Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 596061
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Warning! 5000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 7
Found at i:378 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 30--814 Score: 508
Period size: 177 Copynumber: 4.4 Consensus size: 183
20 TCATAATGAT
* * * * *
30 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAGTAAATATATTTATTTT
1 TTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAATTATTCAGTAAACATATTTATTTT
95 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAGAAAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAA
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAGAAAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAA
* * *
160 ACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAG
131 ACTTGAATGAACAGAAATAATTGTTCTAAAACAAAACAAAAAATCATAACAAG
* *
213 TTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAATTATTCAGTAAACATATTTATTTT
** * * *
278 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATA-TTA-ACAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATA
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAGAAAAATTAATATTATTTTAATCTG-AATA
* * * *** ** * * * *
340 AGCTTGAATGAATAGAAAT--TT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTAT
130 AACTTGAATGAACAGAAATAATTGTTCTAAAACAAAACAAAAAATCATAACAAG
* * * * ** * * * *
390 TTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATT
1 TTGAAATAAATAATTACTCAAATAG-TCATAACGATTTGAAAT-TATTCAGTAAACATATTTATT
* *** * * * * *
453 TTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTA-TTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
64 TTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAGAAAAATTAATATTATTTTAATCTGAA
* ** * * ** * *
515 TAAGCTT-ATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-
128 TAAACTTGA-ATGAACAGAAATAATTGTTCTAAAACAAAACAAAAAATCATAACAAG
* * * ** ** * *
570 TATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG-GTTCTAGTTCAATAAAATATATTTA
1 T-TGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAAT-TA-TTCAGT-AAACATATTTA
* * * * **
634 -TTTTAAAAT-TTTGAC-TATTAATTGTC-AAATA-TTA-ATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
62 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAGAAAAATTAATATTATTTTAATCTGA
* * * * * * * * *
693 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TG-T-TATAATAGAACAAAAAGTCATAACGA-
127 ATAAACTTGAATGAACAGAAATAATTGTTCTAAAACAAAACAAAAAATCATAACAAG
* * * * * * *
746 TTTAAATAAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTGA-TAAATAGATTTATT
1 TTGAAAT-AAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAATTA-TTCAGTAAACATATTTATT
809 TTTTAA
64 TTTTAA
815 TCACTATAAT
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 92, Indels: 49
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 10 0.02
174 7 0.01
175 11 0.02
176 54 0.11
177 111 0.23
178 27 0.06
179 51 0.10
180 37 0.08
181 71 0.14
182 16 0.03
183 95 0.19
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (183 bp):
TTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAATTATTCAGTAAACATATTTATTTT
TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAGAAAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAA
ACTTGAATGAACAGAAATAATTGTTCTAAAACAAAACAAAAAATCATAACAAG
Found at i:1780 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1316--1803 Score: 462
Period size: 164 Copynumber: 3.0 Consensus size: 161
1306 AATTAGTTTG
*
1316 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
1381 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-TTATAA
** * * *
1445 TGATTTGAAATATATAATTGTTCTGAACCACTTCA
128 CAATTTGAAATAAATAATTGTTC-AAACAACTTCA
* * * * * * *
1480 GCAAATGGATTTATTTATTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTG
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * **
1545 TTTTATTCCAAATAAACTTATATGA-ACTGAAACAATTATTTTATAATAGAGCGAAAGGTTATAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAATTATAA
*
1609 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGGAACTGGTTC-
128 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAC---AAC---TTCA
* * * ** *
1648 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTAAAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
1713 ATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTGATA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATT-ATA
1777 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
127 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
1804 TGGCATAATT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 52, Indels: 25
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.03
164 116 0.45
165 3 0.01
166 2 0.01
167 3 0.01
168 23 0.09
169 102 0.40
170 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (161 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAATTATAACAA
TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAACTTCA
Found at i:2151 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 1638--2301 Score: 507
Period size: 180 Copynumber: 3.7 Consensus size: 176
1628 GTTCAAACAG
* * * *
1638 GAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTAAAAATGTTTGAAATATTAATA
1 GAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TT-ATAAT-TTTTAAATATTAATA
* ** *
1703 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGTGTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACA
63 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAAA-A
* * * *
1766 AAATTTTGATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCATAATTATTT
126 AAATGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGGCATAACTATTT
* * * * * * * *
1818 GAACCAATTTGACAAACTA-ACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAACATTAAT
1 GAACTAGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAT-AATTTTT-AAATATTAAT
* * * * ** * *
1882 AAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGA-TAAAAA
62 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACT-AAAA
* * *** * *
1946 AAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTT
125 AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGGCATAACTATTT
* * * * *
1999 GAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTATGTATTATTTTCTAAATGTTAATAA
1 GAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TATAATTTT-TAAATATTAATAA
* * *
2064 ATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAA
64 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACTAAAAAAA
* * * * * *
2129 ATGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTACTT
128 ATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAAGGCATAACTATTT
* * * * * *
2179 GAATTGGTTTG-TCAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTA-T-TAATTTTTAAAATATTATTAA
1 GAACTAGTTCGAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATAATTTTT-AAATATTAATAA
* ** * * * * * * *
2241 TTTACCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGAC-AAAA
64 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACTAAAA
2302 CAAAGATCAC
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 91, Indels: 36
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.02
177 60 0.16
178 1 0.00
179 5 0.01
180 231 0.61
181 67 0.18
182 7 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
GAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATAATTTTTAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAATAAAAAAATTGTTTTATGACTAAAAAAAATG
TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGGCATAACTATTT
Found at i:2785 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2355--4585 Score: 1720
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 180
2345 TTTTGAATCT
* * ** **
2355 CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* ** * * * * *
2419 --AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ***
2482 AT-ATGACTATTTGAACTTATTCAATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
130 -TCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** **
2533 CTTATTAATTTTT-AGACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
2597 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACTAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATACAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
2662 TCATAACAATTTAAACTTTCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTT-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
2714 TTTAATAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* *
2779 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
2844 CATAACTATTTAAAAGTGTTT-AGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
131 CATAACTATTT-GAACT-TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** *
2894 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
2958 TAACCAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
3023 TCATAACTATTTGAACATATTC-GATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAAC-TTTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
3075 CTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ACATAAACATATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
3139 GAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
3204 TCATGACCATTTGAACTTGTTC-G-AAA-AATATATTCATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAA-AT-TT-ATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
3256 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AACTAAGC-T-T-TGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA-TAAGCTTGTATGAACA
* * ** *
3317 AAAACAATTATTTTAGGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** * *
3381 GTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** *
3434 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTATGAAC
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
** ** * * * * *
3497 AGAAAA-AATCATTTTACAACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAA
64 A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAA
* * * * *
3560 ATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTCTTA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * ** * * **
3615 ATTATTAATATTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATCAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
3680 AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* * * * * **
3744 TCACAACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTA--TTTTAAA--AATT-
130 TCATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
3791 -TTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * ** * * * * *
3855 AAACTATTATTTTATAACAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTGAAATTGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
3918 CATAACTATTTGAAGTGGTTC-GATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-
131 CATAACTATTTGAACT-TTTCAG-TAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
3966 CTTATTAATTTTTG-AATATTAGTAGATTAGTATT-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
4028 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATATT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
4093 CATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCCTTTA
131 CATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
4144 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TCATGAATAAGCTAGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTC-CGAATAAGCTTGTATGAAC
** * * *
4207 TGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAATAAAA-G------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * *
4264 GTTTTAACTATTGGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-
129 GTCATAACTATTTGAACTT--TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* * * * *
4317 GTTATT-ATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * * *
4379 AAAATAATTGTTTTATGATAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * *
4444 TTATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAGTAGATTTATTTGTTAAATCTTATA
130 TCATAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
4496 CTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATA
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* **
4559 AAAAAAATTGTTACATGAC-AAACAAAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
4586 CGTAATAACA
Statistics
Matches: 1645, Mismatches: 325, Indels: 165
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 21 0.01
172 45 0.03
173 157 0.10
174 23 0.01
175 149 0.09
176 19 0.01
177 8 0.00
178 197 0.12
179 112 0.07
180 343 0.21
181 518 0.31
182 51 0.03
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:3086 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 2355--5638 Score: 2223
Period size: 361 Copynumber: 9.3 Consensus size: 360
2345 TTTTGAATCT
* * ** **
2355 CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * ** * * * * *
2419 --AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * ***
2482 AT-ATGACTATTTGAACTTATTCAATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTT
130 -TCATAACTATTT-AAATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** ** * *
2545 T-AGACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATGAGTAGAAACAATTGT
193 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* * * * * * *
2608 TTTATGATAAAACTAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACAATT
256 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
2673 TAAACT-TTCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
321 TGAACTATTC-GA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
2714 TTTAATAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
*
2779 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
2844 CATAACTATTTAAAAGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAGTTTTTG
131 CATAACTATTT-AAATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
2908 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTT
195 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * *
2972 ATGAAAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGA
259 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
3037 ACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
324 AC-TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
3075 CTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ACATAAACATATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
3139 GAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
3204 TCATGACCATTTGAACTTG-TTCG-AAAAATATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
130 TCATAACTATTT-AAATTGTTTAGTAAACAGAT-TT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* *
3267 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAACTAAGC-T-T-TGAACAAAAACAATTAT
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* ** * * **
3328 TTTAGGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGAT
256 TTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
3392 TTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
320 TTGAAC-TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** *
3434 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTATGAAC
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * * * *
3497 AGAAAA-AA-TCATTTTACAACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGA
64 A-AAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCA
* * * * * *
3559 AATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
125 AATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * * * ** *
3623 TATTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATCAACTGAAATAATT
189 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * *
3688 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAATCACAACT
254 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACT
* * * **
3752 ATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTA--TTTTAAA--AATT-
318 ATTTGAACTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
3791 -TTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * ** * * * * *
3855 AAACTATT-ATTTTATAACAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTGAAATTG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
3917 TCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-CTTATTAATTTT
130 TCATAACTATTTAAATTGTTTAG-TAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
3978 TG-AATATTAGTAGATTAGTATT-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTT
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
* * * * *
4040 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATATTCATAATTATTTG
258 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
4105 AACTAGTT-AAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTA
323 AACTA-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA
* * * * * * *
4144 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TCATGAATAAGCTAGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTC-CGAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * *
4207 TGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAATAAAA-G------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
64 AAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** ** * *
4264 GTTTTAACTATTGGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-GTTATT-ATTT
129 GTCATAACTATTTAAATT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT
* * * * * *
4327 TT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGT
192 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* * * * * * * * * *
4390 TTTATGATAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATT
256 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * *
4455 TAAACTGATTTGATAAGTAGATTTATTTGTTAAATCT-TATA
321 TGAACT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TA
* * * *
4496 CTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATA
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
4559 AAAAAAATTG-TTACATGAC-AAACAAAA---C-----G---T--AATA-ACAATTTTTGAAATG
65 AAAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
4608 GCCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTT
129 GTCATAACTATTTAAATTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * **
4672 TCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATT
193 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
* * * * *
4736 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTT
257 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
4801 AAACTACTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
322 GAACTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * **
4841 GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * **
4906 AAA-AATT-ATTTTATAATAGAA-TAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
4967 ---GAAC----T-AA---TATAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTCCTAC-AATTTACTTTT
130 TCATAACTATTTAAATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTA-TTAATTTT
* * * * * ** *
5018 TG-AATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAACTAATTGTT
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AATTATT
* ** ** * **
5081 TTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-AGGCAATAGTTATT
257 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT
* * *** * * *
5144 TGAATCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAA
321 TGAA-CTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * **
5185 CTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * *
5250 AAACAATT-ATTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAG
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** ** * *
5313 TCATAACTATTTAAACTTACTCCGTAAACAGATTTATTTTATAAAAT-TTCTT-GTGTATTAATT
130 TCATAACTATTTAAA-TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTT-TTACT-TATTAATT
* * *
5376 TTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAAAAAA
191 TT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAAT
* * * * * * * *
5439 TATTTTATGACTAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTCTTCTAATAATCTTAACT
253 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * *
5504 ATTTGAATTGGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
318 ATTTGAACT-ATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
5548 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTATGAA-A
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
*
5611 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA
5639 ATCTTAACGA
Statistics
Matches: 2290, Mismatches: 498, Indels: 271
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
343 6 0.00
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361 405 0.18
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364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTAAATTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:4744 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 4446--4751 Score: 372
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 166
4436 TCAAATAGTT
** * *
4446 ATAATTATTTAAACTGATTTGATAAGTAGATTTATTTGTTAAATCTTATACTTATTAAATTTTTA
1 ATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTGTTAAATCCTATACTTATTAAATTTTCA
* * *
4511 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAATAAAAAAAATTGTTACATG
66 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCGAACAAACTTGTATAATAAAAAAAATTATTACATG
4576 AC-AAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAAATGGCC
131 ACAAAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAAATGGCC
* * *
4611 ATAATTATTTGAACTGATTT-AGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCACT-TACTTATT-AATTTT
1 ATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAACAGATTTATTTGTTAAATC-CTATACTTATTAAATTTT
* * * * *
4673 CAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATT
64 CA-AAGATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCGAACAAACTTGTAT-AA-TAAAAAAAATTATT
**
4736 TTATGACAAAACAAAA
126 ACATGACAAAACAAAA
4752 AGTCATAATG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 17, Indels: 11
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (166 bp):
ATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACAGATTTATTTGTTAAATCCTATACTTATTAAATTTTCA
AAGATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCGAACAAACTTGTATAATAAAAAAAATTATTACATG
ACAAAACAAAACGTAATAACAATTTTTGAAATGGCC
Found at i:5120 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 4814--5121 Score: 376
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
4804 CTACTTCGAC
* ** * *
4814 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATT
* * *
4879 TTATTCTGAATATGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAGGTTATAACAATT
66 TTATTCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAAAAAAGGTTATAACAATT
4944 TGAAATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGT
131 TGAAATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGT
* *
4980 AAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCCTACAAT-TTACTTTTTG-AATATTAATAAACTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-AATATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAT
* * * * *
5042 TTTATTTTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTTTGTAA
65 TTTATTCTGAATAGGCTTATATGAACTG-AAA--AATTATTTTATAACAGAA-AAAAGGTTATAA
**
5104 TGATTTGAAATAGATAAT
126 CAATTTGAAATAGATAAT
5122 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 17, Indels: 11
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.02
163 4 0.03
164 43 0.36
165 59 0.49
166 12 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (166 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATT
TTATTCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAACAGAAAAAAGGTTATAACAATT
TGAAATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGT
Found at i:5145 original size:524 final size:515
Alignment explanation
Indices: 2359--5435 Score: 1764
Period size: 540 Copynumber: 5.8 Consensus size: 515
2349 GAATCTCTTA
* * * ** * *
2359 TTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGA-ATCAACA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGATA-AAACA
* * * * ** *
2423 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGG-ATATG
64 ATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GT--TAACGATTTGAAATAGATAATTTTTGAAA-GGCATA--
* * * * * * * ** *
2487 ACTATTTGAACTTATTCAATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGACT
122 ATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAT
** ** * *
2551 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATG-AGTAGAAACAATTGTTTTATGA
186 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGA
* * * * * *
2615 TAAAACTAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACAATTTAAACT-
250 CAAAAC-AAAAAGTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA
* * * * * *
2679 -TTCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGAAATTTTAATAAATT
314 CTTC-GA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * * * * * *
2743 AGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAG
375 AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AATT-ATTTTATAATAGAA-AAAAG
* ** * * *
2807 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTTTAGA-AAA
436 GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG---TAAC----T--AA--GTATAGATAAA
* * * *
2871 CATATTTATTTTTTAAATTT-TTACTT
490 TAGATTTA-TTTTTAAATTTCCTACAT
* * * **
2897 ATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGA-ACAT
1 -TTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATATGATA-A-
* * * * * * *
2959 AACCAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGT
60 AA-CAATTGTTTTATG-ACAAACAAAA-GT--TAACGATTTGAAATAGATAATT-TT-TGAAAGG
* * * * *
3024 CATAACTATTTGAAC--ATATTCGATAAATA-AATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTT
118 CATAATTATTTGAACTGAT-TTAG-TAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * * *
3086 TTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCACATAAACATATATGAACTGAAACAATTGT
179 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
* * * * * * *
3150 TTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACCATT
243 TTTATGACAAAACAAAAAG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * * * *
3215 TGAACTTGTTCGAAAAATATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAT
307 TAAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATT-TTTAAATATTAAT
* * * ** *
3280 AAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGC-T-T-TGAACAAAAACAATTATTTTAGGACA-AAAC
370 AAATTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAA-AATTATTTTATAATAGAAA-
* * *
3341 AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAAAGATTTGAACTTGTTTG
432 AAAG-GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAACT-AAG---T--A-----TAG
* * * * * *
3405 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTGCTT
485 ATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTCCTACAT
* * * * *
3437 ATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTCTATGAACAGA
1 -TTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATATG-ATA-A
* ** ** * * *
3500 AAAAATCATTTTACAACAAAACAAATGGTTATA-GTAGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAG
60 AACAATTGTTTTATGAC-AAACAAA-AGTTA-ACG-A-TTTGAAATAGAT-AATTTTTG-AA-AG
** * * *
3564 TTATAATTATTTAAACTTG-TTCAGTAAAC--AATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATAT
117 GCATAATTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T
* * * * * * *
3626 TTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATCAACTGAAATAATTTTT
179 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATT
* * *
3691 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAATCACAACTATT
244 TTATGACAAAACAAAAAGT-ATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ** *
3755 TGATCTAGTTCAATAAACATATTTA--TTTTAAA--AATT-TTATTAATTATTGAAATATTAATA
307 TAAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATT-TTTAAATATTAATA
** * *
3815 AATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAA-TAAAAACTATTATTTTATAACA-AAAA
371 AATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA--ATTATTTTATAATAGAAAA
* * * * * * * *
3878 AAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTGAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATA
433 AAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG---TAAC----T-AAGT--ATAGATA
*
3943 AATAGATTTATTTCTTTAAA---CCT-CTT
488 AATAGATTTA-TT-TTTAAATTTCCTACAT
* * * * *
3969 ATTAATTTTTGAATATTAGTAGATTAGTATT-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAAAAAC
1 -TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATG-AT-AAAAC
* * **
4032 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATATTCATA
63 AATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GT--TAACGATTTGAAATAGATAATTTTTG-AA-AGGCATA
* * * *
4097 ATTATTTGAACT-AGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAA
122 ATTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT-TAGA
* ** * * * *
4160 ATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATCATGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTAT
184 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
* * * ** ** *
4223 GACAAAA-TAAAAG-----TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTGGAATT
248 GACAAAACAAAAAGTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * *
4282 AGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTGTTATT-ATTTTTAGAATATTATTATATTA
313 ACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTGTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTA
* * * * *
4346 GTATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACACAAGGTT
376 GTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AATTATTTTATAATAGAA-AAAAGGTT
* ** * * * * * *
4411 AGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTA-TAATTATTTAAACTGATTTGATAAGTAG
439 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAACTAAGTA--T--A--GA--T-A-AA-TAG
*
4475 ATTTATTTGTTAAATCTT-ATACTTAT
493 ATTTATTT-TTAAAT-TTCCTAC--AT
* * * * * *
4501 TAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAATAAAAAAAA
1 TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAT-AAAACAA
** *
4566 TTGTTACATGACAAAC--AA---AACG---T--AATA-ACAATTTTTGAAATGGCCATAATTATT
65 TTGTTTTATGACAAACAAAAGTTAACGATTTGAAATAGATAATTTTTGAAA-GG-CATAATTATT
* * *
4620 TGAACTGATTTAGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
128 TGAACTGATTTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAAT
* *
4685 -AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
192 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * *
4749 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAACTACTTCGAC
257 AAAAGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTCGAT
* *
4814 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
321 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
4879 TTATTCTGAATATGCTTATATGAACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAGGTTATAACAATT
384 TTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAATTATTTTATAATAGAAAAAAGGTTATAACAATT
* *
4944 TGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGGAACTAA-TATAG-TAAATAGATTTATTTTTAAATTTCCTA
448 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAACTAAGTATAGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTCCTA
5006 CAAT
513 C-AT
* * * **
5010 TTACTTTTTGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGATGAAAACTA
1 TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAT-AAAAC-A
* *
5075 ATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAAAGGCAATAGT
64 ATTGTTTTATGACAAACAAAAG--T-TAACGATTTGAAATAGATAATT-TTTGAAAGGC-ATAAT
** * * * * *
5140 TATTTGAA-TCGATTT-GATAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAACT
124 TATTTGAACT-GATTTAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAA-T
* ** * * *
5203 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAT
186 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
5268 AAAACAAAAGGTATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTAC
251 AAAACAAAAAGTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAC
* * * *
5333 TCCG-TAAACAGATTTATTTTATAAAATTTCTTGTGTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAG
315 TTCGATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTGT-TATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAG
* *
5397 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAAA
377 TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAA
5436 AAATATTTTA
Statistics
Matches: 2024, Mismatches: 351, Indels: 340
0.75 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
509 55 0.03
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544 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (515 bp):
TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGATAAAACAAT
TGTTTTATGACAAACAAAAGTTAACGATTTGAAATAGATAATTTTTGAAAGGCATAATTATTTGA
ACTGATTTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
GTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTCGATAAACA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
AATAAGCTTGTATGAACTAAAAAATTATTTTATAATAGAAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAA
ATAATTGTTCAAATAGTAACTAAGTATAGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTCCTACAT
Found at i:5588 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4977--5638 Score: 515
Period size: 180 Copynumber: 3.7 Consensus size: 181
4967 GAACTAATAT
* * * * *
4977 AGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCCTAC-AATTTACTTTTT-GAATATTAATAAACTAGTAT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
5039 TATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATG-AAAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTG
65 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAAC-AATTATTTTATGACTAAACAAAAG---G
* ** * ** * *
5101 TA-ATG-ATTTGAAATAGATAATTATT-TGAAAGGCAATAGTTATTTGAATCGATT--TG
126 TATATGTATTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAGTC-ATAACTATTT-AAAC--TTACTC
** * * * *
5156 A-TAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTAT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTAT
* *
5219 TATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTA
65 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-GAAAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTA
* *
5281 TATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTC
128 TATGTATTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTC
* * * *
5335 CGTAAACAGATTTATTTTATAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGT
1 AGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATTTCTTACT-TATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGT
* * *
5398 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAAAAAATATTTTATGACTAAACAAAATGTC
63 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGT-
* * * * **
5463 ATAATGT-TTTAAAATAGATAATTCTTCTAATAA-TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTC
127 AT-ATGTATTTAAAATAGATAATTATTC-AAAAAGTCATAACTATTTAAACTT-ACTC
* * * * * *
5518 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAAT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
5583 ATTTTACTCCAAATGAGCTTGTATGAA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
66 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA
5639 ATCTTAACGA
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 64, Indels: 51
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 13 0.03
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180 117 0.30
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTATAT
GTATTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTC
Found at i:5772 original size:140 final size:143
Alignment explanation
Indices: 5494--5795 Score: 337
Period size: 140 Copynumber: 2.1 Consensus size: 143
5484 TTCTTCTAAT
* * * *
5494 AATCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 AATCTTAACGATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTT
** * **
5559 TTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTT
65 TTAGAATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTT
5624 TATGACAAAACAAA
130 TATGACAAAACAAA
5638 AATCTTAACGATTTGAACTGGTTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTT
1 AATCTTAACGATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAAATTTAGTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTT
* * * ** ** *
5699 TT-GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAACAATTTTGTATGAATATAAACAATT-T
65 TTAG-AATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGT
*
5762 TTTATGACAAAATAAA
128 TTTATGACAAAACAAA
* *
5778 ATGTCATAACGATTTGAA
1 A-ATCTTAACGATTTGAA
5796 ATAGATGATA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 20, Indels: 11
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
139 1 0.01
140 65 0.49
141 24 0.18
142 2 0.01
143 1 0.01
144 41 0.31
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (143 bp):
AATCTTAACGATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTT
TAGAATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAA
Found at i:5952 original size:320 final size:321
Alignment explanation
Indices: 5368--5958 Score: 728
Period size: 320 Copynumber: 1.8 Consensus size: 321
5358 ATTTCTTGTG
* * *
5368 TATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACGAAA
1 TATTAATTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAAC-AAA
* * * * *
5433 AAAAAATATTTTATGACTAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTCTTCTAATAATC
65 AAAAAATATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAATACTTCAAATAATC
* * * **
5498 TTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
130 ATAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG
* * **
5563 AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATG
195 AATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATG
5628 ACAAAACAAAAATCTTAACGATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
260 ACAAAACAAAAATCTTAACGATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
* ** *
5690 TATTAATTTT-TGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTTAACAATTTTGTATGAA-TA
1 TATTAATTTTCT-AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAACAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
5752 TAAACAATTTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGAA
64 AAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAATACTTCAAAT-AA
* *
5817 -CATGACTATTTAAACTT-GTTC-GATCAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
128 TCATAACTATTTAAA-TTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
* * ** * * * *
5879 TTAGAATATTAAT-ATATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTT
191 TTAGAATATTAATAAT-TTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAAAAAAACAATTGTT
5943 TTATGACAAAACAAAA
255 TTATGACAAAACAAAA
5959 GATAATAATA
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 38, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 3 0.01
320 166 0.74
321 8 0.04
322 48 0.21
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (321 bp):
TATTAATTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAACAAAA
AAAAATATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAATACTTCAAATAATCA
TAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGA
ATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAATCTTAACGATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
Found at i:6083 original size:183 final size:178
Alignment explanation
Indices: 5664--6244 Score: 548
Period size: 183 Copynumber: 3.2 Consensus size: 178
5654 ACTGGTTCGA
* * *
5664 TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT---TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * *
5725 TTTATTCTTAACAATTTTGTATGAATATAAACAATTTTTTATGACAAAA-TAAAATGTCATAACG
66 TTTTTTC-GAATAAAATTGTATGAATA-GAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAATGTCATAATG
* * * * *
5789 ATTTGAAATAGATGATAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTAAACTTGTTCGA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTGTT-GG
* ** * * * *
5840 TCAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
5905 TTTGTTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATAA
66 TTT-TTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-AT-GTCATAA
* *
5970 TAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTGG
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTGG
* * * *
6023 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAAATTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-
*** * * *
6088 TTTTATTTCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA
65 TTTT-TTTCGAATAAAATTGTATGAATAG-AACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAATGTCATAA
* * * ** *
6153 TGATTTGAAATAGATAATTCTCCAAATAGTTATAACTATTCGAA-TGTGTTTAG
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TG-TTGG
* * *
6206 AAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATATAAATT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-ATAAATT
6245 GAAACAATCA
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 60, Indels: 23
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 24 0.07
177 4 0.01
179 7 0.02
180 55 0.17
181 6 0.02
182 11 0.03
183 171 0.52
184 28 0.08
185 24 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTTTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAATGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTGG
Found at i:6345 original size:128 final size:130
Alignment explanation
Indices: 6116--6366 Score: 314
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 130
6106 TTTATGAATA
* * *
6116 GAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTCCAAATA
1 GAAACAATCAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTCTCCAAATA
* * *
6181 GTTATAACTATTCGAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATATAAATT
66 GTCATAACTATTCGAATGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATATAAATT
* ***
6245 GAAACAATCATTTTATTG-CAAAACAAAAA-GTCACAATGATTTAAAATAGATAA-TCATTTGAA
1 GAAACAATCAATTTA-TGACAAAACAAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTC-TCCAAA
* * * *
6307 TAGTCATGACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
64 TAGTCATAACTATTCGAA-TGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
6367 TATTTATGAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 14, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 2 0.02
128 65 0.62
129 35 0.34
130 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (130 bp):
GAAACAATCAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTCTCCAAATA
GTCATAACTATTCGAATGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATATAAATT
Found at i:6535 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6246--8807 Score: 1509
Period size: 180 Copynumber: 14.3 Consensus size: 179
6236 ATATAAATTG
* * * ** **
6246 AAACAATCATTTTATTG-CAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAGATAATCATTTGAATAG
1 AAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
6310 TCATGACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTAT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
* *
6374 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTATATAAGCTTATATAATGAA
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTA-ATAAGCTTGTATAATGAA
** * *
6426 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * * * * *
6491 CATAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTAATTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGT-A
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGA
* * *
6555 AAT-TT-CT--ATTA-TTTTA-TTTGA---AATAAGCTTGTATAAAT-ATA
131 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAATAAGCTTGTAT-AATGA-A
* * * * * * * * *
6596 AAAAAATCATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
6661 TATAATTATTT-AGACTTGTTAGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTC
66 CATAACTATTTGA-ACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* * * * ** *
6725 GAAACATTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAA
129 GAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-ATCTAATAAGCTTGTAT-AA-TGAA
* * * * * * * *
6779 ATA-TATTTTTTTATGACAAAA-GAAAAGATCATAACGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * ** * * * * *
6842 TCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTCTTAATTGTC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* * * *
6907 AAAATATTAATATATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-CTAATAAGCTTGTAT-AATGAA
* * * * * * * **
6959 AAACTATTATTTTATGA-TAGATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
7023 TATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGA
* * * * * * * **
7085 AATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAA
131 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTAATCT-AATAAGCTTGTATAATGAA
* * ** ** * * *
7136 AAATATTTATTTTACAACAAATTAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * **
7201 CATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTAGATATTATTTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-TTTTT
*
7265 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTAATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTG-A
129 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAA-TCT-AATAAGCT-TGTAT-AA-TGAA
* * *
7318 AAA-AA-TGTTTTATGGCAAAACAAAAA--C---A--ATTTAAAATAGATAATTGTTCATAT-GT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * *
7373 CTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTG
* * * * * * *
7438 GAATATTATTATATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAACAGCTTGGATGAA-CAA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AATA-AGCTTGTAT-AATGAA
* * * * * * * * *
7489 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAGTATACAATTGTTCAAATACT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * ** **
7554 CATTACTATTTTAACTAATTTGGTAAATGGATTTATTTTGCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTG
* * * * * * *
7619 AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATACAAT-CA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AATAAGCTTGTATAATGAA
* * * * * * * * * *
7669 AAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
7734 CATAATTATTTGAAC-TGACTT-AGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-TTTT
** * * *
7797 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAACTG--
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AATAAGCTTGTAT-AA-TGAA
* * * * * * *** * *
7850 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACGAAAGGTCAGAACAATTTTCGATAGACAATTGTTTAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * **
7915 CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTGATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* * * * *
7979 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGACAAGCTAT-TATGAACTG--
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AATAAGCT-TGTAT-AA-TGAA
* * * * * *
8031 AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * *** ** * *
8095 TGATAACTAGTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTATTTTTCAAAAT-T-TTGCTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * ** * * **
8158 TCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTTTTCCAAATAAGCATGTA-AGATGTG
128 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAAT-CTAATAAGCTTGTATA-ATGAA
* * * * * * * *
8211 AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * *
8276 TTTAACTATTTGAACTCGTTTGGA-AAATAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTG
* * * * * * * *
8337 AAATATTATTAAATTAATATTAGTTTTAACCAAATAAGCTTCTATGATCAG
130 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCTAATAAGCTTGTATAATGAA
* * * * * * *
8388 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
8451 TCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTATTTT
* * ** *
8515 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAA
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AATAAGCTTGTATAATGAA
* * *
8568 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
8631 CAATAATTACTTT-AA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTTCTTATTATTTT
66 C-ATAACTA-TTTGAACTTGTTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTT
* * * * *
8692 AGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCAACTAAGCTTGTATTAACT--T
128 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AA-TAAGCTTGTA-TAA-TGAA
* * * * * * *
8746 AAACAATTATTTTATAACAAACCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTCCAAAT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
8808 GGTAAACAAA
Statistics
Matches: 1846, Mismatches: 432, Indels: 209
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 102 0.06
171 16 0.01
172 84 0.05
173 52 0.03
174 5 0.00
175 8 0.00
176 89 0.05
177 115 0.06
178 155 0.08
179 71 0.04
180 603 0.33
181 343 0.19
182 183 0.10
183 6 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAATAAGCTTGTATAATGAA
Found at i:6703 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6408--6721 Score: 371
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
6398 TTTAATCTAT
* * *
6408 ATAAGCTTATATAATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATA
1 ATAAGCTTATATAATGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA
* * *
6473 AAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTAATTTTTAAATCT
66 AAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTAGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCT
* *
6538 TTTATTTATTAATTGTAAATTTCTATTATTTTATTTGAA
131 CTTAATTATTAATTGTAAATTTCTATTATTTTATTTGAA
* * * * * *
6577 ATAAGCTTGTATAAAT-ATAAAAAAATCATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA
1 ATAAGCTTATAT-AATGA-AAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAA
* * * * ** * * * *
6641 TAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTT-AGACTTGTTAGGTAAATATATTCATTTTTTAAA
64 TAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGA-ACTTGTTAGATAAACAGATTCAATTTTTAAA
6705 TCTCTTAATTATTAATT
128 TCTCTTAATTATTAATT
6722 TTCGAAACAT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 24, Indels: 5
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.11
170 105 0.89
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
ATAAGCTTATATAATGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA
AAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTAGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCT
CTTAATTATTAATTGTAAATTTCTATTATTTTATTTGAA
Found at i:7180 original size:358 final size:361
Alignment explanation
Indices: 6561--7213 Score: 775
Period size: 358 Copynumber: 1.8 Consensus size: 361
6551 TGTAAATTTC
* **
6561 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTATGACAGAACAAAAGGT
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTATGACAGAACAAAAGGT
* * * ** * * * * *
6626 TATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAGACTTGTTAGGTAAATAT
66 CATAACAATTTCAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTAGACTGGTTAGATAAATAA
6691 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCGAAACATTAATAACATAGTATTACTTTATTT
131 ATTCATTTTTTAAATCTC---ATTATTAATTTTCGAAACATTAATAACATAGTATTACTTTATTT
* ** ** * **
6756 CGAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACGGTTTGA
193 CGAACAAACTTATATGAATACAAAAATATTTTTTTACAACAAAAGAAAAGATCATAACGGTTTGA
* *
6821 AATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAA
258 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAA
6886 ATTTTTTACTTCTTAATTGTCAAAATATTAATATATTAG
323 ATTTTTTACTTCTTAATTGTCAAAATATTAATATATTAG
* * ** * *
6925 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACTATTATTTTATGATAGATA-AAAA-G
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTATGACAGA-ACAAAAGG
* *
6987 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTT-GAACTGGTTTGATAAAT
65 TCATAACAATTTCAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTAG-ACTGGTTAGATAAAT
* * * * **
7051 AAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTTTTTTTATT
129 AAATTCATTTTTTAAATCTCATTATTAATTTTCGAAACATTAATA-ACATAGTA-TTACTTTATT
* ** *
7114 TTGAACAAACTTATAT-AA-ACAAAAATATTTATTTTACAACAAATTAAAAGGTCATAA-GGATT
192 TCGAACAAACTTATATGAATACAAAAATATTT-TTTTACAACAAAAGAAAAGATCATAACGG-TT
* *
7176 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
255 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
7214 ACTGGTTAGG
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 43, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 11 0.05
358 86 0.36
359 21 0.09
361 1 0.00
362 70 0.29
363 21 0.09
364 30 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAATCATTTTATGACAGAACAAAAGGT
CATAACAATTTCAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTAGACTGGTTAGATAAATAA
ATTCATTTTTTAAATCTCATTATTAATTTTCGAAACATTAATAACATAGTATTACTTTATTTCGA
ACAAACTTATATGAATACAAAAATATTTTTTTACAACAAAAGAAAAGATCATAACGGTTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATT
TTTTACTTCTTAATTGTCAAAATATTAATATATTAG
Found at i:9487 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 8963--9490 Score: 430
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 177
8953 TAATTGTTCT
* * * *
8963 AATAGTCTTAACCATTTGAAGCA-ATTTAGT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AATAGTCTAAACTATTTGAA--ATATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTA
* * * * * *
9026 ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAAT-AAGCTTATACAAATAAAAAAAT
64 ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAAC-TAT-CTAATAAAACAAT
* * * * * * * *
9090 TATTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAACCGTTTA
126 TGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATACATAACCATTCA
* * * * * * * * *
9142 TATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCG-ACAATTAGATTT-TTTTTTAATTTTCTT-GGTTATT
1 AATAGTCTAAACTATTTGAAATATTTAGTA-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACG-TATT
* * * *
9204 AAGTTTTAGAATATT-ATCAAATTAGCATTATTTTATTTCA-AATAAAA-TAGTATGAATAGAAC
63 AATTTTTA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAAACTA-TCT-AATA-AAA
* * * * **
9266 CAATTGTTTGATTACAAAATAAAAAG-CTATAACGATTTGAAATACATAATTATTCA
122 CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCT-TAACAATTTGAAATACATAACCATTCA
*
9322 AATAGT-TAAAACTATTTGAAATGATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGAATTA
1 AATAGTCT-AAACTATTTGAAAT-ATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTA
* *
9386 ATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAACTATCTTAACCAAAACAAT
64 ATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAACTATC-TAA-TAAAACAAT
*
9451 TGTTTTATGCCAAAATAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATA
126 TGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATA
9491 AAATAATTGT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 56, Indels: 48
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.03
179 76 0.28
180 72 0.27
181 100 0.37
182 12 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AATAGTCTAAACTATTTGAAATATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAAT
TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAACTATCTAATAAAACAATTGTTT
TATGACAAAATAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATACATAACCATTCA
Found at i:9852 original size:696 final size:699
Alignment explanation
Indices: 8859--10224 Score: 1455
Period size: 696 Copynumber: 2.0 Consensus size: 699
8849 TTTTGAATGC
** * * ** * * *
8859 TAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATTAACTGGAACAATTATTTTATGACTG
1 TAATAAATTAGGATTAATTTATTCTGAACAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGAATA
* * *
8924 AACAAAAAGTAAAAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAGCAATT
66 AACAAAAAGTAAAAACGATTTCAAATAAATAATTATTCTAATACTCTTAACCATTTGAAGCAATT
* *
8989 TAGTAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
131 CAGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
* * * *
9054 ATTTTAATCAGAATAAGCTTATACAAATAAAAAAATTATTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAAC
194 ATTTTAATCAGAATAAGCTTAGACAAATAAAAAAATTATGTTACGACAAAACAAAAGCTCATAAC
* * * *
9119 AATTTAAAATAGATAACCGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-GACAATTAGATTTT
259 AATTTAAAATAGATAACCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGA-AAATAG-TTTT
* * ** * * *
9183 -TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATT-ATCAAATTAGCATTATTTTATTTCAA
322 ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAAT-AAAGTAACATTATTTTATTTCAA
* *
9245 ATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATTACAAAATAAAAAGCT-ATAACGA-TTT-G-
385 AT-AAATAGTATGAACT-GAAACAATTGTTTGATGACAAAAT--AAAGCTCATAACGACTTTAGT
* * * *
9305 AAATA-CATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGATTT-AGTAAACAGATTTA-TTTT
446 AAATAGAATAATTATTCAAAAAGTCAAAACTATTTGAAAT-ATTTCAATAAACAGATTTATTTTT
9367 TTAAATCTCTTACGAATTAAT-TTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
510 TTAAATCTCTTACGAATTAATGTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AA
* * *
9431 ACTATCT-T-AACCAAAACAATTGTTTTATGCCAAAATAAAAGGTCT-TAACAATTTGAAATAAA
573 ACT-TCTATGAACCAAAACAATTGTTTTATACCAAAACAAAAGGT-TAGAACAATTTGAAAT-AA
*
9493 ATAATTGTTC-ATATAATCTTAATTGTTTGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAGTG
635 ATAATTGTTCTA-ATAATCTTAACTGTTTGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAGTG
9557 T
699 T
*
9558 TAATAAATTAGGATTATTTTATT-TCGAACAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGAAT
1 TAATAAATTAGGATTAATTTATTCT-GAACAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGAAT
* * * * * * * **
9622 AAACAATAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAA-CTGG
65 AAACAAAAAGTAAAAACGATTTCAAATAAATAATTATTCTAATACTCTTAACCATTTGAAGC-AA
* **
9686 TTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-C-TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
129 TTCAG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTAT
* * * * ** * *
9749 TATTTTTATCTGCATAAGCTTGGA-TGATCAAAAACAATTATGTTATGAGAAAACAAAA-CTCAT
193 TATTTTAATCAGAATAAGCTTAGACAAAT-AAAAA-AATTATGTTACGACAAAACAAAAGCTCAT
** * * * *** *
9812 AATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGAAAATAGTTT
256 AACAATTTAAAATAGATAACCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGAAAATAGTTT
* * *
9877 TAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAG
321 TA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTCAA
* ** * * * *
9942 ATAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAAT
385 ATAAATAGTATGAACTGAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAGCTCATAACGACTTT-AGTAAA
* * * * * * * * *
10007 TAGAATGATTGTTTAAAAAGTCAAATCTTTTTTAACTTTTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAA
449 TAGAATAATTATTCAAAAAGTCAAAACTATTTGAAATATTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAA
** * * *
10072 ATCTCTTACTCATTAATGTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
514 ATCTCTTACGAATTAATGTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTCT
* * * * * **
10137 ATGAACTAAAATAATTGTTTTATATCTAAACAAAGGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
579 ATGAACCAAAACAATTGTTTTATACCAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
10202 CTAATAATCTTAACTGTTTGAAC
644 CTAATAATCTTAACTGTTTGAAC
10225 TAGCTCGGCA
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 100, Indels: 47
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
694 5 0.01
695 12 0.02
696 141 0.26
697 69 0.13
698 5 0.01
699 115 0.21
700 95 0.17
701 97 0.18
702 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (699 bp):
TAATAAATTAGGATTAATTTATTCTGAACAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGAATA
AACAAAAAGTAAAAACGATTTCAAATAAATAATTATTCTAATACTCTTAACCATTTGAAGCAATT
CAGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTAATCAGAATAAGCTTAGACAAATAAAAAAATTATGTTACGACAAAACAAAAGCTCATAACAA
TTTAAAATAGATAACCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGAAAATAGTTTTATTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTCAAATAAAT
AGTATGAACTGAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAGCTCATAACGACTTTAGTAAATAGAATA
ATTATTCAAAAAGTCAAAACTATTTGAAATATTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT
ACGAATTAATGTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTCTATGAACC
AAAACAATTGTTTTATACCAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAA
TCTTAACTGTTTGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAGTGT
Found at i:10680 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 10467--10684 Score: 289
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
10457 AATAGATCAA
** *
10467 TATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAAGTC
1 TATTATTTTAATATGAATAAAATTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
*
10532 ATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACAAGACTATTTGAACTTGTAG
66 ATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACAAGACTATTTGAACTTGTAG
* * * * * *
10587 TATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGA-ACAAAC-AAAAGA
1 TATTATTTTAATATGAATAAAATTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAAG-
*
10650 TCATAACGATTTGACATAAATAATTA-TTCAAATAG
64 TCATAACGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAG
10685 TTATAACTAT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 11, Indels: 6
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
119 6 0.07
120 76 0.90
121 2 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (120 bp):
TATTATTTTAATATGAATAAAATTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
ATAACGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACAAGACTATTTGAACTTGTAG
Found at i:10916 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10619--11996 Score: 1187
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 181
10609 TTGTATTAAT
* *
10619 AGAAACAATTGTTTTATGA-ACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * *
10683 AGTTATAACTATTTAAACTTGCTCAGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** *
10747 TTGGAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGTTATGAAC
130 TTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTATGAAC
* * * * *
10799 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * ** *
10864 GTCATAAATATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * * *
10928 TAAAATATTAATAAATTTATATCGTTTTATTCTAAATAAGCTTG-CATGAAT
131 TAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTATGAAC
* * * * * * *
10979 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * * *
11043 GTTATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTCAATTCTCTTACTCATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * *
11108 CACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAA-
131 TAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTATGAAC
* * * * *
11158 TGAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
1 AG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * *
11223 AGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGCAAACATATTTGTTTTTTAAAATCTTTTACTCATT-ATT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * ** * * *
11287 TGTAGAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTAATCTGAATATGCTTGTT-TAAAT
129 TTTA-AAATATTAAT-AAATTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTATGAAC
* * * * *
11341 AGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
*** * * * *
11406 GTCATAAAGGTTTGAACTTATTT-GATAAAAATATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTG
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-
* * *
11470 TCTT--AATATTAATATATTTATATTATTTTAATCGAAATAAGCTTG-TATGAAC
129 T-TTAAAATATTAATA-AATTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTATGAAC
* ** * * * * * * *
11522 A-AAA-AAATCATTTATTGCCAAAACAAAAGGTTATACCAATTTCAAATATATAATTGTTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * ** * * *
11585 AGTCATAATTATTTAAACTTCTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* ** *** * *
11650 TTAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TTTTATATTAAC
130 TTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-TATGAAC
* * ** *
11702 TA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATATTTATTCAAA
1 -AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * * * *
11765 AAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
11830 ATTGAAATTTTAATAAATTACTATAATTTTAATCCAAATGAGCTT-ATATGAAC
129 TTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTATGAAC
* * * * * * * * *
11883 ATAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATCTAAAATAAATAATTACTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * *
11948 GTCATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAGATTTAATTTTTAAATCT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
11997 CATATTAGTT
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TAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTATGAAC
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10574 TTTGAACTTG
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10584 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGA-ACAAACAAAA
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* * * * * * * *
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* *
10713 -AGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTACTATTATTTT
129 CATATTT-TTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTATTTT
* * * *
10776 ATTCCAAATAAG-TTGTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
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* * *
10840 CTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTT
255 CTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTT
* * * *
10905 TTAAACTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATCGTTTTATTCTAAATAAGCT
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* * ** * *** *
10970 TGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTG
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* * * * * * * *
11035 TTTAGATAGTTATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTCAATTCTCTTACTCA
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11100 TTAATTTTCACAATATTAATAAAT
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** ** * *
11124 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATTAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
11189 GTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGCAAAC
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* * * * * *
11254 ATATTTGTTTTTTAAAATCTTTTACTCATTATTTGTAGAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTA
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** * * * *
11319 ATCTGAATATGCTTGTTTAAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTT
193 ATCCAAATA-GCTTGTTTGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATCT
* * * * *
11384 AAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGGTTTGAACTTATTTGATAAAA-ATATTTATTTTT
257 AAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATATTTATTTTT
* *
11448 GAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATATATTTATATTATTTTAATCGAAATAAGC
321 GAAA-CTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTATATCATTTTAATCGAAATAAGC
* * * * *
11512 TTGTATGAACA-AAAAAATCA-TTTATTGCCAAAACAAAAGGTTATACCAATTTCAAATATATAA
383 TTGCATGAACAGAAAAAATCATTTTA-TGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAA
* * * *
11575 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTCTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
446 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTCGGTAAACAGATTCATTTTTCAAATCTCTTAA
* * * **
11640 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAGCT
511 TCATTAATTTTCACAATATTAATAAAT
** *
11667 TAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAACTAAAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATTAA-TAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
11731 GGTCATAATGATTTGAAATCGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAA
64 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * *
11796 CATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATAAATTACTATAATTTTA
129 CATATTTTTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTATTTTA
* * * * * * *
11861 ATCCAAATGAGCTTATATGAACATAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATCT
193 ATCCAAAT-AGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATCT
*
11926 AAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAA
257 AAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
11955 CTATTTAAAC
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
TAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATTAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
TATTTTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTATTTTAATC
CAAATAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATCTAAAA
TAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTGAAAC
TTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATCATTTTAATCGAAATAAGCTTGCATGA
ACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTAAACATATTCGGTAAACAGATTCATTTTTCAAATCTCTTAATCATTAATTT
TCACAATATTAATAAAT
Found at i:12608 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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12577 TAATGATTTT
12587 AAATAG-ATAATTATTC
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Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:13602 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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12815 AAATACATTG
* * * * * * * *
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* * * * * *** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *** *
13128 TTAAATTAGTATCATTTTAATC-GAATAAGCTTACGTGAAAAGAAACAATTA
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* * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
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* * * * ** * * * *
13303 ATGAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAACAG-AATAATTG
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* *
13354 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACA-AGACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACT
* ** * * *
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* * **
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* * * * * * *
13535 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATACCTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * ** *
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* * *
13664 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTG
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* * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * **
13779 TTTGAA-TGTGTCCAAAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAATAT
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* ** *
13841 TAATAAATT--TAATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACAATTA
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** * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * **
13956 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAAATAT
65 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * *
14021 TAATAAATTAGTGA-TATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAATTGATATAATTA
128 TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * *
14075 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
14140 TTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
66 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
* * * * * * * *
14204 TAAATTAATATTATTTTAATCCGAACAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTG
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* * * * *
14255 TTTCAAGATAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
14319 TTGAACTTATT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTACATATT
66 TTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATT
*
14382 AATAAATT--TATGTAATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAA-AATTTTG
129 AATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA--TTA
* * * * * *
14435 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
14500 TT-ATACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
66 TTGA-ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* * * * * * *
14564 ATAAAATAGAATTATGTTATTC-AAATAAGCTTGTACGAATAGAATCAATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * * * * * * *
14615 TTTTGTGATAAAATAGAAGGTTATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * **
14679 TTTGTAC-TGGTCAAGCCAACAG-TTTCATTCTTCAAATC-CGTTACTTATTAGCTTTCAAAATA
65 TTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * * * *
14741 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCT-AATCAAAC-TATATAAACA-AAATAATTG
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* * ** * * *
14795 TTTTATCATAAAACAAATTGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
14859 ATT-AAATTGGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACAAAATAT
65 TTTGAACTT-G-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* ** * * * * * * *
14922 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
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** * *
14976 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
15041 TTGAACTGGTT-AGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGA-TTT-GAAATAT
66 TTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTCAAAATAT
* * * * * * * *
15103 TAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAAAAT-
128 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTA
* * * * * * * * * *
15155 TTTTACGACAAAATAAAAGGTCAT-ATTGATTTGAAATAAAGAAATGTTTATATAGCCTTAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
15219 TTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTA-TTTTTAAAGTCTCTTAGTTATTATTTTTCAGAATATT
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* *
15466 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATG-AT-GAAAAAAATTTA
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* * * * *
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* * * * * **
15581 TTTAAACTAAT-TTGA-TAAACTA-ATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATA
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* * * * * * * * *
15643 TTAATAAAGTAATATTATTTTATATC-GGATAAACTTTTGTGTACT-G-AATAGTTA
127 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTA
* * * * * *
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* * * ** *
15761 TTTGAACTTATT-AGATAAATA-A-AT-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCTTAATGTT
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* * * *
15818 AATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTA
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* * * * * * * * * * *
15871 TTTTTTGACTAAAGAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAACTGTTCTAATAGTCTTATCTAT
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* * * * * * * * *
15936 TTGAAATGGTT-TGGAAAGAACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAATAGTA
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* ** * *
15994 ATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATAAATAGAAAAAATTA
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * ** * * *
16046 TTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
16111 TTGAACTTGTTC-GACAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATA
66 TTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* *
16175 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ACATAAACTTGTATGAATAGAAACAA-TG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * * * * *
16226 TTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
16291 TTGAACTTGCTC-GTTAAATAGA-TTA---TTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTT-AGAAATATT
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* *
16349 AATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-A
* * * ** **
16403 -TTTATAACTAAATAAATTGTTTTAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
16466 TTTGAACGTGTTTAG-AAA-ATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-AGAATT
65 TTTGAACTTGTTCAGTAAACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAATA
* *
16527 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTA
127 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTA
* * * * *** *
16582 TTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-ATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * * *
16646 ATTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTTAAT-TC-T-CTTAGTCATGCTT----ATATT
65 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATT
** * * ** * * * *
16704 AACTAAA--ACAATTGTTTTATACAAAATAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTTA
129 AA-TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT--AA-G---C-TTG-TATG-AATAGA-AA-CAATTA
* * * * ** * *
16767 TTTTAT-ACAAAATAAAAGGTTACAA-TGACTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
16830 TTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCAAAATATT
65 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
* * * * *
16895 AATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTG
129 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
*
16948 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
16975 AATTCTGTTT
Statistics
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TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
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14458 TAGCAATTTA
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14501 TATACTTGTT
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AAATAGCATAATTATTC
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Indices: 14804--15665 Score: 479
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14794 GTTTTATCAT
** * * * * ** * * *
14804 AAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTAAATTGG
1 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTGG
* * * * * *
14869 CTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTT-A-ATTTACAAAATATTAATAAATT
66 -TTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTT-C-AAATATTAATAAATT
* *** * * * * *
14931 AATATTATTTTATTCCAAACAAACTTA-TATGAA--CAAAAACATTTGTTTTATGAC
128 AGTATTATTTTATTTTGAATAAA-TTACTAAGAATTGAAAAA-A-AT-TTTTACGAC
* * * * *
14985 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG
1 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTGG
*
15050 TTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTGAAATATTAATAAATTA-T
66 TTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTCAAATATTAATAAATTAGT
*
15114 TTTATTTTATTTTGAATAAATTACTAAGAATTGAAAAAAATTTTTACGAC
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* ** * *
15164 AAAATAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAAAGAAATGTTTATATAGCCTTAACTATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACT-G
* * ** * *
15229 TTTA-GCAAACA-AATT-TATTTTTAAAGTCTCTTAGTTATT-ATTTTTCAGAATATTATTACAT
65 GTTAGGCAAACATAATTGT-TTTTTAAA-TCTCTTACTTATTGAGATTTCA-AATATTAATAAAT
* ** * * *
15290 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-GTGTGAA--CAAAAATAATCATTTTATGAG
127 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-TTACTAAGAATTGAAAAA-AAT--TTTTACGAC
* * * * * * * *
15345 ATAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
1 AAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAAAGAAATGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTG
* * ** * * * ** * *
15409 GTTCGGTC-AACA-GATTAACTATTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATT
65 GTTAGG-CAAACATAATT-GTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTCAAATATTAATAAATT
* * * * *
15472 AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-TTATG-A-TGAAAAAAATTTATTTTATGAC
128 AGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAAAA--T-TTTTACGAC
* * * * * * * * * * **
15526 AAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAA
1 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTGG
* ** * * * ** ** * * *
15591 TTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAA
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130 TATTATTTTAT
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ATTATTTTATTTTGAATAAATTACTAAGAATTGAAAAAAATTTTTACGAC
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Period size: 541 Copynumber: 7.7 Consensus size: 536
12812 AGCAAATACA
* * * * *
12822 TTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCA-AAACAATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-A
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
12885 TCTAATTGAAATTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTTTAAATATGTTGCTTTATTAATTTTTT
65 T-TATTTGAACTTGTT-AGGTAAACATAATTA--TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA---TTT
* * * * *
12949 G-AATGTTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTT
122 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGAA-TAGAAACAATTATTT
* * * * *
13008 TATGACTAAA-AAAATGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTT
186 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCTTAACTATTT
* * * *
13071 AAACTAGTT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATGTCTTA-TTA--A-TTTTCAAAA-ATTATT
250 GAACTAGTTCAG-CAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTCAAAATATTAAT
* * *** * * *
13130 AAATTAGTATCATTTTA-ATCGAATAAGCTTACGTGAA-AAGAAACAATTATTGTATGACAAAA-
313 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAC
* ** * * * * * *
13192 TAAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCGAATAGTTATAACTATATGAATTAGTTTAG
377 AAAAG-TCA-TAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGCTTAG
* * * *
13257 TAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAATCAATATTAT
440 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * ** *
13318 TTTATTTTGAATAATTTTATATGAACAGAATAA-
504 TTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACA-AAAAAT
* * *
13351 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACA-AGA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-A
* * * * * * *
13415 CTATTTGAAGTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTGCAAAATA
65 TTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTG--AAATA
*
13480 TTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAA-ACTTGTACA-AATAGAAACAATTATTTTATG
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGA-TTGTA-AGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * ** * *
13542 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAACAGTAATACCTATTTGAGC
190 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
* ** * * * ** *
13606 TTA-CTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATATTT-GGAATTTTAATAAA
254 -TAGTTCAGCAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTA-TTATTTTTCAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
13669 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTATCA-CAAACAACA
316 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA-A
* * * * * * * **
13733 AGTCATAAATATTTGGAATAGATCATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAATGTGTC-CAAAAA
380 AGTCAT-AATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT-TGGCTTAGTAA
* * * *** * *
13797 ATAAATTTATTTTTAAAATTT-TTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-ATTGTTTT
443 ACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * *
13860 ATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAACAA-
507 ATTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAT
*** * * * *
13889 TTACCTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAGTA-ATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** *
13953 CTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACA-GATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAA
65 TTATTTGAACTTGTT-AGGTAAACATAATT-A--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT-GA
* * * * * *
14016 AATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGATATAATTATTTTA
124 AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * *
14080 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATGACTATTTGA
188 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCT-TAACTATTTGA
* * * * *
14144 ACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAA
252 ACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
14208 TTAATATTATTTTAATCCGAACAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTCAAGATAAAACAAAA
316 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAA
* * *
14273 AGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTT--ATTTGATA
380 AGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGCTTAG-TA
* * * * * *
14335 AACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-ATGTGTCTACATATTAATAAATTTATGTAAT
442 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAAT-T-TCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* *
14398 TTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAATT
504 TTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAACAAAAAA-T
* * * *
14432 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
14496 TTATTT-ATACTTGTTCA-GTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
65 TTATTTGA-ACTTGTT-AGGTAAACATAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTGA-A
* * * * * * * * *
14558 ATATTAATAAAATAGAATTATGTTA-TTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAATCAATTGTTTTGTG
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * * *
14622 ATAAAATAGAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAAT-TATAACTATTTGTAC
190 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCT-TAACTATTTGAAC
* * * * **
14686 T-GGTCAAGCCAACAGT-TTCATTCTTCAAATC-CGTTACTTATTAGCTTTCAAAATATTAATAA
254 TAGTTC-AGCAAACA-TATTTATT-TTTAAATCTC-TTACTTATTATTTTTCAAAATATTAATAA
* * * * * * * *
14748 ATTAGCATTACTTTATTTCTAATCAAAC-TATATAAAC-AAAATAATTGTTTTATCATAAAACAA
315 ATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * *
14811 ATTGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTAAATTGGCTTAGTA
379 A-AGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGCTTAGTA
*
14876 AACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
442 AACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT-CAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
14941 TATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAT
506 TATTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAAA-AT
*
14973 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * *
15038 TATTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTGAAATAT
66 TATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTGAAATAT
* * * * * * *
15103 TAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAAAAT-TTTTACGACA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATT-GTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * *
15165 AAATAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAAAGAAATGTTTATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGT
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGT
* * * * * *
15230 TTAGCAAACAAATTTATTTTTAAAGTCTCTTAGTTATTATTTTTCAGAATATTATTACATTAGTA
258 TCAGCAAACATATTTATTTTTAAA-TCTCTTACTTATTATTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * ** * * *
15295 TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAACAAAAATAATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTAT
322 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCAT
* * * * * * *
15360 AACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCGGTCAACAGAT
386 AA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGCTT-AGTAAACAGAT
* * * * * ** * * *
15424 TAACTATTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
449 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA
*
15489 AATAAGCTTTTATGATGA-AAAAAAT
513 AATAAGCTTATATGA--ACAAAAAAT
* * * * * *
15514 TTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* ** * * * * *
15579 TATTTAAACTAATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATA
66 TATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTGAAATA
* * * * * ** * * *
15643 TTAATAAAGTAATATTATTTTATATCGGATAA-ACTTTTGTGTACT-G-AATAGTTATTTTATGA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGA-TTGTAAG-AATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * *
15705 TAAAACAAAACGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATATAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT
191 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-T
* * ** *
15770 A-TT-AG-ATAA-ATAAATT-TTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCTTAATGTTAATAAATT
255 AGTTCAGCA-AACAT-ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTCAAAATATTAATAAATT
* * * *** * * *
15826 AGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTGACT-AAAGAAAAG
318 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAG
* * * * * * * * * *
15890 ATCAAAACAATTTGGAATAGATAACTGTTCTAATAGTCT-TATCTATTTGAAATGG-TTTGGAAA
382 -TCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGCTTAGTAAA
* * ** * * **
15953 GAACATTTA-TTTTTAAA--TC---CCCATTGATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTT
444 -CAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * * *
16012 ATTCTGAATAATTTTGTATAAATAGAAAAAA
507 ATTCTAAATAAGCTTATATGAACA-AAAAAT
* * * ** * * *
16043 TTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATGGACATGA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * * *
16107 CTATTTGAACTTGTTCGACAAATA-AATTTATTTTTTAAATCCCTAACTTATTAATTTTTAGAAT
65 TTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTGA-AAT
* * * *
16171 AATAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTACATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAA-TGTTTTATG
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGA-TTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * ** * * * * * *
16233 ATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
190 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACT
* * ** * * * *
16298 TGCTC-GTTAA-ATA--GATTATTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATT
255 AGTTCAGCAAACATATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTCA-AAATATTAATAAATT
* * * * * * *
16357 AGCATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATAACTAAATA-AAT
318 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAA
* ** * * * *
16420 TGTTTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTGTTTAG-AA
380 AGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTG-GCTTAGTAA
* * * * *
16483 A-ATGTATTTATGTTTTAAATTT-TTACTTATTAAATTTTAGAATTTTAATAAATTTATATTATT
443 ACA-G-ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
* **
16546 TTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAA-
505 TTATTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAA--AAT
* * ** * * ***
16579 TTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAAT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * * *
16644 TAATTGAACTTTTTTGGTAAACA-AATTCATTTTTTTAATTCTCTTAGTCATGCTTATATT-AAC
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* *** ** ** * * *
16707 TA--AA-ACAATT-GTTTTATACAAAATAAAAGGTTACAATGATT-TGA-AATAGATAATTATTT
126 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAA---T--AA-GATTGTAAGAATAGA-AA-CAATT
* * * * ** * * * *
16766 ATTTTAT-ACAAAATAAAAGGTTACAATGACTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGATTA
182 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCTTAACTA
* ** * * * *
16830 TTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCAAAATATT
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* * *
16895 AATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
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16959 AACAAAAAGTCATAA
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16974 CAATTCTGTT
Statistics
Matches: 2832, Mismatches: 606, Indels: 353
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548 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
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TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
TATTTGAACTTGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCA
GCAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTCATAATAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGCTTAGTAAACAGATTTATTTT
TTAAATTTCTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCT
TATATGAACAAAAAAT
Found at i:16786 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 16718--16811 Score: 179
Period size: 49 Copynumber: 1.9 Consensus size: 49
16708 AAAACAATTG
*
16718 TTTTATACAAAATAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTTA
1 TTTTATACAAAATAAAAGGTTACAATGACTTGAAATAGATAATTATTTA
16767 TTTTATACAAAATAAAAGGTTACAATGACTTGAAATAGATAATTA
1 TTTTATACAAAATAAAAGGTTACAATGACTTGAAATAGATAATTA
16812 CTCAAATAGT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
49 44 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (49 bp):
TTTTATACAAAATAAAAGGTTACAATGACTTGAAATAGATAATTATTTA
Found at i:17414 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16998--17621 Score: 483
Period size: 179 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
16988 AAACTATTTC
* * * *
16998 AAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATACTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* * * * *
17063 AACAAAT-GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
65 AACAATTGGTTCTT-TTCATA-CAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* **
17127 AAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAACCAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAACCAGTGA
* * * * * * * *
17179 AATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTATCATAA
1 AAATACTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * **
17244 ACAATTGGTTCTTTTCATACAGTGTTATTCA-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAA
66 ACAATTGGTTCTTTTCATACAGT-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* ** **
17308 AATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGTATCTG-TTGGCCTGACCAGTGA
130 AATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGCTT-GCCAAACCAGTGA
* * * * * * *
17358 AAATACTTATGATTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATACTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TA
* * * * ** * * * *
17423 AATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTAT-TTGAATTTATTAATATTCCA
65 AACAATTGGTTCTTTTCATAC-AGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
* * * **** * **
17487 AAAATTAAT-A--AA-AGATTCAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAACCAGTGA
* ** * *** * *
17535 AAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAA
1 AAATACTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
** *
17600 AACAATTTTTTCTATTCATACA
65 AACAATTGGTTCTTTTCATACA
17622 AGCTTATCTC
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 82, Indels: 27
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATACTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
ACAATTGGTTCTTTTCATACAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAACCAGTGA
Found at i:17746 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 17532--17753 Score: 329
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
17522 ATTGAACAAG
* *
17532 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
*
17597 TAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAAACTATTTACTGAATAAT
66 TAAAACAATTTTTTCTATTCACACAAGCTTAT-TCAAAACTATTTACTGAATAAT
* * * * *
17652 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
* *
17717 TAAAACAATTATTTT-TGTTCACACTAGCTTATTCAAA
66 TAAAACAATT-TTTTCTATTCACACAAGCTTATTCAAA
17754 TTAAAATAAT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 10, Indels: 3
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 5 0.05
120 82 0.90
121 4 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (119 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
TAAAACAATTTTTTCTATTCACACAAGCTTATTCAAAACTATTTACTGAATAAT
Found at i:17921 original size:302 final size:297
Alignment explanation
Indices: 17358--17921 Score: 700
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 297
17348 TGACCAGTGA
* *
17358 AAATACTTATGATTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATACTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
* * * ** * *
17423 AATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTTGAATTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTATTTCTGTTCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTTGAATTTATTAATATTCCAA
* * * * ** * ** *
17488 AAATTAATAAAAGATTCAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTT
131 AAAATAATAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACAATTT
* ** * *
17553 GAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCA
196 GAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTATCAATTCA
17618 TACAAGCTTATCTCAAAACTATTTACTGAATAATTTC
261 TACAAGCTTATCTCAAAACTATTTACTGAATAATTTC
* * * * *
17655 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATACTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
* * * *
17720 AACAATTATTTTTGTTCACACTAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATT-AATTTGTTAATATTTT
66 AACAATTATTTCTGTTCACACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAAT-TTGAATTTATTAATA-TTC
*
17783 GAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATA
128 CAAAA--AATAA-TAAAAGAT-TAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATA
* * * * *
17848 ACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTAT
189 ACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTAT
17913 CAATTCATA
254 CAATTCATA
17922 TGGCTTATTC
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 39, Indels: 9
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
296 4 0.02
297 99 0.45
298 8 0.04
300 4 0.02
301 8 0.04
302 98 0.44
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (297 bp):
AAATACTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
AACAATTATTTCTGTTCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTTGAATTTATTAATATTCCAA
AAAATAATAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACAATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTATCAATTCA
TACAAGCTTATCTCAAAACTATTTACTGAATAATTTC
Found at i:18064 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17639--18439 Score: 823
Period size: 179 Copynumber: 4.5 Consensus size: 179
17629 CTCAAAACTA
* * * * * **
17639 TTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
17704 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACTAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATA-TAA
* *** *
17769 TTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATATG
129 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATATG
* * * *
17821 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * **
17886 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTATCAATTCATA-TGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TA
* * * * * * *
17949 ACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTG
128 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* *
18001 TTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
18065 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATGAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AA
* * * *
18130 TTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATATAAAAAATAAATATA
129 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * * * *
18180 TTTTTTGAACACGTTGAAATA-CTATGGCTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCATGATGACT
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * *
18244 TTTTGTTTTACCAGAAAACAATTGTTTTTATTCGTAAAAGCTTA-TCAGAATAAAAT-A-GTAAT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATAAT
* *
18306 TTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATTTG
130 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * *
18355 TTTAACT-AATGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTAGT-TATTTTAAATCGTCATGA
1 TTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGA
*
18418 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
18440 TAGTTATGAT
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 96, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 57 0.11
176 51 0.10
177 4 0.01
178 8 0.02
179 174 0.34
180 77 0.15
181 55 0.11
182 85 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATT
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
Found at i:18865 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 18618--19071 Score: 439
Period size: 175 Copynumber: 2.6 Consensus size: 176
18608 AATTTGTTTA
* * * * *
18618 TCAAATAAACTTGTATGAGCTACAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACCATTTGA
1 TCAAATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * ** *
18683 AATAAATAATTGTTCATATAGTC-TAAACTGTTTGAACTGGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTAA
66 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTCGA-CAAACAGATTTATTTTTAA
* * * * * *
18747 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATTTTACTAAATTAGCATTGTTTTATT
129 AATCTC----CTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
** * * *
18799 TTGAATAAGCTTGTATGAGC-AAAAGCAATTATTTTATTATAGAA-AAAAGGTTATAACAATTTG
1 TCAAATAAGCTTGTATGAGCTAAAA-CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
18862 AAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTAGTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCGACAAACAGATTTATTTTTAAA
*
18927 ATCTCCTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
130 ATCTCCTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
* * * * * * **
18974 TCAAATAAGCTTGTATGTTG-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
1 TCAAATAAGCTTGTATG-AGCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
** * * * *
19038 AAATAGGTAGTTGTTCAAATTGCCATAATTATTT
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
19072 AAATTGATTT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 44, Indels: 15
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 64 0.29
176 49 0.22
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TCAAATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCGACAAACAGATTTATTTTTAAAA
TCTCCTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
Found at i:19217 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 18948--19220 Score: 366
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
18938 ATTCTTAAAA
* * *** *
18948 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAAGAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
19013 CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATTGCCATAATTATTTAAATTG
66 CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAATTG
19078 ATTTAGTAAACTGATT
131 ATTTAGTAAACTGATT
** * *
19094 TATTAAGAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAAGAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
19159 CAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTAAA
66 CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAA
19221 CTTGTTCAAT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 20, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
146 107 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
TATTAAGAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAATTG
ATTTAGTAAACTGATT
Found at i:20768 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 20703--20832 Score: 118
Period size: 46 Copynumber: 2.8 Consensus size: 45
20693 AAATCTTTGA
* * * *
20703 ATGTGAAGCCATAAAGTTTTTGAAAAAGGA-CTTTTGAAACCTTGG
1 ATGTGAAACCCTAAAATTTTTGAAAAAGAATC-TTTGAAACCTTGG
* * * **
20748 ATGTGAATCTCTAAAATTTTTTGAATAAGAATCTTTGAAATTTTGG
1 ATGTGAAACCCTAAAA-TTTTTGAAAAAGAATCTTTGAAACCTTGG
* * *
20794 ATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATGAGAATTTTTGAA
1 ATGTGAAACCCTAAAATTTTTGAAA-AAGAATCTTTGAA
20833 TTTTAGATGT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 14, Indels: 5
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
45 19 0.28
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ATGTGAAACCCTAAAATTTTTGAAAAAGAATCTTTGAAACCTTGG
Found at i:20785 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 20735--20832 Score: 124
Period size: 46 Copynumber: 2.1 Consensus size: 46
20725 AAAAAGGACT
* * **
20735 TTTGAAACCTTGGATGTGAATCTCTAAAATTTTTTGAATAAGAATC
1 TTTGAAACCTTGGATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATAAGAATC
** * *
20781 TTTGAAATTTTGGATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATGAGAATT
1 TTTGAAACCTTGGATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATAAGAATC
20827 TTTGAA
1 TTTGAA
20833 TTTTAGATGT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 8, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 44 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (46 bp):
TTTGAAACCTTGGATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATAAGAATC
Found at i:20842 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 20747--20844 Score: 126
Period size: 46 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
20737 TGAAACCTTG
* * ** *
20747 GATGTGAATCTCTAAAATTTTTTGAATAAGAATCTTTGAAATTTTG
1 GATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATAAGAATCTTTGAAATTTTA
* *
20793 GATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATGAGAATTTTTG-AATTTTA
1 GATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATAAGAATCTTTGAAATTTTA
20838 GATGTGA
1 GATGTGA
20845 GCCTTGAAAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 13 0.29
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Consensus pattern (46 bp):
GATGTGAAACCCTAAAATTTTTCAAATAAGAATCTTTGAAATTTTA
Found at i:20910 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 20807--20964 Score: 246
Period size: 64 Copynumber: 2.4 Consensus size: 64
20797 TGAAACCCTA
* * *
20807 AAATTTTTCAAATGA-GAATTTTTGAATTTTAGATGTGAGCCTTGAAACCTTTGATGTGAATCTG
1 AAATTTTTCAAAT-ATGAA-ATTTGAATTTTAGAAGTGAGCCTTGAAAACTTTGATGTGAATCTG
20871 T
64 T
20872 AAATTTTTCAAATATGAAATTTGAATTTTAGAAGTGAGCCTTGAAAACTTTGATGTGAATCTGT
1 AAATTTTTCAAATATGAAATTTGAATTTTAGAAGTGAGCCTTGAAAACTTTGATGTGAATCTGT
*
20936 AAATTTTTCAAATATGAAAATTTAAATTT
1 AAATTTTTCAAATATG-AAATTTGAATTT
20965 GGGATGTGAA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 4, Indels: 4
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
64 60 0.69
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Consensus pattern (64 bp):
AAATTTTTCAAATATGAAATTTGAATTTTAGAAGTGAGCCTTGAAAACTTTGATGTGAATCTGT
Found at i:21091 original size:17 final size:17
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Indices: 21054--21149 Score: 113
Period size: 17 Copynumber: 5.6 Consensus size: 17
21044 GAAGTTGAAT
21054 TTCTTGCAAATCTTAAAA
1 TTCTTGCAAATCTT-AAA
* *
21072 TTCTTACAAACCTTAAA
1 TTCTTGCAAATCTTAAA
* * *
21089 TTCCTACGAATCTTAAA
1 TTCTTGCAAATCTTAAA
21106 TTCTTGCAAA-CTTTAAA
1 TTCTTGCAAATC-TTAAA
*
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TTCTTGCAAATCTTAAA
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21052 ATTTCTTGCA
*
21062 AATCTTAAAATTCTTACAAACCTTAAATTCCTACG
1 AATCTT-AAATTCTTGCAAACCTTAAATTCCTACG
* * *
21097 AATCTTAAATTCTTGCAAACTTTAAATTCTTGCG
1 AATCTTAAATTCTTGCAAACCTTAAATTCCTACG
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1 AATCTTAAATTCTTGCAAA
21150 GCTGAAGTTC
Statistics
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AATCTTAAATTCTTGCAAACCTTAAATTCCTACG
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* * *
21049 TGAATTTCTTGCAAATCTTAAAATTCTTACAAACC
1 TGAAATTCTTGCGAATCTTAAAATTCTTGCAAA-C
* * *
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*
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* * * *
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TGAAATTCTTGCGAATCTTAAAATTCTTGCAAAC
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21039 ATGATGAAGT
* * *
21049 TGAATTTCTTGCAAATCTTAAAATTCTTACAAACCTTAAATTCCTACGAATC
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* * * * * * *
21101 TTAAATTCTTGCAAA-CTTTAAATTCTTGCGAATCTTAAATTCTTGCAAAGC
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*
21152 TGAAGTTCTTG
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Statistics
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TGAAATTCTTGCAAATCTTAAAATTCTTACAAACCTTAAATTCCTACAAAGC
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21732 CTATTTAAGT
* *
21742 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAAAAGAGCCCATTTCTTA
1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA
* * *
21785 ATTTAAAGTTGTTTAGCCTTCGTATAGAGGAGCCCATTTCATA
1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA
* * *
21828 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTCTATAAATGAGCCCATTTCTTA
1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA
* * * *
21871 TTTTAAAGTTGTTTAGCATCTATATAGAGGAGCCCATTTTTTA
1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA
* * * * * *
21914 TTTTAAAGTTCTTTTAGCCTCTATATAGAGGAGCGCACTTATTAA
1 TTTTAAAGTT-GTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCCCATTTCTT-A
*
21959 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGCCTCTATATAGAGGAGCTCATTTCTTA
1 TTTTAAAGTTGTTTAGCC--T-T-T-G------TATAGAGGAGCCCATTTCTTA
* **
22013 TTTTGAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCTTATTTCTTA
1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA
*
22056 ATTTAAA
1 TTTTAAA
22063 TTTGATTGCC
Statistics
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TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA
Found at i:22032 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 21928--22039 Score: 181
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21918 AAAGTTCTTT
21928 TAGCCTCTATATAGAGGAGCGCACTTATTAATTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTA
1 TAGCCTCTATATAGAGGAGCGCACTTATTAATTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTA
* * * *
21983 TAGCCTCTATATAGAGGAGCTCATTTCTT-ATTTTGAAGTTGTTTAGCCTTTGTA
1 TAGCCTCTATATAGAGGAGCGCACTTATTAATTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTA
22037 TAG
1 TAG
22040 AGGAGCTTAT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TAGCCTCTATATAGAGGAGCGCACTTATTAATTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTA
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Alignment explanation
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24496 ATGACAAACA
* *
24506 AATATAATAACTATTTG
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24523 AATA-AATAATTATTT-
1 AATAGAATAATTATTTG
*
24538 AATAGTATAATTATTTG
1 AATAGAATAATTATTTG
24555 AAT
1 AAT
24558 TTGCTGGGTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
15 4 0.13
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AATAGAATAATTATTTG
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Indices: 25110--25193 Score: 168
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25100 ATATTTATTT
25110 TTAAAATCTTTTACTTATTACTTGTCAAAATATTAATAAA
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1 TTAA
25194 TATTATTTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 25232--27217 Score: 729
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 175
25222 GAATAAAAAT
* * * * *
25232 AATTGCTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
25297 ACTAATTGAACTTATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAATGTCTA-
66 ACTATTTGAACTGA-TCAG-CAAACA-ATTTATTTTTT-AAA--TTTT-CTTATT-AATTTTTAG
** * * * ** * * * * *
25360 AATATTAATCAATTTGTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA
123 AATATTAAAAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAG-AAAC
** * * * * *
25415 AATAATTTTGTGAC-AAACAAAAGAGAT-ATAGCAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-G-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * *
25478 TGACTATTTAAACTTG-TTTG-ATATACATATTCAGTTTTAAAATCTCTTATTTATAAAATTTTA
64 TAACTATTTGAAC-TGATCAGCA-A-ACA-ATTTATTTTTTAAAT-T-TT-CTTATTAATTTTTA
* **
25541 GAATATTAAAAAATTAGAATTATGTTATTATGAACAAACTTGTATGGACAGAAAC
122 GAATATTAAAAAATTAGAATTAT-TTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* * * *
25596 AATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
25661 ACTATTTGCACTGATCAAGCCAATAGATTCATTTCTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAAT
66 ACTATTTGAACTGATC-AGCAAACA-ATTTATTTTTTAAA-TT-TT-CTTATTAATTTTTAGAAT
* * ** * *
25726 ATTAAAAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGGTTGTATCAATAGAAAA
126 ATTAAAAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* ** *
25777 AATTGTTTTACGACAAAACAAATA-GTCATAACGATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATTTTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * ** * * * *
25841 TAACTAACTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTCAAAATA
64 TAACTATTTGAACT-GATCAGCAAAC-AATTTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
25905 TTAATAAATTAAAATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTCAACAAAAAC
127 TTAAAAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* * * * * * * *
25955 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAACAGCCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
26020 ATTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAATTTTATTTTTTAAATCTATTTGTTATTAATTTTTATAAT
66 ACTATTTGAACT-GATCAGCAAACAA-TTTATTTTTTAAA--T-TTTCTTATTAATTTTTAGAAT
** * * * * * * * *
26085 ATTATTAGATTAGTATTATTTTTTTTAAATAAGCTTGTA-CGAACATAAAT
126 ATTAAAAAATTAGAATTATTTATTTTGAACAAACTTGTATC-AACAGAAAC
* * * * *
26135 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * ** *
26200 ACTATTTGAATTGGTTTGGAAAC-ATATAATCTCCT--A----CTTATTAATTTTTAAAATATTA
66 ACTATTTGAACTGATCAGCAAACAAT-TTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTA
** * ** * ** *
26258 ATAAAA-TA-ACATTACTTTATTCCGAATATGCTTGTATGATGAAAAAC
130 A-AAAATTAGA-ATTA-TTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* * * * * *
26305 AATTGTTTTATTATGACAAAAC-AAAGTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCC
1 AATTG--TT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * ** *
26369 TTAACTATTTGAACCGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTT-G
63 ATAACTATTTGAACTGATCAG-CAAAC-AATTTATTTTTTAAAT-T--TTCTTATTAATTTTTAG
* * ** *
26433 AAATATTAATAAAGT--AA-TA-TTA-TTT-----AA-TT-T-TGGATAGAAAC
123 -AATATTAAAAAATTAGAATTATTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* * ** * * * *
26474 AATTATTTTATGAGAAAACAAAGATCAT-ACCAA--TTTGAGATAGAT-AAT--TGT-TTAAATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-A-GGTCA-TAACGATT-TGA-A-ATAAATAAT-TGTTCAA-A
* * * * * *
26532 --GTCATAACTATTT-AAATCGATCCTGTAAACAAATTTAGTTTTT-AA-TCTCTAATTAATTTT
58 TAGTCATAACTATTTGAACT-GAT-CAGCAAAC-AATTTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTT
* * * * * ** * *
26592 T-GAAATAGTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
120 TAG-AATATTAAAAAATTAGA-ATTA-TTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* * *
26649 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGAT-ATAACGATTTGAAAT--A-AA-TG--------GACAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * **
26701 GACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAA
65 AACTATTTGAAC-TGATCAGCAAACA-ATTTATTTTTTAAAT-T--TTCTTATTAATTTTTAGAA
* * ** * * *
26766 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
125 TATTAAAAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* * * * * * *
26818 AATTCTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATATAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
26883 ACCATTTGAATTTGCTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAA
66 ACTATTTGAA-CTGATCAGCAAACA-ATTTATTTTTTAAA--TTTT-CTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * * * * *
26947 TTTTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTTTA-CAAATAGAAAC
125 TATTAAAAAATTAGAATTATT-TATTTTGAACAAACTTGTATC-AACAGAAAC
* * * * * *
26999 AATTGATTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
27064 ACTATTTGAAAGTGTTCA-AAAAAAATTCATTTTTTAAATCTTTGCTTACTAATTTTGA-AATAT
66 ACTATTTG-AACTGATCAGCAAACAATTTATTTTTTAAAT-TTT-CTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * ** * * * *
27127 TAGTAAATTTA-TATTATTTTATTAGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
128 TA-AAAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
* *
27176 AATTGTTTCAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
27218 GGGTAATTGT
Statistics
Matches: 1378, Mismatches: 308, Indels: 240
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 25 0.02
162 1 0.00
163 3 0.00
164 30 0.02
165 10 0.01
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167 16 0.01
168 9 0.01
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170 33 0.02
171 4 0.00
172 58 0.04
173 22 0.02
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177 120 0.09
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179 21 0.02
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTGATCAGCAAACAATTTATTTTTTAAATTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAA
AAAATTAGAATTATTTATTTTGAACAAACTTGTATCAACAGAAAC
Found at i:26078 original size:359 final size:349
Alignment explanation
Indices: 25161--27217 Score: 919
Period size: 359 Copynumber: 5.8 Consensus size: 349
25151 TAAAATCTTT
* * *
25161 TACTTATTACTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA--ATGCAA-ATAAGCTTGTATG
1 TACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTATG-AACA-AA-CTTGTATG
* * * * * * * * * * *
25223 AATAAAAATAATTGCTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
62 AACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTAAA
* * * * * * * * *
25288 ATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
127 ATAGCCTTAACTATTTGAACTGA-TCAAGCAAACAGATTCATTTCTT-AAATCTATTACTTATT-
* * ** * * * * * *
25352 AATGTCTA-AATATTAATCAATTTGTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAA
189 AATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCATTA-TTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAACAG-AAAAA
** ** * * * * *
25416 ATAATTTTGTGAC-AAACAAAAGAGAT-ATAGCAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCAT
252 ATTGTTTTACGACAAAAC-AAA-AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
* ** * *
25479 GACTATTTAAACTT-GTTT-GATATACATATTCAGTTTTAAAATCTCT
315 AACTAACTGAA-TTGGTTTGGA-A-ACA-A---A----T--AATCTCC
* * * * * * *
25525 TATTTATAAAATTTTAGAATATTAAAAAATTAGAATTATGTTATTATGAACAAACTTGTATGGAC
1 TACTTAT-TAATTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTATGAACAAACTTGTATGAAC
* * * * * * *
25590 AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGGAAATAAATAATTGTTAAAATA
65 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATA
* * * * * *
25655 GTCATT-ACTATTTGCACTGATCAAGCCAATAGATTCATTTCTTAAATTTGTTACTTATTAATTT
130 G-CCTTAACTATTTGAACTGATCAAGCAAACAGATTCATTTCTTAAATCTATTACTTATTAATTT
* * *
25719 TTAGAATATTAAAAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGGTTGTATC-AATAGAAAAAATTGT
194 TTAGAATATTAAAAAATTAGCATTA-TTTATTTTAAATAAGCTTGTA-CGAACAGAAAAAATTGT
**
25783 TTTACGACAAAACAAATAG-TCATAACGATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATTTTTATAACTA
257 TTTACGACAAAACAAA-AGATCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* * **
25847 ACTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT
320 ACTGAATTGGTTTGG-AAACAAA-TAATCTCC
* * *
25879 TAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTTGAACAAACTTATG
1 T--A---CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTATGAACAAACTTGTA
* * *
25944 TCAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTG
60 TGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTA
* * * * * **
26009 AAACAGCCTTAATTATTTGAACTGGTTC-AGCAAACA-ATTTTATTTTTTAAATCTATTTGTTAT
125 AAATAGCCTTAACTATTTGAACT-GATCAAGCAAACAGA-TTCATTTCTTAAATCTATTACTTAT
* ** * * * * *
26072 TAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTTTTAAATAAGCTTGTACGAACATAAATAA
188 TAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCATTATTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAA
* * * *
26137 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
253 TTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
** *
26202 TATTTGAATTGGTTTGGAAACATATAATCTCC
318 TAACTGAATTGGTTTGGAAACAAATAATCTCC
* * * ** * ** **
26234 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAACATTACTTTATTCCGAATATGCTTGTATGATG
1 TACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTATGAACAAACTTGTATGAAC
* * *
26299 AAAAACAATTGTTTTATTATGACAAAAC-AAAGTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
65 AAAAAC-ATT-TGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTAAA
* ** * * * * *** *
26363 ATAGCCTTAACTATTTGAACCGAT-TTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAA
127 ATAGCCTTAACTATTTGAACTGATCAAG-CAAACAGATTCATTTCTTAAATCTATTACTTATTAA
* * * * *
26427 TTTTT-GAAATATTAATAAAGTA--A-TA-TTA-TTT-AAT----TT-T--GGATAGAAACAATT
191 TTTTTAG-AATATTAAAAAATTAGCATTATTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAATT
* * * * * * * * *
26478 ATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
255 GTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
** * * * * * * **
26542 TTTAAATCGATCCTGTAAACAAATTTAGT-TTT
320 ACTGAATTGGT-TTGGAAACAAA--TAATCTCC
* * * * * * **
26574 TAATCTCTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAT
1 T-A-CT-T-ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTATGAACAAACTTGTAT
* * * * * * **
26639 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGAT-ATAACGATTTG--A-A-ATAA--ATGG
61 GAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTA
* * * * * ***
26697 ACAT-G-----ACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
125 AAATAGCCTTAACTATTTGAAC-TGATCAAGCAAACAGATTCATTTCTTAAATCTATTACTTATT
* * * * * * *
26755 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
189 AATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCATTA-TTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAA
* * * * * * * *
26820 TTCTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATATAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
253 TTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
* ** * ** * **
26885 CATTTGAATTTGCTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTT
318 TAACTGAA-TTGGTTTGGAAACA-A---A-----T-AATCTCC
* * ** * * * * * ** *
26928 TACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTTTACAAAT
1 TACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTATGAACAAACTTGTATGAAC
* * * * * * *
26993 AGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
65 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATA
* * * * * * * *
27058 GTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAA--AAA-AAATTCATTTTTTAAATCT-TTGCTTACTAATTT
130 GCCTTAACTATTTG-AACTGATCAAGCAAACAGATTCATTTCTTAAATCTATTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
27119 TGA-AATATTAGTAAATTTA-TATTATTT-TATTAGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
194 TTAGAATATTA-AAAAATTAGCATTATTTATTTTA--AATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAATTG
* * * *
27181 TTTCA-TATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
256 TTTTACGA-CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
27218 GGGTAATTGT
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 264, Indels: 184
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
330 64 0.05
331 4 0.00
332 1 0.00
333 2 0.00
335 4 0.00
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340 3 0.00
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343 5 0.00
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348 2 0.00
349 4 0.00
350 138 0.10
351 11 0.01
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355 5 0.00
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365 9 0.01
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
TACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTATGAACAAACTTGTATGAACA
AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAG
CCTTAACTATTTGAACTGATCAAGCAAACAGATTCATTTCTTAAATCTATTACTTATTAATTTTT
AGAATATTAAAAAATTAGCATTATTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAATTGTTTTA
CGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAA
TTGGTTTGGAAACAAATAATCTCC
Found at i:26530 original size:166 final size:161
Alignment explanation
Indices: 26315--26618 Score: 387
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
26305 AATTGTTTTA
* * *
26315 TTATGACAAAACAAAGTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCTTAACTATTTG
1 TTATGACAAAACAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTTA
* ** * *
26380 AACCGAT-TTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATA
66 AACCGATCCTG-TAAACAAATTTAGTTTTT-AATCTCCAA----TTAATTTTTGAAATAGTAATA
26444 AAGTAATATTATTTAATTTTGGATAGAAACAATTATT
125 AAGTAATATTATTTAATTTTGGATAGAAACAATTATT
* * * * *
26481 TTATGAGAAAACAAAGATCATACCA-ATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAGATCATA-AAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTT
* * *
26545 AAATCGATCCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAATCTCTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTA
65 AAACCGATCCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAATCTCCAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTA
26610 ATATTATTT
130 ATATTATTT
26619 TATTCTAAAT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 16, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 33 0.28
165 8 0.07
166 76 0.63
167 3 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
TTATGACAAAACAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTTA
AACCGATCCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAATCTCCAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAAGTAA
TATTATTTAATTTTGGATAGAAACAATTATT
Found at i:28792 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 28394--30315 Score: 1401
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
28384 AAATTGCCTT
* ** * * * * * *
28394 ACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAAAATCTCTTAGTAATTAA-TTGTCAG
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * * * * * *
28458 AATCTTATTATATTAATAATATTTTAGTTT-GAATAAGCTTCTATGAATAGAAATAATTATTTTC
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
* ** * * * *
28522 TGATAGAACAAAAGGTTGTAATGATTTGAAATATATAACTGTTCAAATAGTTATA
127 TGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
28577 ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
28642 ATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTAGAATAAACTTGGATGAGTTGAAATAAATGTTTTATGAT
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAT
* * * *
28707 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGTCCTA
131 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** ** * * * **
28758 ACTATTTGAACTGGTTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATGAATTTTCAAAAT
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * *
28823 ATTACTAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAT
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAT
* * * * *
28888 AGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAGTAGTCATA
131 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * ** *
28939 ACTATGTGAATTGGTTTGGTAAGCGGATTT-TCTTTTTTAATCTC--A--TACTAATTCCTAAAA
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *
28999 TATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATG--TTGAAAAATAATTATTTTA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAATAATTGTTTTA
* ** * * * * * *
29061 TGACAAAATGAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
127 TGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** * **
29116 ATTATTTAAACTGATTTAGTAAATTGATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * ** * *
29181 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAATAAAAATAATTGTTTTACGAC
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAT
* * * *
29246 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
131 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * *
29297 AGTATTTGAACTTATTC-GATAAACGGATTTACTTTTCTAAATCTCTTGCTTATTAATCTTTTGA
1 ACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGA
* * * *
29361 AA-GTTAATAAATTAGTATTAATTTT-TTTAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
29424 TGATTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGAAAATTATTC-TATAGTCTTA
127 TGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** ** * * *
29478 ACTATTTAAACTAATTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * ** * *
29543 ATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCA-AATCAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATA
66 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATAATTGTTTTATG
* * * * ** * **
29606 ACAAAAC--AAGGATCATAACAATTTCAAATTGATCTTTGTTTAAATAGTTGTA
129 ATAAAACAAAAGG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
29658 ACTATTTGAATTTGTTCAGAAAATAGCTTTAATTTTTAAATCTCTTACCTAATAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * *
29723 ATTAATAAAATAATTTTATTTTATTTTAG-ATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTG--TT-T--
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGA
*
29782 TACAACAAAA---CA-AAT--TTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
130 TAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * **
29827 TA-TATTTTAACTTGTTCAGCAAACAAATTTATATTTTTAAATATTTTGTTTATTAATTTTTTG-
1 -ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGA
* * * * *
29890 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTGGTATG-ACTAAAAT-ATTGTTTTAT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTAT
* * * * * *
29953 AACT-AAACAAAAGCTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTA
128 GA-TAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
30007 ACTATTTGAAATGATTCAGCAAACATATTTATCTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * ** *
30072 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTT-TGA
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTT-TTATGA
* * * ** * * *
30136 CAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATA
130 TAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
30187 ACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTAAAAT
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * *
30248 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTGTATGCATAGAAACATTTTTTTTATGAT
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAT
30312 AAAA
131 AAAA
30316 TAGATATGAC
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 322, Indels: 116
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 54 0.04
170 55 0.04
171 7 0.01
172 2 0.00
173 9 0.01
174 3 0.00
175 32 0.02
176 47 0.03
177 142 0.10
178 17 0.01
179 96 0.07
180 289 0.21
181 458 0.34
182 115 0.08
183 33 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAT
AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
Found at i:29147 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 28477--29564 Score: 906
Period size: 358 Copynumber: 3.0 Consensus size: 358
28467 ATATTAATAA
* * * *
28477 TATTTTAGTTTGAATAAGCTTCTATGAATAGAAATAATTATTTTCTGATAGAACAAAAGGTTGTA
1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
* * * * * * *
28542 ATGATTTGAAATATATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGAATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATGTAAACTAGTTCAGTAAAGAGAATT
* ** * * *
28607 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTAGAA
130 ATTTTTTAAATCTCATAC-T-TAAATTCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAGAA
* * * *
28672 TAAACTTGGATGAGTTGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
193 TAAACTTGGAT-AGTTGAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAG
* * * *
28737 ATAATTCTTCATATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTA
257 ATAATTATTCAAATAGTCCTAACTATTTAAACTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTA
* * **
28802 TTAGTTATGAATTTTCAAAATATTACTAATTTAGTAT
322 TTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAT
*
28839 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTT-GAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
* * * * * * ** * *
28904 ATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAGTAGTCATAACTATGTGAATTGGTTTGGT-AAGCGGATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATGTAAACTAGTTCAGTAAAGAGAATT
* *
28968 TTCTTTTTTAATCTCATAC-T-AATTCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCA-AA
130 AT-TTTTTAAATCTCATACTTAAATTCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT-AGAA
* * * ** **
29030 TAAGCTTGTAT-GTTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAATGAAAGGTAAAAATGATTTGAAATA
193 TAAACTTGGATAGTTG--AAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATA
* * * ** * *
29094 GATAATTATTTAAATAG-CCATAATTATTTAAACTGATTTAGTAAATTGATTTATTTTTTAAGTC
256 GATAATTATTCAAATAGTCC-TAACTATTTAAACTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATC
* *
29158 TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAT
320 TATTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAT
* * * * * *
29197 TATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAATA-AAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAA-GTTCA
1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT-A
* * * * * *
29260 TAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAGTATTTGAACTTA-TTC-GATAAACG-
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATGTAAAC-TAGTTCAG-TAAA-GA
* * * * ** * * * *
29322 GATTTACTTTTCTAAATCTCTTGCTTATTAATCTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTAATTTT
125 GAATTA-TTTTTTAAATCTCATACTTA--AAT-TCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA
* * ** * * ** * * **
29386 TTTAGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT
186 TTTAGAATAAACTTGGAT-AGTTGAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAAAACAATTT
* * * * * *** ***
29451 AAAATAGAAAATTATTC-TATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTGGGCAAACACATTTATTTTTT
250 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCTAACTATTTAAACTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTT
* * * ** * *
29515 AAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
315 AAATCTATTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAT
29559 TATTTT
1 TATTTT
29565 TATCCAAATC
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 117, Indels: 46
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 4 0.01
357 10 0.02
358 250 0.43
359 23 0.04
360 3 0.01
361 10 0.02
362 191 0.33
363 88 0.15
364 5 0.01
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (358 bp):
TATTTTATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA
TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATGTAAACTAGTTCAGTAAAGAGAATTA
TTTTTTAAATCTCATACTTAAATTCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAGAATAA
ACTTGGATAGTTGAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCCTAACTATTTAAACTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTATTAC
TTATGAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAT
Found at i:30151 original size:529 final size:533
Alignment explanation
Indices: 28545--30307 Score: 1422
Period size: 539 Copynumber: 3.3 Consensus size: 533
28535 GGTTGTAATG
* * * * * * * * * *
28545 ATTTGAAATATATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATT
1 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAATAGATTTAAT
* * * * *
28610 TTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTAGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** ** * ** * * * * *
28675 ACTTGGATGAGTTGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
130 GTTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTA--A-CAAACAAAA--TCA-AA-GATTTTAAATAGATA
* * * * ** * *** * * *
28740 ATTCTTCATATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATGGATTTA-TTTTTTAAATCTATT
188 ATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTTATTCGACAAACAAATTTACTTTTCTAAATATCTT
* ** * * * * * **
28804 AG-TTATGAAT-TTTCAAAATATTACTAATTTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAACTTATATGA
253 -GCTTATTAATCTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTAATTTT-TTTAGAATAAGCTGGTATGA
* * * * * *
28866 A-TAGAAAAAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATT-T
315 ACT-GAAACAATTATTTTATAACTA-AACAAAAGCTTAGAATAATTTAAAATAGAAAATTATTCT
* * * * ** ** * * ** * *
28928 AAGTAGTCATAACTATGTGAATTGGTTTGGTAAGCGGATTT-TCTTTTTTAATCTC--A--TACT
378 -A-TAGTCTTAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACACATTTATC-TTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * * *
28988 AATTCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT-T-CAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAT
440 AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTT-TTATCCAAAT-AGCTTGTATGATAAAAAAC
* * * * * * **
29051 AATTATTTTATGACAAAATGAAAGGTAAAAATG
502 AATTGTTTTATAACAAAA-CAAAGATCATAACA
* * ** * * * * *
29084 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTAAACT-GATTTAGTAAATTGATTTAT
1 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAG-TTCAGAAAATAGATTTAA
* * *
29148 TTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATA
*
29213 AGTTTTTATGAATAAAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGAT
129 AGTTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTA--AC-AAACAAAA--TCA-AA-GATTTTAAATAGAT
* * ** *
29278 AATTGTTCAAATAGTTATAAGTATTTGAACTTATTCGATAAACGGATTTACTTTTCTAAATCTCT
187 AATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTTATTCGACAAACAAATTTACTTTTCTAAATATCT
*
29343 TGCTTATTAATCTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTAATTTTTTTAGAATAAGCTTGTATGAAC
252 TGCTTATTAATCTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTAATTTTTTTAGAATAAGCTGGTATGAAC
* * * *
29408 TGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGAAAATTATTCTATAG
317 TGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGCTTAGAATAATTTAAAATAGAAAATTATTCTATAG
** * *
29473 TCTTAACTATTTAAACTAATTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTT
382 TCTTAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACACATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
29538 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATCAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTT
447 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAAT-AGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTT
*
29603 ATAACAAAACAAGGATCATAACA
511 ATAACAAAACAAAGATCATAACA
* ** * * * ** * * * *
29626 ATTTCAAATTGATCTTTGTTTAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGAAAATAGCTTTAAT
1 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAATAGATTTAAT
* * * *
29691 TTTTAAATCTCTTACCTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATTTTATTTTATTTT-AGATA
66 TTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGA-ATA
*
29755 AGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTT-AC-AACAAAA-C-AA-ATTTTAAATAGATAATTGT
129 AGTTTTTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTAACAAACAAAATCAAAGATTTTAAATAGATAATTGT
* * * * *
29814 TCAAATAGTCATATA-TATTTTAACTTGTTC-AGCAAACAAATTTA-TATTTTTAAATATTTTGT
193 TCAAATAGTCATA-AGTATTTGAACTTATTCGA-CAAACAAATTTACT-TTTCTAAATATCTTGC
* * *
29876 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTGGTATG-ACT-
255 TTATTAATCTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTAATTTT-TTTAGAATAAGCTGGTATGAACTG
* * * *
29938 AAA-ATATTGTTTTATAACTAAACAAAAGCTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
319 AAACA-ATTATTTTATAACTAAACAAAAGCTTAGAATAATTTAAAATAGAAAATTATTCT-ATAG
* * *
30002 TCTTAACTATTTGAAA-TGATTCAGCAAACATATTTATCTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTT
382 TCTTAACTATTT-AAACTAATTCAGCAAACACATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* *
30066 TGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATATGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGT
446 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCCAAATA-GCTTGTATGATAAA-AAACAATTGT
* * *
30129 TCTT-TGACAAAATAAAGATCATAACG
508 T-TTATAACAAAACAAAGATCATAACA
* * * * *
30155 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAGT
1 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAATAGATTTAAT
*
30220 TTTTAAATCT-TT--TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-
66 TTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
30281 TTTGTATGCATAGAAACATTTTTTTTA
131 TTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
30308 TGATAAAATA
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 174, Indels: 82
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
523 1 0.00
524 20 0.02
525 42 0.04
526 1 0.00
527 1 0.00
528 60 0.06
529 193 0.19
530 119 0.12
531 1 0.00
532 2 0.00
534 1 0.00
537 7 0.01
538 1 0.00
539 241 0.24
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541 19 0.02
542 135 0.13
543 68 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (533 bp):
ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAATAGATTTAAT
TTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
TTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTAACAAACAAAATCAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAAGTATTTGAACTTATTCGACAAACAAATTTACTTTTCTAAATATCTTGCTTATTA
ATCTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTAATTTTTTTAGAATAAGCTGGTATGAACTGAAACAAT
TATTTTATAACTAAACAAAAGCTTAGAATAATTTAAAATAGAAAATTATTCTATAGTCTTAACTA
TTTAAACTAATTCAGCAAACACATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
TTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAC
AAAGATCATAACA
Found at i:30344 original size:137 final size:141
Alignment explanation
Indices: 30187--30458 Score: 327
Period size: 141 Copynumber: 1.9 Consensus size: 141
30177 AATAATCATA
* *
30187 ACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-T-TTATTAATTTTTAAAATAT
1 ACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTACTATTAATTTGTAAAATAT
* * * ** * * *
30250 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AATTTGTATGCATAG-AAACATTTTTTTTATGATA
66 TAATAAATTAGTATAATTTTATTATGAATAAACTTGTATAAATAGAAAACAATTATTTTATGACA
30313 AAATAGATATG
131 AAATAGATATG
* * * * * * **
30324 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAGATGGATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAATTTGTGGAAT
1 ACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-CTA-CTATTAATTTGTAAAAT
*
30389 TTTAATAAATTAGTATAATTTTATTATGAATAAACTTGTATAAATAGAAAACAATTATTTTATGA
64 ATTAATAAATTAGTATAATTTTATTATGAATAAACTTGTATAAATAGAAAACAATTATTTTATGA
30454 CAAAA
129 CAAAA
30459 CAAAAGAACA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 19, Indels: 6
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
137 37 0.34
139 1 0.01
141 41 0.37
142 12 0.11
143 19 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (141 bp):
ACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTACTATTAATTTGTAAAATAT
TAATAAATTAGTATAATTTTATTATGAATAAACTTGTATAAATAGAAAACAATTATTTTATGACA
AAATAGATATG
Found at i:30848 original size:205 final size:204
Alignment explanation
Indices: 30436--30803 Score: 472
Period size: 205 Copynumber: 1.8 Consensus size: 204
30426 GTATAAATAG
* * *
30436 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAA
1 AAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAA
* * * * * * * *
30501 TCATAACTATTTGAGCTTACTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACATACTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAAATTTAACATAATAATTTTT
* * **
30566 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATATTAATAAATTAGTATTAATAAAT
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATATGAATAAA-TACAATTAATAAAT
**
30631 TGGATGAACA
195 TGGAAAAACA
* ** * *
30641 AAAATAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAAGTAATTGTTCAAACAC
1 AAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAA
** *
30706 TCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTAAAAAATTTTACATAATAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACATACTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAAATTTAACATAATAATTTTT
30770 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAA
131 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA
30804 GTAAGCCTAT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 20, Indels: 4
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
203 6 0.04
204 46 0.32
205 90 0.63
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (204 bp):
AAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAA
TCATAACTATTTGAACATACTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAAATTTAACATAATAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATATGAATAAATACAATTAATAAATT
GGAAAAACA
Found at i:30904 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 30878--30919 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
30868 AGATAATATT
30878 TCACATAGTCATAACTATTTAA
1 TCACATAGTCATAACTATTTAA
30900 TCACATAGTCATAACTATTT
1 TCACATAGTCATAACTATTT
30920 GATCTTGTTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
TCACATAGTCATAACTATTTAA
Found at i:31607 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 30904--32693 Score: 1306
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 181
30894 ATTTAATCAC
* * * *
30904 ATAGTCATAACTATTTGATCTTGTTCGCTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA
* * * ** * * *
30968 TTTT-TGCAATCTTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATAAACTA-ACACA
65 TTTTCAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * ** *
31030 ATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAA
127 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
31085 ATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTA--TTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
31148 TGTCAAAATATT-ATGAAATTA-ATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAATAA
66 TTTCAGAATATTAAT-AAATTAGA-ATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * ** *
31210 TTGTTTAATGATAAAACAAAATGTAATATGGGTTTGAAATAAATAATTGTTCAA
128 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * ** ** *
31264 ATAATCATAACTATTTG-ACCTAATCAGTAAACA-ATTTTATTTTTTAAATAAT-TTACTTATTA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
31326 ATTGT-GGAATATTAATAAATTTGCATAATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAT
64 ATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
31390 TATTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAGCGATTTGAAATAAATAACTATTCAA
129 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * *
31443 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * **
31508 TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAACTTGTACAAATAGAAACAATTG
66 TTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * *
31573 TTTTGTGATAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
131 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * *** ** * * * *
31624 ACAGTCATAACTATTTGCACTTCTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTCACTAA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA
* * *
31688 TTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAAT
65 TTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
31752 TGTTTTTTGACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
129 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
31805 ATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAGACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTCTTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
31870 TTTCAAAATATTAATAAA-T---ATTATTTTATTTCAAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTG
66 TTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
31931 TTTTATTAC--AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
131 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * *
31980 ATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGG-AAACA-ACATTATTTTTTGAATATCTTATTTATT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-TGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** * * * *
32042 AATTTT-TGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCTGAAT-AAGTTACTAAGAACTACAA
63 AATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTC-GAATAAACTT-GTATGAA-TAGAA
* * * * * *
32104 A-AATTATTTTACGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAT
124 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
32161 ATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATGTTTTAAATATCTTAGTTATTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * * *
32226 TTTCATAAAATCATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATAAAGAATTG
66 TTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
32291 TTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATATATAATTGTTCAA
131 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * *
32342 ATAATCATAA-TATTTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
32403 TTTGA-AATAATAGTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACATT
66 TTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * * *
32465 TGTTATATGACCAAACCAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTGTTAAA
129 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * ** * * * * * *
32518 ATGGCCATAATTATTTGAA-ATGATTCAGTAAAAAGATTCACTTTATAAATCACTTA-TTACT--
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
32579 TTTTGA-AATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTCGAACAAGCTTGTATGAACTA-AAACAAA
65 TTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * *
32642 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTGTTCA
129 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
32694 TGTAGTTATT
Statistics
Matches: 1272, Mismatches: 286, Indels: 106
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 101 0.08
176 96 0.08
177 170 0.13
178 32 0.03
179 244 0.19
180 115 0.09
181 502 0.39
182 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
TTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
Found at i:32057 original size:537 final size:536
Alignment explanation
Indices: 30939--32693 Score: 1249
Period size: 537 Copynumber: 3.3 Consensus size: 536
30929 CGCTAAACAG
* * * **
30939 ATTCATTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTGCAATCTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTCATTTTTT-AATATCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * *
31003 TTGAATAAGTTTATATAAACTAACACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGA
64 TCGAATAAACTTGTA-AAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
* * * ** ** * * * * *
31068 AATGGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACATATT--TATTTAA
127 AATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAAC-TGCTCAAGCAAACAAATTCATGTTTTA
* * * * * ** * * * *
31130 AAT-CTTTTACTTATTAATTGTCA-AAATAT-TATGAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAG
191 AATAC-CTTACTCACTAATTTTCAGAAA-ATCAAT-AAATTAGCATTACTTTATTTC-GAATAAA
* * * * * * * * ****
31191 CTTGTATGAAGAAAAATAATTGTTTAATGATAAAACAAAATGTAATATGGGTTTGAAATAAATAA
252 CTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * ** *
31256 TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGACCTAATCAG-TAAACA-ATTTTATTTTTTAAATAATTTA
317 TTGTTCAAATAATCATAA-TAATTGAACTAGTTTGCTAAACAGA-TTTATTTTTT--A-AATCT-
* * * * **** * * * * * * *
31319 CTTATTAA-TTGTGGAATATTAATAAATTTGCATAATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTATGAATA
376 CTTATTAATTTTTGAAATAATAGTAAATAAATATTATTTTATTCT-AAACAAACTTGAACGAACA
* * ** * *
31382 GAAAAAATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAGGCT-ATAGCGATTTGAAATAAATAACTATTCAAA
440 -AAAACATT-TGTTATATGACCAAACAAAAGG-TAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * *
31444 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-TGGTAAAC-AT
502 TAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGG-AAACAAC
* * * * *
31478 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATT
1 ATTCATTTTTT-AATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
* * * *
31542 TCGAATAAACTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGA
64 TCGAATAAACTTGTA-AAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
31607 AATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACTATTTGCACTTCTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAA
127 AATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAACTGCTCAAGCAAACAAATTCATGTTTTAA
* *
31672 AT-CCATTACTCACTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-T
192 ATACC-TTACTCACTAATTTTCAGAAAATCAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAA-ACTT
* * * * **
31735 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTGAAATAAATAATTG
255 ATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * **
31800 TTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAGACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTC
320 TTCAAATAATCATAA-TAATTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
** *
31865 TTAATTTTCAA-AATA-TTAATAAATATTATTTTATT-TCAAACAAACTT-ATACGAACAAAAAC
384 TT--TTTGAAATAATAGTAAATAAATATTATTTTATTCT-AAACAAACTTGA-ACGAACAAAAAC
* * * * *
31926 ATTTGTTTTATTA-C-AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
445 ATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
31989 ATTATTTGAATTGGTTCAGGAAACAAC
510 ATTATTTGAATTGGTTCAGGAAACAAC
* *
32016 ATT-ATTTTTTGAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TT
1 ATTCATTTTTT-AATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT
* * * * *
32079 CTGAAT-AAGTTACTAAGAACTACAAA-AATTATTTTACGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTT
65 C-GAATAAACTT-GTAA-AA-TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
* * * * * * *** *
32142 GAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATGTTTT
125 GAAATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAACTGCTCAAGCAAACAAATTCATGTTTT
* * * * * * * * * *
32207 AAATATCTTAGTTATTAATTTTCATAAAATCATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
190 AAATACCTTACTCACTAATTTTCAGAAAATCAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAACTT
* * * * * * *
32272 GTATGAACATAAAGAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATATATAATTG
255 ATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
*
32337 TTCAAATAATCATAATATTTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
320 TTCAAATAATCATAATAATTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
* * * * * * *
32402 TTTTGAAATAATAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTG
385 TTTTGAAATAATAGTAAATAAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTGAACGAACAAAAACATTTG
* * * * *
32467 TTATATGACCAAACCAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTGTTAAAATGGCCATAATTAT
450 TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * *
32532 TTGAAATGATTCAGTAAA-AAG
515 TTGAATTGGTTCAGGAAACAAC
* * * *
32553 ATTCACTTTATAA-ATC--ACTTATTACTTTTTGAAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTC
1 ATTCATTTTTTAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
32615 GAACAAGCTTGTATGAACTAAAACAAATGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCAAAACGAGTTGAAA
66 GAATAAACTTGTA--AAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
32680 TAGATAATTGTTCA
129 TAGATAATTGTTCA
32694 TGTAGTTATT
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 216, Indels: 89
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 3 0.00
534 95 0.10
535 11 0.01
536 106 0.11
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538 100 0.10
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540 6 0.01
541 124 0.13
542 22 0.02
543 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
ATTCATTTTTTAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC
GAATAAACTTGTAAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAACTGCTCAAGCAAACAAATTCATGTTTTAAATAC
CTTACTCACTAATTTTCAGAAAATCAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAACTTATATGA
ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
TAATCATAATAATTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
AATAATAGTAAATAAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTGAACGAACAAAAACATTTGTTATAT
GACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAT
TGGTTCAGGAAACAAC
Found at i:32292 original size:718 final size:717
Alignment explanation
Indices: 30937--32357 Score: 1619
Period size: 718 Copynumber: 2.0 Consensus size: 717
30927 TTCGCTAAAC
* * * * * *
30937 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTCATTAATTTTTGCAATCTTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTAGCAATATTAATAAATTAACATTACTTTAT
* ** * *
31002 TTTGAATAAGTTTATATAAACTAACACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTG
66 TTCGAATAAGACTATATAAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
** * * *
31067 AAATGGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTAAAA
131 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTAAAA
* * * *
31132 TCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTATGAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTA
196 TCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAT-AAATAAATATTATTTTAATCTAAACAAACTTATA
* * * *
31197 TGAAGAAAAATAATTGTTTAATGATAAAACAAAATGTAATATGGGTTTGAAATAAATAATTGTTC
260 CGAACAAAAACAATTGTTTAAT-ATAAAACAAAATGTAATATGGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * **
31262 AAATAATCATAACTATTTGACCTAATCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATAATTTACTTATTAA
324 AAATAATCATAACTATTTGAACTAATCAGGAAACAACATTATTTTTTAAATAATTTACTTATTAA
* * *
31327 TTGTGGAATATTAATAAATTTGCATAATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTA
389 TTGTGAAATATTAATAAATTTGCATAATTTTATTTGGAATAAGCTTCTAAGAATAGAAAAAATTA
* * * * *
31392 TTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAGCGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTAT
454 TTTTACGACAAAAAAAAAGGCTATAACGATTTGAAATAAAGAACTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * * * *
31457 TTGAACTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTAGAATATTAA
519 TTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTCATGTTTTAAATATCTTACTTAATAATTTTCAGAAAATCAA
* * *
31522 TAAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAACTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAAC
584 TAAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAACTTGTACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
31587 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACTATTTGCACTTCTCAAG
649 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAA-TATTTGCACTTCTCAAG
31652 CCAAT
713 CCAAT
*
31657 AGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTCACTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTT
1 AGATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTCACTAATTTT-AGCAATATTAATAAATTAACATTACTTT
* * * * * * **
31720 ATTTCGAATAAGACTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAATGGTCGTAATGAT
64 ATTTCGAATAAGACTATATAAACTA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * *
31784 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAGACAGATTTATTTT
128 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGATTCGATAAACAGATTTA--TT
* * * * *
31849 TTAAATCTTTTATTTCTTAATTTTCAAAATA-T-T-AATAAATATTATTTT-ATTTCAAACAAAC
191 TAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTATAAATAAATATTATTTTAATCT-AAACAAAC
* * * * *
31910 TTATACGAACAAAAACATTTGTTTTAT-TACAACAAAATGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAAT
255 TTATACGAACAAAAACAATTGTTTAATATAAAACAAAATGTAAT-ATGGATTTGAAATAAATAAT
* * * ** * *
31973 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCAGGAAACAACATTATTTTTTGAAT-ATCTTAT
319 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-AATCAGGAAACAACATTATTTTTTAAATAAT-TTAC
* ** *
32037 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCT-GAATAAG-TTACTAAGAACT
382 TTATTAA-TTGTGAAATATTAATAAATTTGCATAATTTTATT-TGGAATAAGCTT-CTAAGAA-T
* * * * *
32100 A-CAAAAATTATTTTACGACAAAATAAAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATAT
443 AGAAAAAATTATTTTACGACAAAA-AAAAAGGCTATAACGATTTGAAATAAAGAACTATTCAAAT
* * * *
32163 AGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATGTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTT
507 AGCCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTCATGTTTTAAATATCTTACTTAATAATTT
* * * * * * ** * *
32228 TCATAAAATCATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATAAAGAATTGTT
572 TCAGAAAATCAATAAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAACTTGTACAAACAGAAACAATTGTT
* * * * *
32293 TTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAATATTTG
637 TTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATATTTG
32358 AACTAGTTTG
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 108, Indels: 31
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
716 55 0.09
717 45 0.08
718 284 0.49
719 12 0.02
720 152 0.26
721 2 0.00
722 29 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (717 bp):
AGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTAGCAATATTAATAAATTAACATTACTTTAT
TTCGAATAAGACTATATAAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTAAAA
TCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTATAAATAAATATTATTTTAATCTAAACAAACTTATAC
GAACAAAAACAATTGTTTAATATAAAACAAAATGTAATATGGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
ATAATCATAACTATTTGAACTAATCAGGAAACAACATTATTTTTTAAATAATTTACTTATTAATT
GTGAAATATTAATAAATTTGCATAATTTTATTTGGAATAAGCTTCTAAGAATAGAAAAAATTATT
TTACGACAAAAAAAAAGGCTATAACGATTTGAAATAAAGAACTATTCAAATAGCCATAACTATTT
GAACTGGTTTGGCAAACAAATTCATGTTTTAAATATCTTACTTAATAATTTTCAGAAAATCAATA
AATTAGAATTATATTATTTCGAATAAACTTGTACAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATATTTGCACTTCTCAAGCCA
AT
Found at i:32809 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 32571--32821 Score: 315
Period size: 128 Copynumber: 2.0 Consensus size: 128
32561 TATAAATCAC
* * * *
32571 TTATTACTTTTTGAAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTCGAACAAGCTTGTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTAATTCCGAACAAGCTTGTATGAACTAA
* * * * *
32636 AACAAATGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAG
66 AACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGAGTTAAAATAGATAATTATTCATGTAG
** * *
32699 TTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTAATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAACAAATTAGTATTATTTAATTCCGAACAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
32763 AGACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGGTAATTATTCA
65 AAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGAGTTAAAATAGATAATTATTCA
32822 AATAGGAATT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 19, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
127 1 0.01
128 102 0.99
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (128 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTAATTCCGAACAAGCTTGTATGAACTAA
AACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGAGTTAAAATAGATAATTATTCATGTAG
Found at i:33247 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 32839--34238 Score: 948
Period size: 180 Copynumber: 7.8 Consensus size: 179
32829 ATTAGTTTGG
* *
32839 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * ** *
32899 TCTATTTCGAATAGGCTTGTATG-A-TAAAAAGCAA-TGTTTTAAGATAAAATGAAAGTTCATAA
66 TTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA-CAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
32961 TGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGG
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACTTG-TTCGA
* * * *
33014 TAAACAGATTCATTTTGTAAATCAT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAACTA-TCAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGT-AT
* * * *
33076 TATTTTCTTTCAAATAAGC-TGATACGAACTAAAACAATTATTTTATGGCAAAAAAAAAGGTCAT
63 TATTTT-ATTCAAATAAGCTTG-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
* * *
33140 AATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCTTATTCGA
126 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-CTTGTTCGA
* * * * * *
33195 TAAATAGATTTGTTTTTTCAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTTGATTATTAATATATTAGGATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
33260 TTTTATTCTAAATAAACTTGTATGATA-TGAAAGAAATATTTTATGAC-TAAAAAAAGGTCAGAA
65 TTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA
* * * ** *
33323 TAATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTA-TTGAATTGGTTCGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACTT-GTTCGA
* * * ** *
33375 CAAAT-GCATTT-TTTTTTAAAATCTCATATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
1 TAAATAG-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
33438 ATTTTATT---ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAAT
64 ATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
33500 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTTTTTTAAC-TGATTC-A
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGACTTG-TTCGA
* * *
33551 GTAAATA-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
33613 GTTTTATTCCGTATAAGCTTGGATTAACTGAAACAATTACTTTATGACAAAATAAAAGGTCTATA
64 ATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTC-ATA
* * * *
33678 ACGATTTTAAATAGACAATT-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTC-A
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGA
* * * *
33730 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
33795 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA
64 ATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
33860 CAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACAATATGAATTGGTTCGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACTT-GTTCGA
* ** * *
33913 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTAC
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-
** * * * * *
33978 TTTTTAATTCAAATAAGCTTGTACAAAC-AAAAAAATTGTTTTATGAC--AACAAAGGGTCATAA
65 -TTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA
** * ** * * * *
34040 AAATTTGAAATTGATAATCATTCATAA-AATCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGACTT-G-TTCGA
* * * * ** * * * *
34094 -AATTAGATTTCTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCGAAATATTATTAAATTAATATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
34157 TTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAA-T-ACAACCAATTGTTTGATGAC-AAAAATAATGTTATA
65 TTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACTGA-AA-CAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATA
**
34219 ACAATTTGAAATAGATAATT
127 ATGATTTGAAATAGATAATT
34239 ATTTTAAATC
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 194, Indels: 113
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 80 0.08
176 50 0.05
177 19 0.02
178 28 0.03
179 148 0.15
180 212 0.22
181 189 0.19
182 204 0.21
183 33 0.03
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACTTGTTCGA
Found at i:33704 original size:536 final size:539
Alignment explanation
Indices: 32840--34000 Score: 1387
Period size: 536 Copynumber: 2.2 Consensus size: 539
32830 TTAGTTTGGT
*
32840 AAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
32900 CTATTTCGAATAGGCTTGTATGATAAAAAGCAATGTTTTAAGATAAAATGAAAGTTCATAATGAT
66 TTATTT--AATAAGCTTGTATGATAAAAAGCAATATTTTAAGATAAAA-GAAAGGTCATAATGAT
* * * *
32965 TTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGATTCATTTT
128 TTGAAATAAATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTCATTTT
* * * *
33030 GTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTATCATTATTTTCTTTCAAATAAGC
193 GTAAATCATTTACTTATCAATTTTAGAAATATTAATAAACTATCATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * *
33095 TGATACGAACTAAAACAATTATTTTATGGCAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAGTAAT
258 TGATA-GAACTAAAACAATTACTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAGCAAT
* *
33160 TGTTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAGCTTATTC-GATAAATAGATTTGTTTTTTCAAAT-CTGT
322 TGTTCAAATAGT-AATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATACTGT
* * *
33222 TGCTTATTAATTTTTTGATTATTAATATATTAGGATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGATA
384 TGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGGATTAATTTATTCTAAATAAACTTGTATGA-A
* *
33287 -TGAAAGAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCCAAT
448 CTGAAAGAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCCAAT
* *
33350 AGTTTTAACTAT-TGAATTGGTTCGAC
513 AGTCTTAACAATATGAATTGGTTCGAC
** * *
33376 AAATGCATTT-TTTTTTAAAATCTCATATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
1 AAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
33440 TTTA-TT-ATAAGCTTGTATGATCAAAAA-CAATCATTTTATA-ACTAAACA-AAAGGTCATAAT
65 TTTATTTAATAAGCTTGTATGAT-AAAAAGCAAT-ATTTTA-AGA-TAAA-AGAAAGGTCATAAT
* * * * *
33500 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTTTTTTAACTGATTCAGTAAATA-ATTTAT
125 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTCAT
* * * * **
33564 TTTTTAAAT-TTTTACTTATCAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGT-ATTGTTTTATTCCGTAT
190 TTTGTAAATCATTTACTTATCAATTTTAGAAATATTAATAAACTA-TCATTATTTTATTCCAAAT
* * *
33627 AAGCTTGGAT-TAACTGAAACAATTACTTTATGACAAAATAAAAGGTCTATAACGATTTTAAAT-
254 AAGC-T-GATAGAACTAAAACAATTACTTTATGACAAAAAAAAAGGTC-ATAACGATTTTAAATA
*
33690 AGACAATT-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATA
316 AG-CAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATA
* * * * * * *
33754 TTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
380 CTGTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGGATTAATTTATTCTAAATAAACTTGTAT
* * * * * *
33819 GAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCT
445 GAACTGAAAGAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCC
*
33884 AATAGTCTTAACAATATGAATTGGTTCGAT
510 AATAGTCTTAACAATATGAATTGGTTCGAC
* * *
33914 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTACT
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA--
*
33979 TTTTAATTCAAATAAGCTTGTA
64 TTTT-ATT-TAATAAGCTTGTA
34001 CAAACAAAAA
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 66, Indels: 50
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
535 13 0.02
536 213 0.40
537 96 0.18
538 139 0.26
539 12 0.02
540 23 0.04
541 22 0.04
542 1 0.00
544 11 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (539 bp):
AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTAATAAGCTTGTATGATAAAAAGCAATATTTTAAGATAAAAGAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAAATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTCATTTTGTA
AATCATTTACTTATCAATTTTAGAAATATTAATAAACTATCATTATTTTATTCCAAATAAGCTGA
TAGAACTAAAACAATTACTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAGCAATTGTT
CAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATACTGTTGCTTAT
TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGGATTAATTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACTGAAAGA
AATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCCAATAGTCTTAA
CAATATGAATTGGTTCGAC
Found at i:33749 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 32699--33998 Score: 998
Period size: 361 Copynumber: 3.7 Consensus size: 356
32689 GTTCATGTAG
* * * * *
32699 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTAATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT---AATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * * * ** *
32764 GACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGGTAATTATTCAAATAG--
63 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
32827 --GA--A-TT--A--G-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTA-
128 ATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** * * **
32877 AAA-ATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTCGAATAGGCTTGTATGATA-AAAAGC-AATGTTTT
192 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGGATGATATGAAA-CAAATACTTT
* * * * * ** * * * ** *
32939 AAGATAAAATGAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGA
256 ATGACAAAA-AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* * * *
33004 ATTGATTCGGTAAACAGATTCATTTTGT-AAATCATTTAC
320 ATTG-TTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAAATC-TTTAT
* * *
33043 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTA-TCATTATTTTCTTTCAAATAAGC-TGATACGAACT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGT-ATTATTTT-ATT--AATAAGCTTG-TATGAACT
* * * * *
33106 AAAACAATTATTTTATGGCAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAGTAATTGTTCAAATAG
61 AAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
33171 TCAAAACTATTTGAGCTTATTCGATAAATAGATTTGTTTTTTCAAATCTGTTGCTTATTAATTTT
126 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
33236 TTG-ATTATTAATATATTAGGATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGATATGAAAGAAATATT
189 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGGATGATATGAAACAAATACT
* * * * **
33300 TTATGACTAAAAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTA-TTG
254 TTATGACAAAAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTG
* *
33364 AATTGGTTCGACAAAT-GCATTT-TTTTTTAAAATCTCATAT
319 AATT-GTTCG-TAAATAG-ATTTATTTTTTAAAATCT-TTAT
* * *
33404 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-ATAAGCTTGTATGATCAAAAAC
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * *
33468 AATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATA
66 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
33533 ATTTTTTTAACTGATTC-AGTAAATAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCAA-TTTTAGAAA
131 ACTATTTGAACTGATTCGA-TAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAA
* ** * * *
33595 TATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCCGTATAAGCTTGGATTA-ACTGAAACAATTACTTTATG
195 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGGATGATA-TGAAACAAATACTTTATG
* * *
33659 ACAAAATAAAAGGTCTATAACGATTTTAAATAGACAATT-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC
259 ACAAAA-AAAAGGTC-AGAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAA-
*
33723 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATAT-TTTTT
321 TTGTTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATCTTTAT
** * * * *
33760 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG
1 -TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTA-T-T-AATAAGCTTGTATGAACTA
* * ** * *
33825 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
62 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
33890 CTTAACAATATGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
127 CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * *
33955 -AAATATTATTAAATTTGTATTACTTTTTAATT-CAAATAAGCTTG
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTT-ATTCCAAATAAACTTG
33999 TACAAACAAA
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365 14 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTGATTCGATAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGGATGATATGAAACAAATACTTTATGAC
AAAAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTGTT
CGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTAT
Found at i:34089 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 32839--34171 Score: 658
Period size: 182 Copynumber: 7.4 Consensus size: 180
32829 ATTAGTTTGG
*
32839 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAA-ATTAATAAATTAGTATT-A
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTAA
* * ** * * *
32898 TTCTATT-TCGAATAGGCTTGTA-TGA-TAAAAAGCAA-TGTTTTAAGATAAA-ATGAAAGTTCA
66 TT-TATTCT-AAATAAGCTTGTACAAACTAAAAA--AATTGTTTTATGACAAACA--AAAGGTCA
** * * ** *** * * * *
32958 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGG
125 TAAAAATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGA
* * * * * * *
33014 TAAACAGATTCATTTTGTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTA-TCATT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGT-ATT
* * * * * * *
33077 ATTTTCTT-TCAAATAAGC-TGATACGAACTAAAACAATTATTTTATGGCAAAAAAAAAGGTCAT
64 AATTTATTCT-AAATAAGCTTG-TACAAACTAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
** * ** * * ** * *
33140 AATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCTT-ATTCGA
126 AAAAATTTAAAATAGA-TAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGA-ATTGGTTCGA
* * * * ** * * * *
33195 TAAATAGATTTGTTTTTTCAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTTGATTATTAATATATTAGGATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTA
* * * * * * *
33260 TTTTATTCTAAATAAACTTGTATGATA-TGAAAGAAA-TATTTTATGACTAAA-AAAAGGTCAGA
65 ATTTATTCTAAATAAGCTTGTA-CAAACT-AAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
33322 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTA-TTGAATTGGTTCGA
127 AAAATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGA
* * * * * *
33375 CAAAT-GCATTT-TTTTTTAAAATCTCATATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATT
1 TAAATAG-ATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
* ** * ** *
33438 ATTTTA-T-T--ATAAGCTTGTATGATC-AAAAACAATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATA
64 AATTTATTCTAAATAAGCTTGTACAAACTAAAAA-AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA
** * * ** * *** * * * * * *
33498 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTTTTTTAACTGATTC-A
127 AAAATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGA
* *
33551 GTAAATA-ATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATCAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTATTAAATTAGTATT
** *** * ** * * ** *
33613 GTTTTATTCCGTATAAGCTTGGATTAACTGAAACAATTACTTTATGACAAAATAAAAGGTCTATA
64 AATTTATTCTAAATAAGCTTGTACAAACTAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTC-ATA
** * * * * * **
33678 ACGATTTTAAATAGACAAT-TTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTC-A
127 AAAATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGA
* * ** * *
33730 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
* ** * *
33795 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA
64 AATTTATTCTAAATAAGCTTGTACAAACTAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA
* ** * * *
33860 CAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACAATATGAATTGGTTCGA
128 AAATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGA
* * *
33913 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTAC
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTA-
* *
33978 TTTTTAATTC-AAATAAGCTTGTACAAAC-AAAAAAATTGTTTTATGAC-AACAAAGGGTCATAA
65 -ATTT-ATTCTAAATAAGCTTGTACAAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAA
* * *
34040 AAATTTGAAATTGATAATCATTCATAA-AATCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGA
128 AAATTTAAAATAGATAATCATTC-TAATAATCTTAACTATTTGAATTGG-TTCGA
* * * ** * ** * *
34094 -AATTAGATTTCTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTAA
*
34158 TTTATTCCAAATAA
66 TTTATTCTAAATAA
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Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTAA
TTTATTCTAAATAAGCTTGTACAAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAAAAA
TTTAAAATAGATAATCATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGA
Found at i:34833 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 34268--34875 Score: 517
Period size: 177 Copynumber: 3.4 Consensus size: 175
34258 TTAATTTTCC
* * ** *
34268 AAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTAAATGAACAAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTA
* * * * * *
34333 TGATAAAACAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTAAA
66 TGA-CAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * *
34398 TTGGTTTTGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTG
130 CTAGTTTGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC---T-AAATTTTG
* * ** * **
34449 AAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTG-AGTTGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTT
* * * * * * * * *
34513 ATGACAACAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAAATACATAATTGTTCATATAGTCTTTACTGTTTG
65 ATGACAA-ACAAAAGGTAATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
* ** * * *
34578 AACTAGTTCGACAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAATTTTCA
128 AACTAGTTTGGTAAAAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA---CTAAATTTT-G
* * * * *
34631 AAATATT-ATTAA--A-CATTACTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAACATAAATAATTGCTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTA
* * *
34692 TGGCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA
66 TGACA-AACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
*
34757 CTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACT-AATTCTTG
130 CTAGTTTGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATT-TTG
** * ** *** *
34804 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCAAGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTA
34869 TGACAAA
66 TGACAAA
34876 ATGAAAGTTA
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 82, Indels: 37
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 11 0.03
174 7 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTA
TGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
TAGTTTGGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTG
Found at i:34938 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 34825--34954 Score: 188
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
34815 AATTAGTATT
* * *
34825 ATTTTATTTCAAATAAGCAAGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGTTAATAA
1 ATTTAATTTCAAATAAGCAAGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
34890 CG
66 CG
*** * *
34892 ATTTAATTTCAAATAAGTTTGTATGTTGGAAAACATTTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAAT
1 ATTTAATTTCAAATAAGCAAGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAAT
34955 TACAATTTGA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 55 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (67 bp):
ATTTAATTTCAAATAAGCAAGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
CG
Found at i:35310 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 34921--35907 Score: 645
Period size: 182 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
34911 TGTATGTTGG
* * ** * * *
34921 AAAACATTTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** ** ** * * * *
34986 CCA-AACTTGTTTCAACTAATTTAGTAAACTGATTTATTTTATGAATCTCTTACTTATTAA-TTT
66 TCATAAC-TATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
* * * * * *
35049 TTGAAACATTAAAAAAGTT-GTATTATTCTATTTTTGATGAGCTTTTATGAATT
130 TTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTTGATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
35102 GAAATAATTCTTTTATGA-TAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** *
35166 TTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATGAACAAATTTTTTTTTTCAAACCTCTTGCTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTTTTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTT
* *
35231 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAACT
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-TAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * * *
35284 AAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
35349 TCTTAACCATTTGAA-TTGATTTAGCAAACACA----TTTATT---TCTCTTACTTATTAA-TTT
66 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTAACAAACAAATTTTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
* * * *
35405 TTGAAATATTATTAAATCAGTAATT-TTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATGATC-
130 TTG-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
35456 AGAAACAATTTTTTTTTATGAC-AAAGC-AATGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAA
1 A-AAACAA--TTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** *
35519 ATGGTCATAACTATTTGAA-TTG-GT-ACGAAA-AATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAA
62 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAAC-AAACAA-A--TTTTTTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
* ** * *
35580 TAATTTCTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-TTCTAATGAACT
123 TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GATAAGCTTGT-ATGAACT
** * * * *
35639 AAAACAATTGTTTTATGA-TGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATTATTATTTAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *
35703 GTCATATCTTTTTGAGCTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTT-TTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
** *** *
35768 TTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACT
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
35821 GAAATATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAGAATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
35886 TCTTAAATATCTGAACTTGTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTT
35908 GGCAAAATAT
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 154, Indels: 85
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 6 0.01
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175 15 0.02
178 9 0.01
180 14 0.02
181 168 0.28
182 269 0.44
183 18 0.03
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATAAGCTTGTATGAACT
Found at i:36331 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 35967--38127 Score: 1411
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 177
35957 AATAAGCTTA
* * * * * * * *
35967 TATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAACGATTTG-ATTAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
36030 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATT-TGATAAACACATTTAGCTATTAAATC---T-CTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACATATTT--TTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * *
36089 ATTAATTTTGAAGATATTAATAAATTACTGTTACTTTTATTTTGAATAATTCTG
126 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-AATAAGTCTG
* * *
36143 TATGAATAGAAACAATTACTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAACTAGATACTTG
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** *
36207 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTTTTTTAAAAATCTCCTACCTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTTTTTT--AAATCTTTTACTTA
* * *
36272 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAATATG
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGTCTG
* * * * *
36324 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
36389 TTAAATAGTCATAACTATTAGATA-TTATTCAATAAACAGA-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACATATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** *
36452 AATACTT-GGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAG-CTTG
129 AAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGTC-TG
* * *
36502 TATGAACATAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTG
* * *
36566 TTTATATAGTC--AACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTT
** * * * *
36627 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCAAAATAAGCCTA
126 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-TAATAAGTCTG
* * * * * *
36680 TATGAATAGAAAGAATT-GTTTATGACAAAATAAACGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGT
** * *
36744 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACGA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-ATATT--TTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
36808 TTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCTAATAAGCCTA
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGTCTG
* * * * * * *
36860 TATGAATTGATACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
36925 TCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT-TTTTT-AAATCTTTTACTTAT
* * * *
36990 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-CTTG
128 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGTC-TG
* * * * * * * * *
37041 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
37106 TTAAATAGCCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTAAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTAT
**
37171 TAATTGTT--TGA-A-TAATAAATTCA-TATTATTTTATT-TGAAATAAG-CTTG
128 TAATT-TTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT--AATAAGTC-TG
* * * * * * * * **
37219 TATGAATAGAAAAAAGTGTTTCATCATAAAAC-AAAGTTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
37283 TCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-T--TTTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
37348 TTAAGTTTCAGAATATTAATAAGTTAG-ATTATGTTATTTCGAATAAG-CTTG
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGTC-TG
* * * * * * *
37399 TATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGG--AT-ATA-TTGAAGTATATAATTATT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * ** *** *
37460 TAAGCAGTCATAACTATTTGCAC-TAATCAGGCCGACA-ATTCCATTTTTTAAATCTGTTACTTA
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATT---TTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
37523 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGAT-TG
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAG-TCTG
* * * * * * *
37575 TATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
37640 TTAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGCTT-AGTAAATAGATTTATTTGTTAATTCTCTTACGTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTT-TTT-TTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
37703 TTAATTTTGAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAA-ACT-
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGTCTG
* * * *
37753 TATTTGAACAAAAAC-ATT-TGCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TA--TGAATAGAAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
37816 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TGGGTTCAGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAA
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAAC-ATATT-TTTTTTAAATCTTTTAC
* ** * * *
37880 TGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCGAATAA-TTTAG
124 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGTCT-G
* * * * * *
37935 TAAT-AACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACGATTTGAAATAAAGAATT
1 T-ATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * * * *
37998 GTTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
38062 TCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAG-CTTG
125 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGTC-TG
*
38116 CATGAATAGAAA
1 TATGAATAGAAA
38128 TCTCTTAGTT
Statistics
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174 1 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGTCTG
Found at i:36813 original size:536 final size:530
Alignment explanation
Indices: 35928--38121 Score: 1846
Period size: 536 Copynumber: 4.1 Consensus size: 530
35918 ATTTATTTTT
* * * * * *
35928 TATTATTAAGTTAGTATTATCTTAATGCAAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCTAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
35992 ATAAAA-TAAAGATCATAACGATTTG-ATTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC--AACTATTTGAACT
* * ** * *
36054 TGATT-TGATAAACACATTTAGCTATTAAA--TCT-CTTATTAATTTTGAAGATATTAATAAA-T
127 TG-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTGAA-ATATTAATAAATT
* *** ** * *
36114 TACTGTTACTTTTATTTTGAATAATTCTGTATGAATAGAAACAATTACTTTACT-ACAAAACAAA
189 TA-TATTA-TTTTATTCAAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATT-GTTTA-TGACAAAACAAA
* * * * * * *
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250 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
* * *
36243 ACATATT-TTTTTTAAAAATCTCCTAC-CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTTTTATT
315 ACAAATTATTTTTT--AAATCTCTTACTC-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*
36306 TTA-TTCTGAATAAATATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACT
377 TTATTTC-GAATAAAT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-CATAACT
*
36370 ATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTAGATATTATTCAATAAACAGA-TTTTT
439 ATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTAGA-ATTATTCAGTAAACA-ATTTTTT
* *
36434 TTAAATCTTTTACTTATTAATACTTGGAA
502 TTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTAGAA
* * *
36463 TAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGATTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
36528 CAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCAACTATTTGAA-TATG
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAACTATTTGAACT-TG
* *
36592 TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATA
129 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTATA
* * * * *
36657 TTATTTTAATCAAAATAAGCCTATATGAATAGAAAGAATTGTTTATGACAAAATAAACGGTCAAA
193 TTATTTTATTCAAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** *
36722 ATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACGAATTC
258 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT-
* * *
36787 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCTAA
322 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * * * * * * *
36852 TAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
387 TAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GACATAACTATTTGAAATAA
* * * * * * *
36917 ATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTT
450 ATAATTATTTAAATAGTCATAACTA-TTAGAATTATTCAGTAAACA-ATTT-TTTTT-AAATCTT
* * *
36982 TTACTTATTAATTGTCAAAA
511 TTACTTATTAATTCTTAGAA
* * * *
37002 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
37067 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTTAAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC--AACTATTTGAACTT
* * * * *
37132 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTAATTAATTGTTTG--A-A-TAATAAATTC
128 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-T-TTTGAAATATTAATAAATTT
** * * * * * * *
37193 ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAGTGTTTCATCATAAAAC-AAAGTT
190 ATATTATTTTATTCAAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
37257 TATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAA
254 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * *
37322 ATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAGTTAG-ATTATGTTATT
319 ATT-A-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
37386 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAG-GAT-A-TA-TTGAA
382 TCGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGACATAACTATTTGAA
* * ** * * * * ***
37447 GTATATAATTATTTAAGCAGTCATAACTATTTGCACTAATCAGGCCGACAATTCCATTTTTTAAA
446 ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTAGAATTATTCA-GTAAACAATT---TTTTTTAAA
* *
37512 TCTGTTACTTATTAATTTTTAGAA
507 TCTTTTACTTATTAATTCTTAGAA
* * * ** *
37536 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGATTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
37601 TAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTAAACTAATTGAACTGG
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG-TCAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
37666 CTT-AGTAAATAGATTTATTTGTT-AATTCTCTTACGTATTAATTTTGAAAATAATAATAAATTA
129 -TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTT
* * * * * *
37729 ATATTATTTTATTTCAAACA-AA-CTTATTTGAACAAAAACATTTGCTTATGACAAAACAAAAGG
190 ATATTATTTTA-TTCAAA-ATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
37792 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TGGGTTCAGCAAAC
253 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAAC
* * * ** *
37856 AAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA
317 -AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * *
37920 TTTCGAATAATTTAGTAAT-AACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACGAT
380 TTTCGAATAAATT-GT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GACATAACTAT
* * * * * * * * ** *
37983 TTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAATAAATTTATTTT
441 TTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTAGAATT-ATTCAGTAAA-CAA-TT-TTTT
* * * *
38048 TTAAATATCTTAGTTCTTAATT-TTCAGAA
502 TTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT-AGAA
* * * *
38077 TATTATTACATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGCATGAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTTGTATGAA
38122 TAGAAATCTC
Statistics
Matches: 1336, Mismatches: 258, Indels: 124
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 5 0.00
532 5 0.00
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543 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAACTATTTGAACTTGTT
CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTATATTA
TTTTATTCAAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTATTT
TTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGACATAACTATTTGAAATAAATAATT
ATTTAAATAGTCATAACTATTAGAATTATTCAGTAAACAATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTCTTAGAA
Found at i:38154 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 38050--38190 Score: 230
Period size: 75 Copynumber: 1.9 Consensus size: 75
38040 TTTATTTTTT
*
38050 AAATATCTTAGTTCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCT
1 AAATATCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCT
38114 TGCATGAATAG
65 TGCATGAATAG
* * *
38125 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
1 AAATATCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
38190 G
66 G
38191 TATAAACTTA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 4, Indels: 2
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
74 4 0.07
75 57 0.93
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (75 bp):
AAATATCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
GCATGAATAG
Found at i:39166 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 38934--39424 Score: 435
Period size: 179 Copynumber: 2.7 Consensus size: 178
38924 TAATTTTCAA
* * *
38934 AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA--TTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTT-T-TGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
38997 ACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT-ATATAATAT-TTTAAATGGACATGACTAGTT
64 ATGACAAAACAAAAT-TCATAACAATTTGAAATGA-ATAAT-TGTTCAAATAGACATAACTAGTT
* * * * * * *
39060 GAATTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAACTTTTAGG
126 GAA-CTATTTAGAAAACAAATTAATTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAA-TTCTAGG
* *
39116 -ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTTGT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTTTGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * *
39180 GACAAAACAAATATTGATAATGATTTGAAATGAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAA-ATTCATAACAATTTGAAATGAATAATTGTTCAAATAGACATAACTAGTTGAAC
* * *
39245 TATTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTCTCGG
130 TATTTAGAAAACAAATTAATTTTTTAAATTTTAACTTATTAATTCTAGG
* * * *** *
39294 AATATGAATAAATTTA-TAATATTTT-GTTTGAATTAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTTTTTGAATAGAAA-CAATTGTTT
* * *** * *
39356 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-GTT
63 TATGACAAAACAAAA-TTCATAACAATTTGAAATGA-ATAATTGTTCAAATAGACATAACTAG-T
39419 TGAACT
125 TGAACT
39425 TGTCTGTAAG
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 38, Indels: 27
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 16 0.06
179 108 0.42
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183 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTTTGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAATTCATAACAATTTGAAATGAATAATTGTTCAAATAGACATAACTAGTTGAACT
ATTTAGAAAACAAATTAATTTTTTAAATTTTAACTTATTAATTCTAGG
Found at i:39448 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 38472--39453 Score: 474
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
38462 TGTTTTTGAT
* * * * * *
38472 AAAA-TAA-AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGAT
1 AAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTGTTAG-T
* * * ** * * * * * * *
38535 AAACATATTTATTTTTTTAATTTCTTGCCTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTA-TCATTA
65 AAACAGATTAATTTTTTAAATTT-TAACTTATTAA-CTTCTAGGATATGAATAAATTAGT-AATA
* * * * * * * *
38598 TTTTA-TTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTCATTACTAAAC
127 TTTTAGTTT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
38650 AAAAGGTCAA-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGATTT
1 AAAA-GT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTG--TT
* * ** * * * * ** * * * *
38713 AGCAAACACATTTGTTTTTTTAAATCCTT-ACTTATTCATTTTTATAATATTATTAATTTAGCAA
62 AGTAAACAGA-TTAATTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAACTTCTAGGATATGAATAAATTAGTAA
* * * * * * * *
38777 CATTTT-GCTCTGAATAAGGTTGTATGAACAAAAACAAATGTTTTAGGACAGAAC
125 TATTTTAG-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
38831 -GAAGATCATAACGATTT-AAGATAGATAATTGTTAAAATAGTCAGT-ACTATTTTAA-TTGGTT
1 AAAAG-TAATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTGTTTGAACTT-G-T
* * * **
38892 TGGTAAAGAGATTTAA-TTTTTAAATCTCTTAA-TAATT---TTC-AAAATA-GTAATAAATTAG
61 TAGTAAACAGA-TTAATTTTTTAAAT-T-TTAACTTATTAACTTCTAGGATATG-AATAAATTAG
* * * ** * * * *
38950 TATTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAAC
122 TAATATTTTAGTTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * *
39007 AAAATGTCATAACAATTTGAAATATATAA-TATTTTAAATGGACATGACTAG-TTGAATTTGTTT
1 AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT-GTTTGAACTTG-TT
* * * * *
39070 GGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAACTTTTAGGATATTAATAAATTAGTATT
62 AGTAAACAGATTAATTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAACTTCTAGGATATGAATAAATTAGTAAT
* *** * * *
39135 ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTTGTGACAAAAC
126 ATTTTAGTTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
39188 AAATATTGATAATGATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTA
1 AAA-AGTAATAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACT-TGTTA
* * * * *
39251 GAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTCTCGGAATATGAATAAATTTA-TAAT
63 GTAAACAGATTAATTTTTTAAATTTTAACTTATTAACTTCTAGG-ATATGAATAAA-TTAGTAAT
39314 ATTTT-GTTTGAATTAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAAC
126 ATTTTAGTTTGAA-TAAGCTTGCATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC
*
39367 AAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTGTCT-G
1 AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTGT-TAG
* * *
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64 TAAACAGATTAATTTTTTAAATT
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39243 ACTATTTAGA
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* ** * * * * ***
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* * * * *
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* *
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* * * *
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** *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * ** ** *
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* * * * * * * **
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* * * ** *
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1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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** * ** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
41719 TTTTATTTTGAATAAATTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAACCAAAATGTCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
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* * * * **
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* * * ** * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
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* * * * * *
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* * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
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* * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TA
* * * *
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** * * * **
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* * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * *
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* ** * * * *
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* **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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64 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
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* * * * * **
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
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* * * * * * **
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* **
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * ** *
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* ** * * *
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** *** * ** * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
43401 GATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTCAAGTTGTTCGATAAACAAATTCAGTTTCTAAATCT
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* * * * * * *
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* * * * * *
43720 ATTGGTTTAAGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGGAATAAATAATTGTCCAAATTGTTATAA
630 ATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAA
43785 CTATTTGAA-TTGGTTTGG
695 CTATTTGAACTT-GTTTGG
* *
43803 TAAACATATTTATTTTT-AAA-TC-T-CTTATTAACTTTCAAAATATTAGTAAATTAATATTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAATTCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
* *
43864 TTATTTAGAATATA-CTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGGTCATAAC
66 TTATTT-GAATA-AGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAA-GTCATAAC
* * * * *
43928 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTT-T
128 AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATT-GTTCGGCAAACAAATTTAT
* *
43992 TTTTAAAAATCTCTTAGTTATTAATATTCATAATATTATTATATTGGTATTATTTGATTCTGAAT
192 TTTT--AAATCTCTTA-TTATTAAT-TTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAAT
* * * *
44057 AAACTGGTATGAATATAAATAATTGTTCATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATAT
253 AAACTTGTATGAATAAAAATAATT-TT-ATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
44122 AATTATCCAAGTAAT-ACTAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTCAATTCTCC
316 AATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTCAA-TCTCC
* *
44186 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACCATTTTGTTTCAAAT-AGTCTTGTATGAT
378 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTATGAA
* * * *
44250 GAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA
441 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
**** * * **
44314 TGGCCATAAGTATTTCAATTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCA--ACTT-TTCA
505 CAATCATAACTATTTGAATTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCCATTACTTATT-A
* * * * * * *
44376 ATTTTT-GAAATATTAATATAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGT-TGGAACTA-AAAC
566 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTATAT-GAAATAGAAAC
* * * * * * * *
44438 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
629 AATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATA
*
44503 ACTATTTGAACTTATTTGG
694 ACTATTTGAACTTGTTTGG
* ** * *
44522 TAAATAGATTTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAACTTTCTGAATGTTAATAATATT-GTAT
1 TAAACAGA-TTTA-TTTTTAAAA-TTCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAA-ATTAATAT
* * ** * * * *
44586 TATTTTATTTGGAATTAGCTTGTGTGAAGTAAAAAAAATT-TTTTATAATAAAACAAAAAGTCAA
62 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTAT-AAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCAT
* * ** *
44650 AACAATTTGAAATAAACAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTAT-AATTAGTTCGGCAAACACAT
125 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATT-TGAATT-GTTCGGCAAACAAAT
* * * * *
44714 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TTT-AGAATTTTATTAGT-TTAGCAATATTTTG-CTCT
188 TTA-TTTTTAAATCTCTTATT-ATTAATTTCATAATATTATTA-TATTAGTATTA-TTTGAATCT
* * * * *
44774 GAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATACTGATTTGAG
249 GAATAAA-CTTGTATGAAT--AAA-AATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
* * * *
44838 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAATATATTTAGTTATCAA-
310 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTCAAT
* * * * ** * * *
44902 AT-CT-CGTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-ATTTTTGTC
374 CTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTA
* * * * *
44964 TGAATAAAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTC
437 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * ** * * *
45029 AAATGGA-CATGACTATTTGAATATGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTAT
502 AAA-CAATCATAACTATTTGAAT-TGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CATTACTTAT
*
45092 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATG-AATAGAAA
564 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGA-TTATATGAAATAGAAA
* * * *
45155 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTAT
628 CAATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTAT
* * *
45220 AACTATTTAAAGTT-TCTTGT
693 AACTATTTGAACTTGT-TTGG
* * * * ** * *
45240 TAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGCATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-
* * *
45305 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAGATACAAATAATAA--G-TTTATG-GCAAAATC-AAAGGTC
64 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATA-A-ACAAA-AACAATTGTTTTATGAG-AAAA-CAAAAAGTC
* * * * * * *
45365 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATA
123 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAA
* * * * * * * *
45430 -TTA--TTT---T-TCTTATTAATT--TTT-AGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTC-AA
187 TTTATTTTTAAATCTCTTATT-ATTAATTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGA
* * * ** * * * *
45484 AAAAAGCTTGCATGAACAAAGCCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAAT
251 ATAAA-CTTGTATGAATAAA---AATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * * *
45549 AGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAAATTTTTC-GTAAATAGATTCTTTTTTAAAATT
312 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATT-TATTTT-CAA-T
* * * ** * *
45613 CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAA-ACTTATA
374 CTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTA
** * * * * * *
45677 TGAACCGAAACAATTGTTTTATTATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
437 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * ***
45742 AAATAGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTAT
502 AAACA-ATCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCCATTACTTAT
* * * * * * *
45806 TAATTGTT-GAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAA-ACATGTATGAGCAT--A
564 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGA-TTATATGA-AATAGA
* * * ** * * *
45867 AACAATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAAGTCATTACAAGTT-AAATATAGATAATTGTACAAATA
