Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168112.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_357, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31808
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Found at i:1205 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3--4604 Score: 2664
Period size: 181 Copynumber: 25.6 Consensus size: 180
1 AC
* * * *
3 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTG-TATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
68 AGGTTAT-AACGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATCTAGTTTGGT
64 AGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTCGAT
* * * *
131 -AACA-ATTTATTTTTAAAAT-T-TTTCTTATTAA-TTGTCAAATATTAATAAA
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * ** * * * *
180 TTAGTATTATTTTAATATGAATAAATTTTTATGAA-TAGAAATTATT-TTTTGTAATAGAACAAA
1 TTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** ** * * ** * * * *
243 AAATTGTAACA--ATTTTAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGAT
64 AGGTCATAA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGAT
* *
306 -AA-AGATTTATTTTTAAAATC-C--A-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
354 TTAGTATTA-TTT-TCTAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
1 TTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
417 GTCATAGCA--ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAA
66 GTCATA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAA
* * *
480 ATAGAATTT-TTTTTTAAATCT-TTACATATTAA-TTTTGAAATGTTAATAAA
129 ACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
530 TTTA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAAGTGAAAA-AATTTGTTTTATGACAAAATA
1 -TTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAA-TTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
593 AAA----AT--A--ATTTGAAAATAGCATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGTGGACTAAG
62 AAAGGTCATAAATGATTTG-AAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT-T-GAAT-TG
* * * * * * * ** *
650 TTTGA-CAACAAATTTCA-TTTTCAATTCTC-TAGTTATTAATTTTGGAAATATTTTTATA
121 TTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *
708 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * **
772 AGGTTA-ATAACGATTTGAAGTATAG-CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCG
64 AGGTCATA-AATGATTTGAA--ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCG
* * * *
835 GTAAATAGATTTATTTTTAAAAATCTCTTACTTATTAA--TTTGAAAGATTAATAAA
125 ATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
890 TTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATTAAAAACAATTGTTATAT-ACACAAATAA
1 TTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAATT-AAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAA
* * * * * * *
953 AAGGTAAT-AGTGATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT-AACCTGATTC
63 AAGGTCATAAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-TTC
* * * * * * *
1016 GGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTGATTATTGAAATATTAATAAA
124 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *
1073 TTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATAAATTCAAAC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
1137 GGTCATAAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATATGTTCGTTAA
65 GGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCGATAA
* * * *
1202 ACAAATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAAATTTTTG-ACTATTAAGAAA
129 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * *
1251 TTAGTATTATTTTAATTTTGGATAAGCTT-TATGAACTCAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAC
1 TTAGTATTATTTT-A-TTTCAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
1315 TGGTCAT-AATGATTTTAAATAAATAATAGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTTGGGT
64 AGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-TTCGAT
* * * *
1379 AAACAGATTTATTTTTTCATATCAT-TTCCTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
127 AAACAGATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
1434 TTTAG-ATTA-TTTACTCCGAATAAAG-TTGTA-AAATATGAAACAAATAT-TTTTATGACTAAA
1 -TTAGTATTATTTTATTTC-AAT-AAGCTTGTATGAAT-TAAAAC-AAT-TGTTTTATGACAAAA
* * * * ** * *
1494 CAAAAGGT--TAGAATTATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGAATTGACT
60 CAAAAGGTCATA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TT
* * * * *
1557 CGACAAACACATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTATTAGA
123 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * * * *
1614 TTAGTATTATTTT-TAACAAAATAAGTTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTTGTATGATAAAA-TA
1 TTAGTATTATTTTATTTC--AATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * *
1676 TAGATC-TTAACGATTTGAGATTA-ATAATTATTTACATAGTCATAACTATTTGGAACTGGTTTG
63 AAGGTCATAAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAA-TTGTTCG
* *
1739 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAATATTAATAAA
125 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA
* * * *
1796 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTG-ATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * ** *
1860 AGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATCG-TCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCAATA
65 GGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGTTCGATA
* * * *
1922 AACTGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTTGTAAGTATTAATAAA
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAA
* * * * * * * *
1975 TTAGTATTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGTTTTATGAGAAATCAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * **
2040 AGTTTTAACA--ATTTTAAATTA-ATAATTGTTAAAATAGTAATAACTATTCAAACTTGTTCGAT
65 GGTCATAA-ATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGAT
* * * *
2102 AGACAGATTTATTTTTTAAAATCTATTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
127 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** *
2157 TTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * * * *
2222 TATCA-AAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTAAACTGATTC-AGTA
65 GGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGA-TA
* * *
2285 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * **
2338 TTAGCATTATTTTA-ATCAGAATAAGCTTGCATGAA-TAAAACAATTGTTCTACAACAAATGA-A
1 TTAGTATTATTTTATTTC--AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACA
* * *
2400 AAAGGTCAT-AACGATTTGGAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTTTTAATTTAACT
62 AAAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---T--C---------A--TAACT
* * * * *
2464 ATTTGAATTAGCTC-AGTAAACACATTTATTTTGTAAATTTCTTACTTATTAATCTTTGAAATAT
111 ATTTGAATT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
**
2528 TCTTAAA
174 TAATAAA
** * * *
2535 TTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-ATAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTAT-TTC-AATAAGCTTGTATGAATTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
2598 ATA--TC-TTAACGACTTGAGATTA-ATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
63 A-AGGTCATAAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCG
* *
2659 ATAAACA-TTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAAT-TGTAATAAA
125 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAA
* *
2713 TTAGTATTATTTTATTTCATATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * ** *
2777 AGGTCATAAATGATTTAAAATAGATAATCATTCAAA-CGGCTATAATTATTT-AACTAATTCGGT
64 AGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGTTCGAT
* * *
2840 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAA
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAA
* * * * * * **
2893 TTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATGAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
2958 GGTTAT-AACGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGACCTTGTTCGTTAA
65 GGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTCGATAA
* * *
3022 ACAGATTTATTTTTTTAAACCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAA
129 ACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
3074 TTAGTATTAATTTATTCTAAATAGGCTTGT-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
3138 TGT--TAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAATTGATTCGACA
65 GGTCATA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGATA
* * * * * *
3201 AA-AAAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAA
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** * * * *
3253 TTTGCATTATTTTAATAAAAAAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTACGACAAAAGAAAAG
1 TTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-
* * * * * * *
3317 AGGTCATAACA--CTTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGAC
64 AGGTCATAA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGAT
** * * ** * * **
3380 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAAAATATTCTTAAA
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * * * *
3434 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAA-CAGGACCAATTGTTTGATGACAAAATAAG
1 TTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-
* * * * * * *
3498 AA-GTTA-AAATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTT-TAG
63 AAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCGA-
* * * *
3560 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAA
126 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
3616 TTAGAATTTTTTTATTTCGAATAAACTTATATTAATGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * *
3681 GGTCATAACA--ATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TAGC
65 GGTCATAA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGA-T
* * * *
3743 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAA
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * ** * *
3797 TTAGTATTACTTTATTCCGAATATGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * *
3862 GGTTATAACA--ATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTA
65 GGTCATAA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGATA
* * *
3924 AACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTCTTGAAATATTATTAAA
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
3973 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCA
1 TTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAATT-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CA
* * * * * * *
4036 AAA-GTAAT-AATAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA----T---T
62 AAAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGAT
* *
4092 -----GATTTATTTTTTAAATGTCTTA-T---TAACTTTTGAAATATTAATACAA
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AA
* * * *
4138 -TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** **
4201 GGTCAT-AATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATCA-TCGTAACTATTCAAATTTGTTTAATA
65 GGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATA
* * * * *
4264 AACAAATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
128 AACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
4318 TTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
4383 TGTTA-AAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-AGC
65 GGTCATAAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGA-T
* * * *
4445 AAACACATTTTTTTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AGTTTTAG-AATATTAATAAA
127 AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * ** * *
4496 TTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTAT-AATCCGAAATAATTACTTTATGAGAAAA-TAA
1 TTAGTATTA-TTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * *
4559 AGATCAT-AATGATTT-AAGATTGATATTTAG-TCAAATAGTCATAACT
64 AGGTCATAAATGATTTGAA-ATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACT
4605 TGCTTTTTAA
Statistics
Matches: 3459, Mismatches: 702, Indels: 528
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.00
163 48 0.01
164 66 0.02
165 6 0.00
166 4 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
171 21 0.01
172 63 0.02
173 18 0.01
174 44 0.01
175 109 0.03
176 139 0.04
177 158 0.05
178 315 0.09
179 308 0.09
180 521 0.15
181 636 0.18
182 600 0.17
183 190 0.05
184 49 0.01
185 5 0.00
186 5 0.00
191 1 0.00
193 1 0.00
195 1 0.00
196 26 0.01
197 98 0.03
198 18 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGATAAAC
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
Found at i:1353 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 707--1393 Score: 463
Period size: 182 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
697 ATATTTTTAT
* * * * * * *
707 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATAAACT-CAAA-CATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
771 AAGGTTA-ATAACGATTTGAAGTATAGCAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCA-G-TT
64 AAGGTCATA-AATGATTTTAAATA-AACAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTT
* * * ** *
833 CGGTAAATAGATTTATTTTTAAAAATCTCTTACTTATT-AA--TTTGAAAGATTAATAA
126 CGGTAAACAAATTTA-TTTT--AAA-CTCTTGCTTATTAAATTTTTG-ACTATTAAGAA
* * * * * * * * *
889 ATTACTATTATTTTATTTTGAA-TAAACATATAT-GATTAAAAACAATTGTTATAT-ACACAAAT
1 ATTAGTATTATTTTATTTT-AACTAAGCTTGTATAAACT-CAAAC-ATTGTTTTATGACA-AAAC
* * * * * * * * * ** *
951 AAAAGGTAAT-AGTGATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT-AACCTGAT
62 AAAAGGTCATAAATGA-TTTT-AAATAAACAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTT
* * * * * * *
1014 TCGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATT-GATTATTGAAATATTAATAA
125 TCGGTAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAAATTTTTG-ACTATTAAGAA
*
1072 ATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATAAATTCAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATAAACTCAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
1137 GGTCATAAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATATG-TTCGTTA
66 GGTCATAAATGATTTTAAATAAACAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTTCGGTA
1201 AACAAATTTATTTTAAACTCTTGCTTATTAAATTTTTGACTATTAAGAA
131 AACAAATTTATTTTAAACTCTTGCTTATTAAATTTTTGACTATTAAGAA
* * *
1250 ATTAGTATTATTTTAATTTTGGA-TAAGCTT-TATGAACTCAAACAATTGTTTTATGTCAAAACA
1 ATTAGTATTATTTT-ATTTT-AACTAAGCTTGTATAAACTCAAAC-ATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * * *
1313 ACTGGTCAT-AATGATTTTAAATAAATAATAGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTTGG
63 AAAGGTCATAAATGATTTTAAATAAACAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTTCG
*
1377 GTAAACAGATTTATTTT
128 GTAAACAAATTTATTTT
1394 TTCATATCAT
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 72, Indels: 47
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 87 0.21
179 68 0.17
180 2 0.00
181 70 0.17
182 119 0.29
183 62 0.15
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATAAACTCAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAAATGATTTTAAATAAACAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTTCGGTA
AACAAATTTATTTTAAACTCTTGCTTATTAAATTTTTGACTATTAAGAA
Found at i:1432 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 3--4508 Score: 1592
Period size: 361 Copynumber: 12.5 Consensus size: 358
1 AC
* * * * * * *
3 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTG-TATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
68 AGGTTAT-AACGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATCT-AGTTTGG
64 AGGTCATAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGA-TTCGA
* * *
130 T-AAC-AATTTATTTTTAAAAT-T-TTTCTTATT-AA-TTGTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
128 TAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * * * *
189 TTTTAATATGAATAAATTTTTATGAA-TAGAAATTATTTTTTGTAATAGAACAAAAAAT--T-GT
192 TTTTAATAT--ATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTT-T-AT-GTA-AAACAATGGTCTT
* * * * * * *
250 AACAATTTTAAATAAATAATTA-CTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGAT-AA-AGAT
250 AACGATTTTAAATTAATAA-TAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGAT
* * *
312 TTA-TTTTTAAA--A-TCCATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAGA
314 TTATTTTTTAAATCATTTC-TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
* * * * * * ** *
354 TTAGTATTA-TTT-TCTAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
1 TTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
417 GTCAT-AGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTGGTTAGGTAA
66 GTCATAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGATTCGATAA
* * * * *
480 ATAGAATTTTTTTTTAAATCT-TTACATATT-AA-TTTTGAAATGTTAATAAATTTA-TTTTATT
131 ACA-AATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * ** * * * *** **
541 TTATTCTGAATAAGCTAGTATGAAGTGAAAAAATTTGTTTTATG-ACAA-AA---TAAAAATAAT
194 TTAATAT--ATAAGCTTCTATGAACTGAAACAA-TTGTTTTATGTAAAACAATGGTCTTAACGAT
* * * * * * * * * *
601 TTGAAAATAGCATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGTGGACTAAGTTTGA-CAACAAATTT
256 TTTAAATTA--ATAATAGTTTAAATAGTCATAACTA-TT-TGAACT-TGTTTGATAAACAGATTT
* * ** * * ** *
665 CA-TTTTCAATTC-TCTAGTTATTAA-TTTTGGAAATATTTTTATA
316 -ATTTTTTAAATCAT-TTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
* * * * * *
708 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * **
773 GGTTA-ATAACGATTTGAAGTATAG-CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ACCAGTTC
65 GGTCATA-AACGATTT-AA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGA-TTC
* * * * *
834 GGTAAATAGATTTATTTTTAAAAATCTCTTACTTATT-AA--TTTGAAAGATTAATAAATTACTA
126 GATAAACAAATTTATTTTT--AAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * ** * * **
896 TTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATTAAAAACAATTGTTATATACACAAATAAAAGGTAA
189 TTATTTTAATAT--ATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTA-AAA-CAATGGTCT
** * * * * * * * *
960 TAGTGATTTTTGAAA-TAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT-AACCTGATTCGGTAAAC
249 TAACGA-TTTT-AAATTA-ATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAAC
* * * * * * *
1023 AAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTGA-TTATTGAAATATTAATAAA
310 AGATTTATTTTTTAAATCA-TTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
* *
1073 TTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATAAATTCAAAC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
1137 GGTCATAAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATATG-TTCGTTA
65 GGTCATAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGATTCGATA
* * *
1201 AACAAATTTA-TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAAATTTTTG-ACTATTAAGAAATTAGTATTATTT
130 AACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
1263 TAATTTTGGATAAGCTT-TATGAACTCAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAACTGGTCATAATGA
195 TAA-TAT--ATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGT-AAAACAA-TGGTCTTAACGA
* * * *
1327 TTTTAAATAAATAATAGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTTGGGTAAACAGATTTATT
255 TTTTAAATTAATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATTTATT
* *
1392 TTTTCATATCATTTCCTTTTTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
319 TTTT-AAATCATTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
** *
1434 TTTAG-ATTA-TTTACTCCGAATAAAG-TTGTA-AAATATGAAACAAATAT-TTTTATGACTAAA
1 -TTAGTATTATTTTA-TTTGAAT-AAGCTTGTATAAAT-TGAAAC-AAT-TGTTTTATGACAAAA
** * * ** * *
1494 CAAAAGGT--TAGAATTATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGAAT-TGAC
60 CAAAAGGTCATA-AACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGAT
* * * * *
1556 TCGACAAACACATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAA-TTTTGAAATATTATTAGATTAGTA
124 TCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
1620 TTATTTTTAACAAAATAAGTTTCTATGATCAGAAACAATTGTTGTATGATAAAA-TATAGATCTT
189 TTA-TTTTAA-TATATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAAT-GGTCTT
* * * * *
1684 AACGATTTGAGATTAATAATTA-TTTACATAGTCATAACTATTTGGAACTGGTTTGATAAACATA
250 AACGATTTTAAATTAATAA-TAGTTTAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTTTGATAAACAGA
** *
1748 TTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAAAAATATTAATAAA
313 TTTATTTTTTAAATCAT-TT-CTTATTAATTTTT-TGAATGTTAATAAA
* * * * ** *
1796 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGT-GATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
1860 AGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATCG-TCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTA--ATTCAA
65 GGTCATAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TATGATTCGA
** * * *
1920 TAAACTGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT--ATTTTTGTAAGTATTAATAAATTAGTATT
128 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** *
1983 ATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGTTTTATG-AGAAATCAAAAAGTTTTA
191 ATTTTAAT--ATATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTA-AAA-C-AATGGTCTTA
* * * * ** * *
2047 ACAATTTTAAATTAATAATTGTTAAAATAGTAATAACTATTCAAACTTGTTCGATAGACAGATTT
251 ACGATTTTAAATTAATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTT
2112 ATTTTTTAAAATCTATTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
316 ATTTTTT-AAATC-ATTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
* * * *
2157 TTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * *
2222 TATCA-AAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTT-AA-ACTGATTC-AG
65 GGTCATAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA-TGATTCGA-
* * *
2283 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTA
128 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *** * * *
2347 TTTTAATCAGAATAAGCTTGC-ATGAA-TAAAACAATTGTTCTACAACAAATGAAAAAGGTCATA
192 TTTTAAT-A-TATAAGCTT-CTATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGTAAA--ACAATGGTCTTA
** * * * * *
2410 ACGATTTGGAA-TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTTTTAATTTAACTATTTGAATTA
251 ACGATTTTAAATTA-ATAATAGTTTAAATAGTCATAACTA-----T--TTGAAC---TTG--TT-
* * * * * * **
2474 GCTCAGTAAACACATTTATTTTGTAAATTTC-TTACTTATTAA-TCTTTGAAATATTCTTAAA
302 --TGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCATTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
**** * * ** *
2535 TTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTAT-GATAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAA
1 TTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
2599 TA--TC-TTAACGACTTGAGATTA-ATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCA
64 -AGGTCATAAACGA-TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGATTCG
* *
2659 ATAAAC-ATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AA-TTTTGAAAT-TGTAATAAATTAGTAT
