Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168115.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_36, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 443530
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 5
Found at i:108329 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 108036--108352 Score: 428
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
108026 GAGTAAGAGA
108036 TTTAAAAAATGAAACTATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATGAAACTATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* **
108101 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCAATTCAAACAAGCTTATTTG
66 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCAATTCAAACAAGCATATTCA
*
108166 GAATAAAATGA-TA-TAAATTTATTAATAT
131 AAATAAAA-GAGTACT-AATTTATTAATAT
** * * *
108194 TTTAAAAAAT-AAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATGAAA-CTATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
108258 TTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCATAT
65 TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTCCAATTCAAACAAGCATAT
*
108321 TCAAAATAAAAGAGTACTAGTTTATTAATAT
128 TCAAAATAAAAGAGTACTAATTTATTAATAT
108352 T
1 T
108353 CCAAAAATTG
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 14, Indels: 10
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 10 0.07
158 129 0.92
159 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (158 bp):
TTTAAAAAATGAAACTATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCAATTCAAACAAGCATATTCA
AAATAAAAGAGTACTAATTTATTAATAT
Found at i:108563 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 108224--108569 Score: 460
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
108214 TTTGAACATG
* * *
108224 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * * *
108289 TAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAGAGTACTAGTTTATTAATATTC
66 TAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTA
*
108354 CAAAAATTGATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAA
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAA
* * * *
108405 TTCAAATAGTTATGACTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTTTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
** * *
108470 TAAAATAATTATTTGC-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTATTT-CTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATT
** ** ** *
108534 ATGAAAATTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
130 ACAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAAT
108570 AAATTGAACA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 24, Indels: 2
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
181 139 0.99
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
TAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTA
CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAA
Found at i:108620 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 108424--108719 Score: 395
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
108414 TTATGACTGC
*
108424 TTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTATTTGC-AT
1 TTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTT-CTAT
* * * **
108488 TCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGA-AAATTAATTGGTA
65 TCATACAAGCTTATTC-ACAATAAAATAATACTAATATATAAATATTATGACAAA-TAATAAGTA
**
108551 GGAGATTTAAAAAATAAATAAA
128 AAAGATTTAAAAAATAAATAAA
* *
108573 TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
1 TTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTAT-TTTT-TCATAAAACAATTATTTCTA
* * *
108636 TTCATACAAGCTTATTCACATTAAAATAATATTAATATATAAATATTTTGACAAATAATAAGTAA
64 TTCATACAAGCTTATTCACAATAAAATAATACTAATATATAAATATTATGACAAATAATAAGTAA
108701 AAGATTTAAAAAATAAATA
129 AAGATTTAAAAAATAAATA
108720 TGTTTACTGA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 13, Indels: 10
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
147 1 0.01
148 11 0.09
149 114 0.88
150 3 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (149 bp):
TTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTTCTATT
CATACAAGCTTATTCACAATAAAATAATACTAATATATAAATATTATGACAAATAATAAGTAAAA
GATTTAAAAAATAAATAAA
Found at i:108891 original size:511 final size:496
Alignment explanation
Indices: 108194--110021 Score: 1315
Period size: 511 Copynumber: 3.6 Consensus size: 496
108184 TTATTAATAT
* * * *
108194 TTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTA-TTTATGAACAAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
108259 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTC
64 TTCAAATA-TTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * **
108323 AAAATAAAAGAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAA
127 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAA
* * ** *
108388 TCTATTTACCAAGCAAATTCAAATAGTTATGACTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTAT
192 TCTGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
* * * *
108453 GATCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTATTTGCATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
256 GAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTGCATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATA
* *
108518 CTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATAAATTGAACAATT
321 CTAATTTATTAATATTATGAAAA--AATT--CA-AAGATTT-----ATAAATAAA-TGAACAATT
* * * * *
108583 ATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
375 ATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATAAAAGC
* ** *
108647 TTA-TTCACATTAAAATAATATTAATATA-TAAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGA
439 TTATTTCA-AATAAAATAATATTAATATATTAAA-A-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *
108705 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTACAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAAGT-CAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
108770 TTCAAATCATTGTGACCTATTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTT
64 TTCAAAT-ATTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
108834 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATGAGTGGGACAATTAAAAAATTAA
127 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAA
* * * *
108899 TCTGTTTACCAA-ATATGTTCAAATAGTTATGA-TTATCTGGATAATTATCTATTTCAAA-ACAT
192 TCTGTTTACCAACA-A-GTTCAAATAGTTATGACTAAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATA-GT
* * * *
108961 TATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTG--TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAA
253 TATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATT--ATTTGCATTCATACAAGATTA-TTCGAAATAAA
* * * * * * * **
109023 ATAATA-TAAATTTA-T-ATTTTCTGAACACATTCAAATATTTGTAATTGTATGAACAATTATCT
315 ATAATACT-AATTTATTAATATTATGAAAAAATTCAAAGATTTATAAATAAATGAACAATTATCT
*
109085 ATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATCCATAAAAGCTTATT
379 ATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATAAAAGCTTATT
* *
109150 TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
444 TCAAATAAAATAATATTAATATATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
109203 TTTAAAAAAATTAATCCATTTATCGAGCGAGCTCAAATAGTCATGACTTTTTGAACAATTATTTA
1 TTT-AAAAAATAAATCTATTTAT-GAACAAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTA
**
109268 TTTCAAATGATTATGA--TAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTAT
63 TTTCAAAT-ATTATGACCT-A-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* *
109331 TTG----AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATA
125 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATA
* ** * * * * * * * * *
109392 AATATGTTCGCTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTT
190 AATCTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * **
109457 AT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTATTTATACAAAATTATTTAAAATAAAAT
254 ATGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTGC-ATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAAT
* *
109520 AATACTAATTTATTAATATT-T-CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAA
317 AATACTAATTTATTAATATTATGAAAAAATT--CAA-AGATTT----A-T-AA---A--TA--AA
** * *
109583 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTCAACAATTATCTATCTTCAATTGTTATGACTTTTGTTTT
366 TGAA---C--A-A-TTAT--CTA--TC-TCAA--ATC---GTT--A-TG--AT--CTTTTGTTTT
* * * * * * ** *
109648 GTCATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAA-ATTAATAA
407 GTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATA-TATTAA
* *
109712 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
471 AATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
109738 TTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAA-ATCAGTTCAAATAGTTATGACTAGTAGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTATGAACA--AG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * ** *
109802 TTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTTGTACATGCTTATT
63 TTTCAAAT-ATTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
** * * ** *
109866 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGA-AATTTAAAAAAAA
126 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGAA-TT---AAAAA
* * *
109930 ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-ATAAG
187 ATAAATCTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCA-AA-
* * *
109994 AAG-TATGACCTTTTATTTTATCATAAAA
249 TAGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAA
110022 TGATTGTTTT
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 192, Indels: 156
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
493 3 0.00
494 4 0.00
495 149 0.14
496 7 0.01
497 14 0.01
498 111 0.11
499 112 0.11
500 2 0.00
503 1 0.00
504 7 0.01
505 1 0.00
507 3 0.00
509 11 0.01
510 11 0.01
511 256 0.25
512 9 0.01
513 4 0.00
514 1 0.00
516 1 0.00
517 1 0.00
518 4 0.00
520 3 0.00
522 2 0.00
523 3 0.00
525 3 0.00
528 2 0.00
530 1 0.00
531 2 0.00
533 8 0.01
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535 90 0.09
536 1 0.00
537 1 0.00
538 41 0.04
540 1 0.00
541 72 0.07
542 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (496 bp):
TTTAAAAAATAAATCTATTTATGAACAAGTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATATTATGACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATCTG
TTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACT
TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTGCATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTATGAAAAAATTCAAAGATTTATAAATAAATGAACAATTATCTATCTCAAATCGT
TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATA
ATATTAATATATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
Found at i:108893 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 108573--109038 Score: 483
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
108563 AATAAATAAA
* * ** * *
108573 TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT
* * * * *
108637 TCATACAAGCTTA-TTCACATTAAAATAATATTAATATATAAATATTTTGACAAATAATAAGTAA
64 TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAATTTATAAATATTCTGAAAAATAATAAGTAA
* * **
108701 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTACAAATAGTAATGACTAT
127 AACAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTAATGACTAT
* *
108754 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTATTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * * * ***
108819 TATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATAAATGAGTGGG
65 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATAAATATTCTGAAAAAT-AATAAGTAAA
* * * * * * *
108883 ACAATTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAATATGTTCAAATAGTTATGATTAT
128 ACAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTAATGACTAT
* * * *
108935 CTGGATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT
108999 TCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTATA
64 TCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAT-AATTTATA
109039 TTTTCTGAAC
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 41, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 9 0.04
181 219 0.93
182 8 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTATAAATATTCTGAAAAATAATAAGTAAAACA
ATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTAATGACTAT
Found at i:108893 original size:330 final size:326
Alignment explanation
Indices: 107911--108895 Score: 1005
Period size: 330 Copynumber: 3.0 Consensus size: 326
107901 CTATTTGAGT
* * * * * *
107911 AATTATCTATTTAAAATTGTTATGA-TCTTTCGTTTTGTCGTAAAACAATTGTATCAATTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
107975 AGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTT
65 AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTT
*
108039 AAAAAATGAAACTATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
129 AAAAAAT-AAA-TATTTTACGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
108104 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAA
191 AAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * * * * *
108169 TAAAATGATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAG
255 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATAAAAAATAAAT-GA---GTAGGACA-ATT-AAAAAA
* * *
108233 TTATGGCTATTTGAAC
313 TAAT-G-AAATTGAAC
* *
108249 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * * *
108313 AAGCATATTCAAAATAAAAGAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAATT
65 AAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTT
* * * ** *
108378 AAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAATTCAAATAGTTATGACTGCTTGAACAATTATTTATTTC
129 AAAAAATAAATAT-TTTACGAA-CAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
108443 AAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTTTCATAAAATAATTATTTGCATTCATACAAGTTTATTCGAA
191 AAATCA-TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-CATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * *
108507 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATTG-GTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-
254 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAAATAAATGAGTAGGACAATTAAAAAAT-AATG
108570 AAATTGAAC
318 AAATTGAAC
*
108579 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * ** *
108644 AGCTTATTCACATTAAAATAATATTAATATATAAATATTTTGACAAATAATAAGTAAAAGATTTA
66 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTA
* *
108709 AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTACAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATAT-TTTAC-GAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
108774 AATCATTGTGACCTATTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAAT
192 AATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* *
108839 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATAAATGAGTGGGACAATTAAAAAAT
256 AAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAAATAAATGAGTAGGACAATTAAAAAAT
108896 TAATCTGTTT
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 97, Indels: 42
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 13 0.02
330 253 0.47
331 7 0.01
332 5 0.01
333 4 0.01
334 4 0.01
337 8 0.02
338 88 0.17
339 149 0.28
340 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (326 bp):
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAA
AAAATAAATATTTTACGAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTATAAAAAATAAATGAGTAGGACAATTAAAAAATAATGAAATTGAA
C
Found at i:109480 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 109072--114506 Score: 1908
Period size: 181 Copynumber: 30.4 Consensus size: 174
109062 TGTAATTGTA
* * * * *
109072 TGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATCC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
109137 ATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
