAATTTAAGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
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* * * ** * * *
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1 TTTCGA-ATAAGCTTGTA-TGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGAT
* * * * ** *
575577 TTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTA-TTCAATAAACAAATTTATTT
63 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
575641 TTTTAATCCCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAAT-AATTAGTATTAATTTA
127 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * *
575693 -TTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAAGTTAAAATGAT
1 TTTC-GAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
575756 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTAAACTATTTTGGTAAACAAATTTATTTT
63 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTT
* * *
575821 TTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA
128 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** ** * * * * * *
575874 -ATCAAAATAAGCTAATACAAAC-AAAATAATTGTCTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAATGATT
1 TTTC-GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATT
* * *** * * * * * ** *
575937 TTAAATAGAAAATCACTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTTAGGCAATTAGCTTTATTTTT
64 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* * ** * * * *
576002 TAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTATTATCATTTTA
129 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * * * * *
576054 TTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTT
1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
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65 GAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
576182 TAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AACTATGACTAAATTAGTATTATTTTA
129 TAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ** *
576234 TTTCAAACAAACTTATATTAAT-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATAATAACGATTT
1 TTTCGAATAAGCTTGTA-TGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * * * * * *
576298 GGATTAAATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCT
65 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * *
576363 AAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA
130 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * *
576414 TTTTGAATAAGCTTGTATTGA--AATGAC---TATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATT
1 TTTCGAATAAGCTTGTA-TGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACGATT
* * * * * ** * * *
576474 TAAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGCTTGAACTGGTTTGGTAAA-TGAATTTATTTT
64 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTT
* * *
576538 TTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA
128 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * * * * * * * *
576591 TTCCGAATAAGTTTGCACAAAT-AGAAACAATT-ATTTATGATAGAACCCAAGGTTATGACAATT
1 TTTCGAATAAGCTTGTA-TGATCAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAGGTCATAACGATT
* * * *
576654 TGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAATTTT
64 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* **
576719 TAAATCTC-T--TTATTAATTCTTGAAATATTAGCAAATTAGTATTATTTTA
129 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
576768 TTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT
1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * ** *
576833 GAAAAAAATAGTTGTTCGAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCAATAAACTGATTTATTTTT
65 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* ** * *
576897 TAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAACTAGTATTATCTT-
129 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
576948 TTTGGAA-AAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAAGGATT
1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
577012 TTAAAAATATAATTGTTCAAATTA-TCATAAATATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTT
64 TGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTT-ATTT
* * *
577076 TTTCAAATCTCTTACTTATAAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
127 TTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * * ** * * *
577131 TTCCTAATAAGCTTGAATGAACTGAAACAATTATTATATGAGTAAACAGTAGGTCAGAATGATTT
1 TTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCATAACGATTT
* * ** * * * * *
577196 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTT
65 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
577261 AAAT
130 AAAT
577265 TATTAAATTA
Statistics
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AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
Found at i:578230 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 45.5 Consensus size: 180
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* ** * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATG
* * * * * **
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* * * * **
577389 TGGTTTAGAAAACA-ACTTTAGTTTACAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT-GAAAT
129 T-GTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTC-TT-CTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * ** * * *
577443 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAATTTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
577508 CAAAACAAAATGTTATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA-AATCTATTTGAAC
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC
* * * *
577571 TTGTTCGATAAATA-ATTTTATTTTTTTAAATCACTTGCTAATTAATTTTTTA-AAT
128 TTGTTTGGTAAATAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTAGAAT
* * * *
577626 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
577690 CTAAAGAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * * * *
577754 GGTTCGG-CAA-ACATATATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTAGAAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * *
577801 ACTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGTTTGTATGCAA-ACAAACAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * **
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64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
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129 TG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * ** * * *
577977 ATTAATAGATCAATATTATTTTTTTCTTAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGCTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
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66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* *
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* * * *
578158 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
578223 GAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACCATTTGAACTTA
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
578288 CTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTTTGGAAT
131 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * ** *
578339 ATTATTAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGCTTATAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
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66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * **
578469 TTCAGAAAATAGATTTATTTTTTGAA--T-TT-TTAGTT--TTTTTTTAAT
131 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTA-TTAATTTTTAGAAT
* * *
578514 ATTAATAAATTTA-TGTTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATC
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
578577 ACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATCTGAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
578642 TGTTTTTGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAAT
129 TG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * * * * *
578696 ACTAATAACTTAGTTTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATAAATGGATACAATTGCTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** ** * * * * * *
578760 TAAAACAAAAGGTAATAATAATTCAAAATAGAAAATTATTCAAATAGTTATGACTACTTGTACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
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130 GTTTGGTAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * *
578877 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
578942 CAGAACAAAAAGTCGTAA-GAATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTAGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** * * *
579006 TATTCAATAAATAGATTTATATTTTAAATCTATTACTTAATAATTGTTT-GAAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATT-TTTAGAAT
* * ** * *
579059 ATTGATAAATTTGCCTTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATATTATTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATG
* * ** *
579122 ACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** * * * * * *
579187 TGTTCAATAAATAGATTCA-ATTTTAAATATCTACCTTAATAATTTTTGGAAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * * * *
579239 TTTAATAAATTAGAATTATGTTCTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * ** * *
579304 AAAACAAAAAGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACTA-TCATAATTACCTGCATTT
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * * * *
579368 GTTAGGCCAACAGATTCATTTTTGAAATACAT-TACTTATCAATTTTTAAAAT
130 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-C-TCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * *
579420 ATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TCGAATAAGAC-TGTATTAGTAAAAACAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * * * *
579483 ACAAAACAAATGGGAATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAATTAATTGAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
579548 AGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--T-TTCTTATTAATTTTCAAAAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * ** * **
579597 ATTAATAAATTTA-TATCATATTATTTTAAATAAACTTAAAGGAA-A-AAA-AATTTGTTTTACA
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATG
* * * * * * *
579658 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAAT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * ** * *
579723 GGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TGAAGTTATTAATTTTCATAAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT--TCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * * *
579776 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAACATAAATAATT-ATTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * *
579840 AAAACAAAAATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTG
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** **
579904 ATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCGAACTT-TTCAAAATTT-GAAAT
131 -TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTCTTATT-AATTTTTAG-AAT
* * * * * * * * *
579956 ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCAA-AAGCTTTTTTGAATTGAGACAATTTTTTTTATT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATG
* * * * * * * *
580020 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTCTTCAAATAGACTTGACTATTTGAATT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
580085 TGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATATTTT-CAAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAAT-TTTTAGAAT
* * * * *
580139 GTTAATAGAA-TAGTATTATTTTTATT-TCAGTTAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTA
1 ATTAATA-AATTAGTATTA-TTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * *
580201 TGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAATCTTAA-TATTTAAA
62 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
580265 CTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAA--TCAT-TTATT-AGTTTTAAAAT
127 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* ** * * * * *
580315 ATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * **
580380 AAAAC-AAAGATTATAGCAATTTGACATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTCGAACTAA
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
580444 TTTGGTAAACATATTTAGTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTAAAAT
131 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* ** * * *
580491 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
580556 AAAACAAAATGTTATAATGGTTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
580621 TTCGATAAATAGATTCT-TTTTGT-AA----TTCTT-TT-A---CTCG---
131 TTTGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * ***
580658 -TTAATAAATTAGTAGTATTTTACATC-AAATAACCTTTATATGAACTGAA-A-CAATTGTT-TT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGC----T-TGTA-TGAATAGAAACAATTGTT
* * * * ** * * ** *
580718 AATA-C--AAAAGAAAAGGTCAAAATAATTTGAAAAAGGTAATTACTCAAATAGTCATGACTATT
59 -TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *** * * * * *
580780 TGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAA-TTGTGGAAAT
123 TGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAG-AAT
* ** * * *
580838 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATATGCTTGTATGACA-A-AAACTATTGTTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
580901 CAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT-ATAACTATTTGAA-T
65 CAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
580964 TAGTTTTGATATACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTC---TTAATTTTTGGCAT
129 T-G-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * * * * * * ** *
581015 GTTAGTATATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAGAAAAACATTTTTTTTACAAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** * * *
581080 AAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATACCCTTAATTATTTGAACTGG
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
581145 TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAAT
131 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * ** *
581196 ATTATTAGATTCA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATCAATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
581260 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
581324 GGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-GAA-
130 -GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * *
581375 ATATAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTTTA-CAATGAAAAACAATTGTTTAATG
1 AT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
581439 ACAAAA-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGTAA-
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAC
* * ** * * *
581502 -TGATTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTCTTAAGTTAT-GAAAT
128 TTG-TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTCTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * * *
581556 ATGAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
581620 TAAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTTGACTATTTGAATT
65 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
581685 TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTTTTTGAAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * *
581737 GTTAAGAGAA-TAGTATTATTTTATTTTTG-ATAACCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTTAT
1 ATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
581799 AACTAAACAAAAGGTCAAAACGAATTGAAATAGATACTTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-
63 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
581863 TTGGTT-GCAAATACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAT
128 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* ** * * * *
581915 ATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTACTCTGAGTAAGCTTGTATGAACACAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
581979 CAAAAC-AAAGATCACAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTA
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*** * ** *
582043 GCCCGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAA--TC-TCTTACTAATTTTT-GAAAT
130 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAG-AAT
** * * *
582091 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * *
582156 AAAACAAATTGTCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTCG
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * * * *
582221 TCAGGTAAATGGATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTGGAAT
131 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * *
582272 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC--AA-AAGTTTGCATTAATAGAACCGATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
582333 C-AAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
582397 -TTTCGACAAACAAATTCT-TTTTTT-ATTCTCTTACTCATTAAGTTTTTGGAAT
130 GTTT-GGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTAGAAT
* * * * *
582449 ATTAATAAATTAGCATTATTTTACATC-AAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * **** * * *
582512 ACAAAAGAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGATAACAACTCAAATAGTTATTACTATTTAAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * *
582577 TGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTATTA-AACT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAA-T
* * * ** * * *
582630 TTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATA-CTATTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AGC--TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
582694 AATAGAACAAAATGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
63 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * *
582759 TAT-TTTAATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTT-GAAAT
128 T-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * * * * **
582809 ATTAGTAGATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACTTTTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
582873 TAAAACAGAAGGTCGTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-CATTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
582937 GATTAGGTAAATA-ACATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTACTTTTT-GAAAT
130 G-TTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * *
582990 ATTAATATAATCA-TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAAATGTTTTA
1 ATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAATTGTTTTA
* * * *
583053 TGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA
62 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * *
583118 CTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCGTTATTAATTTTT-GAAAT
127 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTC-TTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * *
583173 ATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT-TTTT-T-AT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
583235 AGAACAAAAGCTTATGATGATTTGATACA-AT-ATTGTTCAAATAATCA-AACTATTTTAA-TTG
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * *
583296 GTTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAA--GC-TCTTATTAATTTTTAAAAG
130 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* *
583344 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
583407 ACCAAACCAAAA-GTAATAATGATTTGATATAGATAATTGTTGAAATAGTAATAATTATTTGATA
64 A-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-A
* * * * *
583471 TTTGAACTAATTTGGTAAACT-GATTCACTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTT-GAAAT
127 CTTG------TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * *
583532 ATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GTAATAATTGTTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * **
583596 CAGAGCAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTACTT-TAATAGT-AGTAACTATTTGATT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * * *
583659 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAATTTTT-GAAAT
128 TTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TTCTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * * *
583713 ATTAAGAAAATAGTATTATTTTATT-TTAGATAAGCTTTTATGAACTA-CAACTATTGTTCTAT-
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
583775 AGCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT
64 A-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
583840 TTATTTTGTTAACAAATTTATTTTTTCAAATTTTTTACTTACTAATTTTTTGAAT
128 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * ** * * * *
583895 GTTAATAAATTTGGATTATTGTATTCCAAATAGGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** *
583959 CTAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAA-TT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
584023 GTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAC
130 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * ** * * *
584075 ATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTGTG-ATCATAAACAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
584138 AC--AACATATGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-T
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * **
584200 TGAGTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAT-T-TT-TTATTTAATAATTTGGGAAAT
129 TG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTA-TTAAT--TTTTAG-AAT
* ** * * *
584254 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAAATG-ATCAAAAACAATTATTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *** * * * *
584318 CAAAACAAAAGGTCGTAACGGTTTGAAATAAATAATTACACAAATGGCCATAATTATTTTAAC-T
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
584382 GCTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTTATTAA-TTTTAGAAAT
130 G-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * * *
584436 ATTAATAAATTTGCATTATTTTCTTTCTGTATGAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTATTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
584500 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAAAAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
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129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-TCTTCTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * ** * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * **
584683 CTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAATTGTCTTAA-TCAGATGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * *
584746 GGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AAT
129 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTAGAAT
* * * ** *
584799 ATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTA-GAA-CCAAA-AATTGTTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
584860 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATTGAT-ATTCATTCATATAGT-ATTAACTATTTGAAC
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * ** * * * * *
584923 TAGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-GAAAT
128 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAG-AAT
* * ** * * * * *
584977 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAACAGAACCAATTATTTGATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
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66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
585106 ATTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTA-AAT
131 -TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTT-TAGAAT
* * * * * *
585158 AGTAATAAATTAGTAATATTTTATT-TCGAACAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * *
585222 TAAAATAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TT
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* * **** * * *
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130 -GTTTGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * *
585339 ATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TCACATAAACTTGTATGAGCT-GAAATAATTATTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
585402 ACAAAAAAAAATGTCATAATGATTT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
585427 ACCAAACCAA
Statistics
Matches: 6236, Mismatches: 1423, Indels: 649
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 28 0.00
167 72 0.01
168 2 0.00
169 2 0.00
170 12 0.00
171 66 0.01
172 12 0.00
173 7 0.00
174 113 0.02
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177 647 0.10
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189 4 0.00
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
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* * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * *
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* * * * * ** **
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* * ** * ** * *
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* * ** * ** *
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* ** * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * **
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* * * * * * **
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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*** * * * * * *
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** * *
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* * * *** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** ** * * * * *
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* * * **
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* * * * ** * * ** *
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** * * * * * * ** *
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254 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTGGTAAAC
* * * * * *
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**** * * * * *
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* * * * * * * ***
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** **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** *
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188 TTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAA
* ** ** * * * * * *
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* * * * * ** * *
580277 ATACATTTATTTTTTAAA--TC--ATTTATT-AGTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTT
316 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
580337 ACT-CCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAGCAATT
381 A-TACCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAACA-AAAGGTTATAACAATT
* * * * ** * * *
580401 TGACATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTCGAACTAATTTGGTAAACATATTTAGTTTT
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*
580466 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAT
508 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * **
580491 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTACG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACT-AAAACAATTGTTTTATA
* * * * * *
580554 ACAAAACAAAATGTTATAA-TGGTTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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* * * * * * *
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128 TTATTTGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * * *
580670 TAGTATTTTACATCAAATAACCTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTAAT-ACAAAAGAAAAGG
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* * * * ** * * ***
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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**
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* * * * * * * * ** * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
581528 AAATCTCAAACTTCTTAAGTTATGAAAT
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * **
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** * * * * * *
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* * * ** * **
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* * * *
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* ** * * *
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** ** *** * *
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* * * * * *
582284 A-TATTATTTTA-TTC-AA-AAGTTTGCATTAA-TAGAACCGATTGTTTTATGAC-AAACAAAAG
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* * * * **
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* * * * *
582407 CAAATTCT-TTTTTT-ATTCTCTTACTCATTAAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTT
317 CACATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * **
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380 TATACCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGGTTATAACAA
**** * * * * * * *
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442 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCGGTAAACAAATTTATTT
* * * *
582599 TTCAAATCTTTTCCTTATTAATTATT-AAACT
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* * * *** * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
582758 CTATTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTA
128 TTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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65 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
** *** ** * *
583294 TGGTTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAA-GCT-CTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAG
128 TTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* * * * *
583357 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACCAAAA-G
192 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGG
* * * * *
583420 TAATAATGATTTGATATAGATAATTGTTGAAATAGTAATAATTATTTGATATTTGAACTAATTTG
255 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-A-TTG------TTTG
** * * * * *
583485 GTAAACTGATTCACTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTA
312 GTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
**** * * * * * *
583550 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC-TGTAATAATTGTTTTATAACAGAGCAAAATGTCATAA
377 TTTTATACCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACA-A-CAAAAGGTTATAA
* * * * ** *
583614 CAATTTTAAATAGACAATTACTT-TAATAGT-AGTAACTATTTGATTTTGTTCGGTAAACAAATT
439 CAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGA-ACTGGTCGGTAAACAAATT
* *
583677 TATTTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAATTTTTGAAAT
501 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAA
* * *
583777 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
* * * * *
583842 ATTTTGTTAACAAATTTATTTTTTCAAATTTTTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTT
130 ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA--TTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
583907 GGATTATTGTATTCCAAATAGGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGA
191 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGG
* * * * ** * *
583971 TCATAAAGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAATTGTTTGGCAAACAC
255 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACAC
** * *
584036 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAACATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAA
320 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-A
* * * * *
584100 CCAAATAAGCTTCTGTGATCATAAACAATTGTTTTATGACAACATATGGTTATAACAATTTGAAA
384 CCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
584165 TAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGAGTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAT
449 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * **
584230 TTTTTATTTAATAATTTGGGAAAT
513 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
** * * *
584254 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAAATGATCAAAAACAATTATTTTATAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAAC
* ** *** * * * * * **
584319 AAAACAAAAGGTCGTAACGGTTTGAAATAAATAATTACACAAATGGCCATAATTATTTTAACTGC
66 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA
* * *
584384 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTG
131 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-T-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * ** * * * *
584449 CATTATTTTCTTTCTGTATGAGCTTGTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
192 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
584514 CATAATGATTTAAAAAAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG
256 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAC
* * * * * *
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* * * * *
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383 ACCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * ** *
584707 GAAATAGATAATT-TTCTAATTGTCTTAA-TCAGATGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT
445 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGG-TCGGTAAACAAATTTATTTTT
*
584770 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAAT
508 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * ** * *
584799 ATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTA-GAAC-CAAA-AATTGTTTTATAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAAC
** * * *
584861 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATTGAT-ATTCATTCATATAGT-ATTAACTATTTGAA-C
66 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAATT
* * * * * ** * *
584923 TAGTTCG-ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAAT
129 TATTTGGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAA-ATT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
** ** * *
584987 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAAC-AGAACCAATTATTTGATGA-TAAAACAAA
189 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACT-AAACAAA
* * * * * * * * *
585050 ATGTTAAAATGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCAAAACTATTCGAAATGATTTGGTAA
252 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAA
* * * * *
585115 ACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATAGTAATAAATTAGTAATATTT
316 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * * * *
585179 TATTTCGAACAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTAATAATAAT
380 TATACCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATG--ACAACAAAAGGTTATAACAAT
* * * * * *
585244 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGAATTT-TTA
443 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TCGGTAAACA-AATTTATTT
*** * * * *
585308 AAAAAATCTCTTCCTTATAAAATTTTGAAAA
506 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * *
585339 ATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTTCACATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAA
* *
585403 CAAAAAAAAATGTCATAA
65 CAAAACAAAAGGTCATAA
585421 TGATTTACCA
Statistics
Matches: 5952, Mismatches: 1347, Indels: 637
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
517 14 0.00
518 76 0.01
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TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACACATTTAT
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TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGAAAT
Found at i:585113 original size:359 final size:359
Alignment explanation
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* * * ** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * * **
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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193 TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTG
* * * ** * * * * * *
581504 ATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTCTTAAGTTATGAAATATGAATAAAGTAA
129 -TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *** * *
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* * * * * * *
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** * *
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318 AGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *** *
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** * *
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319 GATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* ** * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATA
** * * * * * *
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** *** * * * *
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* * * * *** *
582286 ATTATTTT-ATTC-AA-AAGTTTGCATTAATAGAACCGATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCA
194 ATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
582347 TTATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCGACAAACAAA
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* * *
582411 TTCT-TTTTTT-ATTCTCTTACTCATTAAGTTTTTGGAATA
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* ** ** * * * * *
582450 TTAATAAATTAGCATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATA
* * * * * ** * * * *
582515 AAAGAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGATAACAACTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGT
66 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGT
* * * * * * * *
582580 TTGGTAAGCATATTTATTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTATT-AAACTTTTAATAAATTAAT
130 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGT
* * * * *
582644 ATTATTTTAATCCAAATATA-CTATTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAATG
194 ATTATTTTAATTCAAATA-AGC--TTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
* * * * * *
582708 TAATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAATAAACA
255 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA
* *
582773 TATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATA
319 GATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * * * ** *
582810 TTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACTTTTGTTTTATGATA
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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583853 AAATTTATTTTTTCAAATTTT-TTACTTACTAATTTTTTG-AATG
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584089 ATTATTTTTAA-CCAAATAAGCTTCTGTGATCATAAACAATTGTTTTATGAC--AACATATGGTT
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584151 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGAG-TCGGTAAACAA
257 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACAG
* * **
584215 ATTTATTTTTTTAATTTT-TTATTTAATAATTTGGGAAATA
320 ATTTA-TTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
** * * * *
584255 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAAATGATCAAAAACAATTATTTTATAACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATA
* * * ** * * * * *
584320 AAACAAAAGGTCGTAACGGTTTGAAATAAATAATTACACAAATGGCCATAATTATTTTAACTGCT
66 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-T
* * * *
584385 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGC
130 TTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** ** * * * * * *
584450 ATTATTTTCTTTCTGTATGAGCTTGTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC
194 ATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
584515 ATAATGATTTAAAAAAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA
257 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGA
*
584580 TTTATTTTTTAAAATCTTT-TT-CTTATTAATTTTTTG-AATG
321 TTTATTTTTT--AAT-TTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATA
* * * *** * *
584620 TCAATAAATTAGTACTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATCTTATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-T
* * * * * ** *
584685 -AAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCTAATTGTCTTAA-TCAGATGAACTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TT
* * *
584747 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTG
128 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*
584812 TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTA-GAAC-CAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
193 TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * **
584875 TAACT-ATTTGAAATTGAT-ATTCATTCATATAGTATTAACTATTTGAACTAGTTCGACAATTAG
258 TAA-TGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTA-TAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAG
** *
584938 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATA
320 ATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* ** * *
584978 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAACAGAACCAATTATTTGATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATA
* * * * * * * * *
585043 AAACAAAATGTTAAAATGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCAAAACTATTCGAAATGAT
66 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-T
* * * *
585108 TTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATAGTAATAAATTAGT
130 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * * * * * *
585172 AATATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTAA
194 ATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
585237 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGAA
258 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAG-A
**** * * * * * *
585302 TTT-TTAAAAAAATCTCTTCCTTATAAAATTTTGAAAAA
321 TTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
585340 TTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTTCACATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAT
* * *
585404 AAAAAAAAATGTCATAATGATTT
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTT
585427 ACCAAACCAA
Statistics
Matches: 3434, Mismatches: 811, Indels: 328
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
352 43 0.01
353 31 0.01
354 235 0.07
355 13 0.00
356 43 0.01
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369 93 0.03
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATA
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTT
TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTAT
TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
Found at i:586195 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 585927--587082 Score: 550
Period size: 180 Copynumber: 6.4 Consensus size: 181
585917 TACATACAAC
* * ** ** * * **
585927 TTTCAAAAATTAATATGCTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTTAAATGG
1 TTTCAAAAATTAATA-ACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTAAAATAA
* * * * ** * *
585992 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTA-ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAA
64 TTATGCCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCA-TTAAGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAA
** *
586056 TTATTTCAAT-TAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATAATAATTTCTTAATA
128 TTATTT-AATGTAATACAAGCTTA-ATCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
** * * * *
586110 TTTCTTAAATTAATAAGTAATA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTAAAATAATT
1 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTAAAATAATT
* *
586174 ATGCCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
66 ATGCCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
** * * *
586239 TTTTTTGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
131 TTTAATGTAATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
* * * * *
586290 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTT
1 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTAAAATAATT
* * ** ** * * * * ** *
586355 ATGACTATTCAAACAATTATCAATCTCAATTCATTAAGAC-CTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG
66 ATGCCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * * * ***** *
586419 TTT-TTGATCATATATGCTT-ATTTGGTTAAAAATAATGCCA-AATTTA-TAATA
131 TTTAATG-TAATACAAGCTTAATCAAAAT-AAAATAAT--AATAATTTATTAATA
* * *
586470 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAGATT-AAATAGG
1 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCA-ATTAAAATA-A
* * * * * * ** ** * * *
586530 TAAAG-CTATTAGAATAATTATCTATTTCCAATGGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATT
64 TTATGCCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* * * ** ** * * *
586594 TGTTTCATATCTTACAAATTTATTCAAAATAAAATAATCCA-AA-TTATTAAAA
129 TATTTAATGTAATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAAT-AATAATTTATTAATA
* ** * * * * *
586646 CTAAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTTAAATA
1 TTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTAAAATA
* * * * * * * *
586709 GTTATGACTATTT-AAATAGTTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTT-GAT-ATAAAA
63 ATTATGCCCATTTGAATTA-TTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTTG-TTTAG-TCATAAAA
* * * * * *
586771 CAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCTT-ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAACA
125 CAATTATTT-AATGTAATACAAGCTTAAT-CAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
** * * * ** * * *
586828 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATT-CAATAGTT
1 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTAAAATAATT
*** ** ** * * ** * * * *
586891 ACAACTTTTTGAACAATTGTCTA-TCCAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
66 ATGCCCATTTGAATTATTATCTATTTC-AAATCATTAAGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
* * * * *
586955 GTTTCA-GTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATA
130 ATTTAATG-TAATACAAGCTTAATCAAAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
587008 TTTCAAAAACTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAATCAGTTTAAATAATT
1 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTAAAATAATT
*
587073 ATGGCCATTT
66 ATGCCCATTT
587083 CAACAATAAT
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 181, Indels: 85
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 77 0.10
177 47 0.06
178 9 0.01
179 83 0.11
180 280 0.37
181 194 0.26
182 44 0.06
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTAAAATAATT
ATGCCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
TTTAATGTAATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
Found at i:586228 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 586204--586249 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
586194 CTATTTCAAA
*
586204 TCATTAAGAC-ATT-TTGTTTTG
1 TCATTAAAACAATTGTT-TTTTG
586225 TCA-TAAAACAATTGTTTTTTG
1 TCATTAAAACAATTGTTTTTTG
586246 TCAT
1 TCAT
586250 ACAAGCTTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 5
0.78 0.04 0.19
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.24
21 14 0.67
22 2 0.10
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.11, T:0.50
Consensus pattern (22 bp):
TCATTAAAACAATTGTTTTTTG
Found at i:586631 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 585927--587075 Score: 867
Period size: 357 Copynumber: 3.2 Consensus size: 357
585917 TACATACAAC
* * * *** ** *
585927 TTTCAAAAATTAATATGCTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTTAAATGG
1 TTTCAAAAATTAATA-ACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTTAAATAG
* * * * * *
585992 TTAAGACTATT-AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTA-ACTTTTTG-TTT-AGTCATAAAA
64 TTATGACTATTCA-AACAATTATCAATCTAAAATCA-TTAAGACCTTTTGCTTTGA-T-ATAAAA
* * * ***** * * **
586053 CAATTATTTCAATTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATA-ATAATTTCTTAATATTTCTTA
125 CAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACA-AATTTCATAACATTTCAAA
* * * * * * ** *** *
586117 AATTAATAAGTAATAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATC-AATTAAAATAATTATGCCCA
189 AATTAATAAG-AAGAGTTAAAAAAATAAATGTGTTTAC-CAAACAAATT-AAATAGGTACAACTA
* ** * ** * * **
586181 TTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTG
251 TTAGAACAATTATCTA-TCCAAATGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-
*
586246 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
314 TCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
586290 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTT
1 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTTAAATAGTT
* * **
586355 ATGACTATTCAAACAATTATCAATCTCAATTCATTAAGACC-TTTG-TTTTCTCATAAAACAATT
66 ATGACTATTCAAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAGACCTTTTGCTTTGAT-ATAAAACAATT
** * * ***** * *
586418 GTTTTTGA-TCATATATGCTTAT-TTGGTTAAAAATAATGCCAAATTT-ATAATATTTCAAAAAT
130 G-TTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAAT-ACAAATTTCATAACATTTCAAAAAT
* * * * *
586480 TAATAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAGATTAAATAGGTA-AAGCTATTAG
192 TAATAAGAAGAGTTAAAAAAATAAATGTGTTTAC-CAAACAAATTAAATAGGTACAA-CTATTAG
* * * * *
586542 AATAATTATCTATTTCC-AATGGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCT
255 AACAATTATCTA--TCCAAATGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCT
** * * *
586606 TACAAATTTATTCAAAATAAAATAAT-CCAAATTATTAAAA
317 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * *** *
586646 CTAAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAG
1 TTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTTAAATAG
* * * ** * *
586710 TTATGACTATTTAAATAGTTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGATATAAAACAAT
64 TTATGACTATTCAAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAGACCTTTTGCTTTGATATAAAACAAT
* * **
586775 TGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAACATTTTGAAAATTA
129 TGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCATAACATTTCAAAAATTA
* * * * *
586840 ATAAGTAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAATAGTTACAACTTTTTGAAC
194 ATAAG-AAGAGTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAATTAAATAGGTACAACTATTAGAAC
* * *
586905 AATTGTCTATCCAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTT-TATAC
258 AATTATCTATCC-AAATGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCT-TAC
586969 AAGCTTATTCAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATA
320 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
587008 TTTCAAAAACTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAATCAGTTTAAATAATT
1 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTTAAATAGTT
587073 ATG
66 ATG
587076 GCCATTTCAA
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 136, Indels: 58
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 32 0.05
357 181 0.29
358 66 0.11
359 9 0.01
360 146 0.23
361 131 0.21
362 42 0.07
363 15 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTTAAATAGTT
ATGACTATTCAAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAGACCTTTTGCTTTGATATAAAACAATTG
TTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCATAACATTTCAAAAATTAAT
AAGAAGAGTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAATTAAATAGGTACAACTATTAGAACAAT
TATCTATCCAAATGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCTTACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
Found at i:587708 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 587669--587702 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
587659 ATTAATAAGT
587669 GATTTAAAAAATAGATC
1 GATTTAAAAAATAGATC
587686 GATTTAAAAAATAGATC
1 GATTTAAAAAATAGATC
587703 TGTTTATTGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.06, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
GATTTAAAAAATAGATC
Found at i:588040 original size:180 final size:185
Alignment explanation
Indices: 587812--588149 Score: 442
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 185
587802 CATACAAGCT
587812 TATTTGGAATAAAATAAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA-ATT-AA
1 TATTTGGAATAAAATAAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATATTAAA
* * *
587875 AAAATAAATT-TA-TTTAATGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTA-TATGAATAATTATCTATTT
66 AAAAT-AATTCTATTTTAAT-AACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTT
*
587937 CAAATTGTTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTAATACACACTAACA
128 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTAATACACACTAACA
* * * * * *
587993 TATTTGGAATAAAAT-AAAA-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAA
1 TATTTGGAATAAAATAAAAACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATATTAA
** * * *
588056 AAAAATAATTCTATTTTCCTAACCGGTTCAAATAATTATGACTATTATAGCAATTATCTATTTCA
65 AAAAATAATTCTATTTTAATAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCA
588121 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
130 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
588150 TGCAAATGTT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 15, Indels: 13
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.01
180 35 0.26
181 21 0.16
182 56 0.42
183 10 0.07
184 11 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (185 bp):
TATTTGGAATAAAATAAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATATTAAA
AAAATAATTCTATTTTAATAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTATAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTAATACACACTAACA
Found at i:588227 original size:552 final size:549
Alignment explanation
Indices: 587205--588230 Score: 1190
Period size: 552 Copynumber: 1.9 Consensus size: 549
587195 TATTTGTTTT
* * *
587205 AAATCATTACAACCTTTTATTCTATTATAAACTAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATCCAAAA
1 AAATCATTACAACCTTTTATTCTATCATAAACTAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAA
* * *
587270 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
66 TAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA
** * *
587335 TTTGTTGAAGTAATTCAAACAGTTAAGACTAGATGAACAACTATTTATTTCAAATTATTATGACC
131 TTTAATGAACTAATTCAAACAGTTAAGACTAGATGAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACC
** *
587400 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCGTACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
196 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATAATAATTTAT
* * * * *
587465 TAGGATTCTTAAAATTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTAAATCAGCTCAAA
261 TAAGATTCTAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACCAGCTCAAA
* *
587530 TAATTATCGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAAC
326 TAATTATCGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAAC
* * * * *
587595 AATTGTTTTTGAACATTCAACCTTATTGGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATTTTTCCAAAA
391 AAATGTTTTTGAACATTCAA-CGTATTGAGAATAAAATAATAATAATCTATTAATATTTCCAAAA
587660 TTAATAAGTGATTTAAAAAATAGATCGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATTGAACTAGTTGAAAT
455 TTAATAAG-GATTTAAAAAATAGATCGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATTGAACTAGTTGAAAT
587725 AGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTC
519 AGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTC
* * * ****
587756 AAATCATTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAAC-AATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTGG
1 AAATCATTACAACCTTTTATTCTATCAT-AAACTAATTATTTCA-GTTCATACAAGCTTATCCAA
587819 AATAAAATAAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
64 AATAAAAT-AAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
587884 TTATTTAATGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
