Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168104.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_35, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 7000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:357955 original size:16 final size:17
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Indices: 357923--357955 Score: 50
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357913 AGAAAAAGTC
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*
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1 ATAATGATTTGAAATAG
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Statistics
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
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356012 TGAAATAAAT
* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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** * * *
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* * * ** * ** *
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* * * * * *
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382 CAAATTTATTTTTTAATT-T-TTAGCTTATTA-ATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * *
356447 TATTCCAAATAA-ACTTGTATGATTAAAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGTTCATAACG
444 TATT-TGAATAAGA-TTGTATGAAT-AAAA-AATTCTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACA
** * * * * *
356511 ATTTGAAATAGATAATTGTTTGAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTT-GATAAACTGATTTAT
504 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTAG-TAAACAGATTTAT
** * * * ***
356575 TTTTTAAATCTC-CAACTTCTCAATTT-TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGA
567 TTTTTAAATCTCTTTA-TTATGAATTTATTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * * *
356638 T-AAGTTTTATTAAACTAAAATAATTTTTTTATGATAAAAAAAA-GTTTATAACAATTTTAAATA
630 TAAACTTATA-TGAACTAAAACAATTCTTTTATGAAAAAAAAAATG-TCATAACGATTTGAAATA
* * * * *
356701 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT
693 AATAATTATTCAAAAAATCATAATTATTTGATC-TAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA-
* * * * *
356765 TTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATTAGCTTTTA
755 TT-TT-ATTATTAATTTT-GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
* * ** * * * * * *
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* * **
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878 GTTCAAATAGTCAA
* * ** *
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* ** * * ** *
356966 GAAT-TTATTAGTTTAGCATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTTGTTT
61 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTATATGAACA-AAACAA-TTGTTT
* * * * * *
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122 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * *
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* * * ** * * * ***
357152 ATTAGTATTACTTGATTCTGAATAA-TTTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTCCAACAAAACAA
251 ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTT-TATGAATCAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
* * ** * * * * * * *
357215 AATGCCATAATGATTTGAAACAGACAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAATTTATTTGG
315 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTGGAACTTGTTTGG
* * * ** * * *
357278 CAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
378 TAAACAAATTTA-TTTTTT-AATTTTTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** **
357343 TTTTATTTCAAATAA-ACTTGTATGAAT-AGAAATTTTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATG
441 TTTTATTT-GAATAAGA-TTGTATGAATAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
357406 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGCTCGTTAAACAAATTTAT
504 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGT-TTAG-TAAACAGATTTAT
* * *
357470 TTTTTAAATAT-TTTACTTATTAATTT-TT-AGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCTA-TTCT
567 TTTTTAAATCTCTTTA-TTATGAATTTATTGA-AATATTAATAAA-TAGTATTATTT-TATTTC-
* ** * * ** * * * *
357531 GAATAAGTTTTTATGAGC-AATAACAATTAGTTTATGATGAAACACAA-GATCAT-ATGATTTGA
627 AAATAAACTTATATGAACTAA-AACAATTCTTTTATGA-AAAAAAAAATG-TCATAACGATTTGA
* * * * * *
357593 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGT-GTTCAG--AA-A-A--TATTTTTT-
689 AATAAATAATTATTCAAAAAATCATAATTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
357650 --TTCTTATTA--ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-CAAAGTAAGCTTGC
753 AATT-TTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTGT
* ** * * **
357709 ATGAACA-AAACCAATTATTTTGTGGCA-A-AACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATT
815 ATGAATAGAAA-CAATTATTTT-ACGAATAGAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAGATAATT
* *
357771 GTTCATATAGTCAT
878 GTTCAAATAGTCAA
* * * * * *
357785 AACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATGGATTTT-TTTGTGT---TCTCTCATTAATTTTTGGAAT
1 AACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTTATTT-TTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAAT
* *
357845 ATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATTA
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* * * * * *
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127 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * * * **
357974 ATTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
192 A-TAGGTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
358039 ATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTAT-AAGCATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
255 ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATCA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * * *
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319 TCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTGTTTGGTAAACA
* * * * * *
358168 AATTTATTTTTTAAATCTTTT-GCATTTTTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGAATTATATTA
384 AATTTATTTTTT-AAT-TTTTAGC-TTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
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446 TTTG-AATAAGATTGTATGAATA-A-AAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TT
* * * * * * *
358297 TCAAATAGATAATTGTACAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAAATTCATCTTT
507 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTT-AGTAAACAGATTTAT-TTT
* * * *
358362 TTAAATTTCTTTATTATGAATTT-TTGAATTACTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAA
570 TTAAATCTCTTTATTATGAATTTATTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
* * *
358426 CTTATATGATCTGAAACATTTCTTTTATGAAAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
634 CTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGAAAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* * *
358491 TATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTA
699 TATTCAAAAAATCATAATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTA-TTA
* * * *
358556 TCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAAAC
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* * *
358621 AATTATTTTA-GAATAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAA
827 AATTATTTTACGAATAGAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
*
358684 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTA-TTTTTAAATCTTTTATTAATATTTGAAATAT
1 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
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66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
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130 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GAT
* * ** *
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194 AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * *
358943 TCTTTTATTCCAAGTAAGCTATTATGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
259 TATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAA-TCAAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
359008 TAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCATATAGTCTTAAATATTGGAAC-TGATTCGGTAAATAAA
322 TAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTG-TTTGGTAAACAAA
* *
359072 TTTATTTTTTAATTCTCTTAGCTT-TTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
386 TTTATTTTTTAATT-T-TTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * *
359136 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTCTTTTATGATGAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAA
449 -GAATAAGATTGTATGAA-TAAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* ** * * * *
359201 GTTTATAATTGTTCAAATAGTCATTGA-TGTTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
511 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAATTATTTGAACT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
359265 GTCTC-TTACTTATTAATTT-TTAAAAGATTAATAAATAGTATTATTGTA-TTCTGAATAAAATT
574 ATCTCTTTA-TTATGAATTTATTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTT
* * * * * *
359327 GA-ATG--CTCAAATACAATTGTTATATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAAATAA
637 -ATATGAACT-AAA-ACAATTCTTTTATGAAAAAAAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * * * * * * * * *
359389 TTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAGCTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
698 TTATTCAAAAAATCATAATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTA-
* * * * * * *
359454 TTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTACTATCAGTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGA
760 TTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * *
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824 AACAATTATTTTACGAATAGAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
359582 --G
889 CAA
* *
359583 AACTAATT---C-A-----ATAAATAGA-TATATTTTTTAAATCTCCTTCCTATTAATTTTTGAA
1 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCT--TT--TATTAATTTTTGAA
* * * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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*** * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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441 TTTTA-TTTGAATAAG-ATTGTATGA-ATAAAAA-ATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** * * * * *
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502 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACT-GTTTAGTAAACAGATTT
* * * *
360140 ATTTTTTAAATCT-TTTATTA-GAATATTATT--AAT-TT-AT---CA--A-TACTTTACTCCAA
565 ATTTTTTAAATCTCTTTATTATGAAT-TTATTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
360193 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGC-TTTATG-ACAAAAAAATATCATAACGATTTGAGATA
629 ATAAACTTATATGAACTAAAACAATT-CTTTTATGAAAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * *
360256 GATAATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAAT-TGGTTCAATATATAGATTTAGTTTTTAAATC
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** **
360320 TT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAAT
757 TTATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
360384 AGAAATAATTATTTTATGACA-A-AACAAAATA-TAATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAA
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* * *
360446 ATGGACAT
884 ATAGTCAA
* * * * * * * *
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1 AACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTT----TTATTAATTTTTGA
** * *
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* *
360582 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
125 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
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190 -TGATAGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
** * ** * * **
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253 TAATATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTTTATGAATCA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * ** *
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* * * * ** *
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381 ACAAATTTATTTTTTAATTTTTAGCTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * * *
360901 ATTCAAAATATGCTTGTATGAATAGAACCAAA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATATT
445 ATT-TGAATAAGATTGTATGAATA-AA--AAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* *
360965 TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGTAATA-AGATTTATTT
506 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTAGTAA-ACAGATTTATTT
* * * * * *
361029 TTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTCTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
569 TTTAAATCTCTTTATTATGAATTTATTG-AAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * *
361094 AGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGAT
632 AACTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGA-AAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAAT
* * * * * * * **
361159 AATAATTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTAAGT-AACAAGATTCCTTTTTT-AATTCT
696 AATTATTCAAAAAATCATAATTATTTGATCTA-GTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATT-T
* * * * *
361221 CTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
758 -TAT-T-ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * * * * *
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819 -ATAGAAACAATTATTTTACGA-ATAGAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTC
* ***
361348 AAATAATTTT
882 AAATAGTCAA
* * * * * * * **
361358 GACTAGTTGAACTTG-TTCA-AAAAACATATTTATTTTTTAAATATTCTTCTTATTAATTGTCAA
1 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGAT-TTTATTTTTT-AA-A-TCTT-TTATTAATTTTTGA
* * * * * *
361421 AATATTAATAAATTAATATTTTTTTA-ATCGAAATAAACATGTATG-ACAGAAACAATTATTTTA
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* * * * * * **
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124 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
361547 ATATTGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTT--AATATTAA
187 A-ACTGAT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT--TTTGAAATATTAA
* ** * * *
361609 TAAGTTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAATCATTTTATGACAAAA
248 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATCA-AAAAAATTATTTTATGACAAAA
* *** * * * * **
361673 CAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATA-ATAATTA-TCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTT-TTT
312 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTC-AAATAGTCATAACTATTGGAACTTGTTT
** * * * * *
361735 CGACAAACAGATTCATTTTTTTAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGCA
376 -GGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAT-TTTTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTA
* * * * ** *
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438 TTATTTTATTT-GAATAAGATTGTATGAA-T-AAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
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* * * *
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564 TATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATGAATTTATTGA-AATATTAATAAA-TAGTATTATTTT-ATT
* * * * * * ** * *
361990 CCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTCTTATAACAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
625 TCAAATAAACTTATATGAACTAAAAC-AAT-TCTTTTATGAAAAAAAAAATGTCATAACGATTTG
*** * * ** * * * *
362055 AAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
688 AAATAAATAATTATTCAAAAAATCATAATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * *
362120 AATTTT-TTACT--TGTT--AAT-TGT-CT-TATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTAT
753 AATTTTATTATTAATTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** * *
362177 GAATAGAAAAAAATCATTTTATG-ATAAAACAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAACTGT
817 GAATAG-AAACAATTATTTTACGAATAGAACAAAAA-GTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGT
362241 TCAAATAGT---
880 TCAAATAGTCAA
* *
362250 AAC---TTG---T--TTCT--TAAATAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAA
1 AACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGA
** * * * ** *
362304 AATATTAATAGCTTAGTATTA-TTCATTTCAAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTAT
61 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
362368 GACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAA-ATGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAT
125 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
362432 CTAGTTCA-ATAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAATAAA
189 CT-GAT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * * * * *
362496 TTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAA
252 TTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATCAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * * *
362560 AAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAA
316 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTGTTTGGTAA
* ** * *
362625 A-AAGATTTATTTTTTAA--ATCCG-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTT
381 ACAA-ATTTATTTTTTAATTTTTAGCTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** ** * * * *
362685 TATTTTGAGCAA-ACTTACATGAATGAAAAACATTTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCATAGCC
444 TA-TTTGAATAAGA-TTGTATGAAT-AAAAA-A-TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
362749 ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACCGGTTAGGTAAATAGAATTACT
504 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTA-GTAAACAGATTTATT
* * * * * * * *
362814 TTTTAAATCTCTTGCA-TATTAATTT-TT-TAGTATGAATAAAT-GCATTTTATTTTATTCCAAC
568 TTTTAAATCTCTT-TATTATGAATTTATTGAAATATTAATAAATAG--TATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
362875 T-AAGTTAGTGTGAATTGAAAA-AATTGTTTTATG-ACAAAAAAA----AT---GATTTGAAATA
630 TAAACTTA-TATGAACT-AAAACAATTCTTTTATGAAAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
* *** * * * * * * * * *
362930 GATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
693 AATAATTATTCAAAAAATCATAATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T
* * ** * ** *
362995 CTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATAT-TGAATAAGCTTGTATA
757 -TTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * * * *
363059 AATAGAAATAATTTTTTTATG-ACAGAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAATTATTC
818 AATAGAAACAATTATTTTACGAATAGAACAAAAAGTCATAA-TAATTTAAAATAGATAATTGTTC
*
363122 AAATAGTCAT
882 AAATAGTCAA
* ** * * * * *
363132 AACTATTTAAACCGGTTCGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGAT
1 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * * * * *
363196 TAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTGTATAATAAAAAACAATTGCTATAT-ATC
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC-TTATATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGA-C
* * * * * * * * *
363260 CAAACAAAATGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGA
128 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
363325 TTTGGTAAACCA-ATTTACTTTTTAAAT-TGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTA
193 -TAGGTAAA-CAGAATTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *** ** * *
363388 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
255 ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATCAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * ** * * *
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320 CATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT-AGTCATAACTATTGGAACTTGTTTGGTAAACA
* * * * *
363517 AATTTATTTTTTTAAACTATT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTA
384 AATTTA-TTTTTT-AATTTTTAGCTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * **
363580 TTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAAGAAAAAGGTCATAATGAT
446 -TTTGAATAAGATTGTATGAA-T-AAAAAATTCTTTTATGA-CAAAA-CAAAAGGTCATAACAAT
* * * * *
363644 TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATCACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATTTATTT
506 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTAG-TAAACAGATTTATTT
* * * * * * *
363708 TTTCAAA-CT-TTTCCTTATTAATTT-TTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAAT
569 TTT-AAATCTCTTT-ATTATGAATTTATTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * * * * * *
363770 AAGA-TTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTCT-AACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAAT
631 AA-ACTTATATGA-ACTAAAACAATTCTTTTATGAA--AAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * * * * * *
363832 ATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATT
692 AAATAATTATTCAAAAAATCATAATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-T
* *
363897 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
756 T-TTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * **
363962 -ATAAAAAACAATTATGTTATGACA-A-AAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATCAT
818 AAT-AGAAACAATTATTTTACGA-ATAGAACAAAAAG-TCATAATAATTTAAAATAGATAATTGT
* *
364023 TCATATAGTC-T
880 TCAAATAGTCAA
* * * * * * * * *
364034 TACTATTTGAAATGGTTT-ATCAATTTGA-TTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTGTCA
1 AACTATTTGAACTAGTTTGAT-AAATAGATTTTATTTTTTAA--ATCTT--TTATTAATTTTTGA
* ** * * *
364096 AAGTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTG
61 AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAACA-AAACAATTGTTT-
* * * * * *
364160 T-TGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTG
122 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * ** * * ** *
364224 AAAGGGTTTGGTAAACAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCCAAGTATTAATAA
187 -AACTGATAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
364289 A
251 A
364290 AGGTTAGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATAG
GTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATCAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
TTTTTAATTTTTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG
ATTGTATGAATAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTA
TGAATTTATTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAAC
AATTCTTTTATGAAAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAATCATAA
TTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTATTATTAATTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGAATAGAA
CAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
Found at i:359741 original size:169 final size:169
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Indices: 359430--359923 Score: 381
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359420 TTCAGCAAAC
* ** * * *
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* *
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*
359560 AAATAGATAATTGTTTAAATAGGAACTAATTCAATAAAT
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGGAACTAATTCAATAAAT
* * *
359599 AGATATATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATA-CTATTTT
1 AGATATATTTTTTAAATCT-CTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATATC-AGTTT
* * * ** *
359662 ATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAA-GTATGTAATG
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* * * * * **
359724 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-GGTCATAATTATTTGAACTAGTT
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* * * ** * * * * * *
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1 AGATATATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATATCAGTTTAT
** * * * ** * * * * * *
359837 AT-CAGGTAAGCTTTTATAAATTGAAAAAAAAATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTT
66 -TCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAATAATTT
* *
359901 TAAATAGATAATTATTCAAATAG
130 AAAATAGATAATTGTTCAAATAG
359924 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 51, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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168 6 0.02
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175 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AGATATATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATATCAGTTTAT
TCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAATAATTTA
AAATAGATAATTGTTCAAATAGGAACTAATTCAATAAAT
Found at i:361846 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 357646--364289 Score: 3462
Period size: 361 Copynumber: 18.6 Consensus size: 358
357636 AGAAAATATT
* * * * *
357646 TTTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAGTAAGCTTGCA
1 TTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
357710 TGAACA-AAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTT
64 TGAATAGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGAT
* * * * ** * * *
357774 CATATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGATTT-TTTTGT--GT-TC-T-CTCATT
128 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
*** * * * *
357833 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACT-GAAAAA
192 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * ** *
357897 ATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTT-AAATAGTCATG
256 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TATTTCAAATAGTCATA
* *** *
357961 ACTATTTGA-ACTTATTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAA
320 ACTATTTGATA-TT-GTTAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAA
** * * * *
358002 TCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTA
1 T-TTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * * * ** * *
358067 T-AAGCATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATT-AC
64 TGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGA-
* * * * * * * * *
358130 ACAAATTGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCATTT
127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTA
* ** * * * * *
358195 TTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGAATTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGATAA
190 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AA
* * * * * * * *
358260 -AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTCAAATAGATAAT-TGTACAAACAGTC
254 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATAGTC
* * * * * *
358323 ATAATTATTT-AAACTTTTTCAGTAAACAAATTCATCTTTTTAAA
317 ATAACTATTTGATA-TTGTT-AATAAACAGATTTAT-TTTTTAAA
* * * * * *
358367 TTTCTTTA-TTATGAATTTTTGAATTACTAATAAATTGGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTA
1 -TT-TTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTG
* * * * * * * *
358430 TATG-ATCTGAAACATTTCTTTTATGA-AAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-
62 TATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
358492 ATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTT
126 A-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
358555 ATCAA-TTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAA
189 ATTAATTTTC-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
358619 ACAATTATTTTA-GA-ATAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTAAAATAAATAAT-TGCTCAAATAG
253 ACAATTATTTTATGACA-A-AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATAG
* * * *
358680 TCAAAACTATTTGA-ACTAGTTTGATAAATAGATTT-TATTTTTAAA
315 TCATAACTATTTGATA-TTG-TTAATAAACAGATTTAT-TTTTTAAA
* * * * * *
358725 -TCTT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTAGTATTTTATTTCAAACA-AA-TTTAT
1 TTTTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAA-ATAAGCTTGT
* * * * * *
358785 ATGAACA-AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTGT
63 ATGAATAGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGA
* * * * ** * * *
358849 TCAAATAATCATAATTATTTTAACTGGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * * *
358914 TCATTTTTGAAATATTAATAAATTCGTTTTCTTTTATTCCAAGTAAGCTAT-TATGAATTCA-AA
191 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-T-AGAA
* * * * *
358977 AAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACT-GTTCATATAGT
253 ACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TATTTCAAATAGT
* * * * ** * *
359041 CTTAAATATTGGA-ACTGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AA
316 CATAACTATTTGATATTG-TT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
359084 TTCTCTTAGCTT-TTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT
1 TT-T-TTA-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
* * ** * * * * **
359147 GTATGAACA-AAAATAATTCTTTTATGATGAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTTTATAATT
61 GTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
359211 GTTCAAATAGTCATTGA-TGTTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCTTACT
125 GATCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * *
359275 TATTAATTTTTAAAAGATTAATAAA-TAGTATTATTGTA-TTCTGAATAAAATTGAATG-CTCA-
188 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * ** ** * * *
359336 AATACAATTGTTATATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAAATAAT-TGTTCATATA
251 AA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATA
* * * * * **
359400 GTCTTAACTGTTTAAGCTACT-TCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAA
314 GTCATAACTATTT--GATATTGTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * ** * * * * * *
359446 TCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTACTATCAGTTTATTCCAAATAAGCTTATA
1 T-TTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * * * * *
359511 TGAATTGAAACAATTATTTTACGATAGAACAAAAGGTTACAATAATTTAAAATAGATAATTGTTT
64 TGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGATC
* * * * * *
359576 AAATAG---GAACTAATTCAA-----T---AAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTA
129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTA
** * * * * * *
359629 ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAA
193 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA
* ** * *
359693 TTATTTTATGAAAAAAC-AAAAGT-ATGTAATGATTTGAAATATATAAT-TGTTCAAATGGTCAT
257 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA--TAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATAGTCAT
* * *
359755 AATTATTTGA-ACTAG-T--T---C-GATGTATTTTTTAAA
319 AACTATTTGATA-TTGTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * ** *
359788 TCTCTAATATATCAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATATC-AGGTAAGCTTTT
1 TTTTTACT-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCAAAATAAGCTTGT
* * *** * * * *
359852 ATAAATTGAAAAAAAAATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATT-AT
63 ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGA-
* * * * **
359916 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAGCAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTA
127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
** ** ** * * *
359981 TTAATTTTCTTAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGCATGAGCTA-AAA
190 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA
* * * * * * **
360045 -ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCTAATTTTC
254 CA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATAGTC
* * *** *
360107 TTATCTATTTGA-ATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
317 ATAACTATTTGATATT-G-TTAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
360150 ----T-CTT-TT-A---TTAGAATATTATTAATTTA-TCAATACTTTACTCCAAATAAGCTTGTA
1 TTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * * *
360204 TGAACA-AAAACAATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCATAACGATTTGAGATAGATAATTGT
64 TGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGA
* * * * *
360265 TCAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTC-AATATATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TT
127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGAA-A-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** * **
360324 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAATAGAAA
189 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
360389 TAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TAATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGACA
254 CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTTCAAATAGTCA
* * ** ** * *
360453 TGACTATTTAAGCTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAA
318 TAACTATTTGATATTG-TTAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* *** *
360495 TTTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
1 TTTT-TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * *
360560 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
64 TGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGATC
* * *
360625 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
*** * * * * * *
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193 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAA
** * * *
360754 TTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAACTGTTT-AAATAGTCATAA
257 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TATTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
360818 CTATTTGAAAATGTTTAGAAATATATTTA-TTTTTAAA
321 CTATTTGATATTGTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
** * *
360855 TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTCAAAATATGCTTGTAT
1 TTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
360920 GAATAGAACCAAA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTT
65 GAATAGAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGAT
* * * * * *
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128 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
361047 TAATTTCTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AA
191 TAATTT-T-CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * ** * *
361111 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAGATAGTCA
253 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTTCAAATAGTCA
* **
361176 TAACTATTTGA-ACATGTTAAGT-AACAAGATTCCTTTTTT-AA
318 TAACTATTTGATA-TTGTTAA-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
361217 TTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA
1 TT-T-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTG
* * * * * *
361281 TATGAGCTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAACAGATAATT-
62 TATGA-ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * * *
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126 A-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACT
* * * * * * *
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188 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
361471 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATATCAATTCGAAAGAAATAAT-TTTGCAAATAGT
252 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTT-CAAATAGT
** *
361535 CATAAAGATTTGATATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
316 CATAACTATTTGATATTGTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * *
361579 TCTTTTACTTATTAATTGCCTT-AATATTAATAAGTTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
1 T-TTTTACTTATTAATT--TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
** * * *
361643 ATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATA-ATAATT-AT
63 ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGAT
* * * * * * *
361706 CAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTTTTCGACAAACAGATTCATTTTTTTAATCTCTTAGTTAT
128 C-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
361771 TAATTTTCATAATATTAATAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATA
191 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* ** * * * * * *
361836 ATTTTTTTATGACAAAGGAAAATGTCATAACCATTTGAAGTTGATAAT-TGGTCAAATAGTCATG
256 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATAGTCATA
* * * * *
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320 ACTATTTGATATTG-TTAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * ** *
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1 -TTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGT
* * * * * ** *
362004 ATGAACA-AAAACTATTGTCTTATAACAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
63 ATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
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126 -ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * ** * *
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** ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *** ** * **
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* *** * *
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* * ** * * * * * * *
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127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * * * * * * *
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* * * * * *
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254 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATA-TTTCAAATAGTCA
* ** *
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* * * * ** * **
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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** * * ** * *
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** * * * * * * * * *
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* * ** *
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* * *** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *** * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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64 TGAATA-GAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGA
* ** * * * *
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127 -TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * *
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190 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* ** * *
363970 CAATTATGTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATCA-TTCATATAGTC
254 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAAT-ATTTCAAATAGTC
* * * * *** *
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** * * * * *** ** *
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** * * * *
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64 TGAATAGAAAAAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGA-
* *** * * * * *
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127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
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*** * * * ** *** *
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* * * * * * * ** * *
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* ** * *
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* * *
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* * * * * ** * * *
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* * **
356902 TTAACTATTAT-AACTGGTTTGACAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
564 ATAACTATT-TGAACTGATTTGGTAA-CA-ATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * ** **
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*
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* * * * * * *
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** * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * ** * *
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191 GATAACT-GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-ATAAATAGATTTA-TTTTTTAAA
*** * *
357300 TCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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440 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC
* * **
357555 AATTAG-TTTATGAT-GAAACACAA-GATCAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
502 AATT-GTTTTAT-ATCAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
357616 ATAACTATTTGAA-TG-TGTTCAG-AA-AA--TA--TTTT---TT-TT-CTTATTAATTTTTGGA
564 ATAACTATTTGAACTGAT-TT-GGTAACAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** ** * *
357668 ATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAGTAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTATTTT
627 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTGTTTT
* *
357730 GTGGCAAAACAAAAGGTCATA
689 ATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ***
357751 ATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * *
357816 -TTTTGT---GT-TCT-CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAA
66 ATTTTTTAAACTAT-TGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAA
* * * * *
357875 TAAACTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATTA-CAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
128 TAAGCTTTTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATCAAAA-AAAAAGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * * ** * *
357939 GATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATC
191 GATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT-ATAAATAGATTTA-TTTTTTAAA-C
* ** ** * *
358004 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTAT
252 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* * * * ** ** * * * **
358068 AAGCAT-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACAC
316 --GAATGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTC
* * * * *
358132 AAATTGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCATTTTT
379 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-C-TTATT
* * * * * *
358197 AATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGAATTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGATAA
439 AATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAA
* * * * * * * *
358260 -AATTCTTTTGTGA-CAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTCAAATAGATAATTGTACAAACAGTC
501 CAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
358323 ATAATTATTTAAACT-TTTTCAGTAAACAAATTCATCTTTTTAAATTTCTTTA-TTATGAATTTT
564 ATAACTATTTGAACTGATTT-GGT-AAC-AATTTAT-TTTTTAAA-TTC-TTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * *
358386 TGAATTACTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGATCTGAAACATTTCTTT
623 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
* *
358451 TATGA-AAAAAAAAATGTCATA
688 TATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * ** *
358472 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * * * *
358537 ATTTTTTAAA-TTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAAT
66 ATTTTTTAAACTATTGCTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT
* * * * * *
358601 AAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-GAAT-AGAACAAAAAGTCATAA-GATTTAAAATA
129 AAGCTTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATG-ATCA-AAAAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * *
358663 AATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTT-TATTTTTAAA-T
191 GATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT-ATAAATAGATTTAT-TTTTTAAACT
* * * * * * ** *
358726 CTT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTAGTATTTTATTTCAAACAAATTTATATGA
253 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
** ** * ** *
358789 ACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAA
318 ATGAAA-CAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
358854 TAATCATAATTATTTTAACTGGATAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCAT
382 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA---AT
* * * * *
358918 TTTTGAAATATTAATAAATTCGTTTTCTTTTATTCCAAGTAAGCTAT-TATGAATTCAAAAA-AA
442 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-T-AAAAACAA
* * * * * *
358981 CTTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCATATAGTCTTA
504 -TTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
359045 AATATTGGAACTGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGCTT-TTAA-TTTTCATA
567 ACTATTTGAACTGATTTGGT-AA-CAATTTATTTTTTAAAT-TCTTA-CTTATTAATTTTTGA-A
* * * * ** * *
359108 ATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTCTTTTATG
627 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
** * *
359173 ATGAAATAAAAGGTTATA
692 ACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * * * *
359191 ATAATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCATTGA-TGTTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * * *
359255 TATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAA-TAGTATTATTGTATTCTGA
65 TATTTTTTAA-ACTATTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GA
** ** * * * ** * *
359319 ATAAAATTGAATG-CTCAAATACAATTGTTATATGAT-AAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAA
127 ATAAGCTTTTATGAAT-GAA-ACAATTGTTTTATGATCAAAA-AAAAAGTCATAATAATTTGAAA
* * * * * ** * * *
359382 TAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTT-AAGCTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAA
189 TAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TTGTTTA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** * * * *
359446 TCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTACTATCAGTTTATTCCAAATAAGCTTATA
251 -CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
359511 TGAATTGAAACAATTATTTTACGATAGAACAAAAGGTTACAATAATTTAAAATAGATAATTGTTT
315 TGAA-TGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTC
* ** * * *
359576 AAATAG---GAAC----T-AA----TTCAATAAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTTCCTATTA
379 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-C-T--TATTA
* * * * *
359629 ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAA
440 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAA
* * ** * *
359693 TTATTTTATGA-AAAAACAAAA-GT-ATGTAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGTCAT
504 TTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCA--TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
359755 AATTATTTGAACT-A----GT-TCGATGTATTTTTTAAA-TCTCTAATATATCAATTTTTGAAGT
566 AACTATTTGAACTGATTTGGTAACAATTTATTTTTTAAATTCT-TACT-TATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * * * ***
359813 ATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TATCAGGTAAGCTTTTATAAATTGAAAAAAAAATTTTATGA
629 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
*
359877 TAAAACAAAAGGTCATA
693 CAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
359894 TTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAGCAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * ** *
359959 ATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTCTTAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
66 ATTTTTT-AAA-CTATTGCTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
* ** * * ** * * **
360024 ATAAGCATGCATGAGCT-AAA-AATACTATTTTATGA-CAAGCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAA
127 ATAAGCTTTTATGA-ATGAAACAAT--TGTTTTATGATCAAAAAAAAAGTCATAATAATTTGAAA
* * ** * * ** * *
360086 TAGATAATTGTTCTAATTTTCTTATCTATTTGAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-
189 TAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTT-ATAAATAGATTTATTTTTTAAAC
* * * * * * *
360150 ---T-CTT-TT-A--TTAG-AATATT-ATTAATTTATCAATACTTTACTCCAAATAAGCTTGTAT
252 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
** * ** * * * * *
360205 GAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTC
316 GAA-TGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTC
* * * * ** * * * * *
360267 AAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTTCAATATATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTATTAATTT
379 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* ** * * *
360332 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTATT
444 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
* * * * * * *
360397 TTATGA-CAAAACAAAATATAATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATT
509 TTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
360461 T-AAGCTTG-TTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATT-TTCAACTTATTAATTTTTAAAATATT
573 TGAA-C-TGATTTGGT-AAC-AATTTATTTTTTAAATTCTT--ACTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
360523 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
632 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAA
*
360587 AACAAAAGATCATA
696 AACAAAAGGTCATA
* * *
360601 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAACAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * * * **
360666 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TTAATAAGTTGGTATTATTTCATTTAAAA
66 ATTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAA
* * * * *
360730 TAAGCTTTTTATGAATAGAAACAGTTGGTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAAT
128 TAAGC-TTTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGATCAAAA-AAAAAGTCATAATAATTTGAAAT
* * * * *
360794 AGATAACTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAAATGTTTAGAAATATATTTA-TTTTTAAATTT
190 AGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTATAAATAGATTTATTTTTTAAACTT
* * *
360858 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTA-TTCAAAATATGCTTGTATGA
254 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
360922 ATAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCAA
318 AT-GAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTCAA
** * *
360986 ATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTAGTAATA-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTA
381 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTC--T-T-ATTA
* *
361049 ATTTCTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAAC
440 ATTT-TTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAC
* * ** ** *
361113 AATTGTTTTAT-TACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAGATAGTCAT
502 AATTGTTTTATAT-CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** ** * * * *
361177 AACTATTTGAACATG-TTAAGTAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGA
566 AACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAC-A-ATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * * *
361241 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATT
627 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* *
361306 ACAAAACAAAATGTCACA
692 ACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * * *** *
361324 ATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAATTTTGACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
* ** * * *
361389 ATTTTTTAAA-TATTCTTCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCGAA
66 ATTTTTTAAACTA-T-TGCTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-A
* * * * *
361453 ATAAACATGTATGACA-GAAACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCAT-ATCAATTCGAAA
127 ATAAGCTTTTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGATCAAAA-AAAAAGTCATAAT-AATTTGAAA
* * * ** *
361515 GAAATAA-TTTTGCAAATAGTCATAAAGATTTGATATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
189 TAGATAACTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTT-TATAAATAGATTTATTTTTTAAA
* *
361579 TCTTTTACTTATTAATTGCCTT--AATATTAATAAGTTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
251 -CTTTTACTTATTAATT--TTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* *
361641 GTATGAATAGAAA-AAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATA-ATAATT
312 GTATGAAT-GAAACAAAT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATT
* * * ** ** * * *
361704 A-TCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTTTTCGACAAACAGATTCATTTTTTTAATCTCTTAGT
375 ATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T
* * * * **
361768 TATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAA
438 TA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * ** * * * *
361833 ATAATTTTTTTATGA-CAAAGGAAAATGTCATAACCATTTGAAGTTGATAATTGGTCAAATAGTC
500 ACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
361897 ATGACTATTTGATCT-AGTTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTT-
564 ATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAA-CA-ATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** ** * *
361960 AGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCA-TCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTCT
625 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
* *
362024 TATAACAAAAAAAAAAGGTCATA
688 TATGAC-AAAACAAAAGGTCATA
** * ** *
362047 ACAATTTGAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * *
362112 ATTTTTT-AA--ATT--TT-TTACTTGTT-AAT-TGT-CT-TATTTGTATTATTTTATTCGAAAT
66 ATTTTTTAAACTATTGCTTATTAATTTTTAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-AAT
* ** * ** *
362167 AAG-TTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGAT-AAAACAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA
129 AAGCTTT-TATGAAT-G-AAACAATTGTTTTATGATCAAAA-AAAAA-GTCATAATAATTTGAAA
* *
362230 TAGATAACTGTTCAAATAG---TAAC---TTG--TT-TCT-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCT
189 TAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTATAAATAGATTTATTTTTTAAA-CT
* * * ** * * *
362285 CTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAGCTTAGTATTA-TTCATTTCAAATAAGCTTATATGA
253 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* ** * * ** *
362349 ACCGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAAAT-GATAATTATTCAA
318 A-TGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** * * * *
362413 ATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACCTATTAAT
381 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAAT
* * * * * *
362478 TGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTG
442 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * * *
362543 TTTTATAAT-AGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATCATAACTA
507 TTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
362607 TTTGAACT-AGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA-TC---CGTTATTAATTTTTGAAATATT
571 TTTGAACTGA-TTTGGT-AACA-ATTTATTTTTTAAATTCTTAC-TTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * * *
362667 AATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAGCAAACTTACATGAA-TGAAAAACATTTGTTTTATGACA
632 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACA
*
362731 TAACAAAAGGTCATA
695 AAACAAAAGGTCATA
*** * * * ** * *
362746 GCCATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACCGGTTAGGTAAATAGAA-T
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATT
* * * * * * * * *
362810 TACTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTTAGTATGAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCAA
65 TATTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCGAA
* * * *
362874 CTAAG-TTAGTGTGAATTGAAAAAATTGTTTTATGA-C----AAAAA---A-AATGATTTGAAAT
128 -TAAGCTT-TTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATCAAAAAAAAAGTCATAATAATTTGAAAT
** * * * * * *
362929 AGATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC
190 AGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA-C
* * * * ** * * *
362994 TCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATATT-GAATAAGCTTGTAT
252 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
363058 AAATAGAAATAATTTTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAATTATTC
316 GAAT-GAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTC
* * *
363122 AAATAGTCATAACTATTTAAACCGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
379 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * ** *
363187 TTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTGTAT-AATAAAAAACAATTG
444 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAAT-AAAAACAATTG
* * * * * * * * * *
363251 CTATATATCCAAACAAAATGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTAT
507 TTTTATATCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
363316 TTGAACTGATTTGGTAAACCAATTTACTTTTTAAATTGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAG
572 TTGAACTGATTTGGT-AA-CAATTTATTTTTTAAATT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* *
363381 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
634 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
363446 AAAAGGTCATA
699 AAAAGGTCATA
* * * * * * *
363457 ATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAGT-ATAACTATTTAAATTTATTTGGTAAACTAATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
363521 TATTTTTTTAAACTATTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGG
65 TA-TTTTTTAAACTATTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
* * *
363586 ATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
127 ATAAGCTTTTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATCAAAA-AAAAA-GTCATAATAATTTGAAA
* * * * *
363650 TAAATAATTGTTCAAATAGTAATCACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAA
189 TAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT-ATAAATAGATTTATTTTTT-AAA
* * * * * * *
363715 CTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAA
251 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
363780 GATATGAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAATTATTCT
316 GA-ATGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
** * *
363845 AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA
380 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
*
363910 TTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAAT
441 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAAT
* * ** * ** * *
363974 TATGTTATGA-CAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGTC-TTA
505 TGTTTTAT-ATCAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * ** * * *
364036 CTATTTGAAATGGTTT-ATCAATTTGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTGTCAAAG
568 CTATTTGAACTGATTTGGT-AA--CAATTTATTTTTTAA-ATTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-
* ** *
364099 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-AATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGT-
628 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACT-GAAACAATTGTTT-TA
* *
364161 TGACAAAATAAAAGGTTATA
690 TGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *** * **
364181 ATGAATTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGGTAAACAGTTTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
* * * * * *
364246 ACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCCAAGTATTAATAAA
66 ATTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAA
364290 AGGTTAGAAT
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Consensus pattern (709 bp):
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
ATTTTTTAAACTATTGCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAA
GCTTTTATGAATGAAACAATTGTTTTATGATCAAAAAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
CTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTATAAATAGATTTATTTTTTAAACTTTTACTTA
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACA
AATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATATCAAAAC
AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGG
TAACAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
Found at i:365443 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 364287--366671 Score: 2020
Period size: 180 Copynumber: 13.3 Consensus size: 180
364277 AAGTATTAAT
* * * ** * * *
364287 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * * *
364352 CAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTCAC-TA--ATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
364414 TT-TATTCGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC
131 TTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
364464 AAAA-ATCATAA-AGATTTGAGAAT-GATATTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
1 AAAAGGTCATAATA-ATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
364526 AGAAAATA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT
64 AGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * *
364589 TATTTTATTTCGAATAAGTTTCTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
127 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
364643 AAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTGTT-
1 AAAAGGTCATAATAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
364705 TGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAC
64 AG-TAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAG
* ** * * *
364769 AATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGA-ATAAAC
124 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC
* * * * * * *
364826 AAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * * * * * * *
364890 ATTAACACATTTATTTTTCAAAGC---T-CTTATTCATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
364951 TTTTA-CTCATAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC
129 TTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
365003 AAATA--TCATAATAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TTGGTT-
1 AAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* * * * * *
365064 TGATAAACAGATTTAATTCTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATAT
64 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
** ** ***
365125 TATTTTATTTTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCACTTTATGACAAAAC
127 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
365179 AAAATGTCATAA-ATATTTGAAACAGATAATAATTCAAATAGACATGAC-ATTTGAACTTGTTCA
1 AAAAGGTCATAATA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * ***
365242 GTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * *
365307 TTTATTTTAAATAAAATTATATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAC
130 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * ** * * * *
365358 TAAAGATCAAAATTATTTGAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGATCTCGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* *
365423 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * **
365488 TTA-TTCTAATAAGCTTTTATGAAT-GAAACAATTGGCTTATGACAAAAC
131 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
365536 TAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * *
365601 AAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
365664 TTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAC
129 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
365716 AAAAGGTCATAAT-GTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGATT-G
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * *
365779 GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
365844 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAAT
129 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
365896 AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTC-
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * *
365959 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
65 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
366024 -TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAGAATTGTTTTATGACAAAAC
128 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * ** * *
366076 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * *
366141 GT----AGATTTA----TTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATT
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATT
* **
366197 ATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
128 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * *
366252 AAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAT
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * *
366317 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACTTAATATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * *
366382 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGATAAAAC
130 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * *
366433 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * *
366498 TAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTATT
66 TAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
366561 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACACAAT
128 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * **
366614 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
366672 GGTTTGATAA
Statistics
Matches: 1782, Mismatches: 336, Indels: 176
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 40 0.02
174 25 0.01
175 22 0.01
176 288 0.16
177 122 0.07
178 133 0.07
179 268 0.15
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182 15 0.01
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184 5 0.00
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:365797 original size:537 final size:541
Alignment explanation
Indices: 364287--366671 Score: 2288
Period size: 537 Copynumber: 4.4 Consensus size: 541
364277 AAGTATTAAT
* * * * * *
364287 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAG
* * * * * * *
364352 CAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTCAC-TA--ATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATT
66 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-T
* ** *
364414 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAATCATAA-AGA
130 TTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACA-A
* * * * *
364478 TTTGAGAAT-GATATTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAAATA-ACTTTA
194 TTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAAAAAACAGA-TTTA
* * * * *
364540 GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTC-GAA
257 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAA
* ** * **
364603 TAAG-TTTCTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTT-AAA
320 TAAGCTTGC-ATGAATA-GAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATGTTTGAAA
* * * * * *
364665 TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTATTT
382 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGA-TTAATTT-TTT
* ** *
364728 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTACAATTATTTTATTTTGAATAAGCT
444 AAATCTCTAACTCATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT
*
364792 TATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGA-ATAAAC
508 TATATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACA-AAAC
* * * *
364826 AAAAGGT-AAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGCCTTAACTATTTGAAT-TGGTT
1 AAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTG-ATCTAGTT
* * * * * * * * * *
364888 CAATTAACACATTTATTTTTCAAAGC---T-CTTATTCATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAA
63 CAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
364949 TATTTTACTCATAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAACAAATATCATAA
127 TATTTTATTCA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAA
* * * * * ** *
365014 TAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAGATTT
191 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAAAAAACAGATTT
* * * ***
365078 AATTCTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTTTAA
256 -ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAA
** * * * * *
365139 TAATTTTGTATGAATAGAAACAATCACTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAATATTTGAAACAG
320 TAAGCTTGCATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATGTTTGAAATAG
* * * * * *
365204 ATAATAATTCAAATAGACATGAC-ATTTGAACTTG-TTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCT
385 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCT
* * **
365267 CCAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATTATATGA
450 CTAACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGA
* *
365331 A-TAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAC
515 ACT-GAAACAATTTTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
365358 TAAAGATCAAAATTATTTGAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGATCTCGTTCAG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAG
* *
365423 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATT
66 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** ** *
365488 TTATTCTAATAAGCTTTTATGAA-TGAAACAATTGGCTTATGACAAAACTAAAGGTCATAATAAT
131 TTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAATCATAACAAT
* * *
365552 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATATTTATTT
195 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAAAAAACAGATTTATTT
365616 TTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAA
260 TT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAA
* * **
365679 GCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGTTTGAAATAGATA
323 GCTTGCATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATGTTTGAAATAGATA
* * * * * *
365743 ATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGATT-GGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTT
388 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTA
* *
365807 ACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACT
453 ACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT
* * *
365872 GAAACAATTATTTTATTACAAAAT
518 GAAACAATTTTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
365896 AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTC-
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCA
* * * *
365959 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
65 G-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
* *
366024 -TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
128 ATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA
* ** * ****
366088 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTT-GTTC---GGGTAGATTT
191 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAAAAAACAGATTT
* *
366149 A---TTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAA
256 ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAA
* * * *
366209 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AATGATTTCAA
319 ATAAGCTTGCATGAATAG--AAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATG-TTTGAA
* * * * * * * *
366273 ATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAATTATTTAAACTT-ATTCATTAAACAAATTCATTTTTTAA
381 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAA
* * * * *
366337 ATCTCTTAA-TTATTAATTTTCAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
446 ATCTC-TAACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTA
** *
366401 TATGAACTGAAATGATTTTTTTATGATAAAAC
510 TATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAAC
* * * * *
366433 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAG
* * * * *
366498 TAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTATT
66 TAA-ACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
366561 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACACAATAAAAAGTCATAA
128 ATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAA
* *
366626 CAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
191 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
366672 GGTTTGATAA
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 261, Indels: 125
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 9 0.01
532 126 0.08
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534 151 0.10
535 55 0.04
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537 373 0.24
538 275 0.18
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540 82 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAG
TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATT
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAAAAAACAGATTTATTTT
TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCT
TGCATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATGTTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTAACT
CATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAA
ACAATTTTTTTATGACAAAAC
Found at i:366096 original size:718 final size:711
Alignment explanation
Indices: 364287--366671 Score: 2281
Period size: 718 Copynumber: 3.3 Consensus size: 711
364277 AAGTATTAAT
* * ** * * *
364287 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG
* * * * * *
364352 CAAATACATTTATTTTTTAAA--TCTTTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTT
66 TAAATAGA-TTAATTTTTAAATTTCTTTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * *
364415 T-TATTCGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAATCATAAAGA
130 TAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGA
* * * * * * *
364478 TTTGAGAATGATATTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAA-ATAACTTTA-G
194 TTTGA-AATAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCATAAACAT-A-TTTATT
* * * *
364541 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
256 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * *
364606 GTTTCTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGAT
320 GATTATATGAAA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAAAT
* * *
364670 AATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATC
383 AATTATTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAACTTGTTCAG-TAAA-AGATTTA-TTT-TTTAAATC
* * ** *
364733 TCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATG
443 TTTTACTTATTAA--TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTATATG
* * * *
364798 AACTGAAATAATTTTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
505 AA-TGAAAAAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
364862 AATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAATTAACACATTTATTTTTCAAA-GC-T-CTTATTCA
568 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAA
* * * * * * * * *
364923 TTTTTGGAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCATAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCATT
632 TTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
*
364987 TGTTTTATTACAAAAC
696 TGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
365003 AAATA--TCATAATAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAATTGGTTTG
1 AAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
* * * *
365066 ATAAACAGATTTAATTCTTAAATTTC-TT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATT
65 GTAAATAGA-TTAATTTTTAAATTTCTTTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
** ** * *
365129 TTATTTTTAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATCACTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAT
129 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT-AAT
* * * * *
365193 -ATTTGAAACAGATAATAATTCAAATAGACATGA-CATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTTAT
192 GATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCA-TAAACATATTTAT
** * *
365256 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
255 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * **
365321 AATTATATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGATCAAAATTATTTGAAATAAATA
320 GATTATATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATA
** * * * * * *
365386 ATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGATCTCGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
384 ATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCAGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
365451 CTTATTAATTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTTTATGAATGAAA
448 CTTATTAATTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTATATGAATGAAA
* *** * * *
365516 CAATTGGCTTATGACAAAACTAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
512 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
365581 AACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
577 AACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* *
365646 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGAC
642 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
365711 AAAAC
707 AAAAC
*
365716 AAAAGGTCATAATG-TTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGATT-
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G-TTC
* *
365778 GGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAT
64 GGTAAATAGATTAATTTTTAAATT-TCTT--TCATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATAT
* * * * *
365842 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTCAC
125 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT
* *
365906 AATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAACATATT
189 AATGATTTGAAATAA-TAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTC-ATAAACATATT
* * * * *
365971 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAA
252 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * *
366035 ATAAGCTTGTATGAACAGAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATA
316 ATAAGATTATATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* * * *
366100 AATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTGTTCGGGT---AGATTTA----TTAGATCT
380 AATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTC-AGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
366158 TTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
444 TTTACTTATTAATT-T-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TAATAAGCTTATATGA
* * * *
366223 ATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTA
506 AT-G--AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
366288 AACAGTCATAATTATTTAAACTTATTCATTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
568 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAA
* * * *** * * **
366353 TTTTCAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATT
632 TTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* *
366418 TTTTTATGATAAAAC
697 GTTTTATGACAAAAC
* * *
366433 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG
* * * * * **
366498 TAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTA
66 TAA-ATAGATTAAT-TTTTAAATTTCTT--TCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * *
366562 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACTATTGTTTTATAACACAATA-AAAAGTCATA
127 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACA-AA-ACAAAAGTCATA
** * ** *
366625 ACAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
190 ATGATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
366672 GGTTTGATAA
Statistics
Matches: 1366, Mismatches: 247, Indels: 110
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
710 91 0.07
711 43 0.03
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713 152 0.11
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719 42 0.03
720 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (711 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG
TAAATAGATTAATTTTTAAATTTCTTTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATT
TGAAATAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCATAAACATATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTAT
ATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
AAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCAGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTATATGAATGAAAAAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
TTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:366805 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 366760--366812 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
366750 ACAAAATAAA
*
366760 AAATA-ATAATGATTT
1 AAATAGATAATTATTT
366775 GAAATAGATAATTATTT
1 -AAATAGATAATTATTT
366792 AAATAGTTATAATTATTT
1 AAATAG--ATAATTATTT
366810 AAA
1 AAA
366813 CTGGTTTTGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 4
0.87 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.33
17 9 0.27
18 13 0.39
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
AAATAGATAATTATTT
Found at i:367528 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 367197--367672 Score: 402
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
367187 TATTTTTTAA
* *
367197 AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGTTTAAATGGC
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGC
* * * * ** * *
367262 CATAATTATTTGAATTTATTTAATCAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTCG
66 CATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACACATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAACTTTAG
367327 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
131 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
* * * ** *
367377 AAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATTG
1 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGG
* * * * *
367441 TCATAACTCTTTGAACTTATTCGATAAACACATTTATCTTTTCGAATCTCTT-GCTTATTAATTT
65 CCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACACATTTAT-TTTTCAAATCTCTTAG-TTATTAA-CT
** * * ** * * * *
367505 TTAG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCGTGTATAAACT
127 TTAGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * * * * * * * *
367558 GAAACAATTATTATAGGACTAAATAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGG
* * ** * * *
367623 TCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAAATATATTTATTTTTTAAATCTCT
65 CCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACACATTTATTTTTCAAATCTCT
367673 CACTAATTTT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 55, Indels: 11
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.03
180 76 0.32
181 79 0.34
182 72 0.31
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGC
CATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACACATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAACTTTAG
AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
Found at i:368937 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 367758--369086 Score: 922
Period size: 176 Copynumber: 7.4 Consensus size: 178
367748 ATAAGAAAAC
* * * * *
367758 AATAGTCATGTCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * ***
367823 ATAATTGTTTCTA-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTTTGA
66 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * *
367887 AAATTAAT--AAGAGATTTACAAACTAAATCTGTTTACC-AAAACAGATT-A
130 AAATTAATAGAAGAGATTTA-AAAATAAATGTGTTTACCGAACA-AG-TTCA
* * * * * * *
367935 AATAGTTATTATTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATTGTTAT--CATATTTATTTTGTTATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
367998 AACAATTATTTCT-TTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
65 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* **** * *
368062 AAAATTAAT--AAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAGTTTA
129 AAAATTAATAGAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCA
* ** * * *
368111 AATAGTTAAGACTATTACAATAATTATCTACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
368176 ACAATTATTTCAGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAA
66 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * *
368241 AATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCAAACATGTTCA
131 AATTAAT-AG-AAGAGATTT--AAAA-ATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCA
* * ** * *
368294 AATAGATT-TGAATATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATA
1 AATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
368357 AAATAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATT-AGAAATAAAATAACATTACTTTATTAATATTTC
64 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * *
368421 -AAAATTAATAAACAGGAGATTTAAAACTAAA-GTTGTTTTCTGAACTAGTTTA
128 AAAAATTAATAGA-A-GAGATTTAAAAATAAATG-TGTTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * * ** * **
368473 AATAGTTATGACTACTGGAACAAATATCAATCTCAAATAATTATGAAC-TTTGTTTCCTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * ** * *
368537 GCAATCATTTCT-GATCATACAAGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
66 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
368600 AAACTTAGT-GAA-ATATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCA
129 AAAATTAATAGAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * * * *
368649 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCTTATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
368714 ATAATTGTTTCAATTCATACACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAA
66 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
368779 AATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCA
131 AATTAAT-AG-AAGAGATTT-AAAA-ATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * *
368831 AAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTTTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
368896 AAAATTGTTTTAGTTCAGAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAA
66 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * ** *
368961 AGTTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGCTTACTAAATAAGTTCA
131 AATTAAT-A-GAAGAGATTT-AAAAATAAATGT-GTTTACCGAACAAGTTCA
* * * ** * * * * *
369012 AATAATTATGGCCATTTGACCAACTAT-TGATTTCAAATTATTATTACCTTTT-TTCTATCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
369075 AGCAATTATTTT
65 AACAATTGTTTT
369087 TCGAAAAATA
Statistics
Matches: 895, Mismatches: 218, Indels: 75
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
176 193 0.22
177 179 0.20
178 57 0.06
179 60 0.07
180 29 0.03
181 78 0.09
182 172 0.19
183 116 0.13
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAGAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCA
Found at i:368969 original size:538 final size:538
Alignment explanation
Indices: 367994--368969 Score: 1332
Period size: 538 Copynumber: 1.8 Consensus size: 538
367984 TTATTTTGTT
* ** **
367994 ATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 ATAAAACAATCATTTCTGATCATACAAGCTTATTCGAACAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * ** *
368059 CCAAAAATTAATAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACT
66 CCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * *
368124 ATTACAATAATTATCTACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAG
131 ATTACAATAATTATCTACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAA
* * *
368189 TTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAA
196 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA
* * * *
368254 AAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCAAACATGTTCAAATAGATTTGAATATTTGAACAATT
261 AAGATTTAAAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAGAGATTTGAATATTTGAACAATT
* * * * * * *
368319 ATCTATTTAAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCATTTCATAAAAACT
326 ATCGATTTAAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCAGTTCAGAAAAACT
* *
368384 TATTAGAAATAAAATAACATTACTTTATTAATATTTCAAAATTAATAAACAGGAGATTTAAAACT
391 TATTAGAAAGAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAATTAATAAACAGGAGATTTAAAACT
368449 AAAGTTGTTTTCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTACTGGAACAAATATCAATCTCAAATAAT
456 AAAGTTGTTTTCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTACTGGAACAAATATCAATCTCAAATAAT
368514 TATGAACTTTGTTTCCTC
521 TATGAACTTTGTTTCCTC
* * *
368532 ATAAAGCAATCATTTCTGATCATACAAGCTTATTTGGACAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 ATAAAACAATCATTTCTGATCATACAAGCTTATTCGAACAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * *
368597 CCAAAACTTAGTGAA-ATATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
66 CCAAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * * *
368661 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCTTATAATAATTGTTTCA
130 TATTACAATAATTATCTACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
* ** *
368726 ATTCATACACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGCA
195 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCA
* * * * * *
368791 AGAGATTT-GAAAAGATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAGAG-TTATGACTATTTGAACAA
260 AAAGATTTAAAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAGAGATT-TGAATATTTGAACAA
** *
368854 TTATCGATTTAAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTT-TTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCAGAAAA
324 TTATCGATTTAAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTT-ATAAAAAAATTGTTTCAGTTCAGAAAA
* * *
368918 GCTTATTCA-AAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAA
388 ACTTATT-AGAAAGAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAA
368970 TTAAAAGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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539 2 0.01
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Consensus pattern (538 bp):
ATAAAACAATCATTTCTGATCATACAAGCTTATTCGAACAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
CCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
ATTACAATAATTATCTACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAA
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA
AAGATTTAAAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAGAGATTTGAATATTTGAACAATT
ATCGATTTAAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCAGTTCAGAAAAACT
TATTAGAAAGAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAATTAATAAACAGGAGATTTAAAACT
AAAGTTGTTTTCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTACTGGAACAAATATCAATCTCAAATAAT
TATGAACTTTGTTTCCTC
Found at i:369509 original size:16 final size:17
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369478 CAAATAATTA
369488 TATCTATTT-AAACAAT
1 TATCTATTTCAAACAAT
*
369504 TATCTATTTCAAATAAT
1 TATCTATTTCAAACAAT
369521 TAT
1 TAT
369524 TAGTTTTTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
TATCTATTTCAAACAAT
Found at i:369523 original size:17 final size:17
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Indices: 369476--369523 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
369466 ACTGAACTAG
369476 TTCAAATAATTATATCTAT
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*
369495 TT-AAACAATTATCTAT
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369511 TTCAAATAATTAT
1 TTCAAATAATTAT
369524 TAGTTTTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAATTATCTAT
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369464 TTACTGAACT
* * * *
369474 AGTTCAAATAATTATATCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATTAGTTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACTTTTTATTTTAT
* * * **
369539 AATAAAACAATATTGTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATAT
66 AATAAAACAATATTGTTTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
369604 TTATCAAACC
131 TTATCAAACC
* * * * ** *
369614 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACTTTTTATTTTAT
* * * * * * *
369679 TATAAAATAATATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAACAGTAATTTATTAATAT
66 AATAAAACAATATTGTTTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
369744 TT
131 TT
369746 CAACAATTAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 23, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACTTTTTATTTTAT
AATAAAACAATATTGTTTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
TTATCAAACC
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Period size: 180 Copynumber: 11.3 Consensus size: 180
369590 TAATTTATTA
* * * ** *
369600 ATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 ATATTTATCGAA-CAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
369665 ACTTTTTGTTTTATTATAAAATAATAT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAACA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * *
369729 GTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAATATAAAT
129 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
** *
369781 ATGCTTATCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATTGTTATG
1 ATATTTATCGAAC-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * ** * * * *
369845 ACCTTTCATTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
369910 TAAGTTATCAATA-TTCTGAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAAATGAAT
130 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
369961 ATGTTTAAT-GAATAAATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-GAA-----A
1 ATATTT-ATCGAACAGA-TCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * *
370018 T---C-ATTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAA
63 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA--ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAA
* * * * * *
370078 TAATACAAATTTATTAATA-TTAAAACAATCAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAAT
124 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * * *
370135 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCTAATTATTATG
1 ATATTTATCGAAC-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* ** * * *
370200 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAAAATAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* *
370265 TAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
130 TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
370316 ATATTTATCGAACAAGTTCCAATGGTCATGACTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATTAATGT
1 ATATTTATCGAAC-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATTGTTAT
* * *
370380 GACC-TTT-TTTT-TAATAAAACAATTGTTT-TAATTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * * *
370440 TACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAAT
127 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * ***
370494 ATATTTGCCAAACATGTTCAAATAGTTATG-CTATCTGAATCATTTTCTATTTCAAAACATTATG
1 ATATTTATCGAACA-GATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
370558 ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATA
*
370622 -TAAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT
129 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
* * *
370673 ATGTTT-TCCGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
1 ATATTTAT-CGAACAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* *
370737 GACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
*
370802 CTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
129 CTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
370854 CTATTTA-CTAAGCAAGTTCGAATAGTTATGACCCTTTGAATAATTATTTGAACAATTATCTATC
1 ATATTTATCGAA-C-AGATCAAATAGTTATGA--C----------TATTTGAATAATTATCTATT
** * ** * * * *
370918 TCAAATCATTGTGGTC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTATTCATATAAACTTATTC-G
52 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * ** *
370981 AAGTACAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAA
117 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAA
371041 T
180 T
* * * * * * * * * * * *
371042 GTGTTAATTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTCTTAGAACAATTATCAATTTCAAATTGTTCCT
1 ATATTTATCGAA-CAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-AT
* * *
371107 -ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * *
371170 AGTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAAT
128 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATATTT-AA-AAAATAAAT
* * * * *
371225 CTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCA
1 ATATTTATCGAAC-AGATCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTA
* * * * **
371288 TGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTC-ATTCCATAAAAACTTATTTGGAATAAAATAA
63 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
371352 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT
127 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * * * * * ***
371406 -TGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCGAATCAATATG
1 ATATTTATCGAAC-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
371470 ATC-TTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATA
* * * * *
371533 TTAATTTAATAATA-TTCCAAAA--AAT-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAAT
129 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
371581 GTATTT-GCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAGCAATTATCTATTTCAAAT
1 ATATTTATC-GAAC-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
371639 CATTCTAACC
Statistics
Matches: 1478, Mismatches: 285, Indels: 195
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 14 0.01
172 2 0.00
173 4 0.00
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175 17 0.01
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177 102 0.07
178 116 0.08
179 112 0.08
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ATATTTATCGAACAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
Found at i:370736 original size:17 final size:18
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Indices: 370689--370736 Score: 55
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370679 TCCGAACACA
370689 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTAT
*
370708 TT-AAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
*
370724 TTCAAATTGTTAT
1 TTCAAATAGTTAT
370737 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
0.78 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
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19 2 0.08
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TTCAAATAGTTATACTAT
Found at i:371295 original size:552 final size:535
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Indices: 369601--371604 Score: 1581
Period size: 552 Copynumber: 3.7 Consensus size: 535
369591 AATTTATTAA
* * * *
369601 TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * ** * * *
369666 CTTTTTGTTTTATTATAAAATAATAT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAACAG
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* * * **
369730 TAATTTATT-AATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAATATAAATATGCTTATCGAAC
130 TAATTTATTAAAT-TTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAAC
* * * * *** *
369794 TAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT-ATCTA-TTCAAATTGTTATGACCTTTCATTTT
194 AAGTTCCAATAGTCATGACCATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCAATGTGACCTTT--TTTT
* * * * ** *
369857 GTCATAAAAAAATCAT-TTC-GATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAGTT-ATC
256 -TAATAAAACAAT--TGTTCTAATTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTAAT-
* * * * * * *
369919 AATATTCTGAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAAATGAATATGTTTAA-TG-AATAAAT-TT-
317 AATATTCTAAAAATTAA-GAGTAAGAGAATTAAAAAAT-AA-A--TATAATTGCAA-ACATGTTC
* * * * * *
369980 AAATTATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTGAAATCA-T-TG------T-TTT-GTCATA
376 AAATAATTAAG-CTATCTGAATC-ATTATCAATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTAGTCATA
* * ** *
370034 AAATGATTTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
439 AAA-CA--ATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-TT
* * *
370099 -AAAACAATCAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATC
499 CAAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * *
370136 TATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCTAATTATTATGA
1 TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
370201 CCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAAAATATT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
* *
370266 AATTTATTAATATTTT-GACAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACA
131 AATTTATTAA-ATTTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACA
* * *
370330 AGTTCCAATGGTCATGACTATTTGAATAATTAATTATTTCAAATTAATGTGACCTTTTTTTTAAT
195 AGTTCCAATAGTCATGACCATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCAATGTGACCTTTTTTTTAAT
* * * * *
370395 AAAACAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
260 AAAACAATTGTTCTAATTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
* * * *
370460 AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATATATTTGCCAAACATGTTCAAATAGTTATGC
325 AAAAATTAA-GAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATAATTG-CAAACATGTTCAAATAATTAAGC
* * * * *
370525 TATCTGAATCATTTTCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT
388 TATCTGAATCATTATCAATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGATTCT
*
370590 ATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTTATATTTC-AAAAATTAATAAGT
453 ATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAT-AATTTA-TTA-ATTTCAAAAAATTAATAAGT
*
370654 AAAA-ATTTAAAAAATAAATA
515 AAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
370674 TGTTT-TCCGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
1 TATTTAT-CAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* **
370737 GACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* *
370802 CTAATTTATTAAATTTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAG
129 CTAATTTATTAAATTTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-
* * * *
370866 CAAGTTCGAATAGTTATGACCCTTTGAATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTGTG
193 CAAGTTCCAATAGTCATGACCATTTGAAT-A--A-TT----AATTA--T-T-TCAAATCAATGTG
** * * * *
370931 GTCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCT-ATTCATATAAACTTATTCGAAGTACAATATTGC
246 ACCTTT-TTTT-TAATAAAACAATTG-TTCTAATTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATAC
** * * *
370995 TAAATTAATAATATTCTAAAAATT-A-A-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTG-AACC
308 TAAATTAATAATATTCTAAAAATTAAGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA--T-ATAATTGCAAAC
* *** * *
371056 A-GTTCAAATAATTAAGACTCT-TAGAA-CAATTATCAATTTCAAATTGTTCCT-ACCTTTTGTT
370 ATGTTCAAATAATTAAG-CTATCT-GAATC-ATTATCAATTTCAAAACATT-ATGACCTTTTATT
* *
371117 TAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATT
431 TAGTCATAAAACAATTGATTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAATTTATT
* *
371181 AACTTTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAATC
494 AA-TTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATC
*
371226 TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCAT
1 TATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTAT
* * *
371289 GACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTC-ATTCCATAAAAACTTATTTGGAATAAAATAAT
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * * * * * * *
371353 ACTACTTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTG
128 ACTAATTTATTAAAT-TTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAA-TATATTTATCG
* * * * * * * * * * *
371415 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAT-ATCAATCTCGAATCAATATGATCTTTGTT
191 AACAAGTTCCAATAGTCATGACCATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCAATGTGACCTTT-TT
* * * * * *
371479 TTCTTATAAAATAATTGTTTCTAA-TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAATAATATTAATTTAA
254 TT-TAATAAAACAATTG-TTCTAATTCATATAAACTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAAATTAA
* * * * * * *
371542 TAATATTCCAAAAAAT-AGTG-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACAAGTTCAAAT
316 TAATATTCTAAAAATTAAGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATAATTGC-AAACATGTTCAAAT
371604 A
380 A
371605 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1209, Mismatches: 183, Indels: 150
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
529 3 0.00
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* * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * * **
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACAA
* ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAAC-AA
** *
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* **
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* ** *
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* * * * ** *
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** * ** * *
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* * * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * **
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1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATTA-GTTTACCAAAC
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * **
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACA
* * * ** * * ** ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
376483 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTTGTTTACCTAACCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * *
376547 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
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* ** * * * *
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130 TAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
376664 TCTAATAATATCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTA-TTTATCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * *
376724 TTCAAATAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGACTTTTT
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* **
376788 GTTTT-T-ATAAAA-AA-TGTTTCTA-TTCGTACAAGCTTATTC-AGTTAAAATAATACTAA
121 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAA-ACA
* * * * * ** * * * * *
376906 A-TTGATA-AG-TA--ATTATTT-AAAAAGTAAATATGTTACTGAA-C-TAGATCACATAGTCAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TT-C-AAATCAT-TATGACCT--T-TT
* * ** * * * ** *
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121 G--T-TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC--A--GTTCAT-ACA---AGCTTAT-TCAAAATAAAA
* *
377023 TTAT-TTCAA
173 TAATACT-AA
* * * *
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1 TTTAT-TAA-TAT-TTC---A-AAAAT--TAATAAG-TA--AGAGATT-T-AAAA--AATAAATT
** * * ** * * * *
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50 ---AG-TTTACCAAA-CAA---G--T-TCAAATAGTTATGACTATTT--G--------AACAATT
* * * **
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* *** *
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157 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ***
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* ** * * * *** *
377308 ATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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128 CATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTA-TTC-A-AAATAAAATAATACTAA
* * * * *
377426 TTTTTTAATA-TTCTGACAATTAAT-AGT-AGAACATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCCAAACA
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65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
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* * * * * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * * *
377850 CTCAAATGGTTATGATTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
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* * **** *
377966 TTTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTT--AAAATAAATATA-TTTTTTGAACAC
1 -TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAA
* * * * ** *
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* * * ** *
378092 ATAAACCAATCGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * **** ***
378145 CTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCT-GTTTGTTGAGTGAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
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65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * **
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130 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * *
378326 TTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTTGGATATTTCAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * * * * ** ** *
378390 CTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTATC
65 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * *
378454 GTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATTCTAA
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* * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAA
* * * * * *
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* ** * * * *
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127 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAA
* * *
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1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CA
* * * * * ** * *
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* * *
378806 CATAAAATAGTATT-TTT-AGTTCATACATGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAA
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** ** * * ** *
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1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACA
* * * *
378923 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-ATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
378987 CATAAAA-AATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATATTAC
128 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * ***
379040 TTTATTAATACTTCAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAAT--A-CA---T--CGAATTGG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* ** ** * *
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65 TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *** *
379160 ATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAA
129 ATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * *
379213 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTT-----AC---
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * * * * * ** * * * **
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65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * ***
379330 TAAAATTATTG-TTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
379381 TTTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-GCTTGCCAAAGC-A
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAA
* * * * * * *** * *
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64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
379508 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * * *
379560 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAATAAGTGAATCT-GTTTATCGAATC-
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CCAAACA
* * * * * ** *
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63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * **
379687 CATATAACAATTGTGTT-TGAACATTCAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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* * * * *
379741 -TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTC-ATCTAG
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** * * ** * ** ** *
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* ** **
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* * * ** * **
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* * *
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* * * * *** *
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* * * * *
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* * * * * * **
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-TAGTTTAC-CAAAC
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* * *
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* * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * **** * *
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** * * *
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64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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* *
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1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACA
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* *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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** * * ** * *
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* * *
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64 GTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
382158 ATGTTCATAC
Statistics
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Alignment explanation
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** * * **
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** * * *** *
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* * * *
371992 AAAATAAAATAATATCAATTTATTAATAT-TTCAA-AATTAATAAGT
313 AGAATAAAATAATCT-AAATTATTAATATCTT-AAGAA--AA-AAGA
* * * * * * * ** *
372037 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAGTAGTT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * *
372102 ATCAATCTCAAA---TCATTA-AGATCTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGA-TCATA-G
65 ATCTATTTCAAATTGTC-TTATACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACA
*** * * * *
372160 AGCTTATTT-GGTTAAAAATACTACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTTATAAGTAAAAGATT
127 AGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AGAGATT
* * * * * * * ** * * *
372223 TAAAAAATATATATGTTTGTCGAAC-TAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATT
188 TAAAAATTAAATCTATTT-ACGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * * * *
372287 TTAAATCATTTTGACCTTTTGTCTAGTTAGAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTA-AAATCTTA-TT
252 TCAAATC-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-TGTTCATACAAAT-TTATTT
* * *
372349 CGAAATAAAATAATCCAAAGTTATTAATAT-TTGAAAAATTAATAAGGA
313 AG-AATAAAATAATCTAAA-TTATTAATATCTT-AAGAA--AA-AA-GA
* * * * *
372397 AA-AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAAT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
* * * *
372461 TAT-TCATTT-AAA--ATCATTATAACCTTTTGTTTTGAT-AGAAAACAATTGTTTC-AGTTCAT
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* ** * *
372520 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATCATACTAATTTCTTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCA-AGAG
124 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-AGAGA-
* * * ** * *
372583 TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAA-ACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTGTC
186 TTT-AAAAATTAAATCTA-TTTACGAACAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** **
372646 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
248 TATTTCAAATC-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTAT
* * * * *
372711 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAA-AATTAATAAGT
311 TTAGAATAAAATAAT-CTAAATTATTAATA-TCTTAAGAA--AA-AAGA
* * * * * ** * * * *
372759 AAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATTAGCTCAAATAATTGTAG-CCATTTCAACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAGTT-AAGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
372823 TATCTATTTTAAATTG--TTACTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTATT-ATACA
64 TATCTATTTCAAATTGTCTTA-TACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACA
* * * * * *
372885 AGTTTATTCAGAATAAAATAATAGTATTTTATTAATCTCTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
127 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAAATTAATAAG--AGAGATTT
* * * * * * * * * *
372949 AAAAAATAAATCTATTTACTAA-ACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTGTATACTT
189 AAAAATTAAATCTATTTACGAACA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * ** * ** * * *
373013 CAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTCTTCAAA
253 CAAAT-CTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTTAGA
* ** * * **
373078 ATAAAATAGTACT-AATATAAAAATAT-TCCAAAAATTAATAACT
316 ATAAAATAAT-CTAAAT-TATTAATATCT-TAAGAA--AA-AAGA
* ** * * * ** **
373121 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTACATGAACCGT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
373186 TATTTATTTC-AA-------AT-CA-TTT-TTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCAATTCACATTAA
64 TATCTATTTCAAATTGTCTTATACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-CAA
* * * * *
373240 -CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATACTT-AAAAAATTAATATGTAAGAGGTTT
128 GCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AGAGATTT
* * * ** * *
373302 AAAAAATAATTCTATTTACCTAA-TTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTT
189 AAAAATTAAATCTATTTA-CGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * * * *
373366 CAAATAGC-TATGCCCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAA
253 CAAAT--CTTATGATCTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTTAG
* * *
373430 AATAAAAGAATACT-AATCTATTAATAT-TTCAA-AAATTAATA
315 AATAAAATAAT-CTAAAT-TATTAATATCTT-AAGAAA-AAAGA
* * * * * * *
373471 AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTCATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGA-AAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGA-ACAAT
* * * * * * * * *
373534 TATTTATTTCAAACTG--TTATGAC-TTTTTTTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTTTTCATACA
64 TATCTATTTCAAATTGTCTTAT-ACATTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
* ** * * * * * * * *
373596 CGCTTA-TTCGATTAAAAGAATTCCATTTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAGTAAAAAATTT
127 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AGAGA-TT
* ** * * * *
373659 TAAAAA-TAAATATGCTTATCGAAC-TAGATCAAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA
188 TAAAAATTAAATCTATTTA-CGAACACAGTTC--AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *** * * **
373722 TTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTA-TT
250 TTTCAAATC-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTT
* * * * **
373786 CGAAATAATATAATACTAAGTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAATT
313 AG-AATAAAATAAT-CTAAATTATTAATATCT-TAAGAA--AA-AAGA
* * * ** * * * * * * *
373833 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAATAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
373898 ATCTATTTGAAATCG-C-TATTACCTTTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTTATTCATACAA
65 ATCTATTTCAAATTGTCTTA-TACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TATTCATACAA
* ** * * * *
373961 ACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAATTAAAAGATCT
128 GCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAA--GAGAGATTT
* * * ** * *
374024 AAAAAATAAATCTATTTGCCAA-ACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
189 AAAAATTAAATCTATTTACGAACAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * ** *
374088 CAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGA
253 CAAA-TCTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTTAGA
* * * * *
374153 TTAAAA-AATATTAATATATTAATATTTTGAGAATTAATAAGTA
316 ATAAAATAATCTAAAT-TATTAATATCTTAAGAA--AA-AAG-A
* * * * * *
374196 AA-AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAATAAT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
* * *** * *
374260 TAAT-TATTTCAAA---TCATTGTGAC---CT-TTTTAAAAAAAAATGATTGTTTC-AGTTCATA
64 T-ATCTATTTCAAATTGTC-TTAT-ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
* * *
374316 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATGAGTAAGAGAA
125 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAG--AGAG-A
* * *
374380 TTAAAAAATT-AATCTATTTACGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTAT
186 TTTAAAAATTAAATCTATTTACGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
374443 TTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTTTGTTCATGCAAGTTTATTTC
251 TTCAAATC-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTT-
* * * *
374508 A-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAATAGTTAATAAGTA
313 AGAATAAAATAATCTAAA-TTATTAATA-TCTTA-AG-AAAAAAG-A
* * * ** *
374554 AA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-ATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAAT
* * ** *
374616 TATCTATTTCAAATTG--TTATGACGTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAA
64 TATCTATTTCAAATTGTCTTAT-ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
374679 GCTTATATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
128 GCTTAT-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG--AGAGATTTA
* * ** ** *
374744 AAAAATAAATCTATTTACCGAGCTGAGTTCAAATAGTTAT-ACCCTTTGAACAATTAT-TGTTTC
190 AAAATTAAATCTATTTA-CGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
374807 AAATC-----AT-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATAC-AATTTATTT-GAAAT
254 AAATCTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTTAG-AAT
* *
374863 AAAATAATACTAATTTATTCAATAT-TCTAA-AAATTAATAGGT
318 AAAATAAT-CTAAATTATT-AATATCT-TAAGAAA--AA-A-GA
** * * * * * * **
374905 TGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGCTCAAATAATCATGTCTATTTGAATTATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* *
374970 ATCTATTTCAAA---TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATGCAA
65 ATCTATTTCAAATTGTC-TTAT-ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
** * ** *
375032 AATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG-GAGATTTAAGA
128 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAA
* * *
375095 ATTAAATCTATTTATCGAAC-CAGTTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
193 ATTAAATCTATTTA-CGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
375159 TCGTTATGATCTTTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAACTTATTTAGAGTAAA
257 TC-TTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTTAGAATAAA
* *
375224 ATATTGCTAAATTAATAATATCTTAAGAAAAAAGA
321 ATAAT-CTAAATTATTAATATCTTAAGAAAAAAGA
* *
375259 AAGAGATATAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * *
375324 ATCTATTTCAAATTGTCTTAT-C-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCGTACATG
65 ATCTATTTCAAATTGTCTTATACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * *
375386 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAA
129 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-AA-GAGAGATTT--A
* * * ** * * * * *
375451 AAAAATAAATATGTTTATTAA-ACAAGGTCAAATTGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTT-
190 AAAATTAAATCTATTTACGAACAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * *
375514 AGAATAAATATCACCTTTTGTTTTATCACATAACAATAGTCTTAT-TTCATA-AAAGCTTATCT-
254 A-AAT-CTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-CTTCTGTTCATACAAA-TTTATTTA
* ** * * *
375576 GAAATAAAATAATATTACTTTGTTAATAT-TTCAAAAACCAATAAGTT
314 G-AATAAAATAAT-CTAAATTATTAATATCTT-AAGAA--AA-AAG-A
* ** * * *** * * * ** * *
375623 AA-AGATTTAAAAAAAAAAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTTAAATAATTATGGTTACTTGAATAA
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTTGTTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * * * *
375687 TTATCTATTTCAAATTG--TTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATAC
63 TTATCTATTTCAAATTGTCTTATACA-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAC
* * * *
375749 AAGCCTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAGGAGGTT
126 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-A-GAGATT
* * * *
375812 TAAAAAATAATTTTGTTTACTG---A-A---C---TAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATT
188 TAAAAATTAAATCTATTTAC-GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * **
375864 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTCAT-T-ATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTT
252 TCAAATC-TTATGATC-TTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGCTTCT-GTTCATACAAATTTATTT
* * * * * * *
375926 GGAATAAAATAATACTAATTTAATATTAT-TT-TGAAAATTGATA
313 AGAATAAAATAAT-CTAAATTATTAATATCTTAAGAAAA--AAGA
* * **** * ** * * * *
375969 ACAGGGAGATTCAAAAAAACAAACCACTTTGCTAAAACAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAAC
1 A-A--GAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTAC-CGAACAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * ** * * * * * * *
376034 AATTATTTGTTTACTAAA---AATTATGGCCTTTTGTGTAGTCATATAACAATTGTTTTTCA-TC
61 AATTATCTATTT-C-AAATTGTCTTAT-ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTC
* ** * *
376095 ATTTC-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAAATTAA-CA-AGAG
122 A-TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAAGAGAG
* * * * * * *
376156 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-TAGTTCAAATA--TATGACTATTTAAACAATTGT-A
185 ATTTAAAAATTAAATCTATTTAC-GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * ** * *
376217 ACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAATTTTGTTCATACAAGTTTATT
249 ATTTCAAA-TCTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATT
* * * *
376282 TAGAATAAAATAATACT-AATCTAATAATAT-TCCAAAAATTAATAACTA
312 TAGAATAAAATAAT-CTAAAT-TATTAATATCT-TAAGAA--AA-AA-GA
* * * * * * * * * *
376330 AA-AAAATTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAACTAGTTTAAATATTTAAAGACTATATGAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AATTCAAATAGTT-AAGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
376394 TATCTATTTCAAATCG--TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTGAATTCATACT
64 TATCTATTTCAAATTGTCTTAT-ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCTATTCATACA
* *
376457 AGCTTATTTGAAATAAAA-AA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
127 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AGAGATT
* * * * * *
376519 TAAAAAAT-AATGTTGTTTACCTAAC-CAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
188 TAAAAATTAAAT-CTATTTA-CGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
376582 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATATAAGTGTGTTC
251 TTCAAATC-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTT
* * * * * * * *
376646 AAAATAAATTAATATTAATCTAATAATATCTCAA-AAATTAA-T
313 AGAATAAAATAATCTAAAT-TATTAATATCTTAAGAAA-AAAGA
* * * * *
376688 AAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTCAAATAGTTTTGACTATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-TTCAAATAGTT---A-A-----GACTATT
* * *
376753 TGAGCAATTATTTA-TTCAAA---TCATTATGACTTTTTGTTTT-T-ATAAAA-AA-TGTTTCTA
56 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTC-TTAT-ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * **
376810 TTCGTACAAGCTTA-TTCAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
119 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
376856 TCACAATTGA
Statistics
Matches: 3716, Mismatches: 788, Indels: 628
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
346 3 0.00
347 43 0.01
348 100 0.03
349 51 0.01
350 141 0.04
351 83 0.02
352 84 0.02
353 371 0.10
354 81 0.02
355 36 0.01
356 235 0.06
357 350 0.09
358 304 0.08
359 251 0.07
360 214 0.06
361 134 0.04
362 378 0.10
363 560 0.15
364 79 0.02
365 111 0.03
366 85 0.02
367 21 0.01
368 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATTGTCTTATACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAATT
AAATCTATTTACGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTT
ATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAATTTATTTAGAATAAAATAAT
CTAAATTATTAATATCTTAAGAAAAAAGA
Found at i:378223 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 376955--382159 Score: 2669
Period size: 359 Copynumber: 14.6 Consensus size: 358
376945 ACTAGATCAC
* * * * * *
376955 ATAGTCATGACTATTTGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAA
1 ATAGTTATGAATATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** ** * ** * * ***
377020 A-ATTTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTATGAA
65 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * * * * *
377084 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGTCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACCA
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * * *
377149 TTTCAACAATTATCTA-TTCGAAATTACTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA-TT-TTTCT
195 TTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTGTTTCC
* *
377211 ATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAG
259 ATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
* * *
377274 TAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATTG-ACAATTTCAA
321 T-AAAGA-TTT-AAAA-AAATATATTTTTTGAACACTTTCAA
** * * * * * *
377315 ATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * **
377380 TAATTGTTTTTA-TCATACATGTTTATTTCGATTCATAAAAT-AT--TTATTTTTTAATATTCTG
66 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT-GA--AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * *
377441 ACAATTAAT-AGTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAA
128 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
377504 CCATTTAAATAATTATCTATTTT-AACTCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-TTT
192 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTT
* * * * *
377567 -CAGTTCATATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATG
257 CCA-TTCATA-CAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ***
377631 AGAAAGAGAATTAGAAAAGGAATCT-TGTTACCGAACA-TGTTCAA
319 AGTAA-AGATTTA-AAAA--AATATAT-TTTTTGAACACT-TTCAA
* * ** ** * *
377675 A-AGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTAATAAAA
1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* *
377739 CAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
66 CAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * * *
377803 AATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTACCGAACATGCTCAAATGGTTATGAT
130 AATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
377866 TATCTAAATAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTC
193 TATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC
* * * *
377930 CACTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-AAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAG
258 CATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*
377994 TAAAAATTTAAAATAAATATATTTTTTGAACACTTTCAA
321 TAAAGATTTAAAA-AAATATATTTTTTGAACACTTTCAA
* * * *
378033 ATAGTGATGAATATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAC
1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
378098 CAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAA
66 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * ***
378163 ATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTAT
131 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * * *
378228 TTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCATTATAATCTTCTATTTTATTATAAAAAAATTGTTTCTC-
196 TTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-CA
*
378291 TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGT-
260 TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
** ** * ***
378354 TGGATATTTCAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAA
323 AAGAT-TTAAAAAAATATATTT-TTT---GAACACTTTCAA
* * * ** * *
378395 ATAGTCAT--ATCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTATCGTAA
1 ATAGTTATGAAT--ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
378458 AACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCA
64 AACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
378522 AAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTTAATCTGTATATCAAACCAA-TTCAAATAATTATGA
128 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
378582 TTTTTTTGAACAATTATCTA-TCTGAAATCGTTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGT
192 -CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACATTTGT
*** * * * *
378644 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAA
255 TTCCATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * *
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317 TAAGTAAAGATTTAAAAAAATATAT-TTTTTG--AACA-C-TTTCAA
* * * * * *
378749 ATTGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** ** *
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66 CAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-A
** * * *
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129 AAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
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192 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTT
* * * * * * ** *
379002 CAATTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAATTTTGATATA
257 CCATTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-A
* * * * ****
379067 TTAGAGATTT-AAAAAATACA----TCGAATTGGTTCAA
320 GTAAAGATTTAAAAAAATATATTTTTTGAACACTTTCAA
* * * ** * *
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1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
379166 CAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAA
66 CAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * *
379230 AATTAATAAG-AAGGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTG---AA--TC-----GGT-T-CC
130 AATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * ** *
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193 TATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAT-TTGTTT
* * * *
379343 -CAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAATAA
257 CCA-TTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** *
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320 GTAA-AGATTTAAAAA-AATATATTTTTTG--AACA-C-TTTCAA
* * * * * * * * * *
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1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
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66 CAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
*** * * * * *
379577 AATTAATAAGTAAGTTATTTAATAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCT
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * *
379641 ATGTCAACAATTTTCTA-TTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTTT
194 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-TGTTT