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* * * * *
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* * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-A-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * **
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** * * *
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* * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * *
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65 ATACAAGCTTATTT----GAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
109557 ATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACT
126 ATTTAAAAAATAAA--TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * * *
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1 TGAACAATTATCTAT-TTCAAATGGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* *
109672 ATACAAGCTTATTTGAAGTAA-AATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
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* * * * *
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125 GATTTAAAAAATAAA--TATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * ** * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
** * * * **
109852 TGTACATGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAG
64 CATACAAGCTTATT-----TGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
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* * * * ** *
109972 TGAATAATTATCTATTT-ATAA-GAAG-TATGACCTTTTATTTTATCATAAAATGATTGTTT-TG
1 TGAACAATTATCTATTTCA-AATG--GTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTA-TAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * *
110216 CATAAAAGCCTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
64 CATACAAGCTTATT-----TGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
** *
110280 AGATTTAGCAAATAAATCTATTTATC--A-AA---CCAAT--T--T--CTATT
124 AGATTTAAAAAATAAA--TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * ** * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * *
110385 CATATAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGATAATTAAGA
64 CATACAAGCTTATTT-G---AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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1 TGAACAATTATCTA-TT-TCAAATGGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-A
* * * * *
110565 -TCATTCAAACCTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
62 TTCATACAAGCTTATT-----TGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
110628 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCAAAATAGTTTAAATA--AATAACTATT
122 AGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTAT-CGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * ** * * * * *
110681 TGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTCTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * *
110746 ATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTTAGA
65 ATACAAGCTTATT-----TGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * * *
110810 GAATTAAAAAACAAATTTATTTGTTGAACTAGTTCAAATATTTAAGATTATA
125 GATTTAAAAAATAAA--TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TT-GTTTC-TA
* * *
110927 TTCATACTAGCTTATTTAGAATAA-AATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
62 TTCATACAAGCTTATTT-GAA-AATAAT--ACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
110991 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAGTTAAAATAATTATGACTATT
122 AGAGATTTAAAAAATAA--ATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * *
111046 TGAACAATTATCTATTTCACATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * *
111110 ATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATATGTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAG
65 ATACAAGCTTATTT-G-A-AAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
111171 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
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* * * ** * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * * *
111286 ATACAAGCTAATTCAAATTAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAA
65 ATACAAGCTTATT----TGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
111351 ATTTTAAAATTAAATATGTT-TACTAAACTAA-TT-GAATAGTCATGCCTATT
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* ** * * * *** *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATA-AAAC--AATTGTTTC-T
* * * * * ** * * *
111466 AATAATAATAAG-TTA-TT---AATATTA-TGAA---AGGTAATA-AGCAAGAGATTTAAAAAAT
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** * *** * * * * * ** *
111521 GAATCTGCTTGTCGAGCAACTTTAGATAATTAT-G-ACTATTTC-AATAAT--TTTCTTTT
121 -AA-GAGATT-T--A--AAAAATAAATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * * ** *
111577 TG-A-AATT-GCTA---C--------A-ACCTTTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * ** * *
111627 TACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-AAACTTGATTAATA--GAAAGACAATTAATAAATAAA
66 TACAAGCTTA-TTTG---AAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAG
* * * * * *
111689 ACAGTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAAT-CTTATGACTATT
124 AGATTTAAAAAATAAATA--TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * *
111741 TGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * * *
111806 CATACAAGCTTATTCAAATTACAAGAATACTAATTTATTAATATTTCGACACTTAATAAGTAAAA
64 CATACAAGCTTATT----TGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * * *
111871 GATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTTAGCAAGTGCAAATAGTCCTGACTATT
125 GATTTAAAAAATAAATA--TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * * * *
111923 TCAATAATTATTTATTTTAAATCAGTGT-GACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TGAA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-GGT-TATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT--A
* *
111986 TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTGA
62 TTCATACAAGCTTATTTG----AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A
* * * * * * *
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122 -AGAGATTTAAAAAATAAA--TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * *** * * *
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* * **
112171 ATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAA-A
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* * *
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* * * * * * * **
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * *
112350 ATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATCTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
65 ATACAAGCTTATTT-G---AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
112415 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGAATATT
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* * * * * * * *
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* * * ** * ** **
112531 ATATAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAGTACTAACGTATCAATATTCTTAAAATTAATAAGTTGGA
65 ATACAAGCTTATT-----TGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
112595 GATTTAAAAATTAAATTTGTTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ACCCATT
125 GATTTAAAAAATAAATAT-TT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA-CTATT
* * * *** * *
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1 TGAA-CAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-A-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * * ***
112710 TCATACAAAATTA-TTCAAAATAAATAACACCAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAG
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* * * * *
112770 AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAATC-AGTTCTAATAGTTATGATTATT
124 AGATTTAAAAAATAAA--TATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * * *
112887 ATACAAGCTTAATTGGAGTAAATTATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
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* * * * *
112952 ATTTAAAAAGTAAATGTGTTTACCGAACTAA-TTCAAAT-GATTAAGACTATT
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* * * * * * * *
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* * * ** *
113067 CATACATGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAACTTATTAATATT-CAAAAATTACTAAACAAC
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* * * * * *
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* * * *** * ** * *
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* * ** * * * * * * *
113365 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATTACAAACTTTTTTTTTCTTATAAAATAATTATTTTTCA-T
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* * * * *
113429 CATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAT-ATTAAGA
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* *
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* * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TGGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * * *
113595 TCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATA-A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* *
113776 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
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* ** * * * * * *
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** * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * ** * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * *
114142 ATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
65 ATACAAGCTTATTTG--A-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * *
114207 ATTAAAAAATAAAT-TTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATA
127 TTTAAAAAATAAATATT-TAT--CGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
** * * * * *
114257 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAATAAGTT-TTTTTAAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT-AT
* * * * * *
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63 TCATACAAGCTTATTT-GAA-AATAAT--ACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
114385 GTGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTA-T
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** * * * * *
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114503 CATA
64 CATA
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Statistics
Matches: 4023, Mismatches: 860, Indels: 741
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TACAAGCTTATTTGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
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109062 TGTAATTGTA
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**
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* ** * * * * *
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* * ** * * * * *
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**
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66 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * * *
109557 ATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTCAACAATTATCTA
130 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * *
109622 TCTTC-AATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
195 T-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
109685 TGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
259 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
109750 ATGTGTTTGTCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTAGT
324 ATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
109788 AGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TT
** * * * **
109852 TGTACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGA
65 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
*
109917 AATTTAAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
129 AATTT---AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * * *
109982 TCTATTT-ATAAGAAGTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATGATTGTTT-TGTTCATAAAAGCT
191 TCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
110045 TATGTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAGTATTTCAAAAATTGAA-AAGATAA-AGATTTAAA
255 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAGAGATTTAAA
* * * * * *
110108 AAACAAGTCAGTTTAT-AGAATC--GCTTCAAATAATTATGGCCATT
318 AAATAAATCTGTTTATCA-AA-CAAG-TTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * * * * * *
110152 TAAATATTTATCTATTTTAAACCGTTACGAACTTTTATTTTTTTATAAAACAATTATTTTTCA-T
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-ATT
* * *
110216 CATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
65 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * *
110281 GATTTAGCAAATAAATCTATTTATC--A-AA---C-CA-A-TT-T--CTATTTGAACAATTATCT
129 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
110334 ATTTTAACTCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAACCTTAT
194 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * *
110398 TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGATAATTAAGAGATTTTGAAAAAT
258 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
** * * *
110463 AAATCTGTTTGCCAAA-ACAGTTCAAATACTTAAGACTA-A
322 AAATCTGTTTATCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
110502 CGAACAATTATCTATTTATAAAAT-ATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAA-CATTTTTTTTGA
1 TGAACAATTATCTA-TT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-A
* * * * *
110565 -TCATTCAAACCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAA
63 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
110629 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAAATAGTTTAAATA--AATAACTATTTGAACAATTG
127 GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * * * * * *
110691 TAAACTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAGCTT
191 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * * * * *
110756 ATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTTAGAGAATTAAAAAA
256 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * ** * * * * *
110821 CAAATTTATTTGTTGAACTAGTTCAAATATTTAAGATTATA
321 TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *
110862 TGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTATTTTCGAA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTATTTT--TA
* * *
110927 TTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
63 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
110991 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
126 AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
111056 TCTATTTCACAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTTGTTCATATAAGTT
191 TCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
111119 TGTTTGGAATAAAGTAATACTAATATGTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
255 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* *
111180 ATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
320 ATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
111222 TGAGCAATTATTTGTTTCAAATAATTA-GA-CTTGTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATT
* * * * * *
111285 CATACAAGCTAATTCAAATTAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA
65 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * ** * * * *
111350 AATTTTAAAATTAAATATGTTTACTAAACTAA-TT-GAATAGTCATGCCTATTTGAATAATTATC
129 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
111413 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATA
193 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
111448 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 1625, Mismatches: 320, Indels: 148
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 56 0.03
350 154 0.09
351 54 0.03
352 9 0.01
353 46 0.03
354 60 0.04
355 62 0.04
356 90 0.06
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358 23 0.01
359 188 0.12
