Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 5000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 6 of 7
Found at i:490472 original size:536 final size:533
Alignment explanation
Indices: 487190--492133 Score: 3268
Period size: 536 Copynumber: 9.2 Consensus size: 533
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* *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
487254 TTTTGAATAAACTTATATTAACAAAAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAAT
61 -TTTGAATAAGCTTATATGAACAGAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * ** **
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124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT
* * * *
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* * * * * * * ** * *
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252 TTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-T-CAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
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315 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
* * **
487573 ATTAATTTCTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGTTTA-A
380 ATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * ** * * * *
487636 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAAT-GAATAGTTGTTTAAATGG
443 AAA-TATTATTTTATGAT-GAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGCTTAAATAG
* * * * *
487700 CCATGATTATTTAAACTAATTCT-ATAAAT
505 TCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAAT
* *
487729 TGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * *
487794 TTTGGATAAGCTTTTATAAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATG-TTT
61 TTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * ** *
487857 TAAATAGATAATTGTTAAAATTG-CTATAACCATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGGTTTATTTT
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTT
* ** * * * *
487920 TTCAAATATCATGCTTATTAATTTTT-GAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAA
189 TT--AA-ATCTTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAA
* * * * * **
487984 GCTTGTATGAATTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATA
250 GCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC--AATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
488049 ATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGCTT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TCT-
313 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTA
* * * *
488110 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGTTTGTAT-AATA
377 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
488173 AAAAATAATTTTTTTATGA-GAA-AACAAAGATCATAACAATTTGATATTGATATTTGTTTAAGT
441 GAAAAT-ATTATTTTATGATGAACAA-AAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTTAAAT
* * * *
488236 AGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAGA-AAAC
503 AGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAAT
* * *
488267 A-ACTATAGTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
1 AGA-TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
488331 TTTCAAATAAGTTTTTATGAACTG-AAACAATTGATTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACT
61 TTT-GAATAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-T
* * * * * * *
488395 TT-AAACAAATAATTGTTCAAATAATCA-AATTTATTTCAACTTGTAT-GGTAAACACATTTATT
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTTGT-TCAGTAAATAGATTTA-T
* * * ** * *
488457 TTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATATTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
186 TTTTTAAATCT-TT-ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * * *
488522 AGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAAACGATTTGAAATATA
249 AGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGT--CAATGATTTGAAATAGA
* ** * * * * * *
488587 TAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTC-GTCAAACACATTTTTTTTTTAAATCTC
311 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TT
* * * * * * * *
488651 TTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATGTGAA
374 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
488716 -AAAAAAT-TTATTTTTTGA-GAA-ATAAAGATCATAA-AGATTTGAGATTTA-AATTGTTCTT-
439 TAGAAAATATTATTTTATGATGAACAAAAAG-TCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTG--CTTA
*
488774 -ATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTCGGTAAAT
500 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAAT
* * * *
488807 AGATTTCA-TTTTTAAATCTCTTATT-AGTTATGAAAATAATAATATATTAGTATTATTTTATTT
1 AGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
** ** * * *
488870 TGAATAATTTTGCATGAACAG-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGA
63 TGAATAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
488934 AATAGAAAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGGACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTA
** * * * **
488998 AATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTA
192 AATCT-TTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * * *
489063 TATGAATAGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT-AATAACAATTTGAAATA-AGTAATT
255 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAT---GATTTGAAATAGA-TAATT
* * * * * *
489126 ATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTT
316 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTT
* * * * *
489191 ATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAAAAGCTTTTACGAATAGAA
380 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * *
489255 ACA-ACTGGTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-CTTCAAATAG
444 A-ATATTATTTTATGAT-GAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTT-AAATAG
*
489318 TCATAATTATTTGAACGT-GTTTAGA-AAAT
505 TCATAACTATTTGAAC-TAGTTT-GATAAAT
* * * * *
489347 ATATAT-TTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT
1 AGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * *
489410 CGAAATAAGCTT-CATCAATAG-AACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAT-ATTTT
63 TG-AATAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTT
* * * * * *
489471 GAAATAG---A----T--AAT--T-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATA-TT-CTTTTT
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
489522 AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTT
191 AAATCT-TTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * *
489587 ATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAA-AGCAAAGGTCATAATGATTTGACATAGATAAT
254 ATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA--AAAGGTC--AATGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
489651 TATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACT
315 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACT
* ** * * * * *
489716 TATTAATTGTCAAAAT-TTTATAAATTAATATTATTTTAGTTCAAATAAACTTGTATGAATAG-A
379 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * * * * **
489779 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAAAC
444 AAT-ATTATTTTATGA-TGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTTAAATAGTC
* * *
489844 AT-ACAATTTGAACTTA-TTTGGTGAAT
507 ATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAAT
*
489870 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAAATT-GTATTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTT
** * ** * *
489932 TATTTGAATTAAGCTTGGATGAACAGAAAAAAATTCCTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT-ATCC
59 TATTTGAA-TAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-G
* * * * * * *
489996 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAGTTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTCATT
122 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATT
* * *
490061 TTTGAAACTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAG
187 TTTTAAA-TCTTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* *
490125 CTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAATGATTTGAAATAGATAATT
251 CTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * **
490190 ATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTAAAAATTGTTTACTT
316 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TTTACTT
* * *
490255 ATTAGTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
380 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
490320 CTATTATTTTATAACTGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATATTCAT
445 ATATTATTTTATGA-TGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTTAAATAGTCAT
*
490385 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA
509 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAA-T
* * * *
490411 AAATTT-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-G
* * * * *
490475 AACAAACTTATATGAACA-AAAACATTTATTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAA
65 AATAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * *
490537 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACATAATTATTTTTTAAA
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
490601 TC--TCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAACAAGC-TAGTA
194 TCTTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TA
* * * * * * *
490662 TGAATTCAACAAAACCTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAACAGATAA-T-T
257 TGAATTGAA-ACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC--AATGATTTGAAATAGATAATTAT
* ** * * * *
490725 TCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTA
318 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTA
* * * * * * * *
490789 TTAATTTTTTG-AATGTTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-AAA
381 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * ** * ** *
490852 ATAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGTTATAATTATTTGAAGTTTACAATTG-TTCAAATAGTC
445 AT-ATTATTTTATGAT-GAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTT-AAATAGTC
490916 ATAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAAAT
507 ATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAAT
* * *
490943 AGATTTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAAGATTAATGAATTAGTATTATTTTATTCT
1 AGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * ** * * * *
491008 AAATAAGCATAAATGTTCA-AATACAATTCTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
64 GAATAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * ** * *
491072 ATAGATAATTGTT-AGCATGGCCGTAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTA
129 ATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * *
491135 AATC---ACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
192 AATCTTTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT
* * *
491197 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACGATTT-AAAGTAGATAATTAT
256 ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT--CAATGATTTGAAA-TAGATAATTAT
* ** * * * * ** * * * * *
491261 TCATATAGTTTTAATTGTTTGAACAACTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTAT
318 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * * * **
491326 TAGTTTTT-AGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACT-GAAA
382 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * **
491389 CA-ATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCCA-A-TC-
445 -ATATTATTTTATGAT-GAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTTAAATAGTCA
**
491449 GGA--A-TTG-----GTTTGATAAAT
508 TAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAT
* *
491467 AGATTTATTTTTTAAATCACCTACTCATAATTGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * ** **
491532 TTCGAA-AAGGCATGCATG-ATA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATT
62 TT-GAATAA-GCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
491594 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC-TGATTCAATAAATTGACTTATTTT
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTT
* * * * * *
491658 TTAAATCTCTACTTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
189 TTAAATCTTTA--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * * * *
491723 TTTTACGAACTGGAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAAT
252 TTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-A-TGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * * *
491788 TATTCAAATAATCATAACTATTTGACCTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-G
315 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATTT-TTAC
* * * * *
491852 TGTATTAATTTTTTG-AATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATT
378 T-TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
491916 GAAAATTTTATTTTATGACTAAACTAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA----ATAGAT-
441 GAAAATATTATTTTATGA-TGAAC-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTTAAATA
* ** * *
491976 -T--TAACTATTTGAATTAGTTCAACAAAC
504 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAT
* * * * * * *
492003 ACATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTATA
1 AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
492067 CTATGAATAAGCTTGTTTGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACA--TCATAATGAT
61 -TTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGAT
492129 TTGAA
124 TTGAA
492134 CTGGTTAGAT
Statistics
Matches: 3527, Mismatches: 653, Indels: 453
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 1 0.00
523 40 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
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AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
TTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA
TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTATTTTA
TGATGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TAGTTTGATAAAT
Found at i:492500 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 492170--493589 Score: 1294
Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 181
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* ** ** ** * **
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1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
492235 ACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** * *
492300 TATATGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAAA
131 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGAA
* * ** *
492351 ATCTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
492416 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTAAATT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
492481 TGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTTTTAATTTTTGGA
131 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * *
492532 ATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
492597 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
492662 TGTTTAG-AAA-ACATTCTATTTTTTAAA--TTT-ACATGTATTAATTTTTGGA
131 TGTTTAGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTAAC-T-TATTAATTTTTGAA
* * * * *
492711 TTATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTA
1 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTA
* * *
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* ** ** * * * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * * * * ** * *
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* *
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* *
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***
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** * *
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* * * * * * *** * *
505160 AT-TG-TTTTATG-ACAGAATA-AA-AG-GTCATAACAATTTGAAATA-G--ATAATCA-TTCAA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAA-AACAAA-AGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
505215 ATGGCCATAATTATTTTAACTGAGTCGGTAAACAAATTT--A--TTTT--T----AAATTTTTTT
63 AT---AATAATTA-TTCAAAT-AGTC-AT-AAC-TATTTGAACGTTTTGGTAAACAAATTTTTTT
* * *** * ** * * * *
505270 ACTTAATAAT-TTAGGAAATAA-TAAT--AA-ATTAGT--A-TTATTTTATTCTA-TCTAA
120 --TAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAA
* * * *** ** * *
505322 GCT-TG-TAT-TAATTGAA-A-CAATTGTT---TTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTA
1 -ATAAGCT-TGT-A-TGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
505379 AATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGACCTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTTA
62 AATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-TTTGGTAAACA-A-AT-TTTTTTTA
* * * * **
505444 AATCTCTTTA-TAATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA-TTAGTACTAATTTATTCTGA
122 AATCTC-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * *
505500 ATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
505565 GATAATTTTTCCTAATTGTCTTAACCACTTGAACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAA--
66 -ATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTTTTGGTAAACAAA-TT-TTTTTTAAATC
* * * *
505628 GC-T-GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTAGTTTAATT-CAA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTCCAA
* * * *
505678 ATAAGCATCTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *** * * *
505742 GATTATTGTTCATATAGTCTTAACTACTTGAAC-TATTTCGGTAATTGGACTTATTTTTTAATTT
66 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-TTT-GGTAA-ACAAATT-TTTTTTAAATC
* ** * * ***
505806 TTTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
** ** * * * * * *
505858 ATAAAATAATATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAGAA-G-C-TTATAATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
505920 GTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAGAGATTTACTTTTTAAATCT
66 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACGTTTTGGTAAACAAATTT--TTTTTAAATCT
* * * *
505985 CTTACTAATTAAATATCT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
127 CTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * * *
506036 ACAAACCTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
506101 GATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAAATTATTTTCTAAA-CT
66 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTTTTGGTAAA-CAAATT-TTTTTTAAATC-
** * * * **
506165 TCTTACTTACAAATTTTTAAAATATTGAT-AATTTAGT-TTCATTCTATTCCGC
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATT-ATTTTATTCCAA
* * * * * **
506217 AGAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-
* * * * * ** * * ** *
506282 AATAATTATTCATATAATCTTAATTGTTTGAACTGACTTCGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCT
65 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTTTTGGTAAA-CAAATT-TTTTTTAAATCT
* * * * * ***
506347 TTTAGTTATTAATTTTT-AGAATTTTACTAAA-TTAGCATTATTTTATTTTGA
127 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * * * * **
506398 ATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
506463 GATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGTAATGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--T
66 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACGTTTTGGTAAACA-AATT-TTTTTTAAATCT
* * * *
506526 C-T-CTTATTAATTCTTCAAATATTAATAAA-TTAGGATTATTTTATTTCAA
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
*** * * * * * *
506575 ATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATGTAATAATGATTTGGAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *** * *
506640 GATAGTTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTTGAATTGATTAAATAAACTGATTTATTTTTTAAA--
66 -ATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-CGTTTTGGTAAAC-AAATT-TTTTTTAAATC
* ** ****
506702 TCTT--TTATTAATGTTTGAAATATTAAT-AAGGTAGTATTATTTTATTTTGG
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * * *
506752 ATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTACGAAAACAAAAAGAAAGT-TTAATGATTTTGA
1 ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAA-AAGGTCATAATGA-TTTGA
* * * * * * * * *
506815 ATTCATAATTGTTGAAAT-GTCATAACCATTTCAAC-TTGTTCAGTAGACACATTTATTTTTTCA
62 AATAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTT-TT-GGTAAACA-AATT-TTTTTT-A
** * * *
506878 AATCTAATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA
122 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * * *
506934 GTAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTGTATGACTAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
** * * * * ** *
506998 AGATAATTATTTTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAA--
65 A-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTTTTGGTAAACA-AATT-TTTTTTAAATC
* **
507061 TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTAATTTTA-TCTGA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATT-ATTTTATTCCAA
* * * * * * **
507111 ATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTCTAAGAAAAC-AAAGATCATAATAATTTTGAGGT
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA-AA
* * * * * * * * ** ** *
507175 TGATATTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAACAGCTTTAGTTTTTGAATC
64 TAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTTTTGGTAAACAAATTT--TTTTTAAATC
*** *
507240 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGGGTAGTATTATTTTATTTCAA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * *
507292 ATAAGCTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGGCTTT-AAA
1 ATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAA
* * * *
507355 TAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAAC-TTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTA
64 TA-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACGTT-TT-GGTAAACA-A-AT-TTTTTTTA
* * * * ** ***
507418 AATCTTTTGCTCATTAGTTTTTTTAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-TTATGA
122 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * ** * * * * * *
507473 ATAAGCTTGTACGAACTGAAATAATTACTTTATGACTAAACAAAAGATCAGAACGATTTAAAACA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
507538 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTAAAATGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
66 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACGTTTTGGTAAACA-AATT-TTTTTTAAATCT
* * * * * *
507603 CTTACTTACTAACTTTTGGAATTTTATTAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAA
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * * *
507654 ATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACGATTTGAGATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-
* ** *
507718 AATAATTGTTC--ATA---AT---TATTTGAATTTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC
65 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTTTTGGTAAACAAATTT--TTTTTAAATCTC
** * * ***
507773 -T-CTTATTAATTTTCAAAATATT-AT-GATATCAGTATTATTTTATTTTGA
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TTA-TATTATTTTATTCCAA
** * * *
507821 ATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
507886 GATAAATATTCAAATGGACATGAC----T-AACTTGTTTAGTATAA-ATATTTATTTTTTAAATC
66 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-TTTGGTA-AACA-AATT-TTTTTTAAATC
* * * *
507945 TCTTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTATTTCGA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAA
* * * * * *
507996 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTAAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT
* * * * * **
508060 AAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAAC-TTGCTCGGTAAA-TGATTTATTTTTAAAAT
65 -AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTT--TTGGTAAACAAATTT-TTTTT-AAAT
* * * ***
508123 TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTCTTTTATTTTGA
125 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * * * *
508176 ATATGCTTGCATGAATAAAAACAATTGGTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAAT
* * * ** ****
508240 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATATGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAAT
65 A-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-TTTGGTAAACAAA-TT-TTTTTT-AAAT
* * * * *
508305 -TTTTTCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTCTTCGAA
125 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAA
* * * * * * **
508357 ATAAGCTTGTGTGGATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGGCATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
508422 GATAATTATTCAACTAGTCATAACCATTTGAACTTCTTTGGCAAACAAATTCATATTCTAAATCT
66 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-TTTGGTAAACAAATT--TTTTTTAAATCT
* * * * *
508487 CTTACTTAATAATTTTTGGAATATTATTCAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAA
* * * * * * **
508538 ATAAGGC-TATATGCACTGATACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 ATAA-GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
508602 AAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATA
65 -AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-TTTGGTAAACAAATTT-TTTTT-AAATC
* * * * * *
508667 TTTTATTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCC-AA
* * * *
508720 A-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACTGATTTTAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-
* * * * * *
508784 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGCTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCA
65 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-TTTGGTAAACA-AATT-TTTTTTAAATC-
* * *
508849 TC-TACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAGTTTGTATTATTTTA
126 TCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
508894 ATTGTTCAAA
Statistics
Matches: 5789, Mismatches: 1400, Indels: 946
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.00
159 3 0.00
160 1 0.00
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170 21 0.00
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177 643 0.11
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186 15 0.00
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189 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTTTTGGTAAACAAATTTTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAA
Found at i:503499 original size:893 final size:872
Alignment explanation
Indices: 501017--508893 Score: 2885
Period size: 894 Copynumber: 8.8 Consensus size: 872
501007 AAAGCTAACA
501017 TGAATGTTAATAGAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTT
1 TGAATGTTAATAGAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTT
* * *
501082 ATTACTAAATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATACTCTTAACCATTTGA
66 ATAACTAAATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTC-T----ATTTGA
* * * * *
501147 ACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTATTATTT
126 ATTGG-TTAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCA-AATATTATTAGTT
* *
501212 TAGCAATATTTTAC-TCTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAG
189 TAG-TATATTTTACTTC-G-AAAA-CTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAG
* * * * *
501276 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTGAGCTAGTTTGGTAAAT
250 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAAT
* * * * *
501341 ATATTTAGTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTTAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
315 AAATTTAGTTTTAAATCACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
** *
501406 ATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTTATAACGATTTAAAATA
380 ATAATTTTGTATGAAT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTATAACAATTTAAAATA
* * *
501471 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
443 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
**
501536 TTTACTTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTTTATATTATTTTATTTGTAATAAGCTTGCATC
508 TTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAA-TTTATATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGCATC
* * *
501601 AACAAAACCAATTGTTTTAAGACAAAATGAAAGGTAATTATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAA
570 AAC-AAACCAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAA
* * * *
501666 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTCTTTTCTTAATTCTTTTACTCATTAAC
633 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAGATTCTTTT-TTAATTCTCTTACTCATTAAT
* * * * * *
501731 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATGATTTTACACCAAATAAGCTTATATGATCTAAAATAATTA
696 TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACATC-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTA
* * * * * *
501796 TTTTATTAAAAAAGGAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGTCATGACTAT
760 TTTTATTATAAAAGAAAAAGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTAT
*
501861 TTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTGTTTAAATCCTTATTAATTGT
825 TTGAACTTGTTCG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTATTAATTGT
* * * * * * *
501910 TGAAATATTAATA-AATGAATATTATTTTAATCTGAATATGCATGTATGAACAT-AAATTATTAT
1 TG-AATGTTAATAGAAT-AGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAAC-TGAAATAATTAT
* * * * * *
501973 TTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTA
63 TTTATAACTAAA-TAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATT-ATTCTAATAG---T--CTA
** * * * *
502037 TTTGAATTCATTTG-ATATACAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTGACATATTA
121 TTTGAATTGGTTAGCAAATACA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTCAAATATTA
* * * * ** * * * * *
502098 GTAGATTAGTATTATTTTATTTCGTACAAACTTATATGAAGGAAAAACATTTGTTTTACGACATA
183 TTAGTTTAGTA-TATTTTACTTCG-A-AAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* ** * * * * * *
502163 ACAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCACATAGCCT-TAATTATTTGAACTGGTT
244 ACAAA-GATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * ** * *
502227 TAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTAGTTATTAA-TTTTCAAATTATTTTTAGATTAGTGTT
307 TAGAAAATAAATTTA-GTTTTAAAT-C-ACTTATTAATTTTTCAAA-TATTAATAAATTAGTATT
*** * * * *
502291 ATTTTATTCTGAAATAAGCATGTATGAACATAAATAATT-ATTTATGACAAAATAAA-GTTACAA
368 ATTTTATTCTG-AATAATTTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTATAA
* * * * * *
502354 -TATTTGAAATATTATAATTATTCAAATAGTCA-AAGC-ATTTGAACTTGTTTCGATAAACAAAT
431 CAATTTAAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGAT
* ** *
502416 TCATTTTTTAAATCTCATAC-TATTTAA-TTTTGAATATTTAA-AAATAT-TATTATTTTATTCA
493 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
* * * * *
502477 AATAAACTT--AT-AATTAAAACAATTGTTGTTATGAC-AAACAAA-GTCATAATGGATTTGAAA
556 AATAAGCTTGCATCAA-CAAACCAATTGTT-TTATGACAAAACAAAGGTCATTAT-GTTTTGAAA
* * * * * *
502537 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATAAAATGATT-TAT
618 TAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAAC-------A-GATTCT-T
* * ** * **
502601 TTTTAAAATCTCTAACTTC-TTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTC-AT
673 TTTT-AATTCTCTTAC-TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-CATCAAT
* * * * * * * *
502664 AAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAATGCCATAATCATTTTAAATAGA
735 AAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTATAAAAGAAAAAGTCAAAATAATTTGAAATAGA
* * * *
502729 TAATTGTTCAAATAGACTTGACTACTTGAATTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTC
800 TAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACATATTTATTTTTT-AAA--TC
* *
502794 TTGTTTATTAATTTTT
861 ---CTTATTAA-TTGT
** * *
502810 TGAATGTTGTTAGAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATCAACTGAAACAATTATTTT
1 TGAATGTTAATAGAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTT
* *
502875 ATGACTAAATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTATTTGAATTG
66 ATAACTAAATAAAAGGTCAAAATAATTTG-AAATAAATAATTATTCTAATAGTCTATTTGAATTG
**
502940 GTTCAGCAAATACATTTATTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTCATAATATTATTAGTTTAGT
130 GTT-AGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCA-AATATTATTAGTTTAG-
* * *
503005 TATATTTAACTTCGAATAATTTGCATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATA
192 TATATTTTACTTCGAA-AACTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATA
* * * *
503070 ATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACCATTTAAACTAGTTCAGAAAATAGATTT
256 ATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGAAAATAAATTT
* *
503135 AGCTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
321 AG-TTTTAAATCACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAT
* * *
503200 TTTGTTTGAATAAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACAATTTAAAATAAATAAT
385 TTTGTATGAATAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-TGTTATAACAATTTAAAATAAATAAT
* * *
503265 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACT
449 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
*
503330 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATCAGCAGAA
514 TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGCATCAACA-AA
*
503395 CCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATCA-ATAATTATTTAGATAGTC
576 CCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATTATGTTTTGAAAT-AGATAATTATTTAAATAGTC
*
503459 ATGACTATTTGAACGTATTCGGTAAACAGATTCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
639 ATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAGATTCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
** *
503524 ATATTAATAAATTTTTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAGCAATTATTTTATT
703 ATATTAATAAATTAATATTATTTTACATC-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATT
* * *
503589 ATAGAAGAAAAAGTCAAAATGAA-TTGAAATAGATAATTACTCAAATAGCCATGACTATTTGAAC
767 ATAAAAGAAAAAGTCAAAAT-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAAC
* *
503653 TTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
831 TTG-TTCGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-----CTTATTAATTGT
* * * ** * * * **
503700 TGAAATATTAATA-AATTAATATTATTTTAATCCGAATATA-CTTGTATGAA-TAGAAATTATGG
1 TG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATA-AGCATGTATGAACT-GAAATAATTA
* * ** *
503762 TTTTATAAC-ATAATAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTA
62 TTTTATAACTA-AATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAG---T--CTA
* * * * * * * * *
503825 TTTTAAACTGTTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTAATT--TTTGAAATATTA
121 -TTTGAATTGGTTAG-CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTCAAATATTA
* * * * * * * * ** * *
503887 GTAGATGAGTATTATTTTA-TTCCAAATAGACTTATATGAACAAAAACTTTTGTTTTTTGACAAA
183 TTAGTTTAGTA-TATTTTACTT-CGAA-A-ACTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* ** * * * * * * *
503951 ACAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTTGGTT
244 AC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTT
** * * *
504015 AGGTAAACA-AAATTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAATTTTA-
308 A-G-AAA-ATAAATT-TAGTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAA-ATTAG
* ** * * * *
504078 TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACAAAAG
364 TATTATTTTATT-CTGAATAATTTTGTATGAA-T--AAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAT
* ** * * * * * * * * ** * *
504142 GTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAATCTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAAA
424 GTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAT
* * * * * * * * * *
504207 AAAATTATATTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTTTAAATATTACTAGA-TTAGTTTTATTTTA
489 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
* * * ** * * * * * *
504271 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTT
552 -TTCAAATAAGCTTGCATCAACA-AACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATTATGTTTT
* * * * * *
504336 G--ATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAAC-GAATT-TACTTT
614 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAG-ATTCT--TTT
* ** * *
504397 TTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAAAAGATTAA-AAACTTAGTATTA-TTT---T--AT--G-
675 TTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTACATCAATAAGC
* * * ** * * *
504451 --ATA--AA---AAACAATTGTTATATGAGCAAA-CAAAAGAT-AATAATGATTTGAAGTAGATA
739 TTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTATAAAAGAAAAAG-TCAA-AATAATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *
504507 ATTA-TCGAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACAGATTGACTTTTTAAATTTCTT
802 ATTATTC-AAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCG-TAAACATATTTATTTTTTAAA--TC--
* *
504571 AATTATTAATTTT
861 -CTTATTAATTGT
* * * * * * *
504584 TGAAATATTAATA-AATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGCAACAATTGTT
1 TG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATT
* * * * * * * *
504648 TTATAACAAAATAAAATGT-AATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAGTAACTATT
64 TTATAACTAAATAAAAGGTCAA-AATAATTTGAAATAAATAATTATTC---TAATAGT--CTATT
* ** * * * * * *
504712 TGAATTTGTTCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAA-CTC-AAGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
123 TGAATTGGTT-AGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAA--TTTCAAATATTAT
* ** * * * * * * * * * *
504775 GAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAATTTTTGTGAACTA-AAACAAGTGTTTTATGGCAAAA
184 TAGTTTAGTA-TATTTTA-CTTCGA-AAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * * * * * * * * *
504839 CAAAAAGTCATGACAATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTT
245 CAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTA
* * * * ** * **
504904 GTAAACAGATTTAACTTTTCAAAT--CTT-TTGCTTATT--AAT-TTTCTAAA-T-G--TTA---
309 GAAAATAAATTT-AGTTTT-AAATCACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * ** * * * *
504956 -A---T---TAAGCTTGTAGGATATGAAGCT-AGTATTTTATGACTAAACAAAATGTCATAA-AG
372 TATTCTGAATAATTTTGTATGA-AT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTATAACA-
* * * * * * * *
505012 A-TTAGAAATAGAA-AATTATTCTAATAGT-TTTACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTA
433 ATTTA-AAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA
* **
505074 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTTAACCAAA
496 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTCAAA
* * * * ***
505138 TAAGCTT-CTATGATCATAAACAATTGTTTTATGACAGAATA-AAAGGTCATAACAATTTGAAAT
558 TAAGCTTGC-ATCAACA-AACCAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAGGTCATTATGTTTTGAAAT
* * * * * * * *
505201 AGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGAGTCGGTAAACAAATT-TATTTTTAAATT
619 AGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTCT-TTTTT-AATT
* * * * * * * *
505265 TTTTTACTTAATAA-TTTAGGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATC--TAAGCTTG
681 CTCTTACTCATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA--C-ATCAATAAGCTTA
* * * * * ** * * * * * * *
505327 TATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGT
742 TATGAACTGAAACAATTATTTTATTATAAAAGAAAAAGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * *
505392 TCAAATA-ATAATAACTATTTGACCTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTATA
807 TCAAATAGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCG-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATC-C--T-T-
*
505456 ATTAATTTTT
864 ATTAA-TTGT
* * * * * *
505466 TGAATGTTAATA-AATTAGTACTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTT
1 TGAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTT
* * * * * * *
505530 TATAACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCCTAATTGTCTTAACCACTT
65 TATAACTAAATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTATT-CTAATAGTC-T----ATTT
* * * * * * * * * *
505595 GAACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTGTTA-TTAATT--TTTGAAATATTATTAA
124 GAATTG-GTTAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTCAAATATTATTAG
* * * * * * * * * *
505657 ATTAGTATTAGTTTAATTCAAATAAGCATCTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAA
187 TTTAGTA-TATTTTACTTCGAA-AA-CTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAA
* * * * * * * * *
505721 AGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCATATAGTCT-TAACTACTTGAACTA-TTTCGGT
248 AGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTT-AGA
* ** * * * *** * *
505784 AATTGGACTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTAT
311 AAATAAATTTA-GTTTTAA----ATCACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** ** * ** * *
505848 TTTATTTTGAATAAAATAATATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAGAA-GCTTAT---
370 TTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACA-AATG-TTATAAC
* ** * * * * * * *
505909 AATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAGAGATTTAC
432 AATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTAT
* * * * * *
505974 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAAATATCTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAAC
497 TTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAT
* * ** * * * * *
506038 AAACCTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
559 AAGCTTGCATCAAC-AAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGA
* * * * * * * * * *
506103 TAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAAATTATTTTCTAA-ACTTC
622 TAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAA-CAGATTCTTTTTTAATTC-TC
* ** ** * * * * * * * *
506167 TTACTTACAAATTTTTAAAATATTGATAATTTAGT-TTCATTCTA-TTCCGCAGAAGCTTGTATG
684 TTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTACAT-C-AATAAGCTTATATG
* * * * * * * * * *
506230 AGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAT
746 AACTGAAACAATTATTTTATTATAAAAGAAAAAGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * *** *
506295 ATA-ATCTTAATTGTTTGAAC-TGACTTCGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTA
811 ATAGA-CATGACTATTTGAACTTG--TTCGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-----CTTATTA
*
506358 ATTTT
868 ATTGT
* * * * * * * * *
506363 TAGAATTTTACTA-AATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGCAT-AAATAGAAACAATTGT
1 T-GAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACT-GAAATAATTAT
* * * * * * * *
506426 TTTGTGA-TAGAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAGTAGTCATAACTA
63 TTTATAACTA-AATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAA-TAG---T--CTA
* * * *
506489 TTTGTAA-TGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--CTTCAAATATTA
121 TTTG-AATTGGTTAG-CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTCAAATATTA
* ** * * * ** * *
506550 ATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GTTGAAAAACAACTATTTTATGACAAA
183 TTAGTTTAGTA-TATTTTACTTCGAA-AA-CTTGTATAAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * ** * * *
506614 ACAAA-ATGTAATAATGATTTG-GAATAGATAGTTGTTCAAATGGCAATAATTATTTGAA-TTGA
244 ACAAAGA--TCATAATGATTTGAG-ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGT
* * * ** * * **
506676 TTAAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATT
306 TTAGA-AAA-TAAATTTA-GTTTTAAATCACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
506740 ATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAACTAAAATAATTGTTTTACGAAAACAAAA-AGAAAGTT
368 ATTTTATTCTGAATAA-TTTTGTATGAA-TAAAATAATTGTTTTATG---ACAAAACA-AATGTT
** ** ** * * * * * * *
506803 -TAATGATTTTGAATTCATAATTGTTGAAAT-GTCATAACCATTTCAACTTG-TTCAGTAGACAC
427 ATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAG
** * *
506865 ATTTATTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
491 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
* ** * * * * * * *
506929 TCTAAGTAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTGTATGACTAAATA-AAAGTTCATAACGATTT
553 TC-AAATAAGCTTGCATCAAC-AAACCAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGGTCATTATGTTTT
* * * * * * * *
506993 GAAATAGATAATTATTTTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTT
614 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAGA-TTCTTTTTT
* * * * * *
507058 AA--ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTTATC-TGAATAAGCT
677 AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTA-CATCAATAAGCT
* * * * * * * * * * ** * *
507118 TGTATGATCAGAAACAATTGTTTTCTAAGAAAACAAAGA-TCATAATAATTTTGAGGTTGATATT
740 TATATGAACTGAAACAATTATTTTATTATAAAAGAAAAAGTCAAAATAA-TTTGAAATAGATAAT
* * *** * * * ** * *
507182 TGTTTAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAACAGCTTTAGTTTTTGAATCTCTTACT
804 TATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCG-TAAACATATTTA-TTTTTTAA-ATC---CT
*
507247 TATTAATTTT
863 TATTAATTGT
* ** *** * * * * * *
507257 TGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTT
1 TG-AATGTTAATAGAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTT
* * ** * ** * *
507322 TATGACAAAACGAAAGGTCATAATGGCTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTT
65 TATAACTAAATAAAAGGTCAAAAT-AATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAG-----TCTATTT
* * * * * * * * * ** *
507386 CAACTT-ATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAGTTTTTTTAATATTAA
124 GAA-TTGGTTAG-CAAATACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA--ATTTCAAATATTAT
** * * * * * *
507450 TAAATTAGTATTATTTT--TTATGAATAAGCTTGTACGAACT-GAAATAATTACTTTATGACTAA
184 TAGTTTAGTA-TATTTTACTT-CGAA-AA-CTTGTA-TAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * * * * *
507512 ACAAAAGATCAGAACGATTTAAAACAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAAGTATTTAAAATGGTT
244 AC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * * ** * *
507576 TGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTAT
307 TAGAAAATAAATTTA-GTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** ** * * * * * ** *
507641 TATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAATCATAA
367 TATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTATAA
* * * * * *
507706 CGATTTGAGATAAATAATTGTTC--ATA---AT---TATTTGAA-TTTTTTGGTAAACAGATTTA
431 CAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA
* ** * * **
507762 GTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATT-AT-GATATCAGTATTATTTTATTTTGA
496 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAAT-TTA-TATTATTTTA-TTCAA
** * * * * *
507821 ATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
557 ATAAGCTTGCATCAAC-AAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATTATGTTTTGAAATA
* * * * * * * * * *
507886 GATAAATATTCAAATGGACATGACTAACTTG---T-TT-AGTATAA-ATATTTATTTTTTAAATC
620 GATAATTATTTAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTATTCGGTA-AACAGA-TTCTTTTTTAATTC
* ** ** * *
507945 TCTTAC-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTATTTCGAATAAACTTGTAT
682 TCTTACTC-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACATC-AATAAGCTTATAT
* * * * * * *
508008 GAA-TAGAAACAATTATTTTATCACAAAA-CAAAAGATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGT
745 GAACT-GAAACAATTATTTTATTATAAAAGAAAAAG-TCA-AAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
508070 TCAAACA-ATCATAACTATTTAAACTTGCTCGGT-AA-ATGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTT
807 TCAAATAGA-CATGACTATTTGAACTTGTTC-GTAAACAT-ATTTATTTTTTAAA-----TCCTT
*
508132 ATTAATTTT
864 ATTAATTGT
* * * * * * * * **
508141 TGAAATATTAATA-AATTAGTATTCTTTTATTTTGAATATGCTTGCATGAA-TAAAAACAATTGG
1 TG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACT-GAAATAATTAT
* * * * * *
508204 TTTATAACAAAAGAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-TAACTA
63 TTTATAACTAAATAAAAGGTCA-AAATAATTTGAAATAAATAATTATTC---TAAT-AGT--CTA
* ** * * * * * *
508267 TTTAAATAT-GTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTCCTATTAATTTTTGAAATAT
121 TTTGAAT-TGGTT-AGCAAATACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA--TTTCAAATAT
* * * ** *
508330 TAATAAATTTA-TATTATTTT-CTTCGAAATAAGCTTGTGTGGATAGAAACAATTATTTTATGAT
181 T-ATTAGTTTAGTA-TATTTTACTTCG-AA-AA-CTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * *
508393 AAAACAAA-ATGTCATAATGATTTG-GCATAGATAATTATTCAACTAGTCATAACCATTTGAACT
241 AAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAG-ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
** * * * * * ** * *
508456 TCTTTGGCAAACAAATTCATA-TTCTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGGAATATTATTCAATT
303 AGTTTAGAAAATAAATT--TAGTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATT
* *** * * * * * * *
508520 AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGGCTATATGCACTGATACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
362 AGTATTATTTTATTCT-GAATAATTTTGTATG-AATAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAT
* * * * * * *
508584 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
424 GTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAT
* * * * * * *
508649 ATATTTATTTTTAAAATATTTTATTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
489 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTT-A
* * * * *
508714 TCCGAAA-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TACTGATT
552 TTC-AAATAAGCTTGCATCAAC-AAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATTA-TG-TT
* * * * * * *
508777 TT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGCTAAATAGATTTCTTTT
612 TTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAGA-TTCTTTT
* * * * * **
508841 TTAAATCATC-TACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAGTTTGTATTATTTTA
675 TTAATTC-TCTTACTCATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
508894 ATTGTTCAAA
Statistics
Matches: 5342, Mismatches: 1190, Indels: 893
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
859 5 0.00
860 114 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (872 bp):
TGAATGTTAATAGAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTT
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TTAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCAAATATTATTAGTTTAGTATA
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* * * * * * ** * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
502523 TAATGGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAT-TATTTGAACTGATTCGATAAACT
436 TAAT-GACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTATTCGATAAAC-
* * * ** *
502586 GATAAAATGATTTATTTTTAAAATCTCTAACTTCTTAATTTTT
497 ------A-CATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * ** * *
502629 TAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TTCATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTT
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-TTT
* * * * ** * * *
502693 ATTA-TAAAACAAAA-TGCCATAATC-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTTGACTACT
65 ATGACT-AAACAAAAGT-TCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATT
* * ** * *
502755 TGAATTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTG
127 TGAA-TGGTTC-GTAAACACATTTATTTTTT-AAA--TC--ACTTATTAA--TTTTGAAATATTA
*** * * * *
502819 TTAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTAT-CAACTGAAACAATTATTTTATGACTA
183 TTA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAA--AAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * *
502882 AATAAAAGGTCAAAATAA-TTTGAAAATAGATAATTATTCTAATAG---T--CTATTTGAATTGG
245 AACAAAA--TCATAATAATTTTG-AGATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTGA
** * * ** * * * *
502941 TTCAGCAAATACATTTA-TTTTAAAAATCTCTTACTTATTAA--TTTCATAATATT-ATTAGTTT
307 TTCAAAAAACAGATTTAGTTTT-TGAATATCTTA-TTATTAATGTTTGA-AATATTAATAAG-GT
* * * * * * * *
503002 AGT-TATATTTAACTTCGAATAA--TTTGCAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAA
368 AGTAT-TATTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAAGAA
* * * * *
503062 AGATCATAATGA-TTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA-CCATTTAAAC-TAGTTCAG
430 AGGTCATAATGACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTA-TTC-G
* * ** *
503124 A-AAATAGATTTAGCTTTTAAATC----ACTTATTAA-TTTT
491 ATAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* ** * * *
503160 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTTTGAA-TAAAATAGTTGTTT
1 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-TT
* * * * * * ** *
503224 TATGACAAAAC-AAATTGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
64 TATGACTAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTT
* * * * * * *
503288 GAACTCGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
128 GAA-T-GGTTCGTAAACACATTTATTTTTT-AA-A--TCACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTA
* * * * * *
503353 AATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATCAG-CAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAC
186 AA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT--GTAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
503416 AAAAGGTCATTAT-GTTTTGAAATCA-ATAATTATTTAGATAGTC-ATGACTATTTGAAC-GTAT
248 AAAA--TCATAATAATTTTGAGAT-AGATAGTTGTTCAAATAG-CAATAACTATTTGAACTG-AT
*** * * * * ** **
503477 TCGGTAAACAGATTCT--TTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTT
308 TCAAAAAACAGATT-TAGTTTTTGAA-TATCTTA-TTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAG
** * * * * ** *
503539 TATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAGCAATTATTTTATTATAGAAGAA-AAA-G
370 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACA-AA-AAGAAAGG
* * * * * * * * * * * *
503602 TCAAAATGAATTGAAATAGATAATTACTCAAATAGCCATGA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
433 TCATAATGACTTTAAATACATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTATTCGATAAAC
* * *
503666 ATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTAT
497 ACATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * ** ** *
503700 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATATA-CTTGTATGAA-TAGAAATTATGGT
1 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATA-AGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-
* * * * ** ** *
503763 TTTATAAC-ATAATAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTAT
62 TTTATGACTA-AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTA-
* * * * ** * *
503826 TTTAAACTGTTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAG
125 TTTGAA-TGGTTCG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAA
* * * * ** * *
503891 ATGAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGACTTATATGAACAAAAACTTTTGTTTTTTGACAAAACAA
187 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGTA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
** ** * * * * ** *
503955 AAGGTTGTAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTGATTTGGTT-AG
250 AA--TCATAATAATTTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAG-CAATAACTATTTGAACTGATTCA-
** * * * * * * * ** *
504017 GTAAACAAAATTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAATTTTA-TTT
311 AAAAACAGATTTA-GTTTTTGAATATCTTA-TTATTAATGTTTGAAATATTAATAA-GGTAGTAT
* * ** * * * *
504081 TATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTC
373 TATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT--AAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AGAAAGGTC
* * * * * * * * ** * * *
504145 ATAATGA-TTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAATCTTAA-CTATTTAAACTGGTTCAACAAAAA
435 ATAATGACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTC-AAATCCATTTCAACTTATTCGATAAACA
* * * * ** *
504208 AAATTATATTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTT
498 CATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * * * * *
504243 TAAATATTACTAGATTAGTTTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTTTT
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAA-TTGT
* * * * ** *
504306 TTATGA-TAGAACAAAAGGTT-ATAATGATTTG--ATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTAT
63 TTATGACTA-AACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTAT
* * * * *
504367 TTAAACTAGTTCGGTAAACGA-ATTTACTTTTTAAATCTCTTACT-A--TT--AAT-TT-TTAAA
126 TTGAA-TGGTTC-GTAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTGAAATATTATTAAA
*** * * * * * *
504424 --AG-ATTA-AAAACTT-AGTATTA--TTTTATGATAAAAAACAATTGTTATATGAGC-AAACAA
188 TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATG-TAAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAA
* * * * * *
504481 AA-GATAATAATGATTTGA-AGTAGATAATT-ATCGAAATGGTC-ATAATTATTTGAACTAATTC
250 AATCATAATAAT--TTTGAGA-TAGATAGTTGTTC-AAATAG-CAATAACTATTTGAACTGATTC
* * * * * * * ** *
504542 GATAAACAGATTGACTTTTTAAATTTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTT
310 AAAAAACAGATTTAGTTTTTGAATATCTT-ATTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATT
** * ** ** * *
504607 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGCAACAATTGTTTTATAACAAAATA-AAATGTAATA
374 ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AGAAAGGTCATA
** * * * * * * * * * *
504671 ACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT-AGTAA-CTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAAT
438 ATGACTTTAAATACATAATTATTCAAATAGTCA--AATCCATTTCAACTTATTCGATAAACACAT
* ***
504734 TTAGTTTTTAAA-CTCAAGCTTATTAA-TTTT
501 TTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * * ** * * *
504764 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAATTTTTGTGAACTAAAACAAGTGTTT
1 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-TT
* * * * * * * * *
504829 TATGGCAAAACAAAAAG-TCATGACAATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
64 TATGACTAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTT
* * * * * * **
504893 AAACTTGTTTTGTAAACAGATTTAACTTTTCAAAT--CTT-TTGCTTATT--AAT-TT-TCTAAA
128 GAA--TGGTTCGTAAACACATTT-ATTTTTTAAATCACTTATTAATT-TTGAAATATTAT-TAAA
* ** * * * *
504951 -T-G--TTA----A--T----TAAGCTTGTAGGATATGAAGCTAGTATTTTATGACTAAACAAAA
188 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * ** * * * *
505002 TGTCATAA-AGA-TTAGAAATAGAAAATTATTCTAATAG-TTTTACTATTTGAACTGGTTCGATA
252 --TCATAATA-ATTTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTGATTCAAAA
* * * * * * * **
505064 AACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATT
314 AACAGATTTAGTTTTTGAATATCTTA-TTATTAATGTTTGA-AATATTAATAAGGTAGTATTATT
** * * * *
505128 TT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATC-ATAAACAATTGTTTTATGACAGAATA-AAAGGTCATAA
377 TTAT-TTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTACGACA-AAAAGAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * * * *
505190 -CAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAAT-TATTTTAACTGAGTCGGTAAACAAATT
439 TGACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTATTCGATAAACACATT
* * * *
505253 TA-TTTTTAAATTTTTTTACTTAATAA-TTTA
502 TATTTTTTAAA-TCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * * * * *
505283 GGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTT
1 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-T
* * * * * ** * **
505347 TTATGAC-AAATTAAAAGGTT-ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTAT
63 TTATGACTAAA-CAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTAT
* ** * * * * *
505410 TTGACCTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTATAATTAATTTTTTG-AATGTT
126 TTGA-ATGGTTCG-TAAACACATTTA-TTTTTTAAATCAC--T-T-ATTAA--TTTTGAAATATT
* * * * * * * * *
505474 AATAAATTAGTACTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG-AACTGAAATAATTGTTTTATAACT
182 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGTAA--AAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * * * * *
505537 AAACAAAAGCTCAAAATGA-TTTGAAATAGATAATTTTTCCTAATTGTC-TTAACCACTTGAACT
244 AAACAAAA--TCATAATAATTTTGAGATAGATAGTTGTT-CAAATAG-CAATAACTATTTGAACT
** * * * * * **
505600 GATTTGGTAAAAA-A-ATTTA-TTTTTTAA-AGC-TGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
305 GA-TT-CAAAAAACAGATTTAGTTTTTGAATATCTTATTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGT
* * * * *
505660 AGTATTAGTTTAATTCAAATAAGCATCTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAGAAAAG
368 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACAAAAAG-AAAG
* * * * * * * * * *
505723 GTTATAATGA-TTTGAAATAGATTATTGTTCATATAGTCTTAA-CTACTTGAAC-TATTTCGGTA
432 GTCATAATGACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTC-AAATCCATTTCAACTTA-TTCGATA
**** * * * * *
505785 ATTGGACTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTT
494 AACACATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * ** ** *
505824 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAATATGAAC-AGAACCAATTGTTT
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTT
* * * * ** **
505888 GATGACAAAATAGAAGCTT-AT-A--ATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
65 -ATGACTAAACAAAAG-TTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTT
* * * * * * * *
505949 GAAATGGTTTGGTAAAGAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAATATCTAAATATTAATA
128 G-AATGG-TTCGTAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT---T-T-GAAATATTATTA
