Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168088.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_335, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 34053
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.10, T:0.38
Found at i:1236 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 558--1721 Score: 1038
Period size: 361 Copynumber: 3.2 Consensus size: 357
548 AATTATCTAG
* *
558 ATAGTCATAACA-ATTTGAAC-ATGTTCAGTAAA-AAGATTAATTTTTTAATTCTCTTA-CTCAT
1 ATAGTCATAA-ATATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-AT
* * *
619 TAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTACTGTTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTAAAAC
62 TAATTTTTA-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAAC-AAAA-
* * * * * ** * * * *
683 AATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAACAGATAATTATTTAAATAGTCAAA
122 AATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
748 ACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTCTGAAAA
187 ATTATTTGAACTTG-TTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT-TTAGAA
* * * * * * *
812 TATTTATATATTAATATTATTTTAATGTGAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAATAGTTGTTTTAT
250 TATTAATAGATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TGATATGAACTA-AAATAATTTTTTTAT
**
875 GACAAAACTAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
313 GACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * ** *
920 TTAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAAT
1 ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAT
*
985 TGTCTT-AATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAGATCA
66 T-T-TTAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACA-AAAA-ATTA
* * * * * *
1049 TTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTAT
127 TTTTGTAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * *
1114 TTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAA
192 TTGAACTTGTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAA
* *
1179 TA-ACTTATTAATATTTTATTTTGAATAGGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAA
256 TAGA-TTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAA
* * * *
1243 CAAAAGGTCATAATGATTAGAAATAAATACTTATACAA
320 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
1281 ATAATCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
1 ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAT
** ** * * *
1346 TGTCGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATTCG-AATAAGTTTTTATGAACATAAATTATT
66 T-TTTAAATATTAAT-AAATTGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTATATGAACA-AAA-AATT
* * * ** * * * *
1410 GTTTTGCAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATAGTTGCTCAAATAGTTATAACTT
126 ATTTTGTAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TT
*
1475 -TTTGAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-ATTATTAATTTTT-GAAATAT
190 ATTTGAACTTG-TTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATAT
* * * * *
1534 TAATAGATTAGTT-TTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGGACAAAAAT-ATTTGTTTTATGAC
253 TAATAGATTA-TTATTATTTTATTTTGAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTT-TTTTATGAC
* * * *
1597 AAAACAAAATGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGCTCAA
316 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * *
1639 ATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATATCTTACATATTAA
1 ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAA
1703 TTTTTGAAATATTAATAAA
65 TTTTT-AAATATTAATAAA
1722 GTCATTTTAT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 122, Indels: 59
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 10 0.02
358 161 0.25
359 4 0.01
360 16 0.02
361 269 0.41
362 177 0.27
363 14 0.02
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAT
TTTTAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACAAAAAATTATTTT
GTAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
ACTTGTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAGAT
TATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
Found at i:1414 original size:542 final size:537
Alignment explanation
Indices: 586--4235 Score: 1312
Period size: 542 Copynumber: 6.8 Consensus size: 537
576 ACATGTTCAG
* * * * * *
586 TAAAAAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTACTGT
1 TAAAAAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATAT
* * *
651 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTGATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATG
* * ** * * *
716 ATTTGAAACAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACATATTTATT
130 ATTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTTAGTAAACATATTTATT
* * * *
781 TTTTAAATCTTTTACTTATTATTTCTGAAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATGTGAATAA
195 TTTAAAATCTTTTACTTATTATTTCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATGTGAATAA
* ** * * *
846 GCTTGTATGAATAGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACTAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATA
260 GCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATA
* * * *
911 ATTGTTCAATTAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
325 ATTGCTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TA
976 CCTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTCGAA-ATAAGCTTATATGAA
387 -CTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTTATATGAA
* * *
1037 CAGAAAAGA-TCATTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
447 CA-AAAAGATTCATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAA
* *
1101 TAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGA
511 TAATCATAATTATTTAAACTAGTTAGA
* * *
1128 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTATTAATAT
1 TAAAAAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATAT
** * * * *
1193 TTTATTTTGAATAGGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTGATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATG
* * ** *
1258 ATTAGAAATAAATACTTATACAAATAATCATGACTATTTGATCTAG-TTCAGTAAACATATTTAT
130 ATTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTT-AGTAAACATATTTAT
*
1322 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTC-G-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTAAT-TCGA
194 TTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATT-TCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATGT-GA
* * * * *
1384 ATAAGTTTTTATGAACATAAATTA-TTGTTTTGCAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAAT
256 ATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAAT
* *** *
1448 AAATAGTTGCTCAAATAGTTATAACTTTTTGAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC
320 AAATAATTGCTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
1513 TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGGACA
385 TACTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACA
* ** * * ** * *
1578 AAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAG
449 AAAAGATTCATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAA
* *
1643 TCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
514 TCATAATTATTTAAACTAGTTAGA
* * * *
1667 CAAACAAAATTATTTTTTAAATATCTTACA-TATTAATTTTT-GAAATATTAAT-AA--AGT--C
1 TAAA-AAGATTATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAAT
** * ** *
1725 ATTTTATTT----TATTCT--TATGAATTGAAAA-AATTGCTTTATGACAAAATAAAA----ACA
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTGATATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACA
* * * * * * ** * * * * * *
1779 AT--TT-GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTT
127 ATGATTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTTAGTAAACATATTT
* * * * * * ** * * * *
1841 CTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG-GAATATTTTTATATTAGTATTATTTT-ATTTCG
192 ATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATGT-G
* * * * ** * * ** * * ** *
1904 AATAAGCTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTTCATT
255 AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAAT
*** ** * ** * * *
1969 ATGCAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAA
320 AAATAATTGCTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA--TTTTTTAAA
* * * * *
2034 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACATATA
383 --TC-TAC-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATA
* * * *
2099 T-AATCAAAATAAAATT--TTAT-ATGAC----C-AAA---CA-AACAATTTGAAATTGATAATT
443 TGAA-C-AAA-AAGATTCATT-TGATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTCAAATAGATAATT
** * * * * * *
2151 TTTGAAATGA-CATTAATTATTTGAACTAATTCGG
504 GCTCAAATAATCA-TAATTATTTAAACTAGTTAGA
* * * * ** * * *
2185 TAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAAAAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATAT
** * * * * * * * *
2250 TTTATTTTGACTAAGCTTG-TATGAATTCAAATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAGGTCATAAT
65 TTTATTTCAAATAAGC-TGATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAAT
* * * * * * * * * * * *
2314 GATT-TAAACAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTA-
129 GATTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTTAGTAAACATATTTAT
* * * * * * * * *
2377 TTTT-AAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
194 TTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATGTGAAT
* * ** * * *** * * ** * *
2439 ATGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAACAAA
258 AAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAA
* * ** * * * * *
2504 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTGTTTTTCCAAATCAT
323 TAATTGCTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTT-TAAATC--
* * * * * * * *
2569 TTCCTTATTAAATTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-ATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGA
385 -TAC-TATT-AATTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGA
* * * * * * * **
2632 TATGAAACAA-A-T-ATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAACGA-TTCGAAATTA-ATAATTAT
446 -A-CAAA-AAGATTCATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTC-AAA-TAGATAATTGC
* * * * * * *
2692 TCTAAT-AGCTTTAACTATTTGAATTAGCTA-A
506 TCAAATAATC-ATAATTATTTAAACTAGTTAGA
* * * * * * *
2723 GTAAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATT
1 -TAAAAAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAAT
** * ** * * ** **
2787 ATTTT-TAACTAAATAGGCTTCTATG-A-TAAAAATCAATTGTTTTTTTCCAAAACAAATATCTT
63 ATTTTATTTC-AAATAAGCTGATATGAACT-AAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAA-A-GGT
* * * ** * * * * * *
2849 AACAA--CTT-GAGATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCAATAAACA
123 CACAATGATTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTT-AGTAAACA
* * * * * *
2910 TTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTT-A
187 TATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAA
* * * * * ** ** **
2973 TTTCATATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGA-AATGA
251 TGTGA-ATAAGCTTGTATGA-ACAGAAATAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAAAT-A-ATAACAA
* * * ** * ** * ** * * * *
3036 TTTAAAAATAGATAATCT-TTCAAACGGCTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAATAGATTTAT
312 TTT-GAAATAAATAAT-TGCTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTAT
* * * *
3100 TTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATC
375 TTTTTAA--ATC-TAC-TATTAATTTT--TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAC
* * ** * * * * * * * * * *
3163 TAAGCCTGCATTAACTGAAACA-ATT-GTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATAACAGTTTTAAAT
434 -AAACTTATATGAAC--AAAAAGATTCATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTCAAAT
* * * ** * * * * * * *
3226 TGACATTTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGC
496 AGATAATTGCTCAAATAATCATAATTATTTAAACTAGTTAGA
* * * ** * * * *
3268 TAAACATATT-TATTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 TAAAAAGATTAT-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATAT
* * * * * * *
3331 TTTA-TTCTAAATAGGCTTG-T-TGAACTGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTAGAA
65 TTTATTTC-AAATAAGC-TGATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAA
* ** * * * *** ** * * * * ** * *
3393 CGATTTCAAATAGATAATTGTTGTAATAATCTTAACCATTTCAATTA-ATTCGACAAAAAAATAA
128 TGATTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTT--A-GTAAACATAT
* * * * *** **
3457 TT-TTTTTAAAATC--TTATTTATTAATTT-TTAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAATAA
190 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATGT
* * * * * * * *
3518 AAAAAAGCTTGTATGAATA-AAACAGTTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATAACAATTTGAA
254 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAA-ATAATAACAATTTGAA
* * * * * ** * **
3582 ACAGATAATTGTTTATATAGTCT-TAACTATTTG-ACTGGTTTGACAATTAAATTTA-TTTTTAA
318 ATAAATAATTGCTCAAATAGT-TATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA
** * ** * * *
3644 ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-ATA
382 A---TC-T-ACTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTA
* * * * *** ** *
3708 GTATGAACAGGACAA-ATT-GTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTATAATGATTAGAAATAGATAG
441 -TATGAACA--AAAAGATTCATTTGATGACAAAACAA-AAGGTCATAGCAATTTCAAATAGATAA
** * * * * *
3770 TTATTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTAG-
502 TTGCTCAAATAATCATAATTATTT-AAACTAG-TTAGA
* * * * * *
3806 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAAAAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTAATA
* * * * * * * * * * *
3871 TTTTATTTCGAATAAACTTATATTAACGAAGATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAAC
64 TTTTATTTCAAATAAGCTGATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAAT
* * * * * ** * ** * * * * *
3936 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTAGTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTAT
129 GATTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTTAGTAAACATATTTAT
* * * * * * * * *
4001 TTTTTAAAT-TTCTTAGTTATTGATTT-TCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
194 TTTTAAAATCTT-TTACTTATT-ATTTCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATGTGAA
* * * * * ** * * ** * *
4064 TAGGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
257 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAA
* * ** * *
4129 AT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTA
322 ATAATTGCTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTA
* * *
4193 TTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
387 CTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
4236 TGAATAGGCT
Statistics
Matches: 2406, Mismatches: 547, Indels: 313
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
517 6 0.00
518 76 0.03
519 5 0.00
520 5 0.00
521 177 0.07
522 7 0.00
523 19 0.01
524 4 0.00
525 2 0.00
526 3 0.00
527 60 0.02
528 35 0.01
529 42 0.02
530 33 0.01
531 31 0.01
532 145 0.06
533 10 0.00
534 14 0.01
535 51 0.02
536 5 0.00
537 12 0.00
538 160 0.07
539 393 0.16
540 67 0.03
541 135 0.06
542 563 0.23
543 177 0.07
544 164 0.07
545 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
TAAAAAGATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATATT
TTATTTCAAATAAGCTGATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGA
TTAGAAACAAATAATTATACAAATAATCAAAACTATTTGAACTAGCTTAGTAAACATATTTATTT
TTAAAATCTTTTACTTATTATTTCTGAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATGTGAATAAG
CTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTACAACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATAA
TTGCTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTAT
TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAAGAT
TCATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAAT
TATTTAAACTAGTTAGA
Found at i:2018 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1427--2067 Score: 795
Period size: 344 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
1417 AACAAAAGAA
* * * *
1427 AAAATAATAACAATTTGAAATAAATAGTTGCTCAAATAGTTATAACTTTTTGAACTGGTTTGATA
1 AAAATAAAAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTTTTTGAACTAGTTTGACA
* *
1492 AACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTATTTTATT
66 AACAAATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT
* * * * * **
1557 TTGAACAAACTTATATGGACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGTGATTTGA
131 TCGAACAAACTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * *
1622 AATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAAATTA-TTTTTTA
196 AATAGACAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTTTA
*
1686 AATATCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTCATTTTATTTTATTCTTATGAATTGAA
261 AATATCTTACATATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAGTCATTTTATTTTATTCTTATGAATTGAA
1751 AAAATTGCTTTATGAC
326 AAAATTGCTTTATGAC
* * * *
1767 AAAATAAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAA-TTATTTGAACTAGTTTGG
1 AAAATAAAAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT-TATAACTT-TTTGAACTAGTTTGA
* * * ** *
