Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 596061
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Warning! 5000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 7
Found at i:382942 original size:652 final size:652
Alignment explanation
Indices: 381696--382982 Score: 1399
Period size: 652 Copynumber: 2.0 Consensus size: 652
381686 TATGACTATT
*
381696 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATCAAACAATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
381761 ATACAAGTTTTATTTAGAAAAAAGTAATACTAATTTAGTAGTATTATGAAAATTAATAACTAAGA
66 ATACAAGTCTTATTTAGAAAAAAGTAATACTAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGA
* * * * *
381826 GATTTAAAAAATAAATTCGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTAAGACTATATGAGCAATTATTTA
131 GATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTAAGACTATATAAACAATTATCTA
**
381891 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAACTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTC
196 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAACTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTC
** * * ***
381956 GGAATAAAAGAGAACAAATTTTTAATATTTCAAAAATTTATATGTAAGAGATTTAGAAAATAAAT
261 AAAATAAAAGAGAACAAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAGAAAATAAAT
* * * * *
382021 TTATTCACTGAACCATTCAAATAATTATAACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTGTTACTA
326 CTATTCACTGAACAATTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTACTA
* * ** * * * *
382086 TTTTATGTTTTGTCATAAAAAAGTTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAGAAAATAATACT
391 CTTTATGATTTGTCATAAAAAAGCCGTTTTAGTTAATACAAGTTAGATCAAAAGAAAATAATACT
* * * * **
382151 AATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGCAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTATTAAACCA
456 AATTTATTAATATTTACAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCA
* * * * * * * * * *
382216 TTTCAAGTAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATGTTTTATTTTGTT
521 GTTAAAATAATTTAGACCATTTAAATAATTAGCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTC
* * **
382281 ATCAAACAATTAGTTTTGT-TCATACTATTTTATTAAAAATAAAATAATACCAATGGTTAAGACT
586 ATAAAACAATT-GTTTTGTATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACCAATGGTTAAGACT
382345 AAA
650 AAA
* * * * *
382348 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* *
382412 ATAGAAG-CTTATTT-GAATTAAAA-TAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
66 ATACAAGTCTTATTTAGAA--AAAAGTAATACTAATTTAATAATATTAT-AAAAATTAATAACTA
* * * * * *
382473 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAATTCAAATGGTTAAGATTAT-TAAAATAATT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCGAACCAATTCAAATAG-TAAGACTATAT-AAACAATT
* * * * * * *
382537 ATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGC
191 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAACTATTTCAGCTCATACAAGC
** * *
382601 TTATTCAAAATAAATTA-ATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAACAAAAAGAGA-TT
255 TTATTCAAAATAAAAGAGA-ACAAATTT-TTAACATTTC-AAAAATTAAT-A-AAAAAGAGATTT
* * * * *
382663 A-AAAA-AAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATACTTATTACTATTTAAACAATTGTCTATTTA
315 AGAAAATAAATCTATTCACTGAACAA-TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTA
* * *
382726 AAATTGTTA-TAACCTTT-TGATTTGTTAT-AAAACGACCGTTTTAGTTAGTACAAGCTTAGAT-
379 AAATTGTTACT-A-CTTTATGATTTGTCATAAAAAAG-CCGTTTTAGTTAATACAAG-TTAGATC
* * * *
382787 AGAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
440 AAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * *
382851 TATGTTTACCAAAATCAGTTAAAATAATTATAG-CCATTTAAACT-ATTAGCTATTTGAAATCTT
505 TATGTTTA-CAAAACCAGTTAAAATAATT-TAGACCATTTAAA-TAATTAGCTATTTCAAATCAT
* * **
382914 TATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
567 TATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATA
382979 ATAC
632 ATAC
382983 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 95, Indels: 40
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
649 4 0.01
650 82 0.16
651 176 0.34
652 238 0.46
653 14 0.03
654 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (652 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
ATACAAGTCTTATTTAGAAAAAAGTAATACTAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGA
GATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTAAGACTATATAAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAACTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTC
AAAATAAAAGAGAACAAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAGAAAATAAAT
CTATTCACTGAACAATTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTACTA
CTTTATGATTTGTCATAAAAAAGCCGTTTTAGTTAATACAAGTTAGATCAAAAGAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTACAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCA
GTTAAAATAATTTAGACCATTTAAATAATTAGCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTGTATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACCAATGGTTAAGACTA
AA
Found at i:385101 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 384865--385365 Score: 598
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
384855 CTTTGTGTTC
*** *
384865 ATACAAGCTTA-TTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA
1 ATACAAGCTTATTTCGA-A-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
* * *
384928 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATA
64 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC
* * * * * *
384993 TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAGACAATTGTTTCAATTA
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAAGAAAACAATTGGTTCAATTA
* * * *
385046 ATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA
1 ATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
** * * * * *
385110 GAACTAAAACAACAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATCTAAACAATTATC
65 GATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC
* * *
385175 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATTAGAAAACAATTGGTTCCATTC
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAAGAAAACAATTGGTTCAATTA
* * * *
385228 ATCCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAG-AAAAA
1 ATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** *
385292 ATTTGAAAAATAAATTTATTTTTTGAGC-ATATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAT-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT
385356 ATTTCAAATC
130 ATTTCAAATC
385366 GGTATGACTA
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 46, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 55 0.21
181 65 0.24
182 145 0.54
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
ATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAAGAAAACAATTGGTTCAATTA
Found at i:385347 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 385321--385375 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
385311 TTTTTGAGCA
*
385321 TATTCAAATAGTTATGAC
1 TATTTAAATAGTTATGAC
*
385339 TATTTAAATAATTAT--C
1 TATTTAAATAGTTATGAC
* *
385355 TATTTCAAATCGGTATGAC
1 TATTT-AAATAGTTATGAC
385374 TA
1 TA
385376 ATTATTTTTG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 5
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 7 0.24
18 13 0.45
19 3 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
TATTTAAATAGTTATGAC
Found at i:385427 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 385225--385526 Score: 407
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
385215 ATTGGTTCCA
*
385225 TTCATCCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAAAAG-A
1 TTCATCCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAAAAAGTA
* * * *
385288 AAAAATTTGAAAAATAAATTTATTTTTTGAGC-ATATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATT
65 AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAGCGA-ATTCAAATAGTTATGACTA-TTAAATAATT
385352 ATCTATTTCAAATCGGTATGACTAATTATTTTTG
128 ATCTATTTCAAATCGGTATGACTAATTATTTTTG
* * *
385386 TTCATGCAAGCTTATTT-GAAATGAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT
1 TTCATCCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAAAAGT
* * **
385449 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGATAATTA
64 AAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAGCGAATTCAAATAGTTATGACTATTAAATAATTA
*
385514 TTTATTTCAAATC
129 TCTATTTCAAATC
385527 ATTATGATCT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 13, Indels: 10
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
161 71 0.58
162 50 0.41
163 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TTCATCCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAAAAGTAA
AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAGCGAATTCAAATAGTTATGACTATTAAATAATTATC
TATTTCAAATCGGTATGACTAATTATTTTTG
Found at i:386601 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 386566--386633 Score: 109
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
386556 TCAAATCATT
386566 ATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
1 ATTA-CTTTTGTTTTATCATAAAACA
*
386592 ATTACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
1 ATTACTTTTGTTTTATCATAAAACA
386617 ATTACTTTTGTTCTTAT
1 ATTACTTTTGTT-TTAT
386634 ATGTTTATTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 32 0.82
26 7 0.18
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.06, T:0.51
Consensus pattern (25 bp):
ATTACTTTTGTTTTATCATAAAACA
Found at i:386983 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 386596--387673 Score: 651
Period size: 179 Copynumber: 6.0 Consensus size: 176
386586 AAAACAATTA
* * * * * * *
386596 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTT-TGTTCTTATATGT-TTATTTGGAATAAAATAAAAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATA-AAGTCTTATTTGAAAT-AAATTATAC
** * * * * * *
386659 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACT
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGACCAAACA
** * * * * * * **
386724 AGTTTAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATGATGCC
124 AGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAAC
* * * * *
386777 CATTTGTTTTGTCATAAAAGC-ATTGTTTCTATTCCTATAGTCTTATTTGGAATAAAGTTATGCT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTTATTTGAAATAAA-TTATACT
* * * ** **
386841 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAAAATAATGGA-TTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTGACCC
64 AATTTATTAATATTTC-AAAAATT---AATAAGGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGACCAAACAA
* *
386904 GTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTACAAATCTTTACAAC
125 GTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAAC
* * * ** *
386956 CTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-TGCTTATCCGAAATAACATTAATTC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGT-CTTATTTGAAATAA-ATT-ATAC
* *
387020 T-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTT
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGACCAAACAAGTG
* * * *
387084 CAAATATTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCTCTATAAC
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAAC
* * * *
387133 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTCAAATAAAATTATACA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGTCTTATTTGAAAT-AAATTATACT
* ** * * *
387197 AATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAA-GAAATTTGTTTACCAAAT
64 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG----GGATTTAAAAAATG-AATCTGTTGACCAAAC
** * * * *
387260 AAGTTTAAATAG-TATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGA-
123 AAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAAC
* * * * * * *
387312 CTTTCT-TTTTGTCATAAAA-AATTTATTTTTCTCCATACAAG-CTTATTCGAATTAAAATAATA
1 CTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATA-AAGTCTTATTTGAAAT-AAATTATA
* * * * * * * * * **
387374 TTAATTTATTAATAGTTCAACAATTAATAAGTAAAAGTTTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAC
62 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----GGATTTAAAAAATGAATCTGTTGACCAAAC
* * * ** * * *
387439 AAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC
123 AAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAAC
* * * * * ** *
387493 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATC-AGCTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAGTCTTATTTGAAAT-AAATTATACT
* * * * * * * * *
387557 ATTTTATTAATATTTCAAAGATTAATGAGTAAGAATTTTATAAAATGAAACTATTTACCGAACAA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGGGA-TTTAAAAAATGAATCTGTTGACCAAACAA
* * * * *
387622 GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAAT-TGTTATAAC
125 GTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATAAC
387674 TATTTGAGCA
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 143, Indels: 72
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 12 0.02
177 136 0.19
178 7 0.01
179 232 0.32
180 94 0.13
181 232 0.32
182 4 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTTATTTGAAATAAATTATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGACCAAACAAGTGCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATAAC
Found at i:387383 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 386646--387658 Score: 878
Period size: 356 Copynumber: 2.8 Consensus size: 354
386636 GTTTATTTGG
* * **
386646 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
386711 TATTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATGATGC
62 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * *
386776 CCATTTGTTTTGTCATAAAAGC-ATTGTTTCTATTCCTATAGTCTTATTTGGAATAAAGTTATGC
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATAAAG-CTTATTTCAAATAAAATTATAC
** * ** **
386840 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAATAATGGATTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTGACCCG
190 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAAAATAAAAGATTAAAAAATGAATTTGTTGACCAAACAAG
* *
386905 TGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTACAAATCTTTACAACCTTTTGTTTTATCA
254 TGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATTACAAATCATTACAACCTTTTGTTTTATCA
* * *
386970 CAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATCCGA
319 CAAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTATCCGA
* * *
387006 AATAACATTAAT-TCT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAATGAATCTG
1 AATAA-AATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
387069 TTTACCAAACAAGTTCAAATATTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC-TCTATAAC
64 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGAC
* * *
387133 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAA
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTCAAATAAAATTATACTA
* * * * *
387198 ATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAA-GAAATTTGTTTACCAAATAA
192 ATTTATTAATATTTA-AAAATTAA-AAATAAAAGA-TTAAAAAATG-AATTTGTTGACCAAACAA
** * * ** *
387262 GTTTAAATAG-TATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTCT-TTTTGT
253 GTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATTACAAATCATTACAACCTTT-TGTTTTAT
* * * *
387324 CATAAAA-AATTTATTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGA
317 CACAAAACAA-TTATTTCTATCCATACAAGCTTATCCGA
* * * * * *
387362 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATAGTTCAACAATTAATAAGTAAAAGTTTTTAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
387427 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
62 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
387492 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATC-AGCTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTC-AAATAAAATTATA
* * * * ** * ** * * *
387555 CTATTTTATTAATATTTCAAAGATTAATGAGTAAGAATTTTATAAAATGAAACTATTTACCGAAC
189 CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA-AAATAA-AAGATTAAAAAATGAATTTGTTGACCAAAC
* * * * *
387620 AAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAGCAATTATCTATT
251 AAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATT
387659 TAAAATTGTT
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 105, Indels: 47
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 11 0.02
356 209 0.40
357 46 0.09
358 27 0.05
359 4 0.01
360 195 0.37
361 32 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACTAATTT
ATTAATATTTAAAAATTAAAAATAAAAGATTAAAAAATGAATTTGTTGACCAAACAAGTGCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATTACAAATCATTACAACCTTTTGTTTTATCACAAAACA
ATTATTTCTATCCATACAAGCTTATCCGA
Found at i:387671 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 387626--387705 Score: 133
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
387616 GAACAAGTTC
*
387626 AAATAGTTATAATTATTTGAGCAATTATCTATTTA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTA
* *
387661 AAATTGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTC
1 AAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTA
387696 AAATAGTTAT
1 AAATAGTTAT
387706 GACCTTTTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 41 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTA
Found at i:387841 original size:215 final size:216
Alignment explanation
Indices: 387445--387885 Score: 559
Period size: 215 Copynumber: 2.0 Consensus size: 216
387435 GAACAAGTTC
* * *
387445 AAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
387510 AACAATTGTATCAGCTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTATCAGCTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAA
* * *
387575 AGATTAATGAGTAAGAATTTTATAAAATGAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATT
131 AAATTAATAAGTAAGAAATTTATAAAATGAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATT
*
387640 ATTTGAGCAATTATCTATTTA
196 ATTTGAACAATTATCTATTTA
* * *
387661 AAATTGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
387725 ACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTGAA
66 AACAATTGTATCAGCTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAA
** * * *
387790 AAATTGCTAAGTAA-AAGATTTA-AAATAT-AGATCTGTTTACC-AAGTAAGTTCAAATAGTTAT
131 AAATTAATAAGTAAGAA-ATTTATAAA-ATGA-AACTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
387851 GATTTTTTGAACAATTATTTATTTA
192 AATTATTTGAACAATTATCTATTTA
387876 AAATAGTTAT
1 AAATAGTTAT
387886 GAGCTTTTAT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 29, Indels: 9
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
214 8 0.04
215 136 0.71
216 48 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (216 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTGTATCAGCTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAAATTTATAAAATGAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATT
ATTTGAACAATTATCTATTTA
Found at i:387992 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 387661--388183 Score: 595
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
387651 TATCTATTTA
* * * *
387661 AAATTGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTTTTTATCATAAA
* * * *
387726 CCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTGAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTG-AA
** * * *
387791 AATTGCTAAGTAAAAGATTTA-AAATATAGATCTGTTTAC-CAAGTAAGTTC
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTACAAA-ATAAATCTATTTACTCAA-TAAGATC
* * * * * *
387841 AAATAGTTATGATTTTTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGAGCTTTTATTTTATCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTT-TTTTATCATAA
* * * *
387906 AACAACTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATT-TGA
** ** *
387971 AAATTAATTGGTAGGAGATTTACAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGATC
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATCTATTTACTCAATAAGATC
* * * *
388022 AAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTTGTCCTATAATA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTT-T-TTATCATA
* * * *
388086 AAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAGTTTAGTAATATTGTA
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATT-TG
* *
388151 AAAATTAATAACTAAGAA-ATTTAAAAAATAAAT
128 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTACAAAATAAAT
388184 TTGTTTGGGC
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 52, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 52 0.18
181 223 0.79
182 8 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTTTTTATCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTGAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATCTATTTACTCAATAAGATC
Found at i:388009 original size:396 final size:396
Alignment explanation
Indices: 387276--388075 Score: 992
Period size: 396 Copynumber: 2.0 Consensus size: 396
387266 AAATAGTATG
* *
387276 ACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACTTTCTTTTTGTCATAAAAAATTTATTTT
1 ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACTTTCTTTTTGTCATAAAAAATTTATTTC
* * * *
387341 TCTCCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATAGTTCAACAATTAATAAGT
66 TCTCCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGT
* * **
387406 AAAAGTTTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATT
131 AAAAGTATTTAAAAATAAATATGTTTACTCAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATT
* * * * *
387471 ATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATCAGCTCATATAGGCT
196 ATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTATCAGCTCATAAAAGCT
* *
387536 TATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAGATTAATGAGTAAGAATTTTATAAA
261 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAGATTAATGAGTAAGAATTTTACAAA
* *
387601 ATGAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTG-AGCAATTATCTATTTAAAAT
326 ATGAAACTATTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAAG-AATTATCTATTTAAAAT
387665 TGTTATA
390 TGTTATA
* * * *
387672 ACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTT-TTTTTGTCATAAACCAA-TTGT
1 ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTCTTTTTGTCATAAA-AAATTTAT
* * * * * **
387734 TTCTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTGAAAAATTGCTA
63 TTCTCTCCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
387799 AGTAAAAG-ATTTAAAATATAGATCTGTTTAC-CAAGTAAGTTCAAATAGTTATGATTTTTTGAA
128 AGTAAAAGTATTTAAAA-ATAAATATGTTTACTCAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
387862 CAATTATTTATTTAAAATAGTTATGAGCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTTTCTA-TTCATA
191 CAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTATC-AGCTCATA
* * *
387926 AAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAA-ATTAATTG-GTAGGAGA
255 AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAGATTAA-TGAGTAAGA-A
* *
387989 -TTTACAAAAT-AAATCTATTTACTGAATAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCT
317 TTTTACAAAATGAAA-CTATTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCT
*
388052 ATTTCAAATTGTTATA
381 ATTTAAAATTGTTATA
*
388068 ACTTTTTG
1 ACTATTTG
388076 TCCTATAATA
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 48, Indels: 22
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
395 13 0.04
396 316 0.92
397 16 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (396 bp):
ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACTTTCTTTTTGTCATAAAAAATTTATTTC
TCTCCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGT
AAAAGTATTTAAAAATAAATATGTTTACTCAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATT
ATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTATCAGCTCATAAAAGCT
TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAGATTAATGAGTAAGAATTTTACAAA
ATGAAACTATTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCTATTTAAAATT
GTTATA
Found at i:388949 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 388226--391584 Score: 1500
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 179
388216 AAGCTCATAC
* * * * * *
388226 AAGCTTATCCA-AAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATGT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT
* * ** * * * * * * * *
388290 AAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAAATAGTTCAGATAATTTAGGCCATTTGAACAACTACCTATTT
65 AAAAAGTAAATCTA-TTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
388354 CAAATTGTTATTACTTTT-TGTTGTCTTAAAATAATTG-TTTT-TCAACATT
129 CAAATTATTATAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATA-T
**
388403 CAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGGATT-A-A-TAAGAGATT
1 -AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGTAAGAGATT
* **
388464 TAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTT
64 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
388529 CAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC
129 CAAATTATTATAAC-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* * * *
388581 AAGCTTATTCAGAATAAAATAGTACTAATTTAGTAATATTCT-AAATATTAATAACTAAGAG-TT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATT
* * * * * ** *
388644 TAAAAA--AAA-CTGTTTGCCAAACCAGTTCATACAGTTAAGACTAGATGAACAATTATTTATTT
64 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * ** * **
388706 CAAATTATTGTGACCTTTTGTTATGTTATAAAATAATTATTTCAGCTCGTAT
129 CAAATTATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* * *
388758 AAGCTTATTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTACTATTTCAAAAAATT-ATAGGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAATTAATA-GTAAGAGATT
* * * * * *
388822 TAGAAAA-TAATTTTATTTACTAAACCAATTCAAAT-GATTAAAACTATTTGAACAATTATCAAT
64 TA-AAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
388885 TTCAAATCATTATTACTTTTAATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAT
127 TTCAAATTATTATAACTTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* * * * * * *
388939 AAGTTTATTCAAAATGAAATGATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGAAAGAAATTA
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT
* ** * *
389004 AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTACTTC
65 AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
389069 AAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATCATACAATTGGTTTTGTTCATACT
130 AAATTATTATAAC-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATA-T
** * * * * * ** *
389121 -ATTTTATT-TGAAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAAT
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAG-AGAT
* * * * * ** * * * **
389184 TCAAAAA-TAAATTTAATTGCAAAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATT-T-TATT
63 TTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** *** * * * **
389246 T---TTTCA-TAAAACAATTATTTTGT--TTGTACAA--GCTTATGCGAAT-T
128 TCAAATT-ATTATAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
** * * * ** * * * *
389290 AAAATAATGC-TAATTGAAT-A-A-TAGTTCA--AA-AATT----AA-T-A-CGTAAGAGATTTA
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * *
389341 AGCAA-TAAATTTTTTTACCTAATCAATTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTC
66 A-AAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
389405 AAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACT
130 AAATTATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATA-T
* * * * * * * *
389457 -GGCTTATTTAGAATAAATTAACATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
389521 AAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACAAGTTCAAATAGTTAATACTATTTGAACAATTTGTCTATT
65 -AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA-TTATCTATT
* * ** * *
389586 T-AGAATCATTATATCCTTTTGA-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGATAATAC
128 TCA-AATTATTATA-ACTTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* ** * * * * * * *
389639 AAGCCTATTTTGAATAAAATAATGCAAATTTAATAATA-TTAGGACAATTAATAAGTAAAAGATC
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATT
* * * * * * * *
389703 TAAAAAATACATATGA-TTACCGAAA--AGTTAAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTA
64 TAAAAAGTAAATCT-ATTTACC-AAACCATTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * **
389764 TTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTTATGC
126 TTTCAAATTATTATAAC-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* * ** * ** * *
389819 AAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTACTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGA-TT
* * * * * * * *
389884 TAAAAA-TAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
64 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * **
389948 C--A--A--ATCA-TTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAG-TACATAT
129 CAAATTATTATAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTA-ATAT
* * * * *
389992 AAGCTTATT-TGAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATTAGTAAGATAAT
1 AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA-TAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
390056 TAAAAA-AAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTT
64 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * **
390120 CAAAACATTATGACCTTATATTTTGTCTTAAAATAATTAG-TTCTATTCATGC
129 CAAATTATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTTGTTAATAT
* * * *
390172 AAGCTTATTTC-GAATAAAACAATA-TAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAACA-AT
1 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGAT
* * * * ** * **
390234 TTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACTC-GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTAT
63 TTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAAC-CATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * ** * *
390298 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTACTTTTGTTCACAT
127 TTCAAATTATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTTGTTAATAT
* * * * ** * * *
390352 ATGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTA
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT
* ** * * * * * * * *
390417 AAAAAATAAATCTATTTACTTAGCAAGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAATAGCTAAT-TATTT
65 AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA-ATTATCTATTT
* * * * * * * *
390481 CAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
129 CAAATTATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* ** * *
390533 AAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTTGAAACT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAAT-AGTAAGAGATT
* * * * * * * * * * * *
390596 TAAAAAATTAGTCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCCATTT
64 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* **** * * * * *
390661 CAAATCATTATGGGATTTATTATGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATAT
129 CAAATTATTATAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
** * * * *
390712 AAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAGTATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTA
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
390774 AAAACTAAATCTATTTACCATACTAGTTT-AAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
66 AAAAGTAAATCTATTTACCAAACCA-TTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * *
390838 AAATTGCTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAATAAATTGTTTTTATTCATAC
130 AAATTATTATAACT-TTTATTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTTGTTAATAT
* * ** * * *
390889 AAGCTTATTC-GAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT--AAAATCAATAAGTAATAGAT
1 AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAAT-AGTAAGAGAT
* * * * * * * *
390951 TTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATT
63 TTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * *
391016 TCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATGCT
128 TCAAATTATTAT-AACTTTTATTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAAT-AT
* * * * * * * * *
391070 -TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAACATTTAGAAAATCAATAAGCAAGAAATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGA-TT
* * * * * * * * * *
391134 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAGTTATCTATTT
64 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
391199 AAAATCATTACAACTTTTTGTTTTATGC-TAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
129 CAAATTATTATAAC-TTTTATTTTGT-CATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* * * * * ** *
391251 AAGGTTATCCA-AATTAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAATGAGA-AGTTTGAGAG
1 AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAATTA-ATAGTAAGAGAT
* * * * * * * * ** * ** *
391314 TTAAAAAATAAATCAAATTATCGAATCAATTCAAATAATTGTGGCCCTTTGAACAACTATCTATT
63 TTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *** *
391379 TCAAATCATTGTGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCCATCATAT
128 TCAAATTATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
* * * *
391432 AAGCCTATTC-GAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATT
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATT
* * *** * * * * * *
391495 TAAAAA-AAAATCTGTTTAGTGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACCA-TATATATTT
64 TAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
391558 CAAATCATTATAACGTTTTGTTTTGTC
129 CAAATTATTATAAC-TTTTATTTTGTC
391585 GTAATAAAAT
Statistics
Matches: 2423, Mismatches: 612, Indels: 292
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 6 0.00
155 41 0.02
156 1 0.00
157 6 0.00
158 1 0.00
159 1 0.00
160 3 0.00
161 9 0.00
163 7 0.00
164 2 0.00
165 6 0.00
166 8 0.00
167 7 0.00
168 2 0.00
169 8 0.00
170 9 0.00
171 7 0.00
172 63 0.03
173 80 0.03
174 2 0.00
175 80 0.03
176 99 0.04
177 234 0.10
178 66 0.03
179 175 0.07
180 537 0.22
181 643 0.27
182 217 0.09
183 102 0.04
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGTAAGAGATTTA
AAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATTATTATAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATAT
Found at i:389201 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 389181--389213 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
389171 TAACCAAGAA
389181 AATT-CAAAAATAAATTT
1 AATTGCAAAAA-AAATTT
389198 AATTGCAAAAAAAATT
1 AATTGCAAAAAAAATT
389214 CAAATAGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.60
18 6 0.40
ACGTcount: A:0.61, C:0.06, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (17 bp):
AATTGCAAAAAAAATTT
Found at i:390268 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 389239--391584 Score: 1697
Period size: 180 Copynumber: 13.1 Consensus size: 179
389229 ATATGAATTA
* * * * * ** * *
389239 TTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATGC-GAATTAAAATAATGCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAA
* * * * ** * *
389303 TTGAATAATAGTTCAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAGCAATAAATTTTTTTACCTAATCAA-
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-CAAG
* * * * ** *
389367 TTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACC
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * *
389419 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACTGGCTTATTTAGAATAAATTAACATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*
389484 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAGACA
65 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCTA-ACA
*
389547 AGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAACAATTTGTCTATTT-AGAATCATTAT-ATCC
126 AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCA-AATCATTATGA-CC
* * * * * ** * *
389602 TTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGATAATACAAGCCTATTTTGAATAAAATAATGCAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
389667 TTTAATAATATT-AGGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATACATATGATTACCGAA-AAG
65 TTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAG
* * * * ** *
389730 TTAAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACT
128 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * **
389782 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTTATGCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * *
389847 TTTACTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGT
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGT
* *
389912 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC------A--
129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
389955 TTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTACATATAAGCTTATT-TGAAGTAAAATAAAACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTA
* * * * * *
390019 ATTTATTAATATTTATAAAATTAATTAGTAAGATAATTAAAAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAG
64 ATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAG
* * *
390083 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
390135 TTATATTTTGTCTTAAAATAATTAGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAACAATA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-
* * * * **
390198 AATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAACA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACTC
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAA
* * *
390262 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
390315 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTACTTTTGTTCACATATGTTTATTCATAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
390379 ATTTATTAAAATTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTATTTACTTAGCAAG
64 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAG
* * * * * *
390444 TTCAACTAGTTATGACTATTTGAATAGCTAAT-TATTTCAAATCATTATAAAC
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
390496 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * * *
390561 TTTATTAATA-TAATAAAATTAATGAGTTTGAA-ACTTAAAAAATTAGTCTGTTTATCAAACAAG
65 TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAG
* * * * **
390624 TTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCCATTTCAAATCATTATG-GG
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * ** *
390675 ATTTATTATGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
390740 TTCATTAGTATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACC-ATACTAG
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTA-ACAAG
* * * *** *
390800 TTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGCTATGATC
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
390852 -TTTATTTTGTCATAAAATAAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAAGTAAAATATTGCT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
** * * * * * * *
390915 AAACTAATAATATTCTAAAATCAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAG
63 AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAG
* * * * * *
390980 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACC
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** *
391032 TTTTGTTTAT-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATGCTTGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
391096 TTTTGTTAACATTTAGAAAATCAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
64 ATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACA
* * * * ** *
391160 AATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAGTTATCTATTTAAAATCATTACAACT
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
391214 TTTTGTTTTATGC-TAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCCA-AATTAAAATAATATT
1 TTTTGTTTTGT-CATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
* * * * *** * *** * *
391277 ACTTTATTAATATTTCAAAAAATGAGAAGTTTGAGAGTTAAAAAATAAATCAAATTATCGAATCA
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-CA
* * * ** * * *
391342 A-TTCAAATAATTGTGGCCCTTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTGTGAAC
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
391395 TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCCA-TCATATAAGCCTATTC-GAAATAAAA-AATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * ** * *
391457 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTA-GTGAACT
63 AATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACA
* * * * *
391520 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACCA-TATATATTTCAAATCATTATAACG
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
391573 TTTTGTTTTGTC
1 TTTTGTTTTGTC
391585 GTAATAAAAT
Statistics
Matches: 1692, Mismatches: 388, Indels: 174
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 63 0.04
173 75 0.04
175 3 0.00
176 92 0.05
177 42 0.02
178 33 0.02
179 117 0.07
180 560 0.33
181 399 0.24
182 203 0.12
183 102 0.06
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
Found at i:390957 original size:356 final size:346
Alignment explanation
Indices: 389244--391568 Score: 1241
Period size: 363 Copynumber: 6.5 Consensus size: 346
389234 AATTATTTTA
* * ** * * * * * * * *
389244 TTTTT-TCATAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATGCGAATTAAAATAATGCTAATTGAA
1 TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
389308 TAATAGTTCAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAGCAATAAATTTTTTTACC-TAATCAA-TTCA
66 TAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAA-AAATAAATCTATTTACCAT-A-CAAGTTCA
* * * * ** * *
389371 AATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTT-TGTTTAGTCATAA
125 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTT-GTCATAA
* ** * * * *
389435 AATAATTGTTT-TAGTTCATACTGGCTTATTTAGAATAAATTAA-CATTAATTTATTAACATTCA
188 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATC--TAAATTATTAATATTC-
* * * * * *
389498 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACAAGTTCAAATAGTTAAT
248 TAAAATTAATAAGTAATAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-AT
* * * *
389563 -ACTATTTGAACAATTTGTCTATTT-AGAATCATTATATCCTT
311 GTCTATTTGAA-TA-TTATCTATTTCA-AATCA-T-TAT--GT
* * * * * ** *** * *
389604 TTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGATAATACAAGCCTATTTTGAATAAAATAATGCAAATT
1 TT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* *** * * * *
389669 TAATAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATACATATGA-TTACCGA-A-AAGT
63 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGAT-TTAAAAATAAATCT-ATTTACC-ATACAAGT
* * * * ** * *
389731 TAAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
122 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTATTTTGTCA
* * * * * * * *
389795 TAAAACAATTGCTTT-TGTTTATGCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTACTAATATT
185 TAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA-TCTAAATTATTAATATT
* * * * * *
389859 TTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
247 CT-AAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
*
389924 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-T-T
311 GTCTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGT
* * * * * ** * *
389959 CTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTACATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAAAACTAATTTA
1 TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
390024 TTAATATTT-ATAAAATTAATTAGTAAGATAATTAAAAAAAAATCTGTTTACCGA-ACAAGTTCA
65 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AAGAT--TTAAAAATAAATCTATTTACC-ATACAAGTTCA
* * * * *
390087 AATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTATATTTTGTCTTAAA
125 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT-TATTTTGTCATAAA
* * * * *
390152 ATAATTAG-TTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAATAGTTCAA
189 ACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATCTAAA-TTATTAATA-TTCTA
* * ** **
390216 AAATTAATAAGTAACA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACTCGTTCAAATAGTTAT-TAC
250 AAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGT-C
* *
390279 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
314 TATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATG-----T
* * * * * * *
390318 TGTTTTGTCATAAATCAATTACTTTTGTTCACATATGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTT
1 T-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
390383 ATTAAAATTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTTAGCAAGTTC
64 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATT-TAAAAATAAATCTATTTACCATA-CAAGTTC
* * * * * * * *
390447 AACTAGTTATGACTATTTGAATAGCTAAT-TATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTTATA
124 AAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATA
* * **
390511 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAATA
187 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAAT-CTAAATTATTAATATTCTA
* * * * * * * *
390576 AAATTAATGAGT-TTGAAACTTAAAAAATTAGTCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTC
250 AAATTAATAAGTAAT-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTC
* *
390640 CATTTGAACTATTATCCATTTCAAATCATTATGGGAT
314 TATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTAT--G-T
* *
390677 TTATTATGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TT-TT-TGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
390742 CATTAGTATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCATACTAGTTTAAA
63 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCATACAAGTTCAAA
* * *** *
390806 TTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGCTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATA
127 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAA-C
* * * *
390871 AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAT
191 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAAT-CTAAATTATTAATATTCTAAAAT
* * * *
390936 CAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGAT-TATT
254 TAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-TCTATT
* *
391000 AGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTT
318 TGAATA-TTATCTATTTCAAATCATTATG----T
* * * * * * *
391034 TTGTTTATTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATGCT-TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATT
1 TT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT-ATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
391098 TTGTTAACATTT-AGAAAATCAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAA
62 TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AAG--A-TTT-AAAAATAAATCTATTTA-CCATACAA
* * * * ** * * *
391161 ATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAGTTATCTATTTAAAATCATTACAACTTTTTGTTTTATG
120 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTATTTTGT-
* * * * * **
391226 C-TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGTTATCCAAATTAAAATAATATTACTTTATTAATA
183 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAAT-CTAAATTATTAATA
* * * * * * ** * *
391289 TTTCAAAAAATGAGAAGT-TTGAGAGTTAAAAAATAAATCA-AATTATCGAATCAA-TTCAAATA
245 -TTCTAAAATTAATAAGTAAT-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATA
* * * ** * * *
391351 ATTGTGGCCCTTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTT
306 GTTATGTCTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCA-T-T--A-TGT
* ** *
391398 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCCA-TCATATAAGCCTATTCGAAATAAAA-AATACTAATT
1 T-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * ** *
391461 TATTAATTTTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAAAAATCTGTTTAGTGA-ACTAGTTC
63 TATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAATAAATCTATTTA-CCATACAAGTTC
* * *
391525 AAATAGTTATGATTATTTGAACCA-TATATATTTCAAATCATTAT
124 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
391569 AACGTTTTGT
Statistics
Matches: 1517, Mismatches: 342, Indels: 213
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
352 92 0.06
353 172 0.11
354 7 0.00
355 30 0.02
356 184 0.12
357 70 0.05
358 3 0.00
359 25 0.02
360 199 0.13
361 200 0.13
362 189 0.12
363 242 0.16
364 87 0.06
365 11 0.01
368 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (346 bp):
TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCATACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATCTAAATTATTAATATTCTAAAATTAATAAG
TAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATATT
ATCTATTTCAAATCATTATGT
Found at i:391037 original size:717 final size:715
Alignment explanation
Indices: 390006--391546 Score: 1622
Period size: 717 Copynumber: 2.1 Consensus size: 715
389996 TTATTTGAAG
* *
390006 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-ATAAAATTAATTAGTAAGATAATTAAAAAAAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG--AGAT--TTAAAAAAAAATCTG
* * * * *
390070 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
61 TTTACC-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACACTATGACC
* *
390135 TTATATTTTGTCTTAAAATAATTAGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAA
125 TTATATTTTGTCATAAAATAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAA
* * * * **
390200 TTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAACAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACTCGTT
190 TCTAATAATAGTTCAAAAATCAATAAGTAACAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTCGTT
** * * *
390265 CAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTT-TGTCAT
255 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAT-TCAT
* * *
390329 -AAATCAATTACTTT-TGTTCA-CATATGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
319 AAAAT-AATT-CTTTCAGTTCAGC-T-TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
* * * * * * * *
390391 TCCA-AAACTTAATAAGTAA-AAGA-TTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTTAGCAAGTTCAACTA
380 T-CAGAAAATCAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATATATTTATC-GAACAAATTCAAATA
* * * *
390452 GTTATGACTATTTGAATAGCTAAT-TATTTCAAATCATTATAAAC-TTTTGTTTTGTTATAAAAC
442 GTTATGACTATTTGAACAG-TAATCTATTTAAAATCATTA-AAACTTTTTGTTTTATGATAAAAC
* * *
390515 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATAAT-AA
505 AATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGTTATCCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT-ATCAA
* * *** * *
390577 AATTAAT-G-AGTTTGAAACTTAAAAAATTAGTCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGT
567 AA--AATAGAAGTTTGAAACTTAAAAAATAAATCAAATTATCGAAACAA-TTCAAATAATTATGG
* * * *
390639 CCATTTGAACTATTATCCATTTCAAATCATTATGGGA-TTTATTATGTCGTAAAACAATTGTTTT
629 CCATTTGAACAACTATCCATTTCAAATCATTAT-GAACTTTATTATGTCATAAAACAATTGTTTT
* *
390703 -TATTCATATAAAATTATTCAAAA
693 CCA-TCATATAAAACTATTCAAAA
* * * *
390726 TAAAATAATACTAATTCATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-AAAATCTGTTTA
* * *** *
390791 CCATACTAGTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGCTATGATCTT-T
65 CCA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACACTATGACCTTAT
* * * *
390855 ATTTTGTCATAAAATAAATT-GTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAA
129 ATTTTGTCATAAAAT-AATTAG-TTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAACAAT-ATAAA
* * *
390918 -CTAATAATA-TTCTAAAATCAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAAC-CAG
190 TCTAATAATAGTTCAAAAATCAATAAGTAACA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTC-G
* * * *
390980 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTATTCA
253 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATTCA
* * * * *
391045 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATGCTTGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAACATTT
318 TAAAATAATTCTTTCAGTTCA-GCTTGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
* *
391110 AGAAAATCAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTAT
382 AGAAAATCAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTAT
* * * *
391175 GGCTATTTGAACAGTTATCTATTTAAAATCATTACAACTTTTTGTTTTATGCTAAAACAATTGTT
447 GACTATTTGAACAGTAATCTATTTAAAATCATTAAAACTTTTTGTTTTATGATAAAACAATTGTT
* * *
391240 TTAGTTCATAAAAGGTTATCCAAATTAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAATGAGAA
512 TTAGTTCATAAAAGGTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAAAT-AGAA
* * * * *
391305 GTTTGAGAGTTAAAAAATAAATCAAATTATCGAATCAATTCAAATAATTGTGGCCCTTTGAACAA
576 GTTTGAAACTTAAAAAATAAATCAAATTATCGAAACAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAA
* * * * *
391370 CTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCCATCATATAAG
641 CTATCCATTTCAAATCATTATGAAC-TTTATTATGTCATAAAACAATTGTTTTCCATCATATAAA
* *
391435 CCTATTCGAAA
705 ACTATTCAAAA
*
391446 TAAAA-AATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAAAAATCTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAAAAATCTGT
** *
391510 TTAGTGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
62 TTA-CCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
391547 CATATATATT
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 108, Indels: 68
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
716 56 0.08
717 242 0.36
718 145 0.21
719 96 0.14
720 86 0.13
721 2 0.00
722 38 0.06
723 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCTGTTTAC
CAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACACTATGACCTTATAT
TTTGTCATAAAATAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATCTAAT
AATAGTTCAAAAATCAATAAGTAACAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTCGTTCAAATA
GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATTCATAAAATAA
TTCTTTCAGTTCAGCTTGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAGAAAATCA
ATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAGTAATCTATTTAAAATCATTAAAACTTTTTGTTTTATGATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
AAAAGGTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAAATAGAAGTTTGAAACT
TAAAAAATAAATCAAATTATCGAAACAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCCATTT
CAAATCATTATGAACTTTATTATGTCATAAAACAATTGTTTTCCATCATATAAAACTATTCAAAA
Found at i:392254 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 391950--396080 Score: 3053
Period size: 181 Copynumber: 23.2 Consensus size: 181
391940 TTCAAAATAA
* * * * * *
391950 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGACCTGACCAA-TGT
1 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGT-T
* * * * * *
392012 -AAATGGTTATAACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACA
62 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** *
392076 AAACAATTGTCTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAGCATAATTCTAATTTAT
127 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
392131 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
* * * ** * *
392195 ATATTTATGACTATTTGAGCAATTACCTATTTCATTTCATTGTAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
392259 TAATTTTTTCTATTTATAGAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTAT
130 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * *
392311 TAATATTT-AGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTATTGAAA-AATTTTA
1 TAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCA
* * * * ** * *
392374 AATAGTTTTAACTATTTG-ATAATTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
392438 ACAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAACTTAT
129 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * * * * *
392491 TAACATTTTGACAATTAATAAGTACA-AGCTTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAATTTAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * **
392555 ATAGTTATAAATATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
392620 CAATTATATC-AGTTCATATAGGCTTATTAGAAATATAATAACACTAATTTAT
130 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
392672 TAATATTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * * ** * *
392737 TAATTATGACTATTGGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTG-CAAAAAAT
66 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
392801 AATTGGTTT-TGTTCATATAAGCTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTAT
131 AATT-GTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAT
** * * ** *
392853 TAATATGCCAAAAATTAATAAATAA-A-ATTTTAAAAAATAAAAT-T-TTTTTTGAACACGTTCA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
*
392914 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
392977 ACCAATTGTTTCTATTTATACAAG-TGTATTTGAAAT-AAATAATACTAGTTCAT
128 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * **
393030 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCATGCAAGTTCAAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * * *
393095 TAG-T-TGTCTATTTGAATAATCATTTA-TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
66 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* **
393156 CAATTGTTTCTCTTCATACAAG-TCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
130 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
393208 TAATATTAT-AAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAA
1 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * *
393272 ATAGTTATGTCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** **
393337 CAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
130 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
393389 TGAT-TTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTTAAAAACTATATCTATTTACCAAA-ATAGTTTAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA-AGTTCAA
* * * *
393448 ATA---AT---TA-TT--AC--TGT-T-TATCTCAAACCGTTATGA--TTTTGATTTTTTCATAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAA
* * ** * * *
393498 AACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAAATTAA
128 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
393553 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACCAGTTTAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAA
* * ** ** * ** * *
393613 GTAGTTAAGGTTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTGGTCATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
393678 CAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATAGTAACTTAT
130 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
393729 TAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCA
1 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCA
* * * * *
393792 ATTAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATAACCTTTTGTTGTGTCATA
64 AATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
393855 AAACAATGGTTTC-ATTTTATAAAAACTAATTTGAAATAAAATAATACTACTTTAT
127 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
393910 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTT-TCTAAACTAGTTCA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATC-AAACAAGTTCA
* * * * * *
393972 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCGATATGAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
394036 ATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAA
129 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * *
394089 TAATA-TTCCAAAA--AATTAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATGC-ATTTGTCAAACCAGTTCA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTATCAAACAAGTTCA
* * * * * * *
394149 AATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATCT-TGACCTTTTGTTTAGTCCTAT
64 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
394213 AATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAT
128 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * **
394267 TAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGCTTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGATTAAGTTCA
1 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
* * * * *
394331 AATAGTTATGACTATTGGTACAATTAT-TGATTTAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** * * * *
394395 AACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAAT-ATGCTACTTTGT
128 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * *
394448 TATTATTTCAAAAGTTAATTAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATC-AGTTTATTGAATAATTTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * ** * *
394510 ATAATTATGGCCATTTGAA-AACTATCTATTTCAAATTTTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * ** *
394574 CAATTGTTTC-AGTTTGTAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTAT
130 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
394626 TAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAGTAA-TTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCAA
* * * * ** * * * * * * * *
394686 ATAATTCTGGCCATTTCCATAATTATCGATTTGAAATCGTTATTACCTTTAGTTTGGTCATATAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
394751 CAATTGTTTTTTATT-AAACAAGTTTATTAGGAATAAAATAATAGTAATTTAA
130 CAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
394803 TAAT-TTTTAAAAAGCTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAA
1 TAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * * * * * *
394867 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTCTATACTTCAAGTCATTCTAACCTTTTATTTTGTTATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
394932 CAATTCTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAA
130 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * ** *
394984 AAATATTAT-GAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAA
1 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
* * * *
395048 ATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTATTTCGAATC---AT----TTTTGTTTTGTCATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
395106 CAAAAT-TTTCAATACATACTAGCTTA-TT--AAT-GAAT--T--T-ATTCA-
130 C-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
395148 TAGTA----AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCA
* * * **
395208 AATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
395273 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATATAT
129 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
395326 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTTAGA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * ** * * * *
395387 TAG-T-TGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAAC
66 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * * *
395450 AATAGTTTCTATTGTTTCAACCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAT
131 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * ** * * *
395501 TAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATTAAATATGCTTACCAAACTAGATCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAA
* * * *
395566 ATAGTCATGACTATTTGTATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
65 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * *
395631 AAATAT-TTT-GGTTCATATAAGCTTA-TTCAAACTAAAATAATACTAAGTTAT
130 CAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
395682 TAATATTAT-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAAT-GAACAAGTTTA
1 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAACAAGTTCA
* * * *
395745 AATAATTATGATTATTTGAACAATTAT-T-TGTTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
64 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
395808 AAA-TATT-TTTCTATTCATACAGGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTAT
127 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
395861 TAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTACA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTC
1 TAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
* * * * * * * *
395923 AAATAGTCATAAGTACTTGAATAATGATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
63 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
395988 AACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
128 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
396042 TAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAT
1 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
396081 TAATATGTTT
Statistics
Matches: 3144, Mismatches: 629, Indels: 354
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 19 0.01
161 54 0.02
162 10 0.00
163 42 0.01
164 41 0.01
165 46 0.01
166 2 0.00
167 6 0.00
168 34 0.01
169 2 0.00
170 4 0.00
171 8 0.00
172 4 0.00
173 4 0.00
174 39 0.01
175 110 0.03
176 140 0.04
177 365 0.12
178 307 0.10
179 347 0.11
180 580 0.18
181 790 0.25
182 187 0.06
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
Found at i:392885 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 392867--392898 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
392857 ATGCCAAAAA
*
392867 TTAATAAATAAAATT
1 TTAAAAAATAAAATT
392882 TTAAAAAATAAAATT
1 TTAAAAAATAAAATT
392897 TT
1 TT
392899 TTTTGAACAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
TTAAAAAATAAAATT
Found at i:394755 original size:177 final size:172
Alignment explanation
Indices: 392034--399990 Score: 1260
Period size: 181 Copynumber: 44.7 Consensus size: 172
392024 CTGTTTAAAC
* * * * * *
392034 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTCTCTA-TTCATAC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATAA
*** ** * *
392098 AAGCTTATTTGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT
* * * * * * * *
392163 -AAAAATGGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAGC
124 AAAAAAT--AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCA-T
* * ** * * * * *
392215 AATTACCTATTTCATTTCATTGTAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTTTTTCTA-TTTATAG
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
* * * * *
392278 AAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAATAAAAGATT
64 AAGCTTA-TTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCA-A-AA--AATTAATAAGAGATT
* ** * * * * * ** * *
392342 TAAAAAATAACTATGTTTATTGAAAAATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAT
123 TAAAAAATAA-TCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAT
** ** ** * * *
392394 AATTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * * *** * * *
392459 TGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAACTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTACAAGCTTTT
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG----AGATTTA
* * * * * * **** *
392524 AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAATTTAAATAGTTATAAATATTTGAAT
125 AAAAAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * ** * * * *
392575 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGTTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * *
392640 GGCTTATT-AGAAATATAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTT
65 AGCTTATTCA-AAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAA--AATTAATAAGAGATTT
* * * * * * * **
392704 AAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTGGAAT
124 AAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATT-TCAT
* * * ** * * *
392756 AATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTG-CAAAAAATAATTGGTTTT-GTTCATAT
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATAA
* * * *
392819 AAGCTTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATGCCAAAAATTAATAAATAAAATT
64 AAGC-TTA-TTCAAAATAAAAT-ATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-AA-GAGA-T
* *** * * * * * * *
392882 TTAAAAAATAAAAT-TTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
122 TTAAAAAAT--AATCTGTTTACCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
** * * *
392935 AATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTTATA
1 AATTATCGATTTCAAATCA-TT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA
* ** * * *
392997 CAAG-TGTATTTGAAAT-AAATAATACTAGTTCATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
63 AAAGCT-TATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG----AGAT
* * * * *
393060 TTAAAAAATAAATCTATTTACC-ATGCAAGTTCAAAT-AGT-TGTCTATTTGAAT
122 TTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAT--AAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* ** * * *
393112 AATCATTTA-TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-CTTCATA
1 AATTATCGATTTCAAATCA-TT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA
*
393174 CAAG-TCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATAGGTAAGAGA
63 AAAGCT-TATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATT-A-A--TAAGAGA
* * * * * ** *
393237 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCATATGAAC
121 TTTAAAAAAT-AATCTGTTTACC-AATAAGTTCAAATAATTATGGCCAT-TTCAT
* * * *
393292 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT--
* ** *
393356 AAAA--TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGAT-TTTTAAAAATTAATTAGAGATTTAA
62 AAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * *
393418 AAACTATATCTATTTACCAAAATAGTTTAAATAA-T-T----ATTAC-T
126 AAAATA-ATCTGTTTACCAATA-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAT
* * * * * * *
393460 -GTT-T--ATCTCAAACCGTTATGA--TTTTGATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA
* * * * *
393518 CAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTA
63 AAAGCTTATTCAAAAT--AAAATATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * * * * * * ** **
393582 AAAAATAAATGTGTTTGCTAA-ACCAGTTTAAGTAGTTAAGGTTATTAAAAT
125 AAAAAT-AATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATT-TCAT
* ** * * * *
393633 AATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
1 AATTATCGATTTCAAATCATTTT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * *
393698 AGCTTATT-AGAATAAAATAATAGTAACTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGGGATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT----AAGAGATTTA
* * * * * * *
393762 AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAATTAGATT-TGACTATTTGAAT
125 AAAAAT-AATCTGTTTAC-CAATAAGTTCAAATA-ATTATGGCCATTT-CAT
* * * * * * * *
393813 AATTATCTATTT-AAAGTCGTTATAACCTTTTGTTGTGTCATAAAACAATGGTTTCATTTTATAA
1 AATTATCGATTTCAAA-TCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
* * ** *
393877 AAACTAATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAT----AAGAGATT
* * * * * * * *
393941 TAAAACTAA-AGT-TGTTTTCTAA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
123 TAAAA--AATAATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * * * * * * * *
393993 AAATATCGATATGAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTA-ATCATAC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
*** * *
394056 AAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAGTGAA-AGATTTA
64 AAGCTTATTCAAAAT-AAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAAT-AAGAGATTTA
* ** * * * * ***
394119 AAAAATAAATGCAT-TTGT-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAAT
125 AAAAAT-AAT-C-TGTT-TACCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCA-TTTCAT
* * * * * *
394170 AATTATCTATTTCAAATCATCTTGACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTTAGTTCATAAA
1 AATTATCGATTTCAAATCAT-TTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
**
394235 AGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGCTTTG
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG--AGA--TTT-
* * * * * *
394300 AAAAAATAAATTTGTTTACCGATTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTGGT-AC
124 AAAAAAT-AATCTGTTTACC-AATAAGTTCAAATAATTATGGCCATT--TCAT
* *
394352 AATTATTGATTTAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
1 AATTATCGATTTCAAATCATTTT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * * * *
394417 AGCTTATCCAAAAGAAAATATGCTACTTTGTTATTATTTCAAAAGTTAATTAGTAAGAGATTTAA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA---AATTAATAAGAGATTTAA
* ** * * *
394482 AAAA-AATCAGTTTATTGAATAATTTCAAATAATTATGGCCATTTGAA
126 AAAATAATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAT
* * ** * * **
394529 AACTATCTATTTCAAATTTTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTGTAAA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * *
394594 AGTTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATA-TACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
*
394659 ATGAATCTGTTTACCAAAGTAA-TTCAAATAATTCTGGCCATTTCCAT
129 AT-AATCTGTTTACC-AA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * * *
394706 AATTATCGATTTGAAATCGTTATTACCTTTAGTTTGGTCATATAACAATTGTTTT--TT-ATTAA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-T-A
* * * * * * *
394768 ACAAGTTTATT-AGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAATTTTTAAAAAGCTAATAAGTAAGAGA
63 A-AAGCTTATTCA-AAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAA---ATTAA-TAAGAGA
* * * * * * * *
394832 TTTAAAAATTAAATCTATTTACCAA-ACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAC
121 TTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* ** * * * * * * * *
394887 AATTCTATACTTCAAGTCATTCTAACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTCTTTCTA-TTTATAC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
* ** * ** * *
394951 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTATGAAAATAAATAACTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-T-TCAAAA-AATTAA-TAAGAGATTT
* * * * * * * *
395016 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAA-ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA-
124 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAT
* * * * * *
395066 ACTATTATCTATTTCGAATCA---T---TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCAATACATA
1 A--ATTATCGATTTCAAATCATTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGTTCATA
** * * *
395124 CTAGCTTA-T-----T---A-AT--GAATTTATTCATAGT-AAAAAATTAATATGTAAGAGATTT
63 AAAGCTTATTCAAAATAAAATATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT-A-A--TAAGAGATTT
* * * * *
395176 AAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTGAAC
124 -AAAAAATAA-TCTGTTTACC-AA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * * * * * *
395229 AATTATCTATGTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATC-ATTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* ** *
395294 AGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
395358 AATAAATTTATTTATCAA-ACTAGTTTAGAT-AGT-TGACTATTTGAGC
128 AAT-AATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCA-T
** * ** * * * * * * ** **
395404 AATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA-TTGTTTC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
* ** * ** * *
395468 AACCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAAATT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-----AGATT
* * * * * * * * *
395533 TAAAAATTAAATATGCTTACCAA-ACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGTAT
123 TAAAAAAT-AATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * * * *
395586 AATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTTGGTTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* *
395650 AGCTTATTCAAACTAAAATAATACTAAGTTATTAATATT-ATAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
** * * *** * *
395714 AAAAAATGAATCTGTTTAATGAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAAC
124 AAAAAAT-AATCTGTTT-ACCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * *
395766 AATTAT--TTGTTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATT-TTTCTA-TTCAT
1 AATTATCGAT-TTC-AAATCA-TTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT
* * *** * *
395826 ACAGGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTACAAGA
62 AAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAAG----AGA
* * * * * * * **
395890 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAAG-TACTTGAAT
121 TTTAAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTAT-GGCCA-TTTCAT
* * * * * *
395945 AATGATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* ** * *
396010 AGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTA
* * * * * * **
396075 AAAAATTAATATGTTTACTGAACATGTTCAAAAAACATTATGACC-TTTTGT
125 AAAAA-TAATCTGTTTAC-CAATAAGTTC-AAATA-ATTATGGCCATTTCAT
* * * * ** *
396126 -TTTGTC-A-TT-AAA-CA----A---TTGGTTCTAT-TCATACAAGC-A-TAATTT-G--AATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATTTTACCTTTTGTT-T-TGTCATA-AAACAATTGTTTTAGTTCATA
* * * * ** * **
396173 AAA--TAATAT-AAACTTATTAATAT-TTCAA-AAATTAATAAGT--AAAAATTTTTAA-A-A--
63 AAAGCTTAT-TCAAA-ATA-AAATATACT-AATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAAGAGATT
* * * * * * *
396227 -AATAAATATAT-T-TTCTA--AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAAC
123 TAAAAAATA-ATCTGTT-TACCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTC-AT
* * * * * *
396275 AATTATCTACTACAAATTGC-TATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATTGTTCT-GTTCATA
1 AATTATCGATTTCAAA-T-CATTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGTTCATA
* * *