626 AACAATTGGTTTA-AGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-A-ATAATTATTCAAATA
*
45930 GTCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGG
688 GTTATAACT-ATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * ** ** *
45955 CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATGA
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAACTT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * * * *
46019 TATTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAAAATTCTTTTATGACAAATCGAAAGGTTATA
64 TTTTATTTG-AATAAGCTTGTAT-AA-ACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * * * * *** * * *
46084 GCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTTTTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTC
126 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAATTT
* * *** * * * * * *
46149 ATTTTTTAATTTCTTTATTATTAATTT--TTGGATTACTAAAAACTTAGTATTGTTTTATTTTGA
190 ATTTTTAAATCTC-TTATTATTAATTTCATAATATTA-T-TATA-TTAGTATTATTTGAATCTGA
* ** * ** * *
46212 ATTAGTTTATATGAACTGAAACAATTTTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
251 ATAAACTTGTATGAA-T-AAA-AATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
46276 GATAATTATTCAAAAAGTCATAATTATTTGATCTTGTAT-GAATAGAAACA-A-TTATTTTATGA
313 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT-TCG-GT--AAACATATTTA-TTT-T--
* **** * * ** * ** * * * **
46338 CAAAACAAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATA--AAT-AACTAT-TCAAATAGTCATAAAGATTT
370 C-AATCTCCTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTATAT-ATTTTGT-TTCAA-ATAA
* ** * * * * * * * * * *
46398 GAACTTGT-TCG-GTAAATAGATTTATTTTTTAGATCTTATACTTATTAATTGTCTTAA-TATTA
429 G-TCTTGTAT-GAACAAAAACAATTGTTTTAT-GA-C-AAAAC--A--AAATGTCATAACGATT-
* * * * **** ** ** *
46460 AT-AAATTTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAAAAATCATTTTAT-GAC
484 -TGAAA---TAGA-TA-ATTGTTC-AAACAA---T-CAT-AACTA-TTTGAATTGTTCAATAAAC
* * **** * * ** * * * * * *
46522 AAAATAAAAGGTTACATCAATTTCAAATAGATAAGTGTTCA-AATAGTCAT-AATTA-T-TTAAA
536 AAATTTATTTTTTAAATCCA-TT-ACTTA-TTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-AT
* * * **** * ** * * ** *
46583 CTTATTCATT-AA-ACAGATTCATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAG
596 TTTATT--TTGAATA-AGATT-A-TATGAAA-TAGAAAC-AATT-GGTTTAAGACAAAACAAAAG
* * * * *** ** * *** * *
46645 CTTAATATTATTTTATTTTGAACCA-AAATGATT-TTTTTAT-GACAAAAC-AAAAGATCATAAC
653 -GTCATA--A--TGA-TTTGAA--ATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-T--T
46706 GATTT-G
707 G-TTTGG
* * * * * * *
46712 -AAATAGA-TAATTTTTCAAATAGTCATGACCATTTGATCT-AGTTTGGTAAACATATTTATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTT-AAA-ATTCTTG--C--TT-AT-TAACTTT--CAAA-ATA-TTA--AT
* * **** * *
46774 AAAATTTTTTACATATTAATTGTTAAAATATT-AATAA-ATTAGTATCATTTTAATCTAAATAAG
52 -AAA----TTA-ATATT-ATT-TT---AT-TTGAATAAGCTT-GTATAAACAAAAAC--AAT-TG
* * * **
46837 CTTGTATGA-ATAGAAGCTATTATTTATAA-T-AGAACAGAAATTCATAACAATTTGAAATAAAT
101 -TTTTATGAGA-A-AA-C-A--A---A-AAGTCATAAC---AATT--TGA-AATAA-------AT
* * * * ** * *
46899 AATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTT
142 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
46962 -TTATTAATTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTT-TATTTCGAACAAACTTATATGAACA
205 ATTATTAA-TTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCT-GAATAAACTTGTATGAATA
* *
47024 AAAAT-ATTTGT-T--------------T--T-ATGA---CAACA-CGAATAATTGTTCAAATAG
268 AAAATAATTT-TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA-ATAG-ATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
47066 TCATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
330 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACA-TATT-TATTTTCAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * * * ** **
47131 -TAATATGAATAAATTCATTTTATTTTATTCCCAATAAG-CTAATATGAATTGAAAA-AATTGTT
393 GAAATATTAATAAATT-A-TATATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTT
* ** * * * * *
47193 TTAT-ACCAAAACAAAA----AT---GATTTGAAATGGATAACAGTTCATATAGTCTTAACTTTT
455 TTATGA-CAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATT
* *** * * * * **
47250 TGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CCTCTTAGTTATTTATTTTTGGAATATTTT
519 TGAA-TTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCC-ATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* ** * * * * * * * *
47314 TATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAA
582 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGAAACAATTGGTTTAAGACAAAA
* * * * * * *
47378 CAAAAGG-CTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT
647 CAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTT
*
47442 GC
711 GG
* ** * ** *
47444 TAAATAGATTTATTTTT-AAA-TC-T-CTTATTAA-TTGTTGAAAGATTAATAAATTTCTATTGT
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAATTCTTGCTTATTAACTT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * ** * * **
47504 TTTATTATGAATAAACTTGTAT-AATAAAAACAATTG--TTATAACCAAACAAAAGGTAATAATG
65 TTTATT-TGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAACA
* ** * * * * * * * * *
47566 ATTTGAAATAGATAATTATGGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGCTTTGGTAAACAGATTCACT
129 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTG-TTCGGCAAACAAATTTA-T
* * * * * * * * *
47631 TTTTAAATCAC-T-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
192 TTTTAAATCTCTTATTATTAA-TTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAATAAA
* ** * * * * * *
47694 CTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTCATAGTGATTTTAAATAAACA
256 CTTGTATGAA-T-AAA-AATAATTTTATGACA-AAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** * * * * * * * * *
47758 GTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTG
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTA--TTTTCAATCTCCTA
** * * *** * * *
47823 CTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT-AGGCTTTTATGAACT
380 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTATGAACA
* ** * * ** * * * * *
47887 GAAACAATT-TTTTAT-ATCAAAATGAAAGGTGATATTGATTTCAAATAAATAACTGTTTAAATA
443 AAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA
* * * * ** * *
47950 GTCATCACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTAATTAATTT
507 ATCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCCATTACTTATTAATTT
* * * ** *** * * * * *
48015 TTTGAATGTTAATAAATT-TTGATTATTGAATTCCAAATAAGATTGTAAGATAT-GCAACAAATG
570 TTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGAAACAATTG
* * * * * * * * * *
48078 TTTTCTA-ACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTT-AAACTATACAATTATTCTAATAGTTTTAAAT
634 GTTT-AAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAAATAATTATTCAAATAGTTATAACT
*
48141 ATTTGAACTAGTTTGG
697 ATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * ** * *
48157 CAAACACATTTATTTTTTAAA-TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTACT
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAATTCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-T
**** * * * * * * * * * *
48219 TTTAACCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCTTAACGA
65 TTTATTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * ** * * * *
48283 TGTGAGATTAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAGAA-TTATT
130 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATT-GTTCGGCAAACA-AATTTA-T
** * * * *
48347 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT-ATTGAAGTATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
192 TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTCA-T-AA-TATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAAT
* * ** * *
48410 AAGCTTGTATGATTAAAAACACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAGA
253 AAACTTGTATGAAT-AAAA-A-TAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
** * * * * * *
48475 TAATCATTCAAAT-GTTCATAATTATTTTAA-TTGATTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAAAT-
315 TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAG-TTCGGTAAACATATTTA--TTTT-CAATC
** ** * * * * **
48537 TTTTACAAATT-ATTTTAGGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAG-CTTGTA
375 TCCTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTA
* ** * * * * * **
48600 TTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTAA
437 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** * * *
48665 AAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-AAATTTATTGTTTAAAATCCTTTTCTTATT
502 AAACAATCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAAATTTATT-TTTTAAATCCATTACTTATT
* * * * * *
48729 AATTTTTCAG-ATGTTAACAAAATTGGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATATAAAAT-GAAA
565 AATTTTT-AGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGAAA
* * * * ** * * * *
48792 TAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCT-
628 CAATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TA
*
48855 TAACTATTTGAA-TTGATTCGG
692 TAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* * * * * * *
48876 TAAACAAATTTACTTTTT-AAATATCTTACTTATTTATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTAGTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
*** * * * * * * *
48940 TTTTAATCAAAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTA-CATCAAAAGAAAAGGTTACAA
64 TTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGA-GAAAACAAAAAGTCATAA
** * * * * ** ** *
49003 TGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTTA
127 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAATTTA
* * ** * * *
49068 TTTTTTAATTTTCATGGTTATTAAGTTTC-TAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
191 -TTTTTAAATCTC-TTATTATTAA-TTTCAT-AATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAA
* * * * * *
49132 TAAAATAGTATGAATAGAACTAATTTTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
252 TAAACTTGTATGAATAAAAATAA--TTTT-ATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
49197 ATAATTATCCAAACAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAACATTTTTACTTTTTAAATCT
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCGGTAAACATATTTA--TTTTCAATCT
* * * ** * * * *
49261 CTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATTT
376 CCTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTAT
* * * * * * * *
49324 TAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAATAAAAAGTAATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCA
438 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *** * * * *
49389 AATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGAA-TAATTTTCTAAAT-C--T-CTTATAA
503 AACAATCATAACTATTTGAATT-GTTCAATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCCATTACTTATTA
** * * * * *
49449 ATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGT-TTGGCTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AGTTGAAAT
566 ATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGAAAC
* * * * *
49511 AATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGATATAAATAATTGTTCATATAGTCT-
629 AATTGGTTTA-AGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TA
* * * *
49574 TAATTGTTTTAA-TTGGTTTGA
692 TAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * * * * * * *
49595 CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCAAAAAATTACTAAATTAGTATAA
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TCTT-GCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * * * *
49659 TTTTA-TTGCAAATAAGCTTATATAAATAGAAATAATTGTTTTATTATACAATAAAAGGTTATAA
64 TTTTATTTG--AATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * ** *
49723 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACAATTTAAATTGGTTTGTTAAACATATTTA
127 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATT-GTTCGGCAAACAAATTTA
* * * * * *
49787 TTTTTTTAAATCTC---TTATTAA-TTCTTGAACTATTAGTAAATTAGTATTATTT-TATTTCAA
191 --TTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTCAT-AA-TATTATTATATTAGTATTATTTGAATCT-GA
* * * * *
49847 ATAAGCTTATATG-TTGAAAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAAT
251 ATAAACTTGTATGAAT-AAAAATAA---TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
* * * * ** * *
49911 AGATAGTTGTTCAAAT-GACCATAATTGTTTAAACTTA-TTTAGTAAA-TTGATTTATTTTTTAA
312 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAAC-TAGTTCGGTAAACAT-ATTTA--TTTTCA
* * ** * * ** * *
49973 ATCTCTTACTTAGTAGCTTTCGAAATAATAATAAAACAGTATTATTTTCTTT-ATGATAAG-CTT
372 ATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCA-AATAAGTCTT
* * * * * * *
50036 TTATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATT
434 GTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * **
50100 GTTC-AATAGTCTTAACTATTTGACATGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTCAAATTTATTACTT
498 GTTCAAACAATCATAACTATTTGA-ATTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTACTT
* * ** * * * * * * *
50164 ATTAA-TTTTAAAATACT-ATCATTTTAGCAATATTTTACTCTGAAAAAGTTTGTATG-AATAGA
562 ATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGA
* * * * * ** * * * *
50226 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGATCGTAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTC
626 AACAATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT
* ** * *
50290 ATAACAATTTGAACTAATCTAG
691 ATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * **
50312 TAAGCAAATTTAGTTTTT-AAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAAATTCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* ** * * * * **
50373 TTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATG
65 TTTATT-TGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * ** * *
50438 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTAAT
129 ATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAATTTA-
* * ** * * * * * * * *
50502 TTTTTAAGTTTCCAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
191 TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAATAA
* ** * * *
50567 AATTGTAT-AAGTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAAT
255 ACTTGTATGAA-T--AAA-AATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * ** * **
50631 AATTGTTCAAATAATCATAATTAGTTGAACTCA-CTCGGTAAATAGATTT-TTTAAAAATATTTT
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCGGTAAACATATTTATTT-TCAATCTCCT
* * * ** * *
50694 ACTTATTAACTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATCACAAATAA-ACTTGTATGAAT
379 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTATGAAC
* * * * * *
50758 AGAAATAATTGGTTTATCACAAAACAAAAGGTCAT-A--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATT
442 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-C
* ** * * * **
50820 AGTCATAACTATTTGAAAAAGTT-AAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT
506 AATCATAACTATTTG-AATTGTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATT
* ** * ** * *
50883 TTTAAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTTGAAATAAGTTTGCAT-AAACAGAACCAATT
569 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGATTATATGAAATAGAAACAATT
* * * * * * * * *
50946 GTTTTAAGATAACATAGAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTAGTT-AGATAGTTATAATT
633 GGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTTATAACT
* **
51010 ATTTGAACATGTTAAG
697 ATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * ** ** * * *
51026 TAAATAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTTTTTAGTTTTTGAAATAATAATAAATTAGTTTTA
1 TAAACAGATT-TATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
** ** * *** * * * * * *
51090 TTTTACTTCAAATAAGCTCATATGAATTGAAACAACTATTTTATTACAAAACAAAATGTCATAAT
64 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * * *
51155 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACATATTTAT
128 AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAATTTAT
* * * * * * **
51220 CTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTACTTT-AATCTGAAT
192 -TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT-TCATAATATTATTATATTAGTATTA-TTTGAATCTGAAT
** ** * * * * * ** *
51284 AAGTTTGTATGAATAGGAAAATTTTTTTTTTATGAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTT-AAATAA
253 AAACTTGTATGAATA--AAAATAATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAG
* * * *
51348 ATAATTGCTCAAATAGTCAT-A--A--T-GA-T--TT--G--AACTTA-TTA-ATT--ATCT--T
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTCAATCTCCT
* * * * * **
51394 -CATATTAA----T--CA-ATT--T---GTAT-TATTTT-ATTCAAAATAAG-CTTGTATTAATT
379 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTTGTTTC-AAATAAGTCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
51443 GAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATA
443 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAACA
* * * * * *
51507 GTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTC-TTTCTTATTAATT
507 ATCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATT
* * * * * * *
51571 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAAATG
569 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGAAACAATTG
* * * * * * *
51635 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCGA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACC
634 GTTTAAGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TATAACT
*
51698 ATTTGAA-TTGATTCGG
697 ATTTGAACTTG-TTTGG
* * * ** * ** * * * * *
51714 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAACTATTATTTAACTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * * *
51779 TTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATAATTGTTTTACGACAAAACAATAGGTCATAACA
65 TTT-ATTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * ** *
51843 ATTTGAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAATTAGATTTAGT
129 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAATTTA-T
* * * * * *
51908 TTTTAATTTTCTTGATTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
192 TTTTAAATCTCTT-ATTATTAA-TTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAATAA
* * * * * ** * * * * * ** * *
51973 AATAGTGTGAGCAGAACCAATTGTTTGATGAGAAAATAAATGGTTATAACAATTTGAAGTAGACA
255 ACTTGTATGA--ATAA-AAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
52038 ATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAA-TTGATTTACTTTTTAAATCTCT
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCGGTAAACAT-ATTTA--TTTTCAATCTCC
* * * * ** * *
52101 TACTAATT-ATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAA-AATTATATTA
378 TACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTATGA
* * * * * ** * * * *
52164 ACTAAAGCAATTATTTTATGAGAAAATAGGAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCATA
440 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * ** *** * * * * *
52228 TAGTTTTAACTGTATGAACCAGTTTGGTAAATAGA-TT-TTTTTAAAATTTC-TTAGTTATTAAT
505 CAATCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCCATTACTTATTAAT
* * * * * ** *
52290 GTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCCTATATG-AATAGAAATAATT
568 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGAAACAATT
** * * * * * * * * * **
52354 ATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCAATAACTA
633 GGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* *
52419 TTTGAACTAGTTCGG
698 TTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
52434 TAAATATAGTTACTTTTT-AAA-TC-T-CTTATTAATTCTTT--AAATATTAATGACTTAATATT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAAATTCTTGCTTATTAA--CTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
*** * * * * *
52493 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTCAAAAGCAATTATTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAA
63 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAA
* ** * * * * * * * * * **
52558 CGATTTGAAATAGGTAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAATTATTTTGGTAAACTGATTTA
127 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATT-GTTCGGCAAACAAATTTA
* * * * * *** * *
52623 TTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTA-TATTTTTTTTTGGA
191 -TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA--TTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAA
* ** * * **
52686 TAAGCTTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-ATAAT
252 TAAACTTGTATGAA--T-AAA-AATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA-AAT
* * * * * * * * * *
52749 AAATAATTATTTATATAGTCTTAATTGTTT-AATTAGGCTT-GGCAAACATATTTATTTTTTAAA
312 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-G-TTCGGTAAACATATTTA--TTTTCAA
* * * * * * *
52812 TCTCTTAGTTATTAA-TTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGT
373 TCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGT
* * * * * * * **
52875 ATGAATAGAAACAATTGTTTCATTATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
436 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
52940 CAAATAGTCATAACTATTTGATCTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTACATCTACTACCTATT
501 CAAACAATCATAACTATTTGA-ATTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTACTTATT
*** *
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* * * * * * * *
53068 AATT-GTTTAATGACAAAATAAAAAGATCATAATTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAATCA
629 AATTGGTTTAA-GACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA
53132 TAACTATTTGAACTTGTTTGG
692 TAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * * * *
53153 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAA-TTTTAGTAATATTAATAAACTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAACTTTCA-AAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * *
53217 TTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
64 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * * *
53282 CATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAGTATTTGAATATGTTCAG-AAA-AATTATTT
128 AATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAT-TGTTCGGCAAACAA--ATTT
* * ** * *
53345 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT-TTGGAATATTAACCA-ATTTA-TATTATTTTATTC-
190 A-TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTCAT--AATATT-ATTATA-TTAGTATTATTTGAATCT
* * * * * * *
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249 GAATAAA-CTTGTATGAATAAAAATAA---TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
* * * *
53469 ATAGATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTTGTTCGGT-AA-ATAGTTTCATTTTTTA
310 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATA-TTT-A--TTTT-
* * * * * **
53532 AAAT-TCTTACTCATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-C
370 CAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TA-TATTTTGTTTCAAATAAGTC
* * * * * ** * * * *
53594 CTATATGAACTAATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAAT
432 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * ** *
53659 TACTT-AAATACTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTTC
497 T-GTTCAAACAATCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTAC
* * * * * * * * *
53723 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTAT-GGAGA-
560 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-AT-TATATGAAAT
* * * *
53786 A-AAA-AATAT--TTTATA-ATAAAACAGAAA-GTCATAACGACTTGAAATAAAAAATGT-TT-A
623 AGAAACAAT-TGGTTTA-AGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT-TATTCA
* * * * *
53843 AATAGTCATAACTATTTGAAATTATATAG
684 AATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * ** ** *
53872 TAAATAGATTTATTTTT-TAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATAA
1 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TCTTGCTTATTAACTT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * ** *** * * * *
53935 TGTTATTTTAAATAAATTTGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAG
64 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT-AAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * * * *
53998 CGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCA
127 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGGCAAACAAATTTA
* * * * * * *
54063 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTT-TATTTCAG
191 -TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTCAT--AATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGA-
* * * * * * * * *
54126 ATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTGTTTTGAGTTAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
251 ATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAATT-TTATGA--CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
* *
54190 AGATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
312 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
54220 GCACTGATCA
Statistics
Matches: 10707, Mismatches: 2466, Indels: 1663
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (712 bp):
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TTATTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAACAAT
TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTT
AAATCTCTTATTATTAATTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATCTGAATAAACTTGT
ATGAATAAAAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTCAATCTCCTACTTATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTATATATTTTGTTTCAAATAAGTCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTG
AATTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTATATGAAATAGAAACAATTGGTTTAAGACAAAACAAA
AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGG
Found at i:44917 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 39523--51194 Score: 2713
Period size: 181 Copynumber: 64.8 Consensus size: 177
39513 AAATCTTTTA
* * * * * ** * * *
39523 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGAATAAATGG
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* *
39588 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAC-AATTTGAAATTA-ATAATTGTTTAAAT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT-ACTGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
39650 AATCATAACGACTTGAACT-TATTTGGTAAATAGATTTA-TTGTTCAAATCTTTT
128 AGTCATAACTA-TTTAAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTT-ATCAAATC---T
* * *** * *
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* * ** * * * *
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62 ATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATA-CTGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
39827 AAATAGTTATAATTATTTAAACT-TGTTTGATAAATTGATTCATTTTTTAAATTTCTT
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* * * ** *
39884 AATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGCA-TAGTATTATTTTATTTCGAATACGCTTATATGAA
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA
* * * * * *
39947 CT-GAAATAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAA
63 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
40010 ATAGTCATGACAATTT-GATCTAGTTCGATAAACT-TATTTA-TTTTAAAATTTTTT
126 ATAGTCATAACTATTTAAATAT-GTTTGATAAA-TAGATTTAGTTATCAAA---TCT
** * * * * *
40064 ACTTATTAATTGTCCA-AATATTAATAAATTATTGA-TATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAA
1 -CTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA
* * * * * * ** * * *
40127 CA-AAATCTATTATTTTATAATAGAACAAAA-AGTTGTA-AGATTTCAAATAAATAATTGCTT-A
63 TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATACTGATTTGAAATAGATAATTG-TTCA
* * * * * * *
40188 AATAGTCATAATTATTTGAACTA-ATTTGATAAATAAATTTAATTTTTAAATCT
125 AATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
** * * * *
40241 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATCTAAATA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * *
40305 AAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-GATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
40368 GTCATAATTATTTTAACT-GGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTAATCTCTT
129 GTCATAACTA-TTTAAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAA-ATC-T
* * *
40419 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAAT-AAGTTAGTATGA
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-GTATGA
* * * * * * *
40481 ATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCATA
62 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * * *
40546 TAGTCTTAAATATTTGAAT-TGGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCT
127 TAGTCATAACTATTTAAATAT-GTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * * * *
40597 CTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGA
1 C----TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA
* * * * * * * * * * *
40662 ACAGAAATAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTAAAATGATTTGAAGTATAAAATTGTTCAA
62 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
40727 ATAGTCATTACTATTTGAACT-GGTTCT-AAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
126 ATAGTCATAACTATTT-AAATATGTT-TGATAAATAGATTTAGTTATCAAA--TC-T
* *** * *
40782 ACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG-AT
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * *
40845 CA-AATACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
64 -AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** ** * * * * *
40908 ATTGCCATAATTATTTGTAT-TGATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCACCT
126 ATAGTCATAACTATTTAAATATG-TTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAAT---CT
* * * * * *
40963 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTCGAATAAGCTTAT-TGAATT
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * *
41027 GAAACAATAT-TTTTATGACAAAATGAAATG-TCATAC-GATTTTAAATAAAAAATAGTTCAAAT
65 GAAACAAT-TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * * * *
41089 AGTCATAACTATCTAAATTTGTTCAATAAACAAATTTACTTTTTTAAACTTTT
128 AGTCATAACTATTTAAATATGTTTGATAAATAGATTTA-GTTATCAAA--TCT
* * * *** *
41142 GCTTATTAATTTTT-GAACCATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATATGTTTTTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-
* * * * *
41206 TA-AAACAATTG-TTTATGTCAAAACAAAATG-CCATAATGA-TTGTAAATAAATAATTGTTTAA
63 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATACTGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
41267 ATAGCCATAACTATTTAAACT-TGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTT
126 ATAGTCATAACTATTTAAA-TATGTTTGATAAATAGATTTA-GTTATCAAATC----T
* * * * * * *
41324 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAG-ATAT
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-
* * * * * * * * *
41388 GAAACAAATATTTAATGACTAAACAAAAGATTAGAAC-GATTTGAAATAGACAATTATTCTAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-TACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * ** * * * *
41452 GTTTTAACTATTTGAACT-GGTTTGGCAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTCTT
129 GTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATA-GATTTAGTTATCAAA--TC-T
* * **** * **
41504 ACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTACATG---
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTGTATGAAT
* ** * * * * * *
41565 AGAAACAAGTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGATATTGATATTTGTT-TAGTC
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
* * * * *
41628 AGTCATAACTATTTAAATTTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTATTTAAATCTGCT
128 AGTCATAACTATTTAAATATG-TTTGATAAATAGATTTAGTTA-TCAAA--T-CT
* * *
41682 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTTTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-
* * *
41746 TA-AAACAATTGTTTTATAACAAACCAAAATG-TCATAAC-GACTTT-AAAAAGATAATTGTTCA
63 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT-ACTGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
41807 AATAGTCA-AATCTATTTGAACT-TGTTTGGTAAAGAGATTTATTTTTTAAAATTTGTT
125 AATAGTCATAA-CTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTA-GTTATCAAA--T-CT
* * * **
41864 ACTCATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAAC
1 -CTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-
* ** * * * * * *
41928 TA-AAATAATTG-TTTATGAGTAAACAAAAG-TCAAAATGATTAGAAACATATAATTGTTC-TAT
63 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * ** *
41989 AGTCTTAA-TGATTTGAAT-TGGTTTG-GCAA-ACATTTTCTT-TAAAATCT
128 AGTCATAACT-ATTTAAATAT-GTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * *** *
42036 CTTACTTACTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG
1 CTTA--T--TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * * *
42100 AAAAGAAACAATAGTTTTATGACTAAA-AAAGGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAA
61 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
42164 ATAGTCATAAATATTTTAAACTAT-TTT-AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
126 ATAGTCATAACTA-TTTAAA-TATGTTTGA-TAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * * * * * * *
42217 TTTATT-AGTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTGTTTTATTTTCAAT-AA-TTTTCATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT-ATGAATA
* * * *
42279 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATATGAAATAGATAGTTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
42344 ACATGACTATTTGAACT-TG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
130 TCATAACTATTT-AAATATGTTTGA-TAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* **
42392 CCTACCTATTAA-TTTT----CA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGA
1 -CT---TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA
* * * *
42451 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TTATAACT-ATTTGAAATAAATAATAGTTCA
62 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
42514 AACAATCATAACTATTTGAACT-TG-CTCAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATTTTTT
125 AATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGA-TAAATAGATTTAGTTATCAAA---TCT
* * * * *
42570 ACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGA-TTGTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AACTTGTATGAAT
* * * *
42634 AGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAGGTCACAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCA-TACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * * * * *
42698 TAGTCATAACTATTTGACCATGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTAAATATTT
127 TAGTCATAACTATTTAAATATGTT-TGATAAATAGATTTAGTTATCAA-ATCT
* **
42750 ATTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT--TA-TATATTT-TTTT-AAGTAAGTTTGTATGA
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTGAA-TAAACTTGTATGA
* * * * ** * * *
42809 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGCCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
62 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * *
42874 CAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCAATAAACAAATTTA-TATTTTAAATCTGTT
127 TAGTCATAACTATTTAAA-TATGTTTGATAAATAGATTTAGT-TATCAAATC---T
* * ** * *
42928 ACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
* * ** * * * **
42993 -GATACAATTG-TTTATAATGAAACAAAAGGTCATAGC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAGC
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-CTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * * * * * *
43055 AGTTATGATTATTTGAACT-TGTTTGGCAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTT
128 AGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAA---TCT
* * * * * *
43108 GCTTATTAATTATT-GAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * *
43172 A-AAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAC-AATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
64 AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
43235 TAGTCGTAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT
127 TAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATC---T
* * * * * *
43288 ACTTATTAATTGTCTA-AATATTAGTAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTGTGAA
1 -CTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAA
* * * **
43351 TAGAAA-AATATATTTTA-GAACAAAACAAAAGGTAATAGAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
63 TAGAAACAAT-TGTTTTATG-ACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
43414 ATAGTCGTAACTATTTCAAGT-TGTTCGATAAACAAATTCAGTT-TCTAAATCTCTT
126 ATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATC-AAA--TC-T
* * * ** *
43469 ACTTATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTA-TAATTATGTTA-TTCCAAGTCAACTTGTATGAA
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTGTATGAA
* * * * * * *
43532 CAGAAACAATTGTTTTGT-AAAAAATAAAATG-TCGTAAC-GCTTTGAAATAGATAATTGTTTAA
63 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * ** ** * * * * * *
43594 ACAATTATAACTATTTGTAT-TGGTCAAGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCATT
126 ATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTGA-TAAATAGATTTAGTTATCAAAT-C--T
* * * * * *
43649 ACTTATTAATTTTTAGAATATCAATAAATTCA-CATTACTTTATTATGAATAAGA-TTATATAAA
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAA
* * * * * * * * *
43712 TAGAAACAATTGGTTTAAGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGGAATAAATAATTGTCCAAAT
63 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
43777 TGTTATAACTATTTGAAT-TGGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCT
128 AGTCATAACTATTTAAATAT-GTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * * * * * * * * * *
43826 CTTATTAACTTTCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTAGAATATACTTATATAAACAA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAG
* * * * *
43891 AAACATTTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
43955 GCCTTAACTATTTGAAT-TGGTTCGACAAACAAATTT-TTTTTAAAAATCT
129 GTCATAACTATTTAAATAT-GTTTGATAAATAGATTTAGTTAT-CAAATCT
* * * * * * *
44004 CTTAGTT-ATTAATATTCATAATATTATTATATTGGTATTATTTGATTCTGAATAAACTGGTATG
1 CTTA-TTAATT--T-TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * * * * *
44068 AATATAAATAATTG-TTCATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATCCAA
61 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * ** * * * *
44132 GTAAT-ACTAATTATTTAAACTA-GTTCGGTAAGCATATTTATTTTTCAATTCTCCT
126 ATAGTCA-TAACTATTTAAA-TATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAA--AT-CT
** * ** **
44187 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTACCATTTTGTTTCAAATAGTCTTGTATG-AT
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * *
44250 GAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
64 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * * *
44315 GGCCATAAGTATTTCAAT-TGATTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCT
128 AGTCATAACTATTTAAATATG-TTTGATAAA-TAGATTTAGTTATCAAATCT
* * * * *
44365 CCAACTT-TTCAATTTTT-GAAATATTAATATAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGT-T
1 ----CTTATT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT
* * *
44427 GGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGT
60 -GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
44490 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAATAGATTTTATTTTTTAAAATTTCTT
122 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGA-TTTA-GTTATCAAA--TC-T
* * * * * *
44551 GCTTATTAACTTTCT-GAATGTTAATAATATT-GTATTATTTTATTTGGAATTAGCTTGTGTGAA
1 -CTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA
* * * * * * * * *
44614 GTAAAAAAAATT-TTTTATAATAAAACAAAA-AGTCAAAAC-AATTTGAAATAAACAATTGTTCT
63 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TC-ATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** * * * * *
44676 TATAGTCTTAACTATTATAATTA-GTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
125 AATAGTCATAACTATT-TAAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * ** * * ** *
44729 CTTATTAATTTTTAGAATTTTATTAGTTTAGCAATATTTTGCTCTGAATAAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-CTTGTATGAATA
* * *
44794 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATACTGATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
44858 TCATAACTATTTAAACTA-GTTTGGTAAATATATTTAGTTATCAAATCT
130 TCATAACTATTTAAA-TATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * *** *
44906 CGTATTAATTTTT-GAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATTTTTGTCTGAATA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA
* * * * *
44970 AAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAAATG-TCATAAC-AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
45033 GGACATGACTATTTGAATATGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
128 AGTCATAACTATTTAAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAA--TCT
45085 AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
1 --CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * *
45150 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
45215 GTTATAACTATTTAAAGT-T-TCTTGTTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTTT
129 GTCATAACTATTTAAA-TATGT-TTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATC---T
* * * *
45267 GCTTATTAATTTTTAGCATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTTTAT-AGA
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-A
* * * * * *
45331 TACAAATAATAAG-TTTATGGCAAAATC-AAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCA
63 TAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
45393 AATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAGAAA-ACATATTA-TT-T----T-T
125 AATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTGATAAATAGAT-TTAGTTATCAAATCT
* * ** * * *
45438 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTA-TTCAAAAAAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-CTTGTATGAATA
* * * * * *
45502 -AAGCCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATA
65 GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
45566 GTCATAACTATTTAAA-ATTTTTCG-TAAATAGATTCT-TTTTTAAAATTCT
129 GTCATAACTATTTAAATATGTTT-GATAAATAGATT-TAGTTATCAAA-TCT
* * ** *
45615 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGA
1 C-T--T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA
** * * * * * *
45680 ACCGAAACAATTGTTTTATTATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
62 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * * *
45745 TAGACATGACTATTTGAACT-TG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATATTTT
127 TAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGA-TAAATAGATTTA-GTTAT-CAA-A-TCT
* * * * * **
45800 ACTTATTAATTGTT-GAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAACATGTATGAGC
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * *
45864 ATAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATTAC-AAGTTAAATATAGATAATTGTACAA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCA-TACTGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAA
* ** * * *
45927 ATAGTCATAA-TGATTTGAACT-TGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
126 ATAGTCATAACT-ATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATC---T
* * *
45982 ACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATGATATTA-TTTGAAATAAGA-TTGTATG
1 -CTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAA-ACTTGTATG
* * * * * * *
46043 AATAGAAAAAAAATTCTTTTATGACAAATCGAAAGGTTATAGC-GATTTCAAATAGATAATTGTT
61 AATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-CTGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * * * * *
46107 CAAACAGTCATAATTTTTTAAACT-TGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAATTTCTTT
123 CAAATAGTCATAACTATTTAAA-TATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAA-ATC--T
* * * * * * ** *
46165 ATTATTAATTTTTGGATTACTAA-AAACTTAGTATTGTTTTATTTTGAATTAGTTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
* * * * * *
46229 -GAAACAATTTTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
46292 GTCATAATTATTT-GATCTTGTATGAATAGAA-ACAATTATTTTATGACAAA--A
129 GTCATAACTATTTAAAT-ATGTTTG-ATA-AATAGATTTA-GTTAT--CAAATCT
** ** * * * * * * *** * *
46343 C--AAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTG
1 CTTATTAA--TTTTTAGAATATT--AATAAATTAGTATT---AT-TTTATTTTGA-ATAAACTTG
*** * * * * *
46405 T-TCGGTAAATAG-ATTTATT-TTTTA-GATCTTATACTTATTAATTG-TCTTAAT-ATTAAT-A
57 TAT--G--AATAGAAACAATTGTTTTATGA-C-AAAAC--A--AA-AGATCATACTGATT--TGA
* * * *** * *
46463 AATTTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAAAAATCATTTTATGACAAAAT
109 AA---TAGA-TA-ATTGTTC-AAAT-AG--T-CAT-AACTA-TTTAAAT-ATGTT-TGA-TAAAT
* *
46527 A-A--AAGGTTA-CATCAATTT
159 AGATTTA-GTTATCA--AATCT
* * * * * * ** * * *
46545 CAAATAGATAAGTGTTCA-AATAGTCAT-AATTA-T-TTAAACTTATTCATTAAACAGATTCATT
1 C--TTA-TTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT--TTGAATA-A-AC-TT
* * **** * * * ** * * * *
46606 -TTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAGCTTAATATTAT-TTTATTTTGAAC
56 GTATGAA-TAGAAAC-AATT-GTTTTAT-G-ACA--AA-A-CAAAAGATCATACTGA-TTTGAA-
* * *** * * * *** * * * * *
46668 CA-AAATGATT-TTTTTAT-GACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG--AAATAGA-TAATTTTT
110 -ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AAT-ATG-TTTGATAAATAGATTTAGTTAT
*
46727 CAAATAGT
171 CAAAT-CT
* ** * *
46735 C--ATGACCATTTGATCTAG--T-TTGGTAAA-CA-TATTTATTTTAAAATTTTTTACATATTAA
1 CTTATTA--ATTT--T-TAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT---A-TTTTGA-ATA--AA
* * * * *** * * *
46793 -TTGT-TAAAATATTAATA-AATTAGTATCAT-TTTAATC-TAA-AT-A-AGCTTG-TATG-AAT
53 CTTGTAT-GAATA-GAA-ACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-C-TGATTTGAAAT
* * * * * * *
46848 AGA-AGCTATTATTTATAATAGAACAGAA--ATTCATAACA-ATTTGAAATAAATA-ATTACTCA
112 AGATA---ATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATTTA-AATATGTTTG--ATAAATAGATT--T-A
**
46908 AATAGTCATAA-CT
166 GTTA-TCA-AATCT
* * * * * * **
46921 ATT-TGAACTGGTTT-G-ATA--AATAGATT--TATT-TTTTAAATCTTTTATTAATTTTGAAAT
1 CTTATTAA-T-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--AT-TTTGAATAAACTTG---T
* * ** * * ** * *
46978 ATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGA-ACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGA
58 ATGAATAGA-AACAATTGTTTTA--T-GACA-AAAC--A-A--AA-GATCATA-CTG-ATT-TGA
* * * * * * *
47042 CAACACGAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTAGGTAAATAGAATTATTTT
109 -AATA-G-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAT-GTTTGATAAATAGATTTAGTTA
*
47106 TTAAATCTCTT
170 TCAAA--TC-T
* * * *** * **
47117 ACTTATTAATTTTT-TAATATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCCAATAAGCTAATATGAAT
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * ** *
47180 TGAAAAAATTGTTTTAT-ACCAAAAC--AA-A--A-A-TGATTTGAAATGGATAACAGTTCATAT
64 AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
47237 AGTCTTAACTTTTTGAACTA-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACCT
128 AGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* ** * ** *
47287 CTTAGTTATTTATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
1 CTTA-TTA---ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA
* * * * * * * * *
47352 ACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAG-GCTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAA
62 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
47416 ATAGTCATAACTATTTAAACTA-GTTTGCTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCT
126 ATAGTCATAACTATTTAAA-TATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * ** * *
47467 CTTATTAATTGTT-GAAAGATTAATAAATTTCTATTGTTTTATTATGAATAAACTTGTAT-AATA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * * * ** *
47530 AAAACAATTG--TTATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGGAAATGG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
47593 CCATAATTATTTGAA-CTGCTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCA
130 TCATAACTATTTAAATATG-TTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* *
47641 CTTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
1 C-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
* * * * * * *
47706 -GAAACAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTCATAGTGATTTTAAATAAACAGTTGTTCAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * * * * *
47769 GGTTGTAACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTT
128 AGTCATAACTATTTAAATATGTTTGA-TAAATAGATTTA-GTTATCAAA-TC-T
* * * * ** *
47822 GCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACT
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
** * * * * * * *
47887 -GAAACAATT-TTTTAT-ATCAAAATGAAAGGTGATATTGATTTCAAATAAATAACTGTTTAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * *
47949 AGTCATCACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATATATTTATTTTTTCAAATCTTTT
128 AGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTA-GTTATCAAATC---T
* * * * ** *** *
48003 CCTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT-TTGATTATTGAATTCCAAATAAGA-TTGTAAG-A
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAA
* * * * * * * * * * *
48065 TATGCAACAAATGTTTTCTAACTAAACAAAAGGTCAAAAC-GATTT-AAACTATACAATTATTCT
63 TA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATACTGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCA
** * * ** * * * * * *
48128 AATAGTTTTAAATATTTGAACTA-GTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCA
125 AATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* **** * *
48181 CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATG-AT
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * *
48243 CAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAAC-GATGTGAGATTA-ATAATTGCTCAA
64 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ACTGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * *
48305 GTAGTCATAACTATTT-GATTTGGTTCGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCT
126 ATAGTCATAACTATTTAAATAT-GTTTGATAAATAGATTTAGTTATCAAATCT
* * *
48357 CTTACTT-ATTAATTATTGAAGTATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
1 CTTA-TTAATT--TT-TAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * **
48421 ATTAAAAACACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAGATAATCATTCAA
61 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
48486 AT-GTTCATAATTATTTTAAT-TGATTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAAAT-T
126 ATAG-TCATAACTATTTAAATATG-TTTGATAAATAGATTTA-GTTATCAAATCT
* ** ** * * *
48538 TTTACAAATTATTTTAGGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATT
1 CTTATTAA-T-TTTTA-GAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATG
* * * * * **
48602 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAAC-AATTTTAAATAGATAATTGTAA
61 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
48665 AAATAGTAATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAA-AAATTTATTGTT-TAAAATCCTTTT
124 AAATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTGATAAATAGATTTA--GTTATCAAAT-C---T
* * * * * * *
48723 CTTATTAATTTTTCAG-ATGTTAACAAAATTGGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATAT-AAA
1 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * *
48786 ATGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTC-AAT
64 A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
48850 AGTCTTAACTATTTGAAT-TGATTCGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATATCTT
128 AGTCATAACTATTTAAATATG-TTTGATAAATAGATTTA-GTTATCAA-ATC-T
* * * * * * *** * ** *
48903 ACTTATTTATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTACAAACA
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * * ** *
48968 -AAACAATTGTTTTA-CATCAAAAGAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATA
65 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
49031 GTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCA-ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCAT
129 GTCATAACTATTTAAATATGTTTGATA-AA-TAGATTTAGTTATCAA--ATC-T
* * * * * *
49083 GGTTATTAAGTTTCTA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAAT
1 -CTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * *
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64 AGAAAC-AATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** * * *
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* * * *
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1 C-T--T-ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * * * *
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61 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
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125 AATAGTCATAACTATTTAAATAT-GTTTGATAAATAGATTTAGTTATC-AAATCT
* ** * *
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1 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * * * *
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64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
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* * * * * *** * * *
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1 C----TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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1 CTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-
* * * * * * *
49863 AAAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
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** * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * ****
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * * *
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*
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* * ** * *
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** *
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*
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TTCAAAAAGTCATAAAGATTTGAACTTG
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* * *
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* * * **
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*
47357 AATAATTGTTTTAT
128 AAAAATTGTTTTAT
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Consensus pattern (173 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACTT
ATTAATTTTTGAATATGAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAATATGAACAGAAAA
AATTGTTTTATACCAAAACAAAAATGATTTGAAATGGATAACA
Found at i:47666 original size:175 final size:173
Alignment explanation
Indices: 47376--47692 Score: 388
Period size: 173 Copynumber: 1.8 Consensus size: 173
47366 TTTATGATAG
* * * * *
47376 AACAAAAGGCTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
1 AACAAAAGGCTATAATGATTTGAAATAGACAATTATGCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTT
* * * * *
47441 TGCTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTTCTATTGTTT
66 TGCTAAACAGATTCATTTTTAAATCACTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTT
47506 TATTATGAATAAACTTGTATAATAAAAACAATTGTTATAACCA
131 TATTATGAATAAACTTGTATAATAAAAACAATTGTTATAACCA
* * * * *
47549 AACAAAAGG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGGAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GC
1 AACAAAAGGCT-ATAATGATTTGAAATAGACAATTATGCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAG-
* * * *
47612 TTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
64 TTTGCTAAACAGATTCA-TTTTTAAATCAC-TTATTAATTGTTGA-AAGATTAATAAATTACTAT
*
47676 TATTTTATTTTGAATAA
126 TATTTTATTATGAATAA
47693 GCTTATATGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 20, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
172 2 0.02
173 63 0.53
174 14 0.12
175 40 0.34
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Consensus pattern (173 bp):
AACAAAAGGCTATAATGATTTGAAATAGACAATTATGCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTT
TGCTAAACAGATTCATTTTTAAATCACTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTT
TATTATGAATAAACTTGTATAATAAAAACAATTGTTATAACCA
Found at i:48209 original size:19 final size:20
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48158 AAACACATTT
*
48168 ATTTTTTAAATCACTTATTA
1 ATTTTTGAAATCACTTATTA
48188 ATTTTTGAAAT-A-TTATTA
1 ATTTTTGAAATCACTTATTA
48206 A
1 A
48207 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTGAAATCACTTATTA
Found at i:48567 original size:538 final size:540
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Indices: 47600--49075 Score: 1189
Period size: 538 Copynumber: 2.7 Consensus size: 540
47590 TGGCCATAAT
* *
47600 TATTTGAACTGCTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATTTTTAGAATATTAA
1 TATTTGAACTGCTTTGGCAAACACATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATTTTTAGAATATTAA
**** * * *
47665 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAGAAA
66 TAAATTAGTATTATTTTATACCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAGAAA
* ** * * * * * **
47730 AAAAGGTCATAGTGATTTTAAATAAACAGTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAG
131 AAAAGATCATAACGATGTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAG
*
47795 TAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
196 TAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
47860 TTTATTTTGGATAGGCTTTTATGAACTGAAACAATTTTTTATATCAAAATGAAAGGTGATATTGA
261 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATATTGA
* * * * *
47925 TTTCAAATAAATAACTGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTT
326 TTTCAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATCT
* * * ** *
47990 TTTCAAATCTTTTCCTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTTGATTATTGAATTCCAAATAA
391 TTTAAAATCTTTTACAAATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTTTGATTATTGAATTCCAAATAA
48055 GATTGTAAGATATGCAACAAATGTTTTCTAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAACTATACA
456 GATTGTAAGATATGCAACAAATGTTTTCTAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAACTATACA
48120 ATTATTCTAATAGTTTTAAA
521 ATTATTCTAATAGTTTTAAA
* *
48140 TATTTGAACTAG-TTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCAC-TTATTAATTTTT-GAAATATT
1 TATTTGAACT-GCTTTGGCAAACACATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * *
48202 ATTAAATTAGTATTACTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTATTTTATGACA-
64 AATAAATTAGTATTA-TTTTATACCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAG
* * * * * *
48265 AAACAAAGATCTTAACGATGTGAGATTAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTG-ATTTGGT
128 AAAAAAAGATCATAACGATGTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT-GT
* * * *
48329 TCGGTAAACAGAA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATT-GAAGTATTAACAAATTA
192 TCAGTAAACA-AATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAAAAAATTA
* *
48391 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACACTTGTTTTATGA-CAAAACAAAAG
254 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATT-TTTTAT-ATCAAAACAAAAG
* * * * **
48454 GTCATATTGATTTGAAATAGATAA-TCATTCAAAT-GTTCATAATTATTTTAA-TTGATTCGGTA
316 GTCATATTGATTTCAAATAAATAACT-ATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATA
*
48516 AATAAATTTATCTTTTAAAAT-TTTTACAAATT-ATTTTAGGAAGTATTAATAAA-TTAGTATTA
378 AATAAATTTATCTTTTAAAATCTTTTACAAATTAATTTTAGGAA-TATTAATAAATTTTG-ATTA
** ** * ** * * * * * *
48578 TTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTA-ACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATA
441 TTGAATTCCAAATAAGATTGTAAGATA-TGCAACAAATGTTTTCTAACTAAA-CAAAAGGTCAAA
* * * * *** ** *
48641 ACAATTTTAAA-TAGATAATTGTAAAAATAGTAATAAC
504 ACGA-TTTAAACTATACAATTATTCTAATAGTTTTAAA
** * *
48678 TATTTGAACTTG-TTTGATAAA-AAATTTA-TTGTTTAAAATC-CTTTTCTTATTAATTTTTCAG
1 TATTTGAAC-TGCTTTGGCAAACACATTCACTT-TTT-AAATCAC---T-TTATTAATTTTT-AG
* * * * **** * * *
48739 -ATGTTAACAAAATTGGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATAT-AAAATGAAATAATTGTTTT
58 AATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATACCAAATAAGCTTATATGAACA-GAAACAATTATTTT
* * * * * * * * * *
48802 ATGACTA-AACAAAATATCAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTG
121 ATGAC-AGAAAAAAAGATCATAACGATGTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * **
48865 AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTA-CTTTTTAAATATCTTACTTATTTATTTTCAAAATATTATT
185 AATTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAA
* * *** ** * *
48928 AAATTAGTAGTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTACATCAAAAGA
248 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-TTTTATATCAAAACA
* * * * * * * *
48992 AAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAA-TCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAA
312 AAAGGTCATATTGATTTCAAATAAATAACT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * *
49056 CAATTAGATTTATTTTTTAA
376 TAAATAAATTTATCTTTTAA
49076 TTTTCATGGT
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 148, Indels: 78
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.00
537 40 0.05
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540 42 0.06
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (540 bp):
TATTTGAACTGCTTTGGCAAACACATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATTTTTAGAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATACCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAGAAA
AAAAGATCATAACGATGTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAG
TAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATATTGA
TTTCAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATCT
TTTAAAATCTTTTACAAATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTTTGATTATTGAATTCCAAATAA
GATTGTAAGATATGCAACAAATGTTTTCTAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAACTATACA
ATTATTCTAATAGTTTTAAA
Found at i:49615 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 47050--51378 Score: 2468
Period size: 358 Copynumber: 12.1 Consensus size: 357
47040 GACAACACGA
* * *
47050 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT
** * * *** *
47114 CTTACTTATTAATTTT-TTAATATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCCAATAAGCTAATATG
65 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TTATG
** * * * **
47177 AATTGAAAA-AATTGTTTTAT-ACCAAAACAAAA----AT---GATTTGAAATGGATAACAGTTC
128 AA-CAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
47233 ATATAGTCTTAACTTTTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTT
191 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA---
** ** * ** **
47298 ATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
252 ATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
* * * *
47363 TGTTTTATGATAGAACAAAAGG-CTATAATGATTTGAAGTAT
317 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
47404 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGCTAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * *
47466 -T-CTTATTAATTGTT-GAAAGATTAATAAATTTCTATTGTTTTATTATGAATAAACTTGTAT-A
66 TTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGA
* * * * * * * * **
47527 ATAAAAACAA-T-TGTTATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATGGAAA
129 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
47590 TGGCCATAATTATTTGAACTGCTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTTATTAATTTTT
194 TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTT
* * *
47655 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
258 CA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTT
* * * *
47719 TATGATAGAAA-AAAAGGTCATAGTGATTTTAAATAA
322 TATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * **
47755 ACAGTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * *
47819 CTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTTTATGA
65 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTTATGA
** * * ** * * * *
47884 ACTGAAACAATT-TTTTAT-ATCAAAATGAAAGGTGATATTGATTTCAAATAAATAACTGTTTAA
129 ACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *** * * *
47947 ATAGTCATCACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATATATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTAATTA
193 ATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTA
** * * ** *** * * * *
48011 ATTTTTTGAATGTTAATAAATT-TTGATTATTGAATTCCAAATAAGATTGTAAG-ATATGCAACA
252 ATTTTTCAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATA
* * * * * * *
48074 AATGTTTTCTAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTT-AAACTAT
315 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAG
* * * ** * * * * *
48117 ACAATTATTCTAATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * ****
48180 --ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGA
66 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGA
* * * * * * * *
48242 TCAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCT-TAACGATGTGAGATTA-ATAATTGCTCA
129 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGT-TATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCA
* * * *
48304 AGTAGTCATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
192 AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
* * * * *
48369 TTATTGAAGTATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATT-AAAAACAC
253 TTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATA-A-
*
48432 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAG
316 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * * * *
48474 ATAATCATTCAAAT-GTTCATAATTATTTTAATTGATTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAAAT-
1 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATC
* ** * ** *
48537 TTTTACAAATT-ATTTT-AGGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGT
64 TCTTACTTATTAATTTTCA--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTT-T
* ** * * *
48599 ATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGT
125 ATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAT-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
** * * * *
48663 AAAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAA-AAATTTATTGTTTAAAATCCTTTTCTT
189 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATT-TTTTAAAT-C---TCTT
* * * * * * * *
48726 ATTAATTTTTCAGATGTTAACAAAATTGGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATATAAAATGAA
248 ATTAATTTTTCAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
* ** * *
48791 ATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAGAATGATTTCAAATAG
312 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
48837 ATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *** **
48901 TTACTTATTTATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTACAAA
66 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAA
* * * * * ** *
48966 C-AAAACAATTGTTTTA-CATCAAAAGAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATA
130 CAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * **** ** * * *
49029 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCATGGTTATTAA-G
194 TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATT
* * ** * * *
49093 TTTCTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAGAACTAATT-
255 TTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTG
* *
49157 TTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG
319 TTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** *
49197 ATAATTATCCAAACAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACATTTTTACTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
49262 TTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTTAA
66 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAA
* * * * *
49327 CAAAAACAATTATTTTATGGCAAAATAAAAAGTAATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
130 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
49392 AGTTATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGAATAATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTCA
195 AGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCA
** *
49457 AATATTAATAAATTAGT-TTGGCTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTA
260 AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
* * * *
49521 TAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGATATAA
324 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** * *
49555 ATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTTAATTGGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *** *
49620 TTAGTTATTAATTTTCAAAAAATTACTAAATTAGTATAATTTTATTGCAAATAAGCTTATATAAA
66 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAA
* * * * * * * *
49685 TAGAAATAATTGTTTTATTATACAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
130 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
49750 -GTCATAACAATTTAAATTGGTTTGTTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTG
195 AGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTC
* * ** * * *
49814 AACTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG--TTGAAAAACAACTGTTT
259 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAATAATTGTTT
* *
49877 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAG
322 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * ***
49913 ATAGTTGTTCAAAT-GACCATAATTGTTTAAACTT-ATTTAGTAAATTGATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* ** * * ** *
49976 TCTTACTTAGTAGCTTTCGAAATAATAATAAAACAGTATTATTTTCTTTATG-ATAAGCTTTTAT
64 TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGC-TTTAT
* * * *
50040 GAACTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
127 GAAC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
50104 -AATAGTCTTAACTATTTGACA-TGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTCAAATTTATTACTTATT
191 AAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATT
* * ** * * * * * * * *
50167 AA-TTTTAAAATACT-ATCATTTTAGCAATATTTTACTCTGAAAAAGTTTGTATGAATAGAAACA
251 AATTTTTCAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATA
* * * ** *
50230 ATTGTTTTATGACAAAAC-AATGATCGTAACAATTTGAGATAG
315 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** * * * *
50272 ATAATTATTCAAATGGTCATAACAATTTGAACTAATCTAGTAAGCAAATTTAGTTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * * * **
50335 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA
66 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAA
* * * * * * * *
50398 TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
130 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
50463 GGACATGACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTAATTTTTTAAGTTTCCAACTCATTAA-T
195 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--AT-C-TCTTATTAATT
* ** * *
50526 TTT-ATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTAT-AAGTAGAAACAATT
255 TTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAATAATT
* * *
50589 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAA
318 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *** * * * ** * *
50629 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTAGTTGAACTCACTCGGTAAATAGA-TT-TTTTAAAAATATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * **** *
50692 TTACTTATTAACTTTT-GAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATCACAAATAAACTTGTATGA
66 TTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGA
* * * ** * * *
50756 ATAGAAATAATTGGTTTATCACAAAACAAAAGGTCAT-A--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
129 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
*** ** * * * *
50818 TTAGTCATAACTATTTGAAAAAGTTAAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATT
194 -TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATT
* ** * * * ** **
50883 TTTAAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTTGAAATAAGTTTGCATAAACAGAACCAATTG
255 TTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTG
* * * * * *
50947 TTTTAAGATAACATAGAAGGTCATAATGTTTTGAAATAG
319 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** * * *
50986 ATAATTAGTT-AGATAGTTATAATTATTTGAACAT-GTTAAGTAAATAGATTCT-TTTTTTAATT
1 ATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAAT
* * ** * * * ** *
51048 CTCTTACTTTTTAGTTTTTGAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTACTTCAAATAAGCTCATAT
63 CTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TTAT
*** * * * * * * * *
51113 GAATTGAAACAACTATTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT
127 GAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * * * * *
51178 AATAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTCAGCAAACATATTTATCTTTAAAATTTTTTACTTATTA
192 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTA
* ** * * * * *
51242 A-TTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTACTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAATAGGAAAAT
252 ATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TG-AAAT
** * * ** *
51306 TTTTTTTTTATG--AAAACAAAAAGTCATAACAAGTTT-AAATAA
314 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAG
*
51348 ATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAA
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
51379 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 3080, Mismatches: 739, Indels: 304
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
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348 7 0.00
349 14 0.00
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365 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTATGAAC
AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
Found at i:51884 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 51378--54438 Score: 2244
Period size: 181 Copynumber: 17.0 Consensus size: 178
51368 AATGATTTGA
* * * * *
51378 ACTTATTAATTATCTT-CATATTAATCAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAAT
1 ACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-
** * * * *
51442 TGAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAAT
63 CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
51506 AGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT
127 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
51560 TCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
1 ACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * ** *
51625 GAAACAAATGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCGA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
65 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
51689 GTCTTAACCATTTGAATTGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
128 GTCATAACTATTTGAATTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
51741 ATTTATTAATTTTTGAACTATTATTTAACTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
51806 AAATAATTGTTTTACGACAAAACAATAGGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
51871 CTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAATTAGATTTAGTTTTTAATTTTCTT
130 CATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
*** * * ** * * *
51921 GA-TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTGTGAGC
1 -ACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * *
51985 AGAACCAATTGTTTGATGAGAAAATAAATGGTTATAACAATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATA
64 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
52050 GTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATTGATTTACTTTTTAAATCTCTT
128 GTCATAACTATTTG-AATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** * *
52102 ACTAATTATTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAAATTATATTAAC
1 ACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * ** * *
52166 TAAAGCAATTATTTTATGAGAAAATAGGAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCATATA
64 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * ** * * *
52230 GTTTTAACTGTATGAACCAGTTTGGTAAATAGA-TT-TTTTTAAAATTTCTT
128 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
52280 AGTTATTAATGTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCCTATATGAATA
1 ACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
52345 GAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
52410 -CAATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATATAGTTACTTTTTAAA--TC-T
129 TC-ATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * **
52458 -CTTATTAATTCTTTAAATATTAATGACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTCA
1 ACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * * *
52522 AAAGCAATTATTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGGTAGTTATTCAAATGG
65 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
52587 CCATAATTATTTAAATTATTTTGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTT
129 TCATAACTATTTGAATT-GTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * **
52638 ACTTGTTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA-TATTTTTTTTTGGATAAGCTTGTAT-AAGC
1 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-C
* * * * * * *
52701 TGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-ATAATAAATAATTATTTATAT
64 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
52765 AGTCTTAATTGTTT-AATTAGGCTT-GGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
127 AGTCATAACTATTTGAATT--G-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * * * *
52818 AGTTATTAATTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
1 ACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * * *
52883 AAACAATTGTTTCATTATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
52948 CATAACTATTTGATCTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTACATCTAC-T
130 CATAACTATTTGA-ATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTT
* * * * *
52998 ACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * ** * * *
53063 GAAACAATTGTTTAATGACAAAATAAAAAGATCATAATTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACA
65 -AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
53128 ATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
128 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
53180 ACTTATCAATTTTAGTAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * * *
53245 AAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
64 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
53310 TCATAAGTATTTGAATATGTTCAG-AAAAATTATTTATTTTTTAAAT-TTTT
129 TCATAACTATTTGAAT-TGTTCGGTAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
53360 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAACCAATTTA-TATTATTTTATTCAAAAAAAGGTTGTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTT-GAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
** * *
53424 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
64 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
53488 ATCTTAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAG-TTTCATTTTTTAAAAT-TCTT
128 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTT-ATTTTTT-AAATCTCTT
* * * * *
53540 ACTCATTAATTTTCAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAAC
1 ACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * ** ** * * *
53604 TAATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTACTT-AAAT
64 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAAT
* * * * * * * *
53668 ACTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTT
127 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *** * * * * *
53721 TCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGGAGA
1 ACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * *
53786 AAA-AAATATTTTATAATAAAACAGAAA-GTCATAACGACTTGAAATA-AAAAATGTTTAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
53848 TCATAACTATTTGAAATTATAT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTTT
129 TCATAACTATTTG-AATTGT-TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * **
53898 ACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATAATGTTATTTTAAATAAATTTGTATGAATT
1 ACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA--
* * * * *
53963 GAAAA-AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
63 CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
54026 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTT
128 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
54078 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTGTA-CAAG
1 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-
* ** * ** * *
54141 TAGAAACAATTGTTTTGA-GTTAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAGTTGTTCAAA
63 CA-AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * * *
54205 TAGTTATAACTATTTGCACTGATCAGGCCAACAAATTCACTTTTTAAATC-CATT
126 TAGTCATAACTATTTGAATTGTTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TT
* * * * ** * * *
54259 ACTAACTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCGAATGAGAC-TATATGAAT
1 ACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAAC
* * * ** ** * * *
54323 AGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCACCATGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATT
64 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * **
54388 GTTATAACTAATTAAACTAGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
128 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
54439 TTTAATTTTC
Statistics
Matches: 2294, Mismatches: 487, Indels: 198
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.00
177 190 0.08
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180 666 0.29
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182 290 0.13
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:52983 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 51395--54438 Score: 2340
Period size: 360 Copynumber: 8.5 Consensus size: 356
51385 AATTATCTTC
* * ** * *
51395 ATATTAATCAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
51460 ATAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC
65 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
51524 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
51588 TTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATGACTAAACAAAA
191 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
51653 GGTCGA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTCGGTAA
256 GGTC-ATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TT-GGTAA
* * *
51717 ATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAA
317 ATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAA
* * * * * * * * *
51758 CTATTATTTAACTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAATAATTGTTTTACGA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
51823 CAAAACAATAGGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTT
66 TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * ** * * * ** *
51888 GTTTGGCAATTAGATTTAGTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTA
131 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * * ** * * * * *
51952 GTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTGTGAGCAGAACCAATTGTTTGATGAGAAAATAAATGGT
194 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
52017 TATAACAATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAT-T
259 CATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTG-TTGGTAAATAT
* * * *
52081 GATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTATTTTTCTAA
321 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAA
* * ** * * * *
52119 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAATTATATTAACTAAAGCAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * ** * * *
52184 AGAAAATAGGAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGTATGAACC
65 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * *
52248 AGTTTGGTAAATAGA-TT-TTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAATGTTT-AGAATATTACTAAATT
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTGA-AATATTAATAAATT
* * * * * * * *
52310 AGTATTATTTTATTCTAAACAAGCCTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGG
193 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
52375 TTATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CAATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAT
258 TCATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGTT-GGTAAAT
* * *
52439 ATAGTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTTAA
319 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAA
* * * * * * *
52474 ATATTAATGACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-TTCAAAAGCAATTATTTTAA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAA-CAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * *
52538 GATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGGTAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTT-AAA
64 GATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * *
52602 TTATTTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTTGAAATATTAATAAAG
129 TT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
* * ** * *
52667 TAGTA-TATTTTTTTTTGGATAAGCTTGTAT-AAGCT-GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAA
192 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * *
52729 AGGTCATAACAATTTATAATAAATAATTATTTATATAGTCTTAATTGTTT-AATTAGGCTTGGCA
255 AGGTCATAATAATTTA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT--G-TTGGTA
* *
52793 AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTAAA
316 AATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAA
* ** * * *
52834 ATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATG
* * *
52899 ATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCT
65 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
52964 TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTACATCTAC-TACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATT
* * * * *
53028 AGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAATAAAAAG
193 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAG
* * * * * *
53093 ATCATAATTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
257 GTCATAA-TAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-TTGGTAAAT
* * * *
53158 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTAGTA
319 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AA
* * * * * *
53197 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
53262 ACAAAACAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAGTATTTGAA-T
65 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
53326 ATGTTCAG-AAAAATTATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACCAAT
130 -TGTTCAGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA-TAAA
* * * * *
53389 TTA-TATTATTTTATTCAAAAAAAGGTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
191 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
53452 GGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAA
256 GGTCATAAT-AATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTT-GGTAAA
* * *
53517 TAGT-TTCATTTTTTAAAAT-TCTTACTCATTAATTTTCATA
318 TA-TATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAA
* * * * *
53557 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * * *
53622 ATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTACTT-AAATACTTATGACTATTTGAAC
65 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
53686 TTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
53751 AATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATG--GAGAAAAAAATATTTTATAATAAAACAGAAA-
193 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAG
* * * * * * * *
53813 GTCATAACGACTTGAAATA-AAAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATATAGTAAAT
257 GTCATAA-TAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGT-TGGTAAAT
* * *
53877 AGATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GA
319 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TAAA
* * * **
53915 ATATTAATAAATTTGTATAATGTTATTTTAAATAAATTTGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
53979 GACAAAA-AAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC
64 GATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
54043 TTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
* * * ** *
54108 AGAATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTGTTTTGA-GTTAAAATAAA
193 AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAA
* * * * * * **
54170 AGGTCATAATGATTTTAAATAGATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCACTGATCAGGCCA
255 AGGTCATAAT-AATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-T-TGGTAA
* * * * * * *
54235 ACAAATTCACTTTTTAAATC-CATTACTAACTAATTTTCAGA
317 ATATATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT-AAA
* *** * * * *
54276 ATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCGAATGAGAC-TATATGAATAGAAATAATTCTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTAT
* * ** ** * * * * * *
54340 GACAAAACAAATGGTCACCATGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATTGTTATAACTAATTAAAC
64 GATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
54405 TAGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
54439 TTTAATTTTC
Statistics
Matches: 2121, Mismatches: 466, Indels: 190
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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354 3 0.00
355 78 0.04
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364 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGA
TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTGGTAAATATATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAA
Found at i:53984 original size:538 final size:539
Alignment explanation
Indices: 51395--54350 Score: 1566
Period size: 538 Copynumber: 5.5 Consensus size: 539
51385 AATTATCTTC
* * * * * * * * *
51395 ATATTAATCAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTATTTAAT
* * * * ** * * * * * * *
51459 GA-TAAATCAAAAGGTTATAACAATTCTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
65 GACAAAATAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTCTTCAAACAATCATAACTATTTGAA
* * * * ** *
51523 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
130 CTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCT-TTTACTTATCAA-TTTCAGAAATATTAATA
* * * * * * * * *
51586 AATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-AATGT-TTTATGACTAAAC
192 AACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAACA-AAA-ATAAT-TCTTTATAACAAAAC
* ** * * * * *
51649 AAAAGGTCGA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACCATTTGAAT-TGATT
254 AAAATGTC-ATAACCACTTGAAATAGAAAAATGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATATG-TT
* * * * * * * *
51711 CGGTAAATAA--ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAACTATTATTTAACTAGT
316 CAG-AAA-AATGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAA-TATTAATAAATTTGT
* * * * * * *
51774 ATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAATTGTTTTACGACAAAACAATAGGTC
378 ATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTT
** * * * * * ** * **
51837 ATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAATTAGA
441 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAG-
* * * *
51902 TTT-AGTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTCAAA
505 TTTCATTTTTTAA-ATTCTT-ACTCATTAATTTTC-AA
* * * * ** * * *
51938 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAA-ATAGTGTGAGCAGAACCAATTGTTTGA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACCTA-TATGAATAGAAACAATTATTTAA
* * * * ** * * * * * * * *
52001 TGAGAAAAT-AAATGGTTATAACAATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
64 TGACAAAATAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTCTTCAAACAATCATAACTATTTGA
* * ** *** * * * * *
52065 AATGGTTTGGTAAATTGATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTAATTATTTTTC-TAAATATTAATA
129 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATCA-ATTTCAGAAATATTAATA
* * * * * * * * ** * * * *
52128 AATTAGTATTATTTT-ATTTCAAACAA-AATTATATTAACTAAAGCAATTATTTTATGAGAAAAT
192 AACTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCA-TGTATGAACAAAAATAATT-CTTTATAACAAAAC
** * * * * * * ** * * *
52191 AGGAGGTCATAA-CAATTTAAATA-AATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGTATGAACCA-GTT-
254 AAAATGTCATAACCACTTGAAATAGAA-AAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTC
* ** * * * *
52252 TGGTAAATAGA-TT-TTTTTAAAAT-TTCTTAGTTATTAATGTTTAGAATATTACTAAATTAGTA
317 AGAAAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTTGTA
* * * * * * * *
52314 TTATTTTA-TTCTAAACAAGCCTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTA
379 TTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTTA
* * * * * *
52378 TAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CAATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATA-T
442 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGT
* * *
52441 AGTT-ACTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTCTTTAA
506 --TTCATTTTTTAAATTCTTACTCATTAATT-TTCAA
* * * ** * * * *
52474 ATATTAATGACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-TTCA-AAAGCAATTATTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAAT-AGAAA-CAATTA-TTTA
* * * * * ** * * **** *
52537 A-GATAAAACAAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGGTAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTT-
63 ATGACAAAATAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTCTTCAAACAATCATAACTATTTG
* * ** ** * * * * *
52599 AAATTATTTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTT-TGAAATATTAAT
128 AACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATCAA-TTTCAGAAATATTAAT
* * ** * ** * ** *
52663 AAAGTAGTA-TATTTTTTTTTGGATAAGCTTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC
191 AAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAA-CAAAAATAATT-CTTTATAACAAAAC
* * * * * * * * * *
52726 AAAAGGTCATAA-CAATTTATAATA-AATAATTATTTATATAGTCTTAATTGTTT-AATTAGGCT
254 AAAATGTCATAACCACTTGA-AATAGAA-AAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATG-T
* * * * * * *
52788 T-GGCAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTAAAATATTACTAAATTAGTA
315 TCAG-AAAAATGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTTGTA
* * * * *
52851 TTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATTATAAAACAAAAGGTTAT
379 TTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTTAT
* * * *
52916 AATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTTGTTCAATAAACAGATT
443 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAG-TT
* *
52981 T-ATTTTTTACA-TC-TACTACCTATTAATTTTTAGA
507 TCATTTTTTAAATTCTTACT--C-ATTAATTTTCA-A
* * * *
53015 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTAATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTATTTAATG
* *
53080 ACAAAATAAAAAGATCATAATTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
66 ACAAAATAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTCTTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
** * * *
53145 TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTAGTAATATTAATAAACT
131 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATCAATTTCAGAAATATTAATAAACT
* * * * * * *
53210 AGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATG
196 AATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAACAAAAATAATT-CTTTATAACAAAACAAAATG
* * * *
53275 TCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAGTATTTGAATATGTTCAGAAAAAT
260 TCATAACCACTTGAAATAGAAAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAAAT
* * ** *
53340 TATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACCAATTTATATTATTTTA-T
325 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
* * * * *
53403 TCAAAAAAAGGTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTT
389 TCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * *
53467 AAATAGATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGTTTCATTTTTTA
452 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGTTTCATTTTTT-
53532 AAATTCTTACTCATTAATTTTCATA
516 AAATTCTTACTCATTAATTTTCA-A
** * * *
53557 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAA-TAGAAACAATTATTTAAT
** * * * * * *
53621 GATGAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTACTT-AAATACTTATGACTATTTGA
65 GACAAAATAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATT-CTTCAAACAATCATAACTATTTGA
* * *
53684 ACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATTGTCA-AAATATTAATAA
129 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATCAATT-TCAGAAATATTAATAA
* * * *
53748 ATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGGAGAAAAA-AATAT-TTTATAATAAAACAGA
193 ACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAACAAAAATAAT-TCTTTATAACAAAACA-A
* *
53811 AA-GTCATAACGACTTGAAATA-AAAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-AT-TAT-ATA
256 AATGTCATAACCACTTGAAATAGAAAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATATGT-TCAGA
* *
53871 GTAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGTATA
320 -AAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTTGTATT
* * * * **
53934 ATGTTATTTTAAATAAATTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAGC
381 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAAT
* *
53999 GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCAT
446 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGTTTCAT
* *
54064 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
511 TTTTTAAAT-TCTTACTCATTAA-TTTTCAA
* * * * * * *
54095 ATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTGTTT--T
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAA-TAGAAACAATTATTTAAT
* * * * * * * *
54157 GAGTTAAAAT-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
65 GA--CAAAATAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTCTTCAAACAATCATAACTATTTG
* * ** * ** *
54221 CAC-TGATCAGGCCAACAAATTCACTTTTT-AAATCCATTAC-TAACTAATTTTCAG-AATATTA
128 AACTTGTTCA-GTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATC-AA-TTTCAGAAATATTA
* * * * ** * * * * *
54282 ATAAATTAGTATTACTTTATTCCGAATGAG-ACTATATGAATAGAAATAATTCTTTTATGACAAA
189 ATAAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCA-TGTATGAACAAAAATAATTC-TTTATAACAAA
54346 ACAAA
252 ACAAA
54351 TGGTCACCAT
Statistics
Matches: 1932, Mismatches: 375, Indels: 216
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
534 2 0.00
535 63 0.03
536 182 0.09
537 186 0.10
538 384 0.20
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544 16 0.01
545 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTATTTAATG
ACAAAATAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTCTTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATCAATTTCAGAAATATTAATAAACT
AATATTATTTTAATCTAAATAAGCATGTATGAACAAAAATAATTCTTTATAACAAAACAAAATGT
CATAACCACTTGAAATAGAAAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAAATG
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC
AAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGTTTCATTTTTTAAATT
CTTACTCATTAATTTTCAA
Found at i:54986 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 54479--56840 Score: 1513
Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 180
54469 AAAGCATTTG
* * * * * * * *
54479 TTTTATGATAAGATAAAAGGT-ATTAATGATTTGAAATAGAGAGTTGTTCAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
54543 ATTAAACT-GATTTCGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATT
65 TTTGAACTAG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
54607 AATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCTAACTAAG-TTACTAAGAACT-GAAAAAATTG
129 AATAAA-TTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTA
* * * * * * *
54660 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAAATTATTCATATGGCCTTAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
54725 TTTGAACTA-CTTCGACAAATAAATTTATTTTTCAAATTTCATAGTTATTAATTTTTAAAATATT
65 TTTGAACTAGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
54789 ATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAGTTG
129 AATAAATT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * * *
54842 TTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGACATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
54907 TTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTCATATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAG
66 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * *
54972 TAAATTGCTATTATTTTATACCAAATAGGCTTGTAT-AATGAAAAACAATTA
131 TAAATTG-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTA
* * * *
55023 TTTTATGACAAAAC-AAAGGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * *
55087 TTTAAACTTA-TTTAATAAACTGATTTAATTTTTAAATCTCTAACTTATGAATTTTTGAAATATC
65 TTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * * * * *
55151 AATAAGTAATATTATTTTATTTCAAATGAGCTTTTATG-CTCTGAAACAATTG
129 AATAAATTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTA
** * * ** * *
55203 TTTTACAATAAAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTGATAACTA
1 TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
55268 TTTGAACTA-TTCAATAAAC-AATTT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTT
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATT
*
55328 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTA
129 AATAAATT-GTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA
* * * * * ** * *
55381 TTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTCATAGGCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * **
55446 TTGAA-TGGTTT-GACAAACACATTTACTTTTTTGAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAGTACC
66 TTGAACTAGTTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * **
55504 AATAAGTTGGTATTA-TTTAATTCTAAATAATTTTGTATGAATACCAATATTTTGAATAACTAGT
129 AATAAATT-GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG------AATA----G-A-AAC-A--
55568 ATTA
177 ATTA
* ** * * * * * *
55572 TTTTACGACAAAACAAAATATCATGACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGGAT-ATGACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* * * *
55636 TTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATT
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * * ** * *
55700 AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTACAAATAGAAACAACTG
129 AATAAATT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * * * *
55753 CTTTCTGAC-AAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * *
55816 TTGAACTCA-CTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTT-AGAATTTT
66 TTGAACT-AGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * **
55879 AATAAATTAGTAATATTTCA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAATTA
129 AATAAATT-GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * ** * *
55932 GTTTATGACAAAATAATTGGTCAT-ACTGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
55995 ATTTGAA-T-GTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTCAAA-CAT-TTGCTTATTAATTTTTGCAAT
64 ATTTGAACTAGT-TT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
56056 ATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTA
126 ATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * * * * *
56112 TTTTCTGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT-AGAATAGTGATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA
* * * * * ** * * * *
56176 TTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTGTTTTAGTTCTCTTAGTCACTAATTTTTGGAATATT
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
56241 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATTAAGCTTATATTAACTA-AAAAAATT-
129 AATAAATT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA
* * * * * *
56293 TTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATGAATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** * * *
56358 TTAAAATTG-TTCGATATGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-AAATATTA
66 TTGAACTAGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
56421 ATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTA
130 ATAAATT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* ** *
56473 TTTTATGACCAAACAAAAAATCATAACAATTTG----------TTGTTCAAATAGTCATAA-TGA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-A
* * * * *
56527 TTTAAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATAT
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATAT
* *
56590 TAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGATGA-AATCT-
128 TAATAAA-TTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAAT-TA
* * ** * * *
56643 TTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
56706 TTTAAACTTGTTTGGTAAA-TAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTATTTTTTGGAATATT
65 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
56770 AATAACTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTT
129 AATAAATT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA
56823 TTTTATGACAAAACAAAA
1 TTTTATGACAAAACAAAA
56841 TTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 356, Indels: 225
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
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197 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
Found at i:56101 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 55632--56490 Score: 531
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 181
55622 AATGGATATG
* * * * *
55632 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCTAACTTATTAATTTTTAGAA
1 ACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATCATTTAA-TTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * ** ** * * *
55696 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTACAAATAGAAACAACT-GCTTTCTG
65 TATTAATAAATTAGTAATATTTCATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTAG-TTTATG
** *
55760 ACAAACA-AAAA--TCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTATTTA-AATAGTCATA
129 ACAAA-ATAAAAGGTCATAATGTA-TTGAAATAGATAATTA-TTAGAATAGTCATA
* *** * * * * *
55811 ACTATTTGAACTCACTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAAT
1 ACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATCATTTAATTATTAATTTTTAGAAT
* ** * * **
55876 TTTAATAAATTAGTAATATTTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAATTAGTTTATGAC
66 ATTAATAAATTAGTAATATTTCATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTAGTTTATGAC
** * *
55941 AAAATAATTGGTCATACTG-ATTGAAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATA
131 AAAATAAAAGGTCATAATGTATTG-AAATAGATAATTATT-AGAATAGTCATA
* * **
55992 ATTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTCAAA-CATTTGCTTATTAATTTTT-GCA
1 ACTATTTAAACT-TGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATCATTTAATTATTAATTTTTAG-A
* * * *
56054 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTATTTTCT
64 ATATTAATAAA-TTAGTAATATTTCATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTAGTTTAT
* *
56118 GACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTAGAATAGTGATA
128 GACAAAATAAAAGGTCATAATGTATTGAAATAGATAATTATTAGAATAGTCATA
* * * * ** * * * *
56172 ACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTGTTTTAGTTC-TCTTAGTCACTAATTTTTGGA
1 ACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATT-TTTCAAATCAT-TTAATTATTAATTTTTAGA
* * * * ** * ** *
56236 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATTAAGCTTATATTAACTA-AAAAAATT-TTTTA
64 ATATTAATAAATTAGTAATATTTCA-TTCAAAATAAGCATGGATGAA-TAGAACCAATTAGTTTA
* * * *
56298 TTACAAAACAAAAGGTCACAATG-ATTTGAAAT-GAATAATTATTCA-AATAGTCATG
127 TGACAAAATAAAAGGTCATAATGTA-TTGAAATAG-ATAATTATT-AGAATAGTCATA
* ** * * * * *
56353 ACTATTTAAAATTGTTC-GATATGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTA-AA
1 ACTATTTAAACTTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTCAAATCATTTAATTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * * * *
56416 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATG
65 TATTAATAAATTAGTAATA-TTTCATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTAGTTTATG
* *
56480 ACCAAACAAAA
129 ACAAAATAAAA
56491 AATCATAACA
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 102, Indels: 57
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 154 0.28
180 186 0.34
181 147 0.27
182 54 0.10
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTAAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATCATTTAATTATTAATTTTTAGAAT
ATTAATAAATTAGTAATATTTCATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTAGTTTATGAC
AAAATAAAAGGTCATAATGTATTGAAATAGATAATTATTAGAATAGTCATA
Found at i:56420 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 55629--56841 Score: 927
Period size: 361 Copynumber: 3.4 Consensus size: 356
55619 TCAAATGGAT
* * *
55629 ATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTA
1 ATGACTATTT-AAATTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * **
55693 GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTACAAATAGAAACAACTGCTTTC
64 -AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTC
*
55758 TGACAAACAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
127 TGACAAA-AAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * * *
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191 CACTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * ** * **
55888 GTAATATTTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAATTAGTTTATGACAAAATAATTGGT
256 GTAATATTTCATTCTCAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
55953 CATACTGATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
321 CACAATGATTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
55989 ATAATTATTTGAATGTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTCAAA-CATTTGCTTATTAATTTTTG
1 ATGACTATTTAAAT-TGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-
* * * * *
56052 CAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTATTTTC
63 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTC
*** * *
56117 TGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTA-TTAGAATAGTGATAACTATTTAA
127 TGACAAAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTA-AATAGTCATAACTATTTAA
*** ** * *
56181 ACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTGTTTTAGTTCTCTTAGTCACTAATTTTTGGAATATTAATAA
188 ACTCACTCAGTAAACAGATTCATT-TTTTAAATCTCTTAATCACTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * *
56246 ATTAGTATTATTTTATT-TCAATTAAGCTTATATTAACTA-AAAAAATT-TTTTATTACAAAACA
252 ATTAGTAATATTTCATTCTCAA-TAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACA
56308 AAAGGTCACAATGATTTG-AAAT-GAATAATTATTCAAATAGTC
315 AAAGGTCACAATGA-TTGAAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTC
** *
56350 ATGACTATTTAAAATTGTTCGATATGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTAA
1 ATGACTATTT-AAATTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA
* * * *
56415 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATG
65 ATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTCTG
* *
56480 ACCAAACAAAAAATCATAACAATTTG----------TTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTAAAC
129 A-C-AA-AAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACT-ATTTAAAC
*** ** * * * * * * *
56534 TTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAA
190 TCACTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCACTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA
* * * * * ** *
56597 TTTGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGATGAAATCT-TTTTAT-AGCAAAACAA
253 TTAGTAATATTTCATTCTCAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAAT-TAGTTTATGA-CAAAACAA
* * ** ** * *
56659 AAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTT-TAATAGTC
316 AAGGTCACAATGATTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
56699 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGT-AA-ATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTATTTTTT
1 ATGACTATTTAAA-TTGTTCGATAAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
56762 GGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTTTTT
63 -AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTT
*
56826 TATGACAAAACAAAAT
125 TCTGACAAAA-AAAAT
56842 TAAAAAGAGT
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 124, Indels: 86
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
347 5 0.01
348 15 0.02
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350 143 0.21
351 39 0.06
352 4 0.01
358 2 0.00
359 79 0.11
360 37 0.05
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363 8 0.01
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATGACTATTTAAATTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTCTGAC
AAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTC
AGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAAT
ATTTCATTCTCAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAA
TGATTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
Found at i:56560 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 55635--56840 Score: 478
Period size: 179 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
55625 GGATATGACT
* ** * * * *
55635 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTA-AATATT
* * * ** * * ** *
55700 AATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTTTACAAATAGAAACAACTGCTTTCTGAC-A
64 AATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-AA-TTTTTTATGACAA
* * * *** *
55763 AACAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACT-
126 AAC-AAAA-GATAGCGATAACAAAT--ATAATT-GTTAAATAGTCATAA-TG
* *** * * * * *
55814 ATTTGAACTCACTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAATTTT
1 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTA-AATATT
* * * * * * *
55879 AATAAATTAGTAATA-TTTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAATTAGTTTATGACAA
64 AATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACATAA-AAATT-TTTTATGACAA
* ** * *
55943 AATAATTGGTCATA-CTGATTGAA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
126 AACAA-AAG--ATAGC-GA-T-AACAA-ATATAATTGTT-AAATAGTCATAATG
* ** * * * * * * *
55995 ATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTCAAA-CATTTGCTTATTAATTTTTGCAATAT
1 ATTTAAACT-TGTTTGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-AAATAT
* * * * * * * *
56058 TAATAAATTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGCATGGATGAATAGAACCAATTATTTTCTGACA
63 TAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACATAA-AAATT-TTTTATGACA
* ** * *** * *
56122 AAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTAGAATAGTGATAACT-
125 AAACAAAA-G--ATAGCGATAACAAAT--ATAATTGTTA-AATAGTCATAA-TG
** * * ** * * * * * *
56175 ATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTGTTTTAGTTCTCTTAGTCACTAATTTTTGGAATAT
1 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATA-ATTTATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-AAATAT
* * * * * *
56240 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATTAAGCTTATATTAACTAAAAAAATTTTTTATTACAA
63 TAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAA-TAAGCTTGTATGAAC-ATAAAAATTTTTTATGACAA
* *** * *
56304 AACAAAAGGTCA-CAATGATTTGAAATGAATAATTATTCAAATAGTCATGACT-
126 AACAAAAGAT-AGC---GATAACAAAT--ATAATTGTT-AAATAGTCAT-AATG
* * * *
56356 ATTTAAAATTGTTCGATATGCAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTAAATATT
1 ATTTAAACTTGTTTGGTA--AATAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTAAATATT
*
56420 AATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACCAA
64 AATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-AATT-TTTTATGACAAA
* **
56485 ACAAAA-A-ATC-ATAAC-AAT-TTGTTGTTCAAATAGTCATAATG
127 ACAAAAGATAGCGATAACAAATATAATTGTT-AAATAGTCATAATG
* *
56526 ATTTAAACTTGTTTGGTGAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATAT
1 ATTTAAACTTGTTTGGT-AA-ATAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT-TAAATAT
** * * * *
56590 TAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGATGAAATCTTTTTAT-AGCA
63 TAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACATA-AAAAT-TTTTTATGA-CA
** * *
56653 AAACAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTTTAATAGTCATAATT
125 AAACAAAA-G--ATAGCGATAACAAAT--ATAATTGTTAAATAGTCATAATG
* * * * * * *
56705 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTATTTTTTGGAATATT
1 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-AAATATT
* * *
56770 AATAACTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAC-TGAAATAATTTTTTTATGACAA
64 AATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAA-AA-TTTTTTATGACAA
56834 AACAAAA
126 AACAAAA
56841 TTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 159, Indels: 139
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 103 0.13
171 27 0.03
173 3 0.00
174 3 0.00
175 2 0.00
176 3 0.00
177 5 0.01
178 19 0.02
179 228 0.29
180 213 0.27
181 124 0.16
182 57 0.07
183 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
ATTTAAACTTGTTTGGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTAAATATTAA
TAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAATTTTTTATGACAAAACAA
AAGATAGCGATAACAAATATAATTGTTAAATAGTCATAATG
Found at i:57117 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 56571--57140 Score: 665
Period size: 299 Copynumber: 1.9 Consensus size: 298
56561 AATCTTTTAC
* * * *
56571 TTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAT
1 TTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAACAAACTTATATGAACAGAT
* * * * *
56636 GAAATCTTTTTATAGCAAAACAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTTTAATAGTCAT
66 AAAATCTTTTTATAGCAAAACAAAAGGTTATAGAGATTCCAAATAGACAATTATTAAATAGTCAT
* * * * * *
56701 AATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTATTTTTTGGAA
131 AATTATTTAAACTTGTTAGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTATGAAA
* * * *
56766 TATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGA
196 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAACTGAAATAATTGTTTTATAA
56831 CAAAACAAAATTAAAAAGAGTTTAATTTTTAAAATCTT
261 CAAAACAAAATTAAAAAGAGTTTAATTTTTAAAATCTT
*
56869 TTATTAATT-T-TTGAAGTATTAATATATTTGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACA
1 TTATTAATTGTCTT-AA-TATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAACAAACTTATATGAACA
* * **
56932 -A-AAACAT-TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA-ATAGTTTGAAATAGACAATTATTCAA
63 GATAAA-ATCTTTTTATA-G-CAAAACAAAAGGTTATAGAGA-TTCCAAATAGACAATTATT-AA
* * * * * *
56993 ATAGTCATAATTA-TTAGAGTTGGTTAGGTCAACAGAATTC-TTTTTTCAATCTCTTACTTATTA
123 ATAGTCATAATTATTTAAACTT-GTTAGGTAAACAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTA
* * * *
57056 ATTTAT-AAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGCATGAATTGAAATAA
186 ATTTATGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-CATGAACTGAAATAA
57119 TTGTTTTATAACAAAACAAAAT
250 TTGTTTTATAACAAAACAAAAT
57141 GTAGTAAAAA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 34, Indels: 21
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
296 2 0.01
297 12 0.05
298 41 0.18
299 121 0.53
300 48 0.21
301 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (298 bp):
TTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAACAAACTTATATGAACAGAT
AAAATCTTTTTATAGCAAAACAAAAGGTTATAGAGATTCCAAATAGACAATTATTAAATAGTCAT
AATTATTTAAACTTGTTAGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTATGAAA
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAACTGAAATAATTGTTTTATAA
CAAAACAAAATTAAAAAGAGTTTAATTTTTAAAATCTT
Found at i:57248 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 56844--63860 Score: 3039
Period size: 180 Copynumber: 38.9 Consensus size: 179
56834 AACAAAATTA
* * * *
56844 AAAAGAGTTTAATTTTTAAA-ATCTT--TTATTAATTTTTGAAGTATTAATATATTTGTATTATT
1 AAAAGA-TTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * * *
56906 TTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TA
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* * * ** * * *
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* * ** * * *
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1 -AAAAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
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* * * ** * * *
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128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * ** *
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1 AAAAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
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* * * * * *
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121 T--ATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT
* * * *
57393 AAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
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65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT-TATGACAAAAC-AAAAGGT-ATAAC
* * * * *
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127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT
* * *
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1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * *
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65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGA
* * * * * *
57700 TTTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCTAT
129 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * ** *
57751 AAACAAATTTATTTTTCTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTA-
1 AAA-AGATTTAATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACG
* * * * *
57879 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGT
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGAT
* * * *
57931 AAACAAATTT-ATTTTTCCAAATCT-TTCACTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTGGAT
1 AAA-AGATTTAATTTTT--AAATCTCTT-ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * * ** * *
57993 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAATAAATATTTTATGACTTAACAAAACGTTAG
61 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTAT
* * ** * *
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124 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT
*** * * *
58113 AAGCTCATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATT
1 AA-AAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * ** * * *
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65 TTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA-TAAC
* * * * * * * *
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127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* *
58292 AAACAGATTT-ATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAA-AGATTTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * *
58356 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATC-AAAGGTCATAAT
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGT-ATAAC
* * * * * * * *
58420 GATTTCAAATAGATAATCATTCAAATTGTTATAATTATTTTAACT-GATTTGGT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT
* * ** *
58473 AAATAGATTT--TTTATTAAAATTTCTTACATATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGCATTA
1 AAA-AGATTTAATTT-TT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
58536 TTTTATTCT-ATCTAAGCTAATACT-AACTGAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAAGGTTATA
63 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TATA
* * * * * * * * * *
58599 ATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAGTAGTAATAACAATTTGAACTTATTTGGTT
125 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGAT
** ** *
58655 AATGGATTT--TTTTTAAATCTCTTTTTGTTATTAAGTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAAAGATTTAATTTTTAAATCTC--TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
58717 ATTTATTTTGAATAAAG-TTGTATGAACT-AAAGTAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCA-A
63 TTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATA
* * * * * * *
58779 AGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTCAAC
125 A-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT
* * *
58835 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *** * * ** * ** * * *
58900 TTAATCCAAATAGGTTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTTGTAACAA
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTATAACGA
* ** ** * *
58964 TTGGAAATAGATAATGGTTCATTTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCA-
129 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-G-AT
** * * ** * *
59016 ATTAGATTT-ATTTGTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAA-TAGTATTATT
1 AAAAGATTTAATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * * * * * *
59079 TTATTCTAAATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATG
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTATAACG
* * * * *
59143 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAATATTTGAAATAGTTTGGT
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * * *
59195 AAGTAGATTTACTTTTTAAATATCATACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTTT
1 AA-AAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * ** * *
59259 TTTCTTTCAAACAAACTTATATTAA-AAAAACAA-TATTTTATGACAAAACATAAA-GTAATAAT
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGT-ATAAC
* * * * **
59321 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TGGTTTAAT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * *
59373 AAATAGAATT-ATTTTCTAAATCACTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTTTTAT
1 AAA-AGATTTAATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * ** * *
59436 TCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACG
* * * * * * **
59501 ATTTCAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTTGGC
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * ** * *
59553 AAAAGGATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATT
1 AAAA-GATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
59618 TTATTTTGAATAA-CTTGTATGAACGGAAACAATTGTTTCATTATAGAACAAAAGTTATAAC-AT
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAACGA-
** * *
59681 TTTGAAATAGATAATTACCCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCTG-T
129 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GAT
* * * *
59732 AAACAAATTTATTTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
59793 TTA-TTTGAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
65 TTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA
* * * * * *
59855 CAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCTG-T
126 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTC-GAT
* * * * * * * *
59909 AAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTATTAAAGTACTGTTATT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * ** **
59974 TTATTTAG-ATACA-ATT-TATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATTGTAATAAAT
65 TTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACG
* * * * *
60036 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTTA-TTCGGT
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGAT
* *** ** *
60088 AAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCACGCTTATTGCTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAA-AGATTTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * *
60152 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAA-G-ATCAAG
63 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAT-AA-
* * * * ** *
60215 CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTAAACCGGTT-TAGT
126 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T
* * * * * *
60269 AAACACATTTATTTTTTAAATCTC---C-AATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * ** * * **
60330 TT-TATCCGAATAAGCTTATATGATCAGTAACAATTAATTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATA
65 TTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACG
** * * * * * * * * *
60393 ATTTGAGTTTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTAATTAAACTGGTT-TAA
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * *
60444 AAAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTAT
1 AAAA-GA-TTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
60509 TTTA-TTTCAGATAAG-TTTTAATGAATTGAAACAATTTTTTTATGAAAAAAGAAAAGTTCATAA
64 TTTATTTTGA-ATAAGCTTGT-ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA
* * * *
60572 CAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGT
126 CGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * *
60626 AAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGTTG-AATGTTAATAAATTGGTATTA
1 AAA-AGATTTA-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
60690 CTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAA-TCTTTTATGACCAAACAAAAGGTTAGAAC
63 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TATAAC
* * * * * * **
60754 TATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGC
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * *
60807 AAACACATGTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTTTTATT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * *
60868 TTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAA
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGA
* * * * *
60932 TTT-AAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTGAATTATTTCGAT
129 TTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * * * *
60983 AAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT-C---TTAA-TTTTCACACTATTGATAGATCAATATTAT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * * * * *
61043 TTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAGGGACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGTTGTTAT
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTATAAC
* * * * * * *
61107 GATTTCAAATAGATAATTATTTAAATGGACATATCTATTTAAACTTGTTC-AGT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T
* * * * * *
61160 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTCTGTTACTTTTT-AGAATATTAATAAAATATTATTA
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * * ** **
61223 TTTTATTATGAATAAACTTGTATAAAGAGAAATAAGT-TTTTGTGACAAAATGAAATATCATAAC
63 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAAC
* * * * * * * *
61287 TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAA-TAATATGAACTTGCTT-GGT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAG-TTCGAT
* * * * * *
61340 -AAACATTTATTTTTTAAAAAT-TTTTTC-TATTAATTTTTGTAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 AAAAGATTTAATTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * *
61402 TTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACG
* * * *
61467 ATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATTTTCAAA
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGAT
* * * * ** *
61519 AAACAGATTT-ATTTTTAAATTTTTTGCATATTAATTACTGGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * *
61582 TTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTATTTTAT--CAAAACAAAAAGTCATAA
64 TTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA
* * * * * * *
61643 CGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACCAATT-AACTTGTCTAGCA-
126 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCG-AT
* * *
61697 AACAA-A-TTCATATTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTG
1 AA-AAGATTTAAT-TTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** *
61759 TTTCATTTTGAATATGCCTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAAT
63 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAAC
* * * * * * * * *
61824 GATTTTAAATAAATAATTATTCTAATCGTTATGA-GATTTGAAATAGATAAT-TATT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T--TCGA-T
* * * * * * * * *
61879 CAACTAG-TTATGACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACATATT--TTTTTGAAA-ATCT-GTTATT
1 -AA-AAGATT-T-AATTTTTAAA--TCTCT--T--ACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAAT
* * *** * ** * * *
61939 TATTAATTGTCGAAATATT-AATAAATTAATGTTATTTAATATG-AACAA--GATTATATGAACA
55 TAGT-ATTAT-TTTATTTTGAATAAGCT--TG-TA-TGAA-CTGAAACAATTG-TTTTATG-ACA
** * * * *** * * * * * * * *
62000 AAACAATTGCT-TTATGATAAAACAAAAAGTCATTATGATTTGAAATA--AACAATTGTTCT-AA
111 AAACAAAAGGTATAACGAT--TTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATT-TGAA
62061 -TAG-TC-AT
170 CTAGTTCGAT
** * * ** ** * ** * * *
62068 -AACTATTTAAACTTTTTTAGTAAACAGATTTATT--TTTTAAAAATTTTACT-TATTAGT-TGT
1 AAAAGATTT-AA-TTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-T
* ** * ** * ** * * * * *
62128 -CTAAATATT-AATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATGAGCTTGTATGA-ATAGAA-AAAA-T
62 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA--ACAAT-TG-TTTTATGACA-A-AACAAAAGG
* * **** * * * * * * *
62188 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG--GTAA-T-TGCTCAAATAG-TC-
121 TA--TAACGATTTGA-AATA-G--ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGTTCG
62247 AT
178 AT
** * * *
62249 -AATTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGA
1 AAAAGATTT-AA--T-TTT--T--A-A-A-TC---TCTT--A---CTTATTAATT----TTTGAA
* * * * * * * *
62313 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTGGAATAAGCTTGTA-CAAATAGAAAGAGTTGTTTTGT
43 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
62377 G-CAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTAT
107 GACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * **
62441 TGGTTAGGCC
171 TAGTT-CGAT
* * * * * *
62451 AATAGATTCT-TTTTTTAAATC-CGTTACTTACTAAATTTT-AGAATATTAATGAATTAGCATTA
1 AAAAGATT-TAATTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * *
62513 CTTTATTCCGAATATGATTGTATTAA-TAGAAACAATTATTTT-T---ATAACAAATGGTCATAA
63 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA
* * * * * * * * * * *
62573 CAACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATCGAACTAATTTGGT
126 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * * *
62627 AAGCATATTT-ATTTACT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAATATTAT
1 AA-AAGATTTAATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * * **
62687 TTTATTTCGAATAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAGTG
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACG
* * * * * * * * *
62752 ATTTGGAATAGGTAATTCTTCTAATAATCTTAACTATTTGAAATGGTTTGGCA-
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCG-AT
* * * * * *
62805 AAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTAGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AAAAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *** * ** * * * ***
62870 TAATCCAAATAAGCTTGTGTGAAAAGAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAGTAAT
66 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGAT
*
62934 TT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGGT
130 TTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT
* * * ** *
62984 AAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC--ACTTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATT
1 AAA-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * *
63045 TTATTTTGAATAA-TTTTTCATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCCTAAT
65 TTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAAC
* * * * * * **
63108 GATTTCG-AATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAGCTTTTTC-AGT
127 GATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T
* * * *
63161 AAACATATTT-ATTTTCTAAATCTCCTACCTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAA-AGATTTAATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
63224 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAAC
** * * * * * * *
63288 TTTTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAA-TAATATGAACTTGCTT-GGT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAG-TTCGAT
* * * *
63341 AAACAAATTT-ATTTCTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
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* * ** * * *
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* * * * * *
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65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
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130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
62926 ATAGTAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCGGTAAATA
1 ATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCTGTAAACA
* * * ** *
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64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * **
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* * * * * * * * *
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1 ATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * * *
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65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
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130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
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1 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTCTGTAAAC
* * * * *
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63 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
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128 -TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC---AAAACAAAAGGTC
* * * * *** *
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1 ATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* *
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65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* *
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129 TCA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
63647 ATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTT-TTTTAGTAAACAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
** * * * * *
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65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * ** *
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129 TCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * * *
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T--TCT-GT-AA
* * * * * * * * * * * * * *
63890 ATAG-TATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAACATATTTATTTTTAAAATCTT-TTTACTTATTA
61 ACAGAT-TTA-TTTTTTAA-AT-CTCT-T--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-
* * ** * * * ** * *
63953 ATTGTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTAATTG-AATAA--GCTTATATGAACAAAA-A
118 ATTATT---TTATT--TCAAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTTTATG-ACAAAACA
**
64013 CAATTGT-
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* * * * ** * * ** * *** * * *
64020 TTTATGA---CAAA-A-ACAATTGTTTTAATA--CAAAACGAAAAGTCAAAACGATATG-AAATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC--TATTTGAACTTGTTCTGTAAACA
* * * * * * * * *** *
64077 -AATAATTCTTCAAATAGTCTTAATTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATGTTTTA--AA
64 GATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTA-TT-AA-TT-TT-TG-AAAT--ATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * * ** * *** *
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120 TATTTTA-TTTCAAATAAGCT-TGTATGAACAGAA-ACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
64198 C
181 C
* * * ** * * * * * *
64199 TTGCATGAATACAAA-AAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCGATTTGAAACAAGTAA
1 AT-AATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAAT----A-GTCATAACTATTTG-AAC------
* * *** * * *
64263 TTGTTCAAATAGTTAAAGC-TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
50 TTGTTC---T-G-TAAA-CAGATTT--A-TT-TT--TTAAATCTCTTA-CTTATT-AAT-T-TT-
* * * * * ** * * * * *
64327 TTAATTTTTAA-AATATTAATA-AATTAAAATTATACTATTATGAATGAGCTTGTACGAATAGAA
98 TGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATT-TTATT-T-CAAATAAG------CTTGTATGAACAGAA
* * *
64390 TCAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTC
153 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** *
64419 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGTACTAG-TCAGGCCAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-TGTAAACAG
** * * * *
64483 ATTCCTTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAAGTTTTAGAAA-ATTAATATATCAGTATTACTTTAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
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128 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
64600 ATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTTATAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * *
64665 TTTATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATCTTATTT-
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * * * * * * *
64725 TGATCAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTT
131 AAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * ** * *
64777 ATAATGATTTGAAAAAGATAATTATTCACATAACCTTAACTATTTGAA-TTAGTTAGGCAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTGTAAACAG
** * * * * *
64841 ATTTACGTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAA-TTTTCATAATATTAGTATATTAGTATTTATTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG----TA-TTA--
* * * * * * *
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122 T-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** *
64966 ATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGGTAAGTAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * ** * *
