genome.fa.s261.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168086.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_333, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  34188

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309--358	19	2.6	20	84	6	59	42	0	4	54	1.19
517--847	181	1.8	180	81	4	407	37	7	12	42	1.71
856--1558	180	3.9	179	78	8	544	41	7	10	40	1.68
1737--2210	180	2.7	177	78	6	483	39	9	8	42	1.68
2377--2844	181	2.6	179	78	6	485	45	9	6	37	1.64
3745--3769	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
3994--4060	19	3.6	19	78	9	66	53	1	2	41	1.25
4154--4223	25	2.6	27	80	8	74	51	0	1	47	1.09
4182--4220	15	2.5	16	83	8	53	53	0	0	46	1.00
4169--4223	25	2.2	25	87	6	76	50	0	0	49	1.00
4296--4366	36	1.9	36	86	8	99	46	1	0	52	1.09
4300--4363	16	4.1	16	75	15	62	48	1	0	50	1.10
4311--4360	25	2.0	25	84	7	66	46	0	0	54	1.00
4325--4390	15	4.3	15	75	17	73	42	1	0	56	1.08
6005--6067	30	2.0	31	85	11	85	44	0	3	52	1.17
6467--6567	24	4.3	23	73	17	66	47	1	1	48	1.24
6579--6616	13	2.8	13	92	8	58	50	0	0	50	1.00
7035--7069	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
7037--7112	25	3.1	25	79	9	77	52	3	0	43	1.19
7050--7096	13	3.6	14	78	18	57	51	4	0	44	1.21
7028--7118	47	2.0	44	81	12	103	53	4	0	41	1.21
7122--7222	18	5.5	17	69	22	55	50	2	1	44	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7845--7881	14	2.7	14	91	4	58	54	0	0	45	1.00
8020--8071	13	4.2	12	79	11	61	46	1	0	51	1.12
8159--8713	181	3.1	178	81	6	618	40	10	8	41	1.69
8996--9054	27	2.2	27	85	8	77	45	10	1	42	1.48
9356--9401	12	3.6	13	74	14	51	45	0	2	52	1.13
9349--9401	27	2.0	27	82	14	65	45	0	1	52	1.11
9692--9764	21	3.6	21	75	12	80	49	1	0	49	1.09
9692--9729	7	5.4	7	84	12	51	50	0	0	50	1.00
9689--9764	40	1.9	39	89	7	118	48	1	0	50	1.09
10436--10480	18	2.6	18	83	16	60	53	0	0	46	1.00
10771--10813	15	2.8	16	83	13	54	48	2	2	46	1.27
10904--10955	9	5.8	9	76	17	54	44	0	3	51	1.19
11340--11439	40	2.5	40	80	4	103	50	2	2	46	1.24
11655--11719	18	3.7	18	75	23	66	53	1	0	44	1.09
11671--11726	18	3.2	18	76	16	64	55	0	0	44	0.99
11829--11907	29	2.8	28	74	12	81	43	1	2	53	1.22
11963--12001	18	2.1	18	85	4	51	48	0	0	51	1.00
12283--12326	21	2.1	21	88	12	65	43	4	0	52	1.22
12911--12949	21	1.9	20	84	5	51	58	2	2	35	1.25
12908--12970	20	3.1	20	75	8	56	53	1	4	39	1.31
12933--12970	20	2.0	18	90	10	58	52	0	5	42	1.24
14801--14860	22	2.6	23	73	21	63	46	5	1	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15489--15574	44	2.0	44	81	9	104	43	1	2	53	1.21
15737--15822	37	2.4	37	78	7	97	53	0	2	44	1.13
15751--15809	17	3.3	17	75	11	55	52	0	3	44	1.17
15780--15822	17	2.3	19	84	11	54	53	0	2	44	1.13
16176--16224	12	4.2	12	75	17	50	57	0	0	42	0.99
16177--16231	14	3.9	14	78	19	51	54	0	0	45	0.99
16186--16267	30	2.7	30	81	7	87	47	0	2	50	1.14
16332--16430	26	3.7	26	71	24	73	46	0	3	50	1.16
16331--16446	58	1.9	58	83	11	146	49	0	2	48	1.15
16972--17058	21	4.1	20	72	19	61	48	1	3	47	1.26
17207--17258	15	3.4	15	72	12	52	46	3	0	50	1.20
17208--17269	31	2.0	31	87	9	90	43	4	0	51	1.23