360 197 0.12
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362 3 0.00
363 92 0.06
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365 83 0.05
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTC
ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
Found at i:113268 original size:537 final size:534
Alignment explanation
Indices: 111730--114497 Score: 1602
Period size: 537 Copynumber: 5.1 Consensus size: 534
111720 AGTTTAAATC
* * * * *
111730 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * * ** * * * * * * * *
111794 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATTACAAGAATACTAATTTATTAATATT-TCGACA
64 ATTGTTTATACTCATAAAAGCTTAATTGGAA-TAAAATAATGCTAATCTAATAAAATTCT-AAAA
* * * * *** * * ***
111857 CTTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTTAGC-AAGTGCAAATAGTCCTGACTA
127 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * *
111921 TTTCAATAATTATTTATTTTAAATCAGTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTGAA
191 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATC-GTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAATAATT-TTTT-CA
* ** * * *
111986 TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTGA
252 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * * *
112051 TAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACATGTTTAAATAATTATGACTATCTGAATAATTA
316 CA-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * **
112116 TCTA--TATCAA-AACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAG
380 TCTATTTAT-AATAA-A-TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATCCAGTTCATAAAAG
*
112178 CTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
441 ATTA-TTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAG--AAAATTTAA
* *
112241 AAAATAAATATGCTTTTGAACACATTCAAATAG
502 AAAATAAATATGATTTTCAACACATTCAAATAG
* * * * *
112274 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * *
112339 TGTTTATGCTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATCTATTAAAATTCTAAAAATTA
66 TGTTTATACTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATGCTAATCTAATAAAATTCTAAAAATTA
* * *
112404 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGA
131 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGA
* * * * *
112469 ATAATTATTTATTTCAAATTGCTATAATCTTTTGTTGTGTCATAAAATAACTATTTCTATTCATA
196 ATAATTATTTATTTCAAATCG-TATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAATAATTTTTTC-ATTCATA
* * * * * * *** *
112534 TAAGTTTATTCAAAATAAAATAGTACTAACGTATCAATATTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATT
258 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAACAAATT
* * * *
112599 TAAAAATTAAATTTGTTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ACCCATTT-AAGCT-ATTATCTA
322 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA--TAATTATCTA
** * *** *
112661 TTTCA-AATCGATATGATATTTTGTTTTGTTGCAAAATAATTGTTTCCA-TTCATACAAA-ATTA
384 TTT-ATAATAAATATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TATCCAGTTCATA-AAAGATTA
* ** * *
112723 TTCAAAAT-AAATAACACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAA
445 TTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAA
* *
112786 TCT-ATTTATCAA-ATCAGTTCTAATAG
510 TATGATTT-TCAACA-CA-TTCAAATAG
* *
112812 TTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * **
112876 TGTTTATATTCATACAAGCTTAATTGGAGTAAATTATTGCTAAAT-TAATAGTATTCTAAAAATT
66 TGTTTATACTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATGCT-AATCTAATAAAATTCTAAAAATT
* * * *
112940 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTACCGAACTAA-TTCAAAT-GATTAAGACTATT
130 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACTAAGTTCAAATAG-TTAAGACTATT
*
113003 AGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTC
193 TGAATAATTATTTATTTCAAATCG-TATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTTTTTCA-TTC
* * **
113068 ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCAAAAATTACTAAACAACAAA
255 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAACAAA
* * *
113133 TTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATATA
320 -TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * *
113198 TTTATTATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATCCGAGTTCATAAAAGTTTATCC
384 TTTATAATAAATATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATCC-AGTTCATAAAAGATTATTC
* * * * * *
113263 AAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTTACAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAG
448 AAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A-AAATTTAAAAAATAAA
* **** *
113328 TCA-G-TTTATCGGATTGGTTCAAATAA
510 T-ATGATTT-TC-AACACATTCAAATAG
* * * * * * ** * * * * *
113354 TTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTACAAACTTTTTTTTTCTTATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * ** * * * *
113419 TATTT-TTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAATT
66 TGTTTATAC-TCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATGCTAATCTAATAAAATTCT-AAAAAT
* * * * * *
113482 TAAT-ATTAAGATATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-A--AAG--C--A-A-TT---CCTATTT
129 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* * * * *
113533 GAATAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATGGTTTT-AGTT
194 GAATAATTATTTATTTCAAATC-G-TATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAATAAT-TTTTTCA-TT
* * * * * * *
113596 CATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
254 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAACA
* * * * ** * * * * * * *
113661 TATTTAAAAAATTAATTTGTTTGCTGAAGTAGTTCAAACAATTAAGACTATATAAAGAATTGTCT
318 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
** * * * * * * *
113726 ATTTCA-AAT-CGTTTAGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
383 ATTT-ATAATAAATAT-GACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATCCAGTTCATAAAAGATTA
* * * * **
113789 TTTGAAATAAAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TGATTTAAAAA
445 -TTCAAA-ATAAAATAAT-AT-A-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAA
* * * * * * * *
113853 GTGAACAT-ATTTACTGAATTA-GTTCTAATAA
505 ATAAATATGATTT--TCAA-CACATTCAAATAG
* * *** * * * * * *
113884 TTATGGCCATGCCAACATTTATCTATTTCAAATCGTTACT-ACCTTTTCTTTGGTCATATAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTA-TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
* ** ** * * * * ** *
113948 TT-TTATTTAAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAAA
65 TTGTT-TATACTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATGCTAATCTAATAA-AATTCTAAAAA
* * * * *
114012 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCAAACT-ACTTTAAATAGTTATGACTAT
128 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * ** * * * * * **
114076 TTCAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACATTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTTTGTT
192 TTGAATAATTATTTATTTCAAAT-CGTATGACCTTTTGT-TTGTCATAAAATAATT-TTTTCATT
** * * *
114141 CATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAA-TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
254 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACT-TATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAC
* * * * * * * *
114204 AGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTAT
317 A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * ** * *** *
114268 CTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAATAAGTTTTTTTAATTCATGCTAGCT
381 CTATTT-ATAATAAATATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTATCCAGTTCATAAAAGAT
*** * * ** * **
114332 TATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTGAGTGATTTAAAAA
443 TATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-AGA-AAATTTAAAAA
* * * *
114397 ATAATTTTG-TTTACCTAAC-CAGTTCAAATAA
505 ATAAATATGATTT-TC-AACACA-TTCAAATAG
* * *
114428 TTATGACTA-TTGAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCTATTTTGTCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTG-AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
*
114492 ATGTTT
65 TTGTTT
114498 TTGTTCATAT
Statistics
Matches: 1742, Mismatches: 374, Indels: 216
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
528 3 0.00
529 191 0.11
530 140 0.08
531 23 0.01
532 13 0.01
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535 5 0.00
536 28 0.02
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539 1 0.00
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544 248 0.14
545 87 0.05
546 3 0.00
547 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTATACTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATGCTAATCTAATAAAATTCTAAAAATTA
ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACTAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGA
ATAATTATTTATTTCAAATCGTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTTTTTCATTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAA
AAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTATAA
TAAATATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATCCAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAA
ATAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATATGATTTTCA
ACACATTCAAATAG
Found at i:113580 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 113362--113670 Score: 397
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
113352 AATTTTGGCC
* * * * * *
113362 ATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTACAAACTTTTTTTTTCTTATAAAATAATTATTTTTC
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATGATTTTAC
* * * * * * * *
113427 ATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAT-ATTAA
66 ATCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
113491 GATATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAAGCAATTCCT
131 GATATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAAGCAATTCCT
* * * *
113529 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATGGTTTTA
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTACAAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATGATTTTA
** * *
113593 GTTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
65 CATCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
113658 AGATATTTAAAAA
130 AGATATTTAAAAA
113671 ATTAATTTGT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 22, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.01
167 101 0.86
168 16 0.14
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATGATTTTAC
ATCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
GATATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAAGCAATTCCT
Found at i:118926 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 118920--118945 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
118910 AATGGAAAAA
118920 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AA
1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AA
118946 ACCTTTTTAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.31, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
AAG
Found at i:122533 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 122172--122666 Score: 492
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 176
122162 ATAAAATAAA
* * ** * * * **
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TTATAATATTATAATACTATTT
Found at i:126451 original size:43 final size:43
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126368 ATATATAACA
* * *
126378 TTATAATATATATAATAATTTTATAAAATAACTTAATACTATT-T
1 TTATAATAT-TATAATAACTATATAAAATAA-ATAATACTATTGT
*
126422 TTATAATATTATAATAACTATA-AATAATAAATAATATTATTGT
1 TTATAATATTATAATAACTATATAA-AATAAATAATACTATTGT
126465 TTATTATATAATTATAATTAA-TATATA
1 TTA-TA-AT-ATTATAA-TAACTATATA
126492 TTATAAATCT
Statistics
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TTATAATATTATAATAACTATATAAAATAAATAATACTATTGT
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126491 ATTATAAATC
126501 TAATAA-T-ATATATAATTTTTTATTAATTATTTAAATATA
1 TAATAATTAATATATAATTTTTTATTAATTATTT--ATATA
126540 TAACT-ATTAATATATAATTTTTTTATTAAATTATTT-TAT-
1 TAA-TAATTAATATATAA-TTTTTTATT-AATTATTTATATA
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1 TAATAATTAAT
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Statistics
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TAATAATTAATATATAATTTTTTATTAATTATTTATATA
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126617 TAATAAATTA
126627 ATTAAAATTAATTACTAAT
1 ATTAAAATTAATTACTAAT
* * *
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1 ATTAAA
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Statistics
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ATTAAAATTAATTACTAAT
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127245 CTATATAAAA
* *
127255 TATAATAATTATATT-TAATC
1 TATATTAAATATATTATAATC
*
127275 TATATTAAAT-TAGTATAATC
1 TATATTAAATATATTATAATC
*
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1 TATATTAAATATATTATA
127312 TAAATTATAT
Statistics
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TATATTAAATATATTATAATC
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127388 AATTGTACTA
* *
127398 AATTATAAATTATATAATTAAT
1 AATTATTAATTATATAATGAAT
127420 -ATTATTAATTATA-AACTGAAT
1 AATTATTAATTATATAA-TGAAT
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1 AATTATTAATTA
127452 AATTAATAAA
Statistics
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AATTATTAATTATATAATGAAT
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127617 AATAGTTTAA
* * * * *
127627 GACTATTAGAATAATTATCTTATTTCAAAATCGTT-TGACCTTTTGTTTTAGTCGTAAAA-GA-T
1 GACTATTTGAACAATTATC-TATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATT
* * * *
127689 GCTTCA-AATCAACATGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAT
63 GTTTCATTAT--ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAT
* * ** *
127753 TAAGTAAGAAATTAGAAAAAACATGTATTTACCGATCAATTTTCAAATTTTTTT
124 TAAGTAAGAATTTA-AAAAAA-AT-TATTTATCGATC-A-TTTCAAATAATTAT
* * * * * *
127807 GACTAGTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTATATTTTATAATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
127872 TCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAATT-TGATA
66 TCA-TT-ATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAT--TA
* * * *
127936 AGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCAATTCAGTTCAAATAATTAT
126 AGTAAGA-ATTTAAAA-A-AAATTA-TTTATCGA-TCATTTCAAATAATTAT
* * * *
127988 GGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--
* * *
128053 TTTCATTATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
64 TTTCATTATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATTATTAA
* * * *
128118 GTAGGGGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTATCGAATCAGTTT-AAATAGTTAT
127 GTA-AGAATTT--AAAAAAAAT-TATTTATCG-ATCA-TTTCAAATAATTAT
* * * * *
128169 GACTATTTGAACAATTATATATTTCCAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * * *
128234 TATCTTTATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAA
65 T-TCATTATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTA-AAAAATTATTAA
* * * * * * * * *
128299 CTGATAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTCAA
127 GT-A-AGAATTT-AAAAA-AAA-TTATTTATC-GATCATTTCAAATAATTAT
* * * * * *
128350 GGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
** * * * * * *
128415 TTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATT-
65 TTCATT-ATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATT-ATTA
* * * *
128479 AG--AG-ATTTAATAAATAAATCTATTTA-CCATACTAGTTCAATTAGTTAT
126 AGTAAGAATTTAA-AAA-AAAT-TATTTATCGAT-C-ATTTCAAATAATTAT
* * * *
128527 AACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAATC
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
128557 GTACTAAATT
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 117, Indels: 89