127 ATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTAT
* * * ** * *
2720 TATTTTATTTCATATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
190 TATTTTA-AT-ATATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAAC-AATGGTC-TT
* * * * * * ** * *
2785 AATGA-TTTAAAATAGATAATCA-TTCAAA-CGGCTATAATTATTT-AACTAATTCGGTAAACAG
250 AACGATTTTAAATTA-ATAAT-AGTTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAG
* * *
2846 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT-A-TTTTAGTAAGTATTAATAAA
312 ATTTATTTTTTAAATCATTT-CTTATTAATTTTTTG-AA-TGTTAATAAA
** * * * * **
2893 TTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATGAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
2958 GGTTAT-AACGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGACCT-TG-TTCGTT
65 GGTCATAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATATGATTCGAT
* * * *
3020 AAACAGATTTATTTTTTTAAACCTCTTTCTTATT-AATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
129 AAACAAATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-
** * * * * *
3083 ATTTATTCTAAATAGGCTTGT-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GT-TAGA
191 ATTT-TAATATATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAAC--AATGGTCT-TA
* * * * * * * * * *
3145 ATGATTTCAAA-TAGATAATTGTTCT-AATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTCGACAAA-AAA
251 ACGATTTTAAATTA-ATAATAGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAGA
* * ** * *
3206 ATTATTTTTTAAAT-ATCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAA
313 TTTATTTTTTAAATCAT-TT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
* * * ** * * * * * *
3253 TTTGCATTATTTTAATAAAAAAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTACGACAAAAGAAAAG
1 TTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-
* * * * * * *
3317 AGGTCAT-AAC-ACTTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTTGA
64 AGGTCATAAACGA-TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGATTCGA
* ** * * * ** * * **
3379 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATT-AAGTTTTAAAATATTCTTAAATTAGTATTA
128 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** ** * * * * * * *
3443 TTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACAGGACCAATTGTTTGATGACAAAATAA-GAAGT-TAAA
192 TTTTA--ATATATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAATG--GTCT-TA
* ** * * * * * *
3506 ATGATTAGAAA-TAGATAGTTA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTT-AGTAAATAGA
251 ACGATTTTAAATTA-ATA-ATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGA
* * ** *
3568 TTTACTTTTTAAATC-TCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAA
313 TTTATTTTTTAAATCAT-TT-CTTATTAATTTT-TTGAATGTTAATAAA
* * * * * *
3616 TTAGAATTTTTTTATTTCGAATAAACTTATATTAA-TGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATAAATTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * *
3680 AGGTCAT-AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTA-GTTTAG-
64 AGGTCATAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGATTCGA
* * * * * *
3742 CAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATT-AATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATT
128 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * *
3805 ACTTTATTCCGA-ATATGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT-TAT
191 ATTTTAAT---ATATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAAC-AATGGTCT-T
* * * * *
3868 AACAATTTGAAA-TAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGA
250 AACGATTTTAAATTA-ATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGA
* * * *
3930 TTTATTTTTTAAATC---TGTTATTAA-TTCTTGAAATATTATTAAA
313 TTTATTTTTTAAATCATTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
* * * *
3973 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCA
1 TTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAATTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CA
* * * * * * *
4036 AAA-GTAATAATA--ATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAT-TGATT-
62 AAAGGTCATAA-ACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGATTC
* *
4096 --T------A--T-TTTTTAAA--T-GT-CTTATT-AACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTAT
126 GATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTAT
* * * * * * * *
4144 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
190 TATTTTAATAT--ATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAAC-AATGGTCTTA
* * * * * ** * * *
4208 ATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATCA-TCGTAACTATTCAAATTTGTTTAATAAACAAATT
251 ACGATTTTAAATTAATAATAGTTTAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATT
* *
4272 TATTTTTTCAAATTTC-TTGCTTTTTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
315 TATTTTTT-AAA--TCATTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
** * * * * *
4318 TTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
4383 TGTTA-AAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCAGC
65 GGTCATAAACGATTT-AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGATTC-G-
** * * *
4445 A-AACACATTTTTTTTTTTAAATCTCTTAC----TAAGTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
127 ATAA-ACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
4504 ATTTT
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TCATTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
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* *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
2943 TATGACTAATGAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAA
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* * * * * **
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* * * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * *
3721 TAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAA
* * * ** *
3786 ATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTCCGAATATGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
66 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AATTATATGAAC-AAGACAATTGTTTTATG
* *
3851 ATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCA
129 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
3901 TAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTCTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAA
* **
3962 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTATATTGAA-AAG-CAATTGTTTTA
66 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA--AAT-TATA-TGAACAAGACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
4025 GGAGAAAACCAAAA-GTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCA
127 TGACAAAA-CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
*
4078 TAATTATTTGAA
1 TAACTATTTGAA
4090 TTGATTTATT
Statistics
Matches: 1154, Mismatches: 240, Indels: 117
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 79 0.07
177 41 0.04
178 120 0.10
179 139 0.12
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181 266 0.23
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183 30 0.03
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAA
ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTATATGAACAAGACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:4657 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 4478--4736 Score: 305
Period size: 137 Copynumber: 1.9 Consensus size: 138
4468 TCTTACTAAG
* * *
4478 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTAT-AATCCGAAATAATT
1 TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAA-CCGAAACAATT
* * *
4542 ACTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAATGA-TTTAAGATTGATATTTAG-TCAAATAGTCATAAC
65 ACTTTATGAGAAAACAAAAGATC-TAATGACTTTAA-ATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAC
4604 TTGCTTTTTAAT
127 TTGCTTTTTAAT
* * * * *
4616 TTTTA-AAAATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATT
1 TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTTATCTGA-ATAAGCTTGTATGAACCGAAACAATT
* * *
4679 ATTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
65 ACTTTATGAGAAAACAAAAGATCTAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
4737 AATCTATTCG
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 14, Indels: 11
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
136 9 0.09
137 75 0.74
138 18 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (138 bp):
TTTTAGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTA
CTTTATGAGAAAACAAAAGATCTAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTGC
TTTTTAAT
Found at i:5056 original size:492 final size:497
Alignment explanation
Indices: 4114--5096 Score: 1240
Period size: 492 Copynumber: 2.0 Consensus size: 497
4104 AAATGTCTTA
*
4114 TTAACTTTTGAAATATTAATACAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAAC
1 TTAACTTTTGAAAAATTAATACAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAAC
* * *
4179 AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATCATCGTAA
66 AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATCATCGAAA
* * * **
4244 CTATTCAAATTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTTTTAATTTTTTGAAT
131 CTATTCAAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAAT
* * * *
4309 GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGAC
196 GTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCTATAAC
* * * *
4374 TAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAATTAAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
261 TAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAGTAAAAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGG
*
4439 TTCAGCAAACACATTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
326 TTCAGCAAACACATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** *
4504 ATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATAATCCGAAATAATTACTTTATGAGAAAATAAAGATCATAAT
391 ATTTTAATCCGAATAAGCTTATATAATAAGAAACAATTACTTTATGAGAAAATAAAGATCATAAT
* * *
4569 GATTTAAGATTGATATTTAGTCAA-ATAGTCATAACTTGCTTT
456 GATTTAAGATAGACAATT-GTCAATATAGTCATAACTTGCTTT
* * * *
4611 TTAA-TTTTTAAAAATTAATA-AAGTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGAACTGAA
1 TTAACTTTTGAAAAATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTACGAACTAAA
* *
4673 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTC
64 ACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATCA-TC
* * * *
4736 -AAATCTATTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTT-AAATCTCTTGCTCATTAATTTTT
127 GAAA-CTATTCAAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTT
* * * * * *
4798 TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAGGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTTT
191 TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCT
* * * * *
4863 ATAACTAAACAACAGGTCAAAA-GATTTG-GAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAGCTATTTG
256 ATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAGTA-AAAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTG
* * * * * * *
4926 AA-TCGGTTCGGTAAATACA-TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
320 AACT-GGTTCAGCAAACACATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAAT
** *
4989 TAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGTTG-AAATAAA
384 TAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATAT-AATAAGAAACAATTACTTTATG-AGAAAATAAA
*
5052 GATCATAATGATTTAAGATAGACAATTGTTAATATAGTCATAACT
447 GATCATAATGATTTAAGATAGACAATTGTCAATATAGTCATAACT
5097 ATTTAAACTA
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 59, Indels: 25
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
491 4 0.01
492 128 0.31
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496 107 0.26
497 24 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (497 bp):
TTAACTTTTGAAAAATTAATACAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAAC
AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATCATCGAAA
CTATTCAAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAAT
GTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCTATAAC
TAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAGTAAAAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGG
TTCAGCAAACACATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTAATCCGAATAAGCTTATATAATAAGAAACAATTACTTTATGAGAAAATAAAGATCATAAT
GATTTAAGATAGACAATTGTCAATATAGTCATAACTTGCTTT
Found at i:5749 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4611--8367 Score: 2914
Period size: 181 Copynumber: 21.0 Consensus size: 179
4601 AACTTGCTTT
* * * * * *
4611 TTAATTTTT-AAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* *
4675 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
4737 AATCTATTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTCA
128 AA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
4789 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAGGCTTGTATGAATTA-AA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * * * * * * * *
4852 ATAATTGTTTTATAACTAAACAACAGGTCAAAAGATTTGGAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
4917 AGCTATTTGAA-TCGGTTCGGTAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
128 AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *** * *
4965 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
*** * * *
5030 AATTGTTTTATGTTGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGACAATTGTT-AATATAGTCA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCA
* ** * * * *
5092 TAACTATTTAAACTAT-TTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTG
127 TAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * ** *
5141 TTAATTTTAAAAATTTTAATAGATTAGTATTATTTTGTTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * * * *
5206 AATTGTTTTATTAAAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATGGACATG
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
5271 ACTATTTGAATTTGTTTGGTAAGTAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTACCTA
129 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
5321 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGGATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * *
5385 CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--T
* * * * *
5450 AATAACTATTTAAACTTGCTCAGTAAATATATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTA
125 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
5500 TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** * *
5565 AATTGGCTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
5630 ACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
129 ACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
5680 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * *
5744 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * *
5809 TAACTATTCAAACTTTTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
5862 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACA-AATA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-A
* ** * * * *
5926 TAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
5991 GACTATTTGAACTTGTACGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCA
128 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** *
6043 TTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAA-A-AAA-
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * *
6104 AATTTGTTTTTTGACAAAACGAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
65 AA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * *
6168 TAACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
6221 TTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATG-A-A-AAA
1 TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * ***
6282 -AA-T-TTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *** * * * * *
6344 AACTATTTGAACTTATTTAATAAACAAATTCAGTTTTTAAA-ATC-T-CTTA
128 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
6393 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCTTATAGGAATAAAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * *
6457 CAATTG--TTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
6520 AACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTA
128 AACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
6572 TT--TTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCTAAATTAGATTGTATTAATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * * * *
6634 AAATTATTTTATGACGAAACAAATGGTCGTAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAACTTGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
6699 AAATAATTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
128 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * ** *
6747 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTACATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
6812 ATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGCCTTA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * **
6877 ACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATA
129 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * * *
6928 CTAA-TTTTCATAATATTTTTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACATAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * *
6992 TAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
7057 AACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
128 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
7109 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCATTATAATG-A-A-AA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGC-TTGT-ATGAACAGAA
* * * * * * *
7171 ACAATTGTTTTATGGCAAAATAAAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCC
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
7236 ATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTC
126 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTA
* * * * ** * * ** **
7290 TCAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTTAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
7355 AATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
7420 ACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTA
129 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * *
7472 TTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AA
1 TTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAA
* ** * * * * * *
7535 ACAATTATTTTATGATTAAATAAATGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGTCT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * *
7600 TAACTATTTGAACGGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * ** * *
7653 TTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGACGGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * *
7717 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCAAA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
7781 ACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
129 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
7832 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTTTATGAACTGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
7897 AATTATTTTTTGACAAAACAAAAGTTCGTAATGTCTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCA-A
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
7961 ATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCA
129 A-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
8014 TTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTA-AAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAA
* * * * * ** *
8078 TAATTGTTTTATAACTAAAA-AGAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCT
64 CAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** *** * * *
8142 TAACTATTTGAACTAATTCAACAAACACA-TTA-TTTTT-AATCACTTACTTA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
8192 TTAATTTTTGAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGTTTGTATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * *
8257 AGTTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTATTCAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * *
8321 ACTATTTAAAC-TGTTTTTGTGAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTA
129 ACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
8368 TGAGTTTCTA
Statistics
Matches: 2842, Mismatches: 618, Indels: 236
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.00
172 43 0.02
173 2 0.00
174 5 0.00
175 117 0.04
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185 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:9551 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8464--9941 Score: 1154
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
8454 CAATAATTTC
* * *
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*** * * * *
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* * * * *
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*** * ** ** *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** *
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128 ATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAA-GCT
** * * * * * * * *
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1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTT-AAAA
* ** * * *
9247 AATAAATATGCTTACCG-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAA
65 AATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
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129 TCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCT
* * ** * **
9364 TATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
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66 ATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * *
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* * * * *
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1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-GAAGTAAGAGATTTAAAA
* *
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* * * * *
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129 TCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
* * *** * * * * *
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1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * ** * * * * * *
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66 ATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
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131 GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
* ** * *
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1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
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Statistics
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* **
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
