Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 596061
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Warning! 5000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 7
Found at i:85308 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 85060--85379 Score: 410
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 176
85050 TTTTAAATCA
* * * *
85060 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTGGTATCATTTTACTTTGAATAAGCCTATATGAACTT
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAAGAAATTAGTATCATTTTACTTTGAATAAGCCTATATAAACTG
* * * * *
85125 AAACAATTGTTTTGTAACAAAACAACAGGTCATAACGATTTTCAATAGACATTTGTTCAAATAAT
66 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAAT
**
85190 TGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAATTTTTATCTTTTTTTACC
131 CATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAATTTTTATCTTTTTTTACC
* * * * * *
85236 CTTATTAA-TTTTTGAAATGTTAGGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAA-CCTTTTATAAAC
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAAGAAATTAGTATCATTTTACTTTGAATAAGCC-TATATAAAC
** * *
85299 TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATA
*
85364 GTCATAACTATTTGAA
129 ATCATAACTATTTGAA
85380 CTTGCTTAGT
Statistics
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175 8 0.07
176 112 0.93
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Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTTTTTGAATATTAAGAAATTAGTATCATTTTACTTTGAATAAGCCTATATAAACTG
AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAAT
CATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAATTTTTATCTTTTTTTACC
Found at i:85773 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 84882--85920 Score: 607
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84872 GGTAAACATC
** * * * * * *
84882 TCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAACTTGTATGATA
1 TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATACT-GAATAAGCTTATAAGATA
* * * * * * *
84946 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATAT-TTGAAAT
65 TAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAAT
* * * * * *
85010 GGCCATAATTTTTTGAACT-GATTTGGTAAAGC-GATTCATTTTTTAAATC--
128 AGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * *
85059 ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTGGTATCATTTTACT-TTGAATAAGCCTATATGA-A
1 TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TACTGAATAAGCTTATAAGATA
* * * * * ** * *
85122 CTTAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAACAGGTCATAACGATTTTCAATAGACATTTGTTCAAAT
65 -TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * ** ** **
85187 AATTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAA-ATTTTTATCTTTTTTTA-C--
128 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTT
* * * ** * ** * *
85235 CCTTATTAATTTTTGAAATGTTAGGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATAA-A-
1 TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATACTGAATAAGC--TTATAAGAT
* * * * * *
85298 CTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
64 ATAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
85363 AGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACATATTTCTTTTTCCAAATCTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATC-TT
* * * * * *
85416 TGCTTGTTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATTGGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAAGATA
1 T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATACTGAATAAGCTTATAAGATA
* * ** ** *
85481 TGAAAACAAATATTTTATGACTACAAA-AAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTACTCTAA
65 T-AAAACAATTATTTTATGAC-A-AAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * ** *
85545 TAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAAC-GCATTTATATTTTAAATCTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
85597 TACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTCA-ACTGAATAA-CATTCTATGA
1 T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATACTGAATAAGC-TTATAAGA
* * * *
85660 TCAT-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGAT-ATTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAA
63 T-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *
85723 ATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * **
85774 TCTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CATCTAAGCTTGTATTA-A
1 TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATACTGA-ATAAGCTTATAAGATA
* * * * * * *
85836 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAATGTTAAAATGATTTTTAAATAGAGAATTGTTCAAA
65 -TAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
85901 TAATAATAATTATTTGAACT
127 TAGTCATAACTATTTGAACT
85921 TATCAGTAAA
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 157, Indels: 76
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 3 0.00
175 59 0.09
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179 66 0.10
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184 1 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATACTGAATAAGCTTATAAGATAT
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
Found at i:86087 original size:157 final size:157
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Indices: 85822--86105 Score: 367
Period size: 156 Copynumber: 1.8 Consensus size: 157
85812 TTATTCCATC
** * * *
85822 TAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAATGTTAAAATGATTTTTAAATA
1 TAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAATGATTTTCAAATA
* * * * *
85887 GAGAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTATCAGTAAATACATTTATTTTTTTAAATGT
66 GAGAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATGT
85952 TAATAAATTAGAAATAATTTATTCTGAA
130 TAATAAATTAGAAATAATTTATTCTGAA
*
85980 TAAGCTTGTACGAACT-AAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCAAAATGA-TTTCATAT
1 TAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCAAAAGGTCAAAATGATTTTCAAAT
* * * ** *
86042 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
65 AGAGAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
86106 CTCTTACTTA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 17, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 47 0.44
157 43 0.40
158 17 0.16
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Consensus pattern (157 bp):
TAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAATGATTTTCAAATA
GAGAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTT
AATAAATTAGAAATAATTTATTCTGAA
Found at i:86420 original size:16 final size:17
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86378 ATAAAAGGTT
86388 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
86405 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
86421 TCAAAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:86512 original size:183 final size:178
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85931 TACATTTATT
* * * * ** * * *
85941 TTTTTAAATGTTAATAAATTAGAAATAATTTATTCTGAATAAGCTTGTACGAACTAAACAATTGT
1 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACAAAACAATTGT
* * * *
86006 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCATATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTAT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCTTAACTAT
* *
86070 TTGAACT-GATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
130 TTGAACTGGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * * * * * *
86120 TTTTTAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAAT-CAGAATAAGCTTGTACAAACAAAAAAATT
1 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAACTAGTACGAACAAAACAATT
* ** * * * ** * *
86184 CTTTTATGACAAAGGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCATGTTGTCTTAATTA
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTA
* ** * * *
86249 TTTGAACTGATTTAGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAA
129 TTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATT-AA
* * * * *
86301 TTTTTGAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATTG
1 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACAAAA-CAATTG
* * * **
86366 TTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTAT
* * * *
86431 TTAAAAATTGGTTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAA
130 TT--GAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-ATTAA
* *** * **
86483 TTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTTGAACAAACTTA-TATTAACAAAAACAAT
1 TTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTACGAAC-AAAACAAT
** * * * *
86547 TGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGGTAATT-GTTAAATAGT-TATAAT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAAC
* * * * * * * *
86610 TATTTGCACTGGTCTAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTCAATTATAAA
127 TATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TATTATTAA
* * * * * *
86663 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCGAATATACTTA-TATGAACTGAAACAA
1 TTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTACGAAC-AAAACAA
* * * * * * * * * * * * *
86726 ATATTATACGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGGTTGACATTTGTTCATATAGT-TATA
62 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TA
* * * ** *
86788 ACTATTTGAATTAGTTCAAAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
125 ACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * * *** ** ** * **
86843 TTTTCAAACTATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTCTTATGAATTGAAACAATT
1 TTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAA-CAAAACAATT
* * **
86908 GTTTTATGATAAAAC-AAATGTCATAACAACTTT-AAATAG-TCAGATCTATTCTTCAAATAGTC
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGAT-A-AT-TA-T-TT-AAATAGTC
* * ** * **
86970 -CAATCTATTTGAACTTGTCAAGTAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCATGCTTATTAA
122 TTAA-CTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTC-TTATTATTAA
* * ** * * * *
87029 TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTCGTATGAATTGAAATA-AAT
1 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAA--CAAA-ACAAT
* * * ** *
87093 T-TTTTATGACTAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAAC
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCTTAAC
* * * *
87156 TATTTGAAATGG-TTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAA
127 TATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * * * ** * *
87208 TTATTT--GTACTT-ATCAAA--AGGTCATAACTATT-TT--GAATATGC-ATGTATGACCAGAA
1 TT-TTTAAATA-TTAAT-AAATTA-GT-ATTA-TTTTATTCCAAATAAACTA-GTACGAACA-AA
* * * * *
87264 ACAATTGGTCTATGACAAAACGAATAA--T--TAATTG-TTT-AAATAGTCTTAACTATTTGAAC
58 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA-AAGGTCATAA-TGATTTGAAATAG--ATAATTATTT-AAA
* ** * * * * *
87323 TGGTTCGACAAACACATTT--A-T--TTT-TTAAATC---TCTTACTTATT-AAT-T-TT-TGA-
117 TAG-TC--TTAAC-TATTTGAACTGGTTTAGTAAA-CAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTATTAT
87374 -AA
176 TAA
* * * * ** **
87376 TATTATTAAAT-TT-GT--ATTA-TTTTAATTTGATT--AAGCT-TGC-A-TGA--AAAGAAACA
1 T-TT-TTAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCAA-ATAAACTAGT-ACGAACAAAACA
* * * * *
87429 ATTGCTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATA-ATAATTATTCAAATTGT-TAT
61 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTTAAATAGTCT-T
* * * * *
87490 AACTATTTCAACT-GTGTTAGTAAATAAATTTAGTTTTCAAATCTC---TTATTAA
124 AACTATTTGAACTGGT-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA
* * ** * * *** ** * * *
87542 TTTTCAATTATTAATAGGTCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTG
1 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAATTG
* ** * * * * * *
87607 TTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATT-GTTCAATAGACATGACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTAT
* * ** * * *
87671 TTGAACTTG-TTCGATAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTCCTACCTATTAA
130 TTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* *** * ** *
87721 TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATT
1 TTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAATT
* * ** * * * * *
87785 GCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGACATAAATAATTGA-TCAAACACT-TATAAC
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTTAAATAGTCT-TAAC
*** *
87848 TATTTGAACTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAA
127 TATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTA-TTATTAA
* * * * * * * ** * * * * *
87901 TTTTTGGAATGTTGATAAAATAATATTAATAAATTGTTTTATGATGAAA-TA-AAAGATCATAAC
1 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT-AT--TTTATTCCA-AAT-AAACTAGTACGAACAAAAC
* * * *
87964 AA-----TT-TG-----A-AATA-G--ATAATTATTT-AAATA-ATTATGACTATTTAAACTTGT
60 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TA--ATTATTTAAA-TAG-
* ** * * * * ** *
88012 TCAGTAAACATATTT--A-T--TTT--TAAA-ATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
120 TC--TTAAC-TATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA
* * ** * * * *
88067 ----T--A-A--ACT--A--A-TATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
1 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAA-CAAAACAATTG
* * ** * * * * * *
88118 TTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAAAAAAT-ATAAGTTCAAATAGTCATAACTA
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCTTAACTA
** * *
88182 TTTGAACTTATTT-GATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
129 TTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * * * * * * *
88232 TTTTCTAAATGA-TAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGCAGGAATAGAAAAAA
1 TTTT-TAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAA
* * ** * *** * *
88295 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAACGGTTCAAATAGTCATAAC
62 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAAC
* ** * * * * *
88360 TATTT-AAATTTTTTAATAAAACAAATTTAGTTTTTGAATCCCTTATTTATTAA
127 TATTTGAACTGGTTTAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * * ** ** *
88413 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAAATAAGTTCA-TATGAACAGAAACAAT
1 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT-AGTACGAACA-AAACAAT
* * * * * * * *
88477 TATTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACT
* * ** *
88542 ATTT-ATATTGG-TCAGGCCAACAAATTTATTTTTTTAAATC-CATTACTTATTAA
128 ATTTGA-ACTGGTTTA-GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TTA-TTATTAA
* * * * ** * * *
88595 TTTTTAAAATATTAATATATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTA-CATTAATAGAAATAGT
1 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ACTAGTACGAACA-AAACAAT
* * * * * *
88659 TGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAAGATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGT-TATAAC
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAAC
* ** * * * * * *
88723 TAATTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTATATTTTAAA--TATT-TTAATAA
127 TATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA
* * * * *
88772 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTA-TATGAACAAAAACATT
1 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTACGAAC-AAAACAAT
* * * * * *
88836 TGTTTTACGACAAAACAAAAGGACATAA-CACTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAAC
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAAC
* * * * ** * *
88900 TCTTTAAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAA
127 TATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * * * * * * * * *
88953 TTTTCATAATATTATTAGATTGGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACATAAATAATT
1 TTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAATT
* * * * * * * * * * *
89017 CTTTAATAACAAAACAAAATGTTATAATAACTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATT-ATT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC-TTAACT
* * * * * ** ** * *
89081 ATTTAAACTGG-TTCGATAAACA-AATAATCTCCTATTTAT-TTA-T-TTAT
128 ATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA
*** ** ** *
89128 TTTTTAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATGATGA-AAAACAAT
1 TTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGA--ACAAAACAAT
* * * * * * * * *
89191 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGTTTTG-AATAAGATATTTGTTCGAACT-GCCATAA
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATT-TAAATAGTCTTAA
** * * * ** ***
89254 CTATTTGAACTAATTT-GATAAACTGATATATGTTTTAAATCTCTGGCTTCCAAA
126 CTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TATTATTAA
* * * **** ** ** *
89308 TTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATACGCTTTTATG----AAACAATTG
1 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACAAAACAATTG
* * * * ** *
89369 TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATGAA-AATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTA
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTA
* * * * *
89433 TTTAAACTTGTTTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTTGCTTATTAA
129 TTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTC-TT-ATTATTAA
* ** * * * *
89485 TTTTTTGAATGCTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-ATGTATG-----AAC----
1 -TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTA-GTACGAACAAAACAATT
* * *
89540 ------TG---AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AACAGTCTTAACT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCTTAACT
* ** * * * *
89595 ATTTGAATTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAACCTCTTA-TA--AA
128 ATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA
* *** * * * * *** * * *
89643 TTTTTAGAATATTATTGGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATATGTTTGTATGAATAGAAACAATT
1 TTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAATT
* * * * * * * *
89708 TTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATACTGATTT-AAGATAAATAGTTATTCAAATAATCATAACT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACT
* * * *
89771 ATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC---TTATTAA
128 ATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA
* * *** ** * ** * *
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1 TTTTTAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAATT
* * * * * * * *
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64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTA
* * * *
89949 TTTGAACTTGCTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
129 TTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
** * ** * ** * *
90000 TTTTGGGAATTTTAATAAATTAG-AGTTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
1 TTTT-TAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAAT
* * ** * * *
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* * * * * *
90129 ATTTGAACAT-GTTCAGAAAACGGATTTATTGTTTAAAT-TTTTACTTGTTAA
128 ATTTGAAC-TGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
** * ** * * * *
90180 TCTTTGGAATATTGATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
1 T-TTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTACGAACA-AAACAAT
* * * *
90244 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATT-GTTCAA-AGTTTTAACT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACT
* * * * * *
90307 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATCAA
128 ATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * *** * ** *
90359 TTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTA--AATTGATACAA
1 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TA-GTACGAA-CAAAACAA
** * *
90422 TTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATTA
62 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAA
* * * *
90486 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
126 CTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAA
* * * * *** * *
90540 TTCTTGAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTGA-TCCGAATAAGGGAGTATGAACAAAAATAAT
1 TT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTAGTACGAAC-AAAACAAT
* * * * *
90604 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAATCATAA
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126 CTATTTGAA
90676 ATTATTTGGT
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TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATT
TGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA
Found at i:86676 original size:363 final size:360
Alignment explanation
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85981 AAGCTTGTAC
* * * *
85991 GAACTAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCATATAGATAATTATTCTA
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** * * *
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* * * * * *
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131 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTAATCAGAACAAACTTATACAAACAAAAAAATTCT
** ** * ** *
86186 TTTATGACAAAGGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCATGTTGTCTTAATTATT
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* * * * * * * *** *
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* * * *
86351 GAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-T
1 GAACAAAA-CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCT
* * *
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65 -AATAGTCAAAACTATTT--AAACT-GATTAGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCTCTTACTT-
* ** **
86478 ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAA
125 ATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTAATCAGAACAAACTTATACAAACAAAA
* **
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189 A-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCT
* *
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253 -TAATTATTTGAACTGATCTAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTCAATTATTAAATTTTTG
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317 -AATATTAATAAATTTATTTTATTTTATT
86698 TCGAATATAC
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (360 bp):
GAACAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTA
ATAGTCAAAACTATTTAAACTGATTAGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTAATCAGAACAAACTTATACAAACAAAAAAATTCT
TTTATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATT
TGAACTGATCTAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTCAATTATTAAATTTTTGAATATTAAT
AAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAAATAGTAT
Found at i:87448 original size:158 final size:156
Alignment explanation
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Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
87134 TAATTATTCT
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1 AATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAT
* * * ** *
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131 TATGAC-AAAC-AATAATTAATTGTTTA
*
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1 AATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAA
* ** ** * *
87367 TT-TTTGAAATA-TTATTAAATTTGT-ATTATTTTAATTTGATTAAGCTTGCATGAAAAGAAACA
65 TTATTTG---TACTTATCAAA-AGGTCA-TA-ACTAATTTGAATAAGCATGCATGAAAAGAAACA
*
87429 ATTGCTTTATGACAAA
124 ATTGCTCTATGACAAA
87445 ATAAAGATCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (156 bp):
AATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAT
TATTTGTACTTATCAAAAGGTCATAACTAATTTGAATAAGCATGCATGAAAAGAAACAATTGCTC
TATGACAAACAATAATTAATTGTTTA
Found at i:87781 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 87286--87928 Score: 570
Period size: 179 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
87276 TGACAAAACG
* * * * * *
87286 AATAATTAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAA
1 AATAA-TAATTG-TTCAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * ** * * *
87351 ATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTTGATTAAGCTTG
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* **
87415 CATGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTT-A
127 CATGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGA
* * ** * * * * * *
87465 AGATAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTCAACTGTGTTAG-TAAATAAATTTAGTTTTCA
1 A-ATAATAATTGTTC-AATAGACATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * **
87529 AA--TCT-CTTATTAATTTTCA-ATTATTAATAGGTCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGC
63 AATTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGC
* * *
87590 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTGA
128 ATGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACA-AAGATCATAACAATTTGA
* * **
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1 AATA-ATAATTGTTCAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* **
87706 TTTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTTTGAATAAACTTGTG
65 TTT-CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCA
* *
87770 TGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGA
129 TGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGA
* * * **
87820 CATAAATAATTGATCAA-ACACTTATAACTATTTGAACTTACTC-AGTAAACAGATTTATTTTTT
1 AAT-AATAATTGTTCAATAGAC--ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT
* * * *
87883 AAATCATT-TACTTATTAATTTTTGGAATGTTGATAAAATAATATTA
62 AAAT--TTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA
87929 ATAAATTGTT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 71, Indels: 40
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Matches are distributed among these distances:
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175 62 0.17
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AATAATAATTGTTCAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
TTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATG
AAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGA
Found at i:88070 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 87781--88079 Score: 359
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
87771 GAATAGAAAC
* * *
87781 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGACATAAATAATTGATCAAACACTTATA
1 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATCAAACAATTATA
* * * ***
87846 ACTATTTGAACTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGGAAT
66 ACTATTTAAACTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCATTTACTTATTAATTGTCAAAAT
* *
87911 GTTGATAAAATAATATTAATA
131 ATTAATAAAATAATATTAATA
* ** * * * *
87932 AATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTTAAATAATTAT
1 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGA-TCAAACAATTAT
* ** *
87996 GACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATC-TTCTACTTATTAATTGTCAAA
65 AACTATTTAAACTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCATT-TACTTATTAATTGTCAAA
*
88060 ATATTAATAAACTAATATTA
129 ATATTAATAAAATAATATTA
88080 TTTTAATCTG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 23, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
150 3 0.02
151 120 0.98
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (151 bp):
AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATCAAACAATTATA
ACTATTTAAACTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCATTTACTTATTAATTGTCAAAAT
ATTAATAAAATAATATTAATA
Found at i:88215 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 87602--88235 Score: 796
Period size: 331 Copynumber: 1.9 Consensus size: 330
87592 GAACAGAAAC
* * *
87602 AATTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAATAGACATGA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTAAATAGACATGA
* ** * * * *
87667 CTATTTGAACTTGTTCGATAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
66 CTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCCTACCTATTAATTGTCAAAATA
* * * * * *
87732 TTAATAAATTAATATTTTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAA
131 TTAATAAACTAATATTTTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATAACAA
* * * * * *
87797 AACAAAAGATCATAACCATTTGACATAAATAATTGATCAAACACTTATAACTATTTGAACTTACT
196 AACAAAAGATCATAACAATTTAAAAAAAATAATAGATCAAACACTCATAACTATTTGAACTTACT
87862 CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTGATAAAATAATAT
261 CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTGATAAAATAATAT
87927 TAATA
326 TAATA
** * * * *
87932 AATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA-ATTAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATT-GTTAAATAGA-CAT
* *
87996 GACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTT-CTACTTATTAATTGTCAA
64 GACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TTCCTACCTATTAATTGTCAA
* *
88059 AATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
127 AATATTAATAAACTAATATT-TTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTAT
* * *
88124 AACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTAAAAAAAAT-ATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
191 AACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTAAAAAAAATAAT-AGATCAAACACTCATAACTATTTGA
** * *
88187 ACTTA-TTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
254 ACTTACTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTT
88236 CTAAATGATA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 39, Indels: 15
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 46 0.18
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333 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (330 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTAAATAGACATGA
CTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATTTCCTACCTATTAATTGTCAAAATA
TTAATAAACTAATATTTTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATAACAA
AACAAAAGATCATAACAATTTAAAAAAAATAATAGATCAAACACTCATAACTATTTGAACTTACT
CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTGATAAAATAATAT
TAATA
Found at i:88685 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 87932--89092 Score: 716
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 179
87922 AATATTAATA
* ** * * ** * * * * *
87932 AATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATTATG
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
87997 ACTATTTAAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTAAAAT-CTTCTACTTATTAATTGTCAAA
66 ACTATTTAAA-TTGGTCAGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCAT-TA-TTATTAATTTTTAAA
* * * ** ** * *
88060 ATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC
128 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTACATGAACAGAAAC
* * * ** * * * *
88113 AATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAAAAAAT-ATAAGTTCAAATAGTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCAT
* * ** ** * * **
88177 AACTATTTGAACTT-ATTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCT-A
65 AACTATTT-AAATTGGTCAGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTA-TTATTAATTTT-TAA
* * * * * *
88239 AATGA-TAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGCAGGAATAGAAAA
127 AAT-ATTAATAAATTAGTATTA-TTT-ATTCCAAATAAGCTTACATGAACAGAAAC
* ** * **
88293 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAACGGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * *** * * * **
88358 ACTATTTAAATTTTTTAATAAAACAAATTTAGTTTTTGAATCCCTTATTTATTAATTTTTGGAAT
66 ACTATTTAAATTGGTCAGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTA-TTATTAATTTTTAAAAT
* ** *
88423 ATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAAATAAG-TTCATATGAACAGAAAC
130 ATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTCCAAATAAGCTT-ACATGAACAGAAAC
* * * *
88474 AATTATTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
88539 ACTATTTATATTGGTCAGGCCAACAAATTTATTTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAAAA
66 ACTATTTAAATTGGTCAGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCCATTA-TTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
88604 TATTAATATATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TACATTAATAGAAAT
129 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAG-CTTACATGAACAGAAAC
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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*
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*
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*
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*
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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*
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*
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*
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* * * *
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*
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AAAAT
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*
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* **
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*
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* * *
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*
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*
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**
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*
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* *
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*
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**
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*
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* * *
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*
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* * *
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* *
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* *
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*
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* * *
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1 AT-AAATAAAAAAA
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* *
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*
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*
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*
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* *
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*
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106414 TGGACTTACC
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Indices: 112184--112358 Score: 217
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** *
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*
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* * * * * ** *
112280 CCTTCAGTAATTTCCCTTTAAAACATTTTGGGATTATTAAAGCCGTCTGT-TACTAACAAATGCC
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*
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* * *
112254 AATGCCTTTAATAATTTCAACAAACACCTTCAGTAATTTCCCTTTAAAACATTTTGGGATTATTA
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* * * * * *
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* * * ** * *
112400 AATGCGTTCAATAATTTTAATAAATGCCTTTAGCAATTTCCCTCTAAAATATTTTGGGATTATTA
1 AATGCCTTTAATAATTTTAACAAACACCTTCAGCAATTTCCCTCTAAAACATTTTGGGATTATTA
* *
112465 AAGGCATCT-TCTACTGACAAATGCCTTCAATAATTCCTCTTAAATTGTCTACATAAATATTGAA
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*
112529 AGCGTTTATTGATAATA
130 AGCATTTATTGATAATA
*
112546 AATGCCTTTAGTAATTTT
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112564 CCTCTAAAAA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 22, Indels: 2
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GCATTTATTGATAATA
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* * * * *
112421 AAATGCCTTTAGCAATTTCCCTCTAAAATATTTTGGGATTATTAAAGGCATCTTCTACTGACAAA
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* * * * * * *
112486 TGCCTTCAATAATTCCTCTTAAATTGTCTACATAAATATTGAAAGCGTTTATTGATAAT
65 AGCCTTCAATAATACCTCATAAATAGTCTACATAAATATTGAAAGCGTATATTCATAAA
112545 AAATGCCTTTAGTAATTTTCCTCTAAAAAATTTTGAGATTATTAAAAGCATCTTCTACTAACAAA
1 AAATGCCTTTAGTAA-TTTCCTCTAAAAAATTTTGAGATTATTAAAAGCATCTTCTACTAACAAA
* * * *
112610 AGCCTTCAAT-ATACAGCTACATAAA-AGT-TAACATGATTATTGAAGGTGTATATTCA-AGAA
65 AGCCTTCAATAATAC--CT-CATAAATAGTCT-ACATAAATATTGAAAGCGTATATTCATA-AA
*
112670 AAATGCCTTTAATAATTTCCT
1 AAATGCCTTTAGTAATTTCCT
112691 TTTAAATTTT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 17, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
123 3 0.02
124 73 0.59
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126 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (123 bp):
AAATGCCTTTAGTAATTTCCTCTAAAAAATTTTGAGATTATTAAAAGCATCTTCTACTAACAAAA
GCCTTCAATAATACCTCATAAATAGTCTACATAAATATTGAAAGCGTATATTCATAAA
Found at i:113725 original size:80 final size:79
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Period size: 78 Copynumber: 3.1 Consensus size: 79
113475 TTAAATATTG
* * ** * * *
113485 TGGTTTACTGAACCTTGTTGTCAGAGTGTTGTTTTGATGAATGGTATAATATGATATTGAAGGGC
1 TGGTTTGCTAAACCTTGTTGTTTGA-TATTGTTTTGATGAATGGTATTATATGATATTG-GGGGC
113550 TGAATCGTATGCTGAA
64 TGAATCGTATGCTGAA
* * * *
113566 TGGTTTGCTAAACCTTGTTTTTTGATATTG--TTGCTGAATGGTATTATACGATATCGGGGGGCT
1 TGGTTTGCTAAACCTTGTTGTTTGATATTGTTTTGATGAATGGTATTATATGATAT-TGGGGGCT
*
113629 GAATCATATGCTGAA
65 GAATCGTATGCTGAA
* *
113644 TGGTTTGCTAAACCTTGTTGTTTGATATTGTTTTGTTGAATGGTTTTATATGATATTGGGGGACT
1 TGGTTTGCTAAACCTTGTTGTTTGATATTGTTTTGATGAATGGTATTATATGATATTGGGGG-CT
*
113709 GAATTGTATGCTGAA
65 GAATCGTATGCTGAA
113724 TGGTTTGCT
1 TGGTTTGCT
113733 GAATGGTGTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 19, Indels: 9
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
78 69 0.48
79 6 0.04
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81 20 0.14
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Consensus pattern (79 bp):
TGGTTTGCTAAACCTTGTTGTTTGATATTGTTTTGATGAATGGTATTATATGATATTGGGGGCTG
AATCGTATGCTGAA
Found at i:113752 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 113719--113773 Score: 74
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
113709 GAATTGTATG
* * *
113719 CTGAATGGTTTGCTGAATGGTGTTT
1 CTGAGTGGTTTGCTGAAGGGTGTGT
*
113744 CTGAGTGGTTTGTTGAAGGGTGTGT
1 CTGAGTGGTTTGCTGAAGGGTGTGT
113769 CTGAG
1 CTGAG
113774 CACATTACTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 26 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.38, T:0.40
Consensus pattern (25 bp):
CTGAGTGGTTTGCTGAAGGGTGTGT
Found at i:119199 original size:181 final size:180
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Indices: 118889--119291 Score: 467
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
118879 CATATAGCCT
* * * * * * *
118889 TAACTATTTAAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATA
1 TAACTATTTAAACTAGTTC-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTCATA
* * * *** * * * *
118954 ATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATG
65 ATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGCATGAACAAAAATAATTATTTTATG
* * *
119019 ACAAAAACAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATATATAATTGTACAAACAATCA
130 AC-AAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTACAAACAACCA
*
119070 TAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTATTGA-
1 TAACTATTTAAACTAGTTC-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATT-TTCAT
*
119134 AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGCATGATA-AAAAATAATTATTTTA
64 AATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGCATGA-ACAAAAATAATTATTTTA
* ***
119198 TGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA
128 TGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTACAAACAACCA
*
119251 TAA-TATTTGAACTA-TTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAATC
1 TAACTATTTAAACTAGTTCG-TAAACATATTTATTTTTTAAATC
119292 TCCAACTCTT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 28, Indels: 11
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 11 0.06
179 15 0.08
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAACTATTTAAACTAGTTCGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTCATAA
TATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGCATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTACAAACAACCA
Found at i:119665 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 119320--121306 Score: 1160
Period size: 181 Copynumber: 10.9 Consensus size: 181
119310 TTTAGAAAAT
** * * *
119320 AGATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAAATTAA-ATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAA-TAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * * ***
119383 TTCAAAACAAGCTTGAATGAAC-A-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTT
64 TTTAAAATAAGATTGTATGAACTAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
** * * *
119446 TTGTGATAGTTAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * * *
119500 AGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTT-
* * * * * *
119564 ATTT-AAATAAGATTTTACGAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAATAAATGGTTATAATAAT
63 ATTTAAAATAAGATTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
* * * * *
119627 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCATTAAGC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * *
119681 ATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * * * *
119745 TTCGAATAA-ACTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAAGTCATAACAATT
65 TTAAAATAAGA-TTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT
* * ** * * *
119808 TGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGATCGGTGAAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* *
119861 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * *
119925 TTTGAAAAAAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-ATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAG
64 TTT-AAAATAAGATTGTATGAACTAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * *
119988 TTTCAAATAGATAATTTTTCAAAGAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAAG
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* *
120043 AGATTCA-TTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * ** * * * * *
120106 TTTCGAATAAGCTTACATAAACTA-AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAACGATT
64 TTTAAAATAAGATTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT
* * * *
120170 TGAAATATATAATTTTTCAAATAGTCATGATTATTTGAA-TTAGTTTAGTAAAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTCAGTAAAC
** ** * ** * * *
120223 -GTATTTATTTTAAAAAAAATTTTTGTTATTAATTGTTGATATATTAGTAAATTAGTATTATTTT
1 AG-ATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * * * * * * **
120287 AATTGGAATAAGCTTGTTTGAAC-AAAAACAGTCATTTTA-GAACAAAACAGAAAAGTCATAATG
63 ATTTAAAATAAGATTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATG-ACAAAACA-AAAGGTTATAACA
* * * * * * *
120350 ATTTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACTACTTGAACTAGTT-TG-ATAA-
126 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTA-AAC
* * *** * * *
120404 ATATATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * * * * * **
120465 TTTGAACAA-ACTTATGTGAAC-AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
65 TTAAAATAAGA-TTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT
* * * *
120528 TGAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCA-GTAAAC
* * * ** * * *
120581 AAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCATTTTACTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** ** * * * * * **
120646 TCCAAATAA-ACTAATATGGATTCAGAAA-AACTTATTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATG
65 TTAAAATAAGA-TTGTATGAACT-AGAAACAA-TTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * * * * * *
120709 ATTTGAAATAAATATTTATTCATATAGTCATAAATATTTAAAATGGTTCAGCAAAC
126 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * *
120765 -GAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATT-ATGAGATTAGTATTATTTT
1 AG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT-AAATTAATATTATTTT
* * * * * * * * * *
120828 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-A-AAAGTAATAAATTTATAATAAAACAAAAGTTTATAGCCA
63 ATTTAAAATAAGATTGTATGAACTAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* ** * * * *** ** *
120891 TTTGAAGTTTACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTTGGTAAAT
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * * *
120946 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGACAGATTAATAAATCAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** ** * * * * * *
121011 TCCAAATAAGCA-TAAATG--TTAAAAAAAATTATTATATGACCTAACAAAAGATAATAATGATA