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (172 bp):
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCATTATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTATTAAGTAA
GAATTTAAAAAAAATTATTTATCGATCATTTCAAATAATTAT
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Indices: 127707--128556 Score: 849
Period size: 362 Copynumber: 2.4 Consensus size: 362
127697 TCAACATGCT
* * * * *
127707 TATTCGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAA
1 TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAA
* * * ** * *
127772 AACATGTATTTACCGATCAATTTTCAAATTTTTTTGACTAGTTGAACAATTATCTATTTAAAATC
66 AAAATCTATTTACCGATCAAGTTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATATATTTAAAATC
* * * *
127837 ATTATGACCTTATATTTTATAATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATTTGAAA-TAA
131 ATTATAACCTTATATTTTATAATAAAACAATTATTT-ATCTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAGTAA
* * * * * * * *
127900 AATAATATTACTTTATTAATATTATAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTT
194 AATAATACTAATCTAGTAATATTATAAAATTTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT
* ** * * * *
127965 ATCAATTCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
259 ACCAAACCAATTCAAATAATCAAGGCCATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
*
128030 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATT-ATACAAGCC
324 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATACAAGCC
* * * *
128069 TATTCAG-AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGGGATTTAAAA
1 TATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA-AGAAATTAAAA
* * * **
128133 AAAAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCCA
64 AAAAAATCTATTTACCG-ATCAAGTTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATATATTTAAA
* * * * * * *
128196 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATCTTTATACAAGCTTATTCAAAGTA
128 ATCATTATAACCTTATATTTTATAATAAAACAATTATTTATCTTCATAAAAGCTTATTCAAAGTA
* * **
128261 AAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTGATAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
193 AAATAATACTAATCTAGTAATATTATAAAATTTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
* * * * * *
128326 TACCAAACCAATTCAAATAGTCAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
258 TACCAAACCAATTCAAATAATCAAGGCCATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
* * * **
128391 TTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT
323 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCC
* * * * * * *
128431 TGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAG--AG-ATTTAATAAA
1 TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAA
* * * * * * * * *
128493 TAAATCTATTTACC-ATACTAG-TTCAATTAGTTATAACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAAT
66 AAAATCTATTTACCGAT-CAAGTTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATATATTTAAAAT
128556 C
130 C
128557 GTACTAAATT
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 80, Indels: 24
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAA
AAAATCTATTTACCGATCAAGTTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATATATTTAAAATC
ATTATAACCTTATATTTTATAATAAAACAATTATTTATCTTCATAAAAGCTTATTCAAAGTAAAA
TAATACTAATCTAGTAATATTATAAAATTTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
CAAACCAATTCAAATAATCAAGGCCATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG
TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCC
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Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 178
128946 TTACCAAACC
* * * * **
128956 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTT-ATGATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTAATG-TAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTAT
** * ** *
129020 TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGA-AATTAAAAAATA
63 TT-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
129084 AATCTAATTGTCAAACCAGTTTAAA-GAGTTAAGACTCTA-T-GAATAATTATCT
127 AATCTAATTATCAAACCAGTTCAAATG-GTTAA-AAT-TATTAGAATAATTATAT
**
129136 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTAATGTAAAACAATTGTTTTGTTTGTACAAGCTTATTT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTAATGTAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
129201 GGATCAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** ** *
129266 TTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAGAATAATTATAT
129 TCTAATTATCAAACCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAGAATAATTATAT
* * * * * * * * *
129316 ATTTCATATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTAAT-GTAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
129381 CAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATGTTTAAAAAATTAATATGAAAGAGATTTAAAAA
64 -TGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA
129442 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 45, Indels: 17
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTAATGTAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TAATTATCAAACCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAGAATAATTATAT
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129850 ATTAGATTTA
129860 ATAT-TTAAAATTAATATATATT
1 ATATATTAAAATTAATATATATT
*
129882 ATAGTATT-AAA-TACTATATATT
1 ATA-TATTAAAATTAATATATATT
*
129904 -TA-ATTAAAAAATAATA-ATATTAT
1 ATATATT-AAAATTAATATATA-T-T
*
129927 ATAATATTAAAATTAAAATAT
1 AT-ATATTAAAATTAATATAT
129948 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 18
0.70 0.05 0.25
Matches are distributed among these distances:
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ATATATTAAAATTAATATATATT
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130656 TTATAATTAATTT
1 TTATAATTAATTT
130669 ATAATAAGAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
11 9 0.43
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TTATAATTAATTT
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130586 ATTAAACAAA
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* *
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* *
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1 TAATTTTATAAT
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1 TAATTTTATAAT
*
130640 TATTTTTAT-AT
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1 TAATTTTATAAT
130674 AAGATTATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTTTATAAT
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Indices: 130632--130683 Score: 61
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130622 TTAATAAATA
* * *
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*
130655 TTTATAATTA-ATTTATAATAAG
1 ATTATAATTATATTTATAATAAG
130677 ATTATAA
1 ATTATAA
130684 GATTATAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ATTATAATTATATTTATAATAAG
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Alignment explanation
Indices: 130815--130875 Score: 79
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130805 ATAACTATTA
* * *
130815 TTACTTAATATTATAAATTAAGTTATATAATT
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130847 TTAC-TAATAATATATAAGTAAATTATATA
1 TTACTTAATAATATA-AAGTAAATTATATA
130876 TTTAGAACTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTACTTAATAATATAAAGTAAATTATATAATT
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131943 AATAATATGG
*
131953 AATTATTATCTTATAATATA-ATGTAAATAT
1 AATTAATAT-TTATAATATATAT-TAAATAT
*
131983 AA-T-ATATTTATAA-ATTATATTATATAT
1 AATTAATATTTATAATA-TATATTAAATAT
132010 AATTAATATTTATAATAT-TA-T-AA-AT
1 AATTAATATTTATAATATATATTAAATAT
* *
132035 AATTATTATTTA-AAAATATATTAA
1 AATTAATATTTATAATATATATTAA
132059 TTTCTAAAAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 5, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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AATTAATATTTATAATATATATTAAATAT
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*
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TATTTAATATATT
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134781 TATTATAATAATTATATTT-TATAAA-ATA-ATTA-TATAT
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* * *
134818 TA-ATAATATATTA-TTCATATAAATATA-ATTATTATTT
1 TATTTAATA-ATTATTTTATATAAATATATATTATTATAT
* *
134855 ATATTTAATATATTTATTTATATATAATTATATATAATTATAT
1 -TATTTAATA-A-TTATTT-TATATAAATATATATTATTATAT
134898 TATTTAATAATTATTTTA-ATAAAT-TATATTATTATAT
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134935 T
1 T
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TATTTAATAATTATTTTATATAAATATATATTATTATAT
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134806 ATAATTATA-TA-TTAATAATATATTATTCATATAAA-TATA-
1 ATAATTATATTATTTAATAAT-TATT-TT-ATATAAATTATAT
* *
134845 ATTATTATTTATATTTAATATATT-TATTTATATATAATTATAT
1 ATAATTATAT-TATTTAATA-ATTAT-TTTATATA-AATTATAT
134888 ATAATTATATTATTTAATAATTATTTTA-ATAAATTATAT
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* *
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134957 TAT
1 TAT
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TATTTTAACAATAATATATTATTA
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * **
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* * ** * * * *
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* **
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* *
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* ** * * * *
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** *
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128 CAGAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGAACTATTCAAAATAAAATAATACTA
*
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* * **
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** * * * * *
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* * * ** *
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* **
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1 TTTTGTTTTCTCAGAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-ACTATTCAAAATAAAATAATACT-
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * *
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TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTGACTAAACAAGTC
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* ** *
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1 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTAG-CCAAACCAATCC
* **
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* * *
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* * * * * * *
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* * **
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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1 -AATTATATA
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1 AATTA
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AATTATATA
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* *
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* *
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*
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1 T
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** * * *
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Period size: 13 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
139114 TATTTTAAAT
139124 TATTATT-TAATAA
1 TATTATTATAATAA
139137 TTATTATTATAATAA
1 -TATTATTATAATAA
*
139152 TATTA-TAAAATAA
1 TATTATTATAATAA
139165 TATTA
1 TATTA
139170 AATCTAAGGG
Statistics
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14 12 0.40
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TATTATTATAATAA
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139607 GAACTAGTTT
* * * **
139617 AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAAAATTAT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * *
139680 TTTATTTTAAATAATTTTGTATTAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
65 TTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
* * * * * * ** *
139745 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTACTGGACATGACATTTGAACTTGTTG
130 ATTAGAAATAAAAAATTGTTCAACTAGACATAACATTTGAACTTACTC
* * * *
139793 GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTGAAAAATATTAATAAAGTAGTAT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTG--AAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
139857 TATCTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
62 TATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCAT
* ** *
139921 AACTATTAGAAATAAAAAATTGTTCAAAC-AGTTATAACTATTTGAGCTTACTC
126 AACAATTAGAAATAAAAAATTGTTC-AACTAGACATAAC-ATTTGAACTTACTC
* *
139974 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
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63 ATTTTATT
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Statistics
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AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAA
TTAGAAATAAAAAATTGTTCAACTAGACATAACATTTGAACTTACTC
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140483 TTATTAATAA
140493 ATAATTATCTATTTTAAATCATTATT
1 ATAATTA--TATTTTAAATCATTATT
140519 A-ATATTATATTTTAAATCA-TATT
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1 ATAATTAT
140550 GATACTATTT
Statistics
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ATAATTATATTTTAAATCATTATT
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141210 AATTATTTTG
* * * * * *
141220 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAATAAAAGATCAAAATGATATGAAA
1 AATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAAGGTCATAACGTTTTGAAA
* * *
141284 TAGATAATTATTCTAATA-A-TTTTAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAA
64 TAGATAATTATTC--ATAGAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCAACAAACAAATTTAATTTTTAA
*
141347 -ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
127 TATCTTGCTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
* * * *
141397 AATAAACTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTACGTTAAAAGAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATA
1 AATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATA
* * ** ** * *
141462 GATAATTATTCATAGAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAGATTTAATTTTTAATTTT
66 GATAATTATTCATAGAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCAACAAACAAATTTAATTTTTAA-TAT
* * * *
141527 CTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTA
130 CTTGCTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
* * * *
141577 AATAAAATAT-TATGAACATAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAAC-TATTTGAA
1 AATAAACT-TGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGT-TTTGAA
*
141640 ATAAATAATTATT
63 ATAGATAATTATT
141653 GAAATAGTCA
Statistics
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AATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATA
GATAATTATTCATAGAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCAACAAACAAATTTAATTTTTAATATC
TTGCTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
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Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
141342 TTTAAATCTC
* *
141352 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTACGAACAAA
1 TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAAATTGTACGAACAAA
* * * * *
141417 ACAATTGTTTTACGTTAAAAGAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCATAGAGTCT
66 ACAATTGTTTGACGATAAAAGAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCA
* *
141482 TAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAGATTTAATTTTTAATTTTCTTGG
131 AAACTATTTGAAATGGTTTGACAATTAGATTTAATTTTTAATTTTCTTGG
* * * *
141532 TTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAT-TATGAACAT