* * * * *
506014 AATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACCTATAT-TAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
186 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGT-A-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
** * * * ** * * * **
506078 AAA-GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCGG
249 AAATCATAATAAT--TTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTGATTCAA
* * * * * ** * * * **
506142 TAAATAAAATTA-TTTTCTAAACT-TCTTACTTACAAATTTTTAAAATATTGATAATTTAGT-TT
312 AAAACAGATTTAGTTTT-TGAA-TATCTTA-TTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATT
* * ** * * * * * * *
506204 CATTCTATTCCGCAGAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCAT
374 -ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AGAAAGGTCAT
* * * * * * ** * * * ***
506268 AA-CAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTAAT-TGTTTGAACTGACTTCG-CAAATGG
437 AATGACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTC-AAATCCATTTCAACTTA-TTCGATAAACAC
506330 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAG-TTATTAATTTTT
499 ATTTATTTTTTAAATCTTTT-GCTTATTAATTTTT
* * * * * * *
506364 AGAATTTTACTAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGCAT-AAATAGAAACAATTGTTT
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TT
* * * * *
506428 TGTGA-TAGAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAGTAGTCATAACTATT
64 TATGACTA-AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAA-TAGTCTTAACTATT
* * * * *
506491 TGTAATGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTCAAATATTAATAAAT
127 TG-AATGGTTCG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT-TTGAAATATTATTAAAT
* * *
506556 TAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAT
189 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* * * *
506621 -GTAATAATGATTTG-GAATAGATAGTTGTTCAAATGGCAATAATTATTTGAATTGATT-AAATA
253 CATAATAAT--TTTGAG-ATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTGATTCAAA-A
* *
506683 AACTGATTTA-TTTTTTAA-ATCTT-TTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATTATTTT
314 AACAGATTTAGTTTTTGAATATCTTATTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATTATTTT
*** * *
506745 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTACGAAAACAAAAAGAAA-GT-TTAATG
379 ATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACG---ACAAAAAGAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
506808 ATTTTGAATTCATAATTGTTGAAAT-GTCATAA-CCATTTCAACTTGTTC-AGTAGACACATTTA
441 ACTTTAAATACATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTATTCGA-TAAACACATTTA
**
506870 TTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTT
504 TTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * *
506900 TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAGTAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTG
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT-
* *
506964 TATGACTAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATATTCTTAACTATTTG
64 TATGACTAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTG
507029 AATTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
129 AA-TGGTTC-GTAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTA
* * * * * * * *
507094 GTATTAATTTTATCT-GAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTCTAAGAAAACAAAGAT
191 GTATT-ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AT
* * * * *** * *
507158 CATAATAATTTTGAGGTTGATATTTGTTTAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAACA
253 CATAATAATTTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAACA
* * * *
507223 GCTTTAGTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATT
318 GATTTAGTTTTTGAATATCTTA-TTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATTATTTTATT
* * * *
507288 TCAAATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGGCTTTA
382 TCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACAAAAAGAAAGGTCATAATGACTTTA
* * * *
507353 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTA
447 AATACATAATTATTCAAATAGTCAAATCCATTTCAACTTATTCGATAAACACATTTA-TTTTTTA
* *
507418 AATCTTTTGCTCATTAGTTTTT
511 AATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * * *
507440 TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTATGAATAAGCTTGTACGAACTGAAATAATTACTTT
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-GTTT
* * * * * * * *
507504 ATGACTAAACAAAAGATCAGAACGATTTAAAACAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTAA
65 ATGACTAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTT-G
* * * * *
507569 AATGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTGGAATTTTATTAAA
129 AATGG-TTCGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAA
* * * * *
507634 TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA
188 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAAA-AAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAA
** * * ** ****
507699 ATCATAACGA-TTTGAGATAAATAATTGTTC--AT---AAT---TATTTGAA-TTTTTTGGTAAA
251 ATCATAATAATTTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAA
* * * **
507754 CAGATTTAGTTTTT-AA-ATC-TCTTATTAAT-TTTCAAAATATT-ATGATATCAGTATTATTTT
316 CAGATTTAGTTTTTGAATATCTTATTATTAATGTTT-GAAATATTAATAAGGT-AGTATTATTTT
** * **
507814 ATTTTGAATAA--TTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACA-AAAGGTCATAATG
379 ATTTCAAATAAGCTTTT--ATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AGAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
507876 A-TTTGAAATAGATAAATATTCAAAT-G-GACAT-GA-CT-AACTTGTT-TAGTATAA-ATATTT
441 ACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTCAAATCCATTTCAACTTATTCGA-TA-AACACATTT
* * *
507933 ATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTT
503 ATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * *
507963 AGAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATT
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT-GT
* * * * * * * ** * * *
508025 TTATCACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT
63 TTATGACTAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTT
* * * ** * * *
508090 AAACTTGCTCGGTAAA-TGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
128 GAA-TGGTTC-GTAAACACATTTATTTTTTAAA----TCACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTA
* ** * * * ** * *
508154 AATTAGTATTCTTTTATTTTGAATATGCTTGCATGAATAAAAACAATTGGTTTATAACAAAAGAA
186 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
508219 AAGGTCATGACT-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC-ATAACTATTTAAATATG-TTC
250 AA--TCAT-AATAATTTTGAGATAGATAGTTGTTCAAAT-AGCAATAACTATTTGAA-CTGATTC
* * * * * * **
508280 AAAAAACAAATTTA-TTTTTTAAAATTTTTTCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TA
310 AAAAAACAGATTTAGTTTTTGAATATCTTAT--TATTAATGTTTGAAATATTAAT-AAGGTAGTA
* * * * * * * *
508343 TTATTTT-CTTCGAAATAAGCTTGTGTGGA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACA-AAATGT
372 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTACGACAAAA-AGAAAGGT
** * * * * * **
508405 CATAATGA-TTTGGCATAGATAATTATTCAACTAGTCATAA-CCATTTGAACTTCTTTGGCAAAC
434 CATAATGACTTT-AAATACATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTATTCGATAAAC
* * * * * * *
508468 AAATTCATATTCTAAATCTCTTACTTAATAATTTTT
497 ACATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
508504 GGAATATTATTCAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGGC-TATATGCACTGATACAATTGTT
1 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAA-GCTTGTATGAACTAAAACAATTG-T
* * ** *
508567 TTATGA-TAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TATGACTA
63 TTATGACT-AAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCT-TAACTA
* * * * *
508629 TTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-ATTTTATTTACTAATTGTTGAAATATT
125 TTTGAA--TGGTTCGTAAACACATTTATTTTTTAAATCA-CTTA--T--TAATT-TTGAAATATT
* * * * * *
508693 AATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAA-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
182 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGTA-AAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * *
508757 AACAAAAAGTCATACTGATTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTTA
245 AAC-AAAA-TCATAATAATTTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAG-CAATAACTATTTGAACTGA
**** * ** * * * *
508820 TTTGCTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCATC-TACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAGTTT
307 TTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTGAAT-ATCTTA-TTATTAA-TGTTTGAAATATTAATAAGGTA
508883 GTATTATTTTA
369 GTATTATTTTA
508894 ATTGTTCAAA
Statistics
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Consensus pattern (532 bp):
TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTA
TGACTAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAA
TGGTTCGTAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATCATAATAA
TTTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAACAGATTTAGT
TTTTGAATATCTTATTATTAATGTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACAAAAAGAAAGGTCATAATGACTTTAAATACATAA
TTATTCAAATAGTCAAATCCATTTCAACTTATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTGC
TTATTAATTTTT
Found at i:507092 original size:19 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
507041 AAACACATTT
*
507051 ATTTTTTAAATCACTTATTA
1 ATTTTTGAAATCACTTATTA
507071 ATTTTTGAAAT-A-TTATTA
1 ATTTTTGAAATCACTTATTA
507089 A
1 A
507090 ATTAGTATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTGAAATCACTTATTA
Found at i:509211 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 508938--509994 Score: 822
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 177
508928 TTGTAAAAAG
* * * * *
508938 ATTTATTTTTTCAAATCTCTCACTTATTACTTTTTAGAATGTTAATAAATT-GTTTTTTTTTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAA--TCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG--TATTATTTTA
** * *
509002 TTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
60 TTTTGAATAAGCTTGTATAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * *
509067 GAAATAAATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAA
124 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAATAA
* * **
509121 ATTAACTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTTTG
1 ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTG
* *
509184 AATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAT
65 AATAAGCTTGTATAAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
509249 AGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAGTAAATTTATTTAA
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCG--A-T-AA---A--TAA
* * * * ** * *
509308 ATTTATTTTTTTAAGCTTTTGCCTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTA-TTTTTTAA--ATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** *
509373 T-AGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAAATCTTTTATGTCAAAGTAAAAGGTCATAACAATTTTA
63 TGA-ATAAGCTTGTATAAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
509437 AATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-GCTCAATAAAGAG
126 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAATAA
* ** * * * * *
509489 ATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAACAATTTTGAATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
509554 TTGAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAATATTTT-TGACTAAACAAAAGGTC-TGAACAATTT
62 TTGAATAAGCTTGTATA-A-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTT
* ** * ** *
509616 GAAATATATAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATAT
124 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAATAA
* *
509670 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTTA-A
1 ATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT
* * * * * * *
509734 TCGAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGA
62 TTGAATAAGCTTGTATAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
509798 GATTGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAG
126 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAATAA
* *
509850 ATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * *
509915 CAAATAAACTTGTATGATAA-AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAGAAGGTCATAACAATTTCA
63 TGAATAAGCTTGTAT-A-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
*
509979 AATAGATAATTGTTCA
126 AATAGATAATTATTCA
509995 TAATGATTAT
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 128, Indels: 86
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.01
177 93 0.13
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
ATAAGCTTGTATAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAATAA
Found at i:509496 original size:191 final size:191
Alignment explanation
Indices: 509140--509484 Score: 469
Period size: 191 Copynumber: 1.8 Consensus size: 191
509130 TTAAATCACT
* * *
509140 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTATTTTATTTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGAA
1 TATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTAGTTTATTTTATTCTAGAATAAGCTTGTATAAACTGAA
* * * * * *
509205 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCA
66 ACAAATCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAATCA
* * ***
509270 TAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAGTAAATTTATTTAAATTTATTTTTTTAAGCTTTTGCC
131 TAACTATTTAAACTTGCTCAATAAGTAAATTTATTTAAATTTATTTTTTTAAGCTTTTGCC
* *
509331 TATTAA-TTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTTTATAAATTG
1 TATTAATTTTTGG-AATATTAAGAAATTAGT-TTATTTTATTCTAGAATAAGCTTGTATAAACTG
* ** *
509394 AAACAAATCTTTTATGTCAAAGTAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAAT
64 AAACAAATCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAAT
*
509459 CATAACTATTTGAACTTGCTCAATAA
129 CATAACTATTTAAACTTGCTCAATAA
509485 AGAGATTTAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 21, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
190 6 0.05
191 113 0.86
192 12 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (191 bp):
TATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTAGTTTATTTTATTCTAGAATAAGCTTGTATAAACTGAA
ACAAATCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAATCA
TAACTATTTAAACTTGCTCAATAAGTAAATTTATTTAAATTTATTTTTTTAAGCTTTTGCC
Found at i:509854 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 509025--509994 Score: 813
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 361
509015 TGCATGAATA
* * * * * *
509025 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGG
1 GAAACAAATCTTTTATGAC-AAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-A
* * * * ** * * * *
509090 A-CATGACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAAATTAACTTT-TTAAATC----ACTTATTAATTT
64 ATCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAAGAGATTTA-TTTCTTAAATCTTTTACTTACTAATTT
*** * * ** * *
509149 TTGGAATATTAATAAATTAG-TTTATTTTATTTTTGAATAAGCTTGT---ATAAACTGAAACAAT
128 TCAAAATATTAACAAATTAGAATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTGTAAGATAAA---AAACAAA
* * * * * * **
509210 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACT
189 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTAACT
* * * * * * * *
509275 ATTTAAATTTGTTTGGTAAGTAAATTTATTTAAATTTATTTTTTTAAGCTTTTGCCTATTAATTT
254 ATTTGAACTAG-TTCG---GCAAA--TA--T--ATTTATTTTTTAAAGCTCTTACCTATTAATTT
* * *
509340 TGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATAAATT
309 TGAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATCGAGATAAGCTTTTATAAATT
* * *
509393 GAAACAAATCTTTTATGTCAAAGTAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAA
1 GAAACAAATCTTTTATGACAAAG-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
* * * *
509458 TCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAAGAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAAGAGATTTATTTCTT-AAATCTTTTACTTACTAATTTT
* * * * ** * **
509523 CCAAATGTTAACAATTTTGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTT
129 CAAAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAGATAAAAAACAAATATTT
* *
509588 T-TGACT-AAACAAAAGGTC-TGAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTTTAACTATT
194 TATGA-TAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTAACTATT
* * * **
509650 TGAACTAGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATT
257 TGAACTAGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAAGCTCTTACCTATTAATTTTGAAAATATTAAG
*
509715 AAATTAGTATTAATTTTAATCGA-ATAAG-TTTCTAT-GATT
322 AAATTAGTATT-ATTTTAATCGAGATAAGCTTT-TATAAATT
* * * * ** *
509754 AGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTATTTAAATA
1 -GAAACAAATCTTTTATGACAAAGA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * *
509818 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTACTAATTTT
64 ATCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTACTAATTTT
* * * * * * *
509883 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTTT
129 CAAAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAGATAAAAAACAAATATTT
* *
509948 TATGATAAAACAGAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCA
194 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCA
509995 TAATGATTAT
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 91, Indels: 49
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
360 72 0.15
361 113 0.23
362 75 0.15
363 9 0.02
364 1 0.00
366 2 0.00
367 7 0.01
368 85 0.17
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374 8 0.02
376 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
GAAACAAATCTTTTATGACAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAAT
CATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAAGAGATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTCA
AAATATTAACAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAGATAAAAAACAAATATTTTA
TGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAA
CTAGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAAGCTCTTACCTATTAATTTTGAAAATATTAAGAAAT
TAGTATTATTTTAATCGAGATAAGCTTTTATAAATT
Found at i:510211 original size:225 final size:226
Alignment explanation
Indices: 509792--510223 Score: 525
Period size: 225 Copynumber: 1.9 Consensus size: 226
509782 GATCTTAACA
* * * * *
509792 ATTTGAGATTGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAGATAGATAATTACTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAAAAAATAGATTTATT
* * * *
509857 TCTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
66 TCTTAAATC--TTACTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATAATTTTATTTCAAATAA
* * * * *
509922 ACTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAGAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATA
129 ACTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTAAAATAGATA
509987 ATTGTTCATAATGATTATTCAAATTGACATAATG
194 ATTGTTCA-AATGATTATTCAAATTGACATAATG
* ** *
510021 ATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAATATTTGATTTATTTCAAAAAATAGATTTAGT
1 ATTTGAGATAGATAATTACTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAAAAAATAGATTTA-T
* * *
510086 TT-TTAAATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATAATTTTA-TTCTAAATAT
65 TTCTTAAATCTTACTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATAATTTTATTTC-AAATAA
** * * *
510147 TTTTGCT-TGA-ACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGTTCATAACAAATTAAAATAGA
129 ACTTG-TATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTAAAATAGA
510210 TAATTGTTCAAATG
192 TAATTGTTCAAATG
510224 GACATGACTA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 26, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
224 8 0.05
225 99 0.57
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230 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (226 bp):
ATTTGAGATAGATAATTACTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCAAAAAATAGATTTATT
TCTTAAATCTTACTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATAATTTTATTTCAAATAAAC
TTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTAAAATAGATAAT
TGTTCAAATGATTATTCAAATTGACATAATG
Found at i:510955 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 510471--511482 Score: 895
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 179
510461 CTACAAACAC
* * * * *
510471 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
510536 GAATAAGCTTGTTGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAATGATCATAACGATTTGAGAT
66 AAATAAGCTTGTTGAATAGAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* *
510600 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTTAGTAAATAG
131 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAG
* *** * * *
510649 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTCAAAATATTAATAAGTTAGCATTATATTATTCT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * *
510711 GAATAA-TTATGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
66 AAATAAGCT-TG-TTGAATAGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTG
* * * * * * ** *
510773 AAATAGATAATTATTCAAGTGGACATGACTATTTGAACATGTTTAGTAAGCAA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAG
* * *
510826 ATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTAATAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * **
510890 CTAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGCTTTATATCAAAACAAAATATCATAACTATTTGA
64 CTAAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGA
* * * * ** *
510955 AATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGACCTTACTTGGTAAACT-G
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAG
* * * *
511007 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTATTAA-AAAATAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* *
511071 TAAATATGCTT-TT--AT------AATTGGTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
65 TAAATAAGCTTGTTGAATAGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
511126 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAACGTATTTAGAAAATAT
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAG
*
511177 ATTTACTTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTTTTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* *
511240 T-TAGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTAATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT
63 TCTA-AATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACT-AT
511302 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAG
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAG
* * ** * *
511358 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA------GAATATTAATAAATCCGTGTTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
511417 GAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTCTGAT-GAAATAAAAGGTCATAACAATTTGA
66 AAATAAGCTTGT-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGA
511480 AAT
128 AAT
511483 TTTTTGGTAA
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 109, Indels: 86
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 106 0.15
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172 3 0.00
173 2 0.00
174 75 0.11
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179 1 0.00
180 41 0.06
181 245 0.36
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
AAATAAGCTTGTTGAATAGAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAG
Found at i:511125 original size:351 final size:350
Alignment explanation
Indices: 510465--511385 Score: 883
Period size: 351 Copynumber: 2.6 Consensus size: 350
510455 TTGGTTCTAC
* * * * * *
510465 AAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAA-TTAGCATTA
1 AAACAAATTTACTTTTTTAAAT-TCCTACTTAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTA
* * * * *
510527 TTTTA-ATATGAATAAGCTTGT-TGAAA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAATGATCATA
64 TTTTATTTA-GAATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTAAT-ACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * *
510588 ACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGT-TTTAGTAAATAGATT
126 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TACTTAGTAAATAGATT
* * *** * ** * *
510652 TAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAGCATTATATTATTCTGA
190 CATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAGTATTAA-AAAATAGTATTATTTTATT-T--
* ** *
510713 ATAATTATGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
251 -TAAATATGC-T---T--TTATAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
510778 GATAATTATTCAAGTGGACATGACTATTTGAACATGTTTAGT
309 GATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACATATTTAGA
* *
510820 AAGCAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTA-TCTAATAGTTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATT
1 AAACAAATTTACTTTTTTAAAT-TCCTACT-TAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATT
* * *
510882 ATTTTATTCTA-AATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGCTTT-ATATCAAAACAAAATATCAT
63 ATTTTATT-TAGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTG-TTTAATA-CAAAACAAAAGATCAT
* * * *
510945 AACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGACCTTACTTGGTAAACT-GA
125 AA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAGTAAA-TAGA
* * *
511008 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAGTATTAAAAAATAGTATTATTTTATTTTA
188 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAGTATTAAAAAATAGTATTATTTTATTTTA
* *
511073 AATATGCTTTTATAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTG
253 AATATGCTTTTATAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA
* * *
511137 TTCAAATAGTCCTAACTATTTGAACGTATTTAGA
317 TTCAAATAGACATAACTATTTGAACATATTTAGA
* * * * * *
511171 AAATATATTTACTTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTTTT
1 AAACAAATTTACTTTTTTAAATTCCTACTTAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATT
* *
511236 TTATTTAGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
66 TTATTTAGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTAAT-ACAAAACAAAAGATCATAATGA
* **
511301 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTT
130 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAGTAAATAGATTCATTT
511366 TTTAAATCTCTTACTCATTA
195 TTTAAATCTCTTACTCATTA
511386 GAATATTAAT
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 71, Indels: 54
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
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360 1 0.00
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362 16 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (350 bp):
AAACAAATTTACTTTTTTAAATTCCTACTTAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATT
TTATTTAGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTAATACAAAACAAAAGATCATAATGAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTTAGTAAATAGATTCATTTT
TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAGTATTAAAAAATAGTATTATTTTATTTTAAATATGCT
TTTATAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
ACATAACTATTTGAACATATTTAGA
Found at i:511873 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 511490--512016 Score: 523
Period size: 183 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
511480 AATTTTTTGG
* * * ** *
511490 TAAACATATTT-ATATTTAAAATCT-TCTACTTATTAACTATCAGAATATTAATAAACTA-ATAT
1 TAAACAAATTTAAT-TTTTAAATCTCT-TACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-AT
* * * * *
511552 TATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
63 TATCTTAATTCGAATAAGCTTGTAGGAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * *
511617 ACAATTTGAAAGAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCTG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTTATTCTA
* * * * *
511671 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAA-TTGTCT-TAATGA-TAATAAATTTGTA
1 TAAACAAATTTAATTTTTAAATC-TCTTACTTATTAACTT-T-TGGAAT-ATTAATAAATTAGAA
* * * * *
511732 TTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAAGGT
62 TTATCTTAATTCG-AATAAGCTTGTAGG-A-ACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* ** * *
511796 TATGGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTTGTT-TAA
124 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTTATTCT-A
*
511854 TAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTAT
1 TAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTAT
* * * * * *
511919 CTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTGTAACAAAATAAAAAGTCATAACG
66 CTTAATTCGAATAAGCTTGTAGGAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
*
511984 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
512017 TTATTTGTAC
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 51, Indels: 30
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTAT
CTTAATTCGAATAAGCTTGTAGGAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTTATTCTA
Found at i:512054 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 511533--514167 Score: 1865
Period size: 181 Copynumber: 14.7 Consensus size: 181
511523 TAACTATCAG
* * * * *
511533 AATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
511598 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** *
511663 TTATTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTGTCTT--
131 TGGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT-T-TTGA
* * * * * *
511714 AATGA-TAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAAAATTATT
1 AAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG-A-ACAAAAACAATTGTT
* * * ** * *
511777 TTATGACAAAACAGAAGGTTATGGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTT
62 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
511842 AAACTTGTTTAATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAACTTTTGG
127 GAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
511897 AATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTGT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
511962 AACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGTAC
66 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** * * * **
512027 TGGTCAAGCGAATAGATTCATTTTTTAAATAC-GTTACGTATTAATTTTTTT
131 TGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * * * *
512078 AATAATAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATATGAC-TGCATCAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* ** * *** * * * * *
512142 TAACAAAACAAATGGTCATAAAGATACAAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
512207 TTGATTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAA
130 CTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
** * * * * * *
512255 AATATTAATAAATTAAAATTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * * * * *
512319 TGACAACACAAAAGGACGTAACAATTTAAAATAGATGATTATTCATATAGCCTTAACCATTTTAA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** *
512384 TTGG--T--T---CA-ATTTATTTTTCAAATCTCTTAGATATTAA-TTTTCA
130 CTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
512427 TAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAATATAAATAATTCTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
512492 TGACAAAACAAAATGTTATAATGACTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTCTTAATTATTTAAA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * *
512557 CTAGTTCGGT-AA-ACA--TA-----T-AATCTAC-TACATATTAATTTTTGA
130 CTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGA
* * * **
512599 AATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
512664 GACAAAAC-AAAAGTTCAAAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCCTAACTATTTGAA
66 GACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * **
512727 CTGATTCAATAAATTGATATATGTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTGA
130 CTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGA
* * * * * *
512779 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATAAAACAATTGTTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
512843 TGATAAAACAAAAGGTCATAAAC-ATTTTAAGTGGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAAGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
512907 ACTTGTTTTGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TCTTTGCTTATTAATTTTTTTG-
129 ACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAA--TTTTTGA
* * * * * * *
512962 AACATTAATAAGA-TAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCATGTTTGAACTAAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
513026 TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTGGTT-TAATAGTCTTAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
513090 ATTGATTTGGCAAAT-GCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT-A
129 ACTGGTTTAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* *** * * * * * *
513142 GAATATTATTGGTTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAG-TTTTATGGACAAAAACAATTATTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
513205 ATGACTAAACAAAGA-TCATACCGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * **
513269 ACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTCAA
129 ACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * *
513318 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTGT-GAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
513382 TGA-AAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
513445 ATTTGCTCAATAAATCA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
129 ACTGGTTTAGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
513498 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATATAAAGAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * *
513563 GACAAAA-AAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
66 GACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
513627 -T-GTGTTAAAAAATAGATTT-TTTGTTTAAA-CTTTTACTTGTTAATCTTTGG
130 CTGGT-TTAGTAAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
513677 AATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * ** * * *
513740 TTGGCAATCCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * **
513805 ACTTGTTTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAA
129 ACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *** *
513858 AATAATAATAAGTT-GTATTATTTTATTTCAAATATGCCTATATAAATTTATACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
** * * * * * * *
513922 GATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAGATAGGTAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * **
513987 TTGTTTAGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCATGA
131 TGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
514038 AATATTAATAAATTAATATTATTTTGATAT-GAATAAG-TTGGTATGAACAAAAATAATTGTCTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTT-GTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * *
514101 ATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAATCATAACTAATT
64 ATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
514165 GAA
127 GAA
514168 ATTATTCGAT
Statistics
Matches: 1910, Mismatches: 448, Indels: 191
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 23 0.01
171 107 0.06
172 13 0.01
173 103 0.05
174 7 0.00
175 41 0.02
176 94 0.05
177 108 0.06
178 9 0.00
179 192 0.10
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
Found at i:512806 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 512586--514167 Score: 1260
Period size: 180 Copynumber: 8.8 Consensus size: 179
512576 ATCTACTACA
* *
512586 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAA
* * * *
512651 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCC
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
512715 TAACTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATATATGTTTTAAATCTCCAACT
130 TAACTATTTGAACTG-TTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
512766 T-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATAA
1 TATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AA
* * * ** * * *
512830 AACAATTGTTTTTTGATAAAACAAAAGGTCATAAACATTTTAAGTGGATAATTGTTCAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** *
512895 ATAAGTATTTGAACTTGTTTTGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TCTTTGCT
129 ATAACTATTTGAAC-TGTTTAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTC-TTACT
* * ** * *
512948 TATTAATTTTTTTG-AACATTAATAAGA-TAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCATGTTTGA-AC
1 TATTAA--TTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-
* * * * *
513010 TAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAATGATTTAAAATAGATAATTGGTT-TAA
62 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAA
* * ***
513073 TAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTGGCAAAT-GCATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
124 TAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTAATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *** * * * * * *
513130 TATAAATTTTT-AGAATATTATTGGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAG-TTTTATGGACAAA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GATAAA
* * * ** * * *
513193 AACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAGATCATACCGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * *
513257 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA-C-C-T-CT
129 ATAACTATTTGAACT-GTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * ** *
513305 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTGTGAATAATTTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAA
* * * * *
513370 ACAATTGCTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
513434 TAACTATTTGAATTTGCTCAATAAATCA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
130 TAACTATTTGAA-CTGTTTAATAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
513485 TATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATATAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAA
* * * * *
513550 AGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
513614 ATAAATATTTGAA-TGTGTTAAAAAATAGATTT-TTTGTTTAAA-CTTTTACT
129 ATAACTATTTGAACTGT-TTAATAAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACT
* * * * *** *
513664 TGTTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAA
* * ** * *
513728 AACAATTGTTTTTTGGCAATCCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
513793 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACT
129 ATAACTATTTGAAC-TGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * ** * * * * ** *
513845 CATTAATTTTCAAAATAATAATAAGTT-GTATTATTTTATTTCAAATATGCCTATATAAATTTAT
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GATAAAA
** * * * *
513909 ACAATTGTTTTATGATGAAACAAAA-TGTCATAATGATTTGAGATAGGTAATTATTCAAATAGTT
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
513973 ATTACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACT
129 ATAACTATTTGAAC-TGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * *
514025 TATTAATTCATGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGA-TATGAATAAG-TTGGTATGAACAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTT-GTATG-ATAA
* * * *
514088 AAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAAT
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* *
514151 AATCATAACTAATTGAA
125 AGTCATAACTATTTGAA
514168 ATTATTCGAT
Statistics
Matches: 1117, Mismatches: 228, Indels: 112
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 43 0.04
176 94 0.08
177 4 0.00
178 6 0.01
179 192 0.17
180 398 0.36
181 174 0.16
182 74 0.07
183 119 0.11
184 13 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
Found at i:513457 original size:719 final size:714
Alignment explanation
Indices: 511536--514167 Score: 1680
Period size: 719 Copynumber: 3.7 Consensus size: 714
511526 CTATCAGAAT
* * ** * * * * *
511536 ATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * ** * * * * * *
511601 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
65 AATACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * ** * *
511666 TTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTGTCTTAATGATAATAAATTT
130 TT-TAGCAAACATATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTCATAAATTTTCAAAATAATAAT-AAGTT
* * * * * * * * **
511729 GTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAA
192 GCAATATTTT-ATCTCAAATAAGCCTATA-TAA-ACAAAAACAATTATTTTATGATGAAACA-AA
* * ** * ** * * * * *
511793 GGTTATGGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTTGTTTAATAAA
253 AGTCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAA
* * ** * *
511858 CA-AATTTAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAACTTTT-GGAATATTAATAAATTAGAATTATCT
318 CAGAA-TTAGTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
511921 TATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT-TGTAACAAAATAAAA-AGTCATAAC
377 TATTAT-GAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTATG--ACAAAACAAAAGA-TCATAAT
* * * * * * **
511983 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGTACTG-GTCAAGCGAAT-AGAT-T
438 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGACTCAA-TAAATCA-ATAT
* * * ** * * ** * *
512045 CATTTTTTAAATACGT--TACGTATTAATTTTTTTAATAATAATAAATTAGCATTACTTTATTCC
501 -ATGTTTTAAAT-C-TCCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC
* ** * * * * * * * ***
512108 GAATATGAC-TGCATCAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAAAGATACAAA
563 GAATAAG-CTTTTATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
512172 ATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAATTGATTTGGTAAAAAA-A-ATTATTT-TTT
627 ATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TG---TGTTAAAAAATAGATTTTTTGTTT
* * ** *
512234 AAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAAT
688 AAACTTTTACTTATTAATCTTTGGAAC
* * * * * * * * *
512258 ATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCAAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * ** ** * * * * * *
512323 AACACAAAAGGAC-GTAACAATTTAAAATAGATGATTATTCATATAGCCTTAACCATTTTAA-TT
65 AATACAAAAGGTCAG-AATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
512386 GGTT--C--A-AT-TT-ATTTTTCAAATCTCTTAGAT-ATTAATTTTCATAATATTATTATA-TT
129 GTTTAGCAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTA-CTCATAAATTTTCAAAATAATAATA-AGTT
* * * ** * ** * * * * * **
512442 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAATATAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAATG
192 -GCAATATTTTATCTCAAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGATGAAACAAAA-G
* * * * * * * * * **
512507 TTATAATGACTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAACA
255 TCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACA
* * * * ** * *
512572 -TA-TA--ATCT--A-CTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTG
320 GAATTAGTTTTTAAACCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATG
* * * * *
512630 AATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGGTTTGAAA
384 AATAAGTTTGTATGAAT-AAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA
* * * * * **
512694 TAGATAATTGTTCAAAT-GGCCTAACTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATATATGTTTTAAAT
447 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGACTCAATAAATCAATATATGTTTTAAAT
* *
512758 CTCCAACTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
512 CTCCAACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTA
* * * * * ** *
512822 TGAA-ATAAAACAATTGTTTTTTGATAAAACAAAAGGTCATAAAC-ATTTTAAGTGGATAATTGT
576 TGAATAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAAACAATTGT
* *** * *
512885 TCAAATAGTCATAAGTATTTGAACT-TGTTTTGTAAATAGATTTATTT-TTTCAAATTCTTTGCT
639 TCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TGTG-TTAAAAAATAGATTT-TTTGTTT-AAACT-TTTACT
* *
512948 TATTAATTTTTTTGAAC
699 TATTAA-TCTTTGGAAC
* *
512965 ATTAATAAGA-TAGTATTTTTTTATTTC-AAATAAGCATGTTTGAACTA-AAACAATTATTTTAT
1 ATTAATAA-ATTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCATGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
* * * *
513027 GACTAA-ACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTGGTT-TAATAGTCTTAACTATTTGA
62 GAC-AATACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGACAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
513090 A-TTGATTTGGCAAATGCAT-TT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAGAAT-ATTAT
125 ACTTG-TTTAGCAAA--CATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATAAATTTTCAAAATAATAAT
** * * * **
513151 TGGTTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAG-TTTTATGGACAAAAACAATTATTTTATGACT-AA
187 AAG-TT-GCAATATTTTATCTC-AAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGA-TGAA
*
513213 AC-AAAGATCATACCGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
248 ACAAAAG-TCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * *
513277 GGTAAACAGATTTAGTTTTTAAACCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTT
312 AGTAAACAGAATTAGTTTTTAAACCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
513342 TATTGTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAATGAT
377 TATTATGAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
* * * *
513406 TTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-CTCAATAAATCAATTTATTT
441 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGACTCAATAAATCAATATATGT
** * * * *
513470 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
505 TTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAG
* *
513535 CTTTTATGAATATAAAGAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAACAA
570 CTTTTATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAA
513600 TTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATGTGTTAAAAAATAGATTTTTTGTTTAAACTTTTACTT
635 TTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATGTGTTAAAAAATAGATTTTTTGTTTAAACTTTTACTT
* *
513665 GTTAATCTTTGGAAT
700 ATTAATCTTTGGAAC
* * * * *
513680 ATTAGTAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTTTGGC
1 ATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * *
513745 AATCCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
65 AATACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
513810 TTTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAATAATAAGTTGTA
130 TTTAGCAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATAAATTTTCAAAATAATAATAAGTTGCA
* * * *** * *
513875 TTATTTTATTTCAAATATGCCTATATAAATTTATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCAT
195 ATATTTTATCTCAAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGATGAAACAAAA-GTCAT
* ** * * * *
513940 AATGATTTGAGATAGGTAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATAAT
259 AACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGAAT
* * * *
514005 TATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTCATGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGA-TAT
324 TAGTTTTTAAACCTCTTA-TTAATT--TTCA--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTAT
* * * * * *
514068 GAATAAGTTGGTATGAACAAAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGAA
383 GAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGT-TTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAA
* * *
514133 ATAACTAATTATTCAAATAATCATAACTAATTGAA
446 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
514168 ATTATTCGAT
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 307, Indels: 186
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
697 2 0.00
698 4 0.00
699 2 0.00
700 8 0.01
701 144 0.10
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703 5 0.00
704 2 0.00
705 2 0.00
706 10 0.01
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722 148 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (714 bp):
ATTAATAAATTATATTATTTTATTCAAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
ATACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TTAGCAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATAAATTTTCAAAATAATAATAAGTTGCAA
TATTTTATCTCAAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGTCATAA
CGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGAATTA
GTTTTTAAACCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGT
TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGACTCAATAAATCAATATATGTTTTAAATCTCCAACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATATAAA
CAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCAT
AAATATTTGAATGTGTTAAAAAATAGATTTTTTGTTTAAACTTTTACTTATTAATCTTTGGAAC
Found at i:515461 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 514873--515623 Score: 647
Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 181
514863 TGGTAAATAA
* * * *
514873 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAATATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATTTCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
514936 TTCGAATAAGCTTATATGAACCT-AAATAATTATTTTATGACAAAA-ACCAAGGTTATGACGATT
64 TTCAAATAAGCTTATATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGATAAAACA-AAAGGTCATAACGATT
* * ** *
514999 TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC-TAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
** * ** * *
515053 ATTTATTTTTTAAATCACCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * *
515118 CAAATAGGCTTGTATG--TTGAAAAACAATT-GTTTATAATAAACCAAAAGTTCATAACGATTTG
66 CAAATAAGCTTATATGAACTG--AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
515180 AAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTC-GATAAAC-T
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAG-TAAACAT
* ** * * *
515232 GATTTATTTTTTAAGTCTTC-AACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 -ATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * *
515296 TTTGAATCAGCATT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTCATAATGATT
64 TTCAAATAAGC-TTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACGATT
*
515360 TTAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *
515415 ATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* ** * * *
515479 TCAAATAAGCATGCATGAACTGAAACAATTATTTAATGACT-AAACAAAAGGTCAGAGCGATTTG
65 TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
515543 AAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACAC
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCAGTAAACAT
*
515596 ATTTATTTTTT-AATTCTTTTGCTTATTA
1 ATTTATTTTTTAAATT-TCTTGCTTATTA
515624 GTTTAGCTAT
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 83, Indels: 53
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
179 46 0.10
180 166 0.36
181 100 0.22
182 136 0.30
183 12 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
Found at i:517544 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 517137--518139 Score: 718
Period size: 178 Copynumber: 5.6 Consensus size: 178
517127 TAACAAGCTA
* * * * * * * *
517137 TATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTAAGATAAAA-AAAA-GATTAT
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCAT
* * * *
517200 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATT
66 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATT
* *
517265 TAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAACTAGTAT
131 TATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAG-AATA-T--TAAATTAGTAT
* ** **
517313 TATTTTATTCTAAATAATTTTATATGAATA-AAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATG-TCA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAAAT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCA
* * * * ** * *
517376 TAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTCAAACTTGTTTGATAAATGGAT
65 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGAT
*
517441 TTATTTTTTAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTAGAGTATTAAATTAGTAT
130 TTATTTTTTAAATCTCTA-CTTATTAATTTTTAGAATATTAAATTAGTAT
*
517491 TATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACATA-TGTTTTATGACAAAAC-AAATGATCA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCA
* * * * * * *
517554 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAACTCACTTAG-TAAATCGA
65 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAATAGA
* *
517618 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATTAGTAT
129 TTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAG-AA---TATTAAATTAGTAT
* * * *
517672 TATTTTATT-TCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACA-ATTGGTTTATGATAAAACAAAA-GGT-
1 TATTTTATTCT-GAATAAACTTATATGAATAGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATC
* * * * *
517733 ACTAAAGATTTCAAATAGATTATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATATGTTTAGA-AAAT
64 A-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTT-GATAAAT
* ** * * * * *
517796 A-AATT-TTTTAAAAATGTTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTTA-AAT
126 AGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATT---AAA-TTAGTAT
* ** * *
517850 T-TTTTATTC-GAACTAAGCTTGCATGAACAGAACCA-ATTGTTTTATGAC-AAACAAAATG-TC
1 TATTTTATTCTGAA-TAAACTTATATGAATAGAA-AATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATC
* * ** * * * * *
517910 ATAATGTTTTGTGATAGTTAATTGTTCAAATAGCCATAACTTTTTGAATTTA-TTTGATAAAAAG
64 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAATAG
* * * * *
517974 ATTCA-TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAC
128 ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTAGAATA-T--TAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
518028 TATTTTACTT-TAAATAAGCTTCTATGAATTGAAACA-ATTATTTTATTACAAAA-GAAACGGTC
1 TATTTTA-TTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATC
** * * *
518090 ATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCGTGACTATTTGAACT
64 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
518140 TGCTTATTAA
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 123, Indels: 97
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
176 91 0.14
177 126 0.19
178 179 0.27
179 64 0.10
180 61 0.09
181 120 0.18
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGATCAT
AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATT
TATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAATTAGTAT
Found at i:518134 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 517148--518141 Score: 957
Period size: 356 Copynumber: 2.8 Consensus size: 354
517138 ATTTTACTCT
* * * * *
517148 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTAAGATAAAAAAAAGATTATAATGATTTGAGAT
1 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAATGATCATAATGATTTGAGAT
* *
517213 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAA-ATTTAGTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-TTTGATAAA-AAGATTTAGTTTTTAAAT
* **
517277 CTC-T--TATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATG
129 CTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATG
* * * * *
517339 AATAAAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCA
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* * * * * ** *
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** * *
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1 AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATTAT
* * * *
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* * * * * * *
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*
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1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTT
* ** * * *
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* * *
525137 AACTTAATAT--TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTTG
130 AAC-TAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-T-TTTTG
** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
525316 AAACTTG-TTCAGTGAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGACATTAATTTTTG
129 GAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT----ATTAATTTTTG
* ** *
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521443 TATTTTGGCA
* *
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* ** *
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*
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** * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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** ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * ** **
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* * ** * * ** * *
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1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGT-CTAACTATTTGAAC-TGGTTCA-CAAATATATTTATTTTTT
* * * * * ** * * *
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* * * * *
523094 ATTTGAA-TTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATA-ATTAAT
122 GTTTGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGA-TAAT
* * * ** * * * *
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184 TATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTAG-TTTTT-AA-A-TCT-C
* * ** * * * * * *
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244 TCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAATTTTGTATGAATAGA
* * * *
523287 AACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
309 AACAATTGTTTTATAATAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGAC
* * * ** *
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* * * * *
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435 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACA-ATTAT
* * *** * * * *
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497 TTAATGAC-AAAATAAAGACCATA-CGATTTGAAATAAG-TAATTGTTAAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
523536 TTAAATTTATTCAATAAAC-GATTCATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTGT
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* * *
523600 TAAGTTGGTATTATTTTATTTCAAAAAAACTTATATGAACTGAAGCAATTCTTTTATGACAAAAC
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**
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* * * * *
523729 GTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTCTTGTTAATTGTTTAAATGTTAAT-AATTTAGTATTAT
748 GTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
* * * * *
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811 TTTAATC-GAAATAAGCTTACA-CAAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGACCAAAA
*
523856 GA-TTCA
874 CATTTCA
* *
523862 AAATAGATAATTGTTCT-TATAGTCTCAACTATTTGCACTGGTTCGACAAATATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCT-AACTATTTGAACTGGTTC-ACAAATATATTTATTTTTT
* ** *
523926 AAATGCTTATTAATTTTTAAAATATCATTAATTTAATAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATG
63 AAATACTTATTAATTTTTAAAATATCATTAATTTAGCAATATTTTACTCC-AATAAGCTTGTTTG
* * * * *
523991 AACATAAACAAATGTTTTAGGACAAAA-AATAGATCGTAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAA
127 AACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAA
* * * * * *
524055 ATAGTCATAACTATTTGAACTACTTTAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATGTGTCATTAATTTTT
191 ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTCATTAATTTTT
** * *
524120 GAAATAGTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAATTTTGTCTGAATAGAAACAATTGTTTT
256 GAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *
524185 ATGATAAAACATAATATCATAATAATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGA
321 ATAATAAAACA-AATATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGA
* **
524250 ACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTGTTAATTTTTAGAATAACAATAAA
385 ACTTGTTCGATAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * *
524315 TTAATGTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTAAGGACAAAACTAAA
449 TTAGTATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTAATGACAAAA-TAAA
* * * ***
524380 GACCATAACGACTTGAAATAAGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTGGTAAA
513 GACCAT-ACGATTTGAAATAAGTAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAA
* *
524445 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGGAATA-TTAACAGATTAGTATTATTTTA
577 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGGAATATTTTA-AG-TTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * ** *
524509 TTTCGAATAAGCTTGTTTGAGCAGAACAAATTAGTTTATGAAAAAAGAAATTGTCATAACAATTT
640 TTTCAAAAAAACTT-TATGAACAGAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * *
524574 GAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TATAATAGATTTATTTTT
703 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTAGTTCAGTA-AATAGATTTATTTTT
* * * * *
524638 TAAATTTGTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
766 AAAATTT-TACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCGAAATAAGCTTA
** * * * * ** * **
524703 CATGAACATAATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTT-A
830 CACAAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGACCAAAACATTTCA
* * * * *** ** * *
524753 GAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTGTTTGAACTTGTTGGGTAAGCAGATTCATTTTTT
