Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 596061
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Warning! 5000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 7
Found at i:187683 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 187593--187724 Score: 201
Period size: 62 Copynumber: 2.1 Consensus size: 62
187583 TATTATTTTA
** * * *
187593 TTCAAATATGCATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACTAT
1 TTCAAATACACATGTATCAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT
* *
187655 TTCGAATACACATGTATCAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT
1 TTCAAATACACATGTATCAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT
187717 TTCAAATA
1 TTCAAATA
187725 AATAATATTT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 8, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 62 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (62 bp):
TTCAAATACACATGTATCAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT
Found at i:188806 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 187841--188872 Score: 606
Period size: 174 Copynumber: 5.8 Consensus size: 174
187831 ATTAACTTTT
* * * * * *
187841 AGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAGTTT-GAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAACTAT
1 AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTAGAATAAGCCTATAT-AAACAAAAACAATTGT
* * * * * * *
187903 TTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTAAAATAGTTATAACTATT
63 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * **
187967 TAAACTAT-TTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTC
128 TGAACT-TGTTCGATAAATAGATTCA-TTTTTTAA-CT-TTTTTACTCATC
* ** * *** ** * * *
188017 A-ATTATTAAT-AGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACATAAATAATTG-TT
1 AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
188079 TATGACAAAACAGAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTG
65 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * ** *
188144 AACTTATTCGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATATCCTACCTATTAATTTTT
130 AACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAACT-T--T---T-TTACTCATC
* * * * * * * *
188196 AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTGTGAATAAAAACAATTGCTT
1 AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TAGAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
188260 TATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTT
65 TATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * *
188324 GAACTTACTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
129 GAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTT-AA-CTTTT--TTACTCA---TC
* * * * ** * * * * *
188377 GGAATATTGATAAAATAATATTATTTTATTT-TTATACA-CTTGTATGAACAAAAATAATTGGTT
1 AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATA-AGCCTATATAAACAAAAACAATTGTTT
* * * *
188440 TATGACAAAAC-AAAGATCCTAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTC-TAACTATT
65 TATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATT
* * * * * * ** *
188502 TGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTCTCACTTATTAATTTTT
128 TGAACT-TG-TTCGATAAATAGATTCATTTTTT-AA--CT---TTTTTACTCATC
* * * *
188555 GGAATATTAATAAATTTATATTGTTTTATTTAGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTT
1 AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTGTTTT
* *
188620 ATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
66 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
188685 GCTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAACTTTTTTACTCATC
131 ACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAACTTTTTTACTCATC
* * * * * *
188729 AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATGTGAACTAATACAATTTTTT
1 AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTGTTT
* *
188793 TATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
65 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
188858 AACTTGTTCGGTAAA
130 AACTTGTTCGATAAA
188873 CATGTTTATT
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 124, Indels: 78
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 157 0.23
175 99 0.14
176 1 0.00
177 3 0.00
178 35 0.05
179 120 0.17
180 147 0.21
181 120 0.17
182 4 0.01
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTGTTTT
ATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAACTTTTTTACTCATC
Found at i:189809 original size:873 final size:865
Alignment explanation
Indices: 188185--189805 Score: 1859
Period size: 873 Copynumber: 1.9 Consensus size: 865
188175 ATATCCTACC
* * * *
188185 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAAAA
1 TATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAATATCATCTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAA
*
188250 ACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATTA
66 ACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCA
* * * ** **
188315 TAACTATTTGAACTTACTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
131 TAACTATTTGAACTTACTCAACAAACAGATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * *
188380 ATATTGATAAAATAATATTATTTTATTTTTATACACTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGA
196 ATATTAATAAAATAACATTACTTTATTTTAATACACTTGCATGAACAAAAATAATTGGTTTATGA
* * * *
188445 CAAAACAAAGATCCTAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATGTG
261 CAAAACAAAGAGCCTAAC-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATGTG
* ** *
188510 TTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATA
325 TTTAG-AAACAAATTTATTTTTTAAATTCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATA
* * * * **
188575 TTGTTTTATTTAGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTAT
388 TTATTTTATTTAGAATAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACAT
* * ** * * * *
188640 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATT
453 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACCGGTTCAACAAACAAATT
* * *
188705 CATTTTTTAACTTTTTTACTCATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCC
518 CATTTTTAAACTTTTTTAATCATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCC
* ** *
188770 TATGTGAACTAATACAATTTTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT
583 TATGTGAACTAATACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAACTTGAAATAGATAATT
* * *
188835 ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATGTTTATTTTTAAAATCTTCTACTT
648 ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATG--TA---TT-AAATCTTCTAATT
188900 ATTAACTATCGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATAAACAAAAC
707 ATTAACTATCGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATAAACAAAAC
188965 AAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGCAATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAATTTTTTTAT
772 AAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGCAATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAATTTTTTTAT
189030 AAACAAATTCAGTTTTTAAATCCCTTATT
837 AAACAAATTCAGTTTTTAAATCCCTTATT
* *
189059 TATTAAATTTTGA-AATATTACTAAATTAGA-ATCATCTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AA
1 TATT-AATTTTGAGAATATTAATAAATTA-ATATCATCTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAA
* * * * * * *
189121 AAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAGGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAA
64 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAA
* ** *
189185 TCATAACTATTTGTAC-TGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAAATCCATTACTTATTAATTT
128 TCATAACTATTTGAACTTACTCAA-CAAACAGATTCATTTTTT-AAATCCATTACTTATTAATTT
* * * * * *
189249 TTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGCATTAATAAAAATAATTGT
191 TTAAAATATTAATAAAATAACATTACTTTATTTT-AAT-ACACTTGCATGAACAAAAATAATTGG
*
189313 TTTATGACAAAACAAATG-GCCATAA-AGTTATGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-TTATAACT
254 TTTATGACAAAACAAA-GAGCC-TAACA-TT-TGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTTATAACT
189375 AATTGAACTGAT-TTTATG-AACAAATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATT
314 AATTGAA-TG-TGTTTA-GAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* *
189436 AATAAATTAATATTATTTTATTCTA-AATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
376 AATAAATTAATATTATTTTATT-TAGAATAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
189500 AACAAAAGGACATAATGATTTGAAATATATAATTATTTATATAGCCTTAACTTTTTGAACCGGTT
440 AACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACCGGTT
* * ** * * * *
189565 TAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGCTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTGGTAT
505 CAACAAACAAATTCATTTTT-AAA-CT-TT---T-TTAATCATCAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
189630 TA-TTTATTTCGAATAAG-CT-TGCATGAATGTAA-ATAATTCTTTTATGACAAAACAGAAGGTT
563 TATTTTATTTCGAATAAGCCTATG--TGAA-CTAATACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
189691 ATAATTACTTGAAATATATAATTGTT-AAATAGTTATAATTATTTGAGCTAGTTCAGTAAACA-G
625 ATAATAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATG
* * ** * *
189754 -A-T-AATC-TCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
690 TATTAAATCTTC-TAATTATTAACTATCGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTA
189806 TTTTGAATAG
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 99, Indels: 60
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
867 2 0.00
868 40 0.06
870 1 0.00
872 5 0.01
873 227 0.37
874 96 0.15
875 52 0.08
876 59 0.10
877 11 0.02
878 36 0.06
879 64 0.10
880 28 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (865 bp):
TATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAATATCATCTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAA
ACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCA
TAACTATTTGAACTTACTCAACAAACAGATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAAA
ATATTAATAAAATAACATTACTTTATTTTAATACACTTGCATGAACAAAAATAATTGGTTTATGA
CAAAACAAAGAGCCTAACATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATGTGT
TTAGAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTTAGAATAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACCGGTTCAACAAACAAATTCAT
TTTTAAACTTTTTTAATCATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTAT
GTGAACTAATACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAACTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATGTATTAAATCTTCTAATTATTAACTAT
CGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATAAACAAAACAAAAGGTTA
TGGCAATTTGAAATAGGCAATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAATTTTTTTATAAACAAATT
CAGTTTTTAAATCCCTTATT
Found at i:190704 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 190174--191278 Score: 1060
Period size: 356 Copynumber: 3.1 Consensus size: 355
190164 AATAGTTTTA
* * * * * *
190174 TTTTATCACTAAACAAAAGTTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTA
* ** * * * ** * * *
190238 TTTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATATTTTAAGCCGCTTACTTATAAATTTTTAGAATATTA
65 TTTGAACTCGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
* *** * * * * *
190303 TTGGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTATATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAC
* * * * *
190367 AAAAGATCATACCAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
194 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGG
**
190432 TAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA
259 TAAATAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** ** * *
190497 TTTTGAATAATTTTGTAAGAATAGAAACACTTG
323 TTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
*
190530 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
** * *
190595 TTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAA
66 TTGAACTCGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
**
190660 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTCATGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAAC
131 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
* * * **
190725 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACCATTTGAAC-GTGTTCA
194 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTG-GTTTG
* * * ** * ** *
190789 GAAAATAGATTTATTATTTAAATTTTTACTTGTTAATCTTT-GGAATTTTGGTAAATTTATATTA
258 GTAAATAGATTTATT-TTTAAA--TCT-CTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
* *
190853 TATTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
318 TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * * *
190891 TTTTATGGCAAAATAATGGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
190956 TTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTGAAATAGT
66 TTGAACTCGTTCAATAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * * * * * * *
191020 AATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACCTATGTGAATTGATATAATTATTTTATGATGAA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAA
* ** * *
191085 ACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTT
192 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTT
* * ** * *
191150 GGTAAACATATTT-TTTAAAAATC-C-TATTAGTTCTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
257 GGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * *
191212 GA-TCCGAATAAGCTAGTGTGAACAAAAATAATTG
322 -ATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
191246 TTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTG
1 TTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTG
191279 TTGTTCAAAT
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 129, Indels: 37
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 80 0.13
356 155 0.26
357 7 0.01
358 70 0.12
360 6 0.01
361 134 0.22
362 143 0.24
363 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTCGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAA
AAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTA
AATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
Found at i:190745 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 190174--191278 Score: 884
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
190164 AATAGTTTTA
* * * * * * *
190174 TTTTATCACTAAACAAAAGTTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * ** * * * *
190239 TTGAACTGGTTTGACAAATACATTTATATTTTAAGCCGCTTACTTATAAATTTTTAGAATATTAT
66 TTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
*** * * * * *
190304 TGGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTATATGGATAGAAACAATTG
131 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACAATTG
*** * * *
190355 TTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATACCAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*** * ***
190418 TTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAA
66 TTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* *** ** * *
190479 TAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAGAAACACTTG
131 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACAATTG
* *
190530 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*** * *
190595 TTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAA
66 TTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
190660 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTCATGAATAGAAACAATTG
131 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTT-ATGAATAGAAACAATTG
** * ** * * *
190711 GCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACCAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
190776 TTGAAC-GTGTTCAGA-AAATAGATTTATTATTTAAAT-TTTTACTTGTTAATCTTTGGAATTTT
66 TTGAACTG-GTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
** *
190838 GGTAAATTTA-TATTATATTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
129 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * *
190891 TTTTATGGCAAAATAATGGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
190956 TTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTGAAATAGT
66 TTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * * * * * *
191020 AATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACCTATGTGAATTGATATAATTA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTTATGAATAGAAACAATTG
** * * *
191073 TTTTATGATGAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *** * ** * * ***
191138 TTGAACTTGTTTGGT-AA-ACA--TATTTTTTAAAAATC---C-TATTAGTTCTCAAAATATTAA
66 TTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * * * *
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TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTATGAATAGAAACAATTG
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191374 GGTTATAGCA
* * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTCAGGCAAACAGATATATT
*
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* * *
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* * * * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTCAGGCAAACAGATATATT
* * * ** *
191805 TTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTATATTTTGAA-CA
66 TTCTAAATCATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATT-TATTTTGAATAA
* * * *
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*
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ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTCAGGCAAACAGATATATT
TTCTAAATCATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTATTTTGAATAAG
ACTATGAACAGAAAAAATTGTTTTTGATAAAACAAAAGGACATAACG
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192004 CATATAGCCT
* ** *
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* * * *
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66 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATG
* *
192144 ACAAAAACAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATTA
131 AC-AAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTA
* * * *
192195 TAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGA-
1 TAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCACATACTTATTAA-TTTTCAT
* * *
192259 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGA-AAAAC-AATTGTTTT
65 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACTAATTATTTT
*
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192370 TGGCCATAAT
Statistics
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TAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTCATA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTA
Found at i:192410 original size:181 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
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* ** * * *
192036 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAATATTATT
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* * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * *
192281 TTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGA-AAAAC-AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGTTCGTA
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*** * * *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAGATTTATTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTAAACTGATTCGAT
Found at i:192641 original size:226 final size:226
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Period size: 226 Copynumber: 1.9 Consensus size: 226
192213 TGGTAAACAT
* * *
192223 ATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
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* * ** *
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* * *
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131 ATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAT
192418 CTCCAACTCTTTGAACATGTTAAAAAAATAG
196 CTCCAACTCTTTGAACATGTTAAAAAAATAG
*** *
192449 ATTTATTTTTTAAATTTTC-ACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAAATTA-AATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCACCTACTAATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAATTAGAATTATTTTATT
* * ***
192512 CGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAATGCTTT
65 CCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACAATTT
** ** *
192576 GTGATATTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-ATTCGATAAACAAATTCT-TTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATT-TATTTT
*
192639 TAATTCTC
191 TAAATCTC
192647 TTACTCATTA
Statistics
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ATTTATTTTTTAAATCACCTACTAATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGAATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAT
CTCCAACTCTTTGAACATGTTAAAAAAATAG
Found at i:192818 original size:406 final size:407
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Indices: 192089--192826 Score: 922
Period size: 406 Copynumber: 1.8 Consensus size: 407
192079 ATATTATTAG
* * *
192089 ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAACTAATTATTTTTTGACAAAAACAA
1 ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTTTGACAAAAACAA
* * * * *
192154 AGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAA
66 AGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAACTGATTCGATAA
* *
192219 ACATATTTATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
131 ACATAATTATTTTTTAAATCACCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
192284 ATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAACAATT
196 ATTCCAAATAAGCTTCTATGATG-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATT
* * *
192349 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTA-TTTT
260 TGAAATAGATAATTATTCAAATGGCAATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTT
192413 TAAATCTCCAACTCTTTGAACATGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCACTAATTAAT
325 TAAATCTCCAACTCTTTGAACATGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCACTAATTAAT
192478 TTTTGGAATATTAAGAAA
390 TTTTGGAATATTAAGAAA
* *
192496 ATTAA-ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTTATGAC-AAAACA
1 ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTT-TGACAAAAAC-
* *** ** * * * * * *
192559 AAATGTCATAATGCTTTGTGATATTTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCGAT
64 AAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAACTGATTCGAT
* * * *
192624 AAACA-AATTCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAT
129 AAACATAATTATTTTTTAAATCACCTACTCATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
192687 TTTACTT-TAAATAAGCTTCTATGGACTG-AAACAATTATTTTATTATAAAAGAAATGATT-ATA
193 TTTA-TTCCAAATAAGCTTCTAT-GA-TGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATA
* *
192749 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAT-ACTATTTGAATTTG-TTC-ATTAAATAGA
254 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCAATAACTATTTGAA-TTGATTCGA-TAAATAGA
192811 TTTATTTTTTAAATCT
316 TTTATTTTTTAAATCT
192827 TTTACTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (407 bp):
ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTTTGACAAAAACAA
AGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAACTGATTCGATAA
ACATAATTATTTTTTAAATCACCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTCCAAATAAGCTTCTATGATGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATGGCAATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTT
AAATCTCCAACTCTTTGAACATGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCACTAATTAATT
TTTGGAATATTAAGAAA
Found at i:193213 original size:180 final size:179
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Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 179
192437 TTAAAAAAAT
* * * * *
192447 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTCACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAAATTA-AATTATTTT
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
192509 ATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGCT
64 ATTTGAAAAAAGCTTGTATGAACAAAA--AATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
** * *
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126 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTAG-TAAAC
* * *
192628 AAATTCT-TTTTTAATTCTC-TTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATT-TATTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * * *
192691 CTTT-AAATAAGCTTCTATGGACTGAAACAATTATTTTATTATAAAAGAAATGATTATAATAATT
65 -TTTGAAAAAAGCTTGTATGAAC--AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * *
192755 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-ATACTATTTGAATTTGTTCATTAAAT
127 TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATTATTTGAACTTATTTAGTAAAC
* * * *
192808 AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTACTTGTCA-AATTATTAATAAATTAATATTATTTT
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
192871 AATCTGAATAAA-CTTGTATGAAAAGAAACAAATATTTTATGTC-AAA-AAAA-GTCATAA-AAT
64 -ATTTGAAAAAAGCTTGTATGAACA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * *
192931 TTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCAAAACGATTTGAACTTAATTGGTAAAC
126 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAAC
* *
192985 AGTTTTATTTTTTAAATCT-TTTATTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATT
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * * *
193046 TTATTTGAAAAAAGCTTGTATGAACAAAAAATTTTCTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGTGA
62 TTATTTGAAAAAAGCTTGTATGAACAAAAAA--TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
193111 TTTCAAATATATAATTGTTCGAACAATCATAATTATTTAAACTTATTTAGTAAAG
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* * *
193166 AGATTCATTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
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* * * * * * **
193230 TTCAAATAAGCTTCTGTGACCTAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAATGATTTG
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* * * *
193295 AAATATATAATTTTTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTCAGTAAAC
129 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTTAGTAAAC
* * * * * * *
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* * * * * * * **
193409 AATTGGAATAAGCTTGTTTGAACAAAAACAATCATTTTA-GAACATAACAAAATGTCATAACAAT
64 ATTTGAAAAAAGCTTGTATGAAC-AAAA-AATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * *
193473 TTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTT-GATAAAT
126 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTTAG-TAAAC
* **** * * * * * *
193527 AGATTT-TTCTTAAAAAAATCT-CTTATTGATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTAT
1 AGATTTATTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * *
193590 TTTGAACAAA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCATAATGATTT
65 TTTGAAAAAAGCTTGTATGAACAAAAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** *
193654 CAAATATATAATTAATCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAAC
128 GAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTA-GTAAAC
* * * * *
193706 AAAATTATTTTTAAATCTC-TTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA
1 AGATTTATTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
** * * *
193769 TTCCAAATAAA-CTAGTATGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGA
65 TTTGAAA-AAAGCTTGTATGAA--C-AAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
193833 TTTGAAATA
125 TTTGAAATA
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Statistics
Matches: 949, Mismatches: 210, Indels: 109
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
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AGATTTATTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTGAAAAAAGCTTGTATGAACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAAC
Found at i:193674 original size:16 final size:18
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Indices: 193653--193685 Score: 52
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193643 CATAATGATT
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Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAATAGTCATAATTAA
Found at i:193970 original size:20 final size:23
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193923 TTTTATTTTG
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Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
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Indices: 194214--194533 Score: 378
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
194204 AACTTGCTCA
** ** * *
194214 ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTTTTTTTTTGGAATTTTAATAAATTAATAT
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCCTACTTATTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * *
194279 TATTTTATTCTTAATAAGCCTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTTT-TAA
66 AATTTTATTCTAAATAAGCCTATGAACAAAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAAT-TTTATAA
* * *
194343 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGGAATTGGTTCG
130 CAAATTGAAATAGATAAATGTTCAAATTGGAATTGGTTCG
* *
194383 ATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTT-TTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCCTACTTATTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * ** * *
194446 AATTTTATT-TGAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTAGGACAAAACAAAATTTTAT
66 AATTTTATTCT-AAATAAGC--CTATGAACAAAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAATTTTAT
*
194510 AACAAATTGAAATGGATAAATGTT
128 AACAAATTGAAATAGATAAATGTT
194534 TTAATAGCCA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 22, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.01
167 40 0.32
168 14 0.11
169 70 0.56
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCCTACTTATTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
AATTTTATTCTAAATAAGCCTATGAACAAAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAATTTTATAAC
AAATTGAAATAGATAAATGTTCAAATTGGAATTGGTTCG
Found at i:195197 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 194831--197108 Score: 1311
Period size: 180 Copynumber: 12.8 Consensus size: 178
194821 TGAATAAAAT
* * * * **
194831 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TAAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACACTTTT
1 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTT
* * * * * * *
194894 ATTTTTTAAATCTCATACTTATTAACATTT-AGAATATT-CTTAAT-TTAGCAATATTTTACTCC
64 A-TTTTTAAATCT--TACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * *
194956 AAATAAGCTTGTCTAAAT-GAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAT
124 AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAC
* * * *
195011 GATTTGAGATAGATAATAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTTAG
1 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-
* *
195076 TTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTACGAAT
65 TTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TATTAGTATTATTTTATT-CAAAT
** *
195139 AATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
** * *
195191 GATTTG--A-A-AT-ATA---C--AT-GTC----C-ATTTGAACTTGTTTGATGAATAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-
* * *
195240 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAA
65 TTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTA-TTCAAA
* * * * * *
195303 TAAACATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGATCTTATC
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAC
* * * * *
195356 GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCACAACTATTTGAACTT-TCTCAATAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCAATAAACAGATTTA
* *** * * *
195420 TTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTAAT-AA-ATTAATATTATTTTATTCTGA
65 -TTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTATTC-AA
* ** *
195483 ATAAACCTT-TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
126 AT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* ** * * * * *
195537 AATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTTAGA-AAACAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTA
* ***
195601 TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT-TTA-TATTATTTTATTCAAAA
65 TTTTT-AAA-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTATTC-AAA
* * * * *
195664 TAAACTTGT-TGGAACA-AAATGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
127 TAAGCTTGTAT-GAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* * * * ***** * *
195717 GTTTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTAATAATTATTTGAACATGTTTGGCGAATAGATTCA
1 GATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA
* * *
195781 TTTTGTAATTTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAAT-AA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAA
65 TTTT-TAA-ATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTA-TTCAAA
* * * * *
195844 TAAGCTTATTTGAATTGGAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCATAAC
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAA-GTCATAAC
** * * * *
195897 GATTTGAAATA-ATTAATTA-TTCAAATAGTCATGGCTATTTCAACTTGTTTC-ATAAGCATATA
1 GATTTGAAATAGA-TAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATT
* * **
195959 TATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AA-ATTAAAATTATTTTAATTCA
63 TATTTTT-AA-ATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTT-ATTCA
* *
196022 AATAATCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATG-C-AAACAAAAAGTCATAAC
125 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAAC
* * * * * * *
196075 AATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTGAACTTCTTCGATAAACAGATAT
1 GATTTGAAAT-AGATAATAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTT
* ** * *
196139 ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATACTAATAAAT-TT-GTATTATTTTATTTAAA
64 ATTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTA-TTCAA
* * * * *
196202 ATAAGCTTGTAT-AGATAAAAAAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGCTTATATC
126 ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAC
* * * * * * * * * ** *
196256 AATTTCAAATCGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTAAATTTATTTGATAAACAGATTCAT
1 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTAT
* *** * **
196321 TTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT--ATATTGGTATTATTTTATTTTGAAT
66 TTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT
* * * * * *
196384 AAACTTATATAAACTA-AAGCAATTCTTTTATGACCAAACAAAATGTCATAAC
128 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* ** * * * *** *
196436 GATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCATGGCTGTTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA
* * *
196500 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAAT-AA-ATTAGTATTATTTTA---AT
65 TTTTT-AAA--TCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTATTCAA
* * * * * * *
196559 ATGAA--TTGTATGAACATAAA-AA--A-TTT-T-ACTAAACAAATGACCAAAAT
126 AT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAC
* * * * * * *
196606 GATTCT-AAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTTA
1 GATT-TGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA
* * * *
196670 TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AA-ATTAATATTATTTTAATCTG
65 -TTTTT-AAATC--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTATTC-A
* *
196733 AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAC
125 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAAC
* * * * *
196788 AATTTGAAACAAATAACT-GTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGACCTTGTTCAGTAAACA-ATTT
1 GATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAACAGA-TT
* ***
196850 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTGATA-TAATAAAT-TT-GTATTATTTTATTCA
63 TA-TTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTATTC-
* * * * **
196912 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGT
124 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* * * * * * * *
196968 GA-TTCAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCCTAATTATCTAAATTTGTT-AGGTAAACAAATTT
1 GATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTT
* * * *** ** *
197030 GTTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAAT--AGCTTAGTATTATTTTATTTCG
64 -ATTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTA-TTCA
*
197093 AATAAGCTTATATGAA
125 AATAAGCTTGTATGAA
197109 CTAAAATAGA
Statistics
Matches: 1673, Mismatches: 297, Indels: 256
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 34 0.02
165 67 0.04
166 2 0.00
167 3 0.00
168 23 0.01
169 7 0.00
170 67 0.04
171 50 0.03
172 3 0.00
174 2 0.00
175 13 0.01
176 41 0.02
177 11 0.01
178 39 0.02
179 249 0.15
180 693 0.41
181 287 0.17
182 75 0.04
183 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTAT
TTTTAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTATTCAAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAC
Found at i:195344 original size:165 final size:163
Alignment explanation
Indices: 195068--195366 Score: 397
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
195058 TTCAATAAAC
*
195068 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATT
1 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TATTAGTATTATTTTATT
* *** * *
195133 ACGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTG
65 ACAAATAAACATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTG
195197 AAATATACATGTCCATTTGAACTTGTTTGATGAAT
129 AAATATACATGTCCATTTGAACTTGTTTGATGAAT
* * *
195232 AGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AA-ATTAGTATTATTTT
1 AGATTTAGTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTT
* * * *
195295 ATTTCAAATAAACATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGATCTTATCGATT
62 ATTACAAATAAACATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATT
195360 TGAAATA
127 TGAAATA
195367 AATAATTGTT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 14, Indels: 9
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 19 0.16
165 73 0.63
167 2 0.02
168 22 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (163 bp):
AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATATTAGTATTATTTTATTA
CAAATAAACATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
ATATACATGTCCATTTGAACTTGTTTGATGAAT
Found at i:196293 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 195211--196558 Score: 1542
Period size: 539 Copynumber: 2.5 Consensus size: 539
195201 ATACATGTCC
* * **
195211 ATTTGAACTTGTTTGATGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTTGATGAATAGATTCA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * ***
195276 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTGCAAA
* * * * *** *
195341 ACAAAAGATCTTATCGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCACAACTATTTGAACTT-TCT
130 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AATAATTATTTAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
195405 CAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATAT
194 C-ATAAACATATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * *
195470 TATTTT-ATTCTGAATAAACCTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
257 TATTTTAATTCTAAATAAACCTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * *
195534 AACAATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTTAGAAAACAGATT
322 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTTAGAAAACAGATA
*
195599 TATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAA
387 TATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATACTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAA
* * * * * ** *
195664 TAAACTTGTTGGAACAAAATGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAG
451 TAAACTTGTTAGAACAAAATAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGCTCATAATAATTTCAAATAG
195729 ATAATTATTCAAATAGTAATAATT
516 ATAATTATTCAAATAGTAATAATT
* ** * *
195753 ATTTGAACATGTTTGGCGAATAGATTCATTTTGT-AATTTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTTGATGAATAGATTCATTTT-TAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * *
195817 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGGAACAATTGTTTTATTGCAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTGCAAA
* *
195882 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTCAACTTGTTT
130 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA-TAATTATTTAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTGTTT
* * ** *
195947 CATAAGCATATATATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTA
194 CATAAACATATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * *
196012 TTTTAATTC-AAATAATCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATG-C-AAACAAAAAGTCATAA
259 TTTTAATTCTAAATAAACCTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* *
196074 CAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTGAAC-T-TCTTCGATAAACAGA
324 CAATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAATCATAACT-ATTTAAACATAT-TTAGA-AAACAGA
* *
196136 TATATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATACTAATAAATTTGTATTATTTTATTT
385 TATATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTGAATACTAATAAATTTATATTATTTTATTC
* *
196199 AAAATAAGCTTGTATAGATA-AAAA-AAATTATTCTATGACAAAACAAAAGCTTAT-ATCAATTT
447 AAAATAAACTTGT-TAGA-ACAAAATAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGCTCATAAT-AATTT
* * * *
196261 CAAATCGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATT
509 CAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATT
* * * * * * *
196292 ATTTAAATTTATTTGATAAACAGATTCATTTTTAAATCTT-TTAATTATTAATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTTGATGAATAGATTCATTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * ** * * * *
196356 AATATATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACT-AAAGCAATTCTTTTA-TGACC
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAA-CAATTATTTTATTG-CA
* * * *
196419 AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGGCTGTTTGATCTAGT
128 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTTAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTGT
** * *
196484 TTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTA
192 TTCATAAACATATTTATTTTT-AAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
196549 TTATTTTAAT
256 TTATTTTAAT
196559 ATGAATTGTA
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 108, Indels: 42
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 1 0.00
538 42 0.06
539 317 0.47
540 139 0.21
541 151 0.22
542 28 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (539 bp):
ATTTGAACTTGTTTGATGAATAGATTCATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTGCAAAA
CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAATAATTATTTAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTGTTTCA
TAAACATATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTAATTCTAAATAAACCTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTTAGAAAACAGATATATT
TTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAATACTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAAC
TTGTTAGAACAAAATAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGCTCATAATAATTTCAAATAGATAAT
TATTCAAATAGTAATAATT
Found at i:197109 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 195232--197109 Score: 1495
Period size: 180 Copynumber: 10.5 Consensus size: 180
195222 TTTGATGAAT
*** *
195232 AGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * * *
195297 TTCAAATAAACATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGATCTTATCGATTTG
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
195362 AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCACAACTATTTGAACTT-TCTCA-ATAAAC
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGT-T-AGGTAAAC
* * * *
195413 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * *
195478 TCTGAATAAACCTT-TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT
66 TC-AAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * *
195542 GAAATAGATAATTTTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATAT-TTA-GAAAAC
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-T-TGTTAGGTAAAC
*
195594 AGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * *
195657 TTCAAAATAAACTTGT-TGGAACA-AAATGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTT
65 TTC-AAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * ** *
195720 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACATGTTTGGCGAAT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAAAC
* * * **
195774 AGATTCATTTTGT-AAT-TTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * *
195837 TTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGGAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATT
65 -TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* ** * *** *
195901 TGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTCAACTTGTTTCATAAGC
128 TGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAAAC
* * * * *** **
195954 ATATATA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * *
196018 TTCAAATAATCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATG-C-AAACAAAAAGTCATAACAATTTG
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
196081 AAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTGAACTTCTTCGATAAAC
130 AAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTTGTTAGGTAAAC
* * *
196133 AGATATA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATACTAATAAATTTGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
196195 ATTTAAAATAAGCTTGTATAGATA-A-AAAAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGCTTATATCAA
64 A-TTCAAATAAGCTTGTAT-GA-ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * * *
196258 TTTCAAATCGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTAAATTTATTTGATAAAC
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAAAC
* * * *
196313 AGATTCA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATATATTGGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** * * * * * * *
196377 TTTGAATAAACTTATATAAACTA-AAGCAATTCTTTTATGACCAAACAAAATGTCATAACGATTT
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * ** * * * * *
196441 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGGCTGTTTGATCTAGTTTGGTAAAC
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAAAC
* * * * *
196493 ATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * *
196557 --ATATGAA--TTGTATGAACATAAA-AA--A-TTT-T-ACTAAACAAATGACCAAAATGATTCT
66 TCAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-T
* * *
196612 -AAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCA-GTAAAT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-AGGTAAAC
* * *** *
196663 ATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
196728 ATCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
65 TTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * *
196793 GAAACAAATAACTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGACCTTGTTCA-GTAAAC
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTTGTT-AGGTAAAC
*
196845 A-ATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT-G-ATA-TAATAAATTTGTATTATTT
1 AGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * **
196906 TATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGA-
63 TATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
196970 TTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCTAATTATCTAAATTTGTTAGGTAAAC
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAAAC
* * * * * **
197024 AAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* *
197089 TTCGAATAAGCTTATATGAAC
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAAC
197110 TAAAATAGAT
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 260, Indels: 131
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 69 0.05
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183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAAAC
Found at i:197914 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 197112--199156 Score: 1264
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 180
197102 ATATGAACTA
* * * * * * * *
197112 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG-ATCTAGTTCACTAAACATATTTATTTTTG
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTT
* * * * ** * *
197176 AAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
64 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * * * * **
197241 ATATAAAC-AGAACCATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTG
129 GTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
197292 AAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTTCA-T-AAACGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTG--TTCAGTAAAAAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
197355 AAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGTAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCCAAACAAACAT
64 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * ** *
197416 ATATGAACAAAAACATTTGCTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
129 GTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
197468 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAAAAAAATTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCA-GTAAAAAGATTTATTTTTT
* * * *
197532 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTA-TTC---TAAGCT
64 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * ** * *
197592 AGTATGAATTGAAAA-AATTATTTGATTCCAAAA-AAAAGGTAATAACGATTTG
128 TGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * * * **
197644 AAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACA-TTTTCACATTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAGTAAAAAGATTT-ATTTTTT
* * * * *
197708 AAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT
64 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * *
197773 GTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTT
129 GTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAAAAGATTTA-TTTTTT
* * * *
197890 AAA-CTCTTGCTTATTTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCT
64 AAATCTCTTGCTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * ** * * * *
197954 TTTATGAATTGAAACAATCGTTATATGTCAAAA-AAAA-GTTATAACAATTTT
128 TGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * *
198005 AAATAAATAATTGTTCAAATGGTAATAACTATTTTG-GTTGTT-TGATAGATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA-TTTGAATTGTTCAG-TAAAAAGATTTA--TTTT
* ** * * * * **
198068 TTCAAATCTTTTGCAAATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTTGAATAA
62 TT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * *
198132 GCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAGAGGTCAGAACGATTTA
125 GCTTGTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * ** * ** *
198188 AAATAGGTAATTATTCT-AATAGTTTTAACTATTTGAATTGATTCGGTAAGCACATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAGTAAAAAGATTTATTTTTT
* * * * *
198252 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCT
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** * * * ** * * ** *
198316 TCAATGATC-AGAAGCAATTGTTTTATGAC-AAAGTAATGATTTTAATAATTTG
128 TGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
198368 AGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAATTTGGTAA-T-TT-GGTAAACAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT-ATTT-G-AATTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTT
* * * * *
198430 TAAATTTGTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
63 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* **
198495 TGTAT-AATTAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
128 TGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* ** * * * * ** *
198548 TAATAGATAATAATTCAAATGGCCATAA-TAATTTTAACAGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT-ATTTGAATTG-TTCAGTAAAAAGATTTATTTTTT
* * * * **
198612 AAAT-TTTTGACTTAATAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-GTTCTATCTAAGC
64 AAATCTCTTG-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
* * * * * * *
198675 TTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCAATTTT
127 TTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * * *
198729 TAATTGACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAAATATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAAA-AGATTTATTTTTT
* * * * * *
198793 AAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGC
64 -AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
** * *
198857 TTGCGTGAAC-AGAAACAA-TAGTTTTATGACTAACCAAAAGGTCATAACAATTTG
127 TTGTATGAACTA-AAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * ** *
198911 AAATATG-TAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCCGGCAATCACA-TTATTTTT
1 AAATA-GATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTT
* ** * * * * * * *
198973 TAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATGTTAATCCAAATAGGTT
63 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * **
199038 TGTATGAA-AAGAAACAACTATTTTATAACAAAA-TAAATGTCATCATGATTTG
128 TGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
199090 AGATATATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGGAAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAAA-AGATTTATTTTTT
199154 AAA
64 AAA
199157 ATTTTTAAAC
Statistics
Matches: 1441, Mismatches: 346, Indels: 156
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 58 0.04
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178 15 0.01
179 176 0.12
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184 10 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAA
ATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
ATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
Found at i:198424 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 197704--199020 Score: 1025
Period size: 363 Copynumber: 3.6 Consensus size: 359
197694 CATTTTCACA
* * * * * * **
197704 TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
1 TTTTAAATC-TTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAA
* * * * * *
197769 ACTTGTATGAACTA--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTTAAATAGA
65 GCTTGTA--AA-TATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGG
* * * * * * ** * *
197832 CAATTGTT-TAAATAGTCATAAGTATTAGAATTTG-TTCAATAAAAAAATTTAGTTTTTTAAA-C
127 TAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAACACATTTA-TTTTTTAAATC
* * ** * * * **
197894 TCTTGCTTATTTAA-TTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTA
189 TCTTACTTA-ATAATTTTTGG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTGTTCTATATAAGCTTCAA
** * * * * * **
197958 TGAATTGAAACAATCGTTATATGTCAAAAAAAAG-TTATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCA
252 TGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGATTATAACAATTTTGAATTGATAATTGTTCA
* * ** *
198022 AATGGTAATAACTATTTTGGTTGTTTGATAGATAGATTTATTTT
317 AATAGTAATAACTAATTTGGTAATTTGATA-AAAGATTTATTTT