19241 ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT-TAAAA--AT--
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* * * * *
19286 T-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAAAC-AGCTT-AAATAGTTATTATTATTTGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * * *
19348 ATTATCTATGTAAAATCATTAT--CATATTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTTTTCATACA
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATA
* * * ** * **
19524 ATTATCCACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCGGTTCATACAA
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* * * *
19589 TCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAG
129 GCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-AT-AG
* * * * * *
19642 CAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCAAATATGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGGAC
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* * * *
19706 AATTATCTATTT-AAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATA
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* * * * * * * *
19769 AAAACTTATTAGAAATAAAATAACACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAA
126 CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AG
* * * * * * * *
19825 CAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTT-TCTAAACTAGTTTAAATAGTTAGGACTATTGGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * ** *
19887 AATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAGCAATCAT-TTTCTGA-TCATA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCT-ATTCATA
* * * *
19949 CAAGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAACT-TAG
126 CAAGCTTATTCGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAG
* * * * *
20001 TGAAG-GATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAA
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* * * * * * * * * *
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* *
20130 TTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG
130 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AG
* * * * * * * *
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1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* ** * * * *
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** * * * * *
20310 AGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAT
128 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AG
* * * * **
20364 TAAGAGATTTAACAAATAAAT-TAGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAATTATGGAC-ATTTGACC
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAAT
* * ** * * * * * * ** * *
20426 AACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TCTATCATAAAGCAATTATTTTTCA-AAAAAA
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
* * ** ** * ** * *
20489 AATCTGT-TTACCGAACCAGTTCAA-A-T-AGTTACGACTATTT-AAACAATTATCTATT
127 AAGCT-TATT-CGGAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTA--TA-G
* * * ** * * *** **
20544 TCAA-A-TTGTTATAACATTTTAT-T-TTATAATAAAACAATTGTTTC-TATCCATACAAGCTTA
1 T-AAGAGAT-TTA-AAAAATAAATCTATT-T-ATCAAACAA--G-TTCAAATAGTTATGA-C-TA
* * * * ** ** * *
20604 TTTAGAATAAAATAATACTAATTT-AGTAAT-ATTCTAAAAATTAATAACTAATAGAT-ATAAAA
56 TTT-GAAT--AATTAT-CT-ATTTCA--AATCGTTAT-GACCTT--T-TGT-TTTG-TCATAAAA
*** * ** ** * * **
20666 -AA-TAAATCCATT--TACCGAA-CCAATT--GAA-ACAGTTAAGACT-ATATGAACAATTATTT
108 CAATTGTTTCTATTCATA-C-AAGCTTATTCGGAATA-AAATAATACTAAT-TTATTAA-TA-TT
** * **
20722 ATCTTAAATTGTTC
167 -TCAAAAATTATAG
*** * * * *
20736 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAT-TATTTTAGCTCATAGAAGCTCATTCGAAATAAAG-T
1 T-A---AGAG-ATT-T-AAAAAATAAATCTA-TTTA--TCAAACAAG----TTC-AAAT--AGTT
** * *** ** ** *
20798 AAAACTAATTT-ATTAATATTAGAAAAATTT-ATAAGAGATT-TAGAAAATAATTTTATTTACTG
49 ATGACT-ATTTGAAT-A-ATT--ATCTATTTCA-AATCG-TTAT-G---A-CCTTTTGTTT--TG
* * * * * * * * * * * *
20860 AACTAGTTCAAATAATTATATCTATTTAAACAA--TTA-TC-TATTTCAAATAATTATTAGTTT-
100 -TC-A--TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGA-ATAAAATAA-TACTAATTTA
* * * * *
20920 TTATTTTGTAATAAAAAATATTGTTTG
159 TTAATAT-T--T-CAAAA-ATT-ATAG
* * * *
20947 TTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTATCAAACTAGTTCAAAT
1 -T-A-A-GAG---ATT-----TAAAA-A--A-TAA---A-T-CTATTTATCAAACAAGTTCAAAT
* ** * * * * * * *
21012 AGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAGCA
45 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
21077 ATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAACAAT
110 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
21142 TAATAAG
175 T-AT-AG
* * * ** * * * *
21149 TAA-AAATTTAAAACATAAATATGCTTATCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * ** * * *
21213 TATCTA-TTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAATTCAGATAAGC
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** * * * * *
21277 TTATTCAAAATAAAATAATAATAAGTTATCAATA-TTCTGAAAATTAATAAT
131 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-AT-AG
* * * * *
21328 TAAGAGATTTAAAAAATGAA-C-ATGTCTAATGAATA-AA-TTTAGATTA-TTATGGCTATTTGA
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* * * * * * * * *
21388 ACAATTATCTATTTGAAATAGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATGTTTTTTCTATTCA
61 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCA
* ** *
21453 TACAAGCATATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAG
124 TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT-AT-AG
* * * * * ** *
21511 TAAAAGATCTAACAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * *
21576 TATTTATTTCTAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGC
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* *
21641 TTATTCGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGGCAAATAA-TA-AG
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21691 TAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAGTAAT
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* * * *
21755 TAAT-TATTTCAAATCGATGTGACCTTTT-TCTTTGTAAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATATA
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* *
21816 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAG
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21932 TATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCTATTCATGCAAGC
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*
21997 TTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAG
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* * * * * *
22048 TAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
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* * *
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* * * * * **
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* **
22536 ATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-A-
130 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAG
* * * *
22584 TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * * *
22648 TTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTCGTAATAAAACAATTGCTTCTATTTATACAAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
22712 CTTATTC-GAATTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTA-A-
130 CTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAG
* * * * * ** * * * * *
22760 TAAAAGCTTTGAAAAATAAATC-GTTAATTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * *
22824 TATCAATTTCAAATTATTCCT-ACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTAG-TT-TAGTTCATACA
66 TATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTA-TTCATACA
** * *
22885 AGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAG
128 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-AT-AG
* * * *
22939 CAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAAC
1 TAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAT
* * *
23003 AGTTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA
63 AATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * *
23066 AAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
126 CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AG
* * * * * ** * *
23122 CAAGAGATTTTAAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * ** * *
23186 ATATCAATCTCAAATCAATATGATCTTTT-TTTCT-T-ATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
* * * *
23247 AGCTTATT-TGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA--ATAG
128 AGCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAG
* * * * *
23297 TGAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTT-GCTAAACGAA-TTCAAATAGTTTTGACTATTAGAAC
1 T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
*
23359 AATTATATATTTCAAATC
63 AATTATCTATTTCAAATC
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Statistics
Matches: 4122, Mismatches: 922, Indels: 611
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAG
Found at i:18910 original size:362 final size:360
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17834 AATTCAATGC
* * * * *
17844 TAATATTAAGAGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTG
1 TAATA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * *
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* * * * * * *
17973 A-TAGTTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-
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* * ** ** * * *
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* * **
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257 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATAT
*** ** *
18164 TTGGAATAGTATAATTCTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
321 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * ** *
18204 T--TATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTACGATTATTTGA
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * * *
18267 ATAATTACCTATTTCAAATTGCTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAT
66 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCA-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * * *
18331 ACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATACAATTAATAAATAAAAGA
130 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** * * * * * * * * *
18395 TTTAAAAAATAACTACATTTACCAAATAAATTCAAATAATTGTGACTATTTAAATAAATATTTAT
194 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
18460 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG
259 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCA
* * ** *
18525 AATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAAT
324 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * *
18562 TAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTGATAACTATTT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * ** *
18627 AAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATC-AGTTC
64 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTC
* * * * * *
18691 ATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTGTTAATATTCCAAAAAAATAATGAGTAAGA
128 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
18756 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATTACTCTCTGAATAATTATCT
192 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * *
18821 ATCTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTATTCATACAAGCATATT
257 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT
* * * *
18886 CAAAAT-AAATATTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAAT
322 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * ** * * * *
18924 TAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCAAGTTCAAATAATTAT-GCTTGTT
1 TAATA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATT
* * * * *
18988 TGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCCTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * * *
19053 ATGCAAGTTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGA
128 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * *
19117 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGT-CTATATGAACAATTATC
192 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATC
* * * *
19181 TATTTCAAATCGTTATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAA-AATTA
256 TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TA
* * *
19245 TTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT--TAAA-
320 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * *
19283 -AAT-T-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAAAC-AGCTT-AAATAGTTATTATTATTT
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAG-TTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * *
19343 GAATAATTATCTATGTAAAATCATTATCAT-ATTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTTTTCA
64 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * * *
19407 TACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGC
129 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * ** * * *
19468 TTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACGATTAT-AATAATTATCCA
194 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATT-TGAACAATTATCTA
* * * ** * ** * *
19532 CTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCGGTTCATACAATCTTATTC
258 TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTC
* *
19597 AGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAT
323 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAAT
* * * * * * *
19635 TAATGAGCAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCAAATATGTTCAAATAGATT-TGACTA
1 TAAT-A-TAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTA
* * * * * * * *
19699 TTTGGACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-A
61 TTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * * * * * **
19762 TTTCATAAAAACTTATTAGAAATAAAATAACACTACTTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAAC
125 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * ** * *
19826 AAGAGATTT-AAAACTAAAGTTGTTTTCTAAACTAGTTTAAATAGTTAGGACTATTGGAACAAAT
188 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
* * * ** *
19890 ATCAATCTCAAATCATTATG--ATCTTTGTTTCCTCATAAAGCAATCAT-TTTCTGA-TCATACA
253 ATCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCT-ATTCATACA
* ** * * * * *
19951 AGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACT
314 AGCATA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * * ** *
19998 TAGT-GAAG-GATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGA
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * * * * * * *
20061 ATAATTATTTATTTCAAATAGTTCT-AACCTTTCGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCAT
66 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTT-ATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * *
20125 ACATGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGA
130 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
20189 TTTGAAAAGATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TG
194 TTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT-
* ** * * * * * *
20253 ATTTAAAATTATTAAGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT-TATTTCAGAAAAGCTTAT
257 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCATAT
* * ** *
20317 TCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGT
321 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * *
20357 TAATAATTAAGAGATTTAACAAATAAAT-TAGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAATTATGGAC-A
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACTA
** * * ** * * * * * *
20419 TTTGACCAACTATTTATTTCAAATTATTATTA-CCTTT-TGTCTATCATAAAGCAATTATTTTTC
61 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTAT-TTTGTCATAAAACAATTATTTCT-
** * * * * * * *
20482 A-AAAAAAAATCTGT-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTAAACAATTATCTATTT
124 ATTCATACAAGCT-TATT--CGAA--A--TAAAATA-ATACTA--ATTT-----ATTA-ATA-TT
*** * *** * *
20545 CAAATTGTT-ATAACATTTTA-TTTTATAATAAA-ACAATTGT-TTCTATCCATACAAGCTTATT
172 CAAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTA-AA-AAATA-AATT-TATT-TA-CCAAACAAG----TT
* ** * ** * * * * * *
20606 TAGAATAAAATAATACTAATTT-AGTAA-TATTCTA---AAAAT--TAATAAC-TAATAG----A
226 CA-AAT-AGTTATTACT-ATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTG
*** * * * * *
20659 T-ATAAAA-AA-TAAATCCATT--TACCGAACCA-ATTGAAACAGTTAAGACTATATGAACAATT
286 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-C-AAGCATATTCAAA-A--TAA-AATA-AT--AC--TA
** **
20718 ATTTATCTTAA-ATTGTTCTGACCT
340 ATTTA--TTAACA-T-TTCAAAAAT
** * * * *
20742 T--T-T--G-TTTTGTCATAAAATAATTAT-TTTAGCTCATAGAAGCTCATTCGAAATAAAG-TA
1 TAATATAAGAGATT-T-AAAAAATAAATATGTTTA--TCAAACAAG----TTC-AAAT--AGTTA
* * *** ** *
20799 AAACTAATTT-ATTAATATTAGAAAAATTT-ATAAGAGATT-TAGAAAATAATTTTATTTACTGA
55 TAACT-ATTTGAAT-A-ATT--ATCTATTTCA-AATCG-TTAT-G---ATCA-TTTATTT--TG-
* * * * * * * ** * * *
20861 ACTAGTTCAAATAATTATATCTATTTAAACAA--TTA-TCTATTTCAAATAATTATTAGTTTTTA
105 TC-A--TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-TACTA--ATTTA
** * * ** * ** * * * **
20923 TTTTGTAATAAAAAATATTGTTTGTTAA-TATA-AGTTTGTTCAAAATAAA-ATA-GTACTAATT
164 -TTAATATTCAAAAA-A----TTAATAAGTA-AGAGATT-TAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * * * * ** ** *
20984 TA-TT--AATATTTATCAAACTAGTTCAA-ATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
221 AAGTTCAAATAGTTAT--TACTATTTGAACA-A-TTAT--CTATTT---CAAATCGTTATGACAT
* * ** **** * * ** * * *
21045 ATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAGCAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTA
277 TTTGTTTTG--TCATAAAACAATTGT--TTC--TA-------TTCATACAAGCATATTCAAAATA
* * *
21110 AAATAACACTAATTTATTAATATTTCAACAAT
329 AAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
21142 TAATAAGTAA-AAATTTAAAACATAAATATGCTTATCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * *
21206 GAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAATTCA
64 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * * * * ** *
21270 GATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGA
129 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** * * *** * * * * **
21335 TTTAAAAAATGAACATGTCTAATGAATAAATTTAGATTA-TTATGGCTATTTGAACAATTATCTA
194 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCA-AATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
21399 TTTGAAATAGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATGTTTTTTCTATTCATACAAGCATAT
258 TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCATAT
*** * *
21464 TTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAAT
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* * * *** * ** *
21504 TAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * * * * *
21569 GAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCA
64 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * ****
21634 TACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGGCAAA-TAATAAGTAA-AG
129 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * **
21696 ATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAGTAATTAAT-T
193 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT-ATCT
* * * * * *
21760 ATTTCAAATCGATGTGACCTTTT-TCTTTGTAAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTA
257 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCATA
** *
21822 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAAT
320 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAAT
* * * * * * * * *
21863 TAATGAGTAAGAGAATT-AAAAATTAATCTATTTA-CCAACATGTTTAAATAGTTAT-GCTATCT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * **
21925 GAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCTATTC
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* *
21989 ATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTTATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
128 ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
22051 -AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
190 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * * * *
22114 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT
254 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCAT
* * *
22179 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAAA
319 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * **
22221 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAGCAAGTTCGAATAGTTATGACCCTT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * * * * *
22285 TGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTGTCTATTC
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** * * * **
22350 ATACAATTTTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTTGGAG
128 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * ***
22414 ATTTAAAAAATAAATCTAATTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGT-CTATTTGAATTGTTATCT
193 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCT
* * ** *
22478 ATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTGTCGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAA-AATTAT
257 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TAT
*
22541 T-AAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
321 TCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * *
22581 T-A-ATAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTG
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * ** *
22643 AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTCGTAATAAAACAATTGCTTCTATTTAT
65 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * * * * *
22707 ACAAACTTATTCGAATTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGCT
130 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * ** * *
22768 TTGAAAAATAAATCGTTAATT---GAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAA
195 TTAAAAAATAAAT--TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * *
22830 TTTCAAATTATTCCT-ACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTAG-TT-TAGTTCATACAAGCTTA
258 TTTCAAATCGTT-ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTA-TTCATACAAGCATA
* * *
22891 TTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAAC-TTTCAAAAAAT
320 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAAT
* * * * * *
22932 TAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTA
1 TAAT-A-TAAGAGATTT-AA-AAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTA
* * * * * * * *
22996 TTTGAACAGTTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
61 TTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * * *
23059 TTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC
125 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGT
* * * * **** * * *