1830 CAAATAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTAT
64 CAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAT
* * * * *
1895 TTTATTTCGAATAAGCTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACG
125 TTTATTTCGAACAAACTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * * *
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* *
2024 TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
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* *
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* * * * * * *
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*** *
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* * *
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* * * *** *
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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* ** * * ***
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* * * * * * * * *
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* ** *
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*
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * * **
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* ** * ** * **
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* * * ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
4024 -TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGAACAAAAACAAT
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* * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *** * * * * * *
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* * * * ** ** ** *
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* * ** * * ** * * * * **
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* * * *
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* * * * ** * *
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** **
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** * * * *
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** * * * * * *
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** * * * * ** * * *** * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * ** *
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1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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** *
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* * * * * * * * *
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66 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
** * * *
6179 TTTTATGATGAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
130 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
6230 ATAGTTATGACTATTTGAACTTGTACGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCATTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
6295 TGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAATCTTCTATGAACAAAAAAAAATT
66 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATT
* ** * **
6359 GTTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAATTCAA
129 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
6411 ATAGTCATAACTATTTGAA-T-TTATCAGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * *
6474 -TTGTCAGAATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AAT
65 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAAT
* * * * * * ***
6537 TATTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAATCACTCAA
128 TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * *
6590 ATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAAATTCAGTTTTAAAATC---T-CTTATTAA
1 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * *
6650 TTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCGAATAAGCTTATAGGAATAGAAACAAT
65 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
** *
6714 TG--TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAA
128 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * ** * * *
6765 ACAATCAAAACTATTTGCATTGGTTAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
6830 TTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATT-TCTTTATTCTAAATAAGAC-TGTATTAATAGAAAA-A
66 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATT-TCAATAAG-CTTGTATGAACA-AAAACA
* ** * ** * *
6891 ATTATTTTATGATGAAACAAATGGTCATAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAA
126 ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
6946 ATTGTTATAAGTAATTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTCATTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
** * * * * * *
7007 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
66 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* ** * * *
7072 TTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAT
130 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * ** *
7123 ATAGCCTTAATTATTTTAACTAGTTCGGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATACTAA-
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* ** * * * *
7187 TTTTCATAATATTTTTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATT
66 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * ** * * *
7252 GTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATGATAGTTCAA
129 GTTTTATGACAAAA-CAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** *
7305 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
7370 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTTGTAATG---AAAAACAAT
66 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGC-TTGT-ATGAACAAAAACAAT
* * * ** * * *
7432 TGTTTTATGGCAAAATAAATGTTCATAATGATTTGAAATACATAATTATTTAA
128 TGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *** * *
7485 ACT-GCCATAATTATTTGAAC-CGATTTGATAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTC
1 A-TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * ** * * ** **
7547 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTGAAACAA
63 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * *
7612 TTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
127 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * **
7666 ATAGTCATAAATATTTGAATTTGTTTC-GTAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATT
* * * * *
7729 AATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTAGTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
63 AATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* ** * ** * *
7793 ATTATTTTATGATTAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA
126 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * * * *
7848 ATGGTCTTAATTGTTTGAACGGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * ** * * ** * * * * *
7913 TTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACGTCAAATAAACTTGTTTGGATAGAAACAATTG
66 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * * *
7977 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTTAA
130 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
8027 ATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * ** **
8091 TTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTACAAACTGAAACAATT
65 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * ** * * *
8156 ATTTTTTGACAAAACAAAAGTTCGTAA-TGTCTTTAAATAGAAAATTATTCAA
129 GTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
8208 ATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTA
1 ATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * *
8272 ATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGCATAAACTAAAATAAT
64 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
8337 TGTTTTAT
128 TGTTTTAT
8345 TAATTTTTCA
Statistics
Matches: 5745, Mismatches: 1430, Indels: 861
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 91 0.02
164 2 0.00
166 2 0.00
168 13 0.00
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191 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
Found at i:3024 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 716--4819 Score: 1239
Period size: 358 Copynumber: 11.5 Consensus size: 358
706 GGTCACAATG
* * * * * * *
716 ATTTGAAACAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAACATATTTATT
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* * * * *
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65 TTTTAAATC-TTTA-TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
* * * **
845 AGCTTGTATGAATAGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACTAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
127 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * *
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191 AATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTT
* * * *
974 TACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCG-AAATAAGCTTATATGA
254 TACATATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAAATATATTATTTTATACGCAAATAAGCTTATATGA
** * **
1036 ACAGAAAAGATCATTTGGTGACAAAA-CAAAAGGTTATAGCA
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* * * * * * * *
1077 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATT
1 ATTTCAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACATATTTATT
* * *
1142 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTATTAATATTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAATCT-TT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
* * * *
1206 GGC-TGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAGAAATAAA
127 AGCTTG-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * * * *
1270 TACTTATACAAATAATCATGACTATTTG-ATCTAGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTAAAATTT
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAT-TAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TT
* * * * * *
1333 TTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATTCG--AATAAGTTTTTAT
252 TTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAAT-ATATTATTTT-ATACGCAAATAAGCTTATAT
* ** ** * *
1396 GAACATAAATTATTGTTTTGCAACAAAAG-AAAA-AATAATAACA
315 GAACAGAAAAGATCATTTGGCAACAAAAGAAAAAGAAT-ATAGCA
* * * * *
1439 ATTTGAAATAA-ATAGTTGCTCAAATAGTTATAACTTTTTGAACTGGTTTGATAAACATATTTAT
1 ATTTCAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGATAAACATATTTAT
* * * * *
1503 TTTTTAAATC--TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAA
64 TTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
1566 CTTATATGGACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGTGATTTGAAATAGATAA
129 CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
1631 TTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATATCTTAC
193 TTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * **
1696 ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTCATTTTATTTTAT-------T---C-T-TATGAATTG
257 ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAAT-ATATTATTTTATACGCAAATAAGCTTATATGAACAG
* * * * *
1749 AAAAAATTGC-TTTATG--ACAAAATAAAAACAAT-TTG-A
321 AAAAGA-T-CATTT-GGCAACAAAAGAAAAAGAATATAGCA
* ** ** * * * * * * *
1785 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTA-T-TTGAACTAGTT----TGG--CA-AATA-A-AT
1 ATTTCA-AAAAGAT-A-ATTGT-TCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTGATAA-ACATAT
* * ** * * *
1839 TTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCG
60 TTATTTTTTAAATCT-TT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
* * * * * * ** *
1904 AATAAGCTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTTCATT
123 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAAT
*** * * * * * *
1969 ATGCAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAA
187 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAA
* * * * ** * *
2034 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTAT-TTCAAATAAACATAT
250 T-TTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATA-TATTATTTTATACGCAAATAAGCTTAT
* * * * * *
2098 AT-AATCA-AAATA-A-AATTT-----TATATGACCAAA-CA-A-A-CA
313 ATGAA-CAGAAA-AGATCATTTGGCAACAAAAGA-AAAAGAATATAGCA
* ** * * * * ** * * *
2134 ATTTGAAATTGATAATTTTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTCAC
1 ATTTCAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACATATTTAT
** * * *
2198 TTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACT
64 TTTTTAAAT--CTTTATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
*** * * * *
2262 AAGCTTGTATGAATTCAAATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAGGTCATAATGATTT-AAACAGA
126 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * *
2326 CAATTGTTCAAATAGTCATAACA-ATTTGAATTTGTTTA-GTAAACAAATTTA--TTTTAAACTC
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAATTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTT
* * * * ** * * *
2387 TTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG--GATATGCTTTTATG
253 TTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATA-TATTATTTTA-TACGCAAATAAGCTTATATG
** ** ***** * *
2450 AATTGAAACA-ATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATA-ATG--
316 AACAGAAA-AGATCATTTGGCAACAAAAGAAAAAG-AATATA-GCA
* * * *
2492 ATTTTAAACAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTGT
1 ATTTCAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACATATTTAT
* * * * *
2556 TTTTCCAAATCATTTCCTTATTAAATTTTTG-AATGTTAATAAATTTAGATTA-TTTATTTTGAA
64 TTTT-TAAATC-TTT-ATTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * *
2619 TAAGCTTGTAAGATATGAAACA-AA-TATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAACGATTCGAAAT
125 TAAGCTTGTATGA-A-CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
2682 TAATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTAGCTAAGTAAACACATTTATTTTGTAAAT
187 AAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
2746 TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAAC-TAAATAGGCTTCT
251 TT-TTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATA-TATTATTTTAT-ACGCAAATAAGCTTAT
** ***** * * ** *
2809 ATGATA-A-AAATCA-ATTGTTTTTTTCCAAAACAAATA-TCT-TAACA
313 ATGA-ACAGAAA--AGATCATTTGGCAACAAAAGAAAAAGAATATAGCA
* * ** * *
2853 ACTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATTTTTAT
1 ATTTCA-AAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACATATTTAT
* * *
2917 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTA-TTTCATAT
64 TTTTTAAATC-TTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-AT
* * *
2981 AAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAAATGATTTAAAAAT
126 AAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA-TAATGATTT-GAAAT
* * * * * * * * * * *
3045 AGATAATCT-TTCAAA-CGGCTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAG
187 AAATAAT-TGTTCAAATAGTC-ATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** * *
3108 TTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CATCTAAGCCTG
250 TTT-TTACATATTAATTTTTG-AAATATTAATAAAATA-TATTATTTTATACGCAAATAAGCTTA
* * * ** **** * ** ** *
3171 CATTAACTGAAACA-ATTGTTTTATGAC-TAATCAAAAGGTTATAACA
312 TATGAACAGAAA-AGATCATTTGGCAACAAAAGAAAAAGAATATAGCA
* * ** * * * * * *
3217 GTTTTAAATTGACATTTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGCTAAACATATTTA-T
1 ATTTCAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACATATTTATT
* * * * * * * *
3281 TTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAG
65 TTTTAAATC--TTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA
** * * * * * * *
3345 GCTTGT-TGAACTGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTAGAACGATTTCAAATAGATA
128 GCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATA
** * * ** * * * ** * * * *
3409 ATTGTTGTAATAATCTTAACCATTTCAATTAATTCGACAAA-AAAATAATTTTTTTAAAATCTTA
192 ATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTTTA
** * * * * * *
3473 TTTATTAATTTTTAAAATATT-ATTAAATTTGCATTATTTTAATA--AAAAAAAGCTTGTATGAA
256 CATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAT--ATTATTTT-ATACGCAAATAAGCTTATATGAA
* ** ** * * *
3535 TA-AAACAG-TTGTTTTACGACAAAAGAAAAAG-GTCATAACA
318 CAGAAA-AGATCATTTGGCAACAAAAGAAAAAGAAT-ATAGCA
* * * * * * ** *
3575 ATTTGAAACAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTG-ACTGGTTTGACAATTAAATTTA-T
1 ATTTCAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGATAAACATATTTATT
** * ** *
3638 TTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTAAA---TCTTTATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * * * *
3702 AAAATAGTATGAACAGGACA-AATTGTTTGATGACAAAATAAGAAGTTATAATGATTAGAAATAG
126 AAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * *
3766 ATAGTTATTAAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATGGTTTA-GTAAATAGATTTACTTTTTAAATC
189 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAATTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-
* * * * *
3829 TCTTAC-TGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG--AATAAACTTA
251 TTTTACAT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAATA-TATTATTTTA-TACGCAAATAAGCTTA
* * *** * * * *
3891 TATTAAC-G--AAGATAATTGTTTTATGAGAAAA-CAAAAG-GTCATAACA
312 TATGAACAGAAAAGATCATT-TGGCA--ACAAAAGAAAAAGAAT-ATAGCA
* ** * * * * * * *
3937 ATTTGAAATAA-ATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTAGTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTAT
1 ATTTCAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACATATTTAT
* * * * *
