Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168105.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_350, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1631 ATAGTCATAA
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1 CTATTTGAATAATTAT
*
1657 CTATTT-CA-AATCTCAT
1 CTATTTGAATAAT-T-AT
1673 AACTATTTGAATAATTAT
1 --CTATTTGAATAATTAT
1691 CTATTT
1 CTATTT
1697 CAAATTGCTA
Statistics
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CTATTTGAATAATTAT
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1616 AATGAACAAG
*
1626 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1661 TTCAAAT-CTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
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1 TTCAAAT
1702 TGCTATGACC
Statistics
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0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 33 0.82
35 7 0.17
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Consensus pattern (35 bp):
TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
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1664 AAATCTCATA
* * * * * * * *
1674 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTATTGTTTCGTCATAAAACAACTATAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
1739 -TAGTTCACATAGGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA
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* * * * *
1803 GTAAAAGATTTAAAATATGAATGTGTTTACCAGACAAGTTCAAATGGTTATG
129 GT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
1855 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAA-CGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATGAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
1918 ATGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAA
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
1981 GCAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACATA-TTCAAATAGTTATA
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* *
2032 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
2097 CTATTCATACAAGTGTATTTGAAAT-AAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAGT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * *
2161 TAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCATATCA-TTATG
130 TAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * * *
2212 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *** *
2277 CTATTCATACAAGTT-TAGTCAGATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAG
66 CTATTCATACAAGTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* *
2341 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCT-TTTACCGAAA-AAGTTTAAATAGATT-TG
129 GTA-AAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAG-TTATG
*
2393 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
2457 T-TAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TCTA-TTCAT-ACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * *
2521 AGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
128 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
2574 ACTATTTGAAGAAATATCAATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATATGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGT
* * * * * *
2636 TTTTGA-TCATATAAGCTTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
64 TTCT-ATTCATACAAG-TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * *
2699 TAAG---AGATTTAAAAAATTAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
126 TAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
2750 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTCTGACCTTTTGTTTAGTTATACAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
2815 CAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
2880 CATGAGATTTGAAAATATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
130 TA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
2932 AATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCA-TT-TGACCATTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
2995 T-TAGTTCATA-AAATCATATCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
65 TCTA-TTCATACAAGTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* *
3058 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAATTATG
128 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
3111 GCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
3175 T-TCA-ACATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAATA
65 TCT-ATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
*
3238 AG---AGATTTAAAAAATATATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
3287 ACTATATGAATAATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** *
3352 CTATCCATACAAACTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAAC
66 CTATTCATAC-AAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * ** * * * *
3416 TAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACTAGTTTAAACAGTTA-A
130 TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
3466 ACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-ATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
3529 -TAGCTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTTATAA
66 CTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * ** ** * *
3592 ATAAGGGATTT-AGAAAT-AAT-TGTGTTACTAAATTAGTTTGAATAATTATA
129 GTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
3642 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATTG--CTTTATGTTTTGTCATAAAATAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
3705 TTTTGTTAATATAAGTTTATTCGAAAGAAAATAACACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAAT
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT
* * * * * * * * *
3769 CAGTAAGAGAATTAAAAAGTAAATTTGCTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
3823 ACTATTTGAATAATTATCTA-TTCTAATCA-TTATAACATTTTAG-TATGTCATCAAACAATTGG
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * *** *
3885 TTCTATTCATACTATTTTATTT-AGAATAAAATAACATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAT
64 TTCTATTCATAC-AAGTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
** * * ** * * *
3949 AACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
** ** * *
4003 ACTACATGAATGATTATCTATGTT-AAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * **
4067 T-TATTCATACAAGCTTATTAGGATTTAAATAATACTAATTCAATAATGTTTTAAAAATTAATAA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
4131 GT-AAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTAAG
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
4180 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * *
4245 C-AGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTA
66 CTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TA
** * * * *
4309 CAAAAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATT
128 -AGTAA-AGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
4364 ACTATTT-AAGTAATTGTCTATTT-AAATCGTTATAACACTATTTGAGTAATTGTCTATTTAAAA
1 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-CT-TTT--GT-TTTGTC-A--TAAAA
* * * ** * *
4427 TC-ATTATAATCACTTGATTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGCACAAATTTAA-ACAAAATA
57 -CAATTGT--T-TC-T-A-T-TCAT---ACAA--G-TT-A-TTTG---AAATAAAATA-ATACTA
** * * ** *
4490 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTTGGAATTAATAAGT-AAGAATTT-AAAAATAAATTTGTT
102 ATTTATTAAT-A-TT-CCAA-A-------AATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * *
4553 TA-C-AA-TAG-TAATAATAATTATG
155 TACCAAACAAGTTCA-AATAGTTATG
* * * * * * * *
4575 GC-ATTCGAAAAATT-T-TATTTTAAAT-TTTATGAGCTTATTGTTTTGGCATAAAAAATATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT
* * *
4636 TT-TA-TCATACAAGCTA-TTGAAATAAAATACA-A-TAATTTTTTAATATT-GAAAAATT-AT-
64 TTCTATTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * *
4693 AGTTAAGACATTTAAAAAATAATAT-TGTTTA--TAA-TAGTTCAAATAGTTA-G
128 AG-TAA-AGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
4743 ACTATAT-AACAATT-TCAATCTCAAATTGTTAAGA-C--TTGTTTTGTAATTAAACATATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTT
* * * * * *
4803 TTTAATACAT--AACTTA-TTCAAAT-AAA-AATA--AAATTATTTATTATTCC-AAAATTAATA
65 TCT-ATTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTCCAAAAATTAATA
* ** * * **
4860 AG---AG-TTT-AAAAA-AAAT-TAGTCTT-GCGGA-TAGTATCAAATAATTAAA
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GT-TTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATG
* * * * * ** * * *
4906 ACCA-TTGAATAATAAT-TATTATTAGAACT-GTTTTGA--TATTTGTTAAGTCAAAAAATAGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATT-TCA-AA-TAGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA--A
* * * * * * ***
4966 TATGTTGTC-ATATCGTTACAAGCTTATTCGAAATAACATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAA
60 T-TGTT-TCTAT-TC-ATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* ** ** * *
5030 AATTAAAAAAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATA
120 AATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
5091 ATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGACATATAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *** * * **
5156 CAATTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
5221 T-AAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATG
130 TAAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
5272 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
5337 C-AGTTCCTATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 CTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * ** * *
5400 GT---GATTT-AAAAGTGAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATC
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
5447 ACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
5512 -TATATCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT-CTCTCAAAAATTAAT
66 CTAT-TCATACAAG-TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAAT
* *
5574 AAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAAT-TGTTTACTGAATCAA-TTCAAATAGTTATG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
5625 ACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAA
1 ACTATTTGAACAA-T-TAT-C-T-ATTTCAAATAGTT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * ** * * *
5690 AATAATTATTTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
55 AACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * ** * * * *
5755 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAG
119 AAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
5817 ACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT-TTATAAAATAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
5881 CGATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAA
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
5945 G---AGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATG
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
5993 ACTATTTGAATAA-T-TCTATTTCAAA-ATGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-TGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
6052 TTTGTTCATATAAGTT-TGTTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTACAAAAATTCATA
65 TCTATTCATACAAGTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * *
6116 AG---AGATTTTAAAAATAAATCTTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATA
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *** * *
6165 ACTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTCCATTATAAAACAATAGTT
1 ACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *** *
6229 TCTATTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * * *
6293 ATTAAAAAATTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATG
128 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
6346 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGT
* ** * * *
6408 TTC-AGTTCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAAT
64 TTCTA-TTCATACAA-GTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * ** * *
6472 AATTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * *
6526 ACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-
* * * * * * * * *
6589 ATCTATTTATACAAGCCTATTTCAGATAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATTAA
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAA
* *
6652 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCAAA-AAGTTCAAATCGTTATG
126 TAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
6706 ACTATTTGAAC-A--A-CGA--T----TA-TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ***
6760 CTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT--TTGAATT-ATAA
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
6821 GCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACAATTTCAAATAGTCATG
129 G-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
6873 ACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA-TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
6937 TC-AGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG
65 TCTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
** * * *
7001 AGTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATG
128 AGTAA-AGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
7055 ACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * *
7119 TT-TGTTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTT-AT
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * **
7181 AAGCGAAA-ATTTGAAAAATGAATTTTTTTATTAAACACA-TTCAAATAGTTATG
127 AAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
7234 ACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
7299 CTATTCATGCAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * *
7363 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATG
130 -TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
7414 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
7478 TCTATTCATAAAAGTATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
65 TCTATTCATACAAGT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
7543 GTTAGAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
129 G-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
7595 TCTATTTGAACTATCATCTATTTCGAACT-GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCA
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-
* * * * *
7659 ATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACCAATTTATTACT
58 A--ATT----GT--TT-CTATTCATAC-AAGTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * *
7723 ATTTCAAAAATTAATAAG----GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATT
112 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
*
7784 AAG
177 ATG
* ** * * * *
7787 CCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * *
7851 T-TAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAA
65 TCT-AT-TCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAA
* * *
7913 TAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
126 TAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * **
7967 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTA-TTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *** * * * * *
8031 TTC-AGTGCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTC-AAATTTGAT
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* * * *
8093 AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTTTG
127 AAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCA-AA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * *
8147 GCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** * ** *
8211 TTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATA
65 TCT-ATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* ** ** * *
8275 AGTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATG
128 AGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
8328 ACTATTTG---AATTATATATTTCAAAT--TTATAAGC--TTGTTATATCAT-AAACAATT-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * *
8384 TTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAAC
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * ** *
8449 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTGGTTCAAATAGTTAAG
130 TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
8500 ACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
8565 C-AGTTTTTAGTAACTTATTT-AGAGTAAAA-AA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTA
66 CTA-TTCATA-CAAGTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * *
8626 AG---AGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
8675 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* * * * ** *
8738 TT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAAGA
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * *
8801 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATA
128 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
8854 ACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * ** *
8917 TTCTATTCAT--AAGTCTTATTCG-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTTAAAAATTAAA
64 TTCTATTCATACAAG--TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * ** * *
8979 AAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTATG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ***
9033 ACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
9098 CTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * **
9163 CAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
130 TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
9214 ATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
9279 TTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATG
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * **
9342 AGTAAA-AATTAAAAAA-AAGT-T-TTT--TGAACACA-TTCAAATAGTT-TG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * *
9387 ACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT
* * * * * *
9452 TCTGTTCATACAAGCCTGTTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * *
9517 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCAACTTCAAATAGTTATG
129 GT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** *
9569 ATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
9634 CTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAGG
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* *
9698 TAGGAGATTTAAAAAATAAATC--TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
130 TA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
9747 TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * ***
9811 CTATTTGTGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
66 CTATTCATAC-AAGTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * **
9875 G---AGATTTAAAAACTAAATATGTTTATGGAAACAA-TTCAAATAGTTATG
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
9923 ATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATTATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTT
* * * * * *
9987 TCTTTTTATACAAGTT-TATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TA
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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10162 C-AGTTCATACAAGCTTA-CTCAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATG
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* **
10224 AGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TG
128 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * ** * *
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* * * *
10382 CAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGC-ACCAA-TTCAAATAGTTATG
126 TAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
10433 ACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTG-
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
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64 TTCTATTCATACAAGTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * ** * * * *
10548 AG---AGATTTAAAAAA-ATATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
10596 ACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
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* * * *
10723 AAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
127 AAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *** * * * *
10843 T-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
65 TCTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
** *
10907 AG---AGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAATTATG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * **
11017 TTTTAAAT-ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAAT
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* ** * *
11081 AAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATG
127 AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
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* ** * *
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11376 -TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
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* * *
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* * * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
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* * *
11618 G---AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTG
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* * * * * * *
11666 ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
11731 CTATTCCTACAGGCTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAA
66 CTATTCATACAAG-TTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
11795 CTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAG
129 GTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * * *
11847 ACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
11912 C-AGCTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTC-AAAATT--T
66 CTA--TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAAT
* * * * * ** *
11971 -TGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATTGAACCAA-TTCAAAT-GATTATG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* *
12024 ACTATTTGAACAATTATCAATTTTAAAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
12052 CATTATTACT
Statistics
Matches: 7980, Mismatches: 1650, Indels: 1138
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
151 1 0.00
152 1 0.00
153 2 0.00
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155 6 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
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CTATTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
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Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 42.9 Consensus size: 360
1664 AAATCTCATA
* * * * * * *