23123 AAGAGATTTTAAAACTAAAGTTGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAT
188 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
* * ** *
23188 ATCAATCTCAAATCAATATGATC-TTTT-TTTCT-T-ATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAA
253 ATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA
* ** * * * * *
23248 GCTTATT-TGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAA
315 GCATATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
23294 TAGT-GAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTT-GCTAAACGAA-TTCAAATAGTTTTGACTATTA
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * * * *
23355 GAACAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAATAT-TC--AAAA-AATTA-ATC-A-
64 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATT--T-TGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* *** * *** ** ** *
23413 --ATA-AGAGATT-TAAAAAATAAAACTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGA
126 TCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAA-TA-ATACTAATTTA-TT--AATA--TTCAAAAAATT-A
* *** *** * * * * *
23474 ATAA-TTATCTATTTCAATTTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAGTTCTATTCGT
182 ATAAGTAAGAGATTT-AA---AAAATAA--ATTTA--TT-T-ACCAAAC-A--AGTTCAAATAGT
** * * * * * *** *** ** *
23538 ACTATTTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAAT-ATTCCAACACTTAATAACTAAGAA
234 --TATTACTATT-TG-A-ACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCGTTATGACA-TT--TTGTTTTG-T
* *** * * * * * * **
23602 AATTAAAA-AA-TAAATCTAATT-GT-CAAACCCT-TTC-AAATAGTAAGACTACATGAA-CGAT
287 CA-TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-AAGCATATTCAAAATA-AAATAATAC-T-AATTTAT
* *
23660 TATCTATTTCAAATCAT
346 TAAC-ATTTCAAA-AAT
****** * * * * * * *
23677 T-ATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACATGCTTATTCAAA-A--TA-
1 TAAT--A-TAAGAGATT-T-AAAAAATAAATATGTTT-ATCAAACAAG----TTCAAATAGTTAT
* * * * * ** ** *** *
23737 AAATAATATCAATTTATTA-ATATTTCAAA-AATTA--AT-AAGTA-AGAGAT-TTAAAA-AATA
56 AACT-ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTG-TCATAAAACAAT-
* * * *
23794 AATTTGT-TT-AT-CGAA-C-TAGTTC-AAAT--AATTATGACT-ATTTGAGTAGTTATCAATCT
117 TATTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTT-A-T--TAAT--AT-T
** * ** ** ** * * * *
23850 CAAATCATTAAGATCTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAATTGT-TTCTGATCATAGAGCTTATTTGG
172 CAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATT-TATT-T-ACCA-A-A-C--A---AG
* * * * * * ** * ** *
23912 TTAAAAATACTACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA-ATAAGTAAGAGAT--TTAAAAAATAA
224 TT-CAAATAGT--T-A-TTACT-AT-TT-GAACAATTATCTATTTCA-A-ATCGTTATGACAT--
* * ** *** * * * **
23974 ATATG-TTTGTC---AAAC--TAGTTTAAATAGTTA-AAAC-TATT-AGAATAATTATATATTTT
277 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAATAA-AATA-ATACT
* * **** *
24030 AAATCATT-TTGACCTTTTGTCTAGT
339 -AAT--TTATT-AACATTTCAAAAAT
* *** * *** * * * * *
24055 TAGAAAATATTTG-TTTCATATCTTACAATCTTATTTGGAATAAAATAA-TCCAAAT--TTATTA
1 T--AATATAAGAGATTT-AAAAAATA-AAT-ATGTTT---ATCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TA
* * ** * ** * * *
24116 AC-ATTTGAAAAATTA-ATA-AGCAAA-AGATT-TGAAAAAATAAATCTGTTTATCGA-ACAAAT
57 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATG--ATCAT--TTAT-TTTGTC-ATA-AAA-
** * * ** * **
24175 TCAAATAGTGATGACTATTTGA-ACAA--TTATT-TATTTAAAATCATTA-TAACCTTT-TGTTT
113 -C-AAT--T-ATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAA--TTTAT-TAA
* * * * * * **
24234 TGATAT-AAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTT-CTT
168 T-AT-TCAAAA-AATTA-ATAAG----TAAGAGATT-T----AA-AAAATAA-ATTTATTTACCA
* * * * * * * *
24297 AA-TATTTCAAA-AATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAATTCA
218 AACAAGTTCAAATAGTT-ATTA-C--TA-TTT-GAACAAT-TATCTA-TTT------CAAA-TC-
** *
24359 AATAGTTACAACTATTTGAATAATTGTCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
267 ----GTTATGAC-A--T---T--TTGT-T-T-T---GTCA-TA--A--------------A-A--
* * * *
24424 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGA
294 -CAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AA
24488 AAAT
357 AAAT
* * * * ** *
24492 T-A-ATAAGTGATTTAAAAAGTAAATCA-GTTTACCAAATC-AGCTT-AAATAATTATGGCCATT
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA-CAAG-TTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * * * * * * *
24552 TCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTGCT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTAT
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTAT
* * * *
24616 T-ATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATAGTATTTTATTAATCCCTT--AAAAATTAATAAGT
126 TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT--ATTCAAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
24677 AAGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTT
188 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * *
24740 GTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCT
253 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA
* ** * *
24805 TATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAAT
318 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
24848 TTATAACTGAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTACTTTAAATAGTTA-AGACTA
1 TAAT-A-TAAGAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTA
* *** * * *
24911 TATGAACCGTTATTTATTTCAAATC------AT--TTT-TTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAAT
61 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* * * * * * *
24966 TCACACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATACTAAAAAAATTAATATGTA
126 TCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
25029 AGAGGTTTAAAAAAT-AATTCTGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
189 AGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * * * **
25093 ATATTTTTCAAATAGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTT
253 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA
* ** * * *
25158 TGTTCGGAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAT
318 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * ** * * *
25201 T-A-ATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTCATCAAATGAGTTTAAATAATTATGACTATTTGA
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
** * * * * * * *
25264 GCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTTTTTCCTATTATAAAACAA-TAGTTTTTGTTC
66 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTT--TGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTC
* * * * * *
25326 ATACACGCTTATTTG-ATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAGTAA-A
128 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * ** * * ** * * *
25388 AATTTTTTAAAATAAATATGCTTAACGAATTAGATCAAATA-TTCATGACTATTTGAATAATTAT
192 GA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATTACTATTTGAACAATTAT
* * ** * *
25452 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAGCTT
255 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCAT
* * * *
25516 ATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAACT
319 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAAT
* * * * * * * *
25558 TAATAATTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTAAT-GAATAAGTTTAAATAATTATGACTATT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
** * * * * * * * * * * *
25622 TGAGCAATTA-CTATTTGAAATTGCTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTTTTTTCTATT
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAA-CAATTATTTCTATT
* * *
25686 CATACAAACTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AATACAATTAATAAGTA
127 CATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAAGTA
* * * * ** *
25748 AAAGATCT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGCTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATT
189 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
* * * * *
25811 ATTTATTTCAAAAT-TTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAGC
253 ATCTATTTC-AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* *** * * * * *
25875 TTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-
317 ATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTTCAAAAAT
* * * * * *
25918 TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGAA-TATT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATT
* * * * *
25982 TGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGA-CCTTT-TTTT-TAATAAAACAATTGTTT-TAGT
63 TGAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* * *
26042 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATGAGTAA
126 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
26106 GAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA-CAGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTA
190 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * **
26170 TCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGTT
254 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCA
* * *
26234 TATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCTAATAGT
318 TA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTC-AAAAAT
* *
26277 TAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * *
26340 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTC
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * * *
26405 ATAAAAGCTTATATAG-AATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
128 ATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
26469 GATTTAAAAAATATATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGAACGATTATT
192 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTA-CTATTTGAACAATTATC
* * ***
26533 TATTTTAAA----T-T---ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTAT
256 TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATAT
** ** *
26590 TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAATAAT
321 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAAT
** * * * * **
26630 TAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATT
1 TAATA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * *
26694 TGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATT
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCA-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
** *
26758 TC-TACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TA
126 TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * ** *
26816 AGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATACTTATGGCTATTCGAGA-AATT
189 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGA-ACAATT
* * * * * * * * * *
26880 ATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTTTATTTTGTAATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAAC
253 ATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * * *
26945 TTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-
317 ATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAAT
* * * * *
26988 AAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACTAA-TTCAAATACTTA-AGACTATT
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC-AAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT
* * * * * * * * *
27049 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTT
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
* ** * ** ** * **
27113 CATACATGCACATTC-AAA-AAATTAATA--AA-CAAGAAAT-TTTAAAAAA-T-A-AA-T--CT
127 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
*** * * ** * * * * *
27166 G-TTTATTGAAT-AATTCAAATTGTCATAACTA-TTTAAACAATTA-T-CTATTTAGAATAA--A
192 GATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTT-GAACAATTA
* * * * ** *** * ***** * *
27224 --TA--T--GA-CCTTTTG---TTTTATCATAAAACAATTGTCTTAG-TTC-A-TA--A-AAGCT
254 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCA
* * * * *
27273 TA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAC
318 TATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * *** * * **
27316 CAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATTGGTTTAAATAATTAT-GGTCA
1 TAAT-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT-A
* * ** * * * * * *
27378 CTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTTTCA
61 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-A
* * * * *
27443 -TCAGACAAGCCTATT-AAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATA
125 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
27505 GGAGGTTTAAAAAATAATTTTGTTT--------A-TTGAACTAG-T-TT-CTATTTGAACAATTA
189 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
27558 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCT
254 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCA
*** * *
27622 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATATTAC-TTT-GAAAAT
318 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-AT-TAACATTTCAAAAAT
* * * ** * * *
27665 TGATAACAAGGAGATTCAAAAAAATAAACCTAT-TTGCTAAAACAA-TTCAAACAATTA-AGACT
1 TAAT-ATAA-GAGATT-TAAAAAATAAA--TATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACT
* * * * ** ** * * * * *
27727 ATATGAACAATTATTTGTTTACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTT-
60 ATTTGAATAATTATCTATTT-C-AAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * * *
27790 TTTATCATTCCAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAAATTAA-CA
123 TAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAA
* ** * * *
27853 --AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAATA--TATGACTATTTGAACAA
186 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * * * *
27913 TTGT-AACTTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAG
251 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
** * * * * * *
27977 TTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATTCCAAAAAT
316 CATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
28022 TAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACTAGTTTAAATA-TTAAAAGACTA
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTT-ATA-ACTA
* * * * * * * **
28085 TATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTGGA
61 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAA-TTATTT-CT
* * ** *
28149 ATTCATACTAGGTTATTTTAAATTAAAA-AA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
124 ATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
28211 GTAAGAAATTTAAAAAA-CAATTATGTTTACCTAACTAGTTCAAGTAATTATGATTATTTGAACA
186 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACA
* * * * * * * *
28275 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAC
250 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * * * ** *
28340 GTGTGTTCAAAATAAAGTAATATTAATATATTATTATCTCAAAAAT
315 GCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * *
28386 T-A-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTCAAATAGTTTTA
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC--------A-AGTTCAAATAGTTATA
** * * ** * * ** * *
28449 ACTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTGTTGTAAAATAATTGTTT
57 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * **
28513 CTATTCATACAAGCTTATTC-AAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-GACAATTGTTA
122 CTATTCATACAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATA
* * * * ** * * * *
28576 AGTAATTA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGGAA
185 AGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTT-GAA
* * * * * * **
28640 TAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGT
248 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * * *
28704 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTAT-GAAAAT
313 AAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TCAAAAAT
* ** * * * * * * *
28752 TAATAATTAATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * *** * * * * **
28817 CG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTCTATT
64 -GAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *
28879 CATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTA
127 CATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAAGTA
* * * * * ** * * *
28941 AAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAATTTCAAAATCTTTATGATTATTTGAAAAAT
189 AGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATTACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * *
29006 TATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-ATT-TATGCCATACATG
252 TATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAG
** ** * ** * * * * *
29069 TTTATTCCGATTCGCAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAACAAT
316 CATATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * *
29114 TAATAGT-AGAACATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATT
1 TAATA-TAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-CAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * * * **
29177 TGAATAATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATCGTTTC-AGT
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-ATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* * * * * * *
29241 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATGAGAAAG
126 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * **
29305 AGAATTAAAAAA-AGAATCTT-GTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTA
191 AGATTTAAAAAATA-AAT-TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
29368 TCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCT
254 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCA
** *
29432 TATTTGAAATAAAATAATACTAA--TATT--C----CAGAAAT
318 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * ** * *
29467 TAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTA-CTGAACGTGTTCAAAT-TTTATGACTAT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * **
29529 TTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTGGTTCTA
62 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCA-TTTATTTTGTCATAAAACAAT-TATTTCTA
* * ** *
29592 CTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATGAGT
125 TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGT
* * **** ** * * *
29655 AA-AAATTT-AAAAAT-AATATATTTTTTGAACACTTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
188 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAT
* * * * *
29717 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAATCGTTTCTATTCATAAAAGC
252 TATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* ** * * * *
29782 TTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAATAAT
317 ATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * ** * * *
29826 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * * * *
29891 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATC-TTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTC
64 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATT-TATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * * **
29955 AAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTTGGAG
128 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
30018 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACAAGCTCAAATAGTCA-TATCTGTTTGAACTATTATCT
193 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTA-CTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
30082 ATATCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-AATTAT
257 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TAT
* * **
30146 TCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAAT
321 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * ** *
30186 TAATA-AA-AGATTTAAAAACTTAATCTGTATATCAAACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTTTT
1 TAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTT
* * * * * * * *
30248 GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT-ATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCA
64 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * * * * *
30312 TACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAG
129 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * * *
30372 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTT
193 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
30436 ATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTT-TAGTTCATACATGCTTA
257 ATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TTCATACAAGCATA
**
30498 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTGCATTT-AGAAAAT
320 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCA-AAAAT
* * * * ** *
30539 TAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAAT-T-TTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TAAT--ATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * *** * * * * *
30602 TGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATG--CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTC
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * * ** * *
30665 ATAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTC-AAATTTTGATATA-TTA
128 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATA-AGTAA
* * *** * ** *
30727 GAGATTTAAAAAAT--A--CA--T--CGAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT
190 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
** * * *
30784 CTATTTCAAATCGTTACAAGC-TTTT-TTTTTTCATAAAACAATT-TTTTTCA-TCATACAAGCC
255 CTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCA
*** * *
30845 TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAAT
318 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * * * * *
30888 TAATAAGAAGGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-T---AC----T-GAATCGGT-T-CCTATTT
1 TAAT-ATAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * * * * * ** ** *
30941 GGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTTC-AGTT
64 GAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
* * * * * *
31004 CATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAACTAATAACTAAG
127 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** *
31068 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGACTA--T-AATAATTAT
191 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
31129 CTCTTTAAAATCGTTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAGAAGCT
255 CTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCA
*
31192 TATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAAT
318 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAAT
* * * * * * **
31234 T-A-ATAAGTA-AGTTATAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTAT
1 TAATATAAG-AGA-TT-TAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * * * * *
31295 GTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTT-TGA