396337 AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTCCAAAATTAA-TAAGTAAAAGATT
63 AAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-CAAAA--AATTAA-TAAGAGATT
* * * * ** * ** *
396400 TAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAGTGAGTTCAAATAGTTATAACCCTATGAAC
123 TAAAAAAT-AATCT-GTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCAT-TTCAT
** * * * *
396453 AATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCA-TTCATAC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
*** ** * *
396517 ATTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGGTTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA----GAGATTT
* * ** * * * * *** *
396582 AGAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTTTATTTGAAT
124 AAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * ** * * ** * *
396634 TATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGGATTATTTT-GCTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-A
* * *
396698 AA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAGAGATTTAAA
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * ** ** * * * * ** *
396761 AATTAAATTTGTTTATTGAATCGGTTCAAATAGTTTTGACTAATTGAAC
127 AAAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGC-CATTTCAT
* * * * *
396810 AATTATCTATCTCAAATCATTATTA--TTTGTGTTTTGTCATAAGATAATTGCTTCT-GTTCATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATA
* * * * * * * *
396872 CAAGTTTTTTCAAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGGTT
63 AAAGCTTATTCAAAATAAAATA-TACTAATTTATTAATATTC-AAAAAAT--TAA-TAAGAGATT
* * * ** * * * * ** *
396937 TAAAAAATAATTATGTTCACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
123 TAAAAAATAA-TCTGTTTAC-CAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATT-TCAT
** * * * *
396990 AATTATTTTATTTCGAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC
1 AATTA-TCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
* ** * *
397055 ATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATATTAATAAACAAGGAATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-AA-GA-G-ATTT
* ** * * * * * * *
397120 AAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC
124 -AAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * * * * * *
397173 AATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTG-TTTCGATTCATA
1 AATTATCGATTTCA-AAT-CATTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATA
* * * * * *
397236 AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTGAAAAACTTAACAAGTTAAAGAT
63 AAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG----AGAT
* * * * *
397301 TTAAAAAATAAGCCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCA-TTGAGT
122 TTAAAAAATAA-TCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCA-T
* * ** * * * *** *
397354 AATTATCTATCTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * ** * * *
397419 AGCCTATTCAGAATAGCATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAGTGGGAAATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA----GAGATTTA
* * * * *
397484 AAAAATAAATTTTGTTTTCCGAACT-AGCTC--CT-ATT-T-G--A----AC
125 AAAAAT-AA-TCTGTTTACC-AA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAT
* * * * * * * * * *
397524 AATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-A
* * * *
397588 AA-CCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAGA-ATTTC-AAAAGTTGACAACAATGAGAT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTA-ATA-TTCAAAAAATT---AATAA-GAGAT
* * * * * * *
397650 TTAAAAAATCAACCTATTTGCCAA-AGTAGTTCGAATAATTAT-G-AATGTATGAAC
122 TTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCAT-T-T-CAT
* * ** * * * ***
397704 AATTATATG-TTTACCAAA-AATTATGGCATTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTCATCAT
1 AATTAT-CGATTT--CAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
** * * * *
397767 TCAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAATAAGAGAT
62 AAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAA--TATTCAAAA--AATTAATAAGAGAT
* ** * * *
397832 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACT-AGTTCAAAT-A-TATCACTATTTAAAC
122 TTAAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* ** * ** * * * * * * * *
397884 AATTGTAAACTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* *** * * * * *
397949 AGTTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-CAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
398014 AAAATTAATTTGTCTGT-CGAATCAGTTCAAATATTTAAAGACAATAT-AA
125 AAAAATAATCTGT-T-TACCAATAAGTTCAAATAATT-ATGGCCATTTCAT
* * * *
398063 ACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTCAAATTC
1 A-A-TTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTT--AGTTC
** *** * * ** * * *
398126 A-ACTA-CTTATTTGGAATGAAATAAAAAGAATTTGTTAATCTTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAG
60 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT---AA-TAAGAG
* * * ** *** * *
398189 ATCTAAAAAACAATTTAGTTTACCTAGCCAA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAAC
120 ATTTAAAAAATAATCT-GTTTACC-A-ATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * ** * * * * *
398245 AACTATCTAATTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * *** * *
398310 AGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
398374 AATAAATCTATTTATCAAATGACTTTAAATAGTTATGACTATTTAAGC
128 AAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCA-T
** * * * * * *
398422 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
* ** * *** * *
398486 GAGCTTATTCAAGTTAAAATAATACTAATTGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAACTTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG---AGA-TTT
* * * * * * * *
398551 AAAAAGTAAATATGTTTACCAA-ACTAGATCAAATAGTGATGACTATTTGAAT
124 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * * * * * *
398603 AATTATTC-ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCATAT
1 AATTA-TCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
* * * *
398667 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAATTAAAAGATT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCA--AAAA--ATTAA-TAAGAGATT
* * * * * * *
398731 TAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTCGAC
123 TAAAAAAT-AATCTGTTTACC-AATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTC-AT
* * * * * * * * ** *
398784 AGTTATCTA-TTCAAAACCGCTGTAACTTTTTCTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTA-TTCATA
1 AATTATCGATTTC-AAATC-ATTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA
* *** * * * *
398847 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATGTT-AAGACAATTAACAAGTTAAAGAT
63 AAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAAG----AGAT
* * * * * * * ** * * * *
398911 TAAATAAAAAAATATATTTACTAAACAAGCTCAAATCTTTATGACTATTTGAAA
122 TTAA-AAAATAATCTGTTTAC-CAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
** * * *
398965 AATTATTTATTTCAAA-C-TGTTATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA--TCAT
1 AATTATCGATTTCAAATCAT-TT-T-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT
* * *** * * * * * *
399026 ATATGCTTATTTTGATTAAAATAATATTAGTTTAGTAATATTTC-GACAATTAATAAGTAGAAGA
62 AAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAT-A--AG-AGA
* * * * * * * * ** * *
399090 TTTAAAAAATAAATATGTTTTTCAAACAATTTCAACTAGTCATAACTATTTGAAT
121 TTTAAAAAAT-AATCTG-TTTACCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * * * * * *
399145 AATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* ** * * *
399210 AGTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAATAAGAGAATTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAA--AATTAATAAGAGATTTA
* *** **
399275 AAAAATGAATCTGTTTATCAA-ACATGTTCAAATAATTATGAATATCTAAAT
125 AAAAAT-AATCTGTTTACCAATA-A-GTTCAAATAATTATGGCCAT-TTCAT
* ** * * * * * *
399326 AATTATCTAGTTAAAAAT-ATTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTA-ATCATA
1 AATTATCGA-TTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATA
* * * *
399388 CAAA-ATTATCTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAAA
63 -AAAGCTTAT-TCAAAATAAAAT-ATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAT--A-AGAG
* * * * * * * * *
399449 ATTT-AAAAATAAATATAATTT-CTAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
120 ATTTAAAAAAT-AATCT-GTTTAC-CAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * *
399504 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAA
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT-A
* ** * * * *
399568 AAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATT
63 AAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTC--AAAA--AATTAATAAGAGATT
* ** ** * * * * *
399633 TAAAAAGTAAATCTGTTTATTGAACGAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAC
123 TAAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
** * * * * *
399686 AATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAT
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
* * * * **
399750 AAGTTTATTCGAAATAAAAATAATATTAATTTGTTAATATTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATT
64 AAGCTTATTCAAAAT-AAAAT-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA----GAGATT
* ** * * * * * * *
399815 TAAAAAATAAATCTGTTCATGAACAAGCTCAAATAGTCATGTCTATTTGAAT
123 TAAAAAAT-AATCTGTTTACCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-CAT
* * * ** *
399867 TATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTG-TTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
1 AATTATCGATTTCAAATCATT-TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-
* * * *
399930 AAA-ATTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTACTATTTC-AAAAATTAATAAGATATTT
63 AAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTT
399991 TTCAAACTAA
Statistics
Matches: 5938, Mismatches: 1298, Indels: 1086
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
147 7 0.00
148 7 0.00
149 9 0.00
150 4 0.00
151 3 0.00
152 6 0.00
153 10 0.00
156 2 0.00
157 4 0.00
158 8 0.00
159 6 0.00
160 13 0.00
161 65 0.01
162 25 0.00
163 53 0.01
164 49 0.01
165 67 0.01
166 12 0.00
167 12 0.00
168 52 0.01
169 97 0.02
170 29 0.00
171 9 0.00
172 7 0.00
173 4 0.00
174 74 0.01
175 151 0.03
176 261 0.04
177 519 0.09
178 441 0.07
179 550 0.09
180 1050 0.18
181 1541 0.26
182 631 0.11
183 99 0.02
184 24 0.00
185 35 0.01
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
AATTATCGATTTCAAATCATTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAA
GCTTATTCAAAATAAAATATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
AATCTGTTTACCAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAT
Found at i:396007 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 393481--405664 Score: 2432
Period size: 361 Copynumber: 34.2 Consensus size: 356
393471 ACCGTTATGA
* ** * * *
393481 TTTTGATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATACT
1 TTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTATTC-AAAT-AAAATAATACT
* * ** * *
393546 AAATTAATAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAG
62 -AATTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAG
* ** ** * * *** * * *
393608 TTTAAGTAGTTAAGGTTATTAAAATAATTATCTATTTC-AAATTGTTTTGACCTTTTGTT-TGGT
125 TTTAAATAGTT--GACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCT-AT
* * ** * *
393671 CATAAAACAATTA-TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATAGTAACTTATTAAC
186 CATAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
* * * * *** * ** * * *
393733 ATTCAAAAAATTAATGAG-CAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAATTAG
249 ATTTAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAG
* * * * *
393797 AT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATAACC
314 -TCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC
* * * * * * * *
393840 TTTTGTTGTGTCATAAAACAATGGTTTCATTTTATAAAAACTAATTTGAAATAAAATAATACTAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTA-
* * * ** * *
393905 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTCTAAACTAG
63 ATTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTAATGAACAAG
* * ** * * * * * *
393968 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCGATAT-GAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTC
125 TTTAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTAT-TCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATC
* * * * * * *
394031 ATAAAATAATTA-TTTCTAATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
187 ATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT
** * * * ** * *
394095 TCCAA-AA--AATTAGT-GAAAGATTTAAAAAAT-AA-ATGCATTTGTCAAACCAGTTCAAATAG
251 TTAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGC--TTACCAAACAAGATCAAATAG
* *
394154 TTA-AGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATCT-TGACC
314 TCATA-ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACC
* * * * * *
394197 TTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * * ** **
394262 TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGCTTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGATTAAG
64 -TTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAG
* * * * * * * * *
394327 TTCAAATAGTTATGACTATTGGTACAATTATTGATTTAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCA
125 TTTAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCA
* * * *** ** * * * * *
394392 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAAT-ATGCTACTTTGTTATTATT
188 TAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* * * * * *** * ** *
394455 TCAAA-AGTTAATTAGT-AAGAGATTT-AAAAA-AAATCA-GTTTATTGAATAATTTCAAATAAT
252 T-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGT
* ** * * * ** * *
394515 TATGGCCATTTGAA-AACTATCTATTTCAAATTTTTATTATC
315 CATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * *
394556 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTGTAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAGTACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * * *** *
394621 TTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAATAAGTGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAGTAA-T
64 -TTATTAATATT-TAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAA-CAAGT
* * * * ** * ** ** ** * * *
394682 TCAAATAATTCTGGCCATTTCCATAATTATCGATTTGAAATCGTTATTACCTTTAGTT-TGGTCA
126 TTAAAT-AGT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCT-ATCA
* * * * ** * ** * *
394746 TATAACAATTGTTTTTTATT-AAACAAGTTTATTAGGAA-TAAAATAATAGTAATTTAATAATTT
188 TAAAACAATAG-TTTCTATTCATACAACCTTATT-TGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT
* * * * * ** * * *
394809 TTAAA-AAGCTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGT
251 TTAAACAA-TTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
394872 TATGACTATTTAAACAATTCTATACTTCAAGTCATTCTAACC
315 CATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
394914 TTTTATTTTGTTATAAAACAATTCTTTCTA-TTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTA
** * * * **** *
394978 ATATAAAAATATTATGAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAG
63 AT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAG
* * * * * * *
395043 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACTATTATCTATTTC-GAAT--C-AT----TTTTGTTTTGTC
125 TTTAAATAGTT--GACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATC
* * * * * *
395100 ATAAAACAAAATTTTC-A---ATACATA-C-TA---G-CTT--ATTAAT--GAATTTATTCATA-
187 ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACA-ACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT
* * * * * * * * * * *
395150 GTAAAAAATTAATATGT-AAGAGATTTAAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAA
251 TTAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAAATAAATATGCTTACC-AAACAAGATCAAATAG
* ** * * * **
395213 TTATGGCTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGCTATGACC
314 TCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
395256 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * *
395321 TATATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ATCAAACTAGT
64 T-TATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAT-GAACAAGT
* * ** *** * * *
395382 TTAGATAGTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAA
126 TTAAATAGTTGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
** * * *
395447 AACAATAGTTTCTATTGTTTCAACCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
191 AACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAA
* * *
395512 CAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATTAAATATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGAC
256 CAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATAAC
* * *
395577 TATTTGTATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACC
321 TACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* *
395613 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATAT-TTTGGTTCATATAAGCTTATTCAAACTAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAA
* *
395677 GTTATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAATGAACAAGT
64 -TTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGT
* * * * *
395742 TTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTGTTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
126 TTAAAT-AGT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCAT
* * **
395807 AAAA-TAT-TTTTCTATTCATACAGGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
189 AAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTA-TTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
* * * * *
395868 AAGACAATTAATAAGT-ACAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCA
253 AA-ACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCA
* * *
395932 TAAGTACTTGAATAATGATCTATTTCAAATCATTGTGACC
317 TAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
395972 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
396037 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATATGTTTACTGAACATGT
64 -TTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGT
* * * ** * ** *
396102 TCAAA-A---AAC-ATTATG-AC-CTT-TTGT-TT---TGTCATTA-AACAATTGGTTCTATTCA
126 TTAAATAGTTGACTATT-TGAACAATTATT-TATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTA-TCA
* * * * * * * * * *
396154 TACAAGC-ATAATTTGAATAAAATAATATAAACTTATTAAT-ATTTCAAAA-ATTA-ATAA-GTA
188 TA-AAACAATAGTTT--CT--ATTCATACAACCTTATT--TGAATT-AAAATAATACA-AATTTA
** * * * * ** * * ** **
396214 AAAATTTTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACATGTT--CAAATAGTTATGACTATTTC-AACA
244 TTAATATTTAAACAATTAATA-A--GTAAAAAAAT-TTAAAAAATAAATATG-CT-TACCAAACA
* * * * * * ** * *
396276 ATTATCTACTA--CA-AATTGC-T--ATAACCTT-T-TGTTT--TGTCA-TA-AACA
303 A-GATCAAATAGTCATAACTACTTGAATAA--TTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * *
396321 AATTGTTCTGTTCAT---A-AA------AG--C-T-T-A---T-TTAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * ***
396367 TATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-ATCGAGTGAGTT
65 TATTAATATTTAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAAT-GAACAAGTT
* * ** * * * * * *
396430 CAAATAGTTATAACCCTATGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
127 TAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCAT
* * *** * *
396494 AAAACAATTGTTTCCATTCATACATTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
189 AAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-T
*** ** * * *** * *
396559 AAA-AATTAATAAGT-TGGAGGTTTAGAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTCAT
253 AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCAT
*** * * ** *
396622 GTTTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
318 AACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * ** *
396661 TTTTGTTTTGTCATAAAAGGATTATTTTGCTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA-
* * * * * *
396726 TTATTAATATTTCAAAATT--TAATAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATTGAATC-GGTTC
64 TTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAA-CAAGTTT
* * * * * *
396788 AAATAGTTTTGACTAATTGAACAATTATCTATCTC-AAATCATTATTA--TTTGTGTTTTGTCAT
128 AAATAG--TTGACTATTTGAACAATTATTTAT-TCAAAATCACTATAACCTTT-TGTTCTATCAT
* * * * * * * * * * * *
396850 AAGATAATTGCTTCTGTTCATACAA-GTTTTTTCAAAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATATT
189 AAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTT-GAATTAAAATAATAC-AAATTTATTAATATT
* * ** * ** * *
396913 CTAAA-AAATAATAAGT-AAGAGGTTTAAAAAATAATTATG-TTCACTGAACCAGTTCAAATAGT
252 -TAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTT-ACCAAACAAGATCAAATAGT
* * * * * *
396975 TA-AGACTA-TTAGAACAATTATTTTATTTCGAATCATTCTAACC
315 CATA-ACTACTT-GAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
397018 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
397083 TTTATTAATATTCAAAATATTAATAAACAAG-GAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
64 -TTATTAATATTTAAAA-ATTAAT-AATAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTAATGAACAA
* * * * * * *
397147 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAGAATAAATATGACCTTTTGTTCTATC
124 GTTTAAATAGT--TGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATC
* * * * * * * ** *
397212 ATAAAAAAATTGTTTCGATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATT
187 ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* * * ** * * * *
397277 TGAAA-AACTTAACAAGT-TAAAGATTTAAAAAATAAGCCA-GTTTATCGAATC-AGTTCAAATA
252 T-AAACAA-TTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAA-ATATGCTTA-CCAAACAAGATCAAATA
* * ** * * * ** *
397338 ATTATGGCCA-TTGAGTAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAAC
313 GTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * **
397381 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT--TTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAGCATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCAT-AT--AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT
** * *
397444 AATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAGTGGGAAATTTAAAAAATAAATTTTGTTT--T---C-
62 AA-TTATTAATATTTAAA-AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTAATGAACA
* * * * * ** * *
397503 CG---AACTAGCT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAAT-GTTATAACCTTTTATTCTATT
123 AGTTTAAATAGTTGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATC
* * * * ** * * *
397562 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAACC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAGA-A
187 ATAAAACAATAGTTTCTATTCATA-CAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTA-ATA
* * * * ** * * * ** * *
397625 TTTCAAA-AGTTGACAA-CAATGAGATTTAAAAAATCAACCTAT--TTGCCAAAGTAGTTCGAAT
250 TTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAAT-AA-ATATGCTTACCAAACAAGATCAAAT
* * * * * * * * *
397686 AATTATGAA-T-GTATGAACAATTATATGTTTACCAAA-AATTATGGCA
312 AGTCAT-AACTACT-TGAATAATTATCTATTT--CAAATCATTATGACC
* *
397732 TTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT--TTCATCATTCAAGCTTATTCATAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCAT-A-T-AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT
* * *
397795 AATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCGAACT
62 AA-TTATTAAT-ATTTAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAT-GAACA
* * * * ** *** *
397859 AGTTCAAATA-TATCACTATTTAAACAATTGTAAACTTC-AAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTAT
123 AGTTTAAATAGT-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * ** * * * * *
397922 CATAAAACAATTA-TTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATCTAATAATA
186 CATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
397986 TTCCAAA-AATTAATAACTAAGAGAA-TT-AAAAATTAATTTGTCTGT-CGAATC-AGTTCAAAT
250 TT-TAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATG-CT-TACCAAACAAGATCAAAT
* * * * * * *
398046 ATTTAAAGAC-AATATAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACC
312 AGTCATA-ACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * * *
398092 -TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTCAAATTCA-ACT-A-CTTATTTGGAATGAAATAAAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT--AGTTCATA-TAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
398153 GAATTTGTTAATCTTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATCTAAAAAA-CAATTTAGTTTACCT-AG
61 TAA-TTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-ATGA-
* * * * * * *** * *
398216 CCAA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAACTATCTAATTC-AAATTGTTATGACTTTTTGTT
120 ACAAGTTTAAAT-AGT-TGACTATTTGAACAATTAT-TTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTT
* * * * * ** * * * *
398279 TTGTCATAAAACAA-ATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAA-TAAAGTAATACTAATCTAT
182 CTATCATAAAACAATA-GTTTCTATTCATACAACCTTATTT-GAATTAAAATAATACAAATTTAT
* * ** * ** ** *
398342 TAATATTTCAAA-AATTAATAAG-----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATGACTTTA
245 TAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCA
* * * * * *
398401 AATAGTTATGACTA-TTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
309 AATAGTCATAACTACTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** *
398449 TTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACGAGCTTATTCAAGTTAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAA-ATAAAATAATACTA
* * * * *** *
398513 ATTGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAACTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTA
63 ATT-ATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAA
* * * * * * * * *
398577 GATCAAATAGTGATGACTATTTGAATAATTATTCATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
124 GTTTAAATAGT--TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * * ** ** * * *
398641 TATAAAAAAATTA-TTTCAATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA
186 CATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
* * * * * * *
398705 TTATGAA-AATTAATAA-TTAAAAGATTTAAAAAATGAATCT-CTTTACCAAACAAGTTTAAATA
250 TT-TAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGC-TTACCAAACAAGATCAAATA
* ** * * * * * ** * * *
398767 ATTTTGACTATTTCG-ACAGTTATCTA-TTCAAAACCGCTGTAACT
313 GTCATAACTACTT-GAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACC
* * * * * ** *
398811 TTTTCTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTT-TAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
398875 ATTTATTAAT-GTTAAGACAATTAACAAGTTAA-AGA-TTAAATAAAAAAATATATTTACTAAAC
63 A-TTATTAATATTTAA-A-AATTAATAA--TAAGAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTAATGAAC
* * ** * * ** *
398937 AAGCTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAACT-GTTATAACTTTTTGTT-T
122 AAGTTTAAAT-AGT-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCT
* ** ** * *
399000 AGTCATAAAACAATTA-TTTCTA-TCATATATGCTTATTTTG-ATTAAAATAATATTAGTTTAGT
184 A-TCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAACCTTA-TTTGAATTAAAATAATACAAATTTATT
** * * * ** ** *
399062 AATATTTCGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCAAACAATTTCAAC
246 AATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAA
* *
399126 TAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACC
311 TAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
399172 TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
399237 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAATAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTT-ATCAAACATG
64 -TTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAT-GAACAAG
* * * * * * * * * * * * *
399301 TTCAAATAATTATGAATATCTAAATAATTATCTAGTTAAAAAT-ATTATGACATTTT-TTTTGTC
125 TTTAAAT-AGT-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATC
* * * * * ** * * * * *
399364 ATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTCAAATAAAATAATATAAATTTGTTAATATT
187 ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* ** * * ** *
399429 TCAAA-AATTAATAA--ATAAAAATTT-AAAAATAAATATAATTTCTAAACAATTTCAAATAGTT
252 T-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTC
* * *
399490 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
316 ATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
399531 TTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTCT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCAT-ATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
* * * * * *
399595 AATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATTGAACGA
62 AA-TTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAA
* * * * * *
399660 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGATCTTTTATTTTAT
124 GTTTAAAT-AGT-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
* * ** * * ** *
399724 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAAATAATATTAATTTGTTAATA
186 CATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTG-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
* *** * * *
399789 TTCTTAA-AATTAATAAGT-TGGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT--CATGAACAAGCTCAAAT
250 TT-TAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCA--AACAAGATCAAAT
** * * **
399849 AGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGATA
312 AGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** *
399894 TTTTG-TTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAACACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA
* * ** *
399957 ATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAATAAGATATTTTTCAAACTAAATA--TTT-ATGTCAAAC
63 A-TTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAATG---AA-
* ***
400016 CAA-TTCAAATAGTTATGA-TATTTG-----TT-TTGTCA-T-AAAAT-A--AT-TGTTTTTGTT
121 CAAGTTTAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATT-T-ATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTT
* ** *** ** * *
400067 C-ATCCAAGCTTAGTCAA-AGTAAAATATTGTTA-AA--TTAATAAT-AATCTAAAAATTAATAA
182 CTAT-C-A--TAAAACAATAGT-TTCTATTCATACAACCTT-AT-TTGAAT-T-AAAA-TAATAC
** * * * * * * **
400126 AAGATTTTAAAAAAAGTGTTTGCCAAACCAGTTCAA-ATAGT-TAAGACTATTAGAAAATTATCT
237 AA-A-TTT--ATTAA-TATTT---AAA-CAATT-AATA-AGTAAAAAAAT-TTA-AAAAATAAAT
* * *** * * ** ** *** ** *
400189 AT-TTTA--AATCATTCTGACATTTTGTTTGGT-CATAAAATAATT-T-T-TTT--AGT--TTAT
289 ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATAACTAC-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
400243 -A-C
353 GACC
* * * ** * * *
400245 --GTGCTTAT-TCA-AAATAAAATAATACTAATTTAT-TAA---TATTC----AAAA-AAT--T-
1 TTTTG-TTTTGTCATAAA-ACAATTGT-TTAGTTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTA
* * * * *** *
400294 A--ATGAAGA---ACAAATT--T-A-AA-A-A--T----AATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
63 ATTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGTTT
* * * * *
400342 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTT-TAATCATA
128 AAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCT-ATCATA
* * * * * * ** * *
400406 AAATAATTA-TTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTATTACTT
190 AAACAA-TAGTTTCTA-TTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * * *** * * * *
400469 CAAA-AATTGATATGT-TAGAGATTTAAAAAATAAGTCAAT--TTATCAAATTGGTTTAGATAAT
252 TAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAAT--ATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGT
* *** * * * *
400530 TATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC
315 CATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * **
400572 TTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT--TTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCAT-AT--AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
** * * * *
400635 AATTTATCGATCTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT--T--AC--
62 AA-TTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAA
* * * * * *** * *
400693 --CTAACTAGTT-CCTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATTGTTATAACCTTTT-TTTTATTA
124 GTTTAAATAGTTGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCA
* ** ** * * *
400753 TAAAATAATTA-TTTC-AGTTCATGTAGGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA
188 TAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCATACAACCTTATT-TGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
* * * * * * ** * ** * *
400815 TTTCAAA-AATTAATAACT-AAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTCGAAGTAGTTCAAACAG
250 TTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAG
* * * *
400878 TTAAAACTA-TAAGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACC
314 TCATAACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** **
400921 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGGCCATAGGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * * *
400986 TTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTT-ATCGAATC-A
64 TT-ATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAT-GAA-CAA
* * * * * * *** *
401049 GTTCAAATAATTATGGCCATGTT-AATAATTATCTATTTC-AAATTGTTATTACCTTTTGTT-T-
124 GTTTAAAT-AGT-TGACTAT-TTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTA
* * * ** * * *
401110 T-ATATAACAATTGTATT-TGA-ACATTA-AAGATTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTACTA
185 TCATAAAACAATAGT-TTCT-ATTCA-TACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTA
* * * * * * * * * * *
401171 ATCTTTCAAA-AATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGATCTAGTTTATA
247 ATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAA
* * * * * * ** ** *
401234 TAGTTATGACCATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATTGTTAT-AAC
311 TAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACC
* * * *
401279 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGGAA-AAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTAGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
401343 TCTAATAATATTCTAAAAAATAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT-GTCAAACCAA
64 T-TATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAT-GAA-CAA
* * ** *** * * * *
401407 -TTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTTC-AAATTGTTATGACCTATTGTTTTGT
124 GTTTAAATAGTT--GACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * ** * * * * * **
401470 CATAATATAGCTTTTTTTTAATTTATACTAGCTTATTTGGAA-TAAAATAAAATGAATTTATTAA
186 CATAAAACA-ATAGTTTCT-ATTCATACAACCTTATTT-GAATTAAAATAATACAAATTTATTAA
** * * * * * * * * * *
401534 TATTTCAAA-AATTAATAAGT-ATGAGATTCAAAAAATAATTCTGTTTATCTAACTAGTTTAAAT
248 TATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAAT
* * * * *
401597 AATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
312 AGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
401642 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATGTTT-GTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTAGTTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTA
* * * * * * *
401706 ATTTATTAATATTT-CAAA-TATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTCATCAAACTAGT
63 A-TTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAT-GAACAAGT
* * * * * * * *
401768 TCAAATAGTTATGATTATTT-AAGTAGTTATTTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTCTATT
126 TTAAATAG-T-TGACTATTTGAA-CAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATC
* *** * *
401831 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGTTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
187 ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT
** * * * * * *
401895 TTTGATAATTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATT
251 TTAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTC
* ** * *
401959 ATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTCATATCGTTATGACC
316 ATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
402000 TTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAACTTTTTCAAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
** * * * * *
402065 TTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTTAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGT
64 -TTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAG-
* * * * * ** * ** * *
402130 TTTAAAAATTATAATTGTTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGCTATAACCTTTCATTTTGTCAT
125 TTTAAATAGT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCAT
* ** ** * * *
402195 AAAAGAATTTTTTCTATTCATACAATTTTATTTCAAATAATATAATACAAATTTATT-A-ATTTA
189 AAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTA
* * * * * * ** *** * * *
402258 AGATAATTAGTAGGT-AAAATATTTAAAAGATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCGAATCA-TTA
254 A-ACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAAT-AGTCA
* * * * ** *
402321 TGACTA-TT-TATCCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACT
317 TAACTACTTGAAT--AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
402361 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACATGTTTATTCATATTAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA-GTTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * * *
402426 TTTATAAATATTTTGACAAGTAACAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTATTAAACAAAT
64 -TTATTAATA-TTTAAAAATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGT
* * * * * * * * * *
402491 TCAAATAGTCATGTCTACTTGAATAATTATCTATTTCGAAA-CATTATAACCTTTTCTTTTATAA
126 TTAAATAGT--TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCA
* * ** * *
402555 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
188 TAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * * * *
402619 TCAAA-AATTAATGAGTAAGAGAATTCAAATAA-GAATCTGTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTT
252 T-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTC
* *
402682 ATGACTA-TCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
316 ATAACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** ** *
402723 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAT-AAATAAT-TTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-A
* * *
402786 ATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAAT-A-AG------AAAA-AAATATGTATT-CTGAACATG
63 A-TTATTAATATT-TAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTAATGAACAAG
** * * * * * * *
402838 TCCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTGT-TTC-AAATTATTATGACCTTTAGTTTTGT
125 TTTAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTAT-T-TATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
** * * * * *
402901 CATAAGCCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAA-AAAAATAATACTAATTTATTAA-A
186 CATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTT-GAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
* * ** * * * *
402964 TTACTAAA-AATTAATAAGT--AAAAA-TTAAAAAGTAAATCTATTTAAC-AACTAGTTTAAATA
250 TT--TAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATA
* * * * * *
403024 GTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATC
313 GTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* *
403068 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA
* * * **
403132 ATTGATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGAACAA
63 ATT-ATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAA
* * * * ** *** * * * *
403196 GTTCAAATAGTCATGTCGATTTGAACTATTATCCACTTC-AAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
124 GTTTAAATAGT--TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
* * *** ** * *
403260 CATCAAACAATTA-TTTTTATTCATACAAAAATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
186 CATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
* * * * ** * * *
403324 TTTCAAA-AATTAATAAG-----AGATTTAATAACTAAATGTATTTACCAAACCAGTTTAAATAG
250 TTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAG
* * * * * * * * ** *
403383 TTATGACTATTTCAACAATGATTTATCTCAAATCAGGATGA-T
314 TCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
403425 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCCTATTCAGAGTAAAATATTGCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT-A
* * * * ** * *
403490 ACTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACTAGT
63 ATTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGT
* * * * * * * *
403555 TT-AATAGCTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAAA-CATTCTAACCTTTTGTTTTATCA
126 TTAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCA
** ** * * * * * * * * * *
403618 T-AAA-TTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAAATGGAAATAAATTGATA-TAATATTATTAACAT
188 TAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAAT-TTATTAATAT
* * * * ** *
403680 TCAAA-AAGTTAGTAA--ACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
251 TTAAACAA-TTAATAAGTA-AAAAAATTT-AAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATA
* * *
403742 GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
313 GTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
403786 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA-
* * **
403851 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-ATCGAATCA
63 ATTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAAT-GAA-CA
* * * * * * *
403914 A-TTCACATAATT-ATCGCCATTTGAATAATTATCTATTTC-AAAT-AGTTATGAA-CTTTTGTT
123 AGTTTAAATAGTTGA---CTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCA-CTAT-AACCTTTTGTT
* * * * * * * *
403974 TTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCA-CCATACAAGAC-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
182 CTATCATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAA-CCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTAT
** * * * * * *
404036 TAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAGGAGAA-TTAAAAAATAAATATACTTACTAAACCAGTTTA
245 TAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCA
* * * * * *
404099 AATAATTAGT-ACTATTTGAATAATTATATATTTGAAAT-AGTTATAACC
309 AATAGTCA-TAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* * * * * * * *
404147 TTTTATTTTATCATGAAATAATTATTTA-TAATCATACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGT--TCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA
* * * * * **
404211 ATCTAATATTATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATA-AAATTTGTTTGCTGAACCAA
63 AT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAA-CAA
* * * * * * * ** * * * *
404275 -TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATCA-TCAATCTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
124 GTTTAAATAGTT--GACTATTTGAACAATTATTTATTC-AAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * ** * **
404338 CATAAAACAAGT-GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTTGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAAT
186 CATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAACCTT-ATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
* * * ** * *
404401 ATTTTGAA-AA-T--TAA-T-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCGAAT
249 A-TTTAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAA-CAAGATCAAAT
* * * * *
404459 AGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AGCC
312 AGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CC
* * * * *
404504 ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTGATA-CAGTCTTATTCGAAATAAAGTAA-AGC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATATAAG-CTTATTC-AAATAAAATAATA-C
* * * * ***
404566 TAATTTATTGATATTCTAAAAATTAATAAGAA-ATGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCT-AA
61 TAA-TTATTAATATT-TAAAAATTAATAATAAGA--GATTTAAAAAATAAATATGTT-TAATGAA
* ** * * * * * ** *
404629 CCAGTACAAATAGTTATAATTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAGT-TTTATGACCTTTAT-TT
121 CAAGTTTAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTT-TGTT
* * * * * * ** * * *
404692 -TATTACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTGACTCAGAA-TAACATAATTCTAATTTATT
182 CTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTA-TTTGAATTAAAATAATACAAATTTATT
* * * * * * * * *
404755 AATATTTCAAA-AATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTATCAAACAAGTTAAA
246 AATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAA
* * * * * *
404818 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATTACC
310 ATAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
404865 TTTTGTTTAGTCATAAAATATAATT-TTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACA
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTGTT-TAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
* ** * * * ** **
404928 AATTTATTAATATTTAGATAACAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAGTAA
62 AA-TTATTAATATTTA-AAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAA
* * * * *** * * *
404992 GTTCAAATAG-TAACAAATATTTCAATAATTATTTATTTC-AAATTGTTATGA-CTTTCTATTTT
124 GTTTAAATAGTTGAC---TATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTT-TGTTCT
* * ** * * * * * * **
405054 GTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAACAATATTAATTTATTAAT
184 ATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
* * * ** * * * *
405119 ATTTCAATAATTAATAAGT-AAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAG
249 ATTTAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAG
***
405183 TCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACC
314 TCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
405226 TTTTGTTTTATTATAAAACGATTGTATCT-GTTCGTATACA-CTTATTCAAAGTAAAAAAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T-TAGTTCATATA-AGCTTATTCAAA-TAAAATAATACT
* * * * * *
405289 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTACTGAACAA
62 AA-TTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAA
* * * *** * * * *
405354 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
124 GTTTAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * * *
405418 CATAAAATAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
186 CATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAA-CCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
* * *** *
405482 ATTCTAAA-AATTAATAA--ATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTGTTTTGAATAC--GTTCAAA
249 ATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATG-CTTACCAA-ACAAGATCAAA
* * * *
405542 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTGTGACC
311 TAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* * * * * * * *
405588 TTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAATCATATTTAAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
405653 TTTATTAATATT
64 -TTATTAATATT
405665 CCAAAAACTA
Statistics
Matches: 8994, Mismatches: 2052, Indels: 1555
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
315 7 0.00
316 6 0.00
317 8 0.00
318 21 0.00
319 4 0.00
320 27 0.00
321 9 0.00
322 4 0.00
323 6 0.00
324 1 0.00
325 8 0.00
326 11 0.00
327 58 0.01
328 30 0.00
329 36 0.00
330 26 0.00
331 22 0.00
332 14 0.00
333 14 0.00
334 21 0.00
335 32 0.00
336 34 0.00
337 4 0.00
338 51 0.01
339 32 0.00
340 19 0.00
341 29 0.00
342 132 0.01
343 28 0.00
344 9 0.00
345 98 0.01
346 51 0.01
347 35 0.00
348 144 0.02
349 299 0.03
350 172 0.02
351 151 0.02
352 38 0.00
353 29 0.00
354 157 0.02
355 148 0.02
356 284 0.03
357 909 0.10
358 772 0.09
359 852 0.09
360 927 0.10
361 1552 0.17
362 1104 0.12
363 397 0.04
364 113 0.01
365 53 0.01
366 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATT
ATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAGTTTAAA
TAGTTGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAA
TAGTTTCTATTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAACAATT
AATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATAACTACTT
GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
Found at i:396173 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 395962--396255 Score: 373
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
395952 TATTTCAAAT
* * * *
395962 CATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAA
* * * *
396027 ATAATACT-AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATTAATATGT
66 ATAATA-TAAACTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATAT
*
396089 TTACTGAACATGTTCAAAAAA
127 TTACTAAACATGTTCAAAAAA
* *
396110 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCATAATTTG-AATA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTC-AGTTCATACAAGCAT-ATTTGAAATA
396173 AAATAATATAAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAAATAAATATAT
64 AAATAATATAAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA--TTTAAAAAATAAATATAT
*
396238 TTTCTAAACATGTTCAAA
127 TTACTAAACATGTTCAAA
396256 TAGTTATGAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 12, Indels: 13
0.84 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
146 2 0.02
147 2 0.02
148 83 0.65
149 40 0.31
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (147 bp):
CATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAA
ATAATATAAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
TAAACATGTTCAAAAAA
Found at i:396647 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 396110--399984 Score: 2710
Period size: 181 Copynumber: 21.6 Consensus size: 180
396100 GTTCAAAAAA
* * *
396110 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCATAATTTG-AATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAA
* * *
396174 AATAATA-TAAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTTAAAAAATAAATATA
65 AATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
396237 TTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTACTACAAAT
126 TTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*** * * * *
396292 TGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATTG-TTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* ** *
396355 AATAATACTAA-TTATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT
65 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTT
* *** * ** * *
396418 ATCGAGTGAGTTCAAATAGTTATAACCCTATGAACAATTATTTATTTCAAAT
129 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ***
396470 CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACATTTTTATTTGAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
** * *
396535 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGGTTTAGAAAATAAATATGTTTA
66 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * ** **
396600 TTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTTTATTTGAATTATTATCTATTTCAAAT
130 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * ** * ** * ** **
396651 TGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGGATTATTT-TGCTCATATAAAATTATTCAAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
396715 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTAT
66 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * *
396777 TGAATC-GGTTCAAATAGTTTTGACTAATTGAACAATTATCTATCTCAAAT
131 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
396827 CATTATTA--TTTGTGTTTTGTCATAAGATAATTGCTTCTGTTCATACAAG-TTTTTTCAAAGTA
1 CATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TA
* * * * * * *
396889 AAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTATGTT
64 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * *
396954 CACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTTATTTCGAAT
128 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAAT
* * * *
397008 CATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* ** * *
397072 AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATATTAATAAACAAG-GAATTTAAAAAAATAAATCTAT
65 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA-ATTAATAAGTAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATATGT
*
397136 TTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AGAAT
127 TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AAT
* * * * * * * *
397190 AAATATGACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTCGATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * **
397255 ATAATATTATTTTATTAATATTTGAAAAACTTAACAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAGCCA-GT
66 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA-TTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAA-ATATGT
* * * * ** *
397318 TTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCA-TTGAGTAATTATCTATCTCAAAT
127 TTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * *
397371 TGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCAGAATA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATA
** ** *
397434 GCATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAGTGGGAAATTTAAAAAATAAAT-T-TT
64 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * *
397497 GT-TT--TC-CG---AACTAG--CT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
128 -TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * * * **
397541 -GTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAACCTATTCAAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * ** *
397605 ATAATACTAATTTAATAGA-ATTTCAAAAGTTGACAA-CAATGAGATTTAAAAAATCAACCTATT
66 ATAATACTAATTTATTA-ATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTT
**** ** * * * * * * *
397668 TGCCAAAGTAGTTCGAATAATTATGAATGTATGAACAATTATATGTTTACCAAA-
128 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT--CAAAT
* * * * * * * *
397722 AATTATGGCATTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTCA-TCATTCAAGCTTA-TTCATAATA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATA
* * *
397785 AAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
64 AAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * ** *
397850 TATCGAACTAGTTCAAATA--TATCACTATTTAAACAATTGTAAACTTCAAAT
128 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * * * * * *
397901 TGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGAGTAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * * * *
397966 ATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATTAATTTGTCTG
66 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * *
398030 TCGAATC-AGTTCAAATATTTAAAGACAATATAAACAGTTATCTATTTCAAAT
130 TTGAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
398082 CATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTCAAATTCA-ACTA-CTTATTTGGAATG
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* ** * * * * * * *
398144 AAATAAAAAGAATTTGTTAATCTTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATCTAAAAAA-CAATTTAGT
64 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GT
* * * * * *
398208 TTACCT-AGCCAA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAACTATCTAATTCAAAT
127 TTA-TTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * * *
398262 TGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
398327 GTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
66 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** ** * * *
398388 TCAAATGACTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAAT
130 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
398439 CATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACGAGCTTA-TTCAAGTTAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAA
* * * * *
398503 AATAATACTAATTGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAACTTTAAAAAGTAAATATGTT
65 AATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTT
*** * * * *
398567 TACCAAACTAGATCAAATAGTGATGACTATTTGAATAATTAT-TCATTTCAAAT
128 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAT
* * * * * * * **
398620 CATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * *
398685 ATAATACTAAGTTATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTA
66 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
*** * * * * *
398750 CCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTCG-ACAGTTATCTA-TTCAAAAC
130 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAAT
** * * * * ** *
398801 CGCTGTAACTTTTTCTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAA
* * * * *
398865 AATAATACAAATTTATTAAT-GTTAAGACAATTAACAAGTTAA-AGA-TTAAATAAAAAAATATA
65 AATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAG-TAAGAGATTTAAA-AAATAAATATG
* * * ** * *
398927 TTTACTAAACAAGCTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-
126 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
398981 CTGTTATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATATGCTTATTTTG-ATTA
1 C-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATA
* * * * *
399044 AAATAATATTAGTTTAGTAATATTTCGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGT
64 AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
399108 TT-TTCAAACAATTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAT
127 TTATT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
399162 CATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
399227 ATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAA-TAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTT
66 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
** * * * * * * **
399291 ATCAAACATGTTCAAATAATTATGAATATCTAAATAATTATCTAGTTAAAAAT
129 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAAT
* * * * * ** * *
399344 -ATTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTCAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
399407 ATAATA-TAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA-AAATTT-AAAAATAAATATAATT
66 ATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTT
* * * *
399469 T-CTAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
128 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
399521 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAAGTTTATTTGAAATAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * *
399586 AATAATTCTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTT
65 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * *
399651 ATTGAACGAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
129 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
399703 CATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AA
* * * ** * *
399768 AATAATATTAATTTGTTAATATTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTC
65 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * **
399833 A-TGAACAAGCTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAAT
129 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * ** **
399884 CATTATGATATTTTG-TTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
1 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* *
399948 ATAACACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG
66 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
399985 ATATTTTTCA
Statistics
Matches: 2875, Mismatches: 677, Indels: 285
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 88 0.03
170 29 0.01
171 2 0.00
172 4 0.00
174 4 0.00
175 28 0.01
176 102 0.04
177 139 0.05
178 182 0.06
179 225 0.08
180 605 0.21
181 888 0.31
182 494 0.17
183 81 0.03
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
Found at i:399227 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 396111--405661 Score: 3872
Period size: 361 Copynumber: 26.7 Consensus size: 355
396101 TTCAAAAAAC
* * * ** * * *
396111 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCATAATTT-GAATAAA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAG-TTTATTTCGAATAAA
* * * * * *
396175 ATAATATAAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTTTAAAAAATAAATATATT
64 ATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *** *
396239 T-TCTAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTACTACAAATTGCTATAACC
127 TATC-AAACAAT-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
396302 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATTG-TTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
190 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
** * ***
396365 A-TTATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCGAGTGA
254 ATTTATT--AATTTAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTAAAAAATAAATAT-GTTTACT-AAACAA
* * ** * *
396427 GTTCAAATAGTTATAACCCTATGAACAATTATTTATTTCAAAT
313 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
* * * * **
396470 CATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACATTTTTATTT-GAAATA
1 -ATTATGACT-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTCG-AATA
* * * * * * *
396533 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGGTTTAGAAAATAAATATGT
62 AAATAATATTAATTTAGTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * ** * ** *
396597 TTATTGAACAAGTTT-AAATAGTCATGTTTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
126 TTATCAAACAA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * ** * ** ** *
396661 TTTTGTTTTGTCATAAAAGGATTATTT-TGCTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAA
190 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
396725 TTTATTAATATTTCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATTGAATC-GGT
255 TTTATT-A-ATTTAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGT
* * * * * *
396786 TCAAATAGTTTTGACTAATTGAACAATTATCTATCTCAAAT
315 TCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * ** * * *
396827 CATTATTA-TTTGTGTTTTGTCATAAGATAATTGCTTCTGTTCATACAAGTTT-TTTCAAAGTAA
1 -ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCATATAAGTTTATTTCGAA-TAA
* ** * * * * * *
396890 AATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAAATAATAAGTA-AGAGGTTTAAAAAATAATTATGT
63 AATAATATTAATTTAGTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * * *
396953 TCA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTTATTTCGAATCATTCTAAC
126 TTATC-AAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
397017 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
** * * * * *
397081 AATTTATTAATATTCAAAATATTAATAAACAAGGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
253 AATTTATTAAT-TT-AAAA-ATTAATAAGTAAAG-A-TT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * *
397146 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AGAAT
312 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCA-AAT
* * * * * * *
397190 AAATATGACCTTTTGTTCTA-TCATAAAAAAATTGTTTCGATTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATA
1 -ATTATGACTTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTCG-AATA
* * * * ** *
397253 AAATAATATTATTTTATTAATATTTGAAAAACTTAACAAGTTA-AAGATTTAAAAAATAAGCCAG
62 AAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAA-TTAATAAG-TAGAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * ** *
397317 TTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCA-TTGAGTAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAA
125 TTTATC-AAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * **
397380 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCAGAATAGCATAATAC
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* *
397443 TAATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAGTGGGAAA-TTTAAAAAATAAATTTTGTTT--T---
252 TAATTTATT-A-ATTTAAA-AATTAATAAGT---AAAGATTAAAAAATAAA-TATGTTTACTAAA
* * ** * * *
397502 C-CG---AACT-A-GCT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
310 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * * * * *** *
397541 GTTATAACCTTTTATTCTA-TTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAACCTA-TTCAAAATAA
1 ATTATGACTTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTC-GAATAA
* * * * * ** * * *
397604 AATAATACTAATTTAATAGA-ATTTCAAAAGTTGACAACAATG-AGATTTAAAAAATCAACCTAT
63 AATAATATTAATTTAGTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** ** * * * * * * * * * * *
397667 TTGCCAAAGTAGTTCGAATAATTATGAATGTATGAACAATTATATGTTTACCAAA-AATTATGGC
126 TTATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT--CAAATCATTATGAC
* * * * * *
397731 ATTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTCA-TCATTCAAGCTTA-TTCATAATAAAATAATAC
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * *
397794 TAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAAC
252 TAATTTATTAA---TTTAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAAC
* * * ** *
397858 TAGTTCAAAT-A-TATCACTATTT-AAACAATTGTAAACTTCAAATT
311 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAA-AATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * * * *
397902 GTTATAAGC-TTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGAGTAA
1 ATTATGA-CTTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCATATAAGTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * * *
397965 AATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA-AGAGAATT-AAAAATTAATTTGTC
63 AATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * * * *
398028 TGTCGAATC-AGTTCAAATATTTAAAGACAATATAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACC
127 TATC-AAACAATTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * **
398092 -TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTCAAATTCA-ACTA-CTTATTTGGAATGAAATAAAAAG
190 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * **
398154 AATTTGTTAATCTTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATCTAAAAAA-CAATTTAGTTTACCTAGCC
253 AATTTATTAAT-TT--AAAAATTAATAAGTAA-AGAT-TAAAAAATAAATAT-GTTTA-CTAAAC
* * * * *
398218 AA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAACTATCTAATTCAAATT
311 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * *
398263 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT-TCATATAAGTTTGTTTGGAATAAA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAAC-AAT-TATTTCTATCATATAAGTTTATTTCGAATAAA
* * * * *
398327 GTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
64 ATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
398388 TCAAATGACTTT-AAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTT
129 TCAAA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * *
398451 TTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACGAGCTTA-TTCAAGTTAAAATAATACTAAT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
398515 TGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAACTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTAGAT
256 TTATT-A-A-TTTAAAAATTAATAAGTAAAGA--TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTT
* * * *
398580 CAAATAGTGATGACTATTTGAATAATTATTCATTTCAAAT
316 CAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * *
398620 CATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGTTTA-TTCAAAATAA
1 -ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTC-GAATAA
* * * * * * * *
398684 AATAATACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTCTT
63 AATAATATTAATTTAGTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * ** * *
398748 TACCAAACAAGTTT-AAATAATTTTGACTATTTCG-ACAGTTATCTA-TTCAAAACCGCTGTAAC
127 TATCAAACAA-TTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAC
* * ** * *
398810 TTTTTCTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACA
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT
* * *
398874 AATTTATTAATGTTAAGACAATTAACAAGTTAAAGATTAAATAAAAAAATATATTTACTAAACAA
253 AATTTATTAAT-TTAA-A-AATTAATAAG-TAAAGATTAAA-AAATAAATATGTTTACTAAACAA
* **
398939 GCTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAACT
313 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * *
398983 GTTATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATCATATATGCTTATTTTGATTAAAAT
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATCATATAAGTTTATTTCGAATAAAAT
* * * * *
399048 AATATTAGTTTAGTAATATTTCGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTC
66 AATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * *
399113 AAACAATTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGT
131 AAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
399178 TTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATT
196 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
399243 AATATTTCAAAAATTAATGAA-TAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTA-TCAAACATGTTCAA
261 -A-ATTT-AAAAATTAAT-AAGTAA-AG-ATTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAA
* * * **
399306 ATAATTATGAATATCT-AAATAATTATCTAGTTAAAAAT
319 ATAATTATGACTATTTGAAA-AATTATTTA-TTTCAAAT
* * ** * ** * *
399344 ATTATGACATTTTT-TTT-GTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTCAAATAAA
1 ATTATGAC-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCATATAAGTTTATTTCGAATAAA
* * * * **
399407 ATAATATAAATTT-GTTAATATTTCAAAAATTAATAAATA-AAAATTT-AAAAATAAATATAATT
64 ATAATATTAATTTAG-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
*
399469 -TCTAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
128 ATC-AAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
399533 TTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAAT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
399598 TTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATTGAACGAGTT
256 TTATT--AATT-TAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTT
* *
399663 TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
316 CAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
*
399703 CATTATGATCTTTTAT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA-TTCGAAAT
1 -ATTATGA-CTTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTCG-AAT
* * *
399765 AAAAATAATATTAATTT-GTTAATA-TTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC
61 -AAAATAATATTAATTTAG-TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * *
399828 TGTTCAT-GAACAAGCTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGA
123 TGTTTATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * ** ** *
399892 TATTTTG-TTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAACACT
188 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* ** ** * *
399956 AATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-ATATTTTTCAAACTAAATA--TTTATGTCAAACCA
253 AATTTATTA--ATTT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTAAAAAATAAATATGTTTA-CT-AAA-CA
* *
400018 A-TTCAAATAGTTATGA-TATTTG-----TT-TTGTCA--TAAAAT
312 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATT-T-ATTTCAAAT
* * * * *
400054 AAT-TG--TTTTTGTTCATCCAAGCTTAGTCAAAGTA-AAATATTGT-TA-AAT-TAA--TAATA
1 ATTATGACTTTTTGTT--T---AG-TCA-T-AAA--ACAATTATT-TCTATCATATAAGTTTAT-
* * * ** ** * * *
400110 ATCTAA-AAATTAATAAAAGATTTTAAAAAAAGTGTTTGCCAAACCAGTTCAA-ATAGT-TAAGA
54 TTCGAATAAAATAATATTA-A-TTT--AGTAA-TATTT--CAAA--AATT-AATA-AGTAGAAGA
* * * ** * * **
400172 CTATTAGAAAAT-TATCTATTT-T-AAATC-ATTCTGACATTTTGTT-TG-GTCA-TAAAATAAT
108 -T-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAATT-T--CAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAAT
* * * * ** * * *
400230 T-T-T-TTT--AGT--TTAT-A-C--GTGCTTAT-TCA-AAATA-AAATAATACTAATTTAT-TA
166 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCT-ATTCATACA
* * ** * * ** *
400280 A---TA-TTCAAA-AAATTAATGAAGAA--CA--AATTTAAAAA-TAATAAAT-TTGTTTACCAA
228 AGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTA--AA
* * ** *
400334 ACAAGTTCAAATA-G-TTA-T-GACTA-TTTGAACAATTAT--CTATTT----AA--A---A--T
290 A-AA--T-AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTT
400381 --AA-
351 CAAAT
* * * * * * *
400383 A-TATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTATTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCT-GAAATAA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA--TCATATAAGTTTATTTCG-AATAA
* * * * * * * **
400445 AATAATATTACTTTATTATTACTTCAAAAATTGATATGTTAG-AGATTTAAAAAATAAGTCAATT
63 AATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
*** * * ** * * *
400509 TATCAAATTGGTTT-AGATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
127 TATCAAA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
400573 TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAA
191 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
400637 TTTATCGATCTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACTAG
255 TTTAT-TA-ATTT-AAAAATTAATAAGTA-AAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAG
* *
400701 TTC------------CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
314 TTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * * *
400732 GTTATAACCTTTTT-TTTA-TTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATGTAGGCTTA-TTCAGAATA
1 ATTATGA-CTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA--TCATATAAGTTTATTTC-GAATA
* * * * *
400793 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA-AGAGATTTGAAAAATAAATTTGT
62 AAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * ** * * ** ** * *
400857 TTGTCGAAGTAGTTCAAACAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCA
126 TTATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
** ** *
400922 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGGCCATAGGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
191 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
400986 TTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AG
255 TTTATTAAT-TT--AAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAG
* * * *
401050 TTCAAATAATTATGGCCATGTT-AATAATTATCTATTTCAAATT
314 TTCAAATAATTATGACTAT-TTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * * *
401093 GTTATTACCTTTTGTTT--T-ATATAACAATTGTATTT-GAACAT-TAAAGATTA-TTCGAATTA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-TATTTCTATCATAT-AAGTTTATTTCGAA-TA
* * * *
401152 AAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
62 AAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * ** ** *
401216 TTACCGATCTAGTTT-ATATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATTGTTAT-AA
126 TTATCAAAC-AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
401278 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGGAA-AAAATAATACTA
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
401342 ATCTAATAATATTCTAAAAAATAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT-GTCAAACCA
254 AT-TTATTA-ATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AG-ATTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAA-CA
* * * * * **
401406 A-TTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTTCAAATT
312 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * * * * * * * *
401450 GTTATGACCTATTGTTTTGTCATAATATAGCTTTTTTTTAAT-TTATACTAGCTTATTTGGAATA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACA-ATTATTTCT-ATCATATA--AGTTTATTTCGAATA
* * * * *
401514 AAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATG-AGATTCAAAAAATAATTCTGT
62 AAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * *
401578 TTATCTAACTAGTTT-AAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
126 TTATCAAAC-AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
401642 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATG-TT-TGTTCATATAAG-TT-TGTTCAGAATAAAGTAATA
190 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATA
* * * *
401703 CTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTCA-TCAAAC
251 CTAATTTATT-A-ATTT-AAAAATTAATAAGTAAAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAAC
* * * * *
401764 TAGTTCAAATAGTTATGATTATTT-AAGTAGTTATTTATTTCAAAT
311 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-AAATTATTTATTTCAAAT
* * * * *
401809 CATTATGACTTTTTGTTCTA-TTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGTTTA-TTCAGATTA
1 -ATTATGACTTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTC-GAATA
* * ** * * * *
401872 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT
62 AAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * ** * * * *
401937 TACCGAACTAGATCAAATAATTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTCATATCGTTATGACCTT
127 TATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * *
402002 TTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAACTT-TTTCAAAATAAAATAATATTAAT
192 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
402066 TTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTTAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGT
256 TTATTAAT--T-TAAAAATTAATAAGT-AA-AGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAG-
* * * * * *
402130 TTTAAA-AATTATAATTGTTTGAACAATTATTTATTTGAAAT
314 TTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
** * * ** * * * * * * *
402171 CGCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAATTTTTTCTATTCATACAATTTTATTTCAAATAAT
1 -ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTCGAATAAA
** * * * * * * *
402236 ATAATACAAATTTA-TTA-ATTT-AAGATAATTAGTAGGTAAAATATTTAAAAGATAAATCTATT
64 ATAATATTAATTTAGTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * **
402298 TATTGAACAAGTTCGAATCA-TTATGACTATTT--ATCCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGAC
127 TATCAAACAATTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAT--AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
402360 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACATGTTTA-TTCATATTAAAATAATATT
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT
* * * * * * * * *
402424 AATTTATAAATATTTTGACAAGTAACAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTATTAAACAA
253 AATTTAT---TAATTTAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
* * * * * * * *
402489 ATTCAAATAGTCATGTCTACTTGAATAATTATCTATTTCGAAAC
313 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTC-AAAT
* * *
402533 ATTATAACCTTTTCT-TTTA-TAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGTTTATTT-GAAGT
1 ATTATGA-CTTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA--TCATATAAGTTTATTTCGAA-T
* * * * * *
402594 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTA-AGAGAATTCAAATAA-GAATCT
61 AAAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AG-ATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
402657 GTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC
124 GTTTATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
402722 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AAT-AAATAAT-T
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATAC
*
402783 TAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-AAG-----AAAA-AAATATGTATT-CTGAACA
252 T-AATTTATTAAT-TT--AAAAATTAATAAGTAAAGATTAAAAAATAAATATGT-TTACTAAACA
* * * * *
402836 TGTCCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATTATCTGTTTCAAATT
312 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAA-AATTATTTATTTCAAA-T
* * * ** * * * * *
402881 ATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAAAAAAA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTCGAATAAAA
* * * * * *
402946 TAATACTAATTTATTAA-ATTACTAAAAATTAATAAGTA-AA-AATTAAAAAGTAAATCTATTTA
65 TAATATTAATTTAGTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
403008 AC-AACTAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTT
129 TCAAAC-AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
403071 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTG
193 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * **
403136 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGAACAAGTTCA
258 ATT-A-ATT-TAAAAATTAATAAG-TAAAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * ** ** *
403201 AATAGTCATGTCGATTTGAACTATTATCCACTTCAAATT
318 AATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * * *** *
403240 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTTTATTCATACAAAAATA-TTCAAAATAAA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAGTTTATTTC-GAATAAA
* * * * * *
403304 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAATAACTAAATGTATTTA
64 ATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * ** *
403365 CCAAACCAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTCAACAATGATTTATCTCAAATCAGGATGA-TTTT
129 TCAAA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
403428 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCCTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAAC
193 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AAT
* * * * ** *
403492 TAATAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACTAGTT-
256 TTAT-TAATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTC
* ** * * * * * *
403556 TAATAGCTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAAAC
317 AAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTC-AAAT
* * * ** * * * * ** *
403596 ATTCTAACCTTTTGTTTTA-TCAT-AAA-TTTTTTTTTTAGTTCATACAAG-CTAAATGGAAATA
1 ATTATGACTTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA--TCATATAAGTTTATTTCG-AATA
* * * * * ** *
403657 AATTGATA-TAATATTATTAACA-TTCAAAAAGTTAGTAAACAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATT
62 AAATAATATTAAT-TTAGTAATATTTCAAAAA-TTAAT-AAGTAGAAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * *
403719 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
123 TGTTTATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *** *
403784 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAT
188 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * ** * *
403848 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAAT
252 TAATTTATT-A-ATTT-AAAAATTAATAAG-TAAAGA-TTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CTAAA
* * * *
403912 CAA-TTCACATAATTATCG-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
310 CAAGTTCAAATAATTAT-GACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * **
403957 AGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCACCATACAAGACTATTT-GAAATA
1 A-TTATG-ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCATATAAGTTTATTTCG-AATA
* * * * * **
404019 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACT
62 AAATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
404084 TA-CTAAACCAGTTT-AAATAATTA-GTACTATTTGAATAATTATATATTTGAAAT-AGTTATAA
127 TATC-AAA-CAATTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * * * * * * **
404145 CCTTTTATTTTATCATGAAATAATTATTTATAATCATACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
188 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
404210 AATCTAATATT-ATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATT-TAAAATAAAATTTGTTTGCTGAACC
253 AAT-T--TATTAATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AGATTAAAAAAT-AAATATGTTTACT-AAAC
* * * * * **
404273 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATCATCAATCTT-AAAT
311 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTAT-TTCAAAT
* * * * * * * *
404317 CGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGT-TCATATAAGTTTGTTTTGAATAA
1 -ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-TATTTCTATCATATAAGTTTATTTCGAATAA
* ** *
404381 AATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--A-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
63 AATAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
404442 ACCAAACCAA-TTCGAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AGCCA
128 ATCAAA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCT
* * * *
404505 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAGTAA-AGCTA
191 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATA-CTA
* * ** *
404568 ATTTATTGATATTCTAAAAATTAATAAG-AAATGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCT-AACC
254 ATTTATT-A-ATT-TAAAAATTAATAAGTAAA--GA-TTAAAAAATAAATATGTT-TACTAAACA
* * * * * * *
404631 AGTACAAATAGTTATAATTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAGT
312 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * * * * * *
404676 TTTATGACCTTTAT-TTTA-TTACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTGA-CTCAGAATAA
1 ATTATGA-CTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCATATAAGTTTATTTC-GAATAA
* * * * *
404738 CATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAACTGAATTTGT
63 AATAATAT-TAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
404801 TTATCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATTACCT
126 TTATCAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * *
404866 TTTGTTTAGTCATAAAATATAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAA
191 TTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * ** **
404930 TTTATTAATATTTAGATAACAAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAGTAAGTT
255 TTTATT-A-ATTTA-AAAATTAATAAGT-AAAGATTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTT
* * ** * * *
404995 CAAATAGTAACAAATATTTCAATAATTATTTATTTCAAATT
316 CAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * * * * * * * * *
405036 GTTATGACTTTCTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCT-ATCATATAAGTTTATTTCGAATAAAA
* * * * ** * *
405101 CAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTAC
65 TAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * ***
405166 CGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTG
130 CAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
405231 TTTTATTATAAAACGATTGTATCTGTTCGTATAC-A-CTTA-TTCAAAGTAAAAAAATACTAATT
195 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC--ATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATT
* * * * * *
405293 TATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTACTGAACAAATTC
257 TATTAAT-TT--AAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTC
* * *
405358 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
317 AAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-T
* * * * *
405398 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTATTTCAAATAAA
1 ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATAAG-TTTATTTCGAATAAA
* * * * *
405463 ATAATATAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTGT
64 ATAATATTAATTTAGTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGT-T
* * * *
405526 TTTGAATAC--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTGTGACC
127 TATCAA-ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* * * * * * * *
405588 TTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAATCATATTTAAAATAAAATAATATTAA
190 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
405653 TTTATTAAT
255 TTTATTAAT
405662 ATTCCAAAAA
Statistics
Matches: 7067, Mismatches: 1530, Indels: 1186
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
316 12 0.00
317 12 0.00
318 17 0.00
319 6 0.00
320 7 0.00
321 7 0.00
322 9 0.00
323 7 0.00
324 3 0.00
325 11 0.00
326 5 0.00
327 13 0.00
328 4 0.00
329 13 0.00
330 13 0.00
331 7 0.00
332 2 0.00
333 2 0.00
334 13 0.00
335 7 0.00
336 1 0.00
337 15 0.00
338 18 0.00
339 12 0.00
340 6 0.00
341 10 0.00
342 10 0.00
343 18 0.00
344 16 0.00
345 102 0.01
346 40 0.01
347 25 0.00
348 129 0.02
349 292 0.04
350 124 0.02
351 136 0.02
352 24 0.00
353 12 0.00
354 34 0.00
355 57 0.01
356 208 0.03
357 603 0.09
358 606 0.09
359 645 0.09
360 687 0.10
361 1504 0.21
362 991 0.14
363 382 0.05
364 132 0.02
365 50 0.01
366 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
ATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATCATATAAGTTTATTTCGAATAAAAT
AATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
AAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTA
TGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT
Found at i:399227 original size:542 final size:535
Alignment explanation
Indices: 396105--399980 Score: 1708
Period size: 541 Copynumber: 7.2 Consensus size: 535
396095 AACATGTTCA
* * * * * * * * * **
396105 AAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCATAAT-TTG
1 AAAAACACTATAACATTTT-TTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAA-AATTATCTCA
* * * * * *
396169 AATAAAATAATATAAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAAATAAAT
64 AATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAATAAAAA---TTAAAAAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
396234 ATATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTACTACAAATTGCTATA
126 ATAATTTCTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
396299 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATTG-TTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
191 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTT-GATTAAAATAATA
* * * * * * * *
396362 CTAA-TTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAG
253 TTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAGTAAATAT-GTTTTTCAAA
** * * * ** * * *
396424 TGAGTTCAAATAGTTATAACCCTATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTT
316 CAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** *
396489 GTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACATTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
380 GTAATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *** * *
396554 ATTCTAAAAATTAATAAGTT-GGAGGTTTAGAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATAG
445 ATT-TAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCAAATAA
* ** * * ** *
396618 TCATGTTTATTTGAATTATTATCTATTT
508 TTATGAATATCTAAACAATTATCTAGTT
* **** * * ** *
396646 CAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGGATTAT--TT-TGCTCATATAAAATTAT-TC
1 AAAAACACTATAACATTTT-TTTTGTCATAAAA-TATT-TGGTTCTAATCATACAAAATTATCTC
** * * * * * * **
396707 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAA-TAA-GAGATTTAAAAATTAAAT-
63 -AAATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAATAAAAATTAAAAAAAAAATA
** * * * * * * * * * *
396769 TTGTTTATTGAATC-GGTTCAAATAGTTTTGACTAATTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
127 TAATTT-CT-AAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * * * *
396833 TA-TTTGTGTTTTGTCATAAGATAATTGCTTCTGTTCATACAAG-TTTTTTCAAAGTAAAATATT
190 GACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTT--GATTAAAATAAT
** * * * * * * * * ** *
396896 GCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTATG-TTCACTG
252 ATTAATTTATTAATATTTC-GACAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAGTAAATATGTTTTTC-A
* * * * * * * * *
396959 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTTATTTCGAATCATTCTAACCTTTTGT
314 AACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA--TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * *
397024 TTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
377 TTTGTAATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * ***
397089 AATATTCAAAATATTAATAAACAAG-GAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAA
442 AATATTTAAAA-ATTAATAATTAAGAG-ATTT-AAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * *
397153 ATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
504 ATAATTATGAATATCTAAACAATTATCTAGTT
* * * * * * * * * *
397185 AGAATAA-A-TATGACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTCGATTCATA-AAAGCTTAT-T
1 A-AA-AACACTATAACATTTT-TTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAA-ATTATCT
** * * * * * * *
397246 CGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTGAAAAACTTAACAAGTTAAAGATTTAAAAAATA
62 C-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAA-TTAACAA-ATAAAAATTAAAAAAAAA
*** * * * * * * * ** * * *
397311 AGCCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCA-TTGAGTAATTATCTATCTCAAATTGT
124 ATATA-ATT-TCTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGT
* * * * * * **
397374 TATGAAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAGCA
187 TATG-ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-AAGCTTATT-TGATTAAAA
* ** * * * *
397437 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAATTAATAAGTGGGAA-ATTTAAAAAATAAAT-TTTGTT
248 TAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGT--AAAGATTTAAAAAGTAAATATGT-TT
* * * *
397500 TTC---CGAA---C---TAG-C-T-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACCTT
310 TTCAAAC-AATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * *** *
397552 TTATTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAACCTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
373 TTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * * **
397617 TAATAGA-ATTTCAAAAGTTGACAA-CAATGAGATTTAAAAAATCAACCTATTTGCCAAAGTAGT
438 TATTA-ATATTT-AAAAATTAATAATTAA-GAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGT
* * * * *
397680 TCGAATAATTATGAATGTATGAACAATTATAT-GTTT
500 TCAAATAATTATGAATATCTAAACAATTATCTAG-TT
* ** * * * * * * * * **
397716 ACCAAAA-ATTATGGCATTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTCATCATTCAAGCTTAT-TC
1 A--AAAACACTATAACATTTT-TTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTC
* ** * * * *
397779 ATAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
63 A-AATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAATAA-A-AATTAAAAAAAAAA
* * * * * * * * ** * *
397844 TCT-GTTTATCGAACTAGTTCAAATA--TATCACTATTT-AAACAATTGTAAACTTCAAATTGTT
125 TATAATTTCT-AAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATTTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
397905 ATAAGC-TTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGAGTAAAAT
188 ATGA-CTTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTT-GATTAAAAT
* * * * * * * * * * * *
397968 AATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAA-TTAATTTGTCTGTC
249 AATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAGTAAATATGTTTTTC
* * * * * * * * * *
398032 GAATC-AGTTCAAATATTTAAAGACAATATAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT
313 -AAACAATTTCAAATA-GTCATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * **
398095 GTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTCAAATTCA-ACT-A-CTTATTTGGAATGAAATAAAAAGAAT
375 GTTTTGTAATAAAA-AAATTGTTTC-AATTCATA-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * * **
398157 TTGTTAATCTTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATCTAAAAAA-CAATTTAGTTTACCTAGCCAA-
437 TTATTAATATT-TAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-CTTTACC-AAACAAG
* * * * *
398220 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAACTATCTAATT
499 TTCAAATAATTATGAATATCTAAACAATTATCTAGTT
* **** * * * ** * * ** * ** * * **
398257 CAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGA
1 AAAAACACTATAACATTTT-TTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTCAA
* * * * * * * * * *
398322 ATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCT-A
65 ATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAATAAAAATTAAAAAAAAAATATAA
* * * * * *
398384 TTTATCAA-ATGACTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
130 TTTCTAAACAAG-C-TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
* * ** *
398447 CTTTTTGTTCTA-TTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACGAGCTTATTCAAGTTAAAATAATAC
192 CTTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGA-TTAAAATAATAT
* * * ** *
398511 TAATTGATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAACTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACT
254 TAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAGTAAATATGTTTTTCAAACA
** * *
398576 AGATCAAATAGTGATGACTATTTGAATAATTATTCATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
318 ATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
398641 TATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAT
382 AATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
398706 TATGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTT
447 T-TAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
* * ** *
398771 TGACTATTTCGACAGTTATCTA-TT
511 TGAATATCTAAACAATTATCTAGTT
* * * * * * ** * *
398795 CAAAACCGCTGTAACTTTTTCTTTTGTCATAAAATGATTT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
1 -AAAAACACTATAACATTTT-TTTTGTCATAAAAT-ATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTC
* * *
398859 GAATAAAATAATACAAATTTATTAAT-GTT-AAGACAATTAACAAGTTAAAGATTAAATAAAAAA
63 AAATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAA-A-AATTAACAA-ATAAAAATTAAA-AAAAAA
**
398922 ATAT-ATTTACTAAACAAGCTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-CTGT
124 ATATAATTT-CTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATC-GT
* * *
398985 TATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TCATATATGCTTATTTTGATTAAAATA
187 TATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTA-TTTGATTAAAATA
* * *
399049 ATATTAGTTTAGTAATATTTCGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCA
250 ATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTTTCA
* * *
399114 AACAATTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTT
314 AACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
399179 TTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTA
378 TTGTAATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
399244 ATATTTCAAAAATTAATGAA-TAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAACATGTTCAAAT
443 ATATTT-AAAAATTAAT-AATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCAAAT
*
399308 AATTATGAATATCTAAATAATTATCTAGTT
506 AATTATGAATATCTAAACAATTATCTAGTT
* * *
399338 AAAAATATTATGACATTTTTTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTCAAA
1 AAAAACACTATAACATTTTTTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTCAAA
* * * * * *
399403 TAAAATAATATAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAATAAATATAAT
66 TAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAATAAAAATTAAAAAAAAAATATAAT
** * * *
399468 TTCTAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
131 TTCTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTT
* * * *
399533 TTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAA
196 TTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAAGCTTATTTG-ATTAAAATAATAT-TAA
* * * * * *
399597 TTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATT-GAACGA
257 TTTATTAATATTTC-GACAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAGTAAATATGTTT-TTCAAAC-A
* * * * * * *
399660 GTTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTAT
318 ATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
399724 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAAATAATATTAATTTGTTAATA
382 AATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** * *
399789 TTCTTAAAATTAATAAGTT-GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCA-TGAACAAGCTCAAATAGT
446 TT-TAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCAAATAAT
* ** * * ** *
399852 CATGTCTATTTGAATTATTATCTATTT
509 TATGAATATCTAAACAATTATCTAGTT
* * * * * * * * * * *
399879 CAAATCATTATGATATTTTGTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTAT-TCAAA
1 AAAAACACTATAACATTTTTTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTC-AA
* * * *
399943 ATAAAATAACACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAA
65 ATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAA
399981 TAAGATATTT
Statistics
Matches: 2590, Mismatches: 596, Indels: 298
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
528 1 0.00
529 16 0.01
530 110 0.04
531 74 0.03
532 159 0.06
533 18 0.01
534 44 0.02
535 86 0.03
536 45 0.02
537 82 0.03
538 274 0.11
539 371 0.14
540 213 0.08
541 479 0.18
542 365 0.14
543 101 0.04
544 41 0.02
545 98 0.04
546 11 0.00
547 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
AAAAACACTATAACATTTTTTTTGTCATAAAATATTTGGTTCTAATCATACAAAATTATCTCAAA
TAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAATAAAAATTAAAAAAAAAATATAAT
TTCTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTT
TTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGCTTATTTGATTAAAATAATATTAATTTA
TTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTTTCAAACAATTTCAAA
TAGTCATGACTATTTGAATAATTATTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAA
ATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATT
AATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGAATATCTA
AACAATTATCTAGTT
Found at i:400627 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 400019--405682 Score: 3445
Period size: 181 Copynumber: 31.6 Consensus size: 181
400009 GTCAAACCAA
* * ** * *
400019 TTCAAATAGTTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATCCAAGCTTAGTC
1 TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC
* * ** * * * *
400082 -AAAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATA-ATCTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTT-TAAAA-A
65 GGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * *
400139 AA-GTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-AATTATCTAT
128 AATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * **
400191 TTTAAATCATTCTGACATTTTGTTTGGTCATAAAATAATT-TTTTT-AGTTTATACGTGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATT
** * *
400254 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAAG-AACAAATTTAAAAATA
64 CGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAA-A
* * * * * *
400317 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
125 ATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* *** ** * * *** * *
400374 TTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTATTTTAGTTTATAAAAGCTTA-TCT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC-
* * * * * * * * *
400438 GAAATAAAATAATATTACTTTATTATTACTTCAAAAATTGATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAG
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * ** *
400503 TCAATTTATCAAATTGGTTTAGATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCTAT
130 TCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
400555 TTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCG
** * *
400620 GAATAAAATAATACTAATTTATCGATCTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
400685 CTATTTA-C---C-----TAACT-AGT-T-CCTATTTGAATAATTATCTAT
131 CTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * ** *
400724 TTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTATTATAAAATAA-T-TATTTCAGTTCATGTAGGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATT
* * * *
400786 CAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAA
64 CGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * ** **
400851 ATTTGTTTGTCGAAGTAGTTCAAACAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTAT
129 ATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * **
400904 TTCAAGTCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGGCCATAGGAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATT
* * * * * *
400967 CGAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGA
64 CGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
401032 ATCTGTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCCATGTT-AATAATTATCTAT
129 ATCTGTTTATCAAACT-AGTTTAAATAATTATGACTAT-TTGAATAATTATCTAT
* * * * * * *
401085 TTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTT-T-ATATAACAATTGTATTTGAACATTA-AAGATTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCA-TACAAGCTTATTC
* *
401146 -GAATTAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 GGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * **
401210 ATTTGTTTACCGATCTAGTTTATATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTAAACT
129 ATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA-T
* * * * ** *
401264 TT-AAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
401327 GAA-AAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAAATAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
401390 TTTATTTGTCAAACCAATTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAACTAT
130 TCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * *
401442 TTCAAATTGTTATGACCTATTGTTTTGTCATAATATAGCTTTTTTTTAATTTATACTAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATT
* * * *
401507 TGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTCAAAAAATA
64 CGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
401571 ATTCTGTTTATCTAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
128 AATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * *
401625 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATGTTTGTTCAT-AT--AAGTTTGT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTT-TTCATCATACAAGCTTAT
* * *
401687 TCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
63 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
401748 AATCTATTCATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTT-AAGTAGTTATTTAT
128 AATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTATCTAT
* * * * * * * *
401802 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACATGTTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTC
* * ** * * *
401866 AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
401931 TATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATTATGACTTTTTGAATAATTATCTAT
130 TCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * *
401983 TTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCAT-ATA-AA-CTTTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTCATCATACAAGCTTAT
** * * * *
402045 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTTAAAAAT
63 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
402109 GAATCTATTTATTGAACAAGTTTTAAA-AATTATAATTGTTTGAACAATTATTTAT
127 AAATCTGTTTATCAAACTAG-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * ** * **
402164 TTGAAATCGCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAA-T-TTTTTCTATTCATACAATTTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTA-T
* * * * * * * *
402227 TC-AAATAATATAATACAAATTTATT-A-ATTT-AAGATAATTAGTAGGTAAAATATTTAAAAGA
63 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * ** * *
402288 TAAATCTATTTATTGAACAAGTTCGAATCATTATGACTATTT--ATCCAATTATTTAT
126 TAAATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAT--AATTATCTAT
* * * * ** * * *
402344 TTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACATGTTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCG
* * * * ** * * * * * * *
402409 TATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAAGTAACAAATAAAATATTTAAAAAATAACT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
402474 ATGTTTATTAAACAAATTCAAATAGTCATGTCTACTTGAATAATTATCTAT
131 CTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *** * *
402525 TTCGAAA-CATTATAACCTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATT-
1 TTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC
* * * * *
402588 TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTCAAATAA-G
65 GGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATA
** * * *
402652 AATCTGTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTAT
128 AATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
402706 TTCAAAACATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTGT--TCATGCAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-TCATCATACAAGCTTATT
** * *
402769 TTGAAT-AAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AGA---AAAAAAT-
64 CGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * *
402822 -A--TGTAT-TCTGAAC-ATGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTGT
128 AATCTGTTTATC-AAACTA-GTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * ** * * *
402873 TTCAAATTATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTC
* * * *
402937 GGAAAAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTACTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAGTAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
402999 ATCTATTTAAC-AACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
129 ATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
403051 TTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTC
* * * *
403115 GAAATAAAATAATACTAATTGATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATT
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * *
403178 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCGATTTGAACT-ATTATCCAC
128 AATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTATCTAT
* * * * ***
403232 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAAAATATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTC
** * *
403296 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAACTAAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
403357 TGTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATGATTTAT
130 TCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * *
403409 CTCAAATCAG-GATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCCTATTC
1 TTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC
* * * * ** * * *
403472 AGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAA-AATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * *
403536 ATGTGTTTGTTAAACTAGTTT-AATAGCTAAGACTACTAGAATAATTATCTAT
129 ATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
403588 TTCAAAACATTCTAACCTTTTGTTTTATCAT--AA-ATTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAAAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATT
* * * * ** *
403650 -GGAAATAAATTGATA-TAATATTATTAACA-TTCAAAAAGTTAGTAAACAAGAAATTTAAAAAA
64 CGG-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* * * * * * *
403712 ATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
125 ATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *** * * * *
403769 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAAAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCG
* * * * **
403834 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
403899 -TAGTTTATCGAA-TCAATTCACATAATTATCG-CCATTTGAATAATTATCTAT
131 CT-GTTTATCAAACT-AGTTTAAATAATTAT-GACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
403950 TTCAAATAGTTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCACCATACAAGAC-TATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAG-CTTATTC
* * *
404013 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * *
404078 TATACTTA-CTAAACCAGTTTAAATAATTA-GTACTATTTGAATAATTATATAT
130 TCTGTTTATC-AAACTAGTTTAAATAATTATG-ACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * * * * * *
404130 TTGAAATAGTTATAACCTTTTATTTTATCATGAAATAATTATTTATAATCATACATGTTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCG
* * * * * * *
404195 AAATAAAATAATACTAATCTAATATTATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATA-AAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
404258 TTTGTTT-GCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATCATCAAT
130 TCTGTTTATC-AAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * * * *
404310 CTT-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT
1 -TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC
* * **
404374 TGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * * * * *
404435 TCTATTTACCAAACCAATTCGAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTAT
130 TCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
404487 TTCAAATCATTAT-AGCCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTGATAC-AGTCTTAT
1 TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAG-CTTAT
* * * *
404549 TCGAAATAAAGTAA-AGCTAATTTATTGATA-TTCTAAAAATTAATAAGAAATG-GATTTAAAAA
63 TCGGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAA
* * *** * * ** * * * * *
404611 ATGAATTTGTTGGCCTAACCAGTACAAATAGTTATAATTCTTTGAACAATTATCTAT
125 ATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * ** * *
404668 TTCAAAGT-TTTATGACC-TTTATTTTATTACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTGACTC
1 TTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC
* * * * *
404731 AGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
404796 TTTGTTTATCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
130 TCTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * * **
404848 TTCAAATCACTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TA-TAATTTTCTATTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTA-T
* * ** *
404911 TC--AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AGATAACAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
63 TCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * ** * * *
404972 TAAATCTATTTA-CCGAGTAAGTTCAAATAGTAACAAATATTTCAATAATTATTTAT
126 TAAATCTGTTTATCAAACT-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * *
405028 TTCAAATTGTTATGA-CTTTCTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC
* * * * * **
405092 GGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
405157 TATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTAT
130 TCTGTTTATCAAACT-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
405209 TTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACGATTGTATCTGTTCGT-ATAC-A-CTTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T-T-TTCATCATACAAGCTTAT
* * * * *
405271 TC-AAAGTAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATAT
63 TCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
405335 AAATTTATTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
127 AAATCTGTTTATC-AAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
405390 TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGC-TTA-T
* * *
405454 TC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAAA
63 TCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * *
405515 TAAATATGTGTT-TTGAA-TACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
126 TAAATCTGT-TTATCAAACTA-GTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * * **
405571 TTCAAATAGTTGTGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAATCATATTTA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
405636 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAACTATTAAGTAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
405683 AAAATATAAA
Statistics
Matches: 4306, Mismatches: 950, Indels: 464
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 13 0.00
167 93 0.02
168 108 0.03
169 40 0.01
170 6 0.00
171 5 0.00
172 21 0.00
173 67 0.02
174 8 0.00
175 19 0.00
176 92 0.02
177 334 0.08
178 288 0.07
179 235 0.05
180 911 0.21
181 1591 0.37
182 203 0.05
183 239 0.06
184 28 0.01
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCG
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
Found at i:402545 original size:542 final size:539
Alignment explanation
Indices: 401510--405625 Score: 2008
Period size: 542 Copynumber: 7.6 Consensus size: 539
401500 GCTTATTTGG
* * *
401510 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTCAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAATTC
* * * * * *
401575 TGTTTATCTAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
66 TATTTATCTAACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
** * * *
401640 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATGTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACT
131 CCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATGTTTATTCATACAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACA
* *
401705 AATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAACTAGTTC
196 AATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAACAAGTTC
* ** * *
401770 AAATAGTTATGATTATTTAAGTAGTTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAA
261 AAATAGTTATGACTATTTAACCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATCATAA
* *
401835 AACAATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
326 AACAATTGTTTATATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAATATTTTGA
* * * * * * *
401900 TAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATTATGACT
391 CAAGTAACAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAATCATGACT
** * * * * * * *
401965 TTTTGAATAATTATCTATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAA
456 ACTTGAATAATTATCTATTTCATAACATTATAACCTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAA
402030 TTCATATAAACTTT-TTCAA
521 TTCATAT-AACTTTATTCAA
* * **
402049 AATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTTAAAAATGAA-
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTCAAAAAAT-AAT
* * * *
402112 TCTATTTAT-TGAACAAGTTTTAAA-AATTATAATTGTTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGCT
64 TCTATTTATCT-AACAAG-TTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
* * * * *
402175 ATAACCTTTCATTTTGTCATAAAA-GAATTTTTTCTATTCATACAATTTTATTTCA-AATAATA-
127 ATAACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATGTT-TATTCATACAAGTTT-GTTCAGAATAA-AG
* * *
402237 TAATACAAATTTATT-A-ATTT-AAGATAATTAGTAGGTAAAATATTTAAAAGATAAATCTATTT
189 TAATACAAATTTATTAATATTTCAA-AT-ATTA--A--TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTC
** * * * **
402299 ATTGAACAAGTTCGAATCA-TTATGACTATTTATCCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTT
248 ATCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAACCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTT
* * * * *
402363 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACATGTTTATTCATATTAAAATAATATTAATT
312 TTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATT
* * **
402428 TATAAATATTTTGACAAGTAACAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTATTAAAC-AAATT
377 TATAAATATTTTGACAAGTAACAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAA-T
* *
402492 CAAATAGTCATGTCTACTTGAATAATTATCTATTTCGA-AACATTATAACCTTTTCTTTTATAAT
441 CAAATAATCATGACTACTTGAATAATTATCTATTTC-ATAACATTATAACCTTTTCTTTTATAAT
* * * **
402556 AAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGA
505 AAAACAATTGTTTCAATTCATATAACTTTATTCAA
* * * * *
402591 AGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTCAAATAAGAA-T
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTCAAAAAATAATT
* * * * * * * * * * * *
402655 CTGTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATG
65 CTATTTATCTAACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATA
* * * * * * ** *
402720 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA-GTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAA-TAATT
130 ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATG-TTTATTCATACAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATA
* * * * * *
402783 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--AAGA---AAAAAAT--ATGTATTC-T-GAACATGT
194 CAAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAACAAGT
* * * * * * * * *
402839 CCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTGTTTCAAATTATTATGACCTTTAGTTTTGTCAT
259 TCAAATAGTTATGACTATTTAACCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATCAT
** * * * * ** ** **
402904 AAGCCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATTTATTAAAT-TAC
324 AAAACAATTGTTTATATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTA-TAAATATTT
* * * * * * * * * ** * * *
402968 TAAAAATTAATAAGT-AAAAA-TTAAAAAGTAAATCTATTTAAC-AACTAGTTTAAATAGTTATG
388 TGACAAGTAACAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAATCATG
* * * * * * * *
403030 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCA-AATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
453 ACTACTTGAATAATTATCTATTTCATAA-CATTATAACCTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTT
* * * *
403094 TCTATTCATACAAGTTTATTCGA
517 TCAATTCATATAACTTTATTCAA
* * * *
403117 AATAAAATAATACTAATTGATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTCAAAAAA-TAA
* * * * * * * * * * * ***
403180 -TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTCGATTTGAACTATTATCCACTTCAAATTGTT
63 TTCTATTTATCTAACAAGTTTAAATAATTATAAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
* * ** * * * *** * * *
403243 ATGACATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTTTATTCATACAAAAATATTCAAAATAAAATAA
127 ATAACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATGTTTATTCATACAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAA
* * * * * * * * *
403308 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAATAACTAAATGTATTTACCAAACCA
192 TACAAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAACAA
* * * ** * *
403373 GTTTAAATAGTTATGACTATTTCAA-CAATGATTTATCTCAAATCAGGATGA-TTTTTGTTTTGT
257 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTAT
* * * * ** * * * * *
403436 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCCTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAA-A
321 CATAAAACAATTGTTTATATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACT-AATTTATAAATA
* * * * * * * * *** * ** *
403500 TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACT-AGTTTAAT-AGC
385 TTTTGACAAGTAACAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAATC
* * * * * * ***
403563 TAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAAACATTCTAACCTTTTGTTTTATCAT-AAATTTTT
450 -ATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCATAACATTATAACCTTTTCTTTTATAATAAAACAATT
* * * * * * **
403627 TTTTTAGTTCATACAAGC-TAAATGGA
514 GTTTCAATTCATATAA-CTTTATTCAA
* * * * ** * *
403653 AATAAATTGATA-TAATATTATTAACA-TTCAAAAAGTTAGTAAACAAGAAATTTAAAAAAATAA
1 AATAAAATAATATTAAT-TTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTCAAAAAAT-A
* * * * * * * *
403716 ATT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATT
62 ATTCTATTTATCTAACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT
* ** * * * * * * * * *
403780 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-TAAT-TGTTTTAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
127 ATAACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATG-TTTA-TTCATACAAGTTTGTTCAGAATAAAGT
** * * * * *
403843 AATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAT
190 AATACAAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAA----AAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTCAT
* * * * * *
403907 CGAATCAA-TTCACATAATTATCG-CCATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAAC-
250 C-AAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTT-AACCAATTATTTATTTCAAATCA-TTATG-ACT
* * * * * ** * *
403967 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCA-CCATACAAGACTATT-TGAAATAAAATAATACT
310 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTAT-ATTCATACATGTTTATTCAG-ATTAAAATAATACT
* ** * * * * * * ** * *
404029 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAA-TTAAAAAATAAATATACTTACTAAACC
373 AATTTATAAATATTTTGACAAGTAACAAATA-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACT
** * * * * * * *
404093 AGTTTAAATAATTA-GTACTATTTGAATAATTATATATTTGA-AATAGTTATAACCTTTTATTTT
437 AAATCAAATAATCATG-ACTACTTGAATAATTATCTATTTCATAACA-TTATAACCTTTTCTTTT
* * * * * * **
404156 ATCATGAAATAATTATTT-ATAATCATACATGTTTATTCAA
500 ATAATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATATAACTTTATTCAA
* * * * * * *
404196 AATAAAATAATACTAATCTAATATTATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATAA-AAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAA-AATAAT
* * * * * * * * * *
404259 T-TGTTT-GCTGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATCATCAATCTT-AAATCG
64 TCTATTTATCT-AA-CAAGTTTAAATAATTATA-ATTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCA
* * * * * * * * ** *
404319 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAAT
125 CTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATGTTTATTCATACAAGTTTGTTCAGAATAAAGT
** * * *
404384 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
190 AATACAAATTTATTAATA-TTTCAAATATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAA
* * * **
404448 CCAA-TTCGAATAGTTATAACAATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AGCCATTTGT
254 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACCAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGT
* * * * * * *
404510 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATACA-GTCTTATTC-GAAATAAAGTAA-AGCTAATTT
316 TCTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACATGT-TTATTCAG-ATTAAAATAATA-CTAATTT
** * * * * * *** * * ** * * *
404572 ATTGATATTCTAAAAATTAATAAGA-AATGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTAAC-CAGTA
378 ATAAATATTTTGACAAGTAACAA-ATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAAT-
* * * * * ** * * *
404635 CAAATAGTTAT-AATTCTTTGAACAATTATCTATTTCA-AAGTTTTATGACC-TTTATTTTATTA
441 CAAATAATCATGACTAC-TTGAATAATTATCTATTTCATAA-CATTATAACCTTTTCTTTTATAA
* ** * * * *
404697 CAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TGACTCAG
504 TAAAACAATTGTTTCAATTCATATAA-CTTTATTCAA
* * *
404733 AATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAAT
1 AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAAT-AAT
* * * * * *
404797 T-TGTTTATCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT
64 TCTATTTATCTAACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT
* ** * * * *
404861 TACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATAAT-T-TTCTATTCATACAAGCTTAT-TTCA-ATTAAAAT
129 AACCTTTCATTTTGTCATAAAACA-AATATGTT-TATTCATACAAG-TT-TGTTCAGAATAAAGT
* * * * *
404922 AATACAAATTTATTAATATTTAGATAACAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACC
190 AATACAAATTTATTAATATTT-CA-AA-TATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATC
* ** * ** * * ** * *
404986 GAGTAAGTTCAAATAGTAACAAATATTTCAA-TAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTCTA
251 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG
* * * * * * * * * ** * *
405050 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAACAATATTAATTTAT
315 TTCTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * * * ** * *
405115 TAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAA
380 AAATATTTTGACAAGTAACAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-ATCAA
* * * * * *
405179 ATAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCA-AA-TTGCTATGACCTTTTGTTTTATTATAA
444 ATAATCATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCATAACAT--TATAACCTTTTCTTTTATAATAA
* * ** *
405242 AACGATTGTATCTGTTCGTATACAC-TTATTCAA
507 AACAATTGTTTCAATTCATATA-ACTTTATTCAA
* * * * * * *
405275 AGTAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAAT-AATT
* * * * * ***
405340 -TATTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
65 CTATTTATCT-AACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT
* * ** * * * *
405403 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT-TTCTATTCATACAAGCTTTATTTCA-AATAAAATA
129 AACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATGTT-TATTCATACAAG-TTT-GTTCAGAATAAAGTA
* * * * * ** *
405466 ATATAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTGTTTTG
191 ATACAAATTTATTAATATTTC-AAATATTAAT--A-AAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TCATC
* * * *
405530 AATAC--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT-AGTTGTGACCTTT
251 AA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACCAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACTTTT
* * * * * *
405591 TGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACA
313 TGTTCTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACA
405626 ATCATATTTA
Statistics
Matches: 2802, Mismatches: 617, Indels: 312
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
525 15 0.01
526 219 0.08
527 46 0.02
528 5 0.00
529 116 0.04
530 6 0.00
531 6 0.00
532 5 0.00
533 6 0.00
534 7 0.00
535 82 0.03
536 116 0.04
537 378 0.13
538 239 0.09
539 161 0.06
540 36 0.01
541 473 0.17
542 688 0.25
543 183 0.07
544 14 0.00
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAATTC
TATTTATCTAACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
CCTTTCATTTTGTCATAAAACAAATATGTTTATTCATACAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACA
AATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTAACCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATCATAA
AACAATTGTTTATATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATAAATATTTTGA
CAAGTAACAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAATCATGACT
ACTTGAATAATTATCTATTTCATAACATTATAACCTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAA
TTCATATAACTTTATTCAA
Found at i:402987 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 402968--402999 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
402958 ATTAAATTAC
*
402968 TAAAAATTAATAAG
1 TAAAAATTAAAAAG
402982 TAAAAATTAAAAAG
1 TAAAAATTAAAAAG
402996 TAAA
1 TAAA
403000 TCTATTTAAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.06, T:0.25
Consensus pattern (14 bp):
TAAAAATTAAAAAG
Found at i:403845 original size:718 final size:711
Alignment explanation
Indices: 400148--408429 Score: 3731
Period size: 718 Copynumber: 11.6 Consensus size: 711
400138 AAAGTGTTTG
* * * * *
400148 CCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAA-AATTATCTATTTTAAATCATTCTGACATTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * * * * ***
400211 TGTTTGGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTTATACGTGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
65 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * *
400275 TATTAATATTCAAAAAATTAATGAAG-AACAAATTTAAAAATAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
129 TATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTT-AAAA-AATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * *** * **
400339 TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTAATC
190 TTCAAATAGTTATAGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
400403 ATAAAATAATTATTT-TAGTTTATA-AAAGCT-TATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTATT
254 ATCAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAACTAT-TC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *** * *
400465 ACTTCAAAAATTGATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATTGGTTTAGATAA
316 ATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAACTAAAT-ATATTTACCAAACCAGTTTAAATAG
** * * *
400529 TTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGAA-CTTTTGTTTTTTCATAAAACA
376 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAG-TAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * ** * * * *
400592 ATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATCGATCTTTCAAAA
439 ATT-TTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAACTAAT-AATATTT-AAAA
* * * *
400655 ATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCT-AACTAGTTC--CTA-T-----T-
499 ATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGA--TAAACTAGTTCAAATAGTAAGACTA
* * * * * **
400709 T-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTATTATAAAATAATTATTTCAGTT
562 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTTTGTT
** * ** * * *
400772 CATGTAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA
626 CATACAAGC-TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGA
* * * * *
400837 GATTTGAAAAATAAATTTGTTTG
689 AATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * ** * * ** * *
400860 TCGAAGTAGTTCAAACAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCATTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * ** * *
400925 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGGCCATAGGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTA
66 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
400989 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGTTC
130 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * * * * * *
401053 AAATAATTATGGCCATGTT-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTAT-AT-
193 AAATAGTTATAGTCAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATC
* * * * * * * *
401115 -AACAATTGTATTT-GA-ACATTA-AAGATTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTACTAATCTT
257 AAACAA-T-TATTTCTATTCA-TACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
401176 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGATCTAGTTTATATAGTTAT
319 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAT
* * * *
401241 GACCATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAAT-TGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
380 GACTATTTGAACAATTATATA-TTTCAAATCAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
* * * * * *
401303 TTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGGAA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAAATAAT
442 TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAACTAATAATATT-TAAAAATTAAT
* * * * * * * *
401367 AACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTG-TCAAACCAATTTAAATATTTAAGACTATATGAA
505 AAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGAT-AAACTAGTTCAAATA-GTAAGACTATA-GAA
* * * * * * * *
401431 CAATTAACTATTTCAAATTGTTATGACCTATTGTTTTGTCATAATATAGCTTTTTTTTAATTTAT
567 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATA--TTTTTTTT-GTTCAT
* * * * * *
401496 ACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGAT
629 ACAAGC-TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGAAAT
* * *
401561 TCAAAAAATAATTCTGTTTA
692 TTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
401581 TCTAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
401646 GTTTTGTCATAAAACAAATATG-TT-TGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACTAATT
66 GTTTTATCATAAAAC-AAT-TGTTTCTATTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
401709 TATTAATATT-TCAAATATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCAAACTAGTTC
129 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * ** * * * *
401770 AAATAGTTAT-GATTATTT-AAGTAGTTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTAT
193 AAATAGTTATAG-TCATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * **** * * *
401833 AAAACAATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
256 CAAACAATTATTTCTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * *
401898 GATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATTATGA
321 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGA
* * * * * *
401963 CTTTTTGAATAATTATCTATTTCATATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT
382 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT
* * * * * ** * **
402027 CAATTCATATAAACTTTTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAAT-AA
445 CTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAACTAATAAT-ATTTAAAAATTAATAAA
* * * * * * * * * * * *
402091 TAAAGAGATTTTAAAAATGAATCTATTT-ATTGAACAAGTTTTAAAAATTATA-ATTGTTTGAAC
508 T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGA-TAAACTAG-TTCAAATAGTA-AGACT-ATAGAAT
* * * * * * * *
402154 AATTATTTATTTGAAATCGCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAATTTTTTCTATTCATACA
568 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-TATTTTTTTTGTTCATACA
** ** * ** * * *
402219 ATTTTATTTCAAATAATATAATACAAATTTATT-A-ATTT-AAGATAATTAGTAGGTAAA-ATAT
632 A-GCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATA--AAAAGAAAT
*
402280 TTAAAAGATAAATCTATTTA
692 TTAAAAAATAAATCTATTTA
*** * * * * ** *
402300 TTGAACAAGTTCGAATCA-TTATGACTATTT--ATCCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTT
1 CCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAAT--AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * * * * *
402362 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACATGTTTATTCATATTAAAATAATATTAAT
63 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * * * *** *
402427 TTATAAATATTTTGACAAGTAACAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTATTAAACAAATT
128 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
* * * ** * * * * *
402492 CAAATAGTCAT-GTCTACTTGAATAATTATCTATTTCGAAA-CATTATAACCTTTTCTTTTATAA
192 CAAATAGTTATAGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * *** ** *
402555 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
255 TCAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * ** *
402619 TCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTCAAATAA--GAATCTGTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTT
319 TCAAAAATT-A--A-TAAGAG-ATTTAAA-AACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTT
* * * * * * * *
402682 ATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
378 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
* * ** * * * *
402747 GTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAT-AAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-
442 -TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAA-CTAATAATATT-TAAAAATTA
* * * * *
402807 -T-AAT-A-AGA---AAAAAAT--ATGTATTCTGA-ACA-T-GTCCAAATAGTTATGACTATTTA
503 ATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TGATAAACTAGTTCAAATAG-TAAGACTA--TA
* * ** * * * *
402860 -AACAATTATCTGTTTCAAATTATTATGACC-TTTAGTTTTGTCATAAGCCA-ATTGTTTCTATT
564 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA-TTTTGTCATAA--AATATTTTTTTTGTT
* * * * *
402922 CATAAAAGCTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTACTAAAAATTAATAAGTAA-
626 CATACAAGC-TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-AAAG
*
402985 AAA-TTAAAAAGTAAATCTATTTA
688 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
403008 AC-AACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
403072 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGA
66 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
403137 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
131 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * * *
403202 ATAGTCAT-GTCGATTTGAACTATTATCCACTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATCAA
195 ATAGTTATAGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATCAA
* *
403266 ACAATTATTTTTATTCATACAAAAATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
259 ACAATTATTTCTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
403331 AATTAATAAGAGATTTAATAACTAAATGTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTC
324 AATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
403396 AACAATGATTTATCTCAAATCAGGATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
389 AACAATTATATATTTCAAATCAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCAT
* * * * * *
403460 ATAAGCCTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGAT
453 ACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAAACTAATAATATT-TAAAAATTAATAAATAAGAGAT
* * *
403525 TTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACTAGTT-TAATAGCTAAGACTACTAGAATAATTATCTATT
516 TTAAAAAATAAATCTGTTTGATAAACTAGTTCAAATAG-TAAGACTA-TAGAATAATTATCTATT
* * * * * * * **
403589 TCAAAACATTCTAACCTTTTGTTTTATCAT-AAATTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAAATGGA
579 TCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATTTTTTTT-GTTCATACAAGCTATTTGG-
* * * *
403653 AATAAATTGATA-TAATATTATTAACA-TTCAAAAAGTTAGTAAACAAGAAATTTAAAAAAATAA
642 AATAAAATAATATTAAT-TTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAA-AAGAAATTT-AAAAAATAA
*
403716 ATTTATTTA
703 ATCTATTTA
*
403725 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
403790 GTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTT
66 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * *
403854 ATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAA-TT
130 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTT
* * * * * *
403917 CACATAATTATCGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCAT
192 CAAATAGTTATAGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * **
403981 -AAACAATTGTTTTTCA-CCATACAAGACTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
256 CAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
404044 CAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACTAAACCAGTTTAAATAATTA-G
320 CAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
* * * * *
404108 TACTATTTGAATAATTATATATTTGAAAT-AGTTATAACCTTTTATTTTATCATGAAATAATTAT
381 -ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-T
* * * * * * *
404172 TTATAATCATACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATATTATTATGAAAATTAATA
443 TTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAACTAATAATATT-TAAAAATTAATA
* * * * * * *
404237 ACTAAGAGATTTAAAATA-AAATTTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATA
506 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGATAAACTAGTTCAAATAG-TAAGACTATA-GAATA
* * * * * *
404301 ATCATCAATCTT-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATATA
569 ATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-TATTTTTTTTGTTCATACA
* * * **
404365 AGTTTGTTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AAAAG--ATTTAA
632 AG-CTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGAAATTTAA
404427 AAAATAAATCTATTTA
696 AAAATAAATCTATTTA
* * * * *
404443 CCAAACCAA-TTCGAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AGCCAT
1 CCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTT
* * * * * * *
404506 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-GATACAGTCTTATTCGAAATAAAGTAA-AGCTAA
64 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAA
* * ** * *
404569 TTTATTGATATTCTAAAAATTAATAAG-AAATGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTAACCAG
127 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA--GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * *
404633 TACAAATAGTTATAATTC-TTTGAACAATTATCTATTTCAAAGTT-TTATGAC-CTTTATTTTAT
190 TTCAAATAGTTAT-AGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
404695 TA-CAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTGACTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAAT
253 CATC-AAACAATTATTTCTATTCATACAAAACT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
404758 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTATCAAACAAGTTAAAATAGT
316 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGT
* * * * *
404823 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATAA
377 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-AT
* * * * **
404888 TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAC-AAATTTATTAATATTTAGATAACAA
441 TTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAA-CTAATAATATTTA-AAAATTA
* * * *** * * * **
404952 ATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTT-ACCGAGTAAGTTCAAATAGTAACAAATATTTC
503 ATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGATAAACT-AGTTCAAATAGTAA-GACTA-TAG
* *
405015 AATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCA
565 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TATTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTTTGTTCA
* * * * *
405079 TAGAAGCTTATTTGGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAA-AG
628 TACAAGC-TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAAGAA
** * *
405143 ATTTTTAAAATAAATATGTTTA
690 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * ***
405165 CCGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTT
1 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
405230 GTTTTATTATAAAACGATTGTATCTGTTCGTATACA-CTTATTCAAAGTAAAAAAATACTAATTT
66 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC-AAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
405294 ATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA
130 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
* * *
405359 AATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
194 AATAGTTATAGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATCA
* *
405423 AATAATTATTTCTATTCATAC-AAGCTTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-T
258 AACAATTATTTCTATTCATACAAAAC--TA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * *** *
405484 TCTAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTGTTTTGAATA-C-GTTCAAATAGTT
319 TC-AAAAATTAAT--A-AGAGATTTAAAAACTAAATATAT-TTACCAA-ACCAGTTTAAATAGTT
* * * * * **
405547 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTGTGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATT
378 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAG-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * * ** * * *
405611 GTTTTTGTTCATACAATCATATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAACT-A
442 -TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATT-TAAAAATTAA
*
405675 T---T-A-AG---T---AAA-AAA------T-ATAAA-TAG-T-AAAT--T-----TAT---TTA
504 TAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGATAAACTAGTTCAAATAGTAAGACTATAGAATA
*** * * * * ** * * * *
405708 CCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
569 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTTTGTTCATACAA
** ** * * * ** * *
405773 TTTATTCAGAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAGGTAGGAAATTTGA
633 GCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA-AAAAGAAATTTAA
*
405837 AAAATAAATAC-GTTTA
696 AAAATAAAT-CTATTTA
* * * ** * * * * *
405853 CC-GACTGAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATCATTATAACCTTT
1 CCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
405917 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATGCAAAA--TTATTCAAATTAAAAAAAATGCTAA
65 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA--AAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
405980 TCTATTAATATTGT-GAAACTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTT-TTTACC-AAAACAG
127 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAACA-AG
* * * * * ** *
406039 TTCAAATAGTTATAATTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-CTTT-TTTTGTC
190 TTCAAATAGTTATAGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTTGTC
* * * * * *** * * * *
406102 ATAAAACTATTGTTTCTTTTCATAC-AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAGTAT
254 ATCAAACAATTATTTCTATTCATACAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
406166 TTCAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAA--AAA-AGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATCGTTA
318 TTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATA-TATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTA
* * * * * * *
406228 AGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAAT-TGTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
379 TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-T
* * ** * *
406292 TTC-AGTTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
443 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAAACTAATAATATT-TAAAAATTAAT
* ** * * * ** * * * *
406356 GAGCAACAAATTTTAAAAAATAAATCTCTTT-ACCGAACAAGTTCAAATAG-ATTGATTATTTGA
505 AAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTGA-TAAACTAGTTCAAATAGTA-AGACTA-TAGA
* * * * * * * * **
406419 ACAATTATCCATTT-AAAGTTGTTACGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAC
566 ATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTTTGTTCA-
* * ** **** * * * * *
406483 AAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGGAAGAGAT
628 TACAAGCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGAAAT
* * *
406547 TTAAAAACTAAAGT-TGTTTT
692 TTAAAAAATAAA-TCTATTTA
* * * * * *
406567 CTAAATCAA-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAAATATCAATCTCAAAT-AGTTATGATC-T
1 CCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTT
* ** * * *
406629 TTGTTTTCTCATAAAACAATAATTTCTGA-TCATACAAGCTTATTC-TAATAAAAATAATACTAA
64 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAAAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * ** * *
406692 TTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGTTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGCT
127 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG-T
* * * * * * * * * * * *
406754 T-AAATAGTTA-AGATTATTAGAATAATGATATATTTTAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTA
191 TCAAATAGTTATAG-TCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * * *
406817 T-ATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGATTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
255 TCA-AACAATTATTTCTA-TTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
406879 TTGAAAAGTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTTAAATAGTT
318 TTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTT
* * * ** ** * * *
406944 TTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-ACAATCATTATGTCAATTTGTTTTGTTATCAAACAATT
378 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA-AATCAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* *** * *
407008 GTTT-TAGTTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTGAAAA-T--
442 -TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTAAAAATTAA
* ** * * * * * *
407068 T-AATAAGAGATTT-AAAAA-AAACCAATTT-ACCAAATTAGTTCATATAATTATAGCCATTTA-
504 TAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGA-TAAACTAGTTCAAAT-AGTA-AGAC-TATAG
* * * * * * * * ** ****
407128 AACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTATTGTGTTGTCATAAAACAATTGCTTTACAACAT
565 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-TATTTTTTTTGTTCAT
* * * * * * * * *
407193 ACAAGCTTTTTTGAAAAAAAATAATATTAATTTATTAATATCTCAAGACTTATTAAGTAAGAGAT
629 ACAAGC-TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGAAAT
* * **
407258 TTAAAAAGTAAATTTGCTTA
692 TTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
407278 CTAAAGC-ATTTCAAATAGTTTTGACTATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTT
1 CCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * ** ** *** *
407342 TATTTTGTCATCAAA-AATCAGTTT-TGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAACAATACTAATT
65 TGTTTTATCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * ** * *
407405 TAATAATATT-TCAAAACTTAAT-AGCCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACTAGT
129 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG--TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
* * * ** * * * **
407468 TCAAATAATTA-AGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTG
191 TCAAATAGTTATAGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * * * * *
407532 TAAAACAATTATTT-TGTTTGTATAAGATTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTT
255 TCAAACAATTATTTCTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * ** * * *
407596 TGAAAAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAATAAATCAGTTTAAATGGTTAAGACT
319 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * * * * * *
407660 ATTAGAATAATTATATATTTCAACTCATTCTGGCATTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTGTAG
384 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTA-
* * ** ** * *** *
407725 TTCATACCAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAATTTAATAGGCAG
448 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAAACTAATAATATT-TAAAAATTAATAAATAA
* * * * * * * *
407790 GAGATTTAAAAGATATATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTA-AACAATT
511 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGA-TAAACTAGTTCAAATAGT-AAG-AC-TATAGAATAATT
* * * * * *
407853 ATCTATTTCAAATCGTTA-AACCTTCTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTT-TTAATGCAAAA
572 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAT-ATT-TTTTTTGTTCATAC-AAG
* *** * * * *
407916 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAA
634 CTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGAAATTTAAAAA
* *
407978 CTAAATTTATTTA
699 ATAAATCTATTTA
* * * * *
407991 TCGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAATTCGTTATGA--TAT
1 -CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-T
* * * * * *** * *
408053 TTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAATT
64 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * ** *
408118 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTCTGTCAAATC-AGT
129 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGT
* * * * * * *
408182 TTAAATAGTTAT-GACTATTGGAACAATTTTCTA-TTCTAAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTGAT
191 TCAAATAGTTATAGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACATTTTGTTTTG-T
* * * * * * *
408244 CATAAAATAATTATTTCAATTTATAC-AAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATT-ATC
253 CATCAAACAATTATTTCTATTCATACAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
* * * * * * *
408307 ATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAACTCTAAATAG
316 ATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAG
** * * * * *
408372 ATT-TTCCTATTTGAAAAATTATCTATAT-AAAGTCATTATGA-CTTCTTGTTTTGTCATA
376 -TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TCAGTATAACCTT-TTGTTTTGTCATA
408430 GAACAATTGT
Statistics
Matches: 5877, Mismatches: 1293, Indels: 792
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
678 4 0.00
679 80 0.01
680 47 0.01
681 2 0.00
682 39 0.01
683 40 0.01
684 70 0.01
685 5 0.00
687 2 0.00
688 150 0.03
689 76 0.01
690 3 0.00
692 4 0.00
693 5 0.00
699 3 0.00
700 2 0.00
701 14 0.00
702 44 0.01
703 86 0.01
704 8 0.00
705 3 0.00
706 64 0.01
707 306 0.05
708 130 0.02
709 127 0.02
710 197 0.03
711 264 0.04
712 132 0.02
713 405 0.07
714 313 0.05
715 240 0.04
716 45 0.01
717 354 0.06
718 846 0.14
719 203 0.03
720 216 0.04
721 350 0.06
722 463 0.08
723 445 0.08
724 79 0.01
725 6 0.00
726 1 0.00
727 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (711 bp):
CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAA
TAGTTATAGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATCAAAC
AATTATTTCTATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATATATTTCAAATCAGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATACA
AGCTTATTCAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTGATAAACTAGTTCAAATAGTAAGACTATAGAATAATTATCTATTTCAAATC
GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATTTTTTTTGTTCATACAAGCTATTTGGAATAAAATA
ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
Found at i:404132 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 404099--404134 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
404089 AACCAGTTTA
404099 AATAATTAGTACTATTTG
1 AATAATTAGTACTATTTG
404117 AATAATTA-TA-TATTTG
1 AATAATTAGTACTATTTG
404133 AA
1 AA
404135 ATAGTTATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.44
17 2 0.11
18 8 0.44
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTAGTACTATTTG
Found at i:405505 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 405486--405518 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
405476 ATTAATATTC
*
405486 TAAAAA-TTAATAAA
1 TAAAAATTTAAAAAA
405500 TAAAAATTTAAAAAA
1 TAAAAATTTAAAAAA
405515 TAAA
1 TAAA
405519 TATGTGTTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.35
15 11 0.65
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
TAAAAATTTAAAAAA
Found at i:405869 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 405571--405871 Score: 320
Period size: 145 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
405561 AATTATCTAT
* * * * * * *
405571 TTCAAATAGTTGTGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAATCATATTTA
1 TTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCATATTCA
* * * * *
405636 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAACTATTAAGTAAAAAATATAAATAGTAAAT
66 AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTACAAAAACTAATAAGTAAAAAATATAAATAATAAAT
**
405701 TTATTTACCGAGCAAG
131 ACATTTACCGAGCAAG
* * *
405717 TTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAT-TTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCATATTCA
* ** * * ** *
405781 GAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAGGAAATTTGAAA-AATAAA
66 AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTACAAAAACTAATAAGTAAAAAATAT-AAATAATAAA
* *
405845 TACGTTTACCGA-CTGAG
130 TACATTTACCGAGC-AAG
405862 TTCAAATAGT
1 TTCAAATAGT
405872 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 27, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 73 0.58
146 52 0.41
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCATATTCA
AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTACAAAAACTAATAAGTAAAAAATATAAATAATAAAT
ACATTTACCGAGCAAG
Found at i:406481 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 405720--408446 Score: 1579
Period size: 180 Copynumber: 15.3 Consensus size: 178
405710 GAGCAAGTTC
* * * * *
405720 AAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAA-TTTATTCAGA
1 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * * * *
405783 ATAAAACAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAGGAAATTTGAAAAATAAATAC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-C
* * * * * * * *
405848 -GTTTACC-GACTGAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAACTATCTATTT
128 TATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * ** *
405899 CATATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATGCAAAATTATTCA-A
1 -AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * * * *
405963 ATTAAAAAAAATGCTAATCTATTAATATTGT-GAAACTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATC
65 A-T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
406024 TTTTTACCAAA-ACAGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAATAATTATCTATCTC
128 TATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTAT-TT
* * * ** *
406077 AAATCATTATGATC-CTTT-TTTTGTCATAAAACTATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGA
1 AAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * * * * *
406140 TTAAAATAATATTAATTTAATAGTATT-TCAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-GT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
406202 GTTTGCCAAACCAA-TTCAAATCGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTT
129 ATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
406253 CAAATTGTT-TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTTAGA
1 -AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * *
406317 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAACAAATTTTAAAAAATAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
406382 TCTTTACCGAACAAGTTCAAATAGATTGATTATTTGAACAATTATCCATTT
128 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * ** ** *
406433 AAAGTTGTTACGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCACAAAAATTTATCCAAA
1 AAA-TCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * *
406498 ATAAAATAATACTATTTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TC
* * * * * * * *
406561 TGTTTTCTAAATCAA-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAAATATCAATCTC
128 TATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTAT-TT
* * ** * *
406614 AAATAGTTATG--ATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATAATTTCTGATCATACAAGCTTATTCT--
1 AAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TAG
* * * * *
406675 AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAAT---AAGAGTTTTAAAAAATAAATG
64 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * *
406737 TGTTTGTCAAACTAGCTT-AAATAGTTAAGATTATTAGAATAATGATATATTTT
128 TATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTA-TTT
* * * * * * * *
406790 AAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGATTATTTA-AA
1 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * *
406854 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAGTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * *
406918 TGTTCACCAAACAAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT
128 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * ** *
406970 ACAATCATTATGTCAATTTGTTTTGTTATCAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAGCTTATCCAAA
1 A-AATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * *
407034 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TGAAAATTAAT---AAGAGATTT-AAAAA-AAACCAA
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * *
407093 TTTACCAAATTAGTTCATATAATTAT-AGCCATTTAAACAACTATCTATTT
130 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-TGA-CTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
407143 CAAATTGTTATTACCTATTGTGTTGTCATAAAACAATTGCTTTACA--ACATACAAGCTT-TTTT
1 -AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-CAGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * *
407205 GAAAAAAAATAATATTAATTTATTAATA-TCTCAAGACTTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAA
63 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * *
407269 ATTTGCTTACTAAAGC-ATTTCAAATAGTTTTGACTATTTTAATAATTATCTATTT
125 ATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAG-TTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * ** *
407324 CAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAA-AATCAGTTT-TGTTCATACTATTTTATTTGG
1 -AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * *
407387 AATAAAACAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAACTTAATAGCCAAAAAAATTAAAAAATAAAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAG-CAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
407451 CTAATTGCCGAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATGATTATCTATTT
127 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * ** * * ** * *
407504 CAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATTATTT-TGTTTGTATAAGATTATTTAGA
1 -AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * *
407568 TTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAAAA-TAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * *
407629 ATTTAATAAATC-AGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTT
129 ATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * *
407680 CAACTCATTCTGGCATTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTGT-AGTTCATACCAGCTTATTTAG
1 -AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * *
407744 AATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAATTTAATAGGCAGGAGATTTAAAAGATATATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
407809 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTT
128 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * ** * * ** * *
407861 CAAATCGTTA-AACCTTCTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTAATGCAAAATTATTCAAA
1 -AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * *
407925 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATTTA
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* *
407987 TTTATCGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTC
130 TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTAT-TT
* * * * ** * * *
408038 AATTCGTTATGATA-TTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTGGAT
1 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * *
408102 TCAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * ** * * * *
408167 GTCTGTCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTTTCTATTCT
129 ATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTATT-T
* * * * * * * * * *
408219 AAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTGATCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCATA
1 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
*
408283 ATAAAATAATATTAATTTATT-ATCATT-TGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCT-AAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * ** * *
408346 TCTATTTACCTAACAA-CTCTAAATAGATTTTCCTATTTGAAAAATTATCTATAT
126 TCTATTTACCAAACAAGTTC-AAATAG-TTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * *
408400 AAAGTCATTATGAC-TTCTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTAGTT
1 AAA-TCGTTATGACATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
408447 TATTATAACG
Statistics
Matches: 1942, Mismatches: 492, Indels: 224
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 72 0.04
174 40 0.02
175 37 0.02
176 361 0.19
177 264 0.14
178 27 0.01
179 128 0.07
180 417 0.21
181 417 0.21
182 170 0.09
183 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT
Found at i:408190 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 402840--408442 Score: 1748
Period size: 357 Copynumber: 15.7 Consensus size: 354
402830 TGAACATGTC
* * ** *
402840 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTGTTTCAAATTATTATGACCTTTAGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT-GTTTTGTCATA
*** * * * ** * *
402905 AGCCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAA-ATTAC
65 AAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * *
402968 TAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAGTAAATCTATTTAACAACT-AGTTTAAATAGTTATGAC
129 -AAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGAC
* *
403032 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
191 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * * *
403097 ATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
253 GTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGC
** * * *
403161 TGAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGAACAAGTT
317 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * * * * * * *
403199 CAAATAGTCATGTCGATTTGAACTATTATCCACTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATC
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
403264 AAACAATTATTT-TTATTCATACAAAAATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
65 AAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
403328 AAAAATTAATAAGAGATTTAATAACTAAATGTATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTAT
129 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * **
403393 TTCAACAATGATTTATCTCAAATCAGGATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
194 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTC
* * * * * * ** * ** *
403458 ATATAAGCCTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAGAG
257 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAG
* ** *
403523 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACTAGTT
322 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * * * * * * *
403556 -TAATAGCTAAGACTA-CTAGAATAATTATCTATTTCAAAACATTCTAACCTTTTGTTTTATCAT
1 CAAATAGTTATGTCTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** * * *
403619 -AAAT--TTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAAATGGAAATAAATTGATA-TAATATTATTAACA-
64 AAAATAATTGTTTCTT--TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAAT-TTATTAATAT
* * *
403679 TTCAAAAAGTTAGTAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAG
126 TTCAAAAA--T--T-AATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAG
* * * *
403743 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAT
184 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * *
403808 TGTTTTAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATT
247 TGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATT
* **** * * *
403872 AAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAA-TT
310 AATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTT-GCCAAACAAGTT
* * * * * * *
403917 CACATAATTATCG-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTAT-GTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTGTTTTGTCAT
* ** * ** *
403981 -AAACAATTGTTT-TTCACCATACAAGACTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
64 AAAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * ** * * * * *
404044 CAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTACTAAACCAGTTTAAATAATTA-G
128 CAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
404108 TACTATTTGAATAATTATATATTTGAAAT-AGTTATAACCTTTTATTTTATCATGAAATAATTAT
189 -ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * * * * * *
404172 TTATAATCATACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATATTATTATGAAAATTAATA
250 TT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
404237 A-CTAAGAGATTTAAAATA-AAATTTGTTTGCTGAACCAA-TT
314 AGC-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGC-CAAACAAGTT
* * * * * * * * *
404277 CAAATAGTTAAGACTATATGAATAATCATCAATCTT-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * ***
404341 AAAACAAGTGTTT-TTGTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
64 AAAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * *
404405 TGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCGAATAGTTATAACAA
128 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
404470 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAGCCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
193 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-G--ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG
* * * * *
404534 TTGATAC-AGTCTTA-TTCGAAATAAAGTAA-AGCTAATTTATTGATATTCTAAAAATTAATAAG
254 TTCATACAAG-CTTATTTAG-AATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
404596 -AAATGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTAACCAGTA
316 CAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * * * * * *
404635 CAAATAGTTATAAT-TCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAGT-TTTATGACCTTTATTTTATTAC
1 CAAATAGTTAT-GTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACCTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
404698 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTGACTCAGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTT
64 AAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTT
* * * *
404762 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTATCAAA-CAAGTTAAAATAGTTAT
128 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTAT
* * * * *
404826 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATAATT-
188 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTG
* * * * * * **
404890 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAGATAACAAA
249 TTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA-AAAATTAA
* * * * **
404953 TAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAGTAAGTT
312 TAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* **** * * * * * * *
404995 CAAATAGTAACAAATATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTCTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT-TGTTTTGTCATA
* * * *** * *
405060 AAATAATT-TTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATTTC
65 AAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* ** * * * *
405124 AATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTCATA
129 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATG
* *** * * *
405188 ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACGATTGTAT
189 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* * * * *
405253 CTGTTCGTATAC-A-CTTATTCA-AAGTAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
251 TTGTTC--ATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * * * ** *
405315 GAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTACTGAACAAATT
313 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * *
405357 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTGTCATA
* * * *
405422 AAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT
65 AAATAATTGTTTCTTTTCATACAAG-ATTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * ** *
405485 CTAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTGTTT--TGAAT-ACGTTCAAATAGTT
128 C-AAAAATTAAT--A-AGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACCAAATCA-ATTCAAATAGTT
* * *
405547 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTGTGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATT
186 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
405611 GTTTTTGTTCATACAATCATATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAT
248 G-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
* * * * * * * * * *
405676 TAAGTAAAAAATATAAATAGTAAATTTATTTACCGAGCAAGTT
312 TAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* **** * *
405719 CAAATAGTTATG-ATATTT--TGTTTTGTC-A--T-AAA-----ATAA---TTGTTTCTATTCAT
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTT-T-GTCAT
* * *** * * * * * * ** * * **
405769 ACAAT--TT-ATTCAGAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAGGAA
64 AAAATAATTGTTTC-TTTTCATACAAGA-TTATTCA-AAATAAAAT-AATATTAAT--TTATTAA
* * * * * * ** *
405831 -ATTTGAAAAATAAATACGTTTACCGACTGAGTTCAAATAGT-CATGTCCATTTGAACAACTATC
123 TATTTCAAAAATTAATA-----A--GA--GA-TTTAAAAAATAAAT-T-TGTTT-ACCAA--ATC
* * * * * ** *
405894 TATTTCATATCA-TTATAACCT-TTTG--T-TTTGTC-A--T-AAAAAAAT-TG-TTTCTGTTTA
173 -AATTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTT-TGTTT-
** **** ** * * * * * ***
405948 TG-C--AAAATTATTCAAAT-TAAAAAAAATGCTAATCTATTAATATTGTGAA-ACTAA--TAA-
233 TGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAA-GCTTATTTA-GAATAAAAT-AATACTAATTTAAT
* * * * ** * **
406005 GAGATT-TAAAAACT-A-AATC----TTTTTACCAAAACAGTTCAAAT-AG-TT---ATAATTA-
295 AATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA--AAAA-A--T-AAATCTGTTTGCCA-AACAAG
406057 TT
353 TT
* * * * * * * *
406059 TAAATAATTA--TCTATCTCAAATCATTATGATCCT-TTT---TTTGTCATAAAACTATTGTTTC
1 CAAATAGTTATGTCTAT-TTAAA-CA--ATTAT-CTATTTCAAATCGTTAT-AACCT-TTG-TT-
* * ** * *** * * * * * * ** * * *
406118 TTTTCATACAA-GCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAGT-ATTTCAAAATT-AGTAA
57 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGATT-ATTCAA-AATAAAAT-AATATTAATTTA
* * * * * * *
406180 GTAAGAGATTT-AAAAA--AA-AAGTG-TTTGCCAAACCAATTCAAA-TCG-TTA--AGA-CTAT
119 -TTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT---AAA--AAAT-AAATTTGTTTACCAAATCAAT
* * ** * * ** * * ** * **
406235 T-AGAATAATTAT-A-TATTTCAAATTGTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT-TTCA
176 TCA-AATAGTTATGACTATTT-GAA-TAATT-ATCTATT-TCAAATCAT--TATGATTTTGTTTT
* * * * * * **
406296 GTTCATACAAAC--TTATTTAG--AATA-AA--ATA-ATACTAAT-TTAT-------------TA
234 G-TCATA-AAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTA-GAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * *
406339 ATATTCAAAAAATTAATGAGCAACAA-ATTTTAAAAAATAAATCTCTTTACCGAACAAGTT
296 ATATTCTAAAAATTAATAAGCAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * ** * *
406399 CAAATAGAT-TGAT-TATTTGAACAATTATCCATTT-AAAGTTGTTACGACATTTTGTTTTATCA
1 CAAATAGTTATG-TCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAAC-CTTTGTTTTGTCA
** * * * * *
406461 TAAAATAATTGTTTCAGTTCACA-AAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-T
63 TAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGA-TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * *
406524 TAAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCTAAATCAATTCAAATAGTTAT
127 TCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * **
406589 AATTATTTGAATAAATATCAATCTCAAAT-AGTTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATAATT
188 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
406653 TCTGATCATACAAGCTTATTCT--AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAAT
251 T-TGTTCATACAAGCTTATT-TAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
* * * *
406716 AAG----AGTTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGCTT
313 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAG-TT
* * * * * * * *
406755 -AAATAGTTAAGAT-TA-TTAGAATAATGATATATTTTAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTA
1 CAAATAGTTATG-TCTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGTCA
* ** * *
406817 TATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGATTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
63 TAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
406881 GAAAAGTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTCACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTT
128 CAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTA
* * * *
406945 TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-ACAATCATTATGTCAATTTGTTTTGTTATCAAACAATTG
187 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATG--ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * *
407009 TTTTAGTTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TGAAAATTAAT
249 TTTT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
* ** * **
407072 AAG----AGATTT-AAAAA-AAACCAATTTACCAAATTAGTT
313 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * * * *
407108 CATATAATTATAG-CCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTATTGTGTTGTCAT
1 CAAATAGTTAT-GTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-TTGTTTTGTCAT
* ** * * *
407172 AAAACAATTGCTTTAC--AACATACAAGCTTTTTTGAAAA-AAAATAATATTAATTTATTAATAT
64 AAAATAATTG-TTT-CTTTTCATACAAG-ATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
407234 CTCAAGACTTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACTAAAGCATTTCAAATAGTTT
126 TTCAA-A--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTA
* * * * *
407299 TGACTATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAA-AATCAG
187 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT--GATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TG
* ** * * *
407363 TTTTGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAACAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAACTTAAT
249 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAAT
* * ** * *
407427 -AGCCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACTAGTT
313 AAG-CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * * ** * * **
407469 CAAATAATTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTGTA
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
407534 AAACAATTATTT-TGTTT-GTATAAGATTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTT
65 AAATAATTGTTTCT-TTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT
* * ** * * * *
407597 GAAAAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAATAAATCAGTTTAAATGGTTAAGACTA
128 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
407661 TTAGAATAATTATATATTTCAACTCATTCTGGCATTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTGTAGT
193 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-G-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTGT
* ** * * **
407726 TCATACCAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAATTTAATAGGCAGG
255 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAA
* * *
407791 AGATTTAAAAGATATATCTGTTTACCAAACAAGTT
320 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * *
407826 CAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-AACCTTCTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT-TGTTTTGTCATA
* * * * * *
407890 AAATAATTGTTTCTTTTAATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTA
65 AAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
* * *
407955 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTATCGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTAT
130 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
408019 TTGAATAATTATCTATCTCAATTCGTTATGATATTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTC
194 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTC
* * * * * *
408084 AAACAAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
257 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAG
* * *
408149 ATTTAAAAAAATAAATGTGTCTGTCAAATC-AGTT
322 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGCCAAA-CAAGTT
* * ** * * *
408183 TAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTTTCTA-TTCTAAATTGTTCTAACCTTT-TGTTTGATCA
1 CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTGT-TTTG-TCA
* * * *
408246 TAAAATAATTATTTCAATTT-ATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATT-ATCAT
63 TAAAATAATTGTTTC-TTTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-AT
* * * * *
408309 TTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCTAA-CAACTCTAAATAGA
126 TTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTC-AAATAG-
** * * *
408373 TT-TTCCTATTTGAAAAATTATCTATAT-AAAGTCATTATGACTTCTTGTTTTGTCATAGAACAA
184 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-TT-TTGTTTTGTCATAAAACAA
408436 TTGTTTT
246 TTGTTTT
408443 AGTTTATTAT
Statistics
Matches: 3909, Mismatches: 962, Indels: 742
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
333 4 0.00
334 9 0.00
335 15 0.00
336 15 0.00
337 42 0.01
338 27 0.01
339 31 0.01
340 45 0.01
341 22 0.01
342 19 0.00
343 19 0.00
344 19 0.00
345 25 0.01
346 29 0.01
347 19 0.00
348 28 0.01
349 30 0.01
350 18 0.00
351 10 0.00
352 8 0.00
353 25 0.01
354 202 0.05
355 179 0.05
356 394 0.10
357 739 0.19
358 231 0.06
359 148 0.04
360 271 0.07
361 723 0.18
362 397 0.10
363 127 0.03
364 37 0.01
365 1 0.00
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
CAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAA
AATAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAC
AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
Found at i:408371 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 405739--408397 Score: 1112
Period size: 181 Copynumber: 14.9 Consensus size: 177
405729 TGATATTTTG
* * * * * *
405739 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA-TTTATTCAGAATAAAACAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
405803 TAATATTATGAAAATTAATAGGTAGGAAATTTGAAAAATAAATAC-GTTTACC-GACTGAGT-TC
66 TAATATT-TAAAAATTAATA-GCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACCAAAC-AAGTCT-
* * * * * ** *
405865 AAATAGTCATGTCCATTTGAACAACTATCTATT-TCATATCATTATAACCTTTTG
126 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTT-TAACC-TTTA
* * * ** * * *
405919 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTT-ATGCAAAATTATTCA-AATTAAAAAAAATGCTAATC
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTTAATACAAGCTTATTCAGAA-T-AAAATAATACTAATT
* * * *
405982 TATTAATATTGT-GAAACTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAA-ACAGT-T
63 TATTAATATT-TAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTCT
* * * * ** *
406041 CAAATAGTTATAATTATTTAAATAATTATCTA-TCTCAAATCATTATGATCCTTT-
126 -AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTT-T-AACCTTTA
* * * ** * * *
406095 TTTTGTCATAAAACTATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
406160 TAGTATTTCAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-GTGTTTGCCAAACCAATTC-AAA
66 TAATATTTAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTCTAAA
* * * * *
406222 TCGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATT-TCAAATTGTTTAACCTTT-
129 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTTTAACCTTTA
** * * *
406270 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
1 T-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
406335 ATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAACAAATTTTAAAAAATAAATCTCTTTACCGAACAAGT-T
64 ATTAATATT-TAAAAATTAAT-AGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCT
* * * * *
406399 CAAATAGAT-TGATTATTTGAACAATTATCCATT-TAAAGTTG-TTACGACATTTTG
126 -AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCTAAA-TTGTTTA--AC-CTTTA
* * * ** * * * ** * * *
406453 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCACAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
406518 TAATATTAAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCTAAATCAATTC-AA
66 TAATATTTAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCAAA-CAAGTCTAA
* * * * * * * * *
406581 ATAGTTATAATTATTTGAATAAATATC-AATCTCAAATAGTTATGATCTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTT-TAACCTTTA
* * ** * *
406632 TTTTCTCATAAAACAATAATTTCTGATCATACAAGCTTATTC-TAATAAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** *
406696 ATAATATTTTGAAAATTAAT---AAGAGTTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAG-CTTAA
65 TTAATA-TTTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTC-TAA
* * * * * * * *
406757 ATAGTTAAGATTATTAGAATAATGATATATTTTAAATCGTTCTAACCTTT-
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCTAAATTGTT-TAACCTTTA
* * * * ** * * *
406807 TGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGATTATTTA-AATAAAATAATACTAATTT
1 T-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
406871 ATTAATATTTGAAAAGTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTT
64 ATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCT
* ** ** * *
406936 AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATT-TACAATCATTATGTCAATTTG
126 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCTA-AATTGTT-TAAC-CTTTA
* * * * * * * *
406990 TTTTGTTATCAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
407053 TTAATATTTGAAAATTAAT---AAGAGATTT-AAAAA-AAACCAATTTACCAAATTAGT-TCATA
65 TTAATATTTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCT-AAA
* * * * * *
407112 TAATTAT-AGCCATTTAAACAACTATCTATT-TCAAATTGTTATTACCTATTG
129 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTT-TAACCT-TTA
* ** *** ** * *
407163 TGTTGTCATAAAACAATTGCTT-TACAACATACAAGCTT-TTTTGAAAAAAAATAATATTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTA-ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * ** * **
407226 ATTAATATCTCAAGACTTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACTAAAGCATTTC-
64 ATTAATAT-TTAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTCT
* * * ** *
407290 AAATAGTTTTGACTATTTTAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATAACATTTTA
126 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTT-TAAC-CTTTA
* * * * * ** ** *
407344 TTTTGTCATCAAA-AATCAGTTT-TGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAACAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * *
407407 ATAATATTTCAAAACTTAATAGCCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACTAGT-TCA
65 TTAATATTT-AAAAATTAATAG-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCT-A
* * * ** * * *
407471 AATAATTAAGACTATATGAATGATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTTC
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTT-TAACC-TTTA
** * * * * * *
407524 TTTTGTTGTAAAACAATTATTT-TGTTT-GTATAAGATTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** *
407587 ATAATATTTTGAAAAA-TAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAATAAATC-AGTTTA
65 TTAATA-TTT-AAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTCTA
* * * * * * ** ** *
407647 AATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATT-TCAACTCATTCTGGCATTTTA
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTT-TAAC-CTTTA
* ** * * * *
407700 TTTAGTCATAAAACAATTATTGT-AGTTCATACCAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTG
1 TTTTGTCATAAAACAATTATT-TCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
407764 TTAATATTCTAAAATTTAATAGGCAGGAGATTTAAAAGATATATCTGTTTACCAAACAAGT-TCA
65 TTAATATT-TAAAAATTAATA-GCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCT-A
* * * * * *
407828 AATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTATT-TCAAATCGTTAAACCTTCTA
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATTGTTTAACCTT-TA
* * * ** * *
407880 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTAATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
407945 TAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTATCGAAACAATTC-AAA
66 TAATA-TTTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTCTAAA
* * * **
408006 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TCTCAATTCGTTATGATATTTA
129 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCTAAATT-GTT-TAACCTTTA
* * ** * *
408056 TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCAA-ACAAGCTTATTTGGATTCAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTT-AATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * ** *
408120 ATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTCTGTCAAATC-AGTTT
65 TTAATATT-TAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTCT
* *
408184 AAATAGTTATGACTATTGGAACAATTTTCTATTCTAAATTGTTCTAACCTTT-
126 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCTAAATTGTT-TAACCTTTA
* * * *
408236 TGTTTGATCATAAAATAATTATTTCAATTT-ATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATT
1 T-TTTG-TCATAAAACAATTATTTC-TTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* *
408300 TATT-ATCATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAACT
63 TATTAAT-ATTT-AAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
** *
408364 CTAAATAGATT-TTCCTATTTGAAAAATTATCTAT
124 CTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
408398 ATAAAGTCAT
Statistics
Matches: 1881, Mismatches: 469, Indels: 256
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.00
173 74 0.04
174 38 0.02
175 55 0.03
176 352 0.19
177 253 0.13
178 27 0.01
179 131 0.07
180 382 0.20
181 401 0.21
182 158 0.08
183 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCTAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCTAAATTGTTTAACCTTTA
Found at i:410271 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 410150--410513 Score: 448
Period size: 43 Copynumber: 8.4 Consensus size: 43
410140 CTTTTTACAG
* * * *
410150 AGGC-AAACAAATTTAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTATA-CA
1 AGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAA
*
410191 AGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATAGGCTCCTCTATATAA
1 AGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAA
* * * *
410234 AGGATAAACAACTTTAAAAT-AGAAAATGGGCTTCTCTATACAG
1 AGGCTAAACAACTTTAAAATAAG-AAATGGGCTCCTCTATATAA
* *
410277 AGGCCAAACAACTTTAAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTATATAA
1 AGGCTAAACAACTTTAAAA-TAAGAAATGGGCTCCTCTATATAA
* * *
410321 AGGCTAAAACAACTTTAAATTAAGAAATAGGCTCCTCTATATAG
1 AGGCT-AAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAA
* * * * *
410365 AGGCTAAGCAAGTTTAAAATAAGAAATGGGCTCTTCTATACAG
1 AGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAA
* *
410408 AGGCCAAACAACTTTAAAATATGAAATGGGCTCCTCTATATAGA
1 AGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATA-A
* *
410452 A-GCTAAACAACTTTAAAATTAAGAAATGGGCTCCTTTATACAA
1 AGGCTAAACAACTTTAAAA-TAAGAAATGGGCTCCTCTATATAA
410495 AGGCTAAACAACTTTAAAA
1 AGGCTAAACAACTTTAAAA
410514 ACTTTAAATA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 38, Indels: 15
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.01
42 33 0.12
43 139 0.50
44 85 0.31
45 15 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
AGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAA
Found at i:410390 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 410145--410513 Score: 462
Period size: 87 Copynumber: 4.3 Consensus size: 87
410135 AACTCCTTTT
* * * *
410145 TACAGAGGC-AAACAAATTTAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTATACA-AGGCTAAACAACTTTAA
1 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAA
410208 AA-TAAGAAAT-AGGCTCCTCTA
66 AATTAAGAAATGA-GCTCCTCTA
* * * *
410229 TATAAAGGATAAACAACTTTAAAAT-AGAAAATGGGCTTCTCTATACAGAGGCCAAACAACTTTA
1 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAAATAAG-AAATGGGCTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTA
410293 AAATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
65 AAATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
* * * * * *
410316 TATAAAGGCTAAAACAACTTTAAATTAAGAAATAGGCTCCTCTATATAGAGGCTAAGCAAGTTTA
1 TACAAAGGCT-AAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTA
* *
410381 AAA-TAAGAAATGGGCTCTTCTA
65 AAATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
* * * * *
410403 TACAGAGGCCAAACAACTTTAAAATATGAAATGGGCTCCTCTATATAGAAGCTAAACAACTTTAA
1 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAA
* *
410468 AATTAAGAAATGGGCTCCTTTA
66 AATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
410490 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAAA
1 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAAA
410514 ACTTTAAATA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 31, Indels: 13
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.03
85 30 0.12
86 69 0.28
87 89 0.36
88 48 0.20
89 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (87 bp):
TACAAAGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAA
AATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
Found at i:410462 original size:174 final size:172
Alignment explanation
Indices: 410145--410512 Score: 517
Period size: 174 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
410135 AACTCCTTTT
* *
410145 TACAGAGGC-AAACAAATTTAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTATACAAGGCTAAACAACTTTAAA
1 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTATACAAGGCTAAACAACTTTAAA
* * *
410209 ATAAGAAATAGGCTCCTCTATATAAAGGATAAACAACTTTAAAATAGAAAATGGGCTTCTCTATA
66 ATAAGAAATAGGCTCCTCTATACAAAGGACAAACAACTTTAAAATAGAAAATGGGCTCCTCTATA
*
410274 CAGAGGCCAAACAACTTTAAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
131 CAGAAGCCAAACAACTTTAAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
* * * *
410316 TATAAAGGCTAAAACAACTTTAAATTAAGAAAT-AGGCTCCTCTATATAGAGGCTAAGCAAGTTT
1 TACAAAGGCT-AAACAACTTTAAATTAAGAAATGA-GCTCCTCTATACA-AGGCTAAACAACTTT
* * * *
410380 AAAATAAGAAATGGGCTCTTCTATACAGAGGCCAAACAACTTTAAAATATG-AAATGGGCTCCTC
63 AAAATAAGAAATAGGCTCCTCTATACAAAGGACAAACAACTTTAAAATA-GAAAATGGGCTCCTC
* * * *
410444 TATATAGAAGCTAAACAACTTTAAAATTAAGAAATGGGCTCCTTTA
127 TATACAGAAGCCAAACAACTTTAAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
410490 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAA
1 TACAAAGGCTAAACAACTTTAAA
410513 AACTTTAAAT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 19, Indels: 8
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.04
172 1 0.01
173 46 0.27
174 118 0.68
175 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (172 bp):
TACAAAGGCTAAACAACTTTAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTATACAAGGCTAAACAACTTTAAA
ATAAGAAATAGGCTCCTCTATACAAAGGACAAACAACTTTAAAATAGAAAATGGGCTCCTCTATA
CAGAAGCCAAACAACTTTAAAATTAAGAAATGAGCTCCTCTA
Found at i:410878 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 410839--410940 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 5.9 Consensus size: 17
410829 TCCAAATTCT
* *
410839 CAAAGATTCCAAGTTTTG
1 CAAAGGTTCC-AGATTTG
*
410857 TAAAGGTTCCAGATTTG
1 CAAAGGTTCCAGATTTG
* **
410874 CAAAGTTTTTAGATTTG
1 CAAAGGTTCCAGATTTG
** ** *
410891 CAAAACCTTTTAGATTTT
1 C-AAAGGTTCCAGATTTG
* *
410909 CAGAGGTTCTAGATTTG
1 CAAAGGTTCCAGATTTG
*
410926 TAAAGGTTCCA-ATTT
1 CAAAGGTTCCAGATTT
410941 TCATAAAAGT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 18, Indels: 4
0.75 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.06
17 39 0.60
18 22 0.34
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
CAAAGGTTCCAGATTTG
Found at i:410903 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 410867--410907 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
410857 TAAAGGTTCC
**
410867 AGATTTGCAAAGTTTTT
1 AGATTTGCAAACCTTTT
410884 AGATTTGCAAAACCTTTT
1 AGATTTGC-AAACCTTTT
410902 AGATTT
1 AGATTT
410908 TCAGAGGTTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.38
18 13 0.62
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AGATTTGCAAACCTTTT
Found at i:411107 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 411069--411113 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
411059 TACGCAAGAG
*
411069 CTTCAAGTTCT-CAAGAA
1 CTTCAAGTT-TGCAAAAA
*
411086 TTTCAAGTTTGCAAAAA
1 CTTCAAGTTTGCAAAAA
411103 CTTCAAGTTTG
1 CTTCAAGTTTG
411114 TAAGAATTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.04
17 23 0.96
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
CTTCAAGTTTGCAAAAA
Found at i:411107 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 411069--411156 Score: 90
Period size: 34 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
411059 TACGCAAGAG
411069 CTTCAAGTTCTCAAGAATTTCAAGTTTGCAAAAA
1 CTTCAAGTTCTCAAGAATTTCAAGTTTGCAAAAA
* * * *
411103 CTTCAAGTT-TGTAAGAATTTTAGGTTTGCAAGAA
1 CTTCAAGTTCT-CAAGAATTTCAAGTTTGCAAAAA
* *
411137 -TTTAAGATTCACAAGAATTT
1 CTTCAAG-TTCTCAAGAATTT
411157 AAGGTTCATA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 6
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.14
34 38 0.86
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (34 bp):
CTTCAAGTTCTCAAGAATTTCAAGTTTGCAAAAA
Found at i:411129 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 411080--411207 Score: 116
Period size: 17 Copynumber: 7.5 Consensus size: 17
411070 TTCAAGTTCT
411080 CAAGAATTTCAA-GTTTG
1 CAAGAATTT-AAGGTTTG
* *
411097 CAAAAACTTCAA-GTTTG
1 CAAGAA-TTTAAGGTTTG
* *
411114 TAAGAATTTTAGGTTTG
1 CAAGAATTTAAGGTTTG
* **
411131 CAAGAATTTAAGATTCA
1 CAAGAATTTAAGGTTTG
**
411148 CAAGAATTTAAGGTTCA
1 CAAGAATTTAAGGTTTG
* **
411165 TAAGAATTTAATATTTG
1 CAAGAATTTAAGGTTTG
411182 CAAGAATTTAAGGTTTG
1 CAAGAATTTAAGGTTTG
411199 CAAGAATTT
1 CAAGAATTT
411208 TTAGATTCGC
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 20, Indels: 4
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.03
17 84 0.94
18 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
CAAGAATTTAAGGTTTG
Found at i:411434 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 411342--411446 Score: 133
Period size: 46 Copynumber: 2.3 Consensus size: 46
411332 AGGCTCACCA
* * *
411342 CCAAAA-TTCAAAGATTCTCATTTGAAAAATTTTAGGAATTCCCAT
1 CCAAAATTTCAAAGATTCTCATTCGAAAAATTTTAAGAATTCACAT
*
411387 CCAAAATTTCAAAGATTTTCATTCGAAAAATTTTAA-AGATTCACAT
1 CCAAAATTTCAAAGATTCTCATTCGAAAAATTTTAAGA-ATTCACAT
**
411433 CCAAGGTTTCAAAG
1 CCAAAATTTCAAAG
411447 GTCCTTTTCC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 3
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
45 7 0.13
46 45 0.87
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.10, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
CCAAAATTTCAAAGATTCTCATTCGAAAAATTTTAAGAATTCACAT
Found at i:412870 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 412825--412881 Score: 60
Period size: 11 Copynumber: 4.8 Consensus size: 11
412815 ATCCCATCAA
412825 TTTCTTTTTTT
1 TTTCTTTTTTT
*
412836 TTCCTTCTTGTTT
1 TTTCTT-TT-TTT
412849 CTTTCTCTTTTTT
1 -TTTCT-TTTTTT
412862 TTTCTTTTTTT
1 TTTCTTTTTTT
*
412873 TTTATTTTT
1 TTTCTTTTT
412882 CATCATTTTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 8
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 19 0.49
12 7 0.18
13 6 0.15
14 6 0.15
15 1 0.03
ACGTcount: A:0.02, C:0.14, G:0.02, T:0.82
Consensus pattern (11 bp):
TTTCTTTTTTT
Found at i:416094 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 416045--416095 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 15
416035 ATAGATAATC
416045 AAATAAATAAATAAA
1 AAATAAATAAATAAA
*
416060 ATAGTTAAATAAAT-AA
1 A-A-ATAAATAAATAAA
416076 AAATCAAATCAAATAAA
1 AAAT-AAAT-AAATAAA
416093 AAA
1 AAA
416096 ATTGAAGTCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 8
0.74 0.05 0.21
Matches are distributed among these distances:
14 1 0.03
15 6 0.21
16 8 0.28
17 14 0.48
ACGTcount: A:0.73, C:0.04, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (15 bp):
AAATAAATAAATAAA
Found at i:417205 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 417173--417205 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
417163 AATAAGTTCA
417173 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
417191 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
417206 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:417469 original size:178 final size:174
Alignment explanation
Indices: 416728--417686 Score: 620
Period size: 177 Copynumber: 5.4 Consensus size: 174
416718 AAACTTATCT
* * * * *
416728 GAAATAAAATATTACTACTTTATTAATATTTCAAACATTAATAAGCAAGATATTTAAAAACTAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA
* * * * * * * * *
416793 GCTGTTT-TCCAA-ACCAGTTAAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCAATCT-TAAATCGT
65 -TTATTTAT-GAATA--A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-AATATCTAT-TACAAATCAT
* * * * * * *
416855 TATGATCTTTATTTTTTTAATAAAA-AATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTT
123 TATTACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCTTATTC
* * *
416908 G-GATGAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
1 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAA
* * * * * * * ** * * **
416968 ATGTGTTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAT-ACTATTAAAATAATTATTTATTTGAAATCATT
64 AT-TATTT-ATGAA-TAATTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAA-TATCTATTACAAATCATT
*** * * * * *
417032 GGAACTTTTTGTTTAGTCATATAATACTTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTT
124 ATTACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAGCTTATTC
* * * *
417085 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAAT
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAT
*
417149 AAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTA-AAATCA
62 AAAT-TATTTAT-GAATAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TATCTA-TTACAAATCA
* * * * *
417213 TTATGACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAG-TTATCC
122 TTATTACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAGCTTATTC
* * *
417267 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAATAAAT
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT
* * * *
417331 TAGTTTCCTGAATTAATTAAAATAATTATGGCCA-TTGAACAACTATCTATTACAAATCATTATT
66 TA-TTT-ATGAA-TAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTACAAATCATTATT
*
417395 ACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCAACATACAAGCTTATTC
127 ACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCTTATTC
*
417445 GAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAA
1 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAA
* * **
417505 ATTTATTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-ATATCTATTTCAAATTGTTA-
64 A-TTATTTA-TGAA-TAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATATCTATTACAAATCATTAT
* *
417568 TAGCCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGC-TCATACAAGCTTATTT
126 TA-CCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTG-TTTT-CATCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
417620 GGAATAAAA-AATGCTAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAA
417684 TTA
65 TTA
417687 GTTTGCCGAA
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 99, Indels: 103
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 36 0.06
175 74 0.12
176 101 0.16
177 126 0.20
178 97 0.15
179 13 0.02
180 28 0.04
181 23 0.04
182 40 0.06
183 87 0.14
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT
TATTTATGAATAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATATCTATTACAAATCATTATTACCT
TTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTC
Found at i:417744 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 416712--417799 Score: 735
Period size: 178 Copynumber: 6.1 Consensus size: 178
416702 TCTACATTGT
* * * * * * * * *
416712 TCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATATTACTACTTTATTAATATTTCAAACATTAATAAGCAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA-TAAG
* * * * * * * * * *
416777 ATATTTAAAAACTAAAGCT-GTTTTCCAAACCAGTTAAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATAT
65 AGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAATAATTAT
* * * * * * * *
416841 CAATCTT-AAATCGTTAT-GATCTTTATTTTTTTAATAAAA-AATTGTTTTTGA
128 CTAT-TTCAAATCATTATAG-CCTTT-TGTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGC
*
416892 TCATACAAGCTTATTTGG-ATGAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAA-T--TAATAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAATAAG
* ** * * *
416953 AGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAT-ACTATTAAAATAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTATT-GAATAATTA
* * ** * * * * * *
417016 TTTATTTGAAATCATTGGAACTTTTTGTTTAGTCATATAATACTTGTTTTAGT
127 TCTATTTCAAATCATTATAGCCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGC
*
417069 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAATTAATAAGCA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC--AAAAATTAATAA-TA
* * **
417133 AGAAATTTGAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAT
63 AGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAATAAT
* * * * *
417197 TATCTATTTAAAATCATTAT-GACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTAGT
125 TATCTATTTCAAATCATTATAG-CCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTAGC
* **** * * *
417252 TCATAAAAG-TTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA-TAAG
** * * * * * *
417316 AGATTT--AAAATAAATTAGTTT-CCTGAATTAATTAAAATAATTATGGCCATTGAACAACTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACC-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTGAATAATTATC
* *
417378 TATTACAAATCATTATTA-CCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT--C
129 TATTTCAAATCATTA-TAGCCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGC
* * * * * *
417428 AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAATAG
1 -TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAATAA
** * *
417489 GAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CA-TA
64 GAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAATAATTA
** *
417551 TCTATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGC
127 TCTATTTCAAATCATTATAGCCTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTTAGC
* * * *
417604 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA-AATGCTAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA-TAAG
* * * * * *
417668 AGATTTTAAAAATAAATTAGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TGAATGATTATTT
65 AGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTGAATAATTATCT
** ** * * *
417732 ATTTCAAATTGTTAT-GATTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGC
130 ATTTCAAATCATTATAG-CCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTAGC
*
417782 TCA-AGCAAGTTTATTTGG
1 TCATA-CAAGCTTATTTGG
417800 TAAACAAATT
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 127, Indels: 102
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 36 0.05
175 73 0.10
176 109 0.15
177 130 0.18
178 182 0.25
179 6 0.01
180 41 0.06
181 23 0.03
182 38 0.05
183 88 0.12
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAATAAGA
GATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTGAATAATTATCTA
TTTCAAATCATTATAGCCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGC
Found at i:418143 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 417846--418170 Score: 455
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
417836 AAACTTTTTT
417846 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATT
1 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
417911 ATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCATAAC
66 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCAAAAC
417976 TATTTGAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGCTC
131 TATTTGAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGCTC
* ** *
418025 GATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAA-TTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TCCAACTTATTAATTTCTAG-AATATTAATAAATTAGTA
* ** * *
418087 TTGTTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTT-TATG-ATAAACAAAAGGTCA
64 TTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATT-GTTCTATGCA-AAACAAAAGATCA
418150 AAACTATTTGAATAAAATAAT
127 AAACTATTTGAATAAAATAAT
418171 ATTAATTTAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 13, Indels: 10
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.02
178 99 0.77
179 26 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCAAAAC
TATTTGAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGCTC
Found at i:418905 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 418525--418995 Score: 461
Period size: 178 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
418515 AAATCTTATG
* * * *
418525 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGACTTGA-A-TGATG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-ATATTAAT-
* * * * * * * * * *
418588 AAAAATAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATG
64 AGAAACAA-TTGTTTATG--AAAACAAAAGATCATAACTATTTG-AATAAATAACTATTCAAATA
* * *
418653 GCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
125 GCCATAACTATTTGAATTGACTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
* * *
418706 CTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAATAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAATAG
* * ***
418771 AAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTG
66 AAACAATTGTT-TATG-AAAACAAAAGATCATAACTATTTGAATAAATAACTATTCAAATAGCCA
**
418836 TAACTATTTGAACTTG-CTCGATAAA-TAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTAA
129 TAACTATTTGAA-TTGACTCGATAAACT-AATTTATTTTTTAAATC-TCCAA
* ** * * *
418885 -TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAATAG
*
418949 AAACAATTGGTTTATGATAAACAAAAGGA-CAAAACTATTTGAATAAA
66 AAACAATT-GTTTATGA-AAACAAAA-GATCATAACTATTTGAATAAA
418996 ATGATATTAA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 38, Indels: 21
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 103 0.42
179 48 0.20
180 28 0.12
181 60 0.25
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAATAG
AAACAATTGTTTATGAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAATAAATAACTATTCAAATAGCCATA
ACTATTTGAATTGACTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
Found at i:418913 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 418859--418913 Score: 60
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
418849 TTGCTCGATA
* * *
418859 AATAAATTTATTTTTAAATCTTTT
1 AATAAATTAATTTTTAAATATATT
*
418883 AAT-TATTAATTTTTAAA-ATATT
1 AATAAATTAATTTTTAAATATATT
418905 AATAAATTA
1 AATAAATTA
418914 GTATTGTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 3
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.24
23 16 0.64
24 3 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (24 bp):
AATAAATTAATTTTTAAATATATT
Found at i:419018 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 418989--419036 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
418979 AAAACTATTT
*
418989 GAATAAAATGATAT-TAATTTATTCA
1 GAATAAAATAAT-TCTAATTTATTCA
*
419014 GAATAACATAATTCTAATTTATT
1 GAATAAAATAATTCTAATTTATT
419037 ATTATTTCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.05
25 19 0.95
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
GAATAAAATAATTCTAATTTATTCA
Found at i:419776 original size:830 final size:830
Alignment explanation
Indices: 417843--419672 Score: 3212
Period size: 830 Copynumber: 2.2 Consensus size: 830
417833 TTTAAACTTT
417843 TTTGATAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAG
1 TTTGATAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAG
417907 TATTATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCA
65 TATTATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCA
*
417972 TAACTATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAGATT
130 TAACTATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAAATT
418037 TATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAA
195 TATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAA
*
418102 TATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAATAAAA
260 TATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAACAAAAGGACAAAACTATTTGAATAAAA
418167 TAATATTAATTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTATTATTTCAAAGAAACTTATTTGAA
325 TAATATTAATTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTATTATTTCAAAGAAACTTATTTGAA
*
418232 CAAAATTATTTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAT
390 CAAAATTATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAT
418297 AGCCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTT
455 AGCCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTT
418362 TCATACTATTATTAGACTAGTATTATTTTTTTTTCCAAAATAAGCTGGTCTGAGCATAAATAATT
520 TCATACTATTATTAGACTAGTATTATTTTTTTTTCCAAAATAAGCTGGTCTGAGCATAAATAATT
418427 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATGTATAATTATTCAAATAATCATAACTT
585 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATGTATAATTATTCAAATAATCATAACTT
*
418492 TTTGAACTAGTTTGGTAAACAAAAAATCTTATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
650 TTTGAACTAGTTTGGTAAACAAAAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
418557 ATTATTTTATTCTGAATAGACTTGAATGATGAAAAATAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGTTTA
715 ATTATTTTATTCTGAATAGACTTGAATGATGAAAAATAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGTTTA
418622 TAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
780 TAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
418673 TTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGT
1 TTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGT
418738 ATTATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCAT
66 ATTATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCAT
*
418803 AACTATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAAATTT
131 AACTATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAAATTT
*
418868 ATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAAT
196 ATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAAT
418933 ATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAACAAAAGGACAAAACTATTTGAATAAAAT
261 ATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAACAAAAGGACAAAACTATTTGAATAAAAT
* *
418998 GATATTAATTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTATTATTTCAAAGAAACTTATTTGAAC
326 AATATTAATTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTATTATTTCAAAGAAACTTATTTGAAC
*
419063 AAAATTATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
391 AAAATTATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
*
419128 G-CTTAACTATTTGAATTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTTT
456 GCCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTTT
419192 CATACTATTATTAGACTAGTATTA-TTTTTTTTCCAAAATAAGCTGG-CTTGAGCATAAATAATT
521 CATACTATTATTAGACTAGTATTATTTTTTTTTCCAAAATAAGCTGGTC-TGAGCATAAATAATT
* * *
419255 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTT
585 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATGTATAATTATTCAAATAATCATAACTT
*
419320 TTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATAATCTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
650 TTTGAACTAGTTTGGTAAACAAAAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
419385 ATTATTTTATTCTGAATAGACTTGAATGATG-AAAAT-A-TTTTTTATGATAAAATAAAAGTTTA
715 ATTATTTTATTCTGAATAGACTTGAATGATGAAAAATAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGTTTA
419447 TAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
780 TAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
* * * *** *
419498 TTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTT-TTGAAATATTAATAGGGTAA
1 TTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAG-AATATTAATAAATTAG
** * * * * * * **
419562 TATTATTTAATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGC
65 TATTATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAA-TAGAAACAATTGTTCTATG-CAAAACAAAAGAT
* * * *
419626 CATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTG
128 CATAACT-A-TTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTG
419673 GATTTGTTTG
Statistics
Matches: 957, Mismatches: 36, Indels: 17
0.95 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
824 2 0.00
825 172 0.18
826 18 0.02
827 39 0.04
828 193 0.20
829 86 0.09
830 446 0.47
831 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (830 bp):
TTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTGTTTTGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTCTATGCAAAACAAAAGATCAT
AACTATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAAATTT
ATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAAT
ATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAACAAAAGGACAAAACTATTTGAATAAAAT
AATATTAATTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTATTATTTCAAAGAAACTTATTTGAAC
AAAATTATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
GCCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTTT
CATACTATTATTAGACTAGTATTATTTTTTTTTCCAAAATAAGCTGGTCTGAGCATAAATAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATGTATAATTATTCAAATAATCATAACTTT
TTGAACTAGTTTGGTAAACAAAAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCTGAATAGACTTGAATGATGAAAAATAATTTTTTTATGATAAAATAAAAGTTTAT
AACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
Found at i:420562 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 419354--421014 Score: 1195
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
419344 AATCTCATGC
* * * ** *
419354 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGAATG-A-T
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTTTATGAACA
* * * * ** * * *
419415 GAAA-ATATT-TTTTATGATAAAATAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATG
64 GAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ***
419478 GCCATAATTATTTGAATTGATTTGAT-AAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAA
128 GTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *** * ** * *
419531 CTTCTCAATTTTT-GAAATATTAATAGGGTAATATTATTTAATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT
1 -TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACA
* * * * *
419595 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAGTAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * **
419660 TCATAACTATTTGGATTTGTTTGGT-AAACATATTTTTTTTTCTTAAATTCCTTGC
129 TCATAACTATTT-GAACTGTTTGGTAAAACAGA-TTTATTTT-TTAAA-TCTTTTA
* * * ** * * *
419715 TTATTAATTTTTTGAACT-TTAATAAAATACTATTATTTTATTTGGAATAAGCATATATGAACTG
1 TTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAG
* * * * * * ** * * *
419779 AAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCTAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
419844 CCTAACCATTTGAACTGGTTCGGT-AGACACATTTATTTTTTACATATC-TTTC
130 CATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAAACAGATTTATTTTTTA-A-ATCTTTTA
* ** * * *
419896 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTACTTTAAATAAG-TTTGTATGAACAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTT-TATGAACAG
* * ** *
419960 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
420024 CACAACTATTTAAACTAGTTTGGT-AAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-
130 CATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
420074 TT-TCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTT-TATGAACAG
* * * *
420137 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTTAAATGG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG
* * * * * * * ***
420201 ACATGACAATTAGAATTTGTTTAGT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
129 TCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGTAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * * *
420253 TTTATTAGTTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAAGAATAG
1 -TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAG
* ** ** * * * * *
420318 AAACAATTGTTCTACAACAAAACAAAAAATCACAATGATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * **
420383 CATAACTATTTCAACTCGCTTGGTAAGCCA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTTA
130 CATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTA
*
420435 TTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAA-TAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAGA
* * * *
420499 AAAAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
420564 ATAACTATTTTAATATGTTTAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAA-GTTATA
131 ATAACTATTTGAA-CTGTTTGGTAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
420613 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTTATATTAGTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACA
1 -TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACA
* * * *
420677 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
420742 TGATTACTTTTTGAACT-TATTCG-ATAAACAGATTCATTTCTTAAATCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTGT-TTGGTA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * * * *
420794 CTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAATGTTGTTTTATTTCAAAAAAGCCTATATGAACTG
1 -TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAG
* * *
420859 ATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * * * *
420924 TATAGCTATTTAAACT-TATACAGT-AGACATATTTATTTTTAAAATCATTTTC
130 CATAACTATTTGAACTGT-T-TGGTAAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTA
* * *
420976 TTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATAATATTTT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
421015 CAAATATTAA
Statistics
Matches: 1175, Mismatches: 266, Indels: 81
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 73 0.06
178 123 0.10
179 38 0.03
180 313 0.27
181 462 0.39
182 37 0.03
183 125 0.11
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:420572 original size:539 final size:541
Alignment explanation
Indices: 419578--420730 Score: 1294
Period size: 539 Copynumber: 2.1 Consensus size: 541
419568 TTAATTTTGG
* * * * *
419578 ATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
* * * * * * * * *
419643 GATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGGATTTGTTTGGTAAACATATTTTTTTTTCTTAAAT
66 GATAATAGTTCAAATAGACATAACAATTAGAATTTGTTTAGTAAACATAATTTATTTTCTTAAAT
* * * * * * *
419708 TCCTTGCTTATTAATTTTTTGAACTTTAATAAAATACTATTATTTTATTTGGAATAAGCATATAT
131 TCCAT-CTTATTAATTTTTAGAACTATAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAACATATAA
* * * * ** * *
419773 GAACTGAAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCT
195 GAACTGAAACAATTATTCTACAACAAAACAAAAAATCACAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCT
* * * * *
419838 AATAGTCCTAACCATTTGAACTGGTTCGGTAGACACATTTATTTTTTACATATCTTTCTTATTAA
260 AATAGTCATAACCATTTCAACTGCTTCGGTAGACACATTTATTTTTTAAATATCTTTATTATTAA
* ** * *
419903 TTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTACTTTAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATT
325 TTTTTAGAATATTAATAGAATAATAATATTTTACTTTAAATAAGTTTGTATGAACAGAAAAAATT
* * *
419968 ATTTTATGACAAAACAAAGATCATACCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTAT
390 AGTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTAT
* * * *
420033 TTAAACTA-GTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTTTTCAATTTTCAAAATATTAA
455 TTAAA-TATGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAGTATACTTATT-AATTTTCAAAATATTAA
* *
420095 TAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA
518 TAAATTTA-TATTAGTTTATTCGAA
** * * *
420119 ATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
* * *
420184 GATAATAGTTTAAATGGACATGACAATTAGAATTTGTTTAGTAAACA-AATTTATTTT-TTAAAT
66 GATAATAGTTCAAATAGACATAACAATTAGAATTTGTTTAGTAAACATAATTTATTTTCTTAAAT
* * * *
420247 CTCCAAT-TTATTAGTTTTTAGAA-TAATAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT
131 -TCC-ATCTTATTAATTTTTAGAACT-ATAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAACATAT
* ** *
420310 AAGAA-TAGAAACAATTGTTCTACAACAAAACAAAAAATCACAATGATTTGAGATAA-ATAATTG
193 AAGAACT-GAAACAATTATTCTACAACAAAACAAAAAATCACAACAATTTGA-AAAAGATAATTG
* * * *
420373 TT-TAAATAGTCATAACTATTTCAACTCGCTT-GGTAAGCCA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTTA
256 TTCT-AATAGTCATAACCATTTCAACT-GCTTCGGT-AGACACATTTATTTTTTAAATATCTTTA
* * *
420435 TTATTAATTTTTAGAATTTTAATA-AATAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTT-TATGAACAG
318 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAGAATAATAATATTTTACTTTAAATAAG-TTTGTATGAACAG
* *
420498 AAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
382 AAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * **
420562 TTATAACTATTTTAATATGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAGTTATACTTATTAATTTTTG
445 TCACAACTATTTAAATATGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAG-TATACTTATTAATTTTCA
*
420627 AAATATTAGTAAATTTATATTAGTTTATTCGAA
509 AAATATTAATAAATTTATATTAGTTTATTCGAA
* *
420660 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
*
420725 AATAAT
66 GATAAT
420731 TATTCAATTA
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 89, Indels: 32
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 1 0.00
538 58 0.11
539 229 0.45
540 21 0.04
541 190 0.37
542 8 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
GATAATAGTTCAAATAGACATAACAATTAGAATTTGTTTAGTAAACATAATTTATTTTCTTAAAT
TCCATCTTATTAATTTTTAGAACTATAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAACATATAAG
AACTGAAACAATTATTCTACAACAAAACAAAAAATCACAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCTA
ATAGTCATAACCATTTCAACTGCTTCGGTAGACACATTTATTTTTTAAATATCTTTATTATTAAT
TTTTAGAATATTAATAGAATAATAATATTTTACTTTAAATAAGTTTGTATGAACAGAAAAAATTA
GTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATT
TAAATATGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAGTATACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
ATTTATATTAGTTTATTCGAA
Found at i:420881 original size:541 final size:535
Alignment explanation
Indices: 419071--421014 Score: 1458
Period size: 541 Copynumber: 3.6 Consensus size: 535
419061 ACAAAATTAT
* * * *
419071 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG-CTTAAC
1 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
** * * * * * *
419135 TATTTGAATTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAATTTTCATACTAT
66 TATTTGAATTTG-TTGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * * *
419200 TATTAGACTAGTATTATTTTTTTTCCAAAATAAGC-TGGCT-TGAGCAT-AAATAATTGTTTTAT
130 TAATAAATTAATATTATTTTATTT-CAAAA-AAGCAT--ATATGAAC-TGAAACAATTGTTTTAT
* * * * ** * * *
419262 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAAC
190 AACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTG-AATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * ** *
419327 TAGTTTGGTA-A-ACA---A----AT-AATCTCATGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAT
254 T-GATTGGTAGACACATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-
* * * * * * * * * *
419381 TAGTATTATTTTA-TTCTGAAT-AGACTTGAATG-A-TGAAAATATT-TTTTATGATAAAATAAA
316 TAATAATATTTTACTT-TAAATAAG-TTTGTATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAA-CAA
* * * * * * * * * * *
419441 AGTTTATAACAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTT-GAT
378 AGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTAAACTAG-TTTAGA-
* * * ** ** *** *
419504 AAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAATATTA-T
441 AAACAAATTTAGTTTTTAAATATCTTA--T-TCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAGT
* * * * *
419568 TTAATTTTG-GATAAGCTTTTATAAACTGAAACAA
503 TT-A-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * *
419602 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAAC
1 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
419667 TATTTGGATTTGTTTGGTAAACATATTTTTTTTTCTTAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTTTGAA
66 TATTTGAATTTG-TTGATAAACA-A-ATTTATTTCTTAAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTAAA
* * * ** * * *
419731 CT-TTAATAAAATACTATTATTTTATTTGGAATAAGCATATATGAACTGAAATAATTATTTTATA
126 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAAAAGCATATATGAACTGAAACAATTGTTTTATA
* * * * * * * *
419795 ACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCT-AATAGTCCTAACCATTTGAAC
191 ACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAATAA-ATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * **
419859 TGGTTCGGTAGACACATTTATTTTTTACATATCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTT
254 TGATT-GGTAGACACATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AAT
* * *
419924 AGTAATATTTTACTTTAAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAT
317 AATAATATTTTACTTTAAATAAGTTTGTATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAGAT
* * * *
419989 CATACCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAA
382 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAA
* * * *
420054 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTTTTCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
447 ATTTAGTTTTTAAATATCTTATTCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCGAA
** *
420119 ATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
512 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * * * *
420143 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTTAAATGGACATGA
1 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAA
* * * * ** * * *
420207 CAATTAGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAGTTTTTAGAATA
65 CTATTTGAATTTGTTGA-TAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * *
420272 ATAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA-CTTGTAAGAA-TAGAAACAATTGTTCTACAA
129 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAAAAAGCATATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATAA
** * *
420335 CAAAACAAAAAATCACAATGATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTCAACTC
192 CAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGA-ATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT-
* * * *
420400 GCTTGGTAAGCCA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTTATTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATAA
255 GATTGGT-AGACACATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAA
* * *
420464 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTT-TATGAACAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAA-ATG
319 TAATATTTTACTTTAAATAAG-TTTGTATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAGA--
* * * *
420527 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTTAA-TATGTTTAGAAAAC
381 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTAAACTA-GTTTAGAAAAC
* * ** *
420591 AGATTTATTTTTTAAAGTTATACTTATT-AATTTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTAGTTTA
445 AAATTTAGTTTTTAAA--TAT-CTTATTCAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTAGTTTA
*
420654 TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