1 -AAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-TAACTATTTGAACTGGTT-CACAAATATATT--TATTTT
* * * * * * * * * *
524818 TTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
61 TTAAAT-ACTTA----TTAATTTTTAAAATATCATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCCAATAAGC
* * * * * * *
524883 ----TT--ATATGAAC---TG----A--A-ACAA-AAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATT
120 TTGTTTGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
* * * * * * * *
524931 ATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTTGTAAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACT
185 ATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTA-GTTTTTAAATC---T-CT
* * ** * * * * * ** * * *
524996 TATTAATTATAAAAAAATTAGTAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTATATGAACAAA
245 CATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAATTTTGTATGAATAGA
* * * * * * * ** * * *
525060 AATAACTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
309 AACAATTGTTTTATAATAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGA
** * * **
525125 CATAA-TGATTTGAACTTAAT--ATTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
372 CATAACT-ATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATT-T
* * * * * *
525187 TTTG-ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCAT
433 TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * *** * * * * *
525250 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAAT-AGATAATTGTTTAAATAGTCCTAATTAT
497 TTAATGACAAAA-TAAAGACCATA-CGATTTGAAATAAG-TAATTGTTAAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
525314 TTAAACTTGTTCAGTGAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGA-CATTAATTTTTGGAATA--T
559 TTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-ATTATTAA-TTTTGGAATATTT
* * * *
525376 TAA--TAGT-TTAGTATTATTT------TA-TTT-TGAATA-AGC--TTA---TATG----AAC-
622 TAAGTTAGTATTA-TTTTATTTCAAAAAAACTTTATGAACAGAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * *
525419 -----T--TAA--A--T---A-A-ATAATTATTCAAGTAGTCATGATTATTTGATCTAGTTC-GT
686 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-CTAGTTCAG-
* **
525467 TGAAA-ATATTTATTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAA-TTAGTATT
749 T-AAATAGATTTATTTTT-AAAA-TTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTA-TATT
** * * * * *
525530 ATTTTAATCCG-AATAAGCTTACATGAATAGAAACTATTTTTTTATAACAAAACAAAA-AGTCAT
809 ATTTTAAT-CGAAATAAGCTTACACAAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-CCA-
*
525593 AATA-ATTT-G
871 AA-ACATTTCA
* ** * * * * * *
525602 AAATAAATAATTACTTAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTTGAGAAACA-ATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-TAACTATTTGAACTG-GTTCACAAATATATTTATTTTTTA
* * * * ** * * * * * * *
525666 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGA-TTATTATTATTTTATTCCAAACAAACATATAT
64 AAT-ACTTATTAATTTTTAAAATATCATTA-ATTTAGCAATATTTTACTCC-AATAAGCTTGTTT
* * * ** * *
525730 GAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAATA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
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* * *
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* * * * * * ** * * *
525856 TTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCATTTTATTTTATTTCTAGTAACCTAGTATGAATTGAAAA
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* * * ** * * *
525921 AATTATTTTAT--TCCAAAC-AATAGGT-ATTAACGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCC
312 AATTGTTTTATAAT-AAAACAAATA--TCA-TAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGAC
* * * * * *
525982 ATAATTATTTAAAC-TGACTTAG-TAAACATATTCACTTTTTAAA---TC-ACTTATTAATTTTT
373 ATAACTATTTGAACTTG--TTCGATAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT
* * * *
526041 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTTTATGAATTGAAACAATTGTTT
435 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* ** * * * * * * *
526105 TATGACAGAACA-AAAGGTCATGATGATTTTAAAT-AGACAATTATTCAAATAGCCATAAGTATT
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* ** * ** * ** *
526168 AGAGTTTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTCTTAAAGTC--TTGCTTATTAATTTTGGAA-ATATT
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*** ** * * * *
526230 AAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATGAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAA
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* * * * * * * * * * *
526295 GCAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAGTAGTAAAAACTATTTTAGGTTGTTT
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* ** * * * * * **
526360 GGTGGACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGAT
747 AGTAAATAGATTTA-TTTTT-AAA-ATTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTTATAT
* * ** * * * * * * *
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* *
526488 AAATGATTT-G
871 AAA-CATTTCA
* * * ** * *
526498 AAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTT-TAAATAG-TCTAACTATTTGAACTGG-TTCACAAATATATTTATTTTTT
* ** * * * * *
526562 AAAT-CTTTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAGA-TTAGTATTATTTTTAACT-AAATAAGCTTC
63 AAATAC--TTATTAATTTTTAAAATATCATTA-ATTTAGCAATA-TTTT-ACTCCAATAAGCTTG
** * * * ** ** * *
526624 AATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAATA-ATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGT
123 TTTGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTAT
** * * * * * * * * * *
526688 TCAAATAGTCATAGTTGTTTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAATTTGTTGCTTAT
187 TCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTT-AA-AT-CT-CTCAT
* * **
526753 TAATTTTCGAAAT-GTTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCA-AT
248 TAATTTTTGAAATAG-TAATAAATTAA-TATTATTTTATTTCGAATAATTTTGTATGAAT-AGA-
* * * ** * * * *
526814 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGTAATAGATAATCGTTTAAATGG-C
309 AACAATTGTTTTATAATAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGAC
* * * ** *
526878 -TAAATTATTTTAA-TTGATTC-AGTAAACAGATTCA-TTTTTAAAT-TTCTTGCTTAATAA-TT
373 AT-AACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTT
* *
526937 TTAGAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTATT
433 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
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Consensus pattern (880 bp):
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TACTTATTAATTTTTAAAATATCATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAATAAGCTTGTTTGAACA
TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAAT
AGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAT
AAAACAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGT
TCGATAAATAGATTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTAATGACAAAATAAAGACCATAC
GATTTGAAATAAGTAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGGAATATTTTAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAA
CTTTATGAACAGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTACTTATT
AATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCGAAATAAGCTTACACAAATAAAAACAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAGACCAAAACATTTCA
Found at i:524782 original size:179 final size:179
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522052 TAAAACAATC
* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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127 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-ATAAACAGATTTATTTT
* *
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64 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAA-T-TTA-TATTATTTTATT-TGAAATA
** * ** * * * *
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125 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAACAGATTTATTTTT
***
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* * * * * * *
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125 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATT
* * * * **
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAGATTTATTTTT
* * *
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* * *
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* * * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-TAAACAGATTTATTTT
* * *
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* ** * * **
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128 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TT
* * *** * * * * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAACAGATTTATTTTT
* * ** * *** * *
523028 T-AATTTTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTGGCATTATTTTATCTCAAATAAGC
65 TAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGC
* * ** * *
523092 TTATTTGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTCATAATGATT
128 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** * *
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1 TGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAACAGATTTA-TTT
* *** * *
523208 TTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCG-AATAA
63 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAA
* * * * * *
523272 TCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATT
126 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* *
523326 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTCGATAAACAG----A-TTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTC-ATAAACAGATTTATTTT
* * * * **
523385 TTAAATATTTTATTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTGTTCCAAATAAG
64 TTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAG
* * * *
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127 CTTGTATGA-ACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATT
* * * * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAGATTTATTTTT
* * * ** * ** * * *
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65 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCT
* * * * *
523631 TATATGAACTGAAGCAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
129 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
** * * *
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1 TGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAACAGATTTATTTT
* * * * * *
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* * * * * * ** *
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126 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
** ** * * * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAGATTTATTTT
* * * * * **
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64 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATAT-TAATAAATTT-ATATTATTTTA-TTTGAAATAA
* * * * * *
523982 GCTTGTATGAACATAAACAAATGTTTTAGGACAAAA-AATAGATCGTAATGATT
126 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * ** * * *
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1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * * **
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65 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGC
* * * * ** *
524160 TTGTCTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACATAATATCATAATAATT
128 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
524212 TAAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAGATTTATTTTT
** * ** * * *
524277 TAAATCTTCAACTTGTTAATTTTTAGAATAACAATAAATTAATGTTATTTTATTTTG-AATAAAC
65 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGC
* * * * ** * *
524341 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTAAGGACAAAACTAAAGACCATAACGACT
128 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* ** *
524393 TGAAATA-AGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCAT-TTGGTAAACAAATTTATTT
1 TGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCATAAACAGATTTATTT
* * * *
524456 TTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTGGAATATTAACAGA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA
63 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAA
* * * * ** **
524519 GCTTGTTTGAGCAG-AACAAATTAG-TTTATGAAAAAAGAAATTGTCATAACAATT
126 GCTTGTATGAACAGAAAC-AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* *
524573 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATATAATAGATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATA-AACAGATTTATTTTT
*
524638 TAAAT-TTGTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT
65 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT
* * *
524702 GCATGAACATAATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TT
130 GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * ** * *
524751 TAGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTGTTTGAACTTGTTGGGTAAGCAGATTCATTTT
1 T-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CATAAACAGATT--TATT
* * ** *
524816 TTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAAT
62 TTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAT
* * * *
524879 AAGC-T-TAT--A-TG-AAC----------TGA-AACA-AAAAGGTTACAATGATT
124 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * ** * *
524917 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTTGTAAATATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAACAGATTTA-TTTT
*** * * * *
524982 TTAAATCTTTTACTTATTAATTATAAAAAAATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAG
64 TTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAG
* * * * * * **
525046 CTTATATGAACAAAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATT
127 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATT
* ** *
525100 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTAAT-ATTAAACAAATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCA-TAAACAGATTTATTTT
**
525163 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTTG-ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAG
64 TTAAATCTTTTACTTATTAA-T-TTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAG
* * ** * *
525227 CTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATT
127 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * *
525280 TCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCCTAATTATTTAAACTTGTTCAGTGAACAAATTCATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAACAGATTTATTTTT
* *** *
525345 TAAATCTCTTAGACATTAATTTTTGGAATATTAAT-AGTTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAG
65 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAG
*
525408 CTTATATGAAC
127 CTTGTATGAAC
525419 TTAAATAAAT
Statistics
Matches: 2511, Mismatches: 508, Indels: 316
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
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186 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAACAGATTTATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
Found at i:525048 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 524731--525056 Score: 399
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524721 TTTTATGACA
* * * * *
524731 AAACAAAAGGTCATAATGTTTAGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTGTTTGAACTTGT
1 AAACAAAAGGTCACAATGTTTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGT
* * * * * *
524796 TGGGTAAGCAGATTCATTTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
66 TGGGTAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCTTTAATTATAAAAAAATTAATAAATTAA
*
524861 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG
131 TATTATTTTATCTCAAATAAGCTTATATGAACTG
* *
524895 AAACAAAAAGGTTACAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTT
1 AAAC-AAAAGGTCACAATG-TTTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
** * * * * *
524959 GTTTTGTAAATATATTTA-TTTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTATAAAAAAATTAGTAAAT
64 GTTGGGTAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCT-TTAATTATAAAAAAATTAATAAAT
525022 TAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTATATGAAC
128 TAATATTATTTT-ATCTCAAATAAGCTTATATGAAC
525057 AAAAATAACT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 21, Indels: 8
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.01
164 70 0.51
165 63 0.46
166 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (164 bp):
AAACAAAAGGTCACAATGTTTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGT
TGGGTAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCTTTAATTATAAAAAAATTAATAAATTAA
TATTATTTTATCTCAAATAAGCTTATATGAACTG
Found at i:525864 original size:496 final size:500
Alignment explanation
Indices: 524919--525872 Score: 1150
Period size: 496 Copynumber: 1.9 Consensus size: 500
524909 CAATGATTTG
* * **
524919 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTTGTAAATATATTTATTTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTTTGTAAATATATTTATTTTTGA
* *
524984 AAATCTTTTACTTATTAATTATAAAAAAATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTT
66 AAATCTTTTACTTATTAATTATAAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
* * *
525049 ATATGAACAAAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
131 ACATGAACAAAAATAACTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* *
525114 GTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTAATATTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
196 CTTCAAATAATCATAATGATTTGAACTTAATATTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTA
* * * * *
525179 TTAATTGTTTTGATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
259 TTAATTGTTTTGATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAACAAACATATATGAACAGAAAA
* *** * *
525244 AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCCTA
324 AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
525309 ATTATTTAAACTTGTTCAGTGAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGACATTAATTTTTGGAAT
389 ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTCATTTTCTAAATCTCTTACACATTAATTTTTGAAAT
525374 ATTAATAGTTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTT
454 ATTAATAGTTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTT
* * * *
525421 AAATAAATAATTATTCAAGTAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGTTG-AAA-ATATTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTT--TTGTAAATATATTTATTTTT
* * * *
525484 GAAAAT-TTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGC
64 GAAAATCTTTTACTTATTAATTATAAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC
* * * * *
525548 TTACATGAATAGAAACT-ATTTTTTTATAACAAAACAAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAATA
129 TTACATGAACA-AAAATAACTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATA
* *
525611 ATTACTT-AAATAATCATAATTATTTGAAC-TGAT-TTGAGAA-ACAATTTATTTTTTAAATC-T
193 ATT-CTTCAAATAATCATAATGATTTGAACTTAATATT-A-AACA-AATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
525671 -CTTATTAA-T-TTTTGAAATATTAGTAGA-TTATTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATGA
254 ACTTATTAATTGTTTTG--ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAACAAACATATATGA
* ** * * *
525732 ACA-AAAACATTTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
316 ACAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
* * * **
525796 ATAGTCATAATTTTTTGAACTAGTT-AGGTAAATAGAATT-ATTTTCTAAATCTCTTACTTATTA
380 ATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCA-GTAAACA-AATTCATTTTCTAAATCTCTTACACATTA
525859 ATTTTTGAAATATT
443 ATTTTTGAAATATT
525873 GATAAATTCA
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 56, Indels: 32
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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495 9 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (500 bp):
AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTTTGTAAATATATTTATTTTTGA
AAATCTTTTACTTATTAATTATAAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
ACATGAACAAAAATAACTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
CTTCAAATAATCATAATGATTTGAACTTAATATTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATT
AATTGTTTTGATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAACAAACATATATGAACAGAAAAAA
TCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
TATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTCATTTTCTAAATCTCTTACACATTAATTTTTGAAATAT
TAATAGTTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTT
Found at i:526239 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 525493--527187 Score: 867
Period size: 176 Copynumber: 9.5 Consensus size: 176
525483 TGAAAATTTT
* ** * * * * *
525493 TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTACATGAAT
1 TACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT
* * * * * * *
525558 AGAAACTATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTACTT-AAAT
66 TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
** *
525622 AATCATAATTATTTGAACTGATTTGAG-AAAC-AATTTATTTTTTAAATC
129 AGCCATAATTATTAG-ACTGATTTG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
525670 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTATTATTATTTTATTCCAAACAAACATATATGAAC
1 TACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT
** * * *
525734 AAAAACATTTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
66 TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
525799 GTCATAATTTTTTGAACT-AGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTC
130 GCCATAATTATTAG-ACTGA-TTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA--TC
* * * * * *
525849 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCTAGT-AACCTAGTATG
1 -TACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATG
* * ** * * * * *
525912 AATTGAAAAAATTATTTTATTCCAAACAATAGGT-ATTAACGATTTGAAATTGATAATTGTTGAA
63 AATTGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * *
525976 ATGGCCATAATTATTTAAACTGACTTAGTAAACATATTCACTTTTTAAATC
127 ATAGCCATAATTA-TTAGACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
*
526027 -ACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAA
1 TACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA
* ** * *
526090 TTGAAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATGATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAT
65 TTGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * **
526155 AGCCATAAGTATTAGAGTTTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTCTTAAAGTC
129 AGCCATAATTATTAGACTGATTT-GGTAAACAAATTTATTTT-TTAAA-TC
* * *** * * *
526206 TTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATGAGCTTTTATGAA
1 -TACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA
* * * * *
526271 CTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAGT
65 TTGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * ** ** *
526336 AGTAAAAACTATTTTAGGTTG-TTTGGTGGACAGATTTATTTTTTCAAATC
129 AGCCATAA-T-TATTAGACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC
* * * * * * * *
526386 TTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTA
1 ---TACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTATA
* * * * * * * **
526449 AG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAGACAAGAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATT
61 TGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* *** * * * * * *
526513 CTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC
124 CAAATAGCCATAATTATTAG-ACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** *
526567 T-TTTGTTAATTTTTGG-AATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTTCA-ATG
1 TACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTT-ATATG
* * ** * * *
526628 -ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ATAATA-ATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTC
63 AAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * *
526690 AAATAGTCATAGTTGTTTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAATTTGT
125 AAATAGCCATAATT-ATTAGACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AA-AT-C
* * * * * *
526746 TGCTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AT
1 TACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT
** * * ** *
526810 CAATAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGTAATAGATAATCGTTTAAAT
66 TGA-AACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * *
526875 GGCTA-AATTATTTTA-ATTGATTCAGTAAACAGATTCA-TTTTTAAATTTC
129 AGCCATAATTA--TTAGACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC
* * * * * *** * * *
526924 TTGCTTAATAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTATTAT-GTCTAAGCTTGTATTA
1 -TACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGA
** * ** * * * *
526988 GCTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGATTGTAACAATTTTATATAGACAATTGTTCAAA
64 ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
*** * * **
527053 TAATAATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTAATTTTCAAAATC
128 TAGCCATAATTATTAG-AC-TGATTTGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATC
* ** * * * * *
527104 TCATTCTTTTTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCCTGTAT
1 T-A--CTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATAT
* *
527168 GAAGTAAAACAATT-TTTTAT
62 GAATTGAAACAATTGTTTTAT
527188 AAGCAAAAGG
Statistics
Matches: 1162, Mismatches: 282, Indels: 144
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
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179 118 0.10
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182 180 0.15
183 16 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT
TGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
CCATAATTATTAGACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
Found at i:527471 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 527420--527470 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
527410 CTTGTTTGGA
*
527420 AAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTT
1 AAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTT
527446 AAACAAATTT-GTTTTTAAAATTTTT
1 AAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTT
527471 TTGCTTATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.58
26 10 0.42
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (26 bp):
AAACAAATTTAGTTTTTAAAATTTTT
Found at i:527650 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 527277--527652 Score: 524
Period size: 206 Copynumber: 1.8 Consensus size: 206
527267 ACTTCCAAAA
* *
527277 TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTG
1 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTA
* * * * * * *
527342 TTTTATAACAAAATAAATATCATAATGATTTGAGATAGATATTTGTTCAAATAGTATAGCTATTT
66 TTTTATAACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCATAGCTATTT
* **
527407 GAACTTGTTTGGAAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTT
131 GAACTTATTTAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTT
527472 TGCTTATTAAT
196 TGCTTATTAAT
* ** * *
527483 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACTCTTGTATGAACATAAACAATTA
1 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTA
*
527548 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAGCTA
66 TTTTATAACAAAACAAAAA-TCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-CATAGCTA
* *
527612 TTTGAAC-TATTTAAAAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTTA
128 TTTGAACTTATTTAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTA
527653 TTTATTAAGT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 20, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
206 83 0.56
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (206 bp):
TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTA
TTTTATAACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCATAGCTATTT
GAACTTATTTAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTAAACAAATTTGTTTTTAAAATTTTTT
TGCTTATTAAT
Found at i:528050 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 525474--529264 Score: 1315
Period size: 181 Copynumber: 21.2 Consensus size: 180
525464 CGTTGAAAAT
* *** *
525474 ATTTATTTTTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * **
525538 CCGAATAAGCTTACATGAATAGAAACTATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGA
64 TCGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
** * * ** * *
525603 AATAAATAATTACTTAAATAATCATA-ATTATTTGAAC-TGATTTGAGAAACA-
129 AATAAATAATTGTTTAAAT-AGCATAGACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAG
* * * *
525654 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTATTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * * * * *
525715 CAAACAAACATATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAA
65 CGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
525780 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATTTTTTGAACTAGTT-AGGTAAATAG
130 ATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAG
* * * * *
525831 AATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
525895 TCTAGTAACCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTAT-TCCAAACAATAGGT-ATTAACGATTTG
64 TCGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TAACGATTTG
** * * * * * * *
525958 AAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATA-ATTATTTAAAC-TGACTT-AGTAAACAT
128 AAATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTG--TTCAATAAATAG
* *
526011 ATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
526072 CAAATAAACTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATGATGATTTTAA
65 CGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * ** * ** * *
526137 ATAGACAATTATTCAAATAGCCATA-AGTATTAGAGTTTTTTCGGTAAACAA
130 ATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * *
526188 ATTTATTTTCTTAAAGTC--TTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTT-TTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
526251 TTTGGATGAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAGCAAAAGGTCATAACAATTT
63 TTCGAATAATCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
* * * * * * * * ** *** ** *
526315 TAAATAAATAATTATTCAAGTAGTAAAAACTATTTTAGGTTGTTTGGTGGACAG
127 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGCATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * *
526369 ATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTACT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * *
526434 TT-GAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAGAC-AAGAGATCAAAATGATT
63 TTCGAATAATCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATT
* * ** **** * *
526496 TGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTA-ACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAC
126 TGAAATAAATAATTGTT-TAAATAG-CATAGACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATAG
* * * **
526551 ATTTATTTTTTAAATC--TT--TTGTTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * ** *
526611 CTAAATAAGCTTCAATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAATAA-TTTTAACAATTTG
65 C-GAATAATCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* ** * * * * * ***
526674 AGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAG-TTGTTTAAACTGGTTTGGTAAATAG
128 AAATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * *
526727 ATTTATTTTTTCAAT-TTGTTGCTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
526791 TCAAATAAGCTTGTATG-ATCA-ATAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTT
64 TCGAATAATCTTGTATGAAT-AGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
* * * * * * * * *
526854 GTAATAGATAATCGTTTAAATGGC-TAAATTATTTTAA-TTGATTCAGTAAACAG
127 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGCATAGACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAG
* * * * * *
526907 ATTCA-TTTTTAAAT-TTCTTGCTTAATAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * ** *
526970 AT-GTCTAAGCTTGTATTAGCT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATC-AAAAGATTGTAACAATT
64 -TCGAATAATCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATT
* * * * * ** *** * *
527032 TTATATAGACAATTGTTCAAATAATAATA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
126 TGAAATAAATAATTGTTTAAAT-AGCATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
** * * * * *
527087 ATTTAATTTTCAAAATCTCATT-CTTTTTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-
1 ATTT-ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
527150 TTCTAAATAAGCCTGTATGAAGTA-AAACAATT-TTTTAT----AAGCAAAAGGTCAAAATGATT
63 TTC-GAATAATCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATT
*** * * * * * * **
527209 TGAAATTTGTAATTAGTTTTAACTAGGTCGATAAACACATTT--ATTTTTTAAATATCTTA-
126 TGAAATAAATAATT-G-TTTAAATA-G-C-ATAGAC-TATTTGAACTTGTTCAATA-AATAG
* * ** * * * * * * * *
527268 CTTCCAAAATTTTAGAATATTATTAAATTAGT-ATTATTTTAAT-TCAAATAAGCTT-GTATGAA
1 ATT--TATTTTTTA-AATCTT-TT-ACTTATTAATT-TTTGAATAT-TAATAA-ATTAGTATTAT
*** ** ** * * ** * * * *
527330 AAGA-AAC-AATTGTTTTATAACAAAATA-AATATCATAATGATTTGA-GATAGATATTTGTTCA
58 TTTATTTCGAATAATCTTGT-A-TGAATAGAA-A-C--AATTATTTTATGACA-A-A-----ACA
* * * * ** ** * * ** * * * *
527391 AATAGT-ATAGCTATTTGAACT---TGTTTG-GAAAACA-AATTTATTTTTTAAAATT-TT---T
110 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGCATAGACTATTTGAACTTGTTCAAT
* *
527446 AAACAA
175 AAATAG
* * * *
527452 ATTTGTTTTTAAAATTTTTTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
527517 TCAAATACTCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGA
64 TCGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
* * *
527582 AATAAATAATTATTCAAATAGCCATAG-CTATTTGAACTAT-TT-AAAAAATAG
129 AATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAG
* *
527633 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * *
527695 TCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCGATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
64 TCG-AATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * * ***
527760 GAATAGATATTTGTTTAAATAG-TTAGAACTATTTG---TAGTTTGGTAAATAG
128 AAATAAATAATTGTTTAAATAGCATAG-ACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * *
527810 ATTTA-GTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** ** * * *
527870 TGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTACAACAAAATGAAATGTCATAACAAATTGAA
65 CGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
527935 ATAAATAATTGTTTGAAT-GGACTAGATTATTTTAACTTGTTCAATAAACAG
130 ATAAATAATTGTTTAAATAGCA-TAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
** *
527986 ATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
528051 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGA
65 CGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGA
* ***
528115 AATAAATAATTGTTTATATAGTCATA-ACTATTTGAACTCACTCAATAAAT-G
129 AATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * ** *
528166 TATTTATCTTTCAAATCTTTTGGTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 -ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ** * *
528231 TTGAAT-ATGCTTTTATGCACAAAAACATTTGGTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
64 TCGAATAAT-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * ** * *
528295 AAATATATAATTATTTGAATAATCATA-ACTATTTGAACACGTTCAGA-AAACAT
128 AAATAAATAATTGTTTAAAT-AGCATAGACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAG
* * * *
528348 ATTTA-TTTTCAAAT-TTTGACTTATTAATTTTTGGACTATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
528409 TCAAAATAAACTTGAATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-A--A--T
64 TC-GAATAATCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
* *
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127 GAAATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * *
528511 ATTCT-TTTTTT-AATTTTGTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAC
1 ATT-TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * *
528574 TT-GAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGCTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTT
63 TTCG-AATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
** * * * *** * *
528638 GAAATTGATAATTATTCAAATAGTCAT-GACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAT
127 GAAATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * *
528692 ATTTATTTTTTTACATCTTTTACTTAGTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * ** * ** *
528757 TT-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGTTAAAACAAAGAGTCATAATAAGTTG
63 TTCGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
**** * * ** *
528821 AAATAAATAATTACGCAAATAGTCATA-ACAATTTAAACTTGTTTGATAAACAG
128 AAATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * *
528874 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTT-AATATTGATAAGTTTGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT--TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * ** *
528938 TTCAAATAAGCTTTTGTGAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAGC-AAAGGTTATAGTGATTTT
63 TTCGAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * *
529002 AAATAAATAATTGTTAAAACAGTCATA-AGTATTTAAACTTGTTAAATAAATAG
128 AAATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * **
529055 A-TT-TTTTTAAAATCTCGTTA-TTCTTAATTTTTGGCTTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
529117 TTGAATAAGCTTATATGAGCT-TAAACGATTCA-TTTATGATAAAACAAAATA-TCATAACTG-T
64 TCGAATAATCTTGTATGA-ATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAC-GAT
* * * * * * * ** * *
529178 TTGAAATTAATAATTATTCAAATAGTCAT-GATTACTTGATCTAGTTCGGTAAACAT
125 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG-CATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
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TAAATAATTGTTTAAATAGCATAGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
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*
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*
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TCATAACTATTTGAAATAA
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528464 TAATGTTTTG
* ** * * * *
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* * **
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** * * * * **
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* * * *
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* * *
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** **
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* * *
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* * ** * * * * *
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66 AATTG--TTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTATATGAACAGAAAC
* * * * * * * * * *
528965 AACTATTTTATGACAAAGCAAAGGTTATAGTGATTTTAAATAAATAATTGTTA
128 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATAAGTTGAAATAAATAATTATTC
* * * ** * * * *
529018 AAACAGTCATAAGTATTTAAACTTGTTAAATAAATAGA--T-TTTTTTAAAATCTCGTTA-TTCT
1 AAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTTACTTAT
* ** * * ** *
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65 TAATTGTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACA
* * *
529144 ATTCA-TTTATGATAAAACAAAA-T-ATCATAACTGTTTGAAATTAATAATTATTC
129 ATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATAA--G-TTGAAATAAATAATTATTC
* * * * * * * * * *
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529261 AATT
66 AATT
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AAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTGTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATAAGTTGAAATAAATAATTATTC
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529267 CAAAATATTA
* * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
529517 TGAACTAGTTTAAG-AAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA
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** * **
529577 TAAATTAGTATTATTTCGTTTTGAATAATTTTATATGAATAGAAACAATTG
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** * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* **
529692 TTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AAATATTA
64 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
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129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-G
* * *
529809 TTTTATGACAAAACAGAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACA-AAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
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65 TTGAACTT-GTTTAG-TAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * **
529937 TATTAAATTAGAATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGAACAGAAATGATTG
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* * * * * *
529991 GTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATAATATGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** * * *
530056 TTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAGGAATTTTAGGAATATTAG
65 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * * **
530120 TAAATTTA-TATTATTTTACACATTTACTTATGAA--TTTTAGGAATATTAGTAAATTTATATG
130 TAAA-TTAGTATTATTTT----ATTT-CGAAT-AAGCTTATATG-A-A-TAG-AAA-CAAT-TG
*** * * ** * ** * * *
530181 ATTTTAT-TTGAAA-TAAGCT-AGCATG-TAT-AGAACCGATTATTTTATGACAAA-A--CAAAA
1 -TTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
530238 GGTTATAT-AA--TGTTTTG-AAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATATGT
61 --CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTC-TTACTTA-TT-AAT-T-T
* * *** * * * * ** *
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118 TT-G--AA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTT---ATATGAATAGAA-
** *
530357 TAGTATTA
174 -ACAATTG
** * * * * * * * * *
530365 TTTTATTTC-AAA-TAAGCTTAT-ATAAATTGAAACA-ATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCA
1 TTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA-TA-ATTGTT-C---A-AATA-GTCA
* * * *
530426 -AAATGATTTGAATAAATAATGAGTTAAATAGTCATGAC-TATTTGAACTTGTTCTATAAA-CAT
58 TAACT-ATTTG---AACT--T--GTT---TAGT-A-AACAGATTT--A-TT-TT-T-TAAATC-T
* * * * * * * *
530488 ATTTATTTTTTAAATATTTTACAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
103 -CTTACTTATT-AAT-TTTT--GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * *
530553 TATGAACAAAAATAATTG
163 TATGAATAGAAACAATTG
* * ** * *
530571 TTTTATTG-CTAAACAAATAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA-TG
1 TTTTA-TGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-
* * *
530634 ATTTGAACTTG-TTACGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AAT
63 ATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAAT
* * * * **
530696 ATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCA
125 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
530752 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATACCT-ATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
530816 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCAGTTTTTAAATAT-TTGCCTTATTAATTTTTGGAATATT
64 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
530880 AATAAATTAGAATT-TGTT-GTTCTGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * ** * * *
530932 TTTTATGACAAAGCAAAGGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACTA-TTATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTA
* * * ** * * *
530996 TTTGCACTAG-TCAGGCCAACAAATTCA-TTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTT-AGAATAT
64 TTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* *
531058 TAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTGTAT-T-AATAGAAACAATTG
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CT-TATATGAATAGAAACAATTG
*** * * * * * *
531112 TTTTATGACAAAACAAATGGGAATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAA
1 TTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * **
531177 TTGAAGTAGTTTAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAA
65 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * * * *
531238 TATATTAATAATATTTTA-TTCTAAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTG
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
531289 TTCTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
531354 TTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTAAGTTATTAA-TTCTCATAATATTA
65 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * * * *
531418 TTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATATAAATAATTA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
531470 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
531535 TTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTCAAATCT-TCTACTCATTAATTTTTGAAATATTA
65 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
531599 A-AAATTAGTATTATTTTA-TGCTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTG
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * *
531650 TTTTATGA-AAAATCAAAAATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTA
1 TTTTATGACAAAA-CAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ** * *
531714 TTTGAA-TTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTTTTAAATTTTGAAATATT
64 TTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * *
531778 AATAAAGTAATATTATTTTATTTTGTATAAACTTTTATGAACTAAAAAAAATTG
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * *
531832 TTTTATTACAAAACAAAAAGTGCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTTGACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAGA-T-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
531897 TTTGAATTTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTAGTAATTTTTTG-AATGT
64 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * * * * *
531960 TAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATTAGCATGTATGAACT-GAGACAATTA
127 TAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTG
* ** * ** * * *
532014 TTTTATTACTAAATA-AAAGGCCAGAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTA
1 TTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
532078 TTTGAACTGGTTTAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAG-AATATT-
64 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
** * * * * * * * *
532141 ATCAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
129 AT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * *
532194 TTTTATGAAAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *** *
532259 TGAGCTAGTCTGGTAAATTTATTTAGTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
66 TGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * *
532319 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTG
131 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* ** * *
532369 TTTTATGACAAAACAAA-ATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
532433 TTTAAATTTGTTCAGTAAGTAGAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGACATAT
64 TTTGAACTTGTTTAGTAA--ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** * * *
532498 TAATAAAATTA-TATTATTTTATTT-GTAATAAGCTTGCATCAACAGAACCAATTG
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*
532552 TTTTAAGACA
1 TTTTATGACA
532562 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2378, Mismatches: 532, Indels: 392
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
171 28 0.01
172 2 0.00
173 3 0.00
174 14 0.01
175 135 0.06
176 116 0.05
177 190 0.08
178 19 0.01
179 139 0.06
180 463 0.19
181 497 0.21
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195 1 0.00
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211 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
Found at i:530007 original size:363 final size:352
Alignment explanation
Indices: 529307--530125 Score: 833
Period size: 363 Copynumber: 2.3 Consensus size: 352
529297 CAAAACTATT
** * * * * *
529307 TGAAATAGATAATTGCTCTAATAGTA-TTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAG-ACATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACACATTTATTTT
* ** * * *
529371 TTAAACCTCTTACTTAGTAATATTTAGAATATTAATAATTTAGTAATATTTTGAATAAGCTTATA
65 TTAAATCTCCAACTTAGTAATATTTAGAATATTAATAAATTAGTAATATTTCGAATAAACTTATA
* *
529436 TGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCA
130 TGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * *
529501 AATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTTAAGAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
195 AATAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAGAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
* * *** * * *
529566 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCGTTTTGAATAATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
260 TGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAACTTTATATGAACAGAAACAATTGGTT
* * *
529631 TACAACAAAACAAAATGTCATAATGATT
325 TACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
* * * * * *
529659 TGAAATAGATCA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACACATTTATTTT
* *
529723 TTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
65 TTAAATCTCCAACTTAGTAATATTTAGAATATTAATAAATTAGTA--A---TATTTCGAATAAAC
* * * * *
529787 TTGTATGAATTGAAACAATTGGTTTTATGACAAAACAGAATATCATAATGATTTGAAATAAATAA
125 TTATATGAATAGAAACAATT-GTTTTAAGACAAAACA-AAGACCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * * *
529852 TTGTTCAAATA-CTCATAACTATCTGAATTCGTTCGATAAATAGATTTATTTTTATAAATATTTT
188 TTGTTCAAATAGC-CATAACTATCTGAACTAGTTCAAGAAACAGATTTAGTTTT-T-AA-A-TCT
* * * *
529916 GCTTATTAATTTTTGTAATTTTATTAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTT-TATGAAC
248 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAA-CTTTATATGAAC
** ** *
529980 AGAAATGATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATAATA
311 AGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
* * * *
530022 TGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACACATTTATTTTT
*** * *
530087 TAAAT-TTTTACTTAGGAAT-TTTAGGAATATTAGTAAATT
66 TAAATCTCCAACTTAGTAATATTTA-GAATATTAATAAATT
530126 TATATTATTT
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 72, Indels: 27
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
351 19 0.05
352 69 0.18
353 1 0.00
356 30 0.08
357 16 0.04
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359 1 0.00
360 2 0.01
361 5 0.01
362 11 0.03
363 152 0.40
364 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACACATTTATTTTT
TAAATCTCCAACTTAGTAATATTTAGAATATTAATAAATTAGTAATATTTCGAATAAACTTATAT
GAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
ATAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAGAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAACTTTATATGAACAGAAACAATTGGTTT
ACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
Found at i:530134 original size:363 final size:355
Alignment explanation
Indices: 529307--532504 Score: 952
Period size: 361 Copynumber: 8.8 Consensus size: 355
529297 CAAAACTATT
** * * *
529307 TGAAATAGATAATTGCTCTAATAGT-ATTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACACATTTATTTT
* * *
529371 TTAAACCTCTTACTTAGTAATATTTAGAATATTAAT-AATTTAGTA--A---TATTTTGAATAAG
64 TTAAA-TTCTTACTTAGTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* *
529430 CTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAAT
127 CTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * *
529495 TGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTTAAGAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATT
192 TGTTCAAATAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAGAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATT
* * *** * *
529560 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCGTTTTGAATAATTTTATATGAATAGAAACAA
257 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAACTTTATATGAACAGAAACAA
* * * *
529625 TTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGATT
322 TTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
* * * * * * *
529659 TGAAATAGATCA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAACACATTTATTTT
** *
529723 TTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
64 TTAAAT-TCTTACTTAGTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* * * * *
529786 CTTGTATGAATTGAAACAATTGGTTTTATGACAAAACAGAATATCATAATGATTTGAAATAAATA
127 CTTATATGAATAGAAACAATT-GTTTTAAGACAAAACA-AAGACCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * * * * *
529851 ATTGTTCAAATA-CTCATAACTATCTGAATTCGTTCGATAAATAGATTTATTTTTATAAATATTT
190 ATTGTTCAAATAGC-CATAACTATCTGAACTAGTTCAAGAAACAGATTTAGTTTT-T-AA-A-TC
* * * *
529915 TGCTTATTAATTTTTGTAATTTTATTAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTT-TATGAA
250 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAA-CTTTATATGAA
** ** *
529979 CAGAAATGATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATAATA
313 CAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
* *
530022 TGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAACACATTTATTTTT
* * * **
530087 TAAATTTTTACTTAGGAATTTTAGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTACACATTTACTTAT
65 TAAATTCTTACTTAGTAATTTTA-GAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT----ATTT-CGAAT
* * * ** * *
530151 GAA-TTTTAGGAATATTAGTAAATTTATATGATTTTATTTGAAATAAGCTAGCATGTATAGAACC
124 AAACTTATATG-A-A-TAG-AAA-CAAT-TG-TTTTA--AGACA-AA---A-CA---A-AG-ACC
* * * *
530215 GATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
170 -ATAATGATT-TG---AAA-TAAA---TA-AT--TG--TTCAAATAG---------C-------C
* ** * * *
530279 ATAACTATTTGAA-TATGTT-TGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
205 ATAACTATCTGAACTA-GTTCAAG-AAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTT
* * * * ** **
530342 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TTATATAAATTGAAACAATTATT
264 GAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCA-TTCAAAATAA-CTTTATATGAACAGAAACAATTGGT
** * * *
530405 TTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATT
327 TTACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
* * * * *
530434 TG-AATAAATAATGAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTA-TAAACATATTTATTT
1 TGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT-TAGAAAACACATTTATTT
* * * * * *
530496 TTTAAA-TATT--TTA--CA----A-AATATTAATAAA-TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGC
63 TTTAAATTCTTACTTAGTAATTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
* * * * * * * * **
530550 TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATTG-CTAAACAAATAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
128 TTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA-AGACAAAACAAAGA-CCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
530614 TTGTTTAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTT-ACGTAAACATATTTA-TTTTTCAAATCTTT
191 TTGTTCAAATAGCCATAACT-ATCTGAACTAGTTCAAG-AAACAGATTTAGTTTTT-AAATC---
* * * * * *
530676 TACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATCGAAATAAGC-TTGTATG
250 T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAA-CTTTATATG
* * *** ** * * *
530738 AATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATACCT-ATT
311 AACAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATA-ATAATA
* * * * * * * *
530783 TCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTCAGTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGA-AAACACATTTATTTT
* * * * * *
530847 TTAAATAT-TTGCCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGAATT-TGTT-GTTCTGAATA
64 TTAAAT-TCTT-ACTTAGTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
* * * * * * ** * ** *
530908 AGCTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAGGGTCAAAACAATTTGAAATAGAT
125 AACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAA-GACCATAATGATTTGAAATAAAT
* ** * * * * * * *
530973 AATTATTCAAACTA-TTATAATTATTTGCACTAG-TCAGGCCAACAAATTCA-TTTTTAAATCCC
189 AATTGTTCAAA-TAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAG-AAACAGATTTAGTTTTTAAAT--C
* * *
531035 TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTTCGAATAA-GACTGTAT
250 -T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTA-TTTCA-TTC-AA-AATAACTTTAT
* * ** * ** *
531097 -T-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGGAATAATGACT-
308 ATGAACAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATA
* * * * * * * * * *
531143 TGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAAGTAGTTTAGTAAAGAGATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACACATTTATTTTT
* * * * * * *
531208 TAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATA-TTAATAATATTTTA-TTCTAAACAAAC
65 TAAATTCTTACTTAGTAATTTT-AGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAAC
* * * * * * * * *
531268 TTAAATGAACAAAAACATTTGTTCTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAAT
128 TTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC-AAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * ** *
531333 TATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGGCAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTCTAA
192 TGTTCAAATAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAG-AAACAGATTTAGTTTTT-AAATCTC---
* * * * * * *
531396 GTTATTAA-TTCTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-T-AA
252 -TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAA-CTT-TATATGAA
* * * ** ** * *
531458 TATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATT
313 CAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
* * * * * *
531501 TGAAATATATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACAAATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAACACATTTATTTT
* * * * *
531565 TCAAA-TCTTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAA-AAA-TTAGTATTATTTTA-TGCTGAATA
64 TTAAATTC-T-TACTTAGTAATTTTAG-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
** * * * * * *
531626 GGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAATCAAAAATTCATAACGATTTGAAATAG
125 AACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAAGACAAAA-CAAAGA-CCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * *
531689 ATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATTT
187 ATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATCTGAACTAG-TTCAAGAAACAGATTTAGTTTTTAAA--T
* * * * * ****
531753 CCAACTTTTTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTTTGTATAAACTTT-TAT
249 -C-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTCATTCAAAAT-AACTTTATAT
* * * ** * * *
531816 GAACTAAAAAAAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTGCATAATGATT
310 GAAC-AGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGT-CATAATAATA
* * * * * * * *
531864 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTTGACTATTTGAATTTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTAGAAAACACATTTATTTTT
* * * * * *
531928 TAAAATTTCTTGCTTAGTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA--TAGTATTATTTTATTTTGGATTA
65 T-AAA-TTCTTACTTAGTAA-TTTTAGAATATTAATA-AATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * ** * * **
531991 GCATGTATGAACT-GAGACAATTATTTTATTACTAAATA-AAAGGCCAGAACAATTTGAAA-AAG
126 ACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAAGAC-AAA-ACAAAGACCATAATGATTTGAAATAA-
* * * * * * * * *
532053 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT-TAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCT
187 ATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAG-AAACAGATTTAGTTTTTAAATCT
* ** * * ** *
532117 CTTAATT-ATTAATTTTAGAATATT-ATCAGTTTAGCAA-TATTTTACTCCGAATAAGC-TTGTA
251 CTT-ATTAATT--TTTGA-AATATTAAT-AAATTAG-AATTATTTCATTCAAAATAA-CTTTATA
* ** * * * *
532178 TGAACAAAAACAATTATTTTATGAA-AAAAC-AAAGATCATAATGATT
309 TGAACAGAAACAATTGGTTTA-CAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
* * * * * *** *
532224 TGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTAGTCTGGTAAATTTATTTAGTTTT
1 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACACATTTATTTTT
* * * **
532289 T-AA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTT
65 TAAATTCTTACTTAGTAATTTTAG-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
* * * * ** **
532349 TGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTTATAACAATTTGAAATAAATAAT
129 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGA--CCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * * *
532413 TCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTC-AGTAAGTAGAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
192 TGTTCAAATAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAG-AA--ACAGATTTAGTTTTTAAATC---T
*
532477 ACTTATTAATTTTTGACATATTAATAAA
251 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
532505 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 2189, Mismatches: 434, Indels: 440
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
348 8 0.00
349 115 0.05
350 56 0.03
351 20 0.01
352 71 0.03
353 6 0.00
354 19 0.01
355 114 0.05
356 63 0.03
357 146 0.07
358 209 0.10
359 14 0.01
360 198 0.09
361 276 0.13
362 138 0.06
363 253 0.12
364 113 0.05
365 21 0.01
366 4 0.00
367 12 0.01
368 6 0.00
369 3 0.00
370 4 0.00
371 3 0.00
372 3 0.00
373 9 0.00
374 3 0.00