62 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTAT-TTCT-A
* * * * * *
31359 -ACATTCAA-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAAATTAATAAGTA
125 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAAGTA
* ** * * ** * *
31421 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTG
189 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
** * * * * * * *
31486 TAAACTTCAAATTGTTATAATC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCT
254 TCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA
** * * *
31549 TATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAAT
318 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
* * ** * * * *
31592 TAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTA-AGACTATA
1 TAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT
* * * * * * *
31656 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTAAT
63 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCT-AT
* * *
31721 TCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTC-AGAAATTAAT-A-
126 TCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG
31780 TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTAC
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Statistics
Matches: 10139, Mismatches: 2468, Indels: 1995
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CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
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CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
Found at i:20047 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 17850--20390 Score: 1987
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17840 ATGCTAATAT
* * * ** *
17850 TAAGAGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACAATT-TGAATA
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* * * * * *
17913 ATTTTTTATTTCAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTGATATA
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* * ** * * * *
17976 GTTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTT
127 ATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAA-GAGATTT
* * * ** ** * * * *
18040 AAAAAATGAATCTATTGGCTTGAGCAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
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* * * * ** **
18104 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-TCAAGACAATTGTTTC-TATTCATACAAGTTTATTTG
255 CAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCA
* ** * * * *
18167 GAATAGTATAATTCTAATTTATTAACATTTCAAAAATT--T-ATAAGAGATTTAAAAACTAAATC
318 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAACTAAATT
* * * ** * * *
18229 TATTTAT-CGAACAAGTTCAAATAGTTACGATTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGC-TAT
383 TGTTT-TCCAAAC-AGTTTAAATAGTTATTACTA-TTGAATAATTATCTATCTCAAA-T-CAT-T
** * * * *
18292 AACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-CAATTAAAATA
442 ATGATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTCTA-TCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAAATA
* * * * *
18354 ATACAAATTTATTAATATTCATACAATTAATAAA
505 ATACTAATTTAATAATATTC---CAA-AAATTAG
* * *** ** * * ** *
18388 TAAAAGATTTAAAAAATAACTACATTTACCAAA-TAAATTCAAATAATTGTGACTATT-TAAATA
1 T-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACGATTAT-AATA
* * * * * *
18451 AATATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
63 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
* * * * * * *
18516 GCTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAATAGATTTA
128 TCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * * * *
18580 AAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTGATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCA
192 AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * ** * * * * ** *
18645 AATTGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAAT
257 AATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAAT
* * * * * * *
18710 AAAATAATACTATTTTGTTAATATTCCAAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
322 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTG
* * * * *
18775 TTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATTACTCTCTGAATAATTATCTATCTCAAATAATTATGA-C
385 TTTTCCAAAC-AGTTTAAATAGTTATTACTAT-TGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
* * * * *
18839 ATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTT-TATTCATACAAGCATA-TT-CAAAATAAATATTAC
448 --TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTCTA-TCATACAAGCTTATTTGGAAAA-AAATAATAC
* *
18901 TAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATATG
509 TAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TA-G
** * * ** * * * *
18931 TAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCAAGTTCAAATAATTATG-CTTG-TT-TGAAT
1 T-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC--GATTAT-AAT
* *
18993 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCCTTTAT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATG
62 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
* * * *
19056 CAAGT-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGAT
125 CAA-TCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * *
19120 TTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATATGAACAATTATCTAT
189 TTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
19184 TTCAAATCGTTATGA-CGTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TATTCATGCAAAA-TTAT
253 TTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCAT-AAAAACTTAT
* * *
19246 TCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT--TAAA--AAT--T-AGAGATTTAAAAACTAA
315 TCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAACTAA
* * * * *
19304 ATTTGTTTATCGAAACAGCTTAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTATCTATGTAAAATCATTA
380 ATTTGTTT-TCCAAACAGTTTAAATAGTTATTACTA-TTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTA
* * * * * * * **
19369 TCATATTTATTTTGTTATAAAACAATTA-TTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAAT
443 TGATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTC-TATCATACAAGCTTATTTGGAAAAAAATAAT
*
19433 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
507 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAG
* * *
19461 TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTG-CTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACGATTATAATAA
1 TAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACGATTATAATAA
** * * * **
19525 TTATCCACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCGGTTCATACAAT
64 TTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAT
* * * *
19590 CTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAA
129 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AA
* * * * * *
19655 AAATATAAATCTATTTATCAAATATGTTCAAATAGAT-TTGACTATTTGGACAATTATCTATTT-
193 AAA-ATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
19718 AAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATT-AGA
256 AAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCA-A
* * * *
19782 AATAAAATAACACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTT-AAAACTAAAGT
319 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAACTAAATT
* ** * * *
19846 TGTTTTCTAAACTAGTTTAAATAGTTAGGACTATTGGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
383 TGTTTTCCAAAC-AGTTTAAATAGTTATTACTATT-GAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA
** * * *
19911 TCTTTGTTTCCTCATAAAGCAATCATTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGGACAAAAATAATACT
446 TCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTCT-ATCATACAAGCTTATTTGGAAAAAAATAATACT
*
19976 AATTTAATAATATTCCAAAACTTAG
510 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAG
* * * *
20001 TGAAGGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAAT
1 T-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACGATTATAATAAT
* * * * * * *
20066 TATTTATTTCAAATAGTTCTAACCTTTCGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATAC-ATG
65 TATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAT-
* *
20130 TTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGA
129 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-A
* * * * * * *
20194 AAAGATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTA
192 AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTC
* * * * * * *
20258 AAATTATTAAGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTATTTCAGAAAAGCTTATTCAAAA
256 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * *
20323 GAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAATTAAGAGATTTAACAAA-TAAATTA
321 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAA-AAACTAAATTT
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384 GTTT
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ATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCT
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
ATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAA
TAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTTCC
AAACAGTTTAAATAGTTATTACTATTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTT
ATCATAAAACAATTATTTTCTATCATACAAGCTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATTTAATAAT
ATTCCAAAAATTAG
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
20615 ATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAATAGATATAAAAAATAAATCCA-TT
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* * * * *
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TAAGACATTTTATTTTATAATAAAACAATTGTTTTATTCCAGAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATA
ATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATATAAAAAATAAATCAGTTTACCG
AACAAGTTCAAACAATTATAGACATATGAACAACTATTTATCTTAAATTATTATGACCTTTTGTC
TATCATAAAGCAATTATTTTTCAAAAAA
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*
20894 TATCTATTTCAAATAAT
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20911 TAT
1 TAT
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Statistics
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TATCTATTTCAAACAAT
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*
20885 TT-AAACAATTATCTAT
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20914 TAGTTTTTAT
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TTCAAATAATTATCTAT
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20850 TTATTTACTG
* * *
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* * * * ** *
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ATATTTATCA
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20982 TTTATTAATA
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 T-TTATCGAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * **
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* * * ***
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* * ** * * *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
21600 TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*** * *
21664 TTTATTAATATTTTGGCAAA-TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATA
131 TTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
* * * ** * *
21714 TTTATCAAACAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAGTAATTAAT-TATTTCAAATCGATGTGAC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * *
21778 CTTTT-TCTTTGTAAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA
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* * * *
21839 CTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TT-AAAAATTAATCTA
127 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
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1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
21956 TTTTATTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-
*
22019 AATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
* *
22071 TTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
1 TTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* *
22134 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* *
22199 AATTTATTAAAATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATG
* * ** * * * * *
22252 TTTA-CTAAGCAAGTTCGAATAGTTATGACCCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGAT
1 TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * ** *
22316 CTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTGTCTATTCATACAATTTTATT-TGCAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* ** * * *
22380 AATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATG
* * * *** *
22432 ATTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * ** ** *
22496 ATTTTG-TTTGTCGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * *
22560 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAGAATTAAATCTA
130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
22608 TTTATCAAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAT
1 TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * *
22672 C-TTTGTTTCGTAATAAAACAATTGCTTCTATTTATACAAACTTATTC-GAATTAAAATATTGCT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
* * * ** * *
22735 AAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AAAGCTTTGAAAAATAAAT-CG
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * ** *
22783 TTAATTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATTATTCCT-AC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGAC
* * *
22847 CTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTAG-TT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAG
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
22909 TAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTA
128 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AA-AAAATAAATATG
* * * * *
22965 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAGTTATCTATTT-AAAGTTGTCATGA
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGA
* *
23028 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTC-GAAATAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * * * *
23091 CTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAACTAAAGT-TG
127 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TATG
* * * * * * ** *
23146 TTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAATATGATC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
23211 TTTT-TTTCT-T-ATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAATAATAT
66 TTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATAC
* * * * *
23271 TAATTTAATAATA-TTCCAAAA--AAT-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTA
128 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
23321 TTT-GCTAAACGAA-TTCAAATAGTTTTGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATC
1 TTTATC-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
23377 ATTCTAACCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
Found at i:24397 original size:181 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 20.9 Consensus size: 180
23377 ATTCTAACCT
* ** *
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1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAAGAG-TTTAAAAAAT-AAATTAGTTTACCGAACA
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23449 ATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTTGTTATAACCTTTTATTTTGT
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *** * *
23514 CATCAAACAATTAG-TTCTA-TTCGTACTATTTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAA
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* * * * * ** * * **
23569 TTTAATAATATTCCAACACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT--CAAACCC
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGTTTAAAAAATAAAT-TAGTT-TACCGAACAA
* * ** * * *
23632 TTTCAAATAG-TAAGACTACATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTC
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** * *
23696 ATAAAACAATTGTTTTTGATCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TCAA
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* * *
23749 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAGT
* ** * * * * *
23814 TCAAATAATTATGACTATTTGAGTAGTTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * **** *
23878 AAAACAATTGTTTCTGATCATA-GAGCTTATT-TGGTTAAAAATACTACTAA
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * ** * *
23928 TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTGTCAAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAACAAG
* ** * * * * * * * *
23992 TTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTTTGACCTTTTGTCTAGTTA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *** * *
24057 GAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAATCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAA
129 TAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAA
* * * * *
24173 ATTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGAT
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-T
* * *
24238 -ATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
127 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * *
24291 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTT-AAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAGT
** * * * *
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*
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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** * **
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1 TTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * * *
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* *
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128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * * * ** * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TT-TAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAG
* * * ** *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * **
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* * * * ** * *
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* ** * ** * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * ***
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* * *
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** * * *
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* *** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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* * **
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* * * * *
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* ** **
26556 CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTTAAATAAAATAATACTAA
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* * * ** * * *
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1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAG
* * ** *
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* * ** * *
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* * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAGT
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
26969 ATTAATAATA-TTCTAAAA--AA-AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAAC-AAG
* * * * * * * *
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64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
27094 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
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Statistics
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * ***
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* * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
24804 TTATTCAAAATAAAATAATACTAA
694 TTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * * * * *
24828 TATAAAAATATTCCAAAAATTTATAACTGAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAC
1 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTT-ATAAACAAG
* * * ** *
24893 TTTAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATTTATTTCAAA-T-C---A--TTTT-TTTTGTCAT
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* * * * * *
24950 AAAACAA-ATTTTCAATTCACACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAA-TGAATTTATTCATACT
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * *
25330 ACGCTTATTTG-ATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-A-AATT
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** * ** * *
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573 TTAAAAAATAAATCTATTTACA-GAACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTA-TTGAATAATTATCTA
* * * *
25455 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTC
635 TTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
25520 GAAATAAAATAATACTAA
700 GAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
25538 GTTATTAATATTCTAAAACTTAATAATTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAATAAGT
1 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATAAACAAGT
* * * * *
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* * *** *
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* * **
25730 T-AATACAATTAATAAGTAAAAGATCT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGCTTCAAATCTTT
191 TCAA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAG-TTCAAATAGTT
* *
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* *** * *
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* * * * * *
25921 TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGAATATTTGAA
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* * *
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*
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* *
26114 AAAAATTAATCTATTTACAGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTC
576 AAAAATAAATCTATTTACAGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATAATTATCTATTTC
* * * * * *
26178 AAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGTTTATTTC-A
639 AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGA
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* * *
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* * * *
26386 AAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATAT-AGAATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTC
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* * *
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** ** * * * * * *
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** * * * * * * *
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** *
26764 AAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
512 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
* * * * *
26824 AAGAATTAAATCTATTTATC-GAACTAGTTCAAATACTTATGGCTATTCGAGA-AATTATCTATC