65 TTAAAATAAG-ATTGTATGAACTAGAAACAATTATT-T-T-A--TGAC-AAA-ACAA-AA-GGT-
** * * * ** * * *** *
121073 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATAACCATAACTCTTTGAACTCACTCAATAAAC
119 T-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * *
121137 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * *
121202 TCT-GAATAAGCCTT-TATTAA-TAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
65 T-TAAAATAAG-ATTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-AA
* * * *
121264 TTTGAAAGAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
121307 ATTTTGGCAA
Statistics
Matches: 1404, Mismatches: 323, Indels: 158
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 51 0.04
176 70 0.05
177 17 0.01
178 1 0.00
179 15 0.01
180 262 0.19
181 422 0.30
182 217 0.15
183 63 0.04
184 137 0.10
185 7 0.00
186 6 0.00
187 6 0.00
188 2 0.00
189 3 0.00
190 2 0.00
191 110 0.08
192 13 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
TAAAATAAGATTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
Found at i:120208 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 119322--121306 Score: 1375
Period size: 362 Copynumber: 5.5 Consensus size: 359
119312 TAGAAAATAG
** * * *
119322 ATTTATTTTAAAAATT-TTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAAATTAA-ATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAATATTATTTTATT
* * * *
119384 TCAAAACAAGCTTGA-ATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGTTT
65 TC-GAATAAGCTT-ATATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATT
** * **
119447 TGTGATAGT-TAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCT-TTT
126 TGAAATA-TATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT-TATTT
* * * * * *
119510 TTTAATTCTCTTGCTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAA
189 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAAAAA
* * * * * * ** * * *
119574 GATTTTACGAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAATAAATGGTTATAATAATTTGAAATAGAT
251 GCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * *
119638 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCA-TTAAGCAT
315 AATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAG-AT
* *
119683 ATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * *
119747 CGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAATAAAA-AGTCATAACAATTTGA
66 CGAATAAGCTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGA
* * ** * *
119811 AACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGATCGGTGAACAGATTTATTTTTTAA
129 AATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
119876 ATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAAAAAGCTT
194 ATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AAAAAAGCTT
** * * * *
119940 GTATGAATAGAAAATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-A-GCAGTTTCAAATAGATAAT
255 GTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG-A-TTTGAAATAAATAAT
* * * *
120003 TTTTCAAAGAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAAGAG
318 TTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAGAT
* * *
120045 ATTCA-TTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAT-TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * **
120108 TCGAATAAGCTTACATAAACTAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAACGATTTGA
65 TCGAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * ** *
120173 AATATATAATTTTTCAAATAGTCATGATTATTTGAA-TTAGTTTAGTAAAC-GTATTTATTTTAA
129 AATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAG-ATTTATTTT-T
* ** ** * * * * *
120236 AAAAAATTTTTGTTATTAATTGTTGATATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATTGGAATAAGCT
191 TAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAAGCT
* * * *
120301 TGTTTGAACA-AAAACAGTCATTTTA-GAACAAAACAGAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATA
254 TGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATG-ACAAAACA-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATA
** * * * * *
120364 ATTGCTAAAATAGTCATAACTACTTGAACTAGTT-TG-ATAA-AT
316 ATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA-AAGAT
* * ** * * *
120406 ATATATTTTTTAAA-TC--T-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * *
120467 TGAACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 CGAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
120532 ATAGATAACTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAA
130 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** **
120597 TCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTACTTTATTCCAAATAAA-CTAA
195 TCTTTTACTTATTAATTTT--TAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAAA-AAAGCTTG
* * *
120660 TATGGATTCAGAAAAACTTATTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT-AT
256 TAT-GAAT-AGAAAAAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * *
120724 TTATTCATATAGTCATAAATATTTAAAATGGTTCAGCAAACGA-
318 TT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAA-GAT
* * *
120767 ATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATT-ATGAGATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATTCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTAT
* * * *** * * * * * *
120830 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGTAATAAATTTATAATAAAACAAAAGTTTATAGCCATTTG
64 TTCGAATAAGCTTATATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * * *** * *
120895 AAGTTTACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
128 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * ** * * *
120960 AATCTTTTACCTATTAATTTTTGACAGATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATA
193 AATCTTTTACTTATTAATTTTT-A-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAAGCTTG
* * * * * *
121025 AATG-TTAAAAAAAATTATTATATGACCTAACAAAAGATAATAATGATATAATAATGATTTGAAA
256 TATGAATAGAAAAAATTATT-T-T-A--TGACAAAACA-AA-AA-G---TCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * * *** * *
121089 TAGATAATTATTGACATAACCATAACTCTTTGAACTCACTCAATAAACAT
310 TAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAGAT
*
121139 ATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATTC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * *
121202 TCTGAATAAGCCTT-TATTAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
65 TC-GAATAAG-CTTATATGAACA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGA-T
* * * * *
121265 TTGAAAGAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT
125 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
121307 ATTTTGGCAA
Statistics
Matches: 1271, Mismatches: 271, Indels: 152
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 2 0.00
357 42 0.03
358 144 0.11
359 53 0.04
360 36 0.03
361 217 0.17
362 291 0.23
363 100 0.08
364 15 0.01
365 174 0.14
366 9 0.01
367 2 0.00
368 2 0.00
369 1 0.00
371 4 0.00
372 131 0.10
373 48 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
ATTTATTTTTTAAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
TATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAAGCTTGTATGA
ATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAA
TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAGAT
Found at i:120487 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 120248--120722 Score: 469
Period size: 176 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
120238 AAAATTTTTG
** * * * * * * * *
120248 TTATTAATTGTTGATATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATTGGAATAAGCTTGTTTGAACAAA
1 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATGTGAACAAA
* * * * *
120313 AACAGTCATTTTAGAACAAAACAGAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGT
66 AACACTTATTTTAGAACAAAACA-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTACTAAAATAAT
* * *
120378 CATAACTACTTGAACTAGTTTGATAAA-TATA-TATTTTTTAAATCTC-
130 CATAACTACTTGAACTAGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCA
* * *
120424 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACAAA
1 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATGTGAACAAA
* * * * * *
120489 AACATTTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAAT
66 AACACTTATTTTA-GAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTACTAAAATAAT
* * * *
120553 CATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAA
130 CATAACTACTTGAACTAGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTC---A
* * * * *
120605 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTACTTTATTCCAAATAAACTAATATG-GATT
1 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTACTTTATTTCGAATAAACT--TATGTGA-A
*
120668 CAGAAAA-ACTTATTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATA
62 CA-AAAACACTTA-TTTTAGAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATA
120723 TTTATTCATA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 42, Indels: 20
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 56 0.23
176 73 0.30
177 16 0.07
181 44 0.18
182 3 0.01
183 9 0.04
184 42 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATGTGAACAAA
AACACTTATTTTAGAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTACTAAAATAATC
ATAACTACTTGAACTAGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCA
Found at i:123432 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 122965--123475 Score: 466
Period size: 177 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
122955 TTTTTTGATA
* * * * *
122965 AACAAATTCAGTTTTT-AAATCCCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATA
1 AACAAATTCATTTTTTAAAAT-CCATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-AATTATT
* * * * *
123029 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAAATTGTTTTTGTGACAAAATAAAGGGTCATAAT
64 TTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-AAAAAAAAATTG-TTTTATGACAAAACAAAGGCTCATAAA
* * *
123094 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGTATTGGTCAAGCC
127 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTAATTGAATTGGTCAAGCC
* * * *
123148 AACATATTCATTTTTTAAAATCCATTACTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAGCATTACT
1 AACAAATTCATTTTTTAAAATCCA-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-AATTATT
* * * * * *
123213 TTATTTTGAATAAAAC-TGCATCAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGCT-ATAAA
64 TTATTCTGAAT-AAACTTGTATGAAAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGCTCATAAA
* * ** * ** **
123276 G-TTATGAAATAAATAATTGTTTAAATTATTATAACTAATTGAATTGGTTTTA-TT
127 GATT-TGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTAATTGAATTGG-TCAAGCC
* *
123330 AACAAATTTATTTTTT-AAAT-C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATTTTATTT
1 AACAAATTCATTTTTTAAAATCCATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA-ATTATTT
* * * * * *
123391 TATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-ACATAATGA
65 TATTCTGAATAAACTTGTATGAAAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGCTCATAAAGA
* *
123455 TTTGAAGTAGATAATTATTCA
129 TTTGAAATAAATAATTATTCA
123476 TATAGCCTTA
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 52, Indels: 28
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.02
177 92 0.35
178 6 0.02
180 1 0.00
181 6 0.02
182 69 0.26
183 30 0.11
184 54 0.20
185 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AACAAATTCATTTTTTAAAATCCATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAATTATTTT
ATTCTGAATAAACTTGTATGAAAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGCTCATAAAGATT
TGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTAATTGAATTGGTCAAGCC
Found at i:124183 original size:713 final size:710
Alignment explanation
Indices: 123352--124925 Score: 1613
Period size: 713 Copynumber: 2.2 Consensus size: 710
123342 TTTTAAATCT
* * * * *
123352 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * *
123416 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTC-ATATA
64 GAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGACAGAATGATTTAAAGTAGATAATTATTCTA-ATA
* ** *
123480 GCCTTAACTTTTTGAACTGGTTTAACAAACGA-ATTTATTTTTCAATTCTCTTAGC-TATTAATT
128 GCCTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAA-GACATTTATTTTTCAAGCCTCTTA-CTTATAAATT
* * * * *** * * *
123543 TTCATG-ATATTATTAGATTGGTATTA-TTTATTTTGAATAAGTTTGCATAAACATAAATAATTC
191 TTCA-GAATATTATTAGATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTACATAAACAGAAACAATTC
* ** ** * *
123606 TTTTATGACAAAACAAAGGTTTTAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
255 TTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAACTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATT
* **
123671 TGAACTGGTTCAGTAAACAGA-TAATCTCTT-AA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
319 TGAACTAGTTCAGTAAACAGATTAAT-TCTTAAACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
123733 TGTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGT-
383 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TA
* * ** *
123796 TCA-AAGCGATTTGAAA-AAGATAATTGCTTAAATGGCCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAA
446 TCATAA-CGATTTGAAATAA-ATAATTACTTAAATAGCCATAACTATTTGAACACACTT-AATAA
* *
123858 ACTGATATATGTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTT-AAAGTTTTAATAAAGTAATATTATTT
508 AC--AAATATGTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAA-TTTTAATAAAGTAATATTATTT
**** * *
123922 TATTTTGGATACA-CTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAA
570 TATTCCAAATA-AGCTTTTATGAATA-GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAA
* ** ** * *
123985 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAAAAGTATTTGAACGTGTTTGGCAAATATATTTAT
633 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT-AAAACCATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTAT
* *
124049 TTTTTAAAATTCTTTG
697 TGTTT-AAATT-TTTA
* * * * *
124065 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTATATTTCAAATAAGCATGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * ** * * *
124130 AAACAATTATTTTATCACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAATTCGATAATTATTCTAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGACAGAATGATTTAAAGTAGATAATTATTCTAATAGC
* * * * *
124195 CTTAACTATTTGAACTTGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAGCCTCTTACTTATAAATTTTTA
130 CTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAAGACATTTATTTTTCAAGCCTCTTACTTATAAATTTTCA
* * * ** * *
124260 GAATATTATTGGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTATATGGATAGAAACAATTGTTTTA
195 GAATATTATTAGATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTACATAAACAGAAACAATTCTTTTA
* * *
124325 TGACAAAACAAAGATCATACCAATTTGACATAAATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
260 TGACAAAACAAAGATCATAACAACTTGAAATAAATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
124390 AGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTAT
325 AGTTCAGTAAACAGA-TTAATTCTTAAA---CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
** **
124455 TATTTTATTCTGAATAATTTTGTAAGAATAAAAACGCTTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATA
386 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATA
* * * *
124520 ATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTGTTTGAACACACTTAATAAACAAATAT
451 ACGATTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGCCATAACTATTTGAACACACTTAATAAACAAATAT
* ** * *
124585 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
516 GTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATA
* * * *
124650 AGCTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGAT
581 AGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGAT
* *
124715 AATTGTTCAAATAGCTATAACCATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTGTTTAAATTTTTA
646 AATTATTCAAATAGCTAAAACCATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTGTTTAAATTTTTA
* * * * **
124780 CTTGTTAATCTTTGGAATTTTGGTAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-
** * * * * * *
124844 GAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGACAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGACAGAATGATTT-AAAGTAGATAATTATTCTAATA
* *
124908 GTCATAACTATTTGAACT
128 GCCTTAACTATTTGAACT
124926 TCTTCAGTAA
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 131, Indels: 50
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
712 4 0.01
713 206 0.29
714 68 0.10
715 124 0.18
716 11 0.02
717 155 0.22
718 6 0.01
719 122 0.17
720 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (710 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGACAGAATGATTTAAAGTAGATAATTATTCTAATAGCC
TTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAAGACATTTATTTTTCAAGCCTCTTACTTATAAATTTTCAG
AATATTATTAGATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTACATAAACAGAAACAATTCTTTTAT
GACAAAACAAAGATCATAACAACTTGAAATAAATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
GTTCAGTAAACAGATTAATTCTTAAACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCTGAATAAGCTTGTAAGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGAT
TTGAAATAAATAATTACTTAAATAGCCATAACTATTTGAACACACTTAATAAACAAATATGTTTT
AAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
TTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGCTAAAACCATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTGTTTAAATTTTTA
Found at i:124642 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 122645--124926 Score: 1492
Period size: 179 Copynumber: 12.7 Consensus size: 180
122635 TTAACTATCA
* * * * * *
122645 AAATATTAATAAACTAATAATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAAACAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
122710 ATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAAAAAAT-ATATGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
122774 AACTT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-
129 AACTTGTTTCAATAAACAAATAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTG
* * * * * * *
122826 AAAT-TAAAATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGCAGGAATAGAAA-AATTATTT
1 AAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* ** * * **
122888 TAT-ATCAAAACAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAGTTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
64 TATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * *
122952 -AAATT-TTTTGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCCCTTATTTATTAATTTTTG
128 GAACTTGTTTCAATAAACAAA-T-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
123005 AAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTG-TTT
* * * * *
123070 TGTGACAAAATAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * *
123135 TA-TTG-GTCAAGCCAACATATTCATTTTTTAAAATC-CATTACTTATTAATTTTTA
129 AACTTGTTTCAA-TAAACA-AAT-ATTTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
123189 AAATACTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAAAC-TGCATCAATAAAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
123253 ATGACAAAACAAATGG-CTATAAAG-TTATGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-TTATAACTAAT
65 ATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATT
* * *
123315 TGAA-TTGGTTT-TATTAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTA
127 TGAACTT-GTTTCAATAAACAAA--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
123366 AAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
123431 TGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTTTTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
123496 CTGGTTT-AACAAACGAATTTATTTTTCAATTCTCTTAGC-TATTAATTTTCATG
131 CTTGTTTCAATAAAC-AA-ATATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTT--TG
* * * * * * * * * * *
123549 --ATATTATTAGATTGGTATTA-TTTATTTTGAATAAGTTTGCATAAACATAAATAATTCTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
** * * * *
123611 TGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
123675 C-TGGTTCAGTAAAC--AGA-----T-AATCTCTTAATTATTAATTTTTG
131 CTTGTTTCAATAAACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
123716 AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
123780 ATGATAAAACAAAAGTTCA-AAGCGATTTGAAAAAGATAATTGCTT-AAATGGCCATAACTATTT
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** *
123843 GAAC-TGATTCGATAAACTGATATATGTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTT-
128 GAACTTGTTTCAATAAAC--AAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
123896 AAAGTTTTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATACA-CTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTT
1 AAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTT
* ** * * *
123959 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** *
124024 GAACGTGTTTGGCAA-ATATATTTATTTTTTAAAAT-TCTTTGCTTATTAATTTTTTG
128 GAACTTGTTT--CAATAAACAAATATTTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * * * *
124080 -AATGTTAATAAAATAGTATTATTATATT-TCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
124142 TATCACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT-AAATTCGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** ** *
124206 GAACTTGTTTGACAA-ATACATTTATTTTTTAAGCCTCTTACTTATAAATTTTT-
128 GAACTTGTTT--CAATAAACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* *** * * * ** * * * *
124259 AGAATATTATTGGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTATATGGATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* *** * *
124324 ATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGACATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * **
124387 ACTAG-TTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
130 ACTTGTTTCAATAAACA-A-ATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * **
124435 AAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTAAGAATAAAAACGCTTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
** * * *
124500 TGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTGTTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
****
124565 CACACTT-AATAAACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
131 CTTGTTTCAATAAACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * *
124614 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* ** * * *
124679 TGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAG-CTATAACCATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGA
* * * * * * *
124743 ACGTG-TTCAGA-AAATAGATTTATTGTTTAAAT-TTTTACTTGTTAATCTTTG
130 ACTTGTTTCA-ATAAACA-A-ATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * *
124794 GAATTTTGGTAAATTTA-TATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* * * *
124857 TATGGCAAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
124922 AACTT
129 AACTT
124927 CTTCAGTAAA
Statistics
Matches: 1634, Mismatches: 363, Indels: 209
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
169 35 0.02
170 42 0.03
171 49 0.03
172 2 0.00
175 80 0.05
176 36 0.02
177 159 0.10
178 36 0.02
179 327 0.20
180 219 0.13
181 282 0.17
182 263 0.16
183 38 0.02
184 61 0.04
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTTCAATAAACAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:125013 original size:160 final size:158
Alignment explanation
Indices: 124803--125108 Score: 371
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
124793 GGAATTTTGG
* * *
124803 TAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAAC
1 TAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
124868 AATAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCTTCAG
66 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTCTTCAG
124933 TAAACATATTCATTTTTTTTGAAATAGTAA
131 TAAACATA-T-ATTTTTTTTGAAATAGTAA
** * * * **
124963 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATGTGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAA
1 TAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * **
125027 CAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGTTTG
65 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTCTTCA
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TAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTCTTCAG
TAAACATATATTTTTTTTGAAATAGTAA
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Alignment explanation
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Period size: 178 Copynumber: 3.5 Consensus size: 178
125289 TATGAATAGT
* * ** * * *
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1 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
125364 ATAATTATTT-AAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTTAG
66 ATAATTATTTGAAA-TGGTTTAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** *
125425 AATATTAATAAATTAGGATTA-TGTTATTCTGAATAAGTTTGTACGAACAAA
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* * * * ** *
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1 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
125541 ATATTTGTTTGCATTGG-TTAGGCCAACAGATATATTTTCTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTA
66 ATAATTATTTGAAATGGTTTA-GCAAACAGATTTATTTT-TAAATTC-TTACTTATTAATTTTTA
* * **
125605 GAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTT-GATTAAGAC--TATGAA-AGG
128 GAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTTTTTTCGAATAA-ACTTTATGAACAAA
* * * * * *
125654 AAGAATTGTTTTATGATAAAACAAATGG-ACATAACAATTTGAAATAAATAATCGTTCATATAGT
1 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
125718 TATAACTAATTGAACTGGTTTGGCAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
65 CATAATTATTTGAAATGGTTTAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTA
** *
125782 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTCGAACAAACTTATATGAACAAA
128 G-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTTTTTCGAATAAACTT-TATGAACAAA
* * *
125835 AAAAATTTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAG
1 AAAAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
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Statistics
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ATAATTATTTGAAATGGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
TATTAATAAATTAGCATTATTTTTTTTCGAATAAACTTTATGAACAAA
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126373 TCTCCAACTC
* * * * * *
126383 TTTGAAC-ATGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTCACTAATTAATTTTTGGAATATT
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* * * * *
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* ** ** **
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126 AAAACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * * *
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* * * * * *
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63 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * * **** *
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* * * * *
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1 TTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATT
* * *
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64 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAA
* *
126864 -A-AAAAAGG-CATAA-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAATGA
128 AACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* *
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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1 TTTGAAC-TAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * *
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** * * * * *
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129 ACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * *
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1 TTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATT
* * * *
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* * *** *
127402 GAACAAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCGAAAATAGTCATAACTA
128 -AACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * * * *
127456 TTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTCTTTTTAAAATC---T-CTTATTGATTTTCAAAATATT
1 TTTGAACTAGTTCAG-TAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * *
127516 AATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACGAA-CTTATATGAAC-AAAACCATTTGTTTTATGACA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTATTTTATGACA
* * *
127579 AAA-TAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATT
127 AAACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATT
127614 ATTTGAACTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
AAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
Found at i:128053 original size:179 final size:178
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127811 ACAAACAAAT
* ** * *
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* * * * * *
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** * * *
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** **
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1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
* ** * * ** * * *
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66 AGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTT-TATGACAAAACAAAATTTTATAACGATTTGAAATA-AT
* * *
128130 AATTATTAACATGGCCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAACAGATTTA
129 AATTATTAACATAGCCATAACTATGTGAACTAGCTCAATAAACAGATTTA
* * *
128180 TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAA
1 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTTGAA
* * * *
128245 TAAGCCTT-TATTAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAGCAAAATTTTTTAACGATTTGAAATA
64 TAAG-CTTGTATGAACAAAAACAA-TAGTTTATGACAAAACAAAATTTTATAACGATTTGAAATA
128309 GATAATT
127 -ATAATT
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Statistics
Matches: 255, Mismatches: 51, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
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TTATTAACATAGCCATAACTATGTGAACTAGCTCAATAAACAGATTTA
Found at i:129397 original size:181 final size:178
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Indices: 128934--129498 Score: 497
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 178
128924 AAACAAAAAT
* * * *
128934 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAT-GATTTGAGATAGATAATAGTTTAAATAATCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-TAATCGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* * ***
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129 TTAATAAATTA--A-TATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAATAGAAAC
* ** * *
129113 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TC-ACAACGATTTGAAATGTATAATAGTTCAAATGGACA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCTA-ATCGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCA
** * * * *** * *
129176 TGCCCATTTAAACCTGTTTGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGA
64 TAACTATTTGAA-CTCTTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCT--AACTTATTAATTTTTAGA
* *
129241 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATTAATAGAAAC
126 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAATAGAAAC
* * *
129294 AATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATCTTATCGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCTAATCGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCAT
* * * *
129358 AACTATTTGAACTCTCTCAATAAACATATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAA
65 AACTATTTGAACTCT-TCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATC--TAACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
129422 TTTTAATAAATTAATA-TATCTTTA-TTCTGAATAAAACCT-TATGAATAAAAAC
127 TATTAATAAATTAATATTAT-TTTATTTC-GAAT-AAACATGTATGAATAGAAAC
*
129474 AATTG-TTTATTGACAAAATAAAAGA
1 AATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGA
129499 GTTATAACAA
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 58, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
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ACTATTTGAACTCTTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTAACTTATTAATTTTTAGAATATT
AATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAATAGAAAC
Found at i:129566 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 128928--129720 Score: 431
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 179
128918 TTGTCTAAAC
* * * ** * * *
128928 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAA-TAGTTTAAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCTTAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAAT
* * * *** *
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** * * ***
129051 TTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTACAAATAATTTTGTATGAAT
128 TT-GGAATATTAATAAATTA--A-TATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAAT
* * ** * **
129107 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCACAACGATTTGAAATGTATAA-TAGTTCAAA
1 AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GATCTTAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAA
* * ** * * *** * * * ***
129170 TGGACATGCCCATTTAAACCTGT-TTGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAT
64 TAGTCATAACTATTTAAA-CTATCTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-
* * *
129234 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATTAAT
126 TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAAT
* * * *
129288 AGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATCTTATCGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCTTAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* *
129353 GTCATAACTATTTGAACTCTCTCAATAAACATATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
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* *
129418 GGAATTTTAATAAATTAATA-TATCTTTA-TTCTGAATAAAACCT-TATGAAT
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* * *
129468 AAAAACAATTG-TTTATTGACAAAATAAAAGAGT-TATAACAATTCTG-AATAGAATAATT-TTT
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* *
129529 AAATA-TCCATAACTATTTAAACATAT-TTAGA-AAACATATATT-TTTTT-AAT-TTTTATTTA
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* * * * *
129588 TTCATTTTGGGAATA-TAAT-AATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGCATGAA-
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* ** ** * * ** *
129644 GAACCCAATTGTTTTAGGAC-AAACAAAAAGGTCATAA-TGTTTGAAATAGAT-ATTATTCAAAT
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*
129706 AGTCCATAATTATTT
65 AGT-CATAACTATTT
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Statistics
Matches: 491, Mismatches: 90, Indels: 71
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCTTAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTAAACTATCTCAATAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAAT
Found at i:130405 original size:179 final size:179
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130180 AAATCATAAT
* * * * * *
130190 TATTTAAATTTATTTGATAAACAGATTCATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
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* * * * *
130255 AATATATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTAAAGCAATTCTTTTATGACAAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAA-CAATTCTTTTATGACAAA
* *
130320 ACAAAATA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGC
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* * * * * * *
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*
130434 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGA-ATGAACATAAACAA----TTT-T-AC
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* * *
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** * * ***
130545 TATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATA
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* * * *
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* *
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1 T-ATTTAAACTTGTTT-GGTAAACATA-TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGG
* ** ** ** *
130787 -ATA-TAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGATGAAAGAAA-AAATCATTTTAT
60 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAACAATTC-TTTTAT
* *** * * * * *
130849 GACAAAACAAAAAGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAAT
124 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
* * * * * ***
130905 TATTTAAACTTGCTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGGCATTAATTTTTGGAATAT
1 TATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
** *
130970 TAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAA
131017 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 91, Indels: 70
0.76 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 4 0.01
175 69 0.13
176 72 0.14
177 8 0.02
178 45 0.09
179 86 0.17
180 96 0.18
181 97 0.19
182 38 0.07
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAACAATTCTTTTATGACAAAA
CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
Found at i:130573 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 130341--130810 Score: 472
Period size: 176 Copynumber: 2.7 Consensus size: 176
130331 TAACGATTTG
* * * * **
130341 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGCTGTTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTAAA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAA
* ** * *
130406 AAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTT
66 AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
*
130470 GA-ATGAACATAAACAATTTTACTAAACAAAAGACCAAAACAATTCT
131 -ATATGAACAGAAACAATTTTACTAAACAAAAGACCAAAACAATTCT
* * **
130516 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAA
130581 AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
66 AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
* * * *
130646 ATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATT-T
131 ATATGAACAGAAAC-A--A-TTT-T-ACTAAACAAAAGA-CCAAAACAATTCT
* * * * * **
130697 GAAACAAATAACTATTC-AATAGTCAT-AATGATTTGAACTTTTTCAGTAAACA-ATTTTATTTT
1 -AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT-ATTTAAACTAGTTCAGTAAACATA-TTTATTTT
** *** **
130759 -TTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTGATA-TAATAAATTTGTATTATTTTA
63 AAAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
130811 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 33, Indels: 20
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 60 0.24
176 65 0.26
177 1 0.00
179 20 0.08
180 33 0.13
181 39 0.16
182 32 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAA
AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
ATATGAACAGAAACAATTTTACTAAACAAAAGACCAAAACAATTCT
Found at i:130598 original size:357 final size:359
Alignment explanation
Indices: 130207--131017 Score: 880
Period size: 357 Copynumber: 2.3 Consensus size: 359
130197 ATTTATTTGA
* * *
130207 TAAACAGATTCA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATATATTGGTATTAT
1 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
130271 TTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTAAAGCAATTCTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAAC
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAC
* * * * ** * *
130335 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGCTG-TTTGATCTAGTTT-GGTAAAC-ATATT
130 AATTTGAAACAAATAACTATTC-AATAGTCAT-AATGATTTGAACT-GTTTCAGTAAACAAT-TT
*
130397 TATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAA-T-TGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
191 TATTTT-AAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTG--ATA-TAATAAATTAGTATTATTTTAATC
** * * *
130459 TGAATAAGCTTGAATG-AA-CATAAA-CAATTT-T-ACTAAAC-AAAAGACCAAAACAA-TTCTA
252 AAAATAAGCTTGAATGAAAGAAAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAAG-CCAAAACAATTTC-A
* *
130517 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAG
315 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCAG
* * * * * *** *
130562 TAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAAATTCATTTTTT-AAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
130627 TTTTAATATGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
*
130691 CAATTTGAAACAAATAACTATTCAATAGTCATAATGATTTGAACTTTTTCAGTAAACAATTTTAT
129 CAATTTGAAACAAATAACTATTCAATAGTCATAATGATTTGAACTGTTTCAGTAAACAATTTTAT
** * *
130756 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTGATATAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAA
194 TTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTGATATAATAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAA
* * ** * ***
130821 GCTTGGATGAAAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTGATTTCAAATAGATAA
259 GCTTGAATGAAAGAAAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTCAAATAGATAA
* * * *
130886 TTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTAAACTTGCTCGG
324 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCAG
* *** **
130922 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGGCATTAATTTTTGGAATATTAATAGCTTAGTATTAT
1 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
130987 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAA
131018 TAGATAATTA
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 66, Indels: 32
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 53 0.14
356 56 0.15
357 117 0.31
358 9 0.02
359 63 0.17
360 66 0.18
361 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
ATTTGAAACAAATAACTATTCAATAGTCATAATGATTTGAACTGTTTCAGTAAACAATTTTATTT
TAAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTGATATAATAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGC
TTGAATGAAAGAAAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTCAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCAG
Found at i:131485 original size:496 final size:496
Alignment explanation
Indices: 130516--131507 Score: 1257
Period size: 496 Copynumber: 2.0 Consensus size: 496
130506 AAACAATTCT
* ** *
130516 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCACAAAACATATTTATTTTTTA
130581 AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
66 AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
* * *
130646 ATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAACTA
131 ATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAACTCATAACAATTTGAAACAAATAACTA
* *
130711 TTCAATAGTCATAATGATTTGAACTTTTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
196 TTAAATAGTCATAATGATTTGAACTATTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATC--TTACTTAT
* * * *
130776 TAATTATCTTGATATAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGATGAAAGAAAAAAT
259 TAATTATCTTGATATAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAACAAACATAGATG-AAGAAAAAAT
* *** * *
130841 CATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAATT
323 CATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATT
* * * *
130906 ATTTAAACTTGCTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGGCATTAATTTTTGGAATATT
388 ATTTAAACTAGCTAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACGCATTAATTTTTGAAATATT
* * *
130971 AATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA
453 AATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTAATATGAACTA
* * * *
131015 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCACAAAACATATTTA-TTTTTG
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCACAAAACATATTTATTTTTTA
* * * *
131079 AAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTT
66 AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
* * * * ** * *
131144 ATATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAACTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
131 ATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAACTCATAACAATTTGAAACAAATAACT-
* * *
131209 CTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTCA-TAAACGA-TTTATTTTTTAAATC-T-CTTAT
195 ATTAAATAGTCATAATGATTTGAACT-ATTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTTACTTAT
* * *
131270 TAATT-T-TTGAAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATG-AGCAAAA
259 TAATTATCTTG--ATA-TAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAACAAACATAGATGAAG-AAAA
* ** * * *
131332 CCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTCA
320 --AATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATACTCA
* * **
131397 TAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
383 TAATTATTTAAACTAGCTAGGTAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCTCTTACGCATTAATTTTTGA
* *
131461 AATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTATTCTGAGTAAGCTAATATGAA
447 AATATTAATAGATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTAATATGAA
131508 TTGAAAAAAT
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 60, Indels: 23
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
492 3 0.01