65030 ATTTATTTTTTAAAACTCCTACTTATTAACATTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTT-CTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * * * *
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130 C-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
65147 ATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT-GGC----C-A--T-AA-TT-AT-T-TAAACTA-
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAAC-AG
* * *
65198 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T---TAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*** * * *
65259 TGGATAAGCTTTTATGAACCA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTC
130 CAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
**
65311 ATAACAATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACA
1 ATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACA
* * * * * * *
65374 AATTTATTTTTTCAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAGTTAGAATTATTTTG
64 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
65438 TTCCAAATAAGCTTGCT-TGAA-TGAAACAATTATTATATAACTAAACAAAAGGTT
127 TTTCAAATAAGCTTG-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * *** *
65492 AGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATTTGAACTGGTTCAACAAGCACG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACA-G
* *
65557 -TTTA-TTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGGAATATATT--TAAATTAGTATTA--TGAA
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * * ** *
65612 AAGAAAAAATTG-TTTTATG-ACAAAATAAAGATCATAAAGATTTGA-GA-TAAATAATTGTTC
128 TTCAAATAA--GCTTGTATGAACAGAA-ACA-AT--T---G-TTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * *
65672 A-AAT-A-GTCAAACCTATTTAAATTGTT---TTGGT-A-AAC-A---G-ATTTAGTT-TTTAAA
1 ATAATGATTTGAAA--TAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTGTAAA
*** * * * * * *
65723 TCTCTTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGA
62 -CAGAT-TTATTTTTTA-AATCTCT--T--ACT--TATTA-ATT-TT-TG-A-AATATT-AAT--
** ** * *** * ** *** * ** *
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110 A-AATTAGTATTATTTTAT-TTCAA-ATAAGCTTGT-ATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACA
** * * * *
65849 AATGGACATGATT
170 AA-ACAAAAGGTC
* * * * * * * *
65862 ATTTGAACTTG-TTCAAT-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCCTACCTA-TT-AA----TT-A
1 A--T-AA--TGATT---TGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT
* * * * * * * * * * **
65917 ATAAATTAGTATTATTTTTTTCTAATAAACTAGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGATAAAAA
57 GTAAA-CAG-ATT-TATTTTT-T-A-AATCT-CT-T-ACT--TATTAATT-TTTGA-AATATTAA
* * ** * ** * * *
65982 TAAA-AAG-ATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGT-TCAAACAAGCATAACAATTTGAACTTG
109 TAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAAT-AA-GCTTGTAT-GAAC-AG-A-AACAA-TTG--TTTT
* * ** ** *
66044 CTTAGTAAACAAATTTGTT
164 ATGACAAAACAAA-AGGTC
* ** * ** * ** * ** * * * *
66063 TTTTTAATTTTTTACTTCATAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATT--ATTTATT-TCG-AA
1 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA-T-TTGAACTTGTTCT-GTAA
* * * * * *** * * ** * * * * **
66124 A-ACACTTA---TAT-GAGC-AGAAATAATTGGTTTATGACA-A--AACAAA-AAGTCA-TAACT
61 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTT
* ** * * ** * * * * ** *
66178 T-TTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGA--ACATATTCAAAA-AT-
125 TATTTCAAATA-A-GCTTGTAT-GAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTC
* * * ** * * * ** *
66233 AT-ATGTATTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATT-ATTTTAT
1 ATAATG-A-TTTGAAA----TA--GA-TAATTGTTCAAATAGTCAT-AA-CTAT-TTGAACTTGT
* ** * ** **
66296 T-TGGAATAACCTTACATGAATTATTTTATGATAGAA-CAAAATGT-CATAACAATTTAAAGTAA
54 TCT-G--TAA----ACA-GATTTATTTT-T--TA-AATC--TCT-TACTTATTAATTT-TTG-AA
* * * * * * * * * ***
66358 AAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGGTCAATAAATTAATTCATTTTCTAAATCTCT
102 ATATTAAT-AAAT--TAGT-ATTATTT-TA-TT--TC---AAA-TAA-GC-TTGTATGAA-CAGA
* * * * * *** *
66423 TACTCATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTATT
152 AAC-AATT-GTTTTATGACA-A--AACAAAAGGTC
* * * * * ** * **
66457 ATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGAT-ATAATTGTTTTATC-A--TGAAACAAAAG
1 A-TA-ATGA-TTTG-A-AA---TAGAT-AATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTG-AAC--TTG
* * * * **
66518 GTC-AT-AACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGAC-TATTTAAAGTTGTTTGGT
53 TTCTGTAAACAGATTT---AT---T--TT-TT-AAAT-CTCTT-ACTTA-TT-AA-TT-TTTGAA
** ** ** ** * * * * * * *
66579 A-AACATATTTATTTTTAAAATTTT-TTACTTATTAA--TTGTCA-AAATATTAATA-AATTAAT
102 ATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-ATGAACA-GAA-ACAATT-GT
* *** ** *
66638 ATTATTTTAATTCAAATAAG-C
161 TTTATGACAAAACAAA-AGGTC
* * **** * * * ** * *
66659 TTGTATGAACAAAAACA-ATTATTTTATGACAAA-AGAAAAAAGTCA--T-AA--TGATT-TG-A
1 AT-AATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTCTGTA
* * * * * * * * * *
66715 AATA-AATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTGAATTTATTTG--ATA--AACAAAGTTATTT
60 AACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTA-TT-AA-TT-TTTGAAATATTAATAAA-TTA-GT
* *** * * * * ** * * * * * *** *
66775 TTTAAAATCTTTTACATATTGAGTATCTGAATATTAATA-AATTTGTATTATTTTAATTGAA-AT
118 ATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAACA-GAA-ACAA-TTGTTTTATGACAA---AACAA
* *
66838 AAGCTT
176 AAGGTC
* * * * * * * * * * * *
66844 GT-ACGA-AT-AAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAA
1 ATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGT-T--C---A-AATA-GTCATAACTATTTGAACT-TGT--
* * * * * * ** * *
66906 T-TGTTTAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCAAATTTT-AAATCTCT
54 TCTG--TAAACAGAT--TTATTTTTTAAA--T-CTC--T-TACTTATT-AATTTTTGAAATAT-T
* ** ** * ** * * *
66968 TATTTATTA--ATT-TTTGAAATATTAAAAAATTAGAAT-TATGCTATTCTGAATA-AATTATTT
107 AATAAATTAGTATTATTT----TATT-TCAAATAAGCTTGTATG--A-ACAGAA-ACAATTGTTT
* * *
67028 TATGGCAAAACAAATGATC
163 TATGACAAAACAAAAGGTC
** * * *
67047 ATAACAATTTAAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TATTGAACTGGTT-TAGTAAAC
1 ATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTCT-GTAAAC
* * * *
67109 TGATTTATTTATTAAATCTCTT--TT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
63 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
67171 TTCAAACAAACTTATATGAACA-AAGACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAGTC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
67225 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATCCATATTGTCTTAACTATTT-AAATTAGTTCAGCAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTGTAAACAG
* * * *
67289 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * *
67353 TCTAATAAGTTTGTATGAA-GGTAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTT
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * * *
67406 ATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTGTGATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * *
67471 TTTATTTTTTAAATCCCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * ** * * *
67536 AAATAGGCTTGCATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTC
131 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ** *
67587 ATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTATCTAATT-TGATAAACTG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
** * * * *
67651 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTGAAATGTTAACAAAGTAATATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * ** * *
67715 T-GGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
67767 ATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTTGTTC-GATAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * * * * *
67831 ACTTAGTTTTTAAAATTTCTTGC-TATTAATTTTTTG-AATGTTTATAAAATAGTATTATTTTAT
65 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * *
67894 TTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
67948 ATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTTGTTC-GATAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * * * * *
68012 ACTTAGTTTTTAAAATTTCTTGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAT
65 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * * *
68076 TTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATTTTATTACTAAACAAAAAGGTC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTC
* * * * * * * * *
68131 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTCACTATTTGAACTGGTTCAGCAAA-TGC
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG-
* * * *
68195 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATAAGTTTAGCAATATTTTAC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
68258 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTTTTTTATGATAAAA-TAAAGATC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
68311 ATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTTAACTGGTT-TAGTAAACAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * *
68375 ATTTAATTTTTAAA--T-GT-CTTATTAGTTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTG
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * * *
68436 T-AAATAA-TTTAGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTC
129 TCAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * *
68488 ATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAATTA-ACATGACTATTTGAACTTATT-TGGTACACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* *
68551 ATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * *
68614 GTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACGAAACAAAAGATC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *** *
68668 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAACA-A
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * * * *
68732 -TT-TTTTTTAAATCTTTTACATATTAAGTTTTGGAATTTTGAATTTTCATAAATTAATATTATT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTG-A-----AATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * ** *
68795 TTATTT-TGATAAGCTTTTATAAATGGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTC
124 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * ** * *
68852 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA-GA--A--TG----TGTTC-AAAAATAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * *
68907 TTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTCTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
68969 CAAAATAAGCTTGCATGAGCA-AAGCCAATTTTTTTATGACAAAGCAAATGGTC
130 C-AAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** *
69022 ATAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTT-AAGACAGTCATAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACA-
* * * * * * * *
69086 AATCT-TTTTTTAATTATCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTACT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
69150 TCAAATAAGCTTAT-TGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
69202 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * * * ** * * * *
69266 TTTTATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTGTAAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAATC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ** *
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130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * **
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1 ATAATG--ATTTGAAATAGA-TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGT-A-
* * * * *** * * * * **
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60 -AACAG-ATTTATT-TTTTA-AATCTCTTA-CTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAA---TAAAT-
* * * * * * * * * **
69506 TAGTCTTAATTT-TTT-GAA-CAGCATTG---G--CA-AATAGATTTATTTT-T--TAAATCTTT
114 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
* *
69559 TA-GTT
176 AAGGTC
* * * ** * * *
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1 A-TAATGATTTGAAATA-GA-T-AATT-GT-TCA-AATAGT-C--ATA-ACTATTTGAACTTGTT
* *** ** * * * ***
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115 -AGT-ATTATT--TTATT-TCAAATAAGCTTGTA----TGAACAGAAACAATTG--T--TTTATG
* *
69743 AAATATTAATAAATTA-GT-
167 ACA-A--AACAAA--AGGTC
* * ** * ** * * * ** * *
69761 ATGATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAA-A-ACAATTGCT-TTATGACAAAATAAAGTT
1 AT-A-ATGATTTGAAATA-GATAAT-TGTTCAAATAGTC-ATAACTATT-TG---AACT--TGTT
* ** ** * * * *
69823 C-AT-AAC-GATTTGA-AATAGATAAT-TGTTCAAATGGCTA-TAATTATTTGAACTGATTTGAT
55 CTGTAAACAGATTT-ATTTTTTA-AATCTCTT--ACT---TATTAATT-TTTGAAAT-A-TTAAT
* * * * * ** * *
69882 AAACTGATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATA-AAGTA-ATATT
110 AAA-TTA-GTATTATTTT--AT-TTCAA---AT-AA-GCTTG---TATGAACAGAA--ACA-ATT
* * **** **
69945 ATTTTATTTTGGATAAGATTTTAAGAAC
159 GTTTTA---T-GACAA-AACAAAAGGTC
* * *** ** * *
69973 TAAAATAATTATTTTAT-GATAA---AACAAA-AGGTCATAACGATTTTAAATGGATAATTGTTC
1 -ATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAAC--TATT---T-GA-ACTTGTTC
* * ** ** * * *
70033 AAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCGGTACGTAAACTTATTTTTTAAAATTTTTTATTAAT
56 ---T-GT-A-AACAGATTT--A-TT-TT--TTAAAT-CTCTTACTTATT--AATTTTTGA--AAT
** * * * * * ** *
70097 -TTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-AA-ATGAAAACAA
104 ATTAAT-AA-ATTAGT--ATTATT-TTATTTCA-AAT--A--AGCTTGTATGAACA-G-AAACAA
** *
70159 CTAT-TTTTATGAGTTAACCAAAAGGTC
157 -T-TGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
70186 AGAA-GATTTGAAATAGCTAATTATTCTAATAATCTTAACTATTT-ATA-TTGGTT-TGGTAAAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTT-GTTCT-GTAAAC
* * * * * *
70247 ACATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA
63 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
70311 ATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATC
127 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
70365 ATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAACTGGTT-TGATAAAC-G
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * *
70427 TATTCA-ATTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
65 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * *
70487 TCTAAATAATTTTGTTTGAA-TGAAAATAATTGTTTTATGTTA-AAAACAAAATGTC
129 TC-AAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTC
** ** ** ** * * * * *
70542 ATAACAATTTGACGTA-ACTAATACTTCAAATAAACTTGACTATTTAAACTTGTT-TAGTGAATA
1 ATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACA
* * *
70605 GATTTATTTTTTAAATCTC-CATCTTTTTAATTTTT-AGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
70668 TTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAGACAAAAGATC
127 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *** **
70723 ACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * *
70787 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGGAAT-TTCAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * **
70851 TTCAAATAAGTTTTTTTTGTACAAAAACAGTTGGTTTATGTCAAAATAAAATATC
128 TTCAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * *
70906 ATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTCTTTGAACGTGTT-TAGAAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACA
* * * * *
70969 TATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAACCAATTTA-TATTATTTTAT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
71032 TTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
71086 ATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * * * *
71151 TTCATTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * ** * * *
71216 AAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTACAAAAACAAAAGGTA
131 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * *
71268 ATAATGATTTGAAATAGTTAATTACTGAAATAATCATGACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * ** * * *
71333 TTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTCAT-AATTAATGTTATTTTAATTT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * * * *
71397 -GAATAACCTTGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTC
130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * *
71448 ATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTC-GATAAACAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* ** * *
71511 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGGTTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATGATTTTA-
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
71573 TTC--A-AA------ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTT
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * * * *
71618 ATAGTGATTTCTAATAGATAATTATTTAAATAATTATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
** * * * * *
71683 -TT-TTTTAAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTGGTATTATTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
71746 AAATCAA-ATTATATGAACTGAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTT
131 AAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
71797 ATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATA-TAGTTCAGTAAACAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCTGTAAACAG
* * * * *
71861 ATTTA-TTTTTAAAACTTTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
65 ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * **
71925 CCAAATAAGGTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATAATAGGACAAAAGGTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
71978 ATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAGATAGTCATAAATATTTGAACTAGTT-TGATAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * *
72042 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTACTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * *
72103 TGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * ** *
72155 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGCCGTAATTATTTG-AGTTGGTTAGGTAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTGTAAACAG
** * * * * **
72219 AATTTAAATATTAATAAATTTGTT--TTATT--TTATTCT-AAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA
65 -ATTT--AT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT-TGAAAT-A-TTA--ATAAATT-AGTA
* ** * * * * ***
72279 TTTGTTTTATGCCAAATCAAAAGGTCATAACAT-TTTGAA-ATAGACAATTGTTCATAT-ATTTT
119 -TTATTTTATTTCAAAT---AA-G-C-T----TGTATGAACAGAAACAATTGTT-TTATGA-CAA
* * ** *
72341 TA-AATATTTG
171 AACAAAAGGTC
* * * * * * * * * **
72351 A-ATTGGTTCGGTAAACAAATTTATT-TTTAATTA-TCTTAGTTA-TT-AA-TT-TTC---AAA-
1 ATAATGATT-TG-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAAC
* * * * * * *
72405 ATA-TTATTAGATTCGTATTAT-T-TTATTTCAAATAATCTTGTATGAACA-A-AAAT-ACTT-G
63 AGATTTATT---TT-TTA-AATCTCTTACTT--ATTAAT-TT-T-TGAA-ATATTAATAAATTAG
* *** *** * *
72463 TATTGTGGCAAAAC-AA-AAG-TT-TAT-AACAATTTGAAGTATACAATTG-TTCA--A-ATAAC
117 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-A---G-A--A-ACAATTGTTTTATGACA-AAA
* ** *
72519 CATAATTTT
173 CAAAAGGTC
* * * * * * * * * * * * **
72528 TTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAA-TTTTTGAA--AGATT-AA
1 AT-AA-TGATTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAAT-AGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TTCTG
* ** * ** ** ** *
72589 TAAATTAG-TATTAGTTTATTCTAAATAAGCTTAAATGATAAAAAAACATTTGTTATATGACCA-
58 TAAA-CAGAT-TTA-TTT-TT-TAAAT-CTCTT-ACT--T--ATTAATTTTTGAAATATTA--AT
** * * * * ** * ** * * **
72652 AACAAAAGGTAATAATGT-TTTGAAATAGATAATTGT-T-AAAATGGCCATAATTATTAGAATGA
110 AA-ATTA-GTATTATTTTATTTCAAATA-A-GCTTGTATGAACA--GAAACAATTGTT-TTATGA
* * *
72714 TTCGGTAAAC-AGA-TTC
168 --C--AAAACAAAAGGTC
* * ** * * *** * * * * * * *
72730 ACTTTTAAATCAGTT-ACTTA-TTAATTTTTGGGATATTAATAA--ATTTGTATTATTTTATTCT
1 A----T-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-CTGT
* ** * * * * * * * * * *
72791 AAATAG-GCT-TGTATGAAA--TC-AAATGATT-GTTTTAGGACA-A--AACAAA--AGT-TTAT
59 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * ** * * * ** * * *
72844 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGGCATAATTATTTGAACCTGATTCAGTAAAC-AAA
123 -TTTATTTCAAATA-A-GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT-TA--TGA--CA--AAACAAAA
*
72908 -TTC
178 GGTC
* * * * * * ** * *
72911 AT--T--TTTTAAATTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTG-TTTTATTTATG
1 ATAATGATTTGAAA-TAG--A-TAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA-T-TTGAACTT-GTTCTG
* * * * ** *
72971 ACAAAACAAAGTGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTTAAATAGTCACAACTATTT-AAAT
58 --TAAACAGA-T-T--T-AT-TTTTTAAATCT-C--TTACTT--AT--T---AA-TTTTTGAAA-
* * * ** * * ** * ** *
73035 TTGTTCAGAAAACA-CATTTATTTT-TTTAAAAT-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAA-TATTAA
103 -TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTG--TATGAA---CAGAAACAATT--
*** * ** *
73096 CAAAATAATGATTTTAAATAAAAGGTC
159 --GTTTTATGA--CAAAACAAAAGGTC
* * * * *
73123 ATAATGATTTTAAATA-ATTAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTATT-TGGTAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACA
* * * * *
73186 AATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAAG-ATTATTTT
64 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT
*** * * ** * *
73249 ATTAGGAATAAGCTTGTAT-AATATGAAACAAATAATTTATGACTAAA-AAAAGGTT
126 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** ** * * *
73304 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTGGATC-G-ACAA-AC
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTA-AACAG
* *
73366 A--T-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
73428 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTAT-A-AAAACAAAAGGTC
130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
73478 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAC-TGATTCGGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCTGTAAACAG
* *
73541 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
73606 CATATAAACTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTC
130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*** * * ** * **
73658 ATAGCAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGAAATAACTATTCGAACTTGTT-TGGTAAATGG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * ** * * *
73722 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATGAATTTATT
65 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
73787 TCAAATAAGCTTGTATGAACTG-AACAATTGCTTTATGACTAAACAAAATGTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * ** * *
73839 AGAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTGTAATAGT-ATTAATCGTA--TGAAC-TGTTTCGGTAAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAA-C-TATTTGAACTTG-TTCTGTAAA
* * *
73900 CAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTCAAATATTATTAAATTTA-TATTATTTT
62 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * ** * * * *
73960 AATCCGAACAAGCTTGTACAAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTT
126 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
74015 ATATTGATTTGGAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT-TG-ACAATTA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTA-AA-CA
* * * * * *
74078 GATTTATCTTTTAATTTTCTTTCTTATAAAATTTTGAAATA-TAATTAAATTAGTATTATTTTAT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * * * *
74142 TTTGAATTAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTT
127 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
74196 ATAACT-ATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCA-AATATATTTGAAATGGTTTTGGTAAAT
1 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCT-GTAAAC
* * * *
74259 AGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAACAAATTAATATTATTTTA
63 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ** *
74323 TTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGCTTTATGAAAAAACAAAAAATA
127 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * **
74378 ATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTAAAACTGGTT-TGGTAAGTAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * * * *
74442 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAATTTTATTTTA-TT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
74506 CTAAATAAACTTGTATGAGCTA-AAATAGTTATTTTATGACAAAACGAAAGGTT
130 C-AAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
74559 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGGTTC-GACAAACG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTG-TAAACA
* * * * * * * *
74622 GATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATGAA-TATTCAGAATCTTATTAAATTAGCATTATTTTA-
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
74685 TTCTAGATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT
128 TTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
74740 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATC-ATTTGAACTTGTT-TGGCAAACAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * *
74803 ATTTATTTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATGTTTTG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTAAT
65 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** *
74867 TTTAAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTTTACAAC-TAACAAAAGGTC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** *
74920 ATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGATT-GGTAAAGC
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCTGTAAA-C
* * * * *
74983 ATATTTATTTTTT--AT-TACTAAATTAGTATTATCTTAATCTG-AATAAGCTTATATGAAAAGA
63 AGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTA-T-TAAT-TT--T-TGAAAT-A--TTA-AT--AAA-T
* ** * * ** * ** ** * ** *
75044 AACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGATAATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTC-
114 TAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAGCTTGT-ATGA--ACAGA-A-ACAATTGTTTTA-T-GACA
* ** * *
75108 ATA-ATTA-TTT
170 AAACAAAAGGTC
** * * * ** * ** * **
75118 A-AACTGATTCAACAAATAAATTTAGTT-TTTAAATCTCTCATTAA-T-TTTTAAAATATT-AAT
1 ATAA-TGATT--TGAAATAGA--TAATTGTTCAAAT-AGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCTGT
* ** ** **
75178 AAATCAG-TATTATTTTATTATGAATAATTCTGTATGAACAGAAACAATTTTT-TTATGA-TAA-
59 AAA-CAGAT-TTA-TTT-TT-T--A-AA-TCTCT-T--AC-TTATTAATTTTTGAAAT-ATTAAT
** *** * * * * * *
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* * *** *
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162 TTATGACAAAAC-AAAAGGTC
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1 -ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TA-ACTATTT-GAACT-TG-TTCTGTA
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* * * ** ** * * *
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1 A-TAATGATTTG---AAATAGATAAT-TGTTCAA-A-TAGTCATAA--CTATTTGAA-CTTGTTC
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114 TAG-TATTATTTT-A---TTT---CA--AAT-AAGCT-TG-TA--TGA-ACAGAAACAATTGTTT
*
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163 -TATGACA-A-AACAAAA--G----GT--C
* * * * *
76086 AAAATAAAATGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTATTTAAACTT
1 ATAAT--GAT-TTGA-AAT-A---G--A----TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * *** *
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* * * * * * * * * * * * *
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117 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** ** *
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * * *
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65 ATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-T-TTT
* * * * * *
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* * * * * **
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
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65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
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** * * *
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1 ATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACA
* * * * * *
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64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
** * * * *
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128 TTCAAATAAGCTT-GTATGAAC-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
76807 ATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTTATTATTTGAA-TTGGTTC-GACAAATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTG-TAAACA
** * * * *
76870 -ACTTTATAGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATAATATTACATTAGTATTATTTTA
64 GA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * *
76933 TTAT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATTATTATTTTATGATAGAACAAAAAAGTT
127 TT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTC
** * * *
76989 ATAACAAGTTGAAATATATAATT-TTGTAAATAGTCATAAC-ATTTGAA-TTGGTTCTGTAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTGTAAACA
* * *
77051 AATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** ** *
77115 CCAAATAAAATTGTATG-ATGGAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAGGTTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TC
** * * ** *
77167 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAG-CATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAGAAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCTGTA-AAC
* * * * *
77230 A-ATTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTC
63 AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * * *
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127 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * * * * * *
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66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
77476 AAATAAGCATATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAGCAAAAGGTT
131 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
77527 AAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TATTC-GACAAACAC
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * * * *
77590 ATTTATTTTTTAAATC-CTTA--T-TT-ATTTTT-AGAATACTATTAATTTAGCAATATTTTACT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ** * *
77649 CCGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAATAAATGTTTTGGGATAAAA-AAAAGATC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
77701 ATACTGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGTAAAGAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCTGTAAACAG
* *
77765 ATTTAGTTTTTAAATCTC--A--TATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTT-TTA
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* ** * * * ** **
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129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
77877 ATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * * * * *
77941 ATTAATTTTCTAAATCT-TCAACTTATTAATTCTT-AGAACATTAATAAATTAGTATTGTTTTGT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *
78004 TTTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGATATAACAAAAGATC
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
78058 ATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAGTAGTCATTA-TAATTTGAACTCGCTCGGTAAACAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
*
78122 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-ACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** ** * * * ** *
78184 TTGAATAATATTTTTTGAATAGAAACAATTG------G--ATTA-AAATGGTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** *
78228 ATAACGA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-AT-TAAAAAAAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* *
78290 TTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTA-TT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT
* * * *
78351 CAAAATAAGCTTGCATAAACA-AAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTC
130 C-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * *
78404 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAATCGGTAAATAGG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* ** * * * * *
78469 TTCATTTTTTTAGTTCTTTTACTTTTTAATTTTTGGAATACTAATCAATTAGTATTATTTTATTT
66 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
78534 CAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAGAA-AAAAGGTC
130 CAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
78585 ACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACTT-CTCTTATAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTC-TGTAAACA
* * * * *
78648 CATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTACTAATTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAA
64 GATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * * * *
78712 TAT-GAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAAGTG
127 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTC
* * * * * *
78767 ATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTGTT-TGGTAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * * * *
78831 A--T-TTTTTTAAAGTCTTTTACTTCTTAATTGTTT-CAATATTAAAAAATTTGTATCATTTTAT
65 ATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * *
78892 TAGAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTT
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * *
78946 ATAACGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-GATAAACAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * * *
79010 ATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * *
79074 TTGAATTAGTTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACA
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79192 TATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAAT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * *
79257 CCGAATAAGCTTATATGAACAGAAATTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTC
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
79310 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTTGAACCGGTT-TGATAAACAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * *
79374 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTACTTTTTGAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTA-TT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** * * *
79434 CAAACAAACTTGTATCAAC-TAAACGTTTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTT
130 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * **
79485 ATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * * **
79550 ATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAATATTCAAT-TTA-TTTGGT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATT-AGTATTATTTTATT
* ** ** * * *
79613 TCTAAATAATCTAATATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAGAA-AAAATGTC
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** * * ** * * * * *
79667 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAATTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * * * * *
79732 TTTATTGTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
79797 GAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTAATGATAGAACAAAAGGTT
131 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
79848 ATAATAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGGTTCTGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTGTAAACAG
* * * * * *
79912 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATCAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAATATTATTTTCTTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * *
79977 TGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAATAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTA
130 CAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
80028 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGGCATAATTATTTAAAC-TG--AT-TAAACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* * * * *
80089 TTCATTTTTGAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * *
80150 AAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTC
131 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * *
80201 ATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATATGAATTTGTT-TAGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * *
80265 ATTTATTTTTTTAA-CTTTTTCTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTAATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
** * *
80328 T-GGATAAGCTT-TGATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAGGTC
129 TCAAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
80378 ATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTATT-TGGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * ** * *
80442 ATTTATTTTTTCAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTTTAATATTAATAAATTTGGATTATTTTAT
65 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
80507 TCCAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTT
128 TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * ** * * * *
80561 AAAACAATTTGACATAGATAATTATTCTAACAATTTTAACTACTTGAACTGGTT-TAGCAAACAC
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * **
80625 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAA
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * *
80689 CTAAATGAGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTT
130 C-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
80741 TTAAGGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TTGGTTC-GATAAATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTG-TAAACA
* * * * *
80804 AATTTATTTTTTAAA-CTTGTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTATTATTATTTTAT
64 GATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
80868 TTCGAATAAGCTTGTATGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGT-
128 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * ** **
80920 A-AATGATTTCAAATAGATAATCATTCAAA-CGACCATAATTATTTTAAATAATTAGGTAAACA-
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * * ** * * *
80982 AGTTTATTTTTTAAATTTCTTATTTACTAATTTAGGAAAGAATAATAAATTATTATTATTTTATT
65 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
**** * * ** * * *
81047 TTGTTTAAGATTGTATTAATTGAAACACTTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTT
129 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
81100 AAAATGATTTTAAACA-AGCAATTGTT-AAACTAATTATAACTATTTAAACGTGTTCAGTAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACA
* * * * ** * * *
81163 TATTTGTTTTTTAAACCTCTTTCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAATTTAGTATTAATTTA-T
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** * * *
81227 TCTAAATAAGCCTGTATAAACTGAAATAATTGTTTAATGACTCAATAAAATGTT
129 TC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
81281 AGAATGATTT-AAATTAGATAATTATTCTAATAGTC-TCAACCATTTAAAC-TGATTCAGTACAT
1 ATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTCTGTAAAC
* * *
81343 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGA
63 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * * *
81408 TTT-GAATAATCTTATAAGAACA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGATC
127 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * ** ** * **
81461 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTGGGCAATTAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGA
* ** * * ** **
81526 TTTA-TTTTTAAATTTTCTTTGTTATTAAGTGTCAAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTATTT
66 TTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * *
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** * * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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** * * * * *
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* *
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** * *** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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*** * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * ** *
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** * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * * ** *
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* * * * *
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** * * *** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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251 TATGACAAAACAAAAGATCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * *
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* * * * *
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378 AATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-A
* ** * * * * *
58408 AAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATCATTCAAATTGTTATAATTATTTTAAC-TGATTTGG
441 AAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTG-TTTGG
* * *
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504 TAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTAC
* ** * * **
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1 TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTA-TGAACT
* * * *
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* * ** * ***
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* ** **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** **
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* ** ** ** *
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* ** * ** * * * **
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * *
59296 TTATGACAAAACATAAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATT
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* * * *
59360 TGAA-TGGTTTAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCACTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAA-
314 TGAACTGGTTTAATAAACA-ATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * **
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377 AAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* * * * * *
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440 AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
59552 CAAA-AGGATTTATTTTTTAAATCTATTAG
504 TAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * **
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* ** * *
59645 AACAATTGTTTCATTA-TAGAACAAAA-GTTATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTACCCAAATAA
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* * * * *
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* *** * *
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* * * * * *
59835 GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC
254 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
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319 TGGTT-TAATAAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* ***
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** * **
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * ** ** * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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61378 GTAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT
187 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTATTT
* * * *
61442 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * ** *
61507 AACAT--TTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAATTTTTTGCATATTAATTACTGGAATATTAATA
316 AAC-TGGTTT-AATAAACA-ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
61570 AATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-ATAAATAATTATTTTATCA-AAACA
378 AA-TTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-A
* * * * * * * * *
61632 AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACCAATT-AACTTGTCTAG
440 AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
61695 CAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTA-
504 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
61723 TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTCATTTTGAATATGCCTATATGAACTA
1 TT-ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * *
61788 AAACAATTGTTTTATGA-TGAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAAATAATTATTCTAATC
64 AAACAA-T-TTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCT-A--
* *
61851 GTTATGAGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAACTAGTTATGACTATTTAAATTTGTTTGGTAAAC
122 ---AT-AG---T--CATA-ACT-A-T-TTGAACT-G----G--------------TTTGGTAAAC
* ** * * * * *
61915 ATATTT-TTTTGAAAATCTGTTATTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATGTTA-TTTAA
155 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA
* * * * ** * * **
61978 TAT-GAACAAGATTATATG-AACAAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATTATGATT
216 T-TCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATT
* * * * ** *
62040 TGAAATAAACAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTTAGTAAACAGATTTATTTTT
279 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAATAAACA-ATTTA-TTTT
** * * * * * * * *
62105 TAAAAATTTTACTTATTAGTTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATGAGC
342 TAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGC
* * * ** * *
62169 TTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGGTA
406 TTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTTCATAACAATTTCAAATAGATA
** * * * * *
62232 ATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTCTTAAATCTCTTA
468 ATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
62297 C
532 C
* * * *
62298 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATT-TGGAATAAGCTTGTA-CAAATA
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * * * * *
62361 GAAAGAGTTGTTT-TGTGCAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAG
64 -AAACAATT-TTTATG-ACTAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* * * * ** * * * *
62425 TTATAACTATTTGTATTGGTTAGGCCAATAGATTCT-TTTTTTAAATCCGTTACTTACTAAATTT
126 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATT-TATTTTTTAAAT-C--T-CTTATTAATTTT
* * * * * * * *
62489 T-AGAATATTAATGAATTAGCATTA-CTTTATTCCGAATATGATTGTATTAATAGAAACAATTAT
186 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTAT
* * * * * * * *
62552 TTT-T---ATAACAAATGGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAAT
249 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** ** * * * *
62613 CGAACTAATTTGGTAAGCATATTTATTTACT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTTGAAACATTAAT
314 TGAACTGGTTTAATAAACA-ATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
62674 AAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACGAAAC
377 AAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAA
* * *** ** * * * * * * *
62738 AAAAGGTCAGAGTGATTTGGAATAGGTAATTCTTCTAATAATCTTAACTATTTGAAATGGTTTGG
440 AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
62803 CAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
504 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * *
62832 TTAATAATTTTAGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTGTGAA-AAG
1 TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-
* * * * *
62896 AAAGAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCAT-AGTAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAAT
64 AAACAA-T-TTTTATGACTAAACA-AAAGGTTATAACT-ATTTGAA-ATAGATAATTATTCTAAT
* * * * * **
62957 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCACTTATTACTTTTCA
124 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
63021 AAATATTAATAAATCAGTATTA-TTTTATTTTGAATAA-TTTTTCATGAATAGAAATAATTATTT
188 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGT-ATGAAAAAAAACAATTATTT
* * ** * * * *
63084 TATGACAAAACAAAAAATCCTAATGATTTCG-AATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTT
251 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
63148 GAGCT-TTTTCAGTAAACATATTTATTTTCTAAATCTCCTACCTATTAATTTTAG-AATATTAAT
315 GAACTGGTTT-AATAAACA-ATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
63211 AAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
377 AAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * * * *
63274 CAAAAGATCATAACTTTTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAA-TAATATGAACTTGCTT
440 -AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACT-ATTTGAACTTGTTT
* * * *
63338 GGTAAACAAATTTATTTCTTAAAACTTTTAC
502 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
63369 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTTGAATATGCTTGTATGAACAA
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * *
63433 AAAAAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAAAGGTCATATCTATTTGAAAGAGATAATTGTTC-AAC
64 AAACAATT--TTTATGAC---TAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-
* * **** * * * *
63497 TAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTGTAAATTATTACTTATTAATTT
123 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAA-T-CT-CTTATTAATTT
* *
63562 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
185 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTA
* ** * *
63625 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * ** * * *
63690 TTGAACTTTTTTAGTAAACAGATTCGTGTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAA
313 TTGAACTGGTTTAATAAACA-ATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * ** *
63755 TACATTAGTATTATTTTATTT-TGAAAAAGCTTATATGAACTAATTCAATTGTTTTATGGCAAAA
376 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
63819 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATCCAATAGTTATGAGATTTGAAATAGATAATT
440 -AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTC-A-A---AT---A---G---T-CA-AACT
** * * *
63884 ATTCAAATAGTATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTTAC
488 ATT----T-G-A--AC---TTG----T-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTAC
* * * * *
63947 TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * *
64011 AACAATTGTTTTATGACAAAAACAATTGTTTTAATACAAAACGAAAAGTCAAAACGATATGAAAT
65 AACAA-T-TTTTATG------AC--------TAA-ACAAAA-G----GTTATAACTATTTGAAAT
* * * * * ** * * * *
64076 AAATAATTCTTCAAATAGTCTTAATTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATGTTTTAAATC
108 AGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC
* * * *
64141 TTTTACTTTTAAGTTATCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGC
173 TCTTA---TTAA-TT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTATTCG-AATAAGCTTGT
* * * * * * *
64203 ATGAATACAAAA-AATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCGATTTGAAACA-AGTAATTG
231 ATGAA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTG
* * ** *
64266 TTCAAATAGTTA-AAGCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTT
294 TTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTTAATAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTT
* ** ** * * * *
64326 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATACTATTATGA-ATGAGCTTGTACGAA-TAGA
356 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTTTATGAACTA-A
* * * * ** * * * * *
64389 ATCAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATT
419 AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** ** * **
64454 ATAACTATTTGTACTAGTCAGGCCAATAGATTCCTTTTTTAAATC-CGTTAC
483 A-AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC
* * * * * * * * *
64505 TTATTAAGTTTTAGAAAATTAATATATCAGTATTACTTTATTCCGAATAAGATTGTATTAA-TCG
1 TTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-A
* * * * * * * *
64569 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA-TGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTG
64 AAACAA-T-TTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* * ** * *
64633 TTATAACTAATTGAACTGGTTTTATAAACAGATTTATTTATTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
126 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
64698 TATTAATAAATTAATATTATCTTATT-TT-G-ATCAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTA
191 TATTAATAAATTAGTATTAT-TT-TTATTCGAAT-AAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTATTTTA
* * * ** * * * ** *
64760 TGACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTGAAAAAGATAATTATTCACATAACCTTAACTATTTGAA
253 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * * * * *
64825 TTAG-TTAGGCAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAA-TTTTCATAATATTAGTAT
318 CTGGTTTA-ATAAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA
** * * *
64888 ATTAGTATTTATTTATTTATTT-ATTTCGAATAAGCTTGCATGAA-GATGAATAATTGTTTTATG
379 ATTAGTA-TTA--T-TTTATTTCA----G-ATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG
* ** * * *
64951 ATAAAACAAAATGTT-ATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
434 ACAAAA-AAAA-GTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAC
* ** * * *
65015 TGGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAAAACTCCTAC
496 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * * ***
65052 TTATTAACATTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTCTTCTGAATAGGCTTGTTTGATGAAA
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * * * *
65117 AACAAATGTTTTATGACAAAATAAAA-GTTCATAA-TGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 AAC-AAT-TTTTATGACTAAACAAAAGGTT-ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* *
65180 CCAT-A--A-TT--A-----TT--TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAA
126 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
* * * * * ** *
65231 ATAATAATAAAGTAGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACCAAAACAATTTTTTTAT
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTATTTTAT
65295 GACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
254 GACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
65358 ACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
317 ACTGGTTTAATAAAC-AATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * * * *
65422 AGTTAGAATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTGCT-TGAA-TGAAACAATTATTATATAACTAAACA
378 AATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTT-TTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-A
* * * * * * * * * ***
65485 AAAGGTT-AGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATTTGAACTGGTTCAA
440 AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* *
65549 CAAGCACG-TTTA-TTTTTAAATCTCTTA-
504 TAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
65576 -TA--AATTTTTGGAATA-TATTTAAATTAG---TA--TTA---TG-A-AA------A-G-A--A
1 TTATTAATTTTT-GAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * ** * * * *
65617 AAA-ATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAAT-TTTTATGACTAAACA-AAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* * * * *
65679 CA-AACCTATTTAAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AGA
127 CATAA-CTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-A
* ** * * *
65742 ATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTATTTTAT
* ** * * * * *
65806 GA-AAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAAC
254 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
65870 TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC---CT-A---TT---A-ATTAATAAATT
319 TGGTTTAATAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** * * * *
65924 AGTATTATTTT-TTTCTA-ATAAACTAGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTACGATAAAAATAAA
382 AGTATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG--ACAAA-AAA
* * * * * * * * * *
65986 AAGATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGTTCAAACAAG-CATAACAATTTGAACTTGCTTAGT
442 AAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * *
66050 AAACAAATTTGTTTTTTTAATTTTTTAC
505 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
66078 TTCA-TAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATT-TCGAA-AACACTTATATGAGC
1 TT-ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA-GCTTGTATGAAC
* * * * * * *
66139 -AGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
62 TA-AAACAATT--TTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
* *** * * * *
66203 AGTCATAACTATTTGAACAT--ATTCAAAAATATATGTA-TTTTTAAACTTTTACTTATTAATTT
124 AGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTT
* * * **
66265 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTTGGAATAACCTTACATG---------AATTA
185 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTA
* * * * *
66319 TTTTATGATAGAACAAAATG-TCATAACAATTT-AAAGTA-AAAATTATTCAAATAGTCGTAACT
248 TTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
66381 ATTTGAACTTGG-TCAATAAATTAATTCATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAT
311 ATTTGAAC-TGGTTTAATAAA-CAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * * * *
66445 TAATAAATTATTATTATTTTATTT-TGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTATCATG
373 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-C
* * * *** * *
66509 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAAGTTGT
436 AAAAAAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAAACTATTTGAACTTGT
* * * *
66574 TTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTAC
500 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*** * * *
66607 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAA
1 TTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * *
66671 AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 AAACAA-T-TTTTATGACTAAA-CAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * ** * * * * *
66735 GTCCTAATTATTTGAATTTATTTGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATCTTTTA-CATATTGAGT
125 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTA-ATT---T
* * * *
66799 ATCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTACGAATAAAAAA-ATT
185 -T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAA-AAAAAACAAT
* * * * *
66861 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACT
246 TATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
66926 ATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCAAATTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATT
311 ATTTGAACTGGTTTAATAAACA-ATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
66991 AAAAAATTAG----A----A-TT---AT--GCTATTCTGAA-T---A-AATTATTTTATGGCAAA
374 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
67037 ACAAATGATCATAACAATTTAAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TATTGAACTGGT
439 A-AAAAGTTCATAACAATTTCAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTAT-TTGAACTTGT
* * *
67100 TTAGTAAACTGATTTATTTATTAAATCTCTT--
500 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
67131 TT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAAC-A
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
67193 AAGACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA-TCCATAT
64 AA-ACAATT-TT-TATGACTAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTA-AT
* * * * * ** * * *
67256 TGTCTTAACTATTTAAATTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
124 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTT
* * * * * *** ** *
67321 TCATAATATTATTAGATTAGTATTA-TTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGAAGGTAAATGATTGT
186 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTAT
* * * * ** * *
67385 TTTATGATAAAACAAAA-AGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTGTGATTAT
249 TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
*** * *
67449 TTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCCCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
313 TTGAACTGGTTTAATAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * ** ***
67514 TAAATTAGTATGATTTTATTTCAAATAGGCTTGCATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAA
376 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAA
** * * * * * * ** *
67579 AAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTATCTAATTTGA
440 AAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* **
67644 TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
504 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * * *
67673 TT-TTCAATTTTTGAAATGTTAACAAAGTAATATTATTTTATT-TGGATAAGCTTTTATAAATTG
1 TTATT-AATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * *
67736 AAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 AAACAA-T-TTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * * * * *
67799 GTCATAACTACTTGAACTTGTTCGATAAACAAACTTAGTTTTTAAAATTTCTTGCTATTAATTTT
125 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTC-T--TATTAA-TTT
* * * * * **
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* * ** * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** ** * *
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* * * * * **
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* * ** * * * * * * *** *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *** * * * *
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* * * * ** **
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* * * * *** * *
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* * * * *
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* ** * *
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*** * *
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Statistics
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* * ** * *
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** * * *** * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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** * *** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * ** ** *
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** * ** * * *
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** * * * * * * * * * **
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* * *
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* * *
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* * * * ** * ** * * *
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* * * * *
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** * ** * ** **
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * ** * ** * *
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* * * *
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* * * **
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* * *** ** ** * * **
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* * * ** * ** * * * * * **
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * **
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * *
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* *** **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*** *
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*
59747 TTTAA--TC-T-C
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* * * *
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* * * * * * * * *
59819 AAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGG
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* * * *
59884 CCATAATTATTTGAAC-TGATTCT-GTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTT
128 TCATAATTATTTGAACTTG-TT-TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTT
* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *** *
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* * * * *
60137 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTGTATGACTA
375 -ATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGAC-A
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* ** *** *
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** * * ** * *
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64 AAACAATTTTTTTATGAAAAAAGAAAAGTTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
60601 TCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTT
128 TCATAAT-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTT
* * * ** * *
60665 GTTG-AATGTTAATAAATTGGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATCTT
190 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAAT-TT
* * * * *
60729 TTATGACCAAACAAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
253 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
60794 GAATTGGTTTGGCAAACACATGTATTTTTTAAATCTCTTACT-AATTTTTGAAATATTATTAAAT
318 GAATTGGTTTGGTAAATAAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTGAAATATTA-TAAAT
* *
60858 TAGTTTTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA
381 TAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGA
* * * *
60923 TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTGAATTATTTCGATAAAC
445 TCATAACAATTTCAA-ATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTAGATAAAC
* * * * * *
60987 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTTAATTTTCACACTATTGA-TAGATCAATATTATTTTATTTT
509 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATT-ACTAAATTAATATTATTTTATTTT
* * * * * * * *
61051 GAATAATTTTGCATGAATAGGGACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGTTGTTATGATTTCAAA
573 GAATAA-CTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTTATAATAATTTGAAA
* * * * *
61116 TAGATAATTATTTAAATGGACATATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
636 TAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAT
61181 CTCTTG-
700 CTCTTGC
* * * * * * *
61187 TCTGTTACTTTTT-AGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTAT-GAATAAACTTGTATAAAG
1 T-TATTAATTTTTGA-AATATTAA-AAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAGTTGTATGAAT
* * * * * * *
61250 AGAAATAA-GTTTTTGTGACAAAATG-AAA-TATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
62 AGAAACAATTTTTTTATGA-AAAAAGAAAAGT-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
61312 CAATCATAATAATATGAACTTGCTTGGTAAAC--ATTTATTTTTTAAAAAT-TTTTTCTATTAAT
125 TAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTATTAAT
* * **
61374 TTTTGTAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
188 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT-
* *
61439 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
252 -TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * ** *
61504 TTGAACAT--TTT-CAAAAAACAGATT-TATTTTTAAATTTTTTGCATATTAATTACTGGAATAT
316 TTGAA-TTGGTTTGGTAAATA-A-ATTAT-TTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTTTTGAAATAT
* * * * * * * *
61565 TAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATCAA
374 T-ATAAA-TTAGTTTTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
61628 AACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACCAATT-AACT-TG
436 AA-AAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAT-
* * * * *** * *
61690 TCTAG-CAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTATTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
499 T-TAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC---TT-ATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTAA
* * * * * *
61754 TATTGTTTCATTTTGAATATGCCTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGT
559 TATTATTTTATTTTGAATA-ACTTGTATGAA-TAGGAACAATTG-TTT-T-ATG--ACAAAA---
* * *
61818 CATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCTAATCGTTATGAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAC
614 C---------------AAA-AGTTA---T-A-----AT-A-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAA
* * * * * ** * **
61883 TAGTTATGACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACATATTT-TTTTGAAAATCTGTTAT
652 TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGC
* * * * * * * * * * *
61938 TTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTAATAT-GAA-CAAGATTATATGAACA-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAAG-TTGTATGAATAG
** * ** * * * *
62000 AAACAATTGCTTTATGATAAAACA-AAAAG-TCATTATGATTTGAAATAAACAATTGTTCTAATA
64 AAACAATTTTTTTATGA-AAAA-AGAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** * *
62063 GTCATAACTATTTAAACTTTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTTACTTATTAGTTGT
127 GTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATT-T
* * * * * * *
62128 CT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATGAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTAT
190 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAACAA-T-T
* * ** *
62191 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTCATAATTAT
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
62255 TTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTCATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
316 TTGAA-TTGGTTTGGTAAATAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTTTTGAAATATT-
** * ** * * * *
62319 ATAAATTAGAATTATGTTATTTGGAATAAGCTTGTA-CAAATAGAAAGAGTTGTTTTGTG-CAAA
375 ATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AA
* * * * * * * * * **
62382 ATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGT-TATAACTATTTGTATTGGTT
438 A-AAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTATTT
*** * * * * * **
62446 AGGCCAATAGATTCT-TTTTTTAAATCCGTTACTTACTAAATTTT-AGAATATTAATGAATTAGC
501 AGATAAACAGATT-TATTTTTTAAAT-C--T-CTTA-TTAATTTTCAAAATATTACTAAATTAAT
* ** * * * * * *
62509 ATTACTTTATTCCGAATATGA-TTGTATTAATAGAAACAATTATTTT-T---ATAACAAATGGTC
560 ATTATTTTATTTTGAATA--ACTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTT
* * * * * * * * ** * * *
62569 ATAACAACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATCGAACTAATTTGGTAAGCATA
622 ATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACA-A
** *
62634 TTTATTTACT-AA-GTC-T-C
686 TTTATTTTTTAAATCTCTTGC
* * * * * * * * *
62651 TTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGTTGTATGAATAGA
** * * * *** * * * * *
62716 AAC-ATTTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAGTGATTTGGAATAGGTAATTCTTCTAATAAT
65 AACAATTT-TTTTATGAAAAAAGAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * * *
62780 CTTAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTAG
129 CATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * * * *
62845 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTGTGAA-AAGAAAGAATTGTTTT
193 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAA-AAACAA-T-TTTT
* * * *
62909 ATGACAAAA-TAAAGATCAT-AGTAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
255 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * **
62971 GAACT-GTTTCGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCACTTA-TTACTTTTCAAAATATTAATAAA
318 GAATTGGTTT-GGTAAATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTGAAATATT-ATAAA
* * ** * * * * *
63034 TCAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTTCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA
380 TTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT-ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAA
* * ** * * * * * * * * * *
63098 AAATCCTAATGATTTCGAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAGCTTTTTCAG-TA
442 AGATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTATTT-AGATA
* * * * *
63162 AACATATTTATTTTCTAAATCTCCTACCTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
506 AACAGATTTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTAATATTATTT
* * * *
63226 TATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-T
567 TATTTTGAAT-AACTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAA-TAA
* * * * * * * * * *
63290 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAA-TAATATGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTATT
629 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTAGTTTAGTAAAC-AATTTATT
* * * *
63354 TCTTAAAACTTTTAC
692 TTTTAAATCTCTTGC
* * * * *
63369 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTT-GAAT-ATGCTTGTATGAACA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAAG-TTGTATGAATA
* * ** * * * * * * *
63432 AAAAAAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAAAGGTCATATCTATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAC
63 GAAACAATTTTTTTATG---AAAAAAGAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * **** * * *
63497 TAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTGTAAAT-TATTACTTATTAATT
125 TAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATT
*
63561 TTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
189 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTGTATGAACAAAAACAA-T
* * * *
63624 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACC
251 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
63688 ATTTGAACTT-TTTTAGTAAACAGATTCGTGTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATAT
314 ATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACT-A--AATTTTTGAAATAT
* * ** * * * ** *
63752 TAATACATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTATATGAACTA-ATTCAATTGTTTTATGGCA
374 T-ATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGAC-
* *
63816 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATCCAATAGTTATGAGATTTGAAATAGATA
436 AAA-AAAAGATCATAACAATTTCAAATAG------AT---A-A--T-T---ATTT-AAATAG---
** * *
63881 ATTATTCAAATAGTATGACTATTTGAACT-TGTTCTATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTT
480 -----TC---T--TA--ACTATTTGAACTAT-TTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----T
* * * * *
63945 ACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTATATGAAC
528 -CTTATTAATT-TTCAAAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAAT
** ** *
64008 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAATTGTTTTAATACAAAACGAAAAGTCAAAACGATATGA
590 AGGAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG--TT-AT----------AA-T----A--ATTTGA
* * * * * * ** * *
64073 AATAAATAATTCTTCAAATAGTCTTAATTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATGTTTTA
634 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTTAGTAAACA-ATTTATTTTTTA
* *
64137 AATCTTTTAC
697 AATCTCTTGC
* * * * *
64147 TT-TTAAGTTATCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAAT-AAGCTTGCATGAA
1 TTATTAA-TT-TTTGAAATATTAA-AAA-ATAGTATTATTTTATTTCAAATAAAG-TTGTATGAA
* * * * ** * * * *
64208 TACAAAAAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTT-ATAGCGATTTGAAACA-AGTAATTGTTCAA
61 TAGAAACAATTTTTTTATGAAAAAAGAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAA
* * * * * *
64271 ATAGTTA-AAGCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TATTAAT
124 ATAGTCATAA-TTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAAT
* ** ** * * * * * * *
64332 TTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATACTATTAT-GAATGAGCTTGTACGAATAGAATCAATT
188 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAA-T
* * * * * *
64396 ATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTATAACT
251 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * ** ** * * *
64460 ATTTGTACTAGTCAGGCCAATAGATTCCTTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAAGTTTTAGAAA-A
314 ATTTGAATTGGTTTGGTAAATAAATT-ATTTTTTAAATCTC-TTAC-TA--AA-TTTTTGAAATA
* * * * * * ** *
64523 TTAATATATCAGTATTACTTTATTCCGAATAAGATTGTATTAATCGAAACAATTATTTTATGACA
373 TT-ATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * * * * * * *
64588 AAACAAATGGTCATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGT-TATAACTAATTGAACTGG
437 AAA-AAA-GATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAACTATTTGAACT-A
* * ** *
64652 TTT-TATAAACAGATTTATTTATTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
498 TTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTAATATT
* * * ** * * *
64716 ATCTTATTTTG-ATCAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATA
563 ATTTTATTTTGAAT--AACTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTATA
* * * * ** * * * *
64780 ATGATTTGAAAAAGATAATTATTCACATAACCTTAACTATTTGAATTAG-TTAGGCAAACAAATT
625 ATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTA-GTAAAC-AATT
**
64844 TACGTTTTAAATCTCTTAG-
688 TATTTTTTAAATCTCTT-GC
* * * * * *
64863 TTTTTAA-TTTTCATAATATTAGTATATTAGTATTTATTTATTTATTTATTTCGAAT-AAGCTTG
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTA--A-A-AAATA-GTA-TTA--T-TTTATTTCAAATAAAG-TTG
* * * * * * ** *
64926 CATGAAGATG-AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTT-ATAATGATTTGAAATATATAATT
55 TATGAATA-GAAACAATTTTTTTATGAAAAAAGAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
64989 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAAAACTCCTACTT
118 ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-T
** * * * ** * **
65054 ATTAACATTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTT-CTTCTGAATAGGCTTGTTTGATGAAAA
182 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACAAAA
* * * * * *
65118 ACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAA-TGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT-GGC
246 AC-AAT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
65181 ----C-A--T-AATT--ATT--TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAACTTTTGAAAT
308 ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAA-TAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTGAAAT
* * * ** * * * *
65233 AATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACCA-AAACAATTTTTTTATGA
372 -ATTATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
65297 CAAAACAAA-ATGTCATAACAATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
435 CAAAA-AAAGA--TCATAACAATTTCAAAT-AGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
* * * *** * * *
65360 TTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTCAGATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAG
496 -TATTTAGATAAACAGATTTATTTTTT-A-A-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAA
* *** * * * * *
65424 TTAGA-ATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTGCT-TGAAT-GAAACAATTATTATATAACTAAACAA
555 TTA-ATATTATTTTATTTTGAATAA-CTTG-TATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * **
65486 AAGGTTAGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCT-AATAGTCTTATCTATTTGAACTGGTTCAAC
617 AA-GTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGT
* *
65550 AAGCACGTTTA-TTTTTAAA--TC-T-C
680 AAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGC
* * * * *
65573 TTATAAATTTTTG-GA-A-T-----ATA-T-TTA----AATT--AGT--A--T-TATGAAAAGAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGTTGTATGAATAGAA
* * * * * * * *
65617 AAAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-AGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTC
66 ACAATTTTTTTATGAAAAAAGAAAAGTTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
65680 A-AACCTATTT-AAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTT-
130 ATAA-TTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * ** *
65739 AGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTT
193 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACAAAAACAA-T-TTT
* * * * * *
65803 TATGA-AAAACAAAAGCTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTT
254 TATGACAAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * * * *
65866 GAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT--A---TT--AAT-TAATAAA
318 GAA-TTGGTTTGGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTA-CTAAATTTTTGAAATATTATAAA
* * * * * * * *
65922 TTAGTATTATTTT-TTTCTAATAAACTAGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTACGATAAAAATAA
380 TTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTT---ATGACAA-AA
* * * * * * * * *
65985 AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGTTCAAACAAG-CATAACAATTTGAACT-TGCTTA
440 AAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTTAAA-TAGTCTTAACTATTTGAACTAT--TTA
* * * * * *** * * *
66048 G-TAAACAAATTTGTTTTTTTAATTTTTTACTTCATAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATT
502 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTTTCAAAATATTACTAAATTAATATT
* * * ** * * * *
66112 A-TTTATTTCGAAAACACTTATATGAGCAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
563 ATTTTATTTTGAATA-ACTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATAA
* * * * * * * *
66176 CT-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTCA-AAAATATATG
626 -TAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTTAGTAAACA-ATT
* *
66238 TA-TTTTTAAA-CTTTTAC
688 TATTTTTTAAATCTCTTGC
* * ** ** *
66255 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAAT-AACCT-TA--CAT-G
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAA-ATAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGTTGTATGAATAG
* * * * *
66314 ----AATTATTTTATGATAGAACAAAA-TGTCATAACAATTT-AAAGTA-AAAATTATTCAAATA
64 AAACAATTTTTTTATGAAAAAAGAAAAGT-TCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATA
* * * *** * * *
66372 GTCGTAACTATTTGAACTTGGTCAATAAATTA-ATTCATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTT
127 GTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTT
* ** * * * *** * *
66436 TTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTT
190 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAA-T-TT
* ** * * ** *
66501 TTATCATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTT
253 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * **
66566 AAAGTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
318 GAA-TTGGTTTGGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTTTTGAAATATT-AT
* * * *
66630 AAATTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTATGACAAAA
377 AAATTAGTTTTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA
* ** * * * * * * *
66693 GAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTGAATTTATTT
439 -AAAAGA-TCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTATTT
* * * * ** * **
66758 -GATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATCTTTTA-CATATTGAGTATCTGAATATTAATAAATTTGT
501 AGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTA-ATT---T-TCAAAATATTACTAAATTAAT
* * * * *
66821 ATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTACGAATA-AAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
560 ATTATTTTATTTTG-AATAA-CTTGTATGAATAGGAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GT
** * * * * *
66884 TATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAG
621 TATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACA-
* ** **
66949 ATTCAAATTTTAAATCTCTTAT
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* *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * * ** * *
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** * * ** * *
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* * * * * * * * *
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***
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* * * ** * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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*** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * *
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** * ** ** ** *
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* *
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* * ** * **
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* * * ** * * *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACATA
** * * * * * *
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65 AATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * ** * * * *
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129 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTT-TG
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * **
59363 A-TGGTTTAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCACTTAC
321 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT-TAAATCTTTTAC
* * * * *
59401 TTATAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGC-TG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAT-
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *** *
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255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
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* *** *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * * *
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* * * *
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129 ATAACTATTTGAACTTG-TT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTT
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* ** * * * *
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255 TATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ****
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319 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTTTTAC
** * **
60117 TTATTGCTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-T
1 TTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * ** **
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* * * ** * * * * *
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255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * *
60433 AACTGGTTTAAAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGC
320 AACTTGTTCAGTAAACAGA-TTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *
60473 TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTTTAATGAA-TT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGT-ATGAACAT
* * * * *
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64 -AAATAATTATTTTATGCAAAACA-AAAAG-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
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125 AGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAT
* * * ** * * *
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187 TT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * * * *
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** * * *
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315 ATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
60831 TTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * *
60896 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTGTTTAAATAGT
65 AATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
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128 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTG
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192 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * ** * * * * * * * *
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321 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TT-TAC
* * * * * * * *
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1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * *
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* * * ** * *
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127 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TATTAATTTT
* * * *
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190 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* *
61442 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * *
61506 GAACATT-TTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAATTTTTTGC
319 GAAC-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
* ** *
61546 ATATTAATTACTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAT
* *
61610 AAATAATTATTTTAT-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAGTAGTC
64 AAATAATTATTTTATGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
61674 ATAACCAATT-AACTTGTCTAGCAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTATTCATTAATTTTTGG
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-ATTAATTTTTGA
* * ** * * * *
61738 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTCATTTTGAATATGCCTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
193 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
** * * * * * * * *
61803 GATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCTAATCGTTATGAGATTTGAAAT
258 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-A-CT--ATT
* * * * * *
61868 AGATAATTATTCAACTAGTTATGAC-TATTTAAATTTGTTTGGTAAACATATTTTTTTGAAAATC
318 TGA-ACTTGTT---C-AG-TA-AACAGATTT--A--T-TTT--T--A-A-A-TCTTTT----A-C
* * * * * * * *
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1 --TTATTAATT--TT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGA
* ** * * * * * *
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60 ACATAAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * *
62061 TAGTCATAACTATTTAAACTTTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTTACTTATTAGTT
124 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT
* * * * * *
62126 GTCT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATGAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATT
188 -TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATT
* * * * *
62189 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTCATAATTA
251 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
62254 TTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTCATTTCTTAAATCTCTTAC
316 TTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTT-TTAAATCTTTTAC
* * * ** * *
62298 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTGGAATAAGCTTGTACAAATAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * * * * *
62363 AAGAGTTGTTTTGTGCAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTA
65 AATAATTATTTTATGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * *
62428 TAACTATTTGTA-TTGGTTAGGCCAATAGATTCT-TTTTTTAAATC-CGTTACTTACTAAATTTT
130 TAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTC-TTA-TTATTAATTTTT
* * * * * * * * * * *
62490 -AGAATATTAATGAATTAGCATTACTTTATTCCGAATATGATTGTATTAATAGAAACAATTATTT
191 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * ** * * * * * *
62554 T-T---ATAACAAATGGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATCG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * * * *
62615 AACTAATTTGGTAAGCATATTTATTTACTAAGTC---T-C
320 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTT-TTAAATCTTTTAC
* * * * * *
62651 TTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * * ** * * * * *
62716 AACATTTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAGTGATTTGGAATAGGTAATTCTTCTAATAATC
65 AATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
62781 TTAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTAGG
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGA
* * * * *
62846 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTGTGAA-AAGAAAGAATTGTTTTA
193 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTA
* * * * *
62910 TGACAAAA-TAAAGATCATAGTAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
62973 AC-TGTTTCGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATC----AC
321 ACTTG-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* ** * * * * *
63008 TTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTTCATGAATAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGT-ATGAACAT
* * * *
63072 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCCTAATGATTTCG-AATAGATAATTGTTCAAATGG
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
63136 ACATGATTATTTGAGCTT-TTTCAGTAAACATATTTATTTTCTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
127 TCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTT
* ** * * * *
63200 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT
190 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
63264 TATGACAAAACAAAAGATCATAACT-TTTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAA-TAATA
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT
* * *
63327 TGAACTTGCTT-GGTAAACAAATTTATTTCTTAAAACTTTTAC
318 TGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTT-TTAAATCTTTTAC
* * *
63369 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTGAATATGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* ** * * * * *
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65 AATAATTATTTTATG-C--AAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
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126 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTT
*
63563 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
190 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* *
63626 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * **
63691 TGAACTTTTTTAGTAAACAGATTCGTGTTTTAAATCTCTTT-C
318 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCT-TTTAC
* * * * *
63733 TCATTAATTTTTGGAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTATATGAAC-TA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * *
63797 ATTCAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATCCAATAGT
65 AAT-AATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
63861 TATGA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAA-CAT
128 CATAACTATTTGAACTTG-T--TTAGT--AA-A-CA-G---ATTT--A-TT-TT-T-TAAATC-T
* * * ** * * * *
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175 -CTTATTATT--AAT-TTTTGAAATATTAA----T--AA-ATTAGT--ATT-ATTTTATTTCAAA
* **
63989 TGAA--TAAGCTTAT-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAATTGTTTTAATACAAA
226 T-AAGCT-TG--TATGAACAA-AAA--CAATTGTTTTATG------AC-A-------AA-ACAAA
* * * * * * * *
64051 ACGAAAAGTCAAAACGATATGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCTTAATTATTTGAACTTATTC
269 A-G----GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* *
64116 GGTAAATAGATTTATGTTTTAAATCTTTTAC
329 AGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTTTTAC
* * * *
64147 TT-TTAAGTTATCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATGAAT
1 TTATTAA-TT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
64209 ACAAAAAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCGATTTGAAACA-AGTAATTGTTCAAAT
62 ATAAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* * * *
64273 AGTTA-AAGCTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC---TTATTAATT
125 AGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATT
* ** ** * * * * * * *
64333 TTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATACTATTAT-GAATGAGCTTGTACGAATAGAATCAATTA
188 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * * *
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252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * **
64462 TTGTACTAG-TCAGGCCAATAGATTCCT-TTTTTAAATCCGTTAC
317 TTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATT--TATTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * *
64505 TTATTAAGTTTTAGAAA-ATTAATATATCAGTATTACTTTATTCCGAATAAGATTGTATTAATC-
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * ** * * * *
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63 TAAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
64633 TTATAACTAATTGAACTGGTTTTA-TAAACAGATTTATTTATTAAATCTC---TTATTAATTTTT
127 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTT
* * ** * * * *
64694 GAAATATTAATAAATTAATATTATCTTATTT-TGATCAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * ** *
64758 TATGACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTGAAAAAGATAATTATTCACATAACCTTAACTATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
64823 AA-TTAGTT-AGGCAAACAAATTTACGTTTTAAATCTCTTAG
320 AACTT-GTTCA-GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *
64863 TTTTTAA-TTTTCATAATATTAGTATATTAGTATTTATTTATTTATTTATTTCGAATAAGCTTGC
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG----TA-TTA--T-TTTATTT-GAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
64927 ATGAAGATGAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTT
56 ATGAACATAAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * *
64992 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAAAACTCCTACTTATT
120 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT
** * * * * * **
65057 AACATTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTT-CTTCTGAATAGGCTTGTTTGATGAAAAACA
184 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * * *
65121 AATGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT-GGC----
248 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
65181 C-A--T-AA-TTATT---TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATC---T-C
313 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *
65216 TTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACCA-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAT
* * * *
65280 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAG
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG
* * *
65344 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAGATCTCTTGCTTATTAATTTT
127 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ATTATTAA-TTT
* * * * * ** *
65409 TTG-AATGTTAATAAGTTAGAATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTGCT-TGAA-TGAAACAATTAT
189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * ** * * * *
65471 TATATAACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** *
65536 TGAACTGGTTCAACAAGCACG-TTTATTTTTAAATC---T-C
318 TGAACTTGTTCAGTAAACA-GATTTATTTTTAAATCTTTTAC
*
65573 TTATAAATTTTTGGAATATATT--TAAATTAG---TA--TTA--TG-A-AA------A-G---A-
1 TTATTAATTTTT-GAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
65616 AAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAAAGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
65679 CA-AACCTATTT-AAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTT
128 CATAA-CTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTT
* * ** *
65739 -AGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTT
191 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * *
65802 TTATGA-AAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* **
65866 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
319 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * *
65907 ---CT-A---TT---A-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCTAATAAACTAGTATAAATAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * * * *
65960 AATAATTGTTTTACGATAAAAATAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATATTTGTTCAAACAA
65 AATAATTATTTTATG--CAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TA
* * * * * * *
66025 G-CATAACAATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTGTTTTTTTAATTTTTTACTTCA-TAATTT
126 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TT-ATTAATTT
* * * * * *
66088 TTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTCGAAA-ACA-CTTATATGAGCAGAAATAATTG
189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * *
66150 GTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
66214 TTTGAACATATTCA-AAAATATATGTATTTTTAAA-CTTTTAC
316 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
* *
66255 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAA-C--CT-T--ACAT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
66313 ---GAATTATTTTATG-ATAGAACAAAATGTCATAACAATTT-AAAGTA-AAAATTATTCAAATA
64 AAATAATTATTTTATGCA-A-AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
66372 GTCGTAACTATTTGAACTTGGTCAATAAATTA-ATTCATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTT
126 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTT
* ** * * *** * *
66436 TTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTT
189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* ** ** * ** *
66501 TTATCATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *
66566 AAAGTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTAC
319 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTTTTAC
* ** * ** *
66607 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * *
66672 AACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AATAATTATTTTATG-CAAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
66737 CCTAATTATTTGAATTTATTT-GATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATCTTTTACATATTGAGTAT
128 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTATT-AATTT
* * * * * * *
66801 CTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTACGAATAAAAA-AATTTAT
189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA-TTGT
* * * *
66864 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
66929 TAAACTTGTTCAATAAACAGATTCAAATTTTAAATCTCTTAT
318 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TATTTTTAAATCTTTTAC
* * *
66971 TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAG-A--A--TTA--TG-CT-A---T-TCTG-A-AT--
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAA
* * *
67019 A-AATTATTTTATGGCAAAAC-AAATGATCATAACAATTTAAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGT
66 ATAATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
67081 TATAACT-TATTGAACTGGTTTAGTAAACTGATTTATTTATTAAATCTCTT-TT-TTAATTTTTA
128 CATAACTAT-TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTG
* * * * * *
67143 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAGACAATTGTTATA
192 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
67208 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATCCATATTGTCTTAACTATTT-AA
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
67272 ATTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
322 CTT-GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * **
67311 TTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGAAGGT
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
67375 AAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * ** * * *
67440 TGTGATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCCCCTACTTATTAATTTTTG
128 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTG
* * * **
67505 AAATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTTCAAATAGGCTTGCATGATGAAAAACAATTGTTTTA
192 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
67570 TGACAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAT
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ***
67635 CTAAT-TTGA-TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
322 CT--TGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
67673 TT-TTCAATTTTTGAAATGTTAACAAAGTAATATTATTTTATTTGGATAAGCTTTTAT-AA-ATT
1 TTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-T
* * * * * *
67735 GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
64 -AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
67800 TCATAACTACTTGAACTTG-TTCGATAAACAAACTTAGTTTTTAAAATTTCTTGCTATTAATTTT
127 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTATTAA-TTT
* * * ** * * *** *
67864 TTG-AATGTTTATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATT
189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * *
67928 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
67993 GAACTTGTTC-GATAAACAAACTTAGTTTTTAAAAT-TTCTTGC
319 GAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTT-TTAC
* * * *
68035 CTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-AA-AT
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * * *
68097 TGAAACAATTATTTTATTACTAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
63 T-AAATAATTATTTTA-TGCAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
68162 AGTCTTCACTATTTGAACTGGTTCAGCAAA-TGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
125 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT
* * * * *
68226 TTT-AGAATATT-ATAAGTTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATT
188 TTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * * * * *
68289 TTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAATGATATGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATA
251 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
68353 TTTTAACTGGTTTAGTAAACAGATTTAATTTTTAAA---TGT-C
316 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
68393 TTATTAGTTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTGTAAATAA-TTTAGTATGAATAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTT-GTATGAACAT
* * * * * * *
68457 AAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAATTA-A
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
68521 CATGACTATTTGAACTTATTTGGTACACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTT
128 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TA-TTATTAATTTTT
* * * * *
68585 -AGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATGTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
191 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
68649 TACAACGAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTA
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*** *
68714 AACTCACTCGGTAAACA-ATTT-TTTTTAAATCTTTTAC
320 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
68751 ATATTAAGTTTTGGAATTTTGAATTTTCATAAATTAATATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTTTAT
1 TTATTAA-TTTTTG-A-----AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT
* * * *
68815 -AA-ATGGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGT
58 GAACAT--AAATAATT-ATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
68877 TCAAATAGTCA-GA--A--TG----TGTTCA-AAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTCT
119 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAT
* * * * **
68931 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAGCAAAGC
183 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * *
68994 CAATTTTTTTATGACAAAGCAAATGGTCATAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTT-AAGACAGTCA
246 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCA
* ** * * * * *
69058 TAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACATAATCTT-TTTTTAATTATCTTAC
310 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-GAT-TTATTTTTAAATCTTTTAC
* * * ** *
69108 TCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTAT-TGAAC-TA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-
* * * * * * *
69171 AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
64 AAATAATTATTTTA-TGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * *
69236 CATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATTTTTATTTTTTAAGTCTTTTAGTTATTAATTGTA
128 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
69300 AAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAA-AATTATTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTT
** * * * *
69364 TATGACAAAGTAAAAAGTCA-AA-GCAATTTAAAATA-AGTAATTGCTT-AAATAGTCGTAACAA
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAGA-TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ****
69425 TTTAAACTTATTCAATAACTAACTGAAATAATTATTTTATGACAA-AAGGT-C
316 TTTGAACTTGTTCAGT-A--AAC--AGAT--TTATTTT-T-A-AATCTTTTAC
* * ** * * *
69476 --A-TAATGATTTGAAAAAGTTAACTGTTCATATAGTCTTAATTT-TTTGAA-CAGCATTG---G
1 TTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAA---TAAAT-TAGTATTATTTTATTTGAATAAGC-TTGTATG
* * * **** * ** *
69533 CAA-ATAGAT--TTATTTT-T-TAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAG
59 -AACATAAATAATTATTTTATGCAAAACAAAAAGTCA-TAACGATTTGAAATA-GA-T-AATT-G
* ** * * * * ***
69592 TATTATTTTATTCCAAATAGGCTATATGAAC-----T-G-AAACA-A-TTATTTTATAATAGAAC
118 T-TCA-AATAGT-C--ATA-ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTC
** * * *** **
69648 AAAAGGTTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGCTTAAGTAAGAATTGGTT-TTAT-AAAT-AG-
176 -TTA--TTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAATAAATT-AGT-ATTATT--TTATT-TCAAATAAGC
* **** ** * * * * * *
69708 TTTTATTTTTTAAATCTCCTATTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GT-ATGATTTTAT
231 TTGTA-TGAACAAA--AACAATTG--T--TTTATGACA-A--AACAAA--AGGTCAT-A-ATGAT
** * ** * * * ** * *
69771 TCCAAATAGGCTTGTATGATGAAA-A-ACAATTGCT-TTATGACAAAATAAAGTTCA-T-AAC-G
282 TTGAAATA-GATAAT-TGTTCAAATAGTC-ATAACTATT-TG---AACT--TGTTCAGTAAACAG
** ** * *
69830 ATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAA
338 ATTT-ATTTTTA-AATCT-TT-TAC
* * * * *
69854 TGGCTA-TAATTATTTGAACTGATTTGATAAACT-G-ATTTATTTT-TTTAAATCTCCAA-CTTC
1 T---TATTAATT-TTTGAAAT-A-TTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTGAA--T--AAGCTTG
* * * * * *
69914 TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTAAGAACTAAAAT
55 T--A----TG--A-A--CATAAA-T-A-ATTATTTTA---TGCA-AA-A---CAAAAAGT--CAT
** * ** * *
69979 AATTATTT--TAT-GATAA---AACAAA-AGGTCATAACGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAAT
96 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAAC--TATT---T-GA-ACTTGTT----T
* * *
70037 AGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCGGTACGTAAACTTATTTTTTAAAATTTTTTATTAATTTTT
149 AGT-A-AACAGATTT--A-TT-TT---T---T-AA---ATCTCTT---A----TTATTAA-TTTT
* * * ** * * **
70101 TG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATGAAAACAACTAT-T
190 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA-T-TGT
** * * * * * * *
70164 TTTATGAGTTAACCAAAAGGTCAGAA-GATTTGAAATAGCTAATTATTCTAATAATCTTAACTAT
253 TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * *
70228 TT-ATA-TTGGTTTGGTAAATACATTTAGTTTTTAAATCTCTTAC
317 TTGA-ACTT-GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * ** * * *
70271 TTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
70335 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
70399 CAT-ACTATTTAAACTGGTTT-GATAAAC-GTATTCAATTTTAAAATCTC---TTATTAATTTTT
128 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTT
* ** * ** *
70458 GCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTTTGAATGAAAATAATTGTTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* ** ** ** ** * *
70522 TATGTTA-AAAACAAAATGTCATAACAATTTGACGTA-ACTAATACTTCAAATAAACTTGACTAT
255 TATG--ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * **
70585 TTAAACTTGTTTAGTGAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCCATC
317 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA-C
* * * * *
70628 TTTTTAATTTTT-AGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
70692 AAACAATTATTTTATGACAAGAC-AAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TA
*** * * * *
70756 -TCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTT
126 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTATTAATTT
* * * * * *
70820 TTGGAAT-TTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTTTTGTACAAAAACAGTTG
189 TTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * * ** ** * *
70884 GTTTATGTCAAAATAAAATATCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTC
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
70948 TTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
316 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
70991 TTATTAATTTTTGTAATATTAACCAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAT
** * * ** * *
71055 AACCAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
64 AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
71120 CATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTG
128 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTG
* * * * *** *
71185 GAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTGTTTTA
192 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * *
71250 TTACAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGTTAATTACTGAAATAATCATGACTATTTCA
257 TGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
71315 ACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAG
321 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* ** * * * * * *
71354 TTATTAATTGTCAAAATATTCAT-AATTAATGTTATTTTAATTTGAATAACCTTGTAAGAACAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * * * *
71418 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
65 AATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * **
71483 ATAA-TATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGGTTGTCT
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT-T-T
* * * * *
71546 T--AATATTAATAAATTTGTATGATTTTA-TTC-AA-AA---TGAAT--A-GAAAA-AATTATTT
190 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * * * *
71599 TATGTCAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCTAATAGATAATTATTTAAATAATTATAATTATTTA
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** *
71664 AACTTGTTCGGTAAACATATTT-TTTAAAAATCTTTTAA
320 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
71702 TTATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATCAA-ATTATATGAAC-T
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT-AAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * *
71765 GAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAG
64 -AAATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
71830 TCATGACTATTTGATA-TAGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAACTTTTTACTTATTAATTG
127 TCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTA-TTATTAATTT
* * * * * *
71893 TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTTTATGAATAGAAAA-AATTGT
189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGT
* * ** ** * * * *
71957 TTTATAATAGGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAGATAGTCATAAATATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
72022 TGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-C
318 TGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * *
72060 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * *
72125 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 AATAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
72184 GTGGCCGTAA
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AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAAT
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AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
Found at i:61889 original size:34 final size:34
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61814 AGGTCATAAT
* *
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*
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Statistics
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GATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTATGA
Found at i:63876 original size:33 final size:34
Alignment explanation
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*
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*
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Statistics
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACG
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Indices: 64001--64043 Score: 79
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1 TATGAACAAAAACAATTGTTT
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1 TA
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Statistics
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TATGAACAAAAACAATTGTTT
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* * * * *
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*
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* *
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195 AACGATA
* * * * *
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*
64135 T-AAATC-TTTTACTT-TTAAGTTATCT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATTGAAATA
64 TAAAATCTTTTTACTTATTAA-TTAT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTGAAATA
* *
64196 AGCTTGCATGAATACAAAAAATTATTTTATGACAAA
127 AGCTTACATGAACACAAAAAATTATTTTATGACAAA
64232 TCAAAAGGTT
Statistics
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AAATCTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTGAAATAAGCT
TACATGAACACAAAAAATTATTTTATGACAAAAACAATTGTTTTAATACAAAACGAAAAGTCAAA
ACGATA
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Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
65020 TGGTAAGTAT
* * * *
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* ** * **
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* * *
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* *
65198 ATTTATTTTTT-AAA-T-CT-CTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAAACTCCTACTTATTAACATTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTC
* * * *
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* *
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131 ATCAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT
65361 TGTTTAGTAA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 21, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTTTTAAAACTCCTACTTATTAACATTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTC
TGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
ATCAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTA
Found at i:66462 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 66151--66554 Score: 433
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
66141 AAATAATTGG
** * *
66151 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
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66 TGAACATAGTCAAAAATATATGTATTTTTAAACTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
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131 TTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCC-TACATGAATTAT
* * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA-TAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
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* *
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* * * *
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1 --TT-TATGA-CA--AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGT
66555 TTTGACTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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169 39 0.20
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Consensus pattern (169 bp):
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACATAGTCAAAAATATATGTATTTTTAAACTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
TTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCCTACATGAATTAT
Found at i:66775 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 65913--67006 Score: 710
Period size: 182 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
65903 CTACCTATTA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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127 CTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAAT
* * * ** * * **
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*
66157 ACAAAACAAAAAGTCATAACT-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
64 ACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * **
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128 TTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* ** * * *
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* * * ** * * *
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* ** ** * * * *
66390 TGGTCAATAAATTAATTCATTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAT
129 TGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * ** * * ** * * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC
* * ** * ** * * *
66508 GAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAAGTTG
66 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
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131 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
66689 AAAAGAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTGAATTT
66 AAAA-CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
66754 ATTTGATAAACAAAGTTATTTTTTAAAATCTTTTACATATTGAGTATCT-GAAT
130 GTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAAAT
* * *
66807 ATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTACGAATAAAAA-AATTTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAA-TTATTTTATGA
* * * * * *
66871 CAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
65 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * ** * *
66936 GTTCAATAAACAGATTCAAATTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAT
130 GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* *
66988 ATTAAAAAATTAGAATTAT
1 ATTAATAAATTAGTATTAT
67007 GCTATTCTGA
Statistics
Matches: 721, Mismatches: 160, Indels: 63
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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175 2 0.00
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177 40 0.06
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
Found at i:67127 original size:162 final size:159
Alignment explanation
Indices: 66860--67158 Score: 361
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
66850 ATAAAAAAAT
* * * * * *
66860 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAAC
1 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *
66925 TATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCAAATTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATAT
66 TATTTAAACTGGTTCAATAAACAGATTCAAATTTTAAATCTC-T-TTT-TTAATTTTTAAAATAT
66990 TAAAAAATTAGAATTATGCTATTCTGAATAAA
128 TAAAAAATTAGAATTATGCTATTCTGAATAAA
* * *
67022 TTATTTTATGGCAAAACAAATGATCATAACAATTTAAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAA
1 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
67086 CT-TATTGAACTGGTTTAGTAAACTGATT-TATTTATTAAATCTCTTTTTTAATTTTTAAAATAT
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*
67149 TAATAAATTA
128 TAAAAAATTA
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Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
159 24 0.21
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (159 bp):
TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTAAACTGGTTCAATAAACAGATTCAAATTTTAAATCTCTTTTTTAATTTTTAAAATATTAA
AAAATTAGAATTATGCTATTCTGAATAAA
Found at i:69835 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 69534--69847 Score: 433
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
69524 CAGCATTGGC
** * *
69534 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGATT
* * *
69599 TTATTCCAAATAGGCTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGAT
66 TTATTCCAAATAGGCTATATGAACTGAAACAATTACTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGAT
69664 TTGAAATAGATAATTGCTTAAGTAAGAATTGGTTTTAT
131 TTGAAATAGATAATTGCTTAAGTAAGAATTGGTTTTAT
*
69702 AAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGAT
* * *
69766 TTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGCTTTATGACA-AA-ATAAA-GTTCAT
65 TTTATTCCAAATAGGC-TATATGAACTG--AAACAATTACTTTATAACAGAACA-AAAGGTT-AT
69826 AACGATTTGAAATAGATAATTG
125 AACGATTTGAAATAGATAATTG
69848 TTCAAATGGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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168 101 0.78
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ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGATT
TTATTCCAAATAGGCTATATGAACTGAAACAATTACTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGCTTAAGTAAGAATTGGTTTTAT
Found at i:70311 original size:16 final size:16
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70270 CTTATTAATT
70280 TTTAGAATATTATTAA
1 TTTAGAATATTATTAA
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1 TTTAG-AATATTATTAA
70312 TT
1 TT
70314 CAAATAAACT
Statistics
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0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.65
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ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
TTTAGAATATTATTAA
Found at i:70707 original size:182 final size:172
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Period size: 182 Copynumber: 4.3 Consensus size: 172
70079 TTAAAATTTT
* * * ** * * *
70089 TTATTAATTTTTTGAAT-GTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATGA
1 TTATTAATTTTTAGAATAG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATGA
* * * * * *
70153 AAACAACTATTTTTATGAGTT--AACCAAAAGGTCAGAAGATTTGAAATAGCTAATTATTCTAAT
65 AAACAATTA-TTTTAT--GTTAAAAACAAAA-GTCATAAGATTTG-AGTAACTAA-TATTCAAAT
* *
70216 AATCTTAACTATTTATA-TTGGTTTGGTAAATACATTTAGTTTTTAAATCTCTTAC
124 AATCTT-ACTATTTAAACTT-GTTT-GT-AATAGATTTA-TTTTTAAATCTC-T-C
* * * * * *
70271 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAAT-AG
1 TTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATGA-
* *
70335 AAACAATTATTTTATG--ACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTTAGATAGA-TAATTGTTCAAAT
65 AAACAATTATTTTATGTTA-AAAACAAAAG-TCATAA-GATTTGAG-TA-ACTAA-TATTCAAAT
* * * * * *
70396 AGTCATACTATTTAAACTGGTTTGATAA-ACGTATTCAATTTTAAA-ATCTC
124 AATCTTACTATTTAAACTTGTTTG-TAATA-G-ATTTATTTTTAAATCTCTC
* ** *
70446 TTATTAATTTTT-GCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTTTGAATG
1 TTATTAATTTTTAG-AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATG
* * *
70509 AAAATAATTGTTTTATGTTAAAAACAAAATGTCATAACAATTTGACGTAACTAATACTTCAAATA
64 AAAACAATTATTTTATGTTAAAAACAAAA-GTCATAA-GATTTGA-GTAACTAATA-TTCAAATA
*
70574 AACTTGACTATTTAAACTTGTTTAGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCATC
125 ATCTT-ACTATTTAAACTTGTTT-GT-AATAGATTTA-TTTTTAAATCT-C-TC
* *
70628 TTTTTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-AG
1 TTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATGA-
* * * * * *
70692 AAACAATTATTTTATG--ACAAGACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATT
65 AAACAATTATTTTATGTTA-AAAACAAAAG-TCATAA-GATTTG-AGTAACTAA-TATTCAAATA
* * ** *** * *
70755 ATCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTAC
125 ATC-TTACTATTTAAACT-TGTTTGT-AATAGATTTA-TTTTT-AAATC-TCT-C
* * *
70810 TTATTATTTTTTGGAAT-TTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
1 TTATTAATTTTTAGAATAGT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
70860 GTTTTTTTTG
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 82, Indels: 88
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
175 64 0.14
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (172 bp):
TTATTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATGAA
AACAATTATTTTATGTTAAAAACAAAAGTCATAAGATTTGAGTAACTAATATTCAAATAATCTTA
CTATTTAAACTTGTTTGTAATAGATTTATTTTTAAATCTCTC
Found at i:71891 original size:711 final size:710
Alignment explanation
Indices: 69540--72183 Score: 1877
Period size: 711 Copynumber: 3.7 Consensus size: 710
69530 TGGCAAATAG
** * * * *
69540 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*** * * * * *
69605 CAAATAGGCTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
66 CAAATAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
69669 ATAGATAATTGCTT---A-AGT-A-A-GAATTG--GT--TTTA-TAAATAGT-TTTATTTTTTAA
129 ATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATACTATTTGAAATAGTTCAGTAAACA-TATTCATTTTTAAA
** * *
69721 ATCTCCTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCCAAATAGGCTTG
192 AT-TTTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTT-
* * * * * * * *
69785 TATG-A-TGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAA-TAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
253 TTTGAATTG-AAAA-AATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
** ** * * * * ***
69847 GTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAACT-GATTTATTTTTTTAAATCTCCA
316 ACTCAAATAATC-ATGACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * * *
69909 ACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGA-TTTTAAGAAC
377 A-TTATTAA--TTTAAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAATTTGAATAA-ACTTGTATGAA-
* * * * * **
69973 TA-AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAA-
436 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
*** ** *** * * *
70036 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTACGTAAACTTATTTTTTAAAATTTTTTA-TTA--ATT
501 TA-TCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTATT
* * * * ** * * * **
70098 TTTTGAATGTT-AATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAATGAAAACAACTA
565 TCTTGAAT-TTCAATAAATTAGTATGATTTTATTTCAAATAA--TTGAATACA--AAAACAGTTA
* * * * * * * * *
70162 TTTTTATGAGT-TAACCAAAAGGTCAGAA-GATTTGAAAT-AGCTAATTATTCTAATAATCT-TA
625 -GTTTAT--GTCAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATGA-ATAATTATTCAAATAAT-TATA
* * ** * * *
70223 ACTATTTATA-TTGGTTTGGTAAATAC
685 ACTATTTAAACGT-GTTCAGAAAACAT
* * * * * * * *
70249 ATTTAGTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
70313 TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTTAG
65 TCAAATAAA-TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
70378 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACTATTT-AAACTGGTT-TGATAAACGTATTCAATTTTAAA
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATACTATTTGAAA-TAGTTCAG-TAAACATATTCATTTTTAAA
* * **
70441 A--TCT-CTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTT
192 ATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTT-TT
* * ** *
70503 TGAA-TGAAAATAATTGTTTTATGTTAAAAACAAAATGTCATAACAATTTGACGTAACTAA-TAC
255 TGAATTGAAAA-AATTGTTTTAT-TAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAC
* * * * ** * *
70566 TTCAAATAAACTTGACTATTTAAACTTGTTTAGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCATCTTT
318 -TCAAATAATCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTATTA
* * *
70631 TTAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
381 TTAA--TTTAAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * * * **
70695 CAATTATTTTATGACAAGACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTATCAT
442 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTATCAT
*
70760 AACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGGA
507 AACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTCTT-GA
* *** *
70825 ATTTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTTTTGTACAAAAACAGTTGGTTTAT
571 ATTTCAATAAATTAGTATGATTTTATTTCAAATAA-----TTGAATACAAAAACAGTTAGTTTAT
* * * * * * *
70890 GTCAAAATAAAATATCATAACAATTTGAAATGAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTCTTTGAAC
631 GTCAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATGAATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAAC
*
70955 GTGTTTAGAAAACAT
696 GTGTTCAGAAAACAT
** * * *
70970 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAACCAATTTA-TATTATTTTATT
1 ATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
71033 TGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAGTGTTTTGA
65 TCAAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * *
71098 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTT-TA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAAATAGTTCAGTAAACATATTCATTTTTAAA
* * * *
71162 ATTCTCTCACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
192 ATT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTT-
* * * ** **
71227 TTTGAATTGAAACAGTTGTTTTATTACAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGTTAATTA
253 TTTGAATTGAAAAAATTGTTTTATTA-AAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * * *
71292 CTGAAATAATCATGACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTA
317 CTCAAATAATCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTA
* * * * *
71357 TTAATTGTCAAAATATTCATAATTAATGTTATTTTAATTTGAATAACCTTGTAAGAACAGAAACA
381 TTAATT-T-AAAATATTAATAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
* * *
71422 ATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATA
444 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATA
*** * *
71486 A-TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTGGTTGTCTT-A
508 ACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATT-TCTTGA
* * *
71548 ATATT-AATAAATTTGTATGATTTTA-TTC-AA-AA-TGAATAGAAAAA-A-TTATTTTATGTCA
571 AT-TTCAATAAATTAGTATGATTTTATTTCAAATAATTGAATACAAAAACAGTTAGTTTATGTCA
* * *** * * * *
71606 AAACAAAAGGTTATAGTGATTTCTAAT-AGATAATTATTTAAATAATTATAATTATTTAAACTTG
635 AAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATGA-ATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACGTG
* *
71670 TTCGGTAAACAT
699 TTCAGAAAACAT
* * *
71682 A-TT-TTTTAAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTGGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
71745 CAAATCAAATTATATGAACT-GAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGA
66 CAAAT-AAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *
71809 AATAGATAAGTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATATAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAAATAGTTCAGTAAACATATTCATTTTTAAA
* * * *
71874 ACTTTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTTT
192 A-TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTTT
* ** **
71939 ATGAATAGAAAAAATTGTTTTA-TAATAGGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTT
255 -TGAATTGAAAAAATTGTTTTATTAA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAC
* * * * * * * * *
72003 TCAGATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
318 TCAAATAATCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATT-AT
* * * * * * *
72068 T--TTTGAAATATTAATAGATTAATATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATT
382 TAATTTAAAATATTAATA-ATTAATATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
*
72131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
446 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
72184 GTGGCCGTAA
Statistics
Matches: 1539, Mismatches: 314, Indels: 166
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
706 10 0.01
707 86 0.06
708 4 0.00
709 89 0.06
710 126 0.08
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712 77 0.05
713 4 0.00
714 9 0.01
715 4 0.00
716 69 0.04
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720 110 0.07
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (710 bp):
ATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATACTATTTGAAATAGTTCAGTAAACATATTCATTTTTAAAATTT
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTTTTGAATT
GAAAAAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAA
TCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTATTAATTTAAA
ATATTAATAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTATCATAACTATTTGAACTC
ACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTATTTCTTGAATTTCAATAAATTAG
TATGATTTTATTTCAAATAATTGAATACAAAAACAGTTAGTTTATGTCAAAACAAAAGATCATAA
CAATTTCAAATGAATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACGTGTTCAGAAAACAT
Found at i:72495 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 71896--72513 Score: 720
Period size: 330 Copynumber: 1.9 Consensus size: 328
71886 TTAATTGTAG
* **
71896 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGGTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTA
* * * *
71961 TAATAGGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAGATAGTCATAAATATTTGAA
66 TAACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAGATAGTCATAAATATTTGAA
* * * **
72026 CTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAAT
131 CTAGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAAT
** * * *
72091 ATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
196 ATTACTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACACTTGTATTATGACAAAACAAAAGGTCA
*
72156 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGCCGTAATTATTTGAGTTGGTTAGGTAAATAGAA
261 TAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAGTGGCCGTAATTATTTGAGTTGGTTAGGTAAATAGAA
72221 TTT
326 TTT
* * * * * *
72224 AAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTG-AAAATTTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTA
** * * * * **
72288 TGCCA-AATCAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGACAATTGTTCATATATTTTTAAATATTTGA
66 TAACAGAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAGATAGTCATAAATATTTGA
* * * * *
72352 ATTGGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGA
130 ACTAGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA
** * * * * * * *
72416 TTCGTATTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACAAAAATACTTGTATTGTGGCAAAACAAAA
191 TTAATATTACTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACACTTGTATTATGACAAAACAAAA
* * * *
72481 GTTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAA
256 GGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAA
72514 ATAACCATAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 50, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
326 8 0.03
327 78 0.33
328 46 0.20
329 1 0.00
330 102 0.43
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (328 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTA
TAACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAGATAGTCATAAATATTTGAA
CTAGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAAT
ATTACTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACACTTGTATTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAGTGGCCGTAATTATTTGAGTTGGTTAGGTAAATAGAA
TTT
Found at i:72540 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 72224--72966 Score: 642
Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 175
72214 AATAGAATTT
* * * *
72224 AAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAT-TTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA--AAAAATATTG-TTT-
* * * * * * * **** *
72288 TGCCAAATCAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGACAATTGTTCATATATTTTTAAATATTTGA
62 TGGCAAAACAAAAGTTTATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAATTATTTGA
* * * **
72352 ATTGGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTATCTTAGTTATTAATTTTCA
126 ATTGATTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
72403 AAATATTATTAGATTCGTATTATTTTATT-TCAAATAATCTTGTATGAACAAAAATACTTGTATT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAATA-TTGT-TT
* * * * * * *
72467 GTGGCAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAACCATAATTTTTTGA
62 -TGGCAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAATTATTTGA
* * *
72532 ATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC--ACTTATTAATTTTTG
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* *
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126 ATTGATTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTG
** * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAA-AAAAT-ATTGTTTT-
* *
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* * *
72890 CCTGATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAA--TTAGTTATTAATTTTTG
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* *
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Statistics
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * ** * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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255 TATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * *
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319 AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * * * * *
74551 GAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGGTTCGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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257 TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * ** *
74873 TAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTTTACAAC-TAAC
321 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
74912 AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGA-TTG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTTG
* *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *** * *
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* * *
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258 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
* * *
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* * * * * * *
75242 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATACTTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTG-TTTT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTTG
* * ** *
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* * * * *
75371 TTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACTAAAGATCATAA
129 TTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** *
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* *
75500 TTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAA
257 TTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* *** *
75561 ATAAGCATGTATGATTGGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
320 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * ** *
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1 AAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTT
* * * *
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* * * ** ** * *
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* * * *
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** ** * * *
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255 TATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAA-ATAGTCATAATTATTTGAACTGATTT
* * * * * * * * *
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* * * * * ** * ** * **
76075 T-G--TT-TTATA-ACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TGA-AGTAGT
121 TAGTATTATTTTATTC-GAAT-AAA-CTTGT-ATGAACTGAAACA-ATTGTTTTATGACA--AAA
* * * * * * * *
76133 CATAA-CT-ATTTAAACTTG-TTCAAT-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTATTAA-TTTT
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* ** ** * ** ** * ****
76192 TGGAATATTAATAAGCAAA-A-A-TTATGTTATTTCGAATAAACTTGTACGAATAAAAACACTGA
232 T-GAA-CTTGTTTGGCAAATAGATTTAT-TT-TTT-AAAT-CTCTT-T-CTTAT-TAATTTTTGA