1674 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTATTGTTTCGTCATAAAACAACTATAT
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* * * * *
1739 TAGTTCACATAGGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
65 TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
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129 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
1869 TATCTA-TTCAAA-CGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATGAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGC
194 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * *
1932 TTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGCAA-AAATTTAA
259 TTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
1993 AAAATAAATTTGTTT-TCTAAACATA-TTCAAATAGTTATA
322 AAAATAAATTTGTTTACCGAAA-A-AGTTCAAATAGTTATG
* * *
2032 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
2097 CTA-TTCATACAAG-TGTATTTGAAAT-AAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
65 -TAGTTCATACAAGCT-TA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
2159 AGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCATATCA-TTATGACTATTTGAA
127 AGCAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
2222 CAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTTCTATTCATAC
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* * * * * * *
2287 AAGTTTAGTCAGATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT
255 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* *
2352 AAAAAATAAATCCT-TTTACCGAAAAAGTTTAAATAGATT-TG
320 AAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAG-TTATG
2393 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
2458 TAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 TAGTTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
2523 CAAAAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAA
129 CAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
2587 ATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATATGTTTTTGA-TCATATA
193 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATACA
* * *
2649 AGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
256 AGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
2709 AAAAAATTAATGTGTTTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAG
320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
2750 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTCTGACCTTTTGTTTAGTTATACAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
2815 CAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
65 TAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
** * * * * *
2879 GCATGAGATTTGAAAATATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACA
128 GCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
2944 ATTATTTATTTAAAATCATT-TGACCATTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTTT-TAGTTCATAAA
192 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * * * *
3007 ATCATATCCA-AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTA
256 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** *
3071 AAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTATG
321 AAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** *
3111 GCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
3176 TCA--ACATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAATAA
65 T-AGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
3239 G----AGATTTAAAAAATATATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAATA
128 GCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
3299 ATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAA
192 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
3364 ACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAA
257 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * ** * * *
3428 AAAATAAATCTGTTTGCTGAACTAGTTTAAACAGTTA-A
322 AAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
3466 ACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-ATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
3529 TAGCTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTTATAAA
65 TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * ** ** * * *
3593 TAAGGGATTT-AGAAAT-AAT-TGTGTTACTAAATTAGTTTGAATAATTATAACTATTTGAATAA
129 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
3655 TTATTTATTTCAAATCGTTATTG--CTTTATGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATA
193 TTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
3718 AGTTTATTC-GAAAGAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGAAT
256 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
3781 TAAAAAGTAAATTTGCTTATC-AAACCATTTCAAATAGTTTTG
319 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * *
3823 ACTATTTGAATAATTATCTATTCT-AATCATTATAACATTTTAG-TATGTCATCAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * ** * * * * ** *
3886 TCTA-TTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAACATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATA
63 TTTAGTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * * **
3950 ACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTACATGAA
127 AGCAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
** * * *
4013 TGATTATCTATGTT-AAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TATTCATA
190 CAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * *
4076 CAAGCTTATT-AGGATTTAAATAATACTAATTCAATAATGTTTTAAAAATTAATAAGT-A-AGAT
254 CAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
4138 TT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTAAG
318 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
4180 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
4245 CAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATTA
65 TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-TA
* * * * *
4309 CA-AAAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATTACTATTT-A
127 -AGCAAA-AGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
4372 AGTAATTGTCTATTT-AAATCGTTATAACACTATTTGAGTAATTGTCTATTTAAAATC-ATTATA
189 A-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CT-TTT--GT-TTTGTC-A--TAAAA-CAATTGT-
* * *
4435 ATCACTTGATTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGCACAAATTTAAACAAAATAAAATAATATT
243 -T-TC-T-A-T-TCAT---ACAA--G---C--TT-------A-TT---CAGAATAAAATAATACT
*** *
4500 AATTTATTAATATTTTTGGAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-C--AATA
281 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAA
* *
4560 G-TAATAATAATTATG
346 GTTCA-AATAGTTATG
* * * * * *
4575 GC-ATTCGAAAAATT-T-TATTTTAAATT-TTATGAGCTTATTGTTTTGGCATAAAAAATATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT
* *
4636 TTTA--TCATACAAGC-TATTGAAATAAAATACA-A-TAATTTTTTAATA-TTGAAAAATT-AT-
63 TTTAGTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
4693 AGTTAAGACATTTAAAAAATAATAT-TGTTTA--TAA-TAGTTCAAATAGTTA-GACTATAT-AA
127 AG-CAAAAGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
4752 CAATT-TCAATCTCAAATTGTTAAGA-C--TTGTTTTGTAATTAAACATATTG-TT-T-TTAATA
190 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATA
* * *
4810 CATAACTTATTCA-AAT-AAA-AATA--AAATTATT--TATTATTCCAAAA-T--TAA-TAAGAG
254 CA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * **
4864 -TTT-AAAAA-AAATTAGTCTT-GCG-GATAGTATCAAATAATTAAA
316 ATTTAAAAAATAAATTTGT-TTACCGAAAAAGT-TCAAATAGTTATG
* * * * * ** * * *
4906 ACCA-TTGAATAATAAT-TATTATTAGAACTGTTTTGA--TATTTGTTAAGTCAAAAAATAGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-T-TTA-AATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA--AT
* * * * * * **
4967 ATGTTGTCA-TATCGTTACAAGCTTATTCGAAATAACATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAA
60 -TGTT-TTAGT-TC-ATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
** ** * * *
5031 ATTAA-AAAAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAATTA
120 ATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
5095 TTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGACATATAACAATTGTTTCAAT
184 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * *
5160 TCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
249 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
5225 AG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAA-TTCAAATAGTTATG
314 AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
5272 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
5337 CAGTTCCTATAAGCTTATTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-
65 TAGTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
* * * * ** * * * * *
5401 ---TGATTT-AAAAGTGAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATCACCATTTCAATAATT
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
5462 ATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TATATCATACAAGC
195 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGC
* * * *
5526 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
259 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* *
5590 AA-AAA-TTGTTTACTGAATCAA-TTCAAATAGTTATG
324 AATAAATTTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
5625 ACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAA
1 ACTATTTGAACAA-T-TAT-C-T-ATTTAAATT-GTT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
5690 AATAATT-ATTTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCA
54 AACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * ** * * * *
5754 AAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAGA
117 AAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
5818 CTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT-TTATAAAATAATTTTTTC
181 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
5882 GATTCATACTAGCTTATT-TGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTACAAAAA-T--TAA
246 TATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* ** * *
5942 -TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATG
309 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
5993 ACTATTTGAATAA-T-TCTATTTCAAAATGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-TGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
6053 TTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTACAAAAATTCATAAG
65 TAGTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
6118 ----AGATTTTAAAAATAAATCTTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAAT
129 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *** * *
6179 TAAT-TATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTCCATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAG
194 T-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * * * *
6243 CTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAATTAAAAAATTTAAA
258 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
6308 ACATAAATATGTTTACC-AAACTAGATCAAATAGTCATG
323 AAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
6346 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTT
* * * * * * * *
6409 TCAGTTCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAA
64 TTAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * * ** * * *
6474 TTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAA
128 GCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
** * * * * *
6539 TTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TCATCTATTTATACA
193 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-TTCTATTCATACA
* * * * ** *
6602 AGCCTATTTCAG-ATAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATTAATAAGTAAAAGAT
256 AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
6664 TTAAAAAATAAATCTGTTCACC-AAAAAGTTCAAATCGTTATG
318 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
6706 ACTATTTGAAC-A--A-CGA-TT--A---TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * **
6761 T-GTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--TGAATT-ATAAG
65 TAGTTCATACAAGCTTATTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
6822 CAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
129 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
6887 TATCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTAACATAAG
194 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* ** * **
6951 CTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAG
258 CTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-
* * * *
7015 AAAAATGAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATG
321 AAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
7055 ACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * * *
7120 TT-GTTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTT-ATA
64 TTAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * **
7182 AGCGAAA-ATTTGAAAAATGAATTTTTTTATTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
127 AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
7245 AGTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATGCA
191 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * * *
7310 AGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA
256 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
**
7374 AAAAATAAATCTT-TTTACC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATG
321 AAAAATAAAT-TTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
7414 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
7479 CTA-TTCATAAAAG-TATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT
65 -TAGTTCATACAAGCT-TA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
** * * * * * *
7541 AAGTTAGAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAAC
126 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
7606 TATCATCTATTTCGAA-CTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTATTCAAAA
191 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--ATT----G
* ** * * * *
7670 TAATTGGTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T
242 T--TT-CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * ** * *
7734 --TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTAAG
304 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* ** ** * * * *
7787 CCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
7852 TAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATA
65 TAGT-TCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA
*
7915 AGCAAGAA-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
127 AGCAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * ** *
7978 AATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTC-AGTGCATA
191 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * * * * * *
8042 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATA-TTTCAAATTTGATAAGTTAGAGATT
254 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * *
8105 TAAAAAATAAATTAGTTTATAGAATCAA-TTCAAATAATTTTG
319 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** ** * * *
8147 GCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * ** * * *
8212 TTCATCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAAG
65 TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** ** ** * *
8277 TAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG---AA
129 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
8338 TTATATATTTCAAAT--TTATAAGC--TTGTTATATCAT-AAACAATT-TTTTTGTTCATAAAAG
193 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * *
8397 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
258 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * ** *
8462 AAATAAATGTATTTACC-AAACTGGTTCAAATAGTTAAG
323 AAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
8500 ACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * *
8564 TCAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGAGTAAAA-AA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTA
65 T-AGTTCATA-CAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
8626 AG----AGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
127 AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
8686 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATAT
191 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAC
* ** * * *
8749 AAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTT
255 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
8813 AAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACCAGTTGAATTAGTTATA
320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
8854 ACTATTTGAACCATTATTTACTTTAAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
8918 TCTA-TTCAT--AAGTCTTATTCG-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTTAAAAATTAAA
64 T-TAGTTCATACAAG-CTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* ** * * ** * * *
8979 AAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAA
126 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *** *
9043 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTAC
190 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * ** *
9108 AAGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
255 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
9172 TAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
319 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
9214 ATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT
* *
9279 TTA-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAAT
64 TTAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** *
9341 GAGTAAAA-A-TTAAAAAA-AAGT-T-TTT--TGAACACA-TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAT
126 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
9397 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGTTTCTGTTCATA
190 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATA
* * * ** * *
9462 CAAGCCTGT-TTGA-AATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGA
254 CAAG-CT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
9525 TTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAACTTCAAATAGTTATG
317 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** *
9569 ATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
9634 CTA-TTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAG
65 -TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * *
9697 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATC--TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAA
128 GCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * ** * *
9760 TTATCTATTTAAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAA
193 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
9824 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAA
258 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * **
9885 AACTAAATATGTTTATGGAAACAA-TTCAAATAGTTATG
323 AAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * * * *
9923 ATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATTATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTT
* * * * * * * *
9987 TCT-TTTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-
64 T-TAGTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
10050 ----AAAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGC
127 AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
10108 AATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAC
191 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * *
10172 AAGCTTACTCA-AACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-T
255 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* **
10234 T-AAAAA-AAA--TGTTTATC-AAACAAGTTGTAATAGATT-TG
319 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAG-TTATG
* ** *
10272 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A----TT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** *
10332 T-GTT--T-C-AG-----T----TCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGC
65 TAGTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
* * * *
10383 AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGC-ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
10446 ATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTG----------T-CA
193 TTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
10498 AGGTT-TTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
256 AGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** *** *
10556 AAAAAA-ATATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * * * * *
10596 ACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
10661 CAGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA
65 TAGTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * *
10725 GCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
128 GCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
10790 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAA
192 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
10854 AAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATA-TTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTT
255 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
*** *
10915 AAAAAATAAATCAATTTACC-AAAATAGTTCAAATAATTATG
320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAA-AGTTCAAATAGTTATG
* * ** * ** * * * ** *
10956 GCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCATTATTG-CTTTTTATTTTGTCTTAAAA-TTTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * **
11019 TTAAAT-ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAA
64 TTAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * *
11083 G----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
128 GCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
11144 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC-AG
193 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
** * * *
11208 AAATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
258 -CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * *
11271 AAAAATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAG
321 AAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
11311 AGTATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
11376 TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
65 TAGTTCATACAAGCTTAT--TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
11441 G----GGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATC-GACATAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGA
128 GCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACA-AGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGA
* * * * * * * *
11498 ACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACAT
189 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAT
* * * * *