493 3 0.01
494 17 0.04
495 34 0.08
496 141 0.33
497 6 0.01
498 134 0.32
499 80 0.19
500 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (496 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTCACAAAACATATTTATTTTTTA
AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTT
ATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAACTCATAACAATTTGAAACAAATAACTA
TTAAATAGTCATAATGATTTGAACTATTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTTACTTATTA
ATTATCTTGATATAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAACAAACATAGATGAAGAAAAAATCAT
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATT
TAAACTAGCTAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACGCATTAATTTTTGAAATATTAAT
AGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTAATATGAACTA
Found at i:131603 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 131191--131825 Score: 456
Period size: 176 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
131181 ACTCATAATG
* * * * *
131191 ATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTCA-TAAAC-GATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTGAAATACTCATAATTATTTGAACTGAGTTCAGTAAACAAAATTA
**
131253 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCCAAACAAAC
65 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATATTATTTTATTCCAAACAAAC
* * * * *
131318 ATATATGAGCAAAACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCA
130 ATATATGAGCAAAA-CAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
*
131367 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTCATAATTATTTGAACT-AGTT-AGGTAAACAAAATTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATACTCATAATTATTTGAACTGAGTTCA-GTAAACAAAATTA
* ** **
131430 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATTTTATTTTATTCTGAGT
65 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATATTATTTTATTCCAAAC
* * * *
131495 AAGC-TAATATGAATTG-AAAA-AATTATTTGAT-TCCAAACAAAAGGTAATAACG
126 AAACAT-ATATG-A--GCAAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
* **
131547 ATTTGAAATTGATAATT-TTGGAAATGAC-CATAATTATTTGAACTGA-TTCAGTAAAC-ATTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-GAAAT-ACTCATAATTATTTGAACTGAGTTCAGTAAACAAAATT
* * * * * * * *
131608 CACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAACT-AGTATTATTTTATTTCAAATA
64 -ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TATTATTTTATTCCAAACA
* * *** * * * * * **
131672 AACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCACAATG
127 AACATATATG-AGCAAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * * * * * ** *
131724 ATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCGTAAGTATTAGAA-TTTGTTCAGTAAA-AAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATACTCATAATTATTTGAACTGAGTTCAGTAAACAAAATTA-
*
131787 TTTTTTAAACTCTTTCTTATTTAATTTTGGAAATATTAA
65 TTTTTTAAA-TC--TCTTA-TTAATTTTTGAAATATTAA
131826 GAAATTAGTA
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 65, Indels: 57
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 9 0.02
176 103 0.28
177 78 0.21
178 6 0.02
179 7 0.02
180 75 0.21
181 78 0.21
182 1 0.00
183 4 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATACTCATAATTATTTGAACTGAGTTCAGTAAACAAAATTAT
TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATATTATTTTATTCCAAACAAACA
TATATGAGCAAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
Found at i:131865 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 131219--131875 Score: 808
Period size: 357 Copynumber: 1.8 Consensus size: 356
131209 CTTAAATAGT
* * *
131219 CATAATTATTTGAACTGATTTCATAAACGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
1 CATAATTATTTGAACTGATTTCATAAACGATTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATA
* * * *
131284 TTAATAGATTTGTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATGAGCAAAACCATTTGTTTTATGACA
66 TTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATGAGCAAAACCAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
131349 AAACAAAAGGTCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTCATAATTATTTGAACTAGT
131 AAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATACTCATAAGTATTAGAACTAGT
* * * *
131414 TAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATT
196 TAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTCATA
*
131479 TTATTTTATTCTGAGTAAGCTAATATGAATTGAAAAAATTATTTGATTCCAAACAAAAGGTAATA
261 TTATTGTATTCTGAGTAAGCTAATATGAATTGAAAAAATTATTTGATTCCAAACAAAAGGTAATA
131544 ACGATTTGAAATTGATAATTTTGGAAATGAC
326 ACGATTTGAAATTGATAATTTTGGAAATGAC
*
131575 CATAATTATTTGAACTGA-TTCAGTAAAC-ATTTTCACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGGA
1 CATAATTATTTGAACTGATTTCA-TAAACGA-TTT-ACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAA
* * * * ***
131638 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATTGAAA-CAATTGTTTTAT
63 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATG-AGCAAAACCAATTGTTTTAT
* ** * * * *
131702 GAGAAAACAAAAGGTCACAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCGTAAGTATTAGAAT
127 GACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATACTCATAAGTATTAGAAC
* * *
131767 TTGTTCA-GTAAA-AAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTTCTTATTTAATTTTGGAAATATTAAGAA
192 TAGTT-AGGTAAACAAAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTGGAAATATTAAGAA
* ** *
131829 ATT-AGTATTATTGTATT-TTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATT
254 ATTCA-TATTATTGTATTCTGAG-TAAGCTAATATGAATTGAAAAAATT
131876 GTTATATGTA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 41, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 5 0.02
356 45 0.18
357 196 0.78
358 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
CATAATTATTTGAACTGATTTCATAAACGATTTACTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATA
TTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATGAGCAAAACCAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATACTCATAAGTATTAGAACTAGT
TAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTCATA
TTATTGTATTCTGAGTAAGCTAATATGAATTGAAAAAATTATTTGATTCCAAACAAAAGGTAATA
ACGATTTGAAATTGATAATTTTGGAAATGAC
Found at i:131868 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 131015--138963 Score: 3143
Period size: 181 Copynumber: 44.0 Consensus size: 179
131005 ATATGAACTA
* * * * ** *
131015 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG-ATCT-AGTTCACAAAACATATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * ** * * *
131078 GAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCT
64 TAAATTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCT
* ** * * * * ** * *
131143 TATATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAACTCATAATGATTTG
127 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * *
131196 AAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTCA-TAAAC-GATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTT-AGTAAACAGATTTATTTTT
* * ** * * *
131258 TAAA-TC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCCAAACAAACAT
64 TAAATTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCTT
* *** * * * *
131320 ATATG-AGCAAAACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCAATTTG
128 GTATGAATTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * * *
131372 AAATAGATAATTGTTTAAATACTCATAATTATTTGAACT-AGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTA-GTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
131436 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTATTCTGAGTAAGCT
65 AAAT-TCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCT
** * * * * * * *
131500 AATATGAATTGAAAAAATTATTTGAT-TCCAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
127 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * * * *
131552 AAATTGATAATT-TTGGAAAT-GACCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACA-TTTTCACTTT
1 AAATAGATAATTGTT-CAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGATTTAGTAAACAGATTT-ATTTT
* * * * * *
131614 TTAAA-TC--ACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
63 TTAAATTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCT
* * *
131676 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCACAATGATTTT
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* *** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTT-AGTAAACAGATTTATTTTTT
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126 TTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
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128 GTATGAATTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
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* * * *
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125 CTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTT
* * * *
134984 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCGGAAAC--A--T-TTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
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65 AAA-TTCTTTCTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGC
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126 TTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * ** * *
135160 AAATAGATAATTATTCTAATA-TTTTAACTATTTGAACTTG--TTCGTTAAA-TGCATTTATTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTAG-TAAACAG-ATTTATTTT
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135221 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTTGTTTAGCAATATTT-TGCTCCAATTAA
63 TTAAAT-TCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTAT--TTTAAATAA
* * * * *
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* * * * * ** * *
135339 AGATAGATAATTGTCCAAATTGTCATAAGTATTTGAACT-AGTTTAACAAACAAATTTAGTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
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135403 AAA-TC--TCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATTCTGAATAATTTT
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128 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * *
135516 AAATAGATAATTCTGT-GAAT-G-GATAAGACTGTTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTT
1 AAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCAT-A-ACTATTTGAA-TTGATTTAGTAAACAGATTTATTT
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* * * * * * * * ** *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTAG-TAAACAGATTTATTTTTT
* * *
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135878 AAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACGTG-TTCTA-AAAATAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATT-TAGTAAACAGATTTATTTTT
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* * * * *
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125 CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * *
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1 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTAGTAAACAGATT-TATTTT
* * * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA--ATTGATTTAGTAAACAGATTTATTTTT
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* * * * * * * *
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125 CTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-ATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * *
136480 AAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAAATT-GTATTAGTTTATTTAAAATAA
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136542 GCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTT
124 GCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GA-ATTGATTTAGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
136658 TAAATATCTTTATTATTAA-TTTT-AAGATTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAG
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** * * * * * *
136721 CTTAAATAAAATGAAACAATTCTTTTATGATAAAAC-AAAGGATCATAACAATTTG
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* * * * * * *
136776 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTG-ATCT-ACTTTGGTAAACATAGTTATTTTT
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* * ** * * * *
136839 TAAATT-TTCTACTCATTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT-AGC
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* ** * ** * * ** * *
136902 TTGTATGGATACAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATTATAACGATTTG
126 TTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * *
136956 AAATAAATAATTGCTCGAATAATCATAACTATTTGAACT-AGTTT-GATAAATAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTAG-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * * *
137019 TAAA-TC-TT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTACCTTATTCTGAACAAACTA
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* *** * * * *
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* * * * ** * * *
137142 AAATAGATAATTGCT-ATAATAATCATAATTATTTAAACCG-GTTAGGTAAATAGAATTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTA-GTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * **
137205 TAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAG-T
64 TAAAT-TCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCT
* * * * *
137269 TAGTATGAATTCCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
127 T-GTATGAATT-GAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * * *
137325 AAATAGATAATTATTCATAT-GTCTTAAATATTTG-ATCTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * * *
137388 -AATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAGCT
65 AAATTCT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCT
*** * * * * * * * *
137452 TGTATGAACAAAAATAATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
127 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* ** * * *
137505 AAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTC
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
137569 AAAATCACTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-TCATTATTTTATTTTGAATAAGGT
65 AAATTC-TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTA-TTTATTTTAAATAAGCT
* * * * *
137633 TGAATG--TTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTT
127 TGTATGAATT--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * * ** * * * *
137685 GAAATAGATAATTATTGATAGAGCCATAATTATTTGAGCTAATTCAATAAACAGATTTACTTTTT
1 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
137750 GAA-TC--ACTT-TGTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGGTT
65 AAATTCTTTCTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCTT
*
137811 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTT
128 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * ** * * * * * * * *
137862 -TAT-GACAA---AACAAAAAGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGAT--TTAGT-AAA----CAGATTT
* * * * * *
137922 ATTTTAACTAAGTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATTTTT---TTACTTAATAATTTAGGAAAT
58 ATTTT--TTAA----AT--TC---TTTCTTATT-AATTTTTGAAATA-TTAATAAATTA-G---T
* ** * ** * * * * *** * * *
137984 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCT-AAGCTTTATTA-ACTAAAACGATTGTTTTATAA
106 ATT-AT---TTA-TTTTAAATAAGCTTGTATGAA--TTGA-AACAAT-TGT---TT-TATGA-CA
* * **
138047 CAAATTAAAAGGTTATAATAATTTT
157 -AAA-CAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * * * *
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** * * * ** *
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* * * * * *
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66 AAT-TCTTTCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCTT
* * *** * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * *
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* *
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* * * * * ** * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * **
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* ** * ** **
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * **
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* **** * * * * *
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* ** * * ***
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATT
*** ** * *
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* * * * * * *
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128 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * ** * * *
135346 TAATTGTCCAAATTGTCATAAGTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT-C
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * * * *
135410 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAA
258 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAA-CTTATATGAACAA
* **
135474 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAACA
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* * * * * *
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** * * * * * * *
135573 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAATTTTAGAATATTACTAAAATAGTATAATTTTATTTTAAA
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* * * * *
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* * * *** ** *
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* * * * * * * **
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* * **
135833 CATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATG
318 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATG
* * * * * * * *
135873 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACGTGTTCTAAAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATT
* * *
135938 TTTTATAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTA-TTCAAAATA
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* * * *
136001 AACTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAAT
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* * * * *
136066 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTC-AGTAAATAGATTCT-TTTTTTAATTTTG
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* * * *
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** * * * *
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316 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATG
* * * * * * * * * * *
136234 ATTTGAAATTGGTAATTATTAAAATAGTCATGACTATTTGAGCATGTTCAAAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATT
* * *** * * * *
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* * * * * * ** *
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128 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * *
136427 TAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGAATTGAACTTG---G-TAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-
* * * * *
136487 TTTACTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAAATT-GTATTAGTTTATT-TAAAATAAGCTTGT
255 --TACTTATTAATT--TTTGAAATATTAAT-AAATTAGAATTATTTTATTCT-GAATAA-CTTAT
* * * * * *
136548 GTGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
313 ATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATG
* * * * * * * **
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* * * * ** **
136654 TTTTTAAATATCTTTA-TTATTAATTTTAAGATTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTCAAAT
* ** * * * **
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128 AAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * ** * * * *
136781 GATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTGATCTACTTTGGTAAACATAGTTATTTTTTAAATTT
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* * ** * * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * ** ** *
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* * *
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** *
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* * * * **
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* * ** * * * * *
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* *
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* * * * *
138132 TTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTTA-AATATTAATCAATTAGTATTAATTTA-TTCTGA
64 TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTC-AA
** * * * * * * *
138194 ATAAGGTTG-ATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTAAAAT
126 ATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
138257 AGATAATTTTTC-TATTGTCTTAAGC-ATTTGAAC-TGATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAA
190 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* ** * * *
138318 ATCT-CCTATTAATTTTTGAAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTAATAC-GAATAAACTTGTAT
252 ATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT-ATTCTGAAT-AACTTATAT
* * *
138381 GAAC-AAAACAATTG-TTTATGACAAAAGAAAAGATTATATTG
315 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATG
* * * * ** * ** * *
138422 ATTTGAAATAGATTATTATTCATATGGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-AGCAATTAGACTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTAT
* * * ** * * * * * *
138486 TTTTAAAATTTTTTGGTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTCAAATA
* ** * * * * * * * ** **
138551 AAATAATATGAGTAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTT
129 AACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * * ** * * *
138616 AATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGGAAATTTACTTTTTCAATCTCTT
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAA-ATC-T
* * * * * *
138681 ACTGATTAATTTTCT-AAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATTAA
256 ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCT-GAA-TAACTTATATGAA
* * *
138744 CAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAGAGTAATAATG
318 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATG
* * * * * *
138784 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGAA-TTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACA-AATTTA
* * * * * * ** *
138847 TTTTCTAAACCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTAAA
63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTC-AAA
* * * *
138911 TAAGCTTGTATGAGCT-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
127 TAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
138963 CTGGTTTGGC
Statistics
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TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAACTTATATGAACAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATG
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131005 ATATGAACTA
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* * * * * * * *
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* * ** * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* *** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * ** * * *
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* * * * *
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506 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * * * * *
131552 AAATTGATAATT-TTGGAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACATTTTCACTTT
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* * * * * *
131614 TT-AA-ATC-ACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
60 TTAAATATCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTAAAATAAGCT
* * * * * * * *
131676 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCACAATGATTTTAAATAAACAATT
124 TGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
131741 GTTCAAATAGTCGTAAGTATTAGAATTTGTTCAGTAAA-AAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTTCT
189 ATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * * * *
131804 TATTTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTGTATTTTAGATAAGCTTTTATGAATTGA
251 TATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGA
* * * * ** * * * **
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315 AACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
* ** * * * * * *
131934 TAATAACTATTTTTG-GTTGTTTGATAGATAGATTTATTTTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAAT
378 TTATAACTA--TTTGAACTATTCGATAAATATATTTA---TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
** * * * * *** * * ** *
131998 TTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTTGAATAAGCATGTAAG-ATGTGAAACAAAT
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* * * * * *
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502 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * ** * *
132096 AAATAGGTAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT---AAAAAAATTTATTTTTT
* * * *
132160 AAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTT-TTAACCAAATAAG
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** ** * * * * ** * * *
132222 CTTCAATG-ATCAGAAGCAATTGTTTTATGATAAAA-TAATGATTTTAACAATTTGAGATTGATA
122 CTTGTATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
132285 ATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAAC-TGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTT
186 ATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTG--TTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
132349 GCTTACT-AATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAT
248 ACTTATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-
* * * * * * *
132412 TAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGTAATAGATAATCATTCAAAT
311 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAAT
* *** * * * * * * * *
132477 GGCCCTAATTATTTTAATTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTAATAATT
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*** * **
132541 TAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTG-AC-TGAAACAATT
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* * * *
132604 GTTTTATGAGAAATCAAAAGGTTATAATGATTTT
502 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * * *
132638 TAATTGACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA--AAA-AAATTTATTTTTT-
* * * * * * *
132703 AAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-GAATAAGC
62 AAATATC-TACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATT-TAAAATAAGC
* * * *
132766 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATG-TAA
123 TTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAA
* * * * * * * *
132830 TTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCCGGCAATCATA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC
187 TTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *** * *
132894 TTA-CAAATTTTTGGAATATTATTATATTGGTATTATTTTAATCCAAATAGGTTTGTATGAAAAG
250 TTATTAAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
* * ** * * * * *
132958 AAACAACTGTTTTATAACAAAGTAAATA--TCATCATGATTTGAGATAAATATTTGTTCAAATAG
314 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
* * * *
133021 TCATAACTATTTAAACTTATTTGAAAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACAGATTTGTTT
378 TTATAACTATTTGAAC-TATTCG----ATA-A---A-----T---A----T------ATTTATTT
* * * *
133086 TTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATACG
416 TTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * *
133150 CTTGTATGACCA-AAAGCAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACT-ATTTA
481 CTTGTATGAACATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
* * * * * * *
133204 AAATAGATAACTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TATTTAGAAAATAGATTTATTTTTTT
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-AAAA-A-ATTTATTTTTTA
* * * * * *
133268 AATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTATACTATTTTA-TTAATAATAAGCTTG
63 AATATCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTTAA-AATAAGCTTG
* * * *
133332 TATGAATA-AAACCAATTATTTTATG-----AC--AA----AT----ATTTGAAATAGATATTTG
126 TATGAATAGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * * *
133381 TTCAAATTGTCGAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAT
190 TTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTG-TTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * * *
133446 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATAATTGTATTTCAAATGAGCCTATATGAATTGATAGA
254 TAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACA
* * * * *
133511 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTTAAA-AAGATAATTATTCAAATAGTTTTC
319 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTATTTAAATAGTTATA
* * * * * * * **
133575 ACAATTTGAACTAATTTGGTAAACATACTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCCAAAT
383 ACTATTTGAACT-ATTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
133640 GTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
447 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGAC
*
133705 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
512 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
133729 ----AAATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACATATTTAGTTTTTA
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-A-AAA-AAATTTATTTTTTA
* * * * * *
133790 AATTTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATTGAAATAAGCTT
63 AA-TATCTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTTAAAATAAGCTT
* * * * ** *
133854 GTATAAATAGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATT
125 GTATGAATAG-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
133919 GTTCAAATAGACATAACTATTTAAATTTGTTCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAA--TC-T-CTT
189 ATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTCG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * * *
133980 ATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTCTGAATCAACTTATACGGACAAA
252 ATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAATAGA
* * * * **
134043 AACAATTTTTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTGTATAGTT
315 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTT
* * * ** * * * *
134107 ATAACTATTTGTACTAGTCAAGCCAATAAATTCATTTTTTAAAAT-TAGTTACTTAGTAATTTTT
380 ATAACTATTTGAACTATTCGA-TAAATATATTTA-TTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT
** * ** * * *** * * * *
134171 GGAATATTAACAAATTAGCGTTACTCTATTTTGAATAATAC-TGTATCAATAGAAACAATTGTTT
442 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-GCTTGTATGAACATAAACAATTGTTT
* * *
134235 TATGATAAAACAAATGGTCACAACT-ATTTG
506 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
* * * * *
134265 AAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATCGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TT--TAAAAAAATTTATTTTTT
* * ** * *
134329 -AA-ATCT-CTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTTGAACAAACTT
62 AAATATCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA-A-TTATTTTATTTAAAATAAGCTT
* * * * * * *
134390 ATATGAACA-AAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAACT
125 GTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
134454 ATTCATATAGCCT-TAGCTATTTGAA-TTATTTCGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTATTAG
189 ATTCAAATAG--TATAACTATTTGAACTT-GTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
134517 TTATT-AATTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAT
250 TTATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
* * * *
134581 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA-AATATAATTGTTGAAATAG
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* * ** * *** * *
134645 TCATAACTATTTGAACTAGTT-TAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCACCTACATATTAGTTTT
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* ** ** * *
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441 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAA-CAATTGTT
* * * *
134771 TTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGTTTTG
505 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * ***
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* * * ** * **
134866 AAATCACCAACTT-TTCAATTTTTAAAATATTAATAAGGTAATCTTATTTTATTTTGGAA-AAGC
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* * * * * * *
134929 TTTTATG-ATCTGAAATAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATA
123 TTGTATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
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186 ATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * ** * *** * *
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* * * * *
135118 AAACAATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATA-
314 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAG
* * * ** * *
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* * *** * * ** * * *
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* * * *
135311 ATGACAAGAC-GAAGATCATAACGATTTG
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* * * * * * *
135339 AGATAGATAATTGTCCAAATTGTCATAAGTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAGTTTTT-
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* * * * **
135403 AA-ATCT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATTCT-GAATAATTTTG
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* * * * *
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126 TATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * **
135530 GT-GAAT-GGATAAGACTGTTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
191 -TCAAATAGTAT-A-ACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
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* * * * * *
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317 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTAT
* ** *
135723 AACTATTTGAACTCACTCGATAAATGGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
382 AACTATTTGAACT-ATTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* ** * * ** *
135788 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATATGCTTTTATCCACATAAACAATTGGTTTATGA
446 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGA
*
135853 CAAAACAAAAGGCCATAATGATTTG
511 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
135878 AAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACGTGTTCTAAAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAAAAA-A-ATTTATTTTTTA
* * * * * *
135943 TATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGC
63 AATATCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGT
** * * * *
136008 ATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTATT
127 ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
136073 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTCT-TTTTTTAATTTTGTTACTTAT
192 CAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
136137 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATATACTGATATGAACT-GAAAC
254 TAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAGAAAC
* * * *** * * *
136201 AATAGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGGTAATTATTAAAATAGTCATG
318 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATA
* * * * * * ***
136266 ACTATTTGAGCATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTAATTA-TAATTGCCAAAA
383 ACTATTTGAAC-TATTCGATAAATATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
136330 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTATGT
446 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGA
* ** *
136395 CAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTG
511 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
136420 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGAATTGAACTTG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAA
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAAAAAAATTTATTTTTTAAA
* ** *
136483 -ATCTTTTACTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAAATTGTATTAGTTTATTTAAAATAAGCT
65 TATC---TACTTATTAATT--TTTAGAATATTAAT-AAATTAAATTATTTTATTTAAAATAAGCT
* * * ** *
136545 TGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTTAAATAGATAATT
124 TGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * ** *
136610 GTTAAAACAATCATAATTATTTAAACATTGTTAAATAAAC-AA---ATTTTTTAAATATCTTTA-
189 ATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAC-TTGTT-CGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC
* * ** * * *
136670 TTATT-AATTTTAAGATTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTAAAT-AAAAT
250 TTATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATA-
* * ** * *
136733 GAAACAATTCTTTTATGATAAAAC-AAAGGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
313 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
* * * * * * * * * * * *
136797 GTCATGATTACTTGATCTACTTTGGTAAACATAGTTATTTTTTAAAT-TTTCTACTCATTAATTG
377 GTTATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTT-TACTTATTAATTT
* * * ** * * * *
136861 TCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT-AGCTTGTATGGATACAAACAATTATT
440 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTT
** * * ** * *
136925 TTAAAATATAACAAAAAATTATAACGATTTG
505 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
136956 AAATAAATAATTGCTCGAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-A-AAA-AAATTTATTTTTTA
* * * ** *
137020 AA-ATCT-TTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGCATTACCTTATTCTGAACA-AA-CT
63 AATATCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATT-T-AAAATAAGCT
** * * * *
137080 AATATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAACTTTTGTTTTTTATAACGATTTGAA
124 TGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-----G---GTCATAACGATTTGAA
** * * * ** * *
137144 ATAGATAATTGCT-ATAATAATCATAATTATTTAAACCGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTA
179 ATAGATAATTATTCA-AATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTT-CGTAAACA-AATTTATTTTTTA
* * * * * * *
137207 AATCTCCTACTTATT-AATTTTTGAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAAT-AAGTT
240 AATCTCTTACTTATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT
** * * *
137270 AGTATGAATTCCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
304 A-TATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * ** * * * * *
137335 TTATTCATAT-GTCT-TAAATATTTGATCTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTA
366 TTATTTAAATAGT-TATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTA
* * ** * * * *** *
137398 GTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACAA
429 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
137463 AAATAATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
494 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * *
137505 AAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTCA
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA--AAA-AAATTTATTTTTTA
* * ** *
137570 AA-ATCACTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTATCATTATTTTATTTTGAATAAGGT
63 AATAT--CTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTAAAATAAGCT
* * * * *
137633 TGAATG-TTCA-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTGAAATAGATA
124 TGTATGAAT-AGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATA
* * * * * * ** * * * *
137695 ATTATTGATAGAGCCATAATTATTTGAGCTAATTCAATAAACAGATTTACTTTTTGAA--TC--A
186 ATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** *
137756 CTT-TGTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGGTTGTATGAACT
249 CTTAT-TAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-T
* * *
137820 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
312 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA---TT-TGA-AATA-AATAA-T--T
* * * * *
137883 AGCGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATT-ATTTTAACTAAGTCGATAAACAAAT
368 ----ATTT-AAATAG-T--T-A-T--AA----C-TATTTGA--A---CT-ATTCGATAAATATAT
* * * *** ***
137947 TTATTTTTAAATTTTTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
410 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
** * * * ** * * *
138012 TCTAAGCTT-TATTAAC-TAAAACGATTGTTTTATAACAAATTAAAAGGTTATAATAATTTT
475 AATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
138072 AAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTCTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTT
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT---TAAAAAAATTTA-TTTTTT
* * * * * * *
138137 AAATCTCCTTCTTATTAATTTTTTA-AATATTAATCAATTAGTATTAATTTATTCT-GAATAAGG
62 AAATAT-CTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATT-TAAAATAAGC
* * * * * * * *
138200 TTG-ATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTAAAATAGATAA
123 TTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * *
138263 TTTTTC-TATTGTCTTAAGC-ATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC--
187 TTATTCAAATAGT-ATAA-CTATTTGAACTTG-TTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * * * * *
138323 -C-TATT-AATTTTTGAAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTAATACGAATAAACTTGTATGAAC
248 ACTTATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT
* * * * * * * * *
138385 A-AAACAATTG-TTTATGACAAAAGAAAAGATTATATTGATTTGAAATAGATTATTATTCATATG
312 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
* * * * * * ** *
138448 GTCT-TAACTATTTGAACTGGTTC-AGCAATTAGACTTATTTTTAAAATTTTTTGGTTATTAAAT
377 GT-TATAACTATTTGAACT-ATTCGA-TAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * ** ** ** * * *
138511 TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAGTAGAACCAATTAT
439 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGT
* * * * **
138576 TTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTG
504 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * * ** * *
138608 AAATAGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGGAAATTTACTTTTTC
1 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT--TAAAAAAATTTATTTTTTA
* * * * * * *
138673 AATCTCTTACTGATTAATTTTCTA-AATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTT
63 AATATC-TACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTAAAATAAGCTT
* * * * * * * *
138737 ATATTAACA-AAAACAATTATTTTATGGCAAAAC-AAAGAGTAATAATGATTTGAAATACATAAT
125 GTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
138800 TGTTCAAATAATTATAATTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAACCTCTTAC
188 TATTCAAAT-AGTATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
138864 TTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAGCT-
250 TTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGA-ATA
* *
138927 GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
313 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
138963 CTGGTTTGGC
Statistics
Matches: 5656, Mismatches: 1365, Indels: 774
0.73 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
521 28 0.00
522 17 0.00
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568 179 0.03
569 10 0.00
570 2 0.00
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Consensus pattern (535 bp):
AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAAAAAAATTTATTTTTTAAAT
ATCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGA
ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTATAACTATTTGAACTTGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTT
TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTG
AACTATTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAATGATTTG
Found at i:136352 original size:718 final size:709
Alignment explanation
Indices: 131015--138962 Score: 3332
Period size: 717 Copynumber: 11.0 Consensus size: 709
131005 ATATGAACTA
* * * * * ** *
131015 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCACAAAACATATTTA-TTTTTG
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* * ** * * *
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65 AAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATACT
* * ** * * * ** *
131143 TATATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAACTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
126 GATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * *
131208 GCTTAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTGATTTC-ATAAAC-GATTTATTTTTTAAATCT----C
190 G-TTAAATAGTTATAACTATTTGACA-TG--TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * ** * * * **
131266 TTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATGAGCA-
251 TTAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA--TT-TT--AAATAAACTTGTATGAATAG
* * * * * * * * *
131329 AAACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAC
311 AAA-TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
131394 TCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
375 TCATAACTAATTGAACT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * **
131459 GAAATATTAATAGATTCATTTTATTTTATTCTGAGTAAGCTAATATGAATTGAAAA-AATTATTT
439 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTATTT
* * * * * * * * *
131523 GAT-TCCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATTGATAATT-TTGGAAAT-GACCATAATTATT