128 CTATTTAATGAACTAATTCAAACAGTTAAGACTAGATGAACAACTATCTATTTCAAATTATTATG
* *
587949 ACC-TTT-TTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTAATACACA-CTAACATATTTGGAA-TAAAATAA
193 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AA-TTGTTTAATACA-AGCT----TA-TTCGAAGTAAAATAA
* * * *
588010 -AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAAAAT-AATTCTATTT
250 TAAT-AATTTATTAAGATTCT-AAAAATTAAAAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATGAA-TCT-GTT
* * *
588072 TCCT-AACCGGTTCAAATAATTAT-GACTAT-T-ATAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
309 TACTAAACCAGCTCAAATAATTATCG-CTATGTCA-A-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * ** ** * *
588133 CTTTTGTTTTGTCATA-ATGCAAATGTTTTTGTTCATAT-AA-GT-TTGAGAATAAGGTAGTACT
371 CTTTTGTTTGGTCATATA-ACAAATGTTTTTGAACAT-TCAACGTATTGAGAATAAAATAATAAT
588194 AATCTATTAATATTT-CAAAATTAATAA-GATTTAAAAA
434 AATCTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGGATTTAAAAA
588231 CTAAATCTAT
Statistics
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Consensus pattern (549 bp):
AAATCATTACAACCTTTTATTCTATCATAAACTAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAA
TAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA
TTTAATGAACTAATTCAAACAGTTAAGACTAGATGAACAACTATCTATTTCAAATTATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATAATAATTTAT
TAAGATTCTAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACCAGCTCAAA
TAATTATCGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAAC
AAATGTTTTTGAACATTCAACGTATTGAGAATAAAATAATAATAATCTATTAATATTTCCAAAAT
TAATAAGGATTTAAAAAATAGATCGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATTGAACTAGTTGAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTC
Found at i:588528 original size:181 final size:181
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* * * * * * * * * * * *
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**** * * *
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* * * *** ** * * *
587310 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAAGTAA-TTCAAACAGTTAAGA
129 ATAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
** * * * * * * *
587363 CTAGATGAACAACTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG---T
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTCT
* * * * ** *
587425 --TTCGTACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATT-AGGATTCTTAAAATTAA-AA
66 AGTTCATATAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAA
** * * * * * *
587485 AGTAAGTGA-TTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTAAATC-AGCTCAAATAATTATCG-
129 A-TAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTAT-GA
* * * ** * * * * * * *
587539 CTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTCT
* ** * * * * *
587604 TGAACAT-TCAACCTTATTGGGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT-TTTTCCAAAATTAATAA
66 AGTTCATAT-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAA
* * *** * *
587667 GTGATTTAAAAAATAGATCGATTTAAAAAATAGATCTGTTTATTGAACTAGTTGAAATAGTTATG
129 ---A--T---AAA-AGAT---TTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATG
587732 A
181 A
* ** * * * * * *
587733 CTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCATTATAAGC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATT-
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTC
* * * * * *
587796 TATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAAACTAATCTAATAAT-ATTCCAAAAATTAAT
65 TA-GTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT-AATATTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAAT
* * * * * *** * * * *
587860 AACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTAATGAACTAGTTCAAATATTTAAGA
127 AAATAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
587915 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAATAAATTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAAT-AATTGTTC
* * * * * *
587978 TAATACACACTAA-CATATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATA
65 TAGTTCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATA
* ** * * * ** * *
588041 AGTAGGAGATTTTAAAAAAATAATTCTATTTTCCTAACCGGTTCAAATAATTATGA
128 AATAAAAGATTTT--AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
** * * * * *** * *
588097 CTATTAT-AGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATGCAAATGTTT
1 CTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTC
* ** * * * *
588161 TTGTTCATATAAG----TTTGAGAATAAGGTAGTACTAATCTATTAAT-ATTTCAAAA-T--T-A
65 TAGTTCATATAAGCTTATTTG-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAA
* * *
588217 AT--AAGA-TTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAAGAGTTATGA
129 ATAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* * * * * * * *** * *
588268 C-ATTTTAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTCTATTTTAAAATATTTTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTC
* * * * * *
588332 T-GTCCTTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAATTTGACAATTAATAAA
65 TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAA
* * * * ** * ** * *
588396 TAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAGATTAGGTAATCATGA
130 TAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* * * *
588448 CTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-TTTTGTTTTATCAAAAAAGAATTGTTG
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTC
* * *
588512 TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAAT-AA
65 TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAA
* * *** *
588576 TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGA
130 TAAA-AGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* * *** * *
588629 C-AGTTTGAATAATTACCTATTTAAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT
1 CTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAA-TTGTT
* * * ** * *
588693 CTA-TTCACACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAAATATTAA-GA--T---AGTTAATAA
64 CTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAA
* *
588750 GTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATTGTTATGA
129 ATAAAAGATTTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* * * * ** * * * *
588804 TTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATAACTTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTC
* * * * ** * * *
588868 TTGTTCATACAGGTTTATTCAGATTAAAACAATATTAATTTATTAAT-ATTTCAACAATTAATAA
65 TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAA
* * * * *
588932 GA-AAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCT-TGA
129 -ATAAAAGATTT-TAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGT-TATGA
* * *
588986 CTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGT-AATAAAATAATTGTT-
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAA-AAAATAATTGTTC
* * * * *
589049 TCAATTCGTATAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATATTAATTTATT-ATTATTCCAAAAGTTAAT
65 T-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAAT
* * * * * * *
589112 GAGTAACAA-A-ATTAAAAAAAGAATCTATTTACTAAATAAGTTTAAATAGTTATAA
127 AAATAA-AAGATTTTAAAAATA-AATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
* * * ** *
589167 CTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAAACATTATGATTTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGGTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATT-GTTC
* * * * *
589232 T-GTTCATGTAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAAT-ATTCCAAAAGTTAATA
65 TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT-AATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATA
* ** * *
589294 AGTAAAA-ATTAAAAAAAT-AATCTACTTT----------TTGAACTCA-TTATGA
128 AATAAAAGATTTTAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTTAAAT-AGTTATGA
* * * * * *
589337 CTATTTAAACAATTATTTTTTTTCAAATCATTATGATC-TTTTATTTTGTCATAAAAA-AATTGT
1 CTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCA-AAAAATAATTG-
* ** * * *
589400 TTCTA-TTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTATTAAT-ATTCTAAAAATTAA
62 TTCTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAA
** ** * * * * *
589463 TAGGCT-GGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTC-AACAAGTTCAAATAGTCT-TGT
126 TA-AATAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTTAAATAGT-TATGA
** * *
589519 CTATTCAAACT-ATTATCTATTTCAAATCA-TATTGACATTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTGTT
1 CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTG-T
* * ** * ** *
589582 TTTAG-TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-
63 TCTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATA
* * * * *
589642 AATAAGAGA-TTTAAAAACTAAATATGTTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGA
128 AATAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
589696 CTATTTG
1 CTATTTG
589703 GACATACAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTCT
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AAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
Found at i:589063 original size:538 final size:533
Alignment explanation
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Period size: 533 Copynumber: 3.8 Consensus size: 533
587676 AAAATAGATC
* * ** * *
587686 GATTTAAAAAATAGATCTGTTTATTGAACTAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATA
1 GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAAC-AGTTTAAATAGTTATGA-TATTT-AAGCAATTATT
* * * * * * *
587750 AACTTCAAATCATTATAAGC-TTTTGTTCT-ATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTT
62 TATTTCAAATCATTATAA-CTTTTTGTTTTGA-CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTT
* * * * * * * * ** * *
587813 ATTTGGAATAAAATAAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAA
125 A-TTAGATTAAAAT-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAA
* * ** * *
587878 ATAAATTTATTTAATGAACTAGTTCAAATA-T-TTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAA
188 ATAAATATGTTT-ACCAACAAGTTCAAATAGTCTT--GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * * *
587941 TTGTTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTAATACACACTAA-CATATTTGGAAT
250 TCATTATGACATTTTGTTTTGTCA-AAAA-AAAATTGTTTAATTCATA-TAAGCTTATTTGAAAT
* *
588003 AAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTTAAAAAAAT-AA
312 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA-TAAAGAGA-TTT-AAAAAATGAA
* ** * ** * * *
588064 TTCTATTTTCCT-AACCGGTTCAAATAATTATGACTATTAT-AGCAATTATCTATTTCAAATCGT
372 -TCTA-TTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATT-TGAATAATTACCTATTTCAAAACAT
* * * ** * * * * * * ** **
588127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAATGCAAATGTTTTTGTTCATATAAG--T-TTGAGAATAAGGTA
434 TATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGGTTCTATTCACACAAGCTTATTTCGAATAAAATA
* * * * *
588189 GTACT-AATCTATTAATATT---TCAA-AATTAATAA
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* * * * *
588221 GATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAAGAGTTATGACATTTTAGTAATTATTTA
1 GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAAC-AGTTTAAATAGTTATGATATTTAAGCAATTATTTA
* * ** * * *
588286 TTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTCT-ATTTTAAAAT-ATT-TTTTCTGTCCTTACAAGCTTA
64 TTTCAAATCATTAT-AACTTTTTGTTTTGA-CATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATACAAGTTTA
* * * *
588348 TTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAATTT-GACAATTAATAA-ATAAAAAATTTTAAAA
126 -TTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTCAACAATTAATAAGA-AAAAGATTTAAAAA
* ** * * *
588411 ATAAATATGTTTATCAA-ATTAGATT-AGGTAATCATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAA
188 ATAAATATGTTTACCAACA--AG-TTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * *
588474 TCATTATAATC-TTTTGTTTTATCAAAAAAGAATTGTTGTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATA
250 TCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTGTT-TAATTCATATAAGCTTATTTGAAATA
*
588538 AAATAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT
313 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT
* * *
588603 TATTGAACAAGTTTAAATAATTATGAC-AGTTTGAATAATTACCTATTT-AAAA-TTGCTATAAC
378 TACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTA-TTTGAATAATTACCTATTTCAAAACAT--TATAAC
* * **
588665 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCACACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAA
440 ATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGGTTCTATTCACACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAA
588730 A-ATATTAAGA-T-AGTTAATAAGTAAAA
505 ATATATTAAGATTAAGTTAATAAGTAAAA
*
588756 GATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATTGTTATGATTATTTAAGCAATTATT
1 GA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAAC-AGTTTAAATAGTTATGA-TATTTAAGCAATTATT
* ** *
588821 TATTTCAACTTGTTATAACTTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAGGTTTAT
62 TATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTAT
*
588886 TCAGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAAT
127 T-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAGATTT-AAAAAAT
*
588951 AAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCAT
190 AAATATGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
589016 TATGACATTTTCTTTTGT-AATAAAATAATTGTTTCAATTCGTATAAGCTTATTTGAAGTAAAAT
254 TATGACATTTTGTTTTGTCAA-AAAAAAATTGTTT-AATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
589080 AATATTAATTTATTATTATTCCAAAAGTTAATGAGTAACA-A-AATTAAAAAAAGAATCTATTTA
317 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AATAA-AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
* * * * * * **
589143 CTAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAAACATTATGATTTTTT
380 CTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAAACATTATAACATTTT
* *** * * * *
589208 GTTTTGTCAAAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGTTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTA
445 GTTTTGTCAAAAAACAATTGGTTCTATTCACACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATATA
*
589273 TTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAA
510 TTAAGATT----AAGTTAATAAGTAAAA
* * * *
589301 -ATTAAAAAAAT-AATCTACTTT--------TTGAACTCA-TTATGACTATTTAAACAATTATTT
1 GATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACAAACAGTTTAAAT-AGTTATGA-TATTTAAGCAATTA-TT
* * * * * * * *
589355 TTTTTCAAATCATTATGA-TCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAATTTA
62 TATTTCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTA
* * * * * * ****
589419 TTTGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGCTGGAGATTTAAAAAA
126 TTAG-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAA
* **
589483 TAAATATGTTTACTCAACAAGTTCAAATAGTCTTGTCTATTCAAACT-ATTATCTATTTCAAATC
189 TAAATATGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATC
* * * **
589547 A-TATTGACATTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTGTTTTTAGTCATACAAAATTATTT-AGAATAA
252 ATTA-TGACATTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTG-TTTAATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAA
* * * * * *
589610 AATAATACCAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAAT-AAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTT
314 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTT
* *
589671 ACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
379 ACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
589703 GACATACAAT
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 218, Indels: 150
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
527 1 0.00
528 2 0.00
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531 9 0.01
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545 15 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACAGTTTAAATAGTTATGATATTTAAGCAATTATTTATT
TCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTAGA
TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
GTTTACCAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
TTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTGTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTT
TAAATAATTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCAAA
AAACAATTGGTTCTATTCACACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATATATTAAGATTAAG
TTAATAAGTAAAA
Found at i:589513 original size:352 final size:352
Alignment explanation
Indices: 589005--589647 Score: 753
Period size: 352 Copynumber: 1.8 Consensus size: 352
588995 TAATTATCAA
* * * * *
589005 TTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCGTATAAGCTTATTT
1 TTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTAATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTT
* * * * *
589070 GAAGTAAAATAATATTAATTTATTATTATTCCAAAAGTTAATGAGTAACAAAATTAAAAAAAGAA
66 GAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAACAAAATTAAAAAAAGAA
* * * ** *
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131 TATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCT-TAACTATTCAAACT-ATTATCTATTTCAAAACATA
** * ** ** *
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** *
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* * *
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* ** * *
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* * ** *
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* *
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* **
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* ** *
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* * *
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*
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** *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * *** * * *
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* *
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CAAACTATTATCTATTTCAAATCATATTGACATTTTGTTTGGTCAAAAAAAAATTGTTTTTAGTC
ATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAATTT
AAAAACTAAATATGTTTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGGACATAC
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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** *** * *
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** ** ** ** * *
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** * * * * *** *
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*
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*
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCGTATAAG
* *
591156 --T-TTC--AATGAAAATAAT-TCAAATTTATTAATA-TTCAAACAACTAATAA
130 TTTATTCAAAAT-AAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAA-AA-T--TAA
* * ** * * *
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1 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* ** * * ** *
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*** * * *
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** * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* *
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** *** * * *
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* **
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* * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * **
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* * * * **
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * ** * ** *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
593420 ATATTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TC
1 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-
* * * * * ** * * *
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65 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGT
* * * *
593549 TTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAA
130 TTTGTCATAAAAT-AATTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* * * *
593601 AT-GTAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAA-AAATTTTAAAAATAAATCTGTTT
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* * * **
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* * *
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* *** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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130 TTTGTCATAAAATAATTGTTCT-A-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATA
* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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** * * ** * *
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* * *
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** * *
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**
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* * * * * *
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* * *
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* * * **
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1 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * * **
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128 GTTTTGTCATAAAATAATTG-TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * ** *
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* * ** * * **
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130 TTTGTCATAAAATAATTGT--TC-TATTCATACA--AGCT-TATT--T---AG---A-AT-AA--
595234 AAAATA
177 --AATA
* * * * * * * * *
595240 ATATTAATTTATTAATATTTCTACAATTAGTAAGTAAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTATT
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* * * * * *
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65 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGT
* * * * *
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** ** * * *
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* * * *
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TTGTCATAAAATAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
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** * * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * * *
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*
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TAAAACAAATGATTTAGTTCATAAAAACCTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAACTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTTGTTTATCATAGAAA
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592266 CAACTATGTG
* * * *
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* *
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* ** * ** * *
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* ** * *
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AACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCACAAAACAAATGTTTGTTATCAT
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AAAGTGAATTTGTTTATAATTATGGCCATTTC
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*
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ATTTCAAATAATTATACT
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591967 TTGTTCCAGT
* *
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** * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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** *** *
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452 CATTTCAACAATTATCTACTTCAAATAATTATTA-CTTTAAATTGGT-ACATGACAATTGTTTTG
592497 TCA
515 TCA
* * * **
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1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAGTAA-CATTGAAAAAATTAATAAAGAG
* * * * *
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* * * *
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130 ACTTAAAATCATTATAACCTTTTGATT-TGACATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAAATCT
*** * *
592688 ATTTGAAATAAAATAATGCT-AATCTAATAATATCCCAAAAATTAATAA-CTAAGACATATAAAA
193 ATCCAAAATAAAATAATACTGAATCT-ATAATATCCCAAAAACTAATAAGC-AAGA-AT-T-AAA
* * * *
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253 AA-AAAATTGTCTA-TCATACAAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * *
592815 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATATTTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATA
316 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATA-TTT-AATTCATACAAGCCTATTCAAAATA
*
592879 AAATAAAAC-ATATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTT-T
379 AAATAAAACTA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATGAATTTGT
* *
592941 GTT-T-A-CCTGACCATTTCGAATAATTATGACTA-TTCAAATAATTATCTA-TTTCAAATTG
439 -TTATAATCATGACCATTTC-AACAATTAT--CTACTTCAAATAATTAT-TACTTT-AAATTG
592999 TTATGACCTT
Statistics
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TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAGTAACATTGAAAAAATTAATAAAGAGA
TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATA
CTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAATCTATC
CAAAATAAAATAATACTGAATCTATAATATCCCAAAAACTAATAAGCAAGAATTAAAAAAAAATT
GTCTATCATACAAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAACTAA
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATAATCATGACCATT
TCAACAATTATCTACTTCAAATAATTATTACTTTAAATTGGTACATGACAATTGTTTTGTCA
Found at i:594905 original size:18 final size:18
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594859 AAATATTGCT
*
594869 AAATTAATAATATTCTAA
1 AAATTAATAAGATTCTAA
594887 AAATTAATAAGGATT-TAA
1 AAATTAATAA-GATTCTAA
594905 AAA
1 AAA
594908 AATAAATTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
18 16 0.84
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AAATTAATAAGATTCTAA
Found at i:595144 original size:536 final size:533
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592490 TGTTTTTTCA
** * * *
592500 TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AGA
1 TCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * ** * * *
592564 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAACTAGTTATGACTATTTTAGTAATTGTATAC
64 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
592629 TTCAAATCATTATAACCTTTGCTTCT-ACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTG
129 TTCAAATCATTATGATCTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * * * ** *
592693 AAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATCCCAAAAATTAATAACTAAGACATATAAAAAATAAAA
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* ** * ** *
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* *
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319 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * *
592885 AAC-ATATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT
382 TACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-
* * * ** ** * *
592949 G-ACCATTTCGAATAATTATGACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
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* * **
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509 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * *
593038 TCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAA
1 TCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
593102 TTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTC-AAT--TTAAGACTATTTCAGCAATTATTTAT
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* * * * *
593164 TTCAAATCATTACGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTT-TCATTCATACAAGCTTT-TT
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* * * * * *
593227 CGGATTATAATAATAC-AAGTTTATTAATATTTTCAAATTAA-TAAGTAAAAAATGTAAAAAAAT
191 TGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCT-AAA--AATTAA-TAAAAGATTTAAAAAAAT
* * * * *
593290 AAATATGTTTACCGAACTAGA-TCAAACAGTCATGACTACTT-GAATAATTATTTATTTCAAATC
251 AAATTTGTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
593353 GTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAA
314 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * ** *
593418 TAATATTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
379 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * *
593483 CGAATAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCA-CCATAACCTTTT
443 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTC-TGACATTTT
* ** *
593547 GCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTAT
507 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
593574 TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAAAATGTAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGT--
* * ** * *
593638 AAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCA-ATATGACTATTTGAACAATTA
61 -AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
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* * * * * *
593766 TT-TTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTTATAAATAAAAGATTT-CAA
186 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A-AA--AATTAATAAAAGATTTAAAA
* * * *
593829 AAATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
247 AAATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
593893 ATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAAGAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATA
311 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * * *
593958 AAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAA-AGAGTAAGAGAATCAAACAAATGAATTTG
376 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA-AGCAAGAGATTTAAA-AAATAAATTTG
* * * * ** * *
594022 CTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTAT-ACCTACCTAAACAATTATCTATTTCAAA--ATATCATG
438 TTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TC-TG
* * * *
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* * **
594118 TCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTTCTATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AA
* * * * *
594183 ATTTTAGAAAAATTAAGCTATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTAT
63 A-TTTA-AAAAATAAATCTATTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
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125 CTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
* * **
594312 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TTAAAAT
189 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAAAT
* * * * * * * * *
594376 AAATTTGTTTATCGAGCGAGTTGAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
251 AAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
594440 TATTA-TTCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATATCCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
316 TATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* **
594503 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCTAA-AGATTTAAAAAATTAATCAGTTTA
379 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** * * * * * * *
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**
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506 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * *
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1 TCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GTAA
* * * *
594723 ATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCAAACCAGTTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
63 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
594788 ATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTATCCTAAAATATTTGCTTCTATTCATACAAGTTTATTT
127 ATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT
** * * * * *
594853 GGAGCAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAAT-AAGGATTTAAAAAAATAAATTT
192 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATTT
* * * * * *
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257 GTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
594982 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATCTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
322 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
595047 ATTTATTAACATTCAAAAAATTATTGAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGCTTACCAAACAAG
387 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * *
595112 TTCCAATATTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCT-AAATCATTATGATCTCGTATTTTATCA
451 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA---C--A-TTT-T-G
* *
595176 TAAAACAATTGTCGTCTTATAAAAAAATTATTTCTAT
508 T-------TT-T-GTC--ATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * *
595213 TCATACAAGCTTATATGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAATTAGTAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT---
* * * *** * * * * *
595278 AAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATC
61 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
595343 TATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTGTTT-TAGTTCATATAAGTTT
126 TATTTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTT
* *
595406 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAAA
188 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAA
* * * * * * * *
595471 A-GAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTTACATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
249 ATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTT
595529 GTATTATTTT
Statistics
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Consensus pattern (533 bp):
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TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT
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TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAA
ATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTAT
Found at i:598066 original size:181 final size:182
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** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
*** * * * *
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* ** *
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* * ** * * *
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1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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1 GTATT-ATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAA
* * * *
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* * * * *
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125 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
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1 GTATTA-TTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAAT-GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * ** *
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66 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACA
* * * *
596558 GATTTATATTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
131 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
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1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
596673 GTCTTAATAATTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTG-TTTAGTAAA
65 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAA
* * * * * *
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129 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
596790 ATGTCATTTTAATTCGAATTAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * **
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66 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACA
* * *
596919 GATTTATCTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTTG-AATATTAATAAATTT
131 GATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
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1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * *
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66 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAAC
* * * * *
597100 AGATTTAGTTATTAAATCTCTTATTTTTTAATATTT-AGAATATTAATAAATTA
130 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* ** * * * * * * *
597153 GAATTATGATATTCCT-AATCAGCTTTTACGAACG-GAAACAATTGTTTTGTGAC-AAAC--AAG
1 GTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * **
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* * *
597277 TAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTA
129 CAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * * *
597331 GCATTAATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTTTCAAT-AGAGACAATTGTTTTATTACAAAACAAAT
1 GTATT-ATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
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* ** *
597458 ACAGATTCA-TTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTCAAAATATCAATAAATTA
128 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *** * * * * * * ** *
597508 ATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATGTGCA-CAAAAACTTTTGTTCTATGACAAAACAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * * *
597572 TCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACCATTGGAATTGGTTT-GACAAAT
66 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAAC
* * * * *
597636 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTA
130 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * *
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1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATG-AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
597752 GTTTATAATAATTTGAAATATATAATTTTTTAAACAGTTATAACTATTTAAACTG-GTTAGGTAA
64 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTA-GTAA
* * * *
597816 GCATATTTATTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
128 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
597871 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAATGT
1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
597935 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GATCATAAGTATTTGAACTGATTCAATAAAC
66 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAAC
* * * * * *
597999 TGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTATTGAAATATTAATAAAGTA
130 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
598052 GTAATATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAT
1 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
598115 GTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAGCTATTTTAAC-GATTT
65 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTT
598172 GATATTTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
Found at i:598169 original size:44 final size:44
Alignment explanation
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* * *
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* **
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*
598207 AAACTGATTT
1 TAAC-GATTT
598217 AGCAAACAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
Found at i:599637 original size:181 final size:182
Alignment explanation
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599278 AAAATAATTG
* *
599288 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAA
* ** * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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130 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
599650 TTATGACATTTTATTTTGACATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGA-AAGCTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * * *
599714 TAATATTACTTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAGAAAAATTAAGTTATTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTA-AAAAATAAATTTGTTT
* * *
599777 TCTGAACACA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
129 ACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
599831 TTCTAACTATTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
599896 AATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT-AATTTGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * **
599959 CGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTG
131 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
600011 TTATGA-TCCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
600075 CAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TGA-ATATTTAAAAAATTAATTAGTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-ATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * *
600137 TATCGAATAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA
128 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * **
600192 TTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTT-ATAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * ** * * *
600256 TAATATTAATTTATTACTACTTCAAAAATTAATAAG---GTAG-ATTTAAAACCTATATCTCTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * **
600317 ATCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTG
129 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
600371 TTATGA-TCTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTTGGAGCAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
600435 ATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAG-G-ATTTAAAAAAATAAAATTTATT
66 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTT-AAAAAAT-AAATTTGTT
* * * * *
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128 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
600551 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCACAAAATAATTGTCTC-AGTTCATACATGCTTATTCGAAATAACA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
600615 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGGAAGA-AATTAAAATAAATAAATCTGCT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAA-AAATAAATTTGTT
* * * * * *
600678 TACCAAACTAGTTCAAATATTTATGACTATATGAATAATTATCTATCT-AAATCA
128 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ***
600732 TTATGA-TCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * * **
600795 ATAATATTACTTTATTAATATTTTAAGAATTGATAAGTTAA-A-CATTTAAAACATAAATCAGTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTT
* ** * * * ** * *
600858 TATCGAATTAGTTAAAATAGATAT-AGCCATTTGAACGTTTATCTACTTGAAATCA
128 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
600913 TTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACTAGCCTATTTGTAATAAA
1 TTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
600976 ATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * *
601040 ATCGAACCAA-TTCTAATAGTTATGACTATTTG---TATT-T-TAATT----TC-
129 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * * * * *
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1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
601148 TAATAGTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAATAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* ** * * * * * * * * * **
601211 GCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATAAAGAATTTTTTATTTTAAATTG
129 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * ** * * *
601265 TTATGACACTTTATTTTATTGTAAAATAATTTTTTC-AGTTCTTACTAA-CTTATTT-AGAATAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTGA-AATAA
* * * * * *
601327 GATAAGACAAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATCAA-TAAGAG-ATTTAAAAAATAATTTTGT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGT
*** * * * * *
601390 TTGTTGAACCAGTTGAAATAATTGTGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCA
127 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
601446 TTATGAAACAAATGTTTTTGTTTCGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTGAA
1 TTATG--AC-----TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * ** * * * *
601511 ATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAAGATAATTAAAAAAATAAATA
59 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATT
** * * * * **
601572 TGTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTG
124 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
601631 TTATGACTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATAC-AGTCTTA-TTCAGAATAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAA
* * * *
601693 GTAATGCTAGTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATG-G-ATTTAAAAAAT-GATTATG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGAATTTAAAAAATAAATT-TG
** * * * *
601754 TTGGCCTAACCAGTGT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCG
126 TTTACCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * ** * *
601811 TTATAACCATTTATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTAAAATAACAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
601876 AATTCTAATTTATTAATATTT-AAAAA--ATTAA-TAAGAG-ATTTGAAAAATGAATCTATTCAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * *
601936 TGAACAAGTTTAAATAGTTATG-TTGATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCG
131 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
601988 CTAT-AATCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATT-TATTCTATTCATAGAAACTTATTTCAATTAAA
1 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * ** *
602050 ATAATACAAATATGTTAATATTAAAAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * *
602114 TATCGAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTA
128 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
602168 TTACGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATA-CTTATTCGTATTAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAA
* *
602232 TAATATTAATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT
602269 TTGTTAAAAC
Statistics
Matches: 2174, Mismatches: 515, Indels: 223
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175 2 0.00
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Consensus pattern (182 bp):
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AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:600255 original size:542 final size:540
Alignment explanation
Indices: 599295--602269 Score: 2327
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599285 TTGTTATGAC
* *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
599615 TTATAACTATCTAAACAATTATCTACTTCAAAACATTATGACATTTTATTTTGACATAAAACAAT
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* * * * * * *
599680 TGGTTCTGTTCATGA-AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTACTTTATTTATATTCCAAAAATT
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* *
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*
599808 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
512 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * *
599837 CTATTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
1 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
** * *
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* * *
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* * * *
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193 TCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
600093 ATTCTAAAAATTAATAAGTTGAATATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCGAATAAATTCAAATAGT
258 ATTCTAAAAATTAATAAGTTGAATATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
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323 TATGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATT
* * * * *
600223 ATTTCTATTCATACAAAATTATTTATAATAAAATAATATTAATTTATTACTACTTCAAAAATTAA
388 GTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* ** * *
600288 TAAGGT-AGATTTAAAACCTATATCTCTTTATC--AA-ACGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTA
453 TAA-GTAAAATTTAAAAAATA-AT-TATTT-TCTGAACAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* ** *
600349 AACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA
513 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * ** * *
600377 -TCTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTTGGAGCAAAATATTGCT
1 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
600441 AAATTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAAATAAAATTTATTTGCCGAT
65 AATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAA
* * * *
600504 CAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TT-TGAC-CTTT-TGT
127 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-TATTATGACTCTTTGT-T
* * * * * *
600565 TTAGTCACAAAATAATTGTCTC-AGTTCATACATGCTTATTCGAAATAACATAATACTAATTTAT
190 TTA-TCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * * *
600629 TAACATTCAAAAAATTAATGAGGAAGAA-ATTAAAATAAATAAATCT-GCTTACCAAACTAGTTC
254 TAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTTGAATATTTAAA-AAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * *
600692 AAATATTTATGACTATATGAATAATTATCTATCT-AAATCATTATGATC-TTTTATTTTATCATA
316 AAATAGTTATGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTATTTTGTTATA
* ** *
600755 AAACAATTGTTTC-AGATCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
380 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** * *
600818 TAAGAATTGATAAGTTAAACATTTAAAACATAAATCAGTTTATC-GAA-TTAGTTAAAATAGATA
443 CAAAAATTAATAAG-TAAA-ATTTAAAAAAT-AATTA-TTT-TCTGAACACAGTTTAAATAGTTA
* ** * *
600881 T-AGCCATTTGAACGTTTATCTACTTGAAATCATTATGAA
503 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AA
* * * * *
600920 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACTAGCCTATTTGTAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
** *
600984 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCA
65 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CA
* * * *
601049 A-TTCTAATAGTTATGACTATTTG---TATT-TTAATTTC---TTA-TA--AC-CTTTTGTTGTA
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTC-TTTGTTTTA
* * * * * * * * *
601102 ACAAAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATGTAATAAT
193 TCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** *
601166 ATTCTAAAAATTAATAA-CT-AATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATA
258 ATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAT--ATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * ** * * * *
601229 GTTAAGGCTATATAAAGAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACACTTTATTTTATTGTAAAATAA
321 GTTATGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAA
* * * * * * ** * *
601294 TTTTTTC-AGTTCTTACTAACTTATTTAGAATAAGATAAGACAAATTTATTAATATTTTAAAAAC
386 TTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
601358 TAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTTGAAC-CAGTTGAAATAATTGTGACTAT
450 TAAT-AAGTAA-A-ATTTAAAAAATAATTAT-TTT-CTGAACACAGTTTAAATAGTTATGACTAT
*
601421 TTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGAAA
510 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT--AA
* * * * * * * *
601454 CAAATGTTTTTGTTTCGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTGAAATAAAATA
1 C------TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * * **
601519 ATATTAATTTTTTAATATTTTGATAATTAATAAG--ATA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTACTA
60 ATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * *
601581 AACTAGTTCAATTAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACTGTTTGT
125 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTGT
* * * * *
601645 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-GTTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAGTTTA
189 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAG-CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
601707 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG-T-AATGGATTTAAAAAAT-GATTATGTTGGCCTAACCAGTG
253 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAT--ATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAACAAGT-
* * *
601769 T-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCA-TTTATTTTGTTA
314 TCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTATTTTGTTA
* ** * *
601832 CAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTAAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATT
378 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT
* * * **
601896 TAAAAAATTAATAAG--AGATTTGAAAAATGAATCTATTCACTGAACA-AGTTTAAATAGTTATG
442 TCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAAT-AAT-TATTTTCTGAACACAGTTTAAATAGTTATG
* * **
601958 -TTGATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGCTATAA
505 ACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * *
601994 TCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATT-TATTCTATTCATAGAAACTTATTTCAATTAAAATAATAC
1 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
602057 AAATATGTTAATATTAAAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAT
64 TAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * *
602122 AAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTATTACGACTTTTTGTTTTG
128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTGTTTTA
* * * * *
602186 TTATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACATA-CTTATTCGTATTAAAATAATATTAATTTATTAA
193 TCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACA-AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
602249 TATT-TAGACAATTAATAAGTT
257 TATTCTA-AAAATTAATAAGTT
602270 TGTTAAAACT
Statistics
Matches: 1926, Mismatches: 398, Indels: 221
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 2 0.00
531 3 0.00
532 57 0.03
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535 25 0.01
536 3 0.00
537 101 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAGTTGAATATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTT
TCTATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GTAAAATTTAAAAAATAATTATTTTCTGAACACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATAA
Found at i:602538 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 602515--602553 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
602505 TAATGCAAAT
*
602515 TTAATAA-T-ATTTCAAAAA
1 TTAATAAGTGATTTAAAAAA
602533 TTAATAAGTGATTTAAAAAA
1 TTAATAAGTGATTTAAAAAA
602553 T
1 T
602554 AAATTTGTTT
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Consensus pattern (20 bp):
TTAATAAGTGATTTAAAAAA
Found at i:602781 original size:177 final size:179
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Indices: 602450--604036 Score: 1012
Period size: 181 Copynumber: 9.0 Consensus size: 179
602440 TTTCAAACCA
** ** * * *
602450 TTTGTTTTGTCATAAAA-AATTTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATGCAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * **
602514 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT--GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTT
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* * *
602576 -AGATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
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* * *
602626 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-T
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
602690 TATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAGAGTTTAAAAAAGAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTC-
66 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCA
* ** ** * ** * *
602754 AATAGTTAAAACTACAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCT-AAAT
131 AATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * *
602802 TGTT-TTTAGTCATTAAAT-ATTTGTTTCATATCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTA
1 T-TTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTC--ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * **
602865 ATATATTAACA-TTCAAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAATA
63 ATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACC
* * * * * * * * *
602929 AGCTCAAACAGTTATGTCTATTTGAATAATTA-CTTATTTAAAATCGTTATGACTT
125 AGTTCAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACAT
** ** * * *
602984 TTTGTTTTGTCATAAAGCGAA--GATTTCAGCTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
603047 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT-TCTGAACAA
63 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCA
* * * ** * * * * *
603111 ATTTAAATACTTACAACT-CTATGAACAATTGTATATTTGAAATCGTTATGACCT
126 GTTCAAATAATTATGACTACT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * *
603165 TTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCAGTTCAAAAAAGCTTACTT-GAAATAAAATAATAATA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCA--TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
603228 GTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--GA-ATTAAAAAGTGAATCTACTTATCGAATCAGT
63 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGT
* * **
603290 TCAAATAATTATGGC--CTTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACT
128 TCAAATAATTATGACTAC-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-T
* ** * *
603341 TTTGTTTTGTAATAAAGCAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
603406 TTGTTAATATTTCAAAAACTAATAAG--AGA-TTTAAAAACTAAA-C-A--TGT-GTA-C----C
65 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTC
* * * * * * *
603458 AAACAAGT-T-CCTATTTGAATAATTACT-TATTTCAAATCATTTT-A-AC
130 AAATAATTATGACTACTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * *
603504 TTTGTGTTCT-ATAAAATAA-TTTTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *** * * **
603567 TTTAATAATATTTTGGAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGTAGT
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGT
* ** * *
603632 TCTAGCAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACT
128 TCAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-T
* * ** ** * * * * *
603684 TTTGTTTTG-C-TAGAAAAAAATCGTGCCAGTTCATACAAACTTGTTCGAAATGAAATAATACAA
1 TTTGTTTTGTCATA-AAATAATTTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
603747 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--GA-TTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCATT
63 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGT
* * * * * * *
603809 TCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
128 TCAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
** * * * * *
603861 TTTGCATGGTCATATAACA-AATGTTTTTGATCATTCAAGCTTATT-AAGAATAAAATTATACTA
1 TTTGTTTTGTCATA-AA-ATAATTTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTA
* * *
603924 ATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAA-ACGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACCA
63 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-G-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCA
* * * * * * * *
603988 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTAT
126 GTTCAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
604037 AAACTTTTGT
Statistics
Matches: 1085, Mismatches: 255, Indels: 137
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 6 0.01
161 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCA
AATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
Found at i:605030 original size:358 final size:360
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Indices: 604487--605155 Score: 789
Period size: 358 Copynumber: 1.9 Consensus size: 360
604477 TTGTTTTGTG
* *
604487 ATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAAATAATTTGTTAATATTT
1 ATAAAACAAATTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTT
* * ** ** *
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65 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAGTAAATCAGTTTACCTAACCAGAACAAATAATCAT
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130 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTGTATCATAAAACAATAGTT
* * * * * *
604682 TTTGTTTATATAAGTTTGTTCCG-AATAAAGTGATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
195 TTAGTTCATATAACTTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * *
604745 -A-A-GACATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATCATTAGTTGACAA
258 AATATGACATTTAAAAAAAGAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATCATTAGTTGACAA
604807 ATTATTTTTTTGAAATTGTTATTCATTTTTGTCCTCTT
323 ATTATTTTTTTGAAATTGTTATTCATTTTTGTCCTCTT
* ** * *
604845 ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-TACGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTA-GAA-TAAAATAAAAATAATTTATTAATAT
* * * * *
604909 TTCTAGAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAA-TAAAT-ATGTTTA-TTAAACTAGAACAAATAG
63 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAGTAAATCA-GTTTACCT-AACCAGAACAAATAA
* * * * ** * * * *
604971 TCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGATT
126 TCATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTGTATCATAAAACAAT
* * *
605036 TGTTTTAGTTCATATAACTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
191 AGTTTTAGTTCATATAACTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * *
605101 ATAATTATGATATTTAAAAAAAGAATCTATTTTTCGAACAAGTTTAAATAATTAT
256 ATAA-TATGACATTTAAAAAAAGAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTAT
605156 GACTATTTGA
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 45, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 5 0.02
358 140 0.55
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361 1 0.00
362 40 0.16
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
ATAAAACAAATTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAGTAAATCAGTTTACCTAACCAGAACAAATAATCATG
ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTGTATCATAAAACAATAGTTT
TAGTTCATATAACTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAT
ATGACATTTAAAAAAAGAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATCATTAGTTGACAAATT
ATTTTTTTGAAATTGTTATTCATTTTTGTCCTCTT
Found at i:605049 original size:181 final size:179
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Indices: 604352--605179 Score: 583
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 179
604342 AATTCTAGAG
* * * * * *
604352 AATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAA-TT-AAAAATAAATTTATTTG
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * *
604414 TTGAACCAGTTCAAATATTTAAGACTCTATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTT
63 TTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
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128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA--TACGAATAAAAT
* * * * **
604531 AAAAATAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTATTTCA-GTTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA-TAAAT-ATGTTTA
* * * *
604595 CCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTT
63 -TTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * * * * * * * * * *
604659 CATTGTATCATAAAACAATAGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCCGAATAAAGT
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATACGAATAAAAT
* * * * * * *
604713 GATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---ACATTTAAAAAATGAATCTATTTATCA
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTA
* * * * * ** * *
604775 AACCAGTTCAAATAGTTATCATTAGTTG-ACAAATTATTTTTTTGAAATTGTTAT-TCATTTTTG
66 AACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
** * * *
604838 TCCTCTTATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAGCTTATACGAATTAAAAT
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATACGAA-TAAAAT
* * *
604890 AATATTAATTTATTAATATTTCTAGAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATT
* ** * * *
604955 AAACTAGAACAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
65 AAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * **
605020 TTTGTCATAAAAGATTTGTTTTAGTTCATATAA-CTTTATTTGAAATAAAAT
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC-TTATACG-AATAAAAT
* * * * *
605071 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTATGATATTTAAAAAA-AGAATCTATTT-
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATA-AATATGTTTA
* * * * *
605133 TTCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
63 TT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT
605180 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 124, Indels: 54
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 8 0.02
177 113 0.23
178 13 0.03
179 32 0.06
180 17 0.03
181 259 0.52
182 55 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTA
AACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATACGAATAAAAT
Found at i:605973 original size:181 final size:179
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Indices: 605180--607812 Score: 1539
Period size: 181 Copynumber: 14.6 Consensus size: 179
605170 TTATCTATTT
* * *
605180 GTATTATTTTATTTTGAA-ACAAGCTTGTATGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAGACAAAA
1 GTATTATTTTATTTTGAATA-AA--TTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * *
605243 GGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAA
62 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAA
* * * * * *
605307 ATAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTA
126 ACAGATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
605358 GTATTATTTTAATTTG-GTAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGAT
1 GTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
605421 CATAACAATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTTGGTAAACG
65 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACA
* ** *
605485 GATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTA
129 GATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
605533 GTATTATTTTATTTTGAAGAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGT
1 GTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * * ** *
605598 GATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAGTGGACATGACCATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
65 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
* ** ** * *
605663 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCAACTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
130 ATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
605714 GTATTAATTATGTTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-GAACAAAACAAAAG
1 GTATT-ATTTTATTTTGAATAAA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAG
* * * * * * * **
605778 ATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGTAGCCATAACGATTTGAACTTGCTGGGTAAAC
63 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* *
605843 ATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
128 AGATTTATTTTT-AAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** *
605896 GTATTATTTTATTTTGAATACAATTGTATGAATACAAATGATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 GTATTATTTTATTTTGAATA-AATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
605961 CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAGCAATTTGAACGTGTTTAGAAAACCA
65 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-CA
* *
606026 -ATTTATTATTTAAA-TGTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATGTA
129 GATTTATT-TTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TA
* *** * * * *
606077 -TATTATTTTACTCAAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
1 GTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
606141 -TTGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTTATTCAGCAAACA
65 CAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * * ** *
606204 AATTTATATTTTAAATATCTTACCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
129 GATTTAT-TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * **
606256 GTAGTATTTTA-TTTCACAT-AATCCTATATGAACTA-ATACAATTTTGTTTTAGGATGAAACAA
1 GTATTATTTTATTTTGA-ATAAAT--TGTATGAA-TAGAAACAA--TTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
606318 AAGTTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTAGTA
60 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA
* * * * * * * *
606383 AAGATATTTATTTTTAAAATCTTTGATTTATTAAATTTTGAAATTTTGATAAATTA
125 AACAGATTTATTTTT-AAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * ** ** * * * **
606439 ATGTCATTTTAATCCGAATTAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAACT
1 GTATTATTTTATTTTGAA-TAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * **
606504 CACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTTATTCGGTAAACAG
65 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
* * * *
606569 ATTTATCTTTTTAAATCTTTTT-CTTATTAGTTATCT-AAATATTAAAAAATTT
130 ATTTA--TTTTTAAAT-TTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * * * * *
606621 GTATTATTTTAATTAAAACAAGCTTGTCTGAATAGAAAAAAAAT-TTTTATGACAAAACAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * * * *
606685 TTATAGTAATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATAGACATCTA-TATTTGAACTTGTTTCA-TAAA
64 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAA
* * * * *
606748 TAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTA
127 CAGATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTAT-TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* ** *** ** * * * * * * * **
606802 GAATTATGATATTCCCAATCAGCTTTTACGAACATAAACAATTATTTTGTGGC-AAACAAAATAT
1 GTATTATTTTATTTTGAAT-AAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** ** **
606866 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAAGCCAATTG
65 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
* * * *
606931 ATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTA
130 ATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * * * * *
606982 GCATTAATTTTATTTCGAATAAGACTATTTCAATAGAGACAATTGTTTTATTAC-AAAC-AAATG
1 GTATT-ATTTTATTTTGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * *
607045 CCTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTTTTATAACTAATTGAAC-TGATTT-GCTAA
64 TC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAA
* * * * ** * *
607108 ATATATTTATTTTTTAA---TCTA-TTATTAATTTTCAAAATATCAAAAAATTA
126 ACAGATTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *** * * * * * * ** * * * *
607158 ATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATGTGCACAAAAACTTTTGTTCTACGACAAAAGAAAAAGT
1 GTATTATTTTATTTTGAATAAA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * * * * *
607223 CATAATGATTTAAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACCATTGGAA-TTAGTTTCA-CAAA
65 CATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTT-AGTAAA
* * * * * * *
607286 CAAATTTATTTTTTAAATCTGTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTA
127 CAGATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * ** * * * * *
607340 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAGGAGCATAAATAATTATTTTATGATAAAAACAAAAGT
1 GTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
607405 TTATAATAATTTGAAATATATAATTATTCAAACAGTCATAACCATTT-AGA-TTGGTTAGGTAAG
64 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTA-GTAAA
* * ****
607468 CATATTTATTTTTAAGTCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
127 CAGATTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * ** * *
607521 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAGTCAAATGT
1 GTATTATTTTATTTTGAATA-AATTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * *
607585 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GATCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAA
64 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAA
* * * * * * * * *
607648 CTGAGTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTATTGAAATATTAATAAAGTA
127 CAGATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
607702 GTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG
1 GTATTATTTTATTTTGAAT-AAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
607766 TTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTT
64 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
607813 TAACGATTTA
Statistics
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GTATTATTTTATTTTGAATAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
TTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
Found at i:606438 original size:23 final size:24
Alignment explanation
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**
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*
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1 TTTTAAAATCTTTGATAAATTAA
606440 TGTCATTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (24 bp):
TTTTAAAATCTTTGATAAATTAAA
Found at i:606681 original size:363 final size:356
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605170 TTATCTATTT
* ** ** *
605180 GTATTATTTTATTTTGAAACAAGCTTGTATGAATTGAAAATTTTGTTTTATGACAAGACAAAAGG
1 GTATTATTTTA-TTTAAAACAA-CTTGTATGAATAAAAAATAAT-TTTTATGACAAAACAAAA-G
* * ** * * * * * * * *
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62 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTT-GTTTAGAAAAC
* * * * * *
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126 CAATTTATTATTTAAATCTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTAA
**** * * * * * *
605370 T-TTGGTAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGA
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* * ** * ** *
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* ** *
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** * * * * * *
605533 GTATTATTTTATTTTGAAGAATTTTGCATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTAAAACAA-CTTGTATGAATAAAAAATAATT--TTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * * * ** * ** * *
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62 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTAGAAAACC
* * ** * * * *
605661 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCAACTAATTTTTTAAATATTAATAAAT-TAGTATTAATTAT
127 A-ATTTATTATTTAAATCT-TTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATGTA-TATT-ATTTT
** *** * * *
605725 GTTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-GAACAAAACAAAAGATCATAACTAT
188 AATCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAA-ATCACAACAAT
* * * ** * *
605789 TTGAAATAAATAATTGTTCAAGTAGCCATAACGATTTGAACTTGCTGGGTAAACATATTTATTTT
251 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTT
* *
605854 TAAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
316 TTAAATTTTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
605896 GTATTATTTTATTTTGAATACAA-TTGTATGAAT-ACAAATGATTGGTTTATGACAAAACAAAAG
1 GTATTATTTTA-TTT-AAAACAACTTGTATGAATAAAAAATAATT--TTTATGACAAAACAAAA-
* * * * *
605959 GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAGCA--ATTTGAACGTGTTTAGAAA
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* * *
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124 ACCAATTTATTATTTAAATCTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATGTATATTATTTTA
* * * ***
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189 ATCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCACAACAATTT
* * * * * *
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253 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * ** *
606216 AAATATCTTACCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
318 AAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * ** * **
606256 GTAGTATTTTATTTCACATAATCCTATATGAACTAATACAATTTTGTTTTAGGATGAAACAAAAG
1 GTATTATTTTATTTAAAACAA-CTTGTATGAA-TAA-AAAATAAT-TTTTATGACAAAACAAAAG
* *
606321 TTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-
62 TT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTAGAAAAC
* * * *
606385 GATATTTATT-TTTAAAATCTTTGATTTATTAAATTTTGAAATTTTGATAAAT-TA-ATGTCATT
126 CA-ATTTATTATTT-AAATCTTT-ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATGTATAT-T-ATT
** * * * *
606447 TTAATCCGAATTAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAACTCACAACAA
186 TTAATCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCACAACAA
* * *
606512 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTTATCT
250 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTAT-T
* * * *
606577 TTTTAAATCTTTTTCTTATTAGTTATCT-AAATATTAAAAAATTT
314 TTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
606621 GTATTATTTTAATTAAAACAAGCTTGTCTGAATAGAAAAAAAATTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 GTATTATTTTATTTAAAACAA-CTTGTATGAATA-AAAAATAATTTTTATGACAAAACAAAA-GT
** * * * * *
606686 TATAGTAATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATAGACAT-CTATATTTGAACTTGTTTCATAAATA
63 TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAT-TATTTGAACTTGTTT-AGAAA-A
* * * * *
606750 --GATTCAGTT-TTTAAATCTCTTACTT-TCT-AATTTTTAGAATATTACTAAAT-TAGAATTAT
125 CCAATTTA-TTATTTAAATCT-TTACTTAT-TAAATTTTGA-AATATTAATAAATGTA-TATTAT
** * ** * * * * * * * * * *
606809 GATATTCCCAATCAGCTTTTACGAACATAAACAATTATTTTGTGGC-AAACAAAATATCATAACG
185 TTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCACAACA
* * * * * * ** * ** *** *
606873 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTTATAACTATTTGTAC-TGGTCAAGCCAATTGATTCAT
249 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTATTC-GGTAAACAAATTTAT
* * *
606937 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTA
313 TTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * *
606982 GCATTAATTTTATTTCGAATAA-GACTAT-T-TCAATAGAGACAAT--TGTTTTATTAC-AAACA
1 GTATT-ATTTTATTT--AA-AACAACT-TGTATGAATA-A-AAAATAAT-TTTTATGACAAAACA
* * * * * * ** * * * *
607041 AATGCCTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTTTTATAACTAATTGAAC-TGATTT-G
58 AAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTG-TTTAG
* * * * * *
607104 CTAAA-TATATTTATT-TTTTAATC--TA-TTATT-AATTTTCAAAATATCAAAAAAT-TAATAT
121 -AAAACCA-ATTTATTATTTAAATCTTTACTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATGT-ATAT
* * * * * * * * * ** * * * *
607162 TATTTTATTCCAAACAAACTTATGTGCACAAAAACTTTTGTTCTACGACAAAAGAAAAAGTCATA
182 TATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCACA
** * * * * * * * **
607227 ATGATTTAAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACCATTGGAA-TTAGTTTC-ACAAACAAA
246 ACAATTT-GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTA--TTCGGTAAACAAA
* ** * * *
607290 TTTATTTTTTAAATCTGTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTA
308 TTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * *
607340 GTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTAGGAGCATAAATAATTA-TTTTATGATAAAAACAAAA
1 GTATTATTTTATT-T-AAAACAACTTGTATGA--ATAAAAAATAATTTTTATGA-CAAAACAAAA
* * * * ** * **
607403 GTTTATAATAATTTGAAATATATAATTATTCAAACAGTCATAACCATTT-AGA-TTGGTTAGGTA
61 G-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGA-ACTTGTTTAGAAA
* * ** *
607466 AGCATATTTATT-TTTAAGTCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATT
124 ACCA-ATTTATTATTTAAATC-TTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATGTA-TATTATT
* *** * * ** ** * **
607529 TTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAGTCAAATGTTCATAATG
186 TTAATCAAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AATCACAACA
* * * ** ** *
607593 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GATCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACTGAGTTAT
249 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACCATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTAT
* ** * * * *
607657 TTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTATTGAAATATTAATAAAGTA
313 TTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
607702 GTATTATTTTATTTTGGATAA-AA-TTTTATGAACTGAAACAAT--TGTTTTATGATAAAACAAA
1 GTATTATTTTA-TTT--AAAACAACTTGTATGAA-T-AAAAAATAAT-TTTTATGACAAAACAAA
* * *
607763 ATGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCAT
60 A-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
607805 AACTATTTTA
Statistics
Matches: 1743, Mismatches: 417, Indels: 216
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 5 0.00
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366 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
GTATTATTTTATTTAAAACAACTTGTATGAATAAAAAATAATTTTTATGACAAAACAAAAGTTAT
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTAGAAAACCAATT
TATTATTTAAATCTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATGTATATTATTTTAATCAAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCACAACAATTTGAAATAAA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTT
TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
Found at i:607834 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 607776--607867 Score: 141
Period size: 44 Copynumber: 2.1 Consensus size: 44
607766 TTATAACAAT
* *
607776 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTTAAC-GA
1 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA
*
607819 TTTAAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA
1 TTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA
607864 TTTA
1 TTTA
607868 GTAAACAGAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (44 bp):
TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA
Found at i:609148 original size:181 final size:181
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Indices: 608774--611856 Score: 1905
Period size: 181 Copynumber: 17.2 Consensus size: 181
608764 TTAATAATAC
** * * * *
608774 AAATTTATTAATATT-TTGAAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * ** *
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* * * *** *
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129 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-GT
* * * * ** *
608955 AAGTTT-TTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAATA
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
609019 AGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTCTAACCTTTTGCTTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * *
609084 CATAAGATGAATT-TTTCTGTTCATACAAACTTTTTTTGAATAAAAAAATGT
131 CATAA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGT
* ** * * **
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* * * * **
609198 CAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * *
609263 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAGAATAATAT
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGT
* * * * * * * * *
609316 TAATTTATTACTATTTTGACAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATA
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * *
609381 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTGTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
609446 AAGAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCCTA-TTTGTAATAAAATAATGCT
131 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATG-T
* * * * *
609498 -AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGCTTACCGAA
1 AAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * ** * * * * *
609561 CAAGTTGAAATAGTTATAACTACCTAAACAATTATCTCTTTCAAAACTTTATGACATTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** *
609626 GACATAAAACAATTGATTATGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGT
* * * * ** * * *
609679 AAATTTATTTATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAGAAAAATTAAGCTATTTTCTGAAC
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
609743 ACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTT
65 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTT
* * * * * *
609806 TGTCACAAACCAATTGTTTCTATTCAAATAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-A
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* * * *
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1 A-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * ** *
609923 CGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAGCTATTTATTTCAAATCGTTATGATCC-TTTGTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTT
* * *
609987 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAT-AGA-AAAATATTGCT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TTGA-ATAAAATAATG-T
* * *
610042 AAA-TTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACC-AAT
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* * * *
610104 CCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATATATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTT
64 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
*** * * *
610167 TACACATAAAACAATTGTCTC-AGTTCATACATGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-GT
* * * * * * ** *
610223 -AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGGAAGAA-ATTAAAAAAAAATAAATCTACTTACCAA
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATT--TAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* * * * * *
610286 ACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCT-AAATCATTATGATCTTTTTATT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTT
* * * * * **** *
610350 TTATCATAAAAAAATTATTTC-AGATCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAATAT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGT
* * * * * ** ** * * **
610405 TACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTAAAATCTAAATCAGTTTATCAAATT
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * *
610470 AGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTCTG
66 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
610534 TCATAAAACAATCGTTTTTCA-TCATACTAGCCTA-TTCGTAATAAAATAATAT
130 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATGT
* ** * *
610586 TAATTT-TTAAATATT-TAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
1 AAATTTATT-AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * *
610649 CCAA-TTCTAATAGTTATGACTATTTG---TATT-T-TAATT----TC-TTATAACCTTTTGTTC
64 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
610703 TATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATGCAAGTTTATTTGGAATAAAATAATGCT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATG-T
* * * * * * * ** *
610758 -AATGTAATAATAATCTGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACC
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
610822 AGTTCAAATAGTTAAG-GTATATGAACAATT-TTTATTTTAAATTGTTATGACAC-TTTATTTTA
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTG
*** * * * * * *
610884 TTGGAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTTAGAATAAGATAA-GAC
130 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATG-T
* * * * *
610936 AAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTCACTGAAC
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * *
611000 CAGTTAAAATAATTGTGACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * ** *
611065 TCATAAAAAAAATGTTTTTATTCAAATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATAT
130 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGT
* * * * * * **
611117 TAATTT-TTAAATATTTTGAAACTTAATAAG--ATA-A-TTAAAAAA-AAA--TATTTACTAAAC
1 AAATTTATT-AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * * * * * **
611174 TAGTTCAATTTGTTATAACTATTTCAACAACTATTTATTTAAAATTGCTAT-AATTATTTGTTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * ** *
611238 GTCATAAAGCAATTGTTT-TGTTCATA-TAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCT
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTTGAATAAAATAATG-T
* * ** * * *
611291 -AGTTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAATGGATTTAAAAAAT-GATTCT-TTTGGCCTAA
1 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTT-ACCGAA
* * * * *
611353 CCAGTGT-AAATAGTTATGACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTT
64 CAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
611417 TGTTACAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTTGAAATAACATAAT-T
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATGT
* * * * *** *
611470 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTGAAAAATGAATCCATTCACC-AAT
1 -AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-
* * * * * *
611530 CAAGTTCAAATAGTTATG-TTGATTTGAACAATTATCTATTTCAGATCGCTATAATCTTTTGTTA
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * **
611594 TGTGAT-AAACAATAT-ATTCTATTCATAAAAGCTTA-TTTCAATTAAAATAATAC
128 TGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATGT
* * * *
611647 AAATATT-TTAATA--CTAAAAAATTAACAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATTTTGTTTAACGAA
1 AAAT-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * *
611709 TAAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAACTATTATTTACTTT-AAATCATTATGACTTTTTGTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
611772 TGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAT-ATTAAAATAATAT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TTGAATAAAATAATGT
* *
611826 TAATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAAGT
1 AAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGT
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Statistics
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0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGT
Found at i:612677 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 612038--613606 Score: 960
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 178
612028 TTTCAAACCA
* ** * ** *
612038 TTTGTTTTGTTATAAAATTTTTTTTTC--TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATA-TAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AA
* * *
612100 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAATCAGTT-
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* * * ** ** *
612162 AAATAATTATGGCCATTTGAACAATTA-TCTATTTTGAATCAATATGACAT
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATGACTT
* ** * *
612212 TTTGTTTTGAT-ATAAAATAATTTTTTTTGATCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTG-TCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
612276 ATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAA-ACCGGTT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TGAATA--AGTT
** *** * * * * * * * *
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127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATGACTT
* * * * * *
612389 TTT-TTTAGTCGTAAAATATTTGTTTCA-TATCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
612452 TATATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG-GATTT-AAAAAATAAATCTATTT--TGAATAAG
* * * * *
612516 CTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTACT-TATTTAAAATCCTTATGACTT
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATGACTT
** * **
612569 TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * ** *
612634 TCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAGCAAATT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-GGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-TGAATAAGTT
* * * * * * * * * *
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127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATGACTT
* * * * ** * *
612750 TTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCGGGTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAGT
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
612815 TTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATCAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG-GATTTAAAAAATAAATCTATTT-T-GAATAAGTT
* * * * * * *
612880 CAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTA-TCTGTTTTCAAATTGTTAAGAAC-T
127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCT-ATTTCAAATCGTTATG-ACTT
* * * ** * *
612932 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTCA--TCGGACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATT--ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
612995 ATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GATTTAAAAAATAAA-C-ATGTT---T-A--CCA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTTGAATAAGTTCA
* * * * *
613050 AACCA-TT-T-CCTATTTGAATAATTAC-CTATTTCAAATCGTTTTAACTT
129 AA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATGACTT
* * * * * * * *
613097 TGTGTTCTATTATAAAATAATATTTTTCAATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** *
613162 TTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAA-ATAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAG-GATTTAAAAAATAAATCTATTT-T-GAATA-AG
** * **
613226 TTCAAGCAGTTAAGACTACATGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGAAC-T
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATG-ACTT
* * * * * *
613279 TTTGTCTTGTCATAAAATAATCATGTCAGTTCATACAAACTTATTCGAAATGAAATAATA-TAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * *
613343 TTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG--TGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATGGAATTATTTC
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTT-T-GAATAAGTTC
* * * * * ** * *
613406 AAATAATTATGGCCATTTCAATAATTA-TCTATTTCAAGCCGTTATTACCT
128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATGACTT
* * * * * ** * * *
613456 TTTGTATGGTCATATAACAAATATTT-TTTATCATTCAAGCTCATT-AAGAATAAAATTATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTA
* * * * *
613519 ATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGCCATTTAAAAAGTAAATCTGTTTGTCGAACT-A
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG-GATTTAAAAAATAAATCTATTT-T-GAA-TAA
*
613583 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
124 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
613607 GTAATTGTAT
Statistics
Matches: 1073, Mismatches: 254, Indels: 129
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.01
165 29 0.03
166 65 0.06
167 1 0.00
168 7 0.01
169 1 0.00
170 16 0.01
171 2 0.00
172 3 0.00
173 1 0.00
174 23 0.02
175 24 0.02
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177 167 0.16
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183 5 0.00
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTTGAATAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTACTCTATTTCAAATCGTTATGACTT
Found at i:613352 original size:710 final size:706
Alignment explanation
Indices: 612066--613369 Score: 1533
Period size: 710 Copynumber: 1.8 Consensus size: 706
612056 TTTTTTTTCT
* * * *
612066 TCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
1 TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTAATAATATCTCAAAAATTAATAAGAGAT
* * *
612131 TTAAAAAATAAATTTATTTATTGAATCAGTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTT
66 TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTT
* * * ** * *
612196 TGAATCAATATGACATTTTGTTTTGATATAAAATAATTTTTTTTGATCACACAAGCTTATTCAAA
131 TAAATCAATAAGACATTTTGTTTTGATATAAAACAATTGCTTTTCATCACACAAGCCTATTCAAA
**
612261 ATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
196 ATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTT
** * **
612326 GTCAAACCGGTTCAAATAGTTAAAACTACAAGAATAATGATTTATTCCAAATCATTCTAAATTTT
261 ACCAAACCAGTTC-AATAGTT---A-T---AGAATAATGACCTATTCCAAATCATTCTAAATTTT
* * * *
612391 TTTTAGTCGTAAAATATTTGTTTCATATCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATATA
318 TTCTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATA
* *
612456 TTAACATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGCTCAA
383 ATAACATTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGCTCAA
* * * ** * * *
612521 ATAGTTATGTCTATTTGAATAATTACTTATTTAAAATCCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAG
448 ACAGTTAAGACTACATGAACAATTACTTATTTAAAATCCTTATGACTTTTTGTCTTGTCATAAAA
* *
612586 CAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAA
513 CAATCATGTCAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAA
612651 ATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAGCAAATTTAAATACTTATAACTCT
578 ATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAGCAAATTTAAATACTTATAACTCT
612716 ATGAACAATTGTATATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCGGG
643 ATGAACAATTGTATATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCGGG
* * *
612780 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-ATAGTTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATA-AATTTAATAATATCTCAAAAATTAATAAG--A
* * *
612844 GTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTAT
63 --GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTT-AAATAATTATGGCCATTTCAACAATTAT
* *** * **
612909 CTGTTTTCAAATTGTTAAGA-ACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTCATCGGACAAGCC
125 CTATTTT-AAATCAATAAGACA-TTTTGTTTTGATATAAAACAATTGCTTTTCATCACACAAGCC
* * *
612973 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
188 TATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
613038 ACATGTTTACCAAACCATTTC-CTA-TT-T-GAATAATTACCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTG
253 ACATGTTTACCAAACCAGTTCAATAGTTATAGAATAATGACCTATTCCAAATCATTCTAAATTT-
* * *
613099 TGTTCTA-TTATAAAATAATATT-TTTCA-ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
317 T-TTCTAGTCATAAAAT-AT-TTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** *
613161 ATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTT-GTCGAA-A
378 ATATAATAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATA
* * * *
613223 TAGTTCAAGCAGTTAAGACTACATGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTCT
441 -AGCTCAAACAGTTAAGACTACATGAACAATTACT-TATTTAAAATCCTTATG-ACTTTTTGTCT
* ** * * *
613286 TGTCATAAAATAATCATGTCAGTTCATACAAA-CTTATTCGAAATGAAATAATA-TAAATTTATT
503 TGTCATAAAACAATCATGTCAGTTCATA-AAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACT-AATTCATT
*
613349 AATATTTCAAAATTTAATAAG
566 AATATTTCAAAAATTAATAAG
613370 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 79, Indels: 44
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
708 26 0.05
709 13 0.03
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711 30 0.06
712 1 0.00
713 1 0.00
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716 1 0.00
717 2 0.00
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720 118 0.24
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (706 bp):
TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTAATAATATCTCAAAAATTAATAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTT
TAAATCAATAAGACATTTTGTTTTGATATAAAACAATTGCTTTTCATCACACAAGCCTATTCAAA
ATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTT
ACCAAACCAGTTCAATAGTTATAGAATAATGACCTATTCCAAATCATTCTAAATTTTTTCTAGTC
ATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAACATT
CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGCTCAAACAGTTAA
GACTACATGAACAATTACTTATTTAAAATCCTTATGACTTTTTGTCTTGTCATAAAACAATCATG
TCAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GCAAGGGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAGCAAATTTAAATACTTATAACTCTATGAACAA
TTGTATATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCGGG
Found at i:615094 original size:165 final size:162
Alignment explanation
Indices: 614826--615139 Score: 378
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
614816 GAAAATTTTG
* ** * ** *
614826 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTGTCTTAACGAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACGAT
* * * ** *
614891 TTGAATTGGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAT
66 TTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTTTCAAAATATTAA
614956 TAAATTAGTATTATTTTAATTTGGTAAGCTTGTATA
127 TAAATTAGTATTATTTTAATTTGGTAAGCTTGTATA
* * * * *
614992 TTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGATATAGATAATTGTTGAAATAATCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACGAT
* * * *
615056 TTGAACTATTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA
66 TTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
*
615121 TTAGTATTATTTTATTTTG
131 TTAGTATTATTTTAATTTG
615140 AAGAATTTTG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 23, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
161 36 0.29
163 1 0.01
165 75 0.60
166 13 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (162 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACGAT
TTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTAATTTGGTAAGCTTGTATA
Found at i:615357 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 614993--615486 Score: 473
Period size: 179 Copynumber: 2.8 Consensus size: 176
614983 GCTTGTATAT
* * * * *
614993 TTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGATATAGATAATTGTTGAAATAATCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
615057 TGAACTATTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGAT
66 TGAACTAGTTTAGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTAATAATTTTCAAAATATTAATAGAT
* *** ** * *
615122 TAGTATTATTTTATTTTGAAGAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGG
131 TAATATTATTTTATTCAAAAGAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-A
* *
615169 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
615234 TGAACT-GTTTAG-AAGAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAATAATTTTTGAAAA-ATTAA
66 TGAACTAGTTTAGTAA-AAAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTAATAA-TTTTCAAAATATTAA
* *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* ** * ** * * **
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* * ** ** * *
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* * * *
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* * ** *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* *
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** ** * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * ***
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* * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * **
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* ** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * **
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188 TTTCAAAAATTAA-AAGTAAGAAAATTAAAAAAATAAAT-T-TGCTTA-CCAAACAAGTTCAAAT
* ** * * * * *
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* * * * *
618023 AAAATAATT-TTTTCAGTTCTTACTAA-CTTATTT-AGAATAATATAAGACAAATTTATTAATAT
128 AAAACAATTGTTTT-A-TTCATAC-AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * * *
618085 TTTAAAAATTAATCAA-TAAG-AGGTTTAAAAAATAATTTTG-TTCACTAAACCAGTTAAAATAA
189 TTCAAAAATTAA--AAGTAAGAAAATTAAAAAAATAAATTTGCTT-ACCAAACAAGTTCAAATAA
* * * * *
618147 TTGTGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
251 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGAGCATTTTGTTTTGACATAAAACAA
* * * * * * * ** *
618211 ATGTTTTTGCTCAAATAAGTTTGTTCGGAATAAAATAATATTAAT
315 TTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAAT
* * * * * * * *
618256 TTTTTAATATTTTGAAAATTAATAAG--ATA-A-TTAAAAAATGAATATGTTTGCTAAACTAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-AATT
* * * * ** * * *
618317 CAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTTTGACTATTTGTTTTGTTATA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-TAGA
* * * * * * *
618382 AAATAATTATTTTGTTCATAC-AGTCTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATA-TTC
129 AAACAATTGTTTTATTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *** * * * * ** * *
618444 TAAAAAATATTAAGTAA-TCGATTTAAAAAATGATTTTG-TTGGCTTAACTAGTGT-AAATAGTT
192 -AAAAATTA-AAAGTAAGAAAATTAAAAAAATAAATTTGCTT-ACCAAACAAGT-TCAAATAATT
* * * * * * * * ** *
618506 ATGATTGTTTAAGCCATTATCTATTTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTCTTTTGTTACAAAACAAT
253 ATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTT-AAATCATTATGAGCATTTTGTTTTGACATAAAACAAT
* * * *
618570 TGTTTCTGTTCATACAAACTTATTT-GAAATAAGATAAT-TCTAAT
316 TGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAT-AAAT
* * * * *
618614 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTGAAAAATGAATCT-TTTCGCCGAACAAGT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACCAAACAA-T
* * * * * *
618674 TCGAATAGTTGTG-TTGATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTAT-AATCTTTTGTTTTGTC
64 TCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGT-
* * * * * * * * *
618737 A-TAAATAATT-TATTCTATTCATAGAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATATGTTAATAT
126 AGAAAACAATTGT-TT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * ** * * *
618800 TAAAAAAAATTAACAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATTTTTTTAATCAAATAAGTTCAAATAG
189 T-TCAAAAATTAA-AAGTAAGAAAATTAAAAAAATAAATTTGCTT-ACCAAACAAGTTCAAATAA
* * * * *
618864 TT-TAACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGCCATAAAATAA
251 TTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGAGCATTTTGTTTTGACATAAAACAA
* * * * * *
618927 TTATTTCT-ATTCATAAAAACTTA-TTCGTATTAAAATAATATTAAT
315 TTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATAAAT
*
618972 TTATTAATA-TTTAGACAATTAATAAGT
1 TTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGT
618999 TGTTAAAACT
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAATTC
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAGAAA
ACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAAAAGTAAGAAAATTAAAAAAATAAATTTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT
TTAAACAATTATCTATTTAAATCATTATGAGCATTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTGAT
CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAAT
Found at i:619867 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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619169 TTTCAAACCA
* * * * * * *
619179 TTGTTTTGTCATAAAAAAAATTTTTTTGTTCA-AACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATGCAAAT
1 TTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTATTCATAA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
619243 TTAATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTACCGAATC-AG
64 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTTCTGAA-CAAG
* * * * * *
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* * * *
619355 TTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTAATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* *
619420 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGTC--AACCTAG
65 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT-TCTGAA-CAAG
* * * * * *
619482 TTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAATTT
127 TTCAAATAGTTAAAACTTTATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTT
* * * * * * * * *
619536 CT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTTATATCGTACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATCCTAATA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
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**
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129 CAAATAGTTAAAACT-TTATGAATAATTATCT-ATTTAAAATCATTATGACTTT
* * * * ** *
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1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
619779 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTTTGAACAAATTT
65 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAACAAGTTC
* * * * *
619844 AAATACTTACAACTTTATGAATAATTGTATATTTAAAATCATTATGACCTT
130 AAATAGTTAAAACTTTATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTT
* * * * * ** * *
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1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
619960 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATT-TGTTTACCGAATC-AGT
65 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTTCTGAA-CAAGT
* * *** * * * * * ** *
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128 TCAAATAGTTA-AAACTTTATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG-ACTTT
* * *
620076 TTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** *
620140 TTGTTCATATTTAAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAATAA-AC-ATGTTTACCAAACCAG
64 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTAT-TTT-CTGAACAAG
* * ** * * *
620200 TT----T--TT---A--TT-TGAACAATTACCTATTTCTAATCGTTTTAACTTT
127 TTCAAATAGTTAAAACTTTATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTT
* * * * * * *
620242 GTGTTCTATTATAAAATAATT-TTTTCAATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * * **
620306 TTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAAGTAGTT
64 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAACAAGTT
** * * * *
620371 CAAGCAGTTAAGA-TTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TT
129 CAAATAGTTAAAACTT-TATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG-ACTTT
** * * * * *
620423 TTGTTTTGTCATAAAACAATCATGTCAGTTCATACAAA-CTTATTTGAAATGAAATAATACAAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
620487 TTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATT-TGTTTAT-GGAATC-A
64 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT-TCTGAA-CAA
* * *** * * * * * **
620545 TTTCAAATAATTATGGCCATT-TCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCCT
126 GTTCAAATAGTTA-AAACTTTATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTT
* * * * * * * * *
620600 TTGTATGGTCATATAACAAATGTTTTTTATCATTCAAA-CTCATT-AAGAATAAAATTATACTAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCA-TAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * * ** * * *
620663 TTTATTAATCTTTCCAAAATTAATATGTAAGTTATTTAAAAAATAAATCTATTTGTC-AAACCAG
63 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT-TCTGAACAAG
* *
620727 TTTAAATAGTTATAACT
127 TTCAAATAGTTAAAACT
620744 ATTTGAACAA
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.01
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172 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAACAAGTTCA
AATAGTTAAAACTTTATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTT
Found at i:620442 original size:528 final size:533
Alignment explanation
Indices: 619207--620593 Score: 1371
Period size: 528 Copynumber: 2.6 Consensus size: 533
619197 AATTTTTTTG
* * * * * *
619207 TTCAAACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTTAAAA--ATTAA-TAAG
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTAATAACTAAG
* *
619269 AGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACCGAATCAGTTAAATAATTATGA--ACATTTGAACAATTA
66 AGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAAT-AGTTAAATAATTAAGATTACA--TGAACAATTA
* * * * *
619331 TCTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTA-ATCATACAAGC
127 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGC
* * *
619394 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
190 TTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
* * * * * * *** * *** *
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255 AGTGAATTTGTTTATCGAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * **
619523 TCATTCTAAATTTCTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTTATATCGTACAAGTTTATTCGAAATAAA