11562 TCAAGCTTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGA
253 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
11622 TTTAAAAAGTAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTTTG
317 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
11666 ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
11731 CTA-TTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTA-TTCTAAAAATTAATA
65 -TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * * ** *
11794 A-CTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTACATGTAC
127 AGC-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
11858 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATA
191 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATA
* * * * *
11921 CAAGCTTATTC-GAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATT--T-TGTAAGAGAT
254 CAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** *
11981 TTAGAAAATAATTTTATTTATTGAACCAA-TTCAAAT-GATTATG
318 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAG-TTATG
* ** * * * * *
12024 ACTATTTGAACAATTATCAATTTTAAATCATTATTA-CTAATTTATTAATAT-TTAGAAAATTAA
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGACCT--TTTGTT--T-TGTCATAAAA-CAA
** *** * * *** ** ** **
12087 TCAATAAGAGATTTA-AAAAGAAAATCT-ATTTACCAAACCATTTTAAATAGTT-TTAACTATTT
59 T-TGTTTTAG-TTCATACAAGCTTAT-TGAAATA--AAATAATACT-AAT--TTATTAA-TATTT
* * * ** ** **** * * * * * **
12149 GAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTG-TCATCAAACAATTGGTTCTGTTG
115 CAAAAATTA-ATA-AGCAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA---GTTC---AA
* ** * * * * * * * ******
12213 ATA-CTAT-TTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAAT-ATTTTGAAACTTAATAACCAA
171 ATAGTTATGACTATTTG--A-ACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCGTTATG-ACCTT--TTGTTTT
** *** * ** * * ** *
12275 GAAAATTAAAA-AA-TAAATCTAAT-AGCCAAAC-AAGTTCA-AAT-AGTTAAGACTAAATGAAT
227 G-TCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AAT---T
* * * * ** ** * * *
12334 GATTATTTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTG-GTTTCTCGTAAAATAATTATTTTGTTT---G
285 TATTA-ATATTTTAAA-AATTAAT-A-AGTAAGAG-AT-T--TAAAA-AATAAATTTGTTTACCG
* * * ** **
12394 TACAAGCTTATTCGAATTAAAATAAC
341 AAAAAG----TTC-AAAT-AGTTATG
* * ** * ** ** **
12420 ACTAATTT-AATAA-TAGTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCA-AA
1 ACT-ATTTGAACAATTA--TC-TATTTAAAT---TG--TTATGACCT---TTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * ** ** * * ** *
12481 TCAGCTCAAATGGTTAAG-ACTATTAGAATAATTATCT-ATTTCAAATTATTTTGACCTTT-TGT
54 --A--ACAATTGTTTTAGTTC-A-TACAA-GCTTAT-TGAAATAAAATAATACT-A-ATTTAT-T
* * * ** * * *
12543 -TTAGTCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTA-
108 AATA-T-TTCAAA-AATTAATA-AG--CA-A-AAG---ATTTA-AA-AAATAAAT-CT-GTTTAC
** * * ** * * *
12606 TTAAC-A-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAATAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGT
158 CAAACAAGTTCAAATAGTT-AT--G--A-CTATTTGA-ACAAT-TATCTA-TT-TCAAATC--GT
* * * ** ** * * *
12668 TCA--A---ATAGTTATT-ACAATTTGAACAATTGCCTATT-TAGAAGCTTTAAAACCTT-TTGA
211 T-ATGACCTTTTGTT-TTGTC-A-TAAAACAATTG--T-TTCT--ATTC-ATACAAGCTTATT--
* * ** * * * * * * **
12725 CTTGCCATAAAATAATTTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTA
264 C-AG-AATAAAATAA-TACT-AATTTAT-TAA---TATTT--TA-AAAATTA-AT-AA-GTAAGA
* * *** *
12790 -ATATTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAATAAGTTCAAATC
315 GAT-TTAA-AAAATAAATT--T----G-TTT-ACCGA-AAA-A-GTT--CAAAT-AGTT---ATG
* ** * * * * * *
12854 ATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAA
1 ACTAT---T-TGA-A-CAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** ** *
12919 TTG-TTTATGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAAT
59 TTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
12983 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT
122 TAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
13048 GAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTC
187 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
** * * *
13112 ATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGA
251 ATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * * *
13176 AAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATG
315 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *** * * *
13222 ACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* ** * * *
13287 CT-GTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATA
64 TTAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * ** ** * * * *
13350 AG-TTAA-ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTTCTTAACTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAAC
127 AGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
13413 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATGCATAC
191 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
13477 AAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTT
255 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
13542 AAAAAATAAATTTGTTTACC-AGACAAGTTTAAATAGTTATA
320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGA-AAAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * *
13583 ACTATTTGAACAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * **
13648 TCTA-TTGATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATA--AAATAAAATTAAT
64 T-TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* **** * * * * * *
13710 GAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAA
126 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA
* * * * * *
13774 CTATTATCTATTTCAGATCATTATGACAC-TTTGTTTGGTCGTAAAACAA-TGATTTTTATTCAT
190 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCAT
** *
13837 ACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
253 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
13898 TTAAAAACTAAATTTGTTAACC-AAACTAGTTTAAATTA-TTATG
318 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAA-TAGTTATG
* ** * * *
13941 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** ** * *
14005 CTA-TCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGGTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAA
65 -TAGTTCATACAAGCTTATTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *** * * * *
14068 GCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACA
128 GCAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
14133 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACA
192 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * ** * * *
14197 TGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTT
256 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
*
14261 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAA-TTCAAATAGTTATG
319 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * *
14303 ACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATAATAAAACATTTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * ** * * *
14368 CAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTCCTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAG
65 TAGTTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
**** ** * * * * * *
14433 TTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAA
129 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
14497 TTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAA
193 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA
* * * * * *
14561 GCCTATTCGGAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAA
257 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
14626 AAAATAAATTT-TTTA-AGCAAACTAGTTCAAATAGTTATA
322 AAAATAAATTTGTTTACCG-AAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * *
14665 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATT-ATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
14729 TATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATA
65 TA-GTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
14793 A-CTAAGAGATTTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAA
127 AGC-AAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
14855 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
190 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** *
14920 AAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AT---TAAGAGATTT
255 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * **
14981 AAAATATAAATTTGTTTACC-AAACTAGTTCAATTAGTTACA
320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
15022 ACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * *
15087 CTA-TTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
65 -TAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * ** ** *
15150 AG-TAACGAATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAA-TGT-AAATAGTTAT-ATCTATTTG
127 AGCAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGT-TCAAATAGTTATGA-CTATTTG
* * *
15211 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCAT
188 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * *
15276 ACAAGCTTATTCAGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
253 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * * * *
15341 TTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTAAAACAATTACG
318 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
15384 ATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
15449 CTA-TTCAGACAACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGATAATTAATA
65 -TAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA
** * * ** * * *
15512 AATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACA
127 AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
15577 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACA
192 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
15641 AGCTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTT
256 AGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * *** * **
15705 TAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTTGATAGTCACA
320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
15811 AAGTTCATATACGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATGAG
65 TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
15876 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCCAATTGTTATG-CTTATATAAATAA
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* * * ** * * * * **
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** *
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* * * * *
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320 AAAAAAT-AAATTTG-TTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * * **
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1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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320 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
** * * *
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1 A-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * **
16531 TCTA-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
64 T-TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
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** * *
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190 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * *
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* * *** * * *
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319 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
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1 ACTATT-TGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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TAAATTTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
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* *
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*
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TAATCACTATTTAAGTAATTGTCTATTTAAAATCATTA
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*
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* * * * * ** *
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* * *
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*
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* * * *
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* *
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Found at i:9091 original size:533 final size:537
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* *** * * * * *
1677 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTATTGTTTCGTCATAAAACAACT-ATATTA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
1931 CTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGCAA-AAATTTA
255 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
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318 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * *
2056 AAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTTGAA
382 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATCTAAA
* * * * * *
2120 ATAAATAATAA-TATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAA-TC
446 ATAAA-AA-AACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTAAG---AGA-TTTAAAAAATAAATTA
* * * *
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505 TGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * *
2215 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-CTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-
* * * * * * * *
2278 TATTCATACAAGTTTAGTCAGATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGT
64 TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAA-AAGT
* * * ** * *
2343 AGGAGATTTAAAAAATAAATCCT-TTTACCGAAAAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAA
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* *
2406 TTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAA
190 TTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAA
** * * * * * * *
2469 AACTTA-TCTGAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
253 GTCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
2532 TAAAAACTAAAGTTGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATATCAATCT
316 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * *
2597 CAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATATGTTTTTGA-TCATATAAGCTTATTCG
381 AAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TC-
* * * * * * * *
2659 GATAAA-AATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAA-TG
442 TA-AAATAAAAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA
* * * * *
2721 TGTTTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
505 TGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * *** * * * * * *
2753 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTCTGACCTTTTGTTTAGTTATACAATAATTG-TTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-T
* * * * *
2817 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCA
65 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAA-AAGTA
* * * * * * *
2882 TGAGATTTGAAAATATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTAAACAAT
128 AGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
2946 TATTTATTTAAAATCATT-TGACCATTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTTT-TAGTTCATAAAAT
191 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAGT
* * * * * *
3009 CATA-TCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAA
255 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
3072 AAAATAAATTAGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCA
319 AAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * * * * * *
3136 AATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCA-ACATACAAGTTTATTTAAAA
383 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATCTAAAA
* * * * * *
3199 TAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-AAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATA-TCTGTT
447 TAAAA-AA-ACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTT
* * *
3262 TACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACT
509 TACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * * * ** * * *
3290 ATATGAATAATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTG-TTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-T
* * * * * * *
3354 ATCCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTA
65 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAA-AAGTA
* * * * * * * *
3418 AGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACTAGTTTAAACAGTTA-AACTATATGAATAATTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
3482 TTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-ATT-TAGCTCATACAAG-A
193 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGTC
* * * * * * *
3543 TTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTT-TTAATATT-TCAAAAATTTATAAATAAGGGATTT-AG
256 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** ** * * * * *
3605 AAAT-AA-TTGTGTTACTAAATTAGTTTGAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
320 AAATAAATTTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * * * * * * *
3668 ATCGTTATTG--CTTTATGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCGAAA
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* * * * * *
3731 GA-AAATAACACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGAATTAAAAAGTAAATT-
446 -ATAAA-AAAACAAATTTATTAATA-TT-CAAAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * **
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* * * ** * * * ** **
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* * * *
4018 ATCTATGTT-AAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG-
192 ATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGT
* * * * * ** *
4080 CTTATT-AGGATTTAAATAATACTAATTCAATAATGTTTTAAAAATTAATAAGT-A-AGATTT-A
255 CTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
4141 AAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
319 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * ** *
4206 ATCGTTATGACATTTTG-TTTAGTTATAAAACAATTGTTTC-AGCTCATACAAGCTTAT-TCAAA
384 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATCT-AAA
* * * * *
4268 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTCAAAAAAATAAA
446 ATAAA--AAAACAAATTTATTAATATTCAAAAAATT-AGT-----AAGAGATT-TAAAAAATAAA
* * * * *
4333 TT-TGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTAATTACT
502 TTATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * * * *
4367 ATTT-AAGTAATTGTCTATTT-AAATCGTTATAACACTATTTGAGTAATTGTCTATTTAAAATCA
1 ATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CT-TTT--GT-TTTGTC-A--TAAAA-CA
* *
4430 TTATAATCACTTGATTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGCACAAATTTAAACAAAATAAAAT
56 --AT--T-GCTT--TTGTTCAT---ACAA--G---C--TT-------ATTT----AGAATAAAAT
* ***
4494 AATATTAATTTATTAATATTTTTGGAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC-
93 AATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * ** * * * * *
4556 -AA-TAG-TAATAATAATTATGGC-ATTCGAAAAATT-T-TATTTTAAAT-TTTATGAGCTTATT
156 GAACCAGTTCA-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TT
* * * *
4614 GTTTTGGCATAAAAAATATTGTTT-TA-TCATACAAG-C-TATT-GAAATAAAATACA-A-TAAT
219 ATTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAAT
* * * * * *
4672 TTTTTAATATT-GAAAAATT-AT-AGTTAAGACATTTAAAAAAT-AATATTGTTTA--TAA-TAG
281 TTATTAACATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * **
4730 TTCAAATAGTTA-GACTATAT-AACAATT-TCAATCTCAAATTGTTAAGA-C--TTGTTTTGTAA
344 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCG
* * * * * *
4789 TTAAACATATTG-TT-T-TTAATACATAACTTAT-TCAAATAAAAATA-AAA-TTATTTATTATT
409 TAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATCTAAAATAAAAAAACAAATTTA-TTAATATT
* * * * *
4848 C-CAAAATTAATAAGAG-TTT-AAAAA-AAATTA-GTCTT-GCGGAT--AGTATCAAATAATTAA
471 CAAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGT-TTACCGAATCAAGT-TCAAATAATTAT
*
4905 AACC
534 GACC
* * * * * ** * * * **
4909 A-TTGAATAATAAT-TATTATTAGAA-CTGTTTTGA--TATTTGTTAAGTCAAAAAATAGTTTAT
1 ATTTGAACAATTATCTATT-TCA-AATC-ATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCT
* * * * * * * *
4969 GTTGTCATATCGTTACAAGCTTA-TTCGAAATAACATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAAT
62 -TT-T-GT-TC-ATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAT
** * * ** *
5033 TAAAAAAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAATTATTT
120 TAAAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * ** * * *
5098 GAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGACATATAACAATTGTTTCAATTCA
184 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * *
5163 TAAAAG-CATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
249 T-AAAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
5227 -TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
313 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
5291 ATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-AGTTCCTATAAGCTTAT
377 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
5355 -TGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTT-AAAAGTGAA-T
441 CTAAAATAAAA-AA-ACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * *
5417 ATGTTTACCAAAT-TAGTTCAAATAATTATCACC
504 ATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * * * * * * * *
5450 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTG-TTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTG
* * * *
5514 TATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTA
66 T-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAA-AAGTA
* * * * *
5579 AGAGATTT-AAAAA-AAA-TTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTG
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * * * *
5641 TATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGTT
193 TCTATTTCAAATC-----GTT-----AT-GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
5706 CATACA-TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAA
247 CATAAAGT-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * * *
5769 GAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAACAATTAT
310 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * *
5834 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT-TTATAAAATAATTTTTTCGATTCATACTAGCTTA
375 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
5898 TTTGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATT-ACAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AA
440 TCTAAAAT-AAA-AAAACAAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
5961 TTATGTTTACCTAA-CTAGTTCTAATAATTATGACT