503 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAG-TCATAACTATT
* * * * * *
131585 TGAAC-TGATTC-AGTAAACATTTTCACTTTTTAAA---TCACTTATTAAATTTTGGAATATTAA
566 TGAACTTG-TTCTA-AAAACAATTT-ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * *
131645 TAAA-CTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA
628 TAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* *
131709 CAAAAGGTCACAATGATTTT
691 C-AAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
131729 AAATAAACAATTGTTCAAATAGTCGTAAGTA-TTAGAATTTGTTCAGTAAA-AAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTAGTTCAGTAAACAGATTTA-GTTTT
* * * * * *
131792 TAAACTCTTTCTTATTTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTGTATT-TTAGATAA-G
64 TAAA-TC--TCTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAATA
** * * * * * * ** * *
131855 CTTTTATGAATTGAAACAATTGTTATATGTAAAAAAAAAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAAT
124 CTGATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
** * ** ** * * *
131920 AATTGTTCAAACGGTAATAACTATTTTTG-GTTGTTTGATAGATAGATTTATTTTTTTTCAAATC
186 AATTGTT-AAATAGTTATAACTA--TTTGACATGTTCAATAAACAAATTTA--TTTTTT-AAATC
**** * ** * * * * * *
131984 TTTTGCTTA-TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTTGAATAAGCATGTAA
245 TCCAACTTAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAA-TT--AAT-A-TTATTTTAAATAAACTTGTAT
* * * * * * * * ** *
132048 G-ATGTGAAACAAATATTTTATGACT-AAACAAGAGGTCAGAACGATTTAAAATAGGTAATTATT
305 GAAT-AGAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* ** * * * * * *
132111 CTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTAT
368 CAAATAGTCATAACTAATTGAACTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTAT
* * * *** * * *
132175 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCA-ATGATCAGAAG
431 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTT-ATATGAACAAAAA
* * * * * ** ** * * *
132238 CAATTGTTTTATGATAAAA-TAATGATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGCCAT
494 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * *
132302 AACTATTTAAAC-TGATT-TGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTGCTTACTAATTTTT-G
559 AACTATTTGAACTTG-TTCT-AAAAACA-ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * *
132364 AAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AATTAAAAACAATTATTT
620 -AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
*
132427 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
681 TATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * * * * * *
132457 TAATAGATAATCATTCAAATGGCCCTAATTATTTTAA-TTGATTCAATAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTAGTTTTT
* * * * *
132521 AAATTTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAA-GC
65 AAATCTCTTA-TTAAT--TTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAATAC
* * * * * * ** * *
132584 TTG-TATTGACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTTAATTGACAA
125 -TGATA-TGAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * ***
132648 TTGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT
188 TTGTT-AAATAGTTATAACTATTTG-ACATGTTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCAA
* * * * * * *
132713 CTT-TTTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
250 CTTAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA--A-T-A-TTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * ** *
132777 GAAACAATTGTTTTATGACT-AAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATGTAATTGTTCTAATA
310 GAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * **
132841 GTCTTAACTATTTGAACTAGTCCGGCAATCATA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTT
374 GTCATAACTAATTGAACT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * * ** * ** * * * * *
132905 TGGAATATTATTATATTGGTATTATTTTAATCCAAATAGGTTTGTATGAA-AAGAAACAACTGTT
438 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAA-AAACAATTATT
* ** * * * *
132969 TTATAACAAAGTAAATA--TCATCATGATTTGAGATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
502 TTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
133032 TAAACTTATT-TGAAAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACAGATTTGTTTTTAAAATTTT
566 TGAACTTGTTCT-AAAAACA-ATTTATTTTTT-AAATTTTT--AC-------TTATT--AA-TTT
** * *
133096 TTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAC
616 TTAGAATATTAA----T--AA-ATT--T-AA--A-T-TATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * *
133160 CA-AAAGCAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACT-ATTTA
666 TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA-TGATTTG
* * * * * * * * *
133204 AAATAGATAACTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTA-TTTAGAAAATAGATTTATTTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTA-GTTTTT
* * * * * *
133268 AATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTATACTATTTTA-T-T-AATAATAAGCT
65 AA-ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAT-A-C-
* * *
133330 TG-TATGAATAAAACCAATTATTTTATG----------A---CA-AAT-ATTTGAAATAGATATT
125 TGATATGAATAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* ** * *** * * **
133379 TGTTCAAATTG-TCGAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACT
189 TGTT-AAATAGTTATAACTATTTG-ACATGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * ** * * * * * *
133443 CA-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATAATTGTATTTCAAATGAGCCTATATGAATTGA
252 TAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA--AT-A-T-TATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * * * * * * *
133507 TAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTTAAA-AAGATAATTATTCAAATAGT
312 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * * * *
133571 TTTCAC-AATTTGAACTAATTTGGTAAACATACTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTC
376 CATAACTAA-TTGAACT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** *
133635 CAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTT
439 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTT
* *
133700 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG--A-A-ATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGA
504 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
133761 ACTTATT-TGATAAACATATTTAGTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATATTAATA
569 ACTTGTTCT-AAAAACA-ATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATA
* * * * *
133824 AATTTGAATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
630 AATTTAAATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* *
133889 GAAGGTTATAGTGATTTG
693 -AAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
133907 AAATAGGTAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTAAATTTGTTC-GATAAATAGATTCAGTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTAGTTTTT
* * *
133971 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCTGAATCA-ACTTAT
65 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCTGAATAATACTGAT
* * * * * * *
134034 ACGGACAAAAACAATTTTTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
129 ATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T
** ** * * ***
134098 TGTATAGTTATAACTATTTGTAC-TAG-TCAAGCCAATAAATTCATTTTTTAAAAT-TAGTTACT
192 TAAATAGTTATAACTATTTG-ACAT-GTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-CCAACT
** * * * *
134160 TAGT-AATTTTTGGAATATTAACAAATTAGCGTTACTCTATTTTGAATAATAC-TGTATCAATAG
252 TAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA---ATA-T-TATTTTAAATAA-ACTTGTATGAATAG
* * * * * *
134223 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCACAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGT
311 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
134288 TATAACTAATCGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTCA
376 CATAACTAATTGAACT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
134348 AAATATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTT
440 AAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTT
* * ** * * * * * *
134413 ACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTAGCTATTTGA
504 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
134478 A-TTATTTCGGCAAAAA-AATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTA
569 ACTT-GTTC--TAAAAACAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* ** * * * *
134541 GATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
630 AATTTAAATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A
*
134606 AAGGTTATAATGATTTG
693 AAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
134623 AAAAATATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTA
* * * *
134688 AATCACCTACATATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT--TGGCT
66 AAT---CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAT-ACT
* * * * * *
134751 TATATG-ATAAATAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTG
126 GATATGAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** *
134815 TTCAAATGGTTATAATTATTTGA-ATTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCACCAACTT
191 TT-AAATAGTTATAACTATTTGACA-TG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
* * ** * ** * *
134879 -TTCAATTTTTAAAATATTAATAAGGTAATCTTATTTTATTTTGGAAAAGCTTTTATG-ATCTGA
253 AGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AAT---AAA-CTTGTATGAAT-AGA
* * *
134942 AATAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
312 AATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* *
135007 CATAACTATTTGAACTTGTTCGG-AAAC--A--T-TTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTT
376 CATAACTAATTGAAC-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTT
** * * * *** **** *
135065 TTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCAGGTATGATTTGAAACAATTTTTT
438 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTT
* * * * * **
135130 TATGACAAAAGAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-TTTTAACTATTTG
503 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * *
135194 AACTTGTTCGTTAAATGC-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATT
568 AACTTGTTC--TAAAAACAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
** * * * *
135257 TGTTTAGCAA-TATTTTGCTCCAATTAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAGAC
630 AATTTA--AATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
135321 GAAGATCATAACGATTTG
692 AAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * ** *
135339 AGATAGATAATTGTCCAAATTGTCATAAGTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAGTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTA
* * * **
135404 AATCTCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATTCTGAATAATTTTG-TA
66 AATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATACTGATA
* ** * *
135467 TGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAATTGAAATAGATAATTCTGT
130 TGAAT-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-T
* * * * * * *
135532 GAATGGATA-AGACTGTTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
193 AAATAGTTATA-ACTATTTG-ACATGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAGT
* * * *
135596 AAA-TTTTAGAATATTACTAAAATAGTATAATTTTATTTTAAATAAACTTCTATGAATAGAAATA
256 AAATTTTTAAAATATTA--ATAA-A-T-TAATATTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATA
* * * *
135660 ATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTTATAA
316 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * *** * *
135725 CTATTTGAACTCACTCGATAAATGGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATT
381 CTAATTGAACT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * ** * **
135790 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATATGCTTTTATCCACATAAACAATTGGTTTATGACA
445 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA
* * * *
135855 AAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACGTGT
510 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* *
135920 TCTAAAAATAGATTTATTTTTTATATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAAT
575 TCTAAAAACA-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAAT
* * *
135985 TATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATA
639 TATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATA
*
136050 ATGTTTTG
702 ATGATTTG
* * * *
136058 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCAGTAAATAGATTCT-TTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCAGTAAACAGATT-TAGTTTT
* * * *
136121 TAATTTTGTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-AAAT-ATA
64 TAA--AT-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAATA
* * * * * * *
136184 CTGATATGAACTGAAACAATAGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGGTAA
124 CTGATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * **
136249 TTATTAAAATAGTCATGACTATTTGAGCATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTA
188 TTGTT-AAATAGTTATAACTATTTGA-CATGTTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCCA
*** *
136314 A-TTA-T-AATTGCCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAAC
249 ACTTAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTT--T--AAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * *
136376 ATAAAAAATTATTTTATG-TCAAAACAAAA-AGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
309 AGAAATAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
136439 TAGTCATAA-TGAATTGAAC--TT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
372 TAGTCATAACT-AATTGAACTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
136500 TGCCTT--AATATTAATAAAATT-GTATTAGTTTATTTAAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAA-A
435 T--TTTAAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACA-AAAACA
* * * * * *
136561 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAACAATCATAA
496 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
136626 TTATTTAAACATTGTT-AAATAAACAA---ATTTTTTAAATATCTTTA-TTATTAATTTTAAGAT
561 CTATTTGAAC-TTGTTCTAA-AAACAATTTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTAGAA
** ** ** * *
136686 TATTAATAAA-TTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTAAAT-AAAATGAAACAATTCTTTTAT
622 TATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTAT
* **
136749 GATAAAACAAAGGATCATAACAATTTG
684 GACAAAACAAAGG-TCATAATGATTTG
* * * * * * * ** * * *
136776 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTGATCTACTTTGGTAAACATAGTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTA
* * ** * * * *
136841 AATTTTCTACTCATTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT-A-GCTT
66 AA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATAC-T
* * * ** * * ** * * *
136904 G-TATGGATACAAACAATTATTTTAAAATATAACAAAAAATTATAACGATTTGAAATAAATAATT
126 GATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
** * * ** * * *
136968 GCTCGAATAATCATAACTATTTGA-ACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT----TT
190 G-TTAAATAGTTATAACTATTTGACA-T-GTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * * * * * ** * *
137028 TA-TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTACCTTATTCTGAACAAACTAATATGAACAAA
252 TAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA--A-TA--TTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
137092 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAACTTTTGTTTTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGCT
312 AATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAA-----G---ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * * **
137157 -ATAATAATCATAATTATTTAAACCGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCCTACTTA
368 CA-AATAGTCATAACTAATTGAA-CTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
* * ** * **
137220 TTAATTTTTGAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTATGAATTCCAA
430 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTA-TATGAA---CAA
* * *
137284 AAA-ACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAT-GT
491 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
137347 CTTAAATATTTGATCTGGTT-TAATAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAGTTTT
556 CATAACTATTTGAACTTGTTCTAA-AAAC-AATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * *
137410 TGGAATATTATTAGA-TTAGTTTTATTTTATT-ATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTAT
617 TAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCA--AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * *
137473 TTAATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
679 TTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * *
137505 AAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTC
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTT-
* * ***
137569 AAAATCACTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-ATCATTATTTTATTTTGAATAAGGT
65 -AAAT--CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTCTGAATAATAC
* * * * *
137633 TGA-ATG-TTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA-CATTTTGAAATAGATA
125 TGATATGAAT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATA
* * * ** * * * * *
137695 ATTATTGATAGAGCCATAATTATTTGAGC-TAATTCAATAAACAGATTTACTTTTTGAA--T-C-
187 ATTGTT-AAATAGTTATAACTATTTGA-CAT-GTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCA
* ** * **
137755 ACTTTGT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGGTTGTATGAAC
249 ACTTAGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA--TT--TT-AAATAAACTTGTATGAA-
* * * * *
137819 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
308 TAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGA---TT-TGA-AATA-AATAA-T--
* * *
137882 TAGCGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAAG-TCGATAAACAAA
364 T---G--TTCAAATAG----TCA-T--AA----C-T-A--A-TTGAACT--GTTCGGTAAACAAA
* * * *** *
137946 TTTATTTTTAAATTTTTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
406 TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
*** * * * * * ** * * *
138011 GTCTAAGCTT-TATTAACTAAAACGATTGTTTTATAACAAATTAAAAGGTTATAATAATTTTAAA
471 AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
138075 TAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTCTTCGCTAAATA-GATTTATTTTTTTAA
536 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT--CTAAAAACAATTTA-TTTTTTAA
* * * * * *
138139 ATCTCCTT-CTTATTAATTTTTTA-AATATTAATCAA-TTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGGT
598 AT-T-TTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTC-AAATAAGCT
* * * * * * *
138201 TG-ATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTA
658 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
138253 AAATAGATAATTTTTC-TATTGTCTTAAGC-ATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTAAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTAGTTTT
* ** * *
138315 TAAATCTCCTATTAATTTTTGAAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTAATAC-GAATAA-ACTTG
64 TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAATAC-TG
* * * * * * * *
138378 -TATGAACAAAACAATTG-TTTATGACAAAAGAAAAGATTATATTGATTTGAAATAGATTATTAT
127 ATATGAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** ** * * * * *****
138441 TCATATGGTCT-TAACTATTTGA-ACTGGTTCAGCAATTAGACTTATTTTTAAAATTTTTTGGTT
192 T-AAATAGT-TATAACTATTTGACA-T-GTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
* * * * * ** *
138504 ATTAAA-TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAGTAGAA
253 AGTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA--A-TA--TTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAA
** * * * * * * * ** *
138568 CCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAGTCA
313 ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * * *
138633 AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGGAAATTTACTTTTT-CAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-
378 TAACTAATTGAACT-GTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TA
* * * * * *
138696 AAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTA
440 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * *
138761 TGGCAAAAC-AAAGAGTAATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGA
505 TGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * *
138825 ACTAGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAATAA
569 ACTTGTTC--TAAAAACAATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
** * * * *
138889 A-TTAGTTTTATTCTATTCTAAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAATAATTATTTTATGACAAAACA
631 ATTTA-AATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
138952 AAAGGTCATAA
692 AAAGGTCATAA
138963 CTGGTTTGGC
Statistics
Matches: 5580, Mismatches: 1213, Indels: 879
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
700 1 0.00
701 76 0.01
702 26 0.00
703 57 0.01
704 16 0.00
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706 1 0.00
708 3 0.00
709 2 0.00
710 1 0.00
711 2 0.00
712 74 0.01
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731 5 0.00
732 13 0.00
734 13 0.00
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738 4 0.00
739 2 0.00
740 4 0.00
741 76 0.01
742 12 0.00
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744 15 0.00
745 101 0.02
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747 137 0.02
748 130 0.02
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751 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (709 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTA
AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATACTGATAT
GAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAA
TAGTTATAACTATTTGACATGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAGTAAATT
TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
GATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAC
TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTAAAAACAA
TTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTG
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Alignment explanation
Indices: 137830--137890 Score: 97
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
137820 GAAACAATTG
*
137830 TTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
*
137859 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCGAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
137889 TT
1 TT
137891 GAAATAGATA
Statistics
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29 20 0.69
30 9 0.31
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Consensus pattern (30 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
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138834 GTAAATAGAA
*
138844 TTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCT
1 TTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTC-
* * * *
138908 AAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGGTTTGGC
65 AAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGGTTTGGC
138973 AAATGGAT
130 AAATGGAT
* * * * * * * * * *
138981 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
1 TTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTCA
* * * * *
139046 AATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAAC
66 AATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
139101 AATTTGAAAT
Statistics
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137 96 0.97
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TTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTTCA
AATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGGTTTGGCA
AATGGAT
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138963 CTGGTTTGGC
* * * * *
138973 AAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTCATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
139037 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTGTGA-TAGAACAAAAGGTTATAAC
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAGAAC
* * * * * * * *
139101 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAAAGATTTGTAATGGTTCAATAAATAGATTTAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTG-AAT-GTTTAATAAACACATTTAT
* * * * * *
139166 TTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTCAAATAATAATAAAC-TAGGATTATTTTATTTCAAATAAGC
192 TTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTATTAACTTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGC
* * * *
139230 TTGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAGTAGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATA
255 TTGTATGAT-AAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAG-ACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *
139294 GTTGCTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
317 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGAGAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA
* * *
139359 TTAATTTTTGAATTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC
382 TTAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTAAAAC
* * * * *
139424 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT-GATTTTAACTTGATAATTGTTCAAATAGTCAT
446 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
139488 AACTATTTGAACTTGTTCGGT
510 AACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * * * *
139509 AGACACATTTATTTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTACTATTA
1 AAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTCATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * *
139573 TTTTATTTC-AAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTTAGAT
64 TTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
* * * * * * *
139637 TGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTAATTTGACAAACACATTTA
128 CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAA-T-GTTTAATAAACACATTTA
* *
139702 TTTTTTGAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCT
191 TTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCT
* * * * * * * *
139767 TGTATGATCAGAAACAACTATTTTATGAGAAGACAAAGATCATAACAATTTTGATATTGATATTT
256 TGTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAGACAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
139832 GTTTAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTTGAGAAACAGCTTTAGTTTTTGAATCTTTTACTT
320 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGAGAAACAGATTTACTTTTTAAATC---T-CTT
* * * *
139897 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTACGACCTGAAA
381 ATTAATTTTTGAAATATTAATA-AGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTAAAA
* *
139962 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGGCTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-
445 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *
140026 AATCTATTTCAACTTGCTCGGT
510 AA-CTATTTGAACTTGTTCGGT
*
140048 AAATAGATTTATTTGTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
140113 TTTA-CTCTAAATAAGCTTGTATGAACTTAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAAC
65 TTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAC
* * * * *
140177 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTTAAATGGTTCAGTAAACACATTTAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATA-TTTGAAT-GTTTAATAAACACATTTAT
* * * * **
140242 TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
192 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTT-ATTTAAATA
* * * * * *
140307 AGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGCTTTAT-AACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAAAT
252 AGCTTGTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGAA-AAGACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAT
* *
140371 AATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTGAACT-ATTTTG-GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTC
316 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTTGAG-AAACAGATTTACTTTTTAAATCTC
** * * * * * * *
140434 TTATTAA-TTTCAAAATATTATTATA-TCAGAATTATTTTAGTCTAAATAA-TTTTGCATGAACA
379 TTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AGT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTT-TATGAACT
* *
140496 AAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
441 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATA
* *
140560 GACATGACTATTTGAACTTGTTCGGT
505 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * ** * *
140586 AAAAATATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-CAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-T
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTC-ATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
140649 TTCATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGATCATAAC
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAC
* * * * * * * * ** **
140713 TATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAA-TGATTTAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAA--TGTTTAATAAACACATTTAT
* * * * * * *
140777 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATT
192 TTTTTAAA----TCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTA-TTTAAATA
* * * * * *
140842 TGCTTGTA--ACAA-AAATAATTAGTTTATAAT-AAAA-ACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATA
252 AGCTTGTATGATAAGAAACAATT-GTTT-T-ATGAAAAGAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * ** * * *
140902 AATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACGTG-TTCAAAAAACAAATTTA-TTTTTAAATT
313 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTTGAGAAACAGATTTACTTTTTAAATC
* * * * *** * *
140965 TTTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTCTTCAAAATAAGCTTGTATGAA-
377 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-GTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAAC
* * * * * * *
141028 T---ACAATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAA-CGATTTGACATAGATAACTGTTCAAAT
440 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGATTT-AAATAGATAATTATTCAAAT
* *
141089 AGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGT
504 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * ** ** * *
141116 AAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTATG--CAAAAATTTTT-GAAAAATTATTCAATTAGTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT-TGCTCATTAATTTTTAG-AATGTTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
141178 ATTTTATTTCGAATAAGGC-TATATGAA-TCGATGCAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
63 ATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
* * * * * * ** *
141240 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATAT
126 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAAATATTTGAA--TGTTTAATAAACACAT
* * * * * * * * * *
141304 TTATTTTTAAAATATTTTACTTACTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG
188 TTATTTTT-TAA-A--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTT-ATTTA
* * **
141369 GATAAGCTTGTATGA-ACA-AAACAATTGTTTTAAT-ACAAA-ACAAAAAGTCATAATAATTTGA
248 AATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTT-ATGA-AAAGACAAAGA-TCATAACGATTTGA
* * * * * *
141430 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTG-GTAAATAGGTTT-CTATTTT
309 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGAG-AAACAGATTTACT-TTTT
* * *
141493 AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
372 AAATC---T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAAT-AAGTAGTATTATTTTA
141544 ATTGTTCAAA
Statistics
Matches: 1647, Mismatches: 309, Indels: 157
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
529 1 0.00
530 190 0.12
531 100 0.06
532 78 0.05
533 42 0.03
534 110 0.07
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542 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGA
TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAATGTTTAATAAACACATTTATTTTT
TAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTAT
GATAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAGACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTGAGAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCGGT
Found at i:140699 original size:180 final size:180
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Indices: 138978--144262 Score: 2079
Period size: 180 Copynumber: 29.0 Consensus size: 180
138968 TTGGCAAATG
* * * *
138978 GATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
139043 TCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* ** * ** *
139108 AATAGATAATTATTCAAATAGACATAAAGATTTGTAA-TGGTTCAATAAATA
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAACA
** * * *
139159 GATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTCAAATAATAATAAACTAGGATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * ** *
139220 TCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGTAGAAAGGTAATAACGATTT
65 TTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTT
* ** * * ** *
139284 GAAATAGATAGTTGCTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAACT
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
*
139337 GATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
139398 TTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTT
65 TTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * *
139462 AACTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGACA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * * *
139514 CATTTATTTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTTTA-
1 GATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
139578 TTTCAAGTAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTTAGATTGATT
64 TTTGAA-TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * ** * **
139642 TCAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTAATTTGACAAACA
127 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * *
139696 CATTTATTTTTTGAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTA-T
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
139756 TTGAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAACTATTTTATGAGAAGAC-AAAGATCATAACAATTTT
65 TTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTT
* * * * * * * * *
139819 GATATTGATATTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTTGAG-AAACA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAACA
* * * ***
139872 GCTTTAGTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
139937 TTGAATAAGTTTTTACGACCT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGGCTTT
65 TTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTT
* * *
140001 -AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGCTCGGTAAATA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * *
140053 GATTTATTTGTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAC
1 GATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
140118 TCTAAATAAGCTTGTATGAACT-TAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTT
64 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
140182 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTTAAATGGTTCAGTAAACA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * * *
140235 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * *
140300 CCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGCTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * *
140364 GATAAATAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTGAACTAT-TTTGGTAAATA
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACA
* *** * * * * * *
140415 GATTTACTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTCAAAATATTATTATATCAGAATTATTTTAGTC
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * *
140476 TAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * *
140541 ATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAA
131 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* ** ** *
140591 TATTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTCATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
140655 TTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * *
140720 AATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAA-T
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* *
140770 GATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * *
140835 TTGAATTTGCTTGTA--ACA-A-AAATAATTAGTTTATAAT-A-AAAACAAAAGGTCATGACTAT
65 TTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATT-GTTT-T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ***
140894 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGTTCAAAAAACA
126 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * *
140949 AATTTA-TTTTTAAA--TTTT--TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTCT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
*** * * *
141008 TCAAAATAAGCTTGTATGAAT----ACAATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAACGATTTG
64 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
141069 ACATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * ** * * *
141121 GATTCATATTTTAAATCTCTTA-TGCAAAAATTTTTGAAAAATTATTCAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** *
141185 TTCGAATAAGGC-TATATGAATCGATGCAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
64 TTTGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * *
141248 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * * * * *
141301 TATTTATTTTTAAAATATTTTACTTACTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * **
141366 CTGGATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAAT-ACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTG
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * *
141429 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * *
141481 GGTTTCTATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* ** *** ** ** * * *** **
141546 TGTTCAA-ACAG-TCATAACTATTCAAAC--CGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
64 T-TTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-GACA-A---A---ACAAAAGGTC-
* ** * ** * * *
141607 TATTACTTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT-ATTTTATTTCA-AA-TAAGCTTGAA--TGAT
118 -ATAACGATTTGAAATA--GAT-AA-T--TATTCA-AATA-GTCATAACT-A-TTTGAACTTGTT
**
141667 C-AAAAACA
172 CGGTAAACA
* * **** * * ** * *
141675 -ATTT-TTTTATAACAAAACGAAAAGTCA-TAACGATTTGAAATAGAAATTATTCAAA-TGGCCA
1 GATTTATTTT-T--TAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTG-AAT----ATTAAT-AAATTAG---
* * * ** * * * * *
141736 TAACTATTTTATTCTAAATAAAATAGTGTGAATAGAACCAATTGTTTGATAACAAAACAAAAAGG
53 T-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGG
* * * * * *
141801 TTGA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAA-ATGATTTGGTAAA
116 -TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA
141864 CA
179 CA
* * * * *
141866 AATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGCTTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * ** *
141930 TTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--AAATAATGATTTG
64 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * *
141993 AAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
** * * * *** *
142045 GAATTT-TTTTAAAAATCTCTTAGTTATGAATTTCCAAACTATTATTAAATTAGTATTATTTT-T
1 G-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * * * * * **
142108 TTCTAAATAAATTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATAATTT
64 TT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * *
142173 GAAATAGATAATTCTTCGAATAGTAATAACTATTTGAACTAG-TC-AT-AAC-
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * *
142222 TATTTAAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAAA
1 GATTT--ATT--TTT--T----A-A---ATCTTTT--A---CTTATTAATTTTTG-AATATT-AA
* * ** * * * * *
142287 AAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAATAATTGTTTTTTTACAAAA
45 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * ** * * ** *
142351 -AGAAAGGTAATAATGATTTTATTTA-ATAAGCTTGCATGTTAGAA-A-ACA-ATTGTTTTATGA
109 CA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA--TT--AT-TCA-AATAGTCATA-ACTATT-TG-
*** ***
142411 CAAAACGAAAGGTAATA-A
164 -AACTTGTTCGGTAA-ACA
* * * * * *
142429 TGATTTGAAATAGATAGTTGCTCAAATGGTCATAATTATTTTATTTGATTTGGTGAACTAATTTA
1 -GATTT---AT---T--TT--TTAAA---TC-T-TTTA-CTTA-TTAATTT-TTGAA-T-ATTAA
*** * * * ** * *
142494 TTTTTTA-AATCTCTTATTAATTTTTGAA-ATA--TTAGTA--AAGTAG-TATTATTTTATTTTT
45 TAAATTAGTAT-TATT-TT-A-TTTTGAATA-AGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGT-TTTAT
* * * * * * * *** * * * * *
142552 GGA-TAAGCTTTTATA-CTGA-AAC-AATTGTTTTATGACAA--A-ACAAAAATTCATAACGATT
102 -GACAAAAC---AAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
142610 TTAAATATATAATTGTTTAAATA
162 TGAACT-TGT--TCG-GTAAACA
* * * * * ** * *
142633 -ATCATAACTATTTGAA-CTTGTTTACTAAACAGATTTGTT---T-TTCAAATCACTT-GCTTAT
1 GAT--TTATTTTTTAAATC-T-TTTACTTATTA-ATTT-TTGAATATT--AATAAATTAG--TAT
* ** * * *****
142691 TACTTTTAAAAATATTAATAAATCAGTATTTTTTTATTTTGAAAGTTTTGCATGAACAGAAACAA
56 TA-TTTT----AT-TT--TGAAT-A--A-GCTTGTA---TG-AA---TAG-A--AACAATTGT--
* * * * * **** * * * * *
142756 TTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACT
97 TT-TATGA-CAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* *
142821 AATTGAA-TTGATTCGATAAACA
159 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* * * ** * * *
142843 AATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTGTT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
142908 TTTAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
65 TTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * *
142972 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACCA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CA
* **
143025 -ATTTATTTTTTTAAA-CTTCTT-CTTATTAATTTTGGAAATATTAGGAAATTAGTATTATTTTA
1 GATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
143087 TTCTAAATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTCTTTTACGTCAAAACAAAAGCTCATAACGATTT
63 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * *
143152 TAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAGA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* ** *
143205 GATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTCCAATA--AAT---TTA-AATTATTTTATTT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
143264 TGAATAAGCTTATAAG-ATATGAAACAAATATTTT-TGACTAAACGAATGGTC---A--A---GA
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* * * ** * *
143319 AATAGGTAATTATCCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACA
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* * * ** * *
143370 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATATTTAAAATATTATTAAATTAGTATAATTTT-TA
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
* * * * * * ** *
143434 GTCGAATAAG-TTCCTATG-ATCATAAATAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAGACCTTAACGATT
64 TTTGAATAAGCTT-GTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * *** *
143496 TGAAATTGATATTTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATA
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*
143550 GATTTATTTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
143611 TCGAATAAACTTGCAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
143675 AAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* **
143727 GATTTATTTCTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
143791 TCT-ATCTAAGCTTGTATTAACT-GAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAATG-CTATAAAGA
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* * ** * * * **
143853 TTTTAAATAGACAATTGCTAAAATAGTAATAACTATTTGAACTTTTTTTGTAAACA
125 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * * * *
143909 AATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTACTTTTTCAAATATT-ATTAATT-GATATTAATTT
1 GATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT
* * * * * * *
143971 ATTTTGAATATGCGTGTATGAACT-GAAACAATTCTTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATGAT
62 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* ** * * **
144035 TTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGT-ATTAACCATTTAAAC-TGATTCAATAAACA
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* * * * * * *
144090 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTATTAAATTGGTGTTATTTTAAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * *
144155 CCGAATAAGCTTGTAT-AGATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTG
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* * *
144218 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCG
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144263 AAAAGTTATA
Statistics
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TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
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141798 AGGTTGAAAC
* * *
141808 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AACAATTTGAAAT-GATTTGGTAAACAAATTT