4001 TTTTTAAATTTCTTAGTTATTGA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTAAATCT-TTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * ** *
4065 AGGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
126 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * *
4130 T-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT
190 TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTT
* * * * ** *
4192 A-TTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG--AATAGGCTTCTATATT
255 ACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATA-TATTATTTTA-TACGCAAATAAGC-T-TATA-T
* ** * *
4254 GAAAAGCAATTG-T--TTTAGG--AGAAAACAAAAAGTAATA-A-CA
315 GAACAG-AAAAGATCATTT-GGCAACAAAAGAAAAAG-AATATAGCA
* * * * * * *
4294 ATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA----TTG--------ATTTATTT
1 ATTTCAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGATAAACATATTTATTT
** * * * *
4347 TTTAAATC--TCCTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAAC
66 TTTAAATCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * **
4409 TTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGATAAT
130 TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* ** * * * * *
4473 TGTTCAAATCA-TCATAACTATTCAAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTG
194 TGTTCAAAT-AGTCATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TTTTA
* * * * * * *
4537 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTC-CAAGTAAGCTTGTATGAAC
256 CATATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAATA-TATTATTTTATACGCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * *
4600 TGAAACA-ATTATTCTATG--ACTAAATAAAAGGTTAAAAT-G--
319 AGAAA-AGATCATT-T-GGCAACAAAAGAAAAAG--AATATAGCA
* * * * * * *
4639 ATTTGAAATTAA-A-AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTA
1 ATTTCAAA--AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACATATTTA
* * * * * * *
4702 TTTTTTTAAGTC--TCTTACTGAGTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAA
63 -TTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTGAA
** * * *
4763 TAAGCTTGTATGATTAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTT
125 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTT
4820 AATATTGACA
Statistics
Matches: 2847, Mismatches: 660, Indels: 474
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ATTTCAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGATAAACATATTTATTT
TTTAAATCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
TTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACATAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAAATATATTATTTTATACGCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAG
ATCATTTGGCAACAAAAGAAAAAGAATATAGCA
Found at i:8326 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 8287--8401 Score: 81
Period size: 35 Copynumber: 3.1 Consensus size: 35
8277 TCAAATGTTA
8287 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGC
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGC
* * * *** *
8322 ATAAACTAAAATAATTGTTTTATTAATTTTTCAAATG-TT-A
1 ATAAA-T-TAGT-ATTATTTTATT--TTAAAC-AA-GCTTGC
*
8362 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGC
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGC
8397 ATAAA
1 ATAAA
8402 CTGAAATAAT
Statistics
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0.63 0.17 0.20
Matches are distributed among these distances:
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34 4 0.07
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38 12 0.21
39 1 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (35 bp):
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGC
Found at i:8393 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 8268--8419 Score: 286
Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 75
8258 TCTCTTGCTC
8268 ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGCATAAACTAAAA
1 ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGCATAAACTAAAA
8333 TAATTGTTTT
66 TAATTGTTTT
* *
8343 ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTGAAA
1 ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGCATAAACTAAAA
8408 TAATTGTTTT
66 TAATTGTTTT
8418 AT
1 AT
8420 GACTAAAAAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
75 75 1.00
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Consensus pattern (75 bp):
ATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGCATAAACTAAAA
TAATTGTTTT
Found at i:8593 original size:253 final size:255
Alignment explanation
Indices: 8084--8597 Score: 560
Period size: 257 Copynumber: 2.0 Consensus size: 255
8074 AATCTCTTGC
* * * * **
8084 TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTACAAACTGA
1 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCACAAACTGA
* * *
8149 AACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGTTCGTAATGTCTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAGTAATGTCTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTC
** * * *
8214 AAATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTC
131 AAATCTATTTGAACTAATTCAG-AAATACACTTATGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTC
* * * *
8279 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGCATAAACTAAAATAATTGTT
195 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAACAAGCTTACATAAAC-AAAACAATTGTT
* * *
8341 TTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTGA
1 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCACAAACTGA
* * * * * *
8406 AATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAGGTTAG-AGTGAT-TTGAAATAGATAATTGTTTC-AATA
66 AACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGTTAGTAATG-TCTTGAAATAGAAAATT-ATTCAAATA
* * *
8467 GTCTTAA-CTATTTGAACTAATTCA-ACAA-ACACTTAT-TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATT
128 GTC-AAATCTATTTGAACTAATTCAGA-AATACACTTATGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
** * * * *
8528 TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAAA-AGAAACAATTG
191 TTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAACAAGCTTACAT-AAACA-AAACAATTG
8592 TT
254 TT
8594 TTAT
1 TTAT
8598 GATAAAATAA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 36, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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253 76 0.36
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (255 bp):
TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCACAAACTGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAGTAATGTCTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTC
AAATCTATTTGAACTAATTCAGAAATACACTTATGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAACAAGCTTACATAAACAAAACAATTGTT
Found at i:8647 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 8341--9443 Score: 821
Period size: 178 Copynumber: 6.2 Consensus size: 175
8331 AATAATTGTT
* * ** * *
8341 TTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTATATGAAC-AA
* * * *
8406 AATAATTGTTTTATGACT-AAAAAAAGGTTAGAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTC-AATAGT
64 AAAAATTGTTTTATGA-TAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGT
* * * * *
8469 CTTAACTATTTGAACTAATTCAACAAACACTTATTTTTTTAATCTCTTAC
127 CATAACTATTTGAACTAGTTCAA-AAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
8519 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAA-AAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTATATGAACAA-
* * * *
8583 AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTC
64 AAA-AATTGTTTTATGATAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
8648 ATAACTATTTAAACTACTTTCATGAACAAATTTAATTTTTAAA--TC-T-C
128 ATAACTATTTGAACTA-GTTCA--AAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * **
8695 TTATGAGTTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAGTTTAAATAA--TT-T-T-AATGAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTATATGAACAAA
* * * * * *
8755 TAGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATATATAATTGTTCAAAT-GCAC
65 AAAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TC
* * * * * * *
8819 ATGACTACTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAG
128 ATAACTATTTGAACTAGTTCA--AAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** *** * * *
8870 TTATTAATTTTCAAAATGGAAAT-AATTTGTATTATTTTATTTCAAAAAAACTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAACAAA
* * * ** *
8934 AACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
65 AA-AATTGTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
8999 ATAATTATTTGAAGTAGTT-AGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC
128 ATAACTATTTGAACTAGTTCA---AAA-A-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
9050 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAGTAAGC-TAGTATGAATT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTA-TATGAA-C
* * * *
9113 AAAAAAGTTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATATA
62 AAAAAAATTGTTTTATGAT-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
9177 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
125 GTCATAACTATTTGAACTAGTTC---AAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
9231 TTATTAATTTTAGGAATATTATTAGATTAGTA-T-TTTT-TTTGAATAAGC-TAGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTA-TATGAACAAA
* * * * * * * * * *
9292 AATAATTGTTTTATTACGAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTATACAATTATTTAAATAAT
65 AA-AATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
9357 CATAACTACTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC
127 CATAACTATTTGAACTAG-TT--CAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
9409 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
9444 ACGATTTAAA
Statistics
Matches: 732, Mismatches: 145, Indels: 94
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 23 0.03
171 63 0.09
172 2 0.00
173 6 0.01
174 22 0.03
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182 8 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTATATGAACAAAA
AAATTGTTTTATGATAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTAGTTCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:8987 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8411--9419 Score: 549
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
8401 ACTGAAATAA
* * * ** * *
8411 TTGTTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTC-AATAGTCTTAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAA
* * * * * * ***
8474 CTATTTGAACTAATTCA--ACAAACACTTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
65 CTATTTGAACTAGTT-AGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATA
** * ** * * *
8537 TTATTAAATT-AGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTA-TATGAA--AAGAAACAA
129 GAAATAAATTCA-TATTATTTT-ATTCCAAAAAAAC-TAGTATGAATCAA-AAA-AG
* * * * * * *
8589 TTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
8653 TATTTAAACTACTTTCA-TGAACAA-ATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TGAGT--TTTT-AAAAT
66 TATTTGAACTA-GTT-AGT-AAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAAT
** * * * * * * *
8712 ATTAATAGATT-AGTATTATTTTAGTT--TAAATAA-T--T-TTAATGAATAGA-
128 AGAAATAAATTCA-TATTATTTTA-TTCCAAAAAAACTAGTATGAATCAAAAAAG
* * * *
8759 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATATATAATTGTTCAAAT-GCACATGA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAA
* * * * *
8823 CTACTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTCAAAATG
65 CTATTTGAACTAG-TTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATA
** * *
8888 GAAAT-AATTTGTATTATTTTATTTCAAAAAAACTTA-TATGAA-CAAAAACAT
129 GAAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAAAAAAC-TAGTATGAATCAAAAA-AG
* * * * *
8939 TTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * ** *
9004 TATTTGAAGTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
66 TATTTGAACTAGTTA-GTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAG
* * ** * *
9069 TAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAGTAAGCTAGTATGAATTAAAAAAG
130 AAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAAAAAACTAGTATGAATCAAAAAAG
* * * * * * *
9120 TTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
9185 TATTTGAACTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-AGGAATA
66 TATTTGAACTAGTTAG-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA-AAATA
** * * * * * *
9249 TTATTAGATT-AGTATT-TTTT-TT--GAATAAGCTAGTATGAA-CAAAAATAA
129 GAAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAAAAAACTAGTATGAATCAAAAA-AG
* * * * * * * * * *
9297 TTGTTTTATTACGAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTATACAATTATTTAAATAATCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
9362 CTACTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
65 CTATTTGAACTAG-TTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
9420 TGAAAGATTA
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 136, Indels: 72
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 21 0.03
171 71 0.11
172 5 0.01
173 5 0.01
174 17 0.03
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180 133 0.20
181 150 0.23
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAGA
AATAAATTCATATTATTTTATTCCAAAAAAACTAGTATGAATCAAAAAAG
Found at i:10126 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9474--11050 Score: 1202
Period size: 180 Copynumber: 8.8 Consensus size: 180
9464 GTCTGTCAAA
* * ** * *
9474 CAGTTCAAATATTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
9539 TTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAC
66 TCATAAAACAATTGTTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * **
9603 ATTCAAAAAATTAATAACCACGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
130 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * * *
9655 AAGTTTAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
9720 TTATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATA-ATAGCTTA-ACTGAAATAAAATAATATTACTTTATTA
66 TCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACA-AGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** ** *
9782 ATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAAT
128 ATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC
* * * * *
9836 CAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* ** * * * *
9901 TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACCTATT-TAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
9965 ATGTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
130 AT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * * * * *
10016 CAGTTCAAATGGATATGACTACTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * ** * *
10081 TCATAAAACAATTATTTATGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACCCTAATATAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
10146 TTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAAAT-T-TATT--TGAAC
131 TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACTGAAC
* * ** * * * * *
10194 CAATTCAAATAGTTAAGGGTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
10259 TTATAAAACAATTTTTTA-GTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** *
10322 ATTTTAAAAA--AATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCCATTTGCTGAAC
130 A-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
** * * * *
10372 CAACTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTATGTCCTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
10437 TCATAAAATAAATT-TTT-TTTTCAAATAA-TTTGTTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAC
66 TCATAAAA-CAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
10498 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAT
129 TA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * *
10551 TAGCTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTAGTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * * * *
10614 GTCATAAAACAAATGTTTCTAG-TCATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA
65 ATCATAAAACAATTGTTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
10678 TATTCTAAAATTTAATAACTAATGA-ATTTAAAAAATGAATCTG-TTAGCCTG-CC
129 TATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA--CTGAAC
* * * * * * * *
10731 CAATGCAAATATTTA-GATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * * * * * **
10795 TCACAAATCAATTGTTTCTATTCATACATGTTTCTTTGAAATAACATATTTCTAGCTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
10860 TTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTACTGAAC
131 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * *
10908 AAGTTAAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-ATCCTTTTATTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTT
* * ** * * *
10972 GTTATAAAACAAATT-TTCCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAACACAAATTTATTA
65 ATCATAAAAC-AATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
11035 ATATTCAAACAATTAA
128 ATATTTAAA-AATTAA
11051 AAAATAAATA
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 252, Indels: 102
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 24 0.02
176 13 0.01
177 111 0.10
178 288 0.26
179 72 0.07
180 300 0.27
181 282 0.26
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