** * *
198066 TTTTCAAATCTTTTGCAAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTTGAATA
1 TTTT-AAATCTTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATA
* * * *
198131 AGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAGAGGTCAGAACGATTTAAAATAGGT
64 AGCTTGTAA-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGT
* * *
198196 AATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGATTCGGTAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTT
128 AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
*
198261 ACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAAT-TGA-ATAAGCTTCAATGA
193 ACTTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGT--TCT-ATATAAGCTTCAATGA
* * * * * *
198323 TCAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAGT-AATGATTTTAATAA-TTTGAGATTGATAATTGTTTAA
255 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-TAAAAGATTATAACAATTTTGA-ATTGATAATTGTTCAA
* *
198386 ATAGTCATAACTAATTTGGTAATTTGGTAAACAGATTTA--TT
318 ATAGTAATAACTAATTTGGTAATTTGATAAA-AGATTTATTTT
* * * * **
198427 TTTTAAAT-TTGTTACTTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTAAATCTT-TT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAAT
* * * * *
198490 AAGCTTGTATAAT-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGTAATAG
63 AAGCTTGTA-AATAT-GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
198554 ATAATAATTCAAATGGCCATAA-TAATTTTAACAGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T
126 GTAATTATTCTAATAGTCTTAACT-ATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * ** *
198617 TTTGACTTAATAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTATCTAAGCTTGTATT
190 CTT-ACTTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGTTCTATATAAGCTTCAATG
* * * * *
198682 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCAATTTTTAATTGACAATTGTTCAA
254 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAT-AAAAGATTATAACAATTTTGAATTGATAATTGTTCAA
* * * * *
198747 ATAATAAAAACT-ATTT-G-AACTTGTTTAGAAA-ATATATTTATT
318 ATAGTAATAACTAATTTGGTAATTTG-ATA-AAAGATTTA-TT-TT
* ** *
198789 TTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATA
1 TTTT-AAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATA
* * * * *
198854 AGCTTGCGTGAACA-GAAAC-AATAGTTTTATGACTAACCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAT
64 AGCTT--GTAAATATGAAACAAATA-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *
198917 GTAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTCCGGCAATCACA-TTATTTTTTAAATCT
126 GTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
198980 CTTACTTACA-AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
190 CTTACTTA-ATAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
199021 GTTAATCCAA
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 156, Indels: 92
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
358 9 0.01
359 20 0.03
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362 145 0.19
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (359 bp):
TTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAG
CTTGTAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGGTAAT
TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TAATAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGTTCTATATAAGCTTCAATGAACAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGATTATAACAATTTTGAATTGATAATTGTTCAAATAGTAAT
AACTAATTTGGTAATTTGATAAAAGATTTATTTT
Found at i:198452 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 198227--198661 Score: 459
Period size: 179 Copynumber: 2.4 Consensus size: 181
198217 TATTTGAATT
* * * * * *
198227 GATTCGGTAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTA
1 GATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * ** *
198292 GTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTCAATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGAC-AAAGTAATGA
65 GTATTATTTTTAATTCAAATAAGCTTCAATAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA
** * ** * * ***
198355 TTTTAATAATTTG-AGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAA-TTTGGTA
130 TCATAATAATTTGTA-ATAGATAATAATTCAAATAGCCATAA-TAATTTTAACA
* * *
198407 -ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTGTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATA
1 GATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * *
198471 GTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAATTAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
65 GTATTATTTTTAATTCAAATAAGCTTCAATAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA
* *
198535 TCATAATGATTTGTAATAGATAATAATTCAAATGGCCATAATAATTTTAACA
130 TCATAATAATTTGTAATAGATAATAATTCAAATAGCCATAATAATTTTAACA
* *
198587 GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTGACTTAATAATTTATGAAATATTAATAAATTA
1 GATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTT-ACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
198652 GTATTATTTT
65 GTATTATTTT
198662 GTTCTATCTA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 38, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.04
179 93 0.44
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182 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (181 bp):
GATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTTAATTCAAATAAGCTTCAATAATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
CATAATAATTTGTAATAGATAATAATTCAAATAGCCATAATAATTTTAACA
Found at i:198488 original size:723 final size:719
Alignment explanation
Indices: 197715--199020 Score: 1693
Period size: 723 Copynumber: 1.8 Consensus size: 719
197705 TTTAAATCAC
* * *
197715 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
1 TTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-AA
** *
197780 CT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTT-TAAATAGACAATTGTTTAA
65 CTAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGT-AATAGACAATAATTCAA
* ** *
197843 ATAGTCATAAGT-ATTAGAATTTG-TTCAATAAAAAAATTTAGTTTTTTAAACTCTTG-CTTATT
129 ATAGCCATAA-TAATTAGAA-CAGATTCAATAAAAAAATTTA-TTTTTTAAACTCTTGACTTA-A
* * *
197905 TAATTT-TGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
190 TAATTTAT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * ** *
197969 AATCGTTATATGTCAAA-AAAAAGTTATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATGGTAATAA
254 AATCGTTATATGACAAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAATAAAAA
* * * *
198033 CTATTTTG-GTTGTTT-GATAGATAGATTTATTTTTTTTCAAATCT-TTTGCAAATTAATTTTTT
319 CTA-TTTGACTTGTTTAGA-AAATAGATTTA--TTTTTTAAAATCTCTTT-CAAATTAATTTTTC
* * * *
198095 GAATGTTAATAAATTTGGATTAATTTATTTTGAATAAGCTT-GTAAGATATGAAACAAATA-TTT
379 AAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTCTGAATAAGCTTCGTAA-ACA-GAAAC-AATAGTTT
* * *
198158 TATAACTAAACAAGAGGTCAGAACGATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTG
441 TATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG
* * * **
198223 AA-TTGATTCGGTAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
506 AACTAG-TCCGGCAAGCACA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGGAATATTATTA
198287 AATTAGTATTATTTTTAATTGAATAAGCTTCAATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAGTAA
569 AATTAGTATTATTTTTAATTGAATAAGCTTCAATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAGTAA
198352 TGATTTTAATAATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAATTTGGTAATTTGGTAAA
634 TGATTTTAATAATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAATTTGGTAATTTGGTAAA
198417 CAGATTTATTTTTTAAATTTG
699 CAGATTTATTTTTTAAATTTG
* *
198438 TTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAT
1 TTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAC
* * *
198503 TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGTAATAGATAATAATTCAAAT
66 TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGTAATAGACAATAATTCAAAT
* ** * * * * *
198568 GGCCATAATAATTTTAACAGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTGACTTAATAATTT
131 AGCCATAATAATTAGAACAGATTCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAACTCTTGACTTAATAATTT
* * ** * *
198633 ATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTT
196 ATGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATCGTT
* * * * **
198698 TTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCAATTTTTAATTGACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTT
261 ATATGACAAA-CAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTT
* ***
198763 GAACTTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTCAAATGTTAAT
325 G-ACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCAAATTAATTTTTCAAATGTTAAT
* * * *
198828 AAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCGTGAACAGAAACAATAGTTTTATGACTAACCA
389 AAATTAGGATTAATTTATTCTGAATAAGCTT-CGTAAACAGAAACAATAGTTTTATAACTAAACA
* * * *
198893 AAAGGTCATAACAATTTGAAATATGTAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCCGGC
453 AAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCCGGC
*
198958 AATCACATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
518 AAGCACATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
199021 GTTAATCCAA
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 72, Indels: 33
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
722 144 0.29
723 282 0.57
724 49 0.10
725 18 0.04
726 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (719 bp):
TTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAC
TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATTTGTAATAGACAATAATTCAAAT
AGCCATAATAATTAGAACAGATTCAATAAAAAAATTTATTTTTTAAACTCTTGACTTAATAATTT
ATGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATCGTT
ATATGACAAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAATAAAAACTATTTG
ACTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCAAATTAATTTTTCAAATGTTAATAA
ATTAGGATTAATTTATTCTGAATAAGCTTCGTAAACAGAAACAATAGTTTTATAACTAAACAAAA
GGTCAGAACAATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCCGGCAAG
CACATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA
ATTGAATAAGCTTCAATGATCAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAGTAATGATTTTAATAATTTGA
GATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAATTTGGTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
TTTG
Found at i:199201 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 199149--199207 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
199139 ATAGATTTAT
**
199149 TTTTTAAAATTTTTAAACATATTTG
1 TTTTTAAAATTTTTAAACATATTAA
* *
199174 TTTTTAAAATTTTT-TACTTATTAA
1 TTTTTAAAATTTTTAAACATATTAA
*
199198 TTTTTGAAAT
1 TTTTTAAAAT
199208 ATTAATAAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.52
25 14 0.48
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (25 bp):
TTTTTAAAATTTTTAAACATATTAA
Found at i:199360 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 198981--199367 Score: 469
Period size: 206 Copynumber: 1.9 Consensus size: 206
198971 TTTAAATCTC
* * *
198981 TTACTTACAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATGTTAATCCAAATAGGTTTGTATGAA
1 TTACTTACAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATGTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
199046 AAGAAACAACTATTTTATAACAAAATAAATGTCATCATGATTTGAGATATATATTTGTTCAAATA
66 AAGAAACAACTAGTTTATAACAAAACAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTATTCAAATA
* * * *
199111 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACATATTTGTT
131 GCCATAACTATTTGAACTTATTAGAAAAAAAGATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACATATTTGTT
199176 TTTAAAATTTT
196 TTTAAAATTTT
** * * * *
199187 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAA
1 TTACTTACAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATGTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAA
* * *
199252 CAA-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATA-ATAATTATTCAAA
66 -AAGAAACAACTAGTTTATAACAAAACAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATATATAATTATTCAAA
* * *
199314 TAGCCTTAACTATTTGAACTGT-TTAGAAAAAAATATTTATTTTTT-TAATTTTTA
129 TAGCCATAACTATTTGAACT-TATTAGAAAAAAAGATTTATTTTTTAAAATTTTTA
199368 CTTATTAAAT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 27, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
204 8 0.05
205 48 0.32
206 92 0.61
207 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (206 bp):
TTACTTACAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATGTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAA
AAGAAACAACTAGTTTATAACAAAACAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTATTCAAATA
GCCATAACTATTTGAACTTATTAGAAAAAAAGATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACATATTTGTT
TTTAAAATTTT
Found at i:199990 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 199423--200514 Score: 878
Period size: 180 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
199413 AATATTTAAT
* * * * *
199423 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTCCAATTCAAATAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGTTTA
* *** * *
199487 TT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAA-A-TTACAAA
64 TTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA
* * * * *** * * * *
199549 ATGAATCTATTCACCAAACATGTTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATC
128 ATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
199603 TATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTGTTCGTGCAAGTTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGTTTAT
* * *
199668 TTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAAT
65 TCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
199731 AAATATGTTT-TCTAAATATGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAAAAAGTATC
130 AAATATGTTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * *
199783 TATTTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAGGTTTA
1 TATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA-GTTTA
* * *
199847 TTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAA
64 TTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* *
199911 TAAATATGTTTATTGAGA-AAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATT
129 TAAATATGTTTATTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
199964 TATTTCAAATCGA-TAAGATCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTTTTTCTAATCACACATGTTTA
1 TATTTCAAATC-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGTTTA
* * * * * ***
200028 TT-TGAAAGAAAATAATACTGATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA
64 TTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * ** * ** * * * *
200092 TAAATCTATTCATCAAACAAGTTCAAATGGACATGTCCATTTGAACTATTATA
129 TAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* **
200145 TATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTAT
1 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGTTTAT
* ***
200210 TC-GTAATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAA
65 TCTGAAATAAAATAAT-AT--TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * *
200270 ACTAAATCTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATC
127 AATAAATATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
200325 TATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTTAGACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGTTTAT
* * * ** * ** * * **
200389 T-TGGAGTAAAATATTGCTAAATTAAGAATATTCTAAAAATTAATAGGTATGAGATTTAAAAAAT
65 TCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
200453 AAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTT-TAGACTATTAGAACAATTATC
130 AAATATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
200505 TATTTCAAAT
1 TATTTCAAAT
200515 AATTTTATTT
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 147, Indels: 54
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 24 0.03
179 55 0.07
180 369 0.50
181 258 0.35
182 6 0.01
184 26 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGTTTATT
CTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:200266 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 199423--200371 Score: 923
Period size: 361 Copynumber: 2.6 Consensus size: 356
199413 AATATTTAAT
* * * * *
199423 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTCCAATTCAAATAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGATTA
* * * * *
199487 TTTGAAATAAAATAAT-A-CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAAATTACAAAA
64 TTCG-AATAAAATAATAATATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAA
* * * ** * * * *
199550 TGAATCTATTCA-CCAAACATGTTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAAC
125 TAAATCTGTTTATTGAAA-A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** ** *** *
199614 ATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTGTTCGTGCAAGTTTATTTTGAATAAAA
188 ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTCTAATCACACAAGTTTATTTTGAAGAAAA
* * *
199679 TAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCT
253 TAATATAAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAATTTAAAAAATAAATATATTATCT
* * * ** * *
199744 AAATATGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAAAAAGTATC
318 AAACAAGTTCAAATAGACATGACCATTTAAAAAAGTATA
** * * *
199783 TATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAGGTTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA-GATTAT
* *** *
199848 TCAGAATAAAATAAT-AT-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAA
65 TC-GAATAAAATAATAATATAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
* * *
199911 TAAATATGTTTATTGAGAAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG
125 TAAATCTGTTTATTGA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-
* * *
199976 A-TAAGATCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTTTTTCTAATCACACATGTTTA-TTTGAAAGAAA
188 ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTCTAATCACACAAGTTTATTTTG-AAGAAA
* * * * *
200039 ATAATACT-GATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTC
252 ATAATA-TAAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTT-AAAATTTAAAAAATAAATATATT-
* * * ** *
200103 ATC-AAACAAGTTCAAATGGACATGTCCATTTGAACTATTATA
314 ATCTAAACAAGTTCAAATAGACATGACCATTTAAAAAAGTATA
* *
200145 TATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGATTAT
*
200210 TCGTAATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAA
65 TCG-AATAAAATAATAAT-ATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
200275 ATCTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATCTATCTCAAATCATT
128 ATCTGTTTATTGAA--AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* *
200339 ATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT
191 ATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTT
200372 TGTTTAGACA
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 86, Indels: 47
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 107 0.22
361 214 0.45
362 124 0.26
363 11 0.02
364 3 0.01
365 18 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGATTATT
CGAATAAAATAATAATATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTATTGAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTCTAATCACACAAGTTTATTTTGAAGAAAATAATATAA
ATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAATTTAAAAAATAAATATATTATCTAAACAAGT
TCAAATAGACATGACCATTTAAAAAAGTATA
Found at i:200472 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 199571--200514 Score: 594
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 182
199561 ACCAAACATG
* * * * *
199571 TTCAAATAATTATTACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGATAC-TTTGTTTTGT
* ** * * ** ** * **
199634 TATAAAACAATTGGTTCTGTTC-GTGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAT-A-AATTTATTAA
64 CATAAAACAATTATTTCTATTCAG-ACAAAATTATTCGGAATAAAATAATATAATAAATTAAGAA
* * * * * ** *
199696 TATTCCAAAAATTAATAAGT-TAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAATATG
128 TATTCTAAAAATTAAT-AGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCA-A
* ** * ** * * *
199751 TTGAAATAGTTATGACTATTTAAAAAAGTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTGTTTTGTCA
* * * ** * **
199816 TAAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAGGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATT-A-AA-
66 TAAAACAATTATTTCTATTCAGACAA-AATTATTCGGAATAAAATAATA-TAATAAATTAAGAAT
* * ** * *
199877 ATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAGA--AA
129 ATTCTAAAAATTAAT-AGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA-ACCAA
* * * * * *
199931 GTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGA-TAAGAT-CTTTTGTTTTA
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATC-ATTATGATAC-TTTGTTTTG
* * * * *** * * * * **
199994 TTATAAAACAATTTTTTCTAATCACACATGTTTATTTGAAAGAAAATAATACTGATCTATT---A
63 TCATAAAACAATTATTTCTATTCAGACAAAATTATTCGGAATAAAATAATA-TAATAAATTAAGA
* * *
200056 ATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATC-AAACAA
127 ATATTCTAAAAATTAAT-AGTAT-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAA
* ** * * * * *
200112 GTTCAAATGGACATGTCCATTTGAACTATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTGTTTTGTC
* * * * **
200177 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCGTAATAAAATAATAATAATAATTTATTAAT
65 ATAAAACAATTATTTCTATTCAGACAAAATTATTCGGAATAAAATAAT-ATAATAAATTAAGAAT
* * * *
200242 ATTTTGAAAATTAATA--A-GAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACCAA
129 ATTCTAAAAATTAATAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAA
*
200293 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATCTATCTCAAATCATTATGAT-CTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * * **
200357 TAAAATAATTATTTTTGTTTAGACAAGCTTATTTGGAGTAAAAT-AT-TGCTAAATTAAGAATAT
66 TAAAACAATTATTTCTATTCAGACAAAATTATTCGGAATAAAATAATATAATAAATTAAGAATAT
* *
200420 TCTAAAAATTAATAGGTATGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA
131 TCTAAAAATTAATA-GTATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAA
*
200473 TTCAAATAGTT-TAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
1 TTCAAATAGTTAT-GACTATTTA-AACTATTATCTATTTCAAAT
200515 AATTTTATTT
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 129, Indels: 64
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 24 0.04
178 2 0.00
179 53 0.09
180 239 0.40
181 260 0.43
182 5 0.01
183 4 0.01
184 16 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCTATTCAGACAAAATTATTCGGAATAAAATAATATAATAAATTAAGAATAT
TCTAAAAATTAATAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAA
Found at i:201617 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 200540--202092 Score: 664
Period size: 180 Copynumber: 8.7 Consensus size: 179
200530 AGCTTATTCA
* * * *
200540 AAATAAAATGATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAACAAGAAATTTTTAAAAAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AATAAGAGA--TTTAAAAAA-A
* * * * * * * * * * * *
200604 AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATAAAT
61 ATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAAAAATTATATATTTCAAATCATT
** * * * * * ** * *
200669 ATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAACTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCTA
126 ACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAATTCATACTAGTTTATTTG
* * * * * * *
200722 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATA-TACAAAAATTGATAGGT-TGAGATTTAAAAAATAAGT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAA-AATT
** * * * * ** * ** * ** *
200785 CAGTTTATCAAATCGGTTCAAATAATTATGGCTAT-TAGAACAATTATCCATTTCAATTTGTTAT
64 TTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGT-GAAAAATTATATATTTCAAATCATTAC
* * * * * * ** *
200849 AAACTTTTGTTTTGTCCTAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTC
128 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATT-GTTTTAATTCATACTAGTTTATTTG
* *
200901 AAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT---AAAAAAAA
* * * ** * * *
200966 ATCTGTTTA--T---C-G---AACTAATTCCAA-T-T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
62 TTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAAAAATTATATATTTCAAATCATTA
* ** * ** ** * * *
201019 AAATATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATA--GGCTTA-TTA
127 CAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAATTCATACTAGTTTATTTG
* * * * * *
201069 AGAATAAAATAATATTAATTTATCAAAATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAA-AA
* * * * * * * * ** * * * *
201134 ATCTATTTA-TTGAGCAAGTTCACATAGTTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATT
62 TTTTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAAAAATTATATATTTCAAATCATT
** * * * ** * * *
201198 ATTATCTTTTGTTTGGTCATATACCAATTGTTTTTGAA--CATTCAAGCTTATTTG
126 ACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTG-TTTT-AATTCATACTAGTTTATTTG
* *
201252 AAATAAAATAATACTAA-TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AATT
* * * * * * *
201316 TTGTTTACCGAACTAGTTCACATAGTTATAACTATTTGAATAATGTA-A-ACTTCAAATCATTA-
64 TTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAAAAAT-TATATATTTCAAATCATTAC
***** * *** * * **
201378 AAAAAAAT-TTTTGTTATAAATTTATT-TATTT-TTTCATACAAGTTTATTCA
128 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGT-TTTAATTCATACTAGTTTATTTG
* *
201428 AAATAAAATAATACTAATCTAATT-ATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAA-T
1 AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAAATT
** * * * * *
201491 TTGTTT-GTTAAACCATTTTAACTATTTA-AGACTATGTGAATAAA-TATTTATTTCAAATCATT
64 TTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATGTGAA-AAATTATATATTTCAAATCATT
*** * *
201553 TTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTCT-TTTTGAATTCATACTAGTTTATTTG
126 ACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-T-TGTTTT-AATTCATACTAGTTTATTTG
* * **
201609 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAATT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAAATT
* **
201673 TTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATGGTTACA
64 TTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAAAAATTATATATTTCAAATCATTACA
* *
201738 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTTG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAATTCATACT-AGTTTATTTG
* * * *
201789 AAATAAAATATTACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAATGAA-T
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAA-AAATT
* * ** * * * * * * * * *
201853 CTCTTTA-CTAAATAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTGAAATCACTAT
64 TTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAAAAATTATATATTTCAAATCATTAC
* * *
201917 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAAATT-TTTT-GTTCATACAAGCTTT-TTTC
128 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAG--AATTGTTTTAATTCATACTAG-TTTATTTG
* *
201969 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-TTT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAA-A
*** * * * * * * *
202031 AAACTATTTACC-AATCAAGTTCAAATCATTTTGACTATTTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
61 ATTTTGTTTACCTAA-CCAGTTCAAATAATTATAACTA-TGTGAAAAATTATATATTTCAAAT
202093 TTCTTGATGT
Statistics
Matches: 1056, Mismatches: 240, Indels: 150
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAAATTTT
GTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAAAAATTATATATTTCAAATCATTACAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAATTCATACTAGTTTATTTG
Found at i:201827 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 200989--202092 Score: 715
Period size: 180 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
200979 ACTAATTCCA
* * * ** * * *
200989 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAATATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTG
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * *
201054 TTC--ATAGGCTTA-TTAAGAATAAAATAATATTAATTTATCAA-AATTCCAAAAATAAATAAGT
66 TTCATATAAGCTTATTTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-CAAAAATTAATAAGT
* * * * * * ** *
201115 AAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTGAGCAAGTTCACATAGTTATGGCC
129 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAATTATAACT
* * * * * * * * *
201169 ATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTGGTCATATACCAATTGTTTTTG
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
** * **
201234 AACAT-TCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
66 TTCATAT-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
201297 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCACATAGTTATAACT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATAACT
* * * ***** * ***
201349 ATTTGAATAATGTA--AACTTCAAATCATTA-AAAAAAAT-TTTTGTTATAAATTTATT-TATTT
1 ATTTGAAAAAT-TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTT
* * * * * * *
201409 -TTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATT-ATATTTCAAAAATTAATAAC
64 AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATAATTCAAAAATTAATAAG
* * ** * * * * *
201472 TAAGAGAATT-AAAAA-AAATTTGTTT-GTTAAACCATTTTAACTATTTA-AGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAATTATA-ACT
* * * * * *
201524 ATGTGAATAAA-TATTTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTCT-TTT
1 ATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTT
* * ** * * **
201587 TGAATTCATACT-AGTTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
63 T-AGTTCATA-TAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTCAAAAATTAAT
* * * *
201650 AATTAAGAGATTTAAAAAA-AATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACT
125 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATAACT
* ** * *
201706 ATTTGAAAAATTATATATTTCAAATGGTTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAG
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * *
201771 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAA
66 TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGT-A
* * * * *
201835 AGAGATTT-AAAAATGAATCTCTTTA-CTAAATAAGTTTAAATAATTATGACT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAATTATAACT
* * * * *
201886 GTTTGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAAATT-TTTT
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTGTTTT
* * * *
201950 -GTTCATACAAGCTTTTTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT--TTTAAGACAATTAATA
64 AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTCAA-A-AATTAATA
* * * * * * *
202011 AGTAAAAGATTAAAAAAATAAAACTATTTACC-AATCAAGTTCAAATCATTTTGACT
126 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAATTATAACT
*
202067 ATTTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
1 A-TTTGAAAAATTATCTATTTCAAAT
202093 TTCTTGATGT
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 151, Indels: 88
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 31 0.04
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATAACT
Found at i:207209 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 207178--207210 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
207168 AACGAGTTTA
207178 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTA-GACTATTTG
207196 AATAATTA-ACTATTT
1 AATAATTAGACTATTT
207211 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTAGACTATTTG
Found at i:207584 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 207167--209051 Score: 1621
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207157 ATAACTTTCT
* * * * * * *
207167 AAACGAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAAT-TGTTATTACTTTTTG
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTG
** * * * * *** * * *
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* *
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130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * *
207343 AAATTAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT-TAACCTTTTG
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTG
* * * * *
207407 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCGTATTCAAAATAAATTAATACTAA-TTAA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
207471 TAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * * *
207524 AAACGAGTTTAAATAGTTATTATTATTTTAACAATTGTCTATTTAAAATCTTTATAACCTTTTGA
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGT
* * * * ** *
207589 TTTGTCATAAAATAATTGTTT-ACGTTAATACAAGCTAAGAT-GGAATAAAATAATATTAATTTA
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** *
207652 TTAATATTTCTTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * ** * *
207705 AAATTAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATGATTATCTATTTTAAAT-TGTTATGACCTTTTA
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTG
* ** *
207769 TATTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *** *
207833 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAGAAATAAATACATTTATC
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * *
207886 AAACCTA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAATATCAAATCGTTAAGATC-TTTA
1 AAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTG
* ** * * * *
207949 TTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAGAAACTTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * **
208013 ATAATATTTTAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTC
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * ** ** * *
208066 AAATTAGTTCAAATAATTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGCTT-TGACCTTTT-
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
208129 TCTTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAGTTCAAATT
65 T-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
208192 TATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTCTTTAAC
127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * *
208248 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAAT-TGTTATGACCTTTTG
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTG
* * * * * *
208312 TTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATT-ATAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAATTTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
208375 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * **
208428 AAACAAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCCT
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGT
* * * *
208493 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTGTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * **
208557 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATT
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * *
208609 GAA-TCAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTT
1 AAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTT
** ** ** *
208672 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATTTAAAATTATTCAAAATAAAA-AAGTACTGATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTT
* * * * *
208736 ATTAACA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTGAAAAAACAAATCTATTTACT
128 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC
** * * * *
208787 AAAGAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGAACTTTTG
1 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCTTTATGACCTTTTG
* * * * * *
208851 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-AT-ATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATGATACTACTTTAC
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
208914 TAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATTAGTTTACT
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * *
208966 AAA-TCAGATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATTACCTTTC
1 AAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTT
*
209029 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
209052 TCCAACATAC
Statistics
Matches: 1381, Mismatches: 272, Indels: 109
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
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AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
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Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 179
209221 TAGTTATGAT
* * *
209231 CAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTATGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTA-TAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * *
209296 TCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAAATTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTAATAATA-G
65 TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
**
209360 TCTAAAAATTTAGAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTCCAAAC
130 TC-AAAAATTTAGAAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTCCAAAC
* *
209411 CAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATA-A-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTT
* * * * * *
209475 GTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTTTTATT
64 GTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTC--AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *** * **
209540 ATTTCAAAATTTTATAAAGAAGAGATTTTTTAAAA-AATTATATTTAT-TGAAC
127 ATTTCAAAAATTTAGAAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTT-TCCAAAC
* * * * *
209592 TAGTTCAAATAATTATAAAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTG--TTGT
1 CAGTTCAAATAGTTATAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGT
* * * * *
209655 CATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTC--AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
209720 TT-AAAAAATTA-ATCAGTAAGAGACTT-AAAAAGTAAATCTGTTTACCAAAG
129 TTCAAAAATTTAGA-AAG-AAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTCCAAAC
* * * * * * * * * * *
209770 CATTTCAAATAATTTTGACA-ATGTAAATAATTATTTGTTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTAT-A-ATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTT
* * * * * * *
209834 ATTATAAAA-AATTGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTC--AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
209898 ATTTCCAAAA-GTA-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAAC
127 ATTTCAAAAATTTAGA-AAG-AAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTCCAAAC
* *
209950 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 CAGTTCAAATAGTTAT-AATATTTGAAC
209978 CGTTAAAATA
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 97, Indels: 34
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 12 0.03
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CAGTTCAAATAGTTATAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTTAGAAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTCCAAAC
Found at i:209955 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 209232--209965 Score: 842
Period size: 358 Copynumber: 2.0 Consensus size: 360
209222 AGTTATGATC
** *
209232 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTATGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTA-TAAAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTATGTTTTGT
209297 CATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAAATTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTAATAATAGTC
65 CATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAAATTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTAATAATAGTC
* * * *
209362 TAAAAATTTAGAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTCCAAACCAATTCAAATAGTTAA
130 TAAAAAATTAGAACTAAGAGACTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAA
* * * * *
209427 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
195 GACAATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATT
* * ** * * * *
209492 TCAGCTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTTTTATTATTTCAAAATTTTATAA
260 TCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATGTAATAA
*** *
209557 AGAAGAGATTTTTTAAAAAATTATATTTATTGAACT
325 AGAAGAGATTTAAAAAAAAATTATATTTACTGAACT
* *
209593 AGTTCAAATAATTATAAAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTT-T-TTGTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATAAAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTATGTT-TTGT
* * * * *
209655 CATAAAGCAATTGTTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACAAATTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * *
209719 -TTTAAAAAATTA-ATCAGTAAGAGACTT-AAAAAGTAAATCTGTTTACCAAAGCATTTCAAATA
127 GTCTAAAAAATTAGA--ACTAAGAGACTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAATA
** * * * * * *
209781 ATTTTGACAATGTAAATAATTATTTGTTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTATTATAAAA-AA
190 ATTAAGACAATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA
* ** * *
209845 TTGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAA-G
255 TTATTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-CAAAATG
209909 TAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACTGAACT
319 TAATAAAG-AAGAGATTTAAAAAA-AAATTATATTTACTGAACT
209951 AGTTCAAATAGTTAT
1 AGTTCAAATAGTTAT
209966 GACTATTTGA
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 52, Indels: 21
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
357 5 0.02
358 122 0.39
359 107 0.34
360 65 0.21
361 13 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AGTTCAAATAGTTATAAAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTATGTTTTGTC
ATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAAATTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTAATAATAGTCT
AAAAAATTAGAACTAAGAGACTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAG
ACAATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT
CAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATGTAATAAA
GAAGAGATTTAAAAAAAAATTATATTTACTGAACT
Found at i:210079 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 209875--210070 Score: 247
Period size: 106 Copynumber: 1.9 Consensus size: 106
209865 TTATTCAAAA
* * * *
209875 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCCAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTA
* * ***
209940 TTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACCGT
66 TTTACTCAAATAGTTCAAATAACAATGACTATTTGAACCGT
*
209981 TAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-CAGATAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAGAAATC
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCCA-A-AAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATC
210043 TATTTAC-CAAATAAGTTCAAATAACAAT
64 TATTTACTCAAAT-AGTTCAAATAACAAT
210071 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 10, Indels: 7
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
104 5 0.06
105 31 0.40
106 41 0.53
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (106 bp):
TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCCAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTA
TTTACTCAAATAGTTCAAATAACAATGACTATTTGAACCGT
Found at i:210707 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 210065--211968 Score: 1482
Period size: 180 Copynumber: 10.7 Consensus size: 179
210055 AAGTTCAAAT
* * * * *
210065 AACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
** * * ** * * * *
210130 ACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAG-TAATATT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATT
* * * * * *
210194 TTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
131 TTAAAAATAAATCTATTTAC-CAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * *** *
210244 AATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTGTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAATTT
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTC
* * * * * * * * *
210307 GTA-TAGCCTTATTCGAAATAGAATAATACTAATTGAATGATATTTCAAAAATTATTTAGTAAAA
64 ATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAA
* * * * *
210371 GA-TTTAAAATATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
127 AATTTTAAAA-ATAAATCTATTTAC-CAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
210425 AACAATCATCTATGTCAAAATTGTTATGACATTTTTTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTTA
1 AACAATTATCTATTTC-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA
* * * *
210490 TACAAGCTTATTCCAAAGAAAATAATA-TAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATT
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAA-A
* * *** * *
210554 TTTTAAAAA-AAATTTGTTTTTTAAACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTG
129 TTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* **
210605 AACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
*
210670 ACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAAAT
* ** * * * *
210735 TTTAAAAATAAAT-TGTTTACCAAGAAAGTTTGAATAATTATGATTGTTGG
130 TTTAAAAATAAATCTATTTACCAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
210785 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
* * * * * ** *
210850 A-AAGTTTATTCAAAATTAAA-AATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAAAT
* ** * * * * * *
210913 TTCAAAAATAAA--TATTT--TTATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTA
130 TTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** **
210959 AACAATTATCTATTTCAAATAGTCGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
** * * * *
211024 ACAAGCAAATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAAAT
* * * * *
211089 TTTAAAAATAAAT-TGTTTACCAAGAAAGTTTAAATATTTATGATTGTTTG
130 TTTAAAAATAAATCTATTTACCAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
211139 TACAATTATTTATTTCAAATAGCTATGATCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
* * * * * * *
211204 ATAAGTTTAGTCAGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAAAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAAAT
* ** * * * *
211268 TTAAAAAATAAA--TATTT--TTATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
130 TTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
*
211314 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA
* ** * * * * *
211378 TGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATATATTAATATTT-AGAAAATTAATAAG---AGA
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAAAAA
* * *
211439 -TTAAAAAACTAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGATTATTTG
129 TTTTAAAAA-TAAATCTATTTACC-AAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
211491 AACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGACC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTT-TTC
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTGTTC
*** * * * * * *
211553 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTAATAA-AATTCTAAAAATTAGTAAG---AG
64 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAAA
* * * * * * * *
211614 A-TTTAAAAAAAAATGTGTTTGA-CAAACCATTTCAAATACTTAAGACTATTAG
128 ATTTTAAAAATAAATCTATTT-ACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
211666 AATAATTATTTATTTCAAATCA-TTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA
* * *
211730 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAATATTAATGAGCAAAAG
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAG-AAAAA
211794 A-TTTAAAAATGTAAATCTATTTACCAAACAAG-TCGAAATAGATT-TGACTATTTG
128 ATTTTAAAAA--TAAATCTATTTACCAAA-AAGTTC-AAATAG-TTATGACTATTTG
* * *
211848 AACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTATGGCCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTG-TTTAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTC
* * * ***
211910 ATAAAAACTTATTCAAAATAAAAAAAATACTACCCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
64 ATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
211969 AAGATTAAAA
Statistics
Matches: 1375, Mismatches: 297, Indels: 103
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 8 0.01
172 6 0.00
174 79 0.06
175 165 0.12
176 229 0.17
177 61 0.04
178 56 0.04
179 218 0.16
180 267 0.19
181 119 0.09
182 154 0.11
183 13 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATT
TTAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:210994 original size:354 final size:354
Alignment explanation
Indices: 210065--211967 Score: 1559
Period size: 354 Copynumber: 5.3 Consensus size: 354
210055 AAGTTCAAAT
* * ** * * * * * * *
210065 AACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCAT
** * * * * * * * *
210130 ACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAATA-TT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAGAT
* ** * * * *
210194 TTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTT
130 TTAAAAATAAATAT-TTT--T--ATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTT
* ** * * *** ** * * *
210259 CAAATCATTATGA-CTTGTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAATTTGTA-TAGCCTTATTCG
190 CAAATCATCATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CATATTCA
* * * * * * * *
210322 AAATAGAATAATACTAATTGAATGATATTTCAAAAATTATTTAGTAAAAGATTTAAAATA-TGAA
253 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAA-ACTAAA
* * * * *
210386 TCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
317 TCTATTTAC-CAAAAAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
* * ** * ** * * *
210425 AACAATCATCTATGTCAAAATTGTTATGACATTTTTTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTTA
1 AACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCA
* * * * * * * *
210490 TACAAGCTTATTCCAAAGAAAATAATA-TAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATT
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGA-G
* * * * * * * * *
210554 TTTTAAAAA-AAATTTGTTTTTTAAACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATTTAAAAATAAA--T-ATTTTTATA-A-GTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTAT
*
210618 TTCAAAT-AGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTC
188 TTCAAATCA-TCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTC
210682 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAA
252 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAAAACTAA
* ** * *
210746 AT-TGTTTACCAAGAAAGTTTGAATAATTATGATTGTTGG
316 ATCTATTTACCAA-AAAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
* *
210785 AACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCA
* * * *
210849 TA-AAGTTTATTCAAAATTAAAAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGAT
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAGAT
210913 TTCAAAAATAAATATTTTTATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
130 TT-AAAAATAAATATTTTTATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
210978 T-AGTCGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCAAATTCGAAATA
194 TCA-TCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAAATA
* * * *
211042 AAATAATATTACTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAAT-TGT
258 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAAAACTAAATCTAT
* * *
211105 TTACCAAGAAAGTTTAAATATTTATGATTGTTTG
322 TTACCAA-AAAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
* * * *
211139 TACAATTATTTATTTCAAAT-AGCTATGATCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCA
* * * * *
211203 TATAAGTTTAGTCAGAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAAAT
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAGAT
* *
211268 TTAAAAAATAAATATTTTTATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
130 TT-AAAAATAAATATTTTTATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
211333 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAA-AATTATTTAGAATA
194 TCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCA-TATTCAAAATA
* * * *
211397 AAATAATACTGATATATTAATATTT-AGAAAATTAATAAG----AGATTAAAAAACTAAATCTAT
258 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATCTAT
* *
211457 TTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGATTATTTG
322 TTACC-AAAAAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
* * * * *
211491 AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCAT
*** * * * * *
211555 ACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTAATAAAATTCTAAAAA-T--TA-GTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAGAT
* * * * * * * * * * * *
211616 TTAAAAAAAAATGTGTTTGACAAACCATTTCAAATACTTAAGACTA-TTAGAATAATTATTTATT
130 TTAAAAATAAATAT-TTTTA-TAA--GTTT-AAATAGTCATGTCCATTTA-AACAATTATCTATT
** * * * * * *
211680 TCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA
189 TCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAA
* * * * *
211745 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAATATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAATGTAAA
254 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA-CTAAA
*
211809 TCTATTTACCAAACAAG-TCGAAATAGATT-TGACTATTTG
317 TCTATTTACCAAA-AAGTTC-AAATA-ATTATGATTATTTG
* * * *
211848 AACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGGCCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-GTT-TAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTA-TTC
* * *** *
211910 ATAAAAACTTATTCAAAATAAAAAAAATACTACCCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 ATACAAGCTTATTCAAAAT--AAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
211968 AAAGATTAAA
Statistics
Matches: 1283, Mismatches: 209, Indels: 101
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
347 10 0.01
348 14 0.01
349 4 0.00
350 7 0.01
351 59 0.05
352 185 0.14
353 3 0.00
354 254 0.20
355 200 0.16
356 27 0.02
357 83 0.06
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359 53 0.04
360 80 0.06
361 192 0.15
362 21 0.02
363 4 0.00
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAGATT
TAAAAATAAATATTTTTATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
ATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATCTATTTAC
CAAAAAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
Found at i:211179 original size:534 final size:525
Alignment explanation
Indices: 210065--212016 Score: 1607
Period size: 534 Copynumber: 3.6 Consensus size: 525
210055 AAGTTCAAAT
* * * *
210065 AACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTTA
1 AACAATTATTTATTTCAAATAG-TATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCA
** * * ** * * *
210129 TACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGT--AATA
64 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* * ** * * * * * *
210192 TTTTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTAT
129 TTTTAAAAATAAATAT-TTTAC-CAAAAAGTTCGAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * ** ***
210257 TTCAAATCATTATGA-CTTGTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAATTTGTATAGCCTTATTC
192 TTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATA-AAAATTATTC
* * * * * * * *
210321 GAAATAGAATAATACTAAT-TGAATGATATTTCAAAAATTATTTAGTAAAAGATTTAAAATA-TG
254 AAAATA-AAAAATACTAGTAT-ATTAATATTTTAAAAATTA---A-TAAGAGA-TTAAAAAACT-
* * * * *
210384 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATCATCTATGTCAAAATTGT
311 AAACTATTTAC-GAA-AAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATCTC-AAATAGT
* * * * *
210449 TATGACATTTTTTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTT-ATACAAGCTTATTCCAAAGAAAAT