375 4 0.00
376 2 0.00
377 6 0.00
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389 8 0.00
390 2 0.00
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392 5 0.00
393 3 0.00
394 1 0.00
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396 7 0.00
397 7 0.00
399 3 0.00
400 20 0.01
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413 34 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGAAAACACATTTATTTTTT
AAATTCTTACTTAGTAATTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTA
TATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
CAAATAGCCATAACTATCTGAACTAGTTCAAGAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATT
TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTCATTCAAAATAACTTTATATGAACAGAAACAATTGG
TTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATAATA
Found at i:530146 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 530093--530186 Score: 170
Period size: 49 Copynumber: 1.9 Consensus size: 49
530083 TTTTTAAATT
*
530093 TTTACTTAGGAATTTTAGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTACACA
1 TTTACTTAGGAATTTTAGGAATATTAGTAAATTTATATGATTTTACACA
*
530142 TTTACTTATGAATTTTAGGAATATTAGTAAATTTATATGATTTTA
1 TTTACTTAGGAATTTTAGGAATATTAGTAAATTTATATGATTTTA
530187 TTTGAAATAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 43 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.11, T:0.49
Consensus pattern (49 bp):
TTTACTTAGGAATTTTAGGAATATTAGTAAATTTATATGATTTTACACA
Found at i:534177 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 533582--534187 Score: 607
Period size: 173 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
533572 AACTATATGA
* * * * *
533582 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTGT-TTCAATTCATA
* * * *
533647 CTAGCTTGTTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
64 CAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTA
*
533711 AAAATAATTATGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
127 AAAATAATTATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * ***
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
* ** * *
533822 AGTTTGCTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAG
66 AGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAA-
* * * * *
533886 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATGT-AAGC
129 AATAATTATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-C
* *** * * *
533934 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCAATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
* * * *
533999 AGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAACAATTTT
66 AGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---A-GA-TTT
* * * * *
534064 TAAAATTAA-TATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAAT
125 TAAAAATAATTATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
** * * *
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534142 TTTTATTTTG
*
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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*
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* *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * ** * *
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* *** * * * *
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** *
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* * * * ** * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * ** * * **
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
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* * ** *
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* **
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* * *** *
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* * *
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** * * ** * * *
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* *** * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** * *
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1 TTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
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* *** ** * * * * *
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127 CAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-TTTTG
* * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * * *
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65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * * * **
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* * * * *
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1 TTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * ** * *
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* * * * * ** *
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* * * * * ***
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
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65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * * * *
536657 AATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTG
129 AATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTG
* * * *
536710 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
536774 TTAATATTTCAAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAGAAATCTGTTTGTTAAACCAA-TTCA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCA
* * * * * ** * *
536834 AATAGTTATGACT-TTTGAACAATCATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTG
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* * * * *
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* * ** * * *
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* *** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAA
TAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTG
Found at i:535506 original size:362 final size:360
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534181 GCTTATTCTA
* * *
534191 TTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
534255 TAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAATTTAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AAGTCAA
** * * * * *
534319 ATAACTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGA-TATGACCTTTTGTTTTGTTATAAA
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * * * *
534383 GGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCA-AATAAAGTAATACAAATTTGTTAATATTAAG
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* * * * * * * **
534447 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAATAAGTTTAAATCG-TATGTT
255 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * * *
534511 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACTTTTTG
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* * * * * *
534552 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATTCAAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
534617 AAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATTGAACAAG-TCAA
* * * * * *
534682 ATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTTGTAATAAA
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
534747 ACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT-TGAAGTAAGATATTACTGATTTATTAATATTCCAA
193 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAA
* * * * * *
534811 AAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAGA-ATATGT-TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAT
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* * **
534874 TATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTG
320 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * *
534914 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-TTAAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * *
534977 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAATTATATTTTTTGAACACGTTCA
64 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG-TCA
* * *
535040 AATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCA-TTTGTTTTATCATAA
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAA
* * ** ** *
535104 ACCAGTTGTTTCTATTTGTA-AAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAA
192 AACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAA
* * * * * * * *
535167 AAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGAT
255 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
535232 TATTTGAATAATTA-CTTATTTTAAATTGTTATTATCTTTTG
320 TATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* ** *
535273 TTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * **
535338 TAGTATTCTAAAAATTAATAAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTCGAA
66 TAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTC-AA
* * * * * * **
535403 ATAGTCATGTCCATTTGAACTATTTTCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAA
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * ***
535468 CAATTGTTGCTATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTGATCTATTATTATT--TTGA
194 CAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAA
*
535531 -TAACTAA-TAAGAGATTT-AAAAATGAAATCTATTTACCGAA-ATAGTTCAAATAATTATGACT
259 TTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * *
535592 ATATGAACAATT-TAAATCTCAAATCT-TTATGATC-TTT-
321 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
535629 ATTTCTCA-AAAACCAATT-TTT-T-TCTCACATAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTT
1 TTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
535690 AATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGA-CGAACTAA-TA
64 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATTGAAC-AAGT-
** ** * * * * * *
535753 CAAATAGTTAACACTATTAAAACAATTATATATTTCGAATCATTTTTAACTTTTTGTTTAGTCAT
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * *
535818 AAAACAATTATTTC-AGTTCATACAACCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
190 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * *
535882 GAAATATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACC-ATACAAGTTGAAATAGATT
253 AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGA-ACAAGTTCAAATAG-TT
* * * *
535946 -TGATTATTTGAATAATTATTTGTTT-AAAGTCATTATGACCTTTTG
315 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTATTATGACCTTTTG
* * * * *
535991 TTTTGTCATAAATCAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * **
536055 TTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGCAACAAATTTAAAAACTATAGT-TGTTTTTTGAACCATTTC
65 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTATTGAA-CAAGTC
* * * * * ** *
536118 AAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATGTCAATATCAAATTGTTATG--ATCTTTGTTTTCTCATG
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCAT-
* * *
536181 AAAA-AATTATTT-TTTGTCATACAAACTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
190 AAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAACTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
536243 CTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
253 -AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
536304 GACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTG
317 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
536348 TTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * * * **
536413 TGACATTGAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG-TCAA
* * * *
536478 ATAGTTAT-AGTTATTTCAACAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCA-TTTATTTTGTCATAA
129 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** *
536540 AACAATTGTTT-TGGTTTATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTGCTTTATTAATATTTC
192 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTA
* * ** ** * *
536603 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTC-AGTTTATAGAATTAGTTCAAATAATCATG
254 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
536667 GCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTG
318 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * *
536710 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
536774 TTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTGTTTGTTAAACCAATTCA
65 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAAGTCA
* * ** * * * *
536834 AATAGTTATGACT-TTTGAACAATCATCTATCTCAAATTGTTATAAC-CTTTGTTCTATCATAAA
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
536897 ACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAA
193 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAA
* * * ** * **
536962 AATTAATAATTATGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA
257 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
537027 TATGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAACATTTTG
322 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * *
537066 TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TCGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
537129 TTAATA-TGTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTG
65 TTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
537176 CTTGCCAAGC
Statistics
Matches: 2058, Mismatches: 453, Indels: 228
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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359 263 0.13
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364 114 0.06
365 5 0.00
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Consensus pattern (360 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATT
AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
Found at i:536452 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 534195--537172 Score: 2154
Period size: 539 Copynumber: 5.5 Consensus size: 534
534185 ATTCTATTTT
* * * * *
534195 GTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAAT
1 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * *
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* * * * * ** * **
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* ** * * * * *
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194 -TTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTTATTAATATTTCAA-A-
* * *** * * ** **
534449 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAATAAGTTTAAAT-CGTATGTTTA
256 AATTAATAAG-AAAA-ATTT-AAAAATAAATATATTTATTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTA
* * ** * * * * *
534513 TTTGAGCAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
317 TTTGAACAAATATCAATTTCAAATTATTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTT
* * * * * * *
534578 -TCATTCAAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTT-ATAAATATTTTGACAATTAATAAGTA
380 GTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAAT-AATA-TTTAAAAATTAATAAG--
* * * *
534641 AAAGATTTAAAAAATAAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAAT
441 --AGATTTAAAAAAT-AAATGTGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAAT
** * * * *
534705 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTT
502 TATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTT-GTTTA
* * * * * *
534739 GTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTT-GAAGTAAGATATTACTGATTTATTAA
1 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
534803 TATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAGA-ATATGT-TTTACCGAATAAGTTCAAATA
65 TATTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATA
* *
534866 GTTATGATTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
129 GTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** * * * *
534930 TTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA
194 TTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAACTTTATTAATATTTCAAAAA
* * * *
534993 TTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAATTATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
258 TTAATAAGAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTATTGAACA-GTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * * *
535058 AAGAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAGTTGTTTCTATTTGT
321 AACAAATATCAATTTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATT-ATT-T-TTTGT
* * * * *
535123 -A-A-AAGCTTTTTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAATTAATAAGTAAAA
382 CATACAAGCTTATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAG----A
* * * * * * *
535184 AATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA-CT
442 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATC-
* * *
535248 TATTTTAAATTGTTATT-ATCTTTTGTTTT
506 TATTTCAAATTGTT-TTAACCTTTTGTTTA
* * ** * * *
535277 GTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGT
1 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
535342 ATTCTAAAAATTAATAAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAG-TCGAAATA
66 ATTCTAAAAATTAAT-AAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC-AAATA
* * * * * * **
535406 GTCATG-TCCATTTGAACT-ATTTTCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAAC
129 GTTATGAT-TATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * **
535469 AATTGTTGCTATTCATGCAAAA-TTA-TTCAGAATAAAATAATACTGA-TCTATTATTATTTTGA
192 AATTGTTTCTATTCAT-AAAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACTAACTTTATTAATATTTCAA
* * * * ** *
535531 TAACTAATAAG--AGATTTAAAAATGAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAATAATTATGACTAT
255 AAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAT-AAATATATTTATTG-AACAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * *
535594 ATGAAC-AATTTAAATCTCAAATCT-TTATGATCTTT-ATTTCTCA-AAAACCAA-T-TTTTTTC
318 TTGAACAAATATCAATTTCAAAT-TATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAA-CAATTATTTTTTG
* * * * * *
535653 TCACATAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAG
381 TCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAA-T--TAA-TAAG
* * * ** *
535718 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGACGAACTAA-TACAAATAGTTAACACTATTAAAACAATTAT
441 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAAC-AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTAT
* * *
535782 ATATTTCGAATCAT-TTTTAACTTTTTGTTTA
505 CTATTTCAAAT--TGTTTTAACCTTTTGTTTA
* * * *
535813 GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAACCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
1 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
535878 ATT-TGAAATATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACC-ATACAAGTTGAAAT
66 ATTCT-AAAAATTAATAAGTATGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGA-ACAAGTTCAAAT
* * * *
535941 AGATT-TGATTATTTGAATAATTATTTGTTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAT
128 AG-TTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
*
536004 CAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAAAATTTCAA
191 CAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
536067 AAATTAATAAGCAACAAATTTAAAAACTATAGT-TGTTTTTTGAACCATTTCAAGTAGTTATGAC
255 AAATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAA-TA-AATATATTTATTGAA-CAGTTCAAATAATTATGAC
* * *
536131 TATTTGAACAAATGTCAATATCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTCTCATGAAAA-AATTATTTTT
315 TATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTATTATGATCTTTGTTTTCTCAT-AAAACAATTATTTTT
*
536195 TGTCATACAAACTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAG
379 TGTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGAG
* * * *
536260 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
443 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTA
* *
536325 TTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTA
508 TTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTA
* * * * * *
536352 GTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGAC
1 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *
536417 ATTGAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAG
66 ATTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
536482 TTAT-AGTTATTTCAACAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAA
130 TTATGA-TTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *** *
536545 TTGTTT-TGGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-GCTTTATTAATATTTCAAAAA
194 TTGTTTCT-ATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * *
536608 TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-ATAAT-TCAGTTTATAGAATTAGTTCAAATAATCATGGCCA
258 TTAATAAG-AA-AAATTTAAAAATA-AATAT-A-TTTATTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * * * * **
536671 TTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
317 TTTGAACAAATATCAATTTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTG
* * * * * *
536736 ACATACAAGCTTTTTC-AAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGA
381 TCATACAAGCTTATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGAGA
* * ** * * *
536800 TTTAAAAAAGAAATCTGTTTGTTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT-TTTGAACAATCATCTA
444 TTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTA
* *
536863 TCTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTA
508 TTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTT-TA
* * * * * *
536890 -TCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAAT
1 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** *
536954 ATTCTAAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGT
66 ATTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
** * * * ** * *
537019 TAAAACTATATGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
131 TATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** * *
537084 -TTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATGT-AGAAAAT
196 GTTTCTATTCATAAAAACTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAACTTTATTAATATTTCA-AAAAT
* *
537145 TAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
259 TAATAAG-AA-AAATTTAAAAA-TAAAT
537173 CTGCTTGCCA
Statistics
Matches: 1949, Mismatches: 385, Indels: 207
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 4 0.00
532 2 0.00
533 3 0.00
534 32 0.02
535 88 0.05
536 331 0.17
537 129 0.07
538 285 0.15
539 389 0.20
540 218 0.11
541 178 0.09
542 70 0.04
543 28 0.01
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545 43 0.02
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
TATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
ATAAGAAAAATTTAAAAATAAATATATTTATTGAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
ATATCAATTTCAAATTATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTGTCATACAAGC
TTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATGTGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTT
TAACCTTTTGTTTA
Found at i:536466 original size:898 final size:889
Alignment explanation
Indices: 534794--537174 Score: 1912
Period size: 898 Copynumber: 2.7 Consensus size: 889
534784 GATATTACTG
* * *
534794 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAGAATATGTTTTACCGAATAAGT
1 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAGAAAATGTTTTACCGAATAAGT
* ** * * * * *
534859 TCAAATAGTTATGATTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGTTTTGTCATA
66 ACAAATAGTTAACACTATCTAAACAATTATATATTTCAAAACATTATAACCTTTGTTTAGTCATA
* * * * * * *
534924 AAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCA
131 AAACAATTAGTTCTATTCATACAACCTTATTTAGAATAAAATAATCTAAATTTATTAACATTCCA
* *** *
534989 AAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAATTATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTA
196 AAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAAATAATTATATTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *
535054 TTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAGTTGTTTCTAT
261 TTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTAT
** * * *
535119 TTGTAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAATTAATAAGTAAAA
326 TCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAATTAATAAGCAAAA
* * * * * *
535184 AATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTACTT
391 AATTTAAAAACTAAAGTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTACTA
* * * * * **
535249 ATTTTAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTTTATT
456 ATATCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATATCTATTCATACAAACTTATT
* *
535314 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAAGTTTGAGATTTAAAAAATA
521 CAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAA---TGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
535379 AATCTATTTATCAAACAAGTCGAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTTTCTATTTCAAATCATA
583 AATCTATTTACCAAACAAGTCGAAATAGTCAAGACCATTAGAACTATTATCTATTTCAAATCATA
* ** * * *
535444 ATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTGCTATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAA
648 ATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTGCAATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAA
* * *** *
535509 TACTGATCTATTATTATTTTGATAACTAATAAGAGATTTAAAAATGAAATCTATTTACCGAA-AT
713 TACTAATCTATTATCATTGAAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAATGAAATCTATTTACCGAACA-
*
535573 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTTAAATCTCAAATCTTTATGATCTTTATTTCTCAA
777 AGCTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTTAAATCTCAAATCTTTATGATCTTTATTTCTCAA
535638 AAACCAATTTTTTTCTCACATAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAA
842 AAACCAATTTTTTTCTCACATAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAA
* *
535686 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATGTGTTTGA-CGAACT
1 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAGA-AAATGT-TTT-ACCGAA-T
* * * *
535749 AA-TACAAATAGTTAACACTAT-TAAAACAATTATATATTTCGAATCATTTTTAACTTTTTGTTT
62 AAGTACAAATAGTTAACACTATCT-AAACAATTATATATTTCAAAACA-TTATAAC-CTTTGTTT
*
535812 AGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAACCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATT
124 AGTCATAAAACAATTAGTTCTA-TTCATACAACCTTATTTAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATT
** * * *
535875 AACATTTGAAATATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATT-TA-TTTACCATACAAGTTGA
187 AACATTCCAAAAATTAATAAGCAA-A-ATTT-AAAAAAT-AATTATATTTTACCA-ACAAGTTCA
* * * * * *
535938 AATAGATT-TGATTATTTGAATAATTATTTGTTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
247 AATAG-TTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCATTTGTTTTATCATA
* * *
536001 AATCAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAAATTTC
310 AACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA-TTA
* * * * * * *
536065 AAAAATTAATAAGCAACAAATTTAAAAACTATAGTTGTTTTTTGAACCATTTCAAGTAGTTATGA
373 AAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAACTAAAGTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
536130 CTATTTGAACAAATGT-C-AATATCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATGAAAA-AATTAT
438 CTATTTGAA-AAAT-TACTAATATCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTCTCAT-AAAACAATTAT
* * *
536191 -TTTTTGTCATACAAACTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
500 ATCTAT-TCATACAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
* * * * * *
536254 T-AA-GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTC-AAATAGTTAAGACTATTAGAA-
563 TAAATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG-TCGAAATAGTCAAGACCATTAGAAC
* ** ** * * * *
536315 TAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATAC
627 T-ATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTGCAATTCATAC
** ** * *
536380 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGA-CATTGAAAAAATTAATAAGCATGAGATT
691 AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATT-ATCATTGAAAAAACTAAT-A--A-GAGATT
* * * * * * **
536444 TGAAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTAT-AGTTATTTCAACAATTATCTA
751 T--AAAAATGAAATCTATTTACCGAACAAGCTCAAATAATTATGA-CTATATGAACAATT-TAAA
* * * * * * * *
536507 T-TTAAAACATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTGGT-TTATAAAAGCTTAT
812 TCTCAAATCTTTATGATC-TTTA-TTTCTCA-AAAACCAATT-TTTT--TCTCACATAAGCTTAT
* ** * **
536569 CCAAAATAAAATAATACTG
871 TCGGATTAAAATAATACAA
* * * * * *
536588 CTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-ATAATTCAGTTTATA--GAAT
1 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAGA-AAAT--GTTT-TACCGAAT
* * * * *** * * * * * * * *
536650 TAGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTG
62 AAGTACAAATAGTTAACACTATCTAAACAATTATATATTTCAAAACATTATAACC-TTTGTTTAG
* *
536715 TCATAAAACAATT-GTT-T-TTCAACATACAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATGCT-AATTTAT
126 TCATAAAACAATTAGTTCTATT---CATACAACCTTATTT-AGAATAAAATAAT-CTAAATTTAT
* * * * * *
536775 TAATATTTCAAGAATTAATAAG--AGATTTAAAAAAGAAATCTGT-TTGTTA--AACCAA-TTCA
186 TAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAAA-TAAT-TATATT-TTACCAA-CAAGTTCA
* * * ** * *
536834 AATAGTTATGACT-TTTGAACAATCATCTATCTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAA
247 AATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAA
* * * * ** * * * *
536897 ACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAA
312 CCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-AAAA
** ** * * * * **
536962 AATTAATAATTATGAGATTTAAAAACTAAA-TCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACT
376 AATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
537026 ATATGAATAATTA-TATATTTCAAATTATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
440 ATTTGAAAAATTACTA-ATATCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATATC
* * * ** * * *
537088 TGTTAATATAAGTTTGA-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TGTAGAAAATTAATTA
503 TATTCATACAAACTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA-AAAATTAA-TA
*
537151 GTAA-GAGATTTAAAAAGTAAATCT
565 --AATGAGATTTAAAAAATAAATCT
537175 GCTTGCCAAG
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 222, Indels: 148
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
891 1 0.00
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894 190 0.16
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904 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (889 bp):
ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAGAAAATGTTTTACCGAATAAGT
ACAAATAGTTAACACTATCTAAACAATTATATATTTCAAAACATTATAACCTTTGTTTAGTCATA
AAACAATTAGTTCTATTCATACAACCTTATTTAGAATAAAATAATCTAAATTTATTAACATTCCA
AAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAAATAATTATATTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTAT
TCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAATTAATAAGCAAAA
AATTTAAAAACTAAAGTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTACTA
ATATCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATATCTATTCATACAAACTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACAAGTCGAAATAGTCAAGACCATTAGAACTATTATCTATTTCAAATCATAATG
ACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTGCAATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAC
TAATCTATTATCATTGAAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAATGAAATCTATTTACCGAACAAGCT
CAAATAATTATGACTATATGAACAATTTAAATCTCAAATCTTTATGATCTTTATTTCTCAAAAAC
CAATTTTTTTCTCACATAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAA
Found at i:537516 original size:324 final size:325
Alignment explanation
Indices: 536929--537519 Score: 713
Period size: 324 Copynumber: 1.8 Consensus size: 325
536919 GCTTATTCAA
* * * * *
536929 AATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAAC-AAATC
* * * * *
536994 TATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAA
65 TAATTACTGAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTACAA
* * * * **
537059 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTAATATAAGTTTGATCGAAATAAAATAATACTA
130 CATTTTCTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTAATACAAGCCTGATCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
537124 ATTTATTAATATGTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGCCAAGCCAT
195 ATTTAATAATATGTAGAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACCAT
537189 TTCAAATCATTATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATAGTATTTTATTAG
260 TTCAAATCATTATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATAGTATTTTATTAG
537254 G
325 G
* * *
537255 AATAAAATAATGAA-AATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAA-AAATC
1 AATAAAATAAT-AATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAACAAATC
* * * ** * * *
537318 TAATTGCTGAACTAATTTAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCATTACGA
65 TAATTACTGAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTACAA
* ** * * *
537383 CCTTTTCTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTTGTACAAGCCT-ATTTGGATTAAAATAATACT
130 CATTTTCTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTAATACAAGCCTGA-TCGAAATAAAATAATACT
* * * * *
537447 AATTTAATAATATTTCA-AAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATC
194 AATTTAATAATATGT-AGAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACC
537511 ATTTCAAAT
258 ATTTCAAAT
537520 GGTTAAGACT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 45, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 166 0.76
325 1 0.00
326 47 0.22
327 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (325 bp):
AATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAACAAATCT
AATTACTGAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTACAAC
ATTTTCTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTGTTAATACAAGCCTGATCGAAATAAAATAATACTAA
TTTAATAATATGTAGAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACCATT
TCAAATCATTATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATAGTATTTTATTAGG
Found at i:537917 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 537435--538564 Score: 877
Period size: 360 Copynumber: 3.2 Consensus size: 360
537425 CTATTTGGAT
* * **
537435 TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACT
* * * ** * * *
537499 GTTTATCAAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTTTGAT
65 ATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTATGAC
* * * *
537564 ATTTTGTTTAATCATAAAACAA-TTGTGTCAATTCATACAAGCTTATTCATAATAAATTAATACT
130 ATTTTATTTAATCATAAAACAATTTATGTCAA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
537628 AATTTATTAACATTT-ACAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA-AAGAAAT-TGTTTACCGAACA
194 AATTGATTAACATTTCA-AAAATTAATAAGAAACAGATTTAAACAAGAAATATATTTACCGAACA
* * * * * * * *
537690 AGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT-G
258 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACC-TTTG-TTTCA
537754 TCATAAAATAATTATTTTAGTTAA-CA-A-AAGCTTAGATGAAA
321 TCATAAAATAATTA-TTT--TTAATCATAGAAGCTTAGATG-AA
* * *
537795 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTA
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTA
* * * * * *
537860 TTTACCAAATCAGTT-AAATTAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
66 TTTACCAAATCAGTTCAAA-TAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * *
537924 CTTTTATTTTCTCATAAAACAATTTATTTTAATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
130 ATTTTATTTAATCATAAAACAATTTATGTCAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
537989 ATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAATATATTTACCGAACAAG
195 ATTGATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAACAAGAAATATATTTACCGAACAAG
* ** *
538054 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTAAAATCTTTGTTTCATCAT
260 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACCTTTGTTTCATCAT
** **
538119 AAAATAATTATTTTTAATCATAGAAGCTTATTTGGT
325 AAAATAATTATTTTTAATCATAGAAGCTTAGATGAA
* * * * **
538155 TAAAAATATTATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACT
* ** * * * * * * * * * * *
538220 GTTGGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATT-GAATAATTATCTATTTTAAATCGTTCA-AA
65 ATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATT-ATGA
* * * * * * *
538283 CCTTTTATTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTCATGTCTTACAAGCTTATTC-----AAAAT--T--
129 CATTTTATTTAATCATAAAACAATTTATGTCA-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * **
538338 T--TTG---AACATTTGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
193 TAATTGATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAACAGATTT-AAACAAGAAATATATTTACCGAAC
* * ** * * *
538398 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
257 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACC-TTTG-TTTC
* * * * * *
538463 A-CATAAAACAATT-GTTTCAATTCACA-AATGCTTATCCA-AAA
320 ATCATAAAATAATTATTTTTAA-TCATAGAA-GCTTA--GATGAA
** * *
538504 TAAAATAATACTAATTTCTTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTTAAAAAAATAAA
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
538565 TTTGTTTATC
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 123, Indels: 58
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
346 27 0.04
347 76 0.12
348 69 0.11
349 8 0.01
351 1 0.00
353 1 0.00
355 5 0.01
358 4 0.01
359 13 0.02
360 244 0.39
361 118 0.19
362 58 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (360 bp):
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTA
TTTACCAAATCAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTATGACA
TTTTATTTAATCATAAAACAATTTATGTCAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTGATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAACAAGAAATATATTTACCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACCTTTGTTTCATCATA
AAATAATTATTTTTAATCATAGAAGCTTAGATGAA
Found at i:538190 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 537435--541184 Score: 1190
Period size: 181 Copynumber: 20.5 Consensus size: 177
537425 CTATTTGGAT
* * * * * *
537435 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * * * * * * *
537500 TTTATCAAATC-ATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTTTGAT
65 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * *
537564 ATTTTGTTTAATCATAAAACAATT-GTGTCAATTCATACAAGCTTATTCATAA
129 CTTTTGTTT-CTCATAAAATAATTATTTTTAA-TCATA-AAGCTTATTGA-AA
* * * * * *
537616 TAAATTAATACTAATTTATTAACATTTACAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAGAAAT-TG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * *
537679 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* *
537744 TTTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTAA-CA-AAAGCTTAGATGAAA
130 TTTTG-TTTCTCATAAAATAATTA-TTT--TTAATCATAAAGCTTA-TTGAAA
* ** *
537795 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA-ACT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-T
* * * * * *
537859 ATTTACCAAATC-AGTT-AAATTAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATG
64 ATTTACCGAA-CAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * *
537922 ACCTTTTATTTTCTCATAAAACAATT-TATTTTAATCATATAAGCTTATTCAAAA
127 ACCTTTT-GTTTCTCATAAAATAATTAT-TTTTAATCATA-AAGCTTATT-GAAA
* * *
537976 TAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAATATA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * ** * *
538041 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTAAAATC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
**
538106 -TTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTTTAATCATAGAAGCTTATTTG-GT
130 TTTTGTTTC-TCATAAAATAATTATTTTTAATCATA-AAGCTTA-TTGAAA
* * *
538155 TAAAAATATTATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* ** ** ** * *
538220 GTTGGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTA-TTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTCA-A
64 ATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATA
* * * * *
538282 ACCTTTTATTTAGTCATAAAAT-ATT-TGTTTCATGTCTTACAAGCTTA-T----
127 ACCTTTTGTTT-CTCATAAAATAATTAT-TTTTA-ATCATA-AAGCTTATTGAAA
* * * * * *
538330 T-CAA-AAT-TT--TTGA--ACAT-TTGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT
* ** * * * * * *
538387 GTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAAC
64 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * **
538452 CTTTTGTTT-TGACATAAAACAATT-GTTTCAATTCACAAATGCTTATCCAAAA
129 CTTTTGTTTCT--CATAAAATAATTATTTTTAA-TCATAAA-GCTTAT-TGAAA
* * * * *
538504 TAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTTAAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT
* * * * * * * * * * *
538568 GTTTATCGAAAAAATTAAAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATTGTTTATTTAAAATCATTATGA
64 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
** ** * * * * * *
538632 CCTTTTGTTT-TGTTACATTTGACTA-TTTGAATAAT-TATC-TATT----
128 CCTTTTGTTTCTCATA-AAATAATTATTTTTAATCATAAAGCTTATTGAAA
** * * * * *
538675 TAAAATCGCTATGACATTTTATT-TTATCATAAAACAATTGTTTCAGTACA-TAAAAGCTTATTT
1 TAAAAT-AATATTA-A-TTTATTAATAT--TTAAA-AA----TT-AATA-AGTAAGAG---ATTT
** * * * *
538738 GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA-TTATAAAAATT--AATAAGTTA-GA-GATTT-AAAA
51 --AA-AAAATAA-A-TA---TATT--TACCGA-ACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATA
* * * ** *
538797 CATAAAT-TAGTTTACCAAATCAGTTCA-AA--TAGTTATAGC-CATTTGAACAATTATCTATTT
104 -AT-TATCTA-TTT--CAAATCA-TT-ATAACCT-TTTGTTTCTCA--T-AA-AATAAT-TATTT
** * ** **
538857 CAAATCGTTATTAATTTTATTTTGTCA
156 TTAATC---ATAAAGCTTA--TTGAAA
* * * * * *
538884 TAAAACAATTATT--TGTCATCATACGAGCCTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTA-ATA
1 TAAAATAA-TATTAAT-TTAT--TA--A---TATT-----TAAAA-ATTAATAA-GTA--AGAGA
* * * *
538946 TTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTATTGAACTAGTTCAAATAGTTA
48 TTT--AAAA--AATAA--A-TATA-TT------T--A-C------CGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
539011 TGA--ACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAT
90 TGACTA-T-T-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TCTCATAAAATAAT
** *
539074 TATTTTTGTTCATACAAGCTT-TTCAGAA
151 TATTTTTAATCATA-AAGCTTATTGA-AA
* * * * * *
539102 TAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * * * * * ** *
539166 TTTGCTGAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTA-TTCAAATTGTTATGACC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * *
539230 TTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTCAGTTCTTACTAA-CTTATTTGAAA
130 TTTTG-TTTCTCATAAAATAATTATTTTTA-ATCATA--AAGCTTA-TTGAAA
* ** * * * *
539281 TAAAATAAAACAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
*** * * * * * * * *
539346 TTTGTTGAACTAGTTTAAATAATTATGACTCTTTCAATAATTATCTTTTTCAAATCATTGTGACC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * ** ** * *
539411 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAAAA
130 TTTTG-TTTCTCATAAAATAATTATTTTTAATCATA-AAGCTTATT-GAAA
* ** * *
539462 TAAAATAATA-CAAGATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCA-
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AT
* * * * * * * * * ** *
539521 GTTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGATTATTT-AAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA
64 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * * * *
539585 CTTTTTGTTATGTTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAT
128 CCTTTTGTT-TCTCATAAAATAATTA-TTTTTAATCATA-AAGCTTATTGA-AA
* * * *
539638 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTTAA-A-ATTTTAAAAATAAA-AT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * ** *
539700 GTTTACCGAACTAGATCAAACAGTCATGGTTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
64 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
539765 CTATTGTTTTATCATAAAAAAATTA-TTTCAATTCATATAAGGTTATTTGAAA
129 CTTTTG-TTTCTCATAAAATAATTATTTTTAA-TCATA-AAGCTTA-TTGAAA
* * * * ** * *
539817 TAAAATAATAGTATTTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGACCTTTAAAAAATGAATCTA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * * ** **
539882 TTTATCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTAT-TAATTTGGAATCGCTATAAC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
539946 CTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA
129 CTTTT-GTTTCTCATAAAATAATTATTTTTAATCATA-AAGCTTA-TTGAAA
** * * *
539998 TAAAATAATACAAATTTATGAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* ** * * * * *
540062 GTTTACTTAATAAGTTCAAATTGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTAT-G
64 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAA
* * * * * * *
540125 CTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTCCATACAAGCTTATTTAGAT
128 C-CTTTTG-TTTCTCATAAAATAATTATTTTTAAT-CATA-AAGCTTATTGA-AA
* * * *
540179 TAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT--ATATG
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * *
540242 TTTACAGAACAAGTT-AACATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACCATTGTGAC
65 TTTACCGAACAAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * * *
540306 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTCAAA
129 CTTTTG-TTTCTCATAAAATAATTATTTTTAA-TCAT-AAAGCTTA-TTGAAA
* *
540358 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATAAAT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATT-TAAAAAATAAAT
* * * * *
540422 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATG
62 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * ** * *
540487 ACCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAA
127 ACCTTTTG-TTTCTCATAAAATAATTATTTTTAATCAT-AAAGCTTA-TTGAAA
* * * * *
540541 TAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
**** * *
540605 TTTTTTTAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAA
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT---GA--A--T--A--ATTATCTATTTCAAA
* * ** * * *
540670 TCATTATAACCATTTGTTTTATCATAAACCAATGTTTTTGTTGAA--A-AAACCTTATTCGGAA
119 TCATTATAACCTTTTG-TTTCTCATAAAATAAT-TATTT-TT-AATCATAAAGCTTATT-GAAA
* * * * * * * *
540731 TAAAAAAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
*** * * * * * *
540796 TTACCGAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTACCATCC
66 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACC
* * * * * * *
540861 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCCATACAAGTTTACTCGGAA
130 TTTTG-TTTCTCATAAAATAATTATTTTTAAT-CATA-AAGCTTA-TTGAAA
* * *
540911 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAA-ATATAT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATAT
* ** * * * * *
540974 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTAGTTCAAATCATTATGA
64 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * ** *
541038 CATTTAAT-TTTATCATAAAA-AATT-TTTTTATATTCATACAAAATTATTCATAA
128 CCTTT--TGTTTCTCATAAAATAATTATTTTTA-A-TCATA-AAGCTTATTGA-AA
* * * * * *
541091 TAAAATATTACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTC
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* *
541152 TTTACCGAACCAGTTCAAATATTTATGACTATT
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
541185 GAAATATTGA
Statistics
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TTTGTTTCTCATAAAATAATTATTTTTAATCATAAAGCTTATTGAAA
Found at i:539315 original size:179 final size:180
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * *
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* * * *
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128 TAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATT-TGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * *
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1 G-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * *
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* * *
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* * ** * *
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1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * * *
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* * * * * *
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130 AGTAAGAGATTTAAAAATA-AATT-TATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * *
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1 GACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * ** **
539436 TTT-TGTTCATATAAATT-TGTTCAAAATAAAATAATAC-AAGATATTAATATTTTGAAAA-T--
65 TTTCAGTTCATACAACTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
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128 TAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTA-TTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAA
* * ** * * * *
539548 GATTATTT-AAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTATGTTATAAAACAA-TAG
1 GACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* ** *
539611 TTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
65 TTTC-AGTTCATACAA-CTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * *
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127 ATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
** * * * * *
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1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * * * *
539791 TTCAATTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATAGTATTTTATTAATA-TTCTGAAAATTAAT
66 TTCAGTTCATACAA-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* ** * * * * ** * * *
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129 AAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAA
* * * ** ** * * **
539908 GACTATTTGAATAGTTATTAATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTA-T
1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* *
539972 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATGAATA-TT-AAGACAATTA
66 TTC-AGTTCATACAA-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTA
* * * * ** * **
540034 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTTAATAAGTTCAAATTGTTGT
127 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
* *
540089 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATG-CTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * *
540152 -TTTCTGTCCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTAACAATTA
64 TTTTCAGTTCATACAA-CTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * *
540215 ATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATATATGTTTACAGAACAAGTT-AACATAGTCAT
127 ATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAA-ATAGTTAA
* * * * * * * *
540268 GACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GT
1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* ** *
540332 TTCAATTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-A
66 TTCAGTTCATACAA-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
540396 GAGTAAGAGAATTAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
130 -AGTAAGAG-ATT--TAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
* * * * *
540451 GACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTAGT
1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-T
* * *
540516 TTT--GTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAA
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* * * ** * *
540578 TAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATATTTTTTTAA-CACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
128 TAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCA-G-TTCAA-A--TA-G-----TT-A
540641 A
180 A
* * * * * *
540642 GACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTATCATAAACCAATGT-T
1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TAT
* * * * * *
540706 TTT--GTTGAAAAAACCTTA-TTCGGAATAAAAAAATACTAAGTTATTAATATTTC-AAAATTAA
65 TTTCAGTTCATACAA-CTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *** *
540767 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTTAAATAGTTATA
128 TAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-A
* * ** *
540822 -ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTACCATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G
1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
540884 TTTCTA-TCCATACAAGTT-TACTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
65 TTTC-AGTTCATACAACTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * *
540947 ATAAGT-TGAAGATTTAAAAA-AATATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT
127 ATAAGTAAG-AGATTTAAAAATAA-ATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * * ** *
541001 GTCCATTTGAACTATTATCTAGTTCAAATCATTATGACATTTAATTTTATCATAAAA-AATT-TT
1 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * *
541064 TTTATATTCATACAAAATTA-TTCATAATAAAATATTACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--
66 TTCA-GTTCATAC-AACTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
541125 TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAACCAGTTCAAATATTTAT
128 TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
541178 GACTATT
1 GACTATT
541185 GAAATATTGA
Statistics
Matches: 1863, Mismatches: 365, Indels: 251
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 10 0.01
176 109 0.06
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178 63 0.03
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192 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
TTCAGTTCATACAACTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
Found at i:540006 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 538651--541184 Score: 1958
Period size: 360 Copynumber: 7.0 Consensus size: 358
538641 TTGTTACATT
* ** * * *
538651 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
1 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT
* * * * * *
538716 TTCAGTACATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTAATA
66 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
538781 AGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTAT-AGCCATTTGA
130 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATA-TTTATCAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGA
* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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1 TG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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1 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT
* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * *
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** * *
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1 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT
** * * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * **
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * *
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** * * **
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* *
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** * * *
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* * * * *
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*
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* * * * **
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* *
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* * **
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* *
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* * *
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* *
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* * * *
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* *
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127 CATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATT-TTTTAATATTTTACTT
* * * *
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** * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* ** ** * * * * *
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* * * * * *
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130 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTT-TAATATTTTACTT
* * * *
546037 GTTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCATGTATGAATAG
1 ATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGAATAG
* ** * ** * *
546099 AAAAAAAAATTATTTTATGACAAAATGAAAGGTTATAGCAATTTCAACTAAATAATTGTTCAAAT
63 ---AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
546164 AGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGAA-TCATTTTTTAA-ATCTCTTAATT
124 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAATAT-T-TTACTT
* * ** * * * *
546221 ATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACATAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * * *
546286 TAA-TATTTTTTGACAAACCAAAAGGTCATAATGATTT
66 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
546323 GACCTAGTTC
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAATATTTTACTT
Found at i:547087 original size:359 final size:354
Alignment explanation
Indices: 546435--550842 Score: 2853
Period size: 362 Copynumber: 12.4 Consensus size: 354
546425 CATATAACAG
* * * * ** ** * * *
546435 AACAAAAAGTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTACTCAAGCAATCATAATTATTTAAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
*
546500 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGAA-TAGT
65 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAGT
* ** * * * *
546560 ATTATTTTGTTTAAAATAAACTTA-TATGAACAAAAACATTTG-TTT-T-AT-AAACAAAAGGTC
128 ATTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * *
546620 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAGTTGGTTAGGTAAATAGA
192 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAATA
* * *
546685 ATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAAT
257 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTAAAT
** * *
546750 AAGCTACTATGAATTAAAAAATTTGTTTTATGAAAAA
321 AAGCTTGTATGAA-TAAAAAA-TTATTTTATG-ACAA
* * * * * *
546787 AACAAAAGGTCATGACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGCTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TT
** * * * *
546852 TGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTAT
65 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** *
546917 AATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATA
130 TATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* * ** *
546982 ATCATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAATATTT
195 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAATATTT
* * *
547047 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
260 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAG
* * * * * *
547112 CTTGAATGTTCAA-AAACAATTGTTATGTGACCA
324 CTTGTATG---AATAAAAAATTATTTTATGACAA
* * * * *
547145 AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTG-ACTGAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTG-T
** * * * ** *
547209 TCAATAAACAGATTTATATTTGAAATCAGTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
64 TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
547274 TTA-TTTATTTTGAAT-AG--GGT-TGTAT-G---CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
129 TTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
** * * *** * *
547330 AACAATTTGAAATAGATAGTTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCAACAAATAGA
194 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAAATA
* * * *
547393 TTTACTTTTTAAATCTCTCAGTTATTCATTTTTAAAATATT-ATGAAATAAGTATTATTTTATT-
257 TTTATTTTTTAAA--TCTC--TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTA-TATTATTTTATTC
* * **
547456 TCAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-ATTGA
316 T-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA-AATTATTTTATGA-CAA
* * * * * **
547498 AACAAAAGGTTATAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAG---GAGC---TTG---T-TCA
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT
* *
547553 G-TAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTGC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
66 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
547616 TATTTTATTTTGAATATGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCAT
130 TATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * * * *
547680 AATGATTTGAAATAG-TACTTGTTCAAATACCCATAATTATTTGAAC-CGATTTGAT-AAACTAA
194 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAAAT-A
* * * *
547742 CTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
257 TTTATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCT
** * * *
547806 GGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTATTTTATGATAA
317 AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA-AATTATTTTATGACAA
* *
547846 AACAAAAGGTCATATTTATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT--TAACTATTTGAACTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT
* * * * * *
547908 CGATAAACAGA--T-TTTTTT-AATTTTTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTA
65 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
547968 TTATATTATTTGGAATAAG-AATGTATGAACT-GAAAAAAATTATTTTATAACT-AAACAAAAGG
129 TTATTTTATTTTGAATAAGCTA-GTATGAA-TAG-AAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGG
* * * ** * * *** *
548030 TCAAAATGATTAGAAATAGATAATAGTTCTTATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACA
190 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAA
* * * * * * * *