Found at i:11170 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 10884--11201 Score: 387
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 164
10874 AAGAGATTTA
* * *
10884 AAAAAATGAATATGTTTACTGAACAAGTTAAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAAAAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*
10949 AAATCGCTATATCCTTTTATTTTGTTATAAAACAAATTTTCCTATTCATACAAGCTTATTTCA-A
66 AAATCGCTATATCCTTTTATTTTGTTATAAAACAAATTTT-CTATTCACACAAGCTTA-TTCAGA
11013 ATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATT
129 ATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATT
* *
11049 AAAAAATAAATATGTTTA-TCGAAAAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACT-GAAAAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
11112 TAAATCGTTATGA-CTTTTTATTTT-TTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCGCATAAGCTTATTC
65 CAAATCGCTAT-ATCCTTTTATTTTGTT-ATAAAACAA--ATTTTCTATTCACACAAGCTTATTC
* * **
11174 AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
126 AGAATAAAATAACACAAATTTATTAATA
11202 CTTTGACAAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 13
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.05
164 86 0.66
165 34 0.26
166 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (164 bp):
AAAAAATAAATATGTTTACTGAAAAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGCTATATCCTTTTATTTTGTTATAAAACAAATTTTCTATTCACACAAGCTTATTCAGAAT
AAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATT
Found at i:11693 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 11047--12280 Score: 1116
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 182
11037 ATTCAAACAA
* * * *
11047 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAAAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATTTATT
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
* * * * * ** * **
11111 TTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTTTTGTTCGCATAAGCTTATTCAG
66 TCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG
* * * * *
11176 -ATTAAAATAATATTAATTTATTAATACTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGAT
131 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** * * * * *
11227 TTTAAAAATAAATATGTTTACTAAAAAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTT-T
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTAT
* ** * * * *
11291 TTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTGATTTTAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCAT-TT
65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG-TCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATT
* *
11353 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATGAGTAAGAGAC
128 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
11408 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
* *
11473 TCAAATCGTT-TCGACCTTCTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTT
66 TCAAATCGTTAT-GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTT
* * *
11537 G-AATAGAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAGGA-AT
130 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* *** * *
11588 TTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTAT
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * *
11652 TTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTT
65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTT
* * * *
11716 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTATTAAGTAAAAGAT
130 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
11769 TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATT
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
* * ** * * * * * *
11834 TCGAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCG
66 TCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG
* **
11898 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT-GGTTGGAGAT
131 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * ** * * *
11949 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCACATAGTCATGTTTATTTGAATAATTATCTATC
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
* * * *** *
12014 TCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAAAATATTTAG
66 TCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG
* * * ** *
12079 -AATAAAATAATATTGATTTACTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TCAGAGAT
131 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * *
12126 TTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAG
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * *
12190 CTCAAATCGTTAT-A-ATGTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTATTT
65 TTCAAATCGTTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
* * * *
12253 AG-ATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
129 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
12281 AAAATAAATG
Statistics
Matches: 865, Mismatches: 163, Indels: 56
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 64 0.07
177 68 0.08
178 1 0.00
179 8 0.01
180 328 0.38
181 378 0.44
182 17 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
TCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
Found at i:11719 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 11047--12280 Score: 1264
Period size: 361 Copynumber: 3.4 Consensus size: 359
11037 ATTCAAACAA
* * *
11047 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAAAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATTTATT
1 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * *
11111 TTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTTTTGTTCGCATAAGCTTATTCAG
66 TCAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * * **
11176 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATACTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT
131 AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAATAAAT
* * * * *
11240 ATGTTTACTAAAAAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTT-TTTCAAATCGTTAT
194 CTATTTACTAACAAA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATAGTTAT
* ** * * * *
11304 GACCTTTTG-TTTGATTTTAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCATT-TTTGAAATAAAATAA
257 AACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGC-TTATTTGAAATAAAATAA
*
11367 TACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATGAGTAAGAGAC
320 TACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAAT-AGTAAGAGAT
* * * * *
11408 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
11473 TCAAATCGTT-TCGACCTTCTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTT
66 TCAAATCGTTAT-GACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA
* *
11537 GAATAGAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAGGA-ATTTTAAAAATAAAT
130 GAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAATAAAT
** * * * *
11601 CTATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATA
194 CTATTTACT-AACAAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATA
* *
11666 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
258 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
11731 TAATTTATTAGTATTCCA-AAAATTATTAAGTAAAAGAT
323 TAATTTATTAATATT-CATAAAATTAAT-AGTAAGAGAT
* * * * * *
11769 TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATT
1 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
11834 TCGAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCG
66 TCAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * *
11898 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT-GGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
131 -AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAATAAA
* * *** * * *
11961 TCTATTTACCAAACAAATTCACATAGTCATGTTTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTAT
193 TCTATTTA-CTAACAAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTAT
* * ***
12026 AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAAAATATTT-AGAATAAAATAAT
257 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT
* * * * *
12090 ATTGATTTACTAATATT-TTGAAAATT-A-A-TCAGAGAT
321 ACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAGTAAGAGAT
* * * *
12126 TTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAG
1 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
12190 CTCAAATCGTTAT-A-ATGTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTATTT
65 TTCAAATCGTTATGACAT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
12253 AGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
129 AGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
12281 AAAATAAATG
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 130, Indels: 47
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 61 0.08
357 71 0.10
358 2 0.00
360 15 0.02
361 456 0.63
362 115 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG
AATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAATAAATCT
ATTTACTAACAAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCATAAAATTAATAGTAAGAGAT
Found at i:12340 original size:152 final size:153
Alignment explanation
Indices: 12127--12433 Score: 358
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
12117 ATCAGAGATT
* *
12127 TAAAAACTAAATCTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAGCT
1 TAAAAACTAAATCTGTTTATTCAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTTGAACAATTATCTAGCT
* * * **
12192 CAAATCGTTAT-A-ATGTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTT-CTTTTCATACAAGCTTATTT-
66 CAAATCATTATGACAT-TTTATTTAGTCATAAAACAATT-ATTCCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
12253 AGATTAAGATAATACTAATTTAATAA
129 A-AATAAAATAATACTAATTTAATAA
* *
12279 TAAAAA-TAAATGTGTTT-TGTCAATCCAGTTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAACAATTATCTA
1 TAAAAACTAAATCTGTTTAT-TCAAT-CAGTTCAAATAGTTAAGACTACTT-GAACAATTATCTA
** * * *
12341 TTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGTTCATACAAGCTTATTT
63 GCTCAAATCATTATGACATTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGTTCATACAAGCTTATTT
*
12406 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
128 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
12432 TA
1 TA
12434 TTCAAAAAAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 17, Indels: 13
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
150 1 0.01
151 16 0.12
152 50 0.38
153 62 0.47
154 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (153 bp):
TAAAAACTAAATCTGTTTATTCAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTTGAACAATTATCTAGCT
CAAATCATTATGACATTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
ATAAAATAATACTAATTTAATAA
Found at i:12807 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12305--13539 Score: 706
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 178
12295 TTGTCAATCC
* * * * * * * *
12305 AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCTATCTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTAGT
* * ** * * * *
12370 CATAAAACAATTATTCCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAAAAATTGTTTTAG-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAATAATTTAATAACA
* * * *
12434 -TTCAAAAAAATT-ATAAGCAAGCGATTTAAAAAAATTAA-TATGTTTACCT-AACA
128 TTTC--AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAACTAAAGTAT-TTT--CTGAACT
* * * * * *
12487 AGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TCATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCTATCTCAAATCACT-ATAACCTTTTGTTTAG
* * * * ** * * *
12551 TCATAAAACAATTATTTTAGTTTATAAAAATTTA-TCTGAAATAAAATAATACT-ATTTCATTAA
64 TCATAAAAAAATTGTTTTAG-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAATAATTT-AATAA
* *
12614 TATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTGAACT
126 CATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAG-TATTTTCTGAACT
* * * **
12668 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATTACTATGATC-TTTGTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCT-ATCTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTAG
* * * *
12731 TTATAAAAAAATTATTTCTTA-TCATACAAGCTTATTCAGATTTAAATAATAATAATTTAATAAC
64 TCATAAAAAAATT-GTT-TTAGTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAAC
* * *
12795 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTGCTGAA-T
127 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-GTATTTTCTGAACT
* * * * * * *
12847 CATTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCTATCTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTAG
* * * *
12912 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
64 TCATAAAAAAATTGTTTTAG-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAACA
* * *
12977 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA-TATGTTTACCGAACA
128 TTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAACTAAAGTAT-TTT-CTGAACT
* * * * *** *
13030 AGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAAAAATTATCTAT-TGAAAATTGTTATGAA-CTTTT-TTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAA-TATCTATCT-CAAATCACTAT-AACCTTTTGTTTA
* ** * * * * * * * *
13092 GTCATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
63 GTCATAAAAAAATTG-TTTTAGTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAAC
*
13157 ATTTCAAAAATTAAT-AG--A-AGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATC-GAA-T
127 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-A-TTT-TCTGAACT
* * * * * * * ** *
13205 AAGTTGAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTA
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCTATCTCAAATCACTATAACCTTTTG-TTTA
* * * * * *
13270 -TCATAAAACAATTCTTTTTCA-ACATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
63 GTCATAAAAAAATT-GTTTT-AGTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAATAATTTAATA
* * * * * *
13332 ATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATC-AAAAT
125 ACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-GTATTT-TCTGAACT
* * ** * ***
13382 AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCTATCTCAAATCACTATAACCTTTTGTT-TAG
* * * * * * *
13446 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
64 TCATAAAAAAATTGTTTTAG-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAACA
*
13511 -TTCTAAAAATTCATAA-CTAAGAGATTTAA
128 TTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAA
13540 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 133, Indels: 118
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 10 0.01
176 174 0.20
177 88 0.10
178 8 0.01
179 5 0.01
180 153 0.18
181 228 0.26
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ATAAAAAAATTGTTTTAGTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAACATTT
CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTATTTTCTGAACT
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 C-AGTT-AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
** * * * * * * *
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63 AGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
12792 AACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTGCTGAA
126 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATGAA
* * *
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1 -CAGTT-AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
* * *
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* * *
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* ** * * ** **
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1 C-AG-TTAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
13091 TGTCATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
63 AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
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* * * * * * * *
13204 TAAGTTGAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTT
1 -CAGTT-AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTT
* **** *
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* * *
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127 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT--GAA
* * * * **
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1 -CAGTTAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TA
* * * * *
13446 -TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
13510 ATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAATACTAATTTATTAATATTTA-GAA
129 ATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-A--AAATAAAT-CTGTTTATGAA
* * * * * * ** * *
13563 -AATTAATTAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCGGTTTACCAAACCATTTCATATA-GTTTTG
1 CAGTTAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT-TATCTATTT--CAAATCA-TT-ATA-ACCTTTTG
** ** * * ** * * ** * *
13624 ACTA-T-ATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTTGTTTGGTCATCAAACAATTG
60 TTTAGTCAT-AA-AACAAT-TGTTTTAGTTCA-TACAAGC---TTATTCAG-AAT--AA-AA-TA
* * * * * * *
13686 GTTCT-GTTTATACTATTTTATTTGGAATAA--AATAA-TACA-A-ATTTAATAATATTTTGAAA
113 ATACTAATTTAT--TA--ATA-TT-CAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAA-AA-A--AT-AAA
*
13745 -C--TTAAT-AA
166 TCTGTTTATGAA
* * * * * * *
13753 CCAAGAAAATTAAA-AGATAAGTCTAACTGCTAAATGAGTTCAACTAGTT-AAGA-C-TATATGA
1 -C-AG----TTAAATAGTTAAGACT-A-T-TTGAAT-AATT-ATCTATTTCAA-ATCAT-TAT-A