506 TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * * *
420684 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTGATTAC
1 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
420749 TTTTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTCTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAT
66 TATTTGAATTTGTT-GATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * *
420814 TAATAAGTTAATGTTGTTTTATTTCAAAAAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGACAA
130 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAAAAGCATATATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAA
* * * ** * * *
420879 AACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTTATAGCTATTTAAACTTATA
195 AACAAAAGGTCACAATAATTTG-AATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGAT-
** * * * * *
420944 CAGTAGACATATTTATTTTTAAAATCATTTTCTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATAA
258 TGGTAGACACATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TAATAA
421009 TATTTT
322 TATTTT
421015 CAAATATTAA
Statistics
Matches: 1115, Mismatches: 240, Indels: 105
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 59 0.05
532 104 0.09
533 6 0.01
534 44 0.04
535 7 0.01
537 2 0.00
538 64 0.06
539 222 0.20
540 30 0.03
541 404 0.36
542 77 0.07
543 6 0.01
544 75 0.07
545 15 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAATTTGTTGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAAAAGCATATATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAA
ACAAAAGGTCACAATAATTTGAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTGG
TAGACACATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAATAATATT
TTACTTTAAATAAGTTTGTATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTAGTTT
TTAAATATCTTATTCAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCGAAATAAGCTTG
TATGAACAGAAACAA
Found at i:421019 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 420989--421041 Score: 97
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
420979 TTAATTGTTA
420989 AAATATTAATAAATTAATAATATTTTC
1 AAATATTAATAAATTAATAATATTTTC
*
421016 AAATATTAATAAATTAATATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAATAATATTTT
421042 ATTCTGAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (27 bp):
AAATATTAATAAATTAATAATATTTTC
Found at i:422415 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 422146--426812 Score: 3211
Period size: 181 Copynumber: 25.9 Consensus size: 179
422136 GTCATAATGC
* * * * * ** * *
422146 TTTGAAATAGATAATAGTTCCAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
** * * *
422211 TTTAAATCTCAAACTTTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAA
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
422276 CTTGCATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACCAAACAAGAGATTATAACAA
130 CTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * * *
422327 TTTGAAATAAAAAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGCTCAGTAGACAGATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * *
422392 TTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTAAGTATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * **
422457 CTTGTATGAACAGAAACAATT-TGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGA
130 CTTGTATGAATA-AAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
** * * ** * *
422508 TTCAAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAACAGATTTATT
* *
422572 TTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAAT
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
* ** * * *
422634 AAAGCTTGCATGAGCAAAACAAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAA-AGT
127 -AAGCTTGTATGAATAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA-A
* * * * *
422689 TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTCA--T
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
422752 TTTAATTTTCTTACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTTCAAGTAA
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAA
* * * * * * * *
422815 GCTTATATTAACTAAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGAT
129 GCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-CAA
* * * * * ** ** * *
422868 TTTGAAATAGGTAATTATTCAAACAGTCATGACAATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTACTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* *** * * * *
422933 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATTCGAATAAG
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * *
422998 CTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATAA
130 CTTGTATGAATAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * ** *
423049 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAAGTTGTTTTGTAAACAAATTTA-T
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * ***
423112 TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAA-TATGTATTATTTTATTCAAAAT
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTTGAAT
** * * *
423175 AAGCTTGTATGAATAGAAGA-AATCATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGCTA
127 AAGCTTGTATGAATA-AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * ** *
423229 TTTCAAATGGATAATTGTTAAAATAATCATAATTATTTAAACTTCTTCGGTAAACAGATTCATAA
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATT--T--
* * * * *
423294 ACAAATTCATTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTACAATACTAATAACTTGGTATTATTTTA-
62 ----ATT--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * *
423358 TTTGAATAAGCTTACATGAACTGAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAACAA
120 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * *
423417 TTTGAAATAGAAAAATT-TTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTTA-TAAACATATTTA-
1 TTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * *
423479 TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAT
64 TTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
423544 AAGTTTTTATGAATAGAAACTATT-TTTTAT-AGC-AAACAAAAAGTTATAACAA
127 AAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * *
423596 TTTAAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAAAAGATTTTAT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGA-TTTAT
* * *
423660 TTTTTAAATATCTTA-TTA-T--TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTACA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * * * * *
423721 AAATTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAACG-TCTAACGA
128 AGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * *
423773 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTGGAT-AGGTAAACATAATTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAACAGATTTATT
* * * * *
423837 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTCA-TTTTTTTTTATTCTGAGTA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * **
423901 AGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAATGA
128 AGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * *
423955 TTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATAT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
424020 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAA
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * *
424084 CTTGAATGAACATAAATAATTGTTTTTTTGATAAAATAAAAGGTTTATTTTTTAAATAATTGA
130 CTTGTATGAATA-AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGG-TTA-----T-AA-CA---A
* * * * * * ** *
424147 TTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTACAACTATTTCAAC-GGATTTGGTAAATAGATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCAGTAAACAGATTTATT
* * * *
424211 TTTTAAATTTCTTACTTGTTAA-TTTTGAATGATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * **
424275 GCTTGTAT-AATAAAATACAATTGTTATATGACCAAATAGAAGGTAATAATGA
129 GCTTGTATGAAT-AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* ** * * * * * * *
424327 TTTCAAATAGATAATTGTTGGAATGGCCATAATTATTTGAAC-GGATTC-GATAAACAAAATCAC
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCAG-TAAACAGATTTAT
* * * * ** * *
424390 TTTTTAAATCACTTCCTTATTAATATTTGGAATATTCATAAATTAACATTATTTTATTTCGAAGA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* **
424455 AGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
128 AGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * ** * *
424508 TTTTAAATAGACAATTGTTAAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTAATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * *
424573 TTTAAA-CTCTTGCTTA-TAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * **
424636 CTTTTATGAAATAAAACAATTTTTTTTATGCCTAAACAAAATGTCATAATGA
130 CTTGTATG-AATAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * ** *
424688 TTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATCT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-T
* * * * * * * *
424753 TTTCAAATACT-TTGCTTGTTAATTTTTTTAATATTATTAAATTTGGATTATTTTATTTTAAATA
65 TTTTAAAT-CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * **
424817 AGCTTGTAAGATATGAAAA-AA-TATTTTATGACTAAACAAAAGATGAGAATGA
128 AGCTTGTATGA-AT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * ** * * *
424869 TCTGAAATAGATAATTATTCTATTGGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTC-GCAAGC-GCATTTA-
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCAGTAAACAG-ATTTAT
* * *
424931 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAAT
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
* * * * * *
424991 AAGTTTCTATGATTAGAAACAACTGTCTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAACAA
127 AAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACAA
* * * * *
425044 TTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-G-T-AATAAATAGATTTATC
1 TTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATT
* **
425105 TTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* *
425170 GCTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
129 GCTTGTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * ** *
425222 TTTGAAATAGATAATTGGTCAAATAGCCATAATTATTTTAAATGATTTTGTAAATAGATTTA-TT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * * *
425286 TGTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTAGAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTA-TTTCATCTA
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATA
* *
425349 AGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAAA
128 AGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-AA
* * ** * * * * *
425403 TTT-AAATAGACAATTATTCAAATAGGAATAATTATTTGAACTTGATC-GATGAATAGATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTA-T
* * * * * * * ** *
425466 TTTTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTGAATGTTTATAAATTGGTATGAATACATTTTGAGTA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * * *
425531 AGCTTACATAAACTAAAACAATTGTCTTATAACCAAACAAAAGGTTAGAACAA
128 AGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * *
425584 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCGATTC-GATAAACAAATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATT
* * *
425648 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * * *
425713 GCTTGTACAAACAAAACAATT-TTTTACGATGAAAA-AAAA-GTCATAACAA
129 GCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAACAA
* *** * * * * ** * ** *
425762 TTTGAAATAAATAAGCATTCATATAGTCTTAACTATTTCAACTAGTTTTGCAATTAGATTTACTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * ** * * * * * *** *
425827 TTTAATTTTCTTGTTTATTAAGTTTTGGAATTTTATTGAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAA
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
425892 ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
130 CTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * ** * ** *
425943 TTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAAATGGTTTGGCATGCAGA-TTACTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * ** *
426006 TTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AGATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAACAA
66 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * **
426070 ACTTATATTAATAAAA-ATAGTTGTTTTATGAC-AAA-AAAA-GTAATAATGA
129 GCTTGTATGAATAAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * *
426119 TTTGAAATAGATAAATTGTTC-AATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAAATTATT
1 TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * ***
426183 TTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGACATATTAATAAATTAGT-TTCATTTTGTTCCAAATA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * * * * *
426247 AACTTCTATGAGTTGAAATAATTATTATATGATAAAACAAACGATCATAACAA
128 AGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * * *
426300 TTTGAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAACTGTTTGAATTGGTTCAGCAAACTA-ATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC-AGATTTATT
* * *
426364 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * *
426428 GCTT-TATGAATAGAAACAAATGCTTTATGATAGAATAAAAGGTTACAACAA
129 GCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * *
426479 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * **
426544 TTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * **
426605 GCTTGTATGTAGA-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTAATAATGA
129 GCTTGTATG-A-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * ** * *
426657 TTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAAAGTAATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TT
* ** * * * * *
426722 TTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAG
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * *
426787 GTTTTTATGAACTAAAATAATTGTTT
129 GCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTT
426813 ATTTTTAATT
Statistics
Matches: 3535, Mismatches: 762, Indels: 377
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 8 0.00
173 9 0.00
174 11 0.00
175 86 0.02
176 145 0.04
177 214 0.06
178 428 0.12
179 393 0.11
180 686 0.19
181 841 0.24
182 361 0.10
183 57 0.02
184 15 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
187 1 0.00
188 47 0.01
189 27 0.01
190 26 0.01
191 88 0.02
192 90 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
TTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
Found at i:422937 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 422126--426775 Score: 2846
Period size: 357 Copynumber: 12.9 Consensus size: 355
422116 ATTTAACGAT
* * * * * * *
422126 AAAACAAAATGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATAGTTCCAATGGACATGACTATTTGAACTTA
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
** * *
422191 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTTTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
66 TTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-T
* * * * * * * * * *
422256 ATTATTTTATTTTAAATAAACTTGCATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACCAAACAAGAGATTA
129 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
422321 TAACA-ATTTGAAATAAAAAATTA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGCTCAGTAGACAG
193 TAA-AGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAA
* * * *
422384 ATTTATTTTTTAAATATT-TTACTTATTAATTTTTTAAGTATCAATAAATTAGTATTATTTTATT
256 ATTTA-TTTTT-AATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TT
* *
422448 TTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-TGTTTATGAC
317 TTCAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGT-TTTATGAC
* ** * *
422488 AAAACAAATGGTCATAATGATTCAAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAA-TGT
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T
* *** * *
422552 GTTCAAAAAATAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
65 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTA
* * *
422616 TATTATTTTATTTGAAATAAAGCTTGCATGAGCAAAACAAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGT
128 TATTATTTTATTTGAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
*
422681 CATAAAGTTTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAA
191 CATAAAGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAA
* * * *
422746 ATTCA-TTTTAATTTTCTTACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCA
256 ATTTATTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCA
* * * *
422810 AGTAAGCTTATATTAACTAAAACAATTTTTTTATTAC
321 A-TAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
422847 AAAACAAAAGGTCACAATGATTTTGAAATAGGTAATTATTCAAACAGTCATGACAATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *** *
422912 ATTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATAA
65 ATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTA
* * * *
422977 TATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
128 TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
423041 TATAATA-ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAAGTTGTTTTGTAAA
191 CATAA-AGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAA
423103 CAAATTTATTTTTAAATTTT-TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAA-TATGTATTATT
253 CAAATTTATTTTT-AATTTTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATT
* **
423164 TTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGA-AATCATTTTATGAC
314 TTTTTC--AATAAGCTTGTATGAATA-AA-ACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
423209 AAAACAAATGGTTATAGCT-ATTTCAAATGGATAATTGTTAAAATAATCATAATTATTTAAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** *
423273 CTTCGGTAAACAGATTCATAAACAAATTCATTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTACAATACT
65 ATTCGGTAAACAAATT--T------A-T--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * ** * * *
423338 AATAACTTGGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTACATGAACTGAAATAATT-TTTTATGATAAA
119 AATAAATT-ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
423401 ACAAAA-GTCATAACA-ATTTGAAATAGA-AAAATTTTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGT
182 ACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATA-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
* * *
423463 TTTA-TAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGT
244 TTTAGTAAACAAATTTATTTTT-AATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
423527 ATTATTTTAATTTGAATAAGTTTTTATGAATAGAAACTATT-TTTTAT-AGC
308 ATTATTTT--TTTCAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGA-C
* * ** * * * * **
423577 -AAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * *
423641 TTTGATAAA-AAGATTTTATTTTTTAAATATCTTA-TTA-T--TTTTTGAAATATTAATAAATTA
66 TTCGGTAAACAA-A-TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * *
423701 GTATTATTTTATTTTGTACAA-AA--TTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAA
128 -TATTATTTTA-TTTG-A-AATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * **
423763 CGTC-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAA-TTGGATAGGTAA
188 GGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAA
* * * *
423826 ACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTCA-T-TTTTT
252 ACA-AATTTA-TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATT
* * * *
423888 TTTATTCTGAGTAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATGAC
314 TTT-TTC--AATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * **
423935 AAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * *
424000 TTCAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAGTATTATTAGATTAGT
66 TTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-T
* * * * * *
424065 ATTATTTTATTTG-AATAAACTTGAATGAACATAAATAATTGTTTTTTTGATAAAATAAAAGGTT
129 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGG-T
* * * * * * * * *
424129 TATTTTTTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTACAACTATTTCAAC-GGAT
191 CA-----T--A-AA--GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T
* * * * * *
424193 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTGTTAA-TTTTG-AATGATTAATAAATTAAT
245 TTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGT
* *
424256 ATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTAT-AATAAAATACAATTGTTATATGAC
308 ATTATTTT--TTTCAATAAGCTTGTATGAAT-AAA-ACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** * * * **
424307 CAAATAGAAGGTAATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTGGAATGGCCATAATTATTTGAACGGA
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * * * * *
424372 TTCGATAAACAAAATCACTTTTTAAATCACTTCCTTATTAATATTTGGAATATTCATAAATTAAC
66 TTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AT
* * *
424437 ATTATTTTATTTCG-AAGAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
129 ATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
424501 ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTAAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAA
192 ATAAAGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAA
* ** * *
424566 TTAATTTTTTAA-ACTCTTGCTTA-TAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTT
257 TTTA-TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTT
** * * *
424629 GGATAAGCTTTTATGAAATAAAACAATTTTTTTTATGCC
319 CAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAA-TTGTTTTATGAC
* * * * *
424668 TAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * * ** *
424733 TTTGGTAAATAGATTTATCTTTTCAAATACT-TTGCTTGTTAATTTTTTTAATATTATTAAATT-
66 TTCGGTAAACAAATTTAT-TTTT-AAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * ** * * *
424796 TGGATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTAAGATATGAAAAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGA
128 T--ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * ** * * *
424860 TGAGAATGATCTGAAATAGATAATTA-TTCTATTGGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTCGCAAG
190 TCATAAAGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAA
** * *
424923 CGCATTTATTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA
253 CAAATTTATTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT-
* * * * * *
424984 ATCGAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAACTGTCTTATGAC
317 TTC-AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
425025 AAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * *
425088 TA----ATAAATAGATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTA
64 TATTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* *
425149 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
128 -TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
425214 CATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATAGCCATAATTATTTTAA-ATGATTTTGTAAAT
191 CATAA-AGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAAC
* * * * *
425277 AGATTTATTTGTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTAGAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAT
254 AAATTTATTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-T
* *
425341 TTCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC
317 TTCA-ATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * ** *
425382 AAATCAAAAGGTTATAACAAATTT-AAATAGACAATTATTCAAATAGGAATAATTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * *
425446 GA-TCGATGAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTGAATGTTTATAAATT
65 -ATTCGGTAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * ** * ** * * * * *
425510 GGTATGAATACATTTTG-AGTAAGCTTACATAAACTAAAACAATTGTCTTATAACCAAACAAAAG
127 -ATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
425574 GTTAGAACA-ATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-CGATTCGATA
189 GTCATAA-AGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TA
* * *
425636 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
251 AACAAATTTA-TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * *
425701 TAATATGAATAAGCTTGTACAAACAAAACAATT-TTTTACGATG
315 T--TTTCAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGA-C
** * *** * * *
425744 AAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAAGCATTCATATAGTCTTAACTATTTCAAC-TA
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
** * ** * * * ** * * * *
425806 GTTTTGCAATTAGATTTACTTTTTAATTTTCTTGTTTATTAAGTTTTGGAATTTTATTGAATTAA
66 -TTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-A
** ** * * ** * *
425871 TATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTT
128 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ** *
425936 ATAACGATTTGAAATAGATAATA-TTCAAATAGTCAAAACAATTTGAAATGGTTTGGCATGCAGA
192 ATAAAGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAA
* * * * *
426000 -TTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AGATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
257 TTTA-TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTT
* * * *
426063 CAAACAAACTTATATTAATAAAA-ATAGTTGTTTTATGAC
319 C-AATAAGCTTGTATGAATAAAACA-A-TTGTTTTATGAC
* * * *
426102 -AAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAAATTGTTC-AATAGTTATAATTATTTGAACTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
426163 GTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT-GACATATTAATAAATTA
65 ATTCGGTAAACAAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTA
* ** * * *** * * * * * *
426227 GT-TTCATTTTGTTCCAAATAAACTTCTATGAGTTGAAATAATTATTATATGATAAAACAAACGA
128 -TATT-ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
426291 TCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAACTGTTTGAA-TTGGTTCAGCAAA
190 TCATAA-AGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAA
* * * * * *
426354 CTAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAATATTATTTT
253 CAAATTTA-TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
426418 ATTTGAATAAGCTT-TATGAATAGAAACAAATGCTTTATGAT
316 -TTTCAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * *
426459 AGAATAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTT
* ** * * *
426524 GTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAG
65 ATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-
* * * *
426585 TATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAGA-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
128 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * ** * * **
426649 AATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAAAGTAATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACTG
191 CATAAAGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAA
* * * ** * * *
426714 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGCATTATTTT
256 ATTTA--TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
426776 ATTTTGGATA
Statistics
Matches: 3362, Mismatches: 713, Indels: 430
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.00
352 61 0.02
353 89 0.03
354 35 0.01
355 26 0.01
356 173 0.05
357 470 0.14
358 271 0.08
359 308 0.09
360 326 0.10
361 467 0.14
362 465 0.14
363 77 0.02
364 9 0.00
366 4 0.00
367 62 0.02
368 74 0.02
369 80 0.02
370 29 0.01
371 53 0.02
372 147 0.04
373 52 0.02
374 74 0.02
375 3 0.00
376 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
TTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATAT
TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
AGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA
TTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCAATAAG
CTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGAC
Found at i:426244 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 422146--426779 Score: 1131
Period size: 361 Copynumber: 12.8 Consensus size: 356
422136 GTCATAATGC
* * * * * * ** ** *
422146 TTTGAAATAGATAATAGTTCCAATGGACATGACTA-TTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTATT
* * * **
422210 TTTTAAATCTCAAACTTTTTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
66 TTCTAAATCT----CTTATTAATTCTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * * * * *
422274 AACTTGCATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACCAAACAAGAGATTATAACAATTTGAAATAAAA
126 AACTTGTATGAATAGAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * * * * *
422339 AATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGCTCAGTAGAC-AGATTTATTTTTTAAATATTT
190 AATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTA-ATTTACTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
422403 TACTTATTAATTTTTTA-AGTATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
254 TACTAATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAACAAACTT-TATGAA
* * * * * * * * **
422467 CAGAAACAATTTG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGA
316 TAAAAACAA-ATGCTTTATGACAGAATAAAAGGTAACAACAA
** * * * * * *
422508 TTCAAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTA-TTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTAT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTG-GTTCAATAAACAAAATTAT
* * * **
422571 TTT-TAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAT
65 TTTCT-AAA--TCT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* ** * * * * *
422634 AAAGCTTGCATGAGCA-AAACAAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAAGTTTTGAAATA
125 AAA-CTTGTATGAATAGAAA-AAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * * * *
422698 GATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC-AAATT-CATTTTAATTT
187 GATAATTA-TTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTAATTTACTTTTTAAATC
* * * * ** * *
422760 TCTTACTCATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTCAAGTAAGCTTATATT
251 TCTTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAACAAACTT-TATG
* ** * * * * * *
422824 AACT-AAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGAT
314 AA-TAAAAACAAATGCTTTATGACAGAATAAAAGGTAACAA-CAA
* * * * * * ** *** * *
422868 TTTGAAATAGGTAATTATTCAAACAGTCATGAC-AATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTACT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTA-T
* ** * * *
422932 TTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATT-CGAAT
65 TTTCTAAATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAAT
* * * * * **
422995 AAGCTTGTATGAACA-AAACTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAG
125 AAACTTGTATGAATAGAAA-AAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
* * ** * * ** * * * *
423059 ATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTTGAAGTTGTTTTGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTT
188 ATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTAATTTACTTTTTAAATCTC
* * *
423123 TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAA-TATGTATTATTTTATTCAAA-ATAAGCTTGTA
253 TTACTAATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTAAACA-AA-CTT-TA
* * * * * * * * *
423184 TGAAT-AGAAGAAAT-CATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGCTA
312 TGAATAAAAACAAATGC--TTTATGACAGAATAAAAGGTAACAACAA
* * * * * *
423229 TTTCAAATGGATAATTGTTAAAATAATCATAATTA-TTTAAACTTCTTCGGTAAACAGATTCATA
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAA---C-T-GGT--TCA-A-T-A-A
* * * *
423293 A-ACAAATTCA-TTT-TAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTACAATACTAATAACTTGGTATTAT
55 ACA-AAATT-ATTTTCTAAATCTC----TTATTAATTCTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * * * * *
423354 TTTATT-TGAATAAGCTTACATGAACT-GAAATAATTTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAACA
113 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACG
* * ** * ** * * *
423416 ATTTGAAATAGAAAAATT-TTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTTA-TAAAC-ATATTT
177 ATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAAT-GGTTCAGCAAACTA-ATTT
* * * * * *
423478 A-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTG
239 ACTTTTTAAA-TCTCTTACTAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTA
* ** * * ** * * * *
423541 AATAAGTTTTTATGAATAGAAAC-TATTTTTTAT-AGCA-AACAAAAAGTTATAACAA
301 AACAA-ACTTTATGAATAAAAACAAATGCTTTATGA-CAGAATAAAAGGTAACAACAA
* * * * * ** *
423596 TTTAAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTA-TTTGAACTGGTTTGATAAA-AAGATTTTA
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAA-A-ATTA
* * * * **** * *
423659 TTTTTTAAATATCTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTACAAAA
64 TTTTCTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC
* * * * * * *
423724 TTATATGAACA-AAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAACGT-CTAACGATTTGAAATAGATAA
129 TTGTATGAATAGAAAA-AATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
* * ** * * * *
423787 TTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTGGAT-AGGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
192 TTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCA-GCAAAC-TAATTTACTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * ** * * *
423850 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTCATAAATTCATTTTTTTTTATTCTGAGTAAGCTAGTATAAAT
255 ACTAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TAAACAAACT-TTATGAA-
* * * ** * * **
423914 TGAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAATGA
316 T-AAAAACAAATGCTTTATGACAGAATAAAAGGTAACAACAA
* * * * * *
423955 TTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTA-TTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATA
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTAT-
* * * * * **
424019 TTT-TAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTATT-TGAATA
65 TTTCTAAATCTC----TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * * *
424082 AACTTGAATGAACATAAATAATTGTTTTTTTGATAAAATAAAAGGTTTATTTTTTAAATAATTGA
126 AACTTGTATGAATAGAAA-AAAT-TATTTATGACAAAACAAAAGG---------T-AATAA-CGA
* * * * * * * * * * ** * *
424147 TTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTACAACTATTT-CAACGGATTTGGTAAA-TAGATTTAT
178 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGG-TTCAGCAAACTA-ATTTAC
* ** * *
424210 TTTTTAAATTTCTTACTTGTTAA-TTTT-GAATGATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAAT
241 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAGAAT-ATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAAC
* * * * **
424273 AAGCTTGTAT-AATAAAATACAATTG-TTATATGACCA-AATAGAAGGTAATAATGA
304 AAACTT-TATGAATAAAA-ACAAATGCTT-TATGA-CAGAATAAAAGGTAACAACAA
* ** * * * * * *
424327 TTTCAAATAGATAATTGTTGGAATGGCCATAATTA-TTTGAAC-GGATTCGATAAACAAAATCAC
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGG-TTCAATAAACAAAATTA-
* * ** * *
424390 TTTT-TAAATCACTTCCTTATTAATAT-TTGGAATATTCATAAATTAACATTATTTTATTTCGAA
64 TTTTCTAAAT--C-T-CTTATTAAT-TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * *
424453 GAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
124 TAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
* * * * ** * * * ** * * * *
424517 GACAATTGTTAAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTAATTTTTTAAA-CT
187 GATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTAATTTACTTTTTAAATCT
* * * * ** * *
424581 CTTGCTTA-TAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
252 CTTACTAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAACAAAC-TTTATG
* ** * * * * * **
424644 AA-ATAAAACAATTTTTTTTATGCCTA-AACAAAATGTCATAATGA
314 AATA-AAAACAA-ATGCTTTATGAC-AGAATAAAAGGTAACAACAA
* * * * *** * * *
424688 TTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATC
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTAT-
* * ** * * * **
424752 TTT-TCAAATACTTTGCTTGTTAATTTTTTTAATATTATTAAATTTGGATTATTTTATTTTAAAT
65 TTTCT-AAAT-C--T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * *
424816 AAGCTTGTAAG-ATATGAAAAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGATGAGAATGATCTGAAATAG
125 AAACTTGTATGAATA-GAAAAAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
* * ** *** * * * **
424879 ATAATTATTCTATTGGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTC-GCAAGCGCATTTA-TTTTTAAATCT
188 ATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGG-TTCAGCAAACTAATTTACTTTTTAAATCT
* * * ** * **
424942 C-T--T-ATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCGAATAAGTTTCTATG
252 CTTACTAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTAAACAAACTT-TATG
* * * * ***
425002 ATTAGAAACAACTG-TCTTATGACA-AA-ACAAAGATCTTAACAA
314 AATAAAAACAAATGCT-TTATGACAGAATA-AAAGGTAACAACAA
* * * * * *
425044 TTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTGAACT-G-T-AATAAATAGATTTAT
1 TTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTAT
* *
425104 CTTT-TAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 -TTTCTAAATCTCTTA-TTA--A-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * *
425168 AAGCTTGTATG-ATCA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
125 AAACTTGTATGAAT-AGAAAA-AATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
** ** * ** * * ** * * *
425231 GATAATTGGTCAAATAGCCATAATTATTTTAAATGATTTTGTAAA-TAGATTTA-TTTGTAAATT
187 GATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTA-ATTTACTTTTTAAATC
* ** * * * * * * *
425294 TCTTACTTATTAATTTAGAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCATCTAAGCTTGTATT
251 TCTTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAAC-AAACTT-TATG
* * * *
425359 AACT-AAAACAATTGTTTTATGACA-AATCAAAAGGTTATAACAAA
314 AA-TAAAAACAAATGCTTTATGACAGAAT-AAAAGGTAACAAC-AA
* * ** * * * * * * * * *
425403 TTT-AAATAGACAATTATTCAAATAGGAATAATTA-TTTGAACTTGATCGATGAATAGATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTA-T
* * * * * * * * ** *** *
425466 TTTTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTG-AATGTTTATAAATTGGTATGAATACATTTTGAGT
65 TTTCTAAA--TC--TCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* ** * * * * * * * *
425530 AAGCTTACATAAACTA-AAACAATTGTCTTATAACCAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAG
125 AAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATTAT-TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
* * ** * ** * * * *
425594 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCGATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
188 ATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAG-CAAACTAATTTACTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
425658 CTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTA-C
252 CTTACTAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAACAAACTT-TATG
** * * * * * *
425721 AA-ACAAAAC-AATTTTTTACGA-TGAAAAAAAAGTCATAACAA
314 AATA-AAAACAAATGCTTTATGACAGAATAAAAGGTAACAACAA
* *** * * * * **** ** * *
425762 TTTGAAATAAATAAGCATTCATATAGTCTTAACTA-TTTCAACTAGTTTTGCAATTAGATTTACT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTA-T
* * * * * * *
425826 TTT-TAATTTTCTTGTTTATTAAGTT-TTGGAATTTTATTGAATTAATATTATTTTATTCCAAAT
65 TTTCTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * ** * *
425889 AAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
125 AAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGA
* ** **
425954 TAA-TATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAAATGGTTTGGCATGC-AGA-TTACTTTTTAAATCTC
189 TAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTA-ATTTACTTTTTAAATCTC
* *
426016 TTACTAATTAATTTTCTAG-ATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTA
253 TTACTAATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAACAAACTT-TATGA
* ** * * **
426080 ATAAAAATAGTTGTTTTATGACA-AA-AAAA-GTAATAATGA
315 ATAAAAACAAATGCTTTATGACAGAATAAAAGGTAACAACAA
* * * * *
426119 TTTGAAATAGATAAATTGTTC-AATAGTTATAATTA-TTTGAACTGGTTCAGTAAATAAAATTAT
1 TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTAT
* * *
426182 TTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGACATATTAATAAATTAGT-TTCATTTTGTTCCAAAT
65 TTTCTAAATCTCTTA--T-T-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * * *
426246 AAACTTCTATGAGTTGAAATAATTATTATATGATAAAACAAACGATCATAACAATTTGAAATAAA
125 AAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGA
* * * ** ** * *
426311 TAATTGTTTATATAATCTTAACTGTTTGAATTGGTTCAGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCT
189 TAATTATTCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTAATTTACTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
426376 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTTATGAATAG
254 TACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAACAAACTTTATGAATAA
* *
426441 AAACAAATGCTTTATGATAGAATAAAAGGTTACAACAA
319 AAACAAATGCTTTATGACAGAATAAAAGGTAACAACAA
*
426479 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTATT
* * * * *
426544 TTTTTAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTT
66 TTCTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
* * * * * * *
426609 GTATGTAGAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTG
131 GTATGAATAGAAAAAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTA
** * ** ** * *
426674 TTCAAA-AAGT-AATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
195 TTCAAATAA-TCAA-AACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTAATTTA-CTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * **
426737 TTATCAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGCATTATTTTATTT
257 TAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
426780 TGGATAGGTT
Statistics
Matches: 3302, Mismatches: 728, Indels: 488
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
348 3 0.00
349 4 0.00
351 6 0.00
352 55 0.02
353 95 0.03
354 40 0.01
355 36 0.01
356 186 0.06
357 417 0.13
358 281 0.09
359 297 0.09
360 331 0.10
361 474 0.14
362 421 0.13
363 75 0.02
364 11 0.00
365 4 0.00
366 5 0.00
367 52 0.02
368 65 0.02
369 72 0.02
370 42 0.01
371 52 0.02
372 143 0.04
373 64 0.02
374 69 0.02
375 1 0.00
376 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAACTGGTTCAATAAACAAAATTATT
TTCTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
GTATGAATAGAAAAAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAATCAAAACAATTTGAAATGGTTCAGCAAACTAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAACAAACTTTATGAATAAAAACAAA
TGCTTTATGACAGAATAAAAGGTAACAACAA
Found at i:427128 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 426810--430267 Score: 2083
Period size: 181 Copynumber: 19.3 Consensus size: 180
426800 AAAATAATTG
* * * * * *
426810 TTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTTATTTTTAGAATATTATTAGATTA-TATTATTTTA-TTC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
426872 TAAATAAGCTTGTATGA-GTAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
65 -AAATAAGCTTGTATGATG-AAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * ** *
426936 AATATATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATAGA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
** *
426989 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
427054 AAATAGGCTTCTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAACGATTTAAAA
65 AAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * ** * *
427119 TAAATAATTGCTC-AATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACTGA
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * * ** * * *
427169 TTTATGTTTTAAATCTCTAACCTATCAATTTCAAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * * * * * *
427234 GGATAGGCTTTTATAAACTG--AAACAAATGTTTTAT-AATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTT
65 AAATAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
427296 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAGCTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACATA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA
* * * *
427350 TTTATTTTTTATAAAT-TTCTTGC-TATTAATTCTCTAAATATTCATAAATTAGCATTATTTT-T
1 TTTA-TTTTT-TAAATCTT-TTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * ** * * ** * * * * *
427412 TTTTAATAAGGCATGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGCCA-ACCGATTC
62 TTCAAATAA-GCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * ** *
427476 AAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTTACTATTTGCACTGGTTTGGCAAACACA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * * * * * * *
427531 TTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATAATTTACTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * ** * * *
427595 AAATAA---AG-A-GAT-AGATAATAA----TTTAGGGCAAAATAAATA--TCATAACGATTCGA
65 AAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGA
* * * *
427648 GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTGAATTTGTTTGATAAAGAGA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * *
427702 TTTAGTTTTTAAA---TAT-CTTAGTAATATTTGAAAT-TGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * *
427761 CTAAAAAATTTTGTATGGATTG--AAACAATTGTTTTATG-ACAAA-AAAATGTCTTAACAATTT
64 C-AAATAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * *
427822 AAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAATTTGTTCGGTAAACAGA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * ** * * *
427877 TTAATTTTTTAACTCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATAATAACAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * ** * *
427942 AAATAAACTTGTATGAAT-ATAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACACAATATCATAGCAACTTGA
65 AAATAAGCTTGTATG-ATGA-AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * *
428005 AATAAATAATTGCTCAAATAGTAACAGCTATTTGAACTCGCTT-AATAAACAGA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGA
* * * * * *
428058 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAGTATTAATAAATTAGAATTATTTTACTCCG
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * ** **
428123 AATAAGCTTGTTTGAATGGAACA-AATTGGTTTATGATAAAACAAATCGTCATAATGATTTGAAA
66 AATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *** * * * *
428187 TAAAAAAAATTTGTTTAAAAAGTCATAACTATTTGAACAAATTCAAAAAATAAA
130 T--AGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * **
428241 TTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTATTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTGG
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * ***
428305 AAATAAGCTTGAATGAACAAAACCAATTGTTTTATG-ACAAACTAAAA-GTCATAATGTTTTGAA
65 AAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
428368 ATAAATAATTTTTTAGATACG-CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATATG-
129 ATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-GA
* * * * *
428420 CTCACTTTTTTAATTCTTTTACCCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
1 TTTA-TTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** *** * * * ** *
428484 TCAAATAAGCTTACATGAACTAAAACAATTGTTTTAT-TACAAACAAAAGGTCACAATTATATGA
63 TCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * *
428548 AATA-ATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * ** * *
428600 TTTATCTATTACAATTTTTTAC---TTAA--TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
1 TTTATTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
428660 GAATAGGCTTGTTTAAAT-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAGAAA-GTCATAATAATTTGA
65 AAATAAGCTTGTAT-GATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * *
428723 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTT-TAGTAATCAAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA
** * * * *
428776 TTTATTTTAAAAAT-TTTTACCTATTAATTGCCTT-AATATTCATAAATTTGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT--TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * *** *
428839 AAAATAAGCTTGTATGAAT-AGGAA-AATTCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTC
64 CAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATT-GTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
428902 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTGAAACTTGTTCGGTAAATAGA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGATAAACAGA
* * * *
428956 TTCATTTTTCAAAATCTTTTAATTATTAATATTTGAAATATTAA-AAACTTAGTATTATTTTATT
1 TTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
429020 ACAAATAAGCCTATATGAACTG--AAATAATTTTTTTATTAAAAAGCAAAAGGTAATAATAATTT
63 TCAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * *
429083 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* ** * *
429138 TTTATTTTTAAAAT-TTTGTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA-AT
1 TTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * **
429201 CTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACTATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAAATCATAACAATTT
64 C-AAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * *
429264 AAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATTACTATTTGAA-ATG---G-T-----GA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * *
429309 TTTACTTTTTAAATCTCTTT-CTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * ** * * **
429373 TTAACTAA-CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAA-GTAATAATGATTTG
63 TCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
429436 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGTTTC-AGTAAA-A-A
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGA
* * * * *
429488 ATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * ** *
429553 GAATAAGCTTTTATGAGTTG-AAAA-AATTGTCTTAT-AACAAAGTAAAAGGTCATAACATTTTG
65 AAATAAGCTTGTATGA--TGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
429615 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATCTGAA-TTAATTC-AAAAACAGA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGA
* ** *
429668 TTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* *** * *
429733 AAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTTAA
65 AAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *
429797 ATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTC-AGTAAACAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA
* * * * * * *
429849 TTTATTTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTGAAAATATTAAAAAATTAGTATTTTTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * *
429914 AAATAAGCTTTTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGTCAAAACTAATGGTCATAACAATTTTA
65 AAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * *
429977 AATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTTTTTGGTAGACAGA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * * * * * *
430030 ATTATTGTTTCAAATTTTTTGCTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTT
1 TTTATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * ** * * *
430095 TGAATAAGCTTGTAAGAT-ATGAAACAAGTATTTTATGATTAAACAAGAGGTCAGAACGATTTGA
64 CAAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * ** * * * *
430159 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGACATACACA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* *
430212 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
430268 TAATCGAATA
Statistics
Matches: 2543, Mismatches: 580, Indels: 314
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 31 0.01
169 7 0.00
170 48 0.02
171 141 0.06
172 15 0.01
173 9 0.00
174 68 0.03
175 61 0.02
176 93 0.04
177 42 0.02
178 36 0.01
179 260 0.10
180 607 0.24
181 625 0.25
182 380 0.15
183 117 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
Found at i:429457 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 429436--429468 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
429426 TAATGATTTG
429436 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
429452 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
429469 TGAACTGTTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:430164 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 428630--430286 Score: 933
Period size: 363 Copynumber: 4.6 Consensus size: 359
428620 ACTTAATCAA
** * * * * * * *
428630 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAGGCTTGTTTA-AA-TAAAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-CTAAGAACT-AAAACAAGTATTTT
* * * ** * * * *
428693 ATGATAAAACAGAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTG
64 ATAACAAAACA-AAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * ***** *
428757 AACTTGTTTAGTAATCAAATTTA-TTTTAAAAATTTTTACCTATTAATTGCCTTAATATTCATAA
128 AA-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTT-CTTATTAATTTTGAAAATATTAATAA
* * * * * * *
428821 ATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGGAAAATTCATTTTATGATA-AAAC
191 ATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGA-AAAAATT-GTCTTAT-A-ACAAAC
* ** * * * * *
428883 -AAAAGGTTATAGTGA-TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTAT-TGAAACTT-G
252 TAAAAGGTCATA-ACATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-CAATAACTATCTG-AA-TTAA
** * ** * * *
428943 TTCGGTAAATAGATTCATTTTTCAAAATCTTTTAATTATTAA-TATTTG
313 TTC-AAAAACAGATTCATTTTTC-AAATCACTTACTAATTAATTTTTTG
* * * * * * * * *
428991 AAATATTAA-AAACTTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCCTATATGAACTGAAATAATTTTTTT
1 -AATATTAATAAA-TTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAAGAACTAAAACAAGTATTTT
* * * ** * *
429055 ATTAA-AAAGCAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
64 A-TAACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * *
429119 -ATCTAGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTGTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
128 AAT-T-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCT-T-CTTATTAATTTTGAAAATATTAAT
* * * * * ** * *
429182 AAATTATTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACTATTGTTTTATAATAGAA
189 AAATTAGTATTTTTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAACT-GAAAAAATTGTCTTATAACA-AA
** * * * **
429245 C-AAAAAATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGCTCAAATAGTC-AT---TA-CT--A-T--TT
251 CTAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-CAATAACTATCTGAATTAATT
* **** * * * * *
429299 GAAATGGTGATTTACTTTTT-AAATCTCTTTCTAATTAATTTTCTA
315 CAAAAACAGATTCA-TTTTTCAAATCACTTACTAATTAATTTTTTG
* * * * * ** * * *
429344 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTTAACTAA-CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGGATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTCTAAGAACTAAAACAAGTATTTTA
* * * * *
429408 TGACAAAACCAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGA
65 TAACAAAA-CAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * *
429472 ACTGTTTCAGTAAA-AAA-TTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTG-AAATATTAATAA
129 ATTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTT-CTTATTAA-TTTTGAAAATATTAATAA
* * ** *
429534 ATTAGT-TTTATTCTATTTCGAATAAGCTTTTATGAGTTGAAAAAATTGTCTTATAACAAAGTAA
191 ATTAGTATTT-TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTGTCTTATAACAAACTAA
* * * * * *
429598 AAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATCTGAATTAATTCAAAA
255 AAGGTCATAACATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCAATAACTATCTGAATTAATTCAAAA
* * *
429663 ACAGATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTT
320 ACAGATTCATTTTTCAAATCACTTACTAATTAATTTTTTG
* * * *
429703 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAAGAACTAAAACAAGTATTTTAT
* * * * *
429768 AACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
66 AACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-
*
429833 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTGAAAATATTAAAAAATT
130 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTT-CTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATT
* * * ** *
429898 AGTATTTTTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACT-AATG
194 AGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTGTCTTATAAC-AAACTAAAAG
* * * ** *** *
429962 GTCATAACAATTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTTTTTGGTAGA
258 GTCATAAC-ATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCAATAACTATCTGAA-TTAATTCAAAAA
*** *
430026 CAGAATT-ATTGTTTCAAATTTTTTGCTAATTAATTTTTTG
321 CAG-ATTCATT-TTTCAAATCACTTACTAATTAATTTTTTG
* * ** * *
430066 AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAGTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAAGA-ACTAAAACAAGTATTTTA
* ** * * *
430130 TGATTAAACAAGAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA
65 TAACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * *
430195 CTGGTTC-G-ACATACACATTTATTTTTT-AAA-TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAA
130 -TTGTTCAGTA-A-ACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTCTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAA
* * *
430255 TTAGTATTATTTTTA-ATCGAATAAACTTTTAT
192 TTAGTATT-TTTTTATTTCAAATAAGCTTTTAT
430287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1039, Mismatches: 200, Indels: 115
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 5 0.00
350 100 0.10
351 21 0.02
352 113 0.11
353 27 0.03
354 9 0.01
355 1 0.00
356 1 0.00
357 2 0.00
358 18 0.02
359 184 0.18
360 21 0.02
361 129 0.12
362 152 0.15
363 250 0.24
364 5 0.00
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAAGAACTAAAACAAGTATTTTAT
AACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTCTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAG
TATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTGTCTTATAACAAACTAAAAGGTC
ATAACATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCAATAACTATCTGAATTAATTCAAAAACAGAT
TCATTTTTCAAATCACTTACTAATTAATTTTTTG
Found at i:431618 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 431319--431695 Score: 498
Period size: 178 Copynumber: 2.1 Consensus size: 175
431309 TTTGTGCAAG
* *
431319 AATAAAATAATA-TACATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATACTA-ATTTATTAAAATTTCAAAATTAATAAGTAAAAG-TTAAAAAACAAATAT
* * * * *
431383 GTTTTCCTAACAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGA-C
64 GTTTACCTAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTTAAATTATTATAATC
*
431447 TCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAAATTTATTCGA
129 T-TTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTC-A
*
431497 AATAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAATA-TTAAAATAACAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAATTAATAAGTAAA-AGTTAAAA-AACAAATA
*
431560 TGTTTACC-AAGTGAATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTAGTTTAAATTATTAT
63 TGTTTACCTAA--CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAGTTTAAATTATTAT
* *
431622 AATCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
125 AATCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA
431673 AATAAAATAATACTAATTTATTA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTA
431696 TTATTATAAA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 12, Indels: 19
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 17 0.10
177 53 0.30
178 99 0.56
179 9 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGTTAAAAAACAAATATGT
TTACCTAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTTAAATTATTATAATCTT
TTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA
Found at i:432632 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 432610--432643 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
432600 TAGTTGAAAT
432610 AATTATGACTATTTGAA
1 AATTATGACTATTTGAA
*
432627 AATTATGATTATTTGAA
1 AATTATGACTATTTGAA
432644 CAACTATATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATTATGACTATTTGAA
Found at i:436661 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 436164--438153 Score: 1522
Period size: 179 Copynumber: 11.1 Consensus size: 179
436154 TCAAATAGTC
* * * ** * *
436164 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTAAAAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA--TATTTTTTAAATCTTTTACTTA
** * * *
436228 TTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAA
64 TTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
436291 CTAATTGTTTTATGATAAAACAGAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTG
128 -TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
436344 TTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGATAGATTTATTTTTTTTAATTCTCTTACT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-A-ACA--TATATTTTTTAAATCTTTTACT
* ** **
436409 CT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAATTGA
62 -TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * *
436473 AACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTGAAGTAGATAATTA
126 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* *
436527 TTCAAATAGTCATGACTATGTT-AACTTGTTCTGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTCAGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
436591 TAATTGTCAAAATATTAATAGATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGGACAGAAAT
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
* *
436655 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG-CATAA-GAATTTGAAATAAATAATTA
129 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
436706 TTCAAATAGTCACAACAATTTGAACTTATTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
436771 TTAATTGTCTT--AATATTCATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
64 TTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
** * * * * ** *
436834 ATAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATTA-ATAACTA
127 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTA
* * * * * * ** * *
436887 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATT-TGATAAATAGATTCATTTTTTAAAGGTCTTAATT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATA-T-ATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * **
436951 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAATTGAAA
63 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
437016 TAATTTTTTTATGATAAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
128 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
** * * * * * * * *
437068 TTCAAATAACCATGACTGTTTGATCTAGTTCGGTAAACATTTTATTTTTAAAAT-TTTAACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-TATATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
437132 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-
* * * * * * *
437196 T-ATTGTTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGC
128 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-A
* * * * * *
437248 TT-AAATAATCATAACTATTTAAACTGGTT-TGATAAACTGATTTATTTTTTAAA---TAT-CTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTT
* ** ** * ** * *
437307 ATTAATTTTCAAAATATTAATATCTT-GTATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGAACAAAAA
63 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
437371 CATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCACAACGATTTGAAAAAGATAATTA
128 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** * * *
437423 TTGAAAGAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCAACAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-TA-TATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
437488 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAACTGAAA
64 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAA
* * * * * * *
437552 AAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AATAAAGAATTG
128 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * * *
437603 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTAAAT-TTCTTAGTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATAT-TTTTTAAATCTT-TTACTTA
* * * * *
437667 TTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCTGAA-AAGCTTGTATGAACAAAAA
64 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * ** * * *
437730 TAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATATATAATTG
128 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * **
437782 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA-ACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * ** *
437847 TAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTT-GAATAGGCTCGTATGATGACAAAT
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
* * * *
437911 AATTGTTTTATGACAAAATAAAA-CTAATAACGATTTGAAATAGATAATTG
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * * *
437961 TTCAAAT-GGCTATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACTAATTTATGTTTTAAATCTCTAACT
1 TTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
438024 TATTAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGTACTGAA
62 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * *
438089 ACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAGCGATTTTAAATAGATAATTG
127 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
438142 TTCAAATAGTCA
1 TTCAAATAGTCA
438154 AATGTAACAA
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 311, Indels: 129
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 2 0.00
176 105 0.07
177 27 0.02
178 63 0.04
179 455 0.32
180 259 0.18
181 363 0.25
182 21 0.01
183 130 0.09
184 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
Found at i:437347 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 435622--438153 Score: 1508
Period size: 360 Copynumber: 7.0 Consensus size: 354
435612 TCAATATTTC
* * * * *
435622 AATAGTCATAAATATTTGAACTGGTTCGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AA-ACATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
* ** * * ** * ** **
435684 TTTTGAAATAGTAATAAATTAGTAATATTTTATTATG-AATAATTTTGTATGAATATAAAAAAAA
64 TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATT
** * * ** * * * * * *
435748 AATTTATGATA-AAATAAAATGTCATAATGATTTGAACTAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGAC
128 GTTTTAT-A-ACAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAAC
* * *
435811 TATTTGAACTTGTTT-AGTAAAC--ATATATTTTTTTAAA-TCTTCAACTTATTAATTTTTAAAA
190 TATTTAAACTTGTTTGA-TAAACTGATTTA-TTTTTTAAAGT-TT--ACTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * *
435872 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAGTAAACTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATG
250 TATTAATAGTATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAAAGAAATAATTGTTTTATG
* ** *
435936 ACAAAACAAAGGATGGTAATGATTTGAAATAAATAATTATTTA
313 ATAAAACAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * *
435979 AATAGTTATAACTATTTAAACTCA-CTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAAC--ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTA
** * * * * * * * *
436043 ATT-TTGAAATATTAATAACTTAGTATT-TTTTATTCCG-AATAAGGTTTTTTCAACAAAAAC-A
62 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTA
* ** * ** * *
436104 TTGGTTTATGATA-AAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCTTCA
126 TTGTTTTAT-A-ACAAACAAAAAGTCATAACAATTT--AA-A-ATAA---AT--AAT--TATTCA
* * * * * **
436168 AATAGTCATAACTATTTAAACGTG-TTAAAAAAATATATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAA
178 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACT-GATTTA-TTTTTTAAAGTTTACTTATTAA
*** * * * *
436232 TTTTTGGAACATTAATA-AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACTAA
241 TTTTCAAAATATTAATAGTA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAA-TAA
* * *
436295 TTGTTTTATGATAAAACAGAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCA
303 TTGTTTTATGATAAAACA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * *
436348 GATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGATAGATTTATTTTTTTTAATTCTCTTACTCT-T
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTA-A-ACATTTA-TTTTTTAAATT-T-TTACT-TAT
* * ** * *
436412 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAATTGAAACA
60 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACT
* * *** * * * *
436477 ATTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
125 ATTGTTTTATAAC-AAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
436542 CTATGTT-AACTTGTTCTG-TAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
189 CTAT-TTAAACTTGTT-TGATAAACTGATTTATTTTTTAAA--GTTTACTTATTAATTTTCAAAA
* *
436603 TATTAATAG-ATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGGACAGAAATAATTGTTTTAT
250 TATTAATAGTATT-ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT-GAAAGAAATAATTGTTTTAT
* *
436666 GACAAAACAAAAAAG-CATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCA
312 GATAAAAC--AAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * **
436710 AATAGTCACAACAATTTGAACTTA-TTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAAC--ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTA
** * *
436774 ATTGTCTTAATATTCATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAA
62 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACT-A
** * * * * ** * * *
436838 TCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATTAATAACTATTCAAATAGTCATAAT
126 TTGTTTTATAACAAA-CAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *
436903 TATTTAAACTTATTTGATAAA-TAGATTCATTTTTTAAAGGTCTTAATTATTAATTTTCAAAATA
190 TATTTAAACTTGTTTGATAAACT-GATTTATTTTTTAAA-GT-TTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * *
436967 TTAATA-AAATAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGAT
252 TTAATAGTATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAATAATTGTTTTATGAT
437031 AAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
315 AAAACAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
** * * * * *
437072 AATAACCATGACTGTTTGATCTAGTTCGGTAAACATTTTATTTTTAAAATTTTAACTTATTAATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-TTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT
*
437137 GTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTG
65 GTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTG
* *
437201 TTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTT-AAATAATCATAACTA
129 TTTTATAACA-AACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTA
* *
437265 TTTAAACTGGTTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAA-TAT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
192 TTTAAACTTGTTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAAGTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
* * ** * ** * * * * * *
437328 A-TCTTGTATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAGACA
257 AGTATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-
* * *
437392 AAAGGTCACAACGATTTGAAA-AAGATAATTATTGA
320 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTATTCA
* * * *** * * *
437427 AAGAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCAACAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC--ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA
* ** * * * * * **
437492 TTTTTGAAATAGTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAACT-GAAAAAA
63 TTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACTA
* ** * * * * * *
437555 TTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-GAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAAC
126 TTGTTTTATAAC-AAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
437619 TATTTGAAA--TGGTTCAGCAAA-TAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAGAA
190 TATTT-AAACTTGTTTGA-TAAACT-GATTTATTTTTTAAA-GT-TTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * *
437680 TATTATTA-CATTAGTATTATTTTA-TTCTGAA-AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
250 TATTAATAGTATTA-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-AGAAATAATTGTTTTAT
* * * * * *
437742 GATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATATATAATTGTTCA
312 GATAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
** * ** *
437786 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAGT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAA-ACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
* ** * * *
437851 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTG-AATAGGCTCGTATG-AT-GACAAATAA
64 TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACT-A
* * * * * * * *
437913 TTGTTTTATGACAAA-ATAAAACTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAA
126 TTGTTTTATAACAAACA-AAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAA
* * * * * *
437976 CTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACTAATTTATGTTTTAAA-TCTCTAACTTATTAATTTTTATAA
189 CTATTTAAACTTG-TTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAAGT-T-T-ACTTATTAATTTTCAAAA
* ** *
438039 TATTAATAAAGTA--ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGTACTGAAACAATTGTTTTAT
250 TATTAAT--AGTATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AAAGAAATAATTGTTTTAT
* * ** * * *
438102 GATAAAATAAAATGTCATAGCGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
312 GATAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
438146 AATAGTCA
1 AATAGTCA
438154 AATGTAACAA
Statistics
Matches: 1715, Mismatches: 338, Indels: 241
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 110 0.06
356 83 0.05
357 151 0.09
358 144 0.08
359 189 0.11
360 382 0.22
361 63 0.04
362 259 0.15
363 36 0.02
364 7 0.00
365 5 0.00
367 3 0.00
368 10 0.01
369 147 0.09
370 20 0.01
371 28 0.02
372 27 0.02
373 22 0.01
374 27 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTG
TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTT
TTATAACAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
AACTTGTTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAAGTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGTA
TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGT
CATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
Found at i:439055 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 438534--439835 Score: 829
Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 179
438524 TGAACGATTT
* * * * * * * * *
438534 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA-CA-CTGAATAATTATTTATTTAAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAA
* * * * * * * *
438597 ATCATTATTACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAACTGTTTCGATTCATAAAAGTTCATCCAAAAT
66 ATCGTTATTACCTTTTGGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTG-TTCATACAAGTTTATTCAAAAT
* * * ** * *
438661 AACATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAA
129 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTT-AA
* * ** ** * * ** * * * **
438713 AAAGATAAATTTTTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATATATTGAA
1 AAA-ATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCA
* * * * * ** * * *
438778 AATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTCACAAAAAAATTGTTTCAATTCATTCAAGGTAATTCAAAAT
65 AATCGTTATTACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
* ** *
438843 AAAATAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTAATTTAA
129 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAA
* ** *
438895 AAAGTAAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATGTT-AACAAATATCTATTTCA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCAT-TTGAACAAATATCTATTTCA
* * * * * * *
438959 AATCATTATTACCTTTTGGTTGGTCATATAATAATTGTTTTGATCAAACAAGTTTATTCAGAATA
65 AATCGTTATTACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATA
* *
439024 AAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAA
130 AAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAA
* * * ** *
439075 AAAATAATTTTGTTTGCTTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-AATAATCTATTTCA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAAT-ATCTATTTCA
* *
439139 AATCGTTATTACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
65 AATCGTTATTACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
* * *
439204 AAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAA
129 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAA
* * * * * * * * * *
439252 AAAATAAATTTATTTATCAAACCAGATCAAATAGTTATGATCGTTTGATCAATTATTTATTTCAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAA
* * * * * * * *** *
439317 ATTGTTATGA-CTTTTTGTTATATTATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATT
66 ATCGTTATTACCTTTTGGTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
* * *
439381 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAA
129 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTTAA
* ** * * * * * ** * *
439433 GAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAACTAGTCATGACTTTTTGAATAAATATCTATTGCAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAA
* * * * * * * **
439498 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAATA
66 ATCGTTATTACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTATTCAAAATA
* * *
439563 AAATAATATTAAATTATTAATA--T-AAATTATTAAT-A-TAA-AA-TT--
130 AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAATTTAA
* * ** * * * * ** * *