575 AAAAAATAAATCTATTTA-CAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-GA-ATAATTATCTATT
*** * * * * * ** * *
26887 TCAAATTGTTATGATCTTTTTATTTTGTAATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATACAAACTTATTC
637 TCAAAACATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC
* * *
26951 -AGAGTAAAATATTGCTAA
700 GA-AATAAAATAATACTAA
* * * * *
26969 ATTAATAATATTCT-AAAA--AA-AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAA-
1 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAAC-AAG
* * * * * *
27029 TTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-TATCTTTTGTTTAGTC
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT--TGCTATACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
27093 ATAAAATAATTGTTT-TAGTTCAT---A-C--ATGC-ACAT----T----C-AA---A--AA-AT
127 ATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
* * * *** * * * *
27135 T-----AATAAACAAG--AAA-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAATTCAAATTGTCAT
191 TCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
27192 AACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
256 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
27256 CT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA-TTTCAAAAACCA
320 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TA
* * * *** * *
27318 ATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATTGGTTTAAATAATTATG-GTCACT
382 ATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACT-ATT
** ** * * * * ***
27380 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTTTCATC
444 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * * * * *
27445 AGACAAGCCTA-TTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAG
507 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
** ** * * *
27509 GTTTAAAAAAT-AA--T-TTT---G-TTTA-TTGAACTAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTA
571 AATTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTA
* * * * * * * * *
27562 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTT
635 TTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
*
27627 GGAATAAAATAATACTAA
700 GAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
27645 TTTAATATTACTT-TGAAAATTGATAA-CAAGGAGATTCAAAAAAATAAACCTATTTGCTAAAAC
1 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTT-AT-AAAC
* * * * * * * *
27708 AA-TTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTTACTAAAAAT--TATGGCCTTTTGTT
61 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-C--AAATTGCTAT-ACCTTTTGTT
* * * *** ** *
27770 TAGTCATATAACAATTGTTTTTTA-TCATTCCAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
122 TTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATT
* * * ** *
27834 AATCTTTC-AAAAA-T--TAA-CAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAA
186 AAT-ATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAA
* * * ** * * *
27894 TA--TATGACTATTTGAACAATT-GTAACTTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAC
249 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * * ** *
27956 AATTATTTTTGTTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATA-TTCCAAAA
314 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
* * * * * * *
28020 ATTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACTAGTTTAAAT-ATTAAAAGAC
379 A-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTTAAATAATT--ATGAC
* * *
28083 TATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTG
440 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-
* * * * * *
28147 GAATTCATACTAGGTTATTTTAAATTAAAA-AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
501 TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * * ** * * * *
28210 AGTAAGA-AATTTAAAAAACAATTATGTTTACCTAACTAGTTCAAGTAATTATGATTATTTGAAC
563 AGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAAT
* *
28274 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT-TTT-TGTTCATA
626 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCAGTTCATA
* * * * * *
28337 TACG-TGTGTTCAAAATAAAGTAATATTAA
689 CAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
28366 TATATTATTA-TCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAG
1 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-AAACAAG
* * * *** **
28426 TTTAAATAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTT
64 TTCAAATAGTT---AT-G-----ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-ACCTTTT
* ** * * * ** *
28490 GTTCTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAGTTAAAATAATACTAATTTA
119 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTA
* * ** * * * ** *
28555 TTAATATTTC-GACAATTGTTAAGTAATTA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGATC
184 TTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTC
* * * * * * *
28618 AAATAGTCATGACTATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCTTA
246 AAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * *
28683 AAA-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTATG
310 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
* * ** * * *
28747 A-AAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATTTTGA
375 ACAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGA
* * * * * **
28811 CTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TT
439 CTATTT-GAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
28873 TCTA-TTCATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATAC-AACTTTATTAATA-TTAAGACAATTA
500 T-TAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTAA-A-AATTA
* * * * ** *
28934 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAATTTCAAAATCTTTATGATTATT
560 ATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCTATTTA-CAGAACTAGTTC-AAATAGTTATGACTA-T
* * * **** * * * *
28998 TGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTT-A-TGC
621 TGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGT-T
* * * ** * *
29061 CATACATGTTTATTCCG-ATTCGCAA-AATATTTA
685 CATACAAGCTTATT-CGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * *
29094 TTTTTTAATATT-TCAACAATTAAT-AGT-AGAACATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACA
1 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT--AAACA
* * * * * *** *
29155 AGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTG
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-ACC-TTTTGTTTTG
* ** * * ** * *
29220 TAATAAAACAATCGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
125 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
* * *
29284 ATTC-CAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAAT
189 ATTCAAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATA-AATCTGT-TTACCAAACA-GTTCAAAT
* ** * * * *
29345 AGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAA
250 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** **
29410 ATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA--TATT-CCA----GA-AA
315 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
* * * * * * ** * *
29466 TTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTA-CTGAACGTGTTCAAAT-TTTATGACTA
379 ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTATC-GAACAAGTTTAAATAATTATGACTA
* * * * *
29528 TTTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTGGTTCTA
442 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAAT-T-GTTTTA
* * * ** *
29592 -CTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTA
503 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* * *** * *
29656 A-A-AATTTAAAAAT-AATATATTTTTTGAAC-ACTTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
567 AGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACTA--GTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAAT
* * * ** ** *
29717 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAATCGTTTCTA-TTCATAAAAG
629 TATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATACAAG
*
29781 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
693 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
29806 CTTATTAAAATTCCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGT
1 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAGT
* *** * * * *
29871 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-ACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** *
29936 AAAACAATTGTTTCTATTCA-AACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTC
129 AAAACAATTTTTTCTATTCATAA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTC
* *** * * * * *
29999 -TAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-
193 AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * * *
30062 ATCTGTTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTT
257 A-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * *
30127 TCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTA-TTT--CAAA-AATTA
321 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAATAA-TA
* * * * * * * * *
30188 A-TAAAAGATTTAAAAACTTAATCTGTATATCAAACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTTTTGAA
385 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTTAAATAATTATGA-CTATTTGAA
* * ** * *
30251 CAATTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACA
448 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
* * * * * *
30316 AGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
512 AGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
* * * * * * * * *
30376 AAAAAATAAATGTGTTTGCCA-AACCAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTT
575 AAAAAATAAATCTATTT-ACAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-GAATAATTATCTATTT
*** * * * * *
30440 CAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTATT-TTT-AGTTCATACATGCTTATTCA
638 CAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-A-AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCG
30502 AAATAAAATAATACTAA
701 AAATAAAATAATACTAA
*** ** * * * * *
30519 TTTATTTGCATT-TAGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAAT-TTTTTTTGAACAAG
1 TTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAACAAG
* *** * *
30582 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATAT-GCTTTTGTTTTATCAT
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
30646 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTT
129 AAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TT
** * * * * *** *
30710 C-AAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAATACATC-G------AATTGGTTCAAATAATTAT
192 CAAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * *
30766 GGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TTTTTTCATAAAACAATT-TT
256 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *** * * * *
30829 TTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA-AATTTCAAAAATTAAT
321 TCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAAT
* * *** * *
30892 AAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-T---AC-----TGAATCGGT-T-CCTATTTGGA
384 AAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA
* ** * * ** ** *
30944 CAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTTCAGTTCATA
448 TAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
* * * * * *
31008 TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAACTAAGAGATT
510 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAAT
* * * *
31073 TAAAAAATAAATCTGTTTGCCA-AAGC-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-T-AATAATTATCTCTT
574 TAAAAAATAAATCTATTT-ACAGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAATAATTATCTATT
* * * * * *
31134 T-AAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTC-
637 TCAAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCG
31197 AAATAAAATAATACTAA
701 AAATAAAATAATACTAA
* * * *
31214 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A-AG-TTATAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-A
1 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTAT--AAACAA
* * * * *
31275 GTTCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTA-TACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
31340 ATATAACAATTGTGTTT-GA-ACATTCAA-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATC
127 ATAAAACAATT-T-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT-
* * * * ** *
31402 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGC
189 ATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGT
* * * ** * ** * *
31466 AATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT
253 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * * *
31530 ATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTTCAAAAATTA
318 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TA
* * * ** * * * * *
31594 ATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGA
382 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * *
31659 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTAATTCA
447 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTAGTTCA
* *
31724 TA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAAT-A-TAAG
508 TACA-AGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG
* *
31784 AGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
569 AGAATTAAAAAATAAATCTATTTAC
Statistics
Matches: 6011, Mismatches: 1257, Indels: 871
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
675 1 0.00
676 59 0.01
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678 31 0.01
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680 20 0.00
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684 6 0.00
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700 1 0.00
701 3 0.00
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717 91 0.02
718 326 0.05
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720 75 0.01
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730 100 0.02
731 73 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (717 bp):
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCAAA
AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
CTATTTACAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
AA
Found at i:26999 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 23415--31708 Score: 896
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23405 ATTAATCAAT
* * * * * ** * *
23415 AAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
* * * * * * * * *
23480 ATCTATTTCAATTTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAG-TTCTATTCG-TACTAT
66 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACT-GCTTCTATT-GATAC-AA
** * * * **
23543 TTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTCCAACACTTAATAACT
128 AATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAA-A---AATAAAA
* * * *** * * *
23597 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-C-AAACCCTTTCAAATA-GTAAGACTA-CATGAACG
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTA-GAACA
* * * * * * * *
23658 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCT-ATTGATACA
*** * * *
23722 TGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
127 AAATTATTCAGAATAAAATAATACT-AAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * **
23775 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGTA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * * * * * *
23839 GTTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATA-G
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCT-ATTGATACA
** * ** * * *
23901 AGCTTATT-TGGTTAAAAATACTACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
127 AAATTATTCAGAAT-AAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * * * *
23954 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCAAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * * * * * ** *
24018 ATTATATATTTTAAATCATTTTGACCTTTTGTCTAGTTAGAAAATATTTGTTTCATATCT--TAC
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTC-TAT-TGATAC
** ** * * * *
24081 AATCTTATTTGGAATAAAATAAT-CCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAA
126 AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAA-TTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * *
24135 GCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAATTCAAATAGTGATGACTATTTGAAC
1 --AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * * * ** *
24199 AATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATA
62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATA
* * * * **
24262 -AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA
125 CAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * *
24317 GCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACA-ACTATTTGAA
1 --AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACTAATTCAAATACTTA-AGACTATTAGAA
* * * * * * * * * * *
24379 TAATTGTCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
61 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATAC
** * * * * * *
24444 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAAT
126 AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATAAAA
* * * * * * * * * **
24496 AAGTGATTTAAAAAGTAAATC-AGTTTAC-CAAATCAGCTT-AAATAATTATGGCCATTTCAACA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACT-A-ATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * * * * *
24558 ATTATCTATTTCAAATTGTTGCT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATT-ATAC
63 ATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTG-CTTCTATTGATAC
** * ** * **
24621 AAGTTTATTCAGAATAAAATAATAGTATTTTATTAATCCCTT-AAAAATTAATAA
126 AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAAT-ATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * *
24675 GTAAGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAG
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAA
* * * * * * * * * ** * * *
24738 TTGTATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAG
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAA
* * * * *
24803 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATATAAAAATATTCCAAAAATTTATAACT
129 ATTATTCAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTTCAAAAA--TA-AA-A
* * * * * * * * * **
24856 GAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTACTTTAAATAGTTAAGACTA-TATGAACCG
1 AAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTA-GAACAA
* * * * * * * *
24920 TTATTTATTTCAAATC------A--TTTT-TTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCACACTAA
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAA
* * * * * * * ** *
24975 CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATACTAAAAAAATTAATATGT
129 ATTATTCAGAATAAAATAATACT-AAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-A--A
* * * * * * * * *
25028 AAGAGGTTTAAAAAATAATTCTGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAAT
* * * * * * * * ** * * * * **
25092 TATATTTTTCAAATAGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGT
65 TATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAAA
* * * * * *
25157 TTGTTCGGAATAAAAGAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT
130 TTATTCAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTTCAAAAATAAAA
* * * * * * * * * * *
25205 AAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTCA-TCAAATGAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAAT
* * * * * * * * *
25269 TATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTCCTATTATAAAACAA-TAGTTTTTGTTCATACA
65 TATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTT--TGTCATAAAATAACT-GCTTCTATTGATACA
*** * * * ** * *
25331 CGCTTATT-TGATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAA
127 AAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAA-AAATAA-AA
* ** * * * * * *
25383 GTAA-AAATTTTTTAAAATAAATATGCTTAAC-GAATTAGA-TCAAATA-TTCATGACTATTTGA
1 --AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTGAACTA-ATTCAAATACTT-AAGACTATTAGA
* * * *
25444 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-CATT-TCAGTTC
60 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGC-TTCT-A-TTG
* ** * * *
25506 ATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAACTTAATAA
122 ATACAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAA-ATAA-AA
* * * * * * *
25564 TTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAA-TAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAGCA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * * ** ** *
25628 ATTA-CTATTTGAAATTGCTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AACTGCTTCTATTGATACA
* ** * * *
25692 AACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAATACAATTAATAAGTA
127 AAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAA-TTAATAATATT--T-CAA-AAATAA-AA
* * ** * * *
25748 AA-AGATCT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGCTTCAAAT-CTTTATGACTATTTGAACAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA-ATTCAAATAC-TTAAGACTATTAGAACAA
* * * * * * * * *
25809 TTATTTATTTCAAAAT-TTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACCA
64 TTATCTATTTC-AAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
** ** * * * *
25873 GCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAAGTAA
128 AATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA-TTT--CAAA-AATAA--AA
* * * * * * * * * *
25928 AA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCGAAC-AAGTTTAAATAGTCATGAATATTTGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAA-TTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAA
* * * * * * * * *
25989 TTAAT-TATTTCAAATCATTGTGA-CCTTT-TTTT-TAATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATATA
64 TT-ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATACA
** * * * *
26049 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGT
127 AAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TCAAAAA-TAA--A-A
* * * * * *
26104 AAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACAGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAACAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA-ATTCAAATACTTAAGACTAT-TAGAACAA
* * * * * * * * * * * * *
26167 TTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATTGGTTTTGTTCATGCAAG
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAA
* * *
26232 TTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCTAATAGTTAATAAGTA
129 ATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAAA-TTAATAATATTTC-AA-A---AATAA-AA
* * * * * * * *
26286 AA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ACGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA-ATTCAAATACTTA-AGACTATTAGAACAA
* * ** * * *