1 TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAAAT-TGTACGAACA-
* * * * * *
141596 AACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAAC-TATTTGAAATAAATAATTATTGAAATAG
64 AAACAATTGTTTGACGATAAAAGAAAAGGTCATAACGT-TTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAG
141660 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTG
128 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTG
141683 GTAAGCATCT
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TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAAATTGTACGAACAAA
ACAATTGTTTGACGATAAAAGAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCA
AAACTATTTGAAATGGTTTGACAATTAGATTTAATTTTTAATTTTCTTGG
Found at i:141732 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 141334--141759 Score: 414
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
141324 CAATAAACAA
* *
141334 ATTTATTTTTTAAATCTCTT----ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTAATTTTTAAATCTCTTAAAGATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
141395 CAAATAAACTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTACGTTAAAAGAAAAGGTCATAACGTTTTGAAA
66 CAAATAAAATTGTACGAACAAAACAATTGTTTGACGATAAAAGAAAAGGTCATAACGTTTTGAAA
* * ** * **
141460 TAGATAATTATTCATAGAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAG
131 TAAATAATTATTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGACAAGCAG
* * **** * *
141510 ATTTAATTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTAATTTTTAAATCTCTTAAAGATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
141575 TAAATAAAATAT-TATGAACATAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAAC-TATTTG
66 CAAATAAAAT-TGTACGAACA-AAACAATTGTTTGACGATAAAAGAAAAGGTCATAACGT-TTTG
* * ** *
141638 AAATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGCAT
128 AAATAAATAATTATTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGACAAGCAG
* ** * * * ** * *
141691 CTTTTCTTTTTAAATCTCTTAAAGATTTATTTTCTAAATATTAATAAAACAATATTATTTTATTT
1 ATTTAATTTTTAAATCTCTTAAAGATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
141756 CAAA
66 CAAA
141760 CAAACTTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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180 54 0.27
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ATTTAATTTTTAAATCTCTTAAAGATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAAAATTGTACGAACAAAACAATTGTTTGACGATAAAAGAAAAGGTCATAACGTTTTGAAA
TAAATAATTATTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGACAAGCAG
Found at i:141878 original size:21 final size:23
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Indices: 141852--141894 Score: 63
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141842 TATTTAATTT
141852 TTAAATTA-AACAA-ATTTAAAC
1 TTAAATTAGAACAATATTTAAAC
*
141873 TTAAATTAGAATAATATTTAAA
1 TTAAATTAGAACAATATTTAAA
141895 TAGTTATGAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTAAATTAGAACAATATTTAAAC
Found at i:142689 original size:180 final size:178
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Indices: 142131--143291 Score: 955
Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 178
142121 ACTAGTATGG
* * * *
142131 TAAATAGATTTATTTATTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAATATTATT
1 TAAACAGATTTATTT-TTAAATCTCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * **
142193 TTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAACA
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAA-AATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
142257 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGG
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGA
* * * * * *
142308 TAAACAAATTTATTTGTTAAATCTATCAATTATTAA-ATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTT-TTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
142372 TTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
63 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
142437 GATTGGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTGATTCGA
127 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA
142489 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
142554 TTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGA
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * *
142619 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAA
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA
** * * *
142669 TAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-ATAATATTAATAAAGTAATATTA
1 TAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
142733 TTTTACTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTG-AAACAATTATTTTATGATAAAATATAAGGTCACA
63 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
142796 ATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTAAAAAATATTTGAACTTGTTCGG
125 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA
* * * * * ** *
142850 TAAATAG-TTT-TTTTTCTAATTTCTTCTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
1 TAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * *
142913 TAATTTTGAATAAGCATGTATGAGTTG-AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGA--TGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
142977 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAA
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA
* * * * * * * *
143028 CAAAAACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
143091 TTTTACTCTGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAATTAAA-TGTTTTAGGACAAAACAAAA-ATGATA
63 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AT-GAAA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * *
143153 ACT-ATTGGCGATAGATAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTCGA
125 A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGA
* * *
143207 TAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAA-TTTTCAAAATAGTAATAAAATAGTATTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* **
143268 TTTATTCTGAATAATTTTGTATGA
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
143292 ATAGAAACAA
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 162, Indels: 73
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 42 0.05
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179 83 0.11
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA
Found at i:142772 original size:361 final size:354
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Indices: 142131--143291 Score: 1094
Period size: 361 Copynumber: 3.2 Consensus size: 354
142121 ACTAGTATGG
* * * *
142131 TAAATAGATTTATTTATTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAATATTATTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * * **
142196 TTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
66 TTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAA-AATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *** *
142260 TGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTG
129 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCTTAACTATTTGAACTT-ATTCAATAAAAAAATTTATTT-
* * * * * *
142324 TTAAATCTATCAA-TTATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
192 TTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAG
* *
142388 -TTTGTATGAA-GATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTGGAAATATAT
256 CTTT-TATGAATG--AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTGGAAATAGAT
* *
142451 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTGATTCGA
317 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGATTCGA
*
142489 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
142554 TTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGA
62 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * ***
142619 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAATAAATTGATTTATGT
127 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCTTAACTATTTGAACTTATTCAATAAAAAAATTTAT-T
* * *
142684 TTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTTT-AGATAA
191 TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGA-ATAA
* * * * * **
142748 GCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATATAAGGTCACAATAATTTTAAATAGATA
255 GCTTTTATGAA-TGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTGGAAATAGATA
* * * *
142813 ATTGTTCAAACAGTAAAAAATATTTGAACTTG-TTCGG
318 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TGATTCGA
* * ** *
142850 TAAATAG-TTT-TTTTTCTAATTTCTTCTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
1 TAAATAGATTTATTTTT-TAA-ATC-TCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * *
142913 TAATTTTGAATAAGCATGTATGAGTTG-AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
63 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGA--TGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
142977 ATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAACAAAAACATTTAT
126 ATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGCCTTAACTATTTGAACTTATTCAATAAAAAAATTTA-
* * * * * * * *
143041 TTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATA
189 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATA
* * * * * * **
143105 AGCTTGT-TGAATAGAAATTAAATGTTTTAGGACAAAACAAAA-ATGATAACTATTGGCGATAGA
254 AGCTTTTATGAAT-GAAA-TAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTGGAAATAGA
* *
143168 TAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-AGTTCGA
316 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGA-TTCGA
* * * *
143207 TAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTCAAAATAGTAATAAAATAGTATTATTTT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* **
143271 ATTCTGAATAATTTTGTATGA
65 ATTTTGAATAAGCTTGTATGA
143292 ATAGAAACAA
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 123, Indels: 60
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 4 0.01
356 48 0.07
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360 15 0.02
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363 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTGTTTAAATAGCCTTAACTATTTGAACTTATTCAATAAAAAAATTTATTTTTAA
ATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTTTT
ATGAATGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTGGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTAATAACTATTTGAACTGATTCGA
Found at i:143557 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 143331--143947 Score: 603
Period size: 182 Copynumber: 3.4 Consensus size: 181
143321 TTTTAAATAA
* * *
143331 ATTTATTTTTT-AAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGTAACATTAATAAATTTATACTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
* * * * * * *
143394 TGAAATAAGCTTGAATGAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTGTAATGTTTTGA
65 TGAAATAAGCTCGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTTATAATGATTTGA
*
143459 AATAGATAATTATTAAGATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
130 AATAGATAATTATTAAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
* * * *
143511 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
* * * * * * * * *
143575 TTCAAATAAGC-CAACATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAACACAAAATGTTACAATGATTT
64 TTGAAATAAGCTCGA-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTTATAATGATTT
* * * *
143639 GAAGTAGATAATTATTCAA-ATAGTCATGACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAACTT
128 GAAATAGATAATTATT-AAGATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAT
* **
143693 A-TT-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTT-AT
* * * * * *
143755 CTG-AATAAGCTCGTATGGATGGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATT
64 TTGAAATAAGCTCGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAAGTTATAATG-ATT
* * * * * * * *
143818 TGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATACCGATTTGAATTTATTCGATAAATAG
127 TGAAATAGATAATTATTAAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
*
143873 ATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
* *
143936 TCGAAGTAAGCT
64 TTGAAATAAGCT
143948 TATATGAACA
Statistics
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ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
GAAATAAGCTCGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTTATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTAAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
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143314 TATTGATTTT
* * * **
143324 TAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGTAACATTAATAAATTTATACTAT
1 TAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATACTAT
* * * * * * **
143388 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTGTAATG
65 TTTATCTGAAATAAGCTCGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTCATAATG
* * ** * *
143453 TTTTGAAATAGATAATTATTAAGATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
130 ATTTGAAATAAATAATTATTAAGATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTATT
* * *
143518 TTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
195 TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
** * * * * * * ** *
143583 AGCCAACATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAACACAAAATGTTACAATGATTTGAAGTAGAT
259 AGCCAACATGAATCAAAAAAATCATTATATGACAACACAAAAGGTTACAACGATTCCAAATAGAT
* * *
143648 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGCTTAG
324 AATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGCTTAG
* * * *
143686 TAAACT-TATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATCAATATTAT
1 TAAA-TAGATTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATACTAT
* * * *
143749 TTTAATCTG-AATAAGCTCGTATGGATGGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA
65 TTT-ATCTGAAATAAGCTCGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAAGTCATAA
* * * *
143813 -GAATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATACCGATTTGAATTTATTCGATAAATAGATTT
128 TG-ATTTGAAATAAATAATTATTAAGATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTT
* *
143877 A-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCG
192 ATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
* ** * * *
143939 AAGTAAGCTTATATGAA-CAAATAAAATCATTATATGACAA-ACCAAAAGGTTATAGCGATTCCA
254 AAATAAGCCAACATGAATCAAA-AAAATCATTATATGACAACA-CAAAAGGTTACAACGATTCCA
* * * *
144002 AATCA-ATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTTGG
317 AAT-AGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGCTTAG
** *
144047 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
1 TAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
144101 CATGGTATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
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TAAATAGATTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATACTATT
TTATCTGAAATAAGCTCGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTCATAATGA
TTTGAAATAAATAATTATTAAGATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTATTT
TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
CCAACATGAATCAAAAAAATCATTATATGACAACACAAAAGGTTACAACGATTCCAAATAGATAA
TTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGCTTAG
Found at i:145705 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 179
144936 TTAATGTTCC
* ** * * * * * *
144946 AAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATATTACTATTTTATTACTATTT
1 AAAA-CAATTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
* * * **
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* ** ** * *
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126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * *
145123 AAAACAATTAATTTTTGTTCA-ACAAGCTTATTCA-AAGAAAA-ATATGGCTAAATTAATAATAT
1 AAAACAA-T--TTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA-AT-ACTAATTTATTAATAT
* * * * *