319 TCATTATAAATTTCTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTATATCATACAAGCCTATTCGAAATAAA
* * *
619588 ATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGTAAGAGATTTGGAAAAATAAATCTATTTACT
384 ATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATGTA-T
* * * *
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448 --ATAAGCTCAAACAGTTAT-ACTATTTGAACAATTACTAATTTAAAATCATTATAACTTTGTGT
* * * * *
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510 TCTATTATAAAACAATTATTTCAA
* ** * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-TAAAATTAATAA-CTA
* *** * * * * *
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64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-A-ATAGTTAAATAATTA-AGA-TTACATGAACAAT
* * * * * * *
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125 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC
** *
619934 TTATTTGATGTAAAATAATAATAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
190 TTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
* *
619999 AGTGAATTTGTTTACCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTTTTTCAAAT
255 AGTGAATTTGTTTATCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * *
620064 TGTTATGAACGTTTGTTTT-GTTATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTCGAAATA
320 CATTAT-AA-ATTTCTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAT-ATCATACAAGCCTATTCGAAATA
* * * * * *
620127 AAATAATACTAATTTGTTCATATTTAAAAAATTAA-TAAGAGATTTTAAAAAATAAA-C-ATGT-
382 AAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATGTA
* ** * *
620188 T-T-A-C-CAAACCAGTT-T-TTATTTGAACAATTACCT-ATTTCTAATCGTTTTAACTTTGTGT
447 TATAAGCTCAAA-CAGTTATACTATTTGAACAATTA-CTAATTTAAAATCATTATAACTTTGTGT
* *
620246 TCTATTATAAAATAATTTTTTCAA
510 TCTATTATAAAACAATTATTTCAA
*
620270 TTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAAATTAATAACTAA
* ** *
620335 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAAGTAGTTCAAGCAGTTAAGATTACATGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAGTT-AAATAATTAAGATTACATGAACAATTAT
** *
620400 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATGTCAGTTCATACAAA-CTT
128 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTT
*
620464 ATTTGAAATGAAATAATACA-AATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGTGATTTAAAAA
192 ATTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAA
*
620524 GTGAATTTGTTTATGGAATCA-TTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAT
256 GTGAATTTGTTTATCGAATCAGTTT-AAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAT
620588 CATTAT
320 CATTAT
620594 TACCCTTTGT
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 130, Indels: 69
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
523 3 0.00
524 76 0.11
525 3 0.00
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533 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAATTAATAACTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAGTTAAATAATTAAGATTACATGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAA
TTTGTTTATCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
AAATTTCTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTATATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATGTATATAAGCTC
AAACAGTTATACTATTTGAACAATTACTAATTTAAAATCATTATAACTTTGTGTTCTATTATAAA
ACAATTATTTCAA
Found at i:621362 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 621331--621386 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
621321 TAGTTACCTA
*
621331 ACTAGTTCAAATAATTATG
1 ACTATTTCAAATAATTATG
621350 ACTATTT-AAATAATTAT-
1 ACTATTTCAAATAATTATG
*
621367 -CTATTTCAAATCATTATG
1 ACTATTTCAAATAATTATG
621385 AC
1 AC
621387 CTTTTGTTGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 6
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
17 9 0.28
18 10 0.31
19 7 0.22
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
ACTATTTCAAATAATTATG
Found at i:621384 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 621180--621909 Score: 623
Period size: 181 Copynumber: 4.1 Consensus size: 181
621170 TTTTACGAAC
* *
621180 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAAATGTTTCAGTTCATACT
* *
621244 -AGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
66 AAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
**
621308 AAAAAAGTATTTCTAGTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAT
130 AAAAAA-TAAATCTAGTTA-CTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAT
* * * **
621361 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA-T
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAAATGTTTCAGTTCATACT
* * * * * * *
621425 AAGTTTGTTTCG-AATAAAGTGATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATT
66 AAGCTT-ATTCGAAATAAAAT-AAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
* * * * * *
621485 TAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGACA-
129 TAAAAAATAAATCTAGTTACT-GAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AAAT
* * * * * * * * * **
621538 AATTATTTGTTTCAAATCATTATAACTTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC-
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAAATGTTTCAGTTCATACT
* * * * * *
621602 AAGCTTATACGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAAATTT
66 AAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
* * * * * * * *
621667 TAAAAATAAATAT-GTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGAAT
130 AAAAAATAAATCTAG-TTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAT
* * * ** *
621719 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTG-TAAAAGATTTGTTTCAGTTCAT-T
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TGATAAAACAAATGTTTCAGTTCATAC
* * * * *
621782 TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGATAT
65 TAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAAT
* * * * * * *
621845 TTAAAAAA-GAATCTATTTACTGAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAAC
128 TTAAAAAATAAATCTAGTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAT
621898 AATTATCTATTT
1 AATTATCTATTT
621910 TTATTATTTT
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 92, Indels: 44
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 4 0.01
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* * * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* ** *
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* * ***
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* *
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128 AGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
* * *
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* * * * * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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130 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAG
* * ** * *
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* * * * * *
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128 AGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG
* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
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* *
623643 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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** * * * * **
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* * ** ** *
624549 ACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTAAAAATTTAGGATATATTAATAAATTAG
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** * * * *
624605 TATTATTTTATTAT-GTCTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGG
1 TATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
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* * *
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130 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
624964 TA-TATTTTAATTCAAATAGGCTTGCATGAA-A-AAA-AATTGTTTTATAACAAAAGAAAAGG-C
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * * **
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* * * * * ** *
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* ** * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * * * *
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* ** * * *
625450 ATTATTTTCT-AAGCCTTTTACATATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG
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* * * * * * * *
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1 TATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** ** * * ** *
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* * ** ***
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130 ATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
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* * * *
626696 CAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAA
127 CAGATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
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1 TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
626815 TCAAAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA
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* * * * * * * *
626880 CATTTATTTTTTAAA-C--CT-CTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAC
129 GATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
626929 TATGATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATACAGA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGG
* * * *
626991 TCATAA-TGATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTGGTAAA
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** * * *
627054 CA-AGTTTAGTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTAAAAATACTAATATA-TCG
127 CAGA-TTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * ** * * *
627104 ATATTATTTTA-TTCTAAAGAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
1 -TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
627168 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA-ACATGACTATATGATCTTGTTCGATAAAAA
64 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * *
627232 GATTTATTTTTTAAGTCTCTTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
129 GATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
627285 TATT-TTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAT
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * **
627348 CATAACTATTTGAAATAAATAATTATGCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTAAGTAAACA-
65 CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* *
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* * * * ** ** * *
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1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** *
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* * * * *
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130 ATTTATTTTTAAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAG
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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621901 TATCTATTTT
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* * **
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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*
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* * *
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* * *
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**
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * * * ** * ** *
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* * * * ** * *
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** * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * * * *
627177 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATA--ACATGACTATATG-AT-CTTGTTCGATAAA-AAGATTT
249 TTTGAAATGGAAAATTATTCAAATAGTTCA--ACTATTTGAATGGTT-ATCGGTAAACAA-ATTT
* * * ** **
627237 ATTTTTTAAGTCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCTGAA
310 ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTACACCAAA
* * * * * *
627301 TAAACTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAAT
374 TAAGCTTATATG-ATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAAT
* * * * * *
627364 AAATAATTATGCAAA-CAGTCATAACTATTTGAACTTGCTAAGTAAAC-AATTTATTTTT-AAAT
437 AGATAATTATTCAAATGA-TCATAATTATTTGAAC-TGATTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT
* * * *
627426 TTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTAT
500 TTTTTACTTAATAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT
** * * * * * ** * *
627491 GAACAAAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGTTTATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCA
564 GAACTGAAACAATTGTTTTA-TATAAATCAAAAG-GTAT-AAAATTTTAAATAGACAATTGTTCA
* ** ** * * * *
627556 AATAGTCATAACTATTTGAATGCGTTTAG-AAA-AAAATTA-TTTTTAAAAT-TTTATATTATCA
626 AATAGTAATAACTATTT-AATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTAT-TTATTA
*** *
627617 ATTTTGGGAATATTAATATATTTA-
689 ATTTTTTAAATATTAATA-AATTAG
* * * ** *
627641 TATTATTTT-TTTGA-AATAAGCATGTATGAATGGAAACGATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
1 TATTATTTTATTTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT
* * * * * *
627704 CAAAACAATTTTACATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAAA-A
66 CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCTG-AAAACA
* * * * * * * * * *
627768 GATTCATATTTT-AAATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTATTCAGTTAGTATTATTTTGT
129 -ATTTAT-TTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
627832 TTCGAATAAGGCTATATGA-AGTGATATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCACAATGATTT
190 TTTGAATAA-GCT-TGTGATA-TGAAAGAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTT
* * * * *
627896 GAAAT-AAATAATTATTCAAATAATT-ATGACAATTTGAACTTGTT-T-GGTAAACATATTTATT
252 GAAATGGAA-AATTATTCAAATAGTTCA--ACTATTTGAA-TGGTTATCGGTAAACAAATTTATT
* * * * * ** * *
627957 TTTAAAATATTTTGCTTACTAATGATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCCGAATA
313 TTTTAAATATCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACA-CCAAATA
* * * * * * * *
628021 AGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAACA-ATCATAATGATTTGAAATAAA
376 AGCTTATATGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * *
628085 TAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTCAATAGATTTCTTTTTTAAATCTT
440 TAATTATTCAAATGA-TCATAATTATTTGAACTGA-TTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTT
* * * * * *
628149 TTACTTATTATTTGTCTG-AACATTACTAAATTTGTATTATTTTA
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628193 ATTGTTCAAG
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TATTATTTTATTTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT
CATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCTGAAAACAAT
TTATTTTTAAAATTTTTGCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTGTGATATGAAAGAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATGGAA
AATTATTCAAATAGTTCAACTATTTGAATGGTTATCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTT
ACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACACCAAATAAGCTTATATGATCAT
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAT
CATAATTATTTGAACTGATTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTAATAATTTATGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATA
TAAATCAAAAGGTATAAAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAATTTGTT
CGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTATTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG
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Alignment explanation
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624910 AAACAAATTT
*
624920 ATTTTTTAAATCTCTTATTA
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1 ATTTTTTAAACTATTATTA
624958 A
1 A
624959 ATTAGTATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTTTAAACTATTATTA
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625694 CCAAATAAGA
* * * * * * **
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* * * **
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* * *
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**** * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* *
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66 TTGTTCAAAGAGTCATAAATATTTG
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Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAAGAGTCATAAATATTTGGAATAGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
ATAATTCTTAAAATATTAATAAAGTAGGATTATGTTATATTAAATCAGC
Found at i:626351 original size:536 final size:533
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Indices: 621911--628114 Score: 3709
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621901 TATCTATTTT
* * * *
621911 TATTATTTTATTTTGAATTAAGCTTTTATGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
622104 TTCG-GTAAGCTTGTATGA---AAATGAATAATTATTTTATGA-GAAA-ATAAAGGTCATAACAA
187 TTCGAATAAGCTTGTATGATTGAAA--AA-AATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTAATAACGA
* * * ** * * *
622163 TTTGATATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTTGATAGACAGATTTAGT
248 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAATAAACAAATTTATT
* * ** * * * * **
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312 TTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTAAATAAGCT
* * * * *
622291 TGCATGAA-TAGACACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
377 TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAAT
* * * * * * * * * * * * * *
622355 TGTTTAAGTGGACATGATTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
441 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTGCT
* *
622420 AACTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
505 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
622449 TATTAATTATGTTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTT-TAGAACAAAATACAAG
1 TATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTAT-G-ACTAAACAAAAG
** * * * * * * * *
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* * * * *
622576 TAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTA
126 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
622641 TTTCGAATACA-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTAT
186 TTTCGAATA-AGCTTGTATGATTGA-AAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGAT
* * * *
622704 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCAATTTGAATGTG-TTCAAAAAACCAATTTATTT
249 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGATTCAATAAACAAATTTATTT
* * * * * * *
622768 TTAAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-CTCAGAAGAA
313 TTTAAA--TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATATTA-AATAA
* * * ** * *
622831 GCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAAGAGAT
374 GCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
* * * * * *
622895 AATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTATTCGGCAAACAAATTTATATTTT-AAATATCT
438 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTT-AGTAAACAAATTTAT-TTTTAAAATCTCT
* * *
622958 TACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
501 TGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
** ** * * * * * * * *
622991 TATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTC
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-GTTTATGACTAAACAAAAGGTT
* * ** * * * * *
623056 AGAATTATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAACCATA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGA
* * * * * *
623121 TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
130 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTAATAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * ** * * *
623186 GAATACA-CTTGTATGAACGTAAACTATTGTTTTAT---TATAGAAAA---AA-AA-G---T--C
190 GAATA-AGCTTGTATGATTGAAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAA
** * * * * * *
623237 ATA-ACGA-T-TTCAAATAGTCATAATTATTTTATTTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAA
254 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * *
623298 ATCTCTTACTTATTTATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT-TCCT-AATAAGCT
318 A--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATAT--TAAATAAGCT
* * * * * * * *
623360 AGTATGAATTGAAAA-AACTATTTTATGACAAAGCAAAAAGTCATAACT-ATTTGAATTAGATAA
377 TGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAA
* * * * * *
623423 TTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
440 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTT-G
* *
623488 -TTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAGATTAG
503 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * *
623518 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAA-TATT-TTT-TTACGTAGAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTATGAC-TA-AACAAAAGG
* * * * * *
623579 TTGTAACGATTTG--ATATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAA-A
63 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACA
*
623641 GGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAC
128 -GATTTATTTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
623706 TCCGAATAAGCTTGTATGATCGAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATGTG
187 TTCGAATAAGCTTGTATGATTGAAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
* * * * * *
623771 AAATAGATAATTGTT-AAATTGATCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTCACTTTTT
252 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTT
* *
623835 AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
316 AAA--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTAAATAAGCTT
* ** * * ** *
623900 ATATGAACTGTAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATCACAATTTTAAATAGACAATTG
378 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * *
623965 TTCTAATAGT-AGTAACTATTTGAATTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTTTAAA-CTCATGT
443 TTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAATTTGTT-AGTAAACAAATTTA--TTTTTAAAATCTCTTGC
* **
624028 TTATTAATTTTTTAAATATTAGGAAATTAG
504 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
624058 TATTATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-TT
1 TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACTAAACAAAAGGT
* * * *
624121 TCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCT-GTAAAT
64 T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT-TGGTAAAC
** * * * * *
624185 AGATTTATTATTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTAT
127 AGATTTATT-TTTTAA-A-TCT-CTTAATAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
624250 TTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAAGAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTT
187 TTCGAATAAGCTTGTATGAT-TGAAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* * * * * * *
624314 GAAATGGAAAATTATTCTAATAGT-TTCAACTATTTGAATTGGTTCACTCAGTAAACACATTTAT
251 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTGATTCA---A-TAAACAAATTTAT
* * **
624378 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-ATAACATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAA
311 TTTTT-AA-ATC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-ATTAAA
* * * *
624441 TAAGCTTCTATGATC-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGATTTGAAATA
371 TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
** * * * ** * *
624505 GATAATCATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTGAGTTAATAAACAAATTTATTTTTAAAATT
435 GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTTGTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATC
* * * * **
624569 TTTTACTTA-AAAATTTAGGATATATTAATAAATTAG
498 TCTTGCTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAG
* ** *
624605 TATTATTTTATTATGTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAATCAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACTAAA-CAAAAGGT
* * * * * * * *
624669 TATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAAC-GTGTTCGATAAATA
64 TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG-GTTTGGTAAACA
* * * * *
624733 GATTTATCTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTGAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTAT
128 GATTTAT-TTTTTAAATCTC----TTAATAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
624798 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTG-AAAAAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAA-AACAATT
187 TTCGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-AATAACGATT
* * * * * ***
624861 TGAAATAGATAATTTTTCTAATTGTCTTAACCATTTGAATTGATTCGGCAAACAAATTTATTTTT
250 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTT
* * *
624926 TAAATCT-CTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTA-TATTTTA-ATTCAAATAGGCTTG
315 TAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATT-AAATAAGCTTG
* * * * * * **
624988 CATGAA--AAAA-AATTGTTTTATAACAAAAGAAAAGG-CTATAACGATTTGAAATAGATTATCA
379 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * * ** * * * * * *
625049 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAATGAGACTTATTTTT-TAAT-TTTTTC-GA
443 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTA
* ** *
625111 TATCAGGTTTTGAAATATTATTAAATTAG
507 T-TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
** * * *
625140 TATTATTTTATTTTGAATAAAG-TAATATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAA-G
1 TATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT-ATGACTAAACAAAAGG
* * * * * *
625202 TTATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTTAAATAGCCACT-ACTATTTGAAA-TAGTTTTGTAAA
63 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTT-AAACTGGTTTGGTAAA
* ** * *
625265 CATATTTACGTTTTAAATCTCTTACTGATTAATGTTCTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA
126 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA---A-TAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * * *
625330 TTTCGAACAAACTTATATTA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATT
186 TTTCGAATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATT
* * * ** * * *** * * *
625394 TGAAATAGGTAATTGTTGAAATAGTTATAGTTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAAATTATTTTC
250 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * * *
625459 TAAGCCTTTTACATATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTATGAAA-AAGC
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* * * * * ** * *
625523 TTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
376 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAAT
* * * * * * * * ***
625588 TATTCATATAATCTTAAC-AGTTTGAACTAGTTTGGCAAATGGATTTATTTTCT-AAA-CGTCTT
441 TGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAATTTG-TTAGTAAACAAATTTATTTT-TAAAATC-TCTT
* *
625650 AG-TTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAG
502 -GCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* *** * * * *
625682 TATTATTTTGTTCCAAATAAGATTGTATAAACAT-AAACAATTG-TTGTGA-TAGAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTATGACTA-AACAAAAGGT
** * * * * *
625744 TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAAATATTTGTAAA--GGTTTGATAAAT
64 TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT-TAAACTGGTTTGGTAAAC
* * * * *
625807 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATAATTCTTAAAATATTAATAAATTTGGATTATGTTATTTCA
127 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * *
625871 AATGAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTTTTTTATGA-TAAACCAAAAGGTAATAATGATTTGAA
191 AATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTAATAACGATTTGAA
* * * * * **
625934 ATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTGGAATTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAA
254 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* ** * * *
625999 TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATATTGGATCAGCTTTTATAA
319 TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTAAATAAGCTTGTATGA
* *
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384 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
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448 ATAGTCATAACTATTTGAATTTGT-TAGTAAACAAATTTATT-TTTAAAATCTCTTGCTTATTAA
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511 TTTTTTGAAT-ATTAATAAATTAG
* * * * *
626216 TATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTGTATGAACTGAAAGAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT-TATGACTAAACAAAAGGTT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * ** * * * *
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194 AAGCTTGTATGATTGA-AAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
* ** ** * * * ** *
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258 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAA-AT
*** *
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320 -CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATT-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * **
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383 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
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448 ATAGTCATAA-CTATTTGAATTTG-TTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTA
* *
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510 ATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * *
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1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACTAAACAAAAGGTT
* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * * * *
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193 TAAGCTTGTAT-GATTGAAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAA-A-AGGTAATAACGATTTGAAA
* * * *** * *
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255 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
** * * * * ** *
627071 TCT-CTTATTAATTTTAAAAATACTAATATA-TCGATATTATTTTAT-TCTAAAGAATTTTGCAT
319 TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATAT-TAAATAAGCTTGTAT
* * * *
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382 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
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*
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* * * *
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1 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGACT-AAACAAAAGG
* * * * * * * * **
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* * *
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127 AGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTAATAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * ** * * * * *
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187 TTCGAATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* *
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251 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-ATTCA-ATAAACAAATTTATTTT
* * * * * * *
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314 TTAAA-TCTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATATT-AAATAAG
* * * * * * ** *
627661 CATGTATGAA-TGGAAACGATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAACAATTTTACATAGATA
375 CTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATA
* * *
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439 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTT-AGTAAACAA-ATTTAT-TTTTAAAATCTCT
* * * * * *
627788 TACTCAATAA-TTTTTGAAATATTATTCAGTTAG
501 TGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
627821 TATTATTTTGTTTCGAATAAGGC-TATATGAAGTGATATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT
1 TATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACTAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * * *
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64 TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAG
* * * * ** * * *
627950 ATTTATTTTTAAAATATTTTGCTTACTAATGATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
129 ATTTATTTTT-TAA-A-TCT-CTTAATAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * *
628015 CGAATAAGCTTATATGA-ACAAAAATAATTATTTTATGA-TAAAACAAACA-ATCATAATGATTT
189 CGAATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGACT-AAACAAA-AGGTAATAACGATTT
*
628077 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
251 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
628115 CTTATTTGGT
Statistics
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AACTATTTGAATTTGTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAT
ATTAATAAATTAG
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** * ** * * **
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* **
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* *
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*
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1 TA
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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** *
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* * **
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* * * * * *
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* ** * * * *
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** * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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** ** * * * * * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * **
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1 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAATTGGTTCAGTAAATAG-ATTTATTTT-TTAAATCT
* * *
629344 CTTCTTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAA
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* * * * *
629409 GCTGAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
129 -CAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * *
629474 TAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCT-GCAAGCGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA
193 TAGTCATAACTATTTGAACTGA-TT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
629537 TTTTCAAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTATATGAACAAAAATAA-T
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* * * * * * *
629601 TGTTTATGATAGAA-TAGAAGATTATAATAATTTGAAATAGA
320 TTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGA
* * ** * *
629642 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTA-AACTGATTTGGTAAATAGATTTAATTTTGAAA--TC
1 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTAGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * **
629704 -TC-TTACT-AATTCTTGAAATATTAAAAAATTAGTACTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGT
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* * * ** * * * * *
629765 CTAAAAAAAATTG-TTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTTATTTAATGAGCT-TTTATG
129 C-AGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA---AAT-AGATAATTA--
* * * * ** * * * * * * * *
629828 TTGGAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTTA
187 TT--CAAAT-A--G--TCATAACTATTTG-AA-CTGAT-TTG--GT-AAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *** * * * *
629892 AATGACCATAATTATTTGATCTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA--AATCTCTTACTT--A
239 AAT---C-T-CTTACTT-AT-TAATTT--TCAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * * *
629953 TTAATTTTTGAAATATGGACAAAATAGTATTATTTTATTT-TAGATAAGCTTTTATACTGAAATA
294 ATAA-ACTT---ATATGAACAAAA-A-CA--ATTTT-TTTAT-GACAA------A-AC--AAA-A
* * **** *
630017 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
339 A--G--TCATAACAATTTGAAA--T-A-GA
* * * * *
630047 CAATT-TT-AAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
1 TAATTGTTCAAATAG-T-A--A-T-AACT-ATTA-GA--A-TTG-----GTTCAGTAAATAGATT
* * * * * * *
630110 TATTTTTTCAAATATCTTGC-TCATT-AATTTTCAAAATGTTAATAAATCAATATTTTTTTATCT
50 TATTTTTT-AAATCTCTT-CTTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* ** * * * * *
630173 T-GAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGA
111 TCAAATAAACTTGTAT-AACAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* ** * * * * *
630237 CATAGATAATTGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTCAATTGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTTA
175 AATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* ** * ** * *
630301 AA--TC--ACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTCTTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
239 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA
* * * * *
630362 TATCAACTAAAACAATTGTTTTT-T-ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGA
303 TATGAACAAAAACAATT-TTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
630419 CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTCTTTGAA-CT
1 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTAGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTT-TTTAAATCT
* ** * * *
630482 CTTAC-TTATT-AATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGGATTAGCTTTTA
64 CTT-CTTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTA
* * * * * * * * *
630544 TAAATAGAAATAATTCTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTC
126 T-AACAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * *
630609 AAATAGTCATAACTATTTGTACTTG-TTCGATAAAGAGATATATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAT
190 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * ** *
630673 TAATTTTCCAATTGTTAATAAATTTGAATTATTTTA-TACTAAATAAGCTTATAAGATATGAAAC
253 TAATTTT-CAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGA-ACAAAAA
* * * * * * **
630737 CAA-TATTTT-TGTCTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA
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* * ** * * * * * * *
630781 TAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACACATCTATATTTTAAA--TC
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* * * * * ** *
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65 TTCTTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTGTAT-
** * * ** * **
630904 ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAATGATTTGAGATTCATAATTATTCA
127 AACAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
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191 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** ** * *
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256 -TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATT
* * **
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* * * ** * ** * ** ** * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * ** * *
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66 T-CTTTATTAAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT-ATA
* * * * * * * *
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128 ACAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAGATAA-TTATTCA
* * * * * *
631328 AATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTA
191 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA
** * * * * ***
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255 A-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAACAAAAACAA
* * * * * **
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318 TTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA
** * ** * * * * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTAGAATTGGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
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64 CTTCT-TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATA
* * * * *
631625 A-ATAAGACAATT-ATTTACA-ACAAAACAAAA-ATTAATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTC
128 ACAGAA-ACAATTGTTTTA-AGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
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TCTTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAACA
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TCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTTTTTTA
TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA
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* * * ** * * * *
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* * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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** * * * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * ** *
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** * * *
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* ** * * * * ** * *
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** * * * * * *
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66 TACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTA-TAA
* * * * * * *
629048 CAGAACCAGTTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTAAAATAATTTAAAATAGA
128 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
** * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
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64 CTTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-
* * * *
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126 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * ** * **
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1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCTGTAAACAG-ATTTATTTT-TTAAATC
* * * *
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** * * * *
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126 AA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
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66 TACTTATTAATTTTCAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-AAC
* * * * * * *
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129 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
* ** * * * *
629642 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACT-GATT-TGGTAAATAGATTTAATTTTGAAATCT
1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * **
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* ** * *
629765 CTAAAAAAAATTG-TTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTT
128 C-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT
629809 TATTTAATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
Found at i:629890 original size:17 final size:19
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* *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATTATTTGAAATGACC
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629827 GTTGGAAAAT
** * * * * *
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* * ** * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
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* * * *
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130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAAC
* * * * *
630555 AATTCTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * ** *
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66 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
630685 TGTTAATAAATTTGAATTATTTTATACTAAATAAGC--TTATAAGATATGAAACC
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAA-ATA-GAAA-C
* * * * * * * * **
630738 AA-TATTTT-TGTCTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * **
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
630977 ATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
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* * ** ** *
631042 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCA-CGATAAAAAC
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* * * * * *
631092 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAGATGGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * * **
631157 ATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
631222 ATTAATAAATTTGTATTATTTT-TTTTCATCTAAGCTTGTCT-TAACT-GAAAC
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTT-T-TATAAATAGAAAC
* * * * * * *
631273 AATTGTTTTATGGCAAATCAAAAGGTTATAA-AGATTTTAAATA-AAAATTTGTTAAAATAGTAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-ATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCA
* * *
631336 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG
64 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * * *
631401 -AATATGAAT-AATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAAC
* * * * ** * *
631454 AATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAATCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
631519 ACCATTT-ACAC-TGATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAA
66 ACTATTTGA-ACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** * * *
631581 ATATTATTAAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAGCTTGTACAAATA-AGAC
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* ** ** * ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
631697 ATTATTTGAACT
66 ACTATTTGAACT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
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178 76 0.06
179 163 0.12
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181 341 0.25
182 170 0.13
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAAC
Found at i:631024 original size:538 final size:538
Alignment explanation
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Period size: 537 Copynumber: 3.5 Consensus size: 538
629822 TTTATGTTGG
* * * *
629832 AAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAAT-G
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
629896 ACCATAATTATTTGATCTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 -TCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * *
629961 TGAAATATGGACAAAATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATACT-GAAATAATTGTTTT
129 TGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAATAGAAATAATTATTTT
* * *
630025 ATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTG
194 ATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* *
630089 AACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTCATTAATTTTCAAAATGTTAATA
258 AACTTGTTGAGTAAACAGATATATTTTTTCAAATATCTTGCTCATTAATTTTCAAAATGTTAATA
* * ** * * *
630154 AATCAATATTTTTTTATCTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
323 AATCAATATTATTTTATCTTAAATAAGCTTACAAGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * **
630219 AAGGTCATAACTATTTGACATAGATAATTGCTCAAATGGATATGACTATTTCAATTGATTTGGTA
388 AAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGATATAACTATTTCAACTGATTCGACA
* *** * *
630284 AACAAATTAATTTTTTAAATCACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTCTTATTTTATT
453 AACAAATTAATATTTTAAATCACTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATA
* *
630349 TTGAATAAGCTTGTATCAACT
518 TCGAATAAGCTTCTATCAACT
* * ** * * *
630370 AAAACAATTGTTTT-TTATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
630434 TCATAACTATTTAAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTCTTTGAA-CTCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTC-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
630498 GGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGGATTAGCTTTTATAAATAGAAATAATTCTTT
129 TGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AATAGAAATAATTATTT
* * *
630563 TATGTCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
193 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* * * * * * *
630628 TACTTGTTCGA-TAAAGAGATATATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAATTGTTAAT
258 AACTTGTT-GAGTAAACAGATATATTTTTTCAAATATCTTGCTCATTAATTTTCAAAATGTTAAT
** * ** * * *
630692 AAATTTGA-ATTATTTTATAC-TAAATAAGCTTATAAGATATGAAACCAA-TATTTT-TGTCTAA
322 AAA-TCAATATTATTTTAT-CTTAAATAAGCTTACAAGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
630753 ATAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT
384 ACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGATATAACTATTTCAACTGATT
* * * * *
630817 CGACAAACACATCT-ATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTAT
448 CGACAAACAAAT-TAATATTTTAAATCACTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
630881 TTT-TAATCGAATAAGTTTCTAT-GATT
512 TTTAT-ATCGAATAAGCTTCTATCAACT
* * * **
630907 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTCATAATTATTCAAATAG
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
630972 TCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** ** * *
631037 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCACGATAAAAACAATTATTTTA
130 GAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAATAGAAATAATTATTTTA
* * * * * *** * *
631102 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAGATGGCCATAATTATTTTAA
195 TGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * * * *** *
631167 CTAAT-TTG-GTAAACAGATTTACTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATA
260 CT--TGTTGAGTAAACAGATATATTTTTTCAAATATCTTGCTCATTAATTTTCAAAATGTTAATA
*** * ** * ** ** * * *
631229 AATTTGTATTATTTT-TTTTCATCTAAGCTTGTC-TTAACTGAAACAATTGTTTTATGGCAAATC
323 AATCAATATTATTTTATCTT-AAATAAGCTT-ACAAGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * ** * * *
631292 AAAAGGTTATAAAGATTTTAAATA-AAAATTTGTTAAAATAG-TAATAACTATTTGAACTTATTC
386 AAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAA-TTACTCAAATAGAT-ATAACTATTTCAACTGATTC
* * * * * * *** *
631355 GATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATATGAAT-AATTAGTAT
449 GACAAACAAATTAATATTTT-AAA--TC--ACTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
631419 TAATTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAATT
509 TATTTTATATC-GAATAAGCTTCTATCAACT
* * * * * ** *
631449 GAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * *
631514 TCTTAACCATTT-ACACT-GATTCGATAAACAAATTTATTT-TTAAATCTCTTTCTTATTAATTT
65 TCATAATTATTTGA-ACTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * **** * * * *
631576 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAGCTTGTACAAATA-AGACAATTA-T
128 TTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA-TAATAGAAATAATTATT
** * ** * * * *
631639 TTACAACAAAACAAAA-ATTAATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAATTATAATTATT
192 TTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
631703 TGAACT
256 TGAACT
631709 GGTTTGGAAA
Statistics
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0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (538 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAATAGAAATAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
TTGTTGAGTAAACAGATATATTTTTTCAAATATCTTGCTCATTAATTTTCAAAATGTTAATAAAT
CAATATTATTTTATCTTAAATAAGCTTACAAGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAAATATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGATATAACTATTTCAACTGATTCGACAAAC
AAATTAATATTTTAAATCACTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCG
AATAAGCTTCTATCAACT
Found at i:631205 original size:718 final size:714
Alignment explanation
Indices: 629921--631603 Score: 1748
Period size: 718 Copynumber: 2.3 Consensus size: 714
629911 TCTAATTTGG
* * ** * *
629921 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATGGACA-AAATAGTATT
1 TAAACAGATATATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCCAATAT-GA-ATAATTAGAATT
* ** * * * * * * * *
629984 ATTTTATTTTAGATAAGCTT-TTA-TACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
64 AATTTATACTAAATAAGCTTATAAGAATTGAAACAATTGTTTTAT-ACTAAACAAAAGGTCAAAA
** * * * * * *
630047 CAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAGATTT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAAATTT
* * * * *
630111 ATTTTTTCAAATATCTTGCTCATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATCAATATT-TTTTTATCTTG
192 A-TTTTT--AA-ATCTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATC-TG
* *
630175 AATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGACAT
251 AATAAGTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGACAT
* * * * * * *
630240 AGATAATTGCTCAAATGGATATGACTATTTCAATTGATTTGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATC
316 ACATAATTACTCAAATAGATATAACTATTTCAACTGATTTGATAAACAAATTAATTTCTTAAATC
* * * *
630305 ACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTCTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAACT
381 ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATCAACT
* * * * * *
630370 AAAACAATTGTTTTTTATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
446 AAAACAATTATTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGC
* ** * * *
630435 CATAACTATTTAAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTCTTTGAACTCTTACTTATTAATTTTGG
511 CATAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTCTTTAAACTCTTACTTATTAATTTAGG
* *
630500 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGGAT-T-AGCTT-T-TATAAATAGAAATAATTCT
576 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTT-TT-TGCATCTAAGCTTGTCT-TAAAT-GAAACAATTCT
* * *
630561 TTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAATA-ATTTTAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTA
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* *
630624 TTTGTACTTGTTCGA
700 TTTGAACTTATTCGA
* * *
630639 TAAAGAGATATATTTTTTCAAATCT-TTTGCTTATTAA-TTTTCCAAT-TGTTAATAAATTTGAA
1 TAAACAGATATATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTCCAATATG--AAT-AATTAGAA
* * *
630701 TTATTTTATACTAAATAAGCTTATAAG-ATATGAAACCAATAT-TTTTGT-CTAAATAAAAGGTC
62 TTAATTTATACTAAATAAGCTTATAAGAAT-TGAAA-CAAT-TGTTTTATACTAAACAAAAGGTC
* * *
630763 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACA
124 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAA
* *
630828 TCTATATTTTAAATC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTTAATC-GA
189 TTTAT-TTTTAAATCTTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTT-ATCTGA
** * * *
630891 ATAAGTTT-CTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAA-TGATTTGAGA
252 ATAAGTTTGC-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGACA
* * * * * *
630953 TTCATAATTATTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTCTTAAA
315 TACATAATTACTCAAATAGAT-ATAACTATTTCAACTGATTTGATAAACAAATTAATTTCTTAAA
*
631017 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCA
379 --TC--ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCA
* ** *
631082 -CGA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTT
440 TCAACT-AAAACAATTATTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATCGTT
* * * * * * *
631145 CAGATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTACTT-TTTAAATTTCTTACTTAT
503 CAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTCTTTAAA-CTCTTACTTAT
* * * *
631209 TAATTTAGGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTTTTTCATCTAAGCTTGTCTTAACTGAAACA
567 TAATTTAGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTTTTGCATCTAAGCTTGTCTTAAATGAAACA
* *
631274 ATTGTTTTATGGCAAATCAAAAGGTTATAAAGATTTTAAATAAAAATTTGTTAAAATAGTAATAA