17275--17322	16	2.7	18	84	9	64	45	2	2	50	1.25
17275--17321	8	5.5	8	79	20	51	46	2	2	48	1.25
17559--17595	19	1.9	19	89	10	58	48	2	2	45	1.30
17652--17700	19	2.6	18	75	12	53	36	0	6	57	1.24
17815--17839	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
18019--18083	28	2.3	28	77	15	71	30	4	4	60	1.37
18311--18390	14	5.2	15	71	21	51	42	1	1	55	1.16
18533--19773	182	6.9	179	74	8	873	42	10	7	39	1.68
19374--19422	18	2.8	17	78	12	55	38	2	10	48	1.48
18513--19752	539	2.3	536	82	4	1411	42	10	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19821--19864	16	2.8	15	89	6	61	54	0	0	45	0.99
19822--19876	11	4.8	11	75	22	51	58	0	0	41	0.98
19839--19895	18	3.1	18	80	5	69	61	0	1	36	1.07
20995--21024	15	2.1	15	93	6	53	66	6	0	26	1.16
21088--21145	13	4.5	13	74	20	50	51	0	0	48	1.00
21103--21141	21	1.9	21	89	5	62	48	0	0	51	1.00
21441--21470	16	1.9	15	93	6	51	43	6	0	50	1.28
21557--22155	181	3.3	179	82	4	595	41	8	9	40	1.66
21864--21895	17	1.9	16	93	6	55	50	0	6	43	1.27
21566--22164	179	3.3	179	82	4	670	41	8	8	41	1.65
22439--22472	17	2.1	16	88	5	50	41	2	0	55	1.15
22575--22631	15	4.1	14	82	15	73	40	1	0	57	1.09
22572--22636	27	2.4	26	85	7	94	41	1	0	56	1.08
22831--22879	14	3.4	14	88	5	62	46	0	2	51	1.12
23143--23192	26	1.9	26	87	0	73	46	0	2	52	1.12
23116--23190	32	2.3	32	81	4	107	48	0	1	50	1.09
23535--23588	22	2.5	21	79	8	63	48	0	3	48	1.19
23903--24321	180	2.3	178	77	8	434	37	9	10	43	1.70
24576--25153	183	3.2	176	77	10	555	39	7	9	42	1.67
25415--25444	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
25651--25734	36	2.4	35	79	11	93	46	3	3	46	1.37
26031--26061	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27362--27400	20	1.9	20	89	5	60	48	2	0	48	1.15
27718--27773	25	2.3	25	85	11	73	39	1	0	58	1.08
27730--27816	20	4.2	21	77	16	78	44	0	2	52	1.13
27771--27798	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
27919--27969	24	2.1	25	85	3	68	54	0	1	43	1.11
27938--28021	41	2.0	41	84	11	107	45	0	4	50	1.23
28147--28181	16	2.1	18	89	10	56	45	0	5	48	1.26
28163--28282	63	2.0	63	80	12	144	47	4	1	46	1.31
28591--28640	20	2.5	20	83	0	55	48	0	2	50	1.12
28602--28653	15	3.5	15	76	2	52	46	0	0	53	1.00
28690--28719	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
28596--28726	71	1.9	72	81	9	164	45	0	0	53	1.05
29724--29748	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
29880--29946	27	2.5	27	82	4	73	46	0	2	50	1.16
30318--30379	21	3.1	20	80	13	65	50	4	1	43	1.33
30868--30894	10	2.7	10	100	0	54	51	0	0	48	1.00
30998--31028	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
31062--31099	19	2.0	19	90	10	60	31	0	0	68	0.90
31043--31100	24	2.3	25	80	11	66	39	0	0	60	0.97
31055--31099	19	2.7	17	78	21	51	35	0	0	64	0.94
31383--31420	20	1.9	20	88	0	58	42	2	5	50	1.39
33133--33174	18	2.3	18	84	8	50	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33346--33395	16	2.9	17	80	17	50	62	2	4	32	1.25
33451--33480	15	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00

Tables:   1

The End!