145185 TCTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAA-AAGATGT-GTTTGCTGAATCAGTTCAAATAGT
61 TATAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA-AT-TAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGT
* * * * * *
145247 TAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
124 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * *
145303 AAAATAATTGCTTCAACTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
1 AAAACAATTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * *
145367 A-AAAAATTATTAAGTAAGAAA-TTAGAAAAAAAAATTA-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATATTT
62 ATAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA-AAAAATAAATTAGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTT
* * * * * *
145428 TTAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTATATTTTATCAT
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
145483 AAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTA
1 AAAACAATTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
* * * * * * *
145547 TAAAAATTGATAAGTTACAAATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATG
63 TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
145612 GCCATTTAAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
*
145664 AAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
1 AAAACAA-T-TTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
* * * * *
145728 GAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTACG
64 -AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
145793 ACTATTTGAACAATTATATATTTCCAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGCCAT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
145845 AAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTA
1 AAAACAATT-TTT-TCATCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
* * * * * * * * * *
145909 TGAAATTTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCCAACCAATTCAAATAGTTAAG
63 TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATG
* * * **
145974 GCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * *
146026 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
1 AAAAC-AAT-TTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
* * *
146090 CAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAATAAATAAATCTA-TTTACCCAA-CTAGTTCAATTAGTTA
64 -AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTA
* * * *
146149 TAACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCGT
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
146182 ACTAAATTAA
Statistics
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0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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175 7 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAAACAATTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAA
AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:145966 original size:362 final size:353
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Indices: 144946--146181 Score: 1130
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 353
144936 TTAATGTTCC
* ** * * * * *
144946 AAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATATTACTATTTTATTACTATTT
1 AAAA-CAATTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * ** *
145011 TG-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAACTAGTTCAAATAACTATGACT
62 TGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* ** ** * *
145075 ATTTGAACAATTATCTATCTCCCATTATTATGA-TTTTTGTTTTGTCC-TAAAACAATTAATTTT
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-CCATAAAACAATT-ATTTA
* * *
145138 TGTTCA-ACAAGCTTATTCAAAGA-AAAAT-ATGGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAA
190 TGTTCATACAAGCTTATTTAAA-ATAAAATAAT-ACT-AATTAATAATATTATAAA-ATTAATAA
* * * * **
145200 GTAAGGATTTAAAAAA-AAGATGTGTTTGCTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAACA
251 GTAAAGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATTTA-AACA
* *
145263 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
314 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * *
145303 AAAATAATTGCTTCAACTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
1 AAAACAATTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
145367 AAAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAAAAAAAT-TATTTACCGAACAAGTTCAAATATTTTTA
63 GAAAAATTAATAAG--AG-ATTTA-AAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATA
* * * ** * *
145431 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTATATTTTATCATAAAATAATTGTTT
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT
* * * * * *
145496 CA-GTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAA
189 -ATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA-ATTAATAATATTAT-AAAATTAATAA
* * * * * * *
145560 GTTACAA-ATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACG
251 G-TA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAACA
*
145624 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
314 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
*
145664 AAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
1 AAAACAA-T-TTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
* * * **
145729 AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAGTTACG
64 AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATA
* * *
145793 ACTATTTGAACAATTATATATTTCCAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT
* * * * *
145858 ATCTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAAC
189 ATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTAT-AAAATTAATAAG
* * * * * * *
145923 TAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCCAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAAT
252 TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAACAAT
* **
145988 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGT
316 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * * *
146026 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
1 AAAAC-AAT-TTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG
* * * *
146091 AAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTACCCAACTAGTTCAATTAGTTATAACAAT
64 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* *
146156 TTGAACATTTATTTATTTCAAATCGT
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
146182 ACTAAATTAA
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 143, Indels: 65
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 54 0.08
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (353 bp):
AAAACAATTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCA
TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTAATAATATTATAAAATTAATAAGTAAAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:147415 original size:181 final size:177
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Indices: 147102--150529 Score: 1377
Period size: 181 Copynumber: 19.4 Consensus size: 177
147092 AACAAATTCA
* * * * * ** * *
147102 AATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTT
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* * * * * ** * *
147166 CAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTGGTCATATGACAATTGTTTTTGATCA
65 GAATAATTATATATTTCAAATTGTT-ATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCA
*
147231 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATT
128 TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * *
147283 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATAT-
* * *
147347 GAGTAGTTGTATACTTT-AAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTC
65 GAATAATTATATA-TTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTC
* * * * *
147411 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAGCTAATCTAATAATATTCTTAAAATT
127 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAA-CTAATTTATTAATTTTC-AAAAATT
* * * * *
147464 AATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAAGTATATG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATG
* *
147528 AATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTCAATTC
66 AATAATTATATATTTCAAAT-TGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT--GTTC
* * *
147591 ATA-ATAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATT
127 ATACA-AGCTTATTTAAAATAAAATAAACT-AATTTATT-AATTTTCAAAAATT
* * *
147644 AATAAGTAAGAGAATTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTAT--CTAT-T
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATAT
*
147705 ---TCAA--AT-T-TTT---A-TG----ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGT-TTTTGTTC
65 GAAT-AATTATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTTGTTC
* * * ** *
147754 ATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT
127 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * ** *
147807 AATAA--AA-A-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGACTGGTTC-AA-A-TTA-AGACTATCT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATAT
* ** * * * * * *
147864 -AAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAA-TAGTTTCTATT
65 GAA-TAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTT-TGTT
* * *** * * ** *
147927 TATTCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATT
126 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
147981 AATAAGTAAAAAATGTAAAAAATTAAATATGTTTACCGAACCAGATCAAATAGTCATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATAT
* * * * * * * **
148046 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCA
65 GAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCA
* ** * * **
148111 TATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATT
128 TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * * * * * * *
148163 AATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTATAATTATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATG
* * ** * * * * * * *
148228 AACAATTATTTATTGGAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATATTTTTTTCTATTCAT
66 AATAATTATATATTTCAAATTGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCAT
** * * *
148293 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATCCAAATTTATTAA-ATT-AAGATAATT
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* * * ** * * * *
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* * * *
148407 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
66 AATAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCAT
* ** * ** *
148472 ACTAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATT
129 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
148523 TATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATG
* * ** * * * * * * **
148588 AATAATAATCTATTTCAAATCATCATGAGC-TTT-TTTTATAATAAAATAATTGCTTCAGTTCAT
66 AATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCAT
* * * * * *
148651 ATAAGCCTATTTGAGAT---A-AAA-T-A---A-T-A-TTCCAAAAGTT
129 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAACTAATTTATTAATTTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
148688 AA-AGAGTAACAGAATTAAAAATATGAATTT-TCTTATCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTAT
1 AATA-AGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGT-TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * *** * ** * **
148751 CTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATGGTTCTACTC
63 ATGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTC
* * *
148816 ATGCAAGCATATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
127 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACT-AATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * **** * * * *
148869 AATAAGTAA-A-ATTTTAGAAAACAAAGCCATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATT
1 AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATAACTATA
* * ** * * * *
148931 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTCTATTCA-AACAAC-CTTA-TTTG-
64 TGAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTT-T-GTCATAA-AACAATTATTTTGT
* * * * *
148992 --------G---A-ATAAAAT--AAT--TCTAATTAATTAATATTCCAAAATT
125 TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAACTAATTTATTAATTTTCAAAAATT
* * * *** * * *
149029 AGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATG
* * * * * * *
149094 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATA-TTTTGTTTTGTTATAAAAAAAATTGTTTCTATCC
66 AATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-A-ACTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTT-TGTTC
* ** * **
149158 ATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATT
127 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATTTTC-AAAAATT
* * * * * * ** * *
149211 AATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATTGGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT
1 AATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATAT
* * * * ** * *
149275 GAACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTTTTGTAAAACAATTGTTTCTATTC
65 GAA-TAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTC
* * * *
149339 ATACACA-ATTATTTATAATAAAATAATACTAATATATTACTATTTCAAAAA-T
127 ATACA-AGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
149391 --TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTATCGAACCAATTTAAATAGTTATAACTATTTA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATG
* * * * * * * *
149453 AACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCCTAAAATATTTGTTTCTGTTCAT
66 AATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCAT
* * * ** * * *
149517 ACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATATTT-TAAAATT
129 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATA-AACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* **** * *
149567 AATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGATCCAGTTCAAATAGTTA-AGATTAT-T
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATAT
* * * ** * * * * *
149629 AGAACAATTATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
65 -GAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTT
* * **
149694 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT--ACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATT
126 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAACTAATTTATTAATTTTC-AAAAATT
* * * * * *
149745 AATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTT
1 AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATAT
* * * ** * * * * *
149810 GAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGATCA
65 GAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTTCA
* * *** * * *
149875 TAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATT
128 TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * ***** * * * * *
149927 GATAAGTTAA-AGATTTAAAACATAAATTAGTTTTTTGTATCAGTTAAAATAATTATGGAC-ATT
1 AATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT-AACTATA
* ** * *
149990 TGAA-AATTTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTT-TCA
64 TGAATAA-TTATATATTTCAAATTGTTA-TAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGT--
* *** *
150053 TCATACTAGCTTATTCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
125 TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * * *
150108 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATATG
* *
150173 --T-ATT-TCA-ATTTC------TTATAGCCTTTTGTTCTT-TCATAAAACAATTATTTCTATTC
66 AATAATTAT-ATATTTCAAATTGTTATA-ACTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTC
* * * * *
150226 ATACAAGTTTATTTAGAATAAAA-AATACTAATGTGA-TAATATTCTGAAAATT
127 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-ACTAAT-TTATTAATTTTC-AAAAATT
* * * * * * * *
150278 AATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAACAATTA-AGGCTATAG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATAT
* * * * * * * * ** *
150342 GAACAATT-TTTATTTTAAATTGTTGTGACATTTTGTTTTATCGTAACATTATT-TTTTCAGTTT