* * * ** ** *
379705 -GA-ACATTCAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
257 CCATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
379767 TAAGAGATTT-AAAAACTAAATTTGTTT-ACTCATCTAGTTCAA
321 TAA-AGATTTAAAAAAATATATTT-TTTGA-ACA-CT--TTCAA
** * ** * ** *
379809 ATAGCAAT-AACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTAAAATCTTTTG-TTTGTCATAAA
1 ATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
379872 ACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAA
65 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * ** * *
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130 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
379998 TATGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTT
195 TTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-TTTGTTTC
* * *
380062 AATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAC
258 CATTCATACA-AGCTTATTT-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-
*
380125 A-TAAGAGATTT-AAAAAATA-ATTCTATTT-ACCTAACTAGTTCAA
319 AGTAA-AGATTTAAAAAAATATATT-T-TTTGAAC--ACT--TTCAA
* * * ** *
380168 ATAATTATGATTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * * * *
380233 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAT
66 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * *
380298 ATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTAT
131 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** * * * *
380359 TTGAGCAGTTATTTA-TTTCAAATCATTACAACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTG-TT-CA-
196 TTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCCAT
* * * * * ** *
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261 TCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* **
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* * * * * ** * *
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1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * * * *
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* * * * * *
380645 ATTTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAATATGAATCTGTTTACTGGAA-AAGTTTAAATAATTATGA
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* * * * *
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192 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTGT
* * * * * * *
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255 TTCCATTCATACAAGCTTATTT-GAATAA-A-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT
* * * *
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* * * * *
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1 ATAGTTATGAATATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * **
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* * * * * * * * * * *
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1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** *
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* * * *
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* * * ** *
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192 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGTT
*** * * * *
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* *** * **
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* * * ** * *
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1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * **
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65 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
** * * ** * ** * *
381718 AATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCA
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * ** * * *
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195 TTTGAACAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCCA
* ** ** * *
381846 TTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTTA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
260 TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** *
381907 AGATTT-AAAAACTAAACTTTTTACCAAACGAGTTT-AA
324 AGATTTAAAAAAATATA-TTTTT--TGAAC-ACTTTCAA
* * * * * * * *
381944 ATAGTTATGACTATTTCAATAATTATTTATCTCAAATAG-CATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * ** * **
382007 CATTTATTTCTATTCATGCATGCTT-GTTCAAAGTAAAATAACACTAAACTAATAATATTATAAA
66 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
** * * * * *
382071 AATTAATAAGTAAGCGATTT-AAAAATAAATGTATTTGTCGAACCAGTT-ATAATAGTTAAGACT
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA-AATAGTTATGACT
* * *
382134 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAT
194 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT
382160 GTTCATACAA
Statistics
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TCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAG
ATTTAAAAAAATATATTTTTTGAACACTTTCAA
Found at i:378881 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 378291--380323 Score: 499
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378281 ATTGTTTCTC
* * *
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* * * * * * * * * * ** * *
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** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* *
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* * * * ** * * *
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* * *** * * * * * ***
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* * * * * **
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1 TTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAGTA-TTTAAAAATT-A-ATA--
* * **** * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * **
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* * * ** ** ** *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * ** * *** *
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64 ATTTAAAAAATAAATCTGTATACCAAACCAATTCAAATAATTAAGA-TATATTAGAACAATTATC
* * * * * *
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128 TATCTCAAATCGTTATGA--TATTTGTCTTGTCAT-AAACAAG-TATTTTT-G
** * * *
380064 TTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATACAT
1 TTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAGTATTT-AAAAATTAAT--A-
* * * * * * * *
380127 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGAT-TATTTGAACAAT
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
380245 TTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
1 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTT-AAAAATTAATAAAAGA
380310 TTTAAAAAATAAAT
65 TTTAAAAAATAAAT
380324 TTATTTATCA
Statistics
Matches: 1424, Mismatches: 302, Indels: 256
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Matches are distributed among these distances:
166 6 0.00
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181 182 0.13
182 30 0.02
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TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTAAAAATTAATAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTGTATACCAAACCAATTCAAATAATTAAGATATATTAGAACAATTATCTAT
CTCAAATCGTTATGATATTTGTCTTGTCATAAACAAGTATTTTTG
Found at i:380551 original size:173 final size:173
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Period size: 177 Copynumber: 5.8 Consensus size: 173
379715 TTTTATTCAA
* * * * *
379725 AATAAAATAATACTAATTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTT
1 AATAAAATAATAATAATTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATAT
* * * *** * * * ** * ** * *
379790 GTTTACTCATCTAGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTAAAAT
64 ATTTA-TTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAC
* * * * *
379855 CTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA
128 CATTTGTTCTGTCATAAAACAA--A--TTTGTTCATATATGCTTATTCGG
* * * * * *
379904 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGAA-TTAAAAAATAAATTTG
1 AATAAAATAATAATAAT-TATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * * * **
379967 TTTGTCGAACTGGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
65 TTTAT-TAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACC
* * * * * * *
380032 TTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTAATTCATAATAGCTTATTTGG
129 ATTTGTTCTGTCATAAAACAA--ATTTGTTCA-T-AT-AT-GCTTATTCGG
*
380083 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAATAAT
1 AATAAAATAATAAT-AA-TTATTAATATTTCAGAAATTAATA-AGTAA-A-ATTTAAAAAATAAA
* * * *
380146 TCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTAT
61 TATATTTA-TTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAC
* * * * *
380211 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGG
125 AACCATTTGTTCTGTCATAAAACAAA----TTTGTTCATATATGCTTATTCGG
* * * *
380264 AATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCA-AATATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATAATAAT-TATTAATATTTCAGAA-ATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
380326 ATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAGTTATTTATTTCAAATCATTACAAC
64 ATTTAT-TAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAC
** *
380391 TTTTTGTTCTGTTATAAAAC-AA-TTGTTCATATATGCTTATTCGG
128 CATTTGTTCTGTCATAAAACAAATTTGTTCATATATGCTTATTCGG
* * * * * *
380435 ATTAAAATAATAGTAATTGATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAACAAATATG
1 AATAAAATAATAATAATT-ATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATA
* * * * **
380500 TTTATTGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
65 TTTATT-AACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACC
* * * * **
380564 ATTTTGTTTTATCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAA
129 A-TTTGTTCTGTCATAAAACAAA--TTT--GTTCATATATGCTTATTCGG
* ** * * * *
380614 AATTAAATAATGCTAATT-TTAGTAATCCA-AAATTTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAATATGAA
1 AATAAAATAATAATAATTATTAATATTTCAGAAA-TTAATAAGT--A-AAATTTAAAAA-ATAAA
* * * * * * * * ***
380676 TCTGTTTACTGGAA-AAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTA
61 TATATTTA-T-TAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
380740 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
124 CAACCATTTGTTCTGTCATAAAA
380763 GAATTTTATC
Statistics
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AATAAAATAATAATAATTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATAT
TTATTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCAT
TTGTTCTGTCATAAAACAAATTTGTTCATATATGCTTATTCGG
Found at i:382710 original size:178 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 178 Copynumber: 3.4 Consensus size: 180
382170 GCTAATTTGA
* * * * * *
382180 AATAAAATTATA-TAATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATTAGGAAGAAATTTTAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAGGAGA-TTT-AAAAATAA
* * * * * *
382243 ATCTA-TTTATGAAA-CAAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
62 ATC-AGTTTCTCAAATC-AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * * *
382306 TATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCAATA-AAACTTATCCAA
125 TATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTC-ATACAAATTTATTCAT
* * * * * *
382363 AATAAAATAATATTACTTTATTACTATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATC
* * * * *
382428 AGTTTCTCAAATCAGTTCAAATAATTA-TAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATT
65 AGTTTCTCAAATCAGTTTAAATAGTTATTA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * **
382492 AACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAATTTATTCAT
129 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAATTTATTCAT
*
382544 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAATAAAT-A
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAATCA
* ** * * * *
382608 G-TTATCGGA-CTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTAGGA
66 GTTTCTCAAATC-AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * * *
382671 TCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATT-TT
130 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAATTTATTCAT
* * * * * *
382721 GGAATTAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAATAA
1 --AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAA
382785 AT
62 AT
382787 TTGTTTGTTG
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 65, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAATCA
GTTTCTCAAATCAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAA
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAATTTATTCAT
Found at i:383657 original size:18 final size:17
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*
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1 ATAACTATTTGAAATAG
*
383631 ATAAGTATTT-AAATAG
1 ATAACTATTTGAAATAG
383647 TCATAACTATTTGAA
1 --ATAACTATTTGAA
383662 CTTATTCTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
ATAACTATTTGAAATAG
Found at i:383775 original size:177 final size:172
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Indices: 383176--383800 Score: 526
Period size: 177 Copynumber: 3.5 Consensus size: 172
383166 TTAATAGTCA
* * * *
383176 AAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTAT-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATG-ATCAAAAATAATTATTT
* * * * * * * *
383239 TATGA-AAAAGACAAGGTTATAA-AAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTA
64 TATGACAAAA-AAAAAGTTATAACAATTTGAAATA-ATAAATATTTAAATAGTTATAACTATTTG
* * **
383302 AACTGGTTCGATAAGTAATATTATTTTTTAAATCTC-TATAAATTTTTG
127 AACTGATTCAATAAACAAT-TTATTTTTT-AATCTCGTATAAA-TTTTG
* * * * * * * * * *
383350 AAATATTAATAAATTAATTTTATTTCATTACGAGTAAACTTGGATGAGCTAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAATAATTATTTTA
* * * *
383415 TAACAAAAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTG
66 TGACAAAAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAATAAAT-A-T-TT-AAATAGTTATAACTATTTG
* * *
383480 AACTGATTCAAGAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTAGTTATGAATTTTT
127 AACTGATTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAATCTC---G-TATAAATTTTG
* * * * * * *
383531 AGAATGTTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAATAATTATTTT
* * *
383596 ATGACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAAGTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACA-AAAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATA-ATAAATATTTAAATAGTTATAACTATTTGA
* *
383661 ACTTATTCTATAAACAGATTTATTTTTTGAATCTCGTACT-AATTCTTG
128 ACTGATTCAATAAACA-ATTTATTTTTT-AATCTCGTA-TAAATT-TTG
* * * *
383709 AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAAATTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAATAATTATTTTA
*
383774 TGACAAAATGAAAAG-TACTAACAATTT
66 TGACAAAA-AAAAAGTTA-TAACAATTT
383801 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 69, Indels: 43
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 66 0.18
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177 85 0.24
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ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (172 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAATAATTATTTTA
TGACAAAAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAATAAATATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACT
GATTCAATAAACAATTTATTTTTTAATCTCGTATAAATTTTG
Found at i:383840 original size:67 final size:68
Alignment explanation
Indices: 383731--383868 Score: 190
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
383721 ATTAGTATTG
* **
383731 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAAATTATTGTTTTATGAC-AAAATGAAAAG-TACTA
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAATGAAAAGTTA-TA
383794 ACAA
65 ACAA
* * * *
383798 TTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGTTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAAATGAAAGGTTATAA
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAATGAAAAGTTATAA
383863 CAA
66 CAA
383866 TTT
1 TTT
383869 GAAATAAATA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 3
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
67 41 0.66
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
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TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAATGAAAAGTTATAA
CAA
Found at i:383921 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 383903--383927 Score: 50
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383893 CATAATTATT
383903 TAAACTGATTTAG
1 TAAACTGATTTAG
383916 TAAACTGATTTA
1 TAAACTGATTTA
383928 TTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (13 bp):
TAAACTGATTTAG
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Indices: 383797--388711 Score: 3651
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383787 AGTACTAACA
* * *
383797 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATG--TTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAA-ATGAAAGGTT
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACA--AAA-GTT
** * * * * *
383859 -ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA-TCCATAATTATTTAAAC-TGATTTAGTAAAC
61 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAC
* * ** *
383921 TGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATT
124 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * *
383975 ATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * *
384040 TGGTTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
* *
384105 TTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATT
131 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
384157 ATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAG-TCAAAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * *
384220 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTCGACG-AACACA-A
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-A-GTAA-ACAGA
* * * *
384282 -TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATCATTAAATTAGTTTT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * ** * * *
384336 ATTTT-TAGCCGAATCAGCTTATATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCATA
1 ATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * * * * * * *
384399 ACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTAGTAGAA-TTGCTTCAGAAAATAGCTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAG-AT
* * * *
384463 TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
384517 ATTTTATTTC-GCTATGTTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAAGGTT-A
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAA-GTTCA
* * * * * * * * *
384580 AAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTATTCAATAAACAGAT
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGAT
* * *
384645 TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
384698 ATTTTCTTCCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATA
* * * * *
384762 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-GACAAACATATT
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* *
384826 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATC
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * *
384875 ATTTTA-ATCAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
** ** * *
384938 CAATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GATAAATAGATTT
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTT
* ** * * *
385002 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATCAATATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** ** * * *
385050 ATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGATCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * ** *
385114 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
* * * *** * *
385178 TAATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * *
385231 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATG
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT-
* * * * * * ** *
385295 ACT-ATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTAATCAGTAAATAGATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
* *
385359 TATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** *
385412 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGA-TAGAAACAATTGGTTTACCACAAAA-AAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * * * *
385475 ACT-ATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTTC-G-AAAAAAAA
65 A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGAT
* * * * *
385536 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATACTAATAAATT--TAATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* *
385588 ATTTTA-TTCGAAATAAGCCTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-A
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCA
**
385650 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGAT
63 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGAT
* * *
385714 TAATTTTTTAAAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTGA-T
128 TTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * * *
385770 ATTTTA-TTCTGAATAAGCCTATATGAATTGATACACTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
** * * * * * * ** * *
385834 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATGACTTTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* * * * *
385899 A-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
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* * * *** * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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1 -ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTC
** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * ** *
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65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATT
* * * * ** **
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** * * * * * * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * * * * *
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* * ** *
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* * ** * * * *
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1 ATTTTATTTCA--AATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
* * * * * *
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* * * * * * *
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*** * ** * * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATA
* * * ** * * * *
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* * * **
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* ** * * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* *** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * ** * *
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** * *
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** * *
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* ** * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * * * *
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66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
* * * ** *
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131 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * *
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388711 A
65 A
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Statistics
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* * * *
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* *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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** * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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** ** * *
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* * * * **
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** * * *
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* * * * * * *
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* * *** * *
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* * *
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1 ATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * * * * ** * *
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* * *
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* * **
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* * * *
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254 TAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
385547 AT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATACTAATAAATT--TAATT
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* * *
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** * *
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* *
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385779 TGAATAAGCCTATATGAATTGATACACTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAA
188 CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * * *
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253 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
385907 ATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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126 TTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTC
* * * * **
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188 CG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
386200 AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTT
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* * * *
386265 AAATCTCTTACTTATTGA-TTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATT
315 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
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* * * * ** ** *
386437 CATTCTTTAAATTTGTTACTTATT-AGTTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACGTTATTCCA
128 --TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
* * * * * *
386501 AATAAGAC-TATATGAACAG-AATAATTATTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTGAAA
190 AATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * *
386564 TAAATGATTGTTCAAATAGT-TATAGCTAATTGAA-TTGGTT-TAGTAAACAAATTTA-TTTTTA
254 TAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** *
386625 AATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATT
316 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * *
386669 ATTTTATTTATGAACAA-CTTATATGAACAAAAAACATTTCTTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
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* * * * *
386733 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTG-AACTAGTT-AGGCAAACAT
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* * * * * * * * *
386796 AATTGTTTTTAAAATCTCTTCCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTT
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* * * ** * * * * *
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* * * ** * *
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* * * **
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** * * * * ** *
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* * * * *
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*** * * *
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* * * * ** * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * **
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** * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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** * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
393089 GTG-A-TATTTATTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAA
1 ATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * *
393150 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA--ATTAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTT-GC
63 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGC
* * * **
393211 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
128 -GAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* ** * * *
393265 TTG-ACATTTTGTTTACTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
1 ATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * * * *
393328 AATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
64 AATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAG
* * * **
393392 CAAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCATT
127 CGAACTAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTT
* * * * *
393446 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
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* * * ** * ** * *
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* * *** * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * *
389519 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
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* * * * **
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* * * * **
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** * **
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* * *** * *
390363 ATTCAAAAAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGT
128 ATTCAAATAGTAAAG-CTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTATTTTGT
* * * * *
390428 CATGAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAGTATTAATTTATTAACAT
191 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * ** * *
390493 TTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGACCAAGTTTAAATAGTCA
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* *
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316 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
*
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* * ** * * * * * *
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128 ATTCAAATAGTAAAGCTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
* ** * * ** *
390777 TAAAACAATTATTTCAGTGCATAAAAGCTTATAAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
193 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
** ** * * * * *
390842 CAAAAATTGAGA-AGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTG
257 TGAAAATT-A-ATA-TAAGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTAT-AAACCAGTTCAAATAGTTA
** * *
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316 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTT
* ** * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
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64 AATTTATTAATATTATAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTT-GCCTAAC
* * * * * * * * * ** * *
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126 CAATTCAAATAGTAAAG-CTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
* * * * * * *
391135 TCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
190 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * ** * *
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* * * * * *
391263 -AAGGCTATCTGAATGACTATCTATTTTAAATAGTTATGACC--
316 TAA--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * * * * * *
391304 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGTTT-TGGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATA-TG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-
* * * * * * *
391367 AAATTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATAT-ATATGTTTACCAAACCAG
64 AATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATATGTTTGCCTAACCAA
* * * * * * **
391427 TTCAATTAGTTATAA-CAATTTGAATAATTATTTATTTCCAATCGTTATAACC-AATATTTTTGT
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* * * * * * * **
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* * * * * * *** * *
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* * * ** * *
391617 AACTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA--TC
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* ** * * * * ** * *
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* * **
391721 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTT-ATTGAA-CA
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* * * * * ** * *
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128 A-TTCAAATAGTAAAG-CTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTATTTTG
* * * * * **
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190 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
** * * * * * * * ** * * *
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254 TTTTGAAAATTAAT--ATAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTA-TAAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
391975 GTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACC-T
315 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * * * * * * *
392017 TTTTATTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAGTATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTA
* * * * * * ** *
392081 ATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTT-ATTGACCAA
65 ATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTGCCTAACCAA
* * * ** * * *
392145 GTTTAAATAGTCATAA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTCGT
129 -TTCAAATAGT-A-AAGCTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
* * ** * * * * *
392209 CATAAAACAATTATATCAGCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
191 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
** * * * * *
392274 TTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTA
255 TTTGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTA-TAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
392339 TAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATCGTTATGA--TA
316 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * * ** * *
392379 TTTTGTTTTGTAAGAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTTATTTCAAATAAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACT-
* * * * * * *
392443 AATTTATTGATATTCTAAAAATTTATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAGCA
64 AATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTGCCTAACCA
* * * * * ** *
392505 CGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTG
128 -ATTCAAATAG-TA-AAGCTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTG
* * * * * *
392569 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAATAATACTAGTTTATTAAT
190 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-T-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
** * * * ** * *
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** * * * * *
392696 TATGCCTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA--TG
314 TATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * * * * * *
392738 TTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCTTGCAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* * * * * *
392802 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGT-AGAAGATTTAAAAAAAAATCTGTTTACCGAA-CAA
65 ATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAATATGTTTGCCTAACCAA
* * * * * * * *
392865 GTTCAAATAGTCATGTCTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
129 -TTCAAATAGTAAAG-CTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * ** * *
392930 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
192 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
392995 TTAAAAATTAATA-AA-AGATTTAAAAACTACATCTATTTACCGATA-TAGTTTAAATAATTATT
256 TTGAAAATTAATATAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTA--TAAACCAGTTCAAATAGTTA-T
* * * * * *
393057 AA-TATCTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGA---T
317 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * * * * * * *
393094 ATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* ** * * * *
393158 ATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTG-CTAAACTA
65 ATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTGCCT-AACCA
* * ** * * * * * * ** *
393218 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTACTA
128 ATTCAAATAGTAAAG-CTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
* ** * * * *
393283 ATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATT
192 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
*** * * * * *
393348 CAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-
256 TTGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAT-AAACCAGTTCAAATAG-TTA
** *
393412 TAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACC--
316 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATAACCTT
* * * *
393452 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
393516 CTTATTTCAA
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Consensus pattern (357 bp):
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TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATATGTTTGCCTAACCAATT
CAAATAGTAAAGCTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTTTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAA
AATTAATATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
Found at i:393972 original size:484 final size:482
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393053 TATTAATATC
* * * *
393063 TGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCA
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* * * * * *
393128 TACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGCTTTG
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* *
393193 AAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCA
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* * * * *
393258 AATTGTTTTGACATTTTGTTTACTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAGAAT
194 AATCGTTCTAACATTTTGTTTACTAATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
393323 AAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
259 AAAATAACACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * *
393388 TTATCAAACAAGTTCAAATAGATTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCT
324 TTATCAAACAAGTTCAAAAAGATTTAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* *
393453 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACT
389 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACT
393518 TATTTCAAAAATTAATAGTTATGACTATT
454 TATTTCAAAAATTAATAGTTATGACTATT
* * *
393547 TGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTTTTAT
1 TGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTTT-T
* * *
393612 CATAAAAGCTTATT-TGGTCAAAAAAATACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT-GAGATTT
64 CATAAAAGCTTATTAT-ATCAAAAAAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGAGATTT
* *
393675 AAAAAAATATATGTATTTGCCT-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
128 -AAAAAATAAATGTATTTG-CTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATT
* * ** * * * *
393739 TCAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
191 TCAAATCGTTCTAACATTTTGTTTACTAATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * * *
393803 AATAGAATAACACTAATTTATTAACATTCCAAAATTTAATAAGCTAGAGATTTGAAAAGATAAAT
256 AATAAAATAACACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
393868 TTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAAAAG-TTATGACTATTTTAACAATTAT-TGATTTAAAATCATT
320 CTATTTATC-AAACAAGTTCAAAAAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAATCATT
* *
393930 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
382 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTAT
393981 CCAAAAGAAA
Statistics
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0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
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485 42 0.11
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Consensus pattern (482 bp):
TGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCA
TAAAAGCTTATTATATCAAAAAAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGAGATTTAAA
AAATAAATGTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAA
TCGTTCTAACATTTTGTTTACTAATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
AATAACACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
ATCAAACAAGTTCAAAAAGATTTAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTA
TTTCAAAAATTAATAGTTATGACTATT
Found at i:394263 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 393531--394530 Score: 732
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 173
393521 TTCAAAAATT
* * * ** * ** * *
393531 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTGTTTTCTCATAAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTGTTATAACCTTTTTTTTATCATAAAA
* * ** * * *
393596 CAATTGTTTTTTTTATCATAAAAGCTTATTT--GGTCAAAAAAATACCAATTTAATAATATTTCA
65 CAATTG---TTTAT-TCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
393659 AAAATTAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGTATTTGCCT-AACCAGTTCA
125 AAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACCAGTTCA
* * * * * * *
393707 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACC-TTTTTTTAGTCCTATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTGTTATAACCTTTTTTTTA-TCATAAA
* * * * * *
393771 ATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAACACTAATTTATTAACATTCCAAA
64 ACAATTGTTT-A-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
393836 ATTTAATAAGCTAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
127 AATTAAT-A---AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* * * ** * *
393888 AAAAGTTATGACTATTTTAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTT-CAATTGTTATAACCTTTT-TTTTATCATAA
* ** * * *
393952 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAAT-ATACTACTTTATTACTATTTCAA
63 AACAATTG-TTTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* **
394016 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TAGTTTACTGAATAAGTTCA
126 AA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * *
394067 AATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-TTGTTATAACCTTTT-TTTTATCATAAA
* * * *
394132 ACAATTGTTT-TTCATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAA
64 ACAATTGTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
394196 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
129 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* *
394241 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTGTTATAAACTTTTTTTTGTTC-T-AAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTGTTATAACCTTTTTTTT-ATCATAAAA
** *
394304 -AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAAT--AATAATAACTAATTTAGTAATATTT-AAA
65 CAATTG-TT-TATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
394365 AATTTATAAGAGATTT-AAAAATAATTC-ATTTACT-AACCAGTTCA
127 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * * * *
394409 AACAATTATAACTA-TTGAACAATTATCT-TCTTTAATTATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAATTGTTATAACCTTTT-TTTTATCATAAA
* * * * * *
394472 ACAATTTTTTTGTTAATATAA-TTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
64 ACAA-TTGTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
394531 ATCAAACTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTGTTATAACCTTTTTTTTATCATAAAAC
AATTGTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:395230 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 394774--397794 Score: 2223
Period size: 181 Copynumber: 16.8 Consensus size: 178
394764 CGTTCAAATG
* * * *
394774 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
394839 AAAAATGAAT-ATGTTTAAT-GAACAAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT
64 AAAAATAAATCATGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *** * * * * * * *
394902 GAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATAGA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTC--TTCATACA
* * * *
394957 AGTTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATA--TCAAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
1 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AA-TAATAAGTAAGAGAT
* * * * * ** *
395019 CTAACAAATAAATC-TATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTA
61 TTAAAAAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTA
** * *
395082 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTACGTTTATACA
125 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-C-TTCATACA
* * *
395138 AGCTTATTCATATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAA-AGGATTT
1 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATAATAAGTAAGA-GATTT
* * ** * *
395202 AAAAAATAAA-CATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGGGTATTTGAATAATTATTTATTT
63 AAAAAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * *
395266 CAAATCATTGTGATTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAACTCATATA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT---TCATACA
* *
395319 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
1 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
395383 AAAAAGTTAATCTAT-ATTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATT
63 AAAAAATAAATC-ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
395447 TCAAAACATTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCA
127 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TCTTCATACA
** *
395501 AGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
1 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
395564 AAAAAATAAAT-ATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
63 AAAAAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * *
395628 GAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAAACCAATTTTTTCTCTTCATAAA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT-TCTTCATACA
** * * * *
395681 AGCTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
1 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** * *
395746 AAAAATAAATC-TATTTA-CCAAGCAAGTTCGAATAGTTATGAC--CCT-AATAATTATTTATTT
64 AAAAATAAATCATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
395806 CAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACA
** * * * **
395859 ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCTAAAAATTAGTAAGTTGGAGATTT
1 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGA-TT
* * * * * **
395923 TGAAAAAATAAATC-TGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTAT
62 T-AAAAAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** *
395987 TTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATGATTGTTTCTATTAATACA
126 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACA
** ***
396042 AAATTATTCAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAAT--TAA-TAAGAGATTTAA
1 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * *
396103 GAATTAAATC-TATTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTC
65 AAAATAAATCATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
396166 AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACA
129 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCTTCATACA
* * * * *
396217 AGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTA
1 AGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
396282 AAAAATAAATGA-GTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
64 AAAAATAAATCATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
396345 CAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACA
* * * * *
396398 AGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTT
1 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
396462 AAATAAAATAAATC-TATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAATAATTATTTA
63 -AA-AAAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
396525 TTT-AAAGTCCTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAA
125 TTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACA
* * * *
396581 ATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-
1 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
396645 AAAACTAAAGT--TGTTT-TCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATC
64 AAAAATAAA-TCATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
396707 TCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTAATCATATA
127 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT--TCATACA
** * * * *
396760 AGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAAT--T-AGTGAA-AGATTTT
1 AGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGT-AAGAGATTTA
* ** * * * * * * *
396821 AAAAATAAAT-ATATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTC
64 AAAAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
396885 AAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACA
129 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACA
* * * * *
396937 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGA
1 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-A
* * * * * * *
397002 AAATATAAAT-TTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACAATTTGAACAATTATCGATTT
64 AAAAATAAATCATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
397065 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTATTTTAGTTCACAAA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATT-GTTT-CTTCATACA
* * * * * **
397119 AGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
397184 AAAAATAAATCA-GTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTT
64 AAAAATAAATCATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * *
397247 CATATTGTTATTACCTTTTGTTATGT-ACTAAAGCAATTGTTT-TTCAACATACA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTT---CATACA
* ** * *
397300 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATTTC-AAAAT-TTAA-TAAGAGTTTTAA
1 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
397362 AAAATAAAT-TTGTTTA-CTAAACCAA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
65 AAAATAAATCATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * *
397424 CAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACA
* * * *
397477 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
397542 AAAAATAAATCCA--TTTGTCAAACCAA-TTCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATTTATC
64 AAAAATAAAT-CATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * ** *
397604 TCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTACTTCAGCTCATACA
127 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACA
* * * * *
397658 AGCTTATTCAAAATAGAGTAGA-AATAGTTTATTACTATTTCAAAAAT--T-A-TAAGAGATTTA
1 AGCTTATTC-AAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTA
* ** * * * *
397718 GAAAAT-AATTTTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
64 AAAAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
397782 AAATCATTATGAC
129 AAATCATTATGAC
397795 ACCAGAGTGT
Statistics
Matches: 2285, Mismatches: 435, Indels: 243
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 48 0.02
176 213 0.09
177 221 0.10
178 118 0.05
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTCATACA
Found at i:396445 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 394774--397794 Score: 2483
Period size: 539 Copynumber: 5.6 Consensus size: 538
394764 CGTTCAAATG
* * * * *
394774 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * *
394839 AAAAATGAATATGTTTAAT-GAACAAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTG
66 AAAAATAAATCTATTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * * **
394903 AAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATGATTTTTTTTCTA-TTCATAGAAGTTTATTTC
130 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A-ATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTA-TTC
* * * *
394967 -GAATAAAATAATA-TAAAGTTATTAATA--TCAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAAT
192 AAAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
* * ** * *
395028 AAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATCTTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT
249 AAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
395091 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTACGT-TT-ATACAAGCTTATTCATATTAA
312 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-TCTTCATACAAGCTTATTCA-AATAA
* * * * *
395154 AAAAATATTAATTTATTAATATT-TCAACAAATAATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATAAA-CATG
375 AATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-G
* * * * ** * * * * *
395216 TTTATCGAA-CAAGTTCAAATGGTCATGGGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAT
437 TTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
* * * * * *
395280 TTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAACTCATATA
501 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACA
*
395319 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTA
1 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
395384 AAAAGTTAATCTATATTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTC
66 AAAAATAAATCTAT-TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * ***
395449 AAAACATTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTTGA
130 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCAAA
* *
395513 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
195 AT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * **
395577 GTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGA
255 ATTTATCGAACCA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** *
395641 GCTTTTGTTTCGTCATAAACCAATT-TTTTCTCTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATGATAC
319 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTCTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
* * * *
395705 TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACC-AA
383 TAATTTAATAATATTCTAAAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA
* * ** * * * *
395767 GCAAGTTCGAATAGTTATGAC-CCT--AATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTT
446 CCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTT
* *
395829 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCA
510 AGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACA
** * * **
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1 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT
* * * * * * * **
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* * * * * * *
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*** * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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*
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* ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * * **
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* *
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* * * *
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*
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* * ** * *
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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*
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*
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*
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* *
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* *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * *
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** * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *** * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * * * * *
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** * *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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127 AAAAATAATTCTGTTTACTGATC-AGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * *
403663 AAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAACAATTGTTTTATTCATACAAAAATTATTCAGAAT
190 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTGTT-ATTC--AATTTATTC-GAAT
* * * * ** *
403728 CAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGACATTT-AAAGCTAAATCTGTTTAC
251 -AAATAATACT-A-TTATTAAT-TTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-C
* * * ** * ** * * *
403792 CAAAGC-AGTTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTACCTATCTCAAATAGTATGATCTTGTT
310 C-AA-CTAGTTCAAATAG-T-TGACTATTTGAACAATTATTTA-CTTAAATCTTATAACCTTTTT
* * * * * *
403856 TT-GTCATAAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAA-ACTA
370 TTCTTTATAAAA-TAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATA-TA
* * * ** * * *
403919 ATAA-AT-TCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT-AAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTTA
431 ATAATATAT-T-AAAATTAA-AA-TAAAAGAATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACGAATCAGTTC
*
403980 TAATAGTTAAGACTATTAGAAT
491 CAATA--TAAGA-TATT-GAAT
* * * * * * ** * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-TAATTTTTGAATTCAT-AA
* * * * * *
404067 AGCTAATTTGAAAT-AAAT-AT-ATAATTTATTAAATA-TTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATT
64 AGCTTACTTGGAATAAAATAATAATAATTTATT-AATACTTCA-AAAA-TAATAA-TAAGAGA-T
* * *
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124 TTAAAAAATAATTCTGTTTACTG-ATCAGTTCAAATAATTATGACTA-TTTGAA-CAATTATCTA
** * * * *
404192 TTT-AAATTGTTATAAACTTTTG-TTTATCATAAAACAATTATTTT
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTGTTATTCAATTTATTCGAATAAATAATACT
ATTATTAATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCCAACTAGTTCAAATAG
TTGACTATTTGAACAATTATTTACTTAAATCTTATAACCTTTTTTTCTTTATAAAATAATTATTT
TGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATATAATAATATATTAAAATTAAAATAAAA
GAATTTAAAAAATAAATATTTTTACGAATCAGTTCCAATATAAGATATTGAAT
Found at i:402208 original size:177 final size:175
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * **
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** ** ** * * *
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* * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATT--AATAAA
* * * * * * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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*
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* ** * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGA
* * * *
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* * *
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* * ** *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AA
* * * * * * * *
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* *
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** * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAA
* * ** * * * *
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63 -AGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTA-TCCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * *
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125 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTT-T-TG
* * * * * ** * *
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1 TTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT--TTCAA--AAATTAATA
* * * * ***
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61 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCC-AACTAGTTCAAATAG-TTAT-GACTATTTGAACAA
* * ** * * * *
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* ** *
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1 --TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A-AA--AATTAA-
* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A
** ** * * *
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* * * *
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* * ** *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAG
* * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATA-AAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-TA
* * * * * *
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61 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * *
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* * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA---
* * * * * * * *
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62 -AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCC-AACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT
* * ** * * *
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124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTG
** * * * * * *
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1 TTCATAC-AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAG
** * * * *
403770 ATTT-AAAGCTAAATCTGTTTA-CCAAAGC-AGTTTAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTACC
65 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCC-AA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
403832 TATCTCAAAT-AGTATGA--TCTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTA
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* * ** *
403880 TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAA-A-TTCTAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A
* * * * * * *
403943 AGAGATTT-AAAAATAAATGTGCTT-GCCAAACCAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
62 A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCC-AACTAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
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124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA-AATGTTTT--G
* * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTCA-AAAATTAATAA--
*
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62 AAG--A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-CAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAA-
** * * * * *
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120 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATGTTTT-G
* * * ** * * *
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1 -TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATT---AA-T
*** * * * * * **
404302 TGGAGATTTAAAAAATAAATCAAGTTTAT-CAAATAGTT-AAATAATTATGGCCATTCAAACAAT
60 AAAAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
404365 TATCTA-TTCAAATCGTTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGGTTTTAA
124 TATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-GTTTT-G
* * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAA--A
* * ** ** * * *
404481 GGAGAATTAAAAAATAAAATATACTTA-CGGACTAGTT-TAATAGTTATTACTA-TTGAATAATT
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*
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Statistics
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TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTG
Found at i:405768 original size:66 final size:62
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** * *
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* *
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405773 C
61 C
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ATTTTATTCAAATAAACTTGTATGTGAAAAATAATGTTTATGACAAAACGAAAGTAATAACA
Found at i:406676 original size:179 final size:176
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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125 -TTTATGACAAACA-AAAGGTCAAAT-G-A-TTTGAATAGATAATT-GTTCAAA-TAGT
* * * * * * *
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* * * * * *
406045 GAAA-GTTAATAACTTAGTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTTTGAACTAAAA-AATTATTTT
64 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTGAACTAAAACAA-TAGTTT
* * *
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128 ATGAC-AAACAAAAGGTC-AAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
406160 CTTAACTATTTAAATTGATTCAGCAAAC--ATTTATTTTTTTTAAT-T-AT--TTATTAATTTTG
1 CATAACTATTAAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
* * * * *
406219 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATTAA-CTTGTATGATC-AGAAACAATTGT
64 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAA-TAAGCTTGTTTGAACTA-AAACAATAG-
* * * *
406281 TTTATGACAAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTCCAAATAGT
125 TTTATGACAAACA-AAAGGTCA-AATGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
406335 CGTAACTATTAGAATTACTTTAGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTA
1 CATAACTATTAAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
406400 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATACG-TT-ATT-AATTGAAACAATTGTTTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTTTGAACTAAAACAATAG-TTT
* * ** *
406461 ATGACAAGACAAAAAGTTAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
128 ATGACAA-AC-AAAAGGTCAAATGA-TTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
406513 CATATCTAATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTA-TAATTTTT
1 CATAACT-ATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTT
** * * * *
406577 TCGAATGTTAATACATTAGT-TTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTTTGAACTAAAATAATAG-TT
63 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTGAACTAAAACAATAGTTT
* * *
406640 ATGACTAAAGAAAAGGTTAGAATCGATTTGAATAGATAATTGTTTCCAATAGT
128 ATGAC-AAACAAAAGGTCA-AAT-GATTTGAATAGATAATTG-TTCAAATAGT
* * * ** * * * *
406693 CTTAACTATTTAAATTGGTTTGGGACAAAACATATTT-TTTTTTAAACTATCTTACTTCAGTAAT
1 CATAACTATTAAAATT-G-TT--CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTGCTT-ATTAAT
* * * * * *
406757 TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATAGATTTAATT--GAATAAGCTTATGTGAA--AGAAACAAT
60 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTGAACTA-AAACAAT
* * * * * **
406818 TGTTGTATTGACAAATAATAGATCATTACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
123 AGTT-TA-TGACAAACAAAAGGTCA-AATGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
406876 TATAACTAATTTGAATTAGGTTTAGTAGAATAGATTTA-GTTTTAAATCTC---C-TA-TAATTT
1 CATAACT-ATTAAAATT--GTTCAGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
* ** * *
406935 TTCAAAATA-TAATAAAATTTGTATTA-TTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAA-TAGAAACAAT
62 TT-AAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT-TGTTTGAACTA-AAACAAT
* ** * * * * *
406996 TGTTATACCACAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAATAGATAATTGTTTAAA-GGA
123 AGTT-TATGACAAACAAAAGGTCA-AATGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * **
407051 CATAACTATTTGAACTTGTTCA--AAACATATATATTTTTTAAATCTCCTACGTATTAACTTGCA
1 CATAACTA-TTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTA
* * * * *
407114 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTGAACTA-AAACAATAG-TTT
* * * * * *
407178 ATGACAAAACAAAAGATCCTAACT-TTTTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGT
128 ATGAC-AAACAAAAGGT-C-AAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * * **
407230 CATAA-TAATTTGAGCTTACTT-AGTAAACAGATTCATTTTATAAATCTTTTATTTATTAATTTT
1 CATAACT-A-TTAAAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
* * * * * * *
407293 TGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGAC-AGAAACAATTTGT
63 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTGAACTA-AAACAA-TAGT
*
407357 TTATCACAAAACAAAAGGTCA
126 TTATGAC-AAACAAAAGGTCA
407378 TAACTATTTG
Statistics
Matches: 1078, Mismatches: 219, Indels: 200
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.01
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185 13 0.01
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Consensus pattern (176 bp):
CATAACTATTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTGAACTAAAACAATAGTTTATG
ACAAACAAAAGGTCAAATGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGT
Found at i:414350 original size:45 final size:45
Alignment explanation
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414253 AGTTACCTCA
* *
414263 AACACCATCGGCATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACTTGCCTTG
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* * * *
414308 AACACCATCAGCATATGCTGGGCCTTGGTGTGGGCACATGCCT
1 AACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATGCCT
414351 CAACCACCAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
45 37 1.00
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AACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATGCCTTG
Found at i:414359 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 414258--414362 Score: 120
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414248 ATGGTAGTTA
* *
414258 CCTCAAACACCATCGGCATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACTTG
1 CCTC-AACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATG
* * * * *
414303 CCTTGAACACCATCAGCATATGCTGGGCCTTGGTGTGGGCACATG
1 CC-TCAACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATG
414348 CCTCAACCACCATCA
1 CCTCAA-CACCATCA
414363 ACACCTACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCTCAACACCATCAGCATATGCTGGCCCTTGCTATGAGCACATG
Found at i:430534 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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*
430485 GACACATGCTTTGACCATCATC
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* *
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1 GACACATGCTTTGACCACCATC
*
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1 GACACATGCT
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GACACATGCTTTGACCACCATC
Found at i:444573 original size:181 final size:178
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444260 ATTTGCTATT
* * * * *
444270 TATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTGAT-AAACAAATTGTTTATGTCCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * ** * *
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65 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAA
* * * * *
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128 T-AATCTGTTTACTAA-CAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
444451 TATTTCAAAAAGTTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
444516 TCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAGTTAATACGTAGGAGATTTAAAAATAT
66 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-
* * * *
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130 ATCTGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATC
* ** *
444630 TATTTTAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGAATT
1 TATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTT
* *
444693 ATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAC
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* *
444754 TAAATCTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
128 T-AATCTGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
444807 TATCTCAAATTGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTAT
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
444871 TC-GATTAAAATTATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAA
66 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAT
* * * * *
444935 AATATGTTTGTCAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
129 AATCTGTTT-ACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
444986 TATTTCAAATCGTTCTAACGTTTTCTTTAGTCATAAAACTATTATTT-TAGTTCATACAAACTTA
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * *
445050 TTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACA-TTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
65 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA
* * * *
445114 ATAAATCTGTTTACTGAACAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATC
127 AT-AATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
445168 TATTTAAAATTGTTTTAACTTTTTGTCTTGTCATAACACAATTGTTTCAATT-A-ATAA-CGTA-
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * **
445229 TCTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAGGCGAGAGATTTAAAAACT
66 TC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T
* * * * * * *
445294 AAAGCTGTTTTCTAA-AGTAATTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATC
129 -AATCTGTTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
445346 AATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAG-TT
1 TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT
* * * * *
445407 AATTCAG-ATAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAATAAATAATA-A---AAAA
64 -ATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
445467 ATAAATATGTTTGCTGAATCAA-TTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATC
127 AT-AATCTGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
445521 TATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTTCAAACAAGCTT
1 TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * *** *
445583 ATTC-GAAAGAAAATAATACTAAGTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTGAAA
64 ATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AA
* * * * *
445646 AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGCTATAACTATTTAAATAATTATC
125 AAAT-AATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
445702 TATTTAAAATCGATATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTTA
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * *
445766 TCCA-AA-AAAATTAATACTAGTTTATTAATATTTT-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA
65 TTCAGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* * * * * *
445825 TAAATCAGTTTACTGAATCAATTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAATAATTATC
128 T-AATCTGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
* ** * *
445879 TATTTCAAAT--TTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
445941 TT
65 TT
445943 TGAAATAAAA
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 237, Indels: 142
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 2 0.00
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180 105 0.09
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182 102 0.09
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAA
TCTGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:445042 original size:356 final size:356
Alignment explanation
Indices: 444270--445923 Score: 1350
Period size: 356 Copynumber: 4.6 Consensus size: 356
444260 ATTTGCTATT
* * * * *
444270 TATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTGAT-AAACAAATTGTTTAT-GTCCATACAAGCT
1 TATTTCAAATCA-TTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTAGTTCATACAAACT
** * * * *
444332 TATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTATAAA
64 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * *
444397 ATGAATCTGTTTACT-AAGT-AAGCTCAAATTA-TTATGACTATTTGAGCAATTTTTTATTTCAA
125 ATAAATCTGTTTACTGAA-TCAATTTTAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * *
444459 AAAGTTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATA
188 ATTG-TATGA-CCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTC-GAATA
* * ** * * * *
444524 AAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAGTTAATACGTAGGAGATTT-AAAAATATATATG-T
249 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * *
444587 TTC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAAACAATTATC
314 TTCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG-AACAATTATC
* * * * **
444630 TATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAGAA-TT
1 TATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACA-AACTT
* * *
444693 ATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
65 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
444758 TCTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTAA
130 TCTGTTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT-A
* * * * * *
444822 TGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCGATTAAAATTATAC
194 TGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCGAATAAAATAATAC
* * *
444887 TAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATATGTTTGTC-AAAC
258 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAA-
*
444951 CAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
321 CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
444986 TATTTCAAATCGTTCT-AACGTTTTCTTTAGTCATAAAACTATTATTT-TAGTTCATACAAACTT
1 TATTTCAAATCATTATAAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTT
** * * **
445049 ATTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
65 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAA
* * *
445114 ATAAATCTGTTTACTGAA-CAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
125 ATAAATCTGTTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
445178 TGTTTTAACTTTTTGTCTTGTCATAACACAATTGTTTCAATT-AATAA-CGTATCTGGAATAAAA
190 TGTATGACCTTTAT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAACAAGCTTAT-TCGAATAAAA
* * * * ** * **
445241 TAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAGGCGAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTC
252 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC
* * * * *
445306 TAAAGTAA-TTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATC
317 TAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
445346 AATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GATCATAC-AAGTTA
1 TATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTT-
* * * * * * *
445408 ATTC-AGATAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAATAA-ATAATAAAAAAATAA
65 ATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
445471 ATATGTTTGCTGAATCAA-TTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-
129 ATCTGTTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT--TG
* * *
445534 TTTGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTTCAAACAAGCTTATTCGAAAGAAAA
192 TATGACCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-AACAAGCTTATTCG-AATAAAA
* * * *
445596 TAATACTAAGTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTT
252 TAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTT
* * * * * *
445660 ACTGAACAAGTTCAAATTGCTATA-ACTATTTAAATAATTATC
315 TCTAAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
445702 TATTTAAAATCGA-TATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCACA-AAAGTT
1 TATTTCAAATC-ATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAA-CT
* * *
445764 TATCCAAAA-AAATTAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
64 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
445828 ATCAGTTTACTGAATCAATTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATT-T
129 ATCTGTTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
*
445891 ATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
193 ATGACCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
445924 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 202, Indels: 111
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
352 7 0.01
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355 111 0.11
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAACTTA
TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACTGAATCAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTATG
ACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAGT
TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:445641 original size:715 final size:710
Alignment explanation
Indices: 444476--445923 Score: 1496
Period size: 715 Copynumber: 2.0 Consensus size: 710
444466 GGATCTTTTG
* * * *
444476 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT-TCAGAATAAAATAATACTACTTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATA-ACG--TATCT-GGAATAAAATAATACTACTTTA
** * * * ** * *
444540 TTAATATTTTGCAAGTTAATA--CGTAGGAGATTTAAAAA-TATATATG-TTTCGAACA--AGTT
62 TTAATATTTTAAAAATTATTAGGCG-A-GAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTAA-AGTAATT
* * * * * * * * * * * **
444599 CAAATAGTTATGTCCATTTGAAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGT
124 CTAATAGTTACGACTATTTG-GACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT
*
444664 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTT
188 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTT
* * * *
444729 GAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTAT
253 GAAAATTAATAAGAGAATAAAAAAATAAATATATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTAT
* ** * * *
444794 TTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTAATGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTC
318 TAGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * ** * * ** *
444859 ACATAAGCTTATTCGATTAAAATTATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGA
383 AAACAAGCTTATTCGAAGAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGA
* * * *
444924 TTT-AAAAAAAAAATATGTTT-GTCAAACCAA-TTTAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTAT
448 TTTGAAAAAAAAAATATGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGCTATA-ACTATTTAAACAATTAT
* * * *
444985 CTATTTCAAATCGTTCT-AACGTTTTCTTTAGTCATAAAACT-ATTATTTTAGTTCATACAAAC-
510 CTATTTAAAATCGATATAAAC-TTTTCTTTAGTCATAAAA-TAATTATTTTAGTTCACA-AAACT
* *
445047 TTATTCGGAATAAAA-TAATACTAATGTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
572 TTA-TC-CAAAAAAATTAATACTAATGTATTAACATTCGAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AA
* * *
445111 AAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAATTTTAATTAGA-TAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTT
630 AAAATAAATCAGTTTACTGAATCAATTTTAAATA-ATTATGGA-TATTTAAACAATTATCTATTT
* *
445173 AAAATTGTTTTAACTTT-T
693 AAAATT-TATTAACTTTCA
*
445191 TGTCTTGTCATAACACAATTGTTTCAATTAATAACGTATCTGGAATAAAATAATACTACTTTATT
1 T-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAACGTATCTGGAATAAAATAATACTACTTTATT
445256 AATATTTTAAAAATTATTAGGCGAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTAAAGTAATTCTAAT
64 AATATTTTAAAAATTATTAGGCGAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTAAAGTAATTCTAAT
*
445321 AGTTACGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACA
129 AGTTACGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * *
445385 ATTGTTTCTGA-TCATACA-AGTTAATTC-AGATAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTTAA
194 ATTGTTTCT-ATTCATACAGAATT-ATTCAAAAT-AAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAA
* * * * * * *
445447 AATTAATAA-ATAATAAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTTAAATAGTTA-AGATTATTA
256 AATTAATAAGAGAATAAAAAAATAAATATATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTA
* * ** *
445510 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTT
320 GAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGACCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-GTT
*
445572 CAAACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAAGTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGGAAG
382 CAAACAAGCTTATTCG-AAGAAAATAATACTAAGTTAATAA-TATTCCAAAAATTAATAAGGAAG
* * * * *
445636 AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGCTATAACTATTTAAATAATTAT
445 AGATTTGAAAAAAAAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAACAATTAT
* * * *
445701 CTATTTAAAATCGATATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTA
510 CTATTTAAAATCGATATAAACTTTTCTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCACAAAACTTTA
* * * **
445766 TCCAAAAAAATTAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
575 TCCAAAAAAATTAATACTAATGTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
445831 AGTTTACTGAATCAATTTTAAATAATTATGGATATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTTATTAC
640 AGTTTACTGAATCAATTTTAAATAATTATGGATATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTTATTAA
445896 CTTTCA
705 CTTTCA
445902 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT
445924 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 99, Indels: 66
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
709 19 0.03
710 32 0.05
711 48 0.08
712 2 0.00
713 3 0.00
714 154 0.25
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716 124 0.21
717 50 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (710 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAACGTATCTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAA
TATTTTAAAAATTATTAGGCGAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTAAAGTAATTCTAATAG
TTACGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAAATTA
ATAAGAGAATAAAAAAATAAATATATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAA
TTATCTATCTCAAATCATAATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACAAGC
TTATTCGAAGAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTGAAAA
AAAAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAT
CGATATAAACTTTTCTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCACAAAACTTTATCCAAAAAAAT
TAATACTAATGTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAA
TCAATTTTAAATAATTATGGATATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTTATTAACTTTCA
Found at i:445668 original size:534 final size:534
Alignment explanation
Indices: 444566--445828 Score: 1421
Period size: 534 Copynumber: 2.4 Consensus size: 534
444556 TAATACGTAG
* * * * ** *
444566 GAGATTT--AAAAATATATATGTTT-C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAAACAATT
1 GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGATATAACTATTT-AAACAATT
* * * * * ** * *
444627 ATCTATTTTAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAA
65 ATCTATTTAAAATCGA-TATAAACTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTC--ACAAAA
* * * *
444691 TTAT-TCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACT
127 GTATATC-CAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACT
* * * * **
444755 AAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGT
191 AAAGCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAT
* ** * * *
444820 AATGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCGATTAAAATTAT
256 AATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCACACAAGCTTATTCGATAAAAATAAT
444885 ACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATATGTTTGTCAAA
321 ACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAG-AAGAGA-TTAAAAAAAAAATATGTTTGTCAAA
* * *
444950 CCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACGTTTTCTTTA
384 CCAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTCTTTA
* * *
445015 GTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAAC
449 GTCATAAAACTATTATTTTAGTTCAAACAAACTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATGTATTAAC
*
445080 ATTCGAAAAATTAATAAGCAA
514 ATTCCAAAAATTAATAAGCAA
** * *
445101 GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA-TTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATT
1 GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATT-GATATAACTATTTAAACAATT
* * * * *
445165 ATCTATTTAAAATTG-TTTTAACTTTTTGTCTTGTCATAACACAATTGTTTCAATT-A-ATAACG
65 ATCTATTTAAAATCGATATAAAC-TTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACA-AAAG
* ** * *
445227 TATCTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAGGCGAGAGATTTAAAAA
128 TATATCCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA----AGAGATTTAAAAA
* * ** * * *
445292 CTAAAGCTGTTTTCTAAAGTAATTCTAATAGTTACGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAAATC
189 CTAAAGCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATC
* *
445357 ATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAG-TTAATTCAGATAAAAA
254 ATAATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCACACAAGCTT-ATTC-GATAAAAA
* * * *
445421 TAATGCTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAAT-A-AATA-A-TAAAAAAATAAATATGTTTG-C
317 TAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGAAGAGATTAAAAAAA-AAATATGTTTGTC
* * * * * * *
445481 TGAATCAATTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG
381 -AAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTC
*
445546 TTTAGTCATAAAA-TAATT-TTTTAGTTCAAACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAA-GTT
445 TTTAGTCATAAAACT-ATTATTTTAGTTCAAACAAACTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATG-T
* *
445608 ATTAACTTTCCAAAAATTAATAAGGAA
508 ATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAA
* * *
445635 GAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGCTATAACTATTTAAATAATTA
1 GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGATATAACTATTTAAACAATTA
* * * * *
445700 TCTATTTAAAATCGATATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTT
66 TCTATTTAAAATCGATATAAACTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACAAAAGTAT
* * *
445765 ATCCAAAAAAATTAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
131 ATCCAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
445829 TCAGTTTACT
Statistics
Matches: 610, Mismatches: 94, Indels: 51
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 17 0.03
533 1 0.00
534 164 0.27
535 154 0.25
536 35 0.06
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539 128 0.21
540 36 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (534 bp):
GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATTGATATAACTATTTAAACAATTA
TCTATTTAAAATCGATATAAACTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACAAAAGTAT
ATCCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
TATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATAATGA
TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCACACAAGCTTATTCGATAAAAATAATACTAA
TTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGAAGAGATTAAAAAAAAAATATGTTTGTCAAACCAATTT
AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTCTTTAGTCATAA
AACTATTATTTTAGTTCAAACAAACTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATGTATTAACATTCCAA
AAATTAATAAGCAA
Found at i:446172 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 446147--446201 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
446137 AACTTTTTTG
446147 TTCTGTCATAAAATAATTAT
1 TTCTGTCATAAAATAATTAT
446167 TTCTGTTCATATAAAT--TTAT
1 TTCTG-TCATA-AAATAATTAT
*
446187 TTC-G-AATAAAATAAT
1 TTCTGTCATAAAATAAT
446202 ACTAAATTAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 10
0.73 0.02 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.13
17 3 0.10
18 1 0.03
19 1 0.03
20 12 0.40
21 5 0.17
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
TTCTGTCATAAAATAATTAT
Found at i:446379 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 446190--446620 Score: 428
Period size: 177 Copynumber: 2.4 Consensus size: 177
446180 AATTTATTTC
446190 GAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
446255 TTGTTTCA-AACCAGTTCAAATAGTTAAGAC-TATATGAATAATTATCTATTATTTTAAATCGTT
64 TTGTTT-AGAACCACTTCAAATAATT-AGACTTATATGAACAATTA---AATATTTTAAATCGTT
* * * * **
446318 ATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAAC-CTATCCAAGTTTATTCA
124 ATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATGTCAACTC-ATACAAGCATATTCA
* * * * *
446372 TAATAAAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAATT-TTA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATG
1 GAATAAAAT-AATACTAAATTAATAATATTTAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * *
446433 TTATTTATGGAACCACTTTAAATAATTATACTTATTTGAACAATTAAATATTTTAATTTGTTATA
64 TTGTTTA--GAACCACTTCAAATAATTAGACTTATATGAACAATTAAATATTTTAAATCGTTATA
* * *
446498 ACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATGTCTATTCATACAAGCATATTCA
127 ACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATGTCAACTCATACAAGCATATTCA
* * *
446549 GAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAA
1 GAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATA-TTTAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
446613 TTTGTTTA
63 TTTGTTTA
446621 ACTATTTGTA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 32, Indels: 29
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.02
177 78 0.38
178 31 0.15
179 5 0.02
180 28 0.14
181 29 0.14
182 26 0.13
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
GAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTAGAACCACTTCAAATAATTAGACTTATATGAACAATTAAATATTTTAAATCGTTATAACCT
TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATGTCAACTCATACAAGCATATTCA
Found at i:447813 original size:364 final size:357
Alignment explanation
Indices: 447107--452505 Score: 3258
Period size: 364 Copynumber: 15.1 Consensus size: 357
447097 ATTATTTTAT
* * * * * * ** *
447107 GATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAAC-TAGTTCGGTAAGTATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTA-TT-AGTAAACAGATTTA
* * * *
447171 TTTTTT-AATTCTCCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
64 TTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * * *
447235 TAAACTTGTATG-ATTAAAACCAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGTTCATAACGATTTTGAGA
126 TAAGCTTGTATGAACTAAAA-AAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAA
* ** * * * * * ** *
447299 TAGATAATTGTTTGAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAAT
188 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT
** * * * * ** * * *
447364 CTCCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTA-ATATTA-TTTATTTTGGAT-AAGTTTTA
252 CTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTA
* * * *
447426 TTAAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAAC
315 -TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* *
447470 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATT-AGTAAACAGATTTAT
* *
447535 TTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAA
65 TTTTT-AAATTT-TTACTTATTAATTTT-TAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* ** * * *
447599 TTAGCTTGTATGAACTGAAAAAAAAAATTTTCTGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATA
126 TAAGCTTGTATGAACT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
447664 GACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTTGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATC
190 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* ** *
447728 TCTTACTTATTAATTTTTAGAAT-TTATTAGTTTAGAATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATG
253 TCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATG
*
447792 AATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAAC--AAGATCAT-AC
317 AATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * ** * *
447831 TATTTGAGATAGGTAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTAAACTGGCTTGGTAAACAGATTTAG
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-TATTAGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
447896 CTTTTAAA--TGT-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTGA-TTCTGAATA
65 TTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA
** * * ** * *
447957 ATTTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGAT
128 AGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * *
448021 AA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAATTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT-
193 AATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* *
448083 TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTGTATG
255 T-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAGAATAAACTTGTATG
* *
448147 AATAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA-TATCATAAT
317 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * *** * *
448188 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGTTAAAAAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTAG-TAAACAGATTTAT
* *
448253 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTCTA-TTCTGAA
65 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTC-AAA
* * * * * ** * *
448317 TAAGTTTTTATGAGCAAAAAAAATTAGTTTATGATGAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATAA
126 TAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* **
448381 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAA-TGTGTT--CAAA-A-A---A-CATTT---T-T-
191 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
448431 TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGA
255 TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATGA
* * * * * *
448494 ACA-AAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATAAT
318 ATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * **
448534 G-TTTTAAATTAGATAATTGTTCATATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATGGATTTT
1 GATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTAG-TAAACAGA--TT
* *** * * *
448598 TTTTTTTTTGTTCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAA
62 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
448663 ATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
125 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
448728 GATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTAGCAAACATATTTATTTTTTTAAATC
190 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * *
448793 TTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCTA-AATAAACTTGTA
253 TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTC-AGAATAAACTTGTA
* *
448856 T-AAGTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG-CCATAAC
315 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAAC
* * * *** * * * * *
448899 AAGTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-ATTAGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
448964 TTTTTAAATCTTTTACATTTTTAATTGCCTT-AATATTAATAAATTTGAATTATATTATTTGAAA
65 TTTTTAAAT-TTTTAC-TTATTAATT--TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *** *
449028 TAAGATTGTATGAA-TAGATAAAATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATA
126 TAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
449092 GATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTCATCTTTTTAAATT
190 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT-GGCAAACAGATTTAT-TTTTTAAATC
* * * ** * *
449157 TCTTTA-TTATGAATTTTTGAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
253 TC-TTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTAT
* *
449221 GAACT-GAAACATTTCTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAAC
316 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * * * * *
449263 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATC-TAGTTTAGTAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTA--TTAGTAAACAGATTTA
* * * * *
449327 TTTTTTAAA-TTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATA
64 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * *
449391 AGCATGTATGAAC-AGAAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTAAAATAAA
128 AGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
** * * *
449454 TAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAG-TTGGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC
192 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
449516 TT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAATTTATATGAA
255 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATGAA
* * *
449579 CA-AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAAT
319 TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAAC
* * * * * * *
449618 GATTTGGAATATATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGAATAGGTAAATAGAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTA-GTAAACAGATTTAT
* * * * * *
449683 TTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTCTTTTATTCCAAGT
65 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAAT
* *
449747 AAGCTAT-TATGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
127 AAGCT-TGTATGAACT-AAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
449811 AGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-
189 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* ** * * *
449875 T-TTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCA-AAT-AAGTATGTA
253 TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAGAATAAACT-TGTA
* * * * * *
449937 TGAACAGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAAG-TCATAA-
315 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAAC
* * * * * * *
449979 GATTTAAAATAAATAATTGATCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC-TAGTTGGATAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTA-TTAG-TAAACAGATTTA
* * * * *
450043 -TTTTTAAA-TCTT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCGAACA
64 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
** * * * * *
450103 AATTTATATGAAC-AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGA
128 AGCTTGTATGAACTAAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
450167 TAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCT
192 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* ** * * *
450232 TACTTATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTCTTTTATTCCA-AGTAAGCTAT-TATG
256 TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGAATTATTTTATT-CAGAATAAACT-TGTATG
* *
450294 AATTCA-AAAAAACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
317 AA-T-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * ** * * *
450337 GATTTGAAATAGATAACTGTTCATATAGTC-TCAAATATTGGAACCGATTCGACAAATA-ACTTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT-AACTATTTGAACTTATTAG-TAAACAGA-TTT
* * * *
450400 ATTTTTTAATTCTTTTAGCTT-TTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAA
63 ATTTTTTAAAT-TTTTA-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * ** **
450464 ATAAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTCTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACAATTTGATGT
125 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
** * ** * * * *
450528 TTATAATTGTTCAAATAGTCATTGCTGTTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTC
189 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
450593 TCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAA-TAGTATTATTGTATTCCGAATAAAATTGAATG
253 TCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATG
* * * * * * *
450657 -CTCA-AATACAATTATTATATGATAAAACAAATGGTCATAAT
317 AAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * *
450698 GATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAC-AGTTT-AAGC-TACTTCAGCAAACAGATT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTTGAA-CTTA-TT-AGTAAACAGATT
* * ** * *
450760 TATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
62 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * * * * ** *
450825 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTAACGATAGAACAAAATGTTACAACAATTTAAAATA
125 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
450890 GATAATTGTTTAAATA--C-GAACTGA-TT---CAG--T---AAATAGATATATTTTTTAAATCT
190 GATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * **
450943 CCTT-CCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTA-ATAGTATTTTATTCCA-AATAGGCTTGTA
254 -CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATT-CAGAATAAACTTGTA
* * * ** *
451005 TG-ATGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAAT
315 TGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* *** * * *
451048 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TA--A-T--TC-GATGTATT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTAGTAAACAGATTTATT
* * * * * * * **
451106 TTTTAAATCTCTAATATATCAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGGTAA
66 TTTTAAATTTTTACT-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * * * *
451171 GCTTTTATAAATTGAAAAAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTGATATTTATTTTAAATAGATA
129 GCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
** * *
451236 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTT
194 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT
** ** * ** * * *
451301 GTTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGCATGAACT
257 ACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATGAA-T
* * * * *
451366 A-AAA-ATACT-ATTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAAC
320 AGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* * ** * * * * *
451401 AATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTTTCTTATCTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACACATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTA--TTAGTAAACAGATTTA
* * * * *
451465 TTTTTTAAA----TA-TT-TT-A---TTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAAT
64 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAAT
* *
451519 AAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATT-TCTTTATGACAAAA-AAATA--TCATAACGATTTGAGAT
127 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTAT-TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
451579 AGATAATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTT--CAATATAAAGATTTAGTTTTTAAA
189 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGC-A-A-ACAGATTTATTTTTTAAA
* ** **
451642 --TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
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* *
451703 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TATAATAAC
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* * * * * * * * *
451746 AATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGA-CATGACTATTT-AAGCTTGTTTGGTGAACAAATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AATCATAACTATTTGAA-CTT-ATTAGTAAACAGATTT
* **
451809 ATTTTTTAAATTTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
63 ATTTTTTAAATTTT-TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
451874 TAAACTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
126 TAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * ** *
451938 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
190 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * * *
452003 TTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTCATTTAAAATAAGCTTTTATGA
254 CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATGA
* *
452068 ATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAA-TGTCATAAC
318 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAAC
* * * * * * * * * *
452108 AATTTTAAATAGATAACTATTTAAATAGTCATAAC-A-ATG----T-TTAGAAAATATATTTA-T
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTAGTAAACAGATTTATT
** * *
452165 TTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTA-TTCGAAATAT
66 TTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
* * * * * *
452229 GCTTGTATGAA-TAGAACCAAA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCAAAAT-ATTTTAAAATAG
129 GCTTGTATGAACTA-AA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAG
* * * *
452291 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTTGG-TAACAAGATTTATTTTTTAATTCT
191 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGCAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
452355 CTTTCTCATTAATTTCTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATA
254 CTTACTTATTAATTT-TTG--AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAGAATAAACTTGTA
* * * * *
452419 TGAACTA-AAACAATTGTCTTATTACAAAACAAAAGGTCACAAT
315 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
** * *
452462 GATTTGAAATAGATAATAATTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
452506 ATGTTAGGTA
Statistics
Matches: 3959, Mismatches: 811, Indels: 536
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.00
342 121 0.03
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Consensus pattern (357 bp):
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TTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
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TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
Found at i:448197 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 447105--452533 Score: 3725
Period size: 181 Copynumber: 30.4 Consensus size: 180
447095 TAATTATTTT
* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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130 TAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA
* * ** * * * * ** * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * *
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** * * * **
447468 ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* * *
447533 ATTTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAATTA-TTTTATTTTATTTC
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* * *** * *
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127 AAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
447651 ATGATTTAAAATAGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTTGGCAAGCACATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* ** *
447715 TATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAGAAT-TTATTAGTTTAGAATTATTTTA-TTCA
65 TATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
*
447777 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAAC--AAGATCATA
128 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
447830 CT-ATTTGAGATAGGTAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTAAACTGGCTTGGTAAACAGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
** * * * * *
447894 AGCTTTTAAA---TGT-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTGA-TTCTGA
66 ATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
** ** * *
447954 ATAATTTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGCCATA
129 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
448005 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAATTTGTTTGGCAAACATATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
*
448069 TATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
65 TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * **
448134 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATATCATA
129 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
448186 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGTTAAAAAGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* * *
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66 ATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTC-A
* * ** * * ** *
448315 AATAAGTTTTTATGAGCAAAAAAAATTAG-TTTATGATGAAACAAAAGATCAT-
128 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
448367 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAA--TGTGTT--CAAA-A-A--
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTGGTAAACAGATT
** *
448423 -A-CATTT---T-TT-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCA
65 TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * *
448478 AAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATA
127 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
448532 ATG-TTTTAAATTAGATAATTGTTCATATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATGGATT
1 ATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA--
* *** * * *
448596 TTTTTTTTTTTGTTCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC
63 TTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
448661 AAATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCATA
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* * * * * * *
448715 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTAGCAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * *
448780 ATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTA
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* * * *
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128 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * *** * *
448897 ACAAGTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * * * *
448962 ATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAATTGCCTT-AATATTAATAAATTTGAATTATATTATTTGA
66 ATTTTTTAAATCTTCTAC-TTATTAATT--TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *
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*** * * * * * *
449079 GCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTT-TTTCAGTAAATAGATT
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* * *
449143 CATCTTTTTAAAT-TTCTTTA-TTATGAATTTTTGAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
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** * * * *
449206 TGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACATTTCTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
126 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
449261 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* ** * *
449326 ATTTTTTAAAT-TT-TACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAA
66 ATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * *
449389 TAAGCATGTATGAACAGAAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATA
130 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
449440 A-GATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAG-TTGGATAAATAGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAACAGATT
* * *
449503 TATTTTTTAAATC-T-T--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGA
65 TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
* * * * *
449564 ACA-AA-TTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
128 A-ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
449616 ATGATTTGGAATATATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAAC-TGAATAGGTAAATAGAAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATT
* * * *
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* * *
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127 AAATAAGCT-TGTATGAA-T-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAACAGATT
* * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* * * *
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* *
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * ** *
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** ** ** ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** ** **
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* * * * * *
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** * ** * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * ***
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* **
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** * ** *
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** * * * * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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** * * *
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**
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* **
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* *
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*
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* * * * * * * * **
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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*** * * *
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* * * * * * * **
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* * * ** * *
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* * * * * * ** *
447779 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAAC-AAGA-TCATACTATTTGAGATA
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** * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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** * * * *
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318 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AA
* * * * * * * *
448036 T-ATGACTATTTGAATTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTT
382 TCATAACTATTTGAACTT-ATAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT
* * * *
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* ** *
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508 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** *
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* * * **
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65 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT-TAGTCCAAA
* * * * * *
448317 TAAGTTTTTATGAGCAAAAAAAATTAGTTTATGAT-GAA-ACAAAAGATCATATGATTTGAAATA
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* **
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190 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
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254 TTTTATTAATATTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCGAAAA-AA-TTTATATGAA
* * * * *
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* * * * * * *** * *
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379 TAATCATAACTATTTGAACTTA-TAGGTAAATAGA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
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* * * *
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505 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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127 AT-AAGTTGTATGAA-CAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTGAAAT
*** * * * *
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189 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
** * * * * * * *
448974 TTTTACATTTTTAATTGCCTTAATATTAATAAATTTGAATTATATTATTTGAAATAAGA-TTGTA
254 TTTT--ATTAATATTTG---AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAA-AA-ATTTATA
* * * * *** *
449038 TGAATAGATAA-AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTT
312 TGAACA-A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
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* * * *** * *
449165 ATGAATTTTTGAATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAA
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* * * *
449229 ACATTTCTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
501 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
449263 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTA-AACAT-ATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATTAG-ACAA-ATAATTT
* * *
449326 ATTTTTTAAA--TTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAA
64 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAA
* * * *
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128 TAAG-TTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAAGATTTGAAATAAA
* *
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192 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
* *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATTAG-ACAA-ATAATTT
* * *
449864 ATTTTTTAAA--TTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAA
64 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAA
* *
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128 TAAGT-TGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAAGATTTGAAATAAA
* *
449992 TAATTGATCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAG-TTGGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTT
192 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
* *
450055 TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCGAACAAATTTATATGAACAAAA
256 TTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAAAAATTTATATGAACAAAA
* *
450120 GCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
321 -CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * *
450185 TAATTATTTGAACTGGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTGAA
385 TAACTATTTGAACT-TATAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
450250 ATATTAATAAATTCA-TTTTCTTTTATTCCAAGTAAGC-TATTATGAATTCAAAAAAACTTGTTT
449 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAATTCAAAAAAA-TTGTTT
450313 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
511 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGATTAGACAAATAA-TTT
* * * * *
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64 ATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAA
* * * * * **
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127 ATAAG-TTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAG-AACAAAAAGTCATAA-GATTTGAAAT
** ** * *
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189 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA--A
* * * * *
450593 TCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAA-TAGTATTATTGTATTCCGAATAAAATTGA-AT
252 TCTT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAA-AAAATTTATAT
** * * * * *
450656 GCTCAAATACAATTATTATATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCA
313 GAACAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
450721 TATAGTCTTAAC-AGTTT-AAGC-TACTTCA-GCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTA
377 AATAATCATAACTA-TTTGAA-CTTA--T-AGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
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* * * * * * * * *
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502 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATT-AGACAAATA-ATTT
* * * * * * *
450930 ATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATAGTATTTTATTCCAA
64 ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAA
* ** * * * * **
450994 ATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAAGTTTGTAATGATTTGAAAT
127 ATAAG-TTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAAG-TCATAA-GATTTGAAAT
* * * * * *
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189 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * ** **
451115 TCTAATATATCAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGGTAAGCTTT-TAT
254 T-T--T-TATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-GAAAAAATTTATAT
* * * * * * * * *
451179 AAATTGAAAA-AATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTGATATTTATTTTAAATAGATAATTATTC
313 GAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * **
451243 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATT
376 AAATAATCATAACTATTTGAACTT-ATAGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT
** *** * ** *
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* * * * *
451371 TACT-ATTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAAC
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* * * ** * * * * * *
451401 AATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTTTCTTATCTATTTGAATTAG-TTTGGCAAACACATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATTAGACAAATA-ATTTA
* * * * *
451465 TTTTTTAAATATTTTA-TTA-GAA---T--ATTATTAAT---TTA-TCAATATTTTACTCCAAAT
65 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAGTCCAAAT
* * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * *
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254 TTTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAAAAATTTATATGAACA
* ** * ** * * *
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* * * * * *
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381 ATCATAACTATTTGAA-CTT-ATAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--ACTTATTAAT
* *** * * *
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* *
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* * * * * * * *
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** * * * * **
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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192 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTT
* ** * * * *
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256 --TTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAAAAAT--TTATATGAAC
* * * * * *
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317 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
452305 AGTTATAACTATTTGAACATGT-TTGGTAACA-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAAT
380 AATCATAACTATTTGAAC-T-TATAGGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
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* * * *
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505 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* *
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452506 ATGTTAGGTA
Statistics
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TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAA
GTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAAGATTTGAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATT
AATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAAAAATTTATATGAACAAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
TTTGAACTTATAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTCAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAAC
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* ** * * *
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1 TTCAGCAAACAGATATATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAAT
* * *
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*
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* * * *
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* * * *
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** ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
451057 TATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATG
129 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGATG
* * * *
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* * * * * *
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*
451228 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
127 AATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAGCTTGTATAATGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTGTGTAATGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGATG
Found at i:452129 original size:17 final size:16
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*
452120 ATAACTATTTAAATAG
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Statistics
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Found at i:452674 original size:144 final size:144
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* * * *** *
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* * *
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* * * * * *
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452674 TTAA
130 TTAA
452678 ATATTCTACT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 16, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
144 112 0.97
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ATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTCTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATT
TGAAATAGATAATAATTCAAATAATCATAACTAGTTGAACATGTTAAAAAACAAGATTCATTTTT
TAATTCTCTTTCTC
Found at i:452872 original size:180 final size:179
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452634 TTATGACTAG
* * * * *
452644 TTGA-ACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTGTTAAAATATTA
1 TTGATACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-TAATATTA
* * * * * *
452708 ATAAATTAATATT-TTGTTAATCGAAATAAACATGTATGACAGAAACAATTATTTTATGATAAAA
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* * *
452772 TAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAACAATTTTTCAAATAGTCATAAAGAT
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* *
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* * *
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* * *** * * *
452953 CAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAA-TTGTCAAAATAGTCA-AAATTAT
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* * ** * * * * * *
453005 TT-AAACTTTTTTGACAAACAGATTCATTTTTTTAATCTCTTAATTATTAATT-TTCATAATGTT
1 TTGATACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT--TAATATT
* * * *
453068 AATAACTTAGCATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA--GAAAAAATTATTTTATGACAA
** * * * * **
453132 AGGAAAATGTCATAACC-ATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATAGTCATGACTAT
126 AACAAAAAGTCAT-ACCAATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATAAAGAT
* * ** * * * *
453186 TTGAT-CTAGTTCAGTAAGGATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGGAATATTA
1 TTGATACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-TAATATTA
* * * * * *
453250 ATAAATTGGTATTATTTTCATTCG-AATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTCTTATAACAAA
65 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAA--ATTATTTTATGACAAA
* * *** *
453314 A-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAATGAT
127 ACAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATAAAGAT
** * * *
453366 TTGA-ACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTA
1 TTGATACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TTAATATTA
* * * *
453430 ATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATAAA
65 ATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATG-A-AG-AAAAAATTATTTTATGACAAA
453495 ACAAAAA
127 ACAAAAA
453502 AGTTGTTCAA
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 112, Indels: 56
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 13 0.02
180 214 0.40
181 286 0.53
182 19 0.04
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGATACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
AAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATAAAGAT
Found at i:452979 original size:859 final size:862
Alignment explanation
Indices: 451800--453376 Score: 1868
Period size: 859 Copynumber: 1.8 Consensus size: 862
451790 TTGTTTGGTG
* * *
451800 AACAAATTTATTTTTTAAATTTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATATTCAACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * **
451865 TATTTTGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
66 TATATCGAATAAACATGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACAAT
* ** *
451930 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTT
131 TTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGCTCAATAAACAAATTTATTTT
* * * *
451995 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTCATTTAAAATAAGC
196 TTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCAAAATAAGC
* * * ** * * *
452060 TTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGATAAC
260 TTGTATGAAGAGAAAAAATCAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAAC
** * * * * *
452125 TATTTAAATAGTC-A-TA-ACAA-TGTTTAGA-AAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTAT
325 TATCAAAATAGTCAATTATA-AACTGTTTAGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
* **** * *
452183 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTTTTTTATTTTA-TTCGAAATATGCTTGTATGAATAGAAC
389 TAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
452246 CAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCA-AAATATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
452 CAAATGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAACA-TTTAAAATAGATAATTGGTCAAATAGTCA
** *
452310 TAACTATTTGAAC-ATGTTTGGTAACAAGATTTATTTTT-TAATTCTCTTT-CTCATTAATT-TC
516 TAACTATTTGAACTA-GTTCAGTAACAAGATTTATTTTTAAAATT-T-TTTACTCATTAATTGT-
*
452371 TAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
577 T-G-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-TTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTG
* ** * ** *
452435 TCTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAGATAGTCATAACT-A
639 TCTTATAACAAAA-AAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATAACACAAATAGTCATAA-TGA
452499 TTTGAACATGTTAGGTAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTTCAAATAAGCTTATAT
702 TTTGAACATGTTAGGTAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTTCAAATAAGCTTATAT
452564 GAGCTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
767 GAGCTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
452629 AATAATTATGACTAGTTGAACTTGTTCAAAA
832 AATAATTATGACTAGTTGAACTTGTTCAAAA
* *
452660 AACATATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATT-TTG
1 AACAAATTTATTTTTTAAATATTCAACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT-
* *
452724 TTA-ATCGAAATAAACATGTATG-ACAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAG-TCATACC
65 TTATATCG-AATAAACATGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAAC
* * * *
452786 AATTTGAAATAAACAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTG-ATATTGTTCAATAAATAGATTTA
128 AATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAT-TTGCTCAATAAACAAATTTA
* *
452850 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAA
192 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT--CTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCAAAA
* * ***
452914 TAAGCTTGTATGAACGA-AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATA
255 TAAGCTTGTATGAA-GAGAAAAAATCAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATA
* * * * *
452978 GATAATTGTCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTTTTTGACAAACAGATTCATTTTTTTAATCT
319 GATAACTATCAAAATAGTC--AATTA--TAAACTGTTTAGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCT
* *
453043 CTTAATTATTAATTTTCATAATGTTAATAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
380 CTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * *
453108 ATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAGGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGGTCAAA
445 ATAGAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAACATTTAAAATAGATAATTGGTCAAA
* * ** * *
453173 TAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAGGATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT
510 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAACAAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTCATTAATT
* * * *
453238 GTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGT
575 GTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGT
* *
453303 CTTATAACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACACAAATAGTCATAATGATTT
640 CTTATAACAAAAAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATAACACAAATAGTCATAATGATTT
*
453368 GAACTTGTT
705 GAACATGTT
453377 TGATAAACAA
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 100, Indels: 48
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
858 2 0.00
859 202 0.34
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861 2 0.00
862 1 0.00
863 2 0.00
865 3 0.01
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867 73 0.12
868 18 0.03
869 140 0.24
870 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (862 bp):
AACAAATTTATTTTTTAAATATTCAACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
TATATCGAATAAACATGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACAAT
TTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGCTCAATAAACAAATTTATTTT
TTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCAAAATAAGCT
TGTATGAAGAGAAAAAATCAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAACT
ATCAAAATAGTCAATTATAAACTGTTTAGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
ATTTTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAA
TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAACATTTAAAATAGATAATTGGTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTAGTTCAGTAACAAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTCATTAATTGTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTCATTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTCTTATAACAAA
AAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATAACACAAATAGTCATAATGATTTGAACATGTTAG
GTAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTTCAAATAAGCTTATATGAGCTAAAACAATT
GTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGACTA
GTTGAACTTGTTCAAAA
Found at i:453056 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 452547--453500 Score: 711
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 181
452537 TCTTTCTCAT
* * * * ** * ** **
452547 TTCAAATAAGCTTATATG-AGCTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGATGATTT
1 TTCAAATAAGCTTGTATGAATCGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * ** * *
452611 GAAATAGATAATTATTC-AAATAATTATGACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTT
66 GAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * **
452675 TAAATATTCTACTTATTAATTGT-TAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTA
130 AAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATT-TTA
* * * * * * * * *
452727 ATCGAAATAAACATGTATG-A-C-AGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATACCAAT
1 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATCGA-AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * ** * ** *
452789 TTGAAATAAACAATTTTTC-AAATAGTCATAAAGATTTGATA-TTGTTCAATAAATAGATTTATT
64 TTGAAATAGATAA-TTGTCAAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTTATTTGATAAACAGATTTATT
* *
452852 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
127 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
* ***
452907 TTCAAAATAAGCTTGTATGAA-CGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATT
1 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATCGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
452971 TCAAATAGATAATTGTCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTTTTTGACAAACAGATTCATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTCAAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTT
** * * * * * * * *
453036 TTAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATGTTAATAACTTAGCATTATTTTA
130 AAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
* * ** ** * *
453088 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG-AAATAATTTTTTTATGACAAAGGAAAATGTCATAACCATT
1 -TTCAAATAAGCTTGTATGAATCGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * ** *
453152 TGAAATAGATAATTGGTC-AAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCAGTAAGGATATTTATTT
65 TGAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTATTT
* * *
453215 TTAAAATTTTTTACTTATTAATTGT-TGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCA
128 TTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-A
* * * ** * *
453270 TTCGAATAAGCTTATATGAA-C-AAAAACTATTGTCTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACAATT
1 TTCAAATAAGCTTGTATGAATCGAAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
453332 TGAAATAAATAATT-ACACAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTT
65 TGAAATAGATAATTGTCA-AAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTT
*
453396 TAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
129 TAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
* * *
453449 TTCGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAA
1 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATCGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA
453501 AAGTTGTTCA
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 140, Indels: 50
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 5 0.01
180 271 0.45
181 313 0.51
182 18 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAAGCTTGTATGAATCGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
GAAATAGATAATTGTCAAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTA
AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
Found at i:453249 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 452671--453501 Score: 863
Period size: 362 Copynumber: 2.3 Consensus size: 360
452661 ACATATTTAT
* * * ** *
452671 TTTTTAAATAT-TC-TACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATCGAA
1 TTTTTAAA-ATCTCTTAATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGCATTATT-TTATTCGAA
* * * * *
452733 ATAAACATGTATG-ACAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATACCAATTTGAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATACCAATTTGAAATA
** * * *
452797 AACAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGATATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
129 AACAATTGGTCAAATAGTCATAAAGATTTGATATAGTTCAATAAAGAGATTTATTTTTAAAATCT
* *
452862 TTTACTTATTAATTGCCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGTATG
194 TTTACTTATTAATTG-CTTAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATTC-AAATAAGCTTATATG
* * * *** * *
452926 AACGAAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTCA-
257 AAC-AAAAACAATCATCTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATT-ACAC
* * *
452989 AAATAGTCAAAATTATTTAAACTTTTTTGACAAACAGATTCA
319 AAATAGTCAAAATGATTTAAACTTGTTTGACAAACAAATTCA
** * * *
453031 TTTTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATGTTAATAACTTAGCATTATTTTATTTC-AAA
1 TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAAA
* * * * *
453095 TAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAGGAAAATGTCATAACC-ATTTGAAATA
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCAT-ACCAATTTGAAATA
* * * ** * * * * *
453159 GATAATTGGTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAGGATATTTATTTTTAAAATTT
129 AACAATTGGTCAAATAGTCATAAAGATTTGATATAGTTCAATAAAGAGATTTATTTTTAAAATCT
*
453224 TTTACTTATTAATTG-TTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATTCGAATAAGCTTATATG
194 TTTACTTATTAATTGCTT--AATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATTCAAATAAGCTTATATG
* ** *
453288 AACAAAAACTATTGTCTTATAACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACACAAA
257 AACAAAAACAATCATCTTATAACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTACACAAA
* * * *
453353 TAGTCATAATGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA
322 TAGTCAAAATGATTTAAACTTGTTTGACAAACAAATTCA
* * * * * *
453392 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAAT
1 TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCGAAAT
* * * * *
453457 AAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAA
66 AAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAA
453502 AGTTGTTCAA
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 78, Indels: 24
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.01
360 15 0.04
361 174 0.46
362 182 0.48
363 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCGAAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAA
CAATTGGTCAAATAGTCATAAAGATTTGATATAGTTCAATAAAGAGATTTATTTTTAAAATCTTT
TACTTATTAATTGCTTAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATTCAAATAAGCTTATATGAACA
AAAACAATCATCTTATAACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTACACAAATAGT
CAAAATGATTTAAACTTGTTTGACAAACAAATTCA
Found at i:453669 original size:690 final size:685
Alignment explanation
Indices: 452838--454164 Score: 1467
Period size: 690 Copynumber: 1.9 Consensus size: 685
452828 TATTGTTCAA
* * * *
452838 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCTTAATATTAATAAATTTGTATTAT
1 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-CCTTAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** *
452903 TTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTG
65 TTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATG
* ** *
452968 ATTTCAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTTTTTGACAAACAGATTCAT
130 ATTTCAAATAGATAATTAGTC-AAATAGTCAAAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAGATTCAT
* * * * *
453032 TTTTTTAATCTCTTAATTATTAATT-TTCATAATGTTAATAACTTAGCATTATTTTATTTCAAAT
194 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATTCA-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATCCAAAT
*** * * * * *
453096 AAGCTTGTATGAATTGAAA-TAATTTTTTTATGACA-AAGGAAAATGTCATAACCATTTGAAATA
258 AAGCTTGTATGAACAAAAACT-ATTATTTTATAACAGAA-CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * ** *
453159 GATAATTGGTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAG-TAAGGATATTTATTTTTAAAATT
321 AATAATCGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTT-AGATAAACAGATTTATTTTTAAAA--
* * * * * *
453223 TTTTACTTATTAATTGTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATTC-GAATAAGCTTATAT
383 --TCACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAACAAACTTACAT
453287 GAACAAAAAC-TATTGTCTTATAACA-AAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTACA
445 GAACAAAAACAT-TTGTCTTATAACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGATAATTACA
* * * * * *
453349 CAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTA-TTTTTAAAATTTTTTACTTA
508 CAAATAGTCATAATGATTTAAACTGGTTAGATAAACAGAA-TTACTTTTT-AAATCTCTTACATA
* ** * *
453412 TTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAA
571 TTAATT-TCTTAATATGAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATAGAAAA
453477 AAATCATTTTATGATAAAACAAAAAAGTTGTTCAAATAGTAACTTGTTTCT
635 AAATCATTTTATGATAAAACAAAAAAGTTGTTCAAATAGTAACTTGTTTCT
* *
453528 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTAGAATATTAATAACTTAGTATTA
1 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTCCTT--AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
453592 TTTTATTTC-AAATAAGTTTATATGAACCGAAATGACT-TTTTTATGATAAAACAAAAAGCCATA
64 TTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAA-CGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGCCATA
* * ** * * ** * * *
453655 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAATCATATTT
127 ATGATTTCAAATAGATAATTAGTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAGATTC
* * * * * *
453720 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAA
192 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATTCAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATCCAAA
*
453785 TAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
257 TAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
* * * *
453850 ATAATCGCTTAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCC
322 ATAATCGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCAC
* * *
453915 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAGCAAACTTACATGAACAAA
387 TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTACATGAACAAA
* * * * * ***
453980 AACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTC
452 AACATTTGTCTTATAACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTACACAAATAGTC
* * * * *
454045 ATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAATTACTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTTA
517 ATAATGATTTAAACTGGTTAGATAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTCTTA
* * *
454110 GTATGAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATTGAAAAAA
582 ATATGAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATAGAAAAAA
454165 TTGTTTTATG
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 101, Indels: 34
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
685 4 0.01
686 121 0.23
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Consensus pattern (685 bp):
TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTCCTTAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCAAAATAAGCTTATATGAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATGA
TTTCAAATAGATAATTAGTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAGATTCATTT
TTTAAATCTCTTAATTATTAATTATTCAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATCCAAATAAG
CTTGTATGAACAAAAACTATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
TCGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCACTTAT
TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTACATGAACAAAAACA
TTTGTCTTATAACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTACACAAATAGTCATAA
TGATTTAAACTGGTTAGATAAACAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTCTTAATAT
GAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATA
AAACAAAAAAGTTGTTCAAATAGTAACTTGTTTCT
Found at i:453845 original size:181 final size:178
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* * * * *
453528 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTAT
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* * ** * * *
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63 TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACT-ACTTTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAAC
* * * *
453657 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
127 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * *
453709 TAATCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTGGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
453774 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTA-TTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAC
63 TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTT-TTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAAC
* ** * *
453838 AATTTGAAATAAATAATCGCTT-AAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
127 AATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
** *
453890 TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** ** * * * * * * *
453953 TATTCTGAGCAAACTTACATGAACAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCTA
65 TATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTT-TTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * * * *
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129 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * ** * * *
454067 TAAATAGAATTACTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* *
454131 TTTATTCCAAATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAA--A-TTGTTT-T-AT-G-ACAAAAA---A-A
63 TTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAA--CAAAAACTACTTTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATA
** *** * * *
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125 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * ** *
454237 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * * * * *
454302 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAGAACCAAAGGTTATAA
62 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTT-TTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAA
** * * * * ** * *
454366 TTATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGGTTTGG
126 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * * *
454419 TAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAAGAGATTAATAAGTTACTATTATTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * *
454482 TATTCTGAATAAACTTTGTAT-AATAAAAAAC-AATTGCTATAT-ATCCA-AACAAAATGTTATA
65 TATTCCAAATAAGC-TTATATGAA-CAAAAACTACTT-TTTTATGAT--AGAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * *
454543 ACAATTTAAAATAGATAATTATTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTA
125 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCG-A
* * * * * * * * * *
454599 AACCAATCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAACTTGTT--TCTT-AAATAGATTCATTTTTTAA
1 TA--AA-CAGAT---TTATTTTTTAAAT-TTTACTTATTAATTTTGAAAT--ATT-A----ATAA
** * ** * *** *** * * **
454661 ATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAT
52 AT-TAGT-ATTATT--TTATTCCAA-A-T-A-AGCTTA-TATGA-ACAAAAACTACT-TTTTTAT
** * ** * * * * *
454726 -AT-GAACCGAAA-TGAT-----TTT-TTAT-GATAA--A-ACAAAAAGCCATAACGATTTGAAA
106 GATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
454778 TAGATAATTATTCAAA
171 TAG-------TTC-GA
* * * * * *
454794 TAGTCATCACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATT
1 TA---AACA-GATTT-AT-T--TT--TTAA--AT-TTTACTTATT-AA---TTT--TGA--AA-T
* * * *
454859 ATTGAA-AATATTAATAAATTGGTATTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTA-TTA
44 ATT-AATAA-ATTAGT--A-T--TA-TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTTT
* * * *
454922 TTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATCTTG-AATA-A-AATATCGCTTAAAATAATCATAAC
101 TTTATGATAGAACAAAAAGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAAT-T--ATTCAAATAGTCATAAC
*
454984 TATTTGAACTAGTTTGA
162 TATTTGAACTAGTTCGA
* * *
455001 TAAACAGA-TTA-TTTTTAAA---T-CCTATTATTTTTGAAAATATTAATAGA-TAGTATTATTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
** ** * * * *
455059 TTATTCTGAGCAA-CTT-CATGAACAAAAAC-A-TTGTTTTATGACAAGAAC-AAAAGGCATAGC
64 TTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTT-TTTTATGA-TAGAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * * *
455119 TATTTGAAA-A-A-GATTGTTCAAAATAGTCATAATTATTT-AACTGGTTAGG
127 AATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * * * *
455168 TAAATAGA-TTA-CTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTT-TAGTATGAATAAATTCA-TTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* ** * *
455229 TTTATTCC-AATAAGCTTAGTGTGAATGAAAA--A--TTGTTATGACA-AA-AAAAA---AT---
63 TTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACTACTTTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAAC
* *** * * *
455281 GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TA
127 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * ** *
455332 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * * *
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62 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTT-TTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAA
* * * * * ** * *
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126 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * * *
455514 TAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAAGAGATTAATAAGTTACTATTATTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * *
455577 TATTCTGAATAAACTTTGTAT-AATAAAAAAC-AATTGCTATAT-ATCCA-AACAAAATGTTATA
65 TATTCCAAATAAGC-TTATATGAA-CAAAAACTACTT-TTTTATGAT--AGAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * *
455638 ACAATTTAAAATAGATAATTATTGAAATGGCCACAATTATTTGAACT-GATTTGG
125 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGA
* * *
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1 TAAA-CAGATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * *** * * * * *
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62 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTT-TTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * * *
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126 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * *
455873 TAAACTA-ATTTATTTTTTTAAACTATTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTC
1 TAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAA-TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * ** * * *
455937 TTTTATTTTAGATAAGCTTTTATAAACTGAAAC-AATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATA
62 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTT-TTTTATGAT-AGAACAAAAAGTCATA
** * * * * * * * *
456000 ATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTAATCACTATTTGAACTTGTTTGA
125 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * *
456054 TAAACAGATTTATTTTTTCAAACTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * *
456119 TTTATTTCGAATAAGATTGTAAGATATGAAACAAATA-TTTTCTA--ACTA-AATAAAAGGTTAG
63 TTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-A-CAAA-AACTACTTTTTTATGA-TAGAACAAAAAGTCAT
** * * * ** * *
456180 AATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGG
124 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * *
456235 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
456300 TTT-TAACTAAATAAGCTT-TATGATA-AGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCTTA
63 TTTAT-TCCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACTACTT-TTTTATGATAGAACAAAAAGTCATA
* * * ** * *
456360 ACGATTTG-GATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTC-A
125 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
*
456412 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * **
456476 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATA
62 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACTACTT-TTTTATGATAGAACAAAAAGTCATA
* * * *
456540 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTC-TTACTATTTGAA
125 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
456584 ATGGTTTAGC
Statistics
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ATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACTACTTTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
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453547 AATCTCTTAA
* * * * * ** * *
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** * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * **
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1 TTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTACATGAACAAA
* *
453803 AAC-TATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCGCTT-AAATAA
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* * *
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* * * ** *
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* * * * *
453980 AACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGT
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* * * * * *
454044 CATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAATTACTTTTTAAATC
129 CATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
454090 TCTTGCATAT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 53, Indels: 22
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 141 0.49
178 2 0.01
180 7 0.02
181 131 0.45
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAACAAACTTACATGAACAAA
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TAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
Found at i:454353 original size:352 final size:348
Alignment explanation
Indices: 453539--456590 Score: 1247
Period size: 359 Copynumber: 8.5 Consensus size: 348
453529 AAATAGATTC
* ** **
453539 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATA-ACTTAGTATTATTTTATTTCA
1 ATTTTTTAAATCTC-TCATTATTAATTTTTGA-AATATTTTTATA-TTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * *
453602 AATAAGTTTATATGAACCGAAATGACTT-TTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAA-TGATTTGAA
63 AATAAGCTTATATGAACAGAAAT-AATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA
* * * * * * *
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126 ATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAAT-A-AATTATTTTTTAA
* * * * * * * *
453729 ATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-G
189 ATCTCTTGC-TATTAATT-TTTAAGTATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAG
* ** * * * * *
453793 TATGAACAAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCGC
250 TATGAATAAAAAAAATT-GTTT-T-AT-G-ACAAAAA---A-AATAATTTGAAATAGATAA-AGA
* * * *
453858 TT-AAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAACAGATTT
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** * * **
453901 ATTTTTTAAATC-C-C-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAGC
1 ATTTTTTAAATCTCTCATTATTAATTTTTGAAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * *
453963 AAACTTACATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGA
66 AAGCTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGA
* * * * *
454028 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAATTACTTTTTAAATCTCT
131 CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCT
* * *
454093 TGCATATTAATTTTTTAGTATGAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATT
195 TGC-TATTAATTTTTAAGTATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTATGAATA
* * * *
454158 GAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCCTAACTA
258 AAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAATAATTTGAAATAGATAAAGATTCAAATAGTCCTAACTA
454223 TTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTT
323 TTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTT
*
454249 ATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTCA-TTATTAATTTTTGAAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * *
454314 TAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACCAAAGGTTATAATTATTTGAAGTAT
65 TAAGCTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAG
*
454379 ACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
130 ACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAAA-TTATTTTTTAAATCTC
* * * ** * *
454444 -T--TATTAATTTTTAAGAGATTAATAAGTTACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTTGTAT-AA
194 TTGCTATTAATTTTTAAG-TATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTCCAAAT-AAGTTAGTATGAA
* * * ** *
454505 TAAAAAACAATTGCTATATAT-CCAAACAAAATGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTGAA
256 TAAAAAA-AATTG-T-TTTATGACAAA-AAAA----AT---AATTTGAAATAGATAAAGATTCAA
* * * * * * **
454569 AT-GGCCACAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAACCAATCA
310 ATAGTCC-TAACTATTTGAACTAG-TTTAGCAAACAAATTT
* *** * * * * * * *
454608 AATAGATAATTGT-TCAAATAGTAACTTGTTTCTTAAATAGATTCATTT-T-TTAAATCTCTTAA
1 ATTTTTTAAATCTCTC-ATTATTAA--T-TTT-TGAAAT--ATT--TTTATATT--A-GTATT-A
* *
454670 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACCGA
53 TT-TT-A-TTTT-G-A-A-T-A-AGCTTA-TATGA----A---CAGA-AA---TA-AT-------
* * * * * *
454735 AATGATTTTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
89 --TG---TTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * * *
454800 TCACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCAT-ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGA
149 TAACTATTTAAACTGGTTTGGTAA--ATAAATTATTTTTTAAATCTCTTGC-TATTAATT-TT-T
* ** * * * ** *
454864 AAATATTAATAAATTGGTAT-TTTTAATCCAAATAAGCTT-GTATGAACAAAAACTATTATTTAT
209 AAGTATTAATAAATTATTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTATGAATAAAAAAAATTGTTT-T
* * ** * * * *
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* *
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* * * *
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** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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*
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* * * ** * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * ** *
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*
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*
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* * * * * * * *
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* * *
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*
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** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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*** * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * ** *
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** * * *
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*
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* *** *
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Statistics
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336 4 0.00
339 1 0.00
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTT
TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA
CTTGTATGAATAAGAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAGATCTATAACGATTTAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
Found at i:456793 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
456308 AAATAAGCTT
* * * * * * ** *
456318 TATGAT-AAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTG-GATTGATAATTG
1 TATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTA
* * **** * * * * * *
456380 CTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
66 TTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAAGGGTTTAGCAAATAGATTTACTTTTTAATTTTCTTAGTTA
* * * ** ** *
456445 TTAATTTTTGAAATATTAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
130 TTGAGTGTCAAAATATTAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAG
* *
456496 TATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
1 TATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTA
* ** * * * *
456561 TTCATATAGTCTTACTATTTGAAATGGTTTAGCAATTTGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTAT
66 TTCAAATAGTCAAACTATTTGAAAGGGTTTAGCAAATAGATTTACTTTTTAATTTTCTTAGTTAT
* * *
456626 TGAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAAATAG
131 TGAGTGTCAAAATATTA-AAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAG
* * * * * * * *
456677 TATGA-ATAGAACCAATTGTTTGT-TGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATAGATAATT
1 TATGATAAAAAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAAATAATT
* * *
456740 ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAA
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456794 ATCTCTTACT
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Consensus pattern (180 bp):
TATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTA
TTCAAATAGTCAAACTATTTGAAAGGGTTTAGCAAATAGATTTACTTTTTAATTTTCTTAGTTAT
TGAGTGTCAAAATATTAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAG
Found at i:457467 original size:654 final size:652
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Period size: 654 Copynumber: 2.0 Consensus size: 652
456145 TGAAACAAAT
* *
456155 ATTTTCTAACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTA
1 ATTTTCTAACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA
* * *
456220 TTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
66 TTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTAC-TACTAATTTTTGAAATATTA
* *
456285 TTAAATTAGTATTATTTTTAACTAAATAAGCTTTATGATAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
130 TTAAATTAATATTATTTTTAACTAAATAAGCTTTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
456350 AAAGATCTTAACGATTTGGATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCAGTA
195 AAAAATCATAAAGATTTGGATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGAA
* *
456415 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAATTAGTATTATTTT
260 AATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAGTAGTATTATTTT
* * *
456480 ATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACGAT
325 ATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* ** * *
456545 TTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTACTATTTGAAATGGTTTAGCAATTTGATTTATTTTT
390 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAAATGGTTTAGCAAATAGATTTATTTTT
* * * * * *** *
456610 TAATTTTCTTAGTTATTGAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAAAT
455 TAAATCTCTTAGTCATTAAGTGTCAAAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAAAT
* * * * *
456675 AGTATGAATAGAACCAATTGTTTGTTGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATAGATAATT
520 AGTATGAATAGAAACAATTGTTTGTTGACAAAACAAAAGGTAAGAATGAATTGAAATAGATAATT
* *** * ** *
456740 ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTACTG
585 ATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAAGGGTTCAATAAACACATTTACTTTTTAAAGCTCTTA-TG
456805 ATTA
649 ATTA
* * * * *
456809 ATTTTCTAAGTATTAATAGAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAAC
1 ATTTTCTAACTA--AATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
* * *
456874 TATTTGAACTAGTTTGGCAAATACATTTAATTTTTAAATCT-TT-C-ACTAATTTTTGGAATATT
64 TATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTACTACTAATTTTTGAAATATT
* * *
456936 ATTAAATTAATATTATTTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAA
129 ATTAAATTAATATTATTTTTAACT-AAATAAGCTT-TATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** *
457000 AACAAAAATCATAAAGATTTGAGAATT-ATATTTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT
192 AACAAAAATCATAAAGATTTG-G-ATTGATA-ATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAAT
* *
457064 TCAGAAAATA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGT
254 TCAGAAAATAGA-TTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAGTAGT
* * ** *
457127 ATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
317 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
457191 ATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTGAAATTTATTTGAACTTGTTT-GATAAATA
382 ATAACAA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAA-CTATTTGAAATGGTTTAG-CAAATA
* * ***
457254 GATTTATTTTATTTAAATCTCTT-GCTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTACAATTATTTT
444 GATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTAG-TCATTAAGTGTCAAAATATTAATAAATTACAATTATTTT
** * * *
457318 ATTCTGAATAAGGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTT-TATGA-ATAAACAAAAGGTAAGATT
506 ATTCTGAATAA-AATAGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTGT-TGACA-AAACAAAAGGTAAGAAT
* * * ** ** *
457380 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAATTAACACATTTA-
567 GAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAAGGGTTCAATAAACACATTTAC
457444 TTTTTCAAAGCTCTTAT
632 TTTTT-AAAGCTCTTAT
457461 TAATTTTTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (652 bp):
ATTTTCTAACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA
TTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTACTACTAATTTTTGAAATATTAT
TAAATTAATATTATTTTTAACTAAATAAGCTTTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAATCATAAAGATTTGGATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGAAA
ATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAGTAGTATTATTTTA
TTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAAATGGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTT
AAATCTCTTAGTCATTAAGTGTCAAAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAAATA
GTATGAATAGAAACAATTGTTTGTTGACAAAACAAAAGGTAAGAATGAATTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAAGGGTTCAATAAACACATTTACTTTTTAAAGCTCTTATGAT
TA
Found at i:458036 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 456836--465007 Score: 4351
Period size: 360 Copynumber: 22.6 Consensus size: 360
456826 AGAAGGTTAG
** * * * * *
456836 AATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* * * * *
456901 TAATTTTTAAATC-TTT-C--ACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTC-A
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA
* * * *
456961 AATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA-ATCATAAAGATTTGAGAA
130 AATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGA-AA
* * * * * * *
457025 T-TATATTTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAG-AAA-ATAACTTTA-GTTTTA
193 TAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT-A-TTTATTTTTTA
* * * * * *
457086 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTT
255 AATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* *
457151 TATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
319 TATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * *
457193 AACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTGA-AATTTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA
* * * **
457256 TTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTACAATTATTTTAT
64 TTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * **
457320 TCTGAATAAGGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTAAGATTGATT
126 TCTAAATAA-GCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAAAGATT
* * * * * * *
457384 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAATTAACACATTTATTTT
188 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACATATTTATTTT
* * * * * * * * * *
457448 TCAAAGCTCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCATAATAAGT
252 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGC
* * * *
457509 TTGTATGAATAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC-AAATATCAT
316 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * *
457553 AATAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGAT
* * ** * * *
457617 TTAATTCTTAAA---AGT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
** * * * *
457678 AATAATTTTGAATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAGATTTGAAAG
130 AATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAT
** * * *
457743 AGATAATAATTCAAATAGACATGAC-ATTTGAACTTGTTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATC
194 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
** * ** *
457807 TCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATTATATGA
259 TCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* *
457872 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGATCAA
324 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * * * * * *
457909 AATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGAACTCGTTTAGTAAACAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
*
457974 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* ** *
458038 AATAAGCTTTTATGAATGAAACAATTAGCTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACA-ATTTGAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAAT
* * * *
458102 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-
194 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * *
458166 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCAT
259 TCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * *
458230 GAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
322 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * *
458269 AATG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGATTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* * * *
458333 AATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATT-TC
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * *
458395 AAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAA
129 AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
* * * * *
458460 TA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAA
193 TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
458523 ATCTTTTACTTATTACTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGT
256 ATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* *
458587 ATGAATAGAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCAT
320 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * ** **
458628 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC----TTGGTCAGGTAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AAATAGAT
* * * *
458689 TTA----TTAGATGTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATATATTTGTATTATTTTATTC
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
458748 AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTTATAATGATTTC
128 TAAATAAGCTTGTATGAAT-G--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTG
* * * * * * *
458813 AAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTT-ATTCGTTAAACAAATTCATTTTTT
190 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTT
* * * * * **
458877 AAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTGATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
254 AAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* ** *** * *
458942 ATATGAACCGAAATGTTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
318 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
458985 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGA-ATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA-ATAGAT
* * * * * * *
459049 TTATGTTTTAAAGT-TTTTAGTTATTACTTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCC
65 TTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
459113 AAATAAGATTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACATAATAAAAAGTCATAACA-ATTTGAA
129 AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAA
* * * * * ***
459177 ATAAATAAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-G-ATAA-ATATTAATAAATTAG
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA-AACATATTTATTTTTTA-
* * * *** ** * * ** * *
459239 TATTATTTTA-TT-TTGAA-CAAACTTATATTAACAAA-AAAAATTGTTTTATTACAAAATAAAA
255 -AATCTCTTACTTATT-AATTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT---A
** * * * ** ** ** *
459300 AG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-T-A-AATAGTTATAATTAT-TT
313 AGCTTGT-ATGAATAGAAACA-ATTGTT-TTATGACAA-A-ACA-AAAGATCAT
* * * * * * * **
459349 AAACTGGTTTTGTAAATAGAATTATT-TTCTAAAT-CTCTTATAAATTTTTGAA-AT-ATTAATA
1 -AA-T-GATTTG-AAATAG-ATAATTATTC-AAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * *
459410 AATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAAT-TTCTACAAGCTAAAATAATT-ATTTTATGACAA-AA
58 AA-TAGATTTATT-T-TT-----TAAATCTT-T--TA-CT----T-ATTAATTTT-TGA-AATAT
* * * ** * * * * **** **
459472 CAA-AAGGTCA-TAACAATTTAAGT-TAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGT
104 TAATAA-ATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAA--G--C-T-T-GTATGAA-TGAAACAATTATT
* ** ** ** ** *
459534 TTA-G-C-AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCATAATAT-TACTAAAAT
159 TTATGACAAAACA-A--AAGGTCATAAAGAT-TT-G--A--AA--TAGATAAT-TGT--TCAAAT
** * *
459595 AGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAACTATTTTATTATAGAATAAAA
210 AGTCA-TA-ACTATTT-G---AA-CTTGT-T---TAGTAAAC-A-TA-TTTATT-T---TTTAAA
* * ** **
459658 TGT-TATAACAATATGAAATCGATAATTGTTCA-AATAGTT-AT-AACT-GT-TTGAACTGGTTT
257 TCTCT-T-AC--T-T---AT---TAATT-TT-AGAATA-TTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTT
* * *** * *
459717 GGTAAA-AAGATT-TATTTTTTAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAATG-TAAT
307 --CAAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * * * * * * * *
459771 AATAATTTGAAATAAATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTTATTTAGTCAATTGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* * * * * * * **
459836 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTTGG
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * *
459901 ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATT
131 ATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATA
* * * * * * **
459965 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTATTCAATAAACACATTTATCTTTTCGAATC
195 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATC
* * * * *
460030 TCTTGCTTATTAATTTATGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAAT-AGACATGTA
259 TCTTACTTATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTA
* * * * * *
460093 TAAACT-GAAACAATTATTATAAGACTAAATA-AAAAG-TTAG
321 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGATCAT
* * * ** * *
460133 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAATATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* * * * * *
460198 TATTTTTTAAATC---T-CTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TTCCAT
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * * *
460257 ATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAAGATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAT
131 ATAAGCTTGTATGAAT-GAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAT
* ** * * * ** *
460320 TGATGTTTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAAACA-ACTTTA-GTTTTAAA
194 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACATA-TTTATTTTTTAAA
* ** * * * *
460383 TCTTTTGTTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTTT
257 TCTCTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* *
460447 ATGAA-ATGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCAT
320 ATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * *
460488 AACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTAAACTTGTTTGATAAATAAAT
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-
* * * * * * ** *
460552 TTATATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTTATTTTTCAAATGTTAATAAATTACAATTATTTTATTT
64 TT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
460617 TGAATAAGTTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
128 TAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA
* * * * ** * *
460682 ATAGATAATTGTT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAA
192 ATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * ** * *
460746 AGCTCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTA-GTCTGAATAAGCTTGT
256 ATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT
* * *
460807 ATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAACA-A-CAT
320 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCAT
* * * * * * *
460847 AACGATTTGAGATATATAATCATTTAAATAGTAATAACTATTTAAAC-TGTTTCGGTAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAATAGAT
* * ** * *
460911 TTAGTATTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
** * * *
460971 AATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA-TTTTGAAA
130 AATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAA
* ** * * * * ** * *
461035 TAGATAATTATTCATGTAGAT-ATGACTTTTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
193 TAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * ** * *
461099 TCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCA
257 TCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
*
461164 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCAT
321 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * ***
461204 AACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAACTATTAGAACTTGCCCGGTAAATAGA
1 AA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA
* * * * *
461267 TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATTA-CTTATTTT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** *
461330 GAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAA
129 AAATA-AGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA
* * * * ** * *
461394 ATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTAAAAGTATTCA-TAAAACATATTTTATTTTTTT
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT-AAACATA-TTTA--TTTTT
* * * *
461458 TAAAAT-T-TTAATTTATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAT-A
253 T-AAATCTCTT-ACTTATTA-ATTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
461519 GCTT-TATGAATAGAAATAATTATTTTATG----TACAAAATATCAT
314 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * *
461561 AATGATTTGAAATAGAAAATTATTTATATAGCCA-AAATAATTGAACTTGTTTTGGT-AATAAAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAT-AGA
* **
461624 TTTATTTTTTAAAATCTCTTACGCATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTA-TTTATTT
64 TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * * *
461687 TTGAATTAGGCCTATAATGAACT-AATATAATTTGTTTTATGA-ATGAAATAAAAGGTCAATAAC
127 CT-AAATAAGCTTGT-ATGAA-TGAA-ACAA-TTATTTTATGACA--AAACAAAAGGTC-ATAA-
* * * *** * * *
461750 A-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTATGACTATCAAAACCTTATTCAATTTAAACAT
183 AGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTTGTT-TA-GTAAACAT
** * * * * *
461814 ATTT-CCTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
243 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * **
461878 CGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATAATGAAACAAACA-AGTCAT
307 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGA-TCAT
* * * * * * * * *
461932 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATTTATTCGGTAAACATAGT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* * * *
461997 TATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-G
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCT
* * * **
462060 AAATAAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAA
129 AAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
* * * * * * * * *
462125 TAGGTAATTGTTCAAATAATCGTAATTATTTTAACTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAAT
193 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
* ** ** *
462190 CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGCTA-TTCGGAATAAGCTTGTA
258 CTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA
* * * *
462254 TGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAGAAGGTCAT
321 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * *** ** *
462294 AACGATTTGAAATAG--------------A-T-ATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGAT
* * ** * *
462342 TCATTTTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCC
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
** * * * * * *
462406 AAATAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTAAAA
129 AAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
* * * ** * * * * *
462471 TAAATAATTATTCAAATTGTTGTAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATATTTTAAAT
193 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
462536 CTCTTA---A-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAACAAACTTATAT
258 CTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
462597 GAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTTAT
322 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * * *
462636 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACAGCCTTTACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA-ATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* * * * * *
462700 T-TTTTTAAAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTT
66 TATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
462763 GAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTATATAACAAAAGAAAAGGT-TTAATGATTTGAA
129 AAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA
* * * ** * *
462826 ATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTCCTTAACAGATTTATTTTTTAAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** * *
462891 TCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCGGATAGGCTTATA
257 TCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * *
462956 TG-ATGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGTTCAT
321 TGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * * * * *
462996 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCGCCACAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAATTGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGAT
*** * * * * * * *
463060 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * * *
463125 GATAAGCTTTTATGAATTGAAACAAATATTTTATTATAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAT
* * *
463190 TGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT
194 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAAT
* * * * * * * * *
463255 TTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTAT
258 CTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * *
463320 GAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-AGTCAA
322 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * * * * ** * *
463359 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTC-TAAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT
* * * * ** ** *
463423 TTACTTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTACCAATATTTTACTT-
65 TTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * * * * *
463486 TGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AATGGTCATAATGATTTGAG
128 TAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA
* * * * * *
463550 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAACTAGTTTGGTTAACAGATTTAGTTTTTAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * **
463614 A--TC-T-CTTATTAA-TTT----T-TGAA-ACATTAGTATTATGTTATTAT-GAATAATATTGT
256 ATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGT
* * * * * *
463667 ATGAATAAAAATAATTTTTTTACGACCAAAC-AAAGTGTCAT
320 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-ATCAT
** * * * * * * * *
463708 AATGATTTGAAATAGATAA-TAGTAAAAATGGAT-GTGATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA
* * *** * * * *
463771 TTAATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTT-ATTATATTAATAAATTAGCATTCTTTTATT-
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * * *
463833 TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAATTTATAATGATTTC
128 T-AAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTG
* * * * * * *
463898 AAATAAATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTT-AACTTGTCTGGTAAACAAATTTA-TTTTTA
190 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * *
463961 AATATTTTACTTATTAACTTTT-GAAAATTTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-GAATAAGCT
255 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCT
* *
464024 TGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAGGGTCAT
317 TGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * ** * *
464068 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-AGTCATAAAT-TTTTAAC-AGTTAAGAAAACA-ATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* * * *
464129 TATTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAA-TTCTAAAATATTAATAAATTTA-TAATTATTTTATTCG
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** * * * * **
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129 AAATAAGCTTGTATGAATGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
* * * * ** * *
464252 TAGGTAATTGTT-TAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GATAAACAGATTCCTTTTTCAAT
193 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * **
464315 TTTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTCATA
257 TCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * *
464380 TGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCAT
321 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
464420 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
* ** ** * *
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66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * *
464550 ATAAGTTTGAATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATA-AGTTGAAAT
131 ATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAAT
* * * * **
464614 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
194 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* *
464679 T-TTGACTAATTAATTATCT-TAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTG
259 TCTT-ACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * ** * **
464740 TATTAACT-GAAA-AATTGTTTTATGGCAAGTCAAAAGGTTTT
319 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * ** * * * *
464781 AAAGCTTCT-AAATAGGCAATTGTTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGAT
1 AATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT
* *
464845 TTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
65 TTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
464908 TTAAATAAGCTTATATGAACTGTAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCA-AAATAATTTG
127 CTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTG
* * * *
464972 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGA
190 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
465008 GCTGAT
Statistics
Matches: 6008, Mismatches: 1345, Indels: 919
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 84 0.01
343 3 0.00
345 7 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
ATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:458054 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 456836--459218 Score: 1923
Period size: 180 Copynumber: 13.3 Consensus size: 182
456826 AGAAGGTTAG
** * * * * * * *
456836 AATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATT
* * * * *
456901 TAATTTTTAAATC-TTT-C--ACTAATTTTT-GGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTC-
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT
* * * *
456960 AAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA-ATCAT
130 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * *
457012 AAAGATTTGAGAAT-TATATTTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGAAAATAAC
1 AATGATTTGA-AATAGATA-ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAA
* * * * *
457076 TTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
457138 TCAAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
129 T-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
457193 AACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTGA-AATTTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAG
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAA
* * * * **
457255 ATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTACAATTATTTTA
63 ATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
457319 TTCTGAATAAGGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTAAG
126 TTCTGAATAA-GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
457377 ATTGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAATTAACACAT
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * ** *
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* * * * * * *
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*** * *
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** * * * *
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* ** * * *
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* * *
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131 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
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*
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* * * *
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130 -GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * *
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** * ** * * *
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* * * *
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** * * * *
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128 CTGAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAAT
* * * * * * * * *
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* ** *** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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** * * ** *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
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Statistics
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* * * * * *
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* **
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* * **
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* * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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** * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * **
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** * * *** * * *
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** * * * * ** * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * ** * *
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*** **
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* * * *
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* * * * *** * * *
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** * * ** * *
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* * * * **
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446 CATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT-GA
* *
461172 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATA
510 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-A
* * * * * * * **** * *
461205 ACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAACTATTAGAACTTGCCCGGTAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACACAT
* * * * * ***
461268 TTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATTA-CTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCA
* ** *
461331 AATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAA
130 AATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTGAA
* * * * ** *
461394 ATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTAAAAGTA-TTCATAAAACATATTTTATTTTTTT
192 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACA-A-TTTA---TTTT
* * * * *
461458 TAAAAT-TTTAATTTATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAAT-AGC
252 T-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGC
* * * *
461521 TT-TATGAATAGAAATAATTATTTTATGTAC--AA-AATA--TCATAATGATTTGAAATAGAAAA
316 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
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380 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-ATTGGTAA-ACAGATTAATTTTTT-AAATCTCT
* * * * *
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* *
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503 GAACTGAA-ACAA-TTGTTTTATGACA--AAACAAAAGGTCAA
** * * * *** * *
461746 TAACAATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTATGACTATCAAAACCTTA-TTCAATTTAA
1 -AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG-TCATAACTATTTGAA-C-TAGTT-TA-GTAA
* ** * * ** *
461810 ACATATTT-CCTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
59 ACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * ** **
461874 AATTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATAATGAAACAAACAAGTCATAATGAT
124 AATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AA-TCATAACAAT
* * * * * *
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187 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACA-ATTTA-TT
* * * * *
462002 TTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAA
250 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAA
* * * ** *
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314 GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *
462131 ATTGTTCAAATAATCGTAATTATTTTAACTTG-TTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT
379 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-GGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTA
* * ** ** *** *
462195 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGCTATTCGGAATAAGCTTGTATGAA-T
443 ACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT
* * * *
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508 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
* * * * ** ** *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACACATT
* * ** * *
462343 CATTTTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCA
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** * * ** * *
462407 AATAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTAAAAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AATCATAACAATTTGAAAT
* ** * ** *
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194 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAAC-AATTTAT-TTTTAAAT
* ** * * ** * * *
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257 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
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322 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * * * *
462662 TACAGCCTTTACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA-ATT--TTTTTTAAAAATCTTTTAGTTATT
387 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAGATTAATTTTTT--AAATCTCTAACTCATT
* * * * * * *
462724 AATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATA
450 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAAC-TGAAACA
* * * **
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514 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
* * * * ** * *
462815 AATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTCCTTAACAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACACATT
** * * * **
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66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * * * * *
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131 ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * **
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194 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGA-AAA-CAATTTA-TTTTTAAA
*** * * * * * *** *
463072 TCTCCAACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
256 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
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321 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * ** *
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386 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-GGTAAACAGATTAATTTTTT-AAATCTCTAACTCAT
* * * * ** * * *
463266 TAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAACA
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* * *
463331 ATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAA
514 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
* * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAC
* * * * ** ** * *
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63 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
*** * * *** ** *
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127 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATTTGAA
* * * ** **
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192 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTAGTTCAGAAAACA-ATTTA-TTTTTA
* * * *
463613 AATC---T-CTTATTAATTTTTGAAACATTAGT--A-TTATGTTA--TTA-TGAATAAT-A--TT
254 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAA-AATAAGCTT
* * * * * * *
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318 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAAAGATTTGAAATAGATAATT
** * * * * * * * *
463729 GTAAAAATGGAT-GTGATTATTTGAACTT-ATTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAAGTCTCCAAC
382 GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGA-TTGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTAAC
** * * ** * *
463792 TCATTAA-TTTTATTATATTAATAAATTAGCATTCTTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAG
445 TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT-G
* ** * *
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* * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACACATT
* * * * ***
463953 TA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAACTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCA
** *
464016 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAA
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AATCATAACAATTTGAAA
* * * *
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193 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACAATTTA-TTTTTAAAT
* * * ** **
464141 -TTTAACTTATTAA-TTCTAAAATATTAATAAATTTATAATTATTTTATTCGAAATAAGCTTACA
257 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAT-ATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTA
* * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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515 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
* * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACACAT
* ** ** **
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* * * * * *
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130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACAATTTGAAAT
** * * *
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* * **
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* * * ** ** * **
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* * * * * * ** *
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383 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTGGTAAACAGA-TTAATTTTTTAAATCTCTAACTC
* * * *
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* *
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512 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
* * *
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TATGACAAAACAAAAGGTCAA
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*
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Found at i:459343 original size:537 final size:530
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* * * *
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** * ** * * * *
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* ** ** * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * **
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** * * * *
458114 AAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATT
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*** * * * *** *
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** * * * * *
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* * *
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497 CATAACTATTTAAACATGATTGGTAAACAAATTA
* * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTTTTTATTTCAAAT
* * *
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* *
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* *
458529 TACTTATTACTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA
196 TACTTATTACTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTAATCCAAATAAGATTGTATGAACA
* * *
458594 GAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
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* * * * * * ****
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* ***** **
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* *
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* *
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* * * * **
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* *** * *
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* * * * *
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* ** **
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* *
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** ** *
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*
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* * *** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * *
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1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
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* * * * * *
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1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
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* * * * ** *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * *
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* *
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* * ** ** ** *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
Found at i:461491 original size:23 final size:22
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461437 TAAAACATAT
*
461447 TTTATTTTTTTTAAAATTTTAA
1 TTTATTTTTTTTAAAATATTAA
**
461469 TTTATTATTTTTTGGAATATTAA
1 TTTATT-TTTTTTAAAATATTAA
461492 T
1 T
461493 AAATTTATAT
Statistics
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TTTATTTTTTTTAAAATATTAA
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462160 TTGTTCAATA
*
462170 AACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGC
1 AACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGC
** ** * * *
462235 TATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAGAA-GGTCATAACGA
66 TATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AATGGTCATAACGA
*
462299 TTTGAAATAGATATAACTATTTGCATTGGTCAAGCC
130 TTTAAAATAGATATAACTATTTGCATTGGTCAAGCC
* **
462335 AACAGATTCA-TTTTCTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTAT
1 AACAGATTCAGTTTT-TAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTAT
** *
462398 TTTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACG
64 GCTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACG
462463 ATTTAAAATA
129 ATTTAAAATA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGC
TATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGAT
TTAAAATAGATATAACTATTTGCATTGGTCAAGCC
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459823 TAGTCAATTG
* * * * * **
459833 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAA-GTAGT-ATTATTTTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTTAC
* * * *
459896 TTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
64 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-T-TTTATAACAAAACAAAAGG-CATAATGATTTG
* * * ** * * *
459960 AAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTA-TTCAATAAACACATTTATCTTTT
125 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATTAACAGATTAAT-TTTT
* * * ** * *
460024 CGAATCTCTTGCTTATTAATTTATGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGAC
188 --AATATC-TACTCATTAATTT-TTAAATATTAATAAA-TAGTATTA-TTTATT-AGAATAAG-C
* * * * * * * *
460088 ATGTATAAACT-GAAACAATTATTATAAGACTAAATA-AAAAGT-T-AGAATGATTTGAAATAGA
245 TTATATGAA-TAAAAACAATTTTTTTATGAC-AAA-AGAAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
460149 TAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTC-AGCAAATATATTTATTTTTTAAATC
307 TAA-TAGTTCAAATAGT-ATGATTATTTGAACTTA-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* ** * * * * *
460211 TCTC-ACT-A--ATTTTTGGAATATTATTAAATT---AGTATTTTTTTTCCATATAAGCTTGTAT
368 TC-CAACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCGA-ATAAACTTGTAT
* * * * * * * ** ** *
460269 G-ATAAAAAAAGATTGTTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATTGATGTTTGTTC
431 GAATAGAAACA-ATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTC
* * *** * * * **
460332 AAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTTTTGTTTATT
495 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
** * * * * *
460396 AATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTTTATGAAATGAAACAA
559 AATTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAA
* *
460461 TT-GTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
622 TTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGTC-TA
** * * * *
460524 TCTATTTAAACTTGTTTGATAAATAA
683 AATATTTGAACTAGTTAGA-AAA-CA
* * * * *
460550 ATTTATATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTTATTTTTCAAATGTTAATAAA-TTAC-AATTATTTT
1 A-TT-TATTTTTTAAATCT-TTACTTA-TTAATTTTAAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTT
* * * * *
460613 ATTTTGAATAAGTTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAACGAT
62 ACTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA---TTTTATAACAAAACAAAAGG-CATAATGAT
* * * ** ** * *
460677 TTGAAATAGATAATTGTT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACACATTTATTT
122 TTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATTAACAGATTAATTT
* * * **
460741 TTCAA-AGCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTAGTCT-GAATAAGC
186 TT-AATATCTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TAGTATTA-TTTA-T-TAGAATAAGC
* * * * * * * *
460803 TTGTATGAA-AAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAACA---ACATAACGATTTGAGATATAT
245 TTATATGAATAA-AAACAATTTTTTTATGACAAAAGAAA-AGTGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * *
460864 AATCA-TTTAAATAGTAATAACTATTTAAACTGT-TTCGGTAAATAGATTTAGTATTTAAATCT-
308 AAT-AGTTCAAATAGT-ATGATTATTTGAACT-TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * ** *
460926 ---CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA
370 CAACTCATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
* * * * **
460987 TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTCATG
434 TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTAAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * * ** *
461051 TAGAT-ATGACTTTTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAT
498 TAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAAT
* * * * *
461115 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATT-
562 TTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTA
* * * * *
461179 GTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAACT
625 G-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA-AAGTC-TAAAT
* * *** * *
461243 ATTAGAACTTGCCCGGTAAATA
686 ATTTGAACTAG-TTAGAAAACA
** * *
461265 GATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-CTAGC--ATTA-CTT
1 -ATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTTA-CTAATTATTTT
* * *
461325 ATTTTGAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTAT
62 ACTTTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAA-T--TTTATAACAAAACAAAAGG-CATAATGAT
* * * * * * * *
461389 TTAAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTT-AA-AAGTATTCATAAAACATATTTTAT
122 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTGAT-TAACAGA--TTA-
* * * * * * * *
461452 TTTTTTTAAAATTTTAATTTATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA
182 -ATTTTTAATA-TCT-ACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAA--TAGTATTA-TTTATTAGAA
* * * *
461516 -ATAGCTT-TATGAATAGAAATAATTATTTTATGTAC-----AAAA-TATCATAATGATTTGAAA
240 TA-AGCTTATATGAATAAAAACAATTTTTTTATG-ACAAAAGAAAAGTGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
461573 TAGAAAATTA-TTTATATAGCCA-AAATAATTGAACTTGTTTTGGTAATA-AAATTTATTTTTTA
303 TAGATAA-TAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAACTT-ATTCGATAA-ACAAATTTATTTTTT-
** * * ** * **
461635 AAATCTCTTACGCATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTTGAATTAGGC
363 AAATCTCCAACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTA-TTTCGAA-TAAAC
* * * * * * * * ** *
461698 CTATAATGAACTA-ATATAATTTGTTTTATGAATGAAATAAAAGGTCAATAACAATTTTGAAATA
425 TTGT-ATGAA-TAGAAACAA-TTATTTTATG-ATAAAACAAAAAGTC-ATAATGA-TTTAAAATA
* * * *** * ** * **
461762 GATAATTATTCAAATAGTTTATGACTATCAAAACCTTATTCAATTTAAACATATTT-CCTTTTAA
484 AATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTTGTTC--GGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
461826 ATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGT
545 ATATTTTACTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGT
* * * * ** * * *
461891 ATGAACAAAAAAATTATTTTATAATGAAACAAACAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
609 ATGAATAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
461956 CAAATAGTC-ACAACTATTTGAATTTA-TTCGGTAAACA
673 CAAA-AGTCTA-AA-TATTTGAA-CTAGTT-AGAAAACA
* * * *
461993 TAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCT-GAATATTAATAAATTT-GT-ATTATTTT
1 -ATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTT
* * * * * **
462055 A-ATTGAAATAAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGAT
62 ACTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACA--ATTTTATAACAAAACAAAAGG-CATAATGAT
* * * * * * ** * *
462119 TTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATCGTAATTATTTTAACTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTT
122 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATTAACAGA-TTAATTT
* * ** * *
462184 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATGCTATTCGGAATAAGC
186 TT-AATATC-TACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TAGTATTAT-TTATT-AGAATAAGC
* * * * * * *
462249 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAGAAG-GTCATAACGATTTGAAATAG---A
245 TTATATGAATAAAAACAATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * ** * * *
462310 TA--T-AACTA-TTTG--CA-TTG--GTCA--AG-CCAACAGATTCATTTTCTAAA--TCCATTA
310 TAGTTCAAATAGTATGATTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCA--A
* * * * * * *
462361 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAG
373 CTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAG
* * * ** * *
462426 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGT
437 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGT
** * * * * * * *
462491 TGTAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATATTTT-AA-A-TCT-CTTAATAATTTTCA
502 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTGA
* * * * * * *
462552 AAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAA-ACATTTGTTTT
567 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-ATTAG-TTT
* * * * * * *
462616 ATGACAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATACAGCCTTTACTATTTGA
629 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAAGTC-TAAATATTTGA
* * *
462681 ACTGGTTTGGCAAACA
692 ACTAG-TTAGAAAACA
* * * * * *
462697 ATTT-TTTTTAAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGA-TTAGT-ATTATTTTA
1 ATTTATTTTT-TAAATC-TTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTTA
* * * * * **
462759 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTATATAACAAAAGAAAAGGTTTAATGATTTG
63 CTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-T-TT-TATAACAAAACAAAAGGCATAATGATTTG
* * ** *
462824 AAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTCCTTAACAGATTTATTTTTTA
125 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATTAACAGA-TTAATTTTT-
* * * *
462889 AATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCGGATAGGCTTA
188 AATAT-CTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TAGTATTATTT-ATT-AGAATAAGCTTA
* ** *
462954 TATG-ATGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGT-TCATAACAATTTGAAATAGATAATT
248 TATGAAT-AAAAACAATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATA
* * ** * ***
463017 GTTCAAATCGCCACAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
312 GTTCAAATAG-TATGATTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-T
* * * * * * * *
463082 C-TCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAA
375 CATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
* * * * * ** *
463146 ACAAATATTTTATTATAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCA
439 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * ***
463211 TAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTG
504 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATATTTTACTTATTAATTTTGAA
* * * *
463276 AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTAT
568 AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTAGTTTAT
* * * * *
463341 GACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTAAACTATTTGAAC
631 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAAAGTCTAAA-TATTTGAAC
*
463406 TAGTTCGACAAACA
694 TAGTTAGA-AAACA
* * * * *
463420 CATTTACTTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTAGAATATT-ATTAGTTTACCAA-TATTTTA
1 -ATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTTA
* *
463483 CTTTGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AATGGTCATAATGATTT
63 CTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA---TTTTATAACAAAACAAAAGG-CATAATGATTT
* * * *
463547 GAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAACTAGTTTGGTTAACAGATTTAGTTTT
124 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTGATTAACAGA-TTAATTTT
* * * ** *
463611 TAA-ATCT-CTTATTAATTTTTGAA-A--CAT---TAGTATTATGTTATTATGAATAATATTGTA
187 TAATATCTACTCATTAATTTTTAAATATTAATAAATAGTATTAT-TTATTA-GAATAAGCTTATA
* * * * *
463668 TGAATAAAAATAATTTTTTTACGACCAAA-CAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTA
250 TGAATAAAAACAATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTT
* * * * * *
463732 AAAATGGATGTGATTATTTGAACTTATT-TAGTAAACAAATTAATTTTTTAAGTCTCCAACTCAT
315 CAAATAG-TATGATTATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCAT
** * *
463796 TAATTTTATTATATTAATAAATTAGCATTCTTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
378 TAATTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * *
463861 TTATTTTATGACAAAAACAAAAATTTATAATGATTTCAAATAAATAACTATTCAAATAGTTATAA
443 TTATTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
463926 CTATTT-AACTTG-TCTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAACTTTTGAAAA
507 CTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGAAAA
*
463988 T-TTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
570 TATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTAGTTTATGA
* * *
464052 CAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAGTCATAAAT-TTTTAAC-AG
633 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGTC-TAAATATTTGAACTAG
464115 TTAAGAAAACA
697 TT-AGAAAACA
*
464126 ATTTATTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAATTCTAAAATATTAATAAATTTA-TAATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTTACT
* ** * * *
464188 TCGAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTTTA-AGATAAAACAAAAGGCCATAAT-TTTTGAA
65 TTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTATA-ACAAAACAAAAGG-CATAATGATTTGAA
* * * **
464251 ATAGGTAATTGTT-TAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAGATTCCTTTTTCAA
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATTAACAGATTAATTTTT-AA
* *
464314 TTTTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTACTTCA-AATAAGCTCA
190 -TATC-TACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT-AGTATTA-TTTA-TT-AGAATAAGCTTA
* *
464378 TATGAACT-AAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
248 TATGAA-TAAAAACAATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-T
* * * ***
464441 A-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
311 AGTTCAAATAGT-ATGATTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * * * ** *
464505 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTA-ATCTGAATAAGTTTGAATGAATAGA
375 CATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAGA
* * * **
464569 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
438 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * ***
464634 ATAACGATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTGACTAATTAATTATCTT
503 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTGAA
* * *
464699 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATTAACTGAAA-AATT-GTTTTA
568 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTAG-TTTA
* ** ** * * ** * * *
464762 TGGCAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGGCAATTGTTCAAATTGTAATAACTATTTGA
630 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGT-CTAAATATTTGA
* * *
464826 ACTTGTTTGATAAATA
692 ACTAGTTAGA-AAACA
* ** * * *
464842 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TTAGT-ATTAATTT
1 -ATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTT
* * * * * * * * *
464905 ATTTTAAATAAGCTTATATGAACT-GTAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATAAT
62 ACTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA---TTTTATAACAAAACAAAAGG-CATAATGAT
* * * *
464969 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGA
122 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
465008 GCTGAT
Statistics
Matches: 3490, Mismatches: 705, Indels: 519
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
699 7 0.00
700 33 0.01
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708 19 0.01
709 113 0.03
710 28 0.01
711 116 0.03
712 430 0.12
713 212 0.06
714 217 0.06
715 139 0.04
716 225 0.06
717 72 0.02
718 201 0.06
719 168 0.05
720 127 0.04
721 13 0.00
722 39 0.01
723 149 0.04
724 155 0.04
725 49 0.01
726 21 0.01
727 73 0.02
728 130 0.04
729 84 0.02
730 84 0.02
731 9 0.00
732 3 0.00
733 22 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (706 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTACTAATTATTTTACTT
TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTATAACAAAACAAAAGGCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATTAACAGATTAATTTTTAATATCTA
CTCATTAATTTTTAAATATTAATAAATAGTATTATTTATTAGAATAAGCTTATATGAATAAAAAC
AATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTATG
ATTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTAAAATA
TTAATAAATTAACATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATA
AAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGTCTAAATATTTGAACTAGTTAGAAAACA
Done.