** * * * * * **
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* * * * **
13876 TATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA
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*
13941 TTT-AAAAA-AAATTTGTTTATCGAA
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* * * * *
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1 -CAGTTAAATA-G-TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTT
* * * * * * *
14028 TAGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAGAATGAATTAATACTAATTTATTA
62 TAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * ** * *
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* * * *
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*
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* * * *
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1 C-AGTT-AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
14673 TAAGCTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGA-CTTTTG-TT
1 -CAG-TTAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
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* * *
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1 C-AGTT-AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTT
* * * * *
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* * **
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* * * ** * * * *
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* *** * **
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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1 -CAGTT-AAATAGTTAAGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTT
* * * * * *
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62 TAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
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* * * * * *
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1 -C-AGTTAAATAG-TTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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1 CAGTTAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTG-TTTA
** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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TCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATA
TTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATT
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13527 CTAAGAGATT
* * * * ** *
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* * * * * * **
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* ** * ** * * * ** *
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* * * *
13781 GCTAA-ATGAGTTCAACTAGTTA-AGACTA-TATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
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* * * * *
13843 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAA
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * *
14025 GTTTAGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAGAATGAAT
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* * * * *
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1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTCTTTAT
* * * * ** * * * * *
14323 CAAATCAA--TTAAATAATCATGGCAATGT-GAATACTTATCTATTCCAAATAGCGA--TAACCA
65 CGAA-CAAGCTCAAATAGTTATAACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAAT--C-ATTTGACCT
* * * ** *
14383 TTTGTTTTGTTATCAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAA
125 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTG-AAT-AAAA
* * * * *
14439 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAT
1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTCTTTAT
* * * * *
14500 CGAACTAGTTCAAATAG-T-T-A-TA--A-AAT-A-T-T-TGTTTCAAATCATTCTAACCTATT-
65 CGAACAAGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTG
* * * ** *
14553 TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAAAACAAAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
* * * * * * * *
14604 TAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAA-ATTTGTTTA
1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AATATCTCTTTA
* * * *
14668 TCGAATAAGCTTAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGA-CTT
64 TCGAACAAGCTCAAATAGTTATAACTA-TTAGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATT-TGACCTT
* * * * ***
14730 TTG--TTGTCATAAAAAAATTGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAA
126 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAA
* * * * ** *
14782 TAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGCATTTT
1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATCT-C-TTTA
* ** *** * * * * * * **
14847 TTGAACAAATTCAAATAGTTGCGACTATTTGAACAACTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTT
64 TCGAACAAGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTT
* * *
14912 GTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATTA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTTG-AATAAAA
** * *
14964 TAATA-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAAGTGAATCTGTTT
1 TAATACA-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAT--ATCTCTTT
* * * * *** ** * * * *
15023 ACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGTTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-A
63 ATCGAA-CAAGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTT
*
15086 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAA
126 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAA
* * * * * *
15140 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTCTTTAT
* * * * *
15205 C--A-AAG------TAG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTC
65 CGAACAAGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTG
* * * **
15258 TTCTATTATAAATA-AA-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
129 TTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
* * * * *
15308 TAATA-ATAATTTAATAATA-TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TGT
1 TAATACA-AATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTCTTT
* * * * **
15370 -T-GAAGCAA-TTTAAATAGTTA-AGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAA
63 ATCGAA-CAAGCTCAAATAGTTATA-ACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACC
* * * * *
15430 TTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATTTGAAATAAAA
124 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAA
** * *
15486 TAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAAGTGAATCTGTTTA
1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAT--ATCTCTTTA
** * ** ** * * * *
15546 -CTGAATC-ATTTCAAATAATTAT-GGTCATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCGTTAGTACCT
64 TC-GAA-CAAGCTCAAATAGTTATAACT-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTG-ACCT
* * * ** * * * *
15608 TTTG-TATGTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAGAATACAA
125 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
* * * * * *
15662 TAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAG---CA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTCTTTAT
* * * * * * * * * *
15723 CAAACCAA-TTTAAAT-GATTATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTT
65 CGAA-CAAGCTCAAATAG-TTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTT
* * * * * *
15786 TGTTTTGTCACAAAAGAATTATTTCTGTTCATATAGGCTTATTTGGAATAAAA
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAA
* * * * *
15839 TAATACTAATATAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAA-AT-T-TGTT
1 TAATACAAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AATATCTCT-TT
* * * *
15900 -T-G----A--TGAATTAGTT-TAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGAC
63 ATCGAACAAGCTCAAATAGTTAT-A-ACTATTA-GAATAATTATCTATTTC-AAATCATT-TGAC
* ** * * *
15954 CTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-AATTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAA
123 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
* ** * * *
16010 TAAAATGAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAAATAT
1 TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAT
16065 TTCTGTTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
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TAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATCTCTTTATC
GAACAAGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAA
Found at i:16063 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15745--16059 Score: 379
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15735 AATGATTATA
* * * * * *
15745 ACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAAGAATTATTT
1 ACTATATGAACAATTATATACTTCAAAATATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATAATTT
** * * *
15810 CTGTTCATATAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAAC
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*
15875 TAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTGATGAATTAGTTTAAG
131 AAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTGATGAATTAGTTTAAG
* * * * *
15917 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-AATTT
1 ACTATATGAACAATTATATACTTCAAAATATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATAATTT
* *
15981 CAATTCATACTA-GCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAACATT-TAAAAAATTAAT
66 CAATTCATA-TAGGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT-AATATAATAACATTCT-AAAAATTAAT
* *
16043 AA-AAAGATATTTAAAAA
128 AACAAAGAGAATTAAAAA
16060 AATATTTCTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACTATATGAACAATTATATACTTCAAAATATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATAATTT
CAATTCATATAGGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATATAATAACATTCTAAAAATTAATAAC
AAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTGATGAATTAGTTTAAG
Found at i:16655 original size:161 final size:164
Alignment explanation
Indices: 16462--16754 Score: 380
Period size: 164 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164
16452 GCTTATTTTG
* *
16462 AATATAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAG-AAAAAATTT-AAAAAAT-AAATCTATTTT
1 AATATAAATTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAAATCTATTTA
* ** * *
16524 CT-AAACACATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTT
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16587 TTGTTATTGTTCATAAAGCCTTATTCAATATAAAAT
129 TTGTTATTGTTCATAAAGCCTTATTCAATATAAAAT
* * * **
16623 AATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAAATAAAATCTATTTA
1 AATATAAATTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAAATCTATTTA
*** * *
16688 CTGAGTGAGTTCAAAAAACTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT
66 CTGAAACAATTCAAAAAACTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT
16753 GT
131 GT
16755 CTTCTCATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (164 bp):
AATATAAATTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAAATCTATTTA
CTGAAACAATTCAAAAAACTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT
GTTATTGTTCATAAAGCCTTATTCAATATAAAAT
Found at i:16984 original size:181 final size:183
Alignment explanation
Indices: 16607--16986 Score: 414
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 183
16597 TCATAAAGCC
*
16607 TTATTCAATATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAA
* * *** * * **
16672 AAATAAAATCTATTTACTGAGTGAGTTCAAAAAACTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAA
66 AAATAAAATCTATTCACTAAAAAAGTTCAAAAAACTAAGACTATTTCAAAAATTAACTATTTCAA
* *
16737 ATCGTTATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACCTATAAAAGT
131 ATCGTTATGATATTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACCTATAAAAGA
** * * * *
16790 TTATTTGAAATAAAATATTATTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTAGA-GATTT-AA
1 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAG-TAAATGATTTAAA
* * * *
16853 AAAAT-AAATCTATTCACTAAAAAAGTTC-AAATAGTCAAGTCTA-TTCAAACTATTAACTATTT
65 AAAATAAAATCTATTCACTAAAAAAGTTCAAAAAACT-AAGACTATTTCAAA-AATTAACTATTT
* * * * * *
16915 CAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTA-TTAATACAAA-A
128 CAAATCGTTATGATATTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACCT-ATA-AAAGA
16971 TTATTCAAAATAAAAT
1 TTATTCAAAATAAAAT
16987 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 30, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
180 11 0.07
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (183 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAA
AAATAAAATCTATTCACTAAAAAAGTTCAAAAAACTAAGACTATTTCAAAAATTAACTATTTCAA
ATCGTTATGATATTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACCTATAAAAGA
Found at i:18815 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 18783--18835 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
18773 CATATGCTAG
*
18783 TCAAATATATGAAT-T-AAGCACAA
1 TCAAACATATGAATGTCAAGCACAA
*
18806 TCAAACATATGCATGTCAAGCACAA
1 TCAAACATATGAATGTCAAGCACAA
*
18831 GCAAA
1 TCAAA
18836 TTTGTCTATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (25 bp):
TCAAACATATGAATGTCAAGCACAA
Found at i:19385 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19364--19398 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
19354 ATACAAGCTC
*
19364 ATACCAATTGTTAAGG
1 ATACCAATTGTTAAAG
19380 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
19396 ATA
1 ATA
19399 TGTCATCAAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
16 18 1.00
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ATACCAATTGTTAAAG
Found at i:24756 original size:155 final size:155
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Indices: 24585--24882 Score: 357
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
24575 CTCATAAAGT
* * * ** *
24585 AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAAAAATATTCTAAAAA
** * * * * **
24650 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAGT
66 TTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-T
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* * * ** * *
24740 AATTGGTTT-TATTCATACTATTTTATTCAAAATAATATAATACTATTTTAAAAATATTTTGAAA
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* *
24804 CTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
65 ATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
24869 ATGAACAATTATTT
130 ATGAACAATTATTT
24883 ATTTCAAACT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 23, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
154 2 0.02
155 112 0.95
156 4 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (155 bp):
AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAAAAATATTCTAAAAA
TTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
TGAACAATTATTTTTGTCATCAAAC
Found at i:25068 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 24726--28944 Score: 2541
Period size: 181 Copynumber: 23.4 Consensus size: 179
24716 GAACAATTAT
* * * ** ** * * *
24726 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTTTATTCATACTATTTTATTCAAAATAATATAATACTATTTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * ** * * * ** **
24791 AAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACT-AGTTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA-TAAGTTCAA
* * * * * *
24855 ATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATAACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
24907 CTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTTAAATAATACTAATTCAAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
24972 AATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTATCTAATAAGTTCAAAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCAAAT
* * * * *
25037 GGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGGCCTTTT-
130 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * ** *
25086 TTTGGTTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** *
25151 TAACA-TTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTT---AAA-AAA-TTG------AAGAAGTTCA
65 TAATATTTC-AAAAATTAA-TA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATAAGTTCA
** * * * *
25204 AATAGTTATTG-CTATTTGAGCAATT-GCTATTTAAAATCATTATAACCATTTG
127 AATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *** *
25256 ATTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTT-AGTACAAGCTTA-GACAGAATAAAATAATACTAATGT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCA-TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * **
25319 ATTAATATTTCTAAAATTAATAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAATCAGTAAA
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AATAAGTTCA
* * * * * * * * *
25384 AATAATTATGGCCATTTAAATGATTTTCAATTTGAAATCATTATGAGCTTTTG
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** *
25437 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATAATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT--AA-AATAATACTAATT
* *
25502 TATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAA-TT
62 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAA-TAAGTT
* * * * * * * *
25566 CAAATAGGTATGAATATTTGAACAATT-TACAATCTCAAATCGTTAAGA-TTTTTG
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
25620 TTTTGTCATTAAACAATTATTTTTTATCATAGAAGCTTATTCG-ATTAAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