26347 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAA
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAA
* * * * *
26411 GCTTATAT-AGAATAAAATAAAACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAA
129 -ATTAT-TCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAA-TAA-AA
* * * * * * * * * *
26463 GTAAAAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGAACG
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGA-CTATTAGAACA
* * * * *
26527 ATTATTTATTTTAAA----T-T-A--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
** * * * * * *
26584 TTTTATTTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAATAATTAATAGGT
128 AATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AA-AAATAA-A--A
** * * * * * * * **
26638 TGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAAT
* ** * * **
26702 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATTTCTACAAA
65 TATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAA
* * * * *
26766 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
129 ATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATAAAA
* * * * * *
26815 AAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTA-TCGAACTAGTTCAAATACTTATGGCTATTCGAGA-AA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGA-ACAA
* * * *
26878 TTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTTTATTTTGTAATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
* * * *
26943 ACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-AAAGA
128 AATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATAAA-A
* *
26993 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
* * * * * * **
27058 ATCTATTTCAAATCGTTCTTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACATGC
66 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATACA-AA
* * * * * *
27122 A-CATTC--AA-AAAAT--TAATAAA-CAAGAA-ATTTTAAAAA-ATAA
129 ATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATAAAA
*** *** * * * * * * * * *
27162 ATCTG-TTTATTGAATAATTC-A--AATTG---TCA-T-AACTATTTAA-ACAATT--ATCTATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
** * * * * * * * *
27215 -TAGA-AT-AAA----TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTCTTAGT-TCATAAAAGC
66 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTG-CTT-CTAT--TGATA-C
** * * * * *
27272 -TTATCTGAAAT-A-AA-ATAATATTACT---TTATTAATATTTCAAAAACCAATAA
126 AAAAT-T--ATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * ** * * * *
27322 GTTAA-AGATTTAAAAAATAAGTCAATTTA-TCAAATTGGTTTAAATAATTATG-GTCACTT-GA
1 ---AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAATTCAAATACTTAAGACT-A-TTAGA
* * ** * * * * * ** * * *
27383 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTTTCA-TCAG
60 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCT-ATTGAT
*** * * * *
27447 ACAAGCCTATT-AAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
124 ACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * *
27502 ATAGGAGGTTTAAAAAATAATTTTGTTTATTGAACTAGTT----T-C-T---A-T-TT-GAACAA
1 A-A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAA
* * * * * * * * *
27555 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAA
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATACAA
** ** * * * *
27619 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATATTACTTTGAAAATTGATAACA
128 AATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA-TTTCAAAA---ATAAAA
* * * * * * *
27673 AGGAGATTCAAAAAAATAAACCTATTTGCTAAAAC-AATTCAAACAATTAAGACTA-TATGAACA
1 AAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTA-GAACA
* * ** ** * * * * * * * *
27736 ATTATTTGTTTACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTG-TTTTTTATCATT
63 ATTATCTATTT-C-AAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTAT-TGATA
* ** * * * * *
27799 CCAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAACA
125 CAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAAAA
* * * * * *
27853 AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAATA--TATGACTATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
* * * * * * * * * * ** * * * **
27915 GT-AACTTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGTT
66 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAAAT
* *
27979 TATTCAGAATAAAATAATGCT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
131 TATTCAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * *
28028 CTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATA-TTAAAAGACTA-TATGAA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTT--AAGACTATTA-GAA
* * * * * ** ** *
28091 TAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTGGAATTCATA
61 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTT-CTATTGATA
* ** * * * *
28156 CTAGGTTATTTTA-AATTAAAA-AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
125 CAAAATTA-TTCAGAA-TAAAATAATACT-AAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * * * * * *
28211 GTAAGAAATTTAAAAAACAATTATGTTTACCT-AACTAGTTCAAGTAATTATGATTATTTGAACA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * * * *
28275 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATA-TA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
** * * * * * * * * *
28339 CGTGTGTTCAAAATAAAGTAATA-TTAATATATTATTATCTCAAAAATTAAT
128 AAT-TATTCAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTTCAAAAATAAAA
* * *
28390 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAAC-AAGTTTAAATAGTTCAAATAGTTTTAACTA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAA-TTCAAATACTT---A-AG-----ACTA
* * * * * * ** * *
28453 TTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTGTTGTAAAATAATTGTTTCTAT
55 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTAT
* ** * * * ** *
28517 TCATACAAGCTTATTCA-AGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGTTAAGTA
120 TGATACAAAATTATTCAGA-ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-A-AA--AATAA-AA
** * * * * * * * *
28580 ATTA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA-ATTCAAATACTTAAGACTA-TTAGAACAA
* * * ** * * **
28643 TTATCTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGTAA
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
** * * * * * *
28706 GTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTATGAAAATTAATAA
128 AATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TCAAAAATAA-AA
* ** * * * * ** *
28758 TTAATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTT-GTCGAAC-AAGTTTAAATAATTTTGACTATTTCG-A
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAA-TTCAAATACTTAAGACTA-TTAGAA
* *** * * * ** *
28820 CAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA-TTTTTCTATTCATA
61 CAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATA
** ** * *
28883 CAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAA
125 CAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAA-ATTAATAATATTTCAA-A-AA-TAA-AA
* * * *
28938 GTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAAC-AATTTCAAA-ATCTTTATGATTATTTG
1 --AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAA-TTCAAATA-C-TTAAGACTATTAG
* * * * * * **
29000 AAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGA-CTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAA-TTATT-TA-TGC
59 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTG-
*** * * ** * * * ** * *
29061 CATACATGTTTATTCCGATTCGCAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAACAATTAATAG
122 -ATACAAAATTATTCAGAAT-AAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAA-AAATAA-AA
* * * * * ** * * * * *
29120 TAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAAC-AAGTTCAACTAGTCATA-ACTATTTGAATA
1 AAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATACTTA-AGACTATTAGAACA
* * * * * * * *
29183 ATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAA-TCGTTTC-AGTTCATA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACT-GCTTCTA-TTGATA
* ** * * * * * *
29246 TAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGA
125 CAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATAA--A-A
* ** * * * *
29302 AAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTA-TATGAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATA-AATCTAT-TTACTGAACTA-ATTCAAATACTTAAGACTATTA-GAAC
* * * * * * * * * *
29363 TATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTG-TTTTAGTTCATAT
62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATAC
** * * * * *
29427 AAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATATTCCAGAA-A-TT----AATGAGA
126 AAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAA-ATT-AATAATATTTCAAAAATAAAA
* * * * * * *
29475 AAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTACTGAACGT-GTTCAAAT-TTTATGACTATTTGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACTGAAC-TAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAA
* * * * * * * * * *
29537 TTATCTATTTTAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTCTCATAAAACATCTGGTTCTACTCATGCAA
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
** * *
29601 GCTTATTTCA-AATAAAATAATA-AAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTA
128 AATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAAA-TTAATAATATTTCAAAAA-TAA--A--A
* ** * * * * * *
29656 AA-A-ATTT-AAAAAT-AATATATTTTTTGAAC-ACTTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA--ATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAA
* * ** * *
29716 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAA-TCGTTTCTATTCATA-AA
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACT-GCTTCTATTGATACAA
* * * * * * *
29779 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAATAATTAATAA
128 A-ATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAA-AAATAA-AA
* * * * * * * * *
29832 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAA
* * * * * * * * * * * *
29897 TTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAG
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAA
* * * *
29962 TTTATT-TGAAATAAAATAATACT-AATTATTAATA-TTCTAAAATTAATAA
129 ATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATAA-AA
** * * * * * * * * * *
30011 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAAC-AAGCTCAAATAGTCATA-TCTGTTTGAAC
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATACTTA-AGACTATTAGAAC
* * * * * * * * * *
30074 TATTATCTATATCAAATTGTTTTGA-CATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATAC
* * * * *
30138 AAAATTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATA
126 AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAAAA
* * * * * * * * * * *
30191 AA-AGATTTAAAAACTTAATCTGTATA-TCAAACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTTGAACAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAATTCAAATACTTAAGA-CTATTAGAACAA
* * * ** * * * * * *
30254 TTATCTATCTCAAATCATTATGAT-ATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAG
64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAAA
* ** * * * *
30318 CTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT
129 ATTATTCAGAATAAAATAAT-ACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATAAAA
* * * ** * * *
30367 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
* * * * * * ** * * ***
30432 ATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAAT-AGTATTTTTAGTTCATACATGC
66 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATACAAAA
* * * ***
30495 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTGCATTT-AGAAAATTAATAAA
130 TTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCA-AAAA-T-A-AAA
* * ** * * *
30546 CAACAAATTTTAAAAAATAAAT-T-TTTTTTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
1 -AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAA-TTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* *** * * * * * *
30608 ATTATCTATTTAAAATAAATATG--CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACAA
* * ** * * * * *
30670 AGCTTA-TCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAATTTTGATATAT
128 A-ATTATTC-AGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAA----AATAAAA
* * ** * * * * *
30725 TAGAGATTTAAAAAAT--A-C-A--T-C-GAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
** * * * ** * * **
30782 ATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TTTTTTCATAAAACAA-TTTTTTTCA-TCATACAAGC
66 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCT-ATTGATACAAAA
* ** * * * *
30844 CTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAA
130 TTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * ** *
30894 GAAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TCGGTTC-----C-T---A-T-TT-GGACA
1 -AA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * ** * * * * *
30946 ATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTTC-AGTTCATAT
63 ATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATAC
** ** *
31009 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAA
126 AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * ** * * *
31063 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-T--AATA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * * * * * *
31124 ATTATCTCTTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAGA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTA-TTGATACA
** * * * *
31188 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT
127 AAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC-AAAAATAAAA
* * * * * * * * *
31238 AAGTA-AGTTATAACAAGTGAATCTGTTTA-TCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCTATGT-CA
1 AAG-AGA-TT-TAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACT-AATTCAAATACTTAAGACTAT-TAGA
* * * * * * *
31299 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTG--TGT-TTGA-A
60 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATA
* * * * * *
31360 CATTCAATTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
125 CA---AAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * *
31418 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGC--AATAACTATTTGAAC
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATA-CTTAA-GACTATTAGAAC
* ** * * * * * ** * * *
31481 AATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGCTTCTATTGATACA
** *
31545 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
127 AAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTTCAAAAA-TAA-AA
* * * * * * *
31598 CTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTA-TATGAACA
1 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTA-GAACA
*
31662 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
31709 GTTTTTTTTA
Statistics
Matches: 6196, Mismatches: 1362, Indels: 1109
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
150 25 0.00
151 1 0.00
152 3 0.00
153 4 0.00
154 4 0.00
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157 14 0.00
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160 10 0.00
161 1 0.00
162 3 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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TATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATAAAA
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Alignment explanation
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27533 GAACTAGTTT
* * * *
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* * *** * * * *
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* * * ** * * * * * * *
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129 GTAA-AAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTT-C-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * ** *
27789 T-TTTATCATTCCAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TA
64 TCTAT-TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
27850 A-CAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAATA--TATGA
128 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * * *
27965 TGTTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
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* * * * *
28030 AAGAA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATA-TTAAAAGA
131 AA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTT--ATGA
* *
28082 CTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTT
** * * * * *
28146 GGAATTCATACTAGGTTATTTTAAATTAAAA-AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
65 -CTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
28209 AAGTAAGAA-ATTTAAAAAACAATTATGTTTACCT-AACTAGTTCAAGTAATTATGA
127 AAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
28264 TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * * * * *
28329 TGTTCATATACGTGTGTTCAAAATAAAGTAATATTAATATATTATTATCTCAAAAATTAATAAG-
66 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
28393 ---AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATCAAACAAGTTTAAATAGTTCAAATAGTTTTAA
131 AAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTT-T---AC----TGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * ** * **
28450 CTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTGTTGTAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* ** * * **
28514 TATTCATACAAGCTTATTCAAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGTTAAGT
66 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
28579 AATTA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGA
131 AA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
28630 CTATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTT
1 CTATTT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* ** * * *
28694 CAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
* * ** * * * * * *
28758 TTAATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTT-GTCGAACAAGTTTAAATAATTTTGA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
28811 CTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TT
1 CTATTT-GAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
***
28873 TCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
64 TCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * **
28935 TAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAATTTCAAAATCTTTATGA
126 TAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTC-AAATAGTTATGA
* * * * *** * * *
28993 TTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-ATT-
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * ** * * * *
29056 TATGCCATACATGTTTATTCCGATTCGCAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAACAATTAAT-A
66 TAT-TCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * * * *
29119 GTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
29172 CTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATCGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* ** * * *
29237 C-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGA
65 CTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * **
29300 G-AAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGA
129 GTAAA-AGATTTAAAAAATA-AATATGT-TTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
29353 CTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTT-
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * * *
29417 TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC--------TAATATTCCAGAAATTAATGAG
66 TA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
29474 -AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTACTGAACGT-GTTCAAAT-TTTATGA
130 TAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGT-TTACTGAAC-TAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
29525 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAA-CATCTGGTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTT
* * * ** *
29589 CTACTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGA
65 CTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
29653 GTAAAA-ATTT-AAAAATAATATAT-TTT-TTGAAC-ACTTTTTAAATAGTTATGA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATATGTTTACTGAACTA--GTTCAAATAGTTATGA
* * ** *
29704 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAATCGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * * * *
29769 TATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAATAATTAATAAGT
66 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
29834 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
131 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
29885 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* ** *
29950 TATTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGT
66 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
*** * * * * * *
30013 TGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-A
131 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * *
30063 TCTGTTTGAACT-ATTATCTATATCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTT
1 -CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
** * * *
30127 TCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAA-T--TAA
64 TCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
30189 -TAAAAGATTTAAAAACTTAATCTGTATA-TCAAACCAATTCAAATAATTATGA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * **
30241 TTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTT
1 -CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * *** * * * *
30304 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT
64 TCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * ** * * *
30367 AAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
127 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * *
30418 ATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTT
* * ***
30481 -TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTGCATTT-AGAAAATTAATA
65 CTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA
** ** *
30544 AACAACAA-ATTTTAAAAAATAAAT-T-TTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
128 AGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
30597 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATG--CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * * ** *
30660 AATTCATAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAATTTTGATATA
66 TATTCATACAAGTTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-A
* * * * * * *
30724 -TTAGAGATTTAAAAAAT--ACA----T-C-GAATTGGTTCAAATAATTATGG
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * *
30768 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TTTTTTCATAAAACAATT-TTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
** *** * *
30831 TCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG
66 T-ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