65 GAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT--GTTC
* * * * **
150405 TTAGTAA-CTTATTCAAAATTAAATAAAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
127 ATA-CAAGCTTATTTAAAATAAAATAAACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
150457 AATCAA-TAAGAGATTTAATAAATAATTTTGTTTGCTAAACCAATTGAAATAATTATGACTATTT
1 AAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATAT
*
150521 GAACAATTA
65 GAATAATTA
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* * * ** *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * *
147928 AT-TCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
148472 ACT-AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTTATAAGTAAAAGA
65 A-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA
* * *
148536 TTTAAAAAATAAATATGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
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* * * * * * **
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCAT
* * * ** *
148651 ATAAGCCTATTTGAGATAAAATAATA-T--TCCA--AA-A----G----TTAA-AGAGTAACAGA
65 ATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA-AGTAAAAGA
* * * * * * * * *
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129 TTTAAAAA-ATAAATCTGT-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * * ** *
148754 AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGGTTCTACTCAT
1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
** * ** ** * *
148818 GCAAGCATATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-T
65 ATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** * ** *
148881 TTTAGAAAACAAAGCCATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
129 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * *
148933 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTT
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148971 CTATTCAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATA
TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
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Indices: 147694--150326 Score: 1776
Period size: 360 Copynumber: 7.5 Consensus size: 355
147684 CAGTTCAAAT
* * * *
147694 AATTATCTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
147758 AAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAA-TTTTA
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* ** * * *
147820 AAAAATAAATCTGTTTA-TCAGACTGGTTC-AA-A-TTA-AGACTATCT-AAGTAATTATTTATT
130 AAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAA-CAATTATCTATT
* * * * * * * **
147879 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTTCTATTTATTCAAGCTTATTCGG
192 TCAAATC-TTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * ** * * *
147944 ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAAATTAAAT
255 AATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAA-TAAAT
* * * * * *
148009 ATGTTTACCGAACCAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
316 CTGTTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
148050 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
148115 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA
* * * * * * **
148180 AAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATTTATTGGA
130 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
148245 AATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAT
195 AATC-TTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAT
* *
148310 AAAATAATCCAAATTTATTAA-ATT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTAT
258 AAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGT
*
148373 TTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAAC
320 TTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
148410 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACT
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
148475 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTTATAAGTAAAAGATTTA
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTA
* * * * * *
148540 AAAAATAAATATGTTTGCCT-AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATAATCTATTTC
130 AAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
148604 AAATCATCATGAGCTTTT-TTTATAATAAAATAATTGCTTC-AGTTCATATAAGCCTA-TTTGAG
194 AAATC-TTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGA-
* * * *
148666 AT--AA-AA--T-A---A-T-AT-TCCAAAAGTTAA-AGAGTAACAGAATTAAAAATATGAAT-T
256 ATAAAATAATCTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAATA--AATCT
* * * * *
148717 TTCTTATCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAAC
318 GT-TTAT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
*** * * * *
148757 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGGTTCTACTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* ** * *
148821 AGCATATTTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTA
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTA
* * * ** * *
148885 GAAAACAAAGCCATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
130 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
148949 AAATCATTATGA-C----------C-----AT--TTGTTTCTATTCAAACAACCTTATTTGGAAT
194 AAATC-TTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAT
* * * *
148996 AAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
258 AAAATAA-TCTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTT
* ** *
149061 TATCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
321 TATGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
149097 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTTATAAAAAAAATTGTTTCTATCCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * * *
149162 AAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTT
65 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT
* * * * ** * *
149227 AAAAAATTAAT-TGGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATT
129 AAAAAATAAATCT-GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * *
149290 TCAAATTGTTATGACATTTTATTTTTTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACACA-ATTATTTA
192 TCAAA-TCTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTT-
* *
149354 T-AATAAAATAATACTAATATATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAA
253 TGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAA
* * * *
149414 TCTCTTTATCGAACCAA-TTTAAATAGTTATAACTATTTAAAC
315 TCTGTTTAT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
149456 AATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAATATTTGTTTCTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * * *
149520 AGCTTATTC-AGAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGGATTTA
66 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* ** * * * * * *
149583 AAAAATAAATGTGTTTGTTGATCCAGTTCAAATAGTTA-AGATTATTAGAACAATTATCTATTTG
130 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ***
149647 AAATCATTCTAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
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* * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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ATCTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAA
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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*** * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * *
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** * * * * * * *
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*** * * * *
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** * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * *
161056 -AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTT
66 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTT
** * * *
161120 GCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAACAAGT
130 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA--TTTAC-AAACAAGT
* * * *
161171 TCAAGTAGTCATGTCCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGACCTTTTGTTTTGTCAT
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* * * * *
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66 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATTTT
* * *
161297 TGAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAGT
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCATTTAC-AAACAAGT
* * * ** * * *
161345 TCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TTTATTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * *
161409 ACAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTT
66 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTT
* * * *
161473 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAGAAAATAAAT-ATGTTAGCCGAACTAGT
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTA--CAAACAAGT
* ** ** * *
161521 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCT-ATCCTTTTGTTTAGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCA
* * * **
161585 TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA---CA
65 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTT
* *
161647 AAAAATT-A-AAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAATT
130 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC-ATTTAC-AAACAAGT
* * * * * * * * *
161697 TGAAATAGATATGACTATTTA-AACAATTATCTGTTTAAAATTATTTTGACATTTTGTTTTATAA
1 TCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
161761 TAAAATAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAAT-CTACTTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTT
* * * * * * **
161825 CAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTCAAAGTAGT
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A-TTTACAAACAAGT
* * * * *
161877 T-ATAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTC
1 TCA-AATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
161939 ATAAACCAATTGTTT-TTTATCATATAAGCTGATTC-ATATAAAAATAATACTAATTTAATAATG
64 ATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT-
* * *
162002 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAACAATAAATGCATTTGCCAATC-AGT
126 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CATTT-ACAAACAAGT
* * * * * **
162056 TCAAATAGTTAAGATTATTAAAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
162121 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTG
66 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTT
* * * * * *
162186 AAAGATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAACTAAATTAGTTTACCGAACAAGT
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* * ** * **
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1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
162303 AAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTCTTAATATTT
66 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAAT-TTT
* ** *
162368 T--GAA--AAT---TAAGAGA-TTAAAAAA-AAATCAGTTTACTGACTTAGT
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-TTTACAAAC-AAGT
* * * * * * * **
162411 TTAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
162475 TAAAACAATTGTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGGTAGTACTTT-TTATTT
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* * * *
162537 TGTCATAAAACAATTATTTTTGAATGTATA-AGTTTATCTGAAATGAAATAATACTAATTTATTA
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*
162601 ATATTTTAAGAATT
172 A-A---CAAG---T
* * * * * *
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1 --TCA--AA-TAG-TT--AT-G-----ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * ** * *
162680 TTTTGATCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAGATAAAATAATATTAA
52 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** ** * * *
162745 TATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGACAAACTAGT
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* * *
162810 TCAAATAGTTAAGACTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAA---TCAT----TTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
162867 TAAAATAATTTTTTCACTTCATACTAGTTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-TT
* * * * ** *
162931 TCAAAAACTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAAGC-AGT
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* * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * * * *
163049 AAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC
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** *
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* * * * * * **
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** ** * * *
163224 -TGGAACAATAATTT-ATATTCATAAAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
** * * * * * *
163286 TTTCGACAATTAATAAGCAA-A-ATTTTAAAAAATAAATTATTTACCAAGCTAGA
126 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCATTTA-CAAACAAGT
* * * * * * ** * *
163339 TCAAATAGTCATG----GT-GAATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTTAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
163399 AAAAAAATTATTTTAGTTCATGTC-AGC-TATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTT
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* * * * *
163462 T-AAAATTAATAATTAAGAGGTTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGT
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* * * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** ** * * * * *
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65 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTT
* * ** *
163639 TAAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAAT
129 TAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCATTTAC-AAACAAGT
** * *
163693 TCAAATCCTTATGACTAATT-GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
163757 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATAAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT
* * * *
163821 TCAACAAA-TAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGT
128 TTAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA--TTTA-CAAACAAGT
* * ** * *
163874 TCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGT-A
1 TCAAATAGT-TATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
163937 GTAAAACAATTGTTTCAAT
65 -TAAAACAATTGTTTCAAT
163956 AAGTAAAAAT
Statistics
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Indices: 161022--163951 Score: 1484
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161012 AACAATTTTT
* * * * *
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* * * * * * *
161086 TCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATA
66 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
161151 AA-TATGTTTACTGAACAAGTTCAAGTAGTCATGTCCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
161535 CTATTAGAGTAATTATC
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* *
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* * **
161615 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC---AAAAAATT-A-AAGCAAGAGATTTTAAAAAA
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* * * * * *
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128 TAAAT-TAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
* * * * * * **
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** * * *
161804 TAAT-CTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTT
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* * * * *
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308 CTAACTAGTTTA-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATCTCAAATCGTTATGATCTTT
* *
161931 ATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTTATCATATAAGCTGATTCATATAAAAATAATACTAATTTA
371 ATTTTGTCATAAA-CAATTGTTTTTT-TCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTA
* *
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* *
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* * *