439605 --AATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAATGATTATCTATTTGAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAA
* * * ** * * * * *
439668 ATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCCA-AAAATGATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTC-GAA
66 ATCGTTATTACCTTTTGGTTTGT-CATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTA-TTCAAAA
*
439731 TAAAATAATACA-AATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
128 TAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA-ATTTAA
* * * ** *
439784 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAA
1 AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAA
439836 TTATGTTTGC
Statistics
Matches: 879, Mismatches: 208, Indels: 70
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 114 0.13
171 8 0.01
172 7 0.01
173 1 0.00
174 5 0.01
175 3 0.00
176 13 0.01
177 132 0.15
178 5 0.01
179 20 0.02
180 165 0.19
181 287 0.33
182 115 0.13
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAA
ATCGTTATTACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAA
AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAA
Found at i:439522 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 438589--439585 Score: 904
Period size: 358 Copynumber: 2.8 Consensus size: 356
438579 AATAATTATT
* * * * *
438589 TATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACAACT-GTTTCGATTCATAA-AAG-T
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-GTTGATCATAAAACAA-TAGTTTTGA-TCA-AACAAGCT
* * * * * * *
438650 TCATCCAAAATAACATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAG-CAAGAGTTTAAAA
62 T-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAAAAGTTT-AAA
* * ** * * *
438714 AAGATAAATTTTTTTACTGAA-TAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATATATTGAA
124 AA-ATAAATTTGTTTACTGAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCTATTGCA
* * * * * *
438778 AATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTCACAAAAAAATTGTTTCAATTCATTCAAGGTAATTCAAAAT
186 AATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAA-TGTTTTAGTTCATACAAGATTATTCAAAAT
* ** * *
438843 AAAATAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTAATTTAAAAAGTAAATATGT
250 AAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAG-AATTTAAAAAATAAATATAT
** * *
438908 TTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATGTTAACAAATATC
313 TTACCAAACCAGATCAAATAATTATGACCATGTTAACAAATATC
* * * * * *
438952 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGGTTGGTCATATAATAATTGTTTTGATCAAACAAGTTTATT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTGATCATAAAACAATAGTTTTGATCAAACAAGCTTATT
* * * *
439017 CAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAATA
66 CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAAGTTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
439081 ATTTTGTTTGCTTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTT
129 AATTTGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAT-ATCTATTGCAAATTGTT
* * * *
439146 ATTACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAA
193 ATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAA
* * *
439211 TACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAC
257 TACTAATATATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
* * * * * *
439274 CAGATCAAATAGTTATGATCGT-TTGATCAATTATT
322 CAGATCAAATAATTATGACCATGTT-AACAAATATC
** * * * * *
439309 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTATATTATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTT-GATCATAAAACAATAGTTT-TGATCAAACAAGCTTA
** * * *
439373 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAGAAAT
64 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAAAAGTTTAAAAAAT
* * * *
439438 AAATATGTTTACTGAACTAGATCAACTAGTCATGACTTTTTGAATAAATATCTATTGCAAATTGT
128 AAATTTGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAATATCTATTGCAAATTGT
* * *
439503 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-TATTTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAAT
192 TATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATGT-TTT-AGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAAT
*
439567 AATATTAA-ATTATTAATAT
255 AATACTAATA-TATTAATAT
439586 AAATTATTAA
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 104, Indels: 43
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 11 0.02
357 84 0.16
358 174 0.34
359 7 0.01
360 2 0.00
361 135 0.26
362 54 0.11
363 44 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTGATCATAAAACAATAGTTTTGATCAAACAAGCTTATT
CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAAGTTTAAAAAATAAA
TTTGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATATCTATTGCAAATTGTTATG
ACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATGTTTTAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT
AATATATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGA
TCAAATAATTATGACCATGTTAACAAATATC
Found at i:439585 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 439566--439605 Score: 64
Period size: 13 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
439556 CAAAATAAAA
439566 TAATATTAAATTAT
1 TAATATTAAATTAT
439580 TAATA-TAAATTAT
1 TAATATTAAATTAT
*
439593 TAATATAAAATTA
1 TAATATTAAATTA
439606 ATGAATTTGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
13 13 0.54
14 11 0.46
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (14 bp):
TAATATTAAATTAT
Found at i:439603 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 439543--439605 Score: 74
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
439533 ATTTCAGTTC
439543 ATATAAAATTATTCAAAATAAAATA
1 ATATAAAATTATTCAAAATAAAATA
* *
439568 ATATTAAATTATT-AATATAAATTATTA
1 ATATAAAATTATTCAAAATAAA--A-TA
439595 ATATAAAATTA
1 ATATAAAATTA
439606 ATGAATTTGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.22
25 12 0.38
26 1 0.03
27 12 0.38
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (25 bp):
ATATAAAATTATTCAAAATAAAATA
Found at i:444655 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 444632--444682 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
444622 CCCCACATAG
444632 GGGATCGATCACC-CAAGCAA
1 GGGATCGATCACCTCAAGCAA
* *
444652 GGGATCGATCCCCTCAAGGAA
1 GGGATCGATCACCTCAAGCAA
444673 GGGATCGATC
1 GGGATCGATC
444683 GGGTAAGGCT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.43
21 16 0.57
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.29, T:0.14
Consensus pattern (21 bp):
GGGATCGATCACCTCAAGCAA
Found at i:446523 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 446477--446524 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
446467 AGGTATGAAA
446477 TTTTAGAAAAAGAAAATTTTG
1 TTTT-GAAAAAGAAAATTTTG
*
446498 ATTTGAAAAAG-AAATTTGATG
1 TTTTGAAAAAGAAAATTT--TG
446519 TTTTGA
1 TTTTGA
446525 TGAATGAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.26
20 7 0.30
21 10 0.43
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGAAAAAGAAAATTTTG
Found at i:452302 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 451797--454700 Score: 1811
Period size: 181 Copynumber: 16.3 Consensus size: 180
451787 GTCAAGTTTT
* * * * *
451797 TATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATTA
* ** * *
451860 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
451924 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTCT-TTTGGAATAAGCTTA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT-TATTTCGAATAAGCTTA
* *
451976 TATGAA--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-TCATAACGATTTAAAATAGATAATT
1 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATT
* * * * * *
452038 GTTCAAACATTCATAACTATTGGAACTTGTTCGATAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * *
452102 CCTTAATTTTT-AGAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTA
127 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
** * * *
452156 TATGAACTAGTACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATTAT
* * ** * * *
452221 TCAAATAGTTATGACTATTTAGACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTT-GACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
452286 TGATTATCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTG
130 TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * *
452337 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAAATAATT
1 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATT
* * * *
452400 ATTCAAATAGTCATAA-TCATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTGAC
64 ATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGA-CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-AC
** * ** *
452463 TTATTAATTGTTTG-AATATTAGCAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTG
126 TTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * * * *
452518 CA-CAAATAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAA-TGATTTGAAATAGATAAT
1 TATGAACTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACT-ATTTAAAATAGATAAT
* * * * *
452580 TATTCAAATAATCATAACTATTTGCACTTGTTTGGTGAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACT
63 TATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
452645 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTACGAATAAGCTTG
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* ** * * * ** * *
452699 TACGAAAAAAAATAAATGTTTTGTGGTAAAACAAAA-TATTATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
1 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACT-ATTTAAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
452762 GTTCAAATAGTCACAACTGTTTG-CATTGGTC-ATACCAATAGATTCATGTTTTAAATC-CATTA
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAC-TTGTTCGGTA--AACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA
* * * * * *
452824 CTTACTAATTTTT-AGAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TA
125 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTA
* * * * * * * * * * *
452880 TACGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACGACTTAAAATAAACAATTGT
1 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATTAT
* * * ** * * *
452945 TGAAATAGAT-ATAACTAATTGAATTGGTTTAGTAAGCAGATTTATTTTTTTAAT-TC-T-CTTA
66 TCAAATAG-TCATAACTATTTGACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
453006 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * * * * * *
453058 TTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGACTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACT-ATTTAAAATAGATAATTA
* * * * * * *
453122 TTAAAATAGTCATAATTATTTGAGCTAGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TAA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGA-CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-T
* * * *
453186 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAG-TTA
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
** * * *
453238 GTAAAAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAACAATTTAAAATAAAGAAT
1 -TATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACTATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
453301 TATTTATATAGGCTTAATTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGT
63 TATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * * *
453366 TATTAATTTTT-AGAATATTATTACTTTAGTCTTATTTTATTTCAAATAAACTTG
127 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * ** * *
453420 TAT-AAATAGAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTT-ATAAGAAATTAAAATATATAATT
1 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATT
* * * * *
453482 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTT
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTT-GACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
453547 ATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGC-TA
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
*** * * *
453599 GTATGATGAAAAATAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAATTCATAACAATTTAAAATAGATAATT
1 -TATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATT
* * ** * * * *** ** *
453663 ATTCAAATGGCCATAGTTATTTAAATTGATTCGATAAATTGATTTATGATTTAAATCTCTAACTT
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * *
453728 ATCAATTTTTAAAATATTAATGAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * * *
453781 TATGAACTGAAACAATTATTTTAT-A-ATAAATAAAAGGTT-ATAA-TGATTTTAAATAGATAAT
1 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTTCATAACT-ATTTAAAATAGATAAT
* * * *
453842 TATTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGC
63 TATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
*
453906 TTATTAATTTTTTG--ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TATA
126 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TA
* * * * *
453960 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAA-TAATTTGAAAT-GGTAATT
1 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACT-ATTTAAAATAGATAATT
* * * * * * *
454022 ATTCTAATAATCTTAACTTTTTGAATTGGATT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTACT
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTT-G-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * * * * * * * *
454085 TATTAA-TTTAGCAATATTTTACTCCAAA-TAGGCTTGTATGA-ATAGAAGCAA-ATTT
127 TATTAATTTTTG-AA-ATATTAAT--AAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTA
* * * * * *
454140 TTTAGGAC-AAAACAA-TG----AT--CATAAC--AA-TT--TGA-GA--T---A-AG-TAATTG
1 TAT-GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATTA
* * * * * * * * * *
454184 TTTAAATAGTTATAACTATCTGAACTAGTTTGGTATAGAGATTTAGTTTCTAAA--TC-T-CTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
454245 TTAATTTTTGAAATAGTAATGAATTAGAATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTG
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA
* * ** *
454296 CATGAA-TAGAAACTATTGTTTTACAACAAAACAAAA-TATCATAA-TAATTTGAAATAGATAA-
1 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACT-ATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * * *
454357 TAGTTCAAA-AGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCA
63 TA-TTCAAATA-GTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-T
* * * * *
454420 ACTTATTAATTTTT-AGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
124 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * * * *
454477 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATTA
* * * * * * *
454541 TACAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTTAACAAATTTATTCTTTAAA-----TA-TTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
454600 TTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGC
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-A
*
454652 T-TGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAACTATTT
1 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAACTATTT
454701 GAATATGTTT
Statistics
Matches: 2146, Mismatches: 437, Indels: 289
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
155 5 0.00
156 19 0.01
157 9 0.00
158 10 0.00
159 5 0.00
160 3 0.00
161 39 0.02
162 4 0.00
163 5 0.00
165 4 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
169 3 0.00
171 3 0.00
173 4 0.00
174 83 0.04
175 15 0.01
176 48 0.02
177 2 0.00
178 173 0.08
179 194 0.09
180 413 0.19
181 1053 0.49
182 45 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
Found at i:452497 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 451797--454703 Score: 2074
Period size: 362 Copynumber: 8.1 Consensus size: 361
451787 GTCAAGTTTT
* * * * *
451797 TATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
451860 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
451923 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTCT-TTTGGAATAAGCTTATATGAA-AGAA
129 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT-TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
451986 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACATTCA
193 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
452051 TAACTATTGGAACTTGTTCGATAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCCTTAATTTTTAG
258 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * *
452115 AATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTA
321 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
** * * *
452156 TATGAACTAGTACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
452221 TCAAATAGTTATGACTATTT-AGACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
452285 TTGATTATCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
130 TTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* ** * *
452349 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
194 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
452414 AA-TCATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTTTG
259 AACT-ATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-TTTG
** * * * *
452477 AATATTAGCAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTG
321 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
* * *
452518 CA-CAAATAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAA-TGATTTGAAATAGATAAT
1 TATGAACTAAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACT-ATTTGAAATAGATAAT
* * *** * *
452580 TATTCAAATAATCATAACTATTTGCACTTGTTTGGTGAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACT
63 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
452645 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTACGAATAAGCTTGTACGAAAAAA
128 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * ** * *
452709 AATAAATGTTTTGTGGTAAAACAAAATA-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
192 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * *
452773 CACAACTGTTTGCA-TTGGTC-ATACCAATAGATTCATGTTTTAAATC-CATTACTTACTAATTT
256 CATAACTATTTGAACTTATTCGGTA--AATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
* * * * *
452835 TTAGAATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTA
318 TT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
* * * * * * * * * *
452880 TACGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACGACTTAAAATAAACAATTG
1 TATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * *
452944 TTGAAATAGAT-ATAACTAATTGAA-TTGGTTTAGTAAGCAGATTTATTTTTTTAAT-TC-T-CT
65 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
453004 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTATTTGAACAAAA
128 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
453069 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCA
193 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
453134 TAATTATTTGAGC-TAGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TAAATTAATTTTTG
258 TAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTG
* * * ** *
453197 AAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAG-TTA
321 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
** * * * * *
453238 GTAAAAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATT
1 -TATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACTATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * ** * * *
453302 ATTTATATAGGCTTAATTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTT
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ** * * * * *
453367 ATTAATTTTTAGAATATTATTACTTTAGTCTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAA
129 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
453432 TAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTTATAA-GAAATTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
194 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG-ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * *
453495 TAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTATTTTTTGAA
258 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-A
*
453560 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGCTA
322 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
* * *
453599 GTATG-A-TGAAAAATAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAATTCATAACAATTTAAAATAGATAA
1 -TATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAA
* * ** * * * ** *
453661 TTATTCAAATGGCCATAGTTATTT-AAATTGATTCGATAAA-TTGATTTATGATTTAAATCTCTA
62 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
453724 ACTTATCAATTTTTAAAATATTAATGAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
125 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * *
453789 -GAAACAATTATTTTAT-A-ATAAATAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAT
189 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
453851 -GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATT
253 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-T
* * **
453915 TTTTG-ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTATA
316 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
* * * * *
453960 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAA-TAATTTGAAAT-GGTAATT
1 TATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATT
* * * * *** *
454022 ATTCTAATAATCTTAACTTTTTGAA-TTGGATT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTAC
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * *
454084 ---TT-A---TT---A-ATT--T--A-GCA-A-TATTTTACTCCAAATAGGCTTGTATGAATAGA
127 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** ** * * *
454131 AGCAAATT-TTTTAGGACAAAACAATGA-TCATAACAATTTGAGATA-AGTAATTGTTTAAATAG
192 AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
454193 TTATAACTATCTGAAC-TAGTTTGGTATAGAGATTTAGTTTCTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
255 TCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
454253 TGAAATAGTAATGAATTAGAATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTG
319 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCCTA
* ** **
454296 CATGAA-TAGAAACTATTGTTTTACAACAAAACAAAA-TATCATAA-TAATTTGAAATAGATAA-
1 TATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACT-ATTTGAAATAGATAAT
* * * *** * * * *
454357 TAGTTCAAA-AGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCA
63 TA-TTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-T
* * * * * *
454420 ACTTATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
125 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
** * * * *
454485 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTACAAAGA
190 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
*** * * * *
454549 GTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTTAACAAATTTATTCTTTAAA-----TA-TTTTTAATTTT
254 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
454608 GGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGC
319 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCT-A
* *
454652 T-TGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAACTATTTGAA
1 TATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAACTATTTGAA
454704 TATGTTTAGA
Statistics
Matches: 2006, Mismatches: 420, Indels: 248
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 9 0.00
336 59 0.03
337 69 0.03
338 6 0.00
339 2 0.00
340 58 0.03
341 44 0.02
342 3 0.00
343 1 0.00
345 3 0.00
347 3 0.00
348 1 0.00
349 3 0.00
351 3 0.00
353 1 0.00
354 28 0.01
355 67 0.03
356 46 0.02
357 60 0.03
358 10 0.00
359 330 0.16
360 212 0.11
361 406 0.20
362 564 0.28
363 17 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
Found at i:453375 original size:540 final size:539
Alignment explanation
Indices: 451797--454703 Score: 1924
Period size: 540 Copynumber: 5.4 Consensus size: 539
451787 GTCAAGTTTT
* * * * *
451797 TATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAATAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTT
* *
451862 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATT
* * * *
451926 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTCT-TTTGGAATAAGCTTATATGAAAGAAACAA
130 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT-TATTTAGAATAAGCTTATATGAAAAAAACAT
* * * * * *
451990 TTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACATTCATAAC
194 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAC
* * * * * **
452055 TATTGGAACTTGTTCGATAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCCTTAATTTTT-AGAAT
259 TATTTG-ACTTGTTTGGTAAACA-AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGA-AAT
* * ** * * * *
452118 ATTAATAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTA-TATGAACTAGTACAATTATTTTATAA
321 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTAAAAACTA-AAAAATTGTTTTATGA
*
452182 CAAAACAAAA-GTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-G-TTATGACTATTT-AG
385 CAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGCTTA--ACTATTTGA-
* * * * * * *
452243 ACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTGATTATCTA-AATATTAATAA
446 ACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAA
** *
452307 ATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG-CTTG
510 ATTAGCATTATTTT-ATTCAAATAAGACTTG
* * * * *
452337 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTAT
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGT
* * * * *
452402 TCAAATAGTCATAA-TCATTTGAGCTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTGACTT
65 TCAAATAGTCATAACT-ATTTGA-ATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCT-ACTT
** ** * ** **
452465 ATTAATTGTTTG-AATATTAGCAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCACAAATAAAA
127 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAA-AAAA
* * *
452529 AAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCA
190 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * *
452594 TAACTATTTGCACTTGTTTGGTGAAC-ATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
255 TAACTATTTG-ACTTGTTTGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGA
* * * * *
452658 AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTACGAATAAGCTT-GTACGAAAA--AAAATAAATGTTT
318 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTA--AAAACTAAAA-AATTGTTT
* ** * * ** * * ** *
452720 TGTGGTAAAACAAAATATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTGTTTG
380 TATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGCTTAACTATTTG
* * * * * * * * *
452785 CATTGG-TCATACCAATAGATTCATGTTTTAAATC-CATTACTTACTAATTTTTAGAATAGTAAT
445 AACTGGTTCA-ACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* *
452848 AAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TA
508 AAATTAGCATTATTTTATT-CAAATAAGACTTG
* * * * * *
452880 TACGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACGACTTAAAATAAACAATTGT
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGT
* * * * *
452945 TGAAATAGAT-ATAACTAATTGAATTGGTTTAGTAAGCAGATTTATTTTTTTAA-TTCT-CTTAT
65 TCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAT
* * *
453007 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTATTTGAACAAAAACA
129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAA-AAAAACA
* * *
453072 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAA
193 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA
* * *
453137 TTATTTGAGCTAGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TAAATTAATTTTTGAAAT
258 CTATTTGA-CTTGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACT-AATTAATTTTTGAAAT
* * *
453201 ATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAG-TTAGTAAAAACTGAAAAAATTGTTTTATGA
321 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTAAAAACT-AAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * *
453265 CAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTATTTATATAGGCTTAATTATTTGAACTG
385 CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGCTTAACTATTTGAACTG
* * * * **
453330 GTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACTTTAG
450 GTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
453395 TC-TTATTTTATTTCAAATAA-ACTTG
515 -CATTATTTTA-TTCAAATAAGACTTG
* * * * * *
453420 TATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAA-AGTTATAA-GAAATTAAAATATATAATTG
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAATAGTCATAACG-ATTTAAAATAAATAATTG
* * ** * *
453483 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTA
* * *
453548 TTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAGGCTAGTATGATGAAAAA
128 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAGCT--TAT-ATGAAAAA
* ** ** * * ***
453612 TA-A-TTGTTTTATTG-CAAAACAAAAATTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGC
189 AACATTTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
** * * * * *** * ** * * * *
453674 CATAGTTATTTAAATTGATTCGATAAATTGATTTATGATTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTA
253 CATAACTATTTGACTTG-TTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTG
* * ** * * * ** * *
453739 AAATATTAATGAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TTATGAACTGAAACAATTATTTT
317 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTAAAAACT-AAAAAATTGTTTT
* * * ** * * *
453803 AT-A-ATAAATAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAT-GTCATAACTATTTG
381 ATGACA-AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGCTTAACTATTTG
* ** * * * * *
453865 AACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-ATGTTAATA
445 AACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * *
453929 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG--TATA
509 AATTAGCATTATTTTA-TTCAAATAAGACT-TG
* * * * ** * **
453960 TATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GGTTAGAATAATTTGAAAT-GGTAATT
1 TATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATT
* * * * * * * * *
454022 ATTCTAATAATCTTAACTTTTTGAATTGGATTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--CTTA
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
** ** * * *
454083 CTT-A---TT---A-ATT--T--A-GCA-A-TATTTTACTCCA-AATAGGCTTGTATGAATAGAA
128 -TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTATATGAA-AAAA
* * * * * ** * * *
454132 GCAAATT-TTTTAGGACAAAAC-AATGATCATAACAATTTGAGATA-AGTAATTGTTTAAATAGT
190 AC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAAT
* * * * * * * * *
454194 TATAACTATCTGAACTAGTTTGGTATAGAGATTTAGTTTCTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTG
253 CATAACTATTTG-ACTTGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTG
* * * * * * * ** *
454255 AAATAGTAATGAATTAGAATTATTTTA-TTCTAAATAA--TTTGCATGAA-TAGAAACTATTGTT
317 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTAGTAAAAACTA-AAA-AATTGTT
** * * * * *
454316 TTACAACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAA-AGGACATGATTAT
379 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGG-CTTAACTAT
* **** * * * * *
454379 TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAGTATTA
442 TTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTA
*
454443 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTG
506 ATAAATTAGCATTATTTTATT-CAAATAAGACTTG
* * *
454477 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATAG-TCATAACGATTTAAAATAAATAATTG
* * * * * ** * * *
454541 TACAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTTAACAAATTTATTCTTTAAA----TA-TTTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAT
* * * *
454601 TAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCT-TGAATAGAAAC
129 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTT-ATATGAA-AAAAAC
* *
454664 AATTGGTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACT-ATTTGAA
192 ATTTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA-TGATTTGAA
454704 TATGTTTAGA
Statistics
Matches: 1848, Mismatches: 408, Indels: 231
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
513 1 0.00
514 5 0.00
515 19 0.01
516 102 0.06
517 107 0.06
518 51 0.03
519 7 0.00
520 59 0.03
521 31 0.02
522 5 0.00
523 3 0.00
524 1 0.00
525 1 0.00
526 1 0.00
527 1 0.00
528 4 0.00
529 7 0.00
530 37 0.02
531 15 0.01
532 2 0.00
535 4 0.00
536 2 0.00
537 1 0.00
538 6 0.00
539 73 0.04
540 503 0.27
541 172 0.09
542 251 0.14
543 359 0.19
544 11 0.01
545 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAATAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTATATGAAAAAAACATTT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
TTTGACTTGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTAAAAACTAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGGCTTAACTATTTGAACTGGTTCAA
CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTAT
TTTATTCAAATAAGACTTG
Found at i:455521 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 454755--455567 Score: 873
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 360
454745 TAATTTTTTG
* * * * * **
454755 AATATTAACAAATTTATATTATTTTATTC-AATATAAGCTTACATGAATAGAGCCAATTTTTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGA-ATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTA
* *** * * *
454819 TGACAAAACAAAGGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAA
* ** * * *
454884 CTTGTTTAGTAAGTAGATTCATTTTTCAATTCTTTTACTTTTTAATTTTTAAATATTAATAAATT
129 CTTATTTAGTAAACAGATTCATTTTTCAAATCTTTTACTTTTAAATTCTTAAATATTAATAAATT
* * * * * ** *
454949 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGG
194 ACTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * *
455014 TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTCAATCAACA
259 TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAATAAACA
* * * * * *
455079 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAA
324 GATTCATTTTTTAAATCTCTAAATTATAAATTGTAAA
* * *
455116 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTAT
** *
455181 GATAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACAATTTGAAC
66 GA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAAC
* * * *
455246 TTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAAATGTCTT-AATATTAATAAAT
130 TTATTTAGTAAACAGATTCATTTTTCAAATCTTTTACTT-TTAAAT-TCTTAAATATTAATAAAT
* * *
455309 TTCTATTA-TTTAATTCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAA
193 TACTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * **
455372 GGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAAAGTCATAATTATTTAAACTTGATT-GGTAA
257 GGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTCAATAA
* *
455436 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTAAATTATTAATTTTAAA
321 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTAAATTATAAATTGTAAA
* * * * * * *
455476 AATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTAC
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTAT
* *
455541 GAAAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTGA
66 GAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
455568 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 78, Indels: 12
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
359 21 0.06
360 171 0.46
361 173 0.47
362 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTAT
GAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACT
TATTTAGTAAACAGATTCATTTTTCAAATCTTTTACTTTTAAATTCTTAAATATTAATAAATTAC
TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
AAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAATAAACAGA
TTCATTTTTTAAATCTCTAAATTATAAATTGTAAA
Found at i:455566 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 454682--455567 Score: 802
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
454672 TATGACAAAA
* * * * * * * *
454682 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTAGAAAATAGTTTTATTTTCTAAA-ATTTTACTTGT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T-ATTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *** * * * **
454745 TAATTTTTTGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTT-ATTCAATATAAGCTTACATGAATAGAGC
64 TAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTACTATTATTTTAATTCGA-ATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * ***
454808 CAATTTTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * * *
454862 CAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAGTAGATTCATTTTTCAATTCTTTTACTTTTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
** * * * *
454927 AATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTATATGAATAGAAACAA
65 AATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
* **
454991 TTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
455042 CAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTCAATCAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-AGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * *
455107 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA-TCTGAATAAACTTATATGAACAGAAACA
65 AATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
* ** * *
455171 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
455223 TAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** * * * *
455287 AAATGTCTTAATATTAATAAATTTCTATTA-TTTAATTCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAA
65 AATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACA
** * * * * *
455350 ATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
455402 GAAAAAGTCATAATTATTTAAACTTGATTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTAAATTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * *
455467 AATTTTAAAAATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAA
65 AATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
* * *
455532 TTTTTTTACGA-AAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTGA
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGA
455568 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 107, Indels: 28
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 102 0.17
180 304 0.52
181 177 0.30
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT
Found at i:457959 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 457917--457964 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
457907 TGTTTACCGA
*
457917 ACTACTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
457935 GACTATTTGAAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
457954 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
457965 TGTTATAACC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.38
19 16 0.62
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:458386 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 455595--460553 Score: 2425
Period size: 180 Copynumber: 27.5 Consensus size: 179
455585 TATAACTTAT
* * * *
455595 CGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATTA-C-TTT
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* * * * *
455657 -TTTT-TCAT-AATCAATTCTTTTTATTAATACAAG-TTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTG
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
455718 TTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTAC
129 TTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * *
455770 CAAACCATTTCAAATTATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACC-TTTA
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * * * * * ** * * *
455834 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCACACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTCAA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * *
455899 AAATATTCTGAAACTTAATAA-CAAAAAATATTATAAAAA-AAGTCTAATTGC
130 TAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTA-AAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * ** * * * ** *
455950 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTTTGGCCCATAG
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
456015 TTTTGTCATTAAAGAATTATTTTTACTT-GTA-ATGCTTATTCGAATTAAAATAATTCTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * *
456078 ACAA-ATTTTCAAAAATTAATAATTAAAAGATTT-TAAAA-AAAT-TGTTTAC
129 TTAATA-TTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * *
456127 CGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* * *
456191 GTTTAGTCATAAAA-AATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * *
456253 TATTAACATTT-AAAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAACTAAATATGTTTAC
127 TATTAATATTTCAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
456304 CAAACAAGTTCAAATAGTTATTAGTATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTG
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTG
* * * ** * *
456369 ATTTGCCATAAAACAATTG-TTTTAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATACAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
456433 TTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
129 TTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *
456485 CAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTT
* * * * * *
456549 GTTTTG-CATAAAACAATTGTTTTTAATCATATAAGTTTATTGGAAATAAAATAACATTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * *
456613 TTAATATTTCAAGAATTAATAAGCAAGAAATTTACGAAATAAATCTGTTTAT
129 TTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * ** * * * * * *
456665 CAAACTACATCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATC-ATT
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* * * * **
456728 GTTTTGTCATAAAACAATTATTCTTGA-TCATAAAAGCTTATTCG-GCTAAAAATAATACTAATT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * * * **
456791 TAATAATATTCCAAAAATTAATCACT----GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGT
127 TATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * ** * * * * * * *
456841 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATATCGAATCATTCTAACCTTTTG
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
456906 TTTAGTC--AAAATATTTG-TTTCATATCTTACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATCCCAATTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** * *
456967 ATTAACA-TCCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAACCAAATCTCTTTAT
128 ATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
457021 CGAACAAGTGT---A-AA-TA-G-TTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
1 CGAACAAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* * * * * **
457079 GTTTTGACATCAAAGAATTG-TTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTAATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
457143 CTTAATATTTACAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATAAGTTTATTTAG
128 ATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
457196 TGAACAAATTCAAATAGTTGCT-ACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT
1 CGAACAAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* *
457260 GTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
457324 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAGAAAGTTAATTTGTTCAA
128 ATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
457377 CGAATC-AGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCATTTT
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* * * * ** * * **
457441 G-TTTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTA-TTAAGAATAAAATAATATTGCTTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* ** *
457504 ATTAACATTCTGGAAATTAATAAGCT-AGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAC
128 ATTAATATT-TCAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
457558 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAACTTGTTATGAACTTTT
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--TGTTATGACCTTTT
* * *** *
457622 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT-ATACTACTTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* *
457685 ATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAC
128 ATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAC
* * * * * * * *
457737 CAAATCAAG-TCAAATAATTATGGCCACTTGGACAATCATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTC
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTT
* * * * *
457801 GTTTTGTCATAAAATAATTCTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAGTAATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
457865 ATTAATATTTC--AA-GAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
128 ATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
457914 CGAACTACTTCAAATAATTATGACTATTTGAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTT
* ** * * ** *
457979 CTTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATATTACTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * *
458044 AGAATATTCTAAAAATT-CTAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATCTACTT-G
129 TTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * *
458094 CGAACTAGTTCAAGCAATTAAGACTATGTGAACAATTAACTATTTCAAATCG-T-TGACTTTTTG
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * * * * * * * * *
458157 TTTTGTCATAAAGCAATT-ATTTCAGCTCGTACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAAATAATTTG
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
458221 TTAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTTAAAAA-AATTCTATTTAC
129 TTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
458272 TGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGACCAATTATCTATTTCAAATGTTATTACTTTTTGT
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGT
* * * **
458337 TTTGTCATAAAACTATTGTTTTTATTCATATAAGTTTGGTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
458402 AATATTT-AGAAACTTAATTAGAAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTAC
131 AATATTTCA-AAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* *** * * * * *
458452 CAAACCTTTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTT-
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTG
* * * * ** * **
458516 TTTTGGCATCAAACAATTGGTTCTGGTCATACTATTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * * * *
458580 ATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTTTAAAAATAAATATAATT-C
129 TTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * ** * * *
458632 CTAAACCAGTTCAAATAGTCAAT-ACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATATGAATGATTATC
1 C-GAACAAGTTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA-ATG--TTATGA-C
* **** * ** * * *
458696 AATTTCAAATTGTTAT-AGCCATTTGTTTTGTCA-TCAAAAAATTGGTTTTGTTCATAATATTTT
59 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T-ATTCATACAA--------G--C-T--TA---T
* * * * * ** * *
458759 ATTTAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTATAAAA
105 -TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAA
* **
458824 A-AAATCTAATTGG
166 ATAAATCTATTTAC
* * * * * * ** * *
458837 CAAACTAGTTCAATTAGTCAAT-ACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 CGAACAAGTTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* ** * * * * *
458901 GTTTTATCATAAAACAA-AATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTACAATAATACAAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
458965 ATAATGTTTTCGAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
129 TTAAT-ATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * ** * * * *
459018 CAAACCAA-TTCATATGGTTAAGACTACTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTT
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTT
* ** ** * *
459082 -TTTTAGTCATAAGACAATTAATTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAAATATTAATT
64 GTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAATT
* * *
459145 TATTGACA-TTCAAAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTAA
127 TATTAATATTTCAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTAC
* * * *
459195 CGAACAAGTTCAAATAGTTA-GTACTATTTTGAACAATTGTATATTTTAAATTGTTATGACCTTT
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATG-ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTT
* * * * * * *
459259 TGTTTTAGT--TAATACAA--G--CTTATAC-GA-AA---TA--TAATAATATAAAT-TTATTAA
63 TGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATA-AAATAATACTAA
* * * *
459310 TATT-TCTAA-A-------ATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTAC
125 T-TTAT-TAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * ** * * *
459358 TGAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTCAAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
459422 CTTTTATTATAAAACAACTGTTTTT-GTCATACAAGCTTATTCG-AAT--AGTTATGACT-ATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTT
* * * * *
459482 GAACAATTAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTCAGATAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAG
128 -----ATT--AATATTTCAAA---ATTAATAAGTAAGA-GATT--TAA--AAA--A-T-------
* *
459546 AAATATGTTTAC
168 AAATCTATTTAC
** * * * * * * *
459558 TAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-AAGTAATTTATTTTAAATTGTTAT-AACTTCT
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTT-T
* * * * * *** **
459621 TGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTATTTATACAAGCTTATTCGGGTTAAAATAATTTTAATTT
63 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
459686 ATTAATATTTTGACAATTTATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATTTTTAT
128 ATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
459738 CGAAAAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTG
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
459803 TTCTGTCATAAAATAATTG-TATTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTAA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
459867 TTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAAGAGATCTAAAATATGATATGT-TTTAT
129 TTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTAC
* * * * *
459919 CGAATAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTATGA-CTATT
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAAT-GTTATGACCT-TT
* * * *
459982 TGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATA-TAAAT
63 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * * **
460045 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTCAAAAATTAATTTGTTTTT
126 TTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
460099 TGAACACA-TTCAAATAGTTATTA-TGATTTAAACAATTATTTATTTCAAATATTCATGACCTTT
1 CGAACA-AGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTT-ATGACCTTT
* * * * * * *
460162 TGCTTTGTCATTAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATGATACTAATTT
63 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
460227 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAAGTTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT
128 ATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
460279 C-AAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTTATATAATTATGATCTTTT
1 CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT
** * * * *
460343 GTTTCATCATAAAACAATTGTTTATATTCACACAAGTTTATTCGAAAT-AAATAATACTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
460407 TTAATATTCTAAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
129 TTAATATT-TCAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
460459 TGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTG
1 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTG
* *
460524 ATTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCAT
65 TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCAT
460554 GTAAAAATTA
Statistics
Matches: 3687, Mismatches: 829, Indels: 531
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 34 0.01
163 50 0.01
164 3 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
167 15 0.00
168 12 0.00
169 7 0.00
170 2 0.00
171 7 0.00
172 1 0.00
173 18 0.00
174 53 0.01
175 131 0.04
176 159 0.04
177 352 0.10
178 254 0.07
179 337 0.09
180 1080 0.29
181 721 0.20
182 111 0.03
183 3 0.00
184 4 0.00
185 7 0.00
186 20 0.01
187 13 0.00
188 5 0.00
190 7 0.00
192 2 0.00
193 2 0.00
195 8 0.00
196 4 0.00
197 4 0.00
198 11 0.00
199 20 0.01
200 75 0.02
201 21 0.01
202 3 0.00
203 4 0.00
204 67 0.02
205 54 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
Found at i:458685 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 458658--458705 Score: 96
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
458648 AGTCAATACT
458658 ATATGAATGATTATCAATTTCAA
1 ATATGAATGATTATCAATTTCAA
458681 ATATGAATGATTATCAATTTCAA
1 ATATGAATGATTATCAATTTCAA
458704 AT
1 AT
458706 TGTTATAGCC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 25 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
ATATGAATGATTATCAATTTCAA
Found at i:460113 original size:361 final size:353
Alignment explanation
Indices: 459489--463096 Score: 1363
Period size: 361 Copynumber: 10.1 Consensus size: 353
459479 TTTGAACAAT
* * * * *
459489 TAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAGATAATTAATAAGTAAAAAAT-TAAAAAAGAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAAGTCTAAAAAATAAAT-T
* * * ** *
459552 GTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAAAGTAATTTATTTTAAATTGTTATAAC
64 GTTTA-TCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTAA-TTATTTTAAATAATTATGAC
* * * ** *
459617 TTCTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTATTTATACAAGCTTATTCGGGTTAAAATAATTTTA
127 TT-TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA-TATA
** * * * *
459682 ATTTATTAATATTTTGACAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATT-TTTATCGAAAAAG
189 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAA-ATTTAAAAATAAAT-TTGTTTATTGAACAAG
* *
459746 TTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTG-TTCTGTC
251 TTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATT-TGTC
* * * * *
459810 ATAAAATAATTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAA
315 ATAAACTAATTGTATTAGTTCATACAAGCATATTCGAAA
* * * * * * *
459849 TAAAATAATAGTAATTAATTAATATTTCAAAAATTATTGAGT-AAGAGATCTAAAATAT-GATAT
1 TAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAG-TCTAAAAAATAAAT-T
* * *
459912 GTTTTATCGAATAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCATTATGA
64 G-TTTATC-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTAATTATTTTAAATAATTATGA
** *
459977 CTATTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATA
126 CT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAT-
* *
460042 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTCAAAAATTAATTTGTTTTTTGAACACA
188 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTATTGAACA-A
* * * * *
460107 -TTCAAATAGTTATTA-TGATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTCATGACCTTTTGCTTTG
250 GTTCAAATAGTCATAACTG-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGATTTG
* * * *
460169 TCATTAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAA
313 TCATAAACTAATTGTATTAGTTCATACAAGCATATTCGAAA
* * *
460210 TAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAGTTTAAAAAATAAATTGT
1 TAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAGTCTAAAAAATAAATTGT
* * *
460275 TTATCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTTATATAATTATGATCT
66 TTATCAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTAATTATTTTAAATAATTATGA-CT
* * * *
460340 TTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTATATTCACACAAGTTTATTCGAA-ATAAATAATACTAAT
128 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCGAATA-AAATAATA-TAAT
* * *
460404 TTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
191 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGA-A--AAATTT-AAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAG
** ** *
460467 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCA
251 TTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCA
*
460532 TAAACTAATTGTTTCTA-TTCAT----G-----T----A
316 TAAACTAATTGTAT-TAGTTCATACAAGCATATTCGAAA
* * * * * * *
460557 -AAAATTAT-CCAA--AA-T-AT-TT-TAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAACTAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAGTCTAAAAAATAAAT-TG
* * * * *
460610 TTTACCGAA-ATAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATT-ATCTA-TCTCAATCATTATGA
65 TTTATC-AATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTAAT-TATTTTAAATAATTATGA
* * * * *
460672 -TCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCCT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
126 CT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA-
** * * * * * * **** *
460735 TAATTTAAGAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTGCCAAACT
187 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTT-AAAAATAAATTTGTTTATTGAACA
* * * ** * **
460800 AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGATATTTTG-TTTA
249 AGTTCAAATAGTCATA-ACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTT-
* *
460863 GTCATAAAAC-AATAT-T-TCAATTCATACAAG------C----
312 GTCAT-AAACTAAT-TGTATTAGTTCATACAAGCATATTCGAAA
* * * * * *
460894 T----T-ATACTAATTTATTAA-CTTCGAAAAATTAATGAG-CAAAAGATTTAAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAG-TCT-AAAAAATAAAT-
* * * * * *
460952 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTA-TTGAAAACT-ATCTA-TTTAAAGTCATGAT
63 TGTTTATC-AATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAAATTAAT-TATTTTAAA-TAATTAT
* * * * * * * *
461013 GACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCA-ATTTATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAAT
124 GA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAAT
* * * * ** ** **
461077 ACTACTATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTACAAACTCAAGCTACTTT-TCAA
186 A-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTA-AAAAT-AAATTTGTTTATTGA
* * * * * * * * * * *
461141 ACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATAATC-TTTGTT
246 ACAAGTTCAAATAGTCAT-AACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGAT
* * * *
461204 TTCTCATAAAAC-AATTGTGTTTGATT-ATACAAGCCTATTC-AAA
310 TTGTCAT-AAACTAATTGTATTAG-TTCATACAAGCATATTCGAAA
* * * *
461247 TAAAAATAATACTAATTCAA-TAATATTTCAAAAATTAAT--G-AGAGA-TTTAAAAAATAAATG
1 T-AAAATAATACTAATT-AATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAGTCTAAAAAATAAAT-
* * * ** * * * *
461307 TGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTG
63 TGTTTATC-AA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTAATTATTTTAAATAATTATG
* * * *
461371 ACCTTTTG-TTTAGTCATATATTAATGGTTTCAGT-TT-ATACAAGCTTATTCTGAATAAAAAAA
125 A-CTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTT-A-TATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
** * * * **
461433 TATTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGATGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTAACGA
185 TA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAAATTT--AAAAATAAATTTGTTTATTGA
* * * * * * * * *
461498 AAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATATAAAATCATTATTACCTTTT-ATT
246 ACAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGA-T
* * * * * *
461562 TTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-ACCAAA
310 TTGTCATAAACTAATTGTATTAGTTCATACAAGCATATTCGAAA
* * * * ** *
461605 AAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAATA-TTTAAAAAATAAAATC
1 TAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-AGTCTAAAAAAT-AAAT-
* * * * * * * * * **
461669 AGTTTATTGAATCTA-TTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACT-ATCTATTTCAAATCGTTAT
63 TGTTTA-TCAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTAAT-TATTTTAAATAATTAT
* * * * *
461732 TATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGC-TATTCGAAATAAAATAAT
124 GA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTAT-ATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAA-
* * * * * *
461795 TATACTTTATTAACATTTCAAGAATTATTAAG--AGATTTAACAAATAAATTTGTTTACCT-AAC
185 TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAA-AAATAAATTTGTTTA-TTGAAC
* * * * ** * * ** *
461857 TATTTCAAATAGTTATGACAATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTCT
248 AAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATT-T
* * * *
461921 ATCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-ATAA
312 GTCAT-AAACTAATTGTATTAGTTCATACAAGCATATTCGA-AA
* * * * *
461963 TAAAATAATACTAATTCAGTTAA-ATTCAAAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATT-AATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAG-TCTAAAAAATAAAT-
* ** * *** * * **
462026 TATTTGCCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATACAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
63 TGTTTATC-AA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTAATTATTTTAAATAATTATG
* * * * * * * *
462090 ACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTAATTGGAATAGAATAAGA
125 A-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATA-TTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATA
* * * * * *
462154 CAATTTTATTAATATGTCAAAAATTTATAAGTAGAAGATTTAGAAAT-AATTCTATTTATTGAAC
187 TAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-AAAATTTAAAAATAAATT-TGTTTATTGAA-
* * * ** * *
462218 CAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTTATTT
247 CAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGA-TT
* * * * * *
462281 TGTCATAAAAC-AATGGTTTTTGTTAATATAAG--TTTGTC-ATAA
311 TGTCAT-AAACTAATTGTATTAGTTCATACAAGCATAT-TCGA-AA
* ** ** * *
462323 -AACAATTATTTTTGTTAATATAAGTATGTTC-AAAA-TAA-AA-TAACACCAA-TTTATTAATA
1 TAA-AATAATACTAATTAAT-TAA-TAT-TCCAAAAATTAATAAGTAA-A--AAGTCTA--AA-A
** * * *
462382 TTTAGA-AAATCTACTTATCAA-ACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTT
56 ---A-ATAAAT-TGTTTATCAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTAATTATTT
* * * * * * * * * *
462445 CAAA-ACATTATAACCTTTTATTTTATCGTCAAACAATTGAGTTTGT-TT-ATACTA-TTGTGTT
113 TAAATA-ATTATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATT--GTTTATATTCATACAAGCT-TATT
* * * * *
462506 TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATA
173 CG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--AGAAAAATTTAAAAATA
* ** *** * * * * ** * * **
462570 AATCTAATTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATGATAATCAATTTCAAATTGT
232 AATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * * * * * *
462634 TATGACATTTTCTTTTATCATAAAATAATTGT-TTTG-CCTATACAAGCTTATTCGAAT
296 TATGACCTTTTGATTTGTCATAAACTAATTGTATTAGTTC-ATACAAGCATATTCGAAA
* * * *
462691 TCAAATAATACTAATTTAA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAA-T
1 TAAAATAATACTAA-TTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAG-TCTAAAAAATAAATT
* * * * * *
462753 GCATTTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAAGATT-ATCTATTTCAAATCATTAT
64 G--TTTATC-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-ATTAAT-TATTTTAAATAATTAT
* * *
462817 GACCTTTTG-TTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAA
124 GA-CTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTATA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA
* * * * * * **
462880 CACTAA-TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATCAA
185 TA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAAATTT--AAAAATAAATTTGTTTATTGA
* * * * * * *
462943 ACAAGTTCAAATAGTTA-ATATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGAT
246 ACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGAT
* * ** * *
463007 TTGTCATAAAAC-AATTGT-TTCAGCTAATACAAGTTTAGAT-GGAA
310 TTGTCAT-AAACTAATTGTATT-AGTTCATACAAGCATA-TTCGAAA
* * *
463051 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCC-TAAATTATTAAGTAAAA
1 TAAAATAATACTAATTAATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
463097 TAATTATGAT
Statistics
Matches: 2511, Mismatches: 512, Indels: 449
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
333 4 0.00
334 47 0.02
335 141 0.06
336 50 0.02
337 4 0.00
338 4 0.00
339 25 0.01
340 2 0.00
341 4 0.00
342 14 0.01
343 36 0.01
344 179 0.07
345 14 0.01
346 8 0.00
347 1 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
353 1 0.00
354 2 0.00
355 34 0.01
356 34 0.01
357 353 0.14
358 138 0.05
359 157 0.06
360 359 0.14
361 512 0.20
362 113 0.05
363 8 0.00
364 3 0.00
365 6 0.00
366 16 0.01
367 130 0.05
368 88 0.04
369 20 0.01
370 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
TAAAATAATACTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAGTCTAAAAAATAAATTGT
TTATCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTAATTATTTTAAATAATTATGACTTTT
GTTTTATCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
CATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAACTAATT
GTATTAGTTCATACAAGCATATTCGAAA
Found at i:461237 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 460590--461218 Score: 727
Period size: 344 Copynumber: 1.8 Consensus size: 343
460580 AATTAATAAG
* * *
460590 AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATC
* * * * * * * * **
460655 TATCTCAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTT
66 TATCTAAATCATGATGACCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATCC
** * * * *
460720 GGATTAAAATAATACTAATTTAAGAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
131 AAAATAAAATAATACTAATATAAGAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
460785 TGTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCT
196 TGTCTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTACAACAAATATCAATCTCAAATCGTTAT
*
460850 GATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATATTTCAATTCATACAAGCTTATACTAATTTATTAACTTC
261 GATATTTTGTTTACTCATAAAACAATATTTCAATTCATACAAGCTTATACTAATTTATTAACTTC
460915 GAAAAATTAATGAGCAAA
326 GAAAAATTAATGAGCAAA
460933 AGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGATT-TGACTA-TTGAA-AACT
1 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-ATAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAACT
* *
460994 ATCTATTTAAAGTCATGATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTT-ATAAAAAC
63 ATCTATCTAAA-TCATGATGACC-TTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAAC
* ** * * *
461058 TTATCCAAAATAAAATAATACTACTATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTACAA
125 TTATCCAAAATAAAATAATACTAATATAAGAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
* * ** * *
461123 ACTCAA-G-CTACTTTTCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTCAACAAATATCAATCTCAA
190 AATAAATGTCT-C-TGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTACAACAAATATCAATCTCAA
*
461186 ATCGTTAT-A-ATCTTTGTTTTCTCATAAAACAAT
253 ATCGTTATGATAT-TTTGTTTACTCATAAAACAAT
461219 TGTGTTTGAT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 43, Indels: 18
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
342 15 0.06
343 42 0.18
344 171 0.73
345 6 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATC
TATCTAAATCATGATGACCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATCC
AAAATAAAATAATACTAATATAAGAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
TGTCTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTACAACAAATATCAATCTCAAATCGTTAT
GATATTTTGTTTACTCATAAAACAATATTTCAATTCATACAAGCTTATACTAATTTATTAACTTC
GAAAAATTAATGAGCAAA
Found at i:461951 original size:538 final size:538
Alignment explanation
Indices: 460916--463039 Score: 1477
Period size: 538 Copynumber: 3.9 Consensus size: 538
460906 ATTAACTTCG
* * *
460916 AAAAATTAATGA-GCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATT-
1 AAAAATTAATAACG-AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAG-TTA
* * * * * *
460979 TGACTA-TTGAA-AACTATCTATTTAAAGTCATGATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGT
63 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
461042 TTCAATTTATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTATATTAATATTTCAAAAATTAATA
128 TTTAGTTCATAAAAGCTTAACCAAAA-AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
461107 AGCAAGAGATTTACAAACTCAAGCTACTT-TTCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTCAAC
192 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAACTA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * **
461171 AAATATCAATCTCAAATCGTTATAATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTGTTTGATTATACA
256 AAATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACA
* *
461235 AGCCTATTCAAATAAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAAA
321 AGCCTATTCAAATAAAAATAATACTAATTCAATAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
** * *
461300 ATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATTTATTTCAAATC
386 ATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATTAAAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** *
461365 ATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATATTAATGGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTC-TGAATAAA
451 ATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATGGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAT-AATAAA
* *
461429 AAAATATTAATTTA-TTAATATTAA
515 AAAATACTAATTCAGTTAA-ATTAA
* * * *
461453 AAAAATTAATAA-GATGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTAACGAAAAAGTTTAAATAGTTATG
1 AAAAATTAATAACGAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
461517 ACTATTTAAACAATTATCTATATAAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT
65 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
461582 TAGTTCATAAAAGCTTAACCAAAAAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
130 TAGTTCATAAAAGCTTAACCAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
461647 AAAATATTTAAAAAATAAAATC-AGTTTATTGAATCTATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAA
195 AAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTA-TTTATTGAAACTATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
*
461711 CTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAG
258 ATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAG
* * * * * *
461776 -CTATTCGAAAT-AAAATAATTA-TACTTTATTAACATTTCAAGAATTATTAAGAGATTTAACAA
323 CCTATTC-AAATAAAAATAA-TACTAATTCAATAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * ** *
461838 ATAAATTTGTTTACCTAACTATTTCAAATAGTTATGACAATTTTAATAATTATCTATTTCAAATT
386 ATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATTAAAATAATTATCTATTTCAAATC
* * **
461903 GTTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATAATAAA
451 ATTATAACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATGGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCATAATAAA
* *
461967 ATAATACTAATTCAGTTAAATTCA
515 AAAATACTAATTCAGTTAAATTAA
* * * *
461991 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAG
1 AAAAATTAATAACGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
** * * ** * *
462055 ACTATACAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTT
65 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *** * * * * * * *
462120 TAGTTCATACAAGCTTAATTGGAATAGAATAAGACAATTTTATTAATATGTCAAAAATTTATAAG
130 TAGTTCATAAAAGCTTAA-CCAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
462185 TAGAAGATTT-AGAAATAATTCTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAAT
194 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAACTATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAA
* * * ** *
462249 TATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATGGTTTTTGTTA-ATATAA
259 TATCTATTTCAAATCGTTATTATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-CAACATACAA
* * * ** ** * * * * *
462312 G--TTTGTCATAA-AACAATTATTTTTGTTAATATAAGTATGTTC-AAAATAAAATAACACCAAT
322 GCCTAT-TCA-AATAAAAATAATACTAATTCA-ATAA-CAT-TTCAAAAAT-TAATAAGA--GAT
* ** * * * ** * **
462373 TTATTAATATTTAGA-AAATCTACTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATT
379 TTA--AA-A---A-ATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATTAAAATAATT
* * * * *
462437 AACTATTTCAAAACATTATAACCTTTTATTTTA-TCGTCAAACAATTGAGTTT--GTTTATACTA
437 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA-TTTAGTCATAAAACAA-TG-GTTTCAGTTCATAC-A
* * * * * **
462499 TTG-TGT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTCT
498 -AGCT-TATTCATAATAAAAAAATACTAATTCAGTTAA-ATTAA
* * * * * * * *
462539 AAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAG
1 AAAAATTAATAACGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * ** * * * *
462603 ACTATATGAATGATAATCAATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTT
65 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *** * *
462668 T-G-CCTATACAAGCTTATTCGAATTCAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
130 TAGTTC-ATAAAAGCTTA-ACCAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * *
462731 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGC-ATTTATCGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAA-
193 GTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTATTGAAACTA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * ****
462793 AGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
256 A-AATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATAC
* * * * *
462858 AAGCTTATTTAGAAT-AAATTAACACTAATT-ATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAGAGATTT
320 AAGCCTATTCA-AATAAAAATAATACTAATTCAATAACATTTC-AAAAATTAAT-A-AGAGATTT
* * * * * ** ** * *
462920 AAAAAAATAAATATATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTAATATTATTTGAACAATTGTCTATT
381 -AAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACAATTAAAATAATTATCTATT
* * * * *
462984 TAAAATCGTTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGCTAATACAAG
444 TCAAATCATTATAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATGGTTTCAGTTCATACAAG
463040 TTTAGATGGA
Statistics
Matches: 1256, Mismatches: 265, Indels: 131
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
535 2 0.00
536 50 0.04
537 171 0.14
538 404 0.32
539 119 0.09
540 84 0.07
541 1 0.00
542 5 0.00
543 1 0.00
544 6 0.00
545 8 0.01
546 9 0.01
547 69 0.05
548 297 0.24
549 22 0.02
550 8 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
AAAAATTAATAACGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
AGTTCATAAAAGCTTAACCAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAACTATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATA
TCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCCT
ATTCAAATAAAAATAATACTAATTCAATAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
TGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
AACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATGGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCATAATAAAAAAATA
CTAATTCAGTTAAATTAA
Found at i:462280 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 460916--463093 Score: 1125
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 182
460906 ATTAACTTCG
* * * *
460916 AAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAA-ATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGATT
1 AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATA-AAATCTATTTACTGAACCAA-TTCAAATAG-TT
* * ** * * * *
460979 -TGACTA-TTGAA-AACTATCTATTT-AAAGTCATGATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATT
63 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * * *
461040 GTTTCAATTTATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTATATTAATATTTC
127 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAACTTTATTAATATTTC
* * * * * * * * *
461096 AAAAATTAATAAGCA-AGAGATTTACAAACT-CAAGCTACTTTTC-AAACTAGTTCAAATAGTTA
1 AAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAAATCTA-TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTA
* * * * * * * * * *
461158 TGAATATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATAATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGT
64 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
461222 GTTT-GATT-ATACAAGCCTATTC-AAATAAAAATAATACTAA-TTCAATAATATTTC
129 -TTTAG-TTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATAC-AACTTTATTAATATTTC
* * * *
461276 AAAAATTAAT--G-AG-AGATTTAAAAAAT-AAATGTGTTT-GTCGAACCAATTCAAATAGTTAA
1 AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACT-GAACCAATTCAAATAGTTAT
* * * ** * * * * * ** *
461335 GACTATTAAAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATATTAATGGTT
65 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * **
461400 TCAGTTTATACAAGCTTATTCTG-AATAAAAAAATATTAA-TTTATTAATATTAA
130 TTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATA-CAACTTTATTAATATTTC
* * *
461453 AAAAATTAATAAG-ATG-AGATTTGAAAAAAT-AAATTTATTTAAC-GAA-AAAGTTTAAATAGT
1 AAAAATTAATAAGTA-GAAGATTT-AAAAAATAAAATCTATTT-ACTGAACCAA-TTCAAATAGT
* * ** *
461513 TATGACTATTTAAACAATTATCTATATAAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT
62 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
461578 GTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-ACCAAAAAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTA
127 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAACTTTATTAATATTTC
* * * * * * *