25684 ATAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTGCAAAATCAGTTCAA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-TAATAAGTTCAA
* * * * * * **
25749 ATAATTA-AAATCATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCATTTTGATATTTTG
128 ATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * ** * * * * * * *
25801 TTTAGTCAAAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTCATTTGGAACAAAATAATCCAAATTTAG
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * * * *
25866 TAACATTTGGAAAATTAATAAGCAA-AAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCAA
* * * * *
25930 ATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *** * *
25982 TTTTGACATAAAACAATTGTTTCGATTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
26047 TAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCAA
* ** * * * * *
26111 ATATTTACAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCCTTATGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
*
26163 TTTTGTCATAAAACAATCGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
26228 TAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCAAA
* * * * *
26289 TAATTATCGTC-ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACCTTTTG
129 TAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
26340 -TTTGATCATATAATAATTGTTTAT-ATCATACAAGCATGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTC
1 TTTTG-TCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-
* * *
26403 A-TAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-AAA-TTGTTTACTGAACCAA-TTC
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA-TAAGTTC
* * * * * *
26464 AAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTCTATACTTCAAATCAATTGTTTACAAAATAAACATTTTG
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-A----TT-----AT-GACCTTTTG
* * * * * * * * * *
26529 TTTTATTATAAAATAATTATTCATGTTCATACATGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * *
26594 TAACATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTGTCAAACT-AGTTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAA-TAAGTTCAA
* * * * * ** *
26658 TTTGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
26710 TCTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCAAACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTT
* * *
26773 A-TAGATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGGGA-TTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACT-AGT
63 ATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTAA-TAAGT
* ** *
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* * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * **
26950 TTAGTATTTCAGAAATTAAT---T-AGAGATTT-AAAAATAAATCTT-TTTGTTAAACTAA-TTC
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*** * *
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* * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** *
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64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AATAAGTTCA
* * * ** *
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* * * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
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* * * * *
27368 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAGAAATGC--TATAACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAAT-CATTATGACCTTTTG
* ** * * * * *
27420 GTTTGTCATAAAA-AGAGTTCATCTATTCATAAAAGCCTATTTCG-GATAAAATAATA-TAAATT
1 TTTTGTCATAAAACA-A-TTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATT
* * * *
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* * * * *
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124 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
27591 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATATAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAAT-CTTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATAC-TAATTT
** * * * *
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* * *
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127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** * * * * *
27771 TTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTAACATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG-TTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *** *
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* ** *
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* * * *
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* * *
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63 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTC
* *** * * * * *
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** * **
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1 TTTTGTCAT---A-AA-A-CAA-T-T---G--T--TT--TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
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49 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * ** * * *
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177 TTG
* * * **
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
28750 TAACATTT-AGAAACTTAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA
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* * ** *
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* ** * ** * * *** * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
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*
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25403 ATGATTTTCA
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* * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** *
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* * * *
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* *
25978 TTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCGATTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAAT
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* * * *
26043 TTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACAAATT
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*
26108 CAAATATTTACAACTATTTAAACAATTATTT
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*
26139 ATTTAAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGCTTTTGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTAAAATCCTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGCTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * *
26204 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATTT
66 CGAAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTT
* * * * * *
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* * * * **
26334 CTTTTGTTTGATCATATAATAATTGTTTATATCATACAAGCATGTTTGGAATAAAATAATACTAA
195 CTTTTATTTGATCATAAAACAATAGTTTATATCATACAAGCATGTTTCAAATAAAATAATACTAA
* *
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260 TTTCATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAAAATTGTTTACTGAACCAATTC
* * *
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* * * * *
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383 TTTTATCATAAAAAAATTATTCATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATCTAA
* ** * * * * *
26594 TAACATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAT
448 TAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAAACAAGTTCAAA
* * * * * * *
26659 TTGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTCTTGTCATAAAAC
512 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAATGCTATGACCTTTTGT-TTGTCATAAAAC
* * * ***
26724 AATTTTTTCAATTCA-AACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTT-ATAGATATTTGAA
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* * * * * * **
26786 AAATTAATAAGTAAGGGATTAAAAAA-T-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCTAATGA-TTATGA
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* *
26848 CTATTTGAATAATTATCT
700 CTATTTAAACAATTATCT
* ** * * * *
26866 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAAAT-GTTTTTGTTCATATAAGTTTGA
1 ATTTAAAATCCTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATCGCTTTTGTTCATACAAGCTT-A
* * * *
26930 -TCGTAATAAAA-AA-A-AATTTATTAGTATTTCAGAAATTAATTAGAGATTTAAAAA-TAAATC
64 TTCGAAATAAAATAATACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAAT-
*** * ***
26990 TT-TTTGTTAAACTAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGTGCAATTAAT-TATTTCAAATCATTC
128 TTGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATCGAC-ATTTCAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTC
* *
27052 TGA-CTTTTATTCT-ATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGC-T-TATTCAAATTAAAAT
191 TGACCTTTTATT-TGATCATAAAACAATAGTTTATA-TCATACAAGCATGT-TTCAAA-TAAAAT
* * *
27113 AATATTAATTT-ATTATTATTTCAACAATTAATAAGTTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTA
252 AATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAAATTTTAAAAA-AAAT-TGTTTA
* * * ** *
27176 CTGAACGAGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTGTTTC-A-AATTG-TTAC-GAC
313 CTGAACCA-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGAATTATATACTTCAACAATTGTTTACAAAC
* * *
27236 -TTTT-TTTT-TCATAAAAAAATTATT-TTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCC
377 ATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTCAT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACC
** * *
27297 AAGT-TGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACAAAAC
441 AA-TCTAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTAC-AAAC
* * *
27360 AAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAGAAATGCTATAACCTTTTGGTTTG
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* * * **
27425 TCATAAAA-AGA--GTTCATCTATTCATAAAAGCCTATTTC-GGATAAAATAAT-ATAAATTT-A
566 TCATAAAACA-ATTGTT--TCAATTCATAAAAGCATA-TCCAAAATAAAATAATAAT-AATTTCA
** * * * * * *
27484 TTAATA-TT-AAGACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTCACCACATAAGTT
626 -TAATATTTGAA-A-AATTAATAAGCAAGAGA-TTAAAAAAGTAAATTTATTTACCAAACAAATT
* ** *
27546 TAAATCA-TTATGACTATTTAAGC-A--A-C-
687 CAAAT-ATTTACAACTATTTAAACAATTATCT
** * * ** * *
27572 -----AAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTTCTTTTCATATAAGCTTAT
1 ATTTAAAATCCTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGCTTT-TGTTCATACAAGCTTAT
** * *
27631 TC-AAATTAAAATAAT-CTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
65 TCGAAA-TAAAATAATAC--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAG
* ** * * * *
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* * * ** * * *
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186 CATTCTGACCTTTTA-TTTGATCATAAAACAA-TAGTTT-ATATCATAC--AAGCATGTTTCAAA
* * * * ** *
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246 TAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTTAAAAA-AAAT-
* * * ** * * * * * * * *
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* * ** * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * **** *
28128 TTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
558 TTTG-TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAATTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAA
* * * * * * * * *
28192 TTT-ATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTT-TTTATCGAGCG
621 TTTCA-TAATATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTAAAAAAGTAAAT-TTATTTACCAAACA
* * * ** * * *
28254 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
683 AATTCAAATATTTACAACTATTTAAACAATTATCT
* ** * * * * * * *
28289 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATAAAAGTTTAT
1 ATTTAAAATCCTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGCTTT-TGTTCATACAAGCTTAT
* *
28353 T-TAGAATAAAATAATATCAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAA
65 TCGA-AATAAAATAATA-CAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAG
*
28416 TAAATTTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATA
123 TAAATTTGTTTACCAAACTAA-TTCAAATA
28445 GTCATTTTTA
Statistics
Matches: 1834, Mismatches: 331, Indels: 286
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
700 9 0.00
701 49 0.03
702 2 0.00
705 23 0.01
707 1 0.00
708 7 0.00
709 32 0.02
710 305 0.17
711 130 0.07
712 180 0.10
713 21 0.01
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717 39 0.02
718 8 0.00
719 140 0.08
720 32 0.02
721 34 0.02
722 226 0.12
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725 2 0.00
726 70 0.04
727 110 0.06
728 202 0.11
729 18 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (717 bp):
ATTTAAAATCCTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGCTTTTGTTCATACAAGCTTATT
CGAAATAAAATAATACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTG
TTTACCAAACTAATTCAAATAATTATCGACATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACC
TTTTATTTGATCATAAAACAATAGTTTATATCATACAAGCATGTTTCAAATAAAATAATACTAAT
TTCATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAAAATTGTTTACTGAACCAATTCA
AATAGTCATAACTATTTGAAGAATTATATACTTCAACAATTGTTTACAAACATTTTGTTTTATCA
TAAAAAAATTATTCATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAATCTAATAACATTC
CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATGCTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA
TTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCATAATATTTGAAAAATTAATAAGCAA
GAGATTAAAAAAGTAAATTTATTTACCAAACAAATTCAAATATTTACAACTATTTAAACAATTAT
CT
Found at i:28096 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 27616--28449 Score: 926
Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 361
27606 ATTATTTCTT
* * * * * *** *
27616 TTCATATAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATCTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
1 TTCATAAAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
27680 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
65 AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
27745 TCTATTTCAAATCATT-TGATCTTTTATTTTGTAATAAAAC-AACTGTTTCAATTAACATAAGTT
129 TCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTAAT-AAACTAACTGTTTCAATTAACACAAGCT
* * ** *
27808 TATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGATTAAGAGAACTAGAA
193 TATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGAACTA-AA
* *
27872 AAATGAATATATTTA-CTGAACAAATTCAAAGAGTTTTGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAA
256 AAATAAATATATTTATC-GAACAAATTCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAA
27936 AACATTATGACCTTTTCTTTTATCAGAAAACAAATGGTTCGA
320 AACATTATGACCTTTTCTTTTATCAGAAAACAAATGGTTCGA
** * * *
27978 TTCATCCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAAT-AGCAA
1 TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* *
28042 AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
66 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
28106 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
130 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTAATAAACTAACTGTTTCAATTAACACAAGCTTA
* * **
28171 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAT
195 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGAACTAAAAAAT
* * * * * * * * * * ***
28236 AAATCTTTTTATCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGT
260 AAATATATTTATCGAACAAATTCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACAT
* * * * * * * *
28301 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
325 TATGACCTTTTCTTTTATCAGAAAACAAATGGTTCGA
* * * *
28338 TTCATAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTA
1 TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TA
* * *
28403 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT
65 AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
28450 TTTTATTTAA
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 74, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 208 0.53
361 91 0.23
362 88 0.23
363 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTAATAAACTAACTGTTTCAATTAACACAAGCTTAT
TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGAACTAAAAAATA
AATATATTTATCGAACAAATTCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATT
ATGACCTTTTCTTTTATCAGAAAACAAATGGTTCGA
Found at i:28229 original size:541 final size:543
Alignment explanation
Indices: 27571--28944 Score: 1389
Period size: 553 Copynumber: 2.5 Consensus size: 543
27561 ATTTAAGCAA
* * * * * *
27571 CAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTTTTCATATAAGCTTATTCAA
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAA
* * * *
27635 ATTAAAATAAT-CTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
65 AATAAAATAATAC-TAATTTATTAA-AATTT-AAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * **
27699 ATGTTTACTGAATAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TG
127 ATGTTTACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
*
27763 ATCTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTAACATAAGTTTATTT-GAAGTAAAATAATA
192 ATCTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTAACAAAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATA
* * *
27827 -CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA-TTAAGAGAACTAGAAAAATGAATATATTTACTG
256 TC-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTT-AGAGAACTA-AAAAATAAATATATTTACCG
* * * *