632 ATTCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTTAAATAAAAATTTGTTAAAATAGTAATAA
631339 CTATTTGAACTTATTCGA
697 CTATTTGAACTTATTCGA
* * ** *
631357 TAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATATGAATAATTAGTATTAA
1 TAAACAGATATATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCCAATATGAATAATTAGAATTAA
* * * *
631422 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATG
66 TTTATACTAAATAAGCTTATAAGAATTGAAACAATTGTTTTAT-ACTAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * *
631487 ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAATCTTAACCATTT-ACACTGATTCGATAAACAAATTTAT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGA-ACTGGTTCGATAAACAAATTTAT
**
631551 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
194 TTTTAAA--TC-TTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
631604 AAATCCAAAT
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 124, Indels: 83
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
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723 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (714 bp):
TAAACAGATATATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCCAATATGAATAATTAGAATTAA
TTTATACTAAATAAGCTTATAAGAATTGAAACAATTGTTTTATACTAAACAAAAGGTCAAAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTT
TTAAATCTTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGTTTG
CATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGACATACATAATTAC
TCAAATAGATATAACTATTTCAACTGATTTGATAAACAAATTAATTTCTTAAATCACTTATCAAT
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATCAACTAAAACAATTA
TTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGCCATAACTATT
TAAACTAATTCGGTAAACAAATTTACTTCTTTAAACTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAAG
AAATTAGTATTATTTTTTTGCATCTAAGCTTGTCTTAAATGAAACAATTCTTTTATGGCAAAACA
AAAGGTTATAAAGATTTTAAATAAAAATTTGTTAAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGA
Found at i:632287 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 631754--635468 Score: 2628
Period size: 180 Copynumber: 20.7 Consensus size: 180
631744 AATAATTACA
* * * * * *
631754 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCCTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TT
* * * * * ** **
631819 TTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAAACAAATCC
65 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA
* ** * * * * * *
631883 GTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCCTACCAAACCA-TTCCAAATATTTTTA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTT-CAAATAGTTATG
* * * * * * *
631935 ACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-GTT
* * * ** ** * ** * *
632000 CTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAC
65 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** ** * *
632065 CAAGAAAATTAAAAAATATATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * ** *
632116 ACTCTATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATTGCAAAAGAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * **
632181 TGTTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
632246 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCGA-TTCAAATGGTTAAG
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * *
632296 ATTATTAGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * ** * *
632361 CAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * *
632425 GAAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAATTATT
129 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
632478 ATTATTTGAACAATTGTCTATTT-AATAGT-GTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAA-TGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA-A-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
* * *** ** *
632540 TTTAGTTCATAAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTCCTTAATATTTCAAATATTAAT
64 TTT-GTTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * **
632605 AAGCAAGAG-TTTAAAAAA-ATAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAATTACA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
632658 ACTATGTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
**
632723 TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
65 TT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
632788 GT----GATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * ** *
632836 GCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-TTTTAATTATATGATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTTATAAAACAATTGTT
* * * *
632900 TTTTATCATAGAA-ATATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TTGT-TCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
632964 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
633017 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGTTC
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT-
* * * * * *
633082 TTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAAT-A-A-T-A--TATTAATATTTCGAGAATTAATAAG
65 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
633141 --A-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAC-CGATTC-AA-A-TTAAG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
633184 ACT-TTTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATAGCT
1 ACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-T
* ** * * * ** *
633248 TCTACTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
64 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
633313 GTAA-AGAATGTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAACAATCATG
129 GTAAGAG-AT-T-TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
633367 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * ** * ** *
633432 AAAG-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATTTTAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
66 --TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
633495 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * ** *
633548 ATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * *
633613 CTGTTCATAGAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATGCAAATTTATTAATA-AT-AAGATAATTAAT
66 -TGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT
* * * * *
633675 AAATAAAAGATTTAAAAAA-AAA-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
633727 ACTATTTAAAGAATTATTTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
* * * * * * **** **
633792 TCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTAATTAATTTTTTGGCAATTTCTAA
65 T-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** *
633857 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATGAGTTCAAATAGTCATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
633909 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
633974 CAGTTCATATAAGCCTATTTAAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTCCAACAATTAA-AGA
66 -TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-A
* * * * * * *
634038 GTAAGAGAATTAAAAAATGAATTT-CTTACCAAAAAAGTTGAAATAGTTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
634089 ACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-GT
* * *
634153 TTTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
64 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * *
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128 AGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * **
634269 ACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGCT
1 ACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-T
* * * * *
634332 TCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAA
64 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
634396 GTAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
634448 ACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TT
* * * * * * *
634513 TTATTCATACAAGTTTAATTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAACATTAT-AAAAATTACTAA
65 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
* * * ** *
634577 GT-TGAATATTTAAAAAATTAATCAGTTTATCGAA-AAATTCAAATAGTTATG
129 GTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** *
634628 TCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACATTTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* ** *
634693 CTATTCATACAAAATTATTT-ATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA
66 -TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
634754 -TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTCTTTA-CTAAACCAGTTTAAATAATTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** *
634805 ACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATC-TTTGTTTTATCCTAAAACATTTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* ** * * * **
634869 CTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGCAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTCGTA
66 -TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * ** * *
634932 AGTAAG-GTTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGATCTAGTTTGAATTGTTAAG
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *** * * * *
634984 ATTATCAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTTATAAAACAATTGTT
** * * *
635048 TCAATTCATACATGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
65 T-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * *
635112 AGCAAGAAATTTTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTAATG
128 AGTAAGAGA--TTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT-ATG
* * * * * * * * *
635169 ACTATTTGAAAAATTATTTATCTAAAATC-AT-TGTCCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
** * * *** * * * *
635232 TCATATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAA
65 TTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * * *
635297 GTTAA-AGATTTAAAACATAAATCAGTTTATTGAATC-ATTTAAAATAATTATG
129 G-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
635349 GCCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCATTA-GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * *
635413 T-TCATCATACTAGCTTATTAGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAA
66 TGT--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAA
635469 TCGTTAGAAC
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
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TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
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Found at i:632949 original size:177 final size:179
Alignment explanation
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631830 AGTTTGTTTG
* ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* ** * ** * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAG--ATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * *
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* ** ** * * * * **
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127 GACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTATCATAGAAAT-ATATTCA
* * **
632201 GATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAAT
* *** * ** * ** ** ** **
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* ** * * ** * ** * * *
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127 GACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTT-TTTATCATAGAAATATATTCA
* * *
632382 AAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAG--ATTT-AAAAAATAA
* ** * * * ** * * *
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* * * * ** * * * * *
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125 ATGACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTT-TTATCATAGAAA-TATATTCA
** * *
632564 AAATAAAATAATACTAATTCCTTAATATTTCAAATATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAA-ATAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGA-TTTAAAAAATA-AAT
* * * * * ** * * * * * **
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63 ATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* ** * * * * *
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*
632745 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAAGTAAATATG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
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*
632874 TTTT-TTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTATCATAGAAATATATTCG
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAAT
* * *
632987 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
63 ATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * ** * * * * * * * **
633052 ACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAAGTGTTCTTGT-TCATATAAGTTTGTTTG
128 ACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTT-TTTTATCATAGAAATATATTCA
* * * * *
633103 GAATAAAAT-A-A-T-A--TATTAATATTTCGAGAATTAATAAG-AAATTTAAAAAATAAATCTG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
633161 TTTATC-AACC-GATTC--A-AATTAAGA-CTTTTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
66 TTTACCAAACCAG-TTCAAATAATTATGACCATTTCAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** * * * * * **
633220 CTTTTTGTTTT-GTTATAAAATAATAG-CTTCTACTCATACAAGCT-TATTTG
129 CCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTA-TCATAGAA-ATATATTCA
* * * ** * *
633270 GATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAGAATGTAAAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AG-AT-T-TAAAAAATAA
*** * * * * * * * **
633335 ATATGTTTATTGAACTAGATCAAACAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
61 ATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * ** * * ** * *
633400 TGACATTTTCTTTT-GTCATAAAAAAATT-ATTTAAAGTCATATAAGCT-TATTCA
126 TGACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTA-TCATAGAA-ATATATTCA
* ** * * *
633453 AAATAAAAAAATTTTAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** * * * * *
633517 TCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTAT
62 TATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * **
633582 AACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGAT--TT-TTTCTGT-TCATAGAAGCT-TATTTT
127 GACCTTTTG-TTT-TAATTATATGATAATTGTTT-TTTATCATAGAA-ATATATTCA
* * * * *
633634 GAATAAAATAATGCAAATTTATTAATA-AT-AAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA-AA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAA
* ** * * * *
633696 AT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTAAAGAATTATTTTATTTCAAATTGTT
61 ATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTT
* * * * ** * * * *
633760 ATAACTTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGCT-TATTCG
125 ATGACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTA-TCATAGAA-ATATATTCA
* * * * **** **
633814 GATTAAAATAATACTAATTAATTAATTTTTTGGCAATTTCTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * ** *
633879 ATGTTTATCGAATGAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTG
63 ATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * ** ** * *** *
633944 ACATTTTGTTTT-ATAATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATATAAGCCTATTTA
128 ACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTT-TTTATCATAGAAATATATTCA
* * * * * *
633995 AAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTCCAACAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGT---AGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * *
634059 T-T-TCTTACCAAAAAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAATATTA
62 TATGT-TTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * ** * * *
634122 TGACATTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGGTTTTGT-TCAT-GCAAGCT-TATTTC-
126 TGACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATT-GTTTTTTATCATAG-AA-ATATA-TTCA
* * *
634175 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTACAATTTTAGAAAATAAAG
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GA-TTTAAAAAATAAA-
* * * *
634239 CTAT-TTT-CTAAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAATTGT
62 -TATGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAA-TTATCTATTTCAAATTGT
* *** * * * * * * * **
634300 TATGACCATTTGTTTT-GCCATA-AACAATTG-CTTCTATTCAAACAAGCT-TATTTG
124 TATGACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTA-TCATAGAA-ATATATTCA
* * *
634354 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * *
634418 TTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
63 ATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * ** * * * * *
634483 ATCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGTTTAATT-G
128 ACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTA-TCATAGAAATAT-ATTCA
* * * * * *
634534 GAATAAAATGATACTAATTTATTAACATTAT-AAAAATTACTAAGTTGAATATTTAAAAAATTAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-T--AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** **
634598 TCA-GTTTATCGAAA--AATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATT
62 T-ATGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * ** ** * * * * *
634660 ATGACATTTTGTTTT-GTCGTAAAACATTTG-TTTCTATTCATACAAA-ATTATTTA
125 ATGACCTTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTA-TCATAGAAATA-TATTCA
* * * * *
634714 TAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATTTC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * *
634778 TTTACTAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATC
66 TTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
634843 -TTTGTTTTA
131 TTTTGTTTTA
634852 TCCTAAAACA
Statistics
Matches: 2221, Mismatches: 478, Indels: 268
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 5 0.00
167 73 0.03
168 3 0.00
169 2 0.00
170 7 0.00
171 24 0.01
173 23 0.01
175 27 0.01
176 33 0.01
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184 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTAATTATATGATAATTGTTTTTTATCATAGAAATATATTCA
Found at i:633917 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 631754--635462 Score: 2596
Period size: 361 Copynumber: 10.3 Consensus size: 358
631744 AATAATTACA
* * * * * *
631754 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCCTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * * * * * ** **
631819 TTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAACAAATCCG
66 CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAG
* * ** * * * * * *
631884 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCCTACCAAACCA-TTCCAAATATTTTTAACTATTTCAATAA
130 TAAAAGATTTAAAAA--AAAATTGTTTACCAAACAAGTT-CAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * *
631948 TTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTAT
192 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * ** *
632013 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAA
257 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAA-AAGATTTAA
* * ** ** * *
632077 AAAATATATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
320 AAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *** *
632116 ACTCTATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATTGCAAAAGAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * **
632181 -TGTTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTCAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* ** * * ** * * * **
632245 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCGA-TTCAAATGGTTAAGATTATTAGAGTAA
130 TAAAAGATTTAAAAAA-AAA-TTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * *
632309 TTATCTATTTCAAATCATTAT-AATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACA
192 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * ** *
632372 AGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAAATTT
255 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAAA-AGATTT
* * * *
632436 AAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAATTATT
318 -AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
632478 ATTATTTGAACAATTGTCTATTT-AATAGT-GTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAA-TGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA-A-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * **** ** *
632540 TT-TAGTTCATAAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTCCTTAATATTTCAAATATTAA
64 TTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAA
* * * * * ** *
632604 TAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAATTACAACTATGTGAA
126 TAAGTAAAAGATTTAAAAAAA-AA-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * *
632668 CAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTT-TAGTTCAT
189 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT
* *
632732 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GAT
252 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAAAAGAT
* * * *
632793 TTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATG
316 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * **
632836 GCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-TTTTAATTATATGATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTT
* * * * *
632900 T-TTTATCATAGAA-ATATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
65 TCTAT-TCATACAAGCT-TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* *
632963 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
127 AAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAA-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * *
633028 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTG-TTCTTGTTCATAT
190 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATAC
* * * * ** *
633092 AAGTTTGTTTGGAATAAAAT-A-A-T-A--TATTAATATTTCGAGAA-T-TAA-TAAGAA-ATTT
254 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATAAGTAA-AAGATTT
* * *
633147 AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAC-CGATTC-AA-A-TTAAG
318 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
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1 ACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * ** *
633248 TCTACTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
65 TCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* *** * * * *
633313 GT-AAAGAATGTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAACAATCATGACTATTTGAA
129 GTAAAAG-AT-T-TAAAAAA-AAAT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * * ** * *
633377 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTAAAGTCATAT
189 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * * * *
633442 AAGCTTATTCAAAATAAAAAAATTTTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
254 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
633507 AAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATG
318 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
633548 ATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * *
633613 CTGTTCATAGAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGCAAATTTATTAATAAT-AAGATAATTAATAA
66 CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAA
* ** * *
633677 ATAAAAGATTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTAAAGAATT
129 GTAAAAGATTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
633742 ATTTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC
194 A-TCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * ** * *
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258 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAA
** *
633872 AATAAATATGTTTATCGAATGAGTTCAAATAGTCATG
322 AATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
633909 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * ** * * *
633974 C-AGTTCATATAAGCCTATTTAAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTCCAACAATTAA-AG
66 CTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATA-
* * * * * * * * *
634037 AGTAAGAGAATTAAAAAATGAATT-TCTTACCAAAAAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAATA
128 AGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * *
634101 ATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGC
191 ATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATAC
** * *
634164 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTACAA-TT
254 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAAAAGAT
* * * *
634226 TTAGAAAATAAAGCTAT-TTTCT-AAACATGTTCAAATAGTTATG
316 TTAAAAAATAAA--TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
634269 ACTATTTGAA-AATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGCT
1 ACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* *
634332 TCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAG
65 TCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
634397 TAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAT
130 TAAAAGATTT-AAAAA-AAAATTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* *
634462 TATTTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG
193 TATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * ** *
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257 CTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA-TAAGTAAAAGATTTAA
* *
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320 AAAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
634628 TCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACATTTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
** ** *
634693 CTATTCATACAAAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
634758 ----AGATTTAAAAACTAAATTTCTTTACTAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAAT
130 TAAAAGATTTAAAAA--AAAATTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
634819 TATCTATCTCAAATCGTTAT-AATCTTTGTTTTATCCTAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGC
193 TATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * ** * * * * * * *
634883 TTATTTGGAGCAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAATTCGTAAGT-AAGGTTTTAAA
258 TTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * ** * *
634946 AAATAAATGTGTTTGTCGATCTAGTTTGAATTGTTAAG
321 AAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *** * *
634984 ATTATCAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTT
* * * * *
635048 TCAATTCATACATGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
65 TCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
* ** * *
635113 GCAAGAA-ATTTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAATGACTATTTG
129 GTAA-AAGA--TTT-AAAAAA-AAA-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTG
* * * * * * * * *
635177 AAAAATTATTTATCTAAAATCATTGT-CCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATATCA
187 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCA
* * * * * * *
635240 TAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGA
251 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAAAAGA
* * * * *
635305 TTTAAAACATAAATCA-GTTTATTGAATC-ATTTAAAATAATTATG
315 TTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
635349 GCCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCATTA-GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * *
635413 TTCA-TCATACTAGCTTATTAGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 CT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
635463 TTCAAATCGT
Statistics
Matches: 2643, Mismatches: 574, Indels: 258
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Matches are distributed among these distances:
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CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGT
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AATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
Found at i:635476 original size:93 final size:92
Alignment explanation
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635357 AACATTTATC
*
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66 CA-TAATAAAATAATATTAATTTATTAA
*
635459 TATTTTCAAATCGTTAGAACTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACTAGCTTAT
1 TA-TTTCAAATCATTAGAACTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACTAGCTTAT
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65 TCATAATAAAATAATATTAATTTATTAA
635552 TATTTCAAA
1 TATTTCAAA
635561 AATTAATAAG
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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93 88 0.90
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Consensus pattern (92 bp):
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CATAATAAAATAATATTAATTTATTAA
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Alignment explanation
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635452 TTATTAATAT
* * ** *
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* * ***
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65 CA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** ** * * * * * * *
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* * * * * ** *
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1 TTTCAAATCGTTATAACTA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATA--AAGCTTA
* * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * *
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1 TTTCAAATCGTTAT-AACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTAT-
* * * ** *
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* * * * ** * * * *
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128 AATCTATTCACCGAA-CAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * *
636166 TTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAGCCTTATTT
1 TTTCAAATCGTTATAACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAG-CTTATTT
* * * * * *
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65 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
** * **
636296 TCTATTGGCCTAACCAATGTAAATAGTTATGACGGTTTGAATAATTATCTA
130 TCTATTCACCGAA-CAAT-TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * *
636347 TTTCAAATCGTTATTAACTATTTGTTTT-AC-T----C---TG--TTCG-T-A-CAAGCTTATTT
1 TTTCAAATCGTTA-TAACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAGCTTATTT
* * * * *
636398 CAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAG----AGATTTAAAAAAAAAA
65 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
636459 TCTATTCACCGAACAAGTTTAAATAGTTACGATTATTTGAATAATTATCTA
130 TCTATTCACCGAACAA--TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
636510 TTTCAAATTGCTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TATTCTATTCATAGAAGCTTAT
1 TTTCAAATCGTTATAA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTGTTCATA-AAGCTTAT
* * ** * **
636573 TTCAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATA
63 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
636638 AATTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
128 AATCTATTCACCGAA-CAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
636691 TTTTAAATTGTTATGAA-TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATT
1 TTTCAAATCGTTAT-AACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-AAAGCTTATT
** * * * *
636755 TGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATA
64 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
636819 AATATGTTTATCGAATAAGTCTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTA
128 AATCTATTCACCGAACAA-T-TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * *
636872 CTTCAAATCATTATGACTATTTGAATAATTACTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTTCAAATCGTTATAACTATTTG--T--TT--TGTCAT-AAAACAAT-TG----TTT-TTGT-TC
* * * * * * * * * * * * *
636936 ATAAAACAAATATTTCTATTCATACAA-GCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT-A
52 ATAAAGC--TTATTTCAAATAAAATAATAC-TAATTT--AT-TAATATTTTAAA--AATTAATAA
* * * * ** ** * *
636999 TTCCAAAATTTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTCTAATAGTTA
109 GT--AAAA---G----------ATTTAAAAAATAAATCTATTCACCGAACA-ATT-AAATAGTTA
* *
637064 TAACTATTTGAAAAATTATCTA
157 TGACTATTTGAATAATTATCTA
** * * * *
637086 TTTCAAATATTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-T
1 TTTCAAATCGTTAT-AACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATT
* ** *
637149 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATA
64 TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * *
637214 AATCT-TT--------ATTTCAAATAGTTATGTCTGTTTGAATAATTATTTA
128 AATCTATTCACCGAACAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * *
637257 TTTCAAATAGTTATGA-TATTT-TATTTCGTTATAAAACAATTGTTTTCTATTTATGCAAGTTTA
1 TTTCAAATCGTTATAACTATTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCAT-AAAGCTTA
* * *
637320 -TTCGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTTAGAAGATTTAAAAA
62 TTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * *
637382 ATAAATATGTTTATC-AAGTATGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTA
125 ATAAATCTATTCACCGAA-CA-ATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * * **
637438 TTTCAAATCCTTATGATCT-TCTGTTTTATCATAAAATAATTGTCTCTATTCATACAAAATTA-T
1 TTTCAAATCGTTAT-AACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATT
* * *
637501 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGAGTTAAAAACTA
64 TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * *
637562 AATTTGTTTATCGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
128 AATCTATTCACCGAA-CAA-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * *
637615 TCTCAAATTC-TTTTTA-TCTTTATTTTGTCATAGAATAATTGTTTTCT-TTCATATAAACTTA-
1 TTTCAAA-TCGTTATAACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATA-AAGCTTAT
* * * *
637676 TTCAAATTAAGACAATGCTAATTTAATAATA
63 TTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
637707 AAAAATATGT
Statistics
Matches: 1576, Mismatches: 347, Indels: 293
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
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212 1 0.00
213 1 0.00
214 66 0.04
215 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTCAAATCGTTATAACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAGCTTATTTC
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTCACCGAACAATTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
Found at i:636916 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 636852--636922 Score: 126
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
636842 AATAGTCATA
636852 ACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATG
1 ACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATG
*
636887 ACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATG
1 ACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATG
636921 AC
1 AC
636923 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 19 0.54
35 16 0.46
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (35 bp):
ACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATG
Found at i:637343 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 636873--637532 Score: 530
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
636863 AATTATCTAC
* * * * *
636873 TTCAAATCA-TTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTATTTCGT
* * * ***
636935 CATAAAACAAATATTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
636999 TTCCAAAATTTAATAAG-TAGAA-ATTTAAAAAATAAAT-TTGTTT
128 TTCCAAAAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TAT
* *
637042 TCTAAACACGTTCTAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTT
1 T-T---CA------AATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTT
* * * * *
637107 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
56 TATTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
637172 ATTAATATTCCAAAAATTAATA-TGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTAT
121 ATTAATATTCCAAAAATTAATAGT-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTAT
** * * * * *
637223 TTCAAATAGTTATGTCTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTATTTCGTTA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTCGTCA
* * **
637288 TAAAACAATTGTTTTCTATTTATGCAAGTTTATTCGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * *
637352 TTGAAAATTAATAGTTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAGTAT
130 CCAAAAATTAATAGTTAAAAGATTTAAAAAAT-AA-A--TCT-T----TAT
* ** * * ** * * **
637403 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGATC-TTCTGTTTTAT
1 -TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTATTTCGT
* * **
637467 CATAAAATAATTGTCTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
637532 T
129 T
637533 TTGAAAATTA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 57, Indels: 52
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 1 0.00
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178 1 0.00
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182 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTCGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTAT
Found at i:638131 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 637747--639471 Score: 1227
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
637737 TAAGTAAGAG
* * * * * *
637747 AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAACTCATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * * *
637811 TTTGCCAAATTAGTTTAAACAATTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
65 TTTACCAAACCAG-TTCAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *** * *
637875 -CTTTGTTTTGTCATAAGACAATTATTCAAGCTCATACAAG-TTTATT-ATGAAT
128 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTATTCA-AAAT
* * * * *
637927 AAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** ** *
637992 TTACCAAACCAGCTCAATAAATATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTT
66 TTACCAAACCAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
* * ** *
638057 TTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTTTGTTTATGTAAGTTTTGTTCAAAAT
131 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTATTCAAAAT
*
638108 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * ** * * *
638171 TTTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
64 ATTTACCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * * * * * *
638236 CTTTCATTTTATCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATCCTA-TTTTATTTAGAAT
128 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTATTCAAAAT
* * * ** ** *
638289 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAAAATAAATCTAA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * ** * *
638353 TTGCCAAACTAGTTTAAATAGTTA-AACTATATAAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCT
66 TTACCAAACCAG-TTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * *
638417 TTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAG-TTTATTCAAATT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTATTCAAAAT
* * * * * *
638467 AAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** * * *
638532 TTACCAAACCAGTTCATATGGTTACGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACT
66 TTACCAAACCAGTTCA-ATAGTTATAACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * ** * ***
638596 TTTT-TGTAGTTATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAG-CTTATTTGGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTATTCAAAAT
* * * *
638647 AAATTCATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
638711 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA-T
65 TTTACCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * *** * *
638775 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTTAGCAAATACAAG-CTTATAT-GAAAT
129 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTAT-TCAAAAT
* * * *
638828 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
638893 TTA-CTAACTCAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
66 TTACCAAAC-CAGTT-CAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * ** *
638957 TTTTTGTTTTATTATAAAGCAATTGTTTTT-TATTATACAA-TCTTATTTGAAAC
128 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGTTTTATTCAAAAT
* * * * * * * *
639010 AAAATGATATTGATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAACTATGGGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
639075 TTATCGAA-CTGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATGA-TC
66 TTACCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * * * * *
639138 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATCATAGAAG-CTTATTC-GATT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTATTCAAAAT
* *
639188 AAAAATAATACTAA-TTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--T
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * ** * * * ** * *
639249 GTGT--CAAATTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAAC
64 ATTTACCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
639312 CTTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATATAAG-CTTATTCAAAAT
128 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGTTTTATTCAAAAT
* * * * * * *
639364 AAAATAATCCAAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * ** * *
639428 GTTTACCGAACAAGCCCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTA
64 ATTTACCAAACCAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
639472 CTTATTCAGC
Statistics
Matches: 1217, Mismatches: 281, Indels: 93
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 86 0.07
176 39 0.03
177 12 0.01
178 99 0.08
179 204 0.17
180 264 0.22
181 317 0.26
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183 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACCAAACCAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTTATTCAAAAT
Found at i:638343 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 637747--639471 Score: 1384
Period size: 361 Copynumber: 4.8 Consensus size: 357
637737 TAAGTAAGAG
* * * *
637747 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAACTCATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * *
637812 TTGCCAAATTAGTTTAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
65 TTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * *
637877 TTGTTTTGTCATAAGACAATT-ATTCAAGCTCATACAAGTTTA-TTATGAATAAAATAAAACTAA
130 TT-TTTTATCATAA-ACAATTGATTC-AGTTCATACAAGTTTATTTA-GAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
637940 TTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAGC
191 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
** * ** * *
638005 TCAATAAATATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTGATA
256 TCAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * **
638070 AAACAATTGTTTTTGTTTATGTAAGTTTTGTTCAAAAT
321 AAATAATTGTTTTTGTTAATACAAGTTTT-TTCAAAAT
* *
638108 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TT
* * * * * *
638172 -TTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
63 GTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
638236 CTTTCATTTTATCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATCCTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTA
128 CTTT--TTTTATCAT-AAACAATTGATTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * ** ** * * *
638301 ATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACTAG
190 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * * *
638365 TTTAAATAGTTA-AACTATATAAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
255 -TTCAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * *
638429 TAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAATT
319 TAAAATAATTGTTTTTGTTAATACAAGTTTTTTCAAAAT
* * * *
638467 AAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * ** * * *
638532 TTACCAAACCAGTTCATATGGTTACGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAA-C
65 TTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * *
638595 TTTTTTGTAGTTATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAATTCATACTAA
129 TTTTTT-TA-TCAT-AAACAATTGATTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* *
638660 TTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
191 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * *
638724 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTC
255 TTC-AATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
638788 ATAAAATAGTTGTTTTAGCAAATACAAGCTTATAT-GAAAT
318 ATAAAATAATTGTTTTTGTTAATACAAG-TTTTTTCAAAAT
* * *
638828 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * *
638893 TTA-CTAACTCAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
65 TTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
638956 CTTTTTGTTTTATTATAAAGCAATTGTTTTTTA-TT-ATACAA-TCTTATTT-GAAACAAAATGA
128 C--TTT-TTTTATCATAAA-CAATTG--ATTCAGTTCATACAAGT-TTATTTAG-AATAAAATAA
* * * ** * * * * *
639017 TATTGATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAACTATGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
185 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * *
639082 AC-TGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTT
250 ACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * * * * * *
639145 TGTCATAAAATAATTATTTTTGATCATAGAAGCTTATTC-GATT
314 TGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATACAAGTTTTTTCAAAAT
* *
639188 AAAAATAATACTAA-TTAATAATATTCTAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TG
1 -AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * ** * * ** *
639250 TGT--CAAATTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACC
64 TTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * *
639313 TTTTTTTAGTCATAAA-ATATTTGTTTCA-TATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCAA
129 TTTTTTTA-TCATAAACA-A-TTGATTCAGT-TCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
639376 ATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
190 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
** * * *
639440 AGCCCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTA
253 AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
639472 CTTATTCAGC
Statistics
Matches: 1095, Mismatches: 221, Indels: 101
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 6 0.01
353 9 0.01
354 60 0.05
355 22 0.02
356 72 0.07
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358 66 0.06
359 140 0.13
360 120 0.11
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365 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
TACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTTTTATCATAAACAATTGATTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAT
AGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
ATTGTTTTTGTTAATACAAGTTTTTTCAAAAT
Found at i:640189 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 640157--640189 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
640147 CATTTCTATA
*
640157 AAACCCCAAACTTG
1 AAACCCCAAACCTG
640171 AAACCCCAAACCT-
1 AAACCCCAAACCTG
640184 AAACCC
1 AAACCC
640190 TAAATCAAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 6 0.33
14 12 0.67
ACGTcount: A:0.45, C:0.42, G:0.03, T:0.09
Consensus pattern (14 bp):
AAACCCCAAACCTG
Found at i:640191 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 640171--640400 Score: 136
Period size: 7 Copynumber: 35.4 Consensus size: 7
640161 CCCAAACTTG
*
640171 AAACCCC
1 AAACCCT
640178 AAA-CCT
1 AAACCCT
640184 AAACCCT
1 AAACCCT
* *
640191 AAA-TCA
1 AAACCCT
*
640197 AAACCTT
1 AAACCCT
*
640204 ATACCCT
1 AAACCCT
*
640211 AAATCC-
1 AAACCCT
*
640217 AAACTCT
1 AAACCCT
*
640224 AAACCTT
1 AAACCCT
*
640231 AAATCC-
1 AAACCCT
* *
640237 AAATCTT
1 AAACCCT
**
640244 AAACTAT
1 AAACCCT
640251 AAA-CCT
1 AAACCCT
640257 AAACCCT
1 AAACCCT
*
640264 -AATCCT
1 AAACCCT
640270 AAACCCT
1 AAACCCT
**
640277 AAACAAT
1 AAACCCT
640284 AAA-CCT
1 AAACCCT
640290 AAACCCT
1 AAACCCT
*
640297 AAA-CTT
1 AAACCCT
640303 AAACCCT
1 AAACCCT
640310 -AACCC-
1 AAACCCT
640315 -AACCCT
1 AAACCCT
*
640321 AAAACCT
1 AAACCCT
*
640328 -AACCTT
1 AAACCCT
640334 AAA-CCT
1 AAACCCT
*
640340 TAACCCT
1 AAACCCT
640347 AAACCCT
1 AAACCCT
640354 AAACCCT
1 AAACCCT
640361 -AACCCT
1 AAACCCT
640367 -AA-CCT
1 AAACCCT
640372 AAACCCT
1 AAACCCT
640379 AAA-CC-
1 AAACCCT
* *
640384 AATCCCC
1 AAACCCT
640391 AAACCCT
1 AAACCCT
640398 AAA
1 AAA
640401 TCATTCATGC
Statistics
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AAACCCT
Found at i:640233 original size:20 final size:19
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640166 ACTTGAAACC
640176 CCAAACCTAAACCCTAAAT
1 CCAAACCTAAACCCTAAAT
* *
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1 CCAAACC-TAAACCCTAAAT
*
640215 CCAAACTCTAAACCTTAAAT
1 CCAAAC-CTAAACCCTAAAT
*
640235 CCAAATCTTAAA--CT--AT
1 CCAAA-CCTAAACCCTAAAT
640251 --AAACCTAAACCCT-AAT
1 CCAAACCTAAACCCTAAAT
**
640267 CCTAAACCCTAAACAATAAA-
1 CC-AAA-CCTAAACCCTAAAT
* *
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1 CC-AAA-CCTAAACCCTAAAT
* * *
640307 CCTAACC-CAACCCTAAAA
1 CCAAACCTAAACCCTAAAT
* * *
640325 CCTAACCTTAAA-CCTTAAC
1 CCAAACC-TAAACCCTAAAT
*
640344 CCTAAACCCTAAACCCT-AAC
1 CC-AAA-CCTAAACCCTAAAT
*
640364 CCTAACCTAAACCCTAAA-
1 CCAAACCTAAACCCTAAAT
* *
640382 CCAATCCCCAAACCCTAAAT
1 CCAA-ACCTAAACCCTAAAT
640402 C
1 C
640403 ATTCATGCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCAAACCTAAACCCTAAAT
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640244 AAACTATAAA
* * * * *
640254 CCTAAACCCTAATCCTAAACCCTAAACAATAAA
1 CCTAAACCCTAAACTTAAACCCTAACCCA-AAC
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* * *
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1 CCTAAACCCTAA
640363 CCCTAACCTA
Statistics
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CCTAAACCCTAAACTTAAACCCTAACCCAAAC
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640147 CATTTCTATA
* *
640157 AAACCCCAAACTT
1 AAACCCTAAACCT
*
640170 GAAACCCCAAACCT
1 -AAACCCTAAACCT
* *
640184 AAACCCTAAATCA
1 AAACCCTAAACCT
* *
640197 AAACCTTATACCCT
1 AAACCCTA-AACCT
*
640211 AAATCC-AAACTCT
1 AAACCCTAAAC-CT
*
640224 AAACCTTAAATCC-
1 AAACCCTAAA-CCT
* *
640237 AAATCTTAAA-CT
1 AAACCCTAAACCT
*
640249 ATAAACCTAAACCCT
1 A-AACCCTAAA-CCT
*
640264 -AATCCTAAACCCT
1 AAACCCTAAA-CCT
**
640277 AAACAATAAACCT
1 AAACCCTAAACCT
*
640290 AAACCCTAAACTT
1 AAACCCTAAACCT
640303 AAACCCT-AACC-
1 AAACCCTAAACCT
*
640314 CAACCCTAAAACCT
1 AAACCCT-AAACCT
*
640328 -AACCTTAAACCT
1 AAACCCTAAACCT
*
640340 TAACCCTAAACCCT
1 AAACCCTAAA-CCT
*
640354 AAACCCTAACCCT
1 AAACCCTAAACCT
640367 -AA-CCTAAACCCT
1 AAACCCTAAA-CCT
640379 AAACC
1 AAACC
640384 AATCCCCAAA
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 30, Indels: 34
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
11 12 0.07
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15 3 0.02
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AAACCCTAAACCT
Found at i:640383 original size:57 final size:58
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Indices: 640252--640383 Score: 162
Period size: 57 Copynumber: 2.3 Consensus size: 58
640242 TTAAACTATA
* *
640252 AACCTAAACCCTAATCCTAAACCCTAAACAATAAACCTAAACCCTAAACTTAAACCCT
1 AACCTAAACCCTAAACCTAAACCCTAAACAATAAACCTAAACCCTAAACCTAAACCCT
* * ** *
640310 AACC-CAACCCTAAAACCT-AACCTTAAACCTTAACCCTAAACCCTAAACCCT-AACCCT
1 AACCTAAACCCT-AAACCTAAACCCTAAACAATAAACCTAAACCCTAAA-CCTAAACCCT
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640384 AATCCCCAAA
Statistics
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57 46 0.73
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AACCTAAACCCTAAACCTAAACCCTAAACAATAAACCTAAACCCTAAACCTAAACCCT
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640275 CTAAACAATA
* *
640285 AACCTAAACCCTAAA-CTTAAACCCT
1 AACCCAAACCCTAAACCCTAAACCCT
* *
640310 AACCC-AACCCTAAAACCT-AACCTT
1 AACCCAAACCCTAAACCCTAAACCCT
**
640334 AAACCTTAACCCTAAACCCTAAACCCT
1 -AACCCAAACCCTAAACCCTAAACCCT
*
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1 AA--CCCAAACCCTAAA
640401 TCATTCATGC
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 8, Indels: 13
0.78 0.08 0.13
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23 2 0.03
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AACCCAAACCCTAAACCCTAAACCCT
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Indices: 640252--640400 Score: 160
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640242 TTAAACTATA
* * *
640252 AACCTAAACCCTAATCCTAAACCCTAAACAATAAACCTAAACCCTAAACTTAAACCCT
1 AACCTAAACCCTAAACCT-AACCCTAAACCATAAACCTAAACCCTAAACCTAAACCCT
* * * *
640310 AACC-CAACCCTAAAACCTAACCTTAAACCTTAACCCTAAACCCTAAACCCT-AACCCT
1 AACCTAAACCCT-AAACCTAACCCTAAACCATAAACCTAAACCCTAAA-CCTAAACCCT
* *
640367 AACCTAAACCCTAAACC-AATCCCCAAACCCTAAA
1 AACCTAAACCCTAAACCTAA-CCCTAAACCATAAA
640401 TCATTCATGC
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 12, Indels: 9
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56 2 0.03
57 56 0.75
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Indices: 640962--643979 Score: 1878
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640952 ATTTGAGCAC
* * * * * * **
640962 CGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTCAAAATAAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
641027 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT-A--A-TAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
641091 ACCAAA-CTATTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTA-AAACTT
125 ACTAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * ** * * ** * *
641154 TTCGTTTGGTCATCAAACAATTGGTTTTGT-GCATACTATTTTATTCGAAA-AAAATAATATTAA
189 TT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * ** ** * *
641217 TTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAA-AACTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACCAA
253 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAA
* * *
641281 TTCAAATA-ATA-AGATTATATGAACAA-T-T-TATT----T
315 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAT
* * * ** *
641314 -G--A-AATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT-TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
** * * *
641373 TAATAAAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATTTGTTTAC
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * *
641438 TAAACCAGTTCATAT-GATTAAT-ACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTCTGACATTT
127 TAAATCAGTTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* ** * ** * *
641501 TGTTTAGTCATAAAGTAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTTTTTGAAATAAATTAATACTAATT
190 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* ** *
641565 TATTAACATTGAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TT
*
641630 CAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAAT
317 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTC-AAAT
* * * * *
641670 CGCTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGTTTATAT-AGAATAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAA
* *
641734 AATAATACTAATTGATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
* * * *
641799 AATCAGTT-AAATAATTATGGGC-ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGT
129 AATCAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
641862 TTTGTTATAAAATAATT-TTTTTTTATCA-ATCAA-CTTTATTTGAAATACAATAATATTAATTT