373 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T-TTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * **
210513 AATATAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAATTTTTTAAAAAAAATTTGTTTTTTA
436 AATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA-ATTTTAAAAAAAA-TTG-TTTACA
* * * *
210577 AACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTG
498 AACAAGTTTAAATACTTAAGACTATTTG
* * ** *
210605 AACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATTTATTTCAAATAGT-ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
*
210670 ACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
65 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* * * *
210735 TTTAAAAATAAAT-TGTTTACCAAGAAAGTTTGAATAATTATGATTGTTGGAACAATTATTTATT
130 TTTAAAAATAAATAT-TTTACCAA-AAAGTTCGAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATT
* * * **
210799 TCAAAT-AGTTATGATCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAGTTTATTCAA
193 TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATAAAAATTATTCAA
* * *
210863 AATTAAAAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTCAAAAA-TAAA-T
256 AATAAAAAATACTAGTATATTAATATTTTAAAAATTAATA---A-GAGA-TTAAAAAACTAAACT
** * * * * * **
210926 ATTT-TTATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTCGTGACCT
316 ATTTACGAAAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGACCT
* ** ** *
210990 TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCAAATTCGAAATAAAATAATATTACT
381 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAT
211055 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTGTTTACCAAGA-AAGTT
444 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-AAATTGTTTA-CAA-ACAAGTT
* * * *
211119 TAAATATTTATGATTGTTTG
506 TAAATACTTAAGACTATTTG
* * * * *
211139 TACAATTATTTATTTCAAATAGCTATGATCTTTCGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCAT
1 AACAATTATTTATTTCAAATAG-TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
* * * * * * *
211204 ATAAGTTTAGTCAGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAAAT
65 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* * * * * * *
211268 TTAAAAAATAAATATTTT---TATAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACAATTATCTATTT
130 TTTAAAAATAAATATTTTACCAAAAAGTTCGAATAATTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
211329 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTTAGA
194 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCAT-AAAAATTATTCAAA
211394 ATAAAATAATACT-GATATATTAATA-TTTAGAAAATTAATAAGAGATTAAAAAACTAAATCTAT
257 ATAAAA-AATACTAG-TATATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGAGATTAAAAAACTAAA-CTAT
*
211457 TTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGAC
318 TTA-CGAAA-AGTTCAAATAGTTATG-TCTATTTAAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGAC
* * * *
211520 C-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCA
379 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TA
* * * * * * *
211584 ATTTAATAAAATTCTAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATGTGTTTGACAAACCA-T
442 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAAAAT-TGTTT-ACAAACAAGT
*
211644 TTCAAATACTTAAGACTATTAG
505 TT-AAATACTTAAGACTATTTG
* * * * *
211666 AATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCAT
1 AACAATTATTTATTTCAAAT-AGTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
* * * *
211731 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAATATTAATGAGCAAAAGA
65 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAAAAA
* *
211795 -TTTAAAAATGTAAATCTATTTACCAAACAAG-TCGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTAT
129 TTTTAAAAA--TAAATAT-TTTACCAAA-AAGTTCG-AATA-ATTATGATTATTTGAACAATTAT
* * *
211857 CTATTT-AAAGTCATTATGGCCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTT-TAGTTCATAAAAACTT
188 CTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTA-TTCATAAAAA-TT
*** * * *
211920 ATTCAAAATAAAAAAAATACTACCCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTAAAAAAATAA
250 ATTCAAAAT--AAAAAATACTAGTATATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAACTAA
* **
211985 AGCTATTTTTCGAACCGGTTCAAATAGTTATG
313 A-CTA-TTTACGAA-AAGTTCAAATAGTTATG
212017 ATCTTTGTTT
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 207, Indels: 130
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
526 15 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (525 bp):
AACAATTATTTATTTCAAATAGTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATA
CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
TTAAAAATAAATATTTTACCAAAAAGTTCGAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATAAAAATTATTCAAAATAA
AAAATACTAGTATATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAACTAAACTATTTACGAAA
AGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGT
CATAAAATAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAAAATTGTTTACAAACAAGTTTAAATACTTAAGACT
ATTTG
Found at i:212430 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 212066--212481 Score: 457
Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 177
212056 AAGCTTATTC
* * *
212066 AAATAAAACTAATACCAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATGTA
1 AAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATGTA
* ** * * * * * * *
212131 ATTATTGAACCGGTTTAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACC
65 ATTATCGAACAAGTTCAAATAATTAAGAATATTAGAACAATTATCAATTTAAAACCATTATGACC
* * * * * *
212196 TTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTTA
130 TTTTATTTAGTCATATAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAACTTACTCA
* * *
212244 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGTTTGAAAAA-AAATG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG--TGA-TTTAAAAAATAAATG
* * *
212308 T-GTCTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCAATTTAAAACCATTAT
63 TAAT-TATCGAACAAGTTCAAATAATTAAGAATA-TTAGAACAATTATCAATTTAAAACCATTAT
* *
212371 GACCTTTTATTTTGTCATA-AACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTA-TCCA
126 GACCTTTTATTTAGTCATATAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAACTTACT-CA
* * *
212422 AAATAAAAT-ATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAAT
212482 TAGCTTATTG
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 33, Indels: 17
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (177 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATGTAA
TTATCGAACAAGTTCAAATAATTAAGAATATTAGAACAATTATCAATTTAAAACCATTATGACCT
TTTATTTAGTCATATAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAACTTACTCA
Found at i:212621 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 212029--212839 Score: 460
Period size: 177 Copynumber: 4.6 Consensus size: 175
212019 CTTTGTTTCC
* * * *
212029 TCATAAAATAGTTA--TTTCTAATCATATAAGCTTATTC-AAATAAAACTAATACCAATTTAATA
1 TCATAAAATAATTACTTTTC-AA-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATACTAATTTATTA
* * * ** * * *
212091 ATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATGTAATTATTGAACCGGTT-TAAATAGTT
63 ATATT-TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TACTTACTGAA-CAATTACAAACAG-A
** * * * * * * *
212155 AA-GAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTT-TA
124 AATGACCATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTA
* * * *
212205 GTCATATAATAATT--GTTTCAGTTCATACAAGCTTACTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATT
1 -TCATAAAATAATTACTTTTCA--ACATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
212267 AACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGTTTGAAAAA-AAATGT-GTCTA-TCGAACAAGTT-CAA
62 AATATT-TAAAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAAATAAAT-TACT-TACT-GAACAA-TTACAA
* * * * * * * * * * * * *
212328 ATA-ATTATGACTATTTAAACAATTATCAATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTG
119 ACAGA-AATGACCATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTA
* ** * * *
212385 TCAT-AAACAATTGTTTTAGTTC-ACA-A-AAACTTATCCAAAATAAAAT-ATACTACTTTATTA
1 TCATAAAATAATT-ACTT--TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
212445 ATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGCTTATTGAATTAATT-CAAACA-AA
63 ATATTT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-CTTACTGAA-CAATTACAAACAGAA
* *
212508 ATGACCATTTGAACAACTATCTATTTTGAAATCGTTATTACCTTTTGCTT-TG
125 ATGACCATTTGAACAACTATCTATTTT-AAATCGTTATAACCTTTTG-TTCTA
** *
212560 TCATAAAATAATTACTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCCTAATTTATTAATA
1 TCATAAAATAATTACTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * ** *
212625 TTTCAAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACTGAACCATTACAAATAGTCATTA
66 TTT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTACTTACTGAACAATTACAAACAGAAATGA
* * * *
212690 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
129 CCATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTA
** **** * *
212737 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAA
1 TCATAAAATAATTACTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
212802 TTCTAAAAATTAATAACGAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 TT-TAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAAT
212840 CCATAGTTCA
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 94, Indels: 81
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.01
174 34 0.07
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183 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (175 bp):
TCATAAAATAATTACTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTACTTACTGAACAATTACAAACAGAAATGACC
ATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTA
Found at i:213266 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 212050--215395 Score: 1993
Period size: 180 Copynumber: 18.8 Consensus size: 180
212040 TTATTTCTAA
* * * * *
212050 TCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAACTAATACCAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT--
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * * *
212112 --GATTTAAAAAATAAATGTAATTATTGAACCGGTTTAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * **
212175 CTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGT
129 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * * ** * *
212227 TCATACAAGCTTACTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAT
1 TCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
212291 GAG-TTTGAAAAA-AAATGTGTCTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
212354 CAATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGT
129 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * ** *** * *
212405 TCACAAAAACTTATCCAAAATAAAAT-ATACTACTTTATTAATA-TTTAAAAA--ATTAA-TAAG
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* ** ** * * ** * * *
212465 AGATTTAAAAAATAAAT-TAGCTTATTGAATTAATTCAAACA-AAATGACCATTTGAACAACTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * **
212528 CTATTTTGAAATCGTTATTACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTACTTTTCA
129 CTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * * * *
212581 ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCCTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
212642 AGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACTGAACCA-TTACAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACCAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * * * *
212706 CTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGT
129 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * ** * * *
212758 TTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAACG-AA
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GTAA
* * * * *
212822 GAGATTTAAAAAATAAATC------C--A-TAGTTCAAATAATTAAGATTATATGAATAATTATT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-T
* ** ** * * *
212878 TTATTTCAAATTTTTACGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGC
129 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * * * * *
212929 TCTTACAAGCTTCTTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--T-A-TAAG
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
212990 AGGTTTAAAAAATAATTCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTT-AAAAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * *
213054 TATTTCAAATCATTATTACTTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
130 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * * * *
213105 TAAAATAAGTTTGTTCGAAATAAAAT-ATAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAA
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
213169 GAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACCAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAAC
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * ** * *
213234 TATTTCAAATCGTTGA-AACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTAT
130 TATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * * ** * ** *
213285 TCATATTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTGTAACTTAATAACCAAA
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
213350 AAATTTAAAAAATAAGTCTAATTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATAATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * *
213415 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATT-GTTTTGT
130 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * * * * *
213465 TCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAA--AGTAA-TAAG
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * * * *
213526 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * **
213591 TATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGGTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGT
130 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
* * ** * ** *
213642 TTATACAAGTTTATTCAAAAT-AAATGAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAA
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
213706 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGACTAA-T-T
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * ** * * * * * * *
213769 GTATGTCAAATTGTTATAAGCTTTTATTCTATCATAAAAAAAATATTTTCTAT
129 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGT
* * ** * * * * * *
213822 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTAAAAGTTATTAACTAAC
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
213887 ATATTTAAAAAATAAGTTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * **
213952 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATCAATT-TTTTCAAT
130 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGT
* * * * *
214003 TCATACT-AGCTTATTAGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAAATTAATAAGC
1 TCATA-TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * ** * * *
214066 AAGAGATTTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTATCCAAATCAAATAATAATGAATATTTGAATAAT
63 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * *
214131 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATCAAACAA-AAGTTTTTGT
126 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTTGT
* * * * *
214186 TCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** *
214247 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
214312 TATTTCAAATCATTACAA-CTTTTGTTATGTTATAAAAC-ATTAGTTTCTAT
130 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTTGT
* * * * * * * * *
214362 TCATACAAGTATATTTGGATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAA
1 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** ** *
214427 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGGCATGACTATTTGAGTAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * **
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* * ** *
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* * * * * ** *
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* * * ** * *
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* ** * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
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* * * ** * ** **
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* * * * * * * *
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65 GAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
*
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Statistics
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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*
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* *
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* *
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* * *
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* * *** * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
214567 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATTTGTTTA
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* * * * **
214631 CCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC---T--ACAATTATCTATTTCAAAAT-ATAATGACCTTTT
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* *
214690 -GTCTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-T
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * *** *
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320 TCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAA
* * * * * * **
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* * * * * * *
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* *
215223 GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGT
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* * *
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1 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCAAAAAATTAATAAGA-A
* * * * * * *
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* ** ** * * * ** * **
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193 TATTTGAA-A--T-AAAATAATACTAA-TTTAATAATATTTTAAAATTAA-TAACTAAAAG-AT-
* * * *** * ** * *
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250 --TTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTT-AAGACT-A-TATGAATA-AT
* * *
215555 TAT-T-TTGTCAAA--A--A--A-CTATTGTTTT-TC-T-------TTG---T-AT-A-AGC---
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*
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * ****
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* * ** ** **
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382 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--AA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
** * * * * * * * * ** **
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** * * ***
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* ** * * *
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1 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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194 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAATTAATAAC-TAAAAGATTTAAAAA
* * ** * *
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257 ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * * ** * * *** *
217691 GTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTATATTCATTGAAGTTTGTTCAAAATATAA
322 ATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * ***
217756 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATATAAAATATAAATCTT-TTTATTAA
386 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGA
** * * * * *
217820 ACCAGTTCAATTAGTTATA-ACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATT--CTCATTTG
450 ATTAGTTCAAATAGTTA-AGACAA-TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTGAC-CTTTTG
* *
217882 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
511 GTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT
* * ** * * * * * * *
217908 TGATATAA-TCTTATTTGAAACAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTCTAAAAATGAATAAGTAA
1 TCATACAAGT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAA
* * * * ** * * * * * * *
217972 TAGATTTAAAAAATGAATATGTTGGTGATACCAGTGCAAATAATTATGA-TAGTTTGAATAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTA
**** * * * * ** *
218036 TCTATTTCAAATCACCCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTCTATTTGTACAAGCTT
129 TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
** * * * ** * ** *** * *
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194 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *** * * * * * *
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* * * * * *
218231 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTT-CAATTAAAA
323 TTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAA
* * * * * *
218294 TAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAAATAAATCTATTT
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * *** * * * *** * *
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* * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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257 ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * ***
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322 ATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * *
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386 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * *
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** ** *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** **
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* * * * * * * * * * * * * *
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* ** * * ** ** *
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* * * ** * * * *
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** * ** * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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130 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTT
* * * * ** *
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194 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAATTAAT-AACTAA-AAGA-TTTAA
* * * * *
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* * * ** * ** * *
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* * * *
219909 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAGAAACTAAAATTG
381 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * * * * * *
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442 -TTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGAC-AATTGAA-AAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA
* * *
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* *** * *
220068 ATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----A
1 -TCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAA
* * ** * * * * *
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* * * * * * * **
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128 ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
220255 CTTTTTCTAT
Statistics
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTG
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*** * ** * * * ** * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
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* *
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128 ATTTC-AAAAATTAATAAGGAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * ** * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
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* * * ** * * * ** *
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128 ATTTCAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
214279 A-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTA-CAACTTTTGTTATGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
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** * * * *
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** ** * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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**
214943 TTCAAAAATTAATAA-G---AGATTTAAAAGCTAAATTTGTTTACCAAACCA
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
215292 CA-TTCAAAAAATTAATAA--ACAAGAATTTCAAAAAACAAATCTATTTACCGAACA
127 TATTTC-AAAAATTAATAAGGAAAAG-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * *
215346 AATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
215397 GCATTTTCTT
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AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTTTATTTATACAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
Found at i:216700 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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* * * *** *
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* * ** * * * *
215490 ATCGAATCGGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAAATT
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* * * * * ** * * ***
215554 TTATTTTGTCAAAAAACTATTGTTTTTCTTTGTATAAGCCTATTTGGAATAAA
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** * * *
215607 ATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAGGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * * * * *
215670 ATCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AATCATTTATATATTTCAATTCATTATAACCTT
65 ACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * * *
215734 TTGTTTTGTCATAAAACCATTATTTATGTTCATACAAGCTTATT---TAGAAA
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
215784 ATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTG-TT
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * ** * * **
215847 AGCCAAA-CTAGTTCAAATACTTAAGGCTACATGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCA
65 A-CCAAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CA
* * * * * ***
215911 TTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATA-AGAGTTTGTTTGGAATAAA
127 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
215965 ATAATACTAATCTACTAATATGTCAAAAATTAAT---T-AGAGATTAAAAAAATAAATCTATAT-
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* ** * * **
216025 CACAAACCAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-ATTT
66 C-CAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * ** * *
216089 TTTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATATGAGCATATTCAAATTAAA
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* ** * * *
216141 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * ** ** * *
216206 TCGAAT-AGGTTCAAAGGGTTATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTATTTTGAC----
66 CCAAATCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * * * ** *
216266 -CTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * *
216317 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGGGTAAAAGAATT--AAAA-AAATCCGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * * * *
216379 CTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAAGAATTATCTATTTCAAAACATAATAACCTTT
66 CCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
** * * * * ***
216443 TGTTTTGTCATTGAACAAATAG-TTATGTTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAA
130 TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
216495 ATAACA-TAAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
216559 ACCAAATGAATTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACATTT
65 ACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* ** * * * **
216624 TATTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTTTTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
216676 ATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATATATTTG
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * *
216737 CTAGACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATG--ATCTT
66 CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TT
* * * *
216800 TGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * * * * * *
216852 ATATTGCTAAACTAATAATATTT-TAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * ** * * *
216916 CCGAA-CTAGTTC-AACAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGCCCTTT
66 CCAAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * ** *
216979 TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTA-TCAGAAATAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAA
* *
217031 ATAATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATCAA-CAAGAA-ATTTTAAAAAAATAAATC
1 ATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAA-AAGA-TTT-AAAAAATAAATC
* * * * * *
217092 TATTTATCAAATAAATTCAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
60 TGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
217157 CCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTTCAAG-TCATAAAAGCTTATGCAAAATAAA
125 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * *** *
217215 ATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAATTTTGAA-ACGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCGGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
*** * * * ** *
217278 ATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATGA-ATTT
65 ACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * ** * * *
217342 TTTATTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAA
130 TGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
217395 ATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * ** *
217459 TCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-ATCCTTT
66 CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTT
* * * *
217523 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
217575 ATAATACTAATCTAATAATA-TTAAGAAAATTAATAACTTAGAA-A-TTAAAAAATAAATTTGTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * ** * * * *
217637 TGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTT
64 TACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
** * * * * ** * * *
217702 TTGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTATATTCATTGAAGTTTGTTCAAAATATA
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
217755 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATATAAAATATAAATCTTTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * * * **
217816 TTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTCTCA-TT
66 CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACATTT
* * * * ** *
217880 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATATAATCTTATTTGAAACAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * * *
217932 GTAATGCTAATTTATTGATA-TTCTAAAAATGAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATATGTTG
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
*** * * * * * * *** * *
217996 GTGATACCAGTGCAAATAATTATGA-TAGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACCCTAACCTT
65 ACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * * ** * *
218060 TTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTCTATTTGTACAAGCTTATTCAAAACAAC
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * ** * * * *
218113 ATAATTCTAATTTGTTGATATTCCAAAAATTAATAAGGCAAATATTTAAAAACTGAATCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
*** * * * * *
218178 TTGAA-CAAGTTCATATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTT
66 CCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * *
218242 TGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * * * *
218293 ATAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAAATAAATCTATT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTT
** * * * ** *
218357 TACTGAAT-AAGTTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
64 TACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * * ** *** *
218421 TTTGCTATATCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATATAAATTTATTTGGATTAAA
128 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * *
218476 ATAATATTATTTTATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--A--TGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * ** *
218537 ACCAAA-CAAGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
65 ACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* ** ** * * * *
218601 TTATTTCATCATAAAGTAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTC-AAATAAA
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * * * * * *
218654 ATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTATTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * *
218718 ACTAAA-CAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCCTTATGACATT
65 ACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * *
218782 TTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAA
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
218835 ATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATCATTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATT
1 ATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* ** * * *
218897 TTCTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCCAAT-AGTTATGACA
64 TACCAAATCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACA
* * * * * * *
218960 TTTTATTTTCTCAT-GAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTAGAATAAA
127 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
219015 ATAATACTAGTTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
219078 ACC-GAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAATAGTTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATC-
65 ACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CA
* * * * * *
219140 TTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTCTATTCAGACAAGTTTATTCATAATAAA
127 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
** * ** *
219195 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * * * *
219260 TCGAA-CATGTTCATATAATCATGCCCATTTCAACAATTATCTATTTCTAATCATTATGA-ACTT
66 CCAAATCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TT
** ** * * **
219323 TCATTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTGCTCATGCAAAATTATTCAAAA-AAA
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * ** * *
219375 ATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* ** * * * *
219436 CCAAAACAATTCACTTAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTT
66 CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
* * * * * * *
219500 ATTTTATCATAAAA-AATTGCTTCTTTTCTTACAAGTTTATTCAAATTAAA
131 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
219550 ATAATACTAATTTAATAGTATTTCATAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * * *
219615 TCAAACCAGTTCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTT
66 CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
* * * *
219680 CTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
131 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * *
219731 TTAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATGAGCAACAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTT
* *
219795 TACCAAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATAAC
64 TACCAAATCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC
* ** * ** *
219857 CTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTT-TAGTTCATAAAAATTTA-TCTGAAATAAA
126 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAA
* * * * *
219913 ATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAGAAACTAAAAT-TGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTG-TT
** * * * * * * *
219977 TTTCAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAAATATCAATCTCAAACCATTATG--ATC
64 TACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-
* * * ***
220039 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAA
128 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA
* * * *
220093 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * *
220154 CCAAGCCAATTCAAATAGTTAAGACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATATT
66 CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
* * * * *
220219 ATTTAGTCATATAATAATTGTTTCGGTTCATACAAGCTT
131 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
220258 TTTCTATTTA
Statistics
Matches: 3648, Mismatches: 847, Indels: 316
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 54 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
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CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
Found at i:217539 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 215426--220241 Score: 3010
Period size: 361 Copynumber: 13.4 Consensus size: 360
215416 AACAAAAACT
* ** * *
215426 ATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTTGGAGATTTTAAAAATAAATTAGTTTA
1 ATAATATTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* ** * * ***
215491 TCGAATCGGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAAATTT
65 CCGAATCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-AATTT
* * * ** * **
215555 TATTTTGTCAAAAAACT-ATTGTTTTTCTTTGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
128 TTTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTTTCATCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
215619 T-TTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAGGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCGAACCAGTT
192 TATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTT
* * * *
215682 CAAATAGTTATAACTATTT-AATCATTTATATATTTCAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
256 CAAATAGTTATAACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
215746 AAAACCATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATT---TAGAAA
320 AAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
215784 ATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTG-TT
1 ATAATA-TTATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * ** * *
215847 AGCC-AAACTAGTTCAAATACTTAAGGCTACATGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCA
64 A-CCGAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA--A
* * * * * **
215911 -TTTTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATA-AGAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTA
125 TTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
215974 ATCTACTAATATGTCAAAAATTAAT---TAG-AGATTAAAAAAATAAATCTATATCA-CAAACCA
189 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATCGAACCA
* * * * ** * * *
216034 ATTCAAATAGTTACAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-ATTTTTTTTTGTT
253 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
216098 ATAAAACAATAGTTTCTGTTCATATGAGCATATTCAAATTAAA
318 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
** * * * *
216141 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
1 ATAATATT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * ** ** * * *
216206 TCGAAT-AGGTTCAAAGGGTTATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTATTTTG-A---C
65 CCGAATCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTT
* * *
216266 CTTTTGTAATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAAT
129 TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA--TCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAAT
* ** * * ** **
216328 TTATTAATATTCCAAAAATTAATGGGTAAAAGAATT--AAAA-AAATCCGTTTA-CTGAATAAGT
191 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGT
* * * * * * *
216389 TCAAATAGTTATGACTATCTAAAGAATTATCTATTTCAAAACATAATAACCTTTTGTTTTGTCAT
255 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * ***
216454 TGAACAAATAG-TT-ATGTTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAA
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* * * * *
216495 ATAACATAAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA
1 ATAATAT-TATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * ** *
216560 CCAAATGAATTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACATTTT
65 CCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATTTT
* ** * * ** * ** *
216625 ATTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTTTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
129 TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
216690 CTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAACTAAATATATTT-GCTAGACCAGTTTA
194 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA-ACCAGTTCA
* * * * * *
216750 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAA
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* * * *
216814 ATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAA
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* * * ** * * * * *
216852 ATATTGCTAAACTAATAATATTT-TAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
1 ATAAT-ATTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * **
216916 CCGAA-CTAGTTC-AACAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGCCCTTT
65 CCGAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-AATTT
* * * *
216979 TGTTTAGTCATAAAATAATTG--TTTCAATTCATACATGCTTA-TCAGAAATAAAATAATACT-A
128 TTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTC-A-TCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* ** *
217040 TTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATCAACAAGAA-ATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
190 TT-TATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAGAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAA
** * * *
217103 TAAATTCAAATAGTTA-AGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
250 CCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
217167 TATAATAAAACAATTGTTTTCAAG-TCATAAAAGCTTATGCAAAATAAA
314 TGTCATAAAACAATTG-TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * ** **
217215 ATAATATTACTTATTAATATTTCAAATTTTGAA-ACGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCGGTTTA
1 ATAATATTATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** * * * *
217279 TTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATGAATTTTT
65 CCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTTT
*
217344 TATTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-
130 T-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* *
217408 TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAA
194 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAA
* * **
217473 ATAGTTATAACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-ATCCTTTTGTTTTGTCATAAA
259 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
217537 ACAATTATTT-ATGTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAA
323 ACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
217575 ATAATACTAATCTAATAATA-TTAAGAAAATTAATAACTTAGA-AATTAAAAAATAAATTTGTTT
1 ATAATA-TTATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* ** * * * ** * * * *
217638 GCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTT
64 ACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATTT
* ** * * * * * * *
217703 TGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTAT-ATTCAT-TGAAGTTTGTTCAAAATATAATAATATTAAT
128 TTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATAT-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
217766 TTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AG-AGATATAAAATATAAATCTTTTTATTAAACCAGTT
191 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTT
* * * * *
217827 CAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-TCTCATTTGTTTTGTCAT
256 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
217891 AAAACAATTGTTTCTA-TTGATATAATCTTATTTGAAACAAA
320 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * * *
217932 GTAATGCTAATTTATTGATA-TTCTAAAAATGAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATATG-TT
1 ATAAT-ATTATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
*** * * * * * *****
217995 GGTGATACCAGTGCAAATAATTATGA-TAGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACCCT-AACC
64 ACCGA-ATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA--
* * * * ** * * * * *
218058 TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTCT-ATTTGTACAAGCTTATTCAAAACAACATAATTCTA
125 TTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
218122 ATTTGTTGATATTCCAAAAATTAATAAGGCA-AATATTTAAAAACTGAATCTATTTATTGAACAA
189 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCA
* * * * *
218186 GTTCATATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTC
253 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
218251 ATAAAATAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAA
318 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* ** * * * * *
218293 ATAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAAATAAATCTATT
1 ATAATA-TTATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTT
* * * * *
218357 TACTGAAT-AAGTTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
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* * * * ** ** ** * * *
218421 TTTGCTATATCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATATAAATTTATTTGGATTAAAATAATATTAT
127 TTT-TTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTTCATCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * *
218486 TTTATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--A--TGTTTACCAAACAAG
190 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAG
* * * ** * **
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254 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * *
218612 TAAAGTAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTC-AAATAAA
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* * * * * *
218654 ATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTATTT
1 ATAATA-TTATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * **
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64 ACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATT
* * * * * **
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* * * *
218845 TTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATCATTA-AAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTGAA-CA
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 ATAATATTA-TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * ** * * * * **
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** * * * **
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* ** * * *
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1 ATAATATT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * ** * * * **
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* * * *
219500 ATTTTATCATAAAA-AATTGCTTCTTT--TCTTACAAGTTTATTCA-AATTAAAATAATACTAAT
130 -TTTTGTCATAAAATAATTG-TT-TTTCATCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
219561 TTAATAGTATTTCATAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTTTCAAACCAGT
191 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGT
* * * * * *
219625 TCAAATTGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTCTTTAGTCA
255 TCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
219689 TAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
319 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * ** * * * * *
219731 TTAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATGAGCAACAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTT
1 ATAATA-TTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTT
* *
219796 ACC-AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTAT-AAC
64 ACCGAATCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGAA-
* * *** * ** *
219857 CTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTTAGTTCATAAAAATTTA-TCTGAAATAAAATAATACT
125 -TTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * * *
219921 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA-AGAGATTTAGAAACTAAAAT-TGTTTTTTC-AA
188 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAAT-AAATCT-ATTTATCGAA
* * * * * * * * *
219983 CTAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAAATATCAATCTCAAACCATTATGATC-TTTATTTT
250 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** ***
220047 ATCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAA
315 GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA
* * * * *
220093 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
1 ATAATA-TTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * ** *
220154 CC-AAGCCAATTCAAATAGTTAAGACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATAT
65 CCGAA-TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATTT
* * *
220218 TATTTAGTCATATAATAATTGTTT
128 TTTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
220242 CGGTTCATAC
Statistics
Matches: 3475, Mismatches: 789, Indels: 389
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 4 0.00
351 3 0.00
352 64 0.02
353 51 0.01
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356 117 0.03
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366 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
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CGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTTTT
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AATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAAT
AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
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Alignment explanation
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* * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
220578 ATTCTAGAAATTAATAATTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
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* * * * * *
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* * ** *
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66 TCATAAAACAATTGTTTTTA--TTCATACAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
220758 TATTTCAAAAGTTTATAAATAAGAGATTTAGAAAAT-AATTTCATTTACCAAAC
128 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAAC
* * * * * * * * *
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1 TAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTT-
* * * * *
220874 TT-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATT
63 TTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
220937 AATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTA-CAAAA
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* * * * *
220991 TATTTCAAATAGTTTTA-ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTT
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* * * ** * * ** * * **
221055 ATCCTCATACAATTGGCTCTATTTATACTATTTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTAAGAAT
65 ATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC-AACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * ** * *
221120 ATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAAC
129 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* ** * * * * *
221172 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATCACTTTTTCTTTTG
1 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
** ** * * * * * * * *
221237 TTGTACTATAATT-ATTTTGTTCGTACTACCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC-AACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
221301 TTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-
130 TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * *
221351 TCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTCTTA-CTTTT-TCTT
1 T-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT-TT
*
221414 TAGTCATAAAACAATTG----TA-T--T-C-A---A-T-----TAAAATAATACTAATTTAATAA
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* * ** *
221461 TATTCCAAAAATTAGA-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCAAAC
128 TATT-TAAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * *
221514 CAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAA-CTTTTTTGTTT
1 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT-TTT
* ** *
221578 AGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 A-TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *** *
221643 AATTTGAAATATTAATAAATAAGATATTTAAAAAAATAAATCCACTTACCAAAC
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* * * * ** *
221697 AAGTTGAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTT
1 TAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATAACCTTTTGTTT
* * * * * *
221760 TATCACAAATA-AATTG-TTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAACAATACTACTTTAT
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* * * ***
221822 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAGT-AGTTTTTTGAAC
125 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAAC
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
221942 TCATAAAATAATTAATTTTGA-TCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATTATACTAATTTAGTAA
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* * * * *
222005 CATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTGCCAAAC
128 TATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * * * * *
222054 CAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTTGACATTTTG-TTTG
1 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
* * * ** * ** * * *
222118 TCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTTGACA
66 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
222183 TTCAAAAAAATAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * * *
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1 T-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT
* * ** *
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* * * * *
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1 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
* * *
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66 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-CTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTT
* * **** * * * * *
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* * * * **
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127 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * * ** * **
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1 TAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
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* * * ** *
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127 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * ** * * ** * *
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* * * * ** * * * *
223197 TCATCAAACAATTGGTTCTATT-ATACTAATTTATTTGGAATAAAGTAATGCAAATTTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC-AACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** ** * * ** ***
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130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * *** * * * *
223310 TCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTGTCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTT
1 T-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * *
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* * **
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* * * * * ** * * *
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1 T-AGTT-CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * *
223799 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTGAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAA
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1 T-AGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * ***
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* ** * *
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1 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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129 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * *
225104 TCAGCTT-AAATAGTTAAAACTATATCAACAATTATCTAATTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCT
1 T-AG-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
* ** * * ** *
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* * *
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* * * * * * * * * * * * ** *
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1 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
* * ** * ** * **
225349 TCATAAAATAAATGTTTTTGCTCATAGTAGTTTGTTC-GAAATAAAATAATACTAATCCATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-CAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
225413 ATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
129 A-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
225448 TTATTTATCA
Statistics
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TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
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Alignment explanation
Indices: 220446--224730 Score: 1038
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220436 CTGTTTACTG
* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * ** * * *
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* * ** * ** * * *
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1 AACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTAGTTTATTCCAAATTGTTATAACCTTTTA
* * ** ** * * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
221358 AAATGGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTCTTA-CTTTT-TCTTTAGTCA
191 AAATAGTTAAGACTATATA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTAT-TTTA-TCA
*
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* * * * * *
221466 CAAAA-ATTAGAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA-ATGAGTTTACCA
318 CAAAAGTTTATAAA-TAAGAGATTTAGAAAATAATTTCA-TTTACCA
* * * * * * * * *
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1 AACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTAGTTTATTCCAAATTGTTATAACCTTTTA
* * * ** * * *
221573 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCT-TATTTAGAATAAAATAATACTAATT
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* * * * * * *** *
221637 TATTAAAATT-TGAAATATTAATAAATAAGATATTTAAAAAAATAAATCCACTTACCAAACA-AG
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* * * * * * ** * *
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188 TTTAAAT-AGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATAACCTTTTATTTTAT
* * * * * * * * **
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* * * * * ** ****
221824 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAACTAAAGT-AGTTTTTTG
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * ** * ** *
222122 ATAATAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTTG-ACATT
254 AAAACAATTAGCTCAGCTT-ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAA-TTTAAGAATATT
* ** * ** * * * *
222185 CAAAAAAATAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTT-GTTTACCG
317 CCAAAAGTTTATAAATAAGAGATTT-AGAAAAT-AATTTCATTTACCA
* * * * ** ** * *
222232 AACTAGCTT-AAATAATTATGACTATGTCAACAATTA-TCTATTTAAAATCATTATGACCATTTA
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* * * * * * *
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65 TTCTATCATAAAATAATTGTTTTTA-TTAATACAAA--TATATTCAGAATAAAAT-ATACTAATT
* * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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*** ** ** **
222484 AAAACAATT-G-T-TTTTTAACATACAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA
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* * * * * **
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** * * * * ** **
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* * * * *
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* * * * * * ** * * *
222715 GTAATATTCTGAAAATTAATAACTATGAGA-TTTAAAATATTAATCCGTTTGCCGAACTAATTCA
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* * * * * *
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** * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* **
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** * * * ** *
223139 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCATTATAA---TTTATTTTGTCAT
190 T-AAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCAT
* * * * ** * ** * *
223201 CAAACAATTGGTTCTA--TTATACTAA-TTTATTTGGAATAAAGTAATGCAAATTTAATAATATT
254 AAAACAATTAGCTC-AGCTTATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAAGAATATT
** ** * ** * * * * * * **
223263 CTGAAACCTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCTAATTGT-TGA
317 CCAAAAGTTTATAAATAAGAGATTTAGAAAATAATTTCATT-TACCA
* * * * *** * ** * *
223309 ATC-AATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATGGTT-GTCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTC
1 AACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTAGTTTATTCCAAATTGTTATAACCTTTTA
* * * * * * *
223371 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTTT-TT-ATACAAGCT-TATTCATATTAAAATAATACTAATTTC
65 TTCTATCATAAAATAATTGTTTTTATTAATACAA-ATATATTCAGAATAAAAT-ATACTAATTT-
* * * **
223433 A-TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTGAATCA-TT
127 AGTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAAAT-AGTT
* * * * ** * * * * *
223494 CCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATATACTTCAAATCATTTTGACATTTT-GTTTAGTT
190 -TAAATAGTTAAGACTATATA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTA-TC
* * * * * * * ** *
223557 ATAAAACTATT-GTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATATTAATTTATTAACA
252 ATAAAACAATTAG-CTCAGCTT-ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAAGAATA
* * * * * * *
223620 TTCCAAAA-ATTAGTAAGA-AAAAAATTTAAAAAATAAAATT-GTTTACCG
315 TTCCAAAAGTTTA-TAA-ATAAGAGATTTAGAAAAT-AATTTCATTTACCA
* * * * * * ** *
223668 AACAAGTTCAGATAGTTATTATTATTTGAACAATT-GTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGA
1 AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAGTTTATTCCAAATTGTTATAACCTTTT-A
* * **
223732 TT-TGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTAATACAAGAT-TAGAC-GAAATAAAATAATACTAATT
65 TTCTATCATAAAATAATTGTTTTTA-TTAATACAA-ATATATTCAG-AATAAAAT-ATACTAATT
* ** * *
223793 TATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTGAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAATCAGT
126 TAGTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAAAT-AGT
* * * * * * * * * ** *
223855 TAAAATAATTATG-GTCATTTGAGTGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCA
189 TTAAATAGTTAAGACT-ATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCA
** * * * * * * **
223919 TAAAACAATTATTTTTTA-C-CATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATA
253 TAAAACAATTA--GCTCAGCTTATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAAACTAATTTAAGAATA
* * * * * * * **
223981 TTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTA-AACAATAA-ATCTATTTACTG
315 TTCCAAAAGTTTATAAATAAGAGATTTAGAA-AATAATTTC-ATTTACCA
* * * * * * * * *
224029 AAC-CGATTTAAATACTTATGACTATTTGAAC-ATTA--TCAATCTCAAATCGTTAAAATCTTTG
1 AACTAG-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAGTTTATTC-CAAATTGTTATAACCTTT-
** * * * * * * * * **
224090 T-TT-TGCCATAAAACAATTATTTCTAATCATAGAAGCT-TATT-TGGTTAAAAATAATACTAAT
63 TATTCTATCATAAAATAATTGTTTTTATTAATACAA-ATATATTCAGAAT-AAAAT-ATACTAAT
* * * *
224151 TTAATAATATTCT-AAAA--AATAA-TAAGAGA-TTTAAATAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGT
125 TTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAA-AATAAATCTGTTTACTAAAATAGT
* * * *
224211 TCAAATAGTTTAA-ACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCA-GACCTTTT-GTTTAT
189 TTAAATAG-TTAAGACTATATA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTT-ATAACCTTTTATTTTA-
* * * * * ** * *
224272 TCATAAAA-TATTTGTTTCATG-TTTTACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATCCAAATTTATGA
250 TCATAAAACAATTAG-CTCA-GCTTATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAAACTAATTTAAGA
* ** * ** * * *
224334 ACATTTGGAAAA-TTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAA-ATCTATTTACCA
312 ATA-TTCCAAAAGTTTATAAATAAGAGATTT-AGAAAATAATTTC-ATTTACCA
* * * ** **
224386 AACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTA-TTTATGT-AAAATCATTATAATATTTTG
1 AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAGTTTAT-TCCAAATTGTTATAACCTTTT-
* * * * * * *
224448 TTTCGAT-ATAAAAAAATTG-TTTCAGTTCATA-AAAGCT-TATCCAAAATAAAATAATACTAAT
64 ATTCTATCATAAAATAATTGTTTTTA-TTAATACAAA--TATATTCAGAATAAAAT-ATACTAAT
** * * * * * *
224509 TTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTCAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAA-AA
125 TTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAAATAG
* * * * * * * * * * *
224572 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
188 TTTAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCA
* * * ** **
224637 TAAAACAATT-GTTTTAG-TTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAACTCTAATTTATTAATA
253 TAAAACAATTAG-CTCAGCTT-ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAAACTAATTTAAGAATA
* * * *
224699 TTTCAAAAATTAATAAATAAGTGATTTA-AAAA
315 TTCCAAAAGTTTATAAATAAGAGATTTAGAAAA
224731 GTGAATCTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (362 bp):
AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAGTTTATTCCAAATTGTTATAACCTTTTAT
TCTATCATAAAATAATTGTTTTTATTAATACAAATATATTCAGAATAAAATATACTAATTTAGTA
ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAAATAGTTTAAATA
GTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAA
TTAGCTCAGCTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAAGAATATTCCAAAAGTT
TATAAATAAGAGATTTAGAAAATAATTTCATTTACCA
Found at i:221105 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 220294--221431 Score: 768
Period size: 180 Copynumber: 6.3 Consensus size: 180
220284 AATTATGGCC
* * * * * *
220294 ATTTGAACAACT-TCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTT-
* * * ** * *
220358 A-ACGTA-TAAGCTTATTC-GAAGTAAAATAATACTAA-TTGCTAATATTTTAAGAA-T--T-AA
65 ATTCATACT-AGTTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAA
* * * *
220415 TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACTGGTTCAAATAG-TTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTAC-AAACTAGTTCAAATAGTTTAAGACT
* * * *
220469 ATTTGAACAATTATTTTTTTCCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTT
* * * * * * * *
220534 ATTCATACAAATATATTCAGAATAAAAT-ATATTAATTTAGTGATA-TTCTAGAAATTAATAATT
65 ATTCATACTAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAAT
* * *
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129 AAGAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTAC-AAACTAGTTCAAATAGTTTAAGACT
* * * * * * * * *
220650 ATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTTA
* * ** * * * *
220714 GCTT-ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTTATAAAT
66 --TTCATACTAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAAT
* * *
220778 AAGAGATTTAGAAAAT-AATTTCATTTACCAAACTAGTTTAAATA-ATTATA-ACT
129 AAGAGATTTA-AAAATAAATTT-GTTTA-CAAACTAGTTCAAATAGTTTA-AGACT
* * * * * *
220831 ATTTGAACAATTGTTTATTCCAAGTCT-TTATTACTTTTTATTGTT-TCATAAAATAATTGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTATT-TTATCATAAAATAATTGTTTT
* * * * *
220894 TGTTAATA-TAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTA
64 TATTCATACT-AGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
220957 GTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACAAAATATTTCAAATAGTTTTA-ACT
127 ATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACAAACTAGTTCAAATAGTTTAAGACT
* * * * * * ** *
221011 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCCTCATACAATTGGCTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTTA
* * * * * * * **
221076 TTTATACTATTTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTAAGAATATTCCAAAACTTAATAACCAA
66 TTCATACTAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * ** ** *
221141 GAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACTAGTTCAAATAG-TTAAGACT
131 G-AGATTTAAAAATAAAT-TTGTTTACAAACTAGTTCAAATAGTTTAAGACT
* ** * * * * * ** ** * *
221192 ATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATCACTTTTTCTTTTGTTGTACTATAATT-ATTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTTA
* ** * *
221256 TTCGTACTACCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
66 TTCATACTAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* *
221321 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TCAGTTCAAAT-GGTTAAGACT
131 GAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC-AAACT-AGTTCAAATAGTTTAAGACT
* * * * *
221372 ATTAGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTCTTA-CTTTT-TCTTTAGTCATAAAACAATTGT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTAT-TTTA-TCATAAAATAATTGT
221432 ATTCAATTAA
Statistics
Matches: 751, Mismatches: 168, Indels: 82
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTTA
TTCATACTAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
GAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACAAACTAGTTCAAATAGTTTAAGACT
Found at i:221446 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 221275--221601 Score: 471
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
221265 CCTTATTCTG
* *
221275 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-ATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGA-AAATAAGAAATTTAAAAAATAAAT
** ** * * * *
221339 TTGTTTACTGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTCTT
65 GAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATACATTTCAAATTGTT-TT
*
221404 -AC-TTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTATTCA
129 AACTTTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTAT-TTCA
*
221437 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATG
1 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGAAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATG
* *
221502 AGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAA
66 AGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATACATTTCAAATTGTTTTAA
*
221567 CTTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
131 CTTTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
221599 ATT
1 ATT
221602 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 15, Indels: 6
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
162 120 0.82
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ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (162 bp):
ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGAAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATG
AGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATACATTTCAAATTGTTTTAA
CTTTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
Found at i:222266 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 221439--225307 Score: 2812
Period size: 538 Copynumber: 7.2 Consensus size: 536
221429 TGTATTCAAT
* * * **
221439 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGAG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
221504 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAACT
62 TTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-
* * *
221569 TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
126 CTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA
* * * ** * * * * * *
221634 ATTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATAAGATATTTAAAAAAATAAATCCACTTACCAAACAA
190 ATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTA
* *
221699 GTTGAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTAT
254 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * *
221763 CACAAATA-AATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAACAATACTACTTTATTAATA
317 CATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * **
221827 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAGTAGTTTTTTGAACCACTTCAAATAGTT
381 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTACTGAACCA-TTCAAATAGTT
* * * * * *
221892 ATGACTATTTGAACAAATAGCAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTA
445 ATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* *
221956 ATTTTGATCATACAAGCTTATTTGGATA
509 ATTTTGATCATACAAGCTTATTTCGAAA
* * * * *
221984 -AAAATTATACTAATTTAGTAACATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
* * * * * *
222048 CCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTTGACATTTT
66 CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT
* * * * *
222113 GTTTGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTTT
131 GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
222178 TGACATTCAAAAAAATAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGCTT-A
196 TAACATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG-TTCA
* * * * * *
222242 AATAATTATGACTATGTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAA
259 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * ** *
222307 ACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
323 ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * ** * * * * *
222372 AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTACCAAATCAGTTTAAATAATCATGGCT
388 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACT-AGTTTACTGAACCA-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
222436 ATTTAAACAACTATCTATTTTAAAT-GTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTT
451 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTG
* *
222500 AACATACAAGCTT-TTTTGAAA
515 ATCATACAAGCTTATTTCGAAA
* ** * * *
222521 TAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TCATGAATTAATAAGAGATTTAGAAAAGAAATCTATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** *** * * *
222585 GCTGAGTTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACC-TT
65 GCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
* * * * *
222649 GGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATAATAATTT
130 TGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * ** * *
222714 AGTAATATTCTGAAAATTAATAA-CTATGAGATTT-AAAATATTAATCCGTTTGCCGAACTAATT
194 ATTAACATTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTT
* * * * * ** * *
222777 CAAATAGTTAGGGCTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCAT
257 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * *
222842 GAAAA-AATTATTTCCGCTCATATAAGCCTAT-TCGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATT
320 -AAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** * *
222905 TCAAAAATTTAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA-TTTACAAAACCAATTTAAATAATTA
383 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ACTAGTTTACTGAACC-ATTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
222969 TAACTATTTGCATAATTATCTATTTTAAATCATTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
446 TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-A
* * *
223034 TTTTG-TTAGTATAAG-TT-TGTTCAAAA
510 TTTTGATCA-TACAAGCTTAT-TTCGAAA
* *
223060 CAAAATAATA-TGAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * *
223123 TGCTTGTCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCATTATAA
60 TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * *
223188 --TTTAT-TTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATT-ATACTAA-TTTATTTGGAATAAAGTAATGC
125 CCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* * * * ** * * * * ***
223248 AAATTTAATAATATTCTGAAACCTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAA-AAATCTAATTGTTGAA-
188 TAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * *** * ** *
223310 TCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTGTCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTT
252 T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
223375 GTCACAAAACAATTGTTT--TTTTATACAAGCTTAT-TCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TA
315 ATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTA
* * * *
223436 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCATTCCAAAT
378 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTACTGAACCATT-CAAAT
* * * * * * * * *
223500 GGTTAAGACTATTAGAATAATTATATA-CTTCAAATCATTTTGA-CATTTTGTTTAGTTATAAAA
441 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATC-TCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** *
223563 CTATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AA
504 CAATTATTTTGA-TCATACAAGCTTATTTCGAAA
* * * * * *
223596 TAAATTAATATTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAGTAAGAAAAAAATTTAAAAAATAAAAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT-AAATCT
* * * * ** * * * *
223660 GTTTACCGAACAAGTTCAGATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAAC
61 GTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* * * * *** *
223725 CTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGATTAGACGAAATAAAATAATACTA
126 CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA
* * * * *
223790 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-A-TTGAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAATC
190 ATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT-
* * * *** * *
223852 AGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGAGTGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTA
253 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
223916 TCATAAAACAATTATTT--TTTACCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAA
316 TCATAAAACAATTGTTTCAGTT--CATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
223979 TATTTCAAAAATTAATAAGTAACAA-ATTTAAACAATAAATCTA-TTTACTGAACCGATTTAAAT
379 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTACTGAACC-ATTCAAAT
* * ** *
224042 ACTTATGACTATTTGAAC-ATTATCAATCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTGCCATAAAACA
441 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * **
224105 ATTATTTCTAATCATAGAAGCTTATTTGGTTA
506 ATTATTT-TGATCATACAAGCTTATTTCGAAA
* * * *
224137 -AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAGATTTAAATAATAAATGTGTTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
* * * *
224201 CTAAACTAGTTCAAATAGTTTAA-ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCA-GACCTT
66 CCAAACCAGTTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATAACCTT
* * * ** * * *
224264 TTGTTTATTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTTTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCCAAAT
129 TTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
* ** * * *
224328 TTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
192 TTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGT
* * * ** *
224393 TCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAATATTTTGTTTCGAT-A
256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TATCA
* ** *
224456 TAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTT
319 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * **
224521 TAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTCAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAAAAAATTCAAATAGTTA
384 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAACTAGTTTACT-G-AACCATTCAAATAGTTA
* * * * * * *
224584 TGACTATTTAAACAATTGTTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
446 TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* *
224649 TTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAA
511 TTT-GATCATACAAGCTTATTTCGAAA
* * *
224675 TAAAATAACT-CTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATC
1 TAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *** * * * * *
224738 TATTTGTTGAATCAGTT-AAATA--T--GGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATCA
60 TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
** ** * *
224798 CCTTTTGTTTGGTCATATGACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGGAACAAAATAATAC
125 CCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* *
224862 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AAGAG-TTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
188 TAATTTATTAA-CATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * *
224925 TGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTATG
252 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* ** * ** * * *
224990 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-AAAAATAAAATAATACTAATCTAATAGTA
316 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
225054 -TTCAAAAAATTATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCAGAATCAGCTT-AAATAG
381 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTACTGAACCA--TTCAAATAG
** * * * * *
225117 TTAAAACTATATCAACAATTATCTAAT-TCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAA
443 TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * *
225181 TT-TTCTCAATTCATGCTAGCTTATTT-GGAA
507 TTATT-TTGA-TCATACAAGCTTATTTCGAAA
* * *
225211 TAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAA-AATTCT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
225273 ATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTT
61 GTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
225308 TAGCAGTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (536 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT
GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAACATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTACTGAACCATTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGATCATA
CAAGCTTATTTCGAAA
Found at i:224353 original size:898 final size:897
Alignment explanation
Indices: 221439--225165 Score: 2128
Period size: 898 Copynumber: 4.2 Consensus size: 897
221429 TGTATTCAAT
* * ** * * *
221439 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGAG
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATT-CAAAAAATATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
* * * * * * * * * * *
221504 TTTACCA-AACCA-ATTCAAATAGTTAAGATTAT-TAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTA
65 TTT-GCAGAATCAGCTT-AAATAGTTAAAACTATAT-CAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATG
* * * * * **
221566 ACTTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAT-TCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAA
127 AC-CTTTTGTTTATTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTTTTACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
* * * * ** * * * * *
221629 TACTAATTTATTAAAATTT-GAAATATTAATAAATAAGATATTTAAAAAAATAAATCCACTTACC
189 TCCAAATTTATGAACATTTGGAAA-ATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * * * * *
221693 AAACAAGTTGAAATAAATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGT
253 AAACAAGTTCAAAT-AGTTAGACTATTAGAACAATTATATATGTAAAATCATTATAACATTTTGT
* * * * * ** * *
221758 TT-TATCACAAATAAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAACAATACTACTTTAT
317 TTAGAT-ATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *** ** *
221822 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAACTAAAGTAGTTTTTTGAACCACTTCAA
381 TAACATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTCAAAAAATAAAATTGTTTACCGAAAAAATTCAA
* * * * * * * * * *
221886 ATAGTTATGACTATTTGAACAAATAG-CAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAA
445 ATAGTTATGACTATTTAAAC-AATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAA
* * * * * * *** * * * *
221949 ATAATTAATTT-TGATCATACAAGCTTATTTG-GATAAAAATTA-TACTAATTTAGTAACA-TTC
509 ACAATT-GTTTCAGTTAATACAAGATTAGACGAAAT-AAAATAACT-CTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
222010 TAAAAATTAAT-AA-GAG--ATTTAAAAAATAAATGTGTCTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAG
571 -AAAAATTAATAAATAAGTAATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAG-TTAAATA--T--G
* ** * * * * * * * *
222071 ACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTTGACATTTTGTTTG-TCATATAATAATTA-TT
630 GCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTATTTGATCATAAAACAATTATTT
** * * * * * ** * * *
222134 TCAATTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTTGACA-TTCAAAAAAATAATA
695 TTGA-CCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTGATTAATATTTC-AAAAATTAATA
** * * * * * * * *
222198 AGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGCTT-AAATAATTATGACTATGTCAA
758 AG-AACAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-CGATTCAAATACTTATGACTATTTGAA
* * * ** * * * * * * *
222262 CAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATA
820 CAATTATATACTTCAAATCATTAAAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAATTATTTCTA-ATCATA
* *
222326 AAAGCTTATCCAAAA
884 CAAGCTTAT-AAAAA
* * * * * **
222341 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCA
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCAAAAAATATTAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
* * * * * *** * * * * * *
222405 ATTTACCA-AATCAGTTTAAATAATCATGGCTATTTAAACAACTATCTATTTTAAAT-GTTATTA
64 GTTT-GCAGAATCAGCTTAAATAGTTAAAACTATATCAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGA
* * ** **** * *
222468 CCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTTAACATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATGC
128 CCTTTTGTTTAT-TCATAAAATATTTGTTTCATGTTTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCC
* * * * * * * * ** *
222532 TAATTTATTAATATTT-CATGAATTAATAAG----AGATTT-AGAAAAGAAATCTATTTGCTGAG
192 AAATTTATGAACATTTGGA-AAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
** * * * * * ** * *
222591 TTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC-CTTGGTTCT
256 CAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTAGAACAATTATATATGTAAAATCATTATAACATTTTGTT-T
* * * * * * *
222655 --ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TAGGAATAAAATAATAATAATTTAGT
319 AGAT-ATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * ** * * * * * **
222717 AATATTCTGAAAATTAATAACTATGAGATTT-AAAATAT-TAATCCGTTTGCCGAACTAATTCAA
382 AACATTCCAAAAATTAATAA-GAAAAAATTTCAAAAAATAAAAT-TGTTTACCGAAAAAATTCAA
* * * * * * * * * *
222780 ATAGTTAGGGCTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATGAA
445 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACC-TTTTGATTTGTCAT-AA
* * * * * ** ** * *
222845 AA-AATTATTTCCGCTCATATAAGCCTATTCGAAATAGAATAAAAT-TAATTTATTAATATTTCA
508 AACAATTGTTTCAGTTAATACAAGATTAGACGAAATAAAAT-AACTCTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * * **
222908 AAAATTTAGAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACAAAACCAATTTAAATAATTATAA
572 AAAATTAATAAATAAGTA-ATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATC-AGTT--A-AA-TATGG
* * ** * *
222972 CTATTTGC-ATAATTATCTATTTTAAATCATTATTATTTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTT
631 CTATTT-CAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTT-ATTTGATCATAAAACAATTATT
** * * * * * *
223035 TTTG-TTAGTATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
694 TTTGACCA-TACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACT-AATTGATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** ** * * *
223098 CAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGTCAAACC-ATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAA
757 AAG-AACAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCGA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * ** *
223162 TAATTATCTATTTCATATCATTATAA--TTTAT-TT-TGTCATCAAACAATTGGTTCT-ATTATA
820 CAATTATATACTTCAAATCATTAAAACCTTT-TGTTATGCCATAAAACAATTATTTCTAATCATA
* ***
223222 CTAA-TTTATTTGGAA
884 C-AAGCTTA-TAAAAA
* * * * * ** * * * * * *
223237 TAAAGTAATGCAAATTTAATAATATTCTGAAACCTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA-AAATCTA
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTC-AAAAAATATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
* ** * * * *** * * * *
223301 ATTGTTGAATCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTGTCTATTTTAAATTGTTATGAC
65 TTTGCAGAATCAGCTT-AAATAGTTAAAACTATATCAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * *
223365 CTTTTCTTT-TGTCACAAAACAATTGTTT--T-TTTATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATA
129 CTTTTGTTTAT-TCATAAAATATTTGTTTCATGTTT-TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATC
* * ** * * * **
223425 CTAATTTCAT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATTG
191 CAAATTT-ATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-CC
* * * * * *
223487 AATC-A-TTCCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACT-TCAAATCATTTTGACATTTT
253 AAACAAGTT-CAAATAGTT-AGACTATTAGAACAATTATATA-TGTAAAATCATTATAACATTTT
* ** * ** * * *
223549 GTTTAGTTATAAAACTATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATATTAATTTA
315 GTTTAGATATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
223614 TTAACATTCCAAAAATTAGTAAGAAAAAAATTT-AAAAAATAAAATTGTTTACCGAACAAGTTCA
380 TTAACATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTCAAAAAATAAAATTGTTTACCGAAAAAATTCA
* * * *
223678 GATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAA
444 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAA
*
223743 ATAATTGTTTCAGTTAATACAAGATTAGACGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAA
509 ACAATTGTTTCAGTTAATACAAGATTAGACGAAATAAAATAACT-CTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
223807 AAATTAATAAGTAAG-AATTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGG-T
573 AAATTAATAAATAAGTAATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTT---A-AA-TATGGCT
* * * * * *
223870 CATTTGAGTGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTT
633 -ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTATTTGATCATAAAACAATTATTTTT
* * * *
223935 TACCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
697 GACCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * *
224000 ACAAATTTAAACAATAAATCTATTTACTGAACCGATTTAAATACTTATGACTATTTGAAC-ATTA
761 ACAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCGATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
224064 TCA-A-TCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTAATCATAGAAGC
826 T-ATACT-TCAAATCATTAAAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGC
*****
224126 TTATTTGGT
889 TTATAAAAA
* * *
224135 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-A-TAA-TAAGAGATTTAAATAATAAATGTG
1 T-AAAATAATACTAATCTAATAATATTCAAAAAATATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
* * * *
224197 TTTGCTA-AA-CTAG-TTCAAATAGTTTAAACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCA
65 TTTGC-AGAATC-AGCTT-AAATAGTTAAAACTATAT-CAACAATTATCTAATTCAAATCGTT-A
224258 -GACCTTTTGTTTATTCATAAAATATTTGTTTCATGTTTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
125 TGACCTTTTGTTTATTCATAAAATATTTGTTTCATGTTTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
224322 CCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAA
190 CCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * *
224387 ACAAGTTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAATATTTTGTTTC
255 ACAAGTTCAAATAGTTAGACTATTAGAACAATTATATATGTAAAATCATTATAACATTTTGTTTA
* * *
224452 GATATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
320 GATATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
** * * * * *
224517 ATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTCAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAAAATTCAAATAGT
385 ATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTCAAAAAATAAAATTGTTTACCGAAAAAATTCAAATAGT
* * *
224582 TATGACTATTTAAACAATTGTTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
450 TATGACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATT
* * * * **
224647 GTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAACTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
515 GTTTCAGTTAATACAAGATTAGACGAAATAAAATAACTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * ****
224712 TAAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTTGAATCAGTTAAATATGGCTATTTCAATAATT
580 TAAATAAGTAATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAATATGGCTATTTCAATAATT
** * * ** * *
224777 ATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTGGTCATATGACAATTGTTTTTGATCATACAAGCT
645 ATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTATTTGATCATAAAACAATTATTTTTGACCATACAAGCT
* * * * **
224842 TATTCGGAACAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAAGAGTTTTAAAAAA
710 TATTCGAAACAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAACAAATTTAAAAAA
* * * * *
224907 TAAATCTATTTACCGAACTGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTTAAATCA
775 TAAATCTATTTACCGAACCGATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCA
* * * **
224972 TTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATAAAAA
840 TTAAAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATAAAAA
* *
225030 TAAAATAATACTAATCTAATAGTATTCAAAAAATTATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCAAAAAA-TATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
*
225095 TTTGCAGAATCAGCTTAAATAGTTAAAACTATATCAACAATTATCTAATTCAAATTGTTATGACC
65 TTTGCAGAATCAGCTTAAATAGTTAAAACTATATCAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACC
225160 TTTTGT
130 TTTTGT
225166 CTTGTCATAA
Statistics
Matches: 2218, Mismatches: 487, Indels: 244
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
893 62 0.03
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895 166 0.07
896 247 0.11
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899 235 0.11
900 199 0.09
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904 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (897 bp):
TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCAAAAAATATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
TTGCAGAATCAGCTTAAATAGTTAAAACTATATCAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTATTCATAAAATATTTGTTTCATGTTTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCCAAAT
TTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
TCAAATAGTTAGACTATTAGAACAATTATATATGTAAAATCATTATAACATTTTGTTTAGATATA
AAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCA
AAAATTAATAAGAAAAAATTTCAAAAAATAAAATTGTTTACCGAAAAAATTCAAATAGTTATGAC
TATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
GTTAATACAAGATTAGACGAAATAAAATAACTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
AGTAATTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAATATGGCTATTTCAATAATTATCTAT
TTCAAATCATTATCACCTTTTATTTGATCATAAAACAATTATTTTTGACCATACAAGCTTATTCG
AAACAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAACAAATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCGAACCGATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTAAAA
CCTTTTGTTATGCCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATAAAAA
Found at i:225685 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 225665--225709 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
225655 TTTAAATCTC
225665 TTATTAATTTGAG-AATA
1 TTATTAATTTGAGTAATA
*
225682 TTATTAGTTT-AGTAATA
1 TTATTAATTTGAGTAATA
*
225699 TT-TTACTTTGA
1 TTATTAATTTGA
225710 AGAAGCTTGT
Statistics
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TTATTAATTTGAGTAATA
Found at i:226060 original size:177 final size:175
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225722 AAATAGAAAC
* * * * *
225732 AATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 AATTGTTTTACAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATAA
* * * **
225797 CTATTTGAACTGGTCTGATAAACAAATTTAGATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAGCGCTAA
66 CTATTTGAACTGGTCTAATAAACAAATTAAGATTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAGCAATAA
225862 TAAATTTATGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAAT
131 TAAATTTATGTTA-TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAAT
*
225908 AATTGTTTTACAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATA
1 AATTGTTTTACAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATA
* * * * *
225973 TGACTTTTTGAACTTGT-TCAATAAACATATTAAGTTTTTAAGTCTGCAACTCATTAATTTTAT-
65 --ACTATTTGAACTGGTCT-AATAAACAAATTAAGATTTTAAATCT----CTCATTAATTTT-TG
* * ** * * *
226036 AA-TAATAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAATAGAAAC
122 AAGCAATAATAAATTTA-TGTTA-TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAAT
** * * ** ** *
226090 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTT-AAACTA-AGTAATTGTTCAAATAGTCA
1 AATTGTTTTACAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAA-TAGA-TAATAATTCAAATAGACA
** ** * ** * *
226153 TAACTATTTGAACT-CACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
63 TAACTATTTGAACTGGTC-TAATAAACAAATTAAGATTTTAAATC---T-CTCATTAATTTTT-G
*** * *** *
226217 AA-TTTTAATAAATTATTAT-TTTTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAAT
122 AAGCAATAATAAA-T-TTATGTTATTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAAT
** * * **
226271 AATT-TGTTTATGACAAAACAATAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AATTGT-TTTACAACAAAACAA-AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAG
226331 TTAAAACTAT
Statistics
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AATTGTTTTACAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATAA
CTATTTGAACTGGTCTAATAAACAAATTAAGATTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAGCAATAA
TAAATTTATGTTATTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAAT
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225718 GTACAAATAG
* * * * *
225728 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
1 AAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGAC
* * * *
225793 ATAACTATTTGAACTGGTCTGATAAACAAATTTAGATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAGCG
66 ATAACTATTTGAACTGGTCTAATAAACAAATTAAGATTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAGCA
* * **
225858 CTAATAAATTTATGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAA
131 ATAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAACAA
* *
225904 AAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGA
1 AAACAATTGTTTTACAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGA
* * * * *
225969 CATATGACTTTTTGAACTTGT-TCAATAAACATATTAAGTTTTTAAGTCTGCAACTCATTAATTT
65 CATA--ACTATTTGAACTGGTCT-AATAAACAAATTAAGATTTTAAATCT----CTCATTAATTT
* * *
226033 TAT-AA-TAATAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAATAG
123 T-TGAAGCAATAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAACAA
** * * ** **
226086 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTT-AAACTA-AGTAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTACAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAA-TAGA-TAATAATTCAAATA
*
226149 GTCATAACTATTTGAACT
63 GACATAACTATTTGAACT
226167 CACTTGGTAA
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 35, Indels: 20
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 21 0.10
177 40 0.19
178 1 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
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AAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGAC
ATAACTATTTGAACTGGTCTAATAAACAAATTAAGATTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAGCA
ATAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAACAA
Found at i:226283 original size:181 final size:179
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Indices: 225728--226425 Score: 501
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 179
225718 GTACAAATAG
* ** * *
225728 AAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
225792 CATAACTATTTGAACTGGTC-T--GATAAACAAATTTAGATTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTT
66 CAAAACTATTTAAAC--GTCTTAAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTT
**** * *** **
225851 TGAAGCGCTAATAAATTTATGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAA
128 TGAAATTTTAATAAA-TTATATTATTTTATTCCAAATAAAGTTGTATGAACAA
* ** * * ** *
225904 AAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *** *
225969 CATATGACTTTTTGAACTTGTTCAA-TAAACATATTAAGTTTTTAAGTCTGCAACTCATTAA-TT
66 CA-A-AACTATTTAAACGTCTT-AAGAAAACAAATTTATTTTTTAA-ACTTTTACTTATTAATTT
** *** * *
226032 TT-ATAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAATAG
127 TTGA-AATTTTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAAGTTGTATGAACAA
* * *
226086 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTT-AAACTA-AGTAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAA-TAGA-TAATTGTTCAAATA
* * * * *
226149 GTCATAACTATTTGAAC-TCACTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATT
64 GTCAAAACTATTTAAACGT--CTTAAGAAAACAAATTTA-TTTTTTAAACTTTTACTTATTAATT
* *
226212 TTTGGAATTTTAATAAATTATTATTTTTTTATTCCAAAT-AAGTTTGTATGAACAA
126 TTTGAAATTTTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAAG-TTGTATGAACAA
* * *
226267 AAATAATT-TGTTTATGACAAAACAATAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
226331 TTAAAACTATTTAAACGTGTTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAACTTTTGCTTATTAATTTTTG
65 TCAAAACTATTTAAACGTCTTAAGAAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTG
*
226396 AAATTTTAATAACTGTATATTATTTTATTC
130 AAATTTTAATAAAT-TATATTATTTTATTC
226426 TTGCATGAAC
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 81, Indels: 52
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Matches are distributed among these distances:
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178 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CAAAACTATTTAAACGTCTTAAGAAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATTTTAATAAATTATATTATTTTATTCCAAATAAAGTTGTATGAACAA
Found at i:227007 original size:181 final size:173
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Indices: 226701--227122 Score: 463
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 173
226691 TAATTATCAA
* * * * *
226701 ATTATTTTAATTTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
1 ATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* *
226766 TAACAAGTTAAAATAAATAAATTTTCAAATAATCATAATGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT
65 TAACAAGTTAAAATAAATAAATTTTCAAATAATCATAATGATTTAAACTTGTTGGGTAAATAG--
* * * * *
226831 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGT
128 --A--TTCTAAATCTCTTAATTATTAATT-T-TTGAATATCAATAAATTAGT
* * * *
226882 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAATAAAAGGTTA
1 ATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * *
226947 TAGCAATTTCAAATAAAT-AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTGGGTAAATAGA
65 TAACAAGTTAAAATAAATAAATT-TTCAAATAATCATAATGATTTAAACTTGTTGGGTAAATAGA
*
227011 TTCTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATCAATAACTTAGT
129 TTCTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-GAATATCAATAAATTAGT
* *
227057 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA-AAAATAATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 ATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
227121 TA
63 TA
227123 AAACGATTTG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 30, Indels: 17
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.01
174 5 0.02
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177 1 0.00
180 8 0.04
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ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
ATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
AACAAGTTAAAATAAATAAATTTTCAAATAATCATAATGATTTAAACTTGTTGGGTAAATAGATT
CTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAATATCAATAAATTAGT
Found at i:227465 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 227444--227476 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
227434 TAATGATTTG
227444 AAATAG-ATAATTATTC
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227460 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
227477 TGAACAGGCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:227770 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 227244--228360 Score: 943
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
227234 CATGTAACAG
* ** * * * ** * * *
227244 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAGTAAATAACTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * ***
227309 TAATAAACCGATTTATTTTTTAAATCTC--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGAA-TAGTAT
66 CAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAGTAT
* * * * * * *
227371 TATTTTATTCCGAACAAACTTA-TATGAAC-AAAAACATTTATTTTATGATAA
129 TATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
227422 AACATAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-AG-G
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
*
227485 CTAGATAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTC--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-T
66 C-AG-TAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
* * * *
227546 TTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAA-T-TAAACAAATTGTTTTATAACAA
127 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAACTAGAAAC-AATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
227599 AATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *
227664 CAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
66 CAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
227729 TATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAG
129 TATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** * * * *
227780 AACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *
227845 CGGTAAATAGATTTATTTTTT-AA-GTCTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
66 CAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * * *
227908 TTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTC-AAAAATAATTGTTATATGACCA
131 TTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
227957 AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTTAACT-GAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T
* * ** *
228021 TTAGTAAATAAATTCACATTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
65 TCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
228086 TCATTTTATTTTGAAT-AGACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTTTGACAA
128 TTATTTTATTTCGAATAAG-CTAGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
228138 AAC-AAAGGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATAA-AGTCTTGACTATTTGAACTAC
1 AACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * ** * * * * *
228201 TTCGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCT-TAGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTT
64 TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
228265 TTTTTTTATTTCAAAAAAGCTTA-TATGAACT-GAAACAATTATTTTATAATAG
128 TTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
228317 AACAAAAGGTTATAAAGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAG
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
228361 GAACTGGTTT
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 153, Indels: 65
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 11 0.01
177 244 0.32
178 103 0.14
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
CAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAA
Found at i:227911 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 227319--228360 Score: 1059
Period size: 358 Copynumber: 2.9 Consensus size: 355
227309 TAATAAACCG
227319 ATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGAA-TAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
227380 CCGAACAAACTTA-TATGAACAAAAACATTTATTTTATGATAAAACATAAGGTCATAATGATTTG
64 TCGAATAAGC-TAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
227444 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACAGGCTAGATAAACAGAATTATTTTTTA
128 AAATAAATAATTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAATA-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* **
227509 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTAT
191 AATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTAT
* * *
227573 GAATTAAACAAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
255 GAATTAAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
227638 TATAGTCTTAACTATTTAAA-TTAGTTCAGCAAACAA
320 AATAGCCATAACTATTTAAACTGA-TTCAGCAAACAA
* *
227674 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
227739 CGAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAATGATTTGAA
65 CGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * *
227804 GTTTACAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAG
130 ATAAATAATTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAA-TAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
227869 TCTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATG--
193 TCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAA
* * * * * * * *
227932 TTCAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAC
258 TT-AAACA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * *
227997 ATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTAGTAAATAA
321 ATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAGCAAACAA
* ** * *
228032 ATTCACATTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
228097 TGAAT-AGACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTTTGACAAAAC-AAAGGATCATAATGATTT
65 CGAATAAG-CTAGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAATGATTT
* * * * *
228159 GAAATAAATAATTATTCATAAAGTCTTGACTATTTGAACTACTTCGGCAAATGGATTTATTTTTT
127 GAAATAAATAATTATTCA-AAAGTCATAACTATTTGAA-TAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
228224 AAATCTTAGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTTTTTTTTTATTTCAAAAAAGCTTA-
190 AAATCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGC-TAG
* * * * * *
228288 TATGAACTGAAAC-AATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAAAGATTTGAGATAGATAATTA
252 TATGAA-TTAAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTA
228352 TTCAAATAG
316 TTCAAATAG
228361 GAACTGGTTT
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 106, Indels: 37
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 18 0.03