27890 AACAAATTCAAAGAGT-TTTGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAC-ATTATGACCTTTTC
318 AACAAATTCAAAGAGTATTT--CTATCTAAACAATCATCTATTTC-AAACTATCATGACATTTTC
* * * **
27953 TTT-T-ATCAGA-AA-A-CAA-ATG-G-TTCG-ATTCATCCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT
380 TTTATCATAAAATAATACCAATATGAGATTCGTATTCATACAAAATTA-TTTGAAATAAAATAAT
* * *
28008 ATAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAGCAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA
444 ACAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAAT---AAAAA-TTTAAAAATAAATGTGTTTACT-AA-A
* **
28073 C-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
503 CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATGAGAACAATTATCTATTT
* **
28112 CAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAA
*
28177 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
66 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT-AAAA-TTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
28242 TTTTA-TCGAGCGAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
129 GTTTACT-GAAC-AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * *
28305 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATAT
192 ATCTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTAACAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATAT
* ** * *
28370 CAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
257 CAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGAACTAAAAAATAAATATATTTACCGAACA
* * * * * * *
28435 AGTTCAAATAGTCATTTTTATTTAAACTATCATCTATTTCGAACTATCATGACATTTTGTTTCAT
322 AATTCAAAGAGT-ATTTCTATCTAAACAATCATCTATTTCAAACTATCATGACATTTTCTTT-AT
*
28500 CATAAAATAATACCAATTATGCAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAAT
385 CATAAAATAATACCAA-TATG-AG----ATTCGTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAAT
* * * ** * *
28565 ACCAATTTATTACTATTTTAAAAATTAATAAAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTT
444 ACAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAATTTAAAAATAAATGTGTTTACTAAACTAGTT
*
28630 CAAATAGTTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTT
509 CAAATAGTTAAGACTATGAGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
28665 CAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAA
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAA
* *
28729 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAACTTAATAAGAAAGAA-ATTAAAAAAATAAAT
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTA-AAA-TTAATAAGAAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
28793 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
127 ATGTTTACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * ** *
28858 ATCCTTTTATTTT-TATTGTAAAACAACTGTTTCAA-TACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
192 AT-CTTTTATTTTGTA--ATAAAACAACTGTTTCAATTA-ACAAAAGTTTATTTAGAATAAAATA
* * *
28921 ATAT-TACTTATTAATATTTCAAAA
253 ATATCAATTTATTAATATTCCAAAA
28945 TTTGATAGTG
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 107, Indels: 67
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
540 15 0.02
541 207 0.30
542 92 0.13
543 10 0.01
544 4 0.01
545 2 0.00
546 1 0.00
547 3 0.00
549 3 0.00
551 3 0.00
552 9 0.01
553 214 0.31
554 32 0.05
555 39 0.06
556 7 0.01
557 45 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (543 bp):
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCT
TTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTAACAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATCAAT
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGAACTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAATT
CAAAGAGTATTTCTATCTAAACAATCATCTATTTCAAACTATCATGACATTTTCTTTATCATAAA
ATAATACCAATATGAGATTCGTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACAAATTAATTA
ATATTCCAAAAATTAATAAAAATTTAAAAATAAATGTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
ACTATGAGAACAATTATCTATTT
Found at i:28696 original size:191 final size:195
Alignment explanation
Indices: 28336--28701 Score: 419
Period size: 191 Copynumber: 1.9 Consensus size: 195
28326 TAATTGTTTC
* *
28336 TATTCATAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
1 TATTCATAAAAGATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--
* * **** * *
28401 TAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATTTTTATTTAAACTATC
64 TAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGCCTATTGAAACAATC
*
28466 ATCTATTTCGAACTATCATGACATTTTGTTTCATCATAAAATAATACCAATTATGCAGAATAATT
129 ATCTATTTCAAACTATCATGACATTTTGTTTCATCATAAAATAATACCAATTATGCAGAATAATT
28531 GG
194 GG
* *
28533 TATTCATACAAA-ATTATTT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTAAAAATTAAT-A
1 TATTCATA-AAAGATTATTTAG-AATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * *
28595 -A-AGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGCCTA-TGAGAACAAT
64 TAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGCCTATTGA-AACAAT
* *
28656 TATCTATTTCAAATCGT-TC-TGACCTTTTGTTT-AGTCATAAAATAAT
128 CATCTATTTCAAA-C-TATCATGACATTTTGTTTCA-TCATAAAATAAT
28702 TGTTTTAGTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 19, Indels: 18
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
190 3 0.02
191 74 0.51
192 9 0.06
193 2 0.01
196 2 0.01
197 51 0.35
198 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (195 bp):
TATTCATAAAAGATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATA
GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGCCTATTGAAACAATCAT
CTATTTCAAACTATCATGACATTTTGTTTCATCATAAAATAATACCAATTATGCAGAATAATTGG
Found at i:30703 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 30202--32030 Score: 1521
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 180
30192 TTATTGAGCT
* * ** * * *
30202 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATATCAAATTGTTATAACTTTTTGTTATGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
30267 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
30332 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATCTACTGAACT
130 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
30383 AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATTTTTTATTTTAAATCATTAGGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGT
* * * * *
30448 CGTAAAATAATT-TTATC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTTAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTA
65 CATAAAACAATTGTT-TCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * ** *
30509 ATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGTTTGTCGAACT
126 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * *
30563 AGTTCAAATAATCATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTGTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
30628 ATAAAACAAATGCTTT-TATTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAAAAATATTAATTTATTAATAT
66 ATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * *
30692 TTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAGCC
129 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CA
** * * * * * * * *
30744 AGTTCAGTTAGTTATAACTATTTGAACTATTATTTACTTCAAATAATGATGACATTTATTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTC
* * * * * *
30809 ATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACAT
66 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
30873 TCTAAAAATTAGTAAGTAACG-GATTTAAAAAATAAATTTG-TTAGCCTG-ACC
130 TCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CC-GAACA
* * * * * * *
30924 AGTGCAAATAGTTATGATTGTTTTAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGT
* * ** * * *
30989 CACAAAACAATTGTCTCTATTTGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
31054 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
130 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * *** * *
31104 AGTTCAACTAGTTATGACTGTTTGAATAGTTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGT
* * * * * * *
31169 CATAAAACAATTTTTTTCCATTCATACAAGCCTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTCAATA
65 CATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
31234 TTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAATATAAGTTT-TTT---GAAACA
129 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AACA
* * *
31282 CA-TTCAAATAGTTGTGACTATTTGATCAATTATCTATTTTAAAT-ATTTATGACCTCTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTGTTTT
* * * * * *
31345 GTCATAAACCAATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAA
63 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
31409 TATTCCAAAAATTGATAAGTAAAATATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAGCA
127 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * *
31462 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGCACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC-TTTGTTTTG
* * *
31526 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTAGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
31590 ATTCTAAAAATTAAT-AG-ATAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
128 ATTCTAAAAATTAATAAGTA-AG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * **
31643 AGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATCATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTG
** * ** * * * * *
31707 TCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAACTAATATTGATCTATTAATA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * **
31772 TTTTAAAAA-T--GAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTATGGAA-A
129 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * * *
31819 CATTTCAAACAGTTGTGACTATTTAAATAATTGTCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGT
* * * * * * *
31884 CATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
31948 TCCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCA
130 T-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CA
* * *
32001 A-TTCAAACAGTTAAGACTATTAGAACAATT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
32031 GTTTCTTTTC
Statistics
Matches: 1319, Mismatches: 269, Indels: 121
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 16 0.01
176 52 0.04
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178 79 0.06
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181 524 0.40
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
Found at i:31360 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 30176--31985 Score: 1007
Period size: 361 Copynumber: 5.0 Consensus size: 358
30166 CAACAAGATG
* * * * * *
30176 TAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATATATA
1 TAAAAAATAAATCTATTTA--CAACAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * ** *
30240 TCAAAT-TGTTATAACTTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATT-TTTGTTCATAAAAGTTTATTT
63 TTAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTAT-TT-GTAAAAGCATATCT
* * * * * *
30303 GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
125 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* * * * * * * * * * * * * *
30368 TGTATCTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATTTTTTATTTTAAATCA-TTA
189 TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAAAAT-AGCTA
** * * * * *
30432 GGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTAT-CAGTTCTTAGTAA-CTTATTTA-AAATAAAA
253 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCCA-TTCATA-CAAGCCTA-TTAGAAATAAAA
* * * * *
30493 TAAA-ATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTA-AGTA-AGAGATT
314 -AAATACAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAGA-TAGA-AAATT
* * * * * * * *
30538 T-AAAAATAATTTTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAATCATCA-CTATTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCTATTT-AC-AACAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * ** * *
30601 TCAAATCA-TTATTACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTATTCATATAAGTTTATTTG
63 TTAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTATTTGTAAAAGCATATCTA
* * * *** * *
30664 GAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
126 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* * * ** * * * * *
30729 TTTGTTTA-CTAAGCCAGTTCAGTTAGTTATAACTATTTGAACTATTATTTACT-TCAAATA-AT
189 TCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TATAAAATAGCT
* * * * * * *
30791 GATGA-CATTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAG-AATAAAG
252 -ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAG-CCTATT-AGAAATAAAA
* * * * * * * **
30853 TAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAGTA-AGTA-ACGGATT
314 AAATACAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAGA-TAGA-AAATT
* * * ** * *
30898 TAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCCTGACCAGTGCAAATAGTTATGAT-TGTTTTAATAATTATCTA
1 TAAAAAATAAATCTAT-TTA--C-AACAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATTATCTA
* * * *
30960 TTTTAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTCTCTATTTGTACAAGCTTATC
61 TTTTAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TCTATTTGTAAAAGCATATC
* * *
31024 TAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA
124 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA
* * * * * * *
31089 TTTGTTTACCGAACAAGTTCAACTAGTTATGACTGTTTGAATAGTTATCTATATCAAATTGCTAT
189 TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATAGCTAT
* * ** *
31154 AACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCCATTCATACAAGCCTATTTTAAATAAAATAAT
254 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCCATTCATACAAGCCTATTAGAAATAAAAAAAT
*
31219 ACAAATTTGTCAATATTCCAAAAATTAATAAGA-A-AAAATT
318 ACAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAAT-AGATAGAAAATT
* * * * * *
31259 TAAAATATAAGT-TTTTTGA-AACACA-TTCAAATAGTTGTGA-CTATTTGATCAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCTATTT-ACAACA-AGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
31320 TTAAATATTTATGACCTCTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCATATTTGA
63 TTAAATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTA-TTTGTAAAAGCATATCTAA
* * *
31385 AATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATCT
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
31450 GTTTATCGAGCAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGCACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGAC
192 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATAGCTATAAC
* ** * *
31515 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTAGGAATAAAAAAATACTA
257 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCCTATTAGAAATAAAAAAATACAA
* * *
31580 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGATAGAAGATT
322 ATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAGATAGAAAATT
*
31617 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATATCCATTTGAACAATCATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTATTTA-C-AACAAGTTCAAATAGTTATATCCATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
31682 GAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAA--TTATTT
64 TAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTATTTGT--AAAAGCATATCT
* * * * * ** *
31744 AGAATAAACTAATATTGATCTATTAATATTTTAAAAATGAATAAG----AGATTTAAAAACTAAA
125 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAA
* * ** * * * * * * * * *
31805 TTTATTTATGGAA-ACATTTCAAACAGTTGTGACTATTTAAATAATTGTCTATCTCAAATCA-TT
189 TCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAAAAT-AGCT
* * * * ** * * *
31868 ATGATC-TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAG--ATTAAAAT
252 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCCTATT-AGAAATAAAAAA
** *
31930 ATATTAATTTAAT-AATATTCCAAAAAATTAATA-AGTA-AGAGATT
316 ATACAAATTT-ATCAATATTCC-AAAAATTAATAGA-TAGA-AAATT
31974 TAAAAAATAAAT
1 TAAAAAATAAAT
31986 GTGTTTGCCG
Statistics
Matches: 1159, Mismatches: 230, Indels: 123
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 27 0.02
357 145 0.13
358 284 0.25
359 12 0.01
360 192 0.17
361 371 0.32
362 120 0.10
363 7 0.01
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TAAAAAATAAATCTATTTACAACAAGTTCAAATAGTTATATCCATTTGAACAATTATCTATTTTA
AATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTTGTAAAAGCATATCTAAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTT
ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATAGCTATAACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCCTATTAGAAATAAAAAAATACAAATTT
ATCAATATTCCAAAAATTAATAGATAGAAAATT
Found at i:32047 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 31892--32165 Score: 539
Period size: 135 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
31882 GTCATAAAAA
31892 AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAA
1 AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAA
31957 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATT
66 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATT
32022 AGAAC
131 AGAAC
32027 AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAA
1 AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAA
*
32092 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATT
66 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATT
32157 AGAAC
131 AGAAC