30895 -AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG-A--A--TC-----GGT-T-C
130 TAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * ** *
30935 CTATTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * *** * *
30999 C-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAA
65 CTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** *
31063 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
31116 CTA--T-AATAATTATCTCTTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* *
31178 -AGTTCATAGAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
66 TA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * *
31240 GT--AAG-TTATAACAAGTGAATCTGTTTA-TCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGG
129 GTAAAAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
31291 CTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TT
* * * *
31356 -TGA-ACATTCAA-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
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* * * * ** *
31418 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGCAATAA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * ** * * * * *
31471 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * * *
31535 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT
66 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
31600 AAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAAGA
131 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
31651 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTT
* * *** *
31716 TTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAA
65 CT-ATTCATACA-AGTTTATTCAAAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
*
31778 T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAA
126 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
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* * * *** *
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* * * * * * *
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* * * ** * *** * * * *
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* ** * * * * * *
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256 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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65 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * **
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* * * * * * * ** * * *
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193 AATAAGTAA-AAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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65 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
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130 GTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * *
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* * * * * **
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255 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-CTA
* * * *
28150 TTCATACTAGGTTATTTTAAATTAAAA-AA-AATGAATTTATTAAT
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* * * * * *
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1 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
28258 TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAA
64 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * ** * * * *
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* * *
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192 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT---AT-G---
* * * ** * ** *
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250 --ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
28511 TTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAGTTAAAATAATACTAATTTATTAAT
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* * ** * * * * * *
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1 A-TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
28624 TCATGACTATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCTTAAAA-AA
64 TTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** ** * ** * * ***
28688 TTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTATGAAAATT
128 TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * ** * * * *
28753 AATAATTAATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTC
193 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-
* * * **
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257 GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
*
28880 ATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATAC-AACTTTATTAAT
321 ATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * * * *
28921 ATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAATTTCAAAAT
1 ATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTC-AAAT
** * * * * * * * * *
28985 CTTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATA
62 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * ** * * * * *
29050 A-T-TATTTATGCCATACATGTTTATTCCG-ATTCGCAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAAC
127 ATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AAT-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* ** * * * *
29347 TTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAAT
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* *
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* * * ** *
29468 AATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTA-CTGAACGTGTTCAAAT-TTTATGACTAT
193 AATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
29529 TTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTGGTTCTAC
255 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTAT
* * **
29593 TCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAAT
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* * * ** *
29636 ATTTCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTT-AAAAATAATATATT-TTT--TGAACACTTTTTAAAT
1 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-AT-TTGTTTACCGAACA-AGTTCAAAT
* * *
29696 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCA
62 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
29761 ATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAATAAT
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* * *
29826 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
192 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
29891 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCA
257 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* *
29956 AACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAAT
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* ** * * *
29995 ATTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACAAGCTCAAATAGTC
1 ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
30060 AT-ATCTGTTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATT
66 ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * * *
30124 GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAA-T-
130 GTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * *
30186 -TAA-TAAAAGATTTAAAAACTTAATCTGTATATCAAACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTTTT
194 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTT
* * * * *
30248 GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTC
257 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * *
30311 ATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAAT
321 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAAT
* * *
30352 ATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAG
1 ATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
30412 TTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAA-TAG
64 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** *** *
30475 TATTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTGCATT-TAGAAAAT
129 TGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAAT
** * *
30539 TAATAAACAACAA-ATTTTAAAAAATAAAT-T-TTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
192 TAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * *
30601 TTGAACAATTATCTATTTAAAAT-A-AATATGCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATT
255 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
30664 CATAAAAGCTTATCT-AGAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
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** * * * *** *
30706 ACTTCAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAATACA------T--CGAATTGGTTCAAATAA
1 A-TTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * ** * *
30762 TTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TTTTTTCATAAAACAAT
64 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
30826 T-TTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATT
129 TGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * *
30889 AATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTG---AA--TC-----GGT-T-CCTATT
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* ** * * ** **
30940 TGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTTC-AGT
256 TGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * *
31003 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
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* * * * *
31046 ATTTCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAGC-AGTTCAAATAG
1 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * *
31110 TTAAGACTA--T-AATAATTATCTCTTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAAT
64 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
31172 TG-TTTCAGTTCATAGAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
129 TGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * *
31235 AATAAGT--AAG-TTATAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATG
193 AATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * *
31296 TCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTT-TGA-
256 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-AT
* * * *
31359 ACATTCAA--TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
319 TCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
31401 CTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGC
1 -ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * ** * * * *
31466 AATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT
65 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
31530 ATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAA
130 GTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * ** * * * *
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195 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
31660 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTAATTCAT
260 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT-ATTCAT
*
31725 A-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAAT
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*
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31799 TTCTATTTAC
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AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
Found at i:30302 original size:177 final size:175
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** * * *
27901 -CTATTTGAACAATTGT-AACTTCAAATCGGTATAACCT-TTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * ** * * *
27963 TTTGTTTATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA
64 TCTATTCATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT-TATTAATATT-CAAAAATTAATA
* * * ** * * * *
28027 ACTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATA-TTAAAAGA
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* * * * *
28082 -CTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-T
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGT
** * ** * *
28144 TTGGAATTCATACTAGGTTATTTTAAATTAAAA-AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
63 TT-CTATTCATACAAACTTATTTGAAA-TAAAATAATACT-AA-TTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * * * * * * *
28207 ATAAGTAAGAAATTTAAAAAACAATTATGTTTACCTAACTAGTTCAAGTAATTATGA
123 ATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * *
28264 T-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * ** * * *
28327 TTTGTTCAT--ATACGTGTGTTCAAAATAAAGTAATATTAATATATTATTATCTCAAAAATTAAT
64 TCTATTCATACAAAC-T-TATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATAT-TCAAAAATTAAT
* * * *
28390 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTTAAATAGTTCAAATAGTTTTA
125 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTT---AT-G----A
* * * * * * ** *
28449 ACTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTGTTGTAAAATAATTGTTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * **
28513 CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGTTAA
65 CTATTCATACAAACTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTC-A-AA-AATTAA
* * * ** * *
28577 GTAATTA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGA-TCAAATAGTCATGA
124 -TAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
28630 -CTATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCTTAAAA-AATTATT
1 TCTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* ** ** ** *
28693 TCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATT-ATGAAAATTAATA
64 TCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCA--AAAATTAAT-
** ** * * * *
28757 ATTAATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTTGTCGAA-CAAGTTTAAATAATTTTGA
125 A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * **
28811 -CTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATGATT-
1 TCTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTG
**
28871 TTTCTATTCATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATT-AAGACAATT
62 TTTCTATTCATACAAACTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAA--TTATTAATATTCAA-A-AA-T
* * * **
28933 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAATTTCAAAATCTTTATGA
121 --TAA-TAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTC-AAATAGTTATGA
* * * *** * * * * *
28993 T-TATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-ATT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* *** * * * * * *
29056 -TATGCCATACATGTTTATTCCG-ATTCGCAAAAT-AT-TTATTTTTTAATATTTCAACAATTAA
65 CTAT-TCATACAAACTTATT-TGAAAT---AAAATAATACTAATTATTAATA-TTCAAAAATTAA
* * * * *
29117 TAGTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAA-CAAGTTCAACTAGTCAT-A
124 TA--A-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
29171 ACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATCGTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* ** * *
29236 TC-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGA
64 TCTA-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCAAAAATTAAT--
* *
29300 GAAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCAAA-CATGTTCAAATAGTTATGA
125 -AAA-AGATTTAAAAAATA-AATCTGT-TTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGA
* ** * * * *
29353 -CTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCT-TTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * *
29416 T-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-A--A-T-AT-TCCAGAAATTAATGAG
64 TCTA-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCAAAAATTAAT---
* * ** *** *
29474 AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTACTGAACGTGTTCAAAT-TTTATGA
125 AAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
29525 -CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTGGT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTATCATAAAACAAT-TGTT
* * * * **
29588 TCTACTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGA
64 TCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-A
* * *** ** *
29653 GTAAAAATTT-AAAAATAATATAT-TTT-TTGAACACTTTTTAAATAGTTATGA
126 --AAAGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACCAAAC-CAATTCAAATAGTTATGA
* * ** * *
29704 -CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTGGTCATAAACCAATCGTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* *
29767 TCTATTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAATAATTAATA
64 TCTATTCATACAAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATT-CAA-AA--ATTA
*** * * *
29831 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
123 A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * *
29885 -CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATT-TGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* ** *
29949 CTATTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTT
65 CTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCAAAAATTAATAA---
* * * * * *
30014 GGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAA-CAAGCTCAAATAGTCAT-A
127 -AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
30063 TCTGTTTGAACTATTATCTATATCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * *
30128 CTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* * * * *
30192 AAGATTTAAAAACTTAATCTGTATATCAAACCAATTCAAATAATTATGA
127 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
30241 TTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
30306 TGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
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* * *
30370 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
128 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * * *
30418 -ATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCT-TTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-T
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAAT-TGT
** ** *** *
30479 TT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTGCATTTAGAAAATTAAT
63 TTCTA-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCA-AAAATTAAT
* ****
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* * * *
30597 -CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
30660 AATTCATA-AAAGCTTATCT-AGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAATTTTGATAT
66 TATTCATACAAA-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTA-ATTATTAATA-TTCAAAAATT-A-AT
* * **** *
30723 ATTAGAGATTTAAAAAATACATC-G-------AATTGGTTCAAATAATTATG-
125 A--AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * ** ** * * *
30767 GCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTTTTTTTTCATAAAACAATT-TTTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
30831 TCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG
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* * * *
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126 AA--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * ** * * ** **
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1 TCTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * *
30997 TTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAAT
63 TTCTA-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCAAAAA-T--T
* * * * *
31061 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAGCAGTTCAAATAGTTAAGA
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* * * * *
31116 -CTA--T-AATAATTATCTCTTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
31290 GCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCT-TTTGTTTTGTCATATAACAATTGTG
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-
* * * * *
31354 TT-TGA-ACATTC-AA-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAA
63 TTCT-ATTCATACAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA-TTATTAAT-ATTCAAAAATTAA
* ** * * **
31415 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGCAAT-A
124 T-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * ** * ** * * * *
31470 ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGT-TTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * *
31534 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
65 CTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATA-TTCAAAAATTAAT-A-
* * * * * * * *
31599 TAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAAGA
126 -AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
31651 -CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTT
1 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGT
* * * *
31714 TTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAGAAATT
63 TTCT-ATTCATACA-AACTTATTTGAAATAAAAT-AATACT-AA-TTATTAATA-TTCAAAAATT
* *
31776 AATATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
122 AATA-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
Statistics
Matches: 3168, Mismatches: 644, Indels: 546
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 27 0.01
168 20 0.01
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170 4 0.00
171 105 0.03
172 110 0.03
173 66 0.02
174 75 0.02
175 55 0.02
176 120 0.04
177 239 0.08
178 348 0.11
179 366 0.12
180 446 0.14
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184 29 0.01
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186 22 0.01
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188 4 0.00
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190 2 0.00
191 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCAAAAATTAATAAAAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
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Alignment explanation
Indices: 30581--30912 Score: 402
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* * * *
30581 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGCTTTTGTTTTATCAT
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* * *
30646 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTC
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** * **
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* * ** *
30752 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAGCTTTT-TTTTTTC
1 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT--AAACAAGCTTTTGTTTTATC
* * * * *
30816 ATAAAACAATTTTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAT
64 ATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATAAAAGCCTATCTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAC
30879 TTCAAAAATTAATA-AGAAGGAGATTTAAAAAATA
128 TTCAAAAATTAATATAGAA-GAGATTTAAAAAATA
30913 AATTTGTTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 22, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 103 0.76
172 16 0.12
173 14 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAACAAGCTTTTGTTTTATCAT
AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCCTATCTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAACTTC
AAAAATTAATATAGAAGAGATTTAAAAAATACATCGAATTG
Done.