1 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAACAAATTT
* * * *
141871 ACTTTTTAAATCTCTTA-TTGCTTAATTTTCTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
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125 AAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAAATAAT
* * * * * *
141987 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTT-
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* *
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* * * * * * * **
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* *
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142289 AATTAATATT
* * * *
142299 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTT-GAAAAATAATTGTTTTTTTACAAAAAGAAAGGTAATA
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64 ATG
*
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66 G
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1 ATTT
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ATTTTATTTAAATAAGCTTGCATGTTAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAGAAAGGTAATAAT
G
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142384 GCATGTTAGA
* * * * *
142394 AAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGCTCAAATGGT
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * **
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * *
142750 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
142930 AAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
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* * * *
142995 CATAACTATTTAAATTTG-TTTGGTAAACCAATTTATTTTTTTAAA-CTTCTT-CTTATTAATTT
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* ** * * * * *
143057 TGGAAATATTAGGAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATAAATTG
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* * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGT
* * * *
143176 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAGAGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * *
143341 TTTAACTATTTGAACT-AGTTC-AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATATT
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* * * * * * *
143404 TAAAATATTATTAAATTAGTATAATTTT-TAGTCGAATAAG-TTCCTATGATCAT-
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* * ** * * * *
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* ** * * *
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* * * **
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* * ** *
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* * * * * * **
143698 CATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAATAGATTTATTTCTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAA
66 CATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
143762 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTATTAACTG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * * *
143814 AAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAATG-CTATAAAGATTTTAAATAGACAATTGCTAAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* ** * * *
143878 GTAATAACTATTTGAACTTTTTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTACTT
64 GTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
143942 TTTCAAATATT-ATTAATT-GATATTAATTTATTTTGAATATGCGTGTATGAACTG
127 TTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * ** *
143996 AAACAATTCTTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGT
* * * *
144061 -ATTAACCATTTAAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
66 CA-TAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** *
144125 GAAAAATTATTAAATTGGTGTTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAT-AGA-TA
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTG
* * * *
144176 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGT
* * *
144241 CATAATTATTTGAACTGGTTCGA
66 CATAACTATTTGAATTGATTCGA
144264 AAAGTTATAA
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 285, Indels: 138
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Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
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170 1 0.00
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
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144317 TATCTATTTT
* * * * **
144327 AAATCGTTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTAGTTTGAAA
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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1 AAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATA-TAAGTTAGTTCAAA
* * *
144572 ATAAAATAATACTAATTTAATT-ATATTTTA-AAACTTAATAAC-CAAGAAAATTAAAAACAAAT
65 ATAAAAGAATACTAATTT-ATTAATA-TTTAGAAAATAAAT-ACGCAAGAAAATTAAAAACAAAT
* * ** * * * * *
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* * * *
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AAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTAATATAAGTTAGTTCAAAA
TAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATAAATACGCAAGAAAATTAAAAACAAATCTAA
TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTCAATAATTATTTATTGC
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144638 TTGCCAAGCC
* * *
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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*
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *** *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CA
* * * * * * * *
145785 ATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATTCAA
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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1 TAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *** *
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* ** * ** * * * *
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* * ** * * * *
146084 TAAGAGAATTAAAAAGTGTAT-TGGTTTA-CTAAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * ** *
146147 ATTTTCTATTTGAAATTGCTA-GATCCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
*
146211 AGCTTATTTC-AAATAAAATAATACA-AATTTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAG
128 AGTTTA-TTCGAAATAAAATAA-A-ATAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAG
* *
146265 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATCA-TTAAGACTATTTGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
146328 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCTTACA
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* * * *
146393 A-TCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTTATAAG
128 AGT-TTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
146447 TAAAAGATTTGAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATTGCCATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *** * * *
146512 TATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTCAATTTATATAAGC
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGT
* * * * *
146577 CTATTTGAAATAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAG
131 TTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AG
* * * * * * * * * * *
146628 TAAGAGAATTAAAATAATGACTTTGCTTACCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAATAA
1 TAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
146693 TTATCTATTT-AAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAG
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** * * *
146757 CGTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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* * * ** * * *
146809 TAA-A-ATTTTAGAAAATAAAGCTATTT-TTTGAATACGTTCAAATAGTTATGA-TATTTGAAAT
1 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AAC
* * * * *
146870 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCAAAC
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATAC
* * * * *
146934 AAGATTATTTGGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG
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* * * * * * * *
146988 TAAAAGATTTAAAAAA-AAAT-TATTTA-CTGAGCTAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * *
147050 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAA
* * * * *
147114 GTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAAG
129 GTTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
147167 T-TGAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTA
1 TAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * * *
147231 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAA
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* * * * *
147296 ATTATT-TATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-
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* * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
147408 CTATCTATCTCAAATCGTTAT-A-ATATTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTTTGTTCATACAA
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* * * * *** *
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* * * * ** *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
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* * * * * ** *
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130 TTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * ** * * * * *
147704 CAAGATATTAAAAAAATAAATTTGTTTACGGAATAAGTTAAAACAGTTATGACTATTTAAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * * * ** *
147769 TATCTATCTAAAATCACTATGACCTTTTATTTTATCAGAAAACAATTGTTTCAGATCATGA-AAG
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAG
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
147884 TATAAAGA-TTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATC-ATTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 TA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * ** *
147947 TTTATCTATTTCTAATAATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACTA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
** * * *
148012 GCCTATTCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
129 GTTTATTCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * *
148065 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACTAA-TTCAAATAATTATGAC--TTCG---T
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * ** * * ** * ** *
148298 TCTTTATTTTAAATTGTTATGAAATTTCGTTTTATTGTAAAATAATT-TTTTCAATTCTTACTAA
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATAC-AA
* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
148657 TCATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAGATAA----TCTTATTCA-A-AA
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* **
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*
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* * * * * * * * * **
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * * * **
149114 TAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTGGTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **** *
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149581 TAATATAAAT
Statistics
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0.75 0.17 0.09
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184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGT
TTATTCGAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
Found at i:146886 original size:17 final size:18
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Indices: 146845--146894 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
146835 TTTGAATACG
*
146845 TTCAAATAGTTATGATAT
1 TTCAAATAATTATGATAT
* *
146863 TTGAAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAATTATGATAT
*
146880 TTCAAATCATTATGA
1 TTCAAATAATTATGA
146895 CCATTTATTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 2
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Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATGATAT
Found at i:149189 original size:181 final size:182
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Indices: 148704--149584 Score: 777
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 182
148694 ATAAGATAAT
* * ** **
148704 CTTA-TTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATGGATTT-A
1 CTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* ** * * *
148767 AAAATAGAATCT-TTTAGCCTAACCAA-TGCAAATA-TATATGACTATTTGAACAATTATTTAGT
65 AAAATA-AATCTATTTA--CTAAACAAGTTTAAATAGT-TATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * **
148829 TCAAATCATTATAACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTAT-TTCTGTTTGTACAAG
126 TTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATTCTGTTCATACAAG
* * * * * *
148885 CTTATTTGAAATAATATAATTCTAATTTATCAATATTCTAGAAATT-AT---TAAAAGATTTAAA
1 CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * *
148946 AAATAAATCTGTTCACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATCTATTTTAAA
66 AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA
** * * * * * *
149011 TCACTATAACCTTTTGTTTTGCCATAGAATAATT-TATTCTATTCACAGAAG
131 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATTCTGTTCATACAAG
* * * *
149062 CTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAA
1 CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * ** *
149127 AAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATAACTGGTTGAACAATTATTTATTTTAAA
66 AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA
* *
149192 TTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TT-TGTTCATACAAG
131 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATTCTGTTCATACAAG
* * * * * * *
149242 CTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGATAATTAATAAGTAAAATATTTTA
1 CTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * * * * *
149306 AAAATAAATATATTTACTGAACAAGTCTAAATAGTCATAACTA-TTGAATAACTATCAACTTCAA
65 AAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAA
* * * *
149370 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTA-CCGGTTCATATAAG
130 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATTCTGTTCATACAAG
* * * * * * *
149422 CTAATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAA
1 CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * * * *
149487 AAATGAATCTGTTTACGAAACAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGGACAATTATTTATTTCAAA
66 AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA
* * *
149552 GCGTTATGACATTTTGTTCTGTCATAAAATAAT
131 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
149585 ATAAATTTAT
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 122, Indels: 32
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
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182 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA
TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATTCTGTTCATACAAG
Found at i:149933 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 149687--149987 Score: 440
Period size: 146 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
149677 GTTATTTATT
* * * *
149687 TCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
1 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
149752 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAAATTTAAGAAATAGATT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT
*
149817 TGTTTACCAAGCAAGC
131 TGTTTACCAAACAAGC
* * *
149833 TCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTTGG
1 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGA
** ** *
149898 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT
*
149963 TGTTTACCAAACAAGT
131 TGTTTACCAAACAAGC
149979 TCAAATAGT
1 TCAAATAGT
149988 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 18, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
146 137 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACCAAACAAGC
Found at i:150199 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 150155--150200 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
150145 ACTGAACCAA
*
150155 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAATTAT-ACTAT
*
150174 TT-GAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAATTATACTAT
150190 TTCAAATAATT
1 TTCAAATAATT
150201 CTGATTTTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 4
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
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19 2 0.09
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Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATACTAT
Found at i:150517 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 150324--150835 Score: 491
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
150314 AATAGTTAAG
* * * * *
150324 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** *
150389 TAGTTCATACTAGCTTGTTTGGAATAAAA-AAT-TAATTTATTAACATTAGAAAAATTAATAAGC
65 TAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGA
150452 AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGAGATC-
130 AAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTACTGAACAAGCTCAAATAGAGA-CA
* * * *
150503 ACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * *
150567 TTAGTTCA-AAAAAATGTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTA
64 TTAGTTCATACAAGCT-TATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * * **
150631 AGAAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTTTGAACCAGTTCAAATTGTTACA
127 AGAAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGAGACA
* * * * *
150684 ACTATTTAAACAAATATCAATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTT-GTCATAAAAACAAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTAGTCAT-AAAAC-AATTGT
* *
150748 TTCTA-ATCATACAAGCTTATTTGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAA
63 TT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAACATTTCAAAAATTAA
*
150811 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
125 TAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
150836 ATTGTTGGCC
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 50, Indels: 26
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 65 0.24
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181 66 0.25
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183 6 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTT
AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAA
AGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGAGACA
Found at i:158253 original size:67 final size:68
Alignment explanation
Indices: 158168--158304 Score: 195
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
158158 TATCTATTTC
* * *
158168 AAATCGTTATTACATTTCATTTTCTCATAAAATAATTGCTTTTCAATATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTATTACATTTCATTTTCTCATAAAACAATTACTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
158233 TAA
66 TAA
* * * * *
158236 AAAT-GTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACCTATAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCGTTATTACATTTCATTTTCTCATAAAACAATTACTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
158300 TAA
66 TAA
158303 AA
1 AA
158305 TAATACTAAT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 8, Indels: 1
0.87 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
67 57 0.93
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AAATCGTTATTACATTTCATTTTCTCATAAAACAATTACTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
TAA
Found at i:158683 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 158254--160733 Score: 1753
Period size: 180 Copynumber: 14.0 Consensus size: 179
158244 TTACCTTTCA
* *** * * * *
158254 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACCTATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* *
158318 TTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAA
65 TTAATATTTTAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAA
* *
158379 ATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTG
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC-TTTG
* * * * * * * *
158431 CTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTC
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT-
* * * * *
158495 A-TAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATCTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCA
64 ATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCA
* * * * *
158559 AACAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-GAACCTTTG
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTG
* * * * * * *
158611 TTTTGTCATAAGATAATTATTTTGGCTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTGT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
158676 TAATATTTTAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTATATTTACCGAACCATTTCAAA
66 TAATATTTTAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAA
* * * * ** * **
158741 TAAG-TATAACTATTTGAATAATTGTCTTTTTCAAATTGTTATTATTTTTTG
130 T-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTG
* * * * *
158792 TTTTGTGATAAAACAATT-TTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
158856 TAATA-TTTAGAGACTTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCATTTCAA
66 TAATATTTTA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAA
* * * * * * * *
158920 ATATTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATAAACTTT-
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTG
* ** * * * * * *
158970 TAATAAT-ATTCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAAATAATACTAATT
1 T-TTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATT
* * ** ** ** *
159034 TAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAAAATAAATCT-AAT-GCGAAACCAGTT
63 TATTAATATTTTAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACCAGTT
* * * **
159096 CAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCACTG
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTG
* * * * * ** *
159150 CTTTTGTCATAAAATAAAT-TTTTTATTCGTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTA
1 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
159214 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-GAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAT
65 TTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAA
* * ** *
159278 ATAGTTAAGATTATTCAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTG
* ** * * * *
159330 TTTAGTCATAAAACAATT-TTTTATGTTCATACAAACTTA-TCTGGAACAAATTAACACT-ATGT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAAT-T
* * * * * * * *
159392 TATCAATGTTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGCTTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT
63 TATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTT
* ** * * *
159457 CAAATAGTTGTTCCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTA
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTG
* * * * * * *
159512 TTTTGTCATAAAACAATTGATTTAGCTAATACAAGCTTATACGGAATAAAATAATACT-ATTTA-
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * *
159575 CAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAATTAAAA
66 TAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAA
* * * * * *
159640 AAATTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTG
130 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTG
* * * * *
159691 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGTTCATT-----T--GA-AATA--AA---A-
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
159742 TAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAGCAATTAAAA
66 TAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAA
* * * * * *
159807 CAGTTAAGACT-TTATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCCTTTG
130 TAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTG
* ** ** *
159858 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTAAGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * *
159923 T-A-A---T--AAGT-A-AA-T----GATTTAAAATGTGAATCTGTTTACTGAATCAGTTGAAAT
66 TAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAAT
* * * * * *
159974 AATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTT-
131 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTG
* ** * * **
160022 TTTCTGGTCATATAACAATTGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TT
1 TTT-T-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
160086 -TTAATCTTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTATTTTA
64 ATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCA
* * * * ** * *
160147 AATAGTTATGACTGTATGAACCATTGTAAACTTCAAAATCATTATAACCTTTTG
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACC-TTTG
* * * * * *
160201 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * *
160266 TAATATTCCAAAAATTAAT-AGCTAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAA
66 TAATATT-TTAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAA
* * * * *
160330 ATAGTTAAGACTATATGAACAATGATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTG
* * ** * * * *
160382 TTTTGCCATAAAATAATT-TTTTAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * **
160445 TTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAATTAGTTCAA
65 TTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAA
*
160510 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTG
* * * * * ** *
160562 TTTTATCATATAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTGGGAATAAAATAATACTAATCCTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-TTA
* * *
160627 TTAATA-TTTAAAA--AATTAA-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAA
65 TTAATATTTTAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAA
* * * * *
160688 ATAGTTATGACTACTTGAGCCATTATTTACTTCAAATCATTATGAC
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
160734 TTTTTGTTCT
Statistics
Matches: 1805, Mismatches: 405, Indels: 185
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.00
165 9 0.00
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* * * * * ** ** *
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* * * * * * * *
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64 TAAT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAGTTCA
* * * * ** * ** *
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** * * * *
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* * * * * ** * * ** *
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* * * * * *
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** ** * * * * * ** ***
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* * ** *** * ** * *
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* * * **
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* * * *** *
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* * * *
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251 AAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAATTAAG
* * *
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* * * * *
159330 TTTAGTCATAAAACAATT-TTTTATGTTCATACAAACTTATCTGGAACAAATTAACACT-ATGTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAAT-TT
* * * *
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* ** * * *
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125 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * *
159523 AACAATTGATTT-AGCTAATACAAGCTTATACGGAATAAAATAATACTATTTACAATATTTCTAA
190 AACAATT-ATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTATAATATTTCAAA
* * * * * *
159587 AATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAATCAATTAAAAAAATTATGGCT
254 AATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAATTAAGACT
* * * *
159651 AT-TTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTG
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* * * *
159691 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGATCATAC-AAGTTCATTT-G----AAAT-AA--AA-TAAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTT-ATTTGGAATAAAATAAACTAATTTAT
* *
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* * * * * * *
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* * *
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** ** * * * * * *
159922 TTAATAAGTAAATGATTTAAAATGTGAATCTGTTTACTGAA-TCAGTTGAAATAATTATGGCCAT
256 TTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAATTAAGACTAT
* *
159986 GTC-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-
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* * * * *
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1 TT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTTA
* ** * * *
160087 TAATCTTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTATTTTAAA
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* * * * ** * *
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128 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * * *
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192 CAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AT-TTATAATATTTCAAAA
* * *
160279 ATTAAT-AGCTAAGAGG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTAAGAC
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* * *
160341 TATAT-GAACAATGATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
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* * * * * * *
160382 TTTTGCCATAAAATAA-T-TTTTTAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAAACT-AATTTA
* **
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* * *
160508 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAT
125 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * *** * *
160573 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTGGGAATAAAATAATACTAATCCTATTAATATTTAA
190 AACAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AT-TTA-TAATATTTCA
* * * * *
160638 AAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATG
252 AAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTCAGTTCAAATAATTAAG
* * * * *
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* * * ** **
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* * *** * * * * *
160791 CTAAAATTTCAGCTATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACTA-TAT
64 -T-AATTTTGAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGT-T
* * * * * *
160853 CAAATCA-TTATGACTTTTTG-----TTGTC-A--T-AAA--A-AAAGAAC-TAT-TTTTGTTCA
124 CAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCA
* * * * * * *
160903 TATAAGC--TTATTTGAAATAAAATAATACTAAG-TTATT-AATATTCCAAAA-ATTAATAATTA
187 TA-AAACAATTATTT-AAGT----TCATAC-AAGCTTATTCAA-AAT--AAAATAATACTATTTA
* * * * * * ** * ** **
160963 -AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGA-AT-AAATTTAAA--TAATTA-TG-ACT-A-TTC
242 TA-ATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTC
* ** * * *
161019 AAACAATT-A-TTTAT-TTG----A--A---ATTGC---T-A-T-T-ACCTTTAG
305 AAATAATTAAGACTATATCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * * ** *
161055 TTTTGTCATAAAATGATT-TTTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTTA
* * * *
161119 TTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTT
64 -TAATTTTGAA-A-AATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTT
* * * ** * *
161181 CAAATCA-TTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTATTTTGTCAT
124 CAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * *
161245 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
188 AAAACAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTA-TAATATTTC
* * * * * * *
161310 GACAATTAATAAGTTAAAGG-TTTAAACAAATAAATATATTTGCTGAAC-AAGTTCAAAT-ATTC
251 AAAAATTAATAAG-TAAGGGATTTAAA-AAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAATT-
** * *
161372 ATA-ACTAT-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTC
313 A-AGACTATATCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * ** * * * *
161418 TTTTATAATAAAATAATTATTTCAGTTCATATAAGCCTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTTGGAA-TAAAATAA-ACTAATTTA
* * * * *
161482 TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAA-GAATTTGTTTA-TCGAATAAGTTC
64 -TAAT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTC
* * * * * * *
161545 AAATAGTTATGACAATCTAAACAATTATATATTTCAAAAC-TTATGACCTTTTGTTCTATCATAA
125 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** ** * * * *
161609 AACAATTGGTTCTGTTCATGCAAG---AAT-AAAAT--AA-CATAC-ATTTATTAATATTCCAAA
190 AACAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTA-TAATATTTCAAA
** * * * * * ** *
161666 AATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATATATTTGTTTTCTTAACAC-GTTCAAAT-GTTTTGGCT
254 AATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAATTAAGACT
* *
161728 AT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
319 ATATCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
161768 TTTTTTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTTA-
* ** * * * * * *
161833 TAAAATTCCAAAAATTAATAAGT-AGAATATTCAAAAAATAAATCTGCTTAC-CAAGCGAGTTCA
64 T-AATTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGT-TTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCA
* * * * *
161896 AATAGTTATGTCTATTTGAATAATT-TCTTAGTTT-AAAT-AGTTATAATCATTTGTTTTGTCAT
126 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TA-TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
161958 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATGATACTATTTTATTATTATTA
188 AAAACAATTATTT-AAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-TTTA-TA--A-TA
** * * * * * * * * *
162022 TTAAAAAAATTAATGAGT-TGTAGACTTAAAAAATTAATTTGTTTACT-AAATAAGTTCAAAGAG
247 TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-GGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAA
* * * * ** * ** *
162085 TCATATGTCCAT-TTGAATTATTATCCATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
311 T--TAAGACTATATCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* ** * * * *
162135 TCTTGTTGTAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAACACTAACTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTTA
* * ** * * * * *
162199 TTAATGCTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAACCTAAATATGTTTATTGGACCAGTTCGA
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* * * * * * * *
162260 ATAATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATC-TTTGTTTTATCATAAAA
127 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
162324 CAATTGTTT---CT-ATTA-AAGCTTCTTCAAATTAAAATATTACTAAACTAATAATA-TTCTAA
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* ** * * * *
162383 AATTAATAAGTAAGAGATGAAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC-CAGTTCAAATAGTTAAGATT
254 AATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAATTAAGACT
* * * * *
162447 AT-TAGAACAATAATCTTTTTAAAATCATT-TGACCTTTTAA
319 ATATCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-G
* * ** ** *** * *
162487 TTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAACAAAATAATACTATTTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTTA
* ** ** * * * * * *
162551 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACAGAATAAATACAA
64 -TAA-TTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAA
* * ** * *
162616 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTATAATAAAA
127 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** *
162681 CAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAA-AAAATAATA-TAACTTTATTAATATTTCAA
192 CAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACT-A-TTTA-TAATATTTCAA
* * * ** * * *
162743 AGATTGAGAAGTTTGGAGATTTAAAAAATAAATTAG-TTA-TCGAA-TTAGTTCAAATAAATATA
253 AAATTAATAAGTAAGG-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTCAGTTCAAATAATTA-A
* * * *
162805 G-CCAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG
315 GACTATATCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * ** *
162848 TTCTATCATAAAA-TATTAGTTTTTCATCATATAAGCTTATTCAGAAT-AAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGATCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTTA
* * * * * *
162911 TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTATGAGATTT-AAAATATAAATCTGTCTA-TAGAACCAA-TT
64 -TAAT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAA-CAAGTT
* *
162973 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATGATTATTTGAACAACTATATATCTCAAATCGTTATA
124 CAAATAGTTATGACTATTTGAAC----A--ATTA--T------C--TAT-T-TCAAATCATTATG
* ** **
163038 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATAC
171 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
163103 TAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC-CAAC
236 T-AT-TTATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
* * * * *
163166 -CCGATTCAAAT-AGTAAGGCTATAT-GAATAAATAT-TAATTTCAAATCATTATGA-CTTTTG
298 TCAG-TTCAAATAATTAAGACTATATCGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * ** * *** *
163225 TTTTATCGTAAAACAAATATTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTTA-
* ** * *
163290 TAATATTTTG-AAAATTAATAA--AAGA-TTT--AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTTAA
64 T-A-ATTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAA
* * * * * *
163349 TTACTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA
127 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
163414 TAATTGTTTCTA-TT-A-A-TAGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAA
192 CAATTATTT-AAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTA-TAATATTTCAA
* ** * ** * * *
163475 AAATTAATAAGTCATAGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCTTG-AC-CAATGT-AAATAGTTATG
253 AAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-TGAACTCAGT-TCAAATAATTAAG
* * * *
163537 ACTGT-TTGAACAATTATCTATTTC-AA--A-T-TGACTTTTTC
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* * * * * * * * *
163575 TTTTGTCAGAAAATAGTTATTTCT-ATTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-ACTAATTT
* * * * *
163638 GTTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAATTGAAA-CTGTTTATTGAACAAGTTC
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* * * * * * *
163698 AAATTGTTATGATTATTT-AACAATTACCTATTTTAAATCACTA-AACCTTTTATTTTGTCATAA
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* * ** *
163761 AAGAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAATTAA-AAAA-AATACAAATTTATTAATATTT
190 AACAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTA-TTCAA--AATAAAATAATAC-TATTTA-TAATATTT
* ** * * * * * *
163824 -AGATGAA-TAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTACCG-AGTAAGTTTAAATAGTT
250 CA-A-AAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTCAGTTCAAATAATT
* * * * *
163886 ATGAATAT-TTGAACAATTA-CTTATTTTAAATTGCA--ATGACTTTTTG
313 AAGACTATATCGAACAATTATC-TATTTCAAA-T-CATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * *
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164121 ATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAGTCTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAA
191 ACAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT--ATTTA-TAATATTTCAA
164185 TAGTCATAAC
Statistics
Matches: 4241, Mismatches: 965, Indels: 735
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
315 11 0.00
316 1 0.00
317 2 0.00
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319 1 0.00
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321 1 0.00
322 4 0.00
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * **
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* * **
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** * * * * * *
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* * * * *
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* *
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*
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*
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *** * * * * * * * *
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** ** * * * ** *
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* ** * * *
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1 -TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTA
** * * * * * *
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* * * * * * *
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127 ACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * ** * *
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1 TTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAA
* ** * * * * * *
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* * * * *
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128 CAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATT
*** * * * *
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1 -TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTA
* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* *** ** * *
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* * * * * *
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** * *
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1 --TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* ** * * *
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*
162992 GAACAGTTATGATTATTTGAACAACTATATATCTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
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172 AATAATT
** ** * * *
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1 -TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTA
* * * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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1 TTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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124 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * * *
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1 -TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** * *
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126 AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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*
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* * ** * * *
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*
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** * * * ** ** * **
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* * * * * *
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* * * * **
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* * **
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* * *
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* * * * * * * *
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** * * * ** * * * * **
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166142 -A-T-A
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* * * *
166145 AA-AGTTCATAACGATTTGAA-TAAAGAAGTGTTCATATAGCCTTAGCTATTTGAATTAGTTTGG
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* * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * *
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* *
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*
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * *
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* ** * *
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** * ** * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
169278 AATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATA-CAATGAAAAACA
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* * * * * *
170215 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATTATGTTTTGAATTCGATAATTATTTA
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* * * * ** *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTA
* * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * ** * *
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128 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *** *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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*
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* * * ** * *
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* *
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** * * *
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* * *
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*
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* * *** * * *
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* *
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* * *
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** * *
167633 TTAAAT-TTATT-CTTATTAATTTTTGGAACATTACTAAGTTTATATTATTTTATTTGAAATAAG
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**
167696 CTTCCATAGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTCTTAACATAGATA
127 CTTGTAT-GAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGT-TTAA-ATAGATA