548095 CATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAACAATATTTTAC
255 TATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGA-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTAT
* * * * *
548159 TCCAGACAAGCTTGTATGAACATGAACAATTATTTTATGACAA
314 TCTAAATAAGCTTGTATG-A-ATAAAAAATTATTTTATGACAA
* * * * * * *
548202 CATAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
* * *
548266 TGATAAATAGATTTAGTTTTT-AA-GTCTT--TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
65 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * *
548327 CATTTTATTTTGAAAAATTTTA-TATGAATAGAAACAATTATTTTA-CAGCAAAATAAAATGTCA
130 TATTTTATTTTGAATAA-GCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
548390 TTATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGAC-ATTTGAACTTGTTCGGTGAACAA-A
193 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AAAAATA
*
548453 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
257 TTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTC
* *
548516 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAA
316 T-AAATAAGCTTGTATGAATA-AA-AAATTATTTTATGACAA
* * * * * **
548558 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTAATAACTATTTGAACTCACT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
* *
548623 CGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTAT
65 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** ** * * * * **
548687 TATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATTGTCATA
130 TATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
548752 ATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-AAGTGTCAAG-AAAACATA
195 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TC-GGTAAAA-ATA
* * * *
548815 TTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTATATTCTTTTATTCA
257 TTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCT
* *
548879 AAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTATTTTGTGACAA
317 AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAA-AATTATTTTATGACAA
* * * * *
548919 AACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAACATGGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT
* * * * * *
548984 TGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
65 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * *
549049 TATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TTTGAACT-TAAACAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTTA
130 TATTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
549112 TAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTGGTTCAGTAAACATAT
193 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAATAT
* * * *
549177 TTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTTGAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG
258 TTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTA
* * * ** *
549242 AATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAATAA
318 AATAAGCTTGTATGAATA-AAA-AATTATTTTATGACAA
* ** * *
549281 AATAAGAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGT
1 AACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGT
* * * * *
549345 TTGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA
64 TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTA
* * * * * *
549408 -TGTTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATAATAAAATAAAAG
126 GTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTAGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * *
549471 GTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTATTTAAATTA-TTATAATTATTTAAACTTGTCCGGTAAA
189 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA
* * * *
549535 CAA-ATTCATTTTTTTAAATCTCTTAATT-ATTAAATTTCAAAATATTGATAAATTGTTATTATT
253 -AATATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ATTAATT---TTT-GAAATATTAATAAATT-ATATTATT
* * * *
549598 TTATT-TCAAATGAA-CTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATGAGAA
310 TTATTCT-AAAT-AAGCTTGTATGAA-T-AAAAAATTATTTTATGACAA
* ** * * * * *
549645 AACAAAAAGTCATAAAAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGATCTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
* * * * * * **
549710 CAGTATACAT--ATTTATTTTTAGAAATGT-TTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG
65 -TG-ATAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
549772 TATTATTTTAATTTGAATAAGCTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AGTAGAACAAAAAG
127 TATTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGG
** * * * * * * *
549835 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTTGTT-TAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAT
190 TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAA
* * * * * *
549899 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAGTCTTCGAAATGTTAATAGATTAGTATTACTTTTATTCT
254 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTA-TTTTATTCT
* * ** * *
549964 AAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
317 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAA-A-TTATTTTATGACAA
* * * * * *
550004 AATAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
* * * * *
550069 AGGTAAACATAATTATTTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T
65 TGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGT
* * ** * * **
550132 TTTGTTTTATTCCGAATAATCTAGTATGAATTGAAA-TTTTGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
128 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
550196 ATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAACT-GATTTGGCAAAT
192 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAA-
* * * ** *
550258 AA-ATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATACTGTTAGATTAGTATTATTTTA
253 AATATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
* * * * *
550321 TT-TCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAG
313 TTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA-AATTATTTTATGACAA
* ** * * * *
550365 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACCTG-T
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTT
* * *
550429 TCAGTAAATAGATTTATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA
65 TGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * ** *
550490 TAATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAA
129 TTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
550554 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTG-AC-ATGATTCAGT--GAAT
193 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G-TTCGGTAAAAAT
* * *
550615 A--GA----TT-CA-CTC--ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TCAA
256 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCT-AA
* * * *
550668 ATAAGCTTGTATGGACTAAAATGATTGTTTAATGACAA
319 ATAAGCTTGTAT-GAATAAAA-AATTATTTTATGACAA
* ** * * *** * * * ** *
550706 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATGCAGTCTTAATTGTTTGAACACTTC
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT
* * * * *
550771 GATAAACAAATTTATTTGTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
66 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
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131 ATTTTAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT
GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAATATTTA
TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTAAATAAGCT
TGTATGAATAAAAAATTATTTTATGACAA
Found at i:547150 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 546435--550583 Score: 2129
Period size: 181 Copynumber: 23.2 Consensus size: 177
546425 CATATAACAG
* * * * ** ** * * * *
546435 AACAAAAAGTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTACTCAAGCAATCATAATTATTTAAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *
546500 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGAA-TAGTATTA
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAGTATTA
* ** * * * *
546564 TTTTGTTTAAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT----A
129 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ** *
546609 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAGTTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * *
546674 AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTAT
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * ** * * *
546738 TTTATTCTAAATAAGCTACTATGAATTAAAAA-ATTTGTTTTATGAAAAA
130 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATG-ACAA
* * * * * *
546787 AACAAAAGGTCATGACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACT-GCT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T
* * * *
546851 TTGGCAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGT
65 TCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
546915 ATAATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGGCAA
125 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** *
546968 AACAAAAGGTTATAATCATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* *
547033 CGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATT
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
547098 TTATTTTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATGTGACCA
131 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
547145 AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTG-ACT-GA
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTAG-
** * * * *
547208 TTCAATAAACAGATTTATATTTGAAATCAGTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
64 TTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
547273 ATTA-TTTATTTTGAATAGGGTTGTATG--------CAATTGTTTTATGACAA
125 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
** * *
547317 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACT-GT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-
*** * * * * *
547380 TTCAACAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTCAGTTATTCATTTTTAAAATATT-ATGAAATAAG
64 TTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TCTC--TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAG
** * * * * * **
547444 TATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-ATTGA
124 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAA
* * * * * *
547498 AACAAAAGGTTATAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAG---GAGCT-TGTTCAGTAAGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TT--G-AACT
* *** *** * * * * * * *
547559 AAATTTATTTTTTAA-ATCTGCTACTTATT-AAT-T-TT-TGAAATATT-AATAAATTAGT--AT
62 --AGTTCGGTAAAAAGAT-T--TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAAT
* * * * * * ** **
547616 TA-TTTTATTTTGAATATG-CT-TG-TATG-ATGA-AAAACAATTATT-TTATGATAAAACAA
121 TAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCT-TGTATGATCAAA-AACAATTGTT-T--TATGACAA
* * * * * * * * * * * **
547672 AAGTTCATAA--TGAT-TTGAAATAGTACTTGTTCAA--ATACCCATA---AT---TATTTGAAC
1 AA---CAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * * * * *
547726 CGA-TTTGATAAACTA-ACTTATTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAG
60 CTAGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAA-ATCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
547789 TAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTATTTTATGATAA
121 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
547846 AACAAAAGGTCATATTTATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT--TAACTATTTGAACTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * *
547908 CGATAAACAGA--T-TTTTTTAATTTTTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTAT
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAA--ATCT-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * *
547969 TATATTATTTGGAATAAGAATGTATGAACTGAAAAA-AATTATTTTATAACTA
127 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-A-TCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** * *
548021 AACAAAAGGTCAAAATGATTAGAAATAGATAATAGTTCTTATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
*** * * * * * * **
548086 CAACAAACACATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAACA
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * ** * * ** *
548150 ATATTTTA-CTCCAGACAAGCTTGTATGAACATGAACAATTATTTTATGACAA
126 TTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
548202 CATAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * * *
548266 TGATAAATAGATTTAGTTTTTAAGTCTTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATCATT
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * *
548331 TTATTTTGAAAAATTTTATATGAAT-AGAAACAATTATTTTA-CAGCAA
131 TTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAA
* * * * * * * * *
548378 AATAAAATGTCATTATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGAC-ATTTGAACTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* *
548442 CGGTGAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGT
66 CGGT-AAAAAGATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT
** * *
548505 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAGCAATTGTTTTATGACAA
125 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
548558 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTAATAACTATTTGAACTCA-C
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGT
* *
548622 TCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTA
65 TCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * *
548686 TTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAGAA
126 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * *
548738 AACAAATTGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-AAGTG
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-
* * * *
548802 TCAAG-AAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTA
65 TC-GGTAAAA-AGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTA
* *** * * * *
548865 -TATTCTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAT-GAAAACAATTATTTTGTGACAA
123 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
548919 AACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAACATGGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGT
* * * *
548984 T-GGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
65 TCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * ** * *
549048 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTTAAACAATTGTTTTATTATAA
126 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
549100 GACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * *
549165 CAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTTGAAAAATTAATAAATTAATAT
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** *
549230 TATTTTAATCTGAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAATAA
127 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * *
549281 AATAAGAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGT
1 AACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * *
549345 TTGATAAACAA-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTT
65 TCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TT
* * * * *
549407 A-TGTTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAAATTATTTTATAATAA
122 AGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * * * *
549463 AATAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTATTTAAATTA-TTATAATTATTTAAACTTGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * *
549527 CCGGTAAACAA-ATTCATTTTTTTAAATCTCTTAATT-ATTAAATTTCAAAATATTGATAAATT-
65 TCGGTAAA-AAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ATTAATT---TTT-GAAATATTAATAAATTA
** * * * ** * *
549589 GTTATTATTTTATTTCAAATGAA-CTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATGAGAA
123 G-TATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * * *
549645 AACAAAAAGTCATAAAAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGATCTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * * * **
549710 CAGTATACATATTTATTTTTAGAAATGTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
66 CGGTAAAAAGATTTATTTTT-TAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
549775 TATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT-AGTAG
127 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAA
* ** * * * *
549826 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTGTT-TAATAGTTATAACTATTTGAACTGGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * * *
549890 TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAGTCTTCGAAATGTTAATAGATTAGTATTAC
65 TCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * ** * *
549955 TTTTATTCTAAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
129 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
550004 AATAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * *
550069 AGGTAAACATAATTATTTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TT
66 CGGTAAAAAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTA
* ** * * ** ** *
550133 TTGTTTTATTCCGAATAATCTAGTATGAAT-TGAAA-TTTTGGTTTTATGATAA
126 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATT-GTTTTATGACAA
* * * * *
550185 AACAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAACT-G
1 AACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * ** *
550247 ATTTGGCAAATAA-ATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATACTGTTAGATTA
64 -TTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
550310 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAG
123 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * *
550365 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACCT-GT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGT
* * * * *
550429 TCAGTAAATAGATTTATTTATTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATAAT
65 TCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
550494 TTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCA
130 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
550542 AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
550584 GGCCATGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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165 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
Found at i:547396 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 546608--547456 Score: 620
Period size: 177 Copynumber: 4.8 Consensus size: 174
546598 TTTGTTTTAT
* * * * ** *
546608 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAAATAGTCATAATTATTTGAGTTGG
1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTGT
** * *
546672 TT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA
65 TTCA-ACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-A
* * * ** * * *
546732 -TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTACTATGAATTAAAAAATTTGTTTTATGAAAA
128 GTATTATTTTATTTTGAAT-AG--GGT-TGAA-T-GACAA-TTGTTTTATG-ACA
* * * *
546786 AAACAAAAGGTCATGACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGCT
1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTG-T
** * * * *
546851 TT-GGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGT
65 TTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
546915 ATAATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCA
130 ATTATTTTATTTTGAAT-AG--GGT-TGAAT-G--ACAATTGTTTTATGACA
* * ** *
546967 AAACAAAAGGTTATAATC-ATTTGAAGTTTATAATTGTTCA-AACAGTCATAACTATTTGAACTA
1 AAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACT-
*** * * *
547030 G-TTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
63 GTTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
547090 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATGTGACC
128 GTATTATTTTATTTTGAATAGGGTTGAATG-------ACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
547144 AAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTG-ACTGA
1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTA-TTTGAACTGT
* * * * ** *
547208 TTCAATAAACAGATTTATATTTGAAATCAGTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
65 TTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
*
547273 ATTA-TTTATTTTGAATAGGGTTGTATG-CAATTGTTTTATGACA
130 ATTATTTTATTTTGAATAGGGTTGAATGACAATTGTTTTATGACA
* *
547316 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTGTT
1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTGTT
* * * * * *
547381 TCAACAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTCAGTTATTCATTTTTAAAATATT-ATGAAATAAGT
66 TCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGT
547445 ATTATTTTATTT
130 ATTATTTTATTT
547457 CAAAAAAGCT
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 101, Indels: 63
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.01
172 115 0.21
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174 1 0.00
176 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTGTT
TCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTTGAATAGGGTTGAATGACAATTGTTTTATGACA
Found at i:547602 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 547392--547888 Score: 423
Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
547382 CAACAAATAG
* *
547392 ATTTACTTTTTAAATCTCTCAGTTATTCATTTTTAAAATATT-ATGAAATAAGTATTATTTTATT
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATAAGTATTATTTTATT
* *
547456 TCAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-ATTGAAACAAAAGGTT-ATAATGATTT
65 TCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAA-GTTCATAATGATTT
*
547519 GACATAGATAATTATTCAAATAGGAGCTTGTTCAGTAAGTAA
128 GAAATAG-TAATTATTCAAATAGGAGCTTGTTCAGTAAGTAA
* * *
547561 ATTTATTTTTTAAATCTGCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTACTTTTTAAATCT-CTCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATT
** * * * **
547625 TTGAATATGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
65 TCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
* * ** ** * * **
547690 AATAGTACTTGTTCAAATACCCATAATTATTTGAACCGATTTGATAA
130 AATAGTAATTATTCAAATA-GGA-GCTT-GTT---CAG-TAAG-TAA
* * *
547737 ACTAACTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAA-TATTATTT
1 A-T---TTACTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAAGTATTATTT
*** * * * * * * *
547800 TATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTAT
61 TATTTCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGAT
*
547865 TT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
126 TTGAAATAG-TAATTATTCAAATAG
547889 TTAACTATTT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 39, Indels: 29
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.06
169 108 0.40
170 7 0.03
171 2 0.01
174 2 0.01
175 2 0.01
176 4 0.01
177 1 0.00
178 8 0.03
179 116 0.43
180 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
ATTTACTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTT
CAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
ATAGTAATTATTCAAATAGGAGCTTGTTCAGTAAGTAA
Found at i:549223 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 546435--550842 Score: 2909
Period size: 359 Copynumber: 12.4 Consensus size: 359
546425 CATATAACAG
* * * * ** ** * * *
546435 AACAAAAAGTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTACTCAAGCAATCATAATTATTTAAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-T
* *
546500 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGAA-TAGT
65 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAGT
* ** * *
546560 ATTATTTTGTTTAAAATAAACTTATATGAACAAAAAC-ATT-TGTTT-T-AT-AAACAAAAGGTC
128 ATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTAT-TTTATAATAAAACAAAAGGTC
* * * ** * *
546620 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAGTTGGTT-AGGTAAATAG
192 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAACAT
* * * *
546684 AATTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCT
256 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCT
** * * *
546746 AAATAAGCTACTATGAATTAAAA-AATTTGTTTTATGAAAAA
320 AAATAAGCTTGTATGAATGAAAACAA-TTATTTTATG-ACAA
* * * * * * *
546787 AACAAAAGGTCATGACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGCTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GT
** * * * * *
546852 TGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTAT
65 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *** *
546917 AATTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAT
130 TATTTTATTTGGAATAAGCTTA-TATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * * * *
546981 AATCATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAATATT
194 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATT
* * *
547046 TATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGA
259 TATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAA
* * * * * * *
547107 ATAAGCTTGAATG-TTCAAAAACAATTGTTATGTGACCA
322 ATAAGCTTGTATGAAT-GAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
547145 AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTG-ACTGAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGT
* * * ** *
547209 TCAATAAACAGATTTATATTTGAAATCAGTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
65 T-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
547274 TTA-TTTATTTTGAATAGGGTTGTATG--------CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
129 TTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCAT
** * * ** * *
547330 AACAATTTGAAATAGATAGTTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAACAAATAGAT
194 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATAT
* * * * *
547394 TTACTTTTTAAATCTCTCAGTTATTCATTTTTAAAATATT-ATGAAA-TAAGTATTATTTTATT-
258 TTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATT-AATTTTGAAATATTAAT-AAATTTA-TATTATTTTATTC
* * **
547456 TCAAAAAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTAT-ATTGA
319 T-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAACAATTATTTTATGA-CAA
* * * * * *
547498 AACAAAAGGTTATAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAG---GAGCT-TGTT---C-AG-
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGT
*
547554 T-A-AGTA-A-ATTTATTTTTTAAATCTGC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
65 TGATA-AACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
547614 ATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTC
128 ATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAAT-AAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * *
547678 ATAATGATTTGAAATAG-TACTTGTTCAAATACCCATAATTATTTGAACCGATT-TGATAAAC-T
192 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAT
* * * *
547740 AACTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
256 -ATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
* ** * * *
547804 TTGGATAAGCTTTTATAAACT-AAAACAATTATTTTATGATAA
318 CTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAACAATTATTTTATGACAA
* * *
547846 AACAAAAGGTCATATTTATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT--TAACTATTTGAACTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * *
547908 CGATAAACAGA--T-TTTTTT-AATTTTTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTA
66 -GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** *
547968 TTATATTATTTGGAATAAGAATGTATGAACTGAAAAA-AATTATTTTATAACT-AAACAAAAGGT
129 TTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAA-T-AAAAACAATTATTTTATAA-TAAAACAAAAGGT
* * ** * * * **
548031 CAAAATGATTAGAAATAGATAA-TAGTTCTTATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACA
191 CATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
* * * * * * * * *
548095 CATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATT-ATTAATTTAACAATATTTTAC
255 TATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTT-ATATTATTTTAT
* * *
548159 TCCAGACAAGCTTGTATGAACATG--AACAATTATTTTATGACAA
317 TCTAAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * *
548202 CATAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-T
* * * *
548266 TGATAAATAGATTTAGTTTTT-AA-GTCTT--TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
65 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * * ** * * *
548327 CATTTTATTTTGAAAAATTTTATATGAATAGAAACAATTATTTTACAGCAAAATAAAATGTCATT
130 TATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
548392 ATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGAC-ATTTGAACTTGTTCGGTGAACAAATT
195 ATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATT
*
548455 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-T
259 TATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAA-TTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCT
* *
548517 CAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAGCAATTGTTTTATGACAA
320 -AAATAAGCTTGTATGAATGA-AAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * **
548558 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTAATAACTATTTGAACTCACT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGT
* * *
548623 CGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTAT
65 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * ** * * **
548687 TATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATTGTCATA
130 TATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATA
* ** *
548752 ATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-AAGTGTCAAGAAAACATAT
195 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TC-AGTAAACATAT
* * * * * *
548816 TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTCTTTTATTCAAA
258 TTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAA
* *
548881 ATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTATTTTGTGACAA
322 ATAAGCTTGTATGAATGAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
548919 AACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAACATGGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGT
* * * * *
548984 TGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
65 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * *
549049 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACT-TAAACAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTTAT
130 TATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
549113 AATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTGGTTCAGTAAACATATT
194 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATT
* * * *
549178 TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTTGAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGA
259 TATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAA
* * * ** *
549243 ATAACCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTACAATAA
322 ATAAGCTTGTATGAATGA-AAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * *
549281 AATAAGAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGT
1 AACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGG
* * * *
549345 TTGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA
64 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTA
* * * * *
549408 -TGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATAATAAAATAAAAGG
126 GTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATA-AAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * * *
549472 TTATAGTGATTTCAAATAAATAATTATTTAAATTA-TTATAATTATTTAAACTTGTCCGGTAAAC
190 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC
* * * ** *
549536 AAATTCATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCAAAATATTGATAAATTGT-TATTATTTT
254 ATATTTA-TTTTTTAAATCTC-TACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATT-TATATTATTTT
* * *
549600 ATT-TCAAATGAA-CTTATATAAACTG-AAACAATTATTTTATGAGAA
315 ATTCT-AAAT-AAGCTTGTATGAA-TGAAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * * * * *
549645 AACAAAAAGTCATAAAAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGATCTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * * * * **
549710 CAGTATACATATTTATTTTTAGAAATGT-TTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
66 GA-TAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
549774 TTATTTTAATTT-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGTAGAACAAAAAGTCA
129 TTATTTT-ATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCA
** * ** * * * *
549838 TAACAATTTGAAATAAATAATT-TGTTTAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAATAG
193 TAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACAT
* * * *
549901 ATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAGTCTTCGAAATGTTAATAGA-TTAGTATTACTTTTATT
256 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATT
* * ** ** * *
549962 CTAAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
318 CTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
550004 AATAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * *
550069 AGGTAAACATAATTATTTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T
66 -GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGT
* * ** * ** ** * *
550132 TTTGTTTTATTCCGAATAATC-TAGTATGAATTGAAA-TTTTGGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
128 ATTATTTTATTTGGAATAAGCTTA-TATGAATAAAAACAATT-ATTTTATAATAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * *
550195 CATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAACTGATTTGGCAAAT
191 CATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC
* * * * * ** *
550258 AAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATACTGTTAGA-TTAGTATTATTTTA
254 ATATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
* * ** * * *
550321 TT-TCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAG
316 TTCT-AAATAAGCTTGTATGAATGAAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * * *
550365 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACCT-GT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGT
* * * *
550429 TCAGTAAATAGATTTATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA
65 TGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * ** *
550490 TAATTTTATTTCGAATAAGCTTGA-ATG-ATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
129 TTATTTTATTTGGAATAAGCTT-ATATGAAT-AAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
550553 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTG-ACATGATTCAGT-----G
192 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAACAT
* * *
550612 A---A-----TAGAT-TC-ACTCATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TC
256 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCT-
* ** * *
550666 AAATAAGCTTGTATGGACT-AAAATGATTGTTTAATGACAA
320 AAATAAGCTTGTAT-GAATGAAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * *** * * * **
550706 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATGCAGTCTTAATTGTTTGAAC-ACTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * *
550770 CGATAAACAAATTTATTTGTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
66 -GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
550835 TATTTTAT
130 TATTTTAT
550843 AATACAACAA
Statistics
Matches: 3212, Mismatches: 659, Indels: 378
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 21 0.01
341 153 0.05
342 36 0.01
343 3 0.00
344 40 0.01
345 4 0.00
347 22 0.01
348 102 0.03
349 129 0.04
350 44 0.01
351 4 0.00
352 75 0.02
353 155 0.05
354 55 0.02
355 95 0.03
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357 266 0.08
358 230 0.07
359 369 0.11
360 129 0.04
361 316 0.10
362 364 0.11
363 175 0.05
364 187 0.06
365 15 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTTA
TTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAA
GCTTGTATGAATGAAAACAATTATTTTATGACAA
Found at i:549779 original size:545 final size:537
Alignment explanation
Indices: 546435--550575 Score: 2421
Period size: 545 Copynumber: 7.7 Consensus size: 537
546425 CATATAACAG
* * * ** * * * *
546435 AACAAAAAGTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTACTCAAGCAATCATAATTATTTAAACTGGTT
1 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *
546500 -TG-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGAA-TAG
66 CAGTATACAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA--AATTAG
* * * * * * *
546559 TATTATTTT-GTTTAAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTG-TTT-T-AT-AAACAAAAGGT
127 TATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAA-GT
** * * * * * * *
546619 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTG-AGTTGGTTAGGTAAATA
190 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACA
* * * * *
546683 GAATTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATT
254 GATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTATGTTATTTTATT
** * * * * *
546744 CT-AAATAAGCTACTATGAATTA-AAAA-ATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATGACGAT
317 -TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAACAATTATTTTAT-AACAAAATAAAAGGTCAT-ATGAT
* * * * * * *
546806 TTGAAATAGATAATTATTTATA-TAGTCTTAACTATTTGAAC-TGCTTTGGCAAATAAATTTATT
378 TTAAAATAGATAATTATTTAAATTA-TCATAA-TATTTGAACTTG--TCGGTAAACAAATTCATT
* * * * * **
546869 TTTTAAATCTCTTAGTTATT-AATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATAATTTTATTTTGAATA
439 TTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* *
546933 AGC-TAGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGGCAA
503 AGCTTA-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * ** * *
546968 AACAAAAGGTTATAATCATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
1 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * ** *
547033 CGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATT
66 CAGTATACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * ** *
547095 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATGTGACCAAACAAAAGGTAATAA
131 ATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAA-GTCATAA
** * * * * * **
547160 TGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTG-AC-TGATTCAATAAACAGATT
195 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTG-TTTGATAAACAGATT
* * *** * *
547223 TATATTTGAAATCAGTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTATTTTG
258 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTA-TGTTATTTTA-TTTG
* * * * * ** *
547286 -AAT-AG--GGT-TGTAT-G----CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
319 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCAT-ATGATTTAAA
* * * *** * * * *
547341 ATAGATAGTTATTCATAAA--GTCATAACTATTTGAACTGTTTCAACAAATAGATTTACTTTTTA
383 ATAGATAATTATT--TAAATTATCATAA-TATTTGAACT-TGTCGGTAAACAAATTCATTTTTTA
* * * * * * *
547404 AATCTCTCAGTTATTCATTTTTAAAATATT-ATGAAATAAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTT
444 AATCTCTTAATTATTAAATTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * **
547468 ATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-ATTGA
508 ATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-CAA
* * * * * *
547498 AACAAAAGGTTATAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAG---GAGCT-TGTT---C-AG-
1 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGT
* * * **
547554 TAAG--TA-A-ATTTATTTTTTAAATCTGCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
65 TCAGTATACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * * *
547615 TTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCAT
129 TTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAG-TCAT
** * * ** * *
547680 AATGATTTGAAAT-AGTACTTGTTCAAATACCCATAATTATTTGAAC-CGATTTGATAAACTA-A
193 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAAC-AGA
* * * * * * * *
547742 CTTATTTTT-AAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
256 TTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTATGTTATTTTA-TTT
* * * * * * *
547806 G-GATAAGCTTTTAT-AA-ACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTT-
318 GAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATA-TGATTTA
* * * *
547867 AAATAGATAATTGTTCAAA-TAGT--TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-T--TTTTTT
381 AAATAGATAATTATTTAAATTA-TCATAA-TATTTGAACTTG-TCGGTAAACAAATTCATTTTTT
* * ** * * * ** **
547926 -AATTTTTTGCTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATATTATTTGGAATAAGAA
443 AAATCTCTTAATTATTAAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * *
547989 TGTATGAACTGAAAAAAATTATTTTATAACTA
507 TATATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * ** * *
548021 AACAAAAGGTCAAAATGATTAGAAATAGATAA-TAGTTCTTATAGTCTTAACTATTTAAACTAGT
1 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
** * * * * * * ** * * **
548085 TCAACAAACACATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATTATTAATTTAACA
65 TCAGTATACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * * *
548150 ATATTTTACTC-CAGACAAGCTTGTATGAACATG-AACAATTATTTTATGACAACATAAAAATCA
129 TTATTTTAATCTGA-ATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGTCA
** * * * * *
548213 TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGA
192 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGA
* * *
548277 TTTAGTTTTT-AAGTCTTTTA-TTAATT--TTTTAAATATTAATAAA-TTA-GTATCATTTTATT
256 TTTA-TTTTTAAAATTTTTTACTT-ATTAATTTTTAATATTAATAAATTTATGT-T-ATTTTA-T
** * * * *
548336 TTGAAA-AATTTTATATGAATAG-AAACAATTATTTTACAGCAAAATAAAATGTCATTATGATTT
316 TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCA-TATGATTT
* * * * * *
548399 AAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGA-CATGACATTTGAACTTGTTCGGTGAACAAATTTATTTTT
380 AAAATAGATAATTA-TTTAAAT-TATCATAATATTTGAACTTG-TCGGTAAACAAATTCATTTTT
* *
548462 TAAATCTC-CAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
442 TAAATCTCTTAA-TTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* *
548526 TTGTATGAA-TAGAAGCAATTGTTTTATGACAA
506 TTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAA
* *
548558 AAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTAATAACTATTTGAACTCA-
1 AACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AG
* * * **
548621 CTC-G-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTA
64 TTCAGTATACAT--ATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
548683 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATTGT
126 GTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAA-AGT
** ** * ** **
548748 CATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAAGTGTCAAGA-AAAC
190 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGT-TTGATAAAC
* * *
548812 ATATTTATTTTTAAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTCTTTTAT
253 AGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTATGTTATTTTAT
** * * * * *
548876 TCAAAATAAGCTTGCATGAAT-GAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTT
316 TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCAT-ATGATTT
* * * * *
548940 AAAATAGATAATTGTTTACA-TAGTCATAACTATTTGAACATGGTTGGTAAACAGATTCATTTTT
380 AAAATAGATAATTATTTAAATTA-TCATAA-TATTTGAAC-TTGTCGGTAAACAAATTCATTTTT
* * * * *
549004 TAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
442 TAAATCTCTTAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * *
549069 TATTTGAACTTAAACAATTGTTTTATTATAA
507 TATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** * * * *
549100 GACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTGGTT
1 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * *
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66 CAGTATACATATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTG-TCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
549229 TTATTTTAATCTGAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAATAAAATAAGAAGTCAT
129 TTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAA-AAGTCAT
* *
549294 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATT
193 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATT
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258 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTTATGTTATTTTATTTGAA
* * * *
549424 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTTATAGTGATTTCAAAT
321 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATA-TGATTTAAAAT
* * *
549489 AAATAATTATTTAAATTATTATAATTATTTAAACTTGTCCGGTAAACAAATTCATTTTTTTAAAT
385 AGATAATTATTTAAATTATCATAA-TATTTGAACTTGT-CGGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAAT
* * *
549554 CTCTTAATTATTAAATTTCAAAATATTGATAAATT-GTTATTATTTTATTTCAAATGAA-CTTAT
447 CTCTTAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTAT
* * *
549617 ATAAACTGAAACAATTATTTTATGAGAA
510 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * *
549645 AACAAAAAGTCATAAAAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGATCTAGTT
1 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * *
549710 CAGTATACATATTTATTTTTAGAAATGTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
66 CAGTATACATATTTATTTTT-TAAATCTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
549775 TATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGTAGAACAAAAAGTCATA
130 TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAAC-AAAAGTCATA
* * * *
549840 ACAATTTGAAATAAATAATTTGTT-TAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATT
194 ACAATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATT
* * * * * *** * * *
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258 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTTA-TGTTA-TTTTATT-TGA
* * ** * * * * *
549965 AACAAACTTAAATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTAAAA
320 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCAT-ATGATTTAAAA
* * *
550029 TAGATAATTGTTGAAA-TAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACATAATT-ATTTTTTT
384 TAGATAATTATTTAAATTA-TCATAA-TATTTGAACTT-G-TCGGTAAACA-AATTCA-TTTTTT
* * * * * * *
550091 AAATCTCTT-ACTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTGTTTTATTCCGAATAATC
443 AAATCTCTTAATTATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* ** *
550153 -TAGTATGAATTGAAA-TTTTGGTTTTATGATAA
506 TTA-TATGAACTGAAACAATT-GTTTTATGACAA
* * * * * *
550185 AACAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAACTGA
1 AACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-A
* * * * * *** * ** *
550248 TTTGGCA-AATA-A-ATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATACTGTTAGATT
63 GTT--CAGTATACATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
550309 AGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAG
125 AGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAA-
* * * * * * *
550373 GTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACCTG-TTCAGTAAA
188 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAA
* * *
550437 TAGATTTATTTATT-AAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTA-GTATAATT
252 CAGATTTATTT-TTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTATGT-T-ATT
* * * * * * * *
550495 TTATTTCG-AATAAGCTTGAATG-ATCA-AAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA
312 TTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCAT-A
* *
550557 CGATTTGAAATAGATAATT
374 TGATTTAAAATAGATAATT
550576 GTTGAAATGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (537 bp):
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CAGTATACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGTCATAAC
AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTAT
TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTTATGTTATTTTATTTGAAATAAG
CTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATATGATTTAAAATAGATAA
TTATTTAAATTATCATAATATTTGAACTTGTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
ATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
CAATTGTTTTATGACAA
Found at i:550422 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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1 AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
547977 TTGGAATAAGAATGTATGAACTGAAAAA-AATTATTTTATAACT-AAACAAAAGGTCAAAATGAT
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* * ** * * ****
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* * * * * ** *
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1 AAATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
548221 TGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAT
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* * * *
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1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * * * * * * * *
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65 TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
548399 AAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGAC-ATTTGAACTTGTTCGGTGAAC
129 GAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAAC
** *
548450 AAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
548514 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
64 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * ** * * *
548579 GAAATAAATAATTATTCAATTAGTAATAACTATTTGAACTCACTCGATAAAT
129 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAAC
* *
548631 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * **
548695 TCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATTGTCATAATGATTTG
65 TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * *** *
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* * *
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1 AAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * ** * * * *
548874 A-TTCAAAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGTT
63 ATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
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127 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAAC
* * * * *
548992 AGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * *
549057 TTCAAATAAGCTTATTTGAACTTAAACAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTTATAATGATTTG
65 TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * **
549122 AAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTGGTTCAGTAAAC
130 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAAC
* * * *
549173 ATATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTGTTGAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AAATTTA-TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * **
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64 TTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA-AAGGTCATAATGAT
* * *
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* * *
549354 AAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TGTTATTT
1 AAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * * * * *
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* * * * * **
549480 ATTTCAAATAAATAATTATTTAAATTA-TTATAATTATTTAAACTTGTCCGGTAAAC
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* * * ** *
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1 AAATT--TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT
* * * ** * * * **
549600 ATTTCAAATGAA-CTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAAAAAT
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* * * ** *
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* * * * **
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* * * * * **
549782 ATTT-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AGTAGAACAAAAAGTCATAACAAT
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** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *** ** *
550140 ATTCCGAATAATCTAGTATGAATTGAAA-TTTTGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-CAT
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* * * * * *
550203 TTTGAAATAGATAATTATT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAACTGATTTGGCAAAT
126 TTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAAC
* * * * ** *
550258 AAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATACTGTTAGATTAGTATTATTTTATT
1 AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * **
550323 TCGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
66 TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ** *
550388 AGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACCTGTTCAGTAAAT
131 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGTAAAC
* * *
550438 AGATTTATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATAATTTTAT
1 AAATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * *
550499 TTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTG
65 TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
550564 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTG-ACATG-AT--T---C
130 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAAC
* * * * * *
550608 --AGTGA---ATAGAT-TC--ACTCATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
1 AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * **
550664 TCAAATAAGCTTGTATGGACTAAAATGATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
66 TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *** * * * ** * *
550729 AACAAATAATTGTTCATGCAGTCTTAATTGTTTGAACACTTCGATAAAC
131 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAAC
* *
550778 AAATTTATTTGTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
550843 AATACAACAA
Statistics
Matches: 2431, Mismatches: 544, Indels: 258
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 108 0.04
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Consensus pattern (179 bp):
AAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAAC
Found at i:551130 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 550927--551888 Score: 627
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 182
550917 TTTTAAACCT
* *
550927 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTTTAAGCTTGTAT-CA-TG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * *
550990 AAAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTAAAATT
66 --AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTAAAATA
* * *
551055 GCCATTA-TTATTTGAA-CTGATTTGGTAAATAGATTCA-CTTTTTAAATCACTTAG
129 GCCA-TACCTATTTGAATCTG-TTTAGAAAATAGATTCATCTTTTTAAATCACTT-G
* * **
551109 -TTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAATTAAGCTTGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAATT
* * *
551172 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTAAAATAG
* * * * *
551237 TCATACCTATTTGAATTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTG
130 CCATACCTATTTGAATCTGTTTAGAAAATAGATTCATCTTTTTAAATCACTTG
* * * *
551290 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGGTATTATTTTAGTTTGGA-TAAGCTTTTTTGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTA-TTTTGATTAAGCTTGTATGAAT
* ** ** * * * *
551353 TAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGCAACTGTTCAAA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-CAATTATTAAAA
* * * * * * * * *
551417 TAGTCATAACTATTTG-AGCTTGTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTCTCAAAT--C-T-
127 TAGCCATACCTATTTGAATC-TGTTTAGAAAATAGATTCATCTTT-TTAAATCACTTG
* * * * * * *
551469 CTTATTAATTTTTTAAATGTTAATATATTTGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAAT-T
* * * * * * * **
551533 GAAACAAATATTTTATGA-TAAA-AAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTAAAATAG
*** * * * * * *
551596 TTTTAACTATTTGAA-CTACTTTA-ACAAATACATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA
130 CCATACCTATTTGAATCT-GTTTAGA-AAATAGATTCATCTTTTTAAATCACTTG
* * * ** * * *
551648 CTTATTAA-TTTTGAAATATTATTCAATTAGAATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTATCTG-ATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGATTAAGCTTGTATGAAT-
* * * * * * *
551710 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAAT
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTAAAAT
* * ** * * * *
551773 AGTCATAACTATTCAAAT-TAGTTT-GATAAACATATTTAT-TTTCTTAAATCTCTTAG
128 AGCCATACCTATTTGAATCT-GTTTAGA-AAATAGATTCATCTTT-TTAAATCACTT-G
* ** *
551829 -TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGA
551889 CAAAAAAACG
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 116, Indels: 72
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
176 57 0.09
177 4 0.01
178 69 0.11
179 128 0.20
180 30 0.05
181 170 0.27
182 85 0.14
183 79 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (182 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAATTG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTAAAATAGC
CATACCTATTTGAATCTGTTTAGAAAATAGATTCATCTTTTTAAATCACTTG
Found at i:551869 original size:359 final size:354
Alignment explanation
Indices: 550911--552093 Score: 934
Period size: 359 Copynumber: 3.3 Consensus size: 354
550901 GGTAAATAAT
*
550911 TTTATTTTTTAAA-C-C-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAGTTTG
** * * * * *
550973 TTTAAGCTTGTATCATGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAATGCTTTGAAAT
65 AATAAGCTTATATGAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTG-AAT
* * * * * * ** * * * * *
551038 AGATAATTGTTAAAATTGCCATTATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTCACTTT-TTAAAT
127 TGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTCTTAAAT
* * *
551102 CACTTAGTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAATTAAGCTTGTAT
191 CTCTTAGTTATTAATTTT-A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTAT
* * * * *
551167 GAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTATTCA
253 GAATTGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCA
* * ** *
551232 AATAGTCATACCTATTTGAATTTGTTTAGAAAATAGA
318 AATAGTCATAACTATTTGAACTACTTTAGAAAATACA
*
551269 TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAGGTATTATTTTAGTT
1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTA-GTATTATTTTAGTT
* * * ** * ** *
551334 TGGATAAGCTTTTTTGA-ACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTT
63 TGAATAAGCTTATATGATA--AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * * ** *
551398 AAATAAGCAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTCTC
124 AATTGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTCAAATTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTCTT
* * * * *
551463 AAATCTCTTA-TTAATT--TTTTAAATGTTAATATATTTGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
187 AAATCTCTTAGTT-ATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTG
* * * *
551525 TATG-ATATGAAACAAATATTTTATGA-TAAA-AAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTA
250 TATGAAT-TGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTA
* **
551587 TTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTACTTTA-ACAAATACA
314 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTACTTTAGA-AAATACA
* * **
551628 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTCAATTAGAATTATTTTTA-AC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTTAGTT
*
551691 TGAATAAGCTTATCTGATAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAG
63 TGAATAAGCTTATATGATAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGA-
* *
551755 ATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTAGTTTGATAAACATATTTATTTTCTTAA
125 ATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTCTTAA
551820 ATCTCTTAGTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-
189 ATCTCTTAGTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGT
* * * * *
551884 -T--A-TG--AC----A----A--A-AAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
251 ATGAATTGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTATT
* * * * * * *
551932 CAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTTA-TTCAGTAAACAAA
316 CAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC-TACTTTAGAAAATACA
*
551971 TTTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTG-AAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAGTTT
* * * * *
552032 TATATAAGCTTGTATTAGCT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
64 GA-ATAAGCTTATA-T-GATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT
552094 TAAATAGACA
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 119, Indels: 98
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 13 0.02
341 55 0.08
342 18 0.03
343 66 0.10
344 3 0.00
348 1 0.00
352 2 0.00
354 7 0.01
355 68 0.10
356 10 0.02
357 55 0.08
358 43 0.06
359 105 0.16
360 6 0.01
361 55 0.08
362 7 0.01
363 76 0.11
364 49 0.07
365 18 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (354 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTAGTTTGA
ATAAGCTTATATGATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAATTGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTT
AGTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAA
ACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTACTTTAGAAAATACA
Found at i:551917 original size:164 final size:160
Alignment explanation
Indices: 551740--552046 Score: 399
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
551730 AAAACAAATA
* ** * *
551740 TCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA-TTCAAATTAGTT-TGATAA
1 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCT-ATAACTATTTCAAATTA-TTCAG-TAA
*
551802 ACATATTTATTTTCTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTT-G-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