356 2 0.00
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Consensus pattern (355 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAAATAATTATTCAAAAGTCATAACTATTTGAATAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTA
AACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTGATTCAGCAAACAA
Found at i:228744 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 228492--229063 Score: 602
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 179
228482 ACTTATCAAA
* * * * *
228492 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTCATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTA
1 TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* *
228557 TTTTATGATAAAACAAAAGGTGATATTTATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTAT
64 TTTTATGATAAAACAAAAGGTGATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTAT
* * *
228622 TTGAACTTGTTCGGTAAGTAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATT
129 TTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTT-CTTATTAATT
* ** * *
228674 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATAAATTGAAAA-AATTG
1 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTG
* * * **
228738 TTTTATGACT-AAACAAAAGGTGAGAACAATTTCAAATAGATAATAGTTTTAATAGTC-TAAACT
64 TTTTATGA-TAAAACAAAAGGTGATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAT-AACT
* * * * * * * *
228801 ATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATT
127 ATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTT-CTTATTAATT
* * * * * * *
228855 TTTAT-TATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
1 TTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * *
228919 TTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
64 TTTTATGATAAAACAAAAGGTGATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTAT
*
228983 TTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-GTTTTTAA-TTC-TCTTATTAATT
129 TTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTCTTATTAATT
**
229031 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
229064 CTGAATAATT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 68, Indels: 22
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 35 0.11
177 1 0.00
178 2 0.01
179 5 0.02
180 62 0.20
181 198 0.63
182 11 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTT
TTATGATAAAACAAAAGGTGATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTT
GAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTCTTATTAATT
Found at i:229452 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 229413--229452 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
229403 CAAATAAGCT
229413 TTTATGAACAGAAAAAATTGG
1 TTTATGAACAGAAAAAATTGG
229434 TTTATG-ACA-AAACAAATTG
1 TTTATGAACAGAAA-AAATTG
229453 TAATAACAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.17
20 9 0.50
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ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
TTTATGAACAGAAAAAATTGG
Found at i:229652 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 229207--229657 Score: 466
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
229197 ATTAATAAGC
* *** * *
229207 TAGTATTATTTGATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAGCAATTATTTTACGAC-AAAGCAAA
1 TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGA-AAACAATTATTTTATGACAAAAG-AAA
* * ** * * * * *
229270 AGATCAAAACGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTTAGCTCGCTCGATAA
64 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCTCGCTCAAGAA
* * * *
229335 ACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAAT
129 ACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAAT
* * * ** * *
229387 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAAA-AATTGGTTTATGACAAAACAAAT
1 TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAA
* *
229451 TGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAG-T-G-TCAAGA
65 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT--AAGCTCGCTCAAGA
* *
229513 AACCATATTTATTTTTAAAATTTTTATTTATTATTTTTTGAAATATAAATAAATT
128 AA-CATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAA-T
* *
229568 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTATTTTGTGACAAAAGAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAG
*** *
229632 GTCATAATTTTTTAAAATAGATAATT
66 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
229658 GTTTAGACAG
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 44, Indels: 16
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 11 0.05
180 196 0.89
181 9 0.04
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAG
GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCTCGCTCAAGAAAC
ATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAAT
Found at i:231190 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 230733--232190 Score: 632
Period size: 174 Copynumber: 8.1 Consensus size: 175
230723 NNNNNNNNNN
** * **
230733 TTTT-TTT-TCATAAAACAATTGTTTCAGTCCAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATAT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * ** * *
230795 TTTATTAATATT-CTAAA-AATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGCTTGCCGAAGC-AGTT
64 TATATTAATATTACAAAATAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAACTAGTT
* * * * ** *
230857 CAAATAATTATGGCCATTTCCATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC
128 CAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TA-TACC
* * ** * * * **
230907 TTTTATTTGGT--TATAACAATTGTTTTTAAT-ATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATAGAA
1 TTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* * *
230968 ATTTATTAATCTTTCAACAAT---TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGT
63 ATATATTAATATTACAA-AATAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGT
* * * * *
231030 TTAAATAGTTATGACTATATGAACAACTGTATACTTCAAATCATTATAACC
127 TCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TAT-ACC
* *
231081 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTT-TGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
231146 TATA-AAATATTCCAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTT
64 TATATTAATATTACAAAATAAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTT
* * *
231210 CAAATAGTTAAGACTATATGAACCATTATCTATTTCAAATC--GT---
128 CAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATATACC
** * * * *
231253 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATATTAGCTTATTGGGAATAAAATAA-AATGA
1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-A
* * * * *
231317 ATTTTATTCATATTAAAAAATTAATAAGTAAGGAGATTTAAAAAA-ATAATTCTATTTACCCTAA
63 A-TATATTAATATTACAAAATAAATAA-TAA-GAGATTTAAAAAATA-AATT-TATTTA-CCAAA
* * * *
231381 CCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACC
122 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TAT-ACC
* * * * *
231437 CTTCGTGTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGT-TTGTCATAAAAC-AATTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
231502 TCTATTAATATTTC-AAA-AATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTT
64 TATATTAATATTACAAAATAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAG-TT
* ** * ** *
231565 CAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
128 CAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATAT-ACC
* * * ** * * * * * *
231615 TTTTGTTCTATTATAAAATAATAGCTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATGATACTA
1 TTTTGTT-TGTCATAAAACAAT-TTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * *****
231679 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATATGTAAAAAATTAAAAAAAATAAATACGCATACCAAACTT
63 ATATATTAATATTACAA-AATAAATA-ATAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC-T
* * * * * *
231744 AGATC-AATAGTCATGGACTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATGA-C
124 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATAT-ACC
* * * * * *
231797 TTTTGTTT-TGCATAAAAAAATCATTTTGGTTCCATATAAGCTTATTCCGAAATAAAAATAGTAT
1 TTTTGTTTGT-CATAAAACAAT-TTTTTTGTT-CATATAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATAC
* * * * **
231861 TAAGT-TATTAATATCCTA-AAAATTAATAATAAGAAAGTTAAAAAATGAGATCTGGTTTA--AT
61 TAA-TATATTAATAT--TACAAAATAAATAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT-TTATTTACCA-
* * * * * * * * *
231922 GACAAGTTTAAAATAATTATGACTTATTTAAATAGTTATCTATTTGAAATCATTATAACC
120 AACTAG-TTCAAATAGTTATGAC-TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TAT-ACC
** * ** *
231982 ATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCA-GCAAGCTTGTTTTG-AATAAAATAATA-T
1 -TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTT-TGTTCATATAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
232044 AAATTTATTAATATTA-AAGACCAGTTAATAAGTATCA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
62 -AATATATTAATATTACAA-A--A-TAAATAA-TA--AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * ** * * * **
232107 GAAC-AATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAGTTTATTTTATTTCAAAATTGTTATGACC
119 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACA-ATTA-TCTATTTC-AAA-TCATAT-ACC
232168 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATT
232191 GTTTCTATTC
Statistics
Matches: 982, Mismatches: 214, Indels: 165
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.01
172 46 0.05
173 11 0.01
174 129 0.13
175 39 0.04
176 31 0.03
177 84 0.09
178 108 0.11
179 88 0.09
180 8 0.01
181 25 0.03
182 51 0.05
183 110 0.11
184 129 0.13
185 59 0.06
186 30 0.03
187 26 0.03
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATA
TATTAATATTACAAAATAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAA
ATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATATACC
Found at i:232449 original size:454 final size:455
Alignment explanation
Indices: 231759--232641 Score: 1089
Period size: 454 Copynumber: 1.9 Consensus size: 455
231749 AATAGTCATG
* * * *
231759 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATGACTTTTGTTTTGCATAAAAAAATCATTTT
1 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTATGCATAAAAAAATCATTTT
* * * * * *
231824 GGTTCCATATAAGCTTATTCCGAAATAAAAATAGTATTAAGTTATTAATATCCTAAAAATTAATA
66 AGTTCCATATAAACTAATTCCAAAATAAAAATAATACTAAGTTATTAATATCCTAAAAATTAATA
231889 ATAAGAAAGTTAAAAAATGAGATCTGGTTTAATGACAAGTTTAAAATAATTATGACTTATTTAAA
131 ATAAGAAAGTTAAAAAATGAGATCTGGTTTAATGACAAGTTTAAAATAATTATGACTTATTTAAA
* * * * * *
231954 TAGTTATCTATTTGAAATCATTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCA-G
196 CAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCATTTTGATTTGTCATAAAA-GAATTTTTCTATTCATA
* ** * * * *
232018 CAAGCTTGTTTTGAATAAAATA-ATATAAATTTATTAATATTAAAGACCAGTTAATAAGTATCAA
260 CAAGC-TATTTCAAAT-AAATACATACAAATTTATTAATATT-AAGA-CAATTAATAAATA-AAA
* * *
232082 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA-TTCAAATCTTTATGACTATTT-GAACAGTTTAT
320 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-AAGTTCAAATCATTATGACTATTTGGAACA-ATTA-
*
232145 TTTATTTCAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGAT
382 TCTATTT--AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGAT
232210 CAAATAATTAT
445 CAAATAATTAT
**
232221 GACT-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTAT-CATAAAAAAATTGTTTT
1 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTATGCATAAAAAAATCATTTT
* * *
232283 AGTT-CATATAAACTAATT-CAAAAT-AAAATAATACTAATTTTTTAGTAATCC-AAAAATTAAT
66 AGTTCCATATAAACTAATTCCAAAATAAAAATAATACTAAGTTATTAAT-ATCCTAAAAATTAAT
*
232344 AATAAAGAAA-TTAAAAAATGA-ATCT-GTTTATTGAACAAGTTTAAAA-AATTATGACTGT-TT
130 AAT-AAGAAAGTTAAAAAATGAGATCTGGTTTAATG-ACAAGTTTAAAATAATTATGACT-TATT
* ** *
232404 TGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACC-TTTTCGATTTGTCATGAAAGAATTTTTCTATT
192 TAAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCATTTT-GATTTGTCATAAAAGAATTTTTCTATT
* *
232468 CATACAATCTATTTCAAATATATACATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAG
256 CATACAAGCTATTTCAAATAAATACATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAG
* * * *
232533 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAAAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGGTACAATTATCTA
321 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGGAACAATTATCTA
* * *
232598 TTTAACTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT
386 TTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
232642 ATTGCGCATA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 46, Indels: 33
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
447 38 0.10
449 8 0.02
450 49 0.13
451 15 0.04
452 8 0.02
453 43 0.12
454 61 0.17
455 17 0.05
456 41 0.11
457 15 0.04
458 12 0.03
459 18 0.05
460 3 0.01
461 34 0.09
462 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (455 bp):
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTATGCATAAAAAAATCATTTT
AGTTCCATATAAACTAATTCCAAAATAAAAATAATACTAAGTTATTAATATCCTAAAAATTAATA
ATAAGAAAGTTAAAAAATGAGATCTGGTTTAATGACAAGTTTAAAATAATTATGACTTATTTAAA
CAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCATTTTGATTTGTCATAAAAGAATTTTTCTATTCATAC
AAGCTATTTCAAATAAATACATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCGAAAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGGAACAATTATCTATTTAA
ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGATCAAATAATTAT
Found at i:232704 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 232203--233478 Score: 720
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 178
232193 TTCTATTCAT
* * * *
232203 AAAAGATCAAATAATTATGACT-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTA
1 AAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCATTATGACCTTTTGTTT
** * * ** * * *
232265 TCATA-AAAAAATTGTTTTAGTTCATATAAACTAATTCAAAA-TAAAATAATACTAATTTTTTAG
65 TGTTATAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATT-AAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * **
232328 TAATCCAAAAATTAAT-AAT-AAAGAAATTAAAAAATGAATCTGTTTATTG
129 TATTTCAACAATTAATAAATAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * *** *
232377 AACAAGTTTAAAAAATTATGACTGTTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTCG
1 AA-AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTT-CAATCATTATGACCTTTT-G
* * * * * * *
232442 ATTTGTCATGAAAGAATT-TTTCTA-TTCATACAA-TCTATTTCAAA-T-ATATACATACAAATT
62 TTTTGTTAT-AAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGTTTA-TTAAAAGTAAAATA-ATACTAATT
* * *
232502 TATTAATA-TTAAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCG
123 TATTAATATTTCA-ACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* **
232558 AAAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGGTACAATTATCTATTT-AACTTGTTATGACCTTTTGT
1 AAAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAA-TCATTATGACCTTTTGT
* * *
232621 TTTGTTATAAAATAATTGTTT-A-TTGCGCATACATGTTTATTAAAATTAAAATAATATTAATTT
63 TTTGTTATAAAA-AATTGTTTCAGTT---CATACAAGTTTATTAAAAGTAAAATAATACTAATTT
* ** *
232684 ATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAATATTTGGAAACGATAAATATGTTTACTG
124 ATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * *
232741 AACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCATTATGACC-TTTCTT
1 AA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-ATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * **
232805 TTATAATAAAACATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAA
64 TTGTTATAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTAAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
232870 TATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTT-AAAAATGAATCTATTTACCA
129 TATTTCAACAATTAATAAATAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * *
232920 AAAATTTTAAATAGTTATGATTATCTGAACATTTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTT
1 AAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
232985 TGTTATAAAACAATTGGCTTT--GTTCATGCAAGCTTATATT-GAA-TAAAATAATTCAAATTTA
65 TGTTATAAAA-AATT-G-TTTCAGTTCATACAAG-TT-TATTAAAAGTAAAATAATACTAATTTA
* * * *
233046 TTAATA-TT--ACAA-AAATTAAT--AAG------AAAAT-AATATGTTTTCTG
125 TTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* ** * *
233087 AACATGTTCAAATAGTTATGAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATC-TTTGA
1 AA-AAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCATTATGACCTTTTG-
** ** * * *
233151 TTTTGCCATAAACTTATTGTTTC--TATCTATAAAAGCTTATTCGAAA-TAAAAATAATACTAAT
62 TTTTGTTATAAA-AAATTGTTTCAGT-TC-ATACAAGTTTATT-AAAAGT-AAAATAATACTAAT
* * * * * * *
233213 TTATTAA-AATACTAAAAATTAATAAGA-AAAAGATTTGAAAAATAAATCTGTTTAACA
122 TTATTAATATTTC-AACAATTAATAA-ATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * *
233270 AGAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTT
1 A-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAATCATTATGACCTTTTGTT
*
233335 TT-TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTA
64 TTGTT-ATAAAA-AATTGTTTC-AGTTCATACAAGTTTATT-AAAAGTAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
233397 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCG
125 TTAATATTTC-AACAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCG
*
233452 AACATGTTTCAAATAGTTATGAC-ATTT
1 AA-AAG-TTCAAATAGTTATGACTATTT
233479 TGTTTTGTTG
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 168, Indels: 152
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 18 0.02
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173 3 0.00
174 8 0.01
175 18 0.02
176 8 0.01
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184 34 0.04
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATCATTATGACCTTTTGTTTT
GTTATAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTAAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
Found at i:233377 original size:182 final size:183
Alignment explanation
Indices: 233096--233448 Score: 473
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 183
233086 GAACATGTTC
* **
233096 AAATAGTTATGAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTGATTTTGCCATA
1 AAATAATTATGAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTGATTTTGCCATA
*
233161 AACTTATTGTTTCTATCTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATACT
66 AACTAATTGTTTCTATCTATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAATACT
*
233226 AAAAATTAATAAGAAAAAGATTT-GAAAAATAAATCTGTTTAACAAGAAAGTTT
130 AAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAACAAGAAAGTTT
* * * * **
233279 AAATAATTATG-ACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTTG-TTTTTTCAT
1 AAATAATTATGAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-TTTGATTTTGCCAT
* * * *
233342 AAAAC-AATTGTTTCTAT-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 -AAACTAATTGTTTCTATCT-ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATA
** *
233405 CTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA
128 CTAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA
233449 TCGAACATGT
Statistics
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0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 46 0.31
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183 18 0.12
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (183 bp):
AAATAATTATGAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTGATTTTGCCATA
AACTAATTGTTTCTATCTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATACTA
AAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAACAAGAAAGTTT
Found at i:233383 original size:351 final size:346
Alignment explanation
Indices: 232728--233419 Score: 817
Period size: 351 Copynumber: 2.0 Consensus size: 346
232718 GGAAACGATA
* * *
232728 AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCATT
1 AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
232793 ATGACCTTTCTTTTATAATAAAACATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATA
66 ATAACCTTTATTTTACAATAAAACATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
232858 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTTAAAAATGAATCTATTTACCAAAA
131 CTAATTTATTAAAATACCAAAAATTAATAAGAAAAAGAATTTAAAAATAAATCTATTTAACAAAA
* * * *
232923 ATTTTAAATAGTTATGATTATCTGAACATTTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGT
196 AGTTTAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
232988 TATAAAACAATTGGCTTTGTTCATGCAAGCTTATATTGAATAAAATAATTCAAATTTATTAATAT
261 TATAAAACAATTGGCTTTATTCATACAAGCTTATATTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
233053 TAC-AAAAATTAATAAGAAAAT
326 T-CTAAAAATTAATAAGAAAAT
* * * **
233074 AATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
1 AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
233139 TATAATCTTTGATTTTGCCAT-AAACTTATTGTTTC--TATCTATAAAAGCTTATTCGAAATAAA
65 TATAACCTTT-ATTTTACAATAAAAC--ATTGTTTCAGT-TC-ATAAAAGCTTATTCGAAAT-AA
* *
233201 AATAATACTAATTTATTAAAATACTAAAAATTAATAAGAAAAAG-ATTTGAAAAATAAATCTGTT
124 AATAATACTAATTTATTAAAATACCAAAAATTAATAAGAAAAAGAATTT-AAAAATAAATCTATT
* * * * * *
233265 TAACAAGAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTT
188 TAACAA-AAAGTTTAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTT
* *
233330 TTGTTTT-TTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAG-TT-TATTCGAAATAAAATAATACT
252 TTGTTTTGTT-ATAAAACAATTGGCTT-TATTCATACAAGCTTATATT-G-AATAAAATAATACA
233391 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
313 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
233420 TTAGAGATTT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 42, Indels: 23
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
346 30 0.10
347 39 0.13
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (346 bp):
AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
ATAACCTTTATTTTACAATAAAACATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAAAATACCAAAAATTAATAAGAAAAAGAATTTAAAAATAAATCTATTTAACAAAA
AGTTTAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGT
TATAAAACAATTGGCTTTATTCATACAAGCTTATATTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGAAAAT
Found at i:234015 original size:181 final size:184
Alignment explanation
Indices: 233777--234205 Score: 430
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 184
233767 AACTAGTTAT
* * * *
233777 AATAATTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCT-AACTTGCTGTTTTATTACAA
1 AATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT-TTGTTTTATTACAA
* * *
233841 AAAAAAATT-TTT-AGTTC-ACACAAGCTAATTCC-AAATAAAATAATA-CAATATTATTAACA-
65 AAAAAAATTGTTTCAATTCAAAAAAAGCTAA-TCCAAAATAAAATAATATCAATA-TATTAACAT
*
233900 TTAAAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAAAAATCTA-TTTACCAAAT-AAGTTCA
128 TTAAAAAA-TTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAAAAAATC-AGTTTACCAAATCAA-TTCA
* * * * *
233958 AATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-T-CATA
1 AATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATTACAAA
* * * * * *
234021 AAACAATTGTTTCAATTCAAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTATATTAATATTTC
66 AAAAAATTGTTTCAATTCAAAAAAAGCTAATCCAAAATAAAATAATATCAATATATTAACATTTA
* ** * * ***
234086 AAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAATCAATTCA
131 AAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAAAAAATCAGTTTACCAAATCAATTCA
* * * * * *
234140 AATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATTATAAA
1 AATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATTACAAA
234205 A
66 A
234206 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 37, Indels: 19
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 10 0.05
180 4 0.02
181 53 0.26
182 117 0.58
183 13 0.06
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (184 bp):
AATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATTACAAA
AAAAAATTGTTTCAATTCAAAAAAAGCTAATCCAAAATAAAATAATATCAATATATTAACATTTA
AAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAAAAAATCAGTTTACCAAATCAATTCA
Found at i:234163 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 233873--234300 Score: 454
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
233863 AGCTAATTCC
* * * * *
233873 AAATAAAATAATAC-AATATTATTAACA-TTAAAAAAGTTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATA-TATTAATATTTCAAAAA-TTAAGAAGTAGGAGAA-TTAAAAAATA
*** * *
233935 AATCTA-TTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCA
63 AATC-AGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCA
*
233998 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAATTCAAAAAAAGCTTATCCA
126 TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCAAAAAAAGC-TATCCA
* * * * *
234055 AAATAAAATAATATTACTATATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * *
234120 CAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATG
66 CAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGACCATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* * * * * ***
234185 AATTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGGCTATTTG
131 AACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTCATCAAAAAAAGCTATCCA
* * *
234236 AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
234301 ATGCTTATTG
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 36, Indels: 15
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
181 61 0.30
182 124 0.61
183 14 0.07
184 4 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.09, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
CAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGACCATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
AACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTCATCAAAAAAAGCTATCCA
Found at i:234326 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 233526--234364 Score: 619
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
233516 TATTCAGAAT
* * * * *
233526 AAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-A--AGAGATTTGATAACTAAATATATTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * *
233587 ATAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTATCTCAAATCAGTATG-ATTTTT
66 ATGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTT
* * * * * *
233651 GTTTTGTCATAAAATAATTCTTTCT-GTTCATACAAGCTTTATT-CATAGTA
131 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGC--TATTCCA-AATA
* * ** * * *
233701 AAATATTGCTAAACTAATAA-AATTCTAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * *
233762 TGCTGAACTAG-TTATAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCT-AACT
65 T-ATGAACTAGTTTA-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-T
** * * *** *
233825 TGCTGTTTTATTACAAAA-AAAAATTTTT-AGTTCACACAAGCTAATTCCAAATA
127 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCT-ATTCCAAATA
* * * * * *
233878 AAATAATAC-AATATTATTAACA-TTAAAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAAAAATCTA
1 AAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * * **
233941 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
63 TTTATGAACT-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAT
* *
234006 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTG--TTTCAATTCAAAAAAAGCT-TATCCAAAATA
127 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTC-ATACAAGCTAT-TCC-AAATA
* * * * * *
234060 AAATAATATTACTATATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGT
* * * * *
234124 TTATTGAA-TCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGAAT
64 TTA-TGAACT-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAT
* **
234188 TTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGGCTATTTGAAATA
127 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAA-GCTATTCCAAATA
* * *
234241 AAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATGCT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * *
234306 TATTGAACTAGTTTAAATAATTA-GTACTATTTGGATAATTATATATTTCAAATCGTTAT
65 TA-TGAACTAGTTTAAATAATTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
234365 AACATTTTGG
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 112, Indels: 70
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
175 14 0.03
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177 75 0.15
178 28 0.05
180 10 0.02
181 189 0.37
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183 14 0.03
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
ATGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTT
GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTATTCCAAATA
Found at i:234391 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 233873--234377 Score: 420
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
233863 AGCTAATTCC
* * * * *
233873 AAATAAAATAATAC-AATATTATTAACA-TTAAAAAAGTTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATA-TATTAATATTTCAAAAA-TTAAGAAGTAGGAGAA-TTAAAAAATA
* *** * * * * *
233935 AATCTA-TTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCA
63 AATC-AGCTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
** * * * * ***
233998 TTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTG--TTTCAATTCAAAAAAAGCTTATCCA
126 TTAT-AAATTTTGGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGGC-TATTTG
* * * * *
234055 AAATAAAATAATATTACTATATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * *
234120 CAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATG
66 CAGCTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* **
234185 AATTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGGCTATTTG
131 AATTTTGGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGGCTATTTG
* * *
234236 AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * *
234301 -ATGCTTATTGAA-CTAGTTTAAATAATTA-GTACTATTTGGATAATTATATATTTCAAATCGTT
66 CA-GCTTATTGAATC-AATTCAAATAATTATG-ACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATT
234363 ATAACATTTTGGTTT
128 ATAA-ATTTTGGTTT
234378 GTCCGTGAAC
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 48, Indels: 24
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.01
181 115 0.44
182 127 0.48
183 14 0.05
184 4 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
CAGCTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
AATTTTGGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGGCTATTTG
Found at i:235110 original size:268 final size:266
Alignment explanation
Indices: 234628--235136 Score: 619
Period size: 268 Copynumber: 1.9 Consensus size: 266
234618 CAGACCAATT
* *
234628 CAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTCTGCCATA
1 CAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTCTGCCATA
* * * * * * *
234693 AAATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGTGAATTTATTGATATTCTA
66 AAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTCCA
** * * **
234758 AAAATTAAAAAGTAACGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCTTGACCAATACAAATAGTTATAATT
131 AAAATTAAAAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTGGCTAAACCAATACAAATAGTTATAATT
* * *
234823 GTTTGAACAATTATTTATTTCAAAGCGTTATGACATTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTG
196 ATTTGAACAACTATTTATTTCAAAGAGTTATGACATTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTG
234888 TTCATA
261 TTCATA
* * * * * * *
234894 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGGTCGT
1 CAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTCT-GCCAT
* * *
234959 AAAATAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTT-GTCTTGAATAAAATAATAT-AGATTTATTAATAT
65 AAAATAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTC-GGAATAAAATAATATGA-ATTTATTAATAT
* * * ** *
235022 TCCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAA-CACATTCAAATAGTTA
127 TCCAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTGGCTAAACCA-ATACAAATAGTTA
* * *
235086 TGATTATTTGAATAACTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGT
191 TAATTATTTGAACAACTATTTATTTCAAAGAGTTATGACATTTTGTTTTGT
235137 CATTATCCAA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 37, Indels: 8
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
266 52 0.26
267 22 0.11
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (266 bp):
CAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTCTGCCATA
AAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAAAAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTGGCTAAACCAATACAAATAGTTATAATT
ATTTGAACAACTATTTATTTCAAAGAGTTATGACATTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTG
TTCATA
Found at i:235782 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 234894--236109 Score: 864
Period size: 182 Copynumber: 6.8 Consensus size: 176
234884 TTTGTTCATA
* * * * * *
234894 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-CTATAACCTTTTGTTTTGGTCG
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTACAACCTTCTGTTTT-GTCA
* * * * * *
234958 TAAAATAATTGTTTTTAATTCAT--AAAAGCTT-GTCTTGAATAAAATAATA-TAGATTTATTAA
64 TATAACAATTGTTTCT-ATTAATGCAAAA--TTATTC-AGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAA
* * * * * * *
235019 TATTCCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACACATT
124 TATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA-ATT
* * * * ** * *
235076 CAAATAGTTATGAT-TATTTGAATAACTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATG-TCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACAACCTTCTGTTTTGTCAT
* * * * *
235140 -TATCCAATTGTTTCTGTTTATGCAATCA-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
65 ATA-ACAATTGTTTCTATTAATGCAA-AATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** *
235202 TCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCCAGCAAATT
128 TCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC-AATT
* ** * * ** * *
235256 CAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACAACCTTCTGTTTTGTCATA
* ** ** *
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** * * ** * * *
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* * ** * * ** * *
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* * *
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* * * * ***
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**** ** * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * * *
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* *
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* ** *
240484 TAGTTTATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAACATTAATAA
1 TAGTTCATAAAAGCTTATTCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * * **
240548 GCAAGAGAGTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAAACCAGGTCAAATTATTATGATTATTTGAACAA
66 GCAAGAGAGTTAAAAAATAAAGCTATTTACTAAACCAAGTCAAATAATTACGACAATTTGAACAA
* * * * *
240613 ATATCAATCTTAAATCATTAGGATATTTGTTTTCTTATAAAACAATTGTTTATGATCATACAAGC
131 ATACCAATCTTAAATCATTAGGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTATCAACATACAAGC
*** *
240678 TTATTTGGATGAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
196 TTATTAAAATGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
240743 AATGTGCTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATTGTT
261 AATCTGCTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAAATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *
240808 CAGACATTTTGTT-TAGT-GATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
326 CAAACATTTTGTTCTA-TCG-TAAAATAATTGTTTCTA-CTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * *
240870 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-TAAGATAGTTGAAAAAAAAATCTATTT
388 TAATACTAATTTAGTAAAATTTC-AAAAATTAAT-AGCTAAGAGAGTTGAAAAAAAAATCCATTT
* * * *
240933 ATTAAACAAGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTT
451 ACTAAACAAGTTCAAACAGTTTA-GACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTT
* * *
240997 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
515 TTGTTTTATCATAAAACAATTATTG
241022 TAGTTCATAAAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
1 TAGTTCATAAAAGCTTATTCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
241086 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTACGGCAATTTGAACA
66 GCAAGAGAGTTAAAAAATAAAGCTA-TTTACTAAACCAAGTCAAATAATTACGACAATTTGAACA
* * ** * *
241150 ACTACCTAT-TTCAAATCATTATTACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATAC
130 AATACCAATCTT-AAATCATTAGGA--TATTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTATCAACATAC
* * *
241213 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-AGCAGATTTAA
192 AAGCTTATT-AAAATGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAA
* * * * *
241276 AAAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCA
255 AAAATAAATCTGCTTACTAAACCAGTTCAAATAATTA-AAATTATTAGAACAATTATCTATTTCA
*
241340 AATTGTT-ATAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGGAA
319 AATTGTTCA-AACATTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * *
241404 TGAAATAATGCTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTTAAAAATAAATCCA
383 TAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAGCTAAGAGAGTTGAAAAAAAAATCCA
* * * * * * ** *
241469 TTTACTGAACCAGTTCAAGCAGTTTAGATTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
448 TTTACTAAACAAGTTCAAACAGTTTAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
241534 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTG
513 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTG
* * *
241561 TAGCTCATACAAGTTTATT
1 TAGTTCATAAAAGCTTATT
241580 TGATAAACAA
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 77, Indels: 29
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 3 0.01
538 126 0.27
539 322 0.69
540 15 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (539 bp):
TAGTTCATAAAAGCTTATTCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GCAAGAGAGTTAAAAAATAAAGCTATTTACTAAACCAAGTCAAATAATTACGACAATTTGAACAA
ATACCAATCTTAAATCATTAGGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTATCAACATACAAGC
TTATTAAAATGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTGCTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAAATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
CAAACATTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
TACTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAGCTAAGAGAGTTGAAAAAAAAATCCATTTACTAA
ACAAGTTCAAACAGTTTAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TATCATAAAACAATTATTG
Found at i:241572 original size:358 final size:350
Alignment explanation
Indices: 240494--241579 Score: 1023
Period size: 358 Copynumber: 3.0 Consensus size: 350
240484 TAGTTTATAA
* * * *
240494 AAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAACATTAATAAGCAAGAGAGT
1 AAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGC---AGATT
* * * * * * *
240558 TAAAAACTAAAGCTATTTTTTAAACCAGGTCAAATTA-TTATGATTATTTGAACAAATATCAATC
61 TAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAA-TAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTAT-
* * *
240622 TTAAATCATTAGGA--TATTTGTTTTCTTATAAAACAATTGTTTATGATCATACAAGCTTATTTG
124 TTAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-T-ATCATACAAGCTTATTTG
*
240685 G-ATGAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
186 GAATG-AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
240746 -GTGCTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTCA
250 CAT--TTACTAAACCAGTTCAAAT-ATTTAGATTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-A
* * * * *
240810 -GACATTTTG-TTTAGTGATATAATAATTGTTTCAGTTCATAC
310 TGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTT-AGCTCATAC
*** * *
240851 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGATAGT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAG-CAGAT--T
* * *
240915 TGAAAAAA-AAATCTATTTATTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
61 T-AAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATT
* * ***
240979 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
125 T-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA--TCATACAAGCTTATTTGG
* * *
241044 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
187 AATGAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * ** *
241109 AGTTTACTAAATCAATTCAAATAATTACGGCAAT-TTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTATT
251 A-TTTACTAAACCAGTTCAAATATTTA--G-ATTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * ** *
241173 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATAC
312 ACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTAGC-TCATAC
*
241213 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-AGCAGATTTAAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGCAGATTTAAA
*
241277 AAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTT-AAA
** * * * *
241342 TTGTTATAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGGAATGA
129 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TA-TCATACAAGCTTATTTGGAATGA
* * * *
241407 AATAATGCTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTTAAAAATAAATCCATTT
192 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CATTT
* ** * *
241472 ACTGAACCAGTTCAAGCAGTTTAGATTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT
255 ACTAAACCAGTTCAAATA-TTTAGATTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT
241537 TGTTTTATCATAAAACAATTATTGTAGCTCATAC
318 TGTTTTATCATAAAACAATTATT-TAGCTCATAC
*
241571 AAGTTTATT
1 AAGCTTATT
241580 TGATAAACAA
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 102, Indels: 71
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 5 0.01
356 7 0.01
357 110 0.19
358 311 0.53
359 13 0.02
360 4 0.01
361 9 0.02
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363 8 0.01
364 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (350 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGCAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAATC
ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATCATACAAGCTTATTTGGAATGAAATA
ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTACTAAA
CCAGTTCAAATATTTAGATTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTATTTAGCTCATAC
Found at i:241847 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 241612--241955 Score: 439
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
241602 AATGGATATC
* * * * *
241612 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAGTTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTGAACT
1 ACTATTTAAACTTGCTCGATAAATAAGTTTATTTTTAAAATCTCCAAACTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
241677 TTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATTAATAGAAATAACT-GTTCAAT-
66 ATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCT-AATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTGGTT-AATA
*
241739 GCAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAATTATA
129 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAACA-AAATAATTGTTCAAATAATTATA
* ** *
241792 ACTATTTAAACTTGCTCGGTAAAT-AGATTTATTTTTAAAAT-TTTAAATTATTAATTTTTGAAA
1 ACTATTTAAACTTGCTCGATAAATAAG-TTTATTTTTAAAATCTCCAAACTATTAATTTTTGAAA
** * *
241855 TATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCTAATATGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATAA
65 TATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCTAATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTGGTTAATAA
*
241920 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAACAAAATAAT
130 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAACAAAATAAT
241956 ATTAATTTAT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 19, Indels: 10
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 65 0.46
180 74 0.53
181 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTAAACTTGCTCGATAAATAAGTTTATTTTTAAAATCTCCAAACTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCTAATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTGGTTAATAAC
AAAACAAAAGATCATAACTATTTGAACAAAATAATTGTTCAAATAATTATA
Found at i:242598 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 242272--244054 Score: 1499
Period size: 181 Copynumber: 9.9 Consensus size: 179
242262 GTGTACAAAT
* *
242272 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AGGTTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT
* * * * **
242336 GTA-AGATGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
65 -TATAAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
242400 GTTCAAATAGCCATAACTATTCGAACTAATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTA
127 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAAC-AGATTTATTTTTTA
* * * * *
242453 ATTCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTATTTCTGGATAAGCTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTT
* * *
242517 TTATAAATGAAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTA
64 TTATAAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
242582 TTCAAATAGGCATAACTATTTAAATTTGTTTCG-TAAACAAATTTGTTTTCTTA
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GATAAACAGATTTATTTT-TTA
* * * * * *
242635 AAT-TCCTTGCTTATTAATTTGCTAAACATTAATAAAATACTATTATTTTATT-TGGAATAAGCA
1 AATCT-CTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCT
* * * * * * *
242698 TGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
63 TTTAT-AAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
242763 ATTCTAATAGTCCTAACTAGTTGAAC-TGGTTCAGTAGACACATTTATTTTTTA
127 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
** ** * * * * *
242816 AATCTCTTTGTTATTAATTTTTAGAATATT-ATCAGTTTTGTAATATTTTACTCCGAATAAGATT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * *
242880 GTACAAATAGAAACAA-TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATTGATTTAAAATAGATAATTG
64 TTATAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
242943 TTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGT-TTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTA
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
242996 AATCT-TT--TT-TTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAA-TTTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT
* * * * * *
243056 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATCGATAA-TA
65 -TATAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * *
243120 GTTTAAATGGACATGACTATTGGAATTTGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTA
128 -TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* *
243173 AATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT
* * * ** *
243237 GTATAAATAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAA-TA
64 TTATAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
243301 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAACCA-ATTTATTTTTT-
128 -TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAA-CAGATTTATTTTTTA
* * * *
243353 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAA-TATTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT
* * *
243417 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
65 TATAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
243482 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTGATTTTTTA
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTT-GATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * **
243533 AA-CTTTTACTTATTAACTTTTAGAATATTAGTAAATTTA-TATTACTTTAGTCAAAATAAGCTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * *
243596 TTA-AGAACCAAAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAGATAGATAAT
64 TTATA-AA--TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
243660 TGTTCAATTAGTGATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTCATTTTTTTA
126 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTA
* * * * * * * *
243715 AATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAATATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTA
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT
* * * * *
243780 TATGAATTAATACAATTGTTTTATGATAGAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATCGATAATTAT
65 TAT-AAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * ** * *
243844 CCAAATAGTTATTATTATTTAAACTTATACGATAAACATATTTATTTTTAA
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
243895 AATATTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATT-TGAATAAGCTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTT
* * ** * *
243959 GTATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAAT
64 TTAT-AA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * *
244022 TATTTAAAAAGACATAACTATTTGAACTTATTT
126 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT
244055 AGCAAACAAA
Statistics
Matches: 1297, Mismatches: 242, Indels: 126
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 47 0.04
177 46 0.04
178 48 0.04
179 191 0.15
180 199 0.15
181 525 0.40
182 182 0.14
183 54 0.04
184 2 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTT
ATAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
Found at i:242761 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 242272--244068 Score: 1587
Period size: 363 Copynumber: 5.0 Consensus size: 361
242262 GTGTACAAAT
* * * * * *
242272 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGTTTG
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTG
* * * * * * **
242337 TAAG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
65 TATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * *
242401 TTCAAATAGCCATAACTATTCGAACTAATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAATTCTCTAACTT
129 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
242465 ATCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTATTTCTGGATAAGCTTTTATAAATGAA
193 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATAAAT-AA
* * * *
242528 AACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGGC
256 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGGC
* * * *
242593 ATAACTATTTAAATTTGTTTCGTAAACAAATTTGTTTTCTTA
321 ATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTGTTTT-TTA
* * * * *
242635 AAT-TCCTTGCTTATTAATTTGCT-AAACATTAATAAAATACTATTATTTTATTTGGAATAAGCA
1 AATCT-CTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTT-GAATAAGCT
* * * *
242698 TGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
63 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * **
242763 ATTCTAATAGTCC-TAACTAGTTGAAC-TGGTTCAGTAGACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTG
128 GTTCAAATAG-CCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * * * *
242826 TTATTAATTTTTAGAATATT-ATCAGTTTTGTAATATTTTA-CTCCGAATAAGATTGTACAAATA
191 TTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATAAATA
* * *
242889 GAAACAA-TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATTGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAG
255 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAG
* * *
242952 TCATAACTATTTAAACTGGT-TTTGGTAAACAGATTTAG-TTTTTA
319 GCATAACTATTTGAACT--TATTTGGTAAACAAATTT-GTTTTTTA
* * * * * **
242996 AATCT-TT--TT-TTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAATTTTG
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTG
* * * * *
243057 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATCGATAATAGT
65 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
243122 TTAAATGGACATGACTATTGGAATTTGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTA
130 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
243186 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAAATAGAAA
194 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATAAATA-AAA
* * ** * * *
243250 CAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTTAAATAGTCA
258 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTTAAATAGGCA
* * * *
243314 TAACTATTTGAACTCACTTGGTAAACCAATTTATTTTTT-
322 TAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTGTTTTTTA
* * * * *
243353 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAAT-AAATATTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTG
**
243417 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
65 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
243482 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACATATTGATTTTTTAAA-CTTTTACTT
130 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-TGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * ** * *
243544 ATTAACTTTTAGAATATTAGTAAATTTA-TATTACTTTA-GTCAAAATAAGCTTTTA-AGAACCA
193 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATA-AA--T
* * * * * *
243606 AAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAATTAG
254 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAG
* * *
243671 TG-ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTCAT-TTTTTTA
319 -GCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATT--TGTTTTTTA
* * ** * * *
243715 AATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAATATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTA
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
243780 TATGAATTA-ATACAATTGTTTTATGATAGAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATCGATAATTA
65 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * * ** * * *
243843 TCCAAATAGTTATTATTATTTAAACTTATACGATAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTA
129 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
243908 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACA-AAA
194 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTAT-AA-ATAAA
* ** * * *
243971 ACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAAAAGAC
257 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGGC
* *
244035 ATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACAAATTTG
321 ATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTG
244069 AAATAAGCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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364 16 0.01
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGT
ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGGCATAAC
TATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTGTTTTTTA
Found at i:243312 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 242271--244049 Score: 1548
Period size: 538 Copynumber: 3.3 Consensus size: 534
242261 AGTGTACAAA
* * * * * ** * *
242271 TAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGTTT
1 TAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TATTAATATTTTACTCCGAATAAGATT
* * * * * **
242336 GTA-AGATGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
65 GTACAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * ** * *
242400 GTTCAAATAGCCATAACTATTCGAACTAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAATTCTCTAACTT
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCT-T---TT
* * * ** *
242465 ATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTAT-TTCTGGATAAGCTTTTATAAAT-GAA
189 TTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TGTTCTAAATAAGCTTTTATGAATAG-A
** * *
242528 AACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTA-TTCAAATAGG