** * * * *
167761 ATTATTCGGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTT
188 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTTTT
* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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** * * * * *
168060 CATATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAGGAAT-TTGAAATAAATAA
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* * ** ** *
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189 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
* *
168189 TTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACA
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* ** *
168252 GAAAAAATCCTTTTATGAC-AAACTAAAAGGTTATAATGATT
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** * * * * * * * * *
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1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTT
* * * * * * ** *
168358 TAAAATCTCTTAATCATTAATTTTCAGAATATTAATCACATAGTATTATTTTATTTCG-AATAAC
65 T-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAG
* * * * **
168422 CTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTAAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATA
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* * * * *
168486 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTTAAATTTTT
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*** * * *
168551 TACTTATTAATTGTCAAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAAC
250 TACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-
* * * * * * *
168616 T-GAAGCAATTATTTTATTACAAAAGAATAGGTCAAAATAATT
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* * *
168658 TGAAATAGATAATTACTT-AAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTT
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* * * * ** * *
168722 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCG
65 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCT
* * * * **
168787 TGTATGAATAAAAAATATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AGTAAT
129 TGTATGAACAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGTTT-AAATAGA-TAAT
** * * * *
168851 TGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGATATACAAATTTATCTTTTAAATC---T-C
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* * * * * * * *
168911 TTATTAATTTTTGACATATTAGTATATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTAAATGAAGAAA
253 TTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGA
* * * * *
168976 AACATTTGTTTTACGATAAAACAAATGGTCATAACGATT
317 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * ** * * *
169015 TAAAATAGATAATTATTCATAGAGCCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAAAAAACTTATTTTT
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* * * * *
169080 GAAATCTCTTATTTATTAATTTTCATAATATT-ATTATATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAG
66 -AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAT-TTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAG
* * * *
169143 CTTGTGTGAACATAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAA
127 CTTGTATGAACAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTT-AAATAGATAA
* * * * * * * **
169208 CTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAAC-TGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
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* * *
169272 C-TAGTTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATA-CAATG
252 CTTA-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT-
* * * *
169334 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTCATAATGACT
314 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * **
169376 TGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAATTGATTCGATAAATTGATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAGATTTATTTT
*** * * * * * *
169440 TAAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTTG-CATAAG
65 T-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAG
* * * *
169504 CTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
127 CTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--TTTAAATAGATAA
* * * * * ** *
169569 TTATTCAAATAGACTTGACTATTTGAATTTATTCAATAAAC------ATTTTTAAATTTTTTACT
189 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACT
* * *** *
169628 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TA-TATTTTTTTACTT-TGGATAAG-TATGTATGAACT
254 TATTAA-TTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCT-TATATGAA-T
* * * *
169689 -GAAATAATTAG-TTTATGA-ATTAACAAAAGGTTAGAATGATT
314 AGAAACAATT-GTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * ** **
169730 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAA-TTATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTT
* * * * * *
169793 TAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCTA-TACTTTACTCT-AAATAA
65 T-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA--TATTATTTTA-TTTGAAATAA
* * * *
169855 GCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAGATAAATA
126 GCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTAA-ATAGATA
* * ** ** *
169919 ATTATTCAAATAGTC---A-TATTTGAACTGGTCCGGTAAACTTATTTCGCTTTTAAA---TAT-
188 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTTTTA
* * ** * *
169976 CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATA-
252 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAG
* * ** * ** *
170040 AAA-TATTTTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAAAT
316 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* ** * * *
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*
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* * * * * * * *
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129 TGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTT-AAATAGATAATT
* * * * * **
170262 ATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTTTTTTTTACTTCTCTTT-CT
191 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTAAATCT-TTTACT
* * * *
170326 CATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTACAT-CAAATAAGCTTACATGAACT-G
254 TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAG
* * * *
170389 AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCAAAATGATT
316 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
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1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTT
* * * *
170494 TAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATATATTAATATTATTTTAATCTG-AATATA-
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* * * * * * * ** * *
170557 CTTTTATGAATAGAACTATTGTTTTATAACATAATAAAAAATCATAGTGATTTGAAATAAATAAT
127 CTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTT-AAATAGATAAT
* * * *
170622 TACTT-AAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTTGATAAATAGAGTTTATTTTTTAAATC-TTT
190 TA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGA-TTTA-TTTTTAAATCTTTT
* * * * * *
170684 --TT-TTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTTTTCCAAACAAACTTATATGAACA
251 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATA
* *
170746 -AAA-AATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCGTAACGATT
315 GAAACAA--TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * * *
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1 TGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTT
* * * * * ***
170852 TTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCTAATAAGC
64 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGC
* * * * * * ** *
170917 TAGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGCCATAACAAAAGGTCTTAACAATTTGCAATAGATAA
128 TTGTATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGTTT-AAATAGATAA
* * ** * * ** * *
170981 TTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAA-TTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
189 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * * * * * *
171045 CTTTTTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGAACAT
252 CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAG
* * * * *
171110 AAATAATTTTTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATT
316 AAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * ***
171151 CG--ATATACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTCAACTAGTTTGATAAGTTGATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTT
* * * *
171214 TAAATCTTATAC-TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGC
65 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGC
* * * * * * *
171277 TTGTATGATAAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAGATAGATAAT
128 TTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTT-AAATAGATAAT
* * ** * * *
171342 TATTGAAATTGTCATAA-TAATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAAT-TTTCTA
190 TATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTT-TA
*** *
171405 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-
252 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TA
* * * * * **
171469 GTAACAATTGTTTTATAACGAAACCAAAGGTAATAACAAATT
315 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATT
* * * * * * * * * *
171511 TTAAATAGACAATTGTTTAAATAGT-AGTAACTATTTCAATTTGTTTGGTAAATAAATTTTTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTT
171575 TA
65 TA
171577 TTTGGAATGA
Statistics
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TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
Found at i:168268 original size:543 final size:536
Alignment explanation
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164173 TTAATATTTC
* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * ** * * * *
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** * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* *
164686 ATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA
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* * * ** * *
164720 AGTAGTCATAACTACTTG-A-TT-GTGTT-CAAAAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTA
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* ** * * ** *
164780 TTAATTTTTGAAACATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AA
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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188 ATAACTATTTAAACTTGATTCA-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTT
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
165098 TAAACTTCTTCAGT-AA-ACA--TATTTTTTCAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAA
374 TGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT-TTAATTTTTG-AATATTAA
* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
165261 AATAGTCACAACGATTTGAACTT-GTTTAATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
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* * * **
165325 ATTGTCTTAAA-ATTAATAAATTTGTATTATTTT--TTTAAATAAGCTCGTATGAATAGAAACAA
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** * * * ** ** ** *
165387 TCATTTTATGACAAACCAAAAAGTTAT-AGCGATTCCAAATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAA
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* * * * *
165451 CTATTTAAACTTG-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAAATATCTTGA-TTATTAATTTTTAGA
192 CTATTTAAACTTGATTCA-TAAACATATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GA
* * ** *
165514 ATATTAATAGCA--TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATT-TTTTA
253 ATATTAATA-AATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA-GAA-CAAAAAAATTGTTTTA
* * ** * * * *
165576 TGAGAAAACAATAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTCAT
314 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * * * ***
165641 CTACTTTGATAAACATATTTA-TTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
378 CTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAATT-TTTGAATATTAATAAAT
* * * * ** *
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441 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACA-AAACA-A
* * *
165765 AA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTACAT-A
503 AAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCA
* * * * *
165798 AATA-TTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA---TAT-CTTATT
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* ** * * * *
165857 AATTTTCAAAATATTAATATCTTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAATGT
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*
165922 TTGTTTTATGACATAACAAAAATGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAA
119 ------TA-G--A-AAC---AA---TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAA
* * * * * * * * * *
165986 TAGATAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTGGTTTGACAAACA-AATTATTTTTTAAAT
167 TAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGATTCATAAACATATTTATTTTTTAAAT
** * * ***
166050 CTCCTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAAT
232 CTTTTACTT-ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-AT
* * ** * * * * * *
166113 AAGAGCTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTG-AATAAAGAAGTGTT
294 -AGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
166177 CATATAGCCTTAGCTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTAGTTAT
356 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-T
* * * * * *
166241 TAATTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAT
419 TAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATATGAACT-GAAAA
* * * * ** * * * *
166304 AATTATTTTATTATAGAACAAAAGG-CTATAACAACTTGAAATATATAATTGTTCA
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* * *
166359 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACTTAGTTTGGTAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * * *
166419 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAATAA
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* * * * ***
166483 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAA
128 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAA
* * * * * * * *
166547 TTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC-TGATTTATATTTTAAATCTCTAACTTGTCAATTTTTATAA
192 CTATTTAAACTTGATTC-ATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAA
* * ** * * * *
166610 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAAATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
254 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA-GAAC-AAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
166675 TAAAATACAAGGTCATAGTGATTTTAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAACTT
317 CAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
166740 ATTTGGTAAATAGA-TT-TTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
381 GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
166802 TATTATTTTATTTTGAAT-TAGTATATATGAGCT-AAAGCAACTGTTTTATGACTAAACAAAAGG
444 TATTATTTTATTTCGAATAAACT-TATATGAACTGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
166865 TCAAAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCT
507 TCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
166895 AATAGTTTTAACTATTTAAAGTGA-TTTGGTAAACACATTTATTTTTAAATC-CTTACTTATTAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACTTAGTTTGGTAAACATATAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * * * * * * * *
166958 -TGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAA
65 TTG-TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
* * * * *
167022 TG-TTTA-GA-ATAGAACAAAGA-T-ATAA-AGATTT---A-AGAT--GTGTTCAAATAGTCATA
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* * * * * **
167075 ACTATTTGAA-TTGGTTTAATAAAGAGATTTAGGTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGAAA
191 ACTATTTAAACTT-GATTCATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AA
* ** * * *
167135 TACTAATAAA-TTACTATTATTTTATT-CAAATTAATTTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTT-T
254 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTATA-GAACA-AAAAAATTGTTTTAT
* * *
167196 -AC--AACAAAA---C--AA----TGAAATAGATAATAT-TTCAAATGGACATAACTATTTGAAT
315 GACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
167248 TTGCTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
379 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAAT
* * * *
167312 TAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTAAGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
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*
167374 AGGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCA
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* * * * * *
167408 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAGTATTTTACGTATTA
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* * * * * * * *
167472 ATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAAT
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* * * ** *
167536 TGGTTTACGACAAAACAAATAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
129 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACT
* * * * * * *
167601 ATTTGAA-TGTGTTTAAAAAACAGATTTATGTTTTAAAT-TTATT-CTTATTAATTTTTGGAACA
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* * ** *
167663 TTACTAAGTTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCCATAGAACAAAACCAATTGTTTTATGAC
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* **
167728 AAAACAAAAGGTCATAATGTCTT-AACATAGATAATTATTCGGATAGTCATAACTATTTGAACTT
318 AAAACAAAAGGTCATAATGT-TTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
167792 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTTGTAATAATAATAAATTA
381 GTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * * * * *
167857 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAAAAATTGATTTATTACAAAACAAAAGGT
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* *
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* * * * *
168015 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCAAATAAGCTCATATGGATAGAAACAATTG
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* *
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* * *
168145 TTTGAACTTG-TTCATTAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT-AATAT
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* **
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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**
168465 CATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCA
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* * *
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* *
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* * * * * * * * *
168622 AATTATTTTATTACAAAAGAATAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTACTT-AAATAGTCAT
126 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAATCAT
* * * *
168686 GACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
190 AACTATTTAAACTTGATTCATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AA
* * * * *
168750 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCGTGTAT-GAATAAAAAATATTGTTTTATA
254 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGC-T-TATAGAACAAAAAA-ATTGTTTTATG
* ** *
168814 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AGTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
316 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGTTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
168877 TTAGTTTGATATACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTA---TTAATTTTTGACATATTAGTATATT
379 TT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTAATTTTTGA-ATATTAATAAATT
* * * * * *
168939 AGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTAAATGAA--GAAAAACATTTGTTTTACGATAAAACAAAT
442 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAA
*
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* * * * * * * * * *
169034 TAGAGCCT-TAATTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAAAAAACTTATTTTTGAAATCTCTTATTTATT
1 AATAG-TTATAACTATTTGAACTTAGTTTGGTAAACATA--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * * * *
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63 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC-A
* * * * * *
169161 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG-ATTTGAAATATATAACTGTTCAAATAATAATA
127 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATA
* * * **
169225 ACTATTTAAAC-TGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-TAGTTAATTTTTGAA
191 ACTATTTAAACTTGATTC-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATTTTTG-A
* * * *
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253 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAGAA-CAAAAA-AATTGTTTTAT
* * * * * * * *
169351 GACAAAGCAAAAGTTCATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAA
315 GACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * ** * *
169415 TTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTAAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAACAAAG
379 TTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
* * * * * * *
169480 TAATATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAA
441 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
*
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505 GGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
* * * *** *
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1 AATAG-TTATAACTATTTGAACTTAGTTTGGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* *** * * * * ** * *
169634 TTTTTTGAATGTTAATAGAA-TA-TATTTTTTTACTTTGGATAAG-TATGTATGAACT-GAAATA
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* * * * * * * *
169695 ATTAG-TTTATGA-ATTAACAAAAGGTTAGAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT
127 ATT-GTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCA
* * ** * * * *
169757 TAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAA-TTATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGA
189 TAACTATTTAAACTTGATTC-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
169820 ATATT-ATTAGTTTAGCTA-TACTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
253 ATATTAATAAATTTA--TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA-GAACAAAAA-AATTGTTTTA
* * * *
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* * * *** * *
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377 ACTTGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTAATTTTTG-AATATTAATAAA
* ** * * * * **
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440 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * *
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504 AGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
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1 AATAGTTATAACTATTTGAACTTAGTTTGGT-AA-ACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* ** * ** * *
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* * * * * ** * * *
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* * * ** *
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191 ACTATTTAAACTTGATTC-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GA
* * * * *
170340 ATATTAATAAA-TTAGTGTTATTTTACAT-CAAATAAGCTTACATGAACTGAAACAATTGTTTTA
253 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATA-GAAC-AAAAAAATTGTTTTA
* * * * * *
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314 TGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
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377 ACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAA
* * * * ** * * *
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** * * *
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* * *
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* ** * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * ** * * ** *
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* ** * * ** *
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376 AACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTTTAATTTT-TGAATATTAATA
* * * * * * * * * *
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* ** * * *
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** * * ** * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * ** * * *
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*** * ** *
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253 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA-GAAC-AAAAAAATTGTTTTAT
* * * * ** * * * *
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* * *
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AATAGATAATTATTCA
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** * * *
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AATGACTTTGAAAAATAAATAAGGCTCCTCTAAATAGAGGCTT
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*
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AAT
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AATAATAATAATAAAAA
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* * **
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** ** ** *
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* * *** * *
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* * ** ** *
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*** ** * * *
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Matches are distributed among these distances:
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ATCATAATATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATC
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ATGACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTCAAACAAACAATTGTTCAAATA
Found at i:177112 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 177073--177113 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
177063 ATAAGCTTCA
*
177073 ATGATCAAAAGCAATTGTTTT
1 ATGATCAAAAGCAATTATTTT
177094 ATGA-CAAAA-CAATTATTTT
1 ATGATCAAAAGCAATTATTTT
177113 A
1 A
177114 ACAATTTAAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.53
20 5 0.26
21 4 0.21
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
ATGATCAAAAGCAATTATTTT
Found at i:177133 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 176947--177598 Score: 456
Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
176937 GATTAAAATA
* ** * **
176947 GATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TGGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC
1 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
177011 TCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTGGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCAAT
65 TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT-ACCAAATAAGCTTCAAT
177075 GATCAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAATTATTTTAACAATTTAAGATT
129 GATCAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAATTATTTTAACAATTTAAGATT
* * * *
177127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
1 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * ** **
177192 GTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
66 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATACCAAATAAGCTTCAATGA
* ** * * *
177257 TCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGTA-ATA
131 TCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATTA--TTTTAACAATTT-AAGATT
* * * * * *** * * *
177307 GATAATCATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTAA-ATCATAAACAGATTCATTTTTTAAATT
1 GATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC
* * *** * * ****** ** *
177370 TCTTACATAATAATTTAGGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTTTAAGCTTGTATT
65 TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATACCAAATAAGCTTCAATG
* * * * * * *
177435 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAA-AAGGTTATAATGATTTTAA-ATT
130 ATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATTA--TTTTAA-CAATTTAAGATT
* * * * * * * * *
177487 GACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATC
1 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTT-AAATC
* * * * * *
177552 TCTTTCTTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
65 TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
177599 TTTGAATAAG
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 86, Indels: 20
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 97 0.26
180 212 0.57
181 24 0.06
182 41 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATACCAAATAAGCTTCAATGA
TCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATTATTTTAACAATTTAAGATT
Found at i:177723 original size:721 final size:718
Alignment explanation
Indices: 176390--177907 Score: 1669
Period size: 721 Copynumber: 2.1 Consensus size: 718
176380 ACAAAAGGTA
* * * * ** * * * * *
176390 ATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATTGCCATAATTATTTGCATTGATTCGGTAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGA
* * * * * *
176455 TTCACTTTTTAAATCACTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAATATTATTTTGTTTCA
66 TTTATTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAATATTATTTTATTTCA
* * * *
176520 AATAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCAAAATGGTTTTAAATA
131 AATAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTTAAATA
** * * * *** *
176585 GACAATTGTTTAAATAGTCATAAGCATTAGAATTTGTTCAATAAAAAAATTTATTTTCTTAAACT
196 GACAATCATTCAAATAGCCATAAGCATTAGAACTAAATCAATAAAAAAATTCATTTTCTTAAACT
* * * * * *
176650 CTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA
261 CTTACATAATAATTTAGGAAATACTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGTATGA
* *
176715 ACTGAAACAATTGTTTTATGTCCAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAA
326 ACTGAAACAATTGTTTTATGTACAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAA
** * * ** * * *
176780 TGGTAATAACTATTTTAGGTTGTTTGATAGACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAAT
391 TAATAAAAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAAT
** *
176845 TTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATA
456 TTTTCAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATA
* * ** *
176910 TTTCATGACTAAACAAGAGGTCAAAATGATTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATT
521 TTTCATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
* **** * * ** *
176975 TGAATGGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATT
586 TGAATGAGTCCAACAAACACATTTA-TTTTTAAA-ATCTTACTTACAAAATTTTGAAATATTATT
* * * *
177040 AAATTGGTATTATTTTTAA-CCAAATAAGCTTCAATGATCAA-AAGCAATTGTTTTATGACAAAA
649 AAATTAGTATTA-TTTTAATCCAAATAAGCTTCAATGA--AAGAAACAAATGTTTTATAACAAAA
* *
177103 CAATTATT
711 CAAATATC
*
177111 TTAACAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAG
1 ATAACAATTTGAA-ATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAG
** *
177175 ATTTATTTTTTAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATAATATTATTTTATTT
* *
177240 CAAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGT-
129 CAAATAA-CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTT-TA
* ** ** * *
177303 AATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTAAATC-ATAAACAGATTCATTTT-TT
192 AATAGACAATCATTCAAATAG-CCATAAGCATTAGAACTAAATCAATAAAAAAATTCATTTTCTT
* * * **
177365 AAATTTCTTACATAATAATTTAGGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTTTAAGCTT
256 AAA-CTCTTACATAATAATTTAGGAAATACTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTT
* * ** **
177430 GTATTAACTGAAACAATTGTTTTATG-ACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGACAATT
320 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTACAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATT
*
177494 GTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-C
384 GTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCT-TTTGC
* * *
177558 TTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTG
448 TTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-TG
* * * * * *
177622 AAACAATTATTTTATAACTAAGCAAAATGTCAAAACAATTTGAAATATG-TAATTGTTCTAATAG
512 AAACAAATATTTCATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAA-TTAAAATA-GATAATTATTCTAATAG
* *
177686 TCTTAATTATTTGAACT-AGTCCAACAATCAC-TTTATTTTTAAAATCTTACTTACAAAATTTTG
575 TCTTAACTATTTGAA-TGAGTCCAACAAACACATTTATTTTTAAAATCTTACTTACAAAATTTTG
* * *** *
177749 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTTTGAAAGGAAATAAATGTTTTA
639 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCAATGAAA-GAAACAAATGTTTTA
*
177814 TAACAAAATAAATATC
703 TAACAAAACAAATATC
* * * * * ** **
177830 ATAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTCAACTTGTTTGAAAAATAGA
1 ATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGA
177895 TTTATTTTTTAAA
66 TTTATTTTTTAAA
177908 ATTTTTAATT
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 124, Indels: 34
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
717 2 0.00
718 6 0.01
719 137 0.21
720 22 0.03
721 344 0.52
722 133 0.20
723 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (718 bp):
ATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGA
TTTATTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAATATTATTTTATTTCA
AATAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTTAAATA
GACAATCATTCAAATAGCCATAAGCATTAGAACTAAATCAATAAAAAAATTCATTTTCTTAAACT
CTTACATAATAATTTAGGAAATACTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGTATGA
ACTGAAACAATTGTTTTATGTACAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAA
TAATAAAAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAAT
TTTTCAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATA
TTTCATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
TGAATGAGTCCAACAAACACATTTATTTTTAAAATCTTACTTACAAAATTTTGAAATATTATTAA
ATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCAATGAAAGAAACAAATGTTTTATAACAAAACAAAT
ATC
Found at i:177919 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 177895--177930 Score: 63
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
177885 GAAAAATAGA
*
177895 TTTATTTTTTAAAATT
1 TTTAATTTTTAAAATT
177911 TTTAATTTTTAAAATT
1 TTTAATTTTTAAAATT
177927 TTTA
1 TTTA
177931 TACTGATTTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 19 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
TTTAATTTTTAAAATT
Found at i:177968 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 177912--177974 Score: 76
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
177902 TTTAAAATTT
*
177912 TTAATTTTTAAAATTTTTATACTGA
1 TTAATTTTTTAAATTTTTATACTGA
** *
177937 TTTGTTTTTTAAATTTTT-TACTTA
1 TTAATTTTTTAAATTTTTATACTGA
177961 TTAA-TTTTTAAATT
1 TTAATTTTTTAAATT
177975 ATTAATAAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 2
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.31
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ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.03, T:0.63
Consensus pattern (25 bp):
TTAATTTTTTAAATTTTTATACTGA
Found at i:178533 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 177935--182381 Score: 3142
Period size: 181 Copynumber: 24.6 Consensus size: 180
177925 TTTTTATACT
* * *
177935 GATTTGTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-AAATTATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * *
177999 TTCAAATACGCTTGTATGATTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-TGATTT
* * * * * *
178063 AAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGAAAACA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * *
178115 AATTTATTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
178176 TTCGAAATAAGCTTGTATGAATATAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTATAATGATT
65 TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATT
* * ** * *
178241 TGAAATCGATATTTGCACAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * * *
178293 GATTCATATTTTAAAT-TTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * ** *
178357 TTTGAATGAGCCTGTATGAATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATATCGATTTT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAT-GATTTG
* * * *
178422 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * * *
178474 TATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
178537 ATTTGAAAAAGCTTGTATAAACA-AAGATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATT
64 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATT
*
178601 TG--A-A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTGAGTAAACA
* * * ** * *
178651 TA-TTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCCG-AATATTAATAAATTTGAATTATTTTA-
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
178713 ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGA
65 TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-TGA
* * * **
178778 TTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATCTCTTTGA-TAAACA
125 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTGAGTAAACA
* * * * * *
178834 TATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * *
178898 CCAAATTAGCTTATATGAACAGAAACAGTTGTTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGA
* * * * * ** **
178962 AATAGATAATTGTTCATACAGTTATAAGTATTTGTACTAGTCAAGCCAACA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * * * * * * * *
179013 GATTCATATTTTAAATCTGTTACTTAGTAATTGTTGGAATATTAACAAATTAGGATTACTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * ** *
179078 TTGAATAATATAGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAACT-ATTTA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-TGATTTG
* ** * * * * *
179142 AAATAAATAATCATTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTG-GTAAATA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
* * *
179194 AATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
179255 TCGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGA
* * * * * * * *
179320 AATAGATAATTATTCATATAGCCCTAGCTATTTGAATTGGTTTGA-CAAACA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
* * ** * * * * *
179371 AATCTATTTTTTAAATCGCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
179435 TTTGAATAAACTTGCAGGAACATAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTG
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTG
* * * *
179500 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* ** *
179552 TATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * * * *
179617 CCAAATAGGCTTATATG-ATA-AAAAAATTGCTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGTTTTGA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGA
* * * * *
179680 AATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTCAA-TTGATTCGA-TAAACC
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-GAGTAAACA
**** * * * * * *
179731 GATTTATTTTTTTTTAAATCACCAACTTCTTAAATTTTAAAATACTAATAAAGTAATATTATTTT
1 GATTTA---TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
179796 ATTTTGGATAAGCTTTTATG-ATCTGAAATAATTATTTTAAGAGAAAACAAAAGGTCATAATGAT
63 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGAT
* * *
179860 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGTTTG-GTAAAC-
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
* * * * *
179914 --TTTA--TTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTCTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTA
1 GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
179973 TTTTGAATAAGCATGTATAAACT-GAAAAAAAAT-TTTTATGGCTAAACAAAAGGTCAAAATGAT
64 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATATGAT
* * * *
180036 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
* * ** ** * * **
180091 CATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT--TTTTT-AGAATATTTTTAGTTTAGCAATATTTTGC
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * **
180152 TCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTG
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTG
* * * * *
180216 AGATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTAGTTTG-GCAAATA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
* * * * *
180268 GATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATCATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * ** ** *
180329 CTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAAATTGA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGA
* * * * *
180394 AATAGATAATTTTTCAAAT-G-GATAAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-ACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* ** * * *
180445 GATTTATTTTTTGAATCTTCAACTTATTAAATTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATAATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *
180509 TTCAAACAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACGATTT-
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTG
* * * * *
180573 AAATTAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTTGA-TAAATA
129 AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
* * *
180626 GATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
180691 TTGAATATGCTTTTATGCACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTCGA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGA
* * * * * * * *
180756 AATACATAATTATTCAAATATTCATAACTACTTGAATGTA-TTCAGAAAATA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTGAGTAAACA
* * *
180807 TATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* ** * * * * * *
180869 TTCGAAATAAATTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAATGTTTT
65 TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTT
* * * * * * *
180934 GAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCAATAAAAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTGAGTAAACA
* * * * * * * *
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1 GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
181050 TTTAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATCACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTT
* * * * * *
181114 GAAATTGATAATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * * *
181167 TATTTATTTTTTTAAATCGTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
1 GATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * ** *
181232 TCCAAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTG
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTG
* ** * * *
181297 AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAA-TGATTTAAACTTGTTTG-GTAAATA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
** *
181349 GATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTACCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
1 GATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-T-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
181412 A-TTTGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGAT
63 ATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-TGAT
** * * * * * * *
181476 TTTTAATAGATAATTGTTAAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTAAATAAACA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * *
181531 AATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTGATTTTT-AGATTATTACGA-AAATTAGTATTATTT
1 GATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA--ATAAATTAGTATTATTT
** * * * *
181593 TATTTCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAA-ACAAAGGATCATAATG
62 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGG-TCAT-ATG
** * * * * *
181657 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGATCTACTTCAATAAACA
124 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * * * * * * *
181714 TATCTATTTTTAAAAT-TTTCTATTTATTAATTGTCGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
1 GATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * * *
181778 TCTAAAT-AGCTTGTATGGATAGAAACAATTATTTTAAAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTG
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTG
* * * * *
181842 AAATAAATAATTGCTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGA-TAAATA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GAGTAAACA
** **
181894 GATTTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTTAGTATTACCTTA-
1 GA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
181954 TTTGAACAAACATATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAGAACAAAAATATTTGTTTTAGGT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC--AA-AACAA-A--------AGGT
* ** * * *
182019 CATAACGATTTGAAATAGATAATTACT-ATAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAAC
118 CAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGA-GTAAAC
182082 A
180 A
* ** * *
182083 GAATTATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTTA-TTTTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