193 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATA-CAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *** * * **
641924 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCTATTTTA
256 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAACAATTCAA
* ** *
641988 ATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTCAAAT
320 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAT
* * * * * * **
642025 CATTCTGAA-C-TTT-TTTTAGT-ATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGTTTATTCGGAATA
1 CGTTAT-AACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * *
642086 AAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGTGATTTGAAAAAATAAATCTA
63 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT----AAGTGATTT-AAAAAATAAATTTG
* ** * * * *
642150 TTTACTGAAGAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA-CTTATTTAAAATCATTATGAC
122 TTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGAC
* * *** * **** **
642214 ATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAAT-TCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATGGT
186 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * *
642278 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAATTTTGTTTTCTAAAC
251 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * *
642343 AAATTGAAATAGTTACAACTATATGAACAATTGTATATTTAAAAT
313 -AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAT
* * * * * *
642388 TGTTATGACCTTTTCTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
642453 ATAATAATAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA
* * * * *
642518 ATCAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTT
130 ATCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
642582 TTGTTATAAAACAATTGTTTTT-CATCATACAAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACTAA-TTGT
194 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** *
642644 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATATGTCTATTTACC--A-AA-TC----
258 TAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAAT
* * * *
642701 AG-T-T-CCTATTTAAATAATTACCTATTTCAAAT
322 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAT
* * * * * *
642733 CGTGATAACCTTGTGTTCTATTATAAAATAATT-TTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* ** * *
642797 AACAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* ** * * ** * * **
642862 GCCGAAGCAGTTGAAATAGTTATGACTACATAAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGAATTTT
125 ACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* ** * *** * * *
642927 TATTTTGTCATAAAACAATCGTGTCAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATGAAATAATACAAATT
190 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
** * * * * * * *
642991 TATTAATATTTTGAAAATTAAT---AAATGATTTAGAAAGTGAATCTGTTTATCGAATCATTTCA
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAATTCA
* ** * *
643053 AATAATTATTGCCATTTCG-ACAAGTATCTATTTCAAAT
319 AATAGTTATAACTATTT-GAACAATTATCTA-TTCAAAT
** * ** * * * *
643091 TATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
643156 ATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * *
643221 CTAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTT
126 CTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * ** * * * ** *
643285 GTTCTATCACCAAACAATTATTTATGT-TCACAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATT
191 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * * *
643348 TGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTATATCTATTTACCTAACCAGTT
255 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACC-AAACAATT
* ** *
643413 CAAATAATTGCAACTATTTGAACAGTTATCTAATTCAAAT
317 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTCAAAT
* * * * * * * *
643453 CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTAAATAAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
643518 GTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AATTTAAAAAATAAATGTATTTATTAA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA
* * * *
643582 A-CTAGTTTAAATAGTTATGATTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTCTTA
130 ATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTG
** * * * * *
643644 TCCTATTATAAAAAAATTATTTTTGT-TCATACAAGCTTATATGAATTAAAATAATACTAATTTA
192 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * *
643708 TTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAAAATTT-AAAAA-AAATATGTTTACCGAACTATATCA
257 TTAATATTTCAAAAATTAAT-AA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAT-TCA
* * * * *
643771 AGTAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT
319 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAT
* * * * * * * * * * *
643809 TGTTATGACCTTTTGGTTTGTCATAAAAGATTTATTTTTGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAA
1 CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
643874 ATAGTACTAATTTATTAATATTTTGGAAAATAATAACAAAGAGAATTAAAAAA-AGAA-TCGTTT
65 ATAATACTAATTTATTAATA-TTT-CAAAA-ATTAA-TAAGTGATTTAAAAAATA-AATTTGTTT
* * * *
643937 ACCAAA-CAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT
125 ACTAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
643980 GTTTGTATTA
Statistics
Matches: 2067, Mismatches: 471, Indels: 248
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 1 0.00
344 5 0.00
345 239 0.12
346 72 0.03
347 29 0.01
348 38 0.02
349 118 0.06
350 25 0.01
351 7 0.00
352 6 0.00
353 66 0.03
354 4 0.00
355 55 0.03
356 130 0.06
357 172 0.08
358 364 0.18
359 196 0.09
360 181 0.09
361 47 0.02
362 127 0.06
363 110 0.05
364 5 0.00
365 61 0.03
366 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
CGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
TCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTATTTTTGTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAATTCAAATAGTT
ATAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAT
Found at i:642151 original size:535 final size:535
Alignment explanation
Indices: 641321--643588 Score: 1301
Period size: 526 Copynumber: 4.2 Consensus size: 535
641311 TTTGAAATCA
* *
641321 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAAAAATTTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAAAATTTA
* *
641386 ATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAT
66 ATAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATGTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAGTTAAT
* * * * *
641451 ATGATTAATACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAG
130 ATGATTAAAACTATAAGAACAATTATCAACTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAA
* * * *
641516 TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTGAAAAA
195 TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAA
* *
641581 ATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTA
260 ATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
641646 TTTGAACAATTA-TCTATTCAAAATCGCTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
325 TTTAAACAATTACT-TATTCAAAATCACTAAAACATTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTTCAA
* * * * * *
641710 TTAATACAAGTTTATATAGAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTGA
389 TTAATAAAAGCTTACACAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGA
641775 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAGTTAAATAATTATGGGCATTTGAACAATTATCTATT
454 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAGTTAAATAATTATGGGCATTTGAACAATTATCTATT
641840 TGAAATCATTATGACCT
519 TGAAATCATTATGACCT
* * * * * **
641857 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTTTTATCAATCAA-CTTTATTTGAAATACAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCAT--A-CAAGC-TTATTCGAAATAAAATAATAAAAA
* * ** * *
641921 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCTATT
62 TTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATGTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACC-A-G
* *
641985 TTAATA-G-TTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTCTGA-ACTTTT-TTTAGT-
125 TTAATATGATTAAAACTATAAGAACAATTATCAACTTCAAATCATTCTGACA-TTTTGTTTAGTC
* * *
642045 ATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAG-TTTATTCGGAATAAAATAATCCTAATATATTAACA
189 ATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTT-TTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAACA
* * ** * ** *
642108 TTCAGAAAATTAATAAGCAAGTGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAAGAAGCTCAAATAGT
252 TTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGCTCAAATAGT
* * ** *
642173 TATGACTATTTAAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATT
317 TATGACTATTTAAACAATTACTTATTCAAAATCACTAAAACATTTTCTTTTATCATAAAACAATT
* * ** *
642238 ATTTCAATTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATGGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
382 ATTTCAATTAATAAAAGCTTACACAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *** *
642303 TAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAATTTTGTTTTCTAAA-CAAATTGAAATAGTTA-CAACTATA
447 T----AAGTGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC-AGTT-AAATAATTATGGGC-ATT
* * * **
642366 TGAACAATTGTATATTTAAAATTGTTATGACCT
503 TGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCT
* * * * * * *
642399 TTTCTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAGT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT--TTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAAAAT
* ** * * * * *
642464 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAATCAGTTC
63 TTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATGTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAGTT-
* *** *** * * ** * * *
642526 AA-ATAATT-ATGGTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTTA
127 AATATGATTAAAACT-ATAAGAACAATTATCAACTTCAAATCATTCTGACA-TTTTGTTTAGTCA
* * * * *
642588 TAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATACTAAT-TGTTAATA
190 TAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTTTTCGA-AATAAAATAATACTAATATATTAACA
** * **
642649 TTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATATGTCTATTTACC--A-AA--TC----AG
252 -TTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGCTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
642703 -T-T-CCTATTTAAATAATTACCTATTTC-AAATC-GTGATAACCTTGTGTTCTATTATAAAATA
316 TTATGACTATTTAAACAATTACTTA-TTCAAAATCACT-AAAACATTTTCTTTTATCATAAAACA
* * * ** * * **
642763 ATTTTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAAT
379 ATTATTTCAATTAATAAAAGCTTACACAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAAT
* * * ** * * * **
642828 TAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAAGCAGTTGAAATAGTTAT-GACTACA
444 TAATAAGT--G--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAGTT-AAATAATTATGGGC-ATT
* * * * **
642892 TAAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGAATT
503 TGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCT
* *** * *
642925 TTTATTTTGTCATAAAACAATCGTGTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATGAAATAATACAAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAAT--T-TTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAAAAT
* * * * * * * * * * *
642990 TTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AATGATTTAGAAAGTGAATCTGTTTA-TCGAATCATTT
63 TTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATGTAAAAAATAAATGTGTTTACT-AAACCAGTT
* *** * ** * * * * * * * *
643051 CAA-ATAATTATTGCCATTTCG-ACAAGTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTTTGGTCA
127 -AATATGATTAAAACTA-TAAGAACAATTATCAACTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCA
* * * ** * * * * * *
643114 TATAACAAATGTTT-TTTATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTT
190 TAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAA-CAT
* * ** * * * ** *
643178 TC-AAAAATTAATATGTAAGCGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAGTT
253 TCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGCTCAAATAGTT
* * *** * * * * **
643241 ATGACTATTTGAA-AATT-GTATACTTC-AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCACCAAACAAT
318 ATGACTATTTAAACAATTACT-TA-TTCAAAATCACTAAAACATTTTCTTTTATCATAAAACAAT
* * * * ** *
643303 TATTT-ATGTTCACAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTG-TTAATATTTCAAAAA
381 TATTTCA-ATTAATAAAAGCTTACACAAAATAAAATAATACT-AA-TTGATTAATATTTCAAAAA
* * * * **
643365 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTATATCTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAA-T-TGCAAC
443 TTAATAAGT----GATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTA-CTAAATCAGTT-AAATAATTATG-GGC
* * *
643427 TATTTGAACAGTTATCTAATTCAAATCATTATGACCT
500 -ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCT
* * * * * * * **
643464 TTTGTTTTATCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTAAATAAAGTAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT--TTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAAAAT
* * * * * * *
643529 CTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---A-ATTTAAAAAATAAATGTATTTATTAAACTAGTT
63 TTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATGTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAGTT
643589 TAAATAGTTA
Statistics
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545 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
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ATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATGTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAGTTAATA
TGATTAAAACTATAAGAACAATTATCAACTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAAT
AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAA
TTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTAT
TTAAACAATTACTTATTCAAAATCACTAAAACATTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTTCAATT
AATAAAAGCTTACACAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAGTTAAATAATTATGGGCATTTGAACAATTATCTATTTG
AAATCATTATGACCT
Found at i:642630 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 641321--643896 Score: 1353
Period size: 177 Copynumber: 14.4 Consensus size: 177
641311 TTTGAAATCA
* * **
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
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* ** * * *
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127 CAAATAG-TT-ATGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-T
* ** ** *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* ** * * *
641561 AATTTATTAACATTGAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-C
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----TGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC
* *
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* *** * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAA
* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATA-CAAGC-TTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * ** * *
641919 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCTA-
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC-AG
** *** ** * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * **
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* * * * *
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124 GTTCAAATAGTTATGGTC-ATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGAAC-T
* * * ** * **
642216 TTTCTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAATTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATGGTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * *
642279 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAATTTTGTTTTCTAAA-C
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGTGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC
* * *** * * * * * *
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123 -AGTTCAAATAGTTATGGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * * *
642399 TTTCTTTTTTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * *
642462 GTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAATCAGTTCA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAGTTCA
* * *
642527 AATAATTATGGTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACT
129 AATAGTTATGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* *
642576 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAA-
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * ** * *
642640 TTGTTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATATGTCTATTTACCAAATCAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAGTT
* * * *
642705 C--CTA--T-T--T-A----AATAATTACCTATTTCAAATCGTGAT-AACCT
127 CAAATAGTTATGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CT
* * * * * * * *
642744 TGTGTTCTATTATAAAATAA-T-TTTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
** * * ** *
642807 ATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAAGCAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAG
* * * * *
642872 TTGAAATAGTTATGACTACA--TAAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGAATT
125 TTCAAATAGTTATG-GT-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * * *
642925 TTTATTTTGTCATAAAACAATCG--TGTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAAATGAAATAATACA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
** * * * * * *
642987 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATGATTTAGAAAGTGAATCTGTTTA-TCGAATCATTT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATCAGTT
* * * * ** * *
643051 CAAATAATTATTGCCATTTCG-ACAAGTATCTATTTCAAATTATTATTACCT
127 CAAATAGTTATGGTCATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * * * * *
643102 TTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * *
643167 TTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAGTT
* * * * *
643232 CAAATAGTTAT-GACTATTTGAA-AATTGTATACTTCAAATTGTTAT-AACCT
127 CAAATAGTTATGGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CT
* * ** * * ** * * * *
643282 TTTGTTCTATCACCAAACAATTATTTATGTTCACAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AA
* * * *
643346 TTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTATATCTATTTACCT-AACCA
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTA-CTAAATCA
* ** * * * *
643410 GTTCAAATA-AT-TGCAACTATTTGAACAGTTATCTAATTCAAATCATTATGACCT
124 GTTCAAATAGTTATG-GTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * ** * * * *
643464 TTTGTTTTATCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTA-AATAAAGTAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
643528 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AATTTAAAAAATAAATGTATTTATTAAA-CTAGTTTA
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC-AGTTCA
* * *
643591 AATAGTTATGATTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCGTTATG-ACT
129 AATAGTTATGGTCATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* ** * * * * **
643639 TCTTATCCTATTATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-T-ATGAATTAAAATAATACT
1 T-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCA-GAA-TAAAATAATACT
* * *** * **
643702 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAAAATTT-AAAAA-AAATATGTTTACCGAA-C
63 AATTTATTAATA-TTT--CAA-AAATTAAT-AAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC
* * * * * * *
643764 TA-TATCAAGTAGTCAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCT
123 -AGT-TCAAATAGTTATGGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * * ** * * * * *
643820 TTTGGTTTGTCATAAAAGATTTATTTTTGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAGTACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
643885 TTATTAATATTT
66 TTATTAATATTT
643897 TGGAAAATAA
Statistics
Matches: 1861, Mismatches: 393, Indels: 287
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 9 0.00
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169 42 0.02
171 2 0.00
172 1 0.00
173 3 0.00
174 1 0.00
175 16 0.01
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177 333 0.18
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183 148 0.08
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAGTTCAAA
TAGTTATGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
Found at i:642783 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 642548--642852 Score: 420
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
642538 TCATTTCAAC
* * * * * *
642548 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA
1 AATTACCTATTTCAAATCGTGATGAACTTGTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA
* * *
642613 AGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTGT-TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
66 AGCCTATTCAAAATAAAACAATACTAATT-TACAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
642677 AAAAATATGTCTATTTACCAAATCAGTTCCTATTTAAAT
130 AAAAATATGTCTATTTACCAAATCAGTTCCTATTTAAAT
* *
642716 AATTACCTATTTCAAATCGTGAT-AACCTTGTGTTCTATTATAAAATAA-T-TTTTTCAATTTAT
1 AATTACCTATTTCAAATCGTGATGAA-CTTGTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCAT
* *
642778 ACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGATAT
63 ACAAGCCTATTCAAAATAAAACAATACTAATTT-ACAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
642843 TTAAAAAATA
127 TTAAAAAATA
642853 AATCTGTTTG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 13, Indels: 9
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.05
167 5 0.04
168 70 0.59
169 38 0.32
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AATTACCTATTTCAAATCGTGATGAACTTGTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA
AGCCTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTACAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
AAAATATGTCTATTTACCAAATCAGTTCCTATTTAAAT
Found at i:643386 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 642706--643979 Score: 862
Period size: 180 Copynumber: 7.1 Consensus size: 181
642696 AAATCAGTTC
* * * * * * * *
642706 CTATTTAAATAATTACCTATTTCAAATCGTGATAACCTTGTGTTCTATTATAAAATAATT-TTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
** * * * ** *
642770 CAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAC
66 -TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
642835 TAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAAGC-AGTTGAAATAGTTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * * ** * * * ** * *
642887 CTACATAAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATGAATTTTTATTTTGTCATAAAACAATCGTGTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
** * * * * **
642952 AATTCATACAAGCTTATTCGAAATGAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--
66 TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
* * * *
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66 TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ***
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* * * * * **
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
* * * * *
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* * *
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131 AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
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1 CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTCTATCATAAAACAATTATT
* * * ** *
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64 TTTGTTCATATAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** * *
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128 AGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACTAGT-TCAAATAGTTATGA
* * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTCTATCATAAAACAATTATTT
* * * **
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** * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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** * *
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* **
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* * * *
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* *
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***
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* * * * *
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TTACTTTTTAAATCTCCTACTAACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTATAACTTG
AATAAACTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTAGGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAACA
AATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTGAACTATCTCAGTAAACAGATTTAGTTTTAAAATTT
TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
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* * * * *
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*** * *
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*
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* * *
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*
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**
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TTATGACAAAACAAAA
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* * * * *
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* * * * *
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**
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* * * * * *
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* * * * ***
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** *
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* * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-AATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * *
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* * * * *
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** * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** *
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* * * *
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127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
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* * *
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126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAG
* * *
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* * * * * * *
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** * *
645973 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
125 G-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
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1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
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** * * *
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127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
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1 TCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
646455 TT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTAT
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* * * * *
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126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * *
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* * * * *
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* ** * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** ** ** * * *
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* * *
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127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * ** *
646933 TTGTAACTATTTGAA-TAGGCTCAACAAACAAATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * *
646993 T-GAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATAAAAATAATTATA
65 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGT-
** ** * * ** * *
647057 TTACAACAAAACAAAATATCATAATGGTTTGAAATAGATAATACTTCTAATGG
127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * ** **
647110 AT-GTGACTATTCAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAAATCCAACTTATTAATTTT
1 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
647174 GAGAATATTAATAAATGA-TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAAATAGAAAC-ATATGAT
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* *** * * * * * ** *
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* * * * *
647297 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
647360 -GAAATATTAATAGATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATAT-
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* * * *
647421 TTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAG
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
647475 TCAGAACTATTT-AACTTGTTCGGTAAA-AAGATTCATATTTTAAA-CTTTTGCTCATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
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** * * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * ** *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * *
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66 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTG-T
* * * * * *
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127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * ** * *
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** * * * * * * *
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* * ** * * *
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1 TCATA-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTT
* *
649684 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
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Statistics
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Alignment explanation
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* * * * **
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*
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* * * *
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* * * *
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*
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* *
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* * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * * * * *
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** ** ** * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * *** ** * * *
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** * * ** * * * * * **
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* * * *
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* * * * * **
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253 TAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAA
* * * * * ** * *
647246 TCAAATAGGCTTAT-ATGAATAGAAACA-ATTGGTT-TATGACAAAACAAAAAGTC
316 ACAAA-AGG-TTATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGT-T-------CAAATA-TT
* * *
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* * * *
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65 -AATATTAATA-AATTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGATTTT
* * * *
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* * * * * * * *
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191 AAC-TGGTCAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * * * * **
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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** *
647972 CAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATT
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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181 G
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* * * * * * * * * *
649934 AATTG--TTA---CAATAGTCATAA--TTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAA
122 AATTGTTTTATGACAA-A-ACAAAAGGTCA--T-AACGA-TT-TG-AAA-TAGATAATTGTTCAA
*
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178 ATAG
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119 A-ACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATT-TG-AAATAGA-TAATTGTTCA
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177 AATAG
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTT-G-ATA--AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAA-A
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** * * ** ** * * *
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118 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACA-AAAGGTCAT-AACGA-TTT-G-AAATAGATAATTGTTCA
*
650349 AATCG
177 AATAG
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** ** ** * * * * *
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126 GTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATT
* * * * ** *** *
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63 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTG
** * * ** * *
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127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * * * * *
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66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTT
** * * * * * *
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129 -TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* * * * * * * ** * * ** *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATT
* * * * * * *
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63 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTA-TTTCGAAT-AAGCTTGTATG-ATGAAAAACAA
* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATAAATTTT
** * * * * * *
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* * * * * * *
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129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT
* * *
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* * * **
651355 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT-TTATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * **
651407 TCTTAACTATTTG-ATTGGTTCGGTAAATGGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTT
* * * * * * *
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65 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTT
* * * *
651534 TTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
651587 TCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAATAGATTTAATTTTTAAGTCTCTTA--T-T-AATTCTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT-TT
** * *
651647 -GAAATATTAGCAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATTAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTCTT
65 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTT
* * * * *
651710 TCATGACAAAACAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATA-ATAGTTGTTCAAAT-G
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** ** * *
651761 GCTATAATTATTTAAACTAATTT-AGTAAACTTATTTATTTTTTAAATCT-TCTGCTTATTAACT
1 TC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTA-TAAAT
* * * * * ***
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62 TTTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATT
* * ** * * * *
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126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
651943 TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATC-CCTAGCTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATAAATTT
*** * *
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* * * * * * * * * * *
652068 TATTATATAACTAAATAACAGGCCAGAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCTAATAG
125 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT-
* * * * * * * *
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65 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTT
* * * * *
652249 TTATGACAAAA-AGAAAGATCATAA-TAGTTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
652302 TTACAACTATTTGAATTGGTTTGGA-AAATA-ACTCTAGTTTATAAATCTCTTGCTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTT
* * * * *
652365 TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAGTTG--AAATAATT
64 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA--TGAAAAACAATT
* * * *
652427 GTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAG
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
652483 TCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTTATTTTTTAAAATCTCTCACTCATTAATT
1 TCATAA-CTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATAAATT
*** * * * *
652546 TTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAATAATT
63 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATT
* * * *
652609 GTTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAG
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
652664 TCTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTAACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * *
652728 GAAATACT-ATTAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAA-AAACAATTGTTT
* * * *
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130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT---GA----A-ATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
652850 TGATAAC-ATTGTTAA-TTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--T-TAATTTT
1 TCATAACTATT-TGAACTGGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTT
* * * * * ** ** * *
652910 TA-AAATATTAATAGATCAATATT-TTTTGTTTTGAATAATTTTACATGAAT-AGAAACAATTGC
64 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGT
* * *
652972 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATGG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * * * * * ** ** * * *
653026 ACATGATTATATTAATATTATTTTAATTCGAATATGCTAGTATGAATAGAAAT-TATT-GTTTTA
1 TCATAACTAT-TTGA-ACTGGTTTGA-T-AAACA-GAT-TTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATA
*** * * * * * * * **** * * ** *
653089 TAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTACTCAAAT-AG--T-CAT-AACAAT
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*** *** ** **
653149 TTGAATTGGTTTGATAT-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGACATATTAG-T
119 AACAATT-GTTT--TATGACA-A---A---ACAAAAGGTC--A-TAACGATTTGA-A-A-TAGAT
* ** *
653211 ATATTAGTATTATTTTAT
168 A-ATT-GT-TCA-AATAG
** * * ** * * *
653229 TCCA-AAC-A----AACTTATATGA-AGAAAACG-TTT-TTTTTATGACAA-AAC-AAATGATCA
1 T-CATAACTATTTGAACTGGTTTGATA-AACA-GATTTATTTTT-T-A-AATCTCTTACTTAT-A
* * ** * * * *
653283 TAATGATTTA-AAATAGATAATTATTCATATAGCCTTA-ATTATTT-G---AA-CTGGTTTGGT-
59 -AAT--TTTAGAAATA-TTAA-TA--AAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATG
* * *** * * ** *
653340 AAACA-AATT-TATTT-T--CTAAATCTCTTA-GTTATTA--ATTT-TCATA-AT-ATTGTT-AG
116 AAAAACAATTGT-TTTATGAC-AAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
653393 AT--
178 ATAG
* * * * * * * * ****
653395 TCATATTATTTTATTTTGAA-TAAGATTGTATGAACATAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAA
1 TCATA--A--CTA-TTTGAACT-GGTTTG-ATAAACA-GATTTATT-T-TT-T---AAATCTCTT
* * ** ** * *
653459 AATTATAATGATTTGA-AATATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTATTT-G---AA-CTGGTT
52 ACTTATAA--ATTTTAGAA-AT-ATTAAT-AAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* **** * * * * * *
653515 TGA-CAATTTGAATTGATTATTAT-TCAAATGGCCATAA--TTATAACAATTTGAAATAGATTAT
111 TGATGAAAAACAATTG-TT-TTATGACAAA---ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* *
653576 TATTCAAATGG
171 TGTTCAAATAG
* * * * ** ** * **
653587 CCATAATTATTTGAATTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATATCCAACTTATAAAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-AAATTTT
* * * * * ***
653652 -GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTT
65 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
653716 TATTATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
653768 ACTTGACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTT
* * * * *
653832 TTG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAATTG--AAACAATT
64 TAGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATT
* * * * *
653893 ATTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCAGAATC-ATTTGAAATGGATAATTGTTCTAACAG
126 GTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
653949 TCTTAACTATTTGAATTGGTTT-AGCAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT
* ** * * * * *
654013 AG-AATATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTACTTCTAATAAGCTTGTATGATCACAAACAATAGTT
65 AGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTT
* ** *
654076 TTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGTGATAGATGATTGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * *
654128 TCATAACTATTTGAACTGGCTTGATAAACAGATTTAGCTTTT-AA-CT-TT--TT-TTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * *
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66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG---ATGAAAAACAATTG
** * * *
654246 TCTTTACAACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
127 T-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
654302 TCATAACTATTT-AACTCGTTTGATAAATAGATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * * * * ** * *
654366 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTGA-TTCAAAATAAACTTGCATCAAT-AGAGCCAGTTTT
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* * * * * *
654428 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATTATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* ** * *
654546 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTG--AAACAATTGTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTT
* * * * * * **
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129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * *
654662 TCATTGCTATTTGAACAT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT-T
* * * *
654726 T-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATACA-CTTGTATGAAT-AGAAACTACT
64 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATA-AGCTTGTATG-ATGAAAAACAATT
* * * * *
654787 GTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCT-AAATAG
126 G-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
654843 TCATAACTATTTGAATTGTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA--T-TAAATTTT-
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * * * * ** * *
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* * ** *
654967 TATTATAAAACAAAAGGTTGT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** ** * * * *
655019 TCATAATTATTTGATCTAGTGAGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * ** * ***
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* * * *
655146 TTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
655200 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * ** *
655265 GAAAAATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AA-TATTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTT
* * * * *
655328 TATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AAT--ACAATTGTTC--A-A-
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *
655373 --ATAACTAGTTAAATTGGTTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * *
655436 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTGTGATCAAAAAATAATTGTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAT-GAAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
655500 ATATGACCAACCAAAAGATAATAACGATTTGCAATAGATAATTGTTGAAATGG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * * ** *
655553 TCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACATATTCACTTTTTAAATTTCTTACTTATTGATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * *** * *
655618 GAAATATTAGTAAATTAGTATT-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTATAACAATTATTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
655682 ATAACAAAACAAAAGGTTATTACAATTTTAAATAGACAATTTTTCTAATAG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
655733 T-AGTAACTACTTGAATTTGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CT-TATGCTTATTAAT
1 TCA-TAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCT-TACTTATAAAT
* * * * * * * * *** * * *
655794 TTTTGAAATATTAAGAAATTGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTCTAAACTAAAATAGTCG
62 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTG
* * * * *
655859 TTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
655914 TCATAACTATTTAAATTTGTTCT-ATAAACAGATCTATTGTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATT
* * * * * * *
655978 TTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAAGAT-ATAAAACAAAT
63 TTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATT
* * * * **
656040 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGGTAATCATTCAAAT-G
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
656095 ACCATAATTATTTTAAATGAGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTA-ATAA-
1 -TCATAACTATTTGAACTG-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATA-AAT
** * * *
656157 TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GCCTAAACTTGTATTAACTG--AAATA
62 TTTA-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTA-TGA-TGAAAAACA
* * * ** * * *
656219 ATTGTTTTATGAGAAATCAAAAGGTTATATTGATTTTAAATA-AGCAATTGTTCAAATAA
123 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
656278 TAATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTGAAATCTCTTTCTTAATAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT-ATAAATTT
* * * * *
656343 TTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG--AACCAATT
64 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATT
* * * * * * * *
656404 GTTTTATAACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATTG
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
656460 TCTTAACCATTTGATCTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * *
656521 GAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATTGTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTT
* * * ** *
656584 TATGACAAAAGAAAATGGTTATAACGATTTGAAATAGATTATCATTCATATAG
130 TATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** ** * * * * ** * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTT
* * * ** ** ** * *
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65 AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
656764 GATGA-TAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
656814 TGAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGCATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * * ** * *
656879 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTAACAAGAATAATTGTTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTT
* * *
656944 ATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
656995 TTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATGGAATTATTTTCTAAA-CATCGTACTTATAAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATAAATTTT
* * * * * * * *
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* ** * * *
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129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTT
* * *
657240 TAG-AATTTTACA-AAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAACAATT
64 TAGAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT-GATGAAAAACAATT
* ** * * * * *
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126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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1 TCATAACTATTTG-AACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT
** * * * * *
657410 A-ATAA-ATT-A-GGATTATTT-TATTTCA--T---ATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTT
65 AGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTT
* * * * *
657465 TTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCCAATTG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * ** ** *
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1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
* * * * ***
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66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
657642 TATGACAAAATAAAAAGGTCATGATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAACAG
130 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
657695 TCATAACTATTTAAACTTG-TTAAGTAGACACATTTGTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA-TAAATT
* * * * * *** *
657759 TTTG-AATGTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCGAGTAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTAT
63 TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGT
* ** * ** * * *
657823 TATATGAGTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAT
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
657877 TCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGAT---TTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATAAATTTT
* *
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657965 TCCAAAACAA
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* *
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*
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1 TTATCAATATTTTAAAGATTAATAA
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TTATCAATATTTTAAAGATTAATAAG
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644807 AAAATTTTTA
* * * *
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* * * * * *
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** * * * ***
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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63 GAAATAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATA
** * * * * * * *
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126 GTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAAT-CCCTAGCTTATTAATT
** * * * ** * ** * *
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189 TTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAACTTGTATGAATTGAAAC-AATTA
* * * *
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* ** * * * * * * *
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315 TTTGAACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTGA-AATATT-
* * * * *
645745 ATAAATTAGCATTA-CTTTATTCTAAATAAGAC-TGTATCA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACA
374 ATTAATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAG-CTTGTATGATA-AGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * * * * * **
645807 AAAAAATGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAATTGAATTGGT
436 AAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AATAGTTGTTCAAA-TAGCTACAACTATTTAAACTAAT
* * * *
645871 TT--GATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-
499 TTAGGA-AAA-TAATCTAGTTTATAAATCTCTTG
* * * * * *
645899 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATTTTCAG-TAAACTTATATGCAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTA-TTTCAGAT-AAGTTTTATG-AT
** * * * * * *
645963 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAATTATTCATAT
62 TGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTT-AAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
646027 AGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAA
125 AGTCATAACTATTT-AACTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATC-CCTAGCTTATTAA
* * * * * * *
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* * * * * * *
646152 TTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAAT-TAT
249 TTATTTTATGAC-TAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCT-T
* ** * * *
646215 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAGCAA-ATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATAAATATTAGAA
310 AACTATTTGAACTGGTTTGACAA-AAACATTTATTTTTTAAAT---CT-CTTATTAAT-TTTGAA
* * * * * *
646279 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAACAGGCTTGTATGATGAA-AAATAATTGTTTTA
369 ATATT-ATTAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAT-AAGAAACAATTATTTTA
* * ** * * * *
646342 TGACAAAACAAAA-ATTCAAAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATCG-TCATAATTATTTG
431 TGACAAAA-AAAAGA-TCATAATGATTTGAAATA-ATAGTTGTTCAAATAGCT-ACAACTATTTA
* * * ***
646405 AACTAATTT--GATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
492 AACTAATTTAGGA-AAA-TAATCTAGTTTATAAATCTCTTG
* * * * ** *
646444 CTTCTCAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTTTATG-ATTG
* * * * * * *
646509 AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATTGT
64 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * ** *
646574 CGTAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTGCTTATTAATTTTT
128 CATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCCCTAGCTTATTAATTTTT
* * ** * * *
646638 TGATTGTTAATAAA-TAGGGTTATTTTATT-TCAAATAAGTATGTATGAACTGAAACAATTATTT
192 TCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAACT-TGTATGAATTGAAACAATTATTT
* ** *
646701 TATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTG
255 TATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTG
* * * * * * *
646766 AATTCGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAG
319 AACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTGA-AATATTATTA-
* ** * * * * * * *
646831 TTTAACA-AAATTTCACTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACA
378 ATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAAA
* * * ** ** * ** * *
646894 AAGGTCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAAAAATTGTAACTATTTGAA-TAGGCTCAA
441 AAGATCATAATGATTTGAA-ATA-ATAGTTGTTCAAATAGCTACAACTATTTAAACTA-ATTTAG
* * * *
646957 CAAACA-AATTTAATTTTTAAA--TC-T-
503 GAAA-ATAATCTAGTTTATAAATCTCTTG
* * * * *
646981 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTT-TGAATAATTTTATATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGTTT-TATG-ATT
* * * ** * ** *** * ** * *
647045 AAAATAATTATATTACAACAAAACAAAATATCATAATGGTTTGAAATAGATAATACTTCTAATGG
63 GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * * *
647110 AT-GTGACTATTCAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAAAT-CC-AACTTATTAATT
127 -TCATAACTATT-TAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-CAAATCCCTAGCTTATTAATT
*** * * * * *
647172 TTGAGAATATTAATAAATGA-TATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATAAATAGAAACATATG
189 TTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT-AACTTGTATGAATTGAAACA-ATT
* ** * * * * * ** *
647235 A-TTTAGGACT-TTCAAATAGG-CTTATATGAATAGAAACA-ATTGGTT-TATGACAAAACAAAA
251 ATTTTATGACTAAACAAA-AGGTC-AAAATGATTTGAAATAGA-TAATTGT-T-------C-AAT
* * * * * *
647295 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTT
304 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-GACAAAAACATTTA-TTTTTTAA-ATCT-CTTATTAA-TT
* *
647358 TTGAAATATTAATAGATTTA-TATTA-TTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAACCAA-T
364 TTGAAATATTATTA-A-TTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATT
* * *
647419 ATTTTATGACAAAACAAAATG-TTATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAG-TCAGAAC
425 ATTTTATGACAAAA-AAAA-GATCATAATGATTTGAAATA-ATAGTTGTTCAAATAGCT-ACAAC
* *
647482 TATTT-AACT--TGTTCGGTAAAA-AGATTCATA-TTT-TAAA-CTTTTG
486 TATTTAAACTAAT-TTAGG-AAAATA-A-TC-TAGTTTATAAATCTCTTG
* * * * * ** * *
647525 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TATTGTATTT-TGAATAAACCTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-AT-AAGTTTTATG-ATT
* * * * * * * * *