502 TTATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * * * *
5996 ATTTGAATAA-T-TCTATTTCAAAAT-GTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-TGTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT
* * * * * * *
6055 GTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTACAAAAATT--CA-TAA
65 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAAAGTAA
* * * *
6117 GAGATTTTAAAAATAAATCTT-TTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATT
129 GAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * *** * *
6180 AAT-TATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTCCATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAG-
192 -ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGT
* * * ** * * * * * *
6243 CTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAATTAAAAAATTTAAA
255 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
6308 ACATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
320 AAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * * *
6373 TTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTATTTC-AGTTCATATAAGGTTAT-TCAAAA
385 TTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAA-AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATCT-AAAA
** * * * *
6434 TAAAATAATAGTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAA--AC
447 TAAAA-AA-ACAAATTTATTAATATT-C-AAAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-
* * * *
6497 TATTTACTGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACT
505 TGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* ** *** * * * *
6529 ATTTAAACAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTCATCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGCTTTT
* * * * * * **
6593 ATTTATACAAGCCTATTTCAG-ATAAAATAATTCAAATTTATTACTA-ACAAGATAATTAATAAG
65 GTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAA-AAG
* * * * ** * *
6656 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC-CAAAAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAAC-A-
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * * * * *
6718 -A-CGA-TT---A---TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAG-
191 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGT
* * * ** * *
6773 CTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T-TGAATT-ATAAGCAAAAGATTTAAA
255 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
6835 ACATAAATATGTTTACCAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAA
320 AAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
** * * ** * * * * * * *
6900 TCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTA
385 TTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATCTAAAATA
* * ** * *
6964 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAA-TCTG
449 AAA-AA-ACAAATTTATTAATATT-C-AAAA--AATTAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATTATG
* * * * *
7028 TTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACT
507 TTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * * *
7058 ATCTGAACAATTATCTATTTAAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT
* * * * *
7122 GTTCATCCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTATAAGC
65 GTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAAAAG-
* * * * * * * *
7185 GAA-A-ATTTGAAAAATGAATTTTTTTATTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAG
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* * * * * *
7247 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATGCAAG
190 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAG
*** * * *
7312 -CTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAA
254 TCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
7375 AAAATAAATCTT-TTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
319 AAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * * * * **
7439 AATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TATATTTGGAA
383 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATCTAAAA
** * * *
7503 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAGAATAAATT-T
447 TAAAA-AA-ACAAATTTATTAATATTC--AAAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT
* * * *
7567 GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCT
506 GTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * * * * *
7598 ATTTGAACTATCATCTATTTCGAA-CTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-CAA-T
* * ** * *
7662 ATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTT
58 -TGC----T--TT--TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
7727 CAAAAATT--AA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTA-AG
114 -AAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATA-
* ** * * * *
7787 CCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTT
177 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*
7852 -TAATGT-ATACA-TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAA
242 CT-AT-TCATAAAGT-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTA-AAAATTAA
* * * *
7913 TAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
303 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
7977 CAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTC-AGTGCAT
368 CAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT
* * * * * * ** * *
8041 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTATTAATATTTCAAATTTGATAAGTTAGAGATTT
431 ACAAGCTTATCTAAAATAAAAAAACA-AATTTATTAATA-TTCAAA--AAATTAGTAAGAGATTT
** * *
8106 AAAAAATAAATTA-GTTTATAGAATCAA-TTCAAATAATTTTGGCC
492 AAAAAATAAATTATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * ** * * ** *
8150 ATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTG
* * ** * * * *
8215 ATCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAG
66 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAA-AAGTAA
** ** * * *
8280 GAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG---AATTAT
129 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
8342 ATATTTCAAAT--TTATAAGCTTGTTA---TATCAT-AAACAATT-TTTTTGTTCATAAAAGT-T
194 CTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGTCT
* * * *
8399 TATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
257 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * * * *
8464 ATAAATGTATTTACCAAACTGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATC
322 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
* * * ** * * * *
8529 GTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTC-AGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGAGTAA
387 GTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATCTAAAATAA
*
8592 AAAAACAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCG
450 AAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTACCG
*
8655 AATCAA-TTCAAATAATTATGACT
514 AATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* *
8678 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTG
* * * * *
8742 TTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAATTAAGAAGTAAG
66 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA-AAGTAAG
* * * * *
8807 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATT
130 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * *
8872 TACTTT-AAATCGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCAT-AAGTCTT
195 TA-TTTCAAATCGTTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTT
* * * * *
8934 ATTC-GAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTTAAAAATTAAAAAGTAATG-GATTTAAAAA
258 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAA
* ** * * * *
8997 ATGAATTTG-TTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
322 ATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
* * * *
9061 TGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAG
386 TGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTAAAATAA-
** * * *
9126 ATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATT-TGTTT
450 A-AAAACAAATTTATTAATATTCAAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTT
* * **
9190 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATT
510 ACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * *** * * * ** *
9217 GTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTG
* *
9282 TTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATA-TAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGAG
66 TTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATT-TAAAAATTAA-AAG
* * * *
9344 TAA-A-AATT-AAAAA-AAAGTT-TTT--TGAACACA-TTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* * * *
9400 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGTTTCTGTTCATACAA
190 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATA-AA
* * * * * * * *
9465 GCCTGT-TT-GAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTT
253 GTCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
9528 AAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTA
317 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* ** * * * * **
9593 AAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT-TGGGA
382 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCT-AAA
* *
9657 ATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAA-TAGGTAGGAGATTTAAAAAAT-AA--A
446 AT-AAAAAA-ACAAATTTATTAATATTC-AAAA--AATTA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA
* * * * *
9718 TCTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCC
505 TGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAATTATGACC
* * *
9750 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-T
* ** * ** * *
9813 ATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATT--AA-TAA
65 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAAAAGTAA
* * * * * * *
9875 GAGATTTAAAAACTAAATATGTTTA-TGGAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * * *
9939 TTTATCTCAAATAATTATTATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGT-
193 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATA-AAGTC
* * * * * *
10002 TTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAA-AGATTTAAAA
256 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
10062 AATAAA--TGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAA
321 AATAAATTTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * * *
10124 TTGTTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-CTCAAAC
385 TTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATCTAAAAT
* * *
10186 AAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT--AAAA-AAA--AT
448 AAAA-AA-A-CAAATTTATTAATA-TT-CAAAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT
* * ** *
10244 GTTTATC-AAACAAGTTGTAATAGATT-TGACT
506 GTTTACCGAATCAAGTTCAAATA-ATTATGACC
* *
10275 ATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A-----TTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT
* * * * * * *
10333 GTT--T-C-AG------T----TCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCA
65 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTA-AAAGTA
* * * * * * *
10384 AGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTT-TTCGCACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * *
10448 ATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTG-------TC--AAGGT
192 ATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGT
* * * *
10502 -TT-TT--AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
255 CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * ** * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT
* ** * * * *
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*** ** ** * ** * **
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* * * * * * * *
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** * * * *
11032 CTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-T---CACTAATTAA-TAAGAGATTTAA
255 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAA
* * ** * * *
11092 AAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
319 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * * * * ** * *
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384 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATCTAAAAT
* * * *
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* * * * * **
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* * * * ** * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT-
* * ** * * * * *
11378 GCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTT--AA-TA
65 GTTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAAAGTA
* * * **
11440 AGGGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-TCG-ACATAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAC-CAGTTCAAAT-AGTTAT-AACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
11501 ACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATTCA
189 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA-TAA
** * * *
11565 AG-CTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATT
252 AGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
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316 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
11689 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTT-TTTCGA
381 AAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCT-AA
* * * * * *
11753 AATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATC
445 AATAAAA-AA-ACAAATTTATTAATATTC--AAAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * *
11818 TAT-TTT-CC-AAACTAGTTCAAACAGTTAAGACT
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** * * ** * * * *
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* * * * **
11914 GCTT-ATACAAGCTTA-TTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATT--TTGT
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* * * * * *
11974 AAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATTGAACCAATTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAAT
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* * *
12038 TATCAATTTTAAATCATTAT
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Statistics
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TTCAAATAATTATGACC
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Alignment explanation
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7669 ATAATTGGTA
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* * * * *
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* ** * *
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* ** *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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66 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * ** *
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* * * *
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*
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* *
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* * ** * * *
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* * * * *
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66 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *** *
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* * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
9166 GAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
9230 TCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTT
130 TTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * *
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195 A-TTCAGAATAAAA-AA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAA
*
9357 A-AAGTTTTTTGAACACATTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTA
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* *
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* * * * * * *
9456 TTCATACAAGCCTGTTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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66 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
9586 TTATTTAAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA
131 TTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
** * *
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* * * * * *
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* * *
9779 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
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** * ** * * * *
9814 TTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
9875 GAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATGGAAACAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * * *
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130 TTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
10003 TATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AAGATTTAAAAAAT
194 TATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
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259 -AA-GTTTTTTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * * *
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* * * * *
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** *
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* * * *
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* * * * * *
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191 GCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGTAAGATTT
* * * * *
10392 AAAAACTAAATCTGTTTTTCGCACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT
252 AAAAAAT-AA---GTTTTTTG-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TT
*
10457 AAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAA-----T-TG
311 CAAATAGTTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * *
10495 ----T-CAAGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-AAAAA-T--TAA-TA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * *
10548 AGAGATTTAAAAAA-ATATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * ** *
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* * *
10675 TTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAA
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* * * * *
10739 AAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
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* *
10804 ATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAG
314 ATAGTTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-G
* ** * * * *
10847 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATT-TCAAAAGT--TAA-TAA
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*** * * * * **
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** * * * * * * *
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* **
11032 CTTATT-TGAAATAAAATAAA-ACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAG--AGATTTAAA
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* * *
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* * * * * * * * *
11158 TTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTA
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* ** * *
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* * * ** * * * * * *
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11390 TTATCCCA-AAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG--GGATTTAAAA
193 TTAT-TCAGAATAAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAA
* * * * *
11452 AATAAATTAGTTTATCG-ACATAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCG
256 AATAAGTT--TTT-T-GAACA-A-TTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
11514 AATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTC
313 AATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
** * * * *
11557 AACATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
11617 AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
11682 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTT
130 TTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * *
11747 TTTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAA
195 ATTCAG-AATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAA
* * * * * ** * *
11810 AATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTACATGTACAATTATTTATTTCAAAT
256 AATAAGT-T-TTTT--GAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
11875 TGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTCAG
316 AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
** * * * *
11915 CTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGT-TCAAAATT--T-TGT
1 -TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGT
* * * * *
11974 AAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATTGAACCAA-TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAA
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA
12037 TTAT
127 TTAT
12041 CAATTTTAAA
Statistics
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0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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321 4 0.00
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364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
TTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
TTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAA
GTTTTTTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
Found at i:11888 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 10511--12051 Score: 953
Period size: 177 Copynumber: 8.6 Consensus size: 177
10501 TTTTTAGATA
* * * * * *
10511 AAAATAATATTAATTTAATAATATTCAAAAA-TTAATAAGAGA-TTTAAAAA-AATATATGTTTG
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAATTTAATAAGAGATTTTAAAAATAA-ATCTATTTA
* * * * * * * * ** * * *
10573 TCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTG
65 CCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
* * ** * **
10638 GTT-TAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTTAATC-AGAAT
130 GTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCGA-AAT
* * * * *
10686 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAATTTAATAAG----AGATTTTAAAAA-TAAATCTA
* * * * * * * *
10751 TTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
61 TTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
* * * * * * * * *
10816 TTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
126 -TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCGAAAT
* * * * * * *
10869 AAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAC
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAATTTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * ** * ** ** * *
10934 CAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCATTATTGCTTTTTA
66 CAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * *
10999 TTTTGTC-TTAAA-ATTTTTTTTTAAAT-ATACAATCTTATTT-GAAAT
131 TTCTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTT-TTTCGAAAT
* * ** *
11044 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTT-AAAAATTTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTA
** * * * *
11108 CTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATT
65 CCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
* * ** * *
11173 GTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGAAATATTTAG-AAT
130 GTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-AGCTTTTTCGAAAT
* *
11221 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTTA-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
11285 TTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGAGTATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT
62 TTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
* * * * ** * *
11350 TTTGCTT-TATTATAAAATAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAA
127 TTTG-TTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT-TTTCGAAAT
* * * * * * *
11402 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAATTTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTA-TTTA
* * * * * * * * * *
11466 TC-GACATAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCT
65 CCAAAC-TAGTTCAAA-CAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
* * * * * *
11528 TTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTT-GAAAT
127 TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTT-TTTCGAAAT
* * *
11579 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TTAATAAGAGA-TTTAAAAAGTAAATCTATTT
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTT-AAAAATTTAATAAGAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTT
* * ** * *
11642 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
64 ACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* *
11707 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAAT
129 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTTTCGAAAT
*
11756 AAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATATT-TAAAAATT--TAA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTAT
* ** * * *
11821 TTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT
62 TTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
* * * *
11886 TTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTATTCGAAAT
127 TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA--TTCATACAAGCTTTTTCGAAAT
* * * * ** * *
11937 AGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGA-TTTAGAAAATAATTTTATTT
1 AAAATAATACTAATTTAGTAATAT-TTAAAAATTTAATAAGAGATTTTA-AAAATAAATCTATTT
*** * * * * * *
12000 ATTGAACCAATTCAAA-TGATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTTAAAT
64 ACCAAACTAGTTCAAACAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
12052 CATTATTACT
Statistics
Matches: 1074, Mismatches: 235, Indels: 112
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 155 0.14
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178 158 0.15
179 19 0.02
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181 170 0.16
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAATTTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTAC
CAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
TTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTTTCGAAAT
Found at i:12787 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12061--17146 Score: 3842
Period size: 181 Copynumber: 28.2 Consensus size: 180
12051 TCATTATTAC
* * *
12061 TAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGA-AAATCTATTTACCAA
1 TAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATCAA
* * * * * * * * * *
12123 ACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * ** *
12188 TGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATAA
128 TGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT-A
* * * ** * ** *
12242 TAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCAAA
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAA
* ** ** * *
12305 CAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** *
12370 CTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTC-GAATTAAAATAACA
129 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATA
* * * * * *
12421 CTAATTTAATAATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-
* * * * * * * *
12482 C-AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTA
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
12546 GTCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTATTCAGAATAAATTAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* ** *
12598 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAATAAAATAAATCTATTTATCAA
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTATCAA
* * ** * * ** **
12662 ACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGAC
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTT
* *
12726 TTGCCATAAAATAATT-TTTCAGTTAATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
127 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATA
* * * *
12779 TAAATTTATTAATA--TTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACCAA
1 T-AATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
* * * * * *
12841 ATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTGTT
63 ACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
12905 TTATCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTT
127 TTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TA
* * * *
12960 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
* * * *
13025 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** *
13090 AATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATA
131 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATA
* * * * ** *
13140 CTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCGAA
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA
* * * * * *
13204 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * **
13269 ATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATA
* * *
13321 TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGT-TAA-ATTTAAAAAAATAAATCTGTTT-TCTTA
1 T-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AA
** * * * * * * *
13383 ACTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * *
13448 TGTCATAAACTAATTGTTTCTA-TGCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATA
128 TGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
13501 TTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAGAC
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
* * * * * * *
13566 AAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTT
* * *
13631 GTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTGATACAAGTTTATTC-GAAATAAAAGAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
*** * *** * * * *
13683 CTAATTTATTAATAAAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAAT
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
* * * * *
13747 AAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAGATCATTATGACAC-TTTGTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTT
* * * * **
13810 GGTCGTAAAACAA-TGATTTTTA-TTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATA
128 TGTCATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * *
13863 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATTTGTTAACCAAAC
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
* * * * *
13924 TAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTGTTTT
65 AAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
13987 GTTATAAAACAATTGTTTCTA-TCCATACAAGCTTATTCA-AAGTAAAATATTGG
129 GTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAAT-A
** * * * * * **
14040 TAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAAGTAAATGTGTTTATTGAAC
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAAC
* * * * * * *
14104 CAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
14169 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATA
130 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * ** * * * * *
14220 TTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA
* * * *
14285 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
14350 ATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
** * * *** ** *
14402 TTCCTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAAT
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA
* * * * ** * *
14467 C-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
14531 GTCGTAAAACAATTGTTTTTCA--TCATATAAGCCTATTCGGAATGAAATAATA
129 GTCATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * ** * *
14583 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTAAGCAAA
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAA
* * * * *
14647 CTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
14712 GTTATATAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * **
14764 CTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAAA
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA
* * * * * * * *
14827 CCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * * * **
14892 GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * *
14944 TTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAAC
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
* * ** * * * * * *
15005 TAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** ** *
15070 TCATAAAACAATTATTTCTA-TTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAATGC
130 TCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-A
* * * * ** ** *
15122 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AACGAATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTTGAC
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATCAAA
* * *
15186 CAA-TGT-AAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATT
64 CAAGT-TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** *
15248 TTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAATTC
127 TTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TA
* * * **
15303 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACA
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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**
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* * * * * **
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*** * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * **
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * ** * *
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1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
* ** * *
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* ** *
16513 TGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATA
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* * * *
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1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA
* ** *
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* ** * * * *
16688 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTGATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATA
127 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
16742 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTAAAC
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
17048 TTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAACCTTATT-TGAAATAAAATAATA
127 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * ** *
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1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
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Statistics
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12048 AAATCATTAT
* *
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* * * * * * *
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* * ** * * ** *
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*
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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*
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* * * * *
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** * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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*** * ** * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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510 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * ***
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* * ** * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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383 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
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*
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* * * * * **
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1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * *
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** * * * * * *
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256 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** ** * *
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321 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * ** * *
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386 AATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTT-TATCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGA-CTA
* * * *
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**
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* * ** *
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* *
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15753 GAATAATTATCTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATATAAGTTCA
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTA
* * * * * * * * *
16574 TTAATATTTTGAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAATACTAAATCTATTTATCGAAACAA-TTTAAA
192 TTAATA--TTAAAAATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAATAAGTTCAAA
** * *
16636 TAGTTATTG-CTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGA--TGTTTGTTTTGTCATAAA
254 TAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
16698 ACAATTGTTTCTTTTGATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
317 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * ** * * *
16763 AATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACGAGTTTAAATAGTTAAGACTA
382 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
16824 TTAT-AACAATTATCTATTTCGAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCAG
447 TT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* *
16888 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA
511 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
** * * * * * *
16917 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATC
* * *
16982 AAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGTCCTTTT
64 AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * *
17045 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAACCTTATTTGAAATAAAATAATACT-ACTT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATT
17108 TATTAATATTTAAAAAATTAATAA
190 TATTAATA-TT-AAAAATTAATAA
17132 ACAAAAGAAT
Statistics
Matches: 3634, Mismatches: 762, Indels: 281
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
532 6 0.00
533 144 0.04
534 9 0.00
535 111 0.03
536 153 0.04
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538 559 0.15
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545 27 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAA
TATTAAAAATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
TCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAG
CTTATTCGAAATAAAATAA
Found at i:17407 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17202--18484 Score: 1187
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180
17192 AAGTAAACAA
17202 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
17267 TAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGATCATAGCTACTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGG-TCATAACTATTTGAA
* * * * *
17332 ATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAT
130 ATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* * * *
17383 ATTTACTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAACTT-GTAATA-TTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
** * * * ** * *
17446 TTGAATATGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGTTAAAACAAAATGTCATAATTATTT-A
65 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACTATTTGA
* *
17510 AGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAA
129 A-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* *
17563 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-ATCATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * ** *
17627 TTGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATAATGAAATA-AAACATCATAACAATTT
65 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAGGTCATAACTATTT
* * * * ** *
17690 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACAT
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* * * * * * * *
17744 ATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTTAAAATGTTACTAAATTAATATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
17809 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
17874 ATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAA-TCTATTTGCTAAATGT
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAT
* * ** * * *
17925 AGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTATATGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
17989 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AGTGACTTG
65 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACT-ATTTG
* * * * * *
18053 AAATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAACTAG
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* * * ** *
18106 ATTTAGTTTTTAAATCTCTT--ATA--AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
18167 CAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTCTTGA-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACTATTTGA
* * * * *** ** *
18231 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAATAG
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
* * * *
18283 ATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
18347 CCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTG
65 TCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACTATTTG
* * * * * *
18411 AAATAAATAATTATTCTATTTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAT
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
*
18464 ATTTATATTTTAAATCTCTTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
18485 ATGTTAGCCT
Statistics
Matches: 896, Mismatches: 175, Indels: 62
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 127 0.14
178 8 0.01
179 12 0.01
180 156 0.17
181 575 0.64
182 15 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACTATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAT
Found at i:17971 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 17195--18480 Score: 1134
Period size: 358 Copynumber: 3.6 Consensus size: 359
17185 ATATTTGAAG
* *
17195 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
17259 TTTTATTTTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGATCATAGC
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAGC
* * * * * * * *
17324 TACTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTTGGTAAATATATTTA
129 AACTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTA
* ** * * * **
17388 CTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAACTT-GTAATA-TTTATTTTGAA
193 CTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTAATTCAAA
* * * ** * **
17451 TATGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGTTAAAACAAAATGTCATAATTATTTAAGATAG
256 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAA-ATAG
* * *
17516 ATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
320 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGC
* * *
17556 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 TAAATAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
17621 TTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATAATGAAATAAAACATCATAAC
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAGC
* * * * * * *
17685 AATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTAT
129 AACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTAC
* * *
17750 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTTAAAATGTTACTAAATTAATATTATTTTAATTCAAATA
194 TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATA
* * * *
17815 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
258 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT-AAATAGAT
* * *
17880 ATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAA-TCTATTTGC
322 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGC
** * * * *
17918 TAAATGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATATGAATATTAATAAATTTGTATTAT
1 TAAATAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
17983 TTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGT
65 TTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAGC
* * * * *
18047 GACTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT-AACTAGATTTA
129 AACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC-ATATTTA
* * **
18111 GTTTTTAAATC--T-CTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA-ATTATGCT-ATTCCAAA
193 CTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATT-CAAA
* * * *
18171 TAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTCTTGA-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATA
256 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT-AAATA
* * * ** **
18235 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCACTGGTCAAGC
319 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT-TTGC
* * * * *
18277 -CAATAGA-TTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATT
1 TAAATAAAGTT-ATTTTTTAAATCTC-TTAATTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * * * *
18339 ATTTTATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
63 ATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATA
* * * * * * * * * * *
18403 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCTATTTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTT
127 GCAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTT
18468 A-TATTTTAAATCT
192 ACT-TTTTAAATCT
18481 CTTAATGTTA
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 156, Indels: 54
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 9 0.01
358 264 0.36
359 13 0.02
360 6 0.01
361 198 0.27
362 251 0.34
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TAAATAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAGCAA
CTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTACTT
TTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGC
Found at i:18342 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 17196--18480 Score: 1378
Period size: 539 Copynumber: 2.4 Consensus size: 539
17186 TATTTGAAGT
* * *
17196 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
17260 TTTATTTTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGATCATAGC
65 TTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAAC
* * * * * *
17324 TACTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACT-TGCTTGGTAAATATATTT
129 AATTTGAAATAAATAATTATTTAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAT--TTGGTAAATATATTT
* * * *
17387 ACTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAACTTGTAATATTTATTTTGAAT
191 ATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTATATGAATATTAATAAACTTGTAATATTTATATTGAAT
* * * ** * * *
17452 ATGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGTTAAAACAAAATGTCATAATTATTTAAGATAGA
256 AAGCTTATATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTGAAGATAGA
* * * * *
17517 TAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
321 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
** * ** *** *
17582 TAATCATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAAC
386 TAATCA-TAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCCTATACGAAC
* * * * * * *
17647 TGATATAATTGTTTTATAATGAAATAAAACATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
450 TGAAACAATTGTTTGAGAA-GAAACAAAACATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
17712 GTTATGACTATTTAAACTTGTTTAAT
514 GTTATAACTATTTAAACTTGGTCAAC
* * * * * * *
17738 AAACATATTTATTTTTTAAA-TCTGTTACTTATTAATTGTTAAAATGTTACTAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTCATTTTTTAAATTC-GTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
17802 TTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
65 TTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
17867 ATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATCTATTTGCTAAATGTAGTTATT
130 ATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTTGGTAAATATATTTATT
** * *
17932 TTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATATGAATATTAATAAATTTGTATTATTT-TAATTGAAATA
194 TTTTAAATCTTTTACATATTAATTATATGAATATTAATAAACTTGTAATATTTAT-ATTG-AATA
* * * * *
17996 AGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGACTTGAA-ATAGG
257 AGCTTATATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTGAAGATAGA
* *
18060 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAACTAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
321 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
* * *
18125 T-AT-A-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGTACGAA-T
386 TAATCATAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCCTATACGAACT
** * *
18186 AGAAACAATTGTCTTGAGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
451 -GAAACAATTGT-TTGAGA-AGAAACAAAACATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT
**
18250 AGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCAAGC
513 AGTTATAACTATTTAAACTTGGTCAA-C
* * * *
18277 CAATAGATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATT
1 AAACAGATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
18342 TT-ATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC
66 TTAATT-CAAAT-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
18405 GATTTGAAATAAATAATTATTCT-ATTTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTA
129 AATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAATATATTTA
*
18469 TATTTTAAATCT
192 TTTTTTAAATCT
18481 CTTAATGTTA
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 114, Indels: 39
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
538 12 0.02
539 262 0.43
540 12 0.02
541 5 0.01
542 200 0.33
543 115 0.19
544 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
AAACAGATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTAAATATATTTATTTT
TTAAATCTTTTACATATTAATTATATGAATATTAATAAACTTGTAATATTTATATTGAATAAGCT
TATATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTGAAGATAGATAATT
ATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAATC
ATAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCCTATACGAACTGAAAC
AATTGTTTGAGAAGAAACAAAACATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
CTATTTAAACTTGGTCAAC
Found at i:20392 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20115--22789 Score: 2155
Period size: 181 Copynumber: 14.8 Consensus size: 180
20105 ACAAAAGCAT
* * * * * * * * *
20115 TTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAACGATTTGATATAGATAATTATTTATATAGCCTTCAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * *
20180 TATTTGAACAGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATAT
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATAT
* * * * * *
20245 TATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACATAAATAA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * ** *
20296 ATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * *
20361 TATTTGAACTAATTTGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-TGAAATA
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATA
* * ** * * * *
20425 ATAATAAATTAGTATCATTTTATTT-TGATAGGCTTATATG-ATGAAAAATAA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA
* ** * * *
20476 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *** * * * * *
20541 TTATTTGAAC-TGATTCAATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAATTTTTAAA
65 CTATTTGAACTTG-TT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTATA
* * ** * *
20604 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAT
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * *
20659 TTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** * * * * * *
20724 TATTTGAATTTGTTCGATAAGCATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTAGTTTTTTGAATG
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATA
* * *
20789 TTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATTGAAACAA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * * *
20841 TTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * *
20906 TATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAGAATATT
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATT
* ** * * **
20971 ATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAA
131 AATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAA
* * *
21022 TTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
21086 AATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTGA-AATAT
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTATAATAT
** ** * *
21147 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * ** * * *
21198 TTTTTTTACGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACATGAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * *
21263 TATTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTCTTAACTCTCCAACTCATTAATTTTATTATAT
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATAT
* * *
21327 TAATAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
21378 TTGTTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAA
1 TTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *** * * **
21443 CTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAAT
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAAT
* *
21508 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
21561 TTGGTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA-
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** **** *
21624 AATTTTGAACAAATTAAAAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-T-TTAACTTATTAATTTT-TGAAA
66 TA-TTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTAT--AA
**
21686 TATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TATTCGAAATAAGCTTACATGAATAG-AACTAA
127 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT-TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AA
* * * *** *
21741 TTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTGGATAGTCGTAA
1 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** ** * * *
21806 CTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTCCTTTTTTAGTTTTCTTACTCACTAATTTT-TGAAAT
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AAT
* * ***
21870 ATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCACATGAACT-GAAACAA
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * * * *
21923 TTATTTTATTAGAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
1 TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
21988 CTATTTGAACTTATTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTGTCAAAAT
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-TTATAAT
* *
22052 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAA
128 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * ** ** * * * * *
22105 TTATTTTATAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATTGTAATAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * *
22169 CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTATTAATTTTTTGAATG
65 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AATA
* * * * *
22234 TTAATAAATTAGAATTAATTGA-TTCTAAATAGGCTTGTATGAACCA-AAACAA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * *
22286 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * * * * *
22351 CATTTGAACTAATTTGGTAAAAAAATTTAATTTTTAAATTTATTCCTTATTTATTTT-TGGACTA
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--AATA
* * * * *
22415 TTATTAAATTAGTATTATTTTAGTTCGAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * * * * *
22466 TTATTTTACGAGAAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTTATATAGTCTTAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** * *
22531 TATTTGAACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATA
66 TATTTGAACTTGTTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATA
* * * * *
22595 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTAGTATCAATAGAACCAA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAA
* * * * * * *
22647 TTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTCAAAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
22712 TATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAATA
66 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAT-AATA
22776 TTAATAAATTAGTA
129 TTAATAAATTAGTA
22790 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 1987, Mismatches: 432, Indels: 150
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 25 0.01
177 112 0.06
178 14 0.01
179 47 0.02
180 407 0.20
181 722 0.36
182 487 0.25
183 168 0.08
184 4 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
Found at i:20640 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 20058--22786 Score: 2017
Period size: 363 Copynumber: 7.5 Consensus size: 362
20048 ATAACTTTCA
* * * * * * ** * *
20058 AAATATTAATAAATTAATGTTATTTTGTTCTAAACAAACTTATAT-AAACAAAAGCATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
20122 ATGACAAAACATAAGGTCATAACGATTTGATATAGATAATTATTTATATAGCCTTCACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * * * * * *
20187 ACAGGTT-TGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTA
130 ACTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * * * * *
20250 GATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACATAAATAAATGTTTTATGACAAAACAA
194 AATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
20315 AAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGCTA
258 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTA
* *
20380 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
323 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * *
20420 AAATAATAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGATAGGCTTATATG-ATGAAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
20484 TGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * *
20549 ACTGATTCAATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAA
130 ACTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* *** * * * *
20614 AGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACATTTGTTTTATTATAAAACAA
195 ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
20678 AAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATA
258 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTA
** * * * *
20743 AGCATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTAGTTTTTTG
323 AATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTG
* * * *
20785 -AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATTG--AAACAATTATT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGC-TTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTT
* * * * * * *
20846 TTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
20911 GAACTGGTTCGA-CAAACACATTTACTTTTTAAATCTAT-TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAT
128 GAACTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
** ** * *** *
20973 TAGTTTAGCAATATTTT-TCTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAAA
192 TAAATTAATATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-AATTGTTTTATGACAAA
* * * *
21037 AC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAAC-TAGTT
254 ACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TT
* * *
21100 TGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG
318 CGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * *
21141 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-AAAAATAATTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * *
21205 ACGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACATGACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * **
21270 GCTTG-TT-TGGTAAATAGA-TTATTTTCTTAACTCTCCAACTCATTAA-TTTTATTATATTAAT
130 AC-TGATTCAAGCAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * *
21331 AAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAC
193 AAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGAC-AAAAC
* * * * * * * * *
21396 AAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCACTCGG
256 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGG
* *
21461 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTG
321 TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
21504 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT
* * *
21568 ATGAC-AAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA-AATTTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTG
** ** * * *
21631 AACAAATT-AAAAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
129 AACTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * ** * * *
21694 AATTTATATTATTTTTATTCGAAATAAGCTTACATGAATAGAACTAATTGTTTTAAGATAAAACA
194 AATTAATATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AAATTGTTTTATGACAAAAC-
** *** * * *
21759 AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTGGATAGTCGTAACTATTTAAACTTATTTGG
256 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGG
** ** * * *
21824 TAAATAGATTCCTTTTTTAGTTTTCTTACTCACTAATTTTTG
321 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
** *** *
21866 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCACATGAACTG--AAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
21929 TATTAGAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
64 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
21994 GAACTTATTC-GGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
128 GAACTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * * **
22058 AAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATAACAAGTCA
193 AAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * * *
22123 AAAGGTTTTAA-AGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTCG
257 AAAGGTCATAATA-ATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCG
* **
22186 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTATTAATTTTTTG
320 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * * **
22230 -AATGTTAATAAATTAGAATTAATTGATTCTAAATAGGCTTGTATGAA-CCAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
22293 ATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * * * ** * *
22358 ACTAATT-TGGTAAAAAAATTTAATTTTTAAAT-TT-ATTCCTTATTTATTTTTGGACTATTATT
130 ACTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCA--ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * * * *
22420 AAATTAGTATTATTTTAGTT-CGAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAATTATTTTACGAGAAAAT
193 AAATTAATATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * * * * *
22483 AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGG
256 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGG
* * * ** * **
22548 CT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCA
321 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
22590 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTAGTATCAAT-AGAACCAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTT-GTATGAATGAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
22653 GATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * *
22718 AAATGGTT-TGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATC-TCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTA
129 AACTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-AACTT-ATTAATTTT-TAAAATATTA
22779 ATAAATTA
191 ATAAATTA
22787 GTAATAATAA
Statistics
Matches: 1859, Mismatches: 435, Indels: 147
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 32 0.02
357 173 0.09
358 69 0.04
359 11 0.01
360 9 0.00
361 306 0.16
362 455 0.24
363 518 0.28
364 199 0.11
365 82 0.04
366 3 0.00
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGATTCAAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
TTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAT
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:24338 original size:538 final size:531
Alignment explanation
Indices: 22788--26631 Score: 2334
Period size: 538 Copynumber: 7.2 Consensus size: 531
22778 AATAAATTAG
* * * * ** * * * *
22788 TAATAATAATTTGACATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACCGGTTT-GATAAAT
1 TAATAATGATTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTT-AAACTGTTTCAATAAAT
* * * * * *
22852 AGAATTA-TTTTCTAAATC--CTTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATT
65 AGATTTAGTTTT-TAAATCTAC-TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
** * * * * *
22914 CCGAATAAG-TGTGTAT-AAGCTAAAATAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAACAATTT
128 TTGGATAAGCT-TTTATGAA-CTAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTT
* * * * * * * ** *
22976 GAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-CAGTTCAACAAATAGATTTATTTTT
190 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTT
* * * * ** * *
23040 TAAAATTTCTTAG-TTATTAACTTTTAG-ATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAG
253 T-AAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAA
* * * * * * * *
23103 CCTATATGAATAGAAATAATTGTTTTACGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATA
315 CTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATA
* * * ** * *
23167 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAATATCTTA
379 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACATATTTA--TTTTAAATCTTTTA
* * * *
23232 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAA
442 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAA
*
23296 CAATTGTTTTAAGACAAAATAAAAA
507 CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAA
** * * * * *
23321 GTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATTGCCAT-ACTTATTTGAACTGTTTCAGTAAA
1 -TAATAATGATTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAAC-TATTTAAACTGTTTCAATAAA
* * *
23385 GT-GATTTATTTTTTAAATC-CCTTATTAAC-TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TT
64 -TAGATTTAGTTTTTAAATCTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
23446 TGGGATAAGCTTATATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGA
128 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTA
* * * * * ** *
23511 AATAAATAATTATTCATATAGTCATAACTGTTTCAA-TTGATTTGGCAAACAGATTTATTTTTAA
192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAA
* * * * * * *
23575 ATCTCTTAG-TTATTAGTTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATTAGCTTG
256 ATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAACTTG
* * *
23639 TATAAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTG
319 TATAAATAGAAATAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTG
* * * ** * * *
23703 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
383 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACATA-TT-TATTTTAAATCTTTTATTAA
* *
23768 TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAAT
446 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAAT
* * *
23833 TGTTTTAAGATAAAACAAAAA
511 TGTTTTATGACAAAATAAAAA
* * * * * ***
23854 GTAATAATGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTATTTTGGTAAAT
1 -TAATAATGATTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGTTTCAATAAAT
* * *
23919 TGATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATT
65 AGATTTAGTTTTTAAA-TC-TACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
23984 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTA
128 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTA
* * * * * *
24049 AATAGACAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATGTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCA
192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT-ATTTTT-A
* * * *
24114 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATTAAGCTTG
255 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-TAAACTTG
* * ** * *
24179 TATAAATTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAT
319 TATAAATAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGT
** ** * * *
24244 TTTAGCAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACTTATATATTTTAAATCTTTTATTAATTT
384 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACATATTTATTTTAAATCTTTTATTAATTT
* * * * * *
24309 TTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATCT-AAAAAAGCTTGTATGATT-ATAAACAATTT