** * * * * * * * * * * * ** * *
76254 TTTGTGATAATACAA-AAG-GTTATAATGATTTGAAAT-AGATAATTTTTCAAATAGTCATAACT
288 AATAT--TAATA-AATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCT--TGTAT-GAACAGAAACAATT
* * ****
76316 ATTTGTACTAACTGGGC
346 GTTT-TA-TGACAAAAC
* * ** * * * * * * *
76333 AATAGTTTCATTTCTTAAATTTGTTACT-GATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACT
1 AAAAG-GTCA--TAAT-GATTTG-AAATAGA-TAATTGTT-CAA-A-TAGT-CA-TA--ATTA--
* * * * * * * ** * *
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51 ---TTTGAACTGATTTG-GTA-AACAGATTTATTTT-T--TAAATC---TCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * ***
76458 T-GAA-ATAAAT-AATT-GT-TCAAATAGTTATACTAATTGAACTGGTTTAGTAA-TTAGATTTA
105 TAGAATATTAATAAATTAGTAT--TAT-TTTATTCGAA-TAAACTTGTAT-G-AACTGA-AACAA
* * * ** ** *** ** * * *
76517 TTTTTAACTCTTTTAC-TTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAAATA-ATATTATTTTATTC-CA
163 TTGTT---T-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT--TGAAATAGATA--A--TTGTTCAAA
* * * * * ** *
76578 -AG-CA-AACTTTTTTGAAAAAAATTTTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
218 TAGTCATAAC-TATTTG-----AA-CTTGTTTG--G-C---A-AATAGAT--TTA-TTTTTTAAA
* * * * * **
76640 TCAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAA-CAAAATTATTTTTTAAA
266 TC--T-CTT--TC--TTA-T--TAATT-TTTGAAATA-TT-AATAAATTAGTATTA--TTTT--A
* * * * *** ****
76704 TCTCTTACTAATTAA--TT-TTTGAA-ATATTAACAAAGTTTTTTTATTTTATTTTG
314 --T-TT-C-AAATAAGCTTGTATGAACAGA--AAC-AA-TTGTTTTATGACA-AAAC
* ** * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * ** * * * ** * *
76884 ATCTCTTAG-TTATTAAT-TTTTAGAATAATATTACATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTT
101 AT-T-TTAGAATATTAATAAATTAG--TATTATTTTATTCGAATAAACTT-GTAT---GAA-C--
* * * * * * * * *
76947 GTATGAATAGAAATTATTATTTTATGATAGAACAAAAAAGTTATAACAAGTTGAAATATATAATT
155 ---TGA--A-ACA--ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
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* * ** **
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338 -AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
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** * * * * *
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64 GGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
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126 TTATTTT-ATTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * **
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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*
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* ** * * * **
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318 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
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** * * *
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* * *
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* * * **
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126 TTATTTT-AT-TCGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGT
* ** * * * * *
78766 GATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTGTTTGGTAAATAG
187 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAG
* * * * *
78831 A--T-TTTTTTAAAGTCT-TTTACTTCTTAATTGTTT-CAATATTAAAAAATTTGTATCATTTTA
252 ATTTATTTTTTAAA-TCTCTTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * ** *
78891 TTAGAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATCATTTTATAACAAAAC
314 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
78938 AAAAGGTTATAACGATTCCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTCG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTTG
* * * * *
79002 ATAAACAGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACTTAGTATTA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
79067 TTTTATTTTGAATTAGTTTATATGAACTAAAATAATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
129 TTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *** * *
79132 CGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCAATGACTATTTGATCTAGTTCGATGAACATATTT
192 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTT
* * ** * * * *
79197 ATTTTTAAAAT-TTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAATCCGA
256 ATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** *
79261 ATAAGCTTATATGAACAGAAATTATTGTTTTATAACAAAAC
320 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * *
79302 AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTTGAACCGGTTTGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* * * *
79367 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTACT--TTTT-GAAATATTAATAGATTAGTACTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * *
79428 TTTATTCAAACAAACTTGTATCAACT-AAACGTTTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTTATAACCA
130 TTTATTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * *
79492 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTT
195 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATTT
* * * * **
79557 TTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAATATTCAAT-TTA-TTTGGTTCTAAAT
260 TTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATT-AGTATTATTTTATTTC-AAAT
* ** ** * *
79620 AATCTAATATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAGAA-
322 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA-AAC
* ** * * ** *
79659 AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAATTATTTGAACT-AGTTCG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTTG
* * * * * * * *
79723 GCAAACAAATTTATTGTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
79788 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTAATGATAGAACAAAAGGTTATAA
129 TTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * *
79852 TAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGGTTCT-GTAAACAAATT
192 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-TGGCAAATAGATT
* * * * * **
79915 TATTTTTTAAATCTCTTAT-TTATCAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAATATTATTTTCTTTTG
255 TATTTTTTAAATCTCTT-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* *
79979 AATAAGCTTGTATGATA-A-AAATAATTGTTTTATGACCAAAC
319 AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
80020 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGGCATAATTATTTAAACTGA--T--
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* * * * * *
80081 TAAACAAATTCATTTTTGAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTAC
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
80142 TTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATA
130 TTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * * * * * *
80207 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATATGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATT
194 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATT
* * * **
80272 TTTTTAA-CTTTTTCTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTAATTT-GGATA
259 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATA
* *
80334 AGCTT-TGATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC
323 AGCTTGT-ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
80371 -AAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTATTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* * * ** * *
80435 TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTTTAATATTAATAAATTTGGATT
66 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
80500 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAA
128 ATTTTATT-CGAATAAACTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * ** * * * * *
80564 ACAATTTGACATAGATAATTATTCTAACAATTTTAACTACTTGAACTGGTTTAGCAAACACATTT
191 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTT
* * * * **
80629 ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAA
256 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * **
80693 ATGAGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
320 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * * * * *
80733 TAAAGGTTTTAAGGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTGGTTCGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* * * * * * *
80798 TAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTTGTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTATTATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
80862 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGT-A-AAT
129 TTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * * * * * ** * * *
80924 GATTTCAAATAGATAATCATTCAAA-CGACCATAATTATTTTAAATAATTAGGTAAACA-AGTTT
193 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGA-TTT
* * ** * * * ***
80987 ATTTTTTAAATTTCTTAT-TTACTAATTTAGGAAAGAATAATAAATTATTATTATTTTATTTTGT
256 ATTTTTTAAATCTCTT-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * ** * *
81051 TTAAGATTGTATTAATTGAAACACTTGTTTTATGACAAATC
320 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
81092 AAAAGGTTAAAATGATTTTAAACA-AGCAATTGTT-AAACTAATTATAACTATTTAAACGTG-TT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAA-TAGTCATAATTATTTGAAC-TGATT
** * * * * ** * *
81154 CAGTAAACATATTTGTTTTTTAAACCTCTTTCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAATTTAGTAT
63 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * ** * * * *
81219 TAATTTATTCTAAATAAGCCTGTATAAACTGAAATAATTGTTTAATGACTCAATAAAATGTTAGA
127 TATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** * * *
81284 ATGATTT-AAATTAGATAATTATTCTAATAGTC-TCAACCATTTAAAC-TGATTCAGTACATAAA
191 ACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTTGGCAAATAGA
* * *
81346 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGATTT
253 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * * * * *
81411 -GAATAATCTTATAAGAACA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAG
317 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * *
81453 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTGGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* ** * ** * * * **
81518 CAATTAGATTTA-TTTTTAAATTTTCTTTGTTATTAAGTGTCAAAATATTGTTAAATTAGTATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
81582 TTTTATTTCGAATAAAATAGTATTAAC-AAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGTTTC-TA
129 TTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATA
* ** * * * * ** * *
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191 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTT
* * * * *
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256 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
81774 ACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAAC
320 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
81815 AAATA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGTTATTTGAACT-AGTTC
1 AAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTT
** * * * * * * * * *
81878 AATAAATAAAATTAGTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTCA-AATAGTAATAAATAAATGT
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* * * ** * * *
81938 TATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGCGCTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
127 TATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * * * * *
82003 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGGTTCGACAAACAGAATC
191 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTT
** ** *
82068 ATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTTCTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTG
256 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* *
82129 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
319 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * **
82171 AAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAATTGGTTCA
1 AAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTG
* * *
82236 GCAAACAAATTTATTTTTTAAAT-GC---CTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT
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* ** * * * * *
82296 ATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCAT
128 ATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * **
82359 AAC-ATTT-ATAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGAT
190 AACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGAT
*
82422 TTATTTTTTAAA----TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
254 TTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
82466 CATTTCATTT
Statistics
Matches: 6743, Mismatches: 1689, Indels: 1129
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (360 bp):
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TTATTCGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATTTT
TTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:74815 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 73115--75964 Score: 1872
Period size: 360 Copynumber: 8.0 Consensus size: 362
73105 GATTTTAAAT
** * * * * * ** *
73115 AAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTATTTG
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* * ** * *
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* * * ** **
73243 TATTTTA-T-TAGGAATAAGCTTGTAT-AATATGAAACAAATAATTTATGACTAAA-AAAAGGTT
127 TATTTTATTCTA-G-ATAAACTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTT
* ** * ** ** * * *
73304 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTGG-ATCG-ACA-A-A
189 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGA
* * * * *
73365 --CATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTT
254 TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
73428 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTAT-A-AAAAC
319 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * *
73470 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AACTGATTCGG
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*
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66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-CAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * **
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130 TTTATTCTAGATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATA
* * ** * * * *
73664 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGAAATAACTATTCGAACTTGTTTGGTAAATGGATTTATT
195 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATT
* * * ** ** * * *
73729 TTTTAAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATGAATTTATTTCAAATA
260 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
73794 AGCTTGTATGAACT-GAACAATTGCTTTATGACTAAAC
325 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * ** * *
73831 AAAATGTCAGAACAATTTGAAAAAGATAATTGTT-GTAATAGTATTAATCGTATGAACTGTTTCG
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* * *
73895 GTAATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTCAAATATTATTAAATTTA-TATTA
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* * ** * * * *
73956 TTTTAATC-CGA-ACAAGCTTGTACAAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATA
129 TTTTATTCTAGATA-AA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * * *
74018 TTGATTTGGAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAGATTT
192 ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTT
* * * * *
74083 A-TCTTTTAATTTTCTTTCTTATAAAATTTTGAAATA-TAATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
257 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTTC
* * * * *
74146 AATTAA-ATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAC
320 AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
74188 AAAAAGTTATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTC-AAATATATTTGAAATGGTTTT
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAT-TATTTGAACTGG-TTC
* * * * * *
74252 GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAACAAATTAATATT
64 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** *
74317 ATTTTATT-TCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGCTTTATGAAAAAACAAAAAATAATA
128 ATTTTATTCTAG-ATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * ** * * *
74381 ATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTAAAACTGGTTTGGTAAGTAGAATT
192 ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTT
* * *
74446 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAATTTTATTTTA-TTCTA
257 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * *
74509 AATAAACTTGTATGAGCTAAAATAGTTATTTTATGACAAAAC
321 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
74551 GAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGGTTCGA
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGG
* ** * * * * * * *
74616 CAAACGGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATGAATATTCAGAATCTTATTAAATTAGCATTAT
66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
74681 TTTATTCTAGATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATA
130 TTTATTCTAGATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATA
* * * *
74746 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATC-ATTTGAACTTGTTTGGCAAACATATTTATT
195 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATT
* ** * * *
74810 TTTTTAAATCGCTTACTTATTAATGTTTTG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTAATTTTAAAT
260 TTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** *
74874 AAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTTTACAAC-TAAC
324 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * *
74912 AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC-TAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGATT-
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAATTATTTGAACTGG-TTC
* * *
74975 GGTAAAGCATATTTATTTTTT--A----TTAC-TA--AA--TT--AGTATT-AT---CT--TA--
64 GGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * * *
75019 ATCTGA----ATA-A-GCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATAATAA
128 ATTTTATTCTAGATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * * *** *
75077 TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTAAACTGATTCAACAAATAAATTTA
193 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTA
* * * * * *
75142 -GTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTAT-GA
258 TTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA
* * *
75201 ATAA-TTCTGTATGAAC-AGAAACAATTTTTTTATGATAAAAC
322 ATAAGCT-TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * **
75242 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATACTTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTTG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGG
* * * ** * *
75307 TATATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
75372 TTTATTCT-GAATAAATTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACTAAAGATCATAAC
130 TTTATTCTAG-ATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAA-
* * ** *
75436 T-ATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGAAAATAGATTT
193 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGCAAATAGATTT
* * * * *
75499 A-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTTA-TATTATTTTA-TTCAA
257 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * *
75560 AATAAGCATGTATG-ATTGGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
321 AATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *** * * *
75602 AAAAGGTTCA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGAAATAACTATTTGAACTTGTTTG
1 AAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCG
** * ** *
75666 GTAAACTGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTCT-TTAATGTTTGGAATATTAATAAAATAGTATT
65 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTCAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * *
75730 ATTTTATT-TCGAATAAGCGTATATGAACTGATTCAATTGTTTTA--AAACTAAACAAAAGCTCA
128 ATTTTATTCTAG-ATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAA--AAACAAAAGGTTA
* * * * *
75792 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT-AGACTTGTTTGGTAAAT--A
190 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTTGGCAAATAGA
** * * * * *
75854 TTTA-TTTTAAAAATCTTTTACTTAT--TATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
254 TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * *
75916 TCCGAATAAGCTTGTACAAACAAAAATAATTGTTTTAT-AAAAAAC
317 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
75961 AAAA
1 AAAA
75965 AGTTATAATT
Statistics
Matches: 1953, Mismatches: 429, Indels: 222
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
328 7 0.00
329 66 0.03
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331 2 0.00
332 1 0.00
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338 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGG
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTAGATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATTT
TTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:82939 original size:497 final size:495
Alignment explanation
Indices: 81977--82962 Score: 1173
Period size: 496 Copynumber: 2.0 Consensus size: 495
81967 TAAAATAATT
* *
81977 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTG
1 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAATA
* **
82042 TTTGAACTGGTTCGACAAACAGAATCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTTCT
66 TTTGAACTGGTTCGACAAACAGAATCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAAGTTTTAGAATATTTAA
* ** * *
82107 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
131 AAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTCTTATGATAAAACA
* * * * * * * * *
82172 AAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAATTGGTTCAG
196 AAAGGGTTATAACAATTTCAAATAGACAATTGCTAAAACAATCACAACTATTTGAACTAGTTCAG
* *
82237 CAAACAAATTTATTTTTTAAATGCCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
261 CAAACAAATTTATTTTTTAAATGCCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * ** * * * *
82302 TTTTGAATAAGTTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACATTTA
326 TTTCGAATAAGCTTAAATGTTCAAAAACAAATGTTATATAATAGAACAAAAAGTAATAACATTTA
* * *
82367 TAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
391 TAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTACTTTTTA
* *
82432 AATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTC
456 AATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATTTC
** * *
82472 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATA
1 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAATA
* * * *
82537 TTTGAACTGGTTCGACAAAGA-AATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATT-AGTTTTGGAATA-T
66 TTTGAACTGGTTCGACAAACAGAA-TCATTTTTTAA--ATCTTAGTTATTAAGTTTTAGAATATT
* * *
82599 TAAAAGAATAGTGTTATTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-CGAAAGTAATTGTCTTATGAT
128 TAAAA-AATAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTCTTATGAT
* * ** * ** * *
82663 AGAACAAAA-GGTTATGATGATTTCAAGTTTACAATTGCTAAAACAATTATAACTATTTGAACTA
190 AAAACAAAAGGGTTATAACAATTTCAAATAGACAATTGCTAAAACAATCACAACTATTTGAACTA
* * *
82727 GTTC-GATAAACAATTTTATTTTTTAAAT-CTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATA
255 GTTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATGC-CTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAATA
* *
82790 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGTTCAAATACAAATGTTATATAAT-GAAGCAAAAGGTAA
318 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGTTCAAAAACAAATGTTATATAATAGAA-CAAAAAGTAA
* ** * * * * * * *
82854 TAATGATTTGA-AATTGATAATTGTTGACATGGCCATTATTATTTGGACT-GATTTGATAAATAA
382 TAA-CATTT-ATAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAA
82917 ATTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT
444 ATTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT
82963 AGCTTTATTT
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 69, Indels: 22
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
494 2 0.00
495 98 0.24
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497 141 0.34
498 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (495 bp):
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAATA
TTTGAACTGGTTCGACAAACAGAATCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAAGTTTTAGAATATTTAA
AAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTCTTATGATAAAACA
AAAGGGTTATAACAATTTCAAATAGACAATTGCTAAAACAATCACAACTATTTGAACTAGTTCAG
CAAACAAATTTATTTTTTAAATGCCTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTA
TTTCGAATAAGCTTAAATGTTCAAAAACAAATGTTATATAATAGAACAAAAAGTAATAACATTTA
TAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTACTTTTTA
AATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATTTC
Found at i:83154 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 82473--84866 Score: 1687
Period size: 181 Copynumber: 13.4 Consensus size: 179
82463 ATTCATTTCA
* * * *
82473 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * **
82538 TTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATT-AGTTTTGGAATATTAA
66 TTGAACTTGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * *
82602 -AAGAATAGTGTTATTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACGAAAGTAATTG
130 TAA-ATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA-CAATTG
* * * * * * * ** * ** * * * *
82654 TCTTATGATAGAACAAAAGGTTATGATGATTTCAAGTTTACAATTGCTAAAACAATTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
82719 TTGAACTAGTTCGATAAACAATTTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
66 TTGAACTTGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * ** * * *
82780 TAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATG-TTCAAATACAAATG
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAA-ACAATTG
* * ** * * * * * * * * * *
82831 TTATATAATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTGACATGGCCATTATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
82896 TTGGAC-TGATTTGATAAATAAATTTACTTTTTAAATC----ACTTATTAAATTTTGAAATATTA
66 TTGAACTTG-TTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
*** *** *
82956 ATAAATTAGCT-TTATTTTATTTTGAATACTTTTGTATGAACTGAAATAATTG
129 ATAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * **
83008 TTTTATGATAAAACAACAGGTCATAATGATTTGAAATTTATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** *
83073 TTAAACTTGCTTAGTAAATACATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAA
66 TTGAACTTG-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* *
83138 TAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTG
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTG
* * * ** *
83189 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGAAAATTGCTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** *
83254 TTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAA--TTTTAAATATTAATTTTTATAATATTAA
66 TTGAACTTGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * *
83317 TAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAT-AGAAGAATTG
130 TAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATGA-AACAATTG
* * * * * * *
83367 TTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCAGATAGTCATAACAAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
83432 TTGAACATGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTCAAAATATTAA
66 TTGAACTTG-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * *
83497 TAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAGTT-
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
* *
83547 TGTTTATTACAAAAC--AA---CATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATGACTA
1 T-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * *
83606 TTTGAACTTGTTCA--AAA-AACATTTATTTCTTAAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
65 TTTGAACTTGTT-AGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * *
83668 AATAAATTCA-TATTATTTTAATCTAAATAAGCTCGTATAAACAGAAACAATTA
128 AATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * ** ** * * *
83721 TTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATATTCATAAAGT-
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTA
* * * *
83785 TTTGAACATGTTTGGTGAACAAATTAATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCTT--AATAT
65 TTTGAACTTG-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATAT
* ** * * **
83847 TAATAAATTTGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATCA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTG
* * *
83901 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTC-TAGA-GATTTCAAATAAATAATTATT-ATAATAGTCATAAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAAC
* * * * * **
83963 TATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTGATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATAT
63 TATTTGAACTTGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
** * *** * * *
84028 TAATAACGTATTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTATATGAACTGAAATAAATT-
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA-CAATTG
* * ** * *
84082 TTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
84147 TTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
66 TTGAACTTGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * *
84211 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTG
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTG
* * * * * * * * **
84263 TTTTATAATAGAGCAAAAAGTCATAA-CAGTTTGAAATAAATACTTGCTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
84327 TTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAA--ATTT--TTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAACTT-G-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * *
84387 AATATATTAGTATTTTTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAA-CAAAAACATTG
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACA-ATTG
* * * *
84439 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
84504 TTTGAA-TAGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATC
65 TTTGAACT-TGTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * *
84568 AATAAATTCA-TTTTGTTTTATTCCAAATAAGCTAGTACGAATTGAAAAAATTG
128 AATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
* ** *
84621 TTTTATGACAAAAC--AA----A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTGTTAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
84678 TTAGAACTAGTTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTCAAAATATTA
65 TTTGAACTTGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * *
84743 TTATATTAGTATTATTTTA-TCGCGAATATGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTG
* * * * * * *
84795 TTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*
84860 TTAAACT
66 TTGAACT
84867 GGTTCGGTAA
Statistics
Matches: 1756, Mismatches: 365, Indels: 184
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 97 0.06
174 126 0.07
175 39 0.02
176 55 0.03
177 338 0.19
178 136 0.08
179 99 0.06
180 218 0.12
181 603 0.34
182 38 0.02
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTG
Found at i:83208 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 82473--90695 Score: 3834
Period size: 359 Copynumber: 23.3 Consensus size: 356
82463 ATTCATTTCA
* * *
82473 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * * * *
82538 TTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTGGAATATTAA-
66 TTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTGAAATATTAAT
* * ** * * * * *
82602 AAGAATAGTGTTATTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAC-GAAAGTAATTGTCTTATGATAGA
128 AA-ATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * ** * ** * * * * * *
82666 ACAAAAGGTTATGATGATTTCAAGTTTACAATTGCTAAAACAATTATAACTATTTGAACTAGTTC
190 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTA
* * * *
82731 GATAAACAATTTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTA
255 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
82793 TTTTATTTCGAATAAGCTTAAATG-TTCA-AATACAAATG
319 TTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA-ACAATTG
* * ** * * * * * * * *
82831 TTATATAATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTGACATGGCCATTATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * *
82896 TTGGACTGATTTGATAAATAAATTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA
66 TTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA
* *** * * *
82961 TTAGCT-TTATTTTATTTTGAATACTTTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAC
131 TTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** *
83025 AGGTCATAATGATTTGAAATTTATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTAGTAA
195 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAA
* * * *
83090 ATACATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT
259 ACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*
83155 ATTTAGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTG
323 ATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
83189 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGAAAATTGCTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * *
83254 TTGAACGTG-TTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAAT-T-TTAAATATTAATTTTTATAATATT
66 TTGAAC-TGATT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--AT-TAAATTTTGA-AATATT
** * * *
83315 AATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-T-AGAAGAATTGTTTTATAACA
125 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
83377 AAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCAGATAGTCATAACAATTTGAACATGT
188 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
* * * ** *
83442 TTAGTAAACAAATTCATTTTTT-AATTCTCTCACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGA
252 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
83506 ATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAATTGAAACAGTT-
315 ATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * *
83547 TGTTTATTACAAAAC--AA---CATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATGACTA
1 T-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * *
83606 TTTGAACT--TGTTCA-AAA-AACATTTATTTCTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTCAAAATA
65 TTTGAACTGAT-TTGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATC-TCTTA-TTA--AATTTT-GAAATA
* * * * * * *
83666 TTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCTAAATAAGCTCGTATAAACAGAAACAATTATTTTATAAC
123 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
83730 AAAACAAAAAGTTGTAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATATTCATAAAGT-TTTGAACAT
187 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT
* * * * *
83794 GTTTGGTGAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTT
251 G-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTA
* * **
83857 GTATTATTTTATTATA-AATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATCA
313 GTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * *
83901 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTC-TAGA-GATTTCAAATAAATAATTATT-ATAATAGTCATAAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAAT
* * * *
83963 TATTTAAACTTG-TTCGATAAACAAATTGATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
63 TATTTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--AA-TTTTGAAATA
** * * * * *
84027 TTAATAACGTATTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTATATGAACTGAAATAAATT-TTTTATGAC
123 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
84091 AAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG
187 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * **
84156 TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGT
252 TTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** *
84221 ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTG
315 ATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * * * *
84263 TTTTATAATAGAGCAAAAAGTCATAA-CAGTTTGAAATAAATACTTGCTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * * * * *
84327 TTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAAAT-TTTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
65 TTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATA
* * ** * * **
84391 TATTAGTATTTTTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTGTTTTATGACAAAACAA
129 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
84455 AAGTTCATAATGATTTAAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TAGGTTAGG
194 AAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTA-G
* * * * * *
84519 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTCA-TTTTG
256 TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * * *
84583 TTTTATTCCA-AATAAGCTAGTACGAATTGAAAAAATTG
319 TTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
**
84621 TTTTATGACAAAAC--AA----A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTGTTAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAATTA
* * * * *
84678 TTAGAACT-AGTTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTCAAAATATT
65 TTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TAAATTTT-GAAATATT
* * * * * *
84742 ATTATATTAGTATTATTTTA-TCGCGAATATGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGATA
125 AATAAATTAGTATTATTTTATTC-TGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
84805 GAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGT
188 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
84870 TCGGTAAAC---------------A--TCT-CTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTAT
253 T-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
84917 TATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-ATAAAAAACAATTG
317 TATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * * * *
84957 TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATAT-TTGAAATGGCCATAATTT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * *
85021 TTTGAACTGATTTGGTAAAGC-GATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT
65 TTTGAACTGATTTGATAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-ATTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
85084 AAATTGGTATCATTTTACTT-TGAATAAGCCTATATGAACTTAAACAATTGTTTTGTAACAAAAC
128 AAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * ** * *
85148 AACAGGTCATAACGATTTTCAATAGACATTTGTTCAAATAATTGTAACTATTTGAATTTGTTCGG
192 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AG
** * *** * **
85213 TAAA-ATTTTTATCTTTT---TTTACCCTTATTAATTTTTGAAATGTTAGGAAATTAGTATTATT
256 TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
85274 TTATTTTGGATAACCTTTTATAAACT-GAAACAATTG
321 TTATTTAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * *
85310 TTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * * * * *
85375 TTGAACTTGCTTAG-TAAACATATTTCTTTTTCCAAATCTTTTGCTTGTTAATTTTTTG-AATGT
66 TTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTTATTTTT-TAAATC---T-CTTATTAA-ATTTTGAAATAT
* * * * *
85438 TAATAAAATT-GGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAAGATA-TGAAAACAAATATTTTATGA
124 TAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACTG-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * **
85501 CTACAA-AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTACTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-T
186 C-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** ** * * * * *
85564 TGGTTTAACAAACGCATTTATATTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTT
250 T-G-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * * * *
85629 GTATTATTTTCAACT-GAATAA-CATTCTATG-ATCATAAATAATTA
313 GTATTATTTT-ATTTAGAATAAGC-TTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * *
85673 TTTTATGACAAAAC-AAAGAT-ATTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * *
85736 TTTAAACT-AGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-AATTTTGAAATATTAATA
65 TTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATA
* * * * *
85799 AATTAGTATTATTTTATTC-CATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCA
129 AATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * * * * *
85863 AAATGTTAAAATGATTTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTATCAGT
193 AAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGT
* * * * * * * * *
85928 AAATACATTTATTTTTTTAAA-TGTTA---A-TAA-ATTAGAAATAATTTATTCTGAATAAG-CT
257 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-A-TTA--ATAAATTAGTAT
* *** ** * * * * *
85986 TGTACGAACTA-AACAATTG-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
317 TATTTTATTTAGAATAA--GCTTGTATGA--ATA-GAAA---C-AATTG
* * * * * * * *
86033 ATTTCATATAGATAATTATTCTAATA-GTCTTAACT-ATTTGAACT-GATTA-GGTAAACAAAT-
1 -TTT--TAT-GACAA--A-AC-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGT--TCAAATA
* * * * ** * * *
86093 -T--T-ATT-TTTTAA---ATCT-CT-TACTTA-TTAATTTTTAAA-ATATTATTAAA-TT-G--
55 GTCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAA
* * ** * * *
86142 --------------GTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAAAAATTCTTTTATG
120 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
** * * * ** * * *
86192 ACAAAGGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCATGTTGTCTTAATTATTTGAAC-
185 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * ** *
86256 TGATTTAGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAATTTTTG-AATATTATTAAAT
250 TG--TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * ** * *
86320 TATTATTATTTTATTCCA-AATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATTG
311 TAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTG
* * * * * * *
86366 TTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * * * *
86431 TTAAAAATTGGTTT-AGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATAT
66 TT--GAACTGATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-A--AATTTT-GAAATAT
* * * * * * **
86495 TAATAAATTAGTATTATTCTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
124 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * * * * *
86560 AACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTT-AAATAGTTATAATTATTTGCACTGGTC
189 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-
* * * * * * * *
86624 TAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTCAATTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TT
253 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * *
86688 TTATTTTATTTCGAATATA-CTTATATGAACT-GAAACAAATA
316 TTATTTTATTTAGAATA-AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * * * * * *
86729 TTATACGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGGTTGACATTTGTTCATATAGTTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* ** * * * *
86792 TTTGAA-TTAGTTCAAAAAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAACTATT
65 TTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTGAAA-TATT
* * * * * *
86856 AGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTCTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAA
125 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
86920 AAC-AAATGTCATAACAACTTTAAATAGTCAGATCTATTCTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTGAA
189 AACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA-A-T-AGAT-AATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAA
* * * ** * *
86983 CTTGTCAAGTAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAA
248 CTTGT-TAGTAAACAAATTTATTTT-TTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *
87047 TTAGTATTATTTTATTTTA-AATAAGCTCGTATGAATTGAAATAAATT-
310 TTAGTATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTG
* * * ** * * * * *
87094 TTTTATGACTAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * *
87159 TTGAAATGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTATTTG---TACTT-
66 TTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-AA-T-TTTGAAATA-TTA
** * * * * * * *
87220 ATCAAA--AGGTCA-TA-ACTATTTTGAATATGCATGTATGACCAGAAACAATTGGTCTATGACA
126 AT-AAATTA-GT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
87281 AAAC-----G-----A--A--T--AAT---TAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
188 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
87327 TCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTA
253 TAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
87392 TTATTTTAATTT-GATTAAGCTTGCATGAAAAGAAACAATTG
316 TTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * *
87433 CTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATA-ATAATTATTCAAATTGTTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * * *
87495 TTTCAACTG-TGTT-AGTAAATAAATTTAGTTTTCAAATCTCTTATT-AATTTTCAATTATTAAT
65 TTTGAACTGAT-TTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
** * * * ** * *
87557 AGGTCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
128 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
87622 GAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTC-AATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGAT
193 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-T
** * * * *
87686 AAGTAGATTTATTTTTTAAATTTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATT-T
257 AAACAAATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
87749 TTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTG
320 TTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * * * * * *
87786 CTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGACATAAATAATTGATCAAACACTTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * * * * *
87851 TTGAACTTA-CTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTG
66 TTGAACTGATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAATTTTGAAATATTA
* * * * * * ** * * * *
87915 ATAAA--A-TA--ATATTA--ATAAAT-TG-TTTTATG-A-TGAAATAAAAG-ATCATAACAATT
126 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA-A
** ** * * * * *
87968 TGAAATA-G--ATAATTATTT---A-A-ATAATTA-T-GACTATTTA-AACT-TGTT---C-AGT
190 ACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGT
* ** * *** * * * ** * *
88017 AAACATATTTA----TTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATAT
253 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *
88078 TATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
317 TATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * * * *
88118 TTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAAAAAAT-ATAAGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * *
88182 TTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTAAATGA-T
65 TTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTT-GAAAT-ATT
* * * * * *
88245 AATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGCAGGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACA
125 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACA
* *** * *** * * *
88308 AAACAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAACGGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTTT
188 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * ** * * *
88373 TAATAAAACAAATTTAGTTTTTGAATCCCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAA
253 TAGT-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
88438 TTATCTTATTTTA-AATAAG-TTCATATGAACAGAAACAATTA
316 TTATTTTA-TTTAGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
88479 TTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * ** *** * *
88544 TT-ATATTGGTCAGGCCAACAAATTTATTTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAAAATATT
66 TTGA-ACTGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-C--T-CTTATTAAATTTTGAAATATT
* * * ** ** * * *
88608 AATATATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TACATTAA-TAGAAATAGTTGTTTTATGACA
125 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
88671 AAACAAATGGTCATAAAGATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAAT
188 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--T
* * * * *
88736 -TTGGTAAATAAATTTATATTTTAAATATTTTA---A-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT
251 GTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
88796 ATTATTTTATTCTA-AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
315 ATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * * *
88838 TTTTACGACAAAACAAAAGGACATAA-CACTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * ** * * *
88902 TTTAAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTA
65 TTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTGA-AATATTA
* * * * * * * * *
88967 TTAGATTGGTATTA-TTTATT-TCAAATAAGCTTGCATGAACAT-AAATAATTCTTTAATAACAA
126 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ** * * * * * * *
89029 AACAAAATGTTATAATAACTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATTATTATTTAAACTGGTT
189 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * ** * * *
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254 AG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* * * *
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317 TATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTC-AAATAGTCATAATT
* ** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * ** * * * * * **
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* * * * * * * *
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130 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* ** * *
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66 TTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTT-GAAATATTA
* * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* ** *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * *
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66 TTGAACTGAT-TTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--T-AAATTTTGAAATATT
* * * * * * * **
90372 AATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTAAATTGATACAATTGTTTTATGATGAA
125 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
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190 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * * *
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254 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** *** * * *
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* * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* * * *
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TTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAAC
AAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
Found at i:83314 original size:15 final size:14
Alignment explanation
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*
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Statistics
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TTAATTTTTAAATA
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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*** * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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*** * **
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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128 AATAAAGTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAA-AAATTGGTTTATGACA
* * * * *
84092 AAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATC-TAG
191 AAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGAAAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-G
* **
84156 TT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTA
255 TTCAGA-AAACATATTTATTTTTT-AAA-TTTTAAATATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA
** * * * *
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317 -TATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAGA--ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG
* * * * *
84283 TCATAACAG-TTTGAAATAAATACTTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAA
379 CCATAA-AGTTTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAT-GTTTAGTAAA
* * * ** * * *
84346 TAGATTTATTTTTCAAAATT-T-T-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTTTTTTA
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84407 TTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAACA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATT
505 TTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAACAGTTTG-TTTATGACAAAAC--AA---CATAATGATT
*
84470 TAAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TAGGTT-AGGTAAACAA-AATTAT
564 T-AAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCA---AAA-AACAATTAT
* ** * * *
84532 TTTTTAAATC-TCTTACATATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTCATTTTGTTTTATTCCAAAT
622 TTCTTAAATCAT-TTACATATTAATTTTCAAAATATCAATAAATTCATATTATTTTAATCCAAAT
* ** * * *
84596 AAGCTAGTACGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TG-ATTTGAAATAGATAATT
686 AAGCTAGTACAAACAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTGAATTTGAAATAAATAATT
* * * *
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751 ATTCAA-ATAGTCATAAAGTT-TT-GAACAT-GTTTGACAAAAAAATTAATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
84720 AGTTGTTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATCGCGAATATGCTTGTATGAATA
812 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCACAAATAAGCTTGTATGAATA
* **
84785 AAAACAATTG
877 AAAAAAATCA
* * * *
84795 TTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGATAAAACAAAAGGTTCTAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*
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66 TTAAACTTGTTC-GTAAACA
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Statistics
Matches: 811, Mismatches: 129, Indels: 77
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (886 bp):
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TTAAACTTGTTCGTAAACAAATTGATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT
AAAGTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACA
AAAGATAATAACAATTTGAAATAGAAAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGA
AAACATATTTATTTTTTAAATTTTAAATATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTT
AATCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAGAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAAAGTTTT
GAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGAACATGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTA
AATTCTCTCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAACAAGCTTAT
ATGAACAAAAACAGTTTGTTTATGACAAAACAACATAATGATTTAAAATAGATAATTTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAATTATTTCTTAAATCATTTACATATTAATTTTCA
AAATATCAATAAATTCATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTACAAACAGAAAAAATTATTTTA
TAACAAAACAAAAAGTGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGTTTTGAACATGT
TTGACAAAAAAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATCACAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATCA
Found at i:84844 original size:713 final size:701
Alignment explanation
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Period size: 713 Copynumber: 11.6 Consensus size: 701
82487 AAAAGGTCAT
* * * * *
82497 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGACAAAGAAATT
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* * * * ** *
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65 TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-CTTAGTATTA-TTTTATTCC
* * ** * * * * * * *
82625 AAATAAACTTGTATGAACGAAAGTAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATGATGATTTCAAG
128 AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* ** * * * * *
82690 TTTACAATTGCTAAAACAATTATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAATTTTATTTTTTAAA-
192 TATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAA-TTTATTTTTTAAAT
* ** * * *
82754 -TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATG
256 TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG
* * * * * * *
82817 -TTCA-AATACAAATGTTATATAATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTG
321 AAT-AGAA-AC-ATTGTTTTATAATG-AGCAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * ** *
82880 ACATGGCCATTATTATTTGGACTGATTTGATAAATAAATTTACTTTTT-AAATCACTTATTAAAT
382 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAAAT-TTTTATTAATT
* * *** *
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445 TTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAACATT
* * * **
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507 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
83072 TTTAAACTTGCTTA-GTAAATACATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTT
572 TTTGAA-TAGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * *
83136 AATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAA
634 AATAAATTA-TATTATTTTATTTA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAA
83201 ACAAAAGGTCA
697 AC--AA----A
* * * * * *
83212 TAATGATTTGGAATAGAAAATTGCTCAA-ATAGTCATAATTATTTGAACGTGTTCAGA-AAATAT
1 -AATGATTTGAAATAGATAATTG-TTAATATAGTCATAATTATTAGAAC-TGTTC-GACAAAAAA
* * *
83275 ATTTATTTTTTAAAT-T-TTAAATATTAATTTTTATAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
62 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** * *
83337 CAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAGAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAA
126 CCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * * *
83402 ATAAATAATTGTTCAGATAGTCATAACAATTTGAAC-ATGTTT-AGTAAACAAATTCATTTTTT-
191 ATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGA-TAAAC-AATTTATTTTTTA
* * * *
83464 AATTCTCTCACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
253 AATT-T-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* *
83529 ATATGAATTGAAACAGTT-TGTTTAT--T-A-CAAAACA-ACATAATGATTTGAAATAGATAATT
316 ATATGAATAGAAACA-TTGT-TTTATAATGAGCAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* *
83588 -TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-G-TTCA-AAA-AACATTTATTTCTTAAATCATTTAC
378 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAA-ATTTATTT-TTAAA--ATTT--
** * * * *
83648 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCTAAATAAGCTCGTATAAACAG
436 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * ** *
83712 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTT-GTAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAT
500 AAAC-ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * *
83776 TCATAAAGT-TTTGAACATGTTTGGTGAAC-AAATTAATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGT
563 TCAT-AACTATTTGAATAGGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATT-T
* * **
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* * * * *
83918 AGGTTCTAGAGATTTCAAATAAATAATTATT-ATAATAGTCATAATTATTTA-AACTTGTTCGAT
1 A------A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTAAT-ATAGTCATAATTA-TTAGAAC-TGTTCGAC
* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * ** * * * * * **
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** * *** * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* *** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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372 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TT
* ** * *
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436 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAA
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* *** *
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* * * * * * * *
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627 GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTT
*
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86029 AATGATTTCATATAGATAATTATT-CTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAAT
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* * * * * *
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** * * ** * *
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* * * ** * * * ** *
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255 TTT-TTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-
* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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436 TT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
** * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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*** * * * * * * *
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125 TCCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TT
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** * ** * *
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306 GAATAAGCTTATATGAATAG-AA-ACATTGTTTTAT-AATGAGCAAAAAG-TCATAATGATTTGA
* * * * * * * * * *
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367 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAA
* ** * * *
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* * * * *
87250 ATGTATGACCAGAAACAATTGGTCTATGACAAAAC----G------A--A--T--AAT---TAAT
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87296 TGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-GGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
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87360 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTTGATTAAGCTTGCATGAAAAGA
615 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTATATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
87425 AACAATTGCTTTATGACAAAATAAAGATCA
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87455 TAATGATTT-AAGATA-ATAATTATTCAA-ATTGTTATAACTATTTCAACTGTGT-TAGTAAATA
1 -AATGATTTGAA-ATAGATAATTGTT-AATATAGTCATAATTATTAGAACTGT-TCGA-CAAAAA
* * * * ** * *
87516 AATTTAGTTTTCAAATCTC----TTATTAATTTTCA-ATTATTAATAGGTCAATATTATTTTATT
61 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT
*** ** * * * * * *
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* * * * * * **
87641 AATAGACAATTGTTC-AATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAGTAGATTTATTTTTTAA
190 AATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
87705 ATTTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTTTGAATAAACTTGT
254 ATTT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT
* * * * ** * *
87769 GTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACA-AAAC-AAAAGATCATAACCATTTGACATAAATAATTG
318 ATGAATAGAAAC-ATTGTTTTAT-A-ATGAGCAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** ** * * * ** *
87832 ATCAAACACTTATAACTATTTGAACTTACTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCAT-TTAC
379 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAAATTTTTATTAA
* * * * * *
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** * * ** * * * * *
87936 GTTTTATGATGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATTATGACTA
507 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
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572 TTTGAA-TAGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATT-TTTGAATAT
* * * *
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1 A----AT---GATTTGAAATAGATAAT-TGTT-AATATAGTCATAATTATTAGAAC-TGTTCGAC
* * * * * *
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88260 TTTTAATT-GAAATAAGCTTGCAGGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGG
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88324 TGATTTGAAATAGGTAACGGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTTTTTAATAAAACAAATTT
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* * ** * *** * * **
88388 AGTTTTTGAATCCCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAAA
245 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * ** * *
88453 TAAG-TTCATATGAACAGAAACAATTATTTTGTGACA-AAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAAT
309 TAAGCTT-ATATGAATAGAAAC-ATTGTTTTAT-A-ATGAGCAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* ** *** *
88516 AGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATATTGGTCAGGCCAACAAATTTATTTTTTTAAA
370 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGGTTTGATAAATAAATTTA--TTTTTAAA
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88580 TCCATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TAC
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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88856 GGACATAACACTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTCT-TTA-AATTGGTTCAACA
1 --A-AT--GA-TTTGAAATAGATAATTGTTAATATAGTCATAA-T-TATTAGAACT-GTTCGACA
* * * * * * *
88919 AACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGA-TTGGTATTA-T
57 AAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATA-ACTTAGTATTATT
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88982 TTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACATAAATAATTCTTTAATAACAAAACAAAATGTTATAATAA
121 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
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89047 CTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATTATTATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATAATCTC
185 TTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAATTTATTTT
* * * * *
89112 CT-ATTTATTTATTTATT--TTTT--AAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGAATAGG
250 TTAAATT-TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * *
89171 CTTTTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC-AAAAGTTCAAAATGTTTTG-AATAAG
313 CTTATATGAAT-AGAAAC-ATTGTTTTAT-A-ATGAGCAAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT-AG
* * * * ** * *
89232 ATATTTGTTCGAACT-GCCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACT-GATATATGTTTT-AAAT
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*** * * * * ** * *
89294 CTCTGGCTTCCAAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATACGCTTTTAT
434 -T-T---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
89359 G---AAACA-ATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATGAA-AATTTTAAATAGATAATTATTCA
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* * * * ** * * * *
89419 AATAGTCAAAAGTATTTAAACT-TGTTTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTCTTTGCTTATT
558 AATAGTCATAACTATTTGAA-TAGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTT-AAA-TCTTTACTTATT
** * *
89483 AATTTTTTGAATGCTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAACA
620 AA-TTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-A
* *
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680 AATTGTTTTATGACAAAACAAA
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89556 AATGATTTGAAATAGATAATTATT-CTAACAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAATACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAT-ATAGTCATAATTATTAGAACT-GTTCGACAAAAAAAT
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89620 TTATTTTTTAAACCTCTT-A-TA--AATTTTTAGAATATTATTGGTTTAGCAATATTTTACTCTA
64 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * *
89681 AATATGTTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-ATCAT-ACTGATTT-AAG
129 AATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-GATTTGAA-
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89808 --TCT-CTTATTAATTTTCAAGATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTGT
255 TTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAT
* * * * * * *
89870 GAATAGAAACACTTGTTTTATGACA-AAAC-AAAAGATCATACTAATTTGAAATAAATAACTATT
320 GAATAGAAACA-TTGTTTTAT-A-ATGAGCAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** * *
89933 TAAATAGTCATAATTGTTTGAACTTGCTAAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTAT
381 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAA---ATT-TTTAT
* * * * * * *
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* * * ** * *
90061 AATTGGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
504 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * * *
90126 ACTATTTGAACATGTTCA-GAAAACGGATTTATTGTTTAAATTTTTACTTGTTAATCTTTGGAAT
568 ACTATTTGAATAGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAAT-TTTTGAAT
* *
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631 ATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC
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694 AAAAC--AA----A
* * ** * * * * *
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1 -AATGATTTGAAATAGATAATTGTTAATATAGTCATAATTATTAGAAC-TGTTCGA-CAAAAAAA
* * * * * * *
90331 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTT-GAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTT
63 TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTC
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90395 TGAATAAGCTTATGTAAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
127 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
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90460 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAA
191 ATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAA
* * * * **
90525 TCTTTTACTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTGA-TCCGAATAAG-GGA
255 T-TTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTA
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90587 GTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATA-ACTAA
317 -TATGAATAGAAA-CATTGTTTTAT-A-ATGAGCAAAAAGTCATAATG-ATTTGAAATAGA-TAA
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90649 TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
376 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
90676 ATTATTTGGT
Statistics
Matches: 5683, Mismatches: 1265, Indels: 1025
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
666 13 0.00
668 3 0.00
670 1 0.00
671 3 0.00
676 6 0.00
677 2 0.00
678 3 0.00
679 1 0.00
680 2 0.00
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730 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (701 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTGTTAATATAGTCATAATTATTAGAACTGTTCGACAAAAAAATTT
ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTCCAAA
TAAGCTTGTATGAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATA
CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATTTTTA
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAG
AAACATTGTTTTATAATGAGCAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAAATTTTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGGTTAG
GTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTATATTATTT
TATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
Done.