*** ** * *
182147 TCCAAATAAG-TTAGTATGAATTCAAAAAATCTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGAT
65 TTTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-TGAT
* * * * *
182211 TTGAAATAGATAATTGTTTATATA-TCTTAAATATTTGAACTGGTTCG-GTAAACA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GAGTAAACA
* * * * ** * ** *
182265 AATTTATTTTTTAACTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGCATATTATTTGATTAGTTTTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
182330 TTGAATAAGCTCGTATGAATAGAAATAATGGTTTTATGATAGAACAAAAGGT
66 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
182382 TATAATTATT
Statistics
Matches: 3383, Mismatches: 715, Indels: 338
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175 7 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
Found at i:178750 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 177936--182707 Score: 3288
Period size: 539 Copynumber: 8.9 Consensus size: 538
177926 TTTTATACTG
* * *
177936 ATTTGTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATT-TTT-AAATTATTAATAAAATAGTATTATTTT-A
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
178385 ATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATC
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513 ACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACAT
* * *
178475 ATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAA
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* * *
178538 TTTGAAAAAGCTTGTATAAACA-AAGATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTT
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* *
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128 GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATATATTTATTTTTTAA
** * *
178664 ATTTTTTACTTATTAATTGTCCGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGT
193 A-TTTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGT
* * * *
178729 ATGAATAGAAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATT
256 ATGAATAG--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
178794 GTTCAAATAATCATAACTATTT-AAATCTCTTTGATAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACT
319 GTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACT-TGTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACT
* * * ** * *
178858 TATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCCAAATTAGCTTATATGAACAGAA
381 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * * * *
178922 ACAGTTGTTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATACAGTTA
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* * ** ** *
178986 TAAGTATTTGTACTAGTCAAGCCAACAG
511 TAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACAT
* * * * * * * * *
179014 ATTCATATTTTAAATCTGTTACTTAGTAATTG-TTGGAATATTAACAAATTAGGATTACTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* ** * * * ** *
179078 TTGAATAATATAGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAACTATTTAA
66 TTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTT--
* * ** * * * ** * *
179143 AATAAATAATCATTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
128 GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATATATTTATTTTTTAA
* * * *
179208 A--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTCG-AATAAACTTA
193 ATTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTG
* * * * *
179268 TATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
255 TATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * ** *
179332 TTCATATAGCCCTAGCTATTTGAA-TTGGTTTGACAAACAAATCTATTTTTTAAATCGCTTAGTT
320 TTCAAATAG-TCAAACTATTTGAACTT-GTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT
* * * * * * ** *
179396 ATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCAGGAACAT-A
382 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAAC-TGA
* * * * * * *
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445 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * *
179524 ATAGCTATTTGAACTAGTTTAGTAAGCAT
510 ATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACAT
**
179553 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
** * * * * * * * *
179616 TCCAAATAGGCTTATATG-ATA-AAAAAATTGCTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAATGTTTTG
66 TTGAAA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTG
* * * * *
179679 AAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTCAA-TTGATTCGATAAACCGATTTATTT-TT
129 --ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGAT-AA---ATATATTTATT
**** * * * * *
179742 TTTTAAATCACCAACTTCTTAAATTTTAAAATACTAATAAA-GTAATATTATTTTATTTTG-GAT
187 TTTTAAAT-TTTTACTTATT-AATTTTAGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTA-TTTGAAAT
* * * * * *
179805 AAGCTTTTATG-ATCTG-AAATAATTATTTTAAGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
248 AAGCTTGTATGAAT-AGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* *
179868 GATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC---TTTA--TTTAAAATTT
312 GATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT
* * * * * * * *
179928 CTTGCTTATTAATTCTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATA
375 CTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATG
* * * * * *
179992 AACTGAAAAAAAAT-TTTTATGGCTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT
439 AACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* *
180056 AATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAC
503 AATAGT-TATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACAT
* ** ** * * **
180092 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT--TT-TTT-AGAATATTTTTAGTTTAGCAATATTTTGC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
** * * *
180152 TCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTG
65 TTTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTT-
* * ** * *
180216 AGATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAGC-TAGTTTGGCAAATAGATTTAGTTTTT
128 -GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAATATATTTATTTTTT
* * * * * **
180280 AAA--TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-CTAGCATCATTTTATTCTG-AATAATTT
191 AAATTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-TGAAATAAGCT
** ** *
180340 TGTATGAATA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAAATTGAAATAGATAAT
253 TGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * ** * *
180404 TTTTCAAATGGAT-AAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTGAATCTTC-AA
318 TGTTCAAATAG-TCAA-ACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTA
* * * * * *
180467 CTTATTAAATTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATAATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA-T
379 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT
* * * * * *
180530 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACGATTT-AAATTAAATAATTGTTTAAAT
443 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAAT
* * *
180594 AGTTATAACTATTTGAACTCGTTTGA-TAAATAG
506 AGTTATAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACAT
* * * *
180627 ATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * * * * * * *
180691 TTGAATATGCTTTTATGCACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTCGA
66 TTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTG-
* * * * *
180756 AATACATAATTATTCAAATATTCATAACTACTTGAA-TGTATTCAGA-AAATATATTTATTTTTT
129 -ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATT-TGATAAATATATTTATTTTTT
* * * **
180819 ATATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAATTTG
191 AAATTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
180884 CATGAACAG-AACCAATTGTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAAAAATTA
255 TATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * * * *
180948 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAATAAAAAGA-TT-TTTTTAAAATTTTGTTACTC
320 TTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTCTTACTT
* * * * *
181011 ATTAATATTTGGAATATTAATAAATTAATATTGTTTTACTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
382 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * **
181076 CAATTGTTTTATCACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGCCAT
447 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
* * *
181141 GACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
512 AACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACAT
*
181168 ATTTATTTTTTTAAATCGTTTACTTATTAATTG-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
** * * * * * *
181232 -TCCAAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAACAAGTT
65 TTTGAAA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTT
* ** * * * *
181296 GAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAA-TGATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
128 G--ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTATTTGATAAATATATTTATTTTT
* **
181360 TAAAATCTTTTACTTATTAACTACCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAA
190 T-AAAT-TTTTACTTATTAA-T--TTTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTTGAAATAA
* * ** **
181423 GCTTGTGTGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTTTAATAGAT
250 GCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * ** * *
181487 AATTGTTAAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTAAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
315 AATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-T
* * * *
181552 TA-TTATTGATTTTT-AGATTATTACGA-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATA
377 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTA--ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATG
* * *
181614 AATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAA-ACAAAGGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTC
439 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
181678 AAATAGTCATAATTATTTGATCTACTTCAATAAACAT
502 AAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACAT
* * * * *
181715 ATCTATTTTTAAAAT-TTTCTATTTATTAATTG-TCGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * ** *
181778 TCT-AAATAGCTTGTATGGATAGAAACAATTATTTTAAAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTG
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* * * * * *
181842 AAATAAATAATTGCTCGAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCGATAAATAGATTTTATTTTT
129 --ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAATATA-TTTATTTTT
* * * * **
181906 TAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGTTTAGTATTACCTTATTTGAACA-AA-C
190 TAAATTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAA-ATAAGC
* * * * * * *
181965 ATATATGAACA-AAAATATTTATTTTATGACAGAACAAAAATATTTGTTTTAGGTCATAACGATT
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** * * *
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* * * * **
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* * * *
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131 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAATATATTTATTTTTTAAAT
* * * *
182444 --TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTATCATTATTTTATTCTG-AATAAGGTTG-A
195 TTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTA
* * * ** * *
182504 GTG-TTCA-AAAACAATTGTTATATGACCCAACAAAAGGTAATAA-CATTTTGAAATAGATAATT
257 -TGAAT-AGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * ** * * * * *
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* * * * *
182627 -TGTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTACTTTGAATAAGGTTGA-ATGAATTG
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Statistics
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TAGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCAAACTATTTGAACTTGTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * * *
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** * * **
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**
177113 AACAATTT
878 AATGATTT
* * * **
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1 GAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-G-AAA-A-ACTTTA-TTT
* * ** * * *
177184 TTAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
60 TTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGC
* * * * * *
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122 TTGTATAAAT-AAAACAATTATTTTATG-CTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * *** * * * *
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** * ** * * *
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247 AT--TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAACAGA
* * * * * * * ***
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* * * * * * *
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374 ATAGCTATTTGAAC-TAGTTGAGCAAACATATTTATTTTTT-AAATC-CTTACTTATTAA-TTTT
* * * * * * * *
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435 CATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTT
* * * * * * * **
177634 TATAACTAAGCAAAATGTCAAAACAATTTGAAATATGTAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTG
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** ** * * * ** * *
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* * * * *
177761 ATTAGTATTATTTTAA-TCTAAATAAGCTTGTTTGAA-AGGAAATAAA-TGTTTTATAACAAAAT
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* * * *
177823 AAATA--TCATAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTCAACTTGTTTG
688 AAA-AGGTTATAACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTG
* *
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* * * * *
177951 TTTTTACTTATTAATTTTTAAATTATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTAT
775 -TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
* *
178016 GAT-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTT
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* * * *
178063 AAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-G-AAA-AACTTTATTTTTA
* *
178127 AATTTTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGT
63 AATTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGT
* * * * ** * **
178192 ATGAATATAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATCGATATTTGC
126 AT-AA-ATAAAACAATTATTTTATGCT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * *
178257 ACAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACAGATTCATATTTTAAATTTCTTACTCAT
188 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTAT
* * * * ** * *
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** * * * **
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313 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAT-
* * * * *
178449 A-CTATTTGAACTAGTTGAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTGTC-TAA
376 AGCTATTTGAACTAGTTGAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTCAT-A
* *
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439 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAA-CTTGTATAAACAAA-ACAATTGTTTTA
* *
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* * * * **
178637 TTA-TTT-GATAAACATA-TTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCCGAATATTAATAAA
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* * * *
178699 TTTGAATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
627 TTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAG---AAAAAATTATTTTATGACAAAACA
** * * *
178764 AAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAA-TCTCTTTGA
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* * * ** *
178828 TAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-
752 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
178892 TTTATTCCAAATTAGCTTATATGAACAGAAACAGTTGTTTTGTGACAAAAC-AAAGATCATAATG
817 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
178956 ATTT
882 ATTT
* * * * * * * ** * *
178960 GAAATAGATAATTGTTCATACAGTTATAAGTATTTGTACTAGTCAAGCCAACAGA-TTCATATTT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTG--AA-AAACTTTAT-TTT
* * * ** * **
179024 TAAATCTGTTACTTAGTAATTGTTGGAATATTAACAAATTAGGATTACTTTATTTTGAATAATAT
61 TAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCT
* * * * * ** *
179089 AGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAACT-ATTTAAAATAAATAAT
123 TGTATAAATA-AAACAATTATTTTATG-CTAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * *
179153 CATTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
185 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
* * * * *
179218 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAT
250 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAA
* *
179283 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCCTAGC
314 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAGC
* * * * *
179348 TATTTGAATTGGTTTGA-CAAACAAATCTATTTTTTAAATCGCTTAGTTATTAATTTTCATAATA
379 TATTTGAACTAG-TTGAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTCATAATA
* * * * * * ** * *
179412 TTATTAGATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCAGGAACATAAATAATTGTTTTACGACA
442 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATAAACA-AAACAATTGTTTTATGACA
** * **
179477 AAACAAAGGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGT
506 AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGT
* * *
179542 TTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
570 TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTA
* * ** * *
179607 TTATTTTAATCCAAATAGGCTTATATG-ATA-AAAAAATTGCTTTAAGACAAAACAAAAGTTTAT
633 TTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * *
179670 AATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTCAA-TTGATTCGATAAACCGAT
698 AACGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGATAAACAGAT
* ** * * * * *
179734 TTATTTTTTTTTAAATCACCAACTTCTTAAATTTTAAAATACTAATAAAGTAATATTATTTTATT
761 TTA---TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * *
179799 TTGGATAAGCTTTTATGATCTGAAATAATTATTTTAAGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
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* * * ** *
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1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAAAAACTTTATTTTTAAAT
* * * * *
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66 TT-TTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT
* * * *
179991 AAACTGAAAAAAAAT-TTTTATGGCTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
128 AAA-T-AAAACAATTATTTTAT-GCTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * *
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* ** ** * * * ** * *
180120 TTTAGAATATTTTTAGTTTAGCAATATTTTGCTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
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* * ** * * * * *
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* * * * ***
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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185 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAA---T-CT-
* * * * * * *
181008 CTCATTAATATTTGGAATATTAATAAATTAATATTGTTTTACTTTAAATAAGCTTATATGAACTG
244 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAACAG
* * * *
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* * * *
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* **
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* * * ** *
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* * * * * **
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181661 GAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGATC-TACTTCAATAAACATATCTATTTTT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAA-AAAC-T-T-TATTTTT
* * * * * * *
181725 AAAATTTTCTATTTATTAATTGTCGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAAT-AGCT
62 -AAATTTT-TACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCT
** ** * *
181789 TGTATGGATAGAAACAATTATTTTAAAAC-AGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
123 TGTATAAATA-AAACAATTATTTT-ATGCTA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
** * * * * * *
181853 TGCTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTAT
185 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
** ** * * * * * *
181918 TAATTTTTGAAATATTAATAGTTTAGTATTACCTTATTTGAACAAACATATATGAACAAAAATAT
249 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAA
* * * *
181983 TTATTTTATGACAGAACAAAAATATTTGTTTTAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACT-A
314 TTGTTTTATGACA-AA-ACAAA-A--------A-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** * * * * * *
182047 TAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCGTACTTATT
367 -AATAGCCATAGCTATTTGAACTAGTTGA-GCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATT
* * * * ** * *
182111 AATTTTTGA-AATACTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAAT-AAGTTAGTATGAATTCAAA
429 AA-TTTTCATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTT-GTAT-AA-ACAAA
* * *** * *
182173 A-AATCTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATA-T
489 ACAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGT
* ** * ** * * *
182236 CTTAAATATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTAGTTATTAATTTTTG
551 CATAGCTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * ** * * ** ** * **
182301 GCATATTATTTGATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAATAGAAATAATGGTTTTA
615 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTA
* * *
182366 TGATAGAACAAAAGG-T-T----A--T-AAT---T-A---TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
679 TGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * *
182415 TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAA----TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
744 TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * * ** * **
182476 A-TCATTATTTTA-TTCTGAATAAGGTTGA-GTGTTCAAAAACAATTGTTATATGACCCAACAAA
809 AGT-ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-ATATGATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* *
182538 AGGTAATAA-CATTTT
871 AGGTCATAATGA-TTT
* * * * * * * * ** * *
182553 GAAATAGATAATTGTTGACAGAGCCATAATTGTTTGAGCTAATTCAGCAAAGAGA-TTCACTTTT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TG-AAA-A-ACTTTA-TTTT
* * * * *
182617 TAAA---TCACTT-TGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTACTTTGAATAAGGT
61 TAAATTTTTACTTAT-TAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCT
* * * * * * * *
182678 TGAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACATAAA-AATTAGTTCA-AAT-AGTCAT-AAGAGAAA
123 TGTAT-AAATAAAACAATTATTTTATG-C-TAAACAA-AAGGTCATAATGA-T-TTGAA-ATAAA
* * * * * * *
182739 TAGATTTAGTTTTTAAAT-CTCTTATTAA-TTTTTGAA-AT-ATTAATAAA-ATAGTATTATTTT
181 TA-A-TTA---TTCAAATAGTC--A-TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AAT-TTATTTT
* * * * * * *
182799 GT---T-T-TGAATAA-TTTT---ATATGAATAGAA--A-CA--A--TTATTT-TACAA-C--A-
236 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTAT
* * **** * * ** *
182843 A--AAC---AA-AA-TG--TCATAACGATTTGAAATAG--ATCATG-GCTCAAATAG------A-
300 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * **
182889 -C--ATA-A-----CTATTTGAACTTGTTTG-GTAAACCA-ATTTATTTTGTAAATCTCCAACTT
364 TCAAATAGCCATAGCTATTTGAACTAG-TTGAGCAAA-CATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTT
* *
182943 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A--TG-A-AAA---G--------AAAC
426 ATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATAAACAAAAC
* * * * * * *
182992 ATTTGGTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGCTCAAATAGTCATA
491 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * *
183057 ATTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGA
555 GCTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT--A
* * ** * *
183119 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG-AACAATTGTTTTTA
616 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATT-ATTTTA
** *
183182 TGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
679 TGACAAAACAAAAGGTTATAA-----CG--ATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * *
183247 ATTTGAACATGTTTAATAAACAAATTCATTTCTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATT
736 ATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * *
183312 AATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATT-ATTTATTACAAA
801 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* *
183376 ATAAAAGGTCATAATAATTT
866 ACAAAAGGTCATAATGATTT
* **
183396 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAAAAAC---TTTATTT-TT
* ** * *** *
183461 AAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATCCAAATAAGCTC
62 AAAT-TTTTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAATATTATT-TTATTTGAATAAGCTT
* * * * * * ** ** * *
183526 ATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTGAAATACATAATTC
124 GTATAAA-TAAAACAATTATTTTAT-GCTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
* * ** * *
183591 TTCAAATATTCCTAAAGATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
187 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTA
* * * *
183656 TTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTTTATGAATAGAA
248 TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTATATGAACAGAA
* ** * ** * * * *
183719 AAAATCATTTTATGA-ACAAACAAAAGGTTC-TAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGT
310 ACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
** * * * * * *
183782 CATAATTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAAATTGATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
373 CATAGCTATTTGAACTAG-TTGAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAA-TTTT
* ** * * * * * * *
183846 GA-AATATTAATAACGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTTTTT
435 CATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATAAACA-AAACAATTGTTT
* * ** * *
183910 TATGACAAAA-AAAGT-TAATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCAT-GACTATTT
499 TATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAG-CTATTT
* * * * * *
183972 GATCTAGTTT-GATAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAAT
562 GAACTAGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT-TAATATTAAT
* * * ** * * * *
184036 AAATTAGTATTATTTTAA-TCTGAATAAGCCTATATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAAC
624 AAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
184100 AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATGACTATGTGAA-TTGATTT
688 AAAAGGTTATAACGATTT-AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTT
* * * * *
184163 GGTAAATA-ACTTCATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTAT
750 GATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** *
184223 TTTTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
814 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
184288 ATGATTT
879 ATGATTT
* * * * * **
184295 AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TAGGTTAGGTAAATAAAATTATTTTT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-TG-AAA-AACTTTA-TTTT
* * * * * * **
184359 TAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAG-T
61 TAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCT
* * * * *
184423 TAGTATGAATTGAAAA-AATTTTTTTATG----ACAAAA---CAAAAATGATATGAAATAGATAA
123 T-GTAT-AAAT-AAAACAATTATTTTATGCTAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
184480 TTGTT-AATATAGTCTTAATTATTAGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
184 TTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T-
* * * * *
184544 GTCATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
246 -T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTATATGAACAG
* * * * * * * * *
184609 AAATAATTGTTTTATGATATAATAGAATGTTATAATGATTTGAAGTATG-CAATTATTCAAATAG
308 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
184673 TCATAACTATTTAAACTGGTTCG-GTAAAC------ATTTTTT--A--CTTA-TTA--ATTTTTG
372 CCATAGCTATTTGAACTAGTT-GAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTC
* * ** * * *
184724 A-AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATCAAAAACAATTGTTGT
436 ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTT
* * * ** * * * * * ** *
184788 ATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAAAAGATAATTGTTGAAATGGACATAATTTTTTGA
500 ATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGA
* * * * * * **
184853 ACT-GATTTGGTAAAGAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTAATT--TTTAGAATATTAATAAAT
564 ACTAG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
184915 TAGTATCATTTTATTTTC-AATAAGCCTGTATGAACT-TAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAC
628 TAGTATTATTTTA-ATTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAA-
* * * * ** * *
184978 AA-GTCATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTTGATTTGTTCGATA
690 AAGGTTATAACGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAT-
* * * * *
185042 AAACA-TTTTATCTTTTT---T-GC-T-CTTATTAATTTTTGAAATGTTAAGAAATTAGTATTAT
753 AAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * * * *
185100 TTTATTTTGGATAATCTTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATG
817 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
185165 ATTT
882 ATTT
* * * *
185169 TAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTTTTTTT
1 GAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TG-AAA-A-ACTTTATTTT
* * * * * * **
185233 TCACATCTTTTGCTTGTTAATTTTTTGAATGTCAATAAAATT-GGATTATTTTATTTTGAATAAG
61 T-AAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAG
* * * * * **
185297 CTTGTA-AGATATGAAACAAATATTTTATGACTATAA-AAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGGT
121 CTTGTATA-A-ATAAAACAATTATTTTATG-CTA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * *** * * *
185360 AATTATTCTAATAGT-TTCAACTATTTGAA-TTGGTACAACAAACACATTTATATTTTAAATCTT
182 AATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC--
* * * ** * *
185423 TACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTGGTATTATTTTTAACTGAATAACCTTCTATGATA
243 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTATATGA-A
* * * * * * *
185488 -AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCTTAACGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAA
305 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
185550 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG-GTAAACAGATTTATTTTTTTAAT--TT-CTTATTAATT
369 TAGCCATAGCTATTTGAACTAG-TTGAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
185611 TT-TTAAATATTAAAAAATTAGTATTGTTTTATTC-CATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATT
433 TTCAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGA-ATAAACTTGTATAAAC-AAAACAATT
* * * ** * * * **
185674 ATTTTATGACAAATC-AAATGGTTATAATGATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTAATAATT
495 GTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCT
* * * * * *
185738 ATTTGAACTTGTTCAATAAA-TGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATG
558 ATTTGAACTAGTTTAGTAAACAG-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT-AATA
* * * * * *
185802 TTAATAAATTAGAAATAATTT-ATTCTGAATAAGCTTATATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGA
619 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
185865 -ATATACAAAATGTCAAAATGA-TTACATATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
682 CA-AAACAAAAGGTTATAACGATTTA-A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * *
185928 -TGATTCG-TAAATAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAAT
744 TTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * ** * * * * *
185991 TAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAAAAATTCTTTTATGACAAAAGAAAA
808 TAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
186054 TGTCATAACGATTT
872 GGTCATAATGATTT
* * * *
186068 GAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGTAATTAGA-TTTATTTT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTT-G-AA--AAACTTTA-TTT
* ** * ** * * * ** **
186131 TTAATTTTCTTGGTTATTGAGTTTTTTAATATTATTAAATTAGTATTATTTGATTCCAAGTAAAA
60 TTAAATTT-TTACTTATT-AATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA-TAAGC
* * * * * * * * * *
186196 TAGTATGAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAAT
122 TTGTATAAATAAAA-CAATTATTTTATG-CTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * *
186261 TATTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAAAATTGGTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTCA
185 TATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTC-
* * *
186326 TTGATTAATTTTAT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATTAACA
245 TT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTATATGAACA
* * * *
186390 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
307 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** ** * * * * * * * * * * *
186455 TTATAATTATTTGTATTGGTCTGA-TAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTCAGTTATAAATTTT
372 CCATAGCTATTTGAACTAGT-TGAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAA-TTT
* * * ** * * * * * *
186519 TGA-AATATTAATAAATTAGT-TGTATTTTATTC-CACATATGCTTTTATGAGCTGAAACAAATA
434 TCATAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTAATCTGA-ATAAACTTGTATAAAC-AAAACAATTG
* ** * * * * * *
186581 TTTTATGAGAAAAC-AAA-GATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTAAAATAGTCATAACTA
496 TTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGA-AATAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTA
* * * ** * * * *
186644 TCTGAACTAATTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
559 TTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TAATATTA
* * * ** * * *
186709 CTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTCTTATA--AATTGAAACAATTGTTTTATGACAA
622 ATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAG--CTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAA
* * * * *
186772 AACAAAAAGTCATAATGACTTTAAATAGTTAGATCAATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTGAA
685 AACAAAAGGTTATAACGA-TTT-AA-A--TAGAT-AATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTAAA
* *** * ** *
186836 CTTGTTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCACGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAA
743 CTTGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * *
186900 ATTAGTATTATTTTA-CTCTAAGTAAGCTTGTATGAAT-TAAAATAAATGTTTTATGACTAAAC-
806 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATG-ATCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
**
186962 AAAGGTCATAACAATTT
869 AAAGGTCATAATGATTT
* * * *
186979 GAAAGAGATAATTATTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACACATTTATTTT
1 GAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-TG-AAAAAC-TTTA-TTT
* * * * *
187042 CTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATTCGAATAAGC
60 -TTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTGAATAAGC
* * * * * * * *
187104 ATGTATGGAAA-GAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-ATAAAGATCATAATGATTTTAGATAGATA
122 TTGTAT--AAATAAAACAATTATTTTAT-GCTAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * *
187166 ATTACTCAATTAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGA-AAACATATTTAGTTTTTAAATCTCT
183 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT--GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * * ** ** *
187229 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTACTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAATAGAA
246 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTATATGAACAGAA
** * * ** * * *
187294 ACAA-CATTTTATGAAAAAACAAATAGTCATAACAATTTG-AATAGAAAATTATTCAAATGGACA
310 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCA
* * * * * * *
187357 T-GACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
375 TAG-CTATTTGAACTAG-TTGAGCAAACATATTTA-TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTC
* * * * * *
187420 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTGTAAAAATAGAACAATTGTTTT
436 ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAACTTGTATAAACAAAACAATTGTTTT
*
187484 ATGACAAAACAAAA-GATCATAACTATTTGAA
500 ATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAA
187515 CTTGCTGGGT
Statistics
Matches: 7997, Mismatches: 1738, Indels: 1316
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
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816 120 0.02
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TTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATAAA
TAAAACAATTATTTTATGCTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAGCTATTTGAACTAG
TTGAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
ACAATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAA
GCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCTGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
Found at i:183010 original size:164 final size:163
Alignment explanation
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182830 TTATTTTACA
* ** *
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** *
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* * *
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1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATGGCTCAAATAGACATAACTATTTGAACG
* ** **
183069 TGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
66 TGTTCAGAAAACATATTTATTTTGTAAAATTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
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Statistics
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Found at i:183646 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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182969 AGTATTATTT
* * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * * *
183347 TATGAACTGAAACAATT-ATTTATTACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * *
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66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTAT
** * * * *
183476 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATCCAAATAAGCTCA
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* * ** * *
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1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * *
183592 TCAAATATTCCTAAAGATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTAT
* ** *
183657 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTT
130 TAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* ** * * *
183708 TATGAATAGAAAA-AATCATTTTATGAAC-AAACAAAAGGTTC-TAGCGATTTCAAATAGATAAT
1 TATGAACA-AAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
183770 TGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTGATTTTTTAAATCTCTTAAT
63 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
** ***
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* * * * * * ** * *
183889 TATGAACAGAAATAATTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATATTTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
183952 TCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTAT
* * ** *
184017 TAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * *
184068 TATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGC
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-
* * * * * *
184133 TT-AAATAGTCATGACTATGTGAA-TTGATTTGGTAAATAACTTCATTTTTTAAA--TTT-CTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTA
* * * * *
184193 TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTCAAACAAACTTA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * ** *
184245 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
184310 TCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TAGGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTA
* *
184374 TTAATTTTTGAAATATCAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
** * * * *
184425 GTATGAATTGAAAA-AATTTTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATATGAAATAGATAATT
1 -TATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
184482 GTT-AATATAGTCTTAATTATTAGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
64 GTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* * * * * * *
184546 CATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * * * * * * ** * * *
184600 TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATATAATAGAATGTTATAATGATTTGAAGTATG-CAATTA
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTG
* * * *
184664 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAAC------A----TT---T-TTTACTTAT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
* * *
184715 TAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * ** * *
184766 TATGATCAAAAACAATTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAAAAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * * *
184831 TGAAATGGACATAATTTTTTGAAC-TGATTTGGTAAAGAGATTCACTTTTTAAATC---ACTTAC
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
* * * *
184892 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTC-AATAAGCCTG
130 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTA
** * * ** *
184943 TATGAACTTAAATAATTGTTTTATAACAAAACAACAA-GTCATAACGATTTTCAATAGACAATTG
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
185007 TTCAAATAATCATAACTATTTTG-ATTTGTTCGATAAA-ACATTTTATCTTTTT---TGC--T-C
65 TTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTAT-TTTTTAAAT-CTTTAC
* * **** * *
185064 TTATTAATTTTTGAAATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAATCTTT
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * ** ** * *
185119 TATAAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTA
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTG
* * * * * * *
185183 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTTTTTTTTCACATCTTTTGCTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TTTACTT
* * * * *** *
185248 GTTAATTTTTTG-AATGTCAATAAAATT-GGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
128 ATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* ** * * * * * * * *
185301 TAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTATAA-AAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGGTAATT
1 TATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATAAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * *** * * *
185364 ATTCTAATAGT-TTCAACTATTTGAA-TTGGTACAACAAACACATTTATATTTTAAATCTTTACT
64 GTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACT
* * * * ** * *
185427 TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTGGTATTATTTT-TAACTGAATAACCTTC
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTA
* * * * * * * *
185481 TATGATA-AGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTA-ATAATT
1 TATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATT
* * * *
185543 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA--TTT-CTTA
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTA
* * * ** *
185605 TTAATTTTTTAAATATTAAAAAATTAGTATTGTTTTATTCCATCTAAGCTTG
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * * * ** * *
185657 TATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGAGAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** *** *
185722 TCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAATGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTA
* * * * **
185787 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGAAATAATTTATTCTGAATAAGCTTA
129 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
** * * * * ** ** *
185839 TATGAATTAAAACAATTGTTTTATGAA-TATACAAAATGTCAAAATGATTACATATAGATAATTG
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
185903 TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCG-TAAATAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
** * *
185966 ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT--AGAATAAGCTTG
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCA-AATAAGCTTA
** * * * * * **
186019 TACAAACAAAAA-AATTCTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * **
186083 TCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTT-AGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
* * * * * **
186146 ATTGAGTTTTT-TAATATTATTAAATTAGTATTATTTGATTCCAAGTAA-AATA
128 ATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * ** * *
186198 GTATGAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTA
1 -TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
186263 TTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAAAATTGGTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCT-CAT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAC-T
* * *
186327 TGATTAATTTTAT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAACAAACTTA
127 T-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTA
* * * * * **
186382 TATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
186447 TCAAATAGTTATAATTATTTGTA-TTGGTCTGATAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTCAGTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTA
* * * *
186511 TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TGTATTTTATTCCACATATGCTTT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* ** * * * * * ** * * * *
186563 TATGAGCTGAAACAAATATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** ** * ** * *
186627 TAAAATAGTCATAACTATCTGAACTAATTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTAT
** * * ***
186692 TAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTCTTA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG--CTTA
*** * * * * *
186745 TA--AATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGACTTTAAATAGTTAGATCA
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAA-A--TAGAT-A
* * *
186808 ATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTGAACTTGTTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAATC-T
61 ATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTT
* * * * * * *
186870 CACGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTCTAAGTAAGCTTG
123 TA--CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
** * * * * * *
186930 TATGAATTAAAATAAATGTTTTATGACTAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAAGAGATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-G
* * * *
186994 TTC-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTCTTAAATC--T-CTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTTTACTT
* * * * * *
187054 ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATT-CGAATAAGCATG
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * ** * * *
187107 TATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTTAGATAGATAATTA
1 TAT-GAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
187170 CTCAATTAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGA-AAACATATTTAGTTTTTAAATC--T-CTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT--GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
** * * * ** ** *
187230 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTACTTTATTCTGAATAATTTTG
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * ** *
187283 CATGAATAGAAACAA-CATTTTATGAA-AAAACAAATA-GTCATAACAATTTG-AATAGAAAATT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
187344 ATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACC
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACT
* * *
187409 TATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
127 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * * ***
187463 TA--AA-AATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAACTTGCTGGGT
1 TATGAACAA-A-AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
*** * * ** * * *
187525 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT-TTTGGAATATGAATAAACTAGTATTA
64 GTTCA-A-ATA-GTCAT-AA-C---TA-TT-TGAACTTGTTT-G-ATA--AACAAA-T-TTATT-
* ** ** * * * * * *** *** *
187588 TTTT--A--TTCAAATATGCATGTATGAACAGA--AA-CAATTGGT-TTATGACAAAACAAA-AG
112 TTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
187644 GTCATTA
176 G-C-TTA
** * * * * **** * *
187651 CTAT-TTCGAATACACA-TGTATCAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
1 -TATGAACAAAAACA-ATTGT-T--TTA-TAAC-A---A---A--ACAAAAGGTCA--TAACAA-
** * * * *
187714 TATTTCAAATAAATAATAT-TT-AATTAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTTATGACAA-AATAG
48 T-TTGAAA-TAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT-A-AACAA-A-
* * * ** * * * *
187776 TCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTT
106 T-TT-ATTTTTTAAATCT--TT------ACTTATTAATTTTTGAAA-----TA-TTAATAA--AT
* ** * *
187840 TAGAATATTATTAAATTAGTAT-TATTTTAGTTTGAA
153 TAG--TATTATT---TTA-T-TCCAAATAAGCTT--A
* * * * * * *
187876 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAACTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAG
1 T-A---TG-A--ACAA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * ** * * *
187940 ATAATTATTAAAATAGTTATAACTATTTAAACTAT-TTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC-
58 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * ** *** ** *
188003 -T-CTTATTAA-TTTTCAATTATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTG
122 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * *
188059 CATGAACATAAATAATTG-TTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
188123 TCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATATCCTACCTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTAT
* ** * *
188188 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
130 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * * * *
188239 TGTGAATAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** * *
188304 TCAAACAATTATAACTATTTGAACTTACTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTAT
* * * * *** *
188369 TAATTTTTGGAATATTGATAAAATAATATTATTTTATT-TTTATACA-CTTG
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTA
* * * * * *
188419 TATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTAACTATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* *
188483 TCAAATAGTTC-TAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTCACT
66 TCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-TGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* * * *
188544 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATT-TAGAATAAGCTTG
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTA
* * * * ** *
188598 TATAAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
188663 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTT-AA-CTTT-TTTACT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATT
* ** *** *
188725 CA--TCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * ** * *
188772 TGTGAACTAATACAATTTTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** *
188837 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATGTTTATTTTTAAAATCTTCTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTAT
* * * * * * *
188902 TAACTATCGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* ** * ** **** ** *
188953 TATAAAC-AAAACAAAAG-GTTATGGCAATTTGAAA--T-A-GGCAATTGTCCAAATAG----TT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT-T-GAAATAGATAATT
* * * * *** * ** * *
189008 -AT-AACTA-T-TTAA--ATTT----TT-TTAT-A-AACA-AATTCAGTTTTTAAATCCCTTATT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACT
* * * * * ** *
189059 TATTAAATTTTGAAATATTACTAAATTAGAATCATCTTATTCTGAATAAGCTTG
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * * * ** *
189113 TATGAA-AAAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** ** * * *
189177 TCAAACAATCATAACTATTTGTAC-TGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAAATCCATTACTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-CTTTACTT
* * * *** *
189241 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTGCA
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CT-TA
* * * * * * *
189296 T-T-AATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGCCATAA-AGTTATGAAATAAATAATTG
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT-TGAAATAGATAATTG
* * * * *
189358 TTTAAATTA-TTATAACTAATTGAAC-TGATTTTATGAACAAATTTATTTTTTAAATC--T-CTT
65 TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
* * * *
189418 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTA
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* * * ** * *
189471 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATATATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** * * *
189536 TTATATAGCCTTAACTTTTTGAACCGGTTTAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGC-TA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTA-CTTA
* * * * * * *
189600 TTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTGGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTG
129 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* *** * * * * * ** * *
189651 CATGAATGTAAATAATTCTTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAATTACTTGAAATATATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
189716 T-AAATAGTTATAATTATTTGAGCTAG-TTCAGTAAAC--A--GA-----T-AATCTCTTAATTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTA
* *** * *
189769 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTG
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
** * * * * * *
189821 TATGATGAAAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACGATTTGAAAAAGATAATTG
1 TATGAACAAAAACA-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * ** ** * *** * ** ** *
189885 TTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTAATTCAATAGATTGATATATGCTTTAAATCTCCAACTTC
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTA
* * * * **** *
189950 TCAATTTTT-AAAGTTTTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATACA-CTTT
129 TTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTA
* * * * *
190002 TATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAGATAATT
1 TATGAACA-AAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
190066 GTTCAAAT
64 GTTCAAAT
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TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
Found at i:183719 original size:20 final size:21
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*
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*
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1 TAGAAAAAAGCATTTTATGAA
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TAGAAAAAAGCATTTTATGAA
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184877 TTTTAAATCA
* * **
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* * *
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* * * ** * * *
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** * * *
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65 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAATCAATTATTCAAATAA
185192 TCATAACTATTT
130 TCATAACTATTT
185204 GAACTTGTTC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 20, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
175 4 0.03
176 114 0.97
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
CTTACTAATTTTTAGAATATTAAGAAATTAGTATCATTTTATTTTCAATAAGCCTGTATAAACAG
AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAATCAATTATTCAAATAAT
CATAACTATTTTGATTTGTTCGATAAAACATTTTATCTTTTTTGCT
Found at i:185339 original size:182 final size:177
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Indices: 184705--189910 Score: 1276
Period size: 180 Copynumber: 28.8 Consensus size: 177
184695 GGTAAACATT
* * *** *
184705 TTTTACTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
1 TTTT-CTTATTAATTTTTTG-AATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
184768 TG-ATCAAAAACAATTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAAAAGATAATTGTT
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* * * * * ** * ***
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124 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* * * * * * *
184886 ---ACTTACTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATCATTTTATTTTCAATAAGCCTGTATG
1 TTTTCTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** * *
184947 AACTTAAATAATTGTTTTATAACAAAACAACAAGTCATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAA
65 AA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
185012 ATAATCATAACTATTTTG-ATTTGTTC-GATAAA-ACATTTTATCTTTT---T-
127 ATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTT-TTTTTTAAATC
** * * * * * *
185059 TGCTCTTATTAA-TTTTTGAAATGTTAA-GAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAATCTTTTAT
1 TTTTCTTATTAATTTTTTG-AAT-ATAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
185122 AAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTATTC
64 GAATA-AAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTC
* *
185186 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTTTTTTTTCACATC
125 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTTTTTTTT-AAATC
* * *
185240 TTTTGCTTGTTAATTTTTTGAATGTCAATAAAATT-GGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAA
1 TTTT-CTTATTAATTTTTTGAATAT-AATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
185304 GATATGAAACAAATATTTTATGACTATAAAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGGTAATTATTCT
64 GA-ATAAAACAATTATTTTATGAC-A-AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * ** * * * *
185369 AATAGT-TTCAACTATTTGAA-TTGGTACAACAAACACATTTATATTTTAAATC
126 AATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* * * * ** * *
185421 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATT-GGTATTATTTT-TAACTGAATAACCTTCTAT
1 TTTTCTTATTAATTTTTTGAATATAATAAAATTAGG-ATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
185484 G-ATAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGATTA-ATAATTGTTC
64 GAAT-A-AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTATTC
* ** *
185547 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTT-AA--
125 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTTTAAATC
* * * ** *
185598 -TTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAA-AAAATTAGTATTGTTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTAT
1 TTTTCTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
185660 TAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGAGAATTGTTCA
64 GAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAA--AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * *
185725 AATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAAT-GCATTTATTTTTTTAAATC
126 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG-ATTT-TTTTTTTAAATC
* * * * * *
185778 TCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT-AAATTAGAAATAATTTATTCTGAATAAGCTTATAT
1 T-TTTCTTATTAATTTTTTGAAT-ATAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * ** * *
185842 GAATTAAAACAATTGTTTTATGA-ATATACAAAATGTCAAAATGATTACATATAGATAATTGTTC
64 GAA-TAAAACAATTATTTTATGACA-A-A-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
185906 TAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTC-GTAAATAAATTTATTTTTAAAATC
125 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* *** * * * * * **
185958 TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTACA
1 T-TTTCTTATTAATTTTTTGAATATAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
186023 AACAAAAAAATTCTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATA
65 AATAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *
186088 TAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGTAATTAGATTTATTTTTT-AATT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* * * * * * ** ** *
186137 TTCTTGGTTATTGAGTTTTTT-AATATTATTAAATTAGTATTATTTGA-TTCCAAGTAAAATAGT
1 TT-TT-CTTATT-AATTTTTTGAATATAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGT
* * * * * *
186200 ATGAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATT
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* * * ** * ***
186265 CAAAGAGTCAAAACTATTTGAAAATTGGTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATC
124 CAAATAGTCATAACTATTTG-AACTT-GTTCAGTAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* * * * * * * *
186321 -TCTCATTGATTAATTTTATAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAACTTATA
1 TTTTC-TT-ATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
186384 TTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
63 TGAA-TAAAACAATTATTTTATGA-CAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * *
186449 AAATAGTTATAATTATTTGTA-TTGGTCTGATAAATAAAATTATTTTCTAAATC
125 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* * * ** *
186502 -TCTCAGTTA-TAAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTA-GTTGTATTTTA-TTCCACATATGCTT
1 TTTTC--TTATTAATTTTTTG-AATA-TAATAAAATTAGGAT-TATTTTATTTTGA-ATAAGCTT
* * * * * * * * * *
186562 TTATGAGCTGAAACAAATATTTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTAT
60 GTATGA-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** ** * *
186627 TAAAATAGTCATAACTATCTGAACTAATTCAAAAAACAG-TTTTAGTTTTTAAAT-
123 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTT-TTTTTTAAATC
*** * * * *
186681 TTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTACT-AAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTCTT
1 TT-TT-CTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GT
* * * * * *
186744 ATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGACTTTAAATAGTTAGATCAA
62 ATGAA-TAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGA-TTTGAA-A--TAGAT-AA
* * * *
186809 TTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATC
119 TTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTTTAAATC
*** * * * * *
186869 TCACGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAAT-AAATTAGTATTATTTTACTCT-AAGTAAGCTTGTA
1 T-TTTCTTATTAATTTTTTGAAT-ATAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTA
* * * * * *
186932 TGAATTAAAATAAATGTTTTATGACTAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAGATAATTATTTC
63 TGAA-TAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTC
* * * * *
186997 -AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTCTTAAATC
125 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTTTAAATC
* * * * * * * *
187050 ---TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATTCGAATAAGCATGTATGG
1 TTTTCTTATTAATTTTTTGAATATAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-G
* * * * * * * *
187112 AA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAATGATTTTAGATAGATAATTACTCAAT
65 AATA-AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * **
187176 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGAAAACATATTTAGTTTTTAAATC
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*** * ** * * ** *
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1 TTTTCTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
187287 AATAGAAACAA-CATTTTATGAAAAAACAAATAGTCATAACAATTTG-AATAGAAAATTATTCAA
65 AATA-AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
187350 ATGGACATGACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATC
127 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTT-TTTTTTTAAATC
* * * * * ** * *
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1 T-TTTCTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * ***
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64 GAATAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * ** *
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127 -ATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCAGTAAATAGATTTTT----T-T-TTTAAA-T-C
* * * * * * *** ****
187583 TATTATTTTATTCAAATATGCATGTATGAACAGAA-ACAATT-GGTTTATGACA-AAACAA-AAG
1 T-TT-TCTTATT--AAT-T---T-TTTGAATATAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAA-
* *
187644 GTCATTACTATTTCGAATACACATGTATCAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTC
56 G-C-TT-GTA--T-GAATA-A-A---A-CAAT------TA-T--TTTATGAC-AAA-AAAAGGTC
* * * * * * * *
187709 ATAACTATTTCAAATAAATAA-TATTTAATTAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTTATGACAAAA
98 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-G--TAAA
** * *
187773 TAG-TCTTAACTATTTGAA-C
159 TAGAT-TT-TTTTTTTAAATC
* ** * * * ** * *
187792 TGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTA-GAATATTATTAAAT
1 T--TT------TCTTATTAATTTTTTGAA-----TA--TAATAA-AATTAGGATTATT-TT-ATT
* * * ** * * *
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48 TTGAATAAGCTT-GTATG-A---------AT----A-AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAGG
* * * * * *
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96 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAAT
**
187985 AGATTTAGTTTTTAAATC
160 AGATTTTTTTTTTAAATC
* ** * ** *
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1 TTTTCTTATTAATTTTTTGAA-TA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * ** *
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64 GAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAA-A-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * ** * * *
188126 AATGGACATGACTATTTGAACTTATTC-GATAAGCAAATTTATTTTTTAAATA
126 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* * * * ** * * *
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1 T-TTTCTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
** * * * * *
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64 GAAT-AAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * *
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* * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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126 AATAG-TCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
** * * * * *
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1 T-TTTCTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
188601 AAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
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* **
188666 AATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTC-GATAAATAGATTCATTTTTT-AA-C
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* * ** * * * *
188716 TTTT-TTACTCA---TCAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATGTG
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* * * **
188776 AACTAATACAATTTTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* ** * ** * *
188953 T--AT-AAAC-A--A----A--AC---AAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGCAATTGTCCAAA
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* * * * * * * ***
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * ** * * * *
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127 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTTTTTTTTAAATC
* * * * * * *
189591 TCTTAGC-TATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATT-GGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGC
1 T-TT-TCTTATTAATTTT-TTGAATATAATAAAATTAGG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * ** * * *
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* * * * *
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** * * *
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1 T-TTTCTTATTAATTTTTTGAATA-TAATAAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
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64 GAAT-AAAACAA--TTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* *
189887 CAAATGGCCATAACTATTTGAACT
124 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT
189911 AATTCAATAG
Statistics
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182732 AGAGAAATAG
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* * *** * * ** *
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* **
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* * * *
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** * * * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * **
183335 CAAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTA-TTTATTACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGA
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* * * * *
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* * * * *** *
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191 AAT-TTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TT
* * * * ** ** * *
183526 ATATAAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTGAA-A-TACATAAT
252 TTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGTAGATAAT
* * * ** * * * * *
183589 TCTTCAAATATTCCTAA-AGATTTGAACTTGTT-TGGTGAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTT
317 TATTCAAATAGTAC-AATCTATTTGAACTTGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTC
* * * * * *
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380 GCTTATTAATT-TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * **
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* * * *
183777 ATAGTCATAATTATTTAAACTT-GTTTGATAAACAA
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* * * **
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* * * * * * * * *
183877 TGAATAAGCTTATATGA-ACAGAAATAATTTTTTTATGACAAAA-AAAGTTAATAATGATTTGAA
64 CGAATAAGCTTGTATGAGA-AGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAG
* * * * * * * *
183940 ATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TGATAAGCATATTTATTTTTTAA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTAGTTTTTAA
* * * * * *
184004 ATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTAT
192 ATTTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TTTT
* * * * * ** *
184069 ATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTAAA-A-TAAATAATTG
254 ATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGTAGATAATT-
* * *
184132 CTT-AAATAGT-C-ATGACTATGTGAA-TTGATT-TGGTAAATA-ACTTCA-TTTTTTAAAT-T-
318 ATTCAAATAGTACAAT--CTATTTGAACTTG-TTCT-GTAAATAGA-TTTATTTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
184188 T--CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTCAAACAAACTTATATGA
378 TCGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA
** * * * * *
184250 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA
441 ATTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
* * * * * *
184315 TAGTCATAATTATTTGAATAGGTTAGGTAAATAA
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* * * * *
184349 AATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * *
184413 CCAAATAAG-TTAGTATGA-ATTGAAA-AAATTTTTTTATGACAAAACAAA-A--AT---GATAT
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* * * * * * * * *
184469 GAAATAGATAATTGTT-AATATAGTCTTAATTATTAGAACTAGTT-TGACAAACAAATTTATTTT
125 GAGATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTAGTTT
* * * ** * * *
184532 TTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
188 TTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--
* * * * * * * * * * * *
184597 TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATATAATAGAATGTTATAATGATTT-GA-AGTATG-C
250 TTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGTA-GAT
* * * * *
184659 AATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTAAACTGGTTCGGT--A-A-A--CA-TTTTTT--A----
314 AATTATTCAAATAGTACA-ATCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTC
* ** *
184710 ---CTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG-
378 TCGCTTATTAATTTTTTGAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * **
184770 ATCAAAAACAATTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAAAAGATAATTGTTGAA
441 AT-TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
* ** * * * * * * * *
184835 ATGGACATAATTTTTTGAACTGATTTGGTAAAGAG
505 ATAG-TTTAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAA
* * * * *
184870 ATTCACTTTTTAAA-TC--ACTTACTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA--T
* ** * * * *
184931 TC-AATAAGCCTGTATGA-ACTTAAATAATTGTTTTATAACAAAACAACA-AGTCATAACGATTT
63 TCGAATAAGCTTGTATGAGA-AGAAACAAATATTTTATGACAAAACAA-AGA-TCATAACGA-TT
* * * * * * * *
184993 TCA-ATAGACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTTG-ATTTGTTCGATAAAACA-TTTTA-TC
124 TGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGTTC-AGAAAACAGATTTAGT-
* * * * *
185054 TTTT---TTGC-T-CTTATTAATTTTTGAAATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
186 TTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
*
185114 TCTTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA--A-
250 --TTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGTAG
* * * *
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* * * * *
185239 CTTTTGCTTGTTAATTTTTTGAATGTCAATAAAATT-GGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
375 CTCTCGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
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* * * *
185366 TCTAATAGTTTCAACTATTTGAATTGGTACAACAAACAC
501 TCTAATAGTTT-AACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAA
* * * *
185405 ATTTATATTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTGGTATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAACTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * * *
185468 CTGAATAACCTTCTATGATAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAG
64 C-GAATAAGCTTGTATGAGAAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAG
* ** * * *
185533 ATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTA
128 A-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAA
* * ** * *
185597 ATTTCTTA-TTAATT--TTTT-AAATATTAAAAAATTAGTATTGTTTTA-TTCCATCTAAGCTTG
192 ATTTCTTACTT-ATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAA--TTT
* * * * *
185657 TATTAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAATCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAG-AG--AA
253 TATAAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGTAGATAA
* * **
185718 TTGTTCAAATAGTAATAAT-TATTTGAACTTGTTCAATAAAT-GCATTTATTTTTTTAAATCTCT
316 TTATTCAAATAGT-ACAATCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAG-ATTTATTTTTTTAAATCTCT
** * * * *
185781 TTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGAAATAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAAT
379 CGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * ** *
185846 TAAAACAATTGTTTTATGAATATACAAAATGTCAAAATGATTACATATAGATAATTGTTCTAATA
443 TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
* * *
185911 GTCTTAACTATTTGAACTGATTCG-TAAATAA
508 GT-TTAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAA
* **
185942 ATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * * *
186007 AGAATAAGCTTGTA-CA-AACAAAAAAATTCTTTTATGACAAAAGAAA-ATGTCATAACGATTTG
64 CGAATAAGCTTGTATGAGAAGAAACAAA-TATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTG
* * * * * * * ** *
186069 AAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAATTAGATTTATTTTTTA
126 AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTA
* ** * ** * * ** *
186134 ATTTTCTTGGTTATTGAGTTTTTTAATATTATTAAATTAGTATTATTTGA-TTCCAAGTAAAATA
191 AATTTCTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-T--AATT
* * * * *
186198 GTATGAACA-AAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAA-A-TAGATAA
252 TTATAAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGTAGATAA
* * * * * *
186260 TTATTCAAAGAGT-CAAAACTATTTGAAAATTGGTT-TGGTAAACAGATTCA-CTTTTTAAATCT
316 TTATTCAAATAGTAC-AATCTATTTG-AACTT-GTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
186322 CTC-ATTGATTAATTTTATAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATT
377 CTCGCTT-ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG
** * * * *
186386 AACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
440 AATTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
* * *
186450 AATAGTTATAATTATTTGTATTGG-TCTGATAAATAA
504 AATAGTT-TAACTATTTGAATTGGTTC-GATAAACAA
* * * * * *
186486 AATTATTTTCTAAATCTCTCAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TGTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT-TATTTTATT
* * * ** * *
186550 CCACATATGCTTTTATGAGCTGAAACAAATATTTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAG
64 CGA-ATAAGCTTGTATGAGAAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAG
* * * * ** * *
186615 ATTGATATTTATTAAAATAGTCATAACTATCTGAACTAATTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAA
* *
186680 TTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTCTTA
193 TTTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TT-TTA
** *
186745 TAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGACTTTAAATAGTTAGATCAAT
255 TAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAG-TAGAT-AAT
* * * *
186810 TGTTCAAATAGTCCAATCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCACGC
317 TATTCAAATAGTACAATCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTCGC
* *
186875 TCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTCT-AAGTAAGCTTGTATGAATTA
382 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-TAAGCTTGTATGAATTA
* * * * *
186939 AAATAAATGTTTTATGACTAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAAGAGATAATTATT-TCAATAG
445 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAG
* *
187002 TCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAC
509 T-TTAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAA
* *
187033 ATTTATTTTCTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATT
1 ATTTATTTT-TTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * * * * *
187095 CGAATAAGCATGTATG-GAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAATGATTTTAG
64 CGAATAAGCTTGTATGAG-AAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAG
* * * *
187159 ATAGATAATTACTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGAAAACATATTTAGTTTTTAAA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAA
* * * *
187224 --TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTACTTTATTCTGAATAATTTTGCA
193 TTTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT--A
* * ** * ** *
187285 TGAATAGAAACAA-CATTTTATGAAAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAATAG-A-A-AATTA
255 TAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTAAATAGTAGATAATTA
*
187345 TTCAAAT-GGAC-ATGACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTA
319 TTCAAATAGTACAAT--CTATTTGAACTTGTTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT-CT-
* * * * * *
187407 C-C-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA-AAAA
379 CGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * *
187469 TAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAACTTGCTGGGTAAACATATT
443 TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA----ATAGAT-AA-TTGTT
** * *
187534 -T-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT-GAATAAACTA
502 CTAATAGTTT-AA-C---TA-TT-TGAA---TTGG--T-TCG-ATAAACAA
* * ** ** *
187582 GTATTATTTTATTCAAATATGCATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAA-A--A-CAAA-
1 AT-TTATTTT-TT--AA-A--C-TCT-T--AC-TTATTAA-T--TTT-TGA-AATATTATTAAAT
* * * * *
187642 -AGGTCATTACTAT-TTCGAATACA-CATGTATCA-ATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACA
49 TA-GT-ATTATTTTATTCGAATA-AGCTTGTATGAGA-AGAAACAAAT-ATTTTATGACAAAAC-
* * * * * * * *
187702 AAAGGTCATAACTATTTCAAATAAATAA-TATTTAATTAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTTAT
108 AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG--GT-T
* * *
187766 GACAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
169 --C-AGA-A-----AAC-A---G-A-T--TT----------A-GT---TTTTAAATTTCTTACTT
* * * *
187831 ATTAACTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAGTTTGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAA
203 ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TTTTAT-AAACAGAA
* * * * ** * * *
187895 ACAACTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTT-GAGA-TAGATAATTATTAAAATAGT
264 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGTAGATAATTATTCAAATAG-
* * ** *
187957 TATAA-CTATTTAAACTAT-TTCAATAAATAGATTTA-GTTTTTAAA--TCT--CTTATTAA--T
328 TACAATCTATTTGAACT-TGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTCGCTTATTAATTT
* * ** ** * * *
188013 TTTCAATTATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-CATAAATAATTG
392 TTTGAA-TGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTG
* * ** * * ** *
188077 -TTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTAT
454 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-TTTAACTAT
* *
188141 TTGAACTT-ATTCGATAAGCAA
518 TTGAA-TTGGTTCGATAAACAA
* * * * *
188162 ATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * ** * *
188226 CTGAATAAACTTGTGTGA-ATAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTA
64 C-GAATAAGCTTGTATGAGA-AGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTG
* * * * * * *** *
188290 AAATAAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGAACTTACTC-GATAAACAGATTTATTTTTT
126 AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTAGTTTTT
** * * * *
188354 AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAAATAATATTATTTTATTTT-TATACACT
190 AAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-A-T
* * * * * * * *
188417 TGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTAACT-ATTTGAA-A-TAGATA
251 TTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAATAGTAGATA
* * * * *
188478 ATTGTTCAAATAGTTCTAA-CTATTTGAA-TGTGTT-TAGAAAACATATTTA-TTTTTTAAAT-T
315 ATTATTCAAATAGTAC-AATCTATTTGAACT-TGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT
* * * * *
188538 CTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTTAGAATAAGCTTGTATA
377 CTCGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG
** * * * *
188602 AACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
440 AATTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
* * * *
188666 AATAGTCATAACTATTTGAGCTT-GTTCGATAAATAG
504 AATAGT-TTAACTATTTGA-ATTGGTTCGATAAACAA
* * * * ** * *
188702 ATTCATTTTTT-AACT-TT-TTTACTCA--TCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * * * ** * **
188761 GAATAAGC--CTATGTGAACTAATACAATTTTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
65 GAATAAGCTTGTATGAGAA-GAA-ACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGA
* * * * *
188824 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATG-TTTA-TTTTTA
127 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-GATTTAGTTTTT-
* ** * * * * *
188887 AAATCTTC-TACTTATTAACTATCGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCT
190 AAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--T
* ** * * *
188951 TATATAAACA-AAACAAAAG-GTTAT------------GG-C--AAT--TTGAAATAG--G-CAA
251 TTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGTAGATAA
* * * * * * * * * * * * *
188994 TTGTCCAAATAGTTATAA-CTATTT-AAATTTTTTTATAAACAAATTCA-GTTTTTAAATCCCTT
316 TTATTCAAATAG-TACAATCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTC
** * * * * * *
189056 ATTTATTAA-ATTTTGAAATATTACTAAATTAGAATCATCTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-
380 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * *
189119 AAAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACA
443 TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
* * * * * ** *
189184 ATCATAACTATTTGTACTGG-TCAAGCCAACAG
508 GT-TTAACTATTTGAATTGGTTCGA-TAAACAA
* * * * * *
189216 ATTCATTTTTTAAAATCCATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAACT-C-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * ** *
189281 TTGAATAAGAC-TGCATTA-ATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGCCATAAAG-TTA
63 TCGAATAAG-CTTGTATGAGA-AGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACGATT-
* * * * * * * * * *
189343 TGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-TTATAACTAATTGAACTGATTTTATG--AACAAATTTATT
124 TGAGATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCA-GAAAACAGATTTAGT
* * *
189405 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAA
186 TTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-A
* * * * *
189466 ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATA-T--
249 A-TTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGTAG
* * * * ** ** * * *
189528 ATAATTATTTATATAGCCT-TAA-CTTTTTGAACCGGTT-TAACAAACAAATTTA-TTTTTCAAA
312 ATAATTATTCAAATAG--TACAATCTATTTGAACTTGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTTAAA
* * * * * *
189589 TCTCTTAGC-TATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTGGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTG
374 TCTC-TCGCTTATTAATTTT-TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTG
* * * * * * ** * *
189651 CATGAATGT-AAATAATTCTTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAATTACTTGAAATATATAATTG
436 TATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** *
189715 TT-AAATAGTTATAATTATTTGAGCTAGTTC-AGTAAAC--
500 TTCTAATAGTT-TAACTATTTGAATTGGTTCGA-TAAACAA
* * * * * *
189752 A--GA-----TAATCTCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* ** * * *
189810 GAATAGGCTTGTATGATGAA-AAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACGATTTGA
65 GAATAAGCTTGTATGA-GAAGAAACA-AATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGA
* * * * * ** * ** * *
189873 AAAAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTAATTCA-ATAGATTGATATA-TGCTTT
127 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTAGT-TTTT
* ** * * * * * * *
189936 AAATCTCCAACTTCTCAATTTTTAAAGTTTTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATACACTT
190 AAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-A-TT
* * **
190001 TTATGAAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAGATAAT
252 TTAT-AAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAG-T-A-
* * * ** * * *
190065 TGTTCAAATTGTCCAAATAGT-CAAAAGTATTTAAACATGTT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTA
311 -GAT--AATTATTCAAATAGTAC-AATCTATTTGAACTTGTTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTT
* * *
190128 AAAT-TCTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTTTTATTTTAT
371 AAATCTC-TCGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
190180 CACTAAACAA
Statistics
Matches: 5370, Mismatches: 1063, Indels: 939
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
513 4 0.00
514 114 0.02
515 71 0.01
516 9 0.00
517 68 0.01
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521 153 0.03
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524 42 0.01
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529 9 0.00
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531 188 0.04
532 301 0.06
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536 114 0.02
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538 530 0.10
539 196 0.04
540 168 0.03
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548 170 0.03
549 107 0.02
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552 3 0.00
553 2 0.00
554 1 0.00
557 2 0.00
558 3 0.00
559 1 0.00
561 1 0.00
562 63 0.01
563 34 0.01
564 11 0.00
565 6 0.00
566 7 0.00
567 5 0.00
568 13 0.00
569 10 0.00
570 67 0.01
571 21 0.00
572 1 0.00
573 1 0.00
575 4 0.00
576 3 0.00
578 2 0.00
579 7 0.00
580 9 0.00
581 3 0.00
583 2 0.00
584 2 0.00
586 3 0.00
587 2 0.00
588 2 0.00
590 3 0.00
591 3 0.00
592 6 0.00
593 2 0.00
594 1 0.00
595 5 0.00
596 63 0.01
597 25 0.00
598 2 0.00
599 3 0.00
600 5 0.00
601 72 0.01
602 54 0.01
603 5 0.00
604 1 0.00
605 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
ATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCG
AATAAGCTTGTATGAGAAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATTT
CTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATAAACA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGTAGATAATTATTCAAAT
AGTACAATCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTCGCTTATTAATT
TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTT
TTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTAACTATTTG
AATTGGTTCGATAAACAA
Found at i:187623 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 187359--187656 Score: 393
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
187349 AATGGACATG
* * *
187359 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
1 ACTATTTGAACTTGCTGGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
* * * * *
187424 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAAAATAGAACAATTGTTTTATGAC
66 TATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTAAAAACAGAACAATTGGTTTATGAC
187489 AAAACAAAAGATCATA
131 AAAACAAAAGATCATA
* * ** * *
187505 ACTATTTGAACTTGCTGGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
1 ACTATTTGAACTTGCTGGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
** **
187569 TATGAATAAACTAGTATTATTTTA-TTCAAATATGCATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
66 TATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTAAAAACAG-AACAATTGGTTTATGA
* *
187633 CAAAACAAAAGGTCATT
130 CAAAACAAAAGATCATA
187650 ACTATTT
1 ACTATTT
187657 CGAATACACA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 20, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
144 17 0.13
145 88 0.67
146 26 0.20
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (146 bp):
ACTATTTGAACTTGCTGGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
TATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTAAAAACAGAACAATTGGTTTATGAC
AAAACAAAAGATCATA
Done.