461633 AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAATC-AGTTTATTGAATCTATTTAAATAATTAT
1 AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAATCTA-TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
461697 GGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
65 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
**** * *
461762 TTTCAACATACAAGC-TATTCGAAATAAAATAATTA-TACTTTATTAACATTTC
130 TTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-TACAACTTTATTAATATTTC
* * * * * * *
461814 AAGAATT-ATTA--AG-AGATTTAACAAAT-AAATTTGTTTACCT-AACTATTTCAAATAGTTAT
1 AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTA-CTGAACCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * *
461873 GACAATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTT
65 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
461938 TTTGTTCATACAAGCTTATTC-ATAATAAAATAATACTAA-TTCAGTTAA-A-TTC
130 TTAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC-AACTTTA-TTAATATTTC
* * * *
461990 AAAAAATTAATAACTA-AGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTGCCGAACTAATTCAAATAGTTA
1 -AAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTA
* ** * * * *
462053 AGACTATACAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTAT
64 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
462118 TTTAGTTCATACAAGCTTAATT-GGAATAGAATAAGACAATTTTATTAATATGTC
129 TTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACAACTTTATTAATATTTC
* * * * * *
462172 AAAAATTTATAAGTAGAAGATTT-AGAAAT-AATTCTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATA
1 AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATG
* * *
462235 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATGGTTT
66 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ****
462300 TTGTTAATATAAG-TT-TGTC---ATAAAACAATTATTTTTGTTAATATAAGTATGTTC
131 TAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAA-TACAACT-TT-AT-TAA-TAT-TTC
* * ** * * * * *
462354 -AAAATAAAATAA-CACCA-ATTTATTAATATTTAGAAAATCTACTTA-TCAAACCATTTCAAAT
1 AAAAAT-TAATAAGTAGAAGATTTA--AA-A--AATAAAATCTATTTACT-GAACCAATTCAAAT
* * * * *** * * * *
462415 AGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAAACATTATAACCTTTTATTTTATCGTCAAACA
59 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
462480 ATTGAGTTT-GTTTATACTA-TTGTGTTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATA-TTC
124 ATTG-TTTTAGTTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATTTC
* ** * * * * ** * * *
462538 TAAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAAT-AAATCTAATTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAA
1 -AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAT
* * ** * * * * * * *
462602 GACTATATGAATGATAATCAATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTT
65 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
462667 TT-G-CCTATACAAGCTTATTCGAATTCAAATAATACTAA-TTTAATAATATTTC
130 TTAGTTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATTTC
* * *
462719 AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAAT-AAATGC-ATTTA-TCGAATCAGTTCAAATGGTT
1 AAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAAAT-CTATTTACT-GAACCAATTCAAATAGTT
* ** * * * * *
462780 AAGACTA-TTAGAA-AGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAAT
63 ATGACTATTTA-AACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
462843 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAACACTAA--TTATTAACA-TTC
126 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATTTC
* * *
462898 AAAAAATTAATAAG-AG-AGATTTAAAAAA-ATAAATATATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTT
1 -AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATA-AAATCTATTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTT
* * * * * *
462959 AAT-ATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGA-TTTGTCATAAAACAAT
63 -ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
463022 TGTTTCAGCTAATACAAGTTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTC
126 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATTTC
** *
463079 CTAAATTATTAAGTA
1 AAAAATTAATAAGTA
463094 AAATAATTAT
Statistics
Matches: 1545, Mismatches: 340, Indels: 225
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 161 0.10
177 104 0.07
178 34 0.02
179 135 0.09
180 450 0.29
181 503 0.33
182 20 0.01
183 1 0.00
184 5 0.00
185 7 0.00
186 11 0.01
187 91 0.06
188 6 0.00
189 3 0.00
190 3 0.00
191 8 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATG
ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAACTTTATTAATATTTC
Found at i:462318 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 462279--462347 Score: 120
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
462269 TACTTTTTAT
*
462279 TTTGTCATAAAACAATGGTTTTTGTTAATATAAG
1 TTTGTCATAAAACAATGATTTTTGTTAATATAAG
*
462313 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTAATATAAG
1 TTTGTCATAAAACAATGATTTTTGTTAATATAAG
462347 T
1 T
462348 ATGTTCAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 33 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (34 bp):
TTTGTCATAAAACAATGATTTTTGTTAATATAAG
Found at i:463236 original size:144 final size:143
Alignment explanation
Indices: 462978--463238 Score: 325
Period size: 144 Copynumber: 1.8 Consensus size: 143
462968 TGAACAATTG
* * *
462978 TCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTAATACAAGTTT
1 TCTATTTAAAATCGTTACAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATAATACAAGCTT
* *
463043 AGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAAATAATTATGATC
66 AGATGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAATAATTATGATC
463108 ATTTGAATGATTA
131 ATTTGAATGATTA
* * * * *
463121 TCTATTTCAAATCGTTACAACCTTTTGTTTGTGTCGTAAAACAATTGTTTCTA-ATCATAGAAGC
1 TCTATTTAAAATCGTTACAACCTTTTGATT-TGTCATAAAACAATTGTTTC-AGATAATACAAGC
* *
463185 TTA-TTCGG-TTAAAAGTAATACTAATTTAATAATA-TT-CTGAAAATTAATAAGTAA
64 TTAGAT-GGAATAAAA-TAATACTAATTTAATAATATTTCCT--AAATTAATAAGTAA
463239 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 12, Indels: 11
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
142 2 0.02
143 35 0.35
144 62 0.62
145 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (143 bp):
TCTATTTAAAATCGTTACAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATAATACAAGCTT
AGATGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAATAATTATGATC
ATTTGAATGATTA
Found at i:463668 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 463094--463699 Score: 433
Period size: 179 Copynumber: 3.4 Consensus size: 179
463084 TTATTAAGTA
* ** * * * * *
463094 AAATAATTATGA-TCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTACAACCTTTTGTTTGTGTCGT
1 AAATAATTATGACT-ATTGGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTT-TGACAT
* * * * * *** * * *
463158 AAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAGTAATACTAATTTAATAATATTC
64 AAAACAATTGTTTAT-AGCTTAAAAGCTTATCCAAAATAAAA-TAATACAAATTT-TTAACATT-
* * * * * * * * * *
463222 T-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTC
125 TAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTG
** * * * * * * *
463276 AAA-AAGTTAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCAT-
1 AAATAA-TTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGACATA
* * * * * *
463339 AAATATTTGTTTCATAGCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTTTAACATTTAAA
65 AAACAATTGTTT-ATAGCTTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTTTAACATTTAAA
* *
463404 AAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTT
129 AAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTG
* * * * *
463455 AAATAATTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAA
1 AAATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGACATAA
* * **
463520 AACAATTGTTT-TAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTG
66 AACAATTGTTTATAGCT--TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTT-TTAACATTTAA
* * ** * *
463584 AAAATTAATAAGC-AATAGTTTTTAAAA-CAA-TTGTTTA-TAGAACAAATTG
128 AAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCA-AACAAATTG
* * * *
463633 AAATAGTTATGACTATTGGAACCATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGTTTT-ATCATA
1 AAATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGA-CATA
463697 AAA
65 AAA
463700 AAAATTATTT
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 69, Indels: 28
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 76 0.22
179 101 0.29
180 85 0.25
181 34 0.10
182 44 0.13
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGACATAA
AACAATTGTTTATAGCTTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTTTAACATTTAAAAA
ATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTG
Found at i:463846 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 463814--463849 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
463804 AATCAGTTCA
463814 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
463832 AATAATTAT-CTATTTC
1 AATAATTATGCTATTTC
463848 AA
1 AA
463850 ACCATTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:463916 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 463387--464255 Score: 818
Period size: 358 Copynumber: 2.4 Consensus size: 357
463377 AAATAATCCA
*
463387 AATTTTTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
1 AATTTTTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * ***
463452 TTTAAATAATTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACA
66 TTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGACA
* *
463517 TAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTT
131 TAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTT
* ** * * *
463582 T-GAAAATTAATAAGCAATAGTTTTTAAAA-CAAT-TGTTTATAGAA-CAAATTGAAATAGTTAT
195 TCAAAAATTAATAAG--ATA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACCAAATTG-AATAGTTAT
* * * * * * * *
463643 GACTATTGGAACCATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTAT
256 GACTATTGGAACAACTGTATACTTAAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAAATTAT
463708 TTTTAGTTCATGCAAGTTTATTTGAAATAAAAAAAGT
321 TTTTAGTTCATGCAAGTTTATTTGAAATAAAAAAAGT
* * * *** * * *
463745 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAAGTGAATCTGTTTAGCAATC-
1 AATTT-TTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACA
* * * *
463808 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTG-TTTGG
64 AGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGA
* * * *
463872 CTATATAACAATTGCTTTT-GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
129 C-ATAAAACAATTG-TTTTAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
463936 TTTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTTGAATAGTTATG
192 TTTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACCAAATTGAATAGTTATG
* *
464001 ACTATTTGAACAACTGTATACTTCAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATATTTC
257 ACTATTGGAACAACTGTATACTTAAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAA-A--T-
** * * * *
464066 TATTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAAATATTTGAAATAAAATAACACT
318 TATTT-T-T-AGTTCATGCA-AGT-----TTATTTGAAATAAAA-AA-AGT
** ** * * * * * * * *
464117 AATCTAATAATTTTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCA
1 AAT-TTTTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * * *
464182 GTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCC
65 GTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
464247 ATAAAACAA
130 ATAAAACAA
464256 AAATTTCAAT
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 72, Indels: 39
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 7 0.02
356 6 0.01
357 76 0.18
358 129 0.31
359 45 0.11
360 1 0.00
361 5 0.01
362 1 0.00
363 1 0.00
364 7 0.02
365 2 0.00
370 14 0.03
371 2 0.00
372 46 0.11
373 65 0.16
374 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
AATTTTTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
TTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGACA
TAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTT
CAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACCAAATTGAATAGTTATGACTA
TTGGAACAACTGTATACTTAAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAAATTATTTTTA
GTTCATGCAAGTTTATTTGAAATAAAAAAAGT
Found at i:463943 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 463094--464341 Score: 631
Period size: 180 Copynumber: 6.9 Consensus size: 176
463084 TTATTAAGTA
* * *
463094 AAATAATTATGA-TCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTACAACCTTTTGTTTGTGTCGT
1 AAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTG-G-C-T
* * ** * *
463158 A-AAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAGTAATACTAATTTAATAA-TAT
62 ATAAACAATTGTTT-TGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATTTT
* * *
463220 TCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCCAAACCAGTTC
125 TC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTAG-C-AACAAGTTC
** * * * *
463276 AAA-AAGTTAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAG-TCAT
1 AAATAA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGCT-AT
* * * * * * **
463339 AAATATTTGTTTCAT-AGCTTACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATCCAAATTT-TTAACATTT
64 AAACAATTGTTT--TGATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTT
* * * * *
463401 AAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTT
126 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAA-TTGTTTAGC-AACAAGTTC
* * * * *
463455 AAATAATTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAC-ATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGGCTAT-
* * * * *
463519 AAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTT-
64 AAACAATTGTTTT-GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTC
* * * * * * *
463583 GAAAATTAATAAGCAATAGTTTTTAAAA-CAATTGTTTATAG-AACAAATTG
127 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATTG-TT-TAGCAACAAGTTC
* * ** * * * ** *
463633 AAATAGTTATGACTATTGGAACCATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGGC-TAT
* * * * * * * *
463698 AAAAAATTATTTTTAGTTCATGCAAGTTTATTTGAAATAAAA-AA-AGTAATTTATTAATATTTC
64 AAACAATT-GTTTT-GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC
* * *
463761 AAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAGCAATC-AGTTC
127 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAAT-TGTTTAGCAA-CAAGTTC
* * *** *
463813 AAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGCTATAT
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGCTATA-
463878 AACAATTGCTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAA
65 AACAATTG-TTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAA
* * * *
463943 AAATTAAT----AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAA-TTT
129 AAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTAGC-AA-CAAGTTC
* * * * * * * * * **
463990 GAATAGTTATGACTATTTGAACAACTGTATACTTCAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TGGC-T--
* * *** * *
464055 AAAAATATTTCTATTTATATAAG-TTTGTTCAGAATA-AAAAATATTTGAAATAAAATAACACTA
62 -ATAA-A---C-A---AT-T--GTTTTGATC---ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
464118 ATCTAATAATTTTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCCAAACCA
112 ATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAA-TTGTTTAG-C-AACAA
464182 GTTC
173 GTTC
* * * * * * *
464186 AAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGCTAT-A
*** ** * * * * * * * *
464251 AACAAAAATTTCAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAACATAA-AATGAATCTATTAATATTTGA
65 AACAATTGTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATTTTTCA
* *
464315 AAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
128 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
464342 ATAGTTTTGT
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 193, Indels: 138
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
176 18 0.02
177 55 0.07
178 125 0.16
179 123 0.15
180 201 0.25
181 85 0.11
182 52 0.06
183 3 0.00
184 1 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
187 1 0.00
188 1 0.00
189 2 0.00
190 7 0.01
191 2 0.00
192 48 0.06
193 3 0.00
195 4 0.00
196 71 0.09
197 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGCTATAA
ACAATTGTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAA
ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATTGTTTAGCAACAAGTTC
Found at i:464252 original size:196 final size:193
Alignment explanation
Indices: 463904--464262 Score: 434
Period size: 196 Copynumber: 1.8 Consensus size: 193
463894 CATACAAGCT
* * * *
463904 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAA
1 TATTCGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * *
463969 ATCTATTTACCGAACCAATTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAACTGTATACTTCAAATTCTTA
66 ATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACTATATACTTCAAATTCTTA
* *
464034 TAACCTTTTATTCTATCATAAAA-AAATATTTCTATTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAAA
131 TAACCTTTTATTCTACCATAAAACAAAAATTTCTATTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAAA
*
464096 TATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATTTTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATTTTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
464161 ATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-T
62 ATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACTATATACTTCAAATT
* * * *
464225 CGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAAAATTTC
127 C-TTATAACCTTTTATTCTACCATAAAACAAAAATTTC
464263 AATTCATACT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 25, Indels: 7
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
192 43 0.32
195 2 0.01
196 83 0.61
197 8 0.06
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (193 bp):
TATTCGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACTATATACTTCAAATTCTTA
TAACCTTTTATTCTACCATAAAACAAAAATTTCTATTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAAA
Found at i:464361 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 464331--464381 Score: 84
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
464321 AATAAGTAAG
*
464331 AGATTTAAAAAATAGTTTTGTTTACA
1 AGATTTAAAAAATAGTTCTGTTTACA
*
464357 AGATTTAAAAAGTAGTTCTGTTTAC
1 AGATTTAAAAAATAGTTCTGTTTAC
464382 CTAACCAGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 23 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
AGATTTAAAAAATAGTTCTGTTTACA
Found at i:464518 original size:207 final size:203
Alignment explanation
Indices: 464150--464547 Score: 491
Period size: 207 Copynumber: 1.9 Consensus size: 203
464140 AATAACCAAG
*
464150 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC
*
464215 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAAAATTTCAATTCATACTAGCTTAT
66 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAAAATTTCAATTCATACTAGCTTAT
* *
464280 TAGGAATAACATAAAATGAATCTATTAATATTTGAAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
131 TAGGAATAAAATAAAATGAATCTACTAATATTTGAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
464345 GTTTTGTTTACA
192 GTTTTGTTTACA
* * * * * * *
464357 AGATTTAAAAAGT-AGTTCTGTTTACCTAACCAGTTTATATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTAT
* ** *** *
464421 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGCTT-ATA-TAAGTT
65 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAA-AATTTCAATTCATACT-AGCT
* * *
464484 TGTTCA-GAATAAAATAATACT-AATCTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
128 TATT-AGGAATAAAATAA-AATGAATCTACTAATATTTGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
464547 A
191 A
464548 AATCTATTTA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 21, Indels: 14
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
203 18 0.11
204 3 0.02
206 5 0.03
207 131 0.79
208 8 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (203 bp):
AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAAAATTTCAATTCATACTAGCTTAT
TAGGAATAAAATAAAATGAATCTACTAATATTTGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAGTTT
TGTTTACA
Found at i:464676 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 464399--464789 Score: 432
Period size: 177 Copynumber: 2.2 Consensus size: 178
464389 GTTTATATAA
* * * * *
464399 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
1 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAA
* ** *
464464 TGTTTTTGCTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAATTA
66 TGTTTTTGCTTATACAAGAATATTCAGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAATTA
* *
464529 ATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCTAATAG
131 ATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAG
* * * *
464576 TTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAAC-AA
1 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAA
** * * * * * *
464640 TAGTTTTTG-TTCATACAAGAATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAT
66 T-GTTTTTGCTT-ATACAAGAATATTCAGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAAT
* * * *
464704 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAG
129 TAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAG
*
464757 TCT-TGACTATTTGAGTAATT-TTCTATTTCAAAT
1 T-TATGACTATTTGAGCAATTATT-TATTTCAAAT
464790 TATTTTGACC
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 29, Indels: 12
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.03
177 107 0.60
180 2 0.01
181 62 0.35
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAA
TGTTTTTGCTTATACAAGAATATTCAGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAATTA
ATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAG
Found at i:464819 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 464493--464877 Score: 409
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 177
464483 TTGTTCAGAA
* * *
464493 TAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * *
464558 TCAAACAAGTTCTAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTT
66 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTCT
* * ***
464623 GTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGAATATTTGGAT-
131 CTTCTAGTATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGAATATTT-GATG
* * * * *
464670 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * * *
464735 TTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAGTAATT-TTCTATTTCAAATTATTTTGA
62 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAGCAATTATT-TATTTCAAATCATTATAA
* * * **
464798 CCTTCTCTTCT-GTAGTAAAACAATTGTTTCAATTCGTATAAGCTTATTTGATG
125 CCTTCTCTTCTAGTA-TAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGAATATTTGATG
464851 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
464878 CGAATACTAC
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 30, Indels: 12
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 36 0.21
180 7 0.04
181 126 0.74
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
TCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTCT
CTTCTAGTATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGAATATTTGATG
Found at i:465513 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 464926--470834 Score: 3521
Period size: 181 Copynumber: 33.2 Consensus size: 180
464916 TATCTAAACA
* ** * * * ** *
464926 ATGACTTTTTGTTTTGTCCGAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATTAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * ** * * * **
464991 TATTAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTCTG
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCA
*** * * * * *
465056 AGTGAATTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATT
129 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * **
465108 ATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTTATACAAAATTATTCAAA-AAAATAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAAT
* * * *
465172 ACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAAT-T-TTTACTAG
66 ACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* *
465230 ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCATT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATT
* * *
465281 ATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAGTAAAATAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA
* ** * * * ***
465345 TGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* *
465409 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
465460 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * ** * * *
465525 CACT-ATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA-AATT-AAAAA-AAAT-TGTTTACCG
65 TACTAATT-TATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * **
465585 AACAAATTCAAATAGTCAAGACTATTTGAAC-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTT
129 AACCAGTTCAAATAGT------TA--TG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
465645 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTCCAATTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * * **
465710 TATTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATT
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACC
* * * * * *
465773 AAATCAGTT----TAATTATGGCCATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATCATT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * **
465822 ATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTGT-TCA-TCATATAAGCCTATTTGGAATAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * * * * * *
465885 AATACTAATTT-TTAAT-TTTTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAAACTGTTTAT
63 AATACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * **
465948 CAAACCAGTTCATTTAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTT
127 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * ** * * *
466002 ATAACTTTTTTTTTTACCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * * * **
466067 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTACTAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * ** * * * *
466132 ACCAATTCTAATAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCGTT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
466183 ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATGTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAGAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * *
466246 CATTAATTTATTAATATT-TTAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
466307 ACCAATCCAACTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
466358 ATGACC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTGATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTC-AAATAAAATA
* * * * * ***
466420 ATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAACG-GATCTAAAAAATGAATCTATTGGTC
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
** * * * * *
466484 TGATCAATGCAAATAGTTATGA-TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * ** *
466536 ATGACCTTTGGTTTTGTCAGAAAATAATTGTTTCTAATGGTACAAGCTTATTCAAAATAACATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * * * * *
466601 TTCTAATTTATTAGTATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGATATTTAAAAATTGAATCTATTTA-TAG
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-
** * * * * *
466661 AATAAGTTCAGATAGTTATGACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAAT-AGCT
129 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * * * * *
466713 ATAACCTTTTGTCTTGTTATAAAATAAATT-TTT-TATTCATACAAGATAATTTCAATTAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * * *
466776 AAACAAATTTATTAATATTC-AAACAATTAATATA-TAA-ATAATTTAAAAAAATAAATTTGTTT
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAA-AATTAATA-AGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * * * *
466838 ACCGAATAAGTTTACATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATC-GT
125 ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
** *
466893 -T-ACAATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAATT-AGATTAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCA-AATAAAATA
* * * * * **
466953 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTCT-AAAAATAAATATGTTTATT
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * ** * *
467017 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTCAAATAATTATCTATTTCAAATCTTT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * * * * *
467070 ATGACATTTTGTTTCATCATAAAGCAATTGTAT-AAGTTCATATAGGCTTATTCGCAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA
* * * * * ** * *
467134 ATACTAGTTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTTGAAAATGAATCTATTTACC
64 ATACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
** * * ***
467198 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACATATTTGAACAATTTTATATTTCAAATTGCT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
467252 ATGGCATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCCAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAA
* * ** * * * ****
467317 TA-TAAATTTGTTGATATTCCAAAAATTAATAAGAAATA-ATTTAAAAAATAAATCTCTTTTTTG
65 TACT-AATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * **
467380 AA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTAAAAGAATT
129 AACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
467432 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAG-TGTATTTGAAATATAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TA-TTCAAATAAAATA
* * * * * * *
467496 ATACCAGTTTATTAATATTC-CAAAA--ATTAA--CA-AGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCC
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * *
467555 AGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAGTTATTTATTTCAAA-AAGTT
129 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * ** * * *
467607 ATGA-TTTTTTTTTTGTCGCAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAGATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * * *
467671 TACTAATTTATTAATATTGTGAAAATTAATAGGTAGGAG-TTTAAAAAATAAATCTATTCATCGA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * * *
467735 ACAAGTTCATATAATCATGTCCATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * ** ** *
467786 ATGACCTTTT-TTTAT-T-GTAGAACAATAGTTTTTATCCATGTAAAATTATTCAAAAAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * *
467848 TACTGATTTATTAATATT-TGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * **
467908 AACAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCCCAAATCATT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
467959 ATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTCATATTACAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * *
468023 TACTAA--T-TTAATA--CT----ATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTGCCAA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
468078 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * ** ** * * * * * * *
468129 CTAATGTCCTCTTTAGTCACAAGACAATTATTT-TAGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAAATTA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA
* * *
468193 ATAC-----T-TTCA-A-----AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTAC
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * **
468246 TAAA-CAGGTTCAAATA-TATTTAAATATTTGAACATTTATATATTT-AAAGTTGTT
127 CAAACCA-GTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATT
* * * * *
468300 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA
** * * * * * * * * ***
468364 ATACTTCTTCACTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT-TTG
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * *
468428 AACCAGTT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAGA-TATCAATCTGAAATCGTT
129 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATT
* * * ***
468479 ATGATCC--TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAAT
1 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAAT
* * *
468542 AATACTAATTTAATAATATTCT-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
63 AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * **
468602 CAACCAGTTCAAATAGTTA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
468654 CTGACCGTTCGTTTAGTCATATAATAATTGTAT-TAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA
* * * * *
468718 ATACTAATTTAATAACATTC--AAAA--AATTAA-T-A-AGCTTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* ** * * * *
468776 GAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTAAAATCATT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
** *
468829 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGCGTTT-TAGTTCATA-AGAGCTT-TTCCAAACAAAAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATT-CAAA-TAAAA
** * * * * *
468891 TAATACTCCTTTAGTAATATT-TCAAAAGTTAATAGGTAAGAGATTT-TAAAATAAATCTATTTA
62 TAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * * * * * *
468954 CTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAACTATATATTTCAAATAATT
126 CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
469009 ATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTTTCAAT-ATACATGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * * * *
469073 ATACTAATTTACT-ATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATTTATTTATC
64 ATACTAATTTATTAATATTCTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * *
469132 AGACTAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * *** * *
469185 ATAACTTTTTGTTCCATTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
** * * * * ** **
469250 TACTAATTTAGCAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATATGAAAAATAAATCCATTTGTCAA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * **
469315 ACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * ** * *
469366 ATGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATATGGAACAGAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAA
* * * * * * * *
469431 AATTAATTTATTAATATT-TCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTTATTTACCG
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * *
469494 AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAAAAATTGTCTATTCCAAATCTTT
129 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * * * *
469546 ATTACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAATTAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAA
* * * * *
469611 TGCTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCA
65 TACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
469675 AACCATTTCAAATATTTTTGACTATTTGAATAATTATTTAATACAAATCATT
129 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * ** * * * * ** * *
469727 ATAACCTTTTATTTTCTCATTGAACAATTGGTTATGTTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * ** * * * ** * *
469792 TACTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAATAAATGTAATTGCCTA
65 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
469856 ACCAATTCAAATAGCTAAG-CTATATG---AATTACCTATTTCAAATCATT
130 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * *** * ** ** *
469903 TTGATTTTTTTTCTTTTGTCGTAAGGTAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTTGATTAAAAT
1 ATGA--CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * ** * *
469967 AATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTGGAAAAATAATTTTGTTTAC
63 AATACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * * *
470031 CAAATTAGTTTAATTGGTTAAGATTATTAGAACAACTATCTATTTCAAATCGTT
127 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
470085 TTGACATTTTGATTAGTCAAAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATA
* * * * *
470149 ATACTATTTTATTAACATT-TAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAC
64 ATACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
470213 TAAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATT
127 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * * * * **
470267 ATAATATTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTAATACGAGCTTAGATGGAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * **
470331 ATAGTAATTTATTAATATTTCT-TAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATT
64 ATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * ** **
470391 GAATCAGTT-ACAATAATTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
128 AAACCAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
470444 ATGACCATTTGTCTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA
* * * *
470508 ATATTAATGTATTAATAGTTC--AAAA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACC
64 ATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* *
470567 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCATT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATT
* * * * * * * * *
470620 AAGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTTTATCATAGAAGCTTATTCAATTAAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATA
* * * * *
470684 ATACTAGTTT-TATAATATTATGAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
64 ATACTAATTTAT-TAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* ** ** * * *
470748 AAACTAGTTTGAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCCAATCATT
128 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * *
470801 CTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
470835 ATATCTTAGA
Statistics
Matches: 4415, Mismatches: 1075, Indels: 474
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 23 0.01
169 1 0.00
170 70 0.02
171 152 0.03
172 57 0.01
173 139 0.03
174 200 0.05
175 396 0.09
176 488 0.11
177 477 0.11
178 178 0.04
179 322 0.07
180 694 0.16
181 734 0.17
182 313 0.07
183 27 0.01
184 5 0.00
185 105 0.02
186 7 0.00
187 5 0.00
188 5 0.00
189 10 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
Found at i:466369 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 464946--470833 Score: 3385
Period size: 357 Copynumber: 16.5 Consensus size: 357
464936 GTTTTGTCCG
** * * *** * *
464946 AAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATTAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTC
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * * ** *** * * *
465010 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTTTCTGAGTGAATTTAAATAGTTT
65 -GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
465074 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGT
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-
* ** *
465139 TTTTATTTATACAAAATTATTCA-AA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
191 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * *
465202 AAAGATTTAAAAACTAAAT-T-TTTACTAGACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
256 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * *
465265 TCTATCTT-AAATCATTATGA--TCTTTGTTTTGTCAT
321 TCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * * * * * ** *
465300 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * *** *
465365 -AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
465429 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-
* * * * * **
465494 AATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAACACT-ATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
194 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * ** *
465558 CAAGAAATT-AAAAA-AAAT-TGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCAAGACTATTTGAAC-ATT
258 --AG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGT------TA--T-AACTATT
* ** * *
465619 TGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTATAAT
311 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * * * * * *
465665 AAAACAATTGTTCCA-ATTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
1 AAAACAATTATT-TATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** * *
465729 CAAAAGTTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTAAATCAGTT----TAATTATG
65 GAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
465790 GCCATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTG
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-
* * **
465855 TTCA-TCATATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAAT-TTTTCAAAAATTAATG
193 TT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAAT-
* * * * ** *
465917 AGTAGGAAATTTAAAAAATAAAACTGTTTA-TCAAACCAGTTCATTTAGTTATAACTATTTAAAC
255 A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* ** * *
465981 AATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTTTTTTTACCAT
316 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* *
466022 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * ** * * * *
466087 GAAAATTACTAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAATTCTAATAGTTAAGG
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
466152 TTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATGTTTT
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
* * * * * * * *
466216 GTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAGAACATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAG
195 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAG
* * * *
466281 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATCCAACTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTA
260 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
*
466346 TTTCAAATCGTTATGACC---TTTTTTTATCAT
325 TTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * ** * *
466376 AAAACAATTATTTTTATTGATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTA
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * *** ** * * *
466440 TGAAAATTAATAAGTAACG-GATCTAAAAAATGAATCTATTGGTCTGATCAATGCAAATAGTTAT
64 TGAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
466504 GA-TTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCAGAAAATAATTGTT
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* ** * * * * *
466568 TCTAATGGTACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAA
193 T-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
466633 GATATTTAAAAATTGAATCTATTTA-TAGAA-TAAGTTCAGATAGTTATGACTATTAGAATAATT
257 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTA-AACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * *
466696 ACCTATTTCAAAT-AGCTATAACCTTTTGTCTTGTTAT-A-
320 ATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-T-TTTTTATCAT
* * * * * *
466734 AAATA-AATT-TTT-TATTCATACAAGATAATTTC-AATTAAAATAAAACAAATTTATTAATATT
1 AAA-ACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * ** * *
466795 CAAACAATTAATATA-TAA-ATAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTTACATAGT
64 TGAA-AATTAATA-AGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
* * * ** *
466858 TATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCG-T-T-ACAATTT-TTTTGTCATAAAACAATT
125 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * *
466919 GTTTTATTCATACAAGCTTAATT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA
190 GTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * **
466983 TAAGTAAAAGATTCT-AAAAATAAATATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTCA
254 TAAG----AGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * *
467046 AATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA-CATTTTGTTTCATCAT
313 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * * * * ** * *
467090 AAAGCAATTGTATAAGTTCATATAGGCTTATTCGCAATAAAATAATACTAGTTTATTAAAATTTC
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * * ** * * * **
467155 AAAAATTAATGAGTAAAAGATTTTGAAAATGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGA
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
467220 CATATTTGAACAATTTTATATTTCAAATTGCTATGGCATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTT
130 C-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * **
467285 CTATTCATAAAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATA-TAAATTTGTTGATATTCCAAAAATTAATA
194 -TATTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * ** * * *
467348 AGAAATAATTTAAAAAATAAATCTCTTTTTTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
256 AG--A-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCA-ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * ** * *
467412 ATTATCTAATTAAAAGAATTATGACC-TTTTGTTTTGTCAT
317 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * * ** * * * *
467452 AAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAG-TGTATTTGAAATATAATAATACCAGTTTATTAATATTC
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** * * *
467516 CAAAA--ATTAA--CA-AGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCCAGCAAGTTCAAATAGTTATGA
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * * **
467576 TTATTTAAATAGTTATTTATTTCAAAAAGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCGCAAAATAATTGTTTC
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-
* * * * *
467640 TATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTGTGAAAATTAATAGGT
194 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-
* * * * * ** * * *
467705 AGGAGTTTAAAAAATAAATCTATTCA-TCGAA-CAAGTTCATATAATCATGTCCATTAGAAGAAT
258 A-GA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* **
467768 TATCTATTTCAAATCGTTATGACC---TTTTTTTATTGT
319 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * * ** ** *
467804 AGAACAA-TAGTTTTTATCCATGTAAAATTATTCAAAA-AAAATAATACTGATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTA-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
467867 GAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAAACAGTTCAAATGGTTATGA
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * *
467928 CTATTTGAACAATTATCTATCCCAAATCATTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-
* * * * * * * * *
467992 TTTTCATACAAGTTTATTCATATTACAATAATACTAATTTAATACTA--TT---AATGAGTAAGA
194 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGA
* * * * * * * *
468052 GATTTAAAAAAT-AATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATC
259 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * *
468115 TATTTCAAATCGTTCT-A-ATGTCCTCTTTAGTCAC
323 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTA-TCAT
* * * *
468149 AAGACAATTATTT-TAGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAC-----T-TTCA-A---
1 AAAACAATTATTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
468203 -AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CAGGTTCAAATA-TAT
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGT-T
* * * * * *
468265 TTAAATATTTGAACATTTATATATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * ** * *
468329 ATTTTAGTTCATAAAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATACTTCTTCACTAATATTTTAAAAATTA
190 GTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * * * *
468393 ATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT-TTGAACCAGTT-TAATAGTTATGACTATTTGA
253 AT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * *
468456 ACAGA-TATCAATCTGAAATCGTTATGATCC---TTGTTTTGTCAT
314 ACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTTTTTTTATCAT
* * *** *
468498 AAAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 AAAACAATTATTTATGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
468562 CT-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCCAACCAGTTCAAATAGTTA-
64 -TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
468621 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCGTTCGTTTAGTCATATAATAATTGTA
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * **
468686 TTAGTTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAAT-
193 TTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * *
468749 A-AGCTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
256 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * * *
468812 ATATTTTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCAT
320 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* ** *
468849 AAAACAAGCGT-TTTA-GTTCATA-AGAGCTT-TTCCAAACA-AAAATAATACTCCTTTAGTAAT
1 AAAACAA--TTATTTATGTTCATACA-AGCTTATT-CAAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * * *
468909 ATTTCAAAAGTTAATAGGTAAGAGATTT-TAAAATAAATCTATTTACTGAATCAATTCAAATAAT
61 ATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
* * * * * ** * *
468973 TATGGCCATTTGAATAACTATATATTTCAAATAATTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT
125 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * * *
469038 ATTTTTCAAT-ATACATGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTACT-ATATTTCAAGAATT
190 -GTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * * *
469100 AATAAGAGATTTAAAAATTAAATTTATTTA-TCAGACTAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAAC
252 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * ** *
469164 AATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACTTTTTGTTCCATTAT
316 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * **
469205 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGCAATATTCT
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * * *** ** * * *
469270 AAAAATTAATAACTAAGAGATATGAAAAATAAATCCATTTGTCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGA
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
469335 CTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTATTTC
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-
* * * * * * * * *
469400 AACTCATACAAGCTTATAT-GGAACAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAG
194 TATTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA--AT-TAA-
* * ** * * * * *
469464 TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAAAAAT
254 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * * * * *
469528 TGTCTATTCCAAATCTTTATTA-CTTTTTGTTTTGTCAT
319 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * * * * * ** * *
469566 GAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTTA
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * * * * *
469631 GAAAATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATATTTTTGA
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * ** * *
469696 CTATTTGAATAATTATTTAATACAAATCATTATAACCTTTTATTTTCTCATTGAACAATTGGTTA
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTT
* * ** * * * * * *
469761 TGTTCATACTATTTTATT-TGAAATAAAATATTACTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAAC
194 TATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT---
* * * ** * * *
469825 CAAGAAAATT-AAAAATAAATGTAATTGCCT-AACCAATTCAAATAGCTA-AGCTATATG---AA
255 -AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* * ** * *
469884 TTACCTATTTCAAATCATTTTGATTTTTTTTCTTTTGTCGT
318 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTT-TTTTATCAT
*** * ** *** * *
469925 AAGGTAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
1 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* ** * ** * * * *
469989 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTGGAAAAATAATTTTGTTTACCAAATTAGTTTAATTGGTTAAGA
65 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
470054 TTATTAGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTTTGACATTTTGATTAGTCAAAAAACAATTGTTTT
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
* * * * *
470119 AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTATTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGA
195 A-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----
* *
470184 AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAT
255 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * * * ** *
470249 TGTTTATTTAAAATCATTAT-A-ATATTTTGATTTGTCAT
319 TATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTTTTTTTATCAT
* * * * * ** *
470287 AAAATAATTGTTTCA-GTTAATACGAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
1 AAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** *** * *
470350 TCTTAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTT-ACAATAATTA
64 T-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCA-AATAGTTA
** * * *
470410 TGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTCTTGTCATAAAATAATTGT
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * *
470475 TTT-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATGTATTAATAGTTCAAAAATTAAT
192 TTTAT--TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* *
470539 AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
255 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * *
470603 ATCAATCTT-AAATCATTAAGA--TCTTTATTTTATCAT
320 ATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
* * * * *
470639 AAAACAATTATTTTTTTATCATAGAAGCTTATTC-AATTAAAAATAATACTAGTTT-TATAATAT
1 AAAACAATTATTTATGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAT-TAATAT
* * * * **
470702 TATGAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTTGAATAGTTA
63 T-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * * * *
470767 AAACTATTAGAATAATTATCTATTTCCAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGT
127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
470832 TT
192 TT
470834 CATATCTTAG
Statistics
Matches: 4254, Mismatches: 1026, Indels: 505
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 9 0.00
337 1 0.00
339 9 0.00
340 9 0.00
341 59 0.01
342 53 0.01
343 47 0.01
344 19 0.00
345 26 0.01
346 12 0.00
347 12 0.00
348 19 0.00
349 32 0.01
350 136 0.03
351 75 0.02
352 282 0.07
353 248 0.06
354 509 0.12
355 298 0.07
356 346 0.08
357 512 0.12
358 315 0.07
359 205 0.05
360 74 0.02
361 368 0.09
362 283 0.07
363 118 0.03
364 53 0.01
365 86 0.02
366 39 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA
TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTATCAT
Found at i:467064 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 467024--467065 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
467014 ATTGAACAAG
*
467024 TTCAAATAGTTATAACTA
1 TTCAAATAATTAT-ACTA
467042 TTCAAATAATTAT-CTA
1 TTCAAATAATTATACTA
467058 TTTCAAAT
1 -TTCAAAT
467066 CTTTATGACA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.14
17 7 0.32
18 12 0.55
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAATTATACTA
Found at i:467587 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 467561--467612 Score: 74
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
467551 ACCCAGCAAG
467561 TTCAAATAGTTATGATTAT
1 TTCAAATAGTTATGATTAT
467580 TT-AAATAGTTAT--TTAT
1 TTCAAATAGTTATGATTAT
*
467596 TTCAAAAAGTTATGATT
1 TTCAAATAGTTATGATT
467613 TTTTTTTTGT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 6
0.81 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 9 0.31
18 10 0.34
19 4 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATTAT
Found at i:471726 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 471478--471818 Score: 372
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
471468 TCATTATAAC
* * * *
471478 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATACAAAATATAATAATACTAA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCACACAAGCTTATACAAAATAAAATAATAATAA
*
471543 TCTGATAATA-TTCAAAAGACTAATAACCAAGA-AATTAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGT
66 TCTGATAATATTTCAAAA-ACTAATAACCAAGAGAATTAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGT
*
471606 TCAAA-TATTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCAT
130 TCAAATTAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCAT
* * *
471650 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-AATTCACACTAGCTTA-ATTAAAATAAAATAA-AAT
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAA-TCACACAAGCTTATA-CAAAATAAAATAATAAT
* * * *** * * * *
471712 GAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAATAATTTTGTTTACCTAACT
64 -AATCTGA-TAATATTTCAAAAACTAATAACCAAGAGAATTAAAAATAAATTTATTTACCAAACT
* * * * *
471776 AGTTTAAATTAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
127 AGTTCAAATTAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAA
471819 ATCGTTTTGA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 24, Indels: 12
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.05
172 66 0.48
173 36 0.26
174 29 0.21
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCACACAAGCTTATACAAAATAAAATAATAATAA
TCTGATAATATTTCAAAAACTAATAACCAAGAGAATTAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTT
CAAATTAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCAT
Found at i:471860 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 470903--474243 Score: 1797
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 177
470893 AAGATTTGAA
* * * * * *
470903 AAATAGTAATGACTATTTGAAAAATTATTTGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
470968 AGCAACTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCCT-AAATAAATTAATACTAATTTCTTAATATTTTA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT--TAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * *
471032 AAATTTAATAAGCAAGA-ATTAAAATAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAA-AAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTC
* * * *
471084 AAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * *
471149 AAC-ATCATTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-TTGTT
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-TT
* * * * * * *
471212 GAAAATTAATAAGT---A-ATTTCAAAAGTAAATTTGTTTACCAAATCAATAC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAACT-AGTTC
* * * * * * * *
471261 AAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCACTT-TTACCTTTTGTTTGGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
471325 TAACAATTGTTT-TTTATCATACAAG--T-TT---AT--AAT-GAATAA--AATTAATCTTTTAA
65 AAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTTAA
* * *
471378 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAAATCTGTTTATTGAACTAATTC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTC
* ** * *
471430 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
471494 AACAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATACAAAATATAATAATACTAATCTGA-TAATA-TTCA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAA-AATAAT-TTATTAATATTTTA
* ** * * * * *
471557 AAAGACTAATAACCAAGA-AATTAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTC
128 AAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTT-ACTAACTAGTTC
* * * * * *
471608 AAATATTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAGTC---AT----TTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
471666 AACAATTTTTTCAATTCACACTAGCTTAATTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTTAA
* * * *
471731 AAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTT
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACTAGTTC
* * * *
471781 AAATTAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-TTTGTCATA
1 AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * ** * *
471845 AAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAACAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * * *
471910 AAATTTAATACGTAAGAGATTTAAAAAAAGAAATATATTTTCTGAACAAGTTT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTC
* * * *** * *
471963 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * ** * *
472028 AATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAGTTTGATTAAAATAATACA-AATTTAGTAATA--TTA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAA-A-ATAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
472090 AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAAATAAGTTA
128 A-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTAACT-AGTTC
** * * **
472144 AAATCTTTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
** * * *
472208 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAAAGATAATTTATTAATGTTTTG
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAAA-ATAATTTATTAATATTTTA
* ** * *
472273 ACAATTAATATTTAAAATATTTAAAAA-ATAA-------A-T-A-TA-TT-
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AATCTGTTTACTAACTAGTTC
* * * * * *
472311 ---TA-TCATGACTATTT-CACTAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTATTTTGTAATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
472371 AAATAATTGTTTC-AGTACATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTT
* * * *
472435 AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTCATA-AAACATA-TTC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAATAAATCTGTT--TACTAAC-TAGTTC
* * * * * *
472488 AAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * ** * ** * ***
472553 AATGATTGGTTCTGTTCATGGAAGCTTATTTCAAATAAAATATTATAAATTTACTAATATTCCCA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTTAA
* * * *
472618 AAATTAATAAATAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ATGTTC
129 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AACTA-GTTC
472668 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * ** * *
472733 ACCGATTGTTTCTATTTATAAAAGCTTATTAAAAAAAAAGTAATTCTAATTTATTAAAATTCCT-
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAA-TAA-AATAATTTATTAATATT-TTA
* * * * * *
472797 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCGAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTC
* * * * *
472849 AGATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGGTCTTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
472914 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTA
* *
472979 AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTC
* * * * * * * *
473031 AAATAATCATGTCAATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGTCATTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * *
473095 AAACAATTGTTTCTATTCATACAA-AATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTA
* * * *
473159 AAAA-T--TAA-TAAGAGATCTAAAAACTAAATCTATTTA-TCAAATCAGTTT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT-AACT-AGTTC
** * * * *
473207 AAATAGTTATGAAAATTTGAACAATTATCTAACTT-GAATCGTTATGAAC-TTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *** * * *
473270 AAATAATTGTTTCTGTTCATACTAGCATATTCGGAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATATTCTA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATA-AAATAATTTATTAATATTTTA
* * * * * *
473335 AAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAGCCAGCTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAA-CTAGTTC
* * * * *
473387 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT--
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *** ** * * * ** * * * ** * *
473450 -GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTGGCATTCAAA-AAATTAATAAATGAGA-AAT
66 AAC-AATT--GTTTCTATTCATAC-AAGCTTATT-AAAATAAAATAAAATAATTTATTA-ATATT
* *** * * *
473511 TTGAAAA--AATAA-T-TTTG-TTT---ACTAAA-CAAG-TT-CGAA-TAGTT-
125 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATC-TGTTTACTAACTAGTTC
* * * * *** * *
473552 ATGACTA-TT-TGAAC-AATT-ATC---TATTTA-AAGAAA--A-TATGACATTTTGTTTTATCA
1 A--AATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
473606 TAAAACAATTGTTTCAACTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
63 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
473671 CAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TAATTTATCGAATTAGTTT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCT-GTTTA-CTAACTAGTTC
* * * * ** * ** * *
473726 AAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGGATTTCAAATCATTATAAATTTTTGATTTGCCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
473791 AACAATTGCTTTC-A-TCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTA
66 AACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTA
* * * *
473854 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATCTGCTTA-T--CGA-TTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAACTAGTTC
* * * *
473900 ----AG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * **
473958 AATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTTAA
* * * *
474023 AAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGTAGTTC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-AACTAGTTC
* *
474074 AAACT-GTTA-GACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
474137 AAACAATTGTTTC-ACTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTT-
* * *
474201 T-AAAATTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT
474244 GAATCAAGTC
Statistics
Matches: 2432, Mismatches: 539, Indels: 379
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.00
157 34 0.01
158 5 0.00
159 18 0.01
160 4 0.00
161 9 0.00
162 4 0.00
163 108 0.04
164 39 0.02
165 7 0.00
166 15 0.01
167 54 0.02
168 112 0.05
169 73 0.03
170 17 0.01
171 6 0.00
172 73 0.03
173 48 0.02
174 48 0.02
175 51 0.02
176 97 0.04
177 95 0.04
178 72 0.03
179 65 0.03
180 476 0.20
181 620 0.25
182 263 0.11
183 17 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTTAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAACTAGTTC
Found at i:472444 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 472166--472470 Score: 366
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
472156 CTAGTTGAAC
** * * *
472166 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTATTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATACATACA
* * * * * * * * *
472231 AGCTTATTTGGATTAAAATAAAGATAATTTATTAATGTTTTGACAATTAAT-ATTTAAAATATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAAAGATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGA-GTAAAAGAATT
472295 AAAAAATAAATATATTTATCATGACTATTTCACT
130 AAAAAATAAATATATTTATCATGACTATTTCACT
* *
472329 AATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCT-TTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTACATA
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTATTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TACATA
* * * *
472392 TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAA
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AGATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGAA
472456 TTAAAAAATAAATAT
128 TTAAAAAATAAATAT
472471 GTTCATAAAA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.01
163 113 0.96
164 4 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (163 bp):
AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTATTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATACATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAAAGATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTA
AAAAATAAATATATTTATCATGACTATTTCACT
Found at i:473998 original size:349 final size:347
Alignment explanation
Indices: 473556--474228 Score: 809
Period size: 349 Copynumber: 1.9 Consensus size: 347
473546 ATAGTTATGA
* * *
473556 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGAAAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGAAAATATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTC
* * * * * * *
473621 AACTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGT
66 AACTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
* * * * * * *
473686 TAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TAATTT-ATCGAATTAGTTTAAA-TAATTATGGCCATTTGAGC
131 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-ATTTGCT-GAAGTAGTTCAAACT-ATTA-GACCATATGAAC
* *
473748 AATTATGGATTTCAAATCATTATAAATTTTTGATTTGCCATAAAACAATTGCTTTCA-TCATACA
191 AATTATCGATTTCAAATCATTATAAACTTTTGATTTGCCATAAAACAATTG-TTTCACTCATACA
* * *
473812 AGCCTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
255 AGCCTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAAAAAGTAAAAGATTT
473876 AAAAAAAAATCTGCTTATCGATTCAGTTC
319 AAAAAAAAATCTGCTTATCGATTCAGTTC
** * * * * *
473905 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGAAAATATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT
* * *
473969 CAATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
65 CAACTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
* * *
474034 TAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGTAGTTCAAACTGTTAGACTATATGAACAATT
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGTAGTTCAAACTATTAGACCATATGAACAATT
* * * * * * **
474099 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACAAGTT
195 ATCGATTTCAAATCATTATAAACTTTTGATTTGCCATAAAACAATTGTTTCAC-TCATACAAGCC
* **
474164 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAA
259 TATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAA
474229 GTGAATCTGT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 46, Indels: 15
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
346 5 0.02
347 51 0.19
348 94 0.35
349 118 0.44
350 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (347 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGAAAATATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTC
AACTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGTAGTTCAAACTATTAGACCATATGAACAATTA
TCGATTTCAAATCATTATAAACTTTTGATTTGCCATAAAACAATTGTTTCACTCATACAAGCCTA
TTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAA
AATCTGCTTATCGATTCAGTTC
Found at i:475229 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 474281--475295 Score: 757
Period size: 180 Copynumber: 5.7 Consensus size: 177
474271 GCTTATTTGG
* * * *
474281 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATCTTTGAAAAGTTAATAAGCAAGAGATTT-AAGAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * **
474345 TGTTTATTGAACTAGTTCAGATAGTTATGGCTATTTGGACAATT-GCAAAGTTT-AAATTGTTAT
64 TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TA-TTTCAAATCATTAT
* * * *
474408 AACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
127 AATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATT--AA
* ** *
474462 AA-AAAATAATACTAATCTAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-TGAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
474525 TTGTTTACCAAACCAATTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
63 ATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * **
474590 A-CTTTCTGTTTTATCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTATCTTATTTGG
128 ATCTTT-TGTTTTATCATAAAATAA-TTGTTTTG--TTCATACAAGCTTA-TTAA
* * * **
474644 AATAAAATAA-A-TAAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCC
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTGAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
474705 GTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTATTA-AA
65 GTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * * * **
474768 ACATTTTTTTTTATCATGAAACAAATGTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGG
129 TC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AA
** * * * * *
474819 AATAAGGTAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAA--AATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * ** * * *
474882 TTTATTAATCTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAT-
66 TTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC
** ** * * *
474946 TTTTGTCCTATTTTAAAACAATTGTTTTGTTTATACAAGCTTATTCA
131 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTAA
* * * * * *
474993 TATGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAACATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
475058 ATGTTTACTAAATTAGATCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
63 ATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * **
475123 ATCTTTTTTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCAGTTCATATTAGCTTATTAAA
128 ATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-AA
* *
475174 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTGAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTGAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
475239 TATTTATTGAACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
64 TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
475296 AATAATATTT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 150, Indels: 63
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
175 75 0.11
176 97 0.15
177 9 0.01
178 90 0.14
179 86 0.13
180 161 0.25
181 96 0.15
182 14 0.02
183 19 0.03
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC
TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTAA
Found at i:475584 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 475381--475891 Score: 477
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
475371 GTCATTTGAG
* ** * *
475381 CAATTATGTATTTCAAATCATTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTCATCATG
1 CAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTAATCATA
** *
475445 CAAGTCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATT
64 CAAGTCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
475510 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTC-TT-TT-T-TA-AA
127 TTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCATTGTTATATAGAA
* * *
475551 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTTAATTCATAT
1 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAA-TCATAC
* * * *
475616 AAGAT-TATTTGGAATAAAATAATACTGATTTAATAATGTTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATT
65 AAG-TCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
475680 TGAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGC-AATTCAAATTGTTAAGACTATATGAA
128 TAAAAAATAAATCTGTTT-ACGAA-CTAGTTC--ATTGTT---A-TATA-GAA
* * * * * * * *
475732 CAATTATCTATTTCAAATTGTCATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGAA-CATT
1 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTT-AATCATA
*
475796 CAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAT
64 CAAGTC-TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
*
475860 TCAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACTAGTTCA
127 TTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACTAGTTCA
475892 ATAATTATGG
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 42, Indels: 42
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 35 0.13
170 98 0.36
171 1 0.00
172 2 0.01
173 2 0.01
178 2 0.01
179 4 0.01
180 10 0.04
181 111 0.41
182 7 0.03
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATCATACA
AGTCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACGAACTAGTTCATTGTTATATAGAA
Found at i:477309 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 477289--477318 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
477279 TGATATTAAA
477289 AAAAATAAA-ATTTTC
1 AAAAATAAATATTTTC
477304 AAAAATAAATATTTT
1 AAAAATAAATATTTT
477319 TGAGGAAAAG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.64
16 5 0.36
ACGTcount: A:0.60, C:0.03, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (16 bp):
AAAAATAAATATTTTC
Found at i:477458 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 477289--477474 Score: 288
Period size: 60 Copynumber: 3.1 Consensus size: 61
477279 TGATATTAAA
*
477289 AAAAATAAAATTTTCAAAAATAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTT
1 AAAAATAAAATTTTCAAAAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTT
* *
477350 AAAAATAAAA-TTTCAAAAAAAAATATTTTTGGGGAAAATTTGAAAGTATCAATTTTCCTT
1 AAAAATAAAATTTTCAAAAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTT
* *
477410 AAAAATAAAATTTTCAAGAAAAAAACA-TTTTGAGGAAAAGTTGGAAGTA-CTAATTTTCCTT
1 AAAAATAAAATTTTCAA-AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATC-AATTTTCCTT
477471 AAAA
1 AAAA
477475 CTCCAAATGC
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 7, Indels: 6
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
60 58 0.50
61 49 0.43
62 8 0.07
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (61 bp):
AAAAATAAAATTTTCAAAAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTT
Found at i:478660 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 478092--480750 Score: 1839
Period size: 181 Copynumber: 14.9 Consensus size: 179
478082 ACTTATTTAG
* * *
478092 AATAAAATAATACTTATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * ** *
478157 TATTGACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCA-TTATG
65 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
* * * * * * *
478221 ATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTGATATAAGTTTATTC-A
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
478272 TAATAAAATAATACTAGTTTAATAATACTTAAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAGAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** ** * * * *
478337 TTGTTTGTCGAATTATCCATACTTCAAATTTTTAAAACTATATGAACAATTATCCATTTCATATT
64 TTGTTT-ACTAA--A--CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