647588 GATAGAATTATTTTATGATGAAACGAAAGGTTATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
63 GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * **
647653 TTA-AGACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATAA-TTA-TATTTAAAATCTTTTA-CTTATTAA-
127 TCATA-ACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATA-AATTTATTTTTTCAAATC-CCTAGCTTATTAAT
* * * * ** *
647713 TTGTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTTTGAA-TGAAAACAATT
188 TTTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AACTTGTATGAATTG-AAACAATT
* * * * * * * *
647777 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
251 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTA
** * * * *
647842 TTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATT
315 TTTGAACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-T-TTTGAAATATT
** * * * * * *
647906 AAAAAATTTGAATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAAAATTACTTTATGACAA
374 -ATTAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * **
647970 AACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA-TTCATAACTATTTAAACTTGT
437 AA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATAGTTGTTCAAATAGCT-ACAACTATTTAAACTAAT
* ** * * ** *
648034 TCAATAAACA-AATTTAGTTTTTAAAAATCTTA
499 TTAGGAAA-ATAATCTAGTTTATAAATCTCTTG
* * * * * * *
648066 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTC-GAATCAGCTTATACGAAC
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAG-TTTTATG-AT
* * ** * * ** * * *
648129 AGAAACAATTGTTTGGTGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATACA
62 TGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** * * * * *
648193 ATTATAACTATTTGTACTAGTTAGGCCAACAGATTCATTTTTT-AAATCCATTA-CTTAGTAATT
126 GTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCC-CTAGCTTATTAATT
** * * * * * * * * *
648256 TTTAGAATATTAAAAAATTAGCATTACTTTATT-TCAAATAATATTGTATTAATGGAAACAATTG
189 TTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA-CTTGTATGAATTGAAACAATTA
* * ** * ** * * * *
648320 TTTTATGACAAAATAATTGGTCACAACAATATGAAA-AAATAACTAT-TTAAATTGT-TATAACT
252 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA-T-TGTTCAATAGTCT-TAACT
* * ** * * * *
648382 AATTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
314 ATTTGAACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-GAAATATT-ATT
* * * * * * *
648447 AATTAATATTA-TTTTATTCTAAACAAACTTATACGA-ACAAAAACATTTA-TTTATGACAAAAC
377 AATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAA-
* * * * * * **
648509 AAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGCCT-TAACTATTTGAATTGGTTT
439 AAAAGA-TCATAATGATTTGAAAT-AATAGTTGTTCAAATAG-CTACAACTATTTAAACTAATTT
* * * *
648572 -GGCTAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
501 AGG--AAAATAATCTAGTTTATAAATCTCTT-G
* * * * * * * * *
648603 -TTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGAT-AAGTTTTATG-A-T
* * * * *
648666 T-AAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
62 TGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATA
* ** *
648730 GTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTAGTAAGCATATTTATTTTTT-AAAT--C-A-CTTATTAATT
126 GTCATAACTATTT-AACTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCCCTAGCTTATTAATT
** * ** * * *
648789 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATTTG-A-TGAAAAACAATT
189 TTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-ACTTGTATGAATTG--AAACAATT
* * * *** * ** * * **
648852 GTTTT-TAGACAAAACAAAAGTTTGTAAT-TTTTTTAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATATTT
251 ATTTTAT-GACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACT
* * * * *** * ** *
648915 ATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCACCAAATCTCAAATTTTAAAATATTA
314 ATTTGAACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATC-TCTTAT-T--AATTTTGAAATATTA
* * * *** * ** * * *
648980 GTAAAGTAATATTA-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGATTTGAAACAATTTTTTTAGGATAAA
375 -TTAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * **
649044 ACAAAA-AGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGT
438 A-AAAAGA-TCATAATGATTTGAAATA-ATAGTTGTTCAAATAGCT-ACAACTATTTAAACTAAT
* * * *
649107 TT-GGTAAATATATATATTTTA-AAATTTCTTG
499 TTAGGAAAATA-ATCTAGTTTATAAATCTCTTG
* ** * * * * * *
649138 CCTATTAATTTTTTCAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCATGTGTGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAG-TTTTATG-ATT
* * * * * * * * *
649202 GAAACAATTATTTTATAACT-AAA-AAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATA
63 GAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
649265 G--ACAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAATT
126 GTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATC-CCTAGCTTATTAATT
** * * ** * * * * * * * * *
649326 TTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTAACTATTAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGT
189 TTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTGTATGAATTGAAACAATTAT
** * * * * * *
649391 TTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGACAGATAATTGTCCAAATAATCATAACTAT
253 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTAT
* ** * * * * * *
649454 TTGAACTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTGTAAATCTCATATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
316 TTGAACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTGAAATATT-ATTAA
* * * ** * * ** *
649519 CTAATATTA-TTTTATTCTAAAAAATTTTGTACGAATAA-AAACAATTGTTTTACAATAAAAGAA
379 TTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AA
* * * * * * * * * **
649582 AATG-GCAT-ATCGATTTTAAATAGATAATAGTTCGAATGGACTA-GACTATATGAACTTGTTT-
441 AA-GATCATAAT-GATTTGAAATA-ATAGTTGTTCAAATAG-CTACAACTATTTAAACTAATTTA
* * * * **
649643 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TAAA
502 GGAAAATA-ATCTAGTTTATAAATCTCT-TG
*
649673 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT----T--G----A--A-T--
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTATGATTGA
* * * *
649722 AA-ACTTG---TATGAATAGAAAC--AA--TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
65 AATAATTGTTTTATG-ATA-AAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAG
* *** * ** * *
649779 TTATAACTATTTGAACTCACTCGGTAAGCAGATTTA-TTTTTCAAA-----A-CTT-TTACTTAT
127 TCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCCCTAGCTTATTAATT-T
* ** * * * * ** * * *
649836 TTT--A--TTAATAGA--AGTATTACCTTATTGTAAACAAACTTATATGAATAAAAATATTTGTT
190 TTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAACTTGTATGAATTGAAACAATTATT
* * * * *
649895 TTATGA-TAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTACAATAGTCATAATTATT
254 TTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCTTAACTATT
* * ** * * * *
649959 TGAACTAGTTAGGTAAACAA-AATTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTTATAATTGAAATATTAA
317 TGAACTGGTTTGACAAA-AACATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAAT-TTTGAAATATTAT
* *
650023 TAACTTCA-TTTTATTTTT-TTCCAAATAAG-TTAGTATCAATTCAA-AAA-AACTTATTTTATG
376 TAA-TT-AGTATTATTTTTATT-CAAATAAGCTT-GTAT-GA-T-AAGAAACAA-TTATTTTATG
* * * * *
650083 ACAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA-AA-TATTTGAA-
433 ACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATAGTTGTTCAAATAG-C-TACAACTATTTAAAC
** * * * * *
650145 T-GGTTCGGCAAACA-AATTTATTTTTTAATTCTCTTAG
495 TAATTTAGG-AAA-ATAATCTAGTTTATAAATCTCTT-G
* * * * * * * * ***
650182 -TTATTCATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTTTATG-ATTG
* * * ** * *
650246 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATCGTTCAAATAGT
64 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * ***
650311 CATAACTGTTTGAACTAT-TTTGGTAAATAGATTT-TTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTTAA
128 CATAACTATTT-AACT-TGTTTGGTAAATAAATTTATTT---T---TT-C--A--AA-TCCCT--
* * * *
650374 AGATTAATAAGTTATCACTATTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATG--TAAGC
177 AGCTTATTAA--T-T---T-TTTCAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-C-TGAATAA-C
* * * * ** * * *
650437 ATGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAGG-CTTTAACGATTTTAAAGAGATA
231 TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTC-AAAATGATTTGAAATAGATA
** * * ** * * *
650500 ATTGTTCAGATAGTAATAAGTATTT-AAATTTTTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCACT
294 ATTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-GACAAAAACATTTA-TTTTTTAAAT--C-
* * * **
650564 TTCTTATTAATTTTTTG-AATCTTAATAAATTAGTATTA-ATTTATTCTAAATCGGCTTGTATGA
353 -TCTTATTAA--TTTTGAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * *
650627 -ACTA-AAACAATTATTTTATGACTGAACAAAAAG-TCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC
413 TA--AGAAACAATTATTTTATGAC--AAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATAGTTGTTC
* * * * * * * * *
650689 TAGTAGTCT-TAACCATTTGAGCTGATTT-GGTAAACA-AATTTA-TTTTTGAAATCTCTTG
473 AAATAG-CTACAACTATTTAAACTAATTTAGG-AAA-ATAATCTAGTTTAT-AAATCTCTTG
* * * * * * * ** ***
650747 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTCAATTAGCATTATTTTA-ATCAAAATATGCTAGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAG-TTTTATGATTG
** * * * * * *
650811 AAATAATT-TTCTTACAACAAAAGAAAAAGTCATAACAAATTCAAATAGATAATCT-TTCATATA
64 AAATAATTGTT-TTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTAAATAAATAAT-TGTTCAAATA
* * * * * * * * * * ** * * *
650874 GTCTTAGCAATTTAAATTGCTTTCGCAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GT
126 GTCATAACTATTTAACTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCCCTAGCTTATTAATTT
* * * * * * * * *
650938 TTTGAAGTATTATTAAATTATTATTATTATTATTTTTGAATAAAGTAGTATGAATAGAACCAATT
190 TTTCAA-TGTTAATAAATTAGTATTATT-TTA-TTCTGAAT-AACTTGTATGAATTGAAACAATT
* * * * * * ** * * ** **
651003 ATTTGATGACAAAATAAAAAGTTATAACAATTTGGAATAGATAATTACTAAAATAGTCAAAACTA
251 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAATAGTCTTAACTA
* * * * * * * *
651068 TTTGAAATGGTTTG-TAAATAGATTTACTTTTTAGACCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTA
315 TTTGAACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTA-A-ATC-TCTT-ATTAATTTT-GAAATATT-
* * * * *
651132 ATCAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAACTTATAT--TAATAAATAAATT-TTTT-T-AC--
374 ATTAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGATAAGAAA-CAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * * * * * *
651189 GACAAAG-TAATAAAGATTTGGAATAAACAATTGTACAAATAGTTATAATTATTTTAACTGATTT
437 AAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AATAGTTGTTCAAATAGCTACAACTATTTAAACTAATTT
* ** * *
651253 -GGTAAATAGAAT-TTTTTTCTAAATCTCTTA
501 AGG-AAA-ATAATCTAGTTTATAAATCTCTTG
* * * * * *
651283 CTTATAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAG-CTTAT-ATTGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGTTTTATGATTGA
**
651345 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT-TTATAGTC
65 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * *
651409 TTAACTATTTGA-TTGGTTCGGTAAATGGATTTA-TTTTTCAAATCTCTTAG-TTATTAGTTTTT
129 ATAACTATTTAACTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATC-CCTAGCTTATTAATTTTT
** * * ** * * *
651471 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTATTTT
192 TCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTGTATGAATTGAAACAATTATTTT
* * ** *
651536 ATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTG
256 ATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTTG
* ** * * * * **
651600 AACTAG-TTGGTAAATAGATTTAATTTTTAAGTCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGCAAATTA
319 AACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTGAAATATTA-TTAATTA
* * * *
651664 GTATTA-TTTTATTTCAATTAAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTCTTTCATGACAAAACAAAAG
382 GTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAT-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAG
* * * * * * * *
651727 GTAAAAATGATTTGAAATAATAGTTGTTCAAATGGCTATAATTATTTAAACTAATTTAGTAAACT
444 ATCATAATGATTTGAAATAATAGTTGTTCAAATAGCTACAACTATTTAAACTAATTTAGGAAAAT
* * * *
651792 TATTTATTTTTTAAATCT-TCTG
509 AATCTAGTTTATAAATCTCT-TG
* * * ** * *
651814 CTTATTAACTTTTGAAATATTAAAAAAGTTAGCATTATTTT-TTTTGGAAAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAG-TAGTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTTTATG-ATT
* * * * *
651878 AAAACAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTTAAA-AATATAATTGTTCAAATT
63 GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTAAATAA-ATAATTGTTCAAATA
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126 GTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCCCTAGCTTATTAATTT
* *
652007 TTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAACTTGGTATAAATTGAAACAATTATT
190 TTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAACTT-GTATGAATTGAAACAATTATT
* * * * * * *
652072 ATATAACTAAATAACAGGCCAGAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
254 TTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTT
* * * *
652137 GAATTGGTTTGACAAAAATATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATT
318 GAACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-GAAATATTATTA-ATT
* * *
652202 AGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATTATTTTATGACAAAAAGAAAGA
381 AGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTATTTTATGACAAAAA-AAAGA
* * * * * * **
652267 TCATAAT-AGTTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATTGGTTT-GGAAAA
445 TCATAATGA-TTTGA-AATAATAGTTGTTCAAATAGCTACAACTATTTAAACTAATTTAGGAAAA
652330 TAACTCTAGTTTATAAATCTCTTG
508 TAA-TCTAGTTTATAAATCTCTTG
652354 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAGTTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTTTATGA-TTG
*
652419 AAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
652484 CA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTTATTTTTTAAAATCTCTCA-CTCATTAATTT
128 CATAA-CTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCCCT-AGCTTATTAATTT
* * * * *
652547 TTTCAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTT
190 TTTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTGTATGAATTGAAACAATTATT
*
652612 TTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTG
254 TTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTG
* * *
652677 AACTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAATTCTAACTTATTAATTTTTGAAATACTATTAAT
319 AACTGGTTTGACAAAAACATTTATTTTTTAAA-TCT--CTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAT
* * * * *
652742 TAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGA
380 TAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGA
*
652807 TCATAACGATTTGA
445 TCATAATGATTTGA
652821 CGATTTGAGA
Statistics
Matches: 5756, Mismatches: 1232, Indels: 947
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTATGATTGAA
ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCCCTAGCTTATTAATTTTTTCAA
TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAC
TAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
TTGACAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGAAATATTATTAATTAGTATTATTT
TTATTCAAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATT
TGAAATAATAGTTGTTCAAATAGCTACAACTATTTAAACTAATTTAGGAAAATAATCTAGTTTAT
AAATCTCTTG
Found at i:653579 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 653517--653596 Score: 142
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
653507 AACTGGTTTG
*
653517 ACAATTTGAATTGATTATTATTCAAATGGCCATAATTATA
1 ACAATTTGAATAGATTATTATTCAAATGGCCATAATTATA
653557 ACAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATGGCCATAATTAT
1 ACAATTTG-AATAGATTATTATTCAAATGGCCATAATTAT
653597 TTGAATTGAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 8 0.21
41 30 0.79
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (40 bp):
ACAATTTGAATAGATTATTATTCAAATGGCCATAATTATA
Found at i:657888 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 657566--657964 Score: 413
Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 182
657556 TTTTAAATCT
* ** * *
657566 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTAGTATTATTTTACTTTGGATAGGCTTTTATGAACTAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAGTAGTATTATTTTACTTCCGATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * * * *
657631 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATGATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAACAGT
66 AACAATTATTATATGACAAAATAAAAAGGTCATGATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGT
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131 CATAACTATTTAAACTTGTTAAGTAGACACATTTGTTTTTTCAAATCTCATG
* *
657748 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAGTAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATT-AAAAAGTAGTATTATTTTACTTCCGA-TAAGCTTGTATGAAC
** * *
657811 TAAAACAATTATTATATGAGTAAA-CAAAAGGTCA-GAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
63 TAAAACAATTATTATATGACAAAATAAAAAGGTCATG-ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
657874 TATTCTTAACTATTTAAACTGGTT-CGACAAACACATTTATTTTTT-AAA--TC-T-
127 CAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAAG-TAGACACATTTGTTTTTTCAAATCTCATG
* * * *
657925 CTTATTGATTTTTGAAATATTATTAAATTAGGATTATTTT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTA-AAAAGTAGTATTATTTT
657965 TCCAAAACAA
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 29, Indels: 19
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.04
177 27 0.15
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179 2 0.01
181 5 0.03
182 83 0.46
183 56 0.31
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAGTAGTATTATTTTACTTCCGATAAGCTTGTATGAACTAA
AACAATTATTATATGACAAAATAAAAAGGTCATGATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGT
CATAACTATTTAAACTTGTTAAGTAGACACATTTGTTTTTTCAAATCTCATG
Found at i:658634 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 658282--659236 Score: 872
Period size: 180 Copynumber: 5.4 Consensus size: 178
658272 TTTTAACCCA
* * * ** * ** *
658282 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TGAAGATCATAAAGATTTGAGAT
1 AATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* * *
658346 AGCTAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTGAAC-TGTTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTT-AAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-AAATTTA-TTTTTAAAA
* * * *
658409 TCTCT--TATTAATTTTCAAAATATTAATATATCAATATTATTTTATTCTG
128 TCTCTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
* * * *
658458 AATAATTTTGCATGAACAGAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* * * *
658522 AGATAATTGTTCAAATGGACATTACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTAAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAA-ATTTATTTTTAAAATC
658587 TACTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATACTT-TTTTATTCTG
130 T-CTA-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTATTCTG
* * * * * * *
658638 AATAAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTTGATGACAAAAGAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
1 AATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* * **
658703 A-AGTAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATGATTTATTTTTAAAATT
66 AGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAATTTATTTTTAAAA-T
* * * *
658767 TTTTACTTATTAATTTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTA----A
129 CTCTAC-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
* * * *
658813 AAT-ATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAA
1 AATAAT-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
* * * *
658877 TAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAA-AAATTTATTTTTAAAA
* * * * * *
658941 TTTTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTACTTTT-TTCAG
128 TCTCTACT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTG
* * * * * *
658993 AAT-ATGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGACA
1 AATAAT-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
* * * *
659057 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATATTTT-AAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-AAATTTAT-TTTTAAAA
** * * * *
659121 TCTCTTACTCAAGAATTTTTGGAATATTATTCAATTAATATTATTTTATT-TCA
128 TCTC-TACT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-G
* * * * * **
659174 AATAAAGC-TATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
1 AAT-AATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
659237 CTTATTCGGT
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 104, Indels: 63
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 145 0.23
176 103 0.16
177 7 0.01
179 8 0.01
180 214 0.33
181 159 0.25
182 1 0.00
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAATTTATTTTTAAAATCT
CTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
Found at i:659149 original size:356 final size:353
Alignment explanation
Indices: 658282--659166 Score: 934
Period size: 356 Copynumber: 2.5 Consensus size: 353
658272 TTTTAACCCA
* * ** * *
658282 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATGAAGATCATAAAGATTTGAGATA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * *
658347 GCTAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTGAAC-TGTTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATC
** * * * *
658411 TCTTA-T-TAATTTTCAAAATATTAATATATCAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAA
129 TCTTACTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTA---TAAATAATCTTGCATGAA
* * * * * *
658474 CAGAAACAATTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
190 CAAAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* *
658539 GACATTACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTAAAATCTACTACCTATTAATTTT
255 GACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTAAAATCTACTACCTATTAATTTT
*
658604 TAGAATATTAATAAATTAATACTTTTTTATTCTG
320 TAGAATATTAATAAATTAATACTTTTTTATTCAG
* * * * *
658638 AATAAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTTGATGACAAAAGAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * **
658703 A-AGTAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAA-TGATTTATTTTTAAAAT
65 AGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT-AAAT
* * * * *
658766 TTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTA-AAAT-ATGCTTGTATGAA
128 CTCTTAC-TA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATAAATAAT-CTTGCATGAA
* * *
658829 CAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAAATATTTGTTCAAAT
190 CAAAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * **
658894 AGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAG-AAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTTTCTCATTAA
254 AGACATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAAA-AAATTTATTTTTAAAATCTACTACCT-ATTAA
* *
658955 TTTTTGGAATATTAATAAATTTATA-TTACTTTT-TTCAG
316 TTTTTAGAATATTAATAAATTAATACTT--TTTTATTCAG
* * * *
658993 AATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGACA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GATCATAACGATTTGAAA
* * *
659057 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAAT
* * * *
659122 CTCTTACTCAAGAATTTTTGGAATATTATTCAATTAATATTATTT
128 CTCTTACT--ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
659167 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 73, Indels: 42
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 7 0.02
355 157 0.36
356 180 0.41
357 58 0.13
358 4 0.01
359 4 0.01
360 25 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTC
TTACTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATAAATAATCTTGCATGAACAAAAA
CAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATA
ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTAAAATCTACTACCTATTAATTTTTAGAAT
ATTAATAAATTAATACTTTTTTATTCAG
Found at i:659492 original size:327 final size:326
Alignment explanation
Indices: 658895--659495 Score: 816
Period size: 327 Copynumber: 1.8 Consensus size: 326
658885 TGTTCAAATA
* * * * *
658895 GTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTCTCATTAATTTTT
1 GTCATAACTATTTGAATGTATTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTCACTAATTGTC
* * * * * *
658960 GGAATATTAATAAATTTATATTACTTTTTTCAGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
66 GAAATATTAATAAATTAATATTACTTTTATCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * *
659025 ATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGACATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAA
131 ATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * *
659090 ACTTGTTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAAGAATTTTTGGAATATTATTCAA
196 ACTTATTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAAGAATTTTTGGAATATTAATAAA
659155 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAAGCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAA
261 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAAGCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAA
659220 G
326 G
* * * *
659221 GTCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTACTAATTG
1 GTCATAACTATTTGAA-TGTATTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTCACTAATTG
*
659285 TCGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
64 TCGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTT-ATCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
*
659349 TTTATAAC-AAACAAAATAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
128 TTTATAACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * **
659413 TTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTC-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATT
192 TTAAACTTATTTGGTAAACA-AATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAAGAATT-TTTGGAATATT
**
659476 AATAAATTTGTATTATTTTA
255 AATAAATTAATATTATTTTA
659496 ATTATTCATA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 33, Indels: 11
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
326 54 0.23
327 175 0.74
328 7 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (326 bp):
GTCATAACTATTTGAATGTATTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTCACTAATTGTC
GAAATATTAATAAATTAATATTACTTTTATCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
ATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
ACTTATTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAAGAATTTTTGGAATATTAATAAA
TTAATATTATTTTATTTCAAATAAAGCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAA
G
Found at i:659774 original size:289 final size:287
Alignment explanation
Indices: 659221--659784 Score: 729
Period size: 289 Copynumber: 2.0 Consensus size: 287
659211 GAAACAAAAG
* * * * * *
659221 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTACTAATTGT
1 GTCATAACTATTTCAACTGATTCAGTAAACAAATTAATTTTTAAAATATCTTACTTACTAATTGT
* * * *
659286 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
66 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGAATGAAAAAAAAAAATTATTT
* * **
659351 TATAACAAACAAAATAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
131 TATAACAAACAAAATAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG
* * * * * *
659416 AACTTATTTGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAA
196 AACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTAGAATATTAATAA
659481 ATTTGTATTATTTTAATTATTCATAGA
261 ATTTGTATTATTTTAATTATTCATAGA
* * * * * *
659508 GTCATAACTATTTCAACTGGTTCAGTAAACAAATTAATTTTTGAAATCTCTTACTTATTACTTTT
1 GTCATAACTATTTCAACTGATTCAGTAAACAAATTAATTTTTAAAATATCTTACTTACTAATTGT
* * * *
659573 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGAATGATAAAAAAAAAAATTG
66 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGAATG--AAAAAAAAAAATTA
* * * *
659637 TTTTATAACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGCCATAATTA
128 TTTTATAAC-AAACAAAATAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTA
* *
659701 TTTTAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATT-TTAGAGATATT
192 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTAGA-ATATT
*
659765 AGTAAATTTGTATTATTTTA
256 AATAAATTTGTATTATTTTA
659785 TTCCATATAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 37, Indels: 8
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
286 3 0.01
287 92 0.39
288 4 0.02
289 127 0.54
290 9 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (287 bp):
GTCATAACTATTTCAACTGATTCAGTAAACAAATTAATTTTTAAAATATCTTACTTACTAATTGT
CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGAATGAAAAAAAAAAATTATTT
TATAACAAACAAAATAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG
AACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTAGAATATTAATAA
ATTTGTATTATTTTAATTATTCATAGA
Found at i:660307 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 659546--662927 Score: 948
Period size: 180 Copynumber: 18.7 Consensus size: 178
659536 ACAAATTAAT
* ** *
659546 TTTTGAAATCTCTTACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTT-AAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATA
* * * * * * * *
659611 AGCTTGAATGATAAAAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
63 AACTTG--T-ATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAG
* * * * * * * * * * * *
659676 ATAATTATTCAAATTG-CCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAAATTTATT
125 ATAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTA-C
* * * *
659730 TTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTT-AGAGATATTAGTAAATTTGTATTATTTTATTCCATATA
1 TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATA
** * * * * * * * *
659794 AGGTTATATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAACACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGAC
63 AACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
659859 AATTGTTCAAATAGT-AATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTT
127 AATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTA--C
* * *** * * * *
659912 TTTTAAATCCCTTTCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAA
1 TTTTAAATCTC-TTATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAA
* * * * * * *
659977 GA-TTGTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACCAAACAAAAGGTCAGAA-TGATGTGAAAAAGA
64 -ACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGA
* * ** * * * * * * ** * * *
660040 TAATTATTCTAATTGTC-TTAACCATATGAATTGGTTTGATAAACAAATTTATT
126 TAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTA-C
* * * *
660093 TTTTAAACCTATTCCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAA
* * *
660158 TCTTGTATGAACAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATTGAT-A
64 ACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAA
* *** * * * * *
660221 TTCATTCATATAGT-ATTGACTATTTGAACT-AGTTCGGCAATTAGATTTATAT
129 TT-ATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGA-TTAGGCAAATAGA-TT-TAC
* * * * *
660273 TTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
1 TTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAA
* * * * * ** *
660338 AATAGTATGAATAAAATCAATTGTTTGATGA-AAAAAAAAACATTA-AAATGATTTGAAATAGAT
64 ACTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGAT
*
660401 AATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGTAAATAGATTTAC
127 AATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTAC
* * *
660453 TTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTATT-ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAA
* * * * *
660518 ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTTAAA-ACTGA
64 ACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATA--GA
* * * * * * * * ** *
660582 AAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTT-T
126 TAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTAC
* * * ** * * *
660633 TTTTAGGAATCTCTTCCTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATCA-AATTTTTTTATTCCAAA
1 TTTTA--AATCTCTT-ATTAT-TAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-CAAA
* * * * * * * *
660696 TAAACTTTTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAGACAAATGGTCATAA-TGATGTGAAAT
61 TAAACTTGTATGAA-C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAAT
* * ** * *
660759 AGATAATTGTTCATATAGTC-TTAACTATTTAAACT-AGTT---C-AGTA-A---AC
123 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGA-TTAGGCAAATAGATTTAC
* * * * *
660806 ----GAA--T-TTATTTATGAATTTTCAAACTATTGTTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAA
1 TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAA
* * * * *
660864 ATTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACATAAGGTTATAA-TAATTTGAAATAGAT
64 ACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
660928 AATTATTCAAATAGT-AATAACTATTTGAATTGGTCAAAACTATGTAAACTAGTTTGGTAAA
127 AATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAAT-G-----ATTAGGCAAA-TAGATT--T-AC
** * * * * **
660989 TAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTAATTCTT-GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTT
1 T---TTTAAATCTC---T-TATTATTAATT-TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * ** * * * *
661053 CAAATAAGCTTGTATGTTAA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGATAATAACGATTTGG
57 CAAATAAACTTGTATG--AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGA
* * * * * * * ** * * *
661117 AATAGATAATTGTTTAAAT-GGCCATAATTATTTGATTTGATT-TGCTAAATTGATTTTAT
120 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGC-AAATAGA-TTTAC
** * * *** *
661176 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAG
1 TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAA
* * * * * * *
661241 CTT-T-TAAATTC-AAACAGTTGTTATATGATAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTTATATAGAT
65 CTTGTATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACTATTTGAAATAGAT
* * * ** * * *
661302 AATTGTTCAAATAATC-ATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAATAGATTTAAT
127 AATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTT-AAAATGATTAGGCAAATAGATTT-AC
* * * * * **
661354 TTTTCAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATCAGTATTTTTTTATTTTGAAT
1 TTTT-AAATCT-CTT-ATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT
** * * * *
661418 AATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTCATATG--AAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT
62 AAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT--TATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAAT
* * **** * * * **** * * *
661480 AGATAATTGTTCAAAT-GGCCTTGACTATTTGAACTAATTTCATAAACAAATTAAC
123 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTAC
* *** * * * * **
661535 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATTTTATGTTATTTTGAATA
1 -TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATA
* ** * * * * * *
661600 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCA-AAATGATTTTATATAGA
63 AACTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * *
661664 CAATTGTTCAAATAGTC-ACAAGTATTTAAATTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTT
126 TAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAA-ATGATTAGGCAAATAGATTTA--C
*** * *
661718 TTTTAAAT-AAAT-TTATT--TTTT-AAAAT-TTGCTTATTAATTAGTATTATTTTATTCTAGAT
1 TTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAAAATATT-ATTA--AATTAGTATTATTTTATTC-AAAT
** * * ** * * ** ** *
661777 AAGTTTTTATAAATTGAAACAATTCTTTTATGTCAAAACAAAAGGCCATAA-TGATTTTCAATAA
62 AAACTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAG
* * * * ** * *
661841 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTTG-TTTGATAAAGAGATTTAT
125 ATAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAA-ATGATTAGGCAAATAGATTTAC
* * *** * * *
661894 TTTTCAAATGCT-TTGCTTATTAGTTTTTTTAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTCTAAAT
1 TTTT-AAAT-CTCTT-ATTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC-AAAT
** * ** * * * * * * *
661958 AAGGTTGTAAGATATGAAACAAATATTTT-TGACTAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGA
62 AAACTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGA
* *** * * * * * * *
662022 TAATTATTCTAATAGT-TTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACACATTTAT
126 TAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTAC
* * * *
662074 TATTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCCAATA
1 T-TTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAATA
* * * * * * * * *
662139 AATTTCTATGTTCAGAAAAAAAAT-TTTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAA-TGATTTGAGATT
63 AACTTGTATG--AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACT-ATTTGAAATA
* ** * * * ** *
662200 GATAATTGTTCAAATAGTC-CTAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAATAGATTTAT
124 GATAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGA-TTAGGCAAATAGATTTAC
** * *
662254 TTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAGTTCAAATA
1 TT-TTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATA
* * * *
662319 AACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGAT
63 AACTTGTATG-AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGAT
** * * * * * * ** * * *
662383 AATCGTTCAAATAG-CCATAATTATTTTAACTAATTCA-ATAAACAAATTTATT
127 AATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATT-AGGCAAATAGATTTA-C
* * * * * **** *
662435 TTTTAAATTTCTTA-CATTAATTTAT-GAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAT
1 TTTTAAATCTCTTATTATTAATTT-TCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAA
* * ** * * ** * *
662498 GCTTGTATTAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAAAGATTTTAAATAGACA
64 ACTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATA
* * * ** * * * *
662563 ATTGTTAAAATAGT-AATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAG-TTTATT
128 ATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTT-AAAATGATTAGGCAAATAGATTTA-C
*** * * * *
662613 TTTTAAAATCTCTT-TCTCATTAATTTTTTGAATATTAAT-AATTGGTATTAATTTATTCTGAAT
1 TTTT-AAATCTCTTAT-T-ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC-AAAT
* * * *
662676 AAGCTTGTATGAACTAAAACAACTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA-TAATTTGAAATAG
62 AAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAG
* * ** * * * * * * *
662740 ATAATTGTTCTAATAGTC-TTAACCATTTAAACTAATTTGGTAAACA-ATTTTATT
125 ATAATTATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGA-TTTA-C
** * * * ** * *
662794 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATCATTAAATTAGTATTACTTAATTTGAACAAG
1 TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAA
* * * ** ** *
662859 CTTGTA-CAGATAAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAACTAATAA-TGATTTGAAATAGATA
65 CTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATA
662922 ATTATT
128 ATTATT
662928 TGAGTTGGTT
Statistics
Matches: 2448, Mismatches: 562, Indels: 381
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
164 16 0.01
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166 2 0.00
167 2 0.00
171 1 0.00
172 1 0.00
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TTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCAAAAACTATTTAAAATGATTAGGCAAATAGATTTAC
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Alignment explanation
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661693 ATTTGTTTGG
*
661703 TAAACAAATTTATTTTTT
1 TAAATAAATTTATTTTTT
661721 TAAATAAATTTATTTTTT
1 TAAATAAATTTATTTTTT
*
661739 AAAAT
1 TAAAT
661744 TTGCTTATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
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Consensus pattern (18 bp):
TAAATAAATTTATTTTTT
Found at i:661868 original size:359 final size:355
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659497 TTATTCATAG
* * ** * * *
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1 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-TTATTTATTA-TTT
** * * * *** *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
659871 AGTAATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCCCTT-TCTTATTAA
1 AGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT---TTAT-TTATT-A
*** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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122 T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * ***
660063 ATATGAA-TTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACCTATTCCTTATTAATTTTCAAAATAT
186 ATTTGAACTT-ATTTCATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATAT
* ** * ** * * *
660127 TATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAATCTTGTATGAA-CAAAA-AATTATTTTATGACAA
249 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
660190 AACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATTGAT-ATTCATTCATAT
314 AACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAAT
* * * * ** * * * *
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1 AGTCA-TAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATTT-AT--TTATT-AT
* * * ** ** *
660296 TTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAAATAGTATGAA-TAAAATCAAT
60 TTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGTTTTTAT-AATTGAAA-CAAT
* * ** * * * * *
660359 TGTTTGATGA-AAAAAAAAACATTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAAC
122 T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAC
* * * *** * * * * *
660423 TATTTAAAATGATTAGGTAAATAGATTTACTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAATAT
185 TATTTGAACTTATTTCATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTTGAATAT
* * * ** * * ** *
660487 TAGTAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTA
249 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
660552 AACAAAAGGT-AATAACGATTTTAAA-ACTGAAAATTGTTCAAAT
314 AACAAAAAGTCAA-AACGATTTGAAATA--GATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
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1 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA--AAT-T-TAT--TTAT--T
* * * * * * * ** * *
660657 ATTTT-GAAATATTAACAAATCA-AATTTTTTTATTCCA-AATAAACTTTTATAAGCTGAAATAA
58 ATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGTTTTTATAA-TTGAAACAA
* * * * * * *
660719 TTGTTTTATGATAAGACAAATGGTCATAATGATGTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAC
121 TT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
660784 TATTTAAAC-TAGTTCAGTAAACGAATTTATTTATGAAT-T-TT-C--A--AA-CTATTG-----
185 TATTTGAACTTATTTCA-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATAT
** *** ** * *
660835 T--TAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTATGACA
249 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * ** *
660897 AAACATAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
313 AAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
660940 AGTAATAACTATTTGAATTGGTCAAAACTATGTAAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAA
1 AG---T--C-------A----T---AACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
661005 ATCT-CTTACTAATTCTT-GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTA
47 ATTTATTTA-TTATT-TTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGTTTTTA
* * * ** * * * **
661067 T-GTTAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGATAATAACGATTTGGAATAGATAATTGTT
109 TAATT--GAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT
* * * * * ** *
661131 TAAATGGCCATAATTATTTG-ATTTGATTTGC-TAAATTGATTTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
171 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTT-CATAAA-CAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
661194 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTGGATAAGCTT-T-TAAATTCAAA
233 TTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAA
* * * * * *
661255 CAGTTGTTATATGATAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTTATATAGATAATTGTTCAAAT
297 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
661314 AATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATTCCT-TGCTTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATT--TAT--TTATT-AT
* * * * *
661378 TTTCAAAATGTTAATAAATCAGTATTTTTTTATTTTGAATAA-TTTTGCATGAATAGAAACAATT
60 TTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGTTTT-TAT-AATTGAAACAATT
* * * * * *
661442 GTTTCATATG--AAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCTTGAC
123 -TTT--TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
661505 TATTTGAACTAATTTCATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTGAATAT
185 TATTTGAACTTATTTCATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATAT
* * * *
661570 TAATAAATTAATTTTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAA
249 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
661635 AACAAAAAGTCAAAATGATTTTATATAGACAATTGTTCAAAT
314 AACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * **
661677 AGTCACAAGTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATAAATTTATT-TTTT-A
1 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTATTTATTATTTTCA
*
661740 AAATTTGCTT-ATTAATTAGTATTATTTTATTCTAG-ATAAGTTTTTATAAATTGAAACAATTCT
65 AAA--TG-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGTTTTTAT-AATTGAAACAATT-T
* * * *
661803 TTTATGTCAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTCAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
124 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
661868 TAAACTTGTTTGATAAAGAGATTTATTTTTCAAATGCT-TTGCTTATTAGTTTTTTTAATATTAA
189 TGAACTTATTTCATAAACAAATTTATTTTT-AAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAA
* * * * * * * * *
661932 TAAATTTGA-ATTATTTTATTCTAAATAAGGTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTT-TGACTAA
252 TAAA-TTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
661994 ATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
315 ACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * ** * * * *
662035 AGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACACATTTATTATTTAATTCTTTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA---ATTTATTTATT-ATTT
* * * ** * * * * *
662100 TCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCCAATAAATTTCTAT-GTTCAGAAAAAAAAT
62 TCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAGAATAAGTTTTTATAATT--G-AAACAATT
* * * * * *
662163 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTAT
123 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
662227 TTGAAC-TAGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATT
188 TTGAACTTATTTC-ATAAACAAATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATT
* ** * **
662290 AATAAATTAATATTATTTTAGTTCAAATAAACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
250 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
662355 A-AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT
315 ACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *** * *
662395 AGCCATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACATTAATTTAT
1 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTATT-TATT-ATTT-T
* * ** * * *
662460 -GAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTATGCTTGTATTAATTGAAACAATTTTTT
63 CAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGTTTTTA-TAATTGAAACAA-TTTTT
* * * * * *
662524 TATGACAAATCAAAAGGTTATAAAGATTTTAAATAGACAATTGTTAAAATAGTAATAACTATTTG
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * *
662589 AACTTGTTTGGTAAAC-AGTTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTTGAATATTAAT-
191 AACTTATTTCATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATA
** * * * * *
662652 AATTGGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAACTGTTTTATGACTAAACAA
254 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * ** *
662717 AAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
319 AAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
662754 AGTCTTAACCATTTAAACTAATTTGGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-TTATTTATT-ATTT
** * * * * * * * * * *
662819 TTGAAATATCATTAAATTAGTATTACTTAATTT-GAACAAGCTTGTACAGA-TAAAACAATTATT
62 TCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGTTTTTATA-ATTGAAACAATT-TT
** ** * *
662882 TTACAACAAAACAAAAACTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
125 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATT
662925 ATTTGAGTTG
Statistics
Matches: 2358, Mismatches: 531, Indels: 335
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
345 16 0.01
346 69 0.03
347 2 0.00
348 2 0.00
353 2 0.00
354 2 0.00
355 27 0.01
356 12 0.01
357 25 0.01
358 193 0.08
359 402 0.17
360 534 0.23
361 427 0.18
362 145 0.06
363 269 0.11
364 79 0.03
365 57 0.02
366 8 0.00
367 1 0.00
369 7 0.00
371 1 0.00
373 3 0.00
374 49 0.02
375 3 0.00
376 7 0.00
377 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTATTTATTATTTTCAA
AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGTTTTTATAATTGAAACAATTTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
ATTTCATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
AAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
Found at i:662478 original size:719 final size:718
Alignment explanation
Indices: 661466--662843 Score: 1650
Period size: 719 Copynumber: 1.9 Consensus size: 718
661456 TAAAAGGTCA
* *
661466 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCTTGACTATTTGAACTAATTTCATAAACAAAT
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCTTAACTATTTGAACTAAGTTCATAAACAAAT
* * **
661531 TAACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATTTTATGTTATTTTG
66 TAACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATGTTAGTTCA
* *** * ** * *
661596 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTTATAT
131 AATAAACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAAT
* * * ** ***
661661 AGACAATTGTTCAAATAGTCACAAGTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT
196 AGACAATCGTTCAAATAGCCACAAGTATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAAT
* * * *
661726 AAATTTATTTTTTAAAATTTGCTTATTAATTAGTATTATTTTATTCTAG-ATAAGTTTTTATAAA
261 AAATTCATTTTTTAAAA-TTGCTTATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGTATAAGCTTGTATAAA
* * * * *
661790 TTGAAACAATTCTTTTATGTCAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTCAATAAATAATTGTTCAAAT
324 TTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAAGATTTTAAATAAACAATTGTTAAAAT
* * * * *
661855 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAAGAGATTTA-TTTTTCAAATGCT-TTGCTTATTAGT
389 AGTAATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAG-TTTATTTTTTAAAAT-CTCTTGCTCATTAAT
* * * * *
661918 TTTTTTAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTCTAAATAAGGTTGTAAGATA-TGAAACAAAT
452 TTTTTGAATATTAAT-AATTGGAATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGA-ACTAAAACAAAT
* * * *
661982 ATTTT-TGACTAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTA
515 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCA
** * * *
662046 TTTAAACTGGTTCGACAAACACA-TTTATTATTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
580 TTTAAACTAATTCGACAAACA-ATTTTATTATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATC
662110 ATTAAATTAGTATTATTTTTAATCCAATAAATTTCTATGTTCAGAAAAAAAATTTTTATGACAAA
644 ATTAAATTAGTATTATTTTTAATCCAATAAATTTCTATGTTCAGAAAAAAAATTTTTATGACAAA
662175 ACAAAGATCT
709 ACAAAGATCT
* * * * *
662185 TAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCC-TAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAATAG
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCCTTAACTATTTGAACTAAGTTC-ATAAACAA
* * *
662248 ATTTA-TTTCTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAG
64 ATTAACTTT-TTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATGTTAG
* *
662311 TTCAAATAAACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAACAATTTG
127 TTCAAATAAACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTG
* * * *
662375 AAATAGATAATCGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTA-TTTTTT
192 AAATAGACAATCGTTCAAATAGCCACAAGTATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTT
*** * * * *
662439 AAATTTCTTACATTAATTTATGAAA-TG-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTATGCTT
257 AAATAAATT-CATT--TTT-TAAAATTGCTT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTAGTATAAGCTT
* * * ** *
662502 GTATTAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAAAGATTTTAAATAGACAATTG
317 GTATAAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAAGATTTTAAATAAACAATTG
* * *
662567 TTAAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGTTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTCA
382 TTAAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGTTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCA
* * *
662632 TTAATTTTTTGAATATTAATAATTGGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
447 TTAATTTTTTGAATATTAATAATTGGAATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACA
* * * * * *
662697 ACTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
512 AATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA
* ** * **
662762 CCATTTAAACTAATTTGGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
577 CCATTTAAACTAATTCGACAAACAATTTTATTATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
662827 TCATTAAATTAGTATTA
642 TCATTAAATTAGTATTA
662844 CTTAATTTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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720 6 0.01
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Consensus pattern (718 bp):
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCTTAACTATTTGAACTAAGTTCATAAACAAAT
TAACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATGTTAGTTCA
AATAAACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAAT
AGACAATCGTTCAAATAGCCACAAGTATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAAAT
AAATTCATTTTTTAAAATTGCTTATAAATTAGTATTATTTTATTTAGTATAAGCTTGTATAAATT
GAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAAGATTTTAAATAAACAATTGTTAAAATAG
TAATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGTTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTT
TGAATATTAATAATTGGAATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAAATATTTTA
TGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAA
CTAATTCGACAAACAATTTTATTATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATCATTAAAT
TAGTATTATTTTTAATCCAATAAATTTCTATGTTCAGAAAAAAAATTTTTATGACAAAACAAAGA
TCT
Found at i:664367 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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662957 TTTTGTTTAG
* * * * *
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* * * * * * *
663032 TAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
63 TAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
663097 -AGAAAATAAATCCA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACTATT
127 CA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * * * * *
663149 TTAAATATTTTTTACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAACCATTATAACATTTTATTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCAT
* * * * * * ** * *
663214 CAAATAGTTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
64 AAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * ** **** *
663279 AAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAGTGAATCTAATTGTTGAACCAGT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * ** * * * * * *
663330 TCAAATAGTTAAGACTCTATGAATGATTATCTATTTCAAATAATTATGGCATTTTCTTTTATCGT
1 TCAAATAGTTATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCAT
* * * * * *
663395 AAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCA
64 AAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
663460 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA-TCAAT
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT-AGT
* * * * * * * * *
663510 TCAAAT-GATTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAGACA
1 TCAAATAG-TTATGACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCA
* * * * * * * * *
663574 AAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTGACA-TT
63 TAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
663638 CAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
127 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* * * * * * * * * **
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64 AAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
663822 AAAAATTAATAAATAAGAG-TTTAAAAAA-ATAATTTGTTTACCGAAA-AAAT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACC-AAACTAGT
** * * *
663872 TCAAATAGTTACAACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTAT
1 TCAAATAGTTATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCAT
* ** ** *
663937 AAAACAAATGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
64 AAAAC-AATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
664002 AAAAATTAATAAGT----GATTTGAAAAGTGAATATGTTTACTAAATTAGT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * ** *
664049 TTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATCATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTTGTTTGGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTT-GTCA
* ** * * *
664114 CATGACAATTTTTTTTTTATT-ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCT
63 TAAAACAA---TTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
664178 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
125 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * *
664232 TCAAATAGTTATGACTATTTAAGCAATTGTTTACTTCAAATTAGTATAACCTTTTGTTCTGAT-A
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TG-TCA
* * * *
664296 TAAAGA-AATTATTTTTATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAGACTAATCTAATAATATT
63 TAAA-ACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
664360 CCAAAAATTAGT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAAGTTGTTTGCCAAACCAGC
126 TCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * *
664413 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
** * * * * *
664478 AAAACAATATTTTCAATTCATACTAGCTTATT-TAGAATAAATTAAAAC-ATATTTATTAATTTT
64 AAAACAAT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
* * *
664541 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGT
126 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * *
664594 TTAAATAATAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* * * * * *
664659 AAAACAAATGTTTTTGA-TCATATAAGTTTCTTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
64 AAAAC-AAT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
664723 CAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGT
127 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * *
664772 TC-AA-A-TTAAGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCAT
* * * * * * *
664834 AAAACAATAGTTTCTATTCATTCAAACTTATTCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTT
64 AAAACAAT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * * * *
664899 GAAAATTAATAAGTAAAAAATGAAAAAAATAATAAATATGTTTACTAAATTAGA
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGAT--TTAAAA-AATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * ** *
664953 TCAAATAGTCACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATATTTTCTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCAT
* ** * *
665018 AAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAA-ATAAATAATATTAA-TTA-TAATATTT
64 AAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * *
665080 TGATAATT-ATAAGTAAAAGAATTTAAAAAA-AAA--TGTTTA-CGAAC-AGT
127 CAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * *
665127 TTAAATAG-TA-CA-TATATGAATAA-TATTTATTTCAAAT-ATT-TGA-ATTTTGTTTTGT-AA
1 TCAAATAGTTATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* * * *
665184 AAAATAATTGTTTTT-TTCATATAA--TTATTTGAAATAAAATAAT-TTAA-TT-TTAATA-TTC
64 AAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * ** ***
665242 TAAAATT-ATAAGT-A-AGATTTAAAAAAT-TA-TCATTTATTGAAC-AGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG-T
* * * *
665288 TCAAATAG-TATGTA-TATTAAACTATTAT-TATTTCAAAT-GTTATGACAATTTT-TTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATG-ACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTGTCAT
* * * * * **
665348 -AAATAATTATTATCTATTAATTA-AA-ATATATT-TATAATAAAATAATACTAATTTATTACCA
64 AAAACAATT-TT-TTTATTCA-TACAAGCT-TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** * *
665409 TTTGAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTACACCAAACCAACT
124 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CTAGT
* * * * *
665461 T-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGCCCT
1 TCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* * * * * * *
665524 AAAAC-ATTTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATA-TT
64 AAAACAATTT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
665587 CTAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAATCTAGT
127 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * *
665639 TCTAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTCTGATCATTTT-TTAGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTGTCAT
* * * * *
665702 AAAATAATTGTTTTAGTTCAAACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-
64 AAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
665766 AGAAAATTAATAAGCAAGA-AATTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAGT
128 A-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * *
665816 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCAT
* *** * * * * * *
665881 AAAATAATTGTTACAAATCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATATTATTACTTTATTAATATTT
64 AAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** *** *
665945 AAAAAATTGATAAGTTAA-AGATTTAAAACATAAATCAGTTTATTGAATTAGT
127 CAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* * * * ** *
665997 TAAAATAATTAT-AGCCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGA-CTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * *
666061 TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACTAGCCTATTCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
63 TAAAACAATT-TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *** * *
666125 TCAAAAATCAATAAGTAGGATATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACCAAT
126 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
* ** * * *
666178 TCAAATAATTATGACTATTT--GTATT-TC-AATT----TC-TTATAACATTTTGTTCTGTCATA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATA
* * * * * *
666234 AAACAATTATTTCTGTTCATACGAA-TTTATTCCAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTC
65 AAACAATT-TTTTTATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * **
666297 TAAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCTTAACTAGT
128 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
666349 TCAAATAGTTA
1 TCAAATAGTTA
666360 AGGCTATACG
Statistics
Matches: 2515, Mismatches: 550, Indels: 303
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 11 0.00
159 6 0.00
160 7 0.00
161 23 0.01
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165 19 0.01
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169 6 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAA
AACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
Found at i:664368 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 662969--666158 Score: 1608
Period size: 540 Copynumber: 6.0 Consensus size: 535
662959 TTGTTTAGTC
* * * * * * * * * * *
662969 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAATAATGACCATTTCAACAATCATCTA-TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGGTCACA
* * * * * * ** * *
663034 AAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-A
65 AAACAAATGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA
* * * * * * * * * * *
663098 GAAAATAAATCCATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACTATTTTAAATATTTTTTA
130 -AAAATTAAT-AAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * **
663163 CTATTTCAA-TAATTATTTATTTCAAACCATTATAACATTTTATTTTG-TCATCAAATAGTTGGT
193 CTATTT-AAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGAT-ATAAAACAATTATT
* * ** * * *
663226 TCTATTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAA
256 TTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCT-ATAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * *
663291 CTAAGAAAATTAAAAAGTGAATCTAA-TTGTTGAACC-AGT---TCAAATAGTTA-AGACTCTAT
320 ATAAG-AGTTTAAAAA---AA--TAATTTGTT-TACCAAATAAATCAAATAGTTACA-ACTATAT
* * * * * * * ***
663350 GAATGATTATCTATTTCAAATAATTATGGCATTTTCTTTTATCGTAAAAC-AATTGTTTTGTTCA
377 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTCAATTCA
* * * * *
663414 TACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA
441 TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AG--A
* * * * *
663479 TTTAAAAAATAAATT-TATTTATC-AAATCAATTC
503 TTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCTAACT-AGTTT
* ** ** * * * ** * * * * *
663512 AAATGATTAA-GATTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAGACAAA
1 AAAT-AATAATGACCATTTCAACAATCATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGGTCACA
* * * * * * ** * * *
663576 AAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTGA-CATTCA
65 AAACAAATGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-
* *
663640 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATT
129 AAAAATTAATAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
663705 ATTATTTGAA-CAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACGTTTTGATT-TG-TCATAAAATAATT-
192 ACTATTT-AAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTCTGAT-ATAAAACAATTA
* * * * * * * *
663766 GTTTCAGTTTATAAAAGTTTATCCAAAATAAGATAATACTAATTCCT-TAATATTTCAAAAATTA
254 TTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-T-CTATAATATTTCAAAAATTA
*
663830 ATAAATAAGAGTTTAAAAAAATAATTTGTTTACCGAAA-AAATTCAAATAGTTACAACTATGTGA
316 ATAAATAAGAGTTTAAAAAAATAATTTGTTTACC-AAATAAA-TCAAATAGTTACAACTATATGA
* * * *
663894 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAAATGTTTCAATTCATA
379 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATA
*
663959 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-GATTTGA
443 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAA
* *
664023 AAAGTGAA-TATGTTTA-CTAAATTAGTTT
508 AAAAT-AATTATGTTTACCT-AACTAGTTT
* * * * *
664051 AAATAATTATGGCCATTTCAATAATCATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTTGTTTGGTCACA
1 AAATAATAATGACCATTTCAACAATCATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTGGTCACA
** * * * * *
664116 TGACAATTTTTTTTTTATTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC
65 AAACAA-ATGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC
*
664181 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
129 AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
664246 CTATTTAAGCAATTGTTTACTTCAAATTAGTATAACCTTTTGTTCTGATATAAAGA-AATTATTT
193 CTATTTAAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGATATAAA-ACAATTATTT
* * * * **
664310 TTATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAGACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAGTAGC
257 TTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCT-ATAATATTTCAAAAATTAATAAA
* * * **
664375 TAAGAGATTT-AAAAAATAAAGTTGTTTGCCAAACCAGCTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATA
321 TAAGAG-TTTAAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAA-TAAATCAAATAGTTACA-ACTATATGAATA
* *
664438 ATTATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCAATTCATACTA
382 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATTTTCAATTCATACAA
* * * * **
664503 GCTTATTTAGAATAAATTAAAAC-ATATTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
446 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---AGATTTA
*
664567 AAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTT
507 AAAAATAATTATGTTTACCTAACTAGTTT
* * * * *
664596 AAATAATAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATAATGACCATTTCAACAATCATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGGTCACAA
* * * * *
664661 AACAAATGTTTTTGATCATATAAGTTTCTTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA
66 AACAAATGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAA
* * * *
664726 AAATTAATAAGAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTC-AA-A-TTAAGACTA
131 AAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
664786 TTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCT-ATTATAAAACAA-TAGTTTCT
196 TTTAAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGA-TATAAAACAATTA-TTTTT
* * * * * ** *
664849 ATTCATTCAAACTTATTCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
259 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATA
* ** * * * * * *
664914 AAAAATGAAAAAAATAATAAATATGTTTACTAAATTAGATCAAATAGTCACGACTATTTGAATAA
323 AGAGTTTAAAAAAATAAT---T-TGTTTACCAAA-TAAATCAAATAGTTACAACTATATGAATAA
* * ** * *
664979 TTATCTATTTCAAATCGTTTTGATATTTTCTTTTGTCATAAAA-AAATTATTTCAATTCATATAA
383 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-T-TTTCAATTCATACAA
* * *** *
665043 GCTTATTCGAAAAT-AAATAATATTAA-TTA-TAATATTTTGATAATT-ATAAGTAAAAGAATTT
446 GCTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---AG-ATTT
*
665104 AAAAAA-AA--ATGTTTA-CGAAC-AGTTT
506 AAAAAATAATTATGTTTACCTAACTAGTTT
* * * * * * * *
665129 AAATAGTACAT----ATATGAATAAT-ATTTATTTCAAA-TATT-TGA-ATTTTGTTTTGT-AAA
1 AAATAATA-ATGACCATTTCAACAATCATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGGTCACA
* * * * * * *
665185 AAATAATTGTTTTT-TTCATATAA--TTATTTGAAATAAAATAAT-TTAA-TT-TTAAT-ATTCT
65 AAACAAATGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA
* * ** ***
665243 AAAATT-ATAAGTA-AGATTTAAAAAAT-TA-TCATTTATTGAAC-AGTTTCAAATAG-TATG--
130 AAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
665300 TATATTAAACTATT-ATTATTTCAAAT-GTTATGACAATTTT-TT-TG-TCAT-AAATAATTATT
194 TAT-TTAAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTTGTTCTGAT-ATAAAACAATTATT
* * * * * ** *
665359 ATCTATTAATTA-AA-ATATATT-TATAATAAAATAATACTAATTTATTACCATTTGAAAAATTA
256 -TTTATTCA-TACAAGCT-TATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTA
* * * * * ** * * * ** * *
665421 GT-AA-GAGA-TTT-AAAAACTAAATCTCTACACCAAACCAACTTAAATAGTTATGACTATTTAA
316 ATAAATAAGAGTTTAAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAA-TAAATCAAATAGTTACAACTATATGA
* * * * * * ** * *
665482 ACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGCCCTAAAACATTTGTTTCTATTCAAA
379 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATA
** * * * * * *
665546 CAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAATTT
443 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAG-ATTT
* * *
665611 AAAAAATAAATGTGTTTGCC-AATCTAGTTCT
506 AAAAAATAATTATGTTTACCTAA-CTAGTT-T
* * ** * * * * * * * *
665642 -AATAGTTAA-GACTATTAGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTCTGATCATTT-TTTAGTCATA
1 AAATA-ATAATGACCATTTCAACAATCATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGGTCACA
* * * * * * *
665703 AAATAATTGTTTTAGTTCAAACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTT-
65 AAACAAATGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATC-TTTC
* * *
665766 AGAAAATTAATAAGCAAGA-AATTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 A-AAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * * *
665829 ACTATTTGAA-TAATTATCTATCTAAAATCATTATGACTTTTTATT-TTATCATAAAATAATTGT
192 ACTATTT-AAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGAT-ATAAAACAATTAT
*** * * * * * * * * *
665892 TACAAATCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATATTATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTGAT
255 TTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** ** * ** * * * * * *
665956 AAGTTAA-AGATTT-AAAACATAAATCAGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGA
318 AA-ATAAGAG-TTTAAAAAAAT-AATTTGTTTA-CCAAATAAATCAAATAGTTACAACTATATGA
* * ** * *
666019 ACATTTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCA
379 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---ATTTTCAATTCA
* * *** * * *
666082 TACTAGCCTATTCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGTAGGATA
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503 TTTAAAAAATAA
666159 ATTTATTTAT
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AAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTAAGCAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGATATAAAACAATTATTTTTAT
TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA
GTTTAAAAAAATAATTTGTTTACCAAATAAATCAAATAGTTACAACTATATGAATAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAATTATGT
TTACCTAACTAGTTT
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Alignment explanation
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663403 TGTTTTGTTC
*
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* *
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714 TTTTTTATT
* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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252 AAAAAATAAAGTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAATTA
* * ** ** *
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* * * *
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* ** * * ** * * *
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443 TTGTTTACCGAAAAAATTCAAATAATAACAACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* ** * * * *
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508 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTCAATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
*
664707 TAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
573 TAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
664737 AAAATTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (722 bp):
ATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCAATTCAAATGATTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
CTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTAGACAAAAAATAATTGTTTTAGTCCATAAAAGCTTATTC
AAAATAAAATAAGACTAATCTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAA
AGTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAATTAAAATCATTA
TAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAGATAAA
ACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGTTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAAA
AAATTCAAATAATAACAACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
TCATAAAACAAATGTTTTCAATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
TTCCAAAAATTAATAAGTGATTTGAAAAGTGAATATGTTTACTAAATTAGTTTAAATAATTATGG
CCATTTCAATAATCATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTTGTTTGGTCACATGACAATTTTTT
TTTTATT
Found at i:665059 original size:722 final size:715
Alignment explanation
Indices: 662967--670151 Score: 2514
Period size: 721 Copynumber: 10.0 Consensus size: 715
662957 TTTTGTTTAG
* * * * * * *
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1 TCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTA-ATTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
* *** * * * * *
663031 ATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGT-TCAAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATA
64 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCT-AAAAT-AAATAAAACTT-ATTTATTAATA
* * * * * * *
663094 -TTTAGAAAATAAATCCA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACTATTTTAAATAT
126 TTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAA
* * * * * ** * * * * * *
663157 TTTTTACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAACCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAATAGT
189 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
663222 TGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTT
254 TGTTTTTA-TCATACTAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA---
* * * * * * ** *
663286 AATAACTAAGAAAA-TTAAAAAGTGAATCTAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTCTAT
315 ATTAA-TAAGAAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTC-AA-A-TTAAGACTAT-T
* * * * * * *
663350 GAATG--ATTATCTATTTCAAATAATTATGGCATTTTCTTTTATCGTAAAACAATTGTTT-TGTT
375 TAA-GCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *
663412 CATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
439 CATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * *
663477 AATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAATCA-ATTCAAAT-GATTAAGATTATTAGAATAATTA
504 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAATTAGA-TCAAATAG-TTAAGACTATTAGAACAATTA
* * * * * * *
663539 TCTATTTTAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAGACA-AAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTT
566 TCTATTTCAAATCGTTCTGATATTTTGTTTAGTCATAAAAA-AATTATTTTAATTCATACAAGCT
* * * * * *
663603 TATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAA
630 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
663668 AATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
694 AA-AAA-TTGTTTACCAAACAAGT
* ** * * * * * * * *
663692 TTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACGTTTTGATTTGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * ** *
663757 AAAATAATTGTTTCAGTTTATAAAAGTTTATCCAAAATAAGATAATACTAATTCCTTAATATTTC
66 AAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAA-ATAAAACTTATTTATTAATATTTT
* * ** * * * **
663822 AAAAATTAATAAATAAGAG-TTTAAAAAA-ATAATTTGTTTACCGAAAAAATTCAAATAGTTACA
130 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATG
* * * * * *
663885 ACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAAATGTTT
194 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
663950 CAATTCATAC-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
259 TTA-TCATACTAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * * * ** * * * * *
664014 G-TGATTTGAAAAGTGAATATGTTTA-CTAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAA-TAAT
323 GAAAATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAACCAG-TT-CA-AATTAAGACTATTT-AAGCAAT
* ** * ** * ** * *
664076 CATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTTGTTTGGTCACATGACAATTTTTTTTTTATT-ATACA
383 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
664140 AGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
445 AGCTTATTT-GAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * * * * * * *
664204 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AGCAATTGTTTACTT
509 AAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGATCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTT
* * * ** * * *
664268 CAAATTAG-TATAACCTTTTGTTCT-GAT-ATAAAGAAATTATTTTTATCCATACAAGCTTATTC
573 CAAA-TCGTTCTGATATTTTGTT-TAG-TCATAAAAAAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
664330 GAAATAAAATAAGACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAGT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAA
635 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAA-AA
* * *
664394 AGTTGTTTGCCAAACCAGC
698 A-TTGTTTACCAAACAAGT
* *
664413 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * *
664478 AAAACAATAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAATTAAAACATATTTATTAATTTTT
66 AAAATAAT-TGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAA-TAAAACTTATTTATTAATATTT
* *
664542 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATAATG
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATG
*
664607 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
194 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
664672 TTGATCATA-TAAGTTTCTTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
259 TT-ATCATACTAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
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323 GAAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATTAAGACTATTTAAGCAATTATCT
* * * * *
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388 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * ** **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* ** * *
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* * * ** * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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*
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* * **
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* * * ** * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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381 ATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-
* ** * * * * * *
666257 AA-TTTATTCCAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAATAGATT
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* * * * * * * * *
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508 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGATCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATT
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* * * * *** ** * * *
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** * * * * *
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* * * ** *
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1 TCAAATAGTTA-AGA-CTATATGAATAATTATCTAATTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
* * * * ** ** * * *** *
666566 AAATAAATAA-T-ATT-AATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA
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* * ** ** ** * * * **
666627 AATATGTTT---ACTAAACCAGT-TCA-A-TT-AATTATAACTATTTGAATGA-TTATTTA-TTT
122 AATAT-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--ATTTG-TTTACCTAACTAGTTT
** ** * *** * * * * *
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* * * *
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** ** * * *** * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * ** * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * ** * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * *
667311 TTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCA
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* * * * * * * * *
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** * * * **
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* * * * * * *
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320 TAAG--AAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAAACCAG-TTCAA-A-TTAAGACTATTT-A
* * * * * *
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*
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* * ** **
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* * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * *
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Statistics
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783 2 0.00
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TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
AAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAATAAAACTTATTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
ATCATACTAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
AATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATTAAGACTATTTAAGCAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACTAAATTAGATCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGA
TATTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
AATTTAATAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAACAAGT
Found at i:666729 original size:165 final size:165
Alignment explanation
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666405 AAATAAAGCA
* * ** * ** * *
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* *
666480 GTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCC
66 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCC
* *
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131 ATAAAACAAATACTTTTGTTCAAATAAATAATATT
*
666580 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAA-TAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACC
* ** * *
666644 AGTTCAATTAATTATAACTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATCT-TTATGA-CTATTT-ATTT
65 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCT-TTTGA-TT
* * *
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127 TGCCATAAAACAAATACTTTTGTTCA
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AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCA
GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCC
ATAAAACAAATACTTTTGTTCAAATAAATAATATT
Found at i:666899 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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666553 AATGCTTTTG
* * *
666563 TTCA-AAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAT
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* * * * * ** * *
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65 AAATTTG-TTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
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* * *
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1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
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64 TAAATTTGTT-ACCTAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
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127 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * *
666923 TT-TGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATTTTTTCA-AAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAA
1 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTT-AGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
666982 ATGAATATGTTCACCGAATAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
63 ATAAATTTGTT-ACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * *
667047 GCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TATTCTATTCATAGAAGCTTA
127 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
667100 TTTCA-AATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCAATAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAA
1 -TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
667164 TAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTATTTTAAATCG
64 TAAATTTG-TTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * *
667229 TTAT-ATTTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
128 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * *
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1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
667344 AAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAAT-G
65 AAATTTG-TTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * ** * * *
667408 TTATGCCCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTACTAATTCATATAGGCTTA
128 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
667460 TT-TGAAATAAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAA
1 TTCAG-AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
667524 ATAAATTTGTTTA-TTGAAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
63 ATAAATTTG-TTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
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126 CATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
** * * *
667643 TTTGGAATAAAATCATA-TAAATTTATTAATATTCTA-AAATTTAACAAGT-AGA-AATTAAAAA
1 TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAGAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * *
667704 A-AAATTCTATTTTCTGAAC-AGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
63 ATAAATT-TGTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
667767 -ATTTATGACATTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTA
126 CA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
667821 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAACATTTAAGAAAT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
667886 AAATTTGTTTA-CTAGGCAAGCTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CA
65 AAATTTG-TTACCTA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-
* *
667949 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGTTTA
127 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTA
* * * *
668002 TT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAA
1 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
668066 TAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCACG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
64 TAAATTTG-TTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
668130 TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGAATTA
127 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTA
* * *
668183 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGAG--TTAAAAACT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
668244 AAATCTAT-TTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC
65 AAAT-T-TGTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
668307 ATTCTAATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGATTTT-TT-ATATAAACTTA
127 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * *
668357 TT-TGAATTAAGA-AATACTAATTTAATAATA
1 TTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
668387 AAAATAAATG
Statistics
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0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATTTGTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
Found at i:668145 original size:902 final size:900
Alignment explanation
Indices: 666566--668230 Score: 2008
Period size: 902 Copynumber: 1.8 Consensus size: 900
666556 GCTTTTGTTC
* * *
666566 AAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
1 AAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAATAAATA
* * ** * *
666631 TGTTTACTAAACCAGTTCAATTAATTATAACTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATCTTTATGA
66 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
666696 CTATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCT
131 CTATTTATTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTCATAAAGTCTTATTCAGAATAAAATAATGAT
* * * *
666761 AATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTCATGAATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTAACCA
196 AATTTATTAATATTCTAGAAATTAACAAGTCATGAAATTAAAAAATAAATTTATTGGCCTAACCA
* * * *
666826 GTGTAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTATC
261 GTGTAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTATC
* ** * *
666891 ACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATTTT
326 ACAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATTAT
* * * * * * *
666956 TTCAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATGAATATGTTCACCGAATAAATTCAAATAGTTATGATT
391 TCCAAAATTAATAAAACATTTAAAAAATAAATATGTTCACAGAACAAACTCAAATAGTTATGACT
*
667021 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTATTCTA
456 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTATTCTA
* *
667086 TTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCAATAAATTAATAAGTAA
521 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAATAAATTAATAAGTAA
* * * * *
667151 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTAT
586 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACGACTATTTGAACAATTAT
* * ** *
667216 TTATTTTAAATCGTTATATTTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTT
651 CTATTTCAAATCGTTATATCCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGA-ATT
* * * *
667280 ATTC-AGATTAAA-AATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
715 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
667343 TAAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAATG
780 TAAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAATG
667408 TTATGCCCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTACTAATTCATATAGGCTTATTTG
845 TTATGCCCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTACTAATTCATATAGGCTTATTTG
* * *
667464 AAATAAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAT-AAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAATAAA
* * * * * *
667529 TTTGTTTATTGAAA-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTG
64 TATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA
* * * * ** *
667593 TGACCTTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATC
128 TGA-CTATTTATTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAGTCTTATTCAGAATAAAATA
*
667657 AT-ATAAATTTATTAATATTCTA-AAATTTAACAAGT-A-GAAATTAAAAAA-AAATTCTATT-T
191 ATGAT-AATTTATTAATATTCTAGAAA-TTAACAAGTCATGAAATTAAAAAATAAATT-TATTGG
* *
667716 TCTGAA-CAGT-TCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGA-CA
253 CCT-AACCAGTGT-AAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCA
* * * * * *
667777 TTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAT-TA
315 -TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TCTA
* * * *
667841 ATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATATGTAAAACATTTAAGAAATAAATTTGTTTACTAG-GCA
378 ATTTATTAATTATTCC-AAAATT-A-A--TAAAACATTTAAAAAATAAATATGTTCAC-AGAACA
* * * * * *
667904 AGCTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CAATTATGATCTTTTGTTTTG
437 AACTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ACTATAACCTTTTGTTTTG
* * * *
667968 TCATAAAACAATTGT-TTCTTTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
501 TCATAAAACAATT-TATTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAT
** * ** * * *
668032 ATTTTGA-AAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAG
565 A-TTCAATAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * *
668096 TCACG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
629 TCACGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATCCTTTTGTTTTATAATAAAACA
*
668159 ATTGTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
692 ATTGTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAAT
668224 TAATAAG
757 TAATAAG
668231 AGAGTTAAAA
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 104, Indels: 48
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
897 8 0.01
898 120 0.19
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (900 bp):
AAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAATAAATA
TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA
CTATTTATTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTCATAAAGTCTTATTCAGAATAAAATAATGAT
AATTTATTAATATTCTAGAAATTAACAAGTCATGAAATTAAAAAATAAATTTATTGGCCTAACCA
GTGTAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTATC
ACAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATTAT
TCCAAAATTAATAAAACATTTAAAAAATAAATATGTTCACAGAACAAACTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTATTCTA
TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAATAAATTAATAAGTAA
AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCGTTATATCCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAATTA
TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
AAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAATGT
TATGCCCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTACTAATTCATATAGGCTTATTTG
Found at i:668186 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 666566--668386 Score: 1715
Period size: 358 Copynumber: 5.1 Consensus size: 361
666556 GCTTTTGTTC
* * *
666566 AAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * ** *
666630 ATGTTTACTAAACCAGTTCAATTAATTATAACTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATCTTTATG
65 ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATG
* * * ** * * *
666695 A-CTATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATG
130 ACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGAATTATTCAAAATAAAATAATA
* * ** * **
666759 CTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTCATGAATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCT--A
194 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACTAGA
* * * * * *
666822 ACCAGTGT-AAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTT
257 ACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
666886 TTATCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
321 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
666927 AAATAATATAATTCTAATTTATTAATTTTTTCAAAATTAATAA--A-AGATTTAAAAAATGAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * ** *
666989 TGTTCACCGAATAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAA
66 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA
*
667054 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TATTCTATTC--ATAGAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
131 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATATAGAA--TTA-TTCAAAATAAAATAA
* * * *
667115 TACAAATTTGTTAATATT-CAATAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-C
192 TACTAATTTATTAATATTCCAA-AAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
* * * * **
667178 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTATTTTAAATCGTTAT-ATTTTTTTG
255 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTG
* *
667242 TTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
319 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
667284 AGATTAAA-AATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
667348 ATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAAT-GTTAT
65 ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCTTTAT
* * * * ** **
667412 GCCCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTG-TACTAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAGTAA
129 GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAGAATTATTCAAAATAAAA-TAA
*** * * *
667476 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTG
192 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAG
* * * * *
667540 AAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTTGT
256 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGT
* * *
667605 TTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
320 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
667647 GAATAAAATCATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAAATTTAACAAGTAGA-AATTAAAAAA-AAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
667708 TTCTATTTTCTGAAC-AGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTA
64 -TATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA
* * * * * *
667772 TGACATTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCATATA-AGTTTATTCAAAATAAAATAA
128 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGA-ATTATTCAAAATAAAATAA
* * *
667836 TATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAACATTTAAGAAATAAATTTGTTTACTAG
192 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAG
* * * *
667901 -GCAAGCTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CAATTATGATCTTTTGT
256 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGT
* * *
667964 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTTG
320 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
*
668006 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
668071 TTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCACGT-TC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA
65 ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCA--TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA
* *
668134 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAAT
128 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGAATTATTCAAAATAAAATAAT
*** * * * * * *
668199 ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGAGTTAAAAACTAAATCTATTTACCA-AA
193 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGAA
* * * * * * *
668260 CCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTCTAATC-TTTATTT
258 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
668323 TGTCATAGAACAATTGATTT-T-TT-ATATAAACTTATTTG
322 TATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
668361 AATTAAGA-AATACTAATTTAATAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
668387 AAAATAAATG
Statistics
Matches: 1194, Mismatches: 216, Indels: 107
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 17 0.01
355 18 0.02
356 34 0.03
357 34 0.03
358 299 0.25
359 96 0.08
360 216 0.18
361 213 0.18
362 226 0.19
363 15 0.01
364 26 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA
CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGAATTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:668888 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 668428--670151 Score: 1244
Period size: 180 Copynumber: 9.6 Consensus size: 177
668418 TAACTAAGAG
* * * * * **
668428 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTGGAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * * * * *
668493 TTGCAAAACCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATAGTTATGACC-
65 TTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * *
668557 TTTATTTTGTCATGAGACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTATTCAGAAT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGTTTATTC-GAAT
* * * ** * *
668608 AAAATAAAATTAATTTGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTAATAGATTTAAAAAAT-AATTCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TA
* * *
668672 TTTACCGAACCAATTCAAATAAG-TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAC
64 TTTACC-AAACAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * *
668736 TTTTTGTTTTGTGATAGAACAATTGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAGT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAA-T
* * *
668789 AAAATAATACTAATTTTATTAATATTTAGAAAATTAGTTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTA
1 AAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * *
668854 TTTACCAAACAATTTTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
64 TTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * *
668919 TTTTGTTTTGTCA-ACAAACAATTGTTCTATTCATACTA-TTTATTCGGGAT
128 TTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-GAAT
* * *** ** * *
668969 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCT-AAACTTAATATCCAAGA-AAATAAAAAATCAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT--TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * ** * ** *
669032 ATTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATAT-TTATGAC
64 TTTACC-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGAC
* * * * * * * *
669096 CTTTCG--TTATCACAAAACAATTTTTTTATTCAGACAAGCTTATTCGGATT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-GAAT
* * * *
669146 AAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * * * *** * ** *
669211 TTTCTGAACCAATTCATATGGTTAAGACTATTAT-AATGGTTATCGATTTCAAATCATTTTGACC
65 TTAC-CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * *
669275 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAT
* * * * *
669327 AAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * *
669392 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTATTATTACC
64 TTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * *
669457 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTAATACAAGATTATACAAAAT
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGTTTATTC-GAAT
*
669509 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * * * * * *
669573 -CA-GAATCAGTTAAATATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTT-TAACC
65 TTACCAAACAATTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGACC
* * * **
669635 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTAAAAAT
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGT-TCATACAAGTTTATT-CGAAT
* * *
669688 AAAATAATACTAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* ** * * ** *
669753 TTATCGAAACAATTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATGATC-
65 TTA-CCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * ** * **
669817 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATAGAAACTTATTC-AATT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTCGAA-T
* *
669867 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * ** * * ** *
669931 GTTAGTCATACTAGTTCACATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
64 TTTA-CCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * *
669996 GTTTT-TTTAGTCATAAAA-TATTTTTTTCATATTATACAAGCTTATTCAGAAT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GT-TCATACAAGTTTATTC-GAAT
* * * * * * *
670048 AAAGTAATCCTAATATATTAACATTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTAT
* *
670110 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTA
65 TTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
670152 CTTATTCAAC
Statistics
Matches: 1221, Mismatches: 265, Indels: 119
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 35 0.03
177 96 0.08
178 193 0.16
179 133 0.11
180 293 0.24
181 177 0.14
182 281 0.23
183 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
TACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAT
Found at i:669624 original size:538 final size:532
Alignment explanation
Indices: 668428--669990 Score: 1425
Period size: 538 Copynumber: 2.9 Consensus size: 532
668418 TAACTAAGAG
** * *
668428 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTGGAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA----T
* * * * * *
668493 TTGCAAAACCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATAGTTATGACCT
62 TTGCAGAACCAGTTAAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCT
* * * * * * * *
668558 TTATTTTGTCATGAGACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAATTAATT
127 TT-TGTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * *
668623 TGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTAATAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCGAACCAATT
190 T-ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTT-TCGAACCAATT
* ** * *
668687 CAAATAAG-TATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACTTTTTGTTTTGTG
252 C-AAT-AGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATT-TTGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
668749 ATAGAACAATTGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTCGAAGTAAAATAATACTAATTTTATTAATA
313 ATAAAACAATTGCTTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
* * * * * * * *
668813 TTTAGAAAATTAGTTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTACCAAACAATTTTAAATAGTT
377 TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
668878 TTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAACAAACAATTG
442 TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAACAAACAATTA
* * * * * ***
668943 TTCTATTCATACTATTTATTCGGGAT
507 TTCTACTAATACAAATTATACAAAAT
* * * * ** *
668969 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCTAAACTTAATATCCAAGA-AAATAAAAAATCAATCTAA
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AA---AT
* * * * ** *
669033 TTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATATTTATGACCT
62 TTGCAGAACCAGTTAAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCT
* * * * * * *
669098 TTCGTTATCACAAAACAATTTTTTTATTCAGACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTA
127 TTTGTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-
*
669163 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACCAATTCAT
191 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTC-GAACCAATTCA-
* *** * *
669228 ATGGTTAAGACTATTAT-AATGGTTATCGATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
254 ATAGTTAAGACTATT-TGAACAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
669292 ACAATTG-TTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAA
318 ACAATTGCTTTAAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* * *
669355 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTTA
382 AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGA
* * * *
669420 CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTATTATTACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTATTT
446 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-ACAAACAATTATTC
669484 TAGCTAATACAAGATTATACAAAAT
510 TA-CTAATACAA-ATTATACAAAAT
* * *
669509 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAC
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGC
* * * * * *
669574 AGAATCAGTTAAATATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGCTT-TAACCTT
66 AGAACCAGTTAAA-ATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAT--TTATGACCTT
* * * *
669637 TTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAAT
128 TTG--TTGTCATAAAACAATT-TTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* *
669702 TTATGAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAATT
189 TTAT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCGAACCAA-T
* * * * * *
669767 TGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTTATA
251 TCAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
669831 AAATAATTGTTTCTAA--TCATAGAAACTTA-TTCAATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
316 AAACAATTGCTT-TAAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * *
669893 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTAGTCATACTAGTTCACATAGTT
378 TCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTT
*** * * *
669956 AAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
442 TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
669991 TTGACGTTTT
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 165, Indels: 71
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
537 52 0.06
538 286 0.35
539 39 0.05
540 185 0.23
541 127 0.15
542 124 0.15
543 8 0.01
544 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (532 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGC
AGAACCAGTTAAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTG
TTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGAACCAATTCAATAGTTA
AGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGC
TTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAACAAACAATTATTCTACTAATACAA
ATTATACAAAAT
Done.