63 ACAAATTTATTTT-TTAAATCTC----TTATTAA-TTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
551865 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACAAAAAAACGAAAGG
122 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACAAAAAAACGAAAGG
* * *
551904 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTTAACTTATTCAGTAAACA
1 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCTATAACTATTTCAAATTATTCAGTAAACA
*
551969 AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
66 AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
*
552034 TATAAGCTTGTAT
131 AATAAGCTTGTAT
552047 TAGCTAAAAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 11, Indels: 14
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.03
159 8 0.06
160 43 0.34
163 9 0.07
164 54 0.43
165 9 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (160 bp):
TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCTATAACTATTTCAAATTATTCAGTAAACA
AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATGACAAAAAAACGAAAGG
Found at i:552105 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 552074--552126 Score: 79
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
552064 TTATGACAAA
* *
552074 ACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
*
552101 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
552127 ATTAATTGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 23 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (27 bp):
ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
Found at i:552281 original size:204 final size:204
Alignment explanation
Indices: 551912--552297 Score: 557
Period size: 204 Copynumber: 1.9 Consensus size: 204
551902 GGTCATAATG
* *
551912 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTTAACTTATTCAGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCTATAACTATTTTAACTAATTCAGTAAACAAATTTATT
* * *
551977 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTATATAAGCT
66 TTTTAAATCTCTTACTAATTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* *
552042 TGTATTAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAAAA
131 TGTATTAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTAAATAGACAAAA
552107 GGTTATAACA
195 GGTTATAACA
* * ** * *
552117 ATTTGAAATAATTAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTTAACTAATTTGGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCT-ATAACTATTTTAACTAATTCAGTAAACAAATTTAT
552181 TTTTTAAATCTCTTACTAATTCTT-G-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
65 TTTTTAAATCTCTTACTAATT-TTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* *
552244 CTTGTAGGTT-G-AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACATTTT
129 CTTGTA--TTAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACATTTT
552298 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 15, Indels: 10
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
203 5 0.03
204 77 0.48
205 76 0.47
206 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (204 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCTATAACTATTTTAACTAATTCAGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTAATTTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
TGTATTAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACATTTTAAATAGACAAAAG
GTTATAACA
Found at i:552333 original size:66 final size:68
Alignment explanation
Indices: 552228--552363 Score: 204
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
552218 ATTAGTATTA
* * * *
552228 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTAGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTCATGAGAAAACAAAAGGTAATAAC
552293 -AT
66 GAT
* *
552295 TTTTATTTCAAATAAGCTAG-ATGTTGAAAAACAATTGTTTCATGAGAAAACGAAAGGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTAGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTCATGAGAAAACAAAAGGTAATAAC
552359 GAT
66 GAT
552362 TT
1 TT
552364 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 2
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
66 39 0.63
67 23 0.37
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (68 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTAGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTCATGAGAAAACAAAAGGTAATAAC
GAT
Found at i:552709 original size:162 final size:158
Alignment explanation
Indices: 552410--552718 Score: 356
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
552400 AACTATTTAG
* *
552410 TAAATAGATTTATTTTTTACATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * *
552475 TTTTGGATAAGCTTTTATGAATTTAAATAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGTTCATAATGATTT
66 TTTTAAATAAGCTTGTACGAATCTAAACAATTATTTTATCACAAATCAAAAGTTCAGAACGATTT
*
552540 TAAATAGATAACTATTCAAATTGTTCAA
131 GAAATAGATAACTATTCAAATTGTTCAA
* * *
552568 TAAATAGATTTATGTTTTCAAAATCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTATTATTA
1 TAAATAGATTTAT-TTTT-AAAATC-T-TTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
*
552632 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAA-CTAAGACAATTATTTTATCACTAAA-CAAAGGGTT-AG
61 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAATCTAA-ACAATTATTTTATCAC-AAATCAAA-AGTTCAG
*
552694 AACGATTTGAAATAGATAATTATTC
123 AACGATTTGAAATAGATAACTATTC
552719 TACTAATCTT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 12
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 13 0.10
159 4 0.03
160 4 0.03
161 4 0.03
162 88 0.70
163 12 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (158 bp):
TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
TTTTAAATAAGCTTGTACGAATCTAAACAATTATTTTATCACAAATCAAAAGTTCAGAACGATTT
GAAATAGATAACTATTCAAATTGTTCAA
Found at i:553155 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 552760--553255 Score: 412
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
552750 AAACACATTT
* * * * * *
552760 ATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACA
1 ATTTTTCAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTAGTATGAACT-GAAACA
* * * * * * *
552823 A-CTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTAT
63 ATC-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
552885 AATTGTTTGAACTAGTTTGGA-AAATAAATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATA
126 AACTATTTGAGCTTG-TTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCCTTAATA
* * **** * ** *
552940 ATTTTTGAAATATTAATAACGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTGAAACAAT
1 ATTTTTCAAATATTAATAAAGTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAAT
** * * ** * *
553005 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCT
65 CATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
553070 ATTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTA
130 ATTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTT-AAATCTCTTCCTTAATA
* * * * *
553122 ATTTTTCTAATGTTAATAAATTA-ATTTTTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACTGAAATAATC
1 ATTTTTCAAATATTAATAAAGTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATC
* * * * *
553186 ATTTTGTGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTA
66 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
553251 TTTGA
131 TTTGA
553256 ACTGGTTTGG
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 60, Indels: 14
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 153 0.61
181 61 0.24
182 35 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTTCAAATATTAATAAAGTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACTGAAACAATC
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCCTTAATA
Found at i:553596 original size:506 final size:515
Alignment explanation
Indices: 552560--554215 Score: 1243
Period size: 506 Copynumber: 3.2 Consensus size: 515
552550 ACTATTCAAA
* * *
552560 TTGTTCAATAAATAGATTTATGTTTTCAAAA--TCTTGTTTATTAATTTTT-TGAATGTTAATAA
1 TTGTTCGATAAATAGATTTAT-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCT-AATGTTAATAA
** * * *
552622 ATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAACTAAGACAATTATTTTATCACTAAACAAA
64 ATTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACTAAGACAATCATTTTATCACTAAACAAA
* * *
552687 GGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTACTAATCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAA
128 AGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAA
* * * *
552752 ACACATTTATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATTA
193 ACACATTTATTTTTT--ATATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTAAATAAGATTGTATGATAA
* * * * *
552817 GAAACAACTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGT
256 AAAACAACTTTTATATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *** * **
552882 TATAATTGTTTGAACTAGTTTGGAAAATAAATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTTTG
321 CATAACTATTTGAACTAGGTACAAAAACAAATTTAATTTTTAAA-CTCTTCCTTAATAATTTTCA
* * * ** * * **
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** * * *
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553077 C
515 C
*
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* * * *
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* * * *
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*
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* * ** *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTC-TAATGTTAATAAA
* * * * * ** *
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** * * * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * ** * *
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** * * *
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* * ** *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * ** *
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*
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Statistics
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* *
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* * *
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**
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** **
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* * * * * * **
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* ** * * * * **** *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * ** * * * ** *
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** ** * * * * * *
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** * ** * *
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* * * ** * * * *
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* * ** * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 ATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-GTATGAA-TAG
* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** * ** * *
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311 AACTAGTTGAACTTG-CTTGATAAACAAATTCATTTCTTAAATCTTTTACTC
** * * *
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* * ** * * * * * *
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* * ***** * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** * ** *
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* * * * * **** * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * **
556267 ATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTAGTATTA-TTTATTATAAATAATTTTGTATGAATAGAA
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* ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * **
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* * * * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGT
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * *** * * *
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* * * * *
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* * * *** *
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*
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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** *** ** * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * **
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* * * ** * * * * *
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* *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * * * **
555710 GCTTTAAATCTTTAACTTATCAATTTTTAAAATATT-ATAAAACTAATATTATTTTATTTGGGGT
254 TTTTTAAATC-TT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
555882 CAAATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTGTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATT
65 CAAATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTT-ATAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T
* * * * * *
555945 TTTATTTCAAATAAACATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATG
125 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * *
556010 ATTTGAAATAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGATC-GACAAAC-ACATTT
190 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACTA-ATTT
* * * * * * **
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252 ATTTTTTAAAT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * *
556137 AAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGAC-AAAACAAA
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* * * * * * *
556179 GATCATAACGATTT-AAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTTAAATTGGTTTGGTAA
1 GGTCATAACGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAA
* * * * *
556243 AGAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--T-TAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTA-TTTA
64 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** * **
556304 TTATAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTT
129 TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
556369 GAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTGATTAATTTTTT
194 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTAATTTATTTTTT
* * * *** *
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259 AAATCTT--ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* *
556499 GTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAA
322 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA
* * *
556536 GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGAAAA
1 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAA
* *
556601 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** *
556666 TCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTG
130 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
556731 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAG-AAAATAGCTTTATTTTCT
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* * ** *
556795 AAAATTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATT--TAATTATTTTA-TTTGAAATATGCT
258 TAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTG-AATAAGCT
* * * * *
556857 AGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
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* * * * * * * * * *
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1 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAA
* * * * * *
556960 CAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTTAAAATATTAATCAATTAATATTATTTT
65 CAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** * *
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128 ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * *
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192 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTA-ATTTATTT
* * *
557152 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTTTGAATAAG
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* * *
557216 CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAA
319 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAA
* * * * *
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1 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTAG-TAA
* * * * *
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** * * ** **
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* ** * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * **
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1 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAA
** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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126 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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*** * * * * ** * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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357 AA
* * * * * * * *
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1 GGTC-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGT
* * ** *
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62 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * ** * *
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* * * * * **
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192 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTAATTTATTTT
* * * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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*
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*
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1 T
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* *
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*
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* * *
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*
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** * *
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** * ** * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * * **
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTG-TTTG
* ** * * * * * * *
560785 TCATAAAACAATTATTTTTGTCCATGCAAAAC-TATTCAAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATT-GAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * **
560849 CA-TTCTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAA-ATTGTTTGCTAAACA
126 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAATT
* * * * *
560905 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTTTGAA-CTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTG-TTTG
* * * ** * * *
560969 TCATAAAACATTTGTTTCAG-T-ATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATA
64 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
561032 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTACTAAATC
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAATT
* * * * *
561084 AGATCAAATAATTATGGC-CTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCAT-TTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTT--TGTTTG
* * *
561147 TCATAAAACAATTATTTTTAG--CATACAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATT
64 TCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATT
561203 CTTTAACAGT
Statistics
Matches: 1326, Mismatches: 306, Indels: 170
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 33 0.02
155 10 0.01
156 6 0.00
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158 6 0.00
159 2 0.00
160 3 0.00
161 3 0.00
162 2 0.00
163 2 0.00
165 2 0.00
166 10 0.01
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172 1 0.00
173 2 0.00
174 6 0.00
175 140 0.11
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177 6 0.00
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183 12 0.01
184 84 0.06
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAATT
Found at i:560498 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 560152--561163 Score: 800
Period size: 182 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181
560142 TTAATAATAT
* * * ** * * *
560152 TTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAACTATCT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * * *
560215 ATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT--T-AAA-ATTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTAT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAAT-TCATAAAAACTTAT
* * * * * *
560275 TTAGAATAAAATATTTCAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGA
129 CTAGAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
* *
560329 TTTGAAAAAATAAATATCTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
1 TTT-AAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
560393 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACCTAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATC
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATC
*
560458 TAGAATAAAATAATACCTATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAAAG-
130 TAGAATAAAATAATA-CTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
* * * ** *
560510 TTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAATTTAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTCT
1 TTT-AAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
560574 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATC
* * **
560639 TGAGGA-AAAATAAAAACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGTGA
130 T-AGAATAAAAT-AATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAAAGA
* * * * * * * * *
560693 TTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTAAATAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCT
* *** * *
560756 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTCCATGCAAAAC-TAT
65 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCAT-AAAAACTTAT
* * * * *
560820 -TCAAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAACA-TTCTAAAAATTATTAAGCAAGAGA
129 CT-AGAAT-AAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGA
* * *
560875 TTTGAAAAAAATAAA-ATTGTTT-GCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTAT
1 TTT--AAAAAATAAATA-TGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
560938 CTATTTAAAGTCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGT-ATAAAAGCCTA
63 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTA
* * * *
561001 TCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-A
128 TCTAGAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-AAGA
* * * *
561056 TTTAAAAAATAAATCA-GTTTA-CTAAATC-AGATCAAATAATTATGGC-CTTTGAACAATTATC
1 TTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * **
561117 TATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTT
64 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
561164 TTAGCATACA
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 123, Indels: 71
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 6 0.01
178 120 0.18
179 34 0.05
180 4 0.01
181 167 0.25
182 238 0.35
183 22 0.03
184 83 0.12
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATCT
AGAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
Found at i:560830 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 560293--561166 Score: 933
Period size: 363 Copynumber: 2.4 Consensus size: 361
560283 AAATATTTCA
* * * *
560293 AATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATATCTTTATCAAAC
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAATC
* *
560357 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
64 -AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** ** * *
560422 ACCTAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCTAGAAT-AAAATAATACCT-ATTTATTAA
127 TCATAAAACAATTATTTTTATCCATAAAAACTTATCTAAAATAAAAAAAATA-CTGATTTATTAA
* * * *
560485 TATT-TCCAAAATTAATAAGCAAAAG-TTT-AAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTTAAA
191 CATTCT-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAATAAAATTGTTTACTAAACAAATTCAAA
* * * *
560547 TAGTTACAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAAC
255 TAGTTACAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** **
560612 AATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAGGA-AAAATAAAAACT
320 AATTATTTCAG-T-ATAAAAGCCTA-TCCAAAATAAAAT-AAAACT
* * * *
560657 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCGAATC
1 AATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AATC
* * * *
560721 AGTTCAAATAGTCATGTTCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATG-ACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
560786 CATAAAACAATTATTTTTGTCCATGCAAAAC-TAT-TCAAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAA
128 CATAAAACAATTATTTTTATCCAT-AAAAACTTATCT-AAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAA
* * * *
560849 CATTCTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAAATTGTTTGCTAAACAAGTTCAAAT
191 CATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAATAAAATTGTTTACTAAACAAATTCAAAT
** * * *
560914 AGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
256 AGTTACAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
560979 TTTGTTTCAGTATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAACACT
321 ATTATTTCAGTATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAAAACT
* * * * *
561020 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACTAAATC
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-TCAATC
* * * * * **
561084 AGATCAAATAATTATGGCCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTC
64 AGTTCAAATAGTTATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
561149 ATAAAACAATTATTTTTA
129 ATAAAACAATTATTTTTA
561167 GCATACAAGC
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 72, Indels: 32
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
362 61 0.14
363 170 0.40
364 92 0.22
365 6 0.01
366 94 0.22
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAATCAG
TTCAAATAGTTATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTATTTTTATCCATAAAAACTTATCTAAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAACATTC
TAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAATAAAATTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTA
CAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
TTCAGTATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAAAACT
Found at i:561194 original size:366 final size:364
Alignment explanation
Indices: 560492--561165 Score: 840
Period size: 366 Copynumber: 1.9 Consensus size: 364
560482 TAATATTTCC
* *
560492 AAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTTAAATAGTTACAAC
1 AAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAAAAATAAAATTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTACAAC
* * * * *
560557 TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTTA
66 TATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
* * ** **
560622 GTTCATACAAGCTTATTTGAGGAAAAATAAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACT
131 GTTCATAAAAGCCTATTCCAAAAAAAATAAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACT
** * * ** * * * * *
560687 AAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTTCATTTAAATAATT
196 AAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAGATCAAATAATCATGTGCATTTAAACAATT
** * *
560752 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTCCATGCAAAAC
261 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTACAAGCAAAAC
560817 TATTCAAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAACATTCTA
326 TATTCAAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAACATTCTA
* * * * **
560856 AAAATTATTAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAAATTGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGCAAAAG-TTT-AAAAAAATAAAATTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTACA
* * * * *
560921 ATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTT
64 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* *
560986 CAG-T-ATAAAAGCCTA-TCCAAAATAAAAT-AACACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
129 CAGTTCATAAAAGCCTATTCCAAAA-AAAATAAAAACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * *
561046 AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CTAAATCAGATCAAATAATTATG-GCCTTTGAA
192 AACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAATCAGATCAAATAATCATGTGCATTTAAA
*
561109 CAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
256 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
561166 AGCATACAAG
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 44, Indels: 12
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
362 61 0.23
363 72 0.28
364 30 0.11
365 4 0.02
366 94 0.36
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (364 bp):
AAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAAAAATAAAATTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTACAAC
TATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
GTTCATAAAAGCCTATTCCAAAAAAAATAAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACT
AAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAGATCAAATAATCATGTGCATTTAAACAATT
ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTACAAGCAAAAC
TATTCAAAATAAAAAAAATACTGATTTATTAACATTCTA
Found at i:561554 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 561217--566094 Score: 1146
Period size: 181 Copynumber: 27.0 Consensus size: 178
561207 AACAGTTATG
* * *
561217 ACCAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTCTATTC
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * *
561282 TATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * **
561347 TA-GTCTAAAAATTCATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCCGTTAGCTGA
130 TATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAATAAAT---TT-GCCAA
* * * * *
561398 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTATTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * *
561463 TGTCATAAAACAATTATTTCAGGTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAATTATTA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
561527 ATATTTC-AAAATTTTATAAGGAAGAGATTTTTTAAAAATTATATTTTCCAA
129 ATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGA--TTTTAAAAAATAAATTTGCCAA
* * * * *
561578 ACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACA-TTTGTTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * *
561642 TGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 TGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
561706 ATA-TT-TAGAAAATT-A-ATCGATAAGAGA-TTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTAA
129 ATATTTCTA-AAAATTCATAACG--AAGAGATTTTAAAAAATAAATTTG----CCAA
* * ** * * * * * *
561758 ATCATTTCAAATAGTTTTGACAATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTT
1 ACCAGTTCAAATAG-TTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* ** * * * * * * *
561823 TGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATTATGGCCATTTG
65 TGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAA-TA---CTAATT-
* * * * *** * * *****
561887 AATAGTTATCTATTT-TAAATCATT-ATGACCATTTGTTTTGTTATAAAA-AAATTGTTTTTG
124 --TA-TTA-ATATTTCTAAA-AATTCATAACGAAGAG-ATT-TTAAAAAATAAATT-TGCCAA
* ** * * * *
561947 ATCA-TTCAAGATTA-TTCGAAA-TAAAATAACACTAATTTATTAATATTTAAAAAGTATTAAGT
1 ACCAGTTCAA-A-TAGTT--AAACT-ATTTGA-AC-AA-TTA-T-CTATTT-CAAATTATT-A-T
* * * * * * * * **
562009 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACTGAAC--TTGTTTAAATAGTT-ATGACTA-TTTGAG
53 -A-ACATTT------T-ATTTTGTCATA--AAACAATTATTT---CAGTTCAT-ACAAGTTTGTT
* * * * * *
562069 C-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTC-GACAATTAATAA-GTAAAAGATTTTAAAAAA
103 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAA
* **
562130 GAAATATTTTATCAA
167 -TAA-A-TTTGCCAA
** * * * * * *
562145 ATAAGTTC--CTAGTGGAATGACTATTTGAACAATTATGTTATTTCACATTGGTTATGACATTTT
1 ACCAGTTCAAATAGT-TAA--ACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATT-ATTATAACATTTT
* * * * * * *** * *
562208 GGTTTTGTTATAAAACAATTCTTT-TGTTCATACAAGGCTTATT-TGGATTAAATAATATTAATT
61 -ATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA-GTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * ** * *
562271 TATTAATATTT-TGACAATT-ATTAA-GTAAAATATTTTAAAACTAAATATGTTTACTGAA
124 TATTAATATTTCTAAAAATTCA-TAACG-AAGAGATTTT-AAA--AAATAAATTTGC-CAA
* * * * * * * * * * *
562329 A-AAGTTTAAATAGTCATAATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * * * * * * * * *
562393 TATCAAAAAACAATTGTATCAGTTCCTA-TAGCCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGAATA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *** ** * * * *
562457 ATA-TTC-CAAAATTTATTGGGTGGGAGA-TTTAAAATATGAATTGTTTACCGA
129 ATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAAT-AA--ATTTGCCAA
** ** * * * *
562508 ATAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATTATCACATTTTGTTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * * *** *
562573 TGTCATAAAATAATTGA-TTCTA-TTCATATAAGCTTATTTTGAAGAAAATAATA-TAAATTTAT
65 TGTCATAAAACAATT-ATTTC-AGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * ****
562635 TAATATTT-TAAAAATTAATAA-GAAGA-AATTTAAAAAATAATTTTTTTTGA
127 TAATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAATAA-ATTTGCCAA
* * * * * * *
562685 A-CACGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTCATGACCTTTTGT
1 ACCA-GTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACATTTTAT
* * * * ** ** * *
562748 TTTGTTATAAACCAACTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATT
63 TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
562812 AATA-TTCTAAAAA-TCAATAA-GTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATATTTTTACCGA
128 AATATTTCTAAAAATTC-ATAACG-AAGAGATTTTAAAAAAT-AA-A--TTTGCCAA
** * * ** * * * * *
562865 ATAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * ** * * *
562930 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATAC-ATATATATTA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTA
* * *
562994 ATATTT-TAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAA
129 ATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAATAAA----TTTGCCAA
** * * * * *
563042 AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTAT--GATCTTTATT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACAT-TTTATT
* * *** * * *** * *
563105 TTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAT
64 TTGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
563170 AA-AATTCCAAAAA-T--T-A-GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGA
128 AATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAATAAA----TTTGCCAA
* * * * * * * * *
563219 ATCATTTCAAATACTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTATTT
1 ACCAGTTCAAATAGTT-AAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * * * *
563284 AGTCATAAAACAATTATTTCAATTCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * * * *
563349 CA-TTAAAAAAACTAATGA-GCAAAAGATTTAAAAAAACAAATCTATTTCCTAA
130 TATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAATAAA--T-TTGCC-AA
* * ** ** ** *
563401 ACAAGTTGAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGCCATTACGACATTTTGTT
1 ACCAGTTCAAATAG-TTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATAACATTTTATT
* * * * ** ***
563465 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTACCCTATT
64 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAT-ACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** *
563530 AATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAATAGA-TTCAAAAACTAAAGCTATTTTTCGA
128 AATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAAT-AA---ATTTGCCAA
* * ** * * * * ** * *
563579 ACCAATTCGAATTCTTATAAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTAT--GATCTTTGTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACAT-TTTATT
* * ** * * * * *
563642 TT-CCTATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTGTTC-AGATAAAAATAATAATAATTTAA
64 TTGTC-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
563705 TAATA-TTCCAAAAATTAAT-A--AA-TGA-TTTGAAAAATAAATGTGTTTGTCGA
127 TAATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAATAAA----TTTGCCAA
* * * * * * * * *
563755 ACCAATTTAAATAGTTAAAAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGATTCTGACCTTTTGTTT
1 ACCAGTTCAAATAGTT-AAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * * * * * ** **
563820 AGTCGTATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTACTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAC-AAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * ** *
563884 ACA-TTAGAAAAATTAATAA-GCATGAGATTTGAAAAAATAAATGTGTTTATCGA
129 ATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAATAAA----TTTGCCAA
* * * * * * *
563937 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * * * * *
564002 TGTCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATCAA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ****
564066 TATTTC-AAAAATTAATAA-GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGA
130 TATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAAT-AA--A-TTTGCCAA
* * * ** * * ** * * *
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1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * *** * * ** *
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65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * **
564247 ATATTTC-AAGAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
129 ATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAAT-AA---ATTTGCCAA
* * * * * *
564295 ACCA-TTACAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTT
1 ACCAGTT-CAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATT
* * * * * * * * * *
564359 CTATCACAAAACAATTGTTTTTA-TTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGT
64 TTGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
564423 AAAATTT-TAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTCATTTGCCAA
128 AATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAAT-AA---ATTTGCCAA
* * * * * * * * *
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1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * ** * * *
564541 TGTCAGAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTTTTTGGAAA-AGAATAAAACTATTTTATTA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** *
564605 ATATTT-TAAAAATTTATAA-GTAAGAG-GTTTAGAAAATGATTCTATTTACCAA
129 ATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTA-AAAA--A-TAAATTTGCCAA
* * * * *
564657 ACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* ** * ** *
564722 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATGTAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTTA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TTA
* * *
564787 ATA-TT-TAGAAATT--TAATCGGTAAGAGA-TTTAAAAAGTAAATCTACTTACCAA
129 ATATTTCTAAAAATTCATAA-C-G-AAGAGATTTTAAAAAATAAA--T--TTGCCAA
* * * ** * *
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1 ACCAGTTCAAATAG-TTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAA-CATTTTATT
* * ** * * *
564903 TTGTCATCAAACAATTAGTT-ATGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
64 TTGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** * *
564967 AGTATTTC-AAAACTTAATAACCAA-A-AAATTAAAAATTAAATCTAAT-CACTGA
128 AATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-T--TGC-C-AA
* * * ** * * * *
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1 ACCAGTTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * * * *
565084 TGTCATAAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATA
65 TGTCAT-AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* **
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129 ATATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAAT-AA---ATTTGCCAA
** * * * * * * * * * * *
565196 ATTAGTTTAAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTATCTATTTTAAATAATTTTGACCTTTTGTTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATTT
* * * * * * * *
565261 AGTTATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ***
565326 -CTTTCAAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATAGA
130 TATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAATAAA--T-TTGCCA-A
* * * * * * * *
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1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTT-ATT
* * * *
565442 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTTG-ACAAAATAAAATAATACTAATTTATT
64 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * **
565506 AATATTTCT-TAAATT-AGTAA-GTAAAAAATTTT-AAAAATAAATTTGTTTACTG
128 AATATTTCTAAAAATTCA-TAACG-AAGAGATTTTAAAAAATAAATTTG---CCAA
* * ** * * * *
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1 AC-CAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTATT
* * ** * * ****
565622 TTATCATAAAACAATTGTTT-TTTATCACAGAAGCTTAT-TTGGTTA-AAAATAATACTAATTTA
64 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
565684 ATAATATTT-TAAAAATTAATAA-GTAAGAG-GTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGA
126 TTAATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAATAAA----TTTGCCAA
* * * * * * *
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1 ACCAGTTCAAATAGT-TAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATAACATTTTATT
** * * * * * * *** ** * *
565803 TAATCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACCCAAATATATT
64 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** * *
565867 AACA-TTCAAAAAATTAATAA-GCAAAAGATTGGAAAAAAATAAATCTATTTACGGAA
128 AATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATT-TTAAAAAAT-AA---ATTTGC-CAA
** * * * * * * * * * *
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1 ACCAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACATTTTATT
** * * * * * * * *
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64 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
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129 ATATTTCTAAAAATTCATAACG-AAGAGATTTTAAAAAATAAATTTG
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Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
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GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTCTAAAAATTCATAACGAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGCCAA
Found at i:561690 original size:498 final size:498
Alignment explanation
Indices: 560720--561700 Score: 1142
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * ** *
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* * *
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** *
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* * *
561219 CAGTTCAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTCTATTCT
1 CAGTTCAAATAGTCATGTAC-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTCTATTCT
* ** * *
561283 ATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAATTTGTTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAA
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* * *
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* **
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* ** *
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255 AACAATTATTTCA-G-TATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAAAACTAAATTATTAATATTTCAA
* * * * * *
561536 AATTTTATAAGGAAGAGATTTTTTAAAAAT-TAT-A-TTTTCCAAACCA-ATTCAAATAATTATA
318 AAATTAATAAGGAAGA-A-ATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAGA-TCAAATAATTATA
* *
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380 AC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTCATTTTGTCATAAAAAAATTATTT
* * * *
561661 CTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATT
444 CTA-GCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
561701 TATTAATATT
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
495 6 0.01
496 80 0.20
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (498 bp):
CAGTTCAAATAGTCATGTACATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTCTATTCTA
TCATAAAACAATTATTTCTGTCCATACAAAACTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTTAATAAC
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TTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
TATTTCAGTATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAAAACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAAT
AAGGAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAGATCAAATAATTATAACATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTCATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTAGCATACAAG
CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCTTTAACAGTTATGAC
Found at i:561870 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 561217--561873 Score: 840
Period size: 360 Copynumber: 1.8 Consensus size: 360
561207 AACAGTTATG
* * * *
561217 ACCAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTCTATTC
1 ACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTCTATTC
* *
561282 TATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
66 TATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* *
561347 TAGTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTAGCTGAACTAGTTCAAATAG
131 TAGTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTAGCTAAACTAGTTCAAATAG
* * * * *
561412 TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
196 TTAAGACAATATGAACAATTATCCATTTCAAATTATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
*
561477 TATTTCAGGTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAATTATTAATATTTCAAAATTTT
261 TAGTTCA-GTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAATTATTAATATTTCAAAATTTT
561542 ATAAGGAAGAGATTTTTTAAAAATTATATTTTCCAA
325 ATAAGGAAGAGATTTTTTAAAAATTATATTTTCCAA
* * *
561578 ACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACATT-TGTTT
1 ACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTCTATTC
* * * * *
561642 TGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
66 TATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * ** *
561707 TA-TTTAGAAAATTAATCGA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTA-CTAAA-TCATTTCAA
131 TAGTCTA-AAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCG-TTAGCTAAACT-AGTTCAA
** * * * * * *
561768 ATAGTTTTGACAATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATCAAA
192 ATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCCATTTCAAATTATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAA
* * * * *
561833 CAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAA
257 CAATTAGTTC-AGTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
561874 TTATGGCCAT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 41, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 6 0.02
360 184 0.74
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
ACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTCTATTC
TATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
TAGTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTAGCTAAACTAGTTCAAATAG
TTAAGACAATATGAACAATTATCCATTTCAAATTATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
TAGTTCAGTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAATTATTAATATTTCAAAATTTTA
TAAGGAAGAGATTTTTTAAAAATTATATTTTCCAA
Found at i:562641 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 562073--566119 Score: 2524
Period size: 181 Copynumber: 22.5 Consensus size: 181
562063 TTTGAGCAAT
* * * * *
562073 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAGAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * **
562137 -TTTATCAAATAAGTTC--CTAGTGGAATGACTATTTGAACAATTATGTTATTTCACATTGGTTA
65 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGT--TATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCA-AATCATTA
* * * *
562199 TGACATTTTGGTTTTGTTATAAAACAATTCTTT-TGTTCATACAAGGCTTATTT-GGA
126 TGACATTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-GCTTATTTAGAA
* * * * * * * * * *
562255 TTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTATTAAGTAAAATATTTTAAAACTAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * *
562320 TTTACTGAAAAAGTTTAAATAGTCATAATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGAC
66 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC
* * * * * * * * *
562384 CTTTTGTTTTATCAAAAAACAATTGTATCAGTTCCTA-TAGCCTTA-TTCGAAA
130 ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAG-AA
* * * * * ** ** * *
562436 TAAAATAATACTAATTGAATAATATTCCAAAATTTATTGGGTGGGAGATTTAAAATATGAAT-TG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * *
562500 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATTATCACA
66 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * * * * *
562565 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAA
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* * *
562616 GAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAAATTTAAAAAAT-AAT-T
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
*** * * * * *
562677 -TTTTTTGAACACGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTCATGA
65 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * * * * *
562740 CCTTTTGTTTTGTTATAAACCAACTGTTTTTGTTCATACAAGCATA-TTCGAAA
129 CATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AA
* * *
562793 TAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATCAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *
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* ** *
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* * * *
562973 TAAAATAATAC-ATATATATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCT
1 TAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * **
563033 GTTTACC-AAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATG-
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* * * * *
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129 CAT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * ** * * * ** * * *
563211 TTTGCCGAATCATTTCAAATACTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAACC
66 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * ** * *
563276 TTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCTTACAAGCTTATTCAGAA
131 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* ** * * * * * *
563327 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAACTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAAACAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT
* * * * * *
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* * *
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*** * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--T
* * * ** * * * * * *
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* * * * * *
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127 GACAT-TTTATTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * *
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1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
** * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
563863 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTAGAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT
* * * *
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65 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** *
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* *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-A
** * * * * * *
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* * * ***
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128 ACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAG-AA
* * *
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1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * ** * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * ** * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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** * ** * * ** * ** *
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* * ** ** * *
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** * * ** * * * * ** * ** *
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* * *
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* *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * *
565550 GTTTACTGACTCAA-TT-AAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
65 GTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * **
565613 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTTATCACAGAAGCTTATTT-GGT
129 CATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * *
565665 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * ** * * * *
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* ** * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
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* * ** * ** *
565976 GACTTTTTGTTTTCCCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
127 GACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * *
566031 TAAAAAAATACTAATTTCTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * *
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65 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTA
566120 CTACCAAACA
Statistics
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* * * * * * * * *
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*** * *
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562701 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTCATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAACT
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTA-TTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
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* ** * * *
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191 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATA
** * * *
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* * * ** * * * * * *
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** * * * * *** *
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383 TCAAATCATTATTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTA
* * * ** * *
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447 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
563208 GTGTTTGCC-GAATC-ATTTCAAATACTT
512 CTATTTACCAGAA-CAATTTCAAATAGTT
** * * * *
563235 AAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATT
* * * * * * * ** *
563299 ATTTCAATTCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAACTAA
65 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * * * *
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130 T-AACTAAAA-AATT--AAAAATAAAT-TATTTACTGAACCAGTTTAAATCG-TTAAGACTATAT
* *** * * * *
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* * *** * *
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252 AT-ACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGA
* * ** ** * * ** * * *
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* * * * * ** **
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* * * * * * * *
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* * **
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** * * * * * * * *
563771 AAAAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGATTCTGACCTTTTG-TTTAGTCGTATAATAATT
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* *** * **
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* *** * * * * * *
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* * *
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* * * *
564217 ATTTGAAATAAAAATAATCCTAATTTATTAATATTTC-AAGAATTAAT----AAGAGATTTAAAA
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564277 AATAAATCTATTTA-CTGAACCATTACAAATAGTT
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* * *
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* * * * * *
564375 GTTTTTA-TTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTTAAAAATTA
65 G-TTTTAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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253 TACAAGC-TTATT-CAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTATAAGTAAGA
* * * * *
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* * * ** *
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* * *
564822 GTAAATCTACTTACCA-AACCATTTCAAATAGTT
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* * * * * * *
564855 -TTAGCTATTTGAGTAATTAACTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTT-ATTTTGTCATCAAACAAT
1 ATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGA-TTTGTCATAAAACAAT
* ** ** * * * *
564918 TAGTTAT-GTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAACTT
64 T-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
564982 AATAACCAAAAAATTAAAAATTAAATCTAATCACTGAACCAGTTTAAATCGTTAAGACTATATGA
128 AATAACTAAAAAATTAAAAA-TAAAT-TATTTACTGAACCAGTTTAAATCGTTAAGACTATATGA
* * * * *
565047 ATGATAATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTGTTCATA
191 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTTGTTCATA
565112 CAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTT
255 CAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTT
* ** * * ** * * *
565174 AAAAAATAAATTTATTTATCAAATTAGTTTAAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTATCTATTTT
320 AAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
565239 AAATAATT-TTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
385 AAATCATTATT-ACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAA
*
565303 ATAAATTAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
449 ATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* *
565368 TATTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTT
513 TATTTACCAGAACAATTTCAAATAGTT
* * * * * *
565394 ATTATTATTTGAACAGTTTTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTG
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTG
* ** *
565459 TTTTAGTTAATACAAGCTT-TGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTTAAATTAG
66 TTTTAGTTCATACAAGCTTAT-ACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * ** * * *
565523 TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTG-ACTCA-ATTAAATAATTATGGCTATTTGA
130 TAACTAAAAAA--TTAAAAATAAA-TTATTTACTGAAC-CAGTTTAAATCGTTAAGACTATATGA
* ** * * * *
565586 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTATCACA
191 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGT-TCATA
* *** * *
565651 GAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGGT
255 CAAGCTTATTCAAATT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * *
565715 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTAAAAACTATTAGAATAATTTTCTATT
318 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
565780 TCAAATCTTTATGACCTTTTATTTAATCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTATTTG
383 TCAAATCATTATTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTA
* ** * * * *
565844 GAATAAAATAACCCAAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTGGAAAAAAATA
447 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATT--TAAAAAATA
* * *
565908 AATCTATTTA-CGGAAAAAATTTAAAATAGTT
509 AATCTATTTACCAG-AACAATTTCAAATAGTT
* * * * * **
565939 ATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAA-TAGTCATGACTTTTTGTTTTCCCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTA-TTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATT
* * * *
566003 GTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAAAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAA
65 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
566068 TAA
130 TAA
566071 GCATGAGTTT
Statistics
Matches: 2686, Mismatches: 547, Indels: 269
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
530 2 0.00
531 16 0.01
532 3 0.00
533 48 0.02
534 230 0.09
535 54 0.02
536 364 0.14
537 311 0.12
538 172 0.06
539 489 0.18
540 382 0.14
541 28 0.01
542 19 0.01
543 258 0.10
544 184 0.07
545 125 0.05
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTG
TTTTAGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
AACTAAAAAATTAAAAATAAATTATTTACTGAACCAGTTTAAATCGTTAAGACTATATGAATAAT
TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCT
TATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
AGAACAATTTCAAATAGTT
Found at i:566759 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 566140--568341 Score: 1263
Period size: 181 Copynumber: 12.2 Consensus size: 180
566130 ATTGTTATAG
* *
566140 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * * * * *
566205 GA-AATCTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACATTTA
65 GAGATTTTAAAAA-TAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * *
566269 TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-CTTGATCATACAACAATTGGTTTT-TA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATT--TTTTCTA
* * *
566322 -TCATACAAGCTTTTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCTAAAATTAAT-AGTAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* *** * *
566385 GAGATTTAAAAAAT-AATTTCATTTATTGAACCAATTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATT
65 GAGATTTTAAAAATAAATTT-ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
566448 GTGTA--TCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * *
566499 TTCA-ATCAAACTTGTTTGAAATAATATAATACTAATCTAATAATATTTC-AAAATTAATAACTA
1 TTCATA-CAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *** * * *
566562 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATCA
64 AGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
** * *
566627 TCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* *
566679 TTTATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * *
566743 AGAGATTTTTAAAAT-AATTCTGTTTACCTAACCAAATCAAATAATTATGATTATTTGAACAATT
64 AGAGATTTTAAAAATAAATT-TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * * ** *
566807 GTCTATTTCAATTTATTA-CAAC------CTT-T--TAAAACAAAAGTTTT-TG
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTA
* * * * * * *
566850 TTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAAAATTTCAAAAA-T--TAAG-AA
1 TTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
566911 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCAAA-CAGTTCAAATAGTTATA-AATATTTGAGCAATT
65 GAGATTTTAAAAATAAATTTATTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATT
* ** ** * * **
566974 ATTTATTTCAAATCGCTATGATTTTTTGTTATGTAATAAAACAATAGTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * ** * *
567027 TTCATACAAG-TATATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTACTATTTTGATAATTAACAAGTA
1 TTCATACAAGCT-TATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
567091 AAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACTAATT
64 AGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AATT
* * * * *
567155 ATCTATTTTAAATCATTCT-AACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * * *
567207 GTTCATATAATCTTATTTGATTAAATTAATACTAATTTATTACTATTTGAAAAATTAATGAGTAA
1 -TTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ** ** * * *
567272 GAGAATTAAAAAAGAATTTTTTTTAAGAAAAAAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATCTAAACAATT
65 GAGATTTTAAAAATAAATTTATTT-ACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATT
* * **** * **
567336 ATCGATTTC----C-TTTTG---TTTTGTCATAAAACATAAGGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT--TTTGTCATAA--AAC-AAT-TTTT-TC-T-----
567393 AA
180 -A
*
567395 TTGGCTCTATTGATGCAAGCTTATTTCA-AATTAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAA
1 -T---TC-A-T-A--CAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * ** * * * *
567457 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTATCAAATGAGTTTAAATTGTTATGATTA
53 ATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAAT-TTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * *
567521 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTTT-T
117 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT
567584 A
180 A
* ** *
567585 TTTATACAAAATTATTTAGAATAACATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
567646 GAGA-TTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
65 GAGATTTTAAAA-ATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * *
567710 TCTATCTCAAATCATTATG-A-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* ** * * *
567760 TTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAT-ATACCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAATTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
567823 AGAGACTTTAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAGTT
64 AGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-TGAACAATT
* * * * * *
567887 TTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTCAA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTA
* * * * *
567939 TTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGC
1 TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
568002 AAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAA
63 AAGAGATTTT--AAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * ** * * * *
568067 TTATCCATTTAAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAATAAAATAA-TTGTT-TA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * *
568120 GTTCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGCT
1 -TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T
* * * * * ** *
568185 -AGAGATTTTAAAAATAAA-TCAGTTTATCTAATCAGTTCAAATAATTTTG-GTCATTTGAACAA
63 AAGAGATTTTAAAAATAAATTTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAACAA
* *
568247 TTATCTATTTCACATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTT-TCA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-A
* * * *
568303 TT-GTATAAGCCTATTTGATATAAAATAATACT-ATTTATT
1 TTCATACAAGCTTATTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATT
568342 TCAAATTGTT
Statistics
Matches: 1560, Mismatches: 333, Indels: 256
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
167 57 0.04
168 12 0.01
170 1 0.00
171 45 0.03
172 9 0.01
173 6 0.00
174 18 0.01
175 60 0.04
176 24 0.02
177 128 0.08
178 198 0.13
179 75 0.05
180 295 0.19
181 334 0.21
182 140 0.09
183 19 0.01
184 2 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
188 2 0.00
189 1 0.00
190 1 0.00
191 2 0.00
192 1 0.00
193 1 0.00
194 1 0.00
196 46 0.03
197 54 0.03
198 4 0.00
199 4 0.00
200 2 0.00
201 4 0.00
202 6 0.00
204 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
Found at i:567003 original size:348 final size:350
Alignment explanation
Indices: 566510--567162 Score: 782
Period size: 348 Copynumber: 1.9 Consensus size: 350
566500 TCAATCAAAC
* * *
566510 TTGTTTGAAATAATATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
1 TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCAAAA-TAATAACGAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
566575 ATAAATTTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATCATCTATTTCAAATT
65 ATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATCATCTATTTCAAATC
* * * * ** * *
566640 GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAATTTATACTAGCT-TATTAGGAA-TAA
130 GCTATGAACTTTTGTTATGTAATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAG-TATATT-GGAATTAA
* * * * * * *
566703 AATAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTTAAAATAATTCTGTTT
193 AATAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTT
* * *
566768 ACCTAACCAA-ATCAAATAATTATGATTATTTGAAC-AATTGTCTATTTCAATTTATTACAACCT
258 ACC-AAACAAGATCAAATAATTATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAATTTATTACAACCT
566831 TTTAAAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGT
321 TTTAAAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGT
* * *
566861 TTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAAAATTTCAAAA-ATTAA-GAAGAGATTTAAAAAA
1 TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCAAAATAATAACGAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
566924 TAAATATGTTTATCCAAA-CAGTTCAAATAGTTATA-AATATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT
66 TAAATATATTTAT-CAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGAATATATGAACAATCATCTATTTCAAAT
** * *
566987 CGCTATGATTTTTTGTTATGTAATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTATATTTGAATTAAA
129 CGCTATGAACTTTTGTTATGTAATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGTATATTGGAATTAAA
* * ** *
567052 ATAATATTAATTTATTACTATTTTGATAATTAACAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA
194 ATAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA
* *
567117 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACTAATTATCTATTT
259 CCAAACAAGATCAAATAATTATGACTATTTGACTAATTATCTATTT
567163 TAAATCATTC
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 45, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
347 11 0.04
348 194 0.77
349 8 0.03
351 38 0.15
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTTCAAAATAATAACGAAGAGATTTAAAAAA
TAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATCATCTATTTCAAATCG
CTATGAACTTTTGTTATGTAATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGTATATTGGAATTAAAAT
AATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACC
AAACAAGATCAAATAATTATGACTATTTGACTAATTATCTATTTCAATTTATTACAACCTTTTAA
AACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGT
Found at i:568267 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 567441--568298 Score: 607
Period size: 182 Copynumber: 4.8 Consensus size: 182
567431 AATATAAATT
* * * * * * * ** *
567441 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAATGAGT
1 TATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAAT
* * * * * *
567504 TTAAATTGTTATGAT-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCA
65 TCAAATAGTTAAG-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * ** * * * ** * *
567568 TAAAAAAATTATTTTTATTTATACAAA-ATTATTTAGAATAACATAATACTAATT-
129 TAAAATAATTGTTTCAATTCAGA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTC
* * ** * *
567622 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--AG--A-TTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAAT
1 TATTAACA-TTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAAT
* * * * * *
567681 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * * * **
567744 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAT-ATACCTAAAC
130 AAAATAATTGTTTCAATTCAGAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-CTATTC
* * * * ** * * * * *
567797 TAATAATATTC-TAAAATTAATAATTAAGAGACTTT-AAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATT
1 TATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATT
* * * * *
567860 CAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAGTTTTCTATTTCAAATCATTCTGACC-TTT-TTTTAGTCA
66 CAAATAGTTAAGTCTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCA
* * * *
567922 TAAAATATTTGTTTCAATTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTC
129 TAAAATAATTGTTTCAATTCAGAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTC
*
567976 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAAT
1 TATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAAT
* * * *
568041 TCAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAAT
65 TCAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * *
568106 AAAATAATTGTTT-AGTTCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTT-
130 AAAATAATTGTTTCAATTCAGAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA-TTC
* * * * *
568158 TATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAGCTAGAGATTTT-AAAAATAAATC-AGTTTATCTAATC-A
1 TATTAACA-TTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAA-CAA
* * ** * * *
568219 GTTCAAATAATTTTGGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCACATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
63 ATTCAAAT-AGTTAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
* *
568283 CACAAAACAATTGTTT
127 CATAAAATAATTGTTT
568299 TTCATTGTAT
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 90, Indels: 55
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 20 0.04
175 53 0.09
176 2 0.00
177 68 0.12
178 70 0.12
179 63 0.11
180 101 0.18
181 29 0.05
182 126 0.22
183 23 0.04
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
TATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATT
CAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
AAATAATTGTTTCAATTCAGAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTC
Found at i:568404 original size:86 final size:87
Alignment explanation
Indices: 568264--568428 Score: 194
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
568254 TTTCACATCA
* * * * *
568264 TTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTCATTGTATAAGCCTATTT-GATATAAAA
1 TTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATAGTTTCTCATTATACAAGCCTATTTAAAT-TAAAA
568328 TAATACT-ATTTATTTCAAATTG
65 TAATACTAATTTATTTCAAATTG
* * *
568350 TTATG-ACTCTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAAGCGTATTTAAATTAAA
1 TTATGAACT-TTTGTTTTGTCACAAAACAATAGTTTCTCATT-ATACAAGCCTATTTAAATTAAA
*
568413 ATAATATTAATTTATT
64 ATAATACTAATTTATT
568429 AATATTTTGA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 9, Indels: 7
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
85 6 0.09
86 51 0.77
87 9 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (87 bp):
TTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATAGTTTCTCATTATACAAGCCTATTTAAATTAAAAT
AATACTAATTTATTTCAAATTG
Found at i:568666 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 568338--572544 Score: 3193
Period size: 181 Copynumber: 23.4 Consensus size: 180
568328 TAATACTATT
* * * *
568338 TATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCGTA
1 TATTTCAAATTATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
568402 TTTAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAT
64 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * ** *
568467 AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAGTAATTCTC
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
568519 TATTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTATAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTAT
* ** * * *
568584 TTGATGTAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATAATTTAAAAAA-
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-GATTTAAAAAAT
* * * * *
568648 GAGTCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATC
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * ** **
568700 TATTTTAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTAGTTCTATGGATGTAAGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * *
568765 TTCAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAATATT-TAAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAA
65 TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
568828 TAAATATGTTTA-TGAAATAAATTGAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATT
128 TAAATCTGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * **
568881 TATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
568946 TCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTA
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * *
569007 AATATGTTTACAAGACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
130 AATCTGTTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
569058 TATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT
** * * * ** * * *
569122 TTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAA
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
*** *** * *
569185 AATGAATTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
130 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
569236 TACTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT
** * * * *
569301 CCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAA
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAA
* * * * * *
569365 TAAATCTGTTTACCGAACAAATTTAAATAGTCAAGTCTATTTAAACAATTATC
128 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * ** *
569418 TATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATAATAAAATGATTGTTTTCCATTCATAAAAGCTTA
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTA
** * * * * ***
569483 TGCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAATTTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAA
64 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAA
** ** * * *
569546 ATAAATCAATTTATAGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCT-TTTGAGCAATTATC
127 ATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
** * ** * * **
569600 TATTTCAAATCGTTATGGA-TTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCGTATAAGCCC
1 TATTTCAAATTATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTT
* * *
569663 ATTCT-AAATAAAATAATACTAACTT-TTAATATT-TAAAAAATTAATGAGTAGACAA-TTTTAA
63 ATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-A-AAGATTTAA
* * * * *
569724 AAAAAAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATA
124 AAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
569781 TATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATGTTAGTACAAGATTA
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCA-TACAAGCTTA
* * * * * * * *
569845 TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAAT
64 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
569910 AAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAGTAGTTAAGGCTATATGAATAATTATT
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * *
569962 TATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTTAAGTTTGT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTAT
** * * *
570027 TTGGAATAAAATAATA-TTATTTATTAA-ATTTTAGAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATA
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * *
570086 AATCTCTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTGTT
130 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * *
570137 TATTTCAAATCATTATTCCCATTTGTTTTGTGACAAAACAATTGTTTCTATTGATACAATCTTTT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT
** * ** * ** * *
570202 TTGGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAATTGATTTAAAAATTG
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * *
570267 AATCTATTGGCTTG-ACTAGTGCAAATAATTAT-AATAGTTTGAACAATTATC
130 AATCTGTTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATC
* * * *
570318 TATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * ** * *
570383 TTAGAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATGAGA-AAGGCAAATATTTAAAAATT
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
570447 GAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATC
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * *
570499 TATTTCAAATTGCTATAACCATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATT-TTTTCCATTCATACAAGCTT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTT--ATTCATACAAGCTT
* * * * * *
570562 ATTTCAATTAAAATAAAACAAATTTATCAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
63 ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
570627 TAATTTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT
128 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** ** * * * **
570680 TATTTCAAATTGTTACAATTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACAAATTTA
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTTATTCATACAAGCTTA
** * * * * * * *
570745 TTTGGATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
64 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
570810 AAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAATAATTATC
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * *
570862 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTGTATCAGTTCCTATAGGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * ** *
570927 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAGGTG
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
570992 AATCTATTTATCGAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTA
130 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
571043 TATTTCAAATAATTAGGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT
* **
571108 TTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
65 TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * *
571171 AAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * *
571223 TATTTCAAATGGTTATGACTTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TATTCATACAAGCT-T
* * * * * *
571286 ATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATATTC-AAAAATTTAATCAGAAAAAGATTTAAAAG
63 ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * *
571350 ATAAATCTATTTACCTAGCAAGTTCAAATAGTTATTAGTATTTGAATAATTATT
127 ATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
571404 TATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA
1 TATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA
** * * * *
571468 TTTGTAATAAAAGAATACTAATTTATTAAGATTCTGAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAT
64 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
571533 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACAATTATC
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * **
571585 CATTCCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATGA-AAAATTA
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCAT-ACAAGCTTA
* * * * * *
571649 -TTCAAA-AAAA-AATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATT-A-AA--AATAGATTT-AAAACT
64 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
571706 AAATCTGTTTACTGAAACAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
129 AAATCTGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
571758 TATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTATTTAGCCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTAC
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
571822 TCAAATTACAAAAAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
65 TTAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
571887 AAATATGTTTACCGAACCAA-TTCAAATTGTCAAGATTATTAGAACAATTACC
129 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * ** * * *
571939 TATTTCAAATCATTCTAACTTTTTCTTTACTCACAAAACAATTGCTTCAGTTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTAT
** * * * * * *
572004 TCCAAATAAATTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTTAAAAAAT
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAT
*
572069 AAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATC
129 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * **
572121 TATTT-AAAGTTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATAAAAATTTA
1 TATTTCAAA-TTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTA
*** * * * * *
572185 TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAC
64 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *** * * * *
572249 CAAAGCTATTTTTGGAACCAGTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAAATATC
128 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
572302 AATCTCAAA-TAGTTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA
** * *
572365 TTT-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAA
64 TTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
* * * ** *
572425 ATAAATGTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATC
127 ATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
572479 TATTTCAAATTATTCTGACCCAGTT-TTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATTATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTA
572543 TT
64 TT
572545 CTATTTATTG
Statistics
Matches: 3170, Mismatches: 740, Indels: 235
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
172 30 0.01
173 63 0.02
174 17 0.01
175 128 0.04
176 99 0.03
177 142 0.04
178 125 0.04
179 98 0.03
180 304 0.10
181 1535 0.48
182 554 0.17
183 65 0.02
184 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATT
TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:568794 original size:629 final size:626
Alignment explanation
Indices: 567724--568929 Score: 1374
Period size: 629 Copynumber: 1.9 Consensus size: 626
567714 TCTCAAATCA
* * * *
567724 TTATGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATAT
1 TTATGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAGTAAAATAT
* * *
567789 ACCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAATTAAGAGACTTTAAAAATAAATGTATTTACCAAA
66 ACCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATATATTTACCAAA
** * *
567854 CCAATTCAAATAGTTAAGACTATTATAATAGTTTTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTTTTAG
131 CCAATTCAAATAGACAAGACTATTATAATAATTCTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTTTTAG
* * *
567919 TCATAAAATATTTGTTTCAATTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTCTATTAACA
196 TAATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTCTATTAACA
*
567984 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAG
261 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAG
* * * * *
568049 TTAAGTCTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAATAAAATAAT
326 TTAAGTCTATCTAAACAATTATCCATTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAT
* * *
568114 TGTTTAGTTCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
391 TGTTTAGTGCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATAACTTTATTAATATTTAAAAAATT-A
* * * * * * *
568179 G-AAGCT-AGAGATTTTAAAAATAAATCA-GTTTATCTAATCAGTTCAAATAATTTTG-GTCATT
455 GTAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAATAAATTCAAATAATTATGACT-ATT
* *
568240 TGAACAATTATCTATTTCACATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTCAT
517 TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTCAT
568304 TGTATAAGCCTATTTGATATAAAATAATACTATTTATTTCAAATTG
581 TGTATAAGCCTATTTGATATAAAATAATACTATTTATTTCAAATTG
* * *
568350 TTATGACTCTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTAAATTAAAAT
1 TTATGA-T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAGTAAAAT
* ** * * * * *
568415 AATA-TTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTA
64 -ATACCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATATATTTA
* * * * *
568478 TCGAA-CAAGTTCAAATAGACATA-ACTATT-TGAGTAATTCTCTATTTCAAATTATTTTGACCT
126 CCAAACCAA-TTCAAATAGACA-AGACTATTAT-AATAATTCTCTATTTCAAATCATTCTGACC-
* * *** **
568540 TTTCTTTTA-TAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAG
187 TTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA-
* * * * * *
568604 TT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AATAATTT-AAAAAA-GAGTCTGTTTACCGAAC
250 TTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-AATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * *
568665 AAGTTCAAATAGTTATGAT-TATCTAAACAATTATCTATTTTAAAA-CATAATGACCTTTTGTTT
314 AAATTCAAATAGTTAAG-TCTATCTAAACAATTATCCA-TTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTT
* * * * *
568728 TGTTATAAAACAATTAGTTCTA-TGGATG-TAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAAC-TTA
377 TATAATAAAACAATT-GTT-TAGTGCA-GAAAAGCTTA-TGCAAAATAAAATAATAT-AACTTTA
* *
568789 TTAATATTTAAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAATAAATTGAA
437 TTAATATTTAAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAA
* * * *
568854 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA
502 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAA
568919 CAATTGTTTTT
567 CAATTGTTTTT
568930 ATTCATACAA
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 75, Indels: 45
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
626 6 0.01
627 1 0.00
628 148 0.31
629 234 0.49
630 85 0.18
631 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (626 bp):
TTATGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAGTAAAATAT
ACCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATATATTTACCAAA
CCAATTCAAATAGACAAGACTATTATAATAATTCTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTTTTAG
TAATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTCTATTAACA
TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAG
TTAAGTCTATCTAAACAATTATCCATTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAT
TGTTTAGTGCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATAACTTTATTAATATTTAAAAAATTAG
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTAAA
CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTCATTGTAT
AAGCCTATTTGATATAAAATAATACTATTTATTTCAAATTG
Found at i:569282 original size:984 final size:979
Alignment explanation
Indices: 567375--569282 Score: 2007
Period size: 984 Copynumber: 1.9 Consensus size: 979
567365 ATAAGGACCT
* * * *
567375 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTCTATTGATGCAAGCTTATTTCAAATTAAATAATATAAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATAGGCTCTATTCATACAAGCGTATTTCAAATTAAATAATATAAAT
* * **
567440 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAATGAGTT
66 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTT
* * ** * * * * * *
567505 TAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCATA
131 CAAATAGACATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTATAATA
* * * *
567570 AAAAAATTATTTTTATTTATACAAAATTATTTAGAATAACATAATACTAATTTATTAATATTTCA
196 AAAAAATTAGTTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
567635 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATT
261 AAAATTAATAAGAAATTTAAAA-C-AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATC
* * * * * *
567700 TGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
324 TAAACAATTATCTATCTCAAAACATAATGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATGCAT
* * *
567765 ACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATACCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAATTAAGAGACT
389 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATATA-CTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGACT
* * *
567830 TTAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTATAATAGTTTTCTATTT
453 TTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTATAATAATTTTCTATTT
* * * * * ***
567895 CAAATCATTCTGACCTTTTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAATTCATACATGCTTATCCAAAA
518 CAAATCATTATAACATTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAAATTATCCAAAA
*
567960 TAAAATAATACTATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAATC
583 TAAAATAATACTATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAG-AATTTTAAAAAAATAAATA
* * * *
568025 TATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGG
646 TATTTACAGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCCATCTAAAATCATTATGA
* * *
568090 CCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTAGTTCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTA
711 CCTTTTATTTTATAATAAAACAATTGTTTAGTTCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATACTA
*** * * * *
568155 CTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGCTAGAGATTTTAAAAATAAATCAGTTTATCTAATCAG
776 AACTAATAATATTTCAAAAATTAAGAAGCTAGAGATTTAAAAAAAAAATCAATTTATCTAATCAG
** * * * * *
568220 TTCAAATAATTTTGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCACATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
841 TTCAAATAATTAAGCTCATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTAGTCA
568285 CAAAACAATTGTTTTTCATTGTATAAGCCTATTTGATATAAAATAATACTATTTATTTCAAATTG
906 CAAAACAATTGTTTTTCATTGTATAAGCCTATTTGATATAAAATAATACTATTTATTTCAAATTG
568350 TTATGACTC
971 TTATGACTC
* ** *
568359 TTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCGTATTT-AAATTAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATAGGCTCTATTCATACAAGCGTATTTCAAATT-AAATAATATAAA
* * * * *
568423 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGT
65 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGT
** * * * *
568488 TCAAATAGACATAACTATTTGAGTAATTCTCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTATAAT
130 TCAAATAGACATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTATAAT
* ** * *
568553 AAAATAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GATGTAAAATAATACTAGTTTATTAATATT
195 AAAAAAATTAGTTTTA-TTCATACAAAATTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
568616 CCAAAAATTAATAAGTAAAATAATTTAAAA-AAGAGTCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
258 CCAAAAATTAATAAG----A-AATTTAAAACAA-A-TCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTT
* * * *
568679 ATGATTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTA
315 ATGACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAAACATAATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* ** *
568744 G-TTCTATGGATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAACTTATTAATATT-TAAAAAAT
377 GTTTCTATGCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT-ATACTAAAC-TAATAATATTCT--AAAAT
* * ** * * *
568805 TAGTAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAATAAATTGAAATAGTTATGACTATT
437 TAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATATATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATT
* **
568869 -TAAATAATTATT-TATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
501 AT-AATAATT-TTCTATTTCAAATCATTATAACATTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* * * * ** *
568932 TCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAATT-TATTAATATTTTAGAAATTAATAAG-AG
563 TCATACAAAATTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAG
* * * * *
568995 -A-TTT-AAAAACTAAATATGTTTACA-AGACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
627 AATTTTAAAAAAATAAATATATTTACAGA-ACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
569056 TCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCCA-TTCATACAAGCT
691 TCCATCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAATAAAACAATTGTTT--AGTTCAGAAAAGCT
**** * * * * *
569119 TATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTAAAA
754 TATGCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAAGAAGCT-AGAGATTTAAAA
* * *
569181 AAAAAATGAATTTGT-TGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTACTTCA
818 AAAAAATCAATTTATCT-AATC-AGTTCAAATAATTAAG-CTCATTAGAACAATTATCTACTTCA
** * * *
569243 AATTGTTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT
880 AATCATTATGAA-CTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTT
569283 CAATTCATAC
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 143, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
983 16 0.02
984 297 0.40
985 44 0.06
986 96 0.13
987 8 0.01
988 54 0.07
989 14 0.02
990 58 0.08
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993 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (979 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATAGGCTCTATTCATACAAGCGTATTTCAAATTAAATAATATAAAT
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTT
CAAATAGACATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTATAATA
AAAAAATTAGTTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAATAAGAAATTTAAAACAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATCTA
AACAATTATCTATCTCAAAACATAATGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATGCATAC
AAGCTTATTCAGAATAAAATATACTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGACTTTA
AAAATAAATATATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTATAATAATTTTCTATTTCAA
ATCATTATAACATTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAAATTATCCAAAATAA
AATAATACTATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAGAATTTTAAAAAAATAAATATATTT
ACAGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCCATCTAAAATCATTATGACCTTT
TATTTTATAATAAAACAATTGTTTAGTTCAGAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATACTAAACTA
ATAATATTTCAAAAATTAAGAAGCTAGAGATTTAAAAAAAAAATCAATTTATCTAATCAGTTCAA
ATAATTAAGCTCATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTAGTCACAAAA
CAATTGTTTTTCATTGTATAAGCCTATTTGATATAAAATAATACTATTTATTTCAAATTGTTATG
ACTC
Found at i:570262 original size:900 final size:886
Alignment explanation
Indices: 568336--593043 Score: 4032
Period size: 898 Copynumber: 27.4 Consensus size: 886
568326 AATAATACTA
** * * * * * *
568336 TTTATTTCAAATTGTTATGACTC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCG
1 TTTATTTCAAATAATTATAAC-CATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATCT
* *** * *
568400 TATTTAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAA
65 TATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAA
* ** *
568465 ATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAG-ACATAACTATTTGAGTAATTCTCTATTTCAAA
129 ATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTA-AT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * ** ***
568528 TTATTTTGACCTTTTCTTTTATAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGATGTA
190 TCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAACA
* * * * * *
568592 AAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATT-AATAAGTAAAATA-ATTTAAAAAA-GAGTCT
253 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAG-AAAA-AGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * *
568654 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTTAAA-ACATAATGA
315 ATTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGA
* * ** *
568718 CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTAG-TTCT-ATGGATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
378 --TTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * **
568781 -TAAACTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAA
439 CT-AACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * ** * *
568845 TAAATTGAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT
503 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTT
* * * *
568910 GTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
568 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
* * * *
568975 ATTTT-AGAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACAAGACCAATTCAAATAGTT
633 ATTTTGA-AAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCCAA-ACCAGTTCAAGTAGTT
* * * *
569037 ATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTG
696 AAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * ** *
569101 TTTCCA-TTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTA-AAATTAA
760 TTT-CAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCTAGAAATTAA
* * ** * *
569164 TAAGTAAGAGATTAAAAAAAAAATGAATTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAA
823 TAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT-ATGAACAAGTTC-AATAGTTATA-ACTATTTGAA
569228 CAATT
882 CAATT
* * ** * * * *
569233 ATCTACTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAC-ATGC
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAT-C
** * * * *
569297 TTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAA
64 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAA-TTTAAA
* * * * *
569362 AAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTTAAATAGTCAAGTCTATTTAAACAATTATCTATTTAAAA
127 AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT-AA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
569427 TCATTATGATATTTTGTTTTATAATAAAATGATTGTTTTCCATTCATAAAAGCTTATGCAAAACA
190 TCATTATGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACA
* **** *
569492 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAAAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATT
253 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAAAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * *
569557 TATAGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCT-TTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGAT
318 TATAGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-G-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-GAT
* **
569620 TTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCGTATAAGCCCA-TTCTAAATAAAATAATACT
379 TTTT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT
* * *
569683 AACTT-TTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAGACAA-TTTTAAAAAAAAAATCTGTTTACCAAAC
441 AACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA-A-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-
* * *
569746 CAA-TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATATATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTT
503 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTT
* * * *
569810 GTCATAAAACAATTATTTATGTT-AGTACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
568 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA-TACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAA
* * *
569874 TATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAGTAG
632 TATTTTGAAAATTAATAA--TAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAG
* * * * * *
569939 TTAAGGCTATATGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
694 TTAA-GCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
** * * * * *
570004 TGTTTTTGTTCATTTAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTATTTATTAA-ATTTTAGAAATTAA
758 TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAGAAATTAA
* * * *
570068 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAAT
823 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAAGTTCAA-TAGTTATAACTATTTGAACAAT
570133 T
886 T
* ** * * * *
570134 GTTTATTTCAAATCATTATTCCCATTTGTTTTGTGACAAAACAATTGTTTCTATTGATACAATCT
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATCT
* ** * * * * **
570199 TTTTTGGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAATTGATTTAAAAA
65 TATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAA
* * * ** * * * * *
570264 TTGAATCTATTGGCTTG-ACTAGTGCAAATAATTATAATAGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
129 ATAAATCTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTAAT-CTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
570328 CATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTTAGAACAAC
191 CATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACAAA
* * ** * * * *
570393 ATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAA-ATGAGAAAGGCAAATATTTAAAAATTGAATCTGTT
255 ATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAATTTGA-AAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * **
570456 TATCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCAT
318 TATAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG-T-T-ATGAT
* * * * * *
570521 TTGTTTTGTCAT-AAACTAATT-TTTTCCATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAAACAAA
379 TTTTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
570584 TTTATCAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAATAAGT
443 CTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* ** * *
570649 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTA-CAATTTTTTGTTCTATCA
508 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATC-ACCTTTTGTTTTGTCA
* *** * * * *
570713 TAAAACAATTGTTTTTTGTTCATACAAATTTATTTGGATTAAAATAATATTATTTTATTAATATT
572 TAAAACAATTG-TTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
* * * * * *
570778 TTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAGTAGTCAT
636 TTGAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAGT--T
* * *
570843 AA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTGT
696 AAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * ***
570907 ATCAGTTCCTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAAT
761 TTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAG-AAATT-A-
** * * *
570971 GAGTAAGAGATTTAAAAGGTGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAAC
822 -A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-GAACAAGTTCA-ATAGTTATAACTATTTGAAC
571036 AATT
883 AATT
** * * *
571040 TTATATTTCAAATAATTAGGA-CATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
1 TT-TATTTCAAATAATTATAACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATC
* * *
571104 TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
64 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
* * * * * *
571169 ATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATG
129 ATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TA-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
571234 GTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAATAAA
192 ATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAACAAA
* * * * *
571298 ATAATACTAGTTTAATAATA-TTCAAAAATTT-AATCAGAAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATT
255 ATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* *
571361 TACCTAG--CAAGTTCAAATAGTTATTAG-TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAT
318 TA--TAGAACAAGTTCAAATAGTTA-T-GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-
* * ** *
571423 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGTTTATTTGTAATAAAAGAATACT
378 -TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT
* * * * * *
571487 AATTTATTAAGATTCT-GAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
441 AACTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
* * * * ** * * *
571551 AGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACAATTATCCATTCCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGT
505 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGT
* *
571616 CATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATGA-AAAATTATTC-AAA-AAAA-AATACTGATCTATTAATA
570 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
* * * * * *
571677 TTTTAAAAATTAA-AA-ATAGATTT-AAAACTAAATCTGTTTACTGAAA-CAATTCATA-TAGTT
634 TTTTGAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-C-CAAACCAGTTCA-AGTAGTT
* * * *
571737 ATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA--TTTT-TATTTAGCCATAAAACAAT
696 AAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTA-TCATAAAACAAT
** * * ** * * * * *
571799 TGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-CTCAAATTACAAAAAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAAT
758 TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAA-TA-AAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAGAAA-
* * * * * *
571863 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAA-TTCAAATTGTCA-AGATTAT
819 T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAA-CAAGTTC-AATAGTTATA-ACTAT
*
571926 TAGAACAATT
877 TTGAACAATT
** * * ** * ** * * * *
571936 ACCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTCTTTACTCACAAAACAATTGCTTC-AGTTCATACAAGC
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATC
** * * * * * *
572000 TTATTCCAAATAAATTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTTAAA
64 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAA
* * *
572065 AAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-ATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AA
127 AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTA-AT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * ** * *
572128 AGTTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATAAAAATTTATCCGAAA
189 A-TCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * ** *
572192 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGCAAGAGATTTAAAAACCAAAGCT
251 CAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * *
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754 C-AA-TTG-T-TTCAGTTCATATAAGCTT-ATTTG-GA-AT-AAAA-TAATAT-AATTTATT-AA
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* * ** ** *
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866 GTTAT-AACTAT--TTGAACAATT
* * * *** *** * *
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* ** ** * * * *
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* * ** ** * ** *
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* * ** * ** * * * *
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** * * * **
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* ** ** * * *
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308 TAAATCTATTTATAGAACA-AGTTCAAATAGTTA-TGCTATTTGAACAA-TT-ATC--T-----A
* * * * * * * * * * * *
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** * ** * * * * *
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* * * *
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** * ** * * ** * * * ** **
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* * * ** * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
573616 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TTTAT-TCTTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCA
708 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* *** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TT-TATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATC
** ** * * ** *
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127 AAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * ** *
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189 ATCATTATG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACA
* * * *
574060 AGATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG----AGATTTAAAACATAAATC-AG
253 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-
** * * * * * *
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316 TTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-GAT
* * * * * *** *
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379 -TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACT
* * * * * **
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441 AACTTAT-TAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * ** * * * ** * *
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504 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATTGTTATCACC-TTTTGTTT
* * * * * ** * * * *
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567 TGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTA
* * * * * ** * *
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* * * * *
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817 AATTAATAA--GAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAAGTTCAATAGTTATAACTATT
574694 TGAACAATT
878 TGAACAATT
* * * * * * * *
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1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAT
** * * * ** ** * * *
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* * * * * * *
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128 AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
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191 CATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAACAA
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574958 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTTAGTGATTTAAAAAATAGTTAAAATC
254 AATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGA-AA---A--GA---AAAAGAT--TTAAAA-A
* * * * * * *
575023 ATTAA-CAATTTACCA-AATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTTAAA
307 ATAAATCTATTTA-TAGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * **
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369 T-AGTTA-T-GATTTT-TTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAA
* * * * * * * *
575146 TAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT-CAAAATAAATTTG
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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685 T-TCAAGTAGTT--AAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * *
575458 CAT---AC-A-TG-TT-AG--C---T----TT-TTTGAAATAAAATAAAACGAATTTAT-TAATA
747 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAA-TT-TATTA-A
* * * * * * * * * * * *
575505 T-TGCAAAAATTAATATGTAAGAGCTTTAAAAAATAATTTTGTTTTCTTAAGC-AGTTCAAATAA
808 TATTCTAGAA--ATTA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATGAA-CAAGTTC-AATAG
* *
575568 TTATAACAATTTGAATAATT
867 TTATAACTATTTGAACAATT
* ** ** * * * * * *
575588 ATCTATTTCAAATCGTTATGTCCCTTTGTTTTATCATAAAACAAATGGTTT-TGTTCATATAAGT
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAA-T
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575652 -TTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTGATATTTC-AAAAATTAATAAG---GGATTTAAA
63 CTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
* * * * * * ** *
575712 AAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACAACTTGAGTAATTATTTATTTCAA
127 AAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** *
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189 ATCATTATG-ATTTTTGTT-TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAAAA
* * * * * * * *
575838 TAAAATAACACTAATTTATTAGTATTTTGACAA-TT-AATAAGTAAAAAGTTTTTAAAAATAAAT
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* * ** * * * *
575901 ATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTC---TA-TTCA
313 CTATTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATAGTT-A
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* * ** * ** * * * * * **
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** * * * * ** ** * * * *
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* * * * * * ** * *
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554 T-CACCTTT-TG-TT-TT--GTCATAAAA-CA-ATT-GTTT-TTGTTCATACAAAA-TT-AT---
* * * * * * *
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604 TCAA-A-A--TAAAATAATACTAATCTA-TTA--ATA-T-TTTGAAAATTAATAATAGA-GATTT
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659 AAAAAATAAATATGTTTCCAAACCAGTT-CAA-GTAGTTAAGCTAT-TT-GAATAATTATCTAT-
* * **** **** * * * * * *
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719 TTCA-A-ATCG-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AAT--TGTTTC---AGTTCATATAA
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775 GCTTATTTG-GAA-TAAAATAATATAATTT-ATTAATATTCTAGAAATTAATAAGAGATTTAAAA
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576429 CTATATGAA-C-AATTAT---CTATTTTAA-A-TCAT---TA--TG-AC-CTT
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191 CATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACAAA
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576760 ATCA-AACAAGTTTCAAATAGTTATAAATATTT-ATGCGATTATTTATTTAAAATCA-TTATGAC
319 AT-AGAACAAG-TTCAAATAGTTAT-GCTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-
* * *
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378 -TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATAC
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576885 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
440 TAACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
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504 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTG
* ** * ** *
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569 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTC-ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
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633 ATTTTGAAA-ATTAATAAT--AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAG
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694 TTAAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-
* ** ** *
577207 TCTTTTTTGGTTCATCCAAGCTTATTTTGAA-AATAATGCAAATTTATTAATATTAAAGCAATTA
757 T-TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAA-AAT---AA--TA-TAAT-TT------ATTA
** * *
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807 ATATTCTAGAA-A--TT--AA-TAAGA--GATTTA---AA-AAA-T-AAATC--TAT-T-TA--T
* *
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852 --G--A--A---CAAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
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1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATCT
* * * *
577442 TATTTGAAATAAGATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAC
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* ** * * * * * *
577505 AAAA-GAATAGGTTTACTGAATAAGTTGAAATAGTTATGAT-TATCTCAACAACTATCTATTTTA
126 AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TA--ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * * * * ** * *** *
577568 AA-AATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATGTAAGTTTATTTTGAATA
188 AATCATTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACA
* * * *
577632 AAATAAT-TTAAATTTATTAATACTCCAAAAATT-AATAAG-TAAA-ATTTAAAAAAAAATAAAT
253 AAATAATATT-AATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTT---AAAAAATAAAT
* * * * * *
577693 ATATTT-TCTGAACACGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
313 CTATTTAT-AGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
577757 GACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGATT-TTTCAAAATGAAATAA
376 GA--TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
* * * * * *
577820 TACTAATTTATTAAAATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATCG
437 TACTAACTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
** * * * **
577884 AGTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTT
501 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTT
* ** * * * ** *
577949 TTGTCACAAAACAATTGCATCTATTTATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
566 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTA
* * * * * * * *
578014 GTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CATGTTCAAAT
631 ATATTTTGAAAATTAATAA--TAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCA-GTTCAAGT
* * * * * * * * * * * *
578078 AGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTAGTTCAAATCGTAATGGCATTTTGTCTTGTCGTTAAAG
692 AGTTAAG-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* ** ** ** *** * *
578142 AATTCTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TTGATA
755 AATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCTAGA-A
* *
578206 ATTAATAAGAGATTT-AAAAATGAAATATATTTACTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
818 ATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTA-TGAACA-AGTTC-AATAGTTATAACTATTT
578269 GAACAATT
879 GAACAATT
* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * **
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*
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* * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * **
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* ** * * * * * *
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* * * *
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314 TATTT-ATAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
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377 ATTTTT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * ** * * * *
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** * * * * * *
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* * ** * * *** * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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632 TATTTTGAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAG
* * * * * * *
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694 TTA-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
** * * * * * *
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758 TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAGAAATTA
* * * * *** *** *
580003 GTTTAGACTATTAGAATAATTATATGCTTCAAATC-ATTT-TG-ACTCTTTGTTTAGTCATAAAA
822 -ATAAGA-GATT-TAA-AA--A-A----T-AAATCTATTTATGAACAAGTTCAATAGT--TATAA
* ***
580065 CAATTTTTTCAATT
873 CTATTTGAACAATT
* * * * *
580079 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTA-ATACTAATTTATTAACAT-TC-TAAAAATTAATAAGA
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** *** * * * ** * * * ** *
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48 TTC-T-ATTCATACAATCTTATTTA--AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * * ** * * * * *
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109 AAT-AAGTAAAAAT--TTAAAAAATAAATCTG-TTT-AC-T-GAACAA--G-TTCA---AATAGT
* * * ** ** *
580261 AAGCTTATTTGGAATAAACTAATACTAATTT-ATTAAT-ATTCCAAAATTAATAAGTAAAAATT-
161 AATC-TATTT-GAA-CAA-TTAT-CT-ATTTCA--AATCATT--ATGATT--TTTGT----TTTG
* * * ****
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* * *** *
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262 TAATTT------ATTA--ATATTTCA-AAATT--T-GAA-AA--G-----A---A-A-AAG---A
* * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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430 A-AAA-TAATACTAACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* *
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613 A----A--T-AA-T--ACTAAT-CT-A-TTAAT-AT-TT-TGAAAA-TTAATAA-TAGA-GATTT
* * * * * * * * ** * * *
580887 AAAAAATAAATGTATTTGTCGATCCTGTTTAAATAAATAAGATAATTAT-AATGATTATTTATTT
659 AAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAGTTAAGCT-ATT-TGAATAATTATCTATTT
* * * * * * ** **
580951 TAAATTGTTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATATGAATA-TTCA
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* * *
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785 A-ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAG--AG--A-TT--TAAAAAATA
* *
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841 AATCTATTTA-TGAACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * * * * * * *
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* *** * * ** * *
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62 TCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAA
* * * * * * *
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126 AAAATAAATCT-GTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTAAT-CT-ATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
581317 CAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCCTTTC-A-TCATACTAGCTTATTCG
186 CAAATCATTA-TGATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
581380 TAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA-AATAGAGATTTAAAAAATAA
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* * * * * * *
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311 ATCTATTTATAGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
*** * * * * * * ** *
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374 ATGATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