** * * *
478402 GTTATGACCTTTCAATTTT-TC-TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-
123 GTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGA
* * *
478459 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAATTT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
478523 TTTTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATAGTTATGA
65 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* ** *
478588 CCTTTTGTTTTTTCATAAGCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGA
* ** * * * * * * ** *
478639 AATAAGATAATGTTGATTTATTAATATTTAAAAAATTACTATGCAAAAAATTTTTAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
478704 TGTTTA-TCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATAGTTATG
65 TGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
** * * *
478768 TTCTTTGGTATTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-A
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
478819 GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
478882 TCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTAT
63 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * *
478947 GACCTTTTGTTTCGTC-TAAAACAATTACTTTTGTTCATGCAAAATTATTTGG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA
* ** * *
478999 AATAAAATAATACTAATCTA-TAATATTTTGAAAATTAATAAG-AAA-TTTTAAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * ** * *
479061 ATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACCATTT-AGACAAACATCTATCTCAAATCA-TTAA
66 GTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT
** * * * * * *
479123 GATATTTT-TTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTTTTCTTACAAGCTGATTTGG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
479175 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * * *
479240 TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAA
65 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** *
479305 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTACACAAATTTATTCAA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGA
* * ** * *
479356 AATAAAATAATGCTAATTTGTTAGCA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAGAATATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAA-AATAAA
*
479420 TCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-T
63 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGT
* * * *
479482 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAA
125 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
479538 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * * * *
479603 TGTTTTCTGAACCTAGTGCCAATACTTGTGACTATTTCAACAAATATCAATGTCAAATCA-TTAT
65 TGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT
* * * *
479667 GATC-TTTGTTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTTTTATCATA-AGAGCTTAATTAGA
128 GACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTG--TTTTAT-TCATACA-AGCTT-ATTCGA
* * * * * *
479723 TA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A--ACATATTT-AAAAATACATGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTT
** * * * * * * * ** *
479783 GTTTGTTGAACTAGTTCGAATATTTAAGACT-TAT-AATAATTATCTATTTCAAATCCTTTTGA-
66 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
479845 CTTTTGATTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATT-TA
131 CTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
479895 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAGTAAG-CATGTGTTTGGAAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAG-ATTT-AAAAAATAAA
* * **
479959 TTTGTTTACCAAAGAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATCTATTT-AAA-AGCATT
63 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG--TT
** * * *
480022 ATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
480077 AATAAAATTATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATGAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
480142 AGTTTA-TGAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTC----A---A-
65 TGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
* * * *
480197 -ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTCTTTT-TCAACATACAAGCTTATTTGA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTCGA
* * *
480249 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
480311 ATTTACTAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
66 GTTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* * * *
480375 CCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGA
* *
480426 AAT-AAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * *
480489 CTATTTATTGAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAAC----A---A--T----T-GTTATG
64 TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * *
480540 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAACTCAT-CAAAGCTTATTTGG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAC-AAGCTTATTCGA
* * * * * **
480591 AATAGAATAAAACTAATTTGTTAATTTTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGCAAAT-AATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
480655 CTATTTGCCAAATC-ATTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
65 -TGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
* *
480718 TTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
480751 TGTTAAATAA
Statistics
Matches: 1938, Mismatches: 419, Indels: 243
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 28 0.01
166 93 0.05
167 5 0.00
168 59 0.03
169 1 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
172 79 0.04
173 6 0.00
174 46 0.02
175 20 0.01
176 185 0.10
177 71 0.04
178 25 0.01
179 158 0.08
180 319 0.16
181 420 0.22
182 218 0.11
183 12 0.01
184 53 0.03
185 23 0.01
186 64 0.03
187 45 0.02
188 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA
Found at i:480024 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 478095--480533 Score: 1734
Period size: 539 Copynumber: 4.5 Consensus size: 537
478085 TATTTAGAAT
* * * * * * *
478095 AAAATAATACTTATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-A
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGT
** * * * * * * ** * * * * *
478159 TTGACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATGATC
65 TTG-CCAAACTAGTTCAAATAATTAAGA-CATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTAACC
* * * *** * * * *
478224 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTGATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAG
128 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
478289 TTTAATAATACTTAAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAGAAAATAAATTTGTTTGTCGAATTATC
193 TTTATTAACA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAA--A--
* ** ** * * * *** **
478354 CATACTTCAAATTTTTAAAACTATATGAACAATTATCCATTTCATATTGTTATGACCTTTCAATT
252 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCATTATGACCTTT-TGTT
* * * * **** *
478419 TT-TC-TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATT
314 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATT
* * * * * * * * **
478481 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAATTTTTTTTTCTAAACA-CGTTTAAAT
378 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-ATAGTGCAAAT
* * ** * * ** * **
478545 AGTTATGACTATTT-GAACAATTATCAATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAGC
442 ACTTATGACCATTTAG-ACAAACATCAATCTCAAATCA-TTAAGATATTTT-TTTTGTCATAAAA
* * *
478608 CAATTGTTTCTATTCATACAAGC-GTATTCGA-A
504 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTGAATTAGATA
** * * ** * * * * ** *
478640 ATAAGATAATGTTGATTTATTAATATTTAAAAAATTACTATGCAAAAAATTTTTAAAATAAATAT
1 A-AA-ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA-TAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGT
** ** * * * * * ** * ***
478705 GTTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATAGTTATGTT
63 GTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGAC-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTAAC
* *
478770 CTTTGGTATT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATA-T
127 CTTTTGT-TTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * *
478833 AATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
191 AATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
* * * ** *
478898 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTCGTC
255 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * **** * *
478963 -TAAAACAATTACTTTT-GTTCATGCAAAA-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTA-TAATA
319 ATAAAACAATT-GTTTTAGTTCAT-AAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
** * * *
479024 TTTTGAAAATTAATAAG-AAA-TTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTA
382 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAGTGCAAATACTTA
* *
479087 TGACCATTTAGACAAACATCTATCTCAAATCATTAAGATATTTTTTTTGTCATAAAACGATTGTT
447 TGACCATTTAGACAAACATCAATCTCAAATCATTAAGATATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
479152 TCTTTTCTTACAAGCTGATTTGGATT
512 TCTTTTCATACAAGCTGAATTAGATA
*
479178 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA-TAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGT
*
479243 TTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCT
65 TTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGAC-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTAACCT
* * * * * * * *
479308 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTACACAAATTTATTCAAAATAAAATAATGCTAAT
129 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
479373 TTGTTAGCATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAGAATATATCTGTTTACTAAACAAGT
194 TTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACTAAACAAGT
479438 TCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
257 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAG-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
479502 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
320 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
* * * * ** * *
479567 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCTGAACCTAGTGCCAATACTTG
385 CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTAC-CAAAATAGTGCAAATACTTA
* * * * * *
479631 TGACTATTTCA-ACAAATATCAATGTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTTTTCATAAAACAATTG
447 TGACCATTT-AGACAAACATCAATCTCAAATCATTAAGATATTT-TTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
479695 TTTTTTTTATCATA-AGAGCTTAATTAGATA
510 -TTTCTTT-TCATACA-AGCTGAATTAGATA
* * *
479725 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAACATATTT-AAAAATACATGTGTT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
*** * * * * *
479786 TGTTGAACTAGTTCGAATATTTAAGAC-TTATAATAATTATCTATTTCAAATCCTTTTGA-CTTT
66 TGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTAACCTTT
* * *
479849 TGATTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
131 TG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
479914 TATTAACATTTGAAAAATTAGTAAGCATGTG-TTTGGAAAAATAAATTTGTTTACCAAAGAAGTT
195 TATTAACATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTT
** **
479978 CAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAAGCATTATGACAATTTGTTTTGTCATA
258 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
480043 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATTATACTACTTTATTAATATTTCA
322 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCA
* ** * * *
480108 AAAATGAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-TGAAATCAATTCAAATAATTATG
387 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAAAT-AGTGCAAATACTTATG
* ** ** * * *
480171 GCCATTT-GA-ACAAC-T--ATCT-ATTTCA--AACCT-TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTCTTT
449 ACCATTTAGACA-AACATCAATCTCAAATCATTAAGATATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
480227 -TTCAACATACAAGCT-TATTTGAAA
513 CTT-TTCATACAAGCTGAATTAGATA
* * * * * * *
480251 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 -AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGT
* * * * * * * ** *
480313 TTACTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
65 TTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGAC-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTAACCT
* * *
480378 TTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATT-TGAA-ATAAATAATACT
129 TTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATA-AAATAATACT
* * * * * * * **
480439 AATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATTA
191 AATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
* * *
480504 GTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATT
255 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
480534 GTTATGACCT
Statistics
Matches: 1524, Mismatches: 313, Indels: 130
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 6 0.00
527 51 0.03
528 37 0.02
529 99 0.06
530 64 0.04
531 10 0.01
533 4 0.00
534 3 0.00
535 2 0.00
536 179 0.12
537 116 0.08
538 106 0.07
539 239 0.16
540 213 0.14
541 11 0.01
542 37 0.02
543 26 0.02
544 52 0.03
545 25 0.02
546 54 0.04
547 186 0.12
548 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
TGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTCTAACCTTT
TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAACATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAGTGCAAATACTTATGACCATTT
AGACAAACATCAATCTCAAATCATTAAGATATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAT
ACAAGCTGAATTAGATA
Found at i:480050 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 480025--480066 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
480015 AAGCATTATG
480025 ACAATTTGTTTT-G-TCATAAA
1 ACAA-TTGTTTTAGTTCATAAA
480045 ACAATTGTTTTAGTTCATAAA
1 ACAATTGTTTTAGTTCATAAA
480066 A
1 A
480067 GCTTATCCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.35
20 5 0.25
21 8 0.40
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
ACAATTGTTTTAGTTCATAAA
Found at i:480707 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 480675--480707 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
480665 AATCATTTTA
480675 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
480693 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
480708 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:481191 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 480755--481721 Score: 636
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 182
480745 TGTTTTTGTT
* * * * *
480755 AAATAATATTAATTTAATAATA-TTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAC
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
** * * * * *
480819 TTGGT-AAACCATTGGAAATAGTT-TTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
65 TTACTGAATCAATT-CAAATAGTTAAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * ** * *
480882 CTTTT-ATTTG------AATAGTT-TTGACTGTTCATACTATTTTATTTGA-AATA
128 TTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATT-TCAGTTCATACAAGCTTAGTTCAGAATA
* * ** * ** * * * *
480929 AAATAACACTAATTTAATAATATTACAAAACTTAATAACCAAGAAAGTTAAAAAATAAATTTAAT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
480994 TGC-CAAACTAGTTCAAATAGTTAATACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
66 TACTGAATC-AATTCAAATAGTTAATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * *
481058 TTTCTTTTGTCGTAGAACAATTATTT-TGTTCATATAAGCTTA-TTCAG-ATGA
130 TTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAGTTCAGAAT-A
* * * **
481109 AAATAGTACTAATTTAATAATATTTTAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * * *
481174 TACCGAATCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTGCAAACCGTTATGA-TTT
66 TACTGAATCAATTCAAATAGTTAATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
* * * *
481238 TTGGC-TTAGTCATAAAATAACTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATA
131 TT--CTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAGTTCAGAATA
* * *
481290 AATTAATACTAATCTATTAACA-TTTAGAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
481353 TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAAC
64 TTTACTGAATCAA-TTCAAATAGTTAATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * * * ** * *
481417 CTTTAT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACGTGCTTAGAT-GGAATA
127 CTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAGTTCAGAATA
* *** ** * * *
481471 AAATAATGCTAATTTATTAATATTTCCTAAATTGGTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * ** * * *
481536 TATTGAATCAATTAAAATAATT-ATGGCCGTTTGAATGATTATCTACTACAAATCATTATGACTT
66 TACTGAATCAATTCAAATAGTTAAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * *** * *
481600 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGA-AATA
130 TTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTAGTTCAGAATA
* * * * *
481653 AAATAATACTTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATCAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 AAATAATAC-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
481718 TTAC
65 TTAC
481722 AGAACTAGTT
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 146, Indels: 59
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 101 0.16
175 9 0.01
179 9 0.01
180 138 0.23
181 268 0.44
182 34 0.06
183 54 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACTGAATCAATTCAAATAGTTAATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
TTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAGTTCAGAATA
Found at i:483528 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 483320--483723 Score: 485
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
483310 TTAATAATCT
* * ** * *
483320 CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA-ACTATTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA--AACTTATAAGAATA
* * * ** * * *
483384 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAACAAATTGAAATAAATAATAGTTCAAATA
* * * *
483448 GACATGATTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAA-TCTTCAA
128 GACATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAACTT-A-TTTTTAAAGTCTTCAA
483501 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAAGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTATAAGAATAG
* *
483566 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGATCATAACAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGATCATAACAAATTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGA
* * **
483631 CATAACTATTTGAACTTTCTCGGTAAACAAACTTATTTTTAAAGTCTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAACTTATTTTTAAAGTCTTCAA
* *
483682 CATATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
483724 CTAACAATTG
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 26, Indels: 12
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 38 0.20
181 143 0.74
182 8 0.04
183 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTATAAGAATAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGATCATAACAAATTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGAC
ATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAACTTATTTTTAAAGTCTTCAA
Found at i:484726 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 483726--492133 Score: 4698
Period size: 181 Copynumber: 47.2 Consensus size: 179
483716 ATTTTATTCT
* ** * * *
483726 AACAATTGGTTTACAACAAAACAAGTA-GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * *
483790 CATAACTATTTGTA-GGTGTTTAAAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTCCTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * *
483853 GAAACATTAATAAAATTA-TATTATTATT-TTTTAAATAAGCTTGCATGAA-CAA
128 G-AATATTAAT-AAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * *
483905 AACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAGT-ATTTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
483968 TAAT-ACTATTTGAACT-GTT-AGTAAACATATATT-TTTTTAATTCTCTTGCTCT-TTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGAT-TTATTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT
* * * ** *
484028 TGGAATAATAATAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGA
127 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * *
484082 AACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * * **
484147 ATGACTA-TTGAAACTTGTTCGGTAAGC--ATTT-TTTAAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCA
66 ATAACTATTTG-AACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTT
* * * * * * **
484208 AAATATTAATAAATTAATATTATGTTAATCCGAATAAACTCATATTGACA--AA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGA-ATTAA
* * *
484260 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *
484324 ATCATAACGATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTTATTTTTTACTTATTAATTT
63 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** *
484388 TCT---TAAT-ATAAATTTGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAA
126 T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* ** * * * * * *
484438 AAAAATCATTTTATGATAAACCAAAAGGTTATAA-GATTTCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
484502 CATAATTATCTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATT--TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
484567 AGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTGGAATAACCTTATAAGAATTGA
128 -GAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * *
484620 AATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATCATTATTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * ***
484685 ATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACACATTTAGTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAA
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTG
* * *
484750 AATATTCATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATTA-A
* * * * * * ** * *
484801 AACTATTATTTTATAAGAGAGC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG
* * * *
484864 TCATAATTATTTGAACTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTT
64 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * **
484925 GAATTATTAATATATTAATATCATTTTATTTCGAACAAGCTTCTTTTAACAAA
128 GAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * ** *
484978 AACATTTATTTTATGACAAATTAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
485043 ATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAGAATT-TTTTT-AGTCTTTTACTTATTAATTTTTGA
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-
* * * * *
485105 AATACTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAG
129 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT-AA
* * ** * * * *
485157 AA-AATTGTTTT-TGACAAGACAAAATGTCATAACAATTTCAATTAGATAGTTGTTCATATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
485220 TTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTAATATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * * **
485285 AATGTTATTAGAGTT-GTATTATTTTATTTCGTATAAGCTTGTGTGAACAAA
129 AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * ** ** * * *
485336 AATAATTGTTTTATGACATAATAAAAAATTTGGTAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG
1 AACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
485401 TCATAACTATTTGAGCTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCCTACTTATTAATTTTT
64 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * **
485465 AAAAGATGAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAA
128 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG--AATTAA
* * * * * * *
485520 AACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGATGATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * **
485585 ATAATTATTTGAACTGATTCAACAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAAATATTAATTTTTGG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * *
485650 AATATTGAA-AAATTA-TAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
129 AATATT-AATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * * *
485701 AACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAACAATTGTTTAAGTAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * *
485766 ATAACTATTTAAATTTTTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
485829 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTCTGAACTGA
128 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * *
485882 AACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATTATGATTTTACATAAATAATTGTTAAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
485947 ATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT-TTGGCTTATTAATTTTT
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTT
* * * * ** *
486011 CAA-ATGT--TCAA--A--A--A---T-TTT-GAATAAACTTGTAAGACCTGA
128 GAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * *
486050 AACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTC-TGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * *
486114 TTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * ** * *
486179 GAATATTATTAAATTAGTAATATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-ATTAAA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATT-AA
* * ** * ** ** * *
486231 AATAATTATTTTATGATGAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
486295 ATAACTATTTGAACCGGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGA
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-
* * * *
486360 AATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCGAATAATCTTATATG-ATTAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT-AA
* * ** * *
486411 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * * ** *
486476 ATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAA-TTTAGA
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-
* * * *
486540 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATCTAAGCTTGTGTTAACTAA
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * *
486592 AACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTTAAATAGATAGTTATTCAAATAAT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
486657 AATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATT-CTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
* * *
486721 GAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATTGA
128 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* ** * * * * * *
486774 GACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
486839 TTAACCATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTACTAGTTTTTGA
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-
* * * **
486904 AATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTA-CAAACAA
129 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * ** * * *** *
486954 AACAATTGTTTTGTGACAAAAGAAAAGATTGTAAAGATTTAAAATAGATAACCATTCATATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * * * ** ***
487019 TTAACTATTTAAATTGGTTCAGCAATTAGATTT-TTTATAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAA
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGA
* * * * * ** ** * *
487083 ATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTCCTAATAAAATACTAT-AAATAG
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * **
487132 AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-GAT--TTGGT-AAGCAG-
1 AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
487192 -ATTTACT-TTTTAAAT--CTC--T-TACTGATTAATTTTCTACA--TATTAATAAATTAGTATT
65 CA-TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTT-TAAATCTCTTACT-TATTA--ATT
* * ** *** * * *
487248 ATTT-TATTTTGAATAAACTTA-TATTA--ACA-AAAGAAAAATTG-TTTTATG-A-CAA
125 -TTTGAATATT-AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAA--GCTTGTATGAATTAA
** * * * **** * ** * * *
487300 AACAAAAG-GTTATAATAATTTGAAA--T-A-AAT-AATT---ATTCAT-ATAGTTTAACTA-T-
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * *
487353 TTGAACTAGTTCAA------CA--AACGGA-TTTAT-TTTTTAAATCTCATAATTATTAATTTTT
66 AT-AACTATTTGAACTGGTTCAGTAA-ACAGATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
487408 AGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAATAGA
128 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTA-A
* * * * ** * * *
487461 AAAAATTGTTTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAGATAGATGATTATTCAAA-AGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
487524 ATAACTATTTGAATTAGTTCAGCAAACAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTCTTG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTG
* * * *
487585 AAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATG-TTTAAA
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT-AA
* * * * * * *
487637 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAAT-GAATAGTTGTTTAAATGGC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** ** *
487701 CATGATTATTTAAACTAATTCTA-TAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTC-AGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
487765 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAA
128 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * *
487818 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATG-TTTTAAATAGATAATTGTTAAAATTG-C
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
487881 TATAACCATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGGTTTATTTTTTCAAATATCATGCTTATTAATTTT
66 -ATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
487945 TGAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGA
127 TGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * ** * *
487999 AATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
488064 TTAACTATTTGAACTGGCTT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTA
66 ATAACTATTTGAACTGG-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * * *
488124 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGTTTGTAT-AATAAAA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-TAA
* * * * ** * * * * *
488176 AATAATTTTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGATATTGATATTTGTTTAAGTAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
488240 ATAACTATTTGAAGTGGTTCAGAAAACA-ACTATAGTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA-TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
488304 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGA
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * *
488356 AACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAACAAATAATTGTTCAAATAAT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
488420 CA-AATTTATTTCAACTTGTAT-GGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATAT
65 CATAA-CTATTTGAACTGGT-TCAGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T
** * * *
488483 TTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
125 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * * **
488538 AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAAACGATTTGAAATATATAATTGTTTTAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
488603 CTTAACTATTTGAATTGGTTC-GTCAAACACATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGT-AAACAGA-TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
488667 GGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTATGTGAA--AA
128 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * * ** **
488718 AA-AATTTATTTTTTGA-GAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATTTA-AATTGTTCTTATAGT
1 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * **
488779 CATAACTATTTGAACTATTTCGGTAAATAGATTTCATTTTTAAATCTCTTA-TTAGTT-A--TGA
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTT
* * * * ** * *
488840 AAATAATAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-CAGA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTA-A
* * * * * * *
488892 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGAAAATAGTTCAAATGGAC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * **
488957 ATGACTATTTGGACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTA
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * ** *
489021 GAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAA-TAGA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTA-A
* * * ** * *
489073 TACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATA-AGTAATTATTCAAATAAT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
489137 CATAATTATTTAAACTTGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * * *
489202 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTACGAA-TAGA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTA-A
* * * * ** *
489254 AACAACTGGTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
489319 CATAATTATTTGAAC-GTGTTTAGAAAATATATATT-TTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAACAGAT-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
489380 GGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTT-CATCAA-TAGA
128 -GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATTA-A
*
489432 ACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAG---A----T--AAT--T
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * *
489484 -ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATA-TTCTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGG
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * *
489547 AATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTGA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * *
489598 AACAAGTGTTTTATTACAAAA-AGCAAAGGTCATAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACA--AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
489662 TTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TTGT
64 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
489726 CAAAATTTTATAAATTAATATTATTTTAGTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGA
128 GAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTA-A
* * *** * * * * **
489779 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAAAC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** ** * * *
489844 AT-ACAATTTGAACTTATTTGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TT
* * **
489908 -AATATTAACAAAATT-GTATTATTTTATTT-GAATTAAGCTTGGATGAACAGAA
128 GAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAA-TTAA
* ** * * * * *
489960 AAAAATTCCTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT-ATCCATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * *
490024 CATAGTTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTGAAA-CTCTTTA-TTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
* * * *
490087 GGATTATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGA
128 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * *
490139 AACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTC--AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
490202 ATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTAAAAAT-TGTTTACTTATTAGTTGTTG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTT-TAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTG
* *
490266 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATTA-A
* * * ** * * * * *
490318 AACTATTATTTTATAACTGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGT
* * * *
490382 CATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACAAAATTTTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAAC-AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * **
490442 GAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAA
128 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * *
490495 AACATTTATTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
490558 ATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
490618 AAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAACAAGCTAGTATGAATTCAA
129 -AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT-AA
* * * * * *
490671 CAA-AACCTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAACAGATAA-T-TTCATATAG
1 -AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
490733 TTTTAAATATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT
64 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * * * * * **
490798 TGAATGTTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAA
127 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * * ** *
490851 AATAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGTTATAATTATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
490916 ATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA-TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * **
490977 AAAGATTAATGAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCATAAATG--TTCAA
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATT-AA
* * * * *
491028 ATACAATTCTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AGCATGG
1 A-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAG
* * * * ** * * * *
491092 CCGTAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTA-TTA--AATTTTG
64 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
491154 GAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * *
491206 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACGATTT-AAAGTAGATAATTATTCATATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *** ** * * * * * *
491270 TTTAATTGTTTGAACAACTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTA
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * * ** * *
491335 GAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACTGA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * ** *
491387 AACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-CA-A-TC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * * * * *
491449 -GGA--A-TTG----GTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCACCTACTCA-TAATTGTTTG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTG
* * *
491504 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAGGCATGCATG-ATAAA
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAATTAA
* ** ** * *
491555 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * *
491620 ATAATTATTTAAACTGATTCAATAAATTGACTTATTTTTTAAATCTC-TACTTTATCAATTTTTG
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTG
* * * * * * **
491684 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTACGAACTGG
129 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
* * * * * * * *
491736 AACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAATC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * *
491801 ATAACTATTTGACCTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTT
66 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAA-TTTT
* * *
491865 TGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAA
127 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT-AA
** * * * * * *
491919 AA-TTTTATTTTATGACTAAACTAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA---AT-AGAT--T
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
491977 --TAACTATTTGAATTAGTTCAACAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
65 CATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * * * * * *
492040 GAATATTATTAATTTAGCAATATTATACTAT-GAATAAGCTTGTTTGAATAAA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
492092 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA--TCATAATGATTTGAA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAA
492134 CTGGTTAGAT
Statistics
Matches: 6357, Mismatches: 1468, Indels: 815
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
156 6 0.00
157 13 0.00
158 11 0.00
159 19 0.00
160 15 0.00
161 18 0.00
162 16 0.00
163 10 0.00
164 28 0.00
165 49 0.01
166 39 0.01
167 27 0.00
168 196 0.03
169 89 0.01
170 30 0.00
171 16 0.00
172 51 0.01
173 23 0.00
174 95 0.01
175 194 0.03
176 389 0.06
177 753 0.12
178 491 0.08
179 401 0.06
180 770 0.12
181 1550 0.24
182 781 0.12
183 246 0.04
184 31 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAA
Found at i:486006 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 483756--487177 Score: 2290
Period size: 363 Copynumber: 9.5 Consensus size: 360
483746 ACAAGTAGTC
* * * ** * **
483756 ATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAGGTGTTTAAAAAATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA
* * * *
483821 TTTATTTTTAAAATTTTTCCTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAAATTAT-ATTATTATT-TTT
66 TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTATAATTATT-TTATTT
** * * * *
483884 TAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAGT-ATTTTC
129 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTG
* * * * * *
483946 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAT-ACTATTTGAACT-GTTAG-TAAACATATAT-TTTTTTA
192 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *
484007 ATTCTCTTGCTCT-TTAATTTTTGGAATAATAATAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
257 A-ACTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
** * * * * *
484071 ACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTC
320 GTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * *
484112 ACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA-TTGAAACTTGTTCGGT--A-AG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCAGTAAATAG
*** * * ** * *
484173 CATTT-TTTAAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATGTTAA
65 -ATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATA-ATTATTTTAT
* * ** * *
484236 TCCGAATAAACTCATATTG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAAGTCATAA-GAA
127 TTCGAATAAGCTTGTA-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGGTCATAATG-A
* * *
484299 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATT
188 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAAATTTA-T
* ** * * * **
484363 TTTTTTATTTTTTACTTATTAATTTTCT----TAAT-ATAAATTTGTATTATTTTATTTTAAATA
251 TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * *
484423 AGCTTGTATGAAC-AAAAAAATCATTTTATGATAAACCAAAAGGTT
315 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * *
484468 ATAA-GATTTCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATCTAAACTTGTTCGGTAAATAG
1 ATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG
* *
484532 ATTCATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACA-TAGT-ATTATTTT
65 ATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTA-TAATTATTTT
* * * * * * * * * *
484594 ATTTGGAATAACCTTATAAGAATTGAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATT
125 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
484659 TAAAATAGATCATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTCAATAAACACATTTAGTTT
190 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCGATAAACAAATTTATTTT
* * * ** * * *
484723 TTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGC
254 TTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * * * *
484788 TTGTATGAA-TAGAAACTATTATTTTATAAGAGAGC-AAAGAGTC
318 TTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTT
** * * * * *
484831 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAATTATTTGAACTGGTT-TGATAAATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATA
* * * *
484894 GATTTATTTTTAAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAATTATTAATATATTA-ATATCATTTTATT
64 GATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATA-ATTATTTTATT
* * * * * * * **
484955 TCGAACAAGCTTCTTTTAACAAAAACATTTATTTTATGACAAATTAAAAGGTCATAATGATTTGA
128 TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
485020 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAA--T-TTTTTTA
193 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTA
** * * * * *
485082 GTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAG
257 AACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * * *
485146 TATGAATTGAGAA-AATTGTTTT-TGACAAGACAAAATGTC
321 TATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * * * * * * * * *
485185 ATAACAATTTCAATTAGATAGTTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA
* * * * * * * *
485250 TTAATATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTATTAGAGTTGT-ATTATTTTATTT
66 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTATAATTATTTTATTT
* * * * * ** **
485314 CGTATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAATAAAAAATTTGGTAATGATTTG
129 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * **
485379 AAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTGGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTT
192 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * *
485443 AAACTCCTACTTATTAATTTTTAAAAGATGAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
256 AAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
** * * * * *
485508 TATGATAAAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGATG
321 TATG--AACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * **
485550 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAACAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAG
* * * ** *
485614 ATTCACTTTTTAAATCACTTAAATATTAATTTTTGGAATATTGAA-AAATTATAATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTATAATTATTTTATT
* * * * *
485678 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
128 TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * **
485743 TATAAACAATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTAAATTTTTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTA
193 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * **** *
485808 AACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
257 AACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
* * * *
485873 CTGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTT
322 ATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * *
485912 ATTATGATTTTACATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA
* * * *
485977 TTTATTTTTTCAAATCTTTGGCTTATTAATTTTTCAAAT-GT--T-CA--A-AA--A---T-TTT
66 TTTATTTTTT-AAATCTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATAATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
486029 -GAATAAACTTGTAAGACCTGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTC-TGAATGATTTAA
129 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGA
* ** * * * *
486092 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT-TAGTAAACACATTTAATTTTTA
193 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * *
486156 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTAATATTTT-TAACCAAATAAGCT
257 AA-CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCT
* * * ** *
486219 TCTATG-ATTAAAAATAATTATTTTATGATGAAAC-AAAGATT
319 TGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* ** * * ** *
486260 TTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGTTCGGTAAATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA
* *
486325 TTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTA-ATATTATTTTATTT
66 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATA-ATTATTTTATTT
* * * * *
486389 CGAATAATCTTATATG-ATTAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
129 CGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * * * *
486453 AATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAA
193 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* ** * * **
486518 ATTTCTTGTTTATTAA-TTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATCTAAGCTTG
258 A-CTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * *
486582 TGTTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTT
321 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * *
486622 ATAATGATTTTTAAATAGATAGTTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA
1 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG
* *
486687 ATTTATTTTTTAAATCTCATT-CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGT-ATTAATTTAT
65 ATTTATTTTTTAAATCT--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TAATTATTTTAT
* * * ** * *
486750 TAT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAGACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGATCAAAATGATTT
127 T-TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
486814 GAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTT
191 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
486879 AAATCTCTTGCTTACTAGTTTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCT
256 AAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
** * * * *
486943 TGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTGTGACAAAAGAAAAGATT
319 TGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * *** * * * * *
486984 GTAAAGATTTAAAATAGATAACCATTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGCAATTAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAG
* * * ** * ** * *
487048 A-TT-TTTTATAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATT-TGCATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-AATTATTTTATT
* * ** ** * * * * *
487110 CCTAATAAAATACTAT-AAATAGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTG
128 TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
487174 AAAT
192 AAAT
487178 GATTTGGTAA
Statistics
Matches: 2373, Mismatches: 563, Indels: 257
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 23 0.01
348 82 0.03
349 160 0.07
350 4 0.00
351 2 0.00
353 21 0.01
354 134 0.06
355 80 0.03
356 125 0.05
357 81 0.03
358 283 0.12
359 109 0.05
360 153 0.06
361 223 0.09
362 260 0.11
363 397 0.17
364 98 0.04
365 137 0.06
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA
TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATAATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACT
CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
Found at i:486383 original size:710 final size:719
Alignment explanation
Indices: 484208--486943 Score: 1805
Period size: 710 Copynumber: 3.8 Consensus size: 719
484198 TTAATTGTCA
* * * * *
484208 AAATATT-AATAAATTA-ATATTATGTTAATCCGAATAAACTCATATTGAC-AAAAACAATTGTT
1 AAATATTGAA-AAATTATA-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATA-TGACTAAAAACAATTGTT
* * * * ** *
484270 TTATGACAAAACAAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGA
63 TTATAACAAAAC--AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAAACAATCATTCAAATAGCCATAACTA
* * *** * * * ****
484334 TTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTTATTTTTTACTTATTAATTTTCTTAATA-T
125 TTT-AAATTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTAGAAAATATT
* * * * * * *
484397 ---AAATTTGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATCATTTTATGATAAA
189 AAGAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTCTGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAA
* ** ** * * ** * * *
484458 CCAAAAGGTTATAA-GATTTCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATCTAAACTTGTT
254 ACAAAAGGTTATAATGATTTTTAAATAAATAATTATTAAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTT
* * * * * * *
484522 CGGTAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACATAGT
319 CAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTATT-CTTATTAATTTTTCA-AATGTT-ATAA-ATAG-
* * * * * * *
484586 ATTATT-TTATTTGGAATAACCTTATAAGAATTGAAATAATTTTTTTATGA-TAAAACAAAAGAT
378 ATAATTATTA--T-GAATAAACTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATGACT-AAACAAAAGAT
* * * * * * * * *
484649 CATAATGATTTAAAATAGATCATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACAC
439 CAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAA
* * * * * *
484714 ATTTAGTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCA-TAAATTAGTATTATTTTAAT
504 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTAA-
* * * * * * ** * *
484778 CTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACTATTATTTTAT-AAGAGAGC-AAAGAGTCATAACAATT
567 CCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAAACAATTATTATATGACCA-AACAAAAGA-TGATAACAATT
* ** * * * ** * *
484840 TGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTA-TTT
630 TGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACCGATTCAACAAATAGATTCACTTT
*
484903 TTAAAATCTC-T---TATTAATTTTTG
694 TT-AAATCACTTAAATATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
484926 AATTATT-AATATATTA-ATATCATTTTATTTCGAACAAGCTTCTTTTAAC-AAAAACATTTATT
1 AAATATTGAA-AAATTATA-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-ATATGACTAAAAACAATTGTT
* ** * * ** ** *
484988 TTATGACAAATTAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTT
63 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATCATTCAAATAGCCATAACTATTT
* * * * * * * * * * *
485053 GAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TT-TTTTT--AGTCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATACTAA
128 AAATTGATTTGATAAACA-AATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTAGAAAATATTAA
* * * * * * * *
485113 TAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAGAA-AATTGTTTT-TGACAA
191 GAAATT-AGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTCTGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * * * * * * ** * *
485174 GACAAAATGTCATAA-CAATTTCAATTAGATAGTTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
253 AACAAAAGGTTATAATGATTTTTAAATAAATAATTATTAAAATAATAATAACTATTTAAACTTGT
* * * * * * ** * *
485238 TTAGCAAACAAATTAATATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTATTAGAGTTGTA
318 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTA-TA-AATAG-A
* * * ** ** * * * * **
485303 TTATT-TTATTTCGTATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAATAAAAAATTT
379 TAATTATTA--T-GAATAAACTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATGAC-TAA-ACAAAAGAT
*** * * * * * * * *
485367 GGTAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTGGTTCAGTAAACAA
439 CAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAA
* * * * * *
485432 ATTTATTTTTTAAA-CTCCTACTTATTAATTTTTAAAAGATGAATAAATTAGTATTATTTTATTC
504 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-AC
* * **
485496 CAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGATGATAATGATTTG
568 CAAATAAGCTTCTATGAT-AAAAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGATGATAACAATTTG
* * * *
485561 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAACAAATAGATTCACTTTTTA
632 AAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACCGATTCAACAAATAGATTCACTTTTTA
485626 AATCACTTAAATATTAATTTTTG
697 AATCACTTAAATATTAATTTTTG
* * * *
485649 GAATATTGAAAAATTATAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
1 AAATATTGAAAAATTATAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ACTAAAAACAATTGTTTT
* * * ** * * *
485713 GTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAACAATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTAA
65 ATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTAA
* * *
485778 ATT-TTTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTG-AAATATTAAG
130 ATTGATTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTAGAAAATATTAAG
** * * * *
485840 AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTCTGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACA
192 AAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTCTGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
485905 AAAGGTTATTATGA-TTTTACATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCAG
257 AAAGGTTATAATGATTTTTAAATAAATAATTATTAAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTCAG
* *
485969 TAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT-TTGGCTTATTAATTTTTCAAATG-T-T-CA-A-A-AA-T
322 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTATT--CTTATTAATTTTTCAAATGTTATAAATAGATAATT
* * * **
486026 -TT-TGAATAAACTTGTAAGACCTGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCTGAATGATT
384 ATTATGAATAAACTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAATGATT
* * * *
486089 TAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTAATTTT
449 TAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT
*
486154 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTTAACCAAATAAGCT
514 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAACCAAATAAGCT
* * * ** ** * *
486219 TCTATGAT-TAAAAATAATTATTTTATGATGAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGATTGATAAT
578 TCTATGATAAAAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGATGATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * *** *
486282 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGTTCGGTAAATAGATTTA-TTGTTTAAATCTA-TTA
643 TGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACCGATTCAACAAATAGATTCACTT-TTTAAATC-ACTTA
**
486345 CTTATTAATTTTTG
706 AATATTAATTTTTG
* * * *
486359 AAATATT-AATCAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATAATCTTATATGATTAAAAATAATTGTTT
1 AAATATTGAA-AAATTATA-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGACTAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
486422 TATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTT
64 TATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTA
* * * * * *
486487 AATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTAGAAAATATTAATAA
129 AATTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTAGAAAATATTAAGAA
** * * *
486552 ATTAGTATTATTTTATTTCATCTAAGCTTGTGTTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAA
194 ATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTCTGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * *
486617 AGGTTATAATGATTTTTAAATAGATAGTTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
259 AGGTTATAATGATTTTTAAATAAATAATTATTAAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTA
*
486682 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCATTCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTAATT
324 AACAAATTTATTTTTTAAATCT-ATTCTTATTAATTTTTCAAATGTT-ATAAA-TAG-A-TAA-T
* * * * * * *
486747 TATTATGAATAAGCTTGTATGAATTGAGACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGATCAAAATGAT
383 TATTATGAATAAACTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAATGAT
* * * * * * *
486812 TTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTT
448 TTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
* * * * *
486877 TTAAATCTCTTGCTTACTAGTTTTT-GAAATATTATGAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAG
513 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA-CCAAATAAG
486941 CTT
576 CTT
486944 GTACAAACAA
Statistics
Matches: 1593, Mismatches: 348, Indels: 148
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
709 19 0.01
710 307 0.19
711 83 0.05
712 72 0.05
713 76 0.05
714 39 0.02
715 10 0.01
716 137 0.09
717 151 0.09
718 141 0.09
719 83 0.05
720 16 0.01
722 7 0.00
723 126 0.08
724 157 0.10
725 9 0.01
726 62 0.04
727 75 0.05
728 23 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (719 bp):
AAATATTGAAAAATTATAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGACTAAAAACAATTGTTTTA
TAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTAAA
TTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTAGAAAATATTAAGAAAT
TAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTCTGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
GTTATAATGATTTTTAAATAAATAATTATTAAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAA
CAAATTTATTTTTTAAATCTATTCTTATTAATTTTTCAAATGTTATAAATAGATAATTATTATGA
ATAAACTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTAAAATA
GATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAACCAAATAAGCTTCTATGAT
AAAAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGATGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGCCATAACTATTTGAACCGATTCAACAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAAATATTAATT
TTTG
Found at i:488456 original size:357 final size:351
Alignment explanation
Indices: 487193--492116 Score: 2032
Period size: 358 Copynumber: 13.8 Consensus size: 351
487183 GGTAAGCAGA
* * * *
487193 TTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-ACATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * ** * * * *
487257 TGAATAAACTTATATTAACAAAAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTT
64 CAAATAAGCTTGTA-T--GAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * ** * * * *** **
487321 GAAATAAATAATTATTCATATAGTTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACGGATTTATTTTTTA
126 -AAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCAAATTATTTAAACTTGTT-GGTAAACACATTTATTTTTTA
* * *
487386 AATCTCATAATTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
188 AATCTC---ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * *
487451 TATAAATAGAAAA-AATTGTTTTATGATAGAACAAAGGTTATAACAATTTGAGATAGATGATTAT
250 TATAAATA-AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
487515 TCAAAAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAGCAAACAAA
314 TTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAACAAC
* *
487554 TTTCTTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTCTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * * * *
487616 GAAA-AAGCTTGTATG-TTTAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA
* * * * * ** ** ***
487679 AATGAATAGTTGTTTAAATGGCCATGATTATTTAAACTAATTCTATAAATTGATTTATTTTTTAA
128 AA--AATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTGTT-GGTAAACACATTTATTTTTTAA
* * * *
487744 ATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
189 ATCTC---ATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * ** *
487808 TATAAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAA-TGTTTTAAATAGATAATTG
250 TATAAA-TAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * **
487871 -TTAAAATTGCTATAACCATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGG
313 TTTAATAGT-C-ATAACTATTTGAA-TTGGTTCGA-AAACAAC
* * *
487912 TTTATTTTTTCAAATATCATGCTTATTAATTTTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTATTTTTATT
1 TTTATTTTTT-AAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * * **
487976 CCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATT-ATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTG
63 TCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTA-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-
* * * * * * * *
488040 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGCTTGGCAAACACATTTATTTTTTA
126 AAA-AAATAATTGTTCAAATAGTC-AAATTATTTAAACTTG-TTGGTAAACACATTTATTTTTTA
* * * *
488105 AATCTC-TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGTTTGTA
188 AATCTCATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * *
488168 T-AATAAAAAATAATTTTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGATATTGATATTTGTTT
252 TAAAT-AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTT
*
488232 AAGTAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAGAAAACAAC
316 AA-TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAACAAC
* * *
488270 TATAGTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAA-TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *
488335 AAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAA
* *
488400 CAAATAATTGTTCAAATAATCAAATTTATTTCAACTTGTATGGTAAACACATTTATTTTTTTAAA
129 -AAATAATTGTTCAAATAGTCAAA-TTATTTAAACTTGT-TGGTAAACACATTTA-TTTTTTAAA
* * *
488465 TCTCTTGCTCATTAATATTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
190 TCTCAT--T-ATTAAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * *
488529 ATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAAACGATTTGAAATATATAATTG
251 AT-AAATAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* *
488593 TTTTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGTCAAAC-AC
313 -TTTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCG-AAAACAAC
* * * * * * *
488633 ATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA-AT
1 -TTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ** * * * * *
488697 CTGAATAAGCTTATGTGAA---AAAAAATTTATTTTTTGA-GAAA-TAAAGATCATAAAGATTTG
64 C-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGA-TTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA
* ** ** * * * *
488757 AGATTTAAATTGTTCTTATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTCGGTAAATAGATTTCA-TTTTT
127 AAAAAT-AATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACT-TGTT-GGTAAACACATTT-ATTTTTT
* * * * * * ** *
488820 AAATCTC-TTATTAGTTATGAAAATAATAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCA
187 AAATCTCATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * ** * *
488884 TGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGAAAATAGTTC
252 TAAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-
* * * * * * *
488949 AAATGGACATGACTATTTGGACTT-GTTTGATAAATAGA-
315 TAATAGTCATAACTATTT-GAATTGGTTCGA-AAACA-AC
*** *
488987 TTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** ** * * * * * * * **
489051 TGAATAAAATTATATGAATAGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AA
* * * *** *
489116 ATAAGTAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
128 A-AAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTG-TTGGTAAACACATTTATTTTTTAAA
* * * ** * *
489181 TTTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTT
190 --TCTCA-TTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
** * * * * * *
489245 ACGAATAGAAACAACTGGTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCT
251 ATAAATAAAAATAATTGTTTTATGAT-AAA-ACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
489310 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGTTTAGAAAA-TA-
314 T-TAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGAAAACAAC
* * * *
489348 TATATTTTTTTAAATT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TT
1 TTTA-TTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
489410 CGAAATAAGCTT-CATCAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAT-ATTT-T
64 C-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA
* * * * * * * * *
489471 GAAAT-A--GAT-AATTA-T--AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATA-TT-CTTTTTAATTC
128 AAAATAATTGTTCAAATAGTCAAATTATTTAAACTTGTT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** * *
489527 TCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATG
192 TC--A-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
** * * * * ** * * *
489592 AATTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAAGCAAAGGTCATAATGATTTGACATAGATAATTATTCA
254 AATAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-T
* * *
489657 AATAATTATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATA-
316 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTC-GAAAACA-AC
* * * ** * * *
489694 TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAAT-TTTATAAATTAATATTATTTTAGTTC
1 TTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
489758 AAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCAAG-TTAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATGATTTAA
* ** * ** * * * * *
489822 ATAAATAATTGCTCAAATAAACATACAATTTGAACTTATTTGGTGAATAGATTTATTTTTTAAAT
128 A-AAATAATTGTTCAAATAGTCAAATTATTTAAACTT-GTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAAT
* *
489887 CTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAAATT-GTATTATTTTA-TTTGAATTAAGCTT
191 C--TCA-TTATTAATT-T-TTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTT
* * ** * * * * *
489948 GGATGAACAGAAAAA-AATTCCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATATCCATTTCAAATAGATAAT
249 GTAT-AA-ATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * * * *
490012 TATTCAAACAGTCATAGTTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGA-
311 TGTT-TAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAACA-AC
* * * ** * * **
490055 TTCATTTTTGAAACTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTTTG
1 TTTATTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* ** * *
490119 AATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTC--AATGATTTGAAAT
66 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAA-
* * * * * * * **
490182 AGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTAAAAATT
129 AAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTGTT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAA-T
* * * * * * *
490247 GTTTACTTATTAGTTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTAT
191 -CTCA-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
490311 GAATAGAAACT-ATTATTTTATAACTGAATAA-AAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGC
253 AAATA-AAAATAATTGTTTTATGA-T-AA-AACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-
* * * * * *
490373 TTAAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAA
313 TTTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGA-AAAC-AAC
* *
490414 TTT-TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCA
1 TTTATTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *** * *
490475 AACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTATTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAA
66 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGA-TTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAA
* * * *
490537 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAAT
130 -A-ATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTGTT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAAT
* * *** * *
490602 CTC-TTACTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAACAAGCTAGTATG
191 CTCATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-
* ** * * ** * *
490664 AATTCAACAAA-ACCTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAACAGATAA-T-TT
253 AAAT-AA-AAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * * *
490726 CATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAA
315 TA-ATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAACAAC
* * * * *
490765 TTTATTTTTTAATTCTCTTAG-TTATTAATTTTTTG-AATGTTATTAGATTAGTGTTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAAT-TCTT-GCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * *** * * * * * * * *
490828 TTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGTTATAATTATTTGA
63 TCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-A
*** * * * * * * *
490893 AGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTTATTTTTTA
127 A-AAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTG-TTGGTAAACACA-TTTATTTTTTA
* * * * * * **
490958 AATCTC-TTATTAACTTTT-GAAAGATTAATGAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATAAA
188 AATCTCATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
** * * * * * * **
491021 T-GTTCAAATACAATTCTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T
252 TAAAT-AAAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
491084 TAGCATGGCCGTAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGA-
315 TA--ATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCGAAAACA-AC
* * * * * * **
491124 TTCACTTTTTAAA-TC--ACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTG
1 TTTATTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
491186 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTAAAGT
66 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAA--
* * * ** * * * * *
491251 AGATAATTATTCATATAGTTTTAATTGTTTGAACAAC-T-TTGGCAAATAAATTTATTTTTTGAA
129 AAATAATTGTTCAAATAG-TCAAATTATTT--A-AACTTGTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAA
* * * *
491314 TCTCTTAGTTATTAGTTTTTAGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATA
190 TCTC--A-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
491379 CAAACT-GAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG--
252 TAAA-TAAAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * *
491441 ---T--TC----CAATCGGAATTGGTTTGATAAATAGA-
315 TAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGA-AAACA-AC
* * * *
491470 TTTATTTTTTAAATCACCTACTCA-TAATTGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * * * ** **
491534 CGAAA-AGGCATGCATG-ATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGA
64 C-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-A
* * * ** *** *
491597 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC-TGATTCAATAAATTGACTTATTTTTTA
127 AA-AAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTG-TT-GGTAAACACATTTATTTTTTA
* * * **
491661 AATCTCTACTTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
188 AATCTC-A--TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * ** * * *** * *
491725 TTACGAACT-GGAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATT
249 GTA-TAAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
491789 ATTCAAATAATCATAACTATTTGACCTTGTTTGGTAAATAGA-
312 GTT-TAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGGTTCGAAAACA-AC
*
491831 TTTATTTTTTAAAATTTCTTG-TGTATTAATTTTTTG-AATATTACTAAATTAGTATTATTTTAT
1 TTTATTTTTT-AAA-TTCTTGCT-TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * *
491894 TTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAA-ATTTTATTTTATGACTAAACTAAAAGGTTATAACGATT
62 TTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGA-TTAATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT
* * ** * * *** *
491958 T--GAAAT-A--GAT-AAATAGATTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAACAAACACATTTATATTTT
125 TAAAAAATAATTGTTCAAATAG-TCAAATTATTTAAACTT-GTT-GGTAAACACATTTATTTTTT
* * * * * * *
492016 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTATACTATGAATAAGCTT
187 AAATCTC--A-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
492081 GTTTGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
249 GTATAAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAA
492117 CATCATAATG
Statistics
Matches: 3513, Mismatches: 797, Indels: 512
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
342 2 0.00
343 8 0.00
344 129 0.04
345 19 0.01
346 78 0.02
347 49 0.01
348 15 0.00
349 178 0.05
350 57 0.02
351 14 0.00
352 88 0.03
353 128 0.04
354 136 0.04
355 169 0.05
356 338 0.10
357 359 0.10
358 541 0.15
359 285 0.08
360 154 0.04
361 212 0.06
362 295 0.08
363 116 0.03
364 138 0.04
365 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (351 bp):
TTTATTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAA
ATAATTGTTCAAATAGTCAAATTATTTAAACTTGTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCAT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATAAAA
ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCATA
ACTATTTGAATTGGTTCGAAAACAAC
Found at i:489217 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 489165--489217 Score: 52
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
489155 CTCAATAAAC
* *
489165 AAATTTATTTTTTAAATTTTTT
1 AAATTAATTTTTTAAATTTTAT
*
489187 ACTTATTAATTTTTTAAATTTTAAT
1 A--AATTAATTTTTTAAATTTT-AT
489212 AAATTA
1 AAATTA
489218 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 5
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.04
23 4 0.17
24 17 0.71
25 2 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (22 bp):
AAATTAATTTTTTAAATTTTAT
Found at i:489583 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 489349--489653 Score: 415
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
489339 TAGAAAATAT
* *
489349 ATATTTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCGAA
1 ATATTTTTTTAAATTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATCTTATTCGAA
* *
489414 ATAAGCTT-CATCAATAGAACCAATTGTTTTATGAC-AAAA-CAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAA
66 ATAAGCTTACATCAATAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAAAGCAAAGGTCATAATGA-TTTGAAA
489475 TAGATAATTATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
130 TAGATAATTATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* *
489511 ATATTCTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATCTTACT
1 ATATT-TTTTTAAAT-T-TTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATCTTA-T
* * * *
489575 TC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAAGCAAAGGTCATAATGATTT
61 TCGAAATAAGCTTACATCAATAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAAAGCAAAGGTCATAATGATTT
*
489639 GACATAGATAATTAT
126 GAAATAGATAATTAT
489654 TCAAATAATT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 11, Indels: 12
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.04
163 8 0.07
164 4 0.03
165 47 0.38
166 24 0.20
167 4 0.03
168 30 0.24
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (165 bp):
ATATTTTTTTAAATTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATCTTATTCGAA
ATAAGCTTACATCAATAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAAAGCAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
Done.