32162 AATT
1 AATT
32166 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
135 138 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (135 bp):
AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATT
AGAAC
Found at i:32949 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 32038--34049 Score: 1218
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 177
32028 ATTGTTTCTT
* * * *
32038 TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C-AAAAATTAATAAG-A
* * * * *
32102 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAA-TTCAAACAGTTAAGACTATTAGAACAATT
62 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * ** * *
32166 ATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTATTTCAG
126 ATCTATTTAAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* * * * * * *
32219 TTCATACAAGTTTATTCAAAAGACAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AA
*
32284 GAGA-TT--AAAA-AAATTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTA
63 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
32343 TCTATGTAAAGTCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAG
127 TCTATTTAAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* * * * *
32395 TTCATA-AATACTTATCCAAAATAAAAAAAAAAAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAAT
1 TTCATACAA-GCTTAT------TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* * ** * * *
32459 AAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTT-TTCGAACT-AGTTCACTTAATAAGGACTATTTGA
58 AAG-AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACT-GAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
32522 ACAAATAT-TAATCTCAAATAGTTATGATCC--TTATTTTCTCATAAAACAATTGCTTCTA-
120 ACAATTATCT-ATTTAAAAT-TTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAG
* * * * *
32580 ATCATACAAGCCTT-TTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-AA
1 TTCATACAAG-CTTATTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGAA
* * * * ** *
32642 -AGATTTAAAAAATATA-TGTTTA-TCGAACT-AGTTTAAATAGTTAAGACTACTAAAATAATTA
63 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACT-GAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
32703 TCTATTTCAAATCATTT-TGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTTAG
127 TCTATTTAAAAT--TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
** * *
32755 TTCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA
1 TTCATACAAGCTT-ATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-AA
* *
32820 GAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
63 GAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
32884 ATCTATTTAAAATTCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAG
126 ATCTATTTAAAATTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* * *
32936 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-A
** * * * * * * * **
33000 AGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTAAAAT-AGTTCAAATAATTATGGCCATTCGAATAGCT
62 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * * * **
33064 ACCTACCTCAAATCGTTATTA-CTTTTTTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC
126 ATCTATTTAAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
** * * *
33116 AACATACACGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT---AA
1 TTCATACAAGCTTATT-AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAA
* ** * *
33178 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTA
63 GAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
33242 TCTATTT-AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTA-
127 TCTATTTAAAATT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAG
* * * * * *
33293 TTTATACAGGCTAATTTAAAAT-AAATAATACTAAATTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAA-GAA
* * * *
33357 GAGATTT-AAAAATAAA-TGTTTGA-T-AAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAACAATTA
63 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTT-ACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
33418 TTTATTTCAAATTTTTGTGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTATTTTCAG
127 TCTATTT-AAAATTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-AG
* * * * * * * * *
33471 CTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTCTAAAGTTAAT---AA
1 TTCATACAAGCTTAT--TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAA
* * * * *
33533 GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAAAT-AGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACT
63 GAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACTGAACTAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * **
33596 ACCTATTTCAAATTTTTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC
126 ATCTATTT-AAAATTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
** * * * ** *
33649 AACATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAAAACTAA-TTATTAATATTTTAAGATTAAT--GAAGA
1 TTCATACAAGC-TTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAGA
* * *
33711 TATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCTAATA-TT-T-ACTATTTGAACAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
33772 TATTT-AAATTGTTATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-
129 TATTTAAAATT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAG
* * * * * * * * *
33821 TTAATATAGGCTTCTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTAGTAGTATTCTAAAAGTTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA-GAA
* ** * * *
33886 GACATTTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACT-AGTTCAAACAGTTAAT-ACTATATGAATAAT
63 GAGA-TTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
33949 TATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAG
125 TATCTATTTAAAATT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* ** * *
34003 CTT-ATACATGCTTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATT
1 -TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
34050 TCAA
Statistics
Matches: 1427, Mismatches: 304, Indels: 199
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 8 0.01
172 49 0.03
173 31 0.02
174 63 0.04
175 111 0.08
176 203 0.14
177 157 0.11
178 74 0.05
179 100 0.07
180 171 0.12
181 230 0.16
182 136 0.10
183 5 0.00
184 3 0.00
185 31 0.02
186 54 0.04
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
TTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTAAAATTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
Found at i:32964 original size:356 final size:347
Alignment explanation
Indices: 32602--33646 Score: 957
Period size: 356 Copynumber: 2.9 Consensus size: 347
32592 TTTTTAGATA
* *
32602 AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-AA-AGATTTAAAAAATATATGTTTA
1 AAAATAATACTAA-TTAATAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTA
* * *
32664 TCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTACTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
65 TC-AAATAGTTTAAATAGTTATGACTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * *
32729 GTTTAGTCATATAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATATTAATTTA
128 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGATCATACAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * *
32794 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACTGAATAAGTTC
192 TTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTACCGAA-AAGTTC
* *
32858 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
249 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
32923 ACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
314 ACAATTGTTTTA-TTCATAAAAGCTAATCCAAAAT
* * * *
32958 AAAATAATACTACATTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAAT
1 AAAATAATACTA-ATTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT--GT
* * * * * * ** * ** *
33023 TTACTAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTCGAATAGCTACCTACCTCAAATCGTTATT-A-C
62 TTA-TCAAATAGTTTAAATAGTTATGACTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGACC
* * * * ** * * *
33086 TTTTTTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACACGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTA
124 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGATCATACAAGCTTATT-GAAAT-AAAATAATATTA
* *
33151 ATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAACCAATTC
187 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCGAAA--AGTTC
* * *
33215 AAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
249 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * **
33279 AATAATTATTTCTATTTATACAGGCTAATTTAAAAT
313 AACAATTGTTT-TATTCATAAAAGCTAATCCAAAAT
*
33315 -AAATAATACTAAATTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTTT
1 AAAATAATACT-AATTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTT
* * *
33378 GAT-AAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAAT-TTTTGTGACCT
64 -ATCAAAT-AGTTTAAATAGTTATGACTATA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTT-TGACCT
* * ** * *
33441 TTTGCTTTA-TCATAAAACAATTATTTTCAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAGTATT
125 TTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTT-AGATCATACAAGCTTAT--TGAAATAAAATAATATT
* * *
33505 ACTTTATTAATATTTCTAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAAATAGTTC
186 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTACCGAAA-AGTTC
* * * * * * * *
33570 AAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATTTTTATTACTTTTTGTTTTGTCTTA
249 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
33634 AAACAATTGTTTT
312 AAACAATTGTTTT
33647 TCAACATACA
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 106, Indels: 67
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
352 8 0.01
353 35 0.06
354 25 0.05
355 112 0.20
356 117 0.21
357 104 0.19
358 12 0.02
359 2 0.00
360 19 0.03
361 37 0.07
362 72 0.13
363 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (347 bp):
AAAATAATACTAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTAT
CAAATAGTTTAAATAGTTATGACTATAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTT
TAGTCATAAAACAATTATTTTAGATCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACCGAAAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
TTCATAAAAGCTAATCCAAAAT
Found at i:33076 original size:536 final size:530
Alignment explanation
Indices: 32024--34053 Score: 1649
Period size: 536 Copynumber: 3.8 Consensus size: 530
32014 AGACTATTAG
** *
32024 AACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATATTCCAA
1 AACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCC-A
* *
32088 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT-TGCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGA
65 AAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATATATGT-TTAT-C-GAACCAATTCAAATAGTTAAGA
* * * *
32152 CTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTATTTC
123 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTT
* * ** *
32217 AGTTCATACAAG-TTTATTCAAAAGACAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAG
188 AGTTCATACAAGCTTAATTCAAAAGA-AATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
* *
32281 CAAGAGA-TT-AAAA-AAATTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATT
252 CAAGAGATTTAAAAATAAATT-TTTACTGAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
32342 ATCTATGT-AAAGTCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAA-CATTTGTTTCAGTTCATAAATA
315 ATCTATTTAAAATTC--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCA-TTGTTTTAGTTCATAAA-A
* * *
32405 -CTTATCCAAAATAAAAAAAAAAAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
376 GCTTATCCAAAAT-----AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGA
* ** * * ** * * * *
32469 TTTAAAAACTAAAGTTGTTTTTCGAACTAGTTCACTTAATAAGGACTATTTGAACAAATA-TTAA
436 TTTAAAAAATAAA-TTAATTTACGAAATAGTTCAAATAATATGG-CCATTTGAACAACTACCT-A
*
32533 TCTCAAATAGTTATGA-TCCTTATTTTCTCATAA
498 CCTCAAATAGTTATGACT-CTTATTTTCTCATAA
* *
32566 AACAATTGCTTCTAATCATACAAGCCTT-TTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCA
1 AACAATTGTTTCTAATCATACAAG-CTTATTCAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCA
* * * * *
32630 AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATATATGTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTACTAA
65 AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATATATGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* * * *
32695 AATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTTAGTTCAT
130 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCAT
* * *
32760 ACAAGCTTAATTGGAATA-AAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGA
195 ACAAGCTTAATT-CAAAAGAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGA
32824 TTTGAAAAATTAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
259 TTT-AAAAA-TAAAT-T-TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
32889 TTTAAAATTCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
320 TTTAAAATTCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
*
32954 AAATAAAATAATACTACATTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
385 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
33019 CAATTTACTAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTCGAATAGCTACCTACCTCAAATCGTTATT
450 TAATTTAC-GAAATAGTTCAAATAA-TATGGCCATTTGAACAACTACCTACCTCAAATAGTTATG
* * * *
33084 ACTTTTTTTTTGTCTTAA
513 ACTCTTATTTTCTCATAA
* * * * * *
33102 AACAATTGTTTTTCAA-CATACACGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
1 AACAATTGTTTCT-AATCATACAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCC
* * * * * * * *
33166 AAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTTT
64 AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT--ATATGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT
* **
33231 TTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-
127 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTATTT-TAG
* * * * * * * *
33293 TTTATACAGGC-TAATTTAAAATAAATAATACTAAATTAGTAATATTCCAAAAATTAATAA-CTA
190 TTCATACAAGCTTAATTCAAAAGAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-A
* * * * * *
33356 AGAGATTTAAAAATAAATGTTTGA-TAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATT
254 AGAGATTTAAAAATAAAT-TTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
33420 TATTTCAAATTTTTGTGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTATTTTCAGCTCATATAAGCTTA
318 TATTT-AAAATTCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTT-AGTTCATAAAAGCTTA
* * * *
33485 TCCCAAAAAAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTCTAAAG-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
381 T-CCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** **
33546 TAAATTAGTTTACCGAAATAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATTT
445 TAAATTAATTTA-CGAAATAGTTCAAATAA-TATGGCCATTTGAACAACTACCTACCTCAAATAG
* * * * *
33611 TTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAA
508 TTATGAC-TCTTATTTTCTCATAA
* ** * * * * *
33635 AACAATTGTTTTTCAA-CATACAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAAAACTAA-TTATTAATATT-T
1 AACAATTGTTTCT-AATCATACAAGCTTATTCAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAATATTCC
* * * * * * * * * *
33696 TAAGATTAATGAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCTAATA-TT--TACT
64 AAAAATTAAT-AAAAGATTTAAAAAAT--ATATGTTTATC-GAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
* ** * *
33757 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATAATCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCT
125 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTATTT-T
* * * * * * * ** * *
33820 A-TTAATATAGGCTT-CTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTAGTAGTATTCTAAAAGTTAATAA-
188 AGTTCATACAAGCTTAATTCAAAA-GAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
* ** * *
33882 CTAAGACATTTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACT-AGTTCAAACAGTTAAT-ACTATATGAA
252 C-AAGAGA-TTT-AAAAATAAA-TT-TTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA
* * * * * * * * *
33945 TAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATA
310 CAATTATCTATTTAAAATT-CTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAG-TTCATA
* * * ** * * *
34009 CATGCTTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA
373 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAA
Statistics
Matches: 1254, Mismatches: 187, Indels: 105
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
528 79 0.06
529 41 0.03
530 13 0.01
531 85 0.07
532 108 0.09
533 154 0.12
534 41 0.03
535 30 0.02
536 292 0.23
537 118 0.09
538 64 0.05
539 52 0.04
540 1 0.00
541 58 0.05
542 89 0.07
543 29 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (530 bp):
AACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAA
AAATTAATAAAAGATTTAAAAAATATATGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATA
CAAGCTTAATTCAAAAGAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
TAAAAATAAATTTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
ATTCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
AATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTT
ACGAAATAGTTCAAATAATATGGCCATTTGAACAACTACCTACCTCAAATAGTTATGACTCTTAT
TTTCTCATAA
Done.