* * * * * * *
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438 ACTAACTTATTAATA-T-TTA-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * *
581625 AAACCAA-TTCAACTAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTG
500 AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTG
* * * * * * *
581689 TTTTATCCTAAAATAATT-TTTTCAGTTCTTACTAACTTATT-AAGAATAAAATTAA-A-TAAAT
564 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAAATTATTCAA-AATAAAA-TAATACT-AAT
* ** * * * * * * *
581750 TTATTAATATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGATATAATAAATAATTTTGTTTGCTAAGCTAGTT
625 CTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AAT-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTT
* * * * * * * * *
581815 GAAATAATTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
687 CAAGTAGTTAAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
581880 AAACAAATGTTTTTA-TTCAAATAA--TTATGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATT
751 AAACAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTA--TTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * * *
581941 -TTGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAGAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTT
812 CTAG-AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAA-CAAGTTCAA-TAGTT
*
582004 ATAACTATTTGAATAATT
869 ATAACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
582022 ATTTATTTCAAATAGTTATGACTA-TTG---T-TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAGTCT
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATCT
* * * ** * *
582082 TATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAA
65 TATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT---AA
* * ** * **
582147 AAAAAAGAATCTATTGGCCT-AACTAGTGT-AAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTT
126 AAAATA-AATCTGTT-TACTGAACAAGT-TCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTT
** * ** * * * * * **
582210 CAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTATTCACACAAGCTTATTTGAA
186 CAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * *
582275 ATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AATAAG----AGATTTAAAAAATGAAT
250 ACAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
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313 CTATTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
* * * *
582397 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTATTCTATTCATAGAAGCTTATGTCAAATAAAATA
375 TGA--TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * **
582460 ATAC-AATTTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGAATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC
436 ATACTAA-CTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* ** * * * *
582522 CAAATAAGTTTGAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTG
499 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTG
* * ** * * * *
582587 TTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCTTATTTGAATTAAAAAAATATTAATTTA
564 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
* * * * * *
582651 TT-ATATTTAGACAATTAATAAATAAACTATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAA
628 TTAATATTTTGAAAATTAAT-AATAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAA
* * * * * ** *
582715 ATAGTTATAACTATTTGAATAACTATCTACTTCAAATCATTATGAAATTGTGTTTT-TCTATAAA
690 GTAGTTA-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC-ATAAA
** * * * *** *
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753 ACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAGA
* * ** * *
582844 AATTAATGACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTA
817 AATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAAGTTC-AATAGTTATAACTA
*
582909 -TTCAGACAATT
876 TTTGA-ACAATT
* * * * ** * *
582920 ATCTT-TTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTCTATTCATACAAG
1 -T-TTATTTCAAATAATTATAACC-ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAT
* * * * * *
582984 CTTATTCT-AAATTAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTTATTAAGTAGAAATTT-AA
63 CTTATT-TAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
* * * * *
583047 AAATAAATTTGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA
127 AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * ** * * ** *
583112 T-ATTTATGACCTTTCATTTTGTTATAAACCAATTGTTTCT-TTTAGACAAGCTTATTTGAAATA
190 TCA-TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACA
* * * ** * * *
583175 AAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AATATGCCAAAGATTTAAGAAATAAATTTGT
253 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
583239 TTATCGAACATGCTCAAATAGTTATCACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCT
317 TTATAGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA--T
* * * *
583304 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
379 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTA
* ** * * *
583367 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
442 ACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* *** * * * * *
583432 TTTAAATAACCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
507 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
583497 TAAAAAAATTGTTTTTGTTGATATAGAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTT
572 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
* * * * * * * * * *
583562 TAAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGAC
637 TGAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAGTTAAG-C
* * * * * * *
583625 TATTTGAACAAGTATCTATCTCAAATCATTCTGA--TATTT-ATTTATCATAGAACAATTGCTTT
700 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTT
** * * *
583687 -TTTTCATATAAACTTATTT-GAAT----TAAGATAA--TACT-A-ATT-T---AA-TAATAA-A
763 CAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGA
* * * * * * *
583736 -A--T---AAAT--GTGT-TTTGCT-AGGCCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATT
828 GATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATGA-ACAAG-TTCAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATT
* * ** * * ** * * ** *
583788 ATCATTTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTACTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATTAGC
1 TTTA-TTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATC
** * * *
583852 TTATTTGGAATAAAA-AA-ATT-A---A-T-A-A-GC-----------AAG--AGATTTTAAAAA
64 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
* * * *
583894 ATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGCTCAAAT-GGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
129 ATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTA-AT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** * * * *
583957 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTATCCAAAA-TA
190 TCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACAA
* * ** * *
584021 AATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAT-TAAAG-ATGAGA-TTAAAAACTAAAGT-TG
254 AATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-TGAAAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTA
* * * **
584082 TTTTTCGAACTAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAAC-ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC
316 TTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAT-
* * * * * *
584146 TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT-AATCATACAAGCTCA-TTCAGATAAAAATAATACTA
379 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTA
* ** * * *
584209 ATTTCATT-ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCA
442 ACTT-ATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CA
* * * * ** * * *
584273 A-TTCAAAT-GATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAG
505 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTG
* ***** ** * * **
584336 TCATAAAATAATTGTCCCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA
569 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
*** * * * * *
584401 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-GAAAAT---T-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
634 TTTTGAAAATTAATAA--TAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAGTT
* * * * * * ** *
584461 ATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGATTTGCCTTAAAACAATTG
696 AAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * ** * ** *
584526 TTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAACTAATACTGCTTTATTAATATT-TCAAAAATTAA
760 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AGAAATTAA
* * ** *
584590 TAAGTGAGATTTAAAAAATAAATC-ACTTAACTGAACAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
823 TAA--GAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-TGAACAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAAC
584653 AATT
883 AATT
* * ** * * * * * *
584657 ATCTAATTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTCA-ACATACAAGC
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAATC
* * * * ** * * ** *
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64 TTATTTAAAATAAAATA--ATATTA-ATTT--ATTAATATTCAAA-AA--ATTAAT-AA-GTA-A
* * * * *
584785 AGCTTATTTCAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAA
118 A---AATTT-AAA-AAATA-AAT-CT-GTTTACTGA-A---CAAG---T--TCA-A-A--T---A
* * * *
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159 GT-AATCTA--T------TT-G----AACAATTAT--CTAT-T--TCAA--ATC-ATTAT--GAT
* * * * * *
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** * * * * * ** * **
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256 TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTGAAAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-
** * * ** *
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319 ATAGAACAAGTTCAAATAGTTATGCTATT-T--GAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGA--
* * * * * * ** * *
585102 TTTTATTTTGTCATAAGACAA-T-TATTCCAGCTCATACAAGTTTATGCCGAATAAAATAAAACT
378 TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT
* * * * * * * * * * *
585165 AATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTT--AAAATAATTCTATTTATCGAACCA
441 AACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * **
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506 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * * *
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570 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
* * * * *
585356 TTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTT
635 TTTGAAAATTAAT-AAT-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAG-TT
** * * * * * **
585421 TGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTGTAACTTTTTGTTTTCTCATCGAACAATTAG
696 AAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-G
* ** *
585486 -TTCTA-TTCATATTATTTTATTTGGAATAAAATAATACT-ATTTAATAATATT-T-GAAACTTA
760 TTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAGAAA-TTA
* * * * * * *
585546 ATAACCAAGAAAATT-AAAAATAAATGTAATTGTGGAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATATG
822 AT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-GAA-CAAGTTC-AATAGTTATAACTATTTG
**
585609 AATGATT
880 AACAATT
** *** * * * * * *
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1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA-TC
* * * * *
585680 TTATTTTGAAAA-AAAATGATA-CACAATTATGAATATTTC-AAAAATTAGATAAGTAAGGAGAT
64 TTA-TTT-AAAATAAAATAATATTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAAATTA-ATAAGTAA--AAAT
* * * * *
585742 TTGAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAG-TCAATATGGTTTAAGACTA-TT-ATA-AATTA-CT
122 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAA-ATAG--TAA-TCTATTTGA-ACAATTATCT
** * * * * *
585802 CATTTCAAAATCATT-TGACCTTTATTATAGTCA-AAAACAA-TGCTT-AAGTTCATACAAGCTT
182 -ATTTC-AAATCATTATGATTTTTGTT-TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * * * * *
585863 ATTGAGAA-TAAATAATACTAA-TTATCAACATTCCAAAAATTAAATAAGACAGAAA-TTTTAAA
243 ATTCAAAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGA-A-AAAGATTT-AA
** * * * *
585925 AAATATAAATC-ATTTACCGAA-AAG-TCAAATA--TATTCCTATTTGAACCA-TGTCTA-TTGA
304 AAA-ATAAATCTATTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * ****
585983 AATA-TTATGAATTTATTTTGTCAT-AAACAA-TG-TTTT-AGCTAATACAAGCTTAGAAGAAA-
367 AATAGTTATG-ATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATATAAGCTTATTTCAAAT
* * *
586042 AAAATAATACTAA-TTTTTAATATTT--CAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TG-
430 AAAATAATACTAACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * * * ** * *
586100 -TATGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACAGCTATGACCT
495 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCT
* * * ** * *
586163 TTAT-TTTTATTATAAAACAATTGTTTTTGATT-ATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTA
560 TT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * * *
586226 ATTTATT-A-ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGCCAT
623 ATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAG
* * * * * * * * * *
586289 TTCAAATAGTTATGACTATGTCAACAATTATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGCTTTGTC
685 TTCAAGTAGTTAAG-CTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * * * *
586352 ATAAAATAATTGTTTCTA-ATAATATAAGCTTA-TT-CAATTAAAAATAAAATTAATTGAATAAT
748 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAA-T-AAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * * *
586414 ATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACTAGTTCAAATAG
809 ATTCTAG-AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATGAACAAGTTC-AATAG
* * * *
586478 TTAAAATTATTAGAATAATT
867 TTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
586498 ATCTATTTGAAATCATTCTGACC-TTT-TTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATAATACAAG
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATACAAT
* * * * *
586560 CTTATTTAGAATAAAATAAT-CTATATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAG---AGATTTGAA
63 CTTATTTAAAATAAAATAATATTA-ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTT--A
* * * * * * *
586621 AAAAAAAAAT-TATTTACCGAGCAAGCTCAAA-AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTA
125 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATC-TATTTC
** * * ** * * * *
586683 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTT-TAGTCAAAAAAGCTTATCCAAAA
187 AAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * ** * * * *
586747 TAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATT-AATAAGCTACATATTTACAAAATAAATTT
251 CAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
586811 GTTTTCTA-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATATTTAAAATCGTTATGA
315 -ATTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* * *
586875 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-TGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAACAAT
378 --TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT
* * ** * * * *
586937 AATAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGTGACTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAA
438 ACTAACTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
587001 ATCAA-TTCAAATAATTATCG-CAATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTT-T
502 A-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGT
** ** * * *
587063 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATC
565 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATT
* ** * * * * * *
587128 AATGTTTCAAAAACTAAT-A-AGAGATTTAAAAAA-AAA-AT-TTACCTAACCAATTCAAATAAT
630 AATATTTTGAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCCAAACCAGTTCAAGTAGT
* * * ** * * *
587188 TATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTCATCATAAAATAAAT
695 TAAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CAA-
* * * * * * * *
587253 TTTTTTC--TTAATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATT-TTGAAAAC
757 TTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAG-AAAT
* * * *
587315 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTATCAAACTAGTTCAAATTA-TTATGACTATTT-AA
820 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-GAACAAGTTC-AA-TAGTTATAACTATTTGAA
587378 CAAATT
882 C-AATT
** * ** * * * * *
587384 ATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCT-ACTATAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGC
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATC
* * * *** * * *
587448 TTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTCAAAA
64 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAA
* * * * * * *
587513 AATAAATATGTTTACCT-AACTAGATCAATTAGTCATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA
128 AATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
587577 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCAAAATAA
190 TCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACAA
** * * ** * * * *
587642 AATAATACCAATTTATCAATATTTTGAAAA-TT-AATAATTAAGAGATTTCAAAAAATGAATTTG
254 AATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
587705 TTTATCA-AATAAGTTTAAATAATTATGATAATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCA-CTATAA
316 TTTAT-AGAACAAGTTCAAATAGTTATGCT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA
* * ** * *
587768 CTTTTTGTTTTATCATAAAA-TATT-TTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-
378 --TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * * * * ***
587830 TAAAATTATTAATA-TTAAGACAATTAATTAGTAAAAAATTTAACAAATAAATGTGTTTATTGAA
440 T-AACTTATTAATATTTAA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * *
587894 CTAA-TTTAAATCGTTATGTCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTT
503 C-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTT
* * * ** ** * * *
587958 TGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
567 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAA
* * ** * * * * *
588023 TTTTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTTTAAAA-ACATATGTTTACCAAACAATTTGAAATAG
632 TATTTTGAAAATTAATAA-TAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAG
* * * * * ** *
588087 TCATGACAATTTGAATAACTAACTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAAACAA
694 TTAAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAA
* * * * * *
588152 TTGTTTTAGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
757 TTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAGAAATT
* ** * *
588217 AATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAACCATA-TTCAAATAGTTATGACTATCT
821 -A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAA-CA-AGTTC-AATAGTTATAACTATTT
*
588281 AAACAATT
879 GAACAATT
* * * * * * * * *
588289 ATCTATTTTAAA-ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAGC
1 -TTTATTTCAAATA-ATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATC
** * * * *
588353 TTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATCAA-TAAAAATTTTAAA
64 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-AAGTAAAAATTTAAAA
* * ** * * * *
588417 AATAAATCTATTTTCTTG-ACACTTTCAAATACTTATGACGATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
128 AATAAATCTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * ** * * *
588481 T-AGTTATGACAATTTATTTTGTCTTAAACCAATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATA
190 TCA-TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACA
* * * * * * * * *
588544 AAATAATACTAATTTATTAAAAATTAAAAAATT-AATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGT
253 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* *** ** * * *
588608 TTATCGAGTGAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATAT
317 TTATAGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG--AT
* * ** * * * *
588673 TTTATTTTATCGTAAAACAATTGCCTCT-ATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATATTA
379 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTA
* * ***
588736 ATTTATTAATATTCT-AAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAAT-T-TTTCACCAAAC
442 ACTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTT-ACCAAAC
* * * * * * * *
588798 AAATTAAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTT-TTGTT
504 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTT-TT
* * * *
588861 G---TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTC--AA-AAAA-AA-ACTAATTTATTAAT
568 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
** * * * * * * * *
588918 ATTTCAAAAATTAAT-A-AGAAATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTA
633 ATTTTGAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAGTTA
* * * * * * *
588981 TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
697 AG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-
* * * * * * * ** * *
589045 TTTTA-TTCATATAAGATTATTTGGAGA-CAAATATTGCTAAATTAATAATATAATAAAAATTGA
760 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGA-ATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCTAGAAATTAA
* * * * * * ** ** *
589108 TAAGATATTTAAACAATAAATGTGTTTGTTAAGCTAA-TTCAAATAGTTACGACTATTAAAACTA
823 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAA-C-AAGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAA
589172 TT
885 TT
* * ** * * * * *
589174 ATCTATTTTAAATCGTTCTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTC-AGTTCATAC-ATG
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAT-
** * * * * *
589237 CTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTC-AAAAACTAATAAGTAAGAAATTAAAA
63 CTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAA
* * *
589301 AAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAGGA-CTATTTGAACAATTATCTA-TTCAA
127 AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TA--ATCTATTTGAACAATTATCTATTTC-A
* * * * * * *
589364 AATAAATATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
188 AATCATTATG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * ** * *
589428 TAAAATAAT-TTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAGT-TA
251 CAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAAAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
589490 GTTTATCA-AATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTA-CTACTTCAAATCA-TTAT
316 -TTTAT-AGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT
* * *
589551 GAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCATATTT-AGAATAAAATAA
376 G-A-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
* * * * * * *
589614 TATTAATTTAATAATATTAAAAAAAATTAATAGGTAGCAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTT---
437 TACTAACTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * * * *
589675 -ATC--G---AACTAG--CT-CCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACGTTTTGT
500 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGT
** * * * * ** *
589731 TTCATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTT-TTTAGAAATAAAATAATACTAA-CTTA
565 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCA-AAATAAAATAATACTAATC-TA
* * * * * **
589794 ATAATATTTTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGTAGTGT-A
628 TTAATATTTTGAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGT-TCA
** * * * *
589858 AACAATTAAG-AATTTATGAATAATTATCTATTCCAAATCGTTATGA----TTGTTTTGTCATAA
689 AGTAGTTAAGCTA-TT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * ***
589918 AATAATTGTTTCAATTCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCA
752 AACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-A
* ** * * * * * **
589982 AAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAATGTGAATTTGTTTACTGAATC-AGTTGAAATAATTATGG
815 GAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAA-CAAGTT-CAATAGTTATAA
* * *
590046 CCATGTCAACAATT
873 CTATTTGAACAATT
* * * * * * * ** * *
590060 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TAGAACATTCAAGC
1 -TTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATC
* * * * *
590124 TTA-TTCAAATAAAATAATATCAATTTATTAATCTTTC-AAAAATTAATAAGGAAGAGATTT-AA
64 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAA
* * * * * * ** *
590186 AAATAAATCTTTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTAAAGTTCAAA
127 AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAAT--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * ** *
590251 TCATTATAACCTTTTGTTCTT-TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACTAGCTTATTTTAAATA
190 TCATTATGA-TTTTTGTT-TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACA
* * * * ** * * *
590315 AAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATT-AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
253 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
590379 TTGTCGAACCAGTTCAAATAATTAAGAC-ATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT
317 TTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG--AT
* * *
590443 TTTGTTTTGTCACAAAACAATT-TTTTTAATTCATACT-AGCTTATTT-AGAATAAAATAA-AAT
379 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATA-TAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACT
* * * * * * *
590504 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCTAATC
441 -AACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAAC
* * ** *
590569 -AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
504 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTG
* * ** * ** *
590633 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGTATAAAATAATATTAATCCTATTAAT
569 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-CTATTAAT
** * * * * *
590698 ATTTCAAAAATTAATAA-A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTA
633 ATTTTGAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCAAACCAGTTCAAGTAGTTA
* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* ** * * * * * *
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* * * ** *
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** * ** * * * * **
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** * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * **
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* * * * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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*
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
573054 TTTATAAGAG
573064 ATTTAGAAAATAATTCT
1 ATTTAGAAAATAATTCT
*
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1 ATTTA-GAAAATAATTC
573098 AAATAATTAT
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ATTTAGAAAATAATTCT
Found at i:574712 original size:178 final size:179
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Period size: 178 Copynumber: 11.0 Consensus size: 179
573403 TTGCCTAACC
* ** * * * * *
573413 AATTCAAATAGCTAAAACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATCATTATGACTTTTTTCTTTTG
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTG
* ** * * * * * * *
573478 TTGTATGACAATTATTT-TGTTCGTACTAGCTTATTCTAATTAAAATAATACT-ATTTAATAATA
65 TTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
573541 TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGCTTTAAAAAA-AATTTTATTTATCGAATC
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* * * * * * * *
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1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTG
* * * * * *
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65 TTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-TAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
573719 -TTCAAAAAATTAATAA-TAGAAAGAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACA
129 TTTC-AAAAATTAATAACT---AAG-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * * * * * * * *
573772 AATTCAAAAAATTATTACTATTTGAATAGTTTTCTACTTAAAATCATTATAAACTTTTGATTTGT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
573837 TATAAGACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATACTAATTCATTAATA
66 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
573901 TTTCTTAAATTAATAAGTGAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAATC
129 TTTCAAAAATTAATAACT-AAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * * * * * **
573953 AATTAAAATAATTATGCCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** *
574018 CATAAAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAATAT
66 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** **
574083 TTCAAAAATTAATAA--GAGA-TTTAAAACATAAATCAGTTTACCGAACC
130 TTCAAAAATTAATAACTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
** * * * * * *
574130 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCAATCTCAAATCGTT-TAGATC-TTTGTTTT-
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTG
* * ** * *** *
574192 TTCATAAGACAACTGTTT-TTTATCATAAAAGCTTATTTGGTTAA-AAATAATACAAAATTT-TA
65 TT-ATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTA-TT-CAAAATAAATAATAC-TAATTTAT-
* * * * * *
574254 TAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCA
124 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TA
* * ** * ** * *
574312 GA-TCAAATAGGTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTCAATCATTTTGACCTTTTTGTTTAG
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * * * * * * * *
574376 TCATAAAATATTTGTTTTA-TATCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAAC
65 TTATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *
574440 ATTAGAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
128 ATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * * *
574494 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
574559 TATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAATAAGACTAATTTCTTAATATT
66 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * **
574624 CTC-AAAATTAATAACCAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATA
131 -TCAAAAATTAATAACTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * *
574673 AATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
574737 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAATAAGACTAATTTCTTAATA-T
66 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
574801 TCTGAAAATTAATAACCAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
131 TC-AAAAATTAATAACTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * *
574851 AATTC-AATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
574915 TATGAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
574980 TTCAAAAATTAATAACTTAGTGATTTAAAAAATAGTTAAAATCATTAACAATTTACCAAATC
130 TTCAAAAATTAATAACTAAGAG-TTT-AAAAA-A--T-AAAT--TT----GTTTACCGAATA
* * * * * * *
575042 AATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATTACATTTTGTTTGGT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *** *
575107 CATATAAAA-AAGTT-TTTTA--TCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAA
66 --TATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * *
575168 TCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-TATTTCAAAATAAATTTGTTTACCAAATG
127 TATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
* * * * * * *
575221 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTAT-AACTGTTTGTTTTG
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * *
575285 TCATAAAACAATTATTAT-A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT
65 TTATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAAT
*
575348 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTT
128 ATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTT
575393 GCCAAACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
175 5 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
TATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAACTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA
Found at i:575080 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
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575066 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
575081 TAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:576340 original size:181 final size:178
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Indices: 575950--579999 Score: 1783
Period size: 181 Copynumber: 22.3 Consensus size: 178
575940 ATAATTATTG
* * *
575950 ATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATT--T
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAAT
* * * *** * * * *
576013 AATAAGTGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAA-TCAATTCAAATAATTATGGCCATGTCAAC
66 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTAT-TGAAC
** * * * * *
576077 AATTATATATTTTGAATCGTTATGGCCTTTTGTTTCGTCATATAAGAATT
129 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** *** * * * *
576127 GTATT-TGAACATTTGAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTA
1 AT-TTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTA
* * *
576191 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGA
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* * * * * * *
576256 ACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCTTAAAACAATT
127 ACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
576308 ATTTTTGTTCATACAAGTTTATT-AGAAATAAAATAACATTAATCTAATAATATTCCAAAAATTA
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTA
* * * * * **
576372 ATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTTAAATATTTAAAACTATATGA
64 ATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-TGA
* * * *
576437 ACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTT
127 ACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATT
* ** * *
576490 -TTGT-TGAATTCATACTAGCCTTT-TT-GGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTAAA
1 ATT-TCTG--TTCATACAAG--TTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* ** * * *
576550 A--ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAGTTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATGACTATC
60 ATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-
* * * * * * *
576613 TAAACAATTGTATATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAAAT
124 TGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * * *
576668 GTTTGTGTTCATAGAAGTTTGTTCAAAAGAAAGTAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAA--ATT
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAAT
* * * * * * * *
576731 AATAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACAAGTTTCAAATAGTTATAAATATTTATGC
66 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAG-TTCAAATAATTATGACTATTGA-AC
* * * * *
576796 GATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-T
129 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
576845 AGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
1 A-TTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTA
* * * * *
576910 ATAAGTAA-AAATTTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTG
64 ATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA-TTG
* * *** ** * *
576974 AATAACTATCCCTTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATT
126 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
577027 GTTTCAG-TCTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAATTTTA
1 ATTTCTGTTC-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTA
* * * **** * * * * *
577091 ATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGGACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTAA
64 ATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACT-ATTGA
* * * ** * * *
577156 ACAATTATCTATTTGAAAT-AGGTAAAAACTTTTCTTTTGTCATAAAAGAATT
127 ACAATTATATATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
577208 CTTTTTTGGTTCATCCAAGCTTATT----TTGAAAATAATGCAAATTTATTAATA-TTAAAGCAA
1 -ATTTCT-GTTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA--AA
* * * * * * * * * * *
577268 TTAATAAGTAAAATATTTTAAAACTAAATCTATTTATCGAA-TAAATTCAAATCATTATGTCTAT
61 TTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA-
* * * * * *
577332 TTGAGCAATTATTTCAAGTTC-AAT-AGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
123 TTGAACAATTATAT--ATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTG--T-TTTGTC-A--T-AAAACA-
*
577394 TTT
176 ATT
* * * * * * * * * * *
577397 GACCTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGT-TTC-AATTCATATAA-GCTTATTTGAAATAAGATAA
1 -A--TTTC-TGT-TCAT-ACA-AGTT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTT---ATTA-ATAT
* * * ** * * * *
577459 TTCTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATGAGT-AAGA-GAATTAACAAA--AG----AATA
54 TTC-AA--AATTAATAAT--AAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACCAAACTAGTTCAAATA
* * * * *
577514 GGTTTACTGAATAAGTTGAA-ATAGTTATGATTATCTCAACAACTATCTATTTTAAAAATTATGA
113 --ATTA-TGACT-A-TTGAACA-A-TTAT-A-TAT-T--TCAA--ATC-A--TT----ATGA--C
*
577578 CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
155 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** *** * * *
577602 GA-TTATGTTCATGTAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATACTCCAAAAATT
1 -ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATT
* * ** * *
577665 AATAAGTAA-A-ATTTAAAAAAAAATAAATATATTTTCTGAAC-ACGTTCAAGTAGTTATGACTA
63 AATAA-TAAGAGATTT---AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAATTATGACTA
* * * *
577727 TTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT
123 -TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
577784 GTTTCTGTTCATAAAAGATTT-TTCAAAATGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTA
1 ATTTCTGTTCATACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTA
* * * * * *
577848 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATC-GAGTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
64 ATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA-TTG
* * ** ** *
577912 AATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCACAAAACAATT
126 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*** * * * * *
577965 GCATCTATTTATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAA
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAA
** * * * * * * *
578030 TAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-ATGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
65 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAATTATGACTA-TTGA
* * * * * * * * * * *
578094 ACTATTATCTAGTTCAAATCGTAATGGCATTTTGTCTTGTCGTTAAAGAATT
127 ACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * **
578146 CTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTT--TGA-TAAT
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAA-
* * *
578208 TAATAAGAGATTT-AAAAATGAAATATATTTACTGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
65 TAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTAC-CAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGA
* * * * * * * *
578271 ACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATC-TTT-ATTTGTCAAAAAATATTT
127 ACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *** * * *
578321 TTTTCTTTTCATTCATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAG
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAA
* * * *
578386 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
65 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT-GAA
* * * * *
578451 CAATTATATATTTTAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATT
128 CAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
578502 ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAAGTTATTAACATTTGAAATATTAA
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAA
** * * * *
578567 TGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAACTTGAAATATATT-TGACTATTTG
65 T-AATAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATA-ATTATGACTA-TTG
* * * ** * * *
578631 AATAATTATCTGTTT-AAAGTTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATT
126 AACAATTATATATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** * ** * *
578684 ATTTTCAATTCATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAATT
1 A-TTTCTGTTCATACAAGTTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT
* * * ** * **
578748 AATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTAT-TTTTCTGAACTATTTCAAATGGTTATGACTATT
63 AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA-T
* * * * *
578812 TGAATAAATATCA-ATCTCAAATCGTTATGATC-TTTG-TTTGTTCATAAAACAATT
124 TGAACAATTAT-ATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATT
* * *
578866 ATTT-TTTATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAA--A
1 ATTTCTGT-TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTA
* * * * * * *
578926 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAA
64 ATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT-GAA
* * * * * *
578991 AAATTATATTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATT
128 CAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** * ** * *
579042 ATTTCAATTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTA
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTA
* * * * * * *
579106 ATAAGTATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTC
64 ATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA-TTG
* * * *
579171 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATT
126 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
579224 GTTT-TAG-TCTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATT
1 ATTTCT-GTTC-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT
* ** * * * *
579287 AATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTTTCAAATTAGTTCAAACAATCATGGCTATT-
63 AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTG
* * * *
579350 TA-AATTACTATCTATTTTAAAT-AGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
126 AACAATTA-TA--TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * *** ** * * *
579405 GTTTTTCAACATACAAGATTT-TTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTGAAAAATTA
1 ATTTCTGTTCATACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTA
* * * * * ** * *
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64 ATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAA
* ** ** ** * *
579531 CAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AATTTTTGTCCTATCATAAAATAATT
128 CAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** * * *
579581 TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAA
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAA
* * * * * * *
579646 TAACT-A-TGATTTAAAAAAATAAAT-TCATTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATG
65 TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-TG
* * ** * * *
579708 AATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT
126 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * * * * * *
579761 ATTTCAGCTCATATAAGCCTAAT-AGGAATAGAATAAAATTAATGTATTAATATTTC-AAATTTA
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAA
* * * * * * *
579824 TAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA-CAAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGC
65 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA-TTGA
* * * * *
579888 ACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
127 ACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * ** *
579940 GTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
1 ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
580000 ATAGTTTAGA
Statistics
Matches: 2949, Mismatches: 715, Indels: 415
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
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178 158 0.05
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205 4 0.00
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210 4 0.00
211 4 0.00
213 4 0.00
214 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAAT
AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTGAACAA
TTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
Found at i:576929 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 576142--576971 Score: 862
Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 359
576132 TGAACATTTG
* * * * *
576142 AGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTTA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA
* * * *
576207 AAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTGTAAACTTCA
64 AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACT-ATTAAACAATTGTAAACTTCA
* * * * *
576272 AATCATTATAACCTTTTGTTCTATCTTAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTAGAAAT
128 AATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAAATATTTGTGTTCATACAAGTTTATTAGAAAG
*
576337 AAAATAACATTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
193 AAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATT-ATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
* * *
576402 TTGCCAAACTAGTTTAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCT
257 TTACCAAACAAGTTTAAATATTTAAAACTATATG-ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* * ** *
576467 TTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATACT
321 TTTGTTTTGTCATAAAACAGATAGTGTTCAATTCATACT
*
576506 AGCCTT-TTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTT
1 AG-CTTATTT-AAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTT
** * * * * * *
576566 AAAAAATAGTTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATGACTATCTAAACAATTGTATATTTT
63 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTGTAAACTTC
* * * * * *
576631 AAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTGTGTTCATAGAAGTTTGTTCA-AA
127 AAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAAATATTTGTGTTCATACAAGTTTATT-AGAA
* * * * * *
576695 AGAAAGTAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTAT
191 AGAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT-T
* * * *
576756 GTTTATCAAACAAGTTTCAAATAGTTATAAATA-TTTATG-CGATTATTTATTTAAAATCATTAT
255 GTTTACCAAACAAGTTT-AAATA-TT-TAAA-ACTATATGACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * *
576819 GACTTTTTGTTTTGTTATAAAACA-ATAGT-TTCTATTCATA-T
316 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGATAGTGTTCAATTCATACT
* * * *
576860 AAGCTTATTTAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTTT
1 -AGCTTATTTAAA-TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTT
* * * *
576925 TAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGACTATT
63 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT
576972 TGAATAACTA
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 63, Indels: 42
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 6 0.02
355 53 0.14
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358 5 0.01
359 53 0.14
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361 1 0.00
363 2 0.01
364 40 0.10
365 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AGCTTATTTAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAA
AAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAAACAATTGTAAACTTCAAAT
CATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAAATATTTGTGTTCATACAAGTTTATTAGAAAGAAA
ATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTAC
CAAACAAGTTTAAATATTTAAAACTATATGACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAGATAGTGTTCAATTCATACT
Found at i:579212 original size:540 final size:537
Alignment explanation
Indices: 577348--580001 Score: 2125
Period size: 540 Copynumber: 4.9 Consensus size: 537
577338 AATTATTTCA
* * *
577348 AGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCT-TTT-G
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTTTGACCTTT-TGTTTAG
* * * * * *
577410 TAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** * * *
577475 TTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAACAAAA-GAATAGGTTTACTGAATAAGTTGAAATAGT
130 TTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAA-AAAATAAATTTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
577539 TATGATTATCTCAACAACTATCTATTTTAAAA--ATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
193 TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * ** ** * ** * * *
577601 TGATTATGTTCATGTAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATACTCCAAAAATT
257 T-ATTTTATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* *
577665 AATAAGTAA-A-ATTTAAAAAA-AAATAAATATATTTTCTGAAC-ACGTTCAAGTAGTTATGACT
320 AATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT---TATATTTTCTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * *
577726 ATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAACCAATTGTTTCT
381 ATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTGTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * * * *
577790 GT-TCATAAAAGATTTTTCAAAATGAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAG
444 TTATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * ** * ***
577853 TAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGTA
507 ----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
* * ** * ** *
577888 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATT-TTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAG
* *** * * ** ** *
577952 TCACAAAACAATTGCATCTATTTATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTA
65 TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
578017 TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACATGTTCAAATAGTC
130 TTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * *
578082 ATGTCCATTTGAACTATTATCTAGTTCAAATCGTAATG-GCATTT-TGTCTTGTCGTTAAAGAAT
194 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTAT-T-TTGTCATAAAACAAT
* * * * ** *
578145 TCTTTTTGTTCATGCAAAA-TTAT-TCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTTGATAAT
257 T-ATTTTATTCAT-AAAAACTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* *
578208 TAAT----AAGAGATTT-AAAAATGAAA-TATATTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTAT
319 TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTATATTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
578267 TTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTT-ATT-TGTCA-AAAA-ATATTTTTTTCTT
383 TTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTGTGTCATAAAACA-ATTGTTTT-TT
* * * ** *
578328 TTCATTCATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAA
446 ATCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
*
578393 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
506 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
* * *
578425 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTT-AAATCATTTTAACCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT-TTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAG
* * * * *
578489 TCATAAAGCAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATATTAAGTTATTAAC
65 TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
578553 ATT-TGAAATATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAACTTGAAATA
129 ATTCT-AAAAATTAATAAGTATGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
578617 -TATTTGACTATTTGAATAATTATCTGTTTAAAGTTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAATCA
191 GT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACA
* *
578681 ATTATTTTCAATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAA
255 ATTATTTT--ATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * *
578746 TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTAT-TTTTCTGAACTATTTCAAATGGTTATGACTA
318 TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATATTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
578810 TTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTGT-TCATAAAACAATTATTTTTTA
382 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTGTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA
578874 TCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAGAT
447 TCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGAT
578938 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
511 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
* * * *
578965 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATATTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT
* * * * *
579030 CATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGACAT
66 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
579095 TCAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
131 TCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
579160 ATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTG
194 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTA
* * * *
579225 TTTTAGTCTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
259 TTTTATTC-ATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
579290 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGT-TTTTC-AAATTAGTTCAAACAATCATGGCTATTTAA
323 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TATTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * * *
579353 ATTACTATCTATTTTAAATAGTTATTACCTTT-TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACAT
387 ATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACCTTTGT-TTGTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT
* * * * * * *
579417 ACAAGATTTTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTGAAAAATTAATAAAAGATTTAG
451 ACAAG-CTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * **
579482 AAAAGAAATCTATTTGCTGAACC
515 AAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
* * ** * ** *
579505 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AATTTTTGTCCTA-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGT-TTAG
* * ** * *
579568 TCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA
65 TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * ** *
579633 TTTTGAAAATTAATAACTAT--GATTTAAAAAAATAAATTCATTTGCCAAATTAGTTTAAATAGT
130 TTCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-ACAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
579696 TAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT
193 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * * * * * *
579761 ATTTCAGCTCATATAAGCCTA-ATAGGAATAGAATAAAATTAATGTATTAATATTTC--AAATTT
258 ATTTTA-TTCATAAAAACTTATCTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * *
579823 ATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTAC-AAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTT
321 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTATATTTTCTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
579886 GCACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-T
385 GAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTGTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TAT
* * * * * * *
579949 AATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT
448 CATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
580002 AGTTTAGACT
Statistics
Matches: 1712, Mismatches: 330, Indels: 149
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 1 0.00
534 15 0.01
535 135 0.08
536 18 0.01
537 311 0.18
538 140 0.08
539 303 0.18
540 379 0.22
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543 28 0.02
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545 24 0.01
546 12 0.01
547 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT
CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAACAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
TTATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
CAAGAGATTTAAAAAATAAATTATATTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
TTATCTATCTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTGTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAG
CTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
AATGTGTTTGCCAAACC
Found at i:580332 original size:486 final size:490
Alignment explanation
Indices: 579568--580486 Score: 1108
Period size: 486 Copynumber: 1.9 Consensus size: 490
579558 TTTTGTCCTA
* ** *
579568 TCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA
1 TCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAACA
* * * * * ** *
579633 TTTTGAAAATTAATAACTATGATTTAAAAAAATAAATTCATTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTA
66 TTCTAAAAATTAATAACGATGACTTAAAAAAATAAATTCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
579698 AGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTAT
131 AGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTCTCATAAAATAATTAT
* * * * *
579763 TTCAGCTCATATAAGCCTAATAGGAATAGAATAAAATTAATGTATTAATATTTCAAATTTATAAG
196 TTCAGCTAATACAAGCCTAATAGGAATAGAATAAAACTAATGTATTAATATTCCAAATTAATAAG
* * * *
579828 TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACAAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACA
261 TAAGAAATTTAAAAAATAAATT-TATTTAC-AAAGCGAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
* * * * * * *
579891 ATTATCTATTTTAAATCGTTATTA-CTTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAT
324 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTCAT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAC
** *
579954 AAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATAGTTTAGACTATTAGA
387 AAGTTTACTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAAATAGTTTAGACTATTAGA
580018 ATAATTATATGCTTCAAATCATTTTGACTCTTTGTTTAG
452 ATAATTATATGCTTCAAATCATTTTGACTCTTTGTTTAG
* * *
580057 TCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
1 TCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAATAATTTAGTAAC
* * *
580121 ATTCTAAAAATTAATAA-GA-GACTT-AAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACAAGTTCATATAGT
65 ATTCTAAAAATTAATAACGATGACTTAAAAAAATAAATTC-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
** * * *
580182 TATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGA-TTTCTCATAAAATAAT
129 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTTCTCATAAAATAAT
* * * * * * *
580246 TGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTGGAATA-AACTAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTA
193 TATTTCAGCTAATACAAGCCTAATAGGAATAGAA-TAAAACTAATGTATTAATATTCC-AAATTA
* ** * *
580310 ATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
256 ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACAAAGCGAGTTCAAATAATTATAACTATTTGA
* *
580374 ACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTCATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
321 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTCATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATA
*
580439 CAAGTTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAA
386 CAAGTTTACTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAA
580487 TTAATAAGTT
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 62, Indels: 22
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
485 6 0.02
486 243 0.68
487 36 0.10
488 3 0.01
489 70 0.20
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Consensus pattern (490 bp):
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128 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
* ** * * * *
583103 TATTTTAAATAT-TTATGACCTTTCATTTTGTTATAAACCAATTGTTTCT-TTTAGACAAGCTTA
1 TATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
583166 TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGCCAAAG-ATTTAAGAAA
65 -TTCAAATAAAATAATA-CAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGAATTTAA-AAA
* * * * * * * *
583230 TAAATTTGTTTATCGAACATGCTCAAATAGTTATCACTGTTTGAATAATTATT
126 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
* * * * * *
583283 TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTAT
1 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
583348 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGT-AAGAGATTTAAAAAAT
66 TC-AAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGA-ATTT-AAAAAT
* * *** * * *
583412 AAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAACCATGTCCATTTGAACAATTATC
127 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
* * * * * * *
583464 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTGATA-TAGAATTA
1 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA
** *
583528 TTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AG-ATTTAAAAACT
65 TTC-AAATAAAATAATA-CAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAA-T
* * * * *
583589 AAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAGTATC
127 AAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
*
583641 TATCTCAAAT
1 TATTTCAAAT
583651 CATTCTGATA
Statistics
Matches: 1594, Mismatches: 305, Indels: 180
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 40 0.03
176 38 0.02
177 186 0.12
178 63 0.04
179 86 0.05
180 537 0.34
181 471 0.30
182 89 0.06
183 7 0.00
184 1 0.00
185 67 0.04
186 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAATAAAATAATACAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
Done.