449 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTG
* **
24372 TTTTATGAGAAAATAAGGA
513 TTTTATGACAAAATAAAAA
* * * * * * * * *
24391 TCATAACT-ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAACTGGTTCAAAAAAT
1 TAATAA-TGATTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGTTTCAATAAAT
* ** * *
24455 AGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTA
65 AGATTTAGTTTTTAAA--TC-TACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA-TTATTTTA
* * * * *
24520 TTTTGGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGAGGGCATAACG-A
126 TTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC-AATGTTTTATGACAAAA-CAAA-AGGTCATAA-GAA
* * * * *
24584 CTTTACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACA-A-TT-TT
187 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * * **
24645 TTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTACTATTATTGTCT-TTTGAATA
251 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TATTCCAATA
* * *
24707 AACTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAA
313 AACTTGTAT-AAATAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAA
* * * * *
24771 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGATTC-AGCAAACACATTTATTTTTAAATCTC
377 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGA-CAAACATATTTA-TTTTAAA--TC
* * * * *
24834 TTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATG
437 TT--TTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
** *
24898 -AAAAGAAACAATT-TTTTATGACAAAATAAAGA
499 TTGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAA
* * * * * * * * *
24930 TCATAATGATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAAA-TGTTTCCATAAAT
1 TAATAATGATTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTT-AAACTGTTTCAATAAAT
* * * *
24994 AAATTTAGCTTTTAAATCT-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGA-TCAGTATTATTTTATT
65 AGATTTAGTTTTTAAATCTACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATT
* ** ** * * *
25056 CTAAATAA--TTTTGCACAAAC-AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT
128 TTGGATAAGCTTTT--ATGAACTA-AAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATT
* * * *
25118 TTAAATAGATAATTGTTCAAATTGACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
189 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA-TTTT
* *
25183 TAAAGCTTCTAT-C-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTCCCAATAA
253 TAAATC-TCT-TGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATT-CCAATAA
* * ** * * * *
25246 ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAAACA
314 ACTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATA
* * ** *
25311 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGCTCGGTAAACAAATTTATTTGTAAATCTTTTA
379 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCGACAAACATATTTATTT-TAAATCTTTTA
* * * ****
25375 CTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTTATTTCAAATATGCTTGCATAAACA
442 --T-T-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGA
* * *
25439 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGG
503 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-A
* * * * * * *
25469 TCATAAAT-ATTTAAAATAGATAATTGAT-AAATAGTCATAACTATTT-GA-TGTGTTC-ATAAA
1 TAAT-AATGATTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGT-TTCAATAAA
* * * * * * *
25529 -A-CTTATA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTA
64 TAGATT-TAGTTTTTAAA--TCTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
*** * * * *
25591 TTTAAAATAAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT-AGCA
126 TTTTGGAT-AAGCTTTTATGAACT--AAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAG-A
* * * * * * * * * *
25654 ATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATT
186 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA-T
* * * **
25719 TTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAA
250 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-ATAA
* * * * * * * * * **
25780 GCTTGTACAAATATAAACAATTGTTTTGCAATAAAATAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
314 ACTTGTATAAATAGAAATAATTATTTT---AT-GACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATA
* * ** * * * * *
25844 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCACT-GGTCAGGCTAACAAATTTATTTTTTAGATC
375 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTC-GACAAACATATTTA--TTTTAAAT-
** * * * **
25908 CGTTACTTATTAATTTTTATAATGTTAATAAATTAGCATTA-CTTTATTTTGAATAAGAC-TGTA
436 C-TT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAG-CTTGTA
* * * **
25971 TG--GATAGAAACAATTCTCTTATGACAAAACAAATGG
497 TGTTGA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA-AA
* * * * * * ** * * *
26007 TCATCACGATTTGA-AGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGCTT-AGTAAA
1 TAATAATGATTTGAGA-TAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT-GTTTCAATAAA
* * * * * * * *
26070 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTCTTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
64 TAGATTTAGTTTTTAAA--TC-TACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT
**** * * * *
26134 ATTCCAAATATGCTTATATGAA-TAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATG-A
125 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAA-CA-ATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAA
* * * * * *
26197 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAAC-TAGTTC-GACAAACAAAATTAT
187 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGATTTAT
* * * * * *
26260 TTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTT-GAAATATTAGTAGATTTA-TTTTATTTTATTCTAA-A
250 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCCAATA
* * * * ** ** *
26322 TAAGTTACTA-AGAACT-GATAA-AATTATTTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAA
313 -AACTT-GTATA-AA-TAGA-AATAATTA-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAA
* * * * * * * * * *
26384 ATAAA-AATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-TGGGTTTGATAAATACATTTATTTTTTAA
372 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCGACAAACATATTTA--TTTT-A
*** * * * *
26447 ATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAACGTT
433 A-ATCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGC-TT
*** * * *
26511 -TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAA
494 GTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAA
* ** * * * * *
26548 GTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAA
1 -TAATAATGATTTGAGATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT-GTTTCAATAAA
* *
26612 TAGATTTATTTTTTACATCT
64 TAGATTTAGTTTTTAAATCT
26632 TGTTAGATTG
Statistics
Matches: 2680, Mismatches: 470, Indels: 315
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
531 23 0.01
532 268 0.10
533 236 0.09
534 284 0.11
535 76 0.03
536 111 0.04
537 293 0.11
538 438 0.16
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540 257 0.10
541 28 0.01
542 257 0.10
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544 47 0.02
545 40 0.01
546 11 0.00
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Consensus pattern (531 bp):
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GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTC
TTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAACTTGTATAAAT
AGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACATATTTATTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAATAAAAA
Found at i:24896 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22790--26631 Score: 2494
Period size: 181 Copynumber: 21.4 Consensus size: 181
22780 TAAATTAGTA
* * * * * ** * * *
22790 ATAATAATTTGACATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACCGGTT-TGATAAATAG
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* * * *
22854 AA-TTATTTTCTAAATC-C-T--TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATT
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** * * *
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* * * * * ** ** * *
22966 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA-CCAGTTCAACAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAACAA
* * * * * *
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65 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
23094 TTGAAGAAGCCTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTT
129 TTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** *
23147 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAACT-AGTTTGGTAAACAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAACAA
* * * *
23211 ATTTACTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
23272 CGAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAATAAAAAGTA
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ***
23324 ATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATTGCCAT-ACTTATTTGAACTGTTTCAGTAAAGTG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTGATTCAGTAAACAA
* * *
23388 ATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAA-CTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
23447 GGGATAAGCTTATATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** * *
23499 ATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATAACTGTTTCAATTGATTTGGCAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAAA
* * * * * *
23564 TTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * * *
23628 AAATTAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTT
131 GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * **
23679 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAAA
* *
23744 CTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT
** * * * * *
23805 CAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTA
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * ** * * * * * ** ***
23857 ATAATGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACT-ATTTTGGTAAATTG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAACAA
*
23921 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT
* * *
23984 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA-TGATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
129 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
24037 ATAAGAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATGTGAACTT-ATTTAGTAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAA
* * * *
24101 ATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-
65 ATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *
24164 TTCCAATTAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTC
128 TTTGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * ** ** * * *
24219 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGCAGTCTTAACTATTTAAACT-AGTTC-G---ACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAACAA
* * * *
24279 ACTTATATATTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-T
65 A-TT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
24339 ATCTAAAAAAGCTTGTATGATTA-T-AAACAATTTTTTTATGA-GAAA-ATAAGGATC
128 -TTTGAATAAGCTTGTATGA--ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TC
* * * * * * * * ** * **
24393 ATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAGC
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAAA
* * * * *
24458 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTATTT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTT
* * * * * * *
24523 TGGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGAGGGC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-AGGTC
* * * *
24577 ATAACGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTG-TTCAATAAAC
1 ATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGATTCAGTAAAC
* * * * * * *
24639 -AA--T-TTTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCT
63 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** *
24699 TTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTT
128 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
24753 AAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACACA
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* * * * *
24818 TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATC
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** * *
24882 TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATT-TTTTATGACAAAA-TAAAGATC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * * * *
24932 ATAATGATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAAATGTTTCCA-TAAATAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATT-CAGTAAACAA
** ** * * *
24996 ATTTAGCTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * ** * * *
25057 TAAATAATTTTGCACAAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
25109 ATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGACATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAA
* *
25173 ATTTATTTTTTAAAGCT-TCTA-TCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT
*** * * *
25235 ATTCCCAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTC
126 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
25291 ATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-CTCGGTAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGATTCAGTAAACAA
* * * * *
25355 ATTTA-TTTGTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * ** *
25419 CAAATATGCTTGCATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* *
25471 ATAA-ATATTTAAAATAGATAATTGAT-AAATAGTCATAACTATTTG-ATGTG-TTCA-T--A-A
1 ATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGATTCAGTAAACA
* * * * *
25528 AACTTATATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTAT
64 AATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * *
25592 TTAAAATAAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTT
128 TTTGAAT-AAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
25648 ATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTG-TTCGGTAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAA
* * * *
25712 ATTCATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
25773 T-AGATAAGCTTGTA-CAAATATAAACAATTGTTTTGCAAT-AAAATAAAAAAAGGTT
130 TGA-ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT---ATGACAA-AACAAAAGGTC
** * * * *
25828 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTG-GTCAGGCT-AACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA-G-TAAACA
* * * *
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64 AATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
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127 TTTTGAATAAG-CTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
26009 ATCACGATTTGAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGCTT-AGTAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAA
* * ** * *
26073 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
26138 CAAATATGCTTATATGAA-TAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * *
26190 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAACT-AGTTC-GACAAACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAG-TAAACA
* * * * *
26253 AAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTTA-TTTTATTTTAT
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
26316 TCTAAATAAG-TTACTAAGAACTGATAA-AATTATTTTTACGACAAAACAAAAGGTC
128 TTTGAATAAGCTT-GTATGAACTGA-AACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * * * * * * *
26371 CTAATGATTTAAAATA-AAAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAATGGGTT-TGATAAATAC
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAG-TAAACAA
* * ** * *
26434 ATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * *
26499 CGAATAAACGTT-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTT
130 TGAATAAGC-TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
26551 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAATAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAACAA
*
26615 ATTTATTTTTTACATCT
65 ATTTATTTTTTAAATCT
26632 TGTTAGATTG
Statistics
Matches: 2856, Mismatches: 641, Indels: 333
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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185 11 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:25826 original size:357 final size:350
Alignment explanation
Indices: 22856--26598 Score: 1773
Period size: 358 Copynumber: 10.5 Consensus size: 350
22846 ATAAATAGAA
* * * * * ***
22856 TTATTTTCTAAATCCTTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATA
1 TTATTTT-TAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * * * * *
22921 AG-TGTGTATAAGCTAAAATAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAA
65 AGCT-TGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-ATATTTAAAATAG
* * * ** * * *
22983 ATAATT-ATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACCAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAAATT
128 ATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC-ATAAACA-CTTTA-TTTTT-AAATT
* * * * * * * * *
23047 TCTTAGTTATTAACTTTTAG-ATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-GAAGCCTATAT
187 T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
23110 GAATAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
250 GAATAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCA
* * * * *
23175 AATAGTCATAACTATTTTAACTAGTTTGGTAAACATAT
314 AATAGTCATAACTAGTTGAA-TTGTTCGGTAAACAAAT
* * * * * **
23213 TTACTTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATA
1 TTA-TTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* ***** * * * * * * *
23278 AGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAATAAAAAGTAATAAAAATTTGAAATAGGT
65 AGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAATATTTAAAATAGAT
* * * * * *
23343 AGTTGTTCAAATTGCCAT-ACTTATTTGAACTGTTTCAGTAAAGTGA-TTTATTTTTTAAA---T
130 AATTGATCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTG-TTCA-TAAA--CACTTTA-TTTTTAAATTTT
** * * * * ** *
23403 CCCTTATTAA-CTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTGGGAT-AAGCTTATATGAG
189 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAAGCTTGTATGA-
* * * * * * * * * *
23465 CT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTCATA
252 ATAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAA
* * * *
23529 TAGTCATAACT-GTTTCAATTGATTTGGCAAACAGAT
316 TAGTCATAACTAG-TTGAATTG-TTCGGTAAACAAAT
* * * *
23565 TTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTAA
1 TTATTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * * * * * * *
23630 ATTAGCTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAAT
62 ATAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-ATATTTAAAAT
* * * **
23694 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAAC-TTATTTTTTAAA-
126 AGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-TTCATAAAC--ACTTTA-TTTTTAAAT
* * *
23757 -TCT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTA
186 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT-AAATAAAGCTTGTA
* * * * ** * ** ** *
23819 TG-TTGAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAGATAGGTAGCTGTT
249 TGAAT-AAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATT
* * * * * * ***
23883 CAAATGGCCATAATTATTTAAACTAT-TTTGGTAAATTGAT
312 CAAATAGTCATAACTAGTTGAA-T-TGTTCGGTAAACAAAT
* * *
23923 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTA-TTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTA
* ** ** * * *
23987 GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA-TGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGA-ATTTTAA
61 AATAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-ATATTTAAA
* * * * * * * * *
24050 ATAGACAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATGTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAA
124 ATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCA-TAAACA-CTTT-ATTTTT-AA
* * * * * ** *
24115 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATTAAGCTTGT
184 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAAGCTTGT
* ** * * * * * ** *
24180 ATAAATTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATT
248 ATGAATAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATT
** ** * * * * ** **
24245 TTAGCAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACTTAT
312 CAAATAGTCATAACTAGTTGAA-TTGTTCGGTAAACAAAT
* * * * *
24285 ATA-TTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAAAA
1 TTATTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATA
* ** ** * * * * * * * * *
24348 AGCTTGTATGATTATAAACAATTTTTTTATGA-GAAA-ATAAGGATCATAACTATTTGAGATTGA
65 AGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TTATAAATATTTAAAATAGA
* * * * * * * *
24411 TATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCT
129 TAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC-ATAAACA-CTTTA-TTTTTAAAT-TTT
* * * * * ** * *
24476 TACTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTATTTTGGAT-AAGTTTTTATGA
189 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-TTTAAATAAAGCTTGTATGA
** * * * * * * * *
24540 ATTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGAGGGCATAACGACTTT-ACATAGATAATTGTTT
252 ATAAAAAC-AATTTTTTATGACAAAACAAAA-A-GTCATAAC-AATTTGAAATAGACAATTATTC
* **
24604 AAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-AA-
313 AAATAGTCATAA-CTAGTTGAA-TTGTTCGGTAAACAAAT
** * * * * *
24641 TT-TTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGA
1 TTATTTTTAAATCT-TT--T-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * ** ** * * ** * *
24704 ATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTA-AAACAATTTGAAAT
62 ATAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAA-TATTTAAAAT
* * * * *
24768 AAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTAAATCT
126 AGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCA-TAAACAC-TTTATTTTTAAAT-T
* * * * *
24833 CTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAAT-AAGCTTGTAT
187 TTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAAGCTTGTAT
* * ** * *
24897 GAA-AAGAAACAATTTTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGACAATTATTTA
250 GAATAA-AAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCA
* * ** *
24960 AATAGTCACAACT-GTTTGAAATGTTTCCATAAATAAAT
314 AATAGTCATAACTAG-TTGAATTG-TTCGGTAAACAAAT
* * *** * * *
24998 TTAGCTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTAAATA
1 TTA-TTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
** * * *
25063 ATTTTGCACAAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTTTAAATAGA
65 AGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-ATATTTAAAATAGA