252 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAAT-GG
* * *
242592 CATAACTATTTAAATTTGTTTCGTAAACAAATTTGTTTTCTTAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTG
315 CATAACTATTTGAATTTGTTT-GTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCT-CTTACTTATTAATTT-
* * * * * * *
242656 CTA-AACATTAATAAAATACTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATT
376 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATAAATAGAAACAATTATT
* * * * * *
242720 TTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTAGTT
441 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTAGTT
** *
242785 GAACT-GGTTCAGTAGA-CACATTTATTTTT
506 GAACTCACTT-AGTAAACCA-ATTTATTTTT
* ** *
242814 TAAATCTCTTT-GTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATCAGTTTTGTAATATTTTACTCCGAATAA
1 T-AATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATAT-TAATATTTTACTCCGAATAA
* *
242876 GATTGTACAAATAGAAACAA-TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATTGATTTAAAATAGATA
61 GATTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATA
* * *
242939 ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTT
126 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT
* *
243004 TTTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAA-TTTTGTATGAATAGAA
189 TTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTT-TATGAATAGAA
* * * *
243068 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATCGATAATAGTTTAAATGGACA
253 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGG-CA
* * *
243133 TGACTATTGGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGA
317 TAACTATTTGAATTTGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *
243198 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATG
381 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATAAATAGAAACAATTATTTTATG
* * *
243263 AGAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAA
446 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCT-AATAGTCATAACTAGTTGAA
*
243326 CTCACTTGGTAAACCAATTTATTTTT
509 CTCACTTAGTAAACCAATTTATTTTT
* * * * *
243352 TAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATATTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTT
1 TAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATTAATATTTTACTCCGAATAAGATTG
** * *
243417 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
66 TACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
243482 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTGATTTTTTAAA-CTTTTACTTA
131 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATC-TTT--TT-
* * * * * * *
243545 TTAACTTTT-AGAATATTAGTAAATTTA-TATTACTTTAG-TCAAAATAAGCTTTTAAGAACCAA
190 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTGTTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAG
* * * *
243607 AAACAA-TAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAATTAG
251 AAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAAT-G
* * * * * * *
243671 TG-ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTT
314 -GCATAACTATTTGAATTTGTTTG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
243735 TT-GAAATATTAATAAGTTAATATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTA-ATACAATTG
376 TTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTAT-AAATAGAAACAATTA
* * ** * * * * * *
243798 TTTTATGATAGAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTATCCAAATAGTTATTATTAT
439 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTAG
* *
243862 TTAAACTTA--TACGATAAA-CATATTTATTTTT
504 TTGAACTCACTTA-G-TAAACCA-ATTTATTTTT
* * ** * * ** *
243893 AAAATATTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATTTGAATAAGCT
1 -TAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TATTAATATTTTACTCCGAATAAGAT
** * * * ** * *
243958 TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAACAATTTAAAATAAATAAT
64 TGTACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
244022 TATTTAAAAAGACATAACTATTTGAACT
128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
244050 TATTTAGCAA
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 170, Indels: 99
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 40 0.04
537 70 0.07
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539 142 0.14
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542 167 0.16
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544 54 0.05
545 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
TAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATTAATATTTTACTCCGAATAAGATTG
TACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTTTTAATT
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGCATAACTATTT
GAATTTGTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
ATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTAGTTGAACTCACTTAGTAA
ACCAATTTATTTTT
Found at i:244135 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 243944--244170 Score: 269
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
243934 ATAATATTTT
* * ** *
243944 AATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACAATT
1 AATTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAATAGGCATAACAATT
*
244009 TAAAATAAATAATTATTTAAAAAGACATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACA
66 TAAAATAAATAATTATTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACA
* **
244063 AATTTGAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAAATT-TTTTACAATAAAACAAA-AGGGCATAGTA
1 AATTTG-AATAAGCTTGTATAAACA-AAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAATA-GGCATAACA
* * * * * **
244126 GTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
63 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTT
244171 GTTCGATAAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 16, Indels: 5
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
119 7 0.08
120 74 0.83
121 8 0.09
ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (119 bp):
AATTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAATAGGCATAACAATT
TAAAATAAATAATTATTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACA
Found at i:244403 original size:482 final size:482
Alignment explanation
Indices: 243625--244504 Score: 1042
Period size: 482 Copynumber: 1.8 Consensus size: 482
243615 GTTTTATGAC
* * *
243625 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAATTAGTGATAACTATTTGAACTTA
1 AAAACAAAAGGGCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTA
* * * * * **
243690 TTTGATAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAA
66 TTCGATAAACAAATTCATTTTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAA
* * * * * * * *
243755 TATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTAATACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTCA
131 TATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATCAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCA
* * * * * * * * *
243820 TAATGATTTGAAATCGATAATTATCCAAATAGTTATTATTATTTAAACTTATACGATAAACATAT
196 TAATGACTTAAAATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATAAGACAAACAGAT
** ** * * **
243885 TTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATT-T
261 ACATTTTTAAAATACATTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAACAATACATT-ATTCT
*
243949 GAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAACAATTTAA
325 GAATAAAAC-TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAT-GCTCATAACAATTTAA
244012 AATAAATAATTATTTAAAAAGACATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACAAATTTGAAATAAGC
388 AATAAATAATTATTTAAAAAGACATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACAAATTTGAAATAAGC
244077 TTGTATAAACAGAAAAAAATTTTTTACAAT
453 TTGTATAAACAGAAAAAAATTTTTTACAAT
* *
244107 AAAACAAAAGGGCATAGT-AGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGGCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTT
* * * *
244171 GTTCGATAAACAAATTCA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGACTATTAATAAACTA
65 ATTCGATAAACAAATTCATTTTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTA
* * * *
244235 GA-ATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAATG
130 -ATATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATCAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-A
* * * * * *
244298 GTTATAATGACTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTTAAC-TAGTCAAG-CCA
192 GTCATAATGACTTAAAATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-T-AAGACAA
* * *
244361 ACAGATACATTTTCT-AAATCCATTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAGCATTACAT
255 ACAGATACATTTT-TAAAATACATTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAACAATACAT
* * * ** *
244425 TATTCTGAATAAAACTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAGTAAATGCTCATAACGAT
319 TATTCTGAATAAAACTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGCTCATAACAAT
*
244490 TTGAAATAAATAATT
384 TTAAAATAAATAATT
244505 GCTCAAATAG
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 62, Indels: 20
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
480 4 0.01
481 89 0.27
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483 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (482 bp):
AAAACAAAAGGGCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTA
TTCGATAAACAAATTCATTTTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAA
TATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATCAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCA
TAATGACTTAAAATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATAAGACAAACAGAT
ACATTTTTAAAATACATTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAACAATACATTATTCTG
AATAAAACTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGCTCATAACAATTTAAAAT
AAATAATTATTTAAAAAGACATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACAAATTTGAAATAAGCTTG
TATAAACAGAAAAAAATTTTTTACAAT
Found at i:244412 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 244131--244523 Score: 411
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
244121 TAGTAGTTTG
* * * * *
244131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATACATTTTCTA
* *** * * ** *
244196 AATATCTTACTTATTAATTTTTGGACTATTAATAAACTAGAATTATGTTATT-TCGAAT-AAGCT
66 AATACCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAACTAGAATTACATTATTCT-GAATAAAACT
* * *
244259 -TGT-ACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAATGGTTATAATGACTTA
130 GTGTGA-AAA-A-AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAATGCTCATAACGACTTA
* * * * *
244312 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTTAACTAG-TCAAGCCAACAGATACATTTTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAA-CAAACAAATACATTTTCT
* *
244376 AAAT-CCATTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAGCATTACATTATTCTGAATAAAAC
65 AAATACC-TTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAACTAGAATTACATTATTCTGAATAAAAC
* ** * *
244440 TGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAGTAAATGCTCATAACGATTTG
129 TGTGTGAAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAATGCTCATAACGACTTA
* *
244493 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
244524 ACTGAATTGA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 33, Indels: 12
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 4 0.02
181 157 0.91
182 6 0.03
183 5 0.03
184 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATACATTTTCTA
AATACCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAACTAGAATTACATTATTCTGAATAAAACTG
TGTGAAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAATGCTCATAACGACTTA
Found at i:244710 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 244669--244714 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
244659 AACAAAAGGT
*
244669 AATAATGATTTAAAATA
1 AATAATTATTTAAAATA
244686 AATAATTATTT-AAATA
1 AATAATTATTTAAAATA
244702 ATCATAATTATTT
1 A--ATAATTATTT
244715 GAATGGTTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 10 0.38
18 10 0.38
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATTTAAAATA
Found at i:245355 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 244965--259912 Score: 6344
Period size: 181 Copynumber: 83.5 Consensus size: 178
244955 TTTTAATCTA
* * * * * * *
244965 AATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TATAGATTATAATGATTTGACAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
*
245029 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTAGTTTTT-AA-
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* *
245091 ATC-T-CATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-ATT-TTT-
129 ATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
** * * * *
245137 AA-ATTC-TGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAC
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** * * *
245200 AGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * * * *
245265 TCCTACCTATTAACTTGTATAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTG
130 TCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * *
245316 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGAACATAACTATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
245380 AAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGAGCTTAGTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* ** *
245444 -CCTTTACTTATTAATTTGTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTG
129 ATC-TTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * *
245496 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATGATTTATGACAAACCAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
*
245561 AGATAATTGTTCAAATAGTC----CTATTTGAACATGTT---TAAA-AATTGATTTATTTTTTAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA---ATTTATTTTTTAA
* * *
245618 AT-TTTTGCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAG
127 ATATCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * *
245670 ATTAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * *
245735 AGATAATTGCAT-AAATAGAT-ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAA-AAGATTTATTTTTTAA
65 AGATAATTG-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAA
* * * * * *
245797 ATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTG
127 ATATCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
** * * * * **
245850 AA-ATCCTT-TATGATTAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AATC-AAAGTTATAGTG-TTTGAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTG-AAAT
** * * *
245910 AGATAATTG-TCAGTTAGTCATAACATATTTGAA-TTGTTCGGTAAA-TAGTTCATTTTTT-AA-
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* ** * * *
245970 ATCTTACATTATT-ATTTTTGAATATT--TGCTATT-GGATAATAGTTATTTG
129 ATCTTAC-TTATTAATTTTTAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT-TTTATTTG
** * * *
246019 -ATAAG--TGTATGAAT--ATTCAATATG-TTTGTG---ATA-AAATGT--TAAC---TTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * ** * * *
246069 AGATAATT-TTCAAATAGTGATAAACTATTTGCA-TTAG-T-AATCAACAAATTCATTTTTTCAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
246130 TCTGTTACTTA-TGATTTTTAGAAATATT-AT--ATT-TTCATTA-TTTATTATG
128 TATCTTACTTATTAATTTTT--AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATT-TG
* * *
246179 AATATA--TT-TATG-ACAG-AA-AA-T-TTTTA-GAC-AAACAAATGATCATAACTATTTGAAA
1 AATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
246234 TAAATAATTGTTAAAATAATTAT-ACTAATTGAACTAGCTT-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
246297 TTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTG
128 TATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * * *
246350 AACAA-CTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTTATGATAAAACAAACA-TCATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
246413 AAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGGCAAATAGAA-TTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA
* * *
246477 TCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCG
128 TATCTTACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * ** * *
246530 AATAAG-TTATTAAGAACTA-AAA-AATTATTTGACAACAAAATAAAAGTTCATAACTATTTGAA
1 AATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA
* * * * * ** *
246592 ATA-ATGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAA
63 ATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
246656 ATTTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTG
127 ATATCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * * *
246710 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTTTGACATAACAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * ** *
246775 TATAATTGTCCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGGTTCGGTATAATCTCTTACTTATTAATTTA
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA-AA---CAAATTTATT--TTT-
* * * ** * * *
246840 TGAAATA--TTACTAAATTAGAATTATTT---TATT-TTGAA-TAGGCTTGTATGA--TG
124 T-AAATATCTTACT-TATT--AATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * ** * **** *
246891 AA-AAACAATTGTGTTATG-ACA-AAACAAAAGTTCATAATGATTTGA-AATAG--AT-A--A-T
1 AATAAGC---T-TG-TATGAATAGAAACAATTGTT--TTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATT
** * ** * *
246946 TG---TTCA-AATAG-TCATAAT--T-A----T-TTT-AACTGATTTGATAAACAAATTTATTTT
59 TGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT
** * * * * * * *
246997 AAAAATCTCTAACTTATCAATTTTGGAAATATTAATAAAAT-GAAATTATTTTATTTC
123 TTAAATATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTG
* * * * * * *
247054 AGATAAGCTTTTGTGCACT-GAAACAATTGTTTTATGAGAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAA
1 A-ATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAA
* *
247118 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTT-A
* * * * * * *
247183 AATTTTTTACTTATTAAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTATATTTTT
126 AATATCTTACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * *
247238 AATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
247303 ACG-TAATTATTCTAACAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTTA-TTTTT-AA-
65 A-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
247364 ATC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTGATAAATTCGTATTATTTTATTTG
129 ATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
** * * * * * * *
247412 AATAATTTTGTATGAGTAGAAATAATTGTCTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
*** * * * * * * * *
247477 AGATAATAACTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
** * * *
247542 TCAAACCTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
130 TCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * *
247593 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAACCAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
247658 AAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTAGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * * *
247723 TTTTAATTATTAATTTTTTGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
130 TCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * *
247774 AATATGCTTATATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * * *
247839 AGAAAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * *
247903 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-TTATTATTTTATTTG
130 TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* ** * * *
247952 AAATAAACTTG-ATGAGCA-AAACCAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAA
* * * *
248015 ATAGATAATAGTTCAATTAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTGATTTTTTTAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAA
* * * * *
248080 TTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
127 ATATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * * *
248134 AATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTAATTACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* * * * * ** *
248199 AGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTGCTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * ** * *
248264 TTTTACTTACTAATTGTCGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATTTG
130 TCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * *
248315 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAGAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
248380 AGATAATTGTTTAAGTAGTCATAA-TGATTTAAACATGTTCAGTAAACAGATTTATTATTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * **
248444 CTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA-TATTACTTTATTCAA
129 ATCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TG
** ** * * * *
248496 AATAAGCTTGTATGAATAGAAGA-AATCATTTTATGACAAAACATATGGTTATAGCTATTTCAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAACGATTTGAAA
** * * * * * * * **** *
248560 TAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTAAACTTGTTTGGTAGATAGATTCAAAAATAATAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA-AA
* * * * * * * *
248625 TAACTTA-GTATT-A-TTTT--AT-TT--TGAATAAG-CTTATATGAATTG
128 TATCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
** * * ** *
248667 AAATAATTTTTTATG-ACA-AAACAA-----AAAT--CATAAC-AAA-T----------TGAAAT
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
248711 AGAGAATTTTTCAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTAAAAAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * ** *
248775 TTTTTACTTATTAATCGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTG
130 -TCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * * * * *
248827 AATAAGTTTTTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-AAAAGAACAAAAAGCCATAACAATTTCAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA-AAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
248891 TAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTGATAAA-AAGATTTATCTTTTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAA
* ** *
248954 ATA---T-CTTATGAATTTTTGAAATATTAATTGATTACTATTATTTTATTCTG
127 ATATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * * * * * *
249004 TACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTATGATAAAACAAAAG--GT--C-A--T--AAT-
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
249059 GATAATTGTTCAAATTA-TCATAATTATTTGAACTAGCTAGGTAAGCAGAA-TTATTTATT-AA-
66 GATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAT
* * *
249120 ATC-T-CTTATTAATATTTCAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCA
129 ATCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-G
* * * * * * *
249170 AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATGAAATGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
249235 AGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * * * ** *
249300 TCTTAGTTATTAATTTTTGGAGTATTATTTGATTAGTATTATTTTATTTCA
130 TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * *
249351 AATAAGCTTGAATGAATATAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTTATTTTTTAAATAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG---------T-CATAA-
* * * * * * * * **
249416 TGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATATCTATTTCAACAGGTTCGGTAAACAAATTTA
54 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA
* * *
249481 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
119 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * * *
249543 AATAAGCTTGTAT-AATTAAAAATAATTGTTATATGATC-AAACAAAGGGTAATTATGATTTTAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAA
* * * * ** * * * *
249606 ATAGATAATTGTTAAAATGGTTATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAA-AAGAATCACTTTTTAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAA
* *
249670 ATCA-CTT-CTTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
127 AT-ATCTTAC-TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * *
249724 AATAAGATTGTATGAATTGAAACAATAGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** ** *
249789 AGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTTAAATTTGTTCAATAAATGAATTAATTTTTTTAAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAA
* * *
249854 -CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG-AGTTATTTTAATTTG
128 TATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT-ATTTG
* * * *
249906 GATAAGCTTTTATG-ATGTGAAACAATTGTTTTATGTA-TAAAC---A---A-AA--A--T---A
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
249955 -A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAC
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA
* * * ** *
250018 TATTTTGCTTATTAATTTTTGAATGCTACTAAATTTAG-ATTATTTTATTCTG
128 TATCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * * * **
250070 AATAAGCTTGTAAG-ATATGAAA-AAATATTTTATGACTAAACAAAAGATGAGAAAGATCCGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** * ** * * *
250133 TGGATAACTATTCTAGTGGTTTTAACTATTTCAA-TTGGTTTC-ACAAGCACA--CATTTTTT-A
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * ***
250193 A-ATC-T-CTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCG
127 ATATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTG
* * * * *
250244 AATAAGTTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTCTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTG---
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
* * * **
250304 -AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT--AC--CTACGGTAAACGGATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* ** *
250364 CTCTTACTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
129 ATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * *
250416 AATTAGTTTTTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
** * * * * * *
250480 TAGATAATCATTCAAATAGCCATAATTATTTTAA-ATGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* ** **
250544 TTTCTTACTTATTAATTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
128 TATCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * * * * * *
250596 ATCTAAGCTTGTAT-TATCTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAAATTT-A
1 A-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC-GATTTGA
* * * * ** ** * *
250659 AATAGACAATTATTCAAAGAGTAATAACTATTTGAACTTGACCAATGAACATATTTATTTTTTAA
62 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * * * * *
250724 ATCTCTTTCTTTTTAATTTTCTGAATGTTTATAAATTGGCATGAATTTATTTTG
127 ATATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * *
250778 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * *
250842 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TAATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
250905 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATAAGTATTATTTTAATTCG
127 ATATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * *
250959 AATAAGCTTGTACGAATA-AAATAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAGTCATAATGATTTGAAATA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
*** ** * * * * ** * * * *
251021 GATAAGCATTCATTTAGT-ATTAACTATTTCAACTAGTTTGGCAATTAGATTTA-TTTATAATTT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
** ** * * *
251084 TCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTGAATTAATATTATTTTATTCTG
130 TCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
** * * * * * * **
251135 AATAA--AAGTATGAACA-AAACCAATTGTATGATGATAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
251197 TAGATAATTATTTAAAAAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGCAAATTTACTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
251262 CTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCG
129 ATCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* ** * * * * * * * * * *
251314 AACAAATTTATATTAACAAAAATAGTTATTTTATGAC--AA-AAAAGTAATAAC-AATTCAAATA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
251375 GATAATTATTCAAATAATTATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAAT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAT
* * * *
251438 ATCTTTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTCCG
129 ATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT-TG
* * * * * *
251490 AATAAACTTCTATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * *
251554 TAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTGTTTGAACTACTTCAGCAAATC-AATTTATTTTTCTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CAAATTTATTTTT-TAA
* * *
251618 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
127 ATATCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * * *
251672 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTTATGACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G-TCATAACGATTTGAAA
* * * ** * *
251737 TAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGAA-TTATTTTTT-TA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA
*
251800 -ATC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
128 TATCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* ** * * * * * *
251850 AATAAGCTTTTATGTTTAAAAATAATTGTTTTATTACAAAACTAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
251915 AAATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC--------TTCTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
251971 CTCTTACTTATCAATTTTCAAAATATTACTCAAGTAGCATTATTTTATTTTG
129 ATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * *** ** *** * **
252023 GATAGGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTTG-
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT-TATGACAAAAC-AAAAGTCA-TAACGATTTGA
* ** * * *
252085 -A-A-AT-ATTATT-AAATTAGT-ATTATTTTATTCCGAA-TATGCTT-GTATGAATAGAAATAA
62 AATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTATT-TGAACT-TG-TTCG-GT-AA-ACAAAT--
* * * ** * * * *
252142 TTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA
116 TTATTTTTTAA-ATATC-TTA-CTTATTA-ATTTTTAAATAT-TAA----T-AAATTAGT-ATTA
**
252205 -ACTATTTG
170 TTTTATTTG
* * ** * *** * * **
252213 AAT-TGATT-TA-G--T--AAACAAATT-TATTT-T-TTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTTGA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAAGTCA-TAACGATTTGA
** * * * * * * * * * *
252267 AATA-ATAATAAATT-AGTATTATTTTATACCGAATAG-TCTTGTAT-GATGAAA-AATAATTAT
62 AATAGATAAT-TGTTCA--AATA-GTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGT-AAACAA-ATTTAT
* * * ** * * * *
252327 TTTATGAAAAAACAAAAGTTCA-TAATGATTTAAAATAAATAATTACTCAAATCACCATAATTAT
120 TTT-TTAAATATC-TTACTT-ATTAAT--TTT----TAAAT-ATTAAT-AAATTA--GT-ATTAT
* *
252391 TTGAACTGATTC
171 TT-TA-T--TTG
* * * ** * * *
252403 AATAAACTGATTTGTGTTTTA-AATATCTAACTTATCAATTT-T-AAAAATATCAAAAAAGTAAT
1 AATAAGCT--TGTATG-AATAGAA-A-C-AA-TTGT---TTTATGACAAA-A-C--AAAAGTCAT
** * ** * * * * ** * * * * * *
252465 -ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-GAAATAAATGTTT-TA--TGAT---AAAATA
52 AACGATTTGAAAT-AGATAA--TTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* ** * * ** * * * *
252522 AA---ATGTCAT-AATGATTTTAAATTGCTAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTTGT
113 AATTTATTTTTTAAAT-ATCTT-ACTTATTAATT-TTTAAATA-TTAATAA--ATTAGTA-TTAT
* *
252582 TTGA--TA
171 TTTATTTG
* *** * * *** * *
252588 AAAAAG-TT-TATTTTTA-AAA-AATTTTCTACTTATTA-ATTTTCTAAATGTTCATAA--ATTA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-T--TTATGACA-AAAC-AAAAG-TCATAACGATTT
* ** * * * ** * *
252646 GAATTATTTTATT-TT-GAATAAG-CATGTA-TGAACTGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAA
60 GAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCAT-AACT-ATTTG-AAC---T-TGTT-CGG-TAAACAAA
*** ** * * ** *
252707 ---A--GACTAGAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAAA-CA--ATTATTTT
115 TTTATTTTTTA-AAT-ATCTT-ACTTA-TTAATT-TT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
**
252762 ATGGCTAA
174 AT---TTG
* * * * * * ** * * * * *
252770 ACAAAAGACTAGAATGATTTGAAATCGA-T-AATTAT-TC----TAATAGTCTTAACTATTTTTG
1 A-ATAAG-CTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGA--TTTG
* * * * * * * *
252828 AAATACATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACATATTCATTTTTTA
61 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** ***
252893 AAT-TCTTACTTATTAAGTTTTAGAATATTATTATTTTAGCTA-TATTTTACTCCA
126 AATATCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TTTG
* * * * * *
252947 AATAAGCTTATATGAACAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* * *
253011 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTGATAAA-AAGATTTAGTTTTTAAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAA
* *
253074 TGTCTTA-TTA--ATTTTTTAAAT-TGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
128 TATCTTACTTATTAATTTTTAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
** * * ** *
253123 AATAATTTTGTATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCTTAATAATTTAAAA
1 AATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
253187 TAGATAATAGTTCAAATAGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTAATTTTTT-AA
64 TAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* **
253250 -ATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCA
128 TATCTT--ACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * * *
253303 AATAAACTTGTCTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* * *** * * * * *
253368 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGCAAATAGATTTA-TTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * * * *
253432 TTTTACTTATTAATTTTTTAGTATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCTA
130 TCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * *
253482 AATAAACTTGTTTGAAT-GGAACAAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAAAGATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCAT-AACGATTTGAA
* * * * **** ** * *
253546 ATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTCGAAAGAATTTAGAAAACAAATTTATTGTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
** *
253611 -AT-TTCACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTAG
128 TATCTT-ACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG
* * * * * *
253662 AAATTAGCTTGCATGAATA-AAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGTTTTGAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAA
* * * * * ** *
253726 ATAGATAATTTTTTAGATA-TCCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACGGATTTA-TTTTTGA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
253789 TTCTTCTGATTCTT-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAGTATTAATTTTATTTCA
127 AT-ATCT--TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTT-G
* * * * *
253847 AATAAGTTTATAATGAATTGAAA-AATTCGTTTTTAATTACAAAACAAAAGGTCACGT-ATGATT
1 AATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATT-G-TTTT-ATGACAAAACAAAA-GTCA--TAACGATT
* * * * * * *
253910 TTAAATAGATAAATTATTCAAATAATCGCTTAACTACTTGAACTTATTCGATAAAC--ATTT-TT
59 TGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGT--CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
** * * *
253972 TTTT-AAT-T-TT--TTACTTAA--TCAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATCTG
121 TTTTAAATATCTTACTTA-TTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * * *
254025 AATAAGCTAGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAACAGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
254090 A-AAAATTATTCAAATAGTCATAA-TGATATGAACTTGTTCGGTAAACAGATATATTTTTTTAAG
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAA-
* * **
254153 GCT-TCTAACTTATTAATTGTCTT-AATATTAAT-AATT-GTATTATTTTTATTCAA
127 -ATATCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-TG
* * ** * ** *
254206 AACAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTTATAGTGATTTTC
1 AATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G-TCATAACGA-TTTG
* * * * * *
254271 AAATTGATAATTTTTC-AATA-TCATAA-TTTATTGAAAATCTTATTCGGTAAATAAATTCATTT
61 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTG--AA-CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTT
* * * *
254333 TTTATTATATTATTATATTATTAAATTTTTGAAATA-TAA-CAATTAGTATTATTTTTATTTCG
122 TTTA-AATA-TCTTA-CTTATT-AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT-G
* * * * * *
254395 AATATGCTTATGT-TGAATTGAAATAATTTTTTTATTTTACAAAACAAAGGGTCATAAGCGAATT
1 AATAAGC-T-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA--TGACAAAACAAA-AGTCATAA-CG-ATT
* * * * * * * *
254459 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGGCCATGACT-TTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTA-TTT
59 TGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
254522 TTAAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAATATTAATAAATT-TTATTATTTTAATCTG
123 TTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * * * *
254579 AATAAGC-T-TAT--ATAGGAACTATTATTTTATCACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* ** * * * * * * *
254640 AAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGCTAAGC-AACTTACTTTTTAAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT
*
254704 CTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTATTTTG
129 ATCTTACTT-ATTAATTTT-TAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * * * * *
254756 AACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAA-TAATAACAATTTAAAATA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
254819 GACAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATC
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATA
* * * *
254883 TTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTATATTCCT-
130 TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TG
* * * * *
254934 AATAAGCTTATATGAGTTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC--AAC-ATTTTAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGA-TTTGAAA
* * ** *
254996 TAGAAAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** * * *
255059 TCTCTTAGTTATTCATTTTTTGAATTTTGTTAGACTAATATTATTTTATTTCG
128 TATCTTACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * * * *
255112 AATAAACTTATATGAATA-ACAATAATTGCTTCATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAG
1 AATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
255176 TACACAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AA-
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
*
255239 ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
129 ATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * *
255289 AATAAGCTTGTATGAA-A-AAACAATTGTTATATGACCAAAA-AAAGGTAATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** * *
255351 AGATAATTGTTGAAAT-GGCAATAATTATTTGAA-TTGATTTTGTAAACAAATTCACTTTTTAAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
255414 CCA-CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
128 -TATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * * * * *
255467 AATAAGCTTATATGAATTGAAACACTTCTTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
255532 AGACAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT
* * * * *
255596 CTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAA-AAAGTAGTTTTATTTTATTTTG
129 ATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * *
255647 GATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAAATCATAACAATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
255712 AAATAATTATTAAAATA-CCAATAATTATTTTAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTATTTCAAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT-TTTTAAA
* * * * * * * *
255776 TCTTTTGCTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCG
128 TATCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * * * *
255829 AATAAGTTTGTAAG-ATATGAAACAAGTATTTTACGACTAAACAAGAGGT--TGAATGATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCAT-AACGATTTGAA
* * ** * * * *
255891 ATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT-GGCAAATATATTTATTTTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
255955 TCTCTTACTTCTTAGA-TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCG
128 TATCTTACTTATTA-ATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTG
* * * * ** *
256008 AATAAGCTTCTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTTTAACGATTTGAGAT
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* ** * * * * * *
256072 TGATAATTGCCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * * *
256137 TATTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
130 TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * *
256188 AATAAGCTTGCATG-ATCCA-AAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGTA
1 AATAAGCTTGTATGAAT--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAA
* ** * * * ** * * *
256251 GTAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* **
256315 AGT-TCTTACTTACTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
127 A-TATCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
** * * * * *
256369 TCTAAGCTCGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
256433 TAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTAAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAA
* * * * *
256498 TCTCTTTCTTATAAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTG
128 TATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * *
256551 AATAAGCTTATATGAA-ATGAAACAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTCATAACGA-TTGCAA
1 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
256614 TATATAATTATTCTAATACTCTTAACCATTTGAA-TTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
256678 TATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTCG
128 TATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * * *
256731 AATAAACTTATATG-A-ACAAACAATTGTTCTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** * *
256794 AGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAATTAGATTTATTTTTTAATT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* ** ** * **
256858 TTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
129 ATCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
** * * * * * * * * *
256910 AATAAAATAGTATGAACAGTCAA-AACT-ATTCA--A-ATAA-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * ** * * * *
256969 AGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTCCAA-TGGTTTAGCAAGCATATTTACTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
257033 CTCTTACTAATTAATTTTCTAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
129 ATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * * * * ****
257085 AATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAAAAACAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAAC--GATTTGAA
* * * * * * * * *** **
257150 ACCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
63 A--TAGATAATTG-----T--T----CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * *
257214 ATAGTTATAATTATTTAAACCAGTTCCACAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTT
114 AT--TTAT--TT-TTTAAA-TA--T---C---T-TACTTA---T-T-AAT-T-TT-TAAA-TATT
* *
257279 GAA-ATATTAATAAATTAATTTTATTCT-
155 -AATAAATTAGT--ATT-ATTTTATT-TG
* * * * * * * * * *
257306 ATTCCAGCTTCTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
1 AAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* ** * * ** * *
257371 TAAATAATTGTTCCTATAATCTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
257436 CTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCA
129 ATCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * * * *
257488 AATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * ** * *
257553 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGA--T-TTTTTTAAA-A
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * * *
257614 TC-T-CCTATTAATTCTTGAAATATTAAAAAACTAGTATTATTTTATTTCG
130 TCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* *
257663 AATAAAG-TGGTATGTTAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
1 AAT-AAGCTTGTATG--AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGA
* * * * ** ** * *
257725 AATAGATAGTTGTTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGATTCGACAAACTGATTTATTGTTA
62 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * *
257788 AAATCTCTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
125 AAATATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * *
257844 GATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGCTTTTAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
257908 TA-ATAATTGCTCAAATAGTCATAACCTATTTGAACTTGTTCGATAGACAGATTTATTTTTCCAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT-TAA
* * * ** * **
257972 ATCTCATGCTTATTAATTTCAAAATGTTAATAAATTAG-ATTATTTTATTCCA
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* * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * *
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* ***
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* * * * * *
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1 AATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** ** *
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* ** * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
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* * * * * * * * *
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128 TATCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTG
* * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
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* * * * *
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129 ATCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* ** ** * * *
258913 TATAATTTTACATGAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* ** * * * * *
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65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * *
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* * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
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65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * *
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* * * * * * *
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* * * *** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
* * *
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130 TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
259913 TTTATTTTTT
Statistics
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * **
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* * * * ***
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* * ** * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * ** * * *
246600 TTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTA
187 TTATTTAAATAGTCATAA-TATTTGAAATGA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
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* * *
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314 -AAATAATTATTTTATGACA-AA-AAA-GTAATAACAA-TTCAA
* * * * * * *
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* * * * ** **
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* * * ** *
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* * * * * ** *
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191 TTAAATAGTCATAA-TATTTGAAATGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * * * ** *
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* * * * * * *
247077 CAATTGTTTTATGAGAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAA
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* * * * * * * *
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** * * * * **
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* * * * *
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187 TTATT-TAAATAGTCATAA-TATTTGAAATGA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * ** * *
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249 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAACAAGCTTGTATTAACTA
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247430 GAAATAATTGTCTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAA
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* * * * * * ** *
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1 ATAGATAATTATTCAAAT-AATTATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
*** * * * *
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65 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAA--TG
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* * * * * * * * * *
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** * * * * *
247732 TTAATTTTTTGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAA-TAGAAA
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** * *
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1 ATAGATAATTATTCAAATAATT-ATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
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* * * * * *
248024 AGTTCAATTAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTGATTTTTTTAATTCTCTTA
189 A-TTTAAATAGTCATAA-TATTTGAA-ATGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * *
248088 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTG
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248153 AAACAATTGTTTAATTACAAAACAA-AAGATCACAATGATTTGAA
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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TATGACAAAAAAGTAATAACAATTCAA
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* ** *
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*
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* * * ** * * * *
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CTT
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* * * * **
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* * *** * * * * * *
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* ** * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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** * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** ** * *
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1 ATAACTATTTGAA-TTGATTCGGCAAACAAATTCACTTTTTAAACCACTTACTTATTAATT-TTC
* * * * * *
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* * * * * * *
254055 TTATGATAAAACAAACA-GTCATAACAATTTGAAATA-AAAATTATTCAAATAGTCATAA-TGAT
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* * * * * *
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* * * * * **
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246 TTAATAAATTAGTTTTA-TTTTATTC-TAATAAGCTTATATG-ATTG--AAAAAATTGTTTTATG
* * * * * * *
254243 ACAAAACAAAAGGTTTATAGTGATTTTCAAATTGATAATTTTTC-AATATC-
306 ACAAAACAAAAGG-TAATAAT-A-TTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGCA
* * * * * ** *
254293 ATAA-TTTATTGAAAATCTTATTCGGTAAATAAATTCATTTTTTATTATATTA-TTATATTATTA
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** * * * ** * * *
254356 AATTTTTGAAATA-TAA-CAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATATGCTTATGTTGAATTGAAAT
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* * * * * * * *
254419 AATTTTTTTATTTTACAAAACAAAGGGTCATAAGCGAATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGG
119 AA-TTCTTTA--TGAC-AAACAAAAGGTAATAA-CG-ATTTAAAATAGACAATTATTCAAATA-A
** * * * * * * *
254484 CCATGACT-TTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTTACTTATTAA-TTGT
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* * * ** *
254547 CAAATATTAATAAATT--TTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATAT-A--GGAACTATTATTTT
240 GAAATATTAATAAATTAGTT-TTATTTTATTCT-AATAAGCTTATATGATTGAAAAAATTGTTTT
* * * * * * **
254607 ATCACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTACTCAAATAGTC-
303 ATGACAAAACAAAAGGTAATAA-TATTTAAAATAGAA-AATTGTTCAAATAG-CA
* * * * * * *
254660 ATAACTATTTGAAATGGTT-TGCTAAGCAACTT-ACTTTTTAAAATCTCTTA-TTGATTAATTTT
1 ATAACTATTTGAATTGATTCGGC-AAACAAATTCACTTTTT-AAACCACTTACTT-ATTAATTTT
* * * * * * * *
254722 CTAAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATT
63 CAAAATATTAAT-AAACTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATT-CT
* * * * * *
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125 TTATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAATTATAACTATTTG
* * * *
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190 AACTAGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
*
254913 AATTAGTTTTATTATATTCCTAATAAGCTTATATGAGTTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA
252 AATTAGTTTTATTTTATT-CTAATAAGCTTATATGA-TTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * **
254978 AAGGTCAA-CAT-TTTAAAATAGAAAATTGTTCATATAGTT
315 AAGGT-AATAATATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGCA
* * * * * * * ***
255017 TTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTTG
1 ATAACTATTTGAATTGATTCGGCAAACAAATTCACTTTTTAAACCACTTACTTATTAATTTTCAA
* ** * * *
255081 AATTTTGTTAGACTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAACAATAATTGCTTCAT
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* * * * *
255146 GACATAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTACACAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAC
129 GACA-AACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAAC
* *
255211 TAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAG
193 TAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
255274 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA--AAAAACAATTGTTATATGACCAAA-AAAAGGTA
258 TTTTATTTTA-TTCTAATAAGCTTATATGATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
* * * *
255336 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCA
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* ** *
255371 ATAATTATTTGAATTGATTTTGTAAACAAATTCACTTTTTAAACCACTTACTTATTAATTTTCAA
1 ATAACTATTTGAATTGATTCGGCAAACAAATTCACTTTTTAAACCACTTACTTATTAATTTTCAA
* * * * * *
255436 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACACTTCTTTTAT
66 AATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTC-TTTAT
* * * * * *
255501 AATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAAT
129 GACA-AACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAAC
* * * *
255566 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAA-AAAGT
193 TAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAA-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
255630 AGTTTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAA-
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* * * * * * *
255694 ATCATAACAATTTTAAATA-AATAATTATTAAAATACCA
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* * * * * * ** * *
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1 ATAACTATTTGAA-TTGATTCGGCAAACAAATTCACTT-TTT-AAACCACTTACTTATTAATTTT
*** * * *** ** * * *
255795 TTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTAAGATATGAAACAAGTAT-T
63 CAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGA-ATAAAACAA-T-TCT
* * * * * * * *
255859 TTACGACTAAACAAGAGGT--TGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATT
125 TTATGAC-AAACAAAAGGTAAT-AACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAATTATAACTATT
* * * * * * *