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1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * *
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66 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAA-ATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAAT
* *
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*
162282 TGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATA
194 T-TGAA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAA--TTATTCAAAATAAAATA
* *
162347 ATACTACTTTTCTTAATATTTTGAAAATTAAGAGA-TTAAAAAAAAATCAGTTTACTGACTTAGT
255 ATACTAC-TTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAGATTTAAAAAAAAATCA-TTTACTAAC-TAGT
* * * * *
162411 TTAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCA
317 TTAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTTGTCA
** * * * * ** * * * *
162475 TAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGGTAGTACTTT--TTATTTT
380 T-AAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTGA-TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * ** **** *
162538 GTCATAAAACAATTATTTTTGAATGTATAAGTTTATCTG-AAATGAAATAATACTAATTTATTAA
442 -TC---AAA-AATTA---AT-AA-G-A-GA-TTTA---GAAAAT-AAAT-ATGTTAGCCGA--AC
* * * *
162602 TATTTTAAGAATTAG-TAATGAACTAGTTTAAATAGTTATGAC
487 TA-GTTCA-AA-TAGTTAA-G-ACTA-TTAAAATAATTAT--C
* * *** * **
162644 TATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGATCTATCATAAAACAATTATTTTT
1 TATTT---CAA----ATAGTT---A-TG-----ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * **
162709 ATTCATACAAGCTTATTCGAGATAAAATAATATTAATATA-AAAATATTCCAAAAATTAATAA-C
50 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TT-TGAAAATTAATAAGC
* * * * *
162772 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTGAC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATA
113 -AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
162835 ATTATCTATTTCAAATCA--T---TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCACTTCATACTAG
175 ATTATCTATTTAAAATTATTTGAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTC--ACAAA
* ** * * **
162894 TTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATATGTAAGAGATTTAA
237 ATTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTT---TGA--AA-AT-TAAGAGATTTAA
* ** * * *
162958 AAAATAATTTTGTTTACCTAAGC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTA
294 AAAA-AA-ATCATTTA-CTAA-CTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCA
* * * * * * * *
163022 AATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTG-TTCA-AA
355 AATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTT-TTCATACAAG-CTGATTCAGAT
* * * * *
163085 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
416 A-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAGAAAATAAATATG-TT
* * * * * ** ** *
163150 A-TCAAACTAGTTTAAAAAGTTACGACTATTTGAGCAATTATT
479 AGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATC
* ** * ** ** *
163192 TATTTCAAATTGTTAT-ATTTTTTGTTCTATTC-TGGAACAATAATTT-ATATTCATAAAAGCTT
1 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTT
* * *
163254 ATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCGACAATTAATAAGCAA-A-ATTTTAAA
64 ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTT-GAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAA
* * * * * * * * *
163315 AAATAAATTA-TTTAC-CAAGCTAGATCAAATAGTCATG-----GTGAATAAGTATTTATTTTAA
125 AAATAAATTAGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* ** * * * *** ** **
163373 ATCATTATGACCCTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTTAGTTCATGTCAGCTATTTGAAATAA
189 ATTATT-TGA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-CAAAATTATTCAAAATAA
** * * * *
163438 AATAATACTAAGTTATTAATATTTTAAAATTAATAATTAAGAGGTTTAAAAAATGAATCTGTTTA
251 AATAATACTACTTTATTAATA-TTT----TGAA-AATTAAGAGATTTAAAAAA-AAATC-ATTTA
* * * * * * * *
163503 CCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTT
308 -CTAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTT
* ** ** * * **
163568 GTTTTGTCCCCAAATGATT-TTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAATAC-AATT
371 ATTTTGT-CATAAACAATTGTTTT-T-TTCATACAAGCTGATTCAGATA-AAAATAATACTAATT
* * * * ** * *
163630 TATTAATA-TT-AAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAA
432 TAATAATATTTCAA-A-AATT-A-A--TAAGAGATTTAGAAAATAAATATG-TTAGCCGAACTAG
** * * * *
163692 TTCAAATCCTTATGACTAATT-GAACAATTATT
490 TTCAAATAGTTAAGACT-ATTAAAATAATTATC
* * * *
163724 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
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* * * * * * *
163789 TC-ATATTAAAATAATATTAATTTA-TAAATATTTCAACAAATAATAAGAAAAAGATTTAAAAAA
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* *
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* *
163914 TCATTGTGACTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTT
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163952 CAATAAGTAA
Statistics
Matches: 1871, Mismatches: 338, Indels: 372
0.72 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
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528 57 0.03
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530 75 0.04
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575 1 0.00
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Consensus pattern (521 bp):
TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
ATTAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTT
GAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
CTTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAGATTTAAAAAAAAATCATTTACTAACTAGTTTAAATAAT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAACAATTGT
TTTTTTCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
GAGATTTAGAAAATAAATATGTTAGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTAT
C
Found at i:163114 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 162626--163951 Score: 1067
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 181
162616 GTAATGAACT
* * * * * * * * *
162626 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGATCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * * * **
162691 CATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAGATAAAATAATATTAATATAAAAATAT
66 CATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
162756 TCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGA-CAAACT
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCAAACA
* * * *
162807 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTC-AA-----ATCA-TTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * ** *
162865 CATAAAA-TAAT-TTTTTCACTTCATACT-AGTTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTA
66 CATAAAACAAATGTTTTT-A-TTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * *
162926 ATATTTCAAAAACTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAAGC-
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACA
* * * *
162981 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * *
163046 CATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
66 CATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
163111 TTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACT
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * * *
163158 AGTTTAAAAAGTTACGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-ATTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT-T-T
** * * * * * *
163222 -TC-TGGAAC-AATAATTTATATTCATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAAAT-GTTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
163284 TATTTCGACAATTAATAAGCAA-A-ATTTTAAAAAATAAA-TTATTTACCAAGCT
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * * * * ** **
163336 AGATCAAATAGTCATG-----GTGAATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * ** *
163396 TATAAAA-AAAT-TATTTTAGTTCATGTCAGC-TATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAT
66 CATAAAACAAATGT-TTTTA-TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
163458 ATTT-TAAAATTAATAATTAAGAGGTTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACA
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * *
163510 AGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
*** ** * * ***
163575 CCCCAAA-TGATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATA
66 CATAAAACAAATGTTTT-TATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
163638 -TT-AAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
130 TTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* ** * *
163690 AATTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
163755 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATAAATAT
66 CATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
163820 TTCAACAAA-TAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
131 TTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* ** *
163871 AGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
*
163935 T-AGTAAAACAATTGTTT
65 TCA-TAAAACAAATGTTT
163952 CAATAAGTAA
Statistics
Matches: 909, Mismatches: 186, Indels: 100
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 19 0.02
173 79 0.09
174 164 0.18
175 11 0.01
176 72 0.08
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178 27 0.03
179 75 0.08
180 155 0.17
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182 11 0.01
183 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
Found at i:164049 original size:123 final size:122
Alignment explanation
Indices: 163830--164055 Score: 337
Period size: 123 Copynumber: 1.8 Consensus size: 122
163820 TTCAACAAAT
* * *
163830 AATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTG
1 AATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGATCAAATAATCATGACTATTTG
*
163895 AATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAGTAAAACAATTGTTTC
66 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTT-TTTTGTAGTAAAACAATTGTTTC
* * * *
163953 AATAAGTAAAAA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTT
1 AATAAG-AAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGATCAAATAATCATGACTATTT
* *
164017 GAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTTT
65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTT
164056 ATCACAAAAG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 10, Indels: 3
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
122 4 0.04
123 83 0.90
124 5 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (122 bp):
AATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGATCAAATAATCATGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTGTAGTAAAACAATTGTTTC
Found at i:164210 original size:303 final size:304
Alignment explanation
Indices: 163649--164238 Score: 697
Period size: 303 Copynumber: 1.9 Consensus size: 304
163639 TAAGACAATT
* * ** *
163649 AATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATCCTTATGACTAATTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAATCATGACTAATTG
* * * *
163714 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
66 AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* * ** **
163779 ACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTCAACAAATAATAAGAAAAAGAT
131 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATAAATATCCCAACAAATAATAAGAAAAAGAT
* * *
163844 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATT
196 TTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAATCTTGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
163909 TCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAGTAAAACAATTGTTTC
261 TCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTAGTAAAACAATTGTTTC
* * * * *
163953 AATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGA-TCAAATAATCATGATTATT
1 AATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-AAATTCAAATAATCATGACTAAT
* * *
164016 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTT-TTTTATCACAAAAGAATTGTTTGAATTC
64 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCAATTC
* ** * * * *
164080 ATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACCAATTTATTAATAATCCCAA-AATTAATAATAAAGA
129 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATAAAT-ATCCCAACAAATAATAAGAAAAA
* * * * * *
164144 GATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACCAA-TTTAAATAAT-TATGATTGTTTGAACAATTAT
193 GATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATCT-TGACTATTTGAACAATTAT
*
164207 CTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
256 CTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
164239 TATAAAATGA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 44, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
302 1 0.00
303 144 0.61
304 90 0.38
305 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (304 bp):
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAATCATGACTAATTG
AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCAATTCAT
ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATAAATATCCCAACAAATAATAAGAAAAAGAT
TTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAATCTTGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTAGTAAAACAATTGTTTC
Found at i:164483 original size:180 final size:183
Alignment explanation
Indices: 163953--164666 Score: 630
Period size: 180 Copynumber: 4.0 Consensus size: 183
163943 CAATTGTTTC
* *
163953 AATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACT-AGATCAAATAATCATGATTATT
1 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAATTATGATTATT
* * * * * * *
164016 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTT-TTTTATCACAAAAGAATTGTTT-GAATT
66 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAA-T
* ** * * ***
164079 CATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACCAATTTATTAATAATCCCAAAATT
130 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGAAAATT
* * * * * *
164133 AATAA-TAAAGAGA-TTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACCAA-TTTAAATAATTATGATTGT
1 AATAAGTAAA-AGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAATTATGATTAT
* * * * * ** * **
164195 TTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATGATTTTTTCTGTT
65 TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAAT
* *
164260 CATACAAGCTTATTTCA-AATAAATTAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATT
130 CATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGAAAATT
* * ** *
164314 AATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATCGTTATGACTATT
1 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAATTATGATTATT
* * * *
164377 T-TACAATTATTTATCTCAACTTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATC
66 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATC
* * * * ** *
164441 ATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGACAATT
131 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGAAAATT
* * * * *
164494 AACAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-AAGTTCAAAT-ATTCATAACTAT
1 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAATT-ATGATTAT
* * ** * * * * *
164557 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGT
65 TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-A
* * * * * *
164621 TCTTATAAGTTTGTT-TGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
129 TCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACAAATTTATTAATATT
164667 CTTGTTAGTC
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 91, Indels: 28
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.02
180 180 0.42
181 152 0.36
182 88 0.21
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (183 bp):
AATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAATTATGATTATT
TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATC
ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGAAAATT
Done.