* * * * * * *
25127 TAATTGTTCAAATTGACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAGCTTC
129 TAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC-ATAAACA-CTTTA-TTTTTAAA-TTTT
* * **
25192 TA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTCCCAATAAA-CTTGTATG
189 TACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATT-TAAATAAAGCTTGTATG
* * * * * * *
25255 AATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTCAA
251 AATAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAA
* *
25320 ATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTCGGTAAACAAAT
315 ATAGTCATAACTAGTTG-AATTGTTCGGTAAACAAAT
* * *
25357 TTATTTGTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAA
1 TTATTTTTAAATCTTTTA--T-T-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * *
25422 ATATGCTTGCATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTAAAATA
62 ATAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAATATTTAAAATA
25487 GATAATTGAT-AAATAGTCATAACTATTTG-ATGTGTTCATAAA-ACTTATATTTTTAAATTTTT
127 GATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCATAAACACTT-TATTTTTAAATTTTT
* *
25549 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAAGCTTGTATGAAT
190 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
25614 GAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAAC
254 -AAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAAT
25679 AGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAT
317 AGTCATAACTAGTTGAA-TTGTTCGGTAAACAAAT
* * * *
25714 TCATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATA
1 TTA-TTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * *
25779 AGCTTGTACAAATATAAACAATTGTTTTGCAAT-AAAATAAAAAAAGGTTAT-AATGATTTGAAA
65 AGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTT---ATGACAA-AACAAAAGGTTATAAAT-ATTTAAAA
* * * * *
25842 TAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAG
125 TAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCA---TAAAC-ACTTTA-TTTTTAA
** ** * * * *
25905 ATCCGTTACTTATTAATTTTTATAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAAT-AAGAC-T
184 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAAG-CTT
* * * ** * * * * * **
25968 GTATGGATAGAAACAATTCTCTTATGACAAAACAAATGGTCATCACGATTTGAAGTAAATAATGG
246 GTATGAATAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTA
* * * * *
26033 TTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGCTT-AGTAAACAAAT
310 TTCAAATAGTCATAACTAGTTGAA-TTG-TTCGGTAAACAAAT
* *** * **
26075 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
1 TTA-TTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* ** ** * * * * *
26140 AATATGCTTATATGAATAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT-AATGATTTGAAA
61 AATAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAT-ATTTAAAA
* * * * * **
26204 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTATTTTTAAATC
125 TAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC-ATAAAC-ACTTTATTTTTAAAT-
* * * * * * *
26269 TCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTTA-TTTTATTTTATTCTAAAT-AAG-TTACT
186 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAAGCTT-GT
* * * * * * ** * *
26331 AAGAACTGATAAA-ATTATTTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATA-AAAATTA
248 ATGAA-T-AAAAACAAT-TTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTA
* * * * * * * * *
26394 TTCATATAGTCTTAATTATTTGAATGGGTTTGATAAATACAT
310 TTCAAATAGTCATAACTAGTTGAAT-TGTTCGGTAAACAAAT
*** * * **
26436 TTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCG
1 TTA-TTTTT-AA-ATCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * ** * * * *
26501 AATAAACGTT-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACA-ATTTGAA
61 AATAAGC-TTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-ATATTTAAA
* *
26564 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
124 ATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA
26599 CTAGTTCAAT
Statistics
Matches: 2651, Mismatches: 577, Indels: 312
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 13 0.00
352 101 0.04
353 31 0.01
354 66 0.02
355 240 0.09
356 343 0.13
357 343 0.13
358 418 0.16
359 197 0.07
360 105 0.04
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364 4 0.00
365 60 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
TTATTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
GCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAATATTTAAAATAGATA
ATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCATAAACACTTTATTTTTAAATTTTTACTTAT
TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAAGCTTGTATGAATAAAAACA
ATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAAC
TAGTTGAATTGTTCGGTAAACAAAT
Found at i:27986 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 27380--27993 Score: 892
Period size: 332 Copynumber: 1.8 Consensus size: 333
27370 GTTAAAATTT
* * * *
27380 GTTTTCAAGATCAAGCGCTTACCATTACACCAAAAGCTGTAGCTGATAGTGAAGGCGCAACTCTA
1 GTTTTCAAGATCAAGCGCTTACCACTACACCAAAAGCTATAGCTAATAGTGAAGGCACAACTCTA
* *
27445 TTTCTTTATTCTCTTTTAGTAGCATAGAGTCCTGTACTAAGCTACAGGTGGACATAAGGGGCTTC
66 TTTCCTTATTCTCTTTTAGTAGCACAGAGTCCTGTACTAAGCTACAGGTGGACATAAGGGGCTTC
* * ** * * *
27510 GCAAAACCTTCATGGGATATTTCACCCATTAGGCCTTGGCAGGTTAAATTGCCATACATCAGAAT
131 ACAAAACCTTCATGGGACACCTCACCCATTAGGCCTCGACAGGTTAAATTGCCATACATCAAAAT
* * *
27575 CTGATCCATCATGGGATACCTCACCTAGATGAATCGACATACCGAGTCCTTAAGAGAGACAGCTG
196 CTGATCCACCATGGGATACCTCACCCAGATGAATCGACATACCGAGTCCTTAAGAGAGACAGCTA
27640 GACCCCATAATCCAACA-ATCTCCCCCCAATGGCACTTGGGGGACTCGAACTTGCAACCTCACTT
261 GACCCCATAATCCAACACATCTCCCCCCAATGGCACTTGGGGGACTCGAACTTGCAACCTCACTT
27704 TGATACTA
326 TGATACTA
* * *
27712 GTTTTCAGGATCAAGCGCTTACCACTATACTAAAAGCTATAGCTAATAGTGAAGGCACAACTCTA
1 GTTTTCAAGATCAAGCGCTTACCACTACACCAAAAGCTATAGCTAATAGTGAAGGCACAACTCTA
* * *
27777 TTTCCTTATTCTCTTTTGGTAGCACAGAG-CTTCGTACTAAG-TGACAGGTGGACATATGGGGCT
66 TTTCCTTATTCTCTTTTAGTAGCACAGAGTCCT-GTACTAAGCT-ACAGGTGGACATAAGGGGCT
* * ***
27840 TCACAAAGCCTTCATGGGACACCTCACCCATTGGGCCTCGACAGGTTGGGTTGCCATACATCAAA
129 TCACAAAACCTTCATGGGACACCTCACCCATTAGGCCTCGACAGGTTAAATTGCCATACATCAAA
* * * * *
27905 ATCTGATCTACCATGGGATACCTCACCCAGATGAATCGACATACCGCGTCTTTAAGGGAGACCGC
194 ATCTGATCCACCATGGGATACCTCACCCAGATGAATCGACATACCGAGTCCTTAAGAGAGACAGC
*
27970 TAGACCCTATAATCCAACACATCT
259 TAGACCCCATAATCCAACACATCT
27994 TCTATTTATT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 33, Indels: 5
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 3 0.01
332 239 0.97
333 4 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (333 bp):
GTTTTCAAGATCAAGCGCTTACCACTACACCAAAAGCTATAGCTAATAGTGAAGGCACAACTCTA
TTTCCTTATTCTCTTTTAGTAGCACAGAGTCCTGTACTAAGCTACAGGTGGACATAAGGGGCTTC
ACAAAACCTTCATGGGACACCTCACCCATTAGGCCTCGACAGGTTAAATTGCCATACATCAAAAT
CTGATCCACCATGGGATACCTCACCCAGATGAATCGACATACCGAGTCCTTAAGAGAGACAGCTA
GACCCCATAATCCAACACATCTCCCCCCAATGGCACTTGGGGGACTCGAACTTGCAACCTCACTT
TGATACTA
Found at i:28499 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 28161--32173 Score: 2880
Period size: 181 Copynumber: 22.2 Consensus size: 181
28151 CACTATCAAA
* * ** * *
28161 TTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-ATACTGAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATT
** * * * ** * *
28224 GTTTTACAATAAAATAAAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
28289 TTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTTTAATTTCTTTCTTATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
28342 TTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * ** * *
28407 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAACTAT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
28472 TTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTA-TTTTTAAA--TC-T--TTATTAAT
131 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * **
28517 TTTTGAAATAGTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TACCAATTATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA--AA--A--
* * * *
28581 CTGAATAATTGGTATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATGACA-G-TTAGAAATAGATTATAG
60 C-----AATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-ATGATTTGAAATAGATAATTG
** * * *
28644 TTCAAATAGAAATTACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTA
112 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
28709 TTAAT
177 TTAAT
* * * *
28714 TTTT-AGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTTTATGAA-TAGAAACAAT
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAAT
* ** * *
28776 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
28841 ATTTAAACTCGCTC-GATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAAC
129 ATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
28894 TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATT
* *
28958 AG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
65 -GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
29022 ATTTGAA-TGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAAC
129 ATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * * *
29074 TTTTGGAATATTAATTAATTTA-TAGTATGTTATTCAAAATAAGCTTGGATGAA-TAGAACCATT
1 TTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAAT
* * * * * * *
29137 TGTTTTCTGAGAAAAGAAAAGGTCAGAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAAAC
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * ** * *
29201 TCTTTGAACTTTTTCAGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTAATCATTAA-
128 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
29255 TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATGTTAACTAAAACAGTT
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * * *
29320 GTTTTAAT-ACAAAATAAAAGATCACAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT
65 GTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
29384 ATTTGAAATTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * * * *
29437 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTT-AATAAGCTTATATGAACAAAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * *
29501 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-AATT----T-G----TTGCTT-AAATAGTCATAACG
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
29555 ATTTAAACTTGTGT-GGTGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAT
129 ATTTGAACTTGT-TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** *** * * * **
29608 TGTCTT--AATATCAATAAATTTCTATTATTTTATCCAAAATAGGCTTGTTTGAAC-AGATGAAC
1 T-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA-
* * *
29670 TCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-A-GCATTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
63 T-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
29732 AATTATTTAAACTTGTTCTGTAAATA-ATTTCATTTTTTGAATCTCTTAATTATTAAT
125 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * * * * * *
29789 TTTTGGAATATTAACAGCTTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* ** * *
29854 TTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
29917 TTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAAT
131 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT
* * * *** *
29968 TTTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* * * * * * * *
30032 GTTTTATAATAGAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATA-ATTAACTGCTT-AAATAATC--AAT
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* *
30093 TATTTGAACTAGATTGA-TGAAA-AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
128 TATTTGAACTTG-TTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
30143 TTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTATTTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * ** *
30207 TTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TCA
66 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-A
* * * * * *
30271 TTAGAACTAGTT-AGGTAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
30323 TTTTGAAATATCT-ATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAAAA
1 TTTTGAAATAT-TAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAA
* * * ** ** * * * *
30386 TTATTTTTTGACAAGACAAAAGGTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAATCTTAAC
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * ** *
30451 AAGTTAAACTAGTT-TGACAAACAAATTTAAATTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
128 TATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
30505 TTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATGAAC-ATAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* * * * * * * * * *
30569 ATTTTATAATAGAACAAAATGTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAACT
65 GTTTTATGACAAAACAAAA-G--------GT-CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
30634 AGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
119 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** *
30696 TTTTGAAAGATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATATGCTTGTATGATA-TAAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAAT
* * * * * * *
30759 TGTTATATGATC-AAACAAAAAG-CAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGTGATAA
64 TGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** ** * *
30822 TTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
127 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* *
30873 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAGCAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATT
* * * * * **
30937 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTGTAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
31002 TTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *** ** * *
31054 TTTTAAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGTTATCCTTTTATGAACTGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * * * *
31119 TTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTAT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
31184 TT-AACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCTTATTAAT
131 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
** * * * * * ** * * * *
31235 TTTCCAAATGTTACTATATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAATAAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATT
* * * ** * * * * * * *
31299 ATTTTTTGACTAAACAAAATATCATAACGATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGT-TTAAATT
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACT
* * * * * *
31363 ATTTGAACTGGTTTC-GCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAAT
129 ATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
31416 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATTTGAATAAGCTTCTACGATA-AAAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAAT
* * ** * * * *
31480 T-TTTTAATGACAAAACAAAA-ATCTTAACAATTTGAGATTGAAAATTGTTCAAATATTCA-AAC
64 TGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
31542 TTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
128 -TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
31597 TTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAA
1 TTTTGAAATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * ** * * *
31662 TTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAAT
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * *
31727 TATTTTTA-TTAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
128 TATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* *** *
31781 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAAGCTTGTACT-AACTAAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-TGAACTAAAACAATT
* * * * * * * * *
31845 ATTTTATGATAAATCAAATGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG-CAATAACT
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT
* * * *
31909 ATTTGAATTTGTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-TTGTAATTAATT
129 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-T-ATTAA-T
* * * *
31964 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * * * * *
32028 TTTTATAACTAAAACAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACGA
66 TTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
32093 TTTGAACTTATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
32145 TTTTAAAATATTATTGAATTAGTATTATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
Statistics
Matches: 3023, Mismatches: 637, Indels: 343
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.00
171 120 0.04
172 6 0.00
173 3 0.00
174 74 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
Found at i:29724 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 29703--29742 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
29693 TTATAGCATT
*
29703 TTTAAATAG-ATAATTG
1 TTTAAATAGCATAATTA
29719 TTTAAATAGTCATAATTA
1 TTTAAATAG-CATAATTA
29737 TTTAAA
1 TTTAAA
29743 CTTGTTCTGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.43
18 12 0.57
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATAGCATAATTA
Found at i:31775 original size:727 final size:721
Alignment explanation
Indices: 30633--32173 Score: 1697
Period size: 727 Copynumber: 2.1 Consensus size: 721
30623 ATTCTTCAAC
* *
30633 TAGTCATAATTATTTGAACTGG-TTCAGTAAACAATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
1 TAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTC-GTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
30697 TTTGAAAGATTATGAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATATGCTTGTATGATATAAAACAATTG
65 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTCTACGATAAAAAACAATTG
* * *
30761 TTATATGATCAAACAAAAAGCAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGTGATAATTAT
130 TTATATGATCAAACAAAAAGCAACAA-GATTTGAAATAGAAAATTATTAAAATAGTCATAATTAT
* * **
30826 TTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
194 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA
* *
30891 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
259 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** * *** **
30956 GGTTATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAA
324 GCTCATAACGATTTCAAATAAATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTAATTCAGTAAA
*
31021 CAAATTTACTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAAGAAATTATTATTATTTT
389 CAAATTTACTTTTTTAAACTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
31085 ATTTTGGT-TATCCTTTTA-TGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAT-GTCATAAT
453 ATTTT-GTCTAACCTTGTACT-AACTAAAACAATTATTTTATGAT-AAAAC-AAATGGTCATAAC
* * * *
31146 GATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAATC-ATAACTATTT-AACTTGTTCGGTAAATAGATTTA
514 GATTTTAAATAAACAATTACTCAAAT-AGCAATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAATAGATTTA
* * * *
31209 TTTTTTCAAATCTCTTTCT-T-ATTAATTTTCCAAATGTTACTATATTTGGATTATTTTATTCCA
577 TTTTTTCAAATCTCTTT-TGTAATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTCCA
* * * * * * * *
31272 AATAAGCTTGTAAGATATGAAATAAATATTTTTTGACT-AAACAAAATATCATAACGATCTGAAA
641 AATAAGCTTGTAAGAGATAAAACAAATATTTTATAACTAAAACAAAAGACCAAAACGATCTGAAA
31336 TAGATAATTATTCTAA
706 TAGATAATTATTCTAA
* * * * *
31352 TGGT-TTAAATTATTTGAACTGGTTTCGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAAT
1 TAGTCTT-AATTATTTGAACTGGTTTCGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** *
31416 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-TGAATAAGCTTCTACGATAAAAAATAAT
64 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTT-ATTCCAAATAAGCTTCTACGATAAAAAACAAT
* * * * * * *
31480 T-TTTTAATGA-CAAAACAAAAATCTTAAC-A-ATTTGAGATTGAAAATTGTTCAAATATTCA-A
128 TGTTAT-ATGATC-AAACAAAAAGC--AACAAGATTTGAAATAGAAAATTATTAAAATAGTCATA
* *
31540 ACTTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAA
189 A-TTATTTGAACTAATTCGGTAAAC-AAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTCAA
* ** *
31604 ATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTT
248 ATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * **
31669 ATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTT
310 ATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAAATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGA
* * *
31734 ATTAATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAA
375 ATTAATTCAGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAAGAA
* * *
31798 ATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAAGCTTGTACTAACTAAAATAATTATTTTATGATAAATCAAA
439 ATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAACCTTGTACTAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * * *
31863 TGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGCAATAACTATTTGAATTTGTTGATAAA
504 TGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTACTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTTGTTGATAAA
* *** *
31928 TAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTTGTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATT
569 TAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTTTGTAATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGGATTAATT
*** * * * * * *
31993 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTGTTTTATAACTAAAACAAAAGGCCAAAATGA
634 TATTCCAAATAAGCTTGTAAGAGATAAAACAAATATTTTATAACTAAAACAAAAGACCAAAACGA
*
32058 TTTGAAATAGATAATTATTCTAA
699 TCTGAAATAGATAATTATTCTAA
** *
32081 TAGTCTTAACGATTTGAACT--TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAA
1 TAGTCTTAATTATTTGAACTGGT-TTCG-TAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
32144 TTTTTAAAATATTATTGAATTAGTATTATT
63 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 111, Indels: 56
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
718 1 0.00
719 25 0.04
720 111 0.16
721 44 0.06
722 6 0.01
723 3 0.00
724 23 0.03
725 2 0.00
726 23 0.03
727 256 0.38
728 74 0.11
729 107 0.16
730 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (721 bp):
TAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTCGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTCTACGATAAAAAACAATTGT
TATATGATCAAACAAAAAGCAACAAGATTTGAAATAGAAAATTATTAAAATAGTCATAATTATTT
GAACTAATTCGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGC
TCATAACGATTTCAAATAAATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTAATTCAGTAAACA
AATTTACTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT
TTGTCTAACCTTGTACTAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTTA
AATAAACAATTACTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTTGTTGATAAATAGATTTATTTTTTCAA
ATCTCTTTTGTAATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTCCAAATAAGCTTG
TAAGAGATAAAACAAATATTTTATAACTAAAACAAAAGACCAAAACGATCTGAAATAGATAATTA
TTCTAA
Done.