255922 TGAACTGGTT-GGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAGATTTTAG-AATATTAT
188 TGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAA
* * * * **
255985 TAAATTAGTATTATTTTTAATCGAATAAGCTTCTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
250 TAAATTAGTTTTA-TTTTATTCTAATAAGCTTATATGATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * **
256050 AAAA-ATTTTAACGATTTGAGATTGATAATTGCCCAAATAGTC-
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* * * ** * * * * * * **
256092 ATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTA-TTACTAATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAATTGATTCGGCAAACAAATTCACTTTTTAAA-CCACTTACTTATTAATTTTCA
* * * ** * *
256156 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATG-ATCCAAAACAGTTGTTTT
65 AAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAAT--AAAACAATT-CTTT
** * * ** * * * *** * *
256220 ATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGTAGTAGATAATCATTCAAATGGCTATAATTATTTTA
127 ATGAC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGA
* * * * * **
256285 ACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAGTTCTTACTTACTAATTTAGGAAATATTAATAAA
191 ACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
256350 TTAGTATTATTTTATTTCGT-CTAAGCTCGTAT-TAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAA
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* * * * **
256413 AAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATA
315 AAGGTAATAA-TATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGCA
* * * * * * * * *
256454 ATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTCTAAAATCTCTTTCTTATAAATTTT
1 ATAACTATTTGAATTGA-TTCGGCAAACAAATTCACTTTT-T-AAACCACTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
256517 CTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAAATGAAACAGTTGTT
63 CAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATATG-AATAAAACAATT-CT
* * ** * * * * *
256581 TTATGACTAAGCAAAAGGTCATAACGA-TTGCAATATATAATTATTCTAATACTCT-TAACCATT
125 TTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAAT-TATAACTATT
* * * * *
256644 TGAATTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATT
188 TGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AA-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * ** * * *
256709 AAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTATATGA-ACAAACAATTGTTCTATGACAAAAGAA
251 AAATTAGTTTTATTTT-ATTCTAATAAGCTTATATGATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
256773 AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC-
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* *
256814 TTAACTATTTGAACTGATTCGG
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Statistics
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TATTTTATTCTAATAAGCTTATATGATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAT
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* * * * *
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** ** **
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* * * * * * ** *
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320 ACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TAGAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCA
* * * * * * *
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383 AATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT
* * * * *
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* *
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508 TGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACGA
** * * * * *
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1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * * * *
253422 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-TAGTATTAATAAATTAGTAGTATTTTA-TTCTAAAT
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* * ** * * * *
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128 AAGCTT-TTATGATTAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTTAAATA
* * * * *** ** * * *
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190 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATT-TTTTAAATC
* * ** * *
253613 T-TCACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTAGAAATTAGCTTGCAT
254 TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
253676 GAA-TAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGTTTTGAAATAGATAATTTTTT
318 GAACTGAAA-CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * ** * * *
253740 AGATA-TCCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACGGATTTA-TTTTTGATTCTTCTGATTCTT
382 AAATAGT-CATAACTATTTGAAC-TGGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCT--TACTT
* * * * * **
253803 -TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAGTATTAATTTTATTTCAAATAAGTTTATAATGAATTG
442 ATTAATTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGT-ATGAA-AA
* * *
253867 AAA-AATTCGTTTTTAATTACAAAACAAAAGGTCACGT-ATGA
501 AAACAATT-G-TTTT-ATGACAAAACAAAA-ATCA--TAACGA
* * * * * * *
253908 TTTTAAATAGATAAATTATTCAAATAATCGCTTAACTACTTGAACTTA-TTCGATAAAC--ATTT
1 TTTGAAATTGAT-AATTGTTCAAATAGT--CATAACTATTTAAAC-TAGTTCGATAAACAGATTT
** * * *
253970 -TTTTTT-AAT-T-TT--TTACTTAA---TCAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTA-ATCTG
62 ATTTTTTAAATCTATTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-A
** * * * * * *
254025 AATAAGCTAGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAACA-GTCATAACAATTTGAAA
125 AATAAGCTTTTATGATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTTAAA
* * * * *
254089 TA-AAAATTATTCAAATAGTCATAA-TGATATGAACTTGTTCGGTAAACAGATATATTTTTTTAA
188 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
** * *
254152 GGCTTCTAACTTATTAATTGTCTT--AATATTAAT-AATT-GTATTATTTT-TATTCAAAACAAG
251 ATC-TCTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-AAATAAG
* * * * ** * *
254212 CTTGTATGAA-TAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTTATAGTGATTTTCAAATT
311 CTTGTATGAACT-G--AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGG-TTAGAACGA-TTTGAAATA
* * ** * * *
254276 GATAATTTTTC-AATA-TCATAA-TTTATTGAAAATCTTATTCGGTAAATAAATTCATTTTTTAT
371 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTG--AA-CTGGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTA-
* * * * *
254338 TATAT-TATTATATTATTAAATTTTTGAA-ATATAA-CAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAT
430 -A-ATCTCTTA-CTTATT-AATTTTAGAATAT-TAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTCGAATAA
** * * * **
254400 GCTTATGT-TGAATTGAAATAATTTTTTTATTTTACAAAACAAAGGGTCATAAGCGAA
488 GC-T-TGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTA--TGACAAAACAAA-AATCATAA-CG-A
* * * * * * * *
254457 TTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGGCCATGACT-TTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATT
1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* * * * * * *
254521 TTTAAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTGTCAAATATTAATAAATT-TTATTATTTTA-ATCTGAAT
65 TTT-TAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAAT
* * * * * * * * *
254582 AAGC--TTAT-A-TAGGAACTATTATTTTATCACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA
128 AAGCTTTTATGATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA
** * ** * * * * *
254643 TAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGCTAAGCA-ACTTACTTTTTAAAATCTC
192 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* ** * * *
254707 TTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATAT
256 TTACTT-ATTAATTTT-TGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* ** * * * * * * *
254769 TAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAA-ATAATAACAATTTAAAATAGACAATTATTTA
318 GAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * * *
254831 AATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAA
383 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * **
254896 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTATATTCCTAATAAGCTTATATGAGTTGAAAA-AAT
447 TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGA--AAAAAACAAT
*
254960 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC--AAC-A
508 TGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACGA
* * * * ** * * * ** *
254988 TTTTAAAATAGAAAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTA-T
1 -TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* * * * ** * * *
255052 TTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTTG-AATTTTGTTAGACTAATATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTAAATCTATTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
255116 AACTTATATGAATAACAATAATTGCTTCATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTACAC
129 AGCTTTTATGATTAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
* * *
255181 AATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-
193 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
255242 T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-
257 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * *
255305 -AAAACAATTGTTATATGACCAAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-
322 TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * * *
255367 GGCAATAATTATTTGAATTGATTTTGTAAACAAATTCACTTTTTAAACCACTTACTTATTAATTT
387 GTC-ATAACTATTTGAACTG-GTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * *
255432 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACACTTCTT
450 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTT
* * * * *
255497 TTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGA
512 TTATGACAAAACAAAA-ATCATAACGA
* * * * * * * * * * *
255524 TTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTT
1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTTA-TT
* * * * * * ***
255589 TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAA-AAAGTAGTTTTATTTTATTTTGGATAA
65 TTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
255652 GCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAA-ATCATAACAATTTTAAATAAAT
130 GCTTTTATG-ATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
* * * * * * *
255716 AATTATTAAAATA-CCAATAATTATTTTAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTATTTCAAATCTT
193 AATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTC
* * * * * * * * *
255780 TTGCTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTAAGAT
256 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-
* * * * *
255845 A-TGAAACAAGTATTTTACGACTAAACAAGAGGTT-GAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
320 ACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * * *
255908 TAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAGATT
385 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATT
* * * *
255973 TTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCGAATAAGCTTCTATGATAAAAAATAATTGTT
449 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTT
**
256038 TTATGACAAAACAAAAATTTTAACGA
512 TTATGACAAAACAAAAATCATAACGA
* ** * *
256064 TTTGAGATTGATAATTGCCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTT
1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTT
*
256129 TTTAAATCTATTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
66 TTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
** * * ** * *
256194 CTTGCATGATCCAAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGT-AGTAGATA
131 CTTTTATGAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-TAAATAGATA
** * * * * * *
256258 ATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAGT-TCT
194 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCT
* * *** * *
256321 TACTTACTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGTCTAAGCTCGTATTAA
257 TACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
256385 CTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAA
321 CTGAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
256449 TAATAATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTAAAATCTCTTTCTTATAAAT
385 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GGTAAACATATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-
* * * * *
256514 TTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAAATGAAACAGTT
447 TTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAA-AAAACAATT
* * *
256578 GTTTTATGACTAAGCAAAAGGTCATAACGA
509 GTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACGA
* * * * * * * * * *
256608 -TTGCAATAT-ATAATTATTCTAATACTCTTAACCATTTGAATTAATTC-AGTAAACAAATTTAT
1 TTTGAAAT-TGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * * * * *
256670 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTCGAATA
64 TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * *
256735 AACTTATATGA--ACAAACAATTGTTCTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAT
129 AGCTTTTATGATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
* * * * ** * *
256798 AATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTT
193 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * * ** * *
256863 GGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACA
258 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
256928 GTCAA-AACTA-TTCA--A--ATA-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATA
323 G-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
256986 GTCAAAACTATTTCCAA-TGGTTTAGCAAGCATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT
387 GTCATAACTATTT-GAACTGG-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** ** *
257050 TCTAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-AATTAT
450 TAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-A-AAAACAATTGT
* * * *
257114 TTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAAAA
511 TTTATGACAAAACAAAAA-TCATAAC--GA
**** *** * * *
257144 ACAAAAACCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAA-TGATTTGAAA-TAGATAAT
1 TTTGAAA--TTGATAATTG-----T--T----CAAATAGTCATAACT-ATTT-AAACTAG-T--T
* * * * ** * *
257207 -TATTCAAATAG-TTATAATTATTTAAA-CCAGTTCCACAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTT
48 CGA-T-AAACAGATT-T-ATTTTTTAAATCTA-TT--ACTTAT-TAA-T-TTTT-GAAA-----T
* * * * * * *
257269 ATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA-TTCTATTCCAGCTTCTATGAGTTGAAATAAT
97 ATTAA----T--AA-ATTAAT--ATT-ATTTTATTTCAAAT-AAGCTTTTATGA-TTAAAACAAT
* * * * * ** * *
257333 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCCTATAATCTTAACT
150 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
257398 ATTTGAACTAATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATT
215 ATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
* *
257463 ACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAAAATTATTTTATGA-TA
280 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTATTTTATGACTA
* * *
257526 GAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
344 -AACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-
* * * * * *
257591 TTAGTAAATAGA-TT-TTTTTAAAATCTC---C-TATTAATTCTT-GAAATATTAAAAAACTAGT
407 TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGT
* * * *
257649 ATTATTTTATTTCGAATAAAG-TGGTATGTTAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
470 ATTATTTTA-TTCGAAT-AAGCTTGTATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATC
257713 ATAACGA
531 ATAACGA
* * * * * * * * *
257720 TTTGAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGATTCGACAAACTGATTTAT
1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * * ***
257783 TGTTAAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATA
64 TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
257848 AGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGCTTTTAAATA-AT
129 AGCTTTTATG-ATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
* * * * *
257912 AATTGCTCAAATAGTCATAACCTATTTGAACTTGTTCGATAGACAGATTTATTTTTCCAAATCTC
193 AATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTC
* * *** * * * *
257977 ATGCTTATTAA-TTTCAAAATGTTAATAAATTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTGTAAA
256 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* *
258040 CTGAAACAATTA-TATATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAG---A-TAGTC---T
321 CTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* *
258097 --T-A-AA-TATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTT-TTTTTTAAAATCTCTTA-TTA--ATTT
386 AGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
258153 TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTCT-TATGATTAGAAACAATTTT
449 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCT-TGTATGA-AAAAAACAATTGT
* * * *
258217 TTTATGAGAAAAGAAAGATCATAATGA
511 TTTATGACAAAACAAAAATCATAACGA
* * * * * *
258244 TTTGACATTGATATTTGTTGAAATATTCATAACTATTGAAACTAGTTCAGA-AAACA-ACTTTAG
1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTC-GATAAACAGA-TTTAT
* * *
258307 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
64 TTTTTAAATCTATTACTTATT-A----A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * *
258372 CAGATAAGTTTTTATGACTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGGCATAATGACTTTAA
123 CAAATAAGCTTTTATGA-TTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAA
* * *
258437 ATTGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATATATTCTTTTA
187 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATT-TTTTA
* * * ** * ** *
258501 AATCTCTTACTCATTAATTTTTTGCATGCTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAACTTG
250 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** * * * * *
258566 TACAAACTGAAATAATTGTTTTATAACTAAATAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGT
315 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * *
258631 TCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAAAACA-TTATTTTTTAAATCTTTTGCTTAC
380 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
258695 TACTTTTTGGAATAATATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTTATGAAAAGAAACA
444 TA-ATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAAA-AAACA
* * * * *
258760 ATTGTTTTATCATAAAATAAATATCATAACAA
506 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACGA
* * * * * * * *
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1 TTTGAAAT-TGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* ** * * ***
258856 TTTTAAA---ATTTCTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTTTATAA
65 TTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * *
258918 --TTTTACATGAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
130 GCTTTT--ATGATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
* ** * * * * * *
258981 AATTGTTTAAATAAACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCT
193 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *** * *
259046 ACCTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAACTTGTATGAAC
258 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * * * * *
259110 AGAAACAATTGTTTTATGACCAAACCAAAGATCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCCAACA
322 TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
259175 ATCATAAGTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTC
387 GTCATAACTATTTGAAC-TGGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT-
* * * *
259240 TTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATAAACAAAAACAATTGGT
449 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTT
*
259304 TTATGACAAAACAAAAAATCATAACTA
512 TTATGACAAAAC-AAAAATCATAACGA
* * *
259331 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTATTTAAAC-ATGTTCAAAAAACATATTTAT
1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTA-GTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * *
259394 TTTTAAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-AGAAT
64 TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AAT
* * * * ** * *
259457 AAGCTTGTATGAATATAAACAATTATTTTA-GAAAAAATGAAAGGTCATAACGATTTGAAATGGA
128 AAGCTTTTATGATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA
* ** * * *
259521 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCT
192 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
259586 TACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT
257 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
259651 TGATACAATTATTTTATGACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
322 TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
259716 GTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACATATTAATTAT
387 GTCATAACTATTTGAAC-TGGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
*
259781 T-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGATTCGAATAAG-TATGTATGAACAAAAACAATTGT
450 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCT-TGTATGAA-AAAAACAATTGT
*
259844 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
511 TTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACGA
** * *
259872 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTT
1 TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
259910 GAATTTATTT
Statistics
Matches: 5121, Mismatches: 1074, Indels: 705
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
523 23 0.00
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525 68 0.01
526 9 0.00
528 3 0.00
529 2 0.00
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559 7 0.00
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562 7 0.00
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566 4 0.00
567 1 0.00
569 1 0.00
570 1 0.00
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583 5 0.00
584 61 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
CTTTTATGATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAA
ACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGGTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAATCATAACGA
Found at i:257217 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 257196--257228 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
257186 TAATGATTTG
257196 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
257212 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
257229 TAAACCAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:260785 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 260587--261008 Score: 406
Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 179
260577 CAGCAAACAA
* * * * *
260587 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTATATTAGTATTGTTTTAAT
1 ATTTATTTTTCAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* ***
260651 CCAAATAAGCTTGTACGA-ACATAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTG
65 CCAAAT-AGCTTATACGATA-A-AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* *
260715 AAAGATATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTTGGTAAGCAT
127 AAAGAGAAAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTTGGTAAGCAT
* * **
260768 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTC
1 ATTTATTTTTCAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * * * * *
260833 CAAATAGGTTATATGATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTTATAACAATTTGAAAT
66 CAAATAGCTTATACGATAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAG
* * * * * *** *
260898 AGAAAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACT-GATTCAATAAAC-T
131 AGAAAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAGCAT
* * * * *
260946 GATTTACTTTTT-AAATATCCAACTT-TTCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA
1 -ATTTA-TTTTTCAAATCTCCTACTTATT-AATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
261009 TATTGGATAA
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 37, Indels: 14
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.02
179 119 0.60
180 14 0.07
181 56 0.28
182 5 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTCAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
CAAATAGCTTATACGATAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAG
AGAAAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTTGGTAAGCAT
Found at i:262875 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 261679--263519 Score: 1050
Period size: 181 Copynumber: 10.3 Consensus size: 180
261669 TGTATGAATA
* * * * * * *
261679 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATTTTAACAAATCAGTGTTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
261744 TTA-TTCTGAATATGCATT-TATGCACAGAAACAATTGGTT-TAT-ACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTATTTC-GAATAAG-GTTGTATGAACA-AAAAAATT-GTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAG
* * * * * *
261805 TGATTTAAAATATATAATTATTCA-ATAGTCATAATTATTTGAA-TGTGTTCAGA-
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCA-AT
* * *
261858 AAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * ** * ** * * * **
261921 TTTA-ATCAAAATAAACTTGCATGAACAAAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTATTTC-GAATAAGGTTGTATGAACAAA-AAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAGC
* * * * * * * **
261985 GTTTTGAATTAGGTGATTATTCGA-ATAGTCATAACTATTTTAACTTA-TTTAGC
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAAT
* * * * * * *
262038 AAACAGATTCCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAACTTTTGGAATGTTAATAAATTAATATTA
1 AAACAAATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * * * * * * *
262102 TTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGTTCATAA
64 TTTTATTTCGAATAAGGTTGTATGAA-CAAAAAAATTGTTAT-ATGACCAAACAAAAGGTAATAG
* * * * ***
262167 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTA-TTTGGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAAT
* * * * * * *
262221 AAATATATGTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * ** * * *
262286 TTAATCCAAATAAGCTTGTACGGATAGAAACAATTGTTTTA-AAATAGAACAAAAGGTTATAACA
66 TTATTTCGAATAAGGTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAATAGCG
* * *** * * *
262350 ATTTGAAATAAATAGTTACACAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGATT-GAT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAAT
* ** *
262402 AAATC-GATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGCT-TTA
1 AAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTA
** ** * * * * * * * *
262461 GCTTA-TTCTGAATAAACTTATTTAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
64 TTTTATTTC-GAATAAGGTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAG
* * * * * * *
262525 CAATTTGAAATTGCTAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-AT
** * *
262579 AAATGGAA-TTATTTTTATAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-CTTTTA
1 AAA-CAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
262638 TTTTATTCCAAATAA-GTTAGTATGAATTAAAAAAACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 TTTTATTTCGAATAAGGTT-GTATGAA-CAAAAAAA-TTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATA
* * * * *
262702 GTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTG-ACTTGGTTCAAC
126 GCGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAAT
* * * *
262757 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
262822 TTATTTCGAATAAGGTTGTATCAACAAAAAAATTTGTCT-CATGA-TAGAACAAAAGATTATAGC
66 TTATTTCGAATAAGGTTGTATGAACAAAAAAA-TTGT-TATATGACCA-AACAAAAGGTAATAGC
* ** * * *
262885 GATTTGAAGTTTACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
* * *
262938 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATAAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * *
263003 TTA-TTCTAAATAAGTTTGAATATTTA-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAC
66 TTATTTC-GAATAAGGTTG--TATGAACAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAGC
* * * * * * *
263066 GATTTGAAATAGATAATTGTTGACA-AGGCCATGATTATTTGAACTAGTTTAGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
* * *
263119 AAACAAATTTATTCTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** *
263184 TTATTTCGAATAAGTTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAT-GATG
66 TTATTTCGAATAAGGTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAG-CG
* * * * **
263248 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACCATTTAAACT-GCTTCGGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAAT
* * * * *
263300 AAACAGATTTATTTTTCAAATATCTTAGTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * * * * * *
263364 TTTATTTCGAATAAGTTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACA
65 TTTATTTCGAATAAGGTTGTATGAA-CAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAGCG
* * * **
263429 ATTTAAAATAGATAATTGTTC--A-A---AT-A--A---GAAGTGGTTCGGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
* *
263469 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
263520 TGTTAGCTCA
Statistics
Matches: 1331, Mismatches: 266, Indels: 140
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 46 0.03
170 1 0.00
172 1 0.00
174 1 0.00
175 1 0.00
176 10 0.01
177 147 0.11
178 177 0.13
179 68 0.05
180 44 0.03
181 559 0.42
182 190 0.14
183 80 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAATAAGGTTGTATGAACAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAGCGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
Found at i:262913 original size:536 final size:538
Alignment explanation
Indices: 261679--263378 Score: 1413
Period size: 536 Copynumber: 3.1 Consensus size: 538
261669 TGTATGAATA
* * * * * ** * *
261679 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATTTTAACAAATCAGTGTTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
261744 TTA-TTCTGAATATGCATT-TATGCACAGAAACAATTGGT-TTATACA-A-AACAAAAGGTCATA
66 TTATTTC-GAATAAGC-TTGTACGAACAGAAAAAATT-GTCTCA-AAATAGAACAAAAGATTATA
** * * * * *
261804 ATGATTTAAAATATATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAACAAAT
127 ACAATTTGAAATAAATAGTTA--CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCA-ATAAACAAAT
* * * ** * ** * *
261866 TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAA--ATTATTTTAATCA
188 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAA--TAAGTATTAGCTTATTCT
* * ** * * *** *
261929 AAATAAACTTGCATGAACAAAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAT
251 AAATAAACTTGAATAAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
* * * * * * * * * *
261994 TAGGTGATTATTCGA-ATAGTCATAACTATTTTAACTTA-TTTAGCAAACAGATTCCT-TTTTTT
316 TAGATAATTGTT-GACAAAGCCATAATTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAAATT--TATTCTTT
* * * * * *
262056 AATTCTCTTACTCATTAACTTTTGGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTT
377 AAATATCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCAAATAAG-TT
* * * * * *
262121 A-TATGAATTGAAACAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
439 AGTATGAATTAAAAAAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
262185 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-ATTTGGT
503 TATTCATATAGTCTTAACTATTTG-ACTTGATTCGGT
* * * * ** * * *
262221 AAATATATGTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
262286 TTAATCCAAATAAGCTTGTACGGATAGAAACAATTGTTTTAAAATAGAACAAAAGGTTATAACAA
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAATTGTCTCAAAATAGAACAAAAGATTATAACAA
* * *
262351 TTTGAAATAAATAGTTACACAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGATT-GATAAATC-GATTTAT
131 TTTGAAATAAATAGTT--ACAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAA-CAAATTTAT
* * * *
262414 TTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGCT-TTAGCTTATTCTGAATA
192 TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATAAG-TATTAGCTTATTCTAAATA
* * * * * *
262475 AACTT-ATTTAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTGC
256 AACTTGA-ATAAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGA
* **
262539 TAATTGTTGA-AATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTAGGTAAATGGAA-TTATT-TTTATAA-
320 TAATTGTTGACAA-AGCCATAATTATTTGAACTAGTTTA-GTAAA-CAAATTTATTCTTTA-AAT
* *
262599 ATCTT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-CTTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATG
381 ATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CAAATAAGTTAGTATG
*
262662 AATTAAAAAAACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
445 AATTAAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * ***
262727 TATAGTCTTAAATATTTGACTTGGTTCAAC
509 TATAGTCTTAACTATTTGACTTGATTCGGT
* *
262757 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
* ** *
262822 TTATTTCGAATAAGGTTGTATC-AACA-AAAAAATTTGTCTCATGATAGAACAAAAGATTATAGC
66 TTATTTCGAATAAGCTTGTA-CGAACAGAAAAAA-TTGTCTCAAAATAGAACAAAAGATTATAAC
* * * *
262885 GATTTGAAGTTTACAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTA
129 AATTTGAA--ATA-AATAGTTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTA
* **
262949 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATAAGTATTATTTTATTCTAAAT
191 TTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATAAGTATTAGCTTATTCTAAAT
** *** * *
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* * *
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320 TAATTGTTGACAAAGCCATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTCTTTAAATATCT
* * * *
263144 TACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGAATG--T
385 TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAGTTAGTATGAAT
* * *
263207 TCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAT-GATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT
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* * *
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* * *
263300 AAACAGATTTATTTTTCAAATATCTTAGTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTAT
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TTTGAAATAAATAGTTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTT
TAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATAAGTATTAGCTTATTCTAAATAAACTT
GAATAAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTG
TTGACAAAGCCATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTCTTTAAATATCTTATTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAGTTAGTATGAATTAAAAAAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAC
TATTTGACTTGATTCGGT
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* *
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* * * * * * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
** * *
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* * *** *
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* * *
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*
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* * * ** * * * *
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* * * * **
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1 AACAATTGTTTTATG-ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
275109 AA-ATATTATTTTACGA-AAAAATAAAATGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATA
1 AACA-ATTGTTTTATGACAAAAA-AAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * * **
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*** * * *
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130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** * * * * **
275458 AACAATTATTTTAAAATAGAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
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* * ** * *
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* * * * * * * * * *
275634 AA-AATTTATTTTATAACAAAACAAATGATTATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTAAAATAGT
1 AACAA-TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
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* * *** *
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* * * * * * * *
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1 AACAA-TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** ** * * * *
276059 ATAACTATTTGAATTAATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTAGA
66 ATAACTATTTGAACTGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
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* ** * * * * *
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1 AA-CAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAG
* * ** ** * * * * * *
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* ** *
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* * * ** *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC---A--AA
* * ** * * * *
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* ** * * * ****
276661 AAATTAGTATTATTTTTTTTTCGAATAGACTTGTATGATGAAA--AATAATTGTTTTATGGCAAA
112 ---TTA--CTTATTAATTTTT-GAA-ATA--T-TA--AT-AAATTAGT-ATTATTTTAT--TTTG
* * * * *
276724 ACAAAAGTTTATAATGATTTGAA
161 A-ATAAGCTTGT-ATGAATAG-A
** * * * ** * * * * * *
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1 A-AC--AATTG-TTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA-CGATT---TGAAATAGA-TAATTATT
* * * * * * *
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** * ** * * * *
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107 ATCTTTTACT-TATT--AAT--TT-TTGAAAT-ATTAA-TAAATTA--GTATT-ATTTTATT-TT
* * ** *
276931 TATTAATTTTTTGAATGTTAATA-A
160 GAATAA--GCTTGTATG--AATAGA
** * * * * * *** *
276955 ATTAGTATTATTTTATTTA-AAATCAACAAGACTA-GACAGAA-GGTCAAAACAATTTGAAATAG
1 A--ACAATTGTTTTA-TGACAAA--AA-AA-A--AGGTCATAACGAT-TTGA-AA--T-AGAT--
* * * * * * *
277017 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGCTCGGCAAAA-ATATTTATCTTTTAAATCT
50 --AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
277081 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAATTTAGGAATATTTTACTCTT-AATATGCTTGTATG
111 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATG
*
277145 AACA-A
175 AATAGA
* * * *
277150 AACAATTGTTTTTTGAC-AAAACAAAGTTCATAACGATTT-AAGATAG-TAATTGTTCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * *
277212 CATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTATAAATC---T-CTTATTAATTTTTG
65 CATAACTATTTGAACTGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
** *
277273 AAATATTAATAAATTAG---TA--TTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAGA
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT
* * ** * ** * *
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* * * *
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* * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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** * * * *
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** * * *
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* * * *
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*** * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * ** * * *
278933 AATAATTGTTTTATGGTATAACAAAAA-GTTATAATAATTTGATTTAATTTGATGTTTACAAATG
1 AACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGA---AA--T-A-G---ATAATTA
* * * * * *
278997 TTCAAATA-TCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTGTTTTGTAAATCTCTTACTTA
55 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** *
279061 TTAGTTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCATT--ATGAA-CTTGTATGAGCAAA
119 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGA
** * * * ** * * *
279123 AACAATTGTTACATAACTAAACAAAAA-GTAATAGTGA-TTAAAATAGATAATTGTTAAAAT-GA
1 AACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * * *
279185 CCATAATTATTTGAACTGATTT-GATAAACAAATTTACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAA-TT
64 TCATAACTATTTGAACTG-TTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT
* *
279247 TTCAACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAAATGA
126 TTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GA
* * * * * * *
279303 AACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** ** * * * * *
279368 GTAACTATTTGAATTTGTTCAGTGAACAAATTTATTTCTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTA
66 ATAACTATTTGAA-CTGTTTGGAAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
279432 AAATATTAAGAAATTAGTATTAATTTATTTAGGACAAGCTTCTATGGACTA-A
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAATAGA
* * * * * * *
279484 AACAATTGCTTTATGTCAAAACAAAAAGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
279549 TATTACTATTT
65 CATAACTATTT
279560 TCCAAATCTT
Statistics
Matches: 4274, Mismatches: 926, Indels: 678
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 66 0.02
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223 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
Found at i:274820 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 273842--276861 Score: 1577
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273832 TAGTCTTAAC
* * * * * *
273842 AATTGTTTTTTGATAAAACAAAATGTCATATTTATATT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATA-ATATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * **
273906 AACTATTTGAAA-TTGTTT-GACAAATAGAATTATTTTTTAAAATT-TCTTTTTTATTAATTTTT
65 AACTATTT-AAACTTATTTAG-TAAATAG-ATT-TTTTTT-TAATTCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * ** * * * *
273968 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCA-TGTACGAACTGAAACAATTATT
124 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAG-ATTATATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * * *
274031 TTATGACTAAATG-AAAGGTTAGAGCAATTTGAAGTAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
187 TTATGA-TAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *** *
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251 TGAACT-GTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
274160 -AATTTAGTATTATTCTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAT
315 AAATTTA-AATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAACT
* ** * *
274205 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTGAAATAAAAAATCATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
274270 ACTATTTGAACTCACTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTAAACTTATTTAGTAAATAGATTT-TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
274335 TTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATG
130 ATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT-CAAATAAGATTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * *
274398 ACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAAC
192 ATAAAA-GAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
274463 ATGTTTAGAAAACAGATTTATCTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
256 -TGTTTAGAAAACATATTTAT-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *
274527 TTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAACT
318 TTTAAATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAACT
* * **
274569 AATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* *
274634 ACTATTTAAACTTATTTAGTGAATAG-TTTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATA
66 ACTATTTAAACTTATTTAGTAAATAGATTTTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* *
274698 TTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAATAATTGTTTTAAGTAT
131 TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATG-AT
* *
274763 AAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACCTG
194 AAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTG
* * * * * *
274828 TTCAGTAAACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAA-TTAA
258 TTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAA
* * * *
274892 TATTATTTTAATCTAAATAACCTTATATGCATAGAAAC-
323 -ATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAG-AACT
* * * * *
274930 AATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAAGTCATCACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCA
1 AATTGTTTTATGAT-AAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCA
* * * * *
274993 TAA-TGATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT
64 TAACT-ATTTAAACTTATTTAGTAAATAGATTT-TTTTTT-AATTCTCTTACTTATTAATT-T-T
* * ** * * *
275057 T--AATACTAACAAATTTGTATTATTTTATTCTAAATGAA-CTTTTATGAA-TAGAAA-ATATTA
124 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAAT-AAGATTATATGAACTA-AAACA-ATTG
* * * * * * * * * * *
275117 TTTTACGAAAAAATAAAATGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAATTA
185 TTTTATGATAAAAGAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
275182 TTTAAACTTGTTCA-ATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATCAA-TTTT-CAA-A-
249 TTTGAAC-TGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * *
275241 T--T--A-TT--ATTATTTTATT-TCAACTAAGTTTATATGAACTAAAAC-
311 TAATAAATTTAAATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAACT
* * * * *
275283 AATT-TTTTATGA-AGAA-AAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCAT
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAATATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * * **
275344 GATTATTTGATC-TAGTTTGGTAAACATATTTATGTTTTAAATT-TTTTACTTATTAATTATCAA
65 AACTATTTAAACTTA-TTTAGTAAATAGATTT-T-TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
275407 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTAA
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* * * * ** * **
275472 AATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
191 GATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
275537 TAGATT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-
256 T-GTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
** ** * * * * * *
275596 TTAGTTTTACCTTATTTTGAATGAACTTATATGAACA-AA-A
319 TTA-AATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAACT
* * * * * * * *
275636 AATTTATTTTATAACAAAAC-AAATGATTATAATGA-TTTGAAATAGACAATTGTTAAAATAGTC
1 AA-TTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAAT-ATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
275699 ATAATTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACAAAATTATTCTTTAA--ATATTATTTATTAATTTTTG
63 ATAACTATTTAAACTTATTTA-GTAAA-TAGATTTTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG
** * * * * *
275761 AAATATTAATAAATTTGT-TTGTTTTATTCCAAATAAG-CTAGTATGAATTCAAAAAAACTTATT
126 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CAAATAAGATTA-TATGAACT-AAAACAA-TTGTT
* * * ** * * * * *
275824 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTAGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTT
187 TTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
275889 GAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
252 GAACT-GTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *** * * * * *
275954 GATTGGTATTACTTTT-TT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
316 AATTTAAATTA-TTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAACT
* * * * ** * * * *
275997 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAGTTTACAATTGTCCAAATAGCCAT
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
276061 AACTATTTGAA-TTAATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTAGAA
65 AACTATTTAAACTT-ATTTAGTAAATAGATTT-TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
276125 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGA-ATGTTAA--AAACCAATTGTTAT
128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAGATT-ATATG--AACTAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * **
276187 ATGATGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTGATAA-GGCCGTAGTTATTTG
189 ATGATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * *
276250 -ACTTGATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTT-CTT-TCCAATTTTTGAAATATTTA
253 AAC-TG-TTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAA
* *
276312 TAAA-TTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACTAAAAC-
314 TAAATTTA-AATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAACT
* * * * * * ** * *
276358 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCGTATGGTCTT
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * * * * *
276422 AACTTTTTGAAC-TGCTTCGACAAATAGAATTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AG
65 AACTATTTAAACTTATTTAG-TAAATAG-ATTTTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * * * * *
276485 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTATTTTAT
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * ** * * * *
276550 AACAGAA-TAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAG----GA--ATTGGATC
191 GATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** *
276607 -G----GTAAACATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TT
256 TGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
* * * * * * *
276666 AGTATTATTTTTTTTTCGAATAGACTTGTATG-ATGAAAAAT
321 A-AATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAAT-AGAACT
** * * * * *
276707 AATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-GTTTATAATGA-TTTGAAATACATAATTGCTT-AAATGGCC
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAAT-ATTTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTC
* * * * * * *
276769 ATAATTATTTAAA-TTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
63 ATAACTATTTAAACTT-ATTTAGTAAATAGATTT-TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG
*
276833 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
126 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
276862 TTGGATACGC
Statistics
Matches: 2095, Mismatches: 425, Indels: 288
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
344 7 0.00
345 4 0.00
346 2 0.00
347 5 0.00
348 135 0.06
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350 73 0.03
351 8 0.00
352 11 0.01
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354 28 0.01
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359 35 0.02
360 209 0.10
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363 182 0.09
364 274 0.13
365 20 0.01
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTAAACTTATTTAGTAAATAGATTTTTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAA
AAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT
AGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAAATT
ATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAACT
Found at i:275860 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 273842--276909 Score: 1650
Period size: 181 Copynumber: 17.1 Consensus size: 179
273832 TAGTCTTAAC
* * * * * * *
273842 AATTGTTTTTTGATAAAACAAAATGTCATATTTATATT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * ** * **
273906 AACTATTTGAAATTG-TTTGACAAATAGAA-TTATTTTTTAAAATTTCTTTTTTATTAATTTTTT
65 AATTATTTGAACTAGATTAGGTAAACA-AATTTA-TTTTT-AAA--TCTTACTTATTAA-TTTTT
* ** * * * *
273969 G-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTACGAA-CTGAAAC
124 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATC-AAAAA
* ** * * *** * * * *
274024 AATTATTTTATGACTAAATGAAAGGTTAGAGCAATTTGAAGTAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
274089 ACTATTCGAACT-GGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAA
66 ATTATTTGAACTAGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** *
274153 TATTAATAATTTAGTATTATTCTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAA
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA
* * * * * **
274204 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTGAAATAAAAAATCATTCAAATAGTCAT
1 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
274269 AACTATTTGAACTCA-CTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
65 AATTATTTGAACT-AGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
274332 AATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAAC
126 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAAA
** * * * *
274386 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGGCAT
1 AATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
274451 AACTATTTGAAC-ATGTTTA-GAAAACAGATTTATCTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
65 AATTATTTGAACTA-GATTAGGTAAACAAATTTA--TTTTT-AAA-TCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * **
274514 GAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAA-CAGAACT
125 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAAA
* * * * * **
274569 AATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
274633 AACTATTTAAACTTA-TTTA-GTGAA-TAGTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAA
65 AATTATTTGAAC-TAGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
274695 ATATTAATAAATTAATATTATTTTACTT-CAAATAAGATTATATGAA-CTAAAAT
127 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAATC-AAAAA
* * * * * *
274748 AATTGTTTTAAGTATAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
1 AATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
274813 GACTATTTGAACCT-G-TTCA-GTAAACATATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCG
65 AATTATTTGAA-CTAGATT-AGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * * *
274875 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAACCTTATATGCAT-AGAAAC
125 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAAA
* * * * ** *
274930 AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCAT
* *
274994 AATGATTTGAACTTA-TTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT
65 AATTATTTGAAC-TAGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTT-AAATC--TTACTTATTAATT-T-T
* * * ** *
275057 T--AATACTAACAAATTTGTATTATTTTATTCTAAATGAA-CTTTTATGAAT-AGAAAA
123 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AAGCTTGTATGAATCA-AAAA
* * * * * *** * * * *
275112 TATTATTTTACGAAAAAATAAAATGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
275177 AATTATTTAAACTTG-TTCA-ATAAATAGATTAATTTTTTAAATC-T-C-T-TT-A-TTAT-CAA
65 AATTATTTGAACTAGATT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
275233 T-TT--TCAAATTATTATTATTTTATTTC-AACTAAGTTTATATGAA-CTAAAAC
128 TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCGAA-TAAGCTTGTATGAATC-AAAAA
* * ** * * *
275283 AATT-TTTTATGA-AGAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATG
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * **
275345 ATTATTTGATCTAG-TTTGGTAAACATATTTATGTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAA
66 ATTATTTGAACTAGATTAGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *
275409 TATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-TCCAAATAAGCTTGTAT-AAACAAAAA
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA
** * * * * *
275460 CAATTATTTTAAAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
1 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
275525 AACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAAT
65 AATTATTTGAACTAGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * ** ** *
275587 ATTAATAGATTAGTTTTACCTTATTTTGAATGAA-CTTATATGAA-CAAAAA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AAGCTTGTATGAATCAAAAA
* * * * * * *
275637 ATTTATTTTATAACAAAACAAATGATTATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTAAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
275702 ATTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAAATTATTCTTTAAATATTATTTATTAATTTTTGAAATA
66 ATTATTTGAACTAGATTAGGTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
275766 TTAATAAATTTGT-TTGTTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAAA
* * * *
275816 AACTTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTAGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
1 AA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
275881 AAATATTTGAACTGGTTTA-GCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAA
65 AATTATTTGAACTAGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
275945 ATATTATTAGATTGGTATTACTTTT-TT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAA
127 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA
* * * * * ** * * *
275996 TAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTCCAAATAGCCAT
1 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
276061 AACTATTTGAATTA-ATTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTAGA
65 AATTATTTGAACTAGATT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
276124 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG--TTAAAAA
126 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA
* * ** * * * * *
276176 CCAATTGTTATATGATGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTGATAA-GGCC
1 --AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTC
* * * * * * * *
276239 GTAGTTATTTG-ACTTGATTCA-GTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTTCTT-TCCAATTTT
63 ATAATTATTTGAACTAGATT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAT--CTTACTTAT-TAATTTT
* * * * *
276301 TGAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CTAAAAC
123 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATC-AAAAA
* ** * *
276358 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCGTATGGTCTTA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * *
276423 ACTT-TTTGAACT-GCTTCGACAAATAGAA-TTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-A
66 A-TTATTTGAACTAGATTAGGTAAACA-AATTTATTTTT-AAA--TCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** *
276484 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATTGAAAT
126 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA
* * * * * *
276539 AATTATTTTATAACAGAA-TAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAG----G
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
276598 A--A-TTG-----GA-TCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTAATTTTTAAAA
66 ATTATTTGAACTAGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTT-AA-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
276654 TATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTCGAAT-AGACTTGTATG-ATGAAAAA
128 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAG-CTTGTATGAATCAAAAA
* * * * * * *
276706 TAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATACATAATTGCTT-AAATGGCCA
1 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCA
* * * *** *
276770 TAATTATTT-AAATTGATTCA-ATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
64 TAATTATTTGAACTAGATT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT-T-ACTTATTAATTTTTG
* * ** * * * ** *
276833 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATACGCTTTTATGAATTGAAAT
125 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA
*
276888 AATTATTTTATGA-TAAACAAAA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAA
276910 TTATTTTTTT
Statistics
Matches: 2272, Mismatches: 456, Indels: 318
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167 114 0.05
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Consensus pattern (179 bp):
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Found at i:278262 original size:361 final size:352
Alignment explanation
Indices: 277006--283006 Score: 1972
Period size: 361 Copynumber: 16.8 Consensus size: 352
276996 GGTCAAAACA
* * * * * * * *
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* * * * * ** * * ** *
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64 TTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAA
* * * * *
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* * ** * * *
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** * *
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*** *
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* * * * ** * *
277356 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
** * * ** *
277421 TTTTAAATCTCATACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAACA-
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* *
277485 AA-CTTGTATTAATAGAAAC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAA
126 AAGCTTG-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAA
* * * * ** * * *
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187 GTAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * * * *
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250 TTACTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTAATC-GAAATAAACTTATATGA
* *** * * *
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* * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACT-TGTTTGGTAAATATATTTAT
** * * * * * *
277777 TTTTTAAAAGTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTCTTTTATTTGAAATA
63 TTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATA
* * * * * *
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* ** * *
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*
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* * * * *
278036 T-GAAACAATTATTTTATTATAAAATAAAAGG-TCACAA-G
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* **
278074 ATTTGAAATAAATAATTAGTTAAATAGTCAGGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* * *
278139 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTAATCGAAATAA
64 TTTTAAATCTTTTAATTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAA
* * *
278204 GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAATAGTCATAATAATTTGAAATAAATA
128 GCTTG-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAGTA
* * *
278269 ATTGTTTAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
190 ATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
278334 CTTATTGATTCTCTT-G-ATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATCGAAATAAGCTTGTATGAAT
253 C-TATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCGAAATAAACTTATATGAAT
*
278397 AGAAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCTATAACG
315 AGAAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCTACAACG
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTATTTA-ACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* * * *
278500 TTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAGTTC-TAATA
64 TTTTAAATCTTTTAATTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAAATA
* * * *
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127 AGCTT-GATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAG-T
* * *
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189 AATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATT-GTTCGGTAAAC-AGATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ** * * * *
278692 ACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT-TATATTTTTTTCTG-ATTCAGC-TAGTGTGA
252 AC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTAATC-GAAATAAACTTA-TATGA
* *** * *
278754 ATTGAAAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA----ATAAC-
313 ATAG-AAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCTACAACG
* * * * * * *
278790 --TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* * * * * ** * *
278853 TTTTAATTC-TCTAAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTGGATTAGTATTATTTTATT-TAGAAT
64 TTTTAAATCTTTTAA-TTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGA-AAT
* * * * * * * * *
278916 AAGGTTATATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGGTATAACAAAAAGTTATAATAATTTGATTTAA
126 AAGCTT-GATGAAT-AGAAACAATTATTTTAT-G-ACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGA---AA
* * * * *
278980 TTTGATGTTTACAAATGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATT-TGTT
184 --T-AAG--T--AATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATT-GTTCGGTAAACAGATTAT-TT
* * * *
279043 TTGTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-ATTAT
240 TT-TAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCGA-AAT
* * * * * *
279106 GAACTTGTATG---AGCAAAAA-CAATTGTTACATAACTAAACAAAAAG-TA-ATAGTG
301 AAACTTATATGAATAG-AAAAATCAA-T-TT--ATGACAAAACAAAAGGCTACA-A-CG
* * * * * *
279159 A-TTAAAATAGATAATTGTTAAA-ATGACCATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTAAATA-G-TCATAACTATTT-AACTTG-TTTGGTAAATATATTTA
* * * * * *
279221 CTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTCAACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-A
62 TTTTTTAAATCT-TTTAATTATTAATTTTGAA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAA
* * * ** *
279284 ATAAGCTTGTAT-AAAATGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAAT
124 ATAAGCTTG-ATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAA-GTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
279348 -AGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTGAACAAATTTATTTCTTTTAA
185 AAG-TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTT-TTTAAA
* * * * ** * * * *
279412 -CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTAATTT-ATTTAGGACAAGCTTCT
246 TCTCTTAC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCGA-AATAAACTTAT
* *** * * * * *
279475 ATGGACTA-AAACAATTGCTTTATGTCAAAACAAAAAGATCATAATG
309 AT-GAATAGAAA-AATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCT-ACAACG
* * ** * **
279521 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG---T---TA-TT-ACTAT-TTT-CCAAATCT-TTTGCT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAACT-TGTTTGGTAAATATATTTATT
* * * * *
279575 TATT-AA--TTTT--TCA--AATGTT--AATA--AAT---TTGGACTA-T-TT-TACTCCG-AAT
64 TTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATT--AATATTATTTTA-TTCGAAAT
* * * * * * * * *
279622 AAACTT-CTAAGATATGAAACAAATAATTTATGACTAAACAAAATA-TCAAAACGATTGGAACT-
126 AAGCTTGATGA-ATA-GAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAA-AGTCATAATGATTTGAAATA
* * ** * * * * *
279684 AGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGATGAACACATTTATTTTTTAAATC
186 AG-TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATC
* * * * *
279749 TCTTACTTATTAATTTTCAGAATAAT-ATAAAATTA--A-TA---TAACCG-AATAAGCTTCTAT
248 TCTTAC-TATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATCGAAATAAACTTATAT
* * * *
279806 G-ATA-AAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCT-TAATG
311 GAATAGAAAAATCAA----TTTATGACAAAACAAAAG-GCTACAACG
* * * ** *
279848 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCCGTAAA-AAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* * *
279912 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATA
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* * * * *
279976 AGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAACGATCATAATGATTTGAAAT-AG
127 AGCTTG-ATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAG
* * * * * * ** ** * * *
280040 ATCATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTT
188 -TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTC
* * * * * ** * ** *
280105 TTACTAACTAA-TTTAAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATCTAAGCTCGTATTA
250 TTACT-ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCGAAATAAACTTATATGA
* * * * * * *
280169 ACT-GAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAAGGTTATAACA
313 A-TAGAAA-AATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCTACAACG
* * * * * *** *
280210 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTATTCAATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* * * * * *
280275 TTTTAAATCTGTTT-CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATCAATTTATTCTAAATAA
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* * * ** *
280339 GCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACCAATCAAAAAGTCAGAACAATTTCAAAT-AGA
128 GCTTG-ATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-CAA-AAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAG-
* * ** * * * * * *
280402 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACCGA-TTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTT
188 TAATTGTTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAATTG-TTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTC
* * * * * ** *
280466 TTTCTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGCACGAA
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* **** ** * * *
280530 CA-AAACAATTGCCTTACAACAAAAGAAAAAG-T-CAAAGTG
314 TAGAAA-AATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCTAC-AA-CG
** * * * * * * * *
280569 ATTTGAAATAGATAATCATTCATATAG-CTTAGCTATTTGAACTAGTTAGGCAATTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* ** *** * * * * *
280633 TTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTAAAGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTATTCCAAATA
64 TTTTAAATCTT-TTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATA
** * ** * * * ** * ** * * *
280697 AAATAGTATGAGCATAACCAATTGTTCAATGAC-ATAAATGGTTATAACGATTTGAAATAAATAA
127 AGCTTG-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAGTAA
* * * * * *
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191 TTGTTCAAATAGTCATAAA-TATTTG-AATTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
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253 CT-ATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCGAAATAAACTTATATGAATA
* *** * **
280889 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G-TAATAAAA
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * ** ** *
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** * * * * ** *
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* * ** * * *
281179 TAGTTATTAATTTTTTAG-ATATTACTAAATTAGTATTATTTTTTTCCAACTAAAGCTTGTATGA
251 TA-CTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCGAAATAAA-CTTATATGA
* *** * * * * *
281243 ATAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
313 ATAGAAA-AATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCTACAACG
* * *
281284 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTGGTTTGGTAAATAAATTTAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTA-TTTAACTT-GTTTGGTAAATATATTTAT
* * * *
281348 TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTGTTATTTTATTTC-AAAT
63 TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAAAT
** * * *
281408 AAGCAAGCATGTTAA-A-AAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATA
126 AAGCTTG-ATG--AATAGAAACAATTATTTTATGA-CAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
281471 TA-TAGTTGTTCAAAT-GGCCTAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
186 -AGTAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATT-GTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATC
* * ** * * * * *
281534 TCTTACT-TATAACTTTTGGAATATTAATAAAGGAGTATT-TTTT--TTGGAA-AATCTTTTACG
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*** * * * *
281594 AACTA-AAACAATTGTTTTATG-CTAAA-AATAGG-TCATAATG
312 AA-TAGAAA-AATCAATTTATGACAAAACAAAAGGCT-ACAACG
* * * * * * * *
281634 ATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTA-T
* ** ** * * * *
281699 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
63 TTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAAAT
* * * * * *
281763 AAGCTTATATGAACTA-AAATAATTATTATATGACTAAACTAAATGTCAAAATGATTTGAAAT-A
126 AAGCTT-GATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * ** * *
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187 G-TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
281891 C-T--TATTAAGTTTAATAATATTATTAAATTACTATTATTTTTATTC-AAATAAGC-TAGTATG
249 CTTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCGAAATAAACTTA-TATG
* *** * * *
281951 -ATAAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAA-TAAA-GATCATAACG
312 AAT-AGAAAAA-TCAATTTATGACAAAACAAAAGGCT-ACAACG
* * * * * * * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTT
* ** * * * *
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* * * * * *
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* * **
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188 -TAATTGTTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
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249 CTTACT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-GAAATAAACTTATATG
* * * * * * * **
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312 AA-TAGAAA-AATCAATTTA-T-G-A--CA----AAACAAAAGGCTACAACG
* * * * * * * ** * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* * * * * * *
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64 TTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAAATAA
* * * * * * * *
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128 GCTTG-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAG-TA
* * * * * * *
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190 ATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTG-TTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * ** ** *
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** * * *
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* * * * * * * *
282708 ATTT--AATAGATAATTGCTCAAATGGACATGATTATATGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTAT-TTAACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
* ** * * **
282771 TTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATCATATTTCG-AATA
64 TTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAAATA
* * * * *
282835 AACATGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAA
127 AGCTTG-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAAG
* * * * * * * * * *
282899 TAATTATTCAAACAGTTATAACTGTTTGAACTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTCAAGTCTTT
188 TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCT
* * *
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283007 TTTCAAATAC
Statistics
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TTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCT
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CAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTCGGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAAT
TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCGAAATAAACTTATATGAATAGAAAAATCAA
TTTATGACAAAACAAAAGGCTACAACG
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278794 AATAGATAAT
* * * * * *
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* * * ** * * *
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* ** **
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* * * * *
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** * *
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Statistics
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279553 ACTATTTTCC
* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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** * * * *
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64 TGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** *
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* * * ** * * **
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* * * * * * * ** *
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* * ** *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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131 TCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * *
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* * ** ** * * *
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66 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** *
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* * ** * ** * * * **
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1 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTA--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT
* * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
280762 TATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTT
128 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
* * * *
280815 AAATCTCTTAT-TGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TGAAACAAAC
1 AAATCTCTT-TCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC
* * * * * ** * *
280878 TTATATTAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAAAAATTTGGAATAGACAAT
63 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * * * *
280942 TGTTGAAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAAAATTATTTTTT
128 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
* * *
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1 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCT
* * * * * * * ** *
281055 TGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGA-TAAAGAAATGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATT
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* ** * * * * *
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** * * * * *
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* * * * **
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64 TGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
281413 AGCATGTTAA--AAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAG
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* * * * * *
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* ** ** ** *
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1 AAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
* * * * * * * *
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* * * *
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130 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT
* * * * * *
281704 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 AAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
* * * * * * * *
281769 ATATGAACTAAAATAATTATTATATGACTAAACTAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTA
65 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
281834 TTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATACATTTATTTTTT
130 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
* * * *
281885 AAA--TC--TCTTATTAAGTTTAATAATATTATTAAATTACTATTATTTTTATTC-AAATAAGCT
1 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCT
* * * * * * * * *
281945 AGTATG-A-TAAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTCATATTGATAT
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* *
282007 TTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTGGTTCGA-AAATAGCTTTAGTTTTT
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* * * * *
282059 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGTT
1 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCT
* * **
282123 TTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAAT
64 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAAT
* * * * *
282187 TGTTCAAATATTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT
128 TATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * *
282240 AAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTT
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
282487 AATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATAATAAAA-TAAAGATCATAATGTTTTGAGATAGATAATTT
66 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * *
282550 TTCAAATAGTCATAATTATCTAAATTGTTTC-AGTAAACAAATTTAGTTTTT
130 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * **
282601 AAA--TC--TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTT-TTTTGAATAATTTT
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* * * *
282661 GCATGAAC-AGAAACAATTGTTCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTT--AATAGATAATT
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** * * * * * * * *
282723 GCTCAAATGGACATGATTATATGAACTTGTT-TAGTAAATAAATTTATTTTTT
129 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTT
* * * ** * * *
282775 AAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATCATATT-TCGAATAAACA
1 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCT
* * *
282839 TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAA
64 TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * ** *
282902 TTATTCAAACAGTTATAACTGTTTGAACTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTC
127 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
* ** *
282956 AAGTCT-TTTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAATACA-
1 AAATCTCTTT-CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AG
* * * * * * * *
283018 CTTGTATG-AGTAGGAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACT-CTTTCAATTAGAT
62 CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGAT
* * * *
283081 AATTTTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAT-GTT--AAAAAAAGATTTATTTTTT
125 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
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1 AAAT
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* * * * * * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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65 ACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
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* * ** *
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* * ** * * *
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*
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* *
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1 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-
** * * * * * * *
279988 AAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAACGATCATAATGATTTGAAATAGATCATTATTCAAA
65 ACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * *
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* ** ** *
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321 TTTGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
280284 TGTTTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATCAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAT
1 --TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* * * * *
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* ** * * * * * *
280411 TAATAGTCTTAACCGA-TTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTTCTTATT
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* * ** * * * * *
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** ** * * ** * * * *
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255 TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
280601 CTATTTGAACTAGTTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTC
318 CTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAA--ATC
* * *** * * * * ** * *
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1 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * * * *
280709 C-ATAACCAATTGTTCAATGAC---ATAAATGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
66 CTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
280770 TAGT-TAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAA
130 TAGTCT-TAATTATTTGAACTGGTTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA
* ** * * * * *
280833 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTGAAAC-AAACTTATATTAACAAAAATAAT
192 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTTTTCCAACTAAGCTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * * * * * *
280897 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAAAAATTTGGAATAGACAATTGTTGAAATAGTTATAATT
256 TGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
** * *
280961 ATTTGAACTAATTTGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATC
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* * * *
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1 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * **
281063 CTGAAATAATTATTTTATGA-TAAAGAAATGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCTTAT
66 CTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
281127 AGTCTTAATTGTTTGAACTAGTTCGACAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
131 AGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGATAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *
281192 TTTAGATATTACTAAATTAGTATTATTTTTTTCCAACTAAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGT
195 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCCAACT-AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* *
281257 TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
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* * * *
281322 TTAATTGGTTTGGTAAATAAATTTAATTTTTAAATC
323 TGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * ** *
281358 -T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCAAGCATGTT
1 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--
* * * * *
281421 AA--AAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAGTTGTTCAA
64 AACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
281484 AT-GGCCTAATTATTTGAATTGGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAA
129 ATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** ** ** * * *
281546 CTTTTGGAATATTAATAAAGGAGTA-T-TTTTTTTGGAA--AATCTTTTACGAACT-AAAACAAT
192 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCCAACTAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAAT
* ** * * * * *
281606 TGTTTTATG-CTAAA-AATAGGTCATAATGATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
256 TGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * *
281669 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTC
320 ATTTGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAA--TC
** * * ** *
281711 TTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA
1 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
281776 CTAAAATAATTATTATATGACTAAACTAAATGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
66 CTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
281840 TAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AGTT
130 TAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * * *
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* * * * * *
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257 GTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* ** *
282028 -TTGAACTGGTTC-GAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTC
321 TTTGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC
* * * * *
282066 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAA
1 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* *
282131 CTAAAATAATTGTTTTATGA-TGAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAA
66 CTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAAAGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
282194 ATATTC-AAATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAA
129 ATAGTCTTAAT-TATTTGAACTGGTTCGATAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
282258 TTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAAGAAT
192 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-CAACTAAGCTTGTATGAA-T-AAA-AA-
* * *** * * * * * * * *
282322 TATTTTATTAGTATTAATTTGAAAGAAAAAGTTAGAATAATTTGAATTGGATAATTATTCTAATA
252 CA----ATT-GT-TTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
282387 GTCTTAATTATTTGAACTAGTTCCGCAAACACATTTATTTTTTAAAT-
311 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
282434 AT-CTTACTT-A----TG-AATACTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAACTTGAATG
1 TTGCTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
282491 AA-AAGAAACAATTGTTTTAT-AATAAA-ATAAAGATCATAATGTTTTGAGATAGATAATTTTTC
64 AACTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
282553 AAATAGTCATAATTATCTAAATTGTTTC-AGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
127 AAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGA-TAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * ** ** * * *
282613 AATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTTTTTGAA-TAATTTTGCATGAACAGAAACAA
190 AATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCCAACTAAGCTTGTATGAATAAAAACAA
* * * ** ** * * * *
282677 TTGTTCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTT--AATAGATAATTGCTCAAATGGACATGAT
255 TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * **
282740 TATATGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
319 TATTTGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC
* * * ** * * *
282782 TTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTATCATATTTCGAATAAACATGTATGA
1 TTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * *
282846 A-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAA
65 ACTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * ** * * *
282910 ACAGT-TATAACTGTTTGAACTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTCAAGTCTTTTACTTATTAA
129 ATAGTCT-TAATTATTTGAACTGGTTCGATAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * **
282974 CTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT-CAAATACA-CTTGTATGAGTAGGAACAA
192 TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCCAACTA-AGCTTGTATGAATAAAAACAA
* * * ** * * *
283037 TTGGTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACTCTTTCAATTAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAC
255 TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
*
283102 AATTTGAAC
319 TATTTGAAC
283111 ATGTTAAAAA
Statistics
Matches: 2444, Mismatches: 606, Indels: 267
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
345 50 0.02
346 2 0.00
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349 4 0.00
350 62 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
CTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCCAACTAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
TATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
Found at i:282776 original size:174 final size:178
Alignment explanation
Indices: 279804--282903 Score: 670
Period size: 180 Copynumber: 17.3 Consensus size: 178
279794 ATAAGCTTCT
* * * *
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* * * * * * * *
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65 TCAAATAGACATAATTATATAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-C-TAT
** * * * *
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* * * * * **
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1 ATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGC
* * * * ** * * * * *
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65 TCAAATAGACATAATTA-TATAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CT-A
* * * * * ** * * * *
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127 TTAATTTTCA-AAATATTAATAAATCAGTATTATTTTTTTTGA-ATAAACTTGA
* ** * * * * * ** * * **
280165 ATTAACTGAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTATT
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCT
* * * * * * * *
280230 CAAATAGTA-ATAACTATTTGAATT-TATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTGTTTCTTA
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* * * * * * * *
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127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTAT-TATTTTTTTTGAATAAACTTGA
* * * * ** * *
280345 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACCAATCAAAA-AGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTG
1 ATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTG
* * * * ** * * * * *
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64 CTCAAATAGACATAA-TTATATAAATTGTTTCAG-TAAACAAATTTAGTTTTT-AAA-TCTCTTC
* * * * *** * *
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125 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT-TTTTGAATAAACTTGA
* * ** ** * * **
280525 ACGAACA-AAACAATTGCCTTACAACAAAAGAAAA-AGTCA-AAGTGATTTGAAATAGATAATCA
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-TGATTTGAGATAGATAATTG
* * * ** * * * * ** * * * * *
280587 TTCATATAG-CTTAGCTATTTGAACTAG-TT-AGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGT
64 CTCAAATAGACATAATTATAT-AAATTGTTTCA-GTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT--C
* * * * * *** * * *
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125 TATTAATTTTCAA--AATATTAATAAATCAGTATTATTTT-TTTTGAATAAACTTGA
** * * ** * * * * * * * **
280704 ATGAGCATAACCAATTGTTCAATGAC---ATAAATGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATT
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCT
** * * * * * * *
280766 CAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTT-GGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTGAT
66 CAAATAGACATAATTATAT-AAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CT-AT
** * * * *
280830 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTGAAACAAACTT-A
128 TAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTTTTTG-AATAAACTTGA
* * * ** *
280881 TATTAACAA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TAATAAAAATTTG-GAATAGACAATT
1 -ATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAG-ATAGATAATT
* * ** * * ** * * * *
280943 GTTGAAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTT-GGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTC-T-TA
63 GCTCAAATAGACATAATTATAT-AAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTA
* ** * * * * *
281005 TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT-TTTTGAATAAACTTGA
*** * * * * * * ** * * *
281058 ATGAGCTGAAATAATTATTTTATGA-TAAAGAAATGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTT
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCT
** * * * * * * * ** * *
281122 CTTATAGTCTTAATTGTTTGAACTAG-TTC-GACAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
66 CAAATAGACATAATTATAT-AAATTGTTTCAG-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT--CTA
** * * * ** *
281185 TTAATTTTTTAGATATTACTAAATTAGTATTATTTTTTTCCAACTAAAGCTTGT
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTTTTTGAA-TAAA-CTTGA
* * * * * ** * **
281239 ATGAATAA-AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
1 ATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGC
* * * * * * *
281303 TCAAATAGTCATAACTATTTTAATTGGTTT-GGTAAATAAATTTAATTTTTAAATCTC-T-TATT
65 TCAAATAGACATAATTATATAAATT-GTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTATT
* * * * ** * ** *
281365 AATTCTT-GAAATATTAGTAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCAAGC
129 AATT-TTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT-TTTTGAATAAACTTGA
* * * * * * * *
281416 ATGTTAAA-AAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAGTTGT
1 ATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGC
* * * * * * *
281480 TCAAAT-GGCCTAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TA
65 TCAAATAGACATAATTATATAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CTAT-
** ** * * **
281543 TAACTTTT-GGAATATTAATAAAGGAGTA-T-TTTTTTTGGAA-AATCTTTT
128 TAA-TTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTTTTTGAATAAACTTGA
* * * * * * * * * *
281591 ACGAACTA-AAACAATTGTTTTATG-CTAAA-AATAGGTCATAATGATTTTAAAAATATAATTGT
1 ATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGC
** * * * *
281653 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCT
65 TCAAATAGACATAATTATAT-AAATTGTTTCAG-TAAACAAATTTA-GTTTTTAAATCTCTT-C-
*** * * * *
281716 TATTAATTTTTTTAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-A
125 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT-TTTTGAATAAACTTGA
* * * * * * * *
281770 TATGAACTA-AAATAATTATTATATGACTAAACTAAATG-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
1 -ATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
** * * * * * * * * * * *
281833 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-GACAAATACATTTATTTTTTAAATCTC-T-TA
63 GCTCAAATAGACATAATTATATAAATTGTTTCAG-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTA
* * * * ** * * *
281895 TTAAGTTT-AATAATATTATTAAATTACTATTATTTTTATTCAAATAAGCTAGT
127 TTAATTTTCAA-AATATTAATAAATCAGTATTATTTTT-TTTGAATAAACTTGA
* * * * * * *
281948 ATGATAAA-AAA-AATTTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTCATATTGATATTTA
1 ATGA-AAAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTG
* * * * * * * * **
282010 TTCAAATAGTCATAACTAT-TGAACTGGTTC-GAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
64 CTCAAATAGACATAATTATATAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-C-TA
** * * * ** **
282073 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGT-AGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTT
127 TTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTTTTTGA-ATAAACTTGA
* * ** * *
282126 ATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTG
1 ATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAGATAGATAATTG
* ** * * * * *
282189 TTCAAATATTCA-AATCTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCT
64 CTCAAATAGACATAAT-TATAT-AAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CT
*** * * * * * *
282252 CATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGT
126 -ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATT-ATTTTTTTTGAATAAACTTGA
** * * * * * * *
282307 ATGAACTGAAAGAATTATTTTATTAGTATTAATTTGAA-AGAAAAAGTTAGAATAATTTGA-ATT
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTA-T-G-A-CAA----AACA-AAAGA-TCATAATGATTTGAGA-T
* ** * * * * * * * * * *
282370 GGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAG-TTCCGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
55 AGATAATTGCTCAAATAGACATAATTATAT-AAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
* * * * * * *
282434 ATC-T-TACTT-A---T--GAATACTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGA
119 CTCTTCTA-TTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT-TTTTGAATAAACTTGA
* * * * **
282488 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAATAAAA-TAAAGATCATAATGTTTTGAGATAGATAATTTTT
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCT
* *
282552 CAAATAGTCATAATTATCTAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T-TATTAA
66 CAAATAGACATAATTATATAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTATTAA
* ** *
282615 TTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTTTTTGAATAATTTTGC
131 TTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTTTTTGAATAAACTTGA
* * * *
282663 ATGAACAGAAACAATTGTTCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTT-A-ATAGATAATTGCT
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCT
* * * * *
282726 CAAATGGACATGATTATATGAACTTGTTT-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTAT
66 CAAATAGACATAATTATAT-AAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT--CTAT
* * * * * * * * *
282790 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATCATATTTCGAATAAACATGT
128 TAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTAT-TTTTTTTGAATAAACTTGA
* *
282842 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATT
1 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGATAATT
282904 ATTCAAACAG
Statistics
Matches: 2260, Mismatches: 510, Indels: 300
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.00
171 65 0.03
172 5 0.00
173 37 0.02
174 101 0.04
175 120 0.05
176 260 0.12
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179 253 0.11
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189 10 0.00
190 60 0.03
191 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCT
CAAATAGACATAATTATATAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTATTAA
TTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTTTTTGAATAAACTTGA
Found at i:282845 original size:535 final size:541
Alignment explanation
Indices: 281283--282864 Score: 1252
Period size: 535 Copynumber: 2.9 Consensus size: 541
281273 AGGTTATAAC
* * * * * * ** * * *
281283 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTGGTTTGGTAAATAAATTTAA
1 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACACATTTAT
* * * * * * * * *
281348 TTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCA
66 TTTTTAAATATCTTATTAA-T-TAG-AATACTATTAAATTACTATTATTTTAATTCAAATAAACT
* * * * * * * * * *
281413 AGCATGTTAAAAAACAA-TTGTTTTATGACCAAACA-AAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAG
128 AGAATGATAAAAAA-AATTTGTTTTAT-AACAAA-ATAAAGATCATAACGATTTCAGATAGATAT
* * * * * * * * * *
281476 TTGTTCAAAT-GGCCTAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
190 TTATTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTGGTTC-GAAAACAAATTTAGTTTTTAAA-CTCTTGC
** * * * * *
281540 TTA-TAACTTTT-GGAATATTAATAAAGGAGTA-T-TTTT-TTT-GGA-AAATCTTTTACGAACT
252 TTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGT-TTTCATGAACT
* * * * * * * * *
281598 AAAACAATTGTTTTATG-CTAAA-AATAGGTCATAATGATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAG
315 AAAACAATTGTTCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAG
** * * * *
281661 TTATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
380 ACA-AATCTATATGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTT
** * * * * * * * * ** *
281725 TTTTAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG--AACTAA-AA-TA-A
443 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATATATTCTGAATAAACATGTATGAAAAGAAACAATTATT
* * ** * * *
281785 TTATTA-TA-TGA-CT-AAACTAAATGTCAAAAT
508 TTATTAGTATTAATTTGAAAGAAAAAGTTAGAAT
* * *
281815 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAATACATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACACATTTAT
* * * * *
281880 TTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTAATAATATTATTAAATTACTATTATTTTTATTCAAATAAGCT
66 TTTTTAAATATCTTATTAA--TT-AGAATACTATTAAATTACTATTATTTTAATTCAAATAAACT
* * * *
281945 AGTATGATAAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTCATATTGATATTTA
128 AGAATGATAAAAAAAATTTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAACGATTTCAGATAGATATTTA
* * **
282010 TTCAAATAGTCATAACTATTGAACTGGTTCGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATT
193 TTCAAATAGTCATAACTATTAAACTGGTTCGAAAACAAATTTAGTTTTTAAA-CTCTTGCTTATT
** * * *
282075 AATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAATAA
257 AATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTCATGAACTAAAACAA
* * ** * * **
282140 TTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCAAATC
322 TTGTTCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAGACAAATC
* * * * *
282205 TATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGT
387 TATATGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTTAGAATAT
* * * ** *
282270 TAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAGAATTATTTTATTAGTA
452 TAATAAATTAGTATTAATATATTCTGAATAAACATGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATTAGTA
282335 TTAATTTGAAAGAAAAAGTTAGAAT
517 TTAATTTGAAAGAAAAAGTTAGAAT
* * * *
282360 AATTTGAATTGGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCCG-CAAACACATTTA
1 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT-CGACAAACACATTTA
* *
282424 TTTTTTAAATATCTTACTT-A-T-GAATACTATTAAATTAGTATTATTTTAA-TCTGAATAAACT
65 TTTTTTAAATATCTTA-TTAATTAGAATACTATTAAATTACTATTATTTTAATTC-AAATAAACT
* * * * *
282485 TGAATGA-AAAGAAACAA-TTGTTTTATAATAAAATAAAGATCATAATGTTTTGAGATAGATAAT
128 AGAATGATAAA-AAA-AATTTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAACGATTTCAGATAGAT-AT
* * * *
282548 TT-TTCAAATAGTCATAATTATCTAAATTGTTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA-TC-T-CT
190 TTATTCAAATAGTCATAACTAT-TAAACTGGTTC-GAAAACAAATTTAGTTTTTAAACTCTTGCT
* * *
282609 TATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TCAGTATTATTTTTTTTGA-ATAA-TTTTGCATGAAC-A
253 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTT-CATGAACTA
*
282670 GAAACAATTGTTCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGA-TTT-AATAGATAATTGCTCAAATGG
316 -AAACAATTGTTCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAG
* * * *
282733 ACATGAT-TATATGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTT
380 ACA-AATCTATATGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CCTCATTAATTT
* *
282796 TTAGAATATTAATAAATTATTATT-ATCATATT-TCGAATAAACATGTATGAAAAGAAACAATTG
443 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTAAT-ATATTCT-GAATAAACATGTATGAAAAGAAACAATTA
282859 TTTTAT
506 TTTTAT
282865 GACAAAACAA
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 140, Indels: 75
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 33 0.04
531 66 0.08
532 137 0.16
533 6 0.01
534 6 0.01
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536 90 0.10
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543 2 0.00
544 1 0.00
545 82 0.09
546 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (541 bp):
AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACACATTTAT
TTTTTAAATATCTTATTAATTAGAATACTATTAAATTACTATTATTTTAATTCAAATAAACTAGA
ATGATAAAAAAAATTTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAACGATTTCAGATAGATATTTATTC
AAATAGTCATAACTATTAAACTGGTTCGAAAACAAATTTAGTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATT
TTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTCATGAACTAAAACAATTGT
TCTACGACAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAGACAAATCTATA
TGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTTAGAATATTAAT
AAATTAGTATTAATATATTCTGAATAAACATGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATTAGTATTAA
TTTGAAAGAAAAAGTTAGAAT
Found at i:284787 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 284744--284787 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
284734 ATCATTTTGA
*
284744 AAAACTCCCCCTTAATGTATGGC
1 AAAACTCCCCCTCAATGTATGGC
* *
284767 AAAACTCCTCCTCAATTTATG
1 AAAACTCCCCCTCAATGTATG
284788 CATCTTAATC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 18 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.30, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (23 bp):
AAAACTCCCCCTCAATGTATGGC
Found at i:291130 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 290466--291862 Score: 842
Period size: 177 Copynumber: 7.8 Consensus size: 177
290456 AACAAAATTA
* * * *
290466 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTGGCATAAGTTTGAATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAATT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
290531 CAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGCCATAACAGTTTGAAATATAAAATTATTCAAAT
64 TAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAA-GCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
290596 AGTCATAATTA-TTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
128 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTT
* * * * * *
290646 TTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAACCTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-ATTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** **
290711 CT-GATACAATTGCTTGATGACGAAACAAAAAG-TCATAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
64 -TAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAAC-AAAAGCT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * * *
290774 TTAGTTATGACTATATAAACTTGTTTGGTAAACATACTTATTTTTAGAATCTT
126 ATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTA-AATCTT
* * * *
290827 TTACTTATTAAGTGTTGAATTATTAATTAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
290892 TA-AGAACAATTGTTTTAT-GAGAAA-AAAA-TTATAATGATTTCAAATAAATAAATT-TTCAAA
64 TAGA-AACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAAGCTATAACAATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAA
*
290952 TAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAAATTTACTTTTTAAATCTT
127 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTT
* *
291004 TTACTTATTAATTGTTTG-AATATTGATAAATT-TA-T-TTTTAATTGAAATAAGTTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTAATTG-AATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
291065 TAGAAAAAATTATTTTATAAAAAAACAAAAGGCTACAACAATTTGAAATAGGTAATTAATCAAAT
64 TAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAA-GCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
291130 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGAGTCAGTTTTTAAA---T
128 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTT
* * * * * * *
291178 AT-CTTATTAATTTTTGAACTACTAATAAATTAAAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAATT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
291242 TAGAAACAATTATTTTCTAACAAAACCAAGGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAC
64 TAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAAGCT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *** * * * **
291307 AGTAATAACTATTGACA-TTGGTTAGGCCAACATATTCATTTTTTAAATCCA
128 AGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTT
* * * * * *
291358 TTACTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTCCAAATGAGAC-TATAT
1 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTAATT--GAATAAG-CTTGTAT
* * * * * * * *
291420 CAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
61 GAATAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAAGCT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
291485 AATTGTTATAACTAATTAAA-TTGGTT-TAGTAAATAGATTTATGTTTTAAATC--
125 AATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGA-TAAATAAATTTAT-TTTTAAATCTT
* * * *
291537 -T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
291600 AAAAAAC-ATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTAAAATAGATAACTATT-AAT
64 TAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAAGCT-ATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAA-
* * * * * * *
291661 ATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGA-AAAAAAATTTATTTTTTAAATCTC
126 ATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTT
* * * * * *
291714 TTAGTTATTAATTTTCT-TAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGA
1 TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * ** * * *
291778 ACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTGAAA
63 ATAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAA-GCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
*
291843 TAGTCATAACTATTTGAACT
127 TAGTCATAACTATTTAAACT
291863 AGTTTCTTAT
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 202, Indels: 123
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
173 57 0.06
174 10 0.01
175 78 0.08
176 18 0.02
177 284 0.30
178 30 0.03
179 56 0.06
180 132 0.14
181 276 0.29
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTAATTGAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAAGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